TW202114731A

TW202114731A - B型肝炎病毒(HBV)疫苗與靶向HBV之RNAi之組合

Info

Publication number: TW202114731A
Application number: TW109120668A
Authority: TW
Inventors: 珍馬汀柏克; 克羅斯安瑪汀Ｍ德; 海倫荷頓
Original assignee: 愛爾蘭商健生科學愛爾蘭無限公司
Priority date: 2019-06-18
Filing date: 2020-06-18
Publication date: 2021-04-16
Also published as: EP3986562A1; WO2020255007A1; CN114340664A; CA3143418A1; KR20220042116A; US20220305117A1; JP2022536945A; AU2020295796A1

Abstract

本發明描述B型肝炎病毒(HBV)疫苗及用於抑制HBV基因表現之RNAi劑的治療組合。本發明亦描述使用所揭示之治療組合在尤其患有慢性HBV感染之個體中誘發針對HBV之免疫反應或治療HBV誘發之疾病的方法。

Description

B型肝炎病毒(HBV)疫苗與靶向HBV之RNAi之組合

B型肝炎病毒(HBV)係編碼四個開放閱讀框架及七種蛋白質的3.2 kb親肝性小DNA病毒。約2.4億人患有慢性B型肝炎感染(慢性HBV)，其特徵為病毒及亞病毒顆粒持久存在於血液中超過6個月(Cohen等人J. Viral Hepat. (2011) 18(6), 377-83)。持久的HBV感染經由病毒肽及循環抗原長期刺激HBV特異性T細胞受體而導致循環及肝內HBV特異性CD4+及CD8+ T細胞的T細胞耗盡。因此，T細胞多功能性減弱(亦即，IL-2、腫瘤壞死因子(TNF)-α、IFN-γ含量降低，及增殖缺乏)。

自20世紀80年代以來，已獲得針對HBV感染之安全且有效的預防性疫苗，且其為B型肝炎預防之支柱(World Health Organization, Hepatitis B: Fact sheet第204號[Internet] 2015年3月)。世界衛生組織(World Health Organization)建議所有嬰兒接受疫苗接種，且在存在較低或中等B型肝炎地方性流行的國家中，建議所有兒童及青少年(＜18歲)以及處於風險群體類別的某些人接受疫苗接種。由於接受疫苗接種，使得全世界感染率大幅下降。不過，預防性疫苗不能治癒已確定之HBV感染。

慢性HBV當前係用IFN-α及核苷或核苷酸類似物進行治療，但由於在感染之肝細胞中存留有作為病毒RNA之模板且因此新病毒顆粒起重要作用的稱為共價閉合環狀DNA (cccDNA)之細胞內病毒複製中間物而最終無法治癒。普遍認為，誘發病毒特異性T細胞及B細胞反應可有效地除去載有cccDNA之肝細胞。當前靶向HBV聚合酶之療法抑制病毒血症，但對存在於核中之cccDNA及相關之循環抗原產生的作用有限。最嚴格的治癒形式可除去生物體中之HBV cccDNA，此既不為觀察到的自然發生之結果，亦非任何治療性干預之結果。然而，HBV表面抗原(HBsAg)之喪失係臨床上可信的治癒等效結果，因為疾病復發僅在嚴重免疫抑制情況下才會發生，而此可接著藉由預防性治療加以預防。因此，至少自臨床觀點看，HBsAg之喪失與針對HBV之最嚴格的免疫重建形式相關。

舉例而言，經證實，利用聚乙二醇化干擾素(pegIFN)-α進行之免疫調節在維持有限治療療程之治療結束後反應方面優於核苷或核苷酸療法。除直接抗病毒作用以外，據報導，IFN-α對細胞培養物及人類化小鼠的cccDNA起到表觀遺傳抑制作用，其使病毒顆粒產率及轉錄物降低(Belloni等人. J. Clin. Invest. (2012) 122(2), 529-537)。然而，此療法仍伴隨副作用且且部分由於IFN-α對HBV特異性T細胞僅具有較弱的調節作用，總體反應相當低。特定言之，治癒率較低(＜10%)且毒性較高。同樣，直接作用於HBV之抗病毒劑，即HBV聚合酶抑制劑恩替卡韋(entecavir)及替諾福韋(tenofovir)，作為單藥療法有效誘導病毒抑制作用且針對耐藥性突變體之出現具有較高基因屏障作用且由此預防肝病之進展。然而，利用此類HBV聚合酶抑制劑很少實現由HBsAg喪失或血清轉化定義的慢性B型肝炎之治癒。因此，該等抗病毒劑理論上需要無限期投與以預防肝病之復發，與針對人類免疫缺陷病毒(HIV)之抗反轉錄病毒療法類似。

治療性疫苗接種有可能自長期感染患者消除HBV (Michel等人. J. Hepatol. (2011) 54(6), 1286-1296)。已經研究許多策略，但迄今為止，尚未證實治療性疫苗接種之成功性。

因此，由於具有較高治癒率的良好耐受之治療方法有限，對於B型肝炎病毒(HBV)，特別是慢性HBV治療之醫療需求尚未得到滿足。本發明藉由提供用於誘發針對B型肝炎病毒(HBV)感染之免疫反應的治療組合或組合物及方法來滿足此需求。本發明之免疫原性組合物/組合及方法可用於向個體，諸如患有慢性HBV感染之個體提供治療性免疫。

在一通用態樣中，本申請案係關於用於治療有需要之個體之HBV感染的治療組合或組合物，其包含一或多種HBV抗原，或一或多種編碼HBV抗原之聚核苷酸，及用於抑制HBV基因表現的RNAi劑。

在一個實施例中，該治療組合包含： i)以下中之至少一者： a)由與SEQ ID NO: 2具有至少95%，諸如至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性之胺基酸序列組成的截短HBV核心抗原， b)包含編碼該截短HBV核心抗原之第一聚核苷酸序列的第一非天然存在之核酸分子； c)具有與SEQ ID NO: 7至少90%，諸如至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致之胺基酸序列的HBV聚合酶抗原，其中該HBV聚合酶抗原不具有逆轉錄酶活性及核糖核酸酶H活性，及 d)包含編碼該HBV聚合酶抗原之第二聚核苷酸序列的第二非天然存在之核酸分子；及 ii)用於抑制HBV基因表現的RNAi劑，諸如本文中所描述之彼等。

在一個實施例中，截短HBV核心抗原由SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4之胺基酸序列組成，且HBV聚合酶抗原包含SEQ ID NO: 7之胺基酸序列。

在一個實施例中，該治療組合包含HBV聚合酶抗原及截短HBV核心抗原中之至少一者。在某些實施例中，該治療組合包含HBV聚合酶抗原及截短HBV核心抗原。

在一個實施例中，該治療組合包含含有編碼截短HBV核心抗原之第一聚核苷酸序列的第一非天然存在之核酸分子及包含含有編碼HBV聚合酶抗原之第二聚核苷酸序列的第二非天然存在之核酸分子中之至少一者。在某些實施例中，第一非天然存在之核酸分子進一步包含編碼可操作地連接至截短HBV核心抗原之N端的信號序列的聚核苷酸序列，且第二非天然存在之核酸分子進一步包含編碼可操作地連接至HBV聚合酶抗原之N端的信號序列的聚核苷酸序列，較佳地，信號序列獨立地包含SEQ ID NO: 9或SEQ ID NO: 15之胺基酸序列，更佳地，信號序列分別由SEQ ID NO: 8或SEQ ID NO: 14之聚核苷酸序列編碼。

在某些實施例中，第一聚核苷酸序列包含與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3具有至少90%，諸如至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之聚核苷酸序列。

在某些實施例中，第二聚核苷酸序列包含與SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6具有至少90%，諸如至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之聚核苷酸序列。

在某些實施例中，用於抑制HBV基因表現的適用於本發明之RNAi劑以及相關資訊(諸如其結構、產生、生物活性、治療應用、投與或遞送等)描述於US20130005793、WO2013003520或WO2018027106中，其內容以全文引用之方式併入本文中。

在一個實施例中，治療組合包含： a)包含編碼截短HBV核心抗原之第一聚核苷酸序列的第一非天然存在之核酸分子，該截短HBV核心抗原由與SEQ ID NO: 2至少95%，諸如至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列組成； b)包含編碼HBV聚合酶抗原之第二聚核苷酸序列的第二非天然存在之核酸分子，該HBV聚合酶抗原具有與SEQ ID NO: 7至少90%，諸如至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致的胺基酸序列，其中該HBV聚合酶抗原不具有逆轉錄酶活性及核糖核酸酶H活性；及 c)用於抑制選自由以下組成之群之HBV基因表現的RNAi劑： 1)具有表2中所示之核心有義股序列及反義股序列的RNAi劑； 2)具有表3中所示之有義股序列及反義股序列的RNAi劑； 3)具有表4中所示之核心有義股序列及反義股序列的RNAi劑，較佳該RNAi具有表4中所示之經修飾之有義股序列及反義股序列； 4)靶向表5中所示之目標序列的RNAi劑； 5)具有表6中所示之核心有義股序列及反義股序列的RNAi劑； 6)具有表7中所示之核心反義序列及表8中所示之核心有義股序列的RNAi劑，較佳該RNAi具有表7中所示之經修飾之有義股序列及表8中所示之經修飾之反義股序列；及 7)具有表9中所示之反義股及有義股的雙螺旋的RNAi劑，較佳該RNAi劑包含表9中所示之雙螺旋。

在某些實施例中，RNAi劑藉由脂質組合物或脂質奈米顆粒遞送至有需要之個體。在其他實施例中，RNAi藉由與目標配位體(諸如包含N-乙醯基-半乳胺糖之目標配位體)結合而遞送至有需要之個體。較佳地，RNAi藉由與本文所述之目標配位體(諸如包含N-乙醯基-半乳胺糖之目標配位體)結合而遞送至有需要之個體。

較佳地，該治療組合包含a)第一非天然存在之核酸分子，其包含編碼由SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4之胺基酸序列組成的截短HBV核心抗原之第一聚核苷酸序列；b)第二非天然存在之核酸分子，其包含編碼具有SEQ ID NO: 7之胺基酸序列之HBV聚合酶抗原的第二聚核苷酸序列；及(c)用於抑制本文中所描述之HBV基因表現的RNAi劑。較佳地，RNAi劑包含表9中所示之雙螺旋。雙螺旋中之每一者較佳結合至目標配位體，較佳為包含N-乙醯基-半乳胺糖之目標配位體，更佳為包含表10中所示之結構的目標配位體。

較佳地，治療組合包含第一非天然存在之核酸分子，其包含與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3具有至少90%，諸如至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之聚核苷酸序列，以及第二非天然存在之核酸分子，其包含與SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6具有至少90%，諸如至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之聚核苷酸序列。

更佳地，該治療組合包含a)包含SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3之第一聚核苷酸序列的第一非天然存在之核酸分子；b)包含SEQ ID NO: 5或6之第二聚核苷酸序列的第二非天然存在之核酸分子；及c)用於抑制本文中所描述之HBV基因表現的RNAi劑。

在一個實施例中，第一及第二非天然存在之核酸分子中之每一者為DNA分子，DNA分子較佳存在於質體或病毒載體上。

在另一實施例中，第一及第二非天然存在之核酸分子中之每一者為RNA分子，較佳mRNA或自我複製RNA分子。

在一些實施例中，第一及第二非天然存在之核酸分子中之每一者獨立地與脂質奈米顆粒(LNP)調配。

在另一通用態樣中，本申請案係關於一種包含本申請案之治療組合的套組。

本申請案亦關於一種用於誘發針對B型肝炎病毒(HBV)之免疫反應的本申請案之治療組合或套組；及本申請案之治療組合、組合物或套組在製造用於誘發針對B型肝炎病毒(HBV)之免疫反應的藥物中之用途。該用途可進一步包含與另一免疫原性藥劑或治療劑，較佳另一HBV抗原或另一HBV療法之組合。較佳地，該個體患有慢性HBV感染。

本申請案進一步關於一種用於治療有需要之個體的HBV誘發之疾病的本申請案之治療組合或套組；及本申請案之治療組合或套組的用途，其用於製造用於治療有需要之個體的HBV誘發之疾病的藥物。該用途可進一步包含與另一治療劑，較佳地另一抗HBV抗原之組合。較佳地，個體患有慢性HBV感染，且該HBV誘發之疾病係選自由晚期纖維化、肝硬化及肝細胞癌(HCC)組成之群。

本申請案亦關於一種誘發針對HBV之免疫反應的方法或一種治療HBV感染或HBV誘發之疾病的方法，其包含向有需要之個體投與根據本發明之實施例的治療組合。

自以下揭示內容，包括本發明之詳細說明及其較佳實施例以及所附申請專利範圍，將易於瞭解本發明之其他態樣、特徵及優勢。

對以電子方式提交之序列表之引用本申請案含有序列表，其經由EFS-Web作為ASCII格式化序列表以電子方式提交，其中檔案名稱為「065814_12WO1_Sequence_Listing」，且創建日期為2020年6月15日，且大小為47 kb。此經由EFS-Web提交之序列表係說明書之一部分且以全文引用之方式併入本文中。

相關申請之交叉參考本申請案主張2019年6月18日申請之美國臨時申請案第62/862,754號之優先權，其揭示內容以全文引用之方式併入本文中。

先前技術及本說明書通篇引用或描述各種出版物、文章及專利；該等參考文獻各自以全文引用之方式併入本文中。本說明書中所包括的文獻、操作、材料、裝置、文章或類似物之論述係出於提供本發明之內容的目的。此類論述並非承認任何或所有此等內容形成關於所揭示或所主張之任何發明之先前技術的一部分。

除非另外定義，否則本文所用的所有技術及科學術語均具有與本發明所屬領域的一般技術者通常所理解相同的含義。另外，本文中使用之某些術語具有如本說明書中所述之含義。本文中引用的所有專利、公開之專利申請案及出版物均以引用的方式併入，就如同在本文中完整闡述一般。

必須注意，除非上下文另有明確規定，否則如本文及隨附申請專利範圍中所用，單數形式「一(a)」、「一(an)」及「該(the)」包括複數個提及物。

除非另外指示，否則在一系列要素之前的術語「至少」應理解為指系列中之每一要素。熟習此項技術者將認識到或能夠僅使用常規實驗確定本文所描述之本發明特定實施例的許多等效物。本發明意欲涵蓋此類等效物。

在整個本說明書及隨後之申請專利範圍中，除非本文另有要求，否則詞語「包含(comprise)」及諸如「包含(comprises)」及「包含(comprising)」之變化形式，應理解為暗示包括所述的一個整數或步驟或一組整數或步驟，但不排除任何另外一個整數或步驟或任何另外一組整數或步驟。當在本文中使用時，術語「包含」可用術語「含有」或「包括」替代，或有時當在本文中使用時，用術語「具有」替代。

當在本文中使用時，「由……組成」排除所主張要素中未規定之任何要素、步驟或成分。當在本文中使用時，「基本上由……組成」不排除不會實質上影響技術方案之基本及新穎特徵之材料或步驟。每當本文中在本申請案之態樣或實施例之上下文中使用時，前述術語「包含」、「含有」、「包括」及「具有」中之任一者可用術語「由……組成」或「基本上由……組成」替代以改變本發明之範疇。

如本文所用，多個所述要素之間的合取術語「及/或」理解為涵蓋單獨及組合選項。舉例而言，當兩個要素藉由「及/或」連結時，第一個選擇係指第一要素之適用性，不含第二要素。第二個選擇係指第二要素之適用性，不含第一要素。第三個選擇係指第一要素與第二要素一起之適用性。此等選擇中之任一者應理解為在該含義之範圍內，且因此滿足如本文所使用之術語「及/或」之要求。該等選擇中多於一個之同時適用性亦應理解為在該含義之範圍內，且因此滿足術語「及/或」之要求。

除非另外規定，否則任何數值，諸如本文所述之濃度或濃度範圍，應理解為在所有情況下以術語「約」修飾。因此，一個數值通常包括所述值之±10%。舉例而言，1 mg/mL濃度包括0.9 mg/mL至1.1 mg/mL。同樣，1 mg/mL至10 mg/mL之濃度範圍包括0.9 mg/mL至11 mg/mL。除非上下文另外明確地指示，否則如本文所用，使用的數字範圍明確地包括所有可能的子範圍、在該範圍內的所有個別數值，包括該等範圍內之整數及該等值之分數。

片語「序列一致性百分比(%)」或「一致性%」或「與……一致%」當參照胺基酸序列使用時描述兩個或更多個比對之胺基酸序列中匹配(「相配(hit))」的一致胺基酸之數量與構成該等胺基酸序列之總長度的胺基酸殘基之數量的比較。換言之，當比較兩個或更多個序列且比對達到最大對應性(如使用此項技術中已知之序列比較演算法量測)時，或當手動地比對並目視檢查時，使用比對，可確定該等序列中相同胺基酸殘基之百分含量(例如在胺基酸序列全長內90%、91%、92%、93%、94%、95%、97%、98%、99%或100%一致性)。因此，供比較以確定序列一致性的序列可能因胺基酸之取代、添加或缺失而不同。適合用於比對蛋白質序列之程式係熟習此項技術者已知的。蛋白質序列之序列一致性百分比可用諸如CLUSTALW、Clustal Omega、FASTA或BLAST之程式，例如使用NCBI BLAST演算法(Altschul SF等人(1997)，Nucleic Acids Res . 25:3389-3402)確定。

如本文所用，在向個體投與兩種或更多種療法或組分之情形下，術語及片語「組合」、「與……組合」、「共遞送」及「與……一起投與」係指同時投與或後續投與兩種或更多種療法或組分，諸如兩種載體，例如DNA質體、肽或治療組合及佐劑。「同時投與」可至少在同一天內投與兩種或更多種療法或組分。當兩種組分係「一起投與」或「組合投與」時，其可在較短時段內，諸如在24、20、16、12、8或4小時內或在1小時內以獨立組合物依序投與，或其可以單一組合物形式同時投與。「後續投與」可在同一天或在獨立天數投與兩種或更多種療法或組分。使用術語「與……組合」並不限定向個體投與療法或組分之次序。舉例而言，第一療法或組分(例如編碼HBV抗原之第一DNA質體)可在投與第二療法或組分(例如編碼HBV抗原之第二DNA質體)及/或第三療法或組分(例如用於抑制HBV基因表現之RNAi劑)之前(例如5分鐘至一小時之前)、伴隨其或與其同時或在其之後(例如5分鐘至一小時之後)投與。在一些實施例中，在同一組合物中投與第一療法或組分(例如編碼HBV抗原之第一DNA質體)、第二療法或組分(例如編碼HBV抗原之第二DNA質體)及第三療法或組分(例如用於抑制HBV基因表現之RNAi劑)。在其他實施例中，在獨立組合物，諸如兩個或三個獨立組合物中投與第一療法或組分(例如編碼HBV抗原之第一DNA質體)、第二療法或組分(例如編碼HBV抗原之第二DNA質體)及第三療法或組分(例如用於抑制HBV基因表現之RNAi劑)。

如本文所用，「非天然存在之」核酸或多肽係指自然界中不存在的核酸或多肽。「非天然存在之」核酸或多肽可經合成、處理、製造及/或以其他方式在實驗室及/或製造環境中操作。在一些情況下，非天然存在之核酸或多肽可包含經處理、加工或操作而呈現在處理之前天然存在之核酸或多肽中不存在之特性的天然存在之核酸或多肽。如本文所用，「非天然存在之」核酸或多肽可為自發現其之天然來源分離或分開的核酸或多肽，且其與在天然來源中與其相關之序列缺乏共價鍵。「非天然存在之」核酸或多肽可以重組方式或其他方法，諸如化學合成製成。

如本文所用，「個體」意謂將利用根據本申請案之一個實施例的方法治療或已利用該方法治療的任何動物，較佳為哺乳動物，最佳為人類。如本文所用，術語「哺乳動物」涵蓋任何哺乳動物。哺乳動物之實例包括但不限於牛、馬、綿羊、豬、貓、狗、小鼠、大鼠、兔、天竺鼠、非人類靈長類動物(NHP) (諸如猴或猿、人類等)，更佳為人類。

如本文所用，術語「可操作地連接」係指鍵聯或並接，其中如此描述之組分係呈允許其以其預期方式發揮作用的關係。舉例而言，可操作地連接至所關注核酸序列之調控序列能夠引導該所關注核酸序列之轉錄，或可操作地連接至所關注胺基酸序列之信號序列能夠將該所關注胺基酸序列分泌或轉位至膜上。

為了幫助本申請案之讀者，說明書分成各種段落或部分，或針對本申請案之各種實施例。該等分離不應認為一個段落或部分或實施例之物質與另一段或部分或實施例之物質無關聯。相反，熟習此項技術者應理解，本說明書具有廣闊應用且涵蓋可涵蓋之各種部分、段落及語句之所有組合。任何實施例之論述僅意欲為例示性的，且並不意欲表明本發明之範疇，包括申請專利範圍，侷限於此等實例。舉例而言，儘管本文所描述的本申請案之HBV載體(例如質體DNA或病毒載體)之實施例可含有按特定次序佈置之特定組分，包括但不限於某些啟動子序列、強化子或調控序列、信號肽、HBV抗原編碼序列、聚腺苷酸化信號序列等，但一般熟習此項技術者應瞭解，本文所揭示之概念可同等地應用於按可在本申請案之HBV載體中使用的其他次序佈置之其他組分。本申請案涵蓋使用具有可用於本申請案之HBV載體中之任何序列的呈任何組合形式之可應用組分中之任一者，無論是否明確地描述特定組合。本發明大體上係關於一種包含一或多種HBV抗原及至少一種用於抑制HBV基因表現之RNAi劑的治療組合。

B 型肝炎病毒 (HBV) 如本文所用，「B型肝炎病毒」或「HBV」係指肝DNA病毒科之病毒。HBV為編碼四個開放閱讀框架及七種蛋白質的親肝性小(例如3.2 kb)DNA病毒。HBV編碼之七種蛋白質包括小(S)、中等(M)及大(L)表面抗原(HBsAg)或包膜(Env)蛋白質、前核心蛋白、核心蛋白、病毒聚合酶(Pol)及HBx蛋白質。HBV表現三種表面抗原，或包膜蛋白，即L、M及S，其中S最小且L最大。M及L蛋白質中之額外結構域分別命名為前S2及前S1。核心蛋白係病毒核蛋白殼之次單元。Pol係合成病毒DNA (逆轉錄酶、核糖核酸酶H及引子)所需的，其出現在定位於受感染肝細胞之細胞質的核蛋白殼中。前核心蛋白係具有N端信號肽之核心蛋白且在自感染細胞分泌之前，在其N及C端經蛋白水解加工為所謂的B型肝炎抗原(HBeAg)。HBx蛋白質係共價閉合環狀DNA (cccDNA)高效轉錄所需的。HBx並非病毒結構蛋白。除共有mRNA之核心及聚合酶外，HBV之所有病毒蛋白均具有其自身mRNA。除前核心蛋白之外，HBV病毒蛋白均不經歷轉譯後蛋白質水解加工。

HBV病毒顆粒含有病毒包膜、核蛋白殼，及部分呈雙股DNA基因體的單一複本。核蛋白殼包含120個核心蛋白二聚體且經內嵌有S、M及L病毒包膜或表面抗原蛋白質之蛋白殼膜覆蓋。在進入細胞之後，病毒去殼且與病毒聚合酶共價結合的含蛋白殼之鬆環DNA (rcDNA)遷移至核中。在該過程期間，核心蛋白磷酸化誘發結構變化，暴露出核定位信號，使得蛋白殼能夠與所謂的輸入蛋白(importin)相互作用。該等輸入蛋白介導核心蛋白與核孔複合物之結合，在該結合後，蛋白殼解離且聚合酶/rcDNA複合物釋放至核中。在核內，rcDNA變得去蛋白化(移除聚合酶)且經宿主DNA修復機構轉化成共價閉合環狀DNA (cccDNA)基因體，自該基因體，重疊之轉錄物編碼HBeAg、HBsAg、核心蛋白、病毒聚合酶及HBx蛋白質。核心蛋白、病毒聚合酶及前基因體RNA (pgRNA)在細胞質中締合並自組裝成不成熟的含pgRNA之蛋白殼顆粒，該等蛋白殼顆粒進一步轉化為成熟rcDNA-蛋白殼且充當共同中間物，經包覆且以感染病毒顆粒形式分泌，或轉運回到核中以補充及維持穩定cccDNA池。

迄今為止，HBV基於包膜蛋白上存在之抗原性抗原決定基而分成四種血清型(adr、adw、ayr、ayw)，且基於病毒基因體之序列而分成八種基因型(A、B、C、D、E、F、G及H)。HBV基因型分佈在不同地理區域上。舉例而言，亞洲最流行基因型為基因型B及C。基因型D主要存在於非洲、中東及印度，而基因型A在北歐、撒哈拉沙漠以南非洲(sub-Saharan Africa)及西非較為普遍。

HBV 抗原如本文所用，術語「HBV抗原」、「HBV之抗原性多肽」、「HBV抗原性多肽」、「HBV抗原蛋白質」、「HBV免疫原性多肽」及「HBV免疫原」皆指能夠在個體中誘發針對HBV之免疫反應，例如體液及/或細胞介導之反應的多肽。HBV抗原可為HBV多肽、其片段或抗原決定基，或多個HBV多肽、其部分或衍生物之組合。HBV抗原能夠在宿主中產生保護性免疫反應，例如誘發針對病毒性疾病或感染之免疫反應，及/或在個體中產生針對病毒性疾病或感染之免疫(亦即，接種疫苗)，由此保護個體免受病毒性疾病或感染影響。舉例而言，HBV抗原可包含來自源於任何HBV基因型，例如基因型A、B、C、D、E、F、G及/或H之任何HBV蛋白質，諸如HBeAg、前核心蛋白、HBsAg (S、M或L蛋白質)、核心蛋白、病毒聚合酶或HBx蛋白質，或其組合的多肽或其免疫原性片段。

( 1 ) HBV 核心抗原 如本文所用，術語「HBV核心抗原」、「HBc」及「核心抗原」中之每一者均指能夠在個體中誘發針對HBV核心蛋白之免疫反應，例如體液及/或細胞介導之反應的HBV抗原。術語「核心」、「核心多肽」及「核心蛋白」中之每一者均指HBV病毒核心蛋白。全長核心抗原通常係183個胺基酸長度且包括裝配結構域(胺基酸1至149)及核酸結合結構域(胺基酸150至183)。該34個殘基之核酸結合結構域係前基因體RNA蛋白殼化所需的。此結構域亦用作核輸入信號。其包含17個精胺酸殘基且具有較高鹼性，與其功能相符。HBV核心蛋白在溶液中呈二聚體形式，且該二聚體自組裝成二十面體蛋白殼。每個核心蛋白二聚體具有在任一側上側接一個α-螺旋結構域的四個α-螺旋束。缺乏該核酸結合結構域的截短之HBV核心蛋白亦能夠形成蛋白殼。

在本申請案之一個實施例中，HBV抗原係截短HBV核心抗原。如本文所用，「截短HBV核心抗原」係指不含全長HBV核心蛋白但能夠在個體中誘發針對HBV核心蛋白之免疫反應的HBV抗原。舉例而言，HBV核心抗原可經修飾成使核心抗原中通常含有十七個精胺酸(R)殘基的帶大量正電荷(富含精胺酸)之C端核酸結合結構域的一或多個胺基酸缺失。本申請案之截短HBV核心抗原較佳為不包含HBV核心核輸入信號的C端截短HBV核心蛋白及/或已缺失C端HBV核心核輸入信號的截短之HBV核心蛋白。在一個實施例中，截短HBV核心抗原包含C端核酸結合結構域中之缺失，諸如缺失C端核酸結合結構域之1至34個胺基酸殘基，例如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33或34個胺基酸殘基，較佳缺失全部34個胺基酸殘基。在較佳實施例中，截短HBV核心抗原包含C端核酸結合結構域中之缺失，較佳缺失全部34個胺基酸殘基。

本申請案之HBV核心抗原可為源於多種HBV基因型(例如基因型A、B、C、D、E、F、G及H)之共同序列。如本文所用，「共同序列」意謂基於同源蛋白質之胺基酸序列比對，例如藉由比對(例如使用Clustal Omega)同源蛋白質之胺基酸序列所測定的人工胺基酸序列。其可為基於來自至少100個天然HBV分離株之HBV抗原(例如核心、pol等)之序列計算的在序列比對中各位置處所發現的最常見胺基酸殘基之次序。共同序列可為非天然存在的且不同於天然病毒序列。共同序列可藉由使用多序列比對工具比對來自不同來源之多個HBV抗原序列，且在有變化之比對位置選擇最常見的胺基酸來設計。較佳地，HBV抗原之共同序列係源於HBV基因型B、C及D。術語「共同抗原」用以指具有共同序列之抗原。

根據本申請案的例示性截短HBV核心抗原缺乏核酸結合功能，且能夠在哺乳動物中誘發針對至少兩種HBV基因型之免疫反應。較佳地，截短HBV核心抗原能夠在哺乳動物中誘發針對至少HBV基因型B、C及D之T細胞反應。更佳地，截短HBV核心抗原能夠在人類個體中誘發針對至少HBV基因型A、B、C及D之CD8 T細胞反應。

較佳地，本申請案之HBV核心抗原係共同抗原，較佳為源於HBV基因型B、C及D之共同抗原，更佳為源於HBV基因型B、C及D的截短之共同抗原。根據本申請案之例示性截短HBV核心共同抗原由與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致之胺基酸序列組成。SEQ ID NO: 2及SEQ ID NO: 4係源於HBV基因型B、C及D之核心共同抗原。SEQ ID NO: 2及SEQ ID NO: 4各自含有天然核心抗原之帶大量正電荷(富含精胺酸)之核酸結合結構域的34-胺基酸C端缺失。

在本申請案之一個實施例中，HBV核心抗原係由SEQ ID NO: 2之胺基酸序列組成的截短之HBV抗原。在另一實施例中，HBV核心抗原係由SEQ ID NO: 4之胺基酸序列組成的截短之HBV抗原。在另一實施例中，HBV核心抗原另外含有可操作地連接至成熟HBV核心抗原序列，諸如胺基酸序列SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4之N端的信號序列。較佳地，信號序列具有SEQ ID NO: 9或SEQ ID NO: 15之胺基酸序列。

( 2 ) HBV 聚合酶抗原 如本文所用，術語「HBV聚合酶抗原」、「HBV Pol抗原」或「HBV pol抗原」係指能夠在個體中誘發針對HBV聚合酶的免疫反應，例如體液及/或細胞介導之反應的HBV抗原。術語「聚合酶」、「聚合酶多肽」、「Pol」及「pol」中之每一者均指HBV病毒DNA聚合酶。HBV病毒DNA聚合酶具有四個結構域，自N端至C端，包括充當負股DNA合成之引子的末端蛋白質(TP)結構域；對於聚合酶功能不重要的間隔子；用於轉錄之逆轉錄酶(RT)結構域；以及核糖核酸酶H結構域。

在本申請案之一個實施例中，HBV抗原包含HBV Pol抗原，或其任何免疫原性片段或組合。HBV Pol抗原可含有改善該抗原之免疫原性的其他修飾，諸如藉由將突變引入聚合酶及/或RNA酶結構域之活性位點中以降低或實質上消除某些酶活性。

較佳地，本申請案之HBV Pol抗原不具有逆轉錄酶活性及核糖核酸酶H活性，且能夠在哺乳動物中誘發針對至少兩種HBV基因型之免疫反應。較佳地，HBV Pol抗原能夠在哺乳動物中誘發針對至少HBV基因型B、C及D之T細胞反應。更佳地，HBV Pol抗原能夠在人類個體中誘發針對至少HBV基因型A、B、C及D之CD8 T細胞反應。

因此，在一些實施例中，HBV Pol抗原係失活之Pol抗原。在一個實施例中，失活之HBV Pol抗原在聚合酶結構域之活性位點中包含一或多個胺基酸突變。在另一個實施例中，失活之HBV Pol抗原在核糖核酸酶H結構域之活性位點中包含一或多個胺基酸突變。在一個較佳實施例中，失活之HBV pol抗原在聚合酶結構域及核糖核酸酶H結構域兩者之活性位點中包含一或多個胺基酸突變。舉例而言，可例如藉由用天冬醯胺殘基(N)置換一或多個天冬胺酸殘基(D)，消除或降低金屬配位功能，由此降低或實質上消除逆轉錄酶功能來使HBV pol抗原之聚合酶結構域中核苷酸/金屬離子結合所需之「YXDD」基元突變。替代地，或除「YXDD」基元突變之外，可例如藉由用天冬醯胺殘基(N)置換一或多個天冬胺酸殘基(D)及/或用麩醯胺酸(Q)置換麩胺酸殘基(E)，由此降低或實質上消除核糖核酸酶H功能來使HBV pol抗原之核糖核酸酶H結構域中Mg² ⁺ 配位所需之「DEDD」基元突變。在一個特定實施例中，HBV pol抗原係藉由以下方式修飾：(1)使聚合酶結構域之「YXDD」基元中的天冬胺酸殘基(D)突變成天冬醯胺殘基(N)；以及(2)使核糖核酸酶H結構域之「DEDD」基元中的第一個天冬胺酸殘基(D)突變成天冬醯胺殘基(N)及使第一個麩胺酸殘基(E)突變成麩醯胺酸殘基(N)，由此降低或實質上消除pol抗原之逆轉錄酶及核糖核酸酶H功能。

在本申請案之一個較佳實施例中，HBV pol抗原為共同抗原，較佳為源於HBV基因型B、C及D之共同抗原，更佳為源於HBV基因型B、C及D的失活之共同抗原。根據本申請案之例示性HBV pol共同抗原包含與SEQ ID NO: 7至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 7至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳與SEQ ID NO: 7至少98%一致，諸如與SEQ ID NO: 7至少98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致之胺基酸序列。SEQ ID NO: 7為在聚合酶及核糖核酸酶H結構域之活性位點中包含四個突變的源於HBV基因型B、C及D之pol共同抗原。特定言之，該四個突變包括聚合酶結構域之「YXDD」基元中的天冬胺酸殘基(D)突變成天冬醯胺殘基(N)；以及核糖核酸酶H結構域之「DEDD」基元中的第一個天冬胺酸殘基(D)突變成天冬醯胺殘基(N)及麩胺酸殘基(E)突變成麩醯胺酸殘基(Q)。

在本申請案之一個特定實施例中，HBV pol抗原包含SEQ ID NO: 7之胺基酸序列。在本申請案之其他實施例中，HBV pol抗原由SEQ ID NO: 7之胺基酸序列組成。在另一實施例中，HBV pol抗原另外含有可操作地連接至成熟HBV核心抗原序列之N端的信號序列，諸如SEQ ID NO: 7之胺基酸序列。較佳地，信號序列具有SEQ ID NO: 9或SEQ ID NO: 15之胺基酸序列。

( 3 ) HBV 核心抗原與 HBV 聚合酶抗原之融合 如本文所用，術語「融合蛋白」或「融合物」係指具有至少兩個通常不存在於單一天然多肽中之多肽結構域的單一多肽鏈。

在本申請案之一個實施例中，HBV抗原包含融合蛋白，該融合蛋白包含較佳經由連接子可操作地連接至HBV Pol抗原之截短HBV核心抗原或可操作地連接至截短HBV核心抗原之HBV Pol抗原。

舉例而言，在含有第一多肽及第二異源多肽之融合蛋白中，連接子主要用作第一與第二多肽之間的間隔子。在一個實施例中，連接子係由經肽鍵連接在一起的胺基酸構成，較佳由經肽鍵連接的1至20個胺基酸構成，其中胺基酸係選自20種天然存在之胺基酸。在一個實施例中，該1至20個胺基酸係選自甘胺酸、丙胺酸、脯胺酸、天冬醯胺、麩醯胺酸及離胺酸。較佳地，連接子係由大量無空間位阻之胺基酸，諸如甘胺酸及丙胺酸構成。例示性連接子係聚甘胺酸，尤其是(Gly)5、(Gly)8；聚(Gly-Ala)及聚丙胺酸。如以下實例中所示的一種例示性適合連接子係(AlaGly)n，其中n係2至5之整數。

較佳地，本申請案之融合蛋白能夠在哺乳動物中誘發針對至少兩種HBV基因型之HBV核心及HBV Pol的免疫反應。較佳地，融合蛋白能夠在哺乳動物中誘發針對至少HBV基因型B、C及D之T細胞反應。更佳地，該融合蛋白能夠在人類個體中誘發針對至少HBV基因型A、B、C及D之CD8 T細胞反應。

在本申請案之一個實施例中，融合蛋白包含具有與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少90%，諸如至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致之胺基酸序列的截短HBV核心抗原；連接子；及具有與SEQ ID NO: 7至少90%，諸如至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致之胺基酸序列的HBV Pol抗原。

在本申請案之一個較佳實施例中，融合蛋白包含由SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4之胺基酸序列組成之截短HBV核心抗原；包含(AlaGly)n之連接子，其中n為2至5之整數；及具有SEQ ID NO: 7之胺基酸序列的HBV Pol抗原。更佳地，根據本申請案之實施例的融合蛋白包含SEQ ID NO: 16之胺基酸序列。

在本申請案之一個實施例中，融合蛋白進一步包含可操作地連接至融合蛋白之N端的信號序列。較佳地，信號序列具有SEQ ID NO: 9或SEQ ID NO: 15之胺基酸序列。在一個實施例中，融合蛋白包含SEQ ID NO: 17之胺基酸序列。

可用於本發明之HBV疫苗的額外揭示內容描述於2018年12月18日申請之美國專利申請案第16/223,251號中，本申請案之內容，更佳本申請案之實例以全文引用之方式併入本文中。

聚核苷酸及載體 在另一通用態樣中，本申請案提供編碼根據本申請案之實施例適用於本發明之HBV抗原的非天然存在之核酸分子，及包含非天然存在之核酸的載體。第一或第二非天然存在之核酸分子可包含編碼可用於本申請案之HBV抗原的任何聚核苷酸序列，其可根據本揭示內容使用此項技術中已知之方法製成。較佳地，第一或第二聚核苷酸編碼本申請案之截短HBV核心抗原及HBV聚合酶抗原中的至少一者。聚核苷酸可呈藉由重組技術(例如選殖)獲得或以合成方式(例如化學合成)產生之RNA形式或DNA形式。DNA可為單股或雙股的，或可含有雙股及單股序列之部分。DNA可例如包含基因體DNA、cDNA或其組合。聚核苷酸亦可為DNA/RNA雜合體。本申請案之聚核苷酸及載體可用於製造重組蛋白、在宿主細胞中表現蛋白質或製造病毒顆粒。較佳地，聚核苷酸係DNA。

在本申請案之一個實施例中，第一非天然存在之核酸分子包含編碼截短HBV核心抗原的第一聚核苷酸序列，該截短HBV核心抗原由與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 2至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4達98%、99%或100%一致之胺基酸序列組成。在本申請案之一個特定實施例中，第一非天然存在之核酸分子包含編碼截短HBV核心抗原的第一聚核苷酸序列，該截短HBV核心抗原由SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4之胺基酸序列組成。

編碼由胺基酸序列SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4組成之截短HBV核心抗原的本申請案之聚核苷酸序列之實例包括但不限於滿足以下之聚核苷酸序列：與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3達98%、99%或100%一致。編碼截短HBV核心抗原的例示性非天然存在之核酸分子具有SEQ ID NO: 1或3之聚核苷酸序列。

在另一實施例中，第一非天然存在之核酸分子進一步包含可操作地連接至該HBV核心抗原序列之N端的信號序列之編碼序列。較佳地，信號序列具有SEQ ID NO: 9或SEQ ID NO: 15之胺基酸序列。更佳地，信號序列之編碼序列包含SEQ ID NO: 8或SEQ ID NO: 14之聚核苷酸序列。

在本申請案之一個實施例中，第二非天然存在之核酸分子包含編碼HBV聚合酶抗原之第二聚核苷酸序列，該HBV聚合酶抗原包含與SEQ ID NO: 7至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 7至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳地與SEQ ID NO: 7達100%一致之胺基酸序列。在本申請案之一個特定實施例中，第二非天然存在之核酸分子包含編碼HBV聚合酶抗原之第二聚核苷酸序列，該HBV聚合酶抗原由SEQ ID NO: 7之胺基酸序列組成。

編碼包含與SEQ ID NO: 7至少90%一致之胺基酸序列的HBV Pol抗原的本申請案之聚核苷酸序列之實例包括但不限於滿足以下之聚核苷酸序列：與SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳與SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6達98%、99%或100%一致。編碼HBV pol抗原之例示性非天然存在之核酸分子具有SEQ ID NO: 5或6之聚核苷酸序列。

在另一個實施例中，第二非天然存在之核酸分子進一步包含信號序列之編碼序列，該信號序列可操作地連接至HBV pol抗原序列，諸如SEQ ID NO: 7之胺基酸序列之N端。較佳地，信號序列具有SEQ ID NO: 9或SEQ ID NO: 15之胺基酸序列。更佳地，信號序列之編碼序列包含SEQ ID NO: 8或SEQ ID NO: 14之聚核苷酸序列。

在本申請案之另一實施例中，非天然存在之核酸分子編碼包含可操作地連接至HBV Pol抗原之截短HBV核心抗原，或可操作地連接至截短HBV核心抗原之HBV Pol抗原的HBV抗原融合蛋白。在一個特定實施例中，本申請案之非天然存在之核酸分子編碼由與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4達100%一致，更佳與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4達100%一致之胺基酸序列組成的截短HBV核心抗原；連接子；及包含與SEQ ID NO: 7至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 7至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳與SEQ ID NO: 7達98%、99%或100%一致之胺基酸序列的HBV聚合酶抗原。在本申請案之一個特定實施例中，非天然存在之核酸分子編碼融合蛋白，該融合蛋白包含由SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4之胺基酸序列組成的截短HBV核心抗原；包含(AlaGly)n之連接子，其中n為2至5之整數；以及包含SEQ ID NO: 7之胺基酸序列的HBV Pol抗原。在本申請案之一個特定實施例中，非天然存在之核酸分子編碼包含SEQ ID NO: 16之胺基酸序列的HBV抗原融合蛋白。

編碼HBV抗原融合蛋白的本申請案之聚核苷酸序列之實例包括但不限於滿足以下之聚核苷酸序列：該聚核苷酸序列與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3達98%、99%或100%一致，其可操作地連接至與SEQ ID NO: 11至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 11至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳與SEQ ID NO: 11達98%、99%或100%一致之連接子編碼序列，該聚核苷酸序列進一步可操作地連接與SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳與SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6達98%、99%或100%一致之聚核苷酸序列。在本申請案之特定實施例中，編碼HBV抗原融合蛋白之非天然存在之核酸分子包含SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3，其可操作地連接至SEQ ID NO: 11，其進一步可操作地連接至SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6。

在另一實施例中，編碼HBV融合物之非天然存在之核酸分子進一步包含可操作地連接至HBV融合序列，諸如SEQ ID NO: 16之胺基酸序列之N端的信號序列的編碼序列。較佳地，信號序列具有SEQ ID NO: 9或SEQ ID NO: 15之胺基酸序列。更佳地，信號序列之編碼序列包含SEQ ID NO: 8或SEQ ID NO: 14之聚核苷酸序列。在一個實施例中，具有信號序列之經編碼融合蛋白包含SEQ ID NO: 17之胺基酸序列。

本申請案亦關於一種載體，其包含第一及/或第二非天然存在之核酸分子。如本文所用，「載體」係用於將遺傳物質載運至另一細胞中的核酸分子，在該另一細胞中，其可經複製及/或表現。根據本發明，熟習此項技術者已知之任何載體均可使用。載體之實例包括但不限於質體、病毒載體(噬菌體、動物病毒及植物病毒)、黏質體及人工染色體(例如YAC)。較佳地，載體係DNA質體。載體可為DNA載體或RNA載體。一般熟習此項技術者可根據本發明，經由標準重組技術構築本申請案之載體。

本申請案之載體可為表現載體。如本文所用，術語「表現載體」係指包含編碼能夠轉錄之RNA之核酸的任何類型之基因構築體。表現載體包括但不限於用於重組蛋白表現之載體(諸如DNA質體或病毒載體)；及用於將核酸遞送至個體中以在該個體之組織中表現的載體(諸如DNA質體或病毒載體)。熟習此項技術者應瞭解，表現載體之設計可取決於諸如待轉型宿主細胞之選擇、所需蛋白質之表現量等因素。

本申請案之載體可含有多種調控序列。如本文所用，術語「調控序列」係指允許、促成或調節核酸分子之功能調節，包括宿主細胞或生物體中核酸或其衍生物之一(亦即，mRNA)之複製、重複、轉錄、剪接、轉譯、穩定性及/或轉運的任何序列。在本發明的上下文中，此術語涵蓋啟動子、強化子及其他表現控制元件(例如聚腺苷酸化信號及影響mRNA穩定性之元件)。

在本申請案之一些實施例中，載體係非病毒載體。非病毒載體之實例包括但不限於DNA質體、細菌人工染色體、酵母人工染色體、噬菌體等。非病毒載體之實例包括但不限於RNA複製子、mRNA複製子、經修飾mRNA複製子或自我擴增mRNA、閉合線性去氧核糖核酸，例如線性共價閉合DNA，諸如線性共價閉合雙股DNA分子。較佳地，非病毒載體係DNA質體。「DNA質體」與「DNA質體載體」、「質體DNA」或「質體DNA載體」可互換使用，係指能夠在適合宿主細胞中自主複製的大體上呈環狀的雙股DNA序列。用於表現編碼之聚核苷酸的DNA質體通常包含複製起點、多選殖位點及可選擇標記物，該可選擇標記物例如可為抗生素抗性基因。可使用的適合DNA質體之實例包括但不限於用於熟知表現系統(包括原核及真核系統兩種)中的可商購之表現載體，諸如pSE420 (Invitrogen, San Diego, Calif.)，其可用於在大腸桿菌中產生及/或表現蛋白質；pYES2 (Invitrogen, Thermo Fisher Scientific)，其可用於在酵母菌株釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)中產生及/或表現；MAXBAC^® 完全桿狀病毒表現系統(Thermo Fisher Scientific)，其可用於在昆蟲細胞中產生及/或表現；pcDNA^TM 或pcDNA3^TM (Life Technologies, Thermo Fisher Scientific)，其可用於在哺乳動物細胞中高水準組成性蛋白質表現；以及pVAX或pVAX-1 (Life, Thermo Fisher Scientific)，其可用於在大部分哺乳動物細胞中高水準短暫表現所關注蛋白質。任何可商購之DNA質體的主鏈均可藉由使用常規技術及容易得到的起始物質進行修飾以優化宿主細胞中蛋白質之表現，以便逆轉某些元件(例如複製起點及/或抗生素抗性卡匣)之取向，置換質體內源性啟動子(例如抗生素抗性卡匣中之啟動子)，及/或置換編碼轉錄蛋白質之聚核苷酸序列(例如抗生素抗性基因之編碼序列)。(參見例如，Sambrook等人, Molecular Cloning a Laboratory Manual, 第二版 Cold Spring Harbor Press (1989))。

較佳地，DNA質體係適於在哺乳動物宿主細胞中表現蛋白質的表現載體。適於在哺乳動物宿主細胞中表現蛋白質的表現載體包括但不限於pcDNA^TM 、pcDNA3^TM 、pVAX、pVAX-1、ADVAX、NTC8454等。較佳地，表現載體係基於pVAX-1，其可進一步經修飾以優化哺乳動物細胞中蛋白質之表現。pVAX-1係DNA疫苗中之常用質體，且含有較強的人即刻早期巨細胞病毒(CMV-IE)啟動子，隨後為牛生長激素(bGH)源性聚腺苷酸化序列(pA)。pVAX-1還含有pUC複製起點及由允許細菌質體繁殖之小原核生物啟動子驅動的康黴素抗性基因。

本申請案之載體亦可為病毒載體。一般而言，病毒載體係載運經修飾病毒DNA或RNA的經遺傳工程改造之病毒，該病毒DNA或RNA已呈現非感染性，但仍含有病毒啟動子及轉殖基因，由此允許經由病毒啟動子轉譯轉殖基因。由於病毒載體常常缺乏感染性序列，故其需要輔助病毒或包裝株來進行大規模轉染。可使用的病毒載體之實例包括但不限於腺病毒載體、腺相關病毒載體、痘病毒載體、腸病毒載體、委內瑞拉馬腦炎病毒(Venezuelan Equine Encephalitis virus)載體、勝利基森林病毒(Semliki Forest Virus)載體、菸草鑲嵌病毒載體、慢病毒載體等。可使用之病毒載體之實例包括但不限於：沙粒狀病毒載體、複製缺陷型沙粒狀病毒載體或複製勝任型沙粒狀病毒載體、雙區段或三區段沙粒狀病毒、感染性沙粒狀病毒載體；包含沙狀病毒基因體區段之核酸，其中基因體區段之一個開放閱讀框架缺失或在功能上失活(且用如本文所述之編碼HBV抗原之核酸置換)；諸如淋巴球性脈絡叢腦膜炎病毒(LCMV)之沙粒狀病毒，例如純系13病毒株或MP病毒株，及諸如胡寧病毒(Junin virus)之沙粒狀病毒，例如Candid #1病毒株。載體亦可為非病毒載體。

較佳地，病毒載體係腺病毒載體，例如重組腺病毒載體。重組腺病毒載體可例如源於人類腺病毒(HAdV或AdHu)，或猴腺病毒，諸如黑猩猩或大猩猩腺病毒(ChAd、AdCh或SAdV)或恆河猴腺病毒(rhAd)。較佳地，腺病毒載體係重組人類腺病毒載體，例如重組人類腺病毒血清型26，或重組人類腺病毒血清型5、4、35、7、48中之任一者等。在其他實施例中，腺病毒載體係rhAd載體，例如rhAd51、rhAd52或rhAd53。

載體亦可為線性共價閉合雙股DNA載體。如本文所用，「線性共價閉合雙股DNA載體」係指在結構上不同於質體DNA之閉合線性去氧核糖核酸(DNA)。其具有諸多質體DNA之優點以及與RNA策略類似之最小卡匣尺寸。舉例而言，其可為載體卡匣，其一般包含經編碼抗原序列、啟動子、聚腺苷酸化序列及端粒末端。無質體構築體可在不需要細菌序列之情況下經由酶法合成。適合的線性共價閉合DNA載體之實例包括但不限於可商購之表現載體，諸如『Doggybone™ closed linear DNA』(dbDNA™) (Touchlight Genetics Ltd.; London, England)。參見例如Scott等人，Hum Vaccin Immunother . 2015年8月; 11(8): 1972-1982，其全部內容以引用之方式併入本文中。線性共價閉合雙股DNA載體、用於產生此類載體及使用此類載體遞送DNA分子(諸如本發明之活性分子)之組合物及方法的一些實例描述於US2012/0282283、US2013/0216562及US2018/0037943中，其中之每一者的相關內容以全文引用之方式併入本文中。

可用於本申請案之重組載體可鑒於本發明使用此項技術中已知之方法製備。舉例而言，考慮到遺傳密碼之簡併性，可設計出編碼相同多肽之若干核酸序列。編碼本申請案之HBV抗原的聚核苷酸可視情況經密碼子優化以確保在宿主細胞(例如細菌或哺乳動物細胞)中適當表現。密碼子優化係此項技術中廣泛應用之技術，且根據本發明，用於獲得經密碼子優化之聚核苷酸的方法將為熟習此項技術者所熟知。

本申請案之載體，例如DNA質體、病毒載體(尤其腺病毒載體)、RNA載體(諸如自我複製RNA複製子)或線性共價閉合雙股DNA載體可包含任何調控元件以建立載體習知功能，包括但不限於由載體之聚核苷酸序列編碼的HBV抗原之複製及表現。調控元件包括但不限於啟動子、強化子、聚腺苷酸化信號、轉譯終止密碼子、核糖體結合元件、轉錄終止子、選擇標記物、複製起點等。載體可包含一或多個表現卡匣。「表現卡匣」係載體中引導細胞機構製成RNA及蛋白質的部分。表現卡匣通常包含三種組分：啟動子序列、開放閱讀框架，及視情況包含聚腺苷酸化信號之3'非轉譯區域(UTR)。開放閱讀框架(ORF)係含有所關注蛋白質(例如HBV抗原)的自起始密碼子至終止密碼子之編碼序列的閱讀框架。表現卡匣之調控元件可以可操作地連接至編碼所關注HBV抗原之聚核苷酸序列。如本文所用，術語「可操作地連接」係以最廣泛合理的內容解釋，且指呈功能關係的聚核苷酸元件之鍵聯。當聚核苷酸放置成與另一聚核苷酸具有功能關係時，其係「可操作地連接」。舉例而言，若啟動子影響編碼序列之轉錄，則其係可操作地連接至該編碼序列。適用於本文所描述之表現卡匣中的任何組件可以任何組合形式且按任何次序使用以製備本申請案之載體。

載體可包含啟動子序列，較佳地在表現卡匣內包含啟動子序列，用以控制所關注HBV抗原之表現。術語「啟動子」係以習知意義使用，且指起始可操作地連接之核苷酸序列之轉錄的核苷酸序列。啟動子係與其轉錄之核苷酸序列位於相同股上，且鄰近該核苷酸序列。啟動子可為組成性、誘導性或阻遏性的。啟動子可為天然存在的或合成的。啟動子可源於包括病毒、細菌、真菌、植物、昆蟲及動物之來源。啟動子可為同源啟動子(亦即，源於與載體相同之基因來源)或異源啟動子(亦即，源於不同載體或基因來源)。舉例而言，若欲採用之載體係DNA質體，則啟動子可對於質體為內源性的(同源)或源於其他來源(異源)。較佳地，該啟動子係位於表現卡匣內編碼HBV抗原之聚核苷酸的上游。

可使用的啟動子之實例包括但不限於來自猴病毒40 (SV40)之啟動子、小鼠乳癌病毒(MMTV)啟動子、人類免疫缺陷病毒(HIV)啟動子諸如牛免疫缺陷病毒(BIV)長末端重複序列(LTR)啟動子、莫洛尼病毒(Moloney virus)啟動子、禽類白血病病毒(ALV)啟動子、巨細胞病毒(CMV)啟動子諸如CMV即刻早期啟動子(CMV-IE)、埃-巴二氏病毒(Epstein Barr virus，EBV)啟動子，或勞斯肉瘤病毒(Rous sarcoma virus，RSV)啟動子。啟動子亦可為來自人類基因，諸如人類肌動蛋白、人類肌凝蛋白、人類血紅蛋白、人類肌肉肌酸或人類金屬硫蛋白之啟動子。啟動子亦可為天然或合成的組織特異性啟動子，諸如肌肉或皮膚特異性啟動子。

較佳地，啟動子為強真核啟動子，較佳為巨細胞病毒即刻早期(CMV-IE)啟動子。例示性CMV-IE啟動子之核苷酸序列展示於SEQ ID NO: 18或SEQ ID NO: 19中。

載體可包含使所表現之轉錄物穩定，促進RNA轉錄物之核輸出及/或改善轉錄-轉譯偶聯之額外聚核苷酸序列。此類序列之實例包括聚腺苷酸化信號及強化子序列。聚腺苷酸化信號通常位於載體之表現卡匣內所關注蛋白質(例如HBV抗原)之編碼序列的下游。強化子序列係當經轉錄因子結合時促進相關基因之轉錄的調控性DNA序列。強化子序列較佳在載體之表現卡匣內位於編碼HBV抗原之聚核苷酸序列的上游，但在啟動子序列的下游。

根據本發明，熟習此項技術者已知之任何聚腺苷酸化信號均可使用。例如，聚腺苷酸化信號可為SV40聚腺苷酸化信號、LTR聚腺苷酸化信號、牛生長激素(bGH)聚腺苷酸化信號、人類生長激素(hGH)聚腺苷酸化信號或人類β-血球蛋白聚腺苷酸化信號。較佳地，聚腺苷酸化信號係牛生長激素(bGH)聚腺苷酸化信號或SV40聚腺苷酸化信號。例示性bGH聚腺苷酸化信號之核苷酸序列展示於SEQ ID NO: 20中。例示性SV40聚腺苷酸化信號之核苷酸序列展示於SEQ ID NO: 13中。

根據本發明，熟習此項技術者已知之任何強化子序列均可使用。舉例而言，強化子序列可為人類肌動蛋白、人類肌凝蛋白、人類血紅蛋白、人類肌肉肌酸，或病毒強化子，諸如來自CMV、HA、RSV或EBV之強化子。特定強化子之實例包括但不限於土拔鼠HBV轉錄後調控元件(WPRE)、源於人類載脂蛋白A1前驅體(ApoAI)之內含子/外顯子序列、1型人類T細胞白血病病毒(HTLV-1)長末端重複序列(LTR)之非轉譯R-U5結構域、剪接強化子、合成兔β-血球蛋白內含子或其任何組合。較佳地，強化子序列係HTLV-1 LTR之非轉譯R-U5結構域、兔β-血球蛋白內含子及剪接強化子三個連續元件構成的複合序列，在本文中稱作「三強化子序列」。例示性三強化子序列之核苷酸序列展示於SEQ ID NO: 10中。另一例示性強化子序列為SEQ ID NO: 12中所示之ApoAI基因片段。

載體可包含編碼信號肽序列之聚核苷酸序列。較佳地，編碼信號肽序列之聚核苷酸序列係位於編碼HBV抗原之聚核苷酸序列的上游。信號肽通常引導蛋白質之定位，促進產生蛋白質之細胞分泌蛋白質，及/或改善抗原表現及交叉呈現至抗原呈現細胞。信號肽當自載體表現時可存在於HBV抗原之N端，但例如在自細胞分泌時，經信號肽酶裂解。信號肽已裂解的所表現之蛋白質通常稱為「成熟蛋白」。根據本發明，此項技術中已知之任何信號肽均可使用。舉例而言，信號肽可為胱抑素S信號肽；免疫球蛋白(Ig)分泌信號，諸如Ig重鏈γ信號肽SPIgG或Ig重鏈ε信號肽SPIgE。

較佳地，信號肽序列係胱抑素S信號肽。胱抑素S信號肽之例示性核酸及胺基酸序列分別展示於SEQ ID NO: 8及9中。免疫球蛋白分泌信號之例示性核酸及胺基酸序列分別展示於SEQ ID NO: 14及15中。

載體，諸如DNA質體亦可包括細菌複製起點及用於在細菌細胞，例如大腸桿菌中選擇及維持質體的抗生素抗性表現卡匣。細菌複製起點及抗生素抗性卡匣可與編碼HBV抗原之表現卡匣相同之取向或以相反(逆向)取向定位於載體中。複製起點(ORI)係這樣一種序列，在該序列處，複製起始，使得質體能夠在細胞內複製及存活。適用於本申請案中之ORI的實例包括但不限於ColE1、pMB1、pUC、pSC101、R6K及15A，較佳為pUC。pUC ORI之例示性核苷酸序列展示於SEQ ID NO: 21中。

用於在細菌細胞中選擇及維持之表現卡匣通常包括可操作地連接至抗生素抗性基因之啟動子序列。較佳地，可操作地連接至抗生素抗性基因之啟動子序列不同於可操作地連接至編碼所關注蛋白質，例如HBV抗原之聚核苷酸序列的啟動子序列。抗生素抗性基因可經密碼子優化，且抗生素抗性基因之序列組成通常針對細菌，例如大腸桿菌之密碼子使用進行調整。根據本發明，熟習此項技術者已知之任何抗生素抗性基因均可使用，包括但不限於康黴素抗性基因(Kanr)、安比西林(ampicillin)抗性基因(Ampr)及四環素抗性基因(Tetr)，以及賦予對氯黴素(chloramphenicol)、博萊黴素(bleomycin)、大觀黴素(spectinomycin)、卡本西林(carbenicillin)等之抗性的基因。

較佳地，載體抗生素表現卡匣中之抗生素抗性基因係康黴素抗性基因(Kanr)。Kanr基因之序列展示於SEQ ID NO: 22中。較佳地，Kanr基因經密碼子優化。經密碼子優化之Kanr基因之例示性核酸序列展示於SEQ ID NO: 23中。Kanr可以可操作地連接至其天然啟動子，或Kanr基因可連接至異源啟動子。在一個特定實施例中，Kanr基因可操作地連接至安比西林抗性基因(Ampr)啟動子，稱為bla啟動子。bla啟動子之例示性核苷酸序列展示於SEQ ID NO: 24中。

在本申請案之一個特定實施例中，載體為DNA質體，其包含包括編碼選自由以下組成之群之至少一個HBV抗原的聚核苷酸的表現卡匣：HBV pol抗原(其包含的胺基酸序列與SEQ ID NO: 7至少90%，諸如90%、91%、92%、93%、94%、95%、96、97%，較佳地至少98%諸如至少98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致)及截短HBV核心抗原(其由與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少95%，諸如95%、96%、97%，較佳至少98%，諸如至少98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致之胺基酸序列組成)；可操作地連接至編碼HBV抗原之聚核苷酸的上游序列(包含來自5'端至3'端的序列)、啟動子序列(較佳為SEQ ID NO: 18之CMV啟動子序列)、強化子序列(較佳為SEQ ID NO: 10之三強化子序列)，及編碼信號肽序列(較佳具有SEQ ID NO: 9之胺基酸序列的胱抑素S信號肽)之聚核苷酸序列；及可操作地連接至編碼HBV抗原之聚核苷酸的下游序列，其包含聚腺苷酸化信號，較佳SEQ ID NO: 20之bGH聚腺苷酸化信號。此類載體進一步包含抗生素抗性表現卡匣，該抗生素抗性表現卡匣包括滿足以下條件之聚核苷酸：編碼抗生素抗性基因，較佳Kan^r 基因，更佳與SEQ ID NO: 23至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 23至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳與SEQ ID NO: 23達100%一致的經密碼子優化之Kan^r 基因；可操作地連接至SEQ ID NO: 24之Ampr (bla)啟動子，該啟動子在編碼抗生素抗性基因之聚核苷酸的上游且可操作地連接至該聚核苷酸；以及複製起點，較佳為SEQ ID NO: 21之pUC ori。較佳地，抗生素抗性卡匣及複製起點相對於HBV抗原表現卡匣以逆向取向存在於質體中。

在本申請案之另一特定實施例中，載體為病毒載體，較佳為腺病毒載體，更佳為Ad26或Ad35載體，其包含包括編碼選自由以下組成之群之至少一個HBV抗原的聚核苷酸的表現卡匣：HBV pol抗原(其包含的胺基酸序列與SEQ ID NO: 7至少90%，諸如90%、91%、92%、93%、94%、95%、96、97%，較佳地至少98%諸如至少98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致)及截短HBV核心抗原(其由與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少95%，諸如95%、96%、97%，較佳至少98%，諸如至少98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致之胺基酸序列組成)；可操作地連接至編碼HBV抗原之聚核苷酸的上游序列(包含來自5'端至3'端的序列)、啟動子序列(較佳為SEQ ID NO: 19之CMV啟動子序列)、強化子序列(較佳SEQ ID NO: 12之ApoAI基因片段序列)及編碼信號肽序列之聚核苷酸序列(較佳地具有SEQ ID NO: 15之胺基酸序列的免疫球蛋白分泌信號)；及可操作地連接至編碼HBV抗原之聚核苷酸的下游序列，其包含聚腺苷酸化信號，較佳SEQ ID NO: 13之SV40聚腺苷酸化信號。

在本申請案之一個實施例中，載體(諸如質體DNA載體或病毒載體(較佳為腺病毒載體，更佳為Ad26或Ad35載體))編碼具有SEQ ID NO: 7之胺基酸序列的HBV Pol抗原。較佳地，該載體包含HBV Pol抗原之編碼序列，其與SEQ ID NO: 5或6之聚核苷酸序列至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 5或6有90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳與SEQ ID NO: 5或6達100%一致。

在本申請案之一個實施例中，載體(諸如質體DNA載體或病毒載體(較佳為腺病毒載體，更佳為Ad26或Ad35載體))編碼由SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4之胺基酸序列組成的截短HBV核心抗原。較佳地，載體包含截短HBV核心抗原之編碼序列，其與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3之聚核苷酸序列至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3有90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3達100%一致。

在本申請案之又一實施例中，載體(諸如質體DNA載體或病毒載體(較佳為腺病毒載體，更佳為Ad26或Ad35載體))編碼融合蛋白，該融合蛋白包含具有SEQ ID NO: 7之胺基酸序列的HBV Pol抗原及由SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3之胺基酸序列組成的截短HBV核心抗原。較佳地，該載體包含融合物之編碼序列，其含有滿足以下的截短HBV核心抗原之編碼序列：與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3達98%、99%或100%一致；更佳SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3，可操作地連接至HBV Pol抗原之編碼序列，其與SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳與SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6達98%、99%或100%一致，更佳SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6一致。較佳地，截短HBV核心抗原之編碼序列經由連接子之編碼序列可操作地連接至HBV Pol抗原之編碼序列，該連接子之編碼序列與SEQ ID NO: 11至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 11至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致，較佳與SEQ ID NO: 11達98%、99%或100%一致。在本申請案之特定實施例中，載體包含融合物之編碼序列，該融合物之編碼序列具有SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3可操作地連接至SEQ ID NO: 11，其進一步可操作地連接至SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6。

編碼本申請案之HBV抗原的聚核苷酸及表現載體可根據本發明，利用此項技術中已知之任何方法製成。舉例而言，可使用熟習此項技術者熟知的標準分子生物學技術，例如聚合酶鏈反應(PCR)等將編碼HBV抗原之聚核苷酸引入或「選殖」至表現載體中。

細胞、多肽及抗體 本申請案亦提供包含本文所描述之聚核苷酸及載體中之任一者的細胞，較佳為經分離細胞。該等細胞可例如用於產生重組蛋白或用於產生病毒顆粒。

因此，本申請案之實施例亦關於製成本申請案之HBV抗原的方法。該方法包括用包含可操作地連接至啟動子的編碼本申請案之HBV抗原之聚核苷酸的表現載體轉染宿主細胞，使經轉染之細胞在適於表現HBV抗原之條件下生長，及視情況純化或分離該細胞中表現之HBV抗原。HBV抗原可藉由此項技術中已知之任何方法，包括親和層析法、尺寸排阻層析法等自細胞分離或收集。根據本發明，用於表現重組蛋白之技術將為一般熟習此項技術者熟知的。亦可在不純化或分離所表現之蛋白質的情況下，例如藉由分析用編碼HBV抗原之表現載體轉染且在適於表現HBV抗原之條件下生長之細胞的上清液來研究所表現之HBV抗原。

因此，亦提供非天然存在或重組多肽，其包含與SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 4或SEQ ID NO: 7之胺基酸序列至少90%一致之胺基酸序列。如上下文所描述，編碼該等序列的經分離核酸分子、包含該等序列可操作地連接至啟動子之載體及包含該多肽、聚核苷酸或載體之組合物亦涵蓋在本申請案內。

在本申請案之一個實施例中，重組多肽包含與SEQ ID NO: 2之胺基酸序列至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 2有90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致之胺基酸序列。較佳地，非天然存在或重組多肽由SEQ ID NO: 2組成。

在本申請案之另一實施例中，非天然存在或重組之多肽包含與SEQ ID NO: 4之胺基酸序列至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 4有90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致之胺基酸序列。較佳地，非天然存在或重組之多肽包含SEQ ID NO: 4。

在本申請案之另一實施例中，非天然存在或重組多肽包含與SEQ ID NO: 7之胺基酸序列至少90%一致，諸如與SEQ ID NO: 7有90%、91%、92%、93%、94%、95%、95.5%、96%、96.5%、97%、97.5%、98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致之胺基酸序列。較佳地，非天然存在或重組多肽由SEQ ID NO: 7組成。

亦提供特異性結合至本申請案之非天然存在之多肽的抗體或其抗原結合片段。在本申請案之一個實施例中，對本申請案之非天然存在之HBV抗原具有特異性的抗體不特異性結合至另一HBV抗原。舉例而言，特異性結合至具有胺基酸序列SEQ ID NO: 7之HBV Pol抗原的本申請案之抗體將不會特異性結合至不具有胺基酸序列SEQ ID NO: 7之HBV Pol抗原。

如本文所用，術語「抗體」包括多株抗體、單株抗體、嵌合抗體、人類化抗體、Fv抗體、Fab抗體及F(ab')2抗體；雙功能雜合體(例如Lanzavecchia等人, Eur. J. Immunol. 17:105, 1987)、單鏈抗體(Huston等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879, 1988；Bird等人, Science 242:423, 1988)；以及具有更改之恆定區的抗體(例如美國專利第5,624,821號)。

如本文所用，「特異性結合至」抗原之抗體係指以1×10⁻ ⁷ M或更小之KD結合至抗原的抗體。較佳地，「特異性結合至」抗原之抗體以1×10⁻ ⁸ M或更小，更佳5×10⁻ ⁹ M或更小，1×10⁻ ⁹ M或更小，5×10⁻ ¹⁰ M或更小，或1×10⁻ ¹⁰ M或更小之KD結合至抗原。術語「KD」係指解離常數，其係由Kd與Ka之比率(亦即，Kd/Ka)得到且以莫耳濃度(M)表示。抗體之KD值可根據本發明，使用此項技術中之方法測定。舉例而言，抗體之KD可藉由使用表面電漿子共振，諸如藉由使用生物感測器系統，例如Biacore®系統，或藉由使用生物膜層干涉量測術，諸如Octet RED96系統來測定。

抗體KD值越小，則該抗體結合至目標抗原之親和力越高。

RNAi 劑本申請案亦係關於用於抑制HBV基因表現的RNAi劑之治療應用，在本文中亦稱為「HBV RNAi分子」或「HBV RNAi劑」。

用於抑制HBV基因表現之RNAi劑為此項技術中已知的。舉例而言，用於抑制HBV基因表現之RNAi劑包括但不限於描述於US20130005793、WO2013003520及WO2018027106中之彼等RNAi劑，其中之每一者之內容全文併入本文中。

各HBV RNAi劑包含有義股及反義股。有義股及反義股各自可為16至30個核苷酸長。在一些實施例中，有義股及反義股各自可為17至26個核苷酸長。有義股及反義股可為相同長度或其可為不同長度。在一些實施例中，有義股及反義股各自獨立地為17至26個核苷酸長。在一些實施例中，有義股及反義股各自獨立地為17-21個核苷酸長。在一些實施例中，有義與反義股各自為21-26個核苷酸長。在一些實施例中，有義股為約19個核苷酸長，而反義股為約21個核苷酸長。在一些實施例中，有義股為約21個核苷酸長，而反義股為約23個核苷酸長。在一些實施例中，有義股及反義股皆各自為26個核苷酸長。在一些實施例中，RNAi劑有義股及反義股各自獨立地為17、18、19、20、21、22、23、24、25或26個核苷酸長。在一些實施例中，雙股RNAi劑具有約16、17、18、19、20、21、22、23或24個核苷酸之雙螺旋長度。有義股與反義股之間的此完美或實質性互補性區域通常為15-25個(例如15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個)核苷酸長，且存在於反義股之5'端處或其附近(例如，此區域可與反義股之5'端間隔0、1、2、3或4個不完美或實質上互補之核苷酸)。

有義股及反義股各自含有16至23個核鹼基長之核心伸長序列。反義股核心伸長序列與HBV mRNA目標中存在之核苷酸序列(有時稱為例如目標序列) 100% (完美)互補或至少約85% (實質上)互補。有義股核心伸長序列與反義股中之核心伸長序列100% (完美)互補或至少約85% (實質上)互補，且因此有義股核心伸長序列與HBV mRNA目標中存在之核苷酸序列(目標序列)完美一致或至少約85%一致。有義股核心伸長序列可具有與對應反義核心序列相同的長度或其可為不同長度。在一些實施例中，反義股核心伸長序列為16、17、18、19、20、21、22或23個核苷酸長。在一些實施例中，有義股核心伸長序列為16、17、18、19、20、21、22或23個核苷酸長。

如本文所用，「RNA干擾劑」、「RNAi劑」、「RNA干擾分子」或「RNAi分子」意謂一種含有RNA或類RNA(例如，經化學修飾之RNA)寡核苷酸分子的組合物，該寡核苷酸分子能夠以序列特異性方式降解或抑制目標mRNA之信使RNA (mRNA)轉錄物轉譯。如本文所用，RNAi劑可經由RNA干擾機制(亦即經由與哺乳動物細胞之RNA干擾路徑機制(RNA誘導之沉默複合物或RISC)之相互作用誘導RNA干擾)或藉由任何替代性機制或路徑來起作用。儘管咸信RNAi劑(如該術語在本文中所使用)主要經由RNA干擾機制起作用，但所揭示之RNAi劑不藉由任何特定路徑或作用機制結合或受限於任何特定路徑或作用機制。本文中所揭示之RNAi劑包含有義股及反義股，且包括但不限於：短干擾型RNA (siRNA)、雙股RNA (dsRNA)、微型RNA (miRNA)、短髮夾型RNA (shRNA)及切割型受質(dicer substrate)。本申請案之RNAi劑較佳為dsRNA。本文中所描述之RNAi劑之反義股與所靶向之mRNA至少部分互補。RNAi劑可包含經修飾之核苷酸及/或一或多個非磷酸二酯鍵。

如本文所用，術語「雙股RNA」、「dsRNA分子」或「dsRNA」係指具有包含兩個反平行及實質上互補核酸股之雙螺旋結構的核糖核酸分子或核糖核酸分子之複合物。形成雙螺旋結構之兩個股可為一個較大RNA分子之不同部分，或其可為單獨的RNA分子。當兩個股為一個較大分子之一部分且因此由一個股之3'端與形成雙螺旋結構之各別其他股之5'端之間的核苷酸之不間斷鏈連接時，將連接RNA鏈稱為“髮夾環”。當兩個股由除一個股之3'端與形成雙螺旋結構之各別其他股之5'端之間的核苷酸之不間斷鏈以外的手段共價連接時，將連接結構稱為“連接子”。RNA股可具有相同或不同數目之核苷酸。除雙螺旋結構以外，dsRNA可包含一或多個核苷酸突出端或可為鈍端。

如本文所用，當提及給定基因之表現時，術語“沉默”、“降低”、“抑制”、“下調”或“阻斷基因表現”意謂當用寡聚化合物(諸如本文中所描述之RNAi劑)治療細胞、細胞群體、組織、器官或個體時，與未經歷該治療之第二細胞、細胞群體、組織、器官或個體相比，基因之表現降低，如藉由其中基因經轉錄之細胞、組織、器官或個體群體中自基因轉錄之RNA含量或多肽含量、自mRNA轉譯之蛋白質或蛋白質子單元之含量所量測。

如本文所用，術語「B型肝炎病毒基因」係關於B型肝炎病毒之複製及發病機制所需之基因，尤其係關於編碼核心蛋白、病毒聚合酶、表面抗原、e-抗原及X蛋白之基因及編碼其功能片段之基因。術語「B型肝炎病毒基因/序列」雖然不僅關於(該等)野生型序列，而且關於可包含於該基因/序列中之突變及更改。因此，本申請案不限於本文所提供之特異性RNAi劑。本申請案亦關於包含反義股之RNAi劑，該反義股與包含此類突變/更改的B型肝炎病毒基因之RNA轉錄物的對應核苷酸伸長部分至少85%互補。

如本文所用，術語「共同序列」係指基因型A、B、C及D之B型肝炎病毒基因體序列當中高度保守的至少13個連續核苷酸，較佳至少17個連續核苷酸，最佳至少19個連續核苷酸。

如本文所用，「目標序列」係指在B型肝炎病毒基因轉錄期間形成的mRNA分子(包括作為原始轉錄產物之RNA加工產物的mRNA)之核苷酸序列之連續部分。

如本文所用，術語「包含序列之股」係指包含使用標準核苷酸命名法提及之序列所描述的核苷酸鏈之寡核苷酸。然而，如本文中所詳述，此類「包含序列之股」亦可包含修飾物，如經修飾之核苷酸。

RNAi劑能夠在活體外分析中，亦即活體外抑制B型肝炎病毒之表現的至少約60%，較佳至少70%，最佳至少80%。如本文所用，術語「活體外」包括但不限於細胞培養分析。熟習此項技術者可尤其根據本文所提供之分析容易地測定此類抑制率及相關作用。如本文所用，術語「脫靶」係指轉錄組之所有非目標mRNA，其藉由電子雜交方法預測以與所描述之基於序列互補性之RNAi劑雜交。本申請案之RNAi劑較佳特異性地抑制B型肝炎病毒基因之表現，亦即不抑制任何脫靶之表現。

本申請案之RNAi劑可含有與目標序列之一或多個失配。在一個較佳實施例中，本申請案之RNAi劑含有不超過13個失配。若RNAi劑之反義股含有與目標序列之失配，則較佳地，失配區不位於反義股之5'端的核苷酸2-7內。在另一實施例中，較佳地，失配區不位於反義股之5'端的核苷酸2-9內。

如本文所用，且除非另外指示，否則術語「互補」當用於相對於第二核苷酸序列描述第一核苷酸序列時，係指包含第一核苷酸序列之寡核苷酸或聚核苷酸在某些條件下與包含第二核苷酸序列之寡核苷酸或聚核苷酸雜交且形成雙螺旋結構之能力。如本文所用，「互補」序列亦可包括非沃森-克里克鹼基對(non-Watson-Crick base pair)及/或由非天然及經修飾之核苷酸形成的鹼基對或完全由該等鹼基對形成，只要滿足上文關於其雜交能力之要求。

術語「反義股」係指dsRNA之股，該股包括與目標序列實質上互補的區域。如本文所用，術語「互補性區域」係指反義股上與例如目標序列之序列實質上互補的區域。在互補性區域與目標序列不完全互補之情況下，失配在反義股之5'端的核苷酸2-7外最耐受。

如本文所用，術語「有義股」係指dsRNA之股，該股包括與反義股之區域實質上互補的區域。「實質上互補」意謂在有義股及反義股中較佳至少85%之重疊核苷酸為互補的。

用於形成HBV RNAi劑之有義股及反義股核苷酸序列之實例提供於圖4-6及圖8-10中，自US20130005793及WO2018027106再現，其內容全文併入本文中。

HBV RNAi劑有義股及反義股黏接以形成雙螺旋。HBV RNAi劑之有義股及反義股可部分、實質上或完全彼此互補。在互補雙螺旋區內，有義股核心伸長序列與反義核心伸長序列至少約85%互補或100%互補。在一些實施例中，有義股核心伸長序列含有具有至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20或至少21個核苷酸之序列，其與對應的反義股核心伸長序列之16、17、18、19、20或21個核苷酸序列(即，HBV RNAi劑之該等有義股及反義核心伸長序列具有一區域帶有至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20或至少21個核苷酸，該等核苷酸至少85%的鹼基成對或100%的鹼基成對)至少約85%或100%互補。

在一些實施例中，本文中所揭示之HBV RNAi劑之反義股比本文中所描述之反義股序列中之任一者相差0、1、2或3個核苷酸。在一些實施例中，本文中所揭示之HBV RNAi劑之有義股比本文中所描述之有義股序列中之任一者相差0、1、2或3個核苷酸。

本文中所描述之HBV RNAi劑有義股及反義股獨立地為16至30個核苷酸長。在一些實施例中，有義股及反義股獨立地為17至26個核苷酸長。在一些實施例中，有義股及反義股為19-26個核苷酸長。在一些實施例中，所描述之RNAi劑有義股及反義股獨立地為17個、18個、19個、20個、21個、22個、23個、24個、25個或26個核苷酸長。有義股及反義股可為相同長度或其可為不同長度。在一些實施例中，有義股及反義股各自為26個核苷酸長。在一些實施例中，有義股為23個核苷酸長且反義股為21個核苷酸長。在一些實施例中，有義股為22個核苷酸長且反義股為21個核苷酸長。在一些實施例中，有義股為21個核苷酸長且反義股為21個核苷酸長。在一些實施例中，有義股為19個核苷酸長且反義股為21個核苷酸長。

有義股及/或反義股可視情況且獨立地含有核心序列之3'端、5'端或3'及5'端兩者處之額外1、2、3、4、5或6個核苷酸(延伸部分)。反義股額外核苷酸(若存在)可或可不與HBV mRNA中之對應序列互補。有義股額外核苷酸(若存在)可或可不與HBV mRNA中之對應序列一致。反義股額外核苷酸(若存在)可或可不與對應有義股的額外核苷酸(若存在)互補。

如本文所用，延伸部分包含有義股核心伸長序列及/或反義股核心伸長序列之5'及/或3'端處之1、2、3、4、5或6個核苷酸。有義股上之延伸核苷酸可或可不與對應反義股中之核苷酸(核心伸長序列核苷酸或延伸核苷酸)互補。相反，反義股上的延伸核苷酸可與或可不與對應有義股中之核苷酸(核心伸長序列核苷酸或延伸核苷酸)互補。在一些實施例中，RNAi劑之有義股與反義股兩者含有3'及5'延伸部分。在一些實施例中，一個股之一或多個3'延伸核苷酸與另一股之一或多個5'延伸核苷酸鹼基配對。在其他實施例中，一個股之一或多個3'延伸核苷酸不與另一股之一或多個5'延伸核苷酸鹼基配對。在一些實施例中，HBV RNAi劑具有含有3'延伸部分之反義股及含有5'延伸部分之有義股。在一些實施例中，HBV RNAi劑包含具有1、2、3、4、5或6個核苷酸長之3'延伸部分的反義股。在其他實施例中，HBV RNAi劑包含具有1、2或3個核苷酸長之3'延伸部分的反義股。在一些實施例中，一或多個反義股延伸核苷酸包含尿嘧啶或胸苷核苷酸或與對應HBV mRNA序列互補之核苷酸。在一些實施例中，3'反義股延伸部分包括但不限於：AUA、UGCUU、CUG、UG、UGCC、CUGCC、CGU、CUU、UGCCUA、CUGCCU、UGCCU、UGAUU、GCCUAU、T、TT、U、UU，或由其組成(各列舉之5'至3')。在一些實施例中，反義股之3'端可包括額外無鹼基核苷(Ab)。在一些實施例中，Ab或AbAb可添加至反義股之3'端。

在一些實施例中，HBV RNAi劑包含具有1、2、3、4或5個核苷酸長之5'延伸部分的反義股。在其他實施例中，HBV RNAi劑包含具有1或2個核苷酸長之5'延伸部分的反義股。在一些實施例中，一或多個反義股延伸核苷酸包含尿嘧啶或胸苷核苷酸或與對應HBV mRNA序列互補之核苷酸。在一些實施例中，5'反義股延伸部分包括但不限於：UA、TU、U、T、UU、TT、CUC，或由其組成(各列舉之5'至3')。反義股可具有上文所描述之3'延伸部分中之任一者以及所描述之5'反義股延伸部分中之任一者(若存在)。

在一些實施例中，HBV RNAi劑包含具有1、2、3、4或5個核苷酸長之3'延伸部分的有義股。在一些實施例中，一或多個有義股延伸核苷酸包含腺苷、尿嘧啶或胸苷核苷酸、AT二核苷酸，或與HBV mRNA序列中之核苷酸對應的核苷酸。在一些實施例中，3'有義股延伸部分包括但不限於：T、UT、TT、UU、UUT、TTT或TTTT，或由其組成(各列舉之5'至3')。

在一些實施例中，有義股之3'端可包括額外無鹼基核苷。在一些實施例中，UUAb、UAb或Ab可添加至有義股之3'端。在一些實施例中，添加至有義股之3'端之一或多個無鹼基核苷可為反向的(invAb)。在一些實施例中，可在目標配位體與RNAi劑之有義股之核鹼基序列之間插入一或多個反向無鹼基核苷。在一些實施例中，在RNAi劑之有義股之一個末端或多個末端處或在其附近包括一或多個反向無鹼基核苷可允許增強RNAi劑之活性或其他所需特性。在一些實施例中，HBV RNAi劑包含具有1、2、3、4、5或6個核苷酸長之5'延伸部分的有義股。在一些實施例中，一或多個有義股延伸核苷酸包含尿嘧啶或腺苷核苷酸或與HBV mRNA序列中之核苷酸對應的核苷酸。在一些實施例中，有義股5'延伸部分可為但不限於：CA、AUAGGC、AUAGG、AUAG、AUA、A、AA、AC、GCA、GGCA、GGC、UAUCA、UAUC、UCA、UAU、U、UU (各列舉之5'至3')。有義股可具有3'延伸部分及/或5'延伸部分。

在一些實施例中，有義股之5'端可包括額外無鹼基核苷(Ab)或核苷(AbAb)。在一些實施例中，添加至有義股之5'端之一或多個無鹼基核苷可為反向的(invAb)。在一些實施例中，可在目標配位體與RNAi劑之有義股之核鹼基序列之間插入一或多個反向無鹼基核苷。在一些實施例中，在RNAi劑之有義股之一個末端或多個末端處或在其附近包括一或多個反向無鹼基核苷可允許增強RNAi劑之活性或其他所需特性。

用於形成HBV RNAi劑之核苷酸序列之實例提供於圖4-6及圖8-10中，自US20130005793及WO2018027106再現。在一些實施例中，HBV RNAi劑反義股包括圖4-6、圖8或圖9中之序列中之任一者之核苷酸序列。在一些實施例中，HBV RNAi劑反義股包括圖4-6、圖8或圖9中之序列中之任一者的核苷酸序列1-17、2-15、2-17、1-18、2-18、1-19、2-19、1-20、2-20、1-21、2-21、1-22、2-22、1-23、2-23、1-24、2-24、1-25、2-25、1-26或2-26。在一些實施例中，HBV RNAi劑有義股包括圖4-6、圖8或圖10中之序列中之任一者之核苷酸序列。在一些實施例中，HBV RNAi劑有義股包括圖4-6、圖8或圖10中之序列中之任一者的核苷酸序列1-18、1-19、1-20、1-21、1-22、1-23、1-24、1-25、1-26、2-19、2-20、2-21、2-22、2-23、2-24、2-25、2-26、3-20、3-21、3-22、3-23、3-24、3-25、3-26、4-21、4-22、4-23、4-24、4-25、4-26、5-22、5-23、5-24、5-25、5-26、6-23、6-24、6-25、6-26、7-24、7-25、7-25、8-25、8-26。在一些實施例中，本文中所描述之RNAi劑之有義股及反義股含有相同數目之核苷酸。在一些實施例中，本文所述之RNAi劑的有義股及反義股含有不同數目之核苷酸。在一些實施例中，RNAi劑之有義股5'端及反義股3'端形成鈍端。在一些實施例中，RNAi劑之有義股3'端及反義股5'端形成鈍端。在一些實施例中，RNAi劑之兩端均形成鈍端。在一些實施例中，RNAi劑之兩端均非鈍端。如本文所用，鈍端係指雙股RNAi劑之一端，其中兩個所黏接股之末端核苷酸互補(形成互補鹼基對)。在一些實施例中，RNAi劑之有義股5'端及反義股3'端形成翻口端。在一些實施例中，RNAi劑之有義股3'端及反義股5'端形成翻口端。在一些實施例中，RNAi劑之兩端均形成翻口端。在一些實施例中，RNAi劑之末端皆非翻口端。如本文所用，翻口端係指雙股RNAi劑之一端，其中兩個黏接股之末端核苷酸形成對(亦即不形成突出端)，但並不互補(亦即形成非互補對)。如本文所用，突出端為位於雙股RNAi劑之一個股之末端處的一或多個不成對核苷酸之伸長部分。不成對核苷酸可在有義股或反義股上，產生3'或5'突出端。在一些實施例中，RNAi劑含有：鈍端及翻口端、鈍端及5'突出端；鈍端及3'突出端、翻口端及5'突出端、翻口端及3'突出端、兩個5'突出端、兩個3'突出端、5'突出端及3'突出端、兩個翻口端或兩個鈍端。

核苷酸鹼基(或核鹼基)為雜環嘧啶或嘌呤化合物，其為所有核酸的成分且包括腺嘌呤(A)、鳥嘌呤(G)、胞嘧啶(C)、胸腺嘧啶(T)及尿嘧啶(U)。如本文所用，術語「核苷酸」可包括經修飾之核苷酸(諸如核苷酸模擬物、無鹼基位點(Ab)或替代性置換部分)。當用於多種聚核苷酸或寡核苷酸構築體中時，經修飾之核苷酸可保存細胞中化合物之活性，同時增加此等化合物之血清穩定性，且亦可使在投與聚核苷酸或寡核苷酸構築體時人類中活化干擾素活性之可能性降至最低。

在一些實施例中，HBV RNAi劑以鹽、混合鹽或游離酸形式製備或提供。在一些實施例中，HBV RNAi劑以鈉鹽形式製備。此類形式在本文所揭示之本申請案之範疇內。

如熟習此項技術者所理解，當提及RNAi劑時，「引入至細胞中」意謂促進吸收或攝取至細胞中。RNAi劑之攝取或吸收可經由無輔助擴散或主動細胞過程，或藉由輔助劑或裝置進行。此術語之含義不限於活體外細胞；RNAi劑亦可「被引入至細胞中」，其中該細胞為活生物體之一部分。在此情形下，引入至細胞中將包括遞送至生物體。舉例而言，對於活體內遞送，RNAi劑可注射至組織部位中或全身投與。舉例而言，設想本申請案之RNAi劑可向需要醫學介入之個體投與。此類投與可包含將本申請案之RNAi劑、載體或細胞注射至該個體之患病部位中，例如注射至肝臟組織/細胞中或注射至癌組織/細胞(如肝癌組織)中。另外，該注射較佳非常接近於所設想之患病組織。活體外引入至細胞中包括此項技術中已知之方法，諸如電穿孔及脂質體轉染。

如本文所用，術語「半衰期」為化合物或分子之穩定性的量度，且可藉由熟習此項技術者已知之方法，尤其根據本文所提供之分析來評定。如本文所用，術語「非免疫刺激」係指不存在所述RNAi劑對免疫反應之任何誘發。測定免疫反應之方法為熟習此項技術者所熟知，例如藉由評定細胞介素之釋放，如實例部分中所描述。

經修飾之核苷酸 在一些實施例中，HBV RNAi劑含有一或多個經修飾之核苷酸。本申請案之核酸可藉由此項技術中沿用已久的方法合成及/或修飾。如本文所用，「經修飾之核苷酸」為除核糖核苷酸(2'-羥基核苷酸)外之核苷酸。在一些實施例中，至少50% (例如至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少95%、至少97%、至少98%、至少99%或100%)的核苷酸為經修飾之核苷酸。如本文所用，經修飾之核苷酸包括但不限於：去氧核糖核苷酸、核苷酸模擬物、無鹼基核苷酸(在本文中表示為Ab)、2'-經修飾之核苷酸、3'至3'鍵(反向)核苷酸(在本文中表示為invdN、invN、invn、invAb)、包含非天然鹼基之核苷酸、橋聯核苷酸、肽核酸(PNA)、2',3'-第二核苷酸模擬物(未鎖定核鹼基類似物，在本文中表示為NUNA)、鎖定核苷酸(在本文中表示為NLNA)、3'-O-甲氧基(所連接之2'核苷間)核苷酸(在本文中表示為3'-OMen)、2'-F-阿拉伯型核苷酸(Arabino nucleotide) (在本文中表示為NfANA)、5'-Me, 2'-氟核苷酸(在本文中表示為5Me-Nf)、嗎啉基個核苷酸、膦酸乙烯酯去氧核糖核苷酸(在本文中表示為vpdN)、含膦酸乙烯酯之去氧核糖核苷酸及含膦酸環丙酯之核苷酸(cPrpN)。2'-經修飾之核苷酸(亦即，在五員糖環之2'位置處具有除羥基外之基團的核苷酸)包括但不限於：2'-O-甲基核苷酸(在本文中表示為核苷酸序列(nucleotide sequence)中之小寫字母「n」)、2'-去氧-2'-氟核苷酸(在本文中表示為Nf，亦在本文中表示為2'-氟核苷酸)、2'-去氧核苷酸(在本文中表示為dN)、2'-甲氧基乙基(2'-O-2-甲氧基乙基)核苷酸(在本文中表示為NM或2'-MOE)、2'-胺基核苷酸及2'-烷基核苷酸。並非給定化合物之所有位置皆需經均一修飾。相反，可將超過一種修飾併入單一HBV RNAi劑中或甚至併入其單一核苷酸中。HBV RNAi劑有義股及反義股可藉由此項技術中已知之方法合成及/或修飾。一個核苷酸上之修飾獨立於另一個核苷酸上之修飾。

經修飾之核鹼基包括合成及天然核鹼基，諸如5-取代之嘧啶、6-氮嘧啶及N-2、N-6及O-6取代之嘌呤(例如，2-胺基丙基腺嘌呤、5-丙炔基尿嘧啶或5-丙炔基胞嘧啶)、5-甲基胞嘧啶(5-me-C)、5-羥基甲基胞嘧啶、黃嘌呤、次黃嘌呤、2-胺基腺嘌呤、腺嘌呤及鳥嘌呤之6-烷基(例如，6-甲基、6-乙基、6-異丙基或6-正丁基)衍生物、腺嘌呤及鳥嘌呤之2-烷基(例如，2-甲基、2-乙基、2-異丙基或2-正丁基)及其他烷基衍生物、2-硫代尿嘧啶、2-硫代胸腺嘧啶、2-硫胞嘧啶、5-鹵代尿嘧啶、胞嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶、5-丙炔基胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、6-偶氮胞嘧啶、6-偶氮胸腺嘧啶、-尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫尿嘧啶、8-鹵基、8-胺基、8-硫氫基、8-硫代烷基、8-羥基及其他8-取代之腺嘌呤及鳥嘌呤、5-鹵基(例如，5-溴)、5-三氟乙基(5-trifluoiOinethyl)及其他5-取代之尿嘧啶及胞嘧啶、7-甲基鳥嘌呤及7-甲基腺嘌呤、8-氮鳥嘌呤及8-氮腺嘌呤、7-去氮鳥嘌呤、7-去氮腺嘌呤. 3-去氮鳥嘌呤及3-去氮腺嘌呤。在一些實施例中，RNAi劑之所有或實質上所有核苷酸為經修飾之核苷酸。如本文所用，實質上存在的所有核苷酸均為經修飾之核苷酸的RNAi劑係在有義股及反義股中有四個或更少個(亦即0、1、2、3或4個)核苷酸為核糖核苷酸的RNAi劑。如本文所用，實質上所有核苷酸為經修飾之核苷酸的有義股係在有義股中存在兩個或更少的(亦即0、1或2個)核苷酸為核糖核苷酸的有義股。如本文所用，實質上所有核苷酸為經修飾之核苷酸的反義有義股係在有義股中存在兩個或更少的(亦即0、1或2個)核苷酸為核糖核苷酸的反義股。在一些實施例中，RNAi劑之一或多個核苷酸為核糖核苷酸。

如本文所用，術語「糖取代基」或「2'-取代基」包括附接至具有或不具有氧原子之呋喃核糖基部分之2'-位置的基團。糖取代基包括但不限於氟、O-烷基、O-烷胺基、O-烷基烷氧基、受保護之O-烷胺基、O-烷胺基烷基、O-烷基咪唑及式(O-烷基)m之聚醚，其中m為1至約10。此等聚醚中較佳為線性及環狀聚乙二醇(PEG)及含(PEG)之基團，諸如冠醚，且尤其為由Delgardo等人所揭示之彼等(Critical Reviews in Therapeutic Drug Carrier Systems (1992) 9:249)。其他糖修飾由Cook (Anti-fibrosis Drug Design, (1991) 6:585-607)揭示。氟、O-烷基、O-烷胺基、O-烷基咪唑、O-烷胺基烷基及烷胺基取代描述於美國專利6,166,197中，名稱為「Oligomeric Compounds having Pyrimidinc Nucleotide(s) with 2' and 5' Substitutions」，其以全文引用之方式併入本文中。

可用於本申請案之額外糖取代基包括2'-SR及2'-NR₂ 基團，其中各R獨立地為氫、保護基或經取代或未經取代之烷基、烯基或炔基。2'-SR核苷揭示於US5670633中，其以全文引用之方式併入本文中。2'-SR單體合成子之併入由Hamm等人(J. Org. Chem., (1997) 62:3415-3420)揭示。2'-NR核苷由Thomson JB, J. Org. Chem., (1996) 61 :6273-6281 ; 及Polushin等人, Tetrahedron Lett., (1996) 37:3227-3230揭示。其他用於本申請案之代表性2'-取代基包括具有式I或II中之一者的彼等取代基：

其中 E為C₁ -C₁₀ 烷基、N(Q3)(Q4)或C(Q3)(Q4)；各Q3及Q4獨立地為H、C₁ -C₁₀ 烷基、二烷胺基烷基、氮保護基、繫栓或未繫栓結合物基團、連接子至固體支撐物；或Q3及Q4共同形成氮保護基或視情況包括至少一個選自N及O之額外雜原子的環結構； q為1至10之整數； q2為1至10之整數； q3為0或1； q4為0、1或2；各Zl、Z2及Z3獨立地為C₄ -C₇ 環烷基、C₅ -C₁₄ 芳基或C₃ -C₁₅ 雜環基，其中該雜環基中之雜原子係選自氧、氮及硫； Z4為OM1、SMI或N(M1)₂ ；各Ml獨立地為H、C₁ -C₈ 烷基、C₁ -C₈ 鹵烷基、C(=NH)N(H)M2、C(=O)N(H)M2或OC(=O)N(H)M2；M2為H或C₁ -C₈ 烷基；及 Z5為C₁ -C₁₀ 烷基、C₁ -C₀ 鹵烷基、C₂ -C₁₀ 烯基、C₂ -C₁₀ 炔基、C₆ -C₁₄ 芳基、N(Q3)(Q4)、OQ3、鹵基、SQ3或CN。

式I之代表性2'-O-糖取代基揭示於US6172209中，名稱為「Capped 2'-Oxyethoxy Oligonucleotides」，其以全文引用之方式併入本文中。式II之代表性環狀2'-O-糖取代基=揭示於US6271358中，名稱為「RNA Targeted 2'-Modified Oligonucleotides that are Conformationally Preorganized」，其以全文引用之方式併入本文中。

在核糖基環上具有O-取代之糖亦用於本申請。環O之代表性取代包括但不限於S、CH₂ 、CHF及CF₂ 。

寡核苷酸亦可具有糖模擬物，諸如環丁基部分，代替呋喃戊醣基糖。與製備此類經修飾之糖相關的代表性美國專利包括但不限於US5359044、US5466786、US5519134、US5591722、US5597909、US5646,265及US5700920，其皆以引用之方式併入本文中。 經修飾之核苷間鍵聯

在一些實施例中，HBV RNAi劑之一或多個核苷酸藉由非標準鍵或主鏈(亦即，經修飾之核苷間鍵或經修飾之主鏈)連接。在一些實施例中，經修飾之核苷間鍵為含非磷酸酯之共價核苷間鍵。經修飾之核苷間鍵或主鏈包括但不限於：5'-硫代磷酸酯基(在本文中表示為小寫字母「s」)、對掌性硫代磷酸酯、硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、磷酸三酯、胺烷基-磷酸三酯、膦酸烷酯(例如，膦酸甲酯或3'-膦酸伸烷酯)、對掌性膦酸酯、亞膦酸酯、胺基磷酸酯(例如3'-胺基胺基磷酸酯、胺烷基胺基磷酸酯或硫羰基胺基磷酸酯)、硫羰基烷基-膦酸酯、硫羰基烷基磷酸三酯、嗎啉基鍵、具有普通3'-5'鍵之硼烷磷酸酯、硼烷磷酸酯之經2'-5'連接之類似物或具有反向極性之硼烷磷酸酯(其中核苷單元之鄰近對連接3'-5'至5'-3'或2'-5'至5'-2'。)在一些實施例中，經修飾之核苷間鍵或主鏈缺乏磷原子。缺乏磷原子的經修飾之核苷間鍵包括但不限於短鏈烷基或環烷基糖間鍵、混合雜原子及烷基或環烷基糖間鍵、或一或多個短鏈雜原子或雜環糖間鍵。在一些實施例中，經修飾之核苷間主鏈包括但不限於矽氧烷主鏈、硫醚主鏈、亞碸主鏈、碸主鏈、甲醯基及硫甲醯基主鏈、亞甲基甲醯基及硫甲醯基主鏈、含有烯烴之主鏈、胺基磺酸酯主鏈、亞甲基亞胺基及亞甲基肼基主鏈、磺酸酯及磺醯胺主鏈、醯胺主鏈及其他具有混合N、O、S及CH₂ 組分之主鏈。

在一些實施例中，HBV RNAi劑之有義股可含有1、2、3、4、5或6個硫代磷酸酯鍵，HBV RNAi劑之反義股可含有1、2、3、4、5或6個硫代磷酸酯鍵，或有義股及反義股皆可獨立地含有1、2、3、4、5或6個硫代磷酸酯鍵。在一些實施例中，HBV RNAi劑之有義股可含有1、2、3或4個硫代磷酸酯鍵，HBV RNAi劑之反義股可含有1、2、3或4個硫代磷酸酯鍵，或有義股及反義股皆可獨立地含有1、2、3或4個硫代磷酸酯鍵。在一些實施例中，HBV RNAi劑有義股含有至少兩個硫代磷酸酯核苷間鍵。在一些實施例中，至少兩個硫代磷酸酯核苷間鍵在來自有義股3'端之位置1-3處的核苷酸之間。在一些實施例中，至少兩個硫代磷酸酯核苷間鍵在來自有義股5'端之位置1-3、2-4、3-5、4-6、4-5或6-8處的核苷酸之間。在一些實施例中，HBV RNAi劑反義股含有四個硫代磷酸酯核苷間鍵。在一些實施例中，四個硫代磷酸酯核苷間鍵在來自有義股5'端之位置1-3處的核苷酸之間及來自5'端之位置19-21、20-22、21-23、22-24、23-25或24-26處的核苷酸之間。在一些實施例中，HBV RNAi劑在有義股中含有至少兩個硫代磷酸酯核苷間鍵。

在一些實施例中，HBV RNAi劑含有一或多個經修飾之核苷酸及一或多個經修飾之核苷間鍵。在一些實施例中，2'-修飾之核苷與經修飾之核苷間鍵組合。

化學修飾 本申請案之RNAi劑亦可經化學修飾以增強穩定性。本申請案之核酸可藉由此項技術中沿用已久的方法合成及/或修飾。化學修飾可包括但不限於2'修飾、引入非天然鹼基、共價附接至配位體以及用硫代磷酸酯鍵置換磷酸酯鍵、反向去氧胸苷。在此實施例中，雙螺旋結構之完整性係藉由至少一個且較佳兩個化學鍵加強。化學鍵聯可藉由多種熟知技術中之任一者來實現，例如藉由引入共價、離子或氫鍵；疏水性相互作用、凡得瓦爾力(van der Waals)或堆疊相互作用；藉助於金屬離子配位或經由使用嘌呤類似物。較佳地，可用於修飾RNAi劑之化學基團包括但不限於亞甲基藍；雙官能基團，較佳雙(2-氯乙基)胺；-乙醯基-N'-(對乙醛酸苯甲醯基)胱胺；4-硫尿嘧啶；及補骨脂素(psoralen)。在一個較佳實施例中，連接子為六乙二醇連接子。在此情況下，藉由固相合成產生RNAi劑且根據標準方法(例如Williams DJ及Hall KB, Biochem. (1996) 35: 14665-14670)併入六乙二醇連接子。在一個特定實施例中，反義股之5'端及有義股之3'端經由六乙二醇連接子化學連接。在另一實施例中，RNAi劑之至少一個核苷酸包含硫代磷酸酯或二硫代磷酸酯基團。RNAi劑末端之化學鍵較佳由三螺旋鍵形成。

HBV RNAi 劑在一些實施例中，本文中所揭示之HBV RNAi劑靶向圖7中所示之HBV基因體之位置處或附近的HBV基因。在一些實施例中，本文中所揭示之HBV RNAi劑之反義股包括核心伸長序列，其與圖7中所揭示之目標HBV 19聚體序列完全、實質上或至少部分互補。

在一些實施例中，HBV RNAi劑包括反義股，其中反義股之位置19 (5'-＞3')能夠與圖7中揭示之19聚體目標序列之位置1形成鹼基對。在一些實施例中，HBV RNAi劑包括反義股，其中反義股之位置1 (5'-＞3')能夠與圖7中揭示之19聚體目標序列之位置19形成鹼基對。在一些實施例中，HBV RNAi劑包括反義股，其中反義股之位置2 (5^' -＞3^' )能夠與圖7中揭示之19聚體目標序列之位置18形成鹼基對。在一些實施例中，HBV RNAi劑包括反義股，其中反義股之位置2至18 (5'-＞3')能夠與圖7中揭示之19聚體目標序列之位置18至2的各別互補鹼基中之每一者形成鹼基對。

在一些實施例中，HBV RNAi劑包括圖4-6或圖8中所示之核心19聚體核苷酸序列。包含圖4-6或圖8中之核苷酸序列或由其組成的HBV RNAi劑有義股及反義股可為經修飾之核苷酸或未經修飾之核苷酸。在一些實施例中，具有包含圖4-6或圖8中之核苷酸序列或由其組成的有義股及反義股序列之HBV RNAi劑為所有或實質上所有經修飾之核苷酸。在一些實施例中，本文中所揭示之HBV RNAi劑之反義股比圖4-6或圖8中之反義股序列中之任一者相差0、1、2或3個核苷酸。在一些實施例中，本文中所揭示之HBV RNAi劑之有義股比圖4-6或圖8中之有義股序列中之任一者相差0、1、2或3個核苷酸。

經修飾之HBV RNAi劑反義股序列以及其基礎未經修飾之序列提供於圖6及圖9中。經修飾之HBV RNAi劑有義股以及其基礎未經修飾之序列提供於圖6及圖10中。在形成HBV RNAi劑時，圖6及圖9-10中列出的未經修飾之序列中之每一者中的各核苷酸可為經修飾之核苷酸。

如本文所用(包括圖9-10中)，使用以下標記指示經修飾之核苷酸、目標基團及鍵聯基團。如一般熟習此項技術者將容易地理解，除非序列另有指示，否則當存在於寡核苷酸中時，單體藉由5'-3'磷酸二酯鍵彼此連接。

A=腺苷-3'-磷酸酯； C=胞嘧啶核苷-3'-磷酸酯； G=鳥苷-3'-磷酸酯； U=尿苷-3'-磷酸酯 n=任何2'-OMe經修飾之核苷酸 a=2'-O-甲基腺苷-3'-磷酸酯 as=2'-O-甲基腺苷-3'-硫代磷酸酯 c=2'-O-甲基胞啶-3'-磷酸酯 cs=2'-O-甲基胞啶-3'-硫代磷酸酯 g=2'-O-甲基鳥苷-3'-磷酸酯 gs=2'-O-甲基鳥苷-3'-硫代磷酸酯 t=2'-O-甲基-5甲基尿苷-3'-磷酸酯 ts=2'-O-甲基-5-甲基尿苷-3'-硫代磷酸酯 u=2'-O-甲基尿苷-3'-磷酸酯 us=2'-O-甲基尿苷-3'-硫代磷酸酯 Nf=任何2'-氟修飾之核苷酸 Af=2'-氟腺苷-3'-磷酸酯 Afs=2'-氟腺苷-3'-硫代磷酸酯 Cf=2'-氟胞苷-3'-磷酸酯 Cfs=2'-氟胞苷-3'-硫代磷酸酯 Gf=2'-氟鳥苷-3'-磷酸酯 Gfs=2'-氟鳥苷-3'-硫代磷酸酯 Tf=2'-氟-5'-甲基尿苷-3'-磷酸酯 Tfs=2'-氟-5'-甲基尿苷-3'-硫代磷酸酯 Uf=2'-氟尿苷-3'-磷酸酯 Ufs=2'-氟尿苷-3'-硫代磷酸酯 dN=任何2'-去氧核糖核苷酸 dT=2'-去氧胸苷-3'-磷酸酯 NuNA=2',3'-第二核苷酸模擬物(未鎖定之核鹼基類似物) NLNA=鎖定核苷酸 NfANA=2'-F-阿拉伯型核苷酸 NM=2'-甲氧基乙基核苷酸 AM=2'-甲氧基乙基腺苷-3'-磷酸酯 AMs=2'-甲氧基乙基腺苷-3'-硫代磷酸酯 TM=2'-甲氧基乙基胸苷-3'-磷酸酯 TMs=2'-甲氧基乙基胸苷-3'-硫代磷酸酯 R=核糖醇 (invdN)=任何反向去氧核糖核苷酸(3'-3'連接核苷酸) (invAb)=反向(3'-3'連接)無鹼基去氧核糖核苷酸，參見WO2018027106之表6 (invAb)s=反向(3'-3'連接)無鹼基去氧核糖核苷酸-5'-硫代磷酸酯，參見WO2018027106之表6 (invn)=任何反向2'-OMe核苷酸(3'-3'連接核苷酸) s=硫代磷酸酯鍵 vpdN=膦酸乙烯酯去氧核糖核苷酸 (5Me-Nf)=5'-Me, 2'-氟核苷酸 cPrp=膦酸環丙酯，參見WO2018027106之表6 epTcPr=參見WO2018027106之表6 epTM=參見WO2018027106之表6

個人或一般熟習此項技術者將容易地理解，給定寡核苷酸序列之3'端處的末端核苷酸將通常具有給定單體之各別3'位置處的羥基(-OH)基團而非離體磷酸酯部分。

目標基團及鍵聯基團包括以下基團，其化學結構提供於下文WO2018027106之表6中，且其中之一些描繪於表10 (圖12)中：(PAZ)、(NAG13)、(NAG13)s、(NAG18)、(NAG18)s、(NAG24)、(NAG24)s、(NAG25)、(NAG25)s、(NAG26)、(NAG26)s、(NAG27)、(NAG27)s、(NAG28)、(NAG28)s、(NAG29)、(NAG29)s、(NAG30)、(NAG30)s、(NAG31)、(NAG31)s、(NAG32)、(NAG32)s、(NAG33)、(NAG33)s、(NAG34)、(NAG34)s、(NAG35)、(NAG35)s、(NAG36)、(NAG36)s、(NAG37)、(NAG37)s、(NAG38)、(NAG38)s、(NAG39)、(NAG39)s。各有義股及/或反義股可具有上文所列舉之任何目標基團或鍵聯基團，以及其他目標或鍵聯基團，其結合至序列之5'及/或3'端。

本文中所描述之HBV RNAi劑藉由反義股與有義股黏接而形成。代表性序列對由圖11中所示之雙螺旋ID編號例示。

對於本文中所揭示之HBV RNAi劑，反義股之位置1處之核苷酸(來自5'端3'端)可與HBV基因完全互補，或可與HBV基因不互補。在一些實施例中，反義股之位置1處之核苷酸(來自5'端3'端)為U、A或dT。在一些實施例中，反義股之位置1處之核苷酸(來自5'端-＞3'端)與有義股形成A:U或U:A鹼基對。

在一些實施例中，HBV RNAi劑包含反義股及有義股，其具有本文所述之雙螺旋中之任一者之反義股及/或有義股核苷酸序列中之任一者的經修飾之核苷酸序列，且進一步包含去唾液酸醣蛋白受體配位體目標基團。

用於抑制HBV基因表現之RNAi劑為此項技術中已知的。舉例而言，用於抑制HBV基因表現之RNAi劑包括但不限於用於抑制US20130005793、WO2013003520及WO2018027106中所述之HBV基因表現的RNAi劑，其內容全文併入本文中。

用於抑制HBV基因表現之RNAi劑之實例包括例如，包含US20130005793之表1、2及4中之序列中之一者的RNAi劑(本文中再現為表2-4 (圖4-6))或包含WO2018027106之表1-5中之序列中之一者的RNAi劑(本文中再現為表5-9 (圖7-11))。

用於抑制HBV基因表現的RNAi劑之實例包括例如包含表9中所示之雙螺旋的RNAi劑。根據特定實施例，RNAi劑包含以下中之至少一者：雙螺旋AD04872 (本文中SEQ ID NO: 25-26) (WO2018027106之AM06282-AS (SEQ ID NO: 126及171)及AM06288-SS (SEQ ID NO: 252及302))，及AD05070 (本文中SEQ ID NO: 27-28) (WO2018027106之AM06606-AS (SEQ ID NO: 140及188)及AM06605-SS (SEQ ID NO: 262及328))，其中之每一者結合至目標配位體，諸如具有表10中所描繪之結構的彼等中之一者，例如NAG37。

目標基團、鍵聯基團及遞送媒劑 在一些實施例中，HBV RNAi劑結合至一或多個非核苷酸基團，包括但不限於目標基團、鍵聯基團、遞送聚合物或遞送媒劑。非核苷酸基團可促進RNAi劑之靶向、遞送或附接。目標基團及鍵聯基團之實例提供於WO2018027106之表6中。非核苷酸基團可共價連接至有義股及/或反義股之3'及/或5'端。在一些實施例中，HBV RNAi劑含有連接至有義股之3'及/或5'端的非核苷酸基團。在一些實施例中，非核苷酸基團連接至HBV RNAi劑有義股之5'端。非核苷酸基團可經由連接子/鍵聯基團而直接或間接連接至RNAi劑。在一些實施例中，非核苷酸基團經不穩定、可裂解或可逆鍵或連接子連接至RNAi劑。

在一些實施例中，非核苷酸基團增強RNAi劑或附接至其之結合物之藥代動力學特性或生物分佈特性，以改良細胞特定或組織特定分佈及結合物之細胞特異性攝取。在一些實施例中，非核苷酸基團增強RNAi劑之內飲作用。

目標基團或目標部分可增強其所附接之結合物的藥物動力學或生物分佈特性以改良結合物之細胞特異性分佈及細胞特異性吸收。目標基團可為單價、二價、三價、四價或具有較高價數。代表性目標基團包括但不限於對細胞表面分子具有親和力之化合物、對細胞表面分子具有親和力之細胞受體配位體、半抗原、抗體、單株抗體、抗體片段及抗體模擬物。在一些實施例中，使用連接子(諸如PEG連接子或一個、兩個或三個無鹼基及/或核糖醇(無鹼基核糖)基團)使目標基團連接至RNAi劑。在一些實施例中，目標基團包含半乳糖衍生物叢集。本文中所描述之HBV RNAi劑可經合成而在5'端具有反應性基團，諸如胺基。反應性基團可用於隨後使用此項技術中典型之方法附接目標部分。在一些實施例中，目標基團包含去唾液酸醣蛋白受體配位體。在一些實施例中，去唾液酸醣蛋白受體配位體包括一或多種半乳糖衍生物或由其組成。如本文所用，術語半乳糖衍生物包括半乳糖及對去唾液酸醣蛋白受體之親和力等於或大於半乳糖的半乳糖衍生物。半乳糖衍生物包括但不限於半乳糖、半乳胺糖、N-甲醯基半乳胺糖、N-乙醯基-半乳胺糖、N-丙醯基-半乳胺糖、N-正丁醯基-半乳胺糖及N-異丁醯基半乳胺糖(參見(例如)：Iobst, S. T.及Drickamer, K. J.B.C. 1996, 277, 6686)。適用於將寡核苷酸及其他分子活體內靶向肝之半乳糖衍生物及半乳糖衍生物之叢集為此項技術中已知的(參見例如Baenziger及Fiete，1980，Cell, 22, 611-620; Connolly等人，1982, J. Biol. Chem., 257, 939-945)。半乳糖衍生物已用於經由其結合至表現於肝細胞表面上之去唾液酸醣蛋白受體(ASGPr)而使分子活體內靶向肝細胞。ASGPr配位體結合至ASGPr有助於細胞特異性靶向肝細胞及分子進入肝細胞之內飲作用。ASGPr配位體可為單體的(例如具有單一半乳糖衍生物)或多聚的(例如具有多個半乳糖衍生物)。半乳糖衍生物或半乳糖衍生物叢集可使用此項技術中已知之方法連接至RNAi聚核苷酸之3或5'端。目標基團(諸如半乳糖衍生物叢集)之製備描述於例如US20180064819及US20170253875中，其兩者之內容均以全文併入本文中。

如本文所用，半乳糖衍生物叢集包含具有兩個至四個末端半乳糖衍生物的分子。末端半乳糖衍生物經由其C-1碳附接至分子。在一些實施例中，半乳糖衍生物叢集為半乳糖衍生物三聚體(亦稱為三觸角型半乳糖衍生物或三價半乳糖衍生物)。在一些實施例中，半乳糖衍生物叢集包含N-乙醯基-半乳胺糖。在一些實施例中，半乳糖衍生物叢集包含三個N-乙醯基-半乳胺糖。在一些實施例中，半乳糖衍生物叢集為半乳糖衍生物四聚體(亦稱為四觸角型半乳糖衍生物或四價半乳糖衍生物)。在一些實施例中，半乳糖衍生物叢集包含四個N-乙醯基-半乳胺糖。

如本文中所使用之半乳糖衍生物三聚體含有三種半乳糖衍生物，其各自連接至中央分支點。如本文所用，半乳糖衍生物四聚體含有四種半乳糖衍生物，各自連接至中央分支點。半乳糖衍生物可經由醣中之C-1碳附接至中央分支點。在一些實施例中，半乳糖衍生物經由連接子或間隔子連接至分支點。在一些實施例中，連接子或間隔子為可撓性親水性間隔子，諸如PEG基團(參見例如美國專利第5,885,968號；Biessen等人 J. Med. Chem. 1995 第39卷第1538- 1546頁)。在一些實施例中，PEG間隔子為PEG3間隔子。分支點可為允許三種半乳糖衍生物附接且進一步允許分支點附接至RNAi劑的任何小分子。分支點基團之實例為二離胺酸或二麩胺酸。分支點附接至RNAi劑可經由連接子或間隔子發生。在一些實施例中，連接子或間隔子包含可撓性親水性間隔子，諸如但不限於PEG間隔子。在一些實施例中，連接子包含剛性連接子，諸如環狀基團。在一些實施例中，半乳糖衍生物包含N-乙醯基-半乳胺糖或由其組成。在一些實施例中，半乳糖衍生物叢集包含半乳糖衍生物四聚體，其可為例如N-乙醯基-半乳胺糖四聚體。

在一些實施例中，鍵聯基團結合至RNAi劑。鍵聯基團有助於藥劑之共價鍵聯至目標基團或遞送聚合物或遞送媒劑。鍵聯基團可連接至RNAi劑有義股或反義股之3'或5'端。在一些實施例中，鍵聯基團連接至RNAi劑有義股。在一些實施例中，鍵聯基團與RNAi劑有義股之5'或3'端結合。在一些實施例中，鍵聯基團與RNAi劑有義股之5'端結合。鍵聯基團之實例包括但不限於反應性基團，諸如一級胺及炔烴、烷基、無鹼基核苷、核糖醇(無鹼基核糖)及/或PEG基團。

連接子或鍵聯基團為兩個原子之間的連接，其使一個相關化學基團(諸如RNAi劑)或區段經由一或多個共價鍵連接至另一個相關化學基團(諸如目標基團或遞送聚合物)或區段。不穩定鍵聯含有不穩定鍵。鍵聯可視情況包括使兩個所連接原子之間的距離增加之間隔子。間隔子可進一步增加鍵聯之可撓性及/或長度。間隔子可包括但不限於烷基、烯基、炔基、芳基、芳烷基、芳烯基及芳炔基；其中每一者可含有一或多個雜原子、雜環、胺基酸、核苷酸及醣類。間隔基團為此項技術中所熟知的且前述清單不意欲限制本發明之範疇。

遞送媒劑 在一些實施例中，遞送媒劑可用於將RNAi劑遞送至細胞或組織中。遞送媒劑為使RNAi劑遞送至細胞或組織改良之化合物。遞送媒劑可包括但不限於以下或由其組成：聚合物，諸如兩性聚合物、膜活性聚合物、胜肽、蜂毒素胜肽、蜂毒素樣胜肽(MLP)、脂質、經可逆修飾之聚合物或胜肽或經可逆修飾之膜活性多元胺。

在一些實施例中，RNAi劑可與脂質、奈米顆粒、聚合物、脂質體、微胞、DPC或此項技術中可利用之其他遞送系統組合。RNAi劑亦可以化學方式結合至目標基團、脂質(包括但不限於膽固醇及膽固醇基衍生物)、奈米顆粒、聚合物、脂質體、微胞、DPC (參見例如WO 2000/053722、WO 2008/0022309、WO 2011/104169及WO 2012/083185、WO 2013/032829、WO 2013/158141，其中每一者以引用之方式併入本文中)或此項技術中可用之其他遞送系統。

已與寡核苷酸結合之其他親脂性化合物包括1-芘丁酸、1,3-雙-O-(十六基)甘油及薄荷醇。用於受體介導之內飲作用之配位體之一個實例為葉酸。葉酸藉由葉酸受體介導之內飲作用進入細胞。攜有葉酸之RNAi劑將經由葉酸受體介導之內飲作用有效轉運至細胞中。葉酸附接至寡核苷酸之3'端使得寡核苷酸之細胞攝取增加(Li S, Deshmukh HM及Huang L, Pharm. Res. (1998) 15: 1540)。已結合至寡核苷酸之其他配位體包括聚乙二醇、碳水化合物叢集、交聯劑、卟啉結合物及遞送肽。在某些情況下，陽離子配位體與寡核苷酸之結合通常使得對核酸酶之抗性提高。陽離子配位體之代表性實例為丙基銨及二甲基丙基銨。有趣的是，據報導，當陽離子配位體分散於整個寡核苷酸中時，反義寡核苷酸保留其對mRNA之高結合親和力。參見Manoharan M, Antisense & Nucleic Acid Drug Development (2002) 12: 103及本文參照案。

亦可在寡核苷酸上之其他位置，尤其3'端核苷酸上之糖之3'位置處進行額外修飾。舉例而言，本申請案之配位體結合寡核苷酸之一個額外修飾涉及將增強寡核苷酸之活性、細胞分佈或細胞吸收的一或多個額外非配位體部分或結合物化學連接至寡核苷酸。此類部分包括但不限於脂質部分，諸如膽固醇部分(Letsinger等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, (1989) 86:6553)；膽酸(Manoharan等人, Bioorg. Med. Chem. Lett., (1994) 4: 1053)；硫醚，例如己基-S-三苯硫醇(Manoharan等人, Ann. N Y. Acad. Sci., (1992) 660:306; Manoharan等人, Bioorg. Med. Chem. Let., (1993 ) 3:2765)；a 菲奧膽固醇(fhiochoiesterol) (Oberhauser等人, Nucl Acids Res., (1992) 20:533)；脂族鏈，例如或十一基殘基(Saison- Behmoaras等人, EMBO J., (1991) 10: 1 1 1 ; Kabanov等人, FEBS Lett., (1990) 259:327; Svinarchuk等人, Biochimie, (1993) 75:49)；磷脂，例如二-十六基-外消旋-甘油或1 ,2-二-O-十六基-外消旋-甘油基-3 -H-膦酸三乙銨(Manoharan等人, Tetrahedron Lett., (1995) 36:3651; Shea等人, Nucl Acids Res., (1990) 18:3777)；多元胺或聚乙二醇鏈(Manoharan等人, Nucleosides & Nucleotides, (1995) 14:969)；或金剛烷乙酸( Manoharan等人, Tetrahedron Lett., (1995) 36:3651)；軟脂基部分(Mishra等人, Biochim. Biophys. Acta, (1995) 1264:229)；或十八基胺或己胺基-羰基-羥膽固醇部分(Crooke等人, J. Pharmacol. Exp. Ther., (1996) 277:923)。

本申請案亦包括採用寡核苷酸之組合物，該等寡核苷酸就寡核苷酸內之特定位置而言為實質上對掌性純的。

實質上對掌性純寡核苷酸之實例包括但不限於具有至少75% Sp或Rp之硫代磷酸酯鍵的彼等(Cook等人, US5587361)及具有實質上對掌性純(Sp或Rp)烷基膦酸酯、胺基磷酸酯或磷酸三酯鍵的彼等(Cook, US5212295及US5521302)。

在某些情況下，寡核苷酸可藉由非配位體基團修飾。許多非配位體分子已結合至寡核苷酸以提高寡核苷酸之活性、細胞分佈或細胞攝入，且進行此類結合之程序在科學文獻中可獲得。此類非配位體部分已包括脂質部分，諸如膽固醇( Letsinger等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, (1989, 86:6553)；膽酸( Manoharan等人, Bioorg. Med. Chem. Lett., (1994, 4: 1053);硫醚，例如己基-S-三苯硫醇(Manoharan等人, Ann. N. Y. Acad. Sci , (1992, 660:306; Manoharan等人, Bioorg. Med. Chem. Let., (1993, 3:2765)；硫代膽固醇(Oberhauser等人, Nucl. Acids Res., (1992, 20:533)；脂族鏈，例如十二烷二醇或十一基殘基(Saison-Behmoaras等人, EMBO J., (1991) 10: 1 1 1; Kabanov等人, FEBS Lett, (1990) 259:327; Svinarchuk等人, Biochimie, (1993) 75:49)；磷脂，例如二-十六基-外消旋-甘油或1,2-二-O-十六基-外消旋-甘油基-3-H-膦酸三乙銨(Manoharan等人, Tetrahedron Lett., (1995) 36:3651 ; Shea等人, Nucl. Acids Res., (1990) 18:3777)；多元胺或聚乙二醇鏈(Manoharan等人, Nucleosides & Nucleotides, (1995) 14:969)；金剛烷乙酸(Manoharan等人. Tetrahedron Lett. , (1995) 36:3651)；a 軟脂基部分(Mishra等人, Biochim. Biophys. Acta, (1995) 1264:229)；或十八基胺或己胺基-羰基-羥膽固醇部分(Crooke等人, J. Pharmacol. Exp. Ther., (1996) 277:923)。典型結合方案涉及在序列之一或多個位置處攜帶胺基連接子之寡核苷酸的合成。胺基接著使用適當偶合或活化試劑與所結合之分子反應。結合反應可在寡核苷酸仍結合至固體支撐物之情況下或在寡核苷酸在溶液相中裂解之後進行。藉由HPLC純化寡核苷酸共軛物通常得到純結合物。

替代地，所結合之分子可經由分子中存在之醇基或藉由附接帶有可磷酸化之醇基的連接子而轉化成建構嵌段，諸如胺基磷酸酯。重要的是，此等方法中之每一者可用於合成配位體結合之寡核苷酸。經胺基連接之寡核苷酸可經由使用偶合劑或在將配位體活化為NHS或戊氟酚酯後直接與配位體偶合。配位體胺基磷酸酯可經由將胺基己醇連接子附接至羧基中之一者，隨後使末端醇官能基磷酸化來合成。諸如半胱胺之其他連接子亦可用於結合至合成寡核苷酸上存在之氯乙醯基連接子。

熟習此項技術者容易瞭解將本申請案之分子引入至細胞、組織或生物體中之方法。對應實例亦已提供於以上申請案之詳細描述中。舉例而言，本申請案之編碼至少一股所描述之RNAi劑的核酸分子或載體可藉由此項技術中已知之方法(如轉染等)引入至細胞或組織中。

亦提供用於引入RNAi劑之手段及方法。舉例而言，由糖基化及葉酸修飾之分子目標遞送包括使用具有配位體之聚合載劑(諸如半乳糖及乳糖)，或使葉酸附接至各種大分子使得分子結合至葉酸受體。已知藉由除抗體以外的肽及蛋白質(例如，包括經RGD修飾之奈米顆粒)以活體內遞送siRNA的目標遞送或包括短環糊精、金剛烷-PEG的多組分(非病毒)遞送系統。然而，亦設想使用抗體或抗體片段之目標遞送，該等抗體或抗體片段包括抗體(或此類抗體之其他片段)之(單價)Fab片段或單鏈抗體。針對目標之遞送的注射方法尤其包含流體動力學靜脈內注射。此外，RNAi劑之膽固醇結合物可用於目標遞送，藉此結合至親脂性基團可增強寡核苷酸之細胞吸收且改良寡核苷酸之藥物動力學及組織生物分佈。另外，已知陽離子遞送系統，藉此具有淨陽性(陽離子)電荷之合成載體有助於與聚陰離子核酸之複合物形成及與帶負電細胞膜之相互作用。此類陽離子遞送系統亦包含陽離子脂質體遞送系統、陽離子聚合物及肽遞送系統。用於dsRNA/siRNA之細胞吸收之其他遞送系統為適體-ds/siRNA。此外，基因療法方法可用於遞送所描述之RNAi劑或編碼其之核酸分子。此類系統包含使用非病原性病毒、經修飾之病毒載體以及遞送奈米顆粒或脂質體。用於RNAi劑之細胞吸收的其他遞送方法為體外的，例如細胞、器官或組織的離體治療。此等技術中之某些描述且概述於公開案中，如Akhtar, Journal of Clinical Investigation (2007) 1 17:3623-3632, Nguyen等人, Current Opinion in Molecular Therapeutics (2008) 10: 158- 167, Zambon i, Clin Cancer Res (2005) 1 1 :8230- 8234，或Ikeda的人, Pharmaceutical Research (2006) 23 : 1631 -1640。

製成及使用RNAi劑及其結合物之方法在此項技術中已知。在本申請案之上下文中可使用任何此類已知方法來製成及使用RNAi劑及其結合物來抑制HBV基因表現。製成及使用RNAi劑及其結合物之方法描述於例如US20130005793、WO2013003520、WO2018027106、US5218105、US5541307、US5521302、US5539082、US5554746、US5571902、US5578718、US5587361、US5506351、US5587469、US5587470、US5608046、US5610289、US6262241、WO9307883中，其皆以全文引用之方式併入本文中。

組合物、治療組合及疫苗 本申請案亦關於組合物、治療組合，更特定言之，包含以下之套組及疫苗：根據本申請案之一或多種HBV抗原、編碼一或多種HBV抗原之聚核苷酸及/或載體及/或一或多個用於抑制HBV基因表現之RNAi劑。本文所描述之本申請案之HBV抗原、聚核苷酸(包括RNA及DNA)及/或載體中之任一者及用於抑制本文所描述之本申請案之HBV基因表現的RNAi劑中之任一者可用於本申請案之組合物、治療組合或套組及疫苗中。

在本申請案之一個實施例中，組合物包含經分離或非天然存在之核酸分子(DNA或RNA)，其包含編碼截短HBV核心抗原的聚核苷酸序列，該截短HBV核心抗原由與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少90%一致之胺基酸序列組成，或HBV聚合酶抗原，其包含與SEQ ID NO: 7至少90%一致之胺基酸序列，包含經分離或非天然存在之核酸分子的載體，及/或由經分離或非天然存在之核酸分子編碼之經分離或非天然存在之多肽。

在本申請案之一個實施例中，組合物包含一種經分離或非天然存在之核酸分子(DNA或RNA)，其包含編碼HBV Pol抗原之聚核苷酸序列，該HBV Pol抗原包含與SEQ ID NO: 7至少90%一致，較佳與SEQ ID NO: 7達100%一致之胺基酸序列。

在本申請案之一個實施例中，組合物包含編碼截短HBV核心抗原的經分離或非天然存在之核酸分子(DNA或RNA)，該截短HBV核心抗原由與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少90%一致，較佳與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4達100%一致之胺基酸序列組成。

在本申請案之一個實施例中，組合物包含經分離或非天然存在之核酸分子(DNA或RNA)，其包含編碼截短HBV核心抗原的聚核苷酸序列，該截短HBV核心抗原由與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少90%一致，較佳與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4達100%一致之胺基酸序列組成；及包含編碼HBV Pol抗原之聚核苷酸序列的經分離或非天然存在之核酸分子(DNA或RNA)，該HBV Pol抗原包含與SEQ ID NO: 7至少90%一致，較佳與SEQ ID NO: 7達100%一致之胺基酸序列。截短HBV核心抗原及HBV Pol抗原之編碼序列可存在於同一分離或非天然存在之核酸分子(DNA或RNA)中，或兩個不同的經分離或非天然存在之核酸分子(DNA或RNA)中。

在本申請案之一個實施例中，組合物包含含有編碼截短HBV核心抗原之聚核苷酸的載體，較佳DNA質體或病毒載體(諸如腺病毒載體)，該截短HBV核心抗原由與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少90%一致，較佳與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4達100%一致之胺基酸序列組成。

在本申請案之一個實施例中，組合物包含含有編碼HBV Pol抗原之聚核苷酸的載體，較佳DNA質體或病毒載體(諸如腺病毒載體)，該HBV Pol抗原包含與SEQ ID NO: 7至少90%一致，較佳與SEQ ID NO: 7達100%一致之胺基酸序列。

在本申請案之一個實施例中，組合物包含含有編碼截短HBV核心抗原之聚核苷酸的載體，較佳DNA質體或病毒載體(諸如腺病毒載體)，該截短HBV核心抗原由與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少90%一致，較佳與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4達100%一致之胺基酸序列組成；及包含編碼HBV Pol抗原之聚核苷酸的載體，較佳為DNA質體或病毒載體(諸如腺病毒載體)，該HBV Pol抗原包含與SEQ ID NO: 7至少90%一致，較佳與SEQ ID NO: 7達100%一致之胺基酸序列。包含截短HBV核心抗原之編碼序列的載體及包含HBV Pol抗原之編碼序列的載體可為相同載體，或兩個不同載體。

在本申請案之一個實施例中，組合物包含含有編碼融合蛋白之聚核苷酸的載體，較佳為DNA質體或病毒載體(諸如腺病毒載體)，該融合蛋白包含由與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少90%一致，較佳與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4達100%一致之胺基酸序列組成的截短HBV核心抗原，該載體可操作地連接至包含與SEQ ID NO: 7至少90%一致，較佳與SEQ ID NO: 7達100%一致之胺基酸序列的HBV Pol抗原，或反之亦然。較佳地，該融合蛋白進一步包含將截短HBV核心抗原可操作地連接至HBV Pol抗原或將HBV Pol抗原可操作地連接至截短HBV核心抗原的連接子。較佳地，該連接子具有胺基酸序列(AlaGly)n，其中n係2至5之整數。

在本申請案之一個實施例中，組合物包含一種經分離或非天然存在之截短HBV核心抗原，其由與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少90%一致，較佳與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4達100%一致之胺基酸序列組成。

在本申請案之一個實施例中，組合物包含一種經分離或非天然存在之HBV Pol抗原，其包含與SEQ ID NO: 7至少90%一致，較佳與SEQ ID NO: 7達100%一致之胺基酸序列。

在本申請案之一個實施例中，組合物包含一種經分離或非天然存在之截短HBV核心抗原，其由與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4至少90%一致，較佳與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4達100%一致之胺基酸序列組成；及包含與SEQ ID NO: 7至少90%一致，較佳與SEQ ID NO: 7達100%一致之胺基酸序列的經分離或非天然存在之HBV Pol抗原。

在本申請案之一個實施例中，組合物包含一種包含含有截短HBV核心抗原的經分離或非天然存在之融合蛋白，該截短HBV核心抗原由與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 14至少90%一致，較佳與SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4達100%一致之胺基酸序列組成，該融合蛋白可操作地連接至HBV Pol抗原，或反之亦然，該HBV Pol抗原包含與SEQ ID NO: 7至少90%一致之胺基酸序列，較佳與SEQ ID NO: 7達100%一致之胺基酸序列一致。較佳地，該融合蛋白進一步包含將截短HBV核心抗原可操作地連接至HBV Pol抗原或將HBV Pol抗原可操作地連接至截短HBV核心抗原的連接子。較佳地，該連接子具有胺基酸序列(AlaGly)n，其中n係2至5之整數。

在本申請案之一個實施例中，組合物包含用於抑制HBV基因表現之RNAi劑，諸如US20130005793、WO2013003520或WO2018027106中所述之彼等。

本申請案亦關於一種治療組合或套組，其包含根據本申請案之實施例的表現截短HBV核心抗原及HBV pol抗原之聚核苷酸及/或根據本申請案之實施例的用於抑制HBV基因的RNAi劑。編碼本文所描述之本申請案之HBV核心及pol抗原的任何聚核苷酸及/或載體均可用於本申請案之治療組合或套組中，且用於抑制本文所描述之本申請案之HBV基因表現的任何RNAi劑均可用於本申請案之治療組合或套組中。

根據本申請案之實施例，用於治療有需要之個體體內之HBV感染的治療組合或套組包含： i)以下中之至少一者： a)由與SEQ ID NO: 2至少95%一致之胺基酸序列組成的截短HBV核心抗原，及 b)包含編碼該截短HBV核心抗原之第一聚核苷酸序列的第一非天然存在之核酸分子 c)具有與SEQ ID NO: 7至少90%一致之胺基酸序列的HBV聚合酶抗原，其中該HBV聚合酶抗原不具有逆轉錄酶活性及核糖核酸酶H活性，及 d)包含編碼該HBV聚合酶抗原之第二聚核苷酸序列的第二非天然存在之核酸分子；及 ii)用於抑制HBV基因表現的RNAi劑，諸如本文中所描述之彼等。

在本申請案之一個特定實施例中，治療組合或套組包含：i)包含編碼截短HBV核心抗原之第一聚核苷酸序列的第一非天然存在之核酸分子，該截短HBV核心抗原由與SEQ ID NO: 2至少95%一致之胺基酸序列組成； ii)包含編碼HBV聚合酶抗原之第二聚核苷酸序列的第二非天然存在之核酸分子，該HBV聚合酶抗原具有與SEQ ID NO: 7至少90%一致之胺基酸序列，其中該HBV聚合酶抗原不具有逆轉錄酶活性及核糖核酸酶H活性；及iii)用於抑制HBV基因表現的RNAi劑，較佳地，該RNAi劑包含表9中所示之雙螺旋，更佳地，該RNAi劑包含雙螺旋AD04872 ((SEQ ID NO: 25-26)及AD05070 (SEQ ID NO: 27-28))中之至少一者，其中每一者與目標配位體，諸如具有表10中描繪結構之目標配位體，例如NAG37結合。

根據本申請案之實施例，疫苗組合或套組中之聚核苷酸可連接或分開，由此使自此類聚核苷酸表現之HBV抗原融合在一起或作為獨立蛋白質產生，無論自相同抑或不同聚核苷酸表現。在一個實施例中，第一及第二聚核苷酸係存在於獨立載體，例如DNA質體或病毒載體中，以同一組合物或獨立組合物形式組合使用，由此使所表現之蛋白質亦為獨立蛋白質，但組合使用。在另一個實施例中，由第一及第二聚核苷酸編碼的HBV抗原可由同一載體表現，由此產生HBV核心-pol融合抗原。視情況，核心及pol抗原可藉由短連接子接合或融合在一起。替代地，由第一及第二聚核苷酸編碼的HBV抗原可使用在核心與pol抗原編碼序列之間的核糖體滑移位點(又稱為順式水解酶位點)，獨立地由單一載體表現。此策略產生雙順反子表現載體，其中個別核心及pol抗原係由單一mRNA轉錄物產生。取決於mRNA轉錄物上編碼序列之次序，由此類雙順反子表現載體產生之核心及pol抗原可具有額外N或C端殘基。可用於此目的的核糖體滑移位點之實例包括但不限於來自口蹄疫病毒(FMDV)之FA2滑移位點。另一種可能係由第一及第二聚核苷酸編碼之HBV抗原可獨立地由兩個獨立載體表現，一個載體編碼HBV核心抗原且一個編碼HBV pol抗原。

在一個較佳實施例中，第一及第二聚核苷酸係存在於獨立載體，例如DNA質體或病毒載體中。較佳地，該等獨立載體係存在於同一組合物中。

根據本申請案之較佳實施例，治療組合或套組包含存在於第一載體中之第一聚核苷酸、存在於第二載體中之第二聚核苷酸。第一及第二載體可相同或不同。較佳地，載體為DNA質體。

在本申請案之一個特定實施例中，第一載體係第一DNA質體，第二載體係第二DNA質體。該第一及第二DNA質體中之每一者包含複製起點，較佳為SEQ ID NO: 21之pUC ORI，及抗生素抗性卡匣，其較佳包含具有與SEQ ID NO: 23至少90%一致之聚核苷酸序列的經密碼子優化之Kan^r 基因，該基因較佳處於bla啟動子，例如SEQ ID NO: 24中所示之bla啟動子的控制下。該第一及第二DNA質體各自獨立地進一步包含以下至少一個：啟動子序列、強化子序列，及編碼可操作地連接至第一聚核苷酸序列或第二聚核苷酸序列之信號肽序列的聚核苷酸序列。較佳地，第一及第二DNA質體中之每一者包含可操作地連接至第一聚核苷酸或第二聚核苷酸之上游序列(其中上游序列包含來自5'端至3'端的序列)、SEQ ID NO: 18或19之啟動子序列、強化子序列及編碼具有SEQ ID NO: 9或15之胺基酸序列之信號肽序列的聚核苷酸序列。該第一及第二DNA質體各自亦可包含位於HBV抗原編碼序列下游的聚腺苷酸化信號，諸如SEQ ID NO: 20之bGH聚腺苷酸化信號。

在本申請案之一個特定實施例中，第一載體為病毒載體且第二載體為病毒載體。較佳地，病毒載體中之每一者係腺病毒載體，更佳係Ad26或Ad35載體，其包含包括編碼本申請案之HBV pol抗原或截短HBV核心抗原之聚核苷酸的表現卡匣；可操作地連接至編碼HBV抗原之聚核苷酸的上游序列(包含來自5'端至3'端的序列)、啟動子序列(較佳為SEQ ID NO: 19之CMV啟動子序列)、強化子序列(較佳SEQ ID NO: 12之ApoAI基因片段序列)及編碼信號肽序列之聚核苷酸序列(較佳地具有SEQ ID NO: 15之胺基酸序列的免疫球蛋白分泌信號)；及可操作地連接至編碼HBV抗原之聚核苷酸的下游序列，其包含聚腺苷酸化信號，較佳SEQ ID NO: 13之SV40聚腺苷酸化信號。

在另一較佳實施例中，第一及第二聚核苷酸係存在於單一載體，例如DNA質體或病毒載體中。較佳地，單一載體係腺病毒載體，更佳係Ad26載體，其包含表現卡匣，該表現卡匣包括編碼本申請案之HBV pol抗原及截短HBV核心抗原，較佳編碼呈融合蛋白形式的本申請案之HBV pol抗原及截短HBV核心抗原的聚核苷酸；可操作地連接至編碼HBV pol及截短核心抗原之聚核苷酸的上游序列(包含來自5'端至3'端的序列)、啟動子序列(較佳為SEQ ID NO: 19之CMV啟動子序列)、強化子序列(較佳SEQ ID NO: 12之ApoAI基因片段序列)及編碼信號肽序列之聚核苷酸序列(較佳地具有SEQ ID NO: 15之胺基酸序列的免疫球蛋白分泌信號)；及可操作地連接至編碼HBV抗原之聚核苷酸的下游序列，其包含聚腺苷酸化信號，較佳SEQ ID NO: 13之SV40聚腺苷酸化信號。

當本申請案之治療組合包含第一載體(諸如DNA質體或病毒載體)及第二載體(諸如DNA質體或病毒載體)時，第一及第二載體中之每一者之量不受特別限制。舉例而言，第一DNA質體及第二DNA質體可以重量計以10:1至1:10，諸如以重量計以10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10之比率存在。較佳地，第一及第二DNA質體按重量計係以1:1之比率存在。本申請案之治療組合可進一步包含編碼適用於治療HBV感染之第三活性劑的第三載體。

本申請案之組合物及治療組合可包含編碼額外HBV抗原之額外聚核苷酸或載體及/或額外HBV抗原或其免疫原性片段，諸如HBsAg、HBV L蛋白或HBV包膜蛋白，或編碼其之聚核苷酸序列或用於抑制根據本申請案之實施例的HBV基因表現的RNAi劑。然而，在特定實施例中，本申請案之組合物及治療組合不包含某些抗原。

在一個特定實施例中，本申請案之組合物或治療組合或套組不包含HBsAg或編碼HBsAg之聚核苷酸序列。

在另一特定實施例中，本申請案之組合物或治療組合或套組不包含HBV L蛋白或編碼HBV L蛋白之聚核苷酸序列。

在本申請案之又一特定實施例中，本申請案之組合物或治療組合不包含HBV包膜蛋白或編碼HBV包膜蛋白之聚核苷酸序列。

本申請案之組合物及治療組合亦可包含醫藥學上可接受之載劑。醫藥學上可接受之載劑係無毒的且不應干擾活性成分之功效。醫藥學上可接受之載劑可包括一或多種賦形劑，諸如黏合劑、崩解劑、膨潤劑、懸浮劑、乳化劑、潤濕劑、潤滑劑、調味劑、甜味劑、防腐劑、染料、增溶劑及包覆劑。醫藥學上可接受之載劑可包括媒劑，諸如脂質奈米顆粒(LNP)。該載劑或其他材料之確切性質可取決於投與途徑，例如肌肉內、皮內、皮下、經口、靜脈內、皮膚、黏膜內(例如腸)、鼻內或腹膜內途徑。對於液體可注射製劑，例如懸浮液及溶液，適合的載劑及添加劑包括水、乙二醇、油、醇、防腐劑、著色劑及其類似物。對於固體口服製劑，例如散劑、膠囊、囊片、膠囊錠及錠劑，適合的載劑及添加劑包括澱粉、糖、稀釋劑、成粒劑、潤滑劑、黏合劑、崩解劑及其類似物。對於鼻噴霧劑/吸入劑混合物，水溶液/懸浮液可包含水、乙二醇、油、潤滑劑、穩定劑、潤濕劑、防腐劑、芳族化合物、調味劑及其類似物作為適合的載劑及添加劑。

本申請案之組合物及治療組合可適合於向個體投與之任何物質形式調配以促進投與及改善功效，包括但不限於經口(經腸)投與及非經腸注射。非經腸注射包括靜脈內注射或輸注、皮下注射、皮內注射及肌肉內注射。本申請案之組合物亦可調配用於其他投與途徑，包括經黏膜、眼、直腸、長效植入、舌下投與(即在舌頭下方，自口腔黏膜投與，繞過門脈循環)、吸入或鼻內投與。

在本申請案之一個較佳實施例中，本申請案之組合物及治療組合係調配用於非經腸注射，較佳經皮下、皮內注射或肌肉內注射，更佳肌肉內注射。

根據本申請案之實施例，供投與之組合物及治療組合通常將包含於醫藥學上可接受之載劑，例如水性載劑中之緩衝溶液，諸如緩衝生理食鹽水及類似物，例如磷酸鹽緩衝生理食鹽水(PBS)。視需要，該等組合物及治療組合亦可含有醫藥學上可接受之物質以接近生理條件，諸如pH調節及緩衝劑。舉例而言，包含質體DNA之本申請案之組合物或治療組合可含有磷酸鹽緩衝生理食鹽水(PBS)作為醫藥學上可接受之載劑。質體DNA之存在濃度可為例如0.5 mg/mL至5 mg/mL，諸如為0.5 mg/mL、1 mg/mL、2 mg/mL、3 mg/mL、4 mg/mL或5 mg/mL，較佳為1 mg/mL。

本申請案之組合物及治療組合可根據此項技術中熟知之方法調配為疫苗(亦稱為「免疫原性組合物」)。此類組合物可包括用以增強免疫反應之佐劑。根據本發明，調配物中各組分之最佳比率可藉由熟習此項技術者熟知之技術測定。

在本申請案之一個特定實施例中，組合物或治療組合為DNA疫苗。DNA疫苗通常包含含有處於強真核啟動子控制下的編碼所關注抗原之聚核苷酸的細菌質體。在將質體遞送至宿主之細胞質中之後，即產生並內源性加工編碼之抗原。所得抗原通常誘發體液及細胞介導之免疫反應。DNA疫苗有利至少係由於其提供改良之安全性，具有溫度穩定性，可容易地用於表現抗原變異體且易於製造。可使用本申請案之DNA質體中之任一者製備此類DNA疫苗。

在本申請案之其他特定實施例中，組合物或治療組合為RNA疫苗。RNA疫苗通常包含至少一個編碼相關抗原，例如根據本申請案之融合蛋白或HBV抗原之單股RNA分子。與DNA疫苗類似，在將RNA遞送至宿主之細胞質中之後，即產生並內源性加工編碼之抗原，誘發體液及細胞介導之免疫反應。RNA序列可經密碼子優化以提高轉譯效率。RNA分子可根據本發明，藉由此項技術中已知之任何方法，諸如藉由添加例如具有至少30個腺苷殘基之聚腺苷酸尾；及/或用經修飾之核糖核苷酸，例如7-甲基鳥苷帽對5端加帽進行修飾以增進穩定性及/或轉譯，該經修飾之核糖核苷酸可在RNA合成期間併入或在RNA轉錄之後以酶進行工程改造。RNA疫苗亦可為由α病毒表現載體開發之自我複製RNA疫苗。自我複製RNA疫苗包含源於屬於α病毒科之病毒的複製酶RNA分子，其具有控制融合蛋白或HBV抗原RNA複製之亞基因體啟動子，隨後為位於該複製酶下游的人工聚腺苷酸尾。

在某些實施例中，另一佐劑可包括於本申請案之組合物或治療組合中，或與本申請案之組合物或治療組合共投與。另一佐劑之使用係可選的，且當組合物係用於疫苗接種目的時，其可進一步增強免疫反應。適於共投與或包括在根據本申請案之組合物中的其他佐劑應較佳地為可能安全、具有良好耐受性且在人類中有效之佐劑。佐劑可為小分子或抗體，包括但不限於免疫檢查點抑制劑(例如抗PD1、抗TIM-3等)、鐸樣受體促效劑(例如TLR7促效劑及/或TLR8促效劑)、RIG-1促效劑、IL-15超級促效劑(Altor Bioscience)、突變IRF3及IRF7基因佐劑、STING促效劑(Aduro)、FLT3L基因佐劑及IL-7-hyFc。舉例而言，佐劑亦可例如選自在以下中之抗HBV劑：HBV DNA聚合酶抑制劑；免疫調節劑；鐸樣受體7調節劑；鐸樣受體8調節劑；鐸樣受體3調節劑；干擾素α受體配位體；玻尿酸酶抑制劑；IL-10調節劑；HBsAg抑制劑；鐸樣受體9調節劑；親環蛋白抑制劑；HBV預防性疫苗；HBV治療性疫苗；HBV病毒進入抑制劑；靶向病毒mRNA之反義寡核苷酸，更特定言之抗HBV反義寡核苷酸；短干擾RNA (siRNA)，更特定言之抗HBV siRNA；核酸內切酶調節劑；核糖核苷酸還原酶抑制劑；B型肝炎病毒E抗原抑制劑；靶向B型肝炎病毒之表面抗原的HBV抗體；HBV抗體；CCR2趨化因子拮抗劑；胸腺素促效劑；細胞介素，諸如IL12；蛋白殼組裝調節劑、核蛋白抑制劑(HBV核心或蛋白殼蛋白抑制劑)；核酸聚合物(NAP)；視黃酸誘導性基因1之刺激劑；NOD2刺激劑；重組胸腺素α-1；B型肝炎病毒複製抑制劑；PI3K抑制劑；cccDNA抑制劑；免疫檢查點抑制劑，諸如PD-L1抑制劑、PD-1抑制劑、TIM-3抑制劑、TIGIT抑制劑、Lag3抑制劑及CTLA-4抑制劑；在免疫細胞(更特定言之T細胞)上表現之共刺激受體，諸如CD27、CD28等的促效劑；BTK抑制劑；用於治療HBV之其他藥物；IDO抑制劑；精胺酸酶抑制劑；以及KDM5抑制劑。

在某些實施例中，第一及第二非天然存在之核酸分子中之各者獨立地與脂質奈米顆粒(LNP)調配。

本申請案亦提供製成本申請案之組合物及治療組合的方法。一種產生組合物或治療組合之方法，其包含將編碼本申請案之HBV抗原、載體及/或多肽的經分離聚核苷酸與一或多種醫藥學上可接受之載劑混合。一般熟習此項技術者將熟悉用於製備此類組合物之習知技術。

誘發免疫反應或治療 HBV 感染之方法 本申請案亦提供在有需要之個體中誘發針對B型肝炎病毒(HBV)之免疫反應的方法，其包含向該個體投與免疫原性有效量的本申請案之組合物或免疫性組合物。本文所描述之本申請案之組合物及治療組合中之任一者可用於本申請案之方法中。

如本文所用，術語「感染」係指致病物對宿主之侵襲。當致病物能夠侵襲宿主，且在宿主內複製或繁殖時，認為其具有「感染性」。感染物之實例包括病毒，例如HBV及某些物種之腺病毒、朊病毒、細菌、真菌、原蟲及類似物。「HBV感染」特指HBV對宿主生物體，諸如宿主生物體之細胞及組織之侵襲。

當關於本文所描述之方法使用時，短語「誘發免疫反應」涵蓋在有需要之個體中引起針對感染，例如HBV感染之所需免疫反應或作用。「誘發免疫反應」亦涵蓋提供針對病原體，例如HBV之治療性免疫以進行治療。如本文所用，術語「治療性免疫」或「治療性免疫反應」意謂經疫苗接種之個體能夠控制該疫苗接種所針對之病原體感染，例如藉由用HBV疫苗進行疫苗接種引起針對HBV感染之免疫。在一個實施例中，「誘發免疫反應」意謂在有需要之個體中產生免疫，例如以提供針對疾病，諸如HBV感染之治療作用。在某些實施例中，「誘發免疫反應」係指引起或改善針對HBV感染之細胞免疫，例如T細胞反應。在某些實施例中，「誘發免疫反應」係指引起或改善針對HBV感染之體液免疫反應。在某些實施例中，「誘發免疫反應」係指引起或改善針對HBV感染之細胞及體液免疫反應。

如本文所用，術語「保護性免疫」或「保護性免疫反應」意謂經疫苗接種之個體能夠控制該疫苗接種所針對之病原體感染。通常，產生「保護性免疫反應」之個體僅產生輕度至中度臨床症狀或完全無症狀。通常，針對某一病原體具有「保護性免疫反應」或「保護性免疫」之個體將不會死於該病原體感染。

通常，本申請案之組合物及治療組合的投與將具有治療目的，以在HBV感染或發展HBV感染特有之症狀之後產生針對HBV之免疫反應，例如用於治療性疫苗接種。

如本文所用，「免疫原性有效量」或「免疫有效量」意謂足以在有需要之個體中誘發所需免疫作用或免疫反應的組合物、聚核苷酸、載體或抗原之量。免疫原性有效量可為足以在有需要之個體中誘發免疫反應的量。免疫原性有效量可為足以在有需要之個體中產生免疫性，例如針對疾病，諸如HBV感染提供治療作用的量。免疫原性有效量可取決於多種因素而變化，諸如個體之身體狀況，年齡、體重、健康狀況等；具體應用，例如提供保護性免疫或治療性免疫；以及免疫需要針對之具體疾病，例如病毒感染。一般熟習此項技術者根據本發明可容易地確定免疫原性有效量。

在本申請案之具體實施例中，免疫原性有效量係指足以達成以下效果中之至少一個、兩個、三個、四個或更多個之組合物或治療組合之量：(i)降低或改善HBV感染或其相關症狀之嚴重程度；(ii)降低HBV感染或其相關症狀之持續時間；(iii)預防HBV感染或其相關症狀之進展；(iv)使得HBV感染或其相關症狀消退；(v)預防HBV感染或其相關症狀之發展或發作；(vi)預防HBV感染或其相關症狀復發；(vii)減少患有HBV感染之個體住院；(viii)降低患有HBV感染之個體之住院時長；(ix)提高患有HBV感染之個體之存活率；(x)消除個體中之HBV感染；(xi)抑制或降低個體中之HBV複製；及/或(xii)增強或改善另一療法之預防性或治療效果。

免疫原性有效量亦可為足以減小HBsAg含量以符合臨床血清轉化之發展；利用個體之免疫系統實現持久HBsAg清除以及減少受感染肝細胞；誘導HBV抗原特異性活化之T細胞群；及/或在12個月內實現持久的HBsAg喪失的量。目標指標之實例包括下限HBsAb低於500個複本之HBsAg國際單位(IU)之臨限值及/或較高CD8計數。

作為通用指導，免疫原性有效量當用於DNA質體時可在約0.1 mg/mL至10 mg/mL總DNA質體範圍內，諸如為0.1 mg/mL、0.25 mg/mL、0.5 mg/mL、0.75 mg/mL、1 mg/mL、1.5 mg/mL、2 mg/mL、3 mg/mL、4 mg/mL、5 mg/mL、6 mg/mL、7 mg/mL、8 mg/mL、9 mg/mL或10 mg/mL。較佳地，DNA質體之免疫原性有效量小於8 mg/mL，更佳小於6 mg/mL，甚至更佳為3-4 mg/mL。免疫原性有效量可來自一個載體或質體，或來自多個載體或質體。作為其他通用指導，在參考肽使用時，免疫原性有效量可在每次投與約10 µg至1 mg範圍內，諸如每次投與10、20、50、100、200、300、400、500、600、700、800、9000或1000 µg。免疫原性有效量可以單一組合物或以多種組合物，諸如1、2、3、4、5、6、7、8、9或10種組合物(例如錠劑、膠囊或可注射劑，或適於皮內遞送，例如適於使用皮內遞送貼片皮內遞送的任何組合物)形式投與，其中多個膠囊或多次注射液的投與總體向個體提供免疫原性有效量。舉例而言，當使用兩個DNA質體時，免疫原性有效量可為3-4 mg/mL，具有1.5-2 mg/mL各質體。亦可按所謂的初打-加打方案，向個體投與免疫原性有效量，且隨後向該個體投與另一劑免疫原性有效量。此初打-加打方案之一般概念係熟習疫苗領域之技術者熟知的。視需要，可視情況在該方案中添加進一步的加打投與。

可藉由將兩個DNA質體，例如編碼HBV核心抗原之第一DNA質體及編碼HBV pol抗原之第二DNA質體混合並將混合物遞送至單一解剖部位來將包含該兩個質體的治療組合投與個體。替代地，可進行兩次獨立的免疫接種，分別遞送單一表現質體。在此類實施例中，無論兩個質體係作為混合物以單次免疫接種投與抑或分兩次獨立的免疫接種投與，第一DNA質體及第二DNA質體均可按重量計以10:1至1:10，諸如按重量計以10:1、9:1、8:1、7:1、6:1、5:1、4:1、3:1、2:1、1:1、1:2、1:3、1:4、1:5、1:6、1:7、1:8、1:9或1:10之比率投與。較佳地，第一及第二DNA質體係以按重量計1:1之比率投與。

作為一般指導，在參考RNAi劑使用時，免疫原性有效量可在約0.05 mg/kg至約5 mg/kg範圍內，例如約0.05 mg至約4 mg/kg或約1 mg/kg至約3 mg/kg，或例如約0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5或5 mg/kg，但可甚至更高，例如約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、50、60、70、80、90或100 mg/kg。固定單位劑量亦可例如為50、100、200、500或1000 mg，或劑量可基於患者之表面積，例如500、400、300、250、200或100 mg/m2。通常可投與1至8次劑量(例如1、2、3、4、5、6、7或8次)以治療患者，但可給出9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20次或更多次劑量。

本申請案之RNAi劑之投與可在一天、兩天、三天、四天、五天、六天、一週、兩週、三週、一個月、五週、六週、七週、兩個月、三個月、四個月、五個月、六個月或更長之後重複。治療之重複過程亦為可能的，正如長期投與一樣。重複投與可在相同劑量下或在不同劑量下進行。舉例而言，本申請案之RNAi劑可在第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40天中之至少一者以每天約0.05-5 mg/kg (諸如0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、1、1.5、2、2.5、3、3.5、4、4.5或5 mg/kg)之量提供，或替代地，在開始治療之後1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20週中之至少一者，或其任何組合，使用每24、12、8、6、4或2小時之單次或分次劑量，或其任何組合。

在一些實施例中，投與有需要之個體的AD04872與AD05070之比率係約2:1。在一些實施例中，投與有需要之個體的AD04872與AD05070之比率係約3:1。在一些實施例中，投與有需要之個體的AD04872與AD05070之比率係約1:1。在一些實施例中，投與有需要之個體的AD04872與AD05070之比率係約4:1。在一些實施例中，投與有需要之個體的AD04872與AD05070之比率係約5:1。在一些實施例中，投與有需要之個體的AD04872與AD05070之比率係約1:2。

較佳地，根據本申請案之方法的待治療個體係感染HBV之個體，特別是患有慢性HBV感染之個體。急性HBV感染之特徵在於先天免疫系統之高效活化加上隨後的廣泛適應性反應(例如HBV特異性T細胞、中和抗體)，由此通常引起複製之成功抑制或受感染肝細胞之移除。相比之下，此類反應由於高病毒及抗原負荷而減弱或減小，例如HBV包膜蛋白大量產生且可相對於感染性病毒1,000倍過量釋放於亞病毒顆粒中。

慢性HBV感染係分階段描述的，以病毒負荷、肝酶含量(壞死性發炎活動)、HBeAg或HBsAg負荷，或針對該等抗原之抗體之存在表徵。cccDNA含量保持相對恆定，每個細胞有約10至50個複本，即使病毒血症可能變化極大。cccDNA物種之存留導致慢性。更具體言之，慢性HBV感染各階段包括：(i)免疫耐受期，以高病毒負荷及正常或升高極小之肝酶為特徵；(ii)免疫活化HBeAg陽性期，在此階段觀察到較低或下降水準之病毒複製及明顯升高之肝酶；(iii)非活動性HBsAg攜帶期，該階段係具有較低病毒負荷之低複製狀態且在血清中具有可遵循HBeAg血清轉化之正常肝酶含量；以及(iv)HBeAg陰性期，在該階段中，定期發生病毒複製(再活化)且伴隨肝酶含量之波動，在前核心及/或基礎核心啟動子中之突變係常見的，使得受感染細胞無法產生HBeAg。

如本文所用，「慢性HBV感染」係指個體中可偵測到HBV存在超過6個月。患有慢性HBV感染之個體可處於慢性HBV感染之任何階段。慢性HBV感染係根據其在該領域中之一般含義理解。慢性HBV感染可例如以急性HBV感染之後HBsAg存留達6個月或更長時間為特徵。舉例而言，本文所提及的慢性HBV感染遵循疾病控制與預防中心(Centers for Disease Control and Prevention，CDC)所公開之定義，根據該定義，慢性HBV感染可藉由實驗室標準表徵，諸如：(i)針對B型肝炎核心抗原之IgM抗體呈陰性(IgM抗HBc)及針對B型肝炎表面抗原(HBsAg)、B型肝炎e抗原(HBeAg)或有關B型肝炎病毒DNA之核酸測試呈陽性；或(ii)針對HBsAg或有關HBV DNA之核酸測試呈陽性，或間隔至少6個月兩次針對HBeAg呈陽性。

較佳地，免疫原性有效量係指足以治療慢性HBV感染的本申請案之組合物或治療組合之量。

在一些實施例中，患有慢性HBV感染之個體正在經歷核苷類似物(NUC)治療，且受NUC抑制。如本文所用，「受NUC抑制」係指個體具有不可偵測之HBV病毒含量及穩定丙胺酸轉胺酶(ALT)含量達至少六個月。核苷/核苷酸類似物治療之實例包括HBV聚合酶抑制劑，諸如恩替卡韋及替諾福韋。較佳地，患有慢性HBV感染之個體不會患上晚期肝纖維化或肝硬化。此類個體通常會具有小於3分的針對纖維化之METAVIR評分及小於9 kPa之肝纖維化掃描(fibroscan)結果。METAVIR評分係藉由B型肝炎患者之肝切片之組織病理學評定來評估發炎及纖維化程度的一種常用評分系統。該評分系統指定兩個標準化數值：一個反映發炎之程度且一個反映纖維化之程度。

咸信消除或減輕慢性HBV可允許包括病毒誘發肝硬化及肝細胞癌在內之重度肝病的早期疾病攔截。因此，本申請案之方法亦可用作治療HBV誘發之疾病的療法。HBV誘發疾病之實例包括但不限於肝硬化、癌症(例如肝細胞癌)及纖維化，特別是以針對纖維化之METAVIR分數係3分或更高為特徵的晚期纖維化。在此類實施例中，免疫原性有效量係足以在12個月內達成HBsAg之持久喪失且明顯減輕臨床疾病(例如肝硬化、肝細胞癌等)的量。

根據本申請案之實施例的方法進一步包含向有需要之個體投與另一免疫原性藥劑(諸如另一HBV抗原或其他抗原)或另一抗HBV劑(諸如核苷類似物或其他抗HBV劑)與本申請案之組合物的組合。舉例而言，另一抗HBV劑或免疫原性劑可為小分子或抗體，包括但不限於免疫檢查點抑制劑(例如，抗PD1、抗TIM-3等)、鐸樣受體促效劑(例如，TLR7促效劑及/或TLR8促效劑)、RIG -1促效劑、IL-15超級促效劑(Altor Bioscience)、突變IRF3及IRF7基因佐劑、STING促效劑(Aduro)、FLT3L基因佐劑、IL12基因佐劑IL-7-hyFc；與HBV env結合之CAR-T (S-CAR細胞)；蛋白殼組裝調節劑；cccDNA抑制劑、HBV聚合酶抑制劑(例如恩替卡韋及替諾福韋)。一種或其他抗HBV活性劑可為例如小分子、抗體或其抗原結合片段、多肽、蛋白質或核酸。一或其他抗HBV劑可例如選自以下中：HBV DNA聚合酶抑制劑；免疫調節劑；鐸樣受體7調節劑；鐸樣受體8調節劑；鐸樣受體3調節劑；干擾素α受體配位體；玻尿酸酶抑制劑；IL-10調節劑；HBsAg抑制劑；鐸樣受體9調節劑；親環蛋白抑制劑；HBV預防性疫苗；HBV治療性疫苗；HBV病毒進入抑制劑；靶向病毒mRNA之反義寡核苷酸，更特定言之抗HBV反義寡核苷酸；短干擾RNA (siRNA)，更特定言之抗HBV siRNA；核酸內切酶調節劑；核糖核苷酸還原酶抑制劑；B型肝炎病毒E抗原抑制劑；靶向B型肝炎病毒之表面抗原的HBV抗體；HBV抗體；CCR2趨化因子拮抗劑；胸腺素促效劑；細胞介素，諸如IL12；蛋白殼組裝調節劑、核蛋白抑制劑(HBV核心或蛋白殼蛋白抑制劑)；核酸聚合物(NAP)；視黃酸誘導性基因1之刺激劑；NOD2刺激劑；重組胸腺素α-1；B型肝炎病毒複製抑制劑；PI3K抑制劑；cccDNA抑制劑；免疫檢查點抑制劑，諸如PD-L1抑制劑、PD-1抑制劑、TIM-3抑制劑、TIGIT抑制劑、Lag3抑制劑及CTLA-4抑制劑；在免疫細胞(更特定言之T細胞)上表現之共刺激受體，諸如CD27、CD28等的促效劑；BTK抑制劑；用於治療HBV之其他藥物；IDO抑制劑；精胺酸酶抑制劑；以及KDM5抑制劑。

遞送方法 本申請案之組合物及治療組合可根據本發明，藉由此項技術中已知之任何方法向個體投與，包括但不限於非經腸投與(例如肌肉內、皮下、靜脈內或皮內注射)、經口投與、經皮投與及鼻投與。較佳地，組合物及治療組合係非經腸(例如藉由肌肉內注射或皮內注射)或經皮投與。

在組合物或治療組合包含一或多個DNA質體之本申請案之一些實施例中，投與可藉由注射穿過皮膚，例如肌肉內或皮內注射，較佳肌肉內注射進行。肌肉內注射可與電穿孔組合，亦即，施加電場以有助於DNA質體遞送至細胞中。如本文所用，術語「電穿孔」係指使用跨膜電場脈衝在生物膜中誘導產生微觀路徑(孔)。在活體內電穿孔期間，向細胞施加適當幅值及持續時間之電場，誘導短暫的細胞膜滲透性增強狀態，由此實現無法獨自跨越細胞膜之分子的細胞吸收。藉由電穿孔產生此類孔有助於諸如質體、寡核苷酸、siRNA、藥物等生物分子穿過細胞膜之一側到達另一側。經展示，利用活體內電穿孔來遞送DNA疫苗使宿主細胞對質體之吸收明顯增加，但亦會在注射部位引起輕度至中度發炎。因此，相較於習知注射，利用皮內或肌肉內電穿孔使轉染效率及免疫反應顯著改良(例如分別增加1,000倍及100倍)。

在一個典型實施例中，將電穿孔與肌肉內注射組合。然而，亦可將電穿孔與其他非經腸投與形式，例如皮內注射、皮下注射等組合。

經由電穿孔投與本申請案之組合物、治療組合或疫苗可使用電穿孔裝置實現，該等電穿孔裝置可經組態以將有效引起細胞膜中形成可逆孔的能量脈衝遞送至所希望的哺乳動物組織。電穿孔裝置可包括電穿孔組件及電極總成或手柄總成。電穿孔組件可包括以下電穿孔裝置組件中之一或多個：控制器、電流波形產生器、阻抗測試儀、波形記錄器、輸入元件、狀態報告元件、通信端口、記憶體組件、電源及電源開關。電穿孔可使用活體內電穿孔裝置實現。可有助於遞送本申請案之組合物及治療組合之電穿孔裝置及電穿孔方法之實例，尤其是彼等包含DNA質體之電穿孔裝置及電穿孔方法之實例，包括CELLECTRA® (Inovio Pharmaceuticals, Blue Bell, PA)、Elgen 電穿孔器(Inovio Pharmaceuticals, Inc.)、Tri-GridTM遞送系統(Ichor Medical Systems, Inc., San Diego, CA 92121)，及描述於以下文獻中之彼等實例：美國專利第7,664,545號、美國專利第8,209,006號、美國專利第9,452,285號、美國專利第5,273,525號、美國專利第6,110,161號、美國專利第6,261,281號、美國專利第6,958,060號及美國專利第6,939,862號、美國專利第7,328,064號、美國專利第6,041,252號、美國專利第5,873,849號、美國專利第6,278,895號、美國專利第6,319,901號、美國專利第6,912,417號、美國專利第8,187,249號、美國專利第9,364,664號、美國專利第9,802,035號、美國專利第6,117,660號以及國際專利申請公開案第WO2017172838號中，其皆以全文引用之方式併入本文中。活體內電穿孔裝置之其他實例描述於與本申請案同一天提交的題為「Method and Apparatus for the Delivery of Hepatitis B Virus (HBV) Vaccines」的代理人案號為688097-405WO之國際專利申請案中，其內容以全文引用之方式併入本文中。關於遞送本申請案之組合物及治療組合之申請案亦涵蓋使用脈衝電場，舉例來說，如描述於例如美國專利第6,697,669號中，其以全文引用之方式併入本文中。

在組合物或治療組合包含一或多個DNA質體之本申請案之其他實施例中，投與方法係經皮投與。經皮投與可與表皮磨蝕組合以有助於將DNA質體遞送至細胞。舉例而言，可使用皮膚貼片進行表皮磨蝕。在移除皮膚貼片後，組合物或治療組合可沈積於經磨蝕之皮膚上。

遞送方法不限於上述實施例，且用於細胞內遞送之任何手段均可使用。本申請案之方法所涵蓋的其他細胞內遞送方法包括但不限於脂質體囊封、脂質奈米顆粒(LNP)等。

在本申請案之某些實施例中，投與方法為脂質組合物，諸如脂質奈米顆粒(LNP)。可用於遞送治療產物(諸如本發明之一或多個核酸分子)之脂質組合物，較佳脂質奈米顆粒，包括但不限於脂質體或脂質囊泡，其中水性體積經兩性脂質雙層囊封，或其中脂質塗層內部包含治療產物；或脂質聚集物或微胞，其中經脂質囊封之治療產物含於相對無序脂質混合物內。

在特定實施例中，LNP包含陽離子脂質以囊封核酸分子，諸如本發明之DNA或RNA分子，及/或增強將其遞送至目標細胞中。陽離子脂質可為在所選pH值(諸如生理pH值)下的攜帶淨正電荷之任何脂質物種。脂質奈米顆粒可藉由包括採用一或多種陽離子脂質、非陽離子脂質及經聚乙二醇(PEG)修飾之脂質的不同比率之多組分脂質混合物來製備。若干陽離子脂質已描述於文獻中，其中許多為可商購的。舉例而言，適用於本發明之組合物及方法之陽離子脂質包括1,2-二油醯基-3-三甲銨-丙烷(DOTAP)。

LNP調配物可包括陰離子脂質。陰離子脂質可為在所選pH值(諸如生理pH值)下的攜帶淨負電荷之任何脂質物種。陰離子脂質當與陽離子脂質組合時，用於降低LNP之整體表面電荷且引入對LNP雙層結構之pH依賴性破壞，促進核苷酸釋放。若干陰離子脂質已描述於文獻中，其中許多為可商購的。舉例而言，適用於本發明之組合物及方法之陰離子脂質包括1,2-二油醯基-sn -甘油基-3-磷酸乙醇胺(DOPE)。

LNP可鑒於本發明使用此項技術中熟知之方法製備。舉例而言，LNP可使用乙醇注射或稀釋、薄膜水合、凍融、法式壓碎機(French press)或膜擠壓、透濾、音波處理、清潔劑透析、醚輸注及逆相蒸發來製備。

脂質、脂質組合物及產生用於遞送活性核酸分子之脂質載體之方法的一些實例(諸如本發明之彼等實例)描述於以下文獻中：US2017/0190661、US2006/0008910、US2015/0064242、US2005/0064595、WO/2019/036030、US2019/0022247、WO/2019/036028、WO/2019/036008、WO/2019/036000、US2016/0376224、US2017/0119904、WO/2018/200943、WO/2018/191657、US2014/0255472及US2013/0195968，其中每一者的相關內容以全文引用之方式併入本文中。

包含本申請案之RNAi劑的醫藥組合物包含藥理學有效量的至少一種RNAi及醫藥學上可接受之載劑。然而，此類「醫藥組合物」亦可包含此類RNAi劑或載體之個別股，該等RNAi劑或載體包含可操作地連接至編碼本申請案之RNAi中所包含之有義股或反義股之至少一個股的核苷酸序列的調控序列。亦設想表現或包含本文所定義之RNAi之細胞、組織或經分離器官可用作「醫藥組合物」。

用於抑制本申請案之HBV基因表現的RNAi劑可藉由任何適合的途徑投與個體，例如非經腸靜脈內(i.v.)。經肌肉內或皮下或腹膜內輸注或快速注射。靜脈內輸注可歷經例如15、30、60、90、120、180或240分鐘，或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12小時給與。

對於肌肉內、皮下及靜脈內使用，包含本申請案之RNAi劑的醫藥組合物將一般以緩衝至適當pH及等張性之無菌水溶液或懸浮液形式提供。在一較佳實施例中，載體獨有地由水性緩衝劑組成。在此情形下，「獨有地」意謂不存在影響或介導表現B型肝炎病毒基因之細胞中dsRNA之吸收的助劑或囊封物質。根據本申請案之水性懸浮液可包括懸浮劑，諸如纖維素衍生物、海藻酸鈉、聚乙烯吡咯啶酮及黃蓍膠及潤濕劑，諸如卵磷脂。適用於水性懸浮液之防腐劑包括對羥基苯甲酸乙酯及對羥基苯甲酸正丙酯。包含根據本申請案適用之RNAi劑的醫藥組合物亦包括囊封調配物以保護RNAi劑免於自身體快速消散，諸如控制釋放調配物，包括植入物及微囊封遞送系統。可使用可生物降解的生物相容性聚合物，諸如乙烯乙酸乙烯酯、聚酸酐、聚乙醇酸、膠原蛋白、聚原酸酯及聚乳酸。用於製備此類調配物之方法為熟習此項技術者顯而易見的。脂質體懸浮液及雙特異性抗體亦可用作醫藥學上可接受之載劑。此等物質可根據熟習此項技術者已知之方法製備，例如如以全文引用之方式併入本文中的PCT公開案W091/06309及WO 2011/003780中所描述。

佐劑在本申請案之一些實施例中，誘發針對HBV之免疫反應的方法進一步包含投與佐劑。術語「佐劑」與「免疫刺激劑」在本文中可互換地使用，且定義為刺激免疫系統之一或多種物質。在此情形下，佐劑係用於增強針對本申請案之HBV抗原及抗原性HBV多肽之免疫反應。

根據本申請案之實施例，佐劑可存在於本申請案之治療組合或組合物中，或以獨立組合物形式投與。佐劑可為例如小分子或抗體。適用於本申請案之佐劑之實例包括但不限於免疫檢查點抑制劑(例如抗PD1、抗TIM-3等)、鐸樣受體促效劑(例如TLR7促效劑及/或TLR8促效劑)、RIG-1促效劑、IL-15超級促效劑(Altor Bioscience)、突變IRF3及IRF7基因佐劑、STING促效劑(Aduro)、FLT3L基因佐劑、IL12基因佐劑及IL-7-hyFc。佐劑之實例可例如選自在以下中之抗HBV劑：HBV DNA聚合酶抑制劑；免疫調節劑；鐸樣受體7調節劑；鐸樣受體8調節劑；鐸樣受體3調節劑；干擾素α受體配位體；玻尿酸酶抑制劑；IL-10調節劑；HBsAg抑制劑；鐸樣受體9調節劑；親環蛋白抑制劑；HBV預防性疫苗；HBV治療性疫苗；HBV病毒進入抑制劑；靶向病毒mRNA之反義寡核苷酸，更特定言之抗HBV反義寡核苷酸；短干擾RNA (siRNA)，更特定言之抗HBV siRNA；核酸內切酶調節劑；核糖核苷酸還原酶抑制劑；B型肝炎病毒E抗原抑制劑；靶向B型肝炎病毒之表面抗原的HBV抗體；HBV抗體；CCR2趨化因子拮抗劑；胸腺素促效劑；細胞介素，諸如IL12；蛋白殼組裝調節劑、核蛋白抑制劑(HBV核心或蛋白殼蛋白抑制劑)；核酸聚合物(NAP)；視黃酸誘導性基因1之刺激劑；NOD2刺激劑；重組胸腺素α-1；B型肝炎病毒複製抑制劑；PI3K抑制劑；cccDNA抑制劑；免疫檢查點抑制劑，諸如PD-L1抑制劑、PD-1抑制劑、TIM-3抑制劑、TIGIT抑制劑、Lag3抑制劑及CTLA-4抑制劑；在免疫細胞(更特定言之T細胞)上表現之共刺激受體，諸如CD27、CD28等的促效劑；BTK抑制劑；用於治療HBV之其他藥物；IDO抑制劑；精胺酸酶抑制劑；以及KDM5抑制劑。

本申請案之組合物及治療組合亦可與至少一種其他抗HBV劑組合投與。適合用於本申請案的抗HBV劑之實例包括但不限於小分子、抗體，及/或結合HBV env之CAR-T療法(S-CAR細胞)、蛋白殼組裝調節劑、TLR促效劑(例如TLR7及/或TLR8促效劑)、cccDNA抑制劑、HBV聚合酶抑制劑(例如恩替卡韋及替諾福韋)及/或免疫檢查點抑制劑等。

至少一種抗HBV劑可例如選自以下中：HBV DNA聚合酶抑制劑；免疫調節劑；鐸樣受體7調節劑；鐸樣受體8調節劑；鐸樣受體3調節劑；干擾素α受體配位體；玻尿酸酶抑制劑；IL-10調節劑；HBsAg抑制劑；鐸樣受體9調節劑；親環蛋白抑制劑；HBV預防性疫苗；HBV治療性疫苗；HBV病毒進入抑制劑；靶向病毒mRNA之反義寡核苷酸，更特定言之抗HBV反義寡核苷酸；短干擾RNA (siRNA)，更特定言之抗HBV siRNA；核酸內切酶調節劑；核糖核苷酸還原酶抑制劑；B型肝炎病毒E抗原抑制劑；靶向B型肝炎病毒之表面抗原的HBV抗體；HBV抗體；CCR2趨化因子拮抗劑；胸腺素促效劑；細胞介素，諸如IL12；蛋白殼組裝調節劑、核蛋白抑制劑(HBV核心或蛋白殼蛋白抑制劑)；核酸聚合物(NAP)；視黃酸誘導性基因1之刺激劑；NOD2刺激劑；重組胸腺素α-1；B型肝炎病毒複製抑制劑；PI3K抑制劑；cccDNA抑制劑；免疫檢查點抑制劑，諸如PD-L1抑制劑、PD-1抑制劑、TIM-3抑制劑、TIGIT抑制劑、Lag3抑制劑及CTLA-4抑制劑；在免疫細胞(更特定言之T細胞)上表現之共刺激受體，諸如CD27、CD28等的促效劑；BTK抑制劑；用於治療HBV之其他藥物；IDO抑制劑；精胺酸酶抑制劑；以及KDM5抑制劑。此類抗HBV劑可與本申請案之組合物及治療組合同時或依序投與。

初打 / 加打免疫接種方法 本申請案之實施例亦涵蓋在所謂的初打-加打方案中，向個體投與免疫原性有效量之組合物或治療組合，且隨後向該個體投與另一劑量之免疫原性有效量之組合物或治療組合。因此，在一個實施例中，本申請案之組合物或治療組合係用於引發免疫反應之初打疫苗。在另一個實施例中，本申請案之組合物或治療組合係用於增強免疫反應之加打疫苗。本申請案之初打及加打疫苗可用於本文所描述的本申請案之方法中。此初打-加打方案之一般概念係熟習疫苗領域之技術者熟知的。本文所描述之本申請案之組合物及治療組合中之任一種可用作初打及/或加打疫苗以引發及/或增強針對HBV之免疫反應。

在本申請案之一些實施例中，本申請案之組合物或治療組合可投與用於初打免疫接種。組合物或治療組合可再投與用於加打免疫接種。視需要，該組合物或疫苗組合之進一步加打投與可視情況添加至該方案中。佐劑可存在於用於加打免疫接種的本申請案之組合物中，存在於欲投與本申請案之組合物或治療組合一起投與以用於加打免疫接種的獨立組合物中，或獨自投與作為加打免疫接種。在該方案中包括佐劑的該等實施例中，佐劑較佳用於加打免疫接種。

初打-加打方案之說明性且非限制性實例包括向個體投與單次劑量的免疫原性有效量之本申請案之組合物或治療組合以引發免疫反應；且隨後投與另一劑量之免疫原性有效量的本申請案之組合物或治療組合以增強免疫反應，其中該加打免疫接種首次係在初始投與初打免疫接種之後約兩至六週，較佳四週投與。視情況，在初始投與初打免疫接種之後約10至14週，較佳12週，投與組合物或治療組合或其他佐劑之其他加打免疫接種。

套組本文亦提供一種套組，其包含本申請案之治療組合。套組可在一或多個獨立組合物中包含第一聚核苷酸、第二聚核苷酸及用於抑制HBV基因表現之RNAi劑，或套組可在單一組合物中包含第一聚核苷酸、第二聚核苷酸及用於抑制HBV基因表現之RNAi劑。套組可進一步包含一或多種佐劑或免疫刺激劑，及/或其他抗HBV劑。

在投與動物或人類生物體中時誘發或刺激抗HBV免疫反應的能力可使用此項技術中之多種標準分析法在活體外或活體內評估。有關可用於評估免疫反應之起始及活化之技術的大體描述，參見例如Coligan等人 (1992及1994, Current Protocols in Immunology; 編者J Wiley & Sons Inc, National Institute of Health)。細胞免疫之量測可藉由量測由活化之效應細胞，包括源於CD4+及CD8+ T細胞之該等細胞所分泌之細胞介素譜(例如藉由ELISPOT定量產生IL-10或IFN γ之細胞)、藉由確定免疫效應細胞之活化狀態(例如藉由經典的[³ H]胸苷吸收或基於流式細胞測量術進行之T細胞增殖分析)、藉由分析致敏個體中之抗原特異性T淋巴細胞(例如細胞毒性分析中之肽特異性溶解等)進行。

刺激細胞及/或體液反應之能力可藉由抗體結合及/或結合之競爭測定(參見例如Harlow, 1989, Antibodies, Cold Spring Harbor Press)。舉例而言，可藉由酶聯結免疫吸附分析法(ELISA)量測響應於提供免疫原之組合物之投與而產生之抗體的力價。亦可藉由中和抗體分析法量測免疫反應，其中病毒之中和定義為經由特異性抗體對該病毒之反應/抑制/中和引起之感染性損失。免疫反應亦可藉由抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)分析法量測。

實施例本發明亦提供以下非限制性實施例。

實施例1係一種用於治療有需要之個體之B型肝炎病毒(HBV)感染的治療組合，其包含： i)以下中之至少一者： a)由與SEQ ID NO: 2具有至少95%，諸如至少95%、96%、97%、98%、99%或100%一致性之胺基酸序列組成的截短HBV核心抗原， b)包含編碼該截短HBV核心抗原之第一聚核苷酸序列的第一非天然存在之核酸分子 c)具有與SEQ ID NO: 7至少90%，諸如至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%一致之胺基酸序列的HBV聚合酶抗原，其中該HBV聚合酶抗原不具有逆轉錄酶活性及核糖核酸酶H活性，及 d)包含編碼該HBV聚合酶抗原之第二聚核苷酸序列的第二非天然存在之核酸分子；及 ii)用於抑制HBV基因表現之RNAi劑，諸如描述於US20130005793、WO2013003520或WO2018027106中之彼等藥劑，其內容以全文引用之方式併入本文中。

實施例2係如實施例1之治療組合，其包含HBV聚合酶抗原及截短HBV核心抗原中之至少一者。

實施例3係如實施例2之治療組合，其包含HBV聚合酶抗原及截短HBV核心抗原。

實施例4係如實施例1之治療組合，其包含含有編碼截短HBV核心抗原之第一聚核苷酸序列的第一非天然存在之核酸分子及包含含有編碼HBV聚合酶抗原之第二聚核苷酸序列的第二非天然存在之核酸分子中之至少一者。

實施例5係一種用於治療有需要之個體之B型肝炎病毒(HBV)感染的治療組合，其包含 i)包含編碼截短HBV核心抗原之第一聚核苷酸序列的第一非天然存在之核酸分子，該截短HBV核心抗原由與SEQ ID NO: 2至少95%一致之胺基酸序列組成；及 ii)包含編碼HBV聚合酶抗原之第二聚核苷酸序列的第二非天然存在之核酸分子，該HBV聚合酶抗原具有與SEQ ID NO: 7至少90%一致之胺基酸序列，其中該HBV聚合酶抗原不具有逆轉錄酶活性及核糖核酸酶H活性；及 iii)用於抑制HBV基因表現之RNAi劑，諸如描述於US20130005793、WO2013003520或WO2018027106中之彼等藥劑，其內容以全文引用之方式併入本文中。

實施例6係如實施例4或5之治療組合，其中第一非天然存在之核酸分子進一步包含編碼可操作地連接至截短HBV核心抗原之N端之信號序列的聚核苷酸序列。

實施例6a係如實施例4至6中任一項之治療組合，其中第二非天然存在之核酸分子進一步包含編碼可操作地連接至HBV聚合酶抗原之N端之信號序列的聚核苷酸序列。

實施例6b係如實施例6或6a之治療組合，其中信號序列獨立地包含SEQ ID NO: 9或SEQ ID NO: 15之胺基酸序列。

實施例6c係如實施例6或6a之治療組合，其中信號序列獨立地由SEQ ID NO: 8或SEQ ID NO: 14之聚核苷酸序列編碼。

實施例7係如實施例1至6c中任一項之治療組合，其中HBV聚合酶抗原包含與SEQ ID NO: 7至少98%，諸如至少98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致之胺基酸序列。

實施例7a係如實施例7之治療組合，其中HBV聚合酶抗原包含SEQ ID NO: 7之胺基酸序列。

實施例7b為如實施例1至7a中任一項之治療組合，其中截短HBV核心抗原由與SEQ ID NO: 2至少98%，諸如至少98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%一致之胺基酸序列組成。

實施例7c係如實施例7b之治療組合，其中截短之HBV抗原由SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4之胺基酸序列組成。

實施例8係如實施例1至7c中任一項之治療組合，其中第一及第二非天然存在之核酸分子中之每一者為DNA分子。

實施例8a係如實施例8之治療組合，其中DNA分子存在於DNA載體上。

實施例8b係如實施例8a之治療組合，其中DNA載體係選自由DNA質體、細菌人工染色體、酵母人工染色體及閉合線性去氧核糖核酸組成之群。

實施例8c係如實施例8之治療組合，其中DNA分子存在於病毒載體上。

實施例8d係如實施例8c之治療組合，其中病毒載體係選自由噬菌體、動物病毒及植物病毒組成之群。

實施例8e係如實施例1至7c中任一項之治療組合，其中第一及第二非天然存在之核酸分子中之每一者為RNA分子。

實施例8f係如實施例8e之治療組合，其中RNA分子係RNA複製子，較佳自我複製RNA複製子、mRNA複製子、經修飾之mRNA複製子或自我擴增mRNA。

實施例8g係如實施例1至8f中之任一項之治療組合，其中第一及第二非天然存在之核酸分子中之每一者獨立地與脂質組合物、較佳脂質奈米顆粒(LNP)調配。

實施例9係如實施例4至8g中任一個之治療組合，其包含相同非天然存在之核酸分子中的第一非天然存在之核酸分子及第二非天然存在之核酸分子。

實施例10係如實施例4至8g中任一項之治療組合，其包含兩個不同的非天然存在之核酸分子中的第一非天然存在之核酸分子及第二非天然存在之核酸分子。

實施例11係如實施例4至10中任一項之治療組合，其中第一聚核苷酸序列包含與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3具有至少90%、諸如至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之聚核苷酸序列。

實施例11a係如實施例11之治療組合，其中第一聚核苷酸序列包含與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3具有至少98%，諸如至少98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%序列一致性之聚核苷酸序列。

實施例12係如實施例11a之治療組合，其中第一聚核苷酸序列包含SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3之聚核苷酸序列。

實施例13係如實施例4至12中任一項之治療組合，其中第二聚核苷酸序列包含與SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6具有至少90%，諸如至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或100%序列一致性之聚核苷酸序列。

實施例13a係如實施例13之治療組合，其中第二聚核苷酸序列包含與SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6具有至少98%，諸如至少98%、98.5%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%或100%序列一致性之聚核苷酸序列。

實施例14係如實施例13a之治療組合，其中第二聚核苷酸序列包含SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6之聚核苷酸序列。

實施例15係如實施例1至14中任一項之治療組合，其中RNAi劑具有表2中所示之核心有義股序列及反義股序列。

實施例15a係如實施例1至14中任一項之治療組合，其中RNAi劑具有表3中所示之有義股序列及反義股序列。

實施例15b係如實施例1至14中任一者之治療組合，其中RNAi劑具有表4中所示之核心有義股序列及反義股序列。

實施例15c係如實施例15b之治療組合，其中RNAi劑具有表4中所示之經修飾之有義股序列及反義股序列。

實施例15d係如實施例1至14中之任一項之治療組合，其中RNAi劑靶向表5中所示之目標序列。

實施例15e係如實施例1至14中任一項之治療組合，其中RNAi劑具有表6中所示之核心有義股序列及反義股序列。

實施例15f係如實施例1至14中任一者之治療組合，其中RNAi劑具有表7中所示之核心反義序列及表8中所示之核心有義股序列。

實施例15g係如實施例15f之治療組合，其中RNAi劑具有表7中所示之經修飾之有義股序列及表8中所示之經修飾之反義股序列。

實施例15h係如實施例1至14中任一項之治療組合，其中RNAi劑具有表9中所示之反義股及有義股的雙螺旋。

實施例15i係如實施例15h之治療組合，其中RNAi劑具有表9中所示之AD04580；AD04585；AD04776；AD04872；AD04962；AD04963；AD04982；或AD05070之雙螺旋結構。

實施例15j係如實施例1至14中任一項之治療組合，其中治療組合包含靶向HBV基因之S開放閱讀框架(ORF)的第一RNAi劑及靶向HBV基因之X開放閱讀框架(ORF)的第二RNAi劑。

實施例15k係如實施例15j之治療組合，其中第一RNAi劑係選自由以下組成之群： AD04001；AD04002；AD04003；AD04004；AD04005；AD04006；AD04007；AD04008；AD04009；AD04010；AD04422；AD04423；AD04425；AD04426；AD04427；AD04428；AD04429；AD04430；AD04431；AD04432；AD04433；AD04434；AD04435；AD04436；AD04437；AD04438；AD04439；AD04440；AD04441；AD04442；AD04511；AD04581；AD04583；AD04584；AD04585；AD04586；AD04587；AD04588；AD04590；AD04591；AD04592；AD04593；AD04594；AD04595；AD04596；AD04597；AD04598；AD04599；AD04734；AD04771；AD04772；AD04773；AD04774；AD04775；AD04822；AD04871；AD04872；AD04873；AD04874；AD04875；AD04876；AD04962；及AD05164；且第二RNAi劑係選自由以下組成之群：AD03498；AD03499；AD03500；AD03501；AD03738；AD03739；AD03967；AD03968；AD03969；AD03970；AD03971；AD03972；AD03973；AD03974；AD03975；AD03976；AD03977；AD03978；AD04176；AD04177；AD04178；AD04412；AD04413；AD04414；AD04415；AD04416；AD04417；AD04418；AD04419；AD04420；AD04421；AD04570；AD04571；AD04572；AD04573；AD04574；AD04575；AD04576；AD04577；AD04578；AD04579；AD04580；AD04776；AD04777；AD04778；AD04823；AD04881；AD04882；AD04883；AD04884；AD04885；AD04963；AD04981；AD04982；AD04983；AD05069；AD05070；AD05071；AD05072；AD05073；AD05074；AD05075；AD05076；AD05077；AD05078；AD05147；AD05148；AD05149；及AD05165，其中之每一者描述於WO2018027106中且其揭示內容以全文引用之方式併入本文中。

實施例15l係如實施例15k之治療組合，其中第一RNAi劑為AD04872，其包含具有SEQ ID NO: 25-26之序列的雙螺旋，且第二RNAi劑為AD05070，其包含具有SEQ ID NO: 27-28之序列的雙螺旋。

實施例15m係如實施例15k之治療組合，其中第一RNAi劑為AD04872且第二RNAi劑為AD04982。

實施例15n係如實施例15k之治療組合，其中第一RNAi劑為AD04872且第二RNAi劑為AD04776。

實施例15o係如實施例15k之治療組合，其中第一RNAi劑為AD04585且第二RNAi劑為AD04580。

實施例15p係如實施例1至15o中之任一項之治療組合，其中RNAi劑調配呈脂質組合物、較佳脂質奈米顆粒形式。

實施例15p係如實施例1至15o中之任一項之治療組合，其中RNAi劑與目標配位體結合。

實施例15q係如實施例15p之治療組合，其中目標配位體包含N-乙醯基-半乳胺糖。

實施例15r係如實施例15p之治療組合，其中目標配位體為表10中所描繪之(NAG13)、(NAG13)s、(NAG18)、(NAG18)s、(NAG24)、(NAG24)s、(NAG25)、(NAG25)s、(NAG26)、(NAG26)s、(NAG27)、(NAG27)s、(NAG28)、(NAG28)s、(NAG29)、(NAG29)s、(NAG30)、(NAG30)s、(NAG31)、(NAG31)s、(NAG32)、(NAG32)s、(NAG33)、(NAG33)s、(NAG34)、(NAG34)s、(NAG35)、(NAG35)s、(NAG36)、(NAG36)s、(NAG37)、(NAG37)s、(NAG38)、(NAG38)s、(NAG39)或(NAG39)s，其中之每一者更詳細地描述於WO2018027106中且其揭示內容以全文引用之方式併入本文中。

實施例15s係如實施例15p之治療組合，其中目標配位體為(NAG34)、(NAG34)s、(NAG35)、(NAG35)s、(NAG36)、(NAG36)s、(NAG37)、(NAG37)s、(NAG38)、(NAG38)s、(NAG39)或(NAG39)s，更佳(NAG37)或(NAG37)s。

實施例15t係如實施例15p至15s中任一項之治療組合，其中目標配位體與RNAi劑之有義股結合。

實施例16係一種套組，其包含如實施例1至15t中任一項之治療組合及在有需要之個體中使用該治療組合治療B型肝炎病毒(HBV)感染之說明書。

實施例17係一種治療有需要之個體的B型肝炎病毒(HBV)感染之方法，其包含向個體投與如實施例1至15t中任一項之治療組合。

實施例17a係如實施例17之方法，其中該治療誘發有需要之個體中針對B型肝炎病毒之免疫反應，較佳該個體患有慢性HBV感染。

實施例17b係如實施例17或17a之方法，其中個體患有慢性HBV感染。

實施例17c係如實施例17至17b中任一項之方法，其中個體需要治療選自由晚期纖維化、肝硬化及肝細胞癌(HCC)組成之群的HBV誘發之疾病。

實施例18係如實施例17c至17c中任一個之方法，其中治療組合係藉由經皮膚注射來投與，例如肌肉內或皮內注射，較佳肌肉內注射。

實施例19係如實施例18之方法，其中治療組合包含第一及第二非天然存在之核酸分子中之至少一者。

實施例19a係如實施例19之方法，其中治療組合包含第一及第二非天然存在之核酸分子。

實施例20係如實施例19或19a之方法，其中非天然存在之核酸分子係藉由肌肉內注射以及電穿孔而投與個體。

實施例21係如實施例19或19a之方法，其中非天然存在之核酸分子藉由脂質組合物、較佳藉由脂質奈米顆粒投與個體。

實例熟習此項技術者應瞭解，在不脫離本發明之較寬廣發明理念之情況下，可對上述實施例作出改變。因此，應理解，本發明不限於所揭示之特定實施例，而是意圖涵蓋在本發明說明所限定的本發明精神及範疇內之修改。

實例 1 . HBV 核心質體及 HBV pol 質體 pDK-pol及pDK-核心載體之示意性表示分別展示於圖1A及1B中。使用標準分子生物學技術將含有CMV啟動子(SEQ ID NO: 18)、剪接強化子(參複合序列) (SEQ ID NO: 10)、胱抑素S前驅體信號肽SPCS (NP_0018901.1) (SEQ ID NO: 9)及pol (SEQ ID NO: 5)或核心(SEQ ID NO: 2)基因之HBV核心或pol抗原最佳化之表現卡匣引入至pDK質體主鏈中。

藉由西方墨點分析，使用核心及pol特異性抗體，針對核心及pol抗原表現在活體外測試該等質體，且展示其以提供針對細胞及所分泌之核心及pol抗原的一致表現圖譜(資料未展示)。

實例 2 ： 表現截短 HBV 核心抗原與 HBV Pol 抗原之融合物的腺病毒載體之產生 產生一種經設計為自單一開放閱讀框架表現融合蛋白的腺病毒載體。亦可設想例如使用兩個獨立表現卡匣，或使用2A樣序列分開該兩個序列以表現兩種蛋白質之額外組態。

有關腺病毒載體之表現卡匣的設計 表現卡匣(圖解於圖2A及圖2B中)包含CMV啟動子(SEQ ID NO: 19)、內含子(SEQ ID NO: 12)(源於人類ApoAI基因之片段-Genbank寄存號X01038鹼基對295-523，帶有ApoAI第二內含子)，隨後為在人類免疫球蛋白分泌信號編碼序列(SEQ ID NO: 14)之後的經優化編碼序列，即單獨核心或核心與聚合酶融合蛋白，且隨後為SV40聚腺苷酸化信號(SEQ ID NO: 13)。

包括分泌信號係歸因於過去一些含有分泌型轉殖基因的腺病毒載體展示可製造性之改良，同時不影響所引發之T細胞反應的經驗(小鼠實驗)。

核心蛋白的最後兩個殘基(VV)及聚合酶蛋白質之前兩個殘基(MP)若融合，則產生接合序列(VVMP)，其存在於人類多巴胺受體蛋白(D3同功異型物)以及側接同源序列上。

核心與聚合酶序列之間AGAG連接子之插入消除此同源序列且恢復成在人類蛋白質組之Blast中無其他匹配(hit)。

實例 3 . 小鼠中之 DNA 疫苗之活體內免疫原性研究 在小鼠中測試含有編碼HBV核心抗原或HBV聚合酶抗原之DNA質體的免疫治療性DNA疫苗。本研究之目的係設計用於偵測該疫苗在經由電穿孔肌肉內遞送至BALB/c小鼠中之後誘發的T細胞反應。初始免疫原性研究集中在確定由引入之HBV抗原引發的細胞免疫反應。

特定言之，測試質體包括pDK-Pol質體及pDK-核心質體，分別如圖1A及圖1B中所示且如上文在實例1中所描述。pDK-Pol質體編碼具有SEQ ID NO: 7之胺基酸序列的聚合酶抗原，且pDK-核心質體編碼具有SEQ ID NO: 2之胺基酸序列的核心抗原。首先，個別地測試由各質體誘發之T細胞反應。使用適合用於小鼠模型中之脛前肌中的可商購之TriGrid^TM 遞送系統-肌肉內(TDS-IM)，將DNA質體(pDNA)疫苗經由電穿孔肌肉內遞送至Balb/c小鼠中。有關藉由電穿孔將DNA肌肉內遞送至小鼠之方法及裝置的其他描述，參見國際專利申請公開案WO2017172838，及2017年12月19日申請之標題為「Method and Apparatus for the Delivery of Hepatitis B Virus (HBV) Vaccines」的美國專利申請案第62/607,430號，其揭示內容以全文引用之方式併入本文中。特定言之，將具有電極之間之間距為2.5 mm及電極直徑為0.030吋之電極陣列的TDS-IM v1.0裝置之TDS-IM陣列經皮插入選定之肌肉中，其中導電長度為3.2 mm及有效穿透深度為3.2 mm，且其中電極之菱形組態的長軸平行於肌纖維取向。在電極插入之後，起始注射以將DNA (例如0.020 ml)分配於肌肉中。在完成IM注射之後，在約400 ms之總持續時間內，以10%工作循環(亦即，在約400 ms持續時間內，有效地施加電壓總計約40 ms)局部施加250 V/cm電場(施加之電壓為59.4-65.6 V，施加電流之限值小於4 A，0/16 A/sec)，總計6次脈衝。在完成電穿孔程序之後，移除TriGridTM陣列且使動物恢復。如表1中所概述，向BALB/c小鼠投與高劑量(20 µg)。向六隻小鼠投與編碼HBV核心抗原之質體DNA (pDK-核心；第1組)，向六隻小鼠投與編碼HBV Pol抗原之質體DNA (pDK-pol；第2組)，且兩隻小鼠接受空載體作為陰性對照。動物間隔兩週接受兩次DNA免疫接種且在最後一次免疫接種之後一週收集脾細胞。表 1 ：預備試驗之小鼠免疫接種實驗設計 .

群組	N	pDNA	單側投與部位 ( 每側交替投與 )	劑量	體積	投與天數	終點 ( 收集脾 ) 日
1	6	核心	CT + EP	20 µg	20 µL	0, 14	21
2	6	Pol	CT + EP	20 µg	20 µL	0, 14	21
3	2	空載體(陰性對照)	CT + EP	20 µg	20 µL	0, 14	21

CT，脛前肌；EP，電穿孔。

藉由IFN-γ酶聯免疫斑點(ELISPOT)分析及定量抗原特異性反應。在此分析法中，將自經免疫接種之動物分離的脾細胞與包含核心蛋白、Pol蛋白質或小肽前導序列及接合序列(每種肽2 μg/ml)的肽池一起培育隔夜。該等池由重疊11個殘基之15聚體肽組成，該等殘基匹配核心及Pol疫苗載體之基因型BCD共同序列。將較大的94 kDa HBV Pol蛋白質自中間分裂至兩個肽池中。用同源肽池刺激抗原特異性T細胞且使用ELISPOT分析法評定IFN-γ陽性T細胞。利用適當抗體且隨後顯色偵測來觀測在微量盤上呈有色斑點(稱為斑點形成細胞(SFC))形式的單一抗原特異性T細胞釋放之IFN-γ。

在用DNA疫苗質體pDK-核心(第1組)免疫接種之小鼠中獲得針對HBV核心之顯著T細胞反應，達到每10⁶ 個細胞1,000個SFC (圖3)。針對Pol 1肽池的Pol T細胞反應較強(每10⁶ 個細胞約1,000個SFC)。針對Pol-2之抗Pol細胞反應較弱可能歸因於小鼠中有限之MHC多樣性，此現象稱為T細胞免疫顯性，定義為一種抗原中之不同抗原決定基的不等識別。進行確證研究以確證本研究中獲得的結果(資料未展示)。

以上結果展示，用編碼HBV抗原之DNA質體疫苗進行疫苗接種誘發針對在小鼠中投與之HBV抗原的細胞免疫反應。亦用非人類靈長類動物獲得類似結果(資料未展示)。

實例 4 . 小鼠中 DNA 疫苗與 HBV siRNA 之組合之活體內免疫原性研究 C57BL/6雄性小鼠(6-8週齡；Janvier, France)經由尾部靜脈注射稀釋於1×PBS中的1×10¹¹ vg AAV-HBV (FivePlus MMI, China)來感染。使感染在治療開始之前進行28天。隨後將小鼠(n=8隻/組)放入6個單獨組，以探究單獨使用siRNA或單獨使用治療性疫苗(Tx Vx)或組合使用(表2)。Tx Vx為上述實例1之pDK-Pol質體及pDK-核心質體的1:1混合物(亦分別參見圖1A及1B)。如WO 2018 027106 (例如，WO 2018 027106之請求項54)中所描述之siRNA，更特定言之為如WO 2018 027106中所描述之兩種RNAi劑AD04872+AD5070、AD04872+AD04982、AD04872+AD04776或AD04585+AD04580之混合物。siRNA及Tx Vx兩者之劑量及時序提供於表2中。治療之第一天表示為D0且在感染進行時段28天之後。表 2 ：各組研究組之治療方案之概述

群組	小鼠 / 組	Tx Vx	Tx Vx 劑量時間	siRNA	siRNA 劑量時間
1	8	媒劑	D0、D21	媒劑	D0、D21
2	8	媒劑	-	10 mpk	D0、D21
3	8	10 µg pol/10 µg核心	D0、D21	媒劑	-
4	8	10 µg pol/10 µg核心	D0、D21	10 mpk	D0、D21
5	8	10 µg pol/10 µg核心	D21、D42	媒劑	-
6	8	10 µg pol/10 µg核心	D21、D42	10 mpk	D0、D21
7	8	10 µg pol/10 µg核心	D42、D63	10 mpk	D0、D21
8	8	10 µg pol/10 µg核心	D42、D63	媒劑	D0、D21

-表示未治療

Tx Vx以表2中所表示之濃度稀釋於1×PBS中且經由電穿孔投與於脛肌(Ichor, USA)中。以1×PBS中10 mpk之濃度，經由皮下注射將siRNA遞送於頸後部上。第4組及第6組中之siRNA及Tx Vx組合一起投與(第4組)或交錯投與，使得在第一次Tx Vx劑量之前3週(第6組)或在最後一次siRNA治療之後3週(第7組)投與siRNA。所有終點為最後一次藥物投與之後3週，其對應於第1- 4組之第42天、第5組及第6組之第63天及第7組及第8組之第84天。

每週獲取血液樣本以量測血清中之病毒參數(HBeAg、HBsAg及HBV DNA)及肝臟ALT。在終點獲取脾臟，且在用涵蓋Tx Vx核心及pol序列之HBV肽池離體刺激之後，藉由IFNγ ELISPOT，在所有組中評定免疫原性。所有終點在最後治療劑量之後3週。

應理解，本文所描述之實例及實施例僅出於說明之目的，且在不背離其廣義發明概念情況下，可對以上描述之實施例作出改變。因此，應理解，本發明不限於所揭示之特定實施例，而是意圖涵蓋在所附申請專利範圍所限定之本發明精神及範疇內之修改。

當結合隨附圖式閱讀時，將更好地理解本申請案之前述發明內容以及較佳實施例之以下詳細描述。然而應理解，本申請案不限於附圖中所示之精確實施例。圖 1A 及圖 1B 展示根據本申請案之實施例之DNA質體的示意性表示；圖 1A 展示根據本申請案之一個實施例的編碼HBV核心抗原之DNA質體；圖 1B 展示根據本申請案之一個實施例的編碼HBV聚合酶(pol)抗原之DNA質體；HBV核心及pol抗原係在CMV啟動子控制下表現且在N端帶有胱抑素S信號肽，該信號肽在自細胞分泌時自所表現之抗原裂解；質體之轉錄調控元件包括位於CMV啟動子與編碼HBV抗原之聚核苷酸序列之間的強化子序列及位於編碼HBV抗原之聚核苷酸序列下游的bGH聚腺苷酸化序列；第二表現卡匣以逆向取向包括於質體中，該逆向取向包括在Ampr (bla)啟動子之控制下之康黴素(kanamycin)抗性基因；複製起點(pUC)亦以逆向取向包括在內；圖 2A 及圖 2B 展示根據本申請案之實施例的腺病毒載體中之表現卡匣之示意性表示；圖 2A 展示截短HBV核心抗原的表現卡匣，其含有CMV啟動子、內含子(源於人類ApoAI基因之片段-GenBank寄存編號X01038鹼基對295-523，帶有ApoAI第二內含子)、人類免疫球蛋白分泌信號，隨後為截短HBV核心抗原的編碼序列及SV40聚腺苷酸化信號；圖 2B 展示截短HBV核心抗原可操作地連接至HBV聚合酶抗原之融合蛋白的表現卡匣，除HBV抗原外，其在其他方面與截短HBV核心抗原之表現卡匣相同；圖 3 展示如實例3中所述，用表現HBV核心抗原或HBV pol抗原之不同DNA質體免疫接種之Balb/c小鼠的ELISPOT反應；用於刺激自各種經疫苗接種動物組分離之脾細胞的肽池以灰度階指示；反應性T細胞之數目在Y軸上指示，表示為每10⁶ 個脾細胞之斑點形成細胞(SFC)；圖 4 展示可用於本發明之靶向HBV基因之RNAi劑之核心序列，其更詳細地描述於US20130005793中；圖 5 展示可用於本發明之靶向HBV基因之RNAi劑的經修飾序列，更詳細地描述於US20130005793中；圖 6 展示可用於本發明之靶向HBV基因之RNAi劑的核心序列及其經修飾對應物，其更詳細地描述於US20130005793中；圖 7 展示適用於本發明之HBV RNAi劑的實例19聚體HBV cDNA目標序列，其獲自HBV次型ADW2、基因型A、完整基因體GenBank AM282986.1,，其在WO2018027106中更詳細地描述。圖 8 展示適用於本發明之HBV RNAi劑反義股及有義股核心伸長序列，其更詳細地描述於WO2018027106中；圖 9 展示適用於本發明之HBV RNAi劑反義序列，其更詳細地描述於WO2018027106中；圖 10 展示適用於本發明之HBV RNAi劑有義序列，其更詳細地描述於WO2018027106中；圖 11 展示適用於本發明之HBV RNAi劑雙螺旋之實例，其更詳細地描述於WO2018027106中；且圖 12 展示適用於本發明之目標配位體之實例，其更詳細地描述於WO2018027106中。

Claims

一種用於治療有需要個體中B型肝炎病毒(HBV)感染之治療組合，其包含： i)以下中之至少一者： a)由與SEQ ID NO: 2至少95%一致之胺基酸序列組成的截短HBV核心抗原，及 b)包含編碼該截短HBV核心抗原之第一聚核苷酸序列的第一非天然存在之核酸分子， c)具有與SEQ ID NO: 7至少90%一致之胺基酸序列的HBV聚合酶抗原，其中該HBV聚合酶抗原不具有逆轉錄酶活性及核糖核酸酶H活性，及 d)包含編碼該HBV聚合酶抗原之第二聚核苷酸序列的第二非天然存在之核酸分子；及 ii)用於抑制HBV基因表現的RNAi劑，較佳地，該RNAi劑係選自由以下組成之群： 1)具有表2中所示之核心有義股序列及反義股序列的RNAi劑； 2)具有表3中所示之有義股序列及反義股序列的RNAi劑； 3)具有表4中所示之核心有義股序列及反義股序列的RNAi劑，較佳地，該RNAi具有表4中所示之經修飾之有義股序列及反義股序列； 4)靶向表5中所示之目標序列的RNAi劑； 5)具有表6中所示之核心有義股序列及反義股序列的RNAi劑； 6)具有表7中所示之核心反義序列及表8中所示之核心有義股序列的RNAi劑，較佳地，該RNAi具有表7中所示之經修飾之有義股序列及表8中所示之經修飾之反義股序列；及 7)具有表9中所示之反義股及有義股之雙螺旋的RNAi劑，較佳地，該RNAi劑包含表9中所示之該雙螺旋。
如請求項1之治療組合，其包含該HBV聚合酶抗原及該截短HBV核心抗原中之至少一者。
如請求項2之治療組合，其包含該HBV聚合酶抗原及該截短HBV核心抗原。
如請求項1之治療組合，其包含以下至少一者：含有編碼該截短HBV核心抗原之該第一聚核苷酸序列的該第一非天然存在之核酸分子及含有編碼該HBV聚合酶抗原之該第二聚核苷酸序列的該第二非天然存在之核酸分子。
一種用於治療有需要個體中B型肝炎病毒(HBV)感染之治療組合，其包含 i)包含編碼截短HBV核心抗原之第一聚核苷酸序列的第一非天然存在之核酸分子，該截短HBV核心抗原由與SEQ ID NO: 2至少95%一致之胺基酸序列組成；及 ii)包含編碼HBV聚合酶抗原之第二聚核苷酸序列的第二非天然存在之核酸分子，該HBV聚合酶抗原具有與SEQ ID NO: 7至少90%一致之胺基酸序列，其中該HBV聚合酶抗原不具有逆轉錄酶活性及核糖核酸酶H活性；及 iii)用於抑制HBV基因表現的RNAi劑，其中該RNAi劑係選自由以下組成之群： 1)具有表2中所示之核心有義股序列及反義股序列的RNAi劑； 2)具有表3中所示之有義股序列及反義股序列的RNAi劑； 3)具有表4中所示之核心有義股序列及反義股序列的RNAi劑，較佳地，該RNAi具有表4中所示之經修飾之有義股序列及反義股序列； 4)靶向表5中所示之目標序列的RNAi劑； 5)具有表6中所示之核心有義股序列及反義股序列的RNAi劑； 6)具有表7中所示之核心反義序列及表8中所示之核心有義股序列的RNAi劑，較佳地，該RNAi具有表7中所示之經修飾之有義股序列及表8中所示之經修飾之反義股序列；及 7)具有表9中所示之反義股及有義股之雙螺旋的RNAi劑，較佳地，該RNAi劑包含表9中所示之該雙螺旋，更佳地，該RNAi劑結合至目標配位體。
如請求項4或5之治療組合，其中該第一非天然存在之核酸分子進一步包含編碼可操作地連接至該截短HBV核心抗原之N端的信號序列的聚核苷酸序列，且該第二非天然存在之核酸分子進一步包含編碼可操作地連接至該HBV聚合酶抗原之N端的信號序列的聚核苷酸序列，較佳地，該信號序列獨立地包含SEQ ID NO: 9或SEQ ID NO: 15之胺基酸序列，較佳地，該信號序列獨立地由SEQ ID NO: 8或SEQ ID NO: 14之聚核苷酸序列編碼。
如請求項1至6中任一項之治療組合，其中 a)該截短HBV核心抗原由SEQ ID NO: 2或SEQ ID NO: 4之胺基酸序列組成；且 b)該HBV聚合酶抗原包含SEQ ID NO: 7之胺基酸序列。
如請求項1至7中任一項之治療組合，其中該第一及第二非天然存在之核酸分子中之每一者為DNA分子，較佳地，該DNA分子係存在於質體或病毒載體上。
如請求項4至8中任一項之治療組合，其在同一非天然核酸分子中包含該第一非天然存在之核酸分子及該第二非天然存在之核酸分子。
如請求項4至8中任一項之治療組合，其在兩個不同的非天然存在之核酸分子中包含該第一非天然存在之核酸分子及該第二非天然存在之核酸分子。
如請求項4至10中任一項之治療組合，其中該第一聚核苷酸序列包含與SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3具有至少90%序列一致性之聚核苷酸序列。
如請求項11之治療組合，其中該第一聚核苷酸序列包含SEQ ID NO: 1或SEQ ID NO: 3之聚核苷酸序列。
如請求項4至12中任一項之治療組合，其中該第二聚核苷酸序列包含與SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6具有至少90%序列一致性之聚核苷酸序列。
如請求項13之治療組合，其中該第二聚核苷酸序列包含SEQ ID NO: 5或SEQ ID NO: 6之聚核苷酸序列。
如請求項1至14中任一項之治療組合，其中該RNAi劑具有表9中所示之AD04580；AD04585；AD04776；AD04872；AD04962；AD04963；AD04982；或AD05070之雙螺旋結構，較佳地，該RNAi劑結合至表10所描繪之目標配位體(NAG13)、(NAG13)s、(NAG18)、(NAG18)s、(NAG24)、(NAG24)s、(NAG25)、(NAG25)s、(NAG26)、(NAG26)s、(NAG27)、(NAG27)s、(NAG28)、(NAG28)s、(NAG29)、(NAG29)s、(NAG30)、(NAG30)s、(NAG31)、(NAG31)s、(NAG32)、(NAG32)s、(NAG33)、(NAG33)s、(NAG34)、(NAG34)s、(NAG35)、(NAG35)s、(NAG36)、(NAG36)s、(NAG37)、(NAG37)s、(NAG38)、(NAG38)s、(NAG39)或(NAG39)s。
一種套組，其包含如請求項1至15中任一項之治療組合及使用該治療組合治療有需要之個體之B型肝炎病毒(HBV)感染之說明書。
如請求項1至15中任一項之治療組合，其用於治療有需要個體中B型肝炎病毒(HBV)感染。