TWI640635B - 膀胱癌檢測方法及套組 - Google Patents
膀胱癌檢測方法及套組 Download PDFInfo
- Publication number
- TWI640635B TWI640635B TW105110619A TW105110619A TWI640635B TW I640635 B TWI640635 B TW I640635B TW 105110619 A TW105110619 A TW 105110619A TW 105110619 A TW105110619 A TW 105110619A TW I640635 B TWI640635 B TW I640635B
- Authority
- TW
- Taiwan
- Prior art keywords
- probe
- primer
- methylation
- dna
- artificial sequence
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 28
- 208000007097 Urinary Bladder Neoplasms Diseases 0.000 title claims abstract description 27
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims description 25
- 206010005003 Bladder cancer Diseases 0.000 title abstract description 25
- 201000005112 urinary bladder cancer Diseases 0.000 title abstract description 25
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 68
- 230000011987 methylation Effects 0.000 claims abstract description 56
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 claims abstract description 56
- 101000613575 Homo sapiens Paired box protein Pax-1 Proteins 0.000 claims abstract description 31
- 101000760271 Homo sapiens Zinc finger protein 582 Proteins 0.000 claims abstract description 31
- 101000652332 Homo sapiens Transcription factor SOX-1 Proteins 0.000 claims abstract description 30
- 102100024716 Zinc finger protein 582 Human genes 0.000 claims abstract description 29
- 102100030248 Transcription factor SOX-1 Human genes 0.000 claims abstract description 28
- 102100040851 Paired box protein Pax-1 Human genes 0.000 claims abstract description 22
- 230000002485 urinary effect Effects 0.000 claims abstract description 20
- 208000005623 Carcinogenesis Diseases 0.000 claims abstract description 7
- 230000036952 cancer formation Effects 0.000 claims abstract description 7
- 231100000504 carcinogenesis Toxicity 0.000 claims abstract description 7
- 208000016847 malignant urinary system neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 4
- 201000004435 urinary system cancer Diseases 0.000 claims abstract description 4
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 27
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 20
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims description 15
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 11
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 9
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 8
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 5
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 claims description 4
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 claims description 4
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 claims description 3
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 3
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 3
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 claims description 3
- 230000002980 postoperative effect Effects 0.000 claims description 3
- 210000001635 urinary tract Anatomy 0.000 claims description 3
- 201000009030 Carcinoma Diseases 0.000 claims description 2
- 108091092584 GDNA Proteins 0.000 claims description 2
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 claims description 2
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 claims description 2
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 claims description 2
- 230000003902 lesion Effects 0.000 claims description 2
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims description 2
- 210000003097 mucus Anatomy 0.000 claims description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 2
- 238000012175 pyrosequencing Methods 0.000 claims description 2
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 2
- 102100028098 Homeobox protein Nkx-6.1 Human genes 0.000 abstract description 10
- 101000578254 Homo sapiens Homeobox protein Nkx-6.1 Proteins 0.000 abstract description 10
- 101000591236 Homo sapiens Receptor-type tyrosine-protein phosphatase R Proteins 0.000 abstract description 8
- 102100034101 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase R Human genes 0.000 abstract description 8
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 93
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 70
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 10
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 10
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 9
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 7
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 7
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 5
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 5
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 4
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 4
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 4
- 102100025982 BMP/retinoic acid-inducible neural-specific protein 1 Human genes 0.000 description 3
- 101000933342 Homo sapiens BMP/retinoic acid-inducible neural-specific protein 1 Proteins 0.000 description 3
- 101000715194 Homo sapiens Cell cycle and apoptosis regulator protein 2 Proteins 0.000 description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 3
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 3
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 3
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 3
- LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M Bisulfite Chemical compound OS([O-])=O LSNNMFCWUKXFEE-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 206010008342 Cervix carcinoma Diseases 0.000 description 2
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 description 2
- 208000006105 Uterine Cervical Neoplasms Diseases 0.000 description 2
- 102000040856 WT1 Human genes 0.000 description 2
- 108700020467 WT1 Proteins 0.000 description 2
- 101150084041 WT1 gene Proteins 0.000 description 2
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 2
- 201000010881 cervical cancer Diseases 0.000 description 2
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 102000006602 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 2
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 2
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 description 2
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 238000010339 medical test Methods 0.000 description 2
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 2
- 238000010998 test method Methods 0.000 description 2
- 102000007469 Actins Human genes 0.000 description 1
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 1
- 108700020463 BRCA1 Proteins 0.000 description 1
- 102000036365 BRCA1 Human genes 0.000 description 1
- 101150072950 BRCA1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100032566 Carbonic anhydrase-related protein 10 Human genes 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 230000004544 DNA amplification Effects 0.000 description 1
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 description 1
- 102100021519 Hemoglobin subunit beta Human genes 0.000 description 1
- 108091005904 Hemoglobin subunit beta Proteins 0.000 description 1
- 102100029087 Hepatocyte nuclear factor 6 Human genes 0.000 description 1
- 101710145025 High affinity cAMP-specific and IBMX-insensitive 3',5'-cyclic phosphodiesterase 8B Proteins 0.000 description 1
- 102100024229 High affinity cAMP-specific and IBMX-insensitive 3',5'-cyclic phosphodiesterase 8B Human genes 0.000 description 1
- 102100028096 Homeobox protein Nkx-6.2 Human genes 0.000 description 1
- 101000867836 Homo sapiens Carbonic anhydrase-related protein 10 Proteins 0.000 description 1
- 101000988619 Homo sapiens Hepatocyte nuclear factor 6 Proteins 0.000 description 1
- 101000578258 Homo sapiens Homeobox protein Nkx-6.2 Proteins 0.000 description 1
- 101001038339 Homo sapiens LIM homeobox transcription factor 1-alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000635935 Homo sapiens Myosin-IIIa Proteins 0.000 description 1
- 101001099423 Homo sapiens Proenkephalin-A Proteins 0.000 description 1
- 101001132698 Homo sapiens Retinoic acid receptor beta Proteins 0.000 description 1
- 101000825086 Homo sapiens Transcription factor SOX-11 Proteins 0.000 description 1
- 102100040290 LIM homeobox transcription factor 1-alpha Human genes 0.000 description 1
- 102100030743 Myosin-IIIa Human genes 0.000 description 1
- 102100038931 Proenkephalin-A Human genes 0.000 description 1
- 102100033909 Retinoic acid receptor beta Human genes 0.000 description 1
- 102100022415 Transcription factor SOX-11 Human genes 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 238000009535 clinical urine test Methods 0.000 description 1
- 238000002574 cystoscopy Methods 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 230000029142 excretion Effects 0.000 description 1
- 238000002795 fluorescence method Methods 0.000 description 1
- 208000024200 hematopoietic and lymphoid system neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 230000006607 hypermethylation Effects 0.000 description 1
- 238000001990 intravenous administration Methods 0.000 description 1
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 1
- 159000000003 magnesium salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 239000011259 mixed solution Substances 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 230000003449 preventive effect Effects 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- -1 smears Diseases 0.000 description 1
- 210000005070 sphincter Anatomy 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 1
- 210000000626 ureter Anatomy 0.000 description 1
- 210000003708 urethra Anatomy 0.000 description 1
- 238000010200 validation analysis Methods 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本發明係關於診斷膀胱癌或泌尿系統癌症之方法及套組，係利用分析個體之檢體中一或多個目標基因甲基化狀態判斷膀胱或泌尿系統發生癌變的可能性，其中該目標基因係選自由PAX1、SOX1、ZNF582、NKX6-1及PTPRR組成之群。
Description
本發明係關於利用生物標記分子篩檢膀胱癌或泌尿系統癌症之檢測方法及套組。
癌症是目前世界上十大死亡原因之一，各國積極研究提早預防性檢測或是罹癌預後檢測的方法，期能在早期癌症時提早篩檢，提高治癒機率。傳統檢驗癌症的有無，例如X光、抹片、血液腫瘤標誌、超音波等等，癌症篩檢率約為0.2~0.3%，但這些檢驗與判讀往往耗工費時，方便性不足，且篩檢率偏低，迄今仍無法說服大眾這些一般性健康檢查能有效的早期診斷癌症。
過去的研究顯示，在特定基因的高度甲基化(site-specific hypermethylation)與其功能的喪失有關，從而被利用在癌症診斷，例如，台灣專利第I-329743號(亦即美國專利US 7820386 B2)，是關於一種子宮頸癌高危險性篩檢的方法，利用檢測一子宮頸樣本檢體中目標基因的CpG序列甲基化狀態判斷子宮頸癌之可能性，該目標基因係由SOX1、PAX1、LMX1A、NKX6-1、WT1及ONECUT1所組成。另一件台灣專利第I-385252號(亦即美國專利US 8048634 B2)，也是利用檢測受測檢體細胞中目標基因甲基化的狀態以篩檢癌症的方法，
該目標基因係由PTPRR,ZNF582,PDE8B及DBC1所組成。基因甲基化檢測學理雖發展已有相當時日，亦為學術研究者廣泛使用，然如欲應用於醫療檢測等臨床相關領域，則測試穩定度及具有重複性是非常重要，針對不同目標基因於不同癌症醫療檢測之應用尚需進一步開發及驗證。
在美國癌症患者排名中，膀胱癌在男性名列前四名，女性則位居第九。每年有超過47,000位男性和16,000女性被診斷出膀胱癌。而一般膀胱癌或泌尿系統癌的診斷不外乎身體檢查、尿液培養、膀胱鏡、靜脈注射腎盂攝影術等，但尚無一可用於早期診斷之方法。
2011年Chung等教示六種特定基因的甲基化與膀胱癌有關，包括MYO3A、CA10、SOX11、NKX6-2、PENK及DBC1，可使用於尿液檢體臨床上之檢查。(Chung等，Cancer Epiodemiol Biomarkers Prev.20(7)：1483-1491,2011)。另有一文獻提及BRCA1,RARB及WT1可供檢測膀胱癌，於尿液檢體中抑制甲基化的標識基因，利用包含多個抑制甲基化的標識基因之專一於甲基化的多叢連結依賴探針(methylation-specific multiplex ligation-dependent probe，MS-MLDP)檢測尿液檢體(Cabello等，J.Mol.Diagn.13：29-40,2011)。但其他目標基因尚無建立與膀胱癌在臨床上的意義及相關驗證。
本發明之目的，即在提供針對膀胱癌或泌尿系統癌症檢測，有別於已知標識基因之具高特異性及靈敏度的標識基因，檢測檢體中該等基因甲基化的有無，進而判斷癌變發生的可能性，尤其可利用在早期診斷上。又因為方
法快速且簡便，且可用於尿液等檢體之檢測，成本低且對受檢個體不會造成壓力，可開發為一般消費者使用或大量篩檢的檢測套組。
因此，本發明一方面提供一種檢測膀胱癌或泌尿系統癌症之方法，包含：分析待檢測個體之檢體中一或多個目標基因甲基化狀態判斷膀胱或泌尿系統發生癌變的可能性，其中該目標基因係選自由PAX1、SOX1、ZNF582、NKX6-1及PTPRR組成之群，如一個體之檢體經檢測判定該目標基因有甲基化，判定膀胱或泌尿系統有發生癌變之可能性。
根據本發明之實施例，可用於尿液、血液、粘液、泌尿系統上皮細胞、黏膜脫落細胞或手術後之癌症組織等離體之檢體之檢測，泌尿系統尤佳為尿液。
根據本發明之實施例，本發明方法可用於早期診斷及術後或治療後追蹤。
根據本發明之實施例所述之癌症包含膀胱癌及泌尿道細胞癌。
另一方面，本發明提供用於一種檢測套組以供實施本發明方法。
圖1提供疾病組與正常組針對目標基因PAX1甲基化狀態之甲基化狀態分布。
圖2提供疾病組與正常組針對目標基因SOX1甲基化狀態之甲基化狀態分布。
圖3提供疾病組與正常組針對目標基因ZNF582甲基化狀態之甲基化狀態分布。
圖4提供疾病組與正常組針對目標基因PAX1甲基化狀態檢測診斷膀胱癌發生可能性之ROC曲線及AUC。
圖5提供疾病組與正常組針對目標基因SOX1甲基化狀態檢測診斷膀胱癌發生可能性之ROC曲線及AUC。
圖6提供疾病組與正常組針對目標基因ZNF582甲基化狀態甲基化狀態檢測診斷膀胱癌發生可能性之ROC曲線及AUC。
本發明提供一種檢測膀胱癌或泌尿系統癌之方法，包含：分析待檢測個體之檢體中一或多個目標基因甲基化狀態判斷膀胱癌或泌尿系統發生癌變的可能性，其中該目標基因係選自由PAX1、SOX1、ZNF582、NKX6-1及PTPRR組成之群，如一個體檢體經檢測判定目標基因有甲基化，判定膀胱或泌尿系統有發生癌變之可能性。
根據本發明，本發明方法可用以檢測泌尿系統不正常細胞增生現象，包括但不限於癌前病變檢測、腫瘤檢測、腫瘤復發檢測或腫瘤用藥預測或癒後效果檢測。
本文中使用之術語「泌尿系統」，係指負責尿液的產生、運送、儲存與排泄之系統。人類的泌尿系統包括左右兩顆腎臟、左右兩條輸尿管、膀胱、內外兩道括約肌，以及尿道。
本文中使用之術語「檢體」，係指來自待測個體之體液或組織，包含但不限於尿液、血液、泌尿系統上皮細胞或手術後之癌症組織等離體之檢體。
為進行本發明目標基因及內部控制基因檢測，可以連鎖擴增產物之鑑定方法進行，包括但不限於螢光法、定序法(sequencing)、微陣列(microarrays)、質譜儀分析(mass spectrometer)、變性高效液相色譜(denaturing high-performance liquid chromatography,DHPLC)、焦磷酸定序(pyrosequencing)或免疫分析法(immunoassay)。
為實施本發明方法，本發明亦提供一種檢測套組，其包含：(1)含偵測目標基因之混合液，其至少包含有針對一或多個目標基因甲基化區域之正向引子、反向引子對或探針；其中該目標基因係選自由PAX1、SOX1、ZNF582、NKX6-1及PTPRR組成之群；(2)含偵測內部控制基因之混合液，其至少包含可偵測內部控制基因之正向引子、反向引子對或探針；(3)一聚合酶連鎖擴增反應主要混合液。
可參考台灣專利第I-513822號所述方法，將該待測個體檢體萃取出其gDNA，經適當前處理及化學反應，檢測檢體中基因CpG序列甲基化的存在與否。
根據本發明，該針對目標基因PTPRR甲基化區域之正向引子、反向引子或探針的序列係選自SEQ ID No：69-84所示之核苷酸序列，其具有至少80%或至少90%同一性之序列，與其任一序列中至少連續十個核苷酸相同之序列，及其互補序列組成之群。
根據本發明，可利用該目標基因引子對及/或探針進行偵測。其目標基因引子對及/或探針序列係選自SEQ ID No：1-84所示之核苷酸序列，其具有至少有80%或90%同一性之序列，與其任一序列中至少連續十個核苷酸相同之序列，及其互補序列組成之群。
根據本發明，其中該內部控制基因係選自於由以下至少一種或一種以上之基因：Col2A、β-Globin、GAPDH(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)、β-actin所組成的群。
根據本發明實施例，該可偵測內部控制基因擴增產物的正向引子、反向引子探針對及/或探針序列係選自SEQ ID No：85-94所示之核苷酸序列所示之核苷酸序列，其具有至少80%或至少90%同一性之序列，與其任一序列中連續至少十個核苷酸相同之序列，及其互補序列組成之群。
根據本發明實施例，該聚合酶連鎖擴增反應主要混合液之主要成分至少包含聚合酶、dNTPs及鎂鹽。
根據本發明實施例，其中該偵測目標基因之混合液與偵測內部控制基因的混合液可混合成為單管核酸分子偵測混合液。
以下提供實施本發明方法之具體實施例，用以闡述本發明之技術特徵與功效；但不應作為限縮或被解釋為實施本發明之限制。
實施例
實施例1 檢驗方法的建立及套組的製備
參考台灣專利第I-513822號所述方法，於檢體中抽取其DNA，經重亞硫酸鹽(bisulfite)的轉換，並以表1至表6所示用於擴增目標基因PAX1、
SOX1、ZNF582、NKX6-1、PTPRR甲基化區域及內部控制基因之引子及探針組進行甲基化檢測。
聚合酶連鎖反應PCR擴增反應方法步驟如下：(i)在95℃下活化聚合酶10分鐘，(ii)在95℃下變性DNA模板10秒及在60℃下鍵合/延長DNA鏈40秒，及(iii)進行變性/鍵合/延長循環30至50次。
同時針對不同目標基因或其基因組合可製成診斷套組，供市售或方便使用，其包含：-含目標基因引子及/或探針之混合液，其至少包含針對一或多個目標基因甲基化區域之正向引子、反向引子對及/或探針；-含內部控制基因之混合液，其至少包含針對內部控制基因之正向引子、反向引子對及/或探針；
-聚合酶連鎖擴增反應主要混合液；及-正對照組：一個目標基因及內部控制組基因。
實施例2 不同目標基因的甲基化分析
本實施例採6個與泌尿系統相關癌症細胞株或上皮細胞相關的癌症細胞株進行測試，利用表1至表6所揭示用來擴增目標基因PAX1、ZNF582、SOX1、NKX6-1、PTPRR及內部控制組基因甲基化區域之引子對及探針組，來進行不同目標基因的甲基化程度之分布分析，甲基化程度以目標基因與內控基因之Cp值(循環數值)差異計算：△Cp=Cp目標基因-Cp內部控制組。PAX1、SOX1、ZNF582、NKX6-1及PTPRR之甲基化狀態分析結果與已知標識基因WT1、DBC1比較如表7所示。
實施例3 不同目標基因的甲基化分析
本實施例採6個癌症組織，利用表1至表6所揭示用來擴增目標基因PAX1、ZNF582、SOX1、NKX6-1、PTPRR及內部控制組基因甲基化區域之引子對及探針組，來進行不同目標基因的甲基化程度之分布分析，甲基化程度以目標基因與內控基因之Cp值(循環數值)差異計算：△Cp=Cp目標基因-Cp內部控制組。PAX1、SOX1、ZNF582、NKX6-1及PTPRR之甲基化狀態分析檢測膀胱癌與肺癌結果如表8所示，顯示該等目標基因相對於肺癌細胞，特別專一於膀胱癌之檢測。
實施例4 不同目標基因的甲基化程度分析
本實施例採14個正常尿液檢體(正常組)及22個確診為膀胱癌個體的尿液檢體(疾病組)，利用表1至表6所揭示用來擴增目標基因PAX1、ZNF582、SOX1及內部控制組基因甲基化區域之引子對及探針組，來進行不同目標基因的甲基化程度之分布分析，甲基化程度以目標基因與內控基因之Cp值(循環數值)差異計算：△Cp=Cp目標基因-Cp內部控制組。PAX1、SOX1及ZNF582之甲基化狀態分析結果如圖1、2及3所示。
如圖1、2及3所示，疾病組針對不同目標基因PAX1、SOX1及ZNF582之甲基化狀態分布及其平均值相對於正常組，均有一顯著的差異，足以區分為癌變檢體與正常檢體，證實確可作為篩檢膀胱癌有無的篩檢指標。
實施例5 尿液檢體檢測方法敏感度及特異性之計算
本實施例使用已確診為正常(正常組)與膀胱癌(疾病組)的尿液檢體共36個，包括正常組14個及疾病組22個，經抽取DNA，重亞硫酸鹽(bisulfite)轉換，並以表1至表3揭示用於擴增PAX1、SOX1及ZNF582甲基化區域之引子對及探針組檢測其甲基化狀態，分別針對目標基因PAX1、SOX1及ZNF582甲基化區域及其不同組合進行分析，並計算使用該等目標基因或目標基
因組合檢驗方法之敏感度(sensitivity)及特異性(specificity)，其結果見表9。進一步分析其接收者操作特徵曲線(Receiver Operating Characteristic Curve，ROC曲線)並計算曲線下面積(Area under the Curve,AUC)，針對不同目標基因PAX1、SOX1及ZNF582甲基化狀態檢測診斷膀胱癌發生可能性之ROC曲線及AUC如圖4、5及6所示。
如表9所示，不同目標基因於正常組呈現甲基化之檢體數，以單一基因分析分別為PAX1有1位，SOX1有2位及ZNF582有1位，以其組合分析分別為PAX1/ZNF582有1位，PAX1/SOX1有2位，SOX1/ZNF582有2位，以及PAX1/SOX1/ZNF582有2位；而於疾病組呈現甲基化之檢體數，以單一基因分析分別為PAX1有17位，SOX1有18位及ZNF582有13位，以其組合分析分別為PAX1/ZNF582有18位，PAX1/SOX1有18位，SOX1/ZNF582有19位，以及PAX1/SOX1/ZNF582有19位，計算其膀胱癌診斷之敏感度均在50%以上，甚至高達86%以上(SOX1/ZNF582)，其特異性則高於85%，更高達92%以上(PAX1及ZNF582)，足以證實該等基因及其任一組合可作為膀胱癌的篩檢指標。
綜上，無論是檢測單獨的PAX1、SOX1、ZNF582之甲基化狀態，或其任一組合，均可有效於尿液、組織檢體中診斷膀胱或泌尿系統發生癌變的可能性。
<110> 日祥生命科學股份有限公司
<120> 膀胱癌檢測方法及套組
<160> 80
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 1
<210> 2
<211> 26
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 2
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 3
<210> 4
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 4
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 5
<210> 6
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 6
<210> 7
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 7
<210> 8
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 8
<210> 9
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 9
<210> 10
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 10
<210> 11
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 11
<210> 12
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 12
<210> 13
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 13
<210> 14
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 14
<210> 15
<211> 2
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 15
<210> 16
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 16
<210> 17
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 17
<210> 18
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 18
<210> 19
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 19
<210> 20
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 20
<210> 21
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 21
<210> 22
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 22
<210> 23
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 23
<210> 24
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 24
<210> 25
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 25
<210> 26
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 26
<210> 27
<211> 28
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 27
<210> 28
<211> 30
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 28
<210> 29
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 29
<210> 30
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 30
<210> 31
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 31
<210> 32
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 32
<210> 33
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 33
<210> 34
<211> 24
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 34
<210> 35
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 35
<210> 36
<211> 17
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 36
<210> 37
<211> 15
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 37
<210> 38
<211> 16
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 38
<210> 39
<211> 22
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 39
<210> 40
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 40
<210> 41
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 41
<210> 42
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 42
<210> 43
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 43
<210> 44
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 44
<210> 45
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 45
<210> 46
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 46
<210> 47
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 47
<210> 48
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 48
<210> 49
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 49
<210> 50
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 50
<210> 51
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 51
<210> 52
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 52
<210> 53
<211> 19
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 53
<210> 54
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 54
<210> 55
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 55
<210> 56
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 56
<210> 57
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 57
<210> 58
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 58
<210> 59
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 59
<210> 60
<211> 18
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 60
<210> 61
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 61
<210> 62
<211> 21
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 62
<210> 63
<211> 23
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 63
<210> 64
<211> 27
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 64
<210> 65
<211> 25
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 65
<210> 66
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列
<220>
<223> 引子或探針
<400> 66
Claims (9)
- 一種檢測膀胱癌或泌尿系統癌症之方法，包含：分析待檢測個體之檢體中PAX1與SOX1為目標基因組合之甲基化、PAX1與ZNF582為目標基因組合之甲基化、或PAX1與SOX1與ZNF582為目標基因組合之甲基化狀態判斷膀胱或泌尿系統發生癌變的可能性，如一個體檢體經檢測判定目標基因有甲基化，判定膀胱或泌尿系統組織有發生癌變之可能性。
- 根據請求項1所述之方法，其用以檢測泌尿系統不正常細胞增生現象。
- 根據請求項2所述之方法，其中待檢測之不正常細胞增生包含癌前病變檢測、腫瘤檢測、腫瘤復發檢測或腫瘤用藥預測或癒後效果檢測。
- 根據請求項1所述之方法，其中該檢體為尿液、血液、粘液、黏膜脫落細胞、泌尿系統上皮細胞或手術後之癌症組織等離體之檢體。
- 根據請求項1所述之方法，其中該檢體為尿液。
- 根據請求項1所述之方法，其係用於早期診斷或治療追蹤。
- 根據請求項1所述之方法，其中該泌尿系統癌症為泌尿道細胞癌。
- 根據請求項1所述之方法，其包含由該待測個體檢體萃取出其gDNA，經適當前處理及化學反應，檢測檢體中基因CpG序列甲基化的存在與否，判定該待測個體有發生癌變之可能性。
- 根據請求項1所述之方法，其中該目標基因甲基化狀態係以連鎖擴增產物後以螢光法、定序法(sequencing)、微陣列(microarrays)、質譜儀分析(mass spectrometer)、變性高效液相色譜(denaturing high-performance liquid chromatography,DHPLC)、焦磷酸定序(pyrosequencing)或免疫分析法(immunoassay)分析。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| TW105110619A TWI640635B (zh) | 2016-04-01 | 2016-04-01 | 膀胱癌檢測方法及套組 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| TW105110619A TWI640635B (zh) | 2016-04-01 | 2016-04-01 | 膀胱癌檢測方法及套組 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| TW201736601A TW201736601A (zh) | 2017-10-16 |
| TWI640635B true TWI640635B (zh) | 2018-11-11 |
Family
ID=61021488
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| TW105110619A TWI640635B (zh) | 2016-04-01 | 2016-04-01 | 膀胱癌檢測方法及套組 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| TW (1) | TWI640635B (zh) |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| TW201408777A (zh) * | 2012-08-28 | 2014-03-01 | Istat Biomedical Co Ltd | 一種癌症篩檢的檢驗套組 |
| TW201514308A (zh) * | 2013-10-08 | 2015-04-16 | Nat Univ Chung Cheng | 偵測膀胱癌之新穎表基因生物標記及其方法 |
-
2016
- 2016-04-01 TW TW105110619A patent/TWI640635B/zh active
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| TW201408777A (zh) * | 2012-08-28 | 2014-03-01 | Istat Biomedical Co Ltd | 一種癌症篩檢的檢驗套組 |
| TW201514308A (zh) * | 2013-10-08 | 2015-04-16 | Nat Univ Chung Cheng | 偵測膀胱癌之新穎表基因生物標記及其方法 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| TW201736601A (zh) | 2017-10-16 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US11312999B2 (en) | Set of genes for molecular classifying of medulloblastoma and use thereof | |
| CN105671181B (zh) | 用于检测肺癌的基因标志物、引物、探针及试剂盒 | |
| CN110387421A (zh) | 用于肺癌检测的DNA甲基化qPCR试剂盒及使用方法 | |
| CN110621788B (zh) | 用于膀胱癌监视的dna甲基化和突变分析方法 | |
| EP2210942B1 (en) | Gene associated with liver cancer, and method for determination of the risk of acquiring liver cancer | |
| CN110484624B (zh) | 一种基于外周血的胃癌生物标志物及其检测方法和应用 | |
| CN116254344B (zh) | 一种用于检测膀胱癌的组合物，试剂盒及其用途 | |
| CN110923322A (zh) | 膀胱癌相关的dna甲基化生物标志物组合和检测试剂盒 | |
| CN113724862A (zh) | 一种结直肠癌生物标志物及其筛选方法和应用 | |
| CN115315530A (zh) | 使用特定基因中cpg甲基化改变以诊断膀胱癌的组合物及其用途 | |
| TWI571514B (zh) | 評估罹患大腸直腸癌風險的方法 | |
| CN118147311B (zh) | 尿路上皮癌甲基化标志物试剂盒 | |
| WO2023082141A1 (zh) | 用于检测肝癌的hist1h3g甲基化标志物 | |
| WO2017167034A1 (zh) | 膀胱癌检测方法及套组 | |
| WO2023082142A1 (zh) | 用于检测肝癌的otx1甲基化标志物 | |
| JP7345860B2 (ja) | 胃癌バイオマーカー及びその用途 | |
| CN112501294A (zh) | 一种结直肠癌生物标志物及其应用 | |
| CN111254199A (zh) | 与肺癌相关的keap1基因甲基化检测试剂盒 | |
| TWI640635B (zh) | 膀胱癌檢測方法及套組 | |
| JP7299765B2 (ja) | マイクロｒｎａ測定方法およびキット | |
| CN111154880B (zh) | 一种膀胱癌体液活检生物标志物及其应用 | |
| CN119855922A (zh) | 差异性甲基化区域组合、试剂盒和用途 | |
| CN113403393A (zh) | 一种癌症和/或癌前病变检测试剂盒 | |
| CN117701721B (zh) | 宫颈癌sox1-septin9-tac1基因甲基化的检测试剂及试剂盒 | |
| WO2023082140A1 (zh) | 一种用于诊断肝癌的核酸检测试剂盒 |