TW202340469A - 一種dsrna、其應用及製備方法 - Google Patents
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Abstract
本揭露關於一種dsRNA、其應用及製備方法。本揭露還關於包含該dsRNA的醫藥組成物、細胞或試劑盒。本揭露的dsRNA可以干擾APOC3的表達,預防和/或治療相關疾病。
Description
本揭露要求申請日為2022年01月20日的中國專利申請202210064031.8的優先權,本揭露引用上述中國專利申請的全文。
本揭露關於利用dsRNA降低目的RNA表達以及治療相關疾病的技術領域,具體地,本揭露關於dsRNA的製備和應用。
RNA干擾(RNAi)是一種有效的沉默基因表達的方式。據統計,在人體內的疾病相關蛋白中,大約超過80%的蛋白質不能被目前常規的小分子藥物以及生物大分子製劑所靶向,屬於不可成藥蛋白。利用RNA干擾技術,可以根據編碼這些蛋白的mRNA,設計合適的dsRNA,特異性靶向目標mRNA並降解目標mRNA,從而達到抑制相關的蛋白生成。因此dsRNA具有非常重要的藥物開發前景。然而要實現體內的治療目的RNA干擾效應,需要向體內特定的細胞遞送。
採用靶向配體綴合,利用靶向配體與細胞膜表面的受體分子結構,從而內吞進入到細胞內,是一種有效的藥物遞送方式。例如,去唾液酸糖蛋
白受體(ASGPR)是肝細胞特異性表達的受體,在肝細胞表面具有高豐度,胞內外轉換快速的特點。半乳糖、半乳糖胺、N-乙醯半乳糖胺等單糖和多糖分子對ASGPR有高親和性。文獻報導(10.16476/j.pibb.2015.0028)使用胺基半乳糖分子簇(GalNAc)可以有效遞送RNA到肝細胞,GalNAc分子被設計成三價或四價的分子簇可以顯著提高單價或二價的GalNAc分子靶向肝細胞的能力。
不同分子簇結構,和與RNA之間不同的連接方式會明顯的影響dsRNA在體內的活性,更高的活性意味著更好的治療效果,或更低的給藥劑量,在同等藥效下,更低的給藥劑量也意味著更低的毒性反應。
APOC3主要在肝臟中合成,並在富含甘油三酯的脂蛋白的產生、代謝以及從血漿的清除中發揮重要作用。肝臟中APOC3的表達可以促進富含甘油三酯的極低密度脂蛋白(VLDL)的分泌。另外,APOC3還可以藉由抑制脂蛋白脂肪酶和肝脂肪酶的活性,來抑制富含甘油三酯的脂蛋白的分解代謝,進一步提高血清甘油三酯水平。此外,APOC3也可以藉由干擾富含甘油三酯的脂蛋白和與肝受體的結合來抑制富含甘油三酯的脂蛋白和其殘餘顆粒的肝清除。
升高的APOC3水平與升高的甘油三酯水平和諸如心血管疾病、代謝綜合症、肥胖和糖尿病之類的疾病相關聯。近年來,APOC3已成為用於治療與高甘油三酯血症相關的疾病的有前景的靶標。升高的血清甘油三酯水平被鑑定為心血管疾病的獨立風險因素和發展為動脈粥樣硬化的促成因素。具有重度高甘油三酯血症的個體也具有發展為復發性胰腺炎的高風險。
第一方面,本揭露提供了一種雙鏈核糖核酸(dsRNA),其包含有義鏈和反義鏈,該有義鏈和反義鏈按照5’端到3’端的方向包含連續的核苷酸,其中該有義鏈第7、8和9位的核苷酸為2’-氟修飾的核苷酸,第5位的核苷酸獨立地為2’-甲氧基修飾的核苷酸或2’-氟修飾的核苷酸,其餘位置的核苷酸為2’-甲氧基修飾的核苷酸;該反義鏈第2和14位的核苷酸為2’-氟修飾的核苷酸,第4、6、8、9、10、12、16和18位的核苷酸獨立地為2’-甲氧基或2’-氟修飾的核苷酸,其餘位置的核苷酸為2’-甲氧基修飾的核苷酸;該反義鏈中2’-氟修飾的核苷酸的個數為2-7個;
該反義鏈第2位至第8位中的至少一個核苷酸位置處包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽:
其中,Y選自O、NH和S;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H或C1-C6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
R3選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,p=1、2或3;
其中,
R1選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,q=1、2或3;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B是鹼基;
該式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽修飾不是
在一些實施方案中(某些基團或特徵的定義如下,未定義的基團或特徵同其他任一方案所述,以下簡稱“在一些實施方案中”),當X為NH-CO時,R1不是H。
在一些實施方案中,以2’-甲氧基修飾替換式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽。
在一些實施方案中,該反義鏈第2位至第8位中的至少一個核苷酸為2’-甲氧基修飾的核苷酸。
在一些具體的實施方案中,該反義鏈5’端起第2、4、6、10、12、14和16位為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些具體的實施方案中,該反義鏈5’端起第2、4、6、10、14和16位為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些具體的實施方案中,該反義鏈5’端起第2、4、6、12、14和16位為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些具體的實施方案中,該反義鏈5’端起第2、6、10、12、14和16位為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些具體的實施方案中,該反義鏈5’端起第2、6、14和16位為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些具體的實施方案中,該反義鏈5’端起第2、4、6、14和16位為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些具體的實施方案中,該反義鏈5’端起第2、6、10、14和16位為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些具體的實施方案中,該反義鏈5’端起第2、6、12、14和16位為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些具體的實施方案中,該反義鏈5’端起第6、14和16位為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些具體的實施方案中,該反義鏈5’端起第2、14和16位為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些具體的實施方案中,該反義鏈5’端起第2、6和14位為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,式(I)所示的化學修飾選自式(I-1)所示的化學修飾:
其中,Y選自O、NH和S;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
每個J1、J2分別獨立地為H或C1-C6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
R3選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,p=1、2或3;
R1選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,q=1、2或3;
R2選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,式(I)所示的化學修飾選自式(I-2)所示的化學修飾:
其中Y選自O、NH和S;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H或C1-C6烷基;
R3選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,p=1、2或3;
R1選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,q=1、2或3;
R2選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基;r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H、甲基、乙基、正丙基或異丙基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H或甲基;
R3選自H、OH、F、Cl、NH2、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-甲基胺基、-O-乙基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,p=1或2;
R1選自H、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,q=1或2;
R2選自H、OH、F、Cl、NH2、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-甲基胺基、-O-乙基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,r=1或2;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H、甲基、乙基、正丙基或異丙基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H或甲基;
R3選自H、OH、F、Cl、NH2、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-甲基胺基、-O-乙基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,p=1或2;
R1選自H、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,q=1或2;
R2選自H、OH、F、Cl、NH2、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-甲基胺基、-O-乙基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,r=1或2;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-
甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O或NH;每個X獨立地選自NH-CO、CH2和NH;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H;
R1選自H、甲基和CH2OH;
R2選自H、OH、NH2、甲基和CH2OH;
R3選自H、OH、NH2、甲基和CH2OH;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-
甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O或NH;每個X獨立地選自NH-CO、CH2和NH;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H;
R1選自H、甲基和CH2OH;
R2選自H、甲基和CH2OH;
R3選自H、OH、NH2、甲基和CH2OH;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-
甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O或NH;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、NR5和NH-CO,R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H或C1-C6烷基;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
R3選自H、OH、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和(CH2)pR6;R6選自OH、甲氧基和乙氧基,p=1、2或3;
R1選自H、OH、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和(CH2)qR7;R7選自OH、甲氧基和乙氧基,q=1、2或3;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、OH、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和(CH2)rR8;R8選自OH、甲氧基和乙氧基,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成3-6員環;
B是鹼基;
該式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽修飾不是
在一些實施方案中,X獨立地選自CR4(R4’)和NH-CO。
在一些實施方案中,X獨立地選自CR4(R4’)。
在一些實施方案中,R3選自H、C1-C6烷基和(CH2)pR6。
在一些實施方案中,R3選自H和C1-C6烷基。
在一些實施方案中,R1選自H、C1-C6烷基和(CH2)qR7。
在一些實施方案中,R1選自H和C1-C6烷基。
在一些實施方案中,R2選自H、OH、C1-C6烷基和(CH2)rR8。
在一些實施方案中,R2選自H、C1-C6烷基和(CH2)rR8。
在一些實施方案中,Y為O;
每個X獨立地選自CR4(R4’)和NH-CO,R4和R4’分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H或C1-C6烷基;
R3選自H、C1-C6烷基和(CH2)pR6;R6選自OH,p=1、2或3;
R1選自H、C1-C6烷基和(CH2)qR7;R7選自OH,q=1、2或3;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、OH、C1-C6烷基和(CH2)rR8;R8選自OH,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成5-6員環;
B是鹼基。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O;
每個X獨立地選自CR4(R4’),R4和R4’分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H;
R3選自H和C1-C6烷基;
R1選自H和C1-C6烷基;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、C1-C6烷基和(CH2)rR8;R8選自OH,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成5-6員環;
B是鹼基。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O。
在一些實施方案中,X獨立地選自CR4(R4’)、NR5和NH-CO,R4、R4’、R5分別獨立地為H、甲基、乙基、正丙基或異丙基。在一些實施方案中,X獨立地選自NH-CO、CH2和NH。在一些實施方案中,X獨立地選自NH-CO和CH2。在一些實施方案中,X為CH2。
在一些實施方案中,J2為H或甲基。在一些實施方案中,J2為H。
在一些實施方案中,R3選自H、OH、NH2、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基和(CH2)pR6,R6選自OH、甲氧基和乙氧基,p=1或2。在一些實施方案中,R3選自H、甲基、乙基、正丙基、異丙基和(CH2)pR6,R6選自OH,p=1或2。在一些實施方案中,R3選自H和甲基。
在一些實施方案中,R1選自H、OH、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基和(CH2)qR7,R7選自OH,q=1或2。在一些實施方案中,R1選自H、甲基、乙基、正丙基、異丙基和(CH2)qR7,R7選自OH,q=1或2。在一些實施方案中,R1選自H和甲基。
在一些實施方案中,R2選自H、OH、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基和(CH2)rR8,R8選自OH,r=1或2。在一些實施方案中,R2選自H、OH、甲基、乙基、正丙基、異丙基和(CH2)rR8,R8選自OH,r=1或2。在一些實施方案中,R2選自H、甲基和CH2OH。
在一些實施方案中,R1和R2直接相連成5-6員環。在一些實施方案中,R1和R2直接相連形成3-6員環烷基。在一些實施方案中,R1和R2直接相連形成環戊基或環己基。
在一些實施方案中,該式(I)所示的化學修飾選自以下任一結構:
其中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,該式(I)所示的化學修飾選自以下任一結構:
其中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基
嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,該式(I)所示的化學修飾選自以下任一結構:
其中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,該式(I)所示的化學修飾選自以下任一結構:
其中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯中。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,該包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸選自包含式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸,
其中,Y選自O、NH和S;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H或C1-C6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
R3選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,p=1、2或3;
其中,
R1選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,q=1、2或3;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B是鹼基;
M為O或S;
該式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽不是
在一些實施方案中,當X為NH-CO時,R1不是H。
在一些實施方案中,以2’-甲氧基修飾替換式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽。
在一些實施方案中,該式(I’)所示的化學修飾選自式(I’-1)所示的化學修飾:
其中,Y選自O、NH和S;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
每個J1、J2分別獨立地為H或C1-C6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
R3選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,p=1、2或3;
R1選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,q=1、2或3;
R2選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,r=1、2或3;
M為O或S;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I’)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-
甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,式(I’)所示的化學修飾選自式(I’-2)所示的化學修飾:
其中,Y選自O、NH和S;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H或C1-C6烷基;
R3選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,p=1、2或3;
R1選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,q=1、2或3;
R2選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基;r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
M為O或S;
B如式(I’)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C3烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H或C1-C3烷基;
R3選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C3烷基、C1-C3烷氧基、C2-C4烯基、C2-C4炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,p=1、2或3;
R1選自H、C1-C3烷基、C1-C3烷氧基、C2-C4烯基、C2-C4炔基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C4烯基和C2-C4炔基,q=1、2或3;
R2選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C3烷基、C1-C3烷氧基、C2-C4烯基、C2-C4炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C4烯基和C2-C4炔基,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I’)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H、甲基、乙基、正丙基或異丙基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H或甲基;
R3選自H、OH、F、Cl、NH2、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-甲基胺基、-O-乙基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,p=1或2;
R1選自H、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,q=1或2;
R2選自H、OH、F、Cl、NH2、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-甲基胺基、-O-乙基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,r=1或2;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I’)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在式(I’)、式(I’-1)或式(I’-2)的一些實施方案中,Y為O或NH;每個X獨立地選自NH-CO、CH2和NH;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H;
R1選自H、甲基和CH2OH;
R2選自H、OH、NH2、甲基和CH2OH;
R3選自H、OH、NH2、甲基和CH2OH;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I’)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在式(I’)、式(I’-1)或式(I’-2)的一些實施方案中,Y為O或NH;每個X獨立地選自NH-CO、CH2和NH;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H;
R1選自H、甲基和CH2OH;
R2選自H、甲基和CH2OH;
R3選自H、OH、NH2、甲基和CH2OH;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I’)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O或NH;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、NR5和NH-CO,R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H或C1-C6烷基;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
R3選自H、OH、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和(CH2)pR6;R6選自OH、甲氧基和乙氧基,p=1、2或3;
R1選自H、OH、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和(CH2)qR7;R7選自OH、甲氧基和乙氧基,q=1、2或3;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、OH、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和(CH2)rR8;R8選自OH、甲氧基和乙氧基,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成3-6員環;
M為O或S;
B是鹼基;
該式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽不是
在一些實施方案中,X獨立地選自CR4(R4’)和NH-CO。
在一些實施方案中,X獨立地選自CR4(R4’)。
在一些實施方案中,R3選自H、C1-C6烷基和(CH2)pR6。
在一些實施方案中,R3選自H和C1-C6烷基。
在一些實施方案中,R1選自H、C1-C6烷基和(CH2)qR7。
在一些實施方案中,R1選自H和C1-C6烷基。
在一些實施方案中,R2選自H、OH、C1-C6烷基和(CH2)rR8。
在一些實施方案中,R2選自H、C1-C6烷基和(CH2)rR8。
在一些實施方案中,Y為O;
每個X獨立地選自CR4(R4’)和NH-CO,R4和R4’分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H或C1-C6烷基;
R3選自H、C1-C6烷基和(CH2)pR6;R6選自OH,p=1、2或3;
R1選自H、C1-C6烷基和(CH2)qR7;R7選自OH,q=1、2或3;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、OH、C1-C6烷基和(CH2)rR8;R8選自OH,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成5-6員環;
M為O或S;
B是鹼基。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O;
每個X獨立地選自CR4(R4’),R4和R4’分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H;
R3選自H和C1-C6烷基;
R1選自H和C1-C6烷基;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、C1-C6烷基和(CH2)rR8;R8選自OH,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成5-6員環;
M為O或S;
B是鹼基。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基
嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O。
在一些實施方案中,X獨立地選自CR4(R4’)、NR5和NH-CO,R4、R4’、R5分別獨立地為H、甲基、乙基、正丙基或異丙基。在一些實施方案中,X獨立地選自NH-CO、CH2和NH。在一些實施方案中,X獨立地選自NH-CO和CH2。在一些實施方案中,X為CH2。
在一些實施方案中,J2為H或甲基。在一些實施方案中,J2為H。
在一些實施方案中,R3選自H、OH、NH2、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基和(CH2)pR6,R6選自OH、甲氧基和乙氧基,p=1或2。在一些實施方案中,R3選自H、甲基、乙基、正丙基、異丙基和(CH2)pR6,R6選自OH,p=1或2。在一些實施方案中,R3選自H和甲基。
在一些實施方案中,R1選自H、OH、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基和(CH2)qR7,R7選自OH,q=1或2。
在一些實施方案中,R1選自H、甲基、乙基、正丙基、異丙基和(CH2)qR7,R7選自OH,q=1或2。在一些實施方案中,R1選自H和甲基。
在一些實施方案中,R2選自H、OH、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基和(CH2)rR8,R8選自OH,r=1或2。在一些實施方案中,R2選自H、OH、甲基、乙基、正丙基、異丙基和(CH2)rR8,R8選自OH,r=1或2。在一些實施方案中,R2選自H、甲基和CH2OH。
在一些實施方案中,R1和R2直接相連成5-6員環。在一些實施方案中,R1和R2直接相連形成3-6員環烷基。在一些實施方案中,R1和R2直接相連形成環戊基或環己基。
在一些實施方案中,該式(I’)所示的化學修飾選自以下任一結構:
其中,M為O或S;
B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,該式(I’)所示的化學修飾選自以下任一結構:
其中,M為O或S;
B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-
甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,該式(I’)所示的化學修飾選自以下任一結構:
其中,M為O或S;
B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,該式(I’)所示的化學修飾選自以下任一結構:
以及它們結構中的腺嘌呤被置換為鳥嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶或胸腺嘧啶的那些。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與該反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
再一方面,本揭露提供了一種dsRNA,其包含有義鏈和反義鏈:
在一些實施方案中,該反義鏈與靶序列至少部分地反向互補以介導RNA干擾;在一些實施方案中,該反義鏈與靶序列之間存在不多於5個、不
多於4個、不多於3個、不多於2個、不多於1個錯配;在一些實施方案中,該反義鏈與靶序列完全反向互補。
在一些實施方案中,該有義鏈與反義鏈至少部分地反向互補以形成雙鏈區;在一些實施方案中,該有義鏈與反義鏈之間存在不多於5個、不多於4個、不多於3個、不多於2個、不多於1個錯配;在一些實施方案中,該有義鏈與反義鏈完全反向互補。
在一些實施方案中,該有義鏈和反義鏈各自獨立地具有16至35個、16至34個、17至34個、17至33個、18至33個、18至32個、18至31個、18至30個、18至29個、18至28個、18至27個、18至26個、18至25個、18至24個、18至23個、19至25個、19至24個、或19至23個核苷酸(例如19、20、21、22、23個核苷酸)。
在一些實施方案中,該有義鏈和反義鏈長度相同或不同,該有義鏈的長度為19-23個核苷酸,該反義鏈的長度為19-26個核苷酸。在一些實施方案中,該有義鏈和反義鏈的長度比可以是19/20、19/21、19/22、19/23、19/24、19/25、19/26、20/20、20/21、20/22、20/23、20/24、20/25、20/26、21/20、21/21、21/22、21/23、21/24、21/25、21/26、22/20、22/21、22/22、22/23、22/24、22/25、22/26、23/20、23/21、23/22、23/23、23/24、23/25或23/26。在一些實施方案中,該有義鏈和反義鏈的長度比為19/21、21/23或23/25。在一些實施方案中,該有義鏈和反義鏈的長度比為19/21。
在一些實施方案中,該dsRNA包含一個或兩個平端。
在一些實施方案中,該dsRNA包含具有1至4個未配對核苷酸的突出端,例如1個、2個、3個、4個。
在一些實施方案中,該dsRNA包含位於該反義鏈3’端的突出端。
在一些實施方案中,包含式(I)或式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸位於反義鏈5’區域的第5位、第6位或第7位。
在一些實施方案中,包含式(I)或式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸位於反義鏈5’區域的位於第7位。
在一些實施方案中,式(I)或式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽修飾在其5’區域的第5位時,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,式(I)或式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽修飾在其5’區域的第6位時,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,式(I)或式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽修飾在其5’區域的第7位時,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與該反義鏈在其5’區域的第5位核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,B與該反義鏈在其5’區域的第6位核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,B與該反義鏈在其5’區域的第7位核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,該有義鏈第5位的核苷酸為2'-甲氧基修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,該反義鏈第7位的核苷酸為2'-甲氧基修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,該有義鏈和反義鏈包含或為如下式所示的核苷酸:
有義鏈:5’-NaNaNaNaXNaNbNbNbNaNaNaNaNaNaNaNaNaNa-3’;
反義鏈:5’-Na’Nb’Na’X’Na’X’W’X’X’X’Na’X’Na’Nb’Na’X’Na’X’Na’Na’Na’-3’;
其中,每個X獨立地為Na或Nb,每個X’獨立地為Na’或Nb’;Na和Na’為2'-甲氧基修飾的核苷酸,Nb和Nb’為2'-氟修飾的核苷酸;
W’表示2'-甲氧基修飾的核苷酸或包含式(I)或式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸。
在一些實施方案中,W’表示2'-甲氧基修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,W’表示包含式(I)或式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸。
在一些實施方案中,W’具有以下的結構:
在一些實施方案中,該有義鏈和反義鏈包含或為如下式所示的核苷酸序列:
有義鏈:5’-NaNaNaNaNaNaNbNbNbNaNaNaNaNaNaNaNaNaNa-3’;
反義鏈:5’-Na’Nb’Na’X’Na’X’W’X’X’X’Na’X’Na’Nb’Na’X’Na’X’Na’Na’Na’-3’;
其中,每個X’獨立地為Na’或Nb’;Na和Na’為2'-甲氧基修飾的核苷酸,Nb和Nb’為2'-氟修飾的核苷酸;
W’表示2'-甲氧基修飾的核苷酸或包含式(I)或式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸。
在一些實施方案中,W’表示2'-甲氧基修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,W’表示包含式(I)或式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸。
在一些實施方案中,W’具有以下的結構:
在一些實施方案中,該有義鏈包含或為如下式所示的核苷酸序列:
5’-NaNaNaNaXNaNbNbNbNaNaNaNaNaNaNaNaNaNa-3’;
其中,X為Na或Nb;Na為2'-甲氧基修飾的核苷酸,Nb為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,該有義鏈包含或為如下式所示的核苷酸序列:
5’-NaNaNaNaNaNaNbNbNbNaNaNaNaNaNaNaNaNaNa-3’;
其中,Na為2'-甲氧基修飾的核苷酸,Nb為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,該反義鏈包含或為如下式所示的核苷酸序列:
5’-Na’Nb’Na’X’Na’X’W’X’X’X’Na’X’Na’Nb’Na’X’Na’X’Na’Na’Na’-3’;
其中,每個X’獨立地為Na’或Nb’;Na’為2'-甲氧基修飾的核苷酸,Nb’為2'-氟修飾的核苷酸;
W’表示2'-甲氧基修飾的核苷酸或包含式(I)或式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸。
在一些實施方案中,W’表示2'-甲氧基修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,W’表示包含式(I)或式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸。
在一些實施方案中,W’具有以下的結構:
在一些實施方案中,式(I)所示的化學修飾選自:
在一些實施方案中,式(I)所示的化學修飾選自:
在一些具體的實施方案中,M為S。一些具體的實施方案中,M為O。
在一些實施方案中,該反義鏈包含或為如下式所示的核苷酸序列:
5’-Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’W’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;
5’-Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’W’Na’Na’Nb’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’-3’;
5’-Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’W’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’-3’;
5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Nb’W’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’-3’;
5’-Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’W’Na’Na’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;
5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Nb’W’Na’Na’Nb’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;
5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Nb’W’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;
5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Na’W’Nb’Nb’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;
5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Nb’W’Na’Na’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;
5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Nb’W’Na’Na’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;
5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Na’W’Na’Na’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;或,
5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Na’W’Na’Na’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;
其中,Na’為2'-甲氧基修飾的核苷酸,Nb’為2'-氟修飾的核苷酸;
W’表示2'-甲氧基修飾的核苷酸或包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸。
在一些實施方案中,W’表示2'-甲氧基修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,W’表示包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸。
在一些實施方案中,式(I)所示的化學修飾選自:
在一些實施方案中,式(I)所示的化學修飾選自:
在一些實施方案中,W’具有以下的結構:
在一些具體的實施方案中,M為S。一些具體的實施方案中,M為O。
在一些實施方案中,該有義鏈和/或反義鏈中至少一個磷酸酯基為
具有修飾基團的磷酸酯基,該修飾基團使得該dsRNA在生物樣品或環境中具有增加的穩定性;在一些實施方案中,該具有修飾基團的磷酸酯基為硫代磷酸酯基。在一些實施方案中,該具有修飾基團的磷酸酯基為硫代磷酸二酯基。
在一些實施方案中,該硫代磷酸二酯基存在於以下位置中的至少一處:
該有義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;
該有義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;
該反義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;
該反義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;
該反義鏈的3'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;以及
該反義鏈的3'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間。
在一些實施方案中,該有義鏈和/或反義鏈中包括多個硫代磷酸二酯基,該硫代磷酸二酯基存在於:
該有義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;和,
該有義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;和,
該反義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;和,
該反義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;和,
該反義鏈的3'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;和,
該反義鏈的3'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間。
在一些實施方案中,該有義鏈包含或為如下式所示的核苷酸序列:
5’-NmsNmsNmNmNfNmNfNfNfNmNmNmNmNmNmNmNmNmNm-3’,或,
5’-NmsNmsNmNmNmNmNfNfNfNmNmNmNmNmNmNmNmNmNm-3’,
其中,Nm表示2'-甲氧基修飾的任意核苷酸,例如2'-甲氧基修飾的C、G、U、A;Nf表示2'-氟修飾的任意核苷酸,例如2'-氟修飾的C、G、U、A;
小寫字母s表示與該字母s左右相鄰的兩個核苷酸之間為硫代磷酸二酯基連接;小寫字母s在3’端第一個時表示與該字母s左側相鄰的一個核苷酸末端為硫代磷酸二酯基。
在一些實施方案中,該有義鏈包含或為如下式所示的核苷酸序列:
5’-NmsNmsNmNmNmNmNfNfNfNmNmNmNmNmNmNmNmNmNm-3’,
其中,Nm表示2'-甲氧基修飾的任意核苷酸,例如2'-甲氧基修飾的C、G、U、A;Nf表示2'-氟修飾的任意核苷酸,例如2'-氟修飾的C、G、U、A;
小寫字母s表示與該字母s左右相鄰的兩個核苷酸之間為硫代磷酸二酯基連接;小寫字母s在3’端第一個時表示與該字母s左側相鄰的一個核苷酸末端為硫代磷酸二酯基。
在一些實施方案中,該反義鏈包含或為如下式所示的核苷酸序列:
5’-Nm’sNf’sNm’Nf’Nm’Nf’W’Nm’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nm’Nm’sNm’sNm’-3’;
5’-Nm’sNf’sNm’Nf’Nm’Nf’W’Nm’Nm’Nf’Nm’Nm’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’sNm’sNm’-3’;
5’-Nm’sNf’sNm’Nf’Nm’Nf’W’Nm’Nm’Nm’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’sNm’sNm’-3’;
5’-Nm’sNf’sNm’Nm’Nm’Nf’W’Nm’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’sNm’sNm’-3’;
5’-Nm’sNf’sNm’Nf’Nm’Nf’W’Nm’Nm’Nm’Nm’Nm’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nm’Nm’sNm’sNm’-3’;
5’-Nm’sNf’sNm’Nm’Nm’Nf’W’Nm’Nm’Nf’Nm’Nm’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nm’Nm’sNm’sNm’-3’;
5’-Nm’sNf’sNm’Nm’Nm’Nf’W’Nm’Nm’Nm’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nm’Nm’sNm’sNm’-3’;
5’-Nm’sNf’sNm’Nm’Nm’Nm’W’Nf’Nf’Nm’Nm’Nm’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nm’Nm’sNm’sNm’-3’;
5’-Nm’sNf’sNm’Nm’Nm’Nf’W’Nm’Nm’Nm’Nm’Nm’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nm’Nm’sNm’sNm’-3’;
5’-Nm’sNf’sNm’Nm’Nm’Nf’W’Nm’Nm’Nm’Nm’Nm’Nm’Nf’Nm’Nm’Nm’Nm’Nm’sNm’sNm’-3’;
5’-Nm’sNf’sNm’Nm’Nm’Nm’W’Nm’Nm’Nm’Nm’Nm’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nm’Nm’sNm’sNm’-3’;
或,
5’-Nm’sNf’sNm’Nm’Nm’Nm’W’Nm’Nm’Nm’Nm’Nm’Nm’Nf’Nm’Nm’Nm’Nm’Nm’sNm’sNm’-3’;
其中,Nm’表示2'-甲氧基修飾的任意核苷酸,例如2'-甲氧基修飾的C、G、U、A;Nf’表示2'-氟修飾的任意核苷酸,例如2'-氟修飾的C、G、U、A;
小寫字母s表示與該字母s左右相鄰的兩個核苷酸之間為硫代磷酸二酯基連接,小寫字母s在3’端第一個時表示與該字母s左側相鄰的一個核苷酸末端為硫代磷酸二酯基;
W’表示2'-甲氧基修飾的核苷酸或包含式(I)或式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,W’表示2'-甲氧基修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,W’表示包含式(I)或式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸。
在一些實施方案中,式(I)或式(I’)所示的化學修飾選自:
一些實施方案中,式(I)或式(I’)所示的化學修飾選自:
在一些實施方案中,M為S。在一些具體的實施方案中,M為O。
在一些實施方案中,該dsRNA抑制載脂蛋白C3(APOC3)的表達。
在一些實施方案中,該有義鏈包含與SEQ ID NO:1的核苷酸序列相差不超過3個核苷酸的至少15個連續核苷酸,和/或,
該反義鏈包含與SEQ ID NO:2的核苷酸序列相差不超過3個核苷酸的至少19個連續核苷酸;
在一些實施方案中,該有義鏈包含或選自SEQ ID NO:1的核苷酸序列,和/或,該反義鏈包含或選自SEQ ID NO:2的核苷酸序列。
在一些實施方案中,該有義鏈和反義鏈為以下任一方案:
有義鏈包含5’-UAUUCUCAGUGCUCUCCUZb1-3’(SEQ ID NO:21),反義鏈包含5’-UAGGAGAGCACUGAGAAUACU-3’(SEQ ID NO:22);
或者,有義鏈包含5’-GCACCGUUAAGGACAAGUZb2-3’(SEQ ID NO:23),反義鏈包含5’-AACUUGUCCUUAACGGUGCUC-3’(SEQ ID NO:24);
其中,Zb1為A或G;Zb2為C或U。
在一些實施方案中,該dsRNA的有義鏈的核苷酸序列包含或選自SEQ ID NO:3,反義鏈的核苷酸序列包含或選自SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:14中任一的核苷酸序列;
在一些實施方案中,該dsRNA為以下任一方案:
有義鏈包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:5的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:6的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:7的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:8的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:9的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:10的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:11的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:12的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:13的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:3的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:14的核苷酸序列。
在一些實施方案中,該dsRNA為以下任一方案:
有義鏈由SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:5所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:6所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:7所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:8所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:9所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:10所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:11所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:12所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:13所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:14所示的核苷酸序列組成。
在一些實施方案中,該dsRNA為以下任一方案:
包含SEQ ID NO:3所示的有義鏈和SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:14中任一項所示的反義鏈。
在一些實施方案中,該dsRNA為以下任一方案:
選自SEQ ID NO:3所示的有義鏈和SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:14中任一項所示的反義鏈。
本揭露中,按照5’-3’方向,
SEQ ID NO:3是UmsAmsUmUmCmUmCfAfGfUmGmCmUmCmUmCmCmUmAm;
SEQ ID NO:5是UmsAfsGmGfAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAfCmUfGmAfGmAfAmUmAmsCmsUm;
SEQ ID NO:6是
UmsAfsGmGfAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAfCmUmGmAfGmAfAmUfAmsCmsUm;
SEQ ID NO:7是UmsAfsGmGfAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAmCmUfGmAfGmAfAmUfAmsCmsUm;
SEQ ID NO:8是UmsAfsGmGmAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAfCmUfGmAfGmAfAmUfAmsCmsUm;
SEQ ID NO:9是UmsAfsGmGmAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAmCmUmGmAfGmAfAmUmAmsCmsUm;
SEQ ID NO:10是UmsAfsGmGfAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAmCmUmGmAfGmAfAmUmAmsCmsUm;
SEQ ID NO:11是UmsAfsGmGmAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAfCmUmGmAfGmAfAmUmAmsCmsUm;
SEQ ID NO:12是UmsAfsGmGmAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAmCmUfGmAfGmAfAmUmAmsCmsUm;
SEQ ID NO:13是UmsAfsGmGmAmGm(-)hmpNA(A)GfCfAmCmUmGmAfGmAfAmUmAmsCmsUm;
SEQ ID NO:14是
UmsAfsGmGmAmGm(-)hmpNA(A)GmCmAmCmUmGmAfGmAmAmUmAmsCmsUm;
其中,Af=腺嘌呤2'-F核糖核苷(adenine 2'-F ribonucleoside);Cf=胞嘧啶2'-F核糖核苷(cytosine 2'-F ribonucleoside);Uf=尿嘧啶2'-F核糖核苷(uracil 2'-F ribonucleoside);Gf=鳥嘌呤2'-F核糖核苷(guanine 2'-F ribonucleoside);Am=腺嘌呤2'-OMe核糖核苷(adenine 2'-OMe ribonucleoside);Cm=胞嘧啶2'-OMe核糖核苷(cytosine 2'-OMe ribonucleoside);Gm=鳥嘌呤2'-OMe核糖核苷(guanine 2'-OMe ribonucleoside);Um=尿嘧啶2'-OMe核糖核苷(uracil 2'-OMe ribonucleoside);
s表示與該字母s左右相鄰的兩個核苷酸之間為硫代磷酸二酯基連接;
在一些實施方案中,該dsRNA還包括綴合的配體,該配體選自靶向肝臟的靶向配體;在一些實施方案中,該配體結合脫唾液酸糖蛋白受體(ASGPR);在一些實施方案中,該配體包括半乳糖簇或半乳糖衍生物簇,該半乳糖衍生物選自N-乙醯基-半乳糖胺、N-三氟乙醯基半乳糖胺、N-丙醯基半乳糖胺、N-正丁醯基半乳糖胺或N-異丁醯基半乳糖胺、或其組合。
在一些實施方案中,該dsRNA還包括綴合的配體,該配體為如式(II)所示化合物或其藥學上可接受的鹽,
其中,L1為C1-C30烷基鏈、或包含被一個或多個氧、硫、氮原子或C=O間斷的C1-C30烷基鏈;
R11和R12獨立地為化學鍵、NR16、C=O或-OC(=O)-;
R14獨立地為CR19或N;
環A為存在或不存在的環烷基、雜環烷基、芳基或雜芳基,且當環A存在時,R15獨立地為CR19或N,當環A不存在時,R15獨立地為CR17R18、NR16或O;
R16和R19獨立地為氫、氘、烷基、烷氧基、環烷基、雜環烷基、芳基、雜芳基、SR'、S(=O)R'、S(=O)2R'、S(=O)2NR'(R")、NR'(R")、C(=O)R'、C(=O)OR'或C(=O)NR'(R"),該烷基、烷氧基、環烷基、雜環烷基、芳基或雜芳基視需要被一個或多個選自鹵素、羥基、側氧、硝基、氰基、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C3-7環烷基、3-12員雜環烷基、6-12員芳基、5-12員雜芳基、SR'、S(=O)R'、S(=O)2R'、S(=O)2NR'(R")、NR'(R")、C(=O)R'、C(=O)OR'和C(=O)NR'(R")中的基團所取代;
R17和R18獨立地為氫、氘、烷基、烷氧基、環烷基、雜環烷基、芳基、雜芳基、SR'、S(=O)R'、S(=O)2R'、S(=O)2NR'(R")、NR'(R")、C(=O)R'、C(=O)OR'或C(=O)NR'(R"),該烷基、烷氧基、環烷基、雜環烷基、芳基或雜芳基視需要被一個或多個選自鹵素、羥基、側氧、硝基、氰基、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C3-7環烷基、3-12員雜環烷基、6-12員芳基、5-12員雜芳基、SR'、S(=O)R'、S(=O)2R'、S(=O)2NR'(R")、NR'(R")、C(=O)R'、C(=O)OR'和C(=O)NR'(R")中的基團所取代;
R'和R"獨立地為氫、氘、羥基、烷基、烷氧基、環烷基、雜環烷基、芳基或雜芳基,該烷基、烷氧基、環烷基、雜環烷基、芳基或雜芳基視需要被一個或多個選自鹵素、羥基、側氧、硝基和氰基中的取代基所取代;
m1、n1、p1和q1獨立地為0、1、2、3或4;
Rb1、Rb2、Rb3、Rb4、Rb5、Rb6和Rb7獨立地為-C(=O)-、-NHC(=O)-、-C(=O)O-、-C(=O)-(CH2)z8-O-或-NHC(=O)-(CH2)z9-O-;
z1、z2、z3、z4、z5、z6、z7、z8和z9獨立地為0-10的整數;
L2為C1-C30烷基鏈、或包含被一個或多個氧、硫、氮原子或C=O間斷的C1-C30烷基鏈;
r1為1-10的整數。
在一些實施方案中,L1為C1-C30烷基鏈、或包含被一個或多個氧、硫、氮原子或C=O間斷的C1-C30烷基鏈;
R11和R12獨立地為化學鍵、NR16或C=O;
R16為氫或C1-6烷基;
R13為CR17R18、NR16、O或S;
R14為CR19;
R15獨立地為CR17R18、NR16或O;
R17至R19獨立地為氫、氘或烷基;
m1、p1和q1獨立地為0、1、2、3或4;
Rb5、Rb6和Rb7獨立地為-C(=O)-、-NHC(=O)-、-C(=O)O-、-C(=O)-(CH2)z8-O-或-NHC(=O)-(CH2)z9-O-;
z5、z6、z7、z8和z9獨立地為0-10的整數;
L2為C1-C30烷基鏈、或包含被一個或多個氧、硫、氮原子或C=O間斷的C1-C30烷基鏈;
r1為1-10的整數。
在一些實施方案中,L1為-(CH2)j11-C(=O)-(CH2)j12-;
R11和R12獨立地為化學鍵、NR16或C=O;
R16為氫或C1-6烷基;
R13為CR17R18或O;
R14為CR19;
R15獨立地為CR17R18或O;
R17至R19獨立地為氫或烷基;
m1、p1和q1獨立地為0或1;
Rb5、Rb6和Rb7獨立地為-C(=O)-(CH2)z8-O-或-NHC(=O)-(CH2)z9-O-;
z8和z9獨立地為0-10的整數;
j15和j16獨立地為0-4的整數;
r1為3、4、5或6。
在一些實施方案中,L1可為L3或L3-R110-R111-L3,其中,L3獨立地為C1-C12烷基鏈、-(CH2)j11-C(=O)-(CH2)j12-或-(CH2)j13-(CH2CH2O)1-4-(CH2)j14-,R110和R111獨立地為化學鍵、-NR112-、-C(=O)-或-OC(=O)-,R112為氫或C1-C12烷基,j11、j12、j13和j14獨立地為0-10的整數。在一些實施方案中,j11、j12、j13和j14獨立地為0-2或4-10的整數。在一些實施方案中,j11、j12、j13和j14獨立地為0、1、2、6、7、8、9或10。
在一些實施方案中,L1可為-(CH2)j11-C(=O)-(CH2)j12-,j11和j12的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,R11可為化學鍵且R12可為C=O。
在一些實施方案中,R11可為化學鍵且R12可為NR16,R16的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,R11可為化學鍵且R12可為-OC(=O)-。
在一些實施方案中,R11可為NR16且R12可為C=O,R16的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,R1可為NR16且R12可為-OC(=O)-,R16的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,R12可為NR16且R11可為C=O,R16的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,R12可為NR16且R11可為-OC(=O)-,R16的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,R11可為NH且R12可為C=O。
在一些實施方案中,R12可為NH且R11可為C=O。
在一些實施方案中,R16可為氫或C1-6烷基。
在一些實施方案中,R16可為氫、甲基、乙基、丙基或異丙基。
在一些實施方案中,R16可為氫。
在一些實施方案中,R17和R18可為氫。
在一些實施方案中,R19可為氫。
在一些實施方案中,環A存在時,環A可為C6-12芳基。
在一些實施方案中,環A可為苯基。
在一些實施方案中,m1可為0或1。
在一些實施方案中,m1可為3。
在一些實施方案中,n1可為0或1。
在一些實施方案中,p1和q1獨立地為0或1。
在一些實施方案中,p1=1且q1=1。
在一些實施方案中,p1=1且q1=0。
在一些實施方案中,p1=0且q1=1。
在一些實施方案中,p1=0且q1=0。
在一些實施方案中,z1、z2、z3、z4、z5、z6、z7、z8和z9可獨立地為0-4的整數。在一些實施方案中,z1、z2、z3、z4、z5、z6、z7、z8和z9可獨立地為0、1或2。
在一些實施方案中,B1可為,Rb5、Rb6和Rb7獨立地
為-C(=O)-(CH2)z8-O-或-NHC(=O)-(CH2)z9-O-,N原子與L1相連,z5、z6、z7、z8和z9的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,B1可為,Rb5、Rb6和Rb7獨立地
為-C(=O)-(CH2)z8-O-或-NHC(=O)-(CH2)z9-O-,N原子與L1相連,Rb5、Rb6和Rb7相同,z5、z6、z7、z8和z9的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,L2可為L4或L4-R13-R14-L4,其中,L4獨立地為C1-C12烷基鏈或-(CH2)j15-(OCH2CH2)1-4-(CH2)j16-,R13和R14獨立地為化學鍵、-NR115-、-C(=O)-或-OC(=O)-,R115獨立地為氫或C1-C12烷基,j15和j16獨立地為0-10的整數。在一些實施方案中,j15和j16獨立地為0-6的整數。在一些實施方案中,j15和j16獨立地為0、1、2、3或4。
在一些實施方案中,L2可為-(CH2)j15-(OCH2CH2)1-4-(CH2)j16-,j15和j16的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,L2可為C1-C12烷基鏈。
在一些實施方案中,r1可為3、4、5或6。在一些實施方案中,r1可為3。
在一些實施方案中,該配體可為以下任一結構或其藥學上可接受的鹽,
在一些實施方案中,該配體可為以下任一結構或其藥學上可接受的鹽,
在一些實施方案中,該配體可為以下結構或其藥學上可接受的鹽,
在一些實施方案中,可以N-三氟乙醯基半乳糖胺、N-丙醯基半乳糖胺、N-正丁醯基半乳糖胺或N-異丁醯基半乳糖胺替換以上配體中的N-乙醯基-半乳糖胺部分。
該配體為如下任一結構或其藥學上可接受的鹽,
在一些實施方案中,該有義鏈和反義鏈的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,該配體為如下任一結構或其藥學上可接受的鹽,
在一些實施方案中,該有義鏈和反義鏈的定義同前任一方案所述。
該配體為如下結構或其藥學上可接受的鹽,
在一些實施方案中,該有義鏈和反義鏈的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,該有義鏈和/或反義鏈和該配體共價或非共價連接。
在一些實施方案中,該有義鏈的3’端和/或5’端與該配體綴合。
在一些實施方案中,該有義鏈的3’端與該配體綴合。
在一些實施方案中,該配體藉由磷酸酯基團或硫代磷酸酯基團與該有義鏈和/或反義鏈末端連接。
在一些實施方案中,該配體藉由磷酸二酯基團或硫代磷酸二酯基團與該有義鏈和/或反義鏈末端連接。
在一些實施方案中,該配體藉由磷酸二酯基團與該有義鏈和/或反義鏈末端連接。
在一些實施方案中,該配體藉由磷酸酯基團或硫代磷酸酯基團與該有義鏈和/或反義鏈末端間接連接。
在一些實施方案中,該配體藉由磷酸酯基團或硫代磷酸酯基團與該有義鏈和/或反義鏈末端直接連接。
在一些實施方案中,該配體藉由磷酸酯基團或硫代磷酸酯基團與該有義鏈3’末端直接連接。
在一些實施方案中,該磷酸酯基團為磷酸一酯基團或磷酸二酯基團。在一些實施方案中,該磷酸酯基團為磷酸二酯基團。
在一些實施方案中,該硫代磷酸酯基團為硫代磷酸一酯基團或硫代磷酸二酯基團。在一些實施方案中,該硫代磷酸酯基團為硫代磷酸二酯基團。
在一些實施方案中,為了促進dsRNA進入細胞,可以在有義鏈的末端引入膽固醇等親脂性的基團,親脂性的基團包括以共價鍵與小干擾核酸結合,如末端引入膽固醇、脂蛋白、維生素E等,以利於藉由由脂質雙分子層構成的細胞膜與細胞內的mRNA發生作用。同時,dsRNA也可以進行非共價鍵修飾,如藉由疏水鍵或離子鍵結合磷脂分子、多肽、陽離子聚合物等增加穩定性和生物學活性。
在一些實施方案中,該配體的個數包括但不限於:1、2、3或4個。在一些實施方案中,該配體的個數為1個。
在一些實施方案中,該dsRNA的有義鏈的核苷酸序列包含或選自SEQ ID NO:4,反義鏈的核苷酸序列包含或選自SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:14中任一的核苷酸序列;
在一些實施方案中,該dsRNA為以下任一方案:
有義鏈包含SEQ ID NO:4的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:5的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:4的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:6的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:4的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:7的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:4的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:8的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:4的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:9的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:4的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:10的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:4的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:11的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:4的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:12的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:4的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:13的核苷酸序列;
有義鏈包含SEQ ID NO:4的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:14的核苷酸序列。
在一些實施方案中,該dsRNA為以下任一方案:
有義鏈由SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:5所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:6所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:7所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:8所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:9所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:10所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:11所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:12所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:13所示的核苷酸序列組成;
有義鏈由SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列組成,反義鏈由SEQ ID NO:14所示的核苷酸序列組成。
在一些實施方案中,該dsRNA為以下任一方案:
包含SEQ ID NO:4所示的有義鏈和SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:14中任一項所示的反義鏈。
在一些實施方案中,該dsRNA為以下任一方案:
選自SEQ ID NO:4所示的有義鏈和SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:14中任一項所示的反義鏈。
本揭露中,按照5’-3’方向,
SEQ ID NO:4是UmsAmsUmUmCmUmCfAfGfUmGmCmUmCmUmCmCmUmAm-NAG0052’;
SEQ ID NO:5是UmsAfsGmGfAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAfCmUfGmAfGmAfAmUmAmsCmsUm;
SEQ ID NO:6是UmsAfsGmGfAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAfCmUmGmAfGmAfAmUfAmsCmsUm;
SEQ ID NO:7是UmsAfsGmGfAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAmCmUfGmAfGmAfAmUfAmsCmsUm;
SEQ ID NO:8是UmsAfsGmGmAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAfCmUfGmAfGmAfAmUfAmsCmsUm;
SEQ ID NO:9是UmsAfsGmGmAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAmCmUmGmAfGmAfAmUmAmsCmsUm;
SEQ ID NO:10是UmsAfsGmGfAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAmCmUmGmAfGmAfAmUmAmsCmsUm;
SEQ ID NO:11是UmsAfsGmGmAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAfCmUmGmAfGmAfAmUmAmsCmsUm;
SEQ ID NO:12是UmsAfsGmGmAmGf(-)hmpNA(A)GmCmAmCmUfGmAfGmAfAmUmAmsCmsUm;
SEQ ID NO:13是UmsAfsGmGmAmGm(-)hmpNA(A)GfCfAmCmUmGmAfGmAfAmUmAmsCmsUm;
SEQ ID NO:14是UmsAfsGmGmAmGm(-)hmpNA(A)GmCmAmCmUmGmAfGmAmAmUmAmsCmsUm;
其中,Af=腺嘌呤2'-F核糖核苷(adenine 2'-F ribonucleoside);Cf=胞嘧啶2'-F核糖核苷(cytosine 2'-F ribonucleoside);Uf=尿嘧啶2'-F核糖核苷(uracil 2'-F ribonucleoside);Gf=鳥嘌呤2'-F核糖核苷(guanine 2'-F ribonucleoside);Am=腺嘌呤2'-OMe核糖核苷(adenine 2'-OMe ribonucleoside);Cm=胞嘧啶2'-OMe核糖核苷(cytosine 2'-OMe ribonucleoside);Gm=鳥嘌呤2'-OMe核糖核苷(guanine 2'-OMe ribonucleoside);Um=尿嘧啶2'-OMe核糖核苷(uracil 2'-OMe ribonucleoside);
s表示與該字母s左右相鄰的兩個核苷酸之間為硫代磷酸二酯基連接;
在一些實施方案中,該dsRNA選自如下結構或其藥學上可接受的鹽:
其中,Af=腺嘌呤2'-F核糖核苷(adenine 2'-F ribonucleoside);Cf=胞嘧啶2'-F核糖核苷(cytosine 2'-F ribonucleoside);Uf=尿嘧啶2'-F核糖核苷(uracil 2'-F ribonucleoside);Am=腺嘌呤2'-OMe核糖核苷(adenine 2'-OMe ribonucleoside);Cm=胞嘧啶2'-OMe核糖核苷(cytosine 2'-OMe ribonucleoside);Gf=鳥嘌呤2'-F核糖核苷(guanine 2'-F ribonucleoside);Gm=鳥嘌呤2'-OMe核糖核苷(guanine 2'-OMe ribonucleoside);Um=尿嘧啶2'-OMe核糖核苷(uracil 2'-OMe ribonucleoside)。
在一些實施方案中,該藥學上可接受的鹽可為本領域常規的鹽,包括但不限於:鈉鹽、鉀鹽、銨鹽、胺鹽等。
在一些實施方案中,該dsRNA選自TRD008043、TRD008069、TRD008042、TRD008070、TRD008071、TRD008072、TRD008073、TRD008074、TRD008075、TRD008076中的任一項。
在一些實施方案中,該dsRNA為TRD008043,其為如下結構
其中,Af=腺嘌呤2'-F核糖核苷(adenine 2'-F ribonucleoside);Cf=胞嘧啶2'-F核糖核苷(cytosine 2'-F ribonucleoside);Uf=尿嘧啶2'-F核糖核苷(uracil 2'-F ribonucleoside);Am=腺嘌呤2'-OMe核糖核苷(adenine 2'-OMe ribonucleoside);Cm=胞嘧啶2'-OMe核糖核苷(cytosine 2'-OMe ribonucleoside);Gf=鳥嘌呤2'-F核糖核苷(guanine 2'-F ribonucleoside);Gm=鳥嘌呤2'-OMe核
糖核苷(guanine 2'-OMe ribonucleoside);Um=尿嘧啶2'-OMe核糖核苷(uracil 2'-OMe ribonucleoside)。
另一方面,本揭露提供了一種醫藥組成物,其包含上述的dsRNA。
在一些實施方案中,該醫藥組成物還包含一種或多種藥學上可接受的賦形劑。各種遞藥系統是已知的並且可以用於本揭露的dsRNA或醫藥組成物,例如封裝在脂質體中、微粒、微囊、能夠表達該化合物的重組細胞、受體介導的細胞內吞作用、構建核酸作為逆轉錄病毒或其他載體的一部分。
在一些實施方案中,本揭露的dsRNA或醫藥組成物的給藥方式是常規的,可藉由局部給藥(例如,直接注射或植入)或全身給藥,也可藉由口服、直腸或胃腸外途徑進行給藥,該腸胃外途徑包括但不限於皮下注射、靜脈注射、肌肉注射、腹腔注射、透皮給藥、吸入給藥(如氣溶膠)、黏膜給藥(如舌下、鼻內給藥)、顱內給藥等。
在一些實施方案中,本揭露提供的dsRNA或醫藥組成物可以藉由注射給予,例如,靜脈內、肌內、皮內、皮下、十二指腸內或腹膜內注射。
在一些實施方案中,本揭露提供的dsRNA或醫藥組成物可被包裝在試劑盒中。
在一些實施方案中,該dsRNA或醫藥組成物的有效量或有效劑量為約0.001mg/kg體重至約200mg/kg體重、約0.01mg/kg體重至約100mg/kg體重或約0.5mg/kg體重至約50mg/kg體重。
本揭露提供了一種上述的dsRNA或上述的醫藥組成物在製備藥物中的應用。
在一些實施方案中,該藥物可用於降低受試者中的低密度脂蛋白水平,或用於預防和/或治療由升高的甘油三酯水平或升高的膽固醇水平介導的疾病。在一些實施方案中,該疾病選自高甘油三酯血症、肥胖症、高脂血症、脂質和/或膽固醇代謝異常、動脈粥樣硬化、心血管疾病、冠狀動脈疾病、高甘油三酯血症誘導的胰腺炎、代謝綜合症、II型糖尿病、家族性乳糜微粒血症綜合症或家族性部分脂質營養不良。
在一些實施方案中,該藥物可用於預防和/或治療與APOC3基因表達相關的疾病。在一些實施方案中,該疾病選自高甘油三酯血症、肥胖症、高脂血症、脂質和/或膽固醇代謝異常、動脈粥樣硬化、心血管疾病、冠狀動脈疾病、高甘油三酯血症誘導的胰腺炎、代謝綜合症、II型糖尿病、家族性乳糜微粒血症綜合症或家族性部分脂質營養不良。
本揭露提供了一種預防和/或治療疾病的方法,其包括向受試者給予有效量或有效劑量的上述的dsRNA或上述的醫藥組成物。
在一些實施方案中,該疾病可為由升高的甘油三酯水平或升高的膽固醇水平介導的疾病。在一些實施方案中,該疾病選自高甘油三酯血症、肥胖症、高脂血症、脂質和/或膽固醇代謝異常、動脈粥樣硬化、心血管疾病、冠狀動脈疾病、高甘油三酯血症誘導的胰腺炎、代謝綜合症、II型糖尿病、家族性乳糜微粒血症綜合症或家族性部分脂質營養不良。
在一些實施方案中,該疾病可為與APOC3基因表達相關的疾病。在一些實施方案中,該疾病選自高甘油三酯血症、肥胖症、高脂血症、脂質和/或膽固醇代謝異常、動脈粥樣硬化、心血管疾病、冠狀動脈疾病、高甘油三酯血症誘導的胰腺炎、代謝綜合症、II型糖尿病、家族性乳糜微粒血症綜合症或家族性部分脂質營養不良。
本揭露提供了一種用於在體內或在體外沉默細胞中APOC3基因或其mRNA的方法,其包括將上述的dsRNA或上述的醫藥組成物引入該細胞中的步驟。
本揭露提供了一種抑制APOC3基因或其mRNA表達的方法,其包括向受試者給予有效量或有效劑量的上述的dsRNA或上述的醫藥組成物。
在一些實施方案中,該dsRNA或醫藥組成物的有效量或有效劑量為約0.001mg/kg體重至約200mg/kg體重、約0.01mg/kg體重至約100mg/kg體重或約0.5mg/kg體重至約50mg/kg體重。
本揭露的dsRNA或醫藥組成物可以在細胞、細胞群、組織或受試者等對象中降低靶基因或其mRNA的表達水平,包括:向對象給予治療有效量的本文所述的dsRNA或醫藥組成物,從而抑制靶基因或其mRNA在對象中的表達。
在一些實施方式中,該對象已在先前被鑑定為在靶向的細胞、細胞群、組織或受試者中具有靶基因或其mRNA的病理性上調。
本揭露提供了一種遞送寡核苷酸至肝臟的方法,其包括向受試者給予有效量或有效劑量的上述的dsRNA或上述的醫藥組成物。
本揭露提供了一種RNA干擾(RNAi)試劑,其包含上述的dsRNA或上述的醫藥組成物。
另一方面,本揭露還提供了一種細胞,其包含上述的dsRNA或上述的醫藥組成物。
另一方面,本揭露還提供了一種試劑盒,其包含上述的dsRNA或上述的醫藥組成物。
一些實施方案中,本揭露的dsRNA選自siRNA。
本揭露中,上述dsRNA或醫藥組成物當接觸到表達靶基因的細胞時,由例如:psiCHECK活性篩選和螢光素酶報告基因檢測法,其他如PCR或基於分支DNA(bDNA)的方法、或基於蛋白質的方法,如免疫螢光分析法,例如Western Blot或流式細胞術測定的,上述dsRNA或醫藥組成物會抑制靶基因的表達至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%。
本揭露中,上述dsRNA或醫藥組成物當接觸到表達靶基因的細胞時,由例如:psiCHECK活性篩選和螢光素酶報告基因檢測法,其他如PCR或
基於分支DNA(bDNA)的方法、或基於蛋白質的方法,如免疫螢光分析法,例如Western Blot或流式細胞術測定的,上述dsRNA或醫藥組成物引起的靶基因mRNA剩餘表達百分比為不高於99%、不高於95%、不高於90%、不高於85%、不高於80%、不高於75%、不高於70%、不高於65%、不高於60%、不高於55%、不高於50%、不高於45%、不高於40%、不高於35%、不高於30%、不高於25%、不高於20%、不高於15%、或不高於10%。
本揭露中,上述dsRNA或醫藥組成物當接觸到表達靶基因的細胞時,由例如:psiCHECK活性篩選和螢光素酶報告基因檢測法,其他如PCR或基於分支DNA(bDNA)的方法、或基於蛋白質的方法,如免疫螢光分析法,例如Western Blot、或流式細胞術測定的,dsRNA在保持在靶活性的同時,將脫靶活性減少了至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%或至少75%。
本揭露中,上述dsRNA或醫藥組成物當接觸到表達靶基因的細胞時,由例如:psiCHECK活性篩選和螢光素酶報告基因檢測法,其他如PCR或基於分支DNA(bDNA)的方法、或基於蛋白質的方法,如免疫螢光分析法,例如Western Blot、或流式細胞術測定的,dsRNA使在靶活性降低至多20%、至多19%、至多15%、至多10%、至多5%或超過1%的同時,將脫靶活性減少了至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%或至少75%。
本揭露中,上述dsRNA或醫藥組成物當接觸到表達靶基因的細胞時,由例如:psiCHECK活性篩選和螢光素酶報告基因檢測法,其他如PCR或基於分支DNA(bDNA)的方法、或基於蛋白質的方法,如免疫螢光分析法,例如
Western Blot、或流式細胞術測定的,dsRNA使在靶活性提高至少1%、至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%或至少80%的同時,將脫靶活性減少了至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%或至少75%。
本揭露化合物可以存在特定的幾何或立體異構體形式。本揭露設想所有的這類化合物,包括順式和反式異構體、(-)-和(+)-對對映體、(R)-和(S)-對映體、非對映異構體、(D)-異構體、(L)-異構體,及其外消旋混合物和其他混合物,例如對映異構體或非對映體富集的混合物,所有這些混合物都屬本揭露的範圍之內。烷基等取代基中可存在另外的不對稱碳原子。所有這些異構體以及它們的混合物,均包括在本揭露的範圍之內。本揭露的含有不對稱碳原子的化合物可以以光學活性純的形式或外消旋形式被分離出來。光學活性純的形式可以從外消旋混合物拆分,或藉由使用手性原料或手性試劑合成。
可以藉由的手性合成或手性試劑或者其他常規技術製備光學活性的(R)-和(S)-異構體以及D和L異構體。如果想得到本揭露某化合物的一種對映體,可以藉由不對稱合成或者具有手性助劑的衍生作用來製備,其中將所得非對映體混合物分離,並且輔助基團裂開以提供純的所需對映異構體。或者,當分子中含有鹼性官能團(如胺基)或酸性官能團(如羧基)時,與適當的光學活性的酸或鹼形成非對映異構體的鹽,然後藉由本領域所公知的常規方法進行非對映異構體拆分,然後回收得到純的對映體。此外,對映異構體和非對映異構體的分離
通常是藉由使用色譜法完成的,該色譜法採用手性固定相,並視需要地與化學衍生法相結合(例如由胺生成胺基甲酸鹽)。
本揭露所述化合物的化學結構中,鍵“”表示未指定構型,即如果化學結構中存在手性異構體,鍵“”可以為“”或“”,或者同時包含“”和“”兩種構型。本揭露所述化合物的化學結構中,鍵“”並未指定構型,即鍵“”的構型可以為E型或Z型,或者同時包含E和Z兩種構型。
在不指明構型的情況下,本揭露的化合物和中間體還可以以不同的互變異構體形式存在,並且所有這樣的形式包含於本揭露的範圍內。術語“互變異構體”或“互變異構體形式”是指可經由低能壘互變的不同能量的結構異構體。例如,質子互變異構體(也稱為質子轉移互變異構體)包括經由質子遷移的互變,如酮-烯醇及亞胺-烯胺、內醯胺-內醯亞胺異構化。內醯胺-內醯亞胺平衡實例是在如下所示的A和B之間。
本揭露中的所有化合物可以被畫成A型或B型。所有的互變異構形式在本揭露的範圍內。化合物的命名不排除任何互變異構體。
本揭露還包括一些與本文中記載的那些相同的,但一個或多個原子被原子量或質量數不同於自然中通常發現的原子量或質量數的原子置換的同位素標記的本揭露化合物。可結合到本揭露化合物的同位素的實例包括氫、碳、
氮、氧、磷、硫、氟、碘和氯的同位素,諸如分別為2H、3H、11C、13C、14C、13N、15N、15O、17O、18O、31P、32P、35S、18F、123I、125I和36Cl等。
除另有說明,當一個位置被特別地指定為氘(D)時,該位置應理解為具有大於氘的天然豐度(其為0.015%)至少1000倍的豐度的氘(即,至少10%的氘摻入)。示例中化合物的具有大於氘的天然豐度可以是至少1000倍的豐度的氘、至少2000倍的豐度的氘、至少3000倍的豐度的氘、至少4000倍的豐度的氘、至少5000倍的豐度的氘、至少6000倍的豐度的氘或更高豐度的氘。本揭露還包括各種氘化形式的式(I)、式(I’)、式(II)化合物。與碳原子連接的各個可用的氫原子可獨立地被氘原子替換。所屬技術領域具有通常知識者能夠參考相關文獻合成氘化形式的式(I)、式(I’)、式(II)化合物。在製備氘代形式的式(I)、式(I’)、式(II)化合物時可使用市售的氘代起始物質,或它們可使用常規技術採用氘代試劑合成,氘代試劑包括但不限於氘代硼烷、三氘代硼烷四氫呋喃溶液、氘代氫化鋰鋁、氘代碘乙烷和氘代碘甲烷等。
本揭露還提供了一種製備dsRNA或醫藥組成物的方法,其包括:合成本揭露所述的dsRNA或醫藥組成物。
一些實施方案中,“包含”可替換為“由......組成”。
本揭露引入WO2022028462A1、WO2023274395A、PCT/CN2022/139462全文。
術語解釋
為了更容易理解本揭露,以下具體定義了一些技術和科學術語。除非在本文中另有明確定義,本文使用的所有其它技術和科學術語都具有本揭露所屬技術領域具有通常知識者通常理解的含義。
除另有說明,“視需要地”、“視需要”、“可選的”或“可選”是指意味著隨後所描述的事件或環境可以但不必發生,該說明包括該事件或環境發生或不發生的場合。例如“視需要地,R1和R2直接相連成環”是指R1和R2直接相連成環可以發生但不必須存在,該說明包括R1和R2直接相連成環的情形和R1和R2不成環的情形。
術語“約”、“大約”是指數值在由所屬技術領域具有通常知識者所測定的具體值的可接受誤差範圍內,該數值部分取決於怎樣測量或測定(即測量體系的限度)。例如,“約”可意味著在1內或超過1的標準差。或者,“約”或“基本上包含”可意味著至多20%的範圍,例如1%至15%之間、在1%至10%之間、在1%至5%之間、在0.5%至5%之間、在0.5%至1%之間變化,本揭露中,數字或數值範圍之前有術語“約”的每種情況也包括給定數的實施方案。除非另外說明,否則當具體值在本申請和申請專利範圍中出現時,“約”或“基本上包含”的含義應該假定為在該具體值的可接受誤差範圍內。
如無特殊說明,本揭露的“化合物”、“化學修飾”、“配體”、“dsRNA”、“核酸”和“RNAi”均可獨立地以鹽、混合鹽或非鹽(例如游離酸或游離鹼)的形式存在。當以鹽或混合鹽的形式存在時,其可為藥學上可接受的鹽。
“藥學上可接受的鹽”可選自無機鹽或有機鹽,也可包括藥學上可接受的酸加成鹽和藥學上可接受的鹼加成鹽。
“藥學上可接受的酸加成鹽”是指能夠保留游離鹼的生物有效性而無其它副作用的,與無機酸或有機酸所形成的鹽。無機酸鹽包括但不限於鹽酸鹽、氫溴酸鹽、硫酸鹽、硝酸鹽、磷酸鹽等;有機酸鹽包括但不限於甲酸鹽、乙酸鹽、2,2-二氯乙酸鹽、三氟乙酸鹽、丙酸鹽、己酸鹽、辛酸鹽、癸酸鹽、十一
碳烯酸鹽、乙醇酸鹽、葡糖酸鹽、乳酸鹽、癸二酸鹽、己二酸鹽、戊二酸鹽、丙二酸鹽、草酸鹽、馬來酸鹽、琥珀酸鹽、富馬酸鹽、酒石酸鹽、檸檬酸鹽、棕櫚酸鹽、硬脂酸鹽、油酸鹽、肉桂酸鹽、月桂酸鹽、蘋果酸鹽、谷胺酸鹽、焦谷胺酸鹽、天冬胺酸鹽、苯甲酸鹽、甲磺酸鹽、苯磺酸鹽、對甲苯磺酸鹽、海藻酸鹽、抗壞血酸鹽、水楊酸鹽、4-胺基水楊酸鹽、萘二磺酸鹽等。這些鹽可藉由本領域已知的方法製備。
“藥學上可接受的鹼加成鹽”是指能夠保持游離酸的生物有效性而無其它副作用的、與無機鹼或有機鹼所形成的鹽。衍生自無機鹼的鹽包括但不限於鈉鹽、鉀鹽、鋰鹽、銨鹽、鈣鹽、鎂鹽、鐵鹽、鋅鹽、銅鹽、錳鹽、鋁鹽等。較佳的無機鹽為銨鹽、鈉鹽、鉀鹽、鈣鹽及鎂鹽,較佳鈉鹽。衍生自有機鹼的鹽包括但不限於以下的鹽:一級胺類、二級胺類及三級胺類,被取代的胺類,包括天然的被取代胺類、環狀胺類及鹼性離子交換樹脂,例如胺、異丙胺、三甲胺、二乙胺、三乙胺、三丙胺、乙醇胺、二乙醇胺、三乙醇胺、二甲基乙醇胺、2-二甲胺基乙醇、2-二乙胺基乙醇、二環己胺、賴胺酸、精胺酸、組胺酸、咖啡因、普魯卡因、膽鹼、甜菜鹼、乙二胺、葡萄糖胺、甲基葡萄糖胺、可可鹼、嘌呤、哌嗪、哌啶、N-乙基哌啶、聚胺樹脂等。較佳的有機鹼包括異丙胺、二乙胺、乙醇胺、三甲胺、二環己基胺、膽鹼及咖啡因。這些鹽可藉由本領域已知的方法製備。
“烷基”指飽和的脂族烴基團,例如包括1至30個碳原子的直鏈和支鏈基團(C1-C30烷基),又例如含有1至6個碳原子的烷基(C1-C6烷基),又例如1至3個碳原子的烷基(C1-C3烷基)。非限制性實施例包括甲基、乙基、
正丙基、異丙基、正丁基、異丁基、三級丁基、二級丁基、正戊基、1,1-二甲基丙基、1,2-二甲基丙基、2,2-二甲基丙基及其各種支鏈異構體等。
術語“烯基”是指含有至少一個雙鍵的烴基。烯基的非限制性實例包括但不限於:乙烯基、1-丙烯基、2-丙烯基、1-丁烯基或2-丁烯基及其各種支鏈異構體。
術語“炔基”指含有至少一個三鍵的烴基。炔基的非限制性實例包括但不限於:乙炔基、1-丙炔基、2-丙炔基、1-丁炔基或2-丁炔基及其各種支鏈異構體。
術語“烷氧基”指-O-(烷基),其中烷基的定義如上所述。烷氧基的非限制性實例包括:甲氧基、乙氧基、丙氧基、丁氧基。
“環烷基”指飽和或部分不飽和單環或多環環狀烴取代基,環烷基環包含3至20個碳原子,較佳包含3至6個碳原子,更佳包含5-6個碳原子。單環環烷基的非限制性實例包括環丙基、環丁基、環戊基、環戊烯基、環己基、環己烯基、環己二烯基等;多環環烷基包括螺環、並環和橋環的環烷基。
“雜環烷基”指飽和或部分不飽和單環或多環環狀烴取代基,其包含3至20個環原子,其中一個或多個環原子為選自氮、氧或S(O)m(其中m是整數0至2)的雜原子,但不包括-O-O-、-O-S-或-S-S-的環部分,其餘環原子為碳。較佳包含3至12個環原子,其中1~4個是雜原子;更佳包含3至7個環原子。“雜環烷基”非限制性實例包括:
該雜環烷基環可以稠合於芳基或雜芳基環上,其中與母體結構連接在一起的環為雜環烷基,其非限制性實例包括:
“芳基”指具有共軛的π電子體系的6至14員全碳單環或稠合多環(也就是共享毗鄰碳原子對的環)基團,較佳為6至12員,例如苯基和萘基。
該芳基環可以稠合於雜芳基、雜環烷基或環烷基環上,其中與母體結構連接在一起的環為芳基環,其非限制性實例包括:
“雜芳基”指包含1至4個雜原子、5至14個環原子的雜芳族體系,其中雜原子選自氧、硫和氮。雜芳基較佳為6至12員,更佳為5員或6員。
例如。其非限制性實例包括:咪唑基、呋喃基、噻吩基、噻唑基、吡唑基、噁唑基(oxazolyl)、異噁唑基(isoxazolyl)、吡咯基、四唑基、吡啶基、嘧啶基、噻二唑、吡嗪基、三唑基、吲唑基、苯并咪唑基、,、等。
該雜芳基環可以稠合於芳基、雜環烷基或環烷基環上,其中與母體結構連接在一起的環為雜芳基環,其非限制性實例包括:
術語“羥基”指-OH基團。
術語“鹵素”指氟、氯、溴或碘。
術語“氰基”指-CN。
術語“胺基”指-NH2。
術語“硝基”指-NO2。
術語“側氧”指=O取代基。
本揭露中,“磷酸酯基團”可為磷酸一酯基團、磷酸二酯基團或磷酸三酯基團,較佳磷酸二酯基團;“硫代磷酸酯基團”中的“磷酸酯基團”也具有同樣的含義。
“取代”指基團中的一個或多個氫原子,較佳為最多5個,更佳為1~3個氫原子彼此獨立地被相應數目的取代基取代。當取代基是酮或側氧(即,=O)時,則原子上有兩個(2個)氫被替代。
術語“連接”,當表示兩個分子之間的聯繫時,指兩個分子藉由共價鍵連接或者兩個分子經由非共價鍵(例如,氫鍵或離子鍵)關聯,包括直接連接、間接連接。
術語“直接連接”指第一化合物或基團與第二化合物或基團在沒有任何間插原子或原子基團的情況下連接。
術語“間接連接”指第一化合物或基團與第二化合物或基團藉由中間基團、化合物或分子(例如,連接基團)連接。
“醫藥組成物”表示含有一種或多種本文所述化合物或其生理學上可藥用的鹽或前體藥物與其他化學組分的混合物,以及其他組分例如生理學可藥用的載體和賦形劑。醫藥組成物的目的是促進對生物體的給藥,利於活性成分的吸收進而發揮生物活性。
“藥學上可接受的賦形劑”包括但不限於任何已經被美國食品和藥物管理局(FDA)批准對於人類或家畜動物使用可接受的任何助劑、載體、助流
劑、甜味劑、稀釋劑、防腐劑、染料/著色劑、增香劑、表面活性劑、潤濕劑、分散劑、助懸劑、穩定劑、等滲劑、溶劑或乳化劑。
如本文所使用的,術語“抑制”,可以與“減少”、“沉默”、“下調”、“阻抑”和其他類似術語交替使用,並且包括任何水平的抑制。抑制可藉由這些變量中的一個或多個與對照水平相比的絕對或相對水平的減少來評估。該對照水平可以是本領域中使用的任何類型的對照水平,例如給藥前基線水平或從類似的未經處理或經對照(例如僅緩衝液對照或惰性劑對照)處理的受試者、細胞、或樣品確定的水平。例如,可以採用mRNA剩餘表達量來表徵dsRNA對靶基因表達的抑制程度,如mRNA剩餘表達量為不高於99%、不高於95%、不高於90%、不高於85%、不高於80%、不高於75%、不高於70%、不高於65%、不高於60%、不高於55%、不高於50%、不高於45%、不高於40%、不高於35%、不高於30%、不高於25%、不高於20%、不高於15%、或不高於10%。靶基因表達的抑制率可以採用Dual-Glo® Luciferase Assay System檢測,分別讀取螢火蟲(Firefly)化學發光值和海腎(Renilla)化學發光值,計算相對值Ratio=Ren/Fir,抑制率(%)=1-(Ratio+dsRNA/Ratioreporter only)*100%;本揭露中,剩餘mRNA表達量比例(或剩餘活性%)=100%-抑制率(%)。
“有效量”或“有效劑量”包含足以改善或預防醫學病症的症狀或病症的量。有效量還意指足以允許或促進診斷的量。用於特定患者或獸醫學受試者的有效量可依據以下因素而變化:如待治療的病症、患者的總體健康情況、給藥的方法途徑和劑量以及副作用嚴重性。有效量可以是避免顯著副作用或毒性作用的最大劑量或給藥方案。
如本文所使用的,“對象”、“患者”、“受試者”或“個體”可互換使用,包括人類或者非人類動物,例如哺乳動物,例如人或猴。
如本文所使用的,有義鏈(又稱SS、SS鏈或正義鏈)是指包含與靶mRNA序列相同或基本上相同的序列的鏈;反義鏈(又稱AS或AS鏈)是指具有與靶mRNA序列互補的序列的鏈。
本揭露中,有義鏈或反義鏈的“5’區域”也即“5’端”、“5’末端”,可替換使用。例如反義鏈5’區域的第2位至第8位的核苷酸,也可替換為反義鏈5’端的第2位至第8位的核苷酸。同理,有義鏈或反義鏈的“3’區域”、“3’末端”和“3’端”也可替換使用。
在描述本文所述的dsRNA有義鏈的上下文中,術語“SEQ ID NO:1的核苷酸序列相差不超過3個核苷酸序列的至少15個連續核苷酸”旨在表示本文所述的dsRNA有義鏈包含如與SEQ ID NO:1所示的有義鏈的至少15個連續核苷酸,或與SEQ ID NO:1所示的有義鏈的至少15個連續核苷酸相差不超過3個核苷酸序列,視需要地,相差不超過2個核苷酸序列,視需要地,相差1個核苷酸序列。視需要地,本文所述的dsRNA有義鏈包含SEQ ID NO:1所示有義鏈的至少16個連續核苷酸,或與SEQ ID NO:1所示的有義鏈的至少16個連續核苷酸相差不超過3個核苷酸序列,視需要地,相差不超過2個核苷酸序列,視需要地,相差1個核苷酸序列;
在描述本文所述的dsRNA反義鏈的上下文中,術語“與SEQ ID NO:2所示的反義鏈相差不超過3個核苷酸序列的至少15個連續核苷酸”旨在表示本文所述的SEQ ID NO:2所示的反義鏈的至少15個連續核苷酸,或與SEQ
ID NO:2所示的反義鏈的至少15個連續核苷酸相差不超過3個核苷酸序列,視需要地,相差不超過2個核苷酸序列,視需要地,相差1個核苷酸序列。
如無特別說明,在本揭露上下文中,“G”、“C”、“A”、“T”與“U”分別代表核苷酸,其分別包含鳥嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤、胸苷與尿嘧啶的鹼基。小寫字母m表示該字母m左側相鄰的一個核苷酸為甲氧基修飾的核苷酸;小寫字母f表示該字母f左側相鄰的一個核苷酸為氟修飾的核苷酸;小寫字母s表示與該字母s左右相鄰的兩個核苷酸之間為硫代磷酸二酯基連接。
如本揭露所使用的,術語“2'-氟(2’-F)修飾的核苷酸”指核苷酸的核糖基2'位的羥基被氟取代形成的核苷酸,“非氟修飾的核苷酸”指核苷酸的核糖基2'位的羥基被非氟基團取代形成的核苷酸或核苷酸類似物。
如本揭露所使用的,術語“2'-甲氧基(2’-OMe)修飾的核苷酸”指核糖基的2'-羥基被甲氧基取代而形成的核苷酸。
在本揭露的上下文中,一個核苷酸序列與另外一個核苷酸序列存在“核苷酸差異”,是指前者與後者相比,相同位置的核苷酸的鹼基種類發生了改變,例如,在後者中一個核苷酸鹼基為A時,在前者的相同位置處的對應核苷酸鹼基為U、C、G或者T的情況下,認定為兩個核苷酸序列之間在該位置處存在核苷酸差異。在一些實施方式中,以無鹼基核苷酸或其等同物代替原位置的核苷酸時,也可認為在該位置處產生了核苷酸差異。
如本文所使用的,術語“互補”或“反向互補”一詞可互相替代使用,並具有所屬技術領域具有通常知識者周知的含義,即,在雙鏈核酸分子中,一條鏈的鹼基與另一條鏈上的鹼基以互補的方式相配對。在DNA中,嘌呤鹼基腺嘌呤始終與嘧啶鹼基胸腺嘧啶(或者在RNA中為尿嘧啶)相配對;嘌呤鹼基鳥嘌呤
始終與嘧啶鹼基胞嘧啶相配對。每個鹼基對都包括一個嘌呤和一個嘧啶。當一條鏈上的腺嘌呤始終與另一條鏈上的胸腺嘧啶(或尿嘧啶)配對,以及鳥嘌呤始終與胞嘧啶配對時,兩條鏈被認為是彼此相互補的,以及從其互補鏈的序列中可以推斷出該鏈的序列。與此相應地,“錯配”在本領域中意指在雙鏈核酸中,對應位置上的鹼基並未以互補的形式配對存在。
術語“dsRNA”是指能夠進行RNA干擾的雙鏈RNA分子,包含有義鏈和反義鏈。
術語“化學修飾”或“修飾”包括核苷酸經化學手段的所有改變,例如化學部分的添加或去除、或以一個化學部分取代另一個化學部分。
術語“鹼基”包含任何已知的DNA和RNA鹼基、鹼基類似物,例如嘌呤或嘧啶,其還包括天然化合物腺嘌呤、胸腺嘧啶、鳥嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、次黃苷和天然類似物。鹼基類似物還可以是通用鹼基。
術語“平端”或“平末端”可互換使用,是指在dsRNA的給定的末端沒有非配對的核苷酸或核苷酸類似物,即,沒有核苷酸突出。大多數情況下,兩個末端都是平末端的dsRNA將在其整個長度範圍內是雙鏈的。
本揭露提供的dsRNA可以藉由本領域常規的製備方法(例如固相合成和液相合成的方法)得到。其中,固相合成已經有商業化訂製服務。可以藉由使用具有相應修飾的核苷單體來將修飾的核苷酸基團引入本揭露所述的dsRNA中,製備具有相應修飾的核苷單體的方法及將修飾的核苷酸基團引入dsRNA的方法也是所屬技術領域具有通常知識者所熟知的。
圖1為TRD002218、TRD007205在給藥後第7天TTR mRNA的表達量。
圖2為TRD002218、TRD007205在給藥後第28天TTR mRNA的表達量。
以下結合實施例進一步描述本揭露,但這些實施例並非限制著本揭露的範圍。本揭露實施例中未註明具體條件的實驗方法,通常按照常規條件或按照原料或商品製造廠商所建議的條件。未註明具體來源的試劑,則該試劑可自任意分子生物學試劑的供應商以用於分子生物學應用的質量/純度而獲得。
實施例1:化學修飾的製備
1.1 合成化合物1-1a和化合物1-1b
將化合物1(500mg,3.42mmol)和三乙胺(Et3N,692mg,6.84mmol,0.95mL)溶於二氯甲烷(DCM,10mL)中,冰浴下滴加4-甲苯磺醯氯(TsCl,717mg,3.76mmol)的二氯甲烷(10mL)溶液,滴加完畢後反應在室溫下攪拌過夜,待反應完畢後,用水淬滅,水相用二氯甲烷(15mL)提取三次,合併的有機相先用飽和碳酸氫鈉水溶液(10mL)洗滌,再用飽和食鹽水(20mL)洗滌,隨後減壓蒸乾溶劑得到粗品2(820mg,80%),直接用於下一步反應。MS m/z:C14H21O5S,[M+H]+理論:301.10實測:301.2。
將化合物3(239mg,1.22mmol)溶解於二甲基甲醯胺(DMF,10mL)中,冰浴下加入NaH(60%溶解在礦物油中,93mg,2.33mmol)溶液,該反應下攪拌30分鐘,然後滴加化合物2(350mg,1.16mmol),滴加完畢後反應在60℃下攪拌5小時,反應完畢後,加水淬滅,水相用乙酸乙酯(15mL)提取三次,合併的有機相先用水(10mL)洗滌三次,再用飽和食鹽水(10mL)洗滌,隨後減壓蒸乾溶劑,經反相製備HPLC(C18,條件:5-50%(A:H2O,B:CH3CN),流速:70mL/min),凍乾後得到220mg化合物4。MS m/z:C19H21N5O3Na,[M+Na]+理論:390.16,實測:390.3。
室溫下將化合物4(1.50g,4.08mmol)溶解於20mL的醋酸和水(4:1)的混合溶液中,60℃下攪拌30分鐘,待反應完畢後減壓蒸乾溶劑,經反相製備HPLC(C18,條件:5-25%(A:H2O,B:CH3CN),流速:70mL/min),凍乾後得到1.10g化合物5。MS m/z:C16H18N5O3,[M+H]+理論:328.13,實測:328.4。
將化合物5(1.00g,3.05mmol)溶於吡啶(Py,10mL)中,冰浴下滴4,4'-雙甲氧基三苯甲基氯(DMTrCl,1.50g,4.58mmol)的吡啶(5mL)溶液,滴加完畢後反應在室溫下攪拌過夜,待反應完畢後,用水淬滅,減壓蒸乾溶劑,經反相製備HPLC(C18,條件:5-80%(A:H2O,B:CH3CN),流速:70mL/min),凍乾後得到1.00g化合物6。MS m/z:C37H36N5O5,[M-H]+理論:630.26,實測:630.5。消旋體化合物6經手性管柱(Daicel CHIRALPAK® IE 250*4.6mm,5μm,A:正己烷,B:乙醇)拆分得410mg 6A(-)和435mg 6B(+)。
將化合物6A(-)(200mg,0.32mmol),四氮唑(11mg,0.16mmol),N-甲基咪唑(5mg,0.06mmol),3A分子篩(500mg)溶於10mL的乙腈中,室溫下加入化合物7(144mg,0.48mmol),在室溫下攪拌過夜。反應完畢後,將分子篩過濾掉,加入二氯甲烷(30mL),飽和碳酸氫鈉水溶液(10mL)洗滌三次,再用飽和食鹽水(20mL)洗滌,濾液旋乾並經反相製備HPLC(C18,條件:5-100%(A:水,B:CH3CN),流速:70mL/min),凍乾後得到200mg化合物1-1a。MS m/z:
C40H39N6O7P,[M-二異丙基+OH]+理論:747.26,實測:747.6。1H NMR(400MHz,Acetonitrile-d 3 )δ 7.56,7.54(2s,1H),7.36-7.27(m,2H),7.24-7.21(m,7H),6.83-6.80(m,4H),4.12-4.10(m,2H),3.75-3.68(m,10H),3.20-2.80(m,2H),2.68-2.54(m,4H),1.22-1.04(m,18H)。
將化合物6B(+)(200mg,0.32mmol),四氮唑(11mg,0.16mmol),N-甲基咪唑(5mg,0.06mmol),3A分子篩(500mg)溶於10mL的乙腈中,室溫下加入化合物7(144mg,0.48mmol),在室溫下攪拌過夜。反應完畢後,將分子篩過濾掉,加入二氯甲烷(30mL),飽和碳酸氫鈉水溶液(10mL)洗滌三次,再用飽和食鹽水(20mL)洗滌,濾液旋乾並經反相製備HPLC(C18,條件:5-100%(A:水,B:CH3CN),流速:70mL/min),凍乾後得到200mg化合物1-1b。MS m/z:C40H39N6O7P,[M-二異丙基+OH]+理論:747.26,實測:747.5。
1.2 合成化合物1-6a
將化合物1(10g,68.404mmol)、化合物2(15g,62.186mmol)和三苯基膦(32.62g,124.371mmol)溶於無水THF(30mL),於0℃下緩慢滴加
DIAD(24.656mL,124.371mmol)。該反應液在25℃下反應12h。LCMS顯示反應完成。將該反應液用乙酸乙酯(200mL)和水(200mL)萃取,有機相乾燥將濾液濃縮,得到的殘留物用正相管柱純化(DCM/MeOH=10/1)得目標產物3(20g)。
將化合物3(20g,28.585mmol)溶於醋酸(24mL,426.016mmol)和H2O(12mL)中,60℃攪拌1小時。之後將反應液旋乾加入THF(12mL)和H2O(12mL),80℃攪拌7小時。LCMS顯示反應完成。將反應液加入乙酸乙酯(200mL)和水(100mL)萃取,水相加入碳酸鈉固體直到水相有大量固體析出。將固體過濾,用水洗滌,將濾餅用油泵拉乾,得到目標化合物5(9g)。
在氮氣保護下,將化合物5(6.8g,18.581mmol)溶於吡啶(80mL)中,於0℃下緩慢加入TMSCl(14.250mL,111.489mmol),攪拌2h。之後在0℃下加入Isobutyryl chloride(2.044mL,19.511mmol),於25℃下攪拌1h。LCMS顯示反應完成。用二氯甲烷(200mL)和水(200mL)萃取,有機相乾燥旋乾後拌樣,用正相管柱純化(DCM:MeOH=10:1)過管柱,在4.8%處出峰),得到黃色油狀化合物6(12g)。
在氮氣保護下,將化合物6(5.5g,12.392mmol)溶於吡啶(30mL),加入MOLECULAR SIEVE 4A 1/16(7g,12.392mmol),然後在0℃下分批加入DMTrCl(5.04g,14.870mmol)固體,25℃反應2h。TLC(PE:EtOAc=1:1,Rf=0.69)顯示反應已經完成。該反應液和TJN200879-040-P1合併一起處理。將反應液用乙酸乙酯(200mL)和水(200mL)萃取,有機相乾燥旋乾後拌樣用正相管柱純化(PE:EtOAc過管柱,在84%處出峰),得到黃色油狀化合物7(12g)。
將化合物7(12g,15.389mmol)溶於EtOAc(140mL),加入濕鈀碳Pd/C(7g,15.389mmol)該反應液在25℃,氫氣(15Psi)下反應2小時。TLC(PE:EtOAc=0:1,Rf=0.09)顯示反應已經完成。將反應液過濾,濾餅用乙酸乙酯(30mL)沖洗三遍後,收集濾液。濾液旋乾後加入50mL二氯甲烷和2mL三乙胺拌樣用正相管柱純化(DCM:MeOH=10:1過管柱,在0.5%處出峰),得到9g(黃色泡沫狀固體)。將所得消旋化合物SFC拆分,得到產品目標化合物7A(-)(3.9g)和目標化合物7B(+)(3.8g)。
將化合物7A(-)(3.30g,5.40mmol),四氮唑(190mg,2.70mmol),1-甲基咪唑(90mg,1.10mmol),3A分子篩(500mg)溶於30mL的乙腈中,室溫下加入化合物8(2.50g,8.10mmol),在室溫下攪拌2h。反應完畢後,將分子篩過濾掉,加入DCM(150mL),飽和碳酸氫鈉水溶液洗滌(30mL*3),再用飽和食鹽水(30mL)洗滌,濾液旋乾並經反相製備HPLC(C18,Condition:5-100%(A:water,B:CH3CN),流速:70mL/min),凍乾後得到1-6a(2.9g,66%)。MS m/z:C43H55N7O7P[M+H]+,理論:812.38,實測:812.5。1H NMR(400MHz,Acetonitrile-d3)δ 7.56,7.54(2s,1H),7.36-7.27(m,2H),7.24-7.21(m,7H),6.83-6.80(m,4H),4.12-4.10(m,2H),3.75-3.68(m,10H),3.20-2.80(m,2H),2.68-2.54(m,4H),1.22-1.04(m,18H)。
1.3 合成化合物1-7a
在氮氣保護下,將化合物1(5g,23.1272mmol),化合物2(6.76g,46.254mmol)和三苯基磷(7.28g,27.753mmol)溶於30mL二噁烷中,於0℃緩慢滴加入DEAD(5.502mL,27.753mmol)。滴加完成後,反應緩慢升溫至25℃繼續反應1h。在反應液裡加入100mL H2O和100mL EtOAc萃取,有機相合併乾
燥過濾濃縮後拌樣過管柱,用正相管柱純化(PE:EtOAc=1:1過管柱得目標產物(4g)。
將化合物3(3.3g)溶於HOAc(16mL)和H2O(4mL),油浴60℃加熱0.5h。將反應液旋乾得到的殘留物用正相管柱純化(PE:EtOAc=0:1過管柱),得到目標產物4(3g)。
將化合物4(3g,8.873mmol)溶於5mL吡啶中,在氮氣保護下於0℃緩慢滴加DMTrCl(3.91g,11.535mmol)的10mL吡啶的溶液。滴加完畢後反應升溫至25℃並繼續反應1h。在反應液中加入50mL水和100mL乙酸乙酯萃取。水相再用100mL乙酸乙酯萃取三次,有機相合併乾燥過濾濃縮用正相管柱純化(用PE:EtOAc=2:1)。得到目標產物5(4g)。
將化合物5(4g,5.769mmol)溶於甲醇(10mL),加入飽和的NH3甲醇溶液(40mL),0℃反應6h。將反應液旋乾用正相管柱純化(用PE:EtOAc=0:1)得消旋化合物2.4g SFC拆分,得到目標產物6A(750mg,100%純度)和目標產物6B(400mg,99.16%純度)。
將化合物6A(-)(700mg,1.40mmol),四唑(50mg,0.70mmol),1-甲基咪唑(23mg,0.28mmol),3A分子篩(500mg)溶於10mL的乙腈中,室溫下加入化合物7(630mg,2.10mmol),在室溫下攪拌2h。反應完畢後,將分子篩過濾掉,加入DCM(50mL),飽和碳酸氫鈉水溶液洗滌(10mL*3),再用飽和食鹽水(20mL)洗滌,濾液旋乾並經反相製備HPLC(C18,Condition:5-100%(A:水B:CH3CN),流速:70mL/min),凍乾後得到1-7a(700mg,72%)。MS m/z:C38H47N4O7PNa[M+Na]+,理論:725.32,實測:725.5。
1.4 合成化合物1-8a
將化合物1(8.5g,76.508mmol),化合物2(30.64g,91.809mmol)溶於DMF(150mL),加入CS2CO3(29.91g,91.809mmol),反應於氮氣保護下,90℃反應12h。LCMS檢測反應完成。將反應液過濾,油泵旋乾,正相管柱分離純化(80g,DCM/MeOH=10/1~5/1)得到目標產物3(13.5g,80%純度)。
將化合物3(10.5g,35.105mmol)溶於吡啶(65mL)和CH3CN(65mL),向溶液中滴加BzCl(4.894mL,42.126mmol),於25℃反應2h。LCMS檢測大部分原料反應完成,加H2O(100mL)淬滅,EtOAc(100mL X 3)萃取,乾燥旋乾,管柱分離(合併TJN200872-101)純化(80g,PE/EtOAc=10/1~0/1,DCM/MeOH=10/1)得到目標產物4(14g,90%純度)。
將化合物4(14g,36.694mmol)溶於HOAc(56mL,314.796mmol)和H2O(14mL),於60℃反應2h,LCMS顯示反應完成。油泵濃縮,正相管柱分離(40g,DCM/MeOH=1/0~5/1)得到目標產物5(8.4g,90%純度& 2.4g,80%純度)。
將化合物5(7.4g,21.957mmol),DMAP(0.54g,4.391mmol),MOLECULAR SIEVE 4A(11.1g,2.967mmol)溶於吡啶(60mL),冰浴下攪拌10min,然後加入DMTrCl(8.93g,26.348mmol),反應攪拌1.8h。LCMS檢測約19%原料剩餘,約60%目標MS。合併(TJN200872-105&106)一起純化。向反應液中加入H2O(50mL),經DCM(50mL X 3)萃取,乾燥,旋乾,管柱分離(120g,PE/(EA:DCM:TEA=1:1:0.05)=1/0~0/1至DCM/MeOH=10/1)得到目標化合物6(11g,89%純度,TJN200872-105&106&107),回收原料(3.0g,70%純度)。
化合物6(15g,22.041mmol)經SFC(DAICEL CHIRALPAK AD(250mm*50mm,10um);0.1% NH3 H2O EtOH,B:45%-45%;200ml/min)分離得到目標產物6A(+)(5.33g,94.29%純度),目標產物6B(-)(6.14g,97.91%純度),化合物6B(-)回收1.0g。
將化合物6B(-)(5.4g,8.92mmol),四唑(312mg,4.46mmol),1-甲基咪唑(146mg,1.78mmol),3A分子篩(500mg)溶於40mL的乙腈中,室溫下加入化合物7(4g,13.4mmol),在室溫下攪拌2h。反應完畢後,將分子篩過濾掉,加入DCM(200mL),飽和碳酸氫鈉水溶液洗滌(30mL*3),再用飽和食鹽水(50mL)洗滌,濾液旋乾並經反相製備HPLC(C18,Condition:5-100%(A:water,B:CH3CN),流速:70mL/min),凍乾後得到1-8a(5.8g,80%)。MS m/z:C45H51N5O7P,[M+H]+,理論:804.36,實測:804.4。
實施例2:不同化學修飾表徵
其中,我們將由2-羥甲基-1,3-丙二醇為起始原料合成的核苷酸定義hmpNA;
(+)hmpNA(A)為實施例1.1節中核苷亞磷醯胺單體1-1b藉由固相合成獲得,絕對構型為(S)-hmpNA(A);
(-)hmpNA(A)為實施例1.1節中核苷亞磷醯胺單體1-1a藉由固相合成獲得,絕對構型為(R)-hmpNA(A);
類似的,替換hmpNA的鹼基種類,藉由固相合成獲得以下結構並確認絕對構型:
(+)hmpNA(G),絕對構型為(S)-hmpNA(G);
(-)hmpNA(G),絕對構型為(R)-hmpNA(G);
(+)hmpNA(C),絕對構型為(S)-hmpNA(C);
(-)hmpNA(C),絕對構型為(R)-hmpNA(C);
(+)hmpNA(U),絕對構型為(R)-hmpNA(U);
(-)hmpNA(U),絕對構型為(S)-hmpNA(U)。
(S)-hmpNA(G),(R)-hmpNA(G),(S)-hmpNA(C),(R)-hmpNA(C),(S)-hmpNA(U)和(R)-hmpNA(U)的絕對構型由其中間體或衍生物經X-Ray衍射而確認。
中間體或衍生物的結構為:
TJ-NA067:檢測晶體為無色塊狀(0.30×0.10×0.04mm3),屬單斜晶系P21空間群。晶胞參數a=16.0496(5)Å,b=4.86260(10)Å,c=16.4686(5)Å,
α=90°,β=118.015(4)°,γ=90°,V=1134.65(7)Å3,Z=4。計算密度Dc=1.389g/cm3,單胞中電子數F(000)=504.0,單胞的線性吸收係數μ(Cu Kα)=0.840mm-1,衍射實驗溫度T=150.00(11)K。
6A(+):檢測晶體為無色塊狀(0.30×0.20×0.10mm3),屬單斜晶系P21空間群。晶胞參數a=22.6688(7)Å,b=8.5595(2)Å,c=23.3578(5)Å,α=90°,β=113.876(3)°,γ=90°,V=4144.3(2)Å3,Z=2。計算密度Dc=0.999g/cm3,單胞中電子數F(000)=1318.0,單胞的線性吸收係數μ(Cu Kα)=0.570mm-1,衍射實驗溫度T=100.01(18)K。
TJ-NA048:檢測晶體為無色針狀(0.30×0.04×0.04mm3),屬單斜晶系P1空間群。晶胞參數a=7.6165(4)Å,b=11.3423(5)Å,c=17.3991(8)Å,α=85.007(4)°,β=88.052(4)°,γ=70.532(4)°,V=1411.75(12)Å3,Z=2。計算密度Dc=1.366g/cm3,單胞中電子數F(000)=620.0,單胞的線性吸收係數μ(Cu Kα)=0.856mm-1,衍射實驗溫度T=150.00(13)K。
TJ-NA092:檢測晶體為無色棱管柱狀(0.30×0.10×0.10mm3),屬三斜晶系P1空間群。晶胞參數a=5.17960(10)Å,b=8.0667(2)Å,c=12.4077(2)Å,α=93.146(2)°,β=101.266(2)°,γ=96.134(2)°,V=503.993(18)Å3,Z=2。計算密度Dc=1.412g/cm3,單胞中電子數F(000)=228.0,單胞的線性吸收係數μ(Cu Kα)=0.945mm-1,衍射實驗溫度T=100.00(10)K。
實施例3:製備NAG0052、L96
化合物NAG0024、NAG0026購買自天津藥明康德新藥開發有限公司。除非特別說明,以下實施例中所用的試劑均為市售商品。
化合物NAG0052的合成
起始原料化合物1採購自江蘇倍達醫藥科技有限公司。化合物NAG0052的合成路線如下所示:
上述路線中涉及的具體中間產物以及終產物的合成以及鑑定如下所述:
化合物2
在0℃以及氮氣保護下,往化合物1(12.3mL,101mmol)的THF(300mL)溶液中分批加入NaH(12.2g,304mmol,純度60%)。該混合物在20℃下攪拌1小時之後再次冷卻到0℃,接著往體系中逐滴加入苄溴(36.3mL,304mmol),並且在20℃攪拌12小時。將該反應液用H2O(100mL)淬滅後,用EtOAc(200mL x 2)萃取。合併後的有機相用飽和食鹽水(100mL)洗滌,Na2SO4乾燥,過濾,濃
縮得到的殘留物經過矽膠管柱層析分離後得到目標化合物2(20.0g,51.8mmol,產率51%)。
LCMS:tR=2.615 and 2.820min in 30-90AB_7min_220&254_Shimadzu.lcm(Xtimate C18,3um,2.1*30mm),MS(ESI)m/z=351.2[M+Na]+。
1 H NMR:(400MHz,CDCl3)δ ppm 7.35-7.12(m,10H),5.06-4.95(m,1H),4.51-4.39(m,4H),4.24-3.87(m,2H),3.50-3.40(m,2H),3.38-3.20(m,3H),2.20-1.91(m,2H)。
化合物3和4
在20℃以及氮氣保護下,往化合物2(13.0g,33.6mmol)的DCM(300mL)溶液中一次性加入TMSCN(13.5mL,101mmol),接著逐滴加入TMSOTf(9.14mL,50.5mmol)的DCM(30mL)溶液。該反應液在20℃下攪拌15小時。反應結束之後用飽和NaHCO3水溶液(80mL)淬滅該體系,並且用DCM(150mL x 2)萃取,合併後的有機相用飽和食鹽水(80mL)洗滌,Na2SO4乾燥,過濾以及濃縮後藉由矽膠管柱層析分離後得到目標化合物3(3.30g,9.18mmol,產率27%)以及淡黃色油狀液體化合物4(8.50g,9.18mmol,產率70%)。
化合物3
1 H NMR:(400MHz,CDCl3)δ ppm 7.42-7.29(m,10H),4.81(t,J=7.8Hz,1H),4.65-4.49(m,4H),4.30-4.21(m,2H),3.65-3.57(m,1H),3.57-3.49(m,1H),2.49-2.40(m,2H)。
化合物4
1 H NMR:(400MHz,CDCl3)δ ppm 7.42-7.26(m,10H),4.93-4.87(m,1H),4.65-4.48(m,4H),4.43-4.38(m,1H),4.21-4.17(m,1H),3.79-3.70(m,1H),3.54(d,J=4.0Hz,1H),2.45-2.37(m,2H)。
化合物5
在0℃及氮氣保護下將化合物4(3.00g,9.28mmol)的THF(15mL)溶液,滴加到LiAlH4(0.79g,20.9mmol)的THF(15mL)溶液中,滴加完後體系在0℃反應1小時。TLC(PE:EtOAc=3:1)監測到原料完全消失。向反應液中緩慢加入十水硫酸鈉,加至不冒泡為止。之後將反應液過濾,濾餅用二氯甲烷(60mL)洗滌三次後,收集濾液旋乾,得目標化合物5(3.00g,產率90%)。
1 H NMR:(400MHz,DMSO-d 6)δ ppm 7.40-7.14(m,10H),4.54-4.38(m,4H),4.06-3.99(m,2H),3.91(q,J=6.4Hz,1H),3.48-3.37(m,2H),2.67-2.52(m,2H),2.21-2.18(m,1H),1.77-1.73(m,1H)。
化合物6
在氮氣保護下,將化合物5(3.00g,8.25mmol)溶於DCM(30mL),加入TEA(3.44mL,24.7mmol)和CbzCl(1.76mL,12.4mmol),20℃反應2小時。LCMS顯示反應完成。將反應液加入二氯甲烷(30mL)和水(60mL)萃取。有機相用水(60mL x 3)洗滌三次,無水硫酸鈉乾燥,濃縮用正相管柱純化(PE:EtOAc=1:1),得到目標化合物6(2.5g,產率90%)。
LCMS:tR=0.810min in 5-95AB_1min,MS(ESI)m/z=462.2[M+H]+。
1 H NMR:(400MHz,CDCl3)δ ppm 7.39-7.29(m,15H),5.35(s,1H),5.15-5.01(m,2H),4.72(d,J=6.0Hz,1H),4.54-4.40(m,3H),4.26(s,1H),4.23-4.18(m,1H),4.11-4.04(m,1H),3.54-3.41(m,3H),3.37-3.25(m,1H),2.34-2.23(m,1H),1.85-1.79(m,1H)。
化合物7
在氮氣保護下,將化合物6(2.00g,3.90mmol)溶於DCM(5mL),在-78℃下加入BCl3的THF溶液(1M,27.3mL),反應1小時。TLC(DCM:MeOH=10:
1)監測到原料完全消失。將反應液在-78℃下加入甲醇(20mL)淬滅,濃縮,用正相管柱純化(DCM:MeOH=10:1),得到目標化合物7(2.00g,產率60%)。
1 H NMR:(400MHz,CD3OD)δ ppm 7.41-7.23(m,5H),5.08(s,2H),4.25-4.07(m,2H),3.85-3.75(m,1H),3.63-3.56(m,1H),3.54-3.48(m,1H),3.30-3.27(m,2H),2.34-2.21(m,1H),1.71-1.64(m,1H)。
化合物8
在氮氣保護下,將化合物7(0.50g,1.78mmol)溶於吡啶(5mL)中,在0℃下加入4A分子篩(500mg)和DMTrCl(0.66mL,2.13mmol),之後升溫至20℃反應1.5小時。TLC(PE:EtOAc=2:1)監測到原料完全消失。將反應液加入乙酸乙酯(60mL)和水(60mL)萃取,有機相用水(60mL x 3)洗滌三次後用無水硫酸鈉乾燥,濃縮,用正相管柱純化(PE:EtOAc=1:1),得到目標化合物8(800mg,產率90%)。
1 H NMR:(400MHz,CDCl3)δ ppm 7.44(d,J=7.6Hz,2H),7.37-7.23(m,11H),7.22-7.15(m,1H),6.84(d,J=8.8Hz,4H),5.09(s,2H),4.31-4.17(m,2H),4.02-3.91(m,1H),3.84-3.73(m,6H),3.33(s,1H),3.28(s,1H),3.19-3.01(m,2H),2.34-2.25(m,1H),1.70-1.62(m,1H)。
化合物9
將化合物8(800mg,1.234mmol)溶於EtOAc(5mL),加入Pd/C 10%(800mg,7.517mmol),反應在H2條件(15Psi),20℃下反應1小時。LCMS顯示反應已經完成。反應液過濾,濾餅用二氯甲烷(100mL)和甲醇(100mL)洗滌三次,濃縮,經過反相管柱分離得到化合物9(300mg,54%)。
LCMS:tR=2.586min in 10-80CD_3min MS(ESI)m/z=450.2[M+H]+。
化合物11
將化合物10(435mg,1.780mmol)溶於DCM(10mL),加入DIEA(0.441mL,2.67mmol)和HATU(677mg,1.78mmol)後,再加入化合物9(400mg,0.890mmol),20℃反應1小時。TLC(DCM:MeOH=10:1)監測反應完成。將反應液加入二氯甲烷(60mL)和水(60mL)萃取,有機相用水(60mL x 3)洗滌三次,無水硫酸鈉乾燥,濃縮用正相管柱純化(PE:EtOAc=0:1過管柱,在100%處出產品峰),得到目標化合物11(600mg,產率90%)。
LCMS:tR=2.745min in 30-90CD_3min,MS(ESI)m/z=698.4[M+Na]+。
1 H NMR:(400MHz,CD3OD)δ ppm 7.46-7.38(m,2H),7.35-7.24(m,6H),7.22-7.16(m,1H),6.90-6.78(m,4H),4.29-4.21(m,2H),4.02-3.95(m,1H),3.77(s,6H),3.66-3.62(m,3H),3.41(s,1H),3.18-3.04(m,2H),2.36-2.17(m,5H),1.71-1.50(m,5H),1.39-1.25(m,14H)。
化合物12
將化合物11(600mg,0.799mmol)溶於THF(3mL)和H2O(1mL),加入LiOH.H2O(134mg,3.20mmol),20℃反應12小時。TLC(DCM:MeOH=10:1)顯示反應完成。將反應液旋乾,用水(5mL)和甲醇(5mL)溶解,用反向管柱純化(H2O:CH3CN=1:1,在35%左右出峰),得到目標化合物12(460mg,產率100%,鋰鹽)。
LCMS:tR=1.346min in 10-80CD_3min,MS(ESI)m/z=684.3[M+Na]+。
HPLC:tR=1.879min in 10-80CD_6min。
1 H NMR:(400MHz,CD3OD)δ ppm 7.47-7.39(m,2H),7.35-7.24(m,6H),7.22-7.15(m,1H),6.91-6.79(m,4H),4.31-4.18(m,2H),4.02-3.95(m,1H),3.78(s,6H),3.44-
3.33(m,2H),3.18-3.04(m,2H),2.35-2.27(m,1H),2.24-2.10(m,4H),1.70-1.51(m,5H),1.31-1.23(m,12H)。
化合物13
室溫環境,氮氣保護下,將化合物NAG0024(271mg,0.151mmol)溶解於無水THF(2mL)和無水DMF(4mL),加入3A分子篩,再依次加入化合物12(100mg,0.151mmol)、HOBt(25mg,0.181mmol)、DCC(38mg,0.181mmol)和DIEA(39mg,0.302mmol)。反應液45℃反應16h。LC-MS顯示反應完全後,加水淬滅,過濾。濾液濃縮後,經C18反相管柱純化(H2O/MeCN),得到化合物13(210mg,產率57%)。
化合物NAG0052
室溫環境下,化合物13(230mg,0.094mmol)溶於吡啶(5mL),加入分子篩,加入DMAP(12mg,0.283mmol),丁二酸酐(28mg,0.283mmol)。氮氣保護,50℃攪拌16小時。LCMS檢測反應完全,過濾旋乾。過C18反相管柱純化後,由製備HPLC二次純化,得到目標化合物NAG0052(123mg,0.048mmol,產率51%)。
MS(ESI)m/z=2535.3[M-1]-.理論:2536.2。
1H NMR(400MHz,Acetonitrile-d 3)δ 7.48-7.43(m,2H),7.37-7.12(m,11H),7.00-6.85(m,10H),6.66(s,1H),5.31(dd,J=3.4,1.1Hz,3H),5.20-5.13(m,1H),5.05(dd,J=11.3,3.4Hz,3H),4.56(d,J=8.5Hz,3H),4.30(dd,J=7.7,5.3Hz,1H),4.18-3.93(m,14H),3.79(s,10H),3.65(q,J=4.7,3.6Hz,13H),3.56-3.07(m,24H),2.56(s,6H),2.37(t,J=5.8Hz,10H),2.17(t,J=7.5Hz,9H),2.02-1.96(m,20H),1.88(s,8H),1.82-1.73(m,2H),1.60(dt,J=15.0,7.3Hz,16H),1.27(s,13H)。
L96的合成
按照專利申請WO2014025805A1記載的方法製備獲得如上結構式所示的L96。
實施例4:dsRNA的合成
1.自製帶有載體的樹脂
將含有羧酸基團的化合物NAG0052(157mg,0.062mmol)溶於無水DMF(3mL),待底物完全溶解後,依次加入無水乙腈(4mL)、DIEA(0.03mL,0.154mmol,2.5eq)和HBTU(35mg,0.093mmol,1.5eq)。反應液混合均勻後,再加入大孔胺甲基樹脂(476mg,空白載量為0.41mmol/g,目標載量為0.1mmol/g)。將反應液放入搖床上(溫度:25℃,轉速:200rpm)振搖過夜。反應液過濾,濾餅依次分別用DCM,無水乙腈洗滌,收集固體,真空乾燥過夜。
將上步固體分散於無水乙腈(5mL),依次加入吡啶(0.18mL),DMAP(3mg),NMI(0.12mL)和CapB1(2.68mL)。將反應液放入搖床上(溫度:25℃,轉速:200rpm)振搖2h。反應液過濾,濾餅用無水乙腈洗滌,收集固體,真空乾燥過夜,得到帶有載體的樹脂。載量經過測定為0.1mmol/g。
2.對於已經連接在樹脂上的NAG0052,使用該樹脂作為起始,按照核苷酸排布順序自3’-5’方向逐一連接核苷單體。每連接一個核苷單體都包括脫保護、偶聯、蓋帽、氧化或硫化四步反應。操作為本領域常規。
化合物NAG0052經過固相合成連接到序列上,再經過胺解後,NAG0052結構脫去一部分官能團成為NAG0052’。製得的dsRNA具有表1和表2中所示的有義鏈和反義鏈。
在上表中,大寫字母G、A、C、U分別表示包含鳥嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶和尿嘧啶的核苷酸,小寫字母m表示2'-甲氧基修飾,小寫字母f表示2'-
氟修飾,小寫字母s表示與該字母s左右相鄰的兩個核苷酸之間為硫代磷酸二酯基連接;以下同。
實施例5:dsRNA在體內對靶基因mRNA表達量的抑制
本實驗考察本揭露的綴合不同的dsRNA在體內對靶基因mRNA表達量的抑制效率
將雄性6-8週齡C57BL/6小鼠隨機分組,每組共6隻,每個時間點各3隻,分別向每組小鼠給予TRD007205、參比陽性TRD002218以及PBS。
所有動物依據體總計算給藥量,採用皮下注射方式單次給藥,dsRNA給藥劑量(以無配體核苷酸的量計)為1mg/kg,給藥體積為5mL/kg。給藥7天、28天後處死小鼠,收集肝臟,用RNA later(Sigma Aldrich公司)保存;隨後用組織勻漿儀勻漿肝組織,再用組織RNA提取試劑盒(凡知醫療科技,FG0412)根據操作說明書標注的操作步驟提取得到肝組織總RNA。將總RNA反轉錄成cDNA並採用實時螢光定量PCR方法檢測肝組織中的TTR mRNA(轉甲狀腺蛋白mRNA)的表達量。在該螢光定量PCR法中,以甘油醛3-磷酸脫氫酶(GAPDH)基因作為內參基因,使用針對TTR和GAPDH的Taqman探針引子分別檢測TTR和GAPDH的mRNA表達量。
TTR mRNA表達量按照如下等式計算:
TTR mRNA表達量=【(測試組TTR mRNA表達量/測試組GAPDH mRNA表達量)/(對照組TTR mRNA表達量/對照組GAPDH mRNA表達量)】x 100%。
給藥7天、28天後,本揭露的綴合不同結構的dsRNA的在體內對靶基因mRNA表達量的抑制效率分別見圖1和圖2。由圖1的結果可知,TRD007205在給藥後7天對於TTR mRNA的表達抑制均具有良好的效果。由圖2可知,給藥28天後,TRD007205對靶基因mRNA表達量的抑制作用均優於TRD002218。
實施例6:合成dsRNA
1.自製帶有載體的樹脂。
2.使用帶有NAG0052的樹脂作為起始,按照核苷酸排布順序自3’-5’方向逐一連接核苷單體。每連接一個核苷單體都包括脫保護、偶聯、蓋帽、氧化或硫化四步反應。
製得的dsRNA具有表5和表6中所示的有義鏈和反義鏈。
其中,
NAG0052’的結構為:
L10的結構為:
實施例7:人原代肝細胞(PHH)中人APOC3的抑制-7個濃度點抑制活性
在人原代肝細胞(PHH)中採用7個濃度梯度對dsRNA進行人原代肝細胞(PHH)活性篩選。各個dsRNA樣品轉染起始終濃度為10nM,5倍梯度稀釋和7個濃度點。
PHH凍存於液氮中,轉染前24h,將人原代肝細胞(PHH)復蘇後接種於96孔板,接種密度為每孔3×104個細胞,每孔80μL培養基。參照產品說明手冊,使用Lipofectamine RNAi MAX(ThermoFisher,13778150)轉染dsRNA,dsRNA轉染的梯度終濃度為10nM、2nM、0.4nM、0.08nM、0.016nM、0.0032nM和0.00064nM。在處理24小時後,使用高通量細胞RNA提取試劑盒
進行細胞總RNA提取、RNA逆轉錄實驗和定量實時PCR檢測,測定人APOC3的mRNA水平,根據GAPDH內參基因水平對人APOC3的mRNA水平進行校正。
其中,在實時定量PCR檢測時,採用的是探针Q-PCR檢測實驗,其引子信息如表8所示。
結果分析方法
Q-PCR檢測實驗完畢後,按照系統自動設定的閾值獲取相應的Ct值,可以藉由Ct值比較,相對定量某個基因的表達:比較Ct指的是藉由與內參基因Ct值之間的差值來計算基因表達差異,也稱之是2-△△Ct,△△Ct=[(Ct實驗組目的基因-Ct實驗組內參)-(Ct對照組目的基因-Ct對照組內參)]。抑制率(%)=(1-目的基因表達剩餘量)*100%。
結果以相對於經過對照dsRNA處理的細胞的人APOC3 mRNA表達剩餘百分比來表示。抑制率的IC50結果見表9。表9實驗結果表明,TRD008043優於其餘組別。
以相同的方法考察TRD007972-1與TJR100385、TJR100386的活性差異,抑制率的IC50結果見表10。
表10結果表明,TRD007972-1在PHH細胞中針對APOC3基因具有高水平的在靶抑制活性,優於TJR100385、TJR100386。
實施例8:dsRNA的psiCHECK反義鏈(AS鏈)脫靶水平驗證
在HEK-293A細胞中採用9個濃度梯度對dsRNA進行體外分子水平模擬在靶及脫靶水平篩選。結果表明,TRD008043具有高活性的同時,還具有低脫靶性。
構建dsRNA序列對應的脫靶序列,插入到psiCHECK-2質粒中。該質粒包含海腎螢光素酶基因及螢火蟲螢光素酶基因。作為雙報告基因系統,dsRNA的靶序列插入到海腎螢光素酶基因的3’UTR區域,dsRNA對於靶標序列的活性可以藉由經螢火蟲螢光素酶校準後的海腎螢光素酶表達情況的檢測來反映,檢測使用Dual-Luciferase Reporter Assay System(Promega,E2940)。
dsRNA序列對應的GSSM靶標質粒構建規則如下:
針對dsRNA的反義鏈,構建與反義鏈5’端1-8位完全互補,而其它位置的鹼基完全不匹配的脫靶質粒(GSSM),鹼基錯配對應規則為A與C互配、G與T互配。
HEK293A細胞培養於含10%胎牛血清的DMEM高糖培養基中,在37℃,5% CO2條件下培養。轉染前24h,將HEK293A細胞接種於96孔板,接種密度為每孔8×103個細胞,每孔100μL培養基。
按照說明書,使用Lipofectamine2000(ThermoFisher,11668019)對細胞共轉染dsRNA及對應質粒,Lipofectamine2000每孔使用0.2μL,質粒轉染量為20ng每孔。對於脫靶序列質粒,dsRNA共設置9個濃度點,最高濃度點終濃度為20nM,3倍梯度稀釋,20nM、6.6667nM、2.2222nM、0.7407nM、0.2469nM、0.0823nM、0.0274nM、0.0091nM、0.0030nM。轉染後24h,採用Dual-Luciferase Reporter Assay System(Promega,E2940)檢測脫靶水平。
結果如表11所示,結果表明,與TJR100383和TJR100384相比,TRD008043無脫靶風險。
實施例9:Tg小鼠的藥效學研究
小鼠為B6;CBA-Tg(APOC3)3707Bres/J,品系:#006907(Jackson實驗室,11-12w),以下簡稱APOC3 Tg小鼠,雌雄各9隻。動物到達後分籠飼養N=2/籠,適應10天。每週測量一次體重。
給藥前14天收集至少40μL血漿樣本(~90μL血液),用於適應期進行血漿中HDL、LDL、TG、TC和ApoC3第一次基線測量。第二次基線在給藥前7天進行,收集至少40μL血漿樣本(~90μL血液)進行第二次血漿中TG、TC、HDL-C和ApoC3檢測;選取17隻動物,根據TG和ApoC3(載脂蛋白C3)水平,分成3組。第三次基線在給藥當天上午進行,收集至少40μL血漿樣本(~90μL血液)進行TG、TC、HDL-C和ApoC3檢測,這組數據將作為0點(第0天)基線。
供試品預配製時,用生理鹽水(PH=7.4)溶解,每種溶液取5μL稀釋10倍,再用NanoDrop檢測濃度3次/種。給藥配方的最終濃度將根據NanoDrop的結果進行調整。單次給予生理鹽水組和受試樣品,均為皮下注射,注射體積根據給藥前的體重計算而得。
給藥後每週測量一次體重,第7、14、21、28、35和42天收集血漿樣本(採集血液前,過夜禁食)進行血漿中ApoC3、TG、TC和HDL-C檢測。血樣採集後半小時內離心(離心條件:4℃,3000g,5min)。將血漿收集到2支聚丙烯管中,體積分別為30μL(準確體積)和10~15μL(其餘),乾冰速凍,樣品分析前保存在-80℃冰箱中。結果如表13-表15所示。
表13結果表明:APOC3 Tg小鼠單次給予受試樣品後,TRD008043組小鼠血漿中APOC3與生理鹽水組比較,第7天、第14天、第21天、第28
天、第35天、第42天與0天的基線的百分比有顯著的降低。而TRD007972-1組小鼠血漿中APOC3與生理鹽水組比較,第35天、第42天與0天的基線的百分比無明顯差異。同時,從數值上看,TRD008043組在單次給藥後血漿中APOC3與0天基線百分比在D14-D35約比TRD007972-1低3倍。
結果表明,TRD008043與TRD007972-1相比,TRD008043降低人APOC3的效果優於TRD007972-1。
表14結果表明,APOC3 Tg小鼠單次給予受試樣品後,至第28天,與生理鹽水組比較,TRD008043仍保持顯著降低血漿中TG的作用,但TRD007972-1與生理鹽水組比較已無顯著性區別。同時,從數值上看,TRD008043組在單次給藥後血漿中TG與0天的基線百分比在D14-D35約比TRD007972-1組低2-4倍。
結果表明,TRD008043與TRD007972-1相比,TRD008043降低TG的效果優於TRD007972-1。
表15結果表明,APOC3 Tg小鼠單次給予受試樣品後,至第28天,與生理鹽水組比較,TRD008043仍保持顯著降低血漿中TC的作用,但TRD007972-1與生理鹽水組比較均無顯著性區別。同時,從數值上看,TRD008043組在單次給藥後血漿中TC與0天的基線百分比在D14-D35約比TRD007972-1組低2倍。
結果表明,TRD008043與TRD007972-1相比,TRD008043降低TC的效果優於TRD007972-1。
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Claims (21)
- 一種雙鏈核糖核酸(dsRNA),其包含有義鏈和反義鏈,該有義鏈和反義鏈按照5'端到3'端的方向包含連續的核苷酸,其中該有義鏈第7、8和9位的核苷酸為2'-氟修飾的核苷酸,第5位的核苷酸獨立地為2'-甲氧基修飾的核苷酸或2'-氟修飾的核苷酸,其餘位置的核苷酸為2'-甲氧基修飾的核苷酸;該反義鏈第2和14位的核苷酸為2'-氟修飾的核苷酸,第4、6、8、9、10、12、16和18位的核苷酸獨立地為2'-甲氧基或2'-氟修飾的核苷酸,其餘位置的核苷酸為2'-甲氧基修飾的核苷酸;該反義鏈中2'-氟修飾的核苷酸的個數為2-7個;該反義鏈第7位的核苷酸位置處包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽:該式(I)所示的化學修飾選自以下任一結構:並且該dsRNA抑制載脂蛋白C3(APOC3)的表達。
- 如請求項1所述的dsRNA,其中,該有義鏈含有如下式所示的核苷酸:5’-NaNaNaNaNaNaNbNbNbNaNaNaNaNaNaNaNaNaNa-3’;其中,Na為2'-甲氧基修飾的核苷酸,Nb為2'-氟修飾的核苷酸。
- 如請求項1或2所述的dsRNA,其中,該反義鏈包含如下式所示的核苷酸序列:5’-Na’Nb’Na’X’Na’X’W’X’X’X’Na’X’Na’Nb’Na’X’Na’X’Na’Na’Na’-3’;較佳地,該反義鏈包含如下式所示的核苷酸序列:5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Nb’W’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;5’-Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’W’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;5’-Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’W’Na’Na’Nb’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’-3’;5’-Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’W’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’-3’;5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Nb’W’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’-3’;5’-Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’W’Na’Na’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Nb’W’Na’Na’Nb’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Na’W’Nb’Nb’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Nb’W’Na’Na’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Nb’W’Na’Na’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Na’W’Na’Na’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;或,5’-Na’Nb’Na’Na’Na’Na’W’Na’Na’Na’Na’Na’Na’Nb’Na’Na’Na’Na’Na’Na’Na’-3’;其中,每個X’獨立地為Na’或Nb’;Na’為2'-甲氧基修飾的核苷酸,Nb’為2'-氟修飾的核苷酸;W’表示包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸。
- 如請求項1至3中任一項所述的dsRNA,其中,該有義鏈和/或反義鏈中至少一個磷酸酯基為具有修飾基團的磷酸酯基,較佳為硫代磷酸酯基,更佳為硫代磷酸二酯基。
- 如請求項4所述的dsRNA,其中,該硫代磷酸二酯基存在於以下位置中的至少一處:該有義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;該有義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;該反義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;該反義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;該反義鏈的3'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;以及該反義鏈的3'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;較佳地,該有義鏈和/或反義鏈中包括多個硫代磷酸二酯基,該硫代磷酸二酯基存在於:該有義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;和,該有義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;和,該反義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;和,該反義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;和,該反義鏈的3'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;和,該反義鏈的3'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間。
- 如請求項1至5中任一項所述的dsRNA,其中,該有義鏈包含與SEQ ID NO:1的核苷酸序列相差不超過3個核苷酸的至少15個連續核苷酸;並且該反義鏈包含與SEQ ID NO:2的核苷酸序列相差不超過3個核苷酸的至少19個連續核苷酸;較佳地,該有義鏈包含SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列,並且反義鏈包含SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列。
- 如請求項1至6中任一項所述的dsRNA,其中,該反義鏈包含SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14中任一項所示的核苷酸序列;較佳地,該有義鏈包含SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列。
- 如請求項1至7中任一項所述的dsRNA,其中,該dsRNA還包括與其綴合的配體,該配體包含N-乙醯基-半乳糖胺。
- 如請求項8或9所述的dsRNA,其中,該dsRNA有義鏈的3’端與該配體綴合。
- 如請求項8至10中任一項所述的dsRNA,其中,該配體藉由磷酸酯基團或硫代磷酸酯基團與該dsRNA有義鏈的3’端連接;較佳藉由磷酸二酯基團或硫代磷酸二酯基團連接,更佳藉由磷酸二酯基團連接。
- 如請求項1至11中任一項所述的dsRNA,其中,該反義鏈包含SEQ ID NO:12、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:14任一項所示的核苷酸序列;較佳地,該有義鏈包含SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列。
- 一種醫藥組成物,其包含如請求項1至13中任一項所述的dsRNA;視需要地,該醫藥組成物還包含一種或多種藥學上可接受的賦形劑。
- 一種載體,其包含如請求項1至13中任一項所述的dsRNA。
- 一種細胞,其包含如請求項1至13中任一項所述的dsRNA,或如請求項15所述的載體。
- 一種如請求項1至13中任一項所述的dsRNA、如請求項14所述的醫藥組成物、如請求項15所述的載體、或如請求項16所述的細胞在製備藥物中的應用;該藥物用於降低受試者中的甘油三酯水平,或用於預防和/或治療由升高的甘油三酯水平或升高的膽固醇水平介導的疾病;較佳地,該由升高的甘油三酯水平或升高的膽固醇水平介導的疾病選自高甘油三酯血症、肥胖症、高脂血症、脂質和/或膽固醇代謝異常、動脈粥樣硬化、心血管疾病、冠狀動脈疾病、高甘油三酯血症誘導的胰腺炎、代謝綜合症、II型糖尿病、家族性乳糜微粒血症綜合症或家族性部分脂質營養不良。
- 一種抑制APOC3基因或其mRNA表達的方法,其包括向受試者給予有效量或有效劑量的如請求項1至13中任一項所述的dsRNA、如請求項14所述的醫藥組成物、如請求項15所述的載體、或如請求項16所述的細胞。
- 一種遞送寡核苷酸至肝臟的方法,其包括向受試者給予有效量或有效劑量的如請求項8至13中任一項所述的dsRNA、如請求項14所述的醫藥組成物、如請求項15所述的載體、或如請求項16所述的細胞。
- 一種試劑盒,其包含如請求項1至13中任一項所述的dsRNA、如請求項14中任一項所述的醫藥組成物、如請求項15所述的載體、或如請求項16所述的細胞。
- 一種製備dsRNA或醫藥組成物的方法,其包括:合成如請求項1至13中任一項所述的dsRNA。
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