TW293845B - - Google Patents
Download PDFInfo
- Publication number
- TW293845B TW293845B TW082100428A TW82100428A TW293845B TW 293845 B TW293845 B TW 293845B TW 082100428 A TW082100428 A TW 082100428A TW 82100428 A TW82100428 A TW 82100428A TW 293845 B TW293845 B TW 293845B
- Authority
- TW
- Taiwan
- Prior art keywords
- seq
- fragment
- nucleic acid
- oligonucleotide
- hbv
- Prior art date
Links
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims abstract description 117
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims abstract description 35
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 91
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 91
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 89
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims description 65
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 63
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 41
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 38
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 36
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 34
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 26
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 claims description 21
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 19
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 18
- 238000011049 filling Methods 0.000 claims description 17
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 16
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 12
- 239000012071 phase Substances 0.000 claims description 10
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims description 9
- -1 HBV nucleic acid Chemical class 0.000 claims description 8
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 7
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 5
- 241000700721 Hepatitis B virus Species 0.000 claims description 2
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 claims 2
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 claims 2
- PCTMTFRHKVHKIS-BMFZQQSSSA-N (1s,3r,4e,6e,8e,10e,12e,14e,16e,18s,19r,20r,21s,25r,27r,30r,31r,33s,35r,37s,38r)-3-[(2r,3s,4s,5s,6r)-4-amino-3,5-dihydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy-19,25,27,30,31,33,35,37-octahydroxy-18,20,21-trimethyl-23-oxo-22,39-dioxabicyclo[33.3.1]nonatriaconta-4,6,8,10 Chemical compound C1C=C2C[C@@H](OS(O)(=O)=O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(C)C)[C@@]1(C)CC2.O[C@H]1[C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](C)O[C@H]1O[C@H]1/C=C/C=C/C=C/C=C/C=C/C=C/C=C/[C@H](C)[C@@H](O)[C@@H](C)[C@H](C)OC(=O)C[C@H](O)C[C@H](O)CC[C@@H](O)[C@H](O)C[C@H](O)C[C@](O)(C[C@H](O)[C@H]2C(O)=O)O[C@H]2C1 PCTMTFRHKVHKIS-BMFZQQSSSA-N 0.000 claims 1
- 241000023308 Acca Species 0.000 claims 1
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 abstract description 6
- 238000001514 detection method Methods 0.000 abstract description 3
- 238000003556 assay Methods 0.000 abstract 2
- 108020003215 DNA Probes Proteins 0.000 abstract 1
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 abstract 1
- 239000002585 base Substances 0.000 description 55
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 20
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 19
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 15
- 238000000034 method Methods 0.000 description 14
- ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N N,N-Dimethylformamide Chemical compound CN(C)C=O ZMXDDKWLCZADIW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 13
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 10
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 9
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 7
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 7
- 230000002079 cooperative effect Effects 0.000 description 7
- 239000007853 buffer solution Substances 0.000 description 6
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 6
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 6
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 6
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 6
- 239000001488 sodium phosphate Substances 0.000 description 5
- 229910000162 sodium phosphate Inorganic materials 0.000 description 5
- RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K trisodium phosphate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]P([O-])([O-])=O RYFMWSXOAZQYPI-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 5
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N Pyridine Chemical compound C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 4
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 4
- 239000005289 controlled pore glass Substances 0.000 description 4
- 238000013461 design Methods 0.000 description 4
- 238000009434 installation Methods 0.000 description 4
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 4
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 4
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 4
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 4
- ATHGHQPFGPMSJY-UHFFFAOYSA-N spermidine Chemical compound NCCCCNCCCN ATHGHQPFGPMSJY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N Acetone Chemical compound CC(C)=O CSCPPACGZOOCGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N Toluene Chemical compound CC1=CC=CC=C1 YXFVVABEGXRONW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 229960000583 acetic acid Drugs 0.000 description 3
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 3
- 239000012736 aqueous medium Substances 0.000 description 3
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 3
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 3
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 3
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 3
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 3
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 3
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 3
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- TVZRAEYQIKYCPH-UHFFFAOYSA-N 3-(trimethylsilyl)propane-1-sulfonic acid Chemical compound C[Si](C)(C)CCCS(O)(=O)=O TVZRAEYQIKYCPH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 2
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 2
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010067770 Endopeptidase K Proteins 0.000 description 2
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 2
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 2
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 2
- 241000588652 Neisseria gonorrhoeae Species 0.000 description 2
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- JZTPOMIFAFKKSK-UHFFFAOYSA-N O-phosphonohydroxylamine Chemical class NOP(O)(O)=O JZTPOMIFAFKKSK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 235000004263 Ocotea pretiosa Nutrition 0.000 description 2
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 2
- 241000194017 Streptococcus Species 0.000 description 2
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000000654 additive Substances 0.000 description 2
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 2
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 2
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 2
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- NEHMKBQYUWJMIP-UHFFFAOYSA-N chloromethane Chemical compound ClC NEHMKBQYUWJMIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 2
- RWRIWBAIICGTTQ-UHFFFAOYSA-N difluoromethane Chemical compound FCF RWRIWBAIICGTTQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000012362 glacial acetic acid Substances 0.000 description 2
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 2
- VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N methane Chemical compound C VNWKTOKETHGBQD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 2
- 101150015886 nuc-1 gene Proteins 0.000 description 2
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 2
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 2
- 239000002985 plastic film Substances 0.000 description 2
- 229920006255 plastic film Polymers 0.000 description 2
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 2
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 2
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 2
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 2
- UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N pyridine Natural products COC1=CC=CN=C1 UMJSCPRVCHMLSP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 2
- 229910052704 radon Inorganic materials 0.000 description 2
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 2
- 229940063673 spermidine Drugs 0.000 description 2
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 2
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 2
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 2
- NWZSZGALRFJKBT-KNIFDHDWSA-N (2s)-2,6-diaminohexanoic acid;(2s)-2-hydroxybutanedioic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](O)CC(O)=O.NCCCC[C@H](N)C(O)=O NWZSZGALRFJKBT-KNIFDHDWSA-N 0.000 description 1
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZSLUVFAKFWKJRC-IGMARMGPSA-N 232Th Chemical compound [232Th] ZSLUVFAKFWKJRC-IGMARMGPSA-N 0.000 description 1
- DVLFYONBTKHTER-UHFFFAOYSA-N 3-(N-morpholino)propanesulfonic acid Chemical compound OS(=O)(=O)CCCN1CCOCC1 DVLFYONBTKHTER-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N Ammonium hydroxide Chemical compound [NH4+].[OH-] VHUUQVKOLVNVRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091093088 Amplicon Proteins 0.000 description 1
- ZZXCYZLOYOCXLL-UHFFFAOYSA-N C(C)C(COP(ON(C(C)C)C(C)C)(O)=O)C#N Chemical compound C(C)C(COP(ON(C(C)C)C(C)C)(O)=O)C#N ZZXCYZLOYOCXLL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- BVTJGGGYKAMDBN-UHFFFAOYSA-N Dioxetane Chemical compound C1COO1 BVTJGGGYKAMDBN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000006144 Dulbecco’s modified Eagle's medium Substances 0.000 description 1
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000194032 Enterococcus faecalis Species 0.000 description 1
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 1
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229920001917 Ficoll Polymers 0.000 description 1
- IECPWNUMDGFDKC-UHFFFAOYSA-N Fusicsaeure Natural products C12C(O)CC3C(=C(CCC=C(C)C)C(O)=O)C(OC(C)=O)CC3(C)C1(C)CCC1C2(C)CCC(O)C1C IECPWNUMDGFDKC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000606768 Haemophilus influenzae Species 0.000 description 1
- 206010019799 Hepatitis viral Diseases 0.000 description 1
- 241000588915 Klebsiella aerogenes Species 0.000 description 1
- 241000588747 Klebsiella pneumoniae Species 0.000 description 1
- FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N L-Phenylalanyl-L-lysin Natural products NCCCCC(C(O)=O)NC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 FADYJNXDPBKVCA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 240000001046 Lactobacillus acidophilus Species 0.000 description 1
- 235000013956 Lactobacillus acidophilus Nutrition 0.000 description 1
- 101100518501 Mus musculus Spp1 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000186362 Mycobacterium leprae Species 0.000 description 1
- 244000227633 Ocotea pretiosa Species 0.000 description 1
- 102000004316 Oxidoreductases Human genes 0.000 description 1
- 108090000854 Oxidoreductases Proteins 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 229930182555 Penicillin Natural products 0.000 description 1
- JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N Penicillin G Chemical compound N([C@H]1[C@H]2SC([C@@H](N2C1=O)C(O)=O)(C)C)C(=O)CC1=CC=CC=C1 JGSARLDLIJGVTE-MBNYWOFBSA-N 0.000 description 1
- FADYJNXDPBKVCA-STQMWFEESA-N Phe-Lys Chemical compound NCCCC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 FADYJNXDPBKVCA-STQMWFEESA-N 0.000 description 1
- 108010004729 Phycoerythrin Proteins 0.000 description 1
- 108010021757 Polynucleotide 5'-Hydroxyl-Kinase Proteins 0.000 description 1
- 102000008422 Polynucleotide 5'-hydroxyl-kinase Human genes 0.000 description 1
- 239000004743 Polypropylene Substances 0.000 description 1
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 1
- 241000588770 Proteus mirabilis Species 0.000 description 1
- 241000394642 Pseudomonas marginalis pv. marginalis Species 0.000 description 1
- 229920001131 Pulp (paper) Polymers 0.000 description 1
- 244000009660 Sassafras variifolium Species 0.000 description 1
- 241000607715 Serratia marcescens Species 0.000 description 1
- 206010041349 Somnolence Diseases 0.000 description 1
- 241000191967 Staphylococcus aureus Species 0.000 description 1
- 241000193985 Streptococcus agalactiae Species 0.000 description 1
- 241000193998 Streptococcus pneumoniae Species 0.000 description 1
- 241000193996 Streptococcus pyogenes Species 0.000 description 1
- 241000194023 Streptococcus sanguinis Species 0.000 description 1
- 239000004098 Tetracycline Substances 0.000 description 1
- 229910052776 Thorium Inorganic materials 0.000 description 1
- 241001105470 Valenzuela Species 0.000 description 1
- XJLXINKUBYWONI-DQQFMEOOSA-N [[(2r,3r,4r,5r)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-hydroxy-4-phosphonooxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] [(2s,3r,4s,5s)-5-(3-carbamoylpyridin-1-ium-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl phosphate Chemical compound NC(=O)C1=CC=C[N+]([C@@H]2[C@H]([C@@H](O)[C@H](COP([O-])(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]3[C@H]([C@@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](O3)N3C4=NC=NC(N)=C4N=C3)O)O2)O)=C1 XJLXINKUBYWONI-DQQFMEOOSA-N 0.000 description 1
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 1
- 150000001298 alcohols Chemical class 0.000 description 1
- 239000003513 alkali Substances 0.000 description 1
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 description 1
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000000908 ammonium hydroxide Substances 0.000 description 1
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 1
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 1
- 239000003125 aqueous solvent Substances 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 239000013060 biological fluid Substances 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- 238000009835 boiling Methods 0.000 description 1
- 239000001273 butane Substances 0.000 description 1
- 125000004106 butoxy group Chemical group [*]OC([H])([H])C([H])([H])C(C([H])([H])[H])([H])[H] 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- 230000003196 chaotropic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002144 chemical decomposition reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 239000005081 chemiluminescent agent Substances 0.000 description 1
- 210000001520 comb Anatomy 0.000 description 1
- 238000004891 communication Methods 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 1
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Natural products NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 1
- 238000010511 deprotection reaction Methods 0.000 description 1
- 239000002274 desiccant Substances 0.000 description 1
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 1
- 230000001079 digestive effect Effects 0.000 description 1
- 238000010790 dilution Methods 0.000 description 1
- 239000012895 dilution Substances 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- ZWIBGKZDAWNIFC-UHFFFAOYSA-N disuccinimidyl suberate Chemical compound O=C1CCC(=O)N1OC(=O)CCCCCCC(=O)ON1C(=O)CCC1=O ZWIBGKZDAWNIFC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 229940092559 enterobacter aerogenes Drugs 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 239000002532 enzyme inhibitor Substances 0.000 description 1
- 125000001495 ethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- PENFTFAKYXVFGX-UHFFFAOYSA-N ethylamino dihydrogen phosphate Chemical compound CCNOP(O)(O)=O PENFTFAKYXVFGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 1
- IECPWNUMDGFDKC-MZJAQBGESA-N fusidic acid Chemical compound O[C@@H]([C@@H]12)C[C@H]3\C(=C(/CCC=C(C)C)C(O)=O)[C@@H](OC(C)=O)C[C@]3(C)[C@@]2(C)CC[C@@H]2[C@]1(C)CC[C@@H](O)[C@H]2C IECPWNUMDGFDKC-MZJAQBGESA-N 0.000 description 1
- 229960004675 fusidic acid Drugs 0.000 description 1
- 229940047650 haemophilus influenzae Drugs 0.000 description 1
- 208000006454 hepatitis Diseases 0.000 description 1
- 231100000283 hepatitis Toxicity 0.000 description 1
- 208000002672 hepatitis B Diseases 0.000 description 1
- IKDUDTNKRLTJSI-UHFFFAOYSA-N hydrazine monohydrate Substances O.NN IKDUDTNKRLTJSI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-M hydroxide Chemical compound [OH-] XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 229940039695 lactobacillus acidophilus Drugs 0.000 description 1
- 210000004185 liver Anatomy 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- HWYHZTIRURJOHG-UHFFFAOYSA-N luminol Chemical compound O=C1NNC(=O)C2=C1C(N)=CC=C2 HWYHZTIRURJOHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 229910021645 metal ion Inorganic materials 0.000 description 1
- MGJXBDMLVWIYOQ-UHFFFAOYSA-N methylazanide Chemical compound [NH-]C MGJXBDMLVWIYOQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- IJDNQMDRQITEOD-UHFFFAOYSA-N n-butane Chemical compound CCCC IJDNQMDRQITEOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OFBQJSOFQDEBGM-UHFFFAOYSA-N n-pentane Natural products CCCCC OFBQJSOFQDEBGM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000006386 neutralization reaction Methods 0.000 description 1
- 229930027945 nicotinamide-adenine dinucleotide Natural products 0.000 description 1
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 1
- 235000012149 noodles Nutrition 0.000 description 1
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 1
- 238000012856 packing Methods 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 244000052769 pathogen Species 0.000 description 1
- 229940049954 penicillin Drugs 0.000 description 1
- KHIWWQKSHDUIBK-UHFFFAOYSA-N periodic acid Chemical compound OI(=O)(=O)=O KHIWWQKSHDUIBK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000001997 phenyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(*)C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 1
- 229920001155 polypropylene Polymers 0.000 description 1
- 210000002729 polyribosome Anatomy 0.000 description 1
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 1
- 229920000036 polyvinylpyrrolidone Polymers 0.000 description 1
- 239000001267 polyvinylpyrrolidone Substances 0.000 description 1
- 235000013855 polyvinylpyrrolidone Nutrition 0.000 description 1
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 1
- 238000007639 printing Methods 0.000 description 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 230000035939 shock Effects 0.000 description 1
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M sodium hydroxide Inorganic materials [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 238000002798 spectrophotometry method Methods 0.000 description 1
- 238000013020 steam cleaning Methods 0.000 description 1
- 229940031000 streptococcus pneumoniae Drugs 0.000 description 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 1
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 1
- 229960002180 tetracycline Drugs 0.000 description 1
- 229930101283 tetracycline Natural products 0.000 description 1
- 235000019364 tetracycline Nutrition 0.000 description 1
- 150000003522 tetracyclines Chemical class 0.000 description 1
- MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N texas red Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C1=CC(S(Cl)(=O)=O)=CC=C1C(C1=CC=2CCCN3CCCC(C=23)=C1O1)=C2C1=C(CCC1)C3=[N+]1CCCC3=C2 MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YNJBWRMUSHSURL-UHFFFAOYSA-N trichloroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(Cl)(Cl)Cl YNJBWRMUSHSURL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002221 trityl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1C([*])(C1=C(C(=C(C(=C1[H])[H])[H])[H])[H])C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- 238000005866 tritylation reaction Methods 0.000 description 1
- 235000013311 vegetables Nutrition 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
- C12Q1/701—Specific hybridization probes
- C12Q1/706—Specific hybridization probes for hepatitis
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
- C12Q1/682—Signal amplification
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Virology (AREA)
- Communicable Diseases (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
293845 A6 B6 五、發明説明(1 ) (請先閲讀背面之注意事項再填寫本頁) 技術領域 本發明是核酸雜交分析之領域。特言之,其僳有闋用 於偵測B型肝炎病毒(H BV)之新穎的核酸探針。 背景枝蕗 病毒性肝炎是一種条統性疾病,主要涉及肝,且 H BV是幾乎所有血清或長期培育肝炎之主因。 HBV之抗原特性衍自見於病毒表面複雜的蛋白質。 命名為a之抗原特異性是所有HBV表面抗原( HBsAg)所共有的,而另二組互相獨佔的決定子, 則造成Η B S A g 4個主要的亞型:adw ayw,adr, ay r 〇
Pasek et al. (Nature 282: 575-579,1979)掲不 HBV基因體DNA ayw亞型之完整的核替酸序列。
Valenzuela e t al. (Animal Virus Genetics, F i e 1 d e t a 1 .,e d s A c a d m i c p r e s s,N Y 1 9 81)報造 HBV adw2亞型DNA之完全的核苷酸序列。 經濟部中失標準局K工消费合作社印製 E P A pub No. 0068719 掲示自 adw血清型中,HBsAg之序列及表現。
Fujiyama e t al. (Nucleic Acid Research 11 : 4601-4610, 1983)掲示血清型 a d r HBV DNA 完 整的核苷酸序列。 英國專利案No. 2034323A,公告於6/4 /80,描述HBV基因體之分離及選殖,及其於血清中 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公货) · 1 3 ~ A6 B6 293845 五、發明説明(2) (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 偵測Η B V之用法。
Berninger et a 1 . (J. Med· Virol. 9:57-68.1982) 掲示一種以核酸雜交為基礎之分析,其可偵測及定量血清 中之HBV,並使用完全的HBV基因體為探針。 美國專利案4, 562,159掲示HBV偵測法及 測試套組,傜以經選殖之基因體HBV DNA為探針, 由DNA雜交而得。 共有的美國專利案No. 4, 868,105中描述 一種溶液相之核酸三明治式雜交分析法,其中欲分析之核 酸先於第一容器中,先與溶液中之經標記探針組及捕獲探 針組雜交。之後探針一分析物複合物再轉移至第二容器中 ,其中含有固化在固相上之探針,其實質上與捕獲探針之 片段互補。片段與經固化之探針雜交,因此自溶液中移去 複合物。令分析物呈經固化複合物之型式後可助於分析中 接下來之分離步驟。最後,經過標記探針組之單股片段與 經標記探針雜交後,可經由直接或間接得自標記物之訊號 偵測含有分析物之複合物。 經濟部中央標準局員工消費合作社印製 共有的歐洲第二案(EPA) 883096976掲 示與美國專利案4, 868,105中所述分析法不同之 變化法。擴大作用中僳使用核酸多體。這些核酸多體是分 支之聚核苷酸,其經構築具有一段片段像可專一地與分析 物核酸雜交,或與結合至分析物上之核酸(分支或線型的 )雜交,並與專一雜交地經標記探針之第二Η段交互作用 。於應用多體之分析中,像依循於第一容器中分析物與標 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公货) -A - 經濟部中央標準局S工消費合作社印¾ A6 _ B6_ 五、發明説明(3) 記物或擴大探針組及捕獲探針組之雜交之第一步驟,再將 複合物轉移至另一含有經固化核酸之容器,其像可與捕獲 探針之片段雜交。多體再與經固化之複合物雜交,且經標 記之探針再依序與多體上之第二Η段交互作用雜交。由於 多體可提供許多供標記探針粘附之位置,由是擴大訊號。 所掲示之擴大子及捕獲探針序列有Β型肝炎病原、淋病奈 瑟氏球薗、於淋病奈瑟氏球菌中之青徽素及四環徽素抗性 、及砂眼表原體〇 於1 990年7月27日公告之共有的美國專利案 No. 558,897,描述可用於上述溶液相分析中之 大的梳狀分支型多核苷酸多體之製備。此梳狀物在分析中 較較小型多體可提供更多之訊號粘附作用。 發明之捃示 本發明一方面是用於H BV三明治式雜交分析中充作 擴大探針之合成的寡核苷酸,其包括核苷酸序列實質上與 核酸片段互補之第一片段,及核苷酸序列實質上與寡 核苷酸多體互補之第二片段。 本發明另一方面是於HBV三明治式雜交分析中充作 捕獲探針之合成的寡核苷酸,其包括核苷酸序列實質上與 核酸互補之第一片段,及核苷酸序列實質上與結合至 固相之寡核苷酸互補之第二片段。 本發明另一方面是用於偵測樣品中有HBV存在之溶 液相三明治式分析法,其包括: 本紙張尺度適用中國园本標準(CNS)甲4規格(21〇 X 297公货) (請先閲讀背面之注意事項再項寫本頁) i裝· •訂. A6 B6 經漓部中央標準局員工消费合作社印?农 五、發明説明(4) (a) 將樣品於雜交條件下與過量的下列接觸,(i )一種擴大探針寡核苷酸,其包括核苷酸序列實質上與 HBV核酸片段互補之第一片段,及核苷酸序列實質上與 核酸多體之寡核苷酸單位片段之第二片段,及(i i) 一種捕獲探針寡核苷酸,包括核苷酸序列賁質上與HBV 核酸Η段互補之第一片段,及實質上與固化至固相上之寡 核苷酸互補之第二Η段; (b) 在雜交條件下將(a)步驟之産物與結合至固 相上之該寡核苷酸接觸; (c) 之後分出未結合至固相之物質; (d) 在雜交條件下將(c)步驟之經結合産物與核 酸多體接觸,該多體包括實質上互補於擴大探針多核苷酸 之第二片段之至少一種寡核苷酸單位,及實質上互補於經 標記寡核替酸之許多第二種寡核苷酸單位; (e )移去未結合之多體; (f)在雜交條件下將(e)步驟之固相複合物産物 與經標記之寡核苷酸接觸; (s)移去未結合之經標記之寡核苷酸; 及 (h) 於(g)步驟之固相複合物産物中偵測標記物 之存在。 本發明另一方面是用於偵測Η B V之套組,包括用於 偵測樣品中Η Β V之套組,包括混合 (i) 一組擴大探針寡核苷酸,其中擴大探針寡核苷 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公梦) -6 — (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 附许二(A) 第8210〇428,號專利中猜案中文说明嘗修正霣 A? 民颺 B7 JLO ·*"* ..··*— *** T | 五、發明説明(5 ) 酸包括核苷酸序列實質上與Η B V核酸片段'乏ΐί —片 段,及核苷酸序列實質上與核酸多體之寡核苷酸單位互補 之第二片段: (i ί—組捕獲探針寡核苷酸,其中捕獲探針寡核g 酸包括核替酸序列實質上與HBV核酸互補之第一片段, 及實質上與結合至固相之寡核苷酸互補之第二片段: (i i i )酸多體,該多體包括實質上互補於擴大探 針多核苷酸第二片段之至少一種寡核苷酸單位,及實質上 互補於經檫記寡核苷酸之許多的第二寡核苷酸單位:及 (i v —種經檫記之寡核苷酸。 基於此中所揭示的,這些及其他的具體實例對—般精 藝者應是淺顯的。 圓式簡單說明 附圓三明治雜交分析法,利用多個分析物特定之 獲探針及擴大探針。 如下所示序列表中符號之意義: ^ 裝—. 訂 I 夕 (請先閲讀背面之注意事項再填寫本頁) 經濟部中央標準局貝工消費合作社印製 本紙張尺度遑用中國國家橾牟(CNS } A4規格(210X297公釐) 293845
_____;_B7 M R S 五、發明説明() L„ 1 . 代表意義 R..·.·........... A_G A M T/U c或G c 或 t/u ! G 或 T/U A 或C 或 G: r|IXT/U i A或C或T/U;沸 A 或 G 或 T/U:#rC C 或 G 或 T/U:.非Γ: A (A或C或<3或T/U)或知濟其您1咏) · W............... S................. V.................. K.................. V................ Η................. D.................i B................:· N................. • _l 1 . (請先聞讀背面之注意事項再填寫本頁) 經濟部中央棣準馬員工消費合作社印製 童行本發明夕方法 ~溶液相核酸雜交分析#意指於共有的美國專利案 1^〇.4,868,105及£?八883096976 中所述及申請專利範圍之分析技術。 |經修飾之核苷酸/意指可穩定地納入多核苷酸中之 梭苷酸單《,且其具有額外的官能基。較好,經修飾之核 苷酸是5 - —胞嘧啶核苷,其中N4 —位置經修飾以提供 官能性羥基。 %擴大子多體#意指一種分支之多核苷酸,其可同時 值接或間接地雜交至分析物核酸及許多多核苷酸交互作用 本紙張尺度遑用中國國家·橾隼(CNS ) Λ4说格(210X297公釐) 7 經濟部中央標準居員工消#合作社印製 A6 B6_ 五、發明説明(6 ) 上(即是另一多體之交互作用或經標記探針之交互作用) 。多髏上之分支可由共價鍵結達成,且多體由二型寡核苷 酸單位組合,其可分別雜交至分析物核酸或雜交至分析物 核酸及許多經標記探針上。此種多體之組合物及製備,描 述於EPA 883096976及美國糸列No. 558,897 (公告於1990年7月2 7日),其掲 示均列為本案參考。 *擴大探針〃一語意意表分支或線型之多核苷酸,其 經構築可具有與分析物核酸可專一性雜交之片段,且可與 專一雜交至擴大多體之第二Η段交互作用。 ν捕獲探針〃意指一種寡核苷酸,其具有可實質上與 標的DNA之核苷酸序列互補之片段,及實質上與固化在 固相之探針核苷酸序列互補之片段。 '"大"於此中所用的係描述本發明之梳狀分支多核苷 酸,意指具有至少約15個分支位置及至少約20個經標 記探針結合序列之交互作用之分子。 a梳狀"於此中所用的是描述本發明分支多核苷酸之 結構,意指具有線型架構之多核苷酸,並自骨架中伸出許 多側鏈。 “可解離之鏈結子分子〃意指可穩定納入多核苷酸鍵 中之分子,且其包括可為化學處理或物理處理打斷或解離 之共價鏈,如經由照射。 此中所掲示的所核酸片段均以5/至3/方向書寫出 來。核苷酸之設計依IUPAC—IUB生化命名協會之 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公釐) _ 8 — ------------------------裝---!---.訂 (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 經濟部中央標準局員工消费合作社印製 A6 B6 五、發明説明(7 ) 核苷酸符須而定。 溶液相雜交分析 以下為溶液相三明治式雜交法之一般策略。分析物核 酸與過量的二種單股核酸探針組,共置於微滴定孔洞中: (1) 一組捕獲探針,各自具有實質上互補於分析物之第 一結合序列及實質上互補於結合至固相載體上之核酸之第 二結合序列,如孔洞表面或珠粒,及(2) —組擴大探針 (分支或線型的),各自具有可專一地結合至分析物之第 一結合序列,及可專一地結合至多體片段之第二結合序列 。也虚放崖物是經其第一結合序刭,二暴钍雜_^^北班 物之三組份核酸複合物。探針之第二結合序列因未同時互 ______ ~·——~ . 補至分析物,故保留呈單股Η段。此複合物經由捕獲探針 之第二結合序列而雜交至固化在固相表面之探針上。圭 之産物包$經由雙體結合至固相表面之複合物,此雙體像 由結合至固相表面之寡核苷酸及捕獲探針之第二結合序列 所形成的。未結合之物質再自表面中除去,如利用洗滌。 之後再於雜交條件下,將擴大作用多體加至經結合之 複合物上,使多體可雜交至複合物擴大探針中可應用之第 二結合序列上。再自任何未結合多體中以洗滌分出所生成 之複合物。於條件下再加入經標記之寡核苷酸,以雜交至 多體之實質上互補的寡核苷酸單位上。再洗滌所生成之經 固化經標記核酸複合物,以除去未結合之經標記寡核苷酸 (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) —裝. .•訂. 乂 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4规格(210 X 297公货) -9 - 經濟部中夬標準局員工消費合作社印製 ^'^3845 A6 ____B6_ 五、發明説明(8) 分析物核酸可得自各種來源,如生物流體或固體粒子 ,且可製備以用於各種方法之雜交分析中,如蛋白酶K/ SDS、離液序列高之塩類,等。同時,減小分析核酸平 均大小是有益的,可採用酵素性、物理性或化學方法,如 限制酶、音波震盪、化學降解(如金屬離子)等。片段可 小至O. lks,通常至少約0. 5kb,且可大於1 kb。於分析時分析物序列呈單股型式。當序列以單股型 式自然存在,則變性將不需要。然而,當序列呈雙股型式 ,序列應予以變性。變性可以各種技術來進行,如鹼,通 常為由約0. 05至Ο. 2M之氫氧化物、甲醯胺、塩類 、熱、酵素、或其混合。 實質上互補於分析物序列之捕獲探針及擴大探針之第 一結合序列,各自至少15個核苷酸,通常至少25個核 苷酸,且不多過約5kb,通常不多過約1 kb,較好不 多過約1 ◦0個核苷酸。其通常約3 ◦個核苷酸。其通常 經選擇以結合至分析物之不同序列上。第一結合序列可基 於各種考慮來選擇。依據分析物之本質,將可著眼於一致 片段、與多型性有關之片段、特殊之表現型或基因型、特 殊之品条、或其他。 所使用之不同擴大及捕獲探針之數目會影響分析之靈 敏性,因為使用愈多的序列,由分析糸統提供之訊號愈大 。再者,使用愈多之探針序列可使用更為通切之雜交條件 ,由是減少偽陽性結果之發生。因此一組中探針之數目, 為至少一種捕獲探針及至少一種擴大探針,更好是二種捕 本纸張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 2耵公釐) -10 - -----------------ο------裝—-----.訂 (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) A6 B6 五、發明説明(9) 獲及二種擴大探針,且最好5 - 100種捕獲探針及5 - 100種擴大探針。 HBV之探針設計如下。EPA 88309676掲示一組由Gen Bank所報告的9種 H BV亞型DNA序列經由排列而設計之Η B V探針組。 接下來的實驗分析説明,這些探針像互補於HBV不完全 雙股區之次基因體股(即正股),因此,這些探針不同的 子集與不同的病毒雜交,因為次基因體股之長度各種株中 有異。因此,再設計探針組使包括實質上互補於HBV基 因體一長段(即負股)之序列,且含較少之空間區域,以 包括更多的寡核苷酸於探針組中,由是可增加分析条統之 靈敏度。 經濟部中央標準局貝工消費合作社印製 (請先閲讀背面之注意事項再場寫本頁) .裝· 一般而言,選擇HBV分離物中有最高同質性之區域 為捕獲探針,而較少同質區為擴大探針。因此可應用更多 的HBV株或分離物,由新株或分離物之序列與用來設計 本發明探針之核苷酸序列排列可設計適當之探針,並選擇 有最高同質性之區域充作捕獲探針,而更少同質性之區域 為擴大探針。目前較佳之探針組,及其捕獲或擴大突出區 ,即,與固化在固相載體上之序列,或擴大多雜交之區域 ,均列於實例中。 選擇捕獲探針及擴大探針之第二結合序列,使其實質 上分別互補於結合至固相表面之寡核苷酸,及多體之片段 ,且如此不為樣品/分析物中之内源序列遇到。第二結合 序列可接於第一結合序列,或由中間之非互補片段隔開。 本紙張尺度通用中國國家標準(CNS)甲4规格(210 X 297公笈) -11 - A6 B6 五、發明説明(1〇 若必要時探針可包括其他的非互補序列。這些非互補序列 必須不可阻礙結合序列之結合,或造成非專一性結合。 捕獲探針及擴大探針可以寡核苷酸合成步驟,或以選 殖法製備,較好是前者。 要了解,結合序列未必要完美的互補,以生成同二體 。在許多狀況下,雜二體己足夠,其中少於10%之鹼基 配對錯誤,可忽視5個以上核苷酸之環。因此,於此中所 用的'、βΜ .之;1補,其中在結合區中的每一鹸 基確實地相當,且、'實質上互補〃意指9〇疼Μ ±趾質。 經標記之寡核苷可包括實質上互補於多體重覆寡核苷 酸單位之序列。經標記之寡核苷酸包括一種以上之分子( ”標記物〃),其直接或間接地提供可偵測之訊號。標記 物可結合至實質上互補序列之個別成員,或可呈末端成員 或具許多標記物之末端尾部型式存在。將標記物結合至寡 核苜酸序列之各種方法,文獻中已有述。如見,Leary e-t al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1983) 80:4050; Renz and Kur z * Nuc1 > Acids Res· (1984) 12 * 3435 ; R — -----------------------裝-------·" (請先閲讀背面之注意事項再項寫本頁) 經濟部中央標準局員工消費合作社印製 i chardson and Gumport,Nuc 1 Acids Res· (1983) 11 : 616 7 ϊ Smith e t a 1 . , Nuc1 « Acids- Res· (1985) 13 : 2399; Meinkoth and Wahl, Anal· B i ochem· (1984) 138 :267。標記物可共價或非共價地結合至實質上互補序列上 。可應用之標記物包括放射核種、螢光劑、化學發光劑、 染料、酵素、酵素受質、酵素輔因子、酵素抑制劑、酵素 亞單位、金屬非子及其他。可說明之特殊標記物包括:螢 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公货〉 經濟部中央標準局員工消费合作社印製 A6 B6 五、發明説明(1]) 光素、若丹明、德州紅、藻紅朊、缴形酮、魯米諾、 NADPH、α -々一半乳糖苷酶、择菜過氧化酶、鹼性 磷酸酶等。 捕獲探針及擴大探針對預期莫耳分析物之比率,各自 至少為化學計量,且較好過量。此比率較好至少約1 . 5 :1,且更好至少2: 1。通常在由2: 1至106 : 1 之範圍中。各個探針之濃度通常由約1 0_5至1 0~SM, 樣品核酸濃度由1 0_2i變化至1 0<2 Μ。分析中雜交 步驟通常花費10分至20小時,較好可在1小時内完成 。雜交在略升高之溫度下進行,通常由約2 0 °C至8 Ot: ,更常是由約3 5 °C至7 ◦ °C,特別是6 5 °C。 雜交反應通常於水性介質中進行,特別是經缓衝之水 性介質,其中包括有各種添加物。可應用之添加物包括低 濃度之去污劑(◦. 01-1%)、塩類、如檸檬酸鈉( 0. 0 17至0. 17M)、Ficoll、聚乙烯吡咯啶酮、 載體核酸、載體蛋白質等。非水性溶劑可加至水性介質中 ,如二甲替甲醯胺、二甲亞硕、醇類、及甲醯胺。這些其 他溶劑之含量通常由2至5〇%。 可以溫度、塩濃度、溶劑条統及其他,控制雜交介質 之迫切度。因此,依據重點序列之長度及本質,可變化迫 切度。 依據標記物之本質,可應用各種技術以偵測標記物之 存在。於螢光劑時,可應用各種不同的螢光計。配合酵素 ,可提供螢光、化學發光或有色産物,且以螢光、化學發 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公货) _飞3 - ------------------------裝—.—‘訂 (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 經濟部中央標準局員工消赍合作社印製 A6 B6 五、發明説明〔1¾ 光、分光光度或目視法決定。已應用於免疫分析中之各種 標記物,及可應用至免疫分析之技術,均可應用於本分析 中。 依據本發明,進行經擴大核酸雜交分析之套組,包括 下列試劑之包裝組合:擴大探針或探針組;捕獲探針或探 針組;擴大多體;及適當的經標記寡核苷酸。這些試劑通 常於套組之分別容器之中。套組中也可包括將分析物變性 之變性試劑、雑交缓衝溶液、洗液、酵素受質、陰性及陽 性控制組、及進行分析之書寫指示。 以下實例說明本發明。這些實例不欲以任何方式限制 本發明。
奮例 管例I 梳狀分守多核g酴夕合成 此實例說明具有15個分支位置及三個經標記探針結 合位置之側鏈伸展之梳狀分支多核苷酸之合成。.此多核苷 酸經設計可用於EPA 883096976所述之溶液 相雜交方法中。 寡核苷酸的所有化學合成,均於自動DNA合成儀上 進行(Applied Biosystems, Inc., (ABI) 3 8 0 B 機型 )。使用/3 —氡基乙基型之胺基磷酸酯化學,包括應用P-hos tel 〃試劑(ABN)之5 / —磷醛化作用。除了另有 所示,使用標準的ABI策略。當指示使用許多循環時( 本紙張尺度適用中S國家標準(CNS〉甲4规格(210 X 297公货) _ 14 — -----------------ο------裝-------" (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 經濟部中央標準局β工消费合作社印5Ϊ A6 B6 五、發明説明(13 如12個循環),於所示循環中應用由ABI提議之許多 標準量之胺基磷酸酯。此中所附加的是於Applied Biosy-stems 3 8 0 B型DNA合成儀上進行1. 2及6. 4循 環之程式。 先製備以下結構之梳體: 37Τ18(TTX,)15GTTTGTGG-5#
I (RGTCAGTp-5,)15 其中是分支的單體,且R是高碘酸塩可解離之鏈結子 。以1. 2循環策略,使用33. 8毫克之胺丙基一衍生 化之胸苷控制孔玻璃(CPG) (2000A,每克載體 有7.4徹莫耳胸苷),先合成經由15 (TTX>)重 覆子之梳體部份。分支位置之核苜酸具下式: bactbooc-
ckbooc 其中R 2代表
於合成梳體(不包括側鍵)時,/3-氡基乙基胺基磷 酸酯單體於A、C、G及T時之濃度為◦. 1M,於分支 本紙張尺度適用中囷國家標準(CNS)甲4规格(210 X 297公釐) -----------------------裝---Γ---.訂 (請先閲讀背面之注意事項再填寫本頁) 經濟部中*標準居員工消1?合作社印製 A6 B6_ 五、發明説明(14 位置單體E為Ο. 15M,及Ph〇stelr«試劑為〇 . 2 Μ 。於去保護作用過程中,利用逐步之流過以3%三氣醋酸 /二氣甲烷進行去三苯甲基化作用。結論為DMT以 乙醯基取代。 如下於每一分支單髏位置處合成化式3 > -RGTCAGTp (SEQ ID NO:1)之可解離 鍵結子R及六鹼基側鐽伸展作用。手工進行鹼基保護基之 去除(於上式中之R2 ),同時保留於合成梳體相同管柱 中之CPG載體。於R2 =乙醯丙醯基之例子時,引入 0. 5M水合肼於吡啶/冰醋酸(1 : lv/v)之溶液 ,並保持與CPG載體接觸90分鐘,並每15分鐘更新 液體,再以吡啶/冰醋酸(1 : 1 v/v)及後的乙腈 充份洗滌。一旦將可解離鏈結子R去保護後,可利用 6 . 4循環加入六鹼基側鍵之伸展。 於這些合成中,胺基磷酸酯之濃度為◦. 1M (除了 0 . 2 M R 及 Phostel7^ 試劑;R 為 2,3-二(苄醛 氧基)丁氧基)苯基)乙基一 2 -氰乙基—Ν,N -二異 丙基胺基磷酸2— (4— (4 — (2—二甲氧基三苯甲基 氧基)乙基)苯氧基酯)。 以3%三氯醋酸/二氣甲烷之溶液,利用連續流過以 達成去三苯甲基作用,之後以甲苯/氯甲烷(1 : 1 v / v )溶液潤濕。於3 8 ◦及中利用''' C E N Η , 〃循 環,自動地將分支之多核苷酸鏈自固相載體上除去。氫氧 化銨溶液收集於4毫升有螺蓋之Wheaton小瓶中,並在 ---------r-------ό------裝---.---•訂 (請先閲讀背面之注意事項再場寫本頁) 本紙張尺度通用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公釐) -16 - 經濟部中央標準局員工消費合作社印製 A6 ___B6_ 五、發明説明(13 60*0下加熱12小時以除去所有的鹼基保護基。冷卻至 室溫後,溶劑於高速真空蒸發器中除去,殘留物則溶於 1 ◦ 0微升水中。 .也利用自動合成儀,進行以下結構之3-骨架伸展( 片段A)、側鏈伸展及連接模板/鏈結子: 3’架構 伸展 3 ' -TCCGTATCCTGGGCACAGAGGTGCp-5 1 (SEQ ID N0:2) 側鏈 伸展 3 ' -GATGCG(TTCATGCTGTTGGTGTAG) 3-5 ' (SEQ ID NO: 3) 用於鏈結 3 ’架構伸 展之連接 模板 3 ’-AAAAAAAAAAGCACCTp-5 ’ (SEQ ID N0:4) 用於鏈結 側鏈伸展 之連接模 板 3’-CGCATCACTGAC-5’ (SEQ ID NO:5) 粗製的梳體以標準的聚丙烯醯胺凝膠(7 %加上7 Μ -----------------------裝———*" (請先閲讀背面之注意事項再填寫本頁) 本紙張尺度通用中國國家標準(Cis’s>甲4規格(210 X 297公货〉 -17- 4 4 經濟部中央標準局R工消费合作社印製 A6 B6
i、發明説明(IQ 尿素,及IX TBE操作缓衝溶液)方法純化。 如下將3/架構伸展及側鏈伸展連接至梳體上。梳髏 (4徹徹莫耳/微升)、3 >架構伸展(6. 25微撤莫 1、側鏈伸展(9 3 . 7 5微微莫耳/微升)、側鍵鏈結 楔板(75徹微莫耳/微升)及架構鍵結模板(5微微莫 耳/微升)混合於ImM ATP/5mM DTT/ 5 〇 m M Tris-HCl, ρΗ8. 〇/l〇mM MgC12/2mM亞精胺中,並加上Ο. 5單位/徹升 之丁4多核苷核激酶。混合物於3 7 t:下培育2小時,再 於水浴中加熱至9510,之後缓慢冷卻至3 5°C以下歴1 小時。加入 2mM ATP、1 0 m M DTT、14% 聚乙二醇,及Ο. 21單位/微升T4連接酶,混合物在 23°C下培育16 — 24小時。DNA沈澱於NaCi?/ 2*醇中,懸浮於水中,再接受如下之第二次連接作用。混 合物調整至ImM ATP, 5 m M DTT、14%聚 乙二醇、50mM Tris-HC5, pH7. 5, 1 0 m M MgCj?2、2mM 亞精胺、0.5 單位 / 微 升T4多核苷酸激酶且加入0. 21單位/徹升T4連接 酶,且混合物於23 °C下培育1 6 — 24小時。連接産物 以聚丙烯醯胺凝膠電脈純化。 經過鏈接及純化後,部份産物標以32P,並在R位置 接受解離,僳以N a I 0 4水溶液氧化1小時而達成。樣 品有以PAGE分析以決定所納入之側鏈伸展數目,像定 量凝膠中帶上之放射活性探針。發現産物共有4 5個經標 --------U----Γ----ο------裝——"----^ -玎 (請先閲#面之注意事項再填寫本頁) 本紙張尺度適用中國囷家標準(CNS>甲4規格(210 X 297公货) -18 - 經濟部中央標準局員工消t合作社印製 A6 B6 五、發明説明(17 記之探針結合位置。 實例2:HRV^DNA雜交分析 於此實例中使用、、15X3 "擴大之溶液相核酸三明 治式雜交分析型式。〜15X3 "之設計衍自此型式應用 二種多體之事實:(1)擴大探針具有可結合至CMV之 第一片段(A),及可雜交至(2 )擴大多體之第二Μ段 (Β),此擴大多體(2)具有可雜交至片段(Β)之第 一Η段(Β*),及15個片段(C)之交互作用,其中 片段(C)雜交至三個經標記之寡核苷酸。 擴大及捕獲探針片段,及其個別於本分析法中之名稱 如下。 ----------------ό------^-------..玎 (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 本紙張尺度通用中國國家標準(CNS〉甲4規格(210 X 297公釐) -19 - 五、發明説明(# ) Η B V 擴大探針 A6 B6 HBV.104* (SEQ ID NO:6) TTGTGGGTCTTTTGGGYTTTGCTGCYCCWT HBV.94* (SEQ ID NO:7) CCTKCTCGTGTTACAGGCGGGGTTTTTCTT HBV. 76* (S.EQ ID NO:8) TCCATGGCTGCTAGGSTGTRCTGCCAACTG HBV.87* (SEQ ID NO:9) GCYTAYAGACCACCAAATGCCCCTATCYTA HBV.45* (SEQ ID NO :10) CTGTTCAAGCCTCCAAGCTGTGCCTTGGGT HBV.93* (SEQ ID NO:11) CATGGAGARCAYMACATCAGGATTCCTAGG HBV.99* (SEQ ID NO:12) TCCTGGYTATCGCTGGATGTGTCTGCGGCGT HBV.78* (SEQ ID NO:13) GGCGCTGAATCCYGCGGACGACCCBTCTCG HBV.81* (SEQ ID NO:14) CTTCGCTTCACGTCTGCACGTHGCATGGMG HBV.73*070590-C (SEQ ID NO:15) (揞先閲讀背面之注意事項再填寫夂 經滴部中央標準局員工消f合作社印製 本紙張尺度適用中國园家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公坌) 五、發明説明(/彳) A6 B6 經濟部中央標準局S工消費合作社印製
GGTCTSTGCCAAGTGTTTGCTGACGCAA.CC HBV.77^070590-b (SEQ ID N0:16> CCTKCGCGGGACGTCCTTTGTYTACGTCCC HBV.D44*070590-A (SEQ ID NO:17) MCCTCTGCCTAATCATCTCWTGTWCATGTC I HBV.79* (SEQ ID NO:18) CGACCACGGGGCGCACCTCTCTTTACGCGG HBV.82* (SEQ ID NO:19) TGCCCAAGGTCTTACAYAAGAGGACTCTTG HBV.71* (SEQ ID N0:20) CGTCAATCTYCKCGAGGACTGGGGACCCTG HBV.102* (SEQ ID NO:21) ATGTTGCCCGTTTGTCCTCTAMTTCCAGGA HBV.101* (SEQ ID NO:22) ATCTTCTTRTTGGTTCTTCTGGAYTAYCAA HBV.10Q* (SEQ ID NO:23) ATCATMTTCCTCTTCATCCTGCTGCTATGC HBV.98* (SEQ ID NO:24) CAATCACTCACCAACCTCYTGTCCTCCAAY HBV.97* (SEQ ID NO:25) GTGTCYTGGCCAAAATTCGCAGTCCCCAAC HBV.96* (SEQ ID NO:26) CTCGTGGTGGACTTCTCTCAATTTTCTAGG -------------.-----------裝-------•訂A (請先閲f面之注意事項再埸寫本頁) 本紙張又度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公浚) 21 五、發明説明〇>〇 ) A6 B6 經濟部中央標準局員工消費合作社印製
HBV.95* (SEQ ID NO:27) GACAAGAATCCTCACAATACCRCAGAGTCT HBV.92* (SEQ ID NO:28) TTTTGGGGTGGAGCCCKCAGGCTCAGGGCR HBV.91* (SEQ ID NO:29) CACCATATTCTTGGGAACAAGAKCTACAGC HBV.88* (SEQ ID NO:30) ACACTTCCGGARACTACTGTTGTTAGACGA HBV.86* (SEQ ID NO:.31) GTVTCTTTYGGAGTGTGGATTCGCACTCCT HBV.D47* (SEQ ID NO:32) TTGGAGC^iWCTGTGGAGTTACTCTCKTTTT HBV.D46* (SEQ ID NO:33) TTTGGGGCATGGACATYGAYCCKTATAAAG HBV.85* (SEQ ID NO:34〉 AAWGRTCTTTGTAYTAGGAGGCTGTAGGCA HBV.84* (SEQ ID NO:35) RGACTGGGAGGAGYTGGGGGAGGAGATTAG r HBV.83* (SEQ ID NO:36) CCTTGAGGCMTACTTCAAAGACTGTKTGTT HBV.80* (SEQ ID NO:37) GTCTGTGCCTTCTCATCTGCCGGWCCGTGT HBV.75* (SEQ ID NO:38) AGCMGCTTGTTTTGCTCGCAGSMGGTCTGG HBV. 74* (SEQ ID NO·· 39) GGCTCSTCTGCCGATCCATACTGCGGAACT ----------------------裝------•訂 (特先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 本纸張尺度適用中國國家標準(CNS)肀4規格(210 X 297公釐) 五、發明説明(21) A6 B6
HBV.72* (SEQ ID N0:40) MTKAACCTTTACCCCGTTGCTCGGCAACGG HBV.51* dSEQ ID N0:41) GTGGCTCCAGTTCMGGAACAGTAAACCCTG HBV.67* (SEQ ID N0:42) KAARCAGGCTTTYACTTTCTCGCCAA.CTTA HBV.70* 062890-A (SEQ ID NO:43) CCTCCKCCTGCCTCYACCAATCGSCAGTCA HBV.65* (SEQ ID NO:44) ACCAATTTTCTTYTGTCTYTGGGTATACAT H B V捕傅揲針 -------I---.----o------裝---·-玎 (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 經濟部中央標準局員工消费合作社印製 HBV.60* (SEQ ID NO:45) TATTCCCATCCCATCrTCCTGGGCTTTCGS HBV.64* (SEQ ID NO:46) TATATGGATGATGTGGTATTGGGGGCCAAG HBV.63* (SEQ ID NO :47) CGTAGGGCTTTCCCCCACTGTTTGGCTTTC HBV.62* (SEQ ID NO:48) GCTCAGTTTACTAGTGCCATTTGTTCAGTG HBV.61* (SEQ ID NO:49) 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4规格(210 X 297公货) -23 - A6 B6 經 濟 部 中 標 員 工 消 費 合 作 社 五、發明説明(23 CCTATGGGAGKGGGCCTCAGYCCGTTTCTC HBV.89* (SEQ ID NO:50) GTCCCCTAGAAGAAGAACTCCCTCGCCTCG HBV.90* (SEQ ID NO:51) ACGMAGRTCTCMATCGCCGCGTCGCAGAAGA HBV.D13* (SEQ ID NO:52) CAATCTCGGGAATCTCAATGTTAGTATYCC HBV.D14* (SEQ ID NO:53)
GACTCATAAGGTSGGRAACTTTACKGGGCT 每一擴大探針,除了實質上互補於HBV序列之序列 外,尚含有互補於擴大多體片段之下列5/伸展, AGGCATAGGACCCGTGTCTT (SEQ ID NO:54)· 每一捕獲探針,除了實質上互補於HBV DNA之 序列外,尚含有互補於結合至固相DNA之下列下游序列 (卽互補於X T 1 *), CTTCTTTGGAGAAAGTGGTG (SEQ ID NO:55) · 一^國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公釐 -----------------ο------裝-------'玎 (請先面之注意事項再填寫本頁) ^<^3845 A6 B6 經濟部中央標準局員工消费合作社印製 五 '發明説明(23 微滴定盤之製備如下。自Dynatech Inc.購得White Microlite 1 Removawell長條(聚苯乙稀微滴定盤,9 6 孔洞/盤)。各個孔洞充填以IN HC{2〇0微升, 並在室溫下培育1 5 — 20分。之後以1 XPBS洗盤4 次,且吸取孔洞以移去液體。孔洞再充填以1N NaOH200撤升,並於室溫下培育15—20分。盤 再次以1XPBS洗4次,且吸取孔洞以移去液體。 多(phe—lys)購自 Sigma Chemicals, Inc· 。此多肽具1 : 1莫耳濃度比率之Phe : 1 ys,且平 均分子量為每莫耳47, 900克。其具有309個胺基 酸之平均長度,且含155胺/莫耳。1毫克/毫升之多 肽溶液與2M NaCj/ixPBS混合至0.1毫克 /毫升(PH6. 0)之終濃度。取此溶液100徹升加 至各孔洞。盤再覆以塑膠膜以避免乾燥,並於3 ου下培 育一夜。之後盤以1XPBS洗4次,並吸取孔洞以除去 液體。 使用以下步驟以偶合寡核苷酸XT 1 #至盤中。 XT1*之合成述於 EPA 883096976。20 毫克的辛二酸二琥珀醯亞胺基酯溶於3 0 0微升的二甲替 甲醯胺(DMF)中。26 0D2<?。單位之XT1*加 至100微升的偶合缓衝溶液中(50mM磷酸鈉,pH 7. 8)。再加偶合混合物至DSS — DMF溶液,並以 磁性攪拌器攪拌30分。NAP — 2 5管柱,以10mM 磷酸鈉PH6. 5平衡。於4¾下,偶合混合物DSS— 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公货) -2义二 " (請先閲讀背面之注意事項再填寫本頁) A6 B6 經濟部中央標準局員工消費合作社印製 五、發明説明(24 DMF溶液加至2毫升16mM磷酸鈉,pH6. 5中。 混合物渦旋以混合,並填料至已平衡之NAP—25管柱 中。以DSS—活化之XT1米 DNA以3.5毫升 10mM磷酸鈉,pH6. 5溶離出管柱。 5. 60Dw。單位之經溶離的DSS -活化之XT1* DNA加至1500毫升50mM磷酸鈉,pH7. 8中 。此溶液取5 ◦徹升加至各孔洞,且盤培育一夜。盤再以 1XPBS洗4次,且吸取孔洞以除去液體。 盤最終之汽滌完成如下。含0. 5% (w/v) SDS之200微升Ο. 2N Na〇H加至各孔洞。盤 再覆以塑膠膜並於65 °C下培育60分。之後以IX PBS洗盤4次,再吸取孔洞以除去液體。經汽滌之盤加 上乾燥劑小珠貯於2—8C下。 樣品之製備包括將12. 5徹升之P — K緩衝溶液( 2毫克/毫升蛋白酶K於1 OmM T r i s - H C i?, pH8. 0/0. 15M NaC^/lOmM EDTA, pH8. 0/1% SDS/40撤克/毫升 經音波震盪之鞋魚精子DNA)遞送至各孔洞,之後每孔 洞加入10微升於DMEM/10%FCS之各受試樣品 。HBV DNA標準曲線之製備,偽將經選殖之HBV 、亞型adw、 DNA稀釋於HBV陰性之人類血清中, 並將各份稀釋液遞送至各孔洞,使相當於1〇〇〇、 3〇0〇、10, 000、 30, 000 或 100, 000分子。加純化的DNA或感染細胞至各孔 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4规格(210 X 297公货) ~ 26 ~ --------U--------ο------裝------- (請先閲讀背面之注意事項再項寫本頁) 經濟部中央標準局員工消费合作社印製 A6 B6 __ 五、發明説明(23 洞,以進行與異質DNA之交叉一雜交試驗。各有機物之 量示於表中。 盤加蓋,並攪動以混合樣品,再於65¾下培育以釋 出核酸。 將HBV專一性擴大及捕獲探針(上述)之摻合液加 至各孔洞(5毫微微莫耳/孔洞,於1 N N a Ο Η中) 。盤加蓋,緩和攪動以混合試劑,再於65¾下培育30 分。 再加中和作用缓衝溶液至各孔洞(0. 77M的3 — (N —嗎福啉基)丙烷磺酸/1. 845M NaCi?/ 0. 185M檸檬酸鈉)。盤加蓋,並於6 5Ό下培育 1 2 — 1 8小時。 攪動各孔洞之内容物,以移去所有流體,孔洞再以洗 將缓衝溶液(0. l%SDS/0. 015M NaC义 /0. 0015M檸檬酸鈉)洗滌2次。 再加擴大多體至各孔洞(3 0毫微徹莫耳/孔洞,於 4XSSC/0. l%SDS/〇.5% 阻斷試劑(丑〇6-hringer Mannheim,Cait No. 10961767)。盤子加蓋後 並攪動以混合孔洞之内容物,盤再於5 5 °C下培育3 0分 鐘〇 經室溫下再5—10分鐘後,孔洞如上述般洗滌。 之後將掲示於EP 883096976中之鹼性磷 酸酶標記探針加至各孔洞(2. 5毫微微莫耳於40微升 /孔洞)。經55t!下培育1 5分鐘後及室溫下5 — 1 0 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公釐) 一27 — -------------Γ----ο------裝——------訂 (»-先閲讀背面之注意事項再填寫本頁) 2^384^ A6 B6 五、發明説明(20 分鐘後,孔洞如上述地洗二次,再以〇. 015Μ N a C又/ 0 . 0 0 1 5 Μ檸檬酸鈉洗3次。 應用得自Lumigen, Inc之酵素啓動之dioxetane ( S-chaap et a 1 · , Tet· Lett. 1 9 1 9 8 7 ) 2 8 : 1159-1162 及 EPA Pub. No. 0 2 54 0 5 1。偵測步驟如下。加3 0微升之Lumiphos 5 3 ◦ ( Lumigen )至各孔洞。孔洞輕拍使試劑落至底 部,再缓和旋轉以將試劑均勻分佈於底部。孔洞加蓋,並 在37 °C下培育40分鐘。 盤於Dynatech ML 1000發光計中讀取。於反 應中當産生之光完全積分則示出産量。 結果示於下表。以陰性控制組之平均加2値標準偏差 及樣品之平均或2個標準偏差(δ)間之差異來表示各標 準樣品之結果。若δ大於◦,樣品被視為陽性。結果顯示 這些探針組自異質有機體中分別HBV DNA之能力, 及約1〇00—30〇0HBV分子之靈敏度。 ------------:----ο------裝------.訂 (請先閲讀背面之注意事項再填寫本頁) 經濟部中央標箏扃員工消费合作社印制取 本紙張尺度適用中國圉家標準(CNS〉甲4规格(210 X 297公釐) -28 - A6 B6 五、發明説明(27 表„ 經濟部中央標準局員工消CH合作社印製 樣品 量 δ HBV lxlO5 25.99 HBV 3xl04 6.51 HBV lxlO4 3.00 HBV 3xl03 0.93 HBV lxlO3 -0.20 控制組 — — HCV 8xl05 -0.39 CMV1 3.3x10s -0.48 HTLV-II2 lxlO5 -0.07 HTLV-I2 lxlO5 -0.23 HIV lxlO7 -0.31 PBR325 lxlO7 -0.27 血鏈球菌 lxlO7 -0.31 動物醸膿鏈球菌 lxlO7 -0.36 肺炎鏈球菌 lxlO7 -0.38 糞鏈球菌 lxlO7 -0.28 無乳鏈球菌 lxlO7 -0.26 流行鏈球菌 lxlO7 -0.31 金黃色葡萄球菌 lxlO7 -0.34 粘質沙雷氏菌 lxlO7 -0.30 -----------------ο------裝-------.玎 (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公釐) ~ 29 ~ 經濟部中央標準局8工消费合作社印製 A6 B6 五、發明説明(2d 緣膿捍菌 lxlO1 2 3 4 5 6 7 -0.23 奇異變形菌 lxlO7 -0.43 厭氧消化鏈球菌 lxlO7 -0.46 嗜酸乳桿菌 lxlO7 -0.33 肺炎克雷伯氏菌 lxlO7 -0.12 流感嗜血菌 lxlO7 ~0.34 大腸埃希氏菌 lxlO7 -0.44 産氣腸桿菌 lxlO7 -0.23 麻瘋分枝桿菌 lxlO7 -0.18 -----------------ο------裝------ (1先閲讀食面之注意事項再塡寫本頁) 1 .表示感染細胞中之P f U 2.表示前病毒套數 2 上述進行本發明模式之變化,對於精於生化學、核酸 雜交分析及相關領域之人士是淺顯的,且意欲包括在以下 申請專利範圍之内。 序列表 3 (Γ) 一般資料 4 (i )申請人:Irvine,Bruce D.
Kolberg , Janice A.
Running, Joyce A . 5
Urdea,Michael S. 6 (i i)發明標題:用於溶液相三明治式雜交分析内之 7 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(21〇 X 297公® ) 二30 - — 一~ 附件三A : 第82100428號專利申請案中文說明書修正頁 B7 民國84年4月修2 中 ^ 經濟部中央標準局員工消費合作杜印製 五、發明説明(抑-丨) 修正 如下所示序列表中符號之意義: 符撕 代表意義 ;-— R····.............. Α或G ' W................. A 或 T/U S.................. C或G V.................. C 或 T/U K.................. G 或 T/U V.................. A或C或G·,非T/U Η.................. A或C或T/U;非\ G D.................. A或G或T/U:非C Β ·_··..·........... C或G或T/U;非A Ν.................. (A或C或G或T/U)或(·未,知或其它 (請先閱讀背面之注意事項再填寫本頁) 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS ) A4規格(210X 297公釐) -裝. I T :-° '線 ^'^3845 A6 B6 經濟部中央標準局員工消費合作社印*'1农 五、發明説明(2与 Η B V探針 (iii)序列數目:55 (i V)通訊住址 (A )收信人:Morrison & Foerster (B )街:755 Page Mi 11 Road (C )市:Palo Alto (D )州:加州 (E )國家:U S A (F ) ZIP:943 0 4-1018 (v )電腦可讀型式 (A) 介質型式:Floppy disk (B) 電腦:IBM PC可相容 (C) 操作条統:PC-DOS/MS- D 0 S (D )軟體:Patent In Release #1.0,Ve r s -ion #1.25 (vi)目前申請資料 (A) 申請編號:07/813, 586 (B) 立檔日期:22 — DEC-1991 (C )分類: Uiii)法律事務資料 (A) 名稱:Thomas E.. Ciotti (B) 註册號:21, 013 (C) 參考/索引:22300 — (請先閲讀背面之注意事項再項寫本頁) 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公货) -31 - 五、發明説明(30 ix)電傳資料 A6 B6 2 0 2 3 4. 0 0
(A) 電話:415 — 813-5600 (B) 電報:4 1 5 — 494 — 0792 (C) 電傳:706141 (2 ) S E Q. ID ΝΟ:1 之資料 (i )序列特性 (A)長度:7鹸基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 1 TGACTGR ----------------ο------裝——-----^訂-----f f (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 經濟部中央標準局員工消费合作社印製
(2 ) S E Q ID N〇:2 之資料 (i )序列特性 (A)長度:60鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列説明:SEQ ID NO
CGTGGAGACA CGGGTCCTAT GCCT 2 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4规格(210 X 297公货) 一32 一 經滴部中央標準局員工消费合作社印S衣 ^^3845 A6 _B6_ 五、發明説明(3i (2 ) S E Q ID N〇:3 之資料 (i )序列特性 (A)長度:60鹸基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 Ui)序列說明:SEQ ID N 0 : 3 : GATGTGGTTG TCGTACTTGA TGTGGTTGTC GTACTTGATG TGGTTGTCGT ACTTGCGTAG (2 ) S E Q ID N〇:4之資料 (i )序列特性 (A)長度:1 6鹸基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列說明:SEQ ID N 0 : 4 : TCCACGAAAA AAAAAA (2 ) S E Q ID N〇:5 之資料 (i )序列特性 -----------------ο------裝---r----,玎 (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4规格(210 X 297公货) -33 - 經濟部中央標準局員工消費合作社印製 A6 B6 五、發明説明(33 (A)長度:12鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型
(xi)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 5 : CAGTCACTAC GC (2 ) S E Q. ID N〇:6 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列說明:SEQ ID Ν Ο : 6 :
TTGTGGGTCT TTTGGGYTTT GCTGCYCCWT (2 ) S E Q ID N0:7 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公釐) 一 34 _ ,.|------.----r----ο------裝-1^---- (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 經漓部中央標準局員工消費合作社印製 A6 B6 五、發明説明(3含
(xi)序列説明:SEQ ID N 0 : 7 : CCTKCTCGTG TTACAGGCGG GGTTTTTCTT (2 ) S E Q. ID N0:8 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型
(X i)序列説明:S E Q ID N〇:8 : TCCATGGCTG CTAGGSTGTR CTGCCAACTG (2 ) S E Q ID N〇:9 之資料 (i )序列特性 (A )長度:3 0鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型
(xi)序列說明:SEQ ID Ν Ο : 9 : GCYTATAGAC CACCAAATGC CCCTATCYTA i.-------r---.----ο------裝------*、玎 (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公釐) -35 - ^93845 A6 B6 經濟部中央標準局員工消費合作社印*'衣 五、發明説明(34 (2 ) S E Q ID N0:1〇之資料 (i )序列特性 (A)長度·· 30鹼基對 (B )型式··核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列說明:SEQ ID NO: 10: CTGTTCAAGC CTCCAAGCTG TGCCTTGGGT (2 ) S E Q ID N〇:11之資料 (i )序列特性 (A)長度:30驗基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列說明:SEQ ID NO: 11: CATGGAGARC AYMACATCAG GATTCCTAGG (2 ) S E Q ID N0:12 之資料 (i )序列特性 (A )長度:3 1鹼基對 (B )型式:核酸 _·'------.----:----ο------裝——丨---rn (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公釐) -36 - A6 B6 經濟部中央標準局員工消費合作社印製 五、發明説明(33 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (X i)序列說明:S E Q ID NO: 12: TCCTGGYTAT CGCTGGATGT GTCTGCGGCG T (2 ) S E Q ID N0:13 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列說明:SEQ ID NO: 13: GGCGCTGAAT CCYGCGGACG ACCCBTCTCG (2 ) S E Q ID N0:14 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列説明:SEQ ID NO: 14: (請先閲讀背面之注意事項再項寫本頁) .0. .裝 " 本紙張尺度適用中國困家標準(CNS)甲4规格(210 X 297公發) -37 - 經濟部中央標準局員工消t合作社印製 A6 _B6_ 五、發明説明(36)
CTTCGCTTCA CCTCTGCACG THGCATGGMG (2 ) S E Q ID NO: 15 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列說明:SEQ ID NO: 15:
GGTCTSTGCC AAGTGTTTGC TGACGCAACC (2 ) S E Q ID NO: 16 之資料 (i )序列特性 (A)長度:3 ◦鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型
Ui)序列説明:SEQ ID NO: 16:
CCTKCGCGGG ACGTCCTTTG TYTACGTCCC (2 ) S E Q ID NO: 17 之資料 (i )序列特性 (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) ο -丨裝· " 本纸張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公货) -38 - A6 B6 經部中央標準局員工消费合作社印3Ϊ 五、發明説明(33 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學··線型 (xi)序列説明:SEQ ID NO: 17: MCCTCTGCCT AATCATCTCW TGTWCATGTC (2 ) S E Q ID NO:18 之資料 (i )序列特性 (A)長度:3 0驗基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列説明:SEQ ID NO: 18: CGACCACGGG GCGCACCTCT CTTTACGCGG (2 ) S E Q ID NO: 19 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (請先閱讀背面之注意事項再場寫本頁)
C .裝. · -f 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公發) -39 - 經漓部中央標準局員工消費合作社印製 A6 B6 五、發明説明(3沒
(Xi)序列説明:SEQ ID NO: 19: TGCCCAAGGT CTTACAYAAG AGGACTCTTG (2 ) S E Q ID N0:20 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹺基對 (B )型式··核酸 .(C )股性:單股 (D )拓撲學:線型
(xi)序列説明:SEQ ID N 0 : 2 0 : CGTCAATCTY CKCGAGGACT GGGGACCCTG (2 ) S E Q ID NO :21 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型
(xi)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 2 1 : ATGTTGCCCG TTTGTCCTCT AMTTCCAGGA (請先閲讀背面之注意事項再場寫本頁) -裝· ,11· 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公货) 一 40 一 ^93845 經濟部中央標準局員工消費合作社印製 A6 B6 五、發明説明(39 (2 ) S E Q ID N0:22 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型
(X i)序列說明:S E Q ID NO : 2 2 : ATCTTCTTRT TGGTTCTTCT GGAYTAYCAA (2) SEQ ID NO:23之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型
U i)序列説明:S E Q ID Ν Ο : 2 3 ·· ATCATMTTCC TCTTCATCCT GCTGCTATGC (2) SEQ ID N0:24之資料 (i )序列特性 (A)長度:3 ◦鹸基對 (B )型式:核酸 (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) .裝· 訂_ 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公釐) -41 - A6 B6 經濟部中央標準局員工消费合作社印?.衣 五、發明説明(40 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 2 4 : CAATCACTCA CCAACCTCYT GTCCTCCAAY (2 ) S E Q ID N0:25 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 2 5 : GTGTCYTGGC CAAAATTCGC AGTCCCCAAC (2 ) S E Q ID NO:26 之資料 (i )序列特性 (A)長度·· 30驗基對 (B )型式··核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 2 6 : (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) -裝. -訂. 本紙张尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公货) -42 - A6 B6 經滴部中央標準局員工消費合作社印製 五、發明説明(41) CTCGTGGTGG ACTTCTCTCA ATTTTCTAGG (2 ) S E Q ID NO:27 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列說明:SEQ ID N 0 : 2 7 : GACAAGAATC CTCACAATAC CRCAGAGTCT (2 ) S E Q ID N0:28 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 ,(xi)序列說明:SEQ ID N 0 : 2 8 : 1 TTTTGGGGTG GAGCCCKCAG GCTCAGGGCR (2 ) S E Q ID N〇:29 之資料 (i )序列特性 本纸張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4规格(210 X 297公釐) -43 - -----------------------裝---r---玎 (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) *^^3845 A6 B6 經濟部中央標準局員工消費合作社印制衣 五、發明説明(40 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 2 9 : CACCATATTC TTGGGAACAA GAKCTACAGC (2 ) S E Q. ID NO :30 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 Ui)序列説明:SEQ ID NO: 3〇: ACACTTCCGG ARACTACTGT TGTTAGACGA (2 ) S E Q ID NO:31 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (請先閲讀背面之注意事項再塌寫本頁) -丨裝. •ΤΓ. 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4规格(210 X 297公釐) 一 44 — A6 B6 經濟部中央標準局員工消費合作社印製
五、發明説明(43) (xi)序列說明:SEQ ID N 0 : 3 1 : GTVTCTTTYG GAGTGTGGAT TCGCACTCCT (2 ) S E Q ID NO:32 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹸基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列說明:SEQ ID NO: 32: TTGGAGCWWC TGTGGAGTTA CTCTCKTTTT (2 ) S E Q ID N〇:33 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列說明:SEQ ID Ν Ο : 3 3 : TTTGGGGCAT GGACATYGAY CCKTATAAAG (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 裝. 訂. 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公釐) -45 - A6 B6 經濟部中央標準局員工消赍合作社印製 五、發明説明(4伞 (2 ) S E Q ID N0:34 之資料 (i )序列特性 (A)長度:3 ◦鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列說明:SEQ ID N 0 : 3 4 : AAWGRTCTTT GTAYTAGGAG GCTGTAGGCA (2) SEQ ID N0:35之資料 (i )序列特性 (A)長度:30齡基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 3 5 : RGACTGGGAG GAGYTGGGGG AGGAGATTAG (2) SEQ ID N〇:36之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) 丨裝. “訂‘ 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公) -46 - 293845 A6 B6 經濟部中央標準局員工消费合作社印製 五、發明説明(4力 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列説明:SEQ ID N 0 : 3 6 : CCTTGAGGCM TACTTCAAAG ACTGTKTGTT (2 ) S E Q ID N0:37 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 3 7 : GTCTGTGCCT TCTCATCTGC CGGWCCGTGT (2 ) S E Q ID N0:38 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 3 8 : (請先閱讀背面之注意事項再塡寫本頁) .裝. -訂. 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210乂 297公楚·) -47 _ A6 B6 經濟部中央標準局員工消费合作社印5衣 五、發明説明(物 AGCMGCTTGT TTTGCTCGCA GSMGGTCTGG (2 ) S E Q ID NO: 39 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列說明:SEQ ID NO: 39: GGCTCSTCTG CCGATCCATA CTGCGGAACT (2 ) S E Q ID N〇:40 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列説明:SEQ ID N〇:4〇: MTKAACCTTT ACCCCGTTGC TCGGCAACGG (2 ) S E Q ID N0:41 之資料 (i )序列特性 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4规格(210 X 297公笼) 一48 一 (請先閲讀背面之注意事項再填寫本頁) 丨裝- 訂_ A6 B6 經濟部中央標準局員工消费合作社印製 五、發明説明(4) (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 Ui)序列說明:SEQ ID Ν Ο : 4 1 : GTGGCTCCAG TTCMGGAACA GTAAACCCTG (2 ) S E Q ID N0:42 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30驗基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 4 2 : KAARCAGGCT TTYACTTTCT CGCCAACTTA (2 ) S E Q ID NO :43 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹸基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (請先閲讀背面之注意事項再填寫本頁) .丨裝· 本紙張尺度通用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公釐) -49 - 293845 經濟部中央標準局員工消费合作社印製 A6 B6 五、發明説明(4沒
(xi)序列說明:SEQ ID N 0 : 4 3 : CCTCCKCCTG CCTCYACCAA TCGSCAGTCA (2) SEQ ID NO :44 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型
(X i)序列説明:S E Q ID Ν Ο : 4 4 : ACCAATTTTC TTYTGTCTYT GGGTATACAT (2) SEQ ID N〇:45之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型
(X i)序列説明:S E Q ID N 0 : 4 5 : TATTCCCATC CCATCRTCCT GGGCTTTCGS (請先閲讀背面之注意事項再場寫本頁) —裝· -訂. 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4规格(210 X 297公發) 一50 _ A6 B6 五、發明説明(49 (2 ) S E Q ID N〇:46 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹸基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型
(χί)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 4 6 : TATATGGATG ATGTGGTATT GGGGGCCAAG (2 ) S E Q ID N0:47 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 經濟部中央標準局員工消费合作社印?" (請先閲讀背面之注意事項再碩寫本頁) -裝.
(xi)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 4 7 : CGTAGGGCTT TCCCCCACTG TTTGGCTTTC (2) SEQ ID NO :48 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 本紙張尺度通用中國國家標準(CNS)甲4规格(210 X 297公辁) -51 - A6 B6 五、發明説明(50) (C )股性··單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 4 8 :
GCTCAGTTTA CTAGTGCCAT TTGTTCAGTG (2) SEQ ID N0:49之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型
(xi)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 4 9 : CCTATGGGAG KGGGCCTCAG YCCGTTTCTC (2 ) S E Q ID N0:50 之資料 (i )序列特性 經滴部中央標準局員工消費合作社印製 (請先閲讀背面之注意事項再^寫本頁) .裝. (A)長度:3 ◦鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型
Ui)序列說明:SEQ ID Ν Ο : 5 0 : 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4規格(210 X 297公货) -52 - 經濟部中央標準局員工消费合作社印製 293845 A6 _;_B6 五、發明説明(51)
GTCCCCTAGA AGAAGAACTC CCTCGCCTCG (2 ) S E Q ID N0:51 之資料 (i )序列特性 (A )長度:3 1鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列說明:SEQ ID N 0 : 5 1 :
ACGMAGRTCT CMATCGCCGC GTCGCAGAAG A (2 ) S E Q ID N〇:52 之資料 (i )序列特性 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性··單股 (D )拓撲學:線型
Ui)序列説明:SEQ ID Ν Ο : 5 2 :
CAATCTCGGG AATCTCAATG TTAGTATYCC (2 ) S E Q ID N0:53 之資料 (i )序列特性 (請先閲讀背面之注意事項再塡寫本頁) .裝· -11· 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4规格(210 X 297公坌) -53 - 經濟部中央標準局員工消費合作社印製 A6 B6 五、發明説明(52 (A)長度:30鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列說明:SEQ ID Ν Ο : 5 3 :
GACTCATAAG GTSGGRAACT TTACKGGGCT (2 ) S E Q ID N0:54之資料 (i )序列特性 (A)長度:20鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 (xi)序列說明:SEQ ID Ν Ο : 5 4 :
AGGCATAGGA CCCGTGTCTT (2) SEQ ID N〇:55之資料 (i )序列特性 (A)長度:20鹼基對 (B )型式:核酸 (C )股性:單股 (D )拓撲學:線型 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS〉甲4規格(210 X 297公货) -54 ~ (請先閲讀背面之注意事項再墙寫本頁) .裝. 訂_ A6 B6 五、發明説明(53
(xi)序列說明:SEQ ID NO : 5 5 : CTTCTTTGGA GAAAGTGGTG ------------------一-------裝------l.訂----- (請先閲讀背面之注意事項再罐、寫本頁) 經濟部中央標準局員工消費合作社印製 -55 - 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS)甲4规格(210 X 297公货)
Claims (1)
- 203845 J修正 補无 經濟部中央標準局員工消費合作社印製 f·咁』 C8 D8々、申請專利範圍 附件一(A ): 第82 1 00428號專利申請案 中文申請專利範圍修正本 民國85年10月修正 1 . 一種合成的寡核苷酸,其係充作B型肝炎病毒( Η B V )三明治雜交分析中之擴大探針,其係由下列片段 所組成 第一片段,其核苷酸序列係至少9 0%同質於HBV 核酸片段;及 第二片段,其係包含至少9 0 %同質於一核酸多體之 寡核苷酸片段的核苷酸序列,其中該核酸多體是一種分枝 的多核苷酸,其係包含至少一種.至少9 0%同質於該第二 片段之寡核苷酸片段,且其中該第二片段不與HBV核酸 互補, 其中該至少9 0%同質於HBV核酸片段的核苷酸序 列係選自 TTGTGGGTCTTTTGGGYTTTGCTGCYCCWT (SEQ ID NO: S), CCTKCTCGTGTTACAGGCGGGGTTTTTCTT (SEQ ID NO : 7 ), TCCATGGCTGCTAC-GSTGTRCTGCCAACTG (SEQ ID NO : 8 ), GCYTAYAGACCACCajVATGCCCCTATCYTA (SEQ 工D NO :9), CTGTTCAAGCCTCCAAGCTGTGCCTTGGGT (SEQ ID NO: 10), CATGGAGARCAYMACATCAGGATTCCTAGG (SEQ ID NO: 11), , TCCTGGYTATCGCTGGATGTGTCTGCGGCGT (SEQ ID NO: 12) , j ^ GGCGCTGAATCCYGCGGACGACCC3TCTCG (SEQ ID NO :13),ί 0 __ · ' .- CTTCGCTTCACCTCTGCACGTHGCATGGMG (SEQ ID NO: 14), ' ^ -_____________ " GGTCTSTGCCAAGTGTTTGCTGACGCAACC (SEQ ID NO : 15 ), CCTKCGCGC-GACGTCCTTTGTYTACGTCCC (SEQ ID NO :16), MCCTCTGCCTAATCATCTCWTGTWCATGTC (SEQ ID.NO :17), CGACCACGCGGCGCACCTCTCTTTACGCGG (SEQ ID ^0:10), TGCCCAAGGTCTTACAYAAGAGGACTCTTG (SEQ ID NO: 19), 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS ) A4規格(210X297公釐厂1 _ (請先閲讀背面之注意事項再填寫本頁) A8 B8 C8 D8 申請專利範圍 CGTCAATCTYCKCGAGGACTGGOGACCCTG (SEQ ID N〇:20), ATGTTGCCCGTTTGTCCTCTAMTTCCAGGA (SEQ ID NO :21), ATCTTCTTRTTGGTTCTTCTGGAYTAYCAA (SEQ ID -NO :22), ATCATMTTCCTCTTCATCCTGCTGCTATGC (SEQ ID NO : 23 ), CAATCACTCACCAACCTCYTGTCCTCCAAY (SEQ ID NO :24), GTGTCYTGGCCAAAATTCGCAGTCCCCAAC (SEQ ID NO :25), .CTCGTGGTGG.ACTTCTCTCAATTTTCTAGG (SEQ ID NO:2 6), GAC^AGAATCCTCACAATACCRCAGAGTCT (SEQ ID NO:27), TTTTGGGGTGGAGCCCKCAGGCTCAGGGCR (SEQ ID NO :28), CACCATATTCTTGGGAAC)_AGAJCCTACAGC ACACTTCCGGAiL\CTACTGTTGTTAGACGA GTVTCTTTYGGAC-TGTGGATTCGCACTCCT TTGGAGCWWCTGTGGAGTTACTCTCKTTTT TTTGGCC-CATGGACATYGAYCCKTATAiAG AAWGRTCTTTGTAYTAGGAGGCTGTAGGC\ RGACTGGC-AGGAGYTGGGGGAGGAGATTAG CCTTGAGC-C-ITACTTCAAAQACTGTKTGTT GTCTGTGCCTTCTCATCTGCCGGWCCGTGT AGCMGCTTGTTTTGCTCGCAGSMGGTCTGG GGCTCSTCTGCCGATCCATACTGCGC-AACT MTKAACCTTTACCCCGTTGCTCGGCAACGG GTGGCTCCAGTTCMGGAACAGTAAACCCTG KAARCAGC-CTTTYACTTTCTCGCCAACTTA CCTCCKCCTGCCTCYACCAATCGSCAGTCA ACCAATTTTCTTYTGTCTYTGGGTATACAT (SEQ ID (SEQ ID (SEQ ID (SEQ ID (SEQ ID (SEQ ID (SEQ ID (SEQ ID (SEQ ID (SEQ ID (SEQ ID (SEQ ID (SEQ ID (SEQ ID (SEQ ID (SEQ ID NO :29), NO :3 0), NO :31), NO :3 2), NO :3 3), NO :3 4), N〇:3 5), NO :3 6), NO :3 7), NO :3 8), NO :3 9), NO :4 0);. NO :41), NO :4 2), NO:43), NO:44). 及 I。一裝------訂—.----(線 (請先閲讀背面之注意事項再填寫本页) 經濟部中央標準局員工消费合作社印製 2.如申請專利範圍第1項所述之合成的寡核苷酸, 其中該第2片段包括AGGCATAGGACCCGTGTCTT (SEQ ID No:54) s ί '.一 3. —種合成的寡核苷酸,其係充作HBV三明治雜 交分析中之捕獲探針,其係由下列片段所組成 J· Λ«< r9 wit · -Λτ rn 1 - r-et ,― ι____. 个 A s N c 竿 樣 豕 因 τ 公 7 9 2 X 經濟部中央標隼局負工消費合作社印製 A8 B8 C8 · D8c、申請專利範圍 第一片段,其核苷酸序列係至少9 0%同質於H B V 核酸片段;及 第二片段,其係包含至少9 0 %同質於結合至固相之 寡核苷酸的核苷酸片段,其該第二片段不與Η B V核酸互 補, 其中該至少9 0%同質於HBV核酸片段之核苷酸序 列係選自 TATTCCC\TCCCATCRTCCTGGGCTTTCGS (SEQ ID NO:45), TATATGGATGATGTC^TATTGGC-C-C-CCAAG (SEQ ID NO:46), ' CGTAGGC-CTTTCCCCCACTGTTTGC-CTTTC (SEQ ID NO: 47), i ' GCTCAGTTTACTAGTGCCATTTGTTCAGTG (SEQ ID NO :48), * CCTATGC-GAGKGGGCCTCAGYCCGTTTCTC (SEQ 工D NO :49 ), ' .GTCCCCTAGAAGAAGAACTCCCTCC-CCTCG (SEQ 工D NO :50), ACGMAGRTCTCMATCC-CCGCGTCGCAGAAGA (SEQ ID NO :51), CAATCTCGGGAATCTCAATGTTAGTATYCC (SEQ ID NO :52), 及 GACTCATAAGGTSC-GRAACTTTACK.GGGCT (SEQ ID NO :53). 4.如申請專利範圍第3項所述之合成的寡核苷酸, 其中該第二片段包括 I CTTCTTTGGAGAAAGTGGTG (SEQ ID No:55) V τ ^ 5. —種合成的寡核苷酸組,其係充作HBV三明 治雜交分析中之擴大探針,其包含至少二種不同的寡 核苷酸探針,其中每個寡核苷酸探針包含: 第一片段,其核苷酸序列係至少9 0%同質於HB V ^紙張尺度適用中國國家標準(CNS ) A4規格(210X297公釐)_ 3 _ ml mu I I 1— n i 1 - i ml —81 —l·—I、一 ·- 1:-- In 1 —— I (請先閲讀背面之注意事項再填寫本頁) 一93845 A8 B8 C8 D8 六、申請專利範圍 核酸片段;及 第二片段,其係包含至少9 0%同質於一核酸多體之 核苷酸片段的核苷酸序列,其中該核酸多體是一種分枝的 多核苷酸,其係包含至少一種至少9 0%同質於該第二片 段之寡核苷酸片段,且其中該第二片段不與Η B V核酸互 補, 其中該至少9 0%同質於HBV核酸片段的核苷酸序 ι 列係選自 (請先閱讀背面之注意事項再填寫本頁) 經濟部中央梂準局員工消費合作社印製 TTGTGGGTCTTTtGGGYTtTGCTGCYCCWT. (SEQ ID NO: 6), CCTKCTCGTGTTACAGGCGGGGTTTTTCTT (SEQ ID NO :7), TCCATGGCTGCTAGGSTGTRCTGCCAACTG (SEQ 工D NO :8), • - -- - * . GCYTAYAC-ACCA.CCAAATGCCCCTATCYTA (SEQ ID NO : 9 ), r] CTC-TTCAAGCCTCCAAGCTC-TC-CCTTGGGT (SEQ ID NO: 10), 广 CATGGAGARCAYMACATCAGGATTCCTAGG (SEQ ID NO: 11), 、) TCCTGGYTATCGCTGC-ATGTGTCTGCC-GCGT (SEQ ID NO :12), GGCGCTGAATCCYGCGGACGACCCBTCTCG (SEQ ID NO:13), CTTCGCTTCACCTCTGCACGTHC-CATGGMG (SEQ ID NO: 14), GOTCTSTGCCAAGTGTTTC-CTGACGCAACC (SEQ ID NO :15), CCTKCGCC-GGACGTCCTTTGTYTACGTCCC (SEQ 工 D NO: IS ), 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS ) A4規格(210X297公釐厂4 -經濟部中央揉準局貞工消費合作社印裝 MCCTCTGCCTAATCATCTCWTGTWCATGTC. (SEQ ID NO: 17), CGACCACGC«CGCACCTCTCTTTACGCGG (SEQ ID NO :18), TGCCCAAGGTCTTACAYAAGAC-GACTCTTG (SEQ ID NO: 19),: • · 1 CGTCAA.TCTYCKCGAGGACTGGGGACCCTG (SEQ ID NO : 20 ) , | ATGTTGCCCGTTTGTCCTCTAi-iTTCCAGGA (SEQ ID NO : 21), ATCTTCTTRTTC-GTTCTTCTGGAYTAYCAA (SEQ ID NO :22), ATCATMTTCCTCTTCATCCTGCTGCTATGC (SEQ ID NO :23), CAATCACTCACCAACCTCYTGTCCTCCAAY (SEQ ID NO:24), GTGTCYTGGCC^AAATTCC-CAGTCCCCAAC (SEQ ID NO : 25) , i CTCGTGGTGGACTTCTCTCAATTTTCTAGG (SEQ ID NO:26), GACAAGAATCCTCACAATACCRCAGAGTCT (SEQ ID NO : 27), TTTTGGGGTGGAGCCCKCAGGCTCAGGGCR -(SEQ ID NO:28), CACCATATTCTTGGGAACAAGAKCTACA.GC (SEQ ID NO:29), ACACTTCCGGAilACTACTGTTGTTAGACGA (SEQ ID NO: 30), GTVTCTTTYGGAGTGTGGATTCGCACTCCT (SEQ ID NO :31), TTGGAGCWWCTGTGGAGTTACTCTCKTTTT (SEQ ID NO: 32) , | TTTGGC-GOVTGGACATYGAyCCKTATAAAG (SEQ ID NO : 3 3 ), A.ZIWGRTCTTTGTAYTAGGAGGCTGTAGGCA (SEQ ID N〇:34), RGACTGGGAGGAGYTGGC-GGAGGAGATTAG (SEQ ID NO : 3 5 ), CCTTGAC-GC>ITACTTCAAAGACTGTKTGTT (SEQ ID NO : 3 6 ), GTCTGTGCCTTCTCATCTGCCGGWCCGTGT (SEQ ID N〇:3 7), AGCMGCTTGTTTTGCTCGCAGSMGGTCTGG (SEQ ID NO : 3 8 ) , | GGCTCSTCTGCCGATCCATACTGCGGAACT (SEQ ID NO: 39), MTKAACCTTTACCCCGTTGCTCGGCAACGG (SEQ ID NO : 40 ), GTGGCTCCAGTTCWGGAACAGTAAACCCTG (SEQ ID NO: 41), KAARCAGGCTTTYACTTrCTCGCCAACTTA (SEQ ID NO : 42 ), CCTCCKCCTGCCTCYACCAATCGSCAGTCA (SEQ ID NO:43), ! ACCPATrrrrCTTYTGTCTYTGGGTATACAT (SEQ ID NO :44).一 I 裝 ~一 ''訂一.----ί (請先閱讀背面之注意事項再填寫本頁) .ii 293845 AS B8 C8 D8 經濟部中央標準局員工消費合作社印袋 、申請專利範圍 6. 如申請專利範圍第5項所述之合成的寡核苷酸組 ,其中該第二片段包括h: AGGCATAGGACCCGTGTCTT (SEQ ID NO:54) 7. —種合成的寡核苷酸組,其係充作 Η B V三明治雜交分析中之捕獲探針,其係包含至少二 種不同的寡核苷酸探針,其中每個寡核替探針包含: 第一片段,其核苷酸序列係至少9 0%同質於HBV 核酸片段;及 第二片段,其係包含至少9 0%同質於結合至固相之 寡核苷酸之核苷酸序列,其中該第二片段不與Η Β V核酸 片段互補, 其中每一個至少9 0%同質於HBV g酸片段的該核 苷酸片段係選自 TATTCCCATCCCATCRTCCTGGGCTTTCGS (SEQ ID NO: 45), TATATGGATGATGTGGTATTGGGC-GCCAAG (SEQ ID NO: 4S), CGTAGGGCTTTCCCCC^CTGTTTGGCTTTC (SEQ ID :47), GCTCAGTTTACTAGTGCCATTTGTTCAGTG (SEQ ID NO : 4 8 ), CCTATGC-GAGKGC-GCCTCAGYCCGTTT.CTC (SEQ ID NO : 49 ), GTCCCCTAC-AAGAAGAACTCCCTCGCCTCG (SEQ ID NO: 50), ACGMAGRTCTC-IATCGCCC-CGTCGCAGAAGA (SEQ ID NO : 51), CAA.TCTCGGGAATCTCAATGTTAGTATYCC (SEQ ID NO :52), 及 GACTCATAAGGTSGGRAACTTTACKGGGCT (SEQ ID NO: 53). 8.如申請專利範圍第7項之合成的寡核m酸組,其 中該第二片段包括CTTCTTTGGAGAAAGTGGTG (SEQ ID N0:55)。 (請先閱讀背面之注意事項再填寫本頁) 良紙張尺度適用中國國家標準(CNS ) A4規格(210 X 297公釐厂 S93845 ABCD 經濟部中央橾隼局貝工消費合作社印裝 六、申請專利範圍 9 .—種於樣品中偵測Η B V存在的溶液相三明治式 雜交分析方法,其包括 (a )於雜交條件下,將樣品與下列探針接觸:(i )擴大探針,包括申請專利範圍第5項之合成的寡核苷酸 組’及(i i )捕獲探針,包括申請專利範圍第7項之合 成的寡核苜酸組,其中有莫耳數超過樣品中分析核酸的擴 大探針或捕獲探針; (b )在雜交條件下,將(a )步驟產物與結合至固 相之該寡核苷酸接觸; (c )之後分出未結合至固相之物質: (d )於雜交條件下,將(c )步驟之結合產物與核 酸多體接觸,該多體包括9 0%以上同質於擴大探針多核 Μ酸第二片段之至少一種寡核苷酸片段,及9 0 %以上同 質於經檩記寡核奋酸之許多的第二寡核苷酸片段; (e)移去未結合之多體; (f )在雜交條件下,將(e )步驟之固相複合物產 物與經標記之寡核苷酸接觸: (g )移去未結合之經標記的寡核苷酸; 及 (h )於(g )步驟之固相複合物產物中偵測標記物 之存在。 10.—種於樣品中偵測HBV用之套組,其包含下 列之組合 f丨裝""" ^訂^----^ ·線 (請先聞讀背面之注意事項再填寫本頁) 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS ) A4規格(210X297公釐/ ^〇3Q45 Δ8 Ασ Β8 C8 * ___ D8 七、申請專利範圍 (i )—組擴大探針寡核苷酸,其包括申請專利範圍 第5項之合成寡核苷酸組; (i i ) 一組捕獲探針寡核苷酸,其包括申請專利範 圍第7項之合成寡核苷酸組; i i) 一種核酸多體,該多體包括90%以上同 質於擴大探針多核替酸第二片段之至少一種寡核苷酸片段 ’及9 0%以上同質於經標記之寡核苷酸之許多的第二寡 核苷酸片段;及 (i v )—種經標記之寡核苷酸。 -------_裝丨-------訂丨·----f 線 (請先閲讀背面之注意事項再填寫本頁) 經濟部中央標準局WC工消費合作社印裝 本紙張尺度適用中國國家標準(CNS ) M规格(2丨〇χ297公釐)'
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US81358691A | 1991-12-23 | 1991-12-23 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
TW293845B true TW293845B (zh) | 1996-12-21 |
Family
ID=25212830
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
TW082100428A TW293845B (zh) | 1991-12-23 | 1993-01-20 |
Country Status (8)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US5736316A (zh) |
EP (1) | EP0618924B1 (zh) |
JP (1) | JPH07502653A (zh) |
AT (1) | ATE199158T1 (zh) |
CA (1) | CA2124928C (zh) |
DE (1) | DE69231693T2 (zh) |
TW (1) | TW293845B (zh) |
WO (1) | WO1993013120A1 (zh) |
Families Citing this family (33)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5736334A (en) * | 1993-04-12 | 1998-04-07 | Abbott Laboratories | Nucleotide sequences and process for amplifying and detection of hepatitis B viral DNA |
JPH09501829A (ja) * | 1993-07-13 | 1997-02-25 | アボツト・ラボラトリーズ | 肝炎b型ウイルスのヌクレオチド配列及びdnaの増幅及び検出のための方法 |
US5985662A (en) * | 1995-07-13 | 1999-11-16 | Isis Pharmaceuticals Inc. | Antisense inhibition of hepatitis B virus replication |
ZA973367B (en) * | 1996-04-19 | 1997-11-18 | Innogenetics Nv | Method for typing and detecting HBV. |
EP1038029A2 (en) * | 1997-12-12 | 2000-09-27 | Digene Corporation | Universal collection medium |
US6203989B1 (en) | 1998-09-30 | 2001-03-20 | Affymetrix, Inc. | Methods and compositions for amplifying detectable signals in specific binding assays |
US6759193B2 (en) * | 1999-07-28 | 2004-07-06 | The Government Of The Republic Of Singapore | Detection of human hepatitis B virus surface antigen mutants by specific amplification and its application on gene chip |
US7439016B1 (en) | 2000-06-15 | 2008-10-21 | Digene Corporation | Detection of nucleic acids by type-specific hybrid capture method |
US7601497B2 (en) | 2000-06-15 | 2009-10-13 | Qiagen Gaithersburg, Inc. | Detection of nucleic acids by target-specific hybrid capture method |
SG90149A1 (en) * | 2000-07-18 | 2002-07-23 | Government Of The Republic Of | Diagnostic assay |
US20020081589A1 (en) * | 2000-10-12 | 2002-06-27 | Jing-Shan Hu | Gene expression monitoring using universal arrays |
US6583279B1 (en) | 2001-01-26 | 2003-06-24 | Becton, Dickinson And Company | Sequences and methods for detection of hepatitis B virus |
CN1269966C (zh) * | 2001-03-07 | 2006-08-16 | 拜奥默里克斯有限公司 | 用基于转录的扩增来扩增和检测hbvdna的方法 |
US20030087256A1 (en) * | 2001-04-06 | 2003-05-08 | Micrologix Biotech Inc. | Thiophosphate nucleic acid-based compounds |
EP1451352A4 (en) * | 2001-10-09 | 2006-06-21 | Chiron Corp | IDENTIFICATION OF OLIGONUCLEOTIDES FOR DETECTION, DETECTION AND QUANTIFICATION OF HEPATITIS B VIRUS DNA |
US7015317B2 (en) * | 2002-05-02 | 2006-03-21 | Abbott Laboratories | Polynucleotides for the detection and quantification of hepatitis B virus nucleic acids |
ES2370169T3 (es) | 2002-06-14 | 2011-12-13 | Gen-Probe Incorporated | Composiciones y métodos para detectar el virus de la hepatitis b. |
US8389700B2 (en) * | 2002-09-23 | 2013-03-05 | Alcatel Lucent | Agent delivery system capable of selectively releasing an agent |
US7919600B2 (en) * | 2002-09-23 | 2011-04-05 | Alcatel-Lucent Usa Inc. | Compositions that reversibly gel and de-gel |
EP1544311B1 (en) * | 2003-12-16 | 2009-11-18 | Bio-Rad Pasteur | Oligonucleotides for the detection of hepatitis B virus |
US7239242B2 (en) * | 2005-01-26 | 2007-07-03 | Axcelis Technologies, Inc. | Parts authentication employing radio frequency identification |
US20100255482A1 (en) * | 2007-11-06 | 2010-10-07 | Siemens Healthcare Diagnostics Inc. | Hepatitis B Virus (HBV) Specific Oligonucleotide Sequences |
JP2009201361A (ja) * | 2008-02-26 | 2009-09-10 | Jsr Corp | B型肝炎ウイルスdna捕捉用プローブおよびプローブ固定化固相担体 |
US8288520B2 (en) | 2008-10-27 | 2012-10-16 | Qiagen Gaithersburg, Inc. | Fast results hybrid capture assay and system |
JP6108661B2 (ja) * | 2009-01-28 | 2017-04-05 | キアジェン ゲイサーズバーグ インコーポレイテッド | 配列特異的な大量試料調製方法およびアッセイ法 |
AU2010242867B2 (en) | 2009-05-01 | 2016-05-12 | Qiagen Gaithersburg, Inc. | A non-target amplification method for detection of RNA splice-forms in a sample |
US9605303B2 (en) | 2010-01-29 | 2017-03-28 | Qiagen Gaithersburg, Inc. | Method of determining and confirming the presence of an HPV in a sample |
CA2787924A1 (en) * | 2010-01-29 | 2011-08-04 | Qiagen Gaithersburg, Inc. | Methods and compositions for sequence-specific purification and multiplex analysis of nucleic acids |
EP2572001A2 (en) | 2010-05-19 | 2013-03-27 | QIAGEN Gaithersburg, Inc. | Methods and compositions for sequence-specific purification and multiplex analysis of nucleic acids |
CA2828224A1 (en) | 2011-02-24 | 2012-08-30 | Qiagen Gaithersburg, Inc. | Materials and methods for detection of hpv nucleic acids |
RS61447B1 (sr) | 2011-04-21 | 2021-03-31 | Glaxo Group Ltd | Modulacija ekspresije virusa hepatitisa b (hbv) |
CR20190181A (es) | 2016-10-14 | 2019-08-21 | Prec Biosciences Inc | Meganucleasas diseñadas específicamente para el reconocimiento de secuencias en el genoma del virus de la hepatitis b. |
US11142750B2 (en) | 2018-04-12 | 2021-10-12 | Precision Biosciences, Inc. | Optimized engineered meganucleases having specificity for a recognition sequence in the Hepatitis B virus genome |
Family Cites Families (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
FR2444713A1 (fr) * | 1978-12-18 | 1980-07-18 | Pasteur Institut | Procede de production d'un adn comprenant le genome du virus de l'hepatite b et vecteur le comportant |
US4562159A (en) * | 1981-03-31 | 1985-12-31 | Albert Einstein College Of Medicine, A Division Of Yeshiva Univ. | Diagnostic test for hepatitis B virus |
GB2102006B (en) * | 1981-06-16 | 1984-11-28 | Takeda Chemical Industries Ltd | Deoxyribonucleic acids, their production and use |
US5008182A (en) * | 1986-01-10 | 1991-04-16 | Cetus Corporation | Detection of AIDS associated virus by polymerase chain reaction |
US4868105A (en) * | 1985-12-11 | 1989-09-19 | Chiron Corporation | Solution phase nucleic acid sandwich assay |
ZA88488B (en) * | 1987-01-30 | 1988-10-26 | Smith Kline Rit | Hepatitis b virus surface antigens and hybrid antigens containing them |
CA1339351C (en) * | 1987-10-15 | 1997-08-26 | Michael S. Urdea | Nucleic acid multimers and amplified nucleic acid hybridization assays using same |
US5124246A (en) * | 1987-10-15 | 1992-06-23 | Chiron Corporation | Nucleic acid multimers and amplified nucleic acid hybridization assays using same |
PL169801B1 (pl) * | 1990-07-27 | 1996-08-30 | Chiron Corp | sposób wykonania próby hybrydyzacji kwasu nukleinowego PL |
-
1992
- 1992-12-22 WO PCT/US1992/011165 patent/WO1993013120A1/en active IP Right Grant
- 1992-12-22 AT AT93902719T patent/ATE199158T1/de not_active IP Right Cessation
- 1992-12-22 CA CA002124928A patent/CA2124928C/en not_active Expired - Fee Related
- 1992-12-22 EP EP93902719A patent/EP0618924B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1992-12-22 DE DE69231693T patent/DE69231693T2/de not_active Expired - Lifetime
- 1992-12-22 JP JP5511870A patent/JPH07502653A/ja active Pending
-
1993
- 1993-01-20 TW TW082100428A patent/TW293845B/zh not_active IP Right Cessation
-
1994
- 1994-01-24 US US08/186,229 patent/US5736316A/en not_active Expired - Lifetime
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP0618924A1 (en) | 1994-10-12 |
CA2124928C (en) | 2003-06-17 |
JPH07502653A (ja) | 1995-03-23 |
DE69231693T2 (de) | 2001-05-31 |
DE69231693D1 (de) | 2001-03-22 |
US5736316A (en) | 1998-04-07 |
EP0618924A4 (en) | 1996-01-17 |
ATE199158T1 (de) | 2001-02-15 |
EP0618924B1 (en) | 2001-02-14 |
WO1993013120A1 (en) | 1993-07-08 |
CA2124928A1 (en) | 1993-07-08 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
TW293845B (zh) | ||
TW294722B (zh) | ||
JP5166666B2 (ja) | 型特異的ハイブリッド捕捉法による核酸の検出方法 | |
TW294721B (zh) | ||
US5629153A (en) | Use of DNA-dependent RNA polymerase transcripts as reporter molecules for signal amplification in nucleic acid hybridization assays | |
JPH07502658A (ja) | 溶液相サンドイッチハイブリダイゼーションアッセイに用いるためのhavプローブ | |
EP0510085B1 (en) | Dna-dependent rna polymerase transcripts as reporter molecules for signal amplification in nucleic acid hybridization assays | |
AU2001266974A1 (en) | Detection of nucleic acids by type-specific hybrid capture method | |
TW293844B (zh) | ||
TW293843B (zh) |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MK4A | Expiration of patent term of an invention patent |