TW202330037A - 用於抗體藥物綴合物之連接子 - Google Patents
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Abstract
本揭露提供無痕連接子,其可將蛋白質-蛋白質相互作用之誘導劑連接至細胞結合劑。亦提供包含該等連接化合物之組成物。該等化合物及組成物可用於治療有需要的個體之疾病,諸如癌症。
Description
本揭露提供無痕連接子,其可將蛋白質-蛋白質相互作用之誘導劑連接至細胞結合劑。亦提供包含連接化合物之組成物。該等化合物及組成物可用於治療有需要的個體之疾病。
蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)代表細胞內外之一大類治療靶標。PPI係所有生物過程之核心,且在疾病中經常失調。儘管PPI在人類生物學中很重要,但這一靶標類別在轉化為治療劑上極具挑戰性。因此,持續需要可有效誘導PPI並治療疾病諸如癌症之新化合物。
靶向蛋白質降解劑目前正在作為一類可用於靶向及降解難於成為藥物之蛋白質之分子被研究。最眾所周知之靶向蛋白質降解劑利用基於蛋白水解靶向嵌合體(PROTAC)之蛋白質降解,並且係一個新興領域,對於靶向不表現出酶活性且不經受經典抑制之『不可成藥的(undruggable)』蛋白質具有重要的前景。PROTAC係同時結合靶蛋白及E3連接酶從而導致靶標之泛素化及隨後的降解之異雙官能小分子。分子膠係另一種類型之靶向蛋白質降解劑,它與PROTAC之不同之處在於它們結合E3連接酶並改變連接酶表面之形狀,並且使連接酶能夠結合靶標蛋白質,從而導致靶標之泛素化及降解。雖然靶向蛋白質降解劑提供了以獨立於酶促或傳訊活性之方式調節蛋白質之令人興奮的機會,但製備區分不同類型細胞之化合物可能具有挑戰性。
抗體藥物綴合物係一種將單株抗體之獨特高特異性與常常不適合全身投與之小分子藥物之強效活性結合之創新的治療應用。這兩種劑通過通常在靶位點處裂解之連接子拴系。
在抗體藥物綴合物中使用無痕連接子允許在沒有連接子連接之證據之情況下釋放治療有效載荷。理想地,連接子必須具有足夠的穩定性以使綴合分子定位至其目的地而不會過早裂解。連接子亦必須具有快速裂解之能力,從而一旦內化至靶細胞中就釋放有效載荷。無痕連接子之已知實例需要UV光進行活化,或使用具有幾分鐘至幾小時穩定性半衰期或在活化時產生活性較低的副產物之混合物之化學觸發劑。
儘管正在進行工作,但仍然持續需要選擇性地靶向患病組織及細胞以及先前被認為「不可成藥的」蛋白質,這些化合物可誘導所要的蛋白質-蛋白質相互作用,包括彼等誘導蛋白質降解之化合物。
在某些態樣中,本揭露提供一種式(XX)之綴合物:
,
或其醫藥學上可接受之鹽,其中:
a係1至10;
n係0或1;
R
1係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物;
R
2選自氫、-(CH
2CH
2O)
v-CH
3、C
2-C
6烯基、C
1-C
6烷基;C
2-C
6炔基、苄基、C
3-C
6環烷基及C
3-C
6環烷基(C
1-C
3烷基),其中v係1至24;
各Y獨立地係S或O;
L係可裂解連接子;且
Bm係能夠特異性結合蛋白質之結合部分。在一些態樣中,蛋白質係在細胞表面上。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXXII)之綴合物:
,
或其醫藥學上可接受之鹽,其中:
a係1至10;
A’係
或
,其中
n係0或1;
各Y獨立地係S或O;
表示與R
1之連接點;且
表示與亞甲基之連接點;
R
1連同A’係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物;
R
2選自氫、為R
1-A’提供穩定性之基團、為R
1-A’提供溶解性之基團以及為R
1-A’提供穩定性及溶解性之基團;
L係可裂解連接子;且
Bm係能夠特異性結合蛋白質之結合部分。在一些態樣中,蛋白質係在細胞表面上。
在某些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中結合部分係抗體、抗體片段或抗原結合片段。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中a係2至8。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中連接子係可由蛋白酶裂解。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L選自由以下組成之群
;
;及
;
其中:
q係2至10;
Z
1、Z
2、Z
3、Z
4及Z
5各自獨立地不存在或係呈L-組態或D-組態之天然胺基酸殘基,條件為Z
1、Z
2、Z
3、Z
4及Z
5中之至少兩者係胺基酸殘基;
係與母分子部分之連接點;且
係與結合部分之連接點。
在一些態樣中,Z
1、Z
2、Z
3、Z
4及Z
5獨立地不存在或選自由以下組成之群:L-纈胺酸、D-纈胺酸、L-瓜胺酸、D-瓜胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸、L-麩醯胺酸、D-麩醯胺酸、L-麩胺酸、D-麩胺酸、L-天冬胺酸、D-天冬胺酸、L-天冬醯胺酸、D-天冬醯胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸、L-離胺酸、D-離胺酸及甘胺酸;條件為Z
1、Z
2、Z
3、Z
4及Z
5中之至少兩者係胺基酸殘基。
在一些態樣中:
Z
1係不存在或係甘胺酸;
Z
2係不存在或選自由以下組成之群:L-麩醯胺酸、D-麩醯胺酸、L-麩胺酸、D-麩胺酸、L-天冬胺酸、D-天冬胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸及甘胺酸;
Z
3係選自由以下組成之群:L-纈胺酸、D-纈胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸及甘胺酸;
Z
4係選自由以下組成之群:L-瓜胺酸、D-瓜胺酸、L-天冬醯胺酸、D-天冬醯胺酸、L-離胺酸、D-離胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸及甘胺酸;且
Z
5係不存在或係甘胺酸。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L係
。
在一些態樣中,q係4。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L係可生物還原之連接子。
在一些態樣中,L選自由以下組成之群
其中:
q係2至10;
R、R’、R’’及R’’’各自獨立地選自氫、C
1-C
6烷氧基C
1-C
6烷基、(C
1-C
6)
2NC
1-C
6烷基及C
1-C
6烷基,或兩個孿R基團連同它們所連接之碳原子可形成環丁基或環丙基環;
係與母分子部分之連接點;且
係與結合部分之連接點。
在一些態樣中,L係
。
在一些態樣中,q係2。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L係點擊釋放(click-to-release)連接子。
在一些態樣中,L係
;
其中:
q係2至10;
係與母分子部分之連接點;且
係與結合部分之連接點。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L係β-葡萄糖醛酸苷酶可裂解連接子。
在一些態樣中,L係
;
其中:
q係2至10;
----係不存在或係鍵;
係與母分子部分之連接點;且
係與結合部分之連接點。
在某些態樣中,L連接至Bm中之半胱胺酸、離胺酸、酪胺酸或麩醯胺酸。在某些態樣中,半胱胺酸或離胺酸係經工程化之半胱胺酸或離胺酸。在一些態樣中,半胱胺酸或離胺酸對Bm係內源性的。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中Bm係抗體或其抗原結合部分。在某些態樣中,L在抗體或其抗原結合部分之根據EU編號之重鏈位置S239及/或K334處連接至經工程化之半胱胺酸。在一些態樣中,L在抗體或其抗原結合部分之根據EU編號之重鏈位置295處連接至麩醯胺酸。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中Bm結合之蛋白質係表面抗原,視情況其中Bm與表面抗原之結合導致綴合物或其醫藥學上可接受之鹽內化至細胞中。
在一些態樣中,表面抗原包含5T4、ACE、ADRB3、AKAP-4、ALK、AOC3、APP、Axin1、AXL、B7H3、B7-H4、BCL2、BCMA、bcr-abl、BORIS、BST2、C242、C4.4a、CA 125、CA6、CA9、CAIX、CCL11、CCR5、CD123、CD133、CD138、CD142、CD15、CD15-3、CD171、CD179a、CD18、CD19、CD19-9、CD2、CD20、CD22、CD23、CD24、CD25、CD27L、CD28、CD3、CD30、CD31、CD300LF、CD33、CD352、CD37、CD38、CD4、CD40、CD41、CD44、CD44v6、CD5、CD51、CD52、CD54、CD56、CD62E、CD62P、CD62L、CD70、CD71、CD72、CD74、CD79a、CD79b、CD80、CD90、CD97、CD125、CD138、CD141、CD147、CD152、CD154、CD326、CEA、CEACAM5、CFTR、凝集因子、cKit、密連蛋白3、密連蛋白18.2、CLDN6、CLEC12A、CLL-1、cll3、c-MET、Crypto 1生長因子、CS1、CTLA-4、CXCR2、CXORF61、細胞週期蛋白Bl、CYP1B1、鈣黏蛋白-3、鈣黏蛋白-6、DLL3、E7、EDNRB、EFNA4、EGFR、EGFRvIII、ELF2M、EMR2、ENPP3、EPCAM、EphA2、Ephrin A4、Ephrin B2、EPHB4、ERBB2 (Her2/neu)、ErbB3、ERG (TMPRSS2 ETS融合基因)、ETBR、ETV6-AML、FAP、FCAR、FCRL5、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、葉酸受體α、葉酸受體β、FOLR1、Fos相關抗原1、岩藻糖基GM1、GCC、GD2、GD3、GloboH、GM3、GPC1、GPC2、GPC3、gplOO、GPNMB、GPR20、GPRC5D、GUCY2C、HAVCR1、HER2、HER3、HGF、HMI.24、HMWMAA、HPV E6、hTERT、人類端粒酶反轉錄酶、ICAM、ICOS-L、IFN-α、IFN-γ、IGF-I受體、IGLL1、IL-2受體、IL-4受體、IL-13Ra2、IL-l lRa、IL-1受體、IL-12受體、IL-23受體、IL-13受體、IL-22受體、IL-4受體、IL-5受體、IL-6受體、干擾素受體、整合素(包括α
4、α
vβ
3、α
vβ
5、α
vβ
6、α
1β
4、α
4β
1、α
4β
7、α
5β
1、α
6β
4、α
IIbβ
3整合素)、整合素αV、腸羧基酯酶、KIT、LAGE-la、LAIR1、LAMP-1、LCK、豆莢蛋白(Legumain)、LewisY、LFA-1(CD11a)、L-選擇素(CD62L)、LILRA2、LIV-1、LMP2、LRRC15、LY6E、LY6K、LY75、MAD-CT-1、MAD-CT-2、MAGE Al、MelanA/MARTl、間皮素、ML-IAP、MSLN、黏蛋白、MUC1、MUC16、mut hsp70-2、MYCN、肌肉生長抑制素、NA17、NaPi2b、NCA-90、NCAM、連接素-4、NGF、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NOTCH4、NY-BR-1、NY-ESO-1、o-乙醯基-GD2、OR51E2、OY-TES1、p53、p53突變體、PANX3、PAP、PAX3、PAX5、p-CAD、PCTA-1/半乳糖凝集素8、PD-L1、PD-L2、PDGFR、PDGFR-β、磷脂醯絲胺酸、PIK3CA、PLAC1、聚唾液酸、前列腺酶、前列腺癌細胞、前列腺特異性蛋白(prostein)、綠膿桿菌(
Pseudomonas aeruginosa)、狂犬病、存活素及端粒酶、PD-1、PRSS21、PSCA、PSMA、PTK7、RAGE-1、RANKL、Ras突變體、呼吸道融合病毒、恆河猴因子、RhoC、RON、ROR1、ROR2、RU1、RU2、肉瘤易位斷點、SART3、SLAMF7、SLC44A4、sLe、SLITRK6、精子蛋白17、鞘胺醇-1-磷酸鹽、SSEA-4、SSX2、STEAP1、TAG72、TARP、TCRβ、TEM1/ CD248、TEM7R、肌腱蛋白C、TF、TGF-1、TGF- β2、TNF-α、TGS5、Tie 2、TIM-1、Tn Ag、TRAC、TRAIL-R1、TRAIL-R2、TROP-2、TRP-2、TRPV1、TSHR、腫瘤抗原CTAA16.88、酪胺酸酶、UPK2、VEGF、VEGFR1、VEGFR2、波形蛋白、WTl、XAGE1或其組合。
在一些態樣中,表面抗原包含HER2、CD20、CD38、CD33、BCMA、CD138、EGFR、FGFR4、GD2、PDGFR或其組合。在一些態樣中,表面抗原包含CD79b。在一些態樣中,表面抗原包含PSMA。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中Bm結合至核激素受體。在一些態樣中,核激素受體係雄激素受體(AR)或雌激素受體(ER)。
在一些態樣中,抗體選自由以下組成之群:利妥昔單抗(rituximab)、曲妥珠單抗(trastuzumab)、吉妥珠單抗(gemtuzumab)、帕妥珠單抗(pertuzumab)、奧比妥珠單抗(obinutuzumab)、奧法木單抗(ofatumumab)、達雷妥尤單抗(daratumumab)、STI-6129、林妥珠單抗(lintuzumab)、huMy9-6、貝蘭他單抗(balantamab)、英達妥昔單抗(indatuximab)、西妥昔單抗(cetuximab)、地妥昔單抗(dinutuximab)、抗CD38 A2抗體、huAT15/3抗體、阿侖單抗(alemtuzumab)、替伊莫單抗(ibritumomab)、托西莫單抗(tositumomab)、貝伐單抗(bevacizumab)、帕尼單抗(panitumumab)、曲美木單抗(tremelimumab)、替西木單抗(ticilimumab)、卡妥索單抗(catumaxomab)、奧瑞戈伏單抗(oregovomab)及維妥珠單抗(veltuzumab)。
在一些態樣中,抗體係利妥昔單抗、曲妥珠單抗、帕妥珠單抗、huMy9-6、林妥珠單抗或吉妥珠單抗。在一些態樣中,抗體係泊洛妥珠單抗(polatuzumab)、J591或貝蘭他單抗。在一些態樣中,抗體係CD33-D。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
2係為綴合物提供穩定性之基團。在一些態樣中,R
2選自C
2-C
6烯基、C
1-C
6烷基;C
2-C
6炔基、苄基、C
3-C
6環烷基及C
3-C
6環烷基(C
1-C
3烷基)。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
2係氫或C
1-C
6烷基。在一些態樣中,R
2係甲基。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
2係甲基。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
2係為綴合物提供溶解性之基團。在一些態樣中,R
2選自:
;
;
;
;
;
;及
;
其中:
各n獨立地係1、2、3、4或5;
各y獨立地係1或2;且
各R獨立地係氫、C
6H
11O
5、C
12H
21O
10、C
18H
31O
15或C
24H
41O
20。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中各Y係O。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
1係PPI調節劑。在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
1-A’係PPI調節劑。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
1係靶向蛋白質降解劑。在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
1-A’係靶向蛋白質降解劑。在一些態樣中,靶向蛋白質降解劑係經取代之異二氫吲哚。在一些態樣中,靶向蛋白質降解劑係經5’取代之異二氫吲哚。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
1具有下式:
其中:
表示與母分子部分之連接點;
A係苯基或C
4-C
10環烷基環;
R
10獨立地選自氫及鹵基;
U選自NH及CF
2;且
R
20選自-CH
3、-C(O)R
3、-N(R
4)
2、-(CH
2)
nOH、 -(CH
2)
nN(R
4)
2、-(CH
2)
nQ’(CH
2)
mOH、-(CH
2)
nQ’(CH
2)
mSH及-(CH
2)
nQ’(CH
2)
mN(R
4)
2;其中
R
3係氫或C
1-C
6烷基;
各R
4獨立地係氫或C
1-C
6烷基;
Q’係O、S或NR
4;
n係1-6;且
m係2-5。
在一些態樣中:
A係苯基;
U係NH;
R
10係鹵基;且
R
20係甲基。
在一些態樣中:
A係苯基;
U係NH;
R
10係鹵基;且
R
20係-(CH
2)
2O(CH
2)
2NHCH
3。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
1係蛋白水解靶向嵌合體(PROTAC)。在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
1-A’係蛋白水解靶向嵌合體(PROTAC)。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
1具有下式:
POI-L
100-CBN;
其中:
POI係與感興趣之蛋白質結合之化合物;
L
100係PROTAC連接子;且
CBN係cereblon結合部分。
在一些態樣中,感興趣之蛋白質係核激素受體、翻譯終止因子、轉錄因子、細胞週期蛋白依賴性激酶、酪胺酸激酶、絲胺酸/蘇胺酸激酶或E3連接酶。在一些態樣中,感興趣之蛋白質選自CD33、GSPT1、BRD4、AR、ER、IKZF1/3、CK1a、BCL-XL、IKZF2、IRAK4、BTK、STAT3、BTK及iMiD、BRD9、TRK、MDM2、CDK2/CDK9、CD97b及EGFR。
在一些態樣中,L
100包含一或多個選自以下之官能基:二醇、烷基、炔基、三唑基、哌嗪基、哌啶基及其組合。
在一些態樣中,CBN選自
其中
表示與A’之連接點;且
表示與L
100之連接點。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
1選自
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;及
;
其中
表示與A’之連接點。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXI)之綴合物:
;
或其醫藥學上可接受之鹽;
其中:
a係1至10;且
Bm係能夠特異性結合蛋白質之結合部分。在一些態樣中,蛋白質係在細胞表面上。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXI)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中a係2至8。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXI)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中Bm係抗體或其抗原結合部分。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXI)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中結合部分特異性結合之蛋白質係表面抗原。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXI)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中表面抗原包含5T4、ACE、ADRB3、AKAP-4、ALK、AOC3、APP、Axin1、AXL、B7H3、B7-H4、BCL2、BCMA、bcr-abl、BORIS、BST2、C242、C4.4a、CA 125、CA6、CA9、CAIX、CCL11、CCR5、CD123、CD133、CD138、CD142、CD15、CD15-3、CD171、CD179a、CD18、CD19、CD19-9、CD2、CD20、CD22、CD23、CD24、CD25、CD27L、CD28、CD3、CD30、CD31、CD300LF、CD33、CD352、CD37、CD38、CD4、CD40、CD41、CD44、CD44v6、CD5、CD51、CD52、CD54、CD56、CD62E、CD62P、CD62L、CD70、CD71、CD72、CD74、CD79a、CD79b、CD80、CD90、CD97、CD125、CD138、CD141、CD147、CD152、CD154、CD326、CEA、CEACAM5、CFTR、凝集因子、cKit、密連蛋白3、密連蛋白18.2、CLDN6、CLEC12A、CLL-1、cll3、c-MET、Crypto 1生長因子、CS1、CTLA-4、CXCR2、CXORF61、細胞週期蛋白Bl、CYP1B1、鈣黏蛋白-3、鈣黏蛋白-6、DLL3、E7、EDNRB、EFNA4、EGFR、EGFRvIII、ELF2M、EMR2、ENPP3、EPCAM、EphA2、Ephrin A4、Ephrin B2、EPHB4、ERBB2 (Her2/neu)、ErbB3、ERG (TMPRSS2 ETS融合基因)、ETBR、ETV6-AML、FAP、FCAR、FCRL5、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、葉酸受體α、葉酸受體β、FOLR1、Fos相關抗原1、岩藻糖基GM1、GCC、GD2、GD3、GloboH、GM3、GPC1、GPC2、GPC3、gplOO、GPNMB、GPR20、GPRC5D、GUCY2C、HAVCR1、HER2、HER3、HGF、HMI.24、HMWMAA、HPV E6、hTERT、人類端粒酶反轉錄酶、ICAM、ICOS-L、IFN- α、IFN-γ、IGF-I受體、IGLL1、IL-2受體、IL-4受體、IL-13Ra2、IL-l lRa、IL-1受體、IL-12受體、IL-23受體、IL-13受體、IL-22受體、IL-4受體、IL-5受體、IL-6受體、干擾素受體、整合素(包括α
4、α
vβ
3、α
vβ
5、α
vβ
6、α
1β
4、α
4β
1、α
4β
7、α
5β
1、α
6β
4、α
IIbβ
3整合素)、整合素αV、腸羧基酯酶、KIT、LAGE-la、LAIR1、LAMP-1、LCK、豆莢蛋白、LewisY、LFA-1(CD11a)、L-選擇素(CD62L)、LILRA2、LIV-1、LMP2、LRRC15、LY6E、LY6K、LY75、MAD-CT-1、MAD-CT-2、MAGE Al、MelanA/MARTl、間皮素、ML-IAP、MSLN、黏蛋白、MUC1、MUC16、mut hsp70-2、MYCN、肌肉生長抑制素、NA17、NaPi2b、NCA-90、NCAM、連接素-4、NGF、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NOTCH4、NY-BR-1、NY-ESO-1、o-乙醯基-GD2、OR51E2、OY-TES1、p53、p53突變體、PANX3、PAP、PAX3、PAX5、p-CAD、PCTA- 1/半乳糖凝集素8、PD-L1、PD-L2、PDGFR、PDGFR-β、磷脂醯絲胺酸、PIK3CA、PLAC1、聚唾液酸、前列腺酶、前列腺癌細胞、前列腺特異性蛋白、綠膿桿菌、狂犬病、存活素及端粒酶、PD-1、PRSS21、PSCA、PSMA、PTK7、RAGE-1、RANKL、Ras突變體、呼吸道融合病毒、恆河猴因子、RhoC、RON、ROR1、ROR2、RU1、RU2、肉瘤易位斷點、SART3、SLAMF7、SLC44A4、sLe、SLITRK6、精子蛋白17、鞘胺醇-1-磷酸鹽、SSEA-4、SSX2、STEAP1、TAG72、TARP、TCRβ、TEM1/CD248、TEM7R、肌腱蛋白C、TF、TGF-1、TGF- β2、TNF-α、TGS5、Tie 2、TIM-1、Tn Ag、TRAC、TRAIL-R1、TRAIL-R2、TROP-2、TRP-2、TRPV1、TSHR、腫瘤抗原CTAA16.88、酪胺酸酶、UPK2、VEGF、VEGFR1、VEGFR2、波形蛋白、WTl、XAGE1或其組合。
在一些態樣中,表面抗原包含HER2、CD20、CD38、CD33、BCMA、CD138、EGFR、FGFR、GD2、PDGFR或其組合。在一些態樣中,表面抗原包含CD79b。在一些態樣中,表面抗原包含PSMA。
在一些態樣中,抗體包含利妥昔單抗、曲妥珠單抗、吉妥珠單抗、帕妥珠單抗、奧比妥珠單抗、奧法木單抗、達雷妥尤單抗、STI-6129、林妥珠單抗、huMy9-6、貝蘭他單抗、英達妥昔單抗、西妥昔單抗、地妥昔單抗、抗CD38 A2抗體、huAT15/3抗體、阿侖單抗、替伊莫單抗、托西莫單抗、貝伐單抗、帕尼單抗、曲美木單抗、替西木單抗、卡妥索單抗、奧瑞戈伏單抗或維妥珠單抗。在一些態樣中,抗體包含洛沃妥珠單抗(lorvotuzumab)。在一些態樣中,抗體包含沙西妥珠單抗(sacituzumab)。
在一些態樣中,抗體係利妥昔單抗、曲妥珠單抗、帕妥珠單抗、huMy9-6、林妥珠單抗或吉妥珠單抗。在一些態樣中,抗體係泊洛妥珠單抗、J591或貝蘭他單抗。在一些態樣中,抗體係CD33-D。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中(a) Bm結合之蛋白質係CD33,且R
1結合小鼠雙微體2同源物(MDM2),(b) Bm結合之蛋白質係前列腺特異性膜抗原(PSMA),且R
1結合雄激素受體(AR),(c) Bm結合之蛋白質係CD33,且R
1結合含溴域之蛋白質4 (BRD4),(d) Bm結合之蛋白質係HER2,且R
1結合G1至S期轉變1 (GSPT1),或(e) Bm結合之蛋白質係CD33,且R
1結合GSPT1。在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中Bm結合之蛋白質係CD79b,且R
1結合IRAK4。在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中Bm結合之蛋白質係HER2,且R
1結合BRD4。在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中Bm結合之蛋白質係BCMA,且R
1結合BRD4。在一些態樣中,本揭露提供一種式(XX)或式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中Bm結合之蛋白質係HER2,且R
1結合ER。
在一些態樣中,本揭露提供一種醫藥組成物,該醫藥組成物包含本文所述之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽及一或多種醫藥學上可接受之載劑。
在一些態樣中,本揭露提供一種治療有需要的個體之癌症之方法,該方法包含向個體投與醫藥學上可接受之量之本文所述的綴合物或組成物,或其醫藥學上可接受之鹽。在一些態樣中,癌症係實性瘤。在一些態樣中,癌症係血液腫瘤。在一些態樣中,癌症係乳癌、胃癌、淋巴瘤、急性骨髓性白血病、多發性骨髓瘤、頭頸癌、鱗狀細胞癌及/或肝細胞癌。在一些態樣中,癌症係前列腺癌、乳癌、胃癌、非小細胞肺癌、膽管癌、結腸癌、卵巢癌、肺癌或神經調節素-1 (NRG1)陽性癌症。在一些態樣中,癌症係非霍奇金淋巴瘤(non-Hodgkin lymphoma,NHL)。在一些態樣中,癌症係B細胞非霍奇金淋巴瘤。在一些態樣中,癌症係瀰漫性大B細胞淋巴瘤(DLBCL)。在一些態樣中,該方法進一步包含在本文所述之綴合物或組成物或其醫藥學上可接受之鹽之前、之後或同時向個體投與醫藥學上可接受之量之額外劑。在一些態樣中,額外劑係細胞毒性劑或免疫反應調節劑。在一些態樣中,免疫反應調節劑係檢查點抑制劑。在一些態樣中,檢查點抑制劑包含PD-1抑制劑、PD-L1抑制劑、CTLA-4抑制劑、TIM3抑制劑及/或LAG-3抑制劑。
在該方法之一些態樣中,(a) Bm結合之蛋白質係CD33,R
1結合MDM2或G1至S期轉變1 (GSPT1),且癌症係急性骨髓性白血病,(b) Bm結合之蛋白質係前列腺特異性膜抗原(PSMA),R
1結合雄激素受體(AR),且癌症係前列腺癌,(c) Bm結合之蛋白質係CD33,R
1結合含溴域之蛋白質4 (BRD4),且癌症係急性骨髓性白血病,或(d) Bm結合之蛋白質係HER2,R
1結合G1至S期轉變1 (GSPT1),且癌症係乳癌、胃癌、非小細胞肺癌、膽管癌、結腸癌、卵巢癌或神經調節素-1 (NRG1)陽性癌症。在該方法之一些態樣中,Bm結合之蛋白質係CD79b,R
1結合IRAK4,且癌症係非霍奇金淋巴瘤(NHL),例如B細胞非霍奇金淋巴瘤或瀰漫性大B細胞淋巴瘤(DLBCL)。在一些態樣中,Bm結合之蛋白質係HER2,R
1結合BRD4,且癌症係乳癌、胃癌、非小細胞肺癌、膽管癌、結腸癌、卵巢癌或神經調節素-1 (NRG1)陽性癌症。在一些態樣中,Bm結合之蛋白質係BCMA,R
1結合BRD4,且癌症係多發性骨髓瘤。
在該方法之一些態樣中,該方法進一步包含在本文所述之綴合物或組成物之前、之後或同時向個體投與醫藥學上可接受之量之額外劑。在一些態樣中,額外劑係細胞毒性劑或免疫反應調節劑。在一些態樣中,免疫反應調節劑係檢查點抑制劑。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)之化合物:
;
或其醫藥學上可接受之鹽,其中:
n係0或1;
R
1係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物;
R
2選自氫、-(CH
2CH
2O)
v-CH
3、C
2-C
6烯基、C
1-C
6烷基;C
2-C
6炔基、苄基、C
3-C
6環烷基及C
3-C
6環烷基(C
1-C
3烷基),其中v係1至24;
各Y獨立地係S或O;且
L*係與結合部分綴合之可裂解連接子前驅物。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXXI)之化合物:
,
或其醫藥學上可接受之鹽,其中:
A’係
或
,其中
n係0或1;
各Y獨立地係S或O;
表示與A’之連接點;且
表示與亞甲基之連接點;
R
1連同A’係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物;
R
2選自氫、為R
1-A’提供穩定性之基團、為R
1-A’提供溶解性之基團以及為R
1-A’提供穩定性及溶解性之基團;且
L係與結合部分綴合之可裂解連接子前驅物。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)或式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*係蛋白酶可裂解之連接子前驅物。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)或式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*選自由以下組成之群
;
;及
;
其中:
q係2至10;
Z
1、Z
2、Z
3、Z
4及Z
5各自獨立地不存在或係呈L-組態或D-組態之天然胺基酸殘基,條件為Z
1、Z
2、Z
3、Z
4及Z
5中之至少兩者係胺基酸殘基;且
係與母分子部分之連接點。
在一些態樣中,Z
1、Z
2、Z
3、Z
4及Z
5獨立地不存在或選自由以下組成之群:L-纈胺酸、D-纈胺酸、L-瓜胺酸、D-瓜胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸、L-麩醯胺酸、D-麩醯胺酸、L-麩胺酸、D-麩胺酸、L-天冬胺酸、D-天冬胺酸、L-天冬醯胺酸、D-天冬醯胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸、L-離胺酸、D-離胺酸及甘胺酸;條件為Z
1、Z
2、Z
3、Z
4及Z
5中之至少兩者係胺基酸殘基。
在一些態樣中:
Z
1係不存在或係甘胺酸;
Z
2係不存在或選自由以下組成之群:L-麩醯胺酸、D-麩醯胺酸、L-麩胺酸、D-麩胺酸、L-天冬胺酸、D-天冬胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸及甘胺酸;
Z
3係選自由以下組成之群:L-纈胺酸、D-纈胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸及甘胺酸;
Z
4係選自由以下組成之群:L-瓜胺酸、D-瓜胺酸、L-天冬醯胺酸、D-天冬醯胺酸、L-離胺酸、D-離胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸及甘胺酸;且
Z
5係不存在或係甘胺酸。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)或式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*係
;
其中
係與母分子部分之連接點。
在一些態樣中,q係4。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)或式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,L*係可生物還原之連接子前驅物。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)或式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,L*選自由以下組成之群
其中:
q係2至10;
R、R’、R’’及R’’’各自獨立地選自氫、C
1-C
6烷氧基C
1-C
6烷基、(C
1-C
6)
2NC
1-C
6烷基及C
1-C
6烷基,或兩個孿R基團連同它們所連接之碳原子可形成環丁基或環丙基環;
係與母分子部分之連接點。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)或式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,L*係
。
在一些態樣中,q係2。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)或式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*係點擊釋放連接子前驅物。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)或式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*係
;
其中:
q為2至10;且
係與母分子部分之連接點。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)或式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,L*係β-葡萄糖醛酸苷酶可裂解之連接子前驅物。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)或式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*係
;
其中:
q係2至10;
----係不存在或係鍵;且
係與母分子部分之連接點。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
2係為R
1-A’提供穩定性之基團。在一些態樣中,R
2選自C
2-C
6烯基、C
1-C
6烷基;C
2-C
6炔基、苄基、C
3-C
6環烷基及C
3-C
6環烷基 (C
1-C
3烷基)。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)或式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,R
2係氫或C
1-C
6烷基。在一些態樣中,R
2係甲基。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
2係為R
1-A’提供溶解性之基團。
在一些態樣中,R
2選自:
;
;
;
;
;
;及
;
其中:
各n獨立地係1、2、3、4或5;
各y獨立地係1或2;
各R獨立地係氫、C
6H
11O
5、C
12H
21O
10、C
18H
31O
15或C
24H
41O
20。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)或式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中各Y係O。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,R
1-A’係PPI調節劑。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,R
1係靶向蛋白質降解劑。在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,R
1-A’係靶向蛋白質降解劑。在一些態樣中,靶向蛋白質降解劑係經取代之異二氫吲哚。在一些態樣中,靶向蛋白質降解劑係經5’取代之異二氫吲哚。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)或(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
1係式(XXX)之化合物:
;
其中:
表示與母分子部分之連接點;
A係苯基或C
4-C
10環烷基環;
R
10獨立地選自氫及鹵基;
U選自NH及CF
2;且
R
20選自-CH
3、-C(O)R
3、-N(R
4)
2、-(CH
2)
nOH、 -(CH
2)
nN(R
4)
2、-(CH
2)
nQ’(CH
2)
mOH、-(CH
2)
nQ’(CH
2)
mSH及-(CH
2)
nQ’(CH
2)
mN(R
4)
2;其中
R
3係氫或C
1-C
6烷基;
各R
4獨立地係氫或C
1-C
6烷基;
Q’係O、S或NR
4;
n係1-6;且
m係2-5。
在一些態樣中,
A係苯基;
U係NH;
R
10係鹵基;且
R
20係甲基。
在一些態樣中,
A係苯基;
U係NH;
R
10係鹵基;且
R
20係-(CH
2)
2O(CH
2)
2NHCH
3。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,R
1係蛋白水解靶向嵌合體(PROTAC)。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,R
1-A’係蛋白水解靶向嵌合體(PROTAC)。
在一些態樣中,R
1具有下式:
POI-L
100-CBN;
其中:
POI係與感興趣之蛋白質結合之化合物;
L
100係PROTAC連接子;且
CBN係cereblon結合部分。
在一些態樣中,感興趣之蛋白質係核激素受體、翻譯終止因子、轉錄因子、細胞週期蛋白依賴性激酶、酪胺酸激酶、絲胺酸/蘇胺酸激酶或E3連接酶。在一些態樣中,感興趣之蛋白質選自CD33、GSPT1、BRD4、AR、ER、IKZF1/3、CK1a、BCL-XL、IKZF2、IRAK4、BTK、STAT3、BTK及iMiD、BRD9、TRK、MDM2、CDK2/CDK9、CD97b及EGFR。
在一些態樣中,L
100包含一或多個選自以下之官能基:二醇、烷基、炔基、三唑基、哌嗪基、哌啶基及其組合。
在一些態樣中,CBN選自
其中
表示與A’之連接點;且
表示與L
100之連接點。
在一些態樣中,本揭露提供一種式(XXII)或式(XXXI)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,R
1選自
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;及
;
其中
表示與A’之連接點。
在某些態樣中,本揭露提供一種用於製備式(XXXII)之綴合物:
,
或其醫藥學上可接受之鹽的方法,其中:
a係1至10;
A’係
或
,其中
n係0或1;
各Y獨立地係S或O;
表示與R
1之連接點;且
表示與亞甲基之連接點;
R
1連同A’係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物;
R
2選自氫、為R
1-A’提供穩定性之基團、為R
1-A’提供溶解性之基團以及為R
1-A’提供穩定性及溶解性之基團;
L係可裂解連接子;且
Bm係能夠特異性結合蛋白質之結合部分;
該方法包含:
使(XXXI)之化合物
,
或其醫藥學上可接受之鹽,其中:
A’、R
1及R
2如上所定義,且
L*係可裂解連接子前驅物;
與能夠特異性結合蛋白質之結合部分反應。
在一些態樣中,L*連接至Bm中之半胱胺酸、離胺酸、酪胺酸或麩醯胺酸。在一些態樣中,半胱胺酸或離胺酸係經工程化之半胱胺酸或離胺酸。在一些態樣中,半胱胺酸或離胺酸對Bm係內源性的。
在一些態樣中,結合部分係抗體或其抗原結合部分。在一些態樣中,L*在抗體或其抗原結合部分之根據EU編號之重鏈位置S239及/或K334處連接至經工程化之半胱胺酸。在一些態樣中,L*在抗體或其抗原結合部分之根據EU編號之重鏈位置295處連接至麩醯胺酸。在一些態樣中,連接係經由位點特異性綴合進行的。
在該方法之一些態樣中,(a) Bm結合之蛋白質係CD33,且R
1結合小鼠雙微體2同源物(MDM2),(b) Bm結合之蛋白質係前列腺特異性膜抗原(PSMA),且R
1結合雄激素受體(AR),(c) Bm結合之蛋白質係CD33,且R
1結合含溴域之蛋白質4 (BRD4),(d) Bm結合之蛋白質係HER2,且R
1結合G1至S期轉變1 (GSPT1),或(e) Bm結合之蛋白質係CD33,且R
1結合GSPT1。在該方法之一些態樣中,Bm結合之蛋白質係CD79b,且R
1結合IRAK4。在該方法之一些態樣中,Bm結合之蛋白質係HER2,且R
1結合BRD4。在該方法之一些態樣中,Bm結合之蛋白質係BCMA,且R
1結合BRD4。在該方法之一些態樣中,Bm結合之蛋白質係HER2,且R
1結合ER。
在該方法之一些態樣中,R
1-A’係靶向蛋白質降解劑。在一些態樣中,R
1具有下式:
POI-L
100-CBN;
其中:
POI係與感興趣之蛋白質結合之化合物;
L
100係PROTAC連接子;且
CBN係cereblon結合部分。
在一些態樣中,感興趣之蛋白質係核激素受體、翻譯終止因子、轉錄因子、細胞週期蛋白依賴性激酶、酪胺酸激酶、絲胺酸/蘇胺酸激酶或E3連接酶。在一些態樣中,感興趣之蛋白質選自CD33、GSPT1、BRD4、AR、ER、IKZF1/3、CK1a、BCL-XL、IKZF2、IRAK4、BTK、STAT3、BTK及iMiD、BRD9、TRK、MDM2、CDK2/CDK9、CD97b及EGFR。
在一些態樣中,L
100包含一或多個選自以下之官能基:二醇、烷基、炔基、三唑基、哌嗪基、哌啶基及其組合。
在一些態樣中,CBN選自:
其中
表示與A’之連接點;且
表示與L
100之連接點。
在一些態樣中,R
1選自:
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;及
;
其中
表示與A’之連接點。
在一些態樣中,本揭露提供一種藉由本文所述之方法製備之綴合物。
在一些態樣中,本揭露提供一種將誘導蛋白質-蛋白質相互作用之綴合物遞送至細胞的方法,該方法包含使細胞與本文所述之綴合物或組成物或其醫藥學上可接受之鹽接觸。
在一些態樣中,本揭露提供一種將式(XXXII)之綴合物:
,
或其醫藥學上可接受之鹽遞送至細胞之方法,其中:
a係1至10;
A’係
或
,其中
n係0或1;
各Y獨立地係S或O;
表示與R
1之連接點;且
表示與亞甲基之連接點;
R
1連同A’係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物;
R
2選自氫、為R
1-A’提供穩定性之基團、為R
1-A’提供溶解性之基團以及為R
1-A’提供穩定性及溶解性之基團;L係可裂解連接子;且
Bm係能夠特異性結合蛋白質之結合部分;
該方法包含使細胞與式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽接觸。
相關申請案之交叉引用
本申請案主張2021年9月8日提出申請之美國臨時申請案第63/241,914號;2021年12月23日提出申請之美國臨時申請案第63/293,591號;2022年6月13日提出申請之美國臨時申請案第63/351,639號;及2022年9月1日提出申請之美國臨時申請案第63/374,282號的優先權益,該等臨時申請案以引用方式整體併入本文。
本揭露係關於式(XX)之綴合物:
,
或其醫藥學上可接受之鹽,其中:
a係1至10;
n係0或1;
R
1係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物;
R
2選自氫、-(CH
2CH
2O)
v-CH
3、C
2-C
6烯基、C
1-C
6烷基;C
2-C
6炔基、苄基、C
3-C
6環烷基及C
3-C
6環烷基(C
1-C
3烷基),其中v係1至24;
各Y獨立地係S或O;
L係可裂解連接子;且
Bm係能夠特異性結合蛋白質之結合部分。在一些態樣中,蛋白質係在細胞表面上。
在一些態樣中,R
2係甲基。
本揭露進一步係關於式(XXXII)之綴合物:
,
或其醫藥學上可接受之鹽,其中:
a係1至10;
A’係
或
,其中
n係0或1;
各Y獨立地係S或O;
表示與R
1之連接點;且
表示與亞甲基之連接點;
R
1連同A’係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物;
R
2選自氫、為R
1-A’提供穩定性之基團、為R
1-A’提供溶解性之基團以及為R
1-A’提供穩定性及溶解性之基團;
L係可裂解連接子;且
Bm係能夠特異性結合蛋白質之結合部分。在一些態樣中,蛋白質係在細胞表面上。
本揭露亦提供了包含綴合物之組成物、使用綴合物之方法及綴合至結合部分之上述化合物。
包括能夠經歷本文所述之逆曼尼希反應(retro-Mannich reaction)之間隔子係將含有戊二醯胺或二氫尿嘧啶之降解劑連接至抗體或其他細胞結合劑且釋放之合適的通用解決方案。藉由使用這項技術,不需要引入額外的化學處理來實現基於抗體之向癌細胞之遞送。
I. 定義
為使本說明書可更容易理解,首先定義某些術語。額外定義在整個實施方式中闡明。
應注意,術語「一(個/種)(a/an)」實體係指一或多個(種)該實體;例如,「一個核苷酸序列」應理解為表示一或多個核苷酸序列。因此,術語「一個/種」、「一或多個/種」及「至少一個/種」可在本文中互換使用。應進一步注意,可起草請求項以排除任何視情況選用之要素。因此,此聲明旨在用作結合請求項要素之描述使用諸如「只」、「僅」等之排他性術語或使用負面限制之先行基礎。
此外,「及/或」在本文中使用時應視為對兩個指定特徵或組分中之各者在存在或不存在另一者之情況下的具體揭露。因此,如在本文中諸如「A及/或B」之片語中使用之術語「及/或」旨在包括「A及B」、「A或B」、「A」(單獨)及「B」(單獨)。同樣,如在諸如「A、B及/或C」之片語中使用之術語「及/或」旨在涵蓋以下態樣中之各者:A、B及C;A、B或C;A或C;A或B;B或C;A及C;A及B;B及C;A (單獨);B (單獨);及C (單獨)。
應當理解,本文中無論何處用語言「包含」描述態樣,亦提供以「由……組成」及/或「基本上由……組成」描述之其他類似態樣。
除非另有定義,否則本文使用之所有技術及科學術語具有與本揭露相關的一般熟習此項技術者通常理解的相同含義。例如,Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology, Juo, Pei-Show,第2版, 2002, CRC Press;The Dictionary of Cell and Molecular Biology,第3版, 1999, Academic Press;及Oxford Dictionary Of Biochemistry And Molecular Biology,修訂版, 2000, Oxford University Press,為技藝人員提供本揭露中使用之許多術語之通用詞典。
單位、前綴及符號以其國際單位制(Système International de Unites,SI)接受之形式表示。數字範圍包括限定範圍之數字。在列舉值之範圍之情況下,應當理解,亦明確揭示了在該範圍之列舉的上限與下限之間的各中間整數值及其各分數,以及此類值之間的各子範圍。任何範圍之上限及下限皆可獨立地包括在該範圍之內或排除於該範圍之外,且包括任一個、零個或兩個限值之各範圍亦涵蓋在本揭露內。因此,本文所列舉之範圍應被理解為該範圍內所有值(包括所列舉之端點)之簡寫。
在明確列舉值之情況下,應理解與所列舉之值大致相同數量或量的值亦在本揭露之範圍內。在揭示組合之情況下,該組合之要素之各子組合亦經明確揭示且在本揭露之範圍內。相反,在單獨揭示不同要素或要素之群之情況下,亦揭示了其組合。在揭露之任何要素經揭示為具有複數個替代方案之情況下,在此亦揭示了其中各替代方案被單獨排除或與其他替代方案之任何組合排除的該揭露之實例;揭露之多於一個要素可具有此類排除,且在此揭示具有此類排除的要素之所有組合。
如本文所用,術語「靶向蛋白質降解劑」及「新降解劑」係指與能夠靶向蛋白質以進行降解之E3泛素連接酶形成三元複合物之分子。實例包括但不限於分子膠及PROTAC。分子膠之實例包括但不限於CC-90009、來那度胺(lenalidomide)、泊馬度胺(pomalidomide)、DKY709及WO2021/198965中描述之化合物P1。
如本文所用,術語「抗體」亦指全長免疫球蛋白分子或全長免疫球蛋白分子之免疫活性部分,即含有免疫特異性結合感興趣之靶標之抗原或其部分的抗原結合位點的分子,此類靶標包括但不限於癌細胞或產生與自體免疫疾病相關聯的自體免疫抗體之細胞。本文所揭示之免疫球蛋白可係免疫球蛋白分子之任何類型(例如,IgG、IgE、IgM、IgD及IgA)、類別(例如,IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及IgA2)或亞類。免疫球蛋白可來源於任何物種。然而,在一個態樣中,免疫球蛋白係人類、鼠或兔來源的。
術語「單域抗體」,亦稱為奈米抗體,係由單個單體可變抗體域組成的抗體片段,其分子量係約12 kDa至約15 kDa。單體抗體可基於重鏈可變域或輕鏈。單域抗體之實例包括但不限於V
HH片段及V
NAR片段。
「抗體片段」包含完整抗體之一部分,通常係其抗原結合區或可變區。抗體片段之實例包括Fab、Fab'、F(ab')
2及Fv片段;雙功能抗體(diabody);線性抗體;由Fab表現文庫產生之片段、抗個體遺傳型(抗Id)抗體、CDR (互補決定區)及任何上述免疫特異性結合癌細胞抗原、病毒抗原或微生物抗原之表位結合片段,單鏈抗體分子;及由抗體片段形成之多特異性抗體。
「完整抗體」係包含抗原結合可變區以及輕鏈恆定域(CL)及重鏈恆定域CH1、CH2及CH3之抗體。恆定域可係天然序列恆定域(例如,人類天然序列恆定域)或其胺基酸序列變異體。
如本文所用,術語「單株抗體」係指獲自實質上均質的抗體群體之抗體,即構成該群體之個體抗體係相同的,除了可能以少量存在之天然發生的突變。單株抗體具有高度特異性,針對單個抗原位點。此外,與包括針對不同決定位(表位)之不同抗體之多株抗體製劑相比,各單株抗體係針對抗原上之單個決定位。除了它們的特異性之外,單株抗體之優勢在於它們可被合成而不受其他抗體之污染。修飾語「單株」表示抗體之特徵為係獲自實質上均質的抗體群體,且不應解釋為需要藉由任何特定方法產生抗體。例如,根據本揭露使用之單株抗體可藉由融合瘤方法製備,或者可藉由重組DNA方法製備。「單株抗體」亦可自噬菌體抗體文庫分離。
本文中之單株抗體具體包括「嵌合」抗體,其中重鏈及/或輕鏈之一部分與來源於特定物種或屬於特定抗體類別或亞類的抗體中之相應序列相同或同源,而鏈之其餘部分與來源於另一物種或屬於另一抗體類別或亞類之抗體以及此類抗體之片段中的相應序列相同或同源,只要它們表現出所要的生物活性即可。本文中感興趣之嵌合抗體包括「靈長類化」抗體,其包含來源於非人類靈長類動物(例如,舊大陸猴、猿等)之可變域抗原結合序列及人類恆定區序列。
已採用各種方法來生產單株抗體(MAb)。融合瘤技術係指產生單種類型抗體之選殖細胞株,使用各種物種(包括小鼠(鼠)、倉鼠、大鼠及人類)之細胞。另一種製備MAb之方法使用基因工程,包括重組DNA技術。由此等技術製成之單株抗體包括嵌合抗體及人源化抗體等。嵌合抗體組合了來自多於一類物種之DNA編碼區。例如,嵌合抗體可自小鼠衍生可變區,且自人類衍生恆定區。人源化抗體主要來自人類,儘管它含有非人類部分。像嵌合抗體一樣,人源化抗體可含有完全人類恆定區。但與嵌合抗體不同,可變區可部分來源於人類。人源化抗體之非人類合成部分常常來自鼠抗體中之CDR。無論如何,此等區對於允許抗體識別及結合特定抗原來說至關重要。雖然可用於診斷及短期治療,但不可能長期向人投與鼠抗體而不增加有害免疫原性反應之風險。這種反應稱為人類抗小鼠抗體(HAMA),當人類免疫系統將鼠抗體識別為外來物且對其進行攻擊時就會發生。HAMA反應可導致中毒性休克或甚至死亡。
嵌合及人源化抗體藉由最小化所投與抗體之非人類部分來降低HAMA反應之可能性。此外,嵌合及人源化抗體可具有活化次級人類免疫反應之額外益處,諸如抗體依賴性細胞毒性。
完整抗體可具有一或多種「效應功能(effector function)」,其係指可歸因於抗體之Fc區(天然序列Fc區或胺基酸序列變異體Fc區)之彼等生物活性。抗體效應功能之實例包括C1q結合;補體依賴性細胞毒性;Fc受體結合;抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC);吞噬作用;細胞表面受體(例如,B細胞受體;BCR)下調等。
根據其重鏈恆定域之胺基酸序列,完整抗體可分為不同的「類別」。完整抗體有五種主要類別:IgA、IgD、IgE、IgG及IgM,且其中一些可進一步分為「亞類」(同型),例如,IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA及IgA2。對應於不同類別抗體之重鏈恆定域分別稱為α、δ、ε、γ及μ。不同類別之免疫球蛋白之次單元結構及三維組態係眾所周知的。
術語「約」在本文中用於表示大約、大致、約或在……左右。當術語「約」與數字範圍結合使用時,它藉由將邊界擴展到所述數值之上及之下來修飾該範圍。一般而言,術語「約」可藉由例如向上或向下(升高或降低) 10%之變化來修飾數值高於及低於所述值。
術語「投與(administration)」、「投與(administering)」及其語法變異體係指經由醫藥學上可接受之途徑將組成物,諸如本揭露之EV (例如,外泌體(exosome))引入個體。藉由任何合適的途徑將組成物,諸如本揭露之EV (例如,外泌體)引入個體,途徑包括瘤內、口服、經肺、鼻內、腸胃外(靜脈內、動脈內、肌肉內、腹膜內或皮下)、經直腸、淋巴內、鞘內、眼周或局部。投與包括自我投與及他人投與。合適之投與途徑允許組成物或劑發揮其預期功能。例如,如果合適之途徑係靜脈內,則藉由將組成物或劑引入個體之靜脈來投與組成物。
如本文所用,術語「抗體」涵蓋天然或者部分或全部合成產生之免疫球蛋白及其片段。該術語亦涵蓋具有與免疫球蛋白結合域同源之結合域之任何蛋白質。「抗體」進一步包括包含來自免疫球蛋白基因或其片段之框架區之特異性結合及識別抗原的多肽。術語抗體之使用意在包括完整抗體、多株抗體、單株抗體及重組抗體、其片段,且進一步包括單鏈抗體、人源化抗體、鼠抗體、嵌合、小鼠-人類、小鼠-靈長類、靈長類-人類單株抗體、抗個體遺傳型抗體、抗體片段,例如像scFv、(scFv)
2、Fab、Fab'及F(ab')
2、F(ab1)
2、Fv、dAb及Fd片段、雙功能抗體及抗體相關之多肽。抗體包括雙特異性抗體及多特異性抗體,只要它們表現出所要的生物活性或功能即可。在本揭露之一些態樣中,生物活性分子係抗體或包含其抗原結合片段之分子。
術語「抗體-藥物綴合物」及「ADC」可互換使用,且係指例如與一或多種治療劑(有時在本文中稱為劑、藥物或活性醫藥成分)共價連接之抗體。在本揭露之一些態樣中,生物活性分子係抗體-藥物綴合物。
如本文所用,如應用於一或多個感興趣之值之術語「大約」係指與所述參考值相似的值。在某些態樣中,術語「大約」係指在所述參考值之任一方向上(大於或小於)落在10%、9%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%或更小範圍內之一系列值,除非另有說明或自上下文中顯而易見(除非此數字超過可能值之100%)。
「保守胺基酸取代」係其中胺基酸殘基經具有相似側鏈之胺基酸殘基置換之取代。此項技術已經定義了具有相似側鏈之胺基酸殘基家族,包括鹼性側鏈(例如,離胺酸、精胺酸、組胺酸)、酸性側鏈(例如,天冬胺酸、麩胺酸)、不帶電荷之極性側鏈(例如,甘胺酸、天冬醯胺、麩醯胺酸、絲胺酸、蘇胺酸、酪胺酸、半胱胺酸)、非極性側鏈(例如,丙胺酸、纈胺酸、白胺酸、異白胺酸、脯胺酸、苯丙胺酸、甲硫胺酸、色胺酸)、β-支鏈側鏈(例如,蘇胺酸、纈胺酸、異白胺酸)及芳族側鏈(例如,酪胺酸、苯丙胺酸、色胺酸、組胺酸)。因此,如果多肽中之一個胺基酸經來自同一側鏈家族之另一個胺基酸置換,則取代被認為係保守的。在另一個態樣中,一串胺基酸可經在側鏈家族成員之次序及/或組成上不同的結構相似的串保守地置換。
如本文所用,術語「保守的」係指多核苷酸序列或多肽序列之分別核苷酸或胺基酸殘基,其係在被比較的兩個或更多個序列之相同位置中未改變地出現的殘基。相對保守的核苷酸或胺基酸係在與序列中其他地方出現之核苷酸或胺基酸相比更相關的序列中保守的核苷酸或胺基酸。
在一些態樣中,如果兩個或更多個序列彼此100%一致,則稱它們係「完全保守的」或「一致的」。在一些態樣中,如果兩個或更多個序列彼此至少約70%一致、至少約80%一致、至少約90%一致或至少約95%一致,則稱它們係「高度保守的」。在一些態樣中,如果兩個或更多個序列彼此至少約30%一致、至少約40%一致、至少約50%一致、至少約60%一致、至少約70%一致、至少約80%一致、至少約90%一致或至少約95%一致,則稱它們係「保守的」。序列保守可應用於多核苷酸或多肽之整個長度,或者可應用於其一部分、區或特徵部。
如本文所用,術語「連接」及「綴合」可互換使用,且各自係指包含一或多種誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物及結合部分之兩個或更多個部分之共價或非共價連接。在一些態樣中,連接或綴合可包含連接子。
術語「胺基酸序列變異體」係指具有在某種程度上不同於天然序列多肽之胺基酸序列之多肽。通常,胺基酸序列變異體與天然抗體之至少一個受體結合域或與天然受體之至少一個配體結合域具有至少約70%序列一致性,且通常,它們與此類受體或配體結合域在序列上將係至少約80%,更通常至少約90%同源。胺基酸序列變異體在天然胺基酸序列之胺基酸序列內之某些位置處具有取代、缺失及/或插入。胺基酸以習知名稱、一字母及三字母代碼命名。
「序列一致性」定義為在胺基酸序列變異體中在比對序列且在必要時引入空位以達成最大序列一致性百分比之後一致的殘基之百分比。用於比對之方法及計算機程式係此項技術中眾所周知的。一種此類計算機程式係由Genentech
, Inc.編寫之「Align 2」,該程式於1991年12月10日與用戶文件一起提交給美國版權局,Washington, D.C. 20559。
術語「Fc受體」或「FcR」用於描述與抗體Fc區結合之受體。例示性FcR係天然序列人類FcR。此外,FcR可係這樣的受體,其結合IgG抗體(γ受體)且包括Fc.γ.RI、Fc.γ.RII及Fc.γ. RIII亞類之受體,包括此等受體之等位基因變異體及替代性剪接形式。Fc.γ.RII受體包括Fc.γ.RIIA (「活化受體」)及Fc.γ.RIIB (「抑制受體」),它們具有相似的、主要其細胞質域不同的胺基酸序列。活化受體Fc.γ.RIIA在其細胞質域中含有基於免疫受體酪胺酸之活化模體(immunoreceptor tyrosine-based activation motif;ITAM)。抑制受體Fc.γ.RIIB在其細胞質域中含有基於免疫受體酪胺酸之抑制模體(ITIM)。本文中之術語「FcR」涵蓋其他FcR,包括將在未來確定之彼等。該術語亦包括新生兒受體FcRn,其負責將母體IgG轉移至胎兒。
「補體依賴性細胞毒性」或「CDC」係指分子在補體存在下裂解靶標之能力。補體活化途徑由補體系統之第一組分(C1q)及與同源抗原複合之分子(例如,抗體)結合而起始。為了評估補體活化,可進行CDC檢定。
「天然抗體」通常係約150,000道耳頓之異四聚體糖蛋白,由兩條相同的輕(L)鏈及兩條相同的重(H)鏈構成。各輕鏈藉由一個共價二硫鍵連接至重鏈,而二硫鍵聯之數量在不同免疫球蛋白同型之重鏈之間有所不同。各重鏈及輕鏈亦具有規則間隔之鏈內二硫橋。各重鏈在一端具有可變域(VH),其後係多個恆定域。各輕鏈在一端具有可變域(VL),且在其另一端具有恆定域。輕鏈之恆定域與重鏈之第一恆定域對齊,且輕鏈可變域與重鏈之可變域對齊。據信,特定的胺基酸殘基形成輕鏈可變域與重鏈可變域之間的界面。
術語「可變」係指如下實情,在抗體之間可變域之某些部分之序列有很大差異,且該等部分用於各特定抗體對其特定抗原之結合及特異性。然而,變異性未遍及抗體之可變域均勻分佈。它集中在輕鏈及重鏈可變域中稱為高變區之三個區段中。可變域之高度保守的部分稱為框架區(FR)。天然重鏈及輕鏈之可變域各自包含四個FR,主要採用β褶板組態,由三個高變區連接,形成連接β褶板結構且在一些情況下形成其一部分之環。各鏈中之高變區藉由FR緊密地保持在一起,且與來自另一條鏈之高變區一起,有助於形成抗體之抗原結合位點。恆定域不直接參與抗體與抗原之結合,但表現出各種效應功能,諸如抗體參與抗體依賴性細胞毒性(ADCC)。
當在本文中使用時,術語「高變區」係指抗體中負責抗原結合之胺基酸殘基。高變區通常包含來自「互補決定區」或「CDR」之胺基酸殘基(例如,輕鏈可變域中之殘基24-34 (L1)、50-56 (L2)及89-97 (L3)及重鏈可變域中之殘基31-35 (H1)、50-65 (H2)及95-102 (H3);Kabat等人同上)及/或來自「高變環」之彼等殘基(例如,輕鏈可變域中之殘基26-32 (L1)、50-52 (L2)及91-96 (L3)及重鏈可變域中之殘基26-32 (H1)、53-55 (H2)及96-101 (H3))。「框架區」或「FR」殘基係除本文定義之高變區殘基之外的彼等可變域殘基。
木瓜蛋白酶消化抗體產生:兩個相同的抗原結合片段,稱為「Fab」片段,各片段具有單個抗原結合位點;及殘餘「Fc」片段,其名稱反映了其易於結晶之能力。胃蛋白酶處理產生F(ab')2片段,其具有兩個抗原結合位點且仍然能夠交聯抗原。
「Fv」係含有完整抗原識別及抗原結合位點之最小抗體片段。該區由緊密、非共價締合之一個重鏈可變域及一個輕鏈可變域之二聚體組成。在該組態中,各可變域之三個高變區相互作用以在VH-VL二聚體表面上界定一個抗原結合位點。六個高變區共同賦予抗體之抗原結合特異性。然而,即使單個可變域(或包含僅三個對抗原具有特異性之高變區之Fv之一半)亦具有識別及結合抗原之能力,但其親和力低於整個結合位點。
Fab片段亦含有輕鏈之恆定域及重鏈之第一恆定域(CH1)。Fab'片段與Fab片段之不同之處在於在重鏈CH1域之羧基末端添加了幾個殘基,包括來自抗體鉸鏈區之一或多個半胱胺酸。Fab'-SH係本文對其中恆定域之半胱胺酸殘基帶有至少一個游離硫醇基的Fab'之名稱。F(ab')2抗體片段最初係作為成對Fab'片段產生的,該等片段之間具有鉸鏈半胱胺酸。抗體片段之其他化學綴合亦係已知的。
來自任何脊椎動物物種之抗體之「輕鏈」可基於其恆定域之胺基酸序列,歸類為兩種明顯不同的類型之一,稱為卡帕(.κ.)及拉目達(.λ.)。
「單鏈Fv」或「scFv」抗體片段包含抗體之VH及VL域,其中此等域存在於單個多肽鏈中。Fv多肽可進一步包含在VH與VL域之間的多肽連接子,其使得scFv能夠形成用於抗原結合之所要結構。
術語「雙功能抗體」係指具有兩個抗原結合位點之小抗體片段,該等片段包含在同一多肽鏈(VH-VL)中相連接之可變輕域(VL)及可變重域(VH)。藉由使用太短而不允許在同一鏈上之兩個域之間配對的連接子,該等域被迫與另一條鏈之互補域配對且產生兩個抗原結合位點。
「人源化」形式之非人類(例如,囓齒動物)抗體係嵌合抗體,其含有來源於非人類免疫球蛋白之最小序列。人源化係一種將鼠抗原結合資訊轉移至非免疫原性人類抗體受體之方法,且已經產生了許多治療上可用之藥物。人源化方法通常首先將所有六個鼠互補決定區(CDR)轉移至人類抗體框架上。此等CDR移植之抗體通常不保留其對抗原結合之原始親和力,且事實上,親和力通常嚴重減弱。除了CDR,亦必須併入選擇的非人類抗體框架殘基以保持適當的CDR構形。已顯示將關鍵小鼠框架殘基轉移至人類受體以支持移植的CDR之結構構形使抗原結合及親和力恢復。在大多數情況下,人源化抗體係人類免疫球蛋白(接受者抗體),其中來自接受者高變區之殘基經來自非人類物種(給予者抗體)諸如小鼠、大鼠、兔或非人類靈長類動物之具有所要特異性、親和力及能力之高變區之殘基置換。在一些情況下,人類免疫球蛋白之框架區(FR)殘基經相應非人類殘基置換。此外,人源化抗體可包含在接受者抗體或給予者抗體中不存在的殘基。進行此等修飾係為了進一步改進抗體性能。一般而言,人源化抗體將包含實質上所有的至少一個,且通常兩個可變域,其中所有或實質上所有的高變環對應於非人類免疫球蛋白之高變環,且所有或實質上所有的FR係人類免疫球蛋白序列之FR。人源化抗體亦視情況包含免疫球蛋白恆定區(Fc)之至少一部分,通常係人類免疫球蛋白之恆定區。
「分離的」抗體係已經自其自然環境之組分中鑑定及分離及/或回收之抗體。其自然環境之污染組分係會干擾抗體之診斷或治療用途之材料,且可包括酶、激素及其他蛋白質或非蛋白質溶質。在某些態樣中,將抗體純化至(1)如藉由Lowry方法確定之大於95重量%之抗體,或大於99重量%,(2)足以藉由使用氣相蛋白定序儀獲得N末端或內部胺基酸序列之至少15個殘基之程度,或(3)藉由SDS-PAGE在還原或非還原條件下使用考馬斯藍或銀染色之均質性。分離的抗體包括重組細胞內之原位抗體,因為抗體自然環境中之至少一種組分將不存在。然而,通常,分離的抗體將藉由至少一個純化步驟來製備。
「癌症」係指一組廣泛的各種疾病,其特徵在於體內異常細胞之生長不受控制。不受調控的細胞分裂及生長導致形成惡性腫瘤,其侵襲鄰近組織且亦可透過淋巴系統或血流轉移至身體之遠端部位。如本文所用之「癌症」係指原發性、轉移性及復發性癌症。
如本文所用,術語「免疫反應」係指脊椎動物內針對外來因子之生物反應,該反應保護生物免受此等因子及由它們引起的疾病的影響。免疫反應藉由免疫系統之細胞(例如,T淋巴球、B淋巴球、自然殺手(NK)細胞、巨噬細胞、嗜伊紅白血球、肥大細胞、樹突狀細胞或嗜中性白血球)及由此等細胞中之任一者或肝臟產生之可溶性大分子(包括抗體、細胞介素及補體)之作用介導,導致選擇性靶向、結合、損傷、破壞及/或消除脊椎動物體內侵襲病原體、感染病原體之細胞或組織、癌細胞或其他異常細胞,或者,在自體免疫或病理性發炎之情況下,正常人類細胞或組織。免疫反應包括例如活化或抑制T細胞,例如效應T細胞或Th細胞,諸如CD4
+或CD8
+T細胞,或者抑制Treg細胞。如本文所用,術語「T細胞」及「T淋巴球」係可互換的且係指由胸腺產生或加工之任何淋巴球。在一些態樣中,T細胞係CD4+ T細胞。在一些態樣中,T細胞係CD8+ T細胞。在一些態樣中,T細胞係NKT細胞。
「個體」包括任何人類或非人類動物。術語「非人類動物」包括但不限於脊椎動物諸如非人類靈長類動物、羊、狗及囓齒動物諸如小鼠、大鼠及豚鼠。在一些態樣中,個體係人類。術語「個體」及「患者」在本文中可互換使用。
術語「治療有效量」或「治療有效劑量」係指提供所要生物學、治療及/或預防結果之劑(例如,本文所揭示之綴合物)之量。該結果可係減少、改善、改良、減輕、延遲及/或緩和疾病之一或多種徵象、症狀或病因,或生物系統之任何其他所要改變。關於實性瘤,有效量包含足以引起腫瘤縮小及/或降低腫瘤生長速率(諸如抑制腫瘤生長)或預防或延遲其他不想要的細胞增殖之量。在一些態樣中,有效量係足以延遲腫瘤發展之量。在一些態樣中,有效量係足以預防或延遲腫瘤復發之量。有效量可以一或多次投與之形式投與。有效量之組成物可例如(i)減少癌細胞之數量;(ii)減小腫瘤大小;(iii)在一定程度上抑制、延緩、減緩且可阻止癌細胞向周圍器官中之浸潤;(iv)抑制(即在一定程度上減緩)且可阻止腫瘤轉移;(v)抑制腫瘤生長;(vi)預防或延遲腫瘤之發生及/或複發;及/或(vii)在一定程度上緩解與癌症相關之一或多種症狀。
在一些態樣中,「治療有效量」係經臨床證明實現癌症諸如晚期實性瘤之顯著減少或減緩該癌症進展(消退)之綴合物之量。治療劑促進疾病消退之能力可使用熟練從業人員已知的多種方法,諸如在臨床試驗期間在人類個體中,在預測在人體內之功效之動物模型系統中,或藉由在體外檢定中檢定劑之活性來評估。
如本文所用,術語「護理標準」係指被醫學專家接受為對某種類型疾病之適當治療且被醫療保健專業人員廣泛使用之治療。該術語可與以下任何術語互換使用:「最佳實踐」、「標準醫療護理」及「標準療法」。
例如,「抗癌劑」促進個體之癌症消退或防止進一步的腫瘤生長。在某些態樣中,治療有效量之藥物促進癌症消退至消除癌症之程度。
關於治療之術語「有效」及「有效性」包括藥理學有效性及生理安全性。藥理學有效性係指藥物促進患者癌症消退之能力。生理安全性係指由投與藥物引起的毒性水準或在細胞、器官及/或生物水準上之其他不利的生理效應(不良效應)。
如本文所用,術語「免疫檢查點抑制劑」係指完全或部分減少、抑制、干擾或調節一或多種檢查點蛋白之分子。檢查點蛋白調節T細胞活化或功能。許多檢查點蛋白係已知的,諸如CTLA-4及其配體CD80及CD86;以及PD-1及其配體PD-L1及PD-L2。Pardoll, D.M.,
Nat Rev Cancer12(4):252-64 (2012)。此等蛋白質負責T細胞反應之共刺激或抑制性相互作用。免疫檢查點蛋白調節並維持自身耐受性以及生理免疫反應之持續時間及幅度。免疫檢查點抑制劑包括抗體或來源於抗體。
術語「治療(treat)」或「治療(treatment)」係指治療性治療及預防(prophylactic)或預防性(preventative)措施,其中目的係預防或減緩(減輕)非所要的生理變化或病症,諸如癌症之發展或蔓延。出於本揭露之目的,有益的或所要的臨床結果包括但不限於症狀之緩和、疾病程度之減小、疾病狀態穩定(即,不惡化)、疾病進展之延遲或減緩、疾病狀態之改善或改良、及緩解(無論是部分還是全部),無論是可偵測的還是不可偵測的。「治療」亦可意謂與未接受治療之預期存活期相比延長存活期。需要治療者包括已經患有疾患或病症者以及容易患有疾患或病症者或要預防疾患或病症者。
II. 蛋白質 - 蛋白質相互作用誘導劑
本揭露提供式(XX)之綴合物:
;
或其醫藥學上可接受之鹽,其中R
1係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物。
本揭露進一步提供式(XXXII)之綴合物:
,
或其醫藥學上可接受之鹽,其中:
A’係
或
,其中
n係0或1;
各Y獨立地係S或O;
表示與R
1之連接點;且
表示與亞甲基之連接點;且
R
1連同A’係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物。
誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物包括蛋白質-蛋白質相互作用調節劑,諸如描述於
Biophysical Reviews2019, 11: 559-581中之彼等。
在某些態樣中,蛋白質-蛋白質相互作用誘導劑包含靶向蛋白質降解劑,其可拆解及分解不需要之蛋白質。
在一些態樣中,靶向蛋白質降解劑包含經取代之異吲哚化合物。在一些態樣中,靶向蛋白質降解劑包含經5’取代之異吲哚化合物。在某些態樣中,R
1係如下所示之式(XXX)之化合物:
;
其中:
係與母分子部分之連接點;
A係苯基或C
4-C
10環烷基環;
U選自NH及CF
2;
R
10獨立地選自氫及鹵基;
R
20選自-CH
3、-C(O)R
3、-N(R
4)
2、-(CH
2)
nOH、 -(CH
2)
nN(R
4)
2、-(CH
2)
nQ’(CH
2)
mOH、-(CH
2)
nQ’(CH
2)
mSH及-(CH
2)
nQ’(CH
2)
mN(R
4)
2;其中
R
3係氫或C
1-C
6烷基;
各R
4獨立地係氫或C
1-C
6烷基;
Q’係O、S或NR
4;
n係1-6;且
m係2-5。
在某些態樣中,本揭露提供式(XXX)之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中:
A係苯環或C
4-C
10環烷基環;
U係NH;
R
10選自氫及鹵基;
R
20選自-(CH
2)
nQ’(CH
2)
mN(R
4)
2、-(CH
2)
nOH、-N(R
4)
2及-C(O)R
3;其中:
m係2;
n係2;
Q’係-O-;
R
3係甲基;且
各R
4獨立地選自氫及甲基。
如本文所用,如本文所用之術語「C
1-C
6烷氧基」係指经由氧原子連接至母分子部分之C
1-C
6烷基。
如本文所用,術語「C
1-C
6烷氧基C
1-C
6烷基」係指经由C
1-C
6烷基連接至母分子部分之C
1-C
6烷氧基。
如本文所用,術語「C
1-C
6烷基」係指衍生自含有一至六個碳原子之直鏈或支鏈飽和烴之基團。
如本文所用,術語「C
4-C
10環烷基」係指具有四至十個碳原子及零個雜原子之飽和單環烴環系統。環烷基之代表性實例包括但不限於環丁基、環戊基及環己基。含有七與十個之間原子之環烷基可係單環或稠合、螺環或橋接二環結構。
如本文所用,術語「鹵基」係指F、Cl、Br或I。
在一些態樣中,式(XXX)之化合物係選自由以下組成之群之化合物:
;
;
;
;
;
;及
。
在一些態樣中,靶向蛋白質降解劑包含蛋白水解靶向嵌合體(PROTAC)。PROTAC之實例係本領域已知的(參見,例如,Acta Pharmaceutica Sinica B, 2020; 10(2): 207-238)。
在某些態樣中,PROTAC具有下式:
POI-L
100-CBN;
其中:
POI係與感興趣之蛋白質結合之化合物;
L
100係PROTAC連接子;且
CBN係cereblon結合部分。
幾種不同的蛋白質類別已被報導為PROTAC靶標。在某些態樣中,感興趣之蛋白質可係核激素受體、翻譯終止因子、轉錄因子、細胞週期蛋白依賴性激酶、酪胺酸激酶、絲胺酸/蘇胺酸激酶或E3連接酶。
在不同的蛋白質類別中,有幾種感興趣之蛋白質可由本文所述之PROTACS靶向。在某些態樣中,感興趣之蛋白質可選自CD33、GSPT1、BRD4、雄激素受體(AR)、雌激素受體(ER)、IKZF1/3、CK1a、BCL-XL、IKZF2、IRAK4、BTK、STAT3、BTK及iMiD、BRD9、TRK、MDM2、CDK2/CDK9、CD97b及EGFR。在一些態樣中,感興趣之蛋白質可選自BRD4、ER及IRAK4。在一些態樣中,感興趣之蛋白質可選自BTK、BRD9、TRK、CDK2/CDK9及STAT3。
在某些態樣中,PROTAC包含連接子L
100。PROTAC連接子在本領域已得到充分研究(參見,例如,Troup RI, Fallan C, Baud MGJ. 「Current strategies for the design of PROTAC linkers: a critical review.」
Explor Target Antitumor Ther. 2020;1:273-312. https://doi.org/ 10.37349/etat.2020.00018)。
在某些態樣中,L
100可包含烷基連接子。在一些態樣中,烷基連接子可包含2至30個原子。在一些態樣中,烷基連接子可包含5至25個原子。在一些態樣中,烷基連接子可包含10至20個原子。在一些態樣中,烷基連接子可包含2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30個原子。
在某些態樣中,L
100可包含二醇連接子。在一些態樣中,二醇連接子可包含3至30個原子。在一些態樣中,二醇連接子可包含5至25個原子。在一些態樣中,烷基連接子可包含10至20個原子。在一些態樣中,烷基連接子可包含3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30個原子。
在某些態樣中,L
100可包含二醇及烷基連接子。在一些態樣中,連接子可包含5至35個原子。在一些態樣中,烷基連接子可包含10至30個原子。在一些態樣中,烷基連接子可包含15至25個原子。在一些態樣中,烷基連接子可包含5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35個原子。
在某些態樣中,L
100可包含一或多個選自以下之官能基:聚乙二醇(PEG)、替代性二醇基團諸如丙二醇、烷基、炔基、三唑基、哌嗪基、哌啶基及其混合物。應當理解,可使用熟習此項技術者已知的方法來選擇適當之PROTAC連接子。在一些態樣中,連接子可包含2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34或35個原子。
通常,且在某些實施例中,PROTAC可包含cereblon結合部分(CNB)。在一些態樣中,cereblon結合部分可選自:
其中
表示與A’之連接點;且
表示與L
100之連接點。
在一些態樣中,PROTAC可係具有下式之化合物:
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;及
;
其中
表示與A’之連接點。
III. 穩定性及溶解性增強劑
本文所述之綴合物之穩定性及/或溶解性可通過在R
2處之官能化而得到改善。在某些態樣中,在不需要改善穩定性及/或溶解性之情況下,R
2可係氫。在其他態樣中,需要額外的穩定性及/或溶解性。R
2可係氫以外之基團。
在某些態樣中,R
2可係賦予綴合物穩定性之基團。在一些態樣中,R
2選自C
2-C
6烯基、C
1-C
6烷基; C
2-C
6炔基、苄基、C
3-C
6環烷基及C
3-C
6環烷基(C
1-C
3烷基)。在一些態樣中,R
2係C
1-C
6烷基。在一些態樣中,R
2係甲基。
在某些態樣中,R
2可係賦予綴合物溶解性之基團。在一些態樣中,R
2可選自:
;
;
;
;
;
;及
;
其中:
各n獨立地係1、2、3、4或5;
各y獨立地係1或2;且
各R獨立地係氫、C
6H
11O
5、C
12H
21O
10、C
18H
31O
15或C
24H
41O
20。
IV. 綴合物
本揭露提供一或多種蛋白質-蛋白質相互作用之誘導劑、連接子及結合部分之綴合物。
在一些態樣中,本揭露提供式(I)之化合物,
,
或其醫藥學上可接受之鹽,其中:
a係1至10;
n係0或1;
R
1係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物;
R
2選自氫、-(CH
2CH
2O)
v-CH
3、C
2-C
6烯基、C
1-C
6烷基;C
2-C
6炔基、苄基、C
3-C
6環烷基及C
3-C
6環烷基(C
1-C
3烷基),其中v係1至24;
各Y獨立地係S或O;
L係可裂解連接子;且
Bm係能夠特異性結合蛋白質之結合部分。在一些態樣中,蛋白質係在細胞表面上。
在一些態樣中,本揭露提供式(XXXII)之綴合物:
,
或其醫藥學上可接受之鹽,其中:
a係1至10;
A’係
或
,其中
n係0或1;
各Y獨立地係S或O;
表示與R
1之連接點;且
表示與亞甲基之連接點;
R
1連同A’係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物;
R
2選自氫、為R
1-A’提供穩定性之基團、為R
1-A’提供溶解性之基團以及為R
1-A’提供穩定性及溶解性之基團;
L係可裂解連接子;且
Bm係能夠特異性結合蛋白質之結合部分。在一些態樣中,蛋白質係在細胞表面上。
在一些態樣中,Bm結合之蛋白質係HER2,且R
1結合G1至S期轉變1 (GSPT1)。在一些態樣中,Bm結合之蛋白質係CD33,且R
1結合小鼠雙微體2同源物(MDM2)。在一些態樣中,Bm結合之蛋白質係前列腺特異性膜抗原(PSMA),且R
1結合雄激素受體(AR)。在一些態樣中,Bm結合之蛋白質係CD33,且R
1結合含溴域之蛋白質4 (BRD4)。在一些態樣中,Bm結合之蛋白質係CD33,且R
1結合GSPT1。在一些態樣中,Bm結合之蛋白質係CD79b,且R
1結合IRAK4。在一些態樣中,Bm結合之蛋白質係HER2,且R
1結合BRD4。在一些態樣中,Bm結合之蛋白質係BCMA,且R
1結合BRD4。在一些態樣中,Bm結合之蛋白質係HER2,且R
1結合ER。
在一些態樣中,本文所述之綴合物具有針對腫瘤細胞株之體外抗增殖活性。在一些態樣中,包含一或多種誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物及結合部分之綴合物之體外抗增殖活性比單獨的化合物或結合部分高至少約50%、至少約60%、至少約70%、至少約80%、至少約90%、至少約95%或至少約100%。在一些態樣中,包含一或多種誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物及結合部分之綴合物之體外抗增殖活性比單獨的化合物或單獨的結合部分高至少約2倍、至少約3倍、至少約4倍、至少約5倍、至少約6倍、至少約7倍、至少約8倍、至少約9倍、至少約10倍。
在一些態樣中,包含一或多種誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物及結合部分之綴合物具有針對BT-474乳癌細胞株之體外抗增殖活性,例如與單獨的化合物或單獨的結合部分相比更高的針對BT-474乳癌細胞株之體外抗增殖活性。在一些態樣中,包含一或多種誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物及結合部分之綴合物具有針對SK-BR-3乳癌細胞株之體外抗增殖活性,例如與單獨的化合物或單獨的結合部分相比更高的針對SK-BR-3乳癌細胞株之體外抗增殖活性。在一些態樣中,包含一或多種誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物及結合部分之綴合物具有針對NCI-N87胃癌細胞株之體外抗增殖活性,例如與單獨的化合物或單獨的結合部分相比更高的針對NCI-N87胃癌細胞株之體外抗增殖活性。在一些態樣中,包含一或多種誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物及結合部分之綴合物具有針對Daudi淋巴瘤細胞株之體外抗增殖活性,例如與單獨的化合物或單獨的結合部分相比更高的針對Daudi淋巴瘤細胞株之體外抗增殖活性。在一些態樣中,包含一或多種誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物及結合部分之綴合物具有針對HL-60急性骨髓性白血病細胞株之體外抗增殖活性,例如與單獨的化合物或結合部分相比更高的針對HL-60急性骨髓性白血病細胞株之體外抗增殖活性。在一些態樣中,包含一或多種誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物及結合部分之綴合物具有針對Ramos非霍奇金淋巴瘤細胞株之體外抗增殖活性,例如與單獨的化合物或單獨的結合部分相比更高的針對Ramos非霍奇金淋巴瘤細胞株之體外抗增殖活性。在一些態樣中,本文所述之綴合物能夠在人類血清存在下保持其抗增殖活性。在一些態樣中,本文所述之綴合物可用於治療癌症。
在一些態樣中,本文提供之綴合物可用於治療乳癌、胃癌、非小細胞肺癌、膽管癌、結腸癌、卵巢癌或神經調節素-1 (NRG1)陽性癌症,例如,其中Bm結合之蛋白質係HER2,且其中R
1結合G1至S期轉變1 (GSPT1)。在一些態樣中,本文提供之綴合物可用於治療急性骨髓性白血病,例如,其中Bm結合之蛋白質係CD33,且其中R
1結合MDM2、GSPT1或含溴域之蛋白質4 (BRD4)。在一些態樣中,本文提供之綴合物可用於治療前列腺癌,例如,其中Bm結合之蛋白質係前列腺特異性膜抗原(PSMA),且其中R
1結合雄激素受體(AR)。在一些態樣中,本文提供之綴合物可用於治療NHL,例如B細胞NHL或DLBCL,例如,其中Bm結合之蛋白質係CD79b,且其中R
1結合IRAK4。
III.A. 連接子
如本文所述,誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物可經由戊二醯胺或二氫尿嘧啶環連接至結合部分。如本文所用,術語「連接子」係指能夠將結合部分(Bm)連接至式(XX)或式(XXX)之化合物內的戊二醯胺或二氫尿嘧啶環之氮原子之任何化學部分。
在某些態樣中,連接子可含有異雙官能基。在本揭露中,術語「異雙官能基」係指將連接子連接至結合部分之化學部分,該化學部分係該連接子之一部分。異雙官能基之特徵為在化學部分之任一端具有不同的反應基團。與「Bm」之連接可透過化學或酶綴合或兩者之組合來完成。化學綴合涉及結合部分表面上之可及的胺基酸殘基與異雙官能基上之反應柄之受控反應。化學綴合之實例包括但不限於離胺酸醯胺偶合、半胱胺酸偶合及經由藉由基因工程併入之非天然胺基酸之偶合,其中具有所要反應柄之非天然胺基酸殘基安裝在「Bm」上。在酶綴合中,酶介導連接子與結合部分上之可及的胺基殘基之偶合。酶綴合之實例包括但不限於使用分選酶(sortase)之轉肽、使用微生物轉麩醯胺酸酶之轉肽及N-聚糖工程。化學綴合及酶綴合亦可順序使用。例如,酶綴合亦可用於在「Bm」上安裝獨特的反應柄,以用於隨後的化學綴合。
在一些態樣中,異雙官能基選自:
、
、
、
、
、
、
、
、
、
、
及
其中
係與連接子剩餘部分之連接點;且
係與Bm之連接點。
在某些態樣中,連接子可係可裂解的。在一些態樣中,在誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物及/或結合部分可保持活性之條件下,連接子可對酸誘導之裂解、光誘導之裂解、生物還原性裂解、酶促裂解及諸如此類敏感。
在一些態樣中,可裂解連接子可被酶促裂解。在一些態樣中,可裂解連接子可被蛋白酶、肽酶、酯酶、β-葡萄糖醛酸苷酶、糖苷酶、磷酸二酯酶、磷酸酶、焦磷酸酶或脂肪酶裂解。
在一些態樣中,可裂解連接子可被蛋白酶裂解。蛋白酶之實例包括但不限於細胞自溶酶B、VAGP四肽及諸如此類。
在某些態樣中,可裂解連接子含有肽。在一些態樣中,肽係連接子之裂解位點,從而在暴露於細胞內蛋白酶諸如溶酶體酶時促進藥物之釋放。可設計且最佳化肽以用於由特定酶進行酶促裂解,該特定酶例如腫瘤相關蛋白酶、細胞自溶酶B、C及D、或纖溶酶蛋白酶。具有兩個胺基酸之肽之實例包括但不限於丙胺酸-丙胺酸(ala-ala)、纈胺酸-丙胺酸(val-ala)、纈胺酸-瓜胺酸(vc或val-cit)、丙胺酸-苯丙胺酸(af或ala-phe);苯丙胺酸-離胺酸(fk或phe-lys);苯丙胺酸-高離胺酸(phe-homolys);及N-甲基-纈胺酸-瓜胺酸(Me-val-cit)。具有三個胺基酸之肽之實例包括但不限於甘胺酸-纈胺酸-瓜胺酸(gly-val-cit)、天冬胺酸-纈胺酸-瓜胺酸(asp-val-cit)、丙胺酸-丙胺酸-天冬醯胺酸(ala-ala-asn)、丙胺酸-苯丙胺酸-離胺酸(ala-phe-lys)、甘胺酸-甘胺酸-苯丙胺酸(gly-gly-phe)及甘胺酸-甘胺酸-甘胺酸(gly-gly-gly)。具有四個胺基酸之肽之實例包括但不限於甘胺酸-甘胺酸-纈胺酸-瓜胺酸(gly-gly-val-cit)及甘胺酸-甘胺酸-苯丙胺酸-甘胺酸(gly-gly-phe-gly)。具有五個胺基酸之肽之實例包括但不限於甘胺酸-甘胺酸-纈胺酸-瓜胺酸-甘胺酸(gly-gly-val-cit-gly)及甘胺酸-甘胺酸-苯丙胺酸-甘胺酸-甘胺酸(gly-gly-phe-gly-gly)。上述胺基酸組合亦可以相反次序存在(即,cit-val)。
本揭露之肽可包含胺基酸殘基之L-異構物或D-異構物。術語「天然胺基酸」係指Ala、Asp、Asx、Cit、Cys、Glu、Phe、Glx、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp及Tyr。「D-」表示具有「D」(右旋)組態之胺基酸,與天然(「L-」)胺基酸中之組態相反。本文所述之胺基酸可商購(Sigma Chemical Co., Advanced Chemtech)或使用本領域已知之方法合成。
在某些態樣中,連接子(「L」)係選自以下之蛋白酶可裂解連接子:
;
;
;
其中:
q係2至10;
Z
1、Z
2、Z
3、Z
4及Z
5各自獨立地不存在或係呈L-組態或D-組態之天然胺基酸殘基,條件為Z
1、Z
2、Z
3、Z
4及Z
5中之至少兩者係胺基酸殘基;
係與母分子部分之連接點;且
係與結合部分之連接點。
在某些態樣中,Z
1、Z
2、Z
3、Z
4及Z
5獨立地不存在或選自由以下組成之群:L-纈胺酸、D-纈胺酸、L-瓜胺酸、D-瓜胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸、L-麩醯胺酸、D-麩醯胺酸、L-麩胺酸、D-麩胺酸、L-天冬胺酸、D-天冬胺酸、L-天冬醯胺酸、D-天冬醯胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸、L-離胺酸、D-離胺酸及甘胺酸;條件為Z
1、Z
2、Z
3、Z
4及Z
5中之至少兩者係胺基酸殘基。
在一些態樣中,Z
1係不存在或係甘胺酸;Z
2係不存在或選自:L-麩醯胺酸、D-麩醯胺酸、L-麩胺酸、D-麩胺酸、L-天冬胺酸、D-天冬胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸及甘胺酸;Z
3係選自:L-纈胺酸、D-纈胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸及甘胺酸;Z
4係選自:L-瓜胺酸、D-瓜胺酸、L-天冬醯胺酸、D-天冬醯胺酸、L-離胺酸、D-離胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸及甘胺酸;且Z
5係不存在或係甘胺酸。
在一些態樣中,L係
。
在一些態樣中,q係4。
在某些態樣中,L係β-葡萄糖醛酸苷酶可裂解連接子。
在一些態樣中,L係β-葡萄糖醛酸苷酶可裂解連接子,其係:
;
其中:
q係2至10;
----係不存在或係鍵;
係與母分子部分之連接點;且
係與結合部分之連接點。
在一些態樣中,連接子係可生物還原的。可生物還原連接子利用細胞內隔室與血漿中還原電位之差異。存在於腫瘤細胞之細胞質中之還原型麩胱甘肽為存在於正常細胞之細胞質中之麩胱甘肽之1000倍,且腫瘤細胞亦含有可有助於細胞隔室中之還原之酶。連接子在體循環過程中保持綴合物之完整性,且被細胞內高濃度的麩胱甘肽選擇性裂解,從而在腫瘤部位自無毒的前藥中釋放出活性藥物。
在一些態樣中,L係選自以下之可生物還原之連接子:
其中:
q係2至10;
R、R’、R’’及R’’’各自獨立地選自氫、C
1-C
6烷氧基C
1-C
6烷基、(C
1-C
6)
2NC
1-C
6烷基及C
1-C
6烷基,或兩個孿R基團連同它們所連接之碳原子可形成環丁基或環丙基環;
係與母分子部分之連接點;且
係與結合部分之連接點。
在某些態樣中,L係可生物還原之連接子,其係
。
在某些態樣中,L係其中L係點擊釋放連接子,其中誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物之釋放由四嗪或相關化合物化學觸發。
在一些態樣中,L係點擊釋放連接子,其係
;
其中:
q係2至10;
係與母分子部分之連接點;且
係與結合部分之連接點。
在一些態樣中,與結合部分之連接點係結合部分中之半胱胺酸、離胺酸、酪胺酸或麩醯胺酸。在一些態樣中,與結合部分之連接點係半胱胺酸。在一些態樣中,與結合部分之連接點係離胺酸。在一些態樣中,與結合部分之連接點係酪胺酸。在一些態樣中,與結合部分之連接點係麩醯胺酸。
半胱胺酸或離胺酸可係經工程化之(即,對結合部分不係內源性的)半胱胺酸或離胺酸,例如用於位點特異性綴合。位點特異性綴合係指經由結合部分(例如,抗體或其抗原結合部分)上之獨特且確定的位點進行連接。位點特異性綴合在例如以下中進行了討論:Zhou, Qun. 「Site-Specific Antibody Conjugation for ADC and Beyond.」Biomedicines第5卷,4 64. 2017年11月9日, doi: 10.3390/biomedicines5040064,其以引用方式整體併入本文。
作為連接點之半胱胺酸或離胺酸可係對結合部分內源的半胱胺酸或離胺酸。
III.B. 結合部分
本揭露提供一或多種誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物與結合部分之綴合物。如本文所用,術語「結合部分」係指識別及結合細胞表面標誌物或受體之任何分子。在某些態樣中,結合部分結合蛋白質,不限於多肽部分。除了將化合物靶向特定細胞、組織或位置之外,結合部分亦可具有某些治療效果,諸如針對靶細胞或途徑之抗增殖(細胞生長抑制(cytostatic)及/或細胞毒性)活性。在某些態樣中,結合部分可包含或可經工程改造以包含至少一個化學反應基團,諸如羧酸、胺、硫醇或化學反應性胺基酸部分或側鏈。在一些態樣中,結合部分可包含與給定靶細胞群之細胞表面分子諸如細胞表面受體或抗原結合或複合之靶向部分。在與受體特異性結合或複合後,細胞允許攝取靶向部分或綴合物,然後將其內化至細胞中。
在一些態樣中,基團「Bm」可係結合細胞表面受體或抗原之肽或蛋白質。
在某些態樣中,基團「Bm」可係抗體、抗體片段或抗原結合片段。抗體係由免疫系統產生之能夠識別及結合特定抗原之蛋白質。靶抗原通常具有多個結合位點,亦稱為表位,由多個抗體上之CDR識別。特異性結合不同表位之各抗體具有不同結構。因此,一種抗原可具有多於一種相應抗體。術語「抗體」在本文中以最廣泛意義使用,且具體涵蓋單株抗體、單域抗體、多株抗體、多特異性抗體(例如,雙特異性抗體)及抗體片段,只要它們表現出所要生物活性即可。抗體可係鼠抗體、人類抗體、人源化抗體、嵌合抗體或衍生自其他物種。
可綴合至化合物之單株抗體係均質的針對特定抗原決定位(例如,癌細胞抗原、病毒抗原、微生物抗原、蛋白質、肽、碳水化合物、化學物質、核酸或其片段)之抗體群體。可藉由使用此項技術中已知的任何技術來製備針對感興趣之抗原之單株抗體(mAb),該技術提供藉由培養之連續細胞株產生抗體分子。此等技術包括但不限於融合瘤技術、人類B細胞融合瘤技術及EBV-融合瘤技術。此類抗體可係任何免疫球蛋白類別,包括IgG、IgM、IgE、IgA及IgD,以及其任何亞類。產生用於本揭露之mAb之融合瘤可在體外或體內培養。
可用的單株抗體包括但不限於人類單株抗體、人源化單株抗體、抗體片段或嵌合人類-小鼠(或其他物種)單株抗體。人類單株抗體可藉由此項技術中已知的多種技術中之任一者來製備。
抗體亦可係雙特異性抗體。用於製備雙特異性抗體之方法係此項技術中已知的。傳統的全長雙特異性抗體之產生係基於兩個免疫球蛋白重鏈-輕鏈對之共表現,在此情況下兩條鏈具有不同的特異性。由於免疫球蛋白重鏈及輕鏈之隨機分配,此等融合瘤(四源融合瘤(quadromas))產生10種不同抗體分子之潛在混合物,其中僅一種具有正確的雙特異性結構。通常使用親和層析步驟進行正確分子之純化相當麻煩,且產物產率低。
根據一種不同的方法,將具有所要結合特異性之抗體可變域(抗體-抗原結合位點)融合至免疫球蛋白恆定域序列。融合可係與免疫球蛋白重鏈恆定域,其包含鉸鏈、CH2及CH3區之至少一部分。第一重鏈恆定區(CH1)可含有輕鏈結合所必需的位點,其存在於至少一種融合物中。將具有編碼免疫球蛋白重鏈融合物及需要時免疫球蛋白輕鏈之序列之核酸插入至單獨的表現載體中,且將其共轉染至合適的宿主生物中。在用於構築之不等比率之三條多肽鏈提供最佳產量時之態樣中,此舉提供了調節三條多肽片段之相互比例的極大靈活性。然而,當至少兩條多肽鏈以相等比率表現導致高產率時或當該等比率沒有特別意義時,將兩條或所有三條多肽鏈之編碼序列插入一個表現載體中係可能的。
雙特異性抗體可具有在一個臂中之具有第一結合特異性之雜合免疫球蛋白重鏈,及在另一臂中之雜合免疫球蛋白重鏈-輕鏈對(提供第二結合特異性)。這種不對稱結構有助於自不需要的免疫球蛋白鏈組合分離所要的雙特異性化合物,因為免疫球蛋白輕鏈在僅一半的雙特異性分子中存在提供了簡便的分離方式。使用此類技術,可製備雙特異性抗體以用於在治療或預防如本文所定義之疾病中與誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物綴合。
雜合或雙功能抗體可以生物學方式得到,即藉由細胞融合技術,或以化學方式得到,尤其是利用交聯劑或二硫鍵形成試劑,且可包含完整抗體或其片段。
抗體可係免疫特異性結合癌細胞抗原、病毒抗原或微生物抗原之抗體或結合至腫瘤細胞或基質之其他抗體之功能活性片段、衍生物或類似物。就此而言,「功能活性」意謂片段、衍生物或類似物能夠引出抗-抗個體遺傳型抗體,其識別與片段、衍生物或類似物所來源之抗體所識別之抗原相同的抗原。具體地,在例示性態樣中,免疫球蛋白分子之個體遺傳型之抗原性可藉由缺失特異性識別抗原之CDR序列的C末端之框架及CDR序列來增強。為了確定哪些CDR序列結合抗原,可藉由此項技術中已知的任何結合檢定方法將含有CDR序列之合成肽用於與抗原之結合檢定。
其他可用的抗體包括抗體片段,諸如但不限於F(ab')2片段,其含有可變區、輕鏈恆定區及重鏈CH1域,可藉由胃蛋白酶消化抗體分子產生;及Fab片段,其可藉由還原F(ab')2片段之二硫橋生成。其他可用的抗體係抗體之重鏈及輕鏈二聚體,或其任何最小片段,諸如Fv或單鏈抗體(SCA),或具有與抗體相同特異性之任何其他分子。
另外,可使用標準重組DNA技術製備之包含人類及非人類部分的重組抗體,諸如嵌合抗體及人源化單株抗體,係可用的抗體。嵌合抗體係其中不同部分來源於不同動物物種之分子,諸如具有來源於鼠單株之可變區及人類免疫球蛋白恆定區之彼等。人源化抗體係來自非人類物種之抗體分子,其具有來自非人類物種之一或多個互補決定區(CDR)及來自人類免疫球蛋白分子之框架區。此類嵌合抗體及人源化單株抗體可藉由此項技術中已知的重組DNA技術產生。
可使用不能表現內源性免疫球蛋白重鏈及輕鏈基因,但可表現人類重鏈及輕鏈基因之轉基因小鼠來產生完全人類抗體。以正常方式用選擇的抗原例如本揭露之多肽之全部或一部分使轉基因小鼠免疫。可使用習知融合瘤技術獲得針對該抗原之單株抗體。轉基因小鼠攜帶的人類免疫球蛋白轉基因在B細胞分化期間重新排列,且隨後發生類別轉換及體細胞突變。因此,使用此一技術,有可能產生治療上可用之IgG、IgA、IgM及IgE抗體。對於此種用於產生人類抗體之技術之概述,參見Lonberg及Huszar (1995, Int. Rev. Immunol. 13:65-93)。其他人類抗體可自例如Abgenix, Inc. (Freemont, Calif.)及Genpharm (San Jose, Calif.)商購獲得。
可使用稱為「引導選擇(guided selection)」之技術生成識別選擇的表位之完全人類抗體。在該方法中,使用選擇的非人類單株抗體,例如小鼠抗體,引導選擇識別相同表位之完全人類抗體。人類抗體亦可使用此項技術中已知的各種技術產生,包括噬菌體顯示文庫。
抗體可係抗體之融合蛋白或其功能活性片段,例如在其中抗體經由共價鍵(例如肽鍵)在N末端或C末端融合至不為抗體之另一種蛋白質(或其部分,諸如蛋白質之至少10、20或50個胺基酸之部分)之胺基酸序列。抗體或其片段可在恆定域之N末端共價連接至其他蛋白質。
抗體包括經任一修飾之類似物及衍生物,即藉由任何類型分子之共價連接進行修飾,只要此種共價連接允許抗體保持其抗原結合免疫特異性即可。例如,但不限於,抗體之衍生物及類似物包括經進一步修飾之彼等,例如藉由糖基化、乙醯化、聚乙二醇化、磷酸化、醯胺化、藉由已知保護基/阻隔基之衍生化、蛋白水解裂解、與細胞抗體單元或其他蛋白質之連接等。多種化學修飾中之任一者可藉由已知技術進行,包括但不限於特異性化學裂解、乙醯化、甲醯化、在衣黴素存在下之代謝合成等。另外,類似物或衍生物可含有一或多種非天然胺基酸。
綴合物中之抗體可包括在與Fc受體相互作用之胺基酸殘基中具有修飾(例如,取代、缺失或添加)之抗體。特別地,抗體包括在經鑑定為參與抗Fc域與FcRn受體之間的相互作用之胺基酸殘基中具有修飾之抗體。可例如自Genentech (San Francisco, Calif.)商購獲得或藉由熟習此項技術者已知的任何方法例如像化學合成或重組表現技術產生對癌細胞抗原具有免疫特異性之抗體。可例如自GenBank資料庫或與它類似的資料庫、文獻出版物或藉由常規選殖及定序獲得編碼對癌細胞抗原具有免疫特異性之抗體之核苷酸序列。
在某些態樣中,綴合物之抗體可係單株抗體,例如鼠單株抗體、嵌合抗體或人源化抗體。在一些態樣中,抗體可係抗體片段,例如Fab片段。
用於治療或預防癌症之已知抗體可綴合至本文所述之化合物。可商購獲得或藉由熟習此項技術者已知的任何方法例如像重組表現技術產生對癌細胞抗原具有免疫特異性之抗體。可例如自GenBank資料庫或與它類似的資料庫、文獻出版物或藉由常規選殖及定序獲得編碼對癌細胞抗原具有免疫特異性之抗體之核苷酸序列。可用於治療癌症之抗體之實例包括但不限於用於治療轉移性乳癌患者之人源化抗HER2單株抗體;RITUXAN
®(利妥昔單抗;Genentech),其係用於治療非霍奇金淋巴瘤患者之嵌合抗CD20單株抗體;OvaRex
®(奧瑞戈伏單抗;AltaRex Corporation,MA),其係用於治療卵巢癌之鼠抗體;Panorex (依決洛單抗(edrecolomab),Glaxo Wellcome,NC),其係用於治療結腸直腸癌之鼠IgG2a抗體;Cetuximab Erbitux (西妥昔單抗,Imclone Systems Inc.,NY),其係用於治療表皮生長因子陽性癌症諸如頭頸癌之抗EGFR IgG嵌合抗體;Vitaxin (依他珠單抗(etaracizumab),MedImmune, Inc.,MD),其係用於治療肉瘤之人源化抗體;Campath I/H (阿侖單抗,Leukosite,MA),其係用於治療慢性淋巴球性白血病(CLL)之人源化IgG1抗體;Smart MI95 (Protein Design Labs, Inc.,CA),其係用於治療急性骨髓性白血病(AML)之人源化抗CD33 IgG抗體;LymphoCide (依帕珠單抗(epratuzumab),Immunomedics, Inc.,NJ),其係用於治療非霍奇金淋巴瘤之人源化抗CD22 IgG抗體;Smart ID10 (Protein Design Labs, Inc.,CA),其係用於治療非霍奇金淋巴瘤之人源化抗HLA-DR抗體;Oncolym (Techniclone, Inc.,CA),其係用於治療非霍奇金淋巴瘤之放射性標記之鼠抗HLA-Dr10抗體;Allomune (BioTransplant,CA),其係用於治療霍奇金病或非霍奇金淋巴瘤之人源化抗CD2 mAb;Avastin (貝伐單抗,Genentech
, Inc.,CA),其係用於治療肺癌及結腸直腸癌之抗VEGF人源化抗體;Epratuzamab (Immunomedics, Inc.,NJ及Amgen,CA),其係用於治療非霍奇金淋巴瘤之抗CD22抗體;及CEAcide (Immunomedics, NJ),其係用於治療結腸直腸癌之人源化抗CEA抗體。
可用於綴合物中之其他抗體包括但不限於曲妥珠單抗、吉妥珠單抗、帕妥珠單抗、奧比妥珠單抗、奧法木單抗、達雷妥尤單抗、STI-6129、林妥珠單抗、huMy9-6、貝蘭他單抗、英達妥昔單抗、地妥昔單抗、抗CD38 A2抗體、buAT15/3 H3s抗體、替伊莫單抗、托西莫單抗、帕尼單抗、曲美木單抗、替西木單抗、卡妥索單抗及維妥珠單抗。在某些態樣中,抗體選自由以下組成之群:利妥昔單抗、曲妥珠單抗、帕妥珠單抗、huMy9-6、林妥珠單抗及吉妥珠單抗。可用於綴合物中之其他抗體包括但不限於泊洛妥珠單抗、J591、洛沃妥珠單抗及沙西妥珠單抗。
可用於綴合物之其他抗體包括但不限於針對以下抗原之抗體:CA125 (卵巢)、CA15-3 (癌)、CA19-9 (癌)、L6 (癌)、Lewis Y (癌)、Lewis X (癌)、α-胎蛋白(癌)、CA 242 (結腸直腸癌)、胎盤鹼性磷酸酶(癌)、前列腺特異性抗原(前列腺)、前列腺酸性磷酸酶(前列腺)、表皮生長因子(癌)、MAGE-1 (癌)、MAGE-2 (癌)、MAGE-3 (癌)、MAGE-4 (癌)、抗運鐵蛋白受體(癌)、p97 (黑色素瘤)、MUC1-KLH (乳癌)、CEA (結腸直腸癌)、gp100 (黑色素瘤)、MART1 (黑色素瘤)、PSA (前列腺)、IL-2受體(T細胞白血病及淋巴瘤)、CD20 (非霍奇金淋巴瘤)、CD52 (白血病)、CD33 (白血病)、CD22 (淋巴瘤)、人類絨毛膜促性腺激素(癌)、CD38 (多發性骨髓瘤)、CD40 (淋巴瘤)、黏蛋白(癌)、P21 (癌)、MPG (黑色素瘤)及Neu致癌基因產物(癌)。一些特定、可用的抗體包括但不限於BR96 mAb (Trail, P. A.等人Science (1993) 261, 212-215)、BR64 (Trail, P A等人Cancer Research (1997) 57, 100-105)、針對CD40抗原之mAb諸如S2C6 mAb (Francisco, J. A.等人Cancer Res. (2000) 60:3225-3231)、針對CD70抗原之mAb諸如1F6 mAb及針對CD30抗原之mAb諸如AC10。可使用許多與腫瘤相關抗原結合之其他內化抗體,且已對其進行了綜述。
本發明綴合物可結合之其他抗原包括但不限於5T4、ACE、ADRB3、AKAP-4、ALK、AOC3、APP、Axin1、AXL、B7H3、B7-H4、BCL2、BCMA、bcr-abl、BORIS、BST2、C242、C4.4a、CA 125、CA6、CA9、CAIX、CCL11、CCR5、CD123、CD133、CD138、CD142、CD15、CD15-3、CD171、CD179a、CD18、CD19、CD19-9、CD2、CD20、CD22、CD23、CD24、CD25、CD27L、CD28、CD3、CD30、CD31、CD300LF、CD33、CD352、CD37、CD38、CD4、CD40、CD41、CD44、CD44v6、CD5、CD51、CD52、CD54、CD56、CD62E、CD62P、CD62L、CD70、CD71、CD72、CD74、CD79a、CD79b、CD80、CD90、CD97、CD125、CD138、CD141、CD147、CD152、CD154、CD326、CEA、CEACAM5、CFTR、凝集因子、cKit、密連蛋白3、密連蛋白18.2、CLDN6、CLEC12A、CLL-1、cll3、c-MET、Cripto蛋白、CS1、CTLA-4、CXCR2、CXORF61、細胞週期蛋白Bl、CYP1B1、鈣黏蛋白-3、鈣黏蛋白-6、DLL3、E7、EDNRB、EFNA4、EGFR、EGFRvIII、ELF2M、EMR2、ENPP3、EPCAM、EphA2、Ephrin A4、Ephrin B2、EPHB4、ERBB2 (Her2/neu)、ErbB3、ERG (TMPRSS2 ETS融合基因)、ETBR、ETV6-AML、FAP、FCAR、FCRL5、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、葉酸受體α、葉酸受體β、FOLR1、Fos相關抗原1、岩藻糖基GM1、GCC、GD2、GD3、GloboH、GM3、GPC1、GPC2、GPC3、gplOO、GPNMB、GPR20、GPRC5D、GUCY2C、HAVCR1、HER2、HER3、HGF、HMI.24、HMWMAA、HPV E6、hTERT、人類端粒酶反轉錄酶、ICAM、ICOS-L、IFN-α、IFN-γ、IGF-I受體、IGLL1、IL-2受體、IL-4受體、IL-13Ra2、IL-l lRa、IL-1受體、IL-12受體、IL-23受體、IL-13受體、IL-22受體、IL-4受體、IL-5受體、IL-6、干擾素受體、整合素(包括α4、αvβ3、αvβ5、αvβ6、α1β4、α4β1、α4β7、α5β1、α6β4、αIIbβ3整合素)、整合素αV、腸羧基酯酶、KIT、LAGE-la、LAIR1、LAMP-1、LCK、豆莢蛋白、LewisY、LFA-1 (CD11a)、L-選擇素(CD62L)、LILRA2、LIV-1、LMP2、LRRC15、LY6E、LY6K、LY75、MAD-CT-1、MAD-CT-2、MAGE Al、MelanA/MARTl、間皮素、ML-IAP、MSLN、黏蛋白、MUC1、MUC16、mut hsp70-2、MYCN、肌肉生長抑制素、NA17、NaPi2b、NCA-90、NCAM、連接素-4、NGF、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NOTCH4、NY-BR-1、NY-ESO-1、o-乙醯基-GD2、OR51E2、OY-TES1、p53、p53突變體、PANX3、PAP、PAX3、PAX5、p-CAD、PCTA-1/半乳糖凝集素8、PD-L1、PD-L2、PDGFR、PDGFR-β、磷脂醯絲胺酸、PIK3CA、PLAC1、聚唾液酸、前列腺酶、前列腺癌細胞、前列腺特異性蛋白、綠膿桿菌、狂犬病、存活素及端粒酶、PD-1、PRSS21、PSCA、PSMA、PTK7、RAGE-1、RANKL、Ras突變體、呼吸道融合病毒、恆河猴因子、RhoC、RON、ROR1、ROR2、RU1、RU2、SART3、SLAMF7、SLC44A4、sLe、SLITRK6、精子蛋白17、鞘胺醇-1-磷酸鹽、SSEA-4、SSX2、STEAP1、TAG72、TARP、TCRβ、TEM1/CD248、TEM7R、肌腱蛋白C、TF、TGF-1、TGF-β2、TNF-α、TGS5、Tie 2、TIM-1、Tn Ag、TRAC、TRAIL-R1、TRAIL-R2、TROP-2、TRP-2、TRPV1、TSHR、腫瘤抗原CTAA16.88、酪胺酸酶、UPK2、VEGF、VEGFR1、VEGFR2、波形蛋白、WTl及/或XAGE1。
結合與抗原呈遞細胞相關之抗原之抗體,諸如CD40、OX40L、Endoglin、DEC-205、4-1BBL、CD36、CD36、CD204、MARCO、DC-SIGN、CLEC9A、CLEC5A、Dectin 2、CLEC10A、CD206、CD64、CD32A、CD1A、HVEM、CD32B、PD-L1、BDCA-2、XCR-1及CCR2,亦可綴合至誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物。
本文所述之綴合物之抗體可結合活化淋巴球上表現之受體或受體複合物。受體或受體複合物可包含免疫球蛋白基因超家族成員、TNF受體超家族成員、整合素、細胞介素受體、趨化介素受體、主要組織相容性蛋白、凝集素或補體控制蛋白。合適之免疫球蛋白超家族成員之非限制性實例係CD2、CD3、CD4、CD8、CD 19、CD22、CD28、CD79、CD90、CD 152/CTLA-4、PD-1及ICOS。合適之TNF受體超家族成員之非限制性實例係CD27、CD40、CD95/Fas、CD134/OX40、CD137/4-1BB、TNF-R1、TNFR-2、RANK、TACI、BCMA、蝕骨細胞抑制因子、Apo2/TRAIL-R1、TRAIL-R2、TRAIL-R3、TRAIL-R4及APO-3。合適之整合素之非限制性實例係CD11a、CD11b、CD11c、CD18、CD29、CD41、CD49a、CD49b、CD49c、CD49d、CD49e、CD49f、CD 103及CD 104。合適之凝集素之非限制性實例係C型、S型及I型凝集素。
在一些態樣中,可用於本揭露之抗體包括但不限於3F8、8H9、阿巴伏單抗(abagovomab)、阿昔單抗(abciximab) (REOPRO
®)、阿比特珠單抗(abituzumab)、安澤奇單抗(abrezekimab)、阿布魯單抗(abrilumab)、阿克托單抗(actoxumab)、阿達木單抗(adalimumab) (HUMIRA
®)、阿德木單抗(adecatumumab)、阿杜卡奴單抗(aducanumab)、阿非西維單抗(afasevikumab)、阿非莫單抗(afelimomab)、阿夫土珠單抗(afutuzumab)、培化阿珠單抗(alacizumab)、ALD518、阿侖單抗(CAMPATH
®)、阿利庫單抗(alirocumab) (Praluent
®)、阿妥莫單抗(altumomab)、阿馬妥昔單抗(amatuximab)、麻安莫單抗(anatumomab)、安德西昔單抗(andecaliximab)、阿奈妥單抗(anetumab)、阿尼魯單抗(anifrolumab)、安蘆珠單抗(anrukinzumab)、阿泊珠單抗(apolizumab)、阿普盧妥單抗(aprutumab)、阿西莫單抗(arcitumomab) (CEA-SCAN
®)、阿伐蘇單抗(ascrinvacumab)、阿塞珠單抗(aselizumab)、阿度尤單抗(atidortoxumab)、阿特立單抗(atlizumab) (托西珠單抗(tocilizumab)、Actemra
®、RoActemra
®)、阿替利珠單抗(atezolizumab) (Tecentriq
®)、阿替奴單抗(atinumab)、阿托莫單抗(atorolimumab)、阿維魯單抗(avelumab) (Bavencio)、阿妥昔珠單抗(azintuxizumab)、貝蘭他單抗、巴匹珠單抗(bapineuzumab)、巴利昔單抗(basiliximab) (Simulect
®)、巴維昔單抗(bavituximab)、BCD-100、貝妥莫單抗(bectumomab) (LYMPHOSCAN
®)、貝戈洛單抗(begelomab)、貝蘭他單抗、貝利木單抗(belimumab) (BENLYSTA
®)、貝馬里妥珠單抗(bemarituzumab)、貝那利珠單抗(benralizumab) (Fasenra
®)、貝邁奇單抗(bermekimab)、伯薩利單抗(bersanlimab)、柏替木單抗(bertilimumab)、貝索單抗(besilesomab) (SCINITIMUN
®)、貝伐單抗(AVASTIN
®)、貝佐洛單抗(bezlotoxumab) (Zinplava
®)、比西單抗(biciromab) (FIBRISCINT
®)、比瑪盧單抗(bimagrumab)、比美珠單抗(bimekizumab)、泊特埃單抗(birtamimab)、比伐珠單抗(bivatuzumab)、布來魯單抗(bleselumab)、博納吐單抗(blinatumomab)、布隆妥維單抗(blontuvetmab)、布索組單抗(blosozumab)、伯考賽珠單抗(bococizumab)、布雷庫單抗(brazikumab)、本妥昔單抗(brentuximab)、布雷奴單抗(briakinumab)、柏達魯單抗(brodalumab) (Siliq™)、布西珠單抗(brolucizumab) (Beovu
®)、布朗妥珠單抗(brontictuzumab)、布洛舒單抗(burosumab) (Crysvita
®)、卡比利珠單抗(cabiralizumab)、卡普賽珠單抗(caplacizumab) (Cablivi
®)、替卡利尤單抗(camidanlumab)、卡瑞利珠單抗(camrelizumab)、卡那單抗(canakinumab) (ILARIS
®)、坎妥珠單抗(cantuzumab)、卡羅單抗(capromab)、卡蘆單抗(carlumab)、卡妥昔單抗(carotuximab)、卡妥索單抗(REMOVAB
®)、cBR96、CC49、維得利珠單抗(cedelizumab)、西米普利單抗(cemiplimab) (Libtayo
®)、瑟妥珠單抗(cergutuzumab)、西利單抗(certrelimab)、賽妥珠單抗(certolizumab)、西妥昔單抗(ERBITUX
®)、賽必妥單抗(cibisatamab)、西妥珠單抗(cirmtuzumab)、泊西他珠單抗(citatuzumab)、西妥木單抗(cixutumumab)、克拉紮珠單抗(clazakizumab)、克立昔單抗(clenoliximab)、克立妥單抗(clivatuzumab)、考曲妥珠單抗(codrituzumab)、考非妥珠單抗(cofetuzumab)、考妥昔單抗(coltuximab)、可那木單抗(conatumumab)、康賽珠單抗(concizumab)、考韋昔單抗(cosfroviximab)、CR6261、克瑞組單抗(crenezumab)、立贊利珠單抗(crizanlizumab) (Adakveo
®)、克羅特度單抗(crotedumab)、古妥珠單抗(cusatuzumab)、達西組單抗(dacetuzumab)、達利珠單抗(daclizumab) (Zinbryta
®)、達羅托組單抗(dalotuzumab)、達匹利珠單抗(dapirolizumab)、達雷妥尤單抗(Darzalex
®)、德屈庫單抗(dectrekumab)、登賽珠單抗(demcizumab)、地寧妥珠單抗(denintuzumab)、地舒單抗(denosumab) (PROLIA
®)、迪妥昔珠單抗(depatuxizumab)、地洛妥單抗(derlotuximab)、地莫單抗(detumomab)、迪紮米珠單抗(dezamizumab)、地妥昔單抗(Unituxin
®)、地利伏單抗(diridavumab)、多瑪洛珠單抗(domagrozumab)、多塔利單抗(dostarlimab)、阿托度單抗(dorlimomab)、得利西珠單抗(dorlixizumab)、曲齊妥單抗(drozitumab)、DS-8201、杜力妥珠單抗(duligotuzumab)、度匹魯單抗(dupilumab) (Dupixent
®)、度伐利尤單抗(durvalumab) (Imfinzi
®)、度司妥單抗(dusigitumab)、依羅美昔單抗(ecromeximab)、依庫珠單抗(eculizumab) (SOLIRIS
®)、埃巴單抗(edobacomab)、依決洛單抗(edrecolomab) (PANOREX
®)、依法利珠單抗(efalizumab) (RAPTIVA
®)、依芬古單抗(efungumab) (MYCOGRAB
®)、埃迪魯單抗(eldelumab)、依來努單抗(elezanumab)、依更妥單抗(elgemtumab)、埃羅妥珠單抗(elotuzumab) (Empliciti
®)、艾西莫單抗(elsilimomab)、依米妥珠單抗(emactuzumab)、依瑪魯單抗(emapalumab) (Gamifant
®)、依瑪妥珠單抗(emibetuzumab)、艾美賽珠單抗(emicizumab) (Hemlibra
®)、恩泊妥單抗(enapotamab)、依那妥組單抗(enavatuzumab)、恩諾單抗(enfortumab) (Padcev
®)、恩莫單抗(enlimomab)、依諾妥珠單抗(enoblituzumab)、依庫珠單抗(enokizumab)、依諾蘇單抗(enoticumab)、恩妥昔單抗(ensituximab)、依匹莫單抗(epitumomab)、依普奈珠單抗(eptinezumab) (Vyepti
®)、依帕珠單抗(epratuzumab)、依瑞奈尤單抗(erenumab) (Aimovig
®)、厄利珠單抗(erlizumab)、厄妥索單抗(ertumaxomab) (REXOMUN
®)、埃達組單抗(etaracizumab) (ABEGRIN
®)、艾替利單抗(etigilimab)、伊妥珠單抗(etrolizumab)、依維蘇單抗(evinacumab)、依洛尤單抗(evolocumab) (Repatha
®)、艾韋單抗(exbivirumab)、法索單抗(fanolesomab) (NEUTROSPEC
®)、法拉莫單抗(faralimomab)、法瑞西單抗(faricimab)、法妥組單抗(farletuzumab)、法司努單抗(fasinumab)、FBTA05、泛維珠單抗(felvizumab)、非紮奴單抗(fezakinumab)、菲巴妥珠單抗(fibatuzumab)、非拉妥組單抗(ficlatuzumab)、芬妥木單抗(figitumumab)、非利伏單抗(firivumab)、法蘭妥單抗(flanvotumab)、夫來庫單抗(fletikumab)、伏妥珠單抗(flotetuzumab)、芳妥珠單抗(fontolizumab) (HuZAF
®)、福雷蘆單抗(foralumab)、福拉韋單抗(foravirumab)、瑞瑪奈珠單抗(fremanezumab) (Ajovy
®)、非蘇木單抗(fresolimumab)、弗洛西單抗(frovocimab)、夫盧維單抗(frunevetmab)、福拉奴單抗(fulranumab)、伏妥昔單抗(futuximab)、加那珠單抗(galcanezumab) (Emgality
®)、加利昔單抗(galiximab)、甘妥單抗(gancotamab)、加尼妥單抗(ganitumab)、更汀蘆單抗(gantenerumab)、加維莫單抗(gavilimomab)、格迪伏單抗(gedivumab)、吉妥珠單抗、吉伏組單抗(gevokizumab)、吉維單抗(gilvetmab)、瑾司魯單抗(gimsilumab)、吉妥昔單抗(girentuximab)、格巴妥木單抗(glembatumumab)、戈利木單抗(golimumab) (SIMPONI
®)、戈利昔單抗(gomiliximab)、古塞庫單抗(guselkumab) (Tremfya
®)、huMy9-6、伊利尤單抗(ianalumab)、伊巴珠單抗(ibalizumab) (Trogarzo
®)、IBI308、替伊莫單抗、伊庫魯單抗(icrucumab)、依達賽珠單抗(idarucizumab) (Praxbind
®)、依法妥珠單抗(ifabotuzumab)、伊戈伏單抗(igovomab) (INDIMACIS-125)、伊達珠單抗(iladatuzumab)、IMAB362、伊瑪魯單抗(imalumab)、依瑪利單抗(imaprelimab)、英西單抗(imciromab) (MYOSCINT
®)、伊馬曲單抗(imgatuzumab)、伊克拉單抗(inclacumab)、英達妥昔單抗、英度妥單抗(indusatumab)、伊奈利珠單抗(inebilizumab)、英夫利西單抗(infliximab) (REMICADE
®)、英妥木單抗(intetumumab)、伊諾莫單抗(inolimomab)、伊珠單抗(inotuzumab)、iomab-B、伊匹單抗(ipilimumab)、伊妥木單抗(iratumumab)、伊沙妥昔單抗(Sarclisa
®)、伊卡利單抗(iscalimab)、艾司妥單抗(istiratumab)、伊妥珠單抗(itolizumab)、依奇珠單抗(ixekizumab) (Taltz
®)、凱利昔單抗(keliximab)、拉貝珠單抗(labetuzumab) (CEA-CIDE™)、拉妥珠單抗(lacnotuzumab)、拉迪拉珠單抗(ladiratuzumab)、蘭帕利珠單抗(lampalizumab)、拉那利尤單抗(lanadelumab) (Takhzyro
®)、蘭洛珠單抗(landogrozumab)、拉妥昔單抗(laprituximab)、拉韋昔單抗(larcaviximab)、來瑞組單抗(lebrikizumab)、來馬索單抗(lemalesomab)、蘭達麗珠單抗(lendalizumab)、倫韋單抗(lenvervimab)、侖茲魯單抗(lenzilumab)、樂德木單抗(lerdelimumab)、樂利單抗(leronlimab)、來索伏單抗(lesofavumab)、來利珠單抗(letolizumab)、來沙木單抗(lexatumumab)、利韋單抗(libivirumab)、利法妥珠單抗(lifastuzumab)、利戈組單抗(ligelizumab)、利洛托單抗(lilotomab)、林妥珠單抗、利瑞魯單抗(lirilumab)、洛迪賽珠單抗(lodelcizumab)、洛吉維單抗(lokivetmab)、朗妥昔單抗(loncastuximab)、洛沃妥珠單抗(lorvotuzumab)、羅妥昔珠單抗(losatuxizumab)、盧卡木單抗(lucatumumab)、魯利珠單抗(lulizumab)、魯昔單抗(lumiliximab)、魯妥珠單抗(lumretuzumab)、魯帕妥單抗(lupartumab)、魯吉珠單抗(lutikizumab)、馬帕木單抗(mapatumumab)、馬吉妥昔單抗(margetuximab)、馬塔西單抗(marstacimab)、馬司莫單抗(maslimomab)、馬妥珠單抗(matuzumab)、馬夫利列單抗(mavrilimumab)、美泊利珠單抗(mepolizumab) (Nucala
®)、美替木單抗(metelimumab)、米拉組單抗(milatuzumab)、明瑞莫單抗(minretumomab)、米吉珠單抗(mirikizumab)、米維妥昔單抗(mirvetuximab)、米妥莫單抗(mitumomab)、莫妥昔單抗(modotuximab)、莫那利珠單抗(molalizumab)、莫格利珠單抗(mogamulizumab) (Poteligeo
®)、莫羅木單抗(morolimumab)、莫妥珠單抗(mosunetuzumab)、莫維組單抗(motavizumab) (NUMAX
®)、莫塞妥莫單抗(moxetumomab) (Lumoxiti
®)、莫羅單抗-CD3 (muromonab-CD3) (ORTHOCLONE OKT3
®)、納可洛單抗(nacolomab)、那美蘆單抗(namilumab)、那普妥莫單抗(naptumomab)、那妥昔單抗(naratuximab)、那呐妥單抗(narnatumab)、那他珠單抗(natalizumab) (TYSABRI
®)、那賽昔珠單抗(navicixizumab)、那韋伏單抗(navivumab)、那西妥單抗(naxitamab)、奈巴庫單抗(nebacumab)、耐昔妥珠單抗(necitumumab) (Portrazza
®)、奈莫利珠單抗(nemolizumab)、NEOD001、奈瑞莫單抗(nerelimomab)、奈伐蘇單抗(nesvacumab)、尼塔奇單抗(netakimab)、尼妥珠單抗(nimotuzumab) (THERACIM
®)、尼塞韋單抗(nirsevimab)、納武利尤單抗(nivolumab)、諾非妥莫單抗(nofetumomab)、奧托薩昔單抗(obiltoxaximab) (Anthim
®)、奧比妥珠單抗、奧卡妥珠單抗(ocaratuzumab)、奧克萊珠單抗(ocrelizumab) (Ocrevus
®)、奧度莫單抗(odulimomab)、奧法木單抗(ARZERRA
®)、奧拉單抗(Lartruvo
®)、奧來魯單抗(oleclumab)、奧侖達利珠單抗(olendalizumab)、奧洛組單抗(olokizumab)、奧馬珠單抗(omalizumab) (XOLAIR
®)、奧博妥單抗(omburtamab)、OMS721、奧那妥組單抗(onartuzumab)、翁特珠單抗(ontecizumab)、昂妥昔珠單抗(ontuxizumab)、奧瓦利單抗(onvatilimab)、奧匹努單抗(opicinumab)、奧珀妥珠單抗(oportuzumab)、奧瑞戈伏單抗(OVAREX)、奧替蘇單抗(orticumab)、奧昔組單抗(otelixizumab)、奧替利單抗(otilimab)、奧樂妥珠單抗(otlertuzumab)、奧塞蘆單抗(oxelumab)、奧紮尼珠單抗(ozanezumab)、吉妥珠單抗(ozogamicin)、奧利組單抗(ozoralizumab)、帕昔單抗(pagibaximab)、帕利珠單抗(palivizumab) (SYNAGIS
®)、潘瑞魯單抗(pamrevlumab)、帕尼單抗(VECTIBIX
®)、潘科曼單抗(pankomab)、帕巴庫單抗(panobacumab)、帕薩妥珠單抗(parsatuzumab)、帕考珠單抗(pascolizumab)、帕妥昔珠單抗(pasotuxizumab)、帕替組單抗(pateclizumab)、帕曲妥單抗(patritumab)、PDR001、帕博利珠單抗(pembrolizumab)、彭妥姆單抗(pemtumomab) (THERAGYN
®)、培拉凱珠單抗(perakizumab)、帕妥珠單抗(OMNITARG
®)、培克珠單抗(pexelizumab)、匹地利珠單抗(pidilizumab)、匹那妥珠單抗(pinatuzumab)、平妥莫單抗(pintumomab)、普拉庫單抗(placulumab)、泊洛妥珠單抗(polatuzumab) (Polivy)、普瑞魯單抗(prezalumab)、洛紮利珠單抗(plozalizumab)、泊加珠單抗(pogalizumab)、泊奈組單抗(ponezumab)、珀韋昔單抗(porgaviximab)、普尼珠單抗(prasinezumab)、普利紮麗珠單抗(prezalizumab)、普立昔單抗(priliximab)、瑞托薩昔單抗(pritoxaximab)、普托木單抗(pritumumab)、PRO 140、奎利珠單抗(quilizumab)、雷妥莫單抗(racotumomab)、雷曲妥單抗(radretumab)、雷韋單抗(rafivirumab)、雷泮賽珠單抗(ralpancizumab)、雷莫蘆單抗(ramucirumab)、雷奈維單抗(ranevetmab)、蘭尼單抗(ranibizumab) (LUCENTIS
®)、拉伐加單抗(ravagalimab)、依庫珠單抗(ravulizumab) (Ultomiris
®)、雷昔庫單抗(raxibacumab)、瑞法奈珠單抗(refanezumab)、瑞加韋單抗(regavirumab)、REGN-EB3、瑞拉利單抗(renatlimab)、壬托魯單抗(remtolumab)、瑞替珠單抗(reslizumab) (Cinqair
®)、利妥木單抗(rilotumumab)、利努蘇單抗(rinucumab)、瑞莎珠單抗(risankizumab) (Skyrizi
®)、利妥昔單抗(RITUXAN
®)、利伐巴珠單抗(rivabazumab)、核糖單抗(rmab)、羅妥木單抗(robatumumab)、羅來度單抗(roledumab)、若奇單抗(romilkimab)、羅莫珠單抗(romosozumab) (Evenity
®)、羅利珠單抗(rontalizumab)、洛曼妥珠單抗(rosmantuzumab)、洛伐妥珠單抗(rovalpituzumab)、羅維珠單抗(rovelizumab) (LEUKARREST
®)、洛利昔珠單抗(rozanolixizumab)、盧利珠單抗(ruplizumab) (ANTOVA)、SA237、沙西妥珠單抗、薩馬珠單抗(samalizumab)、沙馬妥單抗(samrotamab)、沙利魯單抗(sarilumab) (Kevzara
®)、薩特利珠單抗(satralizumab)、沙妥莫單抗噴地肽(satumomab pendetide)、司庫奇尤單抗(secukinumab) (Cosentyx
®)、塞魯單抗(selicrelumab)、瑟瑞妥單抗(seribantumab)、瑟托薩昔單抗(setoxaximab)、賽圖蘇單抗(setrusumab)、司韋單抗(sevirumab)、SGN-CD19A、SHP647、西羅珠單抗(sibrotuzumab)、西法木單抗(sifalimumab)、司妥昔單抗(siltuximab)、辛妥珠單抗(simtuzumab)、西利珠單抗(siplizumab)、斯妥尤單抗(sirtratumab)、西魯庫單抗(sirukumab)、索非妥珠單抗(sofituzumab)、蘇蘭組單抗(solanezumab)、索利托單抗(solitomab)、索耐珠單抗(sonepcizumab)、松妥組單抗(sontuzumab)、斯巴達珠單抗(spartalizumab)、司他蘆單抗(stamulumab)、STI-6129、硫索單抗(sulesomab) (LEUKOSCAN
®)、舒他伏單抗(suptavumab)、蘇替莫單抗(sutimlimab)、舒維組單抗(suvizumab)、蘇托舒單抗(suvratoxumab)、他貝蘆單抗(tabalumab)、替組單抗(tacatuzumab) (AFP-CIDE
®)、他度組單抗(tadocizumab)、塔妥珠單抗(talacotuzumab)、他利珠單抗(talizumab)、坦妥維單抗(tamtuvetmab)、他尼組單抗(tanezumab)、帕他莫單抗(taplitumomab paptox)、他瑞妥單抗(tarextumab)、他利昔珠單抗(tavolimab)、替非組單抗(tefibazumab) (AUREXIS
®)、替利單抗(telimomab)、特立妥珠單抗(telisotuzumab)、特度魯單抗(tesidolumab)、泰坦單抗(tetraxetan)、特土洛單抗(tetulomab)、特那妥單抗(tenatumomab)、替奈昔單抗(teneliximab)、替妥木單抗(teprotumumab) (Tepezza
®)、替利組單抗(teplizumab)、特折魯單抗(tezepelumab)、TGN1412、替布利珠單抗(tibulizumab)、替西木單抗(tremelimumab
®)、替加組單抗(tigatuzumab)、替米妥珠單抗(timigutuzumab)、替莫魯單抗(timolumab)、替瑞利尤單抗(tiragolumab)、替古妥單抗(tiragotumab)、替雷利珠單抗(tislelizumab)、替索妥單抗(tisotumab)、替伊莫單抗(tiuxetan)、替拉珠單抗(tildrakizumab) (Ilumya
®)、TNX-650、托西珠單抗(阿特立單抗、ACTEMRA
®)、托木妥昔單抗(tomuzotuximab)、托拉珠單抗(toralizumab)、托薩托舒單抗(tosatoxumab)、托西莫單抗(BEXXAR
®)、托維妥單抗(tovetumab)、曲羅蘆單抗(tralokinumab)、曲妥珠單抗(HERCEPTIN
®)、TRBS07、曲利組單抗(tregalizumab)、曲美木單抗、曲戈盧單抗(trevogrumab)、西莫白介素單抗(tucotuzumab)、妥韋單抗(tuvirumab)、烏珠單抗(urtoxazumab)、優特克單抗(ustekinumab) (STELERA
®)、烏妥昔單抗(ublituximab)、烏洛魯單抗(ulocuplumab)、烏瑞蘆單抗(urelumab)、烏托魯單抗(utomilumab)、伐達妥昔單抗(vadastuximab)、瓦納利單抗(vanalimab)、萬多妥珠單抗(vandortuzumab)、萬替妥單抗(vantictumab)、伐努賽珠單抗(vanucizumab)、伐利昔單抗(vapaliximab)、伐利蘇單抗(varisacumab)、伐立魯單抗(varlilumab)、伐利組單抗(vatelizumab)、維得利珠單抗(vedolizumab)、維妥珠單抗、威帕利莫單抗(vepalimomab)、維森庫單抗(vesencumab)、維西珠單抗(visilizumab) (NUVION
®)、沃巴利珠單抗(vobarilizumab)、伏洛昔單抗(volociximab) (HUMASPECT
®)、珀伽利珠單抗(vonlerolizumab)、伏派利單抗(vopratelimab)、沃瑟妥珠單抗(vorsetuzumab)、伏妥莫單抗(votumumab)、伏那吉珠單抗(vunakizumab)、珍妥珠單抗(xentuzumab)、XMAB-5574、紮妥木單抗(zalutumumab) (HuMEX-EGFr)、紮諾莫單抗(zanolimumab) (HuMAX-CD4)、紮妥昔單抗(zatuximab)、澤妥珠單抗(zenocutuzumab)、齊拉木單抗(ziralimumab)、佐妥昔單抗(zolbetuximab)或佐莫單抗(zolimomab)。在一些態樣中,可用於本揭露之抗體包括但不限於J591及貝蘭他單抗。
在一些態樣中,結合部分係抗體或其抗原結合部分,其包含表A中抗體之6個CDR (即,同一抗體可變重鏈或重鏈之3個CDR及可變輕鏈或輕鏈之3個CDR)。
術語「Kabat編號」及類似術語在此項技術中係公認的,且係指對抗體或其抗原結合片段之重鏈及輕鏈可變區中之胺基酸殘基進行編號之系統。在一些態樣中,CDR可根據Kabat編號系統確定(參見例如Kabat EA及Wu TT (1971) Ann NY Acad Sci 190: 382-391及Kabat EA等人,(1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest,第五版,U.S. Department of Health and Human Services,NIH出版物第91-3242號)。使用Kabat編號系統,抗體重鏈分子內之CDR通常存在於胺基酸位置31至35,其視情況可包括35之後之一或兩個額外的胺基酸(在Kabat編號方案中稱為35A及35B) (CDR1);胺基酸位置50至65 (CDR2);及胺基酸位置95至102 (CDR3)處。使用Kabat編號系統,抗體輕鏈分子內之CDR通常存在於胺基酸位置24至34 (CDR1)、胺基酸位置50至56 (CDR2)及胺基酸位置89至97 (CDR3)處。在一些態樣中,結合部分係抗體或其抗原結合部分,其包含表A中抗體之6個Kabat定義之CDR (即,同一抗體可變重鏈或重鏈之3個Kabat定義之CDR及可變輕鏈或輕鏈之3個Kabat定義之CDR)。
抗體或其抗原結合片段之CDR可根據Chothia編號方案確定,該編號方案係指免疫球蛋白結構環之位置(參見例如,Chothia C及Lesk AM, (1987), J Mol Biol 196: 901-917;Al-Lazikani B等人,(1997) J Mol Biol 273: 927-948;Chothia C等人,(1992) J Mol Biol 227: 799-817;Tramontano A等人,(1990) J Mol Biol 215(1): 175-82;及美國專利第7,709,226號)。通常,當使用Kabat編號慣例時,Chothia CDR-H1環存在於重鏈胺基酸26至32、33或34處,Chothia CDR-H2環存在於重鏈胺基酸52至56處,且Chothia CDR-H3環存在於重鏈胺基酸95至102處,而Chothia CDR-L1環存在於輕鏈胺基酸24至34處,Chothia CDR-L2環存在於輕鏈胺基酸50至56處,且Chothia CDR-L3環存在於輕鏈胺基酸89至97處。當使用Kabat編號慣例進行編號時,Chothia CDR-H1環之端部在H32與H34之間變化,具體取決於環之長度(這是因為Kabat編號方案將插入置於H35A及H35B處;如果35A及35B都不存在,則環在32處結束;如果僅存在35A,則環在33處結束;如果35A及35B都存在,則環在34處結束)。
在一些態樣中,結合部分係抗體或其抗原結合部分,其包含表A中抗體之6個Chothia定義之CDR (即,同一抗體可變重鏈或重鏈之3個Chothia定義之CDR及可變輕鏈或輕鏈之3個Chothia定義之CDR)。在一些態樣中,結合部分係抗體或其抗原結合部分,其包含一或多個CDR,其中Chothia及Kabat CDR具有相同的胺基酸序列。在一些態樣中,結合部分係抗體或其抗原結合部分,其包含表A中抗體之Kabat CDR及Chothia CDR之組合。
在一些態樣中,抗體或其抗原結合片段之CDR可根據如描述於Lefranc M-P, (1999) The Immunologist 7: 132-136及Lefranc M-P等人,(1999) Nucleic Acids Res 27: 209-212中之IMGT編號系統確定。根據IMGT編號方案,VH-CDR1位於位置26至35處,VH-CDR2位於位置51至57處,VH-CDR3位於位置93至102處,VL-CDR1位於位置27至32處,VL-CDR2位於位置50至52處,且VL-CDR3位於位置89至97處。在一些態樣中,結合部分係抗體或其抗原結合部分,其包含表A中抗體之6個IMGT定義之CDR (即,同一抗體可變重鏈或重鏈之3個IMGT定義之CDR及可變輕鏈或輕鏈之3個IMGT定義之CDR),例如,如描述於Lefranc M-P (1999)同上及Lefranc M-P等人,(1999)同上中。
在一些態樣中,抗體或其抗原結合片段之CDR可根據MacCallum RM等人,(1996) J Mol Biol 262: 732-745確定。亦參見例如,Martin A. 「Protein Sequence and Structure Analysis of Antibody Variable Domains,」於
Antibody Engineering, Kontermann及Dübel編,第31章,第422-439頁,Springer-Verlag, Berlin (2001)。在一些態樣中,結合部分係抗體或其抗原結合部分,其包含表A中抗體之6個MacCallum定義之CDR (即,同一抗體可變重鏈或重鏈之3個MacCallum定義之CDR及可變輕鏈或輕鏈之3個MacCallum定義之CDR),例如藉由MacCallum RM等人中之方法確定的。
在一些態樣中,抗體或其抗原結合片段之CDR可根據AbM編號方案確定,該編號方案係指代表Kabat CDR與Chothia結構環之間折衷之AbM高變區,並且由Oxford Molecular's AbM抗體建模軟體(Oxford Molecular Group, Inc.)使用。在一些態樣中,結合部分係抗體或其抗原結合部分,其包含表A中抗體之6個AbM定義之CDR (即,同一抗體可變重鏈或重鏈之3個AbM定義之CDR及可變輕鏈或輕鏈之3個AbM定義之CDR),如藉由AbM編號系統確定的。
在一些態樣中,結合部分係結合CD33之抗體或其抗原結合部分。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD33,且包含美國專利第10,711,062號中所揭示之抗CD33抗體之6個CDR,該專利以引用方式整體併入本文。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD33,且包含美國專利第10,711,062號中所揭示之抗CD33抗體之VH及VL。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD33,且包含美國專利申請公開案第2021/0047404號中揭示之抗CD33抗體之6個CDR,該專利以引用方式整體併入本文。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD33,且包含美國專利申請公開案第2021/0047404號中所揭示之抗CD33抗體之VH及VL。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD33,且包含美國專利申請公開案第2020/0297764號中揭示之抗CD33抗體之6個CDR,該專利以引用方式整體併入本文。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD33,且包含美國專利申請公開案第2020/0297764號中所揭示之抗CD33抗體之VH及VL。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD33,且包含表A中提供之抗CD33抗體之6個CDR (例如,CD33-A、CD33-B或CD33-C)。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD33,且包含表A中提供之抗CD33抗體CD33-D之6個CDR。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD33,且包含表A中提供之抗CD33抗體CD33 huMy9-6之6個CDR。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD33,且包含VH,其包含SEQ ID NO:1之胺基酸序列;及VL,其包含SEQ ID NO:2之胺基酸序列。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD33,且包含VH,其包含SEQ ID NO:3之胺基酸序列;及VL,其包含SEQ ID NO:4之胺基酸序列。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD33,且包含VH,其包含SEQ ID NO:5之胺基酸序列;及VL,其包含SEQ ID NO:6之胺基酸序列。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD33,且包含VH,其包含SEQ ID NO:27之胺基酸序列;及VL,其包含SEQ ID NO:28之胺基酸序列。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD33,且包含VH,其包含SEQ ID NO:22之胺基酸序列;及VL,其包含SEQ ID NO:23之胺基酸序列。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD33,且包含重鏈,其包含SEQ ID NO:24之胺基酸序列;及輕鏈,其包含SEQ ID NO:25之胺基酸序列。
在一些態樣中,結合部分係結合PSMA之抗體或其抗原結合部分。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合PSMA,且包含美國專利申請公開案第2019/ 0022205號中揭示之抗PSMA抗體之6個CDR,該專利以引用方式整體併入本文。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合PSMA,且包含美國專利申請公開案第2019/ 0022205號中所揭示之抗PSMA抗體之VH及VL。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合PSMA,且包含美國專利第10,100,126號中所揭示之抗PSMA抗體之6個CDR,該專利以引用方式整體併入本文。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合PSMA,且包含美國專利第10,100,126號中所揭示之抗PSMA抗體之VH及VL。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合PSMA,且包含美國專利第8,470,330號中揭示之抗PSMA抗體之6個CDR,該專利以引用方式整體併入本文。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合PSMA,且包含美國專利第8,470,330號中所揭示之抗PSMA抗體之VH及VL。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合PSMA,且包含表A中提供之抗PSMA抗體之6個CDR (即PSMA-A、PSMA-B或PSMA-C)。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合PSMA,且包含表A中提供之抗PSMA抗體PSMA-D之6個CDR。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合PSMA,且包含VH,其包含SEQ ID NO:7之胺基酸序列;及VL,其包含SEQ ID NO:8之胺基酸序列。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合PSMA,且包含VH,其包含SEQ ID NO:9之胺基酸序列;及VL,其包含SEQ ID NO:10之胺基酸序列。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合PSMA,且包含VH,其包含SEQ ID NO:11之胺基酸序列;及VL,其包含SEQ ID NO:12之胺基酸序列。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合PSMA,且包含VH,其包含SEQ ID NO:29之胺基酸序列;及VL,其包含SEQ ID NO:30之胺基酸序列。
在一些態樣中,結合部分係結合HER2之抗體或其抗原結合部分。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合HER2,且包含美國專利第7,862,817號中所揭示之抗HER2抗體之6個CDR,該專利以引用方式整體併入本文。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合HER2,且包含美國專利第7,862,817號中所揭示之抗HER2抗體之VH及VL。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合HER2,且包含美國專利第7,850,966號中所揭示之抗HER2抗體之6個CDR,該專利以引用方式整體併入本文。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合HER2,且包含美國專利第7,850,966號中所揭示之抗HER2抗體之VH及VL。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合HER2,且包含PCT國際公開案第WO2016/201051號中所揭示之抗HER2抗體之6個CDR,該專利以引用方式整體併入本文。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合HER2,且包含PCT國際公開案第WO2016/201051號中所揭示之抗HER2抗體之VH及VL。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合HER2,且包含表A中提供之抗HER2抗體之6個CDR (即HER2-A、HER2-B或HER2-C)。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合HER2,且包含VH,其包含SEQ ID NO:13之胺基酸序列;及VL,其包含SEQ ID NO:14之胺基酸序列。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合HER2,且包含VH,其包含SEQ ID NO:15之胺基酸序列;及VL,其包含SEQ ID NO:16之胺基酸序列。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合HER2,且包含VH,其包含SEQ ID NO:17之胺基酸序列;及VL,其包含SEQ ID NO:18之胺基酸序列。
在一些態樣中,結合部分係結合CD20之抗體或其抗原結合部分。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD20,且包含表A中提供之抗CD20抗體CD20-A之6個CDR。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD20,且包含VH,其包含SEQ ID NO:31之胺基酸序列;及VL,其包含SEQ ID NO:32之胺基酸序列。
在一些態樣中,結合部分係結合CD79b之抗體或其抗原結合部分。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD79b,且包含表A中提供之抗CD79b抗體CD79b-A之6個CDR。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合CD79b,且包含VH,其包含SEQ ID NO:33之胺基酸序列;及VL,其包含SEQ ID NO:34之胺基酸序列。
在一些態樣中,結合部分係結合BCMA之抗體或其抗原結合部分。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合BCMA,且包含表A中提供之抗BCMA抗體BCMA-A之6個CDR。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分結合BCMA,且包含SEQ ID NO:35及SEQ ID NO:36之胺基酸序列。
在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分包含恆定區。連接子可連接至恆定區中之胺基酸。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分包含CH1域。連接子可連接至CH1域中之胺基酸。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分包含CH2域。連接子可連接至CH2域中之胺基酸。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分包含CH3域。連接子可連接至CH3域中之胺基酸。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分包含CL域。連接子可連接至CL域中之胺基酸。
在一些態樣中,恆定區、CH1域、CH2域、CH3域或CL域係經工程化之恆定區、CH1域、CH2域、CH3域或CL域。
在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分包含重鏈恆定區,例如人類重鏈恆定區。連接子可連接至重鏈恆定區中之胺基酸,例如人類重鏈恆定區。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分包含IgG重鏈恆定區,例如人類IgG重鏈恆定區。連接子可連接至IgG重鏈恆定區中之胺基酸,例如人類IgG重鏈恆定區。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分包含IgG1重鏈恆定區,例如人類IgG1重鏈恆定區。連接子可連接至IgG1重鏈恆定區中之胺基酸,例如人類IgG1重鏈恆定區。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分包含IgG4重鏈恆定區。連接子可連接至IgG4重鏈恆定區中之胺基酸,例如人類IgG4重鏈恆定區。
在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分包含輕鏈恆定區,例如人類輕鏈恆定區。連接子可連接至輕鏈恆定區中之胺基酸,例如人類輕鏈恆定區。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分包含κ輕鏈恆定區,例如人類κ輕鏈恆定區。連接子可連接至κ輕鏈恆定區中之胺基酸,例如人類κ輕鏈恆定區。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分包含γ輕鏈恆定區,例如人類γ輕鏈恆定區。連接子可連接至γ輕鏈恆定區中之胺基酸,例如人類γ輕鏈恆定區。
在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分在根據EU編號之重鏈位置S239處包含經工程化之半胱胺酸。連接子可連接至S239C。在一些態樣中,抗體或其抗原結合部分在根據EU編號之重鏈位置K334處包含經工程化之半胱胺酸。連接子可連接至K334C。
因此,抗體或其抗原結合部分可包含SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:20或SEQ ID NO:21之重鏈恆定區。
IgG1重鏈恆定區
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (SEQ ID NO:19)
IgG1重鏈恆定區S239C
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGP
C VFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (SEQ ID NO:20)
IgG1重鏈恆定區K334C
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIE
C TISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (SEQ ID NO:21)
抗體或其抗原結合部分可包含SEQ ID NO:26之重鏈恆定區。
IgG4重鏈恆定區S228P
ASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPPCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK (SEQ ID NO:26)
抗體或其抗原結合部分可包含SEQ ID NO:37之重鏈恆定區。
IgG1 N297A恆定區(CH1-鉸鏈-CH2-CH3)
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG (SEQ ID NO:37)
在一些態樣中,連接子可連接至抗體或其抗原結合部分之根據EU編號之重鏈Q295。
「結合」分子靶標或感興趣之抗原之抗體係能夠以足夠的親和力結合該抗原以使該抗體可用於靶向表現該抗原之細胞的抗體。
在本揭露中,基團「Bm」可與多於一種誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物綴合。在一些態樣中,「Bm」可與1至10種化合物綴合。在一些態樣中,「Bm」可與1至9種化合物綴合。在一些態樣中,「Bm」可與1至8種化合物綴合。在一些態樣中,「Bm」可與1、2、3、4、5、6、7、8、9或10種化合物綴合。在一些態樣中,「Bm」可與7或8種化合物綴合。在一些態樣中,「Bm」與5種化合物綴合。在一些態樣中,「Bm」與6種化合物綴合。在一些態樣中,「Bm」與7種化合物綴合。在一些態樣中,「Bm」與8種化合物綴合。在一些態樣中,「Bm」與9種化合物綴合。
V. 組成物及使用方法
本文所述之綴合物及/或化合物可係醫藥學上或醫藥學上可接受之鹽之形式。在一些態樣中,此類鹽衍生自無機或有機酸或鹼。
合適之酸加成鹽之實例包括乙酸鹽、己二酸鹽、藻酸鹽、天冬胺酸鹽、苯甲酸鹽、苯磺酸鹽、硫酸氫鹽、丁酸鹽、檸檬酸鹽、樟腦酸鹽、樟腦磺酸鹽、環戊烷丙酸鹽、二葡萄糖酸鹽、十二烷基硫酸鹽、乙磺酸鹽、反丁烯二酸鹽、葡庚糖酸鹽(lucoheptanoate)、甘油磷酸鹽、半硫酸鹽、庚酸鹽、己酸鹽、鹽酸鹽、氫溴酸鹽、氫碘酸鹽、2-羥基乙磺酸鹽、乳酸鹽、順丁烯二酸鹽、甲磺酸鹽、2-萘磺酸鹽、菸鹼酸鹽、草酸鹽、雙羥萘酸鹽(pamoate)、果凍酸鹽(pectinate)、過硫酸鹽、3-苯丙酸鹽、苦味酸鹽、新戊酸鹽、丙酸鹽、琥珀酸鹽、酒石酸鹽、硫氰酸鹽、甲苯磺酸鹽及十一酸鹽。
合適之鹼加成鹽之實例包括銨鹽;鹼金屬鹽,諸如鈉鹽及鉀鹽;鹼土金屬鹽,諸如鈣鹽及鎂鹽;與有機鹼之鹽,諸如二環己胺鹽、
N-甲基-D-葡萄糖胺;及與胺基酸諸如精胺酸、離胺酸及類似者之鹽。
例如,Berge列出了以下FDA批准的市售鹽:陰離子乙酸鹽、苯磺酸鹽(besylate/ benzenesulfonate)、苯甲酸鹽、碳酸氫鹽、酒石酸氫鹽、溴化物、依地酸鈣(乙二胺四乙酸鹽)、樟腦磺酸鹽(camsylate/camphorsulfonate)、碳酸鹽、氯化物、檸檬酸鹽、二鹽酸鹽、依地酸鹽(乙二胺四乙酸鹽)、乙二磺酸鹽(1,2-乙二磺酸鹽)、硫酸月桂酯鹽(estolate/lauryl sulfate)、乙磺酸鹽(esylate/ethanesulfonate)、反丁烯二酸鹽、葡庚糖酸鹽(gluceptate/glucoheptonate)、葡萄糖酸鹽、麩醯胺酸鹽、對羥乙醯胺基苯胂酸鹽(glycollylarsanilate/glycollamidophenylarsonate)、己基間苯二酚酸鹽(hexylresorcinate)、海巴胺(hydrabamine) (
N,N'-二(去氫樅基)乙二胺)、氫溴酸鹽、鹽酸鹽、羥基萘甲酸鹽、碘化物、羥乙基磺酸鹽(2-羥基乙磺酸鹽)、乳酸鹽、乳糖酸鹽、蘋果酸鹽、順丁烯二酸鹽、苯乙醇酸鹽、甲磺酸鹽(mesylate/methanesulfonate)、甲基溴化物、甲基硝酸鹽、甲基硫酸鹽、黏酸鹽、萘磺酸鹽(2-萘磺酸鹽)、硝酸鹽、雙羥萘酸鹽(pamoate/embonate)、泛酸鹽、磷酸鹽/二磷酸鹽、聚半乳糖醛酸鹽(polygalacturonate)、水楊酸鹽、硬脂酸鹽、次乙酸鹽、琥珀酸鹽、硫酸鹽、單寧酸鹽、酒石酸鹽、茶氯酸鹽(teoclate) (8-氯茶酸鹽(8-chlorotheophyllinate))及三乙碘化物;有機陽離子苄星(benzathine) (
N,N'-二苄基乙二胺)、氯普魯卡因、膽鹼、二乙醇胺、乙二胺、葡甲胺(
N-甲基葡萄糖胺)及普魯卡因;及金屬陽離子鋁、鈣、鋰、鎂、鉀、鈉及鋅。
Berge另外列出了以下非FDA批准的市售(美國以外)鹽:陰離子己二酸鹽、藻酸鹽、胺基水楊酸鹽、無水亞甲基檸檬酸鹽、檳榔鹼、天冬胺酸鹽、硫酸氫鹽、丁基溴化物、樟腦酸鹽、二葡萄糖酸鹽、二氫溴酸鹽、二琥珀酸鹽、甘油磷酸鹽、半硫酸鹽、氫氟酸鹽、氫碘酸鹽、亞甲基雙(水楊酸鹽)、萘二磺酸鹽(1,5-萘二磺酸鹽)、草酸鹽、果凍酸鹽、過硫酸鹽、苯乙基巴比妥酸鹽、苦味酸鹽、丙酸鹽、硫氰酸鹽、甲苯磺酸鹽及十一烷酸鹽;有機陽離子苯乙苄胺(benethamine)(
N-苄基苯乙胺)、克立咪唑(clemizole) (1-對氯苄基-2-吡咯啶-1'-基甲基苯并咪唑)、二乙胺、哌嗪及三木甲胺(tromethamine) (參(羥甲基)胺基甲烷);及金屬陽離子鋇及鉍。
包含本文所述之綴合物之醫藥組成物亦可包含合適之載劑、賦形劑及助劑,其可根據投與方式而不同。
在一些態樣中,醫藥組成物可調配成合適的腸胃外劑型。該等調配物可藉由此項技術中已知的各種方法製備。醫藥組成物可直接投與至血流中、肌肉中或直接投與至器官中。用於腸胃外投與之合適手段包括靜脈內投與、動脈內投與、腹膜內投與、鞘內投與、室內投與、尿道內投與、胸骨內投與、顱內投與、肌肉內投與及皮下投與。用於腸胃外投與之合適裝置包括針式注射器、無針注射器及輸注技術。
腸胃外組成物通常係水溶液,其可含有賦形劑諸如鹽、碳水化合物及緩衝劑。然而,組成物亦可調配成無菌非水溶液或成乾燥形式以與合適的媒劑諸如無菌無熱原水一起使用。
在無菌條件下製備腸胃外組成物,例如藉由凍乾,可使用熟習此項技術者熟知的標準技術容易地完成。
用於腸胃外投與之組成物可調配成立即釋放及/或修飾釋放。修飾釋放調配物包括延遲釋放、持續釋放、脈衝釋放、控制釋放、靶向釋放及程式化釋放。因此,可將組成物調配成固體、半固體或觸變液體,以作為提供活性劑之修飾釋放之植入貯庫投與。
腸胃外調配物可與用於腸胃外劑型之其他合適的醫藥學上可接受之賦形劑混合,諸如但不限於防腐劑。
在另一態樣中,醫藥組成物可調配成合適的口服劑型,諸如錠劑、膠囊劑、散劑、丸劑、懸液劑、溶液、乳劑及類似者。可存在其他合適的載劑,諸如崩解劑、稀釋劑、螯合劑、黏合劑、助滑劑、潤滑劑、填充劑、增量劑、抗黏附劑及類似者。
口服劑量調配物亦可含有其他合適的醫藥賦形劑,諸如甜味劑、媒劑/潤濕劑、著色劑、調味劑、防腐劑、增黏劑/增稠劑及類似者。
本文所述之綴合物可用於治療各種癌症。本揭露之某些綴合物就功效表現、藥物動力學(例如,吸收、分佈、代謝、排泄)、溶解性(例如,水溶性)、與其他藥劑之相互作用(例如,藥物代謝酶抑制作用)、安全性(例如,急性毒性、慢性毒性、遺傳毒性、生殖毒性、心臟毒性、致癌性、中樞毒性)及/或穩定性(例如,化學穩定性、對酶之穩定性)而言可係優越的,且可用作藥劑。
本揭露之綴合物可用作藥劑,諸如用於預防或治療疾病之劑,疾病例如癌症,例如結腸直腸癌(例如,結腸直腸癌、直腸癌、肛門癌、家族性結腸直腸癌、遺傳性非息肉病性結腸直腸癌、胃腸道間質瘤)、肺癌(例如,非小細胞肺癌、小細胞肺癌、惡性間皮瘤)、間皮瘤、胰臟癌(例如,胰臟導管癌、胰臟內分泌腫瘤)、咽癌、喉癌、食道癌、胃癌(stomach/gastric cancer) (例如,乳頭狀腺癌、黏液性腺癌、腺鱗癌)、十二指腸癌、小腸癌、乳癌(例如,侵襲性導管癌、非侵襲性導管癌、炎性乳癌)、卵巢癌(例如,卵巢上皮癌、性腺外生殖細胞腫瘤、卵巢生殖細胞腫瘤、卵巢低惡性潛能腫瘤(ovarian low-malignant potential tumor))、睪丸腫瘤、前列腺癌(例如,激素依賴性前列腺癌、非激素依賴性前列腺癌、去勢抵抗性前列腺癌)、肝癌(例如,肝細胞癌、原發性肝癌、肝外膽管癌)、甲狀腺癌(例如,甲狀腺髓樣癌)、腎癌(例如,腎細胞癌(例如,透明細胞腎細胞癌)、腎盂及輸尿管移行細胞癌)、子宮癌(例如,子宮頸癌、子宮體癌、子宮肉瘤)、妊娠絨毛膜癌、腦腫瘤(例如,髓母細胞瘤、神經膠質瘤、松果體星形細胞瘤、毛細胞星形細胞瘤、瀰漫性星形細胞瘤、間變性星形細胞瘤、垂體腺瘤)、視網膜母細胞瘤、皮膚癌(例如,基底細胞瘤、惡性黑色素瘤)、肉瘤(例如,橫紋肌肉瘤、平滑肌肉瘤、軟組織肉瘤、梭形細胞肉瘤)、惡性骨腫瘤、膀胱癌、血液癌症(hematological/blood cancer)(例如,多發性骨髓瘤、白血病(例如,急性髓性白血病)、惡性淋巴瘤、霍奇金病、慢性骨髓增生性疾病)、原發部位不明的癌症;癌症生長抑制劑;癌症轉移抑制劑;凋亡促進劑;用於治療癌前病變(例如,骨髓化生不良症候群)之劑;及類似者。
在某些態樣中,本揭露之綴合物可用作乳癌、胃癌、卵巢癌、子宮癌、肺癌、胰臟癌、肝癌、淋巴瘤或血液癌症之藥劑。在某些態樣中,本揭露之綴合物可用作前列腺癌、乳癌、胃癌、非小細胞肺癌、膽管癌、結腸癌、卵巢癌或神經調節素-1 (NRG1)陽性癌症之藥劑。在某些態樣中,本揭露之綴合物可用作非霍奇金淋巴瘤(NHL),例如B細胞非霍奇金淋巴瘤或瀰漫性大B細胞淋巴瘤(DLBCL)之藥劑。
此外,本揭露之綴合物或者可與非藥物療法同時使用。準確地說,綴合物可與以下非藥物療法組合,諸如(1)手術,(2)使用血管緊張素II等之高血壓化療,(3)基因療法,(4)熱療法,(5)冷凍療法,(6)激光燒灼及(7)放射療法。
例如,藉由在上述手術及類似者之前或之後使用本揭露之綴合物,可提供諸如防止出現耐藥性、延長無疾病存活期、抑制癌症轉移或複發、延長壽命及類似者的效果。
此外,有可能將用本揭露之綴合物之治療與以下支持療法組合:(i)投與抗生素(例如,β-內醯胺類諸如泛司博林(pansporin)及類似者,大環內酯類諸如克拉黴素及類似者),以用於各種感染性疾病之併發症,(ii)投與高熱量輸注、胺基酸製劑或一般維生素製劑,以改善營養不良,(iii)投與嗎啡,以減輕疼痛,(iv)投與藥劑,以用於改善副作用諸如噁心、嘔吐、厭食、腹瀉、白血球減少症、血小板減少症、血紅蛋白濃度降低、脫髮、肝病、腎病、DIC、發熱及類似者,及(v)投與藥劑,以用於抑制癌症之多重耐藥性及類似者。
在一些態樣中,本揭露之綴合物可與標準護理療法,例如一或多種治療劑(例如,抗癌劑及/或免疫調節劑)組合使用。因此,在某些態樣中,治療本文所揭示之腫瘤之方法包含將本揭露之綴合物與一或多種額外的治療劑組合投與。在一些態樣中,本揭露之綴合物可與一或多種抗癌劑組合使用,使得可靶向免疫途徑之多個元件。在一些態樣中,抗癌劑包含免疫檢查點抑制劑(即,阻斷透過特定免疫檢查點途徑之傳訊)。可用於本發明方法之免疫檢查點抑制劑之非限制性實例包含CTLA-4拮抗劑(例如,抗CTLA-4抗體)、PD-1拮抗劑(例如,抗PD-1抗體、抗PD-L1抗體)、TIM-3拮抗劑(例如,抗TIM-3抗體)或其組合。免疫檢查點抑制劑之額外實例包括T細胞免疫球蛋白及ITIM域(TIGIT)拮抗劑、T細胞活化之V域Ig抑制劑(VISTA)拮抗劑、B及T細胞淋巴球衰減劑(BTLA)拮抗劑及淋巴球活化基因-3 (LAG-3)拮抗劑。在本申請案之組合治療部分中詳細揭示了綜合且非限制性之組合治療列表。
在一些態樣中,本揭露之綴合物在投與額外的治療劑之前或之後投與至個體。在其他態樣中,本揭露之綴合物與額外的治療劑同時投與至個體。在某些態樣中,本揭露之綴合物及額外的治療劑可作為醫藥學上可接受之載劑中之單一組成物同時投與。在其他態樣中,本揭露之綴合物及額外的治療劑係作為單獨的組成物同時投與。
在一些態樣中,可用本揭露之綴合物治療之個體係非人類動物,諸如大鼠或小鼠。在一些態樣中,可治療之個體係人類。
VI. 製備化合物及綴合物之方法
本揭露提供製備綴合物之方法,該方法包含使結合部分與式(XXII)之化合物:
,
或其醫藥學上可接受之鹽反應,其中:
n係0或1;
R
1係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物;
R
2選自氫、-(CH
2CH
2O)
v-CH
3、C
2-C
6烯基、C
1-C
6烷基;C
2-C
6炔基、苄基、C
3-C
6環烷基及C
3-C
6環烷基(C
1-C
3烷基),其中v係1至24;
各Y獨立地係S或O;且
L*係與結合部分綴合之可裂解連接子前驅物。
本揭露亦提供了製備式(XXXII)之化合物:
,
或其醫藥學上可接受之鹽的方法,其中:
a係1至10;
A’係
或
,其中
n係0或1;
各Y獨立地係S或O;
表示與R
1之連接點;且
表示與亞甲基之連接點;
R
1連同A’係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物;
R
2選自氫、為R
1-A’提供穩定性之基團、為R
1-A’提供溶解性之基團以及為R
1-A’提供穩定性及溶解性之基團;
L係可裂解連接子;且
Bm係能夠特異性結合蛋白質之結合部分;
該方法包含:
使(XXXI)之化合物
,
或其醫藥學上可接受之鹽,其中:
A’、R
1及R
2如上所定義,且
L*係可裂解連接子前驅物;
與能夠特異性結合蛋白質之結合部分反應。
如本文所述,連接子前驅物含有連接至結合部分之異雙官能基。
在一些態樣中,連接子前驅物係可由蛋白酶裂解。在一些態樣中,連接子前驅物係選自由以下組成之群:
;
;及
;
其中:
q係2至10;
Z
1、Z
2、Z
3、Z
4及Z
5各自獨立地不存在或係呈L-組態或D-組態之天然胺基酸殘基,條件為Z
1、Z
2、Z
3及Z
4中之至少兩者係胺基酸殘基;且
係與母分子部分之連接點。
Z
1、Z
2、Z
3、Z
4及Z
5獨立地不存在或選自由以下組成之群:L-纈胺酸、D-纈胺酸、L-瓜胺酸、D-瓜胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸、L-麩醯胺酸、D-麩醯胺酸、L-麩胺酸、D-麩胺酸、L-天冬胺酸、D-天冬胺酸、L-天冬醯胺酸、D-天冬醯胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸、L-離胺酸、D-離胺酸及甘胺酸;條件為Z
1、Z
2、Z
3及Z
4及Z
5中之至少兩者係胺基酸殘基。
在一些態樣中,Z
1係不存在或係甘胺酸;Z
2係不存在或選自由以下組成之群:L-麩醯胺酸、D-麩醯胺酸、L-麩胺酸、D-麩胺酸、L-天冬胺酸、D-天冬胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸及甘胺酸;Z
3係選自由以下組成之群:L-纈胺酸、D-纈胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸及甘胺酸;Z
4係選自由以下組成之群:L-瓜胺酸、D-瓜胺酸、L-天冬醯胺酸、D-天冬醯胺酸、L-離胺酸、D-離胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸及甘胺酸;且Z
5係不存在或係甘胺酸。
在一些態樣中,L*係
;
其中
係與母分子部分之連接點。
在一些態樣中,q係4。
在一些態樣中,L*係可生物還原之連接子前驅物。在一些態樣中,可生物還原之連接子前驅物係選自由以下組成之群:
其中:
q係2至10;
R、R’、R’’及R’’’各自獨立地選自氫、C
1-C
6烷氧基C
1-C
6烷基、(C
1-C
6)
2NC
1-C
6烷基及C
1-C
6烷基,或兩個孿R基團連同它們所連接之碳原子可形成環丁基或環丙基環;且
係與母分子部分之連接點。
在一些態樣中,L*係可生物還原之連接子,其係
。
在某些態樣中,L*係點擊釋放連接子前驅物。在一些態樣中,L*係
;
其中:
q為2至10;且
係與母分子部分之連接點。
在某些態樣中,L*係β-葡萄糖醛酸苷酶可裂解之連接子前驅物。在一些態樣中,L*係
;
其中:
q係2至10;
----係不存在或係鍵;且
係與母分子部分之連接點。
在某些態樣中,R
2係為綴合物提供穩定性之基團。在一些態樣中,R
2選自C
2-C
6烯基、C
1-C
6烷基;C
2-C
6炔基、苄基、C
3-C
6環烷基及C
3-C
6環烷基(C
1-C
3烷基)。在一些態樣中,R
2係C
1-C
6烷基。在一些態樣中,R
2係甲基。
在某些態樣中,R
2係為綴合物提供溶解性之基團。在一些態樣中,R
2選自:
;
;
;
;
;
;及
;
其中:
各n獨立地係1、2、3、4或5;
各y獨立地係1或2;且
各R獨立地係氫、C
6H
11O
5、C
12H
21O
10、C
18H
31O
15或C
24H
41O
20。在一些態樣中,R
1係式(XXX)之化合物:
;
其中:
表示與母分子部分之連接點;
A係苯基或C
4-C
10環烷基環;
R
10獨立地選自氫及鹵基;
U選自NH及CF
2;且
R
20選自-C(O)R
3、-N(R
4)
2、-(CH
2)
nOH、-(CH
2)
nN(R
4)
2、-(CH
2)
nQ’(CH
2)
mOH、-(CH
2)
nQ’(CH
2)
mSH及
-(CH
2)
nQ’(CH
2)
mN(R
4)
2;其中
R
3係氫或C
1-C
6烷基;
各R
4獨立地係氫或C
1-C
6烷基;
Q’係O、S或NR
4;
n係1-6;且
m係2-5。
在一些態樣中,
A係苯基;
U係NH;
R
10係鹵基;且
R
20係甲基。
在一些態樣中,A係苯基;
U係NH;
R
10係鹵基;且
R
20係-(CH
2)
2O(CH
2)
2NHCH
3。
在一些態樣中,式(XXX)之化合物係選自由以下組成之群之化合物:
;
;
;
;
;
;及
。
在一些態樣中,R
1-A’係蛋白水解靶向嵌合體(PROTAC)。在某些態樣中,R
1具有下式:
POI-L
100-CBN;
其中:
POI係與感興趣之蛋白質結合之化合物;
L
100係PROTAC連接子;且
CBN係cereblon結合部分。
在一些態樣中,感興趣之蛋白質係核激素受體、翻譯終止因子、轉錄因子、細胞週期蛋白依賴性激酶、酪胺酸激酶、絲胺酸/蘇胺酸激酶或E3連接酶。在一些態樣中,感興趣之蛋白質選自CD33、GSPT1、BRD4、AR、ER、IKZF1/3、CK1a、BCL-XL、IKZF2、IRAK4、BTK、STAT3、BTK及iMiD、BRD9、TRK、MDM2、CDK2/CDK9、CD97b及EGFR。
在某些態樣中,L
100包含一或多個選自以下之官能基:二醇、烷基、炔基、三唑基、哌嗪基、哌啶基及其組合。
在一些態樣中,CBN選自
其中
表示與A’之連接點;且
表示與L
100之連接點。
在某些實施例中,R
1選自
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;
;及
;
其中
表示與A’之連接點。
在一些態樣中,在與式(XXII)或(XXXI)之化合物反應之前對結合部分進行預處理。在某些態樣中,式(XXII)或(XXXI)之化合物與結合部分反應,該結合部分包含抗體或其抗原結合部分。在結合部分係抗體之態樣中,可在與式(XXII)或(XXXI)之化合物反應之前對抗體進行預處理以還原鏈間二硫鍵。
用於經由連接子之順丁烯二醯亞胺組分將式(XXII)或式(XXXI)之化合物綴合至Bm中之半胱胺酸的一般方法顯示在方案I-1中。R
1、R
2及Y係如本文所定義,且L**係如本文定義之連接子之一部分。
方案 I-1
用於經由連接子之N-羥基琥珀醯亞胺組分將式(XXII)或式(XXXI)之化合物綴合至Bm中之離胺酸的一般方法顯示在方案I-2中。R
1、R
2及Y係如本文所定義,且L**係如本文定義之連接子之一部分。
方案 I-2
用於製備式(XX)及式(XXX)之化合物以及在細胞內活化以釋放誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物的一般方法顯示在方案I-3中。R
1、R
2及Y係如本文所定義,且L**係如本文定義之連接子之一部分。
在步驟1中,連接子內之異雙官能基被活化。在步驟2中,受保護之連接子連接至環A之氮上。步驟3顯示胺之去保護,且步驟4顯示Bm基團之連接,且步驟5顯示Bm與PPI連接子部分之綴合(如方案I-1及I-2所示)。步驟6描繪了經由逆曼尼希反應在癌細胞中活化綴合物,該反應釋放誘導蛋白質-蛋白質相互作用之活性化合物。
方案 I-3實例
一般合成方法及中間體
本揭露之化合物可由一般熟習此項技術者根據本揭露及此項技術之知識,及/或藉由參考下文所示之方案及合成實例來製備。一些試劑及中間體係此項技術中已知的。其他試劑及中間體可藉由此項技術中已知的方法使用容易獲得的材料製備。例示性合成路線在以下方案及實例中闡述。應當理解,出現在以下方案及實例中之變數(例如「R」基團)應獨立於出現在申請案中其他地方之變數來閱讀。一般熟習此項技術者將容易理解下文所示之方案及實例如何說明本文所述之化合物之製備。
方案中使用之縮寫通常遵循此項技術中使用之慣例。說明書及實例中使用之化學縮寫定義如下:
「Et
3N」及「TEA」代表三甲胺;「DMF」代表N,N-二甲基甲醯胺;「r.t.」或「rt」或「RT」代表室溫或停留時間(將由上下文決定);「h」代表小時;「min」代表分鐘;「CDI」代表1,1’-羰基二咪唑;「DMAP」代表N,N-二甲基胺基哌啶;「TBAI」代表四丁基溴化銨;「HATU」代表1-[雙(二甲基胺基)亞甲基]-1
H-1,2,3-三唑并[4,5-
b]吡啶鎓3-氧化物六氟磷酸鹽或
N-[(二甲基胺基)-1
H-1,2,3-三唑并-[4,5-
b]吡啶-1-基亞甲基]-
N-甲基甲胺六氟磷酸鹽
N-氧化物;「DIEA」及「iPrNEt
2」代表二異丙基乙胺;「ACN」代表乙腈;「DCM」代表二氯甲烷;「MeOH」代表甲醇;「Me」代表甲基;「PE」代表石油醚;「TFA」代表三氟乙酸;「BOC」或「Boc」「DMSO」代表二甲基亞碸;「Cbz」代表苯甲氧基羰基;「EtOH」代表乙醇;「HOBt」或「HOBT」代表1-羥基苯并三唑水合物;「NBS」代表N-溴代琥珀醯亞胺;「TMS」代表三甲基矽基;且「THF」代表四氫呋喃;
方案 1 :化合物 (I) 之製備 步驟 1. 化合物 1-3 之合成
在0℃下,向經攪拌之Gly-Gly-Gly (化合物1-1,5.00 g,25.1 mmol,1.00當量)於H
2O (25 mL)中之混合物中逐滴添加TEA (7.6 g,75.1 mmol,2.99當量)。在0℃下,向上述混合物中逐滴添加DMF (25 mL)中之6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己酸2,5-二側氧基吡咯啶-1-基酯(化合物1-2,9.29 g,30.1 mmol,1.20當量)。將所得混合物在室溫下再攪拌3 h。LCMS指示反應完成。將混合物用HCl (2N,水溶液)酸化至pH 4。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠(330 g,20-40 um);移動相,水(含有0.05% TFA),ACN (30 min內0%至20%梯度);偵測器,UV 220 nm。這提供呈白色固體之(2-[2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基]-乙醯胺基)乙酸(化合物1-3,1 g,8%)。LCMS (ES, m/s): 383 [M+H]
+ 步驟 1A :化合物 1-4 之合成 步驟 a : 3-(5- 溴 -1- 側氧基異二氫吲哚 -2- 基 ) 哌啶 -2,6- 二酮
在25℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之4-溴-2-(溴甲基)苯甲酸甲酯(60.0 g,194.8 mmol,1.00當量)及3-胺基哌啶-2,6-二酮鹽酸鹽(38.48 g,233.8 mmol,1.20當量)於DMF (120 ml)中之混合物中逐滴添加TEA (67.70 mL,669.0 mmol,2.50當量)。將混合物在25℃下攪拌16 h。隨後在25℃下依次添加H
2O (120 mL)、AcOH (46 mL)及Et
2O (120 mL)。將混合物在25℃下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。藉由過濾收集沉澱的固體且用Et
2O (60 mL)洗滌。這產生呈白色固體之3-(5-溴-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)哌啶-2,6-二酮(40.0 g,63%)。LCMS (ESI, ms): 323,325 (M+H)
+。
1H NMR (300 MHz, DMSO-d
6) δ 11.00(s, 1H), 7.90 (d, J = 1.5 Hz, 1H), 7.74-7.66 (m, 2H), 5.15-5.10(m, 1H), 4.51-4.32(m, 2H), 2.93-2.85(m, 1H), 2.74-2.56(m, 1H), 2.43-2.32(m, 1H), 2.06-1.99(m, 1H)。
步驟 b : 2-(2,6- 二側氧基哌啶 -3- 基 )-1- 側氧基異二氫吲哚 -5- 甲腈
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之3-(5-溴-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)哌啶-2,6-二酮(2.00 g,6.19 mmol,1.00當量)於DMF (40.00 mL)中之溶液中分批添加Zn(CN)
2(872 mg,7.42 mmol,1.20當量)及Pd(PPh
3)
4(715 mg,0.62 mmol,0.10當量)。將所得混合物在80℃、氮氣氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。使混合物冷卻至室溫。向混合物中添加水(120.00 mL),且攪拌30 min。藉由過濾收集沉澱的固體且用水(3x20 mL)及EtOAc (3x20 mL)洗滌。將所得固體在日光燈下乾燥。這產生呈白色固體之2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-甲腈(1.2 g,72%)。LCMS (ESI, ms): 270 (M+H)
+;
1H NMR (400 MHz, DMSO-d
6) δ 11.03(s, 1H), 8.17 (d, J = 1.6 Hz, 1H), 8.00-7.91 (m, 2H), 5.18-5.13(m, 1H), 4.57-4.40(m, 2H), 2.92-2.88(m, 1H), 2.74-2.56(m, 1H), 2.48-2.37(m, 1H), 2.07-1.99(m, 1H)。
步驟 c : 3-(5-( 胺基甲基 )-1- 側氧基異二氫吲哚 -2- 基 ) 哌啶 -2,6- 二酮鹽酸鹽
在25℃下,向2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)1-側氧基-3H-異吲哚-5-甲腈(8.00 g,29.7 mmol,1.00當量)於MeOH (67.00 mL)中之漿液中添加HCl (12M,9.60 mL)及PtO
2(3.30 g,14.5 mmol,0.49當量)。在室溫下使用氫氣球在氫氣氣氛下將混合物攪拌16 h。LCMS指示反應完成。將反應過濾且用MeOH (2x30 mL)洗滌。將濾液在減壓下蒸發至乾。將所得固體用DCM : MeOH (3:1) (3x30 mL)洗滌。這產生呈白色固體之3[5-(胺基甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮鹽酸鹽(5.08 g,57%)。LCMS (ESI, ms): 274 (M+H-HCl)
+;
1H NMR (400 MHz, CD
3OD) δ 7.88 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 7.68 (s, 1H), 7.62 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 5.19-5.15 (m, 1H), 4.55-4.53 (m, 2H), 4.26 (s, 2H), 2.95-2.88 (m, 1H), 2.81-2.80 (m, 1H), 2.55-2.45 (m, 1H), 2.22-2.16 (m, 1H)。
步驟 2. 化合物 1-5 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之3-[5-(胺基甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮(化合物1-4,1.00 g,3.66 mmol,1.00當量)於DMF (10.00 mL)中之混合物中分批添加CDI (0.59 g,3.66 mmol,1.00當量)及TEA (0.37 g,3.66 mmol,1.00當量)。將所得混合物在0℃、氮氣氣氛下攪拌2 h。在室溫下,向上述混合物中分批添加DMAP (1.34 g,10.98 mmol,3.00當量)及3-氯-對甲基苯胺(0.52 g,3.66 mmol,1.00當量)。將所得混合物在60℃、氮氣氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。在室溫下用水/冰淬滅反應。藉由過濾收集沉澱的固體且用DCM及水洗滌。這提供呈淡棕色固體之1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基]脲(化合物1-5,1.0 g,51%)。LCMS (ES, m/s): 441, 443 [M+1]
+。
步驟 3. 化合物 1-6 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基]脲(化合物I-5,500.00 mg,1.13 mmol,1.00當量)於DMF (5.00 mL)中之混合物中分批添加K
2CO
3(500.0 mg,3.62 mmol,3.19當量)。將所得混合物在0℃、氮氣氣氛下攪拌30 min。在0℃下,向上述混合物中分批添加TBAI (100.0 mg,0.27 mmol,0.24當量)、NaI (200.0 mg,1.34 mmol,1.18當量)及碳酸氯甲酯4-硝基苯酯(801.0 mg,3.46 mmol,3.05當量)。將所得混合物在0℃、黑暗中再攪拌1 h。LCMS指示反應完成。反應混合物未經任何處理用於下一步。LCMS (ES, m/s): 636, 638 [M+H]
+ 步驟 4. 化合物 1-7 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之碳酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯4-硝基苯酯(化合物1-6,500 mg,0.78 mmol,1.00當量)及K
2CO
3(500 mg,3.62 mmol,4.60當量)於DMF (5.00 mL)中之混合物中分批添加N-(2-胺基乙基)胺基甲酸三級丁酯(400 mg,2.50 mmol,3.18當量)。將所得混合物在室溫下攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將反應用水淬滅。將所得混合物用乙醚(3 x 20 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(20 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由製備型TLC (EA)純化,得到呈白色固體之N-[2-[(三級丁氧羰基)胺基]乙基]-胺基甲酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(化合物1-7,270 mg,44%)。LCMS (ES, m/s): 657, 659 [M+H]
+。
步驟 5. 化合物 1-8 之合成
將N-[2-[(三級丁氧羰基)胺基]乙基]-胺基甲酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(化合物1-7,100 mg,0.13 mmol,1.00當量)於含HCl (氣體)之1,4-二噁烷(4 M) (1.5 mL)中之混合物在0℃下攪拌30 min。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。這產生呈白色固體之N-(2-胺基乙基)胺基甲酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯鹽酸鹽(化合物1-8,100 mg,61%)。LCMS (ES, m/s): 557, 559 [M+H]
+。
步驟 6. 化合物 (I) 之合成
在0℃下,向經攪拌之(2-[2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基]-乙醯胺基)乙酸(化合物1-3,64 mg,0.17 mmol,1.10當量)於DMF (3.5 mL)中之混合物中分批添加HATU (69 mg,0.18 mmol,1.20當量)。將所得混合物在25℃下攪拌20 min。在0℃下,向上述混合物中添加N-(2-胺基乙基)胺基甲酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯鹽酸鹽(化合物1-8,100 mg,0.15 mmol,1.00當量)及DIEA (49 mg,0.37 mmol,2.50當量)。將所得混合物在25℃下再攪拌16 h。LCMS指示反應完成。將粗產物藉由製備型HPLC在以下條件下純化:管柱,XSelect CSH Prep C18 OBD管柱,19 x 250 mm,5 um;移動相,水(含有0.05% TFA)及ACN (7 min內24%至43%);偵測器,UV 254 nm。將收集的流份凍乾,得到N-[2-[2-(2-[2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]-乙醯胺基]乙醯胺基)乙醯胺基]乙基]胺基甲酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(化合物(I),18.2 mg,12%)。LCMS (ES, m/z): 921,923 [M+H]
+。
1H-NMR (CD
3OD, 400 MHz) δ (ppm): 7.76 (d,
J= 7.6 Hz, 1H), 7.56-7.48 (m, 3H), 7.13-7.12 (m, 2H), 6.76 (s, 2H), 5.75-5.71 (m, 2H), 5.25-5.20 (m, 1H), 4.51-4.46 (m, 4H), 3.85-3.80 (m, 6H), 3.46-3.42 (m, 2H), 3.28-3.26 (m, 2H), 3.23-3.21 (m, 2H), 3.08-2.86 (m, 2H), 2.66-2.39 (m, 1H), 2.27-2.21 (m, 6H), 1.61-1.51 (m, 4H), 1.28-1.24 (m, 2H)。
方案 2 :混合物 (II) 之製備 步驟 1. 化合物 2-2 之合成
在室溫下,向經攪拌之2-甲基-2-硫烷基丙-1-醇(化合物2-1,1.00 g,9.41 mmol,1.00當量)於DCM (3.00 mL)及MeOH (3.00 mL)中之混合物中添加5-硝基-2-[(5-硝基吡啶-2-基)二硫烷基]吡啶(1.46 g,4.70 mmol,0.50當量)。將所得混合物在室溫下攪拌隔夜。在室溫下,向上述混合物中分批添加MnO2 (1.50 g,17.25 mmol,1.83當量)。將所得混合物在室溫下再攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物過濾,將濾餅用DCM (20 mL)洗滌。將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EtOAc (8:1)溶析,得到呈橙色固體之2-甲基-2-[(5-硝基吡啶-2-基)二硫烷基]丙-1-醇(化合物2-2,1.4 g,57%)。LCMS (ESI, ms): 261 [M+H]+
步驟 2. 化合物 2-3 之合成
在0℃下,向經攪拌之2-甲基-2-[(5-硝基吡啶-2-基)二硫烷基]丙-1-醇(化合物2-2,1.20 g,4.61 mmol,1.00當量)及吡啶(0.90 g,11.38 mmol,2.47當量)於DCM (20.00 mL)中之混合物中逐滴添加DCM (2.00 mL)中之氯甲酸氯甲酯(0.60 g,4.65 mmol,1.01當量)。將所得混合物在室溫下攪拌隔夜。藉由LCMS偵測到30%所要產物。將反應用水/冰淬滅。將所得混合物用DCM (3 x 20 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(20 mL)洗滌,經無水Na2SO4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EtOAc (10:1)溶析,得到呈淡黃色油狀物之碳酸氯甲酯2-甲基-2-[(5-硝基吡啶-2-基)二硫烷基]丙酯(化合物2-3,330 mg,20%)。LCMS (ESI, ms): 353, 355 [M+H]+
步驟 3. 化合物 2-4 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向3-氯-對甲苯胺(102 mg,0.72 mmol,0.99當量)於THF (10.00 mL)中之攪拌混合物中添加雙光氣(145.00 mg,0.73 mmol,1.00當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌1 h。將所得混合物在減壓下濃縮。在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之3-[5-(胺基甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮(INT,根據針對化合物1-4所描述之程序製備,200 mg,0.73 mmol,1.00當量)及TEA (61.00 mg,0.60 mmol,0.82當量)於DMF (10.00 mL)中之混合物中逐滴添加DMF (15.00 mL)中之上述混合物。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌3 h。LCMS指示反應完成。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.1% FA),40 min內0%至80%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈白色固體之1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基]脲(8化合物2-45 mg,26.34%)。將產物藉由製備型HPLC在以下條件下純化:管柱:XBridge Shield RP18 OBD管柱,19 x 250 mm,10 um;移動相A:水(0.05% TFA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min;梯度:18 min內25 B至38 B;220 nm;RT 1:14.25。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基]脲(化合物2-4,21.4 mg,7%)。LCMS (ESI, ms): 441, 443 [M+H]
+ 步驟 4. 化合物 2-5 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基]脲(化合物2-5,300.00 mg,0.68 mmol,1.00當量)及K
2CO
3(180 mg,1.30 mmol,1.91當量)於DMF (0.50 mL)中之混合物中添加碳酸氯甲酯2-甲基-2-[(5-硝基吡啶-2-基)二硫烷基]丙酯(600 mg,1.70 mmol,2.50當量)、TBAI (119.00 mg,0.46 mmol,0.67當量)。將所得混合物在室溫下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.1% FA),40 min內00%至85%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈棕色固體之碳酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯2-甲基-2-[(5-硝基吡啶-2-基)二硫烷基]丙酯(85 mg,14.85%)。將粗產物藉由以下條件進一步純化:管柱:XBridge Prep OBD C18管柱,19x250 mm,5 um;移動相A:水(0.05% TFA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min;梯度:10 min內53 B至68 B;220 nm;RT1:9.80。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之碳酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯2-甲基-2-[(5-硝基吡啶-2-基)二硫烷基]丙酯(化合物2-5,8.5 mg)。LCMS (ESI): 757,757 [M+H]
+;
1H NMR (300 MHz, DMSO-d
6) 9.23 (d, J = 2.4Hz, 1H), 8.75 (s, 1H), 8.58 (d, J = 2.7Hz, 1H), 8.05 (d, J = 8.7Hz, 1H), 7.72-7.6 (m, 2H), 7.53 (s, 1H), 7.46(d, J = 6.3Hz, 1H), 7.25-7.11 (m, 2H), 6.82-6.78 (m, 1H), 5.68-5.63 (m, 2H), 5.35-5.28 (m, 1H), 4.52-4.30 (m, 4H), 4.08 (s, 2H), 3.12-3.06 (m, 1H), 2.87-2.73 (m, 1H), 2.49-2.44 (m, 1H), 2.28 (s, 3H), 2.10-2.00 (m, 1H), 1.33 (s, 6H)。
步驟 5. 化合物 (II) 之合成
在0℃下,向經攪拌之碳酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯2-甲基-2-[(5-硝基吡啶-2-基)二硫烷基]丙酯(化合物2-5,70.00 mg,0.092 mmol,1.00當量)及甲基亞磺酸鈉(28.00 mg,0.27 mmol,2.97當量)於DCM (14.00 mL)中之混合物中逐滴添加Br
2(14 mg,0.087 mmol,0.95當量)。將所得混合物在室溫下攪拌3 h。在室溫下,向上述經攪拌之混合物中添加甲基亞磺酸鈉(28.00 mg,0.27 mmol,2.97當量)及Br
2(14 mg,0.087 mmol,0.95當量)。將所得混合物在室溫下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將所得混合物過濾,將濾餅用DCM (20 mL)洗滌。將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水,40 min內5%至85%梯度;偵測器,UV 254 nm。將粗產物藉由以下條件純化:管柱:YMC-Actus Triart C18,30x250,5 um;移動相A:水(0.05% TFA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min;梯度:7 min內55 B至75 B;220 nm;RT1:6.35。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-[(2-[1-[([[2-(甲磺醯基硫烷基)-2-甲基丙氧基]羰基]氧基)-甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基]-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基)甲基]脲(化合物(II),3.3 mg,5.05%)。LCMS (ESI): 681, 683 [M+H]
+ 1H NMR (300 MHz, DMSO-d
6) 8.75 (s, 1H), 7.73-7.66 (m, 2H), 7.53 (s, 1H), 7.47 (d, J = 7.8Hz, 1H), 7.20-7.12 (m, 2H), 6.82-6.79 (m, 1H), 5.75-5.66 (m, 2H), 5.33-5.27 (m, 1H), 4.51-4.29 (m, 6H), 3.35 (s, 3H), 3.11-3.06 (m, 1H), 2.87-2.73 (m, 1H), 2.49-2.44 (m, 1H), 2.28 (s, 3H), 2.10-2.00 (m, 1H), 1.48 (s, 6H)。
方案 3. 化合物 (III) 之製備 步驟 1. 化合物 3-2 之合成
在室溫下,向經攪拌之2-甲基-2-硫烷基丙-1-醇(1.00 g,9.41 mmol,1.00當量)於DCM (3.00 mL)及MeOH (3.00 mL)中之混合物中添加5-硝基-2-[(5-硝基吡啶-2-基)二硫烷基]吡啶(1.46 g,4.70 mmol,0.50當量)。將所得混合物在室溫下攪拌隔夜。在室溫下,向上述混合物中分批添加MnO
2(1.50 g,17.25 mmol,1.83當量)。將所得混合物在室溫下再攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物過濾,將濾餅用DCM (20 mL)洗滌。將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EtOAc (8:1)溶析,得到呈橙色固體之2-甲基-2-[(5-硝基吡啶-2-基)二硫烷基]丙-1-醇(化合物3-2,1.4 g,57%)。LCMS (ESI, ms): 261 [M+H]。
步驟 2. 化合物 3-3 之合成
在0℃下,向經攪拌之2-甲基-2-[(5-硝基吡啶-2-基)二硫烷基]丙-1-醇(化合物3-2,1.20 g,4.61 mmol,1.00當量)及吡啶(0.90 g,11.38 mmol,2.47當量)於DCM (20.00 mL)中之混合物中逐滴添加DCM (2.00 mL)中之氯甲酸氯甲酯(0.60 g,4.65 mmol,1.01當量)。將所得混合物在室溫下攪拌隔夜。LCMS偵測到30%所要產物。將反應用水/冰淬滅。將所得混合物用DCM (3 x20 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(20 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EtOAc (10:1)溶析,得到呈淡黃色油狀物之碳酸氯甲酯2-甲基-2-[(5-硝基吡啶-2-基)二硫烷基]丙酯(化合物3-3,330 mg,20%)。LCMS (ESI, ms): 353, 355 [M+H]
+。
步驟 3. 化合物 3-4 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向3-氯-對甲苯胺(102 mg,0.72 mmol,0.99當量)於THF (10.00 mL)中之攪拌混合物中添加雙光氣(145.00 mg,0.73 mmol,1.00當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌1 h。將所得混合物在減壓下濃縮。在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之3-[5-(胺基甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮(INT,根據針對化合物1-4所描述之程序製備,200 mg,0.73 mmol,1.00當量)及TEA (61.00 mg,0.60 mmol,0.82當量)於DMF (10.00 mL)中之混合物中逐滴添加DMF (15.00 mL)中之上述混合物。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌3 h。LCMS指示反應完成。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.1% FA),40 min內0%至80%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈白色固體之1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基]脲(化合物3-4,85 mg,26.34%)。將產物藉由製備型HPLC在以下條件下純化:管柱:XBridge Shield RP18 OBD管柱,19x250 mm,10 um;移動相A:水(0.05% TFA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min;梯度:18 min內25 B至38 B;220 nm;RT 1:14.25。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基]脲(化合物3-4,21.4 mg,7%)。LCMS (ESI, ms): 441, 443 [M+H]
+ 步驟 4. 化合物 (III) 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基]脲(化合物3-4,300.00 mg,0.68 mmol,1.00當量)及K
2CO
3(180 mg,1.30 mmol,1.91當量)於DMF (0.50 mL)中之混合物中添加碳酸氯甲酯2-甲基-2-[(5-硝基吡啶-2-基)二硫烷基]丙酯(化合物3-3,600 mg,1.70 mmol,2.50當量)、TBAI (119.00 mg,0.46 mmol,0.67當量)。將所得混合物在室溫下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.1% FA),40 min內0%至85%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈棕色固體之碳酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯2-甲基-2-[(5-硝基吡啶-2-基)二硫烷基]丙酯(化合物(III),85 mg,14.85%)。將粗產物藉由以下條件進一步純化:管柱:XBridge Prep OBD C18管柱,19x250 mm,5 um;移動相A:水(0.05% TFA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min;梯度:10 min內53 B至68 B;220 nm;RT1:9.80。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之碳酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯2-甲基-2-[(5-硝基吡啶-2-基)二硫烷基]丙酯(8.5 mg)。LCMS (ESI): 757,757[M+H]
+;
1H NMR (300 MHz, DMSO-d
6) 9.23 (d, J = 2.4Hz, 1H), 8.75 (s, 1H), 8.58 (d, J = 2.7Hz, 1H), 8.05(d, J = 8.7Hz, 1H), 7.72-7.6 (m, 2H), 7.53 (s, 1H), 7.46 (d, J = 6.3Hz, 1H), 7.25-7.11 (m, 2H), 6.82-6.78 (m, 1H), 5.68-5.63 (m, 2H), 5.35-5.28 (m, 1H), 4.52-4.30 (m, 4H), 4.08 (s, 2H), 3.12-3.06 (m, 1H), 2.87-2.73 (m, 1H), 2.49-2.44 (m, 1H), 2.28 (s, 3H), 2.10-2.00 (m, 1H), 1.33 (s, 6H)。
方案 4 :化合物 (IV) 之製備 步驟 1. 化合物 (IV) 之合成
在0℃、黑暗中,向經攪拌之1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基]脲(化合物4-1,根據針對化合物1-5所描述之程序製備,200.00 mg,0.45 mmol,1.00當量)於DMF (2.00 mL)中之混合物中分批添加K
2CO
3(200.00 mg,1.44 mmol,3.19當量)。將所得混合物在0℃下攪拌1 h。在0℃、黑暗中,向上述混合物中添加NaI (80 mg,0.53 mmol,1.18當量)、TBAI (40 mg,0.10 mmol,0.24當量)及碳酸氯甲酯4-硝基苯酯(化合物4-2,320 mg,1.38 mmol,3.05當量)。將所得混合物在0℃下再攪拌1 h。在0℃、黑暗中,向上述混合物中逐滴添加DMF (0.10 mL)中之N-甲基-N-[2-(甲基胺基)乙基]胺基甲酸三級丁酯(化合物4-3,180 mg,0.95 mmol,2.11當量)。將所得混合物在0℃、黑暗中再攪拌3 h。可藉由LCMS偵測到24%所要產物。將反應混合物藉由以下條件純化:管柱:Kinetex EVO C18管柱,30x150,5 um;移動相:水(0.05% TFA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min;梯度:14 min內20 B至45 B,210 nm;RT1:12.93 min。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之N-[2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙基]-N-甲基胺基甲酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]-胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(化合物(IV),23.9 mg,7%)。LCMS: (ms, ESI): 707,709 [M+Na]
+, 585,587 [M+H-100]
+ 1HNMR: (400 MHz, DMSO-d
6): 8.81 (s, 1H), 7.71-7.66 (m, 2H), 7.51 (s, 1H), 7.45 (d, J=8.0Hz, 1H), 7.18-7.11 (m, 2H), 6.86 (t, J=6.0Hz, 1H), 5.61-5.56 (m, 2H), 5.27-5.24 (m, 1H), 4.49-4.26 (m, 4H), 3.29 (s, 3H), 3.21 (s, 1H), 3.08-3.03 (m, 1H), 2.83-2.66 (m, 7H), 2.42-2.38 (m, 1H), 2.22 (s, 3H), 2.07-2.05 (m, 1H), 1.35 (s, 9H)。
方案 5 :化合物 (V) 之製備 步驟 1. 化合物 5-2 之合成
在0℃下,向經攪拌之2-羧基苯甲醛(化合物5-1,2.00 g,12.65 mmol,1.00當量)於MeOH (27.00 mL)中之混合物中添加H
2O (4.00 mL)中之CH
3NH
2.HCl (0.79 g,25.30 mmol,2.00當量)。將所得混合物在25℃下攪拌1 h。在25℃下,向上述混合物中添加NaBH
4(0.24 g,6.33 mmol,0.50當量)。將所得混合物在25℃下再攪拌0.5 h。LCMS指示反應完成。在室溫下藉由添加丙酮(20 mL)淬滅反應。將所得混合物在減壓下濃縮。將殘餘物藉由用丙酮(30 mL)研磨(trituration)純化。這產生呈白色固體之2-[(甲基胺基)甲基]苯甲酸(化合物5-2,2 g,86%)。LCMS (ES, m/z): 166 [M+H]
+ 步驟 2. 化合物 5-3 之合成
在0℃下,向經攪拌之2-[(甲基胺基)甲基]苯甲酸(化合物5-2,1.00 g,5.44 mmol,1.00當量)、NaOH之H
2O溶液(1 M) (20.00 mL)於二噁烷(27.00 mL)中之混合物中添加(Boc)
2O (2.38 g,10.88 mmol,2.00當量)。將所得混合物在25℃下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。將殘餘物用HCl (1N,水溶液)酸化至pH 3。將所得混合物用EtOAc (3 x 30 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(30 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。粗產物未經進一步純化用於下一步。LCMS (ES, m/z): 266 [M+H]
+ 步驟 3. 化合物 5-4 之合成
在0℃下,向經攪拌之2-([[(三級丁氧基)羰基](甲基)胺基]甲基)苯甲酸(化合物5-3,500 mg,1.70 mol,1當量)於DCM (6 mL)及H
2O (7.5 mL)中之混合物中添加NaHCO
3(570 mg,6.78 mmol,4當量)及四丁基硫酸氫銨(57 mg,0.17 mmol,0.10當量)。將所得混合物在0℃下攪拌10 min。在0℃下,向上述混合物中添加氯甲磺醯氯(303 mg,2.04 mol,1.20當量)。將所得混合物在25℃下再攪拌3 h。LCMS指示反應完成。在室溫下藉由添加水(20 mL)淬滅反應。將所得混合物用CH
2Cl
2(3 x 30 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(21 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。這產生呈黃色油狀物之2-([[(三級丁氧基)羰基](甲基)胺基]甲基)苯甲酸氯甲酯(化合物5-4,250 mg,42%)。LCMS (ES, m/z): 314,316 [M+H]
+, 214, 216 [M+H-100]
+ 步驟 4. 化合物 (V) 之合成
在0℃下,向經攪拌之1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-2,3-二氫-1H-異吲哚-5-基]甲基]脲(化合物5,根據針對化合物1-5所描述之程序製備,100 mg,0.20 mmol,1.00當量)及K
2CO
3(84 mg,0.61 mmol,3.00當量)於DMF (2.00 mL)中之混合物中添加2-([[(三級丁氧基)羰基](甲基)胺基]甲基)苯甲酸氯甲酯(化合物5-4,128 mg,0.40 mmol,2當量)。將所得混合物在25℃下攪拌16 h。LCMS指示反應完成。在室溫下藉由添加水(10 mL)淬滅反應。將所得混合物用EtOAc (3 x 20 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(20 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EtOAc (1:1)溶析。將粗產物藉由製備型HPLC在以下條件下純化:管柱,XSelect CSH Fluoro Phenyl,30 mm x 150 mm,5 um;移動相,水(0.1% FA)及ACN (10 min內45%至58%);偵測器,UV 254 nm。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之2-([[(三級丁氧基)羰基](甲基)胺基]甲基)苯甲酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-2,3-二氫-1H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(化合物(V),9.4 mg,6%)。LCMS (ES, m/z): 716,718 [M-H]
- 1H-NMR (DMSO-d
6, 400 MHz) δ (ppm): 8.83 (br s, 1H), 7.83-7.80 (m, 1H), 7.71-7.61 (m, 3H), 7.51-7.38 (m, 3H), 7.19-7.11 (m, 3H), 6.90 (br s, 1H), 5.93-5.82 (m, 2H), 5.35-5.30 (m, 1H), 4.67 (d,
J= 6.8 Hz, 2H), 4.46-4.29 (m, 4H), 3.20-3.05 (m, 1H), 2.96-2.86 (m, 4H), 2.44-2.43 (m, 1H), 2.22 (s, 3H), 2.08-2.06 (m, 1H), 1.43-1.26 (m, 9H)。
方案 6 :化合物 (VI) 之製備 步驟 1. 化合物 6-2 之合成
在0℃下,向經攪拌之N-[2-(甲基胺基)乙基]胺基甲酸三級丁酯(化合物6-1,2.00 g,11.48 mmol,1.00當量)及TEA (1.40 g,13.83 mmol,1.21當量)於DCM (20.00 mL)中之混合物中逐滴添加DCM (5 mL)中之CbzCl (2.05 g,12.01 mmol,1.05當量)。將所得混合物在室溫下攪拌1 h。LCMS顯示反應完成。藉由添加水淬滅反應。將所得混合物用CH
2Cl
2(3 x 20 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(20 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。這產生呈淡黃色油狀物之N-(2-[[(苄氧基)羰基](甲基)胺基]乙基)胺基甲酸三級丁酯(化合物6-2,3.5 g,98%)。LCMS (ms, ESI): 309 [M+H]
+, 331 [M+Na]
+ 步驟 2. 化合物 6-3 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之N-(2-[[(苄氧基)羰基]-(甲基)胺基]乙基)胺基甲酸三級丁酯(化合物6-2,1.50 g)於DCM (20.00 mL)中之溶液中逐滴添加1,4-二噁烷(20.00 mL)中之HCl (4N)。將所得混合物在室溫下攪拌1 h。LCMS顯示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮,得到呈白色固體之N-(2-胺基乙基)-N-甲基胺基甲酸苄酯鹽酸鹽(化合物6-3,1.4 g,粗品)。LCMS (ESI, ms): 209 [M+H]
+ 步驟 3. 化合物 6-5 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之N-(2-胺基乙基)-N-甲基胺基甲酸苄酯鹽酸鹽(化合物6-3,1.20 g,4.90 mmol,1.00當量)及K
2CO
3(2.03 g,14.71 mmol,3.00當量)於ACN (150 mL)中之溶液中添加KI (0.41 g,2.45 mmol,0.50當量)及乙醇, 2-(2-氯乙氧基)- (0.73 g,5.88 mmol,1.20當量)。將所得混合物在60℃、氮氣氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將所得混合物過濾,將濾餅用MeCN (3x100 mL)洗滌。將濾液在減壓下濃縮。所得混合物未經進一步純化直接用於下一步。LCMS (ESI, ms): 297 [M+H]
+ 步驟 4. 化合物 6-6 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之N-(2-[[2-(2-羥基乙氧基)乙基]胺基]乙基)-N-甲基胺基甲酸苄酯(化合物6-5,1.40 g,4.72 mmol,1.00當量)及NaHCO
3(396 mg,4.72 mmol,1.00當量)於THF (14.00 mL)及H
2O (14.00 mL)中之溶液中添加Boc
2O (1.03 g,4.72 mmol,1.00當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將所得混合物用EtOAc (3 x 20 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(3x20 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮,得到呈白色固體之N-[2-[(三級丁氧羰基)[2-(2-羥基乙氧基)乙基]胺基]乙基]-N-甲基胺基甲酸苄酯(化合物6-6,1.4 g,74%)。LCMS (ESI, ms): 397 [M+H]
+ 1H NMR (300 MHz, 氯仿-d) δ 7.42-7.29 (m, 5H), 5.13 (s, 2H), 3.81-3.31 (m, 12H), 2.97 (t, J = 2.7 Hz, 3H), 1.46 (s, 9H)。
步驟 5. 化合物 6-7 之合成
在室溫下,向經攪拌之N-[2-[(三級丁氧羰基)[2-(2-羥基乙氧基)乙基]胺基]乙基]-N-甲基胺基甲酸苄酯(化合物6-6,1.30 g,3.28 mmol,1.00當量)於EtOH (65.00 mL)中之溶液中添加Pd/C (26 mg,10%)。將所得混合物在室溫、H
2氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示完全反應。將所得混合物過濾,將濾餅用EtOH (3x10 mL)洗滌。將濾液在減壓下濃縮,得到呈灰白色固體之N-[2-(2-羥基乙氧基)乙基]-N-[2-(甲基胺基)乙基]胺基甲酸三級丁酯(800 mg,93%)。
1H NMR (300 MHz, 氯仿-d) δ 3.70-3.64 (m, 2H), 3.59 (d, J = 5.7 Hz, 2H), 3.55-3.50 (m, 2H), 3.39 (s, 4H), 3.11 (s, 1H), 2.77 (t, J = 6.3 Hz, 2H), 2.41 (s, 3H), 1.44 (s, 9H)。
步驟 6. 化合物 (VI) 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基]脲(化合物6-7,200 mg,0.45 mmol,1.00當量)於DMF (2.00 mL)中之溶液中添加K
2CO
3(188 mg,1.36 mmol,3.00當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌30 min。在室溫下,向上述混合物中添加碳酸氯甲酯4-硝基苯酯(105 mg,0.45 mmol,1.00當量)、NaI (34 mg,0.22 mmol,0.50當量)及TBAI (167 mg,0.45 mmol,1.00當量)。將所得混合物在室溫下再攪拌1 h。然後添加N-[2-(2-羥基乙氧基)乙基]-N-[2-(甲基胺基)乙基]胺基甲酸三級丁酯(238 mg,0.90 mmol,2.00當量),將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.1% FA),40 min內10%至80%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份凍乾。這產生呈白色固體之N-[2-[(三級丁氧羰基)[2-(2-羥基乙氧基)乙基]胺基]乙基]-N-甲基胺基甲酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(化合物(VI),50 mg,14.52%)。將粗產物(50 mg)藉由製備型HPLC在以下條件下純化:管柱,XSelect CSH Fluoro Phenyl,30 mm X 150 mm,5 um;移動相,水(0.05% FA)及ACN (7 min內43%相B至63%);偵測器,UV 254 nm。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之N-[2-[(三級丁氧羰基)[2-(2-羥基乙氧基)-乙基]胺基]乙基]-N-甲基胺基甲酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(13.3 mg,3.86%)。LCMS (ESI, ms): 759, 761 [M+H]
+, 559, 561 [M+H-100]
+ 1H NMR (400 MHz, DMSO-d
6) δ 8.75 (s, 1H), 7.75 - 7.60 (m, 2H), 7.54 - 7.41 (m, 2H), 7.23 - 7.10 (m, 2H), 6.80 (t, J = 6.0 Hz, 1H), 5.64 - 5.47 (m, 2H), 5.26-5.22 (m, 2H), 4.56 (br s, 1H), 4.50 - 4.28 (m, 4H), 3.46 (d, J = 5.2 Hz, 4H), 3.42-3.41 (m, 2H), 3.29-3.28 (m, 2H), 3.28 - 3.17 (m, 4H), 3.07-3.05 (m, 1H), 2.87 - 2.76 (m, 4H), 2.49-2.47(m, 1H), 2.23 (s, 3H), 2.07 (s, 1H), 1.36 (s, 9H)。
方案 7 :化合物 (VII) 之製備 步驟 1. 化合物 7-3 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之3-[5-(胺基甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮(化合物7-1,根據針對化合物1-4所描述之程序製備,1.00 g,3.66 mmol,1.00當量)及TEA (0.37 g,3.66 mmol,1.00當量)於DMF (10 mL)中之溶液中添加CDI (0.59 g,3.66 mmol,1.00當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌2 h。在室溫下,向上述混合物中添加DMAP (1.34 g,10.98 mmol,3.00當量)及3-氯-對甲基苯胺(0.52 g,3.66 mmol,1.00當量)。將所得混合物在60℃下再攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。使混合物冷卻至室溫。將反應混合物倒入冰/水中,然後將所得混合物過濾,將濾餅用MeCN (3x50 mL)洗滌。將濾餅在紅外光下乾燥。這產生呈白色固體之1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基]脲(化合物7-3,1.1 g,68%)。LCMS (ESI, ms): 441, 443 [M+H]
+。
步驟 2. 化合物 (VII) 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基]脲(化合物7-3,200.00 mg,0.45 mmol,1.00當量)於DMF (2.00 mL)中之溶液中添加K
2CO
3(188 mg,1.36 mmol,3.00當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌30 min。在室溫下,向上述混合物中添加碳酸氯甲酯4-硝基苯酯(化合物7-4,315 mg,1.36 mmol,3.00當量)、TBAI (84 mg,0.23 mmol,0.50當量)及NaI (68 mg,0.45 mmol,1.00當量)。將所得混合物在室溫下再攪拌1 h。然後添加(2S)-2-[(甲基胺基)甲基]吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(化合物7-5,194 mg,0.91 mmol,2.00當量)。將最終反應混合物在室溫下攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.1% FA),40 min內10%至80%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份在真空下濃縮,得到呈白色固體之(2S)-2-([[([3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲氧基)羰基](甲基)胺基]甲基)吡咯啶-1-甲酸三級丁酯(化合物(VII),5 mg,2%)。LCMS (ESI, ms): 711, 713 [M+H]
+, 611, 613 [M+H-100]
+。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d
6) δ 8.75 (s, 1H), 7.71-7.60 (m, 2H), 7.52-7.46 (m, 2H), 7.19-7.13 (m, 2H), 6.80 (s, 1H), 5.61-5.47 (m, 2H),5.32-5.18 (m, 1H), 4.60 (s, 1H), 4.52-4.26 (m, 4H), 3.46-3.40 (m, 4H), 3.39 (s, 1H), 3.30-3.22 (m, 4H), 3.14-3.08 (m, 1H), 2.91-2.78 (m, 4H), 2.33 (s, 1H), 2.22 (s, 3H), 2.07 (s, 1H), 1.36 (s, 9H)。
方案 8 :化合物 (VIII) 之製備 步驟 1. 化合物 8-2 之合成
在0℃下,向經攪拌之2-羧基苯甲醛(化合物8-1,10 g,63.27 mmol,1.00當量)於MeOH (100 mL)中之混合物中添加H
2O (20 mL)中之CH
3NH
2(65.0 mL,129.72 mmol,2N於THF中,2.05當量)。將所得混合物在25℃下攪拌1 h。在25℃下,向上述混合物中添加NaBH
4(1.20 g,31.72 mmol,0.50當量)。將所得混合物在25℃下再攪拌2 h。LCMS指示反應完成。在室溫下藉由添加丙酮(100 mL)淬滅反應。將所得混合物在減壓下濃縮。將殘餘物藉由用丙酮(100 mL)研磨純化。這產生呈灰白色固體之2-[(甲基胺基)甲基]苯甲酸(化合物8-2,10.4 g,84%)。LCMS (ES, m/z): 166 [M+H]
+。
步驟 2. 化合物 8-3 之合成
在0℃下,向經攪拌之2-[(甲基胺基)甲基]苯甲酸(化合物8-2,9 g,54.48 mmol,1.00當量)於二噁烷(90 mL)中之混合物中添加NaOH之H
2O溶液(1 M) (90 mL)及(Boc)
2O (24 g,108.96 mmol,2.00當量)。將所得混合物在25℃下攪拌4 h。LCMS指示反應完成。將殘餘物用HCl (水溶液)酸化至pH 3。將所得混合物用CH
2Cl
2(3 x 300 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(30 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮,得到呈黃色油狀物之2-[[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]甲基]苯甲酸(化合物8-3,12 g,81%)。LCMS (ES, m/z): 266 [M+H]
+, 166 [M+H-100]
+。
步驟 3. 化合物 8-4 之合成
在0℃下,向經攪拌之2-([[(三級丁氧基)羰基](甲基)胺基]甲基)苯甲酸(化合物8-3,8 g,27.14 mmol,1.00當量)於DCM (80 mL)及H
2O (80 mL)中之混合物中添加NaHCO
3(9 g,108.55 mmol,4.00當量)、四丁基硫酸氫銨(0.92 g,2.71 mmol,0.10當量)及氯甲磺醯氯(4.9 g,32.82 mmol,1.2當量)。將所得混合物在25℃下再攪拌5 h。LCMS指示反應完成。在室溫下藉由添加水(20 mL)淬滅反應。將所得混合物用CH
2Cl
2(3 x 100 mL)萃取。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EtOAc (3:1)溶析,得到呈黃色油狀物之2-([[(三級丁氧基)羰基](甲基)胺基]甲基)苯甲酸氯甲酯(化合物8-4,6.6 g,65%)。LCMS (ES, m/z): 314 [M+H]
+, 214 [M+H-100]
+。
1H NMR ( 300MHz, CDCl
3): 8.06 (t, J=3Hz,1H), 7.62-7.57 (m, 1H), 7.39-7.30 (m, 2H), 5.95 (s, 2H), 4.87 (s, 2H), 2.92 (d, J=3Hz, 3H), 1.61-1.25 (m, 9H)。
步驟 4. 化合物 8-6 之合成
在室溫下,向經攪拌之1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-2,3-二氫-1H-異吲哚-5-基]甲基]脲(化合物8-5,根據針對化合物1-5所描述之程序製備,500 mg,1.13 mmol,1.00當量)及K
2CO
3(470 mg,3.40 mmol,3.00當量)於DMF (10 mL)中之混合物中添加2-([[(三級丁氧基)羰基](甲基)胺基]甲基)苯甲酸氯甲酯(化合物8-4,712 mg,2.29 mmol,2.00當量)。將所得混合物在室溫下攪拌16 h。可藉由LCMS偵測到所要產物。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相TFA,含ACN之水,40 min內10%至80%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份濃縮,得到呈半固體之2-([[(三級丁氧基)羰基](甲基)胺基]-甲基)苯甲酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-2,3-二氫-1H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(化合物8-6,200 mg,24%)。LCMS (ES, m/z): 618, 620 [M+H-100]
+, 718, 720 [M+H]
+。
步驟 5. 化合物 8-7 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之2-[[(三級丁氧羰基)(甲基)-胺基]甲基]苯甲酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(化合物8-6,200 mg,0.28 mmol,1.00當量)於含HCl (氣體)之1,4-二噁烷(4 mL)中之混合物中分批添加。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在真空下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相TFA,含ACN之水,30 min內10%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。將混合物凍乾,得到呈白色固體之2-[(甲基胺基)甲基]苯甲酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(化合物8-7,80 mg,41%)。LCMS (ES, m/z): 618, 620 [M+H]
+, 640, 642 [M+Na]
+。
步驟 6. 化合物 8-9 之合成
在0℃下,向經攪拌之(2S)-2-(2-[2-[(三級丁氧羰基)胺基]乙醯胺基]-乙醯胺基)-3-苯基丙酸(化合物8-8,1.50 g,3.95 mmol,1.00當量)於DMF (15 mL)中之混合物中添加HATU (2.25 g,5.92 mmol,1.50當量)、HOBT (0.53 g,3.92 mmol,0.99當量)、甘胺酸(0.36 g,4.79 mmol,1.21當量)及DIEA (1.53 g,11.84 mmol,2.99當量)。將所得混合物在25℃下攪拌隔夜。LCMS偵測到12%所要產物。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相FA (0.1%),含ACN之水,40 min內10%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。將所得混合物在真空下濃縮,得到呈白色固體之[(2S)-2-(2-[2-[(三級丁氧羰基)胺基]乙醯胺基]乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙酸(化合物8-9,300 mg,15%)。LCMS (ES, m/z): 437 [M+H]
+, 337 [M+H-100]
+。
步驟 7. 化合物 8-10 之合成
在0℃下,向經攪拌之[(2S)-2-(2-[2-[(三級丁氧羰基)胺基]-乙醯胺基]乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙酸(化合物8-9,290 mg,0.66 mmol,1.00當量)於含HCl(氣體)之1,4-二噁烷(6.0 mL)中之混合物。將所得混合物在25℃下再攪拌3 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在真空下濃縮,得到呈白色固體之[(2S)-2-[2-(2-胺基乙醯胺基)乙醯胺基]-3-苯基丙醯胺基]乙酸鹽酸鹽(化合物8-10,330 mg,93%)。粗產物未經任何純化用於下一步。LCMS (ES, m/z): 337 [M+H]
+。
步驟 8. 化合物 8-12 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之[(2S)-2-[2-(2-胺基乙醯胺基)乙醯胺基]-3-苯基丙醯胺基]乙酸鹽酸鹽(化合物8-10,320 mg,0.86 mmol,1.00當量)於DMSO (6 mL)中之混合物中分批添加6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己酸2,5-二側氧基吡咯啶-1-基酯(化合物8-11,318 mg,1.03 mmol,1.20當量)及DIEA (333 mg,2.58 mmol,3.0當量)。將所得混合物在室溫下再攪拌3 h。LCMS指示反應完成。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相TFA (0.5%),含ACN之水,30 min內10%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之[(2S)-2-(2-[2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基]乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙酸(化合物8-12,330 mg,68%)。LCMS (ES, m/z): 530 [M+H]
+, 552 [M+Na]
+。
1H-NMR (300 MHz, DMSO-d
6) δ: 8.36-8.30 (m, 1H), 8.11-8.06 (m, 2H), 8.06-7.97 (m, 1H), 7.26-7.15 (m, 5H), 6.99 (s, 2H), 4.57-4.49 (m, 1H), 3.79-3.59 (m, 6H), 3.37 (t, J=6 Hz, 2H), 3.04 (t, J=9 Hz, 1H), 2.82-2.77 (m, 1H), 2.11 (t, J=9 Hz, 2H), 1.52-1.44 (m, 4H), 1.24-1.16 (m, 2H)。
步驟 9. 化合物 (VIII) 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之[(2S)-2-(2-[2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]-乙醯胺基]乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙酸(化合物8-7,60 mg,0.11 mmol,1.00當量)及HATU (65 mg,0.17 mmol,1.50當量)於DMF (2 mL)中之混合物中分批添加HOBT (15 mg,0.11 mmol,1.0當量)、2-[(甲基胺基)甲基]苯甲酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(70 mg,0.11 mmol,1.00當量)及DIEA (44 mg,0.34 mmol,3.0當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將粗產物藉由製備型HPLC在以下條件下純化(管柱:YMC-Actus Triart C18,30 mm X 150 mm,5 um;移動相A:水(0.05% TFA),移動相B:ACN;流速:60 mL/ min)。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之2-([2-[(2S)-2-(2-[2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基]乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]-N-甲基乙醯胺基]甲基)苯甲酸[3-[5-([[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基]甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(化合物(VIII),40 mg,30%)。LCMS (ES, m/z): 566 [M/2+1]
+, 1129, 1131 [M+1]
+, 1151, 1153 [M+Na]
+。
1H-NMR (300 MHz, DMSO-d
6) δ: 8.77 (s, 1H), 8.28-7.80 (m, 5H), 7.73-7.40 (m, 6H), 7.30-7.10 (m, 8H), 6.99 (s, 2H), 6.85-6.80 (m, 1H), 5.95-5.84 (m, 2H), 5.36-5.30 (m, 1H), 4.88-4.82 (m, 2H), 4.62-4.25 (m, 5H), 4.12 (d, J = 3 Hz, 1H), 3.89 (d, J = 3 Hz, 1H), 3.70-3.65 (m, 5H), 3.36 (t, J = 6 Hz, 2H), 3.20-2.70 (m, 7H), 2.23 (s, 3H), 2.10 (t, J = 9 Hz, 3H), 1.50-1.44 (m, 4H), 1.28-1.10 (m, 2H)。
方案 9 :化合物 (IX) 之製備 步驟 1. 化合物 9-2 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之(2-氯-4-硝基苯基)乙酸(化合物9-1,10 g,46.38 mmol,1.00當量)於THF (100 mL)中之溶液中分批添加BH
3-Me
2S (8.8 g,115.97 mmol,2.50當量)。將所得混合物在70℃、氮氣氣氛下攪拌2 h。TLC指示反應完成。將反應混合物冷卻至室溫且濃縮至乾。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EtOAc (2:1)溶析,得到呈紅色油狀物之2-(2-氯-4-硝基苯基)乙醇(化合物9-2,6.4 g,68%)。
1H NMR (300 MHz, CDCl
3) δ 8.22 (s, 1H), 8.07-8.03 (m, 1 H), 7.51 (d, J = 3 Hz, 1H), 3.92 (t, J = 6 Hz, 2H), 3.09 (t, J = 6 Hz, 2H)。
步驟 2. 化合物 9-3 之合成
在室溫下,向經攪拌之2-(2-氯-4-硝基苯基)乙醇(化合物9-2,6.4 g,31.74 mmol,1.00當量)於DCM (120 mL)中之溶液中分批添加NBS (8.48 g,47.64 mmol,1.50當量)及PPh
3(12.50 g,47.62 mmol,1.50當量)。將所得混合物在室溫下攪拌隔夜。TLC跡線指示反應完成。將反應在真空下濃縮至乾。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EtOAc (4:1)溶析,得到呈紅色油狀物之1-(2-溴乙基)-2-氯-4-硝基苯(7.0 g,66%)。
1H NMR (化合物9-3, 300 MHz, CDCl
3) δ 8.28 (d, J = 2.4 Hz, 1H), 8.13 (d, J = 9.0 Hz, 1H), 7.51 (d, J = 3 Hz, 1H), 3.66 (t, J = 6.0 Hz, 2H), 3.42 (t, J = 6.0 Hz, 2H)。
步驟 3. 化合物 9-4 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之1-(2-溴乙基)-2-氯-4-硝基苯(化合物9-3,6 g,22.68 mmol,1.00當量)於EtOH (60 mL)中之混合物中分批添加甲硫醇鈉(1.92 g,27.45 mmol,1.21當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌3 h。LCMS無法偵測到所要產物,但TLC (PE:EA=10:1)顯示出新的點。將所得混合物在真空下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EtOAc (9:1)溶析,得到呈黃色固體之2-氯-1-[2-(甲基硫烷基)乙基]-4-硝基苯(化合物9-4,1.7 g,32%)。
1H NMR (300 MHz, CDCl
3): 8.28 (t, J = 3Hz,1H), 8.10 (d, J = 3Hz,1H), 7.45 (d, J = 9Hz, 1H), 3.14 (t, J = 6Hz, 2H), 2.80 (t, J = 3Hz, 2H), 2.18 (s, 3H)。
步驟 4. 化合物 9-5 之合成
向經攪拌之2-氯-1-[2-(甲基硫烷基)乙基]-4-硝基苯(化合物9-4,2 g,8.63 mmol,1.00當量)及Fe (1.45 g,25.96 mmol,3.01當量)於EtOH (60 mL)中之混合物中添加H
2O (20 mL)中之NH
4Cl (4.6 g,86.32 mmol,10.00當量)。將所得混合物在90℃下攪拌3 h。LCMS指示反應完成。使混合物冷卻至室溫。將所得混合物過濾,將濾餅用CH
2Cl
2洗滌。將所得混合物在真空下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相TFA (0.05%),含ACN之水,40 min內10%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份濃縮,得到呈黃色油狀物之3-氯-4-[2-(甲基硫烷基)乙基]苯胺(化合物9-5,2.0 g,69%)。LCMS(ESI, ms): 202, 204 [M+H]
+, 243, 245 [M+H+ACN]
+。
步驟 5. 化合物 9-6 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之3-[5-(胺基甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮(INT1,根據針對化合物1-4所描述之程序製備,1.4 g,4.96 mmol,1.00當量)於DMF (25 mL)中之混合物中分批添加CDI (0.80 g,4.96 mmol,1.00當量)及TEA (0.50 g,4.94 mmol,1.00當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌3 h。在室溫下,向上述混合物中分批添加3-氯-4-[2-(甲基硫烷基)乙基]苯胺(化合物9-5,1 g,4.96 mmol,1.00當量)及DMAP (1.82 g,14.90 mmol,3.00當量)。將所得混合物在60℃、氮氣氣氛下攪拌隔夜。可藉由LCMS偵測到58%所要產物。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相TFA (0.05%),含ACN之水,40 min內10%至70%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份濃縮,得到呈固體之1-[3-氯-4-[2-(甲基硫烷基)乙基]苯基]-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基]脲(化合物9-6,700 mg,27%)。LCMS (ES, m/z): 501, 503 [M+H]
+。
1H-NMR (300 MHz, DMSO-d
6) δ 10.98 (s, 1H), 8.79 (s, 1H), 7.71-7.67 (m, 2H), 7.52-7.25 (m, 2H), 7.25-7.15 (m, 2H), 6.82 (t, J = 6 Hz, 1H), 5.14-5.08 (m, 1H), 4.49-4.29 (m, 4H), 2.98-2.84 (m, 3H), 2.84-2.63 (m, 3H), 2.42-2.34 (m, 1H), 2.09 (s, 3H), 2.03-1.90 (m, 1H)。
步驟 6. 化合物 9-7 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之1-[3-氯-4-[2-(甲基硫烷基)乙基]苯基]-3-[[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基]脲(化合物9-6,700 mg,1.40 mmol,1.00當量)及K
2CO
3(579 mg,4.19 mmol,3.00當量)於DMF (10 mL)中之混合物中分批添加2-[[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]甲基]苯甲酸氯甲酯(化合物8-4,526 mg,1.68 mmol,1.20當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌2天。LCMS指示反應完成。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相TFA (0.05%),含ACN之水,40 min內30%至80%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之2-[[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]甲基]苯甲酸[3-(5-[[([3-氯-4-[2-(甲基硫烷基)乙基]苯基]胺基甲醯基)胺基]甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(化合物9-7,260 mg,21%)。LCMS (ES, m/z):778, 780 [M+H]
+, 678, 780 [M+H-100]
+。
步驟 7. 化合物 9-8 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之2-[[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]甲基]苯甲酸[3-(5-[[([3-氯-4-[2-(甲基硫烷基)乙基]苯基]胺基甲醯基)胺基]甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(化合物9-7,250 mg,0.32 mmol,1.00當量)於含HCl (氣體)之1,4-二噁烷(5 mL)中之混合物中分批添加。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在真空下濃縮。將粗產物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相TFA (0.05%),含ACN之水,40 min內10%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。將混合物凍乾,得到呈黃色固體之2-[(甲基胺基)甲基]苯甲酸[3-(5-[[([3-氯-4-[2-(甲基硫烷基)乙基]苯基]胺基甲醯基)胺基]甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(化合物9-8,132 mg,56%)。LCMS (ES, m/z):678, 680 [M+H]
+, 700, 702 [M+Na]
+。
步驟 8. 化合物 (IX) 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之[(2S)-2-(2-[2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基]乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙酸(化合物8-12,100 mg,0.19 mmol,1.00當量)及HATU (108 mg,0.28 mmol,1.5當量)於DMF (2.00 mL)中之混合物中分批添加HOBT (26 mg,0.19 mmol,1.0當量)、2-[(甲基胺基)甲基]苯甲酸[3-(5-[[([3-氯-4-[2-(甲基硫烷基)乙基]苯基]胺基甲醯基)胺基]甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(化合物9-8,115 mg,0.17 mmol,0.90當量)及DIEA (73 mg,0.57 mmol,3.0當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將粗產物藉由製備型HPLC在以下條件下純化(管柱:XSelect CSH Prep C18 OBD管柱,19x250 mm,5 um;移動相A:水(0.05% TFA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min)。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之2-([2-[(2S)-2-(2-[2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基]乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]-N-甲基乙醯胺基]甲基)苯甲酸[3-(5-[[([3-氯-4-[2-(甲基硫烷基)乙基]苯基]胺基甲醯基)胺基]甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲酯(化合物(IX),52.1 mg,23%)。LCMS (ES, m/z): 596 [M/2+1]
+, 1189, 1191 [M+1]
+。
1H-NMR (300 MHz, DMSO-d
6) δ 8.82 (s, 1H), 8.12-7.83 (m, 5H), 7.73-7.38 (m, 6H), 7.26-7.15 (m, 8H), 6.99 (s, 2H), 6.83 (t, J=6 Hz, 1H), 5.98-5.84 (m, 2H), 5.32 (t, J=6 Hz, 1H), 4.884.81 (m, 2H), 4.65-4.30 (m, 5H), 4.12 (d, J=3 Hz, 1H), 3.94-3.85 (m, 4H), 3.72-3.59 (m, 3H), 3.36 (t, J=6 Hz, 2H), 3.20-2.95 (m, 4H), 2.89-2.74 (m, 4H), 2.62-2.50 (m, 2H), 2.12-2.05 (m, 6H), 1.58-1.40 (m, 4H), 1.28-1.10 (m, 2H)。
方案 10 :化合物 (X) 之製備 步驟 1. 化合物 10-2 之合成
在0℃下,向經攪拌之Gly-Gly (10 g,75.69 mmol,1.00當量)及NaHCO
3(12.72 g,151.3 mmol,2當量)於H
2O (70 mL)中之混合物中逐滴添加THF (35 mL)中之氯(丙-2-烯-1-基氧基)甲酮(10.95 g,90.82 mmol,1.2當量)。將所得混合物在25℃下攪拌5 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。將混合物用HCl (1 N水溶液)酸化至pH 5。藉由過濾收集沉澱的固體且用HCl (1 N水溶液) (2 x 5 mL)洗滌。這產生呈白色固體之(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)乙酸(化合物10-2,9 g,55%)。LCMS (ES, m/z): 217 [M+H]
+ 步驟 2. 化合物 10-3 之合成
將(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)乙酸(化合物10-2,9 g,41.62 mmol,1.00當量)及Cu(OAc)
2(0.76 g,4.16 mmol,0.1當量)於THF (220 mL)中之混合物在60℃、氮氣氣氛下攪拌1 h。使混合物冷卻至室溫。在室溫下,向上述混合物中添加Pb(OAc)
4(22.15 g,49.9 mmol,1.2當量)。將所得混合物在25℃下再攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物過濾,將濾餅用MeOH (3 x 50 mL)洗滌。將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (1:10)溶析,得到呈白色固體之乙酸(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲酯(化合物10-3,5 g,52%)。LCMS (ES, m/z): 231 [M+H]
+ 步驟 3. 化合物 10-4 之合成
在0℃下,向經攪拌之乙酸(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲酯(化合物10-3,1 g,4.34 mmol,1.00當量)於DCM (40 mL)中之混合物中逐滴添加TMSCl (1.89 g,17.37 mmol,4當量)。將所得混合物在0℃下攪拌1 h。LCMS指示(對於LCMS,用MeOH淬滅)反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。粗產物未經進一步純化直接用於下一步。這產生呈黃色固體之N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物10-3,1 g,77%)。LCMS (ES, m/z): 203 [M+H]
+(用MeOH淬滅)
步驟 4. 化合物 10-6 之合成
將1-(3-氯-4-甲基苯基)-3-{[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基}脲(化合物10-5,根據針對化合物1-5所描述之程序製備,750 mg,1.70 mmol,1.00當量)及Ag
2CO
3(938 mg,3.40 mmol,2當量)於NMP (15.00 mL)中之混合物在50℃下攪拌1 h。使混合物冷卻至室溫。在室溫下,向上述混合物中添加N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物10-4,703 mg,3.40 mmol,2.00當量)。將所得混合物在60℃下再攪拌36 h。LCMS指示反應完成。將殘餘物藉由以下純化:YMC-Actus Triart C18 ExRS,30 x 150 mm;移動相A:水(0.05% TFA),移動相B:ACN;流速:60 mL/min;梯度:10 min內27% B至53% B,53% B;波長:254 nm;RT1 (min):9.22 min。這產生呈黃色固體之N-{[({3-[5-({[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基}甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)胺基甲醯基]甲基}胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物10-6,100 mg,8%)。LCMS (ES, m/z): 611, 613 [M+H]
+ 步驟 5. 化合物 10-7 之合成
在25℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之N-{[({3-[5-({[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基}甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)胺基甲醯基]甲基}胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物10-6,100 mg,0.17 mmol,1.00當量)及Pd(PPh
3)
4(19 mg,0.017 mmol,0.10當量)於THF (1.50 mL)中之混合物中逐滴添加苯基矽烷(36 mg,0.34 mmol,2.00當量)。將所得混合物在25℃、氮氣氣氛下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(0.05% TFA),ACN (30 min內5%至50%梯度);偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色固體之2-胺基-N-({3-[5-({[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基}甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)乙醯胺(化合物10-7,70 mg,79%)。LCMS (ES, m/z): 527, 529 [M+H]
+ 步驟 6. 化合物 (X) 之合成
在0℃下,向經攪拌之[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙酸(化合物10-8,根據針對化合物8-12所描述之程序製備,65 mg,0.12 mmol,1當量)及HATU (56 mg,0.14 mmol,1.2當量)、HOBT (20 mg,0.14 mmol,1.2當量)於DMF (650 uL)中之混合物中添加2-胺基-N-({3-[5-({[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基}甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)乙醯胺(化合物10-7,65 mg,0.12 mmol,1.00當量)及DIEA (47 mg,0.36 mmol,3當量)。將所得混合物在25℃下攪拌16 h。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(含有0.5% TFA),ACN 30 min內10%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。將粗產物藉由製備型HPLC在以下條件下再純化:管柱:Kinetex EVO製備型C18,30 x 150,5 um;移動相A:水(0.05% TFA),移動相B:ACN;流速:60 mL/min;梯度:17 min內25% B至35% B,35% B;波長:254 nm;RT1 (min):16。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之N-{[({[(1S)-1-{[({[({3-[5-({[(3-氯-4-甲基苯基)胺基甲醯基]胺基}甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)胺基甲醯基]甲基}胺基甲醯基)甲基]胺基甲醯基}-2-苯基乙基]胺基甲醯基}甲基)胺基甲醯基]甲基}-6-(2,5-二側氧基哌啶-1-基)己醯胺(化合物(X),11.4 mg,8.84%)。LCMS (ES, m/z): 1038, 1040 [M+H]
+。
1H-NMR (DMSO, 400 MHz) δ (ppm): 8.75 (s, 1H), 8.31-8.29 (m, 1H), 8.19-8.16 (m, 1H), 8.12-8.05 (m, 2H), 7.99-7.94 (m, 2H), 7.71-7.66 (m, 2H), 7.52 (s, 1H), 7.44 (d,
J= 8.0 Hz, 1H), 7.24-7.08 (m, 7H), 6.99-6.86 (m, 2H), 6.82-6.79 (m, 1H), 5.20-5.13 (m, 2H), 4.99-4.95 (m, 1H), 4.49-4.40 (m, 4H), 4.31-4.27 (m, 1H), 3.76-3.56 (m, 8H), 3.37-3.30 (m, 2H), 3.07-2.97 (m, 2H), 2.79-2.67 (m, 2H), 2.40-2.30 (m, 1H), 2.22 (s, 3H), 2.11-2.02 (m, 3H), 1.49-1.42 (m, 4H), 1.23-1.14 (m, 2H)。
方案 11 :化合物 (XI) 之製備 步驟 1. 化合物 11-2 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之3-[5-(胺基甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮(INT,根據針對化合物1-4所描述之程序製備,1.99 g,7.29 mmol,1.2當量)於DMF (20 mL)中之混合物中添加CDI (0.99 g,6.08 mmol,1當量)、TEA (0.62 g,6.08 mmol,1當量)。將所得混合物在0℃、氮氣氣氛下攪拌1 h。在0℃下,向上述混合物中添加N-{2-[2-(4-胺基-2-氯苯基)乙氧基]乙基}-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物11-1,2 g,6.08 mmol,1.00當量)。將所得混合物在60℃下再攪拌16 h。LCMS指示60%所要產物。使混合物冷卻至室溫。在室溫下藉由添加水(20 mL)淬滅反應。將所得混合物用EtOAc (3 x 30 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(30 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(0.05% TFA),ACN (30 min內5%至50%梯度);偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色固體之N-[2-(2-{2-氯-4-[({[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基}胺基甲醯基)胺基]苯基}乙氧基)乙基]-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物11-2,2 g,52%)。LCMS (ES, m/z): 628, 630 [M+H]
+ 步驟 2. 化合物 11-4 之合成
在0℃下,向經攪拌之乙酸(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲酯(化合物11-3,1 g,4.34 mmol,1.00當量)於DCM (40 mL)中之混合物中逐滴添加TMSCl (1.89 g,17.37 mmol,4當量)。將所得混合物在0℃下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。這產生呈白色固體之N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物11-4,0.8 g,89%)。LCMS (ES, m/z): 203 [M+H]
+(對於LCMS,用MeOH淬滅)
步驟 3. 化合物 11-5 之合成
在25℃下,向經攪拌之N-[2-(2-{2-氯-4-[({[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基}胺基甲醯基)胺基]苯基}乙氧基)乙基]-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物11-2,1 g,1.59 mmol,1.00當量)及K
2CO
3(0.44 g,3.18 mmol,2當量)於NMP (16 mL)中之混合物中分批添加N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物11-4,0.82 g,3.98 mmol,2.5當量)。將所得混合物在60℃下攪拌16 h。LCMS指示反應完成。使混合物冷卻至室溫。在室溫下藉由添加水(20 mL)淬滅反應。將所得混合物用EtOAc (3 x 30 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(30 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(0.05% TFA),ACN (30 min內5%至50%梯度);偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色固體之N-(2-{2-[2-氯-4-({[(2-{2,6-二側氧基-1-[(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲基]哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基)甲基]胺基甲醯基}胺基)苯基]乙氧基}乙基)-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物11-5,0.5 g,39%)。LCMS (ES, m/z): 798, 800 [M+H]
+ 步驟 4. 化合物 11-6 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之N-(2-{2-[2-氯-4-({[(2-{2,6-二側氧基-1-[(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲基]哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基)甲基]胺基甲醯基}胺基)苯基]乙氧基}乙基)-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物11-5,500 mg,0.62 mmol,1.00當量)於THF (6 mL)中之混合物中添加Pd(PPh
3)
4(72 mg,0.063 mmol,0.1當量)、苯基矽烷(136 mg,1.25 mmol,2當量)。將所得混合物在25℃、氮氣氣氛下攪拌3 h。LCMS指示反應完成。使混合物冷卻至室溫。在室溫下藉由添加水(20 mL)淬滅反應。將所得混合物用EtOAc (3 x 30 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(30 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(0.05% TFA),ACN (30 min內5%至50%梯度);偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色固體之N-(2-{2-[4-({[(2-{1-[(2-胺基乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基)甲基]胺基甲醯基}胺基)-2-氯苯基]乙氧基}乙基)-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物11-6,400 mg,89%)。LCMS (ES, m/z): 714, 716 [M+H]+
步驟 5. 化合物 11-8 之合成
在0℃下,向經攪拌之[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙酸(化合物11-7,根據針對化合物8-12所描述之程序製備,163 mg,0.30 mmol,1.1當量)、HATU (159 mg,0.42 mmol,1.5當量)及HOBT (57 mg,0.42 mmol,1.5當量)於DMF (3 mL)中之混合物中添加N-(2-{2-[4-({[(2-{1-[(2-胺基乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基)甲基]胺基甲醯基}胺基)-2-氯苯基]乙氧基}乙基)-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物11-6,200 mg,0.28 mmol,1.00當量)、DIEA (108 mg,0.84 mmol,3當量)。將所得混合物在25℃下攪拌5 h。LCMS指示反應完成。藉由添加水(10 mL)淬滅反應。藉由過濾收集沉澱的固體且用水(11 mL)洗滌。這產生呈黃色固體之N-(2-{2-[2-氯-4-({[(2-{1-[(2-{2-[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基)甲基]胺基甲醯基}胺基)苯基]乙氧基}乙基)-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物11-8,100 mg,29%)。LCMS (ES, m/z): 1225, 1227 [M+H]
+ 步驟 6. 化合物 (XI) 之合成
在0℃下,向經攪拌之N-(2-{2-[2-氯-4-({[(2-{1-[(2-{2-[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基)甲基]胺基甲醯基}胺基)苯基]乙氧基}乙基)-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物11-8,100 mg,0.08 mmol,1.00當量)於DCM (0.8 mL)中之混合物中添加TFA (0.2 mL)。將所得混合物在25℃下攪拌4 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。將粗產物藉由製備型HPLC在以下條件下純化:管柱:XBridge Shield RP18 OBD管柱,30 x 150 mm,5 μm;移動相A:水(0.05% TFA),移動相B:ACN;流速:60 mL/min;梯度:7 min內20% B至40% B,40% B;波長:254 nm;RT1 (min):5.7 min。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之N-{[({[(1S)-1-{[({[({3-[5-({[(3-氯-4-{2-[2-(甲基胺基)乙氧基]乙基}苯基)胺基甲醯基]胺基}甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)胺基甲醯基]甲基}胺基甲醯基)甲基]胺基甲醯基}-2-苯基乙基]胺基甲醯基}甲基)胺基甲醯基]甲基}-6-(2,5-二側氧基哌啶-1-基)己醯胺;三氟乙酸(化合物(XI),30.5 mg,29%)。LCMS (ES, m/z): 1125,1127 [M+H]
+。
1H-NMR (DMSO, 400 MHz) δ (ppm): 8.88 (s, 1H), 8.39 (br s, 2H), 8.33-8.29 (m, 1H), 8.21-8.17 (m, 1H), 8.13-8.06 (m, 2H), 8.01-7.94 (m, 2H), 7.71 (d,
J= 7.6 Hz, 1H), 7.72 (d,
J= 2.0 Hz, 1H), 7.51 (s, 1H), 7.44 (d,
J= 8.0 Hz, 1H), 7.26-7.14 (m, 7H), 6.99 (s, 2H), 6.93-6.90 (m, 1H), 5.26-5.08 (m, 2H), 5.02-4.88 (m, 1H), 4.58-4.39 (m, 4H), 4.35-4.18 (m, 1H), 3.76-3.56 (m, 12H), 3.37-3.34 (m, 2H), 3.10-3.00 (m, 4H), 2.90-2.87 (m, 2H), 2.81-2.75 (m, 2H), 2.57-2.54 (m, 3H), 2.42-2.32 (m, 1H), 2.11-2.08 (m, 2H), 2.06-1.99 (m, 1H), 1.49-1.43 (m, 4H), 1.19-1.16 (m, 2H)。
方案 12 :化合物 (XII) 之製備 步驟 1. 化合物 12-3 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之3-(4-溴-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)哌啶-2,6-二酮(化合物12-1,3 g,9.28 mmol,1.00當量)及N-(戊-4-炔-1-基)胺基甲酸三級丁酯(化合物12-2,3.06 g,16.71 mmol,1.8當量)於DMF (31 mL)及TEA (31 mL)中之混合物中添加CuI (0.35 g,1.85 mmol,0.2當量)及Pd(PPh
3)
2Cl
2(0.65 g,0.92 mmol,0.1當量)。將所得混合物在80℃、氮氣氣氛下攪拌16 h。LCMS指示反應完成。使混合物冷卻至室溫。在室溫下藉由添加水(100 mL)淬滅反應。將所得混合物用EtOAc (3 x 50 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(3 x 50 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用CH
2Cl
2/ MeOH (10:1)溶析,得到呈棕色固體之N-{5-[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-4-基]戊-4-炔-1-基}胺基甲酸三級丁酯(化合物12-32 g,50%)。LCMS (ES, m/z): 426 [M+H]
+ 步驟 2. 化合物 12-5 之合成
在0℃下,向經攪拌之乙酸(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲酯(化合物12-4,根據針對化合物10-3所描述之程序製備,0.9 g,3.90 mmol,1.00當量)於DCM (38 mL)中之混合物中逐滴添加TMSCl (1.9 mL,14.86 mmol,3.80當量)。將所得混合物在0℃下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。粗產物未經進一步純化直接用於下一步。這產生呈白色固體之N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物12-5,0.8 g,99%)。LCMS (ES, m/z): 203 [M+H]
+(以甲醇衍生)
步驟 3. 化合物 12-6 之合成
在室溫下,向經攪拌之N-{5-[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-4-基]戊-4-炔-1-基}胺基甲酸三級丁酯(化合物12-3,1 g,2.35 mmol,1.00當量)及N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物12-5,0.73 g,3.52 mmol,1.5當量)於NMP (24 mL)中之混合物中添加K
2CO
3(0.65 g,4.70 mmol,2當量)。將所得混合物在60℃下攪拌16 h。LCMS指示反應完成。在室溫下藉由添加水(30 mL)淬滅反應。將所得混合物用EtOAc (3 x 30 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(3 x 30 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(0.05% TFA),ACN 30 min內5%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色油狀物之N-[5-(2-{2,6-二側氧基-1-[(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲基]哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-4-基)戊-4-炔-1-基]胺基甲酸三級丁酯(化合物12-6,1.2 g,85%)。LCMS (ES, m/z): 596 [M+H]
+ 步驟 4. 化合物 12-7 之合成
在氮氣氣氛下,向經攪拌之N-[5-(2-{2,6-二側氧基-1-[(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲基]哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-4-基)戊-4-炔-1-基]胺基甲酸三級丁酯(化合物12-6,1.4 g,2.35 mmol,1.00當量)及Pd(PPh
3)
4(0.27 g,0.23 mmol,0.1當量)於THF (30 mL)中之混合物中添加苯基矽烷(0.51 g,4.70 mmol,2當量)。將所得混合物在25℃、氮氣氣氛下攪拌3 h。LCMS指示反應完成。在室溫下藉由添加水(1 mL)淬滅反應。將所得混合物在減壓下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(0.05% TFA),ACN 30 min內5%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色固體之N-[5-(2-{1-[(2-胺基乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-4-基)戊-4-炔-1-基]胺基甲酸三級丁酯;三氟乙酸(化合物12-7,500 mg,34%)。LCMS (ES, m/z): 512 [M+H]
+ 步驟 5. 化合物 12-9 之合成
在0℃下,向經攪拌之[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙酸(化合物12-8,根據針對化合物8-12所描述之程序製備,279.33 mg,0.52 mmol,1.1當量)於DMF (6.00 mL)中之混合物中添加HATU (218.80 mg,0.57 mmol,1.2當量)及HOBT (77.76 mg,0.57 mmol,1.2當量)。將所得混合物在25℃下攪拌30 min。在0℃下,向上述混合物中添加N-[5-(2-{1-[(2-胺基乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-4-基)戊-4-炔-1-基]胺基甲酸三級丁酯;三氟乙酸(化合物12-7,300 mg,0.48 mmol,1.00當量)及DIEA (185.93 mg,1.44 mmol,3當量)。將所得混合物在25℃下再攪拌16 h。LCMS指示反應完成。在室溫下藉由添加水(0.5 mL)淬滅反應。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(0.05% TFA),ACN (30 min內5%至50%梯度);偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色固體之N-[5-(2-{1-[(2-{2-[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-4-基)戊-4-炔-1-基]胺基甲酸三級丁酯(化合物12-9,300 mg,61%)。LCMS (ES, m/z): 1023 [M+H]
+ 步驟 6. 化合物 12-10 之合成
在0℃下,向經攪拌之N-[5-(2-{1-[(2-{2-[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-4-基)戊-4-炔-1-基]胺基甲酸三級丁酯(化合物12-9,300 mg,0.29 mmol,1.00當量)於DCM (3.00 mL)中之混合物中逐滴添加TFA (0.75 mL)。將所得混合物在25℃下攪拌3 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。這產生呈黃色固體之N-{[({[(1S)-1-{[({[({3-[4-(5-胺基戊-1-炔-1-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)胺基甲醯基]甲基}胺基甲醯基)甲基]胺基甲醯基}-2-苯基乙基]胺基甲醯基}甲基)胺基甲醯基]甲基}-6-(2,5-二側氧基哌啶-1-基)己醯胺;三氟乙酸(化合物12-10,300 mg,98%)。LCMS (ES, m/z): 923 [M+H]
+ 步驟 7. 化合物 12-12 之合成
在0℃下,向經攪拌之(3'S,4'R,5'S)-6''-氯-4'-(3-氯-2-氟苯基)-2''-側氧基-1''H-二螺[環己烷-1,2'-吡咯啶-3',3''-吲哚]-5'-甲酸(化合物12-11,如
J. Med. Chem. 2014, 57, 10486-10498中所述製備,300 mg,0.64 mmol,1.00當量)及4-胺基苯甲酸甲酯(117 mg,0.77 mmol,1.2當量)於DMA (8 mL)中之混合物中添加DIEA (100 mg,0.77 mmol,1.2當量)。將所得混合物在0℃下攪拌30 min。在0℃下,向上述混合物中添加HATU (295 mg,0.77 mmol,1.2當量)。將所得混合物在25℃下再攪拌16 h。LCMS指示反應完成。在室溫下藉由添加水(0.5 mL)淬滅反應。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(0.05% TFA),ACN (30 min內5%至50%梯度);偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色固體之4-[(3'S,4'R,5'S)-6''-氯-4'-(3-氯-2-氟苯基)-2''-側氧基-1''H-二螺[環己烷-1,2'-吡咯啶-3',3''-吲哚]-5'-基胺基]苯甲酸甲酯(化合物12-12,200 mg,51%)。LCMS (ES, m/z): 596,598 [M+H]
+ 步驟 8. 化合物 12-13 之合成
在0℃下,向經攪拌之4-[(3'S,4'R,5'S)-6''-氯-4'-(3-氯-2-氟苯基)-2''-側氧基-1''H-二螺[環己烷-1,2'-吡咯啶-3',3''-吲哚]-5'-基胺基]苯甲酸甲酯(化合物12-12,190 mg,0.31 mmol,1.00當量)於THF (2 mL)中之混合物中逐滴添加H
2O (2 mL)中之NaOH (12 mg,0.31 mmol,1當量)及LiOH (15 mg,0.63 mmol,2當量)。將所得混合物在25℃下攪拌4 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。將混合物用HCl (水溶液)酸化至pH 6。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(0.05% TFA),ACN 30 min內5%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色固體之4-[(3'S,4'R,5'S)-6''-氯-4'-(3-氯-2-氟苯基)-2''-側氧基-1''H-二螺[環己烷-1,2'-吡咯啶-3',3''-吲哚]-5'-基胺基]苯甲酸(化合物12-13,50 mg,26%)。LCMS (ES, m/z): 582, 584 [M+H]
+ 步驟 9. 化合物 (XII) 之合成
在0℃下,向經攪拌之4-[(3'S,4'R,5'S)-6''-氯-4'-(3-氯-2-氟苯基)-2''-側氧基-1''H-二螺[環己烷-1,2'-吡咯啶-3',3''-吲哚]-5'-基胺基]苯甲酸(化合物12-13,50 mg,0.086 mmol,1.00當量)於DMF (0.9 mL)中之混合物中添加HATU (36 mg,0.095 mmol,1.1當量)。將所得混合物在0℃下攪拌10 min。在0℃下,向上述混合物中添加N-{[({[(1S)-1-{[({[({3-[4-(5-胺基戊-1-炔-1-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)胺基甲醯基]甲基}胺基甲醯基)甲基]胺基甲醯基}-2-苯基乙基]胺基甲醯基}甲基)胺基甲醯基]甲基}-6-(2,5-二側氧基哌啶-1-基)己醯胺;三氟乙酸(化合物12-10,98 mg,0.095 mmol,1.10當量)及DIEA (33 mg,0.25 mmol,3當量)。將所得混合物在25℃下再攪拌16 h。LCMS指示反應完成。在室溫下藉由添加水(0.1 mL)淬滅反應。將粗產物藉由製備型HPLC在以下條件下純化:管柱:XBridge Shield RP18 OBD管柱,30 x 150 mm,5 μm;移動相A:水(0.1% FA),移動相B:ACN;流速:60 mL/min;梯度:10 min內37% B至53% B,11 min內53% B至53% B;波長:254 nm;RT1 (min):10.52。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之(3'R,4'S,5'R)-6''-氯-4'-(3-氯-2-氯苯基)-N-(4-{[5-(2-{1-[(2-{2-[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-4-基)戊-4-炔-1-基]胺基甲醯基}苯基)-2''-側氧基-1''H-二螺[環己基-1,2'-吡咯啶-3',3''-吲哚]-5'-甲醯胺(化合物(XII),24.1 mg,18%)。LCMS (ES, m/z): 1486,1488 [M+H]
+ 1H-NMR (DMSO, 400 MHz) δ (ppm): 10.59 (s, 1H), 10.23 (s, 1H), 8.47-8.44 (m, 1H), 8.36-8.26 (m, 1H), 8.25-7.90 (m, 5H), 7.80 (d,
J= 8.8 Hz, 2H), 7.76-7.58 (m, 5H), 7.53-7.45 (m, 2H), 7.37-7.34 (m, 1H), 7.26-7.13 (m, 6H), 7.05-6.99 (m, 3H), 6.68 (d,
J= 2.0 Hz, 1H), 5.32-5.10 (m, 2H), 5.02-4.90 (m, 1H), 4.77-4.68 (m, 2H), 4.50-4.46 (m, 2H), 4.36-4.32 (m, 1H), 3.76-3.60 (m, 9H), 3.42-3.36 (m, 4H), 3.06-3.02 (m, 2H), 2.82-2.70 (m, 2H), 2.55-2.54 (m, 2H), 2.46-2.43 (m, 1H), 2.11-2.04 (m, 4H), 1.84-1.80 (m, 3H), 1.68-1.52 (m, 4H), 1.49-1.36 (m, 6H), 1.19-1.15 (m, 2H), 1.05-0.96 (m, 1H), 0.92-0.82 (m, 1H)。
方案 13 :化合物 (XIII) 之製備 步驟 1. 化合物 13-3 之合成
將[(9S)-7-(4-氯苯基)-4,5,13-三甲基-3-硫雜-1,8,11,12-四氮雜三環[8.3.0.0^{2,6}]十三烷-2(6),4,7,10,12-戊烯-9-基]乙酸(化合物13-1,1.00 g,2.50 mmol,1.00當量)及HATU (1.90 g,4.99 mmol,2.00當量)於DMF (10 mL)中之溶液在室溫下攪拌0.5 h。然後添加6-胺基己酸甲酯鹽酸鹽(化合物13-2,0.54 g,2.994 mmol,1.2當量)及DIEA (1.93 g,14.97 mmol,6.00當量)。將所得混合物在室溫下攪拌2小時。LCMS指示反應完成。將所得混合物用水(100 mL)稀釋,用EA (50 mLx3)萃取,將合併的有機層用水(50 mL)、鹽水(50 mL)洗滌,經無水硫酸鈉乾燥且在真空下濃縮至乾。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法(DCM: MeOH= 13: 1)純化,得到呈棕色固體之6-{2-[(9S)-7-(4-氯苯基)-4,5,13-三甲基-3-硫雜-1,8,11,12-四氮雜三環[8.3.0.0^{2,6}]十三烷-2(6),4,7,10,12-戊烯-9-基]乙醯胺基}己酸甲酯(化合物13-3,1.22 g,91%)。LCMS (ES,
m/z): 528, 530 [M+H]
+ 步驟 2. 化合物 13-4 之合成
在室溫下,向6-{2-[(9S)-7-(4-氯苯基)-4,5,13-三甲基-3-硫雜-1,8,11,12-四氮雜三環[8.3.0.0^{2,6}]十三烷-2(6),4,7,10,12-戊烯-9-基]乙醯胺基}己酸甲酯(化合物13-3,1.20 g,2.27 mmol,1.00當量)於THF (10 mL)及H
2O (5 mL)中之溶液中添加LiOH.H
2O (65 mg,2.73 mmol,1.20當量)。將所得混合物在室溫下攪拌2小時。LCMS指示反應完成。將溶劑在真空下除去。將殘餘物用EA (100 ml)及水(300 mL)溶解。將有機層分離出來。將水相用EA (100 mLx3)萃取。將合併的有機層經無水硫酸鈉乾燥且在真空下濃縮至乾,得到呈黃色固體之6-{2-[(9S)-7-(4-氯苯基)-4,5,13-三甲基-3-硫雜-1,8,11,12-四氮雜三環[8.3.0.0^{2,6}]十三烷-2(6),4,7,10,12-戊烯-9-基]乙醯胺基}己酸(化合物13-4,1 g,84%)。LCMS (ES,
m/z): 514, 516 [M+H]
+ 步驟 3. 化合物 13-6 之合成
在室溫下,向IR[DF(CF3)PPY]
2(DTBPY)PF
6(166 mg,0.15 mmol,0.10當量)、鎳(2+)、四水[4,4'-雙(1,1-二甲基乙基)-2,2'-聯吡啶-κN1,κN1']-氯化物(69 mg,0.15 mmol,0.10當量)、4-溴-2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)異吲哚-1,3-二酮(化合物13-5,500 mg,1.48 mmol,1.00當量)及[(三級丁氧羰基)胺基]乙酸(390 mg,2.22 mmol,1.50當量)於DMSO (25.00 mL)中之溶液中添加2-三級丁基-1,1,3,3-四甲基胍(381 mg,2.22 mmol,1.50當量)。將反應小瓶密封且將反應混合物用氮氣鼓泡5 min。然後將攪拌中之反應混合物用藍色LED (365 nm)照射24小時。LCMS指示反應完成。將反應並行進行兩次。將反應用水(250 mL)稀釋,用EA (75 mLx3)萃取,將合併的有機層用水(75 mL)、鹽水(75 mL)洗滌,經無水硫酸鈉乾燥且在真空下濃縮至乾。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.1% FA),30 min內0%至60%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份濃縮,得到呈黃色固體之N-{[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1,3-二側氧基異吲哚-4-基]甲基}胺基甲酸三級丁酯(化合物13-6,300 mg,22%)。LCMS (ES,
m/z): 388 [M+H]
+, 288 [M + H - Boc]
+, 329 [M + H - Boc + ACN]
+ 步驟 4. 化合物 13-7 之合成
將N-{[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1,3-二側氧基異吲哚-4-基]甲基}胺基甲酸三級丁酯(化合物13-6,300 mg,0.77 mmol,1.00當量)於含HCl(氣體)之1,4-二噁烷(15 mL)中之溶液在室溫下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將反應在真空下濃縮至乾,得到呈黃色固體之4-(胺基甲基)-2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)異吲哚-1,3-二酮(化合物13-7,380 mg,粗品)。粗產物未經進一步純化用於下一步。LCMS (ES,
m/z): 288 [M+H]
+ 步驟 5. 化合物 (XIII) 之合成
在室溫、空氣中,向6-{2-[(9S)-7-(4-氯苯基)-4,5,13-三甲基-3-硫雜-1,8,11,12-四氮雜三環[8.3.0.0^{2,6}]十三烷-2(6),4,7,10,12-戊烯-9-基]乙醯胺基}己酸(化合物13-4,390 mg,0.76 mmol,1.00當量)於DMF (5 mL)中之溶液中添加4-(胺基甲基)-2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)異吲哚-1,3-二酮(化合物13-7, 376 mg,0.76 mmol,1.00當量,58%)、HATU (577 mg,1.52 mmol,2.00當量)、DIEA (294 mg,2.28 mmol,3.00當量)。將所得混合物在室溫下攪拌2小時。LCMS指示反應完成。將所得混合物用水(50 mL)稀釋,用EA (50 mLx3)萃取,將合併的有機層用鹽水(50 mL)、水(50 mL)洗滌,經無水硫酸鈉乾燥且在真空下濃縮至乾。將殘餘物藉由製備型TLC (DCM: MeOH=10:1)純化,得到呈黃色固體之6-{2-[(9S)-7-(4-氯苯基)-4,5,13-三甲基-3-硫雜-1,8,11,12-四氮雜三環[8.3.0.0^{2,6}]十三烷-2(6),4,7,10,12-戊烯-9-基]乙醯胺基}-N-{[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1,3-二側氧基異吲哚-4-基]甲基}己醯胺(化合物(XIII),330 mg,52%)。MS: (ES, m/s): 783, 785 [M+H]
+ 1H NMR (400 MHz, DMSO-
d
6 ) δ11.14 (s, 1H), 8.45 (t, J= 5.6Hz, 1H), 8.18 (t, J=4.4Hz, 1H), 7.85-7.77 (m, 2H), 7.67 (d, J=7.6 Hz, 1H), 7.50-7.40 (dd, J=8.8 Hz, 20.8 Hz, 4H), 5.22-5.16 (m, 1H), 4.71-4.72 (m, 2H), 4.53-4.49 (m, 1H), 3.30-3.06 (m, 4H), 2.95-2.87 (m, 1H), 2.67-2.51 (m, 5H), 2.41 (s, 1H), 2.20 (t, J=7.2 Hz, 2H), 2.08-2.04 (m, 2H), 1.62 (s, 1H), 1.53-1.59 (m, 2H), 1.48-1.42 (m, 2H), 1.35-1.29 (m, 2H)。
方案 14 :化合物 (XIV) 之製備 步驟 1. 化合物 14-2 之合成
在室溫下,向乙酸(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)-甲酯(化合物14-1,根據針對化合物10-3所描述之程序製備,100 mg,0.44 mmol,1.00當量)於DCM (10 mL)中之溶液中添加TMSCl (70 mg,0.66 mmol,1.50當量)。將反應在室溫下攪拌0.5 h。LCMS指示反應完成。將反應在真空下濃縮至乾,且將殘餘物直接用於下一步。LCMS (ES,
m/z): 203 [M+H]
+(以甲醇衍生)
步驟 2. 化合物 14-4 之合成
在室溫下,向6-{2-[(9S)-7-(4-氯苯基)-4,5,13-三甲基-3-硫雜-1,8,11,12-四氮雜三環[8.3.0.0^{2,6}]十三烷-2(6),4,7,10,12-戊烯-9-基]乙醯胺基}-N-{[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1,3-二側氧基異吲哚-4-基]甲基}己醯胺(化合物(XIII),100 mg,0.12 mmol,1.00當量)及N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物14-3,106 mg,0.52 mmol,4.00當量)於DMF (5 mL)中之溶液中添加K
2CO
3(70 mg,0.52 mmol,4.00當量)。將所得混合物在室溫下攪拌48小時。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.1% FA),30 min內0%至60%梯度;偵測器,UV 254 nm和220 nm。將收集的流份濃縮,得到呈黃色固體之N-({[(3-{4-[(6-{2-[(9S)-7-(4-氯苯基)-4,5,13-三甲基-3-硫雜-1,8,11,12-四氮雜三環[8.3.0.0^{2,6}]十三烷-2(6),4,7,10,12-戊烯-9-基]乙醯胺基}己醯胺基)甲基]-1,3-二側氧基異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基]胺基甲醯基}甲基)胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物14-4,110 mg,83%)。LCMS (ES,
m/z): 953, 955 [M+H]
+ 步驟 3. 化合物 14-5 之合成
在N
2下,向N-({[(3-{4-[(6-{2-[(9S)-7-(4-氯苯基)-4,5,13-三甲基-3-硫雜-1,8,11,12-四氮雜三環[8.3.0.0^{2,6}]十三烷-2(6),4,7,10,12-戊烯-9-基]乙醯胺基}己醯胺基)甲基]-1,3-二側氧基異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基]胺基甲醯基}甲基)胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物14-4,100 mg,0.11 mmol,1.00當量)於THF (5 mL)中之溶液中添加苯基矽烷(23 mg,0.21 mmol,2.00當量)及Pd(PPh
3)
4(12 mg,0.01 mmol,0.10當量)。將所得混合物在室溫下攪拌3小時。LCMS指示反應完成。將所得混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.1% FA),30 min內0%至60%梯度;偵測器,UV 254 nm和220 nm,得到呈淺黃色固體之(化合物14-5,55 mg,57%)。LCMS (ES,
m/z): 869, 871 [M+H]
+ 步驟 4. 化合物 (XIV) 之合成
在室溫下,向N-[(2-{1-[(2-胺基乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-1,3-二側氧基異吲哚-4-基)甲基]-6-{2-[(9S)-7-(4-氯苯基)-4,5,13-三甲基-3-硫雜-1,8,11,12-四氮雜三環[8.3.0.0^{2,6}]十三烷-2(6),4,7,10,12-戊烯-9-基]乙醯胺基}己醯胺(化合物14-5,50 mg,0.06 mmol,1.00當量)、[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙酸(化合物14-4,根據針對化合物8-12所描述之程序製備,34 mg,0.06 mmol,1.10當量)於DMF (3 mL)中之溶液中添加HOBT (16 mg,0.12 mmol,2.00當量)、HATU (44 mg,0.12 mmol,2.00當量)及DIEA (67 mg,0.52 mmol,9.00當量)。將所得混合物在室溫下攪拌隔夜。將所得混合物藉由以下純化:管柱:XSelect CSH Prep C18 OBD管柱,19*150 mm,5 μm;移動相A:水(0.05% FA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min;梯度:7 min內29% B至59% B,59% B;波長:254 nm;RT1 (min):6.8,得到呈淡黃色固體之6-{2-[(9S)-7-(4-氯苯基)-4,5,13-三甲基-3-硫雜-1,8,11,12-四氮雜三環[8.3.0.0^{2,6}]十三烷-2(6),4,7,10,12-戊烯-9-基]乙醯胺基}-N-[(2-{1-[(2-{2-[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-1,3-二側氧基異吲哚-4-基)甲基]己醯胺(化合物(XIV),14.4 mg,17%)。LCMS (ES,
m/z): 1380,1382 [M+H]
+ 1H NMR (400 MHz, DMSO-
d
6 ) δ8.47-8.44 (m, 1H), 8.29-8.21 (m, 2H), 8.19-8.15 (m, 1H), 8.13-8.04 (m, 2H), 8.00-7.92 (m, 2H), 7.89-7.72 (m, 2H), 7.68-7.66 (m, 1H), 7.50-7.41 (m, 4H), 7.35-7.23 (m, 4H), 7.20-7.11 (m, 1H), 6.99 (s, 2H), 5.25-5.12 (m, 2H), 5.08-5.00 (m, 1H), 4.72 (d, J=6Hz, 2H), 4.53-4.50 (m, 2H), 3.76-3.69 (m, 5H), 3.68-3.65 (m, 4H), 3.36 (t, J=7.2 Hz, 2H), 3.24-3.20 (m, 2H), 3.10-3.03 (m, 4H), 2.82-2.78 (m, 2H), 2.60 (s, 3H), 2.41 (s, 3H), 2.23-2.19 (m, 2H), 2.19-2.01 (m, 3H), 1.62 (s, 3H), 1.59-1.55 (m, 2H), 1.50-1.42 (m, 6H), 1.33-1.31 (m, 2H), 1.20-1.16 (m, 2H)。
方案 15 :化合物 (XV) 之製備 步驟 1. 化合物 15-2 之合成
在0℃下,向經攪拌之乙酸(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲酯(化合物15-1,根據針對化合物10-3所描述之程序製備,736 mg,3.19 mmol,1當量)於DCM (30 mL)中之混合物中逐滴添加TMSCl (1389 mg,12.78 mmol,4.00當量)。將所得混合物在0℃下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。這產生呈白色固體之N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物15-2,736 mg,89%)。LCMS (ES, m/z): 203 [M+H]
+(以MeOH衍生)。
步驟 2. 化合物 15-4 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之6-[4-({4-[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-6-氟-1,3-二側氧基異吲哚-5-基]哌嗪-1-基}甲基)哌啶-1-基]-N-[(1r,4r)-4-(3-氯-4-氰基苯氧基)環己基]嗒嗪-3-甲醯胺(化合物15-3,500 mg,0.61 mmol,1當量)於DMF (8 mL)中之混合物中分批添加NaH (37 mg,0.92 mmol,1.50當量,60%)。將所得混合物在0℃、氮氣氣氛下攪拌30 min。在0℃下,向上述混合物中添加N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物15-2,254 mg,1.23 mmol,2當量)。將所得混合物在25℃下再攪拌16 h。LCMS指示反應完成。在室溫下藉由添加水(1 mL)淬滅反應。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(0.05% TFA),ACN 30 min內5%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色固體之N-{[({3-[5-氟-1,3-二側氧基-6-(4-{[1-(6-{[(1r,4r)-4-(3-氯-4-氰基苯氧基)環己基]胺基甲醯基}嗒嗪-3-基)哌啶-4-基]甲基}哌嗪-1-基)異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)胺基甲醯基]甲基}胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物15-4,130 mg,21%)。LCMS (ES, m/z): 982, 984 [M+H]
+ 步驟 3. 化合物 15-5 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之N-{[({3-[5-氟-1,3-二側氧基-6-(4-{[1-(6-{[(1r,4r)-4-(3-氯-4-氰基苯氧基)環己基]胺基甲醯基}嗒嗪-3-基)哌啶-4-基]甲基}哌嗪-1-基)異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)胺基甲醯基]甲基}胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物15-4,120 mg,0.12 mmol,1當量)及Pd(PPh
3)
4(14 mg,0.012 mmol,0.1當量)於THF (1.2 mL)中之混合物中逐滴添加苯基矽烷(26 mg,0.24 mmol,2當量)。將所得混合物在25℃、氮氣氣氛下攪拌3 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(0.05% TFA),ACN 30 min內5%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色固體之6-(4-{[4-(2-{1-[(2-胺基乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-6-氟-1,3-二側氧基異吲哚-5-基)哌嗪-1-基]甲基}哌啶-1-基)-N-[(1r,4r)-4-(3-氯-4-氰基苯氧基)環己基]嗒嗪-3-甲醯胺(化合物15-5,40 mg,36%)。LCMS (ES, m/z): 899, 901 [M+H]
+ 步驟 4. 化合物 (XV) 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙酸(化合物15-6,根據針對化合物8-12所描述之程序製備,21 mg,0.040 mmol,1當量)及HATU (18 mg,0.048 mmol,1.2當量)、HOBT (7 mg,0.048 mmol,1.2當量)於DMF (0.4 mL)中之混合物中添加6-(4-{[4-(2-{1-[(2-胺基乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-6-氟-1,3-二側氧基異吲哚-5-基)哌嗪-1-基]甲基}哌啶-1-基)-N-[(1r,4r)-4-(3-氯-4-氰基苯氧基)環己基]嗒嗪-3-甲醯胺(化合物15-5,40 mg,0.040 mmol,1當量)及DIEA (16 mg,0.12 mmol,3當量)。將所得混合物在25℃、氮氣氣氛下攪拌16 h。LCMS指示反應完成。將粗產物藉由製備型HPLC在以下條件下純化:管柱:XBridge Shield RP18 OBD管柱,30 x 150 mm,5 μm;移動相A:水(0.1% FA),移動相B:ACN;流速:60 mL/min;梯度:10 min內23% B至43% B,43% B;波長:254 nm;RT1 (min):8.92;將收集的流份凍乾,得到呈黃色固體之6-(4-{[4-(2-{1-[(2-{2-[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-6-氟-1,3-二側氧基異吲哚-5-基)哌嗪-1-基]甲基}哌啶-1-基)-N-[(1r,4r)-4-(3-氯-4-氰基苯氧基)環己基]嗒嗪-3-甲醯胺(化合物(XV),7.2 mg,10%)。LCMS (ES, m/z): 1409,1411 [M+H]
+。
1H-NMR (DMSO-d
6, 400 MHz) δ (ppm): 8.59 (d,
J= 8.0 Hz, 1H), 8.28-8.24 (m, 2H), 8.13-8.06 (m, 2H), 7.99-7.92 (m, 2H), 7.86-7.73 (m, 3H), 7.39-7.31 (m, 3H), 7.24-7.21 (m, 4H), 7.17-7.12 (m, 2H), 6.99 (s, 2H), 5.17-5.14 (m, 3H), 4.53-4.47 (m, 4H), 3.74-3.50 (m, 11H), 3.37-3.59 (m, 2H), 3.30-3.22 (m, 3H), 3.07-2.76 (m, 7H), 2.62-2.52 (m, 3H), 2.32-2.00 (m, 7H), 1.91-1.83 (m, 5H), 1.65-1.62 (m, 2H), 1.52-1.43 (m, 6H), 1.20-1.14 (m, 4H)。
方案 16 :化合物 (XVII) 之製備 步驟 1. 化合物 17-7 之合成
在室溫下,向乙酸(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲酯(化合物17-6,100 mg,0.43 mmol,1.00當量)於DCM (5 mL)中之溶液中添加TMSCl (71 mg,0.65 mmol,1.50當量)。將反應在室溫下攪拌0.5 h。LCMS指示反應完成。將反應在真空下濃縮至乾,且將殘餘物直接用於下一步。LCMS (ES,
m/z): 203 [M+H]
+(以甲醇衍生)
步驟 2. 化合物 17-8 之合成
將1-{3-氯-4-[2-(甲基硫烷基)乙基]苯基}-3-{[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基}脲(化合物9-6,50 mg,0.100 mmol,1.00當量)、N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物17-7,82 mg,0.40 mmol,4.00當量)及K
2CO
3(41 mg,0.30 mmol,3.00當量)於NMP (2500 uL)中之溶液在50℃下攪拌24小時。然後添加NMP (0.5 mL)中之N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(82 mg,0.40 mmol,4.00當量)及K
2CO
3(14 mg,0.10 mmol,1.00當量)。將所得混合物在50℃下攪拌24小時。LCMS指示反應完成。將反應並行進行八次。將所得混合物藉由製備型HPLC在以下條件下純化:管柱:Sunfire Prep C18 OBD管柱,19*250 mm,10 μm;移動相A:水(0.1% FA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min;梯度:10 min內41% B至57% B,57% B;波長:254 nm;RT1 (min),得到呈黃色固體之產物N-[({[3-(5-{[({3-氯-4-[2-(甲基硫烷基)乙基]苯基}胺基甲醯基)胺基]甲基}-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物17-8,64 mg,11%)。LCMS (ES,
m/z): 671 [M+H]
+ 步驟 3. 化合物 17-9 之合成
在N
2下,向N-[({[3-(5-{[({3-氯-4-[2-(甲基硫烷基)乙基]苯基}胺基甲醯基)胺基]甲基}-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物17-8,64 mg,0.10 mmol,1.00當量)於THF (5 mL)及苯基矽烷(21 mg,0.19 mmol,2.00當量)中之溶液中添加Pd(PPh
3)
4(11 mg,0.01 mmol,0.10當量)。將所得混合物在室溫下攪拌3小時。LCMS指示反應完成。過濾後,將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.1% FA),30 min內0%至60%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份凍乾,得到呈灰白色固體之2-胺基-N-{[3-(5-{[({3-氯-4-[2-(甲基硫烷基)乙基]苯基}胺基甲醯基)胺基]甲基}-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}乙醯胺(化合物17-9,32 mg,51%)。LCMS (ES, m/z): 587 [M+H]
+ 步驟 4. 化合物 XVII 之合成
將[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙酸(化合物17-9,32 mg,0.06 mmol,1.20當量)、HOBT (7 mg,0.05 mmol,1.00當量)及HATU (19 mg,0.05 mmol,1.00當量)於DMF (3 mL)中之溶液在室溫下攪拌1 h。然後在室溫下添加2-胺基-N-{[3-(5-{[({3-氯-4-[2-(甲基硫烷基)乙基]苯基}胺基甲醯基)胺基]甲基}-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}乙醯胺(化合物17-10,根據針對化合物8-12所描述之程序製備,30 mg,0.05 mmol,1.00當量)及DIEA (26 mg,0.20 mmol,4.00當量)。將所得混合物在室溫下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將反應藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱:Kinetex EVO C18,21.2*250 mm,5 μm;移動相A:水(0.1% FA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min;梯度:7 min內34% B至64% B,64% B;波長:254 nm;RT1 (min):6。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之N-{[({[(1S)-1-[({[({[3-(5-{[({3-氯-4-[2-(甲基硫烷基)乙基]苯基}胺基甲醯基)胺基]甲基}-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}胺基甲醯基)甲基]胺基甲醯基}甲基)胺基甲醯基]-2-苯基乙基]胺基甲醯基}甲基)胺基甲醯基]甲基}-6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺(化合物(XVII),6.5 mg,10.57%)。LCMS (ES, m/z): 1098 [M+H]
+ 1H NMR (400 MHz, DMSO-d
6) δ 8.80 (s, 1H), 8.35-8.28 (m, 1H), 8.19-8.17 (m, 1H), 8.12-8.10 (m, 1H), 8.07-8.06 (m, 1H), 8.02-7.98 (m, 1H), 7.97-7.92 (m, 1H), 7.73-7.67 (m, 2H),7.53 (s, 1H), 7.47-7.45 (m, 1H), 7.24-7.22 (m, 5H), 7.20-7.15 (m, 2H), 7.00 (s, 2H), 6.84-6.80 (m, 1H), 5.22-4.96 (m, 3H), 4.55-4.50 (m, 1H), 4.44-4.41 (m, 2H), 4.34-4.28 (m, 1H), 3.73-3.66 (m, 7H), 3.37-3.36 (m, 4H), 3.10-2.95 (m, 2H), 2.90-2.70 (m, 4H), 2.69-2.62 (m, 3H), 2.15-2.00 (m, 5H), 2.09-2.00 (m, 1H), 1.50-1.45 (m, 4H), 1.21-1.19 (m, 2H)。
方案 17 :化合物 (XVIII) 之製備 步驟 1. 化合物 18-2 之合成
在0℃下,向經攪拌之Gly-Gly (10 g,75.68 mmol,1.00當量)及NaHCO
3(12.72 g,151.37 mmol,2當量)於H
2O (70 mL)中之混合物中逐滴添加THF (35 mL)中之氯(丙-2-烯-1-基氧基)甲酮(10.95 g,90.82 mmol,1.2當量)。將所得混合物在25℃下攪拌5小時。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。將混合物用HCl (1 N水溶液)酸化至pH 5。藉由過濾收集沉澱的固體且用HCl (1 N水溶液) (2x50 mL)洗滌。這產生呈白色固體之(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)乙酸(化合物18-2,9 g,55%)。LCMS (ES, m/z): 217 [M+H]
+。
步驟 2. 化合物 18-3 之合成
將(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)乙酸(化合物18-2,9 g,41.62 mmol,1.00當量)及Cu(OAc)
2(0.76 g,4.16 mmol,0.1當量)於THF (220 mL)中之混合物在60℃、氮氣氣氛下攪拌1 h。使混合物冷卻至室溫。在室溫下,向上述混合物中添加Pb(OAc)
4(22.15 g,49.95 mmol,1.2當量)。將所得混合物在25℃下再攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物過濾,將濾餅用MeOH (3x50 mL)洗滌。將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (1:10)溶析,得到呈白色固體之乙酸(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲酯(化合物18-3,5 g,52%)。LCMS: (ES, m/z): 253 [M+Na]
+。
步驟 3. 化合物 18-4 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之乙酸(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲酯(化合物18-3,100 mg,0.43 mmol,1當量)於DCM (1 mL)中之溶液中逐滴添加TMSCl (188 mg,1.73 mmol,4當量)。將所得混合物在0℃、氮氣氣氛下攪拌2 h。將反應混合物用甲醇衍生以進行LCMS測試。將所得混合物在真空下濃縮,得到呈白色固體之粗產物N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物18-4,80 mg,89%)。LCMS (ESI, m/z):203[M+H]
+(甲醇衍生物)
化合物 18-5 之合成 步驟 5.
在室溫下,向經攪拌之(2-氯-4-硝基苯基)乙酸(40.7 g,188.78 mmol,1.00當量)於THF (610 mL)中之溶液中逐滴添加BH
3-Me
2S (47 mL,10N,470 mmol,2.5當量)。將所得混合物在70℃、氮氣氣氛下攪拌3 h。LCMS指示反應完成。使反應混合物達到室溫且在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (1:1)溶析,得到呈黃色固體之2-(2-氯-4-硝基苯基)乙醇(35 g,91%)。
1H NMR(300MHz, DMSO-d
6) δ 8.25(s, 1H), 8.16-8.12(m, 1H), 7.68-7.65(m, 1H), 4.87-4.84(m, 1H), 3.71-3.65(m, 2H), 2.9-2.95(m, 2H)。
步驟 6.
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之2-(2-氯-4-硝基苯基)乙醇(6.0 g,29.76 mmol,1當量)及1-(4-甲基苯磺醯基)氮丙啶(5.87 g,29.75 mmol,1.0當量)於DCM(60 mL)中之混合物。將所得混合物在0℃下攪拌10 min。在0℃下,向上述混合物中分批添加AMBERLYST 15(H) (12.0 g)。將所得混合物在室溫下再攪拌2 h。LCMS指示反應係45%產物。在0℃下,向上述混合物中分批添加1-(4-甲基苯磺醯基)氮丙啶(8.81 g,44.64 mmol,1.5當量)。將所得混合物在℃下再攪拌10 min。在0℃下,向上述混合物中分批添加AMBERLYST 15(H) (12.0 g)。將所得混合物在室溫下再攪拌2 h。LCMS指示反應完成。藉由過濾來過濾固體且用DCM (3x50 mL)洗滌。將有機物在真空下濃縮至乾。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (1:1)溶析,得到呈灰白色油狀物之N-{2-[2-(2-氯-4-硝基苯基)乙氧基]乙基}-4-甲基苯磺醯胺(6.8 g,57%)。LCMS:(ES. m/z): 399, 401 [M+1]
+。
1H NMR (300MHz, DMSO- d
6) δ 8.25 (s, 1H), 8.14-8.10 (m, 1H), 7.68-7.59 (m, 4H), 7.39-7.36 (m, 2H), 3.61-3.57 (m, 2H), 3.41-3.33 (m, 2H), 3.00-2.97 (m, 2H), 2.89-2.85 (m, 2H), 2.37 (s, 3H)。
步驟 7.
在室溫下,向經攪拌之N-{2-[2-(2-氯-4-硝基苯基)乙氧基]乙基}-4-甲基苯磺醯胺(6.8 g,17.04 mmol,1.00當量)於DMF (68 mL)中之混合物中分批添加K
2CO
3(4.71 g,34.08 mmol,2.00當量)。將所得混合物在室溫下攪拌10 min。在室溫下,向上述混合物中逐滴添加MeI (3.7 g,26.06 mmol,1.53當量)。將所得混合物在室溫下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將所得混合物用水(132 mL)稀釋且用EtOAc (3 x 150 mL)萃取。將合併的有機層用水及鹽水(150 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (1:1)溶析,得到呈黃色油狀物之N-{2-[2-(2-氯-4-硝基苯基)乙氧基]乙基}-N,4-二甲基苯磺醯胺(7.3 g,粗品)。LCMS:(ES.m/z): 413, 415 [M+1]
+。
步驟 8.
在室溫下,向經攪拌之N-{2-[2-(2-氯-4-硝基苯基)乙氧基]乙基}-N,4-二甲基苯磺醯胺(7.3 g,粗品)於EtOH (133 mL)中之混合物中分批添加Fe (5.55 g,99.30 mmol)並添加H
2O (27 mL)中之NH
4Cl (3.19 g,59.58 mmol)。將所得混合物在80℃下攪拌4 h。使混合物冷卻至室溫。LCMS指示反應完成。將所得混合物過濾,將濾餅用EtOH (3x20 mL)洗滌。將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (1:1)溶析,得到呈黃色固體之N-{2-[2-(4-胺基-2-氯苯基)乙氧基]乙基}-N,4-二甲基苯磺醯胺(4.4 g,兩步57%)。LCMS: (ES.m/z): 382, 384 [M+1]
+。
步驟 9.
在室溫下,向經攪拌之3-[5-(胺基甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮(3.14 g,11.49 mmol,1.1當量)於DMF (48 mL)中之混合物中分批添加CDI (1.86 g,11.49 mmol,1.1當量)並逐滴添加TEA (1.06 g,10.47 mmol,1.00當量)。將所得混合物在室溫下攪拌2 h。LCMS指示反應完全轉化為中間體(MS=368)。在室溫下,在10 min內向上述混合物中分批添加N-{2-[2-(4-胺基-2-氯苯基)乙氧基]乙基}-N,4-二甲基苯磺醯胺(4.0 g,10.44 mmol,1當量)及DMAP (3.83 g,31.34 mmol,3當量)。將所得混合物在60℃下再攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。使反應混合物達到室溫。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:C18管柱;移動相,含ACN之水(0.10% FA),45 min內10%至60%梯度;偵測器,UV 254/220 nm。將收集的流份在真空下濃縮。這產生呈黃色固體之1-(3-氯-4-{2-[2-(N-甲基4-甲基苯磺醯胺)乙氧基]乙基}苯基)-3-{[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基}脲(化合物18-5,3.2 g,45%)。LCMS: (ES, m/z): 682, 684 [M+1]
+。
步驟 4. 化合物 18-6 之合成
將1-(3-氯-4-{2-[2-(N-甲基4-甲基苯磺醯胺)乙氧基]乙基}苯基)-3-{[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基}脲(化合物18-5,4.3 g,6.30 mmol,1當量)於HBr (30%於AcOH中,86 mL)中之混合物在室溫下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將所得混合物在真空下濃縮。將混合物用飽和NaHCO
3(水溶液)鹼化至pH 7。將混合物用DCM (3*50 mL)萃取。將合併的有機層在真空下濃縮至乾。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:C18管柱;移動相,含ACN之水(0.1% FA),40 min內10%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份在減壓下濃縮。這產生呈黃色固體之1-(3-氯-4-{2-[2-(甲基胺基)乙氧基]乙基}苯基)-3-{[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基}脲(化合物18-6,2.5 g,75%)。LCMS: (ES.m/z): 528 [M+1]
+。
步驟 5. 化合物 18-7 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之1-(3-氯-4-{2-[2-(甲基胺基)乙氧基]乙基}苯基)-3-{[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基}脲(化合物18-6,700 mg,1.32 mmol,1當量)於THF (7 mL)中之混合物中逐滴添加飽和NaHCO
3至pH=8~9。在0℃下,向上述混合物中分批添加Boc
2O (450 mg,2.06 mmol,1.56當量)。將所得混合物在室溫下再攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將混合物用DCM (3*50 mL)萃取。將合併的有機層在真空下濃縮至乾。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用CH
2Cl
2/ MeOH (10:1)溶析,得到呈白色固體之N-[2-(2-{2-氯-4-[({[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基}胺基甲醯基)胺基]苯基}乙氧基)乙基]-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物18-6,402 mg,48%)。LCMS:(ES.m/z): 528 [M+1-100]
+, 572 [M+1-56]
+。
步驟 6. 化合物 18-8 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,將經攪拌之N-[2-(2-{2-氯-4-[({[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基}胺基甲醯基)胺基]苯基}乙氧基)乙基]-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物18-7,500 mg,0.79 mmol,1當量)及K
2CO
3(220.0 mg,1.59 mmol,2當量)於NMP (5 mL)中之溶液攪拌30 min。在0℃下,向上述混合物中逐滴添加N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(328 mg,1.59 mmol,2當量)。將所得混合物在室溫下再攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.05% TFA),40 min內5%至80%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈白色固體之粗產物(300 mg)。將粗產物(300 mg)藉由製備型HPLC在以下條件下純化(管柱:XBridge Shield RP18 OBD管柱,30*150 mm,5 μm;移動相A:水(0.1% FA),移動相B:ACN;流速:60 mL/min;梯度:10 min內30% B至53% B,53% B;波長:254 nm;RT1 (min):9.18;將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之N-(2-{2-[2-氯-4-({[(2-{2,6-二側氧基-1-[(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲基]哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基)甲基]胺基甲醯基}胺基)苯基]乙氧基}乙基)-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物18-8,140 mg,20%)。LCMS (ESI, ms): 798 [M+H]
+。
步驟 7. 化合物 18-9 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之N-(2-{2-[2-氯-4-({[(2-{2,6-二側氧基-1-[(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲基]哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基)甲基]胺基甲醯基}胺基)苯基]乙氧基}乙基)-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物18-8,500 mg,0.62 mmol,1.00當量)於THF (6 mL)中之混合物中添加Pd(PPh
3)
4(72 mg,0.06 mmol,0.1當量)、苯基矽烷(135 mg,1.25 mmol,2當量)。將所得混合物在25℃、氮氣氣氛下攪拌3 h。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(0.05% TFA),ACN (30 min內5%至50%梯度);偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色固體之N-(2-{2-[4-({[(2-{1-[(2-胺基乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基)甲基]胺基甲醯基}胺基)-2-氯苯基]乙氧基}乙基)-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物18-7,400 mg,89%)。LCMS (ES, m/z): 714 [M+H]
+。
化合物 18-10 之合成 步驟 4.
在0℃下,向經攪拌之(2S)-2-[2-(2-胺基乙醯胺基)乙醯胺基]-3-苯基丙酸(1.00 g,3.58 mmol,1.00當量)及DIEA (0.66 g,5.10 mmol,1.50當量)於DMF (18 mL)中之混合物中添加6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己酸2,5-二側氧基吡咯啶-1-基酯(1.10 g,3.57 mmol,1.11當量)。將所得混合物在25℃下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠(330 g,20-40 um);移動相,水(含有0.1% FA),ACN (30 min內5%至50%梯度);偵測器,UV 254 nm。這產生呈白色固體之(2S)-2-(2-[2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基]乙醯胺基)-3-苯基丙酸(化合物18-10,500 mg,29%)。LCMS (ES, m/z): 473 [M+H]
+ 步驟 8. 化合物 18-11 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺}乙醯胺)-3-苯基丙酸(化合物18-10,158 mg,0.33 mmol,1.20當量)及HATU (127 mg,0.33 mmol,1.2當量)於DMF (4 mL)中之溶液中添加HOBT (37 mg,0.28 mmol,1當量)。將所得混合物在0℃、氮氣氣氛下攪拌30 min。在0℃下,向上述混合物中添加N-(2-{2-[4-({[(2-{1-[(2-胺基乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基)甲基]胺基甲醯基}胺基)-2-氯苯基]乙氧基}乙基)-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物18-9,200 mg,0.28 mmol,1當量)及DIEA (72 mg,0.56 mmol,2當量)。將所得混合物在℃下再攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水,40 min內5%至80%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份凍乾,得到呈黃色固體之N-{2-[2-(2-氯-4-{[({2-[1-({2-[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙醯胺基}甲基)-2,6-二側氧基哌啶-3-基]-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基}甲基)胺基甲醯基]胺基}苯基)乙氧基]乙基}-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物18-8,175 mg,53%)。LCMS (ESI, ms): 1168 [M+H]
+。
步驟 9. 化合物 (XVIII) 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之N-{2-[2-(2-氯-4-{[({2-[1-({2-[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙醯胺基}甲基)-2,6-二側氧基哌啶-3-基]-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基}甲基)胺基甲醯基]胺基}苯基)乙氧基]乙基}-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物18-11,70 mg,0.06 mmol,1當量)於DCM (700 uL)中之溶液中逐滴添加TFA (140 uL)。將所得混合物在0℃、氮氣氣氛下攪拌1 h。LCMS指示完全反應。將所得混合物在減壓下濃縮。將粗產物(50 mg)藉由製備型HPLC在以下條件下純化(管柱:XSelect CSH Prep C18 OBD管柱,19*250 mm,5 μm;移動相A:水(0.1% FA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min;梯度:7 min內19% B至49% B,49% B;波長:254 nm;RT1 (min):5;將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之N-{[({[(1S)-1-({[({3-[5-({[(3-氯-4-{2-[2-(甲基胺基)乙氧基]乙基}苯基)胺基甲醯基]胺基}甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)胺基甲醯基]甲基}胺基甲醯基)-2-苯基乙基]胺基甲醯基}甲基)胺基甲醯基]甲基}-6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺(化合物(XVIII),11.5 mg,17%)。LCMS (ESI, ms):1068 [M+H-FA]
+ 1H NMR (300 MHz, DMSO-d
6) δ 8.90 (s, 1H), 8.40 (br s, 1H), 8.22-8.18 (m, 1H), 8.14-8.06 (m, 3H), 7.99-7.95 (m, 1H), 7-72-7.66 (m, 2H), 7.49-7.42 (m, 2H), 7.27-7.16 (m, 7H), 6-99 (s, 2H), 6.91 (t, J=5.7 Hz, 1H), 5.21-5.14 (m, 2H), 4.98-4.94 (m, 1H), 4.48-4.39 (m, 5H), 3.77-3.53 (m, 10H), 3.09-3.01 (m, 5H), 2.89 (t, J=7.2 Hz, 2H), 2.78-2.73 (m, 2H), 2.55-2.50 (m, 3H), 2.37-2.26 (m, 2H), 2.07-2.03 (m, 3H), 1.50-1.43 (m, 4H), 1.20-1.15 (m, 2H)。
方案 18 :化合物 (XIX)
之製備 步驟 1. 化合物 19-3 之合成
在0℃下,向經攪拌之4-氟-3-硝基苯甲酸甲酯(10 g,50.21 mmol,1當量)及K
2CO
3(13.88 g,100.43 mmol,2當量)於DMF (160 mL)中之混合物中逐滴添加苄硫醇(12.47 g,100.43 mmol,2當量)。將所得混合物在25℃下攪拌3 h。TLC指示反應完成。藉由在0℃下添加水(450 mL)淬滅反應。藉由過濾收集沉澱的固體且用水(3 x 150 mL)洗滌。將固體藉由用PE (300 mL)研磨純化。這產生呈黃色固體之4-(苄基硫烷基)-3-硝基苯甲酸甲酯(化合物19-3,10 g,65%)。LCMS (ES, m/z): 304 [M+H]
+ 步驟 2. 化合物 19-4 之合成
在0℃下,向經攪拌之[4-(苄基硫烷基)-3-硝基苯基]甲醇(化合物19-3,10 g,36.32 mmol,1當量)於DCM (200 mL)中之混合物中逐滴添加HCl (200 mL,4N)及NaClO (100 mL,30%)。將所得混合物在0℃下攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物用CH
2Cl
2(3 x 20 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(300 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (1:4)溶析,得到呈黃色固體之4-(氯磺醯基)-3-硝基苯甲酸甲酯(化合物19-4,8 g,78%)。LCMS (ES, m/z): 278 [M-H]
- 步驟 3. 化合物 19-5 之合成
在0℃下,向經攪拌之4-(氯磺醯基)-3-硝基苯甲酸甲酯(化合物19-4,5 g,17.87 mmol,1當量)於THF (60 mL)中之混合物中逐滴添加CH3NH2 (60 mL,1N於THF中)。將所得混合物在25℃下攪拌3 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (1:1)溶析,得到呈黃色固體之4-(甲基胺磺醯基)-3-硝基苯甲酸甲酯(化合物19-5,2.5 g,50%)。LCMS (ES, m/z): 273 [M-H]-
步驟 4. 化合物 19-6 之合成
在0℃下,向經攪拌之4-(甲基胺磺醯基)-3-硝基苯甲酸甲酯(化合物19-5,600 mg,2.18 mmol,1當量)於DCM (15 mL)中之混合物中逐滴添加TMSCl (475 mg,4.37 mmol,2當量)。將所得混合物在25℃下攪拌3 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。這產生呈白色固體之4-[氯甲基(甲基)胺磺醯基]-3-硝基苯甲酸甲酯(化合物19-6,600 mg,84%)。粗產物未經進一步純化用於下一步。LCMS (ES, m/z): 341 [M+Na]
+, (MeOH衍生物)。
步驟 5. 化合物 19-8 之合成
在0℃下,向經攪拌之N-[2-(2-{2-氯-4-[({[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基}胺基甲醯基)胺基]苯基}乙氧基)乙基]-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物19-7,如針對化合物11-2所描述製備,583 mg,0.92 mmol,1當量)及Cs
2CO
3(302 mg,0.92 mmol,1當量)於DMF (15 mL)中之混合物中添加4-[氯甲基(甲基)胺磺醯基]-3-硝基苯甲酸甲酯(600 mg,1.85 mmol,2當量)。將所得混合物在0℃下攪拌0.5 h。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(0.05% TFA),ACN 30 min內5%至100%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈白色固體之4-{[(3-{5-[({[4-(2-{2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙氧基}乙基)-3-氯苯基]胺基甲醯基}胺基)甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基](甲基)胺磺醯基}-3-硝基苯甲酸甲酯(化合物19-8,250 mg,26%)。LCMS (ES, m/z): 814 [M+H-Boc]
+ 步驟 6. 化合物 19-9 之合成
在室溫下,向經攪拌之4-{[(3-{5-[({[4-(2-{2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙氧基}乙基)-3-氯苯基]胺基甲醯基}胺基)甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基](甲基)胺磺醯基}-3-硝基苯甲酸甲酯(化合物19-8,200 mg,0.21 mmol,1當量)於THF (0.8 mL)中之混合物中添加HCl (6 N,0.8 mL)。將所得混合物在室溫下攪拌16 h。LCMS指示反應完成。將混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(0.05% TFA),ACN 30 min內5%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈白色固體之4-[({3-[5-({[(3-氯-4-{2-[2-(甲基胺基)乙氧基]乙基}苯基)胺基甲醯基]胺基}甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)(甲基)胺磺醯基]-3-硝基苯甲酸(化合物19-9,60 mg,30%)。LCMS (ES, m/z): 800 [M+H]
+ 步驟 7. 化合物 (XIX) 之合成
在0℃下,向經攪拌之4-[({3-[5-({[(3-氯-4-{2-[2-(甲基胺基)乙氧基]乙基}苯基)胺基甲醯基]胺基}甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)(甲基)胺磺醯基]-3-硝基苯甲酸(55 mg,0.069 mmol,1當量)、1-(2-胺基乙基)吡咯-2,5-二酮(10 mg,0.076 mmol,1.1當量)及DIEA (26 mg,0.20 mmol,3當量)於DMF (0.5 mL)中之混合物中添加HATU (31 mg,0.083 mmol,1.2當量)。將所得混合物在25℃下攪拌4 h。LCMS指示反應完成。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,水(0.05% TFA),ACN 30 min內5%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。將粗產物藉由製備型HPLC在以下條件下純化:管柱:Xselect CSH F-Phenyl OBD管柱,19 x 250 mm,5 μm;移動相A:水(0.05% TFA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min;梯度:8 min內21% B至41% B,41% B;波長:254 nm;RT1 (min):7.27;將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之4-[({3-[5-({[(3-氯-4-{2-[2-(甲基胺基)乙氧基]乙基}苯基)胺基甲醯基]胺基}甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)(甲基)胺磺醯基]-N-[2-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)乙基]-3-硝基苯甲醯胺;三氟乙酸(化合物(XIX),4.3 mg,5%)。LCMS (ES, m/z): 922 [M+H]
+。
1H-NMR (CD
3OD, 400 MHz) (ppm): 8.27-7.88 (m, 3H), 7.82-7.46 (m, 4H), 7.23 (d,
J= 1.2 Hz, 2H), 6.79 (s, 2H), 5.47-5.25 (m, 2H), 5.15-5.10 (m, 1H), 4.63-4.28 (m, 4H), 3.80-3.70 (m, 6H), 3.65-3.54 (m, 2H), 3.25-3.15 (m, 2H), 3.09 (d,
J= 2.4 Hz, 3H), 3.04-2.96 (m, 2H), 2.96-2.86 (m, 2H), 2.71 (s, 3H), 2.48-2.26 (m, 1H), 2.24-2.03 (m, 1H)。
方案 19 :化合物 (XL) 之製備 步驟 1. 化合物 40-2 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之乙酸(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲酯(化合物40-1,400 mg,1.73 mmol,1當量)於DCM (8 mL)中之溶液中分批添加TMSCl (755 mg,6.94 mmol,4當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。粗產物混合物未經進一步純化直接用於下一步。LCMS (ES,
m/z): 203 [M+H]
+(以甲醇衍生)。
步驟 2. 化合物 40-4 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之N'-[4-(2,4-二氟苯氧基)-3-{6-甲基-7-側氧基-1H-吡咯并[2,3-c]吡啶-4-基}苯基]-N-(4-{[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1,3-二側氧基異吲哚-4-基]胺基}丁基)己二醯胺(化合物40-3,根據描述於https://doi.org/10.1016/j.bioorg.2021.105238中之程序製備,300 mg,0.36 mmol,1當量)及K
2CO
3(151 mg,1.09 mmol,3當量)於DMF (7 mL)中之混合物中逐滴添加N-[(甲氧基甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(147 mg,0.73 mmol,2當量)。將所得混合物在60℃、氮氣氣氛下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.05% TFA),30 min內10%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色固體之N-[({[3-(4-{[4-(5-{[4-(2,4-二氟苯氧基)-3-{6-甲基-7-側氧基-1H-吡咯并[2,3-c]吡啶-4-基}苯基]胺基甲醯基}戊醯胺基)丁基]胺基}-1,3-二側氧基異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物40-4,200 mg,56%)。LCMS (ES, m/z): 992 [M+H]
+ 步驟 3. 化合物 40-5 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之N-[({[3-(4-{[4-(5-{[4-(2,4-二氟苯氧基)-3-{6-甲基-7-側氧基-1H-吡咯并[2,3-c]吡啶-4-基}苯基]胺基甲醯基}戊醯胺基)丁基]胺基}-1,3-二側氧基異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物40-4,100 mg,0.10 mmol,1當量)及Pd(PPh
3)
4(11 mg,0.01 mmol,0.1當量)於THF (1 mL)中之混合物中分批添加苯基矽烷(21 mg,0.20 mmol,2當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.05% TFA),30 min內10%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色固體之N-{4-[(2-{1-[(2-胺基乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-1,3-二側氧基異吲哚-4-基)胺基]丁基}-N'-[4-(2,4-二氟苯氧基)-3-{6-甲基-7-側氧基-1H-吡咯并[2,3-c]吡啶-4-基}苯基]己二醯胺(80 mg,87%)。LCMS (ES, m/z): 930 [M+Na]
+ 步驟 4. 化合物 (XL) 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺}乙醯胺)-3-苯基丙酸(化合物40-6,如描述於化合物18-10中製備,18 mg,0.040 mmol,1.2當量)於DMF (0.4 mL)中之溶液中逐滴添加HATU (15 mg,0.04 mmol,1.2當量)。在室溫下,向上述混合物中逐滴添加N-{4-[(2-{1-[(2-胺基乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-1,3-二側氧基異吲哚-4-基)胺基]丁基}-N'-[4-(2,4-二氟苯氧基)-3-{6-甲基-7-側氧基-1H-吡咯并[2,3-c]吡啶-4-基}苯基]己二醯胺(化合物40-5,30 mg,0.033 mmol,1當量)及DIEA (13 mg,0.10 mmol,3當量)。將所得混合物在室溫下再攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.05% TFA),30 min內10%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色固體之N'-[4-(2,4-二氟苯氧基)-3-{6-甲基-7-側氧基-1H-吡咯并[2,3-c]吡啶-4-基}苯基]-N-[4-({2-[1-({2-[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙醯胺基}甲基)-2,6-二側氧基哌啶-3-基]-1,3-二側氧基異吲哚-4-基}胺基)丁基]己二醯胺;三氟乙酸(3.5 mg,7%)。LCMS (ES, m/z): 682 [M/2]
+, 1362 [M+H]
+;
1H NMR (400 MHz, DMSO-d
6) δ 12.04 (s, 1H), 9.98 (s, 1H), 8.24-8.11 (m, 2H), 8.09-7.99 (m, 2H), 7.97-7.83 (m, 1H), 7.83-7.79 (m, 2H), 7.58-7.52 (m, 2H), 7.35-7.30 (m, 1H), 7.29-7.28 (m, 2H), 7.25-7.19 (m, 4H), 7.18-7.18 (m, 1H), 7.17-7.15 (m, 1H), 7.10-7.03 (m, 4H), 6.99-6.90 (m, 1H), 6.55 (s, 1H), 6.26 (s, 1H), 5.13-5.03 (m, 3H), 4.49-4.45 (m, 1H), 3.76-3.65 (m, 5H), 3.29-3.20 (m, 5H), 3.07-2.97 (m, 5H), 2.80-2.74 (m, 2H), 2.33-2.27 (m, 3H), 2.12-2.06 (m, 6H), 1.53-1.44 (m, 12H), 1.23-1.16 (m, 3H)
方案 20 :化合物 (XLI) 之製備 步驟 1. 化合物 41-1 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之3-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)丙酸2,5-二側氧基吡咯啶-1-基酯(5.0 g,18.78 mmol,1.0當量)於DMSO (50 mL)中之溶液中分批添加β-丙胺酸(化合物41-17,2.01 g,22.53 mmol,1.2當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌6 h。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.1% FA),30 min內0%至10%梯度;偵測器,UV 220 nm。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之3-[3-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)丙醯胺基]丙酸(化合物41-1,3.0 g,61%)。LCMS: (ES, m/s): 241 [M+H]
+, 263 [M+Na]
+。
化合物 41-2 之合成
在室溫、N
2氣氛下,向經攪拌之4-甲醯基-2-硝基苯酚(4.21 g,25.19 mmol,1.00當量)及Ag2O (7.00 g,30.20 mmol,1.20當量)於ACN (100 mL,190.24 mmol,75.00當量)中之溶液中分批添加(2S,3S,4S,5R,6R)-3,4,5-參(乙醯氧基)-6-溴噁烷-2-甲酸甲酯(10.00 g,25.17 mmol,1.00當量)。將所得混合物在室溫、N
2氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將所得混合物過濾,將濾餅用DCM (50 mlx3)洗滌。將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EA (PE:EA=1:2)溶析,得到呈白色固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-參(乙醯氧基)-6-(4-甲醯基-2-硝基苯氧基)噁烷-2-甲酸甲酯(化合物41-2,10.5 g,86%)。H-NMR分析表明它係所要產物。LCMS (ES, m/z): 484 [M+1]
+。
1H-NMR (300 MHz, CDCl
3) δ 10.00 (s, 1H), 8.34 (s, 1H), 8.13-8.09 (m, 1H), 7.52 (d, J=3.0 Hz, 1H), 5.47-5.29 (m, 4H)。
步驟 2. 化合物 41-3 之合成
在室溫、N
2氣氛下,向經攪拌之(2S,3S,4S, 5R,6S)-3,4,5-參(乙醯氧基)-6-(4-甲醯基-2-硝基苯氧基)噁烷-2-甲酸甲酯(化合物41-2,54.6 g,112.95 mmol,1.00當量)於MeOH (800 mL)中之溶液中分批添加NaBH
4(3.4 g,90.36 mmol,0.80當量)。將所得混合物在室溫、N
2氣氛下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。在室溫下用HCl (0.02 mol/L)淬滅反應。將所得混合物用CH
2Cl
2(3 x 300 mL)萃取。將所得混合物在真空下濃縮,得到呈綠色固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-參(乙醯氧基)-6-[4-(羥甲基)-2-硝基苯氧基]噁烷-2-甲酸甲酯(化合物41-3,44 g,64%)。LCMS (ES, m/z): 486 [M+H]
+, 508 [M+Na]
+。
步驟 3. 化合物 41-4 之合成
在室溫、N
2氣氛下,向經攪拌之(2S,3S,4S, 5R,6S)-3,4,5-參(乙醯氧基)-6-[4-(羥甲基)-2-硝基苯氧基]噁烷-2-甲酸甲酯(化合物41-3,28 g,57.68 mmol,1.00當量)於DMF (300 mL)中之溶液中分批添加咪唑(5.89 g,86.52 mmol,1.50當量)及TBDMS-Cl (13.04 g,86.52 mmol,1.50當量)。將所得混合物在室溫、N
2氣氛下攪拌4 h。LCMS指示反應完成。在室溫下用水淬滅反應。將所得混合物用CH
2Cl
2(3 x 300 mL)萃取。將合併的有機物在真空下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EA (1:1)溶析,得到呈白色固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-參(乙醯氧基)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)噁烷-2-甲酸甲酯(30 g,80%)。LCMS (ES, m/z): 600 [M+H]
+, 622 [M+Na]
+;
1H-NMR (300MHz, DMSO-d
6): 7.80 (d, J=9 Hz,1H), 7.65-7.61 (m, 1H), 7.42 (d, J=9 Hz,1H), 5.72 (d, J=9 Hz,1H), 5.47 (t, J=9 Hz,1H), 5.15-5.05 (m, 2H), 4.74 (d, J=4.5 Hz,3H), 3.65 (s, 3H), 2.02 (t, J=9 Hz, 9H), 0.91 (t, J=9 Hz, 9H), 0.09 (s, 6H)。
步驟 4. 化合物 41-5 之合成
在室溫、N
2氣氛下,向經攪拌之(2S,3S,4S, 5R,6S)-3,4,5-參(乙醯氧基)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)噁烷-2-甲酸甲酯(化合物41-4,30 g,50.02 mmol,1.00當量)於MeOH (600 mL)中之溶液中分批添加NaOMe (16.19 g,299.68 mmol,6.0當量)。將所得混合物在室溫、N
2氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將所得混合物在真空下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.1% FA),30 min內0%至10%梯度;偵測器,UV 220 nm。將收集的流份在真空下濃縮,得到呈黃色固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)-3,4,5-三羥基噁烷-2-甲酸(化合物41-5,28 g,92%)。LCMS (ES, m/z): 477 [M+H
2O]
+, 482 [M+Na]
+。
步驟 5. 化合物 41-6 之合成
在室溫、N
2氣氛下,向經攪拌之(2S,3S,4S, 5R,6S)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)-3,4,5-三羥基噁烷-2-甲酸(化合物41-5,28 g,46.30 mmol,1.00當量,76%)於DMF (300 mL)中之溶液中分批添加DBU (14.10 g,92.61 mmol,2.00當量)及烯丙基溴(16.8 g,138.92 mmol,3.00當量)。將所得混合物在40℃、N
2氣氛下攪拌隔夜。可藉由LCMS偵測到所要產物。將所得混合物在真空下濃縮。在室溫下用水淬滅反應。將所得混合物用CH
2Cl
2(3 x 200 ml)萃取。將合併的有機層在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用CH
2Cl
2/MeOH (9:1)溶析,得到呈淡紅色油狀物之(2S,3S, 4S,5R,6S)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)-3,4,5-三羥基噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(19 g,41%)。LCMS (ES, m/z): 517 [M+H
2O]
+, 522 [M+Na]
+。
步驟 6. 化合物 41-7 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)-3,4,5-三羥基噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物41-6,19 g,38.03 mmol,1.00當量)於吡啶(300 mL)中之溶液中分批添加氯碳酸烯丙酯(137.47 g,1140.55 mmol,29.99當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌4 h。可藉由LCMS偵測到約60%所要產物。在室溫下用水淬滅反應。將所得混合物用CH
2Cl
2(3 x 100 mL)萃取。將合併的有機層洗滌,在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EA (3:1)溶析,得到呈淡紅色油狀物之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物41-7,13.9 g,43%)。LCMS: (ES, m/s): 769 [M+H
2O]
+, 774 [M+Na]
+。
步驟 7. 化合物 41-8 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之(2S,3S, 4S,5R,6S)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物41-7,13.9 g,18.48 mmol,1.00當量)於THF (280 mL)中之溶液中分批添加HF-吡啶(65 mL,65%)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。在室溫下用水淬滅反應。將所得混合物用CH
2Cl
2(3 x 500 mL)萃取。將混合物在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (2:3)溶析,得到呈淡黃色油狀物之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-[4-(羥甲基)-2-硝基苯氧基]-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物41-8,10.5 g,80%)。LCMS: (ES, m/s): 655 [M+H
2O]
+, 660 [M+Na]
+。
步驟 8. 化合物 41-9 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之(2S,3S, 4S,5R,6S)-6-[4-(羥甲基)-2-硝基苯氧基]-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(10.5 g,16.46 mmol,1.00當量)於DMF (100 mL)中之溶液中分批添加碳酸雙(4-硝基苯基)酯(7.52 g,24.71 mmol,1.50當量)及DIEA (6.39 g,49.44 mmol,3.00當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌6 h。LCMS指示反應完成。在室溫下用水淬滅反應。將所得混合物用CH
2Cl
2(3 x 500 mL)萃取。將合併的有機層在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (3:2)溶析,得到呈淡黃色半固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(2-硝基-4-{[(4-硝基苯氧基羰基)氧基]甲基}苯氧基)-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(10.6 g,74%)。LCMS: (ES, m/s): 820 [M+H
2O]
+, 825 [M+Na]
+。
步驟 9. 化合物 41-10 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之(2S,3S, 4S,5R,6S)-6-(2-硝基-4-{[(4-硝基苯氧基羰基)氧基]甲基}苯氧基)-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物41-9,1 g,1.24 mmol,1.0當量)於DMF (1.0 mL)中之溶液中分批添加DIEA (0.48 g,3.73 mmol,3.0當量)及甲胺鹽酸鹽(0.12 g,1.86 mmol,1.5當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌30 min。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.1% FA),30 min內10%至70%梯度;偵測器,UV 220 nm。將所得混合物用CH
2Cl
2(3 x 200 mL)萃取。將合併的有機層在減壓下濃縮,得到呈半固體之(2S,3S,4S, 5R,6S)-6-(4-{[(甲基胺基甲醯基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物41-10,900 mg,95%)。LCMS: (ES, m/s): 712 [M+H
2O]
+, 717 [M+Na]
+。
步驟 10. 化合物 41-11 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之(2S,3S, 4S,5R,6S)-6-(4-{[(甲基胺基甲醯基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物41-10,500 mg,0.72 mmol,1.0當量)於DCM (10 mL)中之溶液中分批添加多聚甲醛(129 mg,1.44 mmol,2.00當量)及TMSCl (234 mg,2.16 mmol,3.00當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌1 h。LCMS指示反應完成(MeOH衍生物)。將所得混合物在真空下濃縮,得到粗產物(2S,3S,4S,5R,6S)-6-[4-({[氯甲基(甲基)胺基甲醯基]氧基}甲基)-2-硝基苯氧基]-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物41-11,500 mg,93%)。粗產物未經進一步純化直接用於下一步。LCMS: (ES, m/s): 756 [M+H
2O]
+,761 [M+Na]
+(MeOH衍生物)
步驟 11. 化合物 41-12 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之N-[2-(2-{2-氯-4-[({[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基}胺基甲醯基)胺基]苯基}乙氧基)乙基]-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物41-11,338 mg,0.53 mmol,1.0當量)及Cs
2CO
3(175 mg,0.53 mmol,1.0當量)於DMF (6.0 mL)中之溶液中。在0℃下,在30 min內向上述混合物中分批添加(2S,3S,4S,5R,6S)-6-[4-({[氯甲基(甲基)胺基甲醯基]氧基}甲基)-2-硝基苯氧基]-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(400 mg,0.53 mmol,1.0當量)。將所得混合物在0℃、氮氣氣氛下攪拌30 min。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.1% FA),30 min內10%至100%梯度;偵測器,UV 254 nm。將所得混合物在真空下濃縮,得到呈固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-{4-[({[(3-{5-[({[4-(2-{2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙氧基}乙基)-3-氯苯基]胺基甲醯基}胺基)甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基](甲基)胺基甲醯基}氧基)甲基]-2-硝基苯氧基}-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物41-12,310 mg,38%)。LCMS: (ES, m/s): 1334 [M+H]
+, 1234 [M+H-100]
+。
步驟 12. 化合物 41-13 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之(2S,3S, 4S,5R,6S)-6-{4-[({[(3-{5-[({[4-(2-{2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙氧基}乙基)-3-氯苯基]胺基甲醯基}胺基)甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基](甲基)胺基甲醯基}氧基)甲基]-2-硝基苯氧基}-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物41-12,430 mg,0.32 mmol,1.0當量)於甲醇(8.0 mL)中之溶液中分批添加AcOH (8.0 mL)及Zn (210 mg,3.22 mmol,10.00當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將所得混合物在真空下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.05% TFA),30 min內10%至80%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份凍乾,得到呈綠色固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-{2-胺基-4-[({[(3-{5-[({[4-(2-{2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙氧基}乙基)-3-氯苯基]胺基甲醯基}胺基)甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基](甲基)胺基甲醯基}氧基)甲基]苯氧基}-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物41-13,360 mg,77%)。LCMS: (ES, m/s): 1304 [M+H]
+, 653 [M/2+H]
+, 1326 [M+Na]
+。
步驟 13. 化合物 41-14 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之3-[3-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)丙醯胺基]丙酸(化合物41-13,110 mg,0.46 mmol,1.5當量)及HATU (175 mg,0.46 mmol,1.5當量)於DMF (6.0 mL)中之溶液中分批添加(2S,3S, 4S,5R,6S)-6-(2-胺基-4-{[({[3-(5-{[({3-氯-4-[2-(2-{甲基[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氨基}乙氧基)乙基]苯基}胺基甲醯基)胺基]甲基}-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}(甲基)胺基甲醯基)氧基]甲基}苯氧基)-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(750 mg,0.58 mmol,1.0當量)及DIEA (118 mg,0.92 mmol,3.0當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.05% TFA),30 min內10%至70%梯度;偵測器,UV 254 nm及220 nm。將所得混合物凍乾,得到呈白色固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-{4-[({[(3-{5-[({[4-(2-{2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙氧基}乙基)-3-氯苯基]胺基甲醯基}胺基)甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基](甲基)胺基甲醯基}氧基)甲基]-2-{3-[3-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)丙醯胺基]丙醯胺基}苯氧基}-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物41-14,300 mg,57%)。LCMS: (ES, m/s): 1527 [M+H]
+, 1427 [M+H-100]
+, 1549 [M+Na]
+。
步驟 14. 化合物 41-15 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之(2S,3S, 4S,5R,6S)-6-{4-[({[(3-{5-[({[4-(2-{2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙氧基}乙基)-3-氯苯基]胺基甲醯基}胺基)甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基](甲基)胺基甲醯基}氧基)甲基]-2-{3-[3-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)丙醯胺基]丙醯胺基}苯氧基}-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]氧基})噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物41-14,200 mg,0.13 mmol,1.0當量)於THF (20 mL)中之溶液中分批添加TEA (53 mg,0.52 mmol,4.0當量)、甲酸(18 mg,0.39 mmol,3.00當量)、Pd(PPh
3)
4(60 mg,0.05 mmol,0.4當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌4 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在真空下濃縮。粗產物未經進一步純化直接用於下一步。LCMS: (ES, m/s): 1134 [M+H-100]
+, 1234 [M+H]
+, 1256 [M+Na]
+。
步驟 15. 化合物 (XLI) 之合成
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之(2S,3S,4S, 5R,6S)-6-{4-[({[(3-{5-[({[4-(2-{2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙氧基}乙基)-3-氯苯基]胺基甲醯基}胺基)甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基](甲基)胺基甲醯基}氧基)甲基]-2-{3-[3-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)丙醯胺基]丙醯胺基}苯氧基}-3,4,5-三羥基噁烷-2-甲酸(200 mg,0.16 mmol,1.0當量)於DCM (5.0 mL)中之溶液中逐滴添加TFA (1.0 mL)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將反應混合物在真空下濃縮至乾。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.1% FA),30 min內0%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份凍乾至乾,得到粗產物。將粗產物藉由製備型HPLC在以下條件下再純化:管柱:XBridge Prep OBD C18管柱,19*250 mm,5 μm;移動相A:水(0.1% FA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min;梯度:7 min內24% B至44% B,44% B;波長:254 nm;RT1 (min):4.63;將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-[4-({[({3-[5-({[(3-氯-4-{2-[2-(甲基胺基)乙氧基]乙基}苯基)胺基甲醯基]胺基}甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)(甲基)胺基甲醯基]氧基}甲基)-2-{3-[3-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)丙醯胺基]丙醯胺基}苯氧基]-3,4,5-三羥基噁烷-2-甲酸(化合物(LXI),7.3 mg,3%)。LCMS: (ES, m/s): 1134 [M+H]
+, 568 [M/2+H]
+;
1H NMR (300 MHz, DMSO-
d 6) δ 10.7-10.5 (m, 1H), 9.17 (s, 1H), 8.90-8.30 (m, 1H), 8.15-8.10 (m, 2H), 7.73-7.68 (m, 2H), 7.65-7.40 (m, 2H), 7.35-7.00 (m, 4H), 6.97 (s, 2H), 5.78 (br s, 1H), 5.40-4.75 (m, 6H), 4.70-4.00 (m, 5H), 3.61-3.48 (m, 8H), 3.25-3.20 (m, 3H), 3.06-3.00 (m, 3H), 2.97-2.70 (m, 7H), 2.58 (s, 3H), 2.40-2.20 (m, 3H), 2.08-1.88 (m, 1H)。
方案 21 :化合物 (XLII) 之製備 步驟 1. 化合物 42-2 之合成
在0℃下,向經攪拌之6-羥基-3,4-二氫-2H-萘-1-酮(化合物42-1,30 g,184.97 mmol,1當量)及三級丁基-2,2,2-三氯乙醯亞胺酯(40.42 g,184.97 mmol,1當量)於DCM (1 L)中之混合物中分批添加PPTS (4.65 g,18.50 mmol,0.1當量)。將所得混合物在25℃下攪拌72 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮,且將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EA (1:1)溶析,得到呈黃色油狀物之6-(三級丁氧基)-3,4-二氫-2H-萘-1-酮(化合物42-2,9 g,22%)。LCMS (ES, m/z): 219 [M+H]
+。
步驟 2. 化合物 42-3 之合成
在-78℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之6-(三級丁氧基)-3,4-二氫-2H-萘-1-酮(化合物42-2,10 g,45.81 mmol,1當量)於THF (150 mL)中之混合物中逐滴添加LDA (9 mL,1.5當量,68.71 mmol,2.0 M於THF中)。將所得混合物在-78℃、氮氣氣氛下攪拌1 h。在-78℃下,向上述混合物中添加1,1,1-三氟-N-苯基-N-三氟甲磺醯基甲磺醯胺(19.6 g,54.87 mmol,1.20當量)。將所得混合物在25℃下再攪拌16 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物藉由在室溫下添加飽和NH
4Cl (水溶液)淬滅,且用EtOAc (3 x 200 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(200 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥,過濾且在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (5:1)溶析,得到呈黃色油狀物之三氟甲磺酸6-(三級丁氧基)-3,4-二氫萘-1-基酯(化合物42-3,9.0 g,56%)。LCMS:(ES. m/z): 351 [M+H]
+;
1H-NMR (300MHz, CDCl
3): 7.45 (d, J=8.4Hz, 1H), 6.91-6.86 (m, 1H), 6.71-6.66 (m, 1H), 5.94 (t, J=4.8Hz, 1H), 2.86-2.81 (m, 2H), 2.54-2.48 (m, 2H), 1.38 (s, 9H)。
步驟 3. 化合物 42-4 之合成
將三氟甲磺酸6-(三級丁氧基)-3,4-二氫萘-1-基酯(化合物42-3,16 g,45.67 mmol,1當量)、4-羥基苯基硼酸(7.56 g,54.80 mmol,1.2當量)、K
2CO
3(12.62 g,91.34 mmol,2當量)及Pd(dppf)Cl
2(3.34 g,4.57 mmol,0.1當量)於二噁烷(250 mL)及H
2O (50 mL)中之混合物在100℃、氮氣氣氛下攪拌4 h。LCMS指示反應完成。使混合物冷卻至室溫。將所得混合物用水(200 mL)淬滅且用EtOAc (3 x 200 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(200 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥,過濾且在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (3:1)溶析,得到呈黃色固體之4-[6-(三級丁氧基)-3,4-二氫萘-1-基]苯酚(化合物42-4,11 g,82%)。LCMS (ES, m/z): 295 [M+H]
+;
1H-NMR (400 MHz, CDCl
3): 7.27-7.16 (m, 2H), 7.00-6.92 (m, 1H), 6.91-6.83 (m, 3H), 6.76-6.74(m, 1H), 5.97 (t, J = 4.8 Hz, 1H), 2.82-2.80 (m, 2H), 2.39-2.35 (m, 2H), 1.40 (s, 9H)。
步驟 4. 化合物 42-5 之合成
在室溫下,向經攪拌之4-[6-(三級丁氧基)-3,4-二氫萘-1-基]苯酚(化合物42-4,11 g,37.36 mmol,1當量)於ACN (250 mL)中之混合物中添加NBS (5.99 g,33.63 mmol,0.9當量)。將反應在25℃下攪拌1.5 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (3:1)溶析,得到呈黃色油狀物之4-[2-溴-6-(三級丁氧基)-3,4-二氫萘-1-基]苯酚(化合物42-5,9 g,64%)。LCMS (ES, m/z): 373 [M+H]
+;
1H-NMR (400 MHz, CDCl
3): 7.21-7.00 (m, 2H), 6.98-6.87 (m, 2H), 6.85-6.74 (m, 1H), 6.68-6.64 (m, 1H), 6.59 (d, J = 8.4 Hz, 1H), 3.08-2.82 (m, 4H), 1.37 (s, 9H)。
步驟 5. 化合物 42-6 之製備
將4-[2-溴-6-(三級丁氧基)-3,4-二氫萘-1-基]苯酚(化合物42-5,9 g,24.11 mmol,1當量)、苯基硼酸(3.09 g,25.32 mmol,1.05當量)、K
2CO
3(6.66 g,48.22 mmol,2當量)及Pd(dppf)Cl
2(1.76 g,2.41 mmol,0.1當量)於二噁烷(100 mL)及H
2O (20 mL)中之混合物在100℃、氮氣氣氛下攪拌12 h。LCMS指示反應完成。使混合物冷卻至室溫,且用EtOAc (3 x 100 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(60 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥,過濾且在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (3:1)溶析,得到呈黃色油狀物之4-[6-(三級丁氧基)-2-苯基-3,4-二氫萘-1-基]苯酚(化合物42-6,6 g,67%)。LCMS (ES, m/z): 371 [M+H]
+;
1H-NMR (400 MHz, CDCl
3): 7.24-7.15 (m, 2H), 7.10-7.01 (m, 3H), 6.98-6.92 (m, 2H), 6.87-6.85 (m, 1H), 6.76-6.68 (m, 4H), 2.95-2.91 (m, 2H), 2.83-2.80 (m, 2H), 1.39 (s, 9H)。
步驟 6. 化合物 42-7 之製備
在氮氣氣氛下,在500 mL圓底燒瓶中,向4-[6-(三級丁氧基)-2-苯基-3,4-二氫萘-1-基]苯酚(化合物42-6,6 g,16.20 mmol,1當量)於MeOH (200 mL)中之溶液中添加Pd(OH)
2/C (20%,1.8 g)。在室溫下使用氫氣球在氫氣氣氛下將混合物氫化16 h。LCMS指示反應完成。將混合物通過矽藻土(Celite™)墊過濾且在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (1:1)溶析,得到呈黃色固體之4-[6-(三級丁氧基)-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯酚(化合物42-7,4 g,66%)。LCMS (ES, m/z): 371 [M-H]
-。
步驟 7. 化合物 42-7a 及 42-7b 之製備
將4-[6-(三級丁氧基)-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯酚(化合物42-7,3.5 g)藉由SFC-HPLC在以下條件下分離:管柱:CHIRALPAK IG,3*25 cm,5 μm;移動相A:CO2,移動相B:MEOH (0.1% 2M NH3-MEOH);流速:70 mL/min;梯度:等度35% B;管柱溫度(℃):35;背壓(巴):100;波長:220 nm;RT1 (min):3.08;RT2 (min):3.94;樣品溶劑:MeOH:DCM=1:2;進樣量:1.8 mL;將第二溶析異構物(RT2=3.94 min)濃縮至乾,得到4-[(1R,2S)-6-(三級丁氧基)-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯酚(化合物42-7b,1.5 g)。LCMS (ES, m/z): 371 [M-H]
-;
1H-NMR (300 MHz, CDCl
3): 7.15-7.10 (m, 3H), 6.89-6.67 (m, 5H), 6.43-6.30 (m, 2H), 6.28-6.15 (m, 2H), 4.24-4.20 (m, 1H), 3.36-3.34 (m, 1H), 3.05-3.01 (m, 2H), 2.28-2.05 (m, 1H), 1.93-1.73 (m, 1H), 1.37 (s, 9H)。
步驟 8. 化合物 42-8 之製備
將4-[(1R,2S)-6-(三級丁氧基)-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯酚(化合物42-7,1.8 g,4.83 mmol,1當量)及全氟丁烷磺醯氟(1.46 g,4.83 mmol,1.00當量)於ACN (10 mL)及THF (10 mL)中之混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將所得混合物在真空下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EA (10:1)溶析,得到呈無色油狀物之1,1,2,2,3,3,4,4,4-九氟丁烷-1-磺酸4-[(1R,2S)-6-(三級丁氧基)-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基酯(化合物42-8,2.1 g,59%)。LCMS: (ES, m/z): 655 [M+H]
+;
1H-NMR (400 MHz, CDCl
3): 7.18-7.10 (m, 3H), 6.97-6.87 (m, 3H), 6.85-6.74 (m, 4H), 6.54-6.37 (m, 2H), 4.35-4.31 (m, 1H), 3.49-3.45 (m, 1H), 3.19-2.98 (m, 2H), 2.21-2.09 (m, 1H), 1.96-1.84 (m, 1H), 1.40 (s, 9H)。
步驟 9. 化合物 42-10 之製備
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之4-甲醯基哌啶-1-甲酸苄酯(化合物42-9,10 g,40.43 mmol,1.0當量)於MeOH (20 mL)中之溶液中分批添加DCM=2.2 mL中之TiCl
4(0.38 g,2.02 mmol,0.05當量)。在室溫下,在30 min內向上述混合物中分批添加TEA (0.41 g,4.04 mmol,0.1當量)。將所得混合物在室溫下再攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將所得混合物在真空下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (1:1)溶析,得到呈油狀物之4-(二甲氧基甲基)哌啶-1-甲酸苄酯(化合物42-10,11 g,83%)。LCMS: (ES, m/z): 294 [M+H]
+;
1H-NMR (300MHz, CDCl
3): 7.47-7.26 (m, 5H), 5.14 (s, 2H), 1.20-4.16 (m, 2H), 4.04 (d, J = 6.6Hz, 1H), 3.37 (s, 6H), 2.756-2.73 (m, 2H), 1.85-1.66 (m, 3H), 1.41-1.04 (m, 2H)。
步驟 10. 化合物 42-11 之製備
在室溫、氫氣氣氛下,向經攪拌之4-(二甲氧基甲基)哌啶-1-甲酸苄酯(化合物42-10,10 g,34.08 mmol,1.0當量)於MeOH (100 mL)中之溶液中分批添加Pd(OH)
2/C (0.96 g,20%)。將所得混合物在室溫、氫氣氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將所得混合物過濾,將濾餅用MeOH (2 x 5 mL)洗滌。將濾液在減壓下濃縮,得到呈無色油狀物之4-(二甲氧基甲基)哌啶(5.6 g,100%)。粗產物未經進一步純化直接用於下一步。LCMS: (ES, m/z): 160 [M+H]
+;
1H-NMR (300 MHz, CDCl
3): 4.13-3.88 (m, 3H), 3.35 (s, 6H), 3.19-3.16 (m, 2H), 2.63-2.60 (m, 2H), 1.76-1.73 (m, 3H), 1.47-1.12 (m, 2H)。
步驟 11. 化合物 42-12 之製備
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之1,1,2,2,3,3,4,4,4-九氟丁烷-1-磺酸4-[(1R,2S)-6-(三級丁氧基)-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基酯(化合物42-8,500 mg,0.76 mmol,1當量)及4-(二甲氧基甲基)哌啶(化合物42-11,175 mg,1.10 mmol,1.44當量)於甲苯(5 mL)中之混合物中分批添加Xphos (76 mg,0.16 mmol,0.21當量)及Pd(OAc)
2(26 mg,0.11 mmol,0.15當量)。將所得混合物在90℃、氮氣氣氛下攪拌隔夜。藉由LCMS偵測到30%所要產物。使混合物冷卻至室溫。將所得混合物在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (8:1)溶析,得到呈黃色固體之1-{4-[(1R,2S)-6-(三級丁氧基)-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基}-4-(二甲氧基甲基)哌啶(化合物42-12,300 mg,76%)。LCMS: (ES, m/z): 514 [M+H]
+ 步驟 12. 化合物 42-13 之製備
將1-{4-[(1R,2S)-6-(三級丁氧基)-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基}-4-(二甲氧基甲基)哌啶(化合物42-12,1 g,1.94 mmol,1當量)於H
2SO
4(20 mL)及THF (20 mL)中之混合物在70℃、氮氣氣氛下攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將混合物用飽和NaHCO
3(水溶液)鹼化至pH 8。將所得混合物用EtOAc (3 x 40 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(40 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥,過濾且在減壓下濃縮。這產生呈白色固體之1-{4-[(1R,2S)-6-羥基-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基}哌啶-4-甲醛(化合物42-13,650 mg,81%)。LCMS (ES, m/z): 412 [M+H]
+。
步驟 13. 化合物 42-14 之製備
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之1-{4-[(1R,2S)-6-羥基-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基}哌啶-4-甲醛(化合物42-13,350 mg,0.85 mmol,1當量)於DMF (8 mL)中之溶液中逐滴添加TBSCl (153 mg,1.02 mmol,1.2當量)及咪唑(174 mg,2.55 mmol,3當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌3 h。LCMS指示反應完成。在室溫下用水淬滅反應且用EtOAc (3 x 15 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(3x10 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥,過濾且在減壓下濃縮。這產生呈白色固體之1-{4-[(1R,2S)-6-[(三級丁基二甲基矽基)氧基]-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基}哌啶-4-甲醛(380 mg,84%)。LCMS (ES, m/z): 526 [M+H]
+。
步驟 14. 化合物 42-16 之製備
在室溫下,向經攪拌之2-氰基-4-氟苯甲酸甲酯(化合物42-15,10 g,55.82 mmol,1當量)及哌嗪-1-甲酸三級丁酯(化合物42-19,12.5 g,67.11 mmol,1.20當量)於DMSO (100 mL)中之混合物中逐滴添加DIEA (28.5 g,220.51 mmol,3.95當量)。將所得混合物在120℃、氮氣氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。使混合物冷卻至室溫,用水(500 mL)稀釋且用EtOAc (3 x 500 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(500 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥,過濾且在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (1:1)溶析,得到呈黃色固體之4-[3-氰基-4-(甲氧基羰基)苯基]哌嗪-1-甲酸三級丁酯(化合物42-16,12 g,59%)。LCMS: (ES, m/z): 346[M+H]
+;
1HNMR (400 MHz, DMSO-d
6) δ 7.91 (d, J = 8.8 Hz, 1H), 7.43 (d, J = 2.8 Hz, 1H), 7.22 (dd, J = 8.8, 2.8 Hz, 1H), 3.83 (s, 3H), 3.59 -3.38 (m, 8H), 1.42 (s, 9H)。
步驟 15. 化合物 42-17 之製備
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之4-[3-氰基-4-(甲氧基羰基)苯基]哌嗪-1-甲酸三級丁酯(化合物42-16,10 g,28.95 mmol,1當量)及AcOH (10 mL,174.51 mmol,6.03當量)於H
2O (10 mL)中之混合物中分批添加次磷酸鈉(25.50 g,289.84 mmol,10.01當量)及雷氏鎳(7.49 g,87.42 mmol,3.02當量)。將所得混合物在60℃、氮氣氣氛下攪拌48 h。LCMS指示約50%產物及約30%起始材料剩餘。使混合物冷卻至室溫且在真空下濃縮。在室溫下用水/冰淬滅反應且用EtOAc (3 x 100 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(100 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥,過濾且在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (1:1)溶析,得到呈黃色固體之4-[3-甲醯基-4-(甲氧基羰基)苯基]哌嗪-1-甲酸三級丁酯(化合物42-17,4.8 g,43%)。LCMS: (ES, m/z): 349 [M+H]
+。
步驟 16. 化合物 42-18 之製備
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之4-[3-甲醯基-4-(甲氧基羰基)苯基]哌嗪-1-甲酸三級丁酯(化合物42-17,6.0 g,17.22 mmol,1當量)及(4S)-4-胺基-4-胺基甲醯基丁酸三級丁酯鹽酸鹽(4.93 g,20.67 mmol,1.20當量)於MeOH (170 mL)中之混合物中添加AcOH (1.50 g,24.97 mmol,1.45當量)及STAB (14.42 g,68.03 mmol,3.95當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將混合物用飽和NaHCO
3(水溶液)中和至pH 7且用EtOAc (3 x 50 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(60 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥,過濾且在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE / EA (1:1)溶析,得到呈黃色固體之4-{2-[(1S)-4-(三級丁氧基)-1-胺基甲醯基-4-側氧基丁基]-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基}哌嗪-1-甲酸三級丁酯(化合物42-18,1.5 g,17%)。LCMS (ES, m/z): 503 [M+H]
+。
步驟 17. 化合物 42-19 之製備
將4-{2-[(1S)-4-(三級丁氧基)-1-胺基甲醯基-4-側氧基丁基]-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基}哌嗪-1-甲酸三級丁酯(化合物42-18,1.5 g,2.98 mmol,1當量)及苯磺酸(0.94 g,5.97 mmol,2當量)於ACN (20 mL)中之混合物在85℃下攪拌16 h。LCMS指示反應完成。使混合物冷卻至室溫且在減壓下濃縮。將殘餘物藉由用EtOAc (10 mL)研磨純化。這產生呈黃色固體之(3S)-3-[1-側氧基-5-(哌嗪-1-基)-3H-異吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮;苯磺酸(1.3 g,89%)。LCMS (ES, m/z): 329 [M+H]
+。
步驟 18. 化合物 42-21 之製備
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之乙酸(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲酯(化合物42-20,500 mg,2.17 mmol,1當量)於DCM中之溶液中逐滴添加TMSCl (944 mg,8.69 mmol,4當量)。將所得混合物在0℃、氮氣氣氛下攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。粗產物混合物未經進一步純化直接用於下一步。
步驟 19. 化合物 42-22 之製備
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之(3S)-3-[1-側氧基-5-(哌嗪-1-基)-3H-異吲哚-2-基]哌啶-2,6-二酮;苯磺酸(化合物42-19,422 mg,0.87 mmol,1.2當量)於DCM (7 mL)及MeOH (7 mL)中之溶液中逐滴添加NaOAc (119 mg,1.44 mmol,2當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌0.5 h。在室溫下,向上述混合物中逐滴添加1-{4-[(1R,2S)-6-[(三級丁基二甲基矽基)氧基]-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基}哌啶-4-甲醛(化合物42-14,380 mg,0.72 mmol,1當量)及NaBH
3CN (136 mg,2.17 mmol,3當量),且將所得混合物在室溫下再攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用CH
2Cl
2/ MeOH (10:1)溶析,得到呈白色固體之(3S)-3-(5-{4-[(1-{4-[(1R,2S)-6-[(三級丁基二甲基矽基)氧基]-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基}哌啶-4-基)甲基]哌嗪-1-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)哌啶-2,6-二酮(化合物42-22,255 mg,42%)。LCMS (ES, m/z): 824 [M+H]
+。
步驟 20. 化合物 42-23 之製備
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之(3S)-3-(5-{4-[(1-{4-[(1R,2S)-6-[(三級丁基二甲基矽基)氧基]-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基}哌啶-4-基)甲基]哌嗪-1-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)哌啶-2,6-二酮(化合物42-22,250 mg,0.29 mmol,1當量)於DMF (5 mL)中之混合物中逐滴添加K
2CO
3(82 mg,0.59 mmol,2當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌30 min。在室溫下,向上述混合物中逐滴添加N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物42-21,123 mg,0.59 mmol,2當量),且將所得混合物在30℃下再攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將混合物在真空下濃縮至乾。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含ACN之水(0.05% TFA),30 min內10%至60%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈白色固體之N-[({[(3S)-3-(5-{4-[(1-{4-[(1R,2S)-6-[(三級丁基二甲基矽基)氧基]-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基}哌啶-4-基)甲基]哌嗪-1-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(60 mg,20%)。LCMS (ES, m/z): 1008 [M+H]
+。
步驟 21. 化合物 42-24 之製備
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之N-[({[(3S)-3-(5-{4-[(1-{4-[(1R,2S)-6-[(三級丁基二甲基矽基)氧基]-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基}哌啶-4-基)甲基]哌嗪-1-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物42-23,50 mg,0.050 mmol,1當量)及Pd(PPh
3)
4(10 mg,0.009 mmol,0.17當量)於THF (50 mL)中之溶液中分批添加苯基矽烷(10 mg,0.092 mmol,1.86當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌30 min。可藉由LCMS偵測到所要產物。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含MeCN之水(0.1% TFA),30 min內5%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈白色固體之2-胺基-N-{[(3S)-3-(5-{4-[(1-{4-[(1R,2S)-6-[(三級丁基二甲基矽基)氧基]-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基}哌啶-4-基)甲基]哌嗪-1-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}乙醯胺(15 mg,32.73%),LCMS (ES, m/z): 924 [M+H]
+及呈白色固體之2-胺基-N-{[(3S)-3-(5-{4-[(1-{4-[(1R,2S)-6-羥基-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基}哌啶-4-基)甲基]哌嗪-1-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}乙醯胺(化合物42-24,20 mg,49%)。LCMS (ES, m/z): 810 [M+H]
+。
步驟 22. 化合物 (XLII) 之製備
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙酸(化合物40-6,10 mg,0.021 mmol,1.01當量)及HATU (10 mg,0.026 mmol,1.25當量)於DMF (2 mL)中之混合物中添加HOBT (3 mg,0.022 mmol,1.06當量)、2-胺基-N-{[(3S)-3-(5-{4-[(1-{4-[(1R,2S)-6-羥基-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基}哌啶-4-基)甲基]哌嗪-1-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}乙醯胺(化合物42-24,17 mg,0.021 mmol,1.0當量)及DIEA (10 mg,0.077 mmol,3.69當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將反應混合物藉由製備型HPLC在以下條件下純化(管柱:XSelect CSH Prep C18 OBD管柱,19*250 mm,5 μm;移動相A:水(0.05% TFA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min;梯度:10 min內25% B至40% B,40% B;波長:254 nm;RT1 (min):9.38;將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)-N-{[({[(1S)-1-{[({[(3S)-3-(5-{4-[(1-{4-[(1R,2S)-6-羥基-2-苯基-1,2,3,4-四氫萘-1-基]苯基}哌啶-4-基)甲基]哌嗪-1-基}-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}胺基甲醯基)甲基]胺基甲醯基}-2-苯基乙基]胺基甲醯基}甲基)胺基甲醯基]甲基}己醯胺;三氟乙酸(化合物(XLII),8.5 mg,29%)。LCMS (ES, m/z):1265[M+H-TFA]
+, 633 [M/2+H-TFA]
+;
1H-NMR (300 MHz, DMSO-d
6): 9.37 (br s, 1H), 9.14 (br s, 1H), 8.23-8.08 (m, 5H), 7.60-7.58 (m, 1H), 7.25-7.23 (m, 4), 7.17-7.14 (m, 5H), 7.10 (s, 1H), 6.99-6.97 (m, 3H), 6.85-6.83 (m, 2H), 6.65-6.61 (m, 3H), 6.45-6.42 (m, 1H), 6.25-6.23 (m, 1H), 5.15-4.90 (m, 3H), 4.50-4.41 (m, 1H), 4.47-4.44(m, 1H), 4.28-4.15 (m, 2H), 4.05-3.95 (m, 2H), 3.80-3.65 (m, 5H), 3.60-3.56 (m, 3H), 3.38-3.31 (m, 4H), 3.25-2.90 (m, 10H), 2.85-2.75 (m, 2H), 2.70-2.61 (m, 2H), 2.35-2.31 (m, 1H), 2.15-2.08 (m, 3H), 2.05-1.90 (m, 2H), 1.85-1.70 (m, 3H), 1.47-1.45 (m, 4H), 1.35-1.12 (m, 5H)。
方案 22 :化合物 (XLIII) 之製備 步驟 1. 化合物 43-3 之合成
在0℃下,將4-羥基哌啶-1-甲酸三級丁酯(化合物43-1,1.00 g,4.96 mmol,1當量)於DMF (5 mL)中之混合物用NaH (0.24 g,5.96 mmol,1.2當量,60%)分批處理。將所得混合物在0℃、氮氣氣氛下攪拌30 min。然後將炔丙基溴(化合物43-2,0.59 g,4.96 mmol,1當量)逐滴添加到上述混合物中。將所得混合物再攪拌2 h。TLC指示反應完成。藉由在0℃下添加水(10 mL)淬滅反應。將所得混合物用EA (3 x 10 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(15 ml)洗滌,經無水硫酸鈉乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EA (3:1)溶析,得到呈黃色油狀物之4-(丙-2-炔-1-基氧基)哌啶-1-甲酸三級丁酯(化合物43-3,350 mg,29%)。LCMS (ESI, m/z): 240 [M+H]
+。
步驟 2. 化合物 43-5 之製備
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之3-羥基-1-[(4-甲氧基苯基)甲基]哌啶-2,6-二酮(化合物43-4,6.00 g,24.07 mmol,1當量)及吡啶(3.81 g,48.14 mmol,2當量)於DCM (240 mL)中之混合物中逐滴添加三氟甲磺酸(三氟甲烷)磺醯基酯(10.18 g,36.10 mmol,1.5當量)。將所得混合物在0℃下攪拌1.5 h。LCMS指示反應完成。將溶劑在減壓下除去。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EA (3:1)溶析,得到呈白色固體之三氟甲磺酸1-[(4-甲氧基苯基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基酯(化合物43-5,7.2 g,78%)。LCMS (ESI, m/z): 404 [M+Na]
+。
步驟 3. 化合物 43-7 之製備
將7-溴-1-甲基-3H-1,3-苯并二唑-2-酮(化合物43-6,2.98 g,13.11 mmol,1當量)及三級丁醇鉀(1.77 g,15.73 mmol,1.2當量)於THF (170 mL)中之混合物在0℃、氮氣氣氛下攪拌30 min。在0℃下,將THF (30 mL)中之三氟甲磺酸1-[(4-甲氧基苯基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基酯(化合物43-5,5.00 g,13.11 mmol,1當量)逐滴添加到上述混合物中。將所得混合物在25℃下攪拌30 min。LCMS指示反應完成。藉由添加氯化銨溶液(100 mL)淬滅反應。將所得混合物用EA (3 x 200 mL)萃取。將合併的有機層經無水硫酸鈉乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠,120 g,20-35 um;移動相,含有0.5% NH4HCO
3及ACN之水(50 min內0%至100%梯度);偵測器,UV 254nm。將溶析液濃縮,得到呈白色固體之3-(4-溴-3-甲基-2-側氧基-1,3-苯并二唑-1-基)-1-[(4-甲氧基苯基)甲基]哌啶-2,6-二酮(化合物43-7,1.1 g,18%)。LCMS (ESI, m/z): 458,460 [M+H]
+。
步驟 4. 化合物 43-8 之製備
將3-(4-溴-3-甲基-2-側氧基-1,3-苯并二唑-1-基)-1-[(4-甲氧基苯基)甲基]哌啶-2,6-二酮(化合物43-7,4.00 g,8.72 mmol,1當量)及CH
3SO
3H (11.33 mL,174.56 mmol,20當量)於甲苯(30 mL)中之混合物在120℃下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。使反應混合物冷卻至室溫。將溶劑在減壓下除去。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠,80 g,20-35 um;移動相,含0.1% NH
4HCO
3及ACN之水(50 min內5%至95%梯度);偵測器,UV 254 nm。將溶析液濃縮,得到呈白色固體之3-(4-溴-3-甲基-2-側氧基-1,3-苯并二唑-1-基)哌啶-2,6-二酮(化合物43-8,1.5 g,50%)。LCMS (ESI, m/z): 338,340 [M+H]
+。
步驟 5. 化合物 43-9 之製備
將3-(4-溴-3-甲基-2-側氧基-1,3-苯并二唑-1-基)哌啶-2,6-二酮(化合物43-8,1.5 g,4.43 mmol,1當量)、4-(丙-2-炔-1-基氧基)哌啶-1-甲酸三級丁酯(化合物43-3,1.59 g,6.65 mmol,1.5當量)、二氯鈀;雙(三苯基磷烷)(0.62 g,0.88 mmol,0.2當量)、CuI (0.17 g,0.88 mmol,0.2當量)及碳酸銫(5.78 g,17.74 mmol,4當量)於DMF (35 mL)中之混合物在80℃、氮氣氣氛下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。使反應混合物冷卻至室溫。將反應用水(50 mL)淬滅。將所得混合物用EA (3 x 50 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(50 mL)洗滌,經無水硫酸鈉乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠,80 g,20-35 um;移動相,含0.1% TFA及ACN之水(50 min內0%至100%梯度);偵測器,UV 254 nm。將溶析液濃縮,得到呈白色固體之4-({3-[1-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-3-甲基-2-側氧基-1,3-苯并二唑-4-基]丙-2-炔-1-基}氧基)哌啶-1-甲酸三級丁酯(化合物43-9,700 mg,31%)。LCMS (ESI, m/z): 497 [M+H]
+。
步驟 6. 化合物 43-10 之製備
向經攪拌之4-({3-[1-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-3-甲基-2-側氧基-1,3-苯并二唑-4-基]丙-2-炔-1-基}氧基)哌啶-1-甲酸三級丁酯(化合物43-9,700 mg,1.41 mmol,1當量)於DCM (20 mL)中之混合物中添加TFA (4 mL)。將所得混合物在25℃下攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將溶劑在減壓下除去,得到呈黃色油狀物之粗品3-{3-甲基-2-側氧基-4-[3-(哌啶-4-基氧基)丙-1-炔-1-基]-1,3-苯并二唑-1-基}哌啶-2,6-二酮(化合物43-10,800 mg,粗品)。LCMS (ESI, m/z): 397 [M+H]
+。
步驟 7. 化合物 43-13 之製備
在0℃、空氣氣氛下,向經攪拌之5-氯吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-甲酸乙酯(化合物43-11,10.00 g,44.32 mmol,1當量)及(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷(6.59 g,66.48 mmol,1.5當量)於ACN (200.00 mL)中之混合物中添加DIEA (22.91 g,177.28 mmol,4當量)。將所得混合物在60℃、空氣氣氛下攪拌1 h。LCMS指示反應完成。使反應混合物冷卻至室溫。將所得混合物用水(400 mL)稀釋。將所得混合物用EtOAc (3 x 400 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(3x100 mL)洗滌,經無水Na
2SO
4乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。這產生呈黃色固體之5-[(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷-5-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-甲酸乙酯(化合物43-13,10 g,78%)。LCMS:(ES.m/z): 289 [M+H]
+。
步驟 8. 化合物 43-14 之製備
在0℃、空氣氣氛下,向經攪拌之5-[(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷-5-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-甲酸乙酯(化合物43-13,10 g,34.68 mmol,1當量)於MeOH (100 mL)中之溶液中分批添加H
2O (20 mL)及LiOH (4.15 g,173.42 mmol,5當量)。將所得混合物在60℃、空氣氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。使反應混合物冷卻至室溫。將所得混合物在減壓下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含TFA之水(0.05% TFA),30 min內0%至50%梯度;偵測器,UV 254 nm。這產生呈黃色固體之5-[(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷-5-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-甲酸(化合物43-14,3.7 g,40%)。LCMS:(ES. m/z): 261 [M+1]
+。
步驟 9. 化合物 43-16 之製備
在0℃、氮氣氣氛下,向經攪拌之(1s,4s)-4-羥基環己烷-1-甲酸甲酯(化合物43-15,6.00 g,37.92 mmol,1當量)及三乙胺(1.15 g,113.78 mmol,3當量)於DCM (150 mL)中之混合物中逐滴添加甲磺醯氯(5.21 g,45.51 mmol,1.2當量)。將所得混合物在0℃下攪拌2 h。TLC指示反應完成。藉由添加水(50 mL)淬滅反應。將所得混合物用DCM (3 x 150 mL)萃取。將合併的有機層經無水硫酸鈉乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮,得到呈黃色油狀物之(1s,4s)-4-(甲磺醯氧基)環己烷-1-甲酸甲酯(化合物43-16,6.1 g,68%)。GCMS:(ES.m/z): 236 [M]
+。
步驟 10. 化合物 43-18 之製備
將3-(二氟甲基)-4-硝基-1H-吡唑(化合物43-17,1.70 g,10.42 mmol,1當量)、(1s,4s)-4-(甲磺醯氧基)環己烷-1-甲酸甲酯(2.46 g,10.42 mmol,1當量)及K
2CO
3(2.88 g,20.84 mmol,2當量)於DMF (25 mL)中之混合物在80℃下攪拌24 h。LCMS指示產生了約50%產物。將溶劑在減壓下除去。將殘餘物用水(25 mL)淬滅。將所得混合物用EA (3 x 30 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(30 mL)洗滌,經無水硫酸鈉乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用PE/EA (3:1)溶析,得到呈黃色固體之(1r,4r)-4-[3-(二氟甲基)-4-硝基吡唑-1-基]環己烷-1-甲酸甲酯(化合物43-18,1.1 g,34%)。LCMS (ESI, m/z): 304 [M+H]
+。
步驟 11. 化合物 43-19 之製備
向經攪拌之(1r,4r)-4-[3-(二氟甲基)-4-硝基吡唑-1-基]環己烷-1-甲酸甲酯(化合物43-18,900 mg,2.96 mmol,1當量)於THF (30 mL)中之混合物中添加Pd/C (240 mg,10%)。將所得混合物在25℃、氫氣氣氛下攪拌4 h。LCMS指示反應完成。將固體過濾出來。將濾液在減壓下濃縮,得到呈白色固體之粗品(1r,4r)-4-[4-胺基-3-(二氟甲基)吡唑-1-基]環己烷-1-甲酸甲酯(化合物43-19,890 mg,粗品)。LCMS (ESI, m/z): 274 [M+H]
+。
步驟 12. 化合物 43-20 之製備
在0℃下,向經攪拌之(1r,4r)-4-[4-胺基-3-(二氟甲基)吡唑-1-基]環己烷-1-甲酸甲酯(化合物43-19,850 mg,3.11 mmol,1當量)於MeOH (3 mL)及THF (18 mL)中之混合物中添加LiBH
4(3.10 mL,6.22 mmol,2當量)。將所得混合物在60℃下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。在25℃下藉由添加水(10 mL)淬滅反應。將所得混合物用EA (3 x 20 mL)萃取。將合併的有機層經無水硫酸鈉乾燥。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用DCM/MeOH (96:4)溶析,得到呈白色固體之[(1r,4r)-4-[4-胺基-3-(二氟甲基)吡唑-1-基]環己基]甲醇(化合物43-20,550 mg,72%)。LCMS (ESI, m/z): 246 [M+H]
+。
步驟 13. 化合物 43-21 之製備
將5-[(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷-5-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-甲酸(化合物43-14,230 mg,0.89 mmol,1當量)、[氯(二甲基胺基)亞甲基]二甲基氮銨;六氟-λ⁵-磷酸鹽(300 mg,1.07 mmol,1.2當量)及1-甲基-1H-咪唑(260 mg,3.13 mmol,3.5當量)於ACN (15 mL)中之混合物在25℃下攪拌30 min。然後將[(1r,4r)-4-[4-胺基-3-(二氟甲基)吡唑-1-基]環己基]甲醇(化合物43-20,220 mg,0.89 mmol,1當量)添加到上述混合物中。將所得混合物攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將溶劑在減壓下除去。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠,80 g,20-35 um;移動相,含0.1% TFA及ACN之水(50 min內0%至100%梯度);偵測器,UV 254 nm。將溶析液在減壓下濃縮,得到呈黃色固體之N-[3-(二氟甲基)-1-[(1r,4r)-4-(羥甲基)環己基]吡唑-4-基]-5-[(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷-5-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-甲醯胺(化合物43-21,200 mg,45.74%)。LCMS (ESI, m/z): 488 [M+H]
+。
步驟 14. 化合物 43-22 之製備
向經攪拌之N-[3-(二氟甲基)-1-[(1r,4r)-4-(羥甲基)環己基]吡唑-4-基]-5-[(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷-5-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-甲醯胺(化合物43-21,1.00 g,2.05 mmol,1當量)於DCM (20 mL)中之混合物中添加乙酸1,1-雙(乙醯氧基)-3-側氧基-3H-1λ⁵,2-苯碘醯-1-基酯(960 mg,2.25 mmol,1.1當量)。將所得混合物在25℃下攪拌1.5 h。LCMS指示反應完成。將反應用飽和碳酸氫鈉溶液(15 mL)淬滅。將所得混合物用DCM (3 x 15 mL)萃取。將合併的有機層經無水硫酸鈉乾燥。過濾後,將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用DCM/MeOH (96:4)溶析,得到呈黃色固體之N-[3-(二氟甲基)-1-[(1r,4r)-4-甲醯基環己基]吡唑-4-基]-5-[(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷-5-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-甲醯胺(化合物43-22,600 mg,60%)。LCMS (ESI, m/z): 486 [M+H]
+。
步驟 15. 化合物 43-23 之製備
將N-[3-(二氟甲基)-1-[(1r,4r)-4-甲醯基環己基]吡唑-4-基]-5-[(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷-5-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-甲醯胺(化合物43-22,600 mg,1.23 mmol,1當量)、3-{3-甲基-2-側氧基-4-[3-(哌啶-4-基氧基)丙-1-炔-1-基]-1,3-苯并二唑-1-基}哌啶-2,6-二酮(化合物43-10,490 mg,1.23 mmol,1當量)及AcOK (240 mg,2.47 mmol,2當量)於DMF (3 mL)及THF (15 mL)中之混合物在25℃下攪拌30 min。然後將STAB (520 mg,2.47 mmol,2當量)添加到上述混合物中。將所得混合物攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將溶劑在減壓下除去。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠,80 g,20-35 um;移動相,含0.1% TFA及ACN之水(50 min內0%至100%梯度);偵測器,UV 254 nm。將溶析液濃縮,得到呈黃色固體之N-[3-(二氟甲基)-1-[(1r,4r)-4-{[4-({3-[1-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-3-甲基-2-側氧基-1,3-苯并二唑-4-基]丙-2-炔-1-基}氧基)哌啶-1-基]甲基}環己基]吡唑-4-基]-5-[(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷-5-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-甲醯胺(600 mg,56%)。LCMS (ES, m/z): 866 [M+H-TFA]
+。
步驟 16. 化合物 43-25 之製備
將乙酸(2-{[(丙-2-烯-1-基氧基)羰基]胺基}乙醯胺基)甲酯(化合物43-24,300 mg,1.30 mmol,1當量)及三甲基氯矽烷(565 mg,5.21 mmol,4當量)於DCM (5 mL)中之混合物在0℃、氮氣氣氛下攪拌1 h。將分析樣品用MeOH淬滅,且質量信號顯示為203。LCMS指示反應完成。將溶劑在減壓下除去,得到呈白色固體之N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物43-25,350 mg,粗品)。粗產物未經任何純化用於下一步。
步驟 17. 化合物 43-26 之製備
將N-[3-(二氟甲基)-1-[(1r,4r)-4-{[4-({3-[1-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-3-甲基-2-側氧基-1,3-苯并二唑-4-基]丙-2-炔-1-基}氧基)哌啶-1-基]甲基}環己基]吡唑-4-基]-5-[(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷-5-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-甲醯胺(化合物43-23,500 mg,0.57 mmol,1當量)及碳酸鉀(160 mg,1.15 mmol,2當量)於DMF (7.5 mL)中之混合物在0℃、氮氣氣氛下攪拌20 min。然後將N-[(氯甲基胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物43-25,240 mg,1.15 mmol,2當量)添加到上述混合物中。將所得混合物在25℃下攪拌1.5 h。LCMS指示反應完成。將反應系統藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠,80 g,20-35 um;移動相,含0.1% TFA及ACN之水(50 min內0%至100%梯度);偵測器,UV 254 nm。將溶析液在減壓下濃縮,得到呈黃色固體之N-[({[3-(3-甲基-2-側氧基-4-{3-[(1-{[(1r,4r)-4-[3-(二氟甲基)-4-{5-[(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷-5-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-胺基}吡唑-1-基]環己基]甲基}哌啶-4-基)氧基]丙-1-炔-1-基}-1,3-苯并二唑-1-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物43-26,400 mg,66%)。LCMS (ESI, m/z): 1036 [M+H]
+。
步驟 18. 化合物 43-27 之製備
將N-[({[3-(3-甲基-2-側氧基-4-{3-[(1-{[(1r,4r)-4-[3-(二氟甲基)-4-{5-[(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷-5-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-胺基}吡唑-1-基]環己基]甲基}哌啶-4-基)氧基]丙-1-炔-1-基}-1,3-苯并二唑-1-基)-2,6-二側氧基哌啶-1-基]甲基}胺基甲醯基)甲基]胺基甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物43-26,150 mg,0.14 mmol,1當量)、Pd(PPh
3)
4(17 mg,0.014 mmol,0.1當量)及苯基矽烷(32 mg,0.29 mmol,2當量)於THF (7.5 mL)中之混合物在0℃、氮氣氣氛下攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將溶劑在減壓下除去。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠,80 g,20-35 um;移動相,含0.1% FA及ACN之水(50 min內0%至100%梯度);偵測器,UV 254 nm。將溶析液濃縮,得到呈白色固體之N-[3-(二氟甲基)-1-[(1r,4r)-4-[(4-{[3-(1-{1-[(2-胺基乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-3-甲基-2-側氧基-1,3-苯并二唑-4-基)丙-2-炔-1-基]氧基}哌啶-1-基)甲基]環己基]吡唑-4-基]-5-[(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷-5-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-甲醯胺(化合物43-27,105 mg,76%)。LCMS (ESI, m/z): 952 [M+H]
+。
步驟 19. 化合物 (XLIII) 之製備
將(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙酸(化合物40-6,47 mg,0.10 mmol,1當量)、HATU (57 mg,0.15 mmol,1.5當量)及HOBT (14 mg,0.10 mmol,1當量)於DMF (3 mL)中之混合物在0℃下攪拌5 min。然後將N-[3-(二氟甲基)-1-[(1r,4r)-4-[(4-{[3-(1-{1-[(2-胺基乙醯胺基)甲基]-2,6-二側氧基哌啶-3-基}-3-甲基-2-側氧基-1,3-苯并二唑-4-基)丙-2-炔-1-基]氧基}哌啶-1-基)甲基]環己基]吡唑-4-基]-5-[(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷-5-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-甲醯胺(化合物43-27,95 mg,0.10 mmol,1當量)添加到上述混合物中,隨後添加DIEA (26 mg,0.20 mmol,2當量)。將所得混合物在0℃下攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將反應系統藉由製備型HPLC在以下條件下純化:管柱:XSelect CSH Prep C18 OBD管柱,19*150 mm,5 µm;移動相A:水(0.05% TFA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min;梯度:7 min內24% B至44% B,44% B;波長:254 nm;RT1 (min):6.23。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之N-[3-(二氟甲基)-1-[(1r,4r)-4-({4-[(3-{1-[1-({2-[(2S)-2-(2-{2-[6-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)己醯胺基]乙醯胺基}乙醯胺基)-3-苯基丙醯胺基]乙醯胺基}甲基)-2,6-二側氧基哌啶-3-基]-3-甲基-2-側氧基-1,3-苯并二唑-4-基}丙-2-烯-1-基)氧基]哌啶-1-基}甲基)環己基]吡唑-4-基]-5-[(1R,4R)-2-氧雜-5-氮雜二環[2.2.1]庚烷-5-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-3-甲醯胺(25.4 mg,18%)。LCMS (ESI, m/z): 1406 [M+H]
+。
1H NMR (400 MHz, DMSO-d
6) δ 9.52 (d,
J= 6.4 Hz, 1H), 9.00-8.80 (m, 2H), 8.41 (d,
J= 4.0 Hz, 1H), 8.30-8.15 (m, 3H), 8.15-7.95 (m, 3H), 7.27-7.11 (m, 9H), 7.06-6.99 (m, 2H) 6.68 (dd,
J= 164, 7.8 Hz, 1H), 5.50 (dd,
J= 13.2, 5.2 Hz, 1H), 5.31-5.09 (m, 3H), 4.78 (d,
J= 22.0 Hz, 1H), 4.55-4.48 (m, 3H), 4.30-4.23 (m, 1H), 3.86-3.74 (m, 5H), 3.73-3.52 (m, 10H), 3.48-3.27 (m, 4H), 3.04-2.95 (m, 6H), 2.89-2.60 (m, 3H), 2.27-2.03 (m, 8H), 2.03-1.87 (m, 5H), 1.85-1.75 (m, 2H), 1.51-1.40 (m, 4H), 1.25-1.10 (m, 4H)。
方案 23 :化合物 (XLIV) 之製備 步驟 1. 化合物 44-2 之製備
在0℃下,向經攪拌之(2S,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-參(乙醯氧基)-6-[4-(羥甲基)-2-硝基苯氧基]噁烷-2-甲酸甲酯(化合物44-1,17 g,35.02 mmol,1當量)及咪唑(3.58 g,52.53 mmol,1.5當量)於N,N-二甲基甲醯胺(170 mL)中之溶液中逐滴添加三級丁基二甲基氯矽烷(7.92 g,52.53 mmol,1.5當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將所得混合物用水(600 mL)稀釋。藉由過濾收集沉澱的固體且用Et
2O (3x50 mL)洗滌。這產生呈灰白色固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-參(乙醯氧基)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)噁烷-2-甲酸甲酯(化合物44-2,16.1 g,76%)。LCMS (ESI, m/z):617[M+H+NH
3]
+。
步驟 2. 化合物 44-3 之製備
在室溫下,向經攪拌之(2S,3S,4S,5R,6S)-3,4,5-參(乙醯氧基)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)噁烷-2-甲酸甲酯(化合物44-2,16 g,26.68 mmol,1當量)於甲醇(320 mL)中之溶液中添加甲醇鈉(8.65 g,160.09 mmol,6.00當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將所得混合物在真空下濃縮。這產生呈灰白色固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)-3,4,5-三羥基噁烷-2-甲酸(化合物44-3,10 g,81%)。LCMS (ESI, m/z): 477 [M+H+NH
3]
+;
1H NMR (400 MHz, DMSO-
d 6) δ 8.50 (s, 1H), 7.76 (d, J = 2.0Hz, 1H), 7.57-7.49 (m, 1H), 7.41 (d, J = 8.8Hz, 1H), 5.05(d, J = 7.2Hz, 1H), 4.72 (s, 2H), 3.49 (d, J = 10.2Hz, 1H), 3.30-3.08 (m, 6H), 0.91 (s, 9H), 0.09 (s, 6H)。
步驟 3. 化合物 44-4 之製備
在室溫、N
2氣氛下,向經攪拌之(2S,3S,4S, 5R,6S)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)-3,4,5-三羥基噁烷-2-甲酸(化合物44-3,10 g,21.76 mmol,1.00當量)於N,N-二甲基甲醯胺(100 mL)中之溶液中分批添加烯丙基溴(6.58 g,54.40 mmol,2.50當量)。將所得混合物在40℃下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。使混合物冷卻至室溫。將所得混合物用水(500 mL)稀釋。將所得混合物用乙酸乙酯(3 x 200 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(5 x 200 mL)洗滌,經無水硫酸鈉乾燥,過濾且在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用石油醚/乙酸乙酯(12:1)溶析,得到呈白色固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)-3,4,5-三羥基噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-4,10 g,91%)。LCMS (ES, m/z): 517 [M+H+NH
3]
+, 522 [M+Na]
+ 步驟 4. 化合物 44-5 之製備
在0℃下,向經攪拌之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)-3,4,5-三羥基噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-4,10 g,20.01 mmol,1當量)於吡啶(200 mL)中之溶液中逐滴添加氯甲酸丙-2-烯-1-基酯(72.38 g,600.48 mmol,30當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將所得混合物用水(500 mL)稀釋。將所得混合物用乙酸乙酯(3 x 200 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(5x200 mL)洗滌,經無水硫酸鈉乾燥,過濾且在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用石油醚/乙酸乙酯(3:1)溶析,得到呈黃色油狀物之(2S,3S,4S,5R, 6S)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)-3,4,5-參({[丙-2-烯-1-基氧基]羰基}氧基)噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-5,11.7 g,83%)。LCMS (ESI, m/z): 769 [M+H+NH
3]
+。
步驟 5. 化合物 44-6 之製備
在0℃下,向經攪拌之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(4-{[(三級丁基二甲基矽基)氧基]甲基}-2-硝基苯氧基)-3,4,5-參({[丙-2-烯-1-基氧基]羰基}氧基)噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-5,11.6 g,15.42 mmol,1當量)於四氫呋喃(240 mL)中之溶液中逐滴添加氟化氫吡啶(60 mL)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在真空下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用石油醚/乙酸乙酯(1:1)溶析,得到呈黃色油狀物之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-[4-(羥甲基)-2-硝基苯氧基]-3,4,5-參({[(丙-2-烯-1-基氧基]羰基}氧基)噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-6,8.9 g,90%)。LCMS (ESI, m/z): 655 [M+H+NH
3]
+。
步驟 6. 化合物 44-7 之製備
在室溫下,向經攪拌之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-[4-(羥甲基)-2-硝基苯氧基]-3,4,5-參({[丙-2-烯-1-基氧基]羰基}氧基)噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-6,8.8 g,13.80 mmol,1當量)及碳酸雙(4-硝基苯基)酯(4.62 g,15.18 mmol,1.1當量)於N,N-二甲基甲醯胺(190 mL)中之溶液中逐滴添加N,N-二異丙基乙胺(3.57 g,27.60 mmol,2當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物用水(600 mL)稀釋。將所得混合物用乙酸乙酯(3 x 200 mL)萃取。將合併的有機層用鹽水(3x200 mL)洗滌,經無水硫酸鈉乾燥,過濾且在減壓下濃縮。將殘餘物藉由矽膠管柱層析法純化,用石油醚/乙酸乙酯(3:1)溶析,得到呈黃色油狀物之(2S,3S, 4S,5R,6S)-6-(2-硝基-4-{[(4-硝基苯氧基羰基)氧基]甲基}苯氧基)-3,4,5-參({[丙-2-烯-1-基氧基]羰基}氧基)噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-7,8 g,72%)。LCMS (ESI, m/z): 802 [M+H]
+。
步驟 7. 化合物 44-8 之製備
在0℃下,向經攪拌之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-(2-硝基-4-{[(4-硝基苯氧基羰基)氧基]甲基}苯氧基)-3,4,5-參({[丙-2-烯-1-基氧基]羰基}氧基)噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-6,3.5 g,4.36 mmol,1當量)於N,N-二甲基甲醯胺(35 mL)中之溶液中添加2-丙炔胺(0.48 g,8.72 mmol,2當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,乙腈水溶液(0.05% TFA),30 min內5%至80%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份凍乾,得到呈黃色油狀物之(2S,3S,4S, 5R,6S)-6-[2-硝基-4-({[(丙-2-炔-1-基)胺基甲醯基]氧基}甲基)苯氧基]-3,4,5-參({[丙-2-烯-1-基氧基]羰基}氧基)噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-8,1.6 g,51%)。LCMS (ESI, m/z): 736 [M+H+NH
3]
+ 步驟 8. 化合物 44-9 之製備
在0℃下,向經攪拌之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-[2-硝基-4-({[(丙-2-炔-1-基)胺基甲醯基]氧基}甲基)苯氧基]-3,4,5-參({[丙-2-烯-1-基氧基]羰基}氧基)噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-8,1.4 g,1.94 mmol,1當量)及多聚甲醛(0.12 g,3.89 mmol,2當量)於二氯甲烷(140 mL)中之溶液中逐滴添加三甲基氯矽烷(0.42 g,3.89 mmol,2當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌2 h。將反應混合物用甲醇衍生以進行LCMS測試。將所得混合物在減壓下濃縮,得到(2S,3S,4S,5R,6S)-6-[4-({[氯甲基(丙-2-烯-1-基)胺基甲醯基]氧基}甲基)-2-硝基苯氧基]-3,4,5-三({[丙-2-烯-1-基氧基]羰基}氧基)噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-9)。粗產物未經進一步純化直接用於下一步。LCMS (ESI, m/z): 763 [M+H]
+(MeOH衍生物)。
步驟 9. 化合物 44-11 之製備
在室溫下,向經攪拌之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-[4-({[氯甲基(丙-2-炔-1-基)胺基甲醯基]氧基}甲基)-2-硝基苯氧基]-3,4,5-參({[丙-2-烯-1-基氧基]羰基}氧基)噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-9,1.3 g,1.69 mmol,1當量)及N-[2-(2-{2-氯-4-[({[2-(2,6-二側氧基哌啶-3-基)-1-側氧基-3H-異吲哚-5-基]甲基}胺基甲醯基)胺基]苯基}乙氧基)乙基]-N-甲基胺基甲酸三級丁酯(化合物11-2,1.06 g,1.69 mmol,1當量)於N,N-二甲基甲醯胺(13 mL)中之溶液中添加碳酸銫(0.55 g,1.69 mmol,1當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將混合物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,乙腈水溶液(0.05% TFA),30 min內5%至80%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-{4-[({[(3-{5-[({[4-(2-{2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙氧基}乙基)-3-氯苯基]胺基甲醯基}胺基)甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基](丙-2-烯-1-基)胺基甲醯基}氧基)甲基]-2-硝基苯氧基}-3,4,5-參({[丙-2-烯-1-基氧基]羰基}氧基)噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-11,360 mg,15%)。LCMS (ESI, m/z):1358[M+H]
+ 步驟 10. 化合物 44-12 之製備
在室溫下,向經攪拌之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-{4-[({[(3-{5-[({[4-(2-{2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙氧基}乙基)-3-氯苯基]胺基甲醯基}胺基)甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基](丙-2-烯-1-基)胺基甲醯基}氧基)甲基]-2-硝基苯氧基}-3,4,5-參({[丙-2-烯-1-基氧基]羰基}氧基)噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-11,350 mg,0.25 mmol,1當量)於MeOH (3 mL)及乙酸(3 mL)中之溶液中添加Zn (125 mg,1.91 mmol,10當量)。將所得混合物在室溫下攪拌隔夜。LCMS指示反應完成。將所得混合物過濾,將濾餅用甲醇(3x5 mL)洗滌。將濾液在減壓下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,乙腈水溶液(0.05% TFA),30 min內5%至80%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之(2S,3S,4S, 5R,6S)-6-{2-胺基-4-[({[(3-{5-[({[4-(2-{2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙氧基}乙基)-3-氯苯基]胺基甲醯基}胺基)甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基](丙-2-烯-1-基)胺基甲醯基}氧基)甲基]苯氧基}-3,4,5-參({[丙-2-烯-1-基氧基]羰基}氧基)噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-12, 110 mg, 32.14%)。LCMS (ESI, m/z):1328[M+H]
+;
1H NMR (400 MHz, DMSO-d
6) δ 8.81 (s, 1H), 7.77 - 7.66 (m, 2H), 7.53 (s, 1H), 7.45 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 7.19 (t, J = 7.2 Hz, 2H), 6.98 (d, J = 8.0 Hz, 1H), 6.84 (s, 2H), 6.70 (s, 1H), 6.57 (s, 1H), 6.26 (s, 1H), 6.09 (s, 1H), 5.90-5.88 (m, 4H), 5.47 - 5.17 (m, 12H), 4.93 (s, 3H), 4.81 (s, 2H), 4.79 - 4.55 (m, 9H), 4.42 (d, J = 5.6 Hz, 3H), 3.99 (s, 2H), 3.55-3.51 (m, 5H), 3.31 - 3.14 (m, 4H), 2.85-2.75 (m, 6H), 1.38 (s, 9H)。
步驟 11. 44-14 之製備
在室溫下,向經攪拌之化合物44-12 (110 mg,0.08 mmol,1當量)及3-[3-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)丙醯胺基]丙酸(化合物44-13,40 mg,0.16 mmol,2當量)於乙腈(2 mL)中之溶液中添加1-甲基咪唑(27 mg,0.33 mmol,4當量)。將所得混合物在室溫下攪拌1 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在真空下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含MeCN之水(0.1% FA),30 min內5%至80%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-{4-[({[(3-{5-[({[4-(2-{2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙氧基}乙基)-3-氯苯基]胺基甲醯基}胺基)甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基](丙-2-烯-1-基)胺基甲醯基}氧基)甲基]-2-{3-[3-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)丙醯胺基]丙醯胺基}苯氧基}-3,4,5-參({[丙-2-烯-1-基氧基]羰基}氧基)噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-14,70 mg,54%)。LCMS (ESI, m/z): 1550 [M+H]
+ 步驟 12. 化合物 (44-15) 之合成
在室溫、氮氣氣氛下,向經攪拌之(2S,3S, 4S,5R,6S)-6-{4-[({[(3-{5-[({[4-(2-{2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙氧基}乙基)-3-氯苯基]胺基甲醯基}胺基)甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基](丙-2-烯-1-基)胺基甲醯基}氧基)甲基]-2-{3-[3-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)丙醯胺基]丙醯胺基}苯氧基}-3,4,5-參({[丙-2-烯-1-基氧基]羰基}氧基)噁烷-2-甲酸丙-2-烯-1-基酯(化合物44-14,50 mg,0.03 mmol,1當量)及三乙胺(13 mg,0.12 mmol,4當量)於四氫呋喃(5 mL)中之溶液中添加甲酸(5 mg,0.09 mmol,3當量)及四(三苯基膦)鈀(15 mg,0.012 mmol,0.4當量)。將所得混合物在室溫、氮氣氣氛下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在真空下濃縮。將殘餘物藉由逆相急速層析法在以下條件下純化:管柱,C18矽膠;移動相,含MeCN之水(0.05% TFA),30 min內5%至80%梯度;偵測器,UV 254 nm。將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-{4-[({[(3-{5-[({[4-(2-{2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙氧基}乙基)-3-氯苯基]胺基甲醯基}胺基)甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基](丙-2-烯-1-基)胺基甲醯基}氧基)甲基]-2-{3-[3-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)丙醯胺基]丙醯胺基}苯氧基}-3,4,5-三羥基噁烷-2-甲酸(化合物44-15,10 mg,24%)。LCMS (ESI, m/z): 1258 [M+H]
+ 步驟 13. 化合物 (XLIV) 之製備
在0℃下,向經攪拌之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-{4-[({[(3-{5-[({[4-(2-{2-[(三級丁氧羰基)(甲基)胺基]乙氧基}乙基)-3-氯苯基]胺基甲醯基}胺基)甲基]-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基}-2,6-二側氧基哌啶-1-基)甲基](丙-2-烯-1-基)胺基甲醯基}氧基)甲基]-2-{3-[3-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)丙醯胺基]丙醯胺基}苯氧基}-3,4,5-三羥基噁烷-2-甲酸(化合物44-15,10 mg,0.008 mmol,1當量)於二氯甲烷(1 mL)中之溶液中逐滴添加三氟乙酸(0.2 mL)。將所得混合物在0℃、氮氣氣氛下攪拌2 h。LCMS指示反應完成。將所得混合物在真空下濃縮。將粗產物(10 mg)藉由製備型HPLC在以下條件下純化(管柱:XSelect CSH Prep C18 OBD管柱,19*150 mm,5 μm;移動相A:水(0.1% TFA),移動相B:ACN;流速:25 mL/min;梯度:10 min內18% B至38% B,38% B;波長:254 nm;RT1 (min):7.75;進樣量:0.7 mL;將收集的流份凍乾,得到呈白色固體之(2S,3S,4S,5R,6S)-6-[4-({[({3-[5-({[(3-氯-4-{2-[2-(甲基胺基)乙氧基]乙基}苯基)胺基甲醯基]胺基}甲基)-1-側氧基-3H-異吲哚-2-基]-2,6-二側氧基哌啶-1-基}甲基)(丙-2-烯-1-基)胺基甲醯基]氧基}甲基)-2-{3-[3-(2,5-二側氧基吡咯-1-基)丙醯胺基]丙醯胺基}苯氧基]-3,4,5-三羥基噁烷-2-甲酸(化合物(XLIV),1.2 mg,13%)。LCMS (ESI, m/z): 1158 [M+H-FA]
+;
1H NMR (400 MHz, CD
3OD) δ 8.20 (s, 1H), 7.78 (d, J=4.0Hz, 1H), 7.57 (s, 2H), 7.51 (d, J=8.0Hz, 1H), 7.23 (s, 2H), 7.22-7.13 (m, 2H), 6.72 (s, 2H), 5.58-5.35 (m, 2H), 5.26-5.20 (m, 1H), 5.12-5.11 (m, 2H), 4.54 (s, 2H), 4.48-4.22 (m, 2H), 4.17 (br s, 2H), 3.95-3.88 (m, 1H), 3.76-3.70 (m, 6H), 3.68-3.59 (m, 3H), 3.55-3.42 (m, 3H), 3.21-3.19 (m, 2H), 3.02-2.85 (m, 4H), 2.75-2.70 (m, 4H), 2.60 (s, 2H), 2.46-2.25 (m, 3H), 2.18-2.05 (m, 1H)。
方案 24 :具有水溶性取代基之化合物之製備
向含有28.75 µL去氣無水DMA之乾燥小瓶中添加作為無水去氣DMA中之20 mM儲備溶液之25 µL化合物(XLIV) (0.5 µmol,最終濃度5 mM)、5 µL CuBr (0.1 µmol)、10 µL N,N′,N′′,N′′-五甲基二亞乙基三胺(0.2 µmol)及31.25 µL (0.625 µmol) R-N
3,其中R係任何高度水溶性之基團(有助於疏水降解劑之綴合)。將反應在環境溫度、氮氣下攪拌且藉由LC-MS監測。當化合物(XLIV)被消耗時,判斷反應完成,且粗產物不經純化即用於根據上述程序進行綴合。
實例2:
製備抗體綴合物之一般程序
將50 mM EPPS,5 mM EDTA pH 7.0緩衝液中之抗體用12莫耳當量之TCEP處理,且在37℃下培育2 h以完全還原鏈間二硫鍵。藉由使用Zeba 40K管柱進行凝膠過濾,將經還原之抗體純化至50 mM EPPS,5 mM EDTA pH 7.0中。作為DMA中之儲備溶液加入12莫耳當量之連接子-有效載荷,使得DMA之最終濃度為10%體積/體積,且將所得反應混合物在環境溫度下培育2 h。藉由使用Zeba 40K管柱進行凝膠過濾,將所得綴合物純化至20 mM琥珀酸鹽、8%蔗糖、0.01% Tween-20 pH 5.5調配物緩衝液中,隨後使用Slide-a-Lyzer 10 K盒對調配物緩衝液進行透析。藉由LC-MS發現經純化之ADC平均具有8.1個藥物/Ab;藉由SEC發現係由98.8%單體組成;且藉由逆相HPLC發現係含有<1.2%未綴合之連接子-有效載荷。使用其他抗體及連接子-有效載荷之類似程序給出了相應的完全負載ADC。
實例2-1:
CD33-D 抗體 - 化合物 (XL) 綴合物之製備
將於50 mM EPPS,5 mM EDTA pH 7.0中之8 mg/mL CD33-D抗體用12當量TCEP處理,且在37℃下培育以還原鏈間二硫鍵。藉由使用Zeba 40K去鹽管柱進行去鹽,將經還原之抗體純化至50 mM EPPS,5 mM EDTA pH 7.0中。綴合係藉由以下來實現:稀釋抗體且作為DMA中之儲備溶液加入12當量化合物(XL),使得最終反應混合物由50 mM EPPS,5 mM EDTA pH 7.0 + 20% DMA中之2 mg/mL經還原之抗體+12當量化合物(XL)組成。將反應在環境溫度下培育。使用Zeba 40K去鹽管柱將綴合物純化至20 mM琥珀酸鹽,8%蔗糖,0.01% Tween-20 pH 5.5調配物緩衝液中。此時藉由LC-MS發現綴合物具有6.0個化合物(XL)/抗體。
為了增加載藥量,藉由添加0.1體積1M Tris pH 7.5調整綴合物溶液之pH,並且作為DMA中之儲備溶液添加額外的5當量化合物(XL),使得最終DMA濃度為10%。1 h後,藉由使用Zebra 40K去鹽管柱進行去鹽,將綴合物純化至20 mM琥珀酸鹽,8%蔗糖,0.01% Tween-20 pH 5.5調配物緩衝液中。
為了除去殘餘游離藥物,將250 mg活性炭用1 mL水洗滌3次,然後懸浮在1 mL調配物緩衝液中。將0.1體積該炭漿液添加到綴合物中,且在環境溫度下顛倒混合1 h。藉由通過0.22 um過濾器進行過濾來除去活性炭。
藉由LC-MS發現綴合物具有8.0個化合物(XL)/抗體;藉由SEC發現係87%單體;且藉由使用HISEP管柱之混合模式HPLC發現係<1.7%游離藥物。
實例2-2:
CD33-D 抗體 - 化合物 (XIV) 綴合物之製備
將於50 mM EPPS,5 mM EDTA中之5 mg/mL CD33-D抗體用12當量TCEP處理,且在37℃下培育2 h以還原鏈間二硫鍵。使用Zeba 40K去鹽管柱將經還原之抗體純化至50 mM EPPS,5 mM EDTA pH 7.0中。
綴合係藉由以下來實現:稀釋抗體且作為DMA中之儲備溶液添加化合物(XIV),使得最終反應混合物由50 mM EPPS,5 mM EDTA pH 7.0 + 10% DMA中之4.0 mg/mL經還原之抗體+12當量化合物(XIV)組成。將反應在環境溫度下培育1 h。使用Zebra 40K去鹽管柱將綴合物純化至20 mM琥珀酸鹽,8%蔗糖,0.01% Tween-20 pH 5.5中。
藉由LC-MS發現綴合物具有7.9個化合物(XIV)/抗體;藉由SEC發現係98.9%單體;且藉由使用HISEP管柱之混合模式HPLC發現係<0.6%游離藥物。
實例2-3:
貝蘭他單抗 - 化合物 (XIV) 綴合物之製備
將於20 mM組胺酸,250 mM蔗糖,pH 6.5中之11 mg/mL貝蘭他單抗用15當量TCEP處理,且在37℃下培育1 h以還原鏈間二硫鍵。使用Zebra 40K去鹽管柱將經還原之抗體純化至50 mM EPPS,5 mM EDTA pH 7.0中。
綴合係藉由以下來實現:稀釋抗體且作為DMA中之儲備溶液添加化合物(XIV),使得最終反應混合物由50 mM EPPS,5 mM EDTA pH 7.0 + 10% DMA中之3.0 mg/mL經還原之抗體+12當量化合物(XIV)組成。將反應在環境溫度下培育1 h,然後用0.01體積100 mM N-乙醯半胱胺酸淬滅。
藉由使用NAP去鹽管柱進行兩輪凝膠過濾純化綴合物。在第一輪中,將管柱用20 mM琥珀酸鹽,8%蔗糖,0.01% Tween-20 pH 5.5 + 10% DMA平衡且溶析。在第二輪中,將管柱用20 mM琥珀酸鹽,8%蔗糖,0.01% Tween-20 pH 5.5平衡且溶析。最後,使用50K MWCO Amicon離心濃縮器濃縮綴合物。
藉由LC-MS發現綴合物具有8個化合物(XIV)/抗體;藉由SEC發現係98.4%單體;且藉由使用HISEP管柱之混合模式HPLC發現係<2.5%游離藥物。
實例2-4:
HER2-B 抗體 - 化合物 (XIV) 綴合物之製備
將於50 mM EPPS,5 mM EDTA中之4.4 mg/mL HER2-B抗體用15當量TCEP處理,且在37℃下培育2 h以還原鏈間二硫鍵。使用Zeba 40K去鹽管柱將經還原之抗體純化至50 mM EPPS,5 mM EDTA pH 7.0中。
綴合係藉由以下來實現:稀釋抗體且作為DMA中之儲備溶液添加化合物(XIV),使得最終反應混合物由50 mM EPPS,5 mM EDTA pH 7.0 + 10% DMA共溶劑中之4.0 mg/mL經還原之抗體+12當量化合物(XIV)組成。將反應在環境溫度下培育1 h。然後使用Zebra 40K去鹽管柱純化至20 mM琥珀酸鹽,8%蔗糖,0.01% Tween-20 pH 5.5中。
藉由LC-MS發現綴合物具有7.9個化合物(XIV)/抗體;藉由SEC發現係98.8%單體;且藉由使用HISEP管柱之混合模式HPLC發現係<0.6%游離藥物。
實例2-4:
HER2-A 抗體 - 化合物 (XLII) 綴合物之製備
將於50 mM EPPS,5 mM EDTA pH 7.0中之8 mg/mL HER2-A抗體用2.25當量TCEP處理,且在37℃下培育2 h以部分還原鏈間二硫鍵。冷卻至環境溫度後,綴合係藉由以下來實現:稀釋經還原之抗體且作為DMA中之儲備溶液添加化合物(XLII),使得最終反應混合物由50 mM EPPS,5 mM EDTA pH 7.0 + 20% DMA共溶劑中之2.0 mg/mL經還原之抗體+7當量化合物(XLII)組成。將反應在環境溫度下培育1 h。使用Zeba 40K管柱將綴合物純化至20 mM琥珀酸鹽,8%蔗糖,0.01% Tween-20 pH 5.5調配物緩衝液中,隨後使用10K MWCO Slide-a-Lyzer盒對調配物緩衝液進行透析。藉由LC-MS發現綴合物具有3.3個化合物(XLII)/Ab,且藉由SEC發現係48.6%單體(參見圖20)。發現與天然半胱胺酸之綴合導致抗體顯著聚集。
實例2-5:
HER2-A 抗體 - 化合物 (XLII) 綴合物之製備
使用Zeba 40K去鹽管柱將HER2-A抗體緩衝液交換到PBS pH 7.4中。藉由用12當量TCEP處理且在37℃下培育2 h,將6.5 mg/mL抗體完全還原。冷卻至環境溫度後,使用Zebra 40K去鹽管柱將經還原之抗體純化至50 mM HEPES,1 mM EDTA pH 7.5中。將5 mg/mL經還原之抗體用20當量去氫抗壞血酸(作為DMSO中之50 mM儲備溶液添加)處理且在環境溫度下培育2小時以再氧化鏈間二硫鍵。用0.015體積1 M乙酸鹽pH 5.0將經還原/再氧化之抗體溶液之pH調整至7,且綴合係藉由以下來實現:作為DMA中之儲備溶液添加4當量化合物(XLII),使得最終反應混合物由50 mM HEPES,1 mM EDTA pH 7 + 20% DMA共溶劑中之2 mg/mL Ab + 4當量化合物(XLII)組成。將反應在環境溫度下培育隔夜。
使用NAP5去鹽管柱將綴合物純化至20 mM琥珀酸鹽、8%蔗糖、0.01% Tween-20 pH 5.5中,稀釋至4 mL,且使用50K MWCO Amicon離心濃縮器濃縮至約0.25 mL。
藉由還原RPLC-MS發現綴合物具有2.0個SMol00408/抗體;藉由SEC發現係97.1%單體(參見圖21);且藉由使用HISEP管柱之混合模式HPLC沒有偵測到游離藥物。與經由鏈間半胱胺酸隨機綴合之WT帕妥珠單抗相比,在各重鏈域中用半胱胺酸突變體進行工程改造之帕妥珠單抗抗體在綴合至mal-GGFG-ARV-471時顯示出顯著提高的單體%。具有高單體狀態之抗體綴合物往往比具有高聚集性之抗體綴合物具有更長的循環半衰期及更少的過早清除,從而導致更大的臨床前治療指數。
實例2-6:
CD79b-A 抗體 - 化合物 (XLIII) 綴合物之製備
將於50 mM MES,5 mM EDTA pH 6.0中之5 mg/mL CD79b-A抗體用3.25當量TCEP處理,且在37℃下培育2 h以部分還原鏈間二硫鍵。冷卻至環境溫度後,綴合係藉由以下來實現:稀釋經還原之抗體且作為DMA中之儲備溶液添加化合物(XLIII),使得最終反應混合物由50 mM MES,5 mM EDTA pH 6.0 + 15% DMA共溶劑中之2.0 mg/mL經還原之抗體+7當量化合物(XLIII)組成。藉由使用NAP去鹽管柱進行兩輪凝膠過濾純化綴合物。在第一輪中,將管柱用20 mM琥珀酸鹽,8%蔗糖,0.01% Tween-20 pH 5.5 + 10% DMA平衡且溶析。在第二輪中,將管柱用20 mM琥珀酸鹽,8%蔗糖,0.01% Tween-20 pH 5.5平衡且溶析。最後,使用50K MWCO Amicon離心濃縮器濃縮綴合物。藉由LC-MS發現綴合物具有4.6個化合物(XLIII)/Ab;98.4%單體;且藉由使用HISEP管柱之混合模式HPLC沒有偵測到游離藥物。
實例3:
一般穩定性研究
將帕妥珠單抗-化合物(I)綴合物(DAR=8,根據上述一般程序由化合物(I)製備)在37℃、pH 7.5下培育24 h。如圖1之上圖所示,所得產物之LCMS分析顯示-496 amu處之伴峰(satellite peak)顯著增加,這指示胺基甲酸酯裂解且表明含有該連接子之化合物在生理條件下通常不穩定。相反,且如圖之下圖所示,當帕妥珠單抗-化合物(I)綴合物在4℃、pH 5.5 (對照條件)下儲存隔夜時,沒有觀察到-496 amu峰。
同樣,如圖2A及圖2B所示,帕妥珠單抗-化合物(VIII)綴合物(DAR = 8,根據上述一般程序由化合物(VIII)製備,且還原為輕鏈及重鏈次單元)在37℃、pH 7.5下24 h後,顯示-452 amu處之LCMS伴峰有所增加,表明發生了酯水解。各框之頂行顯示保持在pH 5.5下且儲存在4℃下之綴合物譜,中間行顯示在pH 5.5下且在37℃下培育24小時之綴合物譜,且底行顯示在37℃、pH 7.5下培育24小時之綴合物譜。底行中-452 amu峰之存在指示酯水解,並且提供證據表明這種含有酯連接子之綴合物在生理條件下通常不穩定。
相反,帕妥珠單抗-化合物(X)綴合物在相同條件下培育後保持穩定。如圖3所示,綴合物還原為輕鏈及重鏈次單元,且在37℃、pH 7.5下培育24小時。藉由LC-MS沒有發現連接子裂解之證據,表明綴合物在生理條件下係穩定的。
類似地,帕妥珠單抗-化合物(XI)綴合物在相同條件下培育後保持穩定。如圖4所示,僅觀察到預期種類(輕鏈,輕鏈+化合物(XI);重鏈,重鏈+化合物(XI),重鏈+2個化合物(XI)及重鏈+3個化合物(XI))。沒有觀察到質量與輕鏈+連接子片段或重鏈+連接子片段一致的峰,這指示連接子裂解。
實例4:
無痕連接子之酶裂解 木瓜蛋白酶消化 1
帕妥珠單抗-化合物(XI)綴合物在室溫下根據酶與綴合物之比率為1:16由木瓜蛋白酶消化3小時。將釋放的有效載荷用冰冷的乙腈提取,乾燥且在95:5:0.1之H
2O:乙腈:甲酸中復溶,且隨後提交用於LC-MS分析。
LC-MS 分析:
在以下設置下使用配備有Waters ACQUITY UPLC之Waters SQD2質譜儀:陽性偵測模式、全調查掃描及SIR掃描(對於新降解劑P1之分子離子,靶向m/z為528.3之選定離子監測掃描)。UPLC梯度如下,流速為0.8 mL/min。來自UPLC之溶析液分別被分至UV及質譜儀。各次進樣量為10 uL。移動相A係含有0.1%三氟乙酸之HPLC級水,且移動相B係含有0.1%三氟乙酸之乙腈。
圖5顯示用木瓜蛋白酶消化提供了與新降解劑P1形成一致的峰,該新降解劑P1之結構如下所示。亦顯示未經木瓜蛋白酶處理之帕妥珠單抗-化合物(XI)對照樣品及新降解劑P1標準品(214 nm跡線)之層析圖。此外,圖5顯示新降解劑P1標準品及經木瓜蛋白酶處理之綴合物樣品中之新降解劑P1之MS譜。
方案6顯示所提出之形成新降解劑之機制。
如以上實例中所示,只有主張之無痕連接子在裂解條件下提供足夠的穩定性及所要新降解劑(化合物18-6)。
木瓜蛋白酶消化 2
將10 μM化合物(XL)、化合物(XI)、化合物(XIV)、化合物(XV)、化合物(XII)或化合物(XVII) (PBS pH 7.4,5% DMA共溶劑)與木瓜蛋白酶(2莫耳當量)在室溫下在輕輕振盪下培育2小時。將消化液用5體積冰冷的乙腈提取且乾燥,隨後在95:5:0.1之水:乙腈:甲酸中復溶。提交樣品以進行LC-MS分析(Thermo Exploris 240),且使用適當之參考標準,鑑定且量化釋放的有效載荷及/或未完全裂解之連接子副產物。結果如下表1所示。
a副產物係有效載荷-CH
2NHC(O)CH
2NH
2,由連接子之兩個甘胺酸之間之裂解形成。
b化合物XII-1結構:
如表1所示,用木瓜蛋白酶處理化合物(XL)及(XVIII)以優異的產率釋放所要有效載荷。均含有GGFGG連接子之化合物(XIV)、(XV)、(XII)及(XVII)提供了所要有效載荷之較低產率。不受特定理論之束縛,據信木瓜蛋白酶在有效裂解該連接子上無效。該理論得到圖11所示結果之支持,因為含有GGFG連接子之化合物(XVIII)之帕妥珠單抗綴合物及含有GGFGG連接子之化合物(XI)之帕妥珠單抗綴合物均顯示出抗BT-474癌細胞之優異活性,這表明在生理條件下兩種連接子均在體內有效裂解。
β- 葡萄糖醛酸苷酶消化
將10 μM化合物(XLI)與β-葡萄糖醛酸苷酶(Sigma,IX-A型;1 mg/mL PBS溶液,2 U/ng)一起培育,且將反應混合物在37℃下在輕輕振盪下培育3小時。將消化液用5體積冰冷的乙腈提取且乾燥,隨後在95:5:0.1之水:乙腈:甲酸中復溶。提交樣品以進行LC-MS分析(Thermo Exploris 240),且使用適當之參考標準,鑑定且量化釋放的有效載荷及/或未完全裂解之連接子副產物。結果如表2所示。
如表2所示,用β-葡萄糖醛酸苷酶處理化合物(XLI)以優異的產率釋放所要有效載荷。
半胱胺酸消化
將1 mM化合物(XIX)與10莫耳當量L-半胱胺酸(PBS pH 7.4 + 20% DMA)在37℃下在輕輕振盪下培育24小時。將消化液用5X冰冷的乙腈提取且乾燥,隨後在95:5:0.1之水:乙腈:甲酸中復溶。提交樣品以進行LC-MS分析(Waters, SQD2),且使用適當之參考標準,鑑定且量化釋放的有效載荷及/或未完全裂解之連接子副產物。結果如表3所示。
如表3所示,用半胱胺酸處理化合物(XIX)以優異的產率釋放所要有效載荷。化合物18-6釋放之譜證據顯示在圖18、圖19A及圖19B中。圖18描繪了停留時間為3.4分鐘之母化合物(XIX)之HPLC層析圖。圖19A描繪了當用半胱胺酸處理化合物(XIX)時,反應混合物之HPLC層析圖。化合物(XIX)被完全消耗,且唯一鑑定之產物具有2.41分鐘之停留時間。圖19B描繪了在停留時間2.4分鐘,
m/z為528.4處之峰之質譜,其對應於化合物18-6。
實例5A:
體外抗增殖檢定之一般程序
使用體外抗增殖檢定量測了主張之綴合物抑制細胞生長之能力。在100 μL完全細胞生長培養基(RPMI 1640、10%胎牛血清及1%青黴素-鏈黴素)中以各孔4,000–5,000個細胞接種靶細胞。使用3倍連續稀釋在完全細胞生長培養基中稀釋綴合物,且各孔加入100 μL。最終濃度通常在1 x 10
-9M至1.52 x 10
-13M或1 x 10
-6M至1.53 x 10
-11M之範圍內。將細胞在37℃、加濕5% CO2培育箱中培育5天。藉由比色WST-8檢定(Dojindo Molecular Technologies, Inc., Rockville, MD, US)確定剩餘細胞之活力。將WST-8添加至10%最終體積,且將板在37℃、加濕5% CO2培育箱中培育2-4小時。藉由在多孔板讀數器中量測450 nm處之吸光度(A450)來分析板。從所有值中減去僅具有培養基及WST-8之孔之背景A450吸光度。藉由將各處理的樣品值除以具有未處理細胞之孔之平均值來計算活力百分比。對於各處理,將活力百分比值對測試樣品濃度於半對數圖中作圖。IC50值係自動計算的。
化合物(X)之利妥昔單抗及帕妥珠單抗綴合物針對BT-474乳癌細胞株之抗增殖活性如圖6所示。如圖所示,發現非細胞結合對照綴合物利妥昔單抗-化合物(X)針對BT-474細胞之活性顯著降低。
化合物(X)之利妥昔單抗及帕妥珠單抗綴合物針對NCI-N87胃癌細胞株之抗增殖活性如圖7所示。如圖所示,發現非細胞結合對照綴合物利妥昔單抗-化合物(X)針對NCI-N87細胞之活性顯著降低。
化合物(XI)之利妥昔單抗及帕妥珠單抗綴合物針對BT-474乳癌細胞株之抗增殖活性如圖8所示。如圖所示,發現非細胞結合對照綴合物利妥昔單抗-化合物(X)針對BT-474細胞之活性顯著降低。
化合物(XI)之利妥昔單抗及帕妥珠單抗綴合物針對NCI-N87胃癌細胞株之抗增殖活性如圖9所示。如圖所示,發現非細胞結合對照綴合物利妥昔單抗-化合物(X)針對NCI-N87細胞之活性顯著降低。
化合物(XVIII)及化合物(XI)之帕妥珠單抗綴合物針對BT-474乳癌細胞株之抗增殖活性如圖11所示。如圖所示,發現非細胞結合對照綴合物利妥昔單抗-化合物(XVIII)針對BT-474細胞之活性顯著降低。
如描述於WO2021/198965中之化合物(XLI)、化合物(XIX)及化合物(Ie)及(Ii)之帕妥珠單抗綴合物針對BT-474乳癌細胞株之抗增殖活性如圖12所示。如圖且如相應下表所示,經由戊二醯亞胺環連接至帕妥珠單抗之降解劑具有與經由末端苯環上之取代連接的降解劑類似的針對BT-474細胞之活性。相比之下,發現非細胞結合對照綴合物或利妥昔單抗針對BT-474細胞之活性顯著降低。這表明包括能夠經歷本文所述之逆曼尼希反應之間隔子係將含有戊二醯胺或二氫尿嘧啶之降解劑連接至抗體或其他細胞結合劑且釋放之合適的通用解決方案。藉由使用這項技術,不需要引入額外的化學處理來實現基於抗體之向癌細胞之遞送。
實例5B:
體外 MV-4-11 抗增殖檢定之程序
使用體外抗增殖檢定量測了主張之綴合物抑制MV-4-11細胞生長之能力。在含有/不含1 µM阻斷抗體吉妥珠單抗或曲妥珠單抗之情況下,將MV-4-11細胞暴露於不同濃度之綴合物或抗體4天。藉由alamarBlue確定細胞之活力。化合物(XL)之吉妥珠單抗綴合物及未綴合之BRD4降解劑小分子化合物40-3之抗增殖活性如圖13所示。如圖所示,化合物(XL)之吉妥珠單抗綴合物單獨具有高活性,但當CD33表面抗原用吉妥珠單抗預飽和時活性降低約1000倍。用曲妥珠單抗(抗HER2抗體,在MV-4-11中沒有HER2表現)預封閉對綴合物活性沒有影響。BRD4降解劑小分子化合物40-3亦具有高活性。單獨的抗體在高達1 mM時沒有活性。
實例5C:
體外 BRD4 蛋白質降解檢定之程序
使用體外降解測定量測了主張之綴合物降解BRD4之能力。將MV4-11細胞與測試製品一起培育隔夜。將蛋白質加載到4%-12% NuPAGE Bis-Tris凝膠上。用兔抗BRD4 Ab (Cell Signaling #13440)以1:1,000稀釋度進行西方墨點,且使用β-肌動蛋白HRP (Cell Signaling #5125)以1:1,000再次進行墨點。化合物(XL)之吉妥珠單抗綴合物及未綴合之BRD4降解劑小分子化合物40-3之降解活性如圖14所示。化合物40-3在10 nM時導致BRD4蛋白帶強度降低>90%。化合物(XL)之吉妥珠單抗綴合物在10 nM時導致BRD4蛋白帶強度降低>70%,且BRD4耗竭取決於綴合物濃度。
實例5D:
確定綴合物與代表性癌細胞株結合之體外檢定
使用實例10中所描述之程序,計算代表性IC50值,顯示綴合物及未綴合之抗體與代表性癌細胞株之結合。結果如表5所示。
如表中所示,與連接子-有效載荷之綴合對抗體之靶細胞結合親和力沒有顯著影響。
實例6:
旁觀者細胞殺傷檢定之一般程序
使用旁觀者活性檢定量測從靶細胞釋放的綴合物中之藥物抑制非靶向細胞(Jurkat HiBiT)生長之能力。在100 μL完全細胞生長培養基(RPMI 1640、10%胎牛血清及1%青黴素-鏈黴素)中以各孔2,000個細胞接種靶細胞及各孔1,000個細胞接種Jurkat HiBiT。使用3倍連續稀釋在完全細胞生長培養基中稀釋綴合物,且各孔加入100 μL。最終濃度在3 x 10-8 M至1.37 x 10
-11M之範圍內。將細胞在37℃、加濕5% CO2培育箱中培育5天。藉由NanoGlo HiBiT裂解試劑(Promega N3030)確定剩餘Jurkat HiBiT細胞之活力。將80 μL NanoGlo HiBiT裂解試劑添加至板且在RT下培育20分鐘。藉由在多孔板讀數器中量測發光來分析板。從所有值中減去僅具有培養基及NanoGlo HiBiT裂解試劑之孔之背景發光。藉由將各處理的樣品值除以具有未處理細胞之孔之平均值來計算活力百分比。對於各處理,將活力百分比值對測試樣品濃度於半對數圖中作圖。IC50值係自動計算的。
在存在及不存在Jurkat HiBiT之情況下,化合物(X)之帕妥珠單抗綴合物針對SK-BR-3乳癌細胞株之抗增殖活性如圖10所示。如圖所示,該綴合物僅在存在SK-BR3 (Her 2+)細胞之情況下藉由降低Jurkat HiBiT標記細胞(HER 2-)之活力來展示旁觀者細胞殺傷。
實例7:
綴合物針對體內乳癌腫瘤模型之活性之確定
五至八週大之雌性ICR SCID小鼠源自Taconic。將小鼠在腹股溝脂肪墊中原位植入懸浮在基質膠及培養基混合物中之1e7 HCC1569人類乳癌細胞。每週使用卡尺監測腫瘤之生長數次,且將小鼠隨機分配到處理群中,以達到大約100-150 mm3之起始腫瘤體積。在群分配後,將小鼠用單次10 ml/kg側尾靜脈注射3 mg/kg或10 mg/kg如WO2021/198965中所描述之帕妥珠單抗-化合物(XI)綴合物或帕妥珠單抗-化合物(Ia)綴合物進行處理。注射後,每天監測小鼠且每週兩次量測體重及腫瘤體積。使用標準計算方法(a x b2)/2確定腫瘤體積,其中「b」係最小直徑,且「a」係最大直徑。結果如圖14及圖15所示。
如圖15A所示,相對於媒劑,兩種類型之綴合物或者減小腫瘤大小,或者減緩腫瘤生長,這表明經由戊二醯亞胺環連接至抗體之降解劑及經由末端苯環上之取代連接的降解劑皆係有效的腫瘤療法。
如圖15B所示,相對於媒劑對照群或與給藥前記錄之初始體重相比,使用任一種類型的綴合物進行治療沒有顯著改變群平均體重隨時間之變化。用綴合物處理小鼠沒有產生不良反應,且在研究期間不需要人道干預。因此,用如上述兩種類型之綴合物進行處理具有良好的耐受性。
實例7-1:
綴合物針對體內骨髓性白血病腫瘤模型之活性之確定
將皮下腫瘤模型MV-4-11人類急性骨髓性白血病細胞(0.1 mL中之1 x 10
7個細胞)皮下接種至雌性無胸腺裸鼠之右側腹中。當腫瘤大小達到100-150 mm
3時,用各測試製品處理小鼠。每週一次藉由靜脈內投與(IV)遞送10 mg/kg CD33-D抗體-化合物(XL)綴合物(於20 mM琥珀酸鹽,8%蔗糖,0.01% Tween-20 pH 5.5中),持續2週。每天一次藉由腹膜內投與(IP)處理0.4 mg/kg化合物(XL) (於5% NMP,45% PEG300,20 mM NaPi pH 6.5中)及1.5 mg/mL,5% Kolliphor,HS15 WFI緩衝液中之10 mg/kg ARV-825 (如描述於Liu等人
Chemistry & Biology2015,第22卷,第755-763頁),持續14天。每週兩次量測腫瘤大小及小鼠體重。皮下腫瘤體積(mm
3)用以下公式計算:(a x b
2/2),其中「b」係最小直徑,且「a」係最大直徑。研究終點係個體小鼠在各自的腫瘤體積≥1,000 mm
3或第60天(以先到者為準)後被安樂死。
在第1天及第8天給藥之CD33-D抗體-化合物(XL)綴合物(使用自我犧牲間隔子及本發明之方法製備)在22天之過程中顯示MV-4-11腫瘤生長延遲(圖22)。每天給藥(等效於綴合之有效載荷劑量)之相應BRD4異雙官能降解劑小分子(化合物15,來自Xiamg, W.等人,
Biorganic Chemistry2021,第115卷)係無活性的。ARV-825是一種性能良好的BRD4 PROTAC,在根據其公布的給藥方案投與時也係無活性的(https://doi.org/10.3389/fonc.2020.574525; Blood (2016) 128 (22): 748.)。圖23顯示各劑量群之個體腫瘤體積隨時間之變化,且圖24顯示各劑量群中小鼠在研究過程中之平均體重。
實例8:
J591 內源性半胱胺酸綴合
將具有Cys突變之抗PSMA抗體(6.1 mg/mL於50 mM EPPS,5 mM EDTA pH 7.0緩衝液中)用2.5當量之TCEP處理,且在37℃下培育2小時以部分還原鏈間二硫鍵。冷卻至環境溫度後,將8當量化合物(XV)作為DMA中之儲備溶液添加到經還原之抗體中,得到由含有10% (體積/體積) DMA之50 mM EPPS,5 mM EDTA pH 7.0中之5.5 mg/mL經還原之抗體+8當量化合物(XV)組成的最終反應混合物。將反應在環境溫度下培育2小時。藉由使用Zeba 40K去鹽管柱進行凝膠過濾,將綴合物純化至20 mM琥珀酸鹽,8%蔗糖,0.01% Tween-20 pH 5.5中。藉由LC-MS發現綴合物平均具有4.0個藥物/抗體及25.8%單體,如圖16所示。
實例9:
J591 S239C 位點特異性工程化半胱胺酸綴合
將20 mM組胺酸,250 mM蔗糖pH 6.5中在重鏈中具有S239C突變之J591抗體用0.1體積1M Tris,200 mM EDTA pH 8.0處理,以將pH調整至約7.5。藉由用100當量DTT處理9.4 mg/mL溶液且在環境溫度下培育隔夜來還原抗體。藉由使用Zeba去鹽管柱進行去鹽,將經還原之抗體純化至50 mM Tris,100 mM NaCl pH 8.0中。藉由用20當量去氫抗壞血酸處理10 mg/mL經還原之抗體溶液且在環境溫度下培育2小時來重新形成鏈間二硫鍵,得到在重鏈中具有未配對半胱胺酸之抗體中間體。該中間體使用HiLoad 16/200 Superdex 200 pg管柱藉由SEC進行純化,用20 mM琥珀酸鹽,150 mM NaCl,pH 5.5溶析。綴合係藉由以下來實現:用0.1體積1M Tris pH 7.5將中間體之pH調整至約7,添加丙二醇,且作為DMA中之儲備溶液添加6當量化合物(XV),使得最終反應混合物由含有50% (體積/體積)丙二醇共溶劑之20 mM琥珀酸鹽,150 mM NaCl (調整至pH 7.0)中之2 mg/mL抗體+6當量化合物(XV)組成。將反應混合物在環境溫度下培育2小時。藉由使用Zeba 40K去鹽管柱進行凝膠過濾,將綴合物純化至20 mM琥珀酸鹽,8%蔗糖,0.01% Tween-20 pH 5.5中。發現綴合物具有1.85個藥物/抗體、96.7%單體及<2.5%未綴合之有效載荷,如圖17所示。
實例10:
CD79b-A 抗體 - 化合物 (XLIII) 綴合物中靶抗原結合停留之確認
為了確保CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物中之綴合不影響抗體部分之靶抗原結合特性,測試了CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物與CD79b-A抗體(泊洛妥珠單抗)相比之CD79b結合親和力。Ramos是一種B細胞非霍奇金淋巴瘤細胞株,藉由在流式細胞儀緩衝液(PBS中之5% FBS)中離心及重懸自其生長培養基中沖洗掉。然後將細胞接種在96孔板中且與CD79b-A抗體、三種DAR不同之CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物(2.0、3.2及4.6)或非結合對照抗體Synagis N297A在4℃下一起培育1小時。藉由離心洗滌細胞,隨後重懸於流式細胞儀緩衝液中。兩次洗滌後,將細胞在2 µg/mL濃度之抗人類Alexa Fluor™ 488綴合之二抗(Invitrogen,A11013)中在4℃下培育1小時。將細胞洗滌兩次且在Attune™ NxT流式細胞儀(ThermoFisher Scientific)上藉由流式細胞術進行分析。如圖25所示,顯示綴合對抗原結合親和力之影響可忽略不計,因為所有三種DAR之CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物皆以與CD79b-A抗體類似的方式結合至CD79b。非結合對照Synagis N297A顯示出相對可忽略的信號強度。
實例11:
CD79b-A 抗體 - 化合物 (XLIII) 綴合物降解 IRAK 之確認
為了顯示CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物降解IRAK4之能力,將Ramos細胞接種在6孔細胞培養板中,且用三種DAR不同(2.0、3.2及4.6),濃度範圍係0 nM至50 nM,在生長培養基(RPMI1640 + 10%熱滅活FBS)中之CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物處理。將WO2021247897 A1中描述的其未綴合之有效載荷以及未綴合之抗體對照CD79b-A抗體包括在內以進行比較。在37℃、5% CO
2下培育48小時後,收穫細胞且藉由離心沖洗,隨後重懸於冰冷的PBS中。兩次洗滌後,將細胞藉由離心沉澱且使用含有蛋白酶及磷酸酶抑制劑之RIPA (ThermoFisher Scientific,78440)裂解。對樣品進行超音波處理以進行更徹底的裂解過程。在4℃下培育20分鐘後,將樣品以12,000 rcf離心20分鐘且收集上清液。使用Pierce BCA檢定套組(ThermoFisher Scientific,23227)根據製造商之方案確定各樣品中之蛋白質含量。添加Bolt
TMLDS樣品緩衝液(ThermoFisher Scientific,B0007)及β-巰基乙醇(Bio-Rad Laboratories, 1610710)至最終體積/體積比分別為25%及2.5%。在10%聚丙烯醯胺凝膠(ThermoFisher Scientific,NW00105BOX)之各孔中加入總共10 µg蛋白質,且在150 V下進行50分鐘電泳。轉移過程使用iBlot 2乾式墨點系統(ThermoFisher Scientific)根據製造商之方案進行。在轉移過程之後,藉由在TBST中與5%脫脂牛奶在RT中培育超過1小時封閉PVDF膜。IRAK4之一抗(Abcam,ab119942)用於將膜在RT中在封閉溶液中以1:1000之稀釋比染色1小時。將膜在TBST中洗滌3次,各次5分鐘,然後在RT中用HRP綴合之二抗(Cell Signaling,7076)以1:5000之稀釋度染色1小時。使用ECL在iBright™ FL1500成像系統(ThermoFisher Scientific)上對膜進行成像。對於上樣對照,使用相同的程序,但替代地用HRP綴合之抗β-肌動蛋白抗體(Cell Signaling,5125)以1:5000之稀釋度對膜進行染色。
如圖26所示,用CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物處理之細胞顯示IRAK4之劑量依賴性降解,其中更高的DAR顯示更有效的降解。CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物之未綴合之有效載荷亦顯示IRAK4之劑量依賴性降解。未綴合之抗體對照CD79b-A抗體對IRAK4水準沒有影響。
實例12:
CD79b-A 抗體 - 化合物 (XLIII) 綴合物之靶抗原特異性結合之確認
為了證實觀察到的CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物降解IRAK4係由CD79b結合介導的,進行了封閉實驗,其中允許CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物與CD79b-A抗體在處理期間競爭結合CD79b。將Ramos細胞株接種在12孔細胞培養板中,且在RT下與0.05 nM–5 µM之CD79b-A抗體一起預培育15分鐘。在不改變培養基之情況下,以10 nM之濃度在頂部添加CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物。添加未處理之細胞、僅用CD79b-A抗體處理之細胞及僅用10 nM CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物處理之細胞作為對照。將細胞在37℃、5% CO
2中培育48小時。在處理結束時收穫所有細胞,且使用西方墨點(如先前實例中所述)確定每種條件下之IRAK4水準,其中β-肌動蛋白作為上樣對照。
如圖27所示,CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物之抗原特異性結合藉由在共同處理條件下隨著CD79b-A抗體濃度增加,IRAK4帶強度增加而得到證實。在5 µM CD79b-A抗體下,CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物對IRAK4幾乎沒有影響,如藉由與未處理條件類似之帶強度顯而易見的。用10 nM CD79b-A抗體處理之細胞未顯示IRAK4降解,且僅用CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物處理之細胞顯示出最有效的降解。
應當理解,[實施方式]部分,而不是[發明內容]及[發明摘要]部分,旨在用於解釋申請專利範圍。[發明內容]及[發明摘要]部分可闡述如發明人所設想的本揭露之一或多個但不是所有例示性態樣,且因此不旨在以任何方式限制本揭露及所附申請專利範圍。
上文已藉助於說明特定功能之實施方案及其關係之功能建構區塊描述了本揭露。為了便於描述,本文已經任意定義了此等功能建構區塊之邊界。可定義替代邊界,只要適當地執行特定功能及其關係即可。
具體態樣之前文描述將如此充分地揭示本揭露之一般性質,以使得其他人可在不偏離本揭露之一般概念的情況下,藉由應用熟習此項技術者之知識,無需過度實驗,容易地修改及/或改寫此等具體態樣之各種應用。因此,基於本文所呈現之教導及指導,此類改寫及修改旨在處於所揭示態樣之等同物之含義及範圍內。應當理解,本文中之措辭或術語係出於描述而非限制之目的,使得本說明書之術語或措辭將由熟習此項技術者根據教導及指導來解釋。
本揭露之廣度及範圍不應受任何上述例示性態樣之限制,而應僅根據以下申請專利範圍及其等同物來限定。
[圖1]描繪了帕妥珠單抗-化合物(I)綴合物(DAR=8)在4℃、pH 5.5下及在37℃、pH 7.5下培育24 h後之LCMS譜。
[圖2A]及[圖2B]描繪了帕妥珠單抗-化合物(VIII)綴合物(DAR=8)在37℃、pH 7.4下培育24 h後之LCMS譜。
[圖3]描繪了帕妥珠單抗-化合物(X)綴合物(DAR=3.66)在37℃、pH 7.5下培育24 h後之LCMS譜。
[圖4]描繪了帕妥珠單抗-化合物(XI)綴合物(DAR= 3.74)在37℃、pH 7.5下培育24 h後之LCMS譜。
[圖5]描繪了帕妥珠單抗-化合物(XI)綴合物(DAR= 3.74)在用半胱胺酸蛋白酶木瓜蛋白酶處理之前及之後以及新降解劑(neoDegrader) P1之RP-LC-UV曲線,且亦描繪了綴合物在用半胱胺酸蛋白酶木瓜蛋白酶處理之前及之後之LCMS。
[圖6]描繪了代表性綴合物對BT-474乳癌細胞株之體外活性。X軸顯示log抗體濃度(M)。Y軸顯示當用帕妥珠單抗-化合物(X)綴合物(三角形,實線)及利妥昔單抗-化合物(X)綴合物(圓形,虛線)處理時,BT-474細胞之存活%。
[圖7]描繪了代表性綴合物對NCI-N87乳癌細胞株之體外活性。X軸顯示log抗體濃度(M)。Y軸顯示當用帕妥珠單抗-化合物(X)綴合物(三角形,實線)及利妥昔單抗-化合物(X)綴合物(圓形,虛線)處理時,NCI-N87細胞之存活%。
[圖8]描繪了代表性綴合物對BT-474乳癌細胞株之體外活性。X軸顯示log抗體濃度(M)。Y軸顯示當用帕妥珠單抗-化合物(XI)綴合物(三角形)及利妥昔單抗-化合物(XI)綴合物(圓形)處理時,BT-474細胞之存活%。
[圖9]描繪了代表性綴合物對NCI-H929癌細胞株之體外活性。X軸顯示log抗體濃度(M)。Y軸顯示當用貝蘭他單抗-化合物(XIV)綴合物(圓形)、synagis-化合物(XIV)綴合物(正方形)、貝蘭他單抗(直立三角形)及未綴合化合物(XIII)(倒三角形)處理時,NCI-H929細胞之存活%。
[圖10]描繪了在SK-BR-3細胞(HER2+)不存在及存在之情況下,代表性綴合物對Jurkat HiBiT標記之細胞(HER2-)之體外活性。X軸顯示log有效載荷濃度(M)。Y軸顯示當用帕妥珠單抗-化合物(X)綴合物處理時,在SK-BR-3細胞存在(圓形,實線)及不存在(正方形,虛線)之情況下Jurkat HiBiT細胞之存活%。
[圖11]描繪了代表性綴合物對BT-474乳癌細胞株之體外活性。X軸顯示log抗體濃度(M)。Y軸顯示當用帕妥珠單抗-化合物(XVIII)綴合物(圓形)、帕妥珠單抗-化合物(XI)綴合物(正方形)及利妥昔單抗-化合物(XVIII)綴合物(三角形)處理時,BT-474細胞之存活%。
[圖12]描繪了代表性綴合物對BT-474乳癌細胞株之體外活性。X軸顯示log抗體濃度(M)。Y軸顯示當用帕妥珠單抗-化合物(XLI)綴合物(圓形)、帕妥珠單抗-化合物(Ie)綴合物(正方形)、帕妥珠單抗-化合物(XIX)綴合物(直立三角形)、帕妥珠單抗-化合物(Ii)綴合物(倒三角形)、帕妥珠單抗-化合物(Ia)綴合物(菱形)、利妥昔單抗-化合物(XLI)綴合物(六邊形)及利妥昔單抗-化合物(XIX)綴合物(星形)處理時,BT-474細胞之存活%。
[圖13]描繪了代表性綴合物對MV-411 AML細胞株之體外活性。X軸顯示log抗體濃度(M)。Y軸顯示當用吉妥珠單抗-化合物(XL)綴合物(圓形)、吉妥珠單抗-化合物(XL)綴合物加吉妥珠單抗(正方形)、吉妥珠單抗-化合物(XL)綴合物加曲妥珠單抗(直立三角形)、化合物40-3 (倒三角形)、吉妥珠單抗(菱形)及曲妥珠單抗(星形)處理時,BT-474細胞之存活%。
[圖14]描繪了化合物(XL)及化合物40-3對BRD4蛋白之降解。
[圖15A]描繪了當用3 mg/kg或10 mg/kg帕妥珠單抗-化合物(Ia)(分別為正方形及直立三角形)及用3 mg/kg或10 mg/kg帕妥珠單抗化合物(XI) (分別為倒三角形及菱形)處理時,HCC1569 (乳癌)腫瘤體積隨時間之變化。
[圖15B]描繪了當用3 mg/kg或10 mg/kg帕妥珠單抗-化合物(Ia)(分別為正方形及直立三角形)及用3 mg/kg或10 mg/kg帕妥珠單抗化合物(XI) (分別為倒三角形及菱形)處理時,患有HCC1569 (乳癌)腫瘤之小鼠之體重隨時間之變化。
[圖16]描繪了具有Cys突變之抗PSMA抗體-化合物(XV)內源性半胱胺酸之綴合物(DAR為4)之SEC層析圖。
[圖17]描繪了具有S239C突變之J591抗體-化合物(XV)位點特異性工程化半胱胺酸之綴合物(DAR為1.85)之SEC層析圖。
[圖18]描繪了化合物(XIX)之HPLC層析圖。
[圖19A]描繪了當用半胱胺酸處理化合物(XIX)時,反應混合物之HPLC層析圖。化合物(XIX)被完全消耗,且唯一鑑定之產物具有2.41分鐘之停留時間。
[圖19B]描繪了在停留時間2.4分鐘處之峰之MS數據,其對應於化合物18-6。
[圖20]描繪了DAR為3.3之HER2-A抗體(野生型序列)-化合物(XLII)綴合物之SEC層析圖。
[圖21]描繪了DAR為2.0之HER2-A抗體(含有用於位點特異性綴合之半胱胺酸突變體)-化合物(XLII)綴合物之SEC層析圖。
[圖22]描繪了當用10 mg/kg CD33-D抗體-化合物(XL)綴合物(正方形)、0.4 mg/kg BRD4異雙官能降解劑小分子(化合物15,來自Xiamg, W.等人,
Biorganic Chemistry2021,第115卷)(直立三角形)、10 mg/kg ARV-825 (倒三角形)及載劑(圓形)處理時,MV-4-11腫瘤體積隨時間之變化。
[圖23]描繪了圖22中描繪的各群之個體腫瘤體積隨時間之變化。
[圖24]描繪了圖22中描繪的研究中使用之小鼠體重隨時間之變化。
[圖25]描繪了具有三種不同的DAR之CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物(實心圓、直立三角形及菱形)、Synagis N297A (空心圓)及CD79b-A抗體(正方形)之CD79b結合親和力。
[圖26]描繪了顯示藉由CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物、未綴合之有效載荷及未綴合之CD79b-A抗體降解IRAK4 (與β-肌動蛋白對照相比)之西方墨點(Western blot)。
[圖27]描繪了顯示在CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物、未綴合之CD79b-A抗體或CD79b-A抗體-化合物(XLIII)綴合物及未綴合之CD79b-A抗體兩者存在下,IRAK4 (與β-肌動蛋白對照相比)之量之西方墨點。
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Claims (117)
- 一種式(XXXII)之綴合物, , 或其醫藥學上可接受之鹽,其中: a係1至10; A’係 或 ,其中 n係0或1; 各Y獨立地係S或O; 表示與R 1之連接點;且 表示與亞甲基之連接點; R 1連同A’係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物; R 2選自氫、為R 1-A’提供穩定性之基團、為R 1-A’提供溶解性之基團以及為R 1-A’提供穩定性及溶解性之基團; L係可裂解連接子;且 Bm係能夠特異性結合蛋白質之結合部分。
- 一種式(XX)之綴合物, , 或其醫藥學上可接受之鹽,其中: a係1至10; n係0或1; R 1係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物; R 2選自氫、-(CH 2CH 2O) v-CH 3、C 2-C 6烯基、C 1-C 6烷基;C 2-C 6炔基、苄基、C 3-C 6環烷基及C 3-C 6環烷基(C 1-C 3烷基),其中v係1至24; 各Y獨立地係S或O; L係可裂解連接子;且 Bm係能夠特異性結合蛋白質之結合部分。
- 如請求項1或2之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中該結合部分係抗體、抗體片段或抗原結合片段。
- 如請求項1至3中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中a係2至8。
- 如請求項1至4中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中該連接子係可由蛋白酶裂解。
- 如請求項5之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L係選自由以下組成之群: ; ;及 ; 其中: q係2至10; Z 1、Z 2、Z 3、Z 4及Z 5各自獨立地不存在或係呈L-組態或D-組態之天然胺基酸殘基,條件為Z 1、Z 2、Z 3、Z 4及Z 5中之至少兩者係胺基酸殘基; 係與母分子部分之連接點;且 係與該結合部分之連接點。
- 如請求項6之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中Z 1、Z 2、Z 3、Z 4及Z 5獨立地不存在或選自由以下組成之群:L-纈胺酸、D-纈胺酸、L-瓜胺酸、D-瓜胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸、L-麩醯胺酸、D-麩醯胺酸、L-麩胺酸、D-麩胺酸、L-天冬胺酸、D-天冬胺酸、L-天冬醯胺酸、D-天冬醯胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸、L-離胺酸、D-離胺酸及甘胺酸;條件為Z 1、Z 2、Z 3、Z 4及Z 5中之至少兩者係胺基酸殘基。
- 如請求項7之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中: Z 1係不存在或係甘胺酸; Z 2係不存在或選自由以下組成之群:L-麩醯胺酸、D-麩醯胺酸、L-麩胺酸、D-麩胺酸、L-天冬胺酸、D-天冬胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸及甘胺酸; Z 3係選自由以下組成之群:L-纈胺酸、D-纈胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸及甘胺酸; Z 4係選自由以下組成之群:L-瓜胺酸、D-瓜胺酸、L-天冬醯胺酸、D-天冬醯胺酸、L-離胺酸、D-離胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸及甘胺酸;且 Z 5係不存在或係甘胺酸。
- 如請求項1至8中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L係 。
- 如請求項9之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中q係4。
- 如請求項1至4中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L係可生物還原之連接子。
- 如請求項11之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L係選自由以下組成之群: 其中: q係2至10; R、R’、R’’及R’’’各自獨立地選自氫、C 1-C 6烷氧基C 1-C 6烷基、(C 1-C 6) 2NC 1-C 6烷基及C 1-C 6烷基,或兩個孿R基團連同它們所連接之碳原子可形成環丁基或環丙基環; 係與母分子部分之連接點;且 係與該結合部分之連接點。
- 如請求項12之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L係 。
- 如請求項13之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中q係2。
- 如請求項1至4中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L係點擊釋放連接子。
- 如請求項15之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L係 ; 其中: q係2至10; 係與母分子部分之連接點;且 係與該結合部分之連接點。
- 如請求項1至4中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L係β-葡萄糖醛酸苷酶可裂解連接子。
- 如請求項15之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L係 ; 其中: q係2至10; ----係不存在或係鍵; 係與母分子部分之連接點;且 係與該結合部分之連接點。
- 如請求項1至18中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L連接至該Bm中之半胱胺酸、離胺酸、酪胺酸或麩醯胺酸。
- 如請求項19之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中該半胱胺酸或離胺酸係經工程化之半胱胺酸或離胺酸。
- 如請求項19之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中該半胱胺酸或離胺酸對該Bm係內源性的。
- 如請求項1至21中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中Bm係抗體或其抗原結合部分。
- 如請求項22之綴合物,其中L在該抗體或其抗原結合部分之根據EU編號之重鏈位置S239及/或K334處連接至經工程化之半胱胺酸。
- 如請求項22之綴合物,其中L在該抗體或其抗原結合部分之根據EU編號之重鏈位置295處連接至該麩醯胺酸。
- 如請求項1至24中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中該Bm結合之該蛋白質係表面抗原,視情況其中該Bm與該表面抗原之結合導致該綴合物或其醫藥學上可接受之鹽內化至細胞中。
- 如請求項25之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中該表面抗原包含5T4、ACE、ADRB3、AKAP-4、ALK、AOC3、APP、Axin1、AXL、B7H3、B7-H4、BCL2、BCMA、bcr-abl、BORIS、BST2、C242、C4.4a、CA125、CA6、CA9、CAIX、CCL11、CCR5、CD123、CD133、CD138、CD142、CD15、CD15-3、CD171、CD179a、CD18、CD19、CD19-9、CD2、CD20、CD22、CD23、CD24、CD25、CD27L、CD28、CD3、CD30、CD31、CD300LF、CD33、CD352、CD37、CD38、CD4、CD40、CD41、CD44、CD44v6、CD5、CD51、CD52、CD54、CD56、CD62E、CD62P、CD62L、CD70、CD71、CD72、CD74、CD79a、CD79b、CD80、CD90、CD97、CD125、CD138、CD141、CD147、CD152、CD154、CD326、CEA、CEACAM5、CFTR、凝集因子、cKit、密連蛋白3、密連蛋白18.2、CLDN6、CLEC12A、CLL-1、cll3、c-MET、Crypto 1生長因子、CS1、CTLA-4、CXCR2、CXORF61、細胞週期蛋白Bl、CYP1B1、鈣黏蛋白-3、鈣黏蛋白-6、DLL3、E7、EDNRB、EFNA4、EGFR、EGFRvIII、ELF2M、EMR2、ENPP3、EPCAM、EphA2、Ephrin A4、Ephrin B2、EPHB4、ERBB2 (Her2/neu)、ErbB3、ERG (TMPRSS2 ETS融合基因)、ETBR、ETV6-AML、FAP、FCAR、FCRL5、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、葉酸受體α、葉酸受體β、FOLR1、Fos相關抗原1、岩藻糖基GM1、GCC、GD2、GD3、GloboH、GM3、GPC1、GPC2、GPC3、gplOO、GPNMB、GPR20、GPRC5D、GUCY2C、HAVCR1、HER2、HER3、HGF、HMI.24、HMWMAA、HPV E6、hTERT、人類端粒酶反轉錄酶、ICAM、ICOS-L、IFN-α、IFN-γ、IGF-I受體、IGLL1、IL-2受體、IL-4受體、IL-13Ra2、IL-l lRa、IL-1受體、IL-12受體、IL-23受體、IL-13受體、IL-22受體、IL-4受體、IL-5受體、IL-6受體、干擾素受體、整合素(包括α 4、α vβ 3、α vβ 5、α vβ 6、α 1β 4、α 4β 1、α 4β 7、α 5β 1、α 6β 4、α IIbβ 3整合素)、整合素αV、腸羧基酯酶、KIT、LAGE-la、LAIR1、LAMP-1、LCK、豆莢蛋白(Legumain)、LewisY、LFA-1(CD11a)、L-選擇素(CD62L)、LILRA2、LIV-1、LMP2、LRRC15、LY6E、LY6K、LY75、MAD-CT-1、MAD-CT-2、MAGE Al、MelanA/MARTl、間皮素、ML-IAP、MSLN、黏蛋白、MUC1、MUC16、mut hsp70-2、MYCN、肌肉生長抑制素、NA17、NaPi2b、NCA-90、NCAM、連接素-4、NGF、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NOTCH4、NY-BR-1、NY-ESO-1、o-乙醯基-GD2、OR51E2、OY-TES1、p53、p53突變體、PANX3、PAP、PAX3、PAX5、p-CAD、PCTA-1/半乳糖凝集素8、PD-L1、PD-L2、PDGFR、PDGFR-β、磷脂醯絲胺酸、PIK3CA、PLAC1、聚唾液酸、前列腺酶、前列腺癌細胞、前列腺特異性蛋白(prostein)、綠膿桿菌( Pseudomonas aeruginosa)、狂犬病、存活素及端粒酶、PD-1、PRSS21、PSCA、PSMA、PTK7、RAGE-1、RANKL、Ras突變體、呼吸道融合病毒、恆河猴因子、RhoC、RON、ROR1、ROR2、RU1、RU2、肉瘤易位斷點、SART3、SLAMF7、SLC44A4、sLe、SLITRK6、精子蛋白17、鞘胺醇-1-磷酸鹽、SSEA-4、SSX2、STEAP1、TAG72、TARP、TCRβ、TEM1/CD248、TEM7R、肌腱蛋白C、TF、TGF-1、TGF- β2、TNF-α、TGS5、Tie 2、TIM-1、Tn Ag、TRAC、TRAIL-R1、TRAIL-R2、TROP-2、TRP-2、TRPV1、TSHR、腫瘤抗原CTAA16.88、酪胺酸酶、UPK2、VEGF、VEGFR1、VEGFR2、波形蛋白、WTl、XAGE1或其組合,視情況其中結合CD33之該Bm包含SEQ ID NO:1及2、3及4、5及6、22及23、24及25或27及28之胺基酸序列,其中結合PSMA之該Bm包含SEQ ID NO:7及8、9及10、11及12或29及30之胺基酸序列,其中結合HER2之該Bm包含SEQ ID NO:13及14、15及16或17及18之胺基酸序列,其中結合CD20之該Bm包含SEQ ID NO:31及32之胺基酸序列,其中結合CD79b之該Bm包含SEQ ID NO:33及34之胺基酸序列,或其中結合BCMA之該Bm包含SEQ ID NO:35及36之胺基酸序列。
- 如請求項25之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中該表面抗原包含HER2、CD20、CD38、CD33、BCMA、CD138、EGFR、FGFR4、GD2、PDGFR或其組合。
- 如請求項22之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中該抗體選自由以下組成之群:利妥昔單抗(rituximab)、曲妥珠單抗(trastuzumab)、吉妥珠單抗(gemtuzumab)、帕妥珠單抗(pertuzumab)、奧比妥珠單抗(obinutuzumab)、奧法木單抗(ofatumumab)、達雷妥尤單抗(daratumumab)、STI-6129、林妥珠單抗(lintuzumab)、huMy9-6、貝蘭他單抗(belantamab)、英達妥昔單抗(indatuximab)、西妥昔單抗(cetuximab)、地妥昔單抗(dinutuximab)、抗CD38 A2抗體、huAT15/3抗體、阿侖單抗(alemtuzumab)、替伊莫單抗(ibritumomab)、托西莫單抗(tositumomab)、貝伐單抗(bevacizumab)、帕尼單抗(panitumumab)、曲美木單抗(tremelimumab)、替西木單抗(ticilimumab)、卡妥索單抗(catumaxomab)、奧瑞戈伏單抗(oregovomab)、維妥珠單抗(veltuzumab)、泊洛妥珠單抗(polatuzumab)、J591、洛沃妥珠單抗(lorvotuzumab)及沙西妥珠單抗(sacituzumab)。
- 如請求項28之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中該抗體係利妥昔單抗、曲妥珠單抗、帕妥珠單抗、huMy9-6、林妥珠單抗、吉妥珠單抗或CD33-D。
- 如請求項1或3至29中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 2係為該綴合物提供穩定性之基團。
- 如請求項1或3至30中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 2選自C 2-C 6烯基、C 1-C 6烷基;C 2-C 6炔基、苄基、C 3-C 6環烷基及C 3-C 6環烷基(C 1-C 3烷基)。
- 如請求項1或3至31中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 2係C 1-C 6烷基。
- 如請求項1或3至32中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 2係甲基。
- 如請求項1或3至29中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 2係為該綴合物提供溶解性之基團。
- 如請求項1、3至29或34中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 2選自: ; ; ; ; ; ;及 , 其中: 各n獨立地係1、2、3、4或5; 各y獨立地係1或2;且 各R獨立地係氫、C 6H 11O 5、C 12H 21O 10、C 18H 31O 15或C 24H 41O 20。
- 如請求項1至35中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中各Y係O。
- 如請求項1或3至36中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1-A’係PPI調節劑。
- 如請求項1或3至36中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1-A’係靶向蛋白質降解劑。
- 如請求項1或3至38中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1-A’係分子膠。
- 如請求項1或3至39中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1-A’係經取代之異二氫吲哚。
- 如請求項1或3至40中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1-A’係經5’取代之異二氫吲哚。
- 如請求項1至41中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1係式(XXX)之化合物: 其中: 表示與母分子部分之連接點; A係苯基或C 4-C 10環烷基環; R 10獨立地選自氫及鹵基; U選自NH及CF 2;且 R 20選自-CH 3、-C(O)R 3、-N(R 4) 2、-(CH 2) nOH、 -(CH 2) nN(R 4) 2、-(CH 2) nQ’(CH 2) mOH、-(CH 2) nQ’(CH 2) mSH及-(CH 2) nQ’(CH 2) mN(R 4) 2;其中 R 3係氫或C 1-C 6烷基; 各R 4獨立地係氫或C 1-C 6烷基; Q’係O、S或NR 4; n係1-6;且 m係2-5。
- 如請求項42之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中 A係苯基; U係NH; R 10係鹵基;且 R 20係甲基。
- 如請求項42之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中 A係苯基; U係NH; R 10係鹵基;且 R 20係-(CH 2) 2O(CH 2) 2NHCH 3。
- 如請求項1或3至38中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1-A’係蛋白水解靶向嵌合體(PROTAC)。
- 如請求項1至38或45中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1具有下式: POI-L 100-CBN; 其中: POI係與感興趣之蛋白質結合之化合物; L 100係PROTAC連接子;且 CBN係cereblon結合部分。
- 如請求項46之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中該感興趣之蛋白質係核激素受體、翻譯終止因子、轉錄因子、細胞週期蛋白依賴性激酶、酪胺酸激酶、絲胺酸/蘇胺酸激酶或E3連接酶。
- 如請求項46或47之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中該感興趣之蛋白質選自CD33、GSPT1、BRD4、AR、ER、IKZF1/3、CK1a、BCL-XL、IKZF2、IRAK4、BTK、STAT3、BTK及iMiD、BRD9、TRK、MDM2、CDK2/CDK9、CD97b及EGFR。
- 如請求項46至48中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L 100包含一或多個選自以下之官能基:二醇、烷基、炔基、三唑基、哌嗪基、哌啶基及其組合。
- 如請求項46至49中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中CBN選自 其中 表示與A’之連接點;且 表示與L 100之連接點。
- 如請求項1至36、38或45至50中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1選自 ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ;及 ; 其中 表示與A’之連接點。
- 如請求項1至51中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中(a)該Bm結合之該蛋白質係CD33,且R 1結合小鼠雙微體2同源物(MDM2),(b)該Bm結合之該蛋白質係前列腺特異性膜抗原(PSMA),且R 1結合雄激素受體(AR),(c)該Bm結合之該蛋白質係CD33,且R 1結合含溴域之蛋白質4 (BRD4),(d)該Bm結合之該蛋白質係HER2,且R 1結合G1至S期轉變1 (GSPT1),(e)該Bm結合之該蛋白質係CD33,且R 1結合GSPT1,(f)該Bm結合之該蛋白質係CD79b,且R 1結合IRAK4,(g)該Bm結合之該蛋白質係HER2,且R 1結合BRD4,(h)該Bm結合之該蛋白質係BCMA,且R 1結合BRD4,或(i)該Bm結合之該蛋白質係HER2,且R 1結合ER。
- 一種醫藥組成物,該醫藥組成物包含如請求項1至52中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽及一或多種醫藥學上可接受之載劑。
- 一種治療有需要的個體之癌症之方法,該方法包含向該個體投與醫藥學上可接受之量之如請求項1至53中任一項之綴合物或組成物或其醫藥學上可接受之鹽。
- 如請求項54之方法,其中該癌症係乳癌、胃癌、淋巴瘤、急性骨髓性白血病、多發性骨髓瘤、頭頸癌、鱗狀細胞癌、肝細胞癌、前列腺癌、非小細胞肺癌、結腸癌、卵巢癌、神經調節素-1 (NRG1)陽性癌症、肺癌或非霍奇金淋巴瘤(non-Hodgkin lymphoma)。
- 如請求項54之方法,其中(a)該Bm結合之該蛋白質係CD33,R 1結合MDM2,且該癌症係急性骨髓性白血病,(b)該Bm結合之該蛋白質係前列腺特異性膜抗原(PSMA),R 1結合雄激素受體(AR),且該癌症係前列腺癌,(c)該Bm結合之該蛋白質係CD33,R 1結合含溴域之蛋白質4 (BRD4),且該癌症係急性骨髓性白血病,(d)該Bm結合之該蛋白質係HER2,R 1結合G1至S期轉變1 (GSPT1),且該癌症係乳癌、胃癌、非小細胞肺癌、膽管癌、結腸癌、卵巢癌或神經調節素-1 (NRG1)陽性癌症,(e)該Bm結合之該蛋白質係CD79b,R 1結合IRAK4,且該癌症係非霍奇金淋巴瘤,(f)該Bm結合之該蛋白質係HER2,R 1結合BRD4,且該癌症係乳癌、胃癌、非小細胞肺癌、膽管癌、結腸癌、卵巢癌或神經調節素-1 (NRG1)陽性癌症,或(g)該Bm結合之該蛋白質係BCMA,R 1結合BRD4,且該癌症係多發性骨髓瘤。
- 如請求項54至56中任一項之方法,該方法進一步包含在如請求項1至53中任一項之綴合物或組成物或其醫藥學上可接受之鹽之前、之後或同時向該個體投與醫藥學上可接受之量之額外劑。
- 如請求項57之方法,其中該額外劑係細胞毒性劑或免疫反應調節劑。
- 如請求項58之方法,其中該免疫反應調節劑係檢查點抑制劑。
- 如請求項59之方法,其中該檢查點抑制劑包含PD-1抑制劑、PD-L1抑制劑、CTLA-4抑制劑、TIM3抑制劑及/或LAG-3抑制劑。
- 一種式(XXII)之化合物, , 或其醫藥學上可接受之鹽,其中: n係0或1; R 1係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物; R 2選自氫、-(CH 2CH 2O) v-CH 3、C 2-C 6烯基、C 1-C 6烷基;C 2-C 6炔基、苄基、C 3-C 6環烷基及C 3-C 6環烷基(C 1-C 3烷基),其中v係1至24; 各Y獨立地係S或O;且 L*係與結合部分綴合之可裂解連接子前驅物。
- 一種式(XXXI)之化合物, , 或其醫藥學上可接受之鹽,其中: A’係 或 ,其中 n係0或1; 各Y獨立地係S或O; 表示與R 1之連接點;且 表示與亞甲基之連接點; R 1連同A’係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物; R 2選自氫、為R 1-A’提供穩定性之基團、為R 1-A’提供溶解性之基團以及為R 1-A’提供穩定性及溶解性之基團;且 L係與結合部分綴合之可裂解連接子前驅物。
- 如請求項61或62之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*係蛋白酶可裂解之連接子前驅物。
- 如請求項61至63中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*係選自由以下組成之群: ; ;及 ; 其中: q係2至10; Z 1、Z 2、Z 3、Z 4及Z 5各自獨立地不存在或係呈L-組態或D-組態之天然胺基酸殘基,條件為Z 1、Z 2、Z 3、Z 4及Z 5中之至少兩者係胺基酸殘基;且 係與母分子部分之連接點。
- 如請求項64之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中Z 1、Z 2、Z 3、Z 4及Z 5獨立地不存在或選自由以下組成之群:L-纈胺酸、D-纈胺酸、L-瓜胺酸、D-瓜胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸、L-麩醯胺酸、D-麩醯胺酸、L-麩胺酸、D-麩胺酸、L-天冬胺酸、D-天冬胺酸、L-天冬醯胺酸、D-天冬醯胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸、L-離胺酸、D-離胺酸及甘胺酸;條件為Z 1、Z 2、Z 3、Z 4及Z 5中之至少兩者係胺基酸殘基。
- 如請求項65之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中: Z 1係不存在或係甘胺酸; Z 2係不存在或選自由以下組成之群:L-麩醯胺酸、D-麩醯胺酸、L-麩胺酸、D-麩胺酸、L-天冬胺酸、D-天冬胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸及甘胺酸; Z 3係選自由以下組成之群:L-纈胺酸、D-纈胺酸、L-丙胺酸、D-丙胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸及甘胺酸; Z 4係選自由以下組成之群:L-瓜胺酸、D-瓜胺酸、L-天冬醯胺酸、D-天冬醯胺酸、L-離胺酸、D-離胺酸、L-苯丙胺酸、D-苯丙胺酸及甘胺酸;且 Z 5係不存在或係甘胺酸。
- 如請求項61至66中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*係 ; 其中 係與母分子部分之連接點。
- 如請求項67之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中q係4。
- 如請求項61或62之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*係可生物還原之連接子前驅物。
- 如請求項61、62或69中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*係選自由以下組成之群: 其中: q係2至10; R、R’、R’’及R’’’各自獨立地選自氫、C 1-C 6烷氧基C 1-C 6烷基、(C 1-C 6) 2NC 1-C 6烷基及C 1-C 6烷基,或兩個孿R基團連同它們所連接之碳原子可形成環丁基或環丙基環; 係與母分子部分之連接點。
- 如請求項70之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*係 。
- 如請求項71之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中q係2。
- 如請求項61或62之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*係點擊釋放連接子前驅物。
- 如請求項73之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*係 ; 其中: q為2至10;且 係與母分子部分之連接點。
- 如請求項61或62之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*係β-葡萄糖醛酸苷酶可裂解之連接子前驅物。
- 如請求項75之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L*係 ; 其中: q係2至10; ----係不存在或係鍵;且 係與母分子部分之連接點。
- 如請求項62至76中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 2係為R 1-A’提供穩定性之基團。
- 如請求項62至77中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 2選自C 2-C 6烯基、C 1-C 6烷基;C 2-C 6炔基、苄基、C 3-C 6環烷基及C 3-C 6環烷基(C 1-C 3烷基)。
- 如請求項62至78中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 2係C 1-C 6烷基。
- 如請求項62至79中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 2係甲基。
- 如請求項62至76中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 2係為R 1-A’提供溶解性之基團。
- 如請求項62至76或81中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 2選自: ; ; ; ; ; ;及 ; 其中: 各n獨立地係1、2、3、4或5; 各y獨立地係1或2; 各R獨立地係氫、C 6H 11O 5、C 12H 21O 10、C 18H 31O 15或C 24H 41O 20。
- 如請求項61至82中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中各Y係O。
- 如請求項62至83中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1-A’係PPI調節劑。
- 如請求項62至83中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1-A’係靶向蛋白質降解劑。
- 如請求項62至83中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1-A’係分子膠。
- 如請求項62至86中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1-A’係經取代之異二氫吲哚。
- 如請求項62至87中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1-A’係經5’取代之異二氫吲哚。
- 如請求項61至88中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1具有下式: 其中: 表示與母分子部分之連接點; A係苯基或C 4-C 10環烷基環; R 10獨立地選自氫及鹵基; U選自NH及CF 2;且 R 20選自-CH 3、-C(O)R 3、-N(R 4) 2、-(CH 2) nOH、 -(CH 2) nN(R 4) 2、-(CH 2) nQ’(CH 2) mOH、-(CH 2) nQ’(CH 2) mSH及-(CH 2) nQ’(CH 2) mN(R 4) 2;其中 R 3係氫或C 1-C 6烷基; 各R 4獨立地係氫或C 1-C 6烷基; Q’係O、S或NR 4; n係1-6;且 m係2-5。
- 如請求項89之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中 A係苯基; U係NH; R 10係鹵基;且 R 20係甲基。
- 如請求項89之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中 A係苯基; U係NH; R 10係鹵基;且 R 20係-(CH 2) 2O(CH 2) 2NHCH 3。
- 如請求項62至85中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1-A’係蛋白水解靶向嵌合體(PROTAC)。
- 如請求項61至85或92中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1具有下式: POI-L 100-CBN; 其中: POI係與感興趣之蛋白質結合之化合物; L 100係PROTAC連接子;且 CBN係cereblon結合部分。
- 如請求項93之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中該感興趣之蛋白質係核激素受體、翻譯終止因子、轉錄因子、細胞週期蛋白依賴性激酶、酪胺酸激酶、絲胺酸/蘇胺酸激酶或E3連接酶。
- 如請求項93或94之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中該感興趣之蛋白質選自CD33、GSPT1、BRD4、AR、ER、IKZF1/3、CK1a、BCL-XL、IKZF2、IRAK4、BTK、STAT3、BTK及iMiD、BRD9、TRK、MDM2、CDK2/CDK9、CD97b及EGFR。
- 如請求項93至95中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L 100包含一或多個選自以下之官能基:二醇、烷基、炔基、三唑基、哌嗪基、哌啶基及其組合。
- 如請求項93至96中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中CBN選自 其中 表示與A’之連接點;且 表示與L 100之連接點。
- 如請求項62至85或92至97中任一項之化合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中R 1選自 ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ;及 ; 其中 表示與A’之連接點。
- 一種用於製備式(XXXII)之綴合物: , 或其醫藥學上可接受之鹽的方法,其中: a係1至10; A’係 或 ,其中 n係0或1; 各Y獨立地係S或O; 表示與R 1之連接點;且 表示與亞甲基之連接點; R 1連同A’係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物; R 2選自氫、為R 1-A’提供穩定性之基團、為R 1-A’提供溶解性之基團以及為R 1-A’提供穩定性及溶解性之基團; L係可裂解連接子;且 Bm係能夠特異性結合蛋白質之結合部分; 該方法包含: 使(XXXI)之化合物 , 或其醫藥學上可接受之鹽,其中: A’、R 1及R 2如上所定義,且 L*係可裂解連接子前驅物; 與能夠特異性結合蛋白質之結合部分反應。
- 如請求項99之方法,其進一步包含將L*連接至該Bm中之半胱胺酸、離胺酸、酪胺酸或麩醯胺酸。
- 如請求項100之方法,其中該半胱胺酸或離胺酸係經工程化之半胱胺酸或離胺酸。
- 如請求項100之方法,其中該半胱胺酸或離胺酸對該Bm係內源性的。
- 如請求項99之方法,其中該結合部分係抗體或其抗原結合部分。
- 如請求項103之方法,其中L*在該抗體或其抗原結合部分之根據EU編號之重鏈位置S239及/或K334處連接至經工程化之半胱胺酸。
- 如請求項103之方法,其中L*在該抗體或其抗原結合部分之根據EU編號之重鏈位置295處連接至該麩醯胺酸。
- 如請求項100至105中任一項之方法,其中該連接係經由位點特異性綴合進行的。
- 如請求項100至106中任一項之方法,其中(a)該Bm結合之該蛋白質係CD33,且R 1結合小鼠雙微體2同源物(MDM2),(b)該Bm結合之該蛋白質係前列腺特異性膜抗原(PSMA),且R 1結合雄激素受體(AR),(c)該Bm結合之該蛋白質係CD33,且R 1結合含溴域之蛋白質4 (BRD4),(d)該Bm結合之該蛋白質係HER2,且R 1結合G1至S期轉變1 (GSPT1),(e)該Bm結合之該蛋白質係CD33,且R 1結合GSPT1,(f)該Bm結合之該蛋白質係CD79b,且R 1結合IRAK4,(g)該Bm結合之該蛋白質係HER2,且R 1結合BRD4,(h)該Bm結合之該蛋白質係BCMA,且R 1結合BRD4,或(i)該Bm結合之該蛋白質係HER2,且R 1結合ER。
- 如請求項99至107中任一項之方法,其中R 1-A’係靶向蛋白質降解劑。
- 如請求項108之方法,其中R 1具有下式: POI-L 100-CBN; 其中: POI係與感興趣之蛋白質結合之化合物; L 100係PROTAC連接子;且 CBN係cereblon結合部分。
- 如請求項109之方法,其中該感興趣之蛋白質係核激素受體、翻譯終止因子、轉錄因子、細胞週期蛋白依賴性激酶、酪胺酸激酶、絲胺酸/蘇胺酸激酶或E3連接酶。
- 如請求項109或110之方法,其中該感興趣之蛋白質選自CD33、GSPT1、BRD4、AR、ER、IKZF1/3、CK1a、BCL-XL、IKZF2、IRAK4、BTK、STAT3、BTK及iMiD、BRD9、TRK、MDM2、CDK2/ CDK9、CD97b及EGFR。
- 如請求項109至111中任一項之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽,其中L 100包含一或多個選自以下之官能基:二醇、烷基、炔基、三唑基、哌嗪基、哌啶基及其組合。
- 如請求項109至112中任一項之方法或其醫藥學上可接受之鹽,其中CBN選自: 其中 表示與A’之連接點;且 表示與L 100之連接點。
- 如請求項109至113中任一項之方法,其中R 1選自: ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ;及 其中 表示與A’之連接點。
- 一種綴合物,其藉由如請求項99至114中任一項之方法製備。
- 一種將誘導蛋白質-蛋白質相互作用之綴合物遞送至細胞的方法,該方法包含使該細胞與如請求項1至53或115中任一項之綴合物或組成物或其醫藥學上可接受之鹽接觸。
- 一種將式(XXXII)之綴合物: , 或其醫藥學上可接受之鹽遞送至細胞之方法,其中: a係1至10; A’係 或 ,其中 n係0或1; 各Y獨立地係S或O; 表示與R 1之連接點;且 表示與亞甲基之連接點; R 1連同A’係誘導蛋白質-蛋白質相互作用之化合物; R 2選自氫、為R 1-A’提供穩定性之基團、為R 1-A’提供溶解性之基團以及為R 1-A’提供穩定性及溶解性之基團; L係可裂解連接子;且 Bm係能夠特異性結合蛋白質之結合部分; 該方法包含使該細胞與式(XXXII)之綴合物或其醫藥學上可接受之鹽接觸。
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