如本文所用術語「治療(treating、treatment或to treat)」包括阻止、遏制、減緩、停止或逆轉現存症狀或病症之進展或嚴重程度。 如本文所用術語「患者」係指哺乳動物,例如小鼠、天竺鼠、大鼠、狗或人類。應理解較佳患者係人類。 如本文所用術語「有效量」係指本發明化合物或其醫藥上可接受之鹽在單一劑量或多個劑量投與患者時在診斷或治療下在患者中提供期望效應之量或劑量。 有效量可由熟習此項技術者使用已知技術及藉由在類似情況下觀測所獲得之結果容易地確定。在測定患者之有效量時,熟習此項技術者考慮多種因素,包括(但不限於):患者身型、年齡及總體健康情況;所涉及之特定疾病或病症;疾病或病症之侵襲程度或嚴重程度;個別患者之反應;所投與之特定化合物;投與模式;所投與製劑之生物利用度特性;所選擇之劑量方案;合併用藥之使用;及其他相關情形。 式I化合物通常在廣泛劑量範圍內有效。舉例而言,每天劑量通常在約0.01 mg/kg至約20 mg/kg體重之範圍內。在一些情形下,低於上述範圍下限之劑量值可能係過量的,而在其他情形下可採用更大劑量且副作用可接受,且因此上述劑量範圍並非意欲以任一方式限制本發明之範疇。 較佳地,將本發明化合物調配為藉由任一使得化合物生物可用之途徑(包括經口及非經腸途徑)投與之醫藥組合物。最佳地,此等組合物係用於經口投與。此等醫藥組合物及其製備製程為業內所熟知。(例如,參見Remington:The Science and Practice of Pharmacy, L.V. Allen編輯,第22版,Pharmaceutical Press, 2012)。 本發明化合物之醫藥上可接受之鹽可(例如)藉由本發明化合物之適當游離鹼與適當醫藥上可接受之酸在適宜溶劑中,在業內所熟知之標準條件下之反應形成。此等鹽之形成為業內所熟知並瞭解。例如,參見Gould, P.L., 「Salt selection for basic drugs,」
International Journal of Pharmaceutics
,
33
: 201-217 (1986);Bastin, R.J.等人,「Salt Selection and Optimization Procedures for Pharmaceutical New Chemical Entities,」
Organic Process Research and Development
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: 427-435 (2000);及Berge、S.M.等人,「Pharmaceutical Salts,」
Journal of Pharmaceutical Sciences
,
66
: 1-19, (1977)。 某些縮寫定義為以下:「ACN」係指乙腈;「AcOH」係指冰乙酸;「DBU」係指1,8-二氮雜二環[5.4.0]十一-7-烯;「DCM」係指二氯甲烷或二氯甲烷;「DIPEA」係指N,N-二異丙基乙胺;「DMF」係指N,N-二甲基甲醯胺;「DMSO」係指二甲亞碸;「EDCI」係指1-乙基-3-(3-二甲基胺基丙基)碳二亞胺;「ES/MS」係指電噴霧質譜;「EtOAc」係指乙酸乙酯;「Et
2
O」係指二乙醚;「EtOH」係指乙醇;「HMDS」係指六甲基二矽氮烷;「HOBT」係指羥基苯并三唑;「hr」係指小時;「IC
50
」係指試劑產生該試劑之50%可能最大抑制反應之濃度;「μmol」係指微莫耳;「min」係指分鐘;「MeOH」係指甲醇(methanol或methyl alcohol);「MTBE」係指甲基-第三丁基醚;「NiNTA」係指利用經次氮基三乙酸作為螯合劑官能化之瓊脂醣固定相之層析;「POCl
3
」係指氯氧化磷;「RT」係指室溫;「SNAr」係指親核芳香族取代;「TEA」係指三乙胺;「THF」係指四氫呋喃;「Tris」係指2-胺基-2-羥基甲基-丙烷-1,3-二醇;「U/ml」係指單位/毫升;「wt」係指重量。 本發明化合物可藉由熟習此項技術者已知之多種程序製備,其中一些在下文方案、製備及實例中闡釋。熟習此項技術者認識到,針對每一所述途徑之具體合成步驟可以多種方式組合,或與來自不同方案之步驟結合來製備本發明之化合物。下文方案中每一步驟之產物可藉由業內熟知之習用方法回收,該等方法包括萃取、蒸發、沈澱、層析、過濾、研磨及結晶。除非另有說明,否則在下文方案中所有取代基皆係如先前所定義。熟習此項技術者可容易地獲得試劑及起始材料。在不限制本發明範疇之情形下,提供以下方案、製備及實例以進一步闡釋本發明。 方案1
式I 方案1繪示式I化合物之合成。在方案1步驟A中,3-氟-2-硝基吡啶與多種親核劑實現之SNAr反應為業內所充分瞭解。舉例而言,使約1當量3-氟-2-硝基吡啶與約3當量丁-1-胺在適宜極性溶劑(例如,EtOH)中反應。然後可利用業內所熟知之技術分離產物,例如萃取。舉例而言,可用水稀釋反應混合物並用適當極性有機溶劑(例如,EtOAc)萃取。可合併有機萃取物,經無水硫酸鈉乾燥,過濾並在減壓下濃縮,以提供N-丁基-2-硝基-吡啶-3-胺(步驟A之產物),其純度足以不經額外純化即用於下一步驟中。 硝基之隨後還原為業內所熟知。在方案1步驟B中,例如約1當量N-丁基-2-硝基-吡啶-3-胺(步驟A之產物)可在適當過渡金屬觸媒(例如,碳載鈀)之存在下在多種有機溶劑(例如,MeOH)中經氫化。然後可利用業內所熟知之技術分離還原產物,例如過濾及蒸發。舉例而言,可藉助矽藻土床過濾粗反應混合物,且可在減壓下濃縮濾液以獲得N3-丁基吡啶-2,3-二胺(方案1步驟B之產物),其純度足以不經額外純化即用於下一步驟中。 至方案1步驟C之二酮產物之環化可在熱醯化條件下利用草酸二乙酯在適當有機溶劑(例如,EtOH)中來實現。舉例而言,可在約100℃下在密封管中,在適宜極性有機溶劑(例如EtOH)中,用約5當量草酸二乙酯處理約1當量N3-丁基吡啶-2,3-二胺。然後可利用業內熟知之技術來分離環化產物,例如沈澱及過濾。舉例而言,可將反應混合物冷卻至約-10℃至0℃,且可藉由過濾及用二乙醚洗滌來收集隨後沈澱物,以獲得1-丁基-4H-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2,3-二酮(方案1步驟C之產物),其純度足以不經額外純化即用於下一步驟中。 利用親核劑(例如肼)使活化羰基去水為業內所充分瞭解。舉例而言,可在約100℃下在加壓管中,用約5當量一水合肼處理約1當量1-丁基-4H-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2,3-二酮(方案1步驟C之產物)。然後可利用業內熟知之技術分離產物,例如沈澱及過濾。舉例而言,可使粗反應混合物冷卻至約0℃,且可藉由過濾並用二乙醚洗滌來收集所得沈澱物,以獲得1-丁基-3-肼基-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮(方案1步驟D之產物),其純度足以不經額外純化即用於下一步驟中。 步驟D之肼產物之隨後烷基化可根據業內所熟知之多種還原胺化技術來實現。舉例而言,可在約RT至回流溫度下,在含有催化量之適當酸(例如AcOH)之適當醇系溶劑(例如MeOH)中,用約2當量適當經取代烷基醛(例如,1-甲基環丙烷甲醛(CAS第4515-89-3號,Enamine LLC, USA))處理約1當量1-丁基-3-肼基-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮(方案1步驟D之產物)。然後可利用業內熟知之技術分離產物,例如結晶及過濾。舉例而言,可在減壓下濃縮粗反應混合物,並可藉由用適宜有機溶劑(例如己烷)結晶獲得產物,且隨後過濾以收集1-丁基-3-[2-[(1-甲基環丙基)亞甲基]肼基]吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮(方案1步驟E之產物)。 式I化合物之製備可在0℃至RT範圍內之溫度下,在適宜有機溶劑(例如DCM)中,使用對經取代亞胺1-丁基-3-[2-[(1-甲基環丙基)亞甲基]肼基]吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮進行高價碘介導之氧化環化(R. Aggarwal及G. Sumran,
Synthetic Communications
, 36: 1873-1876,
2006
)來達成。舉例而言,可使約1當量1-丁基-3-[2-[(1-甲基環丙基)亞甲基]肼基]吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮(方案1步驟E之產物)溶解於DCM中,並在約0℃至RT下用約2當量二乙亞碘醯苯(CAS第3240-34-4號)處理。然後可利用業內所熟知之技術來分離產物,例如萃取及層析。舉例而言,可用水稀釋反應混合物並用DCM萃取。可分離各層並相繼用NaHCO
3
飽和水溶液洗滌有機層,經Na
2
SO
4
乾燥、過濾並在減壓下濃縮。可藉由在二氧化矽上使用適當溶劑混合物(例如,EtOAc及己烷)之梯度層析來純化所得殘餘物,以得到式I化合物(方案1步驟F之產物)。 方案2
式I 方案2繪示式I化合物之替代合成。在方案2步驟A中,可在RT至回流溫度範圍內下之溫度下,在含有催化量之DMF之適當有機溶劑(例如DCM或ACN)中,使用適宜氯化劑(例如,POCl
3
、SOCl
2
、草醯氯或PCl
5
)將1-丁基-4H-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2,3-二酮(方案1步驟C之產物)轉化成氯代化合物,如業內所熟知。舉例而言,可使約1當量1-丁基-4H-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2,3-二酮(方案1步驟C之產物)溶解於含DMF之ACN中,且可用約3當量亞硫醯氯處理所得反應混合物並加熱至保持約3 hr。冷卻至環境溫度後,在減壓下濃縮反應混合物,以提供適於不經額外純化即隨後使用之方案2步驟A之產物1-丁基-3-氯-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮。 在方案2步驟B中,可藉由在RT下,用約4當量水性一水合肼於極性非質子溶劑(例如THF)中之溶液處理約1當量1-丁基-3-氯-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮(方案2步驟A之產物)約8 - 24 hr來達成氯置換。然後可利用業內熟知之技術分離產物,例如萃取及共沸蒸餾。舉例而言,可用水稀釋反應混合物並過濾,並可用高沸點適宜有機溶劑(例如,甲苯或MTBE)洗滌濾餅,且可藉由在減壓下在旋轉蒸發器上與適宜高沸點溶劑(例如,2-甲基-四氫呋喃)短暫共沸蒸餾自雙相混合物去除所得水,以得到1-丁基-3-肼基-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮(方案2步驟B之產物)。 步驟B之產物之醯化可使用多種業內所熟知之醯胺偶合技術,利用適宜羧酸來實現。舉例而言,可使約1當量1-丁基-3-肼基-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮(方案2步驟B之產物)與約1.5當量1-甲基環丙烷-甲酸在含有約1.5當量EDCI及1.5當量HOBT之適宜有機溶劑(例如,THF、DMF或DMSO)中偶合,且隨後添加約3-5當量非親核有機鹼(例如,DIPEA或TEA)。然後可利用業內熟知之技術分離產物,例如萃取。舉例而言,可用適宜礦酸(例如,經水稀釋之HCl水溶液)中和反應混合物,並用適宜有機溶劑(例如,DCM、EtOAc、MTBE或Et
2
O)洗滌。可分離各層,且可用適當鹼性固體(例如,K
2
CO
3
、NaHCO
3
或Na
2
SO
3
)將所得水層鹼化至pH約為7-8,且隨後用適宜有機溶劑(例如,DCM、EtOAc或Et
2
O)萃取。可相繼用水、NaCl飽和水溶液洗滌有機層,經Na
2
SO
4
乾燥,過濾並在減壓下濃縮濾液,以得到N'-(1-丁基-2-側氧基-吡啶并[2,3-b]吡嗪-3-基)-1-甲基-環丙烷卡肼(方案2步驟C之產物)。 在方案2步驟D中,可藉由在業內所熟知之熱或微波條件下環化來達成式I化合物。舉例而言,可在含有約0.2當量適宜非親核有機鹼(例如1,8-二氮雜二環[5.4.0]十一-7-烯)之適宜溶劑(例如,六甲基二矽氮烷)中,在回流下將約1當量N'-(1-丁基-2-側氧基-吡啶并[2,3-b]吡嗪-3-基)-1-甲基-環丙烷卡肼加熱約2-12 hr。然後可利用業內熟知之技術分離產物,例如稀釋、過濾、研磨及層析。舉例而言,可將反應混合物傾倒至水中,並可藉由過濾收集所得沈澱物,且隨後在有機溶劑(例如DCM)之適宜不可混溶混合物與水之間分配所收集之固體。可分離有機層,相繼用水及NaCl飽和水溶液洗滌,經Na
2
SO
4
乾燥,過濾並在減壓下濃縮。可將所得殘餘物與適宜熱或沸騰之有機溶劑(例如EtOAc)一起研磨約1 hr,且可藉由在冷卻後旋即過濾來收集所得固體。可藉由在二氧化矽上層析,使用適當溶劑混合物(例如EtOAc及DCM)之梯度進一步純化固體,以得到式I化合物(方案2步驟D之產物)。
製備 1
N-丁基-2-硝基-吡啶-3-胺
方案1步驟A:將3-氟-2-硝基吡啶(5.0 g, 35.2 mmol)溶解於EtOH (30 mL)中並在冰浴中將混合物冷卻至0℃。將丁-1-胺(7.7 g, 105.6 mmol)添加至混合物,使混合物升溫至RT並在RT下攪拌2 hr。用水稀釋混合物並用EtOAc萃取。用NaCl飽和水溶液洗滌有機層,經Na
2
SO
4
乾燥,過濾並在減壓下濃縮,以得到適於不經額外純化即使用之呈黃色油狀物之標題化合物(6.2 g, 90%產率)。ES/MS m/z 196.1 (M+1)。
製備 1 之替代程序
在約20-25℃下將3-氟-2-硝基吡啶(92 g, 0.65 mol)添加於EtOH (552 mL)中。在冰浴中將混合物冷卻至0℃。在約0-5℃下經40 min逐滴添加丁-1-胺(118.4 g, 1.6187 mol)。升溫至約20-25℃並攪拌16 hr。將水(800 mL)添加至反應混合物,用EtOAc (2 × 600 mL)萃取,分離各層並用水(2 × 1L)、NaCl飽和水溶液(2 × 500 mL)洗滌經合併之有機層,經Na
2
SO
4
乾燥,過濾並在減壓下在35℃下濃縮,以獲得適於不經額外純化即使用之呈深黃色油狀物之標題化合物(120.00 g, 95%產率)。ES/MS m/z 196.1 (M+1)。
製備 2
N3-丁基吡啶-2,3-二胺
方案1步驟B:在N
2
下將5% Pd/C (3.0 g, 1.4 mmol)添加至N-丁基-2-硝基-吡啶-3-胺(6.0 g, 30.7 mmol)溶解於MeOH (50 mL)中之溶液。在RT下在H
2
氣球下將混合物攪拌8 hr。藉助矽藻土墊過濾混合物,用MeOH洗滌並在減壓下濃縮濾液,以得到適於不經額外純化即使用之呈黑色固體狀之標題化合物(5.0 g, 98%產率)。ES/MS m/z 166.1 (M+1)。
製備 2 之替代程序
在約20-25℃下將N-丁基-2-硝基-吡啶-3-胺(128.0 g, 0.7 mol)添加於MeOH (1024 mL)中。在約20-25℃下添加5%濕的Pd/C (64 g, 50%載量)。在3 atm H
2
下在約20-25℃下將所得混合物攪拌3 hr。藉助矽藻土過濾反應混合物,用MeOH (5 × 500 mL)洗滌濾餅並在減壓下濃縮濾液,以得到適於不經額外純化即使用之呈黑色固體狀之標題化合物(101.9 g, 94%產率)。ES/MS m/z 166.1 (M+1)。
製備 3
1-丁基-4H-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2,3-二酮
方案1步驟C:將草酸二乙酯(20.1 mL, 148.3 mmol)添加至N3-丁基吡啶-2,3-二胺(4.9 g, 29.65 mmol)於EtOH (30 mL)中之混合物。在100℃下將混合物在密封管中加熱14 hr。將反應混合物冷卻至0℃並藉由過濾分離所得固體。用Et
2
O洗滌固體並在真空下在40℃下乾燥,以獲得適於不經額外純化即使用之呈綠色固體狀之標題化合物(3.3 g, 51%產率)。ES/MS m/z 219.8 (M+1)。
製備 3 之替代製備
在約20-25℃下將N3-丁基吡啶-2,3-二胺(81.4g, 0.5 mol)添加於EtOH (550 mL)中。在約20-25℃下將30 wt% NaOEt一次性添加於EtOH (427.4 g, 1.0 mol)中。在約20-30℃下逐滴添加草酸二乙酯(87.1g, 0.6 mol)並在RT下攪拌2.5 hr。在約0-10℃下在攪拌下將反應混合物傾倒至0.5 M HCl/DCM水溶液(1600 mL/1200mL)之混合物中。分離兩層,用DCM (2 × 800 mL)萃取水層,用水(2 × 1600 mL)、NaCl飽和水溶液(1600 mL)洗滌並經Na
2
SO
4
乾燥。過濾並在減壓下濃縮濾液。在約20-25℃下使所得固體殘餘物在ACN (200 mL)中漿化30 min並藉由過濾分離所得固體,以得到適於不經額外純化即使用之呈綠色固體狀之標題化合物(70.0 g,65%產率)。ES/MS m/z 220.1 (M+1)。
製備 4
1-丁基-3-肼基-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮
方案1步驟D:將一水合肼(3.55 mL, 73.0 mmol)添加至1-丁基-4H-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2,3-二酮(3.2 g, 14.6 mmol)於EtOH (20 mL)中之混合物。在100℃下將混合物在密封管中加熱14 hr。將反應混合物冷卻至0℃並藉由過濾分離固體。用Et
2
O洗滌固體及並在真空下在45℃下乾燥,以獲得適於不經額外純化即使用之呈綠色固體狀之標題化合物(2.8 g, 82%產率)。ES/MS m/z 234.2 (M+1)。
製備 5
1-丁基-3-[2-[(1-甲基環丙基)亞甲基]肼基]吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮
方案1步驟E:將1-甲基環丙烷甲醛(1.15 mL, 13.7 mmol)及AcOH (39.3 µL)添加至1-丁基-3-肼基-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮(1.6 g, 6.9 mmol)於MeOH (20 mL)中之混合物。在RT下將混合物攪拌1 hr。在減壓下濃縮混合物並自己烷(50 mL)使產物再結晶。藉由過濾分離固體並用己烷洗滌,以獲得適於不經額外純化即使用之呈黑色固體狀之標題化合物(1.30 g, 63%產率)。ES/MS m/z 300.2 (M+1)。
製備 6
1-丁基-3-氯-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮
方案2步驟A:在約20-25℃下將1-丁基-4H-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2,3-二酮(60.8 g, 0.3 mol)溶解於ACN (10 mL/g, 600 mL)中。一次性添加DMF (4.2 mL)並添加SOCl
2
(99.0g,0.8 mol)。在約75-80℃下將所得混合物加熱至回流保持2.5 hr。在減壓下將反應混合物濃縮至乾燥,以得到適於不經額外純化即使用之呈黑色固體狀之粗標題化合物(93.0g, >99%產率)。ES/MS m/z 238.1 (M+1)。
製備 7
1-丁基-3-肼基-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮
方案2步驟B:在RT下將THF (900 mL)添加至一水合肼(48 g, 1.5 mol)之85% (wt/wt%)水溶液。添加1-丁基-3-氯-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮(90.0 g, 0.4 mol)以形成漿液,並在RT下攪拌16 hr。將水(100 mL)添加至反應混合物並攪拌20 min。過濾並用水(2 × 400 mL),隨後用MTBE (2 × 400 mL)洗滌濾餅。藉由在減壓下與2-甲基-THF (3 × 600 mL)共沸去除水,以得到適於不經額外純化即使用之呈綠色固體狀之標題化合物(50.0g, 75%產率)。ES/MS m/z 234.1 (M+1)。
製備 8
N'-(1-丁基-2-側氧基-吡啶并[2,3-b]吡嗪-3-基)-1-甲基-環丙烷卡肼
方案2步驟C:在RT下將1-甲基環丙烷羧酸(30.9 g, 0.3 mol)添加至DMF (350 mL)並將混合物冷卻至0℃。在約-5-0℃下,添加EDCI (61.0 g, 0.3 mol)、隨後HOBT (41.75 g, 0.3 mol)。在約-10-0℃下,經40 min逐滴添加TEA (62.47 g, 0.6 mol)並在約-5-0℃下將所得混合物攪拌20 min。在約0-5℃下一次性添加1-丁基-3-肼基-吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮(48.0 g, 0.2 mol),升溫至RT,並將所得漿液攪拌16 hr。將反應混合物傾倒至0.6 M HCl水溶液(1600 mL)中並用MTBE (3 × 500 mL)洗滌;分離各層,棄掉MTBE層,並將DCM (1000 mL)添加至水層。用固體NaHCO
3
(140 g)調整至pH約為7-8,分離各層,用DCM (3 × 600 mL)萃取水層並相繼用水(3 × 1000 mL)及NaCl飽和水溶液(2 × 1000 mL)洗滌經合併之有機層。在減壓下蒸發,以得到適於不經額外純化即使用之呈黑色固體狀之標題化合物(45.0 g, 69%產率)。ES/MS m/z 316.2 (M+1)。
實例 1
5-丁基-9-(1-甲基環丙基)吡啶并[3,2-e][1,2,4]三唑并[4,3-a]吡嗪-6(5H)-酮
方案1步驟F:將1-丁基-3-[2-[(1-甲基環丙基)亞甲基]-肼基]吡啶并[2,3-b]吡嗪-2-酮(1.3 g, 4.3 mmol)添加至DCM (15 mL),並在冰浴中使溶液冷卻至0℃。將二乙亞碘醯苯(2.9 g, 8.7 mmol)添加至溶液並在RT下將混合物攪拌1 hr。用水淬滅反應混合物並用DCM萃取。用飽和NaHCO
3
洗滌有機層,經Na
2
SO
4
乾燥,過濾並在減壓下濃縮,且藉由層析於二氧化矽上利用EtOAc:己烷(3:1)溶析來純化所得殘餘物,以獲得呈灰白色固體狀之標題化合物(1.1 g, 85%產率)。ES/MS m/z 298.2 (M+1)。
實例 1 之替代程序
方案2步驟D:在RT下使N'-(1-丁基-2-側氧基-吡啶并[2,3-b]吡嗪-3-基)-1-甲基-環丙烷卡肼(45.0 g, 0.1 mol)在HMDS (360 mL)中漿化。添加DBU (4.34 g, 28.5 mmol)並加熱至125℃。在回流下將所得溶液攪拌6 hr。將反應混合物冷卻至RT,將混合物傾倒至水(800 mL)中,且過濾並收集所得固體。使固體溶解於DCM (400 mL) / H
2
O (100 mL)中,分離所得之層並用NaCl飽和水溶液(100 mL)洗滌有機相,經Na
2
SO
4
乾燥,過濾並在減壓下濃縮濾液以得到殘餘物。在40-50℃下與EtOAc (200 mL)一起研磨1 h並藉由過濾分離所得固體(22.0 g, 98%純度,如藉由LCMS所測定)。合併22.0 g批料與另一批次材料(10.0 g, 100%純度,如藉由LCMS所測定)並藉由在矽膠上層析利用DCM:EtOAc (1:1)溶析進一步純化,以在溶劑蒸發後獲得殘餘物。將所得殘餘物與熱EtOAc一起研磨30 min並藉由過濾分離所得固體,以得到呈白色固體狀之標題化合物(25.70 g, 42%產率)。ES/MS m/z 298.2 (M+1)。
PDE 蛋白之生成
將編碼全長人類PDE1A (NP_001003683.1)、PDE1C (NP_005011.1)、PDE5A (NP_001074.2)、PDE7B (NP_061818.1)及PDE9A (NP_002597.1)之核苷酸序列插入具有N-末端HIS標籤之pFastBac1 (Invitrogen)載體中。將編碼全長人類PDE4D (NP_006194.2)及PDE3A (NP_000912.3)之催化結構域(殘基641-1141)之核苷酸序列插入具有C-末端HIS標籤之pFastBac1 (Invitrogen)載體中。將編碼全長人類PDE8A (NP_002596.1)及PDE11A (AAI12394.1)之核苷酸序列插入具有N-末端Flag標籤之pFastBac1 (Invitrogen)載體中
。
將編碼全長人類PDE10A (AAD32595.1)之核苷酸序列插入具有C-末端Flag-His標籤之pFastBac1 (Invitrogen)載體中。將編碼全長人類PDE6A (NP_000431.2)及PDE6B (AAH00249.1)之核苷酸序列分別插入具有N-末端HIS標籤及N-末端Flag標籤之pFastBacDual (Invitrogen)載體中,用於產生PDE6A/6B二聚體。根據Bac-to-Bac桿狀病毒表現系統(Invitrogen)之方案實施Sf9細胞中之桿狀病毒生成及蛋白質表現。將編碼全長人類PDE1B (NP_000915.1)及PDE2A (NP_002590.1)之核苷酸序列插入具有C-末端HIS標籤之pIEX4 (Novagen)中,並根據供應商之方案(Novagen)實施Sf9細胞中之兩種蛋白產生。使用Ni-NTA瓊脂醣(Qiagen)純化His標籤PDE蛋白,隨後在儲存緩衝液(20 mMTris-HCl (pH7.5)、150 mM NaCl、10%甘油)中之SUPERDEX
®
200管柱(GE Healthcare)上進行粒徑篩析層析。藉助NiNTA管柱層析純化後,使用抗Flag M2-瓊脂醣(Sigma)純化包括PDE6A/6B之Flag標籤PDE蛋白,並在儲存緩衝液(50 mM Tris-HCl (pH7.5)、150 mM NaCl、10%甘油、0.1 mg/ml Flag肽)中溶析。將所有經純化之蛋白在-80℃下以小等份儲存。
磷酸二酯酶酶分析
利用基於SPA檢測系統(鄰近閃爍分析)之放射酶分析量測所有3’, 5’環核苷酸磷酸二酯酶(PDE)酶活性。使用10點濃度反應曲線,在純二甲亞碸(DMSO)中稀釋欲測試之化合物。反應混合物中之最大化合物濃度係10 µM或100 µM。在藉由添加受質開始反應之前,將適當濃度之化合物與PDE酶之一者一起預培育30分鐘。使反應在室溫下進行60分鐘。接下來,藉由添加SPA珠使反應停止。12小時以後在MICROBETA
TM
TRILUX
®
計數器中讀取樣品。「IC
50
」係指化合物產生該化合物之50%可能最大抑制反應之濃度。IC
50
值係藉由繪製正規化數據對log [化合物]之圖並使用4參數邏輯斯諦方程(logistic equation)擬合數據來計算。
Ca2+
- 攜鈣蛋白依賴性 PDE 酶分析
選殖PDE1B、PDE1A及PDE1C並遵循標準蛋白生成程序進行純化。製備分析緩衝液,以在分析中得到水中50 mM Tris-HCl、50 mM MgCl
2
、4 mM CaCl
2
、0.1%牛血清白蛋白及6 U/ml攜鈣蛋白之最終濃度,pH 7.5。對於PDE1A、PDE1B及PDE1C之最終酶濃度分別係0.25 nM、0.074 nM及0.0012 nM。藉由添加受質[
3
H]cAMP使反應開始,以得到47 nM之最終濃度。
表 1 :實例 1 針對人類 PDE1A 、 PDE1B 及 PDE1C 之活體外功效 .
表1中之數據證實,實例1之化合物在活體外抑制人類PDE1A、PDE1B及PDE1C酶活性。
使用 [3
H]cAMP 作為受質之 PDE 酶分析
使用[
3
H]cAMP作為反應受質量測以下磷酸二酯酶活性:人類PDE3A (催化結構域)、人類PDE4D、人類PDE7B及人類PDE8A。選殖所有該等酶並遵循標準程序純化。製備分析緩衝液,以在pH 7.5下在50 mM Tris-HCl、8.3 mM MgCl
2
、1.7 mM乙二胺四乙酸(EDTA)及0.1%牛血清白蛋白之分析中得到最終濃度。對於PDE3A、PDE4D、DE7B及PDE8A之最終酶濃度分別係0.008 nM、0.021 nM、0.5 nM及0.06 nM。藉由添加受質[
3
H]cAMP使反應開始,以得到47 nM之最終濃度。
表 2 :實例 1 針對人類 PDE3A ( 催化結構域 ) 、 PDE4D 、 PDE7B 及 PDE8A 之活體外功效 . 使用 [3
H]cGMP 作為受質之 PDE 酶分析
使用[
3
H]cGMP作為反應受質量測以下磷酸二酯酶活性:人類PDE2A、人類PDE5A、人類PDE6A/6B、人類PDE9A、人類PDE10A及人類PDE11A。人類PDE6之催化活性形式係由α (人類PDE6A)及β亞單元(人類PDE6B)組成之二聚體。人類PDE6A/6B之二聚體係藉由使用兩個純化步驟(即NiNTA及抗FLAG Sepharose層析)之表現及純化策略產生。遵循標準程序室內選殖並純化其餘之酶。製備分析緩衝液,以在pH 7.5下在50 mM Tris-HCl、8.3 mM MgCl
2
、1.7 mM EDTA及0.1%牛血清白蛋白之分析中得到最終濃度。對於人類PDE2A、人類PDE5A、人類PDE6AB、人類PDE9A、人類PDE10A及人類PDE11A之最終酶濃度分別係0.2 nM、0.002 nM、5 nM、1 nM、0.03 nM及0.03 nM。藉由添加受質[
3
H]cGMP使反應開始,以在人類PDE2A、人類PDE10A、人類PDE5A,人類PDE6AB及人類PDE11A分析之情形中得到80 nM之最終濃度,而對於人類PDE9A則使用20 nM之[
3
H]cGMP。
表 3 :實例 1 針對 PDE2A 、 PDE5A 、 PDE6AB 、 PDE9A 、 PDE10A 及 PDE11A 之活體外功效 .
表1、2及3中之數據證實,實例1之化合物係在活體外人類PDE1A、PDE1B及PDE1C相對於人類PDE2A、PDE3A、PDE4D、PDE5A、PDE6AB、PDE7B、PDE8A、PDE9A、PDE10A及PDE11A之選擇性抑制劑。