TW201349161A - 抗癌藥物候選之相對有效性的經自動化之制定系統及方法 - Google Patents

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Abstract

提供了一種用於確定抗癌藥物相對有效性之電腦系統。介面具有可選擇選項，包括用來管理藥物測試參數之選項，以及使使用者選擇關於虛擬孔板的希望的藥物測試參數，該虛擬孔板與分光光度計之物理孔板關聯。電腦系統使分光光度計開始藥物測試，其中物理孔板包括含存活癌細胞的至少一個測試孔；以及按一預定濃度的至少一個藥物候選物；以及只包含該等存活癌細胞的至少一個對照孔。系統在一預定波長，在選擇的時間間隔記錄該孔的光密度持續一選擇的持續時間，並且將該光密度和該等時間測量儲存在該數據庫中。從光密度和時間測量計算活性值，並且顯示活性值和藥物候選物誘導癌細胞凋亡的能力之間的相關性。

Description

抗癌藥物候選之相對有效性的經自動化之制定系統及方法 〔相關申請的交叉引用〕
本非臨時申請要求於2012年5月2日提交的臨時申請美國序號61/641,610的優先權的權益。
本發明涉及用於確定對來自組織、血液、體液的活細胞的抗癌藥物的相對有效性之系統及方法，並且更具體地涉及採用分光光度計法以評價響應採用抗癌藥物的治療的細胞的光密度的此類系統及方法。
可以按多種方式發生細胞死亡，但是成功的抗癌藥物傾向於藉由非常特定的凋亡過程引起癌細胞死亡。凋亡係一機制，藉由該機制，細胞分解並且包裝自身用於由身體有序處置。當細胞變得不再需要、太老、或已經變得受損或生病時，通常由身體使用凋亡來棄去它們。 事實上，具有危險突變的一些細胞會導致癌症，即使一些早期階段癌性細胞會由於自然過程而經歷凋亡。
在凋亡期間，細胞裁切並且儲存DNA，壓縮細胞核，棄去過量的水，並且經歷細胞膜的不同改變，例如胞膜空泡化、細胞膜中不規則隆起的的形成。在若干觸發之一發送一信號至應經歷凋亡的細胞後，一般發生凋亡。在很多癌細胞中，因為細胞不能檢測觸發，未能在接收觸發後正確地發送信號，或未能作用於該信號，或細胞會甚至具有該等問題的組合，所以消息系統並不正確工作。在一些癌細胞中，整體效應係對經歷凋亡的抗性。
如在此使用，癌症包括上皮惡性腫瘤、白血病、淋巴瘤以及間葉性惡性腫瘤。很多有效的癌症藥物可以誘導癌細胞經歷凋亡，儘管它對該過程有抗性。因此，對於如與其他藥物或藥物候選物相比，檢測具體藥物候選物是否可以引起不同類型的癌細胞中的凋亡，並且還對於確定該藥物候選物的有效性存在需要。有效性的全分析嚴重取決於用於與該技術中採用的分光光度計設備的連通的自動過程，連同加工並且顯示給使用者和確定哪種藥物最合適的決策過程中涉及的其他人的適當數據。
在美國專利號6,077,684和美國專利號6,258,553中描述的米克分析(The MiCK assay)目前被用於檢測來自患者的癌細胞是否響應已知有效對抗一或多個類型的癌症的具體藥物而經歷凋亡。在米克分析中，將來自患者的癌細胞放置在給定濃度的單細胞或小細胞簇的懸 浮液中，並且允許調整至微量滴定板的多個孔中的條件。將具有不同濃度的已知抗癌藥物，典型地是推薦給患者的癌症類型的那些藥物的對照溶液或溶液引入多個孔中，其中每個孔具有一測試樣品。然後定期(典型地每數分鐘)測量每個孔的光密度，持續一時期，典型地為數天。隨著細胞經歷凋亡相關的胞膜空泡化，它的光密度幾乎以一種線性方式增加。如果細胞並不經歷凋亡或出於其他原因的死亡，那麼它的光密度並不以此方式改變。因此，如果對於一個孔的光密度(OD)對比時間的圖產生一條直線型曲線，該曲線隨時間間隔具有正斜率，那麼該孔中的抗癌藥物誘導患者癌細胞的凋亡並且可能是對該患者的合適療法。OD對比時間數據還可以用於計算動力學單位，其類似地關聯對患者的療法的適合性。
諸位申請人還具有涉及底層技術的未決美國專利申請美國公開號2011/0244503，連同國際專利申請PCT/US 2010/029318，它們的完整揭露藉由引用結合在此。
鑒於米克分析及其不斷演化的技術對患者、保健提供者、以及腫瘤學領域中的其他參與者的益處，所以需要的是用於使確定抗癌藥物候選物的相對有效性自動化的系統和方法。如以下所述，該等測試和它們的相關參數、目錄控制、記錄保持、裝載追蹤、以及與不同人的交流可以變得是冗長並且耗時的事情。因此，隨著該等技術變得更廣泛使用，關鍵的是使用現代電腦系統和軟體使該 過程的多數方面自動化，因此可以分析並且散播該等快速並且準確的結果。
提供了用於確定抗癌藥物相對有效性之電腦系統，包括一處理器，該處理器係電腦系統的硬體元件，以及與該處理器通信的記憶體，該記憶體儲存多個指令，當該多個指令由該處理器執行的時候執行以下步驟：(a)提供在一電子裝置上顯示的介面應用，所述介面具有可選擇選項，包括至少一個選項來管理藥物測試參數；(b)響應使用者選擇，經由該選項的電子輸入裝置來管理藥物測試參數，選擇關於虛擬孔板的希望的藥物測試參數，該虛擬孔板與分光光度計的物理孔板關聯，該分光光度計與該處理器電子通信，以及將該等藥物測試參數儲存到一數據庫中；(c)響應使用者選擇，經由一電子輸入裝置，使該分光光度計開始藥物測試，其中該物理孔板包括至少一個測試孔，該測試孔包含：(1)存活癌細胞；以及(2)按一預定濃度的至少一個藥物候選物；以及只包含該等存活癌細胞的至少一個對照孔；(d)在一預定波長，在選擇的時間間隔記錄該孔的光密度持續一選擇的持續時間，並且將該光密度和該等時間測量儲存在該數據庫中；(e)從該光密度和該等時間測量計算一活性值；以及(f)顯示該活性值和該藥物候選物誘導該等癌細胞凋亡的能力之間的一相關性。
在一較佳的實施方式中，該活性值係基於該光密度中的變化而計算的一動力學單位值，該光密度的變化作為時間的函數、由細胞凋亡引起。
在另一實施方式中，該介面進一步包括至少一個選項來管理多個藥物測試項目，至少一個選項來管理要測試其癌細胞的患者，以及至少一個選項來管理與藥物測關聯的管理任務。
該數據庫較佳的是駐留在由一或多個工作站訪問的一伺服器上，並且該伺服器包括與一或多個分光光度計通信的一或多個服務。
該系統可以進一步包括與該數據庫通信的一電子警報，其中當檢測到光密度數據中的異常正儲存至該數據庫時，該警報發送一通知至指定的接收者。
該系統可以進一步包括與該伺服器通信的實現該分光光度計的遠程電力循環的一遠程電力開關、可操作地與該遠程電力開關通信的一電池、以及能夠給該電池充電的一發電機。
較佳的是，該介面包括至少一個選項，來基於活性值與藥物候選物誘導癌細胞中凋亡的能力之間的相關性產生一或多個報告。在一較佳的實施方式中，該報告包括多個測試的藥物候選物之間的比較數據。仍在另一實施方式中，該報告包括按它們各自活性值的順序排列的測試的藥物候選物的清單。在另一實施方式中，該報告包括針對該等測試的藥物候選物的一或多個濃度，關於該等測 試的藥物候選物的活性值的一比較圖表。
該介面進一步較佳的是包括至少一個選項來管理用於與藥物測試的關係的細胞系。
還提供了根據本發明的電腦可讀媒體和方法。
200‧‧‧處理系統
201‧‧‧中央處理單元(CPU)
203‧‧‧記憶體匯流排
204‧‧‧輸入/輸出(I/O)匯流排
211‧‧‧唯讀記憶體(ROM)
212‧‧‧隨機存取記憶體(RAM)
221‧‧‧記憶體
222‧‧‧顯示器
223‧‧‧I/O裝置
224‧‧‧網路連接裝置
A1-H12‧‧‧按鈕顯示孔
I13-P24‧‧‧按鈕顯示孔
I1-P12‧‧‧按鈕顯示孔
圖1示出了細胞的先前技術顯微照片。圖1A示出了凋亡前細胞。圖1B示出了當發生胞膜空泡化時，凋亡期間細胞。圖1C示出了凋亡完成或接近完成時的細胞。
圖2係一先前技術圖，示出米克分析期間，時間對比光密度(OD)之實例圖，其中抗癌藥物誘導測試癌細胞中的凋亡。
圖3係一圖，示出沒有米克分析中的藥物，對於凋亡的誘導、藥物抗性、以及對照細胞的代表曲線。標記「B12」的曲線示出代表細胞的數據，在該等細胞中藥物誘導凋亡。標記「F3」的曲線示出代表對藥物有抗性的細胞之數據。標記「G5」的曲線示出代表未接收任何藥物的對照細胞之數據。
圖4係一圖，示出對於米克分析中的凋亡或壞死的誘導的數據。標記「D2」的曲線示出代表細胞之數據，在該等細胞中藥物誘導凋亡。標記「D7」的曲線示出代表細胞之數據，在該等細胞中藥物誘導壞死，或該等細 胞另外經歷測定過程期間的壞死。
圖5係一圖，示出對於米克分析中的一般非藥物誘導細胞死亡之代表數據。標記「C4」的曲線示出代表測定過程期間的自發細胞死亡的數據。
圖6係一圖，示出用於已知細胞系的反應評估之代表數據，該等細胞系對應于伊達比星的不同癌症類型。
圖7係一圖，示出用於已知CAOV-3卵巢癌細胞系對不同化學治療劑的反應評估之代表數據。
圖8係一總體系統的較佳的實施方式的示意圖，該總體系統描繪了電腦、數據庫、分光光度計(讀取器)、以及通用通信中的其他部件。
圖9係用於本發明的操作所需的電腦之示意圖。
圖10係一流程圖，描繪了根據本發明的較佳的實施方式的系統的典型操作。
圖11-圖46描繪了根據本發明的自動應用的不同螢幕畫面。
圖47A-圖47H描繪了聯繫本發明使用的關係數據庫結構的較佳的實施方式。
附錄A、B、和C係由本發明的自用應用產生的樣品報告。
在描繪本發明前，有幫助的是理解以下過程，藉由該等過程，使用上述米克分析測試抗癌藥物候選物。該過程涉及使用分光光度測定經一時間段地測量光密度(OD)，來評估抗癌藥物候選物在癌細胞中引起凋亡方面的有效性。
測定
可以藉由選擇抗癌藥物候選物和選擇在其上測試該藥物的至少一個已知癌細胞類型來進行該測定。該等癌細胞可以懸浮為培養基(例如RPMI)中的單細胞懸浮液。如在此使用，「單細胞懸浮液」係一或多種細胞在一液體中的懸浮液，其中該等細胞被分離為個體或在50個細胞或更少的小團中。培養基可以包含其他組分，例如胎牛血清或癌細胞所確切需要的組分。該等組分可以被局限於維持細胞持續測定持續時間(典型地至少24小時並且不長於120小時)所必需的那些。
可以藉由將樣品放置在分光光度計板的孔中測試懸浮細胞。該等細胞可以按任何濃度懸浮，使得在OD的分光光度計測量期間，讀板儀的光線正常穿過細胞層。對於多數細胞，可以使用在2×105和1×106個細胞/mL之間的濃度。對於小細胞，濃度可以增加，對於大細胞，濃度可以減小。為了更精確地確定適當細胞濃度，可以將要用於藥物候選物測試樣品的細胞懸浮液的體積添加至該板的至少一個濃度測試孔中。如果在測試藥物候選 物期間該孔將預裝填額外的培養基，那麼該濃度測試孔可以類似地預裝填額外的培養基。在該濃度測試孔裝填以後，可以將該板離心(例如在500RPM離心30秒至2min，取決於板的類型)以將細胞沈降在孔底部。如果對於測定而言細胞濃度係適當的，那麼細胞應形成單層而不重疊。可以將細胞濃度調整為適當的，直至達到該結果。可以使用不同的濃度測試孔，同時測試細胞的多個濃度。
根據實施方式，其中細胞可以過夜地或在將細胞放置在板中和開始藥物候選物測定之間的另一時段顯著地生長，可以調整細胞濃度至初始達到小於單層來允許生長，使得當藥物候選物測定開始時，將存在對於單層而言足夠的細胞。
癌細胞可以處在指數生長期或非指數生長期。在一特定實施方式中，具體地是當癌細胞來自癌細胞系，它們可以處在指數生長期。
在已經確定適當細胞濃度後，可以藉由用適當體積的培養基和適當個數的細胞裝填該板中測試和對照孔來進行藥物候選物測定。在其他實施方式中，該孔可以只部分地預裝填培養基。
裝填後，可以允許將細胞調整至該等板條件持續一設定時段，例如至少12小時，至少16小時，至少24小時，或12-16小時，12-24小時，或16-24小時。對於非黏附細胞，可以省略調整期。調整期典型地足夠短，使得細胞在該時間並不經歷顯著生長。取決於用於藥物候 選物測定的癌細胞類型，調整期可以變化。可以在合適條件下發生調整，以保持細胞存活並健康。例如，該板可以放置在37℃，5% CO2氣氛下的濕培養箱中。對於一些細胞類型，具體地是並不經歷調整期的細胞類型，例如白血病或淋巴瘤細胞系，可以將該板離心(例如在500RPM持續30秒至2分鐘，取決於板的類型)，以在孔的底部上沈降細胞。
在調整期後，可以將藥物候選物和任何對照藥物或其他對照樣品添加到該等孔中。典型地，與孔中液體的總體積相比，將以小體積的培養基或其他液體添加藥物候選物。例如，添加的藥物體積可以小於孔中液體的總體積的10%，雖然可以使用其他百分比濃度以適合情況的具體需要。可以按多個稀釋添加藥物候選物，以允許確定任何濃度作用。雖然很多藥物候選物可以是溶于水的，但是也可以測試在水中不易於溶解的藥物候選物。這類候選者可以與任何適當的載體混合。此類候選者可以較佳的是與預期用於實際臨床用途的載體混合。為了進行測試，黏性藥物候選物可以需要大量稀釋。具有強顏色的藥物候選物可以藉由監控只包含該藥物候選物的測試孔中的OD並且從針對該等測試樣品孔的測量值減去這一OD而獲益。
在添加藥物候選物後，可以允許細胞的另一短調整期，例如15分鐘或30分鐘。可以在合適條件下放置細胞，以保持細胞存活並健康。例如，該板可以放置在37℃，5% CO2氣氛下的濕培養箱中。在該短調整期後， 可以將一層礦物油放置在每個孔的頂部上，以維持培養基中的CO2。
然後可以將該板放置在分光光度計中，該分光光度計被配置以在600nm的波長測量OD，對於每個孔，按給定時間間隔測量，持續給定的總時段。例如，可以在一數秒、數分鐘、數小時的時間範圍上定期對每個孔測量OD，持續24和120小時之間的時期。對於持續一時期的某些細胞測量，該時期小到12小時可以是足夠的。在特定實施方式中，可以每5至10分鐘進行測量。該分光光度計可以具有一培養室，以避免細胞的自發死亡。
可以將分光光度計數據轉化為動力學單位。當由細胞膜空泡化引起的在600nm的OD中的改變被作圖為時間的函數時，由產生的曲線斜率確定動力學單位。在Kravtsov(克拉夫佐夫)、Vladimir(弗拉基米爾)D.等人，凋亡的微培養動力學分析用來確定白血病的化學敏感性的用途(Use of the Microculture Kinetic Assay of Apoptosis to Determine Chemosensitivities of Leukemias)，Blood(血液)，92：968-980(1998)中提供了有關動力學單位計算的具體訊息，藉由引用結合在此。在給定濃度的給定藥物候選物的光密度可以對時間作圖。如果細胞正經歷凋亡，那麼該圖給出特有的增長曲線。在圖3和圖4中示出，當細胞經歷凋亡時獲得的曲線的一實例。在對比中，如果藥物候選物對細胞無效(例如它們係抗性的)，那麼曲線類似於對無藥物或藥物候選物的對照樣品獲得的 曲線(圖3)還可以藉由當前測定來確定由於除凋亡外的原因之細胞死亡，並且在從藥物候選物篩選消除假陽性中係有用的。例如，細胞壞死產生特有的向下斜率曲線，易於從如圖4中可見的凋亡相關曲線可區別。另外，一般細胞死亡還引起如圖5中可見的向下曲線。
可以藉由動力學單位值確定藥物候選物的有效性，該等動力學單位值由該藥物候選物在修改的米克分析(使用已知細胞系、或來自特定患者的活細胞)中產生。如下可以確定動力學單位：KU=(Vmax經藥物處理-Vmax對照)X 60 X y/(OD細胞-OD空白)。
Vmax係最大動力學速率，它係當細胞正經歷凋亡時，OD對時間圖中陡峭增加的斜率。在該方程中的Vmax係按mili光密度單位/小時(mOD/h)給出的。OD細胞係包含細胞的對照的初始OD，並且OD空白係空白孔的初始OD，該空白孔只包含培養基或培養基和藥物(對於一些藥物，可以省略該藥物，但是尤其對於有色藥物，它可以被包括在空白中)。y係一係數，依賴於正測定的細胞類型，並且可以藉由觀察細胞系而實驗確定。可以在Kravtsov(克拉夫佐夫)等人中發現關於該方程的另外訊息。
為了如在此更詳細描述的本發明的目的，並且確切地關於自動系統用來確定藥物候選物的相對有效性的能力，應注意到，動力學單位(KU)並不必需是作這類確定的唯一基礎。涉及測試孔中測量的光密度的任何計 算值還可以形成用於評價藥物候選物是否有效的基礎，前提係這類計算值對誘導胞膜空泡化和最終凋亡的藥物候選物活性具有一些相關性。因此，在其最廣泛的實施方式中，本發明稱此類值為「活性值」，並且其中由上式限定的動力學單位(KU)值只是這類活性值的一實例。
除了允許確定藥物候選物是否引起凋亡，使用當前測定產生的動力學單位值可以進行比較，以確定具體藥物候選物表現是否優於或類似於當前藥物。還可以對藥物候選物的不同濃度進行比較，並且可以給出適當劑量的一般指示。偶爾地，在一些癌症中，與更低濃度相比，一些藥物在更高濃度會表現更差。比較藥物候選物的不同濃度的動力學單位值，可以鑒定具有類似譜的藥物候選物。
總之，評估抗癌藥物候選物可以包括藥物候選物對癌細胞凋亡的作用的任何確定。作用可以包括，但並不局限於誘導凋亡、與已知癌症藥物相比的誘導凋亡的程度、在不同藥物候選物濃度的誘導凋亡的程度、以及不能誘導凋亡。抗癌藥物評估測定還可以能夠檢測癌細胞中的非藥物相關的或非凋亡的事件，例如在測定期間的癌細胞生長或細胞壞死。
任何統計學顯著的正動力學單位值可以指示藥物候選物誘導癌細胞凋亡的一些傾向。然而，為了很多臨床目的，對只能夠誘導非常低水平的凋亡的藥物候選物或藥物濃度是不感興趣。因此，具有低KU值(即1.0或 更低)的藥物候選物會指示該藥物係無效的，並且不應用于治療患者，尤其是鑒於可能的副作用並且耽誤了其他更有效的治療方案。因此，在本揭露的某些實施方式中，可以設定動力學單位值閾值用來在癌細胞中區別能夠誘導臨床相關水平的凋亡的藥物候選物。例如，閾值量可以是1.5、2、或3個動力學單位。對於具體藥物候選物或藥物候選物濃度，選擇的實際閾值可以取決於多個因數。例如，更低閾值，例如1.5或2，對於在不響應其他藥物或只響應具有顯著負面副作用的藥物的癌症類型中能夠誘導凋亡的藥物候選物而言可以是可接受的。對於在更高濃度表現出減小的療效的或自身可能具有顯著負面副作用的藥物候選物而言，更低閾值也可以是可接受的。對於在已經存在針對其的合適治療的癌症類型中能夠誘導凋亡的藥物候選物而言，更高閾值，例如3，可以是可接受的。
藥物候選物
抗癌藥物候選物可以是待評估誘導癌細胞中凋亡的能力的任何化學品。該等候選可以包括不同化學或生物學實體，例如化療藥物、其他小分子、基於蛋白質或肽的藥物候選物(包括連接到化學療法分子的抗體或抗體片段)、基於核酸之療法、其他生物製劑、基於奈米顆粒之候選者、以及類似物。藥物候選物可以在與現有藥物相同的化學家族中，或者它們可以是新化學或生物實體。
藥物候選物未限於單一的化學的、生物學的 或其他實體。它們可以包括不同的化學的或生物學的實體的組合，例如提出的組合療法。另外。雖然在此的很多實例涉及一測定，其中應用單一藥物候選物，但是還可以進行測定，針對組合中的多個藥物候選物。
在使用單個板的單個測定中，可以評估多於一個藥物候選物、藥物候選物濃度、或藥物的或藥物候選物之組合。可以將不同測試樣品放置在不同孔中。在具體實施方式中，測試的藥物候選物濃度可以是在0.01μM和100,000μM之間。測試濃度可以隨藥物類型變化。
板和分光光度計系統
可以選擇板和分光光度計，使得分光光度計可以讀取該板。例如，當使用更老式的分光光度計時，人們可以使用具有更大孔的板，因為該設備不能讀取更小的孔板。更新式的分光光度計可以能夠讀取具有更小孔的板。然而，由於難以裝填孔並且精確測量小體積，所以可以避免使用具有極小孔的板。在一實施方式中，每個孔的底部的直徑不小於分光光度計的光線的直徑。分光光度計可以在除了600nm外的波長下進行測量。例如波長可以+/-5nm或+/-10nm。然而，可以選擇其他波長，以能夠區別凋亡。
分光光度計可以包括一或多個電腦或程式，用來操作該設備或記錄結果。分光光度計可以功能上連接至單個伺服器或電腦，並且藉由該伺服器可用於多個電腦 工作站，能夠控制測量過程，記錄其結果，並且顯示或傳輸圖，該圖係對於每個孔將光密度作圖為時間的函數。以下將特定參考本發明描述這類功能。
可以使用針對組織培養設計的板，或可以滅菌或處理其他板以使它們與組織培養相容。允許細胞在區域中(例如在角落中)聚集的板不可進入分光光度計，該等板比避免此類聚集的板工作更差。可替代地，可以將更多癌細胞添加到該等板中，以確保在測定期間存在單層可進入分光光度計。具有窄底部的板，例如Corning Costar半區域96孔板還協助支持在孔的底部形成單層而不是麻煩地需要低樣品體積。還可以使用其他板，例如其他96孔板或更小孔的板，例如384孔板。
癌細胞
在測定中使用的癌細胞可以是任何建立的癌細胞系，或來自特定患者的活癌細胞。使用建立的癌細胞系有助於避免複雜化，例如一部分細胞的突變，這會難以檢測並且會引起不精確的測試結果。在具體實施方式中，癌細胞可以來自常用於癌症藥物篩選的任何細胞系，以獲得FDA或藥物治療具體癌症的等效政府許可。
一般而言，為了精確的結果，癌細胞系可以是已知癌細胞系，例如從美國模式培養物保藏所(the American Type Culture Collection)或類似資源庫可得的細胞系。已知癌細胞系可以是可核實的，如惡性的或如具 有本領域使用的標記，以鑒定該細胞系。例如，HeLa細胞系係已知宮頸癌細胞系。雖然不需要，但是在一些實例中，已知癌細胞系將是永生的。
可以在當前測定中，在相同板上測試多個癌細胞系。然而，由於調整和測試時間中的差異，可以在不同板上測試具有極大不同的生長速度或對於對照藥物的極大不同的易感性的細胞系。
在測定期間，癌細胞可以不總是保持為單細胞懸浮液。例如，實體瘤系可以附著到孔的表面並且形成彼此結合的細胞層。該附著和結合一般不會干擾測定，尤其是如果細胞並不重疊或以一種方式形成小團，該方式阻止分光光度計測量基本上代表經歷胞膜空泡化和最終凋亡的總細胞的百分比。
藥物有效性確定的自動化
上述過程的自動化和作出藥物有效性確定所需要的不同方面的管理可以如以下所述完成。在一較佳的實施方式中，本發明係一綜合軟體應用，稱為腫瘤個性化訊息引擎(the Oncology Personalized Information Engine，OPIE)，並且它與數據庫伺服器、網路電腦、分光光度計(有時稱為「讀取器」)、以及其他週邊設備通信地進行操作。OPIE包括圖形使用者介面(GUI)，它允許用戶與讀取器相互作用並且控制讀取器，並且看到儲存在數據庫中的數據。OPIE還進行對於確定藥物候選物對 癌細胞的有效性所必需的所有計算。
圖8示出了連接到包含主數據庫的伺服器(例如微軟公司(Microsoft Corporation)銷售的SQL伺服器)一或多個工作站電腦，該等電腦在局域網或虛擬區域網路(LAN/VLAN)上。儘管數據庫可以位於伺服器自身上，但是數據庫還可以位於遠程位置並且與伺服器通信。電腦可以經由網際網路而不是LAN/VLAN訪問伺服器，雖然任何這類請求都需要藉由請求管理器，該管理器認證用戶的訪問憑證並且將數據庫與網際網路分離。在此參考圖47A直至圖47H，更詳細地描述用於圖8中的數據庫的關係數據庫結構的較佳的實施方式。
圖9展示了用於與OPIE一起使用的電腦或處理系統200的示例性實施方式。處理系統200具有中央處理單元(CPU)201。CPU 201係執行儲存在記憶體中的指令以進行一應用的處理器、微處理器、或處理器和微處理器的任何組合。CPU 201連接到記憶體匯流排203和輸入/輸出(I/O)匯流排204。非易失性記憶體，例如唯讀記憶體(ROM)211經由記憶體匯流排203連接到CPU 201。ROM 211儲存用於處理系統200的初始化和其他系統命令的指令。熟習該項技術者將認識到，不能由CPU 201寫入的任何記憶體可以用於ROM 211的功能。
易失性記憶體，例如隨機存取記憶體(RAM)212也經由記憶體匯流排203連接到CPU 201。RAM 212儲存用於所有正在執行的進程的指令以及由該等 執行的進程操作的數據。熟習該項技術者將認識到，其他類型的記憶體，例如DRAM和SRAM也可以用作易失性記憶體，並且認識到，記憶體快取記憶體和其他記憶體裝置(未示出)可以連接到記憶體匯流排203。
週邊裝置包括但並不局限於經由I/O匯流排204連接到CPU 201的記憶體221、顯示器222、I/O裝置223、以及網路連接裝置224。I/O匯流排204攜帶該裝置和CPU 201之間的數據。記憶體221係用於儲存數據到媒體上的裝置。記憶體221的一些實例包括讀/寫光碟(CD)、和磁碟機。顯示器222係監測器或顯示器以及轉化數據至顯示器的相關驅動器。I/O裝置223係鍵盤、指點裝置或可以由使用者使用來輸入數據的其他裝置。網路裝置224係連接處理系統200到網路的乙太網裝置，並且這類連接可以是有線的或無線的。熟習該項技術者將認識到，取決於在網路中該處理系統進行的操作，準確配置和連接到網路中各處理系統的裝置可以變化。
在此參考圖8，網際網路或遠程電源開關(IPS)連接到伺服器，以允許遠程重新開機連接的裝置。較佳的是，IPS還連接到電池，如果發生緊急情況或其他斷電，由發電機對該電池進行充電。多個分光光度計、或讀取器與IPS電子通信，並且它們可以如在此早先所述負責測量孔內容物的OD。開關控制駐留在伺服器和IPS之間，使得可以發生讀取器服務和IPS之間的通信。例如，每個讀取器包括唯一識別碼(ID)，並且如果需要 重新開機具體的讀取器，那麼訪問數據庫中的該讀取器的埠號，並且完成該重新啟動。
在伺服器上安裝多個服務，使得各服務對應於具體的讀取器。那些服務允許伺服器、讀取器、和電腦上的OPIE軟體之間的通信，並且它們將來自OPIE的命令翻譯為讀取器理解並且按其起作用的命令。當讀取器發送數據(例如OD讀數)到伺服器，相關服務根據發送到讀取器的最後命令解析數據並且起作用。一旦讀取器已經執行命令，那麼服務還將OPIE請求的命令的結果(例如確認或失敗)發回OPIE。同樣，經由OPIE發到讀取器的每個命令都由關聯其具體讀取器的服務發出。重要地，因為各服務只控制其具體的讀取器，所以如果一服務崩潰或以別的方式變得不可操作，那麼剩餘服務和讀取器將保持可操作並且經受監測。而且，當運行測定時，各服務都是自監測的，意味著如果並不發生預期事件，那麼用來重新啟動讀取器的請求將被發送至開關控制，並且然後該測定將在最後成功讀取處重啟。還提供了獨立警報系統，包括與該數據庫通信的一電子警報，其中當檢測到光密度數據中的異常正儲存至該數據庫時，該警報發送一通知至指定的接收者。例如。如果正運行測定，該警報系統將在一些預定時間間隔(可能是20分鐘)檢查數據庫。如果預期讀數並未記錄在數據庫中，那麼警報系統藉由電話或電子通信通知實驗室管理者或其他適當人員來通報問題。在測定期間，由具體讀取器進行的每個讀數都由其對應服務解 析並且儲存到數據庫中。
圖10係一流程圖，描繪了根據本發明的較佳的實施方式的系統的典型操作。參考駐留在伺服器上的服務，以下解釋將描述操作中的伺服器執行緒的實例。第一，服務監聽來自OPIE的傳入連接，這可以包括多個不同命令。例如，「單次讀取」係對讀取器控制器的「單次讀取」法的一次調用，並且指示讀取器進行對整個孔板的OD測量，伴隨波長和幾何圖形的輸入，但是只測量一OD，並且將所有OD返回OPIE。另一命令可以是「開始測試」，這調用讀取器控制器的「動力學」法，並且指示讀取器開始測定。另一命令可以是「開關」，它調用讀取器控制器的「關閉」法，並且關掉讀取器。「暫停」命令調用讀取器控制器的「暫停」法，並且指示讀取器臨時停止測定並且記住它中斷的地方。「重啟」命令調用讀取器控制器的「重啟」法，並且指示讀取器重啟已經暫停的測定。最終，「停止」命令調用讀取器控制器的「停止」法，並且指示讀取器全面停止。在正由用戶藉由OPIE發出命令的各情況下，用「確認符(ACK)」信號(以指示成功執行)或用「否定符(NAK)」信號(以指示不成功的執行)將確認發回OPIE。
可以藉由服務、開關控制、以及藉由電腦上的OPIE直接訪問數據庫，但是只是在電腦正在LAN/VLAN上操作時才能這樣。如果電腦在LAN/VLAN外運行OPIE，那麼如上所示，與數據庫的任何通信都必 須經由請求管理器來處理。
關於OPIE軟體及其介面，從甲骨文公司(Oracle Corporation)開發的Java程式設計語言並且使用Java虛擬機器(JVM)構建OPIE，雖然它可以用其他合適平臺編制並且操作。當啟動OPIE時，根據圖11顯示初始螢幕。為了訪問OPIE，用戶名和密碼係必需的。如果用戶名和密碼不正確，將出現一紅色消息，需要重新輸入正確用戶名和密碼。實驗室管理者和/或醫療總監典型地負責產生用戶帳號，其中取決於他們編輯數據或控制測定運行的權利，用戶具有不同訪問。一旦用戶已經被認證，那麼將解鎖多個可選擇上部選項卡，即：「登錄」、「測試」、「項目」、「患者」、以及「其他」。取決於使用者級別，一些選項卡會保持鎖定。方便地位於圖11的開始頁上的「核查追蹤」按鈕將打開一流覽視窗，該視窗包括在數據庫中註冊的具有活性的所有裝載追蹤編號。
在較佳的實施方式中，OPIE被組織成以上所示的五個主要部分，並且由如圖12中示出的選項卡代表。例如，「登錄」選項卡允許使用者打開到OPIE以及註銷的連接。「測試」選項卡允許使用者創建、編輯、修改、並且刪除測試。「項目」選項卡允許使用者在特定名稱下將測試分類。「患者」選項卡允許使用者創建、編輯、修改並且刪除患者相關數據，這典型地包括涉及測試的報告和圖像。「其他」選項卡允許使用者修改程式設置，並且使用互補模組，包括單次讀取、包裝追蹤、細胞 系管理、改變密碼、等。
編輯測試參數
在OPIE軟體中，測試(有時在此稱為「動力學」)代表從動力學開始至其結束經過米克分析的孔板。在「測試」選項卡下，在圖13中更詳細示出，該等測試根目錄據它們的狀態進行分類，其中存在五種不同分類。「完整」的分類係經過完整的米克分析的完整測試。「不完整」的分類係在動力學活性期間停止的測試。雖然測試可以是「不完整」的，但是如果積累了足夠數據，那麼仍可以進行計算。「準備」的分類係任何測試的第一狀態，並且指示動力學仍未開始。「運行」的分類係指測試正處於數據獲取期，例如孔板正在分光光度計(或讀取器)內，並且正運行動力學。「暫停」的分類係指測試正處於數據獲取期，但是用戶已經設置該測試在暫停上，並且動力學停止，直至用戶重啟該動力學。為了刷新測試清單的內容，例如看是否另一使用者在另一電腦上創建了一新測試，那麼可以選擇「刷新」按鈕。較佳的是，可以由對應於該狀態的圖示用圖代表各分類，這樣的「停止」按鈕、「暫停」按鈕、或類似視覺標識對於使用者是熟悉並且容易地可辨認的。
「測試」選項卡的下部部分使使用者能夠搜索對應於特定標準的測試，例如「樣本」(與特定樣本關聯的測試)、「說明」(具有特定說明的測試)、「藥 物」(包含特定藥物的測試)、「最後」(最後創建的測試)、「日期」(在特定日期產生的測試)、以及「所有」(示出所有測試，無論標準)。藉由「添加測試」按鈕，藉由輸入相鄰域中的說明，可以添加測試，並且如上所述，新測試將出現在「準備」分類中。
藉由選擇用於「測試清單」的文件夾圖示可以編輯測試，並且然後進一步選擇基於狀態的分類之一，如圖14中所示。如果用戶具有足夠憑證，可以刪除測試，或可以藉由選擇參數名，並且然後使用圖15中示出的介面，對它進行編輯。測試包含可以被編輯的很多參數，包括較佳的實施方式中的以下參數：說明：測試的一般說明。
VMax點：在動力學單位(KU)計算期間使用的這一參數，其中VMax點係距離，該距離用於計算斜率。例如，36的值係指斜率將在讀數6和42、7和43、等之間計算。
溫度：在動力學期間，分光光度計的培養室的溫度。
執行時間：按小時和分鐘計的動力學的持續時間。
滯後時間：在該間隔期間收集的OD將在計算期間忽略。例如，30分鐘的滯後時間係指如果讀取之間的間隔被設置為5分鐘，那麼對30分鐘，前6個讀數將不被用於計算KU。
讀取間隔：動力學期間各讀取之間的時間。
空白平均：如果模板並不包括任何空白，那麼將使用這一值。
負斜率歸零：如果選擇此，那麼在計算期間如果對照的斜率係負的，則斜率的值將被0替代。負對照斜率將提高對於樣品的KU值，因為從Vmax減去它。
在計算VMax時使用平均：如果選擇這一選項，那麼在斜率的計算期間，軟體將使用對點n和n+VMax的3個OD的平均來計算斜率。
板類型下拉清單：指示正使用的孔板的類型。
波長：由分光光度計使用的波長按奈米(nm)計。可能分配高達六個波長。將對每個選擇的波長進行讀數。每個波長必須是唯一的並且必須設置在200nm和999nm之間，雖然對於很多測試，更通常的波長將是600nm。
對照：指示該測試是否包含對照細胞系。為了指示哪個測試使用這一測試作為對照，從圖15右側上的清單選擇一或多個測試，並且然後使用定向控制按鈕移動到極右框或從極右框去除。
評論：該測試或其他注釋的更詳細說明。
一旦已經完成對測試參數的所有希望的編輯，那麼選擇「保存」按鈕，並且將新測試參數記錄到數據庫。
還可以編輯模板，但是首先必須將細胞系分配給測試。在圖15中的「細胞系」文件夾下選擇<添加細胞系>將打開如圖16所示的一新框。為了創建一新患者或新細胞系，用戶選擇「新患者」或「新細胞系」按鈕。為了添加現有患者或細胞系，使用者從該清單進行選擇，並且然後選擇在該框的頂部右側的「添加現有」按鈕。選擇的細胞系或患者現在將出現在該測試的「細胞系」文件夾下。細胞系代表預定義的建立的細胞系，並且細胞系的名稱將被用於鑒別模板中的孔，而不是用自動產生的數字鑒別。為了使用定制細胞系，該細胞系使用自動產生的數字，使用者將選擇「舊CL」按鈕，並且從出現的清單進行選擇。
可替代地，如果測試必須包含對照細胞系以產生利維-詹寧斯圖(Levey-Jennings plot)，用戶必須在利維-詹寧斯清單(Levey-Jennings list)下選擇細胞系。將出現彈出判定框，詢問測試的模板是否應附加與選擇的細胞系關聯的模板。選擇「是」將只重寫分配給利維-詹寧斯(Levey-Jennings)的欄(例如欄15至18)中的孔，留下其他的孔未改變。
為了編輯細胞系，用戶從「細胞系」文件夾選擇希望的細胞系，這打開如圖17中所示的介面。如容易地可見，介面包括很多熟悉的並且自明的域，該等域涉及關於細胞系的訊息、連同關於樣本的細節、患者訊息、以及關於可以測試哪些藥物的指令。關於某些更顯著特 徵，「克隆」下拉清單允許用戶向所有的域填入來自另一患者的訊息。「列印」按鈕用於創建包含所有患者數據的準備列印的可移植文件格式(PDF)文件。藉由在「縮寫」框鍵入用戶的縮寫並且選擇「保存」按鈕記錄修改，並且縮寫被自動附加在「另外的數據」域末尾。作為額外預防措施，包括「核實」按鈕來表示所有數據係正確的。
係數調整因數被用於修改樣本的係數(並且在關聯這一樣本的每個測試中)。在0和1之間的值將降低係數並且在1以上的值將升高係數。在多數情況下，重要的是醫療總監或關於樣本合適地有見識的人可以調整係數，因為它取決於正測定的細胞類型並且藉由觀察細胞系而實驗確定，如在Kravtsov(克拉夫佐夫)等人中注意到的。
介面右上側被用於描述樣本和樣本的運送條件。這一部分的域將根據在左上部分中選擇的樣本的類型而變化，該等樣本例如是組織、體液/滲出液、或血液/骨髓。
如果來自這一樣本的細胞係冷凍的並且儲存在液氮中，那麼每個管的位置將出現在右下表中。如果沒有細胞係冷凍的，那麼右下表將保持為禁用。
重要地，如果細胞系不是患者，那麼圖18的介面將出現作為代替。細胞系選自「細胞系」下拉清單。可以藉由在「克隆」下拉清單中選擇希望的細胞系複製來自另一細胞系的數據。當完成時，選擇「保存」按鈕並且 關閉介面。而且，可以將患者或細胞系分配給多個測試。為了從測試去除細胞系，可以選擇該細胞系並且使用鍵盤上的「刪除」鍵刪除，但是這並沒有從數據庫刪除細胞系自身。
編輯模板
對於任何特定測試，可以如圖19的介面所示編輯它的模板，圖19顯示了類比物理孔板的虛擬孔板，該物理孔板的內容物將經受讀取器中的OD測量。例如，物理96孔板係8 x 12的網格的孔，該等孔具有的孔位置每個都是由字母數字字符指定的。第一排的12個孔被指定為A1-A12，第二排的孔被指定為B1-B12，直至最後(第八)排孔被指定為H1-H12。在圖19的虛擬孔板介面中複製了這一安排。
介面的左側面板提供了用於定義內容物並且顯示單個孔的不同選項，並且編輯功能表列駐留在該等孔上方。各孔包含高達三種藥物和濃度、以及類型。由用戶選擇的任何孔被加上紅色邊界框，並且在左側面板中示出該孔的內容物。用戶熟悉的另外的選擇項也是可用的，包括多個孔部分和選擇範圍，允許同時將類似參數(藥物和濃度)應用至多個孔。圖20提供了編輯面板的模板的更詳細視圖，指示了可用於用戶的功能。注意到如果使用384孔板，那麼在面板底部的四個按鈕允許選擇該板的每一四分之一部分。例如，選擇左上側按鈕顯示孔A1- H12，類似於圖19中示出的孔，而選擇右上側按鈕顯示孔A13-H24，選擇左下側按鈕顯示孔I1-P12，以及選擇右下側按鈕顯示孔I13-P24。
為了應用選擇的改變，用戶選擇適當的「應用」按鈕。例如，單個「應用」按鈕將只在選擇的孔中應用它們的對應域，而「應用所有」按鈕將應用藥物、濃度、顏色、以及類型。還可以藉由在選擇後按「輸入」鍵應用選擇的藥物、濃度或類型。
「系列」按鈕被用於創建一系列稀釋，例如用於不同藥物濃度的測試，例如Carbo(卡鉑)250、500和750。連同希望的最低濃度選擇希望的孔(如在圖20的頂部藥物(Carbo 250)中示出)，並且當選擇「系列」按鈕，所有選擇的孔將以昇冪被分配有選擇的一或多種藥物以及一或多個濃度。
圖20頂部的編輯功能表列包括具有常規程式經驗使用者應熟悉的一些編輯選項和圖示。例如：複製(Ctrl+C)：將所有選擇的孔放入存儲緩衝器。
剪切(Ctrl+X)：將所有選擇的孔放入存儲緩衝器並且清除所有選擇的孔。
黏貼(Ctrl+V)：將複製到存儲緩衝器中的孔黏貼到第一選擇孔中。將保留緩衝的孔的模式。
黏貼線(Ctrl+L)：將複製到存儲緩衝器中的孔黏貼到第一選擇孔中。將連續黏貼所有選擇的孔。
清除孔(Del)：清除每個選擇的孔之內容物。
取消(Ctrl+Y)：取消先前動作，取決於進行了幾次修改，這可以進行多次。
重做(Ctrl+R)：重做未完成動作，這可以進行多次。
列印(Ctrl+P)：複製準備列印的PDF文件中的模板。該PDF將保存在本地電腦上的OPIE目錄的「模板」文件夾中。
列印藥物清單：這將產生包括在該模板中的所有非新制藥物的清單，包括稀釋物批次號、截止日期和定位。該PDF將保存在本地電腦上的OPIE目錄的「藥物」文件夾中。
保存(Ctrl+S)：保存模板的當前狀態。如果關閉視窗而沒有保存最後修改，那麼將提示用戶保存。如果選擇否，那麼將不保存模板。
創建.dws文件(「EP」按鈕)：創建.dws文件格式的模板來與epMotion一起使用，epMotion係Eppendorf International公司銷售的自動移液系統。該等.dws文件將保存在連接到epMotion系統上的本地電腦中的適當文件夾中，並且然後該文件將可用于epBlue的患者文件夾中。圖21中示出的彈出框將出現有以下選項。
複製：移液系統機器人將遞送藥物至兩個不 同的板中。
多分配：將以多分配模式分配複製藥物。如果不選擇，那麼將使用移液器模式作為代替。
示出測試模板：顯示可列印測試模板。
示出管位置模板：顯示可列印管位置模板。這一模板指示在熱擱物架(thermal racks)中的藥物等分部分的放置。
最終，編輯功能表列的最右側部分包括最好地在圖22中示出兩個下拉清單。該等選擇將由來自預設模板清單的模板取代當前模板。第一框被用於選擇模板分類，並且第二個框被用於選擇特定模板。為了克隆現有測試，可以從第一下拉清單選擇「克隆」選項，並且然後使用者選擇要複製的測試。快顯視窗將詢問是否應按與相關.dws文件相同的順序安排藥物。
開始測試
藉由選擇左側面板上的「開始測試」選項開始測試(或動力學)，該面板顯示「開始測試」介面給使用者，類似於圖23中示出的介面。第一步係選擇將用於該測試的讀取器，其一個實例係圖中示出的「SPE-06」。如果讀取器不可用，意味著讀取器忙碌，在伺服器上沒有安裝它的控制器，它的服務不運行，或選擇384孔板並且該讀取器不支持這一類型的板。
在開始測試前，必須進行「單次讀取」以確 定係數可用於該測試。用戶選擇圖23中的「單次讀取」按鈕來計算係數。如果在模板中沒有分配對照，那麼將出現警報消息，這防止使用者繼續進行該測試，直至在該模板中分配至少一個對照。如果伺服器並不響應，那麼通知連接逾時的警報消息將出現，這意味著讀取器未打開或讀取器服務未正確運行。
如果正確進行單次讀取，那麼對照孔將突出顯示，如圖24所示，並且係數將出現在上方的表中。如果係數不在可接受的界限內，那麼將出現警報消息。為了確保以正確取向放置該板，將測試孔A1。每個患者或細胞系測試需要孔A1裝填有17.5μl的培養基+2.5 υ1的貯存瓶的台盼藍0.1%(1：4)稀釋物。
在板的初始讀取後，如果在孔A1中返回的OD值不高於1.2，那麼警報消息將詢問板定向的核實。一旦建立了正確定向，那麼藉由輸入當前登錄使用者的密碼並且按OK解鎖「開始」按鈕。可以藉由選擇以下三個選項之一調整掃描範圍：自動：將由軟體確定掃描範圍。
全板：將掃描整個板。
手動：使用者可以選擇特定掃描範圍。
在圖24底部左側的藥物表被用於調整藥物目錄。包括在模板中的各藥物將出現在該表中(除了新制藥物)。可以調整用於準備該板的等分部分數目，並且該量將自動從目錄中減少。如果等分部分被用於準備多於一個 板，那麼用戶指示1用於開始的第一個測試並且設置0用於隨後的測試。
在已經定義所有以上參數後，藉由選擇「開始」按鈕開始測試。介面將凍結直至第一次讀取完成，並且然後可以關閉視窗。「開始」按鈕變為可以用於暫停測試的「暫停」按鈕。當測試暫停，將出現計時器來示出暫停的持續時間，並且出現「重啟」按鈕。在多數情況下，暫停不應持續超過15分鐘。為了重啟測試，用戶選擇「重啟」按鈕。藉由點擊「停止」按鈕，可以隨時停止測試。當測試停止時，將出現快顯視窗，詢問使用者測試狀態是否應被設置為「完整」。選擇「係」將把測試分類為「完整」，而選擇「否」將該測試分類為「不完整」。
在圖24中的藥物清單下方的「重置測試」按鈕被用於擦除所有累積的數據而不刪除測試自身。該選項不能是未完成的，並且如果進行了多於六次讀取，那麼該特徵係禁用的。從這一點來說，必須停止動力學測量並且必須創建新測試。
顯示測試結果
一旦已經進行測試，在類似於圖25中示出的介面的一介面中顯示測試結果。如果在384孔板中進行測試，那麼藉由使用虛擬孔板上方的選項卡，使用者可以流覽該板的四個分部分。所有測試參數可以包括在位於虛擬孔板下方的狀態列中。以下描述了對使用者而言影響結果 顯示的可選擇選項：示出藥物：顯示分配給每個孔的藥物，而不是計算結果。
示出結果：顯示計算結果、KU、VMax、以及在點VMax的對照的斜率。對照孔將顯示係數的值，而不是KU值。
縮放：用於縮放為曲線。必須首先藉由在虛擬孔板中選擇一或多個孔來指示一圖。可以將多個曲線縮放到同一圖中，如圖26中示出，這顯示了來自一測試的三個生成的OD曲線。
掩蔽：為了掩蔽一個孔，用戶選擇一個孔，並且然後選擇「掩蔽」按鈕。在建立報告期間，將忽略掩蔽的孔。為瞭解掩蔽一個孔，選擇先前掩蔽的孔，並且然後選擇「掩蔽」按鈕。掩蔽的孔將出現為透明的。
重載：將重新進行所有計算而不用必須關閉並且重開結果顯示。如果參數改變，那麼必需重載數據用於使該改變生效。
列印：產生結果的準備列印的PDF文件。
輸出：複製所有KU到一.txt文件中。
取消選擇：將每個選擇的孔取消選擇。
AS：自動標尺，這將調整該標尺，使得所有曲線的整體都將可見。
其他選項允許調整曲線圖中的Y標尺，其中Y範圍代表有待顯示在該圖中的最低值和最高值之間的距 離，並且所有圖都將遵循同一標尺。還顯示進度條來指示動力學的進展。
可以藉由按住鍵盤上的Ctrl鍵並且選擇希望的孔來顯示特定孔的原始OD、讀取順序、以及相關數據。數據出現在圖25右側上，但是數據的詳細視圖示出在圖27中。該表包含KU的計算的所有細節。突出顯示的排指示VMax的位置，這係其中在結果中計算並且報告KU的點。
藉由將更低值輸入圖27的「使用第一」框，可能在某一讀數後迫使計算停止，這將忽略曲線的一部分。「唯一」按鈕將限制該局限僅在選擇的孔，而「所有」按鈕將該限制應用于每個孔。不在計算中使用的曲線部分將在圖中顯著示出。為了分配特定VMax，用戶可以改變「VMaxPts」域中的值，並且選擇「唯一」按鈕將這一VMax分配給突出顯示的孔，或者選擇「所有」按鈕將其分配給測試中的所有孔。「係數調整因數」框被用於調整當前係數，並且當前係數將乘以該域中的值。
重要地，如果利維-詹寧斯(Levey-Jennings，LJ)細胞系被分配給測試，那麼將出現另外的按鈕來允許使用者進行以下選項。「保存LJ」按鈕(與25中示出)將允許用戶保存累積利維-詹寧斯數據庫中的所有未掩蔽的KU(分配給LG細胞系)。該等KU將包括在用於比較先前的和其他測定的總平均值和標準差中。「Del LJ」按鈕(圖25中示出)將允許用戶從利維-詹寧 斯數據庫中去除包括在這一測試中的所有KU。將更新總平均值和標準差來去除該等值。可以藉由選擇「保存LJ」5按鈕，將刪除的值添加回數據庫中。
將KU保存到利維-詹寧斯數據庫或打開已經保存在數據庫中的具有KU的測試的結果，將使一新選項卡緊靠板象限選項卡出現，也在圖25中示出。選擇該等選項卡將示出與具有LJ擴展的所選藥物關聯的利維-詹寧斯圖，類似於圖28中示出的圖。使用先前保存到利維-詹寧斯數據庫的所有KU來計算平均值和標準差。圖28中示出的圖上，一條線代表平均數，而其他分別代表1SD、2SD和3SD。從積累的數據計算所有統計數值。
管理項目
「項目」選項卡及其選項在圖29中示出，並且類似於「測試」選項卡。這允許用戶將測試分類，使它們更容易找到。為了打開一項目，用戶選擇項目名。為了創建一新項目，用戶選擇<添加項目>選項，鍵入項目名稱，並且選擇OK。
為了添加測試至項目，用戶選擇項目名來展開樹狀目錄，並且然後選擇<添加測試>選項。將出現包含所有現有測試ID之介面。用戶選擇希望的測試，並且然後選擇<添加現有>選項。還可能創建新測試。而且，測試可以包括在多於一個項目中。
為了從項目去除測試，使用者選擇測試並且 使用鍵盤上的「刪除」鍵。測試將從項目去除，但是在「測試」選項卡中它仍然可用。同樣，為了刪除項目，用戶選擇項目名並且使用鍵盤上的「刪除」鍵。
管理患者
「患者」選項卡用於顯示OPIE中的所有患者相關訊息。導航類似於「測試」選項卡，並且包括可以如在此所述展開的以下可選擇選項，如圖30中示出。
編輯/查看：這與在「測試」選項卡中編輯細胞系是相同的。
結果(包括測試編號)：查看包括的測試編號的結果(參見「測試」選項卡部分的「結果」部分)。將針對這一樣本被分配至其的每個測試創建一節點。如果將對照細胞測試分配給這一測試編號，那麼對照測試的編號將出現在「對照」文件夾下。
報告：查看這一患者報告。只有醫療總監或具有合適高憑證的其他人才可以編輯該報告。具有較低憑證的其他使用者局限于查看和傳真歷史。
圖：查看/上載分配給這一患者的所有圖。為了查看一個圖，用戶選擇圖名。
為了添加圖，用戶選擇<添加圖>選項，並且將出現圖31的介面。「打開文件」按鈕用於選擇需要上載的圖。在多數電腦上可以藉由按下Ctrl鍵來選擇多個文件。應注意只選擇在相同分類中的圖，即並不同時選擇 ICC和板圖。當打開圖時，用戶選擇圖分類並且選擇「保存」按鈕。圖名將出現在對應於在點擊「保存」按鈕前選擇的分類的節點中。藉由選擇在樹形目錄中的圖並且使用鍵盤上的「刪除」鍵來刪除圖。
報告存檔在「報告」文件夾下，該文件夾可以展開來看到與患者關聯的所有報告。如果沒有為該患者書寫報告，那麼將只出現<添加報告>節點，否則將出現測試編號的連接。這一連接係報告ID，並且它由用於創建這一報告的所有測試ID的報告ID組成。如果創建報告而不使用來自測試的數據，那麼「沒有數據」節點將出現。
為了顯示與報告關聯的數據，用戶選擇報告ID並且將出現圖32的介面。為了查看該報告，用戶選擇「查看報告」按鈕。為了查看具有適合於傳真傳輸的黑白表的報告，使用者選擇「查看傳真報告」。如果傳真了報告，那麼在適當文本域中示出接收者姓名和傳真號，並且可以藉由選擇「添加接收者」來添加另外的接收者。一旦進行了這一切，報告被標記為完整的並且不能進行任何進一步編輯。從這一點來說，將需要醫療總監或類似官員來創建附錄報告。
如果用戶的登錄憑證允許他創建報告，那麼出現圖33的介面，而不是圖32的介面。介面頂部的選項卡用於在報告的各部分之間導航。「圖」選項卡用於建立將在報告中出現的圖。在這一部分中，可能從圖和圖例去除一個系列，並且編輯Y範圍和標記。在圖下方的「示出 /隱藏」選項卡用於從圖去除一個系列。為了做到這點，用戶選擇希望從圖去除的系列的名稱。去除的系列將列出為圖例中的ND(未顯示的數據)。
圖33的圖下方的「編輯圖例」選項卡用於從圖例去除一個系列並且用於編輯標記，其展開以提供圖34中示出的選項。為了編輯一個系列，使用者從清單選擇系列的名稱，挑選希望的形狀，調整滑塊來改變圖中標記的大小，並且挑選顏色。選擇「設置「按鈕來在選擇另一系列前保存修改。「圖例上示出」核取方塊用於在圖例上去除或顯示系列。圖34中的「編輯背景」選項卡用於調整Y軸的範圍、該等部分的大小、該等部分的顏色、以及該等系列的形狀。
返回圖32，可以展開「推薦」選項卡來顯示圖35的介面，其餘選項卡(即「解釋」、「評論」、「研究」、「連絡人」、以及「完結報告」)也使用該介面。上部部分(文本區)用於鍵入有待被包括在報告的藥物選擇部分中的文本，並且下部部分示出將包括在報告中的表。不同另外的選項允許使用者控制報告的內容和格式。
圖36的這一「完結報告」選項卡介面類似於以上關於圖32所描述的「查看/註冊傳真」介面，並且在這兩個介面之間共用的數據域用於相同目的。
最終，如果報告被標記為完整的並且使用者希望編輯這一報告，一消息介面將詢問使用者是否想要創 建附錄報告。如果選擇「否」，那麼將出現報告編輯介面，但是每個部分都將是鎖定的，除了「完結報告」部分。如果選擇「是」，那麼將出現新報告編輯介面。然後產生的報告將包含可以與其他文本部分一樣編輯的附錄部分。附錄報告將在報告ID中具有附錄編號。
其他設置和訊息
OPIE系統的「其他」選項卡包含互補模組和管理模組。當使用者選擇「其他」選項卡，面板顯示圖37中示出的選項。
「單次讀取」模組用於進行板的單次讀取並且進行係數計算。為了進行單次讀取，用戶選擇「單次讀取」按鈕並且將出現圖38的介面。左側部分包含將顯示所有OD的虛擬孔表，並且在圖39中更清晰示出的右側部分包含進行單次讀取和係數計算的介面。參考圖39，介面的上部部分用於選擇細胞系和挑選包含適當細胞系的孔。為了建立一個孔，選擇相應的有色按鈕，並且然後使用者在該孔內選擇。以與細胞系相同方式關聯空白。如果板並不包含任何空白，那麼可以分配固定值。必須在讀板之前選擇孔板類型(96或384)和波長。為了讀板，使用者選擇「讀取」按鈕。為了進行係數計算，使用者選擇「計算」按鈕，這在每次讀取可以進行多次(可以改變孔分配而不必需重複讀取該板)。「輸出」按鈕將創建包含所有OD的文字文件。「列印」按鈕將連同計算的係數和 鍵入「評論」文本區的評論一起列印虛擬孔表。
「管理藥物」模組用於管理藥物目錄並且用於視覺化藥物製劑表格。OPIE系統自動管理藥物目錄。例如，當開始測試，將自動更新目錄。選擇「管理藥物」按鈕顯示圖40的介面。以使用類似介面的人熟悉的方式，可以添加、保存、和刪除藥物。必須注意要核實稀釋物截止日期並未超過貯存截止日期。使用者可以使用位於上部圖示欄中的定向按鈕流覽目錄。列在模板中的藥物直接聯系列在目錄中的藥物。
如果希望，使用者可以使用日曆圖示只示出設置在選擇的時間範圍內截止的藥物，同時緊靠日曆圖示的框用於調整時間範圍。為了包括貯存截止，用戶可以選擇「貯存」核取方塊，並且為了包括稀釋，選擇「稀釋」核取方塊。「留下的等分部分」框用於包括具有小於某一數目的留下的等分部分的藥物，其設置(最小數目的留下的等分部分)可以由使用者來進行選擇。「準備新制的」核取方塊用以指示藥物必須是新制準備的，並且選擇這一核取方塊將去除與稀釋關聯的域(右欄)。當經由日曆圖示使用「示出截止的藥物」按鈕時，標記為「研究和開發」(R&D)的藥物將不出現。
選擇「顏色可以干擾」核取方塊指示藥物係有色藥物，該有色藥物的特性可以干擾分光光度計的OD測量。當以此方式，開始具有包括標記為「有色」藥物的模板的測試時，將出現給用戶一警示方塊。
為了上載稀釋製劑表格，使用者選擇「保存表格」按鈕，並且將覆蓋先前上載之表格。為了查看稀釋製劑表格，使用者選擇「查看表格」按鈕。
在圖40左側底部的「濃度」表列出了用於這一藥物的所有可能等分部分之濃度。在模板編輯器中的濃度清單直接連接到這一清單。為了添加濃度，使用者在文本域中鍵入該值並且選擇「添加」按鈕。為了去除濃度，使用者選擇清單中的濃度並且使用鍵盤上的「刪除」鍵。
「管理讀取器」模組用於設置讀取器，它包括到伺服器的物理連接以及出現在OPIE系統內的它們的邏輯名。訪問「管理讀取器」模組可以被限制在管理者以及具有合適高登錄憑證的其他人。當使用者選擇「管理讀取器」按鈕，顯示圖41的介面，並且使用以下步驟將讀取器添加至OPIE：創建「埠」。「埠」代表到伺服器的物理連接。為了創建「埠」，使用者在埠清單下的文本域輸入埠名，並且使用者選擇「+」按鈕。為了看可用埠的清單以及伺服器上的埠名，選擇伺服器上的「裝置管理器」並且展開埠節點。OPIE系統中的埠名必須匹配「裝置管理器」中列出的名稱。
創建IPS(網際網路電源開關)。使用者在IPS清單下的文本域中輸入IPS名，並且然後選擇一埠。該埠必須匹配用於連接IPS至伺服器的埠。
創建或選擇讀取器類型。如果讀取器可以讀 取384孔板，那麼用戶在「讀取器類型」清單下的文本域中輸入讀取器類型，並且檢查「支援384孔」核取方塊。當用戶嘗試開始使用更大孔板的測試時，這將確保只有支持384孔板的讀取器將是可用的。
創建邏輯讀取器名。使用者在讀取器表下的文本域中輸入讀取器邏輯名，這係將出現在「開始測試」和「單次讀取」介面中的讀取器清單中的名稱。然後用戶選擇對應於伺服器埠的埠，讀取器在該伺服器埠連接至伺服器。選擇對應的讀取器類型，連同讀取器連接的IPS以及讀取器接通的IPS上的出口編號。最後，使用者在最後的文本域中輸入套介面埠(socket port)編號，因為各讀取器必須具有其自己的唯一套介面編號。可用套介面埠編號在4900至4999的範圍內。使用者選擇「+」按鈕來添加讀取器至表中。可以藉由選擇需要修改的域來編輯讀取器表。物理埠只可以關聯一個裝置，所以必須注意核實各埠只使用一次。
如圖42的介面顯示，「管理細胞系」模組用於編輯、創建、刪除細胞系，並且還用於為使用下式的係數計算設置最優值：係數=X/(平均OD對照-平均OD空白)
其中X=最優值。
為了創建新細胞系，使用者在表下的文本域中輸入細胞系名和最優值，並且然後選擇「+」按鈕。可以藉由選擇表中的值改變最優值。不能重新命名細胞系， 而是必須刪除和重建。重要地，刪除細胞系將破壞使用刪除的細胞系的每個測試中的計算。
「管理使用者」模組用於編輯、創建、和刪除使用者，並且它顯示圖43中示出的介面。可以由任何使用者使用「改變當前使用者密碼」選項卡來改變他的密碼。為了改變密碼，使用者輸入舊密碼隨後輸入新密碼，並且選擇OK按鈕。「查看/修改/刪除」選項卡包含具有所有使用者說明的表。為了修改用戶參數，用戶選擇該域來修改並且輸入新值。藉由選擇用戶名並且使用鍵盤上的「刪除」鍵，進行刪除用戶。「添加使用者」選項卡用於創建具有在類似情況中常採用的數據域的新用戶，包括用於在登錄時核實認證憑證的訪問水平。
「管理模板」模組用於創建或編輯預定義的模板。該介面與圖19的測試模板編輯器相同，除了類型分配(類型被保留為空的)。
「參數」模組用於定義並且編輯很多默認OPIE設置，如在圖44A、圖44B、和圖44C的介面中顯示。該等參數被分為三個分類：「計算」、「報告」、和「測試默認」。關於如圖44A中示出的「計算」，這意味著影響如何計算KU的參數，例如：警報KU：如果KU高於這一值，那麼這一KU將出現在報告編輯視窗中的紅色背景上。在操作該板期間，一般會由操作錯誤(氣泡、無油、等)引起高於這一值的KU，並且應進行該板視覺檢驗以確認該值係真實 的。
AML/CLL標尺：如果細胞與AML或CLL關聯，那麼最終KU將乘以這一參數。
閾值：在計算V MAX期間，如果用於計算斜率的兩個OD並不具有高於設置閾值的差異，那麼將認為該斜率係無效的。
最低檢測極限：低於這一值的任何KU都將被認為是無效的，並且在報告中，它們將被NS(不敏感)取代。
利維-詹寧斯計算截止：當計算統計數值時將不考慮在這一數據之前積累的每個利維-詹寧斯數據，並且不顯示在總圖中。
關於圖44B中示出的「報告」，這意為影響該等報告輸出的參數，例如實驗室位址、免責聲明、字體、用於圖像之預設文件夾、以及其他識別訊息。
關於如圖44C中示出的「測試默認」，這意味著當創建新測試時，使用該等參數。
向回參考圖37，對於「其他」選項卡下的其餘模組而言，「管理追蹤」模組可以用於編輯、創建、刪除、並且發送樣本收集套裝給保健提供者。
「報告模板」模組允許醫療總監或類似地經認證的用戶編輯並且創建報告模板。
「輸出最大KU至.csv」模組的允許使用者輸出包含來自樣本ID和藥物清單的最大KU的文件。
「建立柱狀圖」模組允許創建用於任何測試組合的藥物對比KU的柱狀圖，如圖45的介面中示出。這還將產生用於選擇的測試的基礎統計數值。上表示出用於各單個地選擇的測試的所有統計數值，同時下表示出處理為單集的所有選擇的測試的統計數值。中表示出用於每個選擇的測試的每個孔的所有KU。中圖係顯示對於每個選擇的測試的藥物濃度對比平均KU的柱狀圖，並且對每個藥物濃度構建利維-詹寧斯圖。該等統計數值都不使用來自總利維-詹寧斯的數據。
「總利維-詹寧斯」模組顯示所有積累的利維-詹寧斯數據，如圖46介面中示出。該等圖係標準利維-詹寧斯(LJ)圖。對保存在總利維-詹寧斯數據庫中的所有LJ細胞系-LJ藥物組合產生一個圖。2SD外每個點具有超出範圍值的測試ID標記以及孔位置。
「氮罐模組」允許使用者管理氮儲存中的所有項目，該等項目與貫穿OPIE系統的測試聯繫使用。
最終，關於圖47A直至圖47H，示出了聯繫本發明使用的關係數據庫結構的較佳的實施方式。雖然由於空間限制順序地提供了該等圖，但是它們可以被安排在3 X 3網格中，使得不同構成之間的關係和連接可以被更好理解。例如，圖47A-圖47C將包括第一排網格，圖47D-圖47F將包括中間排的網格，並且圖47G-圖47H將包括第三排網格的前兩個部分。與常見的一樣，鑰匙圖示表示貫穿數據庫的其他區，其值或內容保持相同的唯一功 能變數名稱。
樣品報告
附錄A、B、和C係基於在此描述的測試由OPIE產生的典型樣品報告。每個樣品報告提供了關於患者和醫學症狀的臨床訊息。為了比較目的，提供了一個表，指示對在來自樣本的活細胞上測試的藥物候選物(以它們可能的有效性次序)，連同它們各自的最大動力學單位(KU)。該等報告還包括針對測試的藥物候選物的不同濃度，關於細胞凋亡(KU)的比較圖表。評論還包括描述從該等測試獲得的結果的那些，連同對在那些條件下表現最好的藥物候選物之推薦。為了進一步的比較目的，該等報告還包括藥物的清單，該等藥物目前代表了對特定癌症及其進展階段的護理的最佳實踐或標準。
附錄A係基於在涉及肺癌轉移的實體瘤樣本上進行的測試之報告。該報告指示了紫杉醇(最大值7.6KU)，隨後是具有6.0KU的順鉑和紫杉醇之組合。
附錄B係基於在涉及急性髓細胞性白血病(AML)的血液樣本上進行的測試之報告。該報告指示環磷醯胺(Cytoxan)(環磷醯胺(cyclophosphamide))給出具有7.4KU的高有效性，雖然環磷醯胺並不是用於AML的典型選擇藥物。當與柔紅黴素組合使用時，達到9.8KU的更高值，提示這一組合將比單獨使用環磷醯胺更有效。
附錄C係基於在涉及乳癌滲出液樣本上進行的測試之報告。環磷醯胺與阿黴素和多西他賽的組合指示7.9KU的敏感性，提示這一組合係對於這一患者的推薦藥物方案。
就像各參考確切並且單個地旨在藉由引用而合併，藉由引用將本說明書中引用的所有參考合併在此。任何參考的引用都是針對其先於申請日的揭露，並且都不應解釋為承認借助在先發明，本發明無權享有先於此類參考。
將理解，上述各要素，或兩個或更多個一起還可以發現在不同於上述類型的其他類型的方法中的有用應用。不經進一步分析，以上內容將如此完全地揭示本發明的要點，以至於其他人可以藉由應用現有知識，容易地將其改編用於不同應用，而不省略以下特徵：從先前技術觀點，清楚地構成所附申請專利範圍中陳述的本發明的通用或特定方面之本質特徵。只藉由舉例呈現以上實施方式；本發明範圍將只由以下申請專利範圍所限制。

Claims (42)

  1. 一種用於確定抗癌藥物相對有效性之電腦系統，包括：一處理器，該處理器係該電腦系統的一硬體部件；以及一與該處理器通信的記憶體，該記憶體儲存多個指令，當該多個指令由該處理器執行的時候執行以下步驟：(a)提供一介面應用，在電子裝置上顯示，所述介面具有可選擇選項，該等選項包括用來管理藥物測試參數的至少一個選項；(b)經由一電子輸入裝置，響應該選項的一使用者選擇來管理藥物測試參數，選擇關於一虛擬孔板的希望的藥物測試參數，該虛擬孔板與一分光光度計的一物理孔板關聯，該分光光度計與該處理器電子通信，以及將該等藥物測試參數儲存到一數據庫中；(c)經由一電子輸入裝置，響應一使用者選擇，使該分光光度計開始一藥物測試，其中該物理孔板包括至少一個測試孔，該測試孔包含：(1)存活癌細胞；以及(2)按一預定濃度存在的至少一個藥物候選物；以及只包含該等存活癌細胞的至少一個對照孔；(d)在一預定波長，在選擇的時間間隔記錄該孔的光密度持續一選擇的持續時間，並且將該光密度和該等時 間測量儲存在該數據庫中；(e)從該光密度和該等時間測量計算一活性值；以及(f)顯示該活性值和該藥物候選物誘導該等癌細胞凋亡的能力之間的一相關性。
  2. 如申請專利範圍第1項所述之電腦系統，其中該活性值係基於該光密度中的變化而計算的一動力學單位值，該光密度的變化作為時間的函數、由細胞凋亡引起。
  3. 如申請專利範圍第1項所述之電腦系統，其中該介面進一步包括至少一個選項來管理藥物測試項目。
  4. 如申請專利範圍第1項所述之電腦系統，其中該介面進一步包括至少一個選項來管理要測試其癌細胞的患者。
  5. 如申請專利範圍第1項所述之電腦系統，其中該介面進一步包括至少一個選項來管理與該等藥物測試關聯的管理任務。
  6. 如申請專利範圍第1項所述之電腦系統，其中該數據庫駐留在由一或多個工作站訪問的一伺服器上。
  7. 如申請專利範圍第6項所述之電腦系統，其中該伺服器包括與一或多個分光光度計通信的一或多個服務。
  8. 如申請專利範圍第1項所述之電腦系統，進一步包括與該數據庫通信的一電子警報，其中當檢測到光密度數據中的一異常正儲存至該數據庫時，該警報發送一通知至一指定的接收者。
  9. 如申請專利範圍第6項所述之電腦系統，進一步包括與該伺服器通信的實現該分光光度計的遠程電力循環的一遠程電力開關、可操作地與該遠程電力開關通信的一電池、以及能夠給該電池充電的一發電機。
  10. 如申請專利範圍第1項所述之電腦系統，其中該介面包括至少一個選項，來基於該活性值與該藥物候選物誘導癌細胞中凋亡的能力之間的相關性產生一或多個報告。
  11. 如申請專利範圍第10項所述之電腦系統，其中該報告包括多個測試的藥物候選物之間的比較數據。
  12. 如申請專利範圍第10項所述之電腦系統，其中該報告包括該等測試的藥物候選物按它們各自活性值的順序的一清單。
  13. 如申請專利範圍第10項所述之電腦系統，其中該報告包括針對該等測試的藥物候選物的一或多個濃度，關於該等測試的藥物候選物的活性值的一比較圖表。
  14. 如申請專利範圍第1項所述之電腦系統，其中該介面進一步包括至少一個選項來管理聯繫該等藥物測試使用的細胞系。
  15. 一種具有明白地儲存在其上的程式指令之電腦可讀媒體，用於確定抗癌藥物相對有效性，該等程式指令包括用於以下項的指令：(a)提供與一處理器通信的一介面應用，該處理器係電腦系統的一硬體部件，其中在一電子裝置上顯示該介 面應用，所述介面具有可選擇選項，該等選項包括至少一個選項來管理藥物測試參數；(b)經由一電子輸入裝置，響應該選項的一使用者選擇來管理藥物測試參數，選擇關於一虛擬孔板的希望的藥物測試參數，該虛擬孔板與一分光光度計的一物理孔板關聯，該分光光度計與該處理器電子通信，以及將該等藥物測試參數儲存到一數據庫中；(c)經由一電子輸入裝置，響應一使用者選擇，使該分光光度計開始一藥物測試，其中該物理孔板包括至少一個測試孔，該測試孔包含：(1)存活癌細胞；以及(2)按一預定濃度存在的至少一個藥物候選物；以及只包含該等存活癌細胞的至少一個對照孔；(d)在一預定波長，在選擇的時間間隔記錄該孔的光密度持續一選擇的持續時間，並且將該光密度和該等時間測量儲存在該數據庫中；(e)從該光密度和該等時間測量計算一活性值；以及(f)顯示該活性值和該藥物候選物誘導該等癌細胞凋亡的能力之間的一相關性。
  16. 如申請專利範圍第15項所述之電腦可讀媒體，其中該活性值係基於該光密度中的變化而計算的一動力學單位值，該光密度的變化作為時間的函數、由細胞凋亡引 起。
  17. 如申請專利範圍第15項所述之電腦可讀媒體，其中該介面進一步包括至少一個選項來管理藥物測試項目。
  18. 如申請專利範圍第15項所述之電腦可讀媒體，其中該介面進一步包括至少一個選項來管理要測試其癌細胞之患者。
  19. 如申請專利範圍第15項所述之電腦可讀媒體，其中該介面進一步包括至少一個選項來管理與該等藥物測試關聯之管理任務。
  20. 如申請專利範圍第15項所述之電腦可讀媒體，其中該數據庫駐留在由一或多個工作站訪問的一伺服器上。
  21. 如申請專利範圍第20項所述之電腦可讀媒體，其中該伺服器包括與一或多個分光光度計通信的一或多個服務。
  22. 如申請專利範圍第15項所述之電腦可讀媒體，進一步包括與該數據庫通信的一電子警報，其中當檢測到光密度數據中的一異常正儲存至該數據庫時，該警報發送一通知至一指定的接收者。
  23. 如申請專利範圍第20項所述之電腦可讀媒體，進一步包括與該伺服器通信的實現該分光光度計的遠程電力循環的一遠程電力開關、可操作地與該遠程電力開關通信的一電池、以及能夠給該電池充電的一發電機。
  24. 如申請專利範圍第15項所述之電腦可讀媒體，其中該介面包括至少一個選項，來基於該活性值與該藥物候選物誘導癌細胞中凋亡的能力之間的相關性產生一或多個報告。
  25. 如申請專利範圍第24項所述之電腦可讀媒體，其中該報告包括多個測試的藥物候選物之間的比較數據。
  26. 如申請專利範圍第24項所述之電腦可讀媒體，其中該報告包括該等測試的藥物候選物按它們各自活性值的順序的一清單。
  27. 如申請專利範圍第24項所述之電腦可讀媒體，其中該報告包括針對該等測試的藥物候選物的一或多個濃度，關於該等測試的藥物候選物的活性值的一比較圖表。
  28. 如申請專利範圍第15項所述之電腦可讀媒體，其中該介面進一步包括至少一個選項來管理聯繫該等藥物測試使用之細胞系。
  29. 一種用於確定抗癌藥物的相對有效性之方法，包括：(a)提供與一處理器通信的一介面應用，該處理器係電腦系統的一硬體部件，其中在一電子裝置上顯示該介面應用，所述介面具有可選擇選項，該等選項包括至少一個選項來管理藥物測試參數；(b)經由一電子輸入裝置，響應該選項的一使用者選擇來管理藥物測試參數，選擇關於一虛擬孔板的希望的藥物測試參數，該虛擬孔板與一分光光度計的一物理孔板 關聯，該分光光度計與該處理器電子通信，以及將該等藥物測試參數儲存到一數據庫中；(c)經由一電子輸入裝置，響應一使用者選擇，使該分光光度計開始一藥物測試，其中該物理孔板包括至少一個測試孔，該測試孔包含：(1)存活癌細胞；以及(2)按一預定濃度存在的至少一個藥物候選物；以及只包含該等存活癌細胞的至少一個對照孔；(d)在一預定波長，在選擇的時間間隔記錄該孔的光密度持續一選擇的持續時間，並且將該光密度和該等時間測量儲存在該數據庫中；(e)從該光密度和該等時間測量計算一活性值；以及(f)顯示該活性值和該藥物候選物誘導該等癌細胞凋亡的能力之間的一相關性。
  30. 如申請專利範圍第29項所述之方法，其中該活性值係基於該光密度中的變化而計算的一動力學單位值，該光密度變化作為時間的函數、由細胞凋亡引起。
  31. 如申請專利範圍第29項所述之方法，其中該介面進一步包括至少一個選項來管理藥物測試項目。
  32. 如申請專利範圍第29項所述之方法，其中該介面進一步包括至少一個選項來管理要測試其癌細胞之患者。
  33. 如申請專利範圍第29項所述之方法，其中該介面進一步包括至少一個選項來管理與該等藥物測試關聯之管理任務。
  34. 如申請專利範圍第29項所述之方法，其中該數據庫駐留在由一或多個工作站訪問的一伺服器上。
  35. 如申請專利範圍第34項所述之方法，其中該伺服器包括與一或多個分光光度計通信的一或多個服務。
  36. 如申請專利範圍第29項所述之方法，進一步包括與該數據庫通信的一電子警報，其中當檢測到光密度數據中的一異常正儲存至該數據庫時，該警報發送一通知至一指定接收者。
  37. 如申請專利範圍第34項所述之方法，進一步包括與該伺服器通信的實現該分光光度計的遠程電力循環的一遠程電力開關、可操作地與該遠程電力開關通信的一電池、以及能夠給該電池充電的一發電機。
  38. 如申請專利範圍第29項所述之方法，其中該介面包括至少一個選項，來基於該活性值與該藥物候選物誘導癌細胞中凋亡的能力之間的相關性產生一或多個報告。
  39. 如申請專利範圍第38項所述之方法，其中該報告包括多個測試的藥物候選物之間的比較數據。
  40. 如申請專利範圍第38項所述之方法，其中該報告包括該等測試的藥物候選物按它們各自活性值的順序的一清單。
  41. 如申請專利範圍第38項所述之方法，其中該報 告包括針對該等測試的藥物候選物的一或多個濃度，關於該等測試的藥物候選物的活性值的一比較圖表。
  42. 如申請專利範圍第29項所述之方法，其中該介面進一步包括至少一個選項來管理聯繫該等藥物測試使用的細胞系。
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Families Citing this family (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9476871B2 (en) 2012-05-02 2016-10-25 Diatech Oncology Llc System and method for automated determination of the relative effectiveness of anti-cancer drug candidates
AU2013263337A1 (en) * 2012-05-15 2014-12-04 Diatech Oncology Tumor cell isolation/purification process and methods for use thereof
US9460407B2 (en) * 2013-05-03 2016-10-04 Sap Se Generating graphical representations of data
WO2015171848A2 (en) * 2014-05-08 2015-11-12 Diatech Oncology, Llc Synergism and antagonism between multiple anti-cancer agents determined by mick assay
JP6521528B2 (ja) * 2016-04-18 2019-05-29 富士フイルム株式会社 代替医薬品検索装置及び代替医薬品検索方法
US11151604B2 (en) * 2016-06-10 2021-10-19 International Business Machines Corporation Revenue management using dynamic customer selection
CN110047562B (zh) * 2019-05-14 2021-04-27 上海上药第一生化药业有限公司 一种基于酶活力测定法的效价检测的信息化结构和方法
US20200388355A1 (en) * 2019-06-07 2020-12-10 Cary A. Presant Method and devices for direct apoptosis assay of purified cells

Family Cites Families (21)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5068181A (en) * 1989-12-01 1991-11-26 Akzo N.V. Method of monitoring reagent delivery in a scanning spectrophotometer
US5356793A (en) 1990-03-15 1994-10-18 Nitta Gelatin Inc. Method for testing the sensitivity of anticancer drug
US6077684A (en) 1996-11-14 2000-06-20 Vanderbilt University Automated assay for measuring apoptosis in cell culture
CN1220395A (zh) * 1997-12-15 1999-06-23 中国科学院生物物理研究所 一种基于微量元素分布特征的抗癌药物筛选方法
US6448030B1 (en) 2000-02-18 2002-09-10 University Of Nevada-Las Vegas Method for predicting the efficacy of anti-cancer drugs
WO2002040702A2 (en) * 2000-11-09 2002-05-23 Vanderbilt University Methods for the treatment of cancer and other diseases and methods of developing the same
WO2002046750A2 (en) 2000-11-13 2002-06-13 Vanderbilt University Methods of predicting chemotherapy response
WO2002058533A2 (en) 2000-11-17 2002-08-01 Slanetz Alfred E Process for determining target function and identifying drug leads
JP2005519610A (ja) * 2002-03-13 2005-07-07 エフ．ホフマン−ラ　ロシュ　アーゲー 薬剤感受性規定因子の選択方法および選択された因子を用いた薬剤感受性の予測方法
US6900058B2 (en) * 2003-03-11 2005-05-31 Bionostics, Inc. Control solution for photometric analysis
JP2008536128A (ja) * 2005-04-09 2008-09-04 セル バイオサイエンシズ，インコーポレイテッド 自動化微小体積アッセイシステム
CN1954887A (zh) * 2005-10-28 2007-05-02 中国科学院大连化学物理研究所 一种体外抗癌药物筛选模型的制备方法
US7736905B2 (en) 2006-03-31 2010-06-15 Biodesix, Inc. Method and system for determining whether a drug will be effective on a patient with a disease
KR100721927B1 (ko) 2006-10-31 2007-05-28 이수앱지스 주식회사 암조직에서 암세포를 분리하는 방법
GB2474613A (en) 2008-07-10 2011-04-20 Nodality Inc Methods and apparatus related to management of experiments
WO2010148252A1 (en) * 2009-06-17 2010-12-23 Jody Vykoukal Method and apparatus for quantitative microimaging
KR101533469B1 (ko) 2010-02-03 2015-07-02 연세대학교 산학협력단 Ｒａｓ의 Ｔｈｒ-144번과 Ｔｈｒ-148번의 인산화의 감지를 통한 암 진단 방법, 항암제 스크리닝 및 약효테스트 방법
US20110244503A1 (en) * 2010-03-31 2011-10-06 Perree Mathieu System and Method for Anti-Cancer Drug Candidate Evaluation
US8475739B2 (en) * 2011-09-25 2013-07-02 Theranos, Inc. Systems and methods for fluid handling
US9476871B2 (en) 2012-05-02 2016-10-25 Diatech Oncology Llc System and method for automated determination of the relative effectiveness of anti-cancer drug candidates
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