TR201815847T4 - İnvazif olmayan kanser teşhisi. - Google Patents
İnvazif olmayan kanser teşhisi. Download PDFInfo
- Publication number
- TR201815847T4 TR201815847T4 TR2018/15847T TR201815847T TR201815847T4 TR 201815847 T4 TR201815847 T4 TR 201815847T4 TR 2018/15847 T TR2018/15847 T TR 2018/15847T TR 201815847 T TR201815847 T TR 201815847T TR 201815847 T4 TR201815847 T4 TR 201815847T4
- Authority
- TR
- Turkey
- Prior art keywords
- kit
- cells
- sample
- combinations
- fhit
- Prior art date
Links
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 title claims abstract description 13
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 title claims description 20
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 title claims description 13
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims abstract description 59
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 51
- 206010014733 Endometrial cancer Diseases 0.000 claims abstract description 17
- 206010014759 Endometrial neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 17
- 206010033128 Ovarian cancer Diseases 0.000 claims abstract description 17
- 206010061535 Ovarian neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 17
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 claims abstract description 17
- 239000002243 precursor Substances 0.000 claims abstract description 16
- 230000003902 lesion Effects 0.000 claims abstract description 11
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims abstract description 8
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 claims abstract description 7
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims abstract description 4
- 210000003101 oviduct Anatomy 0.000 claims abstract description 3
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims description 37
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 35
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 claims description 28
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 26
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 22
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims description 19
- 108010078814 Tumor Suppressor Protein p53 Proteins 0.000 claims description 16
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims description 14
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 10
- 102100037674 Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase Human genes 0.000 claims description 9
- 108010009392 Cyclin-Dependent Kinase Inhibitor p16 Proteins 0.000 claims description 9
- 101000984753 Homo sapiens Serine/threonine-protein kinase B-raf Proteins 0.000 claims description 9
- 102000014160 PTEN Phosphohydrolase Human genes 0.000 claims description 9
- 108010011536 PTEN Phosphohydrolase Proteins 0.000 claims description 9
- 102100027103 Serine/threonine-protein kinase B-raf Human genes 0.000 claims description 9
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 claims description 9
- 101000819074 Homo sapiens Transcription factor GATA-4 Proteins 0.000 claims description 8
- 102100038895 Myc proto-oncogene protein Human genes 0.000 claims description 8
- 102100021380 Transcription factor GATA-4 Human genes 0.000 claims description 8
- 238000002509 fluorescent in situ hybridization Methods 0.000 claims description 8
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 claims description 8
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 claims description 8
- 108700020462 BRCA2 Proteins 0.000 claims description 7
- 102000052609 BRCA2 Human genes 0.000 claims description 7
- 101150008921 Brca2 gene Proteins 0.000 claims description 7
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 7
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 claims description 7
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 7
- 101000796134 Homo sapiens Thymidine phosphorylase Proteins 0.000 claims description 6
- 102100031372 Thymidine phosphorylase Human genes 0.000 claims description 6
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 claims description 6
- 238000007479 molecular analysis Methods 0.000 claims description 5
- 108700020463 BRCA1 Proteins 0.000 claims description 4
- 102000036365 BRCA1 Human genes 0.000 claims description 4
- 101150072950 BRCA1 gene Proteins 0.000 claims description 4
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 4
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 claims description 4
- 238000003748 differential diagnosis Methods 0.000 claims description 3
- 238000003365 immunocytochemistry Methods 0.000 claims description 3
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 claims description 3
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 claims description 2
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 claims description 2
- -1 ARIDIA Proteins 0.000 claims 15
- 102100033254 Tumor suppressor ARF Human genes 0.000 claims 11
- 102000012199 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 Human genes 0.000 claims 8
- 108050002772 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 Proteins 0.000 claims 8
- 102100028043 Fibroblast growth factor 3 Human genes 0.000 claims 8
- 102100030708 GTPase KRas Human genes 0.000 claims 8
- 101001060280 Homo sapiens Fibroblast growth factor 3 Proteins 0.000 claims 8
- 101000584612 Homo sapiens GTPase KRas Proteins 0.000 claims 8
- 101000605639 Homo sapiens Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform Proteins 0.000 claims 8
- 102100038332 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform Human genes 0.000 claims 8
- 108010005713 bis(5'-adenosyl)triphosphatase Proteins 0.000 claims 8
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 claims 8
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 claims 8
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 8
- 102000012666 Core Binding Factor Alpha 3 Subunit Human genes 0.000 claims 7
- 108010079362 Core Binding Factor Alpha 3 Subunit Proteins 0.000 claims 7
- 101001030211 Homo sapiens Myc proto-oncogene protein Proteins 0.000 claims 7
- 101000798015 Homo sapiens RAC-beta serine/threonine-protein kinase Proteins 0.000 claims 7
- 102100032315 RAC-beta serine/threonine-protein kinase Human genes 0.000 claims 7
- 102000015098 Tumor Suppressor Protein p53 Human genes 0.000 claims 7
- 101000613577 Homo sapiens Paired box protein Pax-2 Proteins 0.000 claims 6
- 102100040852 Paired box protein Pax-2 Human genes 0.000 claims 6
- 102000001332 SRC Human genes 0.000 claims 6
- 108060006706 SRC Proteins 0.000 claims 6
- 101150030897 pstP gene Proteins 0.000 claims 5
- 102000040856 WT1 Human genes 0.000 claims 4
- 108700020467 WT1 Proteins 0.000 claims 4
- 101150084041 WT1 gene Proteins 0.000 claims 4
- 108060000903 Beta-catenin Proteins 0.000 claims 3
- 102000015735 Beta-catenin Human genes 0.000 claims 3
- 102100034553 Fanconi anemia group J protein Human genes 0.000 claims 3
- 101000848171 Homo sapiens Fanconi anemia group J protein Proteins 0.000 claims 3
- 101001012157 Homo sapiens Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Proteins 0.000 claims 3
- 102100030086 Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 Human genes 0.000 claims 3
- 102100028914 Catenin beta-1 Human genes 0.000 claims 2
- 101000916173 Homo sapiens Catenin beta-1 Proteins 0.000 claims 2
- 101000916644 Homo sapiens Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor Proteins 0.000 claims 2
- 101000733249 Homo sapiens Tumor suppressor ARF Proteins 0.000 claims 2
- 101000762128 Homo sapiens Tumor suppressor candidate 3 Proteins 0.000 claims 2
- 102100028198 Macrophage colony-stimulating factor 1 receptor Human genes 0.000 claims 2
- 102100024248 Tumor suppressor candidate 3 Human genes 0.000 claims 2
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 claims 2
- 230000006607 hypermethylation Effects 0.000 claims 2
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 claims 2
- 208000009458 Carcinoma in Situ Diseases 0.000 claims 1
- 102100021765 E3 ubiquitin-protein ligase RNF139 Human genes 0.000 claims 1
- 101001106970 Homo sapiens E3 ubiquitin-protein ligase RNF139 Proteins 0.000 claims 1
- 101000728860 Homo sapiens Ribonuclease T2 Proteins 0.000 claims 1
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 claims 1
- 102100029683 Ribonuclease T2 Human genes 0.000 claims 1
- 210000004696 endometrium Anatomy 0.000 claims 1
- 201000004933 in situ carcinoma Diseases 0.000 claims 1
- 230000011987 methylation Effects 0.000 claims 1
- 238000007069 methylation reaction Methods 0.000 claims 1
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 claims 1
- 238000004451 qualitative analysis Methods 0.000 claims 1
- 208000009956 adenocarcinoma Diseases 0.000 abstract description 8
- 238000012360 testing method Methods 0.000 abstract description 5
- 230000002611 ovarian Effects 0.000 abstract description 3
- 238000012216 screening Methods 0.000 abstract description 3
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 20
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 16
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 15
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 14
- 102100025064 Cellular tumor antigen p53 Human genes 0.000 description 12
- 239000000047 product Substances 0.000 description 10
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 9
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 8
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 8
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 8
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 8
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 8
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 7
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 7
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 7
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 6
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 6
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 6
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 6
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 5
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 5
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 5
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 description 5
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 5
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 5
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 210000003679 cervix uteri Anatomy 0.000 description 4
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 4
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 4
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 4
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 4
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 4
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 4
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 4
- 230000002062 proliferating effect Effects 0.000 description 4
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 4
- 241000271566 Aves Species 0.000 description 3
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 101000721661 Homo sapiens Cellular tumor antigen p53 Proteins 0.000 description 3
- 101150080074 TP53 gene Proteins 0.000 description 3
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 3
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 3
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 3
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 3
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 3
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 3
- 108700025694 p53 Genes Proteins 0.000 description 3
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 3
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 3
- 210000004291 uterus Anatomy 0.000 description 3
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 2
- 208000031404 Chromosome Aberrations Diseases 0.000 description 2
- 102100026810 Cyclin-dependent kinase 7 Human genes 0.000 description 2
- 102100024458 Cyclin-dependent kinase inhibitor 2A Human genes 0.000 description 2
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N Silicon Chemical compound [Si] XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000001742 Tumor Suppressor Proteins Human genes 0.000 description 2
- 108010040002 Tumor Suppressor Proteins Proteins 0.000 description 2
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 2
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 2
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 2
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 2
- 231100000005 chromosome aberration Toxicity 0.000 description 2
- 238000002591 computed tomography Methods 0.000 description 2
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 2
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 238000007847 digital PCR Methods 0.000 description 2
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 2
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 description 2
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 2
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 2
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 2
- 230000001537 neural effect Effects 0.000 description 2
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 2
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 2
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 2
- 238000000053 physical method Methods 0.000 description 2
- 230000023603 positive regulation of transcription initiation, DNA-dependent Effects 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 2
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 2
- 208000004548 serous cystadenocarcinoma Diseases 0.000 description 2
- 229910052710 silicon Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000010703 silicon Substances 0.000 description 2
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 238000012176 true single molecule sequencing Methods 0.000 description 2
- 210000001215 vagina Anatomy 0.000 description 2
- CPKVUHPKYQGHMW-UHFFFAOYSA-N 1-ethenylpyrrolidin-2-one;molecular iodine Chemical compound II.C=CN1CCCC1=O CPKVUHPKYQGHMW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 6-carboxyfluorescein Chemical compound C12=CC=C(O)C=C2OC2=CC(O)=CC=C2C11OC(=O)C2=CC=C(C(=O)O)C=C21 BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100034580 AT-rich interactive domain-containing protein 1A Human genes 0.000 description 1
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 206010002091 Anaesthesia Diseases 0.000 description 1
- 102100021569 Apoptosis regulator Bcl-2 Human genes 0.000 description 1
- 108091007914 CDKs Proteins 0.000 description 1
- 108020004394 Complementary RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000003903 Cyclin-dependent kinases Human genes 0.000 description 1
- 108090000266 Cyclin-dependent kinases Proteins 0.000 description 1
- 206010058314 Dysplasia Diseases 0.000 description 1
- 102000001301 EGF receptor Human genes 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- 201000001342 Fallopian tube cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010053759 Growth retardation Diseases 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101000924266 Homo sapiens AT-rich interactive domain-containing protein 1A Proteins 0.000 description 1
- 101000971171 Homo sapiens Apoptosis regulator Bcl-2 Proteins 0.000 description 1
- 101001027506 Homo sapiens Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase Proteins 0.000 description 1
- 101000911952 Homo sapiens Cyclin-dependent kinase 7 Proteins 0.000 description 1
- 101001126417 Homo sapiens Platelet-derived growth factor receptor alpha Proteins 0.000 description 1
- 101000585703 Homo sapiens Protein L-Myc Proteins 0.000 description 1
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 1
- NNJVILVZKWQKPM-UHFFFAOYSA-N Lidocaine Chemical compound CCN(CC)CC(=O)NC1=C(C)C=CC=C1C NNJVILVZKWQKPM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000033724 Malignant tumor of fallopian tubes Diseases 0.000 description 1
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 1
- 208000007101 Muscle Cramp Diseases 0.000 description 1
- 208000003788 Neoplasm Micrometastasis Diseases 0.000 description 1
- 206010029260 Neuroblastoma Diseases 0.000 description 1
- 108010070047 Notch Receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000005650 Notch Receptors Human genes 0.000 description 1
- 238000002944 PCR assay Methods 0.000 description 1
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 description 1
- 102100030485 Platelet-derived growth factor receptor alpha Human genes 0.000 description 1
- 229920000153 Povidone-iodine Polymers 0.000 description 1
- 102100030128 Protein L-Myc Human genes 0.000 description 1
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 1
- 101710173511 Tensin homolog Proteins 0.000 description 1
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 1
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 description 1
- 230000037005 anaesthesia Effects 0.000 description 1
- 230000036592 analgesia Effects 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 239000002260 anti-inflammatory agent Substances 0.000 description 1
- 229940124599 anti-inflammatory drug Drugs 0.000 description 1
- 230000002421 anti-septic effect Effects 0.000 description 1
- 238000000149 argon plasma sintering Methods 0.000 description 1
- 238000003491 array Methods 0.000 description 1
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 1
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 1
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 1
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 1
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 1
- 230000006369 cell cycle progression Effects 0.000 description 1
- 108091092356 cellular DNA Proteins 0.000 description 1
- 229960003333 chlorhexidine gluconate Drugs 0.000 description 1
- YZIYKJHYYHPJIB-UUPCJSQJSA-N chlorhexidine gluconate Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O.OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O.C1=CC(Cl)=CC=C1NC(=N)NC(=N)NCCCCCCNC(=N)NC(=N)NC1=CC=C(Cl)C=C1 YZIYKJHYYHPJIB-UUPCJSQJSA-N 0.000 description 1
- 238000013375 chromatographic separation Methods 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 description 1
- 239000013068 control sample Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 238000012350 deep sequencing Methods 0.000 description 1
- 230000018732 detection of tumor cell Effects 0.000 description 1
- 210000002257 embryonic structure Anatomy 0.000 description 1
- 239000000839 emulsion Substances 0.000 description 1
- 230000002357 endometrial effect Effects 0.000 description 1
- 238000007824 enzymatic assay Methods 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 108010052621 fas Receptor Proteins 0.000 description 1
- 102000018823 fas Receptor Human genes 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 238000002825 functional assay Methods 0.000 description 1
- 208000005017 glioblastoma Diseases 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 238000009802 hysterectomy Methods 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 1
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 1
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 1
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 1
- 230000002452 interceptive effect Effects 0.000 description 1
- 230000009545 invasion Effects 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 238000002032 lab-on-a-chip Methods 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 229960004194 lidocaine Drugs 0.000 description 1
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002504 lithotomy Methods 0.000 description 1
- 239000006210 lotion Substances 0.000 description 1
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 description 1
- HYYBABOKPJLUIN-UHFFFAOYSA-N mefenamic acid Chemical compound CC1=CC=CC(NC=2C(=CC=CC=2)C(O)=O)=C1C HYYBABOKPJLUIN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960003464 mefenamic acid Drugs 0.000 description 1
- 201000001441 melanoma Diseases 0.000 description 1
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 1
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 1
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 230000008722 morphological abnormality Effects 0.000 description 1
- 238000002663 nebulization Methods 0.000 description 1
- 238000012261 overproduction Methods 0.000 description 1
- 239000013610 patient sample Substances 0.000 description 1
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 description 1
- 230000004962 physiological condition Effects 0.000 description 1
- 230000035790 physiological processes and functions Effects 0.000 description 1
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 1
- 229960001621 povidone-iodine Drugs 0.000 description 1
- 230000035935 pregnancy Effects 0.000 description 1
- 238000000575 proteomic method Methods 0.000 description 1
- 238000003908 quality control method Methods 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 238000003127 radioimmunoassay Methods 0.000 description 1
- 238000007637 random forest analysis Methods 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 230000028617 response to DNA damage stimulus Effects 0.000 description 1
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 1
- 230000035807 sensation Effects 0.000 description 1
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 1
- 208000019694 serous adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 1
- 239000007921 spray Substances 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 230000003637 steroidlike Effects 0.000 description 1
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 1
- 238000012706 support-vector machine Methods 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 230000002123 temporal effect Effects 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 230000005945 translocation Effects 0.000 description 1
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000000439 tumor marker Substances 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- 239000002699 waste material Substances 0.000 description 1
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/154—Methylation markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Buluşa göre, bir kadın hastada adenokarsinom veya bunların öncü lezyonlannın teşhisi için, söz konusu deneğin hücrelerini analiz ederek, invazif olmayan bir yöntem sağlanmıştır, yöntem - rahim boşluğunun durulanması ve isteğe bağlı olarak fallop tüplerinden elde edilen söz konusu deneğin bir örneğinin epitelyal hücrelerinin hazırlanması, ve - ovaryan veya endometriyal kanser ile ilişkili bir anormalliğin saptanması için bahsedilen hücrelerde analiz yapılmasını içerir, ki anormallik adenokarsinom veya bunların öncü lezyonlarının göstergesidir. Buluş ayrıca, bir kadın denekte adenokarsinomun, söz konusu deneğin bir hücre numunesindeki bir anormalliğe dayanarak teşhis edilmesi için bir kit sağlar: kit - rahim boşluğunun invazif olmayan durulanması ve durulama örneğinin toplanması için tasarlanmış bir uterus kateteri, - söz konusu numunenin epitelyal hücrelerinin bir kısmını hazırlamak için araçlar ve - söz konusu hücrelerin, yumurtalık veya endometriyum kanseri ile ilişkili bir anormalliğin belirlenmesi için analiz edilmesi için reaktifler içerir ve ör.tarama testi için bu tür bir kitin kullanımını da sağlar.
Description
Tarifname boyunca kullanilan spesifik terimler, asagidaki anlama sahiptir.
Bu tarifnamede kullanildigi haliyle, buradaki epitelyal hücreleri analiz etmeye iliskin
(nükleotid veya amino asit) sekansi ve kodlama ve kodlama olmayan sekanslarda
polimorfizm gibi mutasyonlar veya gen ekspresyonunun seviyesi gibi ifadesi ile ilgili
anormalligi ifade eder. Ayrica heterozigotlugun, kromozomal degisikliklerin (örnegin,
ampisikasyonlar, delesyonlar, yeniden düzenlemeler) veya sitokimyanin herhangi bir
anormalligi anlamina gelir.
Burada kullanildigi sekliyle "biyomarkör" veya "markör", tek basina veya diger
parametrelerle kombinasyon halinde, prekanseröz veya kanser hücrelerinde bulunan
bir anormalligin bir veya daha fazla yönü ile varligini veya (diferansiyel)
ekspresyonunu gösteren bir molekülü ifade eder. Terim özellikle bir mutasyona sahip
olan herhangi bir polinükleotidi, örnegin bir diferansiyasyon ekspresyonunu veya bir
hastalik veya bozukluk ile iliskili olan ekspresyon düzeyinde veya aktivitede herhangi
bir baska degisikligi içerir. Örnegin, biyo-isaretleyici prekanseröz veya kanserli
hücrelerde, transkripsiyon seviyesinde veya translasyon seviyesinde farkli sekilde
eksprese edilebilir. Dolayisiyla, bir biyomarker, bir nükleik asit molekülü ifadesinin
bir ürünü olan herhangi bir molekül olabilir. Bir anormalligin bir veya daha fazla
yönünü belirten bir biyo-markeranin saptanmasi, bir referans ya da kontrol ile
karsilastirildiginda diferansiyel ifadesinin saptanmasi olabilir.
Bulusa göre bir anormalligin saptanmasi için ekspresyonlari açisindan analiz
edilebilecek uygun biyolojik belirteçler, insan kaynakli olup adenokarsinom ile,
özellikle OC ve / veya EC ile ve örn. UniGene katilim numaralari ve gen sembolleri
(HUGO nomenklatürü) dahil olmak üzere Tablo 1'de listelenenler ile iliskilidir.
- . Gen . . HGNC
ARID1A ARlD1A AT zengin interaktif domain 1A (SWl-like) 11110 ;ggö'l'
BRAF BRAF v-raf murin sarkoma viral onkojen homolog B1 1097 7q34
siklin-bagimli kinaz inhibitör 2A (melanoma, p16,
ECGF1 TYMP thymidin loslorilaz 3148 22q13
EGFR EGFR epidermal büyüme faktörü reseptör 3236 7p12
neuro/glioblastoma turevli onkoien homolog (avian) q12
GATA4 GATA4 GATA baglama protein 4 4173 2%”
MYC MYC v-myc myelositomatosis viral onkojen homolog (avian) 7553 8q24
ggêggî or PDGFRA platelet-türevli büyüme faktörü reseptör, alfa polipeptit 8803 4q12
PIKSCA PIKSCA tostoinositide-S-kinaz, katalitik, alfa polipeptit 8975 3q26.3
PTEN PTEN fosfataz ve tensin homolog 9588 10q23
omolog (avian)
VHL VHL von HippeI-Lindau tümör baskilayici 12687 3p25.3
FHIT FHIT fragile histidine triad gen 3701 3p14.2
ile karakterize edilen fizyolojik durum kastedilmektedir. Bu tanima dahil edilenler,
habis kanserler, ayni zamanda uykuda olan tümörler veya mikrometastazlardir.
Kanser örnekleri arasinda, her zaman burada seröz adenokarsinom, Tip II hastalik
veya prekürsör lezyonlari içeren OC ve/ veya EC bulunur. Kanser tipik olarak benign
neoplazm veya tümörlerden ayirt edilir, örnegin ayirici tani ile.
hücresel proliferatif bir bozukluk ile teshis edilmemis olan saglikli bir denekten elde
edilmistir. Bir kontrol veya kontrol örnegi daha önce hücresel proliferatif bir bozukluk
tanisi konulmamis saglikli denekierden alinan ölçümlere dayanarak olusturulmus
olabilir. Ayrica, bir kontrol numunesi belirli bir yas, cinsiyet, etnisite veya diger
demografik parametreler ile tanimlanabilir.
edilen veya üretilen bir ürünün saptanmasidir; taklit edilmemis bir RNA, bir mRNA,
bir ekleme varyanti mRNA, bir polipeptit, bir translasyon sonrasi modifiye edilmis
polipeptid, bir birlestirme varyanti polipeptiti, ve özellikle bir sablon olarak bir RNA
gen ürünü kullanilarak yapilan ürünler, örn. RNA'nin cDNA'si. Nükleik asitlere
odaklanan tipik teshis yöntemleri arasinda PCR ve RT-PCR (kantitatif varyantlar
dahil) gibi amplifikasyon teknikleri, in situ hibridizasyon, mikrodiziler, lekeler ve
digerleri gibi hibridizasyon teknikleri ve Yeni Nesil Dizileme (Illumina, Roche
Sequencer, Life Technologies SOLIDTM), Tek Molekül Gerçek Zamanli Dizileme
(Pasifik Biosciences), Gerçek Tek Molekül Dizileme (Helicos) gibi yüksek verimli
siralama teknikleri, veya isik yayan teknolojiler kullanmayan, ya da siralama
reaksiyonunu ya da Iyon Torrent (Yasam Teknolojileri) gibi siralama ürünlerini
saptayan diger fiziksel yöntemleri kullanan dizileme yöntemleri bulunur.
Yeni Nesil Dizileme (Illumina) gibi yüksek verimli dizileme teknikleri sayilabilir.
Roche Sequencer, Yasam Teknolojileri SOLIDTM), Tek Molekülü Gerçek Zamanli
Dizileme (Pasifik Biosciences), Gerçek Tek Molekül Dizileme (Helicos) veya isik
yayan teknolojiler kullanmadan siralama yöntemleri veya siralama reaksiyonunu veya
siralama ürününü tespit etmek için diger fiziksel yöntemler, örnegin Iyon Torrent
(Yasam Teknikleri). Proteinlere veya polipeptitlere odaklanan tipik teshis yöntemleri,
ELISA, immünohistokimya, mikrodizi ve enzimatik analizler gibi fonksiyonel
teknikler gibi baglama tekniklerini içerir.
Bulusa göre hücrelerin anormalligini belirlerken, tipik olarak, bir hastaliga, özellikle
de kansere\ Normal veya kontrol nesnesindeki ifadesine göre OC veya EC gibi.
yakalanmis bir sujede ekspresyonunun daha yüksek veya daha düsük bir seviyeye
kadar aktive edildigi bir gene atifta bulunuldugunda, bir "diferansiyel ifade" nin
anlasilmasi amaçlanmaktadir. Diferansiyel ekspresyon, hem normal hem de hastalikli
hücreler arasinda bir gen veya ekspresyon ürünlerinde veya farkli hastalik olaylari
veya hastalik asamalari geçirmis hücreler arasinda temporal veya hücresel ekspresyon
paternindeki nicel ve ayni zamanda niteliksel farkliliklari içerir. Bu bulusun amaci
için, normal ve hastalikli kisilerde belirli bir genin ifadesi veya hastalikli bir denekde
hastalik gelisiminin çesitli asamalari arasinda en az yaklasik iki kat, tercihen en az
yaklasik dört kat, daha tercihen en az yaklasik alti kat, en çok tercih edildigi haliyle en
az yaklasik bir kat oldugunda, bir anormalligin saptanmasi için bir diferansiyel gen
ekspresyonunun düsünülmesidir. Belirli bir genin normal ve hastalikli kisilerde veya
hastalikli bir hastada hastalik gelisiminin çesitli asamalarinda ifade edilmesi
arasindaki on kat fark. Ayrica, dogrusal veya lineer olmayan modeller (regresyon,
nöronal aglar, rasgele ormanlar gibi) hastalik durumunun göstergesi olan birden fazla
genin ifade degerlerinden olusmustur.
tanimlamaya atifta bulunur ve spesifik bir hastalik gelistirme veya bir rahatsizliktan
muzdarip olma riski tasiyan denekleri tanimlamayi içerir. Tani yöntemleri duyarlilik
ve özgüllüklerinde farklilik gösterir. Belirli bir teshis yöntemi, bir durumun kesin bir
teshisini saglayamayabilirken, yöntem, taniya yardimci olan olumlu bir gösterge
sagliyorsa yeterlidir.
herhangi bir ölçüm sekline deginmek için birbirlerinin yerine kullanilabilirler ve
burada, hücrelerin biyobelirteçleri ve hücrelerin ya prekanseröz ya da kanserli
olduklarini belirten farkli ifadeleri gibi anormallikleri belirleme baglaminda özellikle
kullanilirlar.
Burada kullanilan "mutasyon" terimi, hücre genotipinin veya fenotipinin, örn. nükleik
asitler ve polipeptidler veya proteinler dahil olmak üzere, polinükleotidlerin
degisimleri, bunlara karsilik gelen gen ürünleri ve bir veya daha fazla nokta
mutasyonu veya tek nükleotid polimorfizmi (SNP), fragmanlari, ekleme varyantlari
veya izoformlari gibi varyantlari olan moleküller dahil ekspresyon ürünlerini ifade
Burada kullanildigi sekliyle "invaziv olmayan" terimi, cerrahi olmayan, örnegin
vücuda nüfuz etmeyen, insizyon veya enjeksiyonla veya doku istila etmeyen metotlari
ifade eder. Özellikle, iç rahim ve istege bagli olarak tubalarea'nin lavaji, mevcut
bulusa göre örnekleme için özellikle kullanilan düsük gerilimli, invaziv olmayan bir
teknik olarak anlasilir.
Alan, mevcut bulusa göre örnekleme için özel olarak kullanilan, düsük gerilimli,
invaziv olmayan bir teknik olarak anlasilmaktadir.
Burada kullanildigi sekliyle "prekanseröz hücreler" veya "öncül lezyonlar”, dissemine
olmus tümör hücrelerinin yani sira displaziler ve bunlarin prekursör evrelerini ifade
”Referans" ile, karsilastirma amaçlari için bir standart veya kontrol kosulu
kastedilmektedir. Örnegin, bir "referans dizisi", dizi karsilastirmasi için bir temel
olarak kullanilan tanimli bir dizidir. Bir referans dizisi, belirtilen bir dizinin, örn. tam
uzunlukta bir cDNA veya gen dizisinin bir bölümü veya tam cDNA veya gen dizisi,
bir alt kümesi veya bütünlügü olabilir.
bulusun yöntemleri insanlarla sinirli degildir ve diger memelilerde yararli olabilir.
Bu nedenle, bu bulus yeni bir spesifik örnekleme teknigi ve bu örnekleme teknigini
içeren adenokarsinom ya da öncü lezyonlarini teshis etmenin bir yöntemini
sunmaktadir. Özellikle, bulus, adenokarsinom veya prekürsör lezyonlannin kök
hücrelerindeki anormalliklerin saptanmasi için yararli yöntemler ve kitler saglar,
örnegin bir deneki, OC veya EC gelistirmek için bir egilimi olan veya sahip olan bir
özniteyi tanimlayan bir diferansiyel ifadeyi tanimlar. Bu tür deneyler, bir moleküler
analiz gerçeklestirmek veya bir nükleotid dizisi, aktivitesi veya dizi seviyelerinin
düzenli bir düzeninde uygun sekilde saglanan nükleotid dizilisi ve dizileri dahil olmak
üzere ifade seviyesinde bir mutasyonu veya bir degisikligi ölçmek için özel olarak
kullanilir. Mikro-dizi tabanli platformlar veya yüksek verimli sekanslama
teknolojileri, Örnegin SNP dizileri gibi spesifik olarak kullanilabilir.
Mevcut bulusun uygulamalarina göre olan kit veya cihazlar, özellikle, vasitalar ve
özellikle epitelyal hücreler, Örnegin konsantre formda zenginlestirilmis, örnegin epitel
hücreleri de dahil olmak üzere, numunenin bir kismini örneklemek ve hazirlamak için
bir veya daha fazla cihazi içerir.
Bazi düzenlemelerde, bulusa göre olan kit, hem uterus boslugunu durulama hem de
durulamayi örnekleme kapasitesine sahip bir cihaz içerir. Bazi diger düzenlemelerde,
bulusa uygun kit, bu gibi amaçlarla kullanilan cihazlarin bir kombinasyonunu içerir.
Baska düzeneklerde kit, deneklerden bir örnek almanin ve prekanseröz veya kanserli
hastaligin teshisi için kitin kullanilmasina yönelik talimatlari içerir.
Spesifik olarak örnekler, uterus kavitesinin durulanmasi üzerine uygun bir sekilde
alinir. Bir numune, vücut boslugunun yikanmasi sirasinda atiktan veya in situ alinan
durulama spesifik bir miktarini içerebilir. Durulama numunesinin uygun miktarlari
(yani +/- 1 mL) arasindadir. Durulama numunelerinin elde edilmesi için araçlar,
teknikte uzman kisilerce bilinen örnek siringalari veya baska kaplari kullanir.
Ayrilmis bir hücre fraksiyonu gibi epitelyal hücreleri içeren bir numunesi
hazirlanabilir. Uygun bir sekilde, hücre yogunlugu ve ortamin ayrilmasini saglayan,
numunenin santrifüjlenmesi üzerine bir hücre pelleti üretilebilir. Uygun vasitalar
örnegin filtrasyon, santrifüjleme - bir veya daha fazla yogunluk gradyan ortami ile
veya bunlar olmadan - (akis destekli) manyetik boncukla iliskili hücre ayrimi,
manyetik olmayan hücre ayrimi (örn. PluriSeect), hücre mikrodizi bazli hücre
manipülasyonu (öm. DEPArray), Silikon Biosystems), FACS veya esdeger
teknolojilerdir.
Örnegin, mikroakiskan lab-on-a-chip cihazlari hücre siralama ve nadir hücre
saptamasi için essiz firsatlar sunar. Mikroakiskan teknolojisi, mikroakiskan akis
sitometrisi, sürekli boyut tabanli ayirma ve kromatografik ayirma için basariyla
kullanilmistir.
Numune preparasyonu, hücrelerin analiz edilmesi için uygun olan, Özellikle hücrelerle
saglanan genetik bilginin moleküler analizini yapmak için ya da daha sonraki bir
zamanda test için genetik bilginin depolanmasi için geleneksel tampon veya baska
tasiyicilar kullanabilir. Uygun tasiyicilar, örn., formalin, parafin, RNAlater
(QIAGEN),% 2.5 ila % 15 DMSO içeren çözeltilerdir.
Bir düzenlemede, kit, bir biyomarkörü, örn. sekansi veya ekspresyonu, spesifik olarak
seröz kanser veya Tip II kanserde OC veya EC'de degistirilmis bir polinükleotit veya
nükleik asit molekülü, baglayan en az bir ajan içeren reaktifler içerir,
Spesifik düzeneklerde kit, baglama maddesini içeren steril bir kap içerir.
Hücreleri analiz etmek için yararli olan biyobelirteçler, tipik olarak epitelyal
hücrelerde bulunan ve OC veya EC'nin, özellikle hastaliklarin seröz karsinomasinin
veya Tip II'nin veya prekanseröz hücreler içerenler gibi herhangi bir öncü lezyonun
isaretçileridir.
Uygun biyomarkerler, teknikte bilinmektedir ve bunlarla sinirli olmamakla birlikte,
Tablo 1'de listelenenlerdir.
Ek biyomarkerler, teknolojide bilinen yöntemler kullanilarak tanimlanabilir. Örnegin,
Biyobelirteçler, mRNA düzeyinde normal ve kanserli veya prekanseröz hücreler
arasindaki nükleik asit bazli mikrodiziler, yüksek verimli dizileme teknolojileri,
kantitatif PCR tabanli yöntemler ve diferansiyel tarama yöntemleri gibi yöntemler ile
diferansiyel ekspresyona bakilarak tanimlanabilir. Biyobelirteçler, protein seviyesinde
normal ve kanserli veya prekanseröz hücreler arasindaki diferansiyel ekspresyona,
kütle spektrometresi tabanli proteomik yöntemler ve protein yongalari veya
mikrodiziler gibi yöntemlerle de tanimlanabilir.
Bazi düzeneklerde bir nükleik asit kopya numarasi en az iki kat kat arttirilir. Bazi
düzenlemelerde, bir nükleik asit kopya numarasi, hibridizasyon analizleri ve / veya
amplifikasyon bazli analizler (Öm., Floresan in situ hibridizasyon (FISH),
karsilastirmali genomik hibridizasyon (CGH) veya mikrodizi bazli CGH) ile
belirlenir.
Bazi düzeneklerde anormallik, bir biyomarkerin veya spesifik bir kromozomal
bölgenin bir LOH'sinin saptanmasiyla belirlenir. "Heterozigotluk kaybi" veya "LOH"
terimi, bir test genomunun bir bölgesinin bir genom genomuna veya bir diploid
referans genomuna göre heterozigotluk kaybettigini gösterir, ki bu LOH proliferatif
hastaligin göstergesi olabilir.
Bazi düzenlemelerde, numuneden türetilen veya numuneden türetilen veya ayrilan
hücreler, hücresel anormallikleri belirlemek için kullanilabilir.
Bazi düzenlemelerde, bu bulusun yöntemleri ve araçlari kullanilarak izole edilen
hücreler parçalanabilir ve hücrelerin bir veya daha fazla Özelligi veya bunun kisimlari
ölçülebilir. Parçalanmis hücrelerde ölçülebilen biyolojik özelliklerin sinirlayici
olmayan örnekleri, mRNA ekspresyonunu, protein ekspresyonunu ve DNA miktarini
içerir. Ek olarak, bazi düzeneklerde hücresel DNA sekanslanabilir veya bazi sekans
özellikleri (örn., Polimorfizmler ve kromozomal anormallikler) geleneksel teknikler,
örn. FISH veya PCR kullanilarak tanimlanabilir. Mevcut bulusun bazi
embriyolarinda, izole edilmis hücrelerden elde edilebilen bilgiler, belirli genomik
DNA, cDNA veya mRNA dizilerinin tanimlanmasini veya verilmesini içerir.
Bazi düzenlemelerde, bu bulusun yöntemleri ve araçlari kullanilarak izole edilen
hücreler, akis sitometrisi veya diger analitik platformlar vasitasiyla
immünositokimyasal analizlere tabi tutulur.
Bazi spesifik düzeneklerde hücresel testler, spesifik olarak, örn. bir immunoassay, bir
ELISA, immünositokimya, immünohistokimya, akis sitometrik analizi,
radioimmunoassay, Western blot, vb. biyolojik belirleyicileri, özellikle polipeptitlerin,
biyobelirteçlerin saptanmasi için kullanilan morfolojik anormalliklerin veya diger bazi
düzenlemelerin görsel olarak belirlenmesini kullanabilir.
Immünolojik yöntemler, mevcut bulusa göre isaretleyicilerin ifadesini tespit etmek
için özellikle uygundur. Bu nedenle, her bir marker için spesifik olan antikorlar veya
antikor fragmanlari gibi baglama maddeleri, ekspresyonu tespit etmek için kullanilir.
Isaretleyiciler, baglayici ajanlarin, örnegin radyoaktif etiketler, flüoresan etiketler,
biyotin gibi hapten etiketler veya at turpu peroksidaz veya alkalin fosfataz gibi bir
enzim ile dogrudan veya dolayli olarak etiketlenmesi ile saptanabilir.
Bazi düzenlemelerde, bulusun amaci için belirlenen biyobelirteç, belirli malignite
seviyelerinde hücrelerde spesifik olarak eksprese edilecek olan uzman kisilerce
bilinen herhangi bir seydir. Örnegin, özellikle OC / EC veya prekürsör lezyonlar için
uygun olan herhangi bir alt grup belirleyici belirlenebilir.
Bazi düzenlemelerde, bulusa uygun yöntem, bir numunedeki hücrelerin bir çok
parametreli analizini içerir, burada bu çoklu parametreler, tercihen en azindan TP53'ü
Bireysel belirteçler yararli teshis belirteçleri iken, bazi durumlarda, bir isaretleyici
kombinasyonu, tekli isaretçilerden daha büyük öngörme degeri saglar. Bir örnekte çok
sayida isaretçinin saptanmasi, gerçek pozitif ve gerçek negatif tanilarin yüzdesini
artirabilir ve yanlis pozitif veya yanlis negatif tanilarin yüzdesini azaltabilir.
Dolayisiyla, mevcut bulusun tercih edilen yöntemleri, birden fazla markörün
ölçümünü içerir.
Analiz, teknikte uzman kisilerce bilinen geleneksel teknikleri (örn., Sicaklik, pH,
protein konsantrasyonu ve iyonik mukavemet) kullanarak gerçeklestirilir.
Tipik olarak, bir örnek, prekanseröz veya kanserli hücreler üzerinde farkli sekilde
eksprese edilen biyobelirteçleri taniyan bir veya daha fazla problama ajani ile temas
ettirilir. Problama ajanlari, numune ile temas ettirildikten önce veya sonra etiketlenir.
Boyanan numune daha sonra bir tespit cihazinda analiz edilir, burada, incelenen
hücreler için iloresan yogunluklari ve isik saçilmasi gibi etiketin Ölçümleri alinir. Bir
veya daha fazla parametrenin analiz edilmesiyle incelenen hücrelerin durumu, örn. bir
kontrol veya referans ile karsilastirildiginda ve normal veya prekanseröz veya kanserli
olarak siniflandirildiginda ve numunenin, OC veya EC gibi bir veya daha fazla hücre
anormallikleri veya adenokarsinom için negatif veya pozitif oldugu belirlenebilir.
Bazi uygulamalar için, nükleik asit molekülü problari, bir ömekteki biyobelirteçleri
belirlemek için kullanilir. Örnegin, mRNA standart yöntemlere göre söz konusu
numuneden izole edilebilir ve cDNA, teknikte bilinen yöntemlerle uygun bir prob ile
hibridizasyon için uygun tamamlayici RNA yapmak için bir sablon olarak üretilebilir
ve kullanilabilir.
Amplifikasyon temelli bir moleküler analiz metodu olarak, PCR bazli bir analiz
özellikle kullanilabilir. Örnegin, bir TaqMan-tabanli deney, polinükleotidleri ölçmek
için kullanilabilir. Diger uygun amplifikasyon yöntemleri arasinda, bunlarla sinirli
olmamakla birlikte, ligaz zincir reaksiyonu, transkripsiyon amplifikasyonu, kendi
kendini idame ettiren dizi replikasyonu, nokta PCR ve baglayici adaptör PCR
Bulus, spesifik olarak bir hastaligin nüksetmesi, bir tümörden muzdarip kisilerde
ayirici tani veya erken evre dahil olmak üzere hastaligin evrelendirilmesi, fakat ayni
zamanda daha sonraki evre ve metastatik hastalik gibi, teshis ve nihai izleme için
yöntem ve kitler saglar.
Bu bulus, özellikle, bulusa göre olan invaziv olmayan yöntemle örnekleme kullanan
deneklerin taranmasi için, ör. bulusa göre olan kitin kullanimiyla, kanser teshisini
destekleyen bilgi saglamak için, yöntemler ve kitler ile ilgilidir. Deneklerin bir
popülasyonu, proliferatif hastalik gelistirme riski yüksek olan spesifik olarak
taranabilir.
Amplifikasyon, asiri ekspresyon veya örnegin bir biyo-markör geni veya ekspresyon
ürünü asiri üretimi, prognostik bilgi saglamak veya terapötik tedaviyi yönlendirmek
için kullanilabilir. Bu tür prognostik veya prediktif analizler, bir denegin kanser
semptomlarinin baslangicindan önce erken tedavisini belirlemek için kullanilabilir.
Burada tarif edilen teshis yöntemleri, tek basina veya adenokarsinom veya bunlarin
öncü lezyonlarinin varliginin daha dogru bir teshisi için burada tarif edilen diger
teshis yöntemleriyle kombinasyon halinde kullanilabilir. Bu gibi bozukluklarin teshisi
için ek yöntemlerin örnekleri arasinda, ör. bir kisinin saglik öyküsünü, dokularin
imunode kimyasal boyamasini, bilgisayarli tomografi (BT) taramalarini veya kültür
büyümelerini inceler.
Yukaridaki açiklama, asagidaki örneklere referansla daha iyi anlasilacaktir. Fakat, bu
tür örnekler, sadece mevcut bulusun bir veya daha fazla düzenlemesini uygulama
yöntemlerini temsil eder ve bulusun kapsamini sinirlayici olarak okunmamalidir.
Örnekler
l. Tuzlu Histeroidografi ve Örnekleme
Salin histerosonografi, de Kroon ve arkadaslarina (2003, BJOG: Uluslararasi Kadin
Hastaliklari ve Jinekoloji Dergisi, 110, 938-947) göre gerçeklestirilmistir. Salin
kontrasti sirasinda hysterosonografi 10 mL normal salin, uterus kavitesine ve fallop
tüpüne yavasça enjekte edilir. Siringanin içine geri emilerek 5 mL alinir ve daha fazla
hücre hazirligi ve moleküler analiz için bir örnekleme solüsyonu olarak kullanilir.
Non-invaziv salin durulama (NISR) için rutin anestezi veya analjezi gerekli degildir.
Rahim içi kateterin yerlestirilmesi genellikle agrisizdir. Kadinlarin azinligi,
muayeneden 30 dakika önce mefenamik asit (500 mg) gibi nonsteroidal
antiinflamatuvar bir ilacin abone edilmesiyle önlenebilecek bazi kramp hissi
yasayacaktir. Hamilelik dislandiktan sonra, hastalar islem için onay verrnelidir. Steril
kosullar sabitlenir ve hasta litotomi pozisyonunda bulunur ve spekulum vajinaya
yerlestirilir.
Servikal os temizlemek için povidon iyot çözeltisi veya klorheksidin glukonat
kullanildiktan sonra servikal kanaldan 5 veya 7 Fransiz sono-fototerografi kateteri
yerlestirilir. Yerlestirmeden önce kateterin havayi bosaltmak için normal salin ile
yikanmasi gerekir. Yerlestirildikten sonra, kateterin ucundaki balon, yerinde tutmaya
yardimci olmak için 1-2 mL salin ile sisirilir. Kateter yaklasik 25 cm uzunlugunda
oldugundan spekulum dikkatlice çikarildiktan sonra bile vajinal girisin ötesine
uzanacaktir, ki bu zorunlu olarak gerekli degildir. Spekulumun sadece NISR'ye ek
olarak bir tuzlu hysterosonografi yapildiginda çikarilmasi gerekir.
Kateterin sokulmasi için zaman zaman zorluklar, spekulumun pozisyonu
degistirilerek, servikal kanalin genisletilmesiyle veya bir kilavuz telin kullanilmasiyla
asilabilir. Bir balon kateterinin kullanilmasi zorunlu degildir, çünkü uterus kavitesinin
ve fallop tüpünün yeterli bir sekilde ayrilmasi ve durulanmasi, baska tipte kateterlerle
de elde edilebilir, ancak biraz daha zor olabilir.
Kateterin rahim bosluguna geçmesinin mümkün olmadigi durumlarda, ucu mümkün
oldugu kadar servikal kanala yerlestirmek ve ardindan balonu sisirrnek suretiyle bir
durulama hala mümkündür. NISR'ye paralel bir salin histerektomi yapilmali ise
vajinal ultrason probu takilmalidir. Katetere steril salinle doldurulmus lO mL'lik bir
siringa baglanir. Damlatilan sivinin miktari, hasta konforuna bagli olarak degisir
(kramplar olusabilir) ancak 10 ml tuzlu su genellikle bir problem degildir. Pistonun
üzerine hafifçe çekerek, tuzlu su, durulamayi temsil eden sinnganin içine geri
emdirilir. Sonunda balon çöker ve kateter geri çekilir veya pasif uterustan disari
2. Hücre hazirligi
Numune alma solüsyonundan alinan hücreler, bir veya daha fazla yogunluklu gradyan
ortami ile - (veya akis destekli) manyetik-boncuk iliskili hücre ayrimi, manyetik
Olmayan hücre ayirma (Öm. PluriSeect), hücre mikrodizi bazli hücre manipülasyonu
(örnegin DEPArray, Silicon Biosystems), FACS veya esdeger teknolojiler ile - veya
filtrasyon ile santrifüj yoluyla toplanir. DNA, protein ve RNA molekülleri bilinen
teknolojiler kullanilarak hazirlanir, sonraki analiz teknikleri için uygundur.
Immünohistokimya veya FISH analizleri için hücreler sabitlenebilir (ör. Formalin ile)
ve parafin gibi yeterli ortamlara gömülebilir.
3. Moleküler analiz
Mutasyon analizi, CNV (kopya sayisi degisimi) analizi, SNV (tek nükleotid
varyantlari) analizi veya tüm transkriptome (ekspresyon) analizi, yüksek verimli
sekanslama teknolojileri kullanilarak gerçeklestirilmistir. Kisaca, DNA tabanli analiz
için (mutasyon, CNV, SNV) DNA, toplamda (bütün genom DNA sekansi) veya
ekzonlar (ekson sekansi) veya spesifik hedef genler veya kromozomal bölgeler için
önceden zenginlestirilmis (örnegin, hedeflenen DNA-sekansi, örn. Fluidigms Erisim
Dizisi BRCAl, BRCA2 ve TP53 Kiti), kesilen DNA'lar ve yüksek verimli dizilim
teknolojisinin kullanilan markasina göre hazirlanmis ve uygun bir derinlige dizilen
kütüphaneler. Kalite kontrolünden sonra, adaptör dizilerinin çikarilmasi, PCR-
çogaltmalari ve düsük kaliteli okumalar ve sonunda üçlü düsük kaliteli bazlarin
kirpilmasindan sonra, okumalar Stampy, Novoalign veya BWA gibi indel yetkili
hizalama programlari kullanilarak genomla (öm. en yeni bir araya getirilmis insan
genom dizisine, örnegin hg19 veya GRCh37) eslestirilir. SNP / SNV çagirma ve
yorumlama, esas olarak DePrisot ve ark.'nin yayinini (Nature Genetics Volume: 43,
düzenlenmeyi içeren Genome analiz araç takimi (GATK) ile gerçeklestirilir.
Hedeflenen CNV tespiti için (tercih edilen bölgeler, asagiya bakiniz) veya exom
zenginlestirilmis yüksek verimli sekanslama verileri BreakDancer (Nat Methods.
formatics. 2009 Mar 6; 10: 80.) analiz edilmistir. En yaygin sayisal degisiklikler
kayiplaridir. Yapisal yeniden düzenlemeler, öncelikle silmeleri ve lp, lq, 3p, 3q, 6q,
7p, lOq, l lp, l lq ve 12q içeren dengesiz translokasyonlari içerir.
Bütün genom ekspresyon analizi, ya poli A zenginlestirilmis (oligo-dT bazli
zenginlestirrne) ya da rRNA tükenmis (RiboMinus (Invitrogen), Ribo-Sifir
(epicenter)) RNA RNA sekansi ile gerçeklestirilir. RNA veya cDNA, yüksek verimli
sekanslama teknolojisinin kullanilan markasina göre üretilmis ve uygun bir derinlige
dizilen enzimatik, kimyasal veya fiziksel (ultrason, nebulizasyon) ve kütüphaneler
tarafindan kesilir. Çoklama için, indikatörler adaptörlere eklenir. Okumalar, bir RNA-
seq uyumlu hizalama programi ile (örnegin, RNA-Birlestirilmis Eslestirici (RUM),
STAR, TopHat) eslestirilir. Hizalanmis okumalarin sayilmasindan sonra (kol
dügmeleri, HTseq-sayimi) diferansiyel veya mutlak gen ekspresyonu belirlenir
(cufflinks, cuffdff, DEGseq, DESeq, SAMseq, edgeR, NOISeq).
Çok degiskenli model olusturma (lasso, elastik ag, denetimli PCA, nöronal aglar,
destek-vektör makineleri, rasgele mera analizler), ayirt edici ifade edilmis genler,
mutasyonlar / SNP'ler, SNV'ler, CNV ve kromozomal aberasyonlar için istatistiksel
yöntemler kullanilarak altin standart yöntemlerle (örn. qPCR veya dijital PCR tabanli,
pirogresleme) belirlenir ve onaylanir.
4. Bir hasta numunesinde OC ve / veva EC`nin veya bunun bir öncül malignitesinin
göstergesi olan bir bivoloiik belirteç belirlemek için örnek teSkil eden islem
Örnekleme
Hasta jinekolojik sandalyeye yerlestirilir. Ultrason muayenesi uterusun ve serviksin
tam yeri hakkinda bilgi verir. Vajinaya jinekolojik spekulum yerlestirilir ve serviks
görsellestirilir. Serviks antiseptik bir losyonla temizlenir. Sivri bir forseps kullanarak
serviks saat 12.00'de tutulur. Servikal kanala üç yönlü bir kateter yerlestirilir ve balon
normal salin ile sisirilir. Kanal simdi mühürlendi. Servikal kanal kateteri geçmek için
çok dar ise, Xylocain sprey uygulandiktan sonra Hegar dilatatörler ile dilate edilir.
Bunlardan biri 10 ml normal salin ihtiva eden iki adet 10 ml siringa, iki kanala
baglanmistir. Jinekolojik sandalye yardimi ile hasta dik pozisyona getirilir (anti
Trendellenbur konumlandirma). Normal salin içeren siringa pistonunu iterek, sivi
yavasça uterus bosluguna ve tüplerine enjekte edilir. Eszamanli olarak bos siringanin
pistonu yavasça disari çekilir, sivi uterus boslugundan ve tüplerden emilir. Bir tüp
yavasça bosalirken digeri yavasça doldurulur. Lavaj bittikten sonra dolu siringa konur
ve siringa laboratuvara gönderilir.
Aspirat 15000 rpm'de 10 dakika santrifüj edilir. Süpernatant çikarildi ve kalan hücre
topagi -80 ° C'de donduruldu.
Ardindan, 250 ul'de yeniden süspanse edilen hücre peletinin DNA'si izole edilir. DNA
izolasyonu için QIAamp MinElute Media Kit (QIAgen), üreticinin protokolüne göre
kullanilir.
Örnek tümör markörü olarak TP53'in belirlenmesi
Tümör hücrelerinin saptanmasi için, hastalarin çogunda yumurtalik kanserinin
progresyonunun çok erken oldugu gerçegi, muhtemelen TP53 geninin bir
mutasyonunun ortaya çikmasidir. Mutasyon, örnegin, Bio-RAD'den QXlOOTM
Damlacik DigitalTM PCR Sistemi kullanilarak, dijital PCR yoluyla tespit edilir.
Primer tümör dokusunda mevcut olan TP53 mutasyonunun tipi, lavajdan izole edilen
DNA'da dogrulanir. Bu nedenle, bu spesifik TP53 mutasyonunu hedefleyen bir test
tasarlanmistir. Hedef bölgeyi yukari ve asagi yönde baglayan ileri ve geri bir astar
kullanir. JlOObp'lik bir PCR ürünü üretildi. Spesifik TP53 mutasyonu için spesifik
olan türler, sirasiyla vahsi tip kullanilir. Bu sondalar, Tm primerden yaklasik 5-10 ° C
daha yüksek bir erime sicakligina sahip olmalidir. Problar, vahsi tip VIC için
mutasyona özel prob FAM (6-karboksiflu0resein) ve 3'üncü MGB'de (küçük oluklu
baglayici) bir söndürücü için 5 'ucuna kovalent olarak bagli bir Ilorofordan olusur.
Üreticinin protokolüne göre, PCR bilesenleri (Ana karisim, primerler, problar, DNA)
karistirilir ve bu karisimin 20 ml`si Bio-RAD'dan QXlOOTM Droplet Generator
kullanilarak damlacik üretimi için kullanilir. Bu sekilde PCR Assay, yag
damlaciklarinda 20,000 suya bölünmüstür. Emülsiyon daha sonra 96 oyuklu bir PCR
plakasina aktarilir, isiyla kapatilir ve PCR yapilir. Tavlama sicakligi, hangi tür TP53
mutasyonunun tespit edilecegine bagli olarak önceki optimize edilmis sicakliga
uyarlanir. QXIOOTM Droplet Reader (Bio-RAD) ile her damlacik spesifik hedef DNA
için negatif veya pozitif olarak sayilir ve eger lavajda bir TP53 mutasyonu tasiyan bir
hücre varsa, bir flüoresan sinyali tespit edilir.
TP53 gen ekspresyonu, özellikle p53'ün mutasyonu ve asiri ifadesi, bir hastaligin,
özellikle OC ve/ veya EC`nin veya bunun bir öncül malignitesinin göstergesidir.
Örnege göre, burada tarif edilen primer ve problari kullanarak asagidaki p53
mutasyonu belirlenir:
ileri PCR primer: tgtaacagttcctgcatgggc (SEQ ID 1)
geri PCR Primer: akagcaggccagtgtgca (SEQ ID 2)
prob l: 5'-FAM-catgaaccagaggCC-MGB-3 '(SEQ ID 3)
prob 2: 5'-VIC-catgaaccggaggcc-MGB -3 '(SEQ ID 4)
TP53 geni: UniProtKB: P04637
Bu gen, birçok tümör tipinde tümör baskilayici görevi gören tümör protein p53'ü
kodlar; fizyolojik kosullara ve hücre tipine bagli olarak büyüme durmasi veya
apoptozisi uyarir. Hücre bölünmesini, bu islem için gerekli olan bir gen kümesini
kontrol ederek hücre bölünmesini negatif olarak düzenleyen bir trans-aktivatör olarak
dahil edilmistir. Aktive edilmis genlerden biri, sikline bagimli kinazlarin bir
inhibitörüdür. Apoptoz indüksiyonu BAX stimülasyonu ile ya da FAS antijen
ekspresyonu veya Bcl-2 ekspresyonunun baskisi ile. Çentik sinyallemesinde
çaprazlama. DNA hasarina yanit olarak CAK kompleksi ile iliskili oldugunda CDK7
kinaz aktivitesini önler, böylece hücre döngüsü ilerlemesini durdurur. Izoform 2,
izoform 1'in transaktivasyon aktivitesini, tüm TP53 indüklenebilir promotörlerin bir
kismi degil, daha da gelistirir. Izoform 4, transaktivasyon aktivitesini baskilamakta ve
izoform 1'in aracilik ettigi büyüme süpresyonunu bozmaktadir. Izoform 7, izoform 1-
aracili apoptozu inhibe etmektedir.
Alternatif olarak, genetik degisikliklerin hedeflenmis derin dizilimine yönelik bir
metot, örn. yumurtalik ve endometriyal ve tubal kanserde sik olarak görülenler.
SEKANS LISTESI
<110> SPEISER, Paul
<120> Non-invasive cancer diagnosis
<130> MUOO3P
<160> 4
<170> Patentln version 8.5
<210> 1
<211> 21
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> Primer
<400> 1
<210> 2
<211> 18
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> Primer
<400>2
<210> 3
<211> 15
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> Probe
<400> 3
<210> 4
<211> 15
<212> DNA
<213> artificial
<220>
<223> Probe
<400> 4
Claims (10)
- l. Yumurtalik kanserinin (OC) veya endometriyal kanserin (EC) ex vivo tanisi için veya kadin denekde bunlarin ön maddelerinin, söz konusu denekin hücrelerini analiz ederek ex-invazif yöntemi olup yöntem: - rahim boslugunun durulanmasiyla elde edilen söz konusu denegin bir numunesinin epitelyal hücrelerinin hazirlanmasi ve - mutasyonlari, ekspresyon seviyelerindeki degisiklikleri veya promoter metilasyonunda ve / veya bir biyomarkerin kromozomal degisimlerini belirlemek için bahsedilen hücrelerin analizini gerçeklestirmeyi içerir, burada bahsedilen mutasyonlar, yumurtalik kanseri (OC) veya endometrial kanser (EC) veya bunlarin öncü lezyonlari ile iliskili degisiklikler veya degisiklikler ile ilgilidir, ve asagidakilerden az biri ile belirlenir: - TP53, EGFR, PDGRFalfa, KIT, KRAS, BRAF, PIK3CA, PTEN, ARIDIA, PPP, CDKN2A, GATA4, RNASETZ, BRCAI, BRCA2, BRIPI , PAXZ, WTl, MYC, ERBBZ, CSFIR, ECGFI , SRC, AKT2, RUNX3, FHIT, FGF3 ve MDM2 veya bunlarin kombinasyonlarindan olusan gruptan seçilen bir biyornarkörün en az bir mutasyonunun genotiplenmesi, - TP53, EGFR, PDGRFalfa, KIT, KRAS, BRAF, PIK3CA, PTEN, ARIDlA, PPP, CDKN2A, GATA4, RNASETZ, BRCAl, BRCA2, BRIPl, PAX2, WTl, MYC, ERBB2, CSFlR, ECGFl, SRC, AKT2, RUNX3, FHIT, FGF3 ve MDM2 veya bunlarin kombinasyonlarindan olusan gruptan seçilen bir biyomarkörün nitel ve / veya nicel analizini kullanan bir gen ekspresyon profili, - TP53, EGFR, PDGRFalfa, KIT, KRAS, BRAF, PIK3CA, PTEN, ARIDlA, PPPZRIA, RBl, VHL, DICER, beta-katenin (CTNNBl), CDKN2A, GATA4, RNASETZ, BRCAI, BRCA2, BRIPI, PAX2, WTl, MYC, ERBB2, CSFIR, ECGFI , SRC, AKTZ, RUNX3, FHIT, FGF3 ve MDM2 veya bunlarin kombinasyonlarindan olusan gruptan seçilen bir biyomarkörün heterozigotluk kaybinin (LOH) veya diger kromozomal degisikliklerin tespit edilmesi, - p16 (INK4a), BRCAl, hMLHl ve TUSC3 veya bunlarin kombinasyonlarindan olusan gruptan seçilen bir genin detektörün hipermetilasyonunu veya - TP53, EGFR, PDGRFalfa, KIT, KRAS, BRAF, PIK3CA, PTEN, ARIDlA, PPPZRlA, RBl, VHL, DICER, beta-katenin (CTNNBl), CDKN2A, GATA4, RNASETZ, BRCAl, BRCAZ, BRlPl, PAXZ, WTl, MYC, ERBBZ, CSFIR, ECGFl, SRC, AKT2, RUNX3, FHIT, FGF3 ve MDM2 veya bunlarin kombinasyonlarindan olusan gruptan seçilen bir biyomarkörün üzerinde immünositokimya veya floresan in situ hibridizasyon (FISH) kullanilarak hücresel seviyede analiz.
- 2. Istem l'e göre bir yöntem olup, burada bahsedilen numune, normal salin solüsyonu (N ISR) ile invaziv olmayan durulama ile elde edilir.
- 3. Istem 1 ila Z'den herhangi birine göre bir yöntem olup, burada bahsedilen hücreler bahsedilen örnekten ayrilir ve nükleik asit ekstre edilir.
- 4. Istemler 1 ila 3'ten herhangi birine göre bir yöntem olup, burada analiz, bir nükleik asit dizisini belirlemek için bir amplifikasyon bazli yöntem veya dizileme yöntemi kullanan bir moleküler analizdir.
- 5. Istemler 1 ila 4'ten herhangi birine göre bir yöntem olup, burada anormallik, OC veya EC'nin veya fallop tüplerinin veya endometriyal astarin intraepitelyal karsinomunun bir öncül malignitesinin göstergesidir.
- 6. Erken evre OC veya EC'nin teshisi için, 1 ila 5 arasindaki istemlerden herhangi birine göre yöntem.
- 7. OC veya EC'den süphelenilen kisilerde OK veya EC'nin ayirici tanisi için Istemler 1 ila 6`dan herhangi birine göre yöntem.
- 8. Bir kadin hastada yumurtalik kanseri (OC) veya endometrial kanser (EC) veya bunlarin öncü lezyonlarinin, söz konusu denekin bir hücre numunesindeki yumurtalik kanseri (OC) veya endometrial kanser (EC) ile iliskili genetik olarak ilgili bir anormallige dayanarak teshis edilmesi için kit olup, kit: - rahim boslugunun invazif olmayan durulanmasi ve durulama örneginin toplanmasi için tasarlanmis bir uterin kateter, - söz konusu numunenin epitelyal hücrelerinin bir fraksiyonunu hazirlamak ve - OC veya EC ile iliskili bir anormalligi belirlemek için söz konusu hücreleri analiz etmek için reaktifleri içerir, burada bahsi geçen reaktifler: -TP53, EGFR, PDGRFalfa, KIT, KRAS, BRAF, PIK3CA, PTEN, ARIDlA, PPP, CDKN2A, GATA4, RNASET2, BRCAl, BRCA2, BRIPI, PAX2, WTl, MYC, ERBB2, CSFlR, ECGFI, SRC, AKT2, RUNX3, FHIT, FGF3 ve MDM2 veya bunlarin kombinasyonlarindan olusan gruptan seçilen bir biyomarkörün en az bir mutasyonunun genotiplenmesi, - TP53, EGFR, PDGRFalfa, KIT, KRAS, BRAF, PIK3CA, PTEN, ARIDlA, PPP, CDKN2A, GATA4, RNASETZ, BRCAl, BRCA2, BRIPl, PAX2, WTl, MYC, ERBBZ, CSFlR, ECGFl, SRC, AKT2, RUNX3, FHIT, FGF3 ve MDM2 veya bunlarin kombinasyonlarindan olusan gruptan seçilen bir biyomarkörün nitel ve / veya nicel analizini kullanan bir gen ekspresyon profili, - TP53, EGFR, PDGRFalfa, KIT, KRAS, BRAF, PIK3CA, PTEN, ARIDlA, PPPZRIA, RBl, VHL, DICER, beta-katenin (CTNNBl), CDKN2A, GATA4, RNASETZ, BRCAl, BRCA2, BRIPl, PAX2, WTl, MYC, ERBB2, CSFlR, ECGFl, SRC, AKT2, RUNX3, FHIT, FGF3 ve MDM2 veya bunlarin kombinasyonlarindan olusan gruptan seçilen bir biyomarkörün heterozigotluk kaybinin (LOH) veya diger kromozomal degisikliklerin tespit edilmesi, - p16 (INK4a), BRCAl, hMLHl ve TUSC3 veya bunlarin kombinasyonlarindan olusan gruptan seçilen bir genin detektörün hipermetilasyonunu veya - TP53, EGFR, PDGRFalfa, KIT, KRAS, BRAF, PIK3CA, PTEN, ARIDlA, PPP, CDKN2A, GATA4, RNASETZ, BRCAl, BRCAZ, BRIPl, PAX2, WTl, MYC, ERBBZ, CSFlR, ECGFl, SRC, AKT2, RUNX3, FHIT, FGF3 ve MDM2 veya bunlarin kombinasyonlarindan olusan gruptan seçilen bir biyomarkörün üzerinde immünositokimya veya floresan in situ hibridizasyon (FISH) kullanilarak hücresel seviyede analizi içindir, burada araçlar filtrasyon, santrifüj, manyetik-boncuk iliskili hücre ayirma, manyetik olmayan hücre ayirma, hücre mikrodizi tabanli hücre manipülasyonu veya FACS den seçilir; ve reaktifler, antikorlar, antikor fragmanlari ve nükleik asit sondalarindan seçilir.
- 9. Istem 8'e göre bir kit olup, burada bahsedilen kateter NISR'de kullanilmak üzere tasarlanmistir.
- 10. OC veya EC riski tasiyan bir kadin popülasyonunun taninmasi için istem 8 veya 9`a göre bir kitin kullanimi.
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| EP12153340 | 2012-01-31 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| TR201815847T4 true TR201815847T4 (tr) | 2018-11-21 |
Family
ID=47624102
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| TR2018/15847T TR201815847T4 (tr) | 2012-01-31 | 2013-01-31 | İnvazif olmayan kanser teşhisi. |
Country Status (11)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US9493839B2 (tr) |
| EP (1) | EP2809801B1 (tr) |
| CA (1) | CA2863144A1 (tr) |
| DK (1) | DK2809801T3 (tr) |
| ES (1) | ES2691404T3 (tr) |
| HR (1) | HRP20181726T1 (tr) |
| PL (1) | PL2809801T3 (tr) |
| PT (1) | PT2809801T (tr) |
| SI (1) | SI2809801T1 (tr) |
| TR (1) | TR201815847T4 (tr) |
| WO (1) | WO2013113816A1 (tr) |
Families Citing this family (15)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| MX356404B (es) | 2011-01-25 | 2018-05-28 | Nvision Medical Corp | Sistemas y métodos para mantener un lumen de cuerpo angosto. |
| EP2697397B1 (en) | 2011-04-15 | 2017-04-05 | The Johns Hopkins University | Safe sequencing system |
| ES2886507T3 (es) | 2012-10-29 | 2021-12-20 | Univ Johns Hopkins | Prueba de Papanicolaou para cánceres de ovario y de endometrio |
| US10639016B2 (en) | 2013-02-01 | 2020-05-05 | Boston Scientific Scimed, Inc. | Methods and devices for Fallopian tube diagnostics |
| US11179143B2 (en) | 2013-02-01 | 2021-11-23 | Boston Scientific Scimed, Inc. | Systems, methods, and devices for fallopian tube diagnostics |
| US11291434B2 (en) | 2013-02-01 | 2022-04-05 | Nvision Medical Corporation | Systems, methods, and devices for fallopian tube diagnostics |
| RU2688333C2 (ru) | 2013-02-01 | 2019-05-21 | Нвижн Медикал Корпорейшн | Способы и устройство для диагностики фаллопиевых труб |
| WO2017027653A1 (en) | 2015-08-11 | 2017-02-16 | The Johns Hopkins University | Assaying ovarian cyst fluid |
| US20170327898A1 (en) * | 2016-05-16 | 2017-11-16 | The Johns Hopkins University | Ovarian carcinoma detection and prophylaxis |
| CN107419001A (zh) * | 2016-05-23 | 2017-12-01 | 益善生物技术股份有限公司 | Brca1、pten基因异常检测试剂盒及检测方法 |
| WO2017220782A1 (en) * | 2016-06-24 | 2017-12-28 | Molecular Health Gmbh | Screening method for endometrial cancer |
| MX2020001575A (es) * | 2017-08-07 | 2020-11-18 | Univ Johns Hopkins | Materiales y métodos para evaluar y tratar el cáncer. |
| CA3072819A1 (en) | 2017-10-27 | 2019-05-02 | Boston Scientific Scimed, Inc. | Cell collection and preparation devices and methods |
| CN111440865B (zh) * | 2019-01-17 | 2023-08-01 | 中山大学附属第六医院 | Fat3基因甲基化检测试剂在制备结直肠癌预后诊断试剂中的应用 |
| CN115418340A (zh) * | 2022-06-09 | 2022-12-02 | 中南大学湘雅医院 | 人宫腔灌洗液来源的子宫内膜类器官的培养方法 |
Family Cites Families (10)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| AUPO573697A0 (en) * | 1997-03-20 | 1997-04-10 | Prince Henry's Institute Of Medical Research | Diagnosis of endometrial cancer |
| AU734226B2 (en) | 1997-11-10 | 2001-06-07 | Regents Of The University Of California, The | Biochemical methods for detecting cervical dysplasia and cancer |
| JP2000166557A (ja) * | 1998-09-29 | 2000-06-20 | Sumitomo Electric Ind Ltd | 染色体異常の検出による子宮内膜癌の診断方法 |
| US20030165831A1 (en) | 2000-03-21 | 2003-09-04 | John Lee | Novel genes, compositions, kits, and methods for identification, assessment, prevention, and therapy of ovarian cancer |
| US7279294B2 (en) | 2000-04-03 | 2007-10-09 | The United States Of America As Represented By The Secretary, Dept. Of Health And Human Services, Nih | Tumor markers in ovarian cancer |
| AU2002241720A1 (en) * | 2000-11-08 | 2002-06-18 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Compositions, kits, and methods for identification, assessment, prevention, and therapy of ovarian cancer |
| US20030092019A1 (en) * | 2001-01-09 | 2003-05-15 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Methods and compositions for diagnosing and treating neuropsychiatric disorders such as schizophrenia |
| CN104706637A (zh) * | 2006-05-18 | 2015-06-17 | 卫材R&D管理有限公司 | 针对甲状腺癌的抗肿瘤剂 |
| US20120082978A1 (en) * | 2006-09-15 | 2012-04-05 | Linda Pilarski | Cell Analysis On Microfluidic Chips |
| WO2009006543A1 (en) * | 2007-07-02 | 2009-01-08 | Euclid Diagnostics Llc | Methods for evaluating the methylation status of a polynucleotide |
-
2013
- 2013-01-31 PL PL13701662T patent/PL2809801T3/pl unknown
- 2013-01-31 DK DK13701662.2T patent/DK2809801T3/en active
- 2013-01-31 TR TR2018/15847T patent/TR201815847T4/tr unknown
- 2013-01-31 ES ES13701662.2T patent/ES2691404T3/es active Active
- 2013-01-31 CA CA2863144A patent/CA2863144A1/en active Pending
- 2013-01-31 PT PT13701662T patent/PT2809801T/pt unknown
- 2013-01-31 WO PCT/EP2013/051899 patent/WO2013113816A1/en active Application Filing
- 2013-01-31 EP EP13701662.2A patent/EP2809801B1/en active Active
- 2013-01-31 SI SI201331230T patent/SI2809801T1/sl unknown
- 2013-09-13 US US14/027,105 patent/US9493839B2/en active Active
-
2018
- 2018-10-22 HR HRP20181726TT patent/HRP20181726T1/hr unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| WO2013113816A1 (en) | 2013-08-08 |
| CA2863144A1 (en) | 2013-08-08 |
| EP2809801A1 (en) | 2014-12-10 |
| PT2809801T (pt) | 2018-11-20 |
| DK2809801T3 (en) | 2018-11-12 |
| SI2809801T1 (sl) | 2018-12-31 |
| ES2691404T3 (es) | 2018-11-27 |
| US20140011199A1 (en) | 2014-01-09 |
| HRP20181726T1 (hr) | 2018-12-28 |
| US9493839B2 (en) | 2016-11-15 |
| PL2809801T3 (pl) | 2018-12-31 |
| EP2809801B1 (en) | 2018-07-25 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| TR201815847T4 (tr) | İnvazif olmayan kanser teşhisi. | |
| US11220713B2 (en) | MicroRNAs as biomarkers for endometriosis | |
| EP2971177B1 (en) | Compositions and methods for detecting and determining a prognosis for prostate cancer | |
| BRPI0709397A2 (pt) | propagação de células primárias | |
| US11993816B2 (en) | Circulating microRNA as biomarkers for endometriosis | |
| JP2008528001A (ja) | 癌マーカーおよび検出方法 | |
| US8512949B2 (en) | Diagnosis/treatment option for head-and-neck tumor using micro-RNA as biomarker | |
| TWI682034B (zh) | 用於評估子宮內膜癌的發展風險或診斷子宮內膜癌的方法 | |
| KR20120132592A (ko) | 실시간 중합반응을 이용한 암의 진단을 위한 정보제공방법 및 이를 위한 암 진단용 키트 | |
| JP6949315B2 (ja) | 肺扁平上皮癌と肺腺癌の鑑別評価方法 | |
| KR102505618B1 (ko) | 신장이식 후 항체 매개성 거부반응의 진단을 위한 소변 엑소좀 유래 miRNA 유전자 바이오마커 및 이의 용도 | |
| CN102686745B (zh) | 颈部淋巴结转移分析方法及头颈癌的肿瘤标记物 | |
| JP5897823B2 (ja) | 膀胱ガン診断用組成物及び方法 | |
| JPWO2013157215A1 (ja) | 子宮体がん発症感受性の判定方法 | |
| KR102545543B1 (ko) | BK 바이러스 신병증의 진단을 위한 소변 엑소좀 유래 miRNA 유전자 바이오마커 및 이의 용도 | |
| US9976184B2 (en) | Mutations in pancreatic neoplasms | |
| JPWO2015105191A1 (ja) | リンパ節腫脹病変の評価方法 | |
| WO2014151465A1 (en) | Brain-specific gene signature of tumor cells | |
| CN110592218A (zh) | 一种诊治乳腺癌的生物标志物 | |
| WO2015115545A1 (ja) | 乳がんの転移又は再発リスクの評価方法 | |
| JP2010502178A (ja) | 予後診断方法 |