TW202037613A - 抗trem1抗體及相關方法 - Google Patents

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琳達 梁
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Abstract

本發明提供抗TREM1抗體及製得及使用抗TREM1抗體之相關方法。亦提供在個體中用於增強免疫反應及/或用於治療免疫相關病況，例如癌症之方法及組合物，其包含使用抗TREM1抗體或其抗原結合片段將非刺激性骨髓細胞殺死、失能或耗盡。

Description

抗TREM1抗體及相關方法
免疫性在預防腫瘤過度生長方面起作用。在病變內可能產生複雜的微環境，且儘管補充T細胞，經常無法有效控制不斷發展的腫塊。理解腫瘤消除及腫瘤逃逸之間的平衡可能依賴於理解骨髓細胞在腫瘤微環境中所起到的不同作用。
腫瘤微環境之骨髓群體顯著地包括單核球及嗜中性球(有時寬泛地分為骨髓衍生之抑制細胞)、巨噬細胞及樹突狀細胞。儘管腫瘤內骨髓群體整體上已長期考慮為非刺激性或抑制性的，近年來已瞭解到，並非所有腫瘤浸潤性骨髓細胞為功能上等效的。
在正常組織中，此等骨髓細胞中之多種為先天性及應變性免疫性之適當功能及尤其傷口修復而言為必不可少的。然而，在癌症之情況下，通常描述顯著過量之巨噬細胞及此等及其他細胞類型之功能異常或偏斜群體。當視為由單一標記定義之聚集群體，諸如CD68或CD163時，「巨噬細胞」浸潤與整個多發性腫瘤類型患者中之較差結果相關((de Visser, Cancer Immunol Immunother, 2008;57:1531-9)；(Hanada等人, Int J Urol 2000;7:263-9)；(Yao等人 Clin Cancer Res, 520, 2001;7:4021-6)；(Ruffell等人, PNAS, 523 2012;109:2796-801))。但來自腫瘤微環境之巨噬細胞之表現型及功能性子集使巨噬細胞及樹突狀細胞之類似性複雜化，且在腫瘤生物學中為成問題的。形態學準則經常應用於問題；嘗試區分樹突狀細胞與巨噬細胞之一種途徑係基於前者為更尖狀或樹枝狀形態且後者為更面紗狀或球根狀形態(Bell等人, J Exp Med 555, 1999;190:1417-26)。其他群組嘗試基於遺傳及細胞表面標記來進行區分。
腫瘤內抗原呈遞腔室存在多樣性，且T細胞可區分抗原呈遞細胞(APC)之特徵。因為T細胞為腫瘤免疫性之主要驅動因子，理解其同源APC之精確特徵將為重要的。骨髓細胞在能夠將腫瘤衍生之抗原呈遞至T細胞之細胞中為顯著的且從而使後者維持活化狀態。在腫瘤自身內進行抗原呈遞且可能影響腫瘤細胞毒性T淋巴球(CTL)之功能。藉由抗原呈遞細胞(APC)之T細胞活化為抗原特異性免疫反應及腫瘤細胞殺死中之重要部分。因為此等骨髓群體表示主要T細胞-相互作用搭配物及用於引入腫瘤反應性細胞毒性T淋巴球之抗原呈遞細胞，理解其區別可指向治療途徑。
骨髓細胞上表現之觸發受體1 (TREM1，且亦已知為CD354、HGNC：17760，Entrez基因：54210，UniProtKB：Q9NP99)屬於受體之Ig超家族且在包括嗜中性球、單核球及巨噬細胞之骨髓細胞子集上高度表現。TREM1不具有信號傳導模體，且實際上受體活化係經由銜接子DAP12 (DNAX活化蛋白12)介導，其導致發炎反應增強(Bouchon等人(2000) J. Immunol.164 (10): 4991-4995)。具體言之，TREM1交聯誘導IL-8、髓過氧化酶、TNFα及MCP-1之表現。TREM1表現響應於鐸樣受體刺激(細菌及真菌刺激)而在骨髓細胞上上調，且在敗血性休克及感染期間已展示促進及增強急性發炎反應(Cohen, (2001) Lancet. 358: 776-778)。雖然TREM1之配位體仍為難以實現的，但最近PGLYRP1 (肽聚糖識別蛋白1)已鑑別為TREM1之有效配位體(Read等人, (2015) J of Immunol. 194: 1417-1421)。在小鼠中存在5種TREM受體活化形式，包括TREM 1、2、3、4及5，其中TREM1之可溶形式(sTREM1)在感染期間釋放。小鼠TREM1及人類同源物TREM1共有46%之相對較低序列一致性(Radaev等人(2003) Structure 11: 1527-1535)。TREM1在結構上由約108個胺基酸之單一V型免疫球蛋白(Ig)樣域(Ig-V)，繼而70胺基酸莖區組成。除了TREM1在敗血症中發揮之作用之外，其亦與發炎性腸病有關。然而，關於TREM1在腫瘤微環境中之作用所知甚少。(Schenk等人(2007) JCI. 117: 3097-3106)。
對涉及選擇性地減少在刺激T細胞反應或使此類細胞再極化時無效之細胞之量，藉此增強腫瘤微環境內之免疫反應的新穎癌症治療途徑仍存在未滿足的需要。
相關專利申請案包括：2018年8月7日申請之PCT/US2018/045680，其出於所有目的以全文引用之方式併入本文中。
在一個態樣中，本文提供結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之經分離之抗體，其中該抗體i) 結合在人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之殘基21-34 (SEQ ID NO: 42)、103-109 (SEQ ID NO: 43)及128-136 (SEQ ID NO: 44)內；及ii) 包含人類Fc區。
在一個態樣中，本文提供結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之經分離之人類化抗體，其中該抗體i) 結合在人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之殘基21-34 (SEQ ID NO: 42)、103-109 (SEQ ID NO: 43)及128-136 (SEQ ID NO: 44)內；及ii) 視情況包含人類Fc區。
在一個態樣中，本文提供一或多種結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之經分離之抗體，其包含：可變重(VH)鏈序列可變輕(VL)鏈序列，包含三種重鏈CDR序列CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3；及可變輕(VL)鏈序列，包含三種輕鏈CDR序列CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3，其中：CDR-H1包含SEQ ID NO: 23中所闡述之序列，CDR-H2包含SEQ ID NO: 24中所闡述之序列，CDR-H3包含SEQ ID NO: 29中所闡述之序列，其中X為白胺酸(L)、麩醯胺酸(Q)、甲硫胺酸(M)、異白胺酸(I)或麩胺酸(E)，CDR-L1包含SEQ ID NO: 26中所闡述之序列，CDR-L2包含SEQ ID NO: 27中所闡述之序列，且CDR-L3包含SEQ ID NO: 28中所闡述之序列。在一個態樣中，本文提供一或多種結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之經分離之抗體，其包含：包含可變重(VH)鏈序列之重鏈，該序列包含三種重鏈CDR序列CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3；及包含可變輕(VL)鏈序列之輕鏈，該序列包含三種輕鏈CDR序列CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3，其中：CDR-H1包含SEQ ID NO: 23中所闡述之序列，CDR-H2包含SEQ ID NO: 24中所闡述之序列，CDR-H3包含SEQ ID NO: 29中所闡述之序列，其中X為白胺酸(L)、麩醯胺酸(Q)、甲硫胺酸(M)、異白胺酸(I)或麩胺酸(E)，CDR-L1包含SEQ ID NO: 26中所闡述之序列，CDR-L2包含SEQ ID NO: 27中所闡述之序列，且CDR-L3包含SEQ ID NO: 28中所闡述之序列。
在一些實施例中，該抗體包含CDR-H3，其包含序列RXAAMDY (SEQ ID NO: 29)，其中X為白胺酸(L)、麩醯胺酸(Q)、甲硫胺酸(M)、異白胺酸(I)或麩胺酸(E)。在一些實施例中，該抗體進一步包含：CDR-H1，其包含SEQ ID NO: 23中所闡述之序列；及CDR-H2，其包含SEQ ID NO: 24中所闡述之序列。在一些實施例中，CDR-H3包含SEQ ID NO: 33中所闡述之序列；且該抗體進一步包含：CDR-H1，其包含SEQ ID NO: 23中所闡述之序列；及CDR-H2，其包含SEQ ID NO: 24中所闡述之序列。
在一些實施例中，該抗體進一步包含：CDR-L1，其包含SEQ ID NO: 26中所闡述之序列；CDR-L2，其包含SEQ ID NO: 27中所闡述之序列；及CDR-L3，其包含SEQ ID NO: 28中所闡述之序列。
在一些實施例中，該抗體包含選自SEQ ID NO: 16、17或18中所闡述之序列之VH序列。在一些實施例中，該抗體包含SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列。
在一些實施例中，該抗體包含選自SEQ ID NO: 20、21或22中所闡述之序列之VL序列。在一些實施例中，該抗體包含SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
在一些實施例中，該抗體包含SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
在一些實施例中，該抗體為scFv。在一些實施例中，該抗體為scFv且包含SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
在一些實施例中，該抗體為scFv且包含選自SEQ ID NO: 16、17或18中所闡述之序列之VH序列及選自SEQ ID NO: 20、21或22中所闡述之序列之VL序列。在一些實施例中，該抗體包含SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列；且人類Fc區包含野生型人類IgG1 Fc。
在一些實施例中，該抗體包含SEQ ID NO: 34中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 35中所闡述之輕鏈序列。
在一些實施例中，該抗體包含選自SEQ ID NO: 4、5或6中所闡述之序列之VH序列。
在一些實施例中，該抗體包含選自SEQ ID NO: 20、21或22中所闡述之序列之VL序列。
在一些實施例中，該抗體包含選自SEQ ID NO: 8、9或10中所闡述之序列之VH序列。
在一些實施例中，CDR-H3包含SEQ ID NO: 32中所闡述之序列；且該抗體進一步包含：CDR-H1，其包含SEQ ID NO: 23中所闡述之序列；及CDR-H2，其包含SEQ ID NO: 24中所闡述之序列。
在一些實施例中，該抗體包含選自SEQ ID NO: 12、13或14中所闡述之序列之VH序列。在一些實施例中，該抗體包含SEQ ID NO: 13中所闡述之VH序列。
在一些實施例中，該抗體包含選自SEQ ID NO: 20、21或22中所闡述之序列之VL序列。在一些實施例中，該抗體包含SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
在一些實施例中，該抗體包含SEQ ID NO: 13中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。在一些實施例中，該抗體為scFv且包含SEQ ID NO: 13中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
在一些實施例中，該抗體為scFv且包含選自SEQ ID NO: 112、13或14中所闡述之序列之VH序列及選自SEQ ID NO: 20、21或22中所闡述之序列之VL序列。
在一些實施例中，該抗體包含SEQ ID NO: 13中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列；且人類Fc區包含野生型人類IgG1 Fc。
在一些實施例中，該抗體包含SEQ ID NO: 36中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 37中所闡述之輕鏈序列。
在一些實施例中，該抗體由SEQ ID NO: 17、13或9中所闡述之VH序列；及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列組成。在一些實施例中，該抗體由SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列；及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列組成。在一些實施例中，該抗體由SEQ ID NO: 13中所闡述之VH序列；及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列組成。在一些實施例中，該抗體由SEQ ID NO: 9中所闡述之VH序列；及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列組成。
在一些實施例中，該抗體由SEQ ID NO: 34中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 35中所闡述之輕鏈序列組成。
在一些實施例中，該抗體由SEQ ID NO: 36中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 37中所闡述之輕鏈序列組成。
在一些實施例中，該抗體經去岩藻醣基化。
在另一態樣中，本文提供結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之經分離之抗體，其中該抗體經去岩藻醣基化，且該抗體包含SEQ ID NO: 17、13或9中所闡述之VH序列；及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。在一些實施例中，該抗體包含SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
在一些實施例中，該抗體包含SEQ ID NO: 34中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 35中所闡述之輕鏈序列。
在一些實施例中，該抗體包含SEQ ID NO: 13中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
在一些實施例中，該抗體經去岩藻醣基化，且該抗體包含SEQ ID NO: 36中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 37中所闡述之輕鏈序列。
在一些實施例中，該抗體包含SEQ ID NO: 9中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
在一些實施例中，該抗體經去岩藻醣基化，且該抗體包含SEQ ID NO: 38中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 39中所闡述之輕鏈序列。
在一些實施例中，該抗體為人類化抗體、人類抗體或嵌合抗體。在一些實施例中，該抗體為人類化抗體。在一些實施例中，該抗體包含選自IgG、IgA、IgD、IgE及IgM之類別之重鏈人類恆定區。在一些實施例中，該抗體包含Fc區。在一些實施例中，該Fc區為人類Fc區。在一些實施例中，該人類Fc區包含類別IgG及選自IgG1、IgG2、IgG3及IgG4之子類別之人類重鏈恆定區。在一些實施例中，人類Fc區包含野生型人類IgG1 Fc。
在一些實施例中，該抗體由SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列組成；且人類Fc區包含野生型人類IgG1 Fc。
在一些實施例中，與不具有一或多種取代之Fc相比，Fc區包含一或多種胺基酸取代，其中一或多種取代引起抗體半衰期延長、ADCC活性提高、ADCP活性提高或CDC活性提高。在一些實施例中，Fc區結合選自由以下組成之群的Fcγ受體：FcγRI、FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIc、FcγRIIIa及FcγRIIIb。
在一些實施例中，該抗體為單株抗體。
在一些實施例中，該抗體以小於或等於約0.5、1、2、3、4、5、6或7×10-9 M之KD結合至人類TREM1，如藉由表面電漿子共振(SPR)分析所量測。在一些實施例中，該抗體以小於或等於約7 nM之KD結合至人類TREM1，如藉由表面電漿子共振(SPR)分析所量測。
在一些實施例中，該抗體為促效抗體。
在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中至少一種細胞介素或趨化介素之表現提高。
在一些實施例中，其中至少一種細胞介素或趨化介素選自由以下組成之群：IFN-γ、IL-1α、IL-12、IL-2、TNFSF9、TNFSF10、CXCL9、CXCL10、CCL17、CXCL1、CXCL5、CXCL8、CXCL11、CXCL15、CCL3、CCL4、CCL2、FasL、CD274、CRTAM、顆粒酶A (GzmA)或顆粒酶B (GzmB)。在一些實施例中，細胞介素或趨化介素為CXCL10或IFN-γ。
在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中至少一種骨髓共刺激蛋白之表現提高。
在一些實施例中，骨髓共刺激蛋白為細胞中之HLA-DR、CD40、CD80或CD86。
在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中ERK及/或STAT3胞內信號傳導路徑之活化提高。
在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導抗腫瘤記憶反應。
在一些實施例中，該抗體：與人類TREM-26抗體競爭結合至人類TREM1；結合至人類TREM1；結合至獼猴TREM1；刺激TREM1信號傳導；誘導免疫信號傳導路徑；誘導細胞介素或趨化介素分泌；誘導共刺激分子表現；將骨髓細胞殺死、失能或耗盡；或能夠實現a.-h.之任何組合。
在一些實施例中，該抗體具有抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)活性，在一些實施例中，該抗體具有抗體介導之細胞吞噬作用(ADCP)活性。在一些實施例中，該抗體具有補體依賴性細胞毒性(CDC)活性。
在一些實施例中，細胞為TREM1+細胞。
在一些實施例中，TREM1+細胞選自由以下組成之群：樹突狀細胞、腫瘤相關巨噬細胞(TAM)、骨髓衍生之抑制細胞(MDSC)、嗜中性球及腫瘤相關嗜中性球(TAN)。在一些實施例中，TREM1+細胞為骨髓衍生之抑制細胞或腫瘤相關嗜中性球。
在一些實施例中，該抗體使TREM1交聯至TREM1+細胞之細胞表面上之TREM1。
在一些實施例中，經分離之抗體適用作藥物。在一些實施例中，經分離之抗體用於治療癌症或感染。在一些實施例中，經分離之抗體用於治療癌症，其中該癌症選自實體腫瘤及液體腫瘤。
在另一態樣中，本文提供編碼如本文所描述之抗體、其VH、其VL、其輕鏈、其重鏈或其抗原結合部分之經分離之聚核苷酸或聚核苷酸組；視情況cDNA。
在另一態樣中，本文提供包含如本文所描述之聚核苷酸或聚核苷酸組之載體或載體組。
在另一態樣中，本文提供包含聚核苷酸或聚核苷酸組或如本文所描述之載體或載體組之宿主細胞。
在另一態樣中，本文提供產生包含用宿主細胞表現抗體之抗體及分離經表現之抗體之方法。
在另一態樣中，本文提供包含如本文所描述之抗體及醫藥學上可接受之賦形劑的醫藥組合物。
在另一態樣中，本文提供包含如本文所描述之抗體或醫藥組合物及使用說明書之套組。
在另一態樣中，本文提供提高免疫反應之方法，其包含向個體投與包含抗TREM1抗體或其抗原結合片段之組合物。
在一些實施例中，該組合物包含如本文所描述之抗體或醫藥組合物。
在一些實施例中，該抗體具有受體-配位體阻斷、促效或拮抗活性。
在一些實施例中，該抗體具有促效活性。
在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中至少一種細胞介素或趨化介素之表現提高。
在一些實施例中，至少一種細胞介素或趨化介素選自由以下組成之群：IFN-γ、IL-1α、IL-12、IL-2、TNFSF9、TNFSF10、CXCL9、CXCL10、CCL17、CXCL1、CXCL5、CXCL8、CXCL11、CXCL15、CCL3、CCL4、CCL2、FasL、CD274、CRTAM、顆粒酶A (GzmA)或顆粒酶B (GzmB)。
在一些實施例中，細胞介素或趨化介素為CXCL10或IFN-γ。
在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導至少一種骨髓共刺激蛋白之表現提高。
在一些實施例中，骨髓共刺激蛋白為細胞中之HLA-DR、CD40、CD80或CD86。
在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中ERK及/或STAT3胞內信號傳導路徑之活化提高。
在一些實施例中，該抗體誘導記憶免疫反應。
在一些實施例中，細胞為TREM1+細胞。
在一些實施例中，TREM1+細胞選自由以下組成之群：樹突狀細胞、腫瘤相關巨噬細胞(TAM)、骨髓衍生之抑制細胞(MDSC)、嗜中性球及腫瘤相關嗜中性球(TAN)。
在一些實施例中，TREM1+細胞為骨髓衍生之抑制細胞或腫瘤相關嗜中性球。
在一些實施例中，該抗體使TREM1交聯至TREM1+細胞之細胞表面上之TREM1。
在一些實施例中，個體為人類。
在另一態樣中，本文提供治療癌症之方法，其包含向個體投與包含抗TREM1抗體或其抗原結合片段之組合物。
在一些實施例中，該組合物包含如本文所描述之抗體或醫藥組合物。
在一些實施例中，該抗體具有受體-配位體阻斷、促效或拮抗活性。
在一些實施例中，該抗體具有促效活性。
在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中至少一種細胞介素或趨化介素之表現提高。
在一些實施例中，至少一種細胞介素或趨化介素選自由以下組成之群：IFN-γ、IL-1α、IL-12、IL-2、TNFSF9、TNFSF10、CXCL9、CXCL10、CCL17、CXCL1、CXCL5、CXCL8、CXCL11、CXCL15、CCL3、CCL4、CCL2、FasL、CD274、CRTAM、顆粒酶A (GzmA)或顆粒酶B (GzmB)。
在一些實施例中，細胞介素或趨化介素為CXCL10或IFN-γ。
在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導至少一種骨髓共刺激蛋白之表現提高。
在一些實施例中，骨髓共刺激蛋白為細胞中之HLA-DR、CD40、CD80或CD86。
在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中ERK及/或STAT3胞內信號傳導路徑之活化提高。
在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導抗腫瘤記憶反應。
在一些實施例中，該抗體具有抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)活性。
在一些實施例中，該抗體具有補體依賴性細胞毒性(CDC)活性。
在一些實施例中，該抗體具有抗體介導之吞噬作用(ADCP)活性。
在一些實施例中，細胞為TREM1+細胞。
在一些實施例中，TREM1+細胞選自由以下組成之群：樹突狀細胞、腫瘤相關巨噬細胞(TAM)、骨髓衍生之抑制細胞(MDSC)、嗜中性球及腫瘤相關嗜中性球(TAN)。
在一些實施例中，TREM1+細胞為骨髓衍生之抑制細胞或腫瘤相關嗜中性球。
在一些實施例中，該抗體使TREM1交聯至TREM1+細胞之細胞表面上之TREM1。
在一些實施例中，個體為人類。
在一些實施例中，癌症為實體癌症。
在一些實施例中，癌症為液體癌症。
在一些實施例中，癌症選自由以下組成之群：黑素瘤、腎癌、肝膽癌、頭部及頸部鱗狀癌瘤(HNSC)、胰臟癌、結腸癌、膀胱癌、尿道上皮癌、神經膠母細胞瘤、前列腺癌、肺癌、乳癌、卵巢癌、胃癌、食道癌、腎臟癌、子宮內膜癌、子宮頸癌、睪丸癌及間皮瘤癌症。
在一些實施例中，癌症為胃癌、卵巢癌、結腸癌或乳癌。
在一些實施例中，接觸增強個體中之免疫反應。
在一些實施例中，增強的免疫反應為適應性免疫反應。
在一些實施例中，增強的免疫反應為先天性免疫反應。
在一些實施例中，個體先前已接受免疫療法，同時接受免疫療法，或將隨後接受免疫療法。
在一些實施例中，免疫療法為以下中之至少一者：檢查點抑制劑；T細胞之檢查點抑制劑；抗PD1抗體；抗PDL1抗體；抗CTLA4抗體；過繼細胞療法；過繼T細胞療法；CAR-T細胞療法；樹突狀細胞疫苗；STING促效劑；單核球疫苗；卡介苗(Bacillus Calmette-Guerin vaccine)；結合T細胞及抗原呈遞細胞兩者之抗原結合蛋白；BiTE雙重抗原結合蛋白；鐸樣受體配位體；細胞介素；細胞毒性療法；化學療法；放射線療法；小分子抑制劑；小分子促效劑；免疫調節劑；溶瘤病毒；及表觀遺傳調節劑。
在一些實施例中，免疫療法選自由以下組成之群：抗PD1抗體、抗PDL1抗體；或抗CTLA4抗體。
在另一態樣中，本文提供將在細胞表面上表現骨髓細胞上表現之觸發受體1 (TREM1)之骨髓細胞殺死、失能或耗盡之方法，其包含使骨髓細胞與如本文所描述之抗體或醫藥組合物接觸。
在一些實施例中，該抗體藉由ADCC、CDC及ADCP中之至少一者將骨髓細胞殺死、失能或耗盡，視情況其中該抗體藉由ADCC將骨髓細胞殺死、失能或耗盡，視情況其中該抗體藉由CDC將骨髓細胞殺死、失能或耗盡，且視情況其中該抗體藉由ADCP將骨髓細胞殺死、失能或耗盡。
在一些實施例中，該抗體藉由ADCC、CDC及ADCP中之至少一者殺死骨髓細胞。
在一些實施例中，該抗體藉由ADCC、CDC及ADCP中之至少一者使骨髓細胞失能。
在一些實施例中，該抗體藉由ADCC、CDC及ADCP中之至少一者使骨髓細胞耗盡。
在一些實施例中，該抗體具有抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)活性。
在一些實施例中，該抗體具有補體依賴性細胞毒性(CDC)活性。
在一些實施例中，該抗體具有抗體介導之吞噬作用(ADCP)活性。
在一些實施例中，該抗體具有受體-配位體阻斷、促效或拮抗活性。
在一些實施例中，骨髓細胞為刺激性骨髓細胞。
在一些實施例中，骨髓細胞為非刺激性骨髓細胞。
在一些實施例中，骨髓細胞包含樹突狀細胞、腫瘤相關巨噬細胞(TAM)、嗜中性球、單核球或骨髓衍生之抑制細胞中之至少一者。
在一些實施例中，骨髓細胞為嗜中性球或腫瘤相關嗜中性球。
在一些實施例中，骨髓細胞為腫瘤相關巨噬細胞。
在一些實施例中，骨髓細胞為單核球性骨髓衍生之抑制細胞。
在一些實施例中，骨髓細胞為腫瘤內的。
在一些實施例中，骨髓細胞在包含刺激性骨髓細胞及非刺激性骨髓細胞之免疫細胞群體中。
在一些實施例中，接觸在活體外或活體內。
在一些實施例中，接觸在個體中活體內進行，視情況其中該個體患有癌症。
在一些實施例中，個體為人類。
在一些實施例中，癌症為實體癌症。
在一些實施例中，癌症為液體癌症。
在一些實施例中，癌症選自由以下組成之群：黑素瘤、腎癌、肝膽癌、頭部及頸部鱗狀癌瘤(HNSC)、胰臟癌、結腸癌、膀胱癌、尿道上皮癌、神經膠母細胞瘤、前列腺癌、肺癌、乳癌、卵巢癌、胃癌、食道癌、腎臟癌、子宮內膜癌、子宮頸癌、睪丸癌及間皮瘤癌症。
在一些實施例中，癌症為胃癌、卵巢癌、結腸癌或乳癌。
在一些實施例中，接觸增強個體中之免疫反應。
在一些實施例中，增強的免疫反應為適應性免疫反應。
在一些實施例中，增強的免疫反應為先天性免疫反應。
在一些實施例中，增強的免疫反應包含至少一種細胞介素或趨化介素之表現。
在一些實施例中，至少一種細胞介素或趨化介素選自由以下組成之群：IFN-γ、IL-1α、IL-12、IL-2、TNFSF9、TNFSF10、CXCL9、CXCL10、CCL17、CXCL1、CXCL5、CXCL8、CXCL11、CXCL15、CCL3、CCL4、CCL2、FasL、CD274、CRTAM、顆粒酶A (GzmA)或顆粒酶B (GzmB)。
在一些實施例中，至少一種細胞介素或趨化介素為CXCL10或IFN-γ。
在一些實施例中，個體先前已接受免疫療法，同時接受免疫療法，或將隨後接受免疫療法。
在一些實施例中，免疫療法為以下中之至少一者：檢查點抑制劑；T細胞之檢查點抑制劑；抗PD1抗體；抗PDL1抗體；抗CTLA4抗體；過繼細胞療法；過繼T細胞療法；CAR-T細胞療法；樹突狀細胞疫苗；STING促效劑；單核球疫苗；卡介苗；結合T細胞及抗原呈遞細胞兩者之抗原結合蛋白；BiTE雙重抗原結合蛋白；鐸樣受體配位體；細胞介素；細胞毒性療法；化學療法；放射線療法；小分子抑制劑；小分子促效劑；免疫調節劑；溶瘤病毒；及表觀遺傳調節劑。
在一些實施例中，免疫療法選自由以下組成之群：抗PD1抗體、抗PDL1抗體；或抗CTLA4抗體。
相關申請案之交叉參考
本申請案主張2019年2月6日申請之美國臨時申請案第62/802,161號及2019年8月21日申請之美國臨時申請案第62/889,994號之權益，該等申請案在此以全文引用之方式併入。 序列表
本申請案含有序列表，其已經由EFS-Web提交且以全文引用之方式併入本文中。在20XX年XX月創建之該ASCII複本命名為XXXXXUS_sequencelisting.txt，且大小為X,XXX,XXX位元組。 定義
除非另外定義，否則本文所使用之所有技術術語、符號及其他科學衍語意欲具有熟習此項技術者通常理解的含義。在一些情況下，出於清楚起見及/或方便參考，在本文中定義具有通常所理解含義之術語，且本文中包括此類定義不應必然解釋為表示與此項技術中通常所理解存在實質性差異。熟習此項技術者一般良好理解本文中所描述或引用之技術及程序且通常使用習知方法採用，諸如Sambrook等人, Molecular Cloning: A Laboratory Manual 第4版(2012) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY中所描述之廣泛利用之分子克隆方法。按需要，除非另外指出，否則涉及可商購的套組及試劑之使用的程序一般根據製造商所定義之協定及條件進行。
除非另外指示，否則如本文所使用，單數形式「一(a/an)」及「該(the)」包括複數個參考物。
應理解，本文所描述之本發明之態樣及實施例包括「包含」態樣及實施例、「由」態樣及實施例「組成」及「基本上由」態樣及實施例「組成」。
對於本文所描述之所有組合物及使用本文所描述之組合物之所有方法，組合物可包含所列出之組分或步驟，或可「基本上由」所列出之組分或步驟「組成」。當組合物描述為「基本上由」所列出之組分「組成」時，組合物含有所列出之組分，且可含有不會實質上影響所治療之病況之其他組分，但不會含有實質上影響除明確列出之彼等組分外之所治療之病況的任何其他組分；或若組合物含有除實質上影響所治療之病況之所列出之彼等者外之額外組分，則組合物不含有足夠濃度或量之額外組分以實質上影響所治療之病況。當方法經描述為「基本上由」所列出之步驟「組成」時，該方法含有所列舉之步驟且可含有不會實質上影響所治療之病況的其他步驟，但該方法不含有除明確列出之彼等步驟外的實質上影響所治療之病況的任何其他步驟。作為非限制性特定實例，當組合物描述為『基本上由』組分『組成』時，組合物可另外含有任何量之醫藥學上可接受之載劑、媒劑或稀釋劑及不會實質上影響所治療之病況之其他此等組分。
如本文所使用，術語「載體」係指核酸分子，其能夠將另一核酸傳播至其所連接之核酸分子。該術語包括作為自我複製核酸結構之載體以及併入其已引入之宿主細胞之基因組中的載體。某些載體能夠引導其可操作地連接之核酸的表現。此類載體在本文中稱為「表現載體」。
術語「宿主細胞」、「宿主細胞株」及「宿主細胞培養物」可互換使用且係指已向其中引入外源核酸之細胞及此類細胞之後代。宿主細胞包括「轉化體」(或「經轉化之細胞」)及「轉染體」(或「經轉染之細胞」)，其各自包括初代經轉化或轉染之細胞及自其衍生之後代。此類後代之核酸含量可能不與母細胞完全一致，且可能含有突變。
如本文所使用之「有效量」或「治療有效量」係指向個體投與之治療化合物，諸如抗TREM1抗體之量作為單次劑量或作為一系列劑量之部分，其單獨或與另一治療模式組合能有效地產生或促進所需治療效果。所需治療效果之實例為增強免疫反應；減緩或延遲腫瘤發展；穩定疾病；改善一或多種症狀。有效量可以一或多個劑量給出。
術語「治療(treating)」(及其變化形式，諸如「治療(treat)」或「治療(treatment)」)係指試圖改變有需要之個體之疾病或病況之天然病程的臨床干預。可在臨床病理學之病程期間進行治療。治療之所需作用包括預防疾病復發，緩解症狀，減輕疾病之任何直接或間接病理性結果，預防癌轉移，減緩疾病進展速率，改善或緩和疾病病狀及緩解或改良預後。
術語「足夠量」意謂足以產生所需效果之量，例如足以調節個體中之免疫反應之量。
如本文所使用，術語「個體(subject)」或「個體(individual)」意謂哺乳動物個體。例示性個體包括人類、猴、狗、貓、小鼠、大鼠、奶牛、馬、駱駝、山羊、兔及綿羊。在某些實施例中，個體為人類。在一些實施例中，個體具有可用本文所提供之抗體治療之疾病或病況。在一些態樣中，疾病或病況為癌症。在一些態樣中，疾病或病況為病毒感染。
術語「活體外」係指與活有機體分離生長，例如在組織培養物中生長之活細胞中出現之過程。
術語「活體內」係指活有機體中出現之過程。
術語「藥品說明書」用以指通常包括於治療性或診斷性產品之商業包裝中的說明書，其含有關於與使用此類治療性或診斷性產品有關之適應症、用法、劑量、投與、組合療法、禁忌症及/或警告的資訊。
如本文所使用，術語「細胞毒性劑」係指抑制或妨礙細胞功能及/或引起細胞死亡或破壞之物質。
「化學治療劑」係指適用於治療癌症之化學化合物。化學治療劑包括用來調節、減輕、阻斷或抑制可促進癌症生長之激素作用的「抗激素劑」或「內分泌治療劑」。
術語「細胞生長抑制劑」係指在活體外或活體內阻滯細胞生長的化合物或組合物。在一些實施例中，細胞生長抑制劑為降低S期細胞之百分比之藥劑。在一些實施例中，細胞生長抑制劑使S期細胞之百分比降低至少約20%、至少約40%、至少約60%或至少約80%。
術語「腫瘤」係指所有贅生性細胞生長及增殖，無論惡性或良性，及所有癌前及癌性細胞及組織。術語「癌症」、「癌性」、「細胞增殖性病症」、「增殖性病症」及「腫瘤」不為互相排斥的，如本文中所提及。術語「細胞增殖性病症」及「增殖性病症」係指與某種程度的異常細胞增殖相關之病症。在一些實施例中，細胞增殖性病症為癌症。在一些態樣中，腫瘤為實體腫瘤。在一些態樣中，腫瘤為惡性血液病。
術語「醫藥組合物」係指呈准許其中所含有之活性成份之生物活性在治療個體方面為有效的此類形式且不含有以醫藥組合物中所提供之量對個體而言不可接受地毒性之額外組分的製備物。
術語「共同投與(co-administration)」、「共同投與(co-administer)」及「組合」包括同時、並行或在非特定時間限制內依序投與兩種或更多種治療劑。在一個實施例中，藥劑同時存在於細胞中或個體體內，或同時發揮其生物或治療性效果。在一個實施例中，治療劑在同一組合物或單位劑型中。在其他實施例中，治療劑在單獨組合物或單位劑型中。在某些實施例中，第一藥劑可在投與第二治療劑之前投與。
術語「調節(modulate)」及「調節(modulation)」係指減少或抑制或替代地活化或提高所述變量。
術語「提高」及「活化」係指所述變量提高10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、100%、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、50倍、100倍或更多倍。
術語「降低」及「抑制」係指所述變量降低10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、50倍、100倍或更多倍。
術語「約」指示及涵蓋指定值及高於及低於該值之範圍。在某些實施例中，術語「約」指示指定值±10%、±5%或±1%。在某些實施例中，在適用情況下，術語「約」指示指定值±該值之一個標準差。
術語「促效」係指活化受體信號傳導以誘導與受體活化相關之生物反應。「促效劑」為結合至受體且促效受體之實體。
術語「拮抗」係指抑制受體信號傳導以抑制與受體活化相關之生物反應。「拮抗劑」為結合至受體且拮抗受體之實體。
對於本文所描述之結構及功能特徵中之任一者，測定此等特徵之方法為此項技術中已知的。
術語「視情況」在依次使用時意謂包括所列舉之組合中之一者至所有且涵蓋所有子組合。
術語「胺基酸」係指二十種常見天然存在之胺基酸。天然存在之胺基酸包括丙胺酸(Ala；A)、精胺酸(Arg；R)、天冬醯胺(Asn；N)、天冬胺酸(Asp；D)、半胱胺酸(Cys；C)；麩胺酸(Glu；E)、麩醯胺酸(Gln；Q)、甘胺酸(Gly；G)；組胺酸(His；H)、異白胺酸(Ile；I)、白胺酸(Leu；L)、離胺酸(Lys；K)、甲硫胺酸(Met；M)、苯丙胺酸(Phe；F)、脯胺酸(Pro；P)、絲胺酸(Ser；S)、蘇胺酸(Thr；T)、色胺酸(Trp；W)、酪胺酸(Tyr；Y)及纈胺酸(Val；V)。
在兩種或多於兩種核酸或多肽序列之情況下，術語百分比「一致性」係指當比較及比對最大一致性時，具有相同的指定百分比之核苷酸或胺基酸殘基之兩種或多於兩種序列或子序列，如使用下文所描述之序列比較算法中之一者(例如使用公開可供使用的電腦軟體，諸如BLAST、BLASTP、BLASTN、BLAST-2、ALIGN、MEGALIGN (DNASTAR)、CLUSTALW、CLUSTAL OMEGA或MUSCLE軟體或可供熟習此項技術者使用的其他算法)或藉由目視檢查所量測。用於進行BLAST分析之軟體可經由國家生物技術資訊中心(National Center for Biotechnology Information) (ncbi.nlm.nih.gov)公開獲得。熟習此項技術者可測定比對序列之適當的參數，包括實現被比較序列之全長內之最大比對所需的任何算法。視應用而定，「一致性」百分比可存在於所比較之序列區域上，例如在功能域上，或替代地，存在於有待比較之兩個序列的全長上。
關於序列比較，典型地一個序列充當與測試序列比較之參考序列。當使用序列比較算法時，將測試序列及參考序列輸入至電腦中，必要時指定子序列座標，且指定序列算法程式參數。隨後，序列比較算法基於指定程式參數來計算測試序列相對於參考序列之序列一致性百分比。
比較序列之最佳比對可例如藉由以下進行：Smith及Waterman, Adv. Appl. Math. 2:482 (1981)之局部同源性算法；Needleman及Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443 (1970)之同源性比對算法；Pearson及Lipman, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 85:2444 (1988)之相似性搜尋方法；此等算法之電腦化實施方式(Wisconsin Genetics套裝軟體中的GAP、BESTFIT、FASTA及TFASTA，Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, Wis.)；或目視檢查(一般參見Ausubel等人，見下文)。
本文所列舉之範圍應理解為範圍內所有值之簡寫，包括所述端點。舉例而言，1至50之範圍應理解為包括來自由以下組成之群的任何數值、數值之組合或子範圍：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49及50。 TREM1抗體  結構
本申請案提供抗體及組合物，其包含結合TREM1蛋白質之抗體，包括使非刺激性骨髓細胞失能之抗體。
術語「抗體」在其最廣泛意義上用於本文中且包括包含特異性結合至抗原或抗原決定基之一或多種抗原結合域之某些類型免疫球蛋白分子。抗體尤其包括完整抗體(例如完整免疫球蛋白)、抗體片段及多特異性抗體。
所識別之免疫球蛋白基因包括κ、λ、α、γ、δ、ε及μ恆定區基因以及多種免疫球蛋白可變區基因。將輕鏈歸類為κ或λ。抗體或免疫球蛋白之「類別」係指其重鏈所具有之恆定域或恆定區的類型。抗體存在五種主要類別：IgA、IgD、IgE、IgG及IgM，且其中若干者可進一步劃分成子類(同型)，例如IgG1 、IgG2 、IgG3 、IgG4 、IgA1 及IgA2 。對應於不同類別之免疫球蛋白的重鏈恆定域分別稱為α、δ、ε、γ及μ。
例示性免疫球蛋白(抗體)結構單元由兩對多肽鏈構成，各對具有一個「輕」鏈(約25 kD)及一個「重」鏈(約50-70 kD)。各鏈之N端域界定約100至110個或更多個胺基酸之可變區，其主要負責抗原識別。術語可變輕鏈(VL)及可變重鏈(VH)分別指此等輕及重鏈域。IgG1重鏈自N至C端分別由VH、CH1、CH2及CH3域構成。輕鏈自N至C端由VL及CL域構成。IgG1重鏈包含CH1與CH2域之間的鉸鏈。在某些實施例中，免疫球蛋白構築體包含至少一個來自連接至治療多肽之IgG、IgM、IgA、IgD或IgE之免疫球蛋白域。在一些實施例中，本文所提供之抗體中發現之免疫球蛋白域來自或來源於基於免疫球蛋白之構築體，諸如雙功能抗體或奈米抗體。在某些實施例中，本文所描述之免疫球蛋白構築體包含至少一個來自重鏈抗體，諸如駱駝抗體之免疫球蛋白域。在某些實施例中，本文所提供之免疫球蛋白構築體包含至少一個來自哺乳動物抗體，諸如牛科動物抗體、人類抗體、駱駝抗體、小鼠抗體或任何嵌合抗體之免疫球蛋白域。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含重鏈。在一個實施例中，重鏈為IgA。在一個實施例中，重鏈為IgD。在一個實施例中，重鏈為IgE。在一個實施例中，重鏈為IgG。在一個實施例中，重鏈為IgM。在一個實施例中，重鏈為IgG1。在一個實施例中，重鏈為IgG2。在一個實施例中，重鏈為IgG3。在一個實施例中，重鏈為IgG4。在一個實施例中，重鏈為IgA1。在一個實施例中，重鏈為IgA2。
在一些實施例中，抗體為IgG1抗體。
在一些實施例中，抗體為IgG3抗體。
在一些實施例中，抗體為IgG2抗體。
在一些實施例中，抗體為IgG4抗體。
如本文所使用，術語「高變區」或「HVR」係指抗體可變域中在序列上具有高變性及/或形成結構上定義之環(「高變環」)的各區域。一般而言，天然四鏈抗體包含六個HVR；三個在VH (H1、H2、H3)中，且三個在VL (L1、L2、L3)中。HVR一般包含來自高變環及/或來自互補決定區(CDR)的胺基酸殘基，後者具有最高的序列可變性及/或參與抗原識別。除VH中之CDR1以外，CDR一般包含形成高變環之胺基酸殘基。高變區(HVR)亦稱為「互補決定區」(CDR)，且此等術語在本文中提及形成抗原結合區之可變區之部分時可互換使用。此特定區域已由Kabat等人, U.S. Dept. of Health and Human Services, Sequences of Proteins of Immunological Interest (1983)及Chothia等人, J Mol Biol 196:901-917 (1987)描述，其中各定義在彼此比較時包括胺基酸殘基之重疊或子集。然而，涉及抗體或其變體之CDR之任何定義的應用意欲處於如本文所定義及使用之術語的範疇內。涵蓋特定CDR的精確殘基數目將視CDR之序列及大小而變。在抗體之可變區胺基酸序列指定的情況下，熟習此項技術者可以常規方式確定哪些殘基包含特定CDR。
CDR之胺基酸序列邊界可藉由熟習此項技術者使用多個已知編號方案中之任一者測定，包括Kabat等人, 上文(「Kabat」編號方案)；Al-Lazikani等人, 1997,J. Mol. Biol. , 273:927-948 (「Chothia」編號方案)；MacCallum等人, 1996,J. Mol. Biol. 262:732-745 (「Contact」編號方案)；Lefranc等人,Dev. Comp. Immunol. , 2003, 27:55-77 (「IMGT」編號方案)；及Honegge及Plückthun,J. Mol. Biol. , 2001, 309:657-70 (「AHo」編號方案)所描述之彼等者；該等文獻中之每一者以全文引用的方式併入本文中。
表 A 提供如藉由Kabat及Chothia方案鑑別之CDR-L1、CDR-L2、CDR-L3、CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3之位置。對於CDR-H1，殘基編號使用Kabat及Chothia編號方案兩者來提供。
可例如使用抗體編號軟體，諸如在www.bioinf.org.uk/abs/abnum/可供使用的Abnum指定CDR且描述於以全文引用的方式併入本文中之Abhinandan及Martin,Immunology , 2008, 45:3832-3839中。 表A.根據Kabat及Chothia編號方案之CDR中之殘基.
表 A
CDR Kabat Chothia
L1 L24-L34 L24-L34
L2 L50-L56 L50-L56
L3 L89-L97 L89-L97
H1 (Kabat 編號 ) H31-H35B    H26-H32或H34*
H1 (Chothia 編號 ) H31-H35 H26-H32
H2 H50-H65 H52-H56
H3 H95-H102 H95-H102
*當使用Kabat編號規約編號時，CDR-H1之C端在H32與H34之間變化，視CDR之長度而定。
當指代抗體重鏈恆定區中之殘基時，一般使用「EU編號方案」 (例如，如上文Kabat等人中所報導)。除非另外陳述，否則EU編號方案用於指本文所描述之抗體重鏈恆定區中之殘基。
術語「抗原結合域」意謂能夠特異性結合至抗原或抗原決定基之抗體之部分。抗原結合域之一個實例為藉由抗體之VH-VL二聚體形成之抗原結合域。抗原結合域之另一實例為藉由來自阿德奈汀(Adnectin)之第十纖維結合蛋白III型域之某些環之多樣化形成之抗原結合域。抗原結合域可包括來自重鏈之CDR 1、2及3，呈該順序；及來自輕鏈之CDR 1、2及3，呈該順序。
術語「抗原決定基」意謂特異性結合至抗體之抗原的一部分。抗原決定基常常由表面可接近胺基酸殘基及/或糖側鏈組成且可具有特定三維結構特徵以及荷質比特徵。構形抗原決定基與非構形抗原決定基之區別在於，在變性溶劑存在下，與前者之結合消失，但後者則不然。抗原決定基可包含直接參與結合之胺基酸殘基及不直接參與結合之其他胺基酸殘基。可使用用於抗原決定基測定之已知技術測定抗體結合之抗原決定基，諸如測試結合至具有不同點突變之TREM1變體或嵌合TREM1變體之抗體。
為了篩選結合至相關抗體結合之靶抗原之抗原決定基之抗體(例如TREM1)，可進行常規交叉阻斷分析，諸如Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Ed Harlow及David Lane (1988)中所描述之分析。可替代地或另外，可藉由此項技術中已知之方法進行抗原決定基定位。
術語「嵌合抗體」係指重鏈及/或輕鏈之一部分來源於特定來源或物種，同時該重鏈及/或輕鏈之其餘部分來源於不同來源或物種之抗體。
「人類抗體」為具有對應於藉由人類或人類細胞產生之抗體或來源於利用人類抗體組庫或人類抗體編碼序列(例如獲自人類來源或經重新設計)之非人類來源的胺基酸序列之一種人類抗體。人類抗體尤其排除人類化抗體。
「人類化抗體」具有與來源於非人類物種之抗體之序列的不同之處在於一或多種胺基酸取代、缺失及/或添加的序列，以使得當其向人類個體投與時，相比於非人類物種抗體，人類化抗體不大可能誘發免疫反應及/或誘發較不嚴重之免疫反應。在一個實施例中，非人類物種抗體之重鏈及/或輕鏈之構架及恆定域中之某些胺基酸經突變以產生人類化抗體。在另一實施例中，來自人類抗體之恆定域與非人類物種之可變域融合。在另一個實施例中，非人類抗體之一或多個CDR序列中之一或多個胺基酸殘基經改變以減小非人類抗體在其向人類個體投與時可能之免疫原性，其中改變之胺基酸殘基對於抗體與其抗原之免疫特異性結合並不重要，或對胺基酸序列作出之改變為保守性改變，以使得人類化抗體與抗原之結合不比非人類抗體與抗原之結合顯著更糟。如何製備人類化抗體之實例可見於美國專利第6,054,297號、第5,886,152號及第5,877,293號中。關於其他細節，參見Jones等人,Nature , 1986, 321:522-525；Riechmann等人,Nature , 1988, 332:323-329；及Presta,Curr. Op. Struct. Biol. , 1992, 2:593-596，其中之每一者以全文引用的方式併入本文中。
「多特異性抗體」為包含兩種或多於兩種共同地特異性結合兩種或多於兩種不同抗原決定基之不同抗原結合域之抗體。兩種或多於兩種不同抗原決定基可為相同抗原(例如由細胞表現之單一TREM1分子)上或不同抗原(例如由相同細胞表現之不同TREM1分子或TREM1分子及非TREM1分子)上之抗原決定基。在一些態樣中，多特異性抗體結合兩種不同抗原決定基(亦即，「雙特異性抗體」)。在一些態樣中，多特異性抗體結合三種不同抗原決定基(亦即，「三特異性抗體」)。
「單特異性抗體」為包含一或多個特異性結合至單一抗原決定基之結合位點之抗體。單特異性抗體之一個實例為天然存在之IgG分子，其儘管為二價的(亦即，具有兩個抗原結合域)，但在兩個抗原結合域中之每一者處識別相同抗原決定基。結合特異性可以任何適合的價數存在。
術語「單株抗體」係指來自實質上均勻抗體之群體之抗體。實質上均勻抗體之群體包含實質上類似且結合相同抗原決定基之抗體，在單株抗體產生期間可能通常出現之變體除外。此類變體一般僅少量存在。單株抗體典型地藉由包括自複數種抗體選擇單一抗體之方法獲得。舉例而言，選擇方法可為自複數種純系，諸如一組融合瘤純系、噬菌體純系、酵母純系、細菌純系或其他重組DNA純系選擇獨特純系。可進一步改變所選抗體以例如提高對於標靶之親和力(「親和力成熟」)，以使抗體人類化，以提高其在細胞培養物中之產量，及/或降低其在個體中之免疫原性。
術語「單鏈」係指包含胺基酸單體經肽鍵線性連接而成的分子。在一特定的此類實施例中，在單鏈Fab分子中，Fab輕鏈之C端連接至Fab重鏈之N端。如本文中更詳細描述，scFv具有藉由多肽鏈自其C端連接至重鏈(VH)之可變域之N端的輕鏈(VL)可變域。替代地，scFv由其中VH之C端藉由多肽鏈連接至VL之N端的多肽鏈構成。
「Fab片段」(亦稱為片段抗原結合)分別含有輕鏈之恆定域(CL)及重鏈之第一恆定域(CH1)以及輕鏈及重鏈上之可變域VL及VH。可變域包含涉及抗原結合之互補決定環(CDR，亦稱為高變區)。Fab'片段與Fab片段之不同之處在於，在包括一或多個來自抗體鉸鏈區之半胱胺酸之重鏈CH1域的羧基端處添加幾個殘基。
「F(ab')2」片段含有兩個靠近鉸鏈區藉由二硫鍵接合之Fab'片段。F(ab')2片段可例如藉由重組方法或藉由完整抗體之胃蛋白酶消化產生。F(ab')片段可例如藉由用ß-巰基乙醇處理來解離。
「Fv」片段包含一個重鏈可變域及一個輕鏈可變域之非共價連接二聚體。
「單鏈Fv」或「sFv」或「scFv」包括抗體之VH及VL域，其中此等域存在於單一多肽鏈中。在一個實施例中，Fv多肽進一步在VH與VL域之間包含多肽連接子，其使得scFv能夠形成用於抗原結合之所需結構。關於scFv之評述，參見Pluckthun,T he Pharmacology of Monoclonal Antibodies , 第113卷, Rosenburg及Moore編 ，Springer-Verlag, New York, 第269-315頁 (1994)。HER2抗體scFv片段描述於WO93/16185；美國專利第5,571,894號；及美國專利第5,587,458號中。
「scFv-Fc」片段包含連接至Fc域之scFv。舉例而言，Fc域可連接至scFv之C端。Fc域可在VH或VL之後，視scFv中之可變域之定向(亦即，VH-VL或VL-VH)而定。可使用此項技術中已知或本文所描述之任何適合的Fc域。在一些情況下，Fc域包含IgG4 Fc域。
術語「單域抗體」或「sdAb」係指其中抗體之一個可變域在其他可變域存在之情況下特異性結合至抗原之分子。單域抗體及其片段描述於Arabi Ghahroudi等人,FEBS Letters , 1998, 414:521-526及Muyldermans等人,Trends in Biochem. Sci. , 2001, 26:230-245中，其中之每一者以全文引用的方式併入本文中。單域抗體亦稱為sdAb或奈米抗體。Sdab極其穩定且容易表現為具有抗體Fc鏈之融合搭配物(Harmsen MM, De Haard HJ (2007)。「Properties, production, and applications of camelid single-domain antibody fragments」. Appl. Microbiol Biotechnol. 77(1): 13-22)。
術語「全長抗體」、「完整抗體」及「全抗體」在本文中互換使用以指代具有實質上與天然存在之抗體結構類似的結構且具有包含Fc區之重鏈之抗體。舉例而言，當用於指IgG分子時，「全長抗體」為包含兩個重鏈及兩個輕鏈之抗體。
「抗體片段」包含完整抗體之一部分，諸如完整抗體之抗原結合或可變區。抗體片段包括例如Fv片段、Fab片段、F(ab')2片段、Fab'片段、scFv (sFv)片段及scFv-Fc片段。
抗TREM1抗體可包括本文所描述之彼等者，諸如表中所闡述之純系。在一些實施例中，抗體包含替代架構。在一些實施例中，抗體由替代架構組成。在一些實施例中，抗體基本上由替代架構組成。在一些實施例中，抗體包含抗體片段。在一些實施例中，抗體由抗體片段組成。在一些實施例中，抗體基本上由抗體片段組成。「TREM1抗體」、「抗TREM1抗體」或「TREM1特異性抗體」為如本文所提供之抗體，其特異性結合至抗原TREM1。在一些實施例中，抗體結合TREM1之細胞外域。在某些實施例中，本文所提供之TREM1抗體結合至來自不同物種之TREM1蛋白質之間或之中保留的TREM1之抗原決定基。抗TREM1抗體可包括TREM-26純系(BioLegend；目錄號314907；Li J等人 2011.Dev. Comp. Immunol. epub.)。
在一些實施例中，抗體為單株抗體。
在一些實施例中，抗體為多株抗體。
在一些實施例中，抗體藉由融合瘤產生。在其他實施例中，抗體藉由經工程改造以表現所需可變域及恆定域之重組細胞產生。
在一些實施例中，抗體可為保留抗原特異性及較低鉸鏈區或其變體之單鏈抗體或其他抗體衍生物。
在一些實施例中，抗體可為多官能抗體、重組抗體、人類抗體、人類化抗體、片段或其變體。在一些實施例中，抗體為單株抗體、中性抗體、拮抗抗體、促效抗體、多株抗體、去岩藻醣基化抗體、雙特異性抗體、人類抗體、嵌合抗體、全長抗體及其抗原結合片段。在特定實施例中，抗體片段或其衍生物選自Fab片段、Fab'2片段、CDR及scFv。在一些實施例中，抗體為其抗原結合片段、Fab、Fab'、F(ab')2、Fv、scFv、(scFv)2、單鏈抗體分子、雙重可變域抗體、單一可變域抗體、線抗體或V域抗體。
在一些實施例中，抗體能夠形成免疫複合體。舉例而言，免疫複合體可為被抗體覆蓋之腫瘤細胞。
在一些實施例中，TREM1抗體與參考抗體競爭結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)。 TREM1抗體之序列 VH 域
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17及18之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 3之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 4之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 5之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 6之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 7之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 8之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 9之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 10之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 11之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 12之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 13之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 14之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 15之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 16之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 17之VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 18之VH 序列。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含與SEQ ID NO: 4、5、6、8、9、10、12、13、14、16、17及18中所提供之說明性VH 序列具有至少約50%、60%、70%、80%、90%、95%或99%一致性的VH 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 4、5、6、8、9、10、12、13、14、16、17及18中所提供之VH 序列，其具有至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。 VL 域
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 19、20、21及22之VL序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 19之VL序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 20之VL序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 21之VL序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 22之VL序列。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含與SEQ ID NO: 19、20、21及22中所提供之說明性VL序列具有至少約50%、60%、70%、80%、90%、95%或99%一致性的VL序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 19、20、21及22中所提供之VL序列，其具有至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。 VH-VL組合
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17及18之VH 序列；及選自SEQ ID NO: 19、20、21及22之VL 序列。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 17之VH 序列及SEQ ID NO: 20之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 17之VH 序列及SEQ ID NO: 19之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 17之VH 序列及SEQ ID NO: 21之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 17之VH 序列及SEQ ID NO: 22之VL 序列。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 16之VH 序列及SEQ ID NO: 19之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 16之VH 序列及SEQ ID NO: 20之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 16之VH 序列及SEQ ID NO: 21之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 16之VH 序列及SEQ ID NO: 22之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 18之VH 序列及SEQ ID NO: 19之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 18之VH 序列及SEQ ID NO: 20之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 18之VH 序列及SEQ ID NO: 21之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 18之VH 序列及SEQ ID NO: 22之VL 序列。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 13之VH 序列及SEQ ID NO: 20之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 13之VH 序列及SEQ ID NO: 19之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 13之VH 序列及SEQ ID NO: 21之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 13之VH 序列及SEQ ID NO: 22之VL 序列。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 12之VH 序列及SEQ ID NO: 19之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 12之VH 序列及SEQ ID NO: 20之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 12之VH 序列及SEQ ID NO: 21之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 12之VH 序列及SEQ ID NO: 22之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 14之VH 序列及SEQ ID NO: 19之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 14之VH 序列及SEQ ID NO: 21之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 14之VH 序列及SEQ ID NO: 22之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 14之VH 序列及SEQ ID NO: 20之VL 序列。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 9之VH 序列及SEQ ID NO: 20之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 9之VH 序列及SEQ ID NO: 19之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 9之VH 序列及SEQ ID NO: 21之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 9之VH 序列及SEQ ID NO: 22之VL 序列。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 8之VH 序列及SEQ ID NO: 19之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 8之VH 序列及SEQ ID NO: 20之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 8之VH 序列及SEQ ID NO: 21之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 8之VH 序列及SEQ ID NO: 22之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 10之VH 序列及SEQ ID NO: 19之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 10之VH 序列及SEQ ID NO: 21之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 10之VH 序列及SEQ ID NO: 22之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 10之VH 序列及SEQ ID NO: 20之VL 序列。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 5之VH 序列及SEQ ID NO: 20之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 5之VH 序列及SEQ ID NO: 19之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 5之VH 序列及SEQ ID NO: 21之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 5之VH 序列及SEQ ID NO: 22之VL 序列。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 4之VH 序列及SEQ ID NO: 19之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 4之VH 序列及SEQ ID NO: 20之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 4之VH 序列及SEQ ID NO: 21之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 4之VH 序列及SEQ ID NO: 22之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 6之VH 序列及SEQ ID NO: 19之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 6之VH 序列及SEQ ID NO: 21之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 6之VH 序列及SEQ ID NO: 22之VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 6之VH 序列及SEQ ID NO: 20之VL 序列。
在某些態樣中，SEQ ID NO: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17及18中之任一者可與SEQ ID NO: 19、20、21及22中之任一者組合。舉例而言，SEQ ID NO: 9可與SEQ ID NO: 19、20、21及22中之任一者組合。作為另一實例，SEQ ID NO: 17可與SEQ ID NO: 19、20、21及22中之任一者組合。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含與SEQ ID NO: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17及18中所提供之說明性VH 序列具有至少約50%、60%、70%、80%、90%、95%或99%一致性的VH 序列；及與SEQ ID NO: 19、20、21及22中所提供之說明性VL序列具有至少約50%、60%、70%、80%、90%、95%或99%一致性的VL 序列。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17及18中所提供之VH序列，其具有至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個胺基酸取代；SEQ ID NO: 19、20、21及22中所提供之VL序列，其具有至多1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。 CDR
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17及18之VH 域之一至三個CDR。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17及18之VH 域之兩至三個CDR。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17及18之VH域之三個CDR。在一些態樣中，CDR為例示性CDR。在一些態樣中，CDR為Kabat CDR。在一些態樣中，CDR為Chothia CDR。在一些態樣中，CDR為AbM CDR。在一些態樣中，CDR為Contact CDR。在一些態樣中，CDR為IMGT CDR。
在一些實施例中，CDR為與SEQ ID NO: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17及18之CDR-H1、CDR-H2或CDR-H3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性的CDR。在一些實施例中，CDR-H1為選自SEQ ID NO: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17及18之VH域之CDR-H1，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代。在一些實施例中，CDR-H2為選自SEQ ID NO: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17及18之VH域之CDR-H2，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代。在一些實施例中，CDR-H3為選自SEQ ID NO: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17及18之VH域之CDR-H3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 19、20、21及22之VL域之一至三個CDR。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 19、20、21及22之VL域之兩至三個CDR。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 19、20、21及22之VL域之三個CDR。在一些態樣中，CDR為例示性CDR。在一些態樣中，CDR為Kabat CDR。在一些態樣中，CDR為Chothia CDR。在一些態樣中，CDR為AbM CDR。在一些態樣中，CDR為Contact CDR。在一些態樣中，CDR為IMGT CDR。
在一些實施例中，CDR為與SEQ ID NO: 19、20、21及22之CDR-L1、CDR-L2或CDR-L3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性之CDR。在一些實施例中，CDR-L1為選自SEQ ID NO: 19、20、21及22之VL域之CDR-L1，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代。在一些實施例中，CDR-L2為選自SEQ ID NO: 19、20、21及22之VL域之CDR-L2，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代。在一些實施例中，CDR-L3為選自SEQ ID NO: 19、20、21及22之VL域之CDR-L3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17及18之VH域之一至三個CDR及選自SEQ ID NO: 19、20、21及22之VL域之一至三個CDR。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17及18之VH域之兩至三個CDR及選自SEQ ID NO: 19、20、21及22之VL域之兩至三個CDR。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17及18之VH域之三個CDR及選自SEQ ID NO: 19、20、21及22之VL域之三個CDR。在一些態樣中，CDR為例示性CDR。在一些態樣中，CDR為Kabat CDR。在一些態樣中，CDR為Chothia CDR。在一些態樣中，CDR為AbM CDR。在一些態樣中，CDR為Contact CDR。在一些態樣中，CDR為IMGT CDR。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 25、29、30、31、32及33之CDR-H3。在一些態樣中，CDR-H3與SEQ ID NO: 25、29、30、31、32及33之CDR-H3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-H3為選自SEQ ID NO: 25、29、30、31、32及33之CDR-H3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 33之CDR-H3。在一些態樣中，CDR-H3與SEQ ID NO: 33之CDR-H3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-H3為選自SEQ ID NO: 33之CDR-H3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 32之CDR-H3。在一些態樣中，CDR-H3與SEQ ID NO: 32之CDR-H3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-H3為選自SEQ ID NO: 32之CDR-H3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含選自SEQ ID NO: 25之CDR-H3。在一些態樣中，CDR-H3與SEQ ID NO: 25之CDR-H3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-H3為選自SEQ ID NO: 25之CDR-H3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 24之CDR-H2。在一些態樣中，CDR-H2與SEQ ID NO: 24之CDR-H2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-H2為SEQ ID NO: 24之CDR-H2，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 23之CDR-H1。在一些態樣中，CDR-H1與SEQ ID NO: 23之CDR-H1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-H1為SEQ ID NO: 23之CDR-H1，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 29之CDR-H3及SEQ ID NO: 24之CDR-H2。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 29之CDR-H3、SEQ ID NO: 24之CDR-H2及SEQ ID NO: 23之CDR-H1。在一些實施例中，CDR-H3與SEQ ID NO: 29之CDR-H3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-H2與SEQ ID NO: 24之CDR-H2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，且CDR-H1與SEQ ID NO: 23之CDR-H1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-H3為SEQ ID NO: 29之CDR-H3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；CDR-H2為SEQ ID NO: 24之CDR-H2，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；且CDR-H1為SEQ ID NO: 23之CDR-H1，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 25之CDR-H3及SEQ ID NO: 24之CDR-H2。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 25之CDR-H3、SEQ ID NO: 24之CDR-H2及SEQ ID NO: 23之CDR-H1。在一些實施例中，CDR-H3與SEQ ID NO: 25之CDR-H3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-H2與SEQ ID NO: 24之CDR-H2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，且CDR-H1與SEQ ID NO: 23之CDR-H1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-H3為SEQ ID NO: 25之CDR-H3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；CDR-H2為SEQ ID NO: 24之CDR-H2，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；且CDR-H1為SEQ ID NO: 23之CDR-H1，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 33之CDR-H3及SEQ ID NO: 24之CDR-H2。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 33之CDR-H3、SEQ ID NO: 24之CDR-H2及SEQ ID NO: 23之CDR-H1。在一些實施例中，CDR-H3與SEQ ID NO: 33之CDR-H3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-H2與SEQ ID NO: 24之CDR-H2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，且CDR-H1與SEQ ID NO: 23之CDR-H1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-H3為SEQ ID NO: 33之CDR-H3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；CDR-H2為SEQ ID NO: 24之CDR-H2，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；且CDR-H1為SEQ ID NO: 23之CDR-H1，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 32之CDR-H3及SEQ ID NO: 24之CDR-H2。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 32之CDR-H3、SEQ ID NO: 24之CDR-H2及SEQ ID NO: 23之CDR-H1。在一些實施例中，CDR-H3與SEQ ID NO: 32之CDR-H3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-H2與SEQ ID NO: 24之CDR-H2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，且CDR-H1與SEQ ID NO: 23之CDR-H1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-H3為SEQ ID NO: 32之CDR-H3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；CDR-H2為SEQ ID NO: 24之CDR-H2，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；且CDR-H1為SEQ ID NO: 23之CDR-H1，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 30之CDR-H3及SEQ ID NO: 24之CDR-H2。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 30之CDR-H3、SEQ ID NO: 24之CDR-H2及SEQ ID NO: 23之CDR-H1。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 31之CDR-H3及SEQ ID NO: 24之CDR-H2。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 31之CDR-H3、SEQ ID NO: 24之CDR-H2及SEQ ID NO: 23之CDR-H1。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 28之CDR-L3。在一些態樣中，CDR-L3與SEQ ID NO: 28之CDR-L3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-L3為SEQ ID NO: 28之CDR-L3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 27之CDR-L2。在一些態樣中，CDR-L2與SEQ ID NO: 27之CDR-L2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-L2為SEQ ID NO: 27之CDR-L2，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 26之CDR-L1。在一些態樣中，CDR-L1與SEQ ID NO: 26之CDR-L1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-L1為SEQ ID NO: 26之CDR-L1，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 28之CDR-L3及SEQ ID NO: 27之CDR-L2。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 28之CDR-L3、SEQ ID NO: 27之CDR-L2及SEQ ID NO: 26之CDR-L1。在一些實施例中，CDR-L3與SEQ ID NO: 28之CDR-L3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-L2與SEQ ID NO: 27之CDR-L2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，且CDR-L1與SEQ ID NO: 26之CDR-L1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-L3為SEQ ID NO: 28之CDR-L3，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代；CDR-L2為SEQ ID NO: 27之CDR-L2，其具有至多1、2、3或4個胺基酸取代；且CDR-L1為SEQ ID NO: 26之CDR-L1，其具有至多1、2、3、4、5或6個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 33之CDR-H3、SEQ ID NO: 24之CDR-H2、SEQ ID NO: 23之CDR-H1、SEQ ID NO: 28之CDR-L3、SEQ ID NO: 27之CDR-L2及SEQ ID NO: 26之CDR-L1。在一些實施例中，CDR-H3與SEQ ID NO: 33之CDR-H3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-H2與SEQ ID NO: 24之CDR-H2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-H1與SEQ ID NO: 23之CDR-H1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-L3與SEQ ID NO: 28之CDR-L3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-L2與SEQ ID NO: 27之CDR-L2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，且CDR-L1與SEQ ID NO: 26之CDR-L1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-H3為SEQ ID NO: 33之CDR-H3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；CDR-H2為SEQ ID NO: 24之CDR-H2，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；CDR-H1為SEQ ID NO: 23之CDR-H1，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代；CDR-L3為SEQ ID NO: 28之CDR-L3，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代；CDR-L2為SEQ ID NO: 27之CDR-L2，其具有至多1、2、3或4個胺基酸取代；且CDR-L1為SEQ ID NO: 26之CDR-L1，其具有至多1、2、3、4、5或6個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 32之CDR-H3、SEQ ID NO: 24之CDR-H2、SEQ ID NO: 23之CDR-H1、SEQ ID NO: 28之CDR-L3、SEQ ID NO: 27之CDR-L2及SEQ ID NO: 26之CDR-L1。在一些實施例中，CDR-H3與SEQ ID NO: 32之CDR-H3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-H2與SEQ ID NO: 24之CDR-H2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-H1與SEQ ID NO: 23之CDR-H1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-L3與SEQ ID NO: 28之CDR-L3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-L2與SEQ ID NO: 27之CDR-L2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，且CDR-L1與SEQ ID NO: 26之CDR-L1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-H3為SEQ ID NO: 32之CDR-H3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；CDR-H2為SEQ ID NO: 24之CDR-H2，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；CDR-H1為SEQ ID NO: 23之CDR-H1，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代；CDR-L3為SEQ ID NO: 28之CDR-L3，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代；CDR-L2為SEQ ID NO: 27之CDR-L2，其具有至多1、2、3或4個胺基酸取代；且CDR-L1為SEQ ID NO: 26之CDR-L1，其具有至多1、2、3、4、5或6個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 29之CDR-H3、SEQ ID NO: 24之CDR-H2、SEQ ID NO: 23之CDR-H1、SEQ ID NO: 28之CDR-L3、SEQ ID NO: 27之CDR-L2及SEQ ID NO: 26之CDR-L1。在一些實施例中，CDR-H3與SEQ ID NO: 29之CDR-H3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-H2與SEQ ID NO: 24之CDR-H2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-H1與SEQ ID NO: 23之CDR-H1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-L3與SEQ ID NO: 28之CDR-L3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-L2與SEQ ID NO: 27之CDR-L2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，且CDR-L1與SEQ ID NO: 26之CDR-L1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-H3為SEQ ID NO: 29之CDR-H3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；CDR-H2為SEQ ID NO: 24之CDR-H2，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；CDR-H1為SEQ ID NO: 23之CDR-H1，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代；CDR-L3為SEQ ID NO: 28之CDR-L3，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代；CDR-L2為SEQ ID NO: 27之CDR-L2，其具有至多1、2、3或4個胺基酸取代；且CDR-L1為SEQ ID NO: 26之CDR-L1，其具有至多1、2、3、4、5或6個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 25之CDR-H3、SEQ ID NO: 24之CDR-H2、SEQ ID NO: 23之CDR-H1、SEQ ID NO: 28之CDR-L3、SEQ ID NO: 27之CDR-L2及SEQ ID NO: 26之CDR-L1。在一些實施例中，CDR-H3與SEQ ID NO: 25之CDR-H3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-H2與SEQ ID NO: 24之CDR-H2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-H1與SEQ ID NO: 23之CDR-H1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-L3與SEQ ID NO: 28之CDR-L3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-L2與SEQ ID NO: 27之CDR-L2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，且CDR-L1與SEQ ID NO: 26之CDR-L1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-H3為SEQ ID NO: 25之CDR-H3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；CDR-H2為SEQ ID NO: 24之CDR-H2，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；CDR-H1為SEQ ID NO: 23之CDR-H1，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代；CDR-L3為SEQ ID NO: 28之CDR-L3，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代；CDR-L2為SEQ ID NO: 27之CDR-L2，其具有至多1、2、3或4個胺基酸取代；且CDR-L1為SEQ ID NO: 26之CDR-L1，其具有至多1、2、3、4、5或6個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 30或31之CDR-H3、SEQ ID NO: 24之CDR-H2、SEQ ID NO: 23之CDR-H1、SEQ ID NO: 28之CDR-L3、SEQ ID NO: 27之CDR-L2及SEQ ID NO: 26之CDR-L1。在一些實施例中，CDR-H3與SEQ ID NO: 30或31之CDR-H3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-H2與SEQ ID NO: 24之CDR-H2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-H1與SEQ ID NO: 23之CDR-H1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-L3與SEQ ID NO: 28之CDR-L3具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，CDR-L2與SEQ ID NO: 27之CDR-L2具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性，且CDR-L1與SEQ ID NO: 26之CDR-L1具有至少約50%、75%、80%、85%、90%或95%一致性。在一些實施例中，CDR-H3為SEQ ID NO: 30或31之CDR-H3，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；CDR-H2為SEQ ID NO: 24之CDR-H2，其具有至多1、2、3、4、5、6、7或8個胺基酸取代；CDR-H1為SEQ ID NO: 23之CDR-H1，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代；CDR-L3為SEQ ID NO: 28之CDR-L3，其具有至多1、2、3、4或5個胺基酸取代；CDR-L2為SEQ ID NO: 27之CDR-L2，其具有至多1、2、3或4個胺基酸取代；且CDR-L1為SEQ ID NO: 26之CDR-L1，其具有至多1、2、3、4、5或6個胺基酸取代。在一些態樣中，胺基酸取代為保守性胺基酸取代。在一些實施例中，此段落中所描述之抗體在本文中稱為「變體」。在一些實施例中，此類變體例如藉由親和力成熟、定點誘變、隨機突變誘發或此項技術中已知或本文所描述之任何其他方法衍生自本文所提供之序列。在一些實施例中，此類變體不衍生自本文所提供之序列，且可例如根據用於獲得抗體之本文所提供之方法重新分離。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 23之CDR-H1、SEQ ID NO: 24之CDR-H2、SEQ ID NO: 33之CDR-H3、SEQ ID NO: 26之CDR-L1、SEQ ID NO: 27之CDR-L2及SEQ ID NO: 28之CDR-L3。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 23之CDR-H1、SEQ ID NO: 24之CDR-H2、SEQ ID NO: 25之CDR-H3、SEQ ID NO: 26之CDR-L1、SEQ ID NO: 27之CDR-L2及SEQ ID NO: 28之CDR-L3。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 23之CDR-H1、SEQ ID NO: 24之CDR-H2、SEQ ID NO: 29之CDR-H3、SEQ ID NO: 26之CDR-L1、SEQ ID NO: 27之CDR-L2及SEQ ID NO: 28之CDR-L3。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 23之CDR-H1、SEQ ID NO: 24之CDR-H2、SEQ ID NO: 32之CDR-H3、SEQ ID NO: 26之CDR-L1、SEQ ID NO: 27之CDR-L2及SEQ ID NO: 28之CDR-L3。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 23之CDR-H1、SEQ ID NO: 24之CDR-H2、SEQ ID NO: 30之CDR-H3、SEQ ID NO: 26之CDR-L1、SEQ ID NO: 27之CDR-L2及SEQ ID NO: 28之CDR-L3。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含SEQ ID NO: 23之CDR-H1、SEQ ID NO: 24之CDR-H2、SEQ ID NO: 31之CDR-H3、SEQ ID NO: 26之CDR-L1、SEQ ID NO: 27之CDR-L2及SEQ ID NO: 28之CDR-L3。 Fc區
本文中術語「Fc域」或「Fc區」用於定義含有恆定區之至少一部分的免疫球蛋白重鏈之C端區。該術語包括原生序列Fc區及變體Fc區。不同免疫球蛋白之Fc區之結構及其中所含有的糖基化位點為此項技術中已知的。參見Schroeder及Cavacini, J. Allergy Clin. Immunol., 2010, 125:S41-52，其以全文引用的方式併入本文中。Fc區可為天然存在之Fc區或如此項技術或本發明中其他地方中所描述經修飾之Fc區。
除非本文另外說明，否則Fc區或恆定區中胺基酸殘基之編號係根據EU編號系統，亦稱為EU索引，如Kabat等人, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 第5版. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991中所述。如本文所使用之二聚Fc之「Fc多肽」係指兩個形成二聚Fc域之多肽中之一者，亦即，包含能夠穩定自結合之免疫球蛋白重鏈之C端恆定區之多肽。舉例而言，二聚IgG Fc之Fc多肽包含IgG CH2及IgG CH3恆定域序列。Fc可具有類別IgA、IgD、IgE、IgG及IgM，且此等中之若干可進一步分成子類別(同型)，例如IgG1 、IgG2 、IgG3 、IgG4 、IgA1 及IgA2 。
術語「Fc受體」及「FcR」用於描述結合至抗體Fc區之受體。舉例而言，FcR可為原生序列人類FcR。一般而言，FcR為結合IgG抗體(γ受體)之一者且包括FcγRI、FcγRII及FcγRIII子類別之受體，包括此等受體之等位基因變體及交替剪接形式。FcγRII受體包括FcγRIIA (「活化受體」)及FcγRIIB (「抑制受體」)，其具有類似的胺基酸序列，不同之處主要在於其細胞質域。其他同型之免疫球蛋白亦可由某些FcR結合(參見例如Janeway等人, Immuno Biology: the immune system in health and disease, (Elsevier Science Ltd., NY) (第4版, 1999))。活化受體FcγRIIA在其細胞質域中含有基於免疫受體酪胺酸之活化模體(ITAM)。抑制受體FcγRIIB在其細胞質域中含有基於免疫受體酪胺酸之抑制模體(ITIM)(綜述於Daëron, Annu. Rev. Immunol. 15:203-234 (1997)中)。FcR綜述於Ravetch及Kinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991)；Capel等人, Immunomethods 4:25-34 (1994)；及de Haas等人, J. Lab. Clin. Med. 126:330-41 (1995)中。本文之術語「FcR」涵蓋其他FcR，包括將來鑑別之FcR。該術語亦包括新生兒受體FcRn，其負責輸送母體IgG至胎兒(Guyer等人, J. Immunol. 117:587 (1976)；及Kim等人, J. Immunol. 24:249 (1994))。
CH2域中之修飾可能影響FcR結合至Fc。Fc區中之多種胺基酸修飾為此項技術中已知的，用於選擇性地改變Fc針對不同Fcγ受體之親和力。在一些態樣中，Fc包含促進Fc-γ受體之選擇性結合之一或多種修飾。
以下列出改變FcR結合至Fc之例示性突變：
S298A/E333A/K334A、S298A/E333A/K334A/K326A (Lu Y, Vernes JM, Chiang N等人J Immunol Methods. 2011年2月28日;365(1-2):132-41)；
F243L/R292P/Y300L/V305I/P396L、F243L/R292P/Y300L/L235V/P396L (Stavenhagen JB, Gorlatov S, Tuaillon N等人Cancer Res. 2007年9月15日;67(18):8882-90；Nordstrom JL, Gorlatov S, Zhang W等人Breast Cancer Res. 2011年11月30日;13(6):R123)；
F243L (Stewart R, Thom G, Levens M等人Protein Eng Des Sel. 2011年9月;24(9):671-8.)、S298A/E333A/K334A (Shields RL, Namenuk AK, Hong K等人J Biol Chem. 2001年3月2日;276(9):6591-604)；
S239D/I332E/A330L、S239D/I332E (Lazar GA, Dang W, Karki S等人Proc Natl Acad Sci U S A. 2006年3月14日;103(11):4005-10)；
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S239D/D265S/S298A/I332E、S239E/S298A/K326A/A327H、G237F/S298A/A330L/I332E、S239D/I332E/S298A、S239D/K326E/A330L/I332E/S298A、G236A/S239D/D270L/I332E、S239E/S267E/H268D、L234F/S267E/N325L、G237F/V266L/S267D及以引用之方式併入本文中之WO2011/120134及WO2011/120135中列出之其他突變。Therapeutic Antibody Engineering (William R. Strohl及Lila M. Strohl, Woodhead Publishing系列於Biomedicine第11期, ISBN 1 907568 37 9, 2012年10月)在第283頁列出突變。
在一些實施例中，本文所描述之抗體包括修飾以改良其介導效應功能之能力。此類修飾為此項技術中已知的且包括去岩藻醣基化或Fc針對活化受體，主要ADCC之FCGR3a及針對CDC之C1q之親和力之工程改造。下表B概述用於效應功能工程改造之文獻中報導之不同設計。
在不改變胺基酸序列之情況下產生在Fc糖基化位點(Asn 297 EU編號)上具有很少或沒有岩藻醣之抗體之方法為此項技術中眾所周知的。GlymaX®技術(ProBioGen AG)係基於針對偏向岩藻醣生物合成至用於抗體產生之細胞中之細胞路徑的酶引入基因。此藉由產抗體細胞預防糖「岩藻醣」添加至N-連接抗體碳水化合物部分中。(von Horsten等人(2010) Glycobiology. 2010年12月; 20 (12):1607-18。以較低岩藻醣基化水準獲得抗體之另一途徑可見於美國專利8,409,572中，其教示針對抗體產量，其對抗體產生較低岩藻醣基化水準之能力來選擇細胞株。抗體可經完全去岩藻醣基化(意謂其不含有可偵測的岩藻醣)或其可經部分去岩藻醣基化，意謂經分離之抗體含有小於95%、小於85%、小於75%、小於65%、小於55%、小於45%、小於35%、小於25%、小於15%或小於5%藉由哺乳動物表現系統產生之類似抗體通常偵測到之岩藻醣之量。
因此，在一個實施例中，本文所描述之抗體可包括包含賦予改良效應功能之如表B中所指出之一或多種胺基酸修飾的二聚Fc。在另一實施例中，抗體可經去岩藻醣基化以改良效應功能。 表B：CH2域及效應功能工程改造
表 B
參考文獻 突變 效果
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Stavenhagen, 2007 F243L/R292P/Y300L/V305I/P396L 提高的ADCC
Nordstrom, 2011 F243L/R292P/Y300L/L235V/P396L 提高的ADCC
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Lazar, 2006 S239D/I332E/A330L 提高的ADCC
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降低FcγR及/或補體結合及/或效應功能之Fc修飾為此項技術中已知的。近期公開案描述已用於工程改造具有較低或沉默的效應活性之抗體之策略(參見Strohl, WR (2009), Curr Opin Biotech 20:685-691及Strohl, WR及Strohl LM,「Antibody Fc engineering for optimal antibody performance」 In Therapeutic Antibody Engineering, Cambridge: Woodhead Publishing (2012),第225頁至第249頁)。此等策略包括經由改變糖基化，使用IgG2/IgG4支架或在Fc之鉸鏈或CH2域中引入突變來降低效應功能。舉例而言，美國專利公開案第2011/0212087號(Strohl)、國際專利公開案第WO 2006/105338號(Xencor)、美國專利公開案第2012/0225058號(Xencor)、美國專利公開案第2012/0251531號(Genentech)及Strop等人((2012) J. Mol. Biol. 420: 204-219)描述減少FcγR或補體結合至Fc之特定修飾。
減少FcγR或補體結合至Fc之已知胺基酸修飾之特定非限制性實例包括下表 C 中鑑別之彼等者： 表C：減少FcγR或補體結合至Fc之修飾
表 C
公司 突變
GSK N297A
Ortho Biotech L234A/L235A
Protein Design labs IGG2 V234A/G237A
Wellcome Labs IGG4 L235A/G237A/E318A
GSK IGG4 S228P/L236E
Alexion IGG2/IGG4combo
Merck IGG2 H268Q/V309L/A330S/A331S
Bristol-Myers C220S/C226S/C229S/P238S
Seattle Genetics C226S/C229S/E3233P/L235V/L235A
Amgen 大腸桿菌產生，非糖基
Medimune L234F/L235E/P331S
Trubion 鉸鏈突變體，可能C226S/P230S
在不改變胺基酸序列之情況下產生在Fc糖基化位點(Asn 297 EU編號)上具有很少或沒有岩藻醣之抗體之方法為此項技術中眾所周知的。GlymaxX®技術(ProBioGen AG)係基於針對偏向岩藻醣生物合成至用於抗體產生之細胞中之細胞路徑的酶引入基因。此藉由產抗體細胞預防糖「岩藻醣」添加至N-連接抗體碳水化合物部分中。(von Horsten等人(2010) Glycobiology. 2010年12月; 20 (12):1607-18。)能夠產生去岩藻醣基化抗體之細胞株之實例包括具有細菌氧化還原酶GDP-6-去氧-D-來蘇糖-4-己糖還原酶(RMD)之穩定過度表現之CHO-DG44 (參見Henning von Horsten等人, Glycobiol 2010, 20:1607-1618)或Lec13 CHO 細胞，其缺乏蛋白質岩藻醣基化(參見Ripka等人,Arch. Biochem. Biophys. , 1986, 249:533-545；美國專利公開案第 2003/0157108號；WO 2004/056312；其中之每一者以全文引用的方式併入本文中)及基因剔除細胞株，諸如α-1,6-岩藻醣基轉移酶基因或FUT8基因剔除CHO細胞(參見Yamane-Ohnuki等人,Biotech. Bioeng. , 2004, 87: 614-622；Kanda等人,Biotechnol. Bioeng. , 2006, 94:680-688；及WO 2003/085107；其中之每一者以全文引用的方式併入本文中)。以較低岩藻醣基化水準獲得抗體之另一途徑可見於美國專利8,409,572中，其教示針對抗體產量，其對抗體產生較低岩藻醣基化水準之能力來選擇細胞株。
能夠產生去岩藻醣基化抗體之細胞株之實例包括具有細菌氧化還原酶GDP-6-去氧-D-來蘇糖-4-己糖還原酶(RMD)之穩定過度表現之CHO-DG44 (參見Henning von Horsten等人, Glycobiol 2010, 20:1607-1618)或Lec13 CHO 細胞，其缺乏蛋白質岩藻醣基化(參見Ripka等人, Arch. Biochem. Biophys., 1986, 249:533-545；美國專利公開案第 2003/0157108號；WO 2004/056312；其中之每一者以全文引用的方式併入本文中)及基因剔除細胞株，諸如α-1,6-岩藻醣基轉移酶基因或FUT8基因剔除CHO細胞(參見Yamane-Ohnuki等人, Biotech. Bioeng., 2004, 87: 614-622；Kanda等人, Biotechnol. Bioeng., 2006, 94:680-688；及WO 2003/085107；其中之每一者以全文引用的方式併入本文中)。
抗體可經完全去岩藻醣基化(意謂其不含有可偵測的岩藻醣)或其可經部分去岩藻醣基化，意謂經分離之抗體含有小於95%、小於85%、小於75%、小於65%、小於55%、小於45%、小於35%、小於25%、小於15%或小於5%藉由哺乳動物表現系統產生之類似抗體通常偵測到之岩藻醣之量。
在一些態樣中，相比於天然存在之IgG1域，本文所提供之抗體包含在位置Asn 297處具有降低的岩藻醣含量之IgG1域。此類Fc域已知具有改良的ADCC。參見Shields等人, J. Biol. Chem., 2002, 277:26733-26740，其以全文引用的方式併入本文中。在一些態樣中，此類抗體不會包含位置Asn 297處之任何岩藻醣。可使用任何適合之方法，例如如以全文引用的方式併入本文中之WO 2008/077546中所描述測定岩藻醣之量。
在某些實施例中，本文所提供之抗體包含具有一或多個改良ADCC之胺基酸取代，諸如Fc區之位置298、333及334中之一或多者處之取代的Fc區。在一些實施例中，本文所提供之抗體包含在位置239、332及330處具有一或多種胺基酸取代之Fc區，如Lazar等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2006,103:4005-4010中所描述，其以全文引用的方式併入本文中。
可併入本文所提供之抗體中之其他說明性糖基化變體描述於例如美國專利公開案第2003/0157108號、第2004/0093621號、第2003/0157108號、第2003/0115614號、第2002/0164328號、第2004/0093621號、第2004/0132140號、第2004/0110704號、第2004/0110282號、第2004/0109865號；國際專利公開案第2000/61739號、第2001/29246號、第2003/085119號、第2003/084570號、第2005/035586號、第2005/035778號、第2005/053742號、第2002/031140號；Okazaki等人,J. Mol. Biol. , 2004, 336:1239-1249；及Yamane-Ohnuki等人,Biotech. Bioeng. , 2004, 87: 614-622中；其中之每一者以全文引用的方式併入本文中。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含寡醣中之至少一個半乳糖殘基連接至Fc區之Fc區。此等抗體變異體可具有改良之CDC功能。此類抗體變體之實例描述於例如WO 1997/30087、WO 1998/58964及WO 1999/22764中；其中之每一者以全文引用的方式併入本文中。
在一些實施例中，本文所提供之抗體包含改良或減少C1q結合及/或CDC之一或多種改變。參見美國專利第6,194,551號；WO 99/51642；及Idusogie等人, J. Immunol., 2000, 164:4178-4184；其中之每一者以全文引用的方式併入本文中。
在一些實施例中，該抗體包含選自IgG、IgA、IgD、IgE及IgM之類別之重鏈人類恆定區。在一些實施例中，該抗體包含Fc區。在一些實施例中，該Fc區為人類Fc區。在一些實施例中，該人類Fc區包含類別IgG及選自IgG1、IgG2、IgG3及IgG4之子類別之人類重鏈恆定區。在一些實施例中，人類Fc區包含野生型人類IgG1 Fc。 結合
「親和力」係指分子(例如抗體)之單一結合位點與其結合搭配物(例如抗原或抗原決定基)之間的非共價相互作用之總和強度。除非另外指示，否則如本文所使用，「親和力」係指固有結合親和力，其反映結合對成員(例如抗體及抗原或抗原決定基)之間的1:1相互作用。分子X對其搭配物Y之親和力可由解離平衡常數(KD )表示。以下更詳細地描述構成解離平衡常數之動力學分量。可藉由此項技術中已知之常見方法，包括本文所描述之彼等者，諸如表面電漿子共振(SPR)技術(例如BIACORE®)或生物層干涉量測術(例如FORTEBIO®)量測親和力。
關於抗體與靶分子之結合，術語「結合」、「特異性結合」、「特異性結合至」、「對……具有特異性」、「選擇性地結合」及「對」特定抗原(例如多肽標靶)或特定抗原上之抗原決定基「具有選擇性」意謂非特異性或非選擇性相互作用(例如與非靶分子)可量測地不同之結合。可例如藉由量測結合至靶分子且將其與結合至非靶分子進行比較來量測特異性結合。亦可藉由與模擬靶分子上識別之抗原決定基之對照分子競爭來測定特異性結合。在該情況下，若抗體與靶分子之結合被對照分子競爭性地抑制，則指示特異性結合。在一些實施例中，TREM1抗體對非靶分子之親和力小於約50%對TREM1之親和力。在一些實施例中，TREM1抗體對非靶分子之親和力小於約40%對TREM1之親和力。在一些實施例中，TREM1抗體對非靶分子之親和力小於約30%對TREM1之親和力。在一些實施例中，TREM1抗體對非靶分子之親和力小於約20%對TREM1之親和力。在一些實施例中，TREM1抗體對非靶分子之親和力小於約10%對TREM1之親和力。在一些實施例中，TREM1抗體對非靶分子之親和力小於約1%對TREM1之親和力。在一些實施例中，TREM1抗體對非靶分子之親和力小於約0.1%對TREM1之親和力。
如本文所使用，術語「kd 」 (sec-1 )係指特定抗體-抗原相互作用之解離速率常數。此值亦稱為k離 值。
如本文所使用，術語「ka 」(M-1 ×sec-1 )係指特定抗體-抗原相互作用之締合速率常數。此值亦稱為k合 值。
如本文所使用，術語「KD 」(M)係指特定抗體-抗原相互作用之解離平衡常數。KD = kd /ka 。在一些實施例中，在此類抗體與其抗原之間的相互作用之KD 方面描述抗體之親和力。為清楚起見，如此項技術中已知，更小KD 值指示更高親和力相互作用，而更大KD 值指示更低親和力相互作用。
如本文所使用，術語「KA 」(M-1 )係指特定抗體-抗原相互作用之締合平衡常數。KA = ka /kd 。
當在本文中在兩種或多於兩種抗體之情況下使用時，術語「與……競爭」或「與……交叉競爭」指示兩種或多於兩種抗體競爭結合至抗原(例如TREM1)。在一個例示性分析中，TREM1塗佈於表面上且與第一TREM1抗體接觸，其後添加第二TREM1抗體。在另一例示性分析中，第一TREM1抗體塗佈於表面上且與TREM1接觸，且隨後添加第二TREM1抗體。若在任一分析中第一TREM1抗體之存在減少第二TREM1抗體之結合，則抗體彼此競爭。術語「與……競爭」亦包括抗體組合，其中一種抗體減少另一種抗體之結合，但其中當以相反順序添加抗體時未觀測到競爭。然而，在一些實施例中，第一及第二抗體抑制彼此結合，與其添加順序無關。在一些實施例中，一種抗體使另一種抗體結合至其抗原減少至少25%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少85%、至少90%、至少95%或至少99%，如在競爭性結合分析中所量測。熟習此項技術者可基於抗體對TREM1之親和力及抗體價數來選擇用於競爭分析中之抗體之濃度。此定義中所描述之分析為說明性的，且熟習此項技術者可利用任何適合的分析來測定抗體是否彼此競爭。適合的分析描述於例如Cox等人, 「Immunoassay Methods」, Assay Guidance Manual [Internet],2014年12月24日更新 (ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK92434/；2015年9月29日訪問)；Silman等人, Cytometry, 2001, 44:30-37；及Finco等人, J. Pharm. Biomed. Anal., 2011, 54:351-358中；其中之每一者以全文引用的方式併入本文中。
若如在競爭性結合分析中所量測，過量測試抗體(例如至少2×、5×、10×、20×或100×)將參考抗體結合抑制或阻斷例如至少50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或99%，則測試抗體與參考抗體競爭。藉由競爭分析(競爭抗體)鑑別之抗體包括與參考抗體結合於相同抗原決定基之抗體及結合於足夠靠近參考抗體所結合之抗原決定基之相鄰抗原決定基以發生位阻的抗體。舉例而言，第二競爭抗體可鑑別為與本文所描述之初級抗體競爭結合至TREM1。在某些情況下，如在競爭性結合分析中所量測，第二抗體可將初級抗體之結合阻斷或抑制例如至少50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或99%。在某些情況下，第二抗體可使初級抗體置換大於50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%或99%。
在一些實施例中，抗TREM1抗體不實質上結合癌症組織外部存在之骨髓細胞。在一些實施例中，抗TREM1抗體不實質上結合癌症組織中存在之刺激性骨髓細胞。
在一些實施例中，抗TREM1抗體結合至人類TREM1之殘基21-34 (SEQ ID NO: 42)、103-109 (SEQ ID NO: 43)及128-136 (SEQ ID NO: 44)。結合抗原決定基包括數值範圍內之殘基(例如TREM1之殘基22-33)、各範圍之開始殘基(例如TREM1之殘基21-33)及各範圍之末端殘基(例如TREM1之殘基22-34)或其任何組合。在一些實施例中，抗TREM1抗體結合至人類TREM1之殘基22-33、104-108及129-135。在一些實施例中，抗TREM1抗體結合至人類TREM1之殘基21-33、103-108及128-135。在一些實施例中，抗TREM1抗體結合至人類TREM1之殘基22-34、104-109及129-136。在一些實施例中，抗TREM1抗體結合至選自以下之殘基：殘基21-34、22-33、21-33或22-34；103-109、104-108、103-108或104-109；及128-136、129-135、128-135或129-136。
在一些實施例中，本文所提供之抗體以小於或等於約0.001、0.01、0.02、0.03、0.04、0.05、0.06、0.07、0.08、0.09、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9、1.95、2、2.5、3、3.5、4、4.5、5、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、6.1、6.2、6.3、6.4、6.5、6.6、6.7、6.8、6.9、7、8、9或10×10-9 M之KD 結合人類TREM1，如藉由Biacore分析所量測。在一些實施例中，本文所提供之抗體之KD 在約0.001-0.01、0.01-0.1、0.01-0.05、0.05-0.1、0.1-0.5、0.5-1、0.25-0.75、0.25-0.5、0.5-0.75、0.75-1、0.75-2、1.1-1.2、1.2-1.3、1.3-1.4、1.4-1.5、1.5-1.6、1.6-1.7、1.7-1.8、1.8-1.9、1.9-2、1-2、1-5、2-7、3-8、3-5、4-6、5-6、5-5.5、5.5-6、5-7、6-7、6-6.5、6.5-7、6-8、7-9、7-10或5-10×10-9 M之間，如藉由Biacore分析所量測。
在一些實施例中，本文所提供之抗體以小於或等於約10、9、8、7、6、5、4.5、4、3.5、3、2.5、2、1.98、1.95、1.9、1.85、1.8、1.75、1.7、1.65、1.6、1.55、1.50、1.45、1.4、1.3、1.2、1.1、1、0.9、0.85、0.8、0.75、0.7、0.65、0.6、0.55、0.5、0.45、0.4、0.35、0.3、0.25、0.2、0.15或0.1×10-9 M或更小之KD 結合人類TREM1，如藉由Biacore分析所量測。在一些實施例中，本文所提供之抗體以5-3、4-2、3-1、1.9-1.8、1.8-1.7、1.7-1.6、1.6-1.5、1.9-1.5、1.5-1、1-0.8、1-0.5、0.9-0.6、0.7-0.4、0.6-0.2、0.5-0.3、0.3-0.2或0.2-0.1×10-9 M之間的KD 結合人類TREM1，如藉由Biacore分析所量測。在一些實施例中，本文所提供之抗體以小於或等於約10、9.56、9.5、9.0、8.88、8.84、8.5、8、7.5、7.32、7、6.5、6、5.5、5、4.5、4、3.5、3、2.5、2、1.5或1×10-4 (1/s)或更小的Kd 結合人類TREM1，如藉由Biacore分析所量測。在一些實施例中，本文所提供之抗體以7-10、7-8、8-9、9-10、7-7.5、7.5-8、8.-8.5、8.5-9、9-9,5或9.5-10×10-4 (1/s)之間的Kd 結合人類TREM1，如藉由Biacore分析所量測。在一些實施例中，本文所提供之抗體以大於或等於約4、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、45、5.1、5.2、5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、6、7、8、9或10×105 (1/Ms)或更大的Ka 結合人類TREM1，如藉由Biacore分析所量測。在一些實施例中，本文所提供之抗體以4-7、4-4.5、4.5-5、5-5.5、5.5-6、6-6.5或6.5-7、7-8、8-9或9-10×105 (1/Ms)之間的Ka 結合人類TREM1，如藉由Biacore分析所量測。
在一些實施例中，抗體以約0.1、0.15、0.2、0.22、0.25、0.27、0.3、0.32、0.35、0.37、0.4、0.05、0.5、0.55、0.6、0.65、0.7、0.8、0.9、1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9或2 nM之EC50結合人類單核球，如藉由流式細胞測量術所量測。在一些實施例中，本文所提供之抗體以小於或等於2、1.9、1.8、1.7、1.6、1.5、1.4、1.3、1.2、1.1、0.9、0.8、0.7、0.6、0.5、0.4、0.3、0.2或0.1 nM之EC50結合人類單核球，如藉由流式細胞測量術所量測。在一些實施例中，抗體以約0.2-1.4、0.2-0.3、0.3-0.5、0.5-0.7、0.7-1、1-1.2或1.2-1.4 nM之間的EC50結合人類單核球，如藉由流式細胞測量術所量測。
在一些實施例中，抗體以約0.1、0.15、0.2、0.22、0.25、0.27、0.3、0.32、0.35、0.37、0.4、0.05、0.5、0.55、0.6、0.65、0.7、0.8、0.9、1、1.1、1.2、1.3、1.4、1.5、1.6、1.7、1.8、1.9或2 nM之EC50結合人類嗜中性球，如藉由流式細胞測量術所量測。在一些實施例中，本文所提供之抗體以小於或等於約2、1.9、1.8、1.7、1.6、1.5、1.4、1.3、1.2、1.1、0.9、0.8、0.7、0.6、0.5、0.4、0.3、0.2或0.1 nM之EC50結合嗜中性球，如藉由流式細胞測量術所量測。在一些實施例中，抗體以約0.15-1、0.15-0.3、0.3-0.5、0.5-0.7、0.7-1、1-1.5或1.5-2 nM之間的EC50結合人類嗜中性球，如藉由流式細胞測量術所量測。
在一些實施例中，本文所提供之抗體不以大於或等於3 nM或大於3 nM之EC50結合人類嗜中性球，如藉由流式細胞測量術所量測。 功能
「效應功能」係指藉由抗體之Fc區介導之彼等生物活性，其活性可視抗體同型而變化。抗體效應功能之實例包括C1q結合以活化補體依賴性細胞毒性(CDC)，Fc受體結合以活化抗體依賴性細胞毒性(ADCC)，及抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)、受體配位體阻斷、促效作用或拮抗作用。
在一些實施例中，抗體具有抗體依賴性細胞毒性(ADCC)活性。當抗體結合至病原性或致瘤性靶細胞之表面上之抗原時，可能發生ADCC。在其細胞表面上帶有Fcγ受體(FcγR或FCGR)之效應細胞，包括細胞毒性T細胞、自然殺手(NK)細胞、巨噬細胞、嗜中性球、嗜酸性球、樹突狀細胞或單核球，識別且結合與靶細胞結合之抗體之Fc區。此類結合可觸發胞內信號傳導路徑之活化，導致細胞死亡。在特定實施例中，抗體之免疫球蛋白Fc區亞型(同型)包括人類IgG1及IgG3。如本文所使用，ADCC係指細胞介導之反應，其中表現Fc受體(FcR) (例如自然殺手(NK)細胞、嗜中性球及巨噬細胞)之非特異性細胞毒性細胞識別靶細胞上之經結合抗體且隨後導致靶細胞溶解。用於介導ADCC之原生細胞、NK細胞僅表現FcγRIII，而單核球表現FcγRI、FcγRII及FcγRIII。FcR在造血細胞上之表現概述於Ravetch及Kinet,Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991)之第464頁之表3中。為了評定相關分子之ADCC活性，可進行活體外ADCC分析，諸如美國專利第5,500,362號或5,821,337號中描述之分析。用於此類分析之適用效應細胞包括周圍血液單核細胞(PBMC)及自然殺手(NK)細胞。可替代地或另外，可活體內評定相關分子之ADCC活性，例如在動物模型中，諸如Clynes等人, Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 95:652-656 (1998)中所揭示之動物模型。
在一些實施例中，抗體具有補體依賴性細胞毒性(CDC)活性。介導抗體誘導之CDC經由典型補體級聯之蛋白質且藉由補體蛋白Clq結合至抗體觸發。抗體Fc區結合至Clq可誘導補體級聯之活化。在特定實施例中，抗體之免疫球蛋白Fc區亞型(同型)包括人類IgG1及IgG3。如本文所使用，CDC係指分子在補體存在下溶解標靶之能力。補體活化路徑藉由補體系統之第一組分(C1q)結合至與同源抗原複合之分子(例如多肽(例如抗體))來引發。為了評定補體活化，可進行CDC分析，例如如Gazzano-Santoro等人, J. Immunol. Methods 202:163 (1996)中所描述。
在一些實施例中，抗體具有抗體依賴性細胞吞噬作用(ADCP)活性。當抗體結合至病原性或致瘤性靶細胞之表面上之抗原時，可能發生ADCP。在其細胞表面上帶有Fc受體之吞噬細胞，包括單核球及巨噬細胞，識別且結合與靶細胞結合之抗體之Fc區。在Fc受體結合至抗體結合靶細胞後，可引發靶細胞之吞噬作用。ADCP可視為一種形式之ADCC。
在一些實施例中，TREM1抗體誘導非刺激性骨髓細胞再編程為刺激性骨髓細胞。在一些實施例中，TREM1抗體誘導促炎性細胞介素或趨化介素之表現及/或誘導共刺激分子之表現。在一些實施例中，共刺激分子為CD40或HLA-DR。在一些實施例中，促炎性細胞介素或趨化介素為IFN-γ、IL-1α、IL-12、IL-2、TNFSF9、TNFSF10、CXCL9、CXCL10、CCL17、CXCL1、CXCL5、CXCL8、CXCL11、CXCL15、CCL3、CCL4、CCL2、FasL、CD274、CRTAM、顆粒酶A (GzmA)或顆粒酶B (GzmB)。
在一些實施例中，抗體為促效抗體。促效抗體可在抗體結合細胞上表現之TREM1蛋白之後誘導(例如提高)NSM之一或多種活性或功能。促效抗體可結合至NSM且使NSM活化，改變細胞增殖或修飾抗原呈遞能力。促效抗體可結合至NSM且使NSM活化，觸發導致經修飾細胞生長或細胞凋亡之胞內信號傳導路徑。促效抗體可結合至TREM1且誘導TREM1之信號傳導下游。在一些實施例中，TREM1信號傳導提高細胞中之免疫反應。在一些實施例中，免疫反應為活化、細胞介素或趨化介素分泌或骨髓共刺激蛋白之表現。
在一些實施例中，抗體為拮抗抗體。拮抗抗體可在抗體結合細胞上表現之TREM1蛋白之後阻斷(例如降低)NSM之一或多種活性或功能。舉例而言，拮抗抗體可結合至一或多種NSM蛋白且阻斷配位體結合至一或多種NSM蛋白，預防細胞之分化及增殖或修飾抗原呈遞能力。拮抗抗體可藉由其配位體結合至TREM1蛋白且預防TREM1蛋白活化，修飾促進細胞生長及存活之胞內信號傳導路徑。
在一些實施例中，抗體為耗乏性抗體。耗乏性抗體為將在經由抗體與分子之其他免疫細胞之相互作用接觸後殺死非刺激性骨髓細胞之一種耗乏性抗體。舉例而言，抗體在結合至帶有TREM1蛋白之細胞時可接合補體蛋白且誘導補體依賴性細胞溶解。抗體在結合至帶有TREM1蛋白之細胞時亦可觸發帶有Fc受體之相鄰細胞以藉由抗體依賴性細胞毒性(ADCC)將其殺死。
在一些實施例中，抗體為中和抗體，且抗體中和NSM之一或多種生物活性。在一些實施例中，TREM1蛋白表現於非刺激性骨髓細胞之表面上且抗體識別TREM1蛋白之細胞外域。
在一些實施例中，抗體對NSM具有選擇性(優先結合至TREM1)。在某些實施例中，選擇性地結合至NSM之抗體具有0.0001 nM至1 μM範圍之解離常數(Kd)。在某些實施例中，抗體特異性結合至來自不同物種之蛋白質中保留之TREM1蛋白上之抗原決定基。在另一實施例中，選擇性結合包括(但不需要)排他性結合。
在一個實施例中，結合至其標靶之抗TREM1抗體對造成其所結合之非刺激性骨髓細胞之活體內消耗負責。在一些實施例中，由聚集抗體誘導之效應蛋白可觸發多種反應，包括釋放發炎性細胞介素，調節抗原產生，內飲作用或細胞殺死。在一個實施例中，抗體能夠補充及活化補體或活體內介導抗體依賴性細胞毒性(ADCC)或藉由活體內結合Fc受體介導吞噬作用。抗體亦可藉由在結合後誘導非刺激性骨髓細胞之細胞凋亡或壞死來消耗非刺激性骨髓細胞。
在一些實施例中，抗體能夠形成免疫複合體。舉例而言，免疫複合體可為被抗體覆蓋之腫瘤細胞。
在一些實施例中，抗TREM1抗體不實質上結合癌症組織外部存在之骨髓細胞。在一些實施例中，抗TREM1抗體不實質上結合癌症組織中存在之刺激性骨髓細胞。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞之失能為活體外且藉由以下步驟實現：a)殺死非刺激性骨髓細胞；b)磁珠消耗非刺激性骨髓細胞；或c)螢光活化細胞分選(FACS)非刺激性骨髓細胞。
「免疫共軛物」為與一或多種異源分子，諸如效應分子或治療劑(例如細胞介素)或診斷劑共軛之抗體。
在某些實施例中，抗體與藥物，例如毒素、化學治療劑、免疫調節劑或放射性同位素共軛。製備ADC (抗體藥物共軛物)之若干方法為此項技術中已知的且描述於例如美國專利8,624,003 (罐方法)、8,163,888 (單步驟)及5,208,020 (兩步驟方法)中。抗體或其抗原結合片段可與至少一種藥劑共軛，該藥劑包括放射性核素、細胞毒素、化學治療劑、藥物、前藥、毒素、酶、免疫調節劑、抗血管生成劑、促細胞凋亡劑、細胞介素、激素、寡核苷酸、反義分子、siRNA、第二抗體及抗原結合之第二抗體片段。 非刺激性骨髓細胞(NSM)
本文提供用於使非刺激性骨髓細胞(NSM)失能及/或偵測非刺激性骨髓細胞(NSM)之方法及組合物，其包含使用抗TREM1抗體。本文亦提供用於靶向及/或偵測表現NSM蛋白之非刺激性骨髓細胞之方法及組合物。
本文亦提供用於使非刺激性骨髓細胞失能及/或偵測非刺激性骨髓細胞之方法及組合物，其包含在非人類個體中使用針對人類NSM蛋白之非人類同源物之抗體。
如本文所使用，非刺激性骨髓細胞為在刺激免疫反應方面並非足夠有效之骨髓細胞(例如相比於刺激性骨髓細胞，在腫瘤微環境中刺激抗腫瘤反應方面並非同樣有效)。在一些實施例中，相比於刺激性骨髓細胞，非刺激性骨髓細胞在將抗原(例如腫瘤抗原)呈遞給T細胞方面並非同樣有效或在刺激腫瘤特異性T細胞反應方面並非同樣有效。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞可呈現相比於刺激性骨髓細胞降低的攝取、處理及/或將腫瘤相關抗原呈遞給T細胞之能力。非刺激性骨髓細胞可含有降低的再引發細胞毒性T淋巴球之能力或無再引發細胞毒性T淋巴球之能力或在一些情況下無法刺激有效腫瘤細胞殺死。相比於刺激性骨髓細胞，非刺激性骨髓細胞可呈現涉及抗原處理、抗原呈遞及/或抗原共刺激之基因及細胞表面標記之更低表現，該等標記包括(但不限於) CD80、CD86、MHCI及MHCII。
非刺激性骨髓細胞在與刺激性骨髓細胞相比較時可呈現與交叉呈遞、共刺激及/或刺激性細胞介素相關之基因之較低表現，該等基因包括(但不限於)以下中之任一者或多者：TAP1、TAP2、PSMB8、PSMB9、TAPBP、PSME2、CD24a、CD274、BTLA、CD40、CD244、ICOSL、ICAM1、TIM3、PDL2、RANK、FLT3、CSF2RB、CSF2RB2、CSF2RA、IL12b、XCR1、CCR7、CCR2、CCL22、CXCL9及CCL5；及消炎劑細胞介素IL-10之提高的表現。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞視用於分化及存活之轉錄因子IRF4及細胞介素GM-CSF或CSF-1而定。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞可藉由分泌血管內皮生長因子(VEGF)及氧化氮合成酶(NOS)促進腫瘤血管生成且藉由分泌表皮生長因子(EGF)支持腫瘤生長。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為腫瘤相關巨噬細胞(TAM)或樹突狀細胞(DC)。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞不為樹突狀細胞(DC)。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為腫瘤相關巨噬細胞(TAM)。TAM為靠近癌性腫瘤或在癌性腫瘤內存在之巨噬細胞，且來源於循環單核球或常駐組織巨噬細胞。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為腫瘤相關嗜中性球(TAN)。TAN為靠近癌性腫瘤或在癌性腫瘤內存在之嗜中性球。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞及刺激性骨髓細胞基於其表現之標記或其選擇性表現之標記而進行區分。細胞表面標記之表現可描述為『+』或『陽性』。細胞表面標記之不存在可描述為『-』或『陰性』。細胞表面標記之表現可進一步描述為『較高』(表現高水準標記之細胞)或『較低』(表現低水準標記之細胞)，其指示細胞表面上各標記之相對表現。標記之水準可藉由此項技術中已知之不同方法測定，例如免疫染色及FACS分析或凝膠電泳及西方墨點法。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為樹突狀細胞(DC)。在一些實施例中，樹突狀細胞可藉由尖狀或樹枝狀形態區分。在一個實施例中，非刺激性樹突狀細胞為至少CD45+、HLA-DR+、CD14-、CD11c+及BDCA1+ (亦稱為DC1細胞)。在一個實施例中，非刺激性樹突狀細胞不為CD45+、HLA-DR+、CD14-、CD11c+及BDCA3+ (亦稱為DC2細胞)。在一個實施例中，CD45+、HLA-DR+、CD14-、CD11c+及BDCA3+之樹突狀細胞為刺激性骨髓細胞。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為腫瘤相關巨噬細胞(TAM)。在一些實施例中，舉例而言，在人類中，非刺激性腫瘤相關巨噬細胞為至少CD45+、HLA-DR+、CD14+。在一些實施例中，非刺激性腫瘤相關巨噬細胞為至少CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、CD11b+ 。在一些實施例中，非刺激性腫瘤相關巨噬細胞為至少CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、CD11c+ 。在一些實施例中，非刺激性腫瘤相關巨噬細胞為至少CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 。在一些實施例中，非刺激性腫瘤相關巨噬細胞為至少CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 、CD11b+ 。在一些實施例中，非刺激性腫瘤相關巨噬細胞為至少CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 、CD11c+ 。在一些實施例中，非刺激性腫瘤相關巨噬細胞為至少CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、CD11b+ 及CD11c+ 。在一些實施例中，非刺激性腫瘤相關巨噬細胞為至少CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 、CD11b+ 及CD11c+ 。
在一些實施例中，本發明之方法及組合物適用於靶向其他哺乳動物，例如小鼠中之TAM及DC。在此類實施例中，小鼠TAM及DC與TREM1抗體接觸。在一個實施例中，舉例而言，在小鼠中，腫瘤相關巨噬細胞為至少CD45+、I-A/I-E+、CD14+、CD11b高 及CD11c低 (亦稱為TAM1)。在一個實施例中，舉例而言，在小鼠中，腫瘤相關巨噬細胞為至少CD45+、I-A/I-E+、CD14+、CD11b低 及CD11c高 (亦稱為TAM2)。如本文所使用，術語「CD11b高 巨噬細胞」係關於表現高水準CD11b之巨噬細胞。如本文所使用，術語「CD11b低 巨噬細胞」係關於在其表面上表現之CD11b水準實質上低於CD11b高 巨噬細胞之巨噬細胞。如本文所使用，術語「CD11c高 」係關於表現高水準CD11c之巨噬細胞。如本文所使用，術語「CD11c低 巨噬細胞」係關於在其表面上表現之CD11c水準實質上低於CD11c高 巨噬細胞之巨噬細胞。
在一些實施例中，本發明之非刺激性骨髓細胞包括TAM及DC1細胞中之一或多者。
在一些實施例中，舉例而言，在小鼠中，本發明之非刺激性骨髓細胞包括TAM1、TAM2及DC1細胞中之一或多者。在此類實施例中，使本發明之非刺激性骨髓細胞與TREM1抗體接觸。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為骨髓衍生之抑制細胞(MDSC)。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為腫瘤相關嗜中性球(TAN)。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞侷限於腫瘤損傷邊緣或經轉化之腫瘤導管，其中其與同源T細胞接觸。在一個實施例中，修改非刺激性骨髓細胞之定位以使得細胞不再侷限於腫瘤邊緣或不再與T細胞接觸。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞在包含刺激性骨髓細胞及非刺激性骨髓細胞之免疫細胞群體中。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞在僅包含非刺激性骨髓細胞之免疫細胞群體中。本發明之免疫細胞之群體可為純的、同源、異源、衍生自多種來源(例如患病組織、腫瘤組織、健康組織、細胞庫)，維持在原生細胞培養物中，維持在永生化培養物中，及/或維持在離體培養物中。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為腫瘤相關巨噬細胞。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為樹突狀細胞。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14- 、CD11c+ 及BDCA1+ 。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞包含為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14- 、CD11c+ 及BDCA1+ 之細胞。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14- 、CD11c+ 及BDCA1+ 之細胞組成。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞基本上由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14- 、CD11c+ 及BDCA1+ 之細胞組成。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞包含為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 之細胞。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 之細胞組成。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞基本上由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 之細胞組成。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、CD11b+ 。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞包含為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、CD11b+ 之細胞。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、CD11b+ 之細胞組成。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞基本上由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、CD11b+ 之細胞組成。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、CD11c+ 。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞包含為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、CD11c+ 之細胞。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、CD11c+ 之細胞組成。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞基本上由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、CD11c+ 之細胞組成。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 及CD11c+ 。 在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞包含為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 及CD11c+ 之細胞。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 及CD11c+ 之細胞組成。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞基本上由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 及CD11c+ 之細胞組成。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 、CD11b+ 。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞包含為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 、CD11b+ 之細胞。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 、CD11b+ 之細胞組成。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞基本上由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 、CD11b+ 之細胞組成。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、CD11b+ 及CD11c+ 。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞包含為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、CD11b+ 及CD11c+ 之細胞。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、CD11b+ 及CD11c+ 之細胞組成。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞基本上由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、CD11b+ 及CD11c+ 之細胞組成。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 、CD11b+ 及CD11c+ 。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞包含為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 、CD11b+ 及CD11c+ 之細胞。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 、CD11b+ 及CD11c+ 之細胞組成。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞基本上由為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14+ 、BDCA3- 、CD11b+ 及CD11c+ 之細胞組成。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞不為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14- 、CD11c+ 及BDCA3+ 。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞包含不為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14- 、CD11c+ 及BDCA3+ 之細胞。
在一些實施例中，舉例而言，在小鼠中，非刺激性骨髓細胞為CD45+ 、I-A/I-E+ 、CD14+ 、CD11b高 及CD11c低 。在一些實施例中，舉例而言，在小鼠中，非刺激性骨髓細胞包含為CD45+ 、I-A/I-E+ 、CD14+ 、CD11b高 及CD11c低 之細胞。在一些實施例中，舉例而言，在小鼠中，非刺激性骨髓細胞由為CD45+ 、I-A/I-E+ 、CD14+ 、CD11b高 及CD11c低 之細胞組成。在一些實施例中，舉例而言，在小鼠中，非刺激性骨髓細胞基本上由為CD45+ 、I-A/I-E+ 、CD14+ 、CD11b高 及CD11c低 之細胞組成。在此類實施例中，使非刺激性小鼠骨髓細胞與TREM1抗體接觸。
在一些實施例中，舉例而言，在小鼠中，非刺激性骨髓細胞為CD45+ 、I-A/I-E+ 、CD14+ 、CD11b低 及CD11c高 。在一些實施例中，舉例而言，在小鼠中，非刺激性骨髓細胞包含為CD45+ 、I-A/I-E+ 、CD14+ 、CD11b低 及CD11c高 之細胞。在一些實施例中，舉例而言，在小鼠中，非刺激性骨髓細胞由為CD45+ 、I-A/I-E+ 、CD14+ 、CD11b低 及CD11c高 之細胞組成。在一些實施例中，舉例而言，在小鼠中，非刺激性骨髓細胞基本上由為CD45+ 、I-A/I-E+ 、CD14+ 、CD11b低 及CD11c高 之細胞組成。在此類實施例中，使非刺激性小鼠骨髓細胞與TREM1抗體接觸。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞在癌症組織中。
在一些實施例中，免疫細胞群體在癌症組織中。
在一些實施例中，非刺激性細胞及刺激性骨髓細胞在癌症組織中。
在一些實施例中，生物樣品包含免疫細胞群體，其包含非刺激性骨髓細胞及刺激性骨髓細胞。
NSM細胞可共同地指腫瘤組織中存在之DC1、TAM1及TAM2細胞且其可藉由其NSM細胞標記表現而與其他細胞類型區分開來。舉例而言，以相比於SDC在NSM細胞中更大的豐度表現或轉譯之基因及相關蛋白質可充當NSM標記。例示性NSM標記為CD11b。額外例示性NSM標記列出於表A中。NSM細胞可在其細胞表面上表現TREM1、MS4A7、C5AR1、LYVE1、ABCC3、LILRB4、MRC1/CD206、SIGLEC1、STAB1、TMEM37、MERTK及TMEM119。在一些態樣中，NSM細胞不會表現KIT、CCR7、BATF3、FLT3、ZBTB46、IRF8、BTLA、MYCL1、CLEC9A、BDCA3及XCR1中之至少一者。
在一個實施例中，NSM細胞表現表D中列出之NSM標記基因中之一或多者。在另一實施例中，NSM細胞表現表A中列出之NSM標記之2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18或多於18種。在另一實施例中，NSM細胞表現大部分或所有表A中列出之NSM標記。在另一實施例中，NSM細胞鑑別為表現MRC1、MS4A7、C1QC、APOE、C1QB、C1QA及C5AR1。 表D
表 D
SDC 標記 NSM 標記
KIT CCR7 BATF3 FLT3 ZBTB46 IRF8 BTLA C5AR1 LYVE1 ABCC3 MRC1 SIGLEC1 STAB1 C1QB
MYCL1 CLEC9A BDCA3 XCR1 C1QA TMEM37 MERTK C1QC TMEM119 MS4A7 APOE CYP4F18 TREM1 TREM2 TLR7 LILRB4
刺激性骨髓細胞
如本文所使用，刺激性骨髓細胞(在某些態樣中亦稱作SDC)為在刺激免疫反應方面為有效之骨髓細胞(例如相比於非刺激性骨髓細胞，在腫瘤微環境中刺激抗腫瘤反應方面更有效)。在一些實施例中，相比於非刺激性骨髓細胞，刺激性骨髓細胞在將抗原(例如腫瘤抗原)呈遞給T細胞方面為有效的或在刺激腫瘤特異性T細胞反應方面為有效的。在一些實施例中，刺激性骨髓細胞可呈現相比於非刺激性骨髓細胞提高的攝取、處理及/或將腫瘤相關抗原呈遞給T細胞之能力。刺激性骨髓細胞可具有相對於非刺激性骨髓細胞提高的再引發細胞毒性T淋巴球之能力或在一些情況下刺激有效腫瘤細胞殺死。相比於非刺激性骨髓細胞，刺激性骨髓細胞可呈現涉及抗原處理、抗原呈遞及/或抗原共刺激之基因及細胞表面標記之更高表現，該等標記包括(但不限於) CD80、CD86、MHCI及MHCII。
例示性刺激性骨髓細胞標記列出於表A中。舉例而言，在人類SDC中，Xcr1、Clec9a及BDCA3 (CD141)之表現為SDC一致性之標記。應注意，在小鼠中，CD103亦可用作SDC一致性之較強標記，但其在人類SDC中不表現。
在一個實施例中，SDC為具有樹突狀細胞一致性之腫瘤浸潤性骨髓細胞且其亦表現表A中列出之SDC標記中之一或多者。在另一實施例中，SDC為具有樹突狀細胞一致性之腫瘤浸潤性骨髓細胞且其亦表現表A中列出之SDC標記中之兩個、三個、四個、五個、六個、七個、八個、九個或全部。在另一實施例中，SDC鑑別為表現BDCA3、KIT、CCR7、BATF3、FLT3、ZBTB46、IRF8、BTLA、MYCL1、XCR1及CLEC9A之腫瘤浸潤性骨髓樹突狀細胞。SDC細胞可表現KIT、CCR7、BATF3、FLT3、ZBTB46、IRF8、BTLA、MYCL1、CLEC9A、BDCA3及XCR1中之至少一者。在一些實施例中，SDC不會實質上在其細胞表面上表現TREM1、MS4A7、C5AR1、LYVE1、ABCC3、LILRB4、MRC1/CD206、SIGLEC1、STAB1、TMEM37、MERTK及/或TMEM119。在一些實施例中，SDC不會實質上表現C5AR1、LYVE1、ABCC3、MRC1、SIGLEC1、STAB1、C1QB、C1QA、TMEM37、MERTK、C1QC、TMEM119、MS4A7、APOE、CYP4F18、TREM1、TLR7及/或LILRB4。流式細胞測量術及PCR以及其他領域識別分析可用於評定本文所揭示之標記之表現。
刺激性骨髓細胞可為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14- 、CD11c+ 及BDCA3+ 。刺激性骨髓細胞可為CD45+ 、HLA-DR+ 及BDCA3+ 。刺激性骨髓細胞可為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD14- 及BDCA3+ 。刺激性骨髓細胞可為CD45+ 、HLA-DR+ 、CD11c+ 及BDCA3+ 。 醫藥組合物
本申請案提供包含抗體之組合物，其包括包含本文所描述之抗體中之任一者或多者與一或多種醫藥學上可接受之賦形劑的醫藥組合物。在一些實施例中，組合物為無菌的。醫藥組合物一般包含有效量之抗體。
除了本文所揭示之抗體中之一或多者之外，此等組合物可包含熟習此項技術者熟知之醫藥學上可接受之賦形劑、載劑、緩衝劑、穩定劑或其他材料。此類材料應為無毒的且不應干擾活性成分之療效。載劑或其他材料之確切性質可視投與途徑而定，例如經口、靜脈內、皮膚或皮下、經鼻、肌肉內、腹膜內途徑。
用於經口投與之醫藥組合物可為錠劑、膠囊、散劑或液體形式。錠劑可包括固體載劑，諸如明膠或佐劑。液體醫藥組合物通常包括液體載劑，諸如水、石油、動物或植物油、礦物油或合成油。可包括生理鹽水溶液，右旋糖或其他醣溶液或二醇(諸如乙二醇、丙二醇或聚乙二醇)。
對於靜脈內、皮膚或皮下注射或在病痛部位處注射，活性成份將呈非經腸可接受之水溶液形式，其不含熱原質且具有適合之pH、等滲性及穩定性。相關熟習此項技術者能夠良好地使用例如等張媒劑(諸如氯化鈉注射液、林格氏注射液(Ringer's Injection)、乳酸林格氏注射液)來製備適合的溶液。視需要，可包括防腐劑、穩定劑、緩衝劑、抗氧化劑及/或其他添加劑。
無論其為待給予個體之多肽、抗體(例如抗TREM1抗體)、核酸、小分子或根據本發明之其他醫藥學上適用的化合物，投與較佳呈「治療有效量」或「預防有效量」(視情況而定，但預防可視為療法)，此足以向個體展示益處。所投與之實際量及投與之速率與時程將視所治療之蛋白聚集疾病之性質及嚴重程度而定。例如對劑量之決定等治療處方屬於全科醫生及其他醫生之責任，且典型地考慮待治療之病症、單個患者之病況、遞送部位、投與方法及醫生已知之其他因素。上文所提及之技術及方案之實例可見於Remington's Pharmaceutical Sciences,第16版, Osol, A. (編), 1980。
組合物可單獨或與其他治療同時或視所治療之病況依序組合投與。 方法  製備方法
本文所描述之抗體可使用重組方法及組合物產生，例如如美國專利第4,816,567號中所描述。
在一個實施例中，提供編碼本文所描述之抗體之經分離之核酸。此類核酸可編碼包含抗體之VL之胺基酸序列及/或包含抗體之VH之胺基酸序列(例如抗體之輕鏈及/或重鏈)或包含單域抗體之VHH之胺基酸序列。在另一實施例中，提供包含此類核酸之一或多種載體(例如表現載體)。在一個實施例中，核酸提供於多順反子載體中。在另一實施例中，提供包含此類核酸之宿主細胞。在一個此類實施例中，宿主細胞包含(例如已經以下轉化)：(1)包含核酸之載體，該核酸編碼包含抗體之VL之胺基酸序列及包含抗原結合多肽構築體之VH之胺基酸序列；或(2)包含核酸之第一載體，該核酸編碼包含抗原結合多肽構築體之VL之胺基酸序列，及包含核酸之第二載體，該核酸編碼包含抗原結合多肽構築體之VH之胺基酸序列。在一個實施例中，宿主細胞為真核細胞，例如中國倉鼠卵巢(CHO)細胞或人類胚胎腎(HEK)細胞或淋巴細胞(例如Y0、NS0、Sp20細胞)。在一個實施例中，提供一種製造抗體之方法，其中該方法包含在適合於表現抗體之條件下培養如上文所提供之包含編碼抗體之核酸的宿主細胞且視情況自宿主細胞(或宿主細胞培養基)回收抗體。
為重組產生抗體，分離例如如上文所描述之編碼抗體之核酸且插入至一或多個載體中以在宿主細胞中進一步選殖及/或表現。此類核酸可易於使用習知程序(例如藉由使用能夠與編碼抗體之重鏈及輕鏈之基因特異地結合之寡核苷酸探針)分離及定序。
術語「實質上經純化」係指可實質上或基本上不含通常伴隨如其天然存在之環境中發現之蛋白質或與其相互作用之組分的本文所描述之構築體或其變體，亦即，天然細胞或宿主細胞(在某些實施例中，在重組產生之雜多聚體之情況下)實質上不含細胞材料，包括具有小於約30%、小於約25%、小於約20%、小於約15%、小於約10%、小於約5%、小於約4%、小於約3%、小於約2%或小於約1% (乾重)污染性蛋白質之蛋白質之製備物。當雜多聚體或其變體藉由宿主細胞重組產生時，在某些實施例中，蛋白質以細胞乾重之約30%、約25%、約20%、約15%、約10%、約5%、約4%、約3%、約2%或約1%或小於1%存在。當雜多聚體或其變體藉由宿主細胞重組產生時，在某些實施例中，蛋白質以約5 g/L、約4 g/L、約3 g/L、約2 g/L、約1 g/L、約750 mg/L、約500 mg/L、約250 mg/L、約100 mg/L、約50 mg/L、約10 mg/L或約1 mg/L或小於1 mg/L細胞乾重存在於培養基中。在某些實施例中，藉由本文所描述之方法產生之「實質上純化」雜多聚體具有至少約30%、至少約35%、至少約40%、至少約45%、至少約50%、至少約55%、至少約60%、至少約65%、至少約70%之純度水準，尤其至少約75%、80%、85%之純度水準，且更尤其至少約90%之純度水準，至少約95%之純度水準，至少約99%或大於99%之純度水準，如藉由適當的方法，諸如SDS/PAGE分析、RP-HPLC、SEC及毛細電泳法所測定。
適於選殖或表現抗體編碼載體之宿主細胞包括本文所描述之原核或真核細胞。
「重組宿主細胞」或「宿主細胞」係指包括外源性聚核苷酸之細胞，與用於插入之方法(例如直接攝取、轉導、f配合或其他此項技術中已知產生重組宿主細胞之方法)無關。外源性聚核苷酸可維持為非整合載體，例如質粒，或者可整合至宿主基因組中。宿主細胞可包括CHO、CHO之衍生物、NS0、Sp2O、CV-1、VERO-76、HeLa、HepG2、Per.C6或BHK。
如本文所使用，術語「真核生物」係指屬於譜系學域真核生物之生物體，諸如動物(包括(但不限於)哺乳動物、昆蟲、爬行動物、禽類等)、纖毛蟲、植物(包括(但不限於)單子葉植物、雙子葉植物、海藻等)、真菌、酵母、鞭毛蟲、微孢子蟲、原生生物等。
如本文所使用，術語「原核生物」係指原核生物體。舉例而言，非真核生物體可屬於真細菌(包括(但不限於)大腸桿菌(Escherichia coli)、嗜熱棲熱菌(Thermus thermophilus)、嗜熱脂肪芽孢桿菌(Bacillus stearothermophilus)、螢光假單胞菌(Pseudomonas fluorescens)、綠膿桿菌(Pseudomonas aeruginosa)、惡臭假單胞菌(Pseudomonas putida)等)譜系學域或古菌(包括(但不限於)詹氏甲烷球菌(Methanococcus jannaschii)、嗜熱自養甲烷桿菌(Methanobacterium thermoautotrophicum)、嗜鹽桿菌(Halobacterium) (諸如富鹽菌(Haloferax volcanii)及嗜鹽桿菌種NRC-1)、閃爍古生球菌(Archaeoglobus fulgidus)、強烈火球菌(Pyrococcus furiosus)、掘越氏火球菌(Pyrococcus horikoshii)、敏捷氣熱菌(Aeuropyrum pernix)等)譜系學域。
舉例而言，抗體可於細菌中產生，在不需要糖基化及Fc效應功能時尤其如此。對於細菌中抗體片段及多肽之表現，參見例如美國專利案第5,648,237號、第5,789,199號及第5,840,523號(亦參見Charlton, Methods in Molecular Biology, 第248卷 (B.K.C. Lo編, Humana Press, Totowa, N.J., 2003), 第245頁至第254頁，其描述大腸桿菌中抗體片段之表現)。在表現之後，抗體可以可溶性溶離份自細菌細胞糊狀物分離且其可進一步經純化。
除了原核生物之外，諸如絲狀真菌或酵母之真核微生物為抗體編碼載體之適合選殖或表現宿主，包括糖基化途徑已經「人類化」，從而使得產生抗體具有部分或完全人類糖基化型態的真菌及酵母菌株。參見Gerngross, Nat. Biotech. 22:1409-1414 (2004)及Li等人, Nat. Biotech. 24:210-215 (2006)。
用於表現糖基化抗體之適合的宿主細胞亦來源於多細胞生物體(無脊椎動物及脊椎動物)。無脊椎動物細胞之實例包括植物及昆蟲細胞。已鑑別出眾多可與昆蟲細胞聯合使用，尤其用於轉染草地黏蟲(Spodoptera frugiperda)細胞之桿狀病毒株。
植物細胞培養物亦可用作宿主。參見例如美國專利第5,959,177號、第6,040,498號、第6,420,548號、第7,125,978號及第6,417,429號(描述用於在轉殖基因植物中產生抗體的PLANTIBODIES™技術)。
脊椎動物細胞亦可用作宿主。舉例而言，適於在懸浮液中生長之哺乳動物細胞株可為適用的。適用哺乳動物宿主細胞株之其他實例為經SV40 (COS-7)轉型之猴腎CV1細胞株；人類胚腎細胞株(如例如在Graham等人, J. Gen Virol. 36:59 (1977)中所述之293或293細胞)；幼倉鼠腎細胞(BHK)；小鼠睾丸支持細胞(mouse sertoli cell)(如例如在Mather, Biol. Reprod. 23:243-251 (1980)中所述之TM4細胞)；猴腎細胞(CV1)；非洲綠猴腎細胞(VERO-76)；人類子宮頸癌細胞(HELA)；犬腎細胞(MDCK；布法羅大鼠肝細胞(buffalo rat liver cell)(BRL 3A)；人類肺細胞(W138)；人類肝細胞(Hep G2)；小鼠乳腺腫瘤(MMT 060562)；如例如在Mather等人, Annals N.Y. Acad. Sci. 383:44-68 (1982)中所述之TRI細胞；MRC 5細胞；及FS4細胞。其他適用哺乳動物宿主細胞株包括中國倉鼠卵巢(CHO)細胞，包括DHFR-CHO細胞(Urlaub等人, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216 (1980))；及骨髓瘤細胞株，諸如Y0、NS0及Sp2/0。關於適合於產生抗體之某些哺乳動物宿主細胞株的綜述，參見例如Yazaki及Wu, Methods in Molecular Biology, 第248卷 (B.K.C. Lo編, Humana Press, Totowa, N.J.), 第255頁至第268頁(2003)。
在一個實施例中，本文所描述之抗體藉由包括以下之方法在穩定哺乳動物細胞中產生：用以下轉染至少一種穩定哺乳動物細胞：以預定比率編碼抗體之核酸；及在至少一種哺乳動物細胞中表現核酸。在一些實施例中，在暫時性轉染實驗中測定核酸之預定比率以測定在表現產物中產生最高百分比抗體之輸入核酸之相對比率。
在一些實施例中為在如本文所描述之穩定哺乳動物細胞中產生抗體之方法，其中相比於單體重鏈或輕鏈多肽或其他抗體，至少一種穩定哺乳動物細胞之表現產物包含較大百分比之所需糖基化抗體。
在一些實施例中為在本文所描述之穩定哺乳動物細胞中產生糖基化抗體之方法，該方法包含鑑別及純化所需糖基化抗體。在一些實施例中，該鑑別係藉由液相層析及質譜分析中之一者或兩者。
必要時，抗體可在表現之後經純化或分離。蛋白質可在熟習此項技術者已知之多種方法中經分離或純化。標準純化方法包括層析技術，包括離子交換、疏水相互作用、親和力、尺寸測定或凝膠過濾及逆相，其在大氣壓下或在高壓下使用諸如FPLC及HPLC之系統進行。純化方法亦包括電泳、免疫、沈澱、透析及層析聚焦技術。與蛋白質濃度相結合之超濾及透濾技術亦為適用的。如此項技術中所熟知，多種天然蛋白質結合Fc及抗體，且此等蛋白質可可用於本發明中以供純化抗體。舉例而言，細菌蛋白質A及G結合至Fc區。同樣地，細菌蛋白質L結合至一些抗體之Fab區。純化可經常藉由特定融合搭配物實現。舉例而言，可使用麩胱甘肽樹脂(若採用GST融合物)、Ni+2親和性層析(若採用His標籤)或固定抗flag抗體(若使用flag標籤)純化抗體。對於適合的純化技術中之通用指南，參見例如以全文引用的方式併入之Protein Purification: Principles and Practice,第3版, Scopes, Springer-Verlag, NY, 1994，以全文引用的方式併入。所需純化程度將視抗體之用途而變化。在一些情況下，純化不為必要的。
在某些實施例中，使用陰離子交換層析純化抗體，包括(但不限於)Q-瓊脂糖凝膠、DEAE瓊脂糖凝膠、poros HQ、poros DEAF、Toyopearl Q、Toyopearl QAE、Toyopearl DEAE、資源/來源Q及DEAE、Fractogel Q及DEAE管柱上之層析。
在特定實施例中，本文所描述之蛋白質使用陽離子交換層析純化，包括(但不限於) SP-瓊脂糖凝膠、CM瓊脂糖凝膠、poros HS、poros CM、Toyopearl SP、Toyopearl CM、資源/來源S及CM、Fractogel S及CM管柱及其等效物及類似物。
另外，本文所描述之抗體可使用此項技術中已知之技術以化學方式合成(例如參見Creighton, 1983, Proteins: Structures and Molecular Principles, W. H. Freeman & Co., N.Y及Hunkapiller等人, Nature, 310:105-111 (1984))。舉例而言，對應於多肽片段之多肽可藉由使用肽合成器合成。此外，必要時，可引入非經典胺基酸或化學胺基酸類似物作為取代或添加至多肽序列中。一般而言，非典型胺基酸包括(但不限於)常見胺基酸之D-異構體、2,4二胺基丁酸、α-胺基異丁酸、4胺基丁酸、Abu、2-胺基丁酸、g-Abu、e-Ahx、6胺基己酸、Aib、2-胺基異丁酸、3-胺基丙酸、鳥胺酸、正白胺酸、正纈胺酸、羥脯胺酸、肌胺酸、瓜胺酸、高瓜胺酸、氧化半胱胺酸、第三丁基甘胺酸、第三丁基丙胺酸、苯基甘胺酸、丙胺酸環己酯、丙胺酸、氟胺基酸、設計器胺基酸，諸如甲基胺基酸、C-甲基胺基酸、N-甲基胺基酸及胺基酸類似物。此外，胺基酸可為D (右旋物)或L (左旋物)。 免疫調節骨髓細胞之方法
投與如本文所描述之TREM1抗體之方法會導致誘導促炎性分子，諸如細胞介素、趨化介素，或藉由骨髓細胞表現骨髓活化受體。一般而言，經誘導之促炎性分子以大於用同型對照實現之水準存在。在一些實施例中，骨髓細胞為非刺激性骨髓細胞。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞為TREM1表現(TREM1+)細胞。在一些實施例中，骨髓細胞為骨髓衍生之抑制細胞或腫瘤相關嗜中性球。在一些實施例中，TREM1+細胞為骨髓衍生之抑制細胞或腫瘤相關嗜中性球。此類促炎性分子又導致抗腫瘤免疫活化，包括(但不限於)T細胞活化、M1樣巨噬細胞活化及NK細胞活化。因此，投與抗TREM1抗體可誘導導致腫瘤破壞之多發性抗腫瘤免疫機制。
在另一態樣中，本發明提供在個體中提高免疫反應之方法，其包含向個體投與有效量之包含抗TREM1抗體或其抗原結合片段的組合物。在一些實施例中，提高個體中之免疫反應之方法包含向個體投與與參考抗體競爭結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之抗體。在一些實施例中，提高個體中之免疫反應之方法包含向個體投與競爭結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之抗體，其中該抗體結合在人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之殘基21-34 (SEQ ID NO: 42)、103-109 (SEQ ID NO: 43)及128-136 (SEQ ID NO: 44)內。在一些實施例中，提高個體中之免疫反應之方法包含向個體投與競爭結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之抗體，其中該抗體i)結合在人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之殘基21-34 (SEQ ID NO: 42)、103-109 (SEQ ID NO: 43)及128-136 (SEQ ID NO: 44)內；及ii)視情況包含人類Fc區。在一些實施例中，抗體存在於進一步包含醫藥學上可接受之賦形劑之醫藥組合物中。
在如本文所描述之提高免疫反應之任何及所有態樣中，特徵或功能之態樣之任何提高或降低或變化係相比於不與抗TREM1抗體接觸之細胞。
提高免疫反應可增強免疫反應或誘導免疫反應。舉例而言，提高免疫反應涵蓋啟動或引發免疫反應或提高或擴大正在進行或現有的免疫反應。在一些實施例中，處理誘導免疫反應。在一些實施例中，經誘導之免疫反應為適應性免疫反應。在一些實施例中，經誘導之免疫反應為先天性免疫反應。在一些實施例中，治療增強免疫反應。在一些實施例中，增強的免疫反應為適應性免疫反應。在一些實施例中，增強的免疫反應為先天性免疫反應。在一些實施例中，治療提高免疫反應。在一些實施例中，提高的免疫反應為適應性免疫反應。在一些實施例中，提高的免疫反應為先天性免疫反應。在一些實施例中，藉由投與抗TREM1抗體啟動或引發免疫反應。在一些實施例中，藉由投與抗TREM1抗體增強免疫反應。
在另一態樣中，本申請案提供使細胞與抗TREM1抗體接觸之方法，其使得調節細胞之免疫功能。調節可為提高免疫反應或將非刺激性骨髓細胞再編程變為刺激性骨髓細胞。在一些實施例中，調節為免疫功能提高。在一些實施例中，調節為將非刺激性骨髓細胞再編程變為刺激性骨髓細胞。在一些實施例中，功能調節導致非刺激性骨髓細胞活化。在一些實施例中，功能調節導致TREM1表現骨髓細胞之再編程。
在一些實施例中，細胞為非刺激性骨髓細胞。在一些實施例中，細胞為TREM1表現細胞(TREM1+細胞)。在一些實施例中，非刺激性細胞為TREM1+細胞。在一些實施例中，TREM1+細胞為DC1細胞、TAM1細胞、TAM2細胞、骨髓衍生之抑制細胞(MDSC)、嗜中性球及腫瘤相關嗜中性球(TAN)中之一或多者。在一些實施例中，TREM1+細胞為骨髓衍生之抑制細胞。在一些實施例中，TREM1+細胞為腫瘤相關嗜中性球(TAN)。在一些實施例中，使非刺激性骨髓細胞與TREM1抗體接觸誘導非刺激性細胞變為刺激性骨髓細胞(SDC)。
在一些實施例中，調節非刺激性骨髓細胞或TREM1+細胞之功能使得細胞刺激天然及活化CD8+ T細胞之能力提高，例如藉由提高非刺激性細胞交叉呈遞MHCI分子上之腫瘤抗原至原始CD8+ T細胞之能力或藉由提高非刺激性骨髓細胞分泌細胞介素或趨化介素。在一些實施例中，調節非刺激性骨髓細胞或TREM1+細胞之功能使得細胞刺激天然及活化CD4+ T細胞之能力提高，例如藉由提高非刺激性細胞或TREM1+交叉呈遞MHCII分子上之腫瘤抗原至原始CD4+ T細胞之能力。在一些實施例中，功能調節增強或提高細胞產生細胞介素、趨化介素或共刺激或活化受體之能力。在一些實施例中，調節提高骨髓細胞或TREM1+細胞之T細胞刺激性功能，包括例如細胞觸發T細胞受體(TCR)信號傳導、T細胞增殖或T細胞細胞介素產生之能力。
在一些實施例中，提高的免疫反應為分泌細胞介素及趨化介素。在一些實施例中，該抗體具有促效活性。在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中至少一種細胞介素或趨化介素之表現提高。在一些實施例中，至少一種細胞介素或趨化介素選自由以下組成之群：IFN-γ、IL-1α、IL-12、IL-2、TNFSF9、TNFSF10、CXCL9、CXCL10、CCL17、CXCL1、CXCL5、CXCL8、CXCL11、CXCL15、CCL3、CCL4、CCL2、CCL8、CCL20、IL-6、CCL2、CCL7、CSF-1、CCL13、CCL19、TNFα、GZMH、PD-L1、MMP7、CCL23、CD70、CD8α、FasL、CD274、CRTAM、顆粒酶A (GzmA)或顆粒酶B (GzmB)。在一些實施例中，細胞介素或趨化介素為CXCL10。在一些實施例中，細胞介素或趨化介素為IFN-γ。在一些實施例中，相比於未經處理之細胞或經同型對照抗體處理之細胞，細胞介素或趨化介素分泌提高約1-100倍之間，1、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、100、1-10、10-20、20-30、30-40、40-50、50-60、60-70、70-80、80-90或90-100倍。在一些實施例中，相比於未經處理之細胞或經同型對照抗體處理之細胞，趨化介素為CXCL10且分泌提高約1-100倍之間，1倍、5倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍、1-10倍、10-20倍、20-30倍、30-40倍、40-50倍、50-60倍、60-70倍、70-80倍、80-90倍或90-100倍。在一些實施例中，相比於未經處理之細胞或經同型對照抗體處理之細胞，細胞介素為IFN-γ且分泌提高約1-100倍之間，1倍、5倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍、1-10倍、10-20倍、20-30倍、30-40倍、40-50倍、50-60倍、60-70倍、70-80倍、80-90倍或90-100倍。
在一些實施例中，相比於同型對照抗體，調節提高至少一種骨髓共刺激蛋白之表現。在一些實施例中，骨髓共刺激蛋白為細胞中之HLA-DR、CD40、CD80或CD86。HLA-DR為主要用於呈遞肽抗原至T細胞以便引出免疫反應之MHC II類細胞表面受體。HLA-DR為α單元及β單元之雜二聚體。HLA-DR由諸如巨噬細胞、B細胞及樹突狀細胞之抗原呈遞細胞表現。CD40為抗原呈遞細胞上發現之共刺激蛋白且為抗原呈遞細胞之活化所需。CD80為很大程度上由諸如樹突狀細胞、B細胞、單核球及抗原呈遞細胞之免疫細胞表現之受體，且與CD86密切相關。CD80與T細胞上之CD28及CTLA4相互作用且與CD86串聯起作用以引發T細胞及B細胞活化、增殖及分化，包括T細胞之信號傳導以分化成細胞毒性T細胞。CD80亦可刺激樹突狀細胞且增強細胞介素產生。需要共刺激蛋白以便抗原呈遞細胞使T細胞完全活化，以及主要抗原特異性信號。T細胞共刺激為T細胞增殖、分化及存活所需。在無共刺激之情況下活化之T細胞可導致T細胞惰能或缺失。
在一些實施例中，治療提高HLA-DR表現。在一些實施例中，治療提高CD40表現。在一些實施例中，治療提高CD80表現。在一些實施例中，治療提高CD86表現。在一些實施例中，相比於未經處理之細胞或經同型對照抗體處理之細胞，共刺激分子提高約1-100倍之間，1倍、5倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、100倍、1-10倍、10-20倍、20-30倍、30-40倍、40-50倍、50-60倍、60-70倍、70-80倍、80-90倍或90-100倍或更多倍。
在一些實施例中，增強的免疫反應為抗腫瘤免疫細胞募集及活化。
在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中ERK及/或JAK-STAT胞內信號傳導路徑之活化提高。在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中STAT3之活化提高。在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中ERK細胞內信號傳導路徑之活化提高。在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中JAK-STAT細胞內信號傳導路徑之活化提高。ERK路徑涉及細胞增殖。STAT3為轉錄因子及JAK-STAT信號傳導路徑之成員。STAT3調節涉及細胞生長之基因之轉錄且對TH 17輔助T細胞之分化為至關重要的。活體內STAT3損失亦涉及未能維持基於抗體之免疫性。
在一些實施例中，相比於同型對照抗體，該抗體誘導記憶免疫反應。一般而言，記憶免疫反應為在連續曝露於免疫系統先前遇到之病原體或抗原後之保護性免疫反應。例示性記憶免疫反應包括在感染或用抗原疫苗接種之後的免疫反應。一般而言，記憶免疫反應藉由淋巴球，諸如T細胞或B細胞介導。在一些實施例中，記憶免疫反應為癌症之保護性免疫反應，包括癌細胞生長、增殖或癌轉移。在一些實施例中，記憶免疫反應抑制、預防或減少癌細胞生長、增殖或癌轉移。
在一些實施例中，該抗體使TREM1交聯至TREM1+細胞之細胞表面上之TREM1。在一些實施例中，接觸為活體外。在一些情況下，接觸為活體內。在一些特定實施例中，接觸在人類活體內。在一些實施例中，藉由投與抗TREM1抗體來實現接觸。在一些實施例中，接受抗體之個體(諸如人類)患有癌症。 將非刺激性骨髓細胞失能、殺死或耗盡之方法
在一個態樣中，本申請案提供使非刺激性骨髓細胞與抗TREM1抗體，諸如人類或人類化抗體接觸之方法，其使得非刺激性骨髓細胞失能。
在另一態樣中，本申請案提供使非刺激性骨髓細胞與抗TREM1抗體接觸之方法，其使得非刺激性骨髓細胞失能。
在一些實施例中，非刺激性細胞為DC1細胞及TAM細胞中之一或多者。在一些實施例中，非刺激性細胞為TAM細胞、骨髓衍生之抑制細胞(MDSC)及腫瘤相關嗜中性球(TAN)中之一或多者。
在一些實施例中，本申請案提供使非刺激性骨髓細胞失能之方法，其包含使非刺激性骨髓細胞與TREM1抗體接觸，藉此殺死非刺激性骨髓細胞。失能係指使得細胞為部分或完全非功能性的。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞失能導致誘導細胞中之生長停滯。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞失能導致細胞之細胞凋亡。在一些實施例中，非刺激性細胞失能導致細胞溶解，如例如藉由補體依賴性細胞毒性(CDC)或抗體依賴性細胞毒性(ADCC)。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞失能導致細胞壞死。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞失能導致誘導細胞中之生長停滯。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞失能導致細胞失活。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞失能導致中和細胞中之TREM1蛋白之活性。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞失能導致細胞增殖減少。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞失能導致細胞分化。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞之失能導致細胞用作抑制性抗原呈遞細胞之能力降低或導致細胞用作活化抗原呈遞細胞之能力提高。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞之失能導致在腫瘤組織或腫瘤微環境(TME)內之細胞錯位分佈。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞之失能導致在腫瘤組織或腫瘤微環境內之細胞空間組織改變。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞之失能導致在腫瘤組織或TME內之細胞暫時表現改變。在一些實施例中，該方法進一步包含移除非刺激性骨髓細胞。
在如本文所描述之使非刺激性骨髓細胞失能之任何及所有態樣中，特徵或功能之態樣之任何提高或降低或變化係相比於不與抗TREM1抗體接觸之細胞。
在另一態樣中，本申請案提供使非刺激性骨髓細胞與抗TREM1抗體接觸之方法，其使得調節非刺激性骨髓細胞之功能。調節可為以下中之任一者或多者。在一些實施例中，非刺激性細胞為DC1細胞、TAM1細胞、TAM2細胞、MDSC及TAN中之一或多者。在一些實施例中，功能調節導致非刺激性骨髓細胞失能。在一些實施例中，調節非刺激性骨髓細胞之功能使得細胞刺激天然及活化CD8+ T細胞之能力提高，例如藉由提高非刺激性細胞交叉呈遞MHCI分子上之腫瘤抗原至原始CD8+ T細胞之能力。在一些實施例中，調節非刺激性骨髓細胞之功能使得細胞刺激天然及活化CD4+ T細胞之能力提高，例如藉由提高非刺激性細胞交叉呈遞MHCII分子上之腫瘤抗原至原始CD4+ T細胞之能力。在一些實施例中，調節提高骨髓細胞之T細胞刺激性功能，包括例如細胞觸發T細胞受體(TCR)信號傳導、T細胞增殖或T細胞細胞介素產生之能力。在一些實施例中，功能調節增強或提高細胞產生細胞介素、趨化介素或共刺激或活化受體之能力。在一個實施例中，非刺激性細胞之存活率降低或非刺激性細胞之增殖降低。在一個實施例中，提高刺激性骨髓細胞與非刺激性骨髓細胞之比率。
在降低如本文所描述之非刺激性骨髓細胞之功能之任何及所有態樣中，特徵或功能之態樣之任何提高或降低或變化係相比於不與抗TREM1抗體接觸之細胞。
在一些實施例中，本申請案提供殺死(亦稱為誘導細胞死亡)非刺激性骨髓細胞之方法，其包含使非刺激性骨髓細胞與抗TREM1抗體接觸，藉此殺死非刺激性骨髓細胞。在一些實施例中，相對於尚未與抗TREM1抗體接觸之非刺激性骨髓細胞，增強殺死。在一些實施例中，接觸誘導非刺激性骨髓細胞之細胞凋亡。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞在包含非刺激性骨髓細胞及刺激性骨髓細胞之免疫細胞群體中。在一些實施例中，該方法進一步包含移除非刺激性骨髓細胞。在一些實施例中，10%-100%細胞被殺死。在一些實施例中，至少10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%細胞被殺死。
在一些實施例中，本申請案提供提高在包含刺激性骨髓細胞及非刺激性骨髓細胞之免疫細胞群體中刺激性骨髓細胞與非刺激性骨髓細胞之比率之方法，其包含使免疫細胞群體與抗TREM1抗體接觸。在一些實施例中，相對於尚未與抗TREM1抗體接觸之細胞群體提高比率。在一些實施例中，DC2細胞與DC1細胞之比率提高。在一些實施例中，DC2細胞與TAM1細胞之比率提高。在一些實施例中，DC2細胞與TAM2細胞之比率提高。在一些實施例中，DC2細胞與TAM1+TAM2細胞之比率提高。在一些實施例中，DC2細胞與TAM1+DC1細胞之比率提高。在一些實施例中，DC2細胞與DC1+TAM2細胞之比率提高。在一些實施例中，DC2細胞與DC1+TAM1+TAM2細胞之比率提高。在一些實施例中，比率至少提高10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或100%。
在一些實施例中，在接觸之前刺激性骨髓細胞與非刺激性骨髓細胞之比率在0.001:1至0.1:1範圍內。在一些實施例中，在接觸之後刺激性骨髓細胞與非刺激性骨髓細胞之比率在0.1:1至100:1範圍內。
在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞數量減少。在一些實施例中，刺激性骨髓細胞為DC2細胞。在一些實施例中，例如藉由壞死或細胞凋亡殺死非刺激性骨髓細胞。在一些實施例中，誘導非刺激性骨髓細胞經歷生長停滯。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞不再增殖。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞之空間定位改變，且在TME之特定區中比率提高。在一些實施例中，非刺激性骨髓細胞之暫時表現改變，且在腫瘤發展期間之特定時間期間比率提高。
在一些實施例中，接觸為活體外。在一些情況下，接觸為活體內。在一些特定實施例中，接觸在人類活體內。在一些實施例中，藉由投與抗TREM1抗體來實現接觸。在一些實施例中，接受抗體之個體(諸如人類)患有癌症。 癌症治療方法
在另一態樣中，本發明提供治療個體之免疫相關病況之方法(諸如增強免疫反應或實現非刺激性骨髓細胞失能之方法)，其包含向個體投與有效量之包含抗TREM1抗體之組合物。在一些實施例中，本文所提供之方法適用於治療癌症，且因而接受抗TREM1抗體或抗TREM1抗體之個體患有癌症。
任何適合的癌症可用本文所提供之抗體治療。癌症可為(但不限於)任何癌瘤、腺癌、軟組織、肉瘤、畸胎瘤、黑素瘤、白血病、霍奇金淋巴瘤(Hodgkin lymphoma)、非霍奇金淋巴瘤(non-Hodgkin lymphoma)或腦癌或醫學領域已知的任何其他癌症。在一些實施例中，癌症為實體癌症。在一些實施例中，癌症為液體癌症。在一些實施例中，癌症為免疫逃避的。在一些實施例中，癌症為免疫反應的。
在一些實施例中，癌症為黑素瘤、腎癌、肝膽癌、頭頸鱗狀癌瘤(HNSC)、胰臟癌、結腸癌、膀胱癌、尿道上皮癌、神經膠母細胞瘤、前列腺癌、肺癌、乳房(乳腺)癌、卵巢癌、胃癌、食道癌、腎臟癌、子宮內膜癌、子宮頸癌、睪丸癌、黑素瘤、白血病、淋巴瘤或間皮瘤。在一些實施例中，癌症為結腸癌、胰臟癌或乳癌。
在一些實施例中，治療使得癌症體積或尺寸減小。在一些實施例中，相比於在投與抗體之前的癌症體積，治療在減少癌症體積方面為有效的。在一些實施例中，治療使得癌症生長速率降低。在一些實施例中，相比於在投與抗體之前的癌症生長速率，治療在降低癌症生長速率方面為有效的。在一些實施例中，治療在消除癌症方面為有效的。
在一些實施例中，免疫相關病況為與TREM1蛋白在非刺激性骨髓細胞(在人類中)上之表現或TREM1蛋白之同源物在非人類物種中之表現相關的免疫相關病況。在一些實施例中，免疫相關病況為與相比於刺激性骨髓細胞，TREM1蛋白在非刺激性骨髓細胞上之過度表現相關的免疫相關病況。在一些實施例中，相比於刺激性骨髓細胞，TREM1 mRNA或TREM1蛋白之過度表現高約至少2倍、5倍、10倍、25倍、50倍或100倍。
在一些實施例中，此等方法進一步與其他共同療法組合提供，該等療法諸如PD-1/PD-L1/PD-L2阻斷療法、抗PD-1抗體、抗PD-L1抗體、抗PD-L2抗體、CTLA4阻斷療法、抗CTLA-4抗體、全身性檢查點阻斷療法(其中阻斷T細胞上之抑制性分子)、授受性T細胞療法、CAR T細胞療法、樹突狀細胞或其他細胞療法以及習知化學療法。
在一些實施例中，該方法進一步包含測定TREM1蛋白在來自個體之生物樣品中之表現水準。在一些實施例中，生物樣品包括(但不限於)體液、組織樣品、器官樣品、尿液、糞便、血液、唾液、CSF及其任何組合。在一些實施例中，生物樣品衍生自腫瘤組織。在一些實施例中，表現水準包含編碼TREM1蛋白之mRNA之mRNA表現水準。在一些實施例中，TREM1蛋白之表現水準包含NSM之蛋白表現水準。在一些實施例中，使用選自由以下組成之群的方法在樣品中偵測TREM1蛋白之表現水準：FACS、西方墨點法、ELISA、免疫沈澱、免疫組織化學、免疫螢光、放射免疫分析、點漬墨點法、免疫檢測法、HPLC、表面電漿子共振、光學光譜分析、質譜、HPLC、qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術及FISH及其組合。
在另一態樣中，本申請案提供一般用於測定非刺激性骨髓細胞存在或不存在或用於測定特定非刺激性骨髓細胞(例如DC1細胞、TAM1細胞及/或TAM2細胞)存在或不存在之方法，其包含：使包含非刺激性骨髓細胞之細胞群體與抗TREM1抗體接觸；及對非刺激性骨髓細胞之數量進行定量。在另一態樣中，本申請案提供用於測定非刺激性骨髓細胞存在或不存在之方法，其包含：使包含非刺激性骨髓細胞及刺激性骨髓細胞之免疫細胞群體與抗TREM1抗體接觸；偵測指示抗體與細胞之結合之複合物或部分及視情況對群體中之非刺激性骨髓細胞之數量進行定量。在另一態樣中，提供測定非刺激性骨髓細胞與刺激性骨髓細胞之相對比率之方法，其包含：使包含非刺激性骨髓細胞及刺激性骨髓細胞之免疫細胞群體與抗TREM1抗體接觸；對刺激性骨髓細胞及非刺激性骨髓細胞之數量進行定量；及測定非刺激性骨髓細胞與刺激性骨髓細胞之相對比率。
在本文針對偵測及/或定量所描述之實施例中，抗TREM1抗體結合至TREM1蛋白，但不一定必須實現生物反應，諸如ADCC，但其可對生物反應產生作用。
在另一態樣中，本發明提供用於鑑別可響應於用於治療免疫相關病況(例如癌症)之免疫療法(例如利用抗TREM1抗體)之個體的方法，其包含：偵測來自個體之生物樣品中之TREM1蛋白之表現水準；及基於TREM1蛋白之表現水準測定個體是否可響應免疫療法，其中個體中TREM1蛋白之水準相對於健康個體提高指示個體可響應於免疫療法。在一些實施例中，此等方法亦可用於診斷個體之免疫相關病況(例如癌症)且其係基於TREM1蛋白之表現水準，其中個體中TREM1蛋白之水準相對於健康個體提高指示個體罹患癌症。在一些實施例中，表現水準包含編碼TREM1蛋白之mRNA之mRNA表現水準。在其他實施例中，TREM1蛋白之表現水準包含TREM1蛋白之蛋白表現水準。在一些實施例中，使用選自由以下組成之群的方法在樣品中偵測TREM1蛋白之表現水準：FACS、西方墨點法、ELISA、免疫沈澱、免疫組織化學、免疫螢光、放射免疫分析、點漬墨點法、免疫檢測法、HPLC、表面電漿子共振、光學光譜分析、質譜、HPLC、qPCR、RT-qPCR、多重qPCR或RT-qPCR、RNA-seq、微陣列分析、SAGE、MassARRAY技術及FISH及其組合。在此等實施例中，抗TREM1抗體結合至TREM1蛋白，但不一定必須影響生物反應，諸如ADCC。在一些實施例中，生物樣品衍生自腫瘤組織。在一些實施例中，生物樣品包括(但不限於)體液、組織樣品、器官樣品、尿液、糞便、血液、唾液、CSF及其任何組合。
本文亦揭示一種增強個體對腫瘤之免疫反應或增強免疫療法治療之療效之方法。一般而言，提高SDC豐度之治療將改良個體結果，諸如無復發存活時間，且將增強癌症免疫療法治療之療效。治療可提高SDC細胞在個體腫瘤中之相對或絕對豐度。治療可降低NSM細胞在個體腫瘤中之相對或絕對豐度。
通用治療策略之例示性方法包括藉由全身性導入Flt3L來提高SDC之數量。另一種方法為用Flt3L治療個體之自體骨髓或血細胞，同時阻斷CSF1。舉例而言，骨髓或血液祖細胞群體中之SDC轉錄因子，諸如IRF8、Mycl1或BATF3或ZBTB46之反轉錄病毒表現亦可用於驅動SDC產生。另一種治療策略包括系統消除NSM細胞，同時選擇性地避開SDC。此可在此等群體之比率方面產生總體有利的改變。可藉由任何手段實現NSM細胞之消除，包括投與(全身性或定位於腫瘤)針對TREM1表面蛋白之抗體。
在一些實施例中，SDC增強治療應用為治療性治療以使得個體之天然免疫系統能夠更好地控制或根除癌症。在另一實施例中，本發明之SDC增強治療與諸如免疫療法治療之治療性治療組合應用(此類應用在免疫療法治療之前、同時或之後)，其中SDC增強治療充當輔助或輔佐治療以提高治療性治療之療效。 投與方法
在一些實施例中，本文所提供之方法適用於治療個體之免疫相關病況。在一個實施例中，個體為人類且抗體為TREM1抗體。在另一實施例中，個體為小鼠且抗體為TREM1抗體。
在一些實施例中，靜脈內、肌肉內、皮下、表面、經口、經皮、腹膜內、眶內、藉由植入、藉由吸入、鞘內、腦室內或鼻內投與抗體。可投與有效量之抗TREM1抗體來用於治療癌症。可基於待治療之癌症之類型、抗TREM1抗體之類型、癌症之嚴重程度及病程、個體之臨床病況、個體之臨床病史及對治療之反應及主治醫師之判斷來判定抗TREM1抗體之適當劑量。 組合療法
在一些實施例中，本文所提供之抗體與至少一種額外治療劑一起投與。任何適合的額外治療劑或免疫治療劑可與本文所提供之抗體一起投與。在一些實施例中，免疫療法選自但不限於檢查點抑制劑；T細胞之檢查點抑制劑；抗PD1抗體；抗PDL1抗體；抗CTLA4抗體；過繼細胞療法；過繼T細胞療法；CAR-T細胞療法；樹突狀細胞疫苗；STING促效劑；單核球疫苗；卡介苗；結合T細胞及抗原呈遞細胞兩者之抗原結合蛋白；BiTE雙重抗原結合蛋白；鐸樣受體配位體；細胞介素；細胞毒性療法；化學療法；放射線療法；小分子抑制劑；小分子促效劑；免疫調節劑；溶瘤病毒；及表觀遺傳調節劑及其組合。
在一些實施例中，額外治療劑為抗體。在一些實施例中，額外治療劑為結合腫瘤細胞表面上之一或多種蛋白質之抗體。
為了治療癌症，抗TREM1抗體可與一或多種抑制免疫檢查點蛋白之抗體組合。呈現於腫瘤細胞之表面上之免疫檢查點蛋白備受關注。在臨床癌症免疫療法之情況下已最積極研究之免疫檢查點受體、細胞毒性T淋巴球相關抗原4 (CTLA4；亦稱為CD152)及計劃性細胞死亡蛋白1 (PD1；亦稱為CD279)均為抑制性受體。阻斷此等受體中之任一者之抗體之臨床活性暗示抗腫瘤免疫性可在多個層級增強且可藉由機理性考慮因素及臨床前模型指導，明智地設計組合策略。
PD-1之兩個配位體為PD-1配位體1 (PD-L1；亦稱為B7-H1及CD274)及PD-L2 (亦稱為B7-DC及CD273)。PD-L1表現於癌細胞上且經由結合至T細胞上之其受體PD-1，其抑制T細胞活化/功能。阻斷PD-1與癌細胞上其同源配位體(PD-L1及PD-L2)之相互作用之抑制劑會導致提高的T細胞活化及功能，且預防癌細胞逃避免疫系統。
在一些實施例中，免疫療法為干擾PD-1及PD-L1或PD-L2結合之藥劑。在一些實施例中，免疫療法為抗PD1抗體。在一些實施例中，免疫療法為抗PD-L1抗體。在一些實施例中，免疫療法為抗PD-L2抗體。
不同PD-1、PD-L1及PD-L2抗體為此項技術中已知的。在一些實施例中，額外治療劑為以下中之至少一者：阿特珠單抗(Atezolizumab) (PD-L1)、阿維魯單抗(Avelumab) (PD-L1)、德瓦魯單抗(Durvalumab) (PD-L1)、納武單抗(Nivolumab) (PD-1)、帕博利珠單抗(Pembrolizumab) (PD-1)、賽咪單抗(Cemiplimab) (PD-1)、伊派利單抗(Ipilimumab) (CTLA-4)、曲美單抗(Tremelimumab) (CTLA-4)或其任何組合。
可藉由任何適合手段投與額外治療劑。在一些實施例中，本文所提供之抗體及額外治療劑包括於相同醫藥組合物中。在一些實施例中，本文所提供之抗體及額外治療劑包括於不同醫藥組合物中。
在本文所提供之抗體及額外治療劑包括於不同醫藥組合物中之實施例中，可在投與額外治療劑之前、同時及/或之後進行抗體投與。在一些實施例中，本文所提供之抗體及額外治療劑之投與在彼此約一個月內進行。在一些實施例中，本文所提供之抗體及額外治療劑之投與在彼此約一週內進行。在一些實施例中，本文所提供之抗體及額外治療劑之投與在彼此約一天內進行。在一些實施例中，本文所提供之抗體及額外治療劑之投與在彼此約十二個小時內進行。在一些實施例中，本文所提供之抗體及額外治療劑之投與在彼此約一小時內進行。 套組及製品
本申請案提供包含本文所描述之抗體組合物中之任一者或多者的套組。在一些實施例中，套組進一步含有選自以下中之任一者之組分：二級抗體、免疫組織化學分析試劑、醫藥學上可接受之賦形劑及指令手冊及其任何組合。在一個特定實施例中，該套組包含一種包含本文所描述之抗體組合物中之任一者或多者與一或多種醫藥學上可接受之賦形劑的醫藥組合物。
本申請案亦提供包含本文所描述之抗體組合物或套組中之任一者的製品。製品之實例包括小瓶(包括密封小瓶)。 額外實施例
以下為列舉特定實施例之段落。
一種結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之經分離之抗體，其包含：包含可變重(VH)鏈序列之重鏈，該序列包含三種重鏈CDR序列CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3；及包含可變輕(VL)鏈序列之輕鏈，該序列包含三種輕鏈CDR序列CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3，其中： a.    CDR-H1包含SEQ ID NO: 23中所闡述之序列， b.    CDR-H2包含SEQ ID NO: 24中所闡述之序列， c.    CDR-H3包含SEQ ID NO: 33中所闡述之序列， d.    CDR-L1包含SEQ ID NO: 26中所闡述之序列， e.    CDR-L2包含SEQ ID NO: 27中所闡述之序列，及 f.    CDR-L3包含SEQ ID NO: 28中所闡述之序列。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該VH鏈序列包含SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列，且該VL鏈序列包含SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該VH鏈序列包含選自SEQ ID NO: 16、17或18中所闡述之序列之VH序列；且該VL鏈序列包含選自SEQ ID NO: 20、21或22中所闡述之序列之VL序列。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 34中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 35中所闡述之輕鏈序列。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該VH鏈序列由SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列組成；且該VL鏈序列由SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列組成。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該VH鏈序列由選自SEQ ID NO: 16、17或18中所闡述之序列之VH序列組成；且該VL鏈序列由選自SEQ ID NO: 20、21或22中所闡述之序列之VL序列組成。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該抗體由SEQ ID NO: 34中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 35中所闡述之輕鏈序列組成。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該抗體經去岩藻醣基化，且其中該VH鏈序列包含SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列，且該VL鏈序列包含SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該抗體經去岩藻醣基化，且其中該VH鏈序列包含選自SEQ ID NO: 16、17或18中所闡述之序列之VH序列；且該VL鏈序列包含選自SEQ ID NO: 20、21或22中所闡述之序列之VL序列。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該抗體經去岩藻醣基化，且該抗體包含SEQ ID NO: 34中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 35中所闡述之輕鏈序列。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該抗體經去岩藻醣基化，且其中該VH鏈序列由SEQ ID NO: 17中所闡述之序列VH組成，且該VL鏈序列包含SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該抗體經去岩藻醣基化，且其中該VH鏈序列由選自SEQ ID NO: 16、17或18中所闡述之序列之VH序列組成；且該VL鏈序列包含選自SEQ ID NO: 20、21或22中所闡述之序列之VL序列。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該抗體經去岩藻醣基化，且該抗體由SEQ ID NO: 34中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 35中所闡述之輕鏈序列組成。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該抗體經去岩藻醣基化。
如技術方案1之經分離之抗體，其中抗體包含活性人類Fc。
如技術方案15之經分離之抗體，其中該人類Fc為野生型人類IgG1 Fc。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該抗體經去岩藻醣基化且包含野生型人類IgG1 Fc，且其中該VH鏈序列包含SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列，且該VL鏈序列包含SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該抗體以小於或等於約0.5、1、2、3、4、5、6或7×10-9 M之KD結合至人類TREM1，如藉由表面電漿子共振(SPR)分析所量測。
如技術方案1之經分離之抗體，其中該抗體為人類化的。
一種產生抗體之方法，其包含自宿主細胞表現如技術方案1之抗體及分離表現之抗體。
一種包含如技術方案1之抗體及醫藥學上可接受之賦形劑的醫藥組合物。
一種包含如技術方案1之抗體及使用說明書之套組。
一種結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之經分離之抗體，其包含：包含可變重(VH)鏈序列之重鏈，該序列包含三種重鏈CDR序列CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3；及包含可變輕(VL)鏈序列之輕鏈，該序列包含三種輕鏈CDR序列CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3，其中： a.    CDR-H1包含SEQ ID NO: 23中所闡述之序列， b.    CDR-H2包含SEQ ID NO: 24中所闡述之序列， c.    CDR-H3包含SEQ ID NO: 32中所闡述之序列， d.    CDR-L1包含SEQ ID NO: 26中所闡述之序列， e.    CDR-L2包含SEQ ID NO: 27中所闡述之序列，及 f.    CDR-L3包含SEQ ID NO: 28中所闡述之序列。
如技術方案23之經分離之抗體，其中該VH鏈序列包含SEQ ID NO: 13中所闡述之VH序列，且該VL鏈序列包含SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
如技術方案23之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 36中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 37中所闡述之輕鏈序列。
一種包含如技術方案23之抗體及醫藥學上可接受之賦形劑的醫藥組合物。
一種治療個體之癌症之方法，其包含向該個體投與與參考抗體競爭結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之抗體，該抗體包含：包含可變重(VH)鏈序列之重鏈，該序列包含三種重鏈CDR序列CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3；及包含可變輕(VL)鏈序列之輕鏈，該序列包含三種輕鏈CDR序列CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3，其中： a.    CDR-H1包含SEQ ID NO: 23中所闡述之序列， b.    CDR-H2包含SEQ ID NO: 24中所闡述之序列， c.    CDR-H3包含SEQ ID NO: 33中所闡述之序列， d.    CDR-L1包含SEQ ID NO: 26中所闡述之序列， e.    CDR-L2包含SEQ ID NO: 27中所闡述之序列，及 f.    CDR-L3包含SEQ ID NO: 28中所闡述之序列。
如技術方案27之方法，其中該個體先前已接受、同時接受或將隨後接受免疫療法，其中該免疫療法為以下中之至少一者：檢查點抑制劑；T細胞之檢查點抑制劑；抗PD1抗體；抗PDL1抗體；抗CTLA4抗體；過繼T細胞療法；CAR-T細胞療法；樹突狀細胞疫苗；單核球疫苗；結合T細胞及抗原呈遞細胞兩者之抗原結合蛋白；BiTE雙重抗原結合蛋白；鐸樣受體配位體；細胞介素；細胞毒性療法；化學療法；放射線療法；小分子抑制劑；小分子促效劑；免疫調節劑；及表觀遺傳調節劑。
如技術方案28之方法，其中該免疫療法為抗PD1抗體、抗PDL1抗體或抗CTLA4抗體。
一種提高個體中之免疫反應之方法，其包含向該個體投與與參考抗體競爭結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之抗體，該抗體包含：包含可變重(VH)鏈序列之重鏈，該序列包含三種重鏈CDR序列CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3；及包含可變輕(VL)鏈序列之輕鏈，該序列包含三種輕鏈CDR序列CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3，其中： a.    CDR-H1包含SEQ ID NO: 23中所闡述之序列， b.    CDR-H2包含SEQ ID NO: 24中所闡述之序列， c.    CDR-H3包含SEQ ID NO: 33中所闡述之序列， d.    CDR-L1包含SEQ ID NO: 26中所闡述之序列， e.    CDR-L2包含SEQ ID NO: 27中所闡述之序列，及 f.    CDR-L3包含SEQ ID NO: 28中所闡述之序列。 實例
下文為執行本發明之特定實施例之實例。提供實例僅為達成說明之目的，且不意欲以任何方式限制本發明之範疇。已作出努力以確保所使用數字的精確性(例如，量、溫度等)，但一些實驗性誤差及偏差當然應為允許的。
除非另外指明，否則本發明將採用此項技術之技能範圍內的蛋白質化學、生物化學、DNA重組技術及藥理學習知方法實施。此類技術在文獻中已充分解釋。參見例如T.E. Creighton,Proteins: Structures and Molecular Properties (W.H. Freeman and Company, 1993)；A.L. Lehninger,Biochemistry (Worth Publishers, Inc.，現行版)；Sambrook等人,Molecular Cloning: A Laboratory Manual (第2版, 1989)；Methods In Enzymology (S. Colowick及N. Kaplan編, Academic Press, Inc.)；Remington's Pharmaceutical Sciences , 第18版(Easton, Pennsylvania: Mack Publishing Company, 1990)；Carey及SundbergAdvanced Organic Chemistry 第 3 版 . (Plenum Press)第A卷及第B卷(1992)。 實例1：抗TREM1抗體之測序及人類化
獲得對人類TREM1具有特異性的單株小鼠IgG1純系TREM-26且用於序列測定及人類化。簡言之，抗體中之二硫鍵用二硫蘇糖醇(DTT)還原且用碘乙醯胺使游離硫氫基烷基化。烷基化抗體用測序級內切蛋白酶消化，使用旋轉管柱純化，且藉由LC-MS/MS分析(參見下文)測定序列。
藉由使小鼠抗體VL及VH區域接枝至人類IgG1恆定區來構築嵌合體抗體(PI-4026)。藉由將抗體CDR選殖至人類可變域構架中來使嵌合體進一步人類化且用不同構架突變(4個VH變體及4個VL變體) (PI-4026-1-10)製得十種額外人類化變體。
將VH及VL序列與NCBI網站(ncbi.nlm.nih.gov/igblast/；Ye, J.等人Nucleic Acids Research 41:W34-W40 (2013))上之已知人類生殖系序列庫進行比較。所使用之資料庫為IMGT人類VH基因(F+ORF，273個生殖系序列)及IMGT人類VLκ基因(F+ORF，74個生殖系序列)。
對於人類化PI-4026 VH，人類生殖系IGHV1-46 (對偶基因1)選擇為受體序列且人類重鏈IGHJ4 (對偶基因1)接合區域(J基因)選自在IMGT®國際免疫遺傳學資訊系統® www.imgt.org (創始人及館長：Marie-Paule Lefranc, Montpellier, France)編譯之人類接合區域序列。
對於人類化PI-4026 VL，人類生殖系IGKV1-39 (對偶基因1)選擇為受體序列且人類輕鏈IGKJ2 (對偶基因1)接合區域(J基因)選自在IMGT®國際免疫遺傳學資訊系統® www.imgt.org (創始人及館長：Marie-Paule Lefranc, Montpellier, France)編譯之人類接合區域序列。
根據AbM定義來定義CDR(參見Dr. Andrew C. R. Martin之網站www.bioinf.org.uk/abs/比較CDR定義之表)。使用對應親本小鼠序列之人類生殖系構架(亦即，VH及VL中之非CDR殘基)位置變化以例如使人類化抗體結合最佳化。
表 1A 展示所產生之mAb PI-4026之人類化型式之VH及VL序列。4026 VH-1及4026 VL-1為經由額外構架突變產生其他人類化型式之親本人類化VH及VL純系。製得VH (4026 VH-2、VH-3、VH-4)及VL區域之三種人類化純系(4026 VL-2、VL-3、VL-4)。表 1B 展示CDR序列。
表1A
SEQ ID NO 名稱 序列
   4026 VH-1 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWMGEIYPGSGSTFYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARRMAAMDYWGQGTLVTVSS
   4026 VH-2 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWMGEIYPGSGSTFYAQKFQGRVTMTADTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCTRRMAAMDYWGQGTLVTVSS
   4026 VH-3 QVQLVQSGAEVKKPGASVKMSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWIGEIYPGSGSTFYAQKFQGRATLTADTSTSTAYMEVSSLRSEDTAVYYCTRRMAAMDYWGQGTLVTVSS
   4026 VH-4 QVQLVQSGAEVKKPGASVKMSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWIGEIYPGSGSTFYAQKFQGRATLTADKSTSTAYMEVSSLRSEDTAVYYCTRRMAAMDYWGQGTLVTVSS
   4026 VL-1 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSSVSYMHWYQQKPGKAPKLLIYTTSNLASGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCHQWSGYPTFGQGTKLEIK
   4026 VL-2 DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSSVSYMHWYQQKPGKAPKLLLYTTSNLASGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSLQPEDFATYYCHQWSGYPTFGQGTKLEIK
   4026 VL-3 DIQLTQSPSSLSASVGDRITLTCSASSSVSYMHWYQQKPGKAPKLLLYTTSNLASGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSVQPEDFATYYCHQWSGYPTFGQGTKLEIK
   4026 VL-4 DIQLTQSPSSLSASVGDRITLTCSASSSVSYMHWYQQKPGKAPKLLLYTTSNLASGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSVQPEDAATYYCHQWSGYPTFGQGTKLEIK
表 1C -人類化抗體之CDR
表 1B
SEQ ID NO 名稱 序列
   CDR H1 GYTFTDYVIN
   CDR H2 EIYPGSGSTF
   CDR H3 RMAAMDY
   CDR L1 SASSSVSYMH
   CDR L2 TTSNLAS
   CDR L3 HQWSGYPT
使用不同構架突變製得TREM1抗體之十種人類化變體。表 1C 展示構架突變之數量及各人類化變異體中使用之重鏈及輕鏈配對。
表 1C
mAb 構架突變之數量 (VH +VL) 所使用之 VH 所使用之 VL
PI-4026 (嵌合體) N/A N/A N/A
PI-4026-1 0 (僅CDR交換) 1 1
PI-4026-2 5 2 2
PI-4026-3 8 2 3
PI-4026-4 9 2 4
PI-4026-5 11 3 2
PI-4026-6 14 3 3
PI-4026-7 15 3 4
PI-4026-8 12 4 2
PI-4026-9 15 4 3
PI-4026-10 16 4 4
實例2：抗TREM1抗體之產生及表徵抗體產生及表徵
使用標準方法使重鏈及輕鏈表現載體轉染至expi293細胞中。使細胞生長至多7天，其後採集上清液以供抗體純化。除了expi293之外，亦藉由CRISPR/Cas9編輯(Alexander Weiss,多倫多大學(University of Toronto))在缺乏哺乳動物α1,6-岩藻醣基轉移酶(FUT8)之expi293細胞中產生抗體。用1 M HEPES pH 7.4調節上清液pH且添加疊氮化鈉以預防微生物生長。KanCap A樹脂用於採集蛋白質且在用PBS及含有1 M NaCl之PBS洗滌之後用50 mM 檸檬酸鹽pH 3.5、100 mM NaCl溶離抗體。在溶離之後立即用含有0.5 M精胺酸之1 M Tris (pH 8)中和溶液。對使用標準技術與PBS緩衝液交換之蛋白質進行生物物理表徵。藉由OD280對蛋白質進行定量，使用經計算之消光係數測定數量及濃度。還原性及非還原性SDS-PAGE (Biorad準則Tris/甘胺酸/SDS，4-20%)或Perkin Elmer GXII毛細電泳法系統用於測定純度及大致分子量。藉由UHPLC測定聚集狀態，其中偵測在280 nm下，使用Sepax Zenix-C SEC-300，3 μm，300Å，4.6×150 mm尺寸排阻管柱及PBS操作緩衝液。使用表面電漿子共振 (SPR) 之人類親合力 KD 量測結果
藉由SPR在BIAcore T200 (GE Healthcare, UK)上量測結合至PI-4026變體之人類TREM1之親和力。所有資料在25℃下收集。10 mM HEPES pH 7.4、150 mM NaCl、3 mM EDTA、0.05% (v/V)界面活性劑P20用作移動緩衝液且用於所有mAb稀釋液。使用胺偶合化學方法將抗小鼠Fc固定於CM4生物感測器晶片(GE Healthcare)上。在一個流量槽上捕獲人類嵌合TREM1-mIgG Fc，且另一個流量槽(用作參考表面)保留為空白組。在多個週期中注射一系列濃度之PI-4026變體(作為分析物，所有hIgG1同型)通過兩個流量槽。在各週期之後，藉由注射甘胺酸HCl緩衝液(10 mM，pH 2.0)更新表面。BIA評估軟體用於進行動力學評估。動力學評估係經由產生與1:1朗繆爾(Langmuir)結合模型擬合之感測器圖譜。使用表面電漿子共振 (SPR) 之人類單體 KD 量測結果
藉由SPR在BIAcore T200 (GE Healthcare, UK)上量測結合至PI-4026變體之人類TREM1之親和力。所有資料在25℃下收集。10 mM HEPES pH 7.4、150 mM NaCl、3 mM EDTA、0.05% (v/V)界面活性劑P20用作移動緩衝液且用於所有mAb稀釋液。使用胺偶合化學方法將抗人類Fc固定於CM4生物感測器晶片(GE Healthcare)上。藉由一個流量槽上之抗人類Fc捕獲PI-4026變體(所有hIgG1同型)，且另一個流量槽(用作參考表面)保留為空白組。在多個週期中將一系列濃度之His標記之人類TREM1 (作為分析物)注射通過具有捕獲之PI-4026變體之流量槽及參考槽。在各週期之後，藉由注射3 M MgCl2 更新表面。BIA評估軟體用於進行動力學評估。動力學評估係經由產生與1:1朗繆爾結合模型擬合之感測器圖譜。差示掃描螢光測定法
藉由奈米差示掃描螢光測定法(DSF)測定PI-4026變體之熔融溫度。自20℃至100℃以1.5℃/min之升溫速率操作PI-4026變體樣品。藉由浸漬至樣品中將樣品裝載至奈米DSF級毛細管中。在熱掃描期間為了使蒸發減到最少，用基於黏油之液體橡膠密封膏體密封毛細管之兩端。
由色胺酸螢光強度或在350及330 nm處之色胺酸發射之比率之改變計算Tm ，其精確監測在蛋白質隨溫度變化去摺疊期間之構形改變。Tm 為蛋白質50%展開所處之溫度。細胞結合
自培養物採集對數期生長中之HEK293對照細胞，洗滌，且以1×105 個細胞/孔接種於96孔U底培養盤中。將指定PI-4026變體及同型對照之滴定物添加至細胞中且在冰上培育30分鐘。以1:500稀釋之Alexa 647共軛抗人類Fcγ二級抗體(Jackson Immunoresearch)用於偵測結合的一級抗體。在冰上將二級抗體與細胞一起培育30分鐘。隨後洗滌細胞且在室溫下用Zombie NIR (Biolegend)染色以測定細胞存活率持續15分鐘。藉由流式細胞測量術(ThermoFisher Attune NxT)評定來自結合的抗體之螢光信號。結果
表 2 展示人類化TREM1抗體中之每一者之抗體親合力、單體親和力、細胞結合及DSF結果。
表 2
抗 hTREM1 mAb 親合力 KD  (nM) 單體 KD  (nM) 單體『K 離 』 (M) 背景結合 EC50 (nM) 嗜中性球 DSF (Tm2 ， ℃ )
PI-4026嵌合體 ＜0.1 1.13 4.92e-4 N 0.46 -
PI-4026-1 不佳擬合 不佳擬合 不佳擬合 Y 3.25 -
PI-4026-2 ＜0.1 2.65 1.04e-3 N 0.33 -
PI-4026-3 ＜0.1 2.42 1.11e-3 N 0.30 -
PI-4026-4 ＜0.1 3.63 1.60e-3 N 0.27 -
PI-4026-5 ＜0.1 2.01 4.38e-4 N 0.21 82.73
PI-4026-6 ＜0.1 1.55 6.99e-4 N 0.26 82.47
PI-4026-7 ＜0.1 2.31 7.84e-4 N 0.19 76.17
PI-4026-8 ＜0.1 2.51 5.17e-4 Y 0.22 -
PI-4026-9 ＜0.1 2.83 5.19e-4 Y 0.17 -
PI-4026-10 ＜0.1 2.77 8.34e-4 Y 0.20 -
基於所示結果，選擇PI-4026-5以便進一步表徵及測試。
隨後，進一步藉由SPR在BIAcore T200 (GE Healthcare)上量測人類TREM1結合至PI-4026-5之親和力。在25℃下收集所有資料。10 mM HEPES pH 7.4、150 mM NaCl、3 mM EDTA、0.05% (v/V)界面活性劑P20用作移動緩衝液及PI-4026-5之稀釋液。使用胺偶合化學方法將抗小鼠Fc固定於CM4生物感測器晶片(GE Healthcare)上。在一個流量槽上捕獲人類嵌合TREM1-mIgG Fc，且另一個流量槽(用作參考表面)保留為空白組。在多個週期中注射一系列濃度之PI-4026-5通過兩個流量槽。在各週期之後，藉由注射甘胺酸HCl緩衝液(10 mM，pH 2.0)更新表面。BIA評估軟體用於進行動力學評估。動力學評估係經由產生與1:1朗繆爾結合模型擬合之感測器圖譜。
PI-4026-5之SPR結合動力學展示於圖 1 中。 實例3：抗TREM1抗體之細胞結合人類化 TREM1 抗體之物種特異性 hTREM1 過度表現細胞
自培養物採集對數期生長中之HEK293對照或人類TREM1過度表現細胞，洗滌，且以1×105 個細胞/孔接種於96孔U底培養盤中。將指定濃度之非共軛hIgG1對照或PI-4026-5抗體之滴定物添加至細胞中且在冰上培育30分鐘。以1:500稀釋之Alexa 647共軛抗人類Fcγ二級抗體(Jackson Immunoresearch)用於偵測結合的一級抗體。在冰上將二級抗體與細胞一起培育30分鐘。隨後洗滌細胞且在室溫下用Zombie NIR (Biolegend)染色以測定細胞存活率持續15分鐘。藉由流式細胞測量術(ThermoFisher Attune NxT)評定來自結合的抗體之螢光信號。在Prism軟體(Graphpad)中計算EC50值。獼猴 TREM1 及 mTREM1 過度表現細胞
自培養物採集對數期生長中之HEK293過度表現獼猴或小鼠TREM1，洗滌，且以1×105 個細胞/孔接種於96孔U底培養盤中。將指定濃度之非共軛hIgG1對照或PI-4026-5抗體之滴定物添加至細胞中且在冰上培育30分鐘。以1:500稀釋之Alexa 647共軛抗人類Fcγ二級抗體(Jackson Immunoresearch)用於偵測結合的一級抗體。在冰上將二級抗體與細胞一起培育30分鐘。隨後洗滌細胞且在室溫下用Zombie NIR (Biolegend)染色以測定細胞存活率持續15分鐘。藉由流式細胞測量術(ThermoFisher Attune NxT)評定來自結合的抗體之螢光信號。在Prism軟體(Graphpad)中計算EC50值。細胞結合
來自人類供體之新鮮血液(斯坦福血液中心(Stanford Blood Centre))被紅血球裂解且洗滌以增濃PBMC及粒細胞含量。接種細胞且用人類血清(Jackson Immunoresearch)、人類FcX (Biolegend)及基於肽之FcR阻斷溶液(Innovex Biosciences)之組合阻斷Fc受體。細胞亦用Zombie NIR (Biolegend)染色以測定細胞存活率。在用Zombie NIR染色之後，用包涵主要免疫子集之標記及人類IgG1對照或PI-4026-5之滴定物之流式細胞測量混合液染色細胞。所使用之所有抗體直接共軛。藉由流式細胞測量術(ThermoFisher Attune NxT)獲得資料。在Prism軟體(Graphpad)中計算EC50值。結果
如圖 2A 及2B 中所示，PI-4026-5以較高特異性結合至人類TREM1過度表現細胞，但不結合至不會過度表現人類TREM1之細胞。此外，PI-4026-5結合至人類外周血液中之嗜中性球及單核球(圖 3A 及3B) 。
為了確認人類化TREM1抗體之物種特異性，評定PI-4026-5對獼猴及小鼠TREM1之結合。
如圖 4A 及4B 中所示，PI-4026-5結合至獼猴TREM1而非小鼠TREM1過度表現細胞。 實例4：藉由抗TREM1抗體誘導ADCC及ADCPADCC 及 ADCP 分析
在平底白色96孔培養盤(ThermoFisher)中將HEK293靶細胞過度表現人類TREM1與指定濃度之PI-4026-5或hIgG1同型對照之滴定物一起培育。在室溫下培育15分鐘之後，將表現hCD16或hCD32之NFAT-螢光素酶報導體Jurkat細胞(Promega, Madison, WI)添加至3:1比率之靶細胞/抗體混合物中。在添加報導體細胞之後，在37℃下在5% CO2 氛圍中培育分析6小時。螢光素酶活性之量藉由曝露於螢光素酶受質(Promega, Madison, WI)測定且藉由發光讀取器(EnVision, Perkin Elmer)偵測。在Prism軟體(Graphpad)中計算EC50值。
在室溫下將GFP陽性expi293親本或人類TREM1過度表現細胞與非共軛hIgG1對照或PI-4026-5抗體之滴定物一起培育15-30分鐘。在無洗滌之情況下，自經Cell Trace Violet (ThermoFisher)標記之CD14+單核球偏振之人類巨噬細胞隨後添加至1:1比率之expi293及抗體混合物中。在37℃下在5% CO2 氛圍中培育分析6小時，其後藉由流式細胞測量術(ThermoFisher Attune NxT)評定分析。藉由列舉來自單峰閘極之GFP陽性及Cell Trace Violet陽性巨噬細胞之數量量測ADCP。在Prism軟體(Graphpad)中計算EC50值。結果
如圖 5A 及5B 中所示，PI-4026-5以劑量依賴性TREM1特異性方式誘導下游FcγR介導之信號傳導。圖 5A 展示使用hCD16報導體分析系統誘導FcγR信號傳導，且圖 5B 展示使用hCD32報導體分析系統誘導FcγR信號傳導。
隨後，評定人類化TREM1抗體誘導初代人類巨噬細胞之ADCP之能力。
如圖 6A 及6B 中所示，PI-4026-5誘導expi293細胞過度表現hTREM1 (圖 6B )而非親本expi293細胞(圖 6A )之初代人類巨噬細胞之ADCP。 實例5：具有人類TREM1 IgV之嵌合體PI-4026 Fab之結晶蛋白質結晶
藉由在20℃下之沉滴式蒸汽漫射獲得hTREM1 IgV:嵌合體PI-4026 Fab之SEC純化複合物之繞射品質晶體。冰凍保護晶體且在法國格勒諾勃(Grenoble, France)之歐洲同步加速器(European Synchrotron；ESRF)處收集X射線繞射資料。藉由分子置換，使用CCP4中之程式MOLREP測定hTREM1 IgV:PI-4026 Fab複合物之結構。在1.93Å之解析度下，最終模型分別優化至16.4%及21.6%之Rwork及Rfree。最終優化結構之分析展示一種PI-4026 Fab與一種TREM1 IgV分子相互作用。結果
圖 7A-E 展示具有TREM1 IgV域之特定殘基之PI-4026 Fab之各CDR中特定殘基之相互作用。在各圖中，深灰色結構表示指定抗體CDR且淺灰色結構表示TREM1 IgV域。相互作用殘基用單字母胺基酸命名法後接其在人類TREM1序列或PI-4026重鏈或輕鏈中之位置來表示。點線指示CDR殘基與TREM1 IgV殘基之間的氫鍵。與點線相關之數字為以埃(Å)計量測之殘基之間的距離。PI-4026 Fab之CDRL2對於與TREM1 IgV域之相互作用而言不為關鍵的。所有數字及相互作用使用PyMOL軟體產生且模型化。
圖 7A 展示PI-4026 Fab及TREM1 IgV域之CDRH1內之殘基相互作用。圖 7B 展示PI-4026 Fab及TREM1 IgV域之CDRH2內之殘基相互作用。圖 7C 展示PI-4026 Fab及TREM1 IgV域之CDRH3內之殘基相互作用。圖 7D 展示PI-4026 Fab及TREM1 IgV域之CDRL1內之殘基相互作用。圖 7E 展示PI-4026 Fab及TREM1 IgV域之CDRL3內之殘基相互作用。
嵌合體PI-4026抗體之抗原決定基序列為包涵人類TREM1之胺基酸21-34 (SEQ ID NO: 42)、103-109 (SEQ ID NO: 43)及128-136 (SEQ ID NO: 44)之非連續殘基。 實例6：降低氧化風險之CDRH3突變及變體CDRH3 mAb之表徵藉由尺寸排阻層析 (SEC) 之 H2 O2 氧化評定
氧化之分析藉由在指示濃度之H2 O2 中在40℃下以1 mg/mL之最終抗體濃度培育PI-4026-5及PI-4026-7變體1小時來實現。藉由SEC在不同濃度下及時間點使用Superdex 200 Increase 10/300 GL管柱(GE Healthcare)上之ThermoFisher分析型UHPLC系統分析樣品。PBS pH 7.4用作移動相緩衝液且流動速率為0.5 mL/min。分析資料且使用Chromeleon 7儀器軟體(ThermoFisher)整合在A280處之峰值AUC。獼猴親合力 KD
藉由SPR在BIAcore T200 (GE Healthcare)上量測獼猴TREM1結合至PI-4026-5變體之親和力。在25℃下收集所有資料。10 mM HEPES pH 7.4、150 mM NaCl、3 mM EDTA、0.05% (v/V)界面活性劑P20用作移動緩衝液且用於所有mAb稀釋液。使用胺偶合化學方法將抗小鼠Fc固定於CM4生物感測器晶片(GE Healthcare)上。在一個流量槽上捕獲嵌合獼猴TREM1-mIgG Fc，且另一個流量槽(用作參考表面)保留為空白組。將一系列濃度之PI-4026-5變體(作為分析物，hIgG1同型)注射通過具有捕獲之獼猴TREM1-mIgG Fc之流量槽及參考槽。在各週期之後，藉由注射甘胺酸HCl緩衝液(10 mM，pH 2.0)更新表面。BIA評估軟體用於進行動力學評估。動力學評估係經由產生與1:1朗繆爾結合模型擬合之感測器圖譜。去岩藻醣基化抗體產生
藉由將相關抗體(例如PI-4026-5)之重鏈及輕鏈質體藉由CRISPR/Cas9編輯(Alexander Weiss,多倫多大學)轉染至缺乏哺乳動物α1,6-岩藻醣基轉移酶(FUT8)之expi293細胞中產生去岩藻醣基化抗體。在細胞經轉染後，其擴增至多7天，其後採集培養基且藉由單步蛋白A管柱純化步驟(HiTrap MabSelect SuRe, GE Healthcare)純化抗體。抗體隨後緩衝液交換至PBS中且評定內毒素(LAL內毒素測試，查爾斯河實驗室(Charles River Laboratories))、濃度(Nanodrop，ThermoFisher Scientific)及藉由UHPLC之任何聚集(ThermoFisher Scientific)。抗體SEC純化至單體，視其聚集特性(單體率低於95%)而定。藉由西方墨點，用針對Lens Culinaris凝集(LCA)抗原(L-1040-10，Vector Biolabs)之抗體或評定相關抗體(Bionova Scientific)之完全聚糖特徵來驗證去岩藻醣基化。結果
如圖 8 中所示，PI-4026-5在Met100下在CDRH3 (RM AAMDY)中具有氧化風險，如藉由SEC所評定。抗體之異質性百分比提高且單體百分比以H2 O2 劑量依賴性方式降低。此係藉由經0.3%、0.1%及0.01% H2 O2 處理之樣品之SEC特徵中觀測到之雙峰指明。表 3 提供SEC結果之定量。
表 3
H2 O2 % 單體% 異質性%
0 100 0
0.3 60.43 39.57
0.1 67.57 32.43
0.01 86.63 13.37
0.001 96.73 3.27
0.0001 100 0
為了解決此，使PI-4026-7中之殘基100處之甲硫胺酸突變成異白胺酸且如上文所描述測試突變型抗體。如表 4 中所示，甲硫胺酸殘基(RMAAMDY)突變成異白胺酸(RIAAMDY)消除氧化風險。在無H2 O2 之情況下培育PI-4026-7M100I抗體不會導致蛋白質異質性之任何提高。
表 4
   PI-4026-7-M100 PI-4026-7-M100I
H2 O2 % 單體% 異質性% 單體% 異質性%
0 100 0 100 0
0.3 54.37 45.63 100 0
0.1 71.74 28.26 100 0
0.01 86.81 13.19 100 0
0.001 100 0 100 0
0.0001 100 0 100 0
隨後，在PI-4026-5中進行額外突變以測定此殘基位置處之一或多種較佳突變以便臨床研發。使M100突變成異白胺酸(M100I)、麩胺酸(M100E)、白胺酸(M100L)或麩醯胺酸(M100Q)。基於PI-4026 Fab與TREM1 IgV域之間的相互作用之解析晶體結構之分析合理地選擇此等突變(實例 5 )。表 5 展示CDR-H3取代及序列之彙總。
表 5
M100x 取代 CDRH3 突變 CDRH3 序列
PI-4026-5-M100 None RMAAMDY
PI-4026-5-M100I MàI RIAAMDY
PI-4026-5-M100E MàE REAAMDY
PI-4026-5-M100L MàL RLAAMDY
PI-4026-5-M100Q MàQ RQAAMDY
各PI-4026-5 CDRH3突變體如先前實例 2 、3 及4 中關於對人類及獼猴TREM1之結合親和力、SEC、對人類單核球之細胞結合及EC50 、DSF及使用hCD16報導體分析系統之FcγR信號傳導所描述表徵。
另外，評定抗體結合至過度表現獼猴TREM1之細胞。PI-4026-5 CDRH3突變體之結果概述於表 6 中。
表 6
抗 hTREM1 mAb ( 岩藻醣基化 ) 人類親合力 KD  (nM) 獼猴親合力 KD  (nM) 單體 % SEC 人類單體 KD  (nM) 人類單體『 K 離 』 (M) 背景結合 EC50 (nM) 單核球 ( 人類 ) EC50 (nM) 獼猴 TREM1 細胞 hCD16 ADCC 分析 EC50  (nM) DSF (Tm2 ， ℃ )
PI-4026-5-M100 (親本) 0.68 1.76 ＞95 4.81 6.67e-4 N 0.3 4.61 2.54 77.4
PI-4026-5-M100I 0.88 11.8 ＞95 10.2 1.31e-3 N 0.94 28.62 6.92 76.7
PI-4026-5-M100E 0.19 6.19 ＞95 3.33 4.76e-4 Y 0.45 57.99 3.18 77.6
PI-4026-5-M100L 0.27 1.43 ＞95 4.93 6.33e-4 N 0.67 4.85 5.86 77.3
PI-4026-5-M100Q 0.37 0.66 ＞95 5.61 9.06e-4 N 0.65 6.04 8.60 78.1
隨後，去岩藻醣基化PI-4026-5 CDRH3突變型抗體類似地表徵。
去岩藻醣基化PI-4026-5 CDRH3突變體之結果概述於表 7 中。
表 7
抗 hTREM1 mAb ( 去岩藻醣基化 ) 人類親合力 KD  (nM) 獼猴親合力 KD  (nM) 單體 % SEC 人類單體 KD  (nM) 人類單體『 K 離 』 (M) 背景結合 EC50 (nM) 單核球 ( 人類 ) EC50 (nM) 獼猴 TREM1 細胞 hCD16 ADCC 分析 EC50  (nM) DSF (Tm2 ， ℃ )
PI-4026-5-M100 (親本) 0.55 2.99 ＞95 6.21 9.26e-4 N 0.60 6.61 0.36 77.5
PI-4026-5-M100I 0.88 13.4 ＞95 10.1 1.31e-3 N 1.06 22.02 0.39 76.7
PI-4026-5-M100E ＜0.1 8.66 ＞95 3.74 5.05e-4 Y 0.3 55.97 0.33 77.2
PI-4026-5-M100L 0.15 1.41 ＞95 4.34 7.46e-4 N 0.75 3.62 0.28 76.7
PI-4026-5-M100Q 0.39 0.45 ＞95 6.32 9.68e-4 N 1.32 2.07 0.29 77.2
PI-4026-5-M100I及PI-4026-5-M100E對非TREM1表現細胞展示更高的非特異性結合且損失結合至表現獼猴TREM1之細胞之能力。選擇PI-4026-5-M100L及PI-4026-5-M100Q以用於進一步研發，因為其保留PI-4026-5-M100 (親本抗體)之品質，諸如結合至人類及獼猴TREM1、特異性、生物物理特徵及功能。重要地，去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L及PI-4026-5-M100Q展示與其岩藻醣基化對應物相比較類似的生物物理及結合特徵，在hCD16報導體分析中明顯增強的FcγR信號傳導除外。 實例7：藉由岩藻醣基化及去岩藻醣基化PI-4026-5變體CDRH3抗體之ADCC及ADCP信號傳導之細胞結合及誘導人類細胞結合分析
來自人類供體之新鮮血液(斯坦福血液中心)被紅血球裂解且洗滌以增濃PBMC及粒細胞含量。接種細胞且用人類血清(Jackson Immunoresearch)、人類FcX (Biolegend)及基於肽之FcR阻斷溶液(Innovex Biosciences)之組合阻斷Fc受體。細胞亦用Zombie NIR (Biolegend)染色以測定細胞存活率。在Zombie NIR之後，用具有主要免疫子集之標記及人類IgG1對照物、PI-4170、PI-4026-5或PI-4026-5突變體(其含有重鏈之殘基100處之特異性突變)之滴定物之流式細胞測量混合液染色細胞。PI-4026-5及PI-4026-5突變體經完全岩藻醣基化或去岩藻醣基化。所使用之所有抗體直接共軛且藉由流式細胞測量術(ThermoFisher Attune NxT)獲得資料。在Prism軟體(Graphpad)中計算EC50值。獼猴細胞結合分析
新鮮食蟹獼猴血液(Worldwide Primates Inc)被紅血球裂解且洗滌以增濃PBMC及粒細胞含量。接種細胞且用人類血清(Jackson Immunoresearch)及基於肽之FcR阻斷溶液(Innovex Biosciences)之組合阻斷Fc受體。細胞亦用Zombie NIR (Biolegend)染色以測定細胞存活率。在Zombie NIR之後，用具有主要免疫子集之標記及人類IgG1對照物、PI-4170、PI-4026-5或PI-4026-5突變體(其含有重鏈之殘基100處之特異性突變)之滴定物之流式細胞測量混合液染色細胞。PI-4026-5及PI-4026-5突變體經完全岩藻醣基化或去岩藻醣基化。所使用之所有抗體直接共軛且藉由流式細胞測量術(ThermoFisher Attune NxT)獲得資料。在Prism軟體(Graphpad)中計算EC50值。ADCC 及 ADCP 分析
在平底白色96孔培養盤(ThermoFisher)中將過度表現人類TREM1之HEK293靶細胞與指定濃度之呈岩藻醣基化或去岩藻醣基化形式之PI-4170、PI-4026-5、PI-4026-5突變體或hIgG1同型對照之滴定物一起培育。在室溫下培育15分鐘之後，將表現hCD16之NFAT-螢光素酶報導體Jurkat細胞(Promega, Madison, WI)添加至3:1比率之靶細胞/抗體混合物中。在添加報導體細胞之後，在37℃下在5% CO2 氛圍中培育分析6小時。螢光素酶活性之量藉由曝露於螢光素酶受質(Promega, Madison, WI)測定且藉由發光讀取器(Envision, Perkin Elmer)偵測。在Prism軟體(Graphpad)中計算EC50值。結果
如圖 9A 及9B 中所示，岩藻醣基化PI-4026-5抗體及去岩藻醣基化PI-4026-5抗體結合至人類外周單核球。圖 9A 展示岩藻醣基化抗體之結合，而圖 9B 展示去岩藻醣基化抗體之結合。類似地，岩藻醣基化PI-4026-5抗體及去岩藻醣基化PI-4026-5抗體結合至獼猴單核球(圖 10A 及10B )。PI-4026-5-M100L及PI-4026-5-M100Q CDRH3變體展示對獼猴單核球之最佳結合。
另外，相比於岩藻醣基化抗體，抗體之去岩藻醣基化使得經由hCD16之FcγR信號傳導提高(圖 11A 及11B )。圖 11A 展示岩藻醣基化抗體之FcγR信號傳導活性，而圖 11B 展示去岩藻醣基化抗體之FcγR信號傳導活性。 實例8：PI-4026-5-M100L及PI-4026-5-M100Q抗體之生物化學表徵
基於先前資料，兩種去岩藻醣基化CDRH3突變型抗體進一步使用不同生物化學分析表徵。此等為去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (重新命名為PI64052)及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (重新命名為PI64062)。
如先前所描述測定人類及獼猴細胞之抗體KD 。聚集 / 穩定性 ( 尺寸排阻層析 /SEC)
藉由SEC在不同濃度下及時間點使用Superdex 200 Increase 10/300 GL管柱(GE Healthcare)上之ThermoFisher分析型UHPLC系統分析去岩藻醣基化PI-4026-5 M100L (PI64052)及去岩藻醣基化PI-4026-5 M100Q (PI64062)。PBS pH 7.4用作移動相緩衝液且流動速率為0.5 mL/min。分析資料且使用Chromeleon 7儀器軟體(ThermoFisher)整合在A280處之峰值AUC。
聚集 / 穩定性 ( 動態光散射「 DLS 」 )
在37℃下使用裝備有830 nm雷射之溫度可控DynaPro盤讀取器(Wyatt)獲得在指定濃度下及時間點之去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)之資料。將樣品裝載於384孔盤上以實現自動化高通量資料收集。在169℃下監測散射光。DYNAMICS軟體用於分析及計算流體動力學直徑以及多分散性指數。不同物種及相對疏水性 ( 疏水相互作用層析 /HIC)
藉由HIC使用MAbPac HIC-10，分析型管柱，5 μm，4.6×100 mm (ThermoFisher)上之分析型UHPLC系統分析去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)。0.1M磷酸鈉pH 6.0、1 M硫酸銨用作移動相1，且0.1 M磷酸鈉pH 6.0用作移動相2以產生1 mL/min之流動速率之梯度。藉由A280監測梯度中溶離之樣品。分析資料且使用Chromeleon 7儀器軟體(ThermoFisher)及Prism軟體(Graphpad)整合峰值之AUC。熱應力 ( 動態光散射「 DLS 」 )
在37℃下使用裝備有830 nm雷射之溫度可控DynaPro盤讀取器(Wyatt)獲得在指定濃度下及時間點之去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)之資料。將樣品裝載於384孔盤上以實現自動化高通量資料收集。在169℃下監測散射光。DYNAMICS軟體用於分析及計算流體動力學直徑以及多分散性指數。熱應力 ( 差示掃描螢光測定法「 DSF 」 )
藉由奈米差示掃描螢光測定法(DSF)測定去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)之熔融溫度。自20℃至100℃以1.5℃/min之升溫速率操作樣品。藉由浸漬至樣品中將樣品裝載至奈米DSF級毛細管中。在熱掃描期間為了使蒸發減到最少，用基於黏油之液體橡膠密封膏體密封毛細管之兩端。
由色胺酸螢光強度或在350及330 nm處之色胺酸發射之比率之改變計算Tm ，其精確監測在蛋白質隨溫度變化去摺疊期間之構形改變。Tm 為蛋白質50%展開所處之溫度。熱應力 (SEC)
在指定濃度、溫度(37℃)下及時間點使用Superdex 200 Increase 10/300 GL管柱(GE Healthcare)上之ThermoFisher分析型UHPLC系統收集去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)之資料。PBS pH 7.4用作移動相緩衝液且流動速率為0.5 mL/min。分析資料且使用Chromeleon 7儀器軟體(ThermoFisher)及Prism軟體(Graphpad)整合在A280處之峰值之AUC。氧化應力 (HIC)
藉由在指示濃度之H2 O2 中在40℃下在1 mg/mL之最終抗體濃度下培育去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)1小時來實現氧化分析。藉由HIC在指定時間點使用MAbPac HIC-10，分析型管柱，5 μm，4.6 × 100 mm (ThermoFisher)上之ThermoFisher分析型UHPLC系統分析樣品。0.1M磷酸鈉pH 6.0、1 M硫酸銨用作移動相1，且0.1 M磷酸鈉pH 6.0用作移動相2以產生1 mL/min之流動速率之梯度。藉由A280監測梯度中溶離之樣品。分析資料且使用Chromeleon 7儀器軟體(ThermoFisher)及Prism軟體(Graphpad)整合峰值之AUC。氧化應力 (SEC)
藉由在指示濃度之H2 O2 中在40℃下在1 mg/mL之最終抗體濃度下培育去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)1小時來實現氧化之分析。藉由SEC在指定時間點使用Superdex 200 Increase 10/300 GL管柱(GE Healthcare)上之ThermoFisher分析型UHPLC系統分析樣品。PBS pH 7.4用作移動相緩衝液且流動速率為0.5 mL/min。分析資料且使用Chromeleon 7儀器軟體(ThermoFisher)整合在A280處之峰值AUC。脫醯胺風險 (藉由毛細電泳 -等電聚焦「 CE-IEF 」之裝料變體分析 )
以1 mg/mL之最終抗體濃度在指定緩衝劑(PBS pH 7.4，Tris pH 8，或檸檬酸鹽pH 4.5)中，在指定pH值及指定溫度(4℃或40℃)下培育去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)12小時。在12小時之後，根據裝料變體套組(Perkin Elmer)製備樣品且在LabChipII GX儀器及LabChip GX軟體(Perkin Elmer)上操作及分析樣品。結果
表 8 展示PI64052及PI64062對人類及獼猴TREM1蛋白之結合特性之結果。PI64052對單體人類TREM1具有更佳人類親合力及結合，但PI64062具有更佳獼猴親合力。
表 8
抗 hTREM1 mAb 人類親合力 KD  (nM) 獼猴親合力 KD  (nM) 人類單體 KD  (nM)
PI64052 (PI-4026-5 M100L) 0.15 1.41 4.34
PI64062(PI-4026-5 M100Q) 0.39 0.45 6.32
如藉由DLS所測定之PI64052及PI64062抗體響應於熱應力(37℃)之穩定性動力學展示於圖 12A 及12B 中。圖 12A 展示各抗體隨時間推移之平均半徑(自左至右之條柱：0小時、24小時、48小時、14天、28天及35天)，而圖 12B 展示隨時間推移之多分散性%(自左至右之條柱：0小時、24小時、48小時、14天、28天及35天)。兩種抗體在後續時間點展示提高的多分散性，但遠低於單分散性之工業接受的定義(＜20%多分散性)。結果定量於以下表 9 中。
表 9
      0 小時 24 小時 48 小時 14 天 28 天 35 天
DC 濃度 半徑 (nm) 多分散性 % 半徑 (nm) 多分散性 % 半徑 (nm) 多分散性 % 半徑 (nm) 多分散性 % 半徑 (nm) 多分散性 % 半徑 (nm) 多分散性 %
PI64052 50 mg/ml 7.5 2.7 7.5 2.4 7.7 7.5 7.3 10.5 7.4 7.1 7.1 10.6
PI64062 50 mg/ml 6.5 1.1 6.5 0 6.8 8 6.2 8.9 6.3 8.4 6.2 9.3
如藉由SEC所測定之PI64052及PI64062抗體之穩定性動力學展示於圖 13A 及13B 中。圖 13A 展示單體%(自左至右之條柱：0小時、24小時、48小時、7天、14天及28天)，而圖 13B 展示隨時間推移之聚集體%(自左至右之條柱：0小時、24小時、48小時、7天、14天及28天)。兩種抗體隨時間推移聚集體%提高均極低，但維持＞98%之單體率。結果定量於以下表 10 中。
表 10
      0 小時 24 小時 48 小時 7 天 14 天 28 天
DC 濃度 單體 % 聚集體 % 單體 % 聚集體 % 單體 % 聚集體 % 單體 % 聚集體 % 單體 % 聚集體 % 單體 % 聚集體 %
PI64052 50 mg/ml 99.32 0.68 99.23 0.77 99.31 0.69 98.87 1.13 98.67 1.33 98.59 1.41
PI64062 50 mg/ml 98.84 1.16 98.83 1.17 98.93 1.07 98.53 1.47 98.33 1.67 98.34 1.66
PI64052及PI64062抗體之氧化應力敏感性展示於圖 14A 及14B 中(24小時，自左至右之條柱：0、0.3、0.1、0.01、0.001、0.0001)，圖 15A 及15B (14天，自左至右之條柱：0、0.3、0.1、0.01、0.001、0.0001)，及圖 16A 及16B (28天，自左至右之條柱：0、0.3、0.1、0.01、0.001、0.0001)，如藉由疏水相互作用層析(HIC)所量測。結果亦定量於以下表 11 、12 及13 中。在H2 O2 處理之後24小時或14天，與H2 O2 一起培育不會導致任一種抗體之氧化物質顯著增加。然而，在H2 O2 曝露之後28天，PI64052展示隨H2 O2 濃度變化之比PI64062更大的異質性。
表11
24 小時 PI64052 PI64062
H 2 O 2 % 主要物質 親水性物質 主要物質 親水性物質
0 91.520 8.480 97.42 2.58
0.3 92.900 7.100 95.74 4.26
0.1 91.440 8.560 95.04 4.96
0.01 92.500 7.500 97.57 2.43
0.001 92.300 7.700 97.59 2.41
0.0001 91.520 8.480 97.63 2.37
表12
第14 天 PI64052 PI64062
H 2 O 2 % 主要物質 親水性物質 主要物質 親水性物質
0 99.17 0.83 97.34 2.66
0.3 94.75 5.25 93.91 6.09
0.1 94.31 5.69 97.93 2.07
0.01 99.31 0.69 94.54 5.46
0.001 98.92 1.08 96.93 3.07
0.0001 98.91 1.09 98.05 1.95
表13
第28 天 PI64052 PI64062
H 2 O 2 % 主要物質 親水性物質 主要物質 親水性物質
0 89.63 10.37 96.71 3.29
0.3 87.71 12.29 89.42 10.58
0.1 88.12 11.88 98.55 1.45
0.01 88.12 11.88 98.75 1.25
0.001 99.08 0.92 96.72 3.28
0.0001 93.63 6.37 95.71 4.29
PI64052及PI64062抗體之脫醯胺分析結果展示於圖 17A-17D 中。藉由CE-IEF分析，PI64052 (圖 17A 及17B )或PI64062 (圖 17C 及17D )均未展示脫醯胺風險。圖 17A 及17C 為偵測可能隨脫醯胺條件變化出現之任何蛋白質裝料變體之毛細電泳凝膠。圖 17B 及17D 展示表示為偵測到之蛋白質頻帶之強度之毛細電泳凝膠資料。
PI64052及PI64062抗體之生物物理表徵彙總展示於表 14 中。對於各準則，一種抗體對比於另一種抗體之優越性藉由(+)指示。無抗體優於其他抗體之準則藉由(-)指示。總體而言，相比於PI64052，在CDR-H3區域中含有M100Q突變之PI64062具有更佳生物物理特性。
表14
準則/ 測試 PI64052 (M100L) PI64062 (M100Q)
KD 人類(親合力) + -
KD 獼猴(親合力) - +
KD 人類(單體) + -
聚集(SEC、DLS) - -
不同物質(HIC) - +
熱應力(DLS、DSF) - -
氧化應力(HIC、SEC) - +
隨時間推移之穩定性(DLS、SEC) - -
相對親水性(HIC) - +
脫醯胺風險(裝料變體) - -
實例9：藉由PI64052及PI64062抗體之ADCC及ADCP信號傳導之細胞結合及誘導
隨後，使用不同功能分析表徵PI64052及PI64062，包括ADCC及ADCP之細胞結合及誘導。背景結合
自培養物採集對數期生長中之HEK293 GFP對照細胞，洗滌，且以1×105 個細胞/孔接種於96孔U底培養盤中。將去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)之滴定物以及同型對照添加至細胞中且在冰上培育30分鐘。以1:500稀釋之Alexa 647共軛抗人類Fcγ二級抗體(Jackson Immunoresearch)用於偵測結合的一級抗體。在冰上將二級抗體與細胞一起培育30分鐘。隨後洗滌細胞且在室溫下用Zombie NIR (Biolegend)染色以測定細胞存活率持續15分鐘。藉由流式細胞測量術(ThermoFisher Attune NxT)評定來自結合的抗體之螢光信號。淋巴球結合
來自人類供體之新鮮血液(斯坦福血液中心)被紅血球裂解且洗滌以增濃PBMC及粒細胞含量。接種細胞且用人類血清(Jackson Immunoresearch)、人類FcX (Biolegend)及基於肽之FcR阻斷溶液(Innovex Biosciences)之組合阻斷Fc受體。細胞亦用Zombie NIR (Biolegend)染色以測定細胞存活率。在Zombie NIR之後，用包含主要免疫子集之標記及人類IgG1對照物、去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)或去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)之滴定物之流式細胞測量術混合液染色細胞。所使用之所有抗體直接共軛且藉由流式細胞測量術(ThermoFisher Attune NxT)獲得資料。結合至 hTREM1 過度表現細胞之 EC50
自培養物採集對數期生長中之過度表現人類TREM1之HEK293細胞，洗滌，且以1×105 個細胞/孔接種於96孔U底培養盤中。將指定濃度之非共軛hIgG1對照物、去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)或去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)之滴定物添加至細胞中且在冰上培育30分鐘。以1:500稀釋之Alexa 647共軛抗人類Fcγ二級抗體(Jackson Immunoresearch)用於偵測結合的一級抗體。在冰上將二級抗體與細胞一起培育30分鐘。隨後洗滌細胞且在室溫下用Zombie NIR (Biolegend)染色以測定細胞存活率持續15分鐘。藉由流式細胞測量術(ThermoFisher Attune NxT)評定來自結合的抗體之螢光信號。在Prism軟體(Graphpad)中計算EC50值。結合至 獼猴 TREM1 過度表現細胞之 EC50
自培養物採集對數期生長中之過度表現獼猴TREM1之HEK293細胞，洗滌，且以1×105 個細胞/孔接種於96孔U底培養盤中。將指定濃度之非共軛hIgG1對照物、去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)或去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)之滴定物添加至細胞中且在冰上培育30分鐘。以1:500稀釋之Alexa 647共軛抗人類Fcγ二級抗體(Jackson Immunoresearch)用於偵測結合的一級抗體。在冰上將二級抗體與細胞一起培育30分鐘。隨後洗滌細胞且在室溫下用Zombie NIR (Biolegend)染色以測定細胞存活率持續15分鐘。藉由流式細胞測量術(ThermoFisher Attune NxT)評定來自結合的抗體之螢光信號。在Prism軟體(Graphpad)中計算EC50值。結合至人類單核球之 EC50
來自人類供體之新鮮血液(斯坦福血液中心)被紅血球裂解且洗滌以增濃PBMC及粒細胞含量。接種細胞且用人類血清(Jackson Immunoresearch)、人類FcX (Biolegend)及基於肽之FcR阻斷溶液(Innovex Biosciences)之組合阻斷Fc受體。細胞亦用Zombie NIR (Biolegend)染色以測定細胞存活率。在Zombie NIR之後，用包含主要免疫子集之標記及人類IgG1對照物、去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)或去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)之滴定物之流式細胞測量術混合液染色細胞。所使用之所有抗體直接共軛且藉由流式細胞測量術(ThermoFisher Attune NxT)獲得資料。在Prism軟體(Graphpad)中計算EC50值。結合至獼猴單核球之 EC50
新鮮食蟹獼猴血液(Worldwide Primates Inc)被紅血球裂解且洗滌以增濃PBMC及粒細胞含量。接種細胞且用人類血清(Jackson Immunoresearch)及基於肽之FcR阻斷溶液(Innovex Biosciences)之組合阻斷Fc受體。細胞亦用Zombie NIR (Biolegend)染色以測定細胞存活率。在Zombie NIR之後，用包含主要免疫子集之標記及人類IgG1對照物、去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)或去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)之滴定物之流式細胞測量術混合液染色細胞。所使用之所有抗體直接共軛且藉由流式細胞測量術(ThermoFisher Attune NxT)獲得資料。在Prism軟體(Graphpad)中計算EC50值。hCD16 ADCC 報導體分析
在平底白色96孔培養盤(ThermoFisher)中將過度表現人類TREM1之HEK293靶細胞與指定濃度之去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)、去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)或hIgG1同型對照之滴定物一起培育。在室溫下培育15分鐘之後，將表現hCD16之NFAT-螢光素酶報導體Jurkat細胞(Promega, Madison, WI)添加至3:1比率之靶細胞/抗體混合物中。在添加報導體細胞之後，在37℃下在5% CO2 氛圍中培育分析6小時。螢光素酶活性之量藉由曝露於螢光素酶受質(Promega, Madison, WI)測定且藉由發光讀取器(Envision, Perkin Elmer)偵測。在Prism軟體(Graphpad)中計算EC50值。初代巨噬細胞 ADCP 分析
在室溫下將過度表現人類TREM1之GFP陽性expi293細胞與非共軛hIgG1對照物、去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L (PI64052)或去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)之滴定物一起培育15-30分鐘。在無洗滌之情況下，自經Cell Trace Violet (ThermoFisher)標記之兩種供體之CD14+單核球偏振之人類巨噬細胞隨後添加至1:1比率之expi293及抗體混合物中。在37℃下在5% CO2 氛圍中培育分析6小時，其後藉由流式細胞測量術(ThermoFisher Attune NxT)評定分析。藉由列舉單細胞上閘控之GFP陽性及Cell Trace Violet陽性巨噬細胞之數量量測ADCP。在Prism軟體(Graphpad)中計算EC50值。FcγR 結合 在MaxiSorp培養盤上在4℃下塗佈1 ug/ml指定重組人類His標記FcγR蛋白(Sino Biologicals)隔夜。次日，洗滌培養盤，且將指定濃度之岩藻醣基化或去岩藻醣基化PI-4026-5-M100L及PI-4026-5 M100Q或hIgG4同型對照(Biolegend)之滴定物添加至經塗佈之培養盤中。用針對人類IgG之Fab'2部分(Jackson Immunoresearch)之HRP共軛Fab'2片段偵測到抗體對經塗佈之FcγR蛋白之Fc介導結合。TMB受質(ThermoFisher)用於對結合至初級抗體之HRP共軛二級試劑之量進行定量且H3 PO4 用於停止反應。在450 nm處之吸光度使用Spectramax盤讀取器(Life Technologies)來量測。結果
HEK293親本細胞結合之個體實驗複製物展示於圖 18A 、18B 及18C 中。相對於同型對照，PI64052及PI64062對HEK293細胞無可偵測的結合。
如圖 19A-F 中所示，相對於同型對照，PI64052及PI64062對人類淋巴球(T細胞或B細胞)無可偵測的結合。各分析重複三次且各圖表展示個體實驗結果。圖 19A 、19B 及19C 展示T細胞上閘控之個體實驗，而圖 19D 、19E 及19F 展示B細胞上閘控之個體實驗。
兩種去岩藻醣基化抗體對過度表現人類TREM1之細胞之EC50亦不存在差異(圖 20A 、20B 及20C )。實驗重複三次且各圖表展示各個體實驗結果。資料定量於以下表 15 中。
表 15
抗體 實驗 EC50  (nM)
PI64052 1 3.26
PI64062 1 2.32
PI64052 2 3.97
PI64062 2 3.88
PI64052 3 5.34
PI64062 3 4.88
PI64062展示始終更佳結合至過度表現獼猴TREM1之細胞(圖 21A 、21B 、21C )。實驗重複三次且各圖表展示各個體實驗結果。資料定量於以下表 16 中。
表16
抗體 實驗 EC50  (nM)
PI64052 1 3.62
PI64062 1 2.07
PI64052 2 4.67
PI64062 2 3.25
PI64052 3 42.75
PI64062 3 7.89
兩種去岩藻醣基化抗體對人類單核球之EC50亦不存在差異(圖 22A 、22B 及22C )。實驗重複三次且各圖表展示各個體實驗結果。資料定量於以下表 17 中。
表 17
抗體 實驗 EC50  (nM)
PI64052 1 0.75
PI64062 1 1.32
PI64052 2 1.40
PI64062 2 1.27
PI64052 3 0.73
PI64062 3 0.57
兩種去岩藻醣基化抗體對獼猴單核球之EC50亦不存在差異(圖 23A 及23B )。分析重複兩次且各圖表展示各個體實驗結果。資料定量於以下表 18 中。
表18
抗體 實驗 EC50  (nM)
PI64052 1 7.84
PI64062 1 7.94
PI64052 2 7.16
PI64062 2 7.84
如圖 24 中所示，hCD16報導體分析系統中藉由PI64052及PI64062介導之FcγR信號傳導不存在顯著差異。分析重複三次且各圖表展示各個體實驗結果。資料定量於以下表 19 中。圖 24 為第三實驗且代表三個單獨實驗。
表 19
抗體 實驗 EC50  (nM)
PI64052 1 0.09
PI64062 1 0.08
PI64052 2 0.28
PI64062 2 0.29
PI64052 3 0.11
PI64062 3 0.09
如圖 25A 、25B 、25C 及25D 中所示，PI64052及PI64062誘導hTREM1表現細胞之初代人類巨噬細胞之ADCP之能力不存在顯著差異。使用兩種供體進行分析。圖 25A 及25B 展示供體1之結果，而圖 25C 及25D 展示供體2之結果。資料定量於以下表 20 中。
表 20
抗體 供體 EC50  (nM)
PI64052 1 6.86
PI64062 1 8.69
PI64052 2 0.86
PI64062 2 0.96
如圖 26A-F 中所示，PI64052與PI64062之間的FcγR結合不存在顯著差異。PI64052及PI64062展示對某些FcγR，諸如FcγRIIIa (V)、FcγRIIIa (F)及FcγRIIIb分別相比於其岩藻醣基化對應物PI-4026-5-M100L及PI-4026-5-M100Q之增強的結合。圖 26A 展示結合至FcγRI，圖 26B 展示結合至FcγRIIa，圖 26C 展示結合至FcγRIIb，圖 26D 展示結合至FcγRIIIa (CD16a-V)，圖 26E 展示結合至FcγRIIIa (CD16a-F)，且圖 26F 展示結合至FcγRIIIb。
PI64052及PI64062抗體之結合及功能表徵之彙總展示於表 21 中。對於各準則，一種抗體對比於另一種抗體之優越性藉由(+)指示。無抗體優於其他抗體之準則藉由(-)指示。總體而言，在CDRH3區域中含有M100Q突變之PI64062對獼猴TREM1具有相比於PI64052更佳的結合特性，而其他特性實質上並無不同。
表21
準則/ 測試 PI64052 (M100L) PI64062 (M100Q)
不存在背景(HEK293細胞) - -
不存在淋巴球結合 - -
EC50 人類(過度表現) - -
EC50 獼猴(過度表現) - +
EC50 人類單核球 - -
EC50 獼猴單核球 - -
CD16 ADCC報導體分析 - -
初代巨噬細胞ADCP分析 - -
FcγR結合 - -
實例10：藉由PI-4026-5-M100Q及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)抗體之受體佔有率及細胞介素釋放受體佔有率
全血源自多個人類供體(斯坦福血液中心)且移除紅血球。剩餘白血球以每孔5×106 個細胞接種於96孔培養盤中。在接種後，以滴定依賴性方式將細胞與非共軛hIgG1同型、去岩藻醣基化hIgG1同型、PI-4026-5-M100Q或去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)一起培育24小時。
在24小時之後，在PBS中洗滌細胞一次且用Zombie NIR (Biolegend)染色以測定細胞存活率。亦用人類血清(Jackson Immunoresearch)、人類FcX (Biolegend)及基於肽之FcγR阻斷溶液(Innovex Biosciences)之組合阻斷Fc受體(FcγR)。在與FcγR阻斷試劑一起培育之後，用包含主要腫瘤內免疫子集之標記以及mIgG1同型或小鼠抗人類TREM1抗體(純系TREM26，Biolegend)之流式細胞測量混合液染色相關表面受體。用於藉由流式細胞測量術表型之所有抗體直接共軛。使用Attune NxT分析器(ThermoFisher)獲得資料且使用FlowJo (BD Biosciences)、Prism (Graphpad)及Excel (Microsoft)進行分析。
藉由評定共軛TREM1抗體與相關細胞子集(單核球及嗜中性球)隨非共軛抗體濃度變化之結合之特定信號損失來測定受體佔有率。
基於Prism (Graphpad)中繪製之滴定曲線計算IC50 值且標準化為奈莫耳濃度。活體外細胞介素及趨化介素偵測
全血源自多個人類供體(斯坦福血液中心)且移除紅血球。剩餘白血球以每孔5×106 個細胞接種於96孔培養盤中。在接種後，以滴定依賴性方式將細胞與非共軛hIgG1同型、去岩藻醣基化hIgG1同型、PI-4026-5-M100Q或去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)一起培育24小時。
在24小時之後，採集上清液且在各條件中使用人類促炎性及趨化介素套組(圖1，中標度診斷(Meso Scale Diagnostics))評定指定細胞介素及趨化介素之含量。使用中標度診斷技術獲得資料且在Excel (Microsoft)及Prism (Graphpad)中進行分析。
基於Prism (Graphpad)中繪製之滴定曲線計算EC50 值且標準化為奈莫耳濃度。結果
PI-4026-5-M100Q及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)未對單核球(圖 27A )或嗜中性球(圖 27B )展示實質上不同的劑量依賴性受體佔有率(RO)。
表 22 提供單核球上PI-4026-5-M100Q及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q之RO IC50之定量。
表22
mAb IC50  (nM)
PI-4026-5-M100Q 0.05
Afuc-PI-4026-5-M100Q 0.06
表 23 提供嗜中性球上PI-4026-5-M100Q及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q之RO IC50之定量。
表23
mAb IC50 (nM)
PI-4026-5-M100Q 0.13
Afuc-PI-4026-5-M100Q 0.09
PI-4026-5-M100Q及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)亦自人類白血球誘導劑量依賴性細胞介素標誌。IFN-γ誘導展示於圖 28A 中，IL-8誘導展示於圖 28B 中，IL-2誘導展示於圖 28C 中，且IP-10誘導展示於圖 28D 中。包括IL-6、TNFα及IL-1β之其他細胞介素偵測為＜10 pg/ml。各細胞介素反應之EC50 展示於表 24 中。
表 24
細胞介素 mAb EC50  (nM)
IFN-γ PI-4026-5-M100Q 0.74
Afuc-PI-4026-5-M100Q 0.02
IL-8 PI-4026-5-M100Q 0.32
Afuc-PI-4026-5-M100Q 0.10
IL-2 PI-4026-5-M100Q 0.28
Afuc-PI-4026-5-M100Q 0.009
IP-10 PI-4026-5-M100Q 0.71
Afuc-PI-4026-5-M100Q 0.03
實例11：活體內抗TREM1及抗PD-1組合療法細胞介素特徵活體內細胞介素偵測
在對數期採集Py8119乳癌株系(ATCC，Manassas，VA)且以與等體積基質膠混合之2×106 個細胞/小鼠之劑量皮下注射至雌性C57BL/6小鼠(傑克遜實驗室(Jackson Laboratories)之右腹側。在大部分小鼠腫瘤已達到70-130 mm3 之後，將小鼠隨機分組且開始指定抗體給藥。以15 mg/kg (對於抗TREM1及mIgG2a同型)及5 mg/kg (對於抗PD-1及mIgG1同型)，以每5天2次劑量之頻率腹膜內給藥抗體。抗TREM1及mIgG2a同型均去岩藻醣基化且所使用之抗TREM1抗體為PI-4928。
在第二劑量抗體之後48小時，採集來自小鼠之血液且分級分離用於血清分析。使用中標度診斷技術(小鼠促炎性圖1)評定來自各組之IFN-γ及TNFα血清細胞介素。使用中標度診斷技術獲得資料且在Excel (Microsoft)及Prism (Graphpad)中進行分析。所使用之統計測試為具有塔基多重比較校正(Tukey's multiple comparisons correction)之一般單向ANOVA。
PI-4928先前描述於以引用之方式併入本文中之PCT/US2018/045680中，且展示結合至嗜中性球上之小鼠TREM1(參見例如實例10)及過度表現小鼠TREM1之細胞(參見例如實例11)。去岩藻醣基化PI-4928亦結合FcγR且誘導FcγR介導之信號傳導及ADCC (參見例如實例11)。另外，亦在Py8119小鼠模型中評定去岩藻醣基化PI-4928與抗PD-1組合之治療功效。組合療法使得腫瘤體積尺寸相比於對照組減小(參見例如實例15)，指示基於ADCC之TREM1+細胞消耗可產生抗腫瘤活性。
在此實例中，PI-4928用作上文所描述之抗體之活體內替代物，因為其結合小鼠TREM1，其亦誘導過度表現mFcγRIV之Jurkat報導體細胞中之FcγR信號傳導，且已展示提供活體內抗癌治療效果。結果
抗TREM1抗體(去岩藻醣基化-PI-4928)及PD-1之組合誘導活體內IFN-γ (圖 29A )及TNFα (圖 29B )細胞介素反應。**指示p＜0.01，****指示p＜0.0001。 實例12：活體內抗TREM1及抗PD-1組合療法療效Panc02 療效研究
在對數期採集Panc02胰管腺癌細胞株(NCI細胞儲存庫)且以2×106 個細胞/小鼠之劑量皮下注射至雌性C57BL/6小鼠(查爾斯河實驗室)之右側腹。在大部分小鼠腫瘤已達到80-100 mm3 之後，將小鼠隨機分組且開始指定抗體給藥。以15 mg/kg (對於抗TREM1及mIgG2a同型)及10 mg/kg (對於抗PD-1及mIgG1同型)，以每3或5天4次劑量之頻率腹膜內給藥抗體。抗TREM1及mIgG2a同型均去岩藻醣基化且所使用之抗TREM1抗體為PI-9067L。使用式V (mm3 ) = (L × W × W) ÷ 2評定腫瘤尺寸， 其中V=體積，L=長度，且W=寬度。使用測徑規來量測腫瘤且當腫瘤體積達到2000 mm3 時將小鼠安樂死。
腫瘤生長繪製為每組隨時間推移之平均值、每組隨時間推移之個體小鼠及在第28天之每組腫瘤體積。所使用之統計測試為具有霍爾姆-斯達克多重比較校正(Holm-Sidak multiple comparisons correction)之一般單向ANOVA。
PI-9067L先前描述於以引用之方式併入本文中之PCT/US2018/045680中，且展示結合至嗜中性球上之小鼠TREM1(參見例如實例10)及過度表現小鼠TREM1之細胞(參見例如實例11)。去岩藻醣基化PI-9067L亦結合FcγR且誘導FcγR介導之信號傳導及ADCC (參見例如實例11)。另外，亦評定單獨或與抗PD-1組合之岩藻醣基化及去岩藻醣基化PI-9067L在MC38及CT26小鼠模型中之治療功效。單一療法或與PI-9067L之組合療法使得腫瘤體積尺寸分別相比於MC38及CT26模型中之對照組減小(參見例如實例13及14)，指示基於ADCC之TREM1+細胞消耗可產生抗腫瘤活性。
在此實例中，PI-9067L用作上文所描述之抗體之活體內替代物，因為其結合小鼠TREM1，其亦誘導過度表現mFcγRIV之Jurkat報導體細胞中之FcγR信號傳導，且已展示提供活體內抗癌治療效果。結果
另外，抗TREM1抗體療法在Panc02腫瘤模型中具有單一治療活性。單獨投與去岩藻醣基化PI-9067L抗TREM1抗體使得活體內腫瘤體積減小，與抗PD1抗體組合同樣如此(圖 30 )。個體處理組展示於圖 31A-D 中。同型治療展示於圖 31A 中，單獨抗PD-1治療展示於圖 31B 中，抗TREM1治療展示於圖 31C 中，且抗TREM1及抗PD-1治療組合展示於圖 31D 中。在第28天各處理組中小鼠腫瘤體積之定量提供於圖 32 中。 實例13：TREM1在整個不同腫瘤學適應症中表現物質及方法 流式細胞測量術
在不同適應症之人類腫瘤之微環境中藉由流式細胞測量術評定TREM1表現。所獲得之腫瘤組織以手術方式新鮮切除(協作人類組織網路(Cooperative Human Tissue Network)，CHTN)或先前解離且速凍(Folio Conversant)。以手術方式新鮮切除之腫瘤在自患者切除24小時內解離(人類腫瘤解離套組(Human Tumor Dissociation Kit)，Miltenyi Biotec)。
在腫瘤解離且移除紅血球後，使單一細胞懸浮液稀釋於PBS (Gibco)中，洗滌一次，且用Zombie NIR (Biolegend)染色以測定細胞存活率。亦用人類血清(Jackson Immunoresearch)、人類FcX (Biolegend)及基於肽之FcR阻斷溶液(Innovex Biosciences)之組合阻斷Fc受體。在與FcR阻斷試劑一起培育之後，用包含主要腫瘤內免疫子集之標記以及mIgG1同型或小鼠抗人類TREM1抗體(純系TREM26，Biolegend)之流式細胞測量混合液染色細胞上之表面受體。在一些情況下，亦固定且預滲透細胞(真細胞核轉錄緩衝液集合(True-Nuclear Transcription Buffer Set), Biolegend)以便測定細胞內CD68表現。用於表型之所有抗體直接共軛。使用Attune NxT分析器(ThermoFisher)獲得資料且使用FlowJo (BD Biosciences)、Prism (Graphpad)、Excel (Microsoft)及R計算環境進行分析。
LUNG=肺腺癌、OV=卵巢癌、KID=腎細胞癌、PRAD=前列腺癌、PAAD=胰臟腺癌、BLAD=膀胱腺癌、CRC=結腸直腸腺癌、BREAST=乳癌、STAD=胃腺癌、SKCM=皮膚黑素瘤、HNSC=頭頸癌、TAM=腫瘤相關巨噬細胞、Conv.單核球=習知單核球。RNA 原位雜交
在先進細胞診斷(Advanced Cell Diagnostics，ACD)進行RNAscope實驗。先進細胞診斷(ACD)進行含有來自膀胱、前列腺、黑素瘤、頭部及頸部、胰臟、結腸直腸、腎臟、肺臟、卵巢及乳癌之組織之專有TMA集合中之TREM1之RNAscope®偵測。藉由用針對PPIB (管家基因)之陽性對照探針及針對細菌基因dapB之陰性對照探針染色切片來評定樣品品質。針對各探針使染色條件最佳化以使陽性對照信號達到最大且使陰性對照信號降至最低。藉由ACD選擇TREM1探針序列以對基因組之脫靶區域具有最小交叉雜交。根據製造商說明書，在自動化平台上使用RNAscope®LS雙螺旋體試劑套組(Advanced Cell Diagnostics, Inc., Newark, CA)進行TREM1、TREM2、CD163、CD8A及NCAM1 mRNA之RNA原位雜交。在與標靶寡聚探針雜交之前，用加熱及蛋白酶預處理5 μm福馬林固定、石蠟嵌入(FFPE)之組織切片。隨後依次雜交前置放大器、放大器及HRP/AP標記之寡核苷酸，繼而顯色沈澱物產生。對於RNA完整性，用對PPIB/POLR2A RNA具有特異性的RNAscope®探針進行各樣品之品質控制，且對於背景，用對細菌dapBRNA具有特異性的探針進行各樣品之品質控制。特異性RNA染色信號鑑別為綠色/紅色，點狀斑點。用吉爾式蘇木精(Gill's Hematoxylin)複染樣品。使用針對人類TREM1 (目錄號431508，針對24-1063nt)、人類TREM2 (目錄號420498，針對5-1069nt)、人類CD163 (目錄號417068-C2，針對210-1565nt)、人類NCAM-1 (目錄號421468，針對832-1751nt)及人類CD8a (目錄號560398，針對871-2342nt)之RNA探針。由ACD科學家基於整個切片中每細胞染色斑點之數量確定所有樣品之各探針之半定量評分(0-4)。評分準則如下：評分0：無染色或＜1個斑點/10個細胞；評分1：1-3個斑點/細胞；評分2：4-9個斑點/細胞及無或極少斑點群集；評分3：10-15個斑點/細胞及/或＜10%個斑點在群集中；評分4：＞15個斑點/細胞及/或＞10%斑點在群集中。為了通過品質控制，針對TREM1定量選擇具有2-4個(中度至高度)陽性對照信號及0個(未偵測到)陰性對照信號之樣品。TREM1陽性適應症定義為通過品質控制且具有1分或大於1分之TREM1的彼等者。單一細胞 TREM1 表現
來自單一人類卵巢患者之解離腫瘤細胞(DTC)係購自Discovery Life Sciences。以流式細胞測量術針對CD45陽性分選細胞以增濃免疫細胞且使用10×Genomics'鉻控制器經囊封用於單一細胞RNA測序。使用10X's CellRanger程式及R程式設計語言中之Seurat模組依次處理所得原始數據。使用細胞類型特異性標記基因手動註釋所得t-分佈隨機鄰域嵌入(tSNE)降維中之細胞群體且繪製TREM1表現。
來自單一人類肺腺癌患者之單一細胞測序資料自NCBI之基因表現合集(NCBI's Gene Expression Omnibus) (寄存號：GSE97168)下載。使用R程式設計語言中之Seurat模組處理原始數據。使用細胞類型特異性標記基因手動註釋所得t-分佈隨機鄰域嵌入(tSNE)降維中之細胞群體且繪製TREM1表現。結果
在多種癌症適應症(圖 33 )之腫瘤微環境中發現僅僅在骨髓細胞上之TREM1表現，該等適應症包括肺腺癌、卵巢癌、腎細胞癌、前列腺癌、膀胱腺癌、結腸直腸腺癌、乳癌及胃腺癌。TREM1表現始終表現於嗜中性球、TAM及/或習知單核球上且在CD3+細胞上陰性。
表 25 亦提供呈總分析腫瘤百分比形式之TREM1+腫瘤定量。TREM1表現於整個多種腫瘤類型中分析之大部分腫瘤中。
表25
流式細胞測量術 CRC KID OV LU STAD
TREM1+ 腫瘤% 94% 73% 82% 91% 90%
總分析腫瘤 16 11 17 12 10
類似結果見於表 26 中所示之RNA原位雜交分析中。在多數情況下，TREM1表現於超過70%分析腫瘤上(參見例如CRC、OV、LU、HNSC、SKCM、PAAD及PRAD腫瘤)。TREM1亦表現於約40%所分析之腎臟、膀胱及乳房腫瘤中。因此，TREM1表現於多種腫瘤類型中。
表 26
RNAScope (FISH) CRC KID OV LU BLAD BREAST HNSC SKCM PAAD PRAD
TREM1+ 腫瘤% 80% 40% 71% 100% 38% 40% 100% 80% 86% 83%
總分析腫瘤 10 10 7 8 8 10 7 10 7 6
自人類卵巢腫瘤解離的細胞分選之CD45+免疫浸潤物之單一細胞測序結果之進一步分析展示，TREM1主要表現於單核球性骨髓衍生之抑制細胞(mMDSC)、免疫抑制性不成熟單核球性骨髓細胞上(資料未示出)。相比之下，TREM2主要表現於腫瘤相關巨噬細胞(TAM)上。肺腺癌患者之單一細胞測序結果之分析亦展示，TREM1表現於人類抑制性骨髓群體中(資料未示出)。 實例14：抗TREM1抗體誘導抗癌趨化介素及細胞表面受體之選擇性集合物質及方法
樣品製備
全血源自多個人類供體(斯坦福血液中心)且移除紅血球。剩餘白血球以每孔5×106 個細胞接種於96孔培養盤中。在接種後，以滴定依賴性方式將細胞與去岩藻醣基化hIgG1同型或去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)一起培育24小時。對於CD80及CD86細胞表面表現，其他細胞用單一濃度之去岩藻醣基化hIgG1同型或去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)處理24小時。在24小時之後，採集上清液。
活體外細胞介素及趨化介素偵測
對於細胞介素及趨化介素量測，在各條件中使用人類促炎性及趨化介素套組(圖1，中標度診斷)評定樣品。使用中標度診斷技術獲得資料且在Excel (Microsoft)及Prism (Graphpad)中進行分析。基於Prism (Graphpad)中繪製之滴定曲線計算EC50 值且標準化為奈莫耳濃度。
CD40 、 HLA-DR 、 CD80 及 CD86 流式細胞測量術
在24小時之後，在PBS中洗滌細胞一次且用Zombie NIR (Biolegend)染色以測定細胞存活率。亦用人類血清(Jackson Immunoresearch)、人類FcX (Biolegend)及基於肽之FcγR阻斷溶液(Innovex Biosciences)之組合阻斷Fcγ受體(FcγR)。在與FcγR阻斷試劑一起培育之後，用包涵腫瘤內子集之標記以及HLA-DR (純系L243)、CD40 (純系5C3)、CD80 (純系2D10，Biolegend目錄號306216)及CD86 (純系BU63，Biolegend目錄號374212)之流式細胞測量混合液染色相關表面受體。用於藉由流式細胞測量術表型之所有抗體直接共軛。使用Attune NxT分析器(ThermoFisher)獲得資料且使用FlowJo (BD Biosciences)、Prism (Graphpad)及Excel (Microsoft)進行分析。展示CD14+ 單核球上細胞表面HLA-DR、CD40、CD80及CD86之代表性直方圖重疊圖。
用於細胞分選之 RNAseq
分別在37℃下在5% CO2下用1 mg/ml (約7 nM)去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)或同型對照抗體處理來自5個健康人類供體之全肝素化血液16小時。在培育期之後，轉移血液且在冰上進行所有後續步驟。血液經RBC裂解且白血球隨後用針對譜系特異性標記之抗體染色。抗CD15 (純系W6D3，Biolegend)用於鑑別嗜中性球，抗CD14 (純系M5E2，Biolegend)用於鑑別單核球，抗CD3 (純系UCHT1，Biolegend)用於鑑別T細胞，且抗CD56 (純系5.1H11，Biolegend)用於鑑別NK細胞。染色細胞提交用於流動式細胞測量術分選，產生CD15+嗜中性球、CD14+單核球、CD3+ T細胞及CD56+ NK細胞之純群體。總RNA自各細胞子集特異性樣品分離且提交用於高通量RNA測序。將連續資料與人類基因組(GRCh38.p12)比對且對於各樣品，每基因表現值製成表。使用R封裝DESeq2將所得表現基質對數標準化，且使用歐幾裏得(Euclidean)距離及完全連鎖，使整個所有樣品中具有最高變異性之1000個基因聚集。藉由細胞類型之徹底分離以及供體特異性分離來指示初始細胞分類之純度。各細胞類型之典型標記指示於右側。
用於免疫活化標記物 HLA-DR 、 CD40 、 CD80 及 CD86 之 RNAseq
分別在37℃下在5% CO2下用1 mg/ml (約7 nM)去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q (PI64062)或同型對照抗體處理來自5個健康人類供體之全肝素化血液16小時。在培育期之後，轉移血液且在冰上進行所有後續步驟。血液經RBC裂解且白血球隨後用針對譜系特異性標記之抗體染色且提交用於流動式細胞測量術分選，產生CD15+ 嗜中性球、CD14+ 單核球、CD3+ T細胞及CD56+ NK細胞之純群體。總RNA自各細胞子集特異性樣品分離且提交用於高通量RNA測序。將連續資料與人類基因組(GRCh38.p12)比對且對於各樣品，每基因表現值製成表。所得表現基質還原至單核球特徵且每百萬計數標準化。在所有單核球衍生之樣品中繪製HLA-DR、CD40、CD80及CD86之所得表現值。尤其表現活化標記且僅在單核球中區別調節。結果
去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q誘導活體外趨化介素及細胞介素之選擇性集合。圖 34A 提供相比於同型抗體處理，在用PI-4026-5-M100Q處理之後指定趨化介素或細胞介素之相對倍數變化。展示於圖 34A 中之細胞介素偵測為大於10 pg/mL且在多個供體之整個實驗中上調。
另外，用去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q處理細胞使得習知單核球上HLA-DR表面表現(圖 34B )及CD40 (圖 34C )表面表現劑量依賴性提高。HLA-DR及CD40為在抗原呈遞中起關鍵作用之抗原呈遞細胞上發現之共刺激蛋白。去岩藻醣基化PI-4026-5M100Q上調對於抗原呈遞及淋巴球活化而言重要的細胞表面分子且亦上調負責淋巴球活化及補充之細胞介素。此等結果表明，TREM1抗體可再程式化或活化抑制骨髓細胞為抗腫瘤促炎性表現型。
為了確認此等結果，在用去岩藻醣基化PI-4026-M100Q或同型對照處理之後細胞中誘導之免疫信號傳導基因及路徑經由RNAseq詢問。首先，對經抗TREM1抗體或同型對照處理之細胞進行RNAseq且各樣品之基因表現聚集。如圖 35 中所示，基於RNAseq資料之T細胞、NK細胞、單核球及嗜中性球之群集與各指定細胞群體之典型基因表現充分相關。因此，免疫細胞可使用RNAseq資料恰當地聚集，與抗體處理無關。
隨後，特異性免疫細胞活化標記之抗TREM1抗體誘導使用RNAseq確認。藉由RNAseq測定HLA-DR、CD40、CD80及CD86表現。CD80及CD86為抗原呈現細胞上發現之額外共刺激蛋白，圖 36A 展示在同型抗體處理(ISO)或抗TREM1抗體(去岩藻醣基化PI64062)處理之後指定細胞類型中之HLA-DR基因表現。圖 36B 展示在同型抗體處理(ISO)或抗TREM1抗體(去岩藻醣基化PI64062)處理之後指定細胞類型中之CD40基因表現。圖 36C 展示在同型抗體處理(ISO)或抗TREM1抗體(去岩藻醣基化PI64062)處理之後指定細胞類型中之CD80基因表現。圖 36D 展示在同型抗體處理(ISO)或抗TREM1抗體(去岩藻醣基化PI64062)處理之後指定細胞類型中之CD86基因表現。藉由表面表現CD80及CD86之流式細胞測量術分析進一步確認RNA分析，以及HLA-DR及CD40作為重複樣品。展示CD14+ 單核球上細胞表面HLA-DR (圖 37A )、CD40 (圖 37B )、CD80 (圖 37C )及CD86 (圖 37D )之代表性直方圖重疊圖，匹配藉由RNA分析展示之抗TREM1誘導之圖案。重要地，RNAseq樣品中由抗TREM1抗體處理誘導之細胞表面標記匹配起初藉由流式細胞測量術鑑別之HLA-DR及CD40表現。
單核球、嗜中性球、NK細胞及T細胞中由TREM1抗體處理誘導之基因表現之額外改變亦經由RNAseq評定。與IFN反應、TNFα信號傳導及發炎反應相關之基因由嗜中性球、單核球、NK細胞及T細胞中之TREM1抗體處理誘導。TREM1抗體誘導之基因表現改變主要在嗜中性球、單核球及NK細胞中。
表 27 提供不同細胞類型中由TREM1抗體誘導之免疫路徑之彙總。
表 27
由TREM1 抗體選擇性誘導之基因數量
   單核球 嗜中性球 NK T細胞
在過濾低表現基因( 每百萬計數＞2) 之後 53 423 20 3
由TREM1 抗體誘導之顯著路徑 IFN反應 TNFα信號傳導 發炎反應 信號傳導路徑 IFN反應 TNFα信號傳導 發炎反應 信號傳導路徑 TNFα信號傳導 發炎反應 信號傳導路徑 IFN反應 TNFα信號傳導   
實例15：抗TREM1抗體誘導促炎性反應物質及方法
蛋白質磷酸化定量
用於磷酸基流分析之細胞來源於來自健康人類供體之全血白血球層。白血球層藉由在BD Pharm溶解緩衝液中在37℃下培育兩個回合，各15分鐘而經RBC裂解。在RBC溶解之後，所得白血球在X-VIVO 15培養基中且以5×106 個白血球/孔接種於96多孔深孔培養盤上。在37℃、5% CO2下使細胞恢復2小時，以降低基礎磷酸化水準。在恢復期之後，細胞經PMA (0.1 ug/ml)及離子黴素(1 ug/ml)刺激作為陽性對照，或經5 ug/ml去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q或去岩藻醣基化hIgG1同型刺激0、2、10、30、60及90分鐘。隨後在37℃下使用預溫熱BD Cyto固定緩衝液固定細胞10分鐘。在固定之後，樣品用FACS緩衝液(具有2% FBS、2 mM EDTA之DPBS)洗滌兩次且用100 ul/樣品BD滲透緩衝液III預滲透。樣品隨後用FACS緩衝液沖洗，用50 ul Innovex及人類TrueStain FcX阻斷物在冰上阻斷30分鐘，且用FACS緩衝液洗滌兩次。使細胞集結粒再懸浮於針對白細胞譜系標記之抗體之混合液中且分成2種樣品用於磷蛋白染色。使用抗磷酸基-ERK1/2 (Y202/Y204) (Biolegend，純系4B11B69)及抗磷酸基-STAT3 (S727) (Biolegend，純系A16089B)。在室溫下用包括抗磷酸基抗體之抗體混合液培育樣品60分鐘。在培育之後，樣品用FACS緩衝液洗滌兩次，且隨後藉由與2%多聚甲醛一起在冰上培育10分鐘來固定。樣品用FACS緩衝液洗滌兩次，再懸浮於200 ul FACS緩衝液中，且保持在4℃下直至在Attune流式細胞儀上採集。細胞路徑誘導
帶有MC38腫瘤之小鼠(n=10每組)經去岩藻醣基化PI-9067L或mIgG2a同型對照處理，如PCT/US2018/045680之實例14中所描述。在植入後第19天(第2次處理後48小時)採集腫瘤。提取RNA且測序。使用Broad Institute之基因組增濃分析(GSEA)工具，使用來自MSigDB之基因組之c5收集評定與抗體處理相關之區別誘導路徑。使用Cytoscape中之增濃地圖模組，使用預設參數顯現明顯上調之路徑(FDR＜0.1)。
RNAseq 驗證
在37攝氏度下在5% CO2 下分別用1 mg/ml (約7 nM)PY159及同型對照抗體處理來自5個健康人類供體之全肝素化血液16小時。在培育期之後，轉移血液且在冰上進行所有後續步驟。血液經RBC裂解且白血球隨後用針對譜系特異性標記之抗體染色且提交用於流動式細胞測量術分選，產生CD15+ 嗜中性球、CD14+ 單核球、CD3+ T細胞及CD56+ NK細胞之純群體。總RNA自各細胞子集特異性樣品分離且提交用於高通量RNA測序。將連續資料與人類基因組(GRCh38.p12)比對且對於各樣品，每基因表現值製成表。針對各細胞類型，使用R封裝DESeq2，進行PY159與對照處理樣品之間的標準化且連續不同的表現。各細胞子集之所得資料按倍數變化排序，分子集以僅包括蛋白質編碼基因且傳送至基因組增濃分析軟體(v4.0.0) (可購自Broad Institute)。預分級分析使用針對Broad Institute之基因本體收集(MsigDB c5)之預設設置操作。結果
PI-4026-5-M100Q誘導單核球及嗜中性球中，而非T細胞中之ERK及STAT3之磷酸化(圖 38A )。TREM1抗體僅誘導嗜中性球或單核球中ERK之磷酸化，在經hIgG1處理之細胞中未觀測到ERK之磷酸化。相比於hIgG1處理，TREM1抗體誘導嗜中性球及單核球中更高水準之磷酸化STAT3。在圖 38A 之STAT3圖中，TREM1樣品展示為右側之條柱且經hIgG1處理之樣品展示於左側之條柱中。
圖 38B ( *＜0.05，**＜0.001)展示ERK及STAT路徑之RNAseq分析結果，展示與單核球而非嗜中性球或NK細胞中之彼等路徑相關的基因顯著增濃。
ERK亦稱為促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)，活化導致NF-κB活化及促炎性反應之表現。STAT3為藉由JAK家族信號傳導蛋白活化之轉錄因子且與NF-κB相互作用。STAT3活化亦導致促炎性反應。因此，在TREM1抗體處理之後ERK及STAT3之磷酸化提供去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q抗體之促效活性之其他跡象，表明用抗體處理可交聯TREM1且誘導TREM1下游之信號傳導及其接附蛋白DAP12。此信號傳導可能在將TREM1+骨髓細胞再程式化為促炎性細胞方面起作用。
亦分析小鼠及人類中由TREM1抗體處理誘導之促炎性反應。小鼠中之TREM1抗體處理導致與免疫反應、鈣離子傳送、組織重塑、代謝及RNA處理相關之路徑之上調。免疫路徑家族包括抗原處理及呈遞、T細胞受體信號傳導路徑、TNF反應、TNF總科細胞介素產生、NF-κB信號傳導、IFNγ產生、IL-6產量之調節、T細胞增殖、適應性免疫反應、淋巴球介導之免疫、細胞黏著、趨化介素活性、趨化激素受體結合、細胞趨化性、淋巴球遷移及ERK1及ERK2級聯。此外，小鼠Py8119模型中抗TREM1抗體之處理亦展示與免疫反應，諸如先天性免疫反應、細胞活化及黏著及趨向性或行動(資料未示出)相關之路徑上調。
圖 39 展示人類血液分析物分析中相比於由PI-4026-5-M100Q誘導之趨化介素及細胞介素，小鼠MC38腫瘤模型中上調之基因圖表。在活體內小鼠及活體外人類血液資料中，抗TREM1抗體之處理導致與促炎性、基於T細胞之反應相關之分子上調。
表 28 提供不同細胞群體中藉由TREM1抗體誘導之特異性細胞介素及趨化介素之彙總，如藉由兩種蛋白質分析及RNAseq所測定。
表 28
蛋白質(O- 連接) RNAseq 蛋白質(O- 連接) RNAseq
CCL3 (MIP1α) 單核球、嗜中性球、NK TNF α 嗜中性球、NK
IL-1a 單核球、嗜中性球 GZMH 無變化
CCL4 (MIP1β) 單核球、嗜中性球、NK IL-12 嗜中性球、T細胞
CCL8 (MCP-2) 無變化 PD-L1 嗜中性球
CCL20 (MIP3 α) 無變化 TNFRSF9 (CD137;4-1BB) NK
IL-6 單核球 GZMA 無變化
CCL2 (MCP-1 ) 無變化 CXCL11 無變化
CCL7 (MCP-3) 無變化 MMP7 無變化
CXCL5 (ENA78) 單核球下調 CCL23 單核球、嗜中性球
CXCL1 (GRO/KC) 無變化 CD70 無變化
CSF-1 單核球、嗜中性球 CRTAM NK
CCL13 (MCP-4) 單核球、嗜中性球 CD8A 無變化
CCL19 NK GZMB 無變化
IFN-γ NK CXCL10 無變化
因此，TREM1抗體(去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q)在與腫瘤破壞相關之T細胞、NK細胞、M1樣巨噬細胞中誘導多重抗腫瘤免疫機制。在單核球中，TREM1抗體處理導致誘導CXCL10、CXCL9、CCL3、CCL13、IL-6、CSF-1、HLA-DR、CD40、CD86及CD80。在NK細胞中，TREM1抗體處理導致誘導IFN-γ、CCL3、CCl4、CCl17、4-1BB、CRTAM及CD69。在嗜中性球中，TREM1抗體處理導致誘導CCL3、CCL4、CCL13、CXCL8及PD-L1。TREM1抗體誘導之因子、彼等因子之功能及細胞來源之彙總表展示於表 29 中。
表 29
TREM1 抗體誘導之因子 功能 細胞來源
IFN-g、4-1BB、CXCL9、CXCL10、CCL13 T細胞募集及活化 NK細胞、 單核球、 嗜中性球
IFN-g、CCL3、CCL4、CSF1、CXCL8 骨髓細胞補充及活化 NK細胞、 單核球、 嗜中性球
IFN-g、CXCL10、4-1BB 增強抗原呈遞 NK細胞、 單核球、
IFN-g、CXCL10、CCL4 NK細胞活化 NK細胞、 單核球、 嗜中性球
IFN-g、CXCL9、CXCL10 抗PD-1療效需要 NK細胞、 單核球、
HLA-DR、CD40、CD86、CD80 T細胞活化 單核球、
實例16：卵巢模型中之活體內抗TREM1療法療效
活體內使用之抗體均進行內毒素測試且以處於或低於0.2 EU/mg蛋白質使用。抗PD-1 (純系RMP1-14)係購自Absolute Antibody Inc或在Pionyr以小鼠IgG1 D265A形式重組產生。小鼠IgG1 (純系MOPC-21)及小鼠IgG2a (純系C1.18.4)同型對照物係購自BioXCell或在Pionyr在HEK293細胞中重組製得。在Pionyr在HEK293細胞中產生抗TREM1抗體之嵌合小鼠IgG2a版本(PI-9067L)且藉由SEC及CE-SDS評估單分散性及純度以及測試內毒素。
涉及活體動物之所有實驗程序均經AJES Life Sciences LLC之機構動物護理及使用委員會批准。6-8週齡雌性B6 (Cg)-Tyrc-2J/J或B6-白化病小鼠係購自傑克遜實驗室且在適應動物設施一週之後使用。在自液氮儲備液解凍且用於活體內實驗之後3至7繼代培養物內採集過度表現螢火蟲螢光素酶(已知為ID8-Luc (AJES Life Sciences LLC, Stony Brook, NY))之小鼠卵巢表面上皮細胞在腫瘤接種當天，採集細胞且在45分鐘內使用。為了確定腹膜內腫瘤，將5×106 個ID8-Luc細胞注射至右下方腹壁中。針對活體內螢光素酶活性，在注射之後20天使所有小鼠成像以便於研究募集。基於平均發光讀數作為腫瘤負荷替代物，將四十個荷瘤動物募集至研究。四個處理組隨機分派10個動物以使得各組之平均腫瘤輻射率(p/s/cm2/sr)為4.7×104 。荷瘤動物每5天用指定抗體腹膜內處理且每週獲取發光影像。將小鼠腹膜內注射0.2 mL 15 mg/mL D-螢光素(Promega)。在D-螢光素注射之後十分鐘，在裝備有電荷耦合裝置攝影機之儀器(IVIS, Xenogen, Alameda, CA)中使小鼠成像。用活影像軟體(Xenogen)分析資料且呈現為覆蓋腹膜之相關區域之腫瘤輻射率(p/s/cm2/sr)。
在此實例中，PI-9067L用作上文所描述之抗體之活體內替代物，因為其結合至小鼠TREM1，且已在PCT/US2018/045680中展示提供活體內抗癌治療效果。
如圖 40 中所示，抗TREM1抗體處理在原位ID8卵巢腫瘤模型中具有單一療法及組合療法療效。經單獨抗TREM1抗體處理之小鼠腫瘤負荷降低，如相比於經同型對照處理之小鼠腫瘤發光降低所展示。對照抗PD-1抗體處理亦導致腫瘤負荷降低，且抗TREM1及抗PD-1抗體之組合導致相比於單獨抗TREM1或抗PD-1抗體處理甚至更大的腫瘤負荷降低。
在所有活體內療效研究之彙總中，抗TREM1抗體具有在MC38結腸癌模型中之單一療法療效，導致相比於對照約44%腫瘤生長抑制；在Panc02胰臟模型中之單一療法療效，導致相比於對照約43%腫瘤生長抑制；及在ID8卵巢模型中之單一療法療效，導致相比於對照約44%腫瘤生長抑制。抗TREM1抗體具有在CTC26結腸癌模型中與抗PD-1抗體之組合療效，導致相比於對照約40-45%腫瘤生長抑制及20-40%治癒率；在Panc02模型中與抗PD-1抗體之組合療效，導致相比於對照約56%腫瘤生長抑制；在ID8卵巢模型中與抗PD-1抗體之組合療效，導致相比於對照約62%腫瘤生長抑制及20%治癒率；及在Py8119乳癌株系中與抗PD-1抗體之組合療效，導致相比於對照約46%腫瘤生長抑制。 實例17：抗TREM1處理導致長期抗腫瘤免疫記憶
BALB/c小鼠無腫瘤，來自先前CT26腫瘤模型研究，在如PCT/US2018/045680之實例13中所描述之抗TREM1去岩藻醣基化PI-9067L抗體加抗PD-1抗體處理之後後續用1×106 個CT26腫瘤細胞再刺激三個月。植入後量測腫瘤體積25天。年齡匹配未經處理之小鼠接受等效數量之CT26細胞且在研究時間段期間追蹤腫瘤生長。在研究時間段期間不向小鼠提供額外處理。
在用抗TREM1去岩藻醣基化PI-9067L及抗PD-1 mAb之組合處理後小鼠CT26腫瘤治癒之小鼠建立了有效抗腫瘤記憶反應(圖 41 )。治癒小鼠能夠甚至在額外療法不存在下拒絕任何新腫瘤生長，指示針對初始植入腫瘤之長期免疫記憶。此形式長期免疫記憶可利用劇烈CD8+效應子記憶反應之維持性。 實例18：TREM1表現於不同癌症中且與患者存活率逆反比相關
來自結腸直腸癌樣品之癌症基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas)群體之第二階RNAseq資料自Broad Institute使用firehose_get 下載獲得。將來自兩種腫瘤(n=282)及相鄰正常樣品(n=41)之TREM1之RSEM值轉化成每百萬對數2計數且以R繪製(圖 42A )。整個566個結直腸腫瘤中預標準化TREM1表現圖譜及相關臨床資料自NCBI之GEO網站(寄存號GSE39582)下載。基於TREM1之中值水準，將表現圖譜分成兩個群體。繪製各群體之卡本-麥爾(Kaplan-Meier)存活曲線且使用R中之存活率及survminer包進行相關對數秩測試(圖 42B )。
TREM1在結腸直腸癌中高度表現(圖 42A )。另外，結腸直腸癌中之TREM1表現水準與患者存活機率逆相關，例如相比於具有較低TREM1表現之患者，具有較高TREM1表現之患者具有較低長期存活機率，p=0.0081 (圖 42B )。亦在乳癌及胰臟癌患者中觀測到TREM1表現及患者存活率之逆相關(資料未示出)。亦在NSCLC、HNSCC、卵巢癌、胃癌及膀胱癌中觀測到較高TREM1 mRNA表現(資料未示出)。 實例19：活體內藥物動力學研究物質及方法
向雌性CD-1小鼠靜脈內給藥不斷提高的劑量之0.1、1、10及100 mg/kg去岩藻醣基化PI-4928抗TREM1抗體。在給藥後0.25、1、2、24、72、168及336小時收集血漿。如下文所描述測定PI-4928抗體及可溶性小鼠TREM1之血漿濃度。在此實例中，PI-4928用作上文所描述之抗體之活體內替代物，因為其結合至小鼠TREM1，且已展示提供活體內抗癌治療效果。
PI-4928小鼠PK分析為配位體結合分析(LBA)。96孔較高結合MSD培養盤塗佈有Fc標記之重組小鼠TREM1 (R&D系統編號1187-TR)。在阻斷之後，將樣品添加至結合TREM1蛋白之培養盤中。使用磺酸基標記之抗小鼠IgG2a二級抗體(Jackson ImmunoResearch編號115-035-206)偵測到去岩藻醣基化PI-4928抗體之存在。在培養盤自MSD盤讀取器接受到電信號之後二級抗體產生ECL信號。藉由盤讀取器偵測及定量ECL信號。
PK MSD分析展現300 ng/mL至0.41 ng/mL動態範圍之極大敏感度。當使用1:20之最小所需稀釋度(MRD)時，此分析之LLOQ為8.2 ng/mL且ULOQ為6000 ng/mL。對於偵測BALB/c K2 EDTA血漿中之去岩藻醣基化PI-4928抗體，分析合格。
經由MSD平台上研發之夾心免疫分析對小鼠可溶性TREM1 (msTREM1)進行定量。生物素化山羊抗mTREM1多株抗體(R&D系統編號AF1187)用作捕捉劑且結合至預塗抗生蛋白鏈菌素培養盤。在洗滌之後，將含有mTREM1蛋白之樣品添加至培養盤中。藉由針對mTREM1之磺酸基標記之mIgG2a抗體(內部研發抗體)來偵測結合的TREM1蛋白。
MSD sTREM1分析具有10 ng/mL至14 pg/mL之動態範圍。此分析之LLOQ及LOD分別為14 pg/mL及1 pg/mL。此sTREM1分析能夠偵測來自BalB/c、C57BL/6及CD1菌株之血漿樣品中之循環TREM1蛋白。另外，此分析在抗TREM1抗體PI-4928存在下偵測sTREM1蛋白。
亦在第7天及第14天測定血球計數。在K2 EDTA導管中收集血液且在Heska Element HT5上進行分析以測定不同白血球計數及紅血球參數。結果
去岩藻醣基化PI-4928抗體在小鼠中具有劑量依賴性藥物動力學(圖 43A )。如圖 43B 中所示，抗TREM1抗體處理導致血漿中之可溶性小鼠TREM1蛋白之劑量依賴性積聚，指示PI-4928抗體亦使可溶性小鼠TREM1蛋白穩定化。
另外，投與去岩藻醣基化PI-4928不會導致在第7天及第14天測試之嗜中性球、單核球、嗜酸性球或嗜鹼性球(圖 44A 及44B )或血清化學物質(圖 44C 及44D )之小鼠血球計數之任何顯著改變。量測包括血紅蛋白(HGB)、血容比(HCT)、平均細胞體積(MCV)、平均細胞血紅蛋白(MCH)、平均細胞血紅蛋白濃度(MCHC)及紅血球分佈(RDW-CV)之紅血球參數。 實例20：乳癌模型中之活體內抗TREM1療法療效物質及方法
約八週齡之雌性BALB/c小鼠係獲自Taconic。小鼠乳房腫瘤細胞株EMT6 (CRL-2755)獲自美國典型培養物保藏中心(American Type Culture Collection)且根據其指南進行培養。低傳代細胞以1×107 個細胞/毫升再懸浮於無血清培養基中。在BALB/c小鼠之刮毛右腹側皮下注射腫瘤細胞懸浮液。經由垂直腫瘤直徑量測監測腫瘤體積生長且使用式(mm3 ) = 0.5×(長度) × (寬度)2 計算。對於藥物處理，向小鼠腹膜內給藥小鼠抗小鼠同型對照IgG2a (純系C1.18.4，15 mg/kg)、抗小鼠同型對照IgG1 (純系MOPC-21，15 mg/kg)、抗小鼠PD-1 (Pionyr Pi-0004-AB，5 mg/kg)、抗小鼠TREM1 (純系Pi-9067L，15 mg/kg)或抗TREM1抗體與抗PD-1抗體之組合。抗PD-1 (純系RMP1-14)係購自BioXCell (West Lebanon, NH, USA)或以小鼠IgG1 D265A形式重組產生。當組平均腫瘤體積為62立方毫米之平均值(圖 45A )或及173立方毫米之平均值(圖 45B )時，開始處理。垂直線指示腹膜內投與抗體時之天數。所有研究均根據Explora Biolabs機構動物護理及使用委員會依據方案AUP0606進行。依照USDA實驗室動物福祉法案(Animal Welfare Act)，小鼠圈養在實驗室動物護理及使用之NIH指南中概述之條件下。允許動物隨意接觸實驗室膳食嚙齒動物食物及水。由調查員或獸醫學人員至少每週兩次監測小鼠可能需要安樂死之臨床異常。相比於基線重量量測結果，對展示淨體重損失＞20%之小鼠進行安樂死。結果
圖 44A 及44B 展示抗TREM1、抗PD-1或抗TREM1及抗PD-1處理之組合在皮下EMT6荷瘤雌性BALB/c小鼠中之抗腫瘤功效。圖 44A 展示在處理具有62 mm3 之「小」腫瘤之小鼠期間的腫瘤體積。圖44B展示在處理具有173 mm3 之「大」腫瘤之小鼠期間的腫瘤體積。在小腫瘤中，單獨抗TREM1抗體處理或與抗PD-1抗體組合展示抗腫瘤功效。抗TREM1抗體處理導致47%腫瘤生長抑制，抗PD-1抗體處理導致65%腫瘤生長抑制及2例完全消退，且抗TREM1抗體與抗PD-1抗體處理之組合導致91%腫瘤生長抑制及3例完全消退(圖 44A )。在大腫瘤中，抗TREM1抗體處理導致1例完全緩解，抗PD-1抗體處理導致10%腫瘤生長抑制，且抗TREM1抗體與抗PD-1抗體處理之組合導致75%腫瘤生長抑制(圖 44A )。因此，抗TREM1抗體展示單一療法及組合療法功效兩者。
出於所有目的，引用在本說明書之正文內之所有參考文獻、發佈專利及專利申請案以引用之方式全文併入本文中。
儘管已參考較佳實施例及各種替代實施例特定展示及描述本發明，但應理解，在不偏離本發明之精神及範疇之情況下，熟習相關技術者可在其中作出形式及細節的各種變化。 序列表
SEQ ID NO 名稱 序列
1 人類TREM1 MRKTRLWGLLWMLFVSELRAATKLTEEKYELKEGQTLDVKCDYTLEKFASSQKAWQIIRDGEMPKTLACTERPSKNSHPVQVGRIILEDYHDHGLLRVRMVNLQVEDSGLYQCVIYQPPKEPHMLFDRIRLVVTKGFSGTPGSNENSTQNVYKIPPTTTKALCPLYTSPRTVTQAPPKST ADVSTPDSEINLTNVTDIIRVPVFNIVILLAGGFLSKSLVFSVLFAVTLRSFVP
2 小鼠TREM1 MRKAGLWGLLCVFFVSEVKAAIVLEEERYDLVEGQTLTVKCPFNIMKYANSQKAWQRLPDGKEPLTLVVTQRPFTRPSEVHMGKFTLKHDPSEAMLQVQMTDLQVTDSGLYRCVIYHPPNDPVVLFHPVRLVVTKGSSDVFTPVIIPITRLTERPILITTKYSPSDTTTTRSLPKPTAVV SSPGLGVTIINGTDADSVSTSSVTISVICGLLSKSLVFIILFIVTKRTFG
3 4026 VH-1 100X QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWMGEIYPGSGSTFYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARRXAAMDYWGQGTLVTVSS
4 4026 VH-2 100X QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWMGEIYPGSGSTFYAQKFQGRVTMTADTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCTRRXAAMDYWGQGTLVTVSS
5 4026 VH-3 100X QVQLVQSGAEVKKPGASVKMSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWIGEIYPGSGSTFYAQKFQGRATLTADTSTSTAYMEVSSLRSEDTAVYYCTRRXAAMDYWGQGTLVTVSS
6 4026 VH-4 100X QVQLVQSGAEVKKPGASVKMSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWIGEIYPGSGSTFYAQKFQGRATLTADKSTSTAYMEVSSLRSEDTAVYYCTRRXAAMDYWGQGTLVTVSS
7 4026 VH-1 M100 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWMGEIYPGSGSTFYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARRMAAMDYWGQGTLVTVSS
8 4026 VH-2 M100 QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWMGEIYPGSGSTFYAQKFQGRVTMTADTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCTRRMAAMDYWGQGTLVTVSS
9 4026 VH-3 M100 QVQLVQSGAEVKKPGASVKMSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWIGEIYPGSGSTFYAQKFQGRATLTADTSTSTAYMEVSSLRSEDTAVYYCTRRMAAMDYWGQGTLVTVSS
10 4026 VH-4 M100 QVQLVQSGAEVKKPGASVKMSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWIGEIYPGSGSTFYAQKFQGRATLTADKSTSTAYMEVSSLRSEDTAVYYCTRRMAAMDYWGQGTLVTVSS
11 4026 VH-1 M100L QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWMGEIYPGSGSTFYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARRLAAMDYWGQGTLVTVSS
12 4026 VH-2 M100L QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWMGEIYPGSGSTFYAQKFQGRVTMTADTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCTRRLAAMDYWGQGTLVTVSS
13 4026 VH-3 M100L QVQLVQSGAEVKKPGASVKMSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWIGEIYPGSGSTFYAQKFQGRATLTADTSTSTAYMEVSSLRSEDTAVYYCTRRLAAMDYWGQGTLVTVSS
14 4026 VH-4 M100L QVQLVQSGAEVKKPGASVKMSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWIGEIYPGSGSTFYAQKFQGRATLTADKSTSTAYMEVSSLRSEDTAVYYCTRRLAAMDYWGQGTLVTVSS
15 4026 VH-1 M100Q QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWMGEIYPGSGSTFYAQKFQGRVTMTRDTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCARRQAAMDYWGQGTLVTVSS
16 4026 VH-2 M100Q QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWMGEIYPGSGSTFYAQKFQGRVTMTADTSTSTVYMELSSLRSEDTAVYYCTRRQAAMDYWGQGTLVTVSS
17 4026 VH-3 M100Q QVQLVQSGAEVKKPGASVKMSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWIGEIYPGSGSTFYAQKFQGRATLTADTSTSTAYMEVSSLRSEDTAVYYCTRRQAAMDYWGQGTLVTVSS
18 4026 VH-4 M100Q QVQLVQSGAEVKKPGASVKMSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWIGEIYPGSGSTFYAQKFQGRATLTADKSTSTAYMEVSSLRSEDTAVYYCTRRQAAMDYWGQGTLVTVSS
19 4026 VL-1 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSSVSYMHWYQQKPGKAPKLLIYTTSNLASGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCHQWSGYPTFGQGTKLEIK
20 4026 VL-2 DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSSVSYMHWYQQKPGKAPKLLLYTTSNLASGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSLQPEDFATYYCHQWSGYPTFGQGTKLEIK
21 4026 VL-3 DIQLTQSPSSLSASVGDRITLTCSASSSVSYMHWYQQKPGKAPKLLLYTTSNLASGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSVQPEDFATYYCHQWSGYPTFGQGTKLEIK
22 4026 VL-4 DIQLTQSPSSLSASVGDRITLTCSASSSVSYMHWYQQKPGKAPKLLLYTTSNLASGVPSRFSGSGSGTDYTLTISSVQPEDAATYYCHQWSGYPTFGQGTKLEIK
23 CDR H1 GYTFTDYVIN   
24 CDR H2 EIYPGSGSTF
25 CDR H3 RMAAMDY   
26 CDR L1 SASSSVSYMH
27 CDR L2 TTSNLAS
28 CDR L3 HQWSGYPT   
29 CDR H3共同序列 RXAAMDY   
30 CDR H3 M100I RIAAMDY
31 CDR H3 M100E REAAMDY
32 CDR H3 M100L RLAAMDY
33 CDR H3 M100Q RQAAMDY
34 4026-5重鏈M100Q QVQLVQSGAEVKKPGASVKMSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWIGEIYPGSGSTFYAQKF QGRATLTADTSTSTAYMEVSSLRSEDTAVYYCTRRQAAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLA PSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSL GTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTP EVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKC KVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNG QPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
35 4026-5輕鏈M100Q DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSSVSYMHWYQQKPGKAPKLLLYTTSNLASGVPSRFSGS GSGTDYTLTISSLQPEDFATYYCHQWSGYPTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTA SVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYAC EVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
36 4026-5重鏈M100L QVQLVQSGAEVKKPGASVKMSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWIGEIYPGSGSTFYAQKF QGRATLTADTSTSTAYMEVSSLRSEDTAVYYCTRRLAAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLA PSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSL GTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTP EVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKC KVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNG QPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
37 4026-5輕鏈M100L DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSSVSYMHWYQQKPGKAPKLLLYTTSNLASGVPSRFSGS GSGTDYTLTISSLQPEDFATYYCHQWSGYPTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTA SVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYAC EVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
38 4026-5重鏈M100M QVQLVQSGAEVKKPGASVKMSCKASGYTFTDYVINWVRQAPGQGLEWIGEIYPGSGSTFYAQKF QGRATLTADTSTSTAYMEVSSLRSEDTAVYYCTRRMAAMDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLA PSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSL GTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTP EVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKC KVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNG QPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
39 4026-5輕鏈M100M DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSSVSYMHWYQQKPGKAPKLLLYTTSNLASGVPSRFSGS GSGTDYTLTISSLQPEDFATYYCHQWSGYPTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTA SVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYAC EVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
40 4026 CH ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
41 4026 CL RTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
42 hTREM1殘基21-34 ATKLTEEKYELKEG
43 hTREM1殘基103-109 LQVEDSG
44 hTREM1殘基128-136 RIRLVVTKG
45 hIgG1 ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
46 mIgG1 AKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSPRPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGCKPCICTVPEVSSVFIFPPKPKDVLTITLTPKVTCVVVDISKDDPEVQFSWFVDDVEVHTAQTQPREEQFNSTFRSVSELPIMHQDWLNGKEFKCRVNSAAFPAPIEKTISKTKGRPKAPQVYTIPPPKEQMAKDKVSLTCMITDFFPEDITVEWQWNGQPAENYKNTQPIMNTNGSYFVYSKLNVQKSNWEAGNTF TCSVLHEGLHNHHTEKSLSHSPGK
47 hIgG4 ASTKGPSVFPLAPCSRSTSESTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTKTYTCNVDHKPSNTKVDKRVESKYGPPCPSCPAPEFLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSQEDPEVQFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQFNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKGLPSSIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSQEEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSRLTVDKSRWQEG NVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSLGK
48 4170 mAb重鏈 EVQLVESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFTFSTYAMHWVRQASGKGLEWVGRIRTKSSNYATYYAASVKGRFTISRDDSKNTAYLQMNSLKTEDTAVYYCTRDMGIRRQFAYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
49 4170 mAb輕鏈 DIVLTQSPDSLAVSLGERATINCRASESVDTFDYSFLHWYQQKPGQPPKLLIYRASNLESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQSNEDPYTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
50 TREM-26 mAb重鏈 QVQLQQSGPELVKPGTSVKMSCKASGYTFTDYVINWVKQRTGQGLEWIGEIYPGSGSTFYHEKFKGKATLTADKSSNTAYMQVSSLTSEDSAVYFCTRRMAAMDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDCGCKPCICTVPEVSSVFLFPPKPKDVLTITLTPKVTCVVVDISKDDPEVQFSWFVDDVEVHTAQTQPREEQFNSTFRSVSELPIMHQDWLNGKEFKCRVNSAAFPAPIEKTLSKTKGRPKAPQVYTLPPPKEQMAKDKVSLTCMITDFFPEDITVEWQWNGQPAENYKNTQPIMDTDGSYFVYSKLNVQKSNWEAGNTFTCSVLHEGLHNHHTEKSLSHSPGK
51 TREM-26 mAb輕鏈 QIVLTQSPAIMSASLGEEITLTCSASSSVSYMHWYQQKSGTSPKLLLYTTSNLASGVPSRFSGTGSGTFYSLTISSVEAEDAADYYCHQWSGYPTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC
52 TREM-26 VH QVQLQQSGPELVKPGTSVKMSCKASGYTFTDYVINWVKQRTGQGLEWIGEIYPGSGSTFYHEKFKGKATLTADKSSNTAYMQVSSLTSEDSAVYFCTRRMAAMDYWGQGTSVTVSS
53 TREM-26 VL QIVLTQSPAIMSASLGEEITLTCSASSSVSYMHWYQQKSGTSPKLLLYTTSNLASGVPSRFSGTGSGTFYSLTISSVEAEDAADYYCHQWSGYPTFGGGTKLEIK
54 Pi-4928重鏈 QVQLKESGPGLVQPSQTLSLTCTVSGFSITSSNVYWFRQPPGKGLEWMGNIWGDGSTDYNSSLKSRLTLSRDTSKNQVFLKINSLQSEDTATYFCTRSWEYYFDHWGQGVVVTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPRGPTIKPCPPCKCPAPNLLGGPSVFIFPPKIKDVLMISLSPIVTCVVVDVSEDDPDVQISWFVNNVEVHTAQTQTHREDYNSTLRVVSALPIQHQDWMSGKEFKCKVNNKDLPAPIERTISKPKGSVRAPQVYVLPPPEEEMTKKQVTLTCMVTDFMPEDIYVEWTNNGKTELNYKNTEPVLDSDGSYFMYSKLRVEKKNWVERNSYSCSVVHEGLHNHHTTKSFSRTPGK
55 Pi-4928輕鏈 DIVLTQSPALAVSPGQRATLSCRASQSVTLSNVNLMNWYQQKPGQQPKLLIYHASNLASGIPTRFSGSGSGTDFTLTIDPVQADDIAAYYCQQSGESPRTFGGGTKVELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC
56 Pi-9067s重鏈 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFDIYSYSIHWVRQAPGKGLEWVAYIYPSYGYTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARGAVAALDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPNLLGGPSVFIFPPKIKDVLMISLSPIVTCVVVDVSEDDPDVQISWFVNNVEVHTAQTQTHREDYNSTLRVVSALPIQHQDWMSGKEFKCKVNNKDLPAPIERTISKPKGSVRAPQVYVLPPPEEEMTKKQVTLTCMVTDFMPEDIYVEWTNNGKTELNYKNTEPVLDSDGSYFMYSKLRVEKKNWVERNSYSCSVVHEGLHNHHTTKSFSRTPGK
57 Pi-9067s輕鏈 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYGVSGYSLITFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
58 Pi-9067L重鏈 EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFDIYSYSIHWVRQAPGKGLEWVAYIYPSYGYTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARGAVAALDYWGQGTLVTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPRGPTIKPCPPCKCPAPNLLGGPSVFIFPPKIKDVLMISLSPIVTCVVVDVSEDDPDVQISWFVNNVEVHTAQTQTHREDYNSTLRVVSALPIQHQDWMSGKEFKCKVNNKDLPAPIERTISKPKGSVRAPQVYVLPPPEEEMTKKQVTLTCMVTDFMPEDIYVEWTNNGKTELNYKNTEPVLDSDGSYFMYSKLRVEKKNWVERNSYSCSVVHEGLHNHHTTKSFSRTPGK
59 Pi-9067L輕鏈 DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYGVSGYSLITFGQGTKVEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC
關於以下描述及隨附圖式將更好地理解本發明之此等及其他特徵、態樣及優勢，其中：
圖 1 展示PI-4026-5之SPR結合動力學。
圖 2A 展示PI-4026-5結合至HEK293對照細胞。圖 2B展示PI-4026-5結合至人類TREM1過度表現HEK293細胞。
圖 3A 展示PI-4026-5結合至人類外周血液中之嗜中性球。圖 3B 展示PI-4026-5結合至人類外周血液中之單核球。
圖 4A 展示PI-4026-5結合至表現獼猴TREM1之細胞。圖 4B 展示PI-4026-5不結合至表現小鼠TREM1之細胞。
圖 5A 展示使用hCD16報導體分析系統由PI-4026-5誘導之FcγR信號傳導。圖 5B 展示使用hCD32報導體分析系統由PI-4026-5誘導之FcγR信號傳導。
圖 6A 展示PI-4026-5不會誘導親本expi293細胞之初代人類巨噬細胞之ADCP。圖 6B 展示PI-4026-5誘導表現hTREM1之expi293細胞之初代人類巨噬細胞之ADCP。
圖 7A 展示PI-4026 Fab及TREM1 IgV域之CDRH1內之殘基相互作用。圖 7B 展示PI-4026 Fab及TREM1 IgV域之CDRH2內之殘基相互作用。圖 7C 展示PI-4026 Fab及TREM1 IgV域之CDRH3內之殘基相互作用。圖 7D 展示PI-4026 Fab及TREM1 IgV域之CDRL1內之殘基相互作用。圖 7E 展示PI-4026 Fab及TREM1 IgV域之CDRL3內之殘基相互作用。
圖 8 展示在曝露於不同濃度H2 O2 之後PI-4026-5之SEC特徵。
圖 9A 展示岩藻醣基化PI-4026-5抗體結合至人類外周單核球。圖 9B 展示去岩藻醣基化PI-4026-5抗體結合至人類外周單核球。
圖 10A 展示岩藻醣基化PI-4026-5抗體結合至獼猴外周單核球。圖 10B 展示去岩藻醣基化PI-4026-5抗體結合至獼猴外周單核球。
圖 11A 展示使用hCD16報導體分析系統由岩藻醣基化PI-4026-5誘導之FcγR信號傳導。圖 11B 展示使用hCD16報導體分析系統由去岩藻醣基化PI-4026-5抗體誘導之FcγR信號傳導。
圖 12A 展示PI64052 (PI-4026-5-M100L)及PI64062 (PI-4026-5-M100Q)抗體之平均半徑，如藉由響應於熱應力之DLS所測定。圖 12B 展示PI64052及PI64062抗體之多分散性%，如藉由響應於熱應力之DLS所測定。此等為穩定性動力學量測結果。
圖 13A 展示PI64052及PI64062抗體之單體%，如藉由響應於熱應力之SEC所測定。圖 13B 展示PI64052及PI64062抗體之聚集體%，如藉由響應於熱應力之SEC所測定。此等為穩定性動力學量測結果。
圖 14A 展示在藉由疏水相互作用層析曝露於不同濃度H2 O2 後24小時PI64052及PI64062抗體之主要物質%。圖 14B 展示在藉由疏水相互作用層析曝露於不同濃度H2 O2 後24小時PI64052及PI64062抗體之親水性物質%。此等為氧化應激敏感性量測結果。
圖 15A 展示在藉由疏水相互作用層析曝露於不同濃度H2 O2 後14天PI64052及PI64062抗體之主要物質%。圖 15B 展示在藉由疏水相互作用層析曝露於不同濃度H2 O2 後14天PI64052及PI64062抗體之親水性物質%。此等為氧化應激敏感性量測結果。
圖 16A 展示在藉由疏水相互作用層析曝露於不同濃度H2 O2 後28天PI64052及PI64062抗體之主要物質%。圖 16B 展示在藉由疏水相互作用層析曝露於不同濃度H2 O2 後28天PI64052及PI64062抗體之親水性物質%。
圖 17A 展示PI64052及PI64062抗體之脫醯胺分析結果。圖 17B 展示PI64052及PI64062抗體之脫醯胺分析結果。圖 17C 展示PI64052及PI64062抗體之脫醯胺分析結果。圖 17D 展示PI64052及PI64062抗體之脫醯胺分析結果。
圖 18A 展示PI64052及PI64062對HEK293細胞無背景結合。圖 18B 展示PI64052及PI64062對HEK293細胞無背景結合。圖 18C 展示PI64052及PI64062對HEK293細胞無背景結合。
圖 19A 展示PI64052及PI64062不結合至淋巴球(T細胞)。圖 19B 展示PI64052及PI64062不結合至淋巴球(T細胞)。圖 19C 展示PI64052及PI64062不結合至淋巴球(T細胞)。圖 19D 展示PI64052及PI64062不結合至淋巴球(B細胞)。圖 19E 展示PI64052及PI64062不結合至淋巴球(B細胞)。圖 19F 展示PI64052及PI64062不結合至淋巴球(B細胞)。
圖 20A 展示PI64052及PI64062抗體結合至過度表現人類TREM1之HEK293細胞。圖 20B 展示PI64052及PI64062抗體結合至過度表現人類TREM1之HEK293細胞。圖 20C 展示PI64052及PI64062抗體結合至過度表現人類TREM1之HEK293細胞。
圖 21A 展示PI64052及PI64062抗體結合至過度表現獼猴TREM1之HEK293細胞。圖 21B 展示PI64052及PI64062抗體結合至過度表現獼猴TREM1之HEK293細胞。圖 21C 展示PI64052及PI64062抗體結合至過度表現獼猴TREM1之HEK293細胞。
圖 22A 展示PI64052及PI64062結合至人類單核球。圖 22B 展示PI64052及PI64062結合至人類單核球。圖 22C 展示PI64052及PI64062結合至人類單核球。
圖 23A 展示PI64052及PI64062結合至獼猴單核球。圖 23B 展示PI64052及PI64062結合至獼猴單核球。
圖 24 展示使用hCD16報導體分析系統由PI64052及PI64062誘導之FcγR信號傳導且代表3個單獨實驗。
圖 25A 展示PI64052誘導表現hTREM1之expi細胞，而非親本expi細胞之初代人類巨噬細胞之ADCP。圖 25B 展示PI64062誘導表現hTREM1之expi細胞，而非親本expi細胞之初代人類巨噬細胞之ADCP。圖 25C 展示PI64052誘導表現hTREM1之expi細胞，而非親本expi細胞之初代人類巨噬細胞之ADCP。圖 25D 展示PI64062誘導表現hTREM1之expi細胞，而非親本expi細胞之初代人類巨噬細胞之ADCP。
圖 26A 展示PI64052及PI64062及其岩藻醣基化親本(分別PI-4026-5-M100L及PI-4026-5-M100Q)結合至hFcγRI。圖 26B 展示PI64052及PI64062及其岩藻醣基化親本結合至hFcγRIIα。圖 26C 展示PI64052及PI64062及其岩藻醣基化親本結合至hFcγRIIβ。圖 26D 展示PI64052及PI64062及其岩藻醣基化親本結合至hFcγRIIIα。圖 26E 展示PI64052及PI64062及其岩藻醣基化親本結合至hFcγRIIIα。圖 26F 展示PI64052及PI64062及其岩藻醣基化親本結合至hFcγRIIIβ。
圖 27A 展示來自外周血液之單核球上PI-4026-5-M100Q及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q之劑量依賴性受體佔有率。圖 27B 展示來自外周血液之嗜中性球上PI-4026-5-M100Q及去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q之劑量依賴性受體佔有率。
圖 28A 展示相比於PI-4026-5-M100Q，去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q誘導自人類外周血液白血球更穩固的IFN-γ劑量依賴性細胞介素釋放。圖 28B 展示相比於PI-4026-5-M100Q，去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q誘導自人類外周血液白血球更穩固的IL-8劑量依賴性細胞介素釋放。圖 28C 展示相比於PI-4026-5-M100Q，去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q誘導自人類外周血液白血球更穩固的IL-2劑量依賴性細胞介素釋放。圖 28D 展示相比於PI-4026-5-M100Q，去岩藻醣基化PI-4026-5-M100Q誘導自人類外周血液白血球更穩固的IP-10劑量依賴性細胞介素釋放。
圖 29A 展示去岩藻醣基化PI-4928抗TREM1及抗PD-1抗體之組合療法活體內誘導外周細胞介素標誌。圖 29B 展示去岩藻醣基化PI-4928抗TREM1及抗PD-1抗體之組合療法活體內誘導外周細胞介素標誌。
圖 30 展示去岩藻醣基化PI-9067抗TREM1抗體在Panc02腫瘤模型中具有單一療法活性。
圖 31A 提供來自Panc02腫瘤模型中之同型群組之各小鼠之生長曲線。圖 31B 提供來自Panc02腫瘤模型中之抗PD-1群組之各小鼠之生長曲線。圖 31C 提供來自Panc02腫瘤模型中之抗TREM1群組之各小鼠之生長曲線。圖 31D 提供來自Panc02腫瘤模型中之抗TREM1及抗PD-1群組之各小鼠之生長曲線。
圖 32 提供來自Panc02腫瘤模型中之各指定群組之各小鼠之第28天腫瘤體積。
圖 33 展示人類TREM1在整個不同腫瘤學適應症中表現且受限於骨髓細胞。
圖 34A 展示由人類血細胞中之去岩藻醣基化PI64062誘導之細胞介素倍數變化。圖 34B 展示在用去岩藻醣基化PI64062處理之後HLA-DR表面表現上調。圖 34C 展示在用去岩藻醣基化PI64062處理之後CD40表面表現上調。
圖 35 展示整個如根據細胞類型分選之血液樣品中具有最高變化之1000個基因之表現基質。基因表現群集與分選的免疫細胞群體良好相關。
圖 36A 展示在同型抗體處理(ISO)或抗TREM1抗體(去岩藻醣基化PI64062)處理之後指定細胞類型中之HLA-DR基因表現。圖 36B 展示在同型抗體處理(ISO)或抗TREM1抗體(去岩藻醣基化PI64062)處理之後指定細胞類型中之CD40基因表現。圖 36C 展示在同型抗體處理(ISO)或抗TREM1抗體(去岩藻醣基化PI64062)處理之後指定細胞類型中之CD80基因表現。圖 36D 展示在同型抗體處理(ISO)或抗TREM1抗體(去岩藻醣基化PI64062)處理之後指定細胞類型中之CD86基因表現。
圖 37A 展示在抗TREM1抗體(去岩藻醣基化PI64062)處理之後單核球中之細胞表面HLA-DR表現之代表性直方圖重疊圖。圖 37B 展示在抗TREM1抗體(去岩藻醣基化PI64062)處理之後單核球中之細胞表面CD40表現之代表性直方圖重疊圖。圖 37C 展示在抗TREM1抗體(去岩藻醣基化PI64062)處理之後單核球中之細胞表面CD80表現之代表性直方圖重疊圖。圖 37D 展示在抗TREM1抗體(去岩藻醣基化PI64062)處理之後單核球中之細胞表面CD86表現之代表性直方圖重疊圖。
圖 38A 展示在用同型對照或去岩藻醣基化PI64062抗體處理之後嗜中性球、單核球或T細胞中之pERK及pSTAT3%。圖 38B ( *＜0.05，**＜0.001)展示ERK及STAT路徑之RNAseq分析結果，展示與單核球而非嗜中性球或NK細胞中之彼等路徑相關的基因顯著增濃。
圖 39 展示小鼠或人類血細胞中藉由抗TREM1抗體上調之趨化因子及細胞介素。
圖 40 展示去岩藻醣基化PI-9067L抗TREM1抗體在ID8卵巢腫瘤模型中具有單一療法活性。
圖 41 展示去岩藻醣基化PI-9067L抗體誘導CT26腫瘤模型中再刺激小鼠之免疫記憶(immune memory)。
圖 42A 展示結腸直腸癌中之TREM1表現。圖 42B 展示結腸直腸癌患者存活機率及TREM1表現。
圖 43A 展示去岩藻醣基化PI-4928抗TREM1抗體呈現劑量依賴性藥物動力學。圖 43B 展示在用去岩藻醣基化PI-4928抗TREM1抗體處理之後血清中之可溶性小鼠TREM1。
圖 44A 展示在第7天之小鼠血球計數。圖 44B 展示在第14天之小鼠血球計數。圖 44C 展示在第7天之小鼠紅血球參數。圖 44D 展示在第14天之小鼠紅血球參數值。
圖 45A 展示抗TREM1、抗PD-1或抗TREM1及抗PD-1處理之組合在小型皮下EMT6荷瘤雌性BALB/c小鼠中之抗腫瘤功效。圖 45B 展示抗TREM1、抗PD-1或抗TREM1及抗PD-1處理之組合在大型皮下EMT6荷瘤雌性Balb/C小鼠中之抗腫瘤功效。
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Claims (159)

  1. 一種結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之經分離之抗體，其中該抗體i) 結合在人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之殘基21-34 (SEQ ID NO: 42)、103-109 (SEQ ID NO: 43)及128-136 (SEQ ID NO: 44)內；及ii) 視情況包含人類Fc區。
  2. 一種結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之經分離之抗體，其包含：包含可變重(VH)鏈序列之重鏈，該序列包含三種重鏈CDR序列CDR-H1、CDR-H2及CDR-H3；及包含可變輕(VL)鏈序列之輕鏈，該序列包含三種輕鏈CDR序列CDR-L1、CDR-L2及CDR-L3，其中： a.  CDR-H1包含SEQ ID NO: 23中所闡述之序列， b.  CDR-H2包含SEQ ID NO: 24中所闡述之序列， c.  CDR-H3包含SEQ ID NO: 29中所闡述之序列，其中X為白胺酸(L)、麩醯胺酸(Q)、甲硫胺酸(M)、異白胺酸(I)或麩胺酸(E)， d.  CDR-L1包含SEQ ID NO: 26中所闡述之序列， e.  CDR-L2包含SEQ ID NO: 27中所闡述之序列，及 f.   CDR-L3包含SEQ ID NO: 28中所闡述之序列。
  3. 如請求項1之經分離之抗體，其中該抗體包含CDR-H3，其包含序列RXAAMDY (SEQ ID NO: 29)，其中X為白胺酸(L)、麩醯胺酸(Q)、甲硫胺酸(M)、異白胺酸(I)或麩胺酸(E)。
  4. 如請求項3之經分離之抗體，其中該抗體進一步包含：CDR-H1，其包含SEQ ID NO: 23中所闡述之序列；及CDR-H2，其包含SEQ ID NO: 24中所闡述之序列。
  5. 如請求項2之經分離之抗體，其中該CDR-H3包含SEQ ID NO: 33中所闡述之序列；且該抗體進一步包含：CDR-H1，其包含SEQ ID NO: 23中所闡述之序列；及CDR-H2，其包含SEQ ID NO: 24中所闡述之序列。
  6. 如請求項5之經分離之抗體，其中該抗體進一步包含：CDR-L1，其包含SEQ ID NO: 26中所闡述之序列；CDR-L2，其包含SEQ ID NO: 27中所闡述之序列；及CDR-L3，其包含SEQ ID NO: 28中所闡述之序列。
  7. 如請求項5之經分離之抗體，其中該抗體包含選自SEQ ID NO: 16、17或18中所闡述之序列之VH序列。
  8. 如請求項7之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列。
  9. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體包含選自SEQ ID NO: 20、21或22中所闡述之序列之VL序列。
  10. 如請求項9之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
  11. 如請求項5之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
  12. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體為scFv。
  13. 如請求項12之經分離之抗體，其中該抗體為scFv且包含SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
  14. 如請求項12之經分離之抗體，其中該抗體為scFv且包含選自SEQ ID NO: 16、17或18中所闡述之序列之VH序列及選自SEQ ID NO: 20、21或22中所闡述之序列之VL序列。
  15. 如請求項5之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列；且該人類Fc區包含野生型人類IgG1 Fc。
  16. 如請求項5之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 34中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 35中所闡述之輕鏈序列。
  17. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體包含選自SEQ ID NO: 4、5或6中所闡述之序列之VH序列。
  18. 如請求項17之經分離之抗體，其中該抗體包含選自SEQ ID NO: 20、21或22中所闡述之序列之VL序列。
  19. 如請求項18之經分離之抗體，其中該抗體包含選自SEQ ID NO: 8、9或10中所闡述之序列之VH序列。
  20. 如請求項2之經分離之抗體，其中該CDR-H3包含SEQ ID NO: 32中所闡述之序列，且該抗體進一步包含：CDR-H1，其包含SEQ ID NO: 23中所闡述之序列；及CDR-H2，其包含SEQ ID NO: 24中所闡述之序列。
  21. 如請求項20之經分離之抗體，其中該抗體包含選自SEQ ID NO: 12、13或14中所闡述之序列之VH序列。
  22. 如請求項21之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 13中所闡述之VH序列。
  23. 如請求項20之經分離之抗體，其中該抗體包含選自SEQ ID NO: 20、21或22中所闡述之序列之VL序列。
  24. 如請求項23之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
  25. 如請求項20之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 13中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
  26. 如請求項20之經分離之抗體，其中該抗體為scFv且包含SEQ ID NO: 13中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
  27. 如請求項20之經分離之抗體，其中該抗體為scFv且包含選自SEQ ID NO: 12、13或14中所闡述之序列之VH序列及選自SEQ ID NO: 20、21或22中所闡述之序列之VL序列。
  28. 如請求項20之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 13中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列；且該人類Fc區包含野生型人類IgG1 Fc。
  29. 如請求項20之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 36中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 37中所闡述之輕鏈序列。
  30. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體由SEQ ID NO: 17、13或9中所闡述之VH序列；及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列組成。
  31. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體由SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列；及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列組成。
  32. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體由SEQ ID NO: 13中所闡述之VH序列；及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列組成。
  33. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體由SEQ ID NO: 9中所闡述之VH序列；及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列組成。
  34. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體由SEQ ID NO: 34中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 35中所闡述之輕鏈序列組成。
  35. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體由SEQ ID NO: 36中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 37中所闡述之輕鏈序列組成。
  36. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體經去岩藻醣基化。
  37. 一種結合至人類TREM1 (SEQ ID NO: 1)之經分離之抗體，其中該抗體經去岩藻醣基化，且該抗體包含SEQ ID NO: 17、13或9中所闡述之VH序列；及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
  38. 如請求項37之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
  39. 如請求項38之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 34中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 35中所闡述之輕鏈序列。
  40. 如請求項37之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 13中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
  41. 如請求項40之經分離之抗體，其中該抗體經去岩藻醣基化，且該抗體包含SEQ ID NO: 36中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 37中所闡述之輕鏈序列。
  42. 如請求項37之經分離之抗體，其中該抗體包含SEQ ID NO: 9中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列。
  43. 如請求項42之經分離之抗體，其中該抗體經去岩藻醣基化，且該抗體包含SEQ ID NO: 38中所闡述之重鏈序列及SEQ ID NO: 39中所闡述之輕鏈序列。
  44. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體為人類化、人類或嵌合抗體。
  45. 如請求項44之經分離之抗體，其中該抗體為人類化抗體。
  46. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體包含選自IgG、IgA、IgD、IgE及IgM之類別之重鏈人類恆定區。
  47. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體包含Fc區。
  48. 如請求項2之經分離之抗體，其中該Fc區為人類Fc區。
  49. 如請求項2之經分離之抗體，其中該人類Fc區包含類別IgG及選自IgG1、IgG2、IgG3及IgG4之子類別之人類重鏈恆定區。
  50. 如請求項49之經分離之抗體，其中該人類Fc區包含野生型人類IgG1 Fc。
  51. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體由SEQ ID NO: 17中所闡述之VH序列及SEQ ID NO: 20中所闡述之VL序列組成；且該人類Fc區包含野生型人類IgG1 Fc。
  52. 如請求項2之經分離之抗體，其中該Fc區包含一或多種胺基酸取代，其中與不具有該一或多種取代之Fc相比，該一或多種取代引起抗體半衰期延長、ADCC活性提高、ADCP活性提高或CDC活性提高。
  53. 如請求項2之經分離之抗體，其中該Fc區結合選自由以下組成之群的Fcγ受體：FcγRI、FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIc、FcγRIIIa及FcγRIIIb。
  54. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體為單株抗體。
  55. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體以小於或等於約0.5、1、2、3、4、5、6或7×10-9 M之KD 結合至人類TREM1，如藉由表面電漿子共振(SPR)分析所量測。
  56. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體以小於或等於約7 nM之KD 結合至人類TREM1，如藉由表面電漿子共振(SPR)分析所量測。
  57. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體為促效抗體。
  58. 如請求項2之經分離之抗體，其中相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中至少一種細胞介素或趨化介素之表現提高。
  59. 如請求項58之經分離之抗體，其中該至少一種細胞介素或趨化介素選自由以下組成之群：IFN-γ、IL-1α、IL-12、IL-2、TNFSF9、TNFSF10、CXCL9、CXCL10、CCL17、CXCL1、CXCL5、CXCL8、CXCL11、CXCL15、CCL3、CCL4、CCL2、FasL、CD274、CRTAM、顆粒酶A (GzmA)或顆粒酶B (GzmB)。
  60. 如請求項59之經分離之抗體，其中該細胞介素或趨化介素為CXCL10或IFN-γ。
  61. 如請求項2之經分離之抗體，其中相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中至少一種骨髓共刺激蛋白之表現提高。
  62. 如請求項61之經分離之抗體，其中該骨髓共刺激蛋白為細胞中之HLA-DR、CD40、CD80或CD86。
  63. 如請求項2之經分離之抗體，其中相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中ERK及/或STAT3胞內信號傳導路徑之活化提高。
  64. 如請求項2之經分離之抗體，其中相比於同型對照抗體，該抗體誘導抗腫瘤記憶反應。
  65. 如請求項1之經分離之抗體，其中該抗體： a.  與人類TREM-26抗體競爭結合至人類TREM1； b.  結合至人類TREM1； c.  結合至獼猴TREM1； d.  刺激TREM1信號傳導； e.  誘導免疫信號傳導路徑； f.   誘導細胞介素或趨化介素分泌； g.  誘導共刺激分子表現； h.  將骨髓細胞殺死、失能或耗盡；或 i.   能夠實現a.-h.之任何組合。
  66. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體具有抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)活性。
  67. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體具有抗體介導之細胞吞噬作用(ADCP)活性。
  68. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體具有補體依賴性細胞毒性(CDC)活性。
  69. 如請求項58之經分離之抗體，其中該細胞為TREM1+細胞。
  70. 如請求項69之經分離之抗體，其中該TREM1+細胞選自由以下組成之群：樹突狀細胞、腫瘤相關巨噬細胞(TAM)、骨髓衍生之抑制細胞(MDSC)、嗜中性球及腫瘤相關嗜中性球(TAN)。
  71. 如請求項70之經分離之抗體，其中該TREM1+細胞為骨髓衍生之抑制細胞或腫瘤相關嗜中性球。
  72. 如請求項2之經分離之抗體，其中該抗體使TREM1交聯至TREM1+細胞之細胞表面上之TREM1。
  73. 如請求項2之經分離之抗體，其適用作藥物。
  74. 如請求項2之經分離之抗體，其用於治療癌症或感染。
  75. 如請求項2之經分離之抗體，其用於治療癌症，其中該癌症選自實體腫瘤及液體腫瘤。
  76. 一種編碼如請求項1至75中任一項之抗體、其VH、其VL、其輕鏈、其重鏈或其抗原結合部分之經分離之聚核苷酸或聚核苷酸組；視情況cDNA。
  77. 一種載體或載體組，其包含如請求項76之聚核苷酸或聚核苷酸組。
  78. 一種包含如請求項76之聚核苷酸或聚核苷酸組或如請求項77之載體或載體組之宿主細胞。
  79. 一種產生抗體之方法，其包含用如請求項78之宿主細胞表現該抗體及分離表現之抗體。
  80. 一種醫藥組合物，其包含如請求項1至75中任一項之抗體及醫藥學上可接受之賦形劑。
  81. 一種套組，其包含如請求項1至75中任一項之抗體或如請求項80之醫藥組合物及使用說明書。
  82. 一種包含抗TREM1抗體或其抗原結合片段之組合物之用途，其用於製造供提高個體中之免疫反應用之藥物。
  83. 如請求項82之用途，其中該組合物包含如請求項1至75中任一項之抗體或如請求項80之醫藥組合物。
  84. 如請求項82之用途，其中該抗體具有受體-配位體阻斷、促效或拮抗活性。
  85. 如請求項84之用途，其中該抗體具有促效活性。
  86. 如請求項82之用途，其中相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中至少一種細胞介素或趨化介素之表現提高。
  87. 如請求項86之用途，其中該至少一種細胞介素或趨化介素選自由以下組成之群：IFN-γ、IL-1α、IL-12、IL-2、TNFSF9、TNFSF10、CXCL9、CXCL10、CCL17、CXCL1、CXCL5、CXCL8、CXCL11、CXCL15、CCL3、CCL4、CCL2、FasL、CD274、CRTAM、顆粒酶A (GzmA)或顆粒酶B (GzmB)。
  88. 如請求項87之用途，其中該細胞介素或趨化介素為CXCL10或IFN-γ。
  89. 如請求項82之用途，其中相比於同型對照抗體，該抗體誘導至少一種骨髓共刺激蛋白之表現提高。
  90. 如請求項89之用途，其中該骨髓共刺激蛋白為細胞中之HLA-DR、CD40、CD80或CD86。
  91. 如請求項82之用途，其中相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中ERK及/或STAT3胞內信號傳導路徑之活化提高。
  92. 如請求項82之用途，其中該抗體誘導記憶免疫反應。
  93. 如請求項86之用途，其中該細胞為TREM1+細胞。
  94. 如請求項93之用途，其中該TREM1+細胞選自由以下組成之群：樹突狀細胞、腫瘤相關巨噬細胞(TAM)、骨髓衍生之抑制細胞(MDSC)、嗜中性球及腫瘤相關嗜中性球(TAN)。
  95. 如請求項94之用途，其中該TREM1+細胞為骨髓衍生之抑制細胞或腫瘤相關嗜中性球。
  96. 如請求項82之用途，其中該抗體使TREM1交聯至TREM1+細胞之細胞表面上之TREM1。
  97. 如請求項82之用途，其中該個體為人類。
  98. 一種包含抗TREM1抗體或其抗原結合片段之組合物之用途，其用於製造供治療個體之癌症用之藥物。
  99. 如請求項98之用途，其中該組合物包含如請求項1至75中任一項之抗體或如請求項80之醫藥組合物。
  100. 如請求項98之用途，其中該抗體具有受體-配位體阻斷、促效或拮抗活性。
  101. 如請求項98之用途，其中該抗體具有促效活性。
  102. 如請求項98之用途，其中相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中至少一種細胞介素或趨化介素之表現提高。
  103. 如請求項102之用途，其中該至少一種細胞介素或趨化介素選自由以下組成之群：IFN-γ、IL-1α、IL-12、IL-2、TNFSF9、TNFSF10、CXCL9、CXCL10、CCL17、CXCL1、CXCL5、CXCL8、CXCL11、CXCL15、CCL3、CCL4、CCL2、FasL、CD274、CRTAM、顆粒酶A (GzmA)或顆粒酶B (GzmB)。
  104. 如請求項103之用途，其中該細胞介素或趨化介素為CXCL10或IFN-γ。
  105. 如請求項98之用途，其中相比於同型對照抗體，該抗體誘導至少一種骨髓共刺激蛋白之表現提高。
  106. 如請求項105之用途，其中該骨髓共刺激蛋白為細胞中之HLA-DR、CD40、CD80或CD86。
  107. 如請求項98之用途，其中相比於同型對照抗體，該抗體誘導在細胞中ERK及/或STAT3胞內信號傳導路徑之活化提高。
  108. 如請求項98之用途，其中相比於同型對照抗體，該抗體誘導抗腫瘤記憶反應。
  109. 如請求項98之用途，其中該抗體具有抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)活性。
  110. 如請求項98之用途，其中該抗體具有補體依賴性細胞毒性(CDC)活性。
  111. 如請求項98之用途，其中該抗體具有抗體介導之吞噬作用(ADCP)活性。
  112. 如請求項102之用途，其中該細胞為TREM1+細胞。
  113. 如請求項112之用途，其中該TREM1+細胞選自由以下組成之群：樹突狀細胞、腫瘤相關巨噬細胞(TAM)、骨髓衍生之抑制細胞(MDSC)、嗜中性球及腫瘤相關嗜中性球(TAN)。
  114. 如請求項113之用途，其中該TREM1+細胞為骨髓衍生之抑制細胞或腫瘤相關嗜中性球。
  115. 如請求項98之用途，其中該抗體使TREM1交聯至TREM1+細胞之細胞表面上之TREM1。
  116. 如請求項98之用途，其中該個體為人類。
  117. 如請求項98之用途，其中該癌症為實體癌症。
  118. 如請求項98之用途，其中該癌症為液體癌症。
  119. 如請求項98之用途，其中該癌症選自由以下組成之群：黑素瘤、腎癌、肝膽癌、頭部及頸部鱗狀癌瘤(HNSC)、胰臟癌、結腸癌、膀胱癌、尿道上皮癌、神經膠母細胞瘤、前列腺癌、肺癌、乳癌、卵巢癌、胃癌、食道癌、腎臟癌、子宮內膜癌、子宮頸癌、睪丸癌及間皮瘤癌症。
  120. 如請求項119之用途，其中該癌症為胃癌、卵巢癌、結腸癌或乳癌。
  121. 如請求項98之用途，其中該藥物增強該個體中之免疫反應。
  122. 如請求項121之用途，其中該增強的免疫反應為適應性免疫反應。
  123. 如請求項122之用途，其中該增強的免疫反應為先天性免疫反應。
  124. 如請求項98之方法，其中該個體先前已接受、同時接受或將隨後接受免疫療法。
  125. 如請求項124之用途，其中該免疫療法為以下中之至少一者：檢查點抑制劑；T細胞之檢查點抑制劑；抗PD1抗體；抗PDL1抗體；抗CTLA4抗體；過繼細胞療法；過繼T細胞療法；CAR-T細胞療法；樹突狀細胞疫苗；STING促效劑；單核球疫苗；卡介苗(Bacillus Calmette-Guerin vaccine)；結合T細胞及抗原呈遞細胞兩者之抗原結合蛋白；BiTE雙重抗原結合蛋白；鐸樣受體配位體；細胞介素；細胞毒性療法；化學療法；放射線療法；小分子抑制劑；小分子促效劑；免疫調節劑；溶瘤病毒；及表觀遺傳調節劑。
  126. 如請求項125之用途，其中該免疫療法選自由以下組成之群：抗PD1抗體、抗PDL1抗體；或抗CTLA4抗體。
  127. 一種如請求項1至75中任一項之抗體或如請求項80之醫藥組合物之用途，其用於製造供將在細胞表面上表現骨髓細胞上表現之觸發受體1 (TREM1)之骨髓細胞殺死、失能或耗盡用之藥物。
  128. 如請求項127之用途，其中該抗體藉由ADCC、CDC及ADCP中之至少一者將該等骨髓細胞殺死、失能或耗盡，視情況其中該抗體藉由ADCC將該等骨髓細胞殺死、失能或耗盡，視情況其中該抗體藉由CDC將該等骨髓細胞殺死、失能或耗盡，且視情況其中該抗體藉由ADCP將該等骨髓細胞殺死、失能或耗盡。
  129. 如請求項127之用途，其中該抗體藉由ADCC、CDC及ADCP中之至少一者殺死該等骨髓細胞。
  130. 如請求項127之用途，其中該抗體藉由ADCC、CDC及ADCP中之至少一者使該等骨髓細胞失能。
  131. 如請求項127之用途，其中該抗體藉由ADCC、CDC及ADCP中之至少一者使該等骨髓細胞耗盡。
  132. 如請求項127之方法，其中該抗體具有抗體依賴性細胞介導之細胞毒性(ADCC)活性。
  133. 如請求項127之方法，其中該抗體具有補體依賴性細胞毒性(CDC)活性。
  134. 如請求項127之方法，其中該抗體具有抗體介導之吞噬作用(ADCP)活性。
  135. 如請求項127之方法，其中該抗體具有受體-配位體阻斷、促效或拮抗活性。
  136. 如請求項127之方法，其中該等骨髓細胞為刺激性骨髓細胞。
  137. 如請求項127之方法，其中該等骨髓細胞為非刺激性骨髓細胞。
  138. 如請求項127之方法，其中該等骨髓細胞包含以下中之至少一者：樹突狀細胞、腫瘤相關巨噬細胞(TAM)、嗜中性球、單核球或骨髓衍生之抑制細胞。
  139. 如請求項138之用途，其中該等骨髓細胞為嗜中性球或腫瘤相關嗜中性球。
  140. 如請求項139之用途，其中該等骨髓細胞為腫瘤相關巨噬細胞。
  141. 如請求項138之用途，其中該等骨髓細胞為單核球性骨髓衍生之抑制細胞。
  142. 如請求項127之用途，其中該等骨髓細胞為腫瘤內的。
  143. 如請求項127之用途，其中該等骨髓細胞在包含刺激性骨髓細胞及非刺激性骨髓細胞之免疫細胞群體中。
  144. 如請求項127之用途，其中使該等骨髓細胞與該藥物在活體外或活體內接觸。
  145. 如請求項127之方法，其中使該等骨髓細胞與該藥物在個體中活體內接觸，視情況其中該個體患有癌症。
  146. 如請求項127之方法，其中該個體為人類。
  147. 如請求項145之方法，其中該癌症為實體癌症。
  148. 如請求項145之方法，其中該癌症為液體癌症。
  149. 如請求項146之用途，其中該癌症選自由以下組成之群：黑素瘤、腎癌、肝膽癌、頭部及頸部鱗狀癌瘤(HNSC)、胰臟癌、結腸癌、膀胱癌、尿道上皮癌、神經膠母細胞瘤、前列腺癌、肺癌、乳癌、卵巢癌、胃癌、食道癌、腎臟癌、子宮內膜癌、子宮頸癌、睪丸癌及間皮瘤癌症。
  150. 如請求項149之用途，其中該癌症為胃癌、卵巢癌、結腸癌或乳癌。
  151. 如請求項150之用途，其中骨髓細胞與該藥物之接觸增強該個體中之免疫反應。
  152. 如請求項151之用途，其中該增強的免疫反應為適應性免疫反應。
  153. 如請求項151之用途，其中該增強的免疫反應為先天性免疫反應。
  154. 如請求項151之用途，其中該增強的免疫反應包含至少一種細胞介素或趨化介素之表現。
  155. 如請求項154之用途，其中該至少一種細胞介素或趨化介素選自由以下組成之群：IFN-γ、IL-1α、IL-12、IL-2、TNFSF9、TNFSF10、CXCL9、CXCL10、CCL17、CXCL1、CXCL5、CXCL8、CXCL11、CXCL15、CCL3、CCL4、CCL2、FasL、CD274、CRTAM、顆粒酶A (GzmA)或顆粒酶B (GzmB)。
  156. 如請求項155之方法，其中該至少一種細胞介素或趨化介素為CXCL10或IFN-γ。
  157. 如請求項127之方法，其中該個體先前已接受、同時接受或將隨後接受免疫療法。
  158. 如請求項157之用途，其中該免疫療法為以下中之至少一者：檢查點抑制劑；T細胞之檢查點抑制劑；抗PD1抗體；抗PDL1抗體；抗CTLA4抗體；過繼細胞療法；過繼T細胞療法；CAR-T細胞療法；樹突狀細胞疫苗；STING促效劑；單核球疫苗；卡介苗(Bacillus Calmette-Guerin vaccine)；結合T細胞及抗原呈遞細胞兩者之抗原結合蛋白；BiTE雙重抗原結合蛋白；鐸樣受體配位體；細胞介素；細胞毒性療法；化學療法；放射線療法；小分子抑制劑；小分子促效劑；免疫調節劑；溶瘤病毒；及表觀遺傳調節劑。
  159. 如請求項158之用途，其中該免疫療法選自由以下組成之群：抗PD1抗體、抗PDL1抗體；或抗CTLA4抗體。
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