TW202309082A - 靶向pd-1和tim-3的雙特異性抗體 - Google Patents
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Abstract
本揭露提供了改變受試者中含T細胞免疫球蛋白和黏蛋白結構域的蛋白-3(TIM-3)與磷脂醯絲胺酸(PS)之間的接合之方法。還提供了使用TIM-3結合蛋白之治療方法,其中該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的免疫球蛋白可變(IgV)結構域之C’C’’和DE環。
Description
本揭露總體上關於使用含T細胞免疫球蛋白和黏蛋白結構域的蛋白-3(TIM-3)結合蛋白之作用機制和治療方法,其中該TIM-3結合區特異性結合TIM-3的免疫球蛋白可變(IgV)結構域。
癌症仍然是主要的全球健康負擔。儘管在免疫腫瘤學方面有所進展,但對於有效療法仍然存在未滿足的醫療需求,尤其是對於具有免疫腫瘤學(IO)獲得性抗性的那些患者。
已經鑒定了許多分子靶標的作為針對癌症的IO治療劑的潛在效用。一些分子靶標(正在研究其在免疫腫瘤學療法領域的治療潛力)包括細胞毒性T淋巴球抗原-4(CTLA-4或CD152)、計畫性死亡配位基1(PD-L1或B7-H1或CD274)、計畫性死亡-1(PD-1)、OX40(CD134或TNFRSF4)和T細胞抑制性受體含T細胞免疫球蛋白和黏蛋白結構域的分子-3(TIM3)。然而,並非所有患者對免疫療法有響應並且一些患者隨著時間的推移而停止響應。這種IO獲得性抗性的原因令研究者困惑。
因此,仍然需要繼續鑒定免疫療法、特別是克服IO獲得性抗性且將患者響應增強至高於目前臨床評價的免疫治療策略的免疫療法之候選靶標。
本文提供了改變受試者中含T細胞免疫球蛋白和黏蛋白結構域的蛋白-3(TIM-3)與磷脂醯絲胺酸(PS)之間的接合之方法,該方法包括向該受試者投與包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白,其中該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的免疫球蛋白可變(IgV)結構域之C’C’’和DE環。在一些方面,相對於無抗體投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中的抗腫瘤活性。在一些方面,相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中的抗腫瘤活性。
本文還提供了增加受試者中的T細胞介導的抗腫瘤活性之方法,該方法包括向該受試者投與包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白,其中該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。在一些方面,相對於無抗體投與,該受試者中的該T細胞介導的抗腫瘤活性係增加的。在一些方面,相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,該受試者中的該T細胞介導的抗腫瘤活性係增加的。
在本文揭露的方法的一些方面,相對於無抗體投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中凋亡腫瘤細胞的樹突細胞吞噬作用。在一些方面,相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中凋亡腫瘤細胞的樹突細胞吞噬作用。
在本文揭露的方法的一些方面,相對於無抗體投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中腫瘤抗原的樹突細胞交叉呈遞。在一些方面,相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中腫瘤抗原的樹突細胞交叉呈遞。
本文還提供了促進受試者中腫瘤細胞的樹突細胞吞噬作用之方法,該方法包括向該受試者投與包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白,其中該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。
本文還提供了增加受試者中腫瘤抗原的樹突細胞交叉呈遞之方法,該方法包括向該受試者投與包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白,其中該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。在一些方面,相對於無抗體投與,樹突細胞交叉呈遞的水平係增加的。在一些方面,相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,樹突細胞交叉呈遞的水平係增加的。
在本文揭露的方法的一些方面,相對於無抗體投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中在與TIM-3陽性T細胞接合時的IL-2分泌。在一些方面,相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中在與TIM-3陽性T細胞接合時的IL-2分泌。
在本文揭露的方法的一些方面,該TIM-3結合蛋白的投與導致對該受試者中腫瘤生長的抑制。在一些方面,該腫瘤係晚期或轉移性實性瘤。在一些方面,該受試者患有以下中的一或多種:卵巢癌、乳癌、結腸直腸癌、前列腺癌、子宮頸癌、子宮癌、睪丸癌、膀胱癌、頭頸癌、黑色素瘤、胰臟癌、腎細胞癌、肺癌、食道癌、胃癌、膽道腫瘤、尿路上皮癌、何杰金氏淋巴瘤、非何杰金氏淋巴瘤、骨髓發育不良症候群和急性髓細胞性白血病。
在本文揭露的方法的一些方面,該受試者具有免疫腫瘤學(IO)獲得性抗性。
本文還提供了治療具有IO獲得性抗性的受試者中的癌症之方法,其中該方法包括向該受試者投與包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白,其中該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。在一些方面,該癌症係以下中的一或多種:卵巢癌、乳癌、結腸直腸癌、前列腺癌、子宮頸癌、子宮癌、睪丸癌、膀胱癌、頭頸癌、黑色素瘤、胰臟癌、腎細胞癌、肺癌、食道癌、胃癌、膽道腫瘤、尿路上皮癌、何杰金氏淋巴瘤、非何杰金氏淋巴瘤、骨髓發育不良症候群和急性髓細胞性白血病。在一些方面,該受試者係人。在一些方面,該受試者患有記錄的不適於治癒性手術或放射的III期、或IV期非小細胞肺癌(NSCLC)。在一些方面,該NSCLC係鱗狀或非鱗狀NSCLC。在一些方面,該受試者在用作為單一療法或與化學療法組合的抗PD-1/PD-L1療法初始治療至少3-6個月後具有放射學記錄的腫瘤進展或臨床惡化,並且具有初始臨床益處即疾病穩定或消退的體征。
在本文揭露的方法的一些方面,該IO獲得性抗性被定義為:(i) 對抗PD-1/PD-L1單一療法暴露少於6個月,並且在治療期間具有部分消退或完全消退的初始最佳總體響應(BOR)之後疾病進展,或者在抗PD-1/PD-L1治療停止後少於或等於12週具有疾病進展;或 (ii) 對單獨的或與化學療法組合的抗PD-1/PD-L1療法暴露大於或等於6個月,並且在治療期間具有疾病穩定、部分消退或完全消退的BOR之後疾病進展,或者在抗PD-1/PD-L1治療停止後少於或等於12週具有疾病進展。
在本文揭露的方法的一些方面,該IO獲得性抗性被定義為對單獨的或與化學療法組合的抗PD-1/PD-L1療法暴露大於或等於6個月;在治療期間具有疾病穩定、部分消退或完全消退的最佳總體響應(BOR)之後疾病進展,或者在抗PD-1/PD-L1治療停止後少於或等於12週具有疾病進展。在一些方面,該受試者的PD-L1腫瘤比例評分(TPS)大於或等於1%。在一些方面,該受試者未接受過一線環境中的先前全身性療法。在一些方面,該先前全身性療法係除抗PD-1/PD-L1療法以外的IO療法。在一些方面,該受試者接受過先前新/輔助療法,但在抗PD-1/PD-L1療法的最後一次投與後的至少12個月內未進展。在一些方面,該受試者的PD-L1 TPS大於或等於50%。
在本文揭露的方法的一些方面,該TIM-3結合蛋白包含以下互補決定區(CDR):分別包含SEQ ID NO: 1、2、3、7、8和9或者分別包含SEQ ID NO: 1、2、3、7、8和13的胺基酸序列的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3。
在本文揭露的方法的一些方面,該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域上的表位,並且該等表位包括TIM-3(SEQ ID NO: 29)的N12、L47、R52、D53、V54、N55、Y56、W57、W62、L63、N64、G65、D66、F67、R68、K69、D71、T75和E77。
在本文揭露的方法的一些方面,該TIM-3結合蛋白進一步包含計畫性細胞死亡蛋白1(PD-1)結合結構域。在一些方面,該TIM-3結合結構域包含以下第一組互補決定區(CDR):分別包含SEQ ID NO: 1、2、3、7、8和9或者1、2、3、7、8和13的胺基酸序列的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3;並且該PD-1結合結構域包含以下第二組CDR:分別包含SEQ ID NO: 4、5、6、10、11和12的胺基酸序列的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3。
在一些方面,該TIM-3結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 14的胺基酸序列的第一重鏈可變結構域(VH)、含有SEQ ID NO: 17的胺基酸序列的第一輕鏈可變結構域(VL)、含有SEQ ID NO: 19的胺基酸序列的第二重鏈VH和含有SEQ ID NO: 21的胺基酸序列的第二輕鏈VL。在一些方面,該TIM-3結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 15的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 18的胺基酸序列的第一輕鏈、含有SEQ ID NO: 20的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 22的胺基酸序列的第二輕鏈。在一些方面,該TIM-3結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 23的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 24的胺基酸序列的第一輕鏈、含有SEQ ID NO: 23的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 24的胺基酸序列的第二輕鏈。在一些方面,該TIM-3結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 25的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 26的胺基酸序列的第一輕鏈、含有SEQ ID NO: 25的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 26的胺基酸序列的第二輕鏈。
在本文揭露的方法的一些方面,該TIM-3結合蛋白包含無糖基化的Fc區。在一些方面,該TIM-3結合蛋白包含去糖基化的Fc區。在一些方面,該TIM-3結合蛋白包含具有減少的岩藻糖基化或係無岩藻糖基化的Fc區。
本文還揭露了治療患有晚期或轉移性NSCLC的受試者中的NSCLC之方法,該方法包括向該受試者投與包含PD-1結合結構域和TIM-3結合結構域的雙特異性結合蛋白,其中該雙特異性結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 15的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 18的胺基酸序列的第一輕鏈、含有SEQ ID NO: 20的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 22的胺基酸序列的第二輕鏈,並且其中該受試者具有IO獲得性抗性。
本文還揭露了抑制患有晚期或轉移性腫瘤的受試者中非小細胞肺腫瘤的生長之方法,該方法包括向該受試者投與包含PD-1結合結構域和TIM-3結合結構域的雙特異性結合蛋白,其中該雙特異性結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 15的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 18的胺基酸序列的第一輕鏈、含有SEQ ID NO: 20的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 22的胺基酸序列的第二輕鏈,並且其中該受試者具有IO獲得性抗性。在一些方面,該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。在一些方面,該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域上的表位,並且該等表位包括TIM-3(SEQ ID NO: 29)的N12、L47、R52、D53、V54、N55、Y56、W57、W62、L63、N64、G65、D66、F67、R68、K69、D71、T75和E77。
在本文揭露的方法的一些方面,該NSCLC係鱗狀或非鱗狀NSCLC。
為了可以更容易地理解本揭露,首先定義某些術語。如本申請中所用,除非本文另有明確規定,否則以下術語中的每一個應具有下文所述之含義。另外的定義在整個申請中闡述。
術語
術語「抗體」意指通過免疫球蛋白分子的可變區內的至少一個抗原識別位點識別並特異性結合靶標(諸如蛋白質、多肽、肽、碳水化合物、多核苷酸、脂質或前述的組合)之免疫球蛋白分子。如本文所用,術語「抗體」涵蓋完整多株抗體、完整單株抗體、嵌合抗體、人源化抗體、人抗體、包含抗體的融合蛋白、以及任何其他經修飾的免疫球蛋白分子,只要該等抗體展現出所需的生物活性即可。抗體可為以下五大類別的免疫球蛋白中的任一種:IgA、IgD、IgE、IgG和IgM(基於其重鏈恒定結構域的特性而分別稱為α、δ、ε、γ和μ),或其亞類(同種型)(例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2)。不同類別的免疫球蛋白具有不同的和熟知的亞基結構和三維組態。抗體可為裸的或軛合至其他分子諸如毒素、放射性同位素等。
在沒有明確說明的情況下,並且除非上下文另外指示,否則術語「抗體」包括單特異性、雙特異性或多特異性抗體以及單鏈抗體。在一些方面,抗體係雙特異性抗體。術語「雙特異性抗體」係指與兩種不同的表位結合的抗體。表位可以在相同靶抗原上或可以在不同的靶抗原上。
術語「抗體片段」係指完整抗體的一部分。「抗原結合片段」、「抗原結合結構域」或「抗原結合區」係指與抗原結合的完整抗體的一部分。在雙特異性抗體的背景下,「抗原結合片段」結合兩種抗原。抗原結合片段可以含有完整抗體的抗原識別位點(例如,足以特異性結合抗原的互補決定區(CDR))。抗體的抗原結合片段之實例包括但不限於Fab、Fab’、F(ab’)2和Fv片段、線性抗體和單鏈抗體。抗體的抗原結合片段可以源自任何動物物種,諸如齧齒動物(例如,小鼠、大鼠或倉鼠)和人,或者可以人工產生。
「單株」抗體或其抗原結合片段係指涉及單一抗原決定簇或表位的高度特異性結合的同源抗體或其抗原結合片段群。這與典型地包括針對不同抗原決定簇的不同抗體的多株抗體相反。術語「單株」抗體或其抗原結合片段涵蓋完整和全長單株抗體以及抗體片段(諸如Fab、Fab’、F(ab’)2、Fv)、單鏈(scFv)突變體、包含抗體部分的融合蛋白和包含抗原識別位點的任何其他修飾的免疫球蛋白分子。此外,「單株」抗體或其抗原結合片段係指以任何數量的方式(包括但不限於藉由融合瘤、噬菌體選擇、重組表現和轉基因動物)製備的此類抗體及其抗原結合片段。
在一些方面,本文揭露的抗體或其抗原結合片段係多價分子。如本申請內所用,術語「價」表示抗體分子中存在指定數目的結合位點。例如天然抗體或根據本發明之全長抗體具有兩個結合位點並且係「二價的」。術語「四價的」表示抗原結合蛋白中存在四個結合位點。術語「三價的」表示抗體分子中存在三個結合位點。如本文所用,術語「雙特異性,四價的」表示具有四個抗原結合位點的根據發明的抗原結合蛋白,該四個抗原結合位點中的至少一個結合第一抗原並且至少一個結合第二抗原或該抗原的另一表位。
如本文所用,術語「可變區」或「可變結構域」可互換使用並且在本領域中係常見的。可變區典型地係指抗體的一部分,通常是輕鏈或重鏈的一部分,典型地是成熟重鏈中胺基末端約110至120個胺基酸或110至125個胺基酸以及成熟輕鏈中約90至115個胺基酸,該部分在抗體之間的序列不同並且用於特定抗體對其特定抗原的結合和特異性。序列的變異性集中在稱為互補決定區(CDR)的那些區域中,而可變結構域中保守性更高的區域稱為框架區(FR)。不希望受任何特定機制或理論的束縛,據信輕鏈和重鏈的CDR主要負責抗體與抗原的相互作用和特異性。在本揭露的一些方面,可變區係人可變區。在本揭露的一些方面,可變區包含齧齒動物或鼠類CDR和人框架區(FR)。在本揭露的特定方面,可變區係靈長類(例如,非人靈長類)可變區。在本揭露的一些方面,可變區包含齧齒動物或鼠類CDR和靈長類(例如,非人靈長類)框架區(FR)。
術語「VL」和「VL結構域」可互換用於指抗體的輕鏈可變區。
術語「VH」和「VH結構域」可互換用於指抗體的重鏈可變區。
術語「Kabat編號」和類似術語在本領域中係公認的並且係指對抗體或其抗原結合片段的重鏈和輕鏈可變區中的胺基酸殘基進行編號的系統。在一些方面,可以根據Kabat編號系統來確定CDR(參見例如,Kabat EA和Wu TT (1971) Ann NY Acad Sci [紐約科學院年鑒] 190: 382-391以及Kabat EA等人, (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest [免疫學目的的蛋白質序列], 第五版, U.S. Department of Health and Human Services [美國衛生與公共服務部], NIH公開案號91-3242)。使用Kabat編號系統,抗體重鏈分子內的CDR典型地存在於胺基酸位置31至35(視需要可以包括35位之後的一個或兩個另外的胺基酸(在Kabat編號方案中稱為35A和35B))(CDR1)、胺基酸位置50至65(CDR2)和胺基酸位置95至102(CDR3)。使用Kabat編號系統,抗體輕鏈分子內的CDR典型地存在於胺基酸位置24至34(CDR1)、胺基酸位置50至56(CDR2)和胺基酸位置89至97(CDR3)。在本揭露的一些方面,已根據Kabat編號方案確定本文所述之抗體的CDR。
而Chothia係指結構環的位置(Chothia和Lesk, J. Mol. Biol. [分子生物學雜誌] 196:901-917 (1987))。Chothia CDR-H1環的末端在利用Kabat編號慣例編號時在H32與H34之間變化,這取決於環的長度(這係因為Kabat編號方案將插入放在H35A和H35B;如果35A和35B都不存在,則環端點在32;如果只存在35A,則環端點在33;如果35A和35B都存在,則環端點在34)。AbM高變區表示Kabat CDR與Chothia結構環之間的折衷,並且被牛津分子公司(Oxford Molecular)的AbM抗體建模軟體使用。
如本文所用,術語「恒定區」和「恒定結構域」係可互換的並且具有其在本領域中常見的含義。恒定區係抗體的一部分,例如輕鏈和/或重鏈的羧基末端部分,該部分不直接涉及抗體與抗原的結合,但是可以展現出各種效應子功能,諸如與Fc受體的相互作用。相對於免疫球蛋白可變結構域,免疫球蛋白分子的恒定區通常具有更保守的胺基酸序列。
如本文所用,術語「重鏈」在關於抗體使用時可為指基於恒定結構域的胺基酸序列的任何不同類型,例如alpha(α)、delta(δ)、epsilon(ε)、gamma(γ)和mu(μ),其分別產生IgA、IgD、IgE、IgG和IgM類抗體,包括IgG亞類,例如IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。重鏈胺基酸序列係本領域熟知的。在本揭露的一些方面,重鏈係人重鏈。
如本文所用,術語「輕鏈」在關於抗體使用時可為指基於恒定結構域的胺基酸序列的任何不同類型,例如,kappa(κ)或lambda(λ)。輕鏈胺基酸序列係本領域熟知的。在本揭露的一些方面,輕鏈係人輕鏈。
計畫性死亡-1(「PD-1」)係T細胞調節子的擴展的CD28/CTLA-4家族的大約31 kD I型膜蛋白成員(參見Ishida, Y.等人 (1992) 「Induced Expression Of PD-1, A Novel Member Of The Immunoglobulin Gene Superfamily, Upon Programmed Cell Death [計畫性細胞死亡時誘導的PD-1(一種免疫球蛋白基因超家族的新穎成員)的表現],」 EMBO J. [歐洲分子生物學組織雜誌] 11:3887-3895)。
PD-1在激活的T細胞、B細胞和單核細胞上表現(Agata, Y.等人 (1996) 「Expression of the PD-1 Antigen on the Surface of Stimulated Mouse T and B Lymphocytes [PD-1抗原在經刺激的小鼠T和B淋巴球之表面上的表現],」 Int. Immunol. [國際免疫學] 8(5):765-772;Martin-Orozco, N.等人 (2007) 「Inhibitory Costimulation and Anti-Tumor Immunity [抑制性共刺激和抗腫瘤免疫],」 Semin. Cancer Biol. [癌症生物學研究會] 17(4):288-298)。PD-1係在藉由PDL-1或PDL-2的結合激活後負責下調免疫系統的受體(Martin-Orozco, N.等人 (2007) 「Inhibitory Costimulation and Anti-Tumor Immunity [抑制性共刺激和抗腫瘤免疫],」 Semin. Cancer Biol.[癌症生物學研究會] 17(4):288-298)並且充當細胞死亡誘導物(Ishida, Y.等人 (1992) 「Induced Expression of PD-1, A Novel Member of The Immunoglobulin Gene Superfamily, Upon Programmed Cell Death [計畫性細胞死亡時誘導的PD-1(一種免疫球蛋白基因超家族的新穎成員)的表現],」 EMBO J. [歐洲分子生物學組織雜誌] 11: 3887-3895;Subudhi, S. K.等人 (2005) 「The Balance of Immune Responses: Costimulation Verse Coinhibition [免疫響應的平衡:共刺激與共抑制],」 J. Molec. Med. [分子醫學雜誌] 83: 193-202)。在許多腫瘤中經由PD-L1的過表現利用此過程,導致免疫響應受到抑制。
PD-1係腫瘤學中免疫介導療法的充分驗證的靶標,其中臨床試驗在治療黑色素瘤和非小細胞肺癌(NSCLC)等方面具有陽性結果。拮抗性抑制PD-1/PD-L-1相互作用增加T細胞激活,增強宿主免疫系統對腫瘤細胞的識別和消除。已經提出使用抗PD-1抗體來治療感染和腫瘤並增強適應性免疫響應(參見,美國專利案號7,521,051、7,563,869、7,595,048)。
計畫性死亡配位基1(PD-L1)亦為涉及控制T細胞激活的受體和配位基的複雜系統之一部分。在正常組織中,PD-L1在T細胞、B細胞、樹突細胞、巨噬細胞、間葉系幹細胞、骨髓來源肥大細胞以及不同非造血球上表現。它的正常功能係通過與其兩個受體計畫性死亡蛋白1(也稱為PD-1或CD279)和CD80(也稱為B7-1或B7.1)的相互作用來調節T細胞激活與耐受性之間的平衡。PD-L1還藉由腫瘤來表現並且在多個位點上起作用以幫助腫瘤避開由宿主免疫系統進行的檢測和消除。PD-L1在寬範圍的癌症中高頻率地表現。在一些癌症中,PD-L1的表現與存活率降低和不良預後相關。阻斷PD-L1與其受體之間的相互作用的抗體能夠在體外減輕PD-L1依賴性免疫抑制作用並且增強抗腫瘤T細胞的細胞毒性活性。德瓦魯單抗(Durvalumab)係針對人PD-L1的能夠阻斷PD-L1與PD-1和CD80受體兩者之結合的人單株抗體。已經提出使用抗PD-L1抗體來治療感染和腫瘤並增強適應性免疫響應(參見,美國專利案號8,779,108和9,493,565,將其藉由援引以其全文併入本文)。
如本文所用,術語「含T細胞免疫球蛋白和黏蛋白結構域的蛋白-3」與「TIM-3」可互換使用,並且包括人TIM-3的變體、同種型、物種同源物。TIM-3係I型細胞表面糖蛋白,該糖蛋白包含N末端免疫球蛋白(Ig)樣結構域、接近於膜的具有O連接糖基化並具有N連接糖基化的黏蛋白結構域、單一跨膜結構域、具有一或多個酪胺酸磷酸化基序的細胞質區域。TIM-3係T細胞/跨膜、免疫球蛋白和黏蛋白(TIM)基因家族的成員。人TIM-3的IgV結構域之胺基酸序列係:
T細胞抑制性受體TIM-3(含T細胞免疫球蛋白和黏蛋白結構域的分子3)在調節抗腫瘤免疫中發揮作用,因為它在產生IFN-γ的CD4+輔助細胞1(Th1)和CD8+ T細胞毒性1(Tc1)T細胞上表現。它最初被鑒定為充當免疫檢查點受體的T細胞抑制性受體,該受體特異性地發揮功能以限制Th1和Tc1 T細胞響應的持續時間和幅度。另外的研究已經鑒定TIM-3途徑可以與PD-1途徑協作以促進癌症中CD8+ T細胞中的嚴重功能障礙表型的發展。它也在某些癌症中的調節性T細胞(T
reg)中表現。TIM-3也在先天性免疫系統的細胞(包括小鼠肥大細胞,巨噬細胞和樹突細胞(DC)、NK和NKT細胞的亞群,以及人單核細胞)上和在鼠類原代支氣管上皮細胞系上表現。TIM-3可以產生導致Th1和Tc1細胞的凋亡的抑制性訊息,並且可以介導凋亡細胞的吞噬和抗原的交叉呈遞。
TIM-3的IgV結構域之晶體結構示出了由二硫鍵系接的兩個反平行β折疊的存在。由四個非規範性半胱胺酸形成的兩個另外的二硫鍵穩定IgV結構域並將CC′環趨向FG環重定向,從而形成被認為參與配位基結合並且在其他IgSF成員中未發現的「裂隙」結構。相反,此「裂隙」組裝係在所有TIM家族蛋白(包括TIM-1和TIM-4)中鑒定出的特徵結構。已經發現,適當的配位基對IgV結構域的接合對於TIM-3的免疫調節作用係重要的並且對於誘導周圍耐受性和抑制抗腫瘤免疫起作用。TIM-3之C’C’’環涉及β鏈C’之後和β鏈C’’之前的胺基酸,例如從胺基酸50至54。DE環由從64至73的胺基酸組成,而CC’環和FG環分別包含胺基酸35至43和92至99。
TIM-3具有若干種已知配位基,諸如半乳糖凝集素-9、磷脂醯絲胺酸、CEACAM1和HMGB1。半乳糖凝集素-9係具有由長柔性連接子連接的兩個不同的碳水化合物識別結構域的S型凝集素,並且對較大的含有聚-N-乙醯乳糖胺的結構具有增強的親和力。半乳糖凝集素-9沒有訊息序列並定位在細胞質中。然而,它可以被分泌並且經由碳水化合物鏈結合靶細胞表面上的糖蛋白來發揮其功能(Freeman G J等人,
Immunol Rev. [免疫學評論] 2010 Can [加拿大]; 235(1): 172-89)。基於結合研究、誘變和共晶結構,已經顯示人和小鼠TIM-3係磷脂醯絲胺酸的受體,並且已經顯示TIM-3表現細胞結合和/或吞沒表現磷脂醯絲胺酸的凋亡細胞。TIM-3與磷脂醯絲胺酸的相互作用不阻擋與半乳糖凝集素-9的相互作用,因為已經發現該等結合位點在IgV結構域的相反側。
鑒於TIM-3途徑涉及在一些癌症中被免疫抑制的關鍵免疫細胞群,它代表了免疫腫瘤學療法的有吸引力的候選者。參見,Anderson, A. C.,
Cancer Immunol Res. [癌症免疫學研究], (2014) 2:393-398;以及Ferris, R. L.等人, J Immunol. [免疫學雜誌] (2014) 193:1525-1530。
術語「嵌合」抗體或其抗原結合片段係指其中胺基酸序列源自兩個或更多個物種的抗體或其抗原結合片段。典型地,輕鏈和重鏈的可變區對應於源自一個哺乳動物物種(例如小鼠、大鼠、兔等)的具有所需特異性、親和力和能力的抗體或其抗原結合片段之可變區,而恒定區同源於源自另一物種(通常為人)的抗體或其抗原結合片段中的序列,以避免在該物種中引起免疫響應。
術語「人源化」抗體或其抗原結合片段係指非人(例如鼠類)抗體或抗原結合片段的形式,該等形式係含有最少的非人(例如,鼠類)序列的特異性免疫球蛋白鏈、嵌合免疫球蛋白或其片段。典型地,人源化抗體或其抗原結合片段係人免疫球蛋白,其中來自互補決定區(CDR)的殘基被來自非人物種(例如,小鼠、大鼠、兔或倉鼠)之CDR的具有所需特異性、親和力和能力的殘基替代(「CDR移植」)(Jones等人, Nature [自然], 321:522-525 (1986);Riechmann等人, Nature [自然] 332:323-327 (1988);Verhoeyen等人, Science [科學] 239:1534-1536 (1988))。在一些情況下,人免疫球蛋白之某些Fv框架區(FR)殘基被來自非人物種的具有所需特異性、親和力和能力的抗體或片段中的相應殘基替代。人源化抗體或其抗原結合片段可以藉由取代Fv框架區中和/或非人CDR殘基內另外的殘基來進一步修飾,以改進和優化抗體或其抗原結合片段特異性、親和力和/或能力。一般來講,人源化抗體或其抗原結合片段將包含可變結構域,該等可變結構域含有對應於非人免疫球蛋白的所有或基本上所有CDR區,而所有或基本上所有FR區係人免疫球蛋白共有序列的那些。人源化抗體或其抗原結合片段還可以包含免疫球蛋白恒定區或結構域(Fc),典型地是人免疫球蛋白的恒定區或結構域的至少一部分。用於產生人源化抗體之方法之實例描述於美國專利5,225,539;Roguska等人, Proc. Natl. Acad. Sci., USA [美國國家科學院院刊], 91(3):969-973 (1994);以及Roguska等人, Protein Eng. [蛋白質工程] 9(10):895-904 (1996)中。在本揭露的一些方面,「人源化抗體」係表面重修抗體。
術語「人」抗體或其抗原結合片段意指具有源自人免疫球蛋白基因座的胺基酸序列的抗體或其抗原結合片段,其中這種抗體或抗原結合片段係使用本領域已知的任何技術製備的。人抗體或其抗原結合片段的定義包括完整抗體或全長抗體及其片段。
「結合親和力」通常係指分子(例如,抗體或其抗原結合片段)的單一結合位點與其結合配偶體(例如,抗原)之間的非共價相互作用的總和的強度。除非另有指示,否則如本文所用,「結合親和力」係指反映結合對的成員(例如,抗體或其抗原結合片段和抗原)之間的1 : 1相互作用的固有結合親和力。分子X對其配偶體Y的親和力通常可以用解離常數(KD)表示。親和力可以以本領域中已知的多種方式測量和/或表示,該多種方式包括但不限於平衡解離常數(KD)和平衡締合常數(KA)。KD係根據k解離/k締合的商計算的,而KA係根據k
締合/k
解離的商計算的。k
締合係指例如抗體或其抗原結合片段與抗原的締合速率常數,而k
解離係指例如抗體或其抗原結合片段與抗原的解離。k
締合和k
解離可以藉由熟悉該項技術者已知的技術(諸如BIAcore®或KinExA)來確定。
如本文所用,「表位」係本領域中的術語並且係指抗原中抗體或其抗原結合片段可以特異性結合的局部區。表位可為例如多肽的連續胺基酸(線性或連續表位),或者表位可以例如一起來自一或多個多肽的兩個或更多個非連續區(構象性、非線性、不連續或非連續的表位)。在本揭露的一些方面,抗體或其抗原結合片段特異性結合的表位可以藉由例如NMR光譜法、X射線繞射晶體學研究、ELISA測定法、氫/氘交換聯合質譜法(例如,液相層析-電灑質譜法)、基於陣列的寡肽掃描測定法和/或誘變作圖(例如,定點誘變作圖)。對於X射線晶體學,可以使用本領域中任何已知的方法來完成結晶(例如,Giegé R等人, (1994) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr [晶體學報D輯:生物晶體學] 50(Pt 4): 339-350;McPherson A (1990) Eur J Biochem [歐洲生物化學雜誌] 189: 1-23;Chayen NE (1997) Structure [結構] 5: 1269-1274;McPherson A (1976) J Biol Chem [生物化學雜誌] 251: 6300-6303)。抗體/其抗原結合片段:抗原晶體可以使用熟知的X射線繞射技術進行研究並且可以使用電腦軟體精細化,該電腦軟體諸如X-PLOR(耶魯大學(Yale University),1992,由分子模擬公司(Molecular Simulations, Inc.)分銷;參見例如,Meth Enzymol [酶學方法] (1985) 第114和115卷, Wyckoff HW等人編輯;U.S. 2004/0014194)、以及BUSTER(Bricogne G (1993) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr [晶體學報D輯:生物晶體學] 49(Pt 1): 37-60;Bricogne G (1997) Meth Enzymol [酶學方法] 276A: 361-423,Carter CW編輯;Roversi P等人, (2000) Acta Crystallogr D Biol Crystallogr [晶體學報D輯:生物晶體學] 56(Pt 10): 1316-1323)。可以使用熟悉該項技術者已知的任何方法來完成誘變作圖研究。對於誘變技術(包括丙胺酸掃描誘變技術)的描述,參見例如,Champe M等人, (1995) J Biol Chem [生物化學雜誌] 270: 1388-1394以及Cunningham BC和Wells JA (1989) Science [科學] 244: 1081-1085。
與參考抗體「結合相同表位」的抗體係指與參考抗體結合相同胺基酸殘基的抗體。抗體與參考抗體結合相同表位的能力可以藉由氫/氘交換測定(參見Coales等人,
Rapid Commun. Mass Spectrom.[質譜學快報] 2009; 23: 639-647)或x射線晶體學來確定。
如果抗體優先與給定表位或重疊表位結合,其程度為在某種程度上阻斷參考抗體與表位的結合,則該抗體被認為「競爭性抑制」參考抗體與該表位的結合或者與該結合交叉競爭。競爭性抑制可以藉由本領域已知的任何方法例如競爭ELISA測定來確定。可以說某抗體競爭性地將參考抗體與給定表位的結合抑制至少90%、至少80%、至少70%、至少60%或至少50%。
「分離的」多肽、抗體、多核苷酸、載體、細胞或組成物係呈自然界中不存在的形式的多肽、抗體、多核苷酸、載體、細胞或組成物。分離的多肽、抗體、多核苷酸、載體、細胞或組成物包括已經被純化至它們不再呈自然界中發現形式的程度的那些。在本揭露的一些方面,分離的抗體、多核苷酸、載體、細胞或組成物係基本上純的。如本文所用,「基本上純的」係指至少50%純(即,不含污染物)、至少90%純、至少95%純、至少98%純或至少99%純的材料。
術語「多肽」、「肽」和「蛋白質」在本文中可以互換用於指具有任何長度的胺基酸的聚合物。該聚合物可為直鏈或支鏈的,它可以包含修飾的胺基酸,並且它可以被非胺基酸中斷。該等術語還涵蓋已經被天然修飾或藉由以下干預修飾的胺基酸聚合物:例如,二硫鍵形成、糖基化、脂化、乙醯化、磷酸化或者任何其他操縱或修飾(諸如與標記組分軛合)。該定義中還包括例如含有一或多種胺基酸類似物(包括例如非天然胺基酸等)以及本領域已知的其他修飾的多肽。應理解,由於本揭露的多肽係基於抗體的,因此在本揭露的一些方面,多肽可以作為單鏈或締合鏈出現。
如本文所用,術語「AZD7789」係指抗TIM-3/PD-1雙特異性抗體,該雙特異性抗體包含含有SEQ ID NO: 15的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 18的胺基酸序列的第一輕鏈以及含有SEQ ID NO: 20的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 22的胺基酸序列的第二輕鏈。AZD7789揭露於美國專利案號10,457,732中,將該專利藉由援引以其全文併入本文。本文論述的單株抗體O13-1和殖株62的序列還揭露於美國專利案號10,457,732中,將該專利藉由援引以其全文併入本文。
如本文所用,術語「藥物配製物」係指這樣的製劑,其形式使得允許活性成分的生物活性係有效的,並且其不含對將投與配製物的受試者具有不可接受的毒性的另外的組分。配製物可為無菌的。
如本文所用,術語「投與(administer、administering、administration)」等係指可用於使得能夠將藥物例如抗TIM-3/PD-1結合蛋白(例如,抗體或其抗原結合片段)遞送(例如,靜脈內投與)至所需的生物作用位點之方法。可以與本文所述之藥劑和方法一起使用的投與技術可見於例如Goodman和Gilman, The Pharmacological Basis of Therapeutics [治療學的藥理學基礎], 現行版, Pergamon [培格曼出版公司];和Remington’s, Pharmaceutical Sciences [雷明頓藥物科學], 現行版, Mack Publishing Co. [麥克出版公司], Easton, Pa [賓夕法尼亞州伊斯頓]中。
如本文所用,術語「組合」或「組合投與」意指本文所述之抗體或其抗原結合片段可以與一或多種另外的治療劑一起投與。在一些方面,抗體或其抗原結合片段可以與一或多種另外的治療劑同時或依序投與。在一些方面,本文所述之抗體或其抗原結合片段可以與一或多種另外的治療劑在相同或不同的組成物中投與。
如本文所用,術語「受試者」和「患者」可互換地使用。受試者可為動物。在本揭露的一些方面,受試者係哺乳動物,諸如非人動物(例如,牛、豬、馬、貓、狗、大鼠、小鼠、猴或其他靈長類等)。在本揭露的一些方面,受試者係石蟹獼猴。在本揭露的一些方面,受試者係人。
術語「治療有效量」係指有效治療受試者中的疾病或障礙的藥物,例如抗TIM-3/PD-1抗體或其抗原結合片段的量。術語諸如「治療(treating、treatment、to treat)」、「減輕(alleviating和to alleviate)」係指治癒、減慢病理狀況或障礙,減輕病理狀況或障礙的症狀,和/或停止病理狀況或障礙的進展的治療性措施。因此,需要治療的那些包括已經診斷患有或懷疑患有障礙的那些。
除非上下文另外明確規定,否則如在本揭露和請求項中所用,單數形式「一種/個(a、an)」和「該」包括複數形式。
應理解,無論在什麼情況下在本文中用語言「包含」描述本揭露的方面時,還提供了關於「由……組成」和/或「主要由……組成」描述的其他類似方面。
除非明確說明或從上下文顯而易見,否則如本文所用,術語「或」被理解為包括性。如本文在短語諸如「A和/或B」中所用的術語「和/或」旨在包括「A和B」、「A或B」、「A」和「B」。同樣,如在短語諸如「A、B和/或C’’中所用的術語「和/或」旨在涵蓋以下每個方面:A、B、和C;A、B或C;A或C;A或B;B或C;A和C;A和B;B和C;A(單獨);B(單獨);和C(單獨)。
如本文所用,術語「約」和「大約」在用於修飾數值或數值範圍時,指示高於該數值或範圍5%至10%和低於該數值或範圍5%至10%的偏差仍在所敘述的值或範圍的預期含義內。
可以將本文提供的任何組成物或方法與本文提供的任何其他組成物和方法中的一或多種進行組合。
單位、前綴和符號係以它們的國際單位系統(Système International de Unites)(SI)接受的形式表示。數值範圍包括限定該範圍的數字。本文提供的標題不是本揭露的不同方面的限制,可以藉由作為一個整體參考本說明書來獲得該等方面。因此,藉由以其全文參考說明書,更充分地定義了緊接著在下文中定義的術語。
本揭露的方法
在一些方面,本揭露提供了同時靶向PD-1和TIM-3的新穎抗癌藥物AZD7789之治療方法。在一些方面,本揭露提供了在患有IO獲得性抗性的患者中使用AZD7789之方法。
X射線繞射晶體學研究揭示,AZD7789的TIM-3臂不同於其他臨床抗TIM-3劑(例如,單株抗體),因為TIM-3臂結合TIM-3的免疫球蛋白可變(IgV)細胞外結構域上的獨特表位。此表位在磷脂醯絲胺酸結合(FG-CC’環)裂隙之外並且由以下構成:胺基酸N12(氫鍵)、L47、R52(鹽橋)、D53(氫鍵)、V54、N55、Y56、W57、W62、L63)氫鍵)、N64(氫鍵)、G65、D66(氫鍵)、F67、R68(氫鍵、鹽橋)、K69(氫鍵、鹽橋)、D71、T75、E77(氫鍵)。來自輕鏈的互補位包括CDR1的殘基28至31、CDR2的48至53和CDR3的殘基92。來自重鏈的互補位包括CDR1的殘基30至33、CDR2的52至57和CDR3的100至108。
AZD7789的TIM-3結合臂在與磷脂醯絲胺酸結合相反的位點處結合IgV結構域,並且不直接參與和來自該等環的殘基的相互作用。因此,AZD7789不阻斷TIM-3與磷脂醯絲胺酸的相互作用。相反,AZD7789增加TIM-3與磷脂醯絲胺酸之間的接合。與從阻斷磷脂醯絲胺酸的抗TIM3 mAb觀察到的相比,此獨特機制改善T細胞介導的抗腫瘤響應。因此,在一些方面,本揭露提供了一種改變受試者中含T細胞免疫球蛋白和黏蛋白結構域的蛋白-3(TIM-3)與磷脂醯絲胺酸(PS)之間的接合之方法,該方法包括向受試者投與包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白,其中TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。
A. 改變TIM-3與PS之間的接合之方法
在一些方面,本揭露提供了一種改變受試者中含T細胞免疫球蛋白和黏蛋白結構域的蛋白-3(TIM-3)與磷脂醯絲胺酸(PS)之間的接合之方法。在一些方面,該方法包括向受試者投與本文揭露的包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白。在一些方面,TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的免疫球蛋白可變(IgV)結構域之C’C’’和DE環。
在本文揭露的改變受試者中TIM-3與PS之間的接合之方法的一些方面,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中的抗腫瘤活性。在一些方面,相對於無結合蛋白(例如,抗體)投與,抗腫瘤活性係增加的。在一些方面,相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中的抗腫瘤活性。
在一些方面,本揭露提供了一種增加受試者中的T細胞介導的抗腫瘤活性之方法。在一些方面,該增加受試者中的T細胞介導的抗腫瘤活性之方法包括向受試者投與本文揭露的包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白。在一些方面,該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。
在本文揭露的增加受試者中的T細胞介導的抗腫瘤活性的一些方面,相對於無結合蛋白(例如,抗體)投與,受試者中的T細胞介導的抗腫瘤活性係增加的。在一些方面,相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,該受試者中的該T細胞介導的抗腫瘤活性係增加的。
B. 增加樹突細胞胞葬作用和腫瘤抗原的交叉呈遞之方法
在一些方面,本揭露提供了一種增加凋亡腫瘤細胞的樹突細胞吞噬作用之方法。在一些方面,本文所述之TIM-3結合蛋白的投與增加凋亡腫瘤細胞的樹突細胞胞葬作用。在一些方面,相對於無結合蛋白(例如,抗體)投與,受試者中凋亡腫瘤細胞的樹突細胞胞葬作用係增加的。在一些方面,相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中凋亡腫瘤細胞的樹突細胞胞葬作用。
在一些方面,本揭露提供了一種增加受試者中腫瘤抗原的樹突細胞交叉呈遞之方法。交叉呈遞係某些抗原呈遞細胞(諸如樹突狀細胞)藉由MHC I類分子攝取、加工細胞外抗原並將其呈遞至CD8+ T細胞的能力。此過程的結果交叉引發係將幼稚細胞毒性CD8+ T細胞刺激為激活的細胞毒性CD8+ T細胞。此過程對於針對大多數不容易感染抗原呈遞細胞的腫瘤和病毒、更確切地說感染周圍組織細胞的腫瘤和病毒的免疫係必要的。交叉呈遞特別重要,因為它允許外源抗原的呈遞(該等外源抗原通常藉由樹突細胞表面上的MHC II呈遞)也通過MHC I途徑呈遞。
在一些方面,本文所述之TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中腫瘤抗原的樹突細胞交叉呈遞。在一些方面,相對於無結合蛋白(例如,抗體)投與,腫瘤抗原的樹突細胞交叉呈遞係增加的。在一些方面,相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中腫瘤抗原的樹突細胞交叉呈遞。
在一些方面,本揭露提供了一種促進受試者中腫瘤細胞的樹突細胞胞葬作用之方法。在促進受試者中腫瘤細胞的樹突細胞胞葬作用之方法的一些方面,該方法包括向受試者投與本文所述之包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白。在一些方面,TIM-3結合蛋白特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。
在一些方面,本揭露提供了一種增加受試者中腫瘤抗原的樹突細胞交叉呈遞之方法。在一些方面,該增加受試者中腫瘤抗原的樹突細胞交叉呈遞之方法包括向受試者投與本文所述之包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白。在一些方面,TIM-3結合蛋白特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。在一些方面,相對於無結合蛋白(例如,抗體)投與,樹突細胞交叉呈遞的水平係增加的。在一些方面,相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,樹突細胞交叉呈遞的水平係增加的。
在本文揭露的方法的一些方面,本文所述之TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中在與TIM-3陽性T細胞接合時的IL-2分泌。在一些方面,相對於無結合蛋白(例如,抗體)投與,IL-2分泌係增加的。在一些方面,相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中在與TIM-3陽性T細胞接合時的IL-2分泌。
患者群體
本文提供了用於使用本文揭露的任何方法,例如雙特異性抗體(例如,AZD7789)或其抗原結合片段治療人患者中的癌症(例如,鱗狀或非鱗狀NSCLC)之方法。在一些方面,患者患有實性瘤。在一些方面,患者患有晚期或轉移性實性瘤。
在一些方面,該受試者患有以下中的一或多種:卵巢癌、乳癌、結腸直腸癌、前列腺癌、子宮頸癌、子宮癌、睪丸癌、膀胱癌、頭頸癌、黑色素瘤、胰臟癌、腎細胞癌、肺癌、食道癌、胃癌、膽道腫瘤、尿路上皮癌、何杰金氏淋巴瘤、非何杰金氏淋巴瘤、骨髓發育不良症候群和急性髓細胞性白血病。
本文還提供了用於治療具有免疫腫瘤學(IO)獲得性抗性的受試者中的癌症之方法。在一些方面,該受試者係人。
在一些方面,受試者患有記錄的不適於治癒性手術或放射的III期癌症。在一些方面,受試者患有IV期非小細胞肺癌(NSCLC)。在一些方面,該NSCLC係鱗狀或非鱗狀NSCLC。
在一些方面,具有免疫腫瘤學(IO)獲得性抗性的受試者在用作為單一療法或與化學療法組合的抗PD-1/PD-L1療法初始治療至少3-6個月後具有放射學記錄的腫瘤進展或臨床惡化,並且具有初始臨床益處即疾病穩定或消退的體征。
在一些方面,抗PD-l療法係選自以下的抗體:納武單抗(nivolumab)(也稱為OPDIVO®、5C4、BMS-936558、MDX-1106和ONO-4538)、派姆單抗(pembrolizumab)(默克公司;也稱為KEYTRUDA®、蘭洛利珠單抗(lambrolizumab)和MK-3475;參見WO 2008/156712)、PDR001(諾華股份有限公司;參見WO 2015/112900)、MEDI-0680(阿斯利康公司;也稱為AMP-514;參見WO 2012/145493)、塞普利單抗(cemiplimab)(再生元公司;也稱為REGN-2810;參見WO 2015/112800)、JS001(泰州君實製藥公司(TAIZHOU JUNSHI PHARMA);參見Si-Yang Liu等人
, J. Hematol. Oncol.[血液學和腫瘤學雜誌] 70:136 (2017))、BGB-A317(百濟神州公司(Beigene);參見WO 2015/35606和US 2015/0079109)、INCSHR1210(江蘇恒瑞醫藥公司(Jiangsu Hengrui Medicine);也稱為SHR-1210;參見WO 2015/085847;Si-Yang Liu等人,
J Hematol. Oncol.[血液學和腫瘤學雜誌] 70: 136 (2017))、TSR-042(特索羅生物醫藥公司(Tesaro Biopharmaceutical);也稱為ANB011;參見WO 2014/179664)、皮地利珠單抗(Pidilizumab)(麥迪韋遜公司(Medivation)/醫好科技公司(CureTech);參見美國專利案號8,686,119 B2或WO 2013/014668 Al);GLS-010(無錫/哈爾濱譽衡藥業公司(Harbin Gloria Pharmaceuticals);也稱為WBP3055;參見Si-Yang Liu等人,
J. Hematol. Oncol.[血液學和腫瘤學雜誌] 70: 136 (2017))、AM-0001(阿莫公司(Armo))、STI-1110(索倫托治療公司(Sorrento Therapeutics);參見WO 2014/194302)、AGEN2034(艾吉納斯公司(Agenus);參見WO 2017/040790)、MGA012(宏觀基因公司(Macrogenics),參見WO 2017/19846)和IBI308(信達公司(Innovent);參見WO 2017/024465、WO 2017/025016、WO 2017/132825和WO 2017/133540)。在一些方面,抗PD-1療法係PD-1拮抗劑AMP-224,該拮抗劑係由PD-1配位基計畫性細胞死亡配位基2(PD-L2)的細胞外結構域和人IgG的Fc區構成的重組融合蛋白。AMP-224論述於美國公開案號2013/0017199中。將該等參考文獻中每一個的內容藉由援引以其全文併入本文。
在一些方面,抗PD-L1療法係選自以下的抗體:BMS-936559(也稱為12A4、MDX-1105;參見例如,美國專利案號7,943,743和WO 2013/173223)、阿特珠單抗(atezolizumab)(羅氏公司;也稱為TECENTRIQ®;MPDL3280A、RG7446;參見US 8,217,149;還參見Herbst等人(2013)
J Clin Oncol[臨床腫瘤學雜誌] 3 l(增刊): 3000)、德瓦魯單抗(阿斯利康公司(AstraZeneca);也稱為IMFINZI™、MEDI-4736;參見WO 2011/066389)、阿維魯單抗(輝瑞公司;也稱為BAVENCIO®、MSB-0010718C;參見WO 2013/079174)、STI-1014(索倫托公司;參見WO 2013/181634)、CX-072(賽托姆克斯公司(Cytomx);參見WO 2016/149201)、KN035(思路迪醫藥公司(3D Med)/康寧傑瑞公司(Alphamab);參見Zhang等人,
Cell Discov.[細胞發現]7:3 (2017年3月)、LY3300054(禮來公司;參見例如,WO 2017/034916)和CK-301(檢查點治療公司(Checkpoint Therapeutics);參見Gorelik等人, AACR: 摘要4606 (2016年4月)),將該等參考文獻中每一個的內容藉由援引以其全文併入本文。
在本文揭露的方法的某些方面,IO獲得性抗性被定義為:
(i) 對抗PD-1/PD-L1單一療法暴露少於6個月,並且在治療期間具有部分消退或完全消退的初始最佳總體響應(BOR)之後疾病進展,或者在抗PD-1/PD-L1治療停止後少於或等於12週具有疾病進展;或
(ii) 對單獨的或與化學療法組合的抗PD-1/PD-L1療法暴露大於或等於6個月,並且在治療期間具有疾病穩定、部分消退或完全消退的BOR之後疾病進展,或者在抗PD-1/PD-L1治療停止後少於或等於12週具有疾病進展。
在本文揭露的方法的某些方面,IO獲得性抗性被定義為對單獨的或與化學療法組合的抗PD-1/PD-L1療法暴露大於或等於6個月;在治療期間具有疾病穩定、部分消退或完全消退的最佳總體響應(BOR)之後疾病進展,或者在抗PD-1/PD-L1治療停止後少於或等於12週具有疾病進展。
在本文揭露的方法的一些方面,該受試者的PD-L1腫瘤比例評分(TPS)大於或等於1%。在一些方面,該受試者未接受過一線環境中的先前全身性療法。在一些方面,該先前全身性療法係除抗PD-1/PD-L1療法以外的IO療法。在一些方面,該受試者接受過先前新/輔助療法,但在抗PD-1/PD-L1療法的最後一次投與後的至少12個月內未進展。在一些方面,該受試者的PD-L1 TPS大於或等於50%。
結果
根據本文揭露的方法治療的患者較佳的是經歷癌症的至少一種體征的改善。在一方面,改善藉由可測量腫瘤病灶的數量和/或大小的減少來衡量。在另一方面,病灶可以在胸部x射線或者CT或MRI膠片上測量。在另一方面,可以使用細胞學或組織學來評價對療法的響應性。在一些方面,對雙特異性抗體或其抗原結合片段的投與的腫瘤響應可以藉由腫瘤評估的研究人員審查來確定並且藉由RECIST v1.1指南定義。另外的腫瘤測量可以由研究人員判斷進行或根據制度實踐進行。
在一些方面,所治療的患者展現出完全響應(CR),即所有靶病灶的消失。在一些方面,所治療的患者展現出部分響應(PR),即以基線總和直徑作為參考,靶病灶的直徑總和減少至少30%。在一些方面,所治療的患者展現出疾病進展(PD),即以研究中的最小總和作為參考(這包括基線總和,如果這係研究中的最小總和),靶病灶直徑總和增加至少20%。除20%的相對增加之外,總和還必須表現出至少5 mm的絕對增加。(注意:一或多個新病灶的出現可以被認為是疾病進展)。在一些方面,所治療的患者展現出疾病穩定(SD),即既沒有足夠的收縮以符合PR,也沒有足夠的增加以符合PD,在研究時以最小直徑總和作為參考。
在另一方面,所治療的患者經歷腫瘤收縮和/或生長速率的減小,即腫瘤生長的抑制。在一些方面,不想要的細胞增殖得到減少或抑制。在一些方面,可以發生以下中的一或多種:可以減少癌細胞的數量;可以減少腫瘤大小;可以抑制、阻礙、減慢或停止癌細胞向周圍器官中的浸潤;可以減慢或抑制腫瘤轉移;可以抑制腫瘤生長;可以預防或延遲腫瘤的復發;可以在某種程度上減輕與癌症相關的一或多種症狀。
在其他方面,根據本文提供的任一種方法的雙特異性抗體或其抗原結合片段的投與產生選自以下群組的至少一種治療效果,該群組由以下組成:腫瘤大小的減少、隨時間出現的轉移性病灶數量的減少、完全緩解、部分緩解或疾病穩定。
在一些方面,可以使用一或多個腫瘤生檢來確定對根據本文提供的任一種方法的雙特異性抗體或其抗原結合片段的投與的腫瘤響應。在一些方面,樣本係福馬林固定石蠟包埋(FFPE)樣本。在一些方面,樣本係新鮮樣本。可以使用腫瘤樣本(例如,生檢)來鑒定與免疫和腫瘤微環境相關的預測性和/或藥效學生物標記物。可以從包括IHC、腫瘤突變分析、RNA分析和蛋白質組學分析的測定中確定此類生物標記物。在某些方面,藉由RT-PCR、原位雜交、RNA酶保護、基於RT-PCR的測定、免疫組織化學、酶聯免疫吸附測定、體內成像或流式細胞術來檢測腫瘤生物標記物的表現。
雙特異性抗體及其抗原結合片段
本文提供了治療受試者中(例如,人受試者)中的癌症之方法,該等方法包括向受試者投與特異性結合TIM-3和PD-1(例如,人TIM-3和PD-1)的抗體及其抗原結合片段。在一些方面,可以用於本文提供的方法中的TIM-3和PD-1(例如,人TIM-3和PD-1)抗體及其抗原結合片段包括AZD7789,即一種特異性結合TIM-3和PD-1並且靶向獨特的TIM-3表位的單價雙特異性人源化免疫球蛋白G1(IgG1)單株抗體(mAb)。
AZD7789在DuetMab分子的骨架上構建。DuetMab設計描述於Mazor等人,
MAbs. [單株抗體] 7(2): 377-389, (2015年3月-2015年4月)中,將該文獻特此藉由援引以其全文併入。「DuetMab」設計包括用於2個不同重鏈的異源二聚化的杵臼結構(knob-into-hole)(KIH)技術,並且藉由用工程化二硫鍵替代CH1-CL介面之一中的天然二硫鍵來增加同源重鏈和輕鏈配對的效率。
AZD7789包括包含結合TIM-3的可變區的重鏈中的杵突變和包含結合PD-1的可變區的重鏈中的空穴突變。
在本揭露的一些方面,用於在本文所述之方法中使用的雙特異性抗體或其抗原結合片段特異性結合人TIM-3和人PD-1並且包含如提供於表1和2中的AZD7789抗體的CDR。
[
表 1]
.VH CDR胺基酸序列
1
1表1中的VH CDR係根據Kabat確定的。
[
表 2]
.VL CDR 胺基酸序列 2
2表2中的VL CDR係根據Kabat確定的。
抗體 | VH CDR1 ( SEQ ID NO: ) | VH CDR2 ( SEQ ID NO: ) | VH CDR3 ( SEQ ID NO: ) |
AZD 7789 TIM-3 | SYAMS (SEQ ID NO: 1) | AISGSGGSTYYADSVKG(SEQ ID NO: 2) | GSYGTYYGNYFEY (SEQ ID NO: 3) |
AZD 7789 PD-1 | DYGMH (SEQ ID NO: 4) | YISSGSYTIYSADSVKG (SEQ ID NO: 5) | RAPNSFYEYYFDY (SEQ ID NO: 6) |
抗體 | VL CDR1 ( SEQ ID NO: ) | VL CDR2 ( SEQ ID NO: ) | VL CDR3 ( SEQ ID NO: ) |
AZD 7789 TIM-3 | GGDNIGGKSVH (SEQ ID NO: 7) | YDSDRPS (SEQ ID NO: 8) | QVLDRRSDHFL (SEQ ID NO: 9) |
AZD 7789 PD-1 | SASSKHTNLYWSRHMYWY (SEQ ID NO: 10) | LTSNRAT (SEQ ID NO: 11) | QQWSSNP (SEQ ID NO: 12) |
在本揭露的一些方面,用於在本文所述之方法中使用的雙特異性抗體或其抗原結合片段,即TIM-3結合蛋白包含以下互補決定區(CDR):分別包含SEQ ID NO: 1、2、3、7、8和9的胺基酸序列的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3。在本揭露的一些方面,用於在本文所述之方法中使用的雙特異性抗體或其抗原結合片段即TIM-3結合蛋白包含以下互補決定區(CDR):分別包含SEQ ID NO: 1、2、3、7、8和13的胺基酸序列的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3。
在本揭露的一些方面,用於在本文所述之方法中使用的雙特異性抗體或其抗原結合片段的TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域上的獨特表位。TIM-3的IgV結構域上的表位包括TIM-3(SEQ ID NO: 29)的N12、L47、R52、D53、V54、N55、Y56、W57、W62、L63、N64、G65、D66、F67、R68、K69、D71、T75和E77。
在本揭露的一些方面,用於在本文所述之方法中使用的雙特異性抗體或其抗原結合片段,即TIM-3結合蛋白進一步包含計畫性細胞死亡蛋白1(PD-1)結合結構域。在一些方面,該TIM-3結合結構域包含以下第一組互補決定區(CDR):分別包含SEQ ID NO: 1、2、3、7、8和9的胺基酸序列的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3;並且該PD-1結合結構域包含以下第二組CDR:分別包含SEQ ID NO: 4、5、6、10、11和12的胺基酸序列的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3。
在本揭露的一些方面,用於在本文所述之方法中使用的雙特異性抗體或其抗原結合片段,即TIM-3結合蛋白進一步包含計畫性細胞死亡蛋白1(PD-1)結合結構域。在一些方面,該TIM-3結合結構域包含以下第一組互補決定區(CDR):分別包含SEQ ID NO: 1、2、3、7、8和13的胺基酸序列的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3;並且該PD-1結合結構域包含以下第二組CDR:分別包含SEQ ID NO: 4、5、6、10、11和12的胺基酸序列的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3。
在本揭露的一些方面,用於在本文所述之方法中使用的雙特異性抗體或其抗原結合片段特異性結合人TIM-3和PD-1並且包含表3中列出的AZD7789抗體的重鏈可變結構域(VH)和輕鏈可變結構域(VL)。
[
表 3]
: VH 和 VL 胺基酸序列
抗體 | 胺基酸序列(SEQ ID NO) |
AZD 7789 TIM-3 VH | EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGSYGTYYGNYFEYWGQGTLVTVSS(SEQ ID NO: 14) |
AZD 7789 TIM-3 VL | SYVLTQPPSVSVAPGKTARITCGGDNIGGKSVHWYQQKPGQAPVLVIYYDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVLDRRSDHFLFGGGTKLTVL(SEQ ID NO: 17) |
AZD 7789 PD-1 VH | EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYGMHWVRQAPGKGLEWVAYISSGSYTIYSADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARRAPNSFYEYYFDYWGQGTTVTVSS(SEQ ID NO: 19) |
AZD 7789 PD-1 VL | QIVLTQSPATLSLSPGERATLSCSASSKHTNLYWSRHMYWYQQKPGQAPRLLIYLTSNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQWSSNPFTFGQGTKLEIK(SEQ ID NO: 21) |
在本揭露的一些方面,用於在本文所述之方法中使用的雙特異性抗體或其抗原結合片段,即TIM-3結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 14的胺基酸序列的第一重鏈可變結構域(VH)、含有SEQ ID NO: 17的胺基酸序列的第一輕鏈可變結構域(VL)、含有SEQ ID NO: 19的胺基酸序列的第二重鏈VH和含有SEQ ID NO: 21的胺基酸序列的第二輕鏈VL。
在本揭露的一些方面,用於在本文所述之方法中使用的雙特異性抗體或其抗原結合片段特異性結合人TIM-3和PD-1並且包含表4中列出的AZD7789抗體的重鏈(HC)和輕鏈(LC)。
[
表 4]
: 全長重鏈胺基酸序列
抗體 | 胺基酸序列(SEQ ID NO) |
AZD 7789 TIM-3 HC | EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGSYGTYYGNYFEYWGQGTLVTVSSASTKGPSVCPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSVDKTHTCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPASIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPCREEMTKNQVSLWCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(SEQ ID NO: 15) |
AZD 7789 TIM-3 LC | SYVLTQPPSVSVAPGKTARITCGGDNIGGKSVHWYQQKPGQAPVLVIYYDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVLDRRSDHFLFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPCSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTEVS(SEQ ID NO: 18) |
AZD 7789 PD-1 HC | EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYGMHWVRQAPGKGLEWVAYISSGSYTIYSADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARRAPNSFYEYYFDYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPASIEKTISKAKGQPREPQVCTLPPSREEMTKNQVSLSCAVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLVSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK(SEQ ID NO: 20) |
AZD 7789 PD-1 LC | QIVLTQSPATLSLSPGERATLSCSASSKHTNLYWSRHMYWYQQKPGQAPRLLIYLTSNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQWSSNPFTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC(SEQ ID NO: 22) |
在本揭露的一些方面,用於在本文所述之方法中使用的雙特異性抗體或其抗原結合片段,即TIM-3結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 15的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 18的胺基酸序列的第一輕鏈、含有SEQ ID NO: 20的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 22的胺基酸序列的第二輕鏈。
在本揭露的一些方面,用於在本文所述之方法中使用的雙特異性抗體或其抗原結合片段,即TIM-3結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 23的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 24的胺基酸序列的第一輕鏈、含有SEQ ID NO: 23的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 24的胺基酸序列的第二輕鏈。
在本揭露的一些方面,用於在本文所述之方法中使用的雙特異性抗體或其抗原結合片段,即TIM-3結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 25的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 26的胺基酸序列的第一輕鏈、含有SEQ ID NO: 25的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 26的胺基酸序列的第二輕鏈。
在一些方面,用於在本文所述之方法中使用的雙特異性抗體或其抗原結合片段的TIM-3結合蛋白包含無糖基化的Fc區。在一些方面,該TIM-3結合蛋白包含去糖基化的Fc區。在一些方面,該TIM-3結合蛋白包含具有減少的岩藻糖基化或係無岩藻糖基化的Fc區。
治療方法
在一些方面,本揭露提供了一種治療受試者中的非小細胞肺癌(NSCLC)之方法。在一些方面,本揭露提供一種治療患有晚期或轉移性NSCLC的受試者中的NSCLC之方法。
在一些方面,該治療患有晚期或轉移性NSCLC的受試者中的NSCLC之方法包括向受試者投與包含PD-1結合結構域和TIM-3結合結構域的雙特異性結合蛋白,其中雙特異性結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 15的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 18的胺基酸序列的第一輕鏈、含有SEQ ID NO: 20的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 22的胺基酸序列的第二輕鏈,並且其中受試者具有IO獲得性抗性。在一些方面,本揭露的TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。
在一些方面,本揭露提供了一種抑制患有晚期或轉移性腫瘤的受試者中非小細胞肺腫瘤的生長之方法。在抑制患有晚期或轉移性腫瘤的受試者中非小細胞肺腫瘤的生長之方法的一些方面,該方法包括向受試者投與包含PD-1結合結構域和TIM-3結合結構域的雙特異性結合蛋白,其中雙特異性結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 15的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 18的胺基酸序列的第一輕鏈、含有SEQ ID NO: 20的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 22的胺基酸序列的第二輕鏈,並且其中受試者具有IO獲得性抗性。在一些方面,該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。
在一些方面,本文所述之包含PD-1結合結構域和TIM-3結合結構域的雙特異性結合蛋白的TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3之IgV結構域上的表位,並且表位包括TIM-3(SEQ ID NO: 29)的N12、L47、R52、D53、V54、N55、Y56、W57、W62、L63、N64、G65、D66、F67、R68、K69、D71、T75和E77。
在一些方面,該NSCLC係鱗狀或非鱗狀NSCLC。
在一些方面,本揭露提供了一種治療具有IO獲得性抗性的受試者中的癌症之方法。在一些方面,該治療具有IO獲得性抗性的受試者中的癌症之方法包括向受試者投與包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白,其中TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。在一些方面,該癌症係以下中的一或多種:卵巢癌、乳癌、結腸直腸癌、前列腺癌、子宮頸癌、子宮癌、睪丸癌、膀胱癌、頭頸癌、黑色素瘤、胰臟癌、腎細胞癌、肺癌、食道癌、胃癌、膽道腫瘤、尿路上皮癌、何杰金氏淋巴瘤、非何杰金氏淋巴瘤、骨髓發育不良症候群和急性髓細胞性白血病。在一些方面,該受試者係人。在一些方面,該受試者患有記錄的不適於治癒性手術或放射的III期、或IV期非小細胞肺癌(NSCLC)。
在一些方面,該TIM-3結合蛋白的投與導致對該受試者中腫瘤生長的抑制。
以說明的方式而不是以限制的方式提供以下實例。
實例
該章節(即,第6節)中之實例係以說明的方式而不是以限制的方式提供的。
實例 1 : TIM-3 IgV 結構域表徵
研究了TIM-3 IgV結構域與抗TIM3 #62單株抗體(「#62」或「殖株62」)的抗原結合片段的相互作用。殖株62係抗TIM-3抗體O13-1(其為殖株62的親和成熟變體)的親本。mAb O13-1和殖株62的序列揭露於美國專利案號10,457,732中,將該專利藉由援引以其全文併入本文。
結晶、數據收集和結構確定
為了獲得TIM-3 IgV結構域與抗原結合片段(Fab)的共晶結構,將所有蛋白質在哺乳動物細胞中表現並且純化至同質。將純化的TIM-3 IgV結構域和Fab(一次一個)在IgV結構域的略微過量下孵育,之後對複合物進行尺寸排除純化。在室溫下進行複合物的結晶。在斯坦福同步加速輻射光源(SSRL公司,美國加利福尼亞州門洛派克(Menlo Park, CA, USA)下收集X射線繞射數據。藉由分子置換來解析複合物的結構。
以2.2 Å的解析度確定如與TIM-3的IgV結構域結合的抗TIM3抗體#62的Fab之晶體結構。Fab的重鏈和輕鏈兩者均與抗原相互作用。Fab的兩條鏈產生815Å
2的介面面積,其中365Å
2由輕鏈貢獻並且450Å
2由重鏈貢獻。總計,Fab的兩條鏈中有27個胺基酸參與相互作用,並且TIM-3的IgV結構域中有19個胺基酸。一些TIM-3胺基酸與Fab的兩條鏈相互作用。
IgV結構域的以下胺基酸屬於介面和/或參與和抗TIM3抗體#62即Fab的重鏈的相互作用:N12、L47、D53、V54、N55、Y56、W57、W62、L63、N64、G65、D66、F67、T75和E77。在該等之中,胺基酸N12、L63(主鏈)和E77建立與重鏈的CDR 2和3的氫鍵。
在抗TIM3抗體#62的重鏈的Fab中,以下胺基酸屬於介面和/或參與和TIM-3的IgV結構域的相互作用:S30、S31、Y32和A33(全部屬於重鏈的CDR1)、S52、G53、S54、G56、S57(全部屬於重鏈的CDR2)、S100、Y101、G102、T103、Y104、Y105、N107和Y108(全部屬於重鏈的CDR3)。
在抗TIM3抗體#62的輕鏈的Fab中,以下胺基酸屬於介面和/或參與和TIM-3的IgV結構域的相互作用:G28、G29、K30和S31(全部屬於輕鏈的CDR1)、Y48、Y49、D50、S51、D52、R53(全部屬於輕鏈的CDR2)和R92(屬於輕鏈的CDR3)。
這證明抗TIM3抗體#62的抗原結合片段從磷脂醯絲胺酸結合的相反側結合IgV結構域。此結合未引入TIM-3的IgV結構域的折疊或結構的變化。來自此結構的IgV結構域的模型與具有結合的磷脂醯絲胺酸的模型比對具有0.7Å的均方根偏差。抗TIM3抗體#62與TIM-3的IgV結構域的相互作用介面不包括位置78處的糖基化的天冬醯胺,本身也未附接至碳水化合物。
實例 2 : TIM-3 與磷脂醯絲胺酸的結合
將磷脂醯絲胺酸以30 µg/mL鋪板至多陣列96孔板(中尺度發現公司(Meso Scale Discovery))上,並且使其蒸發過夜。用1%牛血清白蛋白封閉板。藉由7點曲線滴定藥物,以10 µg/mL開始進行5倍系列稀釋。然後,將5 µg/mL與磺基標籤(中尺度發現公司)軛合的TIM-3 IgV與藥物一起預孵育15分鐘,然後添加至板上。在1.5小時孵育期後,洗滌板並且在MESO SECTOR S600儀器(中尺度發現公司)上檢測電化學發光信號(
圖 1A )。
圖 1A中提供的數據證明,相比於同種型對照,AZD7789的親本抗TIM-3 mAb(即mAb O13-1)增加TIM-3與磷脂醯絲胺酸的結合。相反地,抗TIM-3 mAb F9S的滴定阻斷TIM-3與磷脂醯絲胺酸的相互作用。總體上,此數據表明結合TIM-3的不同表位的抗體可以差異性地調節TIM-3與磷脂醯絲胺酸的相互作用。
接下來,將磷脂醯絲胺酸以30 µg/mL鋪板至多陣列96孔板(中尺度發現公司)上,並且使其蒸發過夜。用1%牛血清白蛋白封閉板。藉由7點曲線滴定藥物,以150 µg/mL開始進行4倍系列稀釋。然後,在添加藥物後立即每孔添加1.67 µg/mL與磺基標籤(中尺度發現公司)軛合的TIM-3 IgV。在兩小時孵育期後,洗滌板並且在MESO SECTOR S600儀器(中尺度發現公司)上檢測電化學發光信號。每種處理評價一式兩份的孔。(
圖 1B)。
此數據證明,相比於同種型對照,如藉由AZD7789相對於抗TIM-3 O13-1結合確認的在TIM-3的C’CC’’/DE表位處的單價接合足以增加TIM-3與磷脂醯絲胺酸的相互作用。相反地,結合TIM-3的CC’/FG的兩種獨立來源的抗TIM-3抗體(mAb F9S和mAb 「N」)阻斷TIM-3與磷脂醯絲胺酸的相互作用。總體上,此數據表明結合TIM-3的不同表位的抗體可以差異性地調節TIM-3與磷脂醯絲胺酸的相互作用,並且此效應可以通過單價和二價接合觀察到。
實例 3 : TIM3 IgV 與經殺傷的 A375 黑色素瘤細胞系的結合
將A375黑色素瘤細胞用1 µM/mL星孢菌素殺傷24小時。第二天洗滌細胞,並且每孔鋪板二十萬個細胞。將藥物藉由5倍系列稀釋滴定,並且與10 µg/mL TIM-3 IgV共孵育45分鐘。然後將藥物/TIM3 IgV混合物與凋亡A375細胞一起孵育。45分鐘後,將細胞用冷緩衝液洗滌並且用4% PFA固定20分鐘。在BD Symphony A2上獲取數據,並且經由flowjo分析。使用PRISM產生圖。每種處理評價一式兩份的孔。(圖2)。
圖2中呈現的數據顯示,AZD7789和殖株O13-1增強可溶性TIM-3 IgV與凋亡黑色素瘤細胞的結合,而抗PD-1 LO115未增強。抗TIM-3 E2E和duet LO115/F9S抗體降低TIM-3與凋亡細胞的接合。
實例 4 :被工程化以表現人 TIM-3 的 Jurkat 細胞系
將Jurkat細胞系工程化以表現人TIM-3(h-TIM-3 Jurkat細胞)。每孔鋪板二十萬個細胞。以10 μg/mL開始,藉由9點4倍系列稀釋滴定藥物。添加藥物後,立即用可溶性抗CD3(2.5 μg/mL)和抗CD28(0.5 μg/mL)刺激細胞。24小時後,收集上清液,並且藉由利用中尺度發現公司的人IL-2組織培養套組(kit)的電化學發光檢測來評價IL-2。每種處理評價一式兩份的孔。
如
圖 3中所示,相比於同種型對照,AZD7789的非先導優化的和先導優化的親本抗TIM-3 mAb(分別為抗TIM-3抗體#62和O13)增加在T細胞刺激時h-TIM-3 Jurkat細胞的IL-2產生(誤差條表示SEM)。相反地,抗TIM-3 mAb 41或F9S在相同刺激條件下降低IL-2產生。總體上,此數據表明結合TIM-3的不同表位的抗體可以在人TIM3 Jurkat刺激測定中引起差異性結果。非先導優化的殖株62與先導優化的殖株13之間的一個胺基酸變化未改變此Jurkat刺激測定中的功能結果。
在單獨研究中,每孔鋪板二十萬個h-TIM-3 Jurkat細胞。以10 mg/mL開始,藉由9點3倍系列稀釋滴定藥物。添加藥物後,立即用抗CD3(1 µg/mL)/抗CD28(0.5 µg/mL)刺激細胞。24小時後,收集上清液,並且藉由利用中尺度發現公司的人IL-2組織培養套組的電化學發光檢測來評價IL-2。(
圖 4)。每種處理評價一式兩份的孔。誤差條表示SEM。比較物抗TIM-3抗體「N」;「J」;和「L」源自親本序列。抗TIM-3抗體2E2係可商購獲得的(Leaf純化的抗人CD366,百進公司(Biolegend))。
如
圖 4中所示,親本抗TIM-3 mAb O13-1的滴定增加在T細胞刺激時h-TIM-3 Jurkat細胞的IL-2產生。相反地,此測定中評價的所有其他抗TIM-3 mAb的滴定在相同刺激條件下降低IL-2產生。總體上,此數據表明結合TIM-3的不同表位的抗體可以在人TIM-3 Jurkat刺激測定中引起差異性結果。
在用h-TIM-3 Jurkat細胞的另一研究中,以30 µg/mL開始,藉由11點3倍系列稀釋滴定藥物。對於「抗TIM-3 O13-1(滴定物) + 抗TIM-3 F9S(恒定)」處理組,將細胞與恒定濃度的抗TIM-3 mAb F9S(10 µg/mL)一起預孵育,然後滴定抗TIM-3 mAb O13-1。添加藥物後,用抗CD3(1 µg/mL)/抗CD28(0.5 µg/mL)刺激細胞。24小時後,收集上清液,並且藉由利用中尺度發現公司的人IL-2組織培養套組的電化學發光檢測來評價IL-2(
圖 5)。
如
圖 5中所示,當將細胞在高濃度的抗TIM-3 mAb F9S(其阻斷TIM-3與磷脂醯絲胺酸的相互作用)下培養時,在添加抗TIM-3 mAb O13-1後所觀察到的來自經刺激的h-TIM-3 Jurkat細胞的IL-2增加被消除。此數據表明,抗TIM-3 mAb O13-1誘導的IL-2產生依賴於TIM-3與磷脂醯絲胺酸的相互作用,並且此相互作用的消除阻止增強的IL-2分泌。
接下來,將親本Jurkat T細胞與被基因工程化以表現人TIM-3的野生型和突變體(R111A)形式的兩個Jurkat細胞系進行比較。R111係TIM-3與磷脂醯絲胺酸結合的關鍵殘基。TIM-3中的R111A突變消除了磷脂醯絲胺酸與TIM-3的結合(Gandhi等人,
Scientific Reports[科技報告] 2018; 8:17512;Nakayama等人, Blood [血液學], 2009)。添加藥物後,用抗CD3(2.5 μg/mL)/抗CD28(0.5 μg/mL)刺激細胞。24小時後,收集上清液,並且藉由利用中尺度發現公司的人IL-2組織培養套組的電化學發光檢測來評價IL-2(
圖 6)。數據係從以50 nM處理的三個獨立實驗編譯的。誤差條表示SEM。****,p < 0.0001。
圖 6中呈現的數據表明,TIM-3表現以及與磷脂醯絲胺酸的接合係為在刺激後來自TIM-3表現Jurkat細胞的抗TIM-3 mAb O13-1介導的IL-2產生增加所需的。
實例 5 :原代人 T 細胞中的 IFN-γ 分泌
以40,000個細胞/孔鋪板來自兩名健康供體的新鮮周邊血單核細胞(PBMC)。以100 nM開始,藉由4點10倍系列稀釋滴定藥物。將中國倉鼠卵巢(CHO)細胞系工程化以在細胞表面上表現人抗CD3 OKT3單鏈可變片段(scFv)。輻照(10 Gy)CHO-OKT3細胞以誘導細胞凋亡並且以5,000/孔鋪板。將細胞共培養三天。然後收集上清液,並且藉由利用中尺度發現公司的人IFN-γ組織培養套組的電化學發光檢測來評價IFN-ɣ(
圖 7A和
7B)。誤差條表示一式三份孔的SEM。**,p < 0.01;*,p < 0.05。
圖 7A和
7B中示出的數據表明AZD7789及其親本二價抗TIM-3 mAb、O13-1增強在細胞凋亡的背景下刺激的原代人T細胞的IFN-ɣ分泌。對於呈抗體或雙特異性形式的阻斷磷脂醯絲胺酸的抗TIM-3分子並非如此。
實例 6 : AZD7789 對凋亡腫瘤細胞的樹突細胞胞葬作用的影響
從在100 ng/mL IL-4和100 ng/mL顆粒性白血球-巨噬細胞群落刺激因子(GM-CSF)的存在下培養6天的新鮮分離的單核細胞中產生人樹突細胞(DC)。為了誘導細胞凋亡,用100 mM星孢菌素處理Jurkat細胞系24小時。然後用1 ng/mL Incucyte®pHrodo®紅色染料標記凋亡Jurkat細胞。在測試藥物的存在下,將凋亡細胞與單核細胞來源的DC以4 : 1比率共培養。將板放置在Incucyte® S3活細胞成像系統內部。在24小時時段內每15分鐘拍攝圖像。使用Incucyte® S3 2018B軟體測量和分析紅色螢光。使用Windows的GraphPad Prism版本8.04.02(GraphPad軟體公司)對數據進行圖形描繪。
圖 8A示出了使用Incucyte® S2 2018B軟體產生的來自一個實驗的代表性數據之實例。
圖 8B示出了從10+個獨立實驗編譯的數據之圖形表示。
圖 8B中的胞葬作用之倍數變化係相對於無藥物處理組確定的。****,p < 0.0001;***,p < 0.001;*,p < 0.05。
圖 8A和
8B中示出的數據證明,AZD7789可以增強凋亡腫瘤細胞的樹突細胞胞葬作用。相比之下,相比於對照組,靶向TIM-3的磷脂醯絲胺酸結合裂隙的抗體(mAb F9S)顯示出降低的效應。
實例 7 : AZD7789 對腫瘤抗原的 DC 交叉呈遞的影響
將兩個Jurkat細胞系工程化以分別表現人MART-1或CMVpp65抗原。該等細胞系在測定中充當腫瘤細胞。為了誘導細胞凋亡,用100 mM星孢菌素處理MART-1和CMVpp65 Jurkat細胞系24小時。從在100 ng/mL IL-4和100 ng/mL GM-CSF的存在下培養六天的新鮮分離的單核細胞中產生人樹突細胞(DC)。從HLA-A*02陽性健康供體血液中分離出單核細胞。將樹突細胞在測試物品的存在下與凋亡MART-1或CMVpp65 Jurkat細胞共培養(1 : 4比率),並且孵育24小時以允許胞葬作用和抗原加工。從冷凍PBMC產生供體匹配的抗原特異性T細胞,並且使用抗原肽MART-1 (Leu26) - HLA-A*0201(ELAGIGILTV)或抗原肽CMV pp65 - HLA-A*0201(NLVPMVATV)進行肽刺激七天。在MART-1或CMVpp65 Jurkat細胞的24小時DC胞葬作用後,藉由用培養基洗滌孔2次來去除剩餘的凋亡Jurkat細胞。將抗原特異性T細胞用CellTrace增殖染料標記,並且以1 : 4比率(DC : T細胞)與DC共培養七天。七天後,使用dextramer : HLA-A*0201/NLVPMVATV - 抗原pp65或dextramer : HLA-A*0201/ELAGIGLTV - 抗原MART-1針對CD3、CD8和抗原特異性對T細胞進行染色。藉由流式細胞術確定抗原特異性T細胞的增殖,並且使用FlowJo軟體分析。(
圖 9A和
9B)。橫條圖描繪了MART-1 Jurkat細胞實驗的一式兩份孔、和CMVpp65 Jurkat細胞實驗的一式三份孔,誤差條表示SEM;*,p < 0.05。
圖 9A和
9B中呈現的數據表明,AZD7789可以增強腫瘤抗原向T細胞的DC交叉呈遞。此效應不同於阻斷TIM-3上的磷脂醯絲胺酸結合位點的類似模式(Duet LO115/F9S)。此實例證明,AZD7789可以經由增強的向抗原特異性T細胞的DC交叉呈遞改善抗腫瘤響應。
實例 8 :抗 PD-1 相對於 AZD7789 的腫瘤生長抑制和存活率的比較
在研究的第0天向免疫缺陷NOD.Cg-Prkdcscid IL2rgtm1Wjl/SzJ(NSG)小鼠皮下植入2 x 10
6個OE21-10xGSV3細胞(一種被工程化以表現目的病毒肽的人食道鱗狀細胞癌)。七天後,靜脈內投與源於健康供體PBMC的病毒肽反應性CD8+ T細胞(1 x 10
6/小鼠)。從研究的第10天開始腹膜內投與抗PD-1 mAb LO115或抗PD-1/抗TIM3 mAb AZD7789,並且使小鼠接受4個總劑量(10 mg/kg),給藥之間的間隔為2至3天。連續監測腫瘤體積。當腫瘤大小達到2000 mm
3時,將小鼠處死。腫瘤體積圖(
圖 10A)示出了同種型對照、AZD7789與抗PD-1 mAb LO115之間的治療比較;n = 8隻小鼠/治療並且所有治療以10 mg/kg給藥。治療組中小鼠的存活率示出於
圖 10B中。
圖 10A-B中的該等結果證明,在抗原特異性人源化小鼠腫瘤模型中,相比於用抗PD-1或同種型對照連續治療的小鼠,AZD7789的治療延遲腫瘤生長並且提高存活率。這表明,用AZD7789的治療可以使患者在比抗PD-1療法更大的程度上受益。
實例 9 : AZD7789 的投與對腫瘤生長的影響
在第1天向四十八隻免疫缺陷NOD.Cg-Prkdc
scidIL2rg
tm1Wjl/SzJ(NSG)小鼠皮下植入2 x 10
6個OE21-10xGSV3細胞(一種被工程化以表現目的病毒肽的人食道鱗狀細胞癌)。在第7天靜脈內投與源於兩名健康供體(D203517和D896)的PBMC的腫瘤抗原特異性CD8+ T細胞(1 x 10
6/小鼠)。在第8天將小鼠按腫瘤體積隨機化至6個不同的治療組中,每組具有8隻小鼠。在第9天開始腹膜內投與測試和對照物品,並且使小鼠接受4個總劑量(每個劑量為10 mg/kg)。
圖 11A和
11B描繪了對於用不同T細胞供體(D203517和D896)的兩個獨立研究在第13天的腫瘤體積。進行了同種型對照的腫瘤體積與所有其他藥物治療之間的比較,並且藉由單向ANOVA、Tukeys多重比較檢驗分析了組間差異的統計顯著性。每個符號表示測試或對照物品從基線至第三劑量日(第13天)的腫瘤體積的倍數變化。水平條表示組間算術平均腫瘤體積。****,p < 0.0001;***,p < 0.001;*,p < 0.05。
圖 11A和
11B中示出的數據證明,相比於用單獨的抗PD-1抗體的治療或用抗PD-1抗體和阻斷磷脂醯絲胺酸的抗TIM-3分子的組合的治療,用AZD7789的治療導致腫瘤生長減少。此趨勢在兩名供體中觀察到。
實例 10 : AZD7789 對先前在人源化小鼠腫瘤模型中暴露於抗 PD-1 療法的經離體刺激的腫瘤浸潤淋巴球之 IFN-γ 分泌的影響
在研究的第0天向免疫缺陷NOD.Cg-Prkdcscid IL2rgtm1Wjl/SzJ(NSG)小鼠皮下植入2 x 10
6個OE21-10xGSV3細胞(一種被工程化以表現目的病毒肽的人食道鱗狀細胞癌)。七天後,靜脈內投與源於健康供體PBMC的病毒肽反應性CD8+ T細胞(1 x 10
6/小鼠)。從研究的第10天開始腹膜內投與抗PD-1 mAb LO115,並且使小鼠接受4個總劑量(10 mg/kg),給藥之間的間隔為2至3天。連續監測腫瘤體積。當腫瘤大小達到2000 mm
3時,將小鼠處死。將腫瘤解離為單細胞懸浮液。將細胞用ficoll梯度離心以保留活細胞,並且以0.1 x 10
6/孔鋪板。將測試和對照物品(10 nM)、重組人IL-2(20 IU/mL)和0.02 x 10
6個用1.5 mg/mL GILGFVFTL肽脈衝的T2細胞添加至對應孔中。七十二小時後,收集上清液,並且藉由利用中尺度發現公司的人IFN-γ組織培養套組的電化學發光檢測來評價IFN-γ。所述實驗的體內和離體要素之示意圖示出於
圖 12A中。藉由將來自離體藥物添加的讀出與同種型對照組進行比較來確定IFN-γ的倍數變化。評價從六隻抗PD-1治療的小鼠中獲取的腫瘤。(
圖 12B)。來自用離體藥物處理刺激的抗PD-1預暴露的腫瘤之代表性IFN-γ曲線圖示出於
圖 12C中。***,p < 0.001;**,p < 0.01;*,p < 0.05。
圖 12A-12C中示出的數據表明,AZD7789可以增加從在抗PD-1治療時進展的小鼠獲取的經離體刺激的TIL之IFN-γ分泌。此實例證明,AZD7789可以改善不再對抗PD-1療法有響應的細胞的抗腫瘤響應。
實例 11 :在人源化小鼠腫瘤模型中在抗 PD-1 治療後進行 AZD7789 的依序治療對腫瘤生長的影響
向三十二隻免疫缺陷NSG小鼠皮下植入3 x 10
6個PC9-MART-1細胞(一種被工程化以表現黑色素瘤腫瘤抗原MART-1的人腺癌細胞系)。在第14天,靜脈內投與源於健康供體PBMC的MART-1反應性CD8+ T細胞(5 x 10
6個細胞/小鼠)。將小鼠按腫瘤體積隨機化,並且在第15、17、20天以及然後23、27和30天以10 mg/kg腹膜內投與測試和對照物品。在第21天的第三劑量後24小時,基於腫瘤體積相對於基線的倍數變化將用抗PD-1治療的小鼠重新隨機化,並且分成2個隊列;繼續用抗PD-1治療的10隻小鼠和將治療轉換為AZD7789的10隻小鼠。腫瘤體積圖(
圖 13A)示出了同種型對照、AZD7789、單獨的抗PD-1 mAb LO115以及抗PD-1之後為AZD7789的依序治療(三個劑量的抗PD-1,之後為三個劑量的AZD7789)之間的治療比較;n = 8隻小鼠/治療並且所有治療以10 mg/kg給藥。藉由雙向ANOVA與Tukey多重比較檢驗來評價統計學。圖中在時間點5(第28天)和6(第31天)處示出的統計學比較了抗PD-1治療組與抗PD-1→AZD7789治療組,****,p < 0.0001;***,p < 0.001。所有其他統計學比較了在最後一次治療後5天的第35天時間點處的各組,****,p < 0.0001;***,p < 0.001;**,p < 0.01;*,p < 0.05。
該等結果證明,在抗原特異性人源化小鼠腫瘤模型中,相比於用抗PD-1連續治療的小鼠,在抗PD-1治療後進行AZD7789的依序治療可以延遲腫瘤生長。這表明,用AZD7789的治療可以使不再對抗PD-1療法有響應的患者受益。
實例 12 :在人源化小鼠腫瘤模型中在抗 PD-1 治療後進行 AZD7789 的依序治療對腫瘤生長的影響
在第1天向免疫缺陷NSG小鼠皮下植入2 x 10
6個OE21-10xGSV3細胞(一種被工程化以表現目的病毒肽的人食道鱗狀細胞癌)。七天後,靜脈內投與源於從健康供體分離的人PBMC的病毒反應性CD8+ T細胞(1 x 10
6個細胞/小鼠)。按第8天的腫瘤體積將小鼠隨機化至分配的治療組中。從第9天開始以10 mg/kg腹膜內投與測試和對照物品。在
圖 13B中,在第9和11天使小鼠接受2個劑量的同種型對照或抗PD-1,然後,基於腫瘤體積相對於基線的倍數變化將用抗PD-1治療的小鼠隨機化至3個不同的治療組中,並且隨後在第14和17天給藥兩個劑量的抗PD-1(αPD-1繼續)、同種型對照(αPD→同種型對照)或AZD7789(αPD1→AZD7789)。圖13B中的圖描繪了在第二劑量的依序治療後24小時的第18天治療組之間腫瘤體積之差異。藉由單向ANOVA、Tukeys多重比較檢驗分析了組間差異的統計顯著性。在
圖 13C中,用在第9、13和16天的3個劑量的抗PD-1治療小鼠,然後在第16天隨機化至後續治療組中。研究利用了來自三名健康供體(D896、D1051、D1063)的人PBMC。每個符號表示從重新隨機化的時間開始腫瘤體積的倍數變化(在3個劑量的抗PD-1後;第16天至在第20天的第一依序劑量後24小時。藉由未配對t檢驗分析跨治療組的腫瘤體積的倍數變化之間的比較的統計顯著性。水平條表示組間算術平均倍數變化。**,p < 0.01;*,p < 0.05。n = 10隻小鼠/治療組。所有治療以10 mg/kg投與。
此實例證明,在第二抗原特異性人源化小鼠腫瘤模型中,相比於用抗PD-1抗體連續治療的小鼠,在抗PD-1治療後進行AZD7789的依序治療可以延遲腫瘤生長。此結果表明,用AZD7789的治療可以使不再對抗PD-1療法有響應的患者受益。
總體上,該等實例證明,AZD7789調節不同細胞亞組以促進抗腫瘤響應(
圖 14)。
實例 13 :結合表位的比較性表徵
經由各種方法表徵親本抗體殖株O13-1(AZD7789的親本殖株)和F9S的推定結合表位,並且將其與已知抗TIM-3抗體進行比較。如下表5中所示,x射線晶體學研究和競爭結合測定確認mAb O13-1結合TIM-3 IgV結構域之C’C’’和DE環。相比之下,測試的大多數其他抗TIM-3抗體主要與CC’和FG環結合(
圖 15A和
B;參見Gandhi等人,
Scientific Reports[科技報告] 2018; 8:17512)。一篇測試了與BC和CC’環結合的mAb(WO 2015/117002)並且一篇測試了與DE環結合的mAb(WO 2016/111947)。
[表5].
a x 射線晶體學研究 b 競爭結合測定 c 氫 - 氘交換實驗 d 與抗人 TIM3 參考抗體殖株 2E2 類似的結合或功能性 e 阻斷磷脂醯絲胺酸與 TIM3 的相互作用 f 結構域交換; huTIM3 的結構域被相應的 moTIM3 結構域替代 g 通過丙胺酸掃描測定的結合 TIM-3 的損失 h 肽掃描分析 - 與製備為晶片結合肽陣列的 TIM3 相關肽片段的結合 i 藉由酵母表面展示方法進行的表位作圖
抗體殖株 | 用於表徵推定結合表位之方法 | 人 TIM-3 IgV 的結合環 | 參考文獻 | |||||
BC | CC’ | C’C ’’ | DE | FG | ||||
AZ#1 | O13-1 | a、b | ||||||
AZ#2 | F9S | a、b | ||||||
諾華股份有限公司 | ABTIM3-hum11、ABTIM3-hum03、ABTIM3-hum21 | a、b、c | WO 2015/117002 | |||||
特索羅公司 | APE5137 APE5121 | d | US 2018/0127500 A1 | |||||
禮來公司 | A、B和C | a、b、e | US 2018/0057591 A1 | |||||
喬斯公司(Jounce) | mAb15 | d、f | WO 2016/111947 A2 | |||||
艾吉納斯公司 | pab2085、pab2187、pab2188、AM2、AM6 | c、e、g、h | US 2017/0368168 A1 | |||||
BMS公司 | TIM3.2、TIM3.18 13A3、3G4、17C3、17C8 | c、e、i | US 2018/0016336 A1 | |||||
羅氏公司 | TIM3_0022、TIM3_0028、TIM3_0038 | b | WO 2016/071448 |
如表5中所示,使用表中定義的方法來表徵與由抗TIM-3抗體結合的人TIM-3免疫球蛋白可變(IgV)結構域之環的結合。每一種參考抗體與列出的結合環強烈結合,但有兩個例外:WO 2015/117002中揭露的各種抗體與BC環弱結合,並且WO 2016/111947 A2中揭露的mAb15與DE環弱結合。相比於與C’C’’和DE環結合的抗體,與CC’和FG結構域結合並且阻斷磷脂醯絲胺酸的抗體(或衍生物)具有最強的報告功能活性(WO 2016/111947 A2、US 2018/0016336 A1);結合C’C’’和DE環的抗體(WO 2016/071448)未被選擇用於得到最多表徵的隨後PD1/TIM3雙特異性抗體(WO 2017/055404)。
另外,如
圖 16A和
16B中所示,兩種內部開發的抗體殖株62(AZD7789的TIM-3臂)和F9S以非競爭性方式結合TIM-3的IgV結構域。F9S(
圖 16B中以淡灰色帶狀物示出)靠近CC’和FG環、接近於磷脂醯絲胺酸和Ca++離子結合位點而結合IgV結構域(
圖 16A)。殖株62(以黑色底圖示出)結合IgVβ夾心結構的另一側。殖株62表位包括環BC、C’C’’、DE和短鏈D。
此實例確認,AZD7789在與磷脂醯絲胺酸結合相反的側結合TIM-3 IgV結構域上的獨特表位(
圖 15A和
15B(Gandhi等人,
Scientific Reports[科技報告] 2018; 8:17512))。此結合未引入TIM-3的IgV結構域的折疊或結構的變化並且未阻斷TIM-3與磷脂醯絲胺酸的相互作用(
圖 2)。相反,AZD7789增加TIM-3與磷脂醯絲胺酸之間的接合(
圖 2)。與從已知的阻斷磷脂醯絲胺酸的抗TIM3抗體觀察到的相比,此獨特機制改善T細胞介導的抗腫瘤響應(
圖 11-13)。
* * *
本發明不受本文所述之具體實施方式的範圍的限制。實際上,除了描述的那些之外,根據前面的描述和附圖,本發明之各種修改對於熟悉該項技術者將變得顯而易見。此類修改旨在落入所附申請專利範圍之範圍內。
本文引用的所有參考文獻(例如,出版物或專利或專利申請)藉由援引以其全文併入本文並用於所有目的,其程度如同具體地且單獨地指示每個單獨參考文獻(例如,出版物或專利或專利申請)藉由援引以其全文併入以用於所有目的一樣。
序列表
描述 | 序列 |
AZD 7789 TIM-3 VH CDR1 | SYAMS (SEQ ID NO: 1) |
AZD 7789 TIM-3 VH CDR2 | AISGSGGSTYYADSVKG (SEQ ID NO: 2) |
AZD 7789 TIM-3 VH CDR3 | GSYGTYYGNYFEY (SEQ ID NO: 3) |
AZD 7789 PD-1 VH CDR1 | DYGMH (SEQ ID NO: 4) |
AZD 7789 PD-1 VH CDR2 | YISSGSYTIYSADSVKG (SEQ ID NO: 5) |
AZD 7789 PD-1 VH CDR3 | RAPNSFYEYYFDY (SEQ ID NO: 6) |
AZD 7789 TIM-3 VL CDR1 | GGDNIGGKSVH (SEQ ID NO: 7) |
AZD 7789 TIM-3 VL CDR2 | YDSDRPS (SEQ ID NO: 8) |
AZD 7789 TIM-3 VL CDR3 | QVLDRRSDHFL (SEQ ID NO: 9) |
AZD 7789 PD-1 VL CDR1 | SASSKHTNLYWSRHMYWY (SEQ ID NO: 10) |
AZD 7789 PD-1 VL CDR2 | LTSNRAT (SEQ ID NO: 11) |
AZD 7789 PD-1 VL CDR3 | QQWSSNP (SEQ ID NO: 12) |
TIM-3(#62) VL CDR3 | QVLDRRSDHWL (SEQ ID NO: 13) |
AZD 7789 TIM-3 VH | EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGSYGTYYGNYFEYWGQGTLVTVSS (SEQ ID NO: 14) |
AZD 7789 TIM-3 HC | EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGSYGTYYGNYFEYWGQGTLVTVSSASTKGPSVCPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSVDKTHTCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPASIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPCREEMTKNQVSLWCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO: 15) |
TIM3(#62)可變輕VL | QTVLTQPPSVSVAPGKTASISCGGDNIGGKSVHWYQQKPGQAPVLVIYYDSDRPSGIPQRFSGSNSGNTATLTIHRVEAGDEADYYCQVLDRRSDHWLFGGGTKLTVL(SEQ ID NO: 16) |
AZD 7789 TIM-3 VL | SYVLTQPPSVSVAPGKTARITCGGDNIGGKSVHWYQQKPGQAPVLVIYYDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVLDRRSDHFLFGGGTKLTVL (SEQ ID NO: 17) |
AZD 7789 TIM-3 LC | SYVLTQPPSVSVAPGKTARITCGGDNIGGKSVHWYQQKPGQAPVLVIYYDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVLDRRSDHFLFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPCSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTEVS (SEQ ID NO: 18) |
AZD 7789 PD-1 VH | EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYGMHWVRQAPGKGLEWVAYISSGSYTIYSADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARRAPNSFYEYYFDYWGQGTTVTVSS (SEQ ID NO: 19) |
AZD 7789 PD-1 HC | EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYGMHWVRQAPGKGLEWVAYISSGSYTIYSADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARRAPNSFYEYYFDYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPASIEKTISKAKGQPREPQVCTLPPSREEMTKNQVSLSCAVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLVSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO: 20) |
AZD 7789 PD-1 VL | QIVLTQSPATLSLSPGERATLSCSASSKHTNLYWSRHMYWYQQKPGQAPRLLIYLTSNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQWSSNPFTFGQGTKLEIK (SEQ ID NO: 21) |
AZD 7789 PD-1 LC | QIVLTQSPATLSLSPGERATLSCSASSKHTNLYWSRHMYWYQQKPGQAPRLLIYLTSNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQWSSNPFTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (SEQ ID NO: 22) |
TIM-3重鏈 | EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYGMHWVRQAPGKGLEWVAYISSGSYTIYSADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARRAPNSFYEYYFDYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVWDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRWSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPASIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGKGGGGSGGGGSEVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKCLEWVSAISGSGGSTYYADS VKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGSYGTYYGNYFEYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSSYVLTQPPSVSVAPGKTARITCGGDNIGGKSVHWYQQKPGQAPVLVIYYDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVLDRRSDHFLFGCGTKLTVL (SEQ ID NO: 23) |
TIM-3輕鏈 可變區 | QIVLTQSPATLSLSPGERATLSCSASSKHTNLYWSRHMYWYQQKPGQAPRLLIYLTSNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQWSSNPFTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASWCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (SEQ ID NO: 24) |
TIM-3重鏈 | EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYGMHWVRQAPGKGLEWVAYISSGSYTIYSADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARRAPNSFYEYYFDYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPEFEGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVWDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRWSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPASIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGGGGSGGGGSEVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKCLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGSYGTYYGNYFEYWGQGTLVTVSSGGG GSGGGGSGGGGSGGGGSSYVLTQPPSVSVAPGKTARITCGGDNIGGKSVHWYQQKPGQAPVLVIYYDSDRPSGIPERFSGSNSGNTATLTISRVEAGDEADYYCQVLDRRSDHFLFGCGTKLTVLGGGGSGGGGSGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO: 25) |
TIM-3輕鏈 | QIVLTQSPATLSLSPGERATLSCSASSKHTNLYWSRHMYWYQQKPGQAPRLLIYLTSNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQWSSNPFTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASWCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC (SEQ ID NO: 26) |
TIM3(#62)可變重VH | EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGSGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARGSYGTYYGNYFEYWGRGTLVTVSS(SEQ ID NO: 27) |
人PD-1蛋白的胺基酸序列 | MQIPQAPWPVVWAVLQLGWRPGWFLDSPDRPWNPPTFSPALLVVTEGDNATFTCSFSNTSESFVLNWYRMSPSNQTDKLAAFPEDRSQPGQDCRFRVTQLPNGRDFHMSVVRARRNDSGTYLCGAISLAPKAQIKESLRAELRVTERRAEVPTAHPSPSPRPAGQFQTLVVGVVGGLLGSLVLLVWVLAVICSRAARGTIGARRTGQPLKEDPSAVPVFSVDYGELDFQWREKTPEPPVPCVPEQTEYATIVFPSGMGTSSPARRGSADGPRSAQPLRPEDGHCSWPL (SEQ ID NO: 28) |
人TIM-3 IgV結構域 | SEVEYRAEVGQNAYLPCFYTPAAPGNLVPVCWGKGACPVFECGNVVLRTDERDVNYWTSRYWLNGDFRKGDVSLTIENVTLADSGIYCCRIQIPGIMNDEKFNLKLVIK (SEQ ID NO: 29) |
人TIM-3蛋白 | MFSHLPFDCVLLLLLLLLTRSSEVEYRAEVGQNAYLPCFYTPAAPGNLVPVCWGKGACPVFECGNVVLRTDERDVNYWTSRYWLNGDFRKGDVSLTIENVTLADSGIYCCRIQIPGIMNDEKFNLKLVIKPAKVTPAPTRQRDFTAAFPRMLTTRGHGPAETQTLGSLPDINLTQISTLANELRDSRLANDLRDSGATIRIGIYIGAGICAGLALALIFGALIFKWYSHSKEKIQNLSLISLANLPPSGLANAVAEGIRSEENIYTIEENVYEVEEPNEYYCYVSSRQQPSQPLGCRFAMP (SEQ ID NO: 30) |
無
[
圖 1A]顯示,相比於同種型對照以及相比於降低h-TIM-3與磷脂醯絲胺酸(PS)的相互作用的抗TIM-3 mAb(F9S),O13-1單株抗體(mAb)(AZD7789的親本抗TIM-3 mAb)增加人(h-)TIM-3與磷脂醯絲胺酸之結合。
[
圖 1B]顯示,相比於二價mAb O13-1結合以及相比於同種型對照,AZD7789對TIM-3的單價接合足以增加TIM-3與磷脂醯絲胺酸之相互作用。誤差條表示SEM。
[
圖 2]顯示,相比於降低h-TIM-3與凋亡細胞的相互作用的抗PD-1(LO115)、阻斷PS的抗TIM-3 mAb(F9S)、Duet LO115/F9S和E2E,O13-1單株抗體(mAb)和AZD7789 mAb增加人TIM-3 IgV與凋亡細胞之結合。
[
圖 3]顯示,AZ抗TIM3殖株62GL和O13介導增強來自表現TIM3的Jurkat T細胞的IL-2產生之類似效應。因此,62GL與O13之間的一個胺基酸差異不影響此表型。
[
圖 4]示出了在T細胞刺激時抗TIM-3 mAb O13-1驅動h-TIM-3表現Jurkat細胞的IL-2產生的增加之濃度依賴性效應。評價的所有其他抗TIM-3 mAb展示出IL-2產生的濃度依賴性降低。誤差條表示SEM。
[
圖 5]顯示,當將細胞在高濃度的抗TIM-3 mAb F9S(其阻斷TIM-3與磷脂醯絲胺酸的相互作用)下培養時,在刺激和添加抗TIM-3 mAb O13-1後所觀察到的來自h-TIM-3表現Jurkat細胞的IL-2增加被消除。
[
圖 6]顯示,將TIM3引入至Jurkat T細胞中增強IL-2產生;此產生由AZ抗TIM3(殖株O13)進一步增加並且由競爭劑樣抗TIM3(F9S)進一步降低。此藥物效應依賴於TIM3與磷脂醯絲胺酸的結合,因為結合的關鍵殘基(R111A)的突變消除了藥物效應,並且來自Jurkat T細胞的總體IL-2產生亦為如此。
[
圖 7A和
7B]顯示,AZD7789及其親本抗TIM-3 mAb O13-1增強經刺激的原代人PBMC的IFN-γ分泌。
圖 7A示出了在一名供體細胞中作為mAb投與的結果的經刺激的原代人PBMC之IFN-γ分泌。
圖 7B示出了在另一名供體細胞中作為mAb投與的結果的經刺激的原代人T細胞之IFN-γ分泌。測試抗體示出於圖例中。誤差條表示一式三份孔的SEM。
[
圖 8A和
8B]顯示,AZD7789可以增強凋亡腫瘤細胞的樹突細胞胞葬作用。
圖 8A示出了在投與測試抗體後或無藥物投與時即時(小時)的凋亡Jurkat細胞之樹突細胞胞葬作用。
圖 8B示出了在投與測試抗體後胞葬作用之倍數變化。胞葬作用之倍數變化係相對於無藥物處理組確定的。誤差條表示SEM。
[
圖 9A和
9B]示出了來自與樹突細胞共培養後的原代人T細胞的T細胞增殖百分比,該等樹突細胞已經在存在或不存在測試抗體的情況下與凋亡腫瘤細胞一起預孵育。
圖 9A示出了在與樹突細胞共培養後的MART-1反應性T細胞增殖百分比,該等樹突細胞已經與凋亡MART-1表現Jurkat細胞一起預孵育。
圖 9B示出了在與樹突細胞共培養後的CMVppp65反應性T細胞增殖百分比,該等樹突細胞已經與凋亡CMVpp65表現Jurkat細胞一起孵育。
[
圖 10A和
10B]顯示,在具有人腫瘤反應性T細胞的授受性轉移的人源化小鼠模型中,相比於單獨的抗PD-1,AZD7789改善腫瘤控制(
圖 10A)和存活率(
圖 10B)。
[
圖 11A和
11B]顯示,相比於用單獨的或與阻斷磷脂醯絲胺酸的抗TIM-3分子(作為二價mAb或以雙特異性形式)組合的抗PD-1 mAb之治療,用AZD7789的治療導致人源化小鼠體內模型中的腫瘤生長減少。
圖 11A示出了在第一供體中在投與測試抗體後的腫瘤體積。
圖 11B示出了在另一名供體中在投與測試抗體後的腫瘤體積。水平條表示組間算術平均腫瘤體積。
[
圖 12A-12C]顯示,AZD7789的投與增加從在抗PD-1治療時進展的小鼠獲取的經離體刺激的腫瘤浸潤淋巴球之IFN-γ分泌。
圖 12A係研究示意圖,該研究示意圖示出了在人源化小鼠模型中用抗PD-1抗體進行投與的腫瘤體積之結果,和用測試藥物對切除腫瘤的離體刺激。
圖 12B示出了相比於同種型對照,在添加抗PD-1抗體LO115和AZD7789之後,經離體刺激的腫瘤浸潤淋巴球的IFN-γ分泌的倍數變化之編譯。
圖 12C示出了相比於同種型對照,在添加抗PD-1抗體LO115和AZD7789之後,從一隻代表性小鼠獲取的經離體刺激的腫瘤浸潤淋巴球的IFN-γ分泌之增加。
[
圖 13A]係示出了在皮下植入有人PC9-MART-1腫瘤細胞的人源化免疫缺陷小鼠中,在用同種型對照、AZD7789、單獨的抗PD-1 LO115抗體治療以及抗PD-1治療之後為AZD7789的依序治療進行治療後的腫瘤生長曲線之圖。
[
圖 13B和
13C]顯示,相比於僅用抗PD-1抗體的連續治療,在抗PD-1抗體治療後用AZD7789進行依序治療可以延遲小鼠中的腫瘤生長。
圖 13B示出了在用同種型對照治療後、用抗PD-1抗體LO115連續治療以及在抗PD-1抗體治療後用AZD7789進行依序治療後的腫瘤體積之變化。
圖 13C示出了相比於在抗PD-1抗體治療後用AZD7789進行依序治療,在用抗PD-1抗體LO115連續治療後腫瘤體積之倍數變化。
[
圖 14]係示出了AZD7789的提議作用機制之示意圖。
[
圖 15A]係與Ca++結合的人TIM-3 IgV結構域之帶狀圖。
圖 15B係與Ca++結合的人TIM-3 IgV結構域之表面視圖。將鏈用大寫字母標記並且將環(BC、CC’、C’C’’、DE和FG)以斜體突出顯示。磷脂醯絲胺酸結合在由環CC’和FG限定的結構域的裂隙中。
[
圖 16A和
16B]係示出了AZD7789和F9S抗體的結合之示意圖。
圖 16A示出了F9S在IgV結構域附近的結合,該結合靠近CC’和FG環、接近於磷脂醯絲胺酸和Ca++離子結合位點。AZD7789結合IgVβ夾心結構的另一側。
圖 16B示出了如與IgVβ夾心結構結合的抗體帶狀物。
無
<![CDATA[<110> 阿斯利康公司(ASTRAZENECA) (英商梅迪繆思有限公司(MEDIMMUNE))]]> <![CDATA[<120> 靶向PD-1和TIM-3的雙特異性抗體]]> <![CDATA[<130> PDTM-200-US-PSP]]> <![CDATA[<160> 30 ]]> <![CDATA[<170> PatentIn 3.5版]]> <![CDATA[<210> 1]]> <![CDATA[<211> 5]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> AZD 7789 TIM-3 VH CDR1]]> <![CDATA[<400> 1]]> Ser Tyr Ala Met Ser 1 5 <![CDATA[<210> 2]]> <![CDATA[<211> 17]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> AZD 7789 TIM-3 VH CDR2]]> <![CDATA[<400> 2]]> Ala Ile Ser Gly Ser Gly Gly Ser Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys 1 5 10 15 Gly <![CDATA[<210> 3]]> <![CDATA[<211> 13]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> AZD 7789 TIM-3 VH CDR3]]> <![CDATA[<400> 3]]> Gly Ser Tyr Gly Thr Tyr Tyr Gly Asn Tyr Phe Glu Tyr 1 5 10 <![CDATA[<210> 4]]> <![CDATA[<211> 5]]> <![CDATA[<212> PRT]]> <![CDATA[<213> 人工序列]]> <![CDATA[<220>]]> <![CDATA[<223> AZD 7789 PD-1 VH CDR1]]> <![CDATA[<400> 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人TIM-3蛋白]]> <![CDATA[<400> 30]]> Met Phe Ser His Leu Pro Phe Asp Cys Val Leu Leu Leu Leu Leu Leu 1 5 10 15 Leu Leu Thr Arg Ser Ser Glu Val Glu Tyr Arg Ala Glu Val Gly Gln 20 25 30 Asn Ala Tyr Leu Pro Cys Phe Tyr Thr Pro Ala Ala Pro Gly Asn Leu 35 40 45 Val Pro Val Cys Trp Gly Lys Gly Ala Cys Pro Val Phe Glu Cys Gly 50 55 60 Asn Val Val Leu Arg Thr Asp Glu Arg Asp Val Asn Tyr Trp Thr Ser 65 70 75 80 Arg Tyr Trp Leu Asn Gly Asp Phe Arg Lys Gly Asp Val Ser Leu Thr 85 90 95 Ile Glu Asn Val Thr Leu Ala Asp Ser Gly Ile Tyr Cys Cys Arg Ile 100 105 110 Gln Ile Pro Gly Ile Met Asn Asp Glu Lys Phe Asn Leu Lys Leu Val 115 120 125 Ile Lys Pro Ala Lys Val Thr Pro Ala Pro Thr Arg Gln Arg Asp Phe 130 135 140 Thr Ala Ala Phe Pro Arg Met Leu Thr Thr Arg Gly His Gly Pro Ala 145 150 155 160 Glu Thr Gln Thr Leu Gly Ser Leu Pro Asp Ile Asn Leu Thr Gln Ile 165 170 175 Ser Thr Leu Ala Asn Glu Leu Arg Asp Ser Arg Leu Ala Asn Asp Leu 180 185 190 Arg Asp Ser Gly Ala Thr Ile Arg Ile Gly Ile Tyr Ile Gly Ala Gly 195 200 205 Ile Cys Ala Gly Leu Ala Leu Ala Leu Ile Phe Gly Ala Leu Ile Phe 210 215 220 Lys Trp Tyr Ser His Ser Lys Glu Lys Ile Gln Asn Leu Ser Leu Ile 225 230 235 240 Ser Leu Ala Asn Leu Pro Pro Ser Gly Leu Ala Asn Ala Val Ala Glu 245 250 255 Gly Ile Arg Ser Glu Glu Asn Ile Tyr Thr Ile Glu Glu Asn Val Tyr 260 265 270 Glu Val Glu Glu Pro Asn Glu Tyr Tyr Cys Tyr Val Ser Ser Arg Gln 275 280 285 Gln Pro Ser Gln Pro Leu Gly Cys Arg Phe Ala Met Pro 290 295 300
Claims (49)
- 一種改變受試者中含T細胞免疫球蛋白和黏蛋白結構域的蛋白-3(TIM-3)與磷脂醯絲胺酸(PS)之間的接合之方法,該方法包括向該受試者投與包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白,其中該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的免疫球蛋白可變(IgV)結構域之C’C’’和DE環。
- 如請求項1所述之方法,其中相對於無抗體投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中的抗腫瘤活性。
- 如請求項1所述之方法,其中相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中的抗腫瘤活性。
- 一種增加受試者中的T細胞介導的抗腫瘤活性之方法,該方法包括向該受試者投與包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白,其中該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。
- 如請求項4所述之方法,其中相對於無抗體投與,該受試者中的該T細胞介導的抗腫瘤活性係增加的。
- 如請求項4所述之方法,其中相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,該受試者中的該T細胞介導的抗腫瘤活性係增加的。
- 如請求項1-6中任一項所述之方法,其中相對於無抗體投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中凋亡腫瘤細胞的樹突細胞吞噬作用。
- 如請求項1-6中任一項所述之方法,其中相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中凋亡腫瘤細胞的樹突細胞吞噬作用。
- 如請求項1-8中任一項所述之方法,其中相對於無抗體投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中腫瘤抗原的樹突細胞交叉呈遞。
- 如請求項1-8中任一項所述之方法,其中相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中腫瘤抗原的樹突細胞交叉呈遞。
- 一種促進受試者中腫瘤細胞的樹突細胞吞噬作用之方法,該方法包括向該受試者投與包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白,其中該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。
- 一種增加受試者中腫瘤抗原的樹突細胞交叉呈遞之方法,該方法包括向該受試者投與包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白,其中該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。
- 如請求項12所述之方法,其中相對於無抗體投與,樹突細胞交叉呈遞的水平係增加的。
- 如請求項12所述之方法,其中相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,樹突細胞交叉呈遞的水平係增加的。
- 如請求項1-14中任一項所述之方法,其中相對於無抗體投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中在與TIM-3陽性T細胞接合時的IL-2分泌。
- 如請求項1-14中任一項所述之方法,其中相對於結合TIM-3的IgV結構域之PS結合裂隙(FG和CC’環)的TIM-3結合蛋白的投與,該TIM-3結合蛋白的投與增加受試者中在與TIM-3陽性T細胞接合時的IL-2分泌。
- 如請求項1-16中任一項所述之方法,其中該TIM-3結合蛋白的投與導致對該受試者中腫瘤生長的抑制。
- 如請求項17所述之方法,其中該腫瘤係晚期或轉移性實性瘤。
- 如請求項1-18中任一項所述之方法,其中該受試者患有以下中的一或多種:卵巢癌、乳癌、結腸直腸癌、前列腺癌、子宮頸癌、子宮癌、睪丸癌、膀胱癌、頭頸癌、黑色素瘤、胰臟癌、腎細胞癌、肺癌、食道癌、胃癌、膽道腫瘤、尿路上皮癌、何杰金氏淋巴瘤、非何杰金氏淋巴瘤、骨髓發育不良症候群和急性髓細胞性白血病。
- 如請求項1-19中任一項所述之方法,其中該受試者具有免疫腫瘤學(IO)獲得性抗性。
- 一種治療具有IO獲得性抗性的受試者中的癌症之方法,其中該方法包括向該受試者投與包含TIM-3結合結構域的TIM-3結合蛋白,其中該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。
- 如請求項21所述之方法,其中該癌症係以下中的一或多種:卵巢癌、乳癌、結腸直腸癌、前列腺癌、子宮頸癌、子宮癌、睪丸癌、膀胱癌、頭頸癌、黑色素瘤、胰臟癌、腎細胞癌、肺癌、食道癌、胃癌、膽道腫瘤、尿路上皮癌、何杰金氏淋巴瘤、非何杰金氏淋巴瘤、骨髓發育不良症候群和急性髓細胞性白血病。
- 如請求項1-23中任一項所述之方法,其中該受試者係人。
- 如請求項1-23中任一項所述之方法,其中該受試者患有記錄的不適於治癒性手術或放射的III期、或IV期非小細胞肺癌(NSCLC)。
- 如請求項24所述之方法,其中該NSCLC係鱗狀或非鱗狀NSCLC。
- 如請求項1-25、44和45中任一項所述之方法,其中該受試者在用作為單一療法或與化學療法組合的抗PD-1/PD-L1療法初始治療至少3-6個月後具有放射學記錄的腫瘤進展或臨床惡化,並且具有初始臨床益處即疾病穩定或消退的體征。
- 如請求項20-26、44和45中任一項所述之方法,其中該IO獲得性抗性被定義為: (i) 對抗PD-1/PD-L1單一療法暴露少於6個月,並且在治療期間具有部分消退或完全消退的初始最佳總體響應(BOR)之後疾病進展,或者在抗PD-1/PD-L1治療停止後少於或等於12週具有疾病進展;或 (ii) 對單獨的或與化學療法組合的抗PD-1/PD-L1療法暴露大於或等於6個月,並且在治療期間具有疾病穩定、部分消退或完全消退的BOR之後疾病進展,或者在抗PD-1/PD-L1治療停止後少於或等於12週具有疾病進展。
- 如請求項20-26、44和45中任一項所述之方法,其中該IO獲得性抗性被定義為對單獨的或與化學療法組合的抗PD-1/PD-L1療法暴露大於或等於6個月;在治療期間具有疾病穩定、部分消退或完全消退的最佳總體響應(BOR)之後疾病進展,或者在抗PD-1/PD-L1治療停止後少於或等於12週具有疾病進展。
- 如請求項1-28中任一項所述之方法,其中該受試者的PD-L1腫瘤比例評分(TPS)大於或等於1%。
- 如請求項1-29中任一項所述之方法,其中該受試者未接受過一線環境中的先前全身性療法。
- 如30所述之方法,其中該先前全身性療法係除抗PD-1/PD-L1療法以外的IO療法。
- 如請求項30所述之方法,其中該受試者接受過先前新/輔助療法,但在抗PD-1/PD-L1療法的最後一次投與後的至少12個月內未進展。
- 如請求項32所述之方法,其中該受試者的PD-L1 TPS大於或等於50%。
- 如請求項1-33中任一項所述之方法,其中該TIM-3結合蛋白包含以下互補決定區(CDR):分別包含SEQ ID NO: 1、2、3、7、8和9或者分別包含SEQ ID NO: 1、2、3、7、8和13的胺基酸序列的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3。
- 如請求項1-34中任一項所述之方法,其中該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域上的表位,並且該等表位包括TIM-3(SEQ ID NO: 29)的N12、L47、R52、D53、V54、N55、Y56、W57、W62、L63、N64、G65、D66、F67、R68、K69、D71、T75和E77。
- 如請求項1-35中任一項所述之方法,其中該TIM-3結合蛋白進一步包含計畫性細胞死亡蛋白1(PD-1)結合結構域。
- 如請求項36所述之方法,該TIM-3結合結構域包含以下第一組互補決定區(CDR):分別包含SEQ ID NO: 1、2、3、7、8和9或者1、2、3、7、8和13的胺基酸序列的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3;並且 該PD-1結合結構域包含以下第二組CDR:分別包含SEQ ID NO: 4、5、6、10、11和12的胺基酸序列的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3。
- 如請求項37所述之方法,其中該TIM-3結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 14的胺基酸序列的第一重鏈可變結構域(VH)、含有SEQ ID NO: 17的胺基酸序列的第一輕鏈可變結構域(VL)、含有SEQ ID NO: 19的胺基酸序列的第二重鏈VH和含有SEQ ID NO: 21的胺基酸序列的第二輕鏈VL。
- 如請求項37所述之方法,其中該TIM-3結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 15的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 18的胺基酸序列的第一輕鏈、含有SEQ ID NO: 20的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 22的胺基酸序列的第二輕鏈。
- 如請求項37所述之方法,其中該TIM-3結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 23的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 24的胺基酸序列的第一輕鏈、含有SEQ ID NO: 23的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 24的胺基酸序列的第二輕鏈。
- 如請求項37所述之方法,其中該TIM-3結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 25的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 26的胺基酸序列的第一輕鏈、含有SEQ ID NO: 25的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 26的胺基酸序列的第二輕鏈。
- 如請求項24-26中任一項所述之方法,其中該TIM-3結合蛋白包含無糖基化的Fc區。
- 如請求項24-26中任一項所述之方法,其中該TIM-3結合蛋白包含去糖基化的Fc區。
- 如請求項24-28中任一項所述之方法,其中該TIM-3結合蛋白包含具有減少的岩藻糖基化或係無岩藻糖基化的Fc區。
- 一種治療患有晚期或轉移性NSCLC的受試者中的NSCLC之方法,該方法包括向該受試者投與包含PD-1結合結構域和TIM-3結合結構域的雙特異性結合蛋白, 其中該雙特異性結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 15的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 18的胺基酸序列的第一輕鏈、含有SEQ ID NO: 20的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 22的胺基酸序列的第二輕鏈, 並且其中該受試者具有IO獲得性抗性。
- 一種抑制患有晚期或轉移性腫瘤的受試者中非小細胞肺腫瘤的生長之方法,該方法包括向該受試者投與包含PD-1結合結構域和TIM-3結合結構域的雙特異性結合蛋白, 其中該雙特異性結合蛋白包含含有SEQ ID NO: 15的胺基酸序列的第一重鏈、含有SEQ ID NO: 18的胺基酸序列的第一輕鏈、含有SEQ ID NO: 20的胺基酸序列的第二重鏈和含有SEQ ID NO: 22的胺基酸序列的第二輕鏈, 並且其中該受試者具有IO獲得性抗性。
- 如請求項44或45中任一項所述之方法,其中該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域之C’C’’和DE環。
- 如請求項44或45中任一項所述之方法,其中該TIM-3結合結構域特異性結合TIM-3的IgV結構域上的表位,並且該等表位包括TIM-3(SEQ ID NO: 29)的N12、L47、R52、D53、V54、N55、Y56、W57、W62、L63、N64、G65、D66、F67、R68、K69、D71、T75和E77。
- 如請求項44-47中任一項所述之方法,其中該NSCLC係鱗狀或非鱗狀NSCLC。
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