TR2022001648A2 - Ush2a kaynaklı retinitis pigmentosa hastalığının genetik tedavisi için ekzon 13 atlama işlevi gören kseno nükleik asit antisens-oligonükleotit (xna-aso) dizileri. - Google Patents
Ush2a kaynaklı retinitis pigmentosa hastalığının genetik tedavisi için ekzon 13 atlama işlevi gören kseno nükleik asit antisens-oligonükleotit (xna-aso) dizileri.Info
- Publication number
- TR2022001648A2 TR2022001648A2 TR2022/001648A TR2022001648A TR2022001648A2 TR 2022001648 A2 TR2022001648 A2 TR 2022001648A2 TR 2022/001648 A TR2022/001648 A TR 2022/001648A TR 2022001648 A TR2022001648 A TR 2022001648A TR 2022001648 A2 TR2022001648 A2 TR 2022001648A2
- Authority
- TR
- Turkey
- Prior art keywords
- nucleic acid
- xna
- aso
- dna
- sequence
- Prior art date
Links
- 238000012230 antisense oligonucleotides Methods 0.000 title claims abstract description 45
- 239000000074 antisense oligonucleotide Substances 0.000 title claims abstract description 40
- 208000007014 Retinitis pigmentosa Diseases 0.000 title claims abstract description 33
- 238000011282 treatment Methods 0.000 title claims abstract description 22
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 title claims abstract description 8
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 title abstract description 14
- 239000002253 acid Substances 0.000 title abstract description 5
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 title description 4
- 102100037930 Usherin Human genes 0.000 claims abstract description 21
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims abstract description 16
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 16
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 claims abstract description 14
- 101710138401 Usherin Proteins 0.000 claims abstract description 6
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 50
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 50
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 36
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 29
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 29
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 28
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims description 18
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims description 18
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 16
- 108091093094 Glycol nucleic acid Proteins 0.000 claims description 9
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 claims description 9
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 claims description 6
- HGCIXCUEYOPUTN-UHFFFAOYSA-N cis-cyclohexene Natural products C1CCC=CC1 HGCIXCUEYOPUTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- -1 cyclohexene nucleic acid Chemical class 0.000 claims description 2
- 241000630329 Scomberesox saurus saurus Species 0.000 claims 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 abstract description 16
- 101000805941 Homo sapiens Usherin Proteins 0.000 abstract description 14
- 101100428002 Homo sapiens USH2A gene Proteins 0.000 abstract description 13
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 abstract description 11
- 238000012545 processing Methods 0.000 abstract description 7
- 201000010099 disease Diseases 0.000 abstract description 6
- 230000007774 longterm Effects 0.000 abstract description 6
- 230000008685 targeting Effects 0.000 abstract description 5
- 238000012546 transfer Methods 0.000 abstract description 4
- 231100000255 pathogenic effect Toxicity 0.000 abstract description 3
- 230000008030 elimination Effects 0.000 abstract 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 abstract 1
- 108020000948 Antisense Oligonucleotides Proteins 0.000 description 11
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 9
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 7
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 7
- 238000000034 method Methods 0.000 description 7
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 5
- 208000014769 Usher Syndromes Diseases 0.000 description 4
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 4
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 4
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 3
- 102000015097 RNA Splicing Factors Human genes 0.000 description 3
- 108010039259 RNA Splicing Factors Proteins 0.000 description 3
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 3
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 3
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 3
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 3
- 238000013461 design Methods 0.000 description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 3
- 230000006870 function Effects 0.000 description 3
- 150000002243 furanoses Chemical group 0.000 description 3
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 3
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 3
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 2
- 101150058423 EGFLAM gene Proteins 0.000 description 2
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 2
- 208000022873 Ocular disease Diseases 0.000 description 2
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 2
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 2
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 2
- 150000004713 phosphodiesters Chemical class 0.000 description 2
- 210000000608 photoreceptor cell Anatomy 0.000 description 2
- 206010011878 Deafness Diseases 0.000 description 1
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 description 1
- 101150050733 Gnas gene Proteins 0.000 description 1
- 208000016605 Hereditary Eye disease Diseases 0.000 description 1
- 208000028782 Hereditary disease Diseases 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 101710203526 Integrase Proteins 0.000 description 1
- 201000007737 Retinal degeneration Diseases 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 238000003491 array Methods 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 125000000596 cyclohexenyl group Chemical group C1(=CCCCC1)* 0.000 description 1
- 230000007850 degeneration Effects 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 238000012377 drug delivery Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 238000001415 gene therapy Methods 0.000 description 1
- 230000010370 hearing loss Effects 0.000 description 1
- 231100000888 hearing loss Toxicity 0.000 description 1
- 208000016354 hearing loss disease Diseases 0.000 description 1
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 230000009437 off-target effect Effects 0.000 description 1
- 229940124276 oligodeoxyribonucleotide Drugs 0.000 description 1
- 230000007918 pathogenicity Effects 0.000 description 1
- 230000019612 pigmentation Effects 0.000 description 1
- 230000001124 posttranscriptional effect Effects 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 210000001525 retina Anatomy 0.000 description 1
- 230000004258 retinal degeneration Effects 0.000 description 1
- 238000012772 sequence design Methods 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 238000011477 surgical intervention Methods 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 1
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
- A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
- A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
- A61K31/7125—Nucleic acids or oligonucleotides having modified internucleoside linkage, i.e. other than 3'-5' phosphodiesters
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/11—Antisense
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
- C12N2310/318—Chemical structure of the backbone where the PO2 is completely replaced, e.g. MMI or formacetal
- C12N2310/3181—Peptide nucleic acid, PNA
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
- C12N2310/323—Chemical structure of the sugar modified ring structure
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
- C12N2310/323—Chemical structure of the sugar modified ring structure
- C12N2310/3231—Chemical structure of the sugar modified ring structure having an additional ring, e.g. LNA, ENA
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2320/00—Applications; Uses
- C12N2320/30—Special therapeutic applications
- C12N2320/33—Alteration of splicing
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
Abstract
Buluş, Usherin (USH2A) geni ekzon 13 bölgesi üzerinde bulunan patojenik mutasyonlardan kaynaklanan Retinitis Pigmentosa (RP) hastalığının tedavisinde kullanılmak üzere, patojenik mutasyonların atlanması için ekzon 13 atlama işlevi gören kseno nükleik asit antisens-oligonükleotit (XNA-ASO) dizileri ve bu dizilerin hedef bölgeye aktarılması ile ilgilidir. Buluş ile USH2A geni ekzon 13 bölgesi üzerinde bulunan patojenik mutasyonlardan kaynaklanan Retinitis Pigmentosa (RP) hastalığının tedavisi için pre-mRNA işlenmesi sırasında ekzon 13 bölgesinin atlanarak patojenik etkilerin giderilmesini, işlevsel USH2A protein ekspresyonunu ve uzun süreli terapötik etki oluşmasını sağlayan, kompakt ve stabil bir yapıya sahip XNA-ASO dizilimleri sağlanmaktadır.
Description
TARIFNAME USH2A KAYNAKLI RETINITIS PIGMENTOSA HASTALIGININ GENETIK TEDAVISI IÇIN EKZON 13 ATLAMA ISLEVI GÖREN KSENO NÜKLEIK ASIT ANTISENS-OLIGONÜKLEOTIT (XNA-ASO) DIZILERI Bulusun Ilgili Oldugu Teknik Alan Bulus, Usherin (USH2A) geni ekzon 13 bölgesi üzerinde bulunan patojenik mutasyonlardan kaynaklanan Retinitis Pigmentosa (RP) hastaliginin tedavisinde kullanilmak üzere, patojenik mutasyonlarin atlanmasi için ekzon 13 atlama islevi gören kseno nükleik asit antisens-oligonükleotit (XNA-ASO) dizileri ve bu dizilerin hedef bölgeye aktarilmasi ile ilgilidir. Teknigin Bilinen Durumu Retinitis Pigmentosa (RP) gözün arkasini kaplayan ve isiga duyarli olan retinadaki hücrelerin kademeli dejenerasyonu ve siyah pigmentasyon ile karakterize edilen, kronik kalitsal bir göz hastaligidir. RP hem homozigot hem de heterozigot mutasyonlardan kaynaklanabilir. Örnegin RP, otozomal dominant RP (adRP), otozomal resesif RP (arRP) veya X'e bagli RP (X-LRP) gibi çesitli formlarda bulunabilir. Usher sendromu tip ll (USH2) ise isitme kaybi ve Retinitis Pigmentosayi (RP) birlestiren genetik ve fenotipik olarak heterojen bir kalitsal bozu kluktur. USH2A gen mutasyonu kaynakli Retinitis Pigmentosa veya Usher sendromuna yönelik tedavi seçenekleri sinirli olmakla birlikte mevcut teknikte Usher sendromu ve RP'nin ilerlemesini durdurabilecek veya tersine çevirebilecek onaylanmis bir tedavi mevcut degildir. FDA ve EMA da klinik asamada onay bekleyen sadece tek bir tedavi bulunmaktadir. ProQR Therapeutics'in gelistirdigi bu tedavi, QR- tedavisidir. Günümüzde RP de dahil olmak üzere birçok hastaliga tedavi gelistirilmesi için kullanilan teknolojilerinden birisi olan antisens tedavi stratejisi, çesitli genlerin protein olusturmadan susturulmasi amaciyla oligodeoksiribonükleotitlerin kullanilmasini içermektedir. Antisens mekanizma, hedef mRNA'ya oligonükleotit dizisinin baz eslesme yoluyla baglanmasi sonucu gerçeklesmektedir. Baglanmadan sonra iki temel yolak, ilgili genin protein olusumunu engeller. Bunlardan ilki, oligonükleotidin baglandigi bölgede RNaz H aracili degredasyon olusturmasidir. RNaz enzimi ile parçalanan gen dizisinden translasyon olasi olmadigi için protein olusumu engellenir. Ikincisi ise oligonükleotidin baglanarak ilgili gen bölgesini kapatmasiyla olusur. Böylece ribozomun gen dizisini okumasi sterik olarak engellenir, posttranskripsiyonel islemler inhibe edilir ve mutasyon içeren gen protein olusturamaz. Bu moleküllerin nükleazlardan korunmalari için çesitli modifikasyonlar yapilmaktadir. Bu modifikasyonlar ile antisens oligonükleoititler (ASO) nükleazlardan korunsa da ASO'larin hücre içine girisleri sinirli kalmaktadir. Bu kisitliligin giderilmesi amaciyla konjuge peptitler ve Iipit bazli tasiyici sistemler gibi çesitli yöntemler kullanilmasi gerekmektedir. ProQR Therapeuticsiin gelistirdigi ve klinik asamada onay bekleyen QR-421a isimli ASO tedavisi, faz . RP ve Usher sendromu için en yaygin mutasyonlarin ekson 13'te bulundugu bilinmektedir. Bu sebeple QR-421a tarafindan hedeflenen bölge ekzon 13 olarak seçilmistir. Söz konusu tedavi, ekzon 13'ü mRNA'dan uzaklastirir ve ardindan daha kisa fakat islevsel bir USH2A proteini üretilmesini saglar. OR-421a; ekzon islenmesi sirasinda ASO'larin burayi kapamasiyla ve sonunda ekzon 13 bölgesinin atlanmasi prensibiyle çalismaktadir. QR-421a, USH2A geninin ekzon 13 nükleotitteki GT yanlis baz eslesmesi (02276GT) mutasyonunu gidermek amaciyla; pre-mRNA islenmesi sirasinda ekzon 13'ün ASO kullanilarak atlanmasini ve böylece islevselligi bozulmayan hafif kisaltilmis bir protein üretimini saglar [1]. QR-421a ekzon 13'ün atlanmasini klasik DNA-ASO sistemini kullanarak gerçeklestirir. Klasik DNA-ASO sistemleri, komplementer kurdugu yapiyla düsük hidrojen bagi kuran ve biyolojik stabiliteleri düsük terapötik araçlardir. Bu yüzden, etki süreleri oldukça kisadir. Etki sürelerinin kisa olmasi özellikle RP gibi oküler hastaliklarda ilaç iletim yollarini önemli derecede etkilemektedir. Oküler bozukluklarda ASO'Iar gibi hedef dokuya spesifik yollarla verilen terapötikler; intravitreal ve subretinal yöntemlerle verilmektedir. Fakat bu iletim yollari göz içerisine dogrudan ameliyat ile verildiginden dolayi çesitli komplikasyonlara neden olabilmektedir. Sonuç olarak; DNA-ASO gibi biyolojik kararliligi düsük terapötikler bu cerrahi operasyonlarin sikligini arttirmakta ve etki süresini kisaltmaktadir. Önceki teknikte, klasik ASO'lardan farkli yapida olan kseno nükleik asit antisens- oligonükleotit (XNA-ASO) dizileri bulunmaktadir. Kseno nükleik asitler (XNA), dogal nükleik asitler olan DNA ve RNA'dan farkli bir seker omurgasina sahip sentetik nükleik asit analoglaridir. XNA dizileri DNA ve RNA dizilerinin sahip oldugu dogal nükleobazlar ve fosfodiester baglantisini koruyan bir dizi yapay genetik polimer olusturmaktadir. XNA'Iarin seker yapisi, furanoz yapisinda 4'- karbon ve 2' oksijen arasinda metilen köprüleri kurularak üretilmis RNA baz analoglaridir. XNA dizileri tasariminda nükleotit dizileri olarak HNA, TNA, GNA, CeNA, LNA ve PNA kullanilmaktadir. HNA (anhidroheksitol nükleik asit), TNA (treofuranozil nükleik asit) RNA' da bulunan riboz sekeri yerine riboz içermeyen kseno nükleik asitlerdir [2]. GNA (glikol nükleik asit) ise, seker-fosfodiester bagi yapisi olarak DNA ve RNA'dan farklilik gösteren yapilardir. GNA'lar komplementer kurduklari yapilarin erime sicakliklarini yükselttiginden dolayi dizilimi daha kararli hale getirmektedir [3]. CeNa ise (siklohekzen nükleik asit) yapisinda klasik DNA'dan farkli olarak siklohekzen yapisi barindiran nükleik asitlerdir. Bir diger nükleik asit olan LNA (kilitli nükleik asit) ise metil köprüsüyle kilitlenmis bir yapiya sahip olup, bu nükleotitler özellikle nükleazlara karsi önemli derecede direnç saglamaktadir. PNA (peptit nükleik asit) ise omurga yapisinda peptit bagi ile baglanmis N-(2- aminoetil) tekrarlari bulunduran nükleik asitlerdir [4]. Nükleik asit kimyasindaki ilerlemeler, XNA'Iarin gelistirilmesine olanak saglayarak FDA onayli birkaç nükleik asit terapötik maddesi elde edilmesini saglamistir. Artan potens, biyoyararlanim, stabilite, azaltilmis toksisite ve minimum hedefdisi etkilere sahip yeni tedavileri belirlemek için arastirmalar hizla devam etmektedir. Ancak özellikle RP tedavisinde FDA onayi almis XNA tabanli tedaviler bulunmamakta; ancak, bu alanda çalismalar devam etmektedir. önlemek ve/veya tedavi etmek için USH2A oligonükleotitlerini, bunlarin bilesimlerini ve kullanim yöntemlerini açiklamaktadir. Burada açiklanan USH2A oligonükleotitleri, nükleobaz modifikasyonlari, seker modifikasyonlari, nükleotidik baglanti modifikasyonlari ve/veya bunlarin modellerini içermektedir. Bahsi geçen oligonükleotitler, örnegin USH2A oligonükleotitleri, antisens oligonükleotitleri (ASO'Iar) olup; hedef nükleik asit için antisens olan bir baz dizisine sahiptirler. ve/veya USH2A ile iliskili sendromik olmayan retina dejenerasyonunun tedavisinde, önlenmesinde ve/veya geciktirilmesinde kullanilabilecek yeni antisens oligonükleotitler açiklanmaktadir. Söz konusu bulus içeriginde klasik ASO kullanimi vardir. Ancak önceki teknikte yer alan ASO dizilimleri, uzun süreli terapötik etki olusumu saglamamakta ve düsük stabiliteye sahip oldugundan Retinitis Pigmentosa tedavisinde kullanim için yetersiz kalmaktadir. Önceki teknikte yer alan, Retinitis Pigmentosa tedavisinde kullanilmak üzere tasarlanan ASO dizilimlerinin uzun süreli terapötik etki olusturmasi ve islevsel USH2A proteininin ekspresyonunu saglamasi konusunda yetersiz kalmasi, biyolojik stabilitelerinin düsük olmasi dolayisiyla; islevsel USH2A protein ekspresyonunu ve uzun süreli terapötik etki olusmasini saglayan, kompakt ve stabil bir yapiya sahip, Retinitis Pigmentosa tedavisinde kullanilmak üzere ASO dizilerinin gelistirilmesi ihtiyaci bulunmaktadir. Bulusun Kisa Açiklamasi Bulusta, Usherin (USH2A) geni ekzon 13 bölgesi üzerinde bulunan patojenik mutasyonlardan kaynaklanan Retinitis Pigmentosa (RP) hastaliginin tedavisinde kullanilmak üzere, patojenik mutasyonlarin atlanmasi için ekzon 13 atlama islevi gören kseno nükleik asit antisens-oligonükleotit (XNA-ASO) dizileri ve bu dizilerin hedef bölgeye aktarilmasi açiklanmaktadir. Bulusun amaci Usherin (USH2A) geni ekzon 13 bölgesi üzerinde bulunan patojenik mutasyonlardan kaynaklanan Retinitis Pigmentosa (RP) hastaliginin tedavisi için kompakt ve stabil bir yapiya sahip, uzun süreli terapötik etki saglayan antisens-oligonükleotit tabanli dizilimlerin saglanmasidir. Bulus kapsaminda ekzon 13 atlama islevi gören kseno nükleik asit antisens-oligonükleotit (XNA- ASO) dizileri tasarlanmistir. Bulusta önceki teknikte çokça yer alan klasik ASO kullanimi yerine kseno nükleik asit kullanilarak elde edilmis ASO kullanimi mevcuttur. XNA'larin seker yapisi, furanoz yapisinda 4'-karbon ve 2" oksijen arasinda metilen köprüleri kurularak üretilmis RNA baz analoglaridir. Bu kimyasal yapiya sahip XNA-ASO polimer yapisi, hedef diziyle DNA-ASO'lara oranla daha kompakt ve stabil bir yapi olusturmaktadir. Olusan bu yapi sayesinde, XNA- ASO'Iar terapötik etki süresini oldukça uzatmakta ve komplikasyon olasiligi olan cerrahi müdahalelerin uygulanma sikligini önemli ölçüde azaltmaktadir. Bulusa konu XNA-ASO dizileri sayesinde USH2A geni ekzon 13 mutasyonuna sahip RP'Ii bireylerde, pre-mRNA islenmesi sirasinda ekzon 13 bölgesinin atlanmasi, böylece patojenik etkilerin giderilmesi ve islevsel protein eksprese edilmesi saglanmaktadir. Bulusa konu USH2A geni ekzon 13 bölgesi ESE-SCSS baglanma bölgesi hedefli ASO dizileri, hedeflendikleri pre-mRNA transkriptiyle komplementer bir yapi olusturmakta, bu sayede mRNA islenmesi sirasinda komplementer olan ekzon 13 bölgesine uçbirlestirme faktörlerinin baglanmasini engelleyerek bu bölgenin taninmamasini ve atlanmasini saglamaktadir. Ekzon 13 bölgesi atlanmis olan mRNA transkriptinden EGF-lam alanlari kisaltilmis fakat patojenik olmayan islevsel Usherin protein ekspresyonu saglanmaktadir. Bulus kapsaminda açiklanan her bir XNA-ASO dizisi, karsiligi olan ekzon 13 pozisyonundaki patojenik mutasyonlara spesifik olup, ilgili pozisyondaki mutasyonlardan birine veya birkaçina sahip olan RP hastalarinin kisiye özel genetik tedavisinde kullanilmaktadir. Önceki teknikte kullanilan ASO, bünyesinde 2'-O-(2-metoksietil) seker modifikasyonu ve tam olarak fosforotiyoatlanmis omurga modifikasyonu içermektedir. Bu durum özellikle klasik ASO kullanilmasindan kaynaklanmaktadir. Bulusta, XNA-ASO tekniginde klasik nükleotit yerine modifiye edilmis XNA kullanimi bulunmaktadir. DNA miksmer yapisinda ise; hem klasik ASO modifikasyonlari olan 2'-O-(2-metoksietil) ve fosforotiyoatlanmis modifikasyonlari hem de XNA bünyesinde HNA, TNA, GNA, CeNA, LNA ve PNA modifikasyonlarindan en az biri kbulunmaktadir. XNA kullanilmasiyla ASO'nun hedef dizisiyle olusturdugu sekonder yapidaki A-T ikili ve G-C üçlü -H baglarinin kuvveti arttirilmaktadir. Böylece klasik DNA-ASO oligomerlerine kiyasla çok daha Bulusa konu DNA miksmeri içeren nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA/DNA- ASO) dizilerinde A ve T nükleotitlerinin veya G ve C nükleotitlerinin ayni anda XNA olmasi ve diger nükleotitlerin klasik nükleotit olmasi ile ASO bünyesinde hem bahsedilen klasik modifikasyolarin hem de kseno dizilerin bulunmasi saglanmaktadir. A-T veya G-C nükleotitlerinin ayni anda XNA veya klasik nükleotit olmasinin sebebi A nükeotitinin T ile G nükleotitinin ise C ile tamamlayaci bir yapi kurmasidir. Bu yapilar içinde A-T yapisi 2 hidrojen bagi, G- C yapisi ise 3 hidrojen bagi içermekte; kseno yapilar ile bu hidrojen bagi yapilarinin daha kuvvetli yapilmasi saglanmaktadir. Bulus ile Usherin (USH2A) geni ekzon 13 bölgesi üzerinde bulunan patojenik mutasyonlardan kaynaklanan Retinitis Pigmentosa (RP) hastaliginin tedavisi için pre-mRNA islenmesi sirasinda ekzon 13 bölgesinin atlanarak patojenik etkilerin giderilmesini, islevsel USH2A protein ekspresyonunu ve uzun süreli terapötik etki olusmasini saglayan, kompakt ve stabil bir yapiya sahip XNA-ASO dizilimleri saglanmaktadir. Bulusun Ayrintili Açiklamasi Bulus, Usherin (USH2A) geni ekzon 13 bölgesi üzerinde bulunan patojenik mutasyonlardan kaynaklanan Retinitis Pigmentosa (RP) hastaliginin tedavisinde kullanilmak üzere, patojenik mutasyonlarin atlanmasi için ekzon 13 atlama islevi gören kseno nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA-ASO) dizileri veya DNA miksmeri içeren nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA/DNA-ASO) dizileri ve bu dizilerin hedef bölgeye aktarilmasi ile ilgilidir. Bulusa konu XNA-ASO veya XNA/DNA-ASO dizilerinin elde edilmesi için öncelikle ekzon uçbirlestirme hizlandirici (Exonic splicing enhancer, ESE) ve Serin/arginin açisindan zengin uçbirlestirme faktörü (Serine/arginine-rich splicing factor) SC35 baglanma bölgesi hedefli diziler belirlenmektedir. Ardindan, belirlenen dizilere göre XNA ve XNA/DNA olarak ASO'Iar tasarlanmaktadir. XNA- ASO dizilerinin elde edilmesinden sonra ise in vivo olarak XNA-ASO ve XNA/DNA-ASOllarin hedef diziye aktarilmasi gerçeklestirilmektedir. Bulusa konu XNA-ASO veya XNA/DNA-ASO dizilimleri ile yapilan gen tedavisinin ana odak noktasi olan pre-mRNA islenmesi sirasinda ekzon 13 bölgesinin atlanmasini saglamak amaciyla ESE bölgeleri tespit edilmistir. NCBl veri tabanindan alinan USH2A geni (Gene ID: 7399) ekzon 13 bölgesi sekans bilgileri ile ESE Finder Tool biyoinformatik araci kullanilarak bu bölgeye spesifik ve bu bölgede etkilesim (sekonder yapi) kurabilecek diziler belirlenmistir. USH2A geninin ekzon 13 ESE bölgesinde ekzon atlanmasini tetikleyecek 8035 baglanma bölgesi kismi hedeflenmistir. ESE-SC35 baglanma bölgesi hedefli 54 adet dizi tasarimi ESE-Finder tool biyoinformatik araci kullanilarak tasarlanmistir. Tasarlanan dizilerin uzunlugu 19 ile 21 nükleotit arasinda degismektedir. 74 adet ASO dizisi USH2A ekzon13 pre-mRNA dizisi baz alinarak tasarlanmistir. Bu dizilerin farkli olmasinin nedeni; ekzon 13 üzerinde ESE bölgelerinin sekans bilgilerinin tam olarak bilinmemesidir. Bunun için tasarlanan ASO dizilerinin her biri bu ESE bölgelerini taramaktadir. Bu dizilerin teknik farkliligi ise ekzon 13 üzerinde farkli yerlerle dupleks yapi olusturmasidir. Bu yüzden, her bir dizinin patojenite üzerine etkisi, ekzon üzerinde farkli yerlere baglanmasindan ötürü ayni olmamaktadir. Ancak dizilimlerin tümü ekzon 13 atlama islevi görecek sekilde tasarlandigindan ayni teknik problemi çözmektedir. USH2A geni ekzon 13 bölgesi üzerinde bulunan patojenik mutasyonlardan kaynakli RP'nin gen tedavisi için ekzon 13 bölgesi üzerinde ESE bölgesine spesifik baglanan ve uçbirlestirici faktör proteinlerinin bu bölgeye baglanmasini etkileyen 74 farkli ASO dizisi (28 adet farkli XNA-ASO dizisi; 56 adet farkli XNA/DNA-ASO dizisi 28 tanesinde A ve T nükleotitleri kseno nükleik asiti iken, G ve C nükleotitleri klasik DNA nükleik asiti, diger 28 tanesinde G ve C nükleotitleri kseno nükleik asiti iken, A ve T nükleotitleri klasik DNA nükleik asiti) aday terapötik araçlar olarak kullanilmaktadir. USH2A geninin transkripte olmasi süreci içindeki pre-mRNA islenmesinde, üretilen spesifik ASO dizileri pre-mRNA'ya baglanarak sekonder yapiyi olusturmaktadir. Üretilen dizilerin hedefledigi bölgeler USH2A geni ekzon 13 bölgesine spesifik ve burada ekzon atlanmasini tetikleyebileoek bölgeler oldugundan dolayi USH2A pre-mRNA"sina özgü olmaktadir. ESE-SCSS baglanma bölgesi hedefli tespit edilen diziler, XNA ve XNA-DNA miksmerleri kullanilarak tasarlanmakta ve sentetik olan HNA, TNA, GNA, CeNA, LNA ve PNA nükleotitlerinden en az biri kullanilarak üretilmektedir. XNA kullanilmasiyla hedef diziyle olusturdugu komplementer yapidaki A-T ikili ve G-C üçlü -H baglarinin kuvveti arttirilmaktadir. Böylece DNA-ASO oligomerlerine kiyasla çok daha kararli bir yapi olusmaktadir. XNA dizileri, DNA ve RNA dizilerinin sahip oldugu dogal nükleobaz (A, C, T, G) ve fosfodiester baglantisini koruyan bir dizi yapay genetik polimer olusturmasinin yaninda, DNA ve RNA molekülerinden farkli bir seker kimyasina sahiptir. XNA moleküllerinin sahip oldugu seker yapisi, furanoz yapisinda 4'-karbon ve 2'- oksijen arasinda metilen köprüleri kurularak tasarlanmakta ve üretilmektedir. Bulus kapsaminda XNA ve XNA/DNA'lardan olusan polimer yapisi hücre içinde endoküleazlara (hnRNPA1/A2 gibi) karsi daha dirençli hale gelmektedir. Tasarlanan XNA/DNA-ASO miksmer dizilerinde XNA'dan olusan dizilere DNA miksmeri katilmasiyla 2'-O-metoksietil modifikasyonu (MOE) ve/veya bir fosforotiyoat (PS) modifikasyonu saglanmaktadir. DNA miksmer tasarimlarinin XNA-ASO'Iardan farki, bünyesinde klasik nükleik asit yapilarini barindirmasidir. MOE ve PS modifikasyonlarinin sadece klasik nükleik asit tabanli ASO'Iarda bulunmasi dolayisiyla, DNA-miksmer dizilerinde XNA-ASO'Iardan farkli olarak MOE ve PS modifikasyonlari yer almaktadir. XNA dizilerini tasariminda nükleotit dizileri olarak HNA, TNA, GNA, CeNA, LNA ve/veya PNA kullanilmakta; diger bir deyisle XNA-ASO dizilerinin son hallerinde HNA, TNA, GNA, CeNA, LNA ve PNA nükleotitlerinden en az biri bulunmaktadir. Bu sayede XNA'lar USHZA pre-mRNA dizisindeki ekzon 13 üzerinde bulunan hedef dizilerle XNA:RNA seklinde sekonder (çift sarmal) yapi olusturabilecektir. Tablo 1'de tamamen kseno nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA-ASO) veya DNA miksmeri içeren bir nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA/DNA-ASO) olarak tasarlanan diziler yer almakta; ayrica bu dizilerin ters tamamlayici dizileri de Tablo 2'de sunulmaktadir. Tablo 1ide yer alan, sirasiyla SEK ID NO:1-28 dizilimlerinden seçilen bir nükleotit dizilimine sahip olan XNA-ASO veya XNA/DNA-ASO dizisi; Tablo 2'de yer alan, sirasiyla SEK ID NO:29-56 dizilimlerinden seçilen bir nükleotit dizilimine sahip ters tamamlayici diziye baglanma ktadir. Bulusun bir uygulamasinda, Tablo 1,de verilen SEK ID NO:1-28 dizilimine sahip XNA-ASO dizilimlerinde A ve T nükleotitleri kseno nükleik asiti, G ve C nükleotitleri ise klasik, dogal DNA nükleik asitidir. Bulusun bir diger uygulamasinda ise, Tablo 1'de verilen SEK ID NO:1-28 dizilimine sahip XNA- ASO dizilimlerinde G ve C nükleotitleri kseno nükleik asiti, A ve T nükleotitleri ise klasik, dogal DNA nükleik asitidir. Benzer sekilde bulusun bir uygulamasinda, Tablo 2"de verilen SEK lD NO: 29-56 dizilimine sahip XNA-ASO ters tamamlayici dizilimlerinde A ve T nükleotitleri kseno nükleik asiti, G ve C nükleotitleri ise klasik, dogal DNA nükleik asitidir. Bulusun bir diger uygulamasinda ise, Tablo 2ide verilen SEK lD NO: 29-56 dizilimine sahip XNA-ASO ters tamamlayici dizilimlerinde G ve C nükleotitleri kseno nükleik asiti, A ve T nükleotitleri ise klasik, dogal DNA nükleik asitidir. Tablolarda yer alan ekzon 13 pozisyonu degerlemesinde; USH2A geninin ekzon 13 bölgesinin 1. nükleotitinden itibaren pozisyon hesaplamasi yapilmistir. Negatif olan deger 5, uçtaki 1.nükle0titten itibaren uzakta olan ve intron bölgesinde bulunan ASO dizisini ifade etmektedir. Tablo 1. Tamamen kseno nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA-ASO) olarak veya DNA miksmeri içeren bir nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA/DNA- ASO) olarak tasarlanmis diziler (SEK ID NO:1-28). SEK ID NO Ekzon 13 Pozisyon Uzunluk (nt) 1 -51 20 3 60 21 4 66 20 75 20 6 85 20 7 117 20 8 148 20 9 159 20 206 20 11 229 20 12 281 20 13 324 21 14 351 20 385 20 16 397 20 17 400 20 18 423 20 19 453 21 494 20 21 510 20 22 534 20 23 544 20 24 579 19 585 20 26 -707 20 27 -714 20 28 -721 20 Tablo 2. Tamamen kseno nükleik asit (XNA) asitlerden veya DNA miksmeri içeren kseno nükleik asitlerden (XNA/DNA-ASO) olusturulmus, Tablo 1'de verilen dizilerin ters tamamlayici dizileri (SEK lD NO:29-56). SEK ID NO Ekzon 13 Pozisyon Uzunluk 29 -51 20 6 20 31 60 21 32 66 20 33 75 20 34 85 20 117 20 36 148 20 37 159 20 38 206 20 39 229 20 40 281 20 41 324 21 42 351 20 43 385 20 44 397 20 45 400 20 46 423 20 47 453 21 48 494 20 49 510 20 50 534 20 51 544 20 52 579 19 53 585 20 54 -707 20 55 -714 20 56 -721 20 Tablo 1'de ve dizi listesinde verilen dizilimlerde DNA miksmeri içeren nükleik asit- antisens oligonükleotit (XNA/DNA-ASO) dizilerinde A ve T nükleotitlerinin veya G ve C nükleotitlerinin ayni anda XNA olmasi ve diger nükleotitlerin klasik nükleotit olmasi ile ASO bünyesinde hem bahsedilen klasik modifikasyolarin bulunmasi hem de kseno dizilerin bulunmasi saglanmaktadir. A-T veya G-C nükleotitlerinin ayni anda XNA veya klasik nükleotit olmasinin sebebi A nükeotitinin T ile G nükleotitinin ise C ile tamamlayaci bir yapi kurmasidir. Bu yapilar içinde A-T yapisi 2 hidrojen bagi, G-C yapisi ise 3 hidrojen bagi içermekte; kseno yapilar ile bu hidrojen bagi yapilarinin daha kuvvetli yapilmasi saglanmaktadir. Tasarlanan XNA-ASO ve XNA/DNA-ASO miksmerleri, in vivo olarak fotoreseptör hücrelerine aktarilmaktadir. XNA-ASO ve XNA/DNA-ASO miksmerleri, ayni bölgeyi hedeflemektedirler fakat üretim olarak miksmerler bünyesinde klasik, dogal nükleotit (A, T, G, C) yapilarini da barindirmaktadirlar. Bundan dolayi terapötik stratejisinde bu yapilar ayri ve birbirine alternatif terapötik araç olarak fotoreseptör hücrelerine verilmektedir. USH2A geni ekzon 13 bölgesi ESE-SC35 baglanma bölgesi hedefli ASO dizileri, hedeflendikleri pre-mRNA transkriptiyle komplementer bir yapi olusturmakta, bu sayede mRNA islenmesi sirasinda komplementer olan ekzon 13 bölgesine uçbirlestirme faktörlerinin baglanmasini engelleyerek bu bölgenin taninmamasini ve atlanmasini saglamaktadir. Ekzon 13 bölgesi atlanmis olan mRNA transkriptinden EGF-lam alanlari kisaltilmis fakat patojenik olmayan islevsel Usherin protein ekspresyonu saglanmaktadir. TR TR TR TR
Claims (1)
1.ISTEMLER .Usherin (USH2A) geni ekzon 13 bölgesi üzerindeki patojenik mutasyonlardan kaynaklanan Retinitis Pigmentosa hastaliginin tedavisinde kullanilmak üzere ekzon 13 atlama islevi gören bir kseno nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA-ASO) dizisi veya DNA miksmeri içeren bir nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA/DNA-ASO) dizisi olup özelligi, SEK ID NO:1-28 dizilimlerinden seçilen bir nükleotit dizilimine sahip olmasidir. . istem 1'e göre kseno nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA-ASO) dizisi veya DNA miksmeri içeren bir nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA/DNA-ASO) dizisi olup özelligi, bahsi geçen SEK lD NO:1-28 dizilimlerinden seçilen bir nükleotit diziliminde A ve T nükleotitlerinin kseno nükleik asiti, G ve C nükleotitlerinin klasik DNA nükleik asiti olmasidir. . istem 1'e göre kseno nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA-ASO) dizisi veya DNA miksmeri içeren bir nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA/DNA-ASO) dizisi olup özelligi, bahsi geçen SEK ID NO:1-28 dizilimlerinden seçilen bir nükleotit diziliminde G ve C nükleotitlerinin kseno nükleik asiti, A ve T nükleotitlerinin klasik DNA nükleik asiti olmasidir. . istem 1'e göre kseno nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA-ASO) dizisi veya DNA miksmeri içeren bir nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA/DNA-ASO) dizisi olup özelligi, sirasiyla bahsi geçen SEK ID NO:1- 28 dizilimlerinden seçilen bir nükleotit dizilimine sahip olan XNA-ASO veya XNA/DNA-ASO dizisinin baglandigi ters tamamlayici dizinin, sirasiyla SEK lD NO:29-56 dizilimlerinden seçilen bir nükleotit dizilimi olmasidir. . istem 4'e göre kseno nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA-ASO) dizisi veya DNA miksmeri içeren bir nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA/DNA-ASO) dizisi olup özelligi, bahsi geçen SEK ID NO: 29-56 dizilimlerinden seçilen bir ters tamamlayici dizide A ve T nükleotitlerinin kseno nükleik asiti, G ve C nükleotitlerinin klasik DNA nükleik asiti olmasidir. . Istem 4'e göre kseno nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA-ASO) dizisi veya DNA miksmeri içeren bir nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA/DNA-ASO) dizisi olup özelligi, bahsi geçen SEK ID NO: 29-56 dizilimlerinden seçilen bir ters tamamlayici dizide G ve C nükleotitlerinin kseno nükleik asiti, A ve T nükleotitlerinin klasik DNA nükleik asiti olmasidir. .istem 1-6'dan herhangi birine göre kseno nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA-ASO) dizisi veya DNA miksmeri içeren bir nükleik asit- antisens oligonükleotit (XNA/DNA-ASO) dizisi olup özelligi, uzunlugunun 19 ila 21 nükleotit arasinda olmasidir. .Istem 1-3'ten herhangi birine göre kseno nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA-ASO) dizisi veya DNA miksmeri içeren bir nükleik asit- antisens oligonükleotit (XNA/DNA-ASO) dizisi olup özelligi, anhidroheksitol nükleik asit (HNA), treofuranozil nükleik asit (TNA), glikol nükleik asit (GNA), siklohekzen nükleik asit (CeNA), kilitli nükleik asit (LNA) ve peptit nükleik asit (PNA) nükleotitlerinden en az birini içermesidir. .Istem 1-3'ten herhangi birine göre kseno nükleik asit-antisens oligonükleotit (XNA-ASO) dizisi veya DNA miksmeri içeren bir nükleik asit- antisens oligonükleotit (XNA/DNA-ASO) dizisi olup özelligi, 2'-O- metoksietil modifikasyonu (MOE) ve/veya bir fosforotiyoat (PS) modifikasyonu içermesidir. TR TR TR TR
Priority Applications (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| TR2022/001648A TR2022001648A2 (tr) | 2022-02-09 | 2022-02-09 | Ush2a kaynaklı retinitis pigmentosa hastalığının genetik tedavisi için ekzon 13 atlama işlevi gören kseno nükleik asit antisens-oligonükleotit (xna-aso) dizileri. |
| PCT/TR2022/051683 WO2023154026A1 (en) | 2022-02-09 | 2022-12-29 | Xeno nucleic acid antisens-oligonucleotide (xna-aso) sequences for the genetic treatment of ush2a induced retinitis pigmentosa disease |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| TR2022/001648A TR2022001648A2 (tr) | 2022-02-09 | 2022-02-09 | Ush2a kaynaklı retinitis pigmentosa hastalığının genetik tedavisi için ekzon 13 atlama işlevi gören kseno nükleik asit antisens-oligonükleotit (xna-aso) dizileri. |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| TR2022001648A2 true TR2022001648A2 (tr) | 2022-02-21 |
Family
ID=85117987
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| TR2022/001648A TR2022001648A2 (tr) | 2022-02-09 | 2022-02-09 | Ush2a kaynaklı retinitis pigmentosa hastalığının genetik tedavisi için ekzon 13 atlama işlevi gören kseno nükleik asit antisens-oligonükleotit (xna-aso) dizileri. |
Country Status (2)
| Country | Link |
|---|---|
| TR (1) | TR2022001648A2 (tr) |
| WO (1) | WO2023154026A1 (tr) |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2016005514A1 (en) * | 2014-07-10 | 2016-01-14 | Stichting Katholieke Universiteit | Antisense oligonucleotides for the treatment of usher syndrome type 2 |
| WO2017186739A1 (en) * | 2016-04-25 | 2017-11-02 | Proqr Therapeutics Ii B.V. | Oligonucleotides to treat eye disease |
-
2022
- 2022-02-09 TR TR2022/001648A patent/TR2022001648A2/tr unknown
- 2022-12-29 WO PCT/TR2022/051683 patent/WO2023154026A1/en unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| WO2023154026A1 (en) | 2023-08-17 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP7174384B2 (ja) | キメラ２重鎖核酸 | |
| US20210108208A1 (en) | Targeted augmentation of nuclear gene output | |
| US7960357B2 (en) | PKR activation via hybridization chain reaction | |
| US8946183B2 (en) | Compositions and methods for modulation of SMN2 splicing | |
| CN107406852B (zh) | 用于莱伯氏先天性黑蒙的寡核苷酸疗法 | |
| AU2010335039B2 (en) | Molecule for treating an inflammatory disorder | |
| KR20150103280A (ko) | 연령-관련 황반 변성 치료 | |
| JP2009516518A (ja) | ２種の活性鎖を有する多標的干渉ｒｎａならびにそれらの設計および使用方法 | |
| JP2011527893A (ja) | ＴＧＦ−β受容体遺伝子の発現を阻害するための組成物および方法 | |
| TR2022001648A2 (tr) | Ush2a kaynaklı retinitis pigmentosa hastalığının genetik tedavisi için ekzon 13 atlama işlevi gören kseno nükleik asit antisens-oligonükleotit (xna-aso) dizileri. | |
| JP2022510673A (ja) | アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ａｂｃａ４の異常スプライシングをレスキューする | |
| KR20220002882A (ko) | 헌팅톤병을 치료하기 위한 조성물 및 방법 | |
| WO2021039598A1 (ja) | Ｒｎａ作用抑制剤及びその利用 | |
| KR101888104B1 (ko) | MET 엑손 14 스키핑 특이적 siRNA 및 이를 포함하는 암 예방 또는 치료용 약학적 조성물 | |
| AU2015203577A1 (en) | Molecule for treating an inflammatory disorder | |
| CN114729364A (zh) | 用于沉默肿瘤中的人l1-met转录物的反义寡核苷酸序列 | |
| WO2022271699A2 (en) | Antisense oligomers for treatment of non-sense mediated rna decay based conditions and diseases | |
| Sites | An Intronic Splicing Enhancer Binds U1 |