TW202043472A - 用於減少ａｐｐ表現之化合物及方法 - Google Patents

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賀恩 荷亞 比伊
賀利 科達席微茲
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美商Ionis製藥公司
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Abstract

提供用於減少細胞或動物中之APP RNA之量或活性及在某些情況下減少細胞或動物中之APP蛋白之量的化合物、方法及醫藥組合物。此類化合物、方法及醫藥組合物可用於改善神經退化性疾病之至少一種症狀或標誌。此類症狀及標誌包括包含記憶力及語言技能下降之認知損傷、諸如冷漠及缺乏動力之行為症狀及心理症狀、步態不穩及癲癇發作、進行性癡呆及異常澱粉樣沈積。

Description

用於減少APP表現之化合物及方法
提供用於減少細胞或動物中之APP RNA之量或活性及在某些情況下減少細胞或動物中之APP蛋白之量的化合物、方法及醫藥組合物。某些此類化合物、方法及醫藥組合物可用於改善神經退化性疾病之至少一種症狀或標誌。此類症狀及標誌包括包含記憶力及語言技能下降之認知損傷、諸如冷漠及缺乏動力之行為症狀及心理症狀、步態不穩及癲癇發作、進行性癡呆及異常澱粉樣沈積。此類神經退化性疾病包括阿茲海默氏症(Alzheimer's Disease)、唐氏症候群(Down Syndrome)患者中之阿茲海默氏症及澱粉樣腦血管病變。
阿茲海默氏症(AD)係年齡相關之癡呆的最常見原因，每年影響估計570萬美國人(Alzheimer's Association. 2018 Alzheimer's Disease Facts and Figures.Alzheimer 's Dement. 2018;14(3):367-429)。AD之特徵為β-澱粉樣蛋白斑堆積在腦中，接著明顯臨床症狀發作。此類明顯臨床症狀包括包含記憶力及語言技能下降之認知損傷、諸如冷漠及缺乏動力之行為症狀及心理症狀、步態不穩及癲癇發作及進行性癡呆。
唐氏症候群(DS)患者可能經歷早期發作之阿茲海默氏症(DS中之AD)，其中大部分DS患者中至40歲觀察到形成澱粉樣蛋白斑，且在超過50%唐氏症候群患者中至50歲觀察到阿茲海默氏癡呆。
澱粉樣腦血管病變(Cerebral Amyloid Angiopathy，CAA)係一種特徵在於β-澱粉樣蛋白沈積在CNS之血管中的相關疾病。雖然常常在屍體解剖後在AD患者中觀察到CAA，但在缺乏AD之臨床徵象下其亦與衰老相關。
AD、DS中之AD及CAA的特徵均在於β-澱粉樣蛋白斑之異常堆積。β-澱粉樣蛋白(Aβ)源自於澱粉樣前驅蛋白(APP)，由α-分泌酶、β-分泌酶及γ-分泌酶對APP進行加工而產生。除42胺基酸之片段Aβ外，亦形成APP之多種其他片段，提出其中若干片段促進AD中癡呆之發作(Nhan等人, 「The multifaceted nature of amyloid precursor protein and its proteolytic fragments: friends and foes」,Acta Neuropath. , 2015, 129(1):1-19中評述)。認為DS患者中之AD的發生率增加直接與染色體21上存在之APP基因之複製數增加有關。
已描述某些RNAi化合物。RNAi化合物與RNA沉默複合物(RISC)相互作用，最終引起標靶核酸之裂解。參見例如Sharp等人, 2001, Genes Dev. 15: 485；Bernstein等人, 2001, Nature, 409: 363；Nykanen等人, 2001, Cell, 107: 309；Elbashir等人, 2001, Genes Dev. 15: 188；Lima等人, (2012) Cell 150: 883-894。
當前缺乏治療諸如AD、DS中之AD及CAA之神經退化性疾病的可接受之選擇。因此，本文之一目標係提供用於治療此類疾病之化合物、方法及醫藥組合物。
本文提供用於減少細胞或動物中之APP RNA之量或活性及在某些實施例中減少APP蛋白之量的化合物、方法及醫藥組合物。在某些實施例中，動物患有神經退化性疾病。在某些實施例中，動物患有阿茲海默氏症(AD)。在某些實施例中，動物患有阿茲海默氏症連同唐氏症候群(DS中之AD)。在某些實施例中，動物患有澱粉樣腦血管病變(CAA)。在某些實施例中，可用於減少APP RNA之表現的化合物為寡聚化合物。在某些實施例中，可用於減少APP RNA表現之化合物為經修飾之寡核苷酸。
亦提供可用於改善神經退化性疾病之至少一種症狀或標誌的方法。在某些實施例中，神經退化性疾病為阿茲海默氏症。在某些實施例中，神經退化性疾病為唐氏症候群患者中之阿茲海默氏症。在某些實施例中，神經退化性疾病為澱粉樣腦血管病變(CAA)。在某些實施例中，症狀或標誌包括包含記憶力及語言技能下降之認知損傷、諸如冷漠及缺乏動力之行為症狀及心理症狀、步態不穩及癲癇發作、進行性癡呆或異常澱粉樣沈積。
序列表
本申請案與電子格式之序列表一起申請。該序列表作為標題為BIOL0351WOSEQ_ST25.txt之文檔提供，其係在2020年1月22日建立，大小為580 KB。序列表之電子格式中之資訊以引用之方式整體併入本文中。
應瞭解以上概述及以下詳細描述僅為例示性及說明性的且無限制性。本文中，除非另外特別說明，否則單數之使用包括複數。如本文所用，除非另有說明，否則「或」之使用意謂「及/或」。此外，術語「包括(including)」以及其他形式，諸如「包括(includes)」及「包括(included)」之使用無限制性。此外，除非另外特別說明，否則諸如「要素」或「組分」之術語涵蓋包含一個單元之要素及組分以及包含超過一個子單元之要素及組分。
本文中使用之章節標題僅僅係出於組織之目的，且不應視為限制所述主題。本申請案中引用之所有文獻或文獻之部分，包括(但不限於)專利、專利申請案、文章、書籍及論文，關於本文中論述之文獻之部分，均在此以引用之方式明確地併入，以及整體併入。定義
除非提供特定定義，否則與本文所述之分析化學、合成有機化學以及醫學及醫藥化學相關的命名法以及其程序及技術係所屬領域熟知及常用之命名法以及程序及技術。若允許，則所有專利、申請案、公開之申請案及其他公開案以及本發明通篇所提及之其他資料以引用之方式整體併入本文中。
除非另外指示，否則以下術語具有以下含義：定義
如本文所用，「2'-去氧核苷」意謂包含2'-H(H)去氧核糖基糖部分之核苷。在某些實施例中，2'-去氧核苷為2'-β-D-去氧核苷且包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分，其具有如在天然存在之去氧核糖核酸(DNA)中所發現之β-D組態。在某些實施例中，2'-去氧核苷或包含未經修飾之2'-去氧核糖基糖部分的核苷可包含經修飾之核鹼基或可包含RNA核鹼基(尿嘧啶)。
如本文所用，「2'-取代之核苷」意謂包含2'上經取代之糖部分的核苷。如本文所用，關於糖部分之「2'-取代」意謂糖部分包含至少一個非H或OH之2'-取代基團。
如本文所用，當反義寡核苷酸與標靶核酸雜交時，「3'標靶位點」係指與反義寡核苷酸互補的標靶核酸之最3'-核苷酸。
如本文所用，當反義寡核苷酸與標靶核酸雜交時，「5'標靶位點」係指與反義寡核苷酸互補的標靶核酸之最5'-核苷酸。
如本文所用，「5-甲基胞嘧啶」意謂經附接於5位之甲基修飾之胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶為經修飾之核鹼基。
如本文所用，「無鹼基糖部分」意謂未附接至核鹼基之核苷之糖部分。此類無鹼基糖部分有時在所屬領域中稱為「無鹼基核苷」。
如本文所用，「投與」意謂提供醫藥劑至動物。
如本文所用，「動物」意謂人類或非人類動物。
如本文所用，「反義活性」意謂可歸因於反義化合物與其標靶核酸雜交之任何可偵測及/或可量測之變化。在某些實施例中，反義活性為與在缺乏反義化合物下之標靶核酸水準或標靶蛋白水準相比，標靶核酸或由此類標靶核酸編碼之蛋白質的量或表現下降。
如本文所用，「反義化合物」意謂能夠實現至少一種反義活性之寡聚化合物。
如本文所用，「反義寡核苷酸」意謂包括與標靶核酸互補且能夠實現至少一種反義活性之寡聚化合物之寡核苷酸部分的寡核苷酸。反義寡核苷酸包括但不限於反義RNAi寡核苷酸及反義RNA酶H寡核苷酸。
如本文所用，關於治療之「改善」意謂相對於缺少治療時之相同症狀，至少一種症狀好轉。在某些實施例中，改善為症狀之嚴重度或頻率降低，或症狀之發作延遲或嚴重度或頻率之進展減緩。在某些實施例中，症狀或標誌為包括記憶力及語言技能下降之認知損傷、諸如冷漠及缺乏動力之行為症狀及心理症狀、步態不穩及癲癇發作、進行性癡呆或異常澱粉樣沈積。
如本文所用，「雙環核苷」或「BNA」意謂包含雙環糖部分之核苷。
如本文所用，「雙環糖」或「雙環糖部分」意謂包含兩個環之經修飾之糖部分，其中第二個環經由連接第一個環中之兩個原子之橋形成，從而形成雙環結構。在某些實施例中，雙環糖部分之第一個環為呋喃糖基部分。在某些實施例中，雙環糖部分不包含呋喃糖基部分。
如本文所用，在提及由兩個寡核苷酸形成之雙鏈體時「鈍性」或「鈍端」意謂不存在末端未配對之核苷酸(亦即無懸垂核苷酸)。雙股RNAi化合物之一個或兩個末端可為鈍性的。
如本文所用，「可裂解部分」意謂在生理條件下，例如在細胞、動物或人類中裂解之鍵或一組原子。
如本文所用，關於寡核苷酸之「互補」意謂當寡核苷酸之核鹼基序列與另一核酸以對立方向對準時寡核苷酸之至少70%核鹼基或其一或多個區域與另一核酸之核鹼基或其一或多個區域能夠彼此以氫鍵鍵結的寡核苷酸。互補核鹼基意謂能夠彼此形成氫鍵之核鹼基。互補核鹼基對包括腺嘌呤(A)及胸腺嘧啶(T)、腺嘌呤(A)及尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)及鳥嘌呤(G)、5-甲基胞嘧啶(mC)及鳥嘌呤(G)。所屬領域中已知與天然核鹼基或與其他經修飾之核鹼基配對的某些經修飾之核鹼基。舉例而言，肌苷可與腺苷、胞嘧啶或尿嘧啶配對。互補寡核苷酸及/或核酸不需要在各核苷處具有核鹼基互補性。更確切些，容許一些錯配。如本文所用，關於寡核苷酸之「完全互補」或「100%互補」意謂寡核苷酸與另一寡核苷酸或核酸在寡核苷酸之各核苷處互補。
如本文所用，「結合基團」意謂直接附接於寡核苷酸之一組原子。結合基團包括結合部分及將結合部分附接於寡核苷酸之結合連接子。
如本文所用，「結合連接子」意謂單鍵或包含至少一個將結合部分連接於寡核苷酸之鍵的一組原子。
如本文所用，「結合部分」意謂經由結合連接子附接於寡核苷酸之一組原子。
如本文所用，在寡核苷酸之背景下「相連」係指彼此緊鄰之核苷、核鹼基、糖部分或核苷間鍵。舉例而言，「相連核鹼基」意謂在序列中彼此緊鄰之核鹼基。
如本文所用，「經約束之乙基」或「cEt」或「經cEt修飾之糖部分」意謂β-D核糖基雙環糖部分，其中雙環糖之第二個環經由連接β-D核糖基糖部分之4'-碳及2'-碳之橋形成，其中該橋具有式4'-CH(CH3 )-O-2'，且其中橋之甲基呈S 組態。
如本文所用，「cEt核苷」意謂包含經cEt修飾之糖部分的核苷。
如本文所用，「對掌性富集群體」意謂複數個具有一致分子式之分子，其中若特定對掌性中心為立體結構無規的，則該群體內在該特定對掌性中心含有特定立體化學組態之分子的數目或百分比超過群體內預期在相同特定對掌性中心含有相同特定立體化學組態之分子的數目或百分比。在各分子內具有多個對掌性中心之分子的對掌性富集群體可含有一或多個立體結構無規的對掌性中心。在某些實施例中，分子為經修飾之寡核苷酸。在某些實施例中，分子為包含經修飾之寡核苷酸的寡聚化合物。
如本文所用，「雙股」意謂由彼此雜交之核酸(包括但不限於寡核苷酸)互補股形成之雙鏈體。在某些實施例中，雙股區之雙股為獨立分子。在某些實施例中，雙股為摺疊在自身上之同一分子之區域(例如髮夾結構)。
如本文所用，「雙鏈體」或「雙鏈體區」意謂由彼此雜交之兩個寡核苷酸或其部分形成之結構。
如本文所用，「缺口聚物」意謂一種包含具有複數個核苷之內部區域的經修飾之寡核苷酸，該等核苷支持位於具有一或多個核苷之外部區域之間的RNA酶H裂解，其中構成內部區域之至少一個核苷在化學上與各外部區域之至少一個核苷不同。特定言之，界定內部區域與各外部區域之邊界的核苷必須在化學上不同。內部區域可稱為「缺口」且外部區域可稱為「翼」。除非另外指示，否則「缺口聚物」係指糖基元。在某些實施例中，缺口之各核苷的糖部分為2'-β-D-去氧核糖基糖部分。在某些實施例中，缺口在缺口之位置1、2、3、4或5處包含一個2'-取代之核苷，且缺口之剩餘核苷為2'-β-D-去氧核苷。除非另外指示，否則缺口聚物可包含一或多個經修飾之核苷間鍵及/或經修飾之核鹼基，且此類修飾不需遵循糖修飾之缺口聚物模式。如本文所用，術語「混合缺口聚物」指示具有包含2'-β-D-去氧核苷之缺口及包含含有至少兩個不同糖修飾之經修飾之核苷的翼的缺口聚物。
如本文所用，「熱點區域」係標靶核酸上能夠實現寡聚化合物介導之標靶核酸之量或活性降低的一系列核鹼基。
如本文所用，「雜交」意謂互補寡核苷酸及/或核酸之配對或黏接。雖然不限於特定機制，但雜交之最常見機制涉及互補核鹼基之間的氫鍵鍵結，其可為瓦生-克立克(Watson-Crick)、胡斯坦(Hoogsteen)或反向胡斯坦氫鍵鍵結。
如本文所用，「核苷間鍵」係寡核苷酸中介於相鄰核苷之間的共價鍵。如本文所用，「經修飾之核苷間鍵」意謂除磷酸二酯核苷間鍵以外之任何核苷間鍵。「硫代磷酸酯核苷間鍵」係其中磷酸二酯核苷間鍵之非橋接氧原子之一經硫原子置換的經修飾之核苷間鍵。
如本文所用，「反向核苷」意謂具有3'至3'及/或5'至5'核苷間鍵之核苷酸，如本文中所示。
如本文所用，「反向糖部分」意謂具有3'至3'及/或5'至5'核苷間鍵之反向核苷或無鹼基糖部分的糖部分。
如本文所用，「連接子-核苷」意謂將寡核苷酸直接或間接連接至結合部分之核苷。「連接子-核苷」位於寡聚化合物之結合連接子內。即使連接子-核苷與寡核苷酸相連，亦不考慮其為寡聚化合物之寡核苷酸部分的一部分。
「脂質奈米粒子」或「LNP」為包含囊封醫藥活性分子、諸如核酸分子、例如RNAi或其中轉錄RNAi之質體的脂質層的泡囊。LNP描述於例如美國專利第6,858,225號、第6,815,432號、第8,158,601號及第8,058,069號中，該等專利之整個內容在此以引用之方式併入本文中。
如本文所用，「非雙環之修飾糖部分」意謂一種經修飾之糖部分，其包含在糖之兩個原子之間不形成橋從而不形成第二個環之修飾，諸如取代基。
如本文所用，「錯配」或「非互補」意謂當第一核酸序列與第二核酸序列對準時第一核酸序列之核鹼基不與第二核酸序列或標靶核酸之對應核鹼基互補。
如本文所用，「MOE」意謂O-甲氧基乙基。「2'-MOE」或「2'-MOE修飾糖」意謂2'-OCH2 CH2 OCH3 基團代替核糖基糖部分之2'-OH基團。如本文所用，「2'-MOE核苷」意謂包含2'-MOE糖部分之核苷。
如本文所用，「基元」意謂寡核苷酸中未經修飾及/或經修飾之糖部分、核鹼基及/或核苷間鍵之模式。
如本文所用，「神經退化性疾病」意謂特徵為功能或結構逐漸喪失，包括神經元功能喪失及神經元死亡的病狀。在某些實施例中，神經退化性疾病為阿茲海默氏症。在某些實施例中，神經退化性疾病為唐氏症候群患者中之阿茲海默氏症。在某些實施例中，神經退化性疾病為澱粉樣腦血管病變。
如本文所用，「核鹼基」意謂未經修飾之核鹼基或經修飾之核鹼基。核鹼基為雜環部分。如本文所用，「未經修飾之核鹼基」為腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)、尿嘧啶(U)或鳥嘌呤(G)。如本文所用，「經修飾之核鹼基」係除未經修飾之A、T、C、U或G以外的能夠與至少一個其他核鹼基配對的一組原子。「5-甲基胞嘧啶」為經修飾之核鹼基。通用鹼基為可與五種未經修飾之核鹼基中之任一種配對的經修飾之核鹼基。
如本文所用，「核鹼基序列」意謂核酸或寡核苷酸中與任何糖或核苷間鍵修飾無關之相連核鹼基順序。
如本文所用，「核苷」意謂包含核鹼基及糖部分之化合物或化合物片段。核鹼基及糖部分各獨立地未經修飾或經修飾。
如本文所用，「核苷懸垂物」係指在由反義RNAi寡核苷酸與有義RNAi寡核苷酸雜交形成的雙鏈體之任一或兩個末端處的未配對核苷酸。
如本文所用，「經修飾之核苷」意謂包含經修飾之核鹼基及/或經修飾之糖部分的核苷。
「連接核苷」係以相連次序連接之核苷(亦即連接之核苷之間不呈現其他核苷)。
如本文所用，「寡聚化合物」意謂寡核苷酸及視情況存在之一或多個其他特徵，諸如結合基團或端基。寡聚化合物可與同第一寡聚化合物互補之第二寡聚化合物配對，或可未配對。「單股寡聚化合物」係未配對之寡聚化合物。術語「寡聚雙鏈體」意謂由具有互補核鹼基序列之兩個寡聚化合物形成之雙鏈體。寡聚雙鏈體之各寡聚化合物可稱為「雙鏈體寡聚化合物」。
如本文所用，「寡核苷酸」意謂經由核苷間鍵連接之連接核苷之聚合物，其中各核苷及核苷間鍵可經修飾或未經修飾。除非另外指示，否則寡核苷酸由8-50個連接核苷組成。寡核苷酸可與同該寡核苷酸互補之第二寡核苷酸配對，或寡核苷酸可未配對。「單股寡核苷酸」係未配對之寡核苷酸。「雙股寡核苷酸」為與第二寡核苷酸配對之寡核苷酸。「寡核苷酸雙鏈體」意謂由兩個具有互補核鹼基序列之配對寡核苷酸形成之雙鏈體。寡核苷酸雙鏈體之各寡核苷酸為「雙鏈寡核苷酸」或「雙股寡核苷酸」。
如本文所用，「經修飾之寡核苷酸」意謂其中至少一個核苷或核苷間鍵經修飾之寡核苷酸。如本文所用，「未經修飾之寡核苷酸」意謂不包含任何核苷修飾或核苷間修飾之寡核苷酸。因此，未經修飾之寡核苷酸之各核苷為DNA或RNA核苷且各核苷間鍵為磷酸二酯鍵。
如本文所用，「醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑」意謂適用於投與動物之任何物質。某些此類載劑使醫藥組合物可調配為例如錠劑、丸劑、糖錠、膠囊、液體、凝膠、糖漿、漿液、懸浮液及口含錠供個體口服。在某些實施例中，醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑為無菌水、無菌鹽水、無菌緩衝溶液或無菌人工腦脊髓液。
如本文所用，「醫藥學上可接受之鹽」意謂化合物之生理學上及醫藥學上可接受之鹽。醫藥學上可接受之鹽保留母體化合物之所需生物活性且不賦予不希望之毒理效應。
如本文所用，「醫藥組合物」意謂適合於投與個體之物質之混合物。舉例而言，醫藥組合物可包含寡聚化合物及無菌水溶液。在某些實施例中，醫藥組合物在自由吸收分析中在某些細胞株中展示活性。
如本文所用，「前藥」意謂在體外呈第一形式，在動物或其細胞內轉變成第二形式之治療劑。通常動物內前藥之轉變由酶(內源性或病毒性酶)之作用，或細胞或組織中存在之化學物質及/或生理條件推動。在某些實施例中，前藥之第一形式之活性不如第二形式大。
如本文所用，「降低或抑制量或活性」係指相對於未經處理或對照樣品中之轉錄表現或活性，轉錄表現或活性減少或受到阻斷，且不一定指示轉錄表現或活性全部消除。
如本文所用，「RNAi化合物」意謂至少部分地經由RISC或Ago2來調節標靶核酸及/或由標靶核酸編碼之蛋白質的反義化合物。RNAi化合物包括(但不限於)雙股siRNA、單股RNA (ssRNA)及微型RNA，包括微型RNA模擬物。RNAi化合物可包含結合基團及/或端基。在某些實施例中，RNAi化合物調節標靶核酸之量、活性及/或剪接。術語RNAi化合物排除經由RNA酶H起作用之反義化合物。
如本文所用，「RNAi寡核苷酸」意謂反義RNAi寡核苷酸或有義RNAi寡核苷酸。
如本文所用，「反義RNAi寡核苷酸」意謂包含與標靶序列互補且包括至少一個適合於RNAi之化學修飾之區域的寡核苷酸。
如本文所用，「有義RNAi寡核苷酸」意謂包含與反義RNAi寡核苷酸之區域互補且能夠與此類反義RNAi寡核苷酸形成雙鏈體之區域的寡核苷酸。由反義RNAi寡核苷酸及有義RNAi寡核苷酸形成之雙鏈體稱為雙股RNAi化合物(dsRNAi)或短干擾RNA (siRNA)。
如本文所用，「RNA酶H化合物」意謂至少部分地經由RNA酶H來調節標靶核酸及/或由標靶核酸編碼之蛋白質的反義化合物。在某些實施例中，RNA酶H化合物為單股的。在某些實施例中，RNA酶H化合物為雙股的。RNA酶H化合物可包含結合基團及/或端基。在某些實施例中，RNA酶H化合物調節標靶核酸之量或活性。術語RNA酶H化合物排除主要經由RISC/Ago2起作用之反義化合物。
如本文所用，「反義RNA酶H寡核苷酸」意謂包含與標靶序列互補且包括至少一個適合於RNA酶H介導之核酸還原之化學修飾的區域的寡核苷酸。
如本文所用，關於寡核苷酸之「自我互補」意謂至少部分與本身雜交之寡核苷酸。
如本文所用，「單股」意謂未配對且不為雙鏈體之一部分的核酸(包括但不限於寡核苷酸)。單股化合物能夠與互補核酸雜交，形成雙鏈體，此時其不再為單股的。
如本文所用，「穩定化之磷酸酯基」意謂在代謝上比DNA或RNA上天然存在之5'-磷酸酯更穩定的5'-磷酸酯類似物。
如本文所用，「標準細胞分析」意謂實例1或5中描述之分析及其合理變體。
如本文所用，在具有一致分子式之一群分子之背景下「立體結構無規的對掌性中心」意謂具有無規立體化學組態之對掌性中心。舉例而言，在包含立體結構無規的對掌性中心之一群分子中，具有立體結構無規的對掌性中心之(S )組態之分子的數目可但不一定與具有立體結構無規的對掌性中心之(R )組態之分子的數目相同。當由未設計成控制立體化學組態之合成方法產生時，對掌性中心之立體化學組態視為無規。在某些實施例中，立體結構無規的對掌性中心為立體結構無規的硫代磷酸酯核苷間鍵。
如本文所用，「糖部分」意謂未經修飾之糖部分或經修飾之糖部分。如本文所用，「未經修飾之糖部分」意謂如在RNA中發現之2'-OH(H)核糖基部分(「未經修飾之RNA糖部分」)或如在DNA中發現之2'-H(H)去氧核糖基糖部分(「未經修飾之DNA糖部分」)。未經修飾之糖部分在1'、3'及4'位每一者上具有一個氫，在3'位上具有一個氧，且在5'位上具有兩個氫。如本文所用，「經修飾之糖部分」或「經修飾之糖」意謂經修飾之呋喃糖基糖部分或糖替代物。
如本文所用，「糖替代物」意謂除呋喃糖基部分以外的可連接核鹼基至寡核苷酸中之另一基團、諸如核苷間鍵、結合基團或端基的經修飾之糖部分。包含糖替代物之經修飾之核苷可併入寡核苷酸內之一或多個位置中，且此類寡核苷酸能夠與互補寡聚化合物或標靶核酸雜交。
如本文所用，「症狀或標誌」意謂指示疾病或病症之存在或程度的任何物理特徵或測試結果。在某些實施例中，症狀對個體或者檢查或測試該個體之醫學專家而言係顯而易見的。在某些實施例中，標誌在包括(但不限於)死後測試之侵入性診斷測試後係顯而易見的。
如本文所用，「標靶核酸」及「標靶RNA」意謂反義化合物經設計用於影響之核酸。除非另作說明，否則標靶RNA意謂RNA轉錄產物且包括前mRNA及mRNA。
如本文所用，「標靶區域」意謂寡聚化合物經設計用於雜交之標靶核酸之一部分。
如本文所用，「端基」意謂共價連接於寡核苷酸之末端的化學基團或一組原子。
如本文所用，「治療有效量」意謂為動物提供治療益處之醫藥劑或組合物之量。舉例而言，治療有效量使疾病之症狀好轉。某些實施例
本發明提供以下非限制性編號實施例：
實施例1. 一種寡聚化合物，其包含由12至30個連接核苷組成之經修飾之寡核苷酸，其中該經修飾之寡核苷酸之核鹼基序列與APP RNA之同等長度部分至少80%互補，且其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個選自經修飾之糖、糖替代物及經修飾之核苷間鍵的修飾。
實施例2. 一種寡聚化合物，其包含由12至30個連接核苷組成且具有包含SEQ ID NO: 12-501中之任一者之至少12個、13個、14個、15個、16個、17個或18個核鹼基的核鹼基序列的經修飾之寡核苷酸。
實施例3. 一種寡聚化合物，其包含由12至30個連接核苷組成且具有包含SEQ ID NO: 502-516中之任一者之至少12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個或20個核鹼基的核鹼基序列的經修飾之寡核苷酸。
實施例4. 一種寡聚化合物，其包含由12至30個連接核苷組成且具有與以下各者之至少8個、至少9個、至少10個、至少11個、至少12個、至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、至少17個、至少18個、至少19個或至少20個相連核鹼基互補的核鹼基序列的經修飾之寡核苷酸： SEQ ID NO: 1之核鹼基40-78之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基69-146之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基83-129之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基194-231之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基194-238之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基236-268之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基258-284之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基285-311之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基296-321之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基307-330之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基339-383之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基415-439之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基415-477之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基477-506之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基477-523之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基477-541之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基530-557之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基636-661之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基652-697之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基920-950之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1152-1179之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1227-1265之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1227-1274之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1518-1543之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1531-1593之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1544-1593之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1635-1657之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1778-1800之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1882-1908之同等長度部分；或 SEQ ID NO: 1之核鹼基2051-2074之同等長度部分。
實施例5. 實施例1-4中任一項之寡聚化合物，其中當跨越該經修飾之寡核苷酸之整個核鹼基序列量測時，該經修飾之寡核苷酸具有與SEQ ID NO: 1-5或SEQ ID NO: 517-518之核鹼基序列中之任一者至少80%、85%、90%、95%或100%互補的核鹼基序列。
實施例6. 實施例1-5中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷。
實施例7. 實施例6之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含經修飾之糖部分的經修飾之核苷。
實施例8. 實施例7之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含雙環糖部分之經修飾之核苷。
實施例9. 實施例8之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含具有2'-4'橋之雙環糖部分的經修飾之核苷，其中該2'-4'橋係選自-O-CH2 -及-O-CH(CH3 )-。
實施例10. 實施例5-9中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含非雙環之修飾糖部分的經修飾之核苷。
實施例11. 實施例7之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含具有2'-4'橋之雙環糖部分的核苷及至少一個包含非雙環之修飾糖部分的核苷。
實施例12. 實施例10或11之寡聚化合物，其中該非雙環之修飾糖部分為2'-MOE修飾糖部分或2'-OMe修飾糖部分。
實施例13. 實施例11之寡聚化合物，其中該雙環之修飾糖部分具有2'-4'橋，其中該2'-4'橋係選自-O-CH2 -及-O-CH(CH3 )-。
實施例14. 實施例1-13中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含糖替代物之經修飾之核苷。
實施例15. 實施例14之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含選自嗎啉基及PNA之糖替代物的經修飾之核苷。
實施例16. 實施例1-13中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸具有包含以下之糖基元： 由1-5個連接5'-區核苷組成之5'-區； 由6-10個連接中央區核苷組成之中央區；及 由1-5個連接3'-區核苷組成之3'-區；其中 該等5'-區核苷中之各者及該等3'-區核苷中之各者包含經修飾之糖部分且該等中央區核苷中之各者包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分。
實施例17. 實施例16之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸具有包含以下之糖基元： 由5個連接5'-區核苷組成之5'-區； 由10個連接中央區核苷組成之中央區；及 由5個連接3'-區核苷組成之3'-區；其中 該等5'-區核苷中之各者及該等3'-區核苷中之各者包含cEt修飾糖部分或2'-MOE修飾糖部分，且該等中央區核苷中之各者包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分。
實施例18. 實施例1-17中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷間鍵。
實施例19. 實施例18之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸之各核苷間鍵為經修飾之核苷間鍵。
實施例20. 實施例18或19之寡聚化合物，其中至少一個核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵。
實施例21. 實施例18或20之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個磷酸二酯核苷間鍵。
實施例22. 實施例18、20或21中任一項之寡聚化合物，其中各核苷間鍵係獨立地選自磷酸二酯核苷間鍵或硫代磷酸酯核苷間鍵。
實施例23. 實施例1-22中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含經修飾之核鹼基。
實施例24. 實施例23之寡聚化合物，其中該經修飾之核鹼基為5-甲基胞嘧啶。
實施例25. 實施例1-24中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由12-22個、12-20個、14-18個、14-20個、15-17個、15-25個、16-20個、16-18個、18-22個或18-20個連接核苷組成。
實施例26. 實施例1-25中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由18個連接核苷組成。
實施例27. 實施例1-25中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由20個連接核苷組成。
實施例28. 實施例1-27中任一項之寡聚化合物，其由該經修飾之寡核苷酸組成。
實施例29. 實施例1-27中任一項之寡聚化合物，其包含含有結合部分及結合連接子之結合基團。
實施例30. 實施例29之寡聚化合物，其中該結合連接子由單鍵組成。
實施例31. 實施例29之寡聚化合物，其中該結合連接子係可裂解的。
實施例32. 實施例29之寡聚化合物，其中該結合連接子包含1-3個連接子-核苷。
實施例33. 實施例29-32中任一項之寡聚化合物，其中該結合基團在該經修飾之寡核苷酸之5'-末端附接於該經修飾之寡核苷酸。
實施例34. 實施例29-32中任一項之寡聚化合物，其中該結合基團在該經修飾之寡核苷酸之3'-末端附接於該經修飾之寡核苷酸。
實施例35. 實施例1-27及29-34中任一項之寡聚化合物，其包含端基。
實施例36. 實施例1-35中任一項之寡聚化合物，其中該寡聚化合物為單股寡聚化合物。
實施例37. 實施例1-31或33-36中任一項之寡聚化合物，其中該寡聚化合物不包含連接子-核苷。
實施例38. 一種寡聚雙鏈體，其包含實施例1-27、29-35或37中任一項之寡聚化合物。
實施例39. 一種反義化合物，其包含實施例1-37中任一項之寡聚化合物或實施例38之寡聚雙鏈體或由實施例1-37中任一項之寡聚化合物或實施例38之寡聚雙鏈體組成。
實施例40. 一種醫藥組合物，其包含實施例1-37中任一項之寡聚化合物或實施例38之寡聚雙鏈體及醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑。
實施例41. 實施例40之醫藥組合物，其中該醫藥學上可接受之稀釋劑為人工腦脊髓液、無菌鹽水或PBS。
實施例42. 實施例41之醫藥組合物，其中該醫藥組合物基本上由該經修飾之寡核苷酸及無菌鹽水組成。
實施例43. 一種方法，其包括向動物投與實施例40-42中任一項之醫藥組合物。
實施例44. 一種治療與APP相關之疾病的方法，其包括向患有與APP相關之疾病或處於發展出該疾病之風險下的個體投與治療有效量之根據實施例40-42中任一項之醫藥組合物；從而治療該與APP相關之疾病。
實施例45. 實施例44之方法，其中該與APP相關之疾病為阿茲海默氏症、唐氏症候群患者中之阿茲海默氏症或澱粉樣腦血管病變。
實施例46. 實施例43-45中任一項之方法，其中該與APP相關之疾病之至少一種症狀或標誌得到改善。
實施例47. 實施例46之方法，其中該症狀或標誌為包括記憶力及語言技能下降之認知損傷、諸如冷漠及缺乏動力之行為症狀及心理症狀、步態不穩及癲癇發作、進行性癡呆及/或異常澱粉樣沈積。
實施例48. 一種RNAi化合物，其包含由17至30個連接核苷組成之反義RNAi寡核苷酸，其中該反義RNAi寡核苷酸之核鹼基序列包含含有至少15個相連核鹼基之靶向區域，其中該靶向區域與APP RNA之同等長度部分至少90%互補，且其中該反義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷為包含經修飾之糖部分或糖替代物的經修飾之核苷。
實施例49. 實施例48之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸由18-25個連接核苷組成。
實施例50. 實施例48之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸由20-25個連接核苷組成。
實施例51. 實施例48之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸由21-23個連接核苷組成。
實施例52. 實施例48之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸由21個連接核苷組成。
實施例53. 實施例48之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸由23個連接核苷組成。
實施例54. 實施例48-53中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之該靶向區域與該APP RNA之同等長度部分至少95%互補。
實施例55. 實施例48-53中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之該靶向區域與該APP RNA之同等長度部分100%互補。
實施例56. 實施例48-55中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之該靶向區域包含至少19個相連核鹼基。
實施例57. 實施例48-55中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之該靶向區域包含至少21個相連核鹼基。
實施例58. 實施例48-55中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之該靶向區域包含至少25個相連核鹼基。
實施例59. 實施例48-55中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之該靶向區域佔該反義RNAi寡核苷酸之整個核鹼基序列。
實施例60. 實施例48-59中任一項之RNAi化合物，其中該反義寡核苷酸之該靶向區域與SEQ ID NO : 1-7之同等長度部分互補。
實施例61. 實施例48-60中任一項之RNAi化合物，其中該APP RNA具有SEQ ID NO: 1-3或SEQ ID NO: 4-7中之任一者之核鹼基序列。
實施例62. 實施例48-61中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi化合物之該靶向區域之核鹼基序列為SEQ ID NO: 8-188、370-380或391-395中之任一者之至少12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、10個、21個核鹼基。
實施例63. 實施例48-62中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷包含選自2'-F、2'-OMe、2'-NMA、LNA及cEt之經修飾之糖部分；或選自GNA及UNA之糖替代物。
實施例64. 實施例48-63中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之各核苷包含經修飾之糖部分或糖替代物。
實施例65. 實施例48-64中任一項之化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之該等核苷之至少80%包含選自2'-F及2'-OMe之經修飾之糖部分。
實施例66. 實施例65中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之該等核苷之至少90%包含選自2'-F及2'-OMe之經修飾之糖部分。
實施例67. 實施例66之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之各核苷包含選自2'-F及2'-OMe之經修飾之糖部分。
實施例68. 實施例48-67中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之1-4個核苷包含2'-F修飾糖部分。
實施例69. 實施例68之RNAi化合物，其中包含2'-F修飾糖部分的該反義RNAi寡核苷酸之至少2個核苷彼此相鄰。
實施例70. 實施例69之RNAi化合物，其中包含2'-F修飾糖部分的該反義RNAi寡核苷酸之至少3個核苷係相連的。
實施例71. 實施例48-66或68-70中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之1個核苷包含GNA糖替代物。
實施例72. 實施例71之RNAi化合物，其中該GNA糖替代物為(S )-GNA。
實施例73. 實施例71或72之RNAi化合物，其中包含該GNA糖替代物之核苷在自5'-末端計數之該反義RNAi寡核苷酸之位置7處。
實施例74. 實施例48-66或68-73中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之1個核苷為UNA。
實施例75. 實施例74之RNAi化合物，其中包含該UNA糖替代物之核苷在自5'-末端計數之該反義RNAi寡核苷酸之位置7處。
實施例76. 實施例48-75中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷包含經修飾之核鹼基。
實施例77. 實施例76之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷為肌苷。
實施例78. 實施例48-77中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷間鍵為經修飾之核苷間鍵。
實施例79. 實施例78之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵。
實施例80. 實施例48-79中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之各核苷間鍵係選自未經修飾之磷酸二酯核苷間鍵及硫代磷酸酯核苷間鍵。
實施例81. 實施例79-80中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之各末端處的1-3個核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵。
實施例82. 實施例81之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之各末端處的1-3個核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵且該反義RNAi寡核苷酸之剩餘核苷間鍵全部為磷酸二酯核苷間鍵。
實施例83. 實施例48-82中任一項之RNAi化合物，其包含由17至30個連接核苷組成之有義RNAi寡核苷酸，其中該有義RNAi寡核苷酸之核鹼基序列包含含有最少15個相連核鹼基之反義雜交區，其中該反義雜交區與該反義RNAi寡核苷酸之同等長度部分至少90%互補，其中該有義RNAi寡核苷酸及該反義RNAi寡核苷酸彼此雜交，形成雙鏈體。
實施例84. 實施例83之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸由18-25個連接核苷組成。
實施例85. 實施例83之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸由20-25個連接核苷組成。
實施例86. 實施例83之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸由21-23個連接核苷組成。
實施例87. 實施例83之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸由21個連接核苷組成。
實施例88. 實施例83之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸由23個連接核苷組成。
實施例89. 實施例83-88中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之該反義雜交區與該反義RNAi寡核苷酸之同等長度部分至少95%互補。
實施例90. 實施例83-88中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之該反義雜交區與該反義RNAi寡核苷酸之同等長度部分100%互補。
實施例91. 實施例83-90中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之該反義雜交區包含至少20個相連核鹼基。
實施例92. 實施例83-90中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之該反義雜交區包含至少21個相連核鹼基。
實施例93. 實施例83-90中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之該反義雜交區包含至少25個相連核鹼基。
實施例94. 實施例83-93中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之該反義雜交區佔該有義RNAi寡核苷酸之整個核鹼基序列。
實施例95. 實施例83-94中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之1-4個最3'-核苷為懸垂核苷。
實施例96. 實施例83-95中任一項之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之1-4個最5'-核苷為懸垂核苷。
實施例97. 實施例83-96中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之1-4個最3'-核苷為懸垂核苷。
實施例98. 實施例83-97中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之1-4個最4'-核苷為懸垂核苷。
實施例99. 實施例83-94中任一項之RNAi化合物，其中該雙鏈體在該反義RNAi寡核苷酸之3'-末端進行鈍端化。
實施例100. 實施例83-94或99中任一項之RNAi化合物，其中該雙鏈體在該反義RNAi寡核苷酸之5'-末端進行鈍端化。
實施例101. 實施例95-97中任一項之RNAi化合物，其中至少一個懸垂核苷為去氧核糖核苷。
實施例102. 實施例83-101中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷為經修飾之核苷。
實施例103. 實施例102之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷包含選自2'-F、2'-OMe、LNA、cEt之經修飾之糖部分，或選自GNA及UNA之糖替代物。
實施例104. 實施例83-103中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之各核苷包含經修飾之糖部分或糖替代物。
實施例105. 實施例83-104中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之該等核苷之至少80%包含選自2'-F及2'-OMe之經修飾之糖部分。
實施例106. 實施例105之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之各核苷包含選自2'-F及2'-OMe之經修飾之糖部分。
實施例107. 實施例83-106中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之1-4個核苷包含2'-F修飾糖部分。
實施例108. 實施例83-107中任一項之RNAi化合物，其中包含2'-F修飾糖部分的該有義RNAi寡核苷酸之至少2個核苷彼此相鄰。
實施例109. 實施例108之RNAi化合物，其中包含2'-F修飾糖部分的該有義RNAi寡核苷酸之至少3個核苷係相連的。
實施例110. 實施例83-105或107-109中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷為GNA。
實施例111. 實施例83-105或107-109中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之一個核苷為GNA。
實施例112. 實施例110或111之RNAi化合物，其中該GNA糖替代物為(S )-GNA。
實施例113. 實施例83-105或107-109中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷為UNA。
實施例114. 實施例83-105或107-109中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之一個核苷為UNA。
實施例115. 實施例83-114中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷包含經修飾之核鹼基。
實施例116. 實施例115之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核鹼基為次黃嘌呤。
實施例117. 實施例83-116中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷間鍵為經修飾之核苷間鍵。
實施例118. 實施例117之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵。
實施例119. 實施例118之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之各核苷間鍵係選自未經修飾之磷酸二酯核苷間鍵及硫代磷酸酯核苷間鍵。
實施例120. 實施例117-119中任一項之RNAi化合物，其中該有義RNAi寡核苷酸之各末端處的1-3個核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵。
實施例121. 實施例120之RNAi化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之各末端處的1-3個核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵且該反義RNAi寡核苷酸之剩餘核苷間鍵全部為磷酸二酯核苷間鍵。
實施例122. 實施例48-121中任一項之RNAi化合物，其包含穩定化之磷酸酯基，該穩定化之磷酸酯基附接於該反義RNAi寡核苷酸之最5'-核苷之5'位置。
實施例123. 實施例122之RNAi化合物，其中該穩定化之磷酸酯基包含(E )-膦酸乙烯酯。
實施例124. 實施例122之RNAi化合物，其中該穩定化之磷酸酯基包含膦酸環丙酯。
實施例125. 實施例48-124中任一項之RNAi化合物，其中該化合物包含1-5個附接於該反義RNA寡核苷酸之一個或兩個末端的無鹼基糖部分。
實施例126. 實施例125之RNAi化合物，其中該化合物包含一個附接於該反義RNA寡核苷酸之一個或兩個末端的無鹼基糖部分。
實施例127. 實施例125或126之RNAi化合物，其中各無鹼基糖部分反向。
實施例128. 實施例125-127中任一項之RNAi化合物，其中該無鹼基糖部分經由硫代磷酸酯鍵附接於該反義RNA寡核苷酸。
實施例129. 實施例48-128中任一項之RNAi化合物，其中該化合物包含1-5個附接於該有義RNA寡核苷酸之一個或兩個末端的無鹼基糖部分。
實施例130. 實施例129之RNAi化合物，其中該化合物包含一個附接於該有義RNA寡核苷酸之一個或兩個末端的無鹼基糖部分。
實施例131. 實施例129或130之RNAi化合物，其中各無鹼基糖部分反向。
實施例132. 實施例129-131中任一項之RNAi化合物，其中該無鹼基糖部分經由硫代磷酸酯鍵附接於該有義RNA寡核苷酸。
實施例133. 實施例48-132中任一項之RNAi化合物，其中該RNAi化合物為前藥。
實施例134. 實施例48-132中任一項之RNAi化合物，其中該化合物包含結合基團。
實施例135. 實施例134之RNAi化合物，其中該結合基團結合於該反義RNAi寡核苷酸。
實施例136. 實施例135之RNAi化合物，其中該結合基團結合於該反義RNAi寡核苷酸之5'-末端。
實施例137. 實施例135之RNAi化合物，其中該結合基團結合於該反義RNAi寡核苷酸之3'-末端。
實施例138. 實施例134之RNAi化合物，其中該結合基團結合於該有義RNAi寡核苷酸。
實施例139. 實施例138之RNAi化合物，其中該結合基團結合於該有義RNAi寡核苷酸之5'-末端。
實施例140. 實施例138之RNAi化合物，其中該結合基團結合於該有義RNAi寡核苷酸之3'-末端。
實施例141. 實施例138-140中任一項之RNAi化合物，其中該結合基團直接附接於該有義RNAi寡核苷酸。
實施例142. 實施例138-141中任一項之RNAi化合物，其中該結合基團經由1-5個無鹼基糖部分附接於該有義RNAi寡核苷酸。
實施例143. 實施例142之RNAi化合物，其中該1-5個無鹼基糖部分反向。
實施例144. 實施例134-143中任一項之RNAi化合物，其中該結合基團包含吡咯啶連接子。
實施例145. 實施例134-144中任一項之RNAi化合物，其中該結合基團包含靶向細胞之部分。
實施例146. 實施例145之RNAi化合物，其中該靶向細胞之部分為神經傳遞質受體配位體。
實施例147. 實施例146之RNAi化合物，其中該靶向配位體靶向GABA轉運蛋白。
實施例148. 一種醫藥組合物，其包含實施例48-147中任一項之RNAi化合物及醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑。
實施例149. 實施例148之醫藥組合物，其中該醫藥學上可接受之稀釋劑為人工腦脊髓液、無菌鹽水或PBS。
實施例150. 實施例149之醫藥組合物，其中該醫藥組合物基本上由該RNAi化合物及無菌鹽水組成。
實施例151. 實施例148或149之醫藥組合物，其包含脂質。
實施例152. 實施例151之醫藥組合物，其包含脂質奈米粒子。
實施例153. 一種方法，其包括向動物投與實施例148-152中任一項之醫藥組合物。
實施例154. 一種治療與APP相關之疾病的方法，其包括向患有與APP相關之疾病或處於發展出該疾病之風險下的個體投與治療有效量之根據實施例148-152中任一項之醫藥組合物；從而治療該與APP相關之疾病。
實施例155. 實施例154之方法，其中該與APP相關之疾病為阿茲海默氏症、唐氏症候群患者中之阿茲海默氏症或澱粉樣腦血管病變。
實施例156. 實施例155之方法，其中該與APP相關之疾病之至少一種症狀或標誌得到改善。
實施例157. 實施例156之方法，其中該症狀或標誌為包括記憶力及語言技能下降之認知損傷、諸如冷漠及缺乏動力之行為症狀及心理症狀、步態不穩及癲癇發作、進行性癡呆及/或異常澱粉樣沈積。
實施例158. 一種寡聚化合物，其包含由12至30個連接核苷組成之經修飾之寡核苷酸，其中該經修飾之寡核苷酸之核鹼基序列與APP RNA之同等長度部分至少80%互補，且其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個選自經修飾之糖、糖替代物及經修飾之核苷間鍵的修飾。
實施例159. 一種寡聚化合物，其包含由12至30個連接核苷組成之經修飾之寡核苷酸，其中該經修飾之寡核苷酸之核鹼基序列包含SEQ ID NO: 12-501中之任一者之至少12個、13個、14個、15個、16個、17個或18個核鹼基；其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個選自經修飾之糖及經修飾之核苷間鍵的修飾。
實施例160. 一種寡聚化合物，其包含由12至30個連接核苷組成之經修飾之寡核苷酸，其中該經修飾之寡核苷酸之核鹼基序列包含SEQ ID NO: 502-516中之任一者之至少12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個或20個核鹼基；其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個選自經修飾之糖及經修飾之核苷間鍵的修飾。
實施例161. 一種寡聚化合物，其包含由12至30個連接核苷組成之經修飾之寡核苷酸，其中該經修飾之寡核苷酸之核鹼基序列包含SEQ ID NO: 517-665或815-888中之任一者之至少12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個或23個核鹼基；其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個選自經修飾之糖及經修飾之核苷間鍵的修飾。
實施例162. 一種寡聚化合物，其包含由12至30個連接核苷組成之經修飾之寡核苷酸，其中該經修飾之寡核苷酸之核鹼基序列與以下各者之至少8個、至少9個、至少10個、至少11個、至少12個、至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20個或至少21個相連核鹼基互補： SEQ ID NO: 1之核鹼基40-78之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基69-146之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基83-129之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基83-246之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基94-225之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基194-231之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基194-238之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基236-268之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基258-288之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基285-311之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基296-321之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基307-330之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基329-352之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基330-352之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基339-383之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基415-439之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基413-477之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基415-477之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基477-506之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基477-523之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基477-541之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基530-557之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基581-638之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基636-661之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基652-697之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基728-821之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基770-821之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基920-950之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1006-1049之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1152-1179之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1227-1265之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1227-1274之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1268-1332之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1268-1311之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1289-1332之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1518-1543之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1531-1593之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1544-1593之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1634-1657之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1778-1800之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1882-1908之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基2051-2074之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基2360-3117之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基2402-3117之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基2360-2655之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基2402-2655之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基2675-3054之同等長度部分；或 SEQ ID NO: 3之核鹼基3192-3277之同等長度部分；其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個選自經修飾之糖及經修飾之核苷間鍵的修飾。
實施例163. 實施例158-162中任一項之寡聚化合物，其中當跨越該經修飾之寡核苷酸之整個核鹼基序列量測時，該經修飾之寡核苷酸具有與SEQ ID NO: 1-7之核鹼基序列中之任一者至少80%、85%、90%、95%或100%互補的核鹼基序列。
實施例164. 實施例158-162中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸之至少一個核苷為經修飾之核苷。
實施例165. 實施例164之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸的至少一個經修飾之核苷包含經修飾之糖部分。
實施例166. 實施例165之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸的至少一個經修飾之核苷包含雙環糖部分。
實施例167. 實施例166之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸的至少一個經修飾之核苷包含具有2'-4'橋之雙環糖部分，其中該2'-4'橋係選自-O-CH2 -及-O-CH(CH3 )-。
實施例168. 實施例162-167中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸的至少一個經修飾之核苷包含非雙環之修飾糖部分。
實施例169. 實施例168之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸的至少一個經修飾之核苷包含具有2'-4'橋之雙環糖部分且該經修飾之寡核苷酸的至少一個核苷包含非雙環之修飾糖部分。
實施例170. 實施例168或169之寡聚化合物，其中該非雙環之修飾糖部分為2'-MOE修飾糖部分、2'-OMe修飾糖部分或2'-F修飾糖部分。
實施例171. 實施例158-170中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸的至少一個經修飾之核苷包含糖替代物。
實施例172. 實施例171之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含選自嗎啉基及PNA之糖替代物的經修飾之核苷。
實施例173. 實施例158-172中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷間鍵。
實施例174. 實施例173之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸之各核苷間鍵為經修飾之核苷間鍵。
實施例175. 實施例173或174之寡聚化合物，其中至少一個核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵。
實施例176. 實施例173或175之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個磷酸二酯核苷間鍵。
實施例177. 實施例173、175或176中任一項之寡聚化合物，其中各核苷間鍵係獨立地選自磷酸二酯核苷間鍵或硫代磷酸酯核苷間鍵。
實施例178. 實施例158-177中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含經修飾之核鹼基。
實施例179. 實施例178之寡聚化合物，其中該經修飾之核鹼基為5-甲基胞嘧啶。
實施例180. 實施例158-179中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由12-22個、12-20個、14-18個、14-20個、15-17個、15-25個、16-20個、16-18個、18-22個、18-25個、18-20個、20-25個或21-23個連接核苷組成。
實施例181. 實施例158-180中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由18個連接核苷組成。
實施例182. 實施例158-180中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由20個連接核苷組成。
實施例183. 實施例158-180中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由21個連接核苷組成。
實施例184. 實施例158-180中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由23個連接核苷組成。
實施例185. 實施例158-184中任一項之寡聚化合物，其中該寡聚化合物為RNA酶H化合物。
實施例186. 實施例185之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸為缺口聚物。
實施例187. 實施例158-186中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸具有包含以下之糖基元： 由1-6個連接5'-區核苷組成之5'-區； 由6-10個連接中央區核苷組成之中央區；及 由1-6個連接3'-區核苷組成之3'-區； 其中該5'-區之最3'-核苷及該3'-區之最5'-核苷包含經修飾之糖部分，且 該等中央區核苷中之各者係選自包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分之核苷及包含2'-取代之糖部分之核苷；其中該中央區包含至少六個包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分之核苷及至多兩個包含2'-取代之糖部分之核苷。
實施例188. 實施例158-183或185-187中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸具有包含以下之糖基元： 由1-6個連接5'-區核苷組成之5'-區； 由6-10個連接中央區核苷組成之中央區；及 由1-6個連接3'-區核苷組成之3'-區；其中 該等5'-區核苷中之各者及該等3'-區核苷中之各者包含經修飾之糖部分且該等中央區核苷中之各者包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分。
實施例189. 實施例188之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸具有包含以下之糖基元： 由5個連接5'-區核苷組成之5'-區； 由10個連接中央區核苷組成之中央區；及 由5個連接3'-區核苷組成之3'-區；其中 該等5'-區核苷中之各者及該等3'-區核苷中之各者包含cEt修飾糖部分或2'-MOE修飾糖部分，且該等中央區核苷中之各者包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分。
實施例190. 實施例158-184中任一項之寡聚化合物，其中該寡聚化合物為RNAi化合物。
實施例191. 實施例158-190中任一項之寡聚化合物，其中該寡聚化合物包含含有包含至少15個相連核鹼基之標靶區域的反義RNAi寡核苷酸，其中該靶向區域與APP RNA之同等長度部分至少90%互補。
實施例192 實施例191之寡聚化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之該靶向區域與APP RNA之同等長度部分至少95%互補或100%互補。
實施例193. 實施例191-192中任一項之寡聚化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之該靶向區域包含至少19個、20個、21個或25個相連核鹼基。
實施例194. 實施例191-193中任一項之寡聚化合物，其中該APP RNA具有SEQ ID NO: 1-7中之任一者之核鹼基序列。
實施例195. 實施例191-194中任一項之寡聚化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷包含選自2'-F、2'-OMe、2'-NMA、LNA及cEt之經修飾之糖部分；或選自GNA及UNA之糖替代物。
實施例196. 實施例191-195中任一項之寡聚化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之各核苷包含經修飾之糖部分或糖替代物。
實施例197. 實施例191-196中任一項之寡聚化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之該等核苷之至少80%、至少90%或100%包含選自2'-F及2'-OMe之經修飾之糖部分。
實施例198. 實施例191-197中任一項之寡聚化合物，其包含穩定化之磷酸酯基，該穩定化之磷酸酯基附接於該反義RNAi寡核苷酸之最5'-核苷之5'位置。
實施例199. 實施例198之寡聚化合物，其中該穩定化之磷酸酯基包含膦酸環丙酯或(E )-膦酸乙烯酯。
實施例200. 實施例158-199中任一項之寡聚化合物，其中該寡聚化合物為單股寡聚化合物。
實施例201. 實施例158-200中任一項之寡聚化合物，其由該經修飾之寡核苷酸或該RNAi反義寡核苷酸組成。
實施例202. 實施例158-200中任一項之寡聚化合物，其包含含有結合部分及結合連接子之結合基團。
實施例203. 實施例202之寡聚化合物，其中該結合連接子由單鍵組成。
實施例204. 實施例202之寡聚化合物，其中該結合連接子係可裂解的。
實施例205. 實施例202之寡聚化合物，其中該結合連接子包含1-3個連接子-核苷。
實施例206. 實施例202-205中任一項之寡聚化合物，其中該結合基團附接於該經修飾之寡核苷酸或該反義RNAi寡核苷酸之5'-末端。
實施例207. 實施例202-205中任一項之寡聚化合物，其中該結合基團附接於該經修飾之寡核苷酸或該反義RNAi寡核苷酸之3'-末端。
實施例208. 實施例158-200或202-206中任一項之寡聚化合物，其包含端基。
實施例209. 實施例158-204或205-208中任一項之寡聚化合物，其中該寡聚化合物不包含連接子-核苷。
實施例210. 一種寡聚雙鏈體，其包含第一寡聚化合物及第二寡聚化合物，該第一寡聚化合物包含如實施例188-209中任一項之反義RNAi寡核苷酸，該第二寡聚化合物包含由17至30個連接核苷組成之有義RNAi寡核苷酸，其中該有義RNAi寡核苷酸之核鹼基序列包含含有最少15個相連核鹼基之反義雜交區，其中該反義雜交區與該反義RNAi寡核苷酸之同等長度部分至少90%互補。
實施例211. 實施例210之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸由18-25個、20-25個或21-23個連接核苷組成。
實施例212. 實施例211之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸由21個或23個連接核苷組成。
實施例213. 實施例210-212中任一項之寡聚雙鏈體，其中該反義RNAi寡核苷酸或該有義RNAi寡核苷酸之1-4個最3'-核苷為懸垂核苷。
實施例214. 實施例210-213中任一項之寡聚雙鏈體，其中該反義RNAi寡核苷酸或該有義RNAi寡核苷酸之1-4個最5'-核苷為懸垂核苷。
實施例215. 實施例210-214中任一項之寡聚雙鏈體，其中該雙鏈體在該反義RNAi寡核苷酸之3'-末端進行鈍端化。
實施例216. 實施例210-214中任一項之寡聚雙鏈體，其中該雙鏈體在該反義RNAi寡核苷酸之5'-末端進行鈍端化。
實施例217. 實施例210-216中任一項之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷包含選自2'-F、2'-OMe、LNA、cEt之經修飾之糖部分；或選自GNA及UNA之糖替代物。
實施例218. 實施例217之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸之各核苷包含經修飾之糖部分或糖替代物。
實施例219. 實施例218之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸之該等核苷之至少80%、至少90%或100%包含選自2'-F及2'-OMe之經修飾之糖部分。
實施例220. 實施例210-219中任一項之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷包含經修飾之核鹼基。
實施例221. 實施例210-220中任一項之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷間鍵為經修飾之核苷間鍵。
實施例222. 實施例221之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵。
實施例223. 實施例210-222中任一項之寡聚雙鏈體，其中該化合物包含1-5個附接於該反義RNA寡核苷酸或該有義RNA寡核苷酸之一個或兩個末端的無鹼基糖部分。
實施例224. 實施例210-223中任一項之寡聚雙鏈體，其由該反義RNAi寡核苷酸及該有義RNAi寡核苷酸組成。
實施例225. 實施例210之寡聚雙鏈體，其中該第二寡聚化合物包含含有結合部分及結合連接子之結合基團。
實施例226. 實施例225之寡聚雙鏈體，其中該結合連接子由單鍵組成。
實施例227. 實施例225之寡聚雙鏈體，其中該結合連接子係可裂解的。
實施例228. 實施例225之寡聚雙鏈體，其中該結合連接子包含1-3個連接子-核苷。
實施例229. 實施例225-228中任一項之寡聚雙鏈體，其中該結合基團附接於該有義RNAi寡核苷酸之5'-末端。
實施例230. 實施例225-225中任一項之寡聚化合物，其中該結合基團附接於該有義RNAi寡核苷酸之3'-末端。
實施例231. 實施例225-225中任一項之寡聚化合物，其中該結合基團經由該有義RNAi寡核苷酸內之內部位置處的核糖基糖部分之2'-位附接。
實施例232. 實施例202-207中任一項之寡聚化合物或實施例225-231中任一項之寡聚雙鏈體，其中至少一個結合基團包含C16 烷基。
實施例233. 實施例210之寡聚雙鏈體，其中該第二寡聚化合物包含端基。
實施例234. 一種醫藥組合物，其包含實施例158-209中任一項之寡聚化合物或實施例210-233之寡聚雙鏈體及醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑。
實施例235. 實施例234之醫藥組合物，其中該醫藥學上可接受之稀釋劑為人工腦脊髓液、無菌鹽水或PBS。
實施例236. 實施例234之醫藥組合物，其中該醫藥組合物基本上由該經修飾之寡核苷酸及無菌鹽水組成。
實施例237. 一種方法，其包括向動物投與實施例234-236中任一項之醫藥組合物。
實施例238. 一種治療與APP相關之疾病的方法，其包括向患有與APP相關之疾病或處於發展出該疾病之風險下的個體投與治療有效量之實施例234-236中任一項之醫藥組合物；從而治療該與APP相關之疾病。
實施例239. 實施例238之方法，其中該與APP相關之疾病為阿茲海默氏症、唐氏症候群患者中之阿茲海默氏症或澱粉樣腦血管病變。
實施例240. 實施例238-239中任一項之方法，其中該與APP相關之疾病之至少一種症狀或標誌得到改善。
實施例241. 實施例240之方法，其中該症狀或標誌為包括記憶力及語言技能下降之認知損傷、諸如冷漠及缺乏動力之行為症狀及心理症狀、步態不穩及癲癇發作、進行性癡呆及/或異常澱粉樣沈積。I. 某些寡核苷酸
在某些實施例中，本文提供包含由連接核苷組成之寡核苷酸之寡聚化合物。寡核苷酸可為未經修飾之寡核苷酸(RNA或DNA)或可為經修飾之寡核苷酸。相對於未經修飾之RNA或DNA，經修飾之寡核苷酸包含至少一個修飾。亦即，經修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷(包含經修飾之糖部分及/或經修飾之核鹼基)及/或至少一個經修飾之核苷間鍵。在某些實施例中，本文提供包含與APP互補之反義RNAi寡核苷酸且視情況包含與反義RNAi寡核苷酸互補之有義RNAi寡核苷酸的RNAi化合物。反義RNAi寡核苷酸及有義RNAi寡核苷酸通常包含至少一個經修飾之核苷及/或至少一個經修飾之核苷間鍵。以下描述適用於經修飾之寡核苷酸中的某些經修飾之核苷及經修飾之核苷間鍵。A. 某些經修飾之核苷
經修飾之核苷包含經修飾之糖部分或經修飾之核鹼基或經修飾之糖部分與經修飾之核鹼基兩者。在某些實施例中，包含以下經修飾之糖部分及/或以下經修飾之核鹼基的經修飾之核苷可併入反義RNAi寡核苷酸及/或有義RNAi寡核苷酸中。1. 某些糖部分
在某些實施例中，經修飾之糖部分為非雙環之修飾糖部分。在某些實施例中，經修飾之糖部分為雙環或三環糖部分。在某些實施例中，經修飾之糖部分為糖替代物。此類糖替代物可包含一或多個與其他類型經修飾之糖部分對應之取代。
在某些實施例中，經修飾之糖部分為包含具有一或多個取代基團之呋喃糖基環的非雙環之修飾糖部分，該等取代基團中無一者橋接呋喃糖基環之兩個原子來形成雙環結構。此類非橋接取代基可在呋喃糖基之任何位置上，包括但不限於在2'、3'、4'及/或5'位上之取代基。在某些實施例中，非雙環之修飾糖部分的一或多個非橋接取代基係分支的。適合於非雙環之修飾糖部分之2'-取代基團的實例包括但不限於：2'-F、2'-OCH3 (「OMe」或「O-甲基」)及2'-O(CH2 )2 OCH3 (「MOE」)。在某些實施例中，2'-取代基團係選自：鹵基、烯丙基、胺基、疊氮基、SH、CN、OCN、CF3 、OCF3 、O-C1 -C10 烷氧基、O-C1 -C10 經取代之烷氧基、O-C1 -C10 烷基、O-C1 -C10 經取代之烷基、S-烷基、N(Rm )-烷基、O-烯基、S-烯基、N(Rm )-烯基、O-炔基、S-炔基、N(Rm )-炔基、O-烯基-O-烷基、炔基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基、O-芳烷基、O(CH2 )2 SCH3 、O(CH2 )2 ON(Rm )(Rn )或OCH2 C(=O)-N(Rm )(Rn )，其中各Rm 及Rn 獨立地為H、胺基保護基或經取代或未經取代之C1 -C10 烷基、-O(CH2)2ON(CH3)2 (「DMAOE」)、2'-OCH2OCH2N(CH2)2 (「DMAEOE」)，及以下中所述之2'-取代基團：Cook等人, U.S. 6,531,584；Cook等人, U.S. 5,859,221；及Cook等人, U.S. 6,005,087。此等2'-取代基團之某些實施例可進一步經一或多個獨立地選自以下之取代基團取代：羥基、胺基、烷氧基、羧基、苯甲基、苯基、硝基(NO2 )、硫醇基、硫烷氧基、硫烷基、鹵素、烷基、芳基、烯基及炔基。在某些實施例中，非雙環之修飾糖部分在3'-位置包含取代基團。適合於經修飾之糖部分之3'-位置的取代基團之實例包括但不限於烷氧基(例如甲氧基)、烷基(例如甲基、乙基)。在某些實施例中，非雙環之修飾糖部分在4'-位置包含取代基團。適合於非雙環之修飾糖部分之4'-取代基團的實例包括但不限於：烷氧基(例如甲氧基)、烷基及Manoharan等人, WO 2015/106128中所述之彼等取代基團。適合於非雙環之修飾糖部分之5'-取代基團的實例包括但不限於：5'-甲基(R或S)、5'-乙烯基、乙基及5'-甲氧基。在某些實施例中，非雙環之修飾糖部分包含超過一個非橋接糖取代基，例如2'-F-5'-甲基糖部分，及Migawa等人, WO 2008/101157及Rajeev等人, US2013/0203836中所述之經修飾之糖部分及經修飾之核苷。
在某些實施例中，2'-取代之非雙環經修飾之核苷包含含有選自以下之非橋接2'-取代基團之糖部分：F、NH2 、N3 、OCF3 、OCH3 、O(CH2 )3 NH2 、CH2 CH=CH2 、OCH2 CH=CH2 、OCH2 CH2 OCH3 、O(CH2 )2 SCH3 、O(CH2 )2 ON(Rm )(Rn )、O(CH2 )2 O(CH2 )2 N(CH3 )2 及N上經取代之乙醯胺(OCH2 C(=O)-N(Rm )(Rn ))，其中各Rm 及Rn 獨立地為H、胺基保護基或經取代或未經取代之C1 -C10 烷基。
在某些實施例中，2'-取代之非雙環經修飾之核苷包含含有選自以下之非橋接2'-取代基團之糖部分：F、OCF3 、OCH3 、OCH2 CH2 OCH3 、O(CH2 )2 SCH3 、O(CH2 )2 ON(CH3 )2 、O(CH2 )2 O(CH2 )2 N(CH3 )2 、O(CH2)2ON(CH3)2 (「DMAOE」)、OCH2OCH2N(CH2)2 (「DMAEOE」)及OCH2 C(=O)-N(H)CH3 (「NMA」)。
在某些實施例中，2'-取代之非雙環經修飾之核苷包含含有選自以下之非橋接2'-取代基團之糖部分：F、OCH3 及OCH2 CH2 OCH3 。
在天然存在之核酸中，糖3'至5'彼此連接。在某些實施例中，寡核苷酸包括一或多個以交替位置，例如在2'或反向5'至3'連接之核苷或糖部分。舉例而言，在鍵處於2'位置下，2'-取代基團可改為在3'-位置。
某些經修飾之糖部分包含橋接呋喃糖基環之兩個原子以形成第二環，產生雙環糖部分之取代基。包含此類雙環糖部分之核苷已稱為雙環核苷(BNA)、鎖核苷或構象受限之核苷酸(CRN)。某些此類化合物描述於美國專利公開案第2013/0190383號及PCT公開案WO 2013/036868中。在某些此類實施例中，雙環糖部分在4'與2'呋喃糖環原子之間包含橋。在某些此類實施例中，呋喃糖環為核糖環。此類4'至2'橋接糖取代基之實例包括但不限於：4'-CH2 -2'、4'-(CH2 )2 -2'、4'-(CH2 )3 -2'、4'-CH2 -O-2' (「LNA」)、4'-CH2 -S-2'、4'-(CH2 )2 -O-2' (「ENA」)、4'-CH(CH3 )-O-2' (當呈S 組態時稱為「經約束之乙基」或「cEt」)、4'-CH2 -O-CH2 -2'、4'-CH2 -N(R)-2'、4'-CH(CH2 OCH3 )-O-2' (「經約束之MOE」或「cMOE」)及其類似物(參見例如Seth等人, U.S.  7,399,845；Bhat等人, U.S. 7,569,686；Swayze等人, U.S. 7,741,457；及Swayze等人, U.S. 8,022,193)、4'-C(CH3 )(CH3 )-O-2'及其類似物(參見例如Seth等人, U.S. 8,278,283)、4'-CH2 -N(OCH3 )-2'及其類似物(參見例如Prakash等人, U.S. 8,278,425)、4'-CH2 -O-N(CH3 )-2' (參見例如Allerson等人, U.S. 7,696,345及Allerson等人, U.S. 8,124,745)、4'-CH2 -C(H)(CH3 )-2' (參見例如Zhou,等人,J. Org. Chem., 2009,74 , 118-134)、4'-CH2 -C(=CH2 )-2'及其類似物(參見例如Seth等人, U.S. 8,278,426)、4'-C(Ra Rb )-N(R)-O-2'、4'-C(Ra Rb )-O-N(R)-2'、4'-CH2 -O-N(R)-2'及4'-CH2 -N(R)-O-2'，其中各R、Ra 及Rb 獨立地為H、保護基或C1 -C12 烷基(參見例如Imanishi等人, U.S. 7,427,672)。
在某些實施例中，此類4'至2'橋獨立地包含1至4個獨立地選自以下之連接基團：-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(Ra)=C(Rb)-、-C(Ra)=N-、-C(=NRa)-、-C(=O)-、-C(=S)-、-O-、-Si(Ra)2-、-S(=O)x-及-N(Ra)-； 其中： x為0、1或2； n為1、2、3或4； 各Ra及Rb獨立地為H、保護基、羥基、C1-C12烷基、經取代之C1-C12烷基、C2-C12烯基、經取代之C2-C12烯基、C2-C12炔基、經取代之C2-C12炔基、C5-C20芳基、經取代之C5-C20芳基、雜環基、經取代之雜環基、雜芳基、經取代之雜芳基、C5-C7脂環族基、經取代之C5-C7脂環族基、鹵素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、醯基(C(=O)-H)、經取代之醯基、CN、磺醯基(S(=O)2-J1)或亞硫醯基(S(=O)-J1)；且各J1及J2獨立地為H、C1-C12烷基、經取代之C1-C12烷基、C2-C12烯基、經取代之C2-C12烯基、C2-C12炔基、經取代之C2-C12炔基、C5-C20芳基、經取代之C5-C20芳基、醯基(C(=O)-H)、經取代之醯基、雜環基、經取代之雜環基、C1-C12胺基烷基、經取代之C1-C12胺基烷基或保護基。
其他雙環糖部分為所屬領域中已知，參見例如：Freier等人, Nucleic Acids Research, 1997, 25(22), 4429-4443；Albaek等人, J. Org. Chem., 2006, 71, 7731-7740；Singh等人, Chem. Commun., 1998, 4, 455-456；Koshkin等人, Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630；Wahlestedt等人, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 5633-5638；Kumar等人, Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222；Singh等人, J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039；Srivastava等人, J. Am. Chem. Soc., 2007, 129, 8362-8379；Elayadi et al., Curr. Opinion Invens. Drugs, 2001, 2, 558-561; Braasch et al., Chem. Biol., 2001, 8, 1-7; Orum et al., Curr. Opinion Mol. Ther., 2001, 3, 239-243；Wengel等人, U.S. 7,053,207；Imanishi等人, U.S. 6,268,490；Imanishi等人 U.S. 6,770,748；Imanishi等人, U.S. RE44,779；Wengel等人, U.S. 6,794,499；Wengel等人, U.S. 6,670,461；Wengel等人, U.S. 7,034,133；Wengel等人, U.S. 8,080,644；Wengel等人, U.S. 8,034,909；Wengel等人, U.S. 8,153,365；Wengel等人, U.S. 7,572,582；及Ramasamy等人, U.S. 6,525,191；Torsten等人, WO 2004/106356；Wengel等人, WO 1999/014226；Seth等人, WO 2007/134181；Seth等人, U.S. 7,547,684；Seth等人, U.S. 7,666,854；Seth等人, U.S. 8,088,746；Seth等人, U.S. 7,750,131；Seth等人, U.S. 8,030,467；Seth等人, U.S. 8,268,980；Seth等人, U.S. 8,546,556；Seth等人, U.S. 8,530,640；Migawa等人, U.S. 9,012,421；Seth等人, U.S. 8,501,805；及Allerson等人, US2008/0039618及Migawa等人, US2015/0191727。在某些實施例中，雙環糖部分及併入此類雙環糖部分之核苷藉由異構體組態進一步定義。舉例而言，LNA核苷(本文所述)可呈α-L組態或呈β-D組態。
Figure 02_image001
α-L-亞甲基氧基(4'-CH2 -O-2')或α-L-LNA雙環核苷已併入展示反義活性之寡核苷酸中(Frieden等人,Nucleic Acids Research, 2003,21 , 6365-6372)。鎖核酸添加至siRNA已顯示增加血清中之siRNA穩定性及降低脫靶效應(Elmen, J.等人, (2005) Nucleic Acids Research 33(1):439-447；Mook, OR.等人, (2007) Mal Cane Ther 6(3):833-843；Grunweller, A.等人, (2003) Nucleic Acids Research 31(12):3185-3193)。本文中，雙環核苷之概述包括兩種異構體組態。當在本文中之例示實施例中確定特定雙環核苷(例如LNA或cEt)之位置時，除非另作說明，否則其呈β-D組態。
在某些實施例中，經修飾之糖部分包含一或多個非橋接糖取代基及一或多個橋接糖取代基(例如5'上經取代及4'-2'橋接糖)。
在某些實施例中，經修飾之糖部分為糖替代物。在某些此類實施例中，糖部分之氧原子例如經硫原子、碳原子或氮原子置換。在某些此類實施例中，此類經修飾之糖部分亦包含如本文所述之橋接及/或非橋接取代基。舉例而言，某些糖替代物包含4'-硫原子及在2'位(參見例如Bhat等人, U.S. 7,875,733及Bhat等人, U.S. 7,939,677)及/或5'位上之取代。
在某些實施例中，糖替代物包含具有除5以外之個數之原子的環。舉例而言，在某些實施例中，糖替代物包含六員四氫呋喃(「THP」)。此類四氫哌喃可進一步經修飾或經取代。包含此類經修飾之四氫哌喃之核苷包括但不限於己糖醇核酸(「HNA」)、安醇(anitol)核酸(「ANA」)、甘露糖醇核酸(「MNA」) (參見例如Leumann, CJ.Bioorg. & Med. Chem. 2002,10 , 841-854)、氟HNA：
Figure 02_image002
(「F-HNA」，參見例如Swayze等人, U.S. 8,088,904；Swayze等人, U.S. 8,440,803；Swayze等人, U.S. 8,796,437；及Swayze等人, U.S. 9,005,906；F-HNA亦可稱為F-THP或3'-氟四氫哌喃)及具有下式之包含其他經修飾之THP化合物的核苷：
Figure 02_image003
其中對於該經修飾之THP核苷中之每一者： Bx為核鹼基部分； T3 及T4 各獨立地為將經修飾之THP核苷連接於寡核苷酸之其餘部分的核苷間連接基團，或T3 與T4 中之一者為將經修飾之THP核苷連接於寡核苷酸之其餘部分的核苷間連接基團且T3 與T4 中之另一者為H、羥基保護基、連接之結合基團或5'或3'-端基； q1 、q2 、q3 、q4 、q5 、q6 及q7 各獨立地為H、C1 -C6 烷基、經取代之C1 -C6 烷基、C2 -C6 烯基、經取代之C2 -C6 烯基、C2 -C6 炔基或經取代之C2 -C6 炔基；且 R1 及R2 中之每一者獨立地選自：氫、鹵素、經取代或未經取代之烷氧基、NJ1 J2 、SJ1 、N3 、OC(=X)J1 、OC(=X)NJ1 J2 、NJ3 C(=X)NJ1 J2 及CN，其中X為O、S或NJ1 且各J1 、J2 及J3 獨立地為H或C1 -C6 烷基。
在某些實施例中，提供經修飾之THP核苷，其中q1 、q2 、q3 、q4 、q5 、q6 及q7 各為H。在某些實施例中，q1 、q2 、q3 、q4 、q5 、q6 及q7 中之至少一者不為H。在某些實施例中，q1 、q2 、q3 、q4 、q5 、q6 及q7 中之至少一者為甲基。在某些實施例中，提供經修飾之THP核苷，其中R1 及R2 中之一者為F。在某些實施例中，R1 為F且R2 為H，在某些實施例中，R1 為甲氧基且R2 為H，且在某些實施例中，R1 為甲氧基乙氧基且R2 為H。
在某些實施例中，糖替代物包含具有超過5個原子及超過一個雜原子的環。舉例而言，已報導包含嗎啉基糖部分之核苷及其在寡核苷酸中之使用(參見例如Braasch等人, Biochemistry, 2002,41 , 4503-4510及Summerton等人, U.S. 5,698,685；Summerton等人, U.S. 5,166,315；Summerton等人, U.S. 5,185,444；及Summerton等人, U.S. 5,034,506)。如這裡所用，術語「嗎啉基」意謂具有以下結構之糖替代物：
Figure 02_image004
。
在某些實施例中，嗎啉基可例如藉由自以上嗎啉基結構添加或改變多種取代基團而修飾。此類糖替代物在本文中稱為「經修飾之嗎啉基」。
在某些實施例中，糖替代物包含非環狀部分。包含此類非環狀糖替代物之核苷及寡核苷酸的實例包括但不限於：肽核酸(「PNA」)、非環狀丁基核酸(參見例如Kumar等人,Org. Biomol. Chem. , 2013,11 , 5853-5865)及Manoharan等人, WO2011/133876中所述之核苷及寡核苷酸。在某些實施例中，糖替代物包含非環狀部分。包含此類非環狀糖替代物之核苷及寡核苷酸的實例包括(但不限於)：肽核酸(「PNA」)、非環狀丁基核酸(參見例如Kumar等人,Org. Biomol. Chem. , 2013,11 , 5853-5865)及Manoharan等人, US2013/130378中描述之核苷及寡核苷酸。教示PNA化合物之製備的代表性美國專利包括(但不限於)美國專利第5,539,082號、第5,714,331號及第5,719,262號。適用於本發明之RNAi寡核苷酸中之額外PNA化合物描述於例如Nielsen等人, Science, 1991, 254, 1497-1500中。
在某些實施例中，糖替代物為UNA (解鎖核酸)核苷之「解鎖」糖結構。UNA為解鎖非環狀核酸，其中已移除糖之任一鍵，形成解鎖糖替代物。教示UNA製備之代表性美國公開案包括(但不限於)美國專利第8,314,227號；及美國專利公開案第2013/0096289號、第2013/0011922號及第2011/0313020號，各者之整個內容在此以引用之方式併入本文中。
在某些實施例中，糖替代物為如在GNA (乙二醇核酸)核苷中發現之丙三醇，如下所描繪： (S )-GNA
Figure 02_image006
其中Bx表示任何核鹼基。
所屬領域中已知可用於經修飾之核苷中的許多其他雙環及三環糖及糖替代物。2. 某些經修飾之核鹼基
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含一或多個包含未經修飾之核鹼基之核苷。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含一或多個包含經修飾之核鹼基之核苷。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含一或多個不包含核鹼基之核苷，稱為無鹼基核苷。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含一或多個肌苷核苷(亦即包含次黃嘌呤核鹼基之核苷)。
在某些實施例中，經修飾之核鹼基係選自：5上經取代之嘧啶、6-氮雜嘧啶、經烷基或炔基取代之嘧啶、經烷基取代之嘌呤及經N-2、N-6及O-6取代之嘌呤。在某些實施例中，經修飾之核鹼基係選自：5-甲基胞嘧啶、2-胺基丙基腺嘌呤、5-羥基甲基胞嘧啶、黃嘌呤、次黃嘌呤、2-胺基腺嘌呤、6-N-甲基鳥嘌呤、6-N-甲基腺嘌呤、2-丙基腺嘌呤 、2-硫尿嘧啶、2-硫胸腺嘧啶及2-硫胞嘧啶、5-丙炔基(-C≡C-CH3 )尿嘧啶、5-丙炔基胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、6-偶氮胞嘧啶、6-偶氮胸腺嘧啶、5-核糖基尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫尿嘧啶、8-鹵基、8-胺基、8-硫醇基、8-硫烷基、8-羥基、8-氮雜及其他8上經取代之嘌呤、5-鹵基、尤其5-溴、5-三氟甲基、5-鹵基尿嘧啶及5-鹵基胞嘧啶、7-甲基鳥嘌呤、7-甲基腺嘌呤、2-F-腺嘌呤、2-胺基腺嘌呤、7-去氮鳥嘌呤、7-去氮腺嘌呤、3-去氮鳥嘌呤、3-去氮腺嘌呤、6-N-苯甲基腺嘌呤、2-N-異丁醯基鳥嘌呤、4-N-苯甲醯基胞嘧啶、4-N-苯甲醯基尿嘧啶、5-甲基4-N-苯甲醯基胞嘧啶、5-甲基4-N-苯甲醯基尿嘧啶、通用鹼基、疏水性鹼基、混雜鹼基、尺寸擴大之鹼基及氟化鹼基。其他經修飾之核鹼基包括三環嘧啶，諸如1,3-二氮雜啡噁嗪-2-酮、1,3-二氮雜啡噻嗪-2-酮及9-(2-胺基乙氧基)-1,3-二氮雜啡噁嗪-2-酮(G-夾)。經修飾之核鹼基亦可包括其中嘌呤或嘧啶鹼基經其他雜環置換的核鹼基，例如7-去氮-腺嘌呤、7-去氮鳥苷、2-胺基吡啶及2-吡啶酮。其他核鹼基包括以下中揭示之彼等鹼基：Merigan等人, U.S. 3,687,808；The Concise Encyclopedia Of Polymer Science and Engineering , Kroschwitz, J.I.編輯, John Wiley & Sons, 1990, 858-859；Englisch等人,Angewandte Chemie , 國際版, 1991,30 , 613；Sanghvi, Y.S., 第15章, Antisense Research 及 Applications , Crooke, S.T.及Lebleu, B.編輯, CRC Press, 1993, 273-288；及第6及15章,Antisense Drug Technology , Crooke S.T.編輯, CRC Press, 2008, 163-166及442-443。
教示某些以上提出之經修飾之核鹼基以及其他經修飾之核鹼基的製備的公開案包括不限於：Manoharan等人, US2003/0158403；Manoharan等人, US2003/0175906；Dinh等人, U.S. 4,845,205；Spielvogel等人, U.S. 5,130,302；Rogers等人, U.S. 5,134,066；Bischofberger等人, U.S. 5,175,273；Urdea等人, U.S. 5,367,066；Benner等人, U.S. 5,432,272；Matteucci等人, U.S. 5,434,257；Gmeiner等人, U.S. 5,457,187；Cook等人, U.S. 5,459,255；Froehler等人, U.S. 5,484,908；Matteucci等人, U.S. 5,502,177；Hawkins等人, U.S. 5,525,711；Haralambidis等人, U.S. 5,552,540；Cook等人, U.S. 5,587,469；Froehler等人, U.S. 5,594,121；Switzer等人, U.S. 5,596,091；Cook等人, U.S. 5,614,617；Froehler等人, U.S. 5,645,985；Cook等人, U.S. 5,681,941；Cook等人, U.S. 5,811,534；Cook等人, U.S. 5,750,692；Cook等人, U.S. 5,948,903；Cook等人, U.S. 5,587,470；Cook等人, U.S. 5,457,191；Matteucci等人, U.S. 5,763,588；Froehler等人, U.S. 5,830,653；Cook等人, U.S. 5,808,027；Cook等人, US 6,166,199；及Matteucci等人, U.S. 6,005,096。3. 某些經修飾之核苷間鍵
RNA及DNA之天然存在之核苷間鍵為3'至5'磷酸二酯鍵。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸之核苷可使用一或多個經修飾之核苷間鍵連接在一起。兩類主要核苷間連接基團由磷原子之存在或缺乏定義。代表性含磷核苷間鍵包括但不限於含有磷酸二酯鍵(「P = O」) (亦稱為未經修飾或天然存在之鍵)的磷酸酯、磷酸三酯、甲基膦酸酯、胺基磷酸酯及硫代磷酸酯(「P = S」)及二硫代磷酸酯(「HS-P=S」)。代表性不含磷核苷間連接基團包括但不限於亞甲基甲基亞胺基(-CH2 -N(CH3 )-O-CH2 -)、硫二酯、硫代胺基甲酸酯(-O-C(=O)(NH)-S-)；矽氧烷(-O-SiH2 -O-)；及N,N'-二甲基肼(-CH2 -N(CH3 )-N(CH3 )-)。與天然存在之磷酸酯鍵相比，經修飾之核苷間鍵可用於改變，通常增加寡核苷酸之核酸酶抗性。在某些實施例中，具有對掌性原子之核苷間鍵可製備為外消旋混合物或分開之對映異構體。含磷及不含磷核苷間鍵之製備方法為所屬領域之技術人員所熟知。
具有對掌性中心之代表性核苷間鍵包括但不限於烷基磷酸酯及硫代磷酸酯。包含具有對掌性中心之核苷間鍵的經修飾之寡核苷酸可製備為包含立體結構無規的核苷間鍵之經修飾之寡核苷酸群體，或製備為包含呈特定立體化學組態之硫代磷酸酯鍵的經修飾之寡核苷酸群體。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸群體包含硫代磷酸酯核苷間鍵，其中所有硫代磷酸酯核苷間鍵均為立體結構無規的。此類經修飾之寡核苷酸可使用隨機選擇各硫代磷酸酯鍵之立體化學組態之合成法產生。但是，各個別寡核苷酸分子之各個別硫代磷酸酯具有界定之立體組態。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸群體富集包含一或多個呈特定之獨立選擇之立體化學組態的特定硫代磷酸酯核苷間鍵的經修飾之寡核苷酸。在某些實施例中，特定硫代磷酸酯鍵之特定組態存在於群體中至少65%分子中。在某些實施例中，特定硫代磷酸酯鍵之特定組態存在於群體中至少70%分子中。在某些實施例中，特定硫代磷酸酯鍵之特定組態存在於群體中至少80%分子中。在某些實施例中，特定硫代磷酸酯鍵之特定組態存在於群體中至少90%分子中。在某些實施例中，特定硫代磷酸酯鍵之特定組態存在於群體中至少99%分子中。經修飾之寡核苷酸之此類對掌性富集群體可使用所屬領域中已知之合成法，例如以下中所述之方法產生：Oka等人,JACS 125, 8307 (2003)；Wan等人Nuc. Acid. Res . 42, 13456 (2014)；及WO 2017/015555。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸群體富集具有至少一個呈(S p)組態之所指示硫代磷酸酯的經修飾之寡核苷酸。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸群體富集具有至少一個呈(R p)組態之硫代磷酸酯的經修飾之寡核苷酸。在某些實施例中，包含(R p)及/或(S p)硫代磷酸酯之經修飾之寡核苷酸分別包含下式中之一或多種，其中「B」指示核鹼基：
Figure 02_image008
。
除非另外指示，否則本文所述之經修飾之寡核苷酸的對掌性核苷間鍵可為立體結構無規的或呈特定立體化學組態。
中性核苷間鍵包括不限於磷酸三酯、甲基膦酸酯、MMI (3'-CH2 -N(CH3 )-O-5')、醯胺-3 (3'-CH2 -C(=O)-N(H)-5')、醯胺-4 (3'-CH2 -N(H)-C(=O)-5')、甲縮醛(3'-O-CH2 -O-5')、甲氧基丙基(MOP)及硫代甲縮醛(3'-S-CH2 -O-5')。其他中性核苷間鍵包括包含矽氧烷(二烷基矽氧烷)、羧酸酯、羧醯胺、硫化物、磺酸酯及醯胺之非離子鍵(參見例如Carbohydrate Modifications in Antisense Research ; Y.S. Sanghvi及P.D. Cook編輯, ACS Symposium Series 580; 第3章及第4章, 40-65)。其他中性核苷間鍵包括包含混合N、O、S及CH2 構成部分之非離子鍵。
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸(諸如反義RNAi寡核苷酸及/或有義RNAi寡核苷酸)包含一或多個反向核苷，如下所示：
Figure 02_image010
， 其中各Bx獨立地表示任何核鹼基。
在某些實施例中，反向核苷在末端(亦即寡核苷酸之一個末端上之最後一個核苷)，因此僅存在一個以上所描繪之核苷間鍵。在某些此類實施例中，額外特徵(諸如結合基團)可附接至反向核苷。此類末端反向核苷可附接於寡核苷酸之任一或兩個末端。
在某些實施例中，此類基團缺乏核鹼基且在本文中稱為反向糖部分。在某些實施例中，反向糖部分在末端(亦即附接至寡核苷酸之一個末端上之最後一個核苷)，因此僅存在一個上述之核苷間鍵。在某些此類實施例中，額外特徵(諸如結合基團)可附接至反向糖部分。此類末端反向糖部分可附接於寡核苷酸之任一或兩個末端。
在某些實施例中，核酸可2'至5'連接，而非標準3'至5'連接。此類連接如下所示。
Figure 02_image011
, 其中各Bx表示任何核鹼基。B. 某些基元
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含一或多個包含經修飾之糖部分之核苷。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含一或多個包含經修飾之核鹼基的經修飾之核苷。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含一或多個經修飾之核苷間鍵。在此類實施例中，經修飾之寡核苷酸的經修飾、未經修飾及經不同修飾之糖部分、核鹼基及/或核苷間鍵界定一模式或基元。在某些實施例中，糖部分、核鹼基及核苷間鍵之模式各彼此無關。因此，經修飾之寡核苷酸可藉由其糖基元、核鹼基基元及/或核苷間鍵基元來描述(如本文所用，核鹼基基元描述與核鹼基序列無關的對核鹼基之修飾)。 1.某些糖基元
在某些實施例中，寡核苷酸包含一或多個類型之沿著寡核苷酸或其區域排列的呈界定模式或糖基元的經修飾之糖及/或未經修飾之糖部分。在某些情況下，此類糖基元包括但不限於本文中論述之任一糖修飾。經統一修飾之寡核苷酸
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含具有經充分修飾之糖基元之區域或由其組成。在此類實施例中，經修飾之寡核苷酸的經充分修飾之區域的各核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中，整個經修飾之寡核苷酸之各核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含具有經充分修飾之糖基元的區域或由其組成，其中經充分修飾之區域內的各核苷包含相同經修飾之糖部分，本文中稱為經統一修飾之糖基元。在某些實施例中，經充分修飾之寡核苷酸為經統一修飾之寡核苷酸。在某些實施例中，經統一修飾之核苷酸之各核苷包含相同2'-修飾。缺口聚物寡核苷酸
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含具有缺口聚物基元之區域或由其組成，其由兩個外部區域或「翼」及中央或內部區域或「缺口」界定。缺口聚物基元(5'-翼、缺口及3'-翼)之三個區域形成核苷之相連序列，其中各翼之核苷的至少一些糖部分與缺口之核苷的至少一些糖部分不同。特定言之，至少最靠近缺口之各翼之核苷(5'-翼之最3'-核苷及3'-翼之最5'-核苷)的糖部分與相鄰缺口核苷之糖部分不同，因此界定翼與缺口之間的邊界(亦即翼/缺口接合處)。在某些實施例中，缺口內之糖部分彼此相同。在某些實施例中，缺口包括一或多個具有與缺口之一或多個其他核苷之糖部分不同的糖部分的核苷。在某些實施例中，兩個翼之糖基元彼此相同(對稱缺口聚物)。在某些實施例中，5'-翼之糖基元與3'-翼之糖基元不同(不對稱缺口聚物)。
在某些實施例中，缺口聚物之翼包含1-6個核苷。在某些實施例中，缺口聚物之各翼之各核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中，缺口聚物之各翼之至少一個核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中，缺口聚物之各翼之至少兩個核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中，缺口聚物之各翼之至少三個核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中，缺口聚物之各翼之至少四個核苷包含經修飾之糖部分。
在某些實施例中，缺口聚物之缺口包含7-12個核苷。在某些實施例中，缺口聚物之缺口之各核苷包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分。在某些實施例中，缺口聚物之缺口之至少一個核苷包含經修飾之糖部分。
在某些實施例中，缺口聚物為去氧缺口聚物。在某些實施例中，各翼/缺口接合處之缺口側上的核苷包含2'-去氧核糖基糖部分，且各翼/缺口接合處之翼側上的核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中，缺口之各核苷包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分。在某些實施例中，缺口聚物之各翼之各核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中，缺口聚物之缺口之至少一個核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中，缺口聚物之缺口之至少一個核苷包含2'-OMe糖部分。
本文中，缺口聚物之三個區域之長度(核苷數目)可使用以下記數法來提供：[5'-翼中之核苷數目] - [缺口中之核苷數目] - [3'-翼中之核苷數目]。因此，3-10-3缺口聚物由各翼中3個連接核苷及缺口中10個連接核苷組成。在此類命名法後面為特定修飾之情況下，該修飾為各翼之各糖部分中之修飾且缺口核苷包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分。因此，5-10-5 MOE缺口聚物由5'-翼中5個連接2'-MOE核苷、缺口中10個連接2'-β-D-去氧核苷及3'-翼中5個連接2'-MOE核苷組成。3-10-3 cEt缺口聚物由5'-翼中3個連接cEt核苷、缺口中10個連接2'-β-D-去氧核苷及3'-翼中3個連接cEt核苷組成。5-8-5缺口聚物由5'-翼中5個包含經修飾之糖部分之連接核苷、缺口中8個連接2'-β-D-去氧核苷及3'-翼中5個包含經修飾之糖部分之連接核苷組成。5-8-5混合缺口聚物在5'-翼及/或3'-翼中具有至少兩個不同的經修飾之糖部分。
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸為5-10-5 MOE缺口聚物。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸為3-10-3 BNA缺口聚物。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸為3-10-3 cEt缺口聚物。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸為3-10-3 LNA缺口聚物。
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸為由5'-翼中5個連接2'-MOE核苷、缺口中8個連接2'-β-D-去氧核苷及3'-翼中cEt與2'-MOE核苷之混合物組成的5-8-5混合缺口聚物。在某些實施例中，經修飾之核苷具有eeeeeddddddddkkeee之糖基元，其中各「e」表示包含2'-MOE修飾糖部分之核苷，各「d」表示包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分之核苷，且各「k」表示包含cEt修飾糖部分之核苷。在某些實施例中，經修飾之核苷具有eeeeeddddddddkeeee之糖基元，其中各「e」表示包含2'-MOE修飾糖部分之核苷，各「d」表示包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分之核苷，且各「k」表示包含cEt修飾糖部分之核苷。反義 RNAi 寡核苷酸
在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷之糖部分為經修飾之糖部分。
在某些此類實施例中，至少一個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少2個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少5個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少8個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少10個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少12個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少14個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少15個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少17個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些此類實施例中，至少18個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些此類實施例中，至少20個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些此類實施例中，至少21個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。
在某些實施例中，至少一個核苷包含2'-F修飾糖。在某些實施例中，至少2個核苷包含2'-F修飾糖部分。在某些實施例中，至少3個核苷包含2'-F修飾糖部分。在某些實施例中，至少4個核苷包含2'-F修飾糖部分。在某些實施例中，一個但不超過一個核苷包含2'-F修飾糖。在某些實施例中，1或2個核苷包含2'-F修飾糖部分。在某些實施例中，1-3個核苷包含2'-F修飾糖部分。在某些實施例中，至少1-4個核苷包含2'-F修飾糖部分。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸具有2-4個相連2'-F修飾核苷之嵌段。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸之4個核苷為2'-F修飾核苷且彼等2'-F修飾核苷中之3個係相連的。在某些此類實施例中，核苷之其餘部分經2'OMe修飾。有義 RNAi 寡核苷酸
在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷之糖部分為經修飾之糖部分。
在某些此類實施例中，至少一個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少2個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少5個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少8個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少10個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少12個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少14個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少15個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些實施例中，至少17個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些此類實施例中，至少18個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些此類實施例中，至少20個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。在某些此類實施例中，至少21個核苷包含2'-OMe修飾糖部分。
在某些實施例中，至少一個核苷包含2'-F修飾糖部分。在某些實施例中，至少2個核苷包含2'-F修飾糖部分。在某些實施例中，至少3個核苷包含2'-F修飾糖部分。在某些實施例中，至少4個核苷包含2'-F修飾糖部分。在某些實施例中，一個但不超過一個核苷包含2'-F修飾糖部分。在某些實施例中，1或2個核苷包含2'-F修飾糖部分。在某些實施例中，1-3個核苷包含2'-F修飾糖部分。在某些實施例中，至少1-4個核苷包含2'-F修飾糖部分。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸具有2-4個相連2'-F修飾核苷之嵌段。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸之4個核苷為2'-F修飾核苷且彼等2'-F修飾核苷中之3個係相連的。在某些此類實施例中，核苷之其餘部分經2'OMe修飾。2. 某些核鹼基基元
在某些實施例中，寡核苷酸包含沿著寡核苷酸或其區域排列的呈界定模式或基元的經修飾及/或未經修飾之核鹼基。在某些實施例中，各核鹼基經修飾。在某些實施例中，核鹼基中無一者經修飾。在某些實施例中，各嘌呤或各嘧啶經修飾。在某些實施例中，各腺嘌呤經修飾。在某些實施例中，各鳥嘌呤經修飾。在某些實施例中，各胸腺嘧啶經修飾。在某些實施例中，各尿嘧啶經修飾。在某些實施例中，各胞嘧啶經修飾。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸中的一些或所有胞嘧啶核鹼基為5-甲基胞嘧啶。在某些實施例中，所有胞嘧啶核鹼基均為5-甲基胞嘧啶，且經修飾之寡核苷酸之所有其他核鹼基均為未經修飾之核鹼基。
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸包含經修飾之核鹼基之嵌段。在某些此類實施例中，嵌段在寡核苷酸之3'-末端。在某些實施例中，嵌段在寡核苷酸之3'-末端之3個核苷內。在某些實施例中，嵌段在寡核苷酸之5'-末端。在某些實施例中，嵌段在寡核苷酸之5'-末端之3個核苷內。缺口聚物寡核苷酸
在某些實施例中，具有缺口聚物基元之寡核苷酸包含含有經修飾之核鹼基的核苷。在某些此類實施例中，一個包含經修飾之核鹼基的核苷在具有缺口聚物基元之寡核苷酸的中央缺口中。在某些此類實施例中，該核苷之糖部分為2'-去氧核糖基糖部分。在某些實施例中，經修飾之核鹼基係選自：2-硫代嘧啶及5-丙炔嘧啶。反義 RNAi 寡核苷酸
在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸之一個核苷為UNA。
在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸之一個核苷為GNA。
在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸之1-4個核苷為DNA。在某些此類實施例中，1-4個DNA核苷在反義RNAi寡核苷酸中之一個或兩個末端。有義 RNAi 寡核苷酸
在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸之一個核苷為UNA。
在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸之一個核苷為GNA。
在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸之1-4個核苷為DNA。在某些此類實施例中，1-4個DNA核苷在有義RNAi寡核苷酸中之一個或兩個末端。3. 某些核苷間鍵基元
在某些實施例中，寡核苷酸包含沿著寡核苷酸或其區域排列的呈界定模式或基元的經修飾及/或未經修飾之核苷間鍵。在某些實施例中，各核苷間連接基團為磷酸二酯核苷間鍵(P = O)。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸的各核苷間連接基團為硫代磷酸酯核苷間鍵(P = S)。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸的各核苷間鍵獨立地選自硫代磷酸酯核苷間鍵及磷酸二酯核苷間鍵。在某些實施例中，各硫代磷酸酯核苷間鍵獨立地選自立體結構無規的硫代磷酸酯、(S p)硫代磷酸酯及(R p)硫代磷酸酯。缺口聚物寡核苷酸
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸之糖基元為缺口聚物且缺口內之核苷間鍵均經修飾。在某些此類實施例中，翼中一些或所有核苷間鍵為未經修飾之磷酸二酯核苷間鍵。在某些實施例中，末端核苷間鍵經修飾。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸之糖基元為缺口聚物，且核苷間鍵基元在至少一個翼中包含至少一個磷酸二酯核苷間鍵，其中至少一個磷酸二酯鍵不為末端核苷間鍵，且剩餘核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵。在某些此類實施例中，硫代磷酸酯鍵均為立體結構無規的。在某些實施例中，翼中之所有硫代磷酸酯鍵為(Sp)硫代磷酸酯，且缺口包含至少一個Sp,Sp,Rp基元。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸群體富集包含此類核苷間鍵基元之經修飾之寡核苷酸。
在某些實施例中，經修飾之核苷酸具有sososssssssssosss之核苷間鍵基元，其中各「s」表示硫代磷酸酯核苷間鍵且各「o」表示磷酸酯核苷間鍵。在某些實施例中，經修飾之核苷酸具有sooosssssssssooss之核苷間鍵基元，其中各「s」表示硫代磷酸酯核苷間鍵且各「o」表示磷酸酯核苷間鍵。在某些實施例中，經修飾之核苷酸具有sooosssssssssooss之核苷間鍵基元，其中各「s」表示硫代磷酸酯核苷間鍵且各「o」表示磷酸酯核苷間鍵。反義 RNAi 寡核苷酸
在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸之至少一個鍵為經修飾之鍵。在某些實施例中，最5'-鍵(亦即來自5'-末端之第一核苷連接至來自5'-末端之第二核苷)經修飾。在某些實施例中，兩個最5'-鍵經修飾。在某些實施例中，來自3'-末端之起始1個或2個鍵經修飾。在某些此類實施例中，經修飾之鍵為硫代磷酸酯鍵。在某些實施例中，剩餘鍵均為未經修飾之磷酸二酯鍵。
在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸之至少一個鍵為反向鍵。有義 RNAi 寡核苷酸
在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸之至少一個鍵為經修飾之鍵。在某些實施例中，最5'-鍵(亦即來自5'-末端之第一核苷連接至來自5'-末端之第二核苷)經修飾。在某些實施例中，兩個最5'-鍵經修飾。在某些實施例中，來自3'-末端之起始1個或2個鍵經修飾。在某些此類實施例中，經修飾之鍵為硫代磷酸酯鍵。在某些實施例中，剩餘鍵均為未經修飾之磷酸二酯鍵。
在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸之至少一個鍵為反向鍵。C. 某些長度
可在不消除活性下增加或減小寡核苷酸之長度。舉例而言，在Woolf等人(Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:7305-7309, 1992)中，測試一系列13-25個核鹼基長度之寡核苷酸誘導標靶RNA在卵母細胞注射模型中之裂解的能力。在寡核苷酸之末端附近具有8或11個錯配鹼基的25個核鹼基長度之寡核苷酸能夠指導標靶RNA之特異性裂解，不過裂解程度低於不含錯配之寡核苷酸。類似地，標靶特異性裂解使用13個核鹼基之寡核苷酸，包括具有1或3個錯配之寡核苷酸實現。
在某些實施例中，寡核苷酸(包括經修飾之寡核苷酸)可具有多個範圍之長度中之任一者。在某些實施例中，寡核苷酸由X至Y個連接核苷組成，其中X表示在該範圍中之最小數目核苷，且Y表示在該範圍中之最大數目核苷。在某些此類實施例中，X及Y各獨立地選自8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49及50；限制條件為X≤Y。舉例而言，在某些實施例中，寡核苷酸由12至13個、12至14個、12至15個、12至16個、12至17個、12至18個、12至19個、12至20個、12至21個、12至22個、12至23個、12至24個、12至25個、12至26個、12至27個、12至28個、12至29個、12至30個、13至14個、13至15個、13至16個、13至17個、13至18個、13至19個、13至20個、13至21個、13至22個、13至23個、13至24個、13至25個、13至26個、13至27個、13至28個、13至29個、13至30個、14至15個、14至16個、14至17個、14至18個、14至19個、14至20個、14至21個、14至22個、14至23個、14至24個、14至25個、14至26個、14至27個、14至28個、14至29個、14至30個、15至16個、15至17個、15至18個、15至19個、15至20個、15至21個、15至22個、15至23個、15至24個、15至25個、15至26個、15至27個、15至28個、15至29個、15至30個、16至17個、16至18個、16至19個、16至20個、16至21個、16至22個、16至23個、16至24個、16至25個、16至26個、16至27個、16至28個、16至29個、16至30個、17至18個、17至19個、17至20個、17至21個、17至22個、17至23個、17至24個、17至25個、17至26個、17至27個、17至28個、17至29個、17至30個、18至19個、18至20個、18至21個、18至22個、18至23個、18至24個、18至25個、18至26個、18至27個、18至28個、18至29個、18至30個、19至20個、19至21個、19至22個、19至23個、19至24個、19至25個、19至26個、19至29個、19至28個、19至29個、19至30個、20至21個、20至22個、20至23個、20至24個、20至25個、20至26個、20至27個、20至28個、20至29個、20至30個、21至22個、21至23個、21至24個、21至25個、21至26個、21至27個、21至28個、21至29個、21至30個、22至23個、22至24個、22至25個、22至26個、22至27個、22至28個、22至29個、22至30個、23至24個、23至25個、23至26個、23至27個、23至28個、23至29個、23至30個、24至25個、24至26個、24至27個、24至28個、24至29個、24至30個、25至26個、25至27個、25至28個、25至29個、25至30個、26至27個、26至28個、26至29個、26至30個、27至28個、27至29個、27至30個、28至29個、28至30個或29至30個連接核苷組成。反義 RNAi 寡核苷酸
在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由17-30個連接核苷組成。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由17-25個連接核苷組成。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由17-23個連接核苷組成。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由17-21個連接核苷組成。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由18-30個連接核苷組成。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由20-30個連接核苷組成。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由21-30個連接核苷組成。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由23-30個連接核苷組成。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由18-25個連接核苷組成。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由20-22個連接核苷組成。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由21-23個連接核苷組成。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由23-24個連接核苷組成。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由20個連接核苷組成。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由21個連接核苷組成。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由22個連接核苷組成。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸由23個連接核苷組成。有義 RNAi 寡核苷酸
在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由17-30個連接核苷組成。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由17-25個連接核苷組成。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由17-23個連接核苷組成。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由17-21個連接核苷組成。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由18-30個連接核苷組成。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由20-30個連接核苷組成。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由21-30個連接核苷組成。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由23-30個連接核苷組成。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由18-25個連接核苷組成。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由20-22個連接核苷組成。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由21-23個連接核苷組成。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由23-24個連接核苷組成。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由20個連接核苷組成。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由21個連接核苷組成。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由22個連接核苷組成。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸由23個連接核苷組成。D. 某些經修飾之寡核苷酸
在某些實施例中，以上修飾(糖、核鹼基、核苷間鍵)併入經修飾之寡核苷酸中。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸藉由其修飾基元及全長表徵。在某些實施例中，此類參數各彼此無關。因此，除非另外指示，否則具有缺口聚物糖基元之寡核苷酸的各核苷間鍵可經修飾或未經修飾，且可遵循或可不遵循糖修飾之缺口聚物修飾模式。舉例而言，糖缺口聚物之翼區域內的核苷間鍵可彼此相同或不同，且可與糖基元之缺口區域之核苷間鍵相同或不同。同樣，此類糖缺口聚物寡核苷酸可包含一或多個與糖修飾之缺口聚物模式無關的經修飾之核鹼基。除非另外指示，否則所有修飾均與核鹼基序列無關。E. 某些經修飾之寡核苷酸群體
其中群體之所有經修飾之寡核苷酸具有相同分子式的經修飾之寡核苷酸群體可為立體結構無規的群體或對掌性富集群體。立體結構無規的群體中所有經修飾之寡核苷酸之所有對掌性中心均為立體結構無規的。在對掌性富集群體中，該群體之經修飾之寡核苷酸中至少一個特定對掌性中心不為立體結構無規的。在某些實施例中，對掌性富集群體之經修飾之寡核苷酸富集β-D核糖基糖部分，且所有硫代磷酸酯核苷間鍵均為立體結構無規的。在某些實施例中，對掌性富集群體之經修飾之寡核苷酸富集β-D核糖基糖部分與至少一個呈特定立體化學組態之特定硫代磷酸酯核苷間鍵。F. 核鹼基序列
在某些實施例中，寡核苷酸(未經修飾或經修飾之寡核苷酸)藉由其核鹼基序列進一步描述。在某些實施例中，寡核苷酸具有與第二寡核苷酸或所確定之參考核酸，諸如標靶核酸互補的核鹼基序列。在某些此類實施例中，寡核苷酸之區域具有與第二寡核苷酸或所確定之參考核酸，諸如標靶核酸互補的核鹼基序列。在某些實施例中，寡核苷酸之區域或整個長度之核鹼基序列與第二寡核苷酸或核酸，諸如標靶核酸至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或100%互補。II. 某些寡聚化合物
在某些實施例中，本文提供由寡核苷酸(經修飾或未經修飾)及視情況一或多個結合基團及/或端基組成之寡聚化合物。結合基團由一或多個結合部分及將結合部分連接於寡核苷酸之結合連接子組成。結合基團可附接於寡核苷酸之任一個或兩個末端及/或任何內部位置。在某些實施例中，結合基團附接於經修飾之寡核苷酸之核苷的2'-位。在某些實施例中，附接於寡核苷酸之任一個或兩個末端的結合基團為端基。在某些此類實施例中，結合基團或端基附接在寡核苷酸之3'及/或5'-末端。在某些此類實施例中，結合基團(或端基)附接在寡核苷酸之3'-末端。在某些實施例中，結合基團附接在寡核苷酸之3'-末端附近。在某些實施例中，結合基團(或端基)附接在寡核苷酸之5'-末端。在某些實施例中，結合基團附接在寡核苷酸之5'-末端附近。
端基之實例包括但不限於結合基團、封端基團、磷酸酯部分、保護基、經修飾或未經修飾之核苷及兩個或更多個獨立地經修飾或未經修飾之核苷。A. 某些 RNAi 化合物
RNAi化合物包含反義RNAi寡核苷酸且視情況包含有義RNAi寡核苷酸。RNAi化合物亦可包含可附接於反義RNAi寡核苷酸或有義RNAi寡核苷酸(存在時)之端基及/或結合基團。 雙鏈體
包含反義RNAi寡核苷酸及有義RNAi寡核苷酸之RNAi化合物形成雙鏈體，因為有義RNAi寡核苷酸包含與反義RNAi寡核苷酸互補之反義雜交區。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸及有義RNAi寡核苷酸之各核鹼基彼此互補。在某些實施例中，兩個RNAi寡核苷酸相對於彼此具有至少一個錯配。
在某些實施例中，反義雜交區佔有義RNAi寡核苷酸及反義RNAi寡核苷酸之整個長度。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸及有義RNAi寡核苷酸中之一或兩者在一或兩個末端包含未雜交之額外核苷(懸垂核苷)。在某些實施例中，懸垂核苷為DNA。在某些實施例中，懸垂核苷以硫代磷酸酯鍵彼此連接(在存在超過一個之情況下)且連接於第一非懸垂核苷。B. 某些結合基團
在某些實施例中，寡核苷酸共價附接於一或多個結合基團。在某些實施例中，結合基團對所附接之寡核苷酸的一或多種性質進行改質，包括但不限於藥效學、藥物動力學、穩定性、結合、吸收、組織分佈、細胞分佈、細胞吸收、電荷及清除。
在某些實施例中，一或多個碳水化合物部分結合於經修飾之寡核苷酸可優化經修飾之寡核苷酸的一或多種特性。在某些實施例中，碳水化合物部分附接於經修飾之寡核苷酸的經修飾之次單元。舉例而言，經修飾之寡核苷酸之一或多個核糖核苷酸次單元的核糖可替換為另一部分，例如碳水化合物配位體附接之非碳水化合物(較佳環狀)載劑。次單元之核糖經替換之核糖核苷酸次單元在本文中稱為核糖替換修飾次單元(RRMS)，其為經修飾之糖部分。環狀載劑可為碳環系統，亦即一或多個環原子可為雜原子，例如氮、氧、硫。環狀載劑可為單環系統，或可含有兩個或更多個環，例如稠環。環狀載劑可為完全飽和環系統，或其可含有一或多個雙鍵。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸為缺口聚物。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸為反義RNAi寡核苷酸。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸為有義RNAi寡核苷酸。
在某些實施例中，結合基團賦予所附接之寡核苷酸新特性，例如使寡核苷酸能夠偵測到之螢光團或報導基團。先前已描述某些結合基團及結合部分，例如：膽固醇部分(Letsinger等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1989, 86, 6553-6556)、膽酸(Manoharan等人,Bioorg. Med. Chem. Lett ., 1994,4 , 1053-1060)、硫醚(例如己基-S-三苯甲基硫醇)(Manoharan等人,Ann. N.Y. Acad. Sci ., 1992,660 , 306-309；Manoharan等人,Bioorg. Med. Chem. Lett., 1993,3 , 2765-2770)、巰基膽固醇(Oberhauser等人,Nucl. Acids Res ., 1992,20 , 533-538)、脂肪鏈(例如十二烷二醇)或十一烷基殘基(Saison-Behmoaras等人,EMBO J., 1991,10 , 1111-1118；Kabanov等人,FEBS Lett ., 1990,259 , 327-330；Svinarchuk等人,Biochimie , 1993,75 , 49-54)、磷脂(例如二-十六烷基-外消旋-丙三醇或1,2-二-O-十六烷基-外消旋-甘油基-3-H-膦酸三乙銨) (Manoharan等人,Tetrahedron Lett ., 1995,36 , 3651-3654；Shea等人,Nucl. Acids Res ., 1990,18 , 3777-3783)、多胺或聚乙二醇鏈(Manoharan等人,Nucleosides & Nucleotides , 1995,14 , 969-973)或金剛烷乙酸或棕櫚基部分(Mishra等人,Biochim. Biophys. Acta , 1995,1264, 229-237)、十八烷基胺或己基胺基-羰基-氧基膽固醇部分(Crooke等人,J. Pharmacol. Exp. Ther., 1996,277 , 923-937)、生育酚基團(Nishina等人,Molecular Therapy Nucleic Acids , 2015, 4 , e220；及Nishina等人,Molecular Therapy, 2008,16 , 734-740)或GalNAc簇(例如WO2014/179620)。
在某些實施例中，結合基團可選自以下中之任一者：C22烷基、C20烷基、C16烷基、C10烷基、C21烷基、C19烷基、C18烷基、C15烷基、C14烷基、C13烷基、C12烷基、C11烷基、C9烷基、C8烷基、C7烷基、C6烷基、C5烷基、C22烯基、C20烯基、C16烯基、C10烯基、C21烯基、C19烯基、C18烯基、C15烯基、C14烯基、C13烯基、C12烯基、C11烯基、C9烯基、C8烯基、C7烯基、C6烯基或C5烯基。
在某些實施例中，結合基團可選自以下中之任一者：C22烷基、C20烷基、C16烷基、C10烷基、C21烷基、C19烷基、C18烷基、C15烷基、C14烷基、C13烷基、C12烷基、C11烷基、C9烷基、C8烷基、C7烷基、C6烷基及C5烷基，其中烷基鏈具有一或多個不飽和鍵。1. 結合部分
結合部分包括不限於嵌入劑、報導分子、多胺、聚醯胺、肽、碳水化合物(例如GalNAc)、維生素部分、聚乙二醇、硫醚、聚醚、膽固醇、巰基膽固醇、膽酸部分、葉酸、脂質、磷脂、生物素、啡嗪、啡啶、蒽醌、金剛烷、吖啶、螢光素、若丹明、香豆素、螢光團及染料。
在某些實施例中，結合部分包含活性原料藥，例如阿司匹林(aspirin)、華法令(warfarin)、苯基保泰松(phenylbutazone)、布洛芬(ibuprofen)、舒洛芬(suprofen)、芬布芬(fenbufen)、酮洛芬(ketoprofen)、(S )-(+)-普拉洛芬((S )-(+)-pranoprofen)、卡洛芬(carprofen)、丹磺基肌胺酸(dansylsarcosine)、2,3,5-三碘苯甲酸、芬戈莫德(fingolimod)、氟滅酸(flufenamic acid)、亞葉酸(folinic acid)、苯噻二嗪(benzothiadiazide)、氯噻嗪(chlorothiazide)、二氮呯(diazepine)、吲哚美辛(indomethicin)、巴比妥酸鹽(barbiturate)、頭孢菌素(cephalosporin)、磺胺藥(sulfa drug)、抗糖尿病藥、抗細菌劑或抗生素。2. 結合連接子
結合部分經由結合連接子附接於寡核苷酸。在某些寡聚化合物中，結合連接子為單一化學鍵(亦即結合部分經由單鍵直接附接於寡核苷酸)。在某些實施例中，結合連接子包含鏈結構，諸如烴基鏈，或諸如乙二醇、核苷或胺基酸單元之重複單元之寡聚物。
在某些實施例中，結合連接子包含吡咯啶。
在某些實施例中，結合連接子包含選自烷基、胺基、側氧基、醯胺、二硫化物、聚乙二醇、醚、硫醚及羥基胺基之一或多種基團。在某些此類實施例中，結合連接子包含選自烷基、胺基、側氧基、醯胺及醚基之基團。在某些實施例中，結合連接子包含選自烷基及醯胺基之基團。在某些實施例中，結合連接子包含選自烷基及醚基之基團。在某些實施例中，結合連接子包含至少一個含磷部分。在某些實施例中，結合連接子包含至少一個磷酸酯基。在某些實施例中，結合連接子包括至少一個中性連接基團。
在某些實施例中，結合連接子，包括上述結合連接子，為雙官能連接部分，例如所屬領域中已知可用於將結合基團附接於化合物，諸如本文提供之寡核苷酸的連接部分。一般而言，雙官能連接部分包含至少兩個官能基。官能基之一經選擇以結合於化合物上之特定位點，且另一個經選擇以結合於結合基團。用於雙官能連接部分中之官能基的實例包括但不限於與親核基團反應之親電試劑及與親電子基團反應之親核試劑。在某些實施例中，雙官能連接部分包含一或多種選自胺基、羥基、羧酸、硫醇、烷基、烯基及炔基之基團。
結合連接子之實例包括但不限於吡咯啶、8-胺基-3,6-二氧雜辛酸(ADO)、4-(N-順丁烯二醯亞胺甲基)環己烷-1-甲酸丁二醯亞胺酯(SMCC)及6-胺基己酸(AHEX或AHA)。其他結合連接子包括但不限於經取代或未經取代之C1 -C10 烷基、經取代或未經取代之C2 -C10 烯基或經取代或未經取代之C2 -C10 炔基，其中較佳取代基團之非限制性清單包括羥基、胺基、烷氧基、羧基、苯甲基、苯基、硝基、硫醇、硫基烷氧基、鹵素、烷基、芳基、烯基及炔基。
在某些實施例中，結合連接子包含1-10個連接子-核苷。在某些實施例中，結合連接子包含2-5個連接子-核苷。在某些實施例中，結合連接子包含準確3個連接子-核苷。在某些實施例中，結合連接子包含TCA基元。在某些實施例中，此類連接子-核苷為經修飾之核苷。在某些實施例中，此類連接子-核苷包含經修飾之糖部分。在某些實施例中，連接子-核苷未經修飾。在某些實施例中，連接子-核苷包含選自嘌呤、經取代之嘌呤、嘧啶或經取代之嘧啶的視情況保護之雜環鹼基。在某些實施例中，可裂解部分為選自尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、4-N-苯甲醯基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、4-N-苯甲醯基-5-甲基胞嘧啶、腺嘌呤、6-N-苯甲醯基腺嘌呤、鳥嘌呤及2-N-異丁醯基鳥嘌呤之核苷。在寡聚化合物到達標靶組織之後通常需要連接子-核苷自寡聚化合物裂解。因此，連接子-核苷通常經由可裂解鍵彼此連接及連接於寡聚化合物之其餘部分。在某些實施例中，此類可裂解鍵為磷酸二酯鍵。
本文中，連接子-核苷不視為寡核苷酸之一部分。因此，在寡聚化合物包含由指定數目或範圍之連接核苷組成及/或與參考核酸具有指定互補百分比之寡核苷酸且寡聚化合物亦包含含有包含連接子-核苷之結合連接子之結合基團的實施例中，彼等連接子-核苷不計入寡核苷酸之長度，且在確定寡核苷酸與參考核酸之互補性百分比中不使用。舉例而言，寡聚化合物可包含(1)由8-30個核苷組成之經修飾之寡核苷酸及(2)包含1-10個與經修飾之寡核苷酸之核苷相連的連接子-核苷的結合基團。此類寡聚化合物中相連之連接核苷的總數大於30個。可替代地，寡聚化合物可包含由8-30個核苷組成且無結合基團之經修飾之寡核苷酸。此類寡聚化合物中相連之連接核苷的總數至多30個。除非另外指示，否則結合連接子包含至多10個連接子-核苷。在某些實施例中，結合連接子包含至多5個連接子-核苷。在某些實施例中，結合連接子包含至多3個連接子-核苷。在某些實施例中，結合連接子包含至多2個連接子-核苷。在某些實施例中，結合連接子包含至多1個連接子-核苷。
在某些實施例中，需要結合基團自寡核苷酸裂解。舉例而言，在某些情況下，包含特定結合部分之寡聚化合物更好地由特定細胞類型吸收，但一旦吸收寡聚化合物後，希望結合基團裂解以釋放未結合或母體寡核苷酸。因此，某些結合連接子可包含一或多個可裂解部分。在某些實施例中，可裂解部分為可裂解鍵。在某些實施例中，可裂解部分為包含至少一個可裂解鍵之一組原子。在某些實施例中，可裂解部分包含具有一個、兩個、三個、四個或超過四個可裂解鍵之一組原子。在某些實施例中，可裂解部分在細胞或亞細胞隔室、諸如溶酶體內選擇性地裂解。在某些實施例中，可裂解部分由內源性酶、諸如核酸酶選擇性地裂解。
在某些實施例中，可裂解鍵係選自：醯胺、酯、醚、磷酸二酯中之一種或兩種酯、磷酸酯、胺基甲酸酯或二硫化物。在某些實施例中，可裂解鍵為磷酸二酯之酯中的一者或兩者。在某些實施例中，可裂解部分包含磷酸酯或磷酸二酯。在某些實施例中，可裂解部分為介於寡核苷酸與結合部分或結合基團之間的磷酸酯鍵。
在某些實施例中，可裂解部分包含一或多種連接子-核苷或由其組成。在某些此類實施例中，一或多種連接子-核苷經由可裂解鍵彼此連接及連接於寡聚化合物之其餘部分。在某些實施例中，此類可裂解鍵為未經修飾之磷酸二酯鍵。在某些實施例中，可裂解部分為藉由磷酸酯核苷間鍵附接於寡核苷酸之3'-端或5'-端核苷且藉由磷酸酯或硫代磷酸酯鍵共價附接於結合連接子或結合部分之其餘部分的2'-去氧核苷。在某些此類實施例中，可裂解部分為2'-去氧腺苷。3. 靶向細胞之部分
在某些實施例中，結合基團包含靶向細胞之部分。在某些實施例中，結合基團具有如下通式：
Figure 02_image013
其中n為1至約3；當n為1時，m為0，當n為2或更大時，m為1，j為1或0，且k為1或0。
在某些實施例中，n為1，j為1且k為0。在某些實施例中，n為1，j為0且k為1。在某些實施例中，n為1，j為1且k為1。在某些實施例中，n為2，j為1且k為0。在某些實施例中，n為2，j為0且k為1。在某些實施例中，n為2，j為1且k為1。在某些實施例中，n為3，j為1且k為0。在某些實施例中，n為3，j為0且k為1。在某些實施例中，n為3，j為1且k為1。
在某些實施例中，結合基團包含具有至少一個繫栓配位體之靶向細胞之部分。在某些實施例中，靶向細胞之部分包含兩個共價連接至分支基團之繫栓配位體。在某些實施例中，靶向細胞之部分包含三個共價連接至分支基團之繫栓配位體。
在某些實施例中，靶向細胞之部分的各配位體對標靶細胞上之至少一種受體類型具有親和力。在某些實施例中，各配位體對哺乳動物肝臟細胞之表面上的至少一種受體類型具有親和力。在某些實施例中，各配位體對肝臟去唾液酸糖蛋白受體(ASGP-R)具有親和力。在某些實施例中，各配位體為碳水化合物。
在某些實施例中，靶向細胞之部分靶向神經元。在某些實施例中，靶向細胞之部分靶向神經傳遞質受體。在某些實施例中，靶向細胞之部分靶向神經傳遞質轉運蛋白。在某些實施例中，靶向細胞之部分靶向GABA轉運蛋白。參見例如WO 2011/131693、WO 2014/064257。C. 某些端基
在某些實施例中，寡聚化合物包含一或多個端基。在某些此類實施例中，經修飾之寡核苷酸在經修飾之寡核苷酸之5'-末端包含含磷基團。在某些實施例中，含磷基團在反義RNAi寡核苷酸及/或有義RNAi寡核苷酸之5'-末端。在某些實施例中，端基為磷酸酯穩定之磷酸酯基。5'-末端含磷基團可為5'-末端磷酸酯(5'-P)、5'-末端硫代磷酸酯(5'-PS)、5'-末端二硫代磷酸酯(5'-PS2 )、5'-末端乙烯基膦酸酯(5'-VP)、5'-末端甲基膦酸酯(MePhos)或5'-去氧-5'-C-丙二醯基。當5'-末端含磷基團為5'-末端乙烯基膦酸酯時，5'VP可為5'-E-VP異構體(亦即反式-乙烯基膦酸酯)、5'-Z-VP異構體(亦即順式-乙烯基膦酸酯)或其混合物。雖然此類磷酸酯基可附接於任何經修飾之寡核苷酸，但其尤其展示此類基團附接於反義RNAi寡核苷酸可提高某些RNAi化合物之活性。參見例如Prakash等人, Nucleic Acids Res., 43(6):2993-3011, 2015；Elkayam,等人, Nucleic Acids Res., 45(6):3528-3536, 2017；Parmar,等人 ChemBioChem, 17(11)985-989; 2016；Harastzi,等人, Nucleic Acids Res., 45(13):7581-7592, 2017。在某些實施例中，磷酸酯穩定基團為5'-膦酸環丙酯。參見例如WO/2018/027106。
在某些實施例中，端基包含一或多個無鹼基核苷及/或反向核苷。在某些實施例中，端基包含一或多個2'-連接核苷。在某些此類實施例中，2'-連接核苷為無鹼基核苷。D. 某些特定 RNAi 基元
RNAi化合物可藉由基元或藉由特定特徵描述。
在某些實施例中，本文所述之RNAi化合物包含： (a) 具有以下之有義RNAi寡核苷酸： (i) 21個核苷酸之長度； (ii) 附接於3'-末端之結合物；及 (iii) 在位置1、3、5、7、9至11、13、17、19及21處之2'-F修飾，及在位置2、4、6、8、12、14至16、18及20處之2'-OMe修飾(自5'末端計數)； 及 (b) 具有以下之反義RNAi寡核苷酸： (i) 23個核苷酸之長度； (ii) 在位置1、3、5、9、11至13、15、17、19、21及23處之2'-OMe修飾，及在位置2、4、6至8、10、14、16、18、20及22處之2'F修飾(自5'末端計數)；及 (iii) 介於核苷位置21與22之間以及介於核苷位置22與23之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 其中反義RNAi寡核苷酸之3'末端的兩個核苷酸為懸垂核苷，且構成反義RNAi寡核苷酸之5'-末端及有義RNAi寡核苷酸之3'-末端的RNAi化合物雙鏈體之末端為鈍性的(亦即兩個寡核苷酸在該末端均不具有懸垂核苷，而是有義RNAi寡核苷酸之雜交區域包括有義RNAi寡核苷酸之最3'核苷且該核苷與反義寡核苷酸之最5'核苷雜交)。
在某些實施例中，本文所述之RNAi化合物包含： (a) 具有以下之有義RNAi寡核苷酸： (i) 21個核苷酸之長度； (ii) 附接於3'-末端之結合物； (iii) 在位置1、3、5、7、9至11、13、17、19及21處之2'-F修飾，及在位置2、4、6、8、12、14、16、18及20處之2'-OMe修飾(自5'末端計數)；及 (iv) 介於核苷位置1與2之間以及介於核苷位置2與3之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 及 (b) 具有以下之反義RNAi寡核苷酸： (i) 23個核苷酸之長度； (ii) 在位置1、3、5、7、9、11至13、15、17、19及21至23處之2'-OMe修飾，及在位置2、4、6、8、10、14、16、18及20處之2'F修飾(自5'末端計數)；及 (iii) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置21與22之間以及介於核苷位置22與23之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 其中該RNAi雙鏈體包括在反義RNAi寡核苷酸之3'末端之兩個核苷酸懸垂物及在反義RNAi寡核苷酸之5'-末端之鈍端。
在某些實施例中，本文所述之RNAi化合物包含： (a) 具有以下之有義RNAi寡核苷酸： (i) 21個核苷酸之長度； (ii) 附接於3'-末端之結合物； (iii) 在位置1至6、8、10及12至21處之2'-OMe修飾，及在位置7及9處之2'-F修飾，及在位置11處之去氧核苷酸(自5'末端計數)；及 (iv) 介於核苷位置1與2之間以及介於核苷位置2與3之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 及 (b) 具有以下之反義RNAi寡核苷酸： (i) 23個核苷酸之長度； (ii) 在位置1、3、7、9、11、13、15、17及19至23處之2'-OMe修飾，及在位置2、4至6、8、10、12、14、16及18處之2'F修飾(自5'末端計數)；及 (iii) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置21與22之間以及介於核苷位置22與23之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 其中該RNAi雙鏈體具有在反義RNAi寡核苷酸之3'末端之兩個核苷酸懸垂物及在反義RNAi寡核苷酸之5'-末端之鈍端。
在某些實施例中，本文所述之RNAi化合物包含： (a) 具有以下之有義RNAi寡核苷酸： (i) 21個核苷酸之長度； (ii) 附接於3'-末端之結合物； (iii) 在位置1至6、8及12至21處之2'-OMe修飾，及在位置7及9至11處之2'-F修飾；及 (iv) 介於核苷位置1與2之間以及介於核苷位置2與3之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 及 (b) 具有以下之反義RNAi寡核苷酸： (i) 23個核苷酸之長度； (ii) 在位置1、3至5、7、8、10至13、15及17至23處之2'-OMe修飾，及在位置2、6、9、14及16處之2'-F修飾(自5'末端計數)；及 (iii) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置21與22之間以及介於核苷位置22與23之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 其中該RNAi雙鏈體具有在反義RNAi寡核苷酸之3'末端之兩個核苷酸懸垂物及在反義RNAi寡核苷酸之5'-末端之鈍端。
在某些實施例中，本文所述之RNAi化合物包含： (a) 具有以下之有義RNAi寡核苷酸： (i) 21個核苷酸之長度； (ii) 附接於3'-末端之結合物； (iii) 在位置1至6、8及12至21處之2'-OMe修飾，及在位置7及9至11處之2'-F修飾；及 (iv) 介於核苷位置1與2之間以及介於核苷位置2與3之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 及 (b) 具有以下之反義RNAi寡核苷酸： (i) 23個核苷酸之長度； (ii) 在位置1、3至5、7、10至13、15及17至23處之2'-OMe修飾，及在位置2、6、8、9、14及16處之2'-F修飾(自5'末端計數)；及 (iii) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置21與22之間以及介於核苷位置22與23之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 其中該RNAi雙鏈體具有在反義RNAi寡核苷酸之3'末端之兩個核苷酸懸垂物及在反義RNAi寡核苷酸之5'-末端之鈍端。
在某些實施例中，本文所述之RNAi化合物包含： (a) 具有以下之有義RNAi寡核苷酸： (i) 19個核苷酸之長度； (ii) 附接於3'-末端之結合物； (iii) 在位置1至4、6及10至19處之2'-OMe修飾，及在位置5及7至9處之2'-F修飾；及 (iv) 介於核苷位置1與2之間以及介於核苷位置2與3之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 及 (b) 具有以下之反義RNAi寡核苷酸： (i) 21個核苷酸之長度； (ii) 在位置1、3至5、7、10至13、15及17至21處之2'-OMe修飾，及在位置2、6、8、9、14及16處之2'-F修飾(自5'末端計數)；及 (iii) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置19與20之間以及介於核苷位置20與21之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 其中該RNAi雙鏈體具有在反義RNAi寡核苷酸之3'末端之兩個核苷酸懸垂物及在反義RNAi寡核苷酸之5'-末端之鈍端。
在某些實施例中，本文所述之RNAi化合物包含： (a) 具有以下之有義RNAi寡核苷酸： (i) 21個核苷酸之長度； (ii) 附接於位置6之結合物(自5'末端計數)； (iii) 在位置7及9至11處之2'-F修飾，及在位置1至5、8及12至21處之2'-OMe修飾(自5'末端計數)；及 (iv) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置19與20之間以及介於核苷位置20與21之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 及 (b) 具有以下之反義RNAi寡核苷酸： (i) 23個核苷酸之長度； (ii) 在位置1、3至5、7、10至13、15及17至23處之2'-OMe修飾，及在位置2、6、8、9、14及16處之2'F修飾(自5'末端計數)； (iii) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置21與22之間以及介於核苷位置22與23之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)；及 (iv) 附接於最5'-核苷之5'位的穩定化之磷酸酯基； 其中該RNAi雙鏈體包括在反義RNAi寡核苷酸之3'末端之兩個核苷酸懸垂物及在反義RNAi寡核苷酸之5'-末端之鈍端。
在某些實施例中，本文所述之RNAi化合物包含： (a) 具有以下之有義RNAi寡核苷酸： (i) 21個核苷酸之長度； (ii) 附接於3'-末端之結合物； (iii) 在位置7及9至11處之2'-F修飾，及在位置1至6、8及12至21處之2'-OMe修飾(自5'末端計數)； (iv) 介於核苷位置1與2之間以及介於核苷位置2與3之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 及 (b) 具有以下之反義RNAi寡核苷酸： (i) 23個核苷酸之長度； (ii) 在位置1、3至5、7至13、15及17至23處之2'-OMe修飾、在位置6處之(S )-GNA修飾以及在位置2、14及16處之2'F修飾(自5'末端計數)；及 (iii) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置21與22之間以及介於核苷位置22與23之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 其中該RNAi雙鏈體包括在反義RNAi寡核苷酸之3'末端之兩個核苷酸懸垂物及在反義RNAi寡核苷酸之5'-末端之鈍端。
在某些實施例中，本文所述之RNAi化合物包含： (a) 具有以下之有義RNAi寡核苷酸： (i) 21個核苷酸之長度； (ii) 附接於3'-末端之結合物； (iii) 在位置7及9至11處之2'-F修飾，及在位置1至6、8及12至21處之2'-OMe修飾(自5'末端計數)； (iv) 介於核苷位置1與2之間以及介於核苷位置2與3之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 及 (b) 具有以下之反義RNAi寡核苷酸： (i) 23個核苷酸之長度； (ii) 在位置1、3至6、8至13、15及17至23處之2'-OMe修飾、在位置7處之(S )-GNA修飾以及在位置2、14及16處之2'F修飾(自5'末端計數)；及 (iii) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置21與22之間以及介於核苷位置22與23之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 其中該RNAi雙鏈體包括在反義RNAi寡核苷酸之3'末端之兩個核苷酸懸垂物及在反義RNAi寡核苷酸之5'-末端之鈍端。
在某些實施例中，本文所述之RNAi化合物包含： (a) 具有以下之有義RNAi寡核苷酸： (i) 21個核苷酸之長度； (ii) 附接於位置6之結合物(自5'末端計數)；及 (iii) 在位置7及9至11處之2'-F修飾，及在位置1至5、8及12至21處之2'-OMe修飾(自5'末端計數)； (iv) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置19與20之間以及介於核苷位置20與21之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 及 (b) 具有以下之反義RNAi寡核苷酸： (i) 23個核苷酸之長度； (ii) 在位置1、3至5、7至13、15及17至23處之2'-OMe修飾、在位置6處之(S )-GNA修飾以及在位置2、14及16處之2'F修飾(自5'末端計數)； (iii) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置21與22之間以及介於核苷位置22與23之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)；及 (iv) 附接於最5'-核苷之5'位的穩定化之磷酸酯基； 其中該RNAi雙鏈體包括在反義RNAi寡核苷酸之3'末端之兩個核苷酸懸垂物及在反義RNAi寡核苷酸之5'-末端之鈍端。
在某些實施例中，本文所述之RNAi化合物包含： (a) 具有以下之有義RNAi寡核苷酸： (i) 21個核苷酸之長度； (ii) 附接於位置6之結合物(自5'末端計數)； (iii) 在位置7及9至11處之2'-F修飾，及在位置1至5、8及12至21處之2'-OMe修飾(自5'末端計數)；及 (iv) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置19與20之間以及介於核苷位置20與21之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 及 (b) 具有以下之反義RNAi寡核苷酸： (i) 23個核苷酸之長度； (ii) 在位置1、3至6、8至13、15及17至23處之2'-OMe修飾、在位置7處之(S )-GNA修飾以及在位置2、14及16處之2'F修飾(自5'末端計數)； (iii) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置21與22之間以及介於核苷位置22與23之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)；及 (iv) 附接於最5'-核苷之5'位的穩定化之磷酸酯基； 其中反義RNAi寡核苷酸之3'末端的兩個核苷酸為懸垂核苷，且構成反義RNAi寡核苷酸之5'-末端及有義RNAi寡核苷酸之3'-末端的RNAi化合物雙鏈體之末端為鈍性的(亦即兩個寡核苷酸在該末端均不具有懸垂核苷，而是有義RNAi寡核苷酸之雜交區域包括有義RNAi寡核苷酸之最3'核苷且該核苷與反義寡核苷酸之最5'核苷雜交)。
在某些實施例中，本文所述之RNAi化合物包含： (a) 具有以下之有義RNAi寡核苷酸： (i) 21個核苷酸之長度； (ii) 附接於5'-末端之結合物； (iii) 在位置1至8及12至21處之2'-OMe修飾，及在位置9至11處之2'-F修飾；及 (iv) 附接於最5'-核苷及最3'-核苷之反向無鹼基糖部分； 及 (b) 具有以下之反義RNAi寡核苷酸： (i) 21個核苷酸之長度； (ii) 在位置1、3、5、7、9、11、13、15、17、19及21處之2'-OMe修飾，及在位置2、4、6、8、10、12、14、16、18及20處之2'-F修飾(自5'末端計數)；及 (iii) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置3與4之間以及介於核苷位置20與21之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)。
在某些實施例中，本文所述之RNAi化合物包含： (a) 具有以下之有義RNAi寡核苷酸： (i) 21個核苷酸之長度； (ii) 附接於5'-末端之結合物； (iii) 在位置1至8及12至21處之2'-OMe修飾，及在位置9至11處之2'-F修飾； (iv) 介於核苷位置1與2之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)；及 (v) 附接於最3'-核苷之反向無鹼基糖部分； 及 (b) 具有以下之反義RNAi寡核苷酸： (i) 21個核苷酸之長度； (ii) 在位置1、3、5、7、9、11、13、15、17、19及21處之2'-OMe修飾，及在位置2、4、6、8、10、12、14、16、18及20處之2'F修飾(自5'末端計數)；及 (iii) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置3與4之間以及介於核苷位置20與21之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)。
在某些實施例中，本文所述之RNAi化合物包含： (a) 具有以下之有義RNAi寡核苷酸： (i) 19個核苷酸之長度； (ii) 附接於5'-末端之結合物； (iii) 在位置2、4、6、8、10、12、14、16、18及20處之2'-OMe修飾，及在位置1、3、5、7、9、11、13、15、17、19及21處之2'-F修飾；及 (iv) 介於核苷位置17與18之間以及介於核苷位置18與19之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)； 及 (b) 具有以下之反義RNAi寡核苷酸： (i) 19個核苷酸之長度； (ii) 在位置1、3、5、7、9、11、13、15、17、19及21處之2'-OMe修飾，及在位置2、4、6、8、10、12、14、16、18及20處之2'F修飾(自5'末端計數)；及 (iii) 介於核苷位置1與2之間、介於核苷位置2與3之間、介於核苷位置17與18之間以及介於核苷位置18與19之間的硫代磷酸酯核苷間鍵(自5'末端計數)(自5'末端計數)。
在任一以上實施例中，在有義RNAi寡核苷酸之3'-末端之結合物可包含靶向部分。在某些此類實施例中，靶向部分靶向神經傳遞質受體。在某些實施例中，靶向細胞之部分靶向神經傳遞質轉運蛋白。在某些實施例中，靶向細胞之部分靶向GABA轉運蛋白。參見例如WO 2011/131693、WO 2014/064257。
在某些實施例中，RNAi化合物包含21核苷酸之有義RNAi寡核苷酸及23核苷酸之反義RNAi寡核苷酸，其中有義RNAi寡核苷酸在自5'-末端之位置9、10、11處含有三個相連2'-F修飾核苷之至少一個基元；反義RNAi寡核苷酸在自5'-末端之位置11、12、13處含有三個連續核苷酸上之三個2'-O-甲基修飾之至少一個基元，其中RNAi化合物之一個末端為鈍性的，而另一末端包含2核苷酸懸垂物。較佳地，2核苷酸懸垂物在反義RNAi寡核苷酸之3'-末端。
在某些實施例中，當2核苷酸之懸垂物在反義RNAi寡核苷酸之3'-末端時，末端三個核苷酸之間可存在兩個硫代磷酸酯核苷間鍵，其中三個核苷酸中之兩個為懸垂核苷酸，且第三核苷酸為靠著懸垂核苷酸之配對核苷酸。在某些實施例中，RNAi化合物另外在有義RNAi寡核苷酸之5'-末端及反義RNAi寡核苷酸之5'-末端的末端三個核苷酸之間具有兩個硫代磷酸酯核苷間鍵。在某些實施例中，RNAi化合物之有義RNAi寡核苷酸及反義RNAi寡核苷酸中之每個核苷酸為經修飾之核苷酸。在某些實施例中，各核苷酸獨立地用2'-O-甲基或3'-氟修飾，例如呈交替基元。視情況RNAi化合物包含結合物。
在某些實施例中，包括作為基元一部分之核苷酸的RNAi化合物之有義RNAi寡核苷酸及反義RNAi寡核苷酸中之每個核苷酸可經修飾。各核苷酸可用相同或不同修飾進行修飾，該修飾可包括非連接磷酸酯氧之一或兩者的一或多個改變；核糖成分，例如核糖上2'羥基之改變；用「去磷酸酯基」連接子大規模替換磷酸酯部分；天然存在之鹼基的修飾或替換；及核糖-磷酸酯主鏈之替換或修飾。
在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸及反義RNAi寡核苷酸之各核苷獨立地用LNA、cEt、UNA、HNA、CeNA、2'-MOE、2'-OMe、2'-O-烯丙基、2'-C-烯丙基、2'-去氧、2'-羥基或2'-氟修飾。RNAi化合物可含有超過一個修飾。在一個實施例中，有義RNAi寡核苷酸及反義RNAi寡核苷酸之各核苷獨立地用2'-O-甲基或2'-F修飾。在某些實施例中，修飾為2'-NMA修飾。
如本文所用，術語「交替基元」係指具有一或多個修飾之基元，各修飾發生在一個RNAi寡核苷酸之交替核苷酸上。交替核苷酸可指每隔一個核苷酸一個或每隔兩個核苷酸一個或類似模式。舉例而言，若A、B及C各表示對核苷酸之一種類型修飾，則交替基元可為「ABABABABABAB……」、「AABBAABBAABB……」、「AABAABAABAAB……」、「AAABAAABAAAB……」、「AAABBBAAABBB……」或「ABCABCABCABC……」等。
交替基元中所含之修飾類型可相同或不同。舉例而言，若A、B、C、D各表示核苷酸上之一種類型修飾，則交替模式，亦即每隔一個核苷酸上之修飾，可相同，但有義RNAi寡核苷酸或反義RNAi寡核苷酸各可選自交替基元內修飾之若干可能性，諸如「ABABAB……」、「ACACAC……」、「BDBDBD……」或「CDCDCD ……」等。
在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸上交替基元之修飾模式相對於反義RNAi寡核苷酸上交替基元之修飾模式變化。變化可使得有義RNAi寡核苷酸之經修飾之核苷酸組與反義RNAi寡核苷酸之經不同修飾之核苷酸組對應，反之亦然。舉例而言，當在RNAi雙鏈體中有義RNAi寡核苷酸與反義RNAi寡核苷酸配對時，在雙鏈體區內有義RNAi寡核苷酸中之交替基元可自RNAi寡核苷酸之5'-3'以「ABABAB」開始，且反義RNAi寡核苷酸中之交替基元可自RNAi寡核苷酸之5'-3'以「BABABA」開始。再舉例而言，在雙鏈體區內有義RNAi寡核苷酸中之交替基元可自RNAi寡核苷酸之5'-3'以「AABBAABB」開始，且反義RNAi寡核苷酸中之交替基元可自RNAi寡核苷酸之5'-3'以「BBAABBAA」開始，以使得有義RNAi寡核苷酸與反義RNAi寡核苷酸之間存在10種模式之修飾之完全或部分變化。
在某些實施例中，包含最初有義RNAi寡核苷酸上2'-O-甲基修飾及2'-F修飾之交替基元之模式的RNAi化合物相對於最初反義RNAi寡核苷酸上2'-O-甲基修飾及2'-F修飾之交替基元之模式變化，亦即有義RNAi寡核苷酸鹼基上之2'-O-甲基修飾核苷酸與反義RNAi寡核苷酸上之2'-F修飾核苷酸配對，反之亦然。有義RNAi寡核苷酸之1位可以2'-F修飾開始，且反義RNAi寡核苷酸之1位可以2'-O-甲基修飾開始。
三個連續核苷酸上三個一致修飾之一或多個基元引入有義RNAi寡核苷酸及/或反義RNAi寡核苷酸使有義RNAi寡核苷酸及/或反義RNAi寡核苷酸中存在之最初修飾模式中斷。藉由三個連續核苷酸上三個一致修飾之一或多個基元引入有義RNAi寡核苷酸及/或反義RNAi寡核苷酸使有義RNAi寡核苷酸及/或反義RNAi寡核苷酸之修飾模式發生的此中斷意外地增強針對標靶基因之基因沉默活性。在一個實施例中，當三個連續25核苷酸上三個一致修飾之基元引入RNAi寡核苷酸中之任一者時，靠著基元之核苷酸的修飾為不同於該基元之修飾的修飾。舉例而言，含有基元之序列之部分為「……NaYYYNb……」，其中「Y」表示三個連續核苷酸上三個一致修飾之基元的修飾，且「Na」及「Nb」表示靠著基元「YYY」之核苷酸的不同於Y之修飾的修飾，且其中Na及Nb可為相同或不同修飾。可替代地，當存在翼修飾時，Na及/或Nb可存在或不存在。
在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸可由式(I)表示： 5' np -Na -(X X X )i-Nb -Y Y Y -Nb -(Z Z Z )r Na -nq 3' (I) 其中： i及j各獨立地為0或1； p及q各獨立地為0-6； 各Na 獨立地表示包含至少兩個經不同修飾之核苷的0-25個連接核苷； 各Nb 獨立地表示0-10個連接核苷； 各np 及nq 獨立地表示懸垂核苷； 其中Nb 及Y不具有相同修飾；且 XXX、YYY及ZZZ各獨立地表示經修飾之核苷，其中各X核苷具有相同修飾；各Y核苷具有相同修飾；且各Z核苷具有相同修飾。在某些實施例中，各Y包含2'-F修飾。
在某些實施例中，Na 及Nb 包含交替模式之修飾。
在某些實施例中，YYY基元出現在標靶核酸之裂解位點上或附近。舉例而言，當RNAi化合物具有長度為17-23個核苷酸之雙鏈體區時，YYY基元可出現在有義RNAi寡核苷酸之裂解位點上或附近(例如可出現在位置6、7、8；7、8、9；8、9、10；9、10、11；10、11、12；或11、12、13)，計數自5'-末端之第一核苷酸開始；或視情況計數在雙鏈體區內5'-末端之第一配對核苷酸開始。
在某些實施例中，RNAi之反義RNAi寡核苷酸可由下式表示： 5' nq -Na '-(Z'Z'Z')k -Nb '-Y'Y'Y'-Nb '-(X'X'X')l -N'a -np 3' (II) 其中： k及l各獨立地為0或1； p'及q'各獨立地為0-6； 各Na '獨立地表示包含至少兩個經不同修飾之核苷酸的0-25個連接核苷酸； 各Nb '獨立地表示0-10個連接核苷酸； 各np '及nq '獨立地表示懸垂核苷； 其中Nb '及Y'不具有相同修飾；且 X'X'X'、Y'Y'Y'及Z'Z'Z'各獨立地表示經修飾之核苷，其中各X'核苷具有相同修飾；各Y'核苷具有相同修飾；且各Z'核苷具有相同修飾。在某些實施例中，各Y'包含2'-F修飾。在某些實施例中，各Y'包含2'-OMe修飾。
在某些實施例中，Na '及/或Nb '包含交替模式之修飾。
在某些實施例中，Y'Y'Y'基元出現在標靶核酸之裂解位點上或附近。舉例而言，當RNAi化合物具有長度為17-23個核苷酸之雙鏈體區時，Y'Y'Y'基元可出現在反義RNAi寡核苷酸之位置9、10、11；10、11、12；11、12、13；12、13、14；或13、14、15，其中計數自5'-末端之第一核苷酸開始；或視情況計數在雙鏈體區內5'-末端之第一配對核苷酸開始。較佳地，Y'Y'Y'基元出現在位置11、12、13。
在某些實施例中，k為1且l為0，或k為0且l為1，或k與l均為1。
因此，反義RNAi寡核苷酸可由下式表示： 5' nq '-Na '-Z'Z'Z'-Nb '-Y'Y'Y'-Na '-np ' 3' (IIb)； 5' nq '-Na '-Y'Y'Y'-Nb '-X' X'X'- np ' 3' (IIc)；或 5' nq '-Na '- Z'Z'Z'-Nb '-Y'Y'Y'-Nb '- X'X'X'-Na '-np ' 3' (IId)。
當反義RNAi寡核苷酸由式IIb表示時，Nb '表示0-10個、0-7個、0-5個、0-4個、0-2個或0個連接核苷。各Na '獨立地表示2-20個、2-15個或2-10個連接核苷。
當反義RNAi寡核苷酸由式IIc表示時，Nb '表示0-10個、0-7個、0-5個、0-4個、0-2個或0個連接核苷。各Na '獨立地表示2-20個、2-15個或2-10個連接核苷。
當反義RNAi寡核苷酸由式IId表示時，Nb '表示0-10個、0-7個、0-5個、0-4個、0-2個或0個連接核苷。各Na '獨立地表示2-20個、2-15個或2-10個連接核苷。較佳地，Nb'為0、1、2、3、4、5或6。
在某些實施例中，k為0且l為0，且反義RNAi寡核苷酸可由下式表示： 5' np '-Na'-Y'Y'Y'-Na '-nq ' 3' (Ia)。
當反義RNAi寡核苷酸由式IIa表示時，各Na '獨立地表示2-20個、2-15個或2-10個連接核苷。
各X'、Y'及Z'可彼此相同或不同。
有義RNAi寡核苷酸及反義RNAi寡核苷酸之各核苷酸可獨立地用LNA、UNA、cEt、HNA、CeNA、2'-甲氧基乙基、2'-O-甲基、2'-O-烯丙基、2'-C-烯丙基、2'-羥基或2'-氟修飾。舉例而言，有義RNAi寡核苷酸及反義RNAi寡核苷酸之各核苷酸獨立地用2'-O-甲基或2'-氟修飾。各X、Y、Z、X'、Y'及Z'尤其可表示2'-O-甲基修飾或2'-氟修飾。在某些實施例中，修飾為2'-NMA修飾。
在某些實施例中，當雙鏈體區為21個核苷酸時，RNAi化合物之有義RNAi寡核苷酸可含有在RNAi寡核苷酸之位置9、10及11出現之YYY基元，計數自5'-末端之第一核苷酸開始，或視情況，計數自雙鏈體區內5'-末端之第一配對核苷酸開始；且Y表示2'-F修飾。有義RNAi寡核苷酸可另外在雙鏈體區之相反末端含有XXX基元或ZZZ基元作為翼修飾；且XXX及ZZZ各獨立地表示2'-O-甲基修飾或2'-氟修飾。
在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸可含有在RNAi寡核苷酸之位置11、12、13出現之Y'Y'Y'基元，計數自5'-末端之第一核苷酸開始，或視情況，計數在雙鏈體區內5'-末端之第一配對核苷酸開始；且Y'表示2'-O-甲基修飾。反義RNAi寡核苷酸可另外在雙鏈體區之相反末端含有X'X'X'基元或Z'Z'Z'基元作為翼修飾；且X'X'X'及Z'Z'Z'各獨立地表示2'-O-甲基修飾或2'-氟修飾。
由以上式Ia、Ib、Ic及Id中之任一者表示的有義RNAi寡核苷酸與分別由式IIa、IIb、IIc及IId中之任一者表示之反義RNAi寡核苷酸形成雙鏈體。
因此，本文所述之RNAi化合物可包含有義RNAi寡核苷酸及反義RNAi寡核苷酸，各RNAi寡核苷酸具有14至30個核苷酸，RNAi雙鏈體由式(III)表示： 有義： 5' np -Na -(XXX)i -Nb -YYY-Nb -(ZZZ)j -Na -nq 3' 反義： 3' np '-Na '-(X'X'X')k -Nb '-Y'Y'Y'-Nb '-(Z'Z'Z')l -Na '-nq ' 5' 其中： i、j、k及l各獨立地為0或1； p、p'、q及q'各獨立地為0-6； 各Na 及Na '獨立地表示0-25個連接核苷，各序列包含至少兩個經不同修飾之核苷酸； 各Nb 及Nb '獨立地表示0-10個連接核苷； 其中各可存在或不存在之np '、np 、nq '及nq 各獨立地表示懸垂核苷酸；且 XXX、YYY、X'X'X'、Y'Y'Y'及Z'Z'Z'各獨立地表示三個連續核苷酸上三個一致修飾之一個基元。
在某些實施例中，i為0且j為0；或i為1且j為0；或i為0且j為1；或i與j均為0；或i與j均為1。在另一實施例中，k為0且l為0；或k為1且l為0，或k為0且l為1；或k與l均為0；或k與l均為1。
形成RNAi雙鏈體之有義RNAi寡核苷酸及反義RNAi寡核苷酸之例示性組合包括下式： 5' np - Na -Y Y Y -Na -nq 3' 3' np'-Na '-Y'Y'Y' -Na 'nq ' 5' (IIIa) 5' np -Na -Y Y Y -Nb -Z Z Z -Na -nq 3' 3' np '-Na '-Y'Y'Y'-Nb'-Z'Z'Z'-Na 'nq ' 5' (IIIb) 5' np-Na - X X X -Nb -Y Y Y - Na -nq 3' 3' np'-Na '-X'X'X'-Nb '-Y'Y'Y'-Na '-nq ' 5' (IIIc) 5' np -Na -X X X -Nb -Y Y Y -Nb - Z Z Z -Na -nq 3' 3' np' -Na ' -X'X'X'-Nb ' -Y'Y'Y'-Nb ' -Z'Z'Z'-Na -nq ' 5' (Illd) 當RNAi化合物用式IIIa表示時，各Na 獨立地表示2-20個、2-15個或2-10個連接核苷。
當RNAi化合物用式IIIb表示時，各Nb 獨立地表示1-10個、1-7個、1-5個或1-4個連接核苷。各Na 獨立地表示2-20個、2-15個或2-10個連接核苷。
當RNAi化合物用式IIIc表示時，各Nb 、Nb '獨立地表示0-10個、0-7個、0-10個、0-7個、0-5個、0-4個、0-2個或0個連接核苷。各Na 獨立地表示2-20個、2-15個或2-10個連接核苷。
當RNAi化合物用式IIId表示時，各Nb 、Nb '獨立地表示0-10個、0-7個、0-10個、0-7個、0-5個、0-4個、0-2個或0個連接核苷。各Na 、Na '獨立地表示2-20個、2-15個或2-10個連接核苷。各Na 、Na '、Nb 、Nb '獨立地包含交替模式之修飾。
式III、IIIa、IIIb、IIIc及IIId中之X、Y及Z各可彼此相同或不同。
當RNAi化合物由式III、IIIa、IIIb、IIIc及/或IIId表示時，Y核苷酸中之至少一個可與Y'核苷酸中之一個形成鹼基對。可替代地，Y核苷酸中之至少兩個可與對應Y'核苷酸形成鹼基對；或Y核苷酸中之全部三個可與對應Y'核苷酸形成鹼基對。
當RNAi化合物由式IIIb或IIId表示時，Z核苷酸中之至少一個可與Z'核苷酸中之一個形成鹼基對。可替代地，Z核苷酸中之至少兩個可與對應Z'核苷酸形成鹼基對；或Z核苷酸中之全部三個可與對應Z'核苷酸形成鹼基對。
當RNAi化合物由式IIIc或IIId表示時，X核苷酸中之至少一個可與X'核苷酸中之一個形成鹼基對。可替代地，X核苷酸中之至少兩個可與對應X'核苷酸形成鹼基對；或X核苷酸中之全部三個可與對應X'核苷酸形成鹼基對。
在某些實施例中，Y核苷酸之修飾不同於Y'核苷酸上之修飾，Z核苷酸上之修飾不同於Z'核苷酸上之修飾，及/或X核苷酸上之修飾不同於X'核苷酸上之修飾。
在某些實施例中，當RNAi化合物由式IIId表示時，Na 修飾為2'-O-甲基或2'-氟修飾。在另一實施例中，當RNAi化合物由式IIId表示時，Na 修飾為2'-O-甲基或2'-氟修飾，且np '＞0，且至少一個np '經由硫代磷酸酯鍵連接於相鄰核苷酸。在其他實施例中，當RNAi化合物由式IIId表示時，Na 修飾為2'-O-甲基或2'-氟修飾，np '＞0，且至少一個np '經由硫代磷酸酯鍵連接於相鄰核苷酸，且有義RNAi寡核苷酸結合於一或多個經由二價或三價分支連接子附接之靶向細胞之基團。在某些實施例中，當RNAi化合物由式IIId表示時，Na 修飾為2'-O-甲基或2'-氟修飾，np '＞0，且至少一個np '經由硫代磷酸酯鍵連接於相鄰核苷酸，有義RNAi寡核苷酸包含至少一個硫代磷酸酯鍵且有義RNAi寡核苷酸結合於一或多個經由二價或三價分支連接子附接之靶向細胞之基團。
在某些實施例中，當RNAi化合物由式IIIa表示時，Na 修飾為2'-O-甲基或2'-氟修飾，且np'＞0，且至少一個np '經由硫代磷酸酯鍵連接於相鄰核苷酸，有義RNAi寡核苷酸包含至少一個硫代磷酸酯鍵且有義RNAi寡核苷酸結合於一或多個經由二價或三價分支連接子附接之靶向細胞之基團。
在某些實施例中，修飾為2'-NMA修飾。
在某些實施例中，反義股可包含附接於最5'-核苷之5'位的穩定化之磷酸酯基。在某些實施例中，穩定化之磷酸酯基包含(E)- 膦酸乙烯酯。在某些實施例中，穩定化之磷酸酯基包含膦酸環丙酯。
在某些實施例中，反義股可包含種子配對失穩修飾。在某些實施例中，種子配對失穩修飾位於位置6處(自5'末端計數)。在某些實施例中，種子配對失穩修飾位於位置7處(自5'末端計數)。在某些實施例中，種子配對失穩修飾為GNA糖替代物。在某些實施例中，種子配對失穩修飾為(S )-GNA。在某些實施例中，種子配對失穩修飾為UNA。在某些實施例中，種子配對失穩修飾為嗎啉基。
在某些實施例中，有義股可包含附接於最5'-核苷之反向無鹼基糖部分。在某些實施例中，有義股可包含附接於最3'-核苷之反向無鹼基糖部分。在某些實施例中，有義股可包含附接於最5'-核苷及最3'-核苷兩者之反向無鹼基糖部分。
在某些實施例中，有義股可包含附接於位置6之結合物(自5'末端計數)。在某些實施例中，結合物附接於核苷之2'位處。在某些實施例中，結合物為C16 脂質結合物。在某些實施例中，在有義股之位置6處之經修飾之核苷具有2'-O-十六烷基修飾之糖部分。IV. 反義活性
在某些實施例中，寡聚化合物及寡聚雙鏈體能夠與標靶核酸雜交，產生至少一種反義活性；此類寡聚化合物及寡聚雙鏈體為反義化合物。在某些實施例中，當在標準細胞分析中反義化合物降低或抑制標靶核酸之量或活性達25%或更多時其具有反義活性。在某些實施例中，反義化合物選擇性地影響一或多種標靶核酸。此類反義化合物包含與一或多種標靶核酸雜交，產生一或多種所需反義活性，且不與一或多種非標靶核酸雜交或不以產生顯著非所需之反義活性的方式與一或多種非標靶核酸雜交的核鹼基序列。
在某些反義活性中，反義化合物與標靶核酸之雜交募集使標靶核酸裂解之蛋白質。舉例而言，某些反義化合物引起RNA酶H介導之標靶核酸裂解。RNA酶H為使RNA:DNA雙鏈體之RNA鏈裂解之細胞核酸內切酶。此類RNA:DNA雙鏈體中之DNA無需為未經修飾之DNA。在某些實施例中，本文需要足夠「DNA樣」而引起RNA酶H活性之反義化合物。在某些實施例中，容許缺口聚物之缺口中一或多個非DNA樣核苷。
在某些反義活性中，反義化合物或反義化合物之一部分負載至RNA誘導沉默複合物(RISC)中，最終引起標靶核酸裂解。舉例而言，某些反義化合物引起標靶核酸由Argonaute裂解。負載至RISC中之反義化合物為RNAi化合物。RNAi化合物可為雙股(siRNA或dsRNAi)或單股(ssRNA)。
在某些實施例中，反義化合物與標靶核酸之雜交不募集使標靶核酸裂解之蛋白質。在某些實施例中，反義化合物與標靶核酸之雜交改變標靶核酸之剪接。在某些實施例中，反義化合物與標靶核酸之雜交抑制標靶核酸與蛋白質或其他核酸之間的結合相互作用。在某些實施例中，反義化合物與標靶核酸之雜交改變標靶核酸之轉譯。
可直接或間接觀察反義活性。在某些實施例中，反義活性之觀察或偵測涉及對標靶核酸或由此類標靶核酸編碼之蛋白質之量的變化、核酸或蛋白質之剪接變異體之比率的變化及/或細胞或動物之表型變化的觀察或偵測。V. 某些標靶核酸
在某些實施例中，寡聚化合物包含含有與標靶核酸互補之區域的寡核苷酸或由其組成。在某些實施例中，標靶核酸為內源性RNA分子。在某些實施例中，標靶核酸編碼蛋白質。在某些此類實施例中，標靶核酸係選自：成熟mRNA及前mRNA，包括內含子、外顯子及未轉譯區域。在某些實施例中，標靶RNA為成熟mRNA。在某些實施例中，標靶核酸為前mRNA。在某些實施例中，標靶區域完全在內含子內。在某些實施例中，標靶區域跨越內含子/外顯子接合處。在某些實施例中，標靶區域至少50%在內含子內。在某些實施例中，標靶核酸為逆基因之RNA轉錄產物。在某些實施例中，標靶核酸為非編碼RNA。在某些實施例中，標靶非編碼RNA係選自：長的非編碼RNA、短的非編碼RNA、內含子RNA分子。 A.與標靶核酸之互補性 / 錯配及雙鏈體互補性
在某些實施例中，在寡核苷酸整個長度上寡核苷酸與標靶核酸互補。在某些實施例中，寡核苷酸與標靶核酸99%、95%、90%、85%或80%互補。在某些實施例中，在寡核苷酸整個長度上寡核苷酸與標靶核酸至少80%互補，且包含與標靶核酸100%或完全互補之區域。在某些實施例中，完全互補區為6至20個、10至18個或18至20個核鹼基長。缺口聚物寡核苷酸
可在不消除活性下引入錯配鹼基。舉例而言，Gautschi等人(J. Natl. Cancer Inst. 93:463-471, 2001年3月)證明與bcl-2 mRNA 100%互補且與bcl-xL mRNA有3個錯配之寡核苷酸在活體外及活體內減少bcl-2及bcl-xL兩者之表現的能力。此外，此寡核苷酸證明在活體內有效之抗腫瘤活性。Maher及Dolnick (Nuc. Acid. Res. 16:3341-3358, 1988)在兔網狀紅血球分析中分別測試一系列串聯14核鹼基寡核苷酸及由兩個或三個串聯寡核苷酸之序列構成之28及42核鹼基寡核苷酸抑制人類DHFR轉譯之能力。三個14核鹼基寡核苷酸中之每一者單獨情況下能夠抑制轉譯，不過水準比28或42核鹼基寡核苷酸更低。
在某些實施例中，寡核苷酸包含一或多個相對於標靶核酸錯配之核鹼基。在某些實施例中，此類錯配降低針對標靶之反義活性，但針對非標靶之活性降低的量更大。因此，在某些實施例中，提高寡核苷酸之選擇性。在某些實施例中，錯配特定位於具有缺口聚物基元之寡核苷酸內。在某些實施例中，錯配在自缺口區域之5'-末端之位置1、2、3、4、5、6、7或8。在某些實施例中，錯配在自缺口區域之3'-末端之位置9、8、7、6、5、4、3、2、1。在某些實施例中，錯配在自翼區域之5'-末端之位置1、2、3或4。在某些實施例中，錯配在自翼區域之3'-末端之位置4、3、2或1。反義 RNAi 寡核苷酸
在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸包含相對於標靶核酸之一或多個錯配核鹼基。在某些實施例中，針對標靶之RNAi活性因此類錯配而減少，但針對非標靶之活性減少的量更大。因此，在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸之選擇性得到提高。
在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸包含與標靶核酸互補之標靶區域。在某些實施例中，標靶區域包含至少8個、至少9個、至少10個、至少11個、至少12個、至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20個、至少21個、至少22個、至少23個、至少25個或至少25個相連核苷酸或由其組成。在某些實施例中，標靶區域佔反義RNAi寡核苷酸之核苷的70%、80%、85%、90%、95%。在某些實施例中，標靶區域佔反義RNAi寡核苷酸之核苷的全部。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸之標靶區域與標靶核酸至少99%、95%、90%、85%或80%互補。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸之標靶區域與標靶核酸100%互補。有義 RNAi 寡核苷酸
在某些實施例中，RNAi化合物包含有義RNAi寡核苷酸。在此類實施例中，有義RNAi寡核苷酸包含與反義RNAi寡核苷酸互補之反義雜交區。在某些實施例中，反義雜交區包含至少8個、至少9個、至少10個、至少11個、至少12個、至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20個、至少21個、至少22個、至少23個、至少25個或至少25個相連核苷酸或由其組成。在某些實施例中，反義雜交區佔有義RNAi寡核苷酸之核苷的70%、80%、85%、90%、95%。在某些實施例中，反義雜交區佔有義RNAi寡核苷酸之核苷的全部。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸之反義雜交區與反義RNAi寡核苷酸至少99%、95%、90%、85%或80%互補。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸之反義雜交區與反義RNAi寡核苷酸100%互補。
有義RNAi寡核苷酸之雜交區與反義RNAi寡核苷酸雜交，形成雙鏈體區。在某些實施例中，此類雙鏈體區由7對雜交核苷(各對中之一個在反義RNAi寡核苷酸上且各對中之另一個在有義RNAi寡核苷酸上)組成。在某些實施例中，雙鏈體區包含至少8個、至少9個、至少10個、至少11個、至少12個、至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20個、至少21個、至少22個、至少23個、至少25個或至少25個雜交對。在某些實施例中，在雙鏈體區中反義RNAi寡核苷酸之各核苷配對(亦即反義RNAi寡核苷酸無懸垂核苷)。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸在3'-末端及/或5'末端包括未配對核苷(懸垂核苷)。在某些實施例中，在雙鏈體區中有義RNAi寡核苷酸之各核苷配對(亦即有義RNAi寡核苷酸無懸垂核苷)。在某些實施例中，有義RNAi寡核苷酸在3'-末端及/或5'末端包括未配對核苷(懸垂核苷)。在某些實施例中，由反義RNAi寡核苷酸及有義RNAi寡核苷酸形成之雙鏈體不在一或兩個末端包括任何懸垂物。無懸垂物之此類末端稱為鈍端。在反義RNAi寡核苷酸具有懸垂核苷之某些實施例中，彼等懸垂核苷中之一或多個與標靶核酸互補。在反義RNAi寡核苷酸具有懸垂核苷之某些實施例中，彼等懸垂核苷中之一或多個不與標靶核酸互補。B. APP
在某些實施例中，寡聚化合物包含含有與標靶核酸互補之區域的寡核苷酸或由其組成，其中標靶核酸為APP。在某些實施例中，APP核酸具有SEQ ID NO: 1中所示之序列(Ensembl轉錄產物ENST00000346798.7之cDNA)或SEQ ID NO: 2之互補序列(自核苷酸25878001至26174000截短之GENBANK登記號NC_000021.9)。在某些實施例中，APP核酸具有APP之已知剪接變異體中之任一者中所示的序列，包括但不限於SEQ ID NO: 3 (Ensembl轉錄產物ENST00000357903.7之cDNA)、SEQ ID NO: 4 (Ensembl轉錄產物ENST00000348990.9之cDNA)、SEQ ID NO: 5 (Ensembl轉錄產物ENST00000440126.7之cDNA)、SEQ ID NO: 6 (Ensembl轉錄產物ENST00000354192.7之cDNA)及/或SEQ ID NO: 7 (Ensembl轉錄產物ENST00000358918.7之cDNA)。在某些實施例中，細胞接觸與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6或SEQ ID NO: 7互補之寡聚化合物可減少APP RNA之量，且在某些實施例中，減少APP蛋白之量。在某些實施例中，寡聚化合物由經修飾之寡核苷酸組成。在某些實施例中，細胞接觸與SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO: 2、SEQ ID NO: 3、SEQ ID NO: 4、SEQ ID NO: 5、SEQ ID NO: 6或SEQ ID NO: 7互補之寡聚化合物可減少β-澱粉樣蛋白之聚集。在某些實施例中，寡聚化合物由經修飾之寡核苷酸組成。在某些實施例中，寡聚化合物由經修飾之寡核苷酸及結合基團組成。C. 某些組織中之某些標靶核酸
在某些實施例中，寡聚化合物包含含有與標靶核酸互補之區域的寡核苷酸或由其組成，其中標靶核酸在藥理學相關組織中表現。在某些實施例中，藥理學相關組織為構成中樞神經系統之細胞及組織。此類組織包括皮質、脊髓及海馬體。VI. 某些醫藥組合物
在某些實施例中，本文描述包含一或多種寡聚化合物之醫藥組合物。在某些實施例中，該一或多種寡聚化合物各由經修飾之寡核苷酸組成。在某些實施例中，醫藥組合物包含醫藥學上可接受之稀釋劑或載劑。在某些實施例中，醫藥組合物包含無菌鹽水溶液及一或多種寡聚化合物或由其組成。在某些實施例中，無菌鹽水為醫藥級鹽水。在某些實施例中，醫藥組合物包含一或多種寡聚化合物及無菌水或由其組成。在某些實施例中，無菌水為醫藥級水。在某些實施例中，醫藥組合物包含一或多種寡聚化合物及磷酸鹽緩衝鹽水(PBS)或由其組成。在某些實施例中，無菌PBS為醫藥級PBS。在某些實施例中，醫藥組合物包含一或多種寡聚化合物及人工腦脊髓液或由其組成。在某些實施例中，人工腦脊髓液為醫藥級。
在某些實施例中，醫藥組合物包含經修飾之寡核苷酸及人工腦脊髓液。在某些實施例中，醫藥組合物由經修飾之寡核苷酸及人工腦脊髓液組成。在某些實施例中，醫藥組合物基本上由經修飾之寡核苷酸及人工腦脊髓液組成。在某些實施例中，人工腦脊髓液為醫藥級。
在某些實施例中，醫藥組合物包含一或多種寡聚化合物及一或多種賦形劑。在某些實施例中，賦形劑係選自水、鹽溶液、醇、聚乙二醇、明膠、乳糖、澱粉酶、硬脂酸鎂、滑石、矽酸、黏性石蠟、羥甲基纖維素及聚乙烯吡咯啶酮。
在某些實施例中，寡聚化合物可與醫藥學上可接受之活性及/或惰性物質混合以製備醫藥組合物或調配物。用於調配醫藥組合物之組合物及方法視許多標準而定，包括(但不限於)投藥途徑、疾病程度或待投與劑量。
在某些實施例中，包含寡聚化合物之醫藥組合物涵蓋寡聚化合物之任何醫藥學上可接受之鹽、寡聚化合物之酯或此類酯之鹽。在某些實施例中，包含含有一或多種寡核苷酸之寡聚化合物的醫藥組合物在投與包括人類之動物後能夠提供(直接或間接)生物學上活性代謝物或其殘餘物。因此，舉例而言，本發明亦關於寡聚化合物之醫藥學上可接受之鹽、前藥、此類前藥之醫藥學上可接受之鹽及其他生物同等物。合適醫藥學上可接受之鹽包括(但不限於)鈉鹽及鉀鹽。在某些實施例中，前藥包含一或多個附接於寡核苷酸之結合基團，其中該結合基團在體內由內源核酸酶裂解。
脂質部分已用於多種方法中之核酸療法中。在某些此類方法中，核酸，諸如寡聚化合物，引入預先形成之脂質體或由陽離子脂質及中性脂質之混合物製成的脂質複合物中。在某些方法中，在不存在中性脂質下形成DNA與單陽離子或聚陽離子脂質之複合物。在某些實施例中，脂質部分經選擇以增加醫藥劑至特定細胞或組織之分佈。在某些實施例中，脂質部分經選擇以增加醫藥劑至脂肪組織之分佈。在某些實施例中，脂質部分經選擇以增加醫藥劑至肌肉組織之分佈。
在某些實施例中，醫藥組合物包含遞送系統。遞送系統之實例包括(但不限於)脂質體及乳液。某些遞送系統可用於製備某些醫藥組合物，包括包含疏水化合物之醫藥組合物。在某些實施例中，使用某些有機溶劑，諸如二甲亞碸。
在某些實施例中，醫藥組合物包含一或多種經設計以遞送本發明之一或多種醫藥劑至特定組織或細胞類型之組織特異性遞送分子。舉例而言，在某些實施例中，醫藥組合物包括塗有組織特異性抗體之脂質體。
在某些實施例中，醫藥組合物包含共溶劑系統。某些此類共溶劑系統包含例如苯甲醇、非極性界面活性劑、水可混溶性有機聚合物及水相。在某些實施例中，此類共溶劑系統用於疏水性化合物。此類共溶劑系統之一非限制性實例為VPD共溶劑系統，其為包含3% w/v苯甲醇、8% w/v非極性界面活性劑Polysorbate 80™及65% w/v聚乙二醇300之無水乙醇溶液。在不顯著地改變溶解性及毒性特徵下可顯著地改變此類共溶劑系統之比例。此外，共溶劑組分之特性可變化：舉例而言，可使用其他界面活性劑代替Polysorbate 80™；聚乙二醇之分級尺寸可變化；其他生物相容性聚合物可替換聚乙二醇，例如聚乙烯吡咯啶酮；且其他糖或多醣可代替右旋糖。
在某些實施例中，醫藥組合物經製備用於經口投與。在某些實施例中，醫藥組合物經製備用於經頰投與。在某些實施例中，醫藥組合物經製備用於藉由注射投與(例如靜脈內、皮下、肌肉內、鞘內(IT)、腦室內(ICV)等)。在某些此類實施例中，醫藥組合物包含載劑且在水性溶液，諸如水或生理學相容之緩衝液，諸如漢克氏溶液(Hanks's solution)、林格氏(Ringer's solution)或生理鹽水緩衝液中調配。在某些實施例中，包括其他成分(例如幫助溶解或用作防腐劑之成分)。在某些實施例中，可注射懸浮液使用適當液體載劑、懸浮劑及其類似物製備。用於注射之某些醫藥組合物呈單位劑型呈現，例如呈安瓿或呈多劑量容器。用於注射之某些醫藥組合物為於油性或水性媒劑中之懸浮液、溶液或乳液，且可含有諸如懸浮劑、穩定劑及/或分散劑之調配劑。適用於注射用醫藥組合物之某些溶劑包括(但不限於)親脂性溶劑及脂油，諸如芝麻油、合成脂肪酸酯(諸如油酸乙酯或甘油三酯)及脂質體。
在某些條件下，本文揭示之某些化合物充當酸。雖然此類化合物可繪製或描述成質子化(游離酸)形式，或電離且與陽離子(鹽)形式締合，但此類化合物之水溶液呈此類形式之平衡存在。舉例而言，水溶液中寡核苷酸之磷酸酯鍵呈游離酸、陰離子及鹽形式之平衡存在。除非另外指示，否則本文所述之化合物意欲包括所有此類形式。此外，某些寡核苷酸具有若干此類鍵，各鍵均處於平衡中。因此，溶液中之寡核苷酸呈在多個位置均處於平衡中之形式集合存在。術語「寡核苷酸」意欲包括所有此類形式。所繪結構必定描繪單一形式。然而，除非另外指示，否則此類圖式同樣意欲包括對應形式。本文中，描繪化合物之游離酸且後面為術語「或其鹽」的結構明確地包括可完全或部分質子化/去質子化/與陽離子締合的所有此類形式。在某些情況下，鑑別一或多種特定陽離子。
在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸或寡聚化合物於具有鈉之水溶液中。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸或寡聚化合物於具有鉀之水溶液中。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸或寡聚化合物於PBS中。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸或寡聚化合物於水中。在某些此類實施例中，溶液之pH值用NaOH及/或HCl調整以實現所需pH值。
本文中，描述某些特定劑量。劑量可呈劑量單元形式。為清楚起見，以毫克為單位的經修飾之寡核苷酸或寡聚化合物之劑量(或劑量單元)指示經修飾之寡核苷酸或寡聚化合物之游離酸形式的質量。如上所述，在水溶液中，游離酸與陰離子及鹽形式相平衡。然而，為計算劑量，假定經修飾之寡核苷酸或寡聚化合物呈無溶劑、無乙酸鈉、無水之游離酸形式存在。舉例而言，在經修飾之寡核苷酸或寡聚化合物處於包含鈉之溶液(例如鹽水)中的情況下，經修飾之寡核苷酸或寡聚化合物可部分或完全去質子化且與Na+離子締合。然而，質子之質量相對於劑量之重量計數，且Na+離子之質量不相對於劑量之重量計數。因此，舉例而言，10 mg之劑量或劑量單元之大量完全質子化分子重量為10 mg。此將等於10.58 mg無溶劑、無乙酸鈉、無水之鈉化化合物編號699467或10.65 mg無溶劑、無乙酸鈉、無水之鈉化化合物編號1381709。當寡聚化合物包含結合基團時，在計算此類寡聚化合物之劑量時包括結合基團之質量。若結合基團亦具有酸，則為計算劑量，同樣假定結合基團完全質子化。VII. 某些熱點區域 1. SEQ ID NO: 3 之核鹼基 3192-9277
在某些實施例中，SEQ ID NO: 3之核鹼基3192-3277包含熱點區域。在某些實施例中，寡聚化合物或寡聚雙鏈體包含在SEQ ID NO: 3之核鹼基3192-3277內互補的經修飾之寡核苷酸。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸長度為23個核鹼基。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸為反義RNAi寡核苷酸。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸具有mfmfmfmfmfmfmfmfmfmfmmm之糖基元(自5'至3')：其中「m」表示2'-O甲基核糖基糖，且「f」表示2'-氟核糖基糖；及ssooooooooooooooooooss之鍵基元(自5'至3')；其中『o』表示磷酸二酯核苷間鍵且『s』表示硫代磷酸酯核苷間鍵。
SEQ ID No: 821-824之核鹼基序列在SEQ ID NO: 3之核鹼基3192-3277內互補。
RNAi化合物1382120、1382123、1382124及1382128包含在SEQ ID NO: 3之核鹼基3192-3277內互補之反義RNAi寡核苷酸。
在某些實施例中，在標準細胞分析中在SEQ ID NO: 3之核鹼基5635-5677內互補的經修飾之寡核苷酸在活體外實現APP RNA至少92%減少。在某些實施例中，在標準細胞分析中在SEQ ID NO: 3之核鹼基5635-5677內互補的經修飾之寡核苷酸在活體外實現APP RNA平均94%減少。2. 額外熱點區域
在某些實施例中，下表中所述之範圍包含熱點區域。各熱點區域以「起始位點SEQ ID NO: 1」列中確定之SEQ ID NO: 1之核鹼基開始，且以「終止位點SEQ ID NO:1」列中確定之SEQ ID NO: 1之核鹼基結束。在某些實施例中，寡聚化合物或寡聚雙鏈體包含在熱點區域1-47中之任一者內互補的經修飾之寡核苷酸，如下表中定義。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸長度為18個核鹼基。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸長度為20個核鹼基。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸長度為23個核鹼基。在某些實施例中，基於RNA酶H之反義寡核苷酸及基於RISC之RNAi寡聚雙鏈體在給定熱點區域內具有活性，如下表中所指示。
在某些實施例中，寡聚化合物包含作為缺口聚物之經修飾之寡核苷酸。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸具有糖基元eeeeeddddddddkkeee，其中各「e」為包含2'-MOE糖部分之核苷，各「k」為包含cEt糖部分之核苷，且各「d」為包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分之核苷。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸具有糖基元eeeeeddddddddkeeee，其中各「e」為包含2'-MOE糖部分之核苷，各「k」為包含cEt糖部分之核苷，且各「d」為包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分之核苷。在某些實施例中，經修飾之寡核苷酸為5-10-5 MOE缺口聚物。
在某些實施例中，寡聚雙鏈體包含反義RNAi寡核苷酸及有義RNAi寡核苷酸，其中反義RNAi寡核苷酸在給定熱點區域內互補。在某些實施例中，反義RNAi寡核苷酸長度為23個核苷；具有mfmfmfmfmfmfmfmfmfmfmmm之糖基元(自5'至3')；其中「m」表示2'-O甲基核糖基糖，且「f」表示2'-氟核糖基糖；及ssooooooooooooooooooss之鍵基元(自5'至3')；其中『o』表示磷酸二酯核苷間鍵且『s』表示硫代磷酸酯核苷間鍵。在各情況下有義RNAi寡核苷酸長度為21個核苷；具有fmfmfmfmfmfmfmfmfmfmf之糖基元(自5'至3')；其中「m」表示2'-O甲基核糖基糖，且「f」表示2'-氟核糖基糖；及ssooooooooooooooooss之鍵基元(自5'至3')；其中『o』表示磷酸二酯核苷間鍵且『s』表示硫代磷酸酯核苷間鍵。
在下表中「缺口聚物反義寡核苷酸」/「以下範圍內之化合物ID」列下所列出的缺口聚物反義寡核苷酸之核鹼基序列在指定熱點區域內與SEQ ID NO: 1互補。在下表中「缺口聚物反義寡核苷酸」/「以下範圍內之SEQ ID NO:」列下所列出的缺口聚物反義寡核苷酸之核鹼基序列在指定熱點區域內與標靶序列SEQ ID NO: 1互補。
與下表中「RNAi化合物」/「以下範圍內之RNAi化合物ID」列下所列出的RNAi化合物ID相對應的反義RNAi寡核苷酸之核鹼基序列在指定熱點區域內與SEQ ID NO: 1互補。在「RNAi化合物」/「以下範圍內之SEQ ID NO:」列下所列出的反義RNAi寡核苷酸之核鹼基序列在指定熱點區域內與標靶序列SEQ ID NO: 1互補。
在某些實施例中，在標準細胞分析中與熱點區域內之核鹼基互補的缺口聚物在活體外實現至少APP RNA「缺口聚物反義寡核苷酸」/「Min.% Red.」(最小減少%，相對於未經處理之對照細胞)，如下表中所指示。在某些實施例中，在標準細胞分析中與熱點區域內之核鹼基互補的經修飾之寡核苷酸在活體外實現平均APP RNA「缺口聚物反義寡核苷酸」/「Avg.% Red.」(平均減少%，相對於未經處理之對照細胞)，如下表中所指示。在某些實施例中，在標準細胞分析中與熱點區域內之核鹼基互補的經修飾之寡核苷酸在活體外實現APP RNA最大「缺口聚物反義寡核苷酸」/「Max.% Red.」(最大減少%，相對於未經處理之對照細胞)，如下表中所指示。
在某些實施例中，在標準細胞分析中具有與熱點區域內之核鹼基互補之反義RNAi寡核苷酸的RNAi寡聚雙鏈體在活體外實現APP RNA至少「RNAi化合物」/「Min.% Red. RNAi」(最小減少%，相對於未經處理之對照細胞)，如下表中所指示。在某些實施例中，在標準細胞分析中具有與熱點區域內之核鹼基互補之反義RNAi寡核苷酸的RNAi寡聚雙鏈體在活體外實現APP RNA平均「RNAi化合物」/「Avg.% Red.」(平均減少%，相對於未經處理之對照細胞)，如下表中所指示。在某些實施例中，在標準細胞分析中具有與熱點區域內之核鹼基互補之反義RNAi寡核苷酸的RNAi寡聚雙鏈體在活體外實現APP RNA最大「RNAi化合物」/「Max.% Red. RNAi」(最大減少%，相對於未經處理之對照細胞)，如下表中所指示。表 1a APP 熱點活性
熱點區域ID 起始位點SEQ ID NO: 1 終止位點SEQ ID NO: 1 缺口聚物反義寡核苷酸 RNAi化合物
Min. % Red. Max. % Red. Avg. % Red. Min. % Red. Max. % Red. Avg. % Red.
1 40 78 54 74 60 8 8 8
2 69 146 41 69 53 8 83 53
3 83 246 40 77 56 62 93 78
4 94 225 45 77 58 62 93 81
5 83 129 41 69 53 67 67 67
6 194 231 45 75 58 80 80 80
7 194 238 40 75 57 80 80 80
8 236 268 46 76 62 92 92 92
9 258 288 48 81 66 82 82 82
10 285 311 46 59 51 89 89 89
11 296 321 46 76 61 n/a n/a n/a
12 307 330 41 60 50 76 76 76
13 330 352 34 64 55 n/a n/a n/a
14 329 352 33 64 51 65 65 65
15 339 383 38 81 56 50 50 50
16 413 477 23 74 55 30 90 68
17 415 477 23 74 55 n/a n/a n/a
18 415 439 57 65 62 n/a n/a n/a
19 477 506 1 71 52 n/a n/a n/a
20 477 523 1 81 59 92 92 92
21 477 541 1 81 59 92 97 95
22 530 557 56 70 65 n/a n/a n/a
23 581 638 71 76 73 80 91 85
24 636 661 55 84 68 24 24 24
25 652 697 1 85 62 79 79 79
26 728 821 58 76 67 65 86 78
27 770 821 58 58 58 65 85 75
28 920 950 41 67 53 19 19 19
29 1006 1049 13 62 43 72 72 72
30 1152 1179 40 78 57 n/a n/a n/a
31 1227 1274 33 74 50 33 33 33
32 1227 1265 33 74 49 n/a n/a n/a
33 1268 1332 0 0 0 85 92 89
34 1268 1311 n/a n/a n/a 85 92 88
35 1289 1332 0 0 0 91 92 91
36 1518 1543 39 65 50 28 28 28
37 1531 1593 33 80 55 44 71 57
38 1544 1593 33 80 56 71 71 71
39 1634 1657 0 82 43 n/a n/a n/a
40 1778 1800 39 58 51 n/a n/a n/a
41 1882 1908 43 90 70 n/a n/a n/a
42 2051 2074 51 58 53 n/a n/a n/a
43 2360 3117 n/a n/a n/a 59 96 88
44 2402 3117 n/a n/a n/a 59 96 88
45 2360 2655 n/a n/a n/a 83 94 90
46 2402 2655 n/a n/a n/a 83 94 90
47 2675 3054 n/a n/a n/a 84 96 91
表 1b APP 熱點化合物及序列
熱點區域ID 起始位點SEQ ID NO: 1 終止位點SEQ ID NO: 1 缺口聚物反義寡核苷酸 RNAi化合物
以下範圍內之化合物ID 以下範圍內之SEQ ID NO: 以下範圍內之RNAi化合物ID 以下範圍內之SEQ ID NO: (反義序列)
1 40 78 828404-828407 22、241、315、391 1381712 668
2 69 146 828412-828421 23、24、95、96、170、171、243、317、392、393 1381733、1381734、1381740 674、675、678
3 83 246 828413-828429 12、23、24、95、96、97、170、171、172、243、244、245、317、318、319、393、394、395 1381733、1381735、1381736、1381740、1381755、1381771、1381773 674、676、677、678、682、686、688
4 94 225 828417-828424 24、96、171、244、317、318、393、394 1381733、1381735、1381736、1381740、1381755、1381771 674、676、677、678、682、686
5 83 129 828413-828420 23、24、95、96、170、243、317、 393 1381733 674
6 194 231 699467、828423-828426 12、97、172、318、394 1381771 686
7 194 238 699467、828423-828429 12、97、172、245、318、319、394、395 1381771 686
8 236 268 828434-828438 26、99、174、320、396 1381772 687
9 258 288 828440-828445 27、100、175、248、321、397 1381776 689
10 285 311 828447-828452 28、101、176、249、323、398 1381778 690
11 296 321 828454-828457 29、102、177、250 n/a n/a
12 307 330 699500、699501、699503、699505 13、88、163、386 1381789 692
13 330 352 699519、828458-828461 15、103、178、251、400 n/a n/a
14 329 352 699518、699519、828458-828461 15、103、178、251、313 400 1381790 693
15 339 383 828463-828467 30、104、179、252、401 1381798 697
16 413 477 828480-828491 33、34、107、108、182、183、255、256、327、328、404、405 1381817、1381818、1381825 702、703、704
17 415 477 828480-828491 33、34、107、108、182、183、255、256、327、328、404、405 1381817、1381825 702、704
18 415 439 828480-828482 33、327、404 n/a n/a
19 477 506 699533、699535、828497-828498、912249-912251、912292 16、257、330、388、475 ,502 n/a n/a
20 477 523 699533、699535、699537、699539、828497-828499、912249-912255、912292-912294 16、90、165、257、258、330、388、475-477、502-504 1381832 708
21 477 541 699533、699535、699537、699539、828497-828503、912249-912255、912292-912294 16、36、90、110、165、257、258、330、331、388、407、475-477、502-504 1381832、1381904 708、731
22 530 557 828507-828509 37、111、408 n/a n/a
23 581 638 828526、828527 40、114 1381918、1381923 736、738
24 636 661 828531-828535 41、115、190、264、412 1381935 743
25 652 697 828537-828547、912256-912272、912295-912297、912303-912306 42、43、116、117、191、192、265、266、338、413、414、478-487、505-507、513-516 1381953 748
26 728 821 828550-828551 44、118 1381982、1381988、1382012、1382030 759、760、767、773
27 770 821 828551 118 1382012、1382030 767、773
28 920 950 828769-878774 78、154、228、303、376、452 1382212 804
29 1006 1049 828790-828792 82、157、232 1382237、1382243 807、810
30 1152 1179 828565-828569 46、120、268、341、417 n/a n/a
31 1227 1274 699590、699592、699594、699596、699600、828577-828583 17、18、48、92、122、166、270、271、343、344、390、419 1381746 679
32 1227 1265 699590、699592、699594、699596、828577-828583 17、48、92、122、166、270、271、343、344、390、419 n/a n/a
33 1268 1332 828584 197 1381751、1381752、1381756 680、681、683
34 1268 1311 n/a n/a 1381751、1381752 680、681
35 1289 1332 828584 197 1381752、1381756 681、683
36 1518 1543 828598-828602 51、125、200、274、422 1381828 706
37 1531 1593 699631、828604-828617 19、52、53、126-128,201、202、275、276、349、350、423-425 1381835、1381840 709、710
38 1544 1593 699631、828605-828617 19、52、53、126-128,201、202、275、276、349、350、424、425 1381840 710
39 1634 1657 828641-828643、912285-912291、912298-912300 207、281、354、498-510 n/a n/a
40 1778 1800 828656-828658 60、135、432 n/a n/a
41 1882 1908 828674-828678 62、138、213、287、360 n/a n/a
42 2051 2074 828708-828710 68、144、441 n/a n/a
43 2360 3117 n/a n/a 1381981、1381994、1381995、1381998、1381999、1382004、1382006、1382019、1382020、1382025、1382033、1382034、1382039、1382051-1382054、1382059、1382063、1382069-1382071、1382075、1382078、1382080、1382087-1382090、1382103-1382107、1382116、1382119 758、761-766、769、770、772、774、775、777、779、780-794、795-801
44 2402 3117 n/a n/a 1381995、1381998、1381999、1382004、1382006、1382019、1382020、1382025、1382033、1382034、1382039、1382051-1382054、1382059、1382063、1382069-1382071、1382075、1382078、1382080、1382087-1382090、1382103-1382107、1382116、1382119 762-766、769、770、772、774、775、777、779、780-794、795-801
45 2360 2655 n/a n/a 1381981、1381994、1381995、1381998、1381999、1382004、1382006、1382019、1382020、1382025、1382033、1382034、1382039、1382051 758、761-766、769、770、772、774、775、777、779
46 2402 2655 n/a n/a 1381995、1381998、1381999、1382004、1382006、1382019、1382020、1382025、1382033、1382034、1382039、1382051 762-766、769、770、772、774、775、777、779
47 2675 3054 n/a n/a 1382052、1382054、1382059、1382063、1382069-1382071、1382075、1382078、1382080、1382087-1382090、1382103-1382105、1382116 780、782-794、795-797、800
非限制性揭示內容及以引用之方式併入
本文中列出之各文獻及專利公開案以引用之方式整體併入。
雖然本文所述之某些化合物、組合物及方法已根據某些實施例特定描述，但以下實例僅僅用於說明本文所述之化合物且不意欲限制其。本申請案中敍述之各參考文獻、GenBank寄存編號、ENSEMBL標識符及其類似物以引用之方式整體併入本文中。
雖然伴隨本申請之序列表根據需要將各序列確定為「RNA」或「DNA」，但實際上，彼等序列可藉由化學修飾之任何組合來修飾。所屬領域之技術人員容易瞭解諸如「RNA」或「DNA」之描述經修飾之寡核苷酸的名稱在某些情況下為任意的。舉例而言，包含含有2'-OH糖部分及胸腺嘧啶鹼基之核苷的寡核苷酸可稱作具有經修飾之糖(2'-OH代替DNA之2'-H)的DNA或稱作具有經修飾之鹼基(胸腺嘧啶(甲基化尿嘧啶)代替RNA之尿嘧啶)的RNA。因此，本文提供之核酸序列，包括(但不限於)序列表中之序列，意欲涵蓋含有天然或經修飾之RNA及/或DNA之任何組合的核酸，包括(但不限於)具有經修飾之核鹼基的此類核酸。藉助於其他實例且不受限制，具有核鹼基序列「ATCGATCG」之寡聚化合物涵蓋具有無論經修飾或未經修飾之此類核鹼基序列之任何寡聚化合物，包括(但不限於)包含RNA鹼基之此類化合物，諸如具有序列「AUCGAUCG」之化合物，及具有一些DNA鹼基及一些RNA鹼基，諸如「AUCGATCG」之化合物，及具有其他經修飾之核鹼基，諸如「ATm CGAUCG」之寡聚化合物，其中m C指示在5位包含甲基之胞嘧啶鹼基。
本文所述之某些化合物(例如經修飾之寡核苷酸)具有一或多個不對稱中心，因此產生對映異構體、非對映異構體及可根據絕對立體化學界定之其他立體異構組態，如(R )或(S )，如諸如糖變旋異構物之α或β，或如諸如胺基酸之(D)或(L)等等。描繪或描述為具有某些立體異構組態之本文提供之化合物僅包括所指示之化合物。除非另外指定，否則在立體化學未界定下描繪或描述之本文提供之化合物包括所有此類可能異構體，包括其立體結構無規的及光學純形式。同樣，除非另外指示，否則亦包括本文中化合物之互變異構形式。除非另外指示，否則本文所述之化合物意欲包括對應鹽形式。
本文所述之化合物包括其中一或多個原子經非放射性同位素或所指示元素之放射性同位素置換的變體。舉例而言，本文中包含氫原子之化合物涵蓋各1 H氫原子之所有可能氘取代。本文中化合物涵蓋之同位素取代包括但不限於：2 H或3 H代替1 H，13 C或14 C代替12 C，15 N代替14 N，17 O或18 O代替16 O，以及33 S、34 S、35 S或36 S代替32 S。在某些實施例中，非放射性同位素取代可賦予寡聚化合物有益於用作治療或研究工具之新特性。在某些實施例中，放射性同位素取代可使化合物適合於達成研究或診斷目的，諸如成像。實例
以下實例說明本發明之某些實施例且無限制性。此外，在提供特定實施例之情況下，本發明人已預期彼等特定實施例之一般應用。舉例而言，具有特定基元之寡核苷酸之揭示為具有相同或類似基元之其他寡核苷酸提供合理支持。且舉例而言，除非另外指示，否則在特定位置出現特定高親和力修飾的情況下，相同位置之其他高親和力修飾視為合適的。實例 1 ：在活體外混合翼及混合主鏈之經修飾之寡核苷酸對人類 APP RNA 之作用，單次劑量
測試與人類APP核酸互補之經修飾之寡核苷酸在活體外對APP RNA水準之作用。
下表中之經修飾之寡核苷酸長度為18個核苷，且具有糖基元eeeeeddddddddkkeee，其中各「e」為包含2'-MOE糖部分之核苷，各「k」為包含cEt糖部分之核苷，且各「d」為包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分之核苷。核苷間鍵基元為sooosssssssssooss，其中各「s」表示硫代磷酸酯核苷間鍵且各「o」表示磷酸二酯核苷間鍵。所有胞嘧啶殘基為5-甲基胞嘧啶。
「起始位點」指示人類基因序列中經修飾之寡核苷酸互補之最5'-核苷。「終止位點」指示人類基因序列中經修飾之寡核苷酸互補之最3'-核苷。下表中列出之各經修飾之寡核苷酸與SEQ ID NO: 1 (Ensembl轉錄產物ENST00000346798.7之cDNA)、SEQ ID NO: 2之互補序列(自核苷酸25878001至26174000截短之GENBANK登記號NC_000021.9)、SEQ ID NO: 3 (Ensembl轉錄產物ENST00000357903.7之cDNA)、SEQ ID NO: 4 (Ensembl轉錄產物ENST00000348990.9之cDNA)、SEQ ID NO: 5 (Ensembl轉錄產物ENST00000440126.7之cDNA)、SEQ ID NO: 6 (Ensembl轉錄產物ENST00000354192.7之cDNA)及/或SEQ ID NO: 7 (Ensembl轉錄產物ENST00000358918.7之cDNA) 100%互補。若經修飾之寡核苷酸與SEQ ID NO: 1及/或SEQ ID NO: 2 100%互補，則其亦可與SEQ ID NO: 3-7中之任一者100%互補，但此資訊未在下表中示出。『N/A』指示經修飾之寡核苷酸不與該特定基因序列100%互補。
藉由電穿孔，用7,000 nM經修飾之寡核苷酸處理以每孔20,000個細胞之密度培養的SH-SY5Y細胞。在大約24小時之處理期之後，自細胞分離總RNA且藉由定量即時RTPCR量測APP RNA水準。使用人類APP引子探針組HTS96 (正向序列，CCTTCCCGTGAATGGAGAGTT，本文中稱為SEQ ID NO: 910；反向序列，CACAGAGTCAGCCCCAAAAGA，本文中稱為SEQ ID NO: 911；探針序列，CCTGGACGATCTCCAGCCGTGG，本文中稱為SEQ ID NO: 912)量測RNA水準。如藉由RIBOGREEN®所量測，根據總RNA含量調整APP RNA水準。結果呈相對於未經處理之對照細胞之APP RNA水準百分比呈現於下表。表 2 具有混合翼及混合主鏈之5-8-5缺口聚物對APP RNA之減少
化合物ID SEQ ID NO: 1起始位點 SEQ ID NO: 1終止位點 SEQ ID NO: 2起始位點 SEQ ID NO: 2終止位點 序列(5'至3') APP RNA (對照%) SEQ ID NO.
699467 207 224 61970 61987 CAATGCAGGTTTTGGTCC 42 12
699501 308 325 83977 83994 CCAGTTCTGGATGGTCAC 40 13
699511 321 338 83990 84007 GGCCCCGCTTGCACCAGT 47 14
699519 331 348 84000 84017 CACTGCTTGCGGCCCCGC 36 15
699535 489 506 N/A N/A ATGTCTCTTTGGCGACGG 52 16
699594 1246 1263 N/A N/A ATGACCTGGGACATTCTC 26 17
699600 1257 1274 197971 197988 CCCATTCTCTCATGACCT 29 18
699631 1544 1561 218297 218314 TAGGGTGTGCTGTCTGTC 28 19
699660 1844 1861 262161 262178 CACGGGAAGGAGCTCCAC 69 20
828401 36 53 3382 3399 GTGCCAAACCGGGCAGCA 58 21
828407 61 78 3407 3424 GCCGTCCAGGCGGCCAGC 46 22
828413 83 100 N/A N/A AGTGGGTACCTCCAGCGC 54 23
828419 98 115 61861 61878 GCCAGCATTACCATCAGT 53 24
828430 224 241 61987 62004 GATGCCTTCCTTGGTATC 70 25
828436 246 263 N/A N/A AGACTTCTTGGCAATACT 24 26
828442 260 277 83929 83946 CTGCAGTTCAGGGTAGAC 28 27
828448 286 303 83955 83972 TGGTTGGCTTCTACCACA 54 28
828454 296 313 83965 83982 GGTCACTGGTTGGTTGGC 40 29
828464 341 358 84010 84027 ATGGGTCTTGCACTGCTT 19 30
828470 370 387 84039 84056 AAGCAGCGGTAGGGAATC 49 31
828476 379 396 N/A N/A TCACCAACTAAGCAGCGG 70 32
828482 422 439 120685 120702 GAATTTGCACTTGTCAGG 36 33
828488 451 468 120714 120731 TCGCAAACATCCATCCTC 32 34
828494 466 483 120729 120746 CAGTGAAGATGAGTTTCG 73 35
828502 516 533 122821 122838 CATGCAAGTTGGTACTCT 36 36
828508 533 550 122838 122855 CAGCAACATGCCGTAGTC 30 37
828514 549 566 122854 122871 TGTCAATTCCGCAGGGCA 60 38
828520 563 580 122868 122885 TACCCCTCGGAACTTGTC 38 39
828526 589 606 122894 122911 TCAGCCAGTGGGCAACAC 29 40
828532 638 655 122943 122960 ATCCGAGTCATCCTCCTC 19 41
828538 654 671 122959 122976 CTCCGCCCCACCAGACAT 46 42
828544 674 691 122979 122996 ATCTGCATAGTCTGTGTC 47 43
828550 752 769 152014 152031 GTCATCATCGGCTTCTTC 24 44
828562 1130 1147 191529 191546 GGTACTGGCTGCTGTTGT 26 45
828568 1159 1176 191558 191575 GTCTCGAGATACTTGTCA 42 46
828574 1186 1203 191585 191602 TGGGCATGTTCATTCTCA 15 47
828580 1233 1250 191632 191649 TTCTCTCTCGGTGCTTGG 31 48
828587 1453 1470 198892 198909 GCGGTGATGTAGTTCTCC 35 49
828593 1476 1493 N/A N/A GCCGAGGAGGAACAGCCT 46 50
828599 1520 1537 218273 218290 TTCTGCGCGGACATACTT 49 51
828610 1564 1581 218317 218334 CGCACATGCTCGAAATGC 20 52
828616 1575 1592 218328 218345 GATCCACCATGCGCACAT 48 53
828622 1586 1603 218339 218356 GGCTTTCTTGGGATCCAC 42 54
828628 1598 1615 218351 218368 CCGGATCTGAGCGGCTTT 46 55
828634 1605 1622 218358 218375 CCTGGGACCGGATCTGAG 37 56
828639 1629 1646 219319 219336 AAATCACACGGAGGTGTG 72 57
828645 1648 1665 219338 219355 GACTGATTCATGCGCTCA 13 58
828651 1765 1782 262082 262099 TCACTAATCATGTTGGCC 45 59
828657 1781 1798 262098 262115 GTAACTGATCCTTGGTTC 42 60
828663 1816 1833 262133 262150 GTTTCGGTCAAAGATGGC 44 61
828674 1882 1899 262199 262216 TGCCACGGCTGGAGATCG 57 62
828680 1947 1964 268927 268944 GGCGGGCATCAACAGGCT 99 63
828686 1970 1987 268950 268967 GGTCAGTCCTCGGTCGGC 106 64
828692 1979 1996 268959 268976 TGGTCGAGTGGTCAGTCC 71 65
828697 1988 2005 N/A N/A CCCAGAACCTGGTCGAGT 86 66
828703 2017 2034 276347 276364 GAGATCTCCTCCGTCTTG 57 67
828709 2053 2070 276383 276400 GAGTCATGTCGGAATTCT 42 68
828715 2070 2087 276400 276417 GATGAACTTCATATCCTG 70 69
828721 2128 2145 282162 282179 CCAATGATTGCACCTTTG 43 70
828727 2141 2158 282175 282192 GCCCACCATGAGTCCAAT 54 71
828733 2153 2170 282187 282204 TATGACAACACCGCCCAC 70 72
828739 2173 2190 282207 282224 GTGATGACGATCACTGTC 74 73
828745 2286 2303 292270 292287 AGCCGTTCTGCTGCATCT 79 74
828751 885 902 N/A N/A CCTCTCGAACCACCTCTT 65 75
828757 897 914 N/A N/A GTTCAGAGCACACCTCTC 35 76
828763 910 927 173829 173846 CCCGTCTCGGCTTGTTCA 46 77
828769 920 937 173839 173856 TCGGCACGGCCCCGTCTC 55 78
828775 934 951 173853 173870 CGGGAGATCATTGCTCGG 78 79
828781 946 963 173865 173882 TCAAAGTACCAGCGGGAG 58 80
828785 989 1006 173908 173925 ACATCCGCCGTAAAAGAA 69 81
828790 1015 1032 173934 173951 GTGTCAAAGTTGTTCCGG 46 82
828796 1038 1055 173957 173974 ACACGGCCATGCAGTACT 46 83
828802 1069 1086 176586 176603 TTGAGTAAACTTTGGGAC 69 84
828808 1094 1111 176611 176628 TCGGGCAAGAGGTTCCTG 77 85
828814 1102 1119 176619 176636 ACAGGATCTCGGGCAAGA 42 86
828820 N/A N/A 33811 33828 ACAAGTCCTCTAATTGGT 56 87
表 3 具有混合翼及混合主鏈之5-8-5缺口聚物對APP RNA之減少
化合物ID SEQ ID NO: 1起始位點 SEQ ID NO: 1終止位點 SEQ ID NO: 2起始位點 SEQ ID NO: 2終止位點 序列(5'至3') APP RNA (對照%) SEQ ID NO.
699503 311 328 83980 83997 GCACCAGTTCTGGATGGT 49 88
699512 323 340 83992 84009 GCGGCCCCGCTTGCACCA 77 89
699537 491 508 N/A N/A GCATGTCTCTTTGGCGAC 72 90
699568 948 965 173867 173884 CATCAAAGTACCAGCGGG 70 91
699596 1248 1265 N/A N/A TCATGACCTGGGACATTC 48 92
699600 1257 1274 197971 197988 CCCATTCTCTCATGACCT 34 18
828402 38 55 3384 3401 CAGTGCCAAACCGGGCAG 69 93
828408 63 80 3409 3426 GAGCCGTCCAGGCGGCCA 80 94
828414 84 101 N/A N/A CAGTGGGTACCTCCAGCG 59 95
828420 112 129 61875 61892 GGTTCAGCCAGCAGGCCA 39 96
828425 212 229 61975 61992 GGTATCAATGCAGGTTTT 25 97
828431 225 242 61988 62005 GGATGCCTTCCTTGGTAT 63 98
828437 250 267 N/A N/A GGGTAGACTTCTTGGCAA 38 99
828443 265 282 83934 83951 GTGATCTGCAGTTCAGGG 22 100
828449 288 305 83957 83974 GTTGGTTGGCTTCTACCA 47 101
828455 300 317 83969 83986 GGATGGTCACTGGTTGGT 24 102
828459 332 349 84001 84018 GCACTGCTTGCGGCCCCG 36 103
828465 343 360 84012 84029 GGATGGGTCTTGCACTGC 39 104
828471 372 389 84041 84058 CTAAGCAGCGGTAGGGAA 70 105
828477 381 398 N/A N/A ACTCACCAACTAAGCAGC 52 106
828483 429 446 120692 120709 GGTGTAAGAATTTGCACT 61 107
828489 453 470 120716 120733 TTTCGCAAACATCCATCC 49 108
828495 473 490 120736 120753 GGTGTGCCAGTGAAGATG 64 109
828503 524 541 122829 122846 GCCGTAGTCATGCAAGTT 37 110
828509 540 557 122845 122862 CGCAGGGCAGCAACATGC 31 111
828515 551 568 122856 122873 CTTGTCAATTCCGCAGGG 74 112
828521 564 581 122869 122886 CTACCCCTCGGAACTTGT 67 113
828527 621 638 122926 122943 CCGCATCAGCAGAATCCA 24 114
828533 639 656 122944 122961 CATCCGAGTCATCCTCCT 16 115
828539 657 674 122962 122979 CTGCTCCGCCCCACCAGA 47 116
828545 676 693 122981 122998 CCATCTGCATAGTCTGTG 24 117
828551 804 821 152066 152083 CGTAGGGTTCCTCAGCCT 42 118
828563 1131 1148 191530 191547 GGGTACTGGCTGCTGTTG 41 119
828569 1162 1179 191561 191578 GGTGTCTCGAGATACTTG 52 120
828575 1224 1241 191623 191640 GGTGCTTGGCCTCAAGCC 71 121
828581 1235 1252 191634 191651 CATTCTCTCTCGGTGCTT 67 122
828588 1455 1472 198894 198911 GAGCGGTGATGTAGTTCT 65 123
828594 1485 1502 N/A N/A CGTGACGAGGCCGAGGAG 88 124
828600 1521 1538 218274 218291 GTTCTGCGCGGACATACT 35 125
828605 1546 1563 218299 218316 TTTAGGGTGTGCTGTCTG 29 126
828611 1566 1583 218319 218336 TGCGCACATGCTCGAAAT 52 127
828617 1576 1593 218329 218346 GGATCCACCATGCGCACA 46 128
828623 1588 1605 218341 218358 GCGGCTTTCTTGGGATCC 60 129
828629 1599 1616 218352 218369 ACCGGATCTGAGCGGCTT 50 130
828635 1607 1624 N/A N/A AACCTGGGACCGGATCTG 69 131
828640 1632 1649 219322 219339 CATAAATCACACGGAGGT 61 132
828646 1650 1667 219340 219357 GAGACTGATTCATGCGCT 30 133
828652 1768 1785 262085 262102 GGTTCACTAATCATGTTG 50 134
828658 1783 1800 262100 262117 CCGTAACTGATCCTTGGT 43 135
828664 1833 1850 262150 262167 GCTCCACGGTGGTTTTCG 69 136
828669 1848 1865 262165 262182 CATTCACGGGAAGGAGCT 39 137
828675 1883 1900 262200 262217 ATGCCACGGCTGGAGATC 43 138
828681 1961 1978 268941 268958 TCGGTCGGCAGCAGGGCG 98 139
828687 1971 1988 268951 268968 TGGTCAGTCCTCGGTCGG 87 140
828693 1981 1998 268961 268978 CCTGGTCGAGTGGTCAGT 91 141
828698 1991 2008 N/A N/A CAACCCAGAACCTGGTCG 88 142
828704 2019 2036 276349 276366 CAGAGATCTCCTCCGTCT 46 143
828710 2057 2074 276387 276404 TCCTGAGTCATGTCGGAA 49 144
828716 2073 2090 276403 276420 GATGATGAACTTCATATC 80 145
828722 2130 2147 282164 282181 GTCCAATGATTGCACCTT 51 146
828728 2143 2160 282177 282194 CCGCCCACCATGAGTCCA 91 147
828734 2155 2172 282189 282206 GCTATGACAACACCGCCC 41 148
828740 2175 2192 282209 282226 AGGTGATGACGATCACTG 75 149
828746 2288 2305 292272 292289 GTAGCCGTTCTGCTGCAT 85 150
828752 887 904 N/A N/A CACCTCTCGAACCACCTC 49 151
828758 900 917 173819 173836 CTTGTTCAGAGCACACCT 55 152
828764 912 929 173831 173848 GCCCCGTCTCGGCTTGTT 42 153
828770 924 941 173843 173860 TTGCTCGGCACGGCCCCG 33 154
828776 935 952 173854 173871 GCGGGAGATCATTGCTCG 53 155
828786 992 1009 173911 173928 GCCACATCCGCCGTAAAA 72 156
828791 1017 1034 173936 173953 CTGTGTCAAAGTTGTTCC 38 157
828797 1039 1056 173958 173975 CACACGGCCATGCAGTAC 38 158
828803 1077 1094 176594 176611 GGGTAGTCTTGAGTAAAC 54 159
828809 1095 1112 176612 176629 CTCGGGCAAGAGGTTCCT 90 160
828815 1105 1122 176622 176639 TTAACAGGATCTCGGGCA 58 161
828821 N/A N/A 33815 33832 ACCAACAAGTCCTCTAAT 105 162
表 4 具有混合翼及混合主鏈之5-8-5缺口聚物對APP RNA之減少
化合物ID SEQ ID NO: 1起始位點 SEQ ID NO: 1終止位點 SEQ ID NO: 2起始位點 SEQ ID NO: 2終止位點 序列(5'至3') APP RNA (對照%) SEQ ID NO:
699505 313 330 83982 83999 TTGCACCAGTTCTGGATG 53 163
699514 325 342 83994 84011 TTGCGGCCCCGCTTGCAC 61 164
699539 493 510 N/A N/A CTGCATGTCTCTTTGGCG 42 165
699590 1237 1254 191636 191653 GACATTCTCTCTCGGTGC 66 166
699600 1257 1274 197971 197988 CCCATTCTCTCATGACCT 60 18
699669 1983 2000 N/A N/A AACCTGGTCGAGTGGTCA 166 167
828403 39 56 3385 3402 GCAGTGCCAAACCGGGCA 73 168
828409 66 83 3412 3429 CCCGAGCCGTCCAGGCGG 70 169
828415 86 103 N/A N/A ATCAGTGGGTACCTCCAG 56 170
828421 129 146 61892 61909 AGAACATGGCAATCTGGG 45 171
828426 214 231 61977 61994 TTGGTATCAATGCAGGTT 37 172
828432 233 250 61996 62013 ATACTGCAGGATGCCTTC 108 173
828438 251 268 N/A N/A AGGGTAGACTTCTTGGCA 54 174
828444 266 283 83935 83952 GGTGATCTGCAGTTCAGG 19 175
828450 289 306 83958 83975 GGTTGGTTGGCTTCTACC 52 176
828456 302 319 83971 83988 CTGGATGGTCACTGGTTG 38 177
828460 334 351 84003 84020 TTGCACTGCTTGCGGCCC 40 178
828466 361 378 84030 84047 TAGGGAATCACAAAGTGG 62 179
828472 373 390 N/A N/A ACTAAGCAGCGGTAGGGA 63 180
828478 409 426 120672 120689 TCAGGAACGAGAAGGGCA 67 181
828484 432 449 120695 120712 CCTGGTGTAAGAATTTGC 38 182
828490 456 473 120719 120736 GAGTTTCGCAAACATCCA 26 183
828496 474 491 120737 120754 CGGTGTGCCAGTGAAGAT 98 184
828504 525 542 122830 122847 TGCCGTAGTCATGCAAGT 82 185
828510 541 558 122846 122863 CCGCAGGGCAGCAACATG 76 186
828516 555 572 122860 122877 GGAACTTGTCAATTCCGC 115 187
828522 567 584 122872 122889 ACTCTACCCCTCGGAACT 101 188
828528 624 641 122929 122946 CCTCCGCATCAGCAGAAT 24 189
828534 643 660 122948 122965 CAGACATCCGAGTCATCC 45 190
828540 662 679 122967 122984 TGTGTCTGCTCCGCCCCA 49 191
828546 677 694 122982 122999 CCCATCTGCATAGTCTGT 33 192
828552 881 898 152143 152160 TCGAACCACCTCTTCCAC 88 193
828564 1147 1164 191546 191563 TTGTCAACGGCATCAGGG 88 194
828570 1164 1181 191563 191580 CAGGTGTCTCGAGATACT 80 195
828576 1225 1242 191624 191641 CGGTGCTTGGCCTCAAGC 88 196
828584 1315 1332 198029 198046 TGGATAACTGCCTTCTTA 150 197
828589 1457 1474 198896 198913 CAGAGCGGTGATGTAGTT 74 198
828595 1512 1529 218265 218282 GGACATACTTCTTTAGCA 67 199
828601 1524 1541 218277 218294 TCTGTTCTGCGCGGACAT 55 200
828606 1548 1565 218301 218318 GCTTTAGGGTGTGCTGTC 36 201
828612 1568 1585 218321 218338 CATGCGCACATGCTCGAA 48 202
828618 1577 1594 218330 218347 GGGATCCACCATGCGCAC 68 203
828624 1590 1607 218343 218360 GAGCGGCTTTCTTGGGAT 106 204
828630 1600 1617 218353 218370 GACCGGATCTGAGCGGCT 75 205
828636 1608 1625 N/A N/A TAACCTGGGACCGGATCT 105 206
828641 1635 1652 219325 219342 GCTCATAAATCACACGGA 40 207
828647 1684 1701 219374 219391 TCGGCCACTGCAGGCACG 87 208
828653 1771 1788 262088 262105 CTTGGTTCACTAATCATG 70 209
828659 1784 1801 262101 262118 TCCGTAACTGATCCTTGG 78 210
828665 1837 1854 262154 262171 AGGAGCTCCACGGTGGTT 165 211
828670 1849 1866 262166 262183 CCATTCACGGGAAGGAGC 31 212
828676 1885 1902 262202 262219 GAATGCCACGGCTGGAGA 17 213
828682 1963 1980 268943 268960 CCTCGGTCGGCAGCAGGG 151 214
828688 1973 1990 268953 268970 AGTGGTCAGTCCTCGGTC 97 215
828699 2001 2018 276331 276348 TGATATTTGTCAACCCAG 51 216
828705 2021 2038 276351 276368 TTCAGAGATCTCCTCCGT 101 217
828711 2058 2075 276388 276405 ATCCTGAGTCATGTCGGA 88 218
828717 2117 2134 282151 282168 ACCTTTGTTTGAACCCAC 47 219
828723 2132 2149 282166 282183 GAGTCCAATGATTGCACC 92 220
828729 2146 2163 282180 282197 ACACCGCCCACCATGAGT 94 221
828735 2157 2174 282191 282208 TCGCTATGACAACACCGC 47 222
828741 2209 2226 282243 282260 ATGGATGTGTACTGTTTC 46 223
828747 2289 2306 292273 292290 CGTAGCCGTTCTGCTGCA 157 224
828753 889 906 N/A N/A CACACCTCTCGAACCACC 56 225
828759 901 918 173820 173837 GCTTGTTCAGAGCACACC 63 226
828765 914 931 173833 173850 CGGCCCCGTCTCGGCTTG 119 227
828771 926 943 173845 173862 CATTGCTCGGCACGGCCC 59 228
828777 937 954 173856 173873 CAGCGGGAGATCATTGCT 75 229
828782 952 969 173871 173888 GTCACATCAAAGTACCAG 53 230
828787 993 1010 173912 173929 CGCCACATCCGCCGTAAA 100 231
828792 1032 1049 173951 173968 CCATGCAGTACTCTTCTG 87 232
828798 1041 1058 173960 173977 CACACACGGCCATGCAGT 80 233
828804 1080 1097 176597 176614 CCTGGGTAGTCTTGAGTA 114 234
828810 1097 1114 176614 176631 ATCTCGGGCAAGAGGTTC 69 235
828816 1108 1125 N/A N/A AGTTTAACAGGATCTCGG 71 236
表 5 具有混合翼及混合主鏈之5-8-5缺口聚物對APP RNA之減少
化合物ID SEQ ID  NO: 1起始位點 SEQ ID NO: 1終止位點 SEQ ID NO: 2起始位點 SEQ ID NO: 2終止位點 序列(5'至3') APP RNA (對照%) SEQ ID NO.
699506 314 331 83983 84000 CTTGCACCAGTTCTGGAT 60 237
699516 327 344 83996 84013 GCTTGCGGCCCCGCTTGC 85 238
699573 995 1012 173914 173931 GCCGCCACATCCGCCGTA 97 239
699600 1257 1274 197971 197988 CCCATTCTCTCATGACCT 57 18
699623 1428 1445 198867 198884 GGCGGCGGCGGTCATTGA 105 240
828404 40 57 3386 3403 AGCAGTGCCAAACCGGGC 26 241
828410 67 84 3413 3430 GCCCGAGCCGTCCAGGCG 66 242
828416 89 106 N/A N/A ACCATCAGTGGGTACCTC 46 243
828422 150 167 61913 61930 TGTGCATGTTCAGTCTGC 23 244
828427 216 233 61979 61996 CCTTGGTATCAATGCAGG 45 245
828433 235 252 61998 62015 CAATACTGCAGGATGCCT 80 246
828439 252 269 N/A N/A CAGGGTAGACTTCTTGGC 104 247
828445 267 284 83936 83953 TGGTGATCTGCAGTTCAG 31 248
828451 291 308 83960 83977 CTGGTTGGTTGGCTTCTA 48 249
828457 304 321 83973 83990 TTCTGGATGGTCACTGGT 54 250
828461 335 352 84004 84021 CTTGCACTGCTTGCGGCC 48 251
828467 366 383 84035 84052 AGCGGTAGGGAATCACAA 58 252
828473 375 392 N/A N/A CAACTAAGCAGCGGTAGG 61 253
828479 410 427 120673 120690 GTCAGGAACGAGAAGGGC 117 254
828485 437 454 120700 120717 CCTCTCCTGGTGTAAGAA 42 255
828491 460 477 120723 120740 AGATGAGTTTCGCAAACA 52 256
828497 477 494 120740 120757 CGACGGTGTGCCAGTGAA 35 257
828499 506 523 122811 122828 GGTACTCTTCTCACTGCA 32 258
828505 527 544 122832 122849 CATGCCGTAGTCATGCAA 66 259
828511 543 560 122848 122865 TTCCGCAGGGCAGCAACA 57 260
828517 557 574 122862 122879 TCGGAACTTGTCAATTCC 82 261
828523 568 585 122873 122890 AACTCTACCCCTCGGAAC 79 262
828529 633 650 122938 122955 AGTCATCCTCCTCCGCAT 81 263
828535 644 661 122949 122966 CCAGACATCCGAGTCATC 40 264
828541 664 681 122969 122986 TCTGTGTCTGCTCCGCCC 33 265
828547 680 697 N/A N/A ACTCCCATCTGCATAGTC 43 266
828553 882 899 152144 152161 CTCGAACCACCTCTTCCA 100 267
828565 1152 1169 191551 191568 GATACTTGTCAACGGCAT 22 268
828571 1167 1184 191566 191583 CCCCAGGTGTCTCGAGAT 50 269
828577 1227 1244 191626 191643 CTCGGTGCTTGGCCTCAA 44 270
828582 1238 1255 191637 191654 GGACATTCTCTCTCGGTG 40 271
828590 1461 1478 198900 198917 CCTGCAGAGCGGTGATGT 98 272
828596 1515 1532 218268 218285 CGCGGACATACTTCTTTA 54 273
828602 1526 1543 218279 218296 CTTCTGTTCTGCGCGGAC 51 274
828607 1550 1567 218303 218320 ATGCTTTAGGGTGTGCTG 66 275
828613 1569 1586 218322 218339 CCATGCGCACATGCTCGA 67 276
828619 1579 1596 218332 218349 TTGGGATCCACCATGCGC 64 277
828625 1592 1609 218345 218362 CTGAGCGGCTTTCTTGGG 84 278
828631 1601 1618 218354 218371 GGACCGGATCTGAGCGGC 62 279
828637 1610 1627 N/A N/A CATAACCTGGGACCGGAT 38 280
828642 1637 1654 219327 219344 GCGCTCATAAATCACACG 55 281
828648 1692 1709 219382 219399 GAATCTCCTCGGCCACTG 38 282
828654 1773 1790 262090 262107 TCCTTGGTTCACTAATCA 67 283
828660 1788 1805 262105 262122 CGTTTCCGTAACTGATCC 83 284
828666 1839 1856 262156 262173 GAAGGAGCTCCACGGTGG 139 285
828671 1851 1868 262168 262185 CTCCATTCACGGGAAGGA 35 286
828677 1887 1904 262204 262221 AAGAATGCCACGGCTGGA 25 287
828683 1965 1982 268945 268962 GTCCTCGGTCGGCAGCAG 198 288
828689 1975 1992 268955 268972 CGAGTGGTCAGTCCTCGG 130 289
828694 1984 2001 N/A N/A GAACCTGGTCGAGTGGTC 131 290
828700 2010 2027 276340 276357 CCTCCGTCTTGATATTTG 291 291
828706 2046 2063 276376 276393 GTCGGAATTCTGCATCCA 50 292
828712 2059 2076 276389 276406 TATCCTGAGTCATGTCGG 84 293
828718 2119 2136 282153 282170 GCACCTTTGTTTGAACCC 48 294
828724 2134 2151 282168 282185 ATGAGTCCAATGATTGCA 55 295
828730 2147 2164 282181 282198 AACACCGCCCACCATGAG 113 296
828736 2162 2179 282196 282213 CACTGTCGCTATGACAAC 139 297
828742 2223 2240 282257 282274 CCACACCATGATGAATGG 84 298
828748 2305 2322 292289 292306 TTGTAGGTTGGATTTTCG 76 299
828754 890 907 N/A N/A GCACACCTCTCGAACCAC 71 300
828760 904 921 173823 173840 TCGGCTTGTTCAGAGCAC 90 301
828766 916 933 173835 173852 CACGGCCCCGTCTCGGCT 71 302
828772 928 945 173847 173864 ATCATTGCTCGGCACGGC 45 303
828778 940 957 173859 173876 TACCAGCGGGAGATCATT 68 304
828783 954 971 173873 173890 CAGTCACATCAAAGTACC 33 305
828793 1034 1051 173953 173970 GGCCATGCAGTACTCTTC 90 306
828799 1047 1064 173966 173983 CGCTGCCACACACGGCCA 73 307
828805 1081 1098 176598 176615 TCCTGGGTAGTCTTGAGT 124 308
828811 1098 1115 176615 176632 GATCTCGGGCAAGAGGTT 74 309
828817 1111 1128 N/A N/A GGAAGTTTAACAGGATCT 80 310
表 6 具有混合翼及混合主鏈之5-8-5缺口聚物對APP RNA之減少
化合物ID SEQ ID NO: 1起始位點 SEQ ID NO: 1終止位點 SEQ ID NO: 2起始位點 SEQ ID NO: 2終止位點 序列(5'至3') APP RNA (對照%) SEQ ID NO
699498 305 322 83974 83991 GTTCTGGATGGTCACTGG 83 311
699508 316 333 83985 84002 CGCTTGCACCAGTTCTGG 65 312
699518 329 346 83998 84015 CTGCTTGCGGCCCCGCTT 67 313
699600 1257 1274 197971 197988 CCCATTCTCTCATGACCT 61 18
699644 1612 1629 N/A N/A GTCATAACCTGGGACCGG 77 314
828405 42 59 3388 3405 GGAGCAGTGCCAAACCGG 44 315
828411 68 85 3414 3431 CGCCCGAGCCGTCCAGGC 81 316
828417 94 111 61857 61874 GCATTACCATCAGTGGGT 39 317
828423 194 211 61957 61974 GGTCCCTGATGGATCTGA 50 318
828428 219 236 61982 61999 CTTCCTTGGTATCAATGC 29 319
828434 236 253 61999 62016 GCAATACTGCAGGATGCC 48 320
828440 258 275 N/A N/A GCAGTTCAGGGTAGACTT 51 321
828446 279 296 83948 83965 CTTCTACCACATTGGTGA 88 322
828452 294 311 83963 83980 TCACTGGTTGGTTGGCTT 41 323
828462 337 354 84006 84023 GTCTTGCACTGCTTGCGG 84 324
828468 367 384 84036 84053 CAGCGGTAGGGAATCACA 71 325
828474 376 393 N/A N/A CCAACTAAGCAGCGGTAG 76 326
828480 415 432 120678 120695 CACTTGTCAGGAACGAGA 35 327
828486 439 456 120702 120719 ATCCTCTCCTGGTGTAAG 77 328
828492 462 479 120725 120742 GAAGATGAGTTTCGCAAA 80 329
828498 478 495 120741 120758 GCGACGGTGTGCCAGTGA 64 330
828500 509 526 122814 122831 GTTGGTACTCTTCTCACT 64 331
828506 528 545 122833 122850 ACATGCCGTAGTCATGCA 114 332
828512 545 562 122850 122867 AATTCCGCAGGGCAGCAA 63 333
828518 561 578 122866 122883 CCCCTCGGAACTTGTCAA 96 334
828524 570 587 122875 122892 CAAACTCTACCCCTCGGA 75 335
828530 634 651 122939 122956 GAGTCATCCTCCTCCGCA 70 336
828536 646 663 122951 122968 CACCAGACATCCGAGTCA 96 337
828542 666 683 122971 122988 AGTCTGTGTCTGCTCCGC 26 338
828548 681 698 N/A N/A CACTCCCATCTGCATAGT 71 339
828560 N/A N/A 191523 191540 GGCTGCTGTTGTAGGAAC 45 340
828566 1154 1171 191553 191570 GAGATACTTGTCAACGGC 41 341
828572 1168 1185 191567 191584 TCCCCAGGTGTCTCGAGA 63 342
828578 1229 1246 191628 191645 CTCTCGGTGCTTGGCCTC 63 343
828583 1239 1256 191638 191655 GGGACATTCTCTCTCGGT 65 344
828585 1451 1468 198890 198907 GGTGATGTAGTTCTCCAG 58 345
828591 1462 1479 198901 198918 GCCTGCAGAGCGGTGATG 100 346
828597 1517 1534 218270 218287 TGCGCGGACATACTTCTT 67 347
828603 1529 1546 218282 218299 GTCCTTCTGTTCTGCGCG 128 348
828608 1557 1574 218310 218327 GCTCGAAATGCTTTAGGG 39 349
828614 1572 1589 218325 218342 CCACCATGCGCACATGCT 28 350
828620 1580 1597 218333 218350 CTTGGGATCCACCATGCG 69 351
828626 1594 1611 218347 218364 ATCTGAGCGGCTTTCTTG 74 352
828632 1603 1620 218356 218373 TGGGACCGGATCTGAGCG 77 353
828643 1640 1657 219330 219347 CATGCGCTCATAAATCAC 52 354
828649 1694 1711 219384 219401 CTGAATCTCCTCGGCCAC 90 355
828655 1775 1792 262092 262109 GATCCTTGGTTCACTAAT 85 356
828661 1804 1821 262121 262138 GATGGCATGAGAGCATCG 88 357
828667 1841 1858 262158 262175 GGGAAGGAGCTCCACGGT 91 358
828672 1853 1870 262170 262187 CTCTCCATTCACGGGAAG 73 359
828678 1891 1908 262208 262225 CCAAAAGAATGCCACGGC 10 360
828684 1967 1984 268947 268964 CAGTCCTCGGTCGGCAGC 233 361
828690 1977 1994 268957 268974 GTCGAGTGGTCAGTCCTC 74 362
828695 1986 2003 N/A N/A CAGAACCTGGTCGAGTGG 90 363
828701 2013 2030 276343 276360 TCTCCTCCGTCTTGATAT 242 364
828707 2047 2064 276377 276394 TGTCGGAATTCTGCATCC 84 365
828713 2061 2078 276391 276408 CATATCCTGAGTCATGTC 67 366
828719 2121 2138 282155 282172 TTGCACCTTTGTTTGAAC 76 367
828725 2136 2153 282170 282187 CCATGAGTCCAATGATTG 85 368
828731 2148 2165 282182 282199 CAACACCGCCCACCATGA 257 369
828737 2166 2183 282200 282217 CGATCACTGTCGCTATGA 86 370
828743 2283 2300 292267 292284 CGTTCTGCTGCATCTTGG 90 371
828749 2310 2327 292294 292311 AGAACTTGTAGGTTGGAT 50 372
828755 892 909 N/A N/A GAGCACACCTCTCGAACC 85 373
828761 906 923 173825 173842 TCTCGGCTTGTTCAGAGC 62 374
828767 917 934 173836 173853 GCACGGCCCCGTCTCGGC 75 375
828773 932 949 173851 173868 GGAGATCATTGCTCGGCA 35 376
828779 942 959 173861 173878 AGTACCAGCGGGAGATCA 84 377
828784 969 986 173888 173905 GGGCACACTTCCCTTCAG 84 378
828788 996 1013 173915 173932 TGCCGCCACATCCGCCGT 64 379
828794 1036 1053 173955 173972 ACGGCCATGCAGTACTCT 53 380
828800 1048 1065 173967 173984 GCGCTGCCACACACGGCC 67 381
828806 1084 1101 176601 176618 GGTTCCTGGGTAGTCTTG 73 382
828812 1099 1116 176616 176633 GGATCTCGGGCAAGAGGT 80 383
828818 1124 1141 N/A N/A GGCTGCTGTTGTAGGAAG 73 384
828830 N/A N/A 83927 83944 GCAGTTCAGGGTAGACCT 74 385
表 7 具有混合翼及混合主鏈之5-8-5缺口聚物對APP RNA之減少
化合物ID SEQ ID NO: 1起始位點 SEQ ID NO: 1終止位點 SEQ ID NO: 2起始位點 SEQ ID NO: 2終止位點 序列(5'至3') APP RNA (對照%) SEQ ID NO:
699500 307 324 83976 83993 CAGTTCTGGATGGTCACT 59 386
699509 317 334 83986 84003 CCGCTTGCACCAGTTCTG 43 387
699533 487 504 N/A N/A GTCTCTTTGGCGACGGTG 32 388
699572 985 1002 173904 173921 CCGCCGTAAAAGAATGGG 85 389
699592 1244 1261 N/A N/A GACCTGGGACATTCTCTC 58 390
699600 1257 1274 197971 197988 CCCATTCTCTCATGACCT 47 18
828406 44 61 3390 3407 CAGGAGCAGTGCCAAACC 45 391
828412 69 86 3415 3432 GCGCCCGAGCCGTCCAGG 51 392
828418 97 114 61860 61877 CCAGCATTACCATCAGTG 31 393
828424 200 217 61963 61980 GGTTTTGGTCCCTGATGG 55 394
828429 221 238 61984 62001 GCCTTCCTTGGTATCAAT 60 395
828435 238 255 62001 62018 TGGCAATACTGCAGGATG 27 396
828441 259 276 N/A N/A TGCAGTTCAGGGTAGACT 52 397
828447 285 302 83954 83971 GGTTGGCTTCTACCACAT 51 398
828453 295 312 83964 83981 GTCACTGGTTGGTTGGCT 78 399
828458 330 347 83999 84016 ACTGCTTGCGGCCCCGCT 66 400
828463 339 356 84008 84025 GGGTCTTGCACTGCTTGC 41 401
828469 368 385 84037 84054 GCAGCGGTAGGGAATCAC 85 402
828475 378 395 N/A N/A CACCAACTAAGCAGCGGT 102 403
828481 417 434 120680 120697 TGCACTTGTCAGGAACGA 43 404
828487 441 458 120704 120721 CCATCCTCTCCTGGTGTA 54 405
828493 464 481 120727 120744 GTGAAGATGAGTTTCGCA 88 406
828501 513 530 122818 122835 GCAAGTTGGTACTCTTCT 40 407
828507 530 547 122835 122852 CAACATGCCGTAGTCATG 44 408
828513 547 564 122852 122869 TCAATTCCGCAGGGCAGC 72 409
828519 562 579 122867 122884 ACCCCTCGGAACTTGTCA 66 410
828525 571 588 122876 122893 ACAAACTCTACCCCTCGG 90 411
828531 636 653 122941 122958 CCGAGTCATCCTCCTCCG 42 412
828537 652 669 122957 122974 CCGCCCCACCAGACATCC 44 413
828543 671 688 122976 122993 TGCATAGTCTGTGTCTGC 45 414
828549 682 699 N/A N/A TCACTCCCATCTGCATAG 94 415
828561 1128 1145 191527 191544 TACTGGCTGCTGTTGTAG 116 416
828567 1157 1174 191556 191573 CTCGAGATACTTGTCAAC 60 417
828573 1169 1186 191568 191585 ATCCCCAGGTGTCTCGAG 78 418
828579 1231 1248 191630 191647 CTCTCTCGGTGCTTGGCC 58 419
828586 1452 1469 198891 198908 CGGTGATGTAGTTCTCCA 71 420
828592 1474 1491 198913 198930 CGAGGAGGAACAGCCTGC 69 421
828598 1518 1535 218271 218288 CTGCGCGGACATACTTCT 61 422
828604 1531 1548 218284 218301 CTGTCCTTCTGTTCTGCG 57 423
828609 1559 1576 218312 218329 ATGCTCGAAATGCTTTAG 59 424
828615 1574 1591 218327 218344 ATCCACCATGCGCACATG 53 425
828621 1582 1599 218335 218352 TTCTTGGGATCCACCATG 112 426
828627 1595 1612 218348 218365 GATCTGAGCGGCTTTCTT 127 427
828633 1604 1621 218357 218374 CTGGGACCGGATCTGAGC 68 428
828638 1624 1641 219314 219331 ACACGGAGGTGTGTCATA 54 429
828644 1642 1659 219332 219349 TTCATGCGCTCATAAATC 100 430
828650 1696 1713 219386 219403 TCCTGAATCTCCTCGGCC 59 431
828656 1778 1795 262095 262112 ACTGATCCTTGGTTCACT 61 432
828662 1812 1829 262129 262146 CGGTCAAAGATGGCATGA 79 433
828668 1842 1859 262159 262176 CGGGAAGGAGCTCCACGG 100 434
828673 1856 1873 262173 262190 GAACTCTCCATTCACGGG 113 435
828679 1939 1956 N/A N/A TCAACAGGCTCAACTTCG 178 436
828685 1969 1986 268949 268966 GTCAGTCCTCGGTCGGCA 138 437
828691 1978 1995 268958 268975 GGTCGAGTGGTCAGTCCT 158 438
828696 1987 2004 N/A N/A CCAGAACCTGGTCGAGTG 124 439
828702 2014 2031 276344 276361 ATCTCCTCCGTCTTGATA 322 440
828708 2051 2068 276381 276398 GTCATGTCGGAATTCTGC 49 441
828714 2067 2084 276397 276414 GAACTTCATATCCTGAGT 99 442
828720 2123 2140 282157 282174 GATTGCACCTTTGTTTGA 306 443
828726 2138 2155 282172 282189 CACCATGAGTCCAATGAT 114 444
828732 2151 2168 282185 282202 TGACAACACCGCCCACCA 102 445
828738 2170 2187 282204 282221 ATGACGATCACTGTCGCT 96 446
828744 2285 2302 292269 292286 GCCGTTCTGCTGCATCTT 152 447
828750 883 900 N/A N/A TCTCGAACCACCTCTTCC 100 448
828756 895 912 N/A N/A TCAGAGCACACCTCTCGA 109 449
828762 909 926 173828 173845 CCGTCTCGGCTTGTTCAG 64 450
828768 918 935 173837 173854 GGCACGGCCCCGTCTCGG 70 451
828774 933 950 173852 173869 GGGAGATCATTGCTCGGC 56 452
828780 945 962 173864 173881 CAAAGTACCAGCGGGAGA 79 453
828789 999 1016 173918 173935 GGTTGCCGCCACATCCGC 98 454
828795 1037 1054 173956 173973 CACGGCCATGCAGTACTC 58 455
828801 1062 1079 N/A N/A AACTTTGGGACATGGCGC 89 456
828807 1086 1103 176603 176620 GAGGTTCCTGGGTAGTCT 86 457
828813 1101 1118 176618 176635 CAGGATCTCGGGCAAGAG 68 458
828819 N/A N/A 33809 33826 AAGTCCTCTAATTGGTCC 82 459
表 8 具有混合翼及混合主鏈之5-8-5缺口聚物對APP RNA之減少
化合物ID SEQ ID NO: 3起始位點 SEQ ID NO: 3終止位點 SEQ ID NO: 4起始位點 SEQ ID NO: 4終止位點 序列(5'至3') APP RNA (對照%) SEQ ID NO
828554 N/A N/A 999 1016 GGAACTCGAACCACCTCT 121 460
828555 N/A N/A 1001 1018 TAGGAACTCGAACCACCT 87 461
828556 N/A N/A 1002 1019 GTAGGAACTCGAACCACC 56 462
828557 N/A N/A 1005 1022 GTTGTAGGAACTCGAACC 88 463
828558 N/A N/A 1008 1025 GCTGTTGTAGGAACTCGA 79 464
828559 N/A N/A 1010 1027 CTGCTGTTGTAGGAACTC 43 465
828824 1195 1212 N/A N/A CTGTTGTAGGAATGGCGC 145 468
828825 1200 1217 N/A N/A GGCTGCTGTTGTAGGAAT 57 469
表 9 具有混合翼及混合主鏈之5-8-5缺口聚物對APP RNA之減少
化合物ID SEQ ID NO: 5起始位點 SEQ ID NO: 5終止位點 SEQ ID NO: 6起始位點 SEQ ID NO: 6終止位點 SEQ ID NO: 7起始位點 SEQ ID NO: 7終止位點 序列(5'至3') APP RNA (對照%) SEQ ID NO
828822 241 258 N/A N/A N/A N/A CAGTGGGTACATAGTTGA 122 466
828823 243 260 N/A N/A N/A N/A CCATCAGTGGGTACATAG 57 467
828826 N/A N/A 176 193 N/A N/A AGGGTAGACCTCCAGCGC 57 470
828827 N/A N/A 178 195 N/A N/A TCAGGGTAGACCTCCAGC 80 471
828828 N/A N/A 180 197 N/A N/A GTTCAGGGTAGACCTCCA 84 472
828829 N/A N/A 182 199 N/A N/A CAGTTCAGGGTAGACCTC 67 473
828831 N/A N/A N/A N/A 1952 1969 GTCAACCCAGAACCTTCG 121 474
實例 2 ：在活體外經修飾之寡核苷酸對人類 APP 之作用，多劑量
在SH-S5Y細胞中測試各種劑量的選自以上實例之經修飾之寡核苷酸。細胞以每孔20,000個細胞之密度塗鋪，且藉由電穿孔，用各種經修飾之寡核苷酸處理，如下表中所說明。在大約24小時之處理期之後，自細胞分離總RNA且藉由定量即時PCR量測APP RNA水準。使用上文所述之人類APP引子探針組HTS96量測RNA水準。APP RNA水準相對於GADPH標準化。結果呈相對於未經處理之對照細胞之APP RNA水準百分比呈現於下表。亦呈現各經修飾之寡核苷酸之半最大抑制濃度(IC50 )。對excel中之數據之對數/線性曲線使用線性回歸，計算IC50 。『N.D.』(『無數據』)指示在該特定實驗中該特定經修飾之寡核苷酸的抑制%未確定。『N.C.』(「未計算」)指示測試濃度範圍不足夠準確計算IC50 。表 10 SH-S5Y細胞中人類APP RNA表現之劑量依賴性減少
化合物ID APP RNA表現(對照%) IC50(µM)
0.31 nM 1.25 nM 5.0 nM 20.0 nM
828425 87 55 36 18 2.3
828426 84 87 54 27 6.6
828443 126 107 144 62 N.C.
828444 108 83 51 26 5.8
828455 83 96 58 25 7.3
828464 71 43 18 7 0.9
828490 61 38 34 19 0.7
828527 85 52 21 30 1.4
828528 97 63 37 20 3.2
828532 74 49 44 11 1.4
828533 64 49 40 10 1.2
828545 78 52 27 14 1.5
828546 110 62 72 52 N.C.
828550 103 75 82 59 N.C.
828574 59 38 22 21 0.6
828606 151 107 76 63 N.C.
828610 129 81 58 34 7.8
828645 69 58 25 20 1.5
表 11 SH-S5Y細胞中人類APP RNA表現之劑量依賴性減少
APP RNA表現(對照%) IC50(µM)
0.31 nM 1.25 nM 5.0 nM 20.0 nM
699533 63 33 25 13 0.6
828404 78 56 30 N.D. 1.7
828417 92 57 48 19 3.2
828418 63 40 27 10 0.7
828422 68 36 23 8 0.8
828428 44 29 40 13 0.1
828435 83 55 34 34 1.9
828445 113 52 37 6 2.7
828463 103 103 13 N.D. 2.6
828480 83 56 30 11 1.9
828499 86 66 32 11 2.3
828501 134 47 38 9 3.2
828531 77 76 39 54 3.6
828541 70 69 40 31 3.1
828542 60 51 31 7 0.9
828565 46 27 14 5 0.2
828614 63 40 26 9 0.7
828645 94 73 35 27 3.8
828773 61 39 43 17 0.8
實例 3 ：在活體外混合翼及混合主鏈或 MOE 及混合主鏈之經修飾之寡核苷酸對人類 APP RNA 之作用，單次劑量
合成具有如下表中所指示之化學修飾模式的與人類APP互補之經修飾之寡核苷酸。下表中之經修飾之寡核苷酸為缺口聚物。缺口聚物具有中央缺口區段，該中央缺口區段包含2'-去氧核苷且在5'末端及3'末端上側接包含cEt核苷及/或2'-MOE核苷之翼區段。遍及各缺口聚物之所有胞嘧啶殘基為5'-甲基胞嘧啶。核苷間鍵為混合磷酸二酯核苷間鍵及硫代磷酸酯核苷間鍵。
藉由電穿孔，用4,000 nM經修飾之寡核苷酸處理以每孔20,000個細胞之密度培養的SH-SY5Y細胞。在大約24小時之處理期之後，自細胞分離總RNA且藉由定量即時RTPCR量測APP RNA水準。使用人類APP引子探針組RTS35571 (正向序列，CCCACTTTGTGATTCCCTACC，本文中稱為SEQ ID NO: 913；反向序列，ATCCATCCTCTCCTGGTGTAA，本文中稱為SEQ ID NO: 914；探針序列，TGATGCCCTTCTCGTTCCTGACAA，本文中稱為SEQ ID NO: 915)量測RNA水準。如藉由RIBOGREEN®所量測，根據總RNA含量調整APP RNA水準。結果呈相對於未經處理之對照細胞之APP RNA水準百分比呈現於下表。
下表12中之經修飾之寡核苷酸長度為18個核苷，且具有糖基元eeeeeddddddddkeeee，其中各「e」為包含2'-MOE糖部分之核苷，各「k」為包含cEt糖部分之核苷，且各「d」為包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分之核苷。核苷間鍵基元為sososssssssssosss，其中各「s」表示硫代磷酸酯核苷間鍵且各「o」表示磷酸二酯核苷間鍵。所有胞嘧啶殘基為5-甲基胞嘧啶。「起始位點」指示人類核酸序列中缺口聚物互補之最5'-核苷。「終止位點」指示人類核酸序列中缺口聚物互補之最3'-核苷。表 12 具有混合翼及混合主鏈之5-8-5缺口聚物對APP之減少
化合物ID SEQ ID NO: 1起始位點 SEQ ID NO: 1終止位點 SEQ ID NO: 2起始位點 SEQ ID NO: 2終止位點 序列(5'至3') APP RNA (對照%) SEQ ID NO:
912249 487 504 N/A N/A GTCTCTTTGGCGACGGTG 99 388
912250 488 505 N/A N/A TGTCTCTTTGGCGACGGT 36 475
912251 489 506 N/A N/A ATGTCTCTTTGGCGACGG 29 16
912252 490 507 N/A N/A CATGTCTCTTTGGCGACG 36 476
912253 491 508 N/A N/A GCATGTCTCTTTGGCGAC 33 90
912254 492 509 N/A N/A TGCATGTCTCTTTGGCGA 27 477
912255 493 510 N/A N/A CTGCATGTCTCTTTGGCG 19 165
912256 657 674 122962 122979 CTGCTCCGCCCCACCAGA 52 116
912257 659 676 122964 122981 GTCTGCTCCGCCCCACCA 64 478
912258 661 678 122966 122983 GTGTCTGCTCCGCCCCAC 32 479
912259 662 679 122967 122984 TGTGTCTGCTCCGCCCCA 30 191
912260 663 680 122968 122985 CTGTGTCTGCTCCGCCCC 46 480
912261 664 681 122969 122986 TCTGTGTCTGCTCCGCCC 99 265
912262 665 682 122970 122987 GTCTGTGTCTGCTCCGCC 17 481
912263 666 683 122971 122988 AGTCTGTGTCTGCTCCGC 15 338
912264 667 684 122972 122989 TAGTCTGTGTCTGCTCCG 43 482
912265 668 685 122973 122990 ATAGTCTGTGTCTGCTCC 43 483
912266 669 686 122974 122991 CATAGTCTGTGTCTGCTC 28 484
912267 670 687 122975 122992 GCATAGTCTGTGTCTGCT 24 485
912268 671 688 122976 122993 TGCATAGTCTGTGTCTGC 33 414
912269 672 689 122977 122994 CTGCATAGTCTGTGTCTG 41 486
912270 674 691 122979 122996 ATCTGCATAGTCTGTGTC 60 43
912271 676 693 122981 122998 CCATCTGCATAGTCTGTG 24 117
912272 678 695 122983 123000 TCCCATCTGCATAGTCTG 17 487
912273 1614 1631 N/A N/A GTGTCATAACCTGGGACC 36 488
912274 1616 1633 N/A N/A GTGTGTCATAACCTGGGA 41 489
912275 1618 1635 N/A N/A AGGTGTGTCATAACCTGG 61 490
912276 1620 1637 219310 219327 GGAGGTGTGTCATAACCT 52 491
912277 1622 1639 219312 219329 ACGGAGGTGTGTCATAAC 56 492
912278 1624 1641 219314 219331 ACACGGAGGTGTGTCATA 52 429
912279 1626 1643 219316 219333 TCACACGGAGGTGTGTCA 69 493
912280 1628 1645 219318 219335 AATCACACGGAGGTGTGT 51 494
912281 1630 1647 219320 219337 TAAATCACACGGAGGTGT 45 495
912282 1631 1648 219321 219338 ATAAATCACACGGAGGTG 68 496
912283 1632 1649 219322 219339 CATAAATCACACGGAGGT 352 132
912284 1633 1650 219323 219340 TCATAAATCACACGGAGG 362 497
912285 1634 1651 219324 219341 CTCATAAATCACACGGAG 32 498
912286 1635 1652 219325 219342 GCTCATAAATCACACGGA 26 207
912287 1636 1653 219326 219343 CGCTCATAAATCACACGG 85 499
912288 1637 1654 219327 219344 GCGCTCATAAATCACACG 150 281
912289 1638 1655 219328 219345 TGCGCTCATAAATCACAC 63 500
912290 1639 1656 219329 219346 ATGCGCTCATAAATCACA 56 501
912291 1640 1657 219330 219347 CATGCGCTCATAAATCAC 61 354
下表13中之經修飾之寡核苷酸長度為20個核苷，且為5-10-5 MOE缺口聚物。核苷間鍵基元為sososssssssssssosss，其中各「s」表示硫代磷酸酯核苷間鍵且各「o」表示磷酸二酯核苷間鍵。所有胞嘧啶殘基為5-甲基胞嘧啶。「起始位點」指示人類核酸序列中缺口聚物互補之最5'-核苷。「終止位點」指示人類核酸序列中缺口聚物互補之最3'-核苷。表 13 具有混合主鏈之5-10-5 MOE缺口聚物對APP RNA之減少
化合物ID SEQ ID NO: 1起始位點 SEQ ID NO: 1終止位點 SEQ ID NO: 2起始位點 SEQ ID NO: 2終止位點 序列(5'至3') APP RNA (對照%) SEQ ID NO:
912292 486 505 N/A N/A TGTCTCTTTGGCGACGGTGT 37 502
912293 490 509 N/A N/A TGCATGTCTCTTTGGCGACG 25 503
912294 492 511 N/A N/A ACTGCATGTCTCTTTGGCGA 23 504
912295 663 682 122968 122985 GTCTGTGTCTGCTCCGCCCC 15 505
912296 665 684 122970 122987 TAGTCTGTGTCTGCTCCGCC 32 506
912297 670 689 122975 122992 CTGCATAGTCTGTGTCTGCT 40 507
912298 1634 1653 219324 219341 CGCTCATAAATCACACGGAG 18 508
912299 1635 1654 219325 219342 GCGCTCATAAATCACACGGA 30 509
912300 1636 1655 219326 219343 TGCGCTCATAAATCACACGG 67 510
912301 1633 1652 219323 219340 GCTCATAAATCACACGGAGG 23 511
912302 1632 1651 219322 219339 CTCATAAATCACACGGAGGT 72 512
912303 669 688 122974 122991 TGCATAGTCTGTGTCTGCTC 27 513
912304 668 687 122973 122990 GCATAGTCTGTGTCTGCTCC 28 514
912305 671 690 122976 122993 TCTGCATAGTCTGTGTCTGC 42 515
912306 672 691 122977 122994 ATCTGCATAGTCTGTGTCTG 48 516
實例 4 ：具有與人類 APP 核酸互補之反義 RNAi 寡核苷酸之 RNAi 化合物的設計
包含與人類APP核酸互補之反義RNAi寡核苷酸及與反義RNAi寡核苷酸互補之有義RNAi寡核苷酸的RNAi化合物如下設計。
下表中之RNAi化合物由反義RNAi寡核苷酸及有義RNAi寡核苷酸組成，其中在各情況下反義RNAi寡核苷酸長度為23個核苷；具有mfmfmfmfmfmfmfmfmfmfmmm之糖基元(自5'至3')；其中「m」表示2'-O甲基核糖基糖，且「f」表示2'-氟核糖基糖；及ssooooooooooooooooooss之鍵基元(自5'至3')；其中『o』表示磷酸二酯核苷間鍵且『s』表示硫代磷酸酯核苷間鍵。在各情況下有義RNAi寡核苷酸長度為21個核苷；具有fmfmfmfmfmfmfmfmfmfmf之糖基元(自5'至3')；其中「m」表示2'-O甲基核糖基糖，且「f」表示2'-氟核糖基糖；及ssooooooooooooooooss之鍵基元(自5'至3')；其中『o』表示磷酸二酯核苷間鍵且『s』表示硫代磷酸酯核苷間鍵。各反義RNAi寡核苷酸與標靶核酸(APP)互補，且各有義RNAi寡核苷酸與反義RNAi寡核苷酸之21個核苷之第一個(自5'至3')互補，其中反義RNAi寡核苷酸之最後兩個3'-核苷不與有義RNAi寡核苷酸配對(懸垂核苷)。
「起始位點」指示人類基因序列中反義RNAi寡核苷酸互補之最5'-核苷。「終止位點」指示人類基因序列中反義RNAi寡核苷酸互補之最3'-核苷。下表中列出之各經修飾之反義RNAi寡核苷酸與如下表所指示之SEQ ID NO: 1 (上述)、SEQ ID NO: 2 (上述)或SEQ ID No: 3 (上述) 100%互補。表 14 靶向人類 APP SEQ ID No:1 之 RNAi 化合物
化合物編號 反義寡核苷酸 ID 反義序列 (5 '至 3 ') SEQ ID NO SEQ ID NO: 1 反義起始位點 SEQ ID NO: 1 反義終止位點 有義寡核苷酸 ID 有義序列 (5 '至 3 ') SEQ ID NO
1381709 1381714 AGCAGUGCCAAACCGGGCAGCAU 517 35 57 1381715 GCUGCCCGGUUUGGCACUGCU 666
1381710 1381713 AUCGCGACCCUGCGCGGGGCACC 518 14 36 1381711 UGCCCCGCGCAGGGUCGCGAU 667
1381712 1381717 GCCGUCCAGGCGGCCAGCAGGAG 519 56 78 1381716 CCUGCUGGCCGCCUGGACGGC 668
1381718 1381720 UUGUCAACGGCAUCAGGGGUACU 520 1142 1164 1381719 UACCCCUGAUGCCGUUGACAA 669
1381721 1381722 AAAUGGGCAUGUUCAUUCUCAUC 521 1184 1206 1381724 UGAGAAUGAACAUGCCCAUUU 670
1381723 1381726 UCCCCAGGUGUCUCGAGAUACUU 522 1163 1185 1381728 GUAUCUCGAGACACCUGGGGA 671
1381725 1381730 AGCCUCUCUUUGGCUUUCUGGAA 523 1205 1227 1381729 CCAGAAAGCCAAAGAGAGGCU 672
1381727 1381732 CUCUCUCGGUGCUUGGCCUCAAG 524 1226 1248 1381731 UGAGGCCAAGCACCGAGAGAG 673
1381733 1381742 AGCAGGCCAGCAUUACCAUCAGU 525 98 120 1381739 UGAUGGUAAUGCUGGCCUGCU 674
1381734 1381737 GUGGGUACCUCCAGCGCCCGAGC 526 77 99 1381738 UCGGGCGCUGGAGGUACCCAC 675
1381735 1381743 CCAUUCUGGACAUUCAUGUGCAU 527 161 183 1381741 GCACAUGAAUGUCCAGAAUGG 676
1381736 1381745 AUGUUCAGUCUGCCACAGAACAU 528 140 162 1381744 GUUCUGUGGCAGACUGAACAU 677
1381740 1381748 AUGGCAAUCUGGGGUUCAGCCAG 529 119 141 1381750 GGCUGAACCCCAGAUUGCCAU 678
1381746 1381749 UCUCUCAUGACCUGGGACAUUCU 530 1247 1269 1381747 AAUGUCCCAGGUCAUGAGAGA 679
1381751 1381754 UGACGUUCUGCCUCUUCCCAUUC 531 1268 1290 1381753 AUGGGAAGAGGCAGAACGUCA 680
1381752 1381762 GCUUUAGGCAAGUUCUUUGCUUG 532 1289 1311 1381764 AGCAAAGAACUUGCCUAAAGC 681
1381755 1381758 GAUGGAUCUGAAUCCCACUUCCC 533 182 204 1381757 GAAGUGGGAUUCAGAUCCAUC 682
1381756 1381760 UGGAUAACUGCCUUCUUAUCAGC 534 1310 1332 1381763 UGAUAAGAAGGCAGUUAUCCA 683
1381759 1381767 UCCACUUUCUCCUGGAAAUGCUG 535 1331 1353 1381768 GCAUUUCCAGGAGAAAGUGGA 684
1381761 1381765 GCUGCUUCCUGUUCCAAAGAUUC 536 1352 1374 1381766 AUCUUUGGAACAGGAAGCAGC 685
1381771 1381769 UCAAUGCAGGUUUUGGUCCCUGA 537 203 225 1381770 AGGGACCAAAACCUGCAUUGA 686
1381772 1381777 GGGUAGACUUCUUGGCAAUACUG 538 245 267 1381775 GUAUUGCCAAGAAGUCUACCC 687
1381773 1381780 UGCAGGAUGCCUUCCUUGGUAUC 539 224 246 1381774 UACCAAGGAAGGCAUCCUGCA 688
1381776 1381785 ACAUUGGUGAUCUGCAGUUCAGG 540 266 288 1381783 UGAACUGCAGAUCACCAAUGU 689
1381778 1381779 ACUGGUUGGUUGGCUUCUACCAC 541 287 309 1381781 GGUAGAAGCCAACCAACCAGU 690
1381782 1381786 ACCAGCUGCUGUCUCUCGUUGGC 542 1373 1395 1381784 CAACGAGAGACAGCAGCUGGU 691
1381789 1381787 UUGCACCAGUUCUGGAUGGUCAC 543 308 330 1381788 GACCAUCCAGAACUGGUGCAA 692
1381790 1381799 UUGCACUGCUUGCGGCCCCGCUU 544 329 351 1381800 GCGGGGCCGCAAGCAGUGCAA 693
1381791 1381793 CGGUCAUUGAGCAUGGCUUCCAC 545 1415 1437 1381794 GGAAGCCAUGCUCAAUGACCG 694
1381792 1381797 ACUCUGGCCAUGUGUGUCUCCAC 546 1394 1416 1381796 GGAGACACACAUGGCCAGAGU 695
1381795 1381804 UUCUCCAGGGCCAGGCGGCGGCG 547 1436 1458 1381803 CCGCCGCCUGGCCCUGGAGAA 696
1381798 1381801 AUCACAAAGUGGGGAUGGGUCUU 548 350 372 1381806 GACCCAUCCCCACUUUGUGAU 697
1381802 1381807 GCCUGCAGAGCGGUGAUGUAGUU 549 1457 1479 1381805 CUACAUCACCGCUCUGCAGGC 698
1381808 1381815 UGACGAGGCCGAGGAGGAACAGC 550 1478 1500 1381819 UGUUCCUCCUCGGCCUCGUCA 699
1381809 1381812 AGGGCAUCACUUACAAACUCACC 551 392 414 1381811 UGAGUUUGUAAGUGAUGCCCU 700
1381810 1381816 CCAACUAAGCAGCGGUAGGGAAU 552 371 393 1381813 UCCCUACCGCUGCUUAGUUGG 701
1381817 1381820 AUCCUCUCCUGGUGUAAGAAUUU 553 434 456 1381814 AUUCUUACACCAGGAGAGGAU 702
1381818 1381823 UUGCACUUGUCAGGAACGAGAAG 554 413 435 1381821 UCUCGUUCCUGACAAGUGCAA 703
1381825 1381824 AGAUGAGUUUCGCAAACAUCCAU 555 455 477 1381822 GGAUGUUUGCGAAACUCAUCU 704
1381826 1381829 UUCUUUAGCAUAUUGAACACGUG 556 1499 1521 1381827 CGUGUUCAAUAUGCUAAAGAA 705
1381828 1381833 UUCUGUUCUGCGCGGACAUACUU 557 1520 1542 1381834 GUAUGUCCGCGCAGAACAGAA 706
1381830 1381836 UUGGCGACGGUGUGCCAGUGAAG 558 476 498 1381831 UCACUGGCACACCGUCGCCAA 707
1381832 1381837 CUCUUCUCACUGCAUGUCUCUUU 559 497 519 1381838 AGAGACAUGCAGUGAGAAGAG 708
1381835 1381843 UUUAGGGUGUGCUGUCUGUCCUU 560 1541 1563 1381839 GGACAGACAGCACACCCUAAA 709
1381840 1381841 AUGCGCACAUGCUCGAAAUGCUU 561 1562 1584 1381845 GCAUUUCGAGCAUGUGCGCAU 710
1381842 1381846 GCGGCUUUCUUGGGAUCCACCAU 562 1583 1605 1381847 GGUGGAUCCCAAGAAAGCCGC 711
1381844 1381849 AUAACCUGGGACCGGAUCUGAGC 563 1604 1626 1381848 UCAGAUCCGGUCCCAGGUUAU 712
1381850 1381852 UAAAUCACACGGAGGUGUGUCAU 564 1625 1647 1381851 GACACACCUCCGUGUGAUUUA 713
1381853 1381856 AGAGACUGAUUCAUGCGCUCAUA 565 1646 1668 1381857 UGAGCGCAUGAAUCAGUCUCU 714
1381854 1381859 GGCACGUUGUAGAGCAGGGAGAG 566 1667 1689 1381860 CUCCCUGCUCUACAACGUGCC 715
1381855 1381866 UGAAUCUCCUCGGCCACUGCAGG 567 1688 1710 1381867 UGCAGUGGCCGAGGAGAUUCA 716
1381858 1381865 AGCAGCUCAUCAACUUCAUCCUG 568 1709 1731 1381862 GGAUGAAGUUGAUGAGCUGCU 717
1381861 1381869 GAAUAGUUUUGCUCUUUCUGAAG 569 1730 1752 1381863 UCAGAAAGAGCAAAACUAUUC 718
1381864 1381870 AUGUUGGCCAAGACGUCAUCUGA 570 1751 1773 1381868 AGAUGACGUCUUGGCCAACAU 719
1381872 1381871 CUGAUCCUUGGUUCACUAAUCAU 571 1772 1794 1381873 GAUUAGUGAACCAAGGAUCAG 720
1381874 1381878 AUGAGAGCAUCGUUUCCGUAACU 572 1793 1815 1381877 UUACGGAAACGAUGCUCUCAU 721
1381875 1381881 GGAAGGAGCUCCACGGUGGUUUU 573 1835 1857 1381880 AACCACCGUGGAGCUCCUUCC 722
1381876 1381883 UUCGUUUCGGUCAAAGAUGGCAU 574 1814 1836 1381885 GCCAUCUUUGACCGAAACGAA 723
1381879 1381884 UGCCACGGCUGGAGAUCGUCCAG 575 1877 1899 1381886 GGACGAUCUCCAGCCGUGGCA 724
1381882 1381890 AGGCUGAACUCUCCAUUCACGGG 576 1856 1878 1381891 CGUGAAUGGAGAGUUCAGCCU 725
1381887 1381888 ACAGAGUCAGCCCCAAAAGAAUG 577 1898 1920 1381889 UUCUUUUGGGGCUGACUCUGU 726
1381892 1381895 UCGUUUUCUGUGUUGGCUGGCAC 578 1919 1941 1381894 GCCAGCCAACACAGAAAACGA 727
1381893 1381902 CGGGCAUCAACAGGCUCAACUUC 579 1940 1962 1381903 AGUUGAGCCUGUUGAUGCCCG 728
1381896 1381898 CCAGAACCUGGUCGAGUGGUCAG 580 1982 2004 1381899 GACCACUCGACCAGGUUCUGG 729
1381897 1381900 AGUCCUCGGUCGGCAGCAGGGCG 581 1961 1983 1381901 CCCUGCUGCCGACCGAGGACU 730
1381904 1381908 CCGUAGUCAUGCAAGUUGGUACU 582 518 540 1381907 UACCAACUUGCAUGACUACGG 731
1381909 1381906 AUUCCGCAGGGCAGCAACAUGCC 583 539 561 1381905 CAUGUUGCUGCCCUGCGGAAU 732
1381910 1381915 UCUACCCCUCGGAACUUGUCAAU 584 560 582 1381916 UGACAAGUUCCGAGGGGUAGA 733
1381911 1381914 UCCGUCUUGAUAUUUGUCAACCC 585 2003 2025 1381913 GUUGACAAAUAUCAAGACGGA 734
1381912 1381919 AUCUUCACUUCAGAGAUCUCCUC 586 2024 2046 1381917 GGAGAUCUCUGAAGUGAAGAU 735
1381918 1381921 UCCACAUUGUCACUUUCUUCAGC 587 602 624 1381920 UGAAGAAAGUGACAAUGUGGA 736
1381922 1381924 UCAUGUCGGAAUUCUGCAUCCAU 588 2045 2067 1381926 GGAUGCAGAAUUCCGACAUGA 737
1381923 1381925 GCCAGUGGGCAACACACAAACUC 589 581 603 1381927 GUUUGUGUGUUGCCCACUGGC 738
1381928 1381932 UGAUGAACUUCAUAUCCUGAGUC 590 2066 2088 1381936 CUCAGGAUAUGAAGUUCAUCA 739
1381929 1381934 GCAAAGAACACCAAUUUUUGAUG 591 2087 2109 1381931 UCAAAAAUUGGUGUUCUUUGC 740
1381930 1381937 UCCUCCUCCGCAUCAGCAGAAUC 592 623 645 1381938 UUCUGCUGAUGCGGAGGAGGA 741
1381933 1381941 UUGUUUGAACCCACAUCUUCUGC 593 2108 2130 1381942 AGAAGAUGUGGGUUCAAACAA 742
1381935 1381940 CCCCACCAGACAUCCGAGUCAUC 594 644 666 1381943 UGACUCGGAUGUCUGGUGGGG 743
1381939 1381945 AUGAGUCCAAUGAUUGCACCUUU 595 2129 2151 1381944 AGGUGCAAUCAUUGGACUCAU 744
1381946 1381955 GCUAUGACAACACCGCCCACCAU 596 2150 2172 1381951 GGUGGGCGGUGUUGUCAUAGC 745
1381949 1381954 UGUUUCUUCUUCAGCAUCACCAA 597 2192 2214 1381947 GGUGAUGCUGAAGAAGAAACA 746
1381950 1381956 AAGGUGAUGACGAUCACUGUCGC 598 2171 2193 1381957 GACAGUGAUCGUCAUCACCUU 747
1381953 1381952 GCAUAGUCUGUGUCUGCUCCGCC 599 665 687 1381948 CGGAGCAGACACAGACUAUGC 748
1381958 1381965 CCAUGAUGAAUGGAUGUGUACUG 600 2213 2235 1381966 GUACACAUCCAUUCAUCAUGG 749
1381959 1381962 GCGGCGUCAACCUCCACCACACC 601 2234 2256 1381961 UGUGGUGGAGGUUGACGCCGC 750
1381960 1381968 UGGCGCUCCUCUGGGGUGACAGC 602 2255 2277 1381964 UGUCACCCCAGAGGAGCGCCA 751
1381963 1381971 UAGGUUGGAUUUUCGUAGCCGUU 603 2297 2319 1381969 CGGCUACGAAAAUCCAACCUA 752
1381967 1381973 ACUUUGUCUUCACUCCCAUCUGC 604 686 708 1381975 AGAUGGGAGUGAAGACAAAGU 753
1381970 1381974 UUCUGCUGCAUCUUGGACAGGUG 605 2276 2298 1381972 CCUGUCCAAGAUGCAGCAGAA 754
1381976 1381978 UCCUCCUCUGCUACUUCUACUAC 606 707 729 1381980 AGUAGAAGUAGCAGAGGAGGA 755
1381977 1381989 UGCAUCUGCUCAAAGAACUUGUA 607 2318 2340 1381990 CAAGUUCUUUGAGCAGAUGCA 756
1381979 1381984 GCUGUGGCGGGGGUCUAGUUCUG 608 2339 2361 1381985 GAACUAGACCCCCGCCACAGC 757
1381981 1381983 UGCUGUCCAACUUCAGAGGCUGC 609 2360 2382 1381987 AGCCUCUGAAGUUGGACAGCA 758
1381982 1381991 UCGUCAUCAUCGGCUUCUUCUUC 610 749 771 1381986 AGAAGAAGCCGAUGAUGACGA 759
1381988 1381992 UCUUCCACCUCAGCCACUUCUUC 611 728 750 1381993 AGAAGUGGCUGAGGUGGAAGA 760
1381994 1381997 UGGGUAGUGAAGCAAUGGUUUUG 612 2381 2403 1381996 AAACCAUUGCUUCACUACCCA 761
1381995 1382003 UAUUCUAUAAAUGGACACCGAUG 613 2402 2424 1382000 UCGGUGUCCAUUUAUAGAAUA 762
1381998 1382002 ACAGCACAGCUGUCAAAAGGCGA 614 2465 2487 1382001 GCCUUUUGACAGCUGUGCUGU 763
1381999 1382007 GAUAAUGAGUAAAUCAUAAAACG 615 2444 2466 1382005 UUUUAUGAUUUACUCAUUAUC 764
1382004 1382011 CGGGUUUGUUUCUUCCCACAUUA 616 2423 2445 1382008 AUGUGGGAAGAAACAAACCCG 765
1382006 1382010 GUUCAGGCAUCUACUUGUGUUAC 617 2486 2508 1382009 AACACAAGUAGAUGCCUGAAC 766
1382012 1382013 UCCUCAGCCUCUUCCUCUACCUC 618 791 813 1382014 GGUAGAGGAAGAGGCUGAGGA 767
1382015 1382017 UCUGUGGCUUCUUCGUAGGGUUC 619 812 834 1382018 ACCCUACGAAGAAGCCACAGA 768
1382019 1382021 AAAGAGAGAUAGAAUACAUUACU 620 2528 2550 1382016 UAAUGUAUUCUAUCUCUCUUU 769
1382020 1382024 CUGAUGUGUGGAUUAAUUCAAGU 621 2507 2529 1382022 UUGAAUUAAUCCACACAUCAG 770
1382023 1382029 GUGGCAAUGCUGGUGGUUCUCUC 622 833 855 1382028 GAGAACCACCAGCAUUGCCAC 771
1382025 1382027 GUAGUAUAGAGACCAAAAUGUAA 623 2549 2571 1382026 ACAUUUUGGUCUCUAUACUAC 772
1382030 1382032 UCAUCACCAUCCUCAUCGUCCUC 624 770 792 1382031 GGACGAUGAGGAUGGUGAUGA 773
1382033 1382038 UACACAAAACCCAUUAAUAAUGU 625 2570 2592 1382035 AUUAUUAAUGGGUUUUGUGUA 774
1382034 1382037 AUACAGCUAAAUUCUUUACAGUA 626 2591 2613 1382042 CUGUAAAGAAUUUAGCUGUAU 775
1382036 1382041 UCUGUGGUGGUGGUGGUGGUGGU 627 854 876 1382040 CACCACCACCACCACCACAGA 776
1382039 1382046 AUCUAUUCAUGCACUAGUUUGAU 628 2612 2634 1382047 CAAACUAGUGCAUGAAUAGAU 777
1382043 1382044 CGAACCACCUCUUCCACAGACUC 629 875 897 1382045 GUCUGUGGAAGAGGUGGUUCG 778
1382051 1382064 GUGAUAAAUAAUCAGGAGAGAAU 630 2633 2655 1382060 UCUCUCCUGAUUAUUUAUCAC 779
1382052 1382058 UCACAAACCACAAGAAUAAUAUA 631 2675 2697 1382055 UAUUAUUCUUGUGGUUUGUGA 780
1382053 1382057 UACAACUGGCUAAGGGGCUAUGU 632 2654 2676 1382056 AUAGCCCCUUAGCCAGUUGUA 781
1382054 1382061 GUAAAGUAGGACUUAAUUGGGUC 633 2696 2718 1382062 CCCAAUUAAGUCCUACUUUAC 782
1382059 1382068 CCAUCGAUUCUUAAAGCAUAUGU 634 2717 2739 1382065 AUAUGCUUUAAGAAUCGAUGG 783
1382063 1382067 CACGUUCACAUGAAGCAUCCCCC 635 2738 2760 1382066 GGGAUGCUUCAUGUGAACGUG 784
1382069 1382076 CAAGAGAAGCAGCUGAACUCCCA 636 2759 2781 1382072 GGAGUUCAGCUGCUUCUCUUG 785
1382070 1382074 AUCAGGAAAGGAAUACUUAGGCA 637 2780 2802 1382073 CCUAAGUAUUCCUUUCCUGAU 786
1382071 1382077 AUCUGAAAUACUUAAAAAUGUUU 638 2822 2844 1382079 ACAUUUUUAAGUAUUUCAGAU 787
1382075 1382081 UUAACUUUAAAAUGCAUAGUGAU 639 2801 2823 1382082 CACUAUGCAUUUUAAAGUUAA 788
1382078 1382085 GAAAAAAAAUCUCUCUAAAGCAU 640 2843 2865 1382083 GCUUUAGAGAGAUUUUUUUUC 789
1382080 1382086 GUACAGUAAAAUGCAGUCAUGGA 641 2864 2886 1382084 CAUGACUGCAUUUUACUGUAC 790
1382087 1382095 AUAUAGCAGAAGCAGCAAUCUGU 642 2885 2907 1382098 AGAUUGCUGCUUCUGCUAUAU 791
1382088 1382092 CUCUUAAUUCCUAUAUCACAAAU 643 2906 2928 1382091 UUGUGAUAUAGGAAUUAAGAG 792
1382089 1382093 GAAGAAACAAACGUGUGUAUCCU 644 2927 2949 1382097 GAUACACACGUUUGUUUCUUC 793
1382090 1382096 GUGUGCACAUAAAACAGGCACGA 645 2948 2970 1382100 GUGCCUGUUUUAUGUGCACAC 794
1382103 1382101 CUUGAAGUCUCAAUGCCUAAUGU 646 2969 2991 1382102 AUUAGGCAUUGAGACUUCAAG 795
1382104 1382099 ACGUGGACAAAAAAAGAAAAGCU 647 2990 3012 1382094 CUUUUCUUUUUUUGUCCACGU 796
1382105 1382110 CUUUAUCAAAGACCCAAAGAUAC 648 3011 3033 1382118 AUCUUUGGGUCUUUGAUAAAG 797
1382106 1382112 ACCAGCAGAGCACCCCUCCCCAC 649 3074 3096 1382108 GGGGAGGGGUGCUCUGCUGGU 798
1382107 1382111 ACCCGCCCCGUAAAAGUGCUUAC 650 3053 3075 1382114 AAGCACUUUUACGGGGCGGGU 799
1382116 1382113 ACAAUGAACAGGGAUUCUUUUCU 651 3032 3054 1382109 AAAAGAAUCCCUGUUCAUUGU 800
1382119 1382115 GAGAAUUCUUGGUAAUUGAAGAC 652 3095 3117 1382117 CUUCAAUUACCAAGAAUUCUC 801
1382207 1382216 CCUCUCGAACCACCUCUUCCACA 653 880 902 1382215 UGGAAGAGGUGGUUCGAGAGG 802
1382208 1382210 UCUCGGCUUGUUCAGAGCACACC 654 901 923 1382211 UGUGCUCUGAACAAGCCGAGA 803
1382212 1382217 UCAUUGCUCGGCACGGCCCCGUC 655 922 944 1382218 CGGGGCCGUGCCGAGCAAUGA 804
1382222 1382230 CAUCAAAGUACCAGCGGGAGAUC 656 943 965 1382232 UCUCCCGCUGGUACUUUGAUG 805
1382229 1382235 GGGCACACUUCCCUUCAGUCACA 657 964 986 1382236 UGACUGAAGGGAAGUGUGCCC 806
1382237 1382241 CCAUGCAGUACUCUUCUGUGUCA 658 1027 1049 1382242 ACACAGAAGAGUACUGCAUGG 807
1382239 1382244 CACAUCCGCCGUAAAAGAAUGGG 659 985 1007 1382245 CAUUCUUUUACGGCGGAUGUG 808
1382240 1382249 ACAUGGCGCUGCCACACACGGCC 660 1048 1070 1382248 CCGUGUGUGGCAGCGCCAUGU 809
1382243 1382238 CAAAGUUGUUCCGGUUGCCGCCA 661 1006 1028 1382247 GCGGCAACCGGAACAACUUUG 810
1382256 1382263 CUCGGGCAAGAGGUUCCUGGGUA 662 1090 1112 1382260 CCCAGGAACCUCUUGCCCGAG 811
1382259 1382261 UAGUCUUGAGUAAACUUUGGGAC 663 1069 1091 1382262 CCCAAAGUUUACUCAAGACUA 812
1382269 1382266 ACUGGCUGCUGUUGUAGGAAGUU 664 1122 1144 1382267 CUUCCUACAACAGCAGCCAGU 813
1382273 1382276 UUGUAGGAAGUUUAACAGGAUCU 665 1111 1133 1382275 AUCCUGUUAAACUUCCUACAA 814
表 15 靶向人類 APP SEQ ID No: 3 之 RNAi 化合物
化合物編號 反義寡核苷酸 ID 反義序列 (5 '至 3 ') SEQ ID NO SEQ ID NO: 3 反義起始位點 SEQ ID NO: 3 反義終止位點 有義寡核苷酸 ID 有義序列 (5 '至 3 ') SEQ ID NO
1376142 1378900 GCCGUCUCCCGGGGCCCCCGCGC 815 63 85 1378899 GCGGGGGCCCCGGGAGACGGC 841
1376283 1376285 CGCCUACCGCUGCCGAGGAAACU 816 21 43 1378828 UUUCCUCGGCAGCGGUAGGCG 842
1378827 1378829 GCACGCUCCUCCGCGUGCUCUCG 817 42 64 1378830 AGAGCACGCGGAGGAGCGUGC 843
1378897 1378901 UCUGCCCGCGCCGCCACCGCCGC 818 84 106 1378898 GGCGGUGGCGGCGCGGGCAGA 844
1381703 1381705 UGGGAUCCGCCGCGUCCUUGCUC 819 105 127 1381704 GCAAGGACGCGGCGGAUCCCA 845
1381706 1381708 CCGAGUGCGCUGCUGUGCGAGUG 820 126 148 1381707 CUCGCACAGCAGCGCACUCGG 846
1382120 1382121 AUCCUGCAGAAAAUUGUUUUGGA 821 3192 3214 1382122 CAAAACAAUUUUCUGCAGGAU 847
1382123 1382129 UAAUUUAUUUAUGUAAUACAGUG 822 3255 3277 1382126 CUGUAUUACAUAAAUAAAUUA 848
1382124 1382131 UGUAGAAAGCGAUCAUGUCAUAA 823 3234 3256 1382125 AUGACAUGAUCGCUUUCUACA 849
1382128 1382134 AAGCAAUGAUUCUGUACAAUCAU 824 3213 3235 1382127 GAUUGUACAGAAUCAUUGCUU 850
1382130 1382136 CUUGCCCGGGGUUAUUUUAUUUA 825 3276 3298 1382135 AAUAAAAUAACCCCGGGCAAG 851
1382132 1382137 AGUCAUCCUUCAAAGAAAAGUCU 826 3297 3319 1382139 ACUUUUCUUUGAAGGAUGACU 852
1382133 1382138 CUUCGAUUAUUUAAUGUCUGUAG 827 3318 3340 1382140 ACAGACAUUAAAUAAUCGAAG 853
1382141 1382145 UUAAAGAAAAUUGAAUCUGCCUC 828 3360 3382 1382146 GGCAGAUUCAAUUUUCUUUAA 854
1382142 1382148 UCUUCUCCCCACCCAAAAUUACU 829 3339 3361 1382143 UAAUUUUGGGUGGGGAGAAGA 855
1382144 1382150 AUUUUCAUCUUCUUUUGUAUCAU 830 3402 3424 1382149 GAUACAAAAGAAGAUGAAAAU 856
1382147 1382153 AUAAAUGAAACUUCAGACUGGUU 831 3381 3403 1382155 CCAGUCUGAAGUUUCAUUUAU 857
1382151 1382154 UGUCCAGGCAUGCCUUCCUCAUC 832 3444 3466 1382157 UGAGGAAGGCAUGCCUGGACA 858
1382152 1382156 UCCCCUUAUAUUGCCACUUCCAU 833 3423 3445 1382158 GGAAGUGGCAAUAUAAGGGGA 859
1382159 1382164 ACACAUCUUAAAAGAAGGGUUUG 834 3465 3487 1382160 AACCCUUCUUUUAAGAUGUGU 860
1382161 1382168 UGUAUUUAUUUACAUGAAAACAC 835 3507 3529 1382167 GUUUUCAUGUAAAUAAAUACA 861
1382162 1382166 ACCAUUUUAUACAAAUUGAAGAC 836 3486 3508 1382165 CUUCAAUUUGUAUAAAAUGGU 862
1382163 1382169 UGCUCCUCCAAGAAUGUAUUUAU 837 3521 3543 1382170 AAAUACAUUCUUGGAGGAGCA 863
1382270 1382271 GAAUGGCGCUGCCACACACGGCC 838 1181 1203 1382272 CCGUGUGUGGCAGCGCCAUUC 864
1382274 1382277 UACUGGCUGCUGUUGUAGGAAUG 839 1199 1221 1382197 UUCCUACAACAGCAGCCAGUA 865
1382278 1382279 ACUGACGGAGCCCGAGCGCGGCG 840 1 23 1382280 CCGCGCUCGGGCUCCGUCAGU 866
表 16 靶向人類 APP SEQ ID No: 4 之 RNAi
化合物編號 反義寡核苷酸 ID 反義序列 (5 '至 3 ') SEQ ID NO SEQ ID NO: 4 反義起始位點 SEQ ID NO: 4 反義終止位點 有義寡核苷酸 ID 有義序列 (5 '至 3 ') SEQ ID NO
1382173 1382178 GGAACUCGAACCACCUCUUCCAC 867 994 1016 1382177 GGAAGAGGUGGUUCGAGUUCC 889
1382172 1382179 UAGGAACUCGAACCACCUCUUCC 868 996 1018 1382174 AAGAGGUGGUUCGAGUUCCUA 890
1382175 1382183 AACUCGAACCACCUCUUCCACAG 869 992 1014 1382180 GUGGAAGAGGUGGUUCGAGUU 891
1382176 1382182 AGGAACUCGAACCACCUCUUCCA 870 995 1017 1382184 GAAGAGGUGGUUCGAGUUCCU 892
1382181 1382185 GAACUCGAACCACCUCUUCCACA 871 993 1015 1382188 UGGAAGAGGUGGUUCGAGUUC 893
1382171 1382186 ACUCGAACCACCUCUUCCACAGA 872 991 1013 1382187 UGUGGAAGAGGUGGUUCGAGU 894
1382191 1382194 UACUGGCUGCUGUUGUAGGAACU 873 1011 1033 1382197 UUCCUACAACAGCAGCCAGUA 865
1382190 1382199 UUGUAGGAACUCGAACCACCUCU 874 999 1021 1382192 AGGUGGUUCGAGUUCCUACAA 895
1382193 1382198 ACUGGCUGCUGUUGUAGGAACUC 875 1010 1032 1382200 GUUCCUACAACAGCAGCCAGU 896
1382189 1382195 GUAGGAACUCGAACCACCUCUUC 876 997 1019 1382196 AGAGGUGGUUCGAGUUCCUAC 897
1382206 1382204 GUACUGGCUGCUGUUGUAGGAAC 877 1012 1034 1382201 UCCUACAACAGCAGCCAGUAC 898
1382205 1382203 GUUGUAGGAACUCGAACCACCUC 878 1000 1022 1382202 GGUGGUUCGAGUUCCUACAAC 899
1382209 1382214 CUGUUGUAGGAACUCGAACCACC 879 1002 1024 1382213 UGGUUCGAGUUCCUACAACAG 900
1382219 1382223 UGUAGGAACUCGAACCACCUCUU 880 998 1020 1382221 GAGGUGGUUCGAGUUCCUACA 901
1382220 1382226 UGUUGUAGGAACUCGAACCACCU 881 1001 1023 1382224 GUGGUUCGAGUUCCUACAACA 902
1382228 1382234 UGCUGUUGUAGGAACUCGAACCA 882 1004 1026 1382233 GUUCGAGUUCCUACAACAGCA 903
1382225 1382231 GCUGUUGUAGGAACUCGAACCAC 883 1003 1025 1382227 GGUUCGAGUUCCUACAACAGC 904
1382250 1382251 CUGCUGUUGUAGGAACUCGAACC 884 1005 1027 1382253 UUCGAGUUCCUACAACAGCAG 905
1382246 1382254 GGCUGCUGUUGUAGGAACUCGAA 885 1007 1029 1382252 CGAGUUCCUACAACAGCAGCC 906
1382255 1382257 UGGCUGCUGUUGUAGGAACUCGA 886 1008 1030 1382258 GAGUUCCUACAACAGCAGCCA 907
1382268 1382265 GCUGCUGUUGUAGGAACUCGAAC 887 1006 1028 1382264 UCGAGUUCCUACAACAGCAGC 908
1382048 1382050 CUGGCUGCUGUUGUAGGAACUCG 888 1009 1031 1382049 AGUUCCUACAACAGCAGCCAG 909
實例 5 ：在活體外 RNAi 化合物對人類 APP RNA 之作用，單次劑量
在一系列實驗中在相同培養條件下測試上述雙股RNAi化合物。以下單獨表中呈現各實驗之結果。
使用RNAiMAX，利用20 nM雙股RNAi轉染以每孔6000個細胞之密度培養的HeLa細胞。在大約24小時之處理期之後，自細胞分離RNA且藉由定量即時RTPCR量測APP RNA水準。使用人類引子探針組RTS35571 (上文所述)量測RNA水準。如藉由RIBOGREEN®所量測，APP RNA水準相對於總RNA含量標準化。結果呈相對於PBS對照物之APP RNA變化百分比呈現。符號「ǂ」指示經修飾之寡核苷酸與引子探針組之擴增子區內之標靶轉錄產物互補，因此相關數據不可靠。在此類情況下，必須進行使用替換引子探針之額外分析以準確地評定此類經修飾之寡核苷酸之效力及功效。表 17 RNAi對APP RNA之減少
化合物編號 APP RNA ( 對照 %)
1376283 96
1378827 102
1376142 135
1378897 96
1381703 59
1381706 40
1381710 81
1381709 18
1381712 92
1381734 91
1381733 33
1381735 8
1381736 38
1381740 17
1381755 7
1381771 20
1381772 8
1381778 11
1381773 30
1381776 18
1381789 24
1381790 35
1381798 50
1381809 26
1381810 33
1381817 70
1381818 16
1381825 10
1381830 88
1381832 8
1381835 56
1381842 58
1381909 76
1381904 3
1381910 90
1381918 9
1381923 20
1381930 85
1381935 76
1381953 21
1381982 14
1381988 25
1382030 15
1382173 88
1382172 94
1382176 89
1382175 49
1382181 82
1382171 26
1382191 28
1382189 88
1382193 105
1382190 87
1382205 99
1382206 75
1382208 27
1382209 83
1382207 75
1382212 81
1382219 66
1382220 87
1382222 58
1382225 108
1382228 109
1382229 40
1382243 28
1382237 28
1382239 63
1382240 60
1382250 86
1382246 101
1382255 96
1382259 55
1382256 83
1382268 100
1382269 64
1382270 66
1382273 51
1382274 47
1382278 93
表 18 RNAi對APP RNA之減少
化合物編號 APP RNA ( 對照 %)
1381718 51
1381721 53
1381723 61
1381725 51
1381727 98
1381746 66
1381751 15
1381756 9
1381752 8
1381761 68
1381759 50
1381782 21
1381791 32
1381792 76
1381795 90
1381802 66
1381808 98
1381826 9
1381828 72
1381840 29
1381844 63
1381850 45
1381853 7
1381854 71
1381858 23
1381855 44
1381861 8
1381864 13
1381872 42
1381874 6
1381875 56
1381876 8
1381879 72
1381887 82
1381882 32
1381892 5
1381896 89
1381897 73
1381893 17
1381911 19
1381912 17
1381922 9
1381928 10
1381929 14
1381933 16
1381939 7
1381949 13
1381946 49
1381950 37
1381959 62
1381958 8
1381960 97
1381963 12
1381967 13
1381970 8
1381976 70
1381981 13
1381979 97
1381977 16
1381994 12
1381998 13
1381995 9
1381999 8
1382006 10
1382004 8
1382012 35
1382015 60
1382019 7
1382020 11
1382025 8
1382023 38
1382034 6
1382033 10
1382036 89
1382043 62
1382039 17
1382048 89
1382053 38
1382051 9
1382059 8
表 19 RNAi對APP RNA之減少
化合物編號 APP RNA ( 對照 %)
1382052 12
1382054 5
1382063 16
1382070 10
1382069 10
1382071 10
1382075 7
1382078 11
1382080 13
1382088 14
1382089 5
1382087 9
1382090 7
1382104 4
1382103 6
1382105 5
1382107 30
1382106 41
1382116 7
1382119 7
1382120 8
1382123 5
1382124 7
1382128 5
1382130 67
1382132 51
1382133 57
1382141 60
1382142 67
1382144 68
1382147 56
1382151 66
1382152 62
1382159 62
1382162 54
1382161 51
1382163 64
實例 6 ：在轉殖基因小鼠中與人類 APP 互補之經修飾之寡核苷酸的活性
在Tc1轉殖基因小鼠模型中測試上述寡聚化合物，該小鼠模型含有具有92%所有已知Hsa21基因(包括APP)的自由分離之幾乎完整人類染色體21 (Hsa21)(O'Doherty等人, Science 2005 309(5743):2033-2037)。亦在R1.40 YAC轉殖基因小鼠模型中測試經修飾之ASO，該模型含有具有瑞典突變(Swedish mutation)(K670N/M671L)之整個人類APP基因，如Lamb等人, Human Mol Genetics 1997, 6(9):1535-41中所述。2-3隻一組之成組小鼠ICV注射300 ug ASO或PBS對照物，且在給藥後2週處死。收集各種CNS組織。如以上實例1中所述，藉由RT-PCR量測APP RNA。
Figure 12_A0101_SEQ_0001
Figure 12_A0101_SEQ_0002
Figure 12_A0101_SEQ_0003
Figure 12_A0101_SEQ_0004
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Figure 12_A0101_SEQ_0011
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Figure 12_A0101_SEQ_0013
Figure 12_A0101_SEQ_0014
Figure 12_A0101_SEQ_0015
Figure 12_A0101_SEQ_0016
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Figure 12_A0101_SEQ_0020
Figure 12_A0101_SEQ_0021
Figure 12_A0101_SEQ_0022
Figure 12_A0101_SEQ_0023
Figure 12_A0101_SEQ_0024
Figure 12_A0101_SEQ_0025
Figure 12_A0101_SEQ_0026
Figure 12_A0101_SEQ_0027
Figure 12_A0101_SEQ_0028
Figure 12_A0101_SEQ_0029
Figure 12_A0101_SEQ_0030
Figure 12_A0101_SEQ_0031
Figure 12_A0101_SEQ_0032
Figure 12_A0101_SEQ_0033
Figure 12_A0101_SEQ_0034
Figure 12_A0101_SEQ_0035
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Figure 12_A0101_SEQ_0038
Figure 12_A0101_SEQ_0039
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Figure 12_A0101_SEQ_0041
Figure 12_A0101_SEQ_0042
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Figure 12_A0101_SEQ_0046
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Figure 12_A0101_SEQ_0048
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Figure 12_A0101_SEQ_0050
Figure 12_A0101_SEQ_0051
Figure 12_A0101_SEQ_0052
Figure 12_A0101_SEQ_0053
Figure 12_A0101_SEQ_0054
Figure 12_A0101_SEQ_0055
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Figure 12_A0101_SEQ_0057
Figure 12_A0101_SEQ_0058
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Figure 12_A0101_SEQ_0061
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Claims (84)

  1. 一種寡聚化合物，其包含由12至30個連接核苷組成之經修飾之寡核苷酸，其中該經修飾之寡核苷酸之核鹼基序列與APP RNA之同等長度部分至少80%互補，且其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個選自經修飾之糖及經修飾之核苷間鍵的修飾。
  2. 一種寡聚化合物，其包含由12至30個連接核苷組成之經修飾之寡核苷酸，其中該經修飾之寡核苷酸之核鹼基序列包含SEQ ID NO: 12-501中之任一者之至少12個、13個、14個、15個、16個、17個或18個核鹼基；其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個選自經修飾之糖及經修飾之核苷間鍵的修飾。
  3. 一種寡聚化合物，其包含由12至30個連接核苷組成之經修飾之寡核苷酸，其中該經修飾之寡核苷酸之核鹼基序列包含SEQ ID NO: 502-516中之任一者之至少12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個或20個核鹼基；其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個選自經修飾之糖及經修飾之核苷間鍵的修飾。
  4. 一種寡聚化合物，其包含由12至30個連接核苷組成之經修飾之寡核苷酸，其中該經修飾之寡核苷酸之核鹼基序列包含SEQ ID NO: 517-665或815-888中之任一者之至少12個、13個、14個、15個、16個、17個、18個、19個、20個、21個、22個或23個核鹼基；其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個選自經修飾之糖及經修飾之核苷間鍵的修飾。
  5. 一種寡聚化合物，其包含由12至30個連接核苷組成之經修飾之寡核苷酸，其中該經修飾之寡核苷酸之核鹼基序列與以下各者之至少8個、至少9個、至少10個、至少11個、至少12個、至少13個、至少14個、至少15個、至少16個、至少17個、至少18個、至少19個、至少20個或至少21個相連核鹼基互補： SEQ ID NO: 1之核鹼基40-78之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基69-146之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基83-129之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基83-246之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基94-225之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基194-231之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基194-238之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基236-268之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基258-288之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基285-311之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基296-321之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基307-330之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基329-352之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基330-352之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基339-383之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基415-439之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基413-477之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基415-477之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基477-506之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基477-523之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基477-541之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基530-557之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基581-638之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基636-661之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基652-697之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基728-821之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基770-821之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基920-950之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1006-1049之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1152-1179之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1227-1265之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1227-1274之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1268-1332之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1268-1311之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1289-1332之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1518-1543之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1531-1593之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1544-1593之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1634-1657之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1778-1800之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基1882-1908之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基2051-2074之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基2360-3117之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基2402-3117之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基2360-2655之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基2402-2655之同等長度部分； SEQ ID NO: 1之核鹼基2675-3054之同等長度部分；或 SEQ ID NO: 3之核鹼基3192-3277之同等長度部分； 其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個選自經修飾之糖及經修飾之核苷間鍵的修飾。
  6. 如請求項1至5中任一項之寡聚化合物，其中當跨越該經修飾之寡核苷酸之整個核鹼基序列量測時，該經修飾之寡核苷酸之核鹼基序列與SEQ ID NO: 1-7之核鹼基序列中之任一者至少80%、85%、90%、95%或100%互補。
  7. 如請求項1至6中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸之至少一個核苷為經修飾之核苷。
  8. 如請求項7之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸之至少一個核苷包含經修飾之糖部分。
  9. 如請求項8之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸之至少一個經修飾之核苷包含雙環糖部分。
  10. 如請求項9之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸之至少一個經修飾之核苷包含具有2'-4'橋之雙環糖部分，其中該2'-4'橋係選自-O-CH2 -及-O-CH(CH3 )-。
  11. 如請求項5至10中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸之至少一個經修飾之核苷包含非雙環之修飾糖部分。
  12. 如請求項11之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸之至少一個經修飾之核苷包含具有2'-4'橋之雙環糖部分及至少一個包含非雙環之修飾糖部分的核苷。
  13. 如請求項11或12之寡聚化合物，其中該非雙環之修飾糖部分為2'-MOE修飾糖部分、2'-OMe修飾糖部分或2'-F修飾糖部分。
  14. 如請求項1至13中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個包含糖替代物之經修飾之核苷。
  15. 如請求項14之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸之至少一個經修飾之核苷包含選自嗎啉基及PNA之糖替代物。
  16. 如請求項1至15中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個經修飾之核苷間鍵。
  17. 如請求項16之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸之各核苷間鍵為經修飾之核苷間鍵。
  18. 如請求項17或18之寡聚化合物，其中至少一個核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵。
  19. 如請求項16或18之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含至少一個磷酸二酯核苷間鍵。
  20. 如請求項16、18或19中任一項之寡聚化合物，其中各核苷間鍵係獨立地選自磷酸二酯核苷間鍵或硫代磷酸酯核苷間鍵。
  21. 如請求項1至20中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸包含經修飾之核鹼基。
  22. 如請求項21之寡聚化合物，其中該經修飾之核鹼基為5-甲基胞嘧啶。
  23. 如請求項1至22中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由12-22個、12-20個、14-18個、14-20個、15-17個、15-25個、16-20個、16-18個、18-22個、18-25個、18-20個、20-25個或21-23個連接核苷組成。
  24. 如請求項1至23中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由18個連接核苷組成。
  25. 如請求項1至23中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由20個連接核苷組成。
  26. 如請求項1至23中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由21個連接核苷組成。
  27. 如請求項1至23中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸由23個連接核苷組成。
  28. 如請求項1至27中任一項之寡聚化合物，其中該寡聚化合物為RNA酶H化合物。
  29. 如請求項28之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸為缺口聚物。
  30. 如請求項1至29中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸具有包含以下之糖基元： 由1-6個連接5'-區核苷組成之5'-區； 由6-10個連接中央區核苷組成之中央區；及 由1-6個連接3'-區核苷組成之3'-區； 其中該5'-區之最3'-核苷及該3'-區之最5'-核苷包含經修飾之糖部分，且 該等中央區核苷中之各者係選自包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分之核苷及包含2'-取代之糖部分之核苷；其中該中央區包含至少六個包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分之核苷及至多兩個包含2'-取代之糖部分之核苷。
  31. 如請求項1至26或28至29中任一項之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸具有包含以下之糖基元： 由1-6個連接5'-區核苷組成之5'-區； 由6-10個連接中央區核苷組成之中央區；及 由1-6個連接3'-區核苷組成之3'-區；其中 該等5'-區核苷中之各者及該等3'-區核苷中之各者包含經修飾之糖部分且該等中央區核苷中之各者包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分。
  32. 如請求項31之寡聚化合物，其中該經修飾之寡核苷酸具有包含以下之糖基元： 由5個連接5'-區核苷組成之5'-區； 由10個連接中央區核苷組成之中央區；及 由5個連接3'-區核苷組成之3'-區；其中 該等5'-區核苷中之各者及該等3'-區核苷中之各者包含cEt修飾糖部分或2'-MOE修飾糖部分，且該等中央區核苷中之各者包含2'-β-D-去氧核糖基糖部分。
  33. 如請求項1至27中任一項之寡聚化合物，其中該寡聚化合物為RNAi化合物。
  34. 如請求項1至33中任一項之寡聚化合物，其中該寡聚化合物包含含有包含至少15個相連核鹼基之標靶區域的反義RNAi寡核苷酸，其中該靶向區域與APP RNA之同等長度部分至少90%互補。
  35. 如請求項34之寡聚化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之該靶向區域與APP RNA之同等長度部分至少95%互補或100%互補。
  36. 如請求項34至35中任一項之寡聚化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之該靶向區域包含至少19個、20個、21個或25個相連核鹼基。
  37. 如請求項34至36中任一項之寡聚化合物，其中該APP RNA具有SEQ ID NO: 1-7中之任一者之核鹼基序列。
  38. 如請求項34至37中任一項之寡聚化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷包含選自2'-F、2'-OMe、2'-NMA、LNA及cEt之經修飾之糖部分；或選自GNA及UNA之糖替代物。
  39. 如請求項34至35中任一項之寡聚化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之各核苷包含經修飾之糖部分或糖替代物。
  40. 如請求項34至39中任一項之寡聚化合物，其中該反義RNAi寡核苷酸之該等核苷之至少80%、至少90%或100%包含選自2'-F及2'-OMe之經修飾之糖部分。
  41. 如請求項34至40中任一項之寡聚化合物，其包含穩定化之磷酸酯基，該穩定化之磷酸酯基附接於該反義RNAi寡核苷酸之最5'-核苷之5'位置。
  42. 如請求項41之寡聚化合物，其中該穩定化之磷酸酯基包含膦酸環丙酯或(E )-膦酸乙烯酯。
  43. 如請求項1至42中任一項之寡聚化合物，其中該寡聚化合物為單股寡聚化合物。
  44. 如請求項1至43中任一項之寡聚化合物，其由該經修飾之寡核苷酸或該RNAi反義寡核苷酸組成。
  45. 如請求項1至44中任一項之寡聚化合物，其包含含有結合部分及結合連接子之結合基團。
  46. 如請求項45之寡聚化合物，其中該結合連接子由單鍵組成。
  47. 如請求項45之寡聚化合物，其中該結合連接子係可裂解的。
  48. 如請求項45之寡聚化合物，其中該結合連接子包含1-3個連接子-核苷。
  49. 如請求項45至48中任一項之寡聚化合物，其中該結合基團附接於該經修飾之寡核苷酸或該反義RNAi寡核苷酸之5'-末端。
  50. 如請求項45至48中任一項之寡聚化合物，其中該結合基團附接於該經修飾之寡核苷酸或該反義RNAi寡核苷酸之3'-末端。
  51. 如請求項1至50中任一項之寡聚化合物，其包含端基。
  52. 如請求項1至47或49至51中任一項之寡聚化合物，其中該寡聚化合物不包含連接子-核苷。
  53. 一種寡聚雙鏈體，其包含第一寡聚化合物及第二寡聚化合物，該第一寡聚化合物包含如請求項34至52中任一項之反義RNAi寡核苷酸，該第二寡聚化合物包含由17至30個連接核苷組成之有義RNAi寡核苷酸，其中該有義RNAi寡核苷酸之核鹼基序列包含含有最少15個相連核鹼基之反義雜交區，其中該反義雜交區與該反義RNAi寡核苷酸之同等長度部分至少90%互補。
  54. 如請求項53之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸由18-25個、20-25個或21-23個連接核苷組成。
  55. 如請求項53之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸由21個或23個連接核苷組成。
  56. 如請求項53至55中任一項之寡聚雙鏈體，其中該反義RNAi寡核苷酸或該有義RNAi寡核苷酸之1-4個最3'-核苷為懸垂核苷。
  57. 如請求項53至56中任一項之寡聚雙鏈體，其中該反義RNAi寡核苷酸或該有義RNAi寡核苷酸之1-4個最5'-核苷為懸垂核苷。
  58. 如請求項53至55中任一項之寡聚雙鏈體，其中該雙鏈體在該反義RNAi寡核苷酸之3'-末端進行鈍端化。
  59. 如請求項53至55中任一項之寡聚雙鏈體，其中該雙鏈體在該反義RNAi寡核苷酸之5'-末端進行鈍端化。
  60. 如請求項53至59中任一項之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷包含選自2'-F、2'-OMe、LNA、cEt之經修飾之糖部分；或選自GNA及UNA之糖替代物。
  61. 如請求項60之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸之各核苷包含經修飾之糖部分或糖替代物。
  62. 如請求項61之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸之該等核苷之至少80%、至少90%或100%包含選自2'-F及2'-OMe之經修飾之糖部分。
  63. 如請求項53至62中任一項之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷包含經修飾之核鹼基。
  64. 如請求項53至63中任一項之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷間鍵為經修飾之核苷間鍵。
  65. 如請求項64之寡聚雙鏈體，其中該有義RNAi寡核苷酸之至少一個核苷間鍵為硫代磷酸酯核苷間鍵。
  66. 如請求項53至65中任一項之寡聚雙鏈體，其中該化合物包含1-5個附接於該反義RNA寡核苷酸或該有義RNA寡核苷酸之一個或兩個末端的無鹼基糖部分。
  67. 如請求項53至66中任一項之寡聚雙鏈體，其由該反義RNAi寡核苷酸及該有義RNAi寡核苷酸組成。
  68. 如請求項53至66中任一項之寡聚雙鏈體，其中該第二寡聚化合物包含含有結合部分及結合連接子之結合基團。
  69. 如請求項68之寡聚雙鏈體，其中該結合連接子由單鍵組成。
  70. 如請求項69之寡聚雙鏈體，其中該結合連接子係可裂解的。
  71. 如請求項69之寡聚雙鏈體，其中該結合連接子包含1-3個連接子-核苷。
  72. 如請求項69至71中任一項之寡聚雙鏈體，其中該結合基團附接於該有義RNAi寡核苷酸之5'-末端。
  73. 如請求項69至71中任一項之寡聚雙鏈體，其中該結合基團附接於該有義RNAi寡核苷酸之3'-末端。
  74. 如請求項69至71中任一項之寡聚雙鏈體，其中該結合基團經由該有義RNAi寡核苷酸內之內部位置處的核糖基糖部分之2'-位附接。
  75. 如請求項45至50中任一項之寡聚化合物或如請求項68至74中任一項之寡聚雙鏈體，其中至少一個結合基團包含C16 烷基。
  76. 如請求項53之寡聚雙鏈體，其中該第二寡聚化合物包含端基。
  77. 一種醫藥組合物，其包含如請求項1至52中任一項之寡聚化合物或如請求項53至76之寡聚雙鏈體及醫藥學上可接受之載劑或稀釋劑。
  78. 如請求項77之醫藥組合物，其中該醫藥學上可接受之稀釋劑為人工腦脊髓液、無菌鹽水或PBS。
  79. 如請求項78之醫藥組合物，其中該醫藥組合物基本上由該經修飾之寡核苷酸及無菌鹽水組成。
  80. 一種方法，其包括向動物投與如請求項77至79中任一項之醫藥組合物。
  81. 一種治療與APP相關之疾病的方法，其包括向患有與APP相關之疾病或處於發展出該疾病之風險下的個體投與治療有效量之如請求項77至79中任一項之醫藥組合物；從而治療該與APP相關之疾病。
  82. 如請求項81之方法，其中該與APP相關之疾病為阿茲海默氏症(Alzheimer's Disease)、唐氏症候群(Down Syndrome)患者中之阿茲海默氏症或澱粉樣腦血管病變。
  83. 如請求項80至82中任一項之方法，其中該與APP相關之疾病之至少一種症狀或標誌得到改善。
  84. 如請求項83之方法，其中該症狀或標誌為包括記憶力及語言技能下降之認知損傷、諸如冷漠及缺乏動力之行為症狀及心理症狀、步態不穩及癲癇發作、進行性癡呆及/或異常澱粉樣沈積。
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