TW202334425A - 一種dsrna、其製備方法及應用 - Google Patents

一種dsrna、其製備方法及應用 Download PDF

Info

Publication number
TW202334425A
TW202334425A TW111148551A TW111148551A TW202334425A TW 202334425 A TW202334425 A TW 202334425A TW 111148551 A TW111148551 A TW 111148551A TW 111148551 A TW111148551 A TW 111148551A TW 202334425 A TW202334425 A TW 202334425A
Authority
TW
Taiwan
Prior art keywords
seq
antisense strand
dsrna
sense strand
nucleotides
Prior art date
Application number
TW111148551A
Other languages
English (en)
Inventor
李云飛
張瑱
侯哲
耿俊
張建羽
周雅琴
黃龍飛
Original Assignee
大陸商上海拓界生物醫藥科技有限公司
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 大陸商上海拓界生物醫藥科技有限公司 filed Critical 大陸商上海拓界生物醫藥科技有限公司
Publication of TW202334425A publication Critical patent/TW202334425A/zh

Links

Classifications

    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/713Double-stranded nucleic acids or oligonucleotides
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61KPREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K48/00Medicinal preparations containing genetic material which is inserted into cells of the living body to treat genetic diseases; Gene therapy
    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P7/00Drugs for disorders of the blood or the extracellular fluid
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Diabetes (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)

Abstract

本揭露揭示了一種dsRNA、其製備方法及應用。本揭露還關於包含該dsRNA的醫藥組成物、細胞或試劑盒。本揭露的dsRNA可以干擾HBV基因的表達,預防和/或治療相關疾病。

Description

一種DSRNA、其製備方法及應用
本揭露要求申請日為2021年12月16日的中國專利申請202111542797.4的優先權,本揭露引用上述中國專利申請的全文。
本揭露關於一種dsRNA、該dsRNA可以被靶向遞送到細胞內,發揮RNA干擾的作用。本揭露還關於dsRNA的製備方法及應用。
RNA干擾(RNAi)是一種有效的沉默基因表達的方式。據統計,在人體內的疾病相關蛋白中,大約超過80%的蛋白質不能被目前常規的小分子藥物以及生物大分子製劑所靶向,屬不可成藥蛋白。利用RNA干擾技術,可以根據編碼這些蛋白的mRNA,設計合適的siRNA,特異性靶向目標mRNA並降解目標mRNA,從而達到抑制相關的蛋白生成。因此siRNA具有非常重要的藥物開發前景。然而要實現體內的治療目的RNA干擾效應,需要向體內特定的細胞遞送siRNA分子。
採用靶向配體綴合siRNA,利用靶向配體與細胞膜表面的受體分子結構,從而內吞進入到細胞內,是一種有效的藥物遞送方式。例如, 去唾液酸糖蛋白受體(ASGPR)是肝細胞特異性表達的受體,在肝細胞表面具有高豐度,胞內外轉換快速的特點。半乳糖、半乳糖胺、N-乙醯半乳糖胺等單糖和多糖分子對ASGPR有高親和性。文獻報導(10.16476/j.pibb.2015.0028)使用胺基半乳糖分子簇(GalNAc)可以有效遞送siRNA到肝細胞,GalNAc分子被設計成三價或四價的分子簇可以顯著提高單價或二價的GalNAc分子靶向肝細胞的能力。
不同分子簇結構,和與RNA之間不同的連接方式會明顯的影響siRNA在體內的活性,更高的活性意味著更好的治療效果,或更低的給藥劑量。在同等藥效下,更低的給藥劑量也意味著更低的毒性反應。
dsRNA
第一方面,本揭露提供了一種dsRNA,其包含siRNA和一個或多個與其綴合的配體,該siRNA包含有義鏈和反義鏈,該反義鏈在其5’端起第2位至第8位中的至少一個核苷酸位置處包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體修飾或其藥學上可接受的鹽:
Figure 111148551-A0202-12-0002-1
其中,Y選自O、NH和S;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H或C1-C6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
R3選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,p=1、2或3;
Q1
Figure 111148551-A0202-12-0003-2
,Q2為R2;或者
Q1為R2,Q2
Figure 111148551-A0202-12-0003-3
其中,
R1選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,q=1、2或3;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B是鹼基;
該式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽修飾不是
Figure 111148551-A0202-12-0004-4
該配體為如式(II)所示化合物或其藥學上可接受的鹽,
Figure 111148551-A0202-12-0004-5
其中,L1為C1-C30烷基鏈、或包含被一個或多個氧、硫、氮原子或C=O間斷的C1-C30烷基鏈;
R11和R12獨立地為化學鍵、NR16、C=O或-OC(=O)-;
Q3
Figure 111148551-A0202-12-0004-6
Figure 111148551-A0202-12-0004-7
Figure 111148551-A0202-12-0004-8
為單鍵或雙鍵,且當
Figure 111148551-A0202-12-0004-9
為單鍵時,R13獨立地為CR17R18、NR16、O或S,
Figure 111148551-A0202-12-0004-10
為雙鍵時,R13獨立地為CR19或N;
R14獨立地為CR19或N;
環A為存在或不存在的環烷基、雜環烷基、芳基或雜芳基,且當環A存在時,R15獨立地為CR19或N,當環A不存在時,R15獨立地為CR17R18、NR16或O;
R16和R19獨立地為氫、氘、烷基、烷氧基、環烷基、雜環烷基、芳基、雜芳基、SR'、S(=O)R'、S(=O)2R'、S(=O)2NR'(R")、NR'(R")、C(=O)R'、C(=O)OR'或C(=O)NR'(R"),該烷基、烷氧基、環烷基、雜環烷基、芳基或雜芳基視需要被一個或多個選自鹵素、羥基、側氧、硝基、氰基、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C3-7環烷基、3-12員雜環烷基、6-12員芳基、5-12員雜芳基、SR'、S(=O)R'、S(=O)2R'、S(=O)2NR'(R")、NR'(R")、C(=O)R'、C(=O)OR'和C(=O)NR'(R")中的基團所取代;
R17和R18獨立地為氫、氘、烷基、烷氧基、環烷基、雜環烷基、芳基、雜芳基、SR'、S(=O)R'、S(=O)2R'、S(=O)2NR'(R")、NR'(R")、C(=O)R'、C(=O)OR'或C(=O)NR'(R"),該烷基、烷氧基、環烷基、雜環烷基、芳基或雜芳基視需要被一個或多個選自鹵素、羥基、側氧、硝基、氰基、C1-6烷基、C1-6烷氧基、C3-7環烷基、3-12員雜環烷基、6-12員芳基、5-12員雜芳基、SR'、S(=O)R'、S(=O)2R'、S(=O)2NR'(R")、NR'(R")、C(=O)R'、C(=O)OR'和C(=O)NR'(R")中的基團所取代;
R'和R"獨立地為氫、氘、羥基、烷基、烷氧基、環烷基、雜環烷基、芳基或雜芳基,該烷基、烷氧基、環烷基、雜環烷基、芳基或雜芳基視需要被一個或多個選自鹵素、羥基、側氧、硝基和氰基中的取代基所取代;
m1、n1、p1和q1獨立地為0、1、2、3或4;
B1為
Figure 111148551-A0202-12-0005-11
Figure 111148551-A0202-12-0005-12
Rb1、Rb2、Rb3、Rb4、Rb5、Rb6和Rb7獨立地為-C(=O)-、-NHC(=O)-、-C(=O)O-、-C(=O)-(CH2)z8-O-或-NHC(=O)-(CH2)z9-O-;
z1、z2、z3、z4、z5、z6、z7、z8和z9獨立地為0-10的整數;
L2為C1-C30烷基鏈、或包含被一個或多個氧、硫、氮原子或C=O間斷的C1-C30烷基鏈;
r1為1-10的整數。
在一些實施方案中,當X為NH-CO時,R1不是H。
在一些實施方案中,式(I)所示的化學修飾是式(I-1)所示的化學修飾:
Figure 111148551-A0202-12-0006-13
其中,Y選自O、NH和S;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
每個J1、J2分別獨立地為H或C1-C6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
R3選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和 (CH2)pR6;其中R6選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,p=1、2或3;
R1選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,q=1、2或3;
R2選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I)中所定義。
在式(I-1)的一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在式(I-1)的一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在式(I-1)的一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在式(I-1)的一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,式(I)所示的化學修飾是式(I-2)所示的化學修飾:
Figure 111148551-A0202-12-0008-14
其中Y選自O、NH和S;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H或C1-C6烷基;
R3選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,p=1、2或3;
R1選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,q=1、2或3;
R2選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基;r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I)中所定義。
在式(I-2)的一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在式(I-2)的一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在式(I-2)的一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在式(I-2)的一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C3烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H或C1-C3烷基;
R3選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C3烷基、C1-C3烷氧基、C2-C4烯基、C2-C4炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,p=1、2或3;
R1選自H、C1-C3烷基、C1-C3烷氧基、C2-C4烯基、C2-C4炔基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C4烯基和C2-C4炔基,q=1、2或3;
R2選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C3烷基、C1-C3烷氧基、C2-C4烯基、C2-C4炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C4烯基和C2-C4炔基,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H、甲基、乙基、正丙基或異丙基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H或甲基;
R3選自H、OH、F、Cl、NH2、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-甲基胺基、-O-乙基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,p=1或2;
R1選自H、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,q=1或2;
R2選自H、OH、F、Cl、NH2、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-甲基胺基、-O-乙基胺基和(CH2)rR8; 其中R8選自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,r=1或2;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O或NH;每個X獨立地選自NH-CO、CH2和NH;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H;
R1選自H、甲基和CH2OH;
R2選自H、OH、NH2、甲基和CH2OH;
R3選自H、OH、NH2、甲基和CH2OH;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O或NH;每個X獨立地選自NH-CO、CH2和NH;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H;
R1選自H、甲基和CH2OH;
R2選自H、甲基和CH2OH;
R3選自H、OH、NH2、甲基和CH2OH;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O或NH;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、NR5和NH-CO,R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H或C1-C6烷基;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
R3選自H、OH、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和(CH2)pR6;R6選自OH、甲氧基和乙氧基,p=1、2或3;
Q1
Figure 111148551-A0202-12-0015-15
,Q2為R2;或者Q1為R2,Q2
Figure 111148551-A0202-12-0015-17
R1選自H、OH、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和(CH2)qR7;R7選自OH、甲氧基和乙氧基,q=1、2或3;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、OH、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和(CH2)rR8;R8選自OH、甲氧基和乙氧基,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成3-6員環;
B是鹼基;
該式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽修飾不是
Figure 111148551-A0202-12-0015-18
在一些實施方案中,X獨立地選自CR4(R4’)和NH-CO。
在一些實施方案中,X獨立地選自CR4(R4’)。
在一些實施方案中,R3選自H、C1-C6烷基和(CH2)pR6
在一些實施方案中,R3選自H和C1-C6烷基。
在一些實施方案中,R1選自H、C1-C6烷基和(CH2)qR7
在一些實施方案中,R1選自H和C1-C6烷基。
在一些實施方案中,R2選自H、OH、C1-C6烷基和(CH2)rR8
在一些實施方案中,R2選自H、C1-C6烷基和(CH2)rR8
在一些實施方案中,Y為O;
每個X獨立地選自CR4(R4’)和NH-CO,R4和R4’分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H或C1-C6烷基;
R3選自H、C1-C6烷基和(CH2)pR6;R6選自OH,p=1、2或3;
Q1
Figure 111148551-A0202-12-0016-19
,Q2為R2;或者Q1為R2,Q2
Figure 111148551-A0202-12-0016-20
R1選自H、C1-C6烷基和(CH2)qR7;R7選自OH,q=1、2或3;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、OH、C1-C6烷基和(CH2)rR8;R8選自OH,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成5-6員環;
B是鹼基。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代 尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O;
每個X獨立地選自CR4(R4’),R4和R4’分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H;
R3選自H和C1-C6烷基;
Q1
Figure 111148551-A0202-12-0017-21
,Q2為R2;或者Q1為R2,Q2
Figure 111148551-A0202-12-0017-22
R1選自H和C1-C6烷基;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、C1-C6烷基和(CH2)rR8;R8選自OH,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成5-6員環;
B是鹼基。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O。
在一些實施方案中,X獨立地選自CR4(R4’)、NR5和NH-CO,R4、R4’、R5分別獨立地為H、甲基、乙基、正丙基或異丙基。在一些實施方案中,X獨立地選自NH-CO、CH2和NH。在一些實施方案中,X獨立地選自NH-CO和CH2。在一些實施方案中,X為CH2
在一些實施方案中,J2為H或甲基。在一些實施方案中,J2為H。
在一些實施方案中,R3選自H、OH、NH2、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基和(CH2)pR6,R6選自OH、甲氧基和乙氧基,p=1或2。在一些實施方案中,R3選自H、甲基、 乙基、正丙基、異丙基和(CH2)pR6,R6選自OH,p=1或2。在一些實施方案中,R3選自H和甲基。
在一些實施方案中,R1選自H、OH、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基和(CH2)qR7,R7選自OH,q=1或2。在一些實施方案中,R1選自H、甲基、乙基、正丙基、異丙基和(CH2)qR7,R7選自OH,q=1或2。在一些實施方案中,R1選自H和甲基。
在一些實施方案中,R2選自H、OH、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基和(CH2)rR8,R8選自OH,r=1或2。在一些實施方案中,R2選自H、OH、甲基、乙基、正丙基、異丙基和(CH2)rR8,R8選自OH,r=1或2。在一些實施方案中,R2選自H、甲基和CH2OH。
在一些實施方案中,R1和R2直接相連成5-6員環。在一些實施方案中,R1和R2直接相連形成3-6員環烷基。在一些實施方案中,R1和R2直接相連形成環戊基或環己基。
在一些實施方案中,該式(I)所示的化學修飾選自以下任一結構:
Figure 111148551-A0202-12-0020-23
其中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、 胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,該式(I)所示的化學修飾選自以下任一結構:
Figure 111148551-A0202-12-0021-24
其中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、 胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,該式(I)所示的化學修飾選自以下任一結構:
Figure 111148551-A0202-12-0022-25
其中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代 尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,該式(I)所示的化學修飾選自以下任一結構:
Figure 111148551-A0202-12-0023-26
其中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸是包含式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸,
Figure 111148551-A0202-12-0024-27
其中,Y選自O、NH和S;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H或C1-C6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
R3選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,p=1、2或3;
Q1’
Figure 111148551-A0202-12-0024-28
,Q2’為R2;或者Q1’為R2,Q2’
Figure 111148551-A0202-12-0024-29
其中,
R1選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,q=1、2或3;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B是鹼基;
M為O或S;
該式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽不是
Figure 111148551-A0202-12-0025-30
在一些實施方案中,當X為NH-CO時,R1不是H。
在一些實施方案中,式(I’)所示的化學修飾是式(I’-1)所示的化學修飾:
Figure 111148551-A0202-12-0026-31
其中,Y選自O、NH和S;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
每個J1、J2分別獨立地為H或C1-C6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
R3選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,p=1、2或3;
R1選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,q=1、2或3;
R2選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,r=1、2或3;
M為O或S;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I’)中所定義。
在式(I’-1)的一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在式(I’-1)的一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在式(I’-1)的一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在式(I’-1)的一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,式(I’)所示的化學修飾是式(I’-2)所示的化學修飾:
Figure 111148551-A0202-12-0027-32
其中,Y選自O、NH和S;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H或C1-C6烷基;
R3選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,p=1、2或3;
R1選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C2-C6烯基、C2-C6炔基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,q=1、2或3;
R2選自H、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基;r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
M為O或S;
B如式(I’)中所定義。
在式(I’-2)的一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在式(I’-2)的一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基 嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在式(I’-2)的一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在式(I’-2)的一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C3烷基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H或C1-C3烷基;
R3選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C3烷基、C1-C3烷氧基、C2-C4烯基、C2-C4炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C6烯基和C2-C6炔基,p=1、2或3;
R1選自H、C1-C3烷基、C1-C3烷氧基、C2-C4烯基、C2-C4炔基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C4烯基和C2-C4炔基,q=1、2或3;
R2選自H、OH、鹵素、NH2、C1-C3烷基、C1-C3烷氧基、C2-C4烯基、C2-C4炔基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-烷基胺基和 (CH2)rR8;其中R8選自OH、鹵素、甲氧基、乙氧基、N3、C2-C4烯基和C2-C4炔基,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I’)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,每個X獨立地選自CR4(R4’)、S、NR5和NH-CO,其中R4、R4’、R5分別獨立地為H、甲基、乙基、正丙基或異丙基;
n=0、1或2;m=0、1或2;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H或甲基;
R3選自H、OH、F、Cl、NH2、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-甲基胺基、-O-乙基胺基和(CH2)pR6;其中R6選自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,p=1或2;
R1選自H、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基和(CH2)qR7;其中R7選自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,q=1或2;
R2選自H、OH、F、Cl、NH2、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、乙烯基、烯丙基、乙炔基、炔丙基、S-CH3、NCH3(CH3)、OCH2CH2OCH3、-O-甲基胺基、-O-乙基胺基和(CH2)rR8;其中R8選自OH、F、Cl、甲氧基、乙氧基、N3、乙烯基、烯丙基、乙炔基和炔丙基,r=1或2;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I’)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代 尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O或NH;每個X獨立地選自NH-CO、CH2和NH;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H;
R1選自H、甲基和CH2OH;
R2選自H、OH、NH2、甲基和CH2OH;
R3選自H、OH、NH2、甲基和CH2OH;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I’)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代 尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O或NH;每個X獨立地選自NH-CO、CH2和NH;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
每個J1、J2分別獨立地為H;
R1選自H、甲基和CH2OH;
R2選自H、甲基和CH2OH;
R3選自H、OH、NH2、甲基和CH2OH;
視需要地,R1和R2直接相連成環;
B如式(I’)中所定義。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代 尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O或NH;
每個X獨立地選自CR4(R4’)、NR5和NH-CO,R4、R4’、R5分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H或C1-C6烷基;
n=0或1;m=0或1;s=0或1;
R3選自H、OH、NH2、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和(CH2)pR6;R6選自OH、甲氧基和乙氧基,p=1、2或3;
Q1’
Figure 111148551-A0202-12-0034-33
,Q2’為R2;或者Q1’為R2,Q2’
Figure 111148551-A0202-12-0034-34
R1選自H、OH、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和(CH2)qR7;R7選自OH、甲氧基和乙氧基,q=1、2或3;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、OH、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基和(CH2)rR8;R8選自OH、甲氧基和乙氧基,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成3-6員環;
M為O或S;
B是鹼基;
該式(I’)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽不是
Figure 111148551-A0202-12-0035-35
在一些實施方案中,X獨立地選自CR4(R4’)和NH-CO。
在一些實施方案中,X獨立地選自CR4(R4’)。
在一些實施方案中,R3選自H、C1-C6烷基和(CH2)pR6
在一些實施方案中,R3選自H和C1-C6烷基。
在一些實施方案中,R1選自H、C1-C6烷基和(CH2)qR7
在一些實施方案中,R1選自H和C1-C6烷基。
在一些實施方案中,R2選自H、OH、C1-C6烷基和(CH2)rR8
在一些實施方案中,R2選自H、C1-C6烷基和(CH2)rR8
在一些實施方案中,Y為O;
每個X獨立地選自CR4(R4’)和NH-CO,R4和R4’分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H或C1-C6烷基;
R3選自H、C1-C6烷基和(CH2)pR6;R6選自OH,p=1、2或3;
Q1’
Figure 111148551-A0202-12-0036-36
,Q2’為R2;或者Q1’為R2,Q2’
Figure 111148551-A0202-12-0036-37
R1選自H、C1-C6烷基和(CH2)qR7;R7選自OH,q=1、2或3;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、OH、C1-C6烷基和(CH2)rR8;R8選自OH,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成5-6員環;
M為O或S;
B是鹼基。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O;
每個X獨立地選自CR4(R4’),R4和R4’分別獨立地為H或C1-C6烷基;
J2為H;
R3選自H和C1-C6烷基;
Q1’
Figure 111148551-A0202-12-0037-38
,Q2’為R2;或者Q1’為R2,Q2’
Figure 111148551-A0202-12-0037-39
R1選自H和C1-C6烷基;
J1為H或C1-C6烷基;
R2選自H、C1-C6烷基和(CH2)rR8;R8選自OH,r=1、2或3;
視需要地,R1和R2直接相連成5-6員環;
M為O或S;
B是鹼基。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,Y為O。
在一些實施方案中,X獨立地選自CR4(R4’)、NR5和NH-CO,R4、R4’、R5分別獨立地為H、甲基、乙基、正丙基或異丙基。在一些實施方案中,X獨立地選自NH-CO、CH2和NH。在一些實施方案中,X獨立地選自NH-CO和CH2。在一些實施方案中,X為CH2
在一些實施方案中,J2為H或甲基。在一些實施方案中,J2為H。
在一些實施方案中,R3選自H、OH、NH2、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基和(CH2)pR6,R6選自OH、甲氧基和乙氧基,p=1或2。在一些實施方案中,R3選自H、甲基、乙基、正丙基、異丙基和(CH2)pR6,R6選自OH,p=1或2。在一些實施方案中,R3選自H和甲基。
在一些實施方案中,R1選自H、OH、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基和(CH2)qR7,R7選自OH,q=1或2。在一些實施方案中,R1選自H、甲基、乙基、正丙基、異丙基和(CH2)qR7,R7選自OH,q=1或2。在一些實施方案中,R1選自H和甲基。
在一些實施方案中,R2選自H、OH、甲基、乙基、正丙基、異丙基、甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基和(CH2)rR8,R8選自OH,r=1或2。在一些實施方案中,R2選自H、OH、甲基、乙基、正丙基、異丙基和(CH2)rR8,R8選自OH,r=1或2。在一些實施方案中,R2選自H、甲基和CH2OH。
在一些實施方案中,R1和R2直接相連成5-6員環。在一些實施方案中,R1和R2直接相連形成3-6員環烷基。在一些實施方案中,R1和R2直接相連形成環戊基或環己基。
在一些實施方案中,該式(I’)所示的化學修飾選自以下任一結構:
Figure 111148551-A0202-12-0040-40
其中,M為O或S;
B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,該式(I’)所示的化學修飾選自以下任一結構:
Figure 111148551-A0202-12-0042-41
其中,M為O或S;
B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,該式(I’)所示的化學修飾選自以下任一結構:
Figure 111148551-A0202-12-0043-42
其中,M為O或S;
B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,該式(I’)所示的化學修飾選自以下任一結構:
Figure 111148551-A0202-12-0044-43
Figure 111148551-A0202-12-0044-44
Figure 111148551-A0202-12-0044-45
Figure 111148551-A0202-12-0044-46
以及它們結構中的腺嘌呤被置換為鳥嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶或胸腺嘧啶的那些。
在一些實施方案中,B選自嘌呤鹼基、嘧啶鹼基、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、異鳥嘌呤、次黃嘌呤、黃嘌呤、C2修飾的嘌呤、N8修飾的嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、N6-烷基腺嘌呤、O6-烷基鳥嘌呤、7-脫氮嘌呤、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、異胞嘧啶、假胞嘧啶、尿嘧啶、假尿嘧啶、2-硫代尿苷、4-硫代尿苷、C5修飾的嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與該反義鏈該位置處核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,該配體為如式(II)所示化合物或其藥學上可接受的鹽,
Figure 111148551-A0202-12-0045-48
,其中,
L1為C1-C30烷基鏈、或包含被一個或多個氧、硫、氮原子或C=O間斷的C1-C30烷基鏈;
R11和R12獨立地為化學鍵、NR16或C=O;
Q3
Figure 111148551-A0202-12-0045-49
R13為CR17R18、NR16、O或S;
R14為CR19
R15獨立地為CR17R18、NR16或O;
R16至R19獨立地為氫、氘或烷基;
m1、p1和q1獨立地為0、1、2、3或4;
B1為
Figure 111148551-A0202-12-0046-50
Rb5、Rb6和Rb7獨立地為-C(=O)-、-NHC(=O)-、-C(=O)O-、-C(=O)-(CH2)z8-O-或-NHC(=O)-(CH2)z9-O-;
z5、z6、z7、z8和z9獨立地為0-10的整數;
L2為C1-C30烷基鏈、或包含被一個或多個氧、硫、氮原子或C=O間斷的C1-C30烷基鏈;
r1為1-10的整數。
在一些實施方案中,L1為-(CH2)j11-C(=O)-(CH2)j12-;
R11和R12獨立地為化學鍵、NR16或C=O;
R16為氫或C1-6烷基;
Q3
Figure 111148551-A0202-12-0046-51
R13為CR17R18或O;
R14為CR19
R15獨立地為CR17R18或O;
R16至R19獨立地為氫或烷基;
m1、p1和q1獨立地為0或1;
B1為
Figure 111148551-A0202-12-0047-52
Rb5、Rb6和Rb7獨立地為-C(=O)-(CH2)z8-O-或-NHC(=O)-(CH2)z9-O-;
z8和z9獨立地為0-10的整數;
L2為-(CH2)j15-(OCH2CH2)1-4-(CH2)j16-或
Figure 111148551-A0202-12-0047-53
j15和j16獨立地為0-4的整數;
r1為3、4、5或6。
在一些實施方案中,L1可為L3或L3-R110-R111-L3,其中,L3獨立地為C1-C12烷基鏈、-(CH2)j11-C(=O)-(CH2)j12-或-(CH2)j13-(CH2CH2O)1-4-(CH2)j14-,R110和R111獨立地為化學鍵、-NR112-、-C(=O)-或-OC(=O)-,R112為氫或C1-C12烷基,j11、j12、j13和j14獨立地為0-10的整數。在一些實施方案中,j11、j12、j13和j14獨立地為0-2或4-10的整數。在一些實施方案中,j11、j12、j13和j14獨立地為0、1、2、6、7、8、9或10。
在一些實施方案中,L1可為-(CH2)j11-C(=O)-(CH2)j12-,j11和j12的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,L1可為
Figure 111148551-A0202-12-0047-54
,j12的定義同前任一方案所述,其中,a1端與B1相連,b1端與R11相連。
在一些實施方案中,L1可為
Figure 111148551-A0202-12-0048-55
Figure 111148551-A0202-12-0048-56
Figure 111148551-A0202-12-0048-57
Figure 111148551-A0202-12-0048-58
Figure 111148551-A0202-12-0048-59
,其中,a1端與B1相連,b1端與R11相連。
在一些實施方案中,R11可為化學鍵且R12可為C=O。
在一些實施方案中,R11可為化學鍵且R12可為NR16,R16的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,R11可為化學鍵且R12可為-OC(=O)-。
在一些實施方案中,R11可為NR16且R12可為C=O,R16的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,R1可為NR16且R12可為-OC(=O)-,R16的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,R12可為NR16且R11可為C=O,R16的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,R12可為NR16且R11可為-OC(=O)-,R16的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,R11可為NH且R12可為C=O。
在一些實施方案中,R12可為NH且R11可為C=O。
在一些實施方案中,R16可為氫或C1-6烷基。
在一些實施方案中,R16可為氫、甲基、乙基、丙基或異丙基。
在一些實施方案中,R16可為氫。
在一些實施方案中,R17和R18可為氫。
在一些實施方案中,R19可為氫。
在一些實施方案中,環A存在時,環A可為C6-12芳基。
在一些實施方案中,環A可為苯基。
在一些實施方案中,m1可為0或1。
在一些實施方案中,m1可為3。
在一些實施方案中,n1可為0或1。
在一些實施方案中,p1和q1獨立地為0或1。
在一些實施方案中,p1=1且q1=1。
在一些實施方案中,p1=1且q1=0。
在一些實施方案中,p1=0且q1=1。
在一些實施方案中,p1=0且q1=0。
在一些實施方案中,z1、z2、z3、z4、z5、z6、z7、z8和z9可獨立地為0-4的整數。在一些實施方案中,z1、z2、z3、z4、z5、z6、z7、z8和z9可獨立地為0、1或2。
在一些實施方案中,B1可為
Figure 111148551-A0202-12-0049-60
,Rb1、Rb2、Rb3和Rb4獨立地為-C(=O)-或-NHC(=O)-,N原子與L1相連,z1、z2、z3和z4的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,B1可為
Figure 111148551-A0202-12-0050-61
,Rb1、Rb2、Rb3和Rb4獨立地為-C(=O)-或-NHC(=O)-,N原子與L1相連,Rb1、Rb3和Rb4相同,z1、z2、z3和z4的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,B1可為
Figure 111148551-A0202-12-0050-62
在一些實施方案中,B1可為
Figure 111148551-A0202-12-0050-63
在一些實施方案中,B1可為
Figure 111148551-A0202-12-0050-64
,Rb5、Rb6和Rb7獨立地為-C(=O)-(CH2)z8-O-或-NHC(=O)-(CH2)z9-O-,N原子與L1相連,z5、z6、z7、z8和z9的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,B1可為
Figure 111148551-A0202-12-0050-65
,Rb5、Rb6和Rb7獨立地為-C(=O)-(CH2)z8-O-或-NHC(=O)-(CH2)z9-O-,N原子與L1相連,Rb5、Rb6和Rb7相同,z5、z6、z7、z8和z9的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,B1可為
Figure 111148551-A0202-12-0051-66
在一些實施方案中,L2可為L4或L4-R13-R14-L4,其中,L4獨立地為C1-C12烷基鏈或-(CH2)j15-(OCH2CH2)1-4-(CH2)j16-,R13和R14獨立地為化學鍵、-NR115-、-C(=O)-或-OC(=O)-,R115獨立地為氫或C1-C12烷基,j15和j16獨立地為0-10的整數。在一些實施方案中,j15和j16獨立地為0-6的整數。在一些實施方案中,j15和j16獨立地為0、1、2、3或4。
在一些實施方案中,L2可為-(CH2)j15-(OCH2CH2)1-4-(CH2)j16-,j15和j16的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,L2可為
Figure 111148551-A0202-12-0051-67
Figure 111148551-A0202-12-0051-68
。在一些實施方案中,L2可為
Figure 111148551-A0202-12-0051-69
,其中,一側與O原子相連,另一側與B1相連。
在一些實施方案中,L2可為C1-C12烷基鏈。
在一些實施方案中,L2可為
Figure 111148551-A0202-12-0051-70
Figure 111148551-A0202-12-0051-71
Figure 111148551-A0202-12-0051-72
在一些實施方案中,L2可為
Figure 111148551-A0202-12-0051-73
。在一些實施方案中, L2可為
Figure 111148551-A0202-12-0051-74
。在一些實施方案中,L2可為
Figure 111148551-A0202-12-0051-75
。在一 些實施方案中,L2可為
Figure 111148551-A0202-12-0052-76
。其中,a3端與O原子相連,b3端與B1相連。
在一些實施方案中,L2可為
Figure 111148551-A0202-12-0052-77
,其中,a3端與O原子相連,b3端與B1相連。
在一些實施方案中,r1可為3、4、5或6。在一些實施方案中,r1可為3。
在一些實施方案中,Q3可為
Figure 111148551-A0202-12-0052-78
Figure 111148551-A0202-12-0052-79
。在一些實施方案中,Q3可為
Figure 111148551-A0202-12-0052-80
。其中,R13、R14、R15和n1的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,
Figure 111148551-A0202-12-0052-81
可為
Figure 111148551-A0202-12-0052-82
,其中,R13、R14、R15、p1和q1的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,
Figure 111148551-A0202-12-0053-83
可為
Figure 111148551-A0202-12-0053-84
Figure 111148551-A0202-12-0053-85
Figure 111148551-A0202-12-0053-86
Figure 111148551-A0202-12-0053-87
,其中,R13、R14、R15、p1和q1的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,
Figure 111148551-A0202-12-0053-88
可為
Figure 111148551-A0202-12-0053-89
Figure 111148551-A0202-12-0053-90
Figure 111148551-A0202-12-0053-91
。在一些實施方案中,
Figure 111148551-A0202-12-0053-92
可為
Figure 111148551-A0202-12-0053-93
Figure 111148551-A0202-12-0053-94
。在一些實施方案中,
Figure 111148551-A0202-12-0053-95
可為
Figure 111148551-A0202-12-0053-96
。p1和q1的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,
Figure 111148551-A0202-12-0053-97
可為
Figure 111148551-A0202-12-0053-98
Figure 111148551-A0202-12-0053-99
Figure 111148551-A0202-12-0053-100
Figure 111148551-A0202-12-0054-101
Figure 111148551-A0202-12-0054-102
Figure 111148551-A0202-12-0054-103
。在一些實施方案中,
Figure 111148551-A0202-12-0054-104
可為
Figure 111148551-A0202-12-0054-105
Figure 111148551-A0202-12-0054-106
Figure 111148551-A0202-12-0054-107
Figure 111148551-A0202-12-0054-108
Figure 111148551-A0202-12-0054-109
Figure 111148551-A0202-12-0054-110
Figure 111148551-A0202-12-0054-111
Figure 111148551-A0202-12-0054-112
。在一些實施方案中,
Figure 111148551-A0202-12-0054-113
可為
Figure 111148551-A0202-12-0054-114
Figure 111148551-A0202-12-0054-115
Figure 111148551-A0202-12-0054-116
Figure 111148551-A0202-12-0054-117
。p1和q1的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,
Figure 111148551-A0202-12-0054-118
可為
Figure 111148551-A0202-12-0054-119
,其中,R13、R14、n1、p1和q1的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,
Figure 111148551-A0202-12-0054-120
可為
Figure 111148551-A0202-12-0054-121
Figure 111148551-A0202-12-0054-122
,其中,R13、R14、n1、p1和q1的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,
Figure 111148551-A0202-12-0055-123
可為
Figure 111148551-A0202-12-0055-124
Figure 111148551-A0202-12-0055-125
在一些實施方案中,
Figure 111148551-A0202-12-0055-126
可為
Figure 111148551-A0202-12-0055-127
。n1、p1和q1的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,
Figure 111148551-A0202-12-0055-128
可為
Figure 111148551-A0202-12-0055-129
Figure 111148551-A0202-12-0055-130
,n1、p1和q1的定義同前任一方案所述。
在一些實施方案中,該配體可為以下任一結構或其藥學上可接受的鹽,
Figure 111148551-A0202-12-0055-131
Figure 111148551-A0202-12-0056-132
Figure 111148551-A0202-12-0056-133
Figure 111148551-A0202-12-0056-134
Figure 111148551-A0202-12-0056-135
Figure 111148551-A0202-12-0057-136
Figure 111148551-A0202-12-0057-137
Figure 111148551-A0202-12-0057-138
Figure 111148551-A0202-12-0057-139
Figure 111148551-A0202-12-0057-140
Figure 111148551-A0202-12-0058-141
Figure 111148551-A0202-12-0058-142
Figure 111148551-A0202-12-0058-143
Figure 111148551-A0202-12-0058-144
Figure 111148551-A0202-12-0058-145
Figure 111148551-A0202-12-0059-146
Figure 111148551-A0202-12-0059-147
Figure 111148551-A0202-12-0059-148
在一些實施方案中,該配體可為以下任一結構或其藥學上可接受的鹽,
Figure 111148551-A0202-12-0059-149
Figure 111148551-A0202-12-0060-150
Figure 111148551-A0202-12-0060-151
Figure 111148551-A0202-12-0060-152
Figure 111148551-A0202-12-0060-153
Figure 111148551-A0202-12-0061-154
Figure 111148551-A0202-12-0061-155
Figure 111148551-A0202-12-0061-156
Figure 111148551-A0202-12-0061-157
Figure 111148551-A0202-12-0062-158
Figure 111148551-A0202-12-0062-159
Figure 111148551-A0202-12-0062-160
Figure 111148551-A0202-12-0062-161
Figure 111148551-A0202-12-0063-162
Figure 111148551-A0202-12-0063-163
Figure 111148551-A0202-12-0063-164
Figure 111148551-A0202-12-0063-165
Figure 111148551-A0202-12-0064-166
Figure 111148551-A0202-12-0064-167
Figure 111148551-A0202-12-0064-168
Figure 111148551-A0202-12-0064-170
Figure 111148551-A0202-12-0064-171
Figure 111148551-A0202-12-0065-172
Figure 111148551-A0202-12-0065-173
Figure 111148551-A0202-12-0065-174
Figure 111148551-A0202-12-0065-175
Figure 111148551-A0202-12-0065-176
Figure 111148551-A0202-12-0066-177
Figure 111148551-A0202-12-0066-178
Figure 111148551-A0202-12-0066-179
Figure 111148551-A0202-12-0066-180
Figure 111148551-A0202-12-0066-181
Figure 111148551-A0202-12-0067-182
Figure 111148551-A0202-12-0067-183
Figure 111148551-A0202-12-0067-184
Figure 111148551-A0202-12-0067-185
Figure 111148551-A0202-12-0067-186
Figure 111148551-A0202-12-0068-187
Figure 111148551-A0202-12-0068-188
Figure 111148551-A0202-12-0068-189
Figure 111148551-A0202-12-0068-190
Figure 111148551-A0202-12-0068-191
Figure 111148551-A0202-12-0068-192
Figure 111148551-A0202-12-0069-193
Figure 111148551-A0202-12-0069-194
Figure 111148551-A0202-12-0069-195
Figure 111148551-A0202-12-0069-196
Figure 111148551-A0202-12-0069-197
Figure 111148551-A0202-12-0070-198
Figure 111148551-A0202-12-0070-199
Figure 111148551-A0202-12-0070-200
Figure 111148551-A0202-12-0070-201
Figure 111148551-A0202-12-0071-202
Figure 111148551-A0202-12-0071-203
Figure 111148551-A0202-12-0071-204
Figure 111148551-A0202-12-0071-205
Figure 111148551-A0202-12-0072-206
Figure 111148551-A0202-12-0072-207
Figure 111148551-A0202-12-0072-208
Figure 111148551-A0202-12-0072-209
Figure 111148551-A0202-12-0073-210
Figure 111148551-A0202-12-0073-211
Figure 111148551-A0202-12-0073-212
Figure 111148551-A0202-12-0073-213
Figure 111148551-A0202-12-0073-214
Figure 111148551-A0202-12-0074-215
Figure 111148551-A0202-12-0074-444
Figure 111148551-A0202-12-0074-446
在一些實施方案中,該配體選自以下結構或其藥學上可接受的鹽,
Figure 111148551-A0202-12-0074-218
在一些實施方案中,該式(I)所示的化學修飾為
Figure 111148551-A0202-12-0075-219
Figure 111148551-A0202-12-0075-220
Figure 111148551-A0202-12-0075-221
,B選自鳥嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶和尿嘧啶;且該配體為如下任一結構或其藥學上可接受的鹽,
Figure 111148551-A0202-12-0075-222
Figure 111148551-A0202-12-0075-223
Figure 111148551-A0202-12-0075-224
Figure 111148551-A0202-12-0075-225
Figure 111148551-A0202-12-0076-226
Figure 111148551-A0202-12-0076-227
Figure 111148551-A0202-12-0076-228
Figure 111148551-A0202-12-0076-229
Figure 111148551-A0202-12-0076-230
Figure 111148551-A0202-12-0076-231
在一些實施方案中,該式(I)所示的化學修飾為
Figure 111148551-A0202-12-0077-232
Figure 111148551-A0202-12-0077-233
Figure 111148551-A0202-12-0077-234
,B選自鳥嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶和尿嘧啶,且,該配體為如下任一結構或其藥學上可接受的鹽,
Figure 111148551-A0202-12-0077-235
Figure 111148551-A0202-12-0077-236
Figure 111148551-A0202-12-0077-237
Figure 111148551-A0202-12-0077-238
Figure 111148551-A0202-12-0078-239
在一些實施方案中,該式(I)所示的化學修飾為
Figure 111148551-A0202-12-0078-240
Figure 111148551-A0202-12-0078-241
Figure 111148551-A0202-12-0078-242
,B選自鳥嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶和尿嘧啶;且,該配體為如下結構或其藥學上可接受的鹽,
Figure 111148551-A0202-12-0078-243
在一些實施方案中,可以用N-三氟乙醯基半乳糖胺、N-丙醯基半乳糖胺、N-正丁醯基半乳糖胺或N-異丁醯基半乳糖胺替換以上配體中的N-乙醯基-半乳糖胺部分。
在一些實施方案中,該siRNA和該配體共價或非共價連接。
在一些實施方案中,該有義鏈的3’端和/或5’端可與該配體綴合。
在一些實施方案中,該有義鏈的3’端可與該配體綴合。
在一些實施方案中,該配體藉由磷酸酯基團或硫代磷酸酯基團與該siRNA末端連接。
在一些實施方案中,該配體藉由磷酸二酯基團或硫代磷酸二酯基團與該siRNA末端連接。
在一些實施方案中,該配體藉由磷酸二酯基團與該siRNA末端連接。
在一些實施方案中,該配體藉由磷酸酯基團或硫代磷酸酯基團與該siRNA末端間接連接。
在一些實施方案中,該配體藉由磷酸酯基團或硫代磷酸酯基團與該siRNA末端直接連接。
在一些實施方案中,該配體藉由磷酸酯基團或硫代磷酸酯基團與該siRNA的有義鏈3’末端直接連接。
在一些實施方案中,該磷酸酯基團為磷酸一酯基團或磷酸二酯基團。在一些實施方案中,該磷酸酯基團為磷酸二酯基團。
在一些實施方案中,該硫代磷酸酯基團為硫代磷酸一酯基團或硫代磷酸二酯基團。在一些實施方案中,該硫代磷酸酯基團為硫代磷酸二酯基團。
在一些實施方案中,該dsRNA可為以下任一結構或其藥學上可接受的鹽,
Figure 111148551-A0202-12-0079-244
Figure 111148551-A0202-12-0080-245
Figure 111148551-A0202-12-0080-246
,其中,Z為siRNA,該siRNA的有義鏈的3’末端藉由硫代磷酸二酯基團與配體直接連接,該siRNA如本揭露所定義。
在一些實施方案中,該dsRNA可為以下任一結構或其藥學上可接受的鹽,
Figure 111148551-A0202-12-0080-247
Figure 111148551-A0202-12-0080-248
Figure 111148551-A0202-12-0080-249
其中,Z為siRNA,該siRNA的有義鏈的3’末端藉由磷酸二酯基團與配體直接連接,該siRNA如本揭露所定義。
在一些實施方案中,該dsRNA可為以下結構或其藥學上可接受的鹽,
Figure 111148551-A0202-12-0081-250
其中,Z為siRNA,該siRNA的有義鏈的3’末端藉由磷酸二酯基團與配體直接連接,該siRNA如本揭露所定義。
在一些實施方案中,為了促進siRNA進入細胞,可以在siRNA有義鏈的末端引入膽固醇等親脂性的基團,親脂性的基團包括以共價鍵與siRNA結合,如末端引入膽固醇、脂蛋白、維生素E等,以利於藉由由脂質雙分子層構成的細胞膜與細胞內的mRNA發生作用。同時,siRNA也可以進行非共價鍵修飾,如藉由疏水鍵或離子鍵結合磷脂分子、多肽、陽離子聚合物等增加穩定性和生物學活性。
在一些實施方案中,包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸位於反義鏈5’端起第5位、第6位或第7位。
在一些實施方案中,包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸位於反義鏈5’端的位於第7位。
在一些實施方案中,式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽修飾在其5’端起第5位時,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽修飾在其5’端起第6位時,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽修飾在其5’端起第7位時,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽修飾在其5’端起第8位時,B選自腺嘌呤、鳥嘌呤、2,6-二胺基嘌呤、6-二甲基胺基嘌呤、2-胺基嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、胸腺嘧啶、吲哚、5-硝基吲哚和3-硝基吡咯。
在一些實施方案中,B與該反義鏈在其5’端起第5位核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,B與該反義鏈在其5’端起第6位核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,B與該反義鏈在其5’端起第7位核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,B與該反義鏈在其5’端起第8位核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
一些實施方案中,在包含式(I)所示化學修飾以外的其餘位置處,該有義鏈和/或反義鏈中至少一個另外的核苷酸為修飾的核苷酸。
一些實施方案中,該修飾的核苷酸選自:2'-甲氧基修飾的核苷酸、2'-經取代的烷氧基修飾的核苷酸、2'-烷基修飾的核苷酸、2'-經取代的烷基修飾的核苷酸、2'-胺基修飾的核苷酸、2'-經取代的胺基修飾的核苷酸、2'-氟修飾的核苷酸、2'-脫氧核苷酸、2'-脫氧-2'-氟修飾的核苷酸、3'-脫氧-胸腺嘧啶核苷酸、異核苷酸、LNA、ENA、cET、UNA、GNA。一些實施方案中,修飾的核苷酸相互獨立地選自:2'-甲氧基修飾的核苷酸或2'-氟修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,該有義鏈含有連續三個具有相同修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,該三個具有相同修飾的核苷酸為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,按照5'端到3'端的方向,該反義鏈的第2、4、6、10、12、14、16和18位的核苷酸各自獨立地為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,該反義鏈與靶序列至少部分地反向互補。在一些實施方案中,該反義鏈與靶序列之間存在不多於5個、不多於4個、不多於3個、不多於2個、不多於1個錯配。在一些實施方案中,該反義鏈與靶序列完全反向互補。
在一些實施方案中,該有義鏈與反義鏈至少部分地反向互補以形成雙鏈區。在一些實施方案中,該有義鏈與反義鏈之間存在不多於5個、不多於4個、不多於3個、不多於2個、不多於1個錯配。在一些實施方案中,該有義鏈與反義鏈完全反向互補。
在一些實施方案中,該有義鏈和反義鏈各自獨立地具有16至35個、16至34個、17至34個、17至33個、18至33個、18至32個、18至31個、18至30個、18至29個、18至28個、18至27個、18至26個、18至25個、18至24個、18至23個、19至25個、19至24個、或19至23個核苷酸(例如19、20、21、22、23個核苷酸)。
在一些實施方案中,該有義鏈和反義鏈長度相同或不同,該有義鏈的長度為19-23個核苷酸(例如19、20、21、22、23個核苷酸),該反義鏈的長度為19-26個核苷酸。本揭露提供的dsRNA中的有義鏈和反義鏈的長度比可以是19/19、19/20、19/21、19/22、19/23、19/24、19/25、19/26、20/19、20/20、20/21、20/22、20/23、20/24、20/25、20/26、21/20、21/21、21/22、21/23、21/24、21/25、21/26、22/20、22/21、22/22、22/23、22/24、22/25、22/26、23/20、23/21、23/22、23/23、23/24、23/25或23/26。在一些實施方案中,該有義鏈和反義鏈的長度比為19/21、21/23或23/25。在一些實施方案中,該有義鏈和反義鏈的長度比為19/21。
在一些實施方案中,該siRNA包含一個或兩個平端。
一些具體的實施方案中,siRNA的每條鏈各自獨立地包含具有1至2個未配對的核苷酸,形成突出端。
在一些實施方案中,該siRNA包含位於該反義鏈3’端的突出端。
在一些實施方案中,siRNA有義鏈中位於5’端第7-9位的三個連續核苷酸為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,該有義鏈含有如下式所示的核苷酸(5’-3’):
NaNaNaNaXNaNbNbNbNaNaNaNaNaNaNaNaNaNa
其中,每個X獨立地為Na或Nb;Na為2'-甲氧基修飾的核苷酸,Nb為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,該有義鏈含有如下式所示的核苷酸:
5’-NaNaNaNaNaNaNbNbNbNaNaNaNaNaNaNaNaNaNa-3’;或,
5’-NaNaNaNaNbNaNbNbNbNaNaNaNaNaNaNaNaNaNa-3’;
其中,Na為2'-甲氧基修飾的核苷酸,Nb為2'-氟修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,該反義鏈含有如下式所示的核苷酸:
5’-Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’W’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’-3’;
其中,Na’為2'-甲氧基修飾的核苷酸,Nb’為2'-氟修飾的核苷酸;W’表示2'-甲氧基修飾的核苷酸或包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽修飾的核苷酸。
在一些具體的實施方案中,W’表示包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸。
在一些具體的實施方案中,式(I)所示的化學修飾選自:
Figure 111148551-A0202-12-0086-251
Figure 111148551-A0202-12-0086-252
Figure 111148551-A0202-12-0086-253
;其中,B選自鳥嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶和尿嘧啶。在一些具體的實施方案中,B與該反義鏈在其5’端起第7位核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些具體的實施方案中,式(I)所示的化學修飾選自:
Figure 111148551-A0202-12-0086-254
Figure 111148551-A0202-12-0086-255
Figure 111148551-A0202-12-0086-256
;其中,M為O或S;其中,B選自鳥嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶。在一些具體的實施方案中,B與該反義鏈在其5’端起第7位核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些具體的實施方案中,M為S。一些具體的實施方案中,M為O。
在一些實施方案中,該有義鏈和/或反義鏈中至少一個磷酸酯基為具有修飾基團的磷酸酯基。該修飾基團使得該siRNA在生物樣品或環境中具有增加的穩定性。在一些實施方案中,該具有修飾基團的磷酸酯基為硫代磷酸酯基。在一些實施方案中,該具有修飾基團的磷酸酯基為硫代磷酸二酯基。
在一些實施方案中,該硫代磷酸二酯基存在於以下位置中的至少一處:
該有義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;
該有義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;
該反義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;
該反義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;
該反義鏈的3'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;以及
該反義鏈的3'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間。
在一些實施方案中,該有義鏈和/或反義鏈中包括多個硫代磷酸二酯基,該硫代磷酸二酯基存在於:
該有義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;和,
該有義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;和,
該反義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;和,
該反義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;和,
該反義鏈的3'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;和,
該反義鏈的3'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間。
在一些實施方案中,該有義鏈包含如下式所示的核苷酸序列:
5’-NmsNmsNmNmNfNmNfNfNfNmNmNmNmNmNmNmNmNmNm-3’,或,
5’-NmsNmsNmNmNmNmNfNfNfNmNmNmNmNmNmNmNmNmNm-3’,
其中,Nm表示2'-甲氧基修飾的任意核苷酸,例如2'-甲氧基修飾的C、G、U、A;Nf表示2'-氟修飾的任意核苷酸,例如2'-氟修飾的C、G、U、A;
小寫字母s表示與該字母s左右相鄰的兩個核苷酸之間為硫代磷酸二酯基連接;小寫字母s在3’端第一個時表示與該字母s上游(5'方向)相鄰的一個核苷酸末端為硫代磷酸二酯基。
在一些實施方案中,該反義鏈包含如下式所示的核苷酸序列:
5’-Nm’sNf’sNm’Nf’Nm’Nf’W’Nm’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’Nf’Nm’sNm’sNm’-3’;
其中,Nm’表示2'-甲氧基修飾的任意核苷酸,例如2'-甲氧基修飾的C、G、U、A;Nf’表示2'-氟修飾的任意核苷酸,例如2'-氟修飾的C、G、U、A;
小寫字母s表示與該字母s左右相鄰的兩個核苷酸之間為硫代磷酸二酯基連接,小寫字母s在3’端第一個時表示與該字母s上游相鄰的一個核苷酸末端為硫代磷酸二酯基;
W’表示2'-甲氧基修飾的核苷酸或包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽修飾的核苷酸。
在一些實施方案中,式(I)所示的化學修飾選自:
Figure 111148551-A0202-12-0088-257
Figure 111148551-A0202-12-0088-258
Figure 111148551-A0202-12-0088-259
;其中,B選自鳥嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶和尿嘧啶。在一些實施方案中,B與該反義鏈在其5’端起第7位核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
一些實施方案中,式(I)所示的化學修飾選自:
Figure 111148551-A0202-12-0089-260
Figure 111148551-A0202-12-0089-261
Figure 111148551-A0202-12-0089-262
;其中,M為O或S;其中,B選自鳥嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶或尿嘧啶。在一些具體的實施方案中,B與該反義鏈在其5’端起第7位核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
在一些實施方案中,M為S。在一些具體的實施方案中,M為O。
靶向HBV的dsRNA
在一些實施方案中,該siRNA為靶向乙型肝炎病毒(HBV)基因的siRNA。
在一些實施方案中,該siRNA為靶向HBV-S的siRNA。
在一些具體的實施方案中,靶向HBV-S的siRNA的有義鏈和反義鏈選自以下任一組:
有義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:2,反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:6。
在一些實施方案中,該siRNA為靶向HBV-X的siRNA。
在一些具體的實施方案中,靶向HBV-X的siRNA的有義鏈和反義鏈選自以下任一組:
有義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:1,反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:5;
有義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:4,反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:5;
有義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:1,反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:8。
在一些實施方案中,該siRNA的有義鏈包含與SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:4中任一的核苷酸序列相差不超過3個核苷酸,其包含至少15個(一些實施方案中,選自至少19個)連續核苷酸,和/或,
反義鏈包含與SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:8中任一的核苷酸序列相差不超過3個核苷酸,其包含至少19個(一些實施方案,至少21個)連續核苷酸。
在一些實施方案中,該siRNA的有義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:4中的任一項,和/或,該反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:8中的任一項;
在一些實施方案中,該siRNA的有義鏈和反義鏈選自以下任一組:
有義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:1,反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:5;
有義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:2,反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:6;
有義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:3,反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:7;
有義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:4,反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:5;
有義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:1,反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:8。
在一些實施方案中,該siRNA的有義鏈和反義鏈選自以下任一組:
有義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:1,反義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:5;
有義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:2,反義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:6;
有義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:3,反義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:7;
有義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:4,反義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:5;
有義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:1,反義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:8。
本揭露中,按照5’-3’方向,
SEQ ID NO:1是GUGUGCACUUCGCUUCACC;
SEQ ID NO:2是CUUUUGUCUUUGGGUAUAU;
SEQ ID NO:3是UUACCAAUUUUCUUUUGUU;
SEQ ID NO:4是GUGUGCACUUCGCUUCACU;
SEQ ID NO:5是AGUGAAGCGAAGUGCACACGG;
SEQ ID NO:6是AUAUACCCAAAGACAAAAGAA;
SEQ ID NO:7是AACAAAAGAAAAUUGGUAACA;
SEQ ID NO:8是IGUGAAGCGAAGUGCACACGG。
在一些實施方案中,該siRNA為TJR100381和TJR100382。
在一些實施方案中,本揭露所述dsRNA的有義鏈的包含SEQ ID NO:9至SEQ ID NO:15中任一,和/或,
反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:17至SEQ ID NO:20中任一。
在一些實施方案中,該dsRNA選自以下任一組:
有義鏈包含SEQ ID NO:9,反義鏈包含SEQ ID NO:17;
有義鏈包含SEQ ID NO:11,反義鏈包含SEQ ID NO:18;
有義鏈包含SEQ ID NO:13,反義鏈包含SEQ ID NO:19;
有義鏈包含SEQ ID NO:10,反義鏈包含SEQ ID NO:17;
有義鏈包含SEQ ID NO:12,反義鏈包含SEQ ID NO:18;
有義鏈包含SEQ ID NO:14,反義鏈包含SEQ ID NO:19;
有義鏈包含SEQ ID NO:9,反義鏈包含SEQ ID NO:20;
有義鏈包含SEQ ID NO:15,反義鏈包含SEQ ID NO:17。
在一些實施方案中,該dsRNA為以下任一方案:
有義鏈是SEQ ID NO:9,反義鏈是SEQ ID NO:17;
有義鏈是SEQ ID NO:11,反義鏈是SEQ ID NO:18;
有義鏈是SEQ ID NO:13,反義鏈是SEQ ID NO:19;
有義鏈是SEQ ID NO:10,反義鏈是SEQ ID NO:17;
有義鏈是SEQ ID NO:12,反義鏈是SEQ ID NO:18;
有義鏈是SEQ ID NO:14,反義鏈是SEQ ID NO:19;
有義鏈是SEQ ID NO:9,反義鏈是SEQ ID NO:20;
有義鏈是SEQ ID NO:15,反義鏈是SEQ ID NO:17。
在一些實施方案中,該dsRNA選自以下任一組:
包含SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:17;
包含SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:18;
包含SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:19;
包含SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:17;
包含SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:18;
包含SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:19;
包含SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:20;
包含SEQ ID NO:15和SEQ ID NO:17。
在一些實施方案中,該dsRNA為以下任一方案:
是SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:17;
是SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:18;
是SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:19;
是SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:17;
是SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:18;
是SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:19;
是SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:20;
是SEQ ID NO:15和SEQ ID NO:17。
在一些實施方案中,該dsRNA選自以下任一組:
包含或選自SEQ ID NO:9所示的有義鏈和SEQ ID NO:17所示的反義鏈;
包含或選自SEQ ID NO:9所示的有義鏈和SEQ ID NO:20所示的反義鏈;
包含或選自SEQ ID NO:11所示的有義鏈和SEQ ID NO:18所示的反義鏈;
包含或選自SEQ ID NO:13所示的有義鏈和SEQ ID NO:19所示的反義鏈;
包含或選自SEQ ID NO:10所示的有義鏈和SEQ ID NO:17所示的反義鏈;
包含或選自SEQ ID NO:12所示的有義鏈和SEQ ID NO:18所示的反義鏈;
包含或選自SEQ ID NO:14所示的有義鏈和SEQ ID NO:19所示的反義鏈;
包含或選自SEQ ID NO:15所示的有義鏈和SEQ ID NO:17所示的反義鏈。
在一些具體的實施方案中,靶向HBV-X的dsRNA為以下任一方案:
是SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:17;
是SEQ ID NO:10和SEQ ID NO:17;
是SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:20;
是SEQ ID NO:15和SEQ ID NO:17。
在一些具體的實施方案中,靶向HBV-S的dsRNA為以下任一方案:
是SEQ ID NO:11和SEQ ID NO:18;
是SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:19;
是SEQ ID NO:12和SEQ ID NO:18;
是SEQ ID NO:14和SEQ ID NO:19。
本揭露中,按照5’-3’方向,
SEQ ID NO:9是
GmsUmsGmUmGmCmAfCfUfUmCmGmCmUmUmCmAmCmCm-NAG0052’;
SEQ ID NO:10是
GmsUmsGmUmGfCmAfCfUfUmCmGmCmUmUmCmAmCmCm-NAG0052’;
SEQ ID NO:11是
CmsUmsUmUmUfGmUfCfUfUmUmGmGmGmUmAmUmAmUm-NAG0052’;
SEQ ID NO:12是
CmsUmsUmUmUmGmUfCfUfUmUmGmGmGmUmAmUmAmUm-NAG0052’‘
SEQ ID NO:13是
UmsUmsAmCmCfAmAfUfUfUmUmCmUmUmUmUmGmUmUm-NAG0052’;
SEQ ID NO:14是
UmsUmsAmCmCmAmAfUfUfUmUmCmUmUmUmUmGmUmUm-NAG0052’;
SEQ ID NO:15是
GmsUmsGmUmGmCmAfCfUfUmCmGmCmUmUmCmAmCmUm-NAG0052’;
SEQ ID NO:17是
AmsGfsUmGfAmAf(-)hmpNA(G)CmGmAfAmGfUmGfCmAfCmAfCmsGmsGm;
SEQ ID NO:18是
AmsUfsAmUfAmCf(-)hmpNA(C)CmAmAfAmGfAmCfAmAfAmAfGmsAmsAm;
SEQ ID NO:19是
AmsAfsCmAfAmAf(-)hmpNA(A)GmAmAfAmAfUmUfGmGfUmAfAmsCmsAm;
SEQ ID NO:20是
ImsGfsUmGfAmAf(-)hmpNA(G)CmGmAfAmGfUmGfCmAfCmAfCmsGmsGm;
其中,Af=腺嘌呤2'-F核糖核苷(adenine 2'-F ribonucleoside);Cf=胞嘧啶2'-F核糖核苷(cytosine 2'-F ribonucleoside);Uf=尿嘧啶2'-F核糖核苷(uracil 2'-F ribonucleoside);Gf=鳥嘌呤2'-F核糖核苷(guanine 2'-F ribonucleoside);Am=腺嘌呤2'-OMe核糖核苷(adenine 2'-OMe ribonucleoside);Cm=胞嘧啶2'-OMe核糖核苷(cytosine 2'-OMe ribonucleoside);Gm=鳥嘌呤2'-OMe核糖核苷(guanine 2'-OMe ribonucleoside);Um=尿嘧啶2'-OMe核糖核苷(uracil 2'-OMe ribonucleoside);Im=次黃嘌呤2'-OMe核糖核苷(hypoxanthine 2'-OMe ribonucleoside)
s表示與該字母s左右相鄰的兩個核苷酸之間為硫代磷酸二酯基連接;
NAG0052’表示
Figure 111148551-A0202-12-0097-263
(-)hmpNA(G)表示
Figure 111148551-A0202-12-0097-264
,(-)hmpNA(C)表示
Figure 111148551-A0202-12-0097-265
(-)hmpNA(A)表示
Figure 111148551-A0202-12-0097-266
在一些實施方案中,該dsRNA選自如下結構或其藥學上可接受的鹽:
Figure 111148551-A0202-12-0097-267
Figure 111148551-A0202-12-0098-268
Figure 111148551-A0202-12-0098-269
Figure 111148551-A0202-12-0098-270
Figure 111148551-A0202-12-0098-271
Figure 111148551-A0202-12-0098-272
Figure 111148551-A0202-12-0098-273
Figure 111148551-A0202-12-0098-274
Figure 111148551-A0202-12-0098-275
其中,
Af=腺嘌呤2'-F核糖核苷(adenine 2'-F ribonucleoside);
Cf=胞嘧啶2'-F核糖核苷(cytosine 2'-F ribonucleoside);
Gf=鳥嘌呤2'-F核糖核苷(guanine 2'-F ribonucleoside);
Uf=尿嘧啶2'-F核糖核苷(uracil 2'-F ribonucleoside);
Am=腺嘌呤2'-OMe核糖核苷(adenine 2'-OMe ribonucleoside);
Cm=胞嘧啶2'-OMe核糖核苷(cytosine 2'-OMe ribonucleoside);
Gm=鳥嘌呤2'-OMe核糖核苷(guanine 2'-OMe ribonucleoside);
Um=尿嘧啶2'-OMe核糖核苷(uracil 2'-OMe ribonucleoside);
Im=次黃嘌呤2'-OMe核糖核苷(Inosine 2'-OMe ribonucleoside);
Figure 111148551-A0202-12-0099-276
表示硫代磷酸二酯基,
Figure 111148551-A0202-12-0099-277
表示磷酸二酯基,
NAG0052’表示
Figure 111148551-A0202-12-0099-278
NAG1表示
Figure 111148551-A0202-12-0099-279
(-)hmpNA(G)表示
Figure 111148551-A0202-12-0099-280
,(-)hmpNA(C)表示
Figure 111148551-A0202-12-0099-281
(-)hmpNA(A)表示
Figure 111148551-A0202-12-0100-282
在一些實施方案中,該藥學上可接受的鹽可為本領域常規的鹽,包括但不限於:鈉鹽、鉀鹽、銨鹽、胺鹽等。
在一些具體的實施方案中,該dsRNA選自TRD007970、TRD007994、TRD007995、TRD007970-1、TRD007994-1、TRD007995-1、TJR100259或TJR100260。
在一些實施方案中,該dsRNA為TRD007970,其為如下結構:
Figure 111148551-A0202-12-0100-283
在一些實施方案中,該dsRNA為TRD007994,其為如下結構:
Figure 111148551-A0202-12-0100-284
在一些實施方案中,該dsRNA為TRD007995,其為如下結構:
Figure 111148551-A0202-12-0101-285
在一些實施方案中,該dsRNA為TRD007970-1,其為如下結構:
Figure 111148551-A0202-12-0101-286
在一些實施方案中,該dsRNA為TRD007994-1,其為如下結構:
Figure 111148551-A0202-12-0101-287
在一些實施方案中,該dsRNA為TRD007995-1,其為如下結構:
Figure 111148551-A0202-12-0101-288
在一些實施方案中,該dsRNA為TJR100259,其為如下結構:
Figure 111148551-A0202-12-0102-289
在一些實施方案中,該dsRNA為TJR100260,其為如下結構:
Figure 111148551-A0202-12-0102-290
在一些實施方案中,該dsRNA為TJR100410,其為如下結構:
Figure 111148551-A0202-12-0102-291
其中,Af=腺嘌呤2'-F核糖核苷(adenine 2'-F ribonucleoside);Cf=胞嘧啶2'-F核糖核苷(cytosine 2'-F ribonucleoside);Gf=鳥嘌呤2'-F核糖核苷(guanine 2'-F ribonucleoside);Uf=尿嘧啶2'-F核糖核苷(uracil 2'-F ribonucleoside);
Am=腺嘌呤2'-OMe核糖核苷(adenine 2'-OMe ribonucleoside);Cm=胞嘧啶2'-OMe核糖核苷(cytosine 2'-OMe ribonucleoside);Gm=鳥嘌呤2'-OMe核糖核苷(guanine 2'-OMe ribonucleoside);Um=尿 嘧啶2'-OMe核糖核苷(uracil 2'-OMe ribonucleoside);Im=次黃嘌呤2'-OMe核糖核苷(Inosine 2'-OMe ribonucleoside)。
Figure 111148551-A0202-12-0103-292
表示硫代磷酸二酯基,
Figure 111148551-A0202-12-0103-293
表示磷酸二酯基,
NAG0052’表示
Figure 111148551-A0202-12-0103-294
NAG1表示
Figure 111148551-A0202-12-0103-295
(-)hmpNA(G)表示
Figure 111148551-A0202-12-0103-296
,(-)hmpNA(C)表示
Figure 111148551-A0202-12-0103-297
(-)hmpNA(A)表示
Figure 111148551-A0202-12-0103-298
在一些實施方案中,該藥學上可接受的鹽可為本領域常規的鹽,包括但不限於:鈉鹽、鉀鹽、銨鹽、胺鹽等。
另一方面,本揭露提供了一種dsRNA,其包含形成雙鏈區的有義鏈與反義鏈,該有義鏈和反義鏈選自以下任一組:
有義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:1,反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:5;
有義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:2,反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:6;
有義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:3,反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:7;
有義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:4,反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:5;
有義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:1,反義鏈的核苷酸序列包含SEQ ID NO:8。
在一些實施方案中,該dsRNA的有義鏈和反義鏈選自以下任一組:
有義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:1,反義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:5;
有義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:2,反義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:6;
有義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:3,反義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:7;
有義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:4,反義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:5;
有義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:1,反義鏈的核苷酸序列是SEQ ID NO:8。
本揭露所述的siRNA、dsRNA選自合成來源或體外製備。
醫藥組成物
另一方面,本揭露提供了一種合成來源的化合物或體外製備的化合物,選自本揭露所述的dsRNA。
另一方面,本揭露提供了一種醫藥組成物,其包含上述的dsRNA。
在一些實施方案中,該醫藥組成物還包含一種或多種藥學上可接受的賦形劑。
在一些實施方案中,該醫藥組成物還包含一種或多種其他治療劑。
在一些實施方案中,該醫藥組成物包含本揭露所述的dsRNA和一種或多種其他治療劑作為活性成分。
在一些實施方案中,該醫藥組成物中dsRNA與一種或多種其他治療劑聯合使用。
一些具體的實施方案中,該其他治療劑選自治療選自抗病毒劑、反轉錄酶抑制劑、免疫刺激劑、治療性疫苗、病毒侵入抑制劑、抑制HbsAg的分泌或釋出的寡核苷酸、殼體抑制劑、共價閉合環狀(ccc)HBV DNA抑制劑。
各種遞藥系統是已知的並且可以用於本揭露的dsRNA或醫藥組成物,例如封裝在脂質體中、微粒、微囊、能夠表達該化合物的重組 細胞、受體介導的細胞內吞作用、構建核酸作為逆轉錄病毒或其他載體的一部分。
在一些實施方案中,本揭露所述的dsRNA或醫藥組成物的給藥方式是常規的,可藉由局部給藥(例如,直接注射或植入)或全身給藥,也可藉由口服、直腸或胃腸外途徑進行給藥,該腸胃外途徑包括但不限於皮下注射、靜脈注射、肌肉注射、腹腔注射、透皮給藥、吸入給藥(如氣溶膠)、黏膜給藥(如舌下、鼻內給藥)、顱內給藥等。
在一些實施方案中,本揭露提供的dsRNA或醫藥組成物可以藉由注射給予,例如,靜脈內、肌內、皮內、皮下、十二指腸內或腹膜內注射。
在一些實施方案中,本揭露提供的dsRNA或醫藥組成物可被包裝在試劑盒中。
用途和治療方法
另一方面,本揭露提供了一種本揭露所述的dsRNA或醫藥組成物在製備藥物中的應用。
在一些實施方案中,該藥物可用於預防和/或治療受試者的B型肝炎病毒(HBV)感染。
在一些實施方案中,該藥物可用於預防和/或治療與B型肝炎病毒相關的疾病。在一些實施方案中,該與乙型肝炎病毒相關的疾病是慢性肝炎,該受試者是HBeAg陽性或HBeAg陰性。
在一些實施方案中,該與B型肝炎病毒相關的疾病是急性B型肝炎、慢性B型肝炎、D型肝炎病毒感染、D型肝炎、肝纖維化、晚期肝病和肝細胞癌。
在一些實施方案中,該dsRNA或醫藥組成物的有效量或有效劑量為約0.001mg/kg體重至約200mg/kg體重、約0.01mg/kg體重至約100mg/kg體重或約0.5mg/kg體重至約50mg/kg體重。
另一方面,本揭露提供了一種預防和/或治療疾病的方法,其包括向受試者給予有效量或有效劑量的本揭露所述的dsRNA或醫藥組成物。
在一些實施方案中,該疾病選自B型肝炎病毒(HBV)感染。在一些實施方案中,該疾病選自與B型肝炎病毒相關的疾病。在一些實施方案中,該與B型肝炎病毒相關的疾病是慢性肝炎,該受試者是HBeAg陽性或HBeAg陰性。
在一些實施方案中,該與B型肝炎病毒相關的疾病是急性B型肝炎、慢性B型肝炎、D型肝炎病毒感染、D型肝炎、肝纖維化、晚期肝病和肝細胞癌。在一些實施方案中,本揭露方法進一步包括對受試者給予另一種治療劑。
在一些實施方案中,該另一種治療劑選自抗病毒劑、反轉錄酶抑制劑、免疫刺激劑、治療性疫苗、病毒侵入抑制劑、抑制HbsAg分泌或釋出的寡核苷酸、殼體抑制劑、cccDNA抑制劑,及上述任一者的組合。
在一些實施方案中,該dsRNA或醫藥組成物的有效量或有效劑量為約0.001mg/kg體重至約200mg/kg體重、約0.01mg/kg體重至約 100mg/kg體重或約0.5mg/kg體重至約50mg/kg體重。另一方面,本揭露提供了一種用於在體內或在體外沉默細胞中靶基因或其mRNA的方法,其包括將上述的dsRNA或上述的醫藥組成物引入該細胞中的步驟。
在一些實施方案中,該靶基因包括但不限於靶向HBV(例如HBV-S、HBV-X)的基因。
抑制靶基因的方法
另一方面,本揭露提供了一種抑制靶基因或其mRNA表達的方法,其包括向受試者給予有效量或有效劑量的本揭露所述的dsRNA或本揭露所述的醫藥組成物。
在一些實施方案中,該靶基因包括但不限於HBV(例如HBV-S、HBV-X)。
在一些實施方案中,該對象已在先前被鑑定為在靶向的細胞、細胞群、組織或受試者中具有靶基因或其mRNA的病理性上調。
本揭露還提供了抑制細胞中B型肝炎病毒(HBV)複製的方法,該方法包括使細胞與本揭露的dsRNA和/或醫藥組成物,從而抑制細胞中HBV的複製。在一些實施方案中,細胞在受試者體內。在一些實施方案中,細胞是體外的。
本揭露還提供了降低感染了HBV的受試者中B型肝炎病毒(HBV)抗原水平的方法,其包括向受試者施用治療有效量的本揭露所述的dsRNA和/或醫藥組成物,從而降低受試者中HBV抗原的水平。在一些實施方案中,HBV抗原是HBsAg。在一些實施方案中,HBV抗原是HBeAg。 在一些實施方案中,該受試者是HBeAg陽性。在一些實施方案中,該受試者是HBeAg陰性。
遞送方法
另一方面,本揭露提供了一種遞送寡核苷酸至肝臟的方法,其包括向受試者給予有效量或有效劑量的上述的dsRNA或上述的醫藥組成物。
在一些實施方案中,該dsRNA或醫藥組成物的有效量或有效劑量為約0.001mg/kg體重至約200mg/kg體重、約0.01mg/kg體重至約100mg/kg體重或約0.5mg/kg體重至約50mg/kg體重。
另一方面,本揭露提供了一種RNAi(RNA干擾)試劑,其包含上述的dsRNA或上述的醫藥組成物。
在一些實施方案中,該dsRNA或醫藥組成物的有效量或有效劑量為約0.001mg/kg體重至約200mg/kg體重、約0.01mg/kg體重至約100mg/kg體重或約0.5mg/kg體重至約50mg/kg體重。
另一方面,本揭露還提供了一種細胞,其包含上述的dsRNA或上述的醫藥組成物。
另一方面,本揭露還提供了一種試劑盒或藥盒,其包含上述的dsRNA或上述的醫藥組成物。
本揭露中,上述dsRNA或醫藥組成物當接觸到表達靶基因的細胞時,如所測定的(例如藉由psiCHECK活性篩選、螢光素酶報告基因檢測法、PCR或基於分支DNA(bDNA)的方法、或基於蛋白質的方法,如免疫螢光分析、Western Blot或流式細胞術),上述dsRNA或醫藥組成物 會抑制靶基因的表達至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%、至少80%、至少85%、至少90%、至少91%、至少92%、至少93%、至少94%、至少95%、至少96%、至少97%、至少98%、或至少99%。
本揭露中,上述dsRNA或醫藥組成物當接觸到表達靶基因的細胞時,如所測定的(例如藉由psiCHECK活性篩選、螢光素酶報告基因檢測法、PCR或基於分支DNA(bDNA)的方法、或基於蛋白質的方法,如免疫螢光分析法、Western Blot或流式細胞術),上述dsRNA或醫藥組成物引起的靶基因mRNA剩餘表達百分比為不高於99%、不高於95%、不高於90%、不高於85%、不高於80%、不高於75%、不高於70%、不高於65%、不高於60%、不高於55%、不高於50%、不高於45%、不高於40%、不高於35%、不高於30%、不高於25%、不高於20%、不高於15%、或不高於10%。
本揭露中,上述dsRNA或醫藥組成物當接觸到表達靶基因的細胞時,如所測定的(例如藉由psiCHECK活性篩選、螢光素酶報告基因檢測法、PCR或基於分支DNA(bDNA)的方法、或基於蛋白質的方法,如免疫螢光分析法、Western Blot、或流式細胞),dsRNA在保持在靶活性的同時,將脫靶活性減少了至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%或至少75%。
本揭露中,上述dsRNA或醫藥組成物當接觸到表達靶基因的細胞時,如所測定的(例如藉由psiCHECK活性篩選、螢光素酶報告基因檢測法、PCR或基於分支DNA(bDNA)的方法、或基於蛋白質的方法,如免疫螢光分析法、Western Blot、或流式細胞術),dsRNA使在靶活性降低至多20%、至多19%、至多15%、至多10%、至多5%或至多1%的同時,將脫靶活性減少了至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%或至少75%。
本揭露中,上述dsRNA或醫藥組成物當接觸到表達靶基因的細胞時,如所測定的(例如藉由psiCHECK活性篩選和螢光素酶報告基因檢測法、PCR或基於分支DNA(bDNA)的方法、或基於蛋白質的方法,如免疫螢光分析法、Western Blot、或流式細胞術),dsRNA使在靶活性提高至少1%、至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%、至少75%或至少80%的同時,將脫靶活性減少了至少20%、至少25%、至少30%、至少35%、至少40%、至少45%、至少50%、至少55%、至少60%、至少65%、至少70%或至少75%。
本揭露還提供了一種製備dsRNA或醫藥組成物的方法,其包括:合成本揭露所述的配體、siRNA、dsRNA或醫藥組成物。
術語解釋
為了更容易理解本揭露,以下具體定義了一些技術和科學術語。除非在本文中另有明確定義,本文使用的所有其它技術和科學術語都具有本揭露所屬技術領域具有通常知識者通常理解的含義。
本揭露化合物可以存在特定的幾何或立體異構體形式。本揭露設想所有的這類化合物,包括順式和反式異構體、(-)-和(+)-對對映體、(R)-和(S)-對映體、非對映異構體、(D)-異構體、(L)-異構體,及其外消旋混合物和其他混合物,例如對映異構體或非對映體富集的混合物,所有這些混合物都屬本揭露的範圍之內。烷基等取代基中可存在另外的不對稱碳原子。所有這些異構體以及它們的混合物,均包括在本揭露的範圍之內。本揭露的含有不對稱碳原子的化合物可以以光學活性純的形式或外消旋形式被分離出來。光學活性純的形式可以從外消旋混合物拆分,或藉由使用手性原料或手性試劑合成。
可以藉由的手性合成或手性試劑或者其他常規技術製備光學活性的(R)-和(S)-異構體以及DL異構體。如果想得到本揭露某化合物的一種對映體,可以藉由不對稱合成或者具有手性助劑的衍生作用來製備,其中將所得非對映體混合物分離,並且輔助基團裂開以提供純的所需對映異構體。或者,當分子中含有鹼性官能團(如胺基)或酸性官能團(如羧基)時,與適當的光學活性的酸或鹼形成非對映異構體的鹽,然後藉由本領域所公知的常規方法進行非對映異構體拆分,然後回收得到純的對映體。此外,對映異構體和非對映異構體的分離通常是藉由使用色譜法完成的,該色譜法採用手性固定相,並視需要地與化學衍生法相結合(例如由胺生成胺基甲酸鹽)。
本揭露所述化合物的化學結構中,鍵“
Figure 111148551-A0202-12-0113-432
”表示未指定構型,即如果化學結構中存在手性異構體,鍵“
Figure 111148551-A0202-12-0113-433
”可以為“
Figure 111148551-A0202-12-0113-434
”或“
Figure 111148551-A0202-12-0113-435
”,或者同時包含“
Figure 111148551-A0202-12-0113-438
”和“
Figure 111148551-A0202-12-0113-461
”兩種構型。本揭露所述化合物的化學結構中,鍵“
Figure 111148551-A0202-12-0113-436
”並未指定構型,即鍵“
Figure 111148551-A0202-12-0113-437
”的構型可以為E型或Z型,或者同時包含EZ兩種構型。
在本揭露的化學結構式中,“
Figure 111148551-A0202-12-0113-441
”、“
Figure 111148551-A0202-12-0113-440
”、“
Figure 111148551-A0202-12-0113-439
”可以根據本文所述發明範圍連接一個或多個任何基團;星號“*”表示手性中心。
在不指明構型的情況下,本揭露的化合物和中間體還可以以不同的互變異構體形式存在,並且所有這樣的形式包含於本揭露的範圍內。術語“互變異構體”或“互變異構體形式”是指可經由低能壘互變的不同能量的結構異構體。例如,質子互變異構體(也稱為質子轉移互變異構體)包括經由質子遷移的互變,如酮-烯醇及亞胺-烯胺、內醯胺-內醯亞胺異構化。內醯胺-內醯亞胺平衡實例是在如下所示的A和B之間。
Figure 111148551-A0202-12-0113-299
本揭露中的所有化合物可以被畫成A型或B型。所有的互變異構形式在本發明的範圍內。化合物的命名不排除任何互變異構體。
本揭露還包括一些與本文中記載的那些相同的,但一個或多個原子被原子量或質量數不同於自然中通常發現的原子量或質量數的原子置換的同位素標記的本揭露化合物。可結合到本揭露化合物的同位素的實例包括氫、碳、氮、氧、磷、硫、氟、碘和氯的同位素,諸如分別為2H、 3H、11C、13C、14C、13N、15N、15O、17O、18O、31P、32P、35S、18F、123I、125I和36Cl等。
除另有說明,當一個位置被特別地指定為氘(D)時,該位置應理解為具有大於氘的天然豐度(其為0.015%)至少1000倍的豐度的氘(即,至少10%的氘摻入)。示例中化合物的具有大於氘的天然豐度可以是至少1000倍的豐度的氘、至少2000倍的豐度的氘、至少3000倍的豐度的氘、至少4000倍的豐度的氘、至少5000倍的豐度的氘、至少6000倍的豐度的氘或更高豐度的氘。本揭露還包括各種氘化形式的式(I)、式(I’)、式(II)化合物。與碳原子連接的各個可用的氫原子可獨立地被氘原子替換。所屬技術領域中具有通常知識者能夠參考相關文獻合成氘化形式的式(I)、式(I’)、式(II)化合物。在製備氘代形式的式(I)、式(I’)、式(II)化合物時可使用市售的氘代起始物質,或它們可使用常規技術採用氘代試劑合成,氘代試劑包括但不限於氘代硼烷、三氘代硼烷四氫呋喃溶液、氘代氫化鋰鋁、氘代碘乙烷和氘代碘甲烷等。
除另有說明,“視需要地”、“視需要”、“可選的”或“可選”是指意味著隨後所描述的事件或環境可以但不必發生,該說明包括該事件或環境發生或不發生的場合。例如“視需要地,R1和R2直接相連成環”是指R1和R2直接相連成環可以發生但不必須存在,該說明包括R1和R2直接相連成環的情形和R1和R2不成環的情形。
術語“約”、“大約”是指數值在由所屬技術領域中具有通常知識者所測定的具體值的可接受誤差範圍內,該數值部分取決於怎樣測量或測定(即測量體系的限度)。例如,“約”可意味著在標準差範圍內。或者,“約” 或“基本上包含”可意味著至多20%的範圍,例如1%至15%之間、在1%至10%之間、在1%至5%之間、在0.5%至5%之間、在0.5%至1%之間變化,本揭露中,數字或數值範圍之前有術語“約”的每種情況也包括給定數的實施方案。除非另外說明,否則當具體值在本申請和申請專利範圍中出現時,“約”或“基本上包含”的含義應該假定為在該具體值的可接受誤差範圍內。
本揭露中,術語“包含”可替換為“由……組成”。
如無特殊說明,本揭露的“化合物”、“化學修飾”、“配體”、“dsRNA”、“核酸”和“RNAi”均可獨立地以鹽、混合鹽或非鹽(例如游離酸或游離鹼)的形式存在。當以鹽或混合鹽的形式存在時,其可為藥學上可接受的鹽。
“藥學上可接受的鹽”可選自無機鹽或有機鹽,也可包括藥學上可接受的酸加成鹽和藥學上可接受的鹼加成鹽。
“藥學上可接受的酸加成鹽”是指能夠保留游離鹼的生物有效性而無其它副作用的,與無機酸或有機酸所形成的鹽。無機酸鹽包括但不限於鹽酸鹽、氫溴酸鹽、硫酸鹽、硝酸鹽、磷酸鹽等;有機酸鹽包括但不限於甲酸鹽、乙酸鹽、2,2-二氯乙酸鹽、三氟乙酸鹽、丙酸鹽、己酸鹽、辛酸鹽、癸酸鹽、十一碳烯酸鹽、乙醇酸鹽、葡糖酸鹽、乳酸鹽、癸二酸鹽、己二酸鹽、戊二酸鹽、丙二酸鹽、草酸鹽、馬來酸鹽、琥珀酸鹽、富馬酸鹽、酒石酸鹽、檸檬酸鹽、棕櫚酸鹽、硬脂酸鹽、油酸鹽、肉桂酸鹽、月桂酸鹽、蘋果酸鹽、谷胺酸鹽、焦谷胺酸鹽、天冬胺酸鹽、苯甲酸鹽、甲磺 酸鹽、苯磺酸鹽、對甲苯磺酸鹽、海藻酸鹽、抗壞血酸鹽、水楊酸鹽、4-胺基水楊酸鹽、萘二磺酸鹽等。這些鹽可藉由本領域已知的方法製備。
“藥學上可接受的鹼加成鹽”是指能夠保持游離酸的生物有效性而無其它副作用的、與無機鹼或有機鹼所形成的鹽。衍生自無機鹼的鹽包括但不限於鈉鹽、鉀鹽、鋰鹽、銨鹽、鈣鹽、鎂鹽、鐵鹽、鋅鹽、銅鹽、錳鹽、鋁鹽等。較佳的無機鹽為銨鹽、鈉鹽、鉀鹽、鈣鹽及鎂鹽,較佳鈉鹽。衍生自有機鹼的鹽包括但不限於以下的鹽:一級胺類、二級胺類及三級胺類,被取代的胺類,包括天然的被取代胺類、環狀胺類及鹼性離子交換樹脂,例如胺、異丙胺、三甲胺、二乙胺、三乙胺、三丙胺、乙醇胺、二乙醇胺、三乙醇胺、二甲基乙醇胺、2-二甲胺基乙醇、2-二乙胺基乙醇、二環己胺、賴胺酸、精胺酸、組胺酸、咖啡因、普魯卡因、膽鹼、甜菜鹼、乙二胺、葡萄糖胺、甲基葡萄糖胺、可可鹼、嘌呤、哌嗪、哌啶、N-乙基哌啶、聚胺樹脂等。較佳的有機鹼包括異丙胺、二乙胺、乙醇胺、三甲胺、二環己基胺、膽鹼及咖啡因。這些鹽可藉由本領域已知的方法製備。
“烷基”指飽和的脂族烴基團,例如包括1至30個碳原子的直鏈和支鏈基團(C1-C30烷基),又例如含有1至6個碳原子的烷基(C1-C6烷基),又例如1至3個碳原子的烷基(C1-C3烷基)。非限制性實施例包括甲基、乙基、正丙基、異丙基、正丁基、異丁基、三級丁基、二級丁基、正戊基、1,1-二甲基丙基、1,2-二甲基丙基、2,2-二甲基丙基及其各種支鏈異構體等。
術語“烯基”是指含有至少一個雙鍵的烴基。烯基的非限制性實例包括但不限於:乙烯基、1-丙烯基、2-丙烯基、1-丁烯基或2-丁烯基及其各種支鏈異構體。
術語“炔基”指含有至少一個三鍵的烴基。炔基的非限制性實例包括但不限於:乙炔基、1-丙炔基、2-丙炔基、1-丁炔基或2-丁炔基及其各種支鏈異構體。
術語“烷氧基”指-O-(烷基),其中烷基的定義如上所述。烷氧基的非限制性實例包括:甲氧基、乙氧基、丙氧基、丁氧基。
“環烷基”指飽和或部分不飽和單環或多環環狀烴取代基,環烷基環包含3至20個碳原子,較佳包含3至6個碳原子,更佳包含5-6個碳原子。單環環烷基的非限制性實例包括環丙基、環丁基、環戊基、環戊烯基、環己基、環己烯基、環己二烯基等;多環環烷基包括螺環、並環和橋環的環烷基。
“雜環烷基”指飽和或部分不飽和單環或多環環狀烴取代基,其包含3至20個環原子,其中一個或多個環原子為選自氮、氧或S(O)m(其中m是整數0至2)的雜原子,但不包括-O-O-、-O-S-或-S-S-的環部分,其餘環原子為碳。較佳包含3至12個環原子,其中1~4個是雜原子;更佳包含3至7個環原子。“雜環烷基”非限制性實例包括:
Figure 111148551-A0202-12-0117-300
Figure 111148551-A0202-12-0118-301
Figure 111148551-A0202-12-0118-302
Figure 111148551-A0202-12-0118-448
Figure 111148551-A0202-12-0118-449
,等等。
該雜環烷基環可以稠合於芳基或雜芳基環上,其中與母體結構連接在一起的環為雜環烷基,其非限制性實例包括:
Figure 111148551-A0202-12-0118-305
Figure 111148551-A0202-12-0118-306
等。
“芳基”指具有共軛的π電子體系的6至14員全碳單環或稠合多環(也就是共享毗鄰碳原子對的環)基團,較佳為6至12員,例如苯基和萘基。該芳基環可以稠合於雜芳基、雜環烷基或環烷基環上,其中與母體結構連接在一起的環為芳基環,其非限制性實例包括:
Figure 111148551-A0202-12-0118-307
“雜芳基”指包含1至4個雜原子、5至14個環原子的雜芳族體系,其中雜原子選自氧、硫和氮。雜芳基較佳為6至12員,更佳為5員或6員。例如。其非限制性實例包括:咪唑基、呋喃基、噻吩基、噻唑基、吡唑基、噁唑基(oxazolyl)、異噁唑基(isoxazolyl)、吡咯基、四唑基、吡啶 基、嘧啶基、噻二唑、吡嗪基、三唑基、吲唑基、苯并咪唑基、
Figure 111148551-A0202-12-0119-308
Figure 111148551-A0202-12-0119-309
Figure 111148551-A0202-12-0119-310
等。
該雜芳基環可以稠合於芳基、雜環烷基或環烷基環上,其中與母體結構連接在一起的環為雜芳基環,其非限制性實例包括:
Figure 111148551-A0202-12-0119-311
術語“羥基”指-OH基團。
術語“鹵素”指氟、氯、溴或碘。
術語“氰基”指-CN。
術語“胺基”指-NH2
術語“硝基”指-NO2
術語“側氧”指=O取代基。
本揭露中,“磷酸酯基團”可為磷酸一酯基團、磷酸二酯基團或磷酸三酯基團,較佳磷酸二酯基團。
本揭露中,硫代磷酸二酯基是指一個非橋接氧原子被硫原子 替代而修飾的磷酸二酯基,可用
Figure 111148551-A0202-12-0119-312
Figure 111148551-A0202-12-0119-313
(M為S原子)互換使用。
“取代”指基團中的一個或多個氫原子,較佳為最多5個,更佳為1至3個氫原子彼此獨立地被相應數目的取代基取代。當取代基是酮或側氧(即,=O)時,則原子上有兩個(2個)氫被替代。
本揭露上下文中,基團
Figure 111148551-A0202-12-0120-314
中的
Figure 111148551-A0202-12-0120-315
可以替換為能夠與相鄰核苷酸實現連接的任意基團。
術語“連接”,當表示兩個分子之間的聯繫時,指兩個分子藉由共價鍵連接或者兩個分子經由非共價鍵(例如,氫鍵或離子鍵)關聯,包括直接連接、間接連接。
術語“直接連接”指第一化合物或基團與第二化合物或基團在沒有任何間插原子或原子基團的情況下連接。
術語“間接連接”指第一化合物或基團與第二化合物或基團藉由中間基團、化合物或分子(例如,連接基團)連接。
“醫藥組成物”表示含有一種或多種本文所述化合物或其生理學上可藥用的鹽或前體藥物與其他化學組分的混合物,以及其他組分例如生理學可藥用的載體和賦形劑。醫藥組成物的目的是促進對生物體的給藥,利於活性成分的吸收進而發揮生物活性。
“藥學上可接受的賦形劑”包括但不限於任何已批准對於人類或家畜動物使用可接受的任何助劑、載體、助流劑、甜味劑、稀釋劑、防 腐劑、染料/著色劑、增香劑、表面活性劑、潤濕劑、分散劑、助懸劑、穩定劑、等滲劑、緩衝劑、溶劑或乳化劑。
如本文所使用的,術語“抑制”,可以與“減少”、“沉默”、“下調”、“阻抑”和其他類似術語交替使用,並且包括任何水平的抑制。抑制可藉由這些變量中的一個或多個與對照水平相比的絕對或相對水平的減少來評估。該對照水平可以是本領域中使用的任何類型的對照水平,例如給藥前基線水平或從類似的未經處理或經對照(例如僅緩衝液對照或惰性劑對照)處理的受試者、細胞、或樣品確定的水平。例如,可以採用mRNA剩餘表達量來表徵siRNA(或dsRNA)對靶基因表達的抑制程度,如mRNA剩餘表達量為不高於99%、不高於95%、不高於90%、不高於85%、不高於80%、不高於75%、不高於70%、不高於65%、不高於60%、不高於55%、不高於50%、不高於45%、不高於40%、不高於35%、不高於30%、不高於25%、不高於20%、不高於15%、或不高於10%。靶基因表達的抑制率可以採用Dual-Glo® Luciferase Assay System檢測,分別讀取螢火蟲(Firefly)化學發光值和海腎(Renilla)化學發光值,計算相對值Ratio=Ren/Fir,抑制率(%)=1-(Ratio+siRNA/僅報告基因)*100%;本揭露中,剩餘mRNA表達量比例(或剩餘活性%)=100%-抑制率(%)。
“有效量”或“有效劑量”包含足以改善或預防醫學病症的症狀或病症的量。有效量還意指足以允許或促進診斷的量。用於特定患者或獸醫學受試者的有效量可依據以下因素而變化:如待治療的病症、患者的總體健康情況、給藥的方法途徑和劑量以及副作用嚴重性。有效量可以是避免顯著副作用或毒性作用的最大劑量或給藥方案。
如本文所使用的,“對象”、“患者”、“受試者”或“個體”可互換使用,包括人類或者非人類動物,例如哺乳動物,例如人或猴。
如本文所使用的,有義鏈(又稱SS、SS鏈或正義鏈)是指包含與靶mRNA序列相同或基本上相同的序列的鏈;反義鏈(又稱AS或AS鏈)是指具有與靶mRNA序列互補的序列的鏈。
本揭露中,有義鏈或反義鏈的“5’區域”也即“5’端”、“5’末端”,可替換使用。例如反義鏈5’區域的第2位至第8位的核苷酸,也可替換為反義鏈5’端起第2位至第8位的核苷酸。同理,有義鏈或反義鏈的“3’區域”、“3’末端”和“3’端”也可替換使用。
在描述本文所述的siRNA有義鏈的上下文中,術語“與SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:4任一的核苷酸序列相差不超過3個核苷酸序列,且包含至少15個連續核苷酸”旨在表示本文所述的siRNA有義鏈包含SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:4中任一有義鏈的至少15個連續核苷酸,或與SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:4中任一有義鏈中至少15個連續核苷酸相差不超過3個核苷酸序列(視需要地,相差不超過2個核苷酸序列,視需要地,相差1個核苷酸序列)。視需要地,本文所述的siRNA有義鏈包含SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:4任一有義鏈的至少16個連續核苷酸,或與SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:4任一有義鏈的至少16個連續核苷酸相差不超過3個核苷酸序列(視需要地,相差不超過2個核苷酸序列,視需要地,相差1個核苷酸序列)。
在描述本文所述的siRNA反義鏈的上下文中,術語“與SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:8任一反義鏈相差不超過3個核苷酸序列,且 包含至少15個連續核苷酸”旨在表示本文所述的siRNA反義鏈包含SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:8中任一反義鏈的至少15個連續核苷酸,或與SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:8中任一反義鏈的至少15個連續核苷酸相差不超過3個核苷酸序列(視需要地,相差不超過2個核苷酸序列,視需要地,相差1個核苷酸序列)。
如無特別說明,在本揭露上下文中,“G”、“C”、“A”、“T”與“U”分別代表核苷酸,其分別包含鳥嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤、胸苷與尿嘧啶的鹼基。本揭露上下文中,I等同於包含核鹼基次黃嘌呤(nucleobase hypoxanthine)的核苷酸。在一些實施方案中,本揭露所用的術語肌苷等同於包含次黃嘌呤和糖或修飾的糖的核苷(nucleoside comprising hypoxanthine and a sugar or modified sugar)。
如無特別說明,在本揭露上下文中,小寫字母d表示該字母d下游相鄰的一個核苷酸為脫氧核糖核苷酸;小寫字母m表示該字母m上游相鄰的一個核苷酸為2’-甲氧基修飾的核苷酸;小寫字母f表示該字母f上游相鄰的一個核苷酸為2’-氟修飾的核苷酸;小寫字母s表示與該字母s左右相鄰的兩個核苷酸之間為硫代磷酸二酯基連接。
如本揭露所使用的,術語“2'-氟(2’-F)修飾的核苷酸”指核苷酸的核糖基2'位的羥基被氟取代形成的核苷酸,“非氟修飾的核苷酸”指核苷酸的核糖基2'位的羥基被非氟基團取代形成的核苷酸或核苷酸類似物。
如本揭露所使用的,術語“2'-甲氧基(2’-OMe)修飾的核苷酸”指核糖基的2'-羥基被甲氧基取代而形成的核苷酸。
在本揭露的上下文中,一個核苷酸序列與另外一個核苷酸序列存在“核苷酸差異”,是指前者與後者相比,相同位置的核苷酸的鹼基種類發生了改變,例如,在後者中一個核苷酸鹼基為A時,在前者的相同位置處的對應核苷酸鹼基為U、C、G或者T的情況下,認定為兩個核苷酸序列之間在該位置處存在核苷酸差異。在一些實施方案中,以無鹼基核苷酸或其等同物代替原位置的核苷酸時,也可認為在該位置處產生了核苷酸差異。
如本文所使用的,術語“互補”或“反向互補”一詞可互相替代使用,並具有所屬技術領域中具有通常知識者周知的含義,即,在雙鏈核酸分子中,一條鏈的鹼基與另一條鏈上的鹼基以互補的方式相配對。在DNA中,嘌呤鹼基腺嘌呤始終與嘧啶鹼基胸腺嘧啶(或者在RNA中為尿嘧啶)相配對;嘌呤鹼基鳥嘌呤始終與嘧啶鹼基胞嘧啶相配對。每個鹼基對都包括一個嘌呤和一個嘧啶。當一條鏈上的腺嘌呤始終與另一條鏈上的胸腺嘧啶(或尿嘧啶)配對,以及鳥嘌呤始終與胞嘧啶配對時,兩條鏈被認為是彼此相互補的,以及從其互補鏈的序列中可以推斷出該鏈的序列。與此相應地,“錯配”在本領域中意指在雙鏈核酸中,對應位置上的鹼基並未以互補的形式配對存在。
術語“化學修飾”或“修飾”包括核苷酸經化學手段的所有改變,例如化學部分的添加或去除、或以一個化學部分取代另一個化學部分。
術語“dsRNA”是指能夠進行RNA干擾的雙鏈RNA分子,包含正義鏈和反義鏈。
術語“鹼基”包含任何已知的DNA和RNA鹼基、鹼基類似物,例如嘌呤或嘧啶,其還包括天然化合物腺嘌呤、胸腺嘧啶、鳥嘌呤、胞嘧啶、尿嘧啶、次黃苷和天然類似物。鹼基類似物還可以是通用鹼基。
術語“平端”或“平末端”可互換使用,是指在siRNA的給定的末端沒有未配對的核苷酸或核苷酸類似物,即,沒有核苷酸突出。大多數情況下,兩個末端都是平末端的siRNA將在其整個長度範圍內是雙鏈的。
本揭露提供的siRNA可以藉由本領域常規的製備方法(例如固相合成和液相合成的方法)得到。其中,固相合成已經有商業化訂制服務。可以藉由使用具有相應修飾的核苷單體來將修飾的核苷酸基團引入本揭露所述的siRNA中,製備具有相應修飾的核苷單體的方法及將修飾的核苷酸基團引入siRNA的方法也是所屬技術領域中具有通常知識者所熟知的。
本揭露所述的“聯用”、“聯合使用”是一種給藥方式,是指一定時間期限內給予至少一種劑量的dsRNA,以及至少一種劑量的另一種治療劑,其中給予的藥物都顯示藥理學作用。可以同時或依次給予dsRNA與另一種治療劑。這種期限包括這樣的治療,其中藉由相同給藥途徑或不同給藥途徑給予dsRNA與另一種治療劑。本揭露所述聯合的給藥方式選自同時給藥、獨立地配製並共給藥或獨立地配製並相繼給藥。
圖1為TRD002218、和TRD007205在給藥後第7天TTR中mRNA的剩餘表達量。
圖2為TRD002218、和TRD007205在給藥後第28天TTR中mRNA的剩餘表達量。
圖3為核酸外切酶穩定性凝膠電泳實驗結果。
圖4為5’核酸外切酶穩定性實驗定量結果。
圖5為3’核酸外切酶穩定性實驗定量結果。
以下結合實施例進一步描述本揭露,但這些實施例並非限制本揭露的範圍。本揭露實施例中未註明具體條件的實驗方法,通常按照常規條件或按照原料或商品製造廠商所建議的條件。未註明具體來源的試劑,則該試劑可自任意分子生物學試劑的供應商以用於分子生物學應用的質量/純度而獲得。
實施例1:化學修飾的製備
1.1合成化合物1-1a和化合物1-1b
Figure 111148551-A0202-12-0126-316
將化合物1(500mg,3.42mmol)和三乙胺(Et3N,692mg,6.84mmol,0.95mL)溶於二氯甲烷(DCM,10mL)中,冰浴下滴加4-甲苯磺醯氯(TsCl,717mg,3.76mmol)的二氯甲烷(10mL)溶液,滴加完畢後反應在室溫下攪拌過夜,待反應完畢後,用水淬滅,水相用二氯甲烷(15mL)提取三次,合併的有機相先用飽和碳酸氫鈉水溶液(10mL)洗滌,再用飽和食鹽水(20mL)洗滌,隨後減壓蒸乾溶劑得到粗品2(820mg, 80%),直接用於下一步反應。MS m/z:C14H21O5S,[M+H]+理論:301.10實測:301.2。
Figure 111148551-A0202-12-0127-318
將化合物3(239mg,1.22mmol)溶解於二甲基甲醯胺(DMF,10mL)中,冰浴下加入NaH(60%溶解在礦物油中,93mg,2.33mmol)溶液,該反應下攪拌30分鐘,然後滴加化合物2(350mg,1.16mmol),滴加完畢後反應在60℃下攪拌5小時,反應完畢後,加水淬滅,水相用乙酸乙酯(15mL)提取三次,合併的有機相先用水(10mL)洗滌三次,再用飽和食鹽水(10mL)洗滌,隨後減壓蒸乾溶劑,經反相製備HPLC(C18,條件:5-50%(A:H2O,B:CH3CN),流速:70mL/min),凍乾後得到220mg化合物4。MS m/z:C19H21N5O3Na,[M+Na]+理論:390.16,實測:390.3。
Figure 111148551-A0202-12-0127-319
室溫下將化合物4(1.50g,4.08mmol)溶解於20mL的醋酸和水(4:1)的混合溶液中,60℃下攪拌30分鐘,待反應完畢後減壓蒸乾溶劑,經反相製備HPLC(C18,條件:5-25%(A:H2O,B:CH3CN),流速:70mL/min),凍乾後得到1.10g化合物5。MS m/z:C16H18N5O3,[M+H]+理論:328.13,實測:328.4。
Figure 111148551-A0202-12-0128-320
將化合物5(1.00g,3.05mmol)溶於吡啶(Py,10mL)中,冰浴下滴4,4'-雙甲氧基三苯甲基氯(DMTrCl,1.50g,4.58mmol)的吡啶(5mL)溶液,滴加完畢後反應在室溫下攪拌過夜,待反應完畢後,用水淬滅,減壓蒸乾溶劑,經反相製備HPLC(C18,條件:5-80%(A:H2O,B:CH3CN),流速:70mL/min),凍乾後得到1.00g化合物6。MS m/z:C37H36N5O5,[M-H]+理論:630.26,實測:630.5。消旋體化合物6經手性管柱(Daicel CHIRALPAK® IE 250*4.6mm,5μm,A:正己烷,B:乙醇)拆分得410mg 6A(-)和435mg 6B(+)。
Figure 111148551-A0202-12-0128-321
將化合物6A(-)(200mg,0.32mmol),四唑(11mg,0.16mmol),N-甲基咪唑(5mg,0.06mmol),3A分子篩(500mg)溶於10mL的乙腈中,室溫下加入化合物7(144mg,0.48mmol),在室溫下攪拌過夜。反應完畢後,將分子篩過濾掉,加入二氯甲烷(30mL),飽和碳酸氫鈉水溶液(10mL)洗滌三次,再用飽和食鹽水(20mL)洗滌,濾液旋乾並經反相製備HPLC(C18,條件:5-100%(A:水,B:CH3CN),流速:70mL/min), 凍乾後得到200mg化合物1-1a。MS m/z:C40H39N6O7P,[M-二異丙基+OH]+理論:747.26,實測:747.6。1H NMR(400MHz,乙腈-d 3 )δ 7.56,7.54(2s,1H),7.36-7.27(m,2H),7.24-7.21(m,7H),6.83-6.80(m,4H),4.12-4.10(m,2H),3.75-3.68(m,10H),3.20-2.80(m,2H),2.68-2.54(m,4H),1.22-1.04(m,18H)。
Figure 111148551-A0202-12-0129-322
將化合物6B(+)(200mg,0.32mmol),四唑(11mg,0.16mmol),N-甲基咪唑(5mg,0.06mmol),3A分子篩(500mg)溶於10mL的乙腈中,室溫下加入化合物7(144mg,0.48mmol),在室溫下攪拌過夜。反應完畢後,將分子篩過濾掉,加入二氯甲烷(30mL),飽和碳酸氫鈉水溶液(10mL)洗滌三次,再用飽和食鹽水(20mL)洗滌,濾液旋乾並經反相製備HPLC(C18,條件:5-100%(A:水,B:CH3CN),流速:70mL/min),凍乾後得到200mg化合物1-1b。MS m/z:C40H39N6O7P,[M-二異丙基+OH]+理論:747.26,實測:747.5。
1.2合成化合物1-6a
Figure 111148551-A0202-12-0129-323
將化合物1(10g,68.404mmol)、化合物2(15g,62.186mmol)和三苯基膦(32.62g,124.371mmol)溶於無水THF(30mL),於0 ℃下緩慢滴加DIAD(24.656mL,124.371mmol)。該反應液在25℃下反應12h.LCMS顯示反應完成。將該反應液用乙酸乙酯(200mL)和水(200mL)萃取,有機相乾燥將濾液濃縮,得到的殘留物用正相管柱純化(DCM/MeOH=10/1)得目標產物3(20g)。
Figure 111148551-A0202-12-0130-325
將化合物3(20g,28.585mmol)溶於醋酸(24mL,426.016mmol)和H2O(12mL)中,60℃攪拌1小時。之後將反應液旋乾加入THF(12mL)和H2O(12mL),80℃攪拌7小時。LCMS顯示反應完成。將反應液加入乙酸乙酯(200mL)和水(100mL)萃取,水相加入碳酸鈉固體直到水相有大量固體析出。將固體過濾,用水洗滌,將濾餅用油泵拉乾,得到目標化合物5(9g)。
Figure 111148551-A0202-12-0130-326
在氮氣保護下,將化合物5(6.8g,18.581mmol)溶於吡啶(80mL)中,於0℃下緩慢加入TMSCl(14.250mL,111.489mmol),攪拌2h。之後在0℃下加入異丁醯氯(2.044mL,19.511mmol),於25℃下攪拌1h.LCMS顯示反應完成。用二氯甲烷(200mL)和水(200mL)萃取,有機相乾燥旋乾後拌樣,用正相管柱純化(DCM:MeOH=10:1)過管柱,在4.8%處出峰),得到黃色油狀化合物6(12g)。
Figure 111148551-A0202-12-0131-327
在氮氣保護下,將化合物6(5.5g,12.392mmol)溶於吡啶(30mL),加入MOLECULAR SIEVE 4A 1/16(7g,12.392mmol),然後在0℃下分批加入DMTrCl(5.04g,14.870mmol)固體,25℃反應2h.TLC(PE:EtOAc=1:1,Rf=0.69)顯示反應已經完成。該反應液和TJN200879-040-P1合併一起處理。將反應液用乙酸乙酯(200mL)和水(200mL)萃取,有機相乾燥旋乾後拌樣用正相管柱純化(PE:EtOAc過管柱,在84%處出峰),得到黃色油狀化合物7(12g)。
Figure 111148551-A0202-12-0131-328
將化合物7(12g,15.389mmol)溶於EtOAc(140mL),加入濕鈀碳Pd/C(7g,15.389mmol)該反應液在25℃,氫氣(15Psi)下反應2小時。TLC(PE:EtOAc=0:1,Rf=0.09)顯示反應已經完成。將反應液過濾,濾餅用乙酸乙酯(30mL)沖洗三遍後,收集濾液。濾液旋乾後加入50mL二氯甲烷和2mL三乙胺拌樣用正相管柱純化(DCM:MeOH=10:1過管柱,在0.5%處出峰),得到9g(黃色泡沫狀固體).將所得消旋化合物SFC拆分,得到產品目標化合物7A(-)(3.9g)和目標化合物7B(+)(3.8g)。
Figure 111148551-A0202-12-0132-329
將化合物7A(-)(3.30g,5.40mmol),四唑(190mg,2.70mmol),1-甲基咪唑(90mg,1.10mmol),3A分子篩(500mg)溶於30mL的乙腈中,室溫下加入化合物8(2.50g,8.10mmol),在室溫下攪拌2h。反應完畢後,將分子篩過濾掉,加入DCM(150mL),飽和碳酸氫鈉水溶液洗滌(30mL*3),再用飽和食鹽水(30mL)洗滌,濾液旋乾並經反相製備HPLC(C18,條件:5-100%(A:水,B:CH3CN),流速:70mL/min),凍乾後得到1-6a(2.9g,66%)。MS m/z:C43H55N7O7P[M+H]+,理論:812.38,實測:812.5。1H NMR(400MHz,乙腈-d3)δ 7.56,7.54(2s,1H),7.36-7.27(m,2H),7.24-7.21(m,7H),6.83-6.80(m,4H),4.12-4.10(m,2H),3.75-3.68(m,10H),3.20-2.80(m,2H),2.68-2.54(m,4H),1.22-1.04(m,18H)。
1.3合成化合物1-7a
Figure 111148551-A0202-12-0132-330
在氮氣保護下,將化合物1(5g,23.1272mmol)、化合物2(6.76g,46.254mmol)和三苯基磷(7.28g,27.753mmol)溶於30mL二噁烷中,於0℃緩慢滴加入DEAD(5.502mL,27.753mmol)。滴加完成後,反應緩慢升溫至25℃繼續反應1h。在反應液裡加入100mL H2O和100 mL EtOAc萃取,有機相合併乾燥過濾濃縮後拌樣過管柱,用正相管柱純化(PE:EtOAc=1:1過管柱得目標產物(4g)。
Figure 111148551-A0202-12-0133-331
將化合物3(3.3g)溶於HOAc(16mL)和H2O(4mL),油浴60℃加熱0.5h.將反應液旋乾得到的殘留物用正相管柱純化(PE:EtOAc=0:1過管柱),得到目標產物4(3g)。
Figure 111148551-A0202-12-0133-332
將化合物4(3g,8.873mmol)溶於5mL吡啶中,在氮氣保護下於0℃緩慢滴加DMTrCl(3.91g,11.535mmol)的10mL吡啶的溶液。滴加完畢後反應升溫至25℃並繼續反應1h。在反應液中加入50mL水和100mL乙酸乙酯萃取。水相再用100mL乙酸乙酯萃取三次,有機相合併乾燥過濾濃縮用正相管柱純化(用PE:EtOAc=2:1)。得到目標產物5(4g)。
Figure 111148551-A0202-12-0133-334
將化合物5(4g,5.769mmol)溶於甲醇(10mL),加入飽和的NH3甲醇溶液(40mL),0℃反應6h.將反應液旋乾用正相管柱純化(用PE:EtOAc=0:1)得消旋化合物2.4g SFC拆分,得到目標產物6A(750mg,100%純度)和目標產物6B(400mg,99.16%純度)。
Figure 111148551-A0202-12-0134-335
將化合物6A(-)(700mg,1.40mmol),四唑(50mg,0.70mmol),1-甲基咪唑(23mg,0.28mmol),3A分子篩(500mg)溶於10mL的乙腈中,室溫下加入化合物7(630mg,2.10mmol),在室溫下攪拌2h。反應完畢後,將分子篩過濾掉,加入DCM(50mL),飽和碳酸氫鈉水溶液洗滌(10mL*3),再用飽和食鹽水(20mL)洗滌,濾液旋乾並經反相製備HPLC(C18,條件:5-100%(A:水B:CH3CN),流速:70mL/min),凍乾後得到1-7a(700mg,72%)。MS m/z:C38H47N4O7PNa[M+Na]+,理論:725.32,實測:725.5。
1.4合成化合物1-8a
Figure 111148551-A0202-12-0134-336
將化合物1(8.5g,76.508mmol),化合物2(30.64g,91.809mmol)溶於DMF(150mL),加入CS2CO3(29.91g,91.809mmol),反應於氮氣保護下,90℃反應12h。LCMS檢測反應完成。將反應液過濾,油泵旋乾,正相管柱分離純化(80g,DCM/MeOH=10/1至5/1)得到目標產物3(13.5g,80%純度)。
Figure 111148551-A0202-12-0135-337
將化合物3(10.5g,35.105mmol)溶於吡啶(65mL)和CH3CN(65mL),向溶液中滴加BzCl(4.894mL,42.126mmol),於25℃反應2h。LCMS檢測大部分原料反應完成,加H2O(100mL)淬滅,EtOAc(100mL×3)萃取,乾燥旋乾,管柱分離(合併TJN200872-101)純化(80g,PE/EtOAc=10/1至0/1,DCM/MeOH=10/1)得到目標產物4(14g,90%純度)。
Figure 111148551-A0202-12-0135-338
將化合物4(14g,36.694mmol)溶於HOAc(56mL,314.796mmol)和H2O(14mL),於60℃反應2h,LCMS顯示反應完成。油泵濃縮,正相管柱分離(40g,DCM/MeOH=1/0至5/1)得到目標產物5(8.4g,90%純度& 2.4g,80%純度)。
Figure 111148551-A0202-12-0136-339
將化合物5(7.4g,21.957mmol)、DMAP(0.54g,4.391mmol)、MOLECULAR SIEVE 4A(11.1g,2.967mmol)溶於吡啶(60mL),冰浴下攪拌10min,然後加入DMTrCl(8.93g,26.348mmol),反應攪拌1.8h.LCMS檢測約19%原料剩餘,約60%目標MS。合併(TJN200872-105&106)一起純化。向反應液中加入H2O(50mL),經DCM(50mL×3)萃取,乾燥,旋乾,管柱分離(120g,PE/(EA:DCM:TEA=1:1:0.05)=1/0至0/1至DCM/MeOH=10/1)得到目標化合物6(11g,89%純度,TJN200872-105&106&107),回收原料(3.0g,70%純度)。
Figure 111148551-A0202-12-0136-340
化合物6(15g,22.041mmol)經SFC(DAICEL CHIRALPAK AD(250mm*50mm,10um);0.1% NH3 H2O EtOH,B:45%-45%;200ml/min)分離得到目標產物6A(5.33g,94.29%純度),目標產物6B(6.14g,97.91%純度),化合物6回收1.0g。
Figure 111148551-A0202-12-0137-341
將化合物6B(-)(5.4g,8.92mmol),四唑(312mg,4.46mmol),1-甲基咪唑(146mg,1.78mmol),3A分子篩(500mg)溶於40mL的乙腈中,室溫下加入化合物7(4g,13.4mmol),在室溫下攪拌2h。反應完畢後,將分子篩過濾掉,加入DCM(200mL),飽和碳酸氫鈉水溶液洗滌(30mL*3),再用飽和食鹽水(50mL)洗滌,濾液旋乾並經反相製備HPLC(C18,條件:5-100%(A:水,B:CH3CN),流速:70mL/min),凍乾後得到1-8a(5.8g,80%)。MS m/z:C45H51N5O7P,[M+H]+,理論:804.36,實測:804.4。
實施例2:siRNA的合成
dsRNA的合成與通常的亞磷醯胺固相合成法無異,在合成AS鏈5’第7位修飾的核苷酸時,使用上述合成的亞磷醯胺單體替換母序列原核苷酸。合成過程簡要描述如下:於Dr.Oligo48合成器(Biolytic)上,以Universal CPG載體為起始,根據合成程序逐個連接核苷亞磷醯胺單體。除上述描述的AS鏈5’第7位的核苷亞磷醯胺單體外,其餘核苷單體原料2’-F RNA、2’-O-甲基RNA等核苷亞磷醯胺單體購自上海兆維或蘇州吉瑪。採用5-乙基硫-1H-四唑(ETT)作為活化劑(0.6M乙腈溶液),使用0.22M的PADS溶於1:1體積比的乙腈和三甲基吡啶(蘇州柯樂瑪)溶液作為硫化試劑,使用碘吡啶/水溶液(柯樂瑪)作為氧化劑。
固相合成完成後,寡核糖核苷酸自該固體支撐物裂解,採用3:1的28%氨水和乙醇溶液在50℃條件下浸泡16小時。然後離心,將上清液轉移到另一個離心管中,濃縮蒸發乾後,使用C18反相色譜純化,流動相為0.1M TEAA和乙腈,並使用3%三氟乙酸溶液脫除DMTr。目標寡核苷酸收集後凍乾,並經LC-MS鑑定為目標產物,再經過UV(260nm)定量。
所得到的單鏈寡核苷酸,根據等莫耳比,按照互補配對,退火,最後所得到的雙鏈dsRNA溶於1×PBS中,並調整至實驗所需濃度備用。
實施例3:psiCHECK活性篩選實驗
dsRNA樣本合成見前述,質粒來源於生工生物工程(上海)股份有限公司。psiCHECK實驗耗材如表1所示。
Figure 111148551-A0202-12-0138-342
實驗步驟:細胞鋪板、細胞轉染,其中,轉染複合物具體配製量如表2所示。
Figure 111148551-A0202-12-0139-343
依照表3,根據不同的實驗需求稀釋至不同濃度作為工作液備用,現用現配。轉染24h後,按照Dual-Glo® Luciferase Assay System檢測試劑盒的實驗操作方案進行檢測。計算相對值Ratio=Ren/Fir(海腎/螢火蟲比值);計算抑制率1-(Ratio+dsRNA/僅報告基因)*100%=抑制率(%);本揭露中,剩餘活性%(也稱為mRNA剩餘表達量%或mRNA剩餘表達比例)=100%-抑制率(%)。
Figure 111148551-A0202-12-0139-345
實施例4:不同化學修飾的表徵
Figure 111148551-A0202-12-0140-346
其中,我們將由2-羥甲基-1,3-丙二醇為起始原料合成的核苷酸定義hmpNA;
(+)hmpNA(A)為實施例1.1節中核苷亞磷醯胺單體1-1b藉由固相合成獲得,絕對構型為(S)-hmpNA(A);
(-)hmpNA(A)為實施例1.1節中核苷亞磷醯胺單體1-1a藉由固相合成獲得,絕對構型為(R)-hmpNA(A);
類似的,替換hmpNA的鹼基種類,藉由固相合成獲得以下結構並確認絕對構型:
(+)hmpNA(G),絕對構型為(S)-hmpNA(G);
(-)hmpNA(G),絕對構型為(R)-hmpNA(G);
(+)hmpNA(C),絕對構型為(S)-hmpNA(C);
(-)hmpNA(C),絕對構型為(R)-hmpNA(C);
(+)hmpNA(U),絕對構型為(R)-hmpNA(U);
(-)hmpNA(U),絕對構型為(S)-hmpNA(U)。
(S)-hmpNA(G),(R)-hmpNA(G),(S)-hmpNA(C),(R)-hmpNA(C),(S)-hmpNA(U)和(R)-hmpNA(U)的絕對構型由其中間體或衍生物經X-Ray衍射而確認。
中間體或衍生物的結構為:
Figure 111148551-A0202-12-0141-347
TJ-NA067:檢測晶體為無色塊狀(0.30×0.10×0.04mm3),屬單斜晶系P21空間群。晶胞參數a=16.0496(5)Å,b=4.86260(10)Å,c=16.4686(5)Å,α=90°,β=118.015(4)°,γ=90°,V=1134.65(7)Å3,Z=4。計算密度Dc=1.389g/cm3,單胞中電子數F(000)=504.0,單胞的線性吸收係數μ(Cu Kα)=0.840mm-1,衍射實驗溫度T=150.00(11)K。
Figure 111148551-A0202-12-0141-349
6A(+):檢測晶體為無色塊狀(0.30×0.20×0.10mm3),屬單斜晶系P21空間群。晶胞參數a=22.6688(7)Å,b=8.5595(2)Å,c=23.3578(5)Å,α=90°,β=113.876(3)°,γ=90°,V=4144.3(2)Å3,Z=2。計算密度Dc=0.999g/cm3,單胞中電子數F(000)=1318.0,單胞的線性吸收係數μ(Cu Kα)=0.570mm-1,衍射實驗溫度T=100.01(18)K。
Figure 111148551-A0202-12-0141-350
TJ-NA048:檢測晶體為無色針狀(0.30×0.04×0.04mm3),屬單斜晶系P1空間群。晶胞參數a=7.6165(4)Å,b=11.3423(5)Å,c=17.3991(8)Å,α=85.007(4)°,β=88.052(4)°,γ=70.532(4)°,V=1411.75(12)Å3,Z=2。計算密度Dc=1.366g/cm3,單胞中電子數F(000)=620.0,單胞的線性吸收係數μ(Cu Kα)=0.856mm-1,衍射實驗溫度T=150.00(13)K。
Figure 111148551-A0202-12-0142-352
TJ-NA092:檢測晶體為無色棱柱狀(0.30×0.10×0.10mm3),屬三斜晶系P1空間群。晶胞參數a=5.17960(10)Å,b=8.0667(2)Å,c=12.4077(2)Å,α=93.146(2)°,β=101.266(2)°,γ=96.134(2)°,V=503.993(18)Å3,Z=2。計算密度Dc=1.412g/cm3,單胞中電子數F(000)=228.0,單胞的線性吸收係數μ(Cu Kα)=0.945mm-1,衍射實驗溫度T=100.00(10)K。
實施例5:包含不同化學修飾的siRNA的序列依賴性實驗
已知Abasic修飾具有dsRNA序列依賴性,因此發明人在多條不同序列上測試了本揭露的化學修飾。使用了靶向三個不同基因(ANGPTL3、HBV-S、HBV-X)mRNA的siRNA(序列如表4所示),使用實施例1的化合物(+)hmpNA(A)(-)hmpNA(A)和作為對照的GNA (A) 化合物修飾AS鏈5’端第7位(序列如表5所示),再與母序列比較在靶活性和脫靶活性。
Figure 111148551-A0202-12-0143-353
在上表中,大寫字母G、A、C、U分別表示包含鳥嘌呤、腺嘌呤、胞嘧啶和尿嘧啶的核苷酸,小寫字母m表示2'-甲氧基修飾,小寫字母f表示2'-氟修飾,小寫字母s表示與該字母s左右相鄰的兩個核苷酸之間為硫代磷酸二酯基連接;以下同。
Figure 111148551-A0202-12-0143-354
Figure 111148551-A0202-12-0144-355
在靶活性實驗結果參見表6,GNA (A) 顯現出明顯的序列依賴性,不同序列的在靶活性差異明顯。本揭露的實驗化合物沒有顯示出明顯的序列依賴性,普遍適用性更強。
脫靶活性實驗結果參見表7,可以看出,相對於母序列,本揭露的實驗化合物明顯降低了siRNA的脫靶活性。
Figure 111148551-A0202-12-0144-356
Figure 111148551-A0202-12-0145-357
Figure 111148551-A0202-12-0145-358
實施例6:配體的製備(NAG0052、L96)
化合物NAG0024、NAG0026購買自天津藥明康德新藥開發有限公司。除非特別說明,以下實施例中所用的試劑均為市售商品。
化合物NAG0052的合成
起始原料化合物1採購自江蘇倍達醫藥科技有限公司。
Figure 111148551-A0202-12-0146-359
化合物2
在0℃以及氮氣保護下,往化合物1(12.3mL,101mmol)的THF(300mL)溶液中分批加入NaH(12.2g,304mmol,純度60%)。該混 合物在20℃下攪拌1小時之後再次冷卻到0℃,接著往體系中逐滴加入苄溴(36.3mL,304mmol),並且在20℃攪拌12小時。將該反應液用H2O(100mL)淬滅後,用EtOAc(200mL×2)萃取。合併後的有機相用飽和食鹽水(100mL)洗滌,Na2SO4乾燥,過濾,濃縮得到的殘留物經過矽膠管柱層析分離後得到目標化合物2(20.0g,51.8mmol,產率51%)。
LCMS:tR=2.615 and 2.820min in 30-90AB_7min_220&254_Shimadzu.lcm(Xtimate C18,3um,2.1*30mm),MS(ESI)m/z=351.2[M+Na]+
1 H NMR:(400MHz,CDCl3)δ ppm 7.35-7.12(m,10H),5.06-4.95(m,1H),4.51-4.39(m,4H),4.24-3.87(m,2H),3.50-3.40(m,2H),3.38-3.20(m,3H),2.20-1.91(m,2H)。
化合物3和化合物4
在20℃以及氮氣保護下,往化合物2(13.0g,33.6mmol)的DCM(300mL)溶液中一次性加入TMSCN(13.5mL,101mmol),接著逐滴加入TMSOTf(9.14mL,50.5mmol)的DCM(30mL)溶液。該反應液在20℃下攪拌15小時。反應結束之後用飽和NaHCO3水溶液(80mL)淬滅該體系,並且用DCM(150mL×2)萃取,合併後的有機相用飽和食鹽水(80mL)洗滌,Na2SO4乾燥,過濾以及濃縮後藉由矽膠管柱層析分離後得到目標化合物3(3.30g,9.18mmol,產率27%)以及淡黃色油狀液體化合物4(8.50g,9.18mmol,產率70%)。
化合物3
1 H NMR:(400MHz,CDCl3)δ ppm 7.42-7.29(m,10H),4.81(t,J=7.8Hz,1H),4.65-4.49(m,4H),4.30-4.21(m,2H),3.65-3.57(m,1H),3.57-3.49(m,1H),2.49-2.40(m,2H)。
化合物4
1 H NMR:(400MHz,CDCl3)δ ppm 7.42-7.26(m,10H),4.93-4.87(m,1H),4.65-4.48(m,4H),4.43-4.38(m,1H),4.21-4.17(m,1H),3.79-3.70(m,1H),3.54(d,J=4.0Hz,1H),2.45-2.37(m,2H)。
化合物5
在0℃及氮氣保護下將化合物4(3.00g,9.28mmol)的THF(15mL)溶液,滴加到LiAlH4(0.79g,20.9mmol)的THF(15mL)溶液中,滴加完後體系在0℃反應1小時。TLC(PE:EtOAc=3:1)監測到原料完全消失。向反應液中緩慢加入十水硫酸鈉,加至不冒泡為止。之後將反應液過濾,濾餅用二氯甲烷(60mL)洗滌三次後,收集濾液旋乾,得目標化合物5(3.00g,產率90%)
1 H NMR:(400MHz,DMSO-d 6)δ ppm 7.40-7.14(m,10H),4.54-4.38(m,4H),4.06-3.99(m,2H),3.91(q,J=6.4Hz,1H),3.48-3.37(m,2H),2.67-2.52(m,2H),2.21-2.18(m,1H),1.77-1.73(m,1H)。
化合物6
在氮氣保護下,將化合物5(3.00g,8.25mmol)溶於DCM(30mL),加入TEA(3.44mL,24.7mmol)和CbzCl(1.76mL,12.4mmol),20℃反應2小時。LCMS顯示反應完成。將反應液加入二氯甲烷(30mL)和水(60mL)萃取。有機相用水(60mL×3)洗滌三次,無水硫酸鈉乾燥,濃縮用正相管柱純化(PE:EtOAc=1:1),得到目標化合物6(2.5g,產率90%)。
LCMS:tR=0.810min in 5-95AB_1min,MS(ESI)m/z=462.2[M+H]+
1 H NMR:(400MHz,CDCl3)δ ppm 7.39-7.29(m,15H),5.35(s,1H),5.15-5.01(m,2H),4.72(d,J=6.0Hz,1H),4.54-4.40(m,3H),4.26(s,1H),4.23-4.18(m,1H),4.11-4.04(m,1H),3.54-3.41(m,3H),3.37-3.25(m,1H),2.34-2.23(m,1H),1.85-1.79(m,1H)。
化合物7
在氮氣保護下,將化合物6(2.00g,3.90mmol)溶於DCM(5mL),在-78℃下加入BCl3的THF溶液(1M,27.3mL),反應1小時。TLC(DCM:MeOH=10:1)監測到原料完全消失。將反應液在-78℃下加入甲醇(20mL)淬滅,濃縮,用正相管柱純化(DCM:MeOH=10:1),得到目標化合物7(2.00g,產率60%)。
1 H NMR:(400MHz,CD3OD)δ ppm 7.41-7.23(m,5H),5.08(s,2H),4.25-4.07(m,2H),3.85-3.75(m,1H),3.63-3.56(m,1H),3.54-3.48(m,1H),3.30-3.27(m,2H),2.34-2.21(m,1H),1.71-1.64(m,1H)。
化合物8
在氮氣保護下,將化合物7(0.50g,1.78mmol)溶於吡啶(5mL)中,在0℃下加入4A分子篩(500mg)和DMTrCl(0.66mL,2.13mmol),之後升溫至20℃反應1.5小時。TLC(PE:EtOAc=2:1)監測到原料完全消失。將反應液加入乙酸乙酯(60mL)和水(60mL)萃取,有機相用水(60mL×3)洗滌三次後用無水硫酸鈉乾燥,濃縮,用正相管柱純化(PE:EtOAc=1:1),得到目標化合物8(800mg,產率90%)。
1 H NMR:(400MHz,CDCl3)δ ppm 7.44(d,J=7.6Hz,2H),7.37-7.23(m,11H),7.22-7.15(m,1H),6.84(d,J=8.8Hz,4H),5.09(s,2H),4.31-4.17(m,2H),4.02-3.91(m,1H),3.84-3.73(m,6H),3.33(s,1H),3.28(s,1H),3.19-3.01(m,2H),2.34-2.25(m,1H),1.70-1.62(m,1H)。
化合物9
將化合物8(800mg,1.234mmol)溶於EtOAc(5mL),加入Pd/C 10%(800mg,7.517mmol),反應在H2條件(15Psi),20℃下反應1小時。LCMS顯示反應已經完成。反應液過濾,濾餅用二氯甲烷(100mL)和甲醇(100mL)洗滌三次,濃縮,經過反相管柱分離得到化合物9(300mg,54%)。
LCMS:tR=2.586min in 10-80CD_3min MS(ESI)m/z=450.2[M+H]+
化合物11
將化合物10(435mg,1.780mmol)溶於DCM(10mL),加入DIEA(0.441mL,2.67mmol)和HATU(677mg,1.78mmol)後,再加入化合物9(400mg,0.890mmol),20℃反應1小時。TLC(DCM:MeOH=10:1)監測反應完成。將反應液加入二氯甲烷(60mL)和水(60mL)萃取,有機相用水(60mL×3)洗滌三次,無水硫酸鈉乾燥,濃縮用正相管柱純化(PE:EtOAc=0:1過管柱,在100%處出產品峰),得到目標化合物11(600mg,產率90%)。
LCMS:tR=2.745min in 30-90CD_3min,MS(ESI)m/z=698.4[M+Na]+
1 H NMR:(400MHz,CD3OD)δ ppm 7.46-7.38(m,2H),7.35-7.24(m,6H),7.22-7.16(m,1H),6.90-6.78(m,4H),4.29-4.21(m,2H),4.02-3.95(m,1H),3.77(s,6H),3.66-3.62(m,3H),3.41(s,1H),3.18-3.04(m,2H),2.36-2.17(m,5H),1.71-1.50(m,5H),1.39-1.25(m,14H)。
化合物12
將化合物11(600mg,0.799mmol)溶於THF(3mL)和H2O(1mL),加入LiOH.H2O(134mg,3.20mmol),20℃反應12小時。TLC(DCM:MeOH=10:1)顯示反應完成。將反應液旋乾,用水(5mL)和甲醇(5mL)溶解,用反相管柱純化(H2O:CH3CN=1:1,在35%左右出峰),得到目標化合物12(460mg,產率100%,鋰鹽)。
LCMS:tR=1.346min in 10-80CD_3min,MS(ESI)m/z=684.3[M+Na]+
HPLC:tR=1.879min in 10-80CD_6min。
1 H NMR:(400MHz,CD3OD)δ ppm 7.47-7.39(m,2H),7.35-7.24(m,6H),7.22-7.15(m,1H),6.91-6.79(m,4H),4.31-4.18(m,2H),4.02-3.95(m,1H),3.78(s,6H),3.44-3.33(m,2H),3.18-3.04(m,2H),2.35-2.27(m,1H),2.24-2.10(m,4H),1.70-1.51(m,5H),1.31-1.23(m,12H)。
化合物13
室溫環境,氮氣保護下,將化合物NAG0024(271mg,0.151mmol)溶解於無水THF(2mL)和無水DMF(4mL),加入3A分子篩,再依次加入化合物12(100mg,0.151mmol)、HOBt(25mg,0.181mmol)、DCC(38mg,0.181mmol)和DIEA(39mg,0.302mmol)。反應液45℃反應16h.LC-MS顯示反應完全後,加水淬滅,過濾。濾液濃縮後,經C18反相管柱純化(H2O/MeCN),得到化合物13(210mg,產率57%)。
化合物NAG0052
室溫環境下,化合物13(230mg,0.094mmol)溶於吡啶(5mL),加入分子篩,加入DMAP(12mg,0.283mmol),丁二酸酐(28mg,0.283mmol)。氮氣保護,50℃攪拌16小時。LCMS檢測反應完全, 過濾旋乾。過C18反相管柱純化後,由製備HPLC二次純化,得到目標化合物NAG0052(123mg,0.048mmol,產率51%)。
MS(ESI)m/z=2535.3[M-1]-.理論:2536.2。
1H NMR(400MHz,乙腈-d 3)δ 7.48-7.43(m,2H),7.37-7.12(m,11H),7.00-6.85(m,10H),6.66(s,1H),5.31(dd,J=3.4,1.1Hz,3H),5.20-5.13(m,1H),5.05(dd,J=11.3,3.4Hz,3H),4.56(d,J=8.5Hz,3H),4.30(dd,J=7.7,5.3Hz,1H),4.18-3.93(m,14H),3.79(s,10H),3.65(q,J=4.7,3.6Hz,13H),3.56-3.07(m,24H),2.56(s,6H),2.37(t,J=5.8Hz,10H),2.17(t,J=7.5Hz,9H),2.02-1.96(m,20H),1.88(s,8H),1.82-1.73(m,2H),1.60(dt,J=15.0,7.3Hz,16H),1.27(s,13H)。
化合物NAG0052經過固相合成連接到序列上,再經過胺解後,NAG0052結構脫去一部分官能團成為NAG0052’。
L96的合成
Figure 111148551-A0202-12-0152-360
按照專利申請WO2014025805A1記載的方法製備獲得。
實施例7:dsRNA的合成
1.自製帶有載體的樹脂
將含有羧酸基團的化合物NAG0052(157mg,0.062mmol)溶於無水DMF(3mL),待受質完全溶解後,依次加入無水乙腈(4mL)、DIEA(0.03mL,0.154mmol,2.5eq)和HBTU(35mg,0.093mmol,1.5 eq)。反應液混合均勻後,再加入大孔胺甲基樹脂(476mg,空白載量為0.41mmol/g,目標載量為0.1mmol/g)。將反應液放入搖床上(溫度:25℃,轉速:200rpm)振搖過夜。反應液過濾,濾餅依次分別用DCM,無水乙腈洗滌,收集固體,真空乾燥過夜。
將上步固體分散於無水乙腈(5mL),依次加入吡啶(0.18mL),DMAP(3mg),NMI(0.12mL)和CapB1(2.68mL)。將反應液放入搖床上(溫度:25℃,轉速:200rpm)振搖2h。反應液過濾,濾餅用無水乙腈洗滌,收集固體,真空乾燥過夜,得到帶有載體的樹脂。載量經過測定為0.1mmol/g。
2.對於已經連接在樹脂上的NAG0052,使用該樹脂作為起始,按照核苷酸排布順序自3’-5’方向逐一連接核苷單體。每連接一個核苷單體都包括脫保護、偶聯、蓋帽、氧化或硫化四步反應。操作為本領域常規。
製得的dsRNA具有表8和表9-1中所示的有義鏈和反義鏈。
Figure 111148551-A0202-12-0153-361
Figure 111148551-A0202-12-0153-362
Figure 111148551-A0202-12-0154-363
以上dsRNA的結構如下:
Figure 111148551-A0202-12-0154-365
其中,TRD002218作為參比陽性化合物。
實施例8:dsRNA在體內對靶基因mRNA表達量的抑制
本實驗考察本揭露的綴合不同結構的dsRNA在體內對靶基因mRNA表達量的抑制效率。
將雄性6-8週齡C57BL/6小鼠隨機分組,每組共6隻,每個時間點各3隻,分別向每組小鼠給予TRD007205、參比陽性TRD002218以及PBS。
所有動物依據體總計算給藥量,採用皮下注射方式單次給藥,dsRNA給藥劑量(以不含配體的siRNA的量計)為1mg/kg,給藥體積為5mL/kg。給藥7天、28天後處死小鼠,收集肝臟,用RNA later(Sigma Aldrich公司)保存;隨後用組織勻漿儀勻漿肝組織,再用組織RNA提取試劑盒(凡知醫療科技,FG0412)根據操作說明書標註的操作步驟提取得到肝組織總RNA。將總RNA反轉錄成cDNA並採用實時螢光定量PCR方法檢測肝組織中的TTR mRNA的表達量。在該螢光定量PCR法中,以甘油醛3-磷酸脫氫酶(GAPDH)基因作為內參基因,使用針對TTR和GAPDH的Taqman探針引子分別檢測TTR和GAPDH的mRNA表達量。
Figure 111148551-A0202-12-0155-366
檢測引子的序列參見表11:
Figure 111148551-A0202-12-0155-367
TTR mRNA表達量按照如下等式計算:
TTR mRNA表達量=[(測試組TTR mRNA表達量/測試組GAPDH mRNA表達量)/(對照組TTR mRNA表達量/對照組GAPDH mRNA表達量)]x 100%。
給藥7天、28天後,本揭露的綴合不同結構的dsRNA的在體內對靶基因mRNA表達量的抑制效率分別見圖1和圖2。由圖1的結果可知,TRD007205在給藥後7天對於TTR mRNA的表達抑制均具有良好的效果。由圖2可知,給藥28天後,TRD007205對靶基因mRNA表達量的抑制作用優於TRD002218。
實施例9:合成dsRNA
1.自製帶有載體的樹脂
具體操作同實施例7。
2.使用帶有NAG0052的樹脂作為起始,按照核苷酸排布順序自3’-5’方向逐一連接核苷單體。每連接一個核苷單體都包括脫保護、偶聯、蓋帽、氧化或硫化四步反應。具體參照實施例2的合成方法。
製得的dsRNA具有表12和表14中所示的有義鏈和反義鏈。
Figure 111148551-A0202-12-0156-368
Figure 111148551-A0202-12-0157-369
Figure 111148551-A0202-12-0157-370
Figure 111148551-A0202-12-0158-371
其中,(-)hmpNA(A)、(-)hmpNA(G)、(-)hmpNA(C)、(-)hmpNA(U)的結構參見實施例4。
NAG0052’的結構為:
Figure 111148551-A0202-12-0159-372
實施例10:dsRNA對HBV的在靶活性
表15中為陽性對照化合物。
Figure 111148551-A0202-12-0159-373
其中,AD81890參照CN201980053789.8製備獲得;L96結 構為
Figure 111148551-A0202-12-0159-374
在HEK293A細胞中採用11個濃度梯度對表14及表15中的dsRNA序列進行體外分子水平模擬在靶活性篩選。
以HBV基因構建dsRNA對應的在靶序列,插入到psiCHECK-2質粒中。該質粒包含海腎螢光素酶基因及螢火蟲螢光素酶基 因。作為雙報告基因系統,dsRNA的靶序列插入到海腎螢光素酶基因的3’UTR區域,dsRNA對於靶標序列的活性可以藉由經螢火蟲螢光素酶校準後的海腎螢光素酶表達情況的檢測來反映,檢測使用Dual-Luciferase Reporter Assay System(Promega,E2940)。
HEK293A細胞培養於含10%胎牛血清的DMEM高糖培養基中,在37℃,5% CO2條件下培養。轉染前24h,將HEK293A細胞接種於96孔板,接種密度為每孔8×103個細胞,每孔100μL培養基。
按照說明書,使用Lipofectamine2000(ThermoFisher,11668019)對細胞共轉染dsRNA及對應質粒,Lipofectamine2000每孔使用0.2μL。質粒轉染量為20ng每孔。對於在靶序列質粒,dsRNA共設置11個濃度點,最高濃度點終濃度為20nM、3倍梯度稀釋、20nM、6.6667nM、2.2222nM、0.7407nM、0.2469nM、0.0823nM、0.0274nM、0.0091nM、0.0030nM、0.0010nM和0.0003nM。轉染後24h,採用Dual-Luciferase Reporter Assay System(Promega,E2940)檢測在靶水平。
psiCHECK活性篩選實驗步驟具體如下:
在HEK293A細胞系藉由進行psi-CHECK篩選dsRNA序列的在靶活性。實驗材料和儀器詳見表16和表17。
Psi-CHECK質粒購自於生工生物工程(上海)股份有限公司。
Figure 111148551-A0202-12-0161-375
Figure 111148551-A0202-12-0161-376
psiCHECK實驗步驟:
(一)細胞鋪板
1.實驗準備:
1.1 HEK293A細胞準備:
購買於南京科佰,貼壁細胞消化完全後需要計數,若細胞活率大於等於95%即可用。
1.2 DMEM完全培養基(DMEM+10% FBS)儲存於4℃,實驗前取出平衡到室溫。
1.3 96孔板細胞板。
2.細胞鋪板
轉染前18h,計數完畢後將HEK293A細胞接種於96孔板中,接種密度為8×103個細胞/孔,100μL培養基/孔;
2.1將培養基放於37℃水浴鍋孵育20min備用;
2.2吸取100μL均勻的細胞懸液與5μL細胞計數染料混勻,靜止染色1min,吸取15μL混懸液注入到細胞計數板上計算活細胞量(綠色),細胞活率98.7%;
2.3根據細胞計數結果,加入合適體積的培養基,取100μL鋪到96孔板中,保證細胞量為8×103個細胞/孔,細胞板置於37℃,5% CO2培養箱中進行培養。
(二)細胞轉染實驗
1.實驗準備:
1.1 dsRNA樣品和質粒準備:dsRNA樣品定量至20μM,psi-CHECK質粒測定其濃度,於-20℃儲存備用,使用前需要短暫離心;
1.2轉染試劑Lipofectamine 2000儲存於4℃;
1.3 PCR 96孔板管和八連PCR管;
1.4 Opti-MEM培養基。
2.細胞轉染實驗
2.1轉染前,預熱Opti-MEM培養基,細胞板中更換為Opti-MEM培養基,80μL培養基/孔。
2.2配製轉染複合物:每個濃度設2個複孔,轉染複合物具體配製量如表18所示;
轉染複合物成分:
Figure 111148551-A0202-12-0163-377
將配好的質粒分裝到相應8連管中,22μL/管,命名為:Tube A;
2.3換液:將孔中的含10% FBS的H-DMEM完全培養基吸棄,換成80μL Opti-MEM,饑餓處理1.5h。
2.4稀釋dsRNA:將dsRNA從-20℃拿出解凍,混勻,依照表19根據不同的實驗需求稀釋至不同濃度作為工作液備用,現用現配。
Figure 111148551-A0202-12-0163-378
Figure 111148551-A0202-12-0164-380
2.5將稀釋好的dsRNA加入到相對應Tube A的8連管中,2.2μL/管,現配現用;
2.6 Lipofectamine 2000 Mix的配製:用Opti-MEM稀釋Lipofectamine 2000,靜置5min,Lipo Mix具體配製量如表19;
2.7再將配製好的Lipo Mix分裝到對應Tube A的8連管中,22μL/管,吹打混勻後(不產生氣泡),室溫孵育20min。
2.8將上述Tube A混合物加入每孔細胞中,20μL/孔,加上原有80μL Opti-MEM,每孔終體積為100μL。4h溫箱培養後,每孔補加100μL含20% FBS的H-DMEM培養基。
2.9 37℃ CO2培養箱培養24h。
(三)Dual-Glo® Luciferase Assay System檢測
1.實驗準備:
1.1 Dual luciferase reporter gene assay kit(Promega,cat.E2940)組分及配製方法:Dual-Glo®Luciferase Buffer和vial Dual-Glo® Luciferase Substrate(lyophilized)預先進行混合,然後分裝到15mL的離心管中,每管7.5mL。Dual-Glo® Stop & Glo® Buffer提前進行分裝,每管12mL。在實驗前先將混合好的Dual-Glo®Luciferase進行複融,等平衡到室溫後每管加入7.5mL DMEM進行配製,現配現用。將Dual-Glo® Stop & Glo® Buffer進行複融,等平衡到室溫後與Dual-Glo® Stop & Glo®Substrate 100:1進行配製,現配現用。
2.信號採集
2.1吸液:吸去96孔培養板中原有的培養基;
2.2加受質(Dual-Glo®Luciferase):每孔加入150μL LARII受質,搖床上搖10min;
2.3移液:取120μL受質(Dual-Glo®Luciferase Mix),轉移到96孔酶標板上,讀取Firefly化學發光值;
2.4加受質(Dual-Glo® Stop & Glo):再向每孔加入60μL Dual-Glo® Stop & Glo受質,搖床上搖10min,讀取Renilla化學發光值;
2.5計算相對值Ratio=Ren/Fir(海腎/螢火蟲比值);
2.6計算抑制率1-(Ratio+dsRNA/僅報告基因)*100%=抑制率(%);
本揭露中,剩餘活性%(也稱為mRNA剩餘表達量%或mRNA剩餘表達比例)=100%-抑制率(%)。
2.7利用GraphPad Prism5作圖。
結果如表20所示。
Figure 111148551-A0202-12-0165-381
Figure 111148551-A0202-12-0166-382
以上結果表明,參比對照化合物AD81890,TRD007970、TRD007994、TRD007995在psiCHECK系統針對HBV基因具有高水平的在靶抑制活性。
另外一批次結果如表21所示。
Figure 111148551-A0202-12-0166-383
以上結果表明,參比對照AD81890,本揭露的TRD007970、TJR100259、TJR100260在psiCHECK系統針對HBV基因具有更高水平的在靶抑制活性。
實施例11:應用HepG2.2.15細胞評價dsRNA體外抗HBV活性
在HepG2.2.15細胞中採用8個濃度梯度對dsRNA進行體外抗HBV活性評估。
第1天種HepG2.2.15細胞到96孔板,每孔2萬個細胞。種細胞同時用RNAiMax將不同濃度的dsRNA轉入HepG2.2.15細胞;第4天收集細胞培養上清,ELISA檢測HBsAg(剩餘上清凍存備用)。最後收集細胞,提取細胞內RNA,RT-PCR分別檢測總HBV RNA(包括3.5kb+2.4kb+2.1kb+0.7kb RNA)和3.5kb HBV RNA(包括pgRNA+preCore RNA),同時檢測GAPDH基因RNA作為內參。待測化合物為8個濃度點,平行測定2複孔。培養液中DMSO的終濃度為0.5%。
抑制百分比計算公式如下:
% HBsAg抑制率=(1-樣品中HBsAg含量/DMSO對照組中HBsAg含量)×100
% HBV RNA抑制率=(1-樣品中HBV的RNA含量/DMSO對照組中HBV的RNA含量)×100
%細胞活力=(樣品吸光值-培養液對照的吸光值)/(DMSO對照的吸光值-培養液對照的吸光值)×100。
應用Graphpad Prism軟體分析(four parameter logistic equations)計算EC50值。
結果如表22所示,參比對照AD81890,綜合抗病毒活性檢測指標,測試TRD007970、TRD007994和TRD007995在HepG2.2.15細胞上展現出優秀的抗病毒活性。
Figure 111148551-A0202-12-0168-384
實施例12:評估AS鏈9位和10位不同修飾
1.合成連接到固相載體上的胺基半乳糖化合物1-t:
Figure 111148551-A0202-12-0168-385
合成路線如下:
1)化合物1-g的合成路線
Figure 111148551-A0202-12-0168-386
2)化合物1-h的合成路線
Figure 111148551-A0202-12-0169-387
3)化合物1-l的合成路線
Figure 111148551-A0202-12-0169-388
4)化合物1-q的合成
Figure 111148551-A0202-12-0169-389
5)連接到固相載體上的胺基半乳糖化合物1-t的合成
Figure 111148551-A0202-12-0170-390
步驟一
將原料1-a(297g,763mmol,)和原料1-b(160g,636mmol)溶解於960mlDCE,在15℃條件下,加入Sc(OTf)3(15.6g,31.8mmol),然後升高反應溫度到85℃,攪拌反應2h,反應結束後加入1.5L飽和NaHCO3中止反應,分出有機相,並再用1.5升飽和食鹽水洗滌,有機相無水Na2SO4乾燥,過濾後的溶液減壓蒸餾後矽膠管柱層析純化(石油醚:乙酸乙酯5:1-0:1),得到目標產物1-c(328g,544mmol,收率為85.5%,純度為96.4%)。
1HNMR:(400MHz,CDCl3)δ 7.44-7.29(m,5H),5.83(d,J=8.8Hz,1H),5.40-5.23(m,2H),5.18-5.06(m,2H),4.86(s,1H),4.66(d,J=8.4Hz,1H),4.21-4.07(m,2H),4.04-3.77(m,3H),3.51-3.45(m,1H),3.31-3.11(m,2H),2.18(d,J=2.0Hz,1H),2.14(s,3H),2.06(s,3H),2.03-1.99(m,3H),1.95(s,3H),1.64-1.46(m,4H),1.43-1.29(m,4H)。
MS,C28H40N2O11,實測M+ 581.3。
步驟二
將步驟一所得化合物平行分成兩份進行:每個反應包含化合物1-c(72.0g,124mmol)加入432mL THF中,在氬氣保護下加入Pd/C(20.0g,10%純度),再加入TFA(14.1g,124mmol,9.18mL),在反應溶液中通入氫氣,保持氣體壓力在30Psi,加熱至30℃並攪拌反應16h。反應完成後,合併兩個平行進行的反應,過濾,並減壓濃縮濾液。殘餘物使用二氯甲烷稀釋並重複減壓濃縮,重複三次。減壓抽乾後得到目標化合物1-d(139g)。
1HNMR(400MHz,DMSO-d 6)δ 7.85(d,J=9.2Hz,1H),7.74(s,3H),5.21(d,J=3.6Hz,1H),4.97(dd,J=2.8,10.8Hz,1H),4.48(d,J=8.8Hz,1H),4.06-3.98(m,3H),3.93-3.82(m,1H),3.73-3.68(m,1H),3.63-3.56(m,1H),3.43-3.38(m,1H),2.82-2.71(m,2H),2.13-2.09(m,3H),2.01-1.97(m,3H),1.91-1.87(m,3H),1.77(s,3H),1.76-1.73(m,1H),1.52-1.44(m,4H),1.28(s,4H)。
步驟三
將化合物1-d(139g,247mmol)和化合物1-e(75.3g,223mmol)加入DMF溶液(834mL),在0℃下再加入DIPEA(41.6g,322mmol,56.1mL)、HOBt(36.8g,272mmol)和EDCI(52.2g,272mmol),保持15℃攪拌反應16h,反應完成後將,反應液用二氯甲烷((400mL)稀釋,然後用飽和氯化銨溶液(1L)、飽和NaHCO3(1.00L)、飽和食鹽水依次洗滌,分出有機相用無水硫酸鈉乾燥,過濾後減壓蒸餾除去溶劑,殘餘物矽膠管柱層析純化(石油醚:乙酸乙酯=5:1-0:1),得到目標化合物1-f(108g,收率為56.8%)。
1HNMR(40(400MHz,DMSO-d 6)δ 7.89-7.78(m,2H),7.41-7.27(m,6H),5.21(d,J=3.2Hz,1H),5.08-4.92(m,3H),4.48(d,J=8.4Hz,1H), 4.07-3.99(m,3H),3.97-3.81(m,2H),3.75-3.64(m,1H),3.42-3.37(m,1H),3.13-2.93(m,2H),2.20(t,J=8.0Hz,2H),2.10(s,3H),1.99(s,3H),1.89(s,3H),1.87-1.79(m,1H),1.76(s,3H),1.74-1.64(m,1H),1.48-1.41(m,2H),1.38(s,12H),1.29-1.20(m,4H),1.19-1.14(m,1H)。
MS,C37H55N3O14,實測值M+766.4。
步驟四
將上述所得化合物1-f平行分成兩份進行:每個反應包含化合物6(47.0g,61.3mmol)加入280mL THF中,在氬氣保護下加入Pd/C(15.0g,10%純度),再加入TFA(7.00g,61.3mmol,4.54mL),在反應溶液中通入氫氣,保持氣體壓力在30Psi,加熱至30℃並攪拌反應16h。反應完成後,合併兩個平行進行的反應,過濾,並減壓濃縮濾液。殘餘物使用二氯甲烷稀釋並重複減壓濃縮,重複三次。減壓抽乾後得到目標化合物1-g(94.0g,粗品)。
1HNMR(400MHz,DMSO-d6)δ 8.38(s,1H),8.10(s,3H),7.83(d,J=9.2Hz,1H),5.21(d,J=3.2Hz,1H),4.96(dd,J=3.6,11.2Hz,1H),4.47(d,J=8.4Hz,1H),4.06-3.98(m,3H),3.92-3.82(m,1H),3.75-3.67(m,2H),3.60(s,1H),3.43-3.37(m,1H),3.18-3.04(m,2H),2.30-2.24(m,2H),2.10(s,3H),2.00(s,3H),1.95-1.90(m,2H),1.89(s,3H),1.78-1.75(m,3H),1.49-1.41(m,3H),1.40(s,9H),1.26(s,4H)。
步驟五
將上述所得化合物1-f平行分成兩份進行:每個反應包含化合物1-f(46.0g,60mmol)加入HCl-EtOAc(2.00M,276mL)中,在15℃條件下攪拌反應16h。反應完成後合併兩個反應溶液,減壓蒸餾濃縮,殘 餘物使用二氯甲烷稀釋並重複減壓濃縮,重複三次。減壓抽乾後得到目標化合物1-h(91.0g,粗品)。
1HNMR(400MHz,DMSO-d 6)δ 7.91-7.80(m,2H),7.42-7.26(m,6H),5.21(d,J=3.2Hz,1H),5.07-4.92(m,4H),4.48(d,J=8.4Hz,1H),4.06-3.98(m,3H),3.98-3.82(m,3H),3.73-3.65(m,1H),3.44-3.35(m,1H),3.12-2.94(m,2H),2.22(t,J=8.0Hz,2H),2.10(s,3H),2.01-1.97(m,4H),1.94-1.90(m,1H),1.89(s,3H),1.87-1.79(m,2H),1.76(s,3H),1.74-1.67(m,1H),1.49-1.40(m,2H),1.40-1.32(m,2H),1.24(d,J=4.0Hz,4H),1.19-1.13(m,1H)。
MS,C33H47N3O14,實測M+710.3。
步驟六
平行進行兩個反應:每個反應包含化合物1-g(45.0g,60.3mmol)和化合物1-h(38.5g,54.3mmol)加入到270mL DMF,在0℃下再加入DIPEA(10.1g,78.4mmol,13.6mL),再加入HOBt(8.97g,66.3mmol)和EDCI(12.7g,66.3mmol)。在15℃條件下攪拌反應16h。反應完成後合併兩個反應溶液,並加入300mL DCM稀釋,依次使用飽和氯化銨(800mL)、飽和NaHCO3(800mL)和飽和食鹽水(800mL)洗滌,有機相用無水Na2SO4乾燥。過濾後,加壓蒸發濃縮,殘餘物使用矽膠管柱層析純化(石油醚:乙酸乙酯=5:1-0:1),得到目標化合物1-i(66.0g,47.4mmol,收率為39.3%,純度為95.1%)。
1HNMR(400MHz,DMSO-d 6)δ 7.96-7.78(m,5H),7.41-7.25(m,6H),5.21(d,J=3.6Hz,2H),5.05-4.92(m,4H),4.48(d,J=8.8Hz,2H),4.22-4.12(m,1H),4.02(s,6H),3.94-3.80(m,3H),3.74-3.64(m,2H),3.45-3.35(m,2H),3.11-2.92(m,4H),2.20-2.12(m,4H),2.10(s,6H), 1.99(s,6H),1.89(s,6H),1.82-1.79(m,2H),1.76(s,6H),1.74-1.63(m,2H),1.44(d,J=6.0Hz,4H),1.37(s,12H),1.24(s,9H)。
MS:C62H94N6O25,實測值m/z 1323.8。
步驟七
分成11個反應進行:在每個反應中加入化合物1-i(5.00g,3.78mmol)和甲苯(300mL),加入矽膠(45.0g)。在100℃下攪拌反應40h,反應完成後合併11個反應混合物。減壓蒸餾除去溶劑後,殘餘物加入異丙醇和二氯甲烷,並攪拌20min。過濾除去不溶物,並使用異丙醇洗滌濾餅至無產物溶出,得到的溶液除去溶劑並抽乾後得到目標化合物1-j(43.2g,34.0mmol,收率為82.0%)。
1HNMR:(400MHz,DMSO-d6)δ 8.01(d,J=7.6Hz,1H),7.93-7.79(m,2H),7.39-7.27(m,3H),5.21(d,J=3.2Hz,1H),5.06-4.91(m,2H),4.48(d,J=8.0Hz,1H),4.07-3.97(m,3H),3.94-3.82(m,2H),3.73-3.65(m,1H),3.45-3.36(m,2H),3.10-2.94(m,2H),2.15(d,J=7.6Hz,2H),2.10(s,3H),1.99(s,3H),1.89(s,3H),1.86-1.79(m,1H),1.77(s,3H),1.74-1.65(m,1H),1.44(s,2H),1.37(d,J=5.2Hz,2H),1.24(s,4H)。
MS:C58H86N6O25,實測m/z=1267.8。
步驟八
此步平行分成兩個反應進行:每個反應包含化合物1-d(11.8g,21.0mmol)和化合物1-j(21.3g,16.8mmol)加入到70mL DMF,在0℃下再加入DIPEA(3.54g,27.3mmol,4.77mL),再加入HOBt(3.13g,23.1mmol)和EDCI(4.44g,23.1mmol)。在15℃條件下攪拌反應16h。反應完成後合併兩個反應溶液,並加入500mL DCM稀釋,依次使用飽和氯化銨(1.5L)、飽和NaHCO3(1.5mL)和飽和食鹽水(1.5mL)洗滌,有機 相用無水Na2SO4乾燥。過濾後,加壓蒸發濃縮,殘餘物使用矽膠管柱層析純化(二氯甲烷:甲醇=50:1-10:1),得到目標化合物1-k(54.0g,31.8mmol,收率為75.6%)。
1HNMR(400MHz,DMSO-d 6)δ 7.91(d,J=7.6Hz,1H),7.87-7.78(m,5H),7.73(t,J=5.2Hz,1H),7.42-7.24(m,6H),5.21(d,J=3.6Hz,3H),5.06-4.92(m,5H),4.48(d,J=8.4Hz,3H),4.19-4.09(m,2H),4.07-3.97(m,10H),3.94-3.80(m,4H),3.76-3.64(m,3H),3.42-3.37(m,4H),3.08-2.94(m,6H),2.20-2.12(m,2H),2.10(s,9H),2.08-2.01(m,2H),1.99(s,9H),1.89(s,9H),1.87-1.79(m,2H),1.77(s,9H),1.74-1.63(m,2H),1.44(d,J=5.6Hz,6H),1.40-1.31(m,6H),1.24(s,13H)。
MS:C78H118N8O33,實測值m/z=1696.1。
步驟九
此步平行分成3個反應進行:在每個反應中加入化合物1-k(17.0g,10.0mmol)和THF(100mL),在氬氣保護下加入Pd/C(5.0g,10%純度),再加入TFA(1.14g,10.0mmol,742μl),在反應溶液中通入氫氣,保持氣體壓力在15Psi,加熱至30℃並攪拌反應4h。反應完成後,合併3個平行進行的反應,過濾,並減壓濃縮濾液。殘餘物使用二氯甲烷稀釋並重複減壓濃縮,重複三次。殘餘物使用製備液相色譜(C18,流動相A 0.1%TFA-水,流動相B:10-40% CAN,20min)純化得到目標化合物1-l(17.3g,10.2mmol,收率為34.0%)。
1HNMR:(400MHz,DMSO-d 6)δ 8.45(t,J=5.2Hz,1H),8.14(d,J=5.2Hz,3H),7.97(t,J=5.2Hz,1H),7.90-7.77(m,4H),5.21(d,J=2.8Hz,3H),4.96(dd,J=3.2,11.6Hz,3H),4.47(d,J=8.4Hz,3H),4.20-4.10(m,1H),4.02(s,8H),3.87(q,J=9.6Hz,3H),3.75-3.61(m, 4H),3.46-3.34(m,3H),3.21-2.93(m,6H),2.21(s,2H),2.14-2.02(m,11H),1.99(s,9H),1.96-1.82(m,12H),1.80-1.65(m,10H),1.44(d,J=5.6Hz,8H),1.36(d,J=6.4Hz,4H),1.30-1.17(m,12H)
MS:C70H112N8O31,實測值m/2z=781.8。
步驟十
將化合物1-m(2g,12.64mmol)溶於吡啶(10mL)中,室溫下滴加DMTrCl(4.71g,13.90mmol)的吡啶(10mL)溶液,反應在室溫下攪拌5小時,待反應完畢後,用甲醇淬滅,減壓濃縮得到粗品,用矽膠純化(石油醚:乙酸乙酯=10:1沖提),收集產物沖提液,減壓蒸乾溶劑得到4g的化合物1-n
MS m/z:C29H32O5,[M+H]+實測:461.3。
步驟十一
將化合物1-n(2g,4.34mmol),N,N-二異丙基乙胺(DIEA,1.43mL,8.68mmol)和HATU(2.47g,6.51mmol)溶解於DMF(10mL)中,室溫下加入化合物1-o的DMF(5mL)溶液,該反應在室溫下攪拌8小時。反應完畢後,加水淬滅,水相用乙酸乙酯提取,合併的有機相先用水洗滌,再用飽和食鹽水(20mL)洗滌,隨後減壓蒸乾溶劑,經反相製備HPLC(Column:Boston Green ODS 150*30mm*5um,條件:25-80%(A:水0.075% NH3.H2O,B:CH3CN),流速:55mL/min),凍乾後得到2.4g化合物1-p
MS m/z:C33H39NO7,[M+H]+實測:562.4。
步驟十二
將化合物1-p(2.4g,4.27mmol)溶解於15mL的甲醇和水(2:1)的混合溶液中,室溫下加入LiOH(0.36g,8.54mmol)並攪拌過 夜。待反應完畢後減壓蒸乾溶劑,經反相製備HPLC(Column:Boston Green ODS 150*30mm*5um,條件:25-75%(A:水0.075% NH3.H2O,B:CH3CN),流速:55mL/min),凍乾後得到2g化合物1-q
MS m/z:C32H37NO7,[M+H]+實測:548.6。
步驟十三
將化合物1-q(0.37g,0.69mmol),DIEA(0.19mL,1.15mmol)和HATU(0.32g,0.86mmol)溶於2mL的DMF中,室溫下加入化合物1-l(0.9g,0.69mmol)的DMF(2mL)溶液,在室溫下攪拌過夜。反應完畢後,經二氯甲烷(10mL)稀釋反應液,並依次用飽和NaHCO3(20mL)和飽和食鹽水(20mL)洗滌,有機相無水Na2SO4乾燥,過濾後減壓濃縮。經反相製備HPLC(Column:Boston Green ODS 150*30mm*5um,條件:25-65%(A:水0.075% NH3.H2O,B:CH3CN),流速:45mL/min)純化,凍乾後得到0.5g化合物1-r
MS m/z:C102H147N9O37,[M-H]+實測:2088.5。
步驟十四
將化合物1-r(300mg,0.14mmol)和丁二酸酐(28.70mg,0.28mmol)溶解於四氫呋喃中,向反應液中加入DMAP(3.50mg,0.028mmol)並在40℃下攪拌過夜。待反應完畢後,待反應完畢後,加入甲醇(18.8mg),並攪拌反應10min,然後將反應液用二氯甲烷(3mL)稀釋反應液,並用飽和NaHCO3(5mL)洗滌2次。將有機相減壓濃縮至乾,經反相製備HPLC(Column:Boston Green ODS 150*30mm*5um,條件:25-65%(A:水0.075% NH3.H2O,B:CH3CN),流速:35mL/min)純化,凍乾後得到140mg化合物1-s
MS m/z:C106H151N9O40,[M-H]+實測:2189.4。
步驟十五
將上步得到的化合物1-r(140mg,64ummol)加入乙腈(5mL),再加入HBTU(48.7mg,128umol),加入表面胺基修飾的固相支撐物(CPG-NH2,2.3g),加入DIEA(41.5mg,320umol,55μl),保持30℃震盪反應16h。反應完成後,過濾,並依次用甲醇(8mL×4)、二氯甲烷(8mL×4)洗滌。固體繼續加入吡啶:乙酸酐(v:v=4:1,10.0mL)中,繼續保持30℃震盪反應16h。反應完成後,過濾,並依次用甲醇(8mL×4)、二氯甲烷(8mL×4)洗滌。得到連接在固相載體上的化合物1-t 2.1g。
2.合成dsRNA
採用亞磷醯胺固相合成法合成表23中的dsRNA。
3.測試
本實驗考察本揭露的不同位點2’-氟修飾的dsRNA在體內對靶基因mRNA表達量的抑制效率。將雄性6-8週齡C57BL/6小鼠隨機分組,每組共6隻,每個時間點各3隻,分別向每組小鼠給予測試樣品(2個,TRD007047和TRD006870)、對照樣品(TRD002218)以及PBS。所有動物依據體總計算給藥量,採用皮下注射方式單次給藥,dsRNA給藥劑量(以不含配體的siRNA的量計)為1mg/kg,給藥體積為5mL/kg。給藥7天後處死小鼠,收集肝臟,用RNA later(Sigma Aldrich公司)保存;隨後用組織勻漿儀勻漿肝組織,再用組織RNA提取試劑盒(凡知醫療科技,FG0412)根據操作說明書標註的操作步驟提取得到肝組織總RNA。將總RNA反轉錄成cDNA並採用實時螢光定量PCR方法檢測肝組織中的TTR mRNA的表達量。在該螢光定量PCR法中,以甘油醛3-磷酸脫氫酶(GAPDH)基因作為內參基因,使用針對TTR和GAPDH的Taqman探 針引子分別檢測TTR和GAPDH的mRNA表達量。化合物信息參見表23,小鼠體內實驗化合物分組信息參見表24,引子同表11。
Figure 111148551-A0202-12-0179-391
其中,NAG1的結構為
Figure 111148551-A0202-12-0179-451
Figure 111148551-A0202-12-0179-393
給藥28天後,本揭露的不同位點2’-氟修飾的dsRNA的在體內對靶基因mRNA表達量的抑制效率見表25。參比陽性對照TRD002218,不同位點2’-氟修飾的dsRNA在給藥後28天對於TTR mRNA的表達抑制高於參比陽性化合物,兩種修飾方法均表現出高抑制效率且無顯著性差異,說明兩種修飾方法能夠介導更高效的抑制效率。
Figure 111148551-A0202-12-0180-394
TTR mRNA表達量按照如下等式計算:
TTR mRNA表達量=【(測試組TTR mRNA表達量/測試組GAPDH mRNA表達量)/(對照組TTR mRNA表達量/對照組GAPDH mRNA表達量)】x 100%。
實施例13:應用PHH細胞評價dsRNA體外抗HBV活性(自由攝取)
分別針對TRD007970、TJR100259和AD81890進行體外抗HBV活性評價。
第0天,先dsRNA用PBS梯度稀釋7個濃度(100,25,6.25,1.563,0.391,0.098,0.024nM),加入48孔板中。復蘇凍存的PHH,再將 PHH鋪種到48孔板中;鋪板同時將測試化合物自由攝取(free uptake)進入細胞。
第1天,更換不含dsRNA的培養基,加入HBV感染PHH。
第2、4和6天,更換不含dsRNA的新鮮培養基。
第8天,收集上清,將收集的細胞上清用ELISA法檢測HBsAg和HBeAg,qPCR法檢測HBV DNA水平。實驗結果見表26。
Figure 111148551-A0202-12-0181-395
結果顯示,與對照AD81890相比,TRD007970和TJR100259在PHH上抗病毒活性更好。
實施例14:核酸外切酶穩定性實驗評價dsRNA的穩定性
分別針對TRD007970和TJR100259的siRNA裸序列TJR100381和TJR100382(見表27)進行外切酶穩定性評價,按照實驗的反應體系配製相應的反應液進行實驗,見表28。
Figure 111148551-A0202-12-0181-396
Figure 111148551-A0202-12-0182-397
Figure 111148551-A0202-12-0182-398
5’核酸外切酶(PDII,Worthington,cat#LS003602)的終濃度為500U/mL,3’核酸外切酶(SVPD,Worthington,cat #LS003926)的終濃度為0.5U/mL。配製完成後,按時間0h、1.5h、2h、3h、4h五個時間點分裝到不同的8聯排管中(每孔16μl),置於37℃中進行孵育,到時間點後立即取出反應液並加入含9M尿素的上樣緩衝液(每孔32μl),放於-80℃冰箱備。後續藉由20%(7M尿素)PAGE膠進行電泳。電泳結束後將膠浸於gelred染料中,搖床染色10min,凝膠成像(312nm的UV)觀察並照相。實驗結果見圖3(凝膠電泳結果),圖4(5’核酸外切酶定量結 果)和圖5(3’核酸外切酶定量結果),結果表明TJR100382的穩定性顯著優於TJR100381。
實施例15:肝臟S9代謝穩定性分析
分別針對TRD007970、TJR100259和AD81890進行食蟹猴的肝臟S9(食蟹猴肝S9,雄性,供應商Xenotech,批號1510192),對dsRNA進行代謝穩定性分析,實驗過程如下:
1、製備8個96孔樣品板,命名為T0、T60、T120、T240、T360、T1440、T2880、空白。
2、將190μL/孔S9懸浮液(或空白緩衝液)加到每塊板,然後37℃孵育約10分鐘。
3、除基質孔外,每個板(T0、T60、T120、T240、T360、T1440、T2880)每孔加入10μL樣品或空白緩衝液。
4、除T0外,各時間點(60、120、240、360、1440、2880min)的TRD007970、TJR100259和AD81890樣品均在37℃水浴中孵育。
5、在每個時間點結束時,加入200μL(100mM NH4Ac pH 10.0、1mM EDTA和750ng/mL內標於水中),在旋渦混合器上震盪60秒。
6、每孔加入200μL PCI(苯酚/氯仿/異戊醇(25:24:1))試劑和400μL二氯甲烷,在旋渦混合器上震盪10min後離心(4℃,3220g,20min),獲得上清液。
7、將上清液轉移至新板上,在進行LC-MS分析前放4℃保存。
8、分別檢測AS鏈和SS鏈的單鏈的剩餘百分比,以表徵TRD007970、TJR100259和AD81890的剩餘含量。
9、使用以下公式計算:
剩餘%=各時間點分析物與內標的峰面積比/T0分析物與內標物的峰面積比×100%
Ct=C0*e-ke*t
T1/2=Ln2/ke=0.693/keClint(s9)=0.693/體外T1/2*1/(mg/mL反應體系中S9蛋白)
Clint(liver)=Clint(S9)*(mgS9)/g肝*g肝/(kg體重)。
實驗結果見表30,結果表明,食蟹猴肝S9孵育48h,TJR100259反義鏈剩餘93.8%,AD81890反義鏈剩餘70.2%,TRD007970反義鏈剩餘61.0%。數據顯示,食蟹猴肝S9孵育48h,TJR100259中的反義鏈較AD81890中的反義鏈和TRD007970中的反義鏈更穩定。
食蟹猴肝S9孵育48h,TJR100259正義鏈剩餘21.0%,AD81890正義鏈剩餘12.2%,TRD007970正義鏈剩餘8.9%。數據顯示,食蟹猴肝S9孵育48h,TJR100259中的正義鏈較AD81890中的正義鏈和TRD007970中的正義鏈更穩定。
單鏈的剩餘率可以反映dsRNA的穩定性,剩餘率越高,穩定性越好。因此,TJR100259較AD81890和TRD007970在食蟹猴肝S9代謝穩定性實驗條件下穩定性更好。
Figure 111148551-A0202-12-0185-399
實施例16:組織分佈實驗
TRD007970、TJR100410和TJR100259進行組織分佈實驗,實驗過程如下:
72隻雄性C56BL/6J小鼠(7-8w,北京維通利華實驗動物技術有限公司)適應約1週,分成3組,每組24隻。TRD007970、TJR100259和TJR100410劑量均為10mg/kg,給藥後0.5h、1h、2h、4h、8h、24h、72h、168h(n=3)採集樣品。安樂死後心臟採血,採集左腎和肝左側最大葉,收集的臟器用生理鹽水沖洗乾淨。肝腎樣品經前處理後,使用高分辨質譜分 析肝臟和腎臟中AS鏈濃度,以表徵TRD007970、TJR100259和TJR100410的濃度。
實驗結果見表31。結果表明,C56BL/6J小鼠組織分佈實驗中,TRD007970、TJR100259和TJR100410反義鏈肝腎暴露量比分別為:9.44、29.38和3.49。肝腎暴露量比值大提示在靶器官(肝臟)濃度較高,非靶器官(腎臟)濃度較低。因此,同等劑量下,TJR100259展現出高於TRD007970的肝腎比,TRD007970展現出高於TJR100410的肝腎比,提示TJR100259的出現腎臟毒性的風險低於TRD007970,TRD007970的出現腎臟毒性的風險低於TJR100410。
Figure 111148551-A0202-12-0186-400
實施例17:肝勻漿穩定性
TJR100410和TJR100259進行肝臟勻漿穩定性分析,實驗過程如下:
1.用Apricot把食蟹猴肝勻漿(由實驗單位藥明康德提供)加入190μL/孔,並將板子於37℃孵育約30分鐘。
2.除基質孔,每塊板每孔(T0、T1、T2、T4、T6、T24、T48,表32)加入10μL dsRNA或對照緩衝溶液,開始計時。
Figure 111148551-A0202-12-0187-403
2.1、樣品準備
(1)向指定孔中加入200μL的dsRNA。
(2)加入1000μL Clarify OTX裂解緩衝液。
(3)以800rpm的速度振盪5分鐘。
2.2、SPE
(1)條件:藉由飛諾美Clarity OTX SPE板(8e-s103-cga)用600μL的MeOH沖洗。
(2)平衡:藉由SPE板用600μL平衡緩衝液(pH 5.5的50mM NH4Ac含有0.0025% Triton X-100和0.01mg/mL半胱胺酸)沖洗。
(3)加載:藉由SPE板沖洗2.1中的樣品。
(4)清洗1:將600μL的清洗緩衝液1(25mM NH4Ac pH 5.5)藉由固相萃取板沖洗,然後再次重複上述步驟。
(5)清洗2:將600μL的清洗緩衝液2(25mM NH4Ac pH 5.5,50% CAN)藉由固相萃取板沖洗,並再次重複上述步驟。
(6)沖提:用150μL沖提緩衝液(100mM NH4HCO3,1mM TCEP pH 9.5含有40% ACN和10% THF)沖提樣品,並重複此步驟。
(7)使用N2蒸發器在45℃乾燥樣品(約2小時)。
(8)用70μL的流動相A重組樣品。51
(9)LC-MS/MS分析前,以800rpm的速度輕輕振盪0.5小時。
(10)使用以下公式計算。
Ct=C0*e-ke*t Ct=1/2C0 T1/2=Ln2/(-ke)=0.693/(-ke)。
其中,TJR100410為對照dsRNA,其有義鏈為:
GmsUmsGmUmGmCmAfCfUfUmCmGmCmUmUmCmAmCmCm-NAG1(SEQ ID NO:53);
反義鏈為:
AmsGfsUmGfAmAf(-)hmpNA(G)CmGmAfAmGfUmGfCmAfCmAfCmsGmsGm(SEQ ID NO:54);
NAG1的結構為
Figure 111148551-A0202-12-0188-404
實驗結果見表33。
結果表明,食蟹猴肝勻漿孵育48h,TJR100259中的反義鏈剩餘94.6%,TJR100410中的反義鏈剩餘42.7%;TJR100259中的正義鏈 剩餘18.3%,TJR100410中的正義鏈剩餘4.3%。數據顯示,食蟹猴肝勻漿孵育48h,TJR100259中的反義鏈較TJR100410中的反義鏈更穩定;TJR100259中的正義鏈較TJR100410中的正義鏈更穩定。
單鏈的剩餘率可以反映dsRNA的穩定性,剩餘率越高,穩定性越好。因此,TJR100259較TJR100410在食蟹猴肝勻漿穩定性實驗條件下穩定性更好。
Figure 111148551-A0202-12-0189-405
TW202334425A_111148551_SEQL.xml

Claims (24)

  1. 一種dsRNA,其包含:
    siRNA和
    一個或多個與其綴合的配體;
    該siRNA包含有義鏈和反義鏈,
    該反義鏈在其5’端起第2位至第8位中的至少一個核苷酸位置處包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽:
    該式(I)所示的化學修飾選自以下任一結構:
    Figure 111148551-A0202-13-0001-406
    Figure 111148551-A0202-13-0001-407
    Figure 111148551-A0202-13-0001-408
    ,B是鹼基;
    該配體是以下結構所示或其藥學上可接受的鹽:
    Figure 111148551-A0202-13-0001-452
    該siRNA靶向B型肝炎病毒。
  2. 如請求項1所述的dsRNA,其中,
    該有義鏈包含與SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:4中任一的核苷酸序列相差不超過3個核苷酸,其包含至少15個連續核苷酸,和/或,
    反義鏈包含與SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:8中任一的核苷酸序列相差不超過3個核苷酸,其包含至少19個連續核苷酸;
    較佳地,該有義鏈包含SEQ ID NO:1至SEQ ID NO:4中的任一項所示的核苷酸序列,和/或,
    反義鏈包含SEQ ID NO:5至SEQ ID NO:8中的任一項所示的核苷酸序列;
    更佳地,該有義鏈和反義鏈選自以下任一組:
    有義鏈包含SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:5所示的核苷酸序列;
    有義鏈包含SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:8所示的核苷酸序列;
    有義鏈包含SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:6所示的核苷酸序列;
    有義鏈包含SEQ ID NO:3所示的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:7所示的核苷酸序列;
    有義鏈包含SEQ ID NO:4所示的核苷酸序列,反義鏈包含SEQ ID NO:5所示的核苷酸序列。
  3. 如請求項1或2所述的dsRNA,其中,該有義鏈的3’端與該配體綴合。
  4. 如請求項1至3中任一項所述的dsRNA,其中,
    該配體藉由磷酸酯基團或硫代磷酸酯基團與該siRNA末端連接;較佳藉由磷酸二酯基團或硫代磷酸二酯基團連接,更佳藉由磷酸二酯基團連接。
  5. 如請求項1至4中任一項所述的dsRNA,其中,
    該反義鏈在其5’端起第5、6或7位處包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽;較佳位於第7位。
  6. 如請求項1至5中任一項所述的dsRNA,其中,在包含式(I)所示化學修飾以外的其餘位置處,該有義鏈和/或反義鏈中至少一個另外的核苷酸為修飾的核苷酸。
  7. 如請求項1至6中任一項所述的dsRNA,其中,該有義鏈含有如下式所示的核苷酸序列:
    5’-NaNaNaNaNaNaNbNbNbNaNaNaNaNaNaNaNaNaNa-3’;或,
    5’-NaNaNaNaNbNaNbNbNbNaNaNaNaNaNaNaNaNaNa-3’;
    其中,Na為2'-甲氧基修飾的核苷酸,Nb為2'-氟修飾的核苷酸。
  8. 如請求項1至7中任一項所述的dsRNA,其中,
    該反義鏈含有如下式所示的核苷酸序列:
    5’-Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’W’Na’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Nb’Na’Na’Na’-3’;
    其中,每個X’獨立地為Na’或Nb’,Y’為Na’或Nb’;
    Na’為2'-甲氧基修飾的核苷酸,Nb’為2'-氟修飾的核苷酸;
    W’表示包含式(I)所示的化學修飾、其互變異構體或其藥學上可接受的鹽的核苷酸,該式(I)選自:
    Figure 111148551-A0202-13-0003-410
    Figure 111148551-A0202-13-0003-411
    Figure 111148551-A0202-13-0003-412
    ;其中B與該反義鏈5’端起第7位核苷酸未被修飾時的鹼基相同。
  9. 如請求項1至8中任一項所述的dsRNA,其中,
    該有義鏈和/或反義鏈中至少一個磷酸酯基為具有修飾基團的磷酸酯基;較佳地,該具有修飾基團的磷酸酯基為硫代磷酸二酯基。
  10. 如請求項9所述的dsRNA,其中,
    該硫代磷酸二酯基存在於以下位置中的至少一處:
    該有義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;
    該有義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;
    該反義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;
    該反義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;
    該反義鏈的3'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;以及
    該反義鏈的3'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;
    較佳地,
    該有義鏈和/或反義鏈中包括多個硫代磷酸二酯基,該硫代磷酸二酯基存在於:
    該有義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;和,
    該有義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;和,
    該反義鏈的5'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;和,
    該反義鏈的5'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間;和,
    該反義鏈的3'端第1個核苷酸和第2個核苷酸之間;和,
    該反義鏈的3'端第2個核苷酸和第3個核苷酸之間。
  11. 一種dsRNA,其中,
    該dsRNA選自以下任一組:
    包含SEQ ID NO:9所示的有義鏈和SEQ ID NO:17所示的反義鏈;
    包含SEQ ID NO:9所示的有義鏈和SEQ ID NO:20所示的反義鏈;
    包含SEQ ID NO:11所示的有義鏈和SEQ ID NO:18所示的反義鏈;
    包含SEQ ID NO:13所示的有義鏈和SEQ ID NO:19所示的反義鏈;
    包含SEQ ID NO:10所示的有義鏈和SEQ ID NO:17所示的反義鏈;
    包含SEQ ID NO:12所示的有義鏈和SEQ ID NO:18所示的反義鏈;
    包含SEQ ID NO:14所示的有義鏈和SEQ ID NO:19所示的反義鏈;
    包含SEQ ID NO:15所示的有義鏈和SEQ ID NO:17所示的反義鏈。
  12. 如請求項1至11中任一項所述的dsRNA,其中該dsRNA選自如下結構或其藥學上可接受的鹽:
    Figure 111148551-A0202-13-0005-453
    Figure 111148551-A0202-13-0006-454
    Figure 111148551-A0202-13-0006-455
    Figure 111148551-A0202-13-0006-456
    Figure 111148551-A0202-13-0006-457
    Figure 111148551-A0202-13-0006-458
    Figure 111148551-A0202-13-0006-459
    Figure 111148551-A0202-13-0007-460
    其中,
    Af=腺嘌呤2'-F核糖核苷;Cf=胞嘧啶2'-F核糖核苷;Gf=鳥嘌呤2'-F核糖核苷;Uf=尿嘧啶2'-F核糖核苷;
    Am=腺嘌呤2'-OMe核糖核苷;Cm=胞嘧啶2'-OMe核糖核苷;Gm=鳥嘌呤2'-OMe核糖核苷;Um=尿嘧啶2'-OMe核糖核苷;Im=次黃嘌呤2'-OMe核糖核苷;
    Figure 111148551-A0202-13-0007-421
    表示硫代磷酸二酯基,
    Figure 111148551-A0202-13-0007-422
    表示磷酸二酯基,
    NAG0052’表示
    Figure 111148551-A0202-13-0007-423
    (-)hmpNA(G)表示
    Figure 111148551-A0202-13-0007-424
    ,(-)hmpNA(C)表示
    Figure 111148551-A0202-13-0007-425
    (-)hmpNA(A)表示
    Figure 111148551-A0202-13-0007-426
  13. 一種siRNA,其包含形成雙鏈區的有義鏈與反義鏈,該有義鏈和反義鏈選自以下任一組:
    有義鏈包含SEQ ID NO:1,反義鏈包含SEQ ID NO:8;
    有義鏈包含SEQ ID NO:4,反義鏈包含SEQ ID NO:5。
  14. 如請求項1至12中任一項所述的dsRNA或如請求項13所述的siRNA,其中,該dsRNA或siRNA選自合成來源或體外製備。
  15. 一種醫藥組成物,其包含:
    如請求項1至12、14中任一項所述的dsRNA或如請求項13或14所述的siRNA;和
    視需要地一種或多種藥學上可接受的賦形劑。
  16. 如請求項15所述的醫藥組成物,其中,該醫藥組成物還包含其他治療劑。
  17. 一種如請求項1至12、14中任一項所述的dsRNA或如請求項15或16所述的醫藥組成物在製備藥物中的用途;
    該藥物用於預防和/或治療B型肝炎病毒感染或與B型肝炎病毒相關的疾病;
    較佳地,該與B型肝炎病毒相關的疾病選自:慢性肝炎、急性B型肝炎、慢性B型肝炎、D型肝炎病毒感染、D型肝炎、肝纖維化、晚期肝病、肝細胞癌;
    該B型肝炎病毒感染或的受試者與乙型肝炎病毒相關的疾病的受試者是HBeAg陽性或HBeAg陰性。
  18. 一種抑制HBV靶基因或其mRNA表達的方法,其包括:
    向受試者施用有效量或有效劑量的如請求項1至12、14中任一項所述的dsRNA或如請求項15或16所述的醫藥組成物。
  19. 如請求項18所述的方法,其中該dsRNA或醫藥組成物與另一種治療劑聯合施用。
  20. 一種遞送寡核苷酸至肝臟的方法,其包括:
    向受試者施用有效量或有效劑量的如請求項1至12、14中任一項所述的dsRNA或如請求項15或16所述的醫藥組成物。
  21. 一種細胞,其包含如請求項13所述的siRNA。
  22. 一種載體,其包含如請求項1至12、14中任一項所述的dsRNA或如請求項13或14所述的siRNA。
  23. 一種試劑盒或藥盒,其包含一個或多個容器,該容器獨立地包含如請求項1至12、14中任一項所述的dsRNA或如請求項15或16所述的醫藥組成物。
  24. 一種製備dsRNA方法,其包括步驟:
    合成如請求項1至12或14中任一項所述的dsRNA。
TW111148551A 2021-12-16 2022-12-16 一種dsrna、其製備方法及應用 TW202334425A (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN202111542797 2021-12-16
CN202111542797.4 2021-12-16

Publications (1)

Publication Number Publication Date
TW202334425A true TW202334425A (zh) 2023-09-01

Family

ID=86774893

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
TW111148551A TW202334425A (zh) 2021-12-16 2022-12-16 一種dsrna、其製備方法及應用

Country Status (4)

Country Link
CN (1) CN118302526A (zh)
CA (1) CA3240651A1 (zh)
TW (1) TW202334425A (zh)
WO (1) WO2023109938A1 (zh)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2024125636A1 (zh) * 2022-12-16 2024-06-20 上海拓界生物医药科技有限公司 Toll样受体调节剂与dsRNA的联合治疗

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
NO2379084T3 (zh) * 2008-10-15 2018-04-21
PT2726613T (pt) * 2011-06-30 2018-10-26 Arrowhead Pharmaceuticals Inc Composições e métodos para inibição da expressão de genes do vírus da hepatite b
JP7365052B2 (ja) * 2017-12-01 2023-10-19 スーチョウ リボ ライフ サイエンス カンパニー、リミテッド 核酸、当該核酸を含む組成物及び複合体ならびに調製方法と使用
CN111378655B (zh) * 2018-12-28 2024-03-19 苏州瑞博生物技术股份有限公司 抑制CTGF基因表达的siRNA、含有该siRNA的药物组合物及其用途
CA3139195A1 (en) * 2019-05-22 2020-11-26 Suzhou Ribo Life Science Co., Ltd. Nucleic acid, pharmaceutical composition, conjugate, preparation method, and use
TW202111118A (zh) * 2019-05-22 2021-03-16 大陸商蘇州瑞博生物技術股份有限公司 核酸、藥物組合物與綴合物及製備方法和用途

Also Published As

Publication number Publication date
CN118302526A (zh) 2024-07-05
WO2023109938A1 (zh) 2023-06-22
CA3240651A1 (en) 2023-06-22

Similar Documents

Publication Publication Date Title
WO2022028457A1 (zh) 抑制凝血因子XI表达的siRNA、组合物及其医药用途
WO2022028462A1 (zh) 脱靶活性降低的修饰sirna
WO2023109938A1 (zh) 一种dsRNA、其制备方法及应用
TW202122093A (zh) 化合物、藥物綴合物、試劑盒及其用途
WO2023109932A1 (zh) 一种dsRNA、其制备方法及应用
TW202340469A (zh) 一種dsrna、其應用及製備方法
WO2023274395A1 (zh) 一种核酸配体及其缀合物、其制备方法和用途
TW202340466A (zh) 一種dsrna、其製備方法及應用
WO2022223015A1 (zh) 靶向第13型17β-羟基类固醇脱氢酶的siRNA和siRNA缀合物
WO2024125636A1 (zh) Toll样受体调节剂与dsRNA的联合治疗
WO2022206946A1 (zh) 乙型肝炎病毒siRNA和siRNA缀合物
TW202339773A (zh) 一種dsRNA、其應用及製備方法
WO2023208023A1 (zh) 氘代化学修饰和包含其的寡核苷酸
WO2023088427A1 (zh) 靶向血管紧张素原的siRNA及其医药用途
US20240229037A1 (en) SIRNA TARGETING 17Beta-HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE TYPE 13 AND SIRNA CONJUGATE
TW202340465A (zh) 靶向lpa的sirna及綴合物
KR20240107327A (ko) 안지오텐시노겐을 표적으로 하는 siRNA 및 이의 의약적 용도
CN118355121A (zh) 一种dsRNA、其制备方法及应用