RU2773327C2 - Разработанные бактериальные композиции - Google Patents

Abstract

Группа изобретений относится к композиции для предотвращения или лечения дисбиоза желудочно-кишечного тракта у субъекта, нуждающегося в этом, и ее применению. Композиция для предотвращения или лечения дисбиоза желудочно-кишечного тракта у субъекта, нуждающегося в этом, содержит терапевтически эффективное количество первого вида жизнеспособных бактерий и второго вида жизнеспособных бактерий. При этом первый вид содержит последовательность 16S рДНК, которая по меньшей мере на 99% идентична последовательности 16S рДНК, приведенной в SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88 или SEQ ID NO: 89, а второй вид имеет один или более признаков, выбранных из группы, состоящей из: (i) продуцирования ингибитора гистондеацетилазы (ингибитора HDAC), (ii) продуцирования метаболита триптофана, (iii) продуцирования фермента, участвующего в продуцировании вторичной желчной кислоты, и (iv) их комбинаций. Предложены также состав, содержащий композицию, а также лекарственная форма с единичной дозой, содержащая композицию или состав. Указанные композиция или состав применяют для предотвращения или лечения дисбиоза желудочно-кишечного тракта у нуждающегося в этом субъекта, или для лечения, или предотвращения, или предотвращения рецидива инфекции C. Difficile у нуждающегося в этом субъекта. 5 н. и 12 з.п. ф-лы, 7 ил., 11 табл., 9 пр.

Description

ОБЛАСТЬ ТЕХНИКИ

В данном документе раскрыты бактериальные композиции, пригодные для лечения дисбиоза, например, у человека.

ИЗВЕСТНЫЙ УРОВЕНЬ ТЕХНИКИ

Дисбиоз вовлечен в ряд заболеваний, включая инфекции, такие как инфекция Clostridium difficile и лекарственно-устойчивых Enterococcus, а также в болезнях обмена веществ, таких как диабет. Способы лечения связанного с дисбиозом состояния включали трансплантацию фекальной микробиоты (ТФМ), которая позволяет вводить микроорганизмы в желудочно-кишечный тракт (GI). Однако, фекальный трансплантат вызывает ряд вопросов, включая связанные с безопасностью и способами доставки, такими как назодуоденальный, трансколоноскопический или основанные на использовании клизмы способы, которые обычно требуют проведения процедур в клинических условиях и могут вызывать побочные реакции. Существует вероятность того, что лечение с использованием ТФМ, по своей сути, может оказаться несовместимым из-за различий между индивидуумами, являющими донорами фекалий для трансплантата. Способы с использованием ТФМ также создают риск инфекции патогенными организмами, включая вирусы, бактерии, грибки и протисты в материале источника. Кроме того, могут возникать проблемы, связанные со стабильностью и хранением донорских фекалий, например, касающиеся выживания бактериальных видов. Некоторые способы лечения с использованием фекальных бактерий, доставляемых в капсулах, требуют приема пациентами большого количества капсул, что может вызывать затруднения у людей с болезнями желудочно-кишечного тракта и может снижать степень соблюдения режима лечения. Соответственно, существует потребность в композициях, позволяющих доставлять пригодный продукт, содержащий культивируемые бактерии, имеющих достаточно сложный состав для эффективного лечения дисбиоза или связанного с дисбиозом состояния, например, инфекции Clostridium difficile, например, для предотвращения или подавления инфекции, или предотвращения или подавления рецидива инфекции. В используемом в данном документе значении, лечение и предотвращение могут включать ослабление признаков или симптомов болезни.

СУЩНОСТЬ ИЗОБРЕТЕНИЯ

Изобретение относится к открытию бактериальных композиций, например, композиций бактериальных спор, содержащих консорциум определенных типов бактерий, пригодных для лечения дисбиоза. Такой консорциум называется в данном документе разработанной бактериальной композицией (Designed Bacterial Composition, DBC).

Соответственно, в первом аспекте, изобретение предусматривает композиции, содержащие жизнеспособные популяции бактерий, где жизнеспособные популяции включают бактериальные виды DBC 1, DBC 2, DBC 3, DBC 4, DBC 5, DBC 6, DBC 7, DBC 8, или DBC 9 из Таблицы 3; или DBC S1, DBC S2, DBC S4, DBC S5, DBC S6, DBC S7, DBC S8, DBC S9, DBC S10, DBC S11, DBC S12, DBC S13, DBC S14, DBC S15, DBC S16, DBC S17, DBC S18, DBC S19, DBC S20, DBC S21, DBC S22, DBC S23 или DBC S24 из Таблицы 4. Необязательно, 16S рДНК одного или нескольких (например, каждого) бактериальных видов в DBC имеет по меньшей мере 97% (например, по меньшей мере 98%, по меньшей мере 99%, или 100%) идентичности с по меньшей мере одной последовательностью 16S рДНК на Фигуре 1.

В определенных вариантах реализации, композиции состоят из жизнеспособной популяции бактериальных видов DBC 1, DBC 2, DBC 3, DBC 4, DBC 5, DBC 6, DBC 7, DBC 8, DBC 9, DBC S1, DBC S2, DBC S4, DBC S5, DBC S6, DBC S7, DBC S8, DBC S9, DBC S10, DBC S11, DBC S12, DBC S13, DBC S14, DBC S15, DBC S16, DBC S17, DBC S18, DBC S19, DBC S20, DBC S21, DBC S22, DBC S23 или DBC S24, как описано в данном документе. Необязательно, 16S рДНК одного или нескольких (например, каждого) бактериальных видов в DBC имеет по меньшей мере 97% (например, по меньшей мере 98%, по меньшей мере 99%, или 100%) идентичности с по меньшей мере одной последовательностью 16S рДНК на Фигуре 1.

В некоторых вариантах реализации, популяции бактериальных видов способны утилизировать по меньшей мере 90% (например, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 98%, или 100%) источников углерода, перечисленных на Фигуре 4.

В другом аспекте, изобретение предусматривает композиции, содержащие популяции по меньшей мере пяти (например, по меньшей мере 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20) видов жизнеспособных бактерий, причем по меньшей мере один (например, по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20) из видов популяции имеет один или несколько (например, 1, 2, 3 или 4) признаков, выбранных из группы, состоящей из: (i) утилизации одного или нескольких источников углерода, утилизируемых патогенным микроорганизмом, (ii) продуцирования ингибитора гистондеацетилазы (HDAC), (iii) продуцирования индола или других метаболитов триптофана, и (iv) продуцирования фермента, участвующего в регуляции желчных кислот.

В различных примерах, патогенный микроорганизм представляет собой C. difficile и популяция включает один или несколько (например, по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20) видов жизнеспособных бактерий, которые могут утилизировать по меньшей мере пять (например, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20) разных источников углерода C. difficile. Например, источники углерода C. difficile могут включать или быть выбранными из группы, состоящей из: таурохолата, гликохолата, гликохенодезоксихолата, таурохенодезоксихолата, холата, хенодезоксихолата и дезоксихолата.

В других примерах, популяции включают один или несколько (например, по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20) видов жизнеспособных бактерий, которые продуцируют ингибитор HDAC, например, ингибитор HDAC, выбранный из группы, состоящей из: бутирата, изовалерата, изобутирата, пропионата и 2-метилбутирата.

В дополнительных примерах, популяции включают один или несколько (например, по меньшей мере 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20) видов, которые продуцируют один или несколько (например, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, или 10) ферментов, участвующих в регуляции желчных кислот, например, выбранных из группы, состоящей из гидролазы желчных солей , 3-α-гидроксистероиддегидрогеназы (3-α-HSDH), 7-α-гидроксистероиддегидрогеназы (7-α-HSDH) и 12-α-гидроксистероиддегидрогеназы (12-α-HSDH).

В другом аспекте, изобретение предусматривает композиции, включающие по меньшей мере один вид из каждого из кладов 86, 90, 101, 139, 195, 197, 206, 233, 238, 241, 244 и 290, и необязательно, вид из клада 202. В различных примерах, композиции по изобретению включают 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 видов бактерий. Кроме того, в различных примерах, по меньшей мере 75% (например, по меньшей мере 80%, 85%, 90%, или 95%) бактерий в композициях имеют форму спор.

В другом аспекте, изобретение предусматривает составы, содержащие композицию, описанную в данном документе, и фармацевтически приемлемый эксципиент (например, фармацевтически приемлемый эксципиент, включающий глицерин, полиэтиленгликоль или масло какао). Составы могут необязательно иметь форму капсулы или таблетки, например, для перорального введения.

Изобретение дополнительно предусматривает использование фармацевтически эффективного количества композиции, описанной в данном документе, для предотвращения (например, снижения вероятности) или лечения дисбиоза у субъекта с риском, или с диагнозом, дисбиоза. В различных примерах, общая концентрация бактерий в композиции составляет от 10e1 до 10e9. Кроме того, бактерии композиции необязательно могут содержаться в 1, 2, 3, 4 или 5 капсулах.

Дополнительно, изобретение предусматривает использование терапевтически эффективного количества композиции, описанной в данном документе, для лечения инфекции C. difficile, или предотвращения (например, снижения вероятности) инфекции C. difficile, или предотвращения (например, снижения вероятности) рецидива инфекции C. difficile.

Изобретение также предусматривает способы предотвращения или лечения дисбиоза у субъекта с риском, или с диагнозом, дисбиоза, включающие введение субъекту фармацевтически эффективного количества композиции или состава, описанных в данном документе. В различных примерах, общая концентрация бактерий в композиции составляет от 10e1 до 10e9. Кроме того, бактерии композиции необязательно могут содержаться в 1, 2, 3, 4 или 5 капсулах.

Изобретение также предусматривает способы лечения инфекции C. difficile, или предотвращения инфекции C. difficile, или предотвращения рецидива инфекции C. difficile, включающие введение терапевтически эффективного количества композиции или состава, описанных в данном документе.

В некоторых вариантах реализации способов, композиции пригодны для предотвращения рецидива инфекции, например, инфекции C. difficile. В некоторых вариантах реализации, композиция пригодна для снижения носительства патогена в желудочно-кишечном тракте (gastrointestinal carriage of a pathogen), например носительства C. difficile или носительства ванкомицинрезистентных Enterococcus.

Определения

“Терапевтически эффективное количество” разработанной бактериальной композиции (DBC), описанной в данном документе, может меняться в зависимости от таких факторов, как болезненное состояние, возраст, пол и вес индивидуума, и способность DBC вызывать желательный ответ у индивидуума, например, уменьшение интенсивности по меньшей мере одного признака или симптома расстройства (и, необязательно, эффекта любых дополнительно вводимых средств). В некоторых вариантах реализации, терапевтически эффективное количество DBC может предотвращать или снижать риск по меньшей мере одного признака или симптома расстройства. Например, в некоторых вариантах реализации, DBC может снижать риск рецидива инфекции, ассоциированной с дисбиозом. Дисбиоз может включать потерю функции, которую здоровый микробиом обеспечивает у хозяина, включая, без ограничений, устойчивость к колонизации, защиту от инфекции, регуляцию иммунного гомеостаза, метаболические функции, синтез существенных метаболитов и витаминов, модуляцию перистальтики кишечника или неврологической функции, или любое число других свойств, которые в настоящее время ассоциируются со здоровым микробиомом и поддержанием кишечного барьера. Терапевтически эффективное количество является также таким, при котором терапевтически полезные эффекты перевешивают любое токсическое или вредное воздействие композиции. Композиция, описанная в данном документе, обычно вводится в терапевтически эффективном количестве.

“Перенос” означает состояние присутствия (harboring) микроорганизма в или на теле субъекта, например, перенос патогена, такого как C. difficile.

Полное описание всех патентных документов и научных статей, упоминаемых в данном документе, и патентных документов и научных статей, упоминаемых в них, специально включено в данный документ в качестве ссылок для всех целей.

Дополнительные признаки и преимущества изобретения более конкретно описаны ниже.

КРАТКОЕ ОПИСАНИЕ ГРАФИЧЕСКИХ МАТЕРИАЛОВ

Фигура 1 представляет собой примерный набор полноразмерных последовательностей 16S рДНК, ассоциированных с бактериями, пригодными для использования в DBC (SEQ ID NOs:1-124).

Фигура 2 представляет собой схему, изображающую план эксперимента с использованием мышиной модели инфекции C. difficile, вызванной индуцированным антибиотиком дисбиозом.

Фигура 3 представляет собой столбчатую диаграмму, изображающую результаты экспериментов по тестированию разработанных бактериальных композиций (DBC) в мышиной модели дисбиоза. Данные отображают минимальный вес тела на экспериментальную группу мышей по сравнению с исходным уровнем до инфекции.

Фигура 4 представляет собой таблицу, показывающую профили утилизации источников углерода выбранных видов, входящих в состав DBC, основанные на значениях OD₆₀₀ в среде с указанным источником углерода, нормированных по OD₆₀₀ в исходной среде без источника углерода. Пустые клетки указывают на отрицательный результат. Закрашенные клетки указывают на утилизацию перечисленных источников углерода. Из 59 протестированных источников углерода представлены только 29 используемых C. difficile.

Фигура 5 представляет собой таблицу, показывающую ферментативную активность желчных кислот для выбранных видов, входящих в состав DBC.

Фигура 6 представляет собой столбчатую диаграмму, показывающую результаты анализов гистондеацетилазы (HDAC) для супернатантов чистых культур, выращиваемых в среде PYG (пептон-дрожжевой экстракт-глюкоза).

Фигура 7 представляет собой столбчатую диаграмму, показывающую сравнение ингибирующей активности по отношению к HDAC и концентрации бутирата, определенной методом ГХ.

ДЕТАЛЬНОЕ ОПИСАНИЕ

Сообщалось, что здоровый желудочно-кишечный (GI) микробиом у млекопитающего содержит от примерно 300 до 1000 разных бактериальных видов. Неожиданно, заявители обнаружили, что разработанные бактериальные композиции, называемые в данном документе “DBC,” которые содержат ограниченное число определенных бактериальных видов, некоторые из которых, по имеющимся данным, присутствуют в человеческих микробиомах в очень низких относительных количествах, способны обеспечивать выздоровление или уменьшение интенсивности поражения желудочно-кишечного тракта животного, например, выздоровление или уменьшение интенсивности инфекции Clostridium difficile (CDI). В некоторых вариантах реализации, такие композиции могут ингибировать рецидив инфекции, ассоциированной с дисбиозом, например, путем уменьшения или устранения носительства патогенного организма, индуцированного дисбиозом до инфекции.

Кроме того, заявители обнаружили новые виды, присутствующие в чрезвычайно низких уровнях в желудочно-кишечном микробиоме здорового человека, например, детектируемые в фекалиях здорового человека в количествах менее 2%, например, менее 1%, менее 0.5%, менее 0,1%, менее 0,01%, менее 0,001%, менее 0,0001%, или менее 0,00001% от общего количества бактерий. В конкретных примерах, новые виды могут присутствовать в количестве менее 1e9 КОЕ/грамм стула, 1e6 КОЕ/грамм стула, менее 1e5 КОЕ/грамм стула, менее 1e4 КОЕ/грамм стула, или менее 1e3 КОЕ/грамм стула. Несмотря на их чрезвычайно низкие уровни в человеческих микробиомах, неожиданно, эти виды способны усиливать терапевтическую или профилактическую полезность DBC, например, терапевтически эффективной DBC. DBC обеспечивают улучшение по сравнению со способами лечения дисбиоза, использующими, например, препараты, полученные непосредственно из человеческих фекалий. Например, из-за того, что люди имеют различные микробиомы желудочно-кишечного тракта, могут возникать проблемы с постоянством количества или соотношений организмов, присутствующих в препаратах из человеческих фекалий. Кроме того, такие препараты создают риск инфицирования патогеном пациента, получающего такое лечение. Предложенные заявителями DBC решают проблему различий между пациентами путем включения в терапевтические композиции филогенетически различных организмов, которые увеличивают вероятность обеспечения функциональных характеристик, необходимых для стимулирования устойчивости к колонизации у широкого спектра пациентов.

DBC, описанные в данном документе, обеспечивают решение этих проблем при лечении дисбиоза, а также других проблем при лечении связанных с дисбиозом расстройств.

Композиции

Композиции включают по меньшей мере 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 18, 20, 25 или 30 типов бактерий. Бактериальный тип может быть семейством, родом, кладом, видом или штаммом. В одном примере, композиция включает по меньшей мере один вид из каждого из кладов 86, 90, 101, 139, 195, 197, 206, 233, 238, 241, 244 и 290 и, необязательно, клада 202, примеры которых приведены в Таблице 2 ниже. В некоторых вариантах реализации, композиция состоит из по меньшей мере одного вида из каждого из кладов 86, 90, 101, 139, 195, 197, 202, 206, 233, 238, 241, 244 и 290.

В некоторых вариантах реализации, композиция включает по меньшей мере один вид бактерий из каждого из семейств Erysipelatrichaceae, Lachnospiraceae, Peptostreptococaceae, Clostridiaceae, и рода Flavonifractor.

В некоторых вариантах реализации, виды в композиции выбирают из указанных в Таблице 1 и/или Таблице 2. Клады представляют собой бактериальные виды, являющиеся эволюционно родственными, и поэтому имеющие высокую вероятность наличия общих функциональных признаков. Клады определяют на основе топологии филогенетического дерева, конструируемого по полноразмерным 16S последовательностям с использованием методов максимальной вероятности, знакомых рядовым специалистам в области филогенетики. Клады конструируют таким образом, чтобы все ОТЕ (операционные таксономические единицы) в данном кладе находились: (i) в пределах заданного числа узлов с бутстрап-поддержкой друг от друга, и (ii) в пределах 5% генетического сходства. ОТЕ, входящие в один и тот же клад, могут быть охарактеризованы как генетически и филогенетически отличные от ОТЕ в другом кладе на основе данных последовательности 16S-V4, в то время как ОТЕ, относящиеся к одному кладу, являются близко родственными. ОТЕ, относящиеся к одному кладу, являются эволюционно близкородственными. Члены одного клада, вследствие их родства, играют схожие функциональные роли в микробной экологии, такой как присутствующая в кишечнике человека. Композиции, в которых один вид заменяется на другой из того же клада, вероятно будут сохранять экологическую функцию и потому являются пригодными для использования в данном изобретении. В некоторых вариантах реализации, композиция включает один, два или три вида из каждого клада в Таблице 1 или Таблице 2.

Одним из примеров композиции является композиция, включающая 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20 видов бактерий, выбранных из Таблицы 1 и/или Таблицы 2. В некоторых вариантах реализации, композиция состоит из 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 или 15 видов бактерий, выбранных из Таблицы 1 и/или Таблицы 2. В некоторых вариантах реализации, бактериальные виды идентифицируют по гомологии с 16S рДНК. Типичный перечень таких последовательностей 16S рДНК представлен на Фигуре 1.

Таблица 1

Клад	Пример вида [ОТЕ] (Альтернативное название)	Род по NCBI (Национальный центр биотехнологической информации, США)	Семейство по NCBI	Пример № доступа в общедоступной базе данных к примеру вида
197	Blautia producta (Blautia coccoides)	Blautia	Lachnospiraceae	producta: ATCC 27340 coccoides: ATCC 29236
233	Clostridium bolteae (Clostridium clostridioforme)	Lachnoclostridium	Lachnoclostridium	bolteae: ATCC BAA-613 clostridioforme: ATCC 25537
244	Clostridium butyricum	Terrisporobacter	Peptostreptococcaceae	ATCC 19398
244	Clostridium disporicum (Clostridium celatum)	Clostridium	Clostridiaceae	ATCC 43838
90	Clostridium hylemonae	Clostridium	Clostridiaceae	hylemonae: DSM 15053
139	Clostridium innocuum	Erysipelatoclostridium	Erysipelotrichaceae	ATCC 14501
195	Clostridium glycolicum (Clostridium mayombei)	Terrisporobacter	Peptostreptococcaceae	glycolicum: ATCC 14880 mayombei: ATCC 51428
101	Flavonifractor plautii (Clostridium orbiscindens; Eubacterium plautii)		неклассифицированные Clostridiales	ATCC 29863
86	Clostridium oroticum	Lachnoclostridium	Lachnospiraceae	ATCC 13619
86	Eubacterium contortum	-	Lachnospiraceae	ATCC 25540
233	Clostridium symbiosum	Lachnoclostridium	Lachnospiraceae	ATCC 14940
241	Lachnospiraceae bacterium 11041	-	Lachnospiraceae	Ранее неизвестна: Последовательность 16S рДНК приведена на Фигуре 1; ATCC PTA-123576*
290	Turicibacter sanguinis	Turicibacter	Erysipelotrichaceae	DSM 14220
206	Eubacterium sp. WAL 14571	Eubacterium	Eubacteriaceae	Последовательности 16S рДНК приведены на Фигуре 1; ATCC PTA-123577* (Clost 10316)
90	Lachnospiraceae bacterium 5_1_57FAA		Lachnospiraceae	Последовательности 16S рДНК приведены на Фигуре 1
202/238	Lachnospiraceae bacterium 10972		Lachnospiraceae	Ранее неизвестна: Последовательность 16S рДНК приведена на Фигуре 1
238	Murimonas intestini (Lachnospiraceae bacterium A4)		Lachnospiraceae	Ранее неизвестна: Последовательность 16S рДНК приведена на Фигуре 1; DSM 26524

* штаммы PTA-123576 и PTA-123577 были депонированы в Американской коллекции типовых культур (ATCC, 10801 University Boulevard, Manassas, VA 20110 USA) 26 октября 2016 г. и протестированы на жизнеспособность 8 ноября 2016 г., согласно письму ATCC от 11 ноября 2016 г.

Таблица 2: Дополнительные бактериальные виды, по кладам

Клад	Вид
86	Clostridium oroticum Clostridium_sp_D5 Eubacterium contortum Ruminococcus_lactaris Clostridium_glycyrrhizinilyticum Eubacterium_contortum Eubacterium_fissicatena Lachnospiraceae_bacterium_1_1_57FAA Lachnospiraceae_bacterium_1_4_56FAA Lachnospiraceae_bacterium_8_1_57FAA Ruminococcus_torques
90	Clostridium hylemonae (Clostridium leptum) Lachnospiraceae_bacterium_5_1_57FAA Clostridium_scindens Dorea_formicigenerans Dorea_longicatena Lachnospiraceae_bacterium_2_1_46FAA Lachnospiraceae_bacterium_4_1_37FAA Lachnospiraceae_bacterium_9_1_43BFAA
101	Clostridium orbiscindens (Flavonifractor plautii) Clostridium_sp_NML_04A032 Clostridium_viride Flavonifractor_plautii Oscillibacter_sp_G2 Oscillibacter_valericigenes Oscillospira_guilliermondii Papillibacter_cinnamivorans Pseudoflavonifractor_capillosus Ruminococcaceae_bacterium_D16 Sporobacter_termitidis
139	Clostridium innocuum Clostridiaceae_bacterium_JC13 Clostridium_sp_HGF2 Clostridium_sp_MLG055 Erysipelotrichaceae_bacterium_3_1_53 Erysipelotrichaceae_bacterium_5_2_54FAA Eubacterium_biforme Eubacterium_cylindroides Eubacterium_dolichum Eubacterium_sp_3_1_31 Eubacterium_tortuosum
195	Clostridium mayombei (Clostridium glycolicum) Clostridium_bartlettii Clostridium_bifermentans Clostridium_difficile Clostridium_ghonii Clostridium_glycolicum Clostridium_hiranonis Clostridium_irregulare Clostridium_sordellii Clostridium_sp_MT4_E Eubacterium_tenue Peptostreptococcus_anaerobius Peptostreptococcus_stomatis
197	Blautia_producta Blautia_coccoides Blautia_glucerasea Blautia_glucerasei Blautia_hansenii Blautia_hydrogenotrophica Blautia_luti Blautia_schinkii Blautia_sp_M25 Blautia_stercoris Blautia_wexlerae Clostridium_coccoides Lachnospiraceae_bacterium_6_1_63FAA Ruminococcus_hansenii Ruminococcus_obeum Ruminococcus_sp_5_1_39BFAA Ruminococcus_sp_K_1
206	Eubacterium sp WAL 14571 Alkaliphilus_metalliredigenes Alkaliphilus_oremlandii Caminicella_sporogenes Clostridiales_бактерия_9400853 Eubacterium_brachy Eubacterium_infirmum Eubacterium_nodatum Eubacterium_saphenum Eubacterium_sp_oral_clone_JH012 Eubacterium_sp_oral_clone_JS001 Mogibacterium_diversum Mogibacterium_neglectum Mogibacterium_pumilum Mogibacterium_timidum
233	Clostridium bolteae (Clostridium clostridioforme) Clostridium symbiosum Acetivibrio_ethanolgignens Anaerosporobacter_mobilis Anaerostipes_caccae Anaerostipes_sp_3_2_56FAA Clostridiales_sp_1_7_47 Clostridiales_sp_SM4_1 Clostridiales_sp_SSC_2 Clostridium_aerotolerans Clostridium_aldenense Clostridium_algidixylanolyticum Clostridium_aminovalericum Clostridium_amygdalinum Clostridium_asparagiforme Clostridium_celerecrescens Clostridium_citroniae Clostridium_clostridiiformes Clostridium_clostridioforme Clostridium_hathewayi Clostridium_indolis Clostridium_lavalense Clostridium_phytofermentans Clostridium_saccharolyticum Clostridium_sp_M62_1 Clostridium_sp_SS2_1 Clostridium_sphenoides Clostridium_xylanolyticum Eubacterium_hadrum Eubacterium_ventriosum Eubacterium_xylanophilum Lachnospiraceae_bacterium_5_1_63FAA
238	Lachnospiraceae_bacterium_A4 (Murimonas intestini) Bryantella_formatexigens Lachnospiraceae_bacterium_3_1_57FAA Lachnospiraceae_bacterium_DJF_VP30 Marvinbryantia_formatexigens
241	Lachnospiraceae_bacterium_oral_taxon_F15_UY038 Coprococcus_catus
244	Clostridium butyricum Clostridium disporicum (Clostridium celatum) Clostridicum_butyricum Clostridium_disporicum Clostridium_acetobutylicum Clostridium_argentinense Clostridium_baratii Clostridium_beijerinckii Clostridium_botulinum Clostridium_carboxidivorans Clostridium_carnis Clostridium_celatum Clostridium_chauvoei Clostridium_cochlearium Clostridium_colicanis Clostridium_estertheticum Clostridium_favososporum Clostridium_felsineum Clostridium_gasigenes Clostridium_histolyticum Clostridium_isatidis Clostridium_kluyveri Clostridium_limosum Clostridium_magnum Clostridium_malenominatum Clostridium_paraputrificum Clostridium_quinii Clostridium_sardiniense Clostridium_sartagoforme Clostridium_septicum Clostridium_sp_7_2_43FAA Clostridium_sp_HPB_46 Clostridium_sp_JC122 Clostridium_sp_NMBHI_1 Clostridium_sporogenes Clostridium_subterminale Clostridium_sulfidigenes Clostridium_tertium Clostridium_tetani Clostridium_tyrobutyricum Eubacterium_budayi Eubacterium_moniliforme Eubacterium_multiforme Eubacterium_nitritogenes
290	Turicibacter sanguinis Desulfitobacterium_frappieri Desulfitobacterium_hafniense Desulfotomaculum_nigrificans Heliobacterium_modesticaldum Peptococcus_niger Peptococcus_sp_oral_taxon_167

Неограничительные примеры композиций с использованием бактериальных видов, перечисленных в Таблице 1, приведены в Таблице 3.

Таблица 3: Примеры разработанных композиций (DBC)

Пример вида	DBC 1	DBC 2	DBC 3	DBC 4	DBC 5	DBC 6	DBC 7	DBC 8	DBC 9
Blautia producta	X	X	X	X	X	X	X	X	X
Clostridium bolteae	X		X	X		X	X	X
Clostridium butyricum	X	X		X			X
Clostridium disporicum	X	X	X	X		X	X	X
Clostridium hylemonae	X	X	X	X	X	X	X	X	X
Clostridium innocuum	X	X	X			X	X	X
Clostridium glycolicum (ранее называлась Clostridium mayombei)	X	X	X	X	X	X	X	X	X
Flavonifractor plautii (ранее называлась Clostridium orbiscindens)	X	X	X	X	X	X	X	X	X
Clostridium oroticum		X	X	X	X	X		X	X
Eubacterium contortum		X	X	X	X	X		X	X
Clostridium symbiosum	X	X		X			X
Пример Вид	DBC 1	DBC 2	DBC 3	DBC 4	DBC 5	DBC 6	DBC 7	DBC 8	DBC 9
Murimonas intestini (ранее называлась Lachnospiraceae bacterium A4)			X		X	X		X	X
Lachnospiraceae bacterium 11041		X	X		X	X		X	X
Turicibacter sanguinis		X	X	X		X		X	X
Eubacterium sp WAL 14571	X		X				X	X
Lachnospiraceae 5_1_57FAA	X		X		X

Дополнительные композиции DBC (DBC S1 - DBC S24) перечислены ниже в Таблице 4. В Таблице 4 приведены бактериальные композиции DBC S1 - DBC S24 и указаны признаки DBC S1 - DBC S24 в условиях проведения испытаний. Анализировались следующие признаки: Кластер IV: ни один из видов не принадлежит к клостридиальному кластеру IV; Непринадлежность к кластерам IV или XIVa: ни один из видов не принадлежит к клостридиальным кластерам IV или XIVa; Высокая приживаемость, высокая распространенность: в экспериментах с комплексной композицией спор, выделенных из фекалий здорового человека, указывают примеры бактериальных видов с высокими показателями приживаемости (виды, присутствующие в комплексной композиции спор, которые позднее детектировались у субъектов, получавших композицию спор) и видов с высокой распространенностью (виды, обычно встречающиеся в массиве данных проекта "Человеческий микробиом" (HMP)); Активность HDAC: все виды продуцируют короткоцепочечную жирную кислоту (бутират и/или пропионат, и/или изобутират и изовалерат), способную ингибировать активность гистондеацетилазы; Отсутствие активности HDAC: ни один из видов не продуцирует короткоцепочечную жирную кислоту (бутират и/или пропионат и/или изобутират и изовалерат), способную ингибировать активность гистондеацетилазы; Активность BSH: все виды проявляют активность гидролазы желчных солей; Отсутствие активности BSH: ни один из видов не проявляет активность гидролазы желчных солей; Активность 7α-HSDH (7α-гидроксистероиддегидрогеназы): все виды проявляют активность 7-α-гидроксистероиддегидрогеназы; Отсутствие активности 7-α-HSDH: ни один из видов не проявляет активность 7-α-гидроксистероиддегидрогеназы; Активность 3-α или 12-α-HSDH: все виды проявляют активность 3-α/12-α-гидроксистероиддегидрогеназы; Рост на аминокислотах аланине, аргинине, аспарагине, глутамине, глицине, гистидине, изолейцине, лейцине, метионине, орнитине, фенилаланине, серине и валине: все виды могут использовать эти аминокислоты в качестве источника углерода; Отсутствие роста на аминокислотах аланине, аргинине, аспарагине, глутамине, глицине, гистидине, изолейцине, лейцине, метионине, орнитине, фенилаланине, серине и валине: ни один из видов не использует эти аминокислоты в качестве источника углерода; Продуцирование индола: все виды могут продуцировать индол или производное индола; Отсутствие продуцирования индола: ни один из видов не может продуцировать индол; Рост на сахароспиртах: все виды могут использовать сахароспирты в качестве источника углерода; Отсутствие роста на сахароспиртах: ни один из видов не может использовать сахароспирты в качестве источника углерода; Рост на фукозе: все виды могут использовать фукозу в качестве источника углерода; Отсутствие роста на фукозе: ни один из видов не может использовать фукозу в качестве источника углерода; Рост на NAG: все виды могут использовать N-ацетилглюкозамин (NAG) в качестве источника углерода; Отсутствие роста на NAG: ни для одного из видов не была предсказана возможность использования NAG в качестве источника углерода. Предсказания были основаны на результатах данного конкретного эксперимента/сортировки.

Таблица 4

В некоторых вариантах реализации, все организмы в DBC являются облигатными анаэробами. В некоторых вариантах реализации, бактерии в композиции представляют собой виды, которые могут культивироваться in vitro с образованием спор, и такие споры могут прорастать in vitro. В некоторых вариантах реализации, бактерии в композиции представляют собой споры. В некоторых вариантах реализации, бактерии в композиции находятся в вегетативной форме. Следует понимать, что композиция бактериальных спор или композиция вегетативных бактерий означает, что, хотя большинство бактерий находится в указанной форме (т.е., споровой или вегетативной), небольшое количество может находиться в другой форме, например, в случае спор, некоторые клетки в композиции могут быть вегетативными, а в случае вегетативных бактерий, некоторые клетки могут быть в форме спор. Например, композиция может состоять на по меньшей мере 100%, по меньшей мере 99%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 85%, по меньшей мере 80 %, или по меньшей мере 75%, из спор, или композиция может состоять на по меньшей мере 100%, по меньшей мере 99%, по меньшей мере 97%, по меньшей мере 95%, по меньшей мере 90%, по меньшей мере 85%, по меньшей мере 80 %, или по меньшей мере 75%, из вегетативных бактерий. В некоторых вариантах реализации, индивидуальные виды присутствуют в виде смеси вегетативных бактерий и спор в соотношении, например, 74:26, 70:30, 60:40, 50:50, 40:60, 30:70 и 26:74. Типично величины соотношений оценивают по колониеобразующим единицам (КОЕ), хотя могут быть использованы другие способы, известные специалистам. Оценка процентного содержания бактерий в вегетативной или споровой форме может проводиться на дату приготовления композиции в виде лекарственной формы или на дату введения лекарственной формы.

В других вариантах реализации, DBC включает по меньшей мере два организма из Таблицы 1 и один или несколько из следующих: Lachnospiraceae bacterium A4, Lachnospiraceae bacterium 5 1 57FAA, и Ruminococcus lactaris.

Другим примером композиций являются композиции, содержащие 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 или 12 из следующих видов: Clostridium glycolicum, Clostridium mayombei, Clostridium hylemonae, Clostridium bolteae, Clostridium disporicum, Clostridium innocuum, Flavonifractor plautii, Clostridium orbiscindens, Blautia producta, Turicibacter sanguinis, Eubacterium contortum, Murimonas intestini, Lachnospiraceae bacterium A4, Lachnospiraceae bacterium 11041, и Clostridium oroticum.

Неожиданно, заявители обнаружили, что нет необходимости обеспечивать соотношения организмов, отображающие здоровый микробиом или иначе наблюдающиеся в природных условиях; заявители обнаружили, что дозы DBC, содержащие приблизительно одинаковое количество каждого вида бактерий (например, одинаковое количество прорастающих in vitro спор), были эффективными, хотя композиция не содержала организмы в наблюдающихся в природе соотношениях. Кроме того, заявители не имеют сведений, что какой-либо конкретный человек был описан как имеющий детектируемые уровни всех организмов, входящих в любую DBC, приведенную в Таблицах 3 и 4, т.е., заявители считают, что композиции не являются природными.

Заявители также отметили, что общее количество бактерий, обеспечивающих эффективность лечения, значительно ниже общего количества организмов в желудочно-кишечном тракте здорового человека, т.е., для достижения терапевтического эффекта не требуется вводить полный здоровый микробиом, не только с точки зрения разнообразия видов, представленных в композиции, но также и по общему количеству используемых организмов.

Следует понимать, что “состоящий из” в этих примерах относится к типам бактерий, присутствующим в композиции. Бактериальная композиция может содержать дополнительные небактериальные материалы, такие как один или несколько эксципиентов (включая, например, одну или несколько капсул), водную или неводную среду (например, глицерин, полиэтиленгликоль, масло какао, воду, и/или буфер), а также один или несколько пребиотиков или синтетических лекарственных средств.

Виды, используемые в композициях

В общем, виды, используемые в DBC, идентифицируют как принадлежащие к выбранному кладу на основании их последовательностей 16S рДНК (например, полноразмерной последовательности, или последовательностей одного или нескольких вариабельных участков (V1-V9, например, последовательности V4, или последовательности V6)).

В некоторых вариантах реализации, вид, пригодный для использования в DBC, представляет собой вид, имеющий полноразмерную 16S рДНК с по меньшей мере 95% идентичности последовательностей (“идентичность”) с 16S рДНК референсного вида, например, вида, указанного в Таблице 1 или Таблице 2. В некоторых вариантах реализации, вид, пригодный для использования в DBC, представляет собой вид, имеющий полноразмерную 16S рДНК с по меньшей мере 97% идентичности последовательностей (“идентичность”) с 16S рДНК референсного вида, например, вида, указанного в Таблице 1 или Таблице 2. В некоторых вариантах реализации, пригодный для использования вид имеет участок V4 16S рДНК с 95% идентичности с участком V4 16S рДНК референсного вида, например, вида, указанного в Таблице 1 или Таблице 2. В некоторых вариантах реализации, пригодный для использования вид имеет участок V4 16S рДНК с 97% идентичности с участком V4 16S рДНК референсного вида, например, вида, указанного в Таблице 1 или Таблице 2. В некоторых вариантах реализации пригодный для использования вид имеет геномную последовательность с по меньшей мере 95% идентичности с полноразмерной геномной ДНК референсного вида, например, вида, указанного в Таблице 1 или Таблице 2. В некоторых вариантах реализации пригодный для использования вид имеет геномную последовательность с по меньшей мере 97% идентичности с полноразмерной геномной последовательностью референсного вида, например, вида, указанного в Таблице 1 или Таблице 2. В случае, когда последовательность не приведена в данном документе, например, последовательность V4, специалисты хорошо знают способы идентификации таких последовательностей. На Фигуре 1 представлены неограничительные примеры полноразмерных последовательностей 16S рДНК, которые могут быть использованы в качестве референсных последовательностей. В общем, идентичность или процент идентичности с референсным видом означает идентичность или процент идентичности с по меньшей мере одной последовательностью 16S рДНК, присутствующей в организме.

В некоторых случаях, штаммы бактериальных видов, пригодных для использования по изобретению, например, видов, раскрытых в данном документе, могут быть получены из общедоступного центра биологических ресурсов, такого как ATCC (atcc.org), DSMZ (dsmz.de), или Riken BioResource Center (en.brc.riken.jp). Последовательности 16S рДНК, пригодные для идентификации видов, или других аспектов изобретения, могут быть получены из общедоступных баз данных, например, с веб-сайта проекта "Человеческий Микробиом" (Human Microbiome Project, HMP) или GenBank.

Способы определения идентичности последовательностей известны специалистам и примеры приведены ниже.

Информация о видах/наименованиях

Возможны изменения в названиях и классификации бактерий, которые могут не отображаться в литературе. В данном документе для удобства приведены альтернативные названия некоторых бактериальных видов, но перечень альтернативных названий не должен рассматриваться как исчерпывающий. В некоторых вариантах реализации, виды идентифицируются по идентичности последовательностей для полной последовательности 16S рДНК или ее части, например, по меньшей мере 90%, 93% 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, или 100% идентичности.

Определение идентичности

Клады, операционные таксономические единицы (ОТЕ), виды и штаммы, в некоторых вариантах реализации, идентифицируются по их последовательностям 16S рДНК. Родство кладов, ОТЕ, видов и штаммов может быть определено по проценту идентичности между кладами, ОТЕ, видами или штаммами. Процент идентичности между референсной и анализируемой (query) последовательностями может быть определен с использованием способов, известных специалистам. Неограничительные примеры способов таких определений приведены ниже. В используемом в данном документе значении, родство между двумя нуклеотидными последовательностями описывается параметром “идентичность”.

В одном варианте реализации, степень идентичности последовательностей между анализируемой последовательностью и референсной последовательностью определяют путем: 1) выравнивания двух последовательностей с помощью любой пригодной программы выравнивания с использованием матрицы стоимости выравнивания, используемой по умолчанию, и штрафа на введение делеции, используемого по умолчанию, 2) определения числа точных совпадений, где точное совпадение означает определение программой выравнивания в данной позиции выравнивания идентичных нуклеотидов в двух выравниваемых последовательностях, и 3) деления числа точных совпадений на длину референсной последовательности.

В другом варианте реализации, степень идентичности последовательностей между анализируемой последовательностью и референсной последовательностью определяется путем: 1) выравнивания двух последовательностей с помощью любой пригодной программы выравнивания с использованием матрицы стоимости выравнивания, используемой по умолчанию, и штрафа на введение делеции, используемого по умолчанию, 2) определения числа точных совпадений, где точное совпадение означает определение программой выравнивания в данной позиции выравнивания идентичных нуклеотидов в двух выравниваемых последовательностях, и 3) деления числа точных совпадений на длину более длинной из двух последовательностей.

В другом варианте реализации, степень идентичности последовательностей между анализируемой последовательностью и референсной последовательностью определяется путем: 1) выравнивания двух последовательностей с помощью любой пригодной программы выравнивания с использованием матрицы стоимости выравнивания, используемой по умолчанию, и штрафа на введение делеции, используемого по умолчанию, 2) определения числа точных совпадений, где точное совпадение означает определение программой выравнивания в данной позиции выравнивания идентичных аминокислот или нуклеотидов в двух выравниваемых последовательностях, и 3) деления числа точных совпадений на “длину выравнивания”, где длина выравнивания представляет собой длину полного выравнивания, включая гэпы и выступающие части последовательностей.

Сравнение идентичности последовательностей проводят, обычно, с помощью программы сравнения последовательностей. Такие коммерческие или общедоступные компьютерные программы используют сложные алгоритмы сравнения для выравнивания двух или больше последовательностей, наилучшим образом отображающие эволюционные события, которые могли привести к отличию (отличиям) между двумя или более последовательностями. Таким образом, эти алгоритмы работают с системой балльной оценки, начисляющей баллы за выравнивание идентичных или схожих аминокислот и штрафующей введение гэпов, продолжение гэпов и выравнивание непохожих аминокислот. Система балльной оценки алгоритмов сравнения включает:

i) начисление штрафных баллов при каждой вставке гэпа (штраф на введение делеции),

ii) начисление штрафных баллов за каждое продление существующего гэпа на дополнительную позицию (штрафные баллы за продление),

iii) начисление высоких баллов за выравнивание идентичных аминокислот, и

iv) начисление переменных баллов за выравнивание неидентичных аминокислот.

Обычно, для сравнения последовательностей используют принятые по умолчанию значения программы выравнивания. Пригодные компьютерные программы, используемые для определения идентичности, включают, например, BLAST (blast.ncbi.nlm.nih.gov).

В варианте реализации данного изобретения, программа выравнивания оптимизирует выравнивание по полной длине выбранных последовательностей, например, полноразмерной, V4 или V6 последовательностей 16S рДНК. Например, программа глобального выравнивания основана на алгоритме Нидлмана-Вунша (Needleman and Wunsch, 1970, J Mol Biol 48: 443-53). Неограничительными примерами таких программ являются программы EMBOSS Needle и EMBOSS Stretcher, доступные на сайте ebi.ac.uk/Tools/psa/.

В одном варианте реализации, последовательности выравнивают с помощью программы глобального выравнивания, и идентичность последовательностей рассчитывают путем определения частного от деления числа точных совпадений, найденных программой, на “длину выравнивания”, где длина выравнивания представляет собой полную длину выравнивания, включая гэпы и выступающие части последовательностей. В дополнительном варианте реализации, программа глобального выравнивания использует алгоритм Нидлмана-Вунша и идентичность последовательностей рассчитывают путем определения частного от деления числа точных совпадений, найденных программой, на “длину выравнивания”, где длина выравнивания представляет собой полную длину выравнивания, включая гэпы и выступающие части последовательностей.

В дополнительном варианте реализации, программу глобального выравнивания выбирают из группы, состоящей из EMBOSS Needle и EMBOSS stretcher, и идентичность последовательностей рассчитывают путем определения частного от деления числа точных совпадений, найденных программой, на “длину выравнивания”, где длина выравнивания представляет собой полную длину выравнивания, включая гэпы и выступающие части последовательностей.

После проведения выравнивания прикладной программой можно рассчитать процент (%) подобия и процент идентичности последовательностей.

Методы испытаний композиций-кандидатов DBC

In vivo методы

Испытания композиций-кандидатов DBC могут быть проведены с использованием животных моделей заболеваний, ассоциированных с дисбиозом, например, Hutton et al. (2014, FEMS Microbiol. Lett. 352:140-149), Best et al. (2012, Gut Microbes 3:145-167), и Chen et al. (2008, Gastroenterology 135:1984-92). Использование одной такой модели описывается в примерах ниже. Композиция-кандидат DBC, улучшающая какой-либо признак или симптом в такой модели, явлется пригодной для использования в качестве DBC для лечения дисбиоза, например, у человека.

Характеристики композиций

Как описано в данном документе, DBC обычно испытывают на способность ингибировать, in vivo и/или in vitro, рост патогенного организма, способность уничтожать патогенный организм, способность предотвращать или ослаблять влияние патогенного организма, или другие такие пригодные виды активности. В некоторых вариантах реализации, бактерии в DBC выбирают по характеристикам, которые они проявляют в композиции, или в субкомпозиции, или как индивидуальные бактерии. Примеры таких характеристик включают способности ингибировать гистондеацетилазу, метаболизировать желчные кислоты, утилизировать источники питательных веществ (например, источники питательных веществ, используемых патогенным организмом-мишенью), и метаболизировать триптофан с образованием индола и других метаболитов триптофана. Детальное описание этих характеристик изложено далее и в примерах ниже.

Активность гистондеацетилазы

Гистондеацетилазы (HDAC) представляют собой семейство ферментов, способных удалять ацетильные остатки из специфических сайтов на N-терминальном конце гистонов, являющихся частью хроматиновой структуры ДНК в эукариотических клетках (см. обзор Davie). Стабильное состояние гистонацетилирования является результатом равновесия ацетилирования ферментами гистонацетилтрансферазами (HAT) и деацетилирования HDAC. Если HDAC ингибируются, а активность HAT сохраняется, то гистоны становятся гиперацетилированными, что разрушает высокоупорядоченную хроматиновую структуру и стимулирует транскрипцию РНК-полимеразой III. Эффект ингибирования HDAC при экспрессии генов не является распространенным, поскольку ингибирование HDAC влияет только на 2% генов млекопитающих.

Некоторые короткоцепочечные жирные кислоты (КЦЖК), продуцируемые микробиомом кишечника человека, являются ингибиторами HDAC. В частности, бутират был идентифицирован как in vitro и in vivo ингибитор HDAC, приводящий к накоплению гиперацетилированных гистонов H3 и H4 (Candido et al. 1978 Cell 14:105-113; Boffa et al. 1978 J Biol Chem 253:3364-3366; Vidali et al. 1978 Proc Natl Acad Sci USA 75:2239-2243; Davie. 2003 J Nutrition 133:2485S-2493S). Другие КЦЖК - пропионат, изобутират, изовалерат, валерат, лактат и ацетат - также ингибируют деацетилирование гистонов, хотя, как сообщается, менее эффективно, чем бутират (Sealy and Chalkley. 1978 Cell 14:115-121; Latham et al. Nucl Acids Res 40:4794-4803, Waldecker et al. 2008 J Nutr Biochem 19:587-593). Судя по сообщениям, определенные терапевтические эффекты бутирата медиируются, по меньшей мере частично, ингибированием HDAC. Такие исследования четко показывают важную роль HDAC в терапевтических областях и напрямую связывают короткоцепочечные жирные кислоты (КЦЖК) бутират и пропионат, продуцируемые микробиомом человека, с желательными функциональными результатами через ингибирование HDAC.

В некоторых вариантах реализации, анализируется HDAC-активность бактерий, рассматриваемых на возможность включения в DBC. Такие бактерии пригодны для использования в DBC, в которых ингибирование HDAC является желательным для достижения терапевтического результата, или в которых была определена роль КЦЖК. Примеры способов, используемых для такого отбора, приведены в примерах.

Заявители продемонстрировали, что способность бактериальных видов ингибировать HDAC зависит от источника питательных веществ, обеспечиваемого для бактерий. Соответственно, при некоторых показаниях, может быть предусмотрен пребиотик как часть терапевтического применения DBC. Пребиотик выбирают, по меньшей мере частично, на основании способности бактерий в DBC использовать пребиотик в качестве источника питательных веществ для увеличения продуцирования КЦЖК.

Метаболизм индолов и триптофана

Индол и производные индола задействованы в физиологии хозяина (см. обзор Zhang and Davies, 2016 Genome Medicine 8:46). Например, индол и индол-3-альдегид являются агонистами рецептора ароматических углеводородов (AhR), который, как сообщалось, индуцирует экспрессию IL-22 и повышает активность Th-17. Также сообщалось, что индол увеличивает сопротивление плотных контактов эпителиальных клеток, продуцирование муцина и устойчивость к колонизации (Bansal et al. 2010 Proc Nat Acad Sci 107:228-233). Индол-3-ацетат, триптамин и скатол также являются лигандами AhR (Hubbard et al. 2015. Drug Metabolism and Disposition 43:1522-35) и поэтому могут играть схожие роли в биологии хозяина. Индол-3-пропионат, также продукт метаболизма триптофана симбиотическими бактериями, является лигандом рецептора прегнана H (PXR). Активация PXR снижает экспрессию TNFα и повышает экспрессию белков плотных контактов, тем самым промотируя иммунный гомеостаз и улучшение функции кишечного барьера (Venkatesh et al. 2014. Immunity 41:296-310, и Romagnoli et al. 2016. J Immunol 196 Suppl. 67.10). Кроме того, сообщалось, что агонист AhR ослабляет влияние инфекции C. difficile в мышиной модели (Julliard et al., Ann. Srg. PMID 27280500). Кроме того, исследования с использованием бактериальных спор, выделенных из фекалий здорового человека, для лечения рецидивирующей инфекции C. difficile, продемонстрировали повышенный метаболизм триптофана; концентрация триптофана в фекалиях снижалась и наблюдалось увеличение некоторых производных индола (данные не приведены).

Соответственно, заявители обнаружили, что выбранные бактерии способны метаболизировать триптофан и, в таком качестве, являются полезными добавками к DBC. В Примере 8 ниже описан пример способа идентификации и характеризации таких бактерий, а также приведены конкретные примеры таких бактерий.

Утилизация источника углерода

Другой полезной характеристикой DBC, пригодных для лечения или предотвращения расстройства, ассоциированного с присутствием патогена, является конкуренция за источник углерода, например, включение в DBC бактерий, которые могут использовать один или несколько источников углерода из используемых патогеном, например, C. difficile. В Примерах 3A и 3B приведены примеры того, как может быть определена эта характеристика, и приведены примеры бактериальных видов, полезных, например, при лечении или предотвращении CDI, и пригодных для использования в DBC.

Составы

В некоторых вариантах реализации, лечение включает введение DBC субъекту (например, пациенту с риском возникновения, недавно получавшему лечение от, или с диагнозом инфекции C. difficile), причем композиция содержит DBC и фармацевтически приемлемый носитель. В некоторых вариантах реализации, DBC представляет собой лекарственную форму для перорального введения. В некоторых вариантах реализации, DBC содержит, в качестве активного компонента, консорциум бактерий, описанный в данном документе, в комбинации с одним или несколькими фармацевтически приемлемыми носителями (эксципиентами). При приготовлении композиций по изобретению, DBC типично смешивают с эксципиентом, разбавляют эксципиентом или заключают внутри такого носителя в форме, например, капсулы, саше, бумажного пакетика (paper), или другого контейнера. В тех случаях, когда эксципиент служит разбавителем, он может быть твердым, полутвердым или жидким материалом, который служит растворителем, носителем или средой для активного компонента. Таким образом, композиция может иметь форму таблетки, пилюли, порошка, сосательной таблетки, саше, крахмальной облатки, эликсира, суспензии, эмульсии, раствора, сиропа, аэрозоля (твердого материала или в жидкой среде), жидкой мази, содержащей, например, до 10% мас. активного компонента, мягкой капсулы, твердой капсулы, желатиновой капсулы (gel-cap), таблетки, суппозитория, раствора или упакованного порошка. Пригодные эксципиенты включают, например, фосфатно-солевой буфер (PBS), глицерин, масло какао или полиэтиленгликоль.

При приготовлении композиции, DBC может быть измельчена для обеспечения требуемого размера частиц перед объединением с другими ингредиентами.

Композиции могут быть составлены таким образом, чтобы обеспечить быстрое, замедленное или задержанное высвобождение активного компонента после введения пациенту, например, для высвобождения в ободочной кишке, с использованием методов и форм, известных специалистам.

Композиция DBC может быть составлена в виде лекарственной формы с единичной дозой, причем каждая лекарственная форма содержит от примерно 10² до примерно 10⁹ спор, например, от примерно 10⁴ до примерно 10⁸ спор. Термин “лекарственные формы с единичной дозой” относится к физически дискретным единицам, пригодным для использования в качестве единичных дозировок для людей и других млекопитающих, где каждая единица содержит предварительно определенное количество активного компонента, рассчитанное на создание желательного терапевтического эффекта, в сочетании с пригодным фармацевтическим эксципиентом. В некоторых случаях, доза состоит из нескольких лекарственных форм с единичной дозой. Например, разовая доза может быть одной лекарственной формой с единичной дозой, двумя лекарственными формами с единичными дозами, тремя лекарственными формами с единичными дозами, четырьмя лекарственными формами с единичными дозами, пятью лекарственными формами с единичными дозами, или больше. В некоторых случаях, число лекарственных форм с единичными дозами, составляющих разовую дозу, составляет 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 20, 25 или 30 лекарственных форм с единичными дозами. Разовая доза может содержать, например, от 10³ до примерно 10⁹ спор, например, от примерно 10⁴ до примерно 10⁸ спор. В качестве примера, доза представляет собой 1, 2, 3 или 4 капсулы, содержащие в общей сложности от 10e2 до 10e8 спор на дозу. В случае разовой дозы, включающей множество лекарственных форм, доставку лекарственных форм обычно осуществляют за предписанный период времени, например, в течение 1 часа, 2 часов, 5 часов, 10 часов, 15 часов или 24 часов.

Композиция, описанная в данном документе, может быть эффективной в широком диапазоне дозировок и обычно вводится в фармацевтически эффективном количестве.

Таблетка или пилюля, содержащая композицию, описанную в данном документе, может иметь покрытие или иначе быть составлена таким образом, чтобы обеспечивать лекарственную форму, например, облегчающую доставку (например, за счет улучшения проглатываемости) или улучшающую доставку в заданную область желудочно-кишечного тракта, такую как ободочная кишка.

В некоторых вариантах реализации, таблетка или пилюля содержит внутренний компонент, окружающий композицию, и наружный компонент, причем последний служит оболочкой первому. Два компонента могут быть разделены слоем энтеросолюбильного покрытия, которое модет препятствовать разрушению в желудке и позволяет внутреннему компоненту проходить нетронутым в двенадцатиперстную кишку, или обеспечивает задержку высвобождения.

В некоторых вариантах реализации, композицию, содержащую DBC, вводят назогастральным путем, с помощью эндоскопии или другим пригодным методом доставки композиции в желательное место или рядом с ним, например, в верхнюю часть кишечного тракта (например, желудок и/или двенадцатиперстную кишку) или в нижнюю часть кишечного тракта (например, тонкую кишку и/или толстую кишку). Эффективные дозы могут быть определены экстраполяцией по кривым зависимости доза-эффект, полученным in vitro или в тест-системах с животными моделями, или по результатам клинических исследований.

Кроме того, составы необязательно могут быть введены в комбинации с антацидами, известными специалистам.

Способы лечения дисбиоза

DBC, описанные в данном документе, пригодны для введения субъекту, например, млекопитающему, такому как человек, нуждающийся в лечении, например, для предотвращения или лечения дисбиоза. В некоторых вариантах реализации, млекопитающее представляет собой человека, имеющего один или несколько симптомов дисбиоза, включая, без ограничений, чрезмерный рост нежелательного патогена или нежелательного таксона, такого как Enterobacteriaceae или ванкомицинрезистентные Enterococcus, пониженное представительство одного или нескольких ключевых бактериальных таксонов, таких как Bacteroidetes или Firmicutes, или их родов или видов, или пониженное разнообразие микробных видов по сравнению со здоровыми индивидами, пониженная общая численность анаэробных бактерий, или пониженная общая численность бактерий, способных выполнять определенную функцию, например, метаболизм желчных кислот. В используемом в данном документе значении, “лечение дисбиоза” включает, например, лечение связанного с дисбиозом заболевания, такого как инфекция C. difficile, предотвращение рецидивирующей инфекции C. difficile, или лечение или предотвращение инфекции ванкомицинрезистентных Enterococcus (VRE). Следует понимать, что предотвращение может означать снижение риска дисбиоза.

В некоторых вариантах реализации, субъект получает лечение антибиотиками перед введением DBC. В некоторых вариантах реализации, субъект получает лечение антибиотиками и не получает DBC до истечения по меньшей мере одного дня, двух дней, трех дней, 5 дней, одной недели, двух недель, трех недель или четырех недель после лечения антибиотиками и перед введением DBC. В некоторых вариантах реализации, субъект получает многократные дозы DBC для обеспечения охвата периода дозирования. В некоторых вариантах реализации, субъект имеет симптомы дисбиоза перед введением DBC. В других вариантах реализации, субъект не проявляет симптомы дисбиоза перед введением DBC, например, DBC вводят профилактически для снижения риска того, что дисбиоз будет вызывать клинические симптомы, например, инфекции патогеном.

В некоторых вариантах реализации, DBC вводят для ослабления проявлений желудочно-кишечной болезни, расстройства или состояния, например, инфекции C. difficile, воспалительной болезни кишечника (ВБК) (например, неспецифического язвенного колита и болезни Крона), синдрома раздраженной толстой кишки или других расстройств, ассоциированных с дисбиозом желудочно-кишечной системы. В некоторых вариантах реализации, DBC вводят субъекту с проявлениями диареи или другого симптома, вызванного, например, C. difficile, включая рецидивирующую инфекцию C. difficile, воспалительную болезнь кишечника (например, неспецифический язвенный колит, болезнь Крона) или колит.

В некоторых вариантах реализации, DBC вводят только один раз до улучшения болезни, расстройства или состояния. В некоторых вариантах реализации терапевтическую композицию вводят с интервалами более двух дней, такими как раз в три, четыре, пять или шесть дней, или раз в неделю или реже, чем раз в неделю, например, раз в две недели, раз в три недели, раз в 4 недели, раз в шесть недель, раз в восемь недель, раз в двенадцать недель, раз в месяц, раз в два месяца, раз в три месяца, раз в четыре месяца, или раз в шесть месяцев. В некоторых случаях, DBC вводят с перерывами согласно установленному графику, например, раз в день, раз в неделю, или раз в месяц, или при рецидиве у субъекта первичного заболевания. В другом варианте реализации, DBC вводят на долговременной основе особам с риском инфекции или тем, которые могут быть носителями таких патогенов, включая особ, подвергнутых инвазивным медицинским процедурам (таким как хирургия), лицам, требующим госпитализации, лицам, проживающим в лечебном учреждении для хронических больных или реабилитационном учреждении, лицам, контактирующим с патогенами по своей профессии (работники животноводства и отраслей переработки продукции животноводства), или лицам, которые могут быть носителями патогенов (включая сотрудников больниц, таких как врачи, медсестры и другие работники здравоохранения). В некоторых случаях, DBC вводят после использования антибиотиков для предотвращения развития дисбиоза и его симптомов, таких как связанная с антибиотиками диарея.

Также предусматриваются способы лечения или профилактики для субъекта, страдающего от нарушения обмена веществ или с риском его развития, и расстройства или состояния, выбранного из группы, состоящей из диабета, метаболического синдрома, ожирения, заболевания сердца, аутоиммунной болезни, заболевания печени и аутизма, с использованием терапевтических композиций, предложенных в данном документе.

В вариантах реализации, композицию бактериальных спор обычно вводят энтерально. Например, введение может быть пероральным введением с использованием проглатываемой формы (например, пилюли, саше, капсулы, сиропа и т.п.), или с помощью оральной или назальной трубки (включая назогастральную, назоеюнальную, оральногастральную, или орально-еюнальную). В других вариантах реализации, введение включает ректальное введение (например, посредством клизмы, суппозитория или колоноскопии). DBC может быть введена в по меньшей мере один участок желудочно-кишечного тракта, включая рот, пищевод, желудок, тонкую кишку, толстую кишку или прямую кишку. DBC может быть введена перорально в форме лекарственного средства, такого как порошок, одна или несколько капсул, одна или несколько таблеток, гель или жидкость. DBC также может быть введена в гелеобразной или жидкой форме оральным путем или через назогастральную трубку, или ректальным путем в гелеобразной или жидкой формы, посредством клизмы или вливания через колоноскоп, или в виде суппозитория.

Перед введением DBC субъект может получать препарат для очистки толстой кишки. Специалистам известны способы очистки толстой кишки, такие как используемые для подготовки субъекта к колоноскопии. Также, субъект может необязательно получать антацид или буферный агент для увеличения pH желудка к моменту введения DBC, как известно специалистам и если это считается необходимым для субъекта.

Для оценки состояния субъекта, признаки или симптомы дисбиоза оценивают после проведения лечения в период времени от 1 дня до 6 месяцей после введения DBC. Один из способов оценки предусматривает получение фекального материала от субъекта и определение микроорганизмов, присутствующих в желудочно-кишечном тракте, например, с использованием 16S рДНК или метагеномного секвенирования методом "выстрела из дробового ружья" или других анализов, известных специалистам. Заселение желудочно-кишечного тракта бактериальными видами, присутствующими в DBC, а также увеличение численности симбиотических микроорганизмов, не входящих в DBC, может быть использовано как показатель улучшения дисбиоза. В случае инфекции, снижение уровня инфекционного организма, например, C. difficile, после лечения DBC по сравнению с уровнем инфекционного организма перед лечением может быть использовано как показатель эффективности лечения DBC.

Варианты реализации, приведенные в описании изобретения, иллюстрируют варианты реализации и не должны рассматриваться как ограничивающие объем изобретения. Квалифицированный специалист легко поймет, что изобретение охватывает многие другие варианты реализации. Все публикации и патенты, упоминаемые в данном описании, включены посредством ссылок в полном объеме. В той степени, в которой материал, включенный последством ссылок, противоречит или является несовместимым с данным описанием изобретения, данное описание изобретения обладает преимуществом по сравнению с любым таким материалом. Упоминание любых источников в данном документе не является признанием того, что такие источники относятся к известному уровню техники.

ЭКВИВАЛЕНТЫ

Все технические признаки могут быть индивидуально скомбинированы во все возможные комбинации таких признаков.

Изобретение может быть реализовано в других конкретных формах, не выходящих за пределы его сущности или существенных характеристик. Вышеупомянутые варианты реализации, таким образом, должны рассматриваться во всех аспектах как иллюстративные, а не ограничивающие изобретение, описанное в данном документе.

ПРИМЕРЫ

Приведенные далее неограничительные примеры дополнительно иллюстрируют варианты реализации изобретения, описанного в данном документе.

Пример 1: Мышиная модель инфекции Clostridium difficile (CDI)

Эффективность тестируемых композиций исследовали с использованием мышиной модели заражения CDI (Chen et al., 2008, Gastroenterology 135:1984-1992). Мышиную модель CDI используют, чтобы продемонстрировать предотвращение инфекции. В этой модели, мыши предварительно получают антибиотик для создания в кишечнике дисбиоза, что увеличивает восприимчивость к CDI. При заражении перорально введенными спорами C. difficile мыши демонстрируют симптомы CDI, включая потерю веса тела, диарею и вялость с пиком болезни между днями 2-3 после введения C. difficile. Инфекция может быть летальной и смерть наступает на пике болезни. У мышей, выживших после инфекции, симптомы преимущественно проходят к дню 6 после инокуляции. Животных содержат в чистой комнате bioBubble Clean Room или эквивалентном устройстве на протяжении эксперимента.

Вкратце, в дни с -14 до -6, животные (самки мышей C57BL/6, в возрасте девяти-десяти недель) получали коктейль антибиотиков в питьевой воде, состоящий из 1% глюкозы, канамицина (0,5 мг/мл), гентамицина (0,044 мг/мл), колистина (1062,5 ед./мл), метронидазола (0,269 мг/мл), ципрофлоксацина (0,156 мг/мл), ампициллина (0,1 мг/мл) и ванкомицина (0,056 мг/мл). В День -3 животные получают дозу 10 мг/кг клиндамицина через желудочный зонд. В День -1 тестируемые препараты, представляющие собой препарат спор, полученных из человеческих фекалий (контроль эффективности исследований; HBS) и FSV (контроль ТФМ человека) оттаивают на льду, центрифугируют в течение пяти минут при 12100×g (RCF, относительное центробежное ускорение), декантируют для удаления супернатанта, и ресуспендируют в стерильном PBS. Тестируемые препараты (DBC) представляли собой разработанные консорциумы бактерий. Контролем для инокулята тестируемого препарата был стерильный PBS. Животным вводили дозы через желудочный зонд при объеме соответствующего лечебного средства 0,2 мл. На Фигуре 2 представлена схема исследований.

В День 0, мышей заражают путем введения приблизительно 4,5 log10 спор C. difficile или вводят стерильный PBS (для ветки наивного контроля) через желудочный зонд. Инфекцию и ее последствия оценивают путем ежедневного определения смертности, потери веса и клинических признаков и симптомов (клинический показатель; балльная оценка вялости, груминг, мокрый хвост/живот и гипотермия).

Пример 2: Тестируемые препараты

Заявители протестировали около 100 разных DBC. В одном примере такого эксперимента, мышиную модель, описанную в примере 1, используют для оценки эффективности различных перорально вводимых препаратов бактериальных спор для лечения/предотвращения инфекции Clostridium difficile (CDI). Девять композиций тестировали в расчетных дозах в диапазоне от 1e2 до 1e5 на индивидуальный вид в композиции. Оценки числа бактерий были основаны на анализах колониеобразующих единиц спор (SCFU) (т.е., числа образующихся из спор колоний, выращиваемых на чашке из маточной культуры). Способы проведения таких анализов известны специалистам и типично включают использование способствующего прорастанию вещества, пригодного для выращиваемого вида. Некоторые протестированные композиции приведены в Таблице 3 (выше). Негативные контроли включали введение отдельно взятого PBS и наивных животных (не инфицированных C. difficile). Позитивные контроли включали введение суспензии фекалий здорового человека (FSV), и введение популяции бактериальных спор, полученных из фекалий человека (HBS).

Смертность в группе не получавших лечения мышей, зараженных C. difficile, составляла по меньшей мере 20%. Неожиданно, было обнаружено, что некоторые тестируемые композиции были по меньшей мере в такой же степени эффективными при ингибировании/предотвращении CDI в мышиной модели, как и композиция, приготовленная из фекалий здоровых людей, или препарат бактериальных спор, приготовленный из фекалий здорового человека (HBS). В общем, тестируемые композиции различались по своей способности облегчать эффекты инфекции C. difficile в мышиной модели, например, максимальнок снижение веса тела по сравнению с исходными значениями до обработки (Фигура 3), летальность и клинические показатели. Некоторые композиции продемонстрировали эффективность в широком диапазоне концентраций (от 1e2 до 1e5 SКОЕ на вид композиции на мышь). Примеры эффективных композиций включают DBC 4, DBC 6 и DBC 9.

В дополнительных экспериментах было продемонстрировано, что DBC была способна предотвращать связанную с CDI смертность, предотвращать связанные с CDI симптомы, и значительно снижать негативные изменения веса тела по сравнению с зараженными C. difficile мышами, получавшими PBS.

Соответственно, в некоторых вариантах реализации изобретения, DBC может эффективно предотвращать или ингибировать ряд признаков, вызываемых инфекцией CDI, например один или несколько признаков из потери веса, диареи и смертности.

Эти данные демонстрируют, что разработанная бактериальная композиция, содержащая относительно ограниченное число определенных бактериальных видов, может быть использована в качестве лечебного средства с целью предотвращения дисбиоза, как показало лечение CDI в мышиной модели.

Пример 3A: Утилизация углерода

Хорошо известно, что антибиотики разрушают микрофлору кишечника, что приводит к потере устойчивости к колонизации и созданию условий для инфекции патогенов, включая C. difficile (см. обзор Keeney et al. 2014 Ann Rev Microbiol, June 2, 2014. doi:10.1146/annurev-micro-091313-103456). Предположение о вкладе конкуренции за питательные вещества в колонизационную резистентность к C. difficile было выдвинуто в ранних экспериментах с моделями непрерывного потока, в которых глюкоза, N-ацетилглюкозамин и сиаловая кислота (N-ацетилнейраминовая кислота) были идентифицированы как источники углерода C. difficile, имевшие ограниченную доступность вследствие катаболизма другими организмами кишечника (Wilson and Perini, 1988 Infection and Immunity 56: 2610-14). Недавно, утилизация сиаловой кислоты C. difficile в мышиной модели была ассоциированна с повышенными уровнями C. difficile (Ng et al. 2013 Nature, advance online publication (September 1, 2013). doi:10.1038/nature12503). Соответственно, полезной особенностью DBC являются бактерии, способные утилизировать источники углерода, совпадающие с используемыми одним или несколькими штаммами C. difficile (например, токсикогенными штаммами C. difficile).

В некоторых вариантах реализации изобретения, отбор композиций включает отбор штаммов, ОТЕ, или видов, утилизирующих по меньшей мере один источник углерода, используемый патогеном-мишенью. Для демонстрации этого, виды, используемые в DBC, эффективно ингибирующей или предотвращающей инфекцию C. difficile, тестируют на утилизацию источников углерода, используемых C. difficile, называемых в данном документе “источниками углерода C. difficile”. В этих экспериментах определяют профиль утилизации источника углерода для штаммов, входящих в состав DBC. Рост на панели из 59 источников углерода анализируют в формате 96-луночного планшета путем измерения оптической плотности культур. Вкратце, готовят 1% растворы 59 источников углерода и стерилизуют фильтрацией. Наполняют 96-луночные планшеты с глубокими лунками 0,4 мл 2× основной среды MCB (бульон МакКонки) на лунку (состав 1×: 10 г/л мясного экстракта, 3 г/л дрожжевого экстракта, 10 г/л пептона, 5 г/л NaCl, 6,8 г/л KH₂PO₄, 2 мМ MgSO₄, 0,5 мМ CaCl₂, 0,1 мМ MnCl_2, 0,25 г/л цистеина (добавляют перед инокуляцией, см. ниже), 10 мг/л гемина, 1 мг/л менадиона, 10,5 г/л MOPS (морфолинопропенсульфоновая кислота), pH 7). Каждый источник углерода прибавляют в 3 лунки. Готовят два планшета для каждого штамма. Каждый планшет содержит 29 источников углерода, глюкозу и 3 лунки с одной лишь базальной средой. Прибавляют в каждую лунку 8 мкл 2,5% раствора цистеина перед инокуляцией.

Бактериальные штаммы, предназначенные для использования для инокуляции, наносят штрихами из замороженых маточных культур на чашки с сердечно-мозговой вытяжкой (BHI) и инкубируют в течение 24 часов при 37 °C. Переносят петлей материал клеток в 5 мл предварительно восстановленного PBS и ресуспендируют.

Прибавляют 8 мкл инокулята в 95 лунок каждого планшета. 1 лунка на каждом планшете была контролем, не содержащим клеток. Планшеты накрывают проницаемой мембраной и инкубируют при 37 °C в пакете с застежкой "зиплок" в течение 72 часов. Переносят 0,2 мл из каждой лунки в прозрачный плоскодонный 96-луночный планшет и измеряют OD₆₀₀ (оптическая плотность на длине волны 600 нм) спектрофотометром. Значения OD₆₀₀ для каждой лунки корректируют на величину показателя для инокулированных лунок с одной лишь базальной средой. Рассчитывают среднее значение OD₆₀₀ для каждого источника углерода для каждого штамма. Результат считают позитивным, если среднее скорректированное значение OD₆₀₀ составляло ≥15% от максимального скорректированного OD₆₀₀, зарегистрированного для данного штамма.

Каждый штамм рос на множестве источников углерода (в диапазоне от 10 до 30 источников). Все штаммы были сахаролитическими, использующими от 10 до 24 разных сахаров или сахароспиртов из 29 протестированных, за исключением одного штамма, который использовал только 3 сахара в панели. Глюкозу используют все штаммы. Семь штаммов были способны использовать в качестве источника углерода по меньшей мере одну аминокислоту (из 15 протестированных). Данные, полученные в этих экспериментах, представлены на Фигуре 4.

Было продемонстрировано, что выбранные DBC штаммы способны утилизировать 26 из 29 (90%) протестированных источников углерода, используемых C. difficile, включая 19 из 19 (100%) протестированных источников, представляющих собой углеводы и карбоновые кислоты. Соответственно, в некоторых вариантах реализации, DBC, пригодные для борьбы с C. difficile, включают типы бактерий, способные использовать источники углерода, также используемые C. difficile, например, по меньшей мере 90% панели источников углерода, раскрытой в данном документе.

Соответственно, в некоторых вариантах реализации, DBC включает непатогенные бактерии, которые могут утилизировать аминокислоты и другие материалы (например, сахара, сахароспирты, углеводы и карбоновые кислоты) в качестве источников углерода.

Пример 3B: Дополнительная утилизация углерода

Были проведены эксперименты, дополняющие описанные в примере 3A, для дополнительного изучения источников углерода, которые могут быть использованы штаммами C. difficile, и репертуара утилизации углерода для бактерий, которые могут быть пригодными для использования в DBC.

Были определены профили трех штаммов C. difficile и 12 бактериальных штаммов, не относящихся к C. difficile, с использованием панели источников углерода. В используемом в данном документе значении, если не указано иное, источники углерода включают все источники, протестированные в качестве ростовых субстратов в экспериментах, описанных в данном документе. Тремя штаммами C. difficile были Clostridium difficile ATCC 9689, Clostridium difficile ATCC 43593, и Clostridium difficile ATCC 43255, которые все доступны от Американской коллекции типовых культур (ATCC).

Рост штаммов тестируют на 87 разных источниках углерода в формате 96-луночных планшетов. Панель содержит 34 источника углерода, описанных в литературе как утилизируемые C. difficile (Hafiz and Oakley. 1976 J Med Microbiol 9:129-36.; Wilson and Perini. 1988 Infection and Immunity 56:2610-14; Bergey and Holt. Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology. Baltimore: Williams & Wilkins, 1994; Sebaihia et al. 2006 Nature Genetics 38:779-786) включая аминокислоты, моно-, ди-, три- и полисахариды, глюкозид и сахароспирты. Источники углерода прибавляют в количестве 0,5% в три разные базальные среды (состав базальной среды 1 SSNC: мясной экстракт 1 г/л, дрожжевой экстракт 2 г/л, bacto soytone (соевый гидролизат) 6 г/л, NaCl 4 г/л, KH₂PO₄ 5,44 г/л, MgSO₄ 2 мМ, CaCl₂ 1 мМ, MnCl₂ 0,1 мМ, цистеина гидрохлорид 0,25 г/л, гемин 10 мг/л, менадион 1 мг/л, MOPS 6,3 г/л, pH 7; состав базальной среды 2 SPOSCR: мясной экстракт 1 г/л, дрожжевой экстракт 2 г/л, bacto soytone 6 г/л, NaCl 4 г/л, KH₂PO₄ 5,44 г/л, MgSO₄ 2 мМ, CaCl₂ 1 мМ, MnCl₂ 0,1 мМ, цистеина гидрохлорид 0,25 г/л, гемин 10 мг/л, менадион 1 мг/л, MOPS 8,4 г/л, NaHCO₃ 0,4%, pH 7; базальная среда 3 YCFA: казитон 10 г/л, дрожжевой экстракт 2,5 г/л, цистеина гидрохлорид 1 г/л, гемин 10 мг/л, ATCC витаминный раствор 10 мл/л, ATCC раствор микроэлементов 10 мл/л, K₂HPO₄ 0,45 г/л, KH₂PO₄ 0,45 г/л, (NH₄)₂SO₄ 0,9 г/л, MgSO₄×7H₂O 90 мг/л, CaCl₂ 90 мг/л, уксусная кислота 33 мМ, пропионовая кислота 9 мМ, изомасляная кислота 1 мМ, изовалериановая кислота 1 мМ, валериановая кислота 1 мМ, pH 7).

Балльную оценку позитивного роста определяют путем измерения оптической плотности при 600 нм и ее сравнения с ростом в базальной среде без добавленного источника углерода. Для двух базальных сред также определяли балльную оценку продуцирования кислоты путем измерения оптической плотности при 558 нм pH-индикатора фенольного красного, смешанного с отработанной средой каждой культуры.

Все три штамма C. difficile метаболизировали различные источники углерода; 53 из 87 протестированных источников углерода использовались по меньшей мере одним штаммом (Таблица 5). Все три штамма были сахаролитическими, с использованием разных сахаров или сахароспиртов, и все три штамма использовали аминокислоты в качестве источника углерода (Таблица 5 и Таблица 6). Четыре источника углерода, описанные как утилизируемые C. difficile, как отмечено выше, не использовались тремя штаммами C. difficile, протестированными в этом анализе (крахмал, сахароза, гликоген и дульцит), 23 других источника углерода в панели имели по меньшей мере один положительный результат для по меньшей мере одного из трех штаммов C. difficile, доводя общее количество детектируемых источников углерода C. difficile до 53.

Из 53 источников углерода, используемых C. difficile в этом анализе, индивидуальные протестированные бактериальные штаммы использовали от 16 до 29 в по меньшей мере одной базальной среде. Характер утилизации источников углерода у не относящихся к C. difficile штаммов отличался от штаммов C. difficile, со степенью совпадения источников углерода в диапазоне 30-55%. Все протестированные бактериальные штаммы, взятые вместе, могут утилизировать 52 из 53 (98%) источников углерода, используемых C. difficile. Эти данные демонстрируют, что не относящиеся к C. difficile бактериальные штаммы могут утилизировать многие источники углерода C. difficile. Эта свойство бактерий, которые могут конкурировать за многие источники углерода с патогеном, полезно для разработки DBC, например, путем включения в DBC бактерий, могущих утилизировать многочисленные источники углерода, которые также могут использоваться C. difficile.

Данные в Таблице 6 показывают, что полезной характеристикой DBC является включение бактерий, которые вместе могут утилизировать различные источники углерода, особенно с учетом изменчивости источников углерода, используемых разными штаммами C. difficile.

Источники углерода, описанные как утилизируемые C. difficile, но с отрицательными результатами в этом эксперименте, утилизируются каждый по меньшей мере четырьмя из не принадлежащих к C. difficile штаммом. Таким образом, даже при анализе на утилизацию источников углерода многочисленных штаммов патогена, могут быть желательными DBC с широким профилем утилизации углерода, охватывающие даже некоторые источники, не используемые тестируемыми штаммами C. difficile.

Эти данные показывают, что выбранные бактериальные штаммы могут утилизировать многочисленные источники углерода C. difficile, включая моно-, ди-, три- и полисахариды, сахароспирты, гликозиды, карбоновые кислоты, спирты, соли желчных кислот и аминокислоты. Выделяемые микробиотой сахара хозяина, такие как сиаловая кислота, как сообщалось, способствуют экспансии C. difficile в животных моделях инфекции. Этаноламин является еще одним связанным с хозяином соединением, которое может давать патогенам конкурентное преимущество в среде желудочно-кишечного тракта, и C. difficile имеет оперон для утилизации этаноламина (Ng et al. Nature advance online publication (September 1, 2013). doi:10.1038/nature12503; Garsin Nat Rev Microbiol. 2010 Apr;8(4):290-5. doi:10.1038/nrmicro2334). В этих экспериментах была подтверждена способность C. difficile метаболизировать как сиаловую кислоту, так и этаноламин. Соответственно, в некоторых случаях будут полезными штаммы DBC, которые могут утилизировать, например, сиаловую кислоту и/или этаноламин. Восемь и три штамма из 12 выбранных штаммов были также способны утилизировать сиаловую кислоту и этаноламин, соответственно. Эти данные подтверждают модель, в которой конкуренция за источник углерода может участвовать в механизме эффективности против C. difficile DBC, содержащей бактерии, обладающие способностью утилизировать сиаловую кислоту и этаноламин.

Таблица 5. Источники углерода, используемые тремя протестированными штаммами C. difficile, и число штаммов с позитивными результатами тестирования для данного источника углерода.

Источник C	n	Источник C	n
яблочный пектин	2	аргинин	1
пектин	2	глицин	3
полигалактуронат	2	орнитин	3
галактоманнан	1	лейцин	3
гуар	1	изолейцин	2
циклодекстрин	3	аланин	3
мелезитоза	2	threonine	2
целлобиоза	2	серин	2
трегалоза	3	валин	3
рибоза	3	аспарагин	3
ксилоза	3	аспарагиновая кислота	2
фруктоза	3	метионин	3
глюкоза	2	фенилаланин	3
манноза	3	глутамин	1
рамноза	1	лизин	1
сиаловая кислота	2	триптофан	3
N-ацетилглюкозамин	3	цистеин	3
слизевая кислота	1	сукцинат	3
маннит	2	α-кетоглутарат	1
сорбит	2	цитрат	1
ксилит	2	оксалат	2
салицин	3	формиат	1
эскулин	3	этаноламин	2
арбутин	3	пропандиол	1
медицинская желчь	2	таурохенодезоксихолат	1
гликохолат	1	гликохенодезоксихолат	1
муцин	2

Таблица 6: Сравнение профилей утилизации источника углерода C. difficile и выбранных не относящихся к C. difficile бактериальных штаммов. В левой колонке указаны источники углерода. “+” и “w” обозначают “положительную” и “слабую” утилизацию источника углерода, соответственно. Из 87 протестированных источников углерода представлены 53, используемые C. difficile. Пустые ячейки указывают на отсутствие детектируемого роста; все источники углерода были протестированы для всех штаммов.

Пример 4: Метаболизм желчных кислот/анализы методом тонкослойной хроматографии

Продуцирование вторичных и третичных желчных кислот происходит путем последовательной модификации первичных желчных кислот через ряд реакций, катализируемых специфическими бактериальными ферментами (например, Ridlon et al., 2006, J Lipid Res 47: 241-259). Чтобы вызвать заболевание C. difficile, споры сначала прорастают в желудочно-кишечном тракте хозяина, причем прорастание спор C. difficile может промотироваться определенными желчными кислотами. Дополнительно, вегетативный рост C. difficile ограничен определенными метаболитами желчных кислот. Соответственно, полезной функциональной характеристикой DBC является способность катализировать конверсию пулов желчных кислот, промотирующих прорастание C. difficile, в пулы, не промотирующие прорастание и/или ингибирующие прорастание или разрастание C. difficile. Например, в некоторых вариантах реализации, бактерии, которые могут экспрессировать ферменты, превращающие промотирующие C. difficile желчные кислоты в желчные кислоты, не промотирующие прорастание C. difficile, включены в DBC. Композиции, включающие такие бактерии, являются пригодными для лечения или предотвращения инфекции C. difficile; например, предотвращения рецидива инфекции C. difficile. В одном примере, бактерии, выбранные для DBC, могут экспрессировать по меньшей мере одну, две, или три ферментативные активности, являющиеся ключевыми в регуляции желчных кислот, например, гидролазу желчных солей (BSH), гидроксистероиддегидрогеназу (7, 3, или 12α-HSDH) и 7α-дегидроксилазу. Способы идентификации таких бактерий приведены в неограничительных примерах ниже.

Скрининг активности гидролаз желчных солей (BSH) с использованием тонкослойной хроматографии (ТСХ)

Деконъюгация конъюгированных желчных кислот катализируется гидролазами желчных солей (BSH), которые экспрессируются некоторыми бактериальными видами, выделенными из желудочно-кишечного тракта людей и животных. Функциональные BSH могут экспрессировать совершенно несхожие бактериальные виды, такие как Clostridia, Bacteroides, Bifidobacteria и Lactobacilli. Деконъюгация является необходимой стадией для последующего процессинга конъюгированных желчных кислот желудочно-кишечным микробиомом, и потому играет важную роль в формировании состава желчных кислот в желудочно-кишечном трактеа. Было показано, что некоторые конъюгированные желчные кислоты промотируют прорастание спор C. difficile и, таким образом, снижение их концентрации может быть полезным.

В экспериментах по тестированию способности бактерий-кандидатов для DBC демонстрировать активность BSH, бактерии выращивали в течение от 24 до 48 часов для получения достаточного количества биомассы. Для выбранных бактериальных штаммов готовят чашки для посева штрихом на агаре с сердечно-мозговой вытяжкой (BHI) или кровяном агаре для культивации бруцелл (BBA), в зависимости от тестируемого штамма. Бактериальные газоны ресуспендируют в фосфатно-солевом буфере (PBS) для получения гомогенной суспензии, которую затем используют для анализа BSH. Для анализа активности BSH, бактериальные суспензии раздельно инкубируют с четырьмя разными конъюгированными желчными кислотами, все желчные кислоты в концентрации 5 мг/мл. Штаммы инкубируют с соответствующими желчными кислотами в течение 4 часов при 37 °C в анаэробных условиях. Желчные кислоты, протестированные в этом анализе, включают гликохолевую кислоту (гликохолат; gCA), таурохолевую кислоту (таурохолат; tCA), гликохенодезоксихолевую кислоту (гликохенодезоксихолат; gCDCA), и таурохенодезоксихолевую кислоту (таурохенодезоксихолат; tCDCA).

После инкубации, планшеты центрифугируют для осаждения бактерий и супернатант из каждой лунки загружают на покрытые диоксидом кремния пластины для ТСХ. Образцы хроматографируют в буфере (бензол:изопропанол:уксусная кислота; 30:30:1) и проявляют окрашиванием п-анисовым альдегидом с использованием способов, известных специалистам. Активность BSH определяют по образованию продуктов деконъюгированных желчных кислот, дающих дополнительные полосы на пластинах для ТСХ. Желчные кислоты контролируют путем сравнения с известными стандартами, анализируемыми путем проведения параллельных измерений на каждой пластине для ТСХ.

Скрининг активности гидроксистероиддегидрогеназы (HSDH) с использованием тонкослойной хроматографии (ТСХ)

Деконъюгированные вторичные желчные кислоты дополнительно модифицируют до соединений, которые некоторые авторы называют третичными желчными кислотами, в результате реакций, катализируемых бактериальными ферментами. Они включают окисление желчных кислот до их кето-форм в результате активности бактериальных ферментов HSDH, специфических по отношению к 7-, 3- или 12-гидроксильным группам. HSDH ферменты могут присутствовать в ряде бактериальных видов кишечника, включая, например, Clostridia, Ruminococci и Eggerthella (Tanaka et al., 1999, J Dairy Sci 82:2530-2535; Baron et al., 1991, J Bact 173:4559-4569).

Анализ активности 7α-HSDH с использованием ТСХ

Выбранные бактерии-кандидаты для включения в DBC выращивают и ресуспендируют, как описано выше. Для анализа активности 7α-HSDH, бактериальные суспензии инкубируют в аэробных условиях с холевой кислотой (холат; CA) или хенодезоксихолевой кислотой (хенодезоксихолат; CDCA), каждая в концентрации 200 мкМ, в течение 4 часов при 37 °C. Каждую желчную кислоту отдельно тестируют с каждым штаммом.

После инкубации, планшеты центрифугируют для осаждения бактерий и супернатант из каждой лунки загружают на покрытые диоксидом кремния пластины для ТСХ. Образцы хроматографируют в буфере (бензол:диоксан:уксусная кислота; 70:20:4) и проявляют окрашиванием молибдатом церия-аммония с использованием способов, известных специалистам. Активность HSDH определяют по образованию прогнозируемых продуктов 7-оксо-желчных кислот, дающих дополнительные полосы на пластинах для ТСХ. Желчные кислоты контролируют путем сравнения с известными стандартами, анализируемыми путем проведения параллельных измерений на каждой пластине для ТСХ. Результаты представлены на Фигуре 5.

Анализ активности 3α-HSDH с использованием ТСХ

Бактерии выращивают на чашках с пригодными средами в течение 24-48 часов для получения достаточного количества биомассы. Для выращивания бактериальных штаммов-кандидатов используют засеиваемые штрихом чашки с агаром BHI. Бактериальные газоны ресуспендируют в PBS для получения гомогенной суспензии, которую затем используют для анализа HSDH. Для анализа активности 3α-HSDH, бактериальные суспензии инкубируют в аэробных условиях с холевой кислотой, дезоксихолевой кислотой (дезоксихолат; DCA) или хенодезоксихолевой кислотой, каждая в концентрации 100 мкМ, в течение 18-24 часов при 37 °. Каждую желчную кислоту отдельно тестируют с каждым штаммом.

После инкубации, планшеты центрифугируют для осаждения бактерий и супернатант из каждой лунки загружают на покрытые диоксидом кремния пластины для ТСХ. Образцы хроматографируют в буфере (бензол:диоксан:уксусная кислота) и сначала проявляют окрашиванием фосфорномолибденовой кислотой для детектирования образования продуктов оксо-желчных кислот с использованием способов, известных специалистам. Штаммы-кандидаты, демонстрирующие активность HSDH, затем тестируют на специфическую активность 3-оксо HSDH с использованием второго прогона на свежих пластинах для ТСХ. Второй набор пластин проявляют окрашиванием п-анисовым альдегидом для выделения 3-оксо-желчных кислот (окрашены в розовый цвет) из других полос (Devlin et al., 2015, Nat Chem Biol DOI:1-.1038/NCHEMBIO.1864). Образование прогнозируемых продуктов 3-оксо-желчных кислот, дающих дополнительные полосы на пластинах для ТСХ, подтверждает присутствие активности 3α-HSDH в штамме. Желчные кислоты контролируют путем сравнения с известными стандартами, анализируемыми путем проведения параллельных измерений на каждой пластине для ТСХ. Результаты представлены на Фигуре 5.

Результаты

В общем, десять из двенадцати бактериальных видов, протестированных в анализах активности желчных кислот, демонстрируют по меньшей мере один из трех классов метаболизирующей активности желчных кислот, т.е., активности BSH, 7α-HSDH или 3α-HSDH (Фигура 5), по результатам определения методом ТСХ. На Фигуре 5, закрашенные ячейки означают положительный результат определения активности, метаболизирующей конкретный указанный субстрат. Незакрашенные ячейки означают отсутствие детектируемого положительного результата при использовании этого способа. Заявители отмечают, что использование более чувствительных способов, таких как LCMS (ЖХ-МС), как продемонстрировано в примере 5 ниже, может выявлять дополнительные более низкие уровни активности.

Неожиданно, эти данные также указывают, что в каждом типе активности фермента могут проявляться различные субстратные специфичности. Например, только T. sanguinis продемонстрировал способность деконъюгировать все четыре протестированные конъюгированные желчные кислоты, и M. intestini был единственным протестированным видом, продемонстрировавшим активность 3α-HSDH по отношению ко всем трем протестированным желчным кислотам.

Эти данные демонстрируют способы, которые могут быть использованы для выбора консорциума бактерий, предназначенных для включения в DBC, обеспечивающую высокий уровень метаболизирующей активности одной или нескольких желчных кислот, тем самым изменяя пул доступных желчных кислот для промотирования прорастания C. difficile, или для ингибирования прорастания или роста C. difficile.

Могут быть использованы другие способы оценки активности желчных кислот, например, методы ЖХ-МС.

Пример 5: Метаболизм желчных кислот/оценка с использованием ЖХ-МС

Для улучшения чувствительности детектирования ферментативной активности, связанной с метаболизмом желчных кислот, по сравнению с методом ТСХ, был использован метод с использованием жидкостной хроматографии-масс-спектроскопии (ЖХ-МС). Желчные кислоты и другие малые молекулы могут быть точно идентифицированы и количественно определены с использованием подхода на основе жидкостной хроматографии-масс-спектрометрии (ЖХ-МС) (Kakiyama et al. 2014 J Lipid Res 55: 978-990). Для большинства желчных кислот, анализ методом ТСХ демонстрирует нижний предел детектирования в диапазоне 10-50 мкМ, в то время как подход с использованием ЖХ-МС расширяет нижнюю границу детектирования до 50-100 нМ, увеличивая чувствительность во многих случаях в 100 раз или больше.

Оценка метаболизма вторичных желчных кислот в желудочно-кишечном микробиоме

Скрининг активности гидролаз желчных солей (BSH) методом ЖХ-МС

Продуцирование вторичных и третичных желчных кислот происходит в результате последовательной модификации первичных желчных кислот через ряд реакций, катализируемых специфическими бактериальными ферментами. Первая стадия этого процесса, приводящая к удалению групп глицина или таурина из первичных желчных кислот для высвобождения свободных неконъюгированных желчных кислот, называется деконъюгацией. Деконъюгация первичных желчных кислот катализируется гидролазой желчных солей (BSH). Деконъюгация является обязательной стадией для дальнейшего процессинга вторичных желчных кислот микробиомом кишечника, и потому играет важную роль в формировании состава желчных кислот в кишечнике.

Для проведения анализа, вкратце, бактерии выращивают на чашках с пермиссивными агаровыми средами в течение от 24 до 48 часов для получения достаточного количества биомассы для проведения анализов. Бактериальные газоны ресуспендируют в PBS для получения гомогенной суспензии, которую затем используют для анализа BSH. Для оценки активности BSH, бактериальные суспензии инкубируют с двумя раздельными смесями четырех разных конъюгированных желчных кислот, каждая в концентрации 150 мкг/мл, в течение 4 часов при 37 ºC в анаэробных условиях. Реакционную смесь затем экстрагируют равным объемом ацетонитрила, центрифугируют для осаждения бактерий и супернатант фильтруют через фильтр 0,2 мкм для получения образца для анализа методом ЖХ-МС. Желчные кислоты определяют с помощью системы ВЭЖХ Agilent 1260 HPLC, сопряженной с масс-спектрометром Bruker Compact qTOF MS. Образцы пропускают через C18 колонку с бидентатными лигандами с использованием буферной системы ацетонитрил:вода для разделения желчных кислот, которые затем ионизируют в режиме отрицательной ионизации и идентифицируют с использованием qTOF-MS (количественная времяпролетная масс-спектрометрия). Активность BSH определяют по образованию деконъюгированных продуктов желчных кислот, которые контролируют путем сравнения с известными стандартами и проводят количественные измерения, при необходимости, с использованием калибровочных кривых. Первичные желчные кислоты, протестированные в этом анализе, включают глико/таурохолевую кислоту, глико/таурохенодезоксихолевую кислоту и глико/тауромурихолевую кислоту.

Скрининг активности гидроксистероиддегидрогеназы (HSDH) методом ЖХ-МС

Деконъюгированные вторичные желчные кислоты дополнительно модифицируют до третичных желчных кислот по реакциям, катализируемым бактериальными ферментами. Они включают окисление желчных кислот до их кето-форм в результате активности бактериальных ферментов HSDH, специфических по отношению к 7-, 3- или 12-гидроксильным группам.

Для оценки HSDH активности, бактериальные суспензии готовят, как описано выше для анализа BSH методом ЖХ-МС. Для оценки HSDH активности, бактериальные суспензии сначала инкубируют со смесью холевой кислоты, хенодезоксихолевой кислоты, дезоксихолевой кислоты и литохолевой кислоты в количестве 75 мкг/мл каждой в течение 18-24 часов при 37 °C в анаэробных условиях. Аналитические планшеты затем вынимают из анаэробной камеры и инкубируют в аэробных условиях при 37 °C в течение 4 часов для промотирования окисления желчных кислот. После завершения инкубации, реакционную смесь экстрагируют равным объемом ацетонитрила, центрифугируют для осаждения бактерий и супернатант фильтруют через фильтр 0,2 мкм для получения образца, готового для анализа методом ЖХ-МС. Желчные кислоты в образцах анализируют, как описано выше для анализа BSH методом ЖХ-МС. Активность HSDH определяют по образованию кето-продуктов желчных кислот, которые контролируют путем сравнения с известными стандартами и проводят количественные определения, при необходимости, с использованием калибровочных кривых.

Скрининг активности 7α-дегидроксилирования (7α-OH) методом ЖХ-МС

В дополнение к окислению, вторичные желчные кислоты также могут быть модифицированы путем удаления гидроксильной группы в положении 7α, что приводит к образованию третичных желчных кислот. Этот метод включает превращение холевой кислоты в дезоксихолевую кислоту, и превращение хенодезоксихолевой кислоты в литохолевую кислоту. Реакция 7α-дегидроксилирования катализируется многостадийным процессом, включающим ряд ферментов, остающихся неопределенными.

Бактериальные суспензии готовят, как описано выше для скринингов BSH методом ЖХ-МС. Для оценки активности дегидроксилирования, бактериальные суспензии инкубируют со смесью холевой кислоты и хенодезоксихолевой кислоты, по 150 мкг/мл каждой, в течение 18-24 часов при 37 °C в анаэробных условиях. Эта стадия необходима для индукции ферментов, участвующих в реакции. Аналитические планшеты затем извлекают из анаэробной камеры и инкубируют в аэробных условиях при 37 ° в течение 4 часов для промотирования дегидроксилирования желчных кислот. После завершения инкубации, реакционную смесь экстрагируют равным объемом ацетонитрила, центрифугируют для осаждения бактерий и супернатант фильтруют через фильтр 0,2 мкм для получения образца, готового для анализа методом ЖХ-МС. Желчные кислоты анализируют с использованием ЖХ-МС, как описано выше. Активность 7α-OH определяют по образованию дезоксихолевой кислоты и литохолевой кислоты, контролируют путем сравнения с известными стандартами, и проводят количественные определения, при необходимости, с использованием калибровочных кривых.

Результаты

В Таблицах 7 и 8 приведены результаты анализов методом ЖХ-МС продуцирования желчных кислот различными бактериальными штаммами. В Таблице 7 приведены результаты анализа желчных кислот методом ЖХ-МС для подмножества штаммов, указанных в Таблице 9, которые демонстрируют увеличение чувствительности и охвата, достигаемое при анализе на основе метода ЖХ-МС. Таблица 8 описывает активность желчных кислот для ряда дополнительных штаммов на основе анализа методом ЖХ-МС. В таблицах, ‘+’ обозначает более чем 50-кратное увеличение уровней продукта желчных кислот, предположительно указывающее на сильную активность, ‘+/-‘ обозначает ≤ 50-кратное изменение уровней продукта желчных кислот, предположительно указывающее на слабую активность, и ‘-‘ обозначает полное отсутствие активности в условиях проведения тестирования. Штаммы с известной/опубликованной активностью использовались в качестве контролей для определения типа каждой реакции.

В общем, данные анализа метаболизма желчных кислот бактериальными видами, полученные с использованием метода ЖХ-МС, согласуются с данными, полученными с использованием ТСХ. Однако, повышенная чувствительность метода ЖХ-МС позволила выявить дополнительные активности; например, методом ТСХ было продемонстрировано, что C. glycolicum не обладает активностью BSH по отношению к gCDCA, но повышенная чувствительность анализа методом ЖХ-МС показала, что эта бактерия сохраняет активность BSH по отношению к gCDCA. Дополнительно, использование ЖХ-МС позволяет охарактеризовать дополнительную активность, 7α-дегидроксилирование, которую ранее было сложно определить методом ТСХ.

Эти данные демонстрируют, что использование анализа методом ЖХ-МС для идентификации метаболизирующей активности желчных кислот бактериальных видов обеспечивает более высокую точность при разработке бактериальной композиции, например, при разработке DBC с широким спектром метаболизирующих активностей желчных кислот. Например, обработка такой DBC может снижать уровни первичных желчных кислот, которые промотируют прорастание C. diff, при одновременном увеличении содержания вторичных желчных кислот, ингибирующих рост C. diff. Предпочтительно, выбор штаммов, максимально усиливающих эти активности в DBC, может повышать эффективность композиции для лечения инфекции C. diff. В некоторых случаях, использование анализа методом ЖХ-МС или другого метода анализа с эквивалентной чувствительностью может облегчать разработку бактериальной композиции, охватывающей ряд метаболизирующих активностей желчных кислот при меньшем числе видов в композиции, чем использовалось бы при менее чувствительном анализе. Минимизация числа видов в композиции может быть полезной характеристикой, например, потому, что это может уменьшить число бактерий, которые должны быть доставлены, что облегчает доставку дозы (например, в виде лекарственной формы для перорального введения), и может повышать эффективность производства, а также сокращать затраты на композицию, поскольку потребуется проводить ферментацю меньшего количества отдельных культур. Дополнительно, при анализе in vitro, смеси бактерий могут проявлять по отношению к желчи метаболизирующие активности, отсутствующие у индивидуальных штаммов. Это может позволить модулировать составы и размеры композиций, поскольку смеси могут обладать активностям, отсутствующими у индивидуальных штаммов.

Пример 6: Бактериальные композиции, выбранные по функциональным признакам

План эксперимента

Для дополнительных исследований функциональности DBC, были разработаны дополнительные DBC, обладающие или не обладающие выбранными признаками. Эффективность дополнительных тестируемых композиций исследовали с использованием мышиной модели заражения CDI, по существу, как описано выше (Chen et al., 2008, Gastroenterology 135:1984-1992). Мышиная модель CDI используется, чтобы продемонстрировать предотвращение инфекции. В этой модели, мышам предварительно вводят антибиотик для создания дисбиоза в кишечнике, что увеличивает восприимчивость к CDI. При заражении перорально введенными спорами C. difficile мыши демонстрируют симптомы CDI, включая потерю веса тела, диарею и апатичность, с пиком болезни в дни 2-3 после инокуляции C. difficile. Инфекция может быть летальной и смерть наступает на пике болезни. У мышей, выживших после инфекции, симптомы главным образом исчезают к дню 6 после инокуляции. Животных содержат в чистом помещении bioBubble Clean Room или эквивалентных устройствах на протяжении эксперимента.

Вкратце, в этих экспериментах, в дни с -14 до -6, животные (самки мышей C57BL/6, в возрасте девяти-десяти недель) получают коктейль антибиотиков в питьевой воде, состоящий из 1% глюкозы, канамицина (0,5 мг/мл), гентамицина (0,044 мг/мл), колистина (1062,5 ед./мл), метронидазола (0,269 мг/мл), ципрофлоксацина (0,156 мг/мл), ампициллина (0,1 мг/мл) и ванкомицина (0,056 мг/мл). В День -3, животные получают дозу 10 мг/кг клиндамицина через желудочный зонд. В День -1, тестируемые препараты центрифугируют в течение пять минут при 12100×g (RCF) для осаждения бактерий, декантируют для удаления супернатанта, и ресуспендируют в стерильном PBS. Тестируемые препараты включают FSV (контроль ТФМ человека), SC (композиция бактериальных спор человека для сравнения эффективности различных исследований), и разработанные консорциумы бактерий (DBC). Контролем для тестируемых инокулятов был стерильный PBS. Животным вводили дозу через желудочный зонд в объеме 0,2 мл соответствующего средства. Схема исследований приведена на Фигуре 2.

В День 0, мышей заражают путем введения приблизительно 4,5 log10 спор C. difficile или стерильного PBS (для ветки наивного контроля) через желудочный зонд. Инфекцию и ее последствия оценивают путем ежедневного определения смертности, потери веса и клинических показателей и симптомов (клинический показатель; балльная оценка вялости, груминг, мокрый хвост/живот и гипотермия).

Тестируемые препараты

Как описано в примере 2, заявители протестировали дополнительные DBC с использованием мышиной модели, описанной в примерах 1 и 2 выше, для оценки эффективности различных перорально вводимых препаратов бактериальных спор для лечения/предотвращения инфекции Clostridium difficile (CDI). Двадцать четыре дополнительные композиции были протестированы, как описано в данном Примере, при расчетных дозах 1e5 колониеобразующих единиц спор (SКОЕ) на индивидуальный вид в композиции. Двадцать из этих композиций были выбраны таким образом, чтобы, в каждой из десяти пар, все штаммы одной композиции имели общий выбранный фенотип, в то время как в сравнительной композици этот фенотип отсутствует у всех штаммов. Некоторые протестированные композиции представлены в Таблице 4. Негативные контроли включали один лишь PBS в качестве лечебного средства и наивных животных (не инфицированных C. difficile). Позитивные контроли включали лечение суспензией фекалий здорового человека (FSV), и лечение популяцией бактериальных спор из фекалий человека (SC) при дозах от 1E4 до 1E7 SporQ на мышь.

Результаты

Результаты этого эксперимента приведены в Таблице 9. Смертность в группе не получавших лечения мышей, зараженных C. difficile, составляла 20%, а их средний минимальный относительный вес - 0,81. Неожиданно было обнаружено, что некоторые композиции эффективно ингибировали/предотвращали CDI в мышиной модели, и некоторые были по меньшей мере такими же эффективными, как композиция, приготовленная из фекалий здоровых мышей, или препарат бактериальных спор, приготовленный из фекалий здорового человека (SC). В общем, протестированные композиции различались по их способности ослаблять эффекты инфекции C. difficile в мышиной модели, например, изменение минимального веса тела, летальность и клинические показатели. В некоторых вариантах реализации, DBC, эффективная для лечения или предотвращения CDI, представляет собой DBC с P-значением для минимального относительного веса по отношению к получавшему PBS контролю, составляющим <0,0001. Неограничительные примеры таких композиций включают DBC S1, DBC S2, DBC S4, DBC S6 и DBC S7. В других вариантах реализации, DBC, эффективная для лечения или предотвращени CDI, представляет собой DBC с P-значением минимального относительного веса по отношению к получавшему PBS контролю, составляющим <0,05. Другие варианты реализации включают DBC, имеющую специфическую характеристику - в общем низкий показатель кумулятивной смертности (например, DBC S6, которая состоит из бактериальных видов, имеющих, по сообщениям, высокие показатели приживаемости в исследованиях фазы (Ph) 1b/2 субъектов с многократными рецидивами CDI, которые получали комплексный препарат бактериальных спор, приготовленный из стула здорового человека, и высокую распространенность в микробиоте здоровых людей (когорта HMP). В некоторых вариантах реализации, пригодная DBC имеет специфическую характеристику и низкую кумулятивную смертность по сравнению с DBC, не имеющей этой характеристики, например, DBC S19 (выбрана по признаку роста на сахароспиртах) и DBC S17 (выбрана по признаку продуцирования индола), DBC S7 (выбрана по активности HDAC, указывающей на продуцирование КЦЖК), и DBC S4 (штаммы клостридиального кластера XIVa).

В некоторых случаях, эффективными оказывались обе пары, подобранные по наличию контрастных признаков. Например DBC S21 и DBC S22 подбирали по способности использовать фукозу в качестве источника питательных веществ и неспособности использовать фукозу в качестве источника питательных веществ, соответственно. Заявители отмечают, что способность композиции с отсутствующей характеристикой к проявлению эффективности не означает, что эта характеристика не является полезной, а только указывает на возможность наличия у этого вида альтернативных функций и путей, приводящих к фенотипу, ослабляющему инфекцию C. difficile. В некоторых вариантах реализации, выбор для DBC вида, обладающего такими разнообразными способностями, будет полезным, например, для ограничения числа бактериальных типов (например, видов), необходимых для обеспечения различных функций.

Примером пары композиций, дающих несходные результаты, были DBC S19 и DBC S20, разработанные таким образом, чтобы все члены DBC S19 могли утилизировать тестируемые сахароспирты, и все члены DBC S20 были неспособны утилизировать такие сахароспирты. В этом случае, DBC S19 эффективно предотвращала симптомы CDI, а DBC S20 - нет; сравнение этих двух DBC показало, что они были статистически отличными друг от друга по показателю минимального относительного веса (p < 0,0001). Таким образом, может быть желательным включение в композицию одного или нескольких бактериальных видов, способных утилизировать сахароспирты, например, в композицию для лечения или предотвращения инфекции C. difficile.

Другим примером пары несходных DBC являются DBC S17 (продуцирование индола) и DBS S18 (отсутствие продуцирования индола). Данные для этой пары указывают, что включение в DBC по меньшей мере одной индол-продуцирующей бактерии будет полезным в композиции, например, композиции для лечения или предотвращения инфекции C. difficile. Сравнение результатов для пары активность HDAC - отсутствие активности HDAC согласуется с данными, приведенными в примере 7 ниже. Кроме того, положительные по HDAC бактерии (активность), а также индол-продуцирующие бактерии эффективно предотвращают связанную с C. difficile потерю веса (максимальная потеря веса для HDAC-позитивной и индол-позитивной DBC существенно не отличается от контроля PBS, не зараженного C. difficile). Аналогично, включение штамма Clostridium кластера XIVa может быть полезной характеристикой для таких композиций. Хотя эффект выражен не настолько сильно, как некоторые другие (P = 0,82 для BSH по сравнению с отсутствием BSH), присутствие активности BSH приводило к благоприятным результатам и, соответственно, включение одной или нескольких бактерий, обладающих активностью BSH, может быть полезным. Заявители отмечают, что данные рекомендации полезны для включения бактерий в разрабатываемую DBC, но не должны рассматриваться в качестве обоснования для исключения бактерий, не обладающих такими характеристиками.

Соответственно, в некоторых вариантах реализации изобретения, DBC, имеющие некоторые определенные признаки, могут эффективно излечивать или предотвращать ряд признаков, ассоциированных с инфекцией CDI, например, один или несколько признаков из потери веса, диареи и смертности. В некоторых случаях, выбранные фенотипы проводят различие между эффективными и неэффективными композициями, тогда как в других вариантах реализации эффективными являются обе композиции из пары, содержащей штаммы с контрастными фенотипами.

Эти данные демонстрируют, что разработанная бактериальная композиция, содержащая относительно ограниченное число конкретных бактериальных видов, может быть использована как лечебное средство для предотвращения дисбиоза, как продемонстрировано для лечения CDI в мышиной модели.

Кроме того, такие композиции DBC, выбранные по определенным признакам и продемонстрировавшие желательную активность, например, уменьшение интенсивности CDI, могут быть использованы в качестве основы для более сложной композиции, в которую добавляются дополнительные бактериальные виды, включая обладающие дополнительными выбранными признаками. Неограничительными примерами таких композиций являются DBC4, DBC6 и DBC9, как и другие композиции, раскрытые в данном документе, и композиции, которые могут быть разработаны с использованием приведенных в данном документе рекомендаций.

Таблица 9

Пример 7: Функциональные характеристики видов, входящих в состав DBC; активность гистондеацетилазы (HDAC) в видах, входящих в состав DBC

Заявители определили, что ингибирование активности гистондеацетилазы посредством продуцирования КЦЖК является полезной функцией для некоторых DBC. Соответственно, заявители проанализировали различные бактерии на их способность ингибировать активность HDAC.

Анализ ингибирования HDAC может детектировать КЦЖК in vitro

Для определения того, пригодна ли коммерчески доступная система скрининга HDAC для тестирования ингибирования HDAC с помощью КЦЖК, были проведены испытания набора для анализа HDAC-Glo I/II фирмы Promega (см. Halley et al. 2011 J Biomol Screen 16:1227-35). Для этого эксперимента, ядерный экстракт HeLa, входящий в набор, используют в качестве источника ферментов HDAC. Набор HDAC-Glo I/II был выбран потому, что бутират, как сообщалось, ингибирует большинство ферментов семейства HDAC I и II, за исключением HDAC6 и HDAC10 (Davie 2003 J Nutrition 133:2485S-2493S). В этом анализе, деацетилирование предусмотренного субстрата с помощью HDAC приводит к сигналу люминесценции, который детектируется пригодным планшет-ридером (Spectramax m5). Ингибирование HDAC ослабляет сигнал люминесценции по сравнению с контролем, не содержащим ингибитора. Эксперимент проводят в соответствии с инструкциями производителя следующим образом: 50 мкл ядерного экстракта HeLa, разбавленного 1:3000 в буфере для анализа, смешивают с 50 мкл раствора ингибитора (серийные разведения КЦЖК в буфере для анализа) и инкубируют в течение 30 минут. Прибавляют в каждую лунку 100 мкл раствора проявителя, и измеряют люминесценцию после 45 минут инкубации при комнатной температуре. Результаты (не приведены) демонстрируют, что бутират и пропионат являются сильными ингибиторами HDAC с значениями IC50, равными 0,8 и 2,4 мМ, соответственно, в условиях проведения анализа. Лактат и ацетат обладают минимальной ингибирующей активностью по отношению к HDAC в наибольшей испытанной концентрации (3,75 мМ).

Анализ ингибирования HDAC для измерения продуцирования бутирата в супернатантах культур

Для исследования корреляции между анализом HDAC и анализом КЦЖК, оценивали методом газовой хроматографии способность двенадцати бактериальных изолятов микробиома человека от здоровых доноров (штаммы HHD) и двух общедоступных штаммов, ранее не описанных как продуцирующие бутират, Escherichia coli и Bifidobacterium adolescentis, ингибировать активность HDAC и продуцировать бутират. Культуры всех штаммов выращивают в среде пептон-дрожжевой экстракт-глюкоза (PYG, Anaerobe Systems) при 37 °C в течение 5 дней в трех параллельных образцах. Культура холостого эксперимента (неинокулированная стерильная среда) и стерильная культура с добавкой 15 мМ бутирата были включены в качестве контролей. После 5 дней инкубации, микробные клетки удаляют центрифугированием (4000 об/мин в течение 15 минут) и супернатанты (питательная среда бактерий) фильтруют через фильтр 0,22 мкм (Millipore). Супернатанты используют для измерения бутирата методом газовой хроматографии (GC-FID фирмы MRL, Woburn MA) и анализируют на ингибирование HDAC с использованием набора для анализа HDAC-Glo I/II Assay Kit (Promega). Для этого анализа, 10 мкл супернатанта культуры, 40 мкл буфера для анализа, и 50 мкл разбавленного ядерного экстракта HeLa (разбавление 1:3000) инкубируют в течение 30 минут перед добавлением 100 мкл проявляющего реагента. Люминесценцию измеряют через 45 минут при комнатной температуре. Результаты показывают, что супернатанты культур трех штаммов, а также супернатант с добавкой 15 мМ бутирата, имеют значительное ослабленную вызванную HDAC люминесценцию в таких условиях, т.е., демонстрируют ингибирование HDAC (Фигура 6). Результаты анализа являются достоверными, на что указывает малая величина стандартного отклонения для биологических реплик. Поскольку этот анализ не является специфичным по отношению к какому-либо конкретному ингибитору HDAC, он пригоден для определения общей способности бактериального вида или композиции бактерий и может быть полезен, например, при идентификации такой способности даже в случае продуцирования бактериями нетипичного ингибитора HDAC (отличного от бутирата).

Как было указано выше, бактериальные супернатанты анализировали на концентрацию бутирата с использованием метода ГХ. Сравнение результатов ингибирования HDAC с измеренными концентрациями бутирата, определенными методом ГХ, показало существенную корреляцию для двенадцати штаммов HHD (Фигура 7). Эти результаты указывают, что анализ ингибирования HDAC, проведенный, как описано выше, может детектировать концентрации бутирата, составляющие всего 6 мМ, в бактериальных супернатантах в таких условиях. В некоторых вариантах реализации изобретения, в реакции используют более 10 мкл супернатанта, что приводит к более низкому уровню детектирования, например, 1 мМ, 5 мкМ или 1 мкМ.

Ингибирующая активность по отношению к HDAC в супернатантах культур, выращиваемых в разных источниках углерода

Для определения того, зависит ли ингибирование HDAC от типа и уровня содержания источника углерода, доступного бактериальному виду, определяют ингибирование HDAC супернатантами, полученными для подборки бактериальных видов, используемых в DBC. В этих экспериментах, бактерии выращивают в различных источниках углерода, включая моно-, ди-, полисахариды, и свиной муцин. Вкратце, 600 мкл бактериальной культуры в среде с пептоном/дрожжевым экстрактом (PY) с добавкой 0,5% выбранных источников углерода инокулируют в 96-луночных планшетах с глубокими лунками, выращивают в течение 4 дней, затем микробные клетки собирают центрифугированием, и 15 мкл культуральной среды (супернатанта) используют для анализа HDAC с ядерным экстрактом HeLa, как описано выше. Поскольку активность HDAC снижается при низком pH (Latham et al. 2012 Nucl Acid Res 40:4794-803) и бактериальные культуры имеют низкое значение pH, равное всего лишь 5, то для обеспечения того, чтобы конечный pH анализа не снижался при добавлении супернатанта, прибавляют по 10 мкл 1M раствора Tris, pH 8, на лунку для доведения конечной концентрации буфера Tris до 75 мМ. Таким образом, анализы проводят с 15 мкл супернатанта, 10 мкл 1M Tris, pH 8, 25 мкл буфера для анализа и 50 мкл разбавленного ядерного экстракта HeLa, которые предварительно инкубируют в течение 30 минут до добавления проявляющего реагента. Люминесценцию измеряют через 30 минут.

Результаты этих экспериментов приведены в Таблице 10, ниже. В условиях эксперимента, стерильный супернатант с добавкой 15 мМ бутирата давал 62% ингибирования HDAC. При использовании 25% ингибирования HDAC в качестве значения отсечения (1,8 мМ бутирата в условиях эксперимента), как описано выше, только Clostridium innocuum и Clostridium orbiscindens проявляют ингибирующую активность по отношению к HDAC при выращивании в глюкозной среде. Однако, при тестировании альтернативных источников питательных веществ, еще 4 штамма оказались позитивными по ингибированию HDAC: Clostridium glycolicum, Clostridium bolteae, Clostridium disporicum, и Eubacterium contortum. Супернатанты Murimonas intestinii и Clostridium oroticum также показали ингибирование HDAC, хотя и немного ниже порога отсечения, равного 25%. Эти данные демонстрируют, что для определения способности вида продуцировать ингибиторы HDAC важно, чтобы анализы ингибирования HDAC проводились с различными источниками углерода.

Кроме того, эти данные показывают, что может быть предпочтительным создание композиции, способной использовать широкий спектр источников углерода, тем самым увеличивая вероятность того, что, при введении в качестве лечебного средства по показаниям, при которых желательно ингибирование HDAC, композиция будет продуцировать ингибиторы HDAC. Такие показания включают те, при которых желательно продуцирование короткоцепочечных жирных кислот, например, для лечения или предотвращения инфекции C. difficile. Эти данные также поддерживают использование пребиотика, являющегося источником питательных веществ для одного или нескольких видов, входящих в DBC.

Таблица 10: Ингибирующая активность по отношению к HDAC в культурах, выращиваемых с различными источниками углерода

Клад	Вид	Ингибирование HDAC, базальная	Ингибирование HDAC, глюк.	Ингибирование HDAC, фукоза	Ингибирование HDAC, сахароза	Ингибирование HDAC, пектин	Ингибирование HDAC, ФОС/инулин	Ингибирование HDAC, крахмал	Ингибирование HDAC, муцин
clade_139	Clostridium innocuum	0,27	0,54	0,28	0,38	0,54	0,48	0,28	0,34
clade_195	Clostridium glycolicum	0,42	0,08	0,42	0,42	0,15	0,10	0,43	0,54
clade_90	Clostridium hylemonae	0,10	0,06	0,06	0,09	0,16	0,07	0,09	0,11
clade_233	Clostridium bolteae	0,20	0,12	0,29	0,16	0,22	0,13	0,25	0,30
clade_244	Clostridium disporicum	0,12	0,08	0,37	0,21	0,14	0,19	0,11	0,17
clade_101	Flavonifractor plautii	0,51	0,55	0,50	0,51	0,55	0,57	0,66	0,63
clade_197	Blautia producta	0,11	0,06	0,14	0,06	0,10	0,07	0,11	0,20
clade_238	Murimonas intestini	0,07	0,13	0,23	0,07	0,11	0,08	0,10	0,13
clade_290	Turicibacter sanguinis	0,04	0,06	0,05	0,05	0,06	0,04	0,04	0,07
clade_86	Eubacterium contortum	0,08	0,15	0,32	0,15	0,13	0,09	0,06	0,09
clade_241	Lachnospiraceae sp. 11041	0,00	0,00	0,00	-0,02	0,07	0,01	0,01	0,06
clade_86	Clostridium oroticum	0,06	0,07	0,19	0,09	0,11	0,08	0,05	0,08

Профиль КЦЖК бактериальных штаммов

Супернатанты бактериальных культур, использованные для анализов ингибирования HDAC, описанных выше, были использованы для анализа методом ГХ-МС с целью определения того, какие КЦЖК лежат в основе наблюдаемого ингибирования HDAC. Использованный метод анализа (MSOmics, Denmark) измеряет формиат, ацетат, пропионат, бутират, изобутират (2-метилпропионат), изовалерат (3-метилбутират), валерат (пентаноат), 4-метилпентаноат, капроат (гексаноат) и гептаноат. Результаты ГХ-МС (Таблица 11) демонстрируют прекрасную корреляцию результатов анализов ингибирования HDAC и продуцирования КЦЖК, ассоциированных с ингибированием HDAC, по литературным источникам. Численные значения в Таблице 11 указывают детектируемую концентрацию КЦЖК. B=бутират; P=пропионат; IB=изобутират, и IV=изовалерат.

Clostridium innocuum и Flavonifractor plautii продуцируют бутират во всех тестируемых средах. В случае Clostridium innocuum, концентрация бутирата на сахарозе, пектине и ФОС/инулине была выше, чем в базальной среде, указывая на то, что этот штамм может продуцировать бутират из таких сложных полисахаридов. Flavonifractor plautii продуцировал дополнительный бутират на ФОС/инулине, крахмале и муцине и, в меньшей степени, на глюкозе. Соответственно, включение обоих видов в композиции позволит обеспечить продуцирование бутирата из широкого спектра сложных субстратов.

C. glycolicum продуцировал изовалерат, изобутират и пропионат. Изобутират и изопропионат представляют собой разветвленные жирные кислоты (BCFA), продуцируемые путем диссимиляционного метаболизма разветвленных аминокислот (валина и лейцина, соответственно), и, как было показано, проявляют ингибирующую активность по отношению к HDAC в клетках HeLa (Waldecker et al., 2008 J Nutritional Biochem 19:587-593). Таким образом, включение таких штаммов, например, в DBC6, в которой C. glycolicum является единственным штаммом с продемонстрированной способностью утилизировать валин и лейцин в качестве источника углерода (см. выше), может обеспечивать штамм, способный конкурировать C. difficile за эти субстраты, модулируя активность HDAC. Заявители отмечают, что 2-метилбутират, продукт метаболизма изолейцина, не входил в панель КЦЖК в этих экспериментах. Однако, C. glycolicum также может использовать Ile в качестве источника углерода, как и штаммы C. difficile, протестированные в панели источников углерода. Таким образом, C. glycolicum также может быть использован в DBC в качестве источника 2-метилбутирата.

C. bolteae, C. disporicum, Eubacterium contortum, Murimonas intestini и C. oroticum продуцируют пропионат, но только в присутствии фукозы в качестве источника углерода. Фукоза является важным компонентом гликанов в эпителии просвета кишечника и мукозальных секретах. Фукоза в кишечнике была идентифицирована как медиатор симбиоза хозяин-микробиом (Pickard and Chervonsky 2015 J Immunol 194:5588-5593). Соответственно, включение по меньшей мере одного утилизирующего фукозу вида в DBC может поддерживать колонизацию хозяина такими бактериями, и утилизация пропионата вблизи эпителиальной поверхности может оказывать значительный полезный эффект на барьерную функцию эпителия.

Рост F. plautii в среде PY (базальная) с добавкой глюкозы, ФОС/инулина (In), крахмала , или муцина приводит к повышенным уровням бутирата по сравнению с уровнями, продуцируемыми при выращивании в одной лишь базальной среде. Аналогично, C. innocuum, выращиваемый в среде с добавкой глюкозы или пектина и, в меньшей степени, в сахарозе или ФОС/инулине (In), продуцирует повышенные уровни бутирата.

В некоторых случаях, вид продуцирует меньшее количество КЦЖК, когда базальная среда содержит добавку источника углерода. Без ограничения какой-либо конкретной теорией, возможно, что, в таких случаях, дополнительный источник углерода является предпочтительным источником до такой степени, что бактерии смещают свой метаболизм в сторону использования дополнительного источника углерода и, тем самым, вырабатывают меньшее количество КЦЖК, детектируемых при использовании для роста одной лишь базальной среды.

Эти данные указывают, что выбранный вид может быть использован для увеличения вероятности продуцирования КЦЖК при введении бактерии в DBC. Кроме того, данные, касающиеся ингибирования HDAC и продуцирования КЦЖК с использованием различных источников углерода, поддерживают использование DBC, в отличие от композиций с одним видом, если для лечения желательна экспрессия молекул, ингибирующих HDAC, например, КЦЖК или других неидентифицированных молекул, продуцируемых бактерией.

Таблица 11: Профили КЦЖК бактериальных видов, выращиваемых в различных источниках углерода. Числа указывают измеренную концентрацию (мМ) в супернатантах культур для бутирата (B), пропионата (P), изобутирата (IB) или изовалерата (IV). Пределы детектирования (LOD) составляли 0,3 мМ (B), 0,2 мМ (P), 0,3 мМ (IB), и 0,6 мМ (IV). Пустые ячейки показывают, что значения концентраций были ниже LOD.

Вид	Базальная	Глюкоза	Фукоза	Сахароза	Пектин	ФОС/ инулин	Крахмал	Муцин
Clostridium innocuum	4,5 (B)	13,3 (B)	5,4 (B)	7,3 (B)	9,7 (B)	8,5 (B)	3,9 (B)	4,0 (B)
Clostridium glycolicum	3,1 (P) 6,5 (IB) 13,7 (IV)	0,3 (P) 0,5 (IB) 1,8 (IV)	3,2 (P) 6,7 (IB) 13,9 (IV)	3,0 (P) 6,6 (IB) 13,2 (IV)	0,4 (P) 0,3 (IB) 0,7 (IV)	0,2 (P) 0,3 (IB) 0,8 (IV)	3,0 (P) 6,5 (IB) 13,6 (IV)	3,5 (P) 6,8 (IB) 13,7 (IV)
Clostridium hylemonae	0	0	0	0	0	0	0	0
Clostridium bolteae	0	0	6,9 (P)	0	0	0	0	0
Clostridium disporicum	0	0	3,1 (P)	0	0	0	0	0
Flavonifractor plautii	9,2 (B)	11,0 (B)	8,7 (B)	8,8 (B)	8,9 (B)	12,4 (B)	16,3 (B)	12,2 (B)
Blautia producta	0	0	0	0	0	0	0	0
Murimonas intestini	0	0	6,9 (P)	0	0	0	0	0
Turicibacter sanguinis	0	0	0	0	0	0	0	0
Eubacterium contortum	0	0	8,9 (P)	0	0	0	0	0
Lachnospiraceae sp. 11041	0	0	0	0	0	0	0	0
Clostridium oroticum	0	0	4,9 (P)	0	0	0	0	0

Пример 8. Функциональные свойства видов, входящих в состав DBC; продуцирование индола и других метаболитов триптофана

Как показано в примере 6, бактериальная композиция, способная продуцировать индол или производные индола, эффективно ослабляет инфекцию C. difficile по сравнению с бактериальной композицией, не продуцирующей такие индолы. Принимая это во внимание, заявители разработали анализ на продуцирование индола и индольных метаболитов, который может быть использован для тестирования бактерий на эти виды активности, и смогли идентифицировать бактериальные виды, обладающие этой активностью. Такие виды являются полезными добавками при составлении DBC, которая может быть использована, например, для лечения или предотвращения инфекции C. difficile.

Анализ продуцирования индола и индольных метаболитов в бактериальных супернатантах SER-262

Для индольного теста, прибавляют каплю Indole Reagent (п-диметиламинокоричный альдегид) (Anaerobe Systems, Morgan Hill, CA) к 100 мкл бактериальных культур бактериальных штаммов, выращиваемых в восьми разных источниках углерода в двух параллельных опытах. Из 12 протестированных штаммов, только Clostridium glycolicum и Flavonifractor plautii были позитивными в индольном тесте в таких условиях (данные не приведены). Культуры F. plautii с добавкой каждого из 8 источников углерода, утилизируемых в примере 7, окрашивались в темно-синий цвет, характерный для присутствия индола. C. glycolicum окрашивались в красный цвет (разные цвета были описаны для различных производных индола в этом тесте (Lombard and Dowell, 1983 J Clin Microbiol 18:609-613)) во всех источниках C, за исключением глюкозы, пектина и ФОС/инулина. Для этих штаммов, зависимость характера индольного фенотипа от источников углерода идентична наблюдавшимся для фенотипов HDAC и КЦЖК, и не коррелирует с биомассой, что позволяет предположить перекрывающуюся (overlapping) регуляцию. Супернатанты также повторно анализировали с помощью капельного теста (нанесение капли 4 мкл супернатанта на бумагу, пропитанную Indole Reagent (Anaerobe Systems, Morgan Hill, CA) вместе с очищенным индолом, 3-метилиндолом, индол-3-масляной кислотой, триптамином и индол-3-пропионовой кислотой в качестве позитивных контролей). Индол и супернатант F. plautii давали светло-синюю окраску, в то время как C. innocuum, индол-3-пропионовая кислота, 3-метилиндол, индол-3-масляная кислота и триптамин давали пурпурные пятна. Эти результаты позволяют предположить, что F. plautii является продуцентом индола, тогда как Clostridium innocuum является продуцентом производного индола, которое не может быть точно определено этим методом. Свидетельства роли индолов в иммуномодуляции и функции эпителиального барьера описаны в литературе. С учетом этих результатов и данных, представленных в этом документе, будет полезным включать по меньшей мере один или оба эти штамма в DBC, предназначенные для лечения или предотвращения инфекции, например, инфекции C. difficile. Без ограничения какой-либо конкретной теорией, заявители считают включение такого вида в DBC полезным для иммуномодуляции и восстановления барьерной функции эпителия.

Пример 9: Клинические испытания DBC

Проводятся клинические испытания с использованием DBC на людях с диагнозом первичного (первого) эпизода CDI. Пример таких испытаний описывается на веб-сайте clinicaltrials.gov, № испытаний NCT02830542.

Эффективная DBC уменьшает рецидивы одного или нескольких признаков и/или симптомов CDI в данной популяции.

Другие варианты реализации входят в объем приложенной формулы изобретения.

--->

ПЕРЕЧЕНЬ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ

<110> Seres Therapeutics, Inc.

<120> РАЗРАБОТАННЫЕ БАКТЕРИАЛЬНЫЕ КОМПОЗИЦИИ

<130> 51069-010WO4

<150> PCT/US16/63697

<151> 2016-11-23

<150> US 62/401,011

<151> 2016-09-28

<150> US 62/351,696

<151> 2016-06-17

<150> US 62/259,523

<151> 2015-11-24

<160> 124

<170> PatentIn версия 3.5

<210> 1

<211> 1521

<212> ДНК

<213> Blautia producta

<400> 1

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gaagcactta agtggatctc ttcggattga aacttatttg actgagcggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg ggtaacctgc ctcatacagg gggataacag ttagaaatgg ctgctaatac 180

cgcataagcg cacaggaccg catggtctgg tgtgaaaaac tccggtggta tgagatggac 240

ccgcgtctga ttagctagtt ggaggggtaa cggcccacca aggcgacgat cagtagccgg 300

cctgagaggg tgaacggcca cattgggact gagacacggc ccagactcct acgggaggca 360

gcagtgggga atattgcaca atgggggaaa ccctgatgca gcgacgccgc gtgaaggaag 420

aagtatctcg gtatgtaaac ttctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactaaga 480

agccccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt agggggcaag cgttatccgg 540

atttactggg tgtaaaggga gcgtagacgg aagagcaagt ctgatgtgaa aggctggggc 600

ttaaccccag gactgcattg gaaactgttt ttctagagtg ccggagaggt aagcggaatt 660

cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcggctta 720

ctggacggta actgacgttg aggctcgaaa gcgtggggag caaacaggat tagataccct 780

ggtagtccac gccgtaaacg atgaatacta ggtgtcgggt ggcaaagcca ttcggtgccg 840

cagcaaacgc aataagtatt ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga 900

attgacgggg acccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 960

ccttaccaag tcttgacatc cctctgaccg gcccgtaacg gggccttccc ttcggggcag 1020

aggagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc 1080

gcaacgagcg caacccctat ccttagtagc cagcaggtga agctgggcac tctagggaga 1140

ctgccgggga taacccggag gaaggcgggg acgacgtcaa atcatcatgc cccttatgat 1200

ttgggctaca cacgtgctac aatggcgtaa acaaagggaa gcgagacagc gatgttgagc 1260

aaatcccaaa aataacgtcc cagttcggac tgcagtctgc aactcgactg cacgaagctg 1320

gaatcgctag taatcgcgaa tcagaatgtc gcggtgaata cgttcccggg tcttgtacac 1380

accgcccgtc acaccatggg agtcagtaac gcccgaagtc agtgacccaa ccttatagga 1440

gggagctgcc gaaggcggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500

gaaggtgcgg ctggatcacc t 1521

<210> 2

<211> 1521

<212> ДНК

<213> Blautia producta

<400> 2

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gaagcactta agtggatctc ttcggattga aacttatttg actgagcggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg ggtaacctgc ctcatacagg gggataacag ttagaaatgg ctgctaatac 180

cgcataagcg cacaggaccg catggtctgg tgtgaaaaac tccggtggta tgagatggac 240

ccgcgtctga ttagctagtt ggaggggtaa cggcccacca aggcaacgat cagtagccgg 300

cctgagaggg tgaacggcca cattgggact gagacacggc ccagactcct acgggaggca 360

gcagtgggga atattgcaca atgggggaaa ccctgatgca gcgacgccgc gtgaaggaag 420

aagtatctcg gtatgtaaac ttctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactaaga 480

agccccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt agggggcaag cgttatccgg 540

atttactggg tgtaaaggga gcgtagacgg aagagcaagt ctgatgtgaa aggctggggc 600

ttaaccccag gactgcattg gaaactgttt ttctagagtg ccggagaggt aagcggaatt 660

cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcggctta 720

ctggacggta actgacgttg aggctcgaaa gcgtggggag caaacaggat tagataccct 780

ggtagtccac gccgtaaacg atgaatacta ggtgtcgggt ggcaaagcca ttcggtgccg 840

cagcaaacgc aataagtatt ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga 900

attgacgggg acccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 960

ccttaccaag tcttgacatc cctctgaccg gcccgtaacg gggccttccc ttcggggcag 1020

aggagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc 1080

gcaacgagcg caacccctat ccttagtagc cagcaggtga agctgggcac tctagggaga 1140

ctgccgggga taacccggag gaaggcgggg acgacgtcaa atcatcatgc cccttatgat 1200

ttgggctaca cacgtgctac aatggcgtaa acaaagggaa gcgagacagt gatgttgagc 1260

aaatcccaaa aataacgtcc cagttcggac tgcagtctgc aactcgactg cacgaagctg 1320

gaatcgctag taatcgcgaa tcagaatgtc gcggtgaata cgttcccggg tcttgtacac 1380

accgcccgtc acaccatggg agtcagtaac gcccgaagtc agtgacccaa ccttacagga 1440

gggagctgcc gaaggcggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500

gaaggtgcgg ctggatcacc t 1521

<210> 3

<211> 1521

<212> ДНК

<213> Blautia producta

<400> 3

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gaagcactta agtggatctc ttcggattga agcttatttg actgagcggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg ggtaacctgc ctcatacagg gggataacag ttagaaatgg ctgctaatac 180

cgcataagcg cacaggaccg catggtctgg tgtgaaaaac tccggtggta tgagatggac 240

ccgcgtctga ttagctagtt ggaggggtaa cggcccacca aggcgacgat cagtagccgg 300

cctgagaggg tgaacggcca cattgggact gagacacggc ccagactcct acgggaggca 360

gcagtgggga atattgcaca atgggggaaa ccctgatgca gcgacgccgc gtgaaggaag 420

aagtatctcg gtatgtaaac ttctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactaaga 480

agccccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt agggggcaag cgttatccgg 540

atttactggg tgtaaaggga gcgtagacgg aagagcaagt ctgatgtgaa aggctggggc 600

ttaaccccag gactgcattg gaaactgttt ttctagagtg ccggagaggt aagcggaatt 660

cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcggctta 720

ctggacggta actgacgttg aggctcgaaa gcgtggggag caaacaggat tagataccct 780

ggtagtccac gccgtaaacg atgaatacta ggtgtcgggt ggcaaagcca ttcggtgccg 840

cagcaaacgc aataagtatt ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga 900

attgacgggg acccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 960

ccttaccaag tcttgacatc cctctgaccg gcccgtaacg gggccttccc ttcggggcag 1020

aggagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc 1080

gcaacgagcg caacccctat ccttagtagc cagcaggtga agctgggcac tctagggaga 1140

ctgccgggga taacccggag gaaggcgggg acgacgtcaa atcatcatgc cccttatgat 1200

ttgggctaca cacgtgctac aatggcgtaa acaaagggaa gcgagacagt gatgttgagc 1260

aaatcccaaa aataacgtcc cagttcggac tgcagtctgc aactcgactg cacgaagctg 1320

gaatcgctag taatcgcgaa tcagaatgtc gcggtgaata cgttcccggg tcttgtacac 1380

accgcccgtc acaccatggg agtcagtaac gcccgaagtc agtgacccaa ccttacagga 1440

gggagctgcc gaaggcggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500

gaaggtgcgg ctggatcacc t 1521

<210> 4

<211> 1521

<212> ДНК

<213> Blautia producta

<400> 4

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gaagcactta agtggatctc ttcggattga aacttatttg actgagcggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg ggtaacctgc ctcatacagg gggataacag ttagaaatgg ctgctaatac 180

cgcataagcg cacaggaccg catggtctgg tgtgaaaaac tccggtggta tgagatggac 240

ccgcgtctga ttagctagtt ggaggggtaa cggcccacca aggcgacgat cagtagccgg 300

cctgagaggg tgaacggcca cattgggact gagacacggc ccagactcct acgggaggca 360

gcagtgggga atattgcaca atgggggaaa ccctgatgca gcgacgccgc gtgaaggaag 420

aagtatctcg gtatgtaaac ttctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactaaga 480

agccccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt agggggcaag cgttatccgg 540

atttactggg tgtaaaggga gcgtagacgg aagagcaagt ctgatgtgaa aggctggggc 600

ttaaccccag gactgcattg gaaactgttt ttctagagtg ccggagaggt aagcggaatt 660

cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcggctta 720

ctggacggta actgacgttg aggctcgaaa gcgtggggag caaacaggat tagataccct 780

ggtagtccac gccgtaaacg atgaatacta ggtgtcgggt ggcaaagcca ttcggtgccg 840

cagcaaacgc aataagtatt ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga 900

attgacgggg acccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 960

ccttaccaag tcttgacatc cctctgaccg gcccgtaacg gggccttccc ttcggggcag 1020

aggagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc 1080

gcaacgagcg caacccctat ccttagtagc cagcaggtga agctgggcac tctagggaga 1140

ctgccgggga taacccggag gaaggcgggg acgacgtcaa atcatcatgc cccttatgat 1200

ttgggctaca cacgtgctac aatggcgtaa acaaagggaa gcgagacagc gatgttgagc 1260

aaatcccaaa aataacgtcc cagttcggac tgcagtctgc aactcgactg cacgaagctg 1320

gaatcgctag taatcgcgaa tcagaatgtc gcggtgaata cgttcccggg tcttgtacac 1380

accgcccgtc acaccatggg agtcagtaac gcccgaagtc agtgacccaa ccttatagga 1440

gggagctgcc gaaggcggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500

gaaggtgcgg ctggatcacc t 1521

<210> 5

<211> 1521

<212> ДНК

<213> Blautia producta

<400> 5

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gaagcactta aacggatttc ttcggattga agtttttgtg actgagcggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg ggtaacctgc ctcatacagg gggataacag ttagaaatgg ctgctaatac 180

cgcataagcg cacaggaccg catggtctgg tgtgaaaaac tccggtggta tgagatggac 240

ccgcgtctga ttagctagtt ggaggggtaa cggcccacca aggcaacgat cagtagccgg 300

cctgagaggg tgaacggcca cattgggact gagacacggc ccagactcct acgggaggca 360

gcagtgggga atattgcaca atgggggaaa ccctgatgca gcgacgccgc gtgaaggaag 420

aagtatctcg gtatgtaaac ttctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactaaga 480

agccccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt agggggcaag cgttatccgg 540

atttactggg tgtaaaggga gcgtagacgg aagagcaagt ctgatgtgaa aggctggggc 600

ttaaccccag gactgcattg gaaactgttt ttctagagtg ccggagaggt aagcggaatt 660

cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcggctta 720

ctggacggta actgacgttg aggctcgaaa gcgtggggag caaacaggat tagataccct 780

ggtagtccac gccgtaaacg atgaatacta ggtgtcgggt ggcaaagcca ttcggtgccg 840

cagcaaacgc aataagtatt ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga 900

attgacgggg acccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 960

ccttaccaag tcttgacatc cctctgaccg gcccgtaacg gggccttccc ttcggggcag 1020

aggagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc 1080

gcaacgagcg caacccctat ccttagtagc cagcaggtga agctgggcac tctagggaga 1140

ctgccgggga taacccggag gaaggcgggg acgacgtcaa atcatcatgc cccttatgat 1200

ttgggctaca cacgtgctac aatggcgtaa acaaagggaa gcgagacagt gatgttgagc 1260

aaatcccaaa aataacgtcc cagttcggac tgcagtctgc aactcgactg cacgaagctg 1320

gaatcgctag taatcgcgaa tcagaatgtc gcggtgaata cgttcccggg tcttgtacac 1380

accgcccgtc acaccatggg agtcagtaac gcccgaagtc agtgacccaa ccttacagga 1440

gggagctgcc gaaggcggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500

gaaggtgcgg ctggatcacc t 1521

<210> 6

<211> 1522

<212> ДНК

<213> Clostridium bolteae

<400> 6

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60

gaagcaatta aaatgaagtt ttcggatgga tttttaattg actgagtggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg gataacctgc ctcacactgg gggataacag ttagaaatga ctgctaatac 180

cgcataagcg cacagtaccg catggtacag tgtgaaaaac tccggtggtg tgagatggat 240

ccgcgtctga ttagccagtt ggcggggtaa cggcccacca aagcgacgat cagtagccga 300

cctgagaggg tgaccggcca cattgggact gagacacggc ccaaactcct acgggaggca 360

gcagtgggga atattgcaca atgggcgaaa gcctgatgca gcgacgccgc gtgagtgaag 420

aagtatttcg gtatgtaaag ctctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactaaga 480

agccccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt agggggcaag cgttatccgg 540

atttactggg tgtaaaggga gcgtagacgg cgaagcaagt ctgaagtgaa aacccagggc 600

tcaaccctgg gactgctttg gaaactgttt tgctagagtg tcggagaggt aagtggaatt 660

cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcggctta 720

ctggacgata actgacgttg aggctcgaaa gcgtggggag caaacaggat tagataccct 780

ggtagtccac gccgtaaacg atgaatgcta ggtgttgggg ggcaaagccc ttcggtgccg 840

tcgcaaacgc agtaagcatt ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga 900

attgacgggg acccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 960

ccttaccaag tcttgacatc ctcttgaccg gcgtgtaacg gcgccttccc ttcggggcaa 1020

gagagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc 1080

gcaacgagcg caacccttat ccttagtagc cagcaggtag agctgggcac tctagggaga 1140

ctgccaggga taacctggag gaaggtgggg atgacgtcaa atcatcatgc cccttatgat 1200

ttgggctaca cacgtgctac aatggcgtaa acaaagggag gcaagacagt gatgtggagc 1260

aaatcccaaa aataacgtcc cagttcggac tgtagtctgc aacccgacta cacgaagctg 1320

gaatcgctag taatcgcgaa tcagaatgtc gcggtgaata cgttcccggg tcttgtacac 1380

accgcccgtc acaccatggg agtcagcaac gcccgaagtc agtgacccaa ctcgcaagag 1440

agggagctgc cgaaggcggg gcaggtaact ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtatc 1500

ggaaggtgcg gctggatcac ct 1522

<210> 7

<211> 1522

<212> ДНК

<213> Clostridium bolteae

<400> 7

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60

gaagcaatta aaatgaagtt ttcggatgga tttttaattg actgagtggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg gataacctgc ctcacactgg gggataacag ttagaaatga ctgctaatac 180

cgcataagcg cacagtaccg catggtacgg tgtgaaaaac tccggtggtg tgagatggat 240

ccgcgtctga ttagccagtt ggcggggtaa cggcccacca aagcgacgat cagtagccga 300

cctgagaggg tgaccggcca cattgggact gagacacggc ccaaactcct acgggaggca 360

gcagtgggga atattgcaca atgggcgaaa gcctgatgca gcgacgccgc gtgagtgaag 420

aagtatttcg gtatgtaaag ctctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactaaga 480

agccccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt agggggcaag cgttatccgg 540

atttactggg tgtaaaggga gcgtagacgg cgaagcaagt ctgaagtgaa aacccagggc 600

tcaaccctgg gactgctttg gaaactgttt tgctagagtg tcggagaggt aagtggaatt 660

cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcggctta 720

ctggacgata actgacgttg aggctcgaaa gcgtggggag caaacaggat tagataccct 780

ggtagtccac gccgtaaacg atgaatgcta ggtgttgggg ggcaaagccc ttcggtgccg 840

tcgcaaacgc agtaagcatt ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga 900

attgacgggg acccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 960

ccttaccaag tcttgacatc ctcttgaccg gcgtgtaacg gcgccttccc ttcggggcaa 1020

gagagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc 1080

gcaacgagcg caacccttat ccttagtagc cagcaggtaa agctgggcac tctagggaga 1140

ctgccaggga taacctggag gaaggtgggg atgacgtcaa atcatcatgc cccttatgat 1200

ttgggctaca cacgtgctac aatggcgtaa acaaagggaa gcaagacagt gatgtggagc 1260

aaatcccaaa aataacgtcc cagttcggac tgtagtctgc aacccgacta cacgaagctg 1320

gaatcgctag taatcgcgaa tcagaatgtc gcggtgaata cgttcccggg tcttgtacac 1380

accgcccgtc acaccatggg agtcagcaac gcccgaagtc agtgacccaa ctcgcaagag 1440

agggagctgc cgaaggcggg gcaggtaact ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtatc 1500

ggaaggtgcg gctggatcac ct 1522

<210> 8

<211> 1522

<212> ДНК

<213> Clostridium bolteae

<400> 8

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60

gaagcaatta aaatgaagtt ttcggatgga tttttaattg actgagtggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg gataacctgc ctcacactgg gggataacag ttagaaatga ctgctaatac 180

cgcataagcg cacagtaccg catggtacgg tgtgaaaaac tccggtggtg tgagatggat 240

ccgcgtctga ttagccagtt ggcggggtaa cggcccacca aagcgacgat cagtagccga 300

cctgagaggg tgaccggcca cattgggact gagacacggc ccaaactcct acgggaggca 360

gcagtgggga atattgcaca atgggcgaaa gcctgatgca gcgacgccgc gtgagtgaag 420

aagtatttcg gtatgtaaag ctctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactaaga 480

agccccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt agggggcaag cgttatccgg 540

atttactggg tgtaaaggga gcgtagacgg cgaagcaagt ctgaagtgaa aacccagggc 600

tcaaccctgg gactgctttg gaaactgttt tgctagagtg tcggagaggt aagtggaatt 660

cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcggctta 720

ctggacgata actgacgttg aggctcgaaa gcgtggggag caaacaggat tagataccct 780

ggtagtccac gccgtaaacg atgaatgcta ggtgttgggg ggcaaagccc ttcggtgccg 840

tcgcaaacgc agtaagcatt ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga 900

attgacgggg acccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 960

ccttaccaag tcttgacatc ctcttgaccg gcgtgtaacg gcgccttccc ttcggggcaa 1020

gagagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc 1080

gcaacgagcg caacccttat ccttagtagc cagcaggtaa agctgggcac tctagggaga 1140

ctgccaggga taacctggag gaaggtgggg atgacgtcaa atcatcatgc cccttatgat 1200

ttgggctaca cacgtgctac aatggcgtaa acaaagggaa gcaagacagt gatgtggagc 1260

aaatcccaaa aataacgtcc cagttcggac tgtagtctgc aacccgacta cacgaagctg 1320

gaatcgctag taatcgcgaa tcagaatgtc gcggtgaata cgttcccggg tcttgtacac 1380

accgcccgtc acaccatggg agtcagcaac gcccgaagtc agtgacccaa ctcgcaagag 1440

agggagctgc cgaaggcggg gcaggtaact ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtatc 1500

ggaaggtgcg gctggatcac ct 1522

<210> 9

<211> 1520

<212> ДНК

<213> Clostridium bolteae

<400> 9

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60

gaagcaattg aaggaagttt tcggatggaa ttcgattgac tgagtggcgg acgggtgagt 120

aacgcgtgga taacctgcct cacactgggg gataacagtt agaaatgact gctaataccg 180

cataagcgca cagtaccgca tggtacagtg tgaaaaactc cggtggtgtg agatggatcc 240

gcgtctgatt agccagttgg cggggtaacg gcccaccaaa gcgacgatca gtagccgacc 300

tgagagggtg accggccaca ttgggactga gacacggccc aaactcctac gggaggcagc 360

agtggggaat attgcacaat gggcgaaagc ctgatgcagc gacgccgcgt gagtgaagaa 420

gtatttcggt atgtaaagct ctatcagcag ggaagaaaat gacggtacct gactaagaag 480

ccccggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggat 540

ttactgggtg taaagggagc gtagacggcg aagcaagtct gaagtgaaaa cccagggctc 600

aaccctggga ctgctttgga aactgttttg ctagagtgtc ggagaggtaa gtggaattcc 660

tagtgtagcg gtgaaatgcg tagatattag gaggaacacc agtggcgaag gcggcttact 720

ggacgataac tgacgttgag gctcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctgg 780

tagtccacgc cgtaaacgat gaatgctagg tgttgggggg caaagccctt cggtgccgtc 840

gcaaacgcag taagcattcc acctggggag tacgttcgca agaatgaaac tcaaaggaat 900

tgacggggac ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc 960

ttaccaagtc ttgacatcct cttgaccggc gtgtaacggc gccttccctt cggggcaaga 1020

gagacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc 1080

aacgagcgca acccttatcc ttagtagcca gcaggtagag ctgggcactc tagggagact 1140

gccagggata acctggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc cttatgattt 1200

gggctacaca cgtgctacaa tggcgtaaac aaagggaagc aagacagtga tgtggagcaa 1260

atcccaaaaa taacgtccca gttcggactg tagtctgcaa cccgactaca cgaagctgga 1320

atcgctagta atcgcgaatc agaatgtcgc ggtgaatacg ttcccgggtc ttgtacacac 1380

cgcccgtcac accatgggag tcagcaacgc ccgaagtcag tgacccaact cgcaagagag 1440

ggagctgccg aaggcggggc aggtaactgg ggtgaagtcg taacaaggta gccgtatcgg 1500

aaggtgcggc tggatcacct 1520

<210> 10

<211> 1520

<212> ДНК

<213> Clostridium bolteae

<400> 10

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60

gaagcaattg aaggaagttt tcggatggaa ttcgattgac tgagtggcgg acgggtgagt 120

aacgcgtgga taacctgcct cacactgggg gataacagtt agaaatgact gctaataccg 180

cataagcgca cagtaccgca tggtacagtg tgaaaaactc cggtggtgtg agatggatcc 240

gcgtctgatt agccagttgg cggggtaacg gcccaccaaa gcgacgatca gtagccgacc 300

tgagagggtg accggccaca ttgggactga gacacggccc aaactcctac gggaggcagc 360

agtggggaat attgcacaat gggcgaaagc ctgatgcagc gacgccgcgt gagtgaagaa 420

gtatttcggt atgtaaagct ctatcagcag ggaagaaaat gacggtacct gactaagaag 480

ccccggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggat 540

ttactgggtg taaagggagc gtagacggcg aagcaagtct gaagtgaaaa cccagggctc 600

aaccctggga ctgctttgga aactgttttg ctagagtgtc ggagaggtaa gtggaattcc 660

tagtgtagcg gtgaaatgcg tagatattag gaggaacacc agtggcgaag gcggcttact 720

ggacgataac tgacgttgag gctcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctgg 780

tagtccacgc cgtaaacgat gaatgctagg tgttgggggg caaagccctt cggtgccgtc 840

gcaaacgcag taagcattcc acctggggag tacgttcgca agaatgaaac tcaaaggaat 900

tgacggggac ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc 960

ttaccaagtc ttgacatcct cttgaccggc gtgtaacggc gccttccctt cggggcaaga 1020

gagacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc 1080

aacgagcgca acccttatcc ttagtagcca gcaggtagag ctgggcactc tagggagact 1140

gccagggata acctggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc cttatgattt 1200

gggctacaca cgtgctacaa tggcgtaaac aaagggaagc aagacagtga tgtggagcaa 1260

atcccaaaaa taacgtccca gttcggactg tagtctgcaa cccgactaca cgaagctgga 1320

atcgctagta atcgcgaatc agaatgtcgc ggtgaatacg ttcccgggtc ttgtacacac 1380

cgcccgtcac accatgggag tcagcaacgc ccgaagtcag tgacccaact cgcaagagag 1440

ggagctgccg aaggcggggc aggtaactgg ggtgaagtcg taacaaggta gccgtatcgg 1500

aaggtgcggc tggatcacct 1520

<210> 11

<211> 1503

<212> ДНК

<213> Clostridium butyricum

<400> 11

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gatgaagctt cttcggaagt ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tttcgaaagg aagattaata ccgcataaga ttgtagtacc 180

gcatggtaca gcaattaaag gagtaatccg ctatgagatg gacccgcgtc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aaactctgtc tttggggacg ataatgacgg tacccaagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg tggatattta agtgggatgt gaaatactcg ggcttaacct gggtgctgca 600

ttccaaactg gatatctaga gtgcaggaga ggaaaggaga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga ataccagtgg cgaaggcgcc tttctggact gtaactgaca 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttactctgta atggaggaag ccacttcggt ggcaggaaga caggtggtgc 1020

atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc 1080

ttattgttag ttgctaccat ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg 1140

aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct 1200

acaatggtcg gtacaatgag atgcaacctc gcgagagtga gcaaaactat aaaaccgatc 1260

tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttgcta gtaatcgcga 1320

atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga 1380

gagttggcaa tacccaaagt tcgtgagcta acgcgtaagc gaggcagcga cctaaggtag 1440

ggtcagcgat tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtag gagaacctgc ggctggatca 1500

cct 1503

<210> 12

<211> 1503

<212> ДНК

<213> Clostridium butyricum

<400> 12

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gatgaagctc cttcgggagt ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tttcgaaagg aagattaata ccgcataaga ttgtagtacc 180

gcatggtaca gcaattaaag gagtaatccg ctatgagatg gacccgcgtc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aaactctgtc tttggggacg ataatgacgg tacccaagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg tggatattta agtgggatgt gaaatactcg ggcttaacct gggtgctgca 600

ttccaaactg gatatctaga gtgcaggaga ggaaaggaga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga ataccagtgg cgaaggcgcc tttctggact gtaactgaca 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttactctgta atggaggaag ccacttcggt ggcaggaaga caggtggtgc 1020

atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc 1080

ttattgttag ttgctaccat ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg 1140

aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct 1200

acaatggtcg gtacaatgag atgcaacctc gcgagagtga gcaaaactat aaaaccgatc 1260

tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttgcta gtaatcgcga 1320

atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga 1380

gagttggcaa tacccaaagt tcgtgagcta acgcgtaagc gaggcagcga cctaaggtag 1440

ggtcagcgat tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtag gagaacctgc ggctggatca 1500

cct 1503

<210> 13

<211> 1503

<212> ДНК

<213> Clostridium butyricum

<400> 13

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gatgaagctc cttcgggagt ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tttcgaaagg aagattaata ccgcatatgg tagctttatc 180

gcatggtaat gctattaaag gagtaatccg ctatgagatg gacccgcgtc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aaactctgtc tttggggacg ataatgacgg tacccaagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg tggatattta agtgggatgt gaaatactcg ggcttaacct gggtgctgca 600

ttccaaactg gatatctaga gtgcaggaga ggaaaggaga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga ataccagtgg cgaaggcgcc tttctggact gtaactgaca 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttactctgta atggaggaag ccacttcggt ggcaggaaga caggtggtgc 1020

atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc 1080

ttattgttag ttgctaccat ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg 1140

aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct 1200

acaatggtcg gtacaatgag atgcaacctc gcgagagtga gcaaaactat aaaaccgatc 1260

tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttgcta gtaatcgcga 1320

atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga 1380

gagttggcaa tacccaaagt tcgtgagcta acgcgtaagc gaggcagcga cctaaggtag 1440

ggtcagcgat tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtag gagaacctgc ggctggatca 1500

cct 1503

<210> 14

<211> 1501

<212> ДНК

<213> Clostridium butyricum

<400> 14

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gatgaagctt cttcggaagt ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tttcgaaagg aagattaata ccgcataaga ttgtagtacc 180

gcatggtaca gcaattaaag gagtaatccg ctatgagatg gacccgcgtc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aaactctgtc tttggggacg ataatgacgg tacccaagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg tggatattta agtgggatgt gaaatactcg ggcttaacct gggtgctgca 600

ttccaaactg gatatctaga gtgcaggaga ggaaaggaga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga ataccagtgg cgaaggcgcc tttctggact gtaactgaca 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttactctgta atggaggaag ccacttcggt ggcaggaaga caggtggtgc 1020

atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc 1080

ttattgttag ttgctaccat ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg 1140

aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct 1200

acaatggtcg gtacaatgag atgcaacctc gcgagagtga gcaaaactat aaaaccgatc 1260

tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttgcta gtaatcgcga 1320

atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga 1380

gagttggcaa tacccaaagt tcgtgagcta accgcaagga ggcagcgacc taaggtaggg 1440

tcagcgattg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtagga gaacctgcgg ctggatcacc 1500

t 1501

<210> 15

<211> 1501

<212> ДНК

<213> Clostridium butyricum

<400> 15

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gatgaagctt cttcggaagt ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tttcgaaagg aagattaata ccgcataaga ttgtagtacc 180

gcatggtaca gcaattaaag gagtaatccg ctatgagatg gacccgcgtc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggtct tcggattgta 420

aagctctgtc tttagggacg ataatgacgg tacctaagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg tggatattta agtgggatgt gaaatactcg ggcttaacct gggtgctgca 600

ttccaaactg gatatctaga gtgcaggaga ggaaaggaga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga ataccagtgg cgaaggcgcc tttctggact gtaactgaca 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttactctgta atggaggaag ccacttcggt ggcaggaaga caggtggtgc 1020

atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc 1080

ttattgttag ttgctaccat ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg 1140

aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct 1200

acaatggtcg gtacaatgag atgcaacctc gcgagagtga gcaaaactat aaaaccgatc 1260

tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttgcta gtaatcgcga 1320

atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga 1380

gagttggcaa tacccaaagt tcgtgagcta accgcaagga ggcagcgacc taaggtaggg 1440

tcagcgattg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtagga gaacctgcgg ctggatcacc 1500

t 1501

<210> 16

<211> 1501

<212> ДНК

<213> Clostridium butyricum

<400> 16

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gatgaagctt cttcgggagt ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tttcgaaagg aagattaata ccgcataaga ttgtagtact 180

gcatggtaca gcaattaaag gagtaatccg ctatgagatg gacccgcgtc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aaactctgtc tttggggacg ataatgacgg tacccaagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg tggatattta agtgggatgt gaaatactcg ggcttaacct gggtgctgca 600

ttccaaactg gatatctaga gtgcaggaga ggaaaggaga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga ataccagtgg cgaaggcgcc tttctggact gtaactgaca 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttactctgta atggaggaag ccacttcggt ggcaggaaga caggtggtgc 1020

atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc 1080

ttattgttag ttgctaccat ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg 1140

aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct 1200

acaatggtcg gtacaatgag atgcaacctc gcgagagtga gcaaaactat aaaaccgatc 1260

tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttgcta gtaatcgcga 1320

atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga 1380

gagttggcaa tacccaaagt tcgtgagcta accgcaagga ggcagcgacc taaggtaggg 1440

tcagcgattg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtagga gaacctgcgg ctggatcacc 1500

t 1501

<210> 17

<211> 1503

<212> ДНК

<213> Clostridium butyricum

<400> 17

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gatgaagctc cttcgggagt ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tttcgaaagg aagattaata ccgcataaga ttgtagtacc 180

gcatggtaca gcaattaaag gagtaatccg ctatgagatg gacccgcgtc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aaactctgtc tttggggacg ataatgacgg tacccaagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg tggatattta agtgggatgt gaaatactcg ggcttaacct gggtgctgca 600

ttccaaactg gatatctaga gtgcaggaga ggaaaggaga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga ataccagtgg cgaaggcgcc tttctggact gtaactgaca 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctactgaa ttactctgta atggaggaag ccacttcggt ggcaggaaga caggtggtgc 1020

atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc 1080

ttattgttag ttgctaccat ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg 1140

aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct 1200

acaatggtcg gtacaatgag atgcaacctc gcgagagtga gcaaaactat aaaaccgatc 1260

tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttgcta gtaatcgcga 1320

atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga 1380

gagttggcaa tacccaaagt tcgtgagcta acgcgtaagc gaggcagcga cctaaggtag 1440

ggtcagcgat tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtag gagaacctgc ggctggatca 1500

cct 1503

<210> 18

<211> 1164

<212> ДНК

<213> Clostridium butyricum

<400> 18

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gatgaagctt cttcggaagt ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tttcgaaagg aagattaata ccgcataaga ttgtagtacc 180

gcatggtaca gcaattaaag gagtaatccg ctatgagatg gacccgcgtc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aaactctgtc tttggggacg ataatgacgg tacccaagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg tggatattta agtgggatgt gaaatactcg ggcttaacct gggtgctgca 600

ttccaaactg gatatctaga gtgcaggaga ggaaaggaga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga ataccagtgg cgaaggcgcc tttctggact gtaactgaca 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttactctgta atggaggaag ccacttcggt ggcaggaaga caggtggtgc 1020

atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc 1080

ttattgttag ttgctaccat ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg 1140

aggaaggtgg ggatgacgtc aaat 1164

<210> 19

<211> 1501

<212> ДНК

<213> Clostridium butyricum

<400> 19

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gatgaagctt cttcggaagt ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tttcgaaagg aagattaata ccgcataaga ttgtagtacc 180

gcatggtaca gcaattaaag gagtaatccg ctatgagatg gacccgcgtc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aaactctgtc tttggggacg ataatgacgg tacccaagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg tggatattta agtgggatgt gaaatactcg ggcttaacct gggtgctgca 600

ttccaaactg gatatctaga gtgcaggaga ggaaaggaga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga ataccagtgg cgaaggcgcc tttctggact gtaactgaca 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttactctgta atggaggaag ccacttcggt ggcaggaaga caggtggtgc 1020

atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc 1080

ttattgttag ttgctaccat ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg 1140

aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct 1200

acaatggtcg gtacaatgag atgcaacctc gcgagagtga gcaaaactat aaaaccgatc 1260

tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttgcta gtaatcgcga 1320

atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga 1380

gagttggcaa tacccaaagt tcgtgagcta accgcaagga ggcagcgacc taaggtaggg 1440

tcagcgattg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtagga gaacctgcgg ctggatcacc 1500

t 1501

<210> 20

<211> 1503

<212> ДНК

<213> Clostridium butyricum

<400> 20

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gatgaagctt cttcggaagt ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tttcgaaagg aagattaata ccgcataaga ttgtagtacc 180

gcatggtaca gcaattaaag gagtaatccg ctatgagatg gacccgcgtc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aaactctgtc tttggggacg ataatgacgg tacccaagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg tggatattta agtgggatgt gaaatactcg ggcttaacct gggtgctgca 600

ttccaaactg gatatctaga gtgcaggaga ggaaaggaga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga ataccagtgg cgaaggcgcc tttctggact gtaactgaca 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttactctgta atggaggaag ccacttcggt ggcaggaaga caggtggtgc 1020

atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc 1080

ttattgttag ttgctaccat ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg 1140

aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct 1200

acaatggtcg gtacaatgag atgcaacctc gcgagagtga gcaaaactat aaaaccgatc 1260

tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttgcta gtaatcgcga 1320

atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga 1380

gagttggcaa tacccaaagt tcgtgagcta acgcgtaagc gaggcagcga cctaaggtag 1440

ggtcagcgat tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtag gagaacctgc ggctggatca 1500

cct 1503

<210> 21

<211> 1503

<212> ДНК

<213> Clostridium butyricum

<400> 21

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gatgaagctc cttcgggagt ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tttcgaaagg aagattaata ccgcataaga ttgtagtacc 180

gcatggtaca gcaattaaag gagtaatccg ctatgagatg gacccgcgtc gcattagcta 240

gttggtgagg taatggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aaactctgtc tttggggacg ataatgacgg tacccaagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg tggatattta agtgggatgt gaaatactcg ggcttaacct gggtgctgca 600

ttccaaactg gatatctaga gtgcaggaga ggaaaggaga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga ataccagtgg cgaaggcgcc tttctggact gtaactgaca 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttactctgta atggaggaag ccacttcggt ggcaggaaga caggtggtgc 1020

atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc 1080

ttattgttag ttgctaccat ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg 1140

aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct 1200

acaatggtcg gtacaatgag atgcaacctc gcgagagtga gcaaagctat aaaaccgatc 1260

tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttgcta gtaatcgcga 1320

atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga 1380

gagttggcaa tacccaaagt tcgtgagcta acgcgtaagc gaggcagcga cctaaggtag 1440

ggtcagcgat tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtag gagaacctgc ggctggatca 1500

cct 1503

<210> 22

<211> 1501

<212> ДНК

<213> Clostridium butyricum

<400> 22

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gatgaagctt cttcgggagt ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tttcgaaagg aagattaata ccgcataaga ttgtagtacc 180

gcatggtaca gcaattaaag gagtaatccg ctatgagatg gacccgcgtc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aaactctgtc tttggggacg ataatgacgg tacccaagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg tggatattta agtgggatgt gaaatactcg ggcttaacct gggtgctgca 600

ttccaaactg gatatctaga gtgcaggaga ggaaaggaga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga ataccagtgg cgaaggcgcc tttctggact gtaactgaca 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttactctgta atggaggaag ccacttcggt ggcaggaaga caggtggtgc 1020

atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc 1080

ttattgttag ttgctaccat ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg 1140

aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct 1200

acaatggtcg gtacaatgag atgcaacctc gcgagagtga gcaaaactat aaaaccgatc 1260

tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttgcta gtaatcgcga 1320

atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga 1380

gagttggcaa tacccaaagt tcgtgagcta accgcaagga ggcagcgacc taaggtaggg 1440

tcagcgattg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtagga gaacctgcgg ctggatcacc 1500

t 1501

<210> 23

<211> 1503

<212> ДНК

<213> Clostridium butyricum

<400> 23

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gatgaagctt cttcggaagt ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tttcgaaagg aagattaata ccgcataaga ttgtagtacc 180

gcatggtaca gcaattaaag gagtaatccg ctatgagatg gacccgcgtc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg gaaccctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aaactctgtc tttggggacg ataatgacgg tacccaagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg tggatattta agtgggatgt gaaatactcg ggcttaacct gggtgctgca 600

ttccaaactg gatatctaga gtgcaggaga ggaaaggaga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga ataccagtgg cgaaggcgcc tttctggact gtaactgaca 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttactctgta atggaggaag ccacttcggt ggcaggaaga caggtggtgc 1020

atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc 1080

ttattgttag ttgctaccat ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg 1140

aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct 1200

acaatggtcg gtacaatgag atgcaacctc gcgagagtga gcaaaactat aaaaccgatc 1260

tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttgcta gtaatcgcga 1320

atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga 1380

gagttggcaa tacccaaagt tcgtgagcta acgcgtaagc gaggcagcga cctaaggtag 1440

ggtcagcgat tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtag gagaacctgc ggctggatca 1500

cct 1503

<210> 24

<211> 1503

<212> ДНК

<213> Clostridium butyricum

<400> 24

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gatgaagctt cttcggaagt ggattagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggtaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tttcgaaagg aagattaata ccgcataaga ttgtagtacc 180

gcatggtaca gcaattaaag gagtaatccg ctatgagatg gacccgcgtc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg gaaccctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aaactctgtc tttggggacg ataatgacgg tacccaagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg tggatattta agtgggatgt gaaatactcg ggcttaacct gggtgctgca 600

ttccaaactg gatatctaga gtgcaggaga ggaaaggaga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga ataccagtgg cgaaggcgcc tttctggact gtaactgaca 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttactctgta atggaggaag ccacttcggt ggcaggaaga caggtggtgc 1020

atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag tcccgcaacg agcgcaaccc 1080

ttattgttag ttgctaccat ttagttgagc actctagcga gactgcccgg gttaaccggg 1140

aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg tctagggcta cacacgtgct 1200

acaatggtcg gtacaatgag atgcaacctc gcgagagtga gcaaaactat aaaaccgatc 1260

tcagttcgga ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttgcta gtaatcgcga 1320

atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gccttgtaca caccgcccgt cacaccatga 1380

gagttggcaa tacccaaagt tcgtgagcta acgcgtaagc gaggcagcga cctaaggtag 1440

ggtcagcgat tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtag gagaacctgc ggctggatca 1500

cct 1503

<210> 25

<211> 1502

<212> ДНК

<213> Clostridium disporicum

<400> 25

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcatgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gagtggagtt cttcggaaca aagctagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tcccgaaagg gagattaata ccgcataaga ttgtagcttc 180

gcatgaagta gcaattaaag gagcaatccg ctatgagatg ggcccgcggc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaatgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aagctctgtc ttcggggacg ataatgacgg tacccgagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg cggattttta agtgagatgt gaaatacccg ggcttaactt gggtgctgca 600

tttcaaactg gaagtctaga gtgcaggaga ggagaaggga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga acaccagtgg cgaaggcgct tctctggact gtaactgacg 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttacccgtaa ctggggaagt cgcttcggcg acaggaagac aggtggtgca 1020

tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080

tattgttagt tgctaccatt tagttgagca ctctagcgag actgcccggg ttaaccggga 1140

ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ctagggctac acacgtgcta 1200

caatggcaag tacaaagaga agcaagaccg cgaggtggag caaaactcaa aaacttgtct 1260

cagttcggat tgtaggctga aactcgccta catgaagctg gagttgctag taatcgcgaa 1320

tcagcatgtc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acaccatgag 1380

agttggcaat acccaaagtg cgtgatctaa ctcgcaagag aggaagcgcc ctaaggtagg 1440

gtcagcgatt ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtagg agaacctgcg gctggatcac 1500

ct 1502

<210> 26

<211> 1502

<212> ДНК

<213> Clostridium disporicum

<400> 26

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcatgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gagtggagtt cttcggagca aagctagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tcccgaaagg gagattaata ccgcataaga ttgtagcttc 180

gcatgaagta gcaattaaag gagtaatccg ctatgagatg ggcccgcggc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact actacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaatgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aagctctgtc ttcggggacg ataatgacgg tacccgagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg cggattttta agtgagatgt gaaatacccg ggcttaactt gggtgctgca 600

tttcaaactg gaagtctaga gtgcaggaga ggagaaggga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga acaccagtgg cgaaggcgct tctctggact gtaactgacg 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttacccgtaa ctggggaagt cgcttcggcg acaggaagac aggtggtgca 1020

tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080

tattgttagt tgctatcatt tagttgagca ctctagcgag actgcccggg ttaaccggga 1140

ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ctagggctac acacgtgcta 1200

caatggcaag tacaaagaga agcaagaccg cgaggtggag caaaactcaa aaacttgtct 1260

cagttcggat tgtaggctga aactcgccta catgaagctg gagttgctag taatcgcgaa 1320

tcagcatgtc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acaccatgag 1380

agttggcaat acccaaagtg cgtgatctaa ctcgcaagag aggaagcgcc ctaaggtagg 1440

gtcagcgatt ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtagg agaacctgcg gctggatcac 1500

ct 1502

<210> 27

<211> 1502

<212> ДНК

<213> Clostridium disporicum

<400> 27

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcatgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gagtggagtt cttcggaaca aagctagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tcccgaaagg gagattaata ccgcataaga ttgtagcttc 180

gcatgaagta gcaattaaag gagcaatccg ctatgagatg ggcccgcggc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaatgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aagctctgtc ttcggggacg ataatgacgg tacccgagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg cggattttta agtgagatgt gaaatacccg ggcttaactt gggtgctgca 600

tttcaaactg gaagtctaga gtgcaggaga ggagaaggga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga acaccagtgg cgaaggcgct tctctggact gtaactgacg 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttacccgtaa ctggggaagt cgcttcggcg acaggaagac aggtggtgca 1020

tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080

tattgttagt tgctaccatt tagttgagca ctctagcgag actgcccggg ttaaccggga 1140

ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ctagggctac acacgtgcta 1200

caatggcaag tacaaagaga agcaagaccg cgaggtggag caaaactcaa aaacttgtct 1260

cagttcggat tgtaggctga aactcgccta catgaagctg gagttgctag taatcgcgaa 1320

tcagcatgtc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acaccatgag 1380

agttggcaat acccaaagtg cgtgatctaa ctcgcaagag aggaagcgcc ctaaggtagg 1440

gtcagcgatt ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtagg agaacctgcg gctggatcac 1500

ct 1502

<210> 28

<211> 1502

<212> ДНК

<213> Clostridium disporicum

<400> 28

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcatgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gagtggagtt cttcggaaca aagctagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tcccgaaagg gagattaata ccgcataaga ttgtagcttc 180

gcatgaagta gcaattaaag gagcaatccg ctatgagatg ggcccgcggc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaatgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aagctctgtc ttcggggacg ataatgacgg tacccgagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg cggattttta agtgagatgt gaaatacccg ggcttaactt gggtgctgca 600

tttcaaactg gaagtctaga gtgcaggaga ggagaaggga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga acaccagtgg cgaaggcgct tctctggact gtaactgacg 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttacccgtaa ctggggaagt cgcttcggcg acaggaagac aggtggtgca 1020

tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080

tattgttagt tgctaccatt tagttgagca ctctagcgag actgcccggg ttaaccggga 1140

ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ctagggctac acacgtgcta 1200

caatggcaag tacaaagaga agcaagaccg cgaggtggag caaaactcaa aaacttgtct 1260

cagttcggat tgtaggctga aactcgccta catgaagctg gagttgctag taatcgcgaa 1320

tcagcatgtc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acaccatgag 1380

agttggcaat acccaaagtg cgtgatctaa ctcgcaagag aggaagcgcc ctaaggtagg 1440

gtcagcgatt ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtagg agaacctgcg gctggatcac 1500

ct 1502

<210> 29

<211> 1502

<212> ДНК

<213> Clostridium disporicum

<400> 29

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcatgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gagttgatct cttcggagtg aagctagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tcccgaaagg gagattaata ccgcataaga ttgtagcttc 180

gcatgaagta gcaattaaag gagcaatccg ctatgagatg ggcccgcggc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaatgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aagctctgtc ttcggggacg ataatgacgg tacccgagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg cggattttta agtgagatgt gaaatacccg ggcttaactt gggtgctgca 600

tttcaaactg gaagtctaga gtgcaggaga ggagaaggga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga acaccagtgg cgaaggcgct tctctggact gtaactgacg 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttacccgtaa ctggggaagt cgcttcggcg acaggaagac aggtggtgca 1020

tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080

tattgttagt tgctaccatt tagttgagca ctctagcgag actgcccggg ttaaccggga 1140

ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ctagggctac acacgtgcta 1200

caatggcaag tacaaagaga agcaagaccg cgaggtggag caaaactcaa aaacttgtct 1260

cagttcggat tgtaggctga aactcgccta catgaagctg gagttgctag taatcgcgaa 1320

tcagcatgtc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acaccatgag 1380

agttggcaat acccaaagtg cgtgatctaa ctcgcaagag aggaagcgcc ctaaggtagg 1440

gtcagcgatt ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtagg agaacctgcg gctggatcac 1500

ct 1502

<210> 30

<211> 1502

<212> ДНК

<213> Clostridium disporicum

<400> 30

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcatgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gagtggagtt cttcggaaca aagctagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tcccgaaagg gagattaata ccgcataaga ttgtagcttc 180

gcatgaagta gcaattaaag gagcaatccg ctatgagatg ggcccgcggc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaatgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aagctctgtc ttcggggacg ataatgacgg tacccgagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg cggattttta agtgagatgt gaaatacccg ggcttaactt gggtgctgca 600

tttcaaactg gaagtctaga gtgcaggaga ggagaaggga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga acaccagtgg cgaaggcgct tctctggact gtaactgacg 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttacccgtaa ctggggaagt cgcttcggcg acaggaagac aggtggtgca 1020

tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080

tattgttagt tgctaccatt tagttgagca ctctagcgag actgcccggg ttaaccggga 1140

ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ctagggctac acacgtgcta 1200

caatggcaag tacaaagaga agcaagaccg cgaggtggag caaaactcaa aaacttgtct 1260

cagttcggat tgtaggctga aactcgccta catgaagctg gagttgctag taatcgcgaa 1320

tcagcatgtc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acaccatgag 1380

agttggcaat acccaaagtg cgtgatctaa ctcgcaagag aggaagcgcc ctaaggtagg 1440

gtcagcgatt ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtagg agaacctgcg gctggatcac 1500

ct 1502

<210> 31

<211> 1502

<212> ДНК

<213> Clostridium disporicum

<400> 31

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcatgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gagttgatct cttcggagtg aagctagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tcccgaaagg gagattaata ccgcataaga ttgtagcttc 180

gcatgaagta gcaattaaag gagcaatccg ctatgagatg ggcccgcggc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaatgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aagctctgtc ttcggggacg ataatgacgg tatccgagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg cggattttta agtgagatgt gaaatacccg ggcttaactt gggtgctgca 600

tttcaaactg gaagtctaga gtgcaggaga ggagaaggga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga acaccagtgg cgaaggcgct tctctggact gtaactgacg 720

ctgaggctcg aaagcgtggg aagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttacccgtaa ctggggaagt cgcttcggcg acaggaagac aggtggtgca 1020

tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080

tattgttagt tgctaccatt tagttgagca ctctagcgag actgcccggg ttaaccggga 1140

ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ctagggctac acacgtgcta 1200

caatggcaag tacaaagaga agcaagaccg cgaggtggag caaaactcaa aaacttgtct 1260

cagttcggat tgtaggctga aactcgccta catgaagctg gagttgctag taatcgcgaa 1320

tcagcatgtc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acaccatgag 1380

agttggcaat acccaaagtg cgtgatctaa ctcgcaagag aggaagcgcc ctaaggtagg 1440

gtcagcgatt ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtagg agaacctgcg gctggatcac 1500

ct 1502

<210> 32

<211> 1500

<212> ДНК

<213> Clostridium disporicum

<400> 32

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcatgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gagtggagtt cttcggaaca aagctagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tcccgaaagg gagattaata ccgcataaga ttgtagcttc 180

gcatgaagta gcaattaaag gagcaatccg ctatgagatg ggcccgcggc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaatgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aagctctgtc ttcggggacg ataatgacgg tacccgagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg cggattttta agtgagatgt gaaatacccg ggcttaactt gggtgctgca 600

tttcaaactg gaagtctaga gtgcaggaga ggagaaggga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga acaccagtgg cgaaggcgct tctctggact gtaactgacg 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttacccgtaa ctggggaagt cgcttcggcg acaggaagac aggtggtgca 1020

tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080

tattgttagt tgctaccatt tagttgagca ctctagcgag actgcccggg ttaaccggga 1140

ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ctagggctac acacgtgcta 1200

caatggcaag tacaaagaga agcaagaccg cgaggtggag caaaactcaa aaacttgtct 1260

cagttcggat tgtaggctga aactcgccta catgaagctg gagttgctag taatcgcgaa 1320

tcagcatgtc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgccgtca caccatgaga 1380

gttggcaata cccaaagtgc gtgatctaac tcgcaagaga ggaagcgccc taaggtaggg 1440

tcagcgattg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtagga gaactgcggc tggatcacct 1500

<210> 33

<211> 1502

<212> ДНК

<213> Clostridium disporicum

<400> 33

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcatgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gagtggagtt cttcggaaca aagctagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tcccgaaagg gagattaata ccgcataaga ttgtagcttc 180

gcatgaagta gcaattaaag gagcaatccg ctatgagatg ggcccgcggc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaatgc cgcgtgagtg atgacggcct tagggttgta 420

aagctctgtc ttcggggacg ataatgacgg tacccgagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg cggattttta agtgagatgt gaaatacccg ggcttaactt gggtgctgca 600

tttcaaactg gaagtctaga gtgcaggaga ggagaaggga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga acaccagtgg cgaaggcgct tctctggact gtaactgacg 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttacccgtaa ctggggaagt cgcttcggcg acaggaagac aggtggtgca 1020

tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080

tattgttagt tgctaccatt tagttgagca ctctagcgag actgcccggg ttaaccggga 1140

ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ctagggctac acacgtgcta 1200

caatggcaag tacaaagaga agcaagaccg cgaggtggag caaaactcaa aaacttgtct 1260

cagttcggat tgtaggctga aactcgccta catgaagctg gagttgctag taatcgcgaa 1320

tcagcatgtc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acaccatgag 1380

agttggcaat acccaaagtg cgtgatctaa ctcgcaagag aggaagcgcc ctaaggtagg 1440

gtcagcgatt ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtagg agaacctgcg gctggatcac 1500

ct 1502

<210> 34

<211> 1502

<212> ДНК

<213> Clostridium disporicum

<400> 34

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcatgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gagtggagtt cttcggaaca aagctagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tcccgaaagg gagattaata ccgcataaga ttgtagcttc 180

gcatgaagta gcaattaaag gagcaatccg ctatgagatg ggcccgcggc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaatgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aagctctgtc ttcggggacg ataatgacgg tacccgagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg cggattttta agtgagatgt gaaatacccg ggcttaactt gggtgctgca 600

tttcaaactg gaagtctaga gtgcaggaga ggagaaggga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga acaccagtgg cgaaggcgct tctctggact gtaactgacg 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttacccgtaa ctggggaagt cgcttcggcg acaggaagac aggtggtgca 1020

tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080

tattgttagt tgctaccatt tagttgagca ctctagcgag actgcccggg ttaaccggga 1140

ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ctagggctac acacgtgcta 1200

caatggcaag tacaaagaga agcaagaccg cgaggtggag caaaactcaa aaacttgtct 1260

cagttcggat tgtaggctga aactcgccta catgaagctg gagttgctag taatcgcgaa 1320

tcagcatgtc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acaccatgag 1380

agttggcaat acccaaagtg cgtgatctaa ctcgcaagag aggaagcgcc ctaaggtagg 1440

gtcagcgatt ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtagg agaacctgcg gctggatcac 1500

ct 1502

<210> 35

<211> 1502

<212> ДНК

<213> Clostridium disporicum

<400> 35

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcatgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gagttgatct cttcggagtg aagctagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tcccgaaagg gagattaata ccgcataaga ttgtagcttc 180

gcatgaagca gcaattaaag gagcaatccg ctatgagatg ggcccgcggc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaatgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aagctctgtc ttcggggacg ataatgacgg tacccgagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg cggattttta agtgagatgt gaaatacccg ggcttaactt gggtgctgca 600

tttcaaactg gaagtctaga gtgcaggaga ggagaaggga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga acaccagtgg cgaaggcgct tctctggact gtaactgacg 720

ctgaggatcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttacccgtaa ctggggaagt cgcttcggcg acaggaagac aggtggtgca 1020

tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080

tattgttagt tgctaccatt tagttgagca ctctagcgag actacccggg ttaaccggga 1140

ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ctagggctac acacgtgcta 1200

caatggcaag tacaaagaga agcaagaccg cgaggtggag caaaactcaa aaacttgtct 1260

cagttcggat tgtaggctga aactcgccta catgaagctg gagttgctag taatcgcgaa 1320

tcagcatgtc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acaccatgag 1380

agttggcaat acccaaagtg cgtgatctaa ctcgcaagag aggaagcgcc ctaaggtagg 1440

gtcagcgatt ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtagg agaacctgcg gctggatcac 1500

ct 1502

<210> 36

<211> 1502

<212> ДНК

<213> Clostridium disporicum

<400> 36

agagtttgat cctggctcag gacgaacgct ggcggcatgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gagtggagtt cttcggaaca aagctagcgg cggacgggtg agtaacacgt gggcaacctg 120

cctcatagag gggaatagcc tcccgaaagg gagattaata ccgcataaga ttgtagcttc 180

gcatgaagta gcaattaaag gagcaatccg ctatgagatg ggcccgcggc gcattagcta 240

gttggtgagg taacggctca ccaaggcgac gatgcgtagc cgacctgaga gggtgatcgg 300

ccacattggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatggggg aaaccctgat gcagcaatgc cgcgtgagtg atgacggcct tcgggttgta 420

aagctctgtc ttcggggacg ataatgacgg tacccgagga ggaagccacg gctaactacg 480

tgccagcagc cgcggtaata cgtaggtggc aagcgttgtc cggatttact gggcgtaaag 540

ggagcgtagg cggattttta agtgagatgt gaaatacccg ggcttaactt gggtgctgca 600

tttcaaactg gaagtctaga gtgcaggaga ggagaaggga attcctagtg tagcggtgaa 660

atgcgtagag attaggaaga acaccagtgg cgaaggcgct tctctggatt gtaactgacg 720

ctgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa 780

acgatgaata ctaggtgtag gggttgtcat gacctctgtg ccgccgctaa cgcattaagt 840

attccgcctg gggagtacgg tcgcaagatt aaaactcaaa ggaattgacg ggggcccgca 900

caagcagcgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc tagacttgac 960

atctcctgaa ttacccgtaa ctggggaagt cgcttcggcg acaggaagac aggtggtgca 1020

tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct 1080

tattgttagt tgctaccatt tagttgagca ctctagcgag actgcccggg ttaaccggga 1140

ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ctagggctac acacgtgcta 1200

caatggcaag tacaaagaga agcaagaccg cgaggtggag caaaactcaa aaacttgtct 1260

cagttcggat tgtaggctga aactcgccta catgaagctg gagttgctag taatcgcgaa 1320

tcagcatgtc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac accgcccgtc acaccatgag 1380

agttggcaat acccaaagtg cgtgatctaa ctcgcaagag aggaagcgcc ctaaggtagg 1440

gtcagcgatt ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtagg agaacctgcg gctggatcac 1500

ct 1502

<210> 37

<211> 1531

<212> ДНК

<213> Clostridium hylemonae

<400> 37

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

gaagcaatac tgtgtgaaga gattagcttg ctaagatcag aactttgtat tgactgagtg 120

gcggacgggt gagtaacgcg tgggcaacct gccttacaca gggggataac agctagaaat 180

ggctgctaat accgcataag acctcagtac cgcatggtag aggggtaaaa actccggtgg 240

tgtaagatgg gcccgcgtct gattaggtag ttggtagggt aacggcctac caagccgacg 300

atcagtagcc gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccaaactc 360

ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc 420

gcgtgaagga tgaagtattt cggtatgtaa acttctatca gcagggaaga agatgacggt 480

acctgactaa gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca 540

agcgttatcc ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggcatggcaa gtctgaagtg 600

aaagcccggg gctcaacccc gggactgctt tggaaactgt caggctagag tgtcggagag 660

gcaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc 720

gaaggcggct tgctggacga tgactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg 780

attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgattac taggtgtcgg gaagcaaagc 840

ttttcggtgc cgcagctaac gcaataagta atccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg 900

aaactcaaag gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag 960

caacgcgaag aaccttacct gatcttgaca tcccggtgac aaagtatgta aagtactctt 1020

tcttcggaac accggtgaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt 1080

gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt atctttagta gccagcattt gaggtgggca 1140

ctctagagag actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg 1200

ccccttatga ccagggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga agcgaccctg 1260

tgaaggcaag caaatcccaa aaataacgtc tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact 1320

acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg 1380

gtcttgtaca caccgcccgt cacaccatgg gagtcagtaa cgcccgaagc cggtgaccta 1440

accgaaagga aggagccgtc gaaggtggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt 1500

agccgtatcg gaaggtgcgg ctggatcacc t 1531

<210> 38

<211> 1531

<212> ДНК

<213> Clostridium hylemonae

<400> 38

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

gaagcaatac tgtgtgaaga gattagcttg ctaagatcag aactttgtat tgactgagtg 120

gcggacgggt gagtaacgcg tgggcaacct gccttacaca gggggataac agctagaaat 180

ggctgctaat accgcataag acctcagtac cgcatggtag aggggtaaaa actccggtgg 240

tgtaagatgg gcccgcgtct gattaggtag ttggtagggt aacggcctac caagccgacg 300

atcagtagcc gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccaaactc 360

ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc 420

gcgtgaagga tgaagtattt cggtatgtaa acttctatca gcagggaaga agatgacggt 480

acctgactaa gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca 540

agcgttatcc ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggcatggcaa gtctgaagtg 600

aaagcccggg gctcaacccc gggactgctt tggaaactgt caggctagag tgtcggagag 660

gcaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc 720

gaaggcggct tgctggacga tgactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg 780

attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgattac taggtgtcgg gaagcaaagc 840

ttttcggtgc cgcagccaac gcaataagta atccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg 900

aaactcaaag gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag 960

caacgcgaag aaccttacct gatcttgaca tcccggtgac aaagtatgta atgtactctt 1020

tcttcggaac accggtgaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt 1080

gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt atctttagta gccagcattt aaggtgggca 1140

ctctagagag actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg 1200

ccccttatga ccagggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga agcgaccctg 1260

tgaaggcaag caaatcccaa aaataacgtc tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact 1320

acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg 1380

gtcttgtaca caccgcccgt cacaccatgg gagtcagtaa cgcccgaagc cggtgaccta 1440

accgaaagga aggagccgtc gaaggtggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt 1500

agccgtatcg gaaggtgcgg ctggatcacc t 1531

<210> 39

<211> 1531

<212> ДНК

<213> Clostridium hylemonae

<400> 39

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

gaagcaatac tgtgtgaaga gattagcttg ctaagatcag aactttgtat tgactgagtg 120

gcggacgggt gagtaacgcg tgggcaacct gccttacaca gggggataac agctagaaat 180

ggctgctaat accgcataag acctcagtac cgcatggtag aggggtaaaa actccggtgg 240

tgtaagatgg gcccgcgtct gattaggtag ttggtagggt aacggcctac caagccgacg 300

atcagtagcc gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccaaactc 360

ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc 420

gcgtgaagga tgaagtattt cggtatgtaa acttctatca gcagggaaga agatgacggt 480

acctgactaa gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca 540

agcgttatcc ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggcatggcaa gtctgaagtg 600

aaagcccggg gctcaacccc gggactgctt tggaaactgt caggctagag tgtcggagag 660

gcaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc 720

gaaggcggct tgctggacga tgactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg 780

attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgattac taggtgtcgg gaagcaaagc 840

ttttcggtgc cgcagccaac gcaataagta atccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg 900

aaactcaaag gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag 960

caacgcgaag aaccttacct gatcttgaca tcccggtgac aaagtatgta atgtactctt 1020

tcttcggaac accggtgaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt 1080

gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt atctttagta gccagcattt gaggtgggca 1140

ctctagagag actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg 1200

ccccttatga ccagggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga agcgatcctg 1260

tgaaggcaag caaatcccaa aaataacgtc tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact 1320

acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg 1380

gtcttgtaca caccgcccgt cacaccatgg gagtcagtaa cgcccgaagc cggtgaccta 1440

accgaaagga aggagccgtc gaaggtggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt 1500

agccgtatcg gaaggtgcgg ctggatcacc t 1531

<210> 40

<211> 1531

<212> ДНК

<213> Clostridium hylemonae

<400> 40

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

gaagcaatac tgtgtgaaga gattagcttg ctaagatcag aactttgtat tgactgagtg 120

gcggacgggt gagtaacgcg tgggcaacct gccttacaca gggggataac agctagaaat 180

ggctgctaat accgcataag acctcagtac cgcatggtag aggggtaaaa actccggtgg 240

tgtaagatgg gcccgcgtct gattaggtag ttggtagggt aacggcctac caagccgacg 300

atcagtagcc gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccaaactc 360

ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc 420

gcgtgaagga tgaagtattt cggtatgtaa acttctatca gcagggaaga agatgacggt 480

acctgactaa gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca 540

agcgttatcc ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggcatggcaa gtctgaagtg 600

aaagcccggg gctcaacccc gggactgctt tggaaactgt caggctagag tgtcggagag 660

gcaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc 720

gaaggcggct tgctggacga tgactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg 780

attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgattac taggtgtcgg gaagcaaagc 840

ttttcggtgc cgcagccaac gcaataagta atccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg 900

aaactcaaag gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag 960

caacgcgaag aaccttacct gatcttgaca tcccggtgac aaagtatgta atgtactctt 1020

tcttcggaac accggtgaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt 1080

gggttaagtc ccgcaacgag cgcaaccctt atctttagta gccagcattt gaggtgggca 1140

ctctagagag actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg 1200

ccccttatga ccagggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga agcgaccctg 1260

tgaaggcaag caaatcccaa aaataacgtc tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact 1320

acatgaagct ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg 1380

gtcttgtaca caccgcccgt cacaccatgg gagtcagtaa cgcccgaagc cggtgaccta 1440

accgaaagga aggagccgtc gaaggtggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt 1500

agccgtatcg gaaggtgcgg ctggatcacc t 1531

<210> 41

<211> 1528

<212> ДНК

<213> Clostridium innocuum

<400> 41

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaatacatg caagtcgaac 60

gaagtttcga ggaagcttgc ttccaaagag acttagtggc gaacgggtga gtaacacgta 120

ggtaacctgc ccatgtgtcc gggataactg ctggaaacgg tagctaaaac cggataggta 180

tacagagcgc atgctcagta tattaaagcg cccttcaagg cgtgaacatg gatggacctg 240

cggcgcatta gctagttggt gaggtaacgg cccaccaagg caatgatgcg tagccggcct 300

gagagggtaa acggccacat tgggactgag acacggccca aactcctacg ggaggcagca 360

gtagggaatt ttcgtcaatg ggggaaaccc tgaacgagca atgccgcgtg agtgaagaag 420

gtcttcggat cgtaaagctc tgttgtaagt gaagaacggc tcatagagga aatgctatgg 480

gagtgacggt agcttaccag aaagccacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac 540

gtaggtggca agcgttatcc ggaatcattg ggcgtaaagg gtgcgtaggt ggcgtactaa 600

gtctgtagta aaaggcaatg gctcaaccat tgtaagctat ggaaactggt atgctggagt 660

gcagaagagg gcgatggaat tccatgtgta gcggtaaaat gcgtagatat atggaggaac 720

accagtggcg aaggcggtcg cctggtctgt aactgacact gaggcacgaa agcgtgggga 780

gcaaatagga ttagataccc tagtagtcca cgccgtaaac gatgagaact aagtgttgga 840

ggaattcagt gctgcagtta acgcaataag ttctccgcct ggggagtatg cacgcaagtg 900

tgaaactcaa aggaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagtatgtgg tttaattcga 960

agcaacgcga agaaccttac caggccttga catggaaaca aataccctag agataggggg 1020

ataattatgg atcacacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg 1080

gttaagtccc gcaacgagcg caacccttgt cgcatgttac cagcatcaag ttggggactc 1140

atgcgagact gccggtgaca aaccggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc 1200

cttatggcct gggctacaca cgtactacaa tggcgaccac aaagagcagc gacacagtga 1260

tgtgaagcga atctcataaa ggtcgtctca gttcggattg aagtctgcaa ctcgacttca 1320

tgaagtcgga atcgctagta atcgcagatc agcatgctgc ggtgaatacg ttctcgggcc 1380

ttgtacacac cgcccgtcaa accatgggag tcagtaatac ccgaagccgg tggcataacc 1440

gtaaggagtg agccgtcgaa ggtaggaccg atgactgggg ttaagtcgta acaaggtatc 1500

cctacgggaa cgtggggatg gatcacct 1528

<210> 42

<211> 1528

<212> ДНК

<213> Clostridium innocuum

<400> 42

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaatacatg caagtcgaac 60

gaagtttcga ggaagcttgc ttccaaagag acttagtggc gaacgggtga gtaacacgta 120

ggtaacctgc ccatgtgtcc gggataactg ctggaaacgg tagctaaaac cggataggta 180

tacagagcgc atgctcagta tattaaagcg cccttcaagg cgtgaacatg gatggacctg 240

cggcgcatta gctagttggt gaggtaacgg cccaccaagg caatgatgcg tagccggcct 300

gagagggtaa acggccacat tgggactgag acacggccca aactcctacg ggaggcagca 360

gtagggaatt ttcgtcaatg ggggaaaccc tgaacgagca atgccgcgtg agtgaagaag 420

gtcttcggat cgtaaagctc tgttgtaagt gaagaacggc tcatagagga aatgctatgg 480

gagtgacggt agcttaccag aaagccacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac 540

gtaggtggca agcgttatcc ggaatcattg ggcgtaaagg gtgcgtaggt ggcgtactaa 600

gtctgtagta aaaggcaatg gctcaaccat tgtaagctat ggaaactggt atgctggagt 660

gcagaagagg gcgatggaat tccatgtgta gcggtaaaat gcgtagatat atggaggaac 720

accagtggcg aaggcggtcg cctggtctgt aactgacact gaggcacgaa agcgtgggga 780

gcaaatagga ttagataccc tagtagtcca cgccgtaaac gatgagaact aagtgttgga 840

gaaattcagt gctgcagtta acgcaataag ttctccgcct ggggagtatg cacgcaagtg 900

tgaaactcaa aggaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagtatgtgg tttaattcga 960

agcaacgcga agaaccttac caggccttga catggaaaca aataccctag agataggggg 1020

ataattatgg atcacacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg 1080

gttaagtccc gcaacgagcg caacccttgt cgcatgttac cagcatcaag ttggggactc 1140

atgcgagact gccggtgaca aaccggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc 1200

cttatggcct gggctacaca cgtactacaa tggcgaccac aaagagcagc gacacagtga 1260

tgtgaagcga atctcataaa ggccgtctca gttcggattg aagtctgcaa ctcgacttca 1320

tgaagtcgga atcgctagta atcgcagatc agcatgctgc ggtgaatacg ttctcgggcc 1380

ttgtacacac cgcccgtcaa accatgggag tcagtaatac ccgaagccgg tggcataacc 1440

gtaaggagtg agccgtcgaa ggtaggaccg atgactgggg ttaagtcgta acaaggtatc 1500

cctacgggaa cgtggggatg gatcacct 1528

<210> 43

<211> 1528

<212> ДНК

<213> Clostridium innocuum

<400> 43

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaatacatg caagtcgaac 60

gaagtttcga ggaagcttgc ttccaaagag acttagtggc gaacgggtga gtaacacgta 120

ggtaacctgc ccatgtgtcc gggataactg ctggaaacgg tagctaaaac cggataggta 180

tacagagcgc atgctcagta tattaaagcg cccttcaagg cgtgaacatg gatggacctg 240

cggcgcatta gctagttggt gaggtaacgg cccaccaagg caatgatgcg tagccggcct 300

gagagggtaa acggccacat tgggactgag acacggccca aactcctacg ggaggcagca 360

gtagggaatt ttcgtcaatg ggggaaaccc tgaacgagca atgccgcgtg agtgaagaag 420

gtcttcggat cgtaaagctc tgttgtaagt gaagaacggc tcatagagga aatgctatgg 480

gagtgacggt agcttaccag aaagccacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac 540

gtaggtggca agcgttatcc ggaatcattg ggcgtaaagg gtgcgtaggt ggcgtactaa 600

gtctgtagta aaaggcaatg gctcaaccat tgtaagctat ggaaactggt atgctggagt 660

gcagaagagg gcgatggaat tccatgtgta gcggtaaaat gcgtagatat atggaggaac 720

accagtggcg aaggcggtcg cctggtctgt aactgacact gaggcacgaa agcgtgggga 780

gcaaatagga ttagataccc tagtagtcca cgccgtaaac gatgagaact aagtgttgga 840

ggaattcagt gctgcagtta acgcaataag ttctccgcct ggggagtatg cacgcaagtg 900

tgaaactcaa aggaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagtatgtgg tttaattcga 960

agcaacgcga agaaccttac caggccttga catggaaaca aataccctag agataggggg 1020

ataattatgg atcacacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg 1080

gttaagtccc gcaacgagcg caacccttgt cgcatgttac cagcatcaag ttggggactc 1140

atgcgagact gccggtgaca aaccggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc 1200

cttatggcct gggctacaca cgtactacaa tggcgaccac aaagagcagc gacacagtga 1260

tgtgaagcga atctcataaa ggtcgtctca gttcggattg aagtctgcaa ctcgacttca 1320

tgaagtcgga atcgctagta atcgcagatc agcatgctgc ggtgaatacg ttctcgggcc 1380

ttgtacacac cgcccgtcaa accatgggag tcagtaatac ccgaagccgg tggcataacc 1440

gtaaggagtg agccgtcgaa ggtaggaccg atgactgggg ttaagtcgta acaaggtatc 1500

cctacgggaa cgtggggatg gatcacct 1528

<210> 44

<211> 1528

<212> ДНК

<213> Clostridium innocuum

<400> 44

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaatacatg caagtcgaac 60

gaagtttcga ggaagcttgc ttccaaagag acttagtggc gaacgggtga gtaacacgta 120

ggtaacctgc ccatgtgtcc gggataactg ctggaaacgg tagctaaaac cggataggta 180

tacagagcgc atgctcagta tattaaagcg cccatcaagg cgtgaacatg gatggacctg 240

cggcgcatta gctagttggt gaggtaacgg cccaccaagg cgatgatgcg tagccggcct 300

gagagggtaa acggccacat tgggactgag acacggccca aactcctacg ggaggcagca 360

gtagggaatt ttcgtcaatg ggggaaaccc tgaacgagca atgccgcgtg agtgaagaag 420

gtcttcggat cgtaaagctc tgttgtaagt gaagaacggc tcatagagga aatgctatgg 480

gagtgacggt agcttaccag aaagccacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac 540

gtaggtggca agcgttatcc ggaatcattg ggcgtaaagg gtgcgtaggt ggcgtactaa 600

gtctgtagta aaaggcaatg gctcaaccat tgtaagctat ggaaactggt atgctggagt 660

gcagaagagg gcgatggaat tccatgtgta gcggtaaaat gcgtagatat atggaggaac 720

accagtggcg aaggcggtcg cctggtctgt aactgacact gaggcacgaa agcgtgggga 780

gcaaatagga ttagataccc tagtagtcca cgccgtaaac gatgagaact aagtgttgga 840

ggaattcagt gctgcagtta acgcaataag ttctccgcct ggggagtatg cacgcaagtg 900

tgaaactcaa aggaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagtatgtgg tttaattcga 960

agcaacgcga agaaccttac caggccttga catggaaaca aataccctag agataggggg 1020

ataattatgg atcacacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg 1080

gttaagtccc gcaacgagcg caacccttgt cgcatgttac cagcatcaag ttggggactc 1140

atgcgagact gccggtgaca aaccggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc 1200

cttatggcct gggctacaca cgtactacaa tggcgaccac aaagagcagc gacacagtga 1260

tgtgaagcga atctcataaa ggtcgtctca gttcggattg aagtctgcaa ctcgacttca 1320

tgaagtcgga atcgctagta atcgcagatc agcatgctgc ggtgaatacg ttctcgggcc 1380

ttgtacacac cgcccgtcaa accatgggag tcagtaatac ccgaagccgg tggcataacc 1440

gcaaggagtg agccgtcgaa ggtaggaccg atgactgggg ttaagtcgta acaaggtatc 1500

cctacgggaa cgtggggatg gatcacct 1528

<210> 45

<211> 1528

<212> ДНК

<213> Clostridium innocuum

<400> 45

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcatgc ctaatacatg caagtcgaac 60

gaagactcta ggaagcttgc ttccaaagag acttagtggc gaacgggtga gtaacacgta 120

ggtaacctgc ccatgtgtcc gggataactg ctggaaacgg tagctaaaac cggataggta 180

tacagagcgc atgctcagta tattaaagcg cccttcaagg cgtgaacatg gatggacctg 240

cggcgcatta gctagttggt gaggtaacgg cccaccaagg caatgatgcg tagccggcct 300

gagagggtaa acggccacat tgggactgag acacggccca aactcctacg ggaggcagca 360

gtagggaatt ttcgtcaatg ggggaaaccc tgaacgagca atgccgcgtg agtgaagaag 420

gtcttcggat cgtaaagctc tgttgtaagt gaagaacggc tcatagagga aatgctatgg 480

gagtgacggt agcttaccag aaagccacgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac 540

gtaggtggca agcgttatcc ggaatcattg ggcgtaaagg gtgcgtaggt ggcgtactaa 600

gtctgtagta aaaggcaatg gctcaaccat tgtaagctat ggaaactggt atgctggagt 660

gcagaagagg gcgatggaat tccatgtgta gcggtaaaat gcgtagatat atggaggaac 720

accagtggcg aaggcggtcg cctggtctgt aactgacact gaggcacgaa agcgtgggga 780

gcaaatagga ttagataccc tagtagtcca cgccgtaaac gatgagaact aagtgttgga 840

ggaattcagt gctgcagtta acgcaataag ttctccgcct ggggagtatg cacgcaagtg 900

tgaaactcaa aggaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagtatgtgg tttaattcga 960

agcaacgcga agaaccttac caggccttga catggaaaca aataccctag agataggggg 1020

ataattatgg atcacacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg 1080

gttaagtccc gcaacgagcg caacccttgt cgcatgttac cagcatcaag ttggggactc 1140

atgcgagact gccggtgaca aaccggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc 1200

cttatggcct gggctacaca cgtactacaa tggcgaccac aaagagcagc gacacagtga 1260

tgtgaagcga atctcataaa ggtcgtctca gttcggattg aagtctgcaa ctcgacttca 1320

tgaagtcgga atcgctagta atcgcagatc agcatgctgc ggtgaatacg ttctcgggcc 1380

ttgtacacac cgcccgtcaa accatgggag tcagtaatac ccgaagccgg tggcataacc 1440

gtaaggagtg agccgtcgaa ggtaggaccg atgactgggg ttaagtcgta acaaggtatc 1500

cctacgggaa cgtggggatg gatcacct 1528

<210> 46

<211> 1493

<212> ДНК

<213> Clostridium mayombei

<400> 46

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gattctcttc ggagaagagc ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac 120

acatggataa cataccgaaa ggtatgctaa tacaggataa cataagagat tcgcatgttt 180

ctcttatcaa agctccggcg gtatgagatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg 240

taatggctta ccaaggcgac gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga 300

actgagacac ggtccaaact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg 360

aaagcctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggtcgta aaactctgtc 420

ctcaaggaag ataatgacgg tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc 480

cgcggtaata cgtagggggc tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg 540

tggtttctta agtcaggagt gaaaggctac ggcttaaccg tagtaagctc ttgaaactgg 600

gaaacttgag tgcaggagag gaaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata 660

ttaggaggaa caccagtagc gaaggcggct ttctggactg taactgacac tgaggcacga 720

aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgagtac 780

taggtgtcgg gggttacccc cctcggtgcc gcagctaacg cattaagtac tccgcctggg 840

gagtacgctc gcaagagtga aactcaaagg aattgacggg gacccgcaca agtagcggag 900

catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga accttaccta agcttgacat ccttttgacc 960

gatgcctaat cgcatttttc ccttcgggga cagaagtgac aggtggtgca tggttgtcgt 1020

cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tgcctttagt 1080

tgccagcatt aagttgggca ctctagaggg actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg 1140

gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgc ttagggctac acacgtgcta caatgggtgg 1200

tacagagggc agccaagtcg tgaggccgag ctaatccctt aaagccattc tcagttcgga 1260

ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttacta gtaatcgcag atcagaatgc 1320

tgcggtgaat gcgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacgg aagttggggg 1380

cgcccgaagc cacttagcta acccttttgg gaagcgagtg tcgaaggtga aatcaataac 1440

tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc ggctggatca cct 1493

<210> 47

<211> 1493

<212> ДНК

<213> Clostridium mayombei

<400> 47

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gattctcttc ggagaagagc ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac 120

acatggataa cataccgaaa ggtatgctaa tacaggataa cataagagat tcgcatgttt 180

ctcttatcaa agctccggcg gtatgagatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg 240

taatggctta ccaaggcaac gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga 300

actgagacac ggtccaaact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg 360

aaagcctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggtcgta aaactctgtc 420

ctcaaggaag ataatgacgg tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc 480

cgcggtaata cgtagggggc tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg 540

tggtttctta agtcaggagt gaaaggctac ggcttaaccg tagtaagctc ttgaaactgg 600

gaaacttgag tgcaggagag gaaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata 660

ttaggaggaa caccagtagc gaaggcggct ttctggactg taactgacac tgaggcacga 720

aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgagtac 780

taggtgtcgg gggttacccc cctcggtgcc gcagctaacg cattaagtac tccgcctggg 840

gagtacgctc gcaagagtga aactcaaagg aattgacggg gacccgcaca agtagcggag 900

catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga accttaccta agcttgacat ccttttgacc 960

gatgcctaat cgcatttttc ccttcgggga cagaagtgac aggtggtgca tggttgtcgt 1020

cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tgcctttagt 1080

tgccagcatt aagttgggca ctctagaggg actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg 1140

gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgc ttagggctac acacgtgcta caatgggtgg 1200

tacagagggc agccaagtcg tgaggccgag ctaatccctt aaagccattc tcagttcgga 1260

ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttacta gtaatcgcag atcagaatgc 1320

tgcggtgaat gcgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacgg aagttggggg 1380

cgcccgaagc cacttagcta acccttttgg gaagcgagtg tcgaaggtga aatcaataac 1440

tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc ggctggatca cct 1493

<210> 48

<211> 1493

<212> ДНК

<213> Clostridium mayombei

<400> 48

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gattctcttc ggagaagagc ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac 120

acatggataa cataccgaaa ggtatgctaa tacaggataa cataagagat tcgcatgttt 180

ctcttatcaa agctccggcg gtatgagatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg 240

taatggctta ccaaggcaac gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga 300

actgagacac ggtccaaact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg 360

aaagcctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggtcgta aaactctgtc 420

ctcaaggaag ataatgacgg tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc 480

cgcggtaata cgtagggggc tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg 540

tggtttctta agtcaggagt gaaaggctac ggcttaaccg tagtaagctc ttgaaactgg 600

gaaacttgag tgcaggagag gaaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata 660

ttaggaggaa caccagtagc gaaggcggct ttctggactg taactgacac tgaggcacga 720

aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgagtac 780

taggtgtcgg gggttacccc cctcggtgcc gcagctaacg cattaagtac tccgcctggg 840

gagtacgctc gcaagagtga aactcaaagg aattgacggg gacccgcaca agtagcggag 900

catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga accttaccta agcttgacat ccttttgatc 960

gatgcctaat cgcatttttc ccttcgggga cagaagtgac aggtggtgca tggttgtcgt 1020

cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tgcctttagt 1080

tgccagcatt aagttgggca ctctagaggg actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg 1140

gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgc ttagggctac acacgtgcta caatgggtgg 1200

tacagagggc agccaagtcg tgaggccgag ctaatccctt aaagccattc tcagttcgga 1260

ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttacta gtaatcgcag atcagaatgc 1320

tgcggtgaat gcgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacgg aagttggggg 1380

cgcccgaagc cacttagcta acccttttgg gaagcgagtg tcgaaggtga aatcaataac 1440

tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc ggctggatca cct 1493

<210> 49

<211> 1493

<212> ДНК

<213> Clostridium mayombei

<400> 49

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gattcacttc ggtgaagagc ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac 120

acatggataa cataccgaaa ggtatgctaa tacaggataa cataagagat tcgcatgttt 180

ctcttatcaa agctccggcg gtatgagatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg 240

taatggctta ccaaggcgac gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga 300

actgagacac ggtccaaact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg 360

aaagcctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggtcgta aaactctgtc 420

ctcaaggaag ataatgacgg tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc 480

cgcggtaata cgtagggggc tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg 540

tggtttctta agtcaggagt gaaaggctac ggcttaaccg tagtaagctc ttgaaactgg 600

gaaacttgag tgcaggagag gaaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata 660

ttaggaggaa caccagtagc gaaggcggct ttctggactg taactgacac tgaggcacga 720

aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgagtac 780

taggtgtcgg gggttacccc cctcggtgcc gcagctaacg cattaagtac tccgcctggg 840

gagtacgctc gcaagagtga aactcaaagg aattgacggg gacccgcaca agtagcggag 900

catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga accttaccta agcttgacat ccttttgacc 960

gatgcctaat cgcatttttc ccttcgggga cagaagtgac aggtggtgca tggttgtcgt 1020

cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tgcctttagt 1080

tgccagcatt aagttgggca ctctagaggg actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg 1140

gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgc ttagggctac acacgtgcta caatgggtgg 1200

tacagagggc agccaagtcg tgaggccgag ctaatccctt aaagccattc tcagttcgga 1260

ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttacta gtaatcgcag atcagaatgc 1320

tgcggtgaat gcgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacgg aagttggggg 1380

cgcccgaagc cacttagcta acccttttgg gaagcgagtg tcgaaggtga aatcaataac 1440

tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc ggctggatca cct 1493

<210> 50

<211> 1493

<212> ДНК

<213> Clostridium mayombei

<400> 50

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gattctcttc ggagaagagc ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac 120

acatggataa cataccgaaa ggtatgctaa tacaggataa cataagagat tcgcatgttt 180

ctcttatcaa agctccggcg gtatgagatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg 240

taatggctta ccaaggcgac gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga 300

actgagacac ggtccaaact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg 360

aaagcctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggtcgta aaactctgtc 420

ctcaaggaag ataatgacgg tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc 480

cgcggtaata cgtagggggc tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg 540

tggtttctta agtcaggagt gaaaggctac ggctcaaccg tagtaagctc ttgaaactgg 600

gaaacttgag tgcaggagag gaaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata 660

ttaggaggaa caccagtagc gaaggcggct ttctggactg taactgacac tgaggcacga 720

aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgagtac 780

taggtgtcgg gggttacccc cctcggtgcc gcagctaacg cattaagtac tccgcctggg 840

gagtacgctc gcaagagtga aactcaaagg aattgacggg gacccgcaca agtagcggag 900

catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga accttaccta agcttgacat ccttttgacc 960

gatgcctaat cgcatttttc ccttcgggga cagaagtgac aggtggtgca tggttgtcgt 1020

cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tgcctttagt 1080

tgccagcatt aagttgggca ctctagaggg actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg 1140

gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgc ttagggctac acacgtgcta caatgggtgg 1200

tacagagggc agccaagtcg tgaggccgag ctaatccctt aaagccattc tcagttcgga 1260

ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttacta gtaatcgcag atcagaatgc 1320

tgcggtgaat gcgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacgg aagttggggg 1380

cgcccgaagc cacttagcta acccttttgg gaagcgagtg tcgaaggtga aatcaataac 1440

tggggtgaag tcgtaacaag gtagctgtat cggaaggtgc ggctggatca cct 1493

<210> 51

<211> 1493

<212> ДНК

<213> Clostridium mayombei

<400> 51

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gattctcttc ggagaagagc ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac 120

acatggataa cataccgaaa ggtatgctaa tacaggataa tataagagat tcgcatgttt 180

ctcttatcaa agctccggcg gtatgagatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg 240

taatggctta ccaaggcgac gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga 300

actgagacac ggtccaaact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg 360

aaagcctgat gcagcaacgt cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggtcgta aaactctgtc 420

ctcaaggaag ataatgacgg tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc 480

cgcggtaata cgtagggggc tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg 540

tggtttctta agtcaggagt gaaaggctac ggcttaaccg tagtaagctc ttgaaactgg 600

gaaacttgag tgcaggagag gaaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata 660

ttaggaggaa caccagtagc gaaggcggct ttctggactg taactgacac tgaggcacga 720

aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgagtac 780

taggtgtcgg gggttacccc cctcggtgcc gcagctaacg cattaagtac tccgcctggg 840

gagtacgctc gcaagagtga aactcaaagg aattgacggg gacccgcaca agtagcggag 900

catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga accttaccta agcttgacat ccttttgacc 960

gatgcctaat cgcatttttc ccttcgggga cagaagtgac aggtggtgca tggttgtcgt 1020

cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tgcctttagt 1080

tgccagcatt aagttgggca ctctagaggg actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg 1140

gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgc ttagggctac acacgtgcta caatgggtgg 1200

tacagagggc agccaagtcg tgaggccgag ctaatccctt aaagccattc tcagttcgga 1260

ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttacta gtaatcgcag atcagaatgc 1320

tgcggtgaat gcgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacgg aagttggggg 1380

cgcccgaagc cacttagcta acccttttgg gaagcgagtg tcgaaggtga aatcaataac 1440

tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc ggctggatca cct 1493

<210> 52

<211> 1493

<212> ДНК

<213> Clostridium mayombei

<400> 52

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gattctcttc ggagaagagc ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac 120

acatggataa cataccgaaa ggtatgctaa tacaggataa cataagagat tcgcatgttt 180

ctcttatcaa agctccggcg gtatgagatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg 240

taatggctta ccaaggcgac gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga 300

actgagacac ggtccaaact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg 360

aaagcctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggtcgta aaactctgtc 420

ctcaaggaag ataatgacgg tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc 480

cgcggtaata cgtagggggc tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg 540

tggtttctta agtcaggagt gaaaggctac ggcttaaccg tagtaagctc ttgaaactgg 600

gaaacttgag tgcaggagag gaaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata 660

ttaggaggaa caccagtagc gaaggcggct ttctggactg taactgacac tgaggcacga 720

aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgagtac 780

taggtgtcgg gggttacccc cctcggtgcc gcagctaacg cattaagtac tccgcctggg 840

gagtacgctc gcaagagtga aactcaaagg aattgacggg gacccgcaca agtagcggag 900

catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga accttaccta agcttgacat ccttttgacc 960

gatgcctaat cgcatttttc ccttcgggga cagaagtgac aggtggtgca tggttgtcgt 1020

cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tgcctttagt 1080

tgccaccatt aagttgggca ctctagaggg actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg 1140

gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgc ttagggctac acacgtgcta caatgggtgg 1200

tacagagggc agccaagtcg tgaggccgag ctaatccctt aaagccattc tcagttcgga 1260

ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttacta gtaatcgcag atcagaatgc 1320

tgcggtgaat gcgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacgg aagttggggg 1380

cgcccgaagc cacttagcta acccttttgg gaagcgagtg tcgaaggtga aatcaataac 1440

tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc ggctggatca cct 1493

<210> 53

<211> 1493

<212> ДНК

<213> Clostridium mayombei

<400> 53

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gattctcttc ggagaagagc ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac 120

acatggataa cataccgaaa ggtatgctaa tacaggataa cataagagat tcgcatgttt 180

ctcttatcaa agctccggcg gtatgagatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg 240

taatggctta ccaaggcgac gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga 300

actgagacac ggtccaaact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg 360

aaagcctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggtcgta aaactctgtc 420

ctcaaggaag ataatgacgg tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc 480

cgcggtaata cgtagggggc tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg 540

tggtttctta agtcaggagt gaaaggctac ggcttaaccg tagtaagctc ttgaaactgg 600

gaaacttgag tgcaggagag gaaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata 660

ttaggaggaa caccagtagc gaaggcggct ttctggactg taactgacac tgaggcacga 720

aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgagtac 780

taggtgtcgg gggttacccc cctcggtgcc gcagctaacg cattaagtac tccgcctggg 840

gagtacgctc gcaagagtga aactcaaagg aattgacggg gacccgcaca agtagcggag 900

catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga accttaccta agcttgacat ccttttgacc 960

gatgcctaat cgcatttttc ccttcgggga cagaagtgac aggtggtgca tggttgtcgt 1020

cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tgcctttagt 1080

tgccagcatt aagttgggca ctctagaggg actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg 1140

gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgc ttagggctac acacgtgcta caatgggtgg 1200

tacagagggc agccaagtcg tgaggccgag ctaatccctt aaagccattc tcagttcgga 1260

ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttacta gtaatcgcag atcagaatgc 1320

tgcggtgaat gcgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacgg aagttggggg 1380

cgcccgaagc cacttagcta acccttttgg gaagcgagtg tcgaaggtga aatcaataac 1440

tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc ggctggatca cct 1493

<210> 54

<211> 1493

<212> ДНК

<213> Clostridium mayombei

<400> 54

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gattctcttc ggagaagagc ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac 120

acatggataa cataccgaaa ggtatgctaa tacaggataa cataagagat tcgcatgttt 180

ctcttatcaa agctccggcg gtatgagatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg 240

taatggctta ccaaggcgac gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga 300

actgagacac ggtccaaact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg 360

aaagcctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggtcgta aaactctgtc 420

ctcaaggaag ataatgacgg tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc 480

cgcggtaata cgtagggggc tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg 540

tggtttctta agtcaggagt gaaaggctac ggcttaaccg tagtaagctc ttgaaactgg 600

gaaacttgag tgcaggagag gaaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata 660

ttaggaggaa caccagtagc gaaggcggct ttctggactg taactgacac tgaggcacga 720

aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgagtac 780

taggtgtcgg gggttacccc cctcggtgcc gcagctaacg cattaagtac tccgcctggg 840

gagtacgctc gcaagagtga aactcaaagg aattgacggg gacccgcaca agtagcggag 900

catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga accttaccta agcttgacat ccttttgacc 960

gatgcctaat cgcatttttc ccttcgggga cagaagtgac aggtggtgca tggttgtcgt 1020

cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tgcctttagt 1080

tgccagcatt aagttgggca ctctagaggg actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg 1140

gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgc ttagggctac acacgtgcta caatgggtgg 1200

tacagagggc agccaagtcg tgaggccgag ctaatccctt aaagccattc tcagttcgga 1260

ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttacta gtaatcgcag atcagaatgc 1320

tgcggtgaat gcgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacgg aagttggggg 1380

cgcccgaagc cacttagcta acccttttgg gaagcgagtg tcgaaggtga aatcaataac 1440

tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc ggctggatca cct 1493

<210> 55

<211> 1493

<212> ДНК

<213> Clostridium mayombei

<400> 55

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gattctcttc ggagaagagc ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac 120

acatggataa cataccgaaa ggtatgctaa tacaggataa cataagagat tcgcatgttt 180

ctcttatcaa agctccggcg gtatgagatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg 240

taatggctta ccaaggcgac gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga 300

actgagacac ggtccaaact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg 360

aaagcctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggtcgta aaactctgtc 420

ctcaaggaag ataatgacgg tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc 480

cgcggtaata cgtagggggc tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg 540

tggtttctta agtcaggagt gaaaggctac ggcttaaccg tagtaagctc ttgaaactgg 600

gaaacttgag tgcaggagag gaaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata 660

ttaggaggaa caccagtagc gaaggcggct ttctggactg taactgacac tgaggcacga 720

aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgagtac 780

taggtgtcgg gggttacccc cctcggtgcc gcagctaacg cattaagtac tccgcctggg 840

gagtacgctc gcaagagtga aactcaaagg aattgacggg gacccgcaca agtagcggag 900

catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga accttaccta agcttgacat ccttttgacc 960

gatgcctaat cgcatttttc ccttcgggga cagaagtgac aggtggtgca tggttgtcgt 1020

cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tgcctttagt 1080

tgccagcatt aagttgggca ctctagaggg actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg 1140

gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgc ttagggctac acacgtgcta caatgggtgg 1200

tacagagggc agccaagtcg tgaggccgag ctaatccctt aaagccattc tcagttcgga 1260

ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttacta gtaatcgcag atcagaatgc 1320

tgcggtgaat gcgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacgg aagttggggg 1380

cgcccgaagc cacttagcta acccttttgg gaagcgagtg tcgaaggtga aatcaataac 1440

tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc ggctggatca cct 1493

<210> 56

<211> 1493

<212> ДНК

<213> Clostridium mayombei

<400> 56

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gattctcttc ggagaagagc ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac 120

acatggataa cataccgaaa ggtatgctaa tacaggataa cataagagat tcgcatgttt 180

ctcttatcaa agctccggcg gtatgagatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg 240

taatggctta ccaaggcgac gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga 300

actgagacac ggtccaaact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg 360

aaagcctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggtcgta aaactctgtc 420

ctcaaggaag ataatgacgg tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc 480

cgcggtaata cgtagggggc tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg 540

tggtttctta agtcaggagt gaaaggctac ggctcaaccg tagtaagctc ttgaaactgg 600

gaaacttgag tgcaggagag gaaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata 660

ttaggaggaa caccagtagc gaaggcggct ttctggactg taactgacac tgaggcacga 720

aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgagtac 780

taggtgtcgg gggttacccc cctcggtgcc gcagctaacg cattaagtac tccgcctggg 840

gagtacgctc gcaagagtga aactcaaagg aattgacggg gacccgcaca agtagcggag 900

catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga accttaccta agcttgacat ccttttgacc 960

gatgcctaat cgcatttttc ccttcgggga cagaagtgac aggtggtgca tggttgtcgt 1020

cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tgcctttagt 1080

tgccagcatt aagttgggca ctctagaggg actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg 1140

gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgc ttagggctac acacgtgcta caatgggtgg 1200

tacagagggc agccaagtcg tgaggccgag ctaatccctt aaagccattc tcagttcgga 1260

ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttacta gtaatcgcag atcagaatgc 1320

tgcggtgaat gcgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacgg aagttggggg 1380

cgcccgaagc cacttagcta acccttttgg gaagcgagtg tcgaaggtga aatcaataac 1440

tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc ggctggatca cct 1493

<210> 57

<211> 936

<212> ДНК

<213> Clostridium mayombei

<400> 57

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gattctcttc ggagaagagc ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac 120

acatggataa cataccgaaa ggtatgctaa tacaggataa cataagagat tcgcatgttt 180

ctcttatcaa agctccggcg gtatgagatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg 240

taatggctta ccaaggcgac gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga 300

actgagacac ggtccaaact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg 360

aaagcctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggtcgta aactctgtcc 420

tcaaggaaga taatgacggt acttgaggag gaagcccggc taactacgtg ccagcagccg 480

cggtaatacg tagggggcta gcgttatccg gatttactgg gcgtaaaggg tgcgtaggtg 540

gtttcttaag tcaggagtga aaggctacgg cttaaccgta gtaagctctt gaaactggga 600

aaacttgagt gcaggagagg aaagtggaat tcctagtgta gcggtgaaat gcgtagatat 660

taggaggaac accagtagcg aaggcggctt tctggactgt aatgacactg aggcacgaaa 720

gcgtggggag caaacaggat tagataccct ggtagtccac gccgtaaacg atgagtacta 780

ggtgtcgggg gttacccccc tcggtgccgc agctaacgca ttaagtactc cgcctgggga 840

gtacgctcgc aagagtgaaa ctcaaaggaa ttgacgggga cccgcacaag tagcggagca 900

tgtgtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc ttacct 936

<210> 58

<211> 1493

<212> ДНК

<213> Clostridium mayombei

<400> 58

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gattctcttc ggagaagagc ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac 120

acatggataa cataccgaaa ggtatgctaa tacaggataa cataagagat tcgcatgttt 180

ctcttatcaa agctccggcg gtatgagatg gacccgcgtc tgattagcta gttggtaagg 240

taatggctta ccaaggcgac gatcagtagc cgacctgaga gggtgatcgg ccacattgga 300

actgagacac ggtccaaact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc acaatgggcg 360

aaagcctgat gcagcaacgc cgcgtgagtg atgaaggcct tcgggtcgta aaactctgtc 420

ctcaaggaag ataatgacgg tacttgagga ggaagccccg gctaactacg tgccagcagc 480

cgcggtaata cgtagggggc tagcgttatc cggatttact gggcgtaaag ggtgcgtagg 540

tggtttctta agtcaggagt gaaagactac ggcttaaccg tagtaagctc ttgaaactgg 600

gaaacttgag tgcaggagag gaaagtggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata 660

ttaggaggaa caccagtagc gaaggcggct ttctggactg taactgacac tgaggcacga 720

aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgagtac 780

taggtgtcgg gggttacccc cctcggtgcc gcagctaacg cattaagtac tccgcctggg 840

gagtacgctc gcaagagtga aactcaaagg aattgacggg gacccgcaca agtagcggag 900

catgtggttt aattcgaagc aacgcgaaga accttaccta agcttgacat ccttttgacc 960

gatgcctaat cgcatttttc ccttcgggga cagaagtgac aggtggtgca tggttgtcgt 1020

cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct tgcctttagt 1080

tgccagcatt aagttgggca ctctagaggg actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg 1140

gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgc ttagggctac acacgtgcta caatgggtgg 1200

tacagagggc agccaagtcg tgaggccgag ctaatccctt aaagccattc tcagttcgga 1260

ttgtaggctg aaactcgcct acatgaagct ggagttacta gtaatcgcag atcagaatgc 1320

tgcggtgaat gcgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacgg aagttggggg 1380

cgcccgaagc cacttagcta acccttttgg gaagcgagtg tcgaaggtga aatcaataac 1440

tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc ggctggatca cct 1493

<210> 59

<211> 1520

<212> ДНК

<213> Clostridium orbiscindens

<400> 59

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggggtgctca tgacggagga ttcgtccaac ggattgagtt acctagtggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg aggaacctgc cttggagagg ggaataacac tccgaaagga gtgctaatac 180

cgcatgatgc agttgggtcg catggctctg actgccaaag atttatcgct ctgagatggc 240

ctcgcgtctg attagctagt aggcggggta acggcccacc taggcgacga tcagtagccg 300

gactgagagg ttgaccggcc acattgggac tgagacacgg cccagactcc tacgggaggc 360

agcagtgggg aatattgggc aatgggcgca agcctgaccc agcaacgccg cgtgaaggaa 420

gaaggctttc gggttgtaaa cttcttttgt cggggacgaa acaaatgacg gtacccgacg 480

aataagccac ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggtgg caagcgttat 540

ccggatttac tgggtgtaaa gggcgtgtag gcgggattgc aagtcagatg tgaaaactgg 600

gggctcaacc tccagcctgc atttgaaact gtagttcttg agtgctggag aggcaatcgg 660

aattccgtgt gtagcggtga aatgcgtaga tatacggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720

attgctggac agtaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780

ccctggtagt ccacgccgta aacgatggat actaggtgtg gggggtctga ccccctccgt 840

gccgcagtta acacaataag tatcccacct ggggagtacg atcgcaaggt tgaaactcaa 900

aggaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagtatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960

agaaccttac cagggcttga catcccacta acgaagcaga gatgcattag gtgcccttcg 1020

gggaaagtgg agacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt 1080

aagtcccgca acgagcgcaa cccttattgt tagttgctac gcaagagcac tctagcgaga 1140

ctgccgttga caaaacggag gaaggtgggg acgacgtcaa atcatcatgc cccttatgtc 1200

ctgggccaca cacgtactac aatggtggtt aacagaggga ggcaataccg cgaggtggag 1260

caaatcccta aaagccatcc cagttcggat tgcaggctga aacccgcctg tatgaagttg 1320

gaatcgctag taatcgcgga tcagcatgcc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac 1380

accgcccgtc acaccatgag agtcgggaac acccgaagtc cgtagcctaa ccgcaaggag 1440

ggcgcggccg aaggtgggtt cgataattgg ggtgaagtcg taacaaggta gccgtatcgg 1500

aaggtgcggc tggatcacct 1520

<210> 60

<211> 1520

<212> ДНК

<213> Clostridium orbiscindens

<400> 60

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggggtgctca tgacggagga ttcgtccaac ggattgagtt acctagtggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg aggaacctgc cttggagagg ggaataacac tccgaaagga gtgctaatac 180

cgcatgatgc agttgggtcg catggctctg actgccaaag atttatcgct ctgagatggc 240

ctcgcgtctg attagctagt aggcggggta acggcccacc taggcgacga tcagtagccg 300

gactgagagg ttgaccggcc acattgggac tgagacacgg cccagactcc tacgggaggc 360

agcagtgggg aatattgggc aatgggcgca agcctgaccc agcaacgccg cgtgaaggaa 420

gaaggctttc gggttgtaaa cttcttttgt cggggacgaa acaaatgacg gtacccgacg 480

aataagccac ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggtgg caagcgttat 540

ccggatttac tgggtgtaaa gggcgtgtag gcgggattgc aagtcagatg tgaaaactgg 600

gggctcaacc tccagcctgc atttgaaact gtagttcttg agtgctggag aggcaatcgg 660

aattccgtgt gtagcggtga aatgcgtaga tatacggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720

attgctggac agtaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780

ccctggtagt ccacgccgta aacgatggat actaggtgtg gggggtctga ccccctccgt 840

gccgcagtta acacaataag tatcccacct ggggagtacg atcgcaaggt tgaaactcaa 900

aggaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagtatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960

agaaccttac cagggcttga catcccacta acgaagcaga gatgcattag gtgcccttcg 1020

gggaaagtgg agacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt 1080

aagtcccgca acgagcgcaa cccttattgt tagttgctac gcaagagcac tctagcgaga 1140

ctgccgttga caaaacggag gaaggtgggg acgacgtcaa atcatcatgc cccttatgtc 1200

ctgggccaca cacgtactac aatggtggtt aacagaggga ggcaataccg cgaggtggag 1260

caaatcccta aaagccatcc cagttcggat tgcaggctga aacccgcctg tatgaagttg 1320

gaatcgctag taatcgcgga tcagcatgcc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac 1380

accgcccgtc acaccatgag agtcgggaac acccgaagtc cgtagcctaa ccgcaaggag 1440

ggcgcggccg aaggtgggtt cgataattgg ggtgaagtcg taacaaggta gccgtatcgg 1500

aaggtgcggc tggatcacct 1520

<210> 61

<211> 1520

<212> ДНК

<213> Clostridium orbiscindens

<400> 61

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggggtgctca tgacggagga ttcgtccaac ggattgagtt acctagtggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg aggaacctgc cttggagagg ggaataacac tccgaaagga gtgctaatac 180

cgcatgatgc agttgggtcg catggctctg actgccaaag atttatcgct ctgagatggc 240

ctcgcgtctg attagctagt aggcggggta acggcccacc taggcgacga tcagtagccg 300

gactgagagg ttgaccggcc acattgggac tgagacacgg cccagactcc tacgggaggc 360

agcagtgggg aatattgggc aatgggcgca agcctgaccc agcaacgccg cgtgaaggaa 420

gaaggctttc gggttgtaaa cttcttttgt cggggacgaa acaaatgacg gtacccgacg 480

aataagccac ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggtgg caagcgttat 540

ccggatttac tgggtgtaaa gggcgtgtag gcgggattgc aagtcagatg tgaaaactgg 600

gggctcaacc tccagcctgc atttgaaact gtagttcttg agtgctggag aggcaatcgg 660

aattccgtgt gtagcggtga aatgcgtaga tatacggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720

attgctggac agtaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780

ccctggtagt ccacgccgta aacgatggat actaggtgtg gggggtctga ccccctccgt 840

gccgcagtta acacaataag tatcccacct ggggagtacg atcgcaaggt tgaaactcaa 900

aggaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagtatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960

agaaccttac cagggcttga catcccacta acgaagcaga gatgcattag gtgcccttcg 1020

gggaaagtgg agacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt 1080

aagtcccgca acgagcgcaa cccttattgt tagttgctac gcaagagcac tctagcgaga 1140

ctgccgttga caaaacggag gaaggtgggg acgacgtcaa atcatcatgc cccttatgtc 1200

ctgggccaca cacgtactac aatggtggtt aacagaggga ggcaataccg cgaggtggag 1260

caaatcccta aaagccatcc cagttcggat tgcaggctga aacccgcctg tatgaagttg 1320

gaatcgctag taatcgcgga tcagcatgcc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac 1380

accgcccgtc acaccatgag agtcgggaac acccgaagtc cgtagcctaa ccgcaaggag 1440

ggcgcggccg aaggtgggtt cgataattgg ggtgaagtcg taacaaggta gccgtatcgg 1500

aaggtgcggc tggatcacct 1520

<210> 62

<211> 1520

<212> ДНК

<213> Clostridium orbiscindens

<400> 62

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggggtgctca tgacggagga ttcgtccaac ggattgagtt acctagtggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg aggaacctgc cttggagagg ggaataacac tccgaaagga gtgctaatac 180

cgcatgatgc agttgggtcg catggctctg actgccaaag atttatcgct ctgagatggc 240

ctcgcgtctg attagctagt aggcggggta acggcccacc taggcgacga tcagtagccg 300

gactgagagg ttgaccggcc acattgggac tgagacacgg cccagactcc tacgggaggc 360

agcagtgggg aatattgggc aatgggcgca agcctgaccc agcaacgccg cgtgaaggaa 420

gaaggctttc gggttgtaaa cttcttttgt cggggacgaa acaaatgacg gtacccgacg 480

aataagccac ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggtgg caagcgttat 540

ccggatttac tgggtgtaaa gggcgtgtag gcgggattgc aagtcagatg tgaaaactgg 600

gggctcaacc tccagcctgc atttgaaact gtagttcttg agtgctggag aggcaatcgg 660

aattccgtgt gtagcggtga aatgcgtaga tatacggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720

attgctggac agtaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780

ccctggtagt ccacgccgta aacgatggat actaggtgtg gggggtctga ccccctccgt 840

gccgcagtta acacaataag tatcccacct ggggagtacg atcgcaaggt tgaaactcaa 900

aggaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagtatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960

agaaccttac cagggcttga catcccacta acgaagcaga gatgcattag gtgcccttcg 1020

gggaaagtgg agacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt 1080

aagtcccgca acgagcgcaa cccttattgt tagttgctac gcaagagcac tctagcgaga 1140

ctgccgttga caaaacggag gaaggtgggg acgacgtcaa atcatcatgc cccttatgtc 1200

ctgggccaca cacgtactac aatggtggtt aacagaggga ggcaataccg cgaggtggag 1260

caaatcccta aaagccatcc cagttcggat tgcaggctga aacccgcctg tatgaagttg 1320

gaatcgctag taatcgcgga tcagcatgcc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac 1380

accgcccgtc acaccatgag agtcgggaac acccgaagtc cgtagcctaa ccgcaaggag 1440

ggcgcggccg aaggtgggtt cgataattgg ggtgaagtcg taacaaggta gccgtatcgg 1500

aaggtgcggc tggatcacct 1520

<210> 63

<211> 1520

<212> ДНК

<213> Clostridium orbiscindens

<400> 63

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggggtgctca tgacggagga ttcgtccaac ggattgagtt acctagtggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg aggaacctgc cttggagagg ggaataacac tccgaaagga gtgctaatac 180

cgcatgatgc agttgggtcg catggctctg actgccaaag atttatcgct ctgagatggc 240

ctcgcgtctg attagctagt aggcggggta acggcccacc taggcgacga tcagtagccg 300

gactgagagg ttgaccggcc acattgggac tgagacacgg cccagactcc tacgggaggc 360

agcagtgggg aatattgggc aatgggcgca agcctgaccc agcaacgccg cgtgaaggaa 420

gaaggctttc gggttgtaaa cttcttttgt cggggacgaa acaaatgacg gtacccgacg 480

aataagccac ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggtgg caagcgttat 540

ccggatttac tgggtgtaaa gggcgtgtag gcgggattgc aagtcagatg tgaaaactgg 600

gggctcaacc tccagcctgc atttgaaact gtagttcttg agtgctggag aggcaatcgg 660

aattccgtgt gtagcggtga aatgcgtaga tatacggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720

attgctggac agtaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780

ccctggtagt ccacgccgta aacgatggat actaggtgtg gggggtctga ccccctccgt 840

gccgcagtta acacaataag tatcccacct ggggagtacg atcgcaaggt tgaaactcaa 900

aggaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagtatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960

agaaccttac cagggcttga catcccacta acgaagcaga gatgcattag gtgcccttcg 1020

gggaaagtgg agacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt 1080

aagtcccgca acgagcgcaa cccttattgt tagttgctac gcaagagcac tctagcgaga 1140

ctgccgttga caaaacggag gaaggtgggg acgacgtcaa atcatcatgc cccttatgtc 1200

ctgggccaca cacgtactac aatggtggtt aacagaggga ggcaataccg cgaggtggag 1260

caaatcccta aaagccatcc cagttcggat tgcaggctga aacccgcctg tatgaagttg 1320

gaatcgctag taatcgcgga tcagcatgcc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac 1380

accgcccgtc acaccatgag agtcgggaac acccgaagtc cgtagcctaa ccgcaaggag 1440

ggcgcggccg aaggtgggtt cgataattgg ggtgaagtcg taacaaggta gccgtatcgg 1500

aaggtgcggc tggatcacct 1520

<210> 64

<211> 1520

<212> ДНК

<213> Clostridium orbiscindens

<400> 64

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggggtgctca tgacggagga ttcgtccaac ggattgagtt acctagtggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg aggaacctgc cttggagagg ggaataacac tccgaaagga gtgctaatac 180

cgcatgatgc agttgggtcg catggctctg actgccaaag atttatcgct ctgagatggc 240

ctcgcgtctg attagctagt aggcggggta acggcccacc taggcgacga tcagtagccg 300

gactgagagg ttgaccggcc acattgggac tgagacacgg cccagactcc tacgggaggc 360

agcagtgggg aatattgggc aatgggcgca agcctgaccc agcaacgccg cgtgaaggaa 420

gaaggctttc gggttgtaaa cttcttttgt cggggacgaa acaaatgacg gtacccgacg 480

aataagccac ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggtgg caagcgttat 540

ccggatttac tgggtgtaaa gggcgtgtag gcgggattgc aagtcagatg tgaaaactgg 600

gggctcaacc tccagcctgc atttgaaact gtagttcttg agtgctggag aggcaatcgg 660

aattccgtgt gtagcggtga aatgcgtaga tatacggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720

attgctggac agtaactgac gctgaggcgc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780

ccctggtagt ccacgccgta aacgatggat actaggtgtg gggggtctga ccccctccgt 840

gccgcagtta acacaataag tatcccacct ggggagtacg atcgcaaggt tgaaactcaa 900

aggaattgac gggggcccgc acaagcggtg gagtatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960

agaaccttac cagggcttga catcccacta acgaagcaga gatgcattag gtgcccttcg 1020

gggaaagtgg agacaggtgg tgcatggttg tcgtcagctc gtgtcgtgag atgttgggtt 1080

aagtcccgca acgagcgcaa cccttattgt tagttgctac gcaagagcac tctagcgaga 1140

ctgccgttga caaaacggag gaaggtgggg acgacgtcaa atcatcatgc cccttatgtc 1200

ctgggccaca cacgtactac aatggtggtt aacagaggga ggcaataccg cgaggtggag 1260

caaatcccta aaagccatcc cagttcggat tgcaggctga aacccgcctg tatgaagttg 1320

gaatcgctag taatcgcgga tcagcatgcc gcggtgaata cgttcccggg ccttgtacac 1380

accgcccgtc acaccatgag agtcgggaac acccgaagtc cgtagcctaa ccgcaaggag 1440

ggcgcggccg aaggtgggtt cgataattgg ggtgaagtcg taacaaggta gccgtatcgg 1500

aaggtgcggc tggatcacct 1520

<210> 65

<211> 1521

<212> ДНК

<213> Clostridium oroticum

<400> 65

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gaagcacttt acttagattt cttcggattg aagagtgttg tgactgagcg gcggacgggt 120

gagtaacgcg tgggtaacct gcctcataca gggggataac agttagaaat gactgctaat 180

accgtataag accacggtgc cgcatggcac agtggtaaaa actccggtgg tatgagatgg 240

acccgcgtct gattagcttg ttggtaaggt aacggcttac caaggcgacg atcagtagcc 300

gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg 360

cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgaagga 420

tgaagtattt cggtatgtaa acttctatca gcagggaaga aaatgacggt acctgactaa 480

gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca agcgttatcc 540

ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggtgatgcaa gtctgatgtg aaaacccggg 600

gctcaacccc gggactgcat tggaaactgt gtgactagag tgtcggagag gtaagtggaa 660

ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggct 720

tactggacga tgactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc 780

ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgaatac taggtgtcgg gtggcaaagc cattcggtgc 840

cgcagcaaac gcagtaagta ttccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag 900

gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag 960

aaccttacct gctcttgaca tcccgctgac cggccagtaa tgtggccttc ccttcggggc 1020

agtggagaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc 1080

ccgcaacgag cgcaaccctt atctttagta gccagcggtc aggccgggca ctctagagag 1140

actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200

gcagggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga agcaatactg tgaagtggag 1260

caaatcccaa aaataacgtc tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagct 1320

ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380

caccgcccgt cacaccatgg gagttggtaa cgcccgaagt cagtgaccca accgcaagga 1440

gggagctgcc gaaggtggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500

gaaggtgcgg ctggatcacc t 1521

<210> 66

<211> 1521

<212> ДНК

<213> Clostridium oroticum

<400> 66

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gaagcacttt actttgattt cttcggaatg aagagtgttg tgactgagcg gcggacgggt 120

gagtaacgcg tgggtaacct gcctcataca gggggataac agttagaaat gactgctaat 180

accgtataag accacagtgc cgcatggcac ggtggtaaaa actccggtgg tatgagatgg 240

acccgcgtct gattagcttg ttggtaaggt aacggcttac caaggcgacg atcagtagcc 300

gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg 360

cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgaagga 420

tgaagtattt cggtatgtaa acttctatca gcagggaaga aaatgacggt acctgactaa 480

gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca agcgttatcc 540

ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggtaatgcaa gtctgatgtg aaaacccggg 600

gctcaacccc gggactgcat tggaaactgt gtgactagag tgtcggagag gtaagtggaa 660

ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggct 720

tactggacga tgactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc 780

ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgaatac taggtgtcgg gtggcaaagc cattcggtgc 840

cgcagcaaac gcagtaagta ttccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag 900

gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag 960

aaccttacct gctcttgaca tcccgctgac cggccagtaa tgtggccttc ccttcggggc 1020

agtggagaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc 1080

ccgcaacgag cgcaaccctt atctttagta gccagcggtc aggccgggca ctctagagag 1140

actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200

gcagggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga ggcaatactg tgaagtggag 1260

caaatcccaa aaataacgtc tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagct 1320

ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380

caccgcccgt cacaccatgg gagttggtaa cgcccgaagt cagtgaccca accgcaagga 1440

gggagctgcc gaaggtggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500

gaaggtgcgg ctggatcacc t 1521

<210> 67

<211> 1521

<212> ДНК

<213> Clostridium oroticum

<400> 67

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gaagcacttt acttagattt cttcggattg aagagtgttg tgactgagcg gcggacgggt 120

gagtaacgcg tgggtaacct gcctcataca gggggataac agttagaaat gactgctaat 180

accgtataag accacggtgc cgcatggcac agtggtaaaa actccggtgg tatgagatgg 240

acccgcgtct gattagcttg ttggtaaggt aacggcctac caaggcgacg atcagtagcc 300

gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg 360

cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgaagga 420

tgaagtattt cggtacgtaa acttctatca gcagggaaga aaatgacggt acctgactaa 480

gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca agcgttatcc 540

ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggtgatgcaa gtctgatgtg aaaacccggg 600

gctcaacccc gggactgcat tggaaactgt gtgactagag tgtcggagag gtaagtggaa 660

ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggct 720

tactggacga tgactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc 780

ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgaatac taggtgtcgg gtggcaaagc cattcggtgc 840

cgcagcaaac gcagtaagta ttccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag 900

gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag 960

aaccttacct gctcttgaca tcccgctgac cggccagtaa tgtggccttc ccttcggggc 1020

agtggagaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc 1080

ccgcaacgag cgcaacccct atctttagta gccagcggtc aggccgggca ctctagagag 1140

actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200

gcagggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga ggcaatactg tgaagtggag 1260

caaatcccaa aaataacgtc tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagct 1320

ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380

caccgcccgt cacaccatgg gagttggtaa cgcccgaagt cagtgaccca accgcaagga 1440

gggagctgcc gaaggtggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500

gaaggtgcgg ctggatcacc t 1521

<210> 68

<211> 1522

<212> ДНК

<213> Clostridium oroticum

<400> 68

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gaagcacaat actcaagatt tcttcggatt gaagagtgtt gtgactgagc ggcggacggg 120

tgagtaacgc gtgggtaacc tgcctcatac agggggataa cagttagaaa tgactgctaa 180

taccgtataa gaccacagtg ccgcatggca cagtggtaaa aactccggtg gtatgagatg 240

gacccgcgtc tgattagctt gttggtaagg taacggctta ccaaggcgac gatcagtagc 300

cgacctgaga gggtgaccgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag 360

gcagcagtgg ggaatattgc acaatggggg aaaccctgat gcagcgacgc cgcgtgaagg 420

atgaagtatt tcggtatgta aacttctatc agcagggaag aaaatgacgg tacctgacta 480

agaagccccg gctaactacg tgccagcagc cgcggtaata cgtagggggc aagcgttatc 540

cggatttact gggtgtaaag ggagcgtaga cggtgatgca agtctgatgt gaaaacccgg 600

ggctcaaccc cgggactgca ttggaaactg tgtgactaga gtgtcggaga ggtaagtgga 660

attcctagtg tagcggtgaa atgcgtagat attaggagga acaccagtgg cgaaggcggc 720

ttactggacg atgactgacg ttgaggctcg aaagcgtggg gagcaaacag gattagatac 780

cctggtagtc cacgccgtaa acgatgaata ctaggtgtcg ggtggcaaag ccattcggtg 840

ccgcagcaaa cgcagtaagt attccacctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa 900

ggaattgacg gggacccgca caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa 960

gaaccttacc tgctcttgac atcccgctga ccggccagta atgtggcctt cccttcgggg 1020

cagtggagac aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt 1080

cccgcaacga gcgcaaccct tatctttagt agccagcggc ttggccgggc actctagaga 1140

gactgccagg gataacctgg aggaaggtgg ggatgacgtc aaatcatcat gccccttatg 1200

agcagggcta cacacgtgct acaatggcgt aaacaaaggg aggcaatact gtgaagtgga 1260

gcaaatccca aaaataacgt ctcagttcgg attgtagtct gcaactcgac tacatgaagc 1320

tggaatcgct agtaatcgcg aatcagaatg tcgcggtgaa tacgttcccg ggtcttgtac 1380

acaccgcccg tcacaccatg ggagttggta acgcccgaag tcagtgaccc aaccgcaagg 1440

agggagctgc cgaaggtggg accgataact ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtatc 1500

ggaaggtgcg gctggatcac ct 1522

<210> 69

<211> 1521

<212> ДНК

<213> Clostridium oroticum

<400> 69

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gaagcacttt acttagattt cttcggattg aagagtgttg tgactgagcg gcggacgggt 120

gagtaacgcg tgggtaacct gcctcataca gggggataac agttagaaat gactgctaat 180

accgtataag accacggtgc cgcatggcac agtggtaaaa actccggtgg tatgagatgg 240

acccgcgtct gattagctag ttggtagggt aacggcttac caaggcgacg atcagtagcc 300

gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg 360

cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgaagga 420

tgaagtattt cggtatgtaa acttctatca gcagggaaga aaatgacggt acctgactaa 480

gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca agcgttatcc 540

ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggtgatgcaa gtctgatgtg aaaacccggg 600

gctcaacccc gggactgcat tggaaactgt gtgactagag tgtcggagag gtaagtggaa 660

ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggct 720

tactggacga tgactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc 780

ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgaatac taggtgtcgg gtggcaaagc cattcggtgc 840

cgcagcaaac gcagtaagta ttccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag 900

gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag 960

aaccttacct gctcttgaca tcccgctgac cggccagtaa tgtggccttc ccttcggggc 1020

agtggagaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc 1080

ccgcaacgag cgcaaccctt atctttagta gccagcggtc aggccgggca ctctagagag 1140

actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200

gcagggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga ggcaatactg tgaagtggag 1260

caaatcccaa aaataacgtc tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagct 1320

ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380

caccgcccgt cacaccatgg gagttggtaa cgcccgaagt cagtgaccca accgcaagga 1440

gggagctgcc gaaggtggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500

gaaggtgcgg ctggatcacc t 1521

<210> 70

<211> 1521

<212> ДНК

<213> Eubacterium contortum

<400> 70

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gaagcgcttt acttagattt cttcggattg aagagttttg cgactgagcg gcggacgggt 120

gagtaacgcg tgggtaacct gcctcataca gggggataac agttagaaat gactgctaat 180

accgcataag accacagtac cgcatggtac cgtgggaaaa actccggtgg tatgagatgg 240

acccgcgtct gattagctag ttggtaaggt aacggcttac caaggcgacg atcagtagcc 300

gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg 360

cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgaagga 420

tgaagtattt cggtatgtaa acttctatca gcagggaaga aaatgacggt acctgactaa 480

gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca agcgttatcc 540

ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggttatgtaa gtctgatgtg aaaacccggg 600

gctcaacccc gggactgcat tggaaactat gtaactagag tgtcggagag gtaagtggaa 660

ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggct 720

tactggacga tgactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc 780

ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgcatac taggtgtcgg gtggcaaagc cattcggtgc 840

cgcagcaaac gcaataagta tgccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag 900

gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag 960

aaccttacct gctcttgaca tccccctgac cggcgcgtaa tggtgccttt ccttcgggac 1020

aggggagaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc 1080

ccgcaacgag cgcaaccctt atctttagta gccagcggtt cggccgggca ctctagagag 1140

actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200

gcagggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga ggcgaagccg cgaggtggag 1260

caaatcccaa aaataacgtc tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagct 1320

ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380

caccgcccgt cacaccatgg gagttggtaa cgcccgaagt cagtgaccca accgtaagga 1440

gggagctgcc gaaggtggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500

gaaggtgcgg ctggatcacc t 1521

<210> 71

<211> 1521

<212> ДНК

<213> Eubacterium contortum

<400> 71

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gaagcgcttt acttagattt cttcggattg aagagttttg cgactgagcg gcggacgggt 120

gagtaacgcg tgggtaacct gcctcataca gggggacaac agttagaaat gactgctaat 180

accgcataag accacggtac cgcatggtac agtgggaaaa actccggtgg tatgagatgg 240

acccgcgtct gattagctag ttggtaaggt aacggcttac caaggcgacg atcagtagcc 300

gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg 360

cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgaagga 420

tgaagtattt cggtatgtaa acttctatca gcagggaaga aaatgacggt acctgactaa 480

gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca agcgttatcc 540

ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggttatgtaa gtctgatgtg aaaacccggg 600

gctcaacccc gggactgcat tggaaactat gtaactagag tgtcggagag gtaagtggaa 660

ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggct 720

tactggacga tgactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc 780

ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgcatac taggtgtcgg gtggcaaagc cattcggtgc 840

cgcagcaaac gcaataagta tgccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag 900

gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag 960

aaccttacct gctcttgaca tccccctgac cggcgcgtaa tggtgccttt ccttcgggac 1020

aggggagaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc 1080

ccgcaacgag cgcaaccctt atctttagta gccagcggtt cggccgggca ctctagagag 1140

actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200

gcagggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga ggcgaagccg cgaggtggag 1260

caaatcccaa aaataacgtc tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagct 1320

ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380

caccgcccgt cacaccatgg gagttggtaa cgcccgaagt cagtgaccca accgtaagga 1440

gggagctgcc gaaggtggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500

gaaggtgcgg ctggatcacc t 1521

<210> 72

<211> 1521

<212> ДНК

<213> Eubacterium contortum

<400> 72

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gaagcgcttt acttagattt cttcggattg aagagttttg cgactgagcg gcggacgggt 120

gagtaacgcg tgggtaacct gcctcataca gggggataac agttagaaat gactgctaat 180

accgcataag accacggtac cgcatggtac agtgggaaaa actccggtgg tatgagatgg 240

acccgcgtct gattagctag ttggtaaggt aacggcttac caaggcgacg atcagtagcc 300

gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg 360

cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgaagga 420

tgaagtattt cggtatgtaa acttctatca gcagggaaga aaatgacggt acctgactaa 480

gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca agcgttatcc 540

ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggttatgtaa gtctgatgtg aaaacccggg 600

gctcaacccc gggactgcat tggaaactat gtaactagag tgtcggagag gtaagtggaa 660

ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggct 720

tactggacga tgactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc 780

ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgcatac taggtgtcgg gtggcaaagc cattcggtgc 840

cgcagcaaac gcaataagta tgccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag 900

gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag 960

aaccttacct gctcttgaca tccccctgac cggcgcgtaa tggtgccttt ccttcgggac 1020

aggggagaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc 1080

ccgcaacgag cgcaaccctt atctttagta gccagcggtt cggccgggca ctctagagag 1140

actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200

gcagggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga ggcgaagccg cgaggtggag 1260

caaatcccaa aaataacgtc tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagct 1320

ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380

caccgcccgt cacaccatgg gagttggtaa cgcccgaagt cagtgaccca accgtaagga 1440

gggagctgcc gaaggtggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500

gaaggtgcgg ctggatcacc t 1521

<210> 73

<211> 1521

<212> ДНК

<213> Eubacterium contortum

<400> 73

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

gaagcacttt acttagattt cttcggaatg aagagtgttg tgactgagcg gcggacgggt 120

gagtaacgcg tgggtaacct gcctcataca gggggataac agttagaaat gactgctaat 180

accgcataag accacggtac cgcatggtac agtgggaaaa actccggtgg tatgagatgg 240

acccgcgtct gattagctag ttggtaaggt aacggcttac caaggcgacg atcagtagcc 300

gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg 360

cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgaagga 420

tgaagtattt cggtatgtaa acttctatca gcagggaaga aaatgacggt acctgactaa 480

gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca agcgttatcc 540

ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggttatgtaa gtctgatgtg aaaacccggg 600

gctcaacccc gggactgcat tggaaactat gtaactagag tgtcggagag gtaagtggaa 660

ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggct 720

tactggacga tgactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc 780

ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgcatac taggtgtcgg gtggcaaagc cattcggtgc 840

cgcagcaaac gcaataagta tgccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag 900

gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag 960

aaccttacct gctcttgaca tccccctgac cggcgcgtaa tggtgccttt ccttcgggac 1020

aggggagaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc 1080

ccgcaacgag cgcaaccctt atctttagta gccagcggtt cggccgggca ctctagagag 1140

actgccaggg ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200

gcagggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga ggcgaagccg cgaggtggag 1260

caaatcccaa aaataacgtc tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagct 1320

ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380

caccgcccgt cacaccatgg gagttggtaa cgcccgaagt cagtgaccca accgtaagga 1440

gggagctgcc gaaggtggga ccgataactg gggtgaagtc gtaacaaggt agccgtatcg 1500

gaaggtgcgg ctggatcacc t 1521

<210> 74

<211> 1519

<212> ДНК

<213> Clostridium symbiosum

<400> 74

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60

gaagcgattt aacggaagtt ttcggatgga agttgaattg actgagtggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg ggtaacctgc cttgtactgg gggacaacag ttagaaatga ctgctaatac 180

cgcataagcg cacagtatcg catgatacgg tgtgaaaaac tccggtggta caagatggac 240

ccgcgtctga ttagctagtt ggtaaggtaa cggcttacca aggcgacgat cagtagccga 300

cctgagaggg tgaccggcca cattgggact gagacacggc ccaaactcct acgggaggca 360

gcagtgggga atattgcaca atgggcgaaa gcctgatgca gcgacgccgc gtgagtgaag 420

aagtatttcg gtatgtaaag ctctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactaaga 480

agccccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt agggggcaag cgttatccgg 540

atttactggg tgtaaaggga gcgtagacgg taaagcaagt ctgaagtgaa agcccgcggc 600

tcaactgcgg gactgctttg gaaactgttt aactggagtg tcggagaggt aagtggaatt 660

cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcgactta 720

ctggacgata actgacgttg aggctcgaaa gcgtggggag caaacaggat tagataccct 780

ggtagtccac gccgtaaacg atgaatacta ggtgttgggg agcaaagctc ttcggtgccg 840

tcgcaaacgc agtaagtatt ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga 900

attgacgggg acccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 960

ccttaccagg tcttgacatc gatccgacgg gggagtaacg tccccttccc ttcggggcgg 1020

agaagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc 1080

gcaacgagcg caacccttat tctaagtagc cagcggttcg gccgggaact cttgggagac 1140

tgccagggat aacctggagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatgatc 1200

tgggctacac acgtgctaca atggcgtaaa caaagagaag cgagaccgcg aggtggagca 1260

aatctcaaaa ataacgtctc agttcggact gcaggctgca actcgcctgc acgaagctgg 1320

aatcgctagt aatcgcgaat cagaatgtcg cggtgaatac gttcccgggt cttgtacaca 1380

ccgcccgtca caccatggga gtcagtaacg cccgaagtca gtgacccaac cgcaaggagg 1440

gagctgccga aggcgggacc gataactggg gtgaagtcgt aacaaggtag ccgtatcgga 1500

aggtgcggct ggatcacct 1519

<210> 75

<211> 1519

<212> ДНК

<213> Clostridium symbiosum

<400> 75

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60

gaagcgattt aacggaagtt ttcggatgga agttgaattg actgagtggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg ggtaacctgc cttgtactgg gggacaacag ttagaaatga ctgctaatac 180

cgcataagcg cacagtatcg catgatacag tgtgaaaaac tccggtggta caagatggac 240

ccgcgtctga ttagctagtt ggtaaggtaa cggcttacca aggcgacgat cagtagccga 300

cctgagaggg tgaccggcca cattgggact gagacacggc ccaaactcct acgggaggca 360

gcagtgggga atattgcaca atgggcgaaa gcctgatgca gcgacgccgc gtgagtgaag 420

aagtatttcg gtatgtaaag ctctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactaaga 480

agccccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt agggggcaag cgttatccgg 540

atttactggg tgtaaaggga gcgtagacgg taaagcaagt ctgaagtgaa agcccgcggc 600

tcaactgcgg gactgctttg gaaactgttt aactggagtg tcggagaggt aagtggaatt 660

cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcgactta 720

ctggacgata actgacgttg aggctcgaaa gcgtggggag caaacaggat tagataccct 780

ggtagtccac gccgtaaacg atgaatacta ggtgttgggg agcaaagctc ttcggtgccg 840

tcgcaaacgc agtaagtatt ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga 900

attgacgggg acccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 960

ccttaccagg tcttgacatc gatccgacgg gggagtaacg tccccttccc ttcggggcgg 1020

agaagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc 1080

gcaacgagcg caacccttat tctaagtagc cagcggttcg gccgggaact cttgggagac 1140

tgccagggat aacctggagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatgatc 1200

tgggctacac acgtgctaca atggcgtaaa caaagagaag caagaccgcg aggtggagca 1260

aatctcaaaa ataacgtctc agttcggact gcaggctgca actcgcctgc acgaagctgg 1320

aatcgctagt aatcgcgaat cagaatgtcg cggtgaatac gttcccgggt cttgtacaca 1380

ccgcccgtca caccatggga gtcagtaacg cccgaagtca gtgacccaac cgcaaggagg 1440

gagctgccga aggcgggacc gataactggg gtgaagtcgt aacaaggtag ccgtatcgga 1500

aggtgcggct ggatcacct 1519

<210> 76

<211> 1519

<212> ДНК

<213> Clostridium symbiosum

<400> 76

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60

gaagcgattt aacggaagtt ttcggatgga agttgaattg actgagtggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg ggtaacctgc cttgtactgg gggacaacag ttagaaatga ctgctaatac 180

cgcataagcg cacagtatcg catgatacag tgtgaaaaac tccggtggta caagatggac 240

ccgcgtctga ttagctagtt ggtaaggtaa cggcttacca aggcgacgat cagtagccga 300

cctgagaggg tgaccggcca cattgggact gagacacggc ccaaactcct acgggaggca 360

gcagtgggga atattgcaca atgggcgaaa gcctgatgca gcgacgccgc gtgagtgaag 420

aagtatttcg gtatgtaaag ctctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactaaga 480

agccccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt agggggcaag cgttatccgg 540

atttactggg tgtaaaggga gcgtagacgg taaagcaagt ctgaagtgaa agcccgcggc 600

tcaactgcgg gactgctttg gaaactgttt aactggagtg tcggagaggt aagtggaatt 660

cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcgactta 720

ctggacgata actgacgttg aggctcgaaa gcgtggggag caaacaggat tagataccct 780

ggtagtccac gccgtaaacg atgaatacta ggtgttgggg agcaaagctc ttcggtgccg 840

tcgcaaacgc agtaagtatt ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga 900

attgacgggg acccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 960

ccttaccagg tcttgacatc gatccgacgg gggagtaacg tccccttccc ttcggggcgg 1020

agaagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc 1080

gcaacgagcg caacccttat tctaagtaac cagcggttcg gccgggaact cttgggagac 1140

tgccagggat aacctggagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatgatc 1200

tgggctacac acgtgctaca atggcgtaaa caaagagaag caagaccgcg aggtggagca 1260

aatctcaaaa ataacgtctc agttcggact gcaggctgca actcgcctgc acgaagctgg 1320

aatcgctagt aatcgcgaat cagaatgtcg cggtgaatac gttcccgggt cttgtacaca 1380

ccgcccgtca caccatggga gtcagtaacg cccgaagtca gtgacccaac cgcaaggagg 1440

gagctgccga aggcgggacc gataactggg gtgaagtcgt aacaaggtag ccgtatcgga 1500

aggtgcggct ggatcacct 1519

<210> 77

<211> 1519

<212> ДНК

<213> Clostridium symbiosum

<400> 77

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60

gaagcaattt aacggaagtt ttcggatgga agttgaattg actgagtggc ggacgggtga 120

gtaacgcgtg ggtaacctgc cttgtactgg gggacaacag ttagaaatga ctgctaatac 180

cgcataagcg cacagtatcg catgatacag tgtgaaaaac tccggtggta caagatggac 240

ccgcgtctga ttagctagtt ggtaaggtaa cggcttacca aggcgacgat cagtagccga 300

cctgagaggg tgaccggcca cattgggact gagacacggc ccaaactcct acgggaggca 360

gcagtgggga atattgcaca atgggcgaaa gcctgatgca gcgacgccgc gtgagtgaag 420

aagtatttcg gtatgtaaag ctctatcagc agggaagaaa atgacggtac ctgactaaga 480

agccccggct aactacgtgc cagcagccgc ggtaatacgt agggggcaag cgttatccgg 540

atttactggg tgtaaaggga gcgtagacgg taaagcaagt ctgaagtgaa agcccgcggc 600

tcaactgcgg gactgctttg gaaactgttt aactggagtg tcggagaggt aagtggaatt 660

cctagtgtag cggtgaaatg cgtagatatt aggaggaaca ccagtggcga aggcgactta 720

ctggacgata actgacgttg aggctcgaaa gcgtggggag caaacaggat tagataccct 780

ggtagtccac gccgtaaacg atgaatacta ggtgttgggg agcaaagctc ttcggtgccg 840

tcgcaaacgc agtaagtatt ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa actcaaagga 900

attgacgggg acccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 960

ccttaccagg tcttgacatc gatccgacgg gggagtaacg tccccttccc ttcggggcgg 1020

agaagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc 1080

gcaacgagcg caacccttat tctaagtagc cagcggttcg gccgggaact cttgggagac 1140

tgccagggat aacctggagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatgatc 1200

tgggctacac acgtgctaca atggcgtaaa caaagagaag caagaccgcg aggtggagca 1260

aatctcaaaa ataacgtctc agttcggact gcaggctgca actcgcctgc acgaagctgg 1320

aatcgctagt aatcgcgaat cagaatgtcg cggtgaatac gttcccgggt cttgtacaca 1380

ccgcccgtca caccatggga gtcagtaacg cccgaagtca gtgacccaac cgcaaggagg 1440

gagctgccga aggcgggacc gataactggg gtgaagtcgt aacaaggtag ccgtatcgga 1500

aggtgcggct ggatcacct 1519

<210> 78

<211> 1505

<212> ДНК

<213> Eubacterium_sp_WAL_14571

<400> 78

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gagaagccat tgactgaaac ttcggtagaa ggatatggtg gaaagcggcg gacgggtgag 120

taacgcgtag gcaacctgcc ccttacagag ggatagccat tggaaacgat gattaaaacc 180

tcataacgca tcccccccac atggagggga agccaaagat tcatcggtaa gggatgggcc 240

tgcgtctgat tagcttgttg gcggggtaac ggcccaccaa ggcgacgatc agtagccgac 300

ctgagagggt gatcggccac attggaactg agacacggtc caaactccta cgggaggcag 360

cagtggggaa tattgcacaa tgggcgaaag cctgatgcag caacgccgcg tgagggatga 420

aggccttcgg gtcgtaaacc tctgtccttg gggaagaaac aaatgacggt acccatggag 480

gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggcg agcgttatcc 540

ggaattattg ggcgtaaaga gtgcgtaggt ggttacctaa gcgcagggtc taaggcaatg 600

gctcaaccat tgttcgccct gcgaactggg ctacttgagt gcaggagagg aaagcggaat 660

tcctagtgta gcggtgaaat gcgtagatat taggaggaac accagtggcg aaggcggctt 720

tctggactgt tactgacact gaggcacgaa agcgtgggga gcaaacagga ttagataccc 780

tggtagtcca cgccgtaaac gatgagcact aggtgtcggg gccgcaaggc ttcggtgccg 840

cagttaacgc attaagtgct ccgcctgggg agtacgcacg caagtgtgaa actcaaagga 900

attgacgggg acccgcacaa gcagcggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 960

ccttaccagg acttgacatc ccactgacag atccctaacc ggatccttct tcggacagtg 1020

gagacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc 1080

aacgagcgca acccttgcca ttagttgcca tcattcagtt gggcactcta atgggactgc 1140

cggggacaac tcggaggaag gtggggatga cgtcaaatca tcatgcccct tatgttctgg 1200

gctacacacg tgctacaatg gccggtacag caagaagcaa aaccgcgagg tggagcaaat 1260

ctcaaaaacc ggtcccagtt cggactgcag gctgaaaccc gcctgcacga agccggagtt 1320

gctagtaatc gtggatcaga atgccacggt gaatgcgttc ccgggtcttg tacacaccgc 1380

ccgtcacacc atggaagttg ggggtgcccg aagccggcag ggaaatatgc tgtctaaggc 1440

aaaaccaatg actggggtga agtcgtaaca aggtagccgt atcggaaggt gcggctggat 1500

cacct 1505

<210> 79

<211> 1505

<212> ДНК

<213> Eubacterium_sp_WAL_14571

<400> 79

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gagaagccat tgactgaaac ttcggtagaa ggatatggtg gaaagcggcg gacgggtgag 120

taacgcgtag gcaacctgcc ccttacagag ggatagccat tggaaacgat gattaaaacc 180

tcataacgca tccccctcac atggagggga tgccaaagat tcatcggtaa gggatgggcc 240

tgcgtctgat tagcttgttg gcggggtaac ggcccaccaa ggcgacgatc agtagccgac 300

ctgagagggt gatcggccac attggaactg agacacggtc caaactccta cgggaggcag 360

cagtggggaa tattgcacaa tgggcgaaag cctgatgcag caacgccgcg tgagggatga 420

aggccttcgg gtcgtaaacc tctgtccttg gggaagaaac aaatgacggt acccatggag 480

gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggcg agcgttatcc 540

ggaattattg ggcgtaaaga gtgcgtaggt ggttacctaa gcgcagggtc taaggcaatg 600

gctcaaccat tgttcgccct gcgaactggg ctacttgagt gcaggagagg aaagcggaat 660

tcctagtgta gcggtgaaat gcgtagatat taggaggaac accagtggcg aaggcggctt 720

tctggactgt tactgacact gaggcacgaa agcgtgggga gcaaacagga ttagataccc 780

tggtagtcca cgccgtaaac gatgagcact aggtgtcggg gccgcaaggc ttcggtgccg 840

cagttaacgc attaagtgct ccgcctgggg agtacgcacg caagtgtgaa actcaaagga 900

attgacgggg acccgcacaa gcagcggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 960

ccttaccagg acttgacatc ccactgacag atccctaacc ggatccttct tcggacagtg 1020

gagacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc 1080

aacgagcgca acccttgcca ttagttgcca tcattcagtt gggcactcta atgggactgc 1140

cggggacaac tcggaggaag gtggggatga cgtcaaatca tcatgcccct tatgttctgg 1200

gctacacacg tgctacaatg gccggtacag caagaagcaa aaccgcgagg tggagcaaat 1260

ctcaaaaacc ggtcccagtt cggactgcag gctgaaaccc gcctgcacga agccggagtt 1320

gctagtaatc gtggatcaga atgccacggt gaatgcgttc ccgggtcttg tacacaccgc 1380

ccgtcacacc atggaagttg ggggtgcccg aagccggcag ggaaatatgc tgtctaaggc 1440

aaaaccaatg actggggtga agtcgtaaca aggtagccgt atcggaaggt gcggctggat 1500

cacct 1505

<210> 80

<211> 1505

<212> ДНК

<213> Eubacterium_sp_WAL_14571

<400> 80

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgagc 60

gagaagccat tgactgaaac ttcggtagaa ggatatggtg gaaagcggcg gacgggtgag 120

taacgcgtag gcaacctgcc ccttacagag ggatagccat tggaaacgat gattaaaacc 180

tcataacgca tcccccccac atggagggga agccaaagat tcatcggtaa gggatgggcc 240

tgcgtctgat tagcttgttg gcggggtaac ggcccaccaa ggcgacgatc agtagccgac 300

ctgagagggt gatcggccac attggaactg agacacggtc caaactccta cgggaggcag 360

cagtggggaa tattgcacaa tgggcgaaag cctgatgcag caacgccgcg tgagggatga 420

aggccttcgg gtcgtaaacc tctgtccttg gggaagaaac aaatgacggt acccatggag 480

gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggcg agcgttatcc 540

ggaattattg ggcgtaaaga gtgcgtaggt ggttacctaa gcgcagggtc taaggcaatg 600

gctcaaccat tgttcgccct gcgaactggg ctacttgagt gcaggagagg aaagcggaat 660

tcctagtgta gcggtgaaat gcgtagatat taggaggaac accagtggcg aaggcggctt 720

tctggactgt tactgacact gaggcacgaa agcgtgggga gcaaacagga ttagataccc 780

tggtagtcca cgccgtaaac gatgagcact aggtgtcggg gccgcaaggc ttcggtgccg 840

cagttaacgc attaagtgct ccgcctgggg agtacgcacg caagtgtgaa actcaaagga 900

attgacgggg acccgcacaa gcagcggagc atgtggttta attcgaagca acgcgaagaa 960

ccttaccagg acttgacatc ccactgacag atccctaacc ggatccttct tcggacagtg 1020

gagacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc 1080

aacgagcgca acccttgcca ttagttgcca tcattcagtt gggcactcta atgggactgc 1140

cggggacaac tcggaggaag gtggggatga cgtcaaatca tcatgcccct tatgttctgg 1200

gctacacacg tgctacaatg gccggtacag caagaagcaa aaccgcgagg tggagcaaat 1260

ctcaaaaacc ggtcccagtt cggactgcag gctgaaaccc gcctgcacga agccggagtt 1320

gctagtaatc gtggatcaga atgccacggt gaatgcgttc ccgggtcttg tacacaccgc 1380

ccgtcacacc atggaagttg ggggtgcccg aagccggcag ggaaatatgc tgtctaaggc 1440

aaaaccaatg actggggtga agtcgtaaca aggtagccgt atcggaaggt gcggctggat 1500

cacct 1505

<210> 81

<211> 1525

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium_5_1_57FAA

<400> 81

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60

gaagcgcttc cgcctgattt tcttcggaga tgaaggcggt tgcgactgag tggcggacgg 120

gtgagtaacg cgtgggcaac ctgccttgca ctgggggata acagccagaa atggctgcta 180

ataccgcata agaccgaagc gccgcatggc gcagcggcca aagccccggc ggtgcaagat 240

gggcccgcgt ctgattaggt agttggcggg gtaacggccc accaagccga cgatcagtag 300

ccgacctgag agggtgaccg gccacattgg gactgagaca cggcccagac tcctacggga 360

ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg gaaaccctga tgcagcgacg ccgcgtgaag 420

gatgaagtat ttcggtatgt aaacttctat cagcagggaa gaagatgacg gtacctgact 480

aagaagcccc ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggggg caagcgttat 540

ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggcgatgc aagccagatg tgaaagcccg 600

gggctcaacc ccgggactgc atttggaact gcgtggctgg agtgtcggag aggcaggcgg 660

aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720

cctgctggac gatgactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780

ccctggtagt ccacgccgta aacgatgact actaggtgtc gggtggcaag gccattcggt 840

gccgcagcaa acgcaataag tagtccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900

aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960

agaaccttac ctgatcttga catcccgatg ccaaagcgcg taacgcgctc tttcttcgga 1020

acatcggtga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080

tcccgcaacg agcgcaaccc ctatcttcag tagccagcat tccggatggg cactctggag 1140

agactgccag ggacaacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200

gaccagggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaggcgaacc cgcgagggtg 1260

ggcaaatccc aaaaataacg tctcagttcg gattgtagtc tgcaactcga ctacatgaag 1320

ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380

cacaccgccc gtcacaccat gggagtcagt aacgcccgaa gccggtgacc caacccgcaa 1440

gggagggagc cgtcgaaggt gggaccgata actggggtga agtcgtaaca aggtagccgt 1500

atcggaaggt gcggctggat cacct 1525

<210> 82

<211> 1525

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium_5_1_57FAA

<400> 82

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60

gaagcgcttc cgcctgattt tcttcggaga tgaaggcggc tgcgactgag tggcggacgg 120

gtgagtaacg cgtgggcaac ctgccttgca ctgggggata acagccagaa atggctgcta 180

ataccgcata agaccgaagc gccgcatggc gcagcggcca aagccccggc ggtgcaagat 240

gggcccgcgt ctgattaggt agttggcggg gtaacggccc accaagccga cgatcagtag 300

ccgacctgag agggtgaccg gccacattgg gactgagaca cggcccagac tcctacggga 360

ggcagcagtg gggaatattg cacaatgggg gaaaccctga tgcagcgacg ccgcgtgaag 420

gatgaagtat ttcggtatgt aaacttctat cagcagggaa gaagatgacg gtacctgact 480

aagaagcccc ggctaactac gtgccagcag ccgcggtaat acgtaggggg caagcgttat 540

ccggatttac tgggtgtaaa gggagcgtag acggcgatgc aagccagatg tgaaagcccg 600

gggctcaacc ccgggactgc atttggaact gcgtggctgg agtgtcggag aggcaggcgg 660

aattcctagt gtagcggtga aatgcgtaga tattaggagg aacaccagtg gcgaaggcgg 720

cctgctggac gatgactgac gttgaggctc gaaagcgtgg ggagcaaaca ggattagata 780

ccctggtagt ccacgccgta aacgatgact actaggtgtc gggtggcaag gccattcggt 840

gccgcagcaa acgcaataag tagtccacct ggggagtacg ttcgcaagaa tgaaactcaa 900

aggaattgac ggggacccgc acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga 960

agaaccttac ctgatcttga catcccgatg ccaaagcgcg taacgcgctc tttcttcgga 1020

acatcggtga caggtggtgc atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttgggttaag 1080

tcccgcaacg agcgcaaccc ctatcttcag tagccagcat tccggatggg cactctggag 1140

agactgccag ggacaacctg gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat 1200

gaccagggct acacacgtgc tacaatggcg taaacaaagg gaggcgaacc cgcgagggtg 1260

ggcaaatccc aaaaataacg tctcagttcg gattgtagtc tgcaactcga ctacatgaag 1320

ctggaatcgc tagtaatcgc gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta 1380

cacaccgccc gtcacaccat gggagtcagt aacgcccgaa gccggtgacc caacccgcaa 1440

gggagggagc cgtcgaaggt gggaccgata actggggtga agtcgtaaca aggtagccgt 1500

atcggaaggt gcggctggat cacct 1525

<210> 83

<211> 1523

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium_5_1_57FAA

<400> 83

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60

gaagcgcctg gccccgactt cttcggaatg aggagccttg cgactgagtg gcggacgggt 120

gagtaacgcg tgggcaacct gccttgcact gggggataac agccagaaat ggctgctaat 180

accgcataag accgaagcgc cgcatggcgc agcggccaaa gccccggcgg tgcaagatgg 240

gcccgcgtct gattaggtag ttggcggggt aacggcccac caagccgacg atcagtagcc 300

gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg 360

cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgaagga 420

tgaagtattt cggtatgtaa acttctatca gcagggaaga agatgacggt acctgactaa 480

gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca agcgttatcc 540

ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggcgatgcaa gccagatgtg aaagcccggg 600

gctcaacccc gggactgcat ttggaactgc gtggctggag tgtcggagag gcaggcggaa 660

ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggcc 720

tgctggacga tgactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc 780

ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgactac taggtgtcgg gtggcaaggc cattcggtgc 840

cgcagcaaac gcaataagta gtccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag 900

gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag 960

aaccttacct gatcttgaca tcccgatgcc aaagcgcgta acgcgctctt tcttcggaac 1020

atcggtgaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc 1080

ccgcaacgag cgcaacccct atcttcagta gccagcattt cggatgggca ctctggagag 1140

actgccaggg acaacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200

ccagggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga ggcgaacccg cgagggtggg 1260

caaatcccaa aaataacgtc tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagct 1320

ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380

caccgcccgt cacaccatgg gagtcagtaa cgcccgaagc cggtgaccca acccgtatgg 1440

gagggagccg tcgaaggtgg gaccgataac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500

cggaaggtgc ggctggatca cct 1523

<210> 84

<211> 1523

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium_5_1_57FAA

<400> 84

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaacacatg caagtcgaac 60

gaagcgcctg gccccgactt cttcggaacg aggagccttg cgactgagtg gcggacgggt 120

gagtaacgcg tgggcaacct gccttgcact gggggataac agccagaaat ggctgctaat 180

accgcataag accgaagcgc cgcatggcgc tgcggccaaa gccccggcgg tgcaagatgg 240

gcccgcgtct gattaggtag ttggcggggt aacggcccac caagccgacg atcagtagcc 300

gacctgagag ggtgaccggc cacattggga ctgagacacg gcccagactc ctacgggagg 360

cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgaagga 420

tgaagtattt cggtatgtaa acttctatca gcagggaaga agatgacggt acctgactaa 480

gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca agcgttatcc 540

ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggcgatgcaa gccagatgtg aaagcccggg 600

gctcaacccc gggactgcat ttggaactgc gtggctggag tgtcggagag gcaggcggaa 660

ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggcc 720

tgctggacga tgactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc 780

ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgactac taggtgtcgg gtggcaaggc cattcggtgc 840

cgcagcaaac gcaataagta gtccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg aaactcaaag 900

gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag caacgcgaag 960

aaccttacct gatcttgaca tcccgatgcc aaagcgcgta acgcgctctt tcttcggaac 1020

atcggtgaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc 1080

ccgcaacgag cgcaacccct atcttcagta gccagcattc cggatgggca ctctggagag 1140

actgccaggg acaacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatga 1200

ccagggctac acacgtgcta caatggcgta aacaaaggga ggcgaacccg cgagggtggg 1260

caaatcccaa aaataacgtc tcagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagct 1320

ggaatcgcta gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca 1380

caccgcccgt cacaccatgg gagtcagtaa cgcccgaagc cggtgaccca acccgcaagg 1440

gagggagccg tcgaaggtgg gaccgataac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat 1500

cggaaggtgc ggctggatca cct 1523

<210> 85

<211> 1518

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 10972

<400> 85

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

ggagtattta accggaagtc ttcggatgga aagttagata cttagcggcg gacgggtgag 120

taacgcgtgg gcaacctgcc ccataccggg ggataacagc cagaaatggc tgctaatacc 180

gcataagcgc acagcgcccc atggcgcggt gtgaaaattc cggtggtatg ggatgggccc 240

gcgtctgatt aggtagttgg cggggtaacg gcccaccaag ccgacgatca gtagccgacc 300

tgagagggtg accggccaca ttgggactga gacacggccc aaactcctac gggaggcagc 360

agtggggaat attgcacaat gggggaaacc ctgatgcagc gacgccgcgt gagcgaagaa 420

gtatttcggt atgtaaagct ctatcagcag ggaagaaaat gacggtacct gactaagaag 480

ccccggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggat 540

ttactgggtg taaagggagc gtagacggcc aggcaagtct gatgtgaaag gcaggggctc 600

aacccctgga ctgcattgga aactgtcagg ctggagtgcc ggagaggtaa gcggaattcc 660

tagtgtagcg gtgaaatgcg tagatattag gaggaacacc agtggcgaag gcggcttact 720

ggacggtaac tgacgttgat gctcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctgg 780

tagtccacgc cgtaaacgat gaatactagg tgtcgggggg caaagccctt cggtgccgcc 840

gcaaacgcat taagtattcc acctggggag tacgttcgca agaatgaaac tcaaaggaat 900

tgacggggac ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc 960

ttaccaagcc ttgacatccc attgaagcca gagtaacgtc tgggggcctt cgggacaatg 1020

gagacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc 1080

aacgagcgca acccttatct tcagtagcca gcacgcgatg gtgggcactc tggagagact 1140

gccagggaca acctggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc cttatggctt 1200

gggctacaca cgtgctacaa tggcgtaaac agagggaagc agccctgcga aggtgagcga 1260

atcccaaaaa taacgtctca gttcggattg tagtctgcaa ctcgactaca tgaagctgga 1320

atcgctagta atcgcgaatc agaatgtcgc ggtgaatacg ttcccgggtc ttgtacacac 1380

cgcccgtcac accatgggag tcagtaacgc ccgaagtcag tgacctaacc gaaaggaagg 1440

agctgccgaa ggcgggactg gtaactgggg tgaagtcgta acaaggtagc cgtatcggaa 1500

ggtgcggctg gatcacct 1518

<210> 86

<211> 1517

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 10972

<400> 86

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

ggagtgttta accggaagtc ttcggatgga aggttagata tttagcggcg gacgggtgag 120

taacgcgtgg gcaacctgcc ccataccggg ggataacagc cagaaatggc tgctaatacc 180

gcataagcgc acagcgcctc atggcgcggt gtgaaaaact ccggtggtat gggatgggcc 240

cgcgtctgat taggtagttg gcggggtaac ggcccaccaa gccgacgatc agtagccgac 300

ctgagagggt gaccggccac attgggactg agacacggcc caaactccta cgggaggcag 360

cagtggggaa tattgcacaa tgggggaaac cctgatgcag cgacgccgcg tgagcgaaga 420

agtatttcgg tatgtaaagc tctatcagca gggaagaaaa tgacggtacc tgactaagaa 480

gccccggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta gggggcaagc gttatccgga 540

tttactgggt gtaaagggag cgtagacggc caggcaagtc tgatgtgaaa ggcaggggct 600

caacccctgg actgcattgg aaactgtcag gctggagtgc cggagaggta agcggaattc 660

ctagtgtagc ggtgaaatgc gtagatatta ggaggaacac cagtggcgaa ggcggcttac 720

tggacggtaa ctgacgttga tgctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt agataccctg 780

gtagtccacg ccgtaaacga tgaatactag gtgtcggggg caaagccctt cggtgccgct 840

gcaaacgcat taagtattcc acctggggag tacgttcgca agaatgaaac tcaaaggaat 900

tgacggggac ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc 960

ttaccaagcc ttgacatccc attgaagcca gagtaacgtc tgacggcctt cgggacaatg 1020

gagacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc 1080

aacgagcgca acccttatct tcagtagcca gcacgcagag gtgggcactc tggagagact 1140

gccagggaca acctggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc ttatggcttg 1200

ggctacacac gtgctacaat ggcgtaaaca gagggaagca gccctgcgaa ggtgagcgaa 1260

tcccaaaaat aacgtctcag ttcggattgt agtctgcaac tcgactacat gaagctggaa 1320

tcgctagtaa tcgcgaatca gaatgtcgcg gtgaatacgt tcccgggtct tgtacacacc 1380

gcccgtcaca ccatgggagt cagtaacgcc cgaagtcagt gacctaaccg aaaggaagga 1440

gctgccgaag gcgggactgg taactggggt gaagtcgtaa caaggtagcc gtatcggaag 1500

gtgcggctgg atcacct 1517

<210> 87

<211> 1519

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 10972

<400> 87

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

ggagtattta aacggaagtc ttcggatgga agtttggata cttagcggcg gacgggtgag 120

taacgcgtgg gcaacctgcc ccataccggg ggataacagc cagaaatggc tgctaatacc 180

gcataagcgc acagcgcctc atggcgcggt gtgaaaaact ccggtggtat gggatgggcc 240

cgcgtctgat taggtagttg gcggggtaac ggcccaccaa gccgacgatc agtagccgac 300

ctgagagggt gaccggccac attgggactg agacacggcc caaactccta cgggaggcag 360

cagtggggaa tattgcacaa tgggggaaac cctgatgcag cgacgccgcg tgagcgaaga 420

agtatttcgg tatgtaaagc tctatcagca gggaagaaaa tgacggtacc tgactaagaa 480

gccccggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta gggggcaagc gttatccgga 540

tttactgggt gtaaagggag cgtagacggc caggcaagtc tgatgtgaaa ggcaggggct 600

caacccctgg actgcattgg aaactgtcag gctggagtgc cggagaggta agcggaattc 660

ctagtgtagc ggtgaaatgc gtagatatta ggaggaacac cagtggcgaa ggcggcttac 720

tggacggtaa ctgacgttga tgctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt agataccctg 780

gtagtccacg ccgtaaacga tgaatactag gtgtcggggg gcaaagccct tcggtgccgc 840

cgcaaacgca ttaagtattc cacctgggga gtacgttcgc aagaatgaaa ctcaaaggaa 900

ttgacgggga cccgcacaag cggtggagca tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac 960

cttaccaagc cttgacatcc cattgaagcc agagtaacgt ctgacggcct tcgggacaat 1020

ggagacaggt ggtgcatggt tgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg 1080

caacgagcgc aacccttatc ttcagtagcc agcacgcgat ggtgggcact ctggagagac 1140

tgccagggac aacctggagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatggct 1200

tgggctacac acgtgctaca atggcgtaaa cagagggaag cagccctgcg aaggtgagcg 1260

aatcccaaaa ataacgtctc agttcggatt gtagtctgca actcgactac atgaagctgg 1320

aatcgctagt aatcgcgaat cagaatgtcg cggtgaatac gttcccgggt cttgtacaca 1380

ccgcccgtca caccatggga gtcagtaacg cccgaagtca gtgacctaac cgaaaggaag 1440

gagctgccga aggcgggact ggtaactggg gtgaagtcgt aacaaggtag ccgtatcgga 1500

aggtgcggct ggatcacct 1519

<210> 88

<211> 1518

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 10972

<400> 88

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

ggagtattta aacggaagtc ttcggatgga agtttggata cttagcggcg gacgggtgag 120

taacgcgtgg gcaacctgcc ccataccggg ggataacagc cagaaatggc tgctaatacc 180

gcataagcgc acagcgcctc atggcgcggt gtgaaaaact ccggtggtat gggatgggcc 240

cgcgtctgat taggtagttg gcggggtaac ggcccaccaa gccgacgatc agtagccgac 300

ctgagagggt gaccggccac attgggactg agacacggcc caaactccta cgggaggcag 360

cagtggggaa tattgcacaa tgggggaaac cctgatgcag cgacgccgcg tgagcgaaga 420

agtatttcgg tatgtaaagc tctatcagca gggaagaaaa tgacggtacc tgactaagaa 480

gccccggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta gggggcaagc gttatccgga 540

tttactgggt gtaaagggag cgtagacggc caggcaagtc tgatgtgaaa ggcaggggct 600

caacccctgg actgcattgg aaactgtcag gctggagtgc cggagaggta agcggaattc 660

ctagtgtagc ggtgaaatgc gtagatatta ggaggaacac cagtggcgaa ggcggcttac 720

tggacggtaa ctgacgttga tgctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt agataccctg 780

gtagtccacg ccgtaaacga tgaatactag gtgtcggggg caaagccctt cggtgccgcc 840

gcaaacgcat taagtattcc acctggggag tacgttcgca agaatgaaac tcaaaggaat 900

tgacggggac ccgcacaagc ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc 960

ttaccaagcc ttgacatccc attgaagcca gagtaacgtc tgacggcctt cgggacaatg 1020

gagacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc 1080

aacgagcgca acccttatct tcagtagcca gcacgcgatg gtgggcactc tggagagact 1140

gccagggaca acctggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc cttatggctt 1200

gggctacaca cgtgctacaa tggcgtaaac agagggaagc agccctgcga aggtgagcga 1260

atcccaaaaa taacgtctca gttcggattg tagtctgcaa ctcgactaca tgaagctgga 1320

atcgctagta atcgcgaatc agaatgtcgc ggtgaatacg ttcccgggtc ttgtacacac 1380

cgcccgtcac accatgggag tcagtaacgc ccgaagtcag tgacctaacc gaaaggaagg 1440

agctgccgaa ggcgggactg gtaactgggg tgaagtcgta acaaggtagc cgtatcggaa 1500

ggtgcggctg gatcacct 1518

<210> 89

<211> 1515

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 10972

<400> 89

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

ggagtatcta aacggaagtc ttcggatgga aggttagata cttagcgcgg acgggtgagt 120

aacgcgtggg caacctgccc cataccgggg gataacagcc agaaatggct gctaataccg 180

cataagcgca cagcgcccca tggcgcggtg tgaaaaattc cggtggtatg ggatgggccc 240

gcgtctgatt aggtagttgg cggggtaacg gcccaccaag ccgacgatca gtagccgacc 300

tgagagggtg accggccaca ttgggactga gacacggccc aaactcctac gggaggcagc 360

agtggggaat attgcacaat gggggaaacc ctgatgcagc gacgccgcgt gagcgaagaa 420

gtatttcggt atgtaaagct ctatcagcag ggaagaaaat gacggtacct gactaagaag 480

ccccggctaa ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag gggcaagcgt tatccggatt 540

tactgggtgt aaagggagcg tagacggcca ggcaagtctg atgtgaaagg caggggctca 600

acccctggac tgcattggaa actgtcaggc tggagtgccg gagaggtaag cggaattcct 660

agtgtagcgg tgaaatgcgt agatattagg aggaacacca gtggcgaagg cggcttactg 720

gacggtaact gacgttgatg ctcgaaagcg tgggagcaaa caggattaga taccctggta 780

gtccacgccg taaacgatga atactaggtg tcggggggca aagcccttcg gtgccgccgc 840

aaacgcatta agtattccac ctggggagta cgttcgcaag aatgaaactc aaaggaattg 900

acggggaccc gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc gaagcaacgc gaagaacctt 960

accaagcctt gacatcccat tgaagccaga gtaacgtctg acggccttcg ggacaatgga 1020

gacaggtggt gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa 1080

cgagcgcaac ccttatcttc agtagccagc acgcagaggt gggcactctg gagagactgc 1140

cagggacaac ctggaggaag gtggggatga cgtcaaatca tcatgcccct tatggcttgg 1200

gctacacacg tgctacaatg gcgtaaacag agggaagcag ccctgcgaag gtgagcgaat 1260

cccaaaataa cgtctcagtt cggattgtag tctgcaactc gactacatga agctggaatc 1320

gctagtaatc gcgaatcaga atgtcgcggt gaatacgttc ccgggtcttg tacacaccgc 1380

ccgtcacacc atgggagtca gtaacgcccg aagtcagtga cctaaccgaa aggaaggagc 1440

tgccgaaggc gggactggta actggggtga agtcgtaaca aggtagccgt atcggaaggt 1500

gcggctggat cacct 1515

<210> 90

<211> 1513

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 90

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggactgcgag gagcttgctc ctcaaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120

cctgccctat gcagggggat aacgtttgga aacgaacgct aataccgcat aacctagtcg 180

gttcgcatga actgactagc aaagatttat cggcatagga tggacccgcg ttagattagc 240

tagttggtga gataacagcc caccaaggca acgatctata gccggcctga gagggtgaac 300

ggccacactg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360

gcacaatggg cgcaagcctg atgcagcgac gccgcgtgaa ggatgaaggt cttcggatcg 420

taaacttcta tcagcaggga agaataccat gacggtacct gactaagaag ccccggctaa 480

ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggaa ttactgggtg 540

taaagggtgc gtaggtggcg atttaagtca gatgtgaaaa ctcagggctc aaccttgaga 600

ctgcatctga aactgagttg ctagagtgca ggagaggaaa gcggaattcc gagtgtagcg 660

gtgaaatgcg tagatattcg gaggaacacc agtagcgaag gcggctttct ggactgtaac 720

tgacactgag gcacgaaagc gtggggagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 780

cgtaaacgat gaatactagg tgtcggggct cacgggtctc ggtgccgcag ctaacgcatt 840

aagtattcca cctgggaagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacggggacc 900

cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct tacctaaact 960

tgacatcctt ttgaccgatc cttaatcgga tctttactag cttgctagta cagaagtgac 1020

aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga 1080

gcgcaacccc tatctttagt agccatcatt cagttgggca ctctagagag actgccaggg 1140

ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ttagggctac 1200

acacgtgcta caatgggtgc tacaaaggga agcaaaaccg cgaggtcaag caaatcccaa 1260

aaaggcactc ccagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagtt ggaatcgcta 1320

gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt 1380

cacaccacgg gagttggggg ggcccaacgc cagtgaccta acccttcggg gagggagctg 1440

tctaaggcaa aaccaatgac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc 1500

ggctggatca cct 1513

<210> 91

<211> 1513

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 91

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggactttgag gagcttgctc ctcaaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120

cctgccctat gcagggggat aacgtttgga aacgaacgct aataccgcat aacctagtcg 180

gttcgcatga actgactagc aaagatttat cggcatagga tggacccgcg ttagattagc 240

tagttggtga gataacagcc caccaaggca acgatctata gccggcctga gagggtgaac 300

ggccacactg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360

gcacaatggg cgcaagcctg atgcagcgac gccgcgtgaa ggatgaaggt cttcggatcg 420

taaacttcta tcagcaggga agaataccat gacggtacct gactaagaag ccccggctaa 480

ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggaa ttactgggtg 540

taaagggtgc gtaggtggcg atttaagtca gatgtgaaaa ctcagggctc aaccttgaga 600

ctgcatctga aactgagttg ctagagtgca ggagaggaaa gcggaattcc gagtgtagcg 660

gtgaaatgcg tagatattcg gaggaacacc agtagcgaag gcggctttct ggactgtaac 720

tgacactgag gcacgaaagc gtggggagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 780

cgtaaacgat gaatactagg tgtcggggct cacgggtctc ggtgccgcag ctaacgcatt 840

aagtattcca cctgggaagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacggggacc 900

cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct tacctaaact 960

tgacatcctt ttgaccgatc cttaatcgga tctttactag cttgctagta caaaagtgac 1020

aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga 1080

gcgcaacccc tatctttagt agccatcatt cagttgggca ctctagagag actgccaggg 1140

ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ttagggctac 1200

acacgtgcta caatgggtgc tacaaaggga agcaaaaccg cgaggtcaag caaatcccaa 1260

aaaggcactc ccagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagtt ggaatcgcta 1320

gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt 1380

cacaccacgg gagttggggg ggcccaacgc cagtgaccta accctttggg gagggagctg 1440

tctaaggcaa aaccaatgac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc 1500

ggctggatca cct 1513

<210> 92

<211> 1513

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 92

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggactgcgag gagcttgctc ctcaaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120

cctgccctat gcagggggat aacgtttgga aacgaacgct aataccgcat aacctagtcg 180

gttcgcatga actggctagc aaagatttat cggcatagga tggacccgcg ttagattagc 240

tagttggtga gataacagcc caccaaggca acgatctata gccggcctga gagggtgaac 300

ggccacactg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360

gcacaatggg cgcaagcctg atgcagcgac gccgcgtgaa ggatgaaggt cttcggatcg 420

taaacttcta tcagcaggga agaataccat gacggtacct gactaagaag ccccggctaa 480

ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggaa ttactgggtg 540

taaagggtgc gtaggtggcg atttaagtca gatgtgaaaa ctcagggctc aaccttgaga 600

ctgcatctga aactgagttg ctagagtgca ggagaggaaa gcggaattcc gagtgtagcg 660

gtgaaatgcg tagatattcg gaggaacacc agtagcgaag gcggctttct ggactgtaac 720

tgacactgag gcacgaaagc gtggggagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 780

cgtaaacgat gaatactagg tgtcggggct cacgggtctc ggtgccgcag ctaacgcatt 840

aagtattcca cctgggaagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacggggacc 900

cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct tacctaaact 960

tgacatccca ttgaccgatc cttaatcgga tctttactag cttgctagta caatggtgac 1020

aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga 1080

gcgcaacccc tatctttagt agccatcatt cagttgggca ctctagagag actgccaggg 1140

ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ttagggctac 1200

acacgtgcta caatgggtgc tacaaaggga agcaaaaccg cgaggtcaag caaatcccaa 1260

aaaggcactc ccagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagtt ggaatcgcta 1320

gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt 1380

cacaccacgg gagttggggg ggcccaacgc cagtgaccta acccttcggg gagggagctg 1440

tctaaggcaa aaccaatgac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc 1500

ggctggatca cct 1513

<210> 93

<211> 1513

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 93

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggactgcgag gagcttgctc ctcaaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120

cctgccctat gcagggggat aacgtttgga aacgaacgct aataccgcat aacctagtcg 180

gttcgcatga actgactagc aaagatttat cggcatagga tggacccgcg ttagattagc 240

tagttggtga gataacagcc caccaaggca acgatctata gccggcctga gagggtgaac 300

ggccacactg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360

gcacaatggg cgcaagcctg atgcagcgac gccgcgtgaa ggatgaaggt cttcggatcg 420

taaacttcta tcagcaggga agaataccat gacggtacct gactaagaag ccccggctaa 480

ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggaa ttactgggtg 540

taaagggtgc gtaggtggcg atttaagtca gatgtgaaaa ctcagggctc aaccttgaga 600

ctgcatctga aactgagttg ctagagtgca ggagaggaaa gcggaattcc gagtgtagcg 660

gtgaaatgcg tagatattcg gaggaacacc agtagcgaag gcggctttct ggactgtaac 720

tgacactgag gcacgaaagc gtggggagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 780

cgtaaacgat gaatactagg tgtcggggct cacgggtctc ggtgccgcag ctaacgcatt 840

aagtattcca cctgggaagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacggggacc 900

cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct tacctaaact 960

tgacatcctt ttgaccgatc cttaatcgga tctttactag cttgctagta cagaagtgac 1020

aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga 1080

gcgcaacccc tatctttagt agccatcatt cagttgggca ctctagagag actgccaggg 1140

ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ttagggctac 1200

acacgtgcta caatgggtgc tacaaaggga agcaaaaccg cgaggtcaag caaatcccaa 1260

aaaggcactc ccagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagtt ggaatcgcta 1320

gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt 1380

cacaccacgg gagttggggg ggcccaacgc cagtgaccta acccttcggg gagggagctg 1440

tctaaggcaa aaccaatgac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc 1500

ggctggatca cct 1513

<210> 94

<211> 1513

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 94

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggactgcgag gagcttgctc ctcaaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120

cctgccctat gcagggggat aacgtttgga aacgaacgct aataccgcat aacctagttg 180

gttcgcatga actgactagc aaagatttat cggcatagga tggacccgcg ttagattagc 240

tagttggtga gataacagcc caccaaggca acgatctata gccggcctga gagggtgaac 300

ggccacactg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360

gcacaatggg cgcaagcctg atgcagcgac gccgcgtgaa ggatgaaggt cttcggatcg 420

taaacttcta tcagcaggga agaataccat gacggtacct gactaagaag ccccggctaa 480

ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggaa ttactgggtg 540

taaagggtgc gtaggtggcg atttaagtca gatgtgaaaa ctcagggctc aaccttgaga 600

ctgcatctga aactgagttg ctagagtgca ggagaggaaa gcggaattcc gagtgtagcg 660

gtgaaatgcg tagatattcg gaggaacacc agtagcgaag gcggctttct ggactgtaac 720

tgacactgag gcacgaaagc gtggggagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 780

cgtaaacgat gaatactagg tgtcggggct cacgggtctc ggtgccgcag ctaacgcatt 840

aagtattcca cctgggaagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacggggacc 900

cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct tacctaaact 960

tgacatcctt ttgaccgatc cttaatcgga tctttactag cttgctagta cagaagtgac 1020

aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga 1080

gcgcaacccc tatctttagt agccatcatt cagttgggca ctctagagag actgccaggg 1140

ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ttagggctac 1200

acacgtgcta caatgggtgc tacaaaggga agcaaaaccg cgaggtcaag caaatcccaa 1260

aaaggcactc ccagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagtt ggaatcgcta 1320

gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt 1380

cacaccacgg gagttggggg ggcccaacgc cagtgaccta acccttcggg gagggagctg 1440

tctaaggcaa aaccaatgac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc 1500

ggctggatca cct 1513

<210> 95

<211> 1509

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 95

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggacagaggg agcttgctcc caaagttagt ggcggacggg tgagtaacgc gtgggtaacc 120

taccctatgc agggggataa cgtttggaaa cgaacgctaa taccgcataa cctagtcggt 180

ttgcatgaac tgactagcaa agatttatcg gcataggatg gacccgcgtt agattagcta 240

gttggtgaga taacagccca ccaaggcaac gatctatagc cggcctgaga gggtgaacgg 300

ccacactggg actgagacac ggcccagact cctacgggag gcagcagtgg ggaatattgc 360

acaatgggcg caagcctgat gcagcgacgc cgcgtgaagg atgaaggtct tcggatcgta 420

aacttctatc agcagggaag aataccatga cggtacctga ctaagaagcc ccggctaact 480

acgtgccagc agccgcggta atacgtaggg gcaagcgtta tccggaatta ctgggtgtaa 540

agggtgcgta ggtggcgatt taagtcagat gtgaaaactc agggctcaac cttgagactg 600

catctgaaac tgagttgcta gagtgcagga gaggaaagcg gaattccgag tgtagcggtg 660

aaatgcgtag atattcggag gaacaccagt agcgaaggcg gctttctgga ctgtaactga 720

cactgaggca cgaaagcgtg gggagcgaac aggattagat accctggtag tccacgccgt 780

aaacgatgaa tactaggtgt cggggctcac gggtctcggt gccgcagcta acgcattaag 840

tattccacct gggaagtacg accgcaaggt tgaaactcaa aggaattgac ggggacccgc 900

acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac ctaaacttga 960

catccttttg accgatcctt aataggatct ttactagctt gctagtacaa aagtgacagg 1020

tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg gttaagtccc gcaacgagcg 1080

caacccctat ctttagtagc catcattcag ttgggcactc tagagagact gccagggata 1140

acctggagga aggtggggat gacgtcaaat catcatgccc cttatgttta gggctacaca 1200

cgtgctacaa tgggtgctac aaagggaagc aaaaccgcga ggtcaagcaa atcccaaaaa 1260

ggcactccca gttcggattg tagtctgcaa ctcgactaca tgaagttgga atcgctagta 1320

atcgcgaatc agaatgtcgc ggtgaatacg ttcccgggtc ttgtacacac cgcccgtcac 1380

accacgggag ttggggggcc caacgccagt gacctaaccc tttggggagg gagctgtcta 1440

aggcaaaacc aatgactggg gtgaagtcgt aacaaggtag ccgtatcgga aggtgcggct 1500

ggatcacct 1509

<210> 96

<211> 1513

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 96

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggactgcgag gagcttgctc ctcaaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120

cctgccctat gcagggggat aacgtttgga aacgaacgct aataccgcat aacctagtcg 180

gttcgcatga actgactagc aaagatttat cggcatagga tggacccgcg ttagattagc 240

tagttggtga gataacagcc caccaaggca acgatctata gccggcctga gagggtgaac 300

ggccacactg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360

gcacaatggg cgcaagcctg atgcagcgac gccgcgtgaa ggatgaaggt cttcggatcg 420

taaacttcta tcagcaggga agaataccat gacggtacct gactaagaag ccccggctaa 480

ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggaa ttactgggtg 540

taaagggtgc gtaggtggcg atttaagtca gatgtgaaaa ctcagggctc aaccttgaga 600

ctgcatctga aactgagttg ctagagtgca ggagaggaaa gcggaattcc gagtgtagcg 660

gtgaaatgcg tagatattcg gaggaacacc agtagcgaag gcggctttct ggactgtaac 720

tgacactgag gcacgaaagc gtggggagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 780

cgtaaacgat gaatactagg tgtcggggct cacgggtctc ggtgccgcag ctaacgcatt 840

aagtattcca cctgggaagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacggggacc 900

cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct tacctaaact 960

tgacatcctt ttgaccgatc cttaatcgga tctttactag cttgctagta cagaagtgac 1020

aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga 1080

gcgcaacccc tatctttagt agccatcatt cagttgggca ctctagagag actgccaggg 1140

ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ttagggctac 1200

acacgtgcta caatgggtgc tacaaaggga agcaaaaccg cgaggtcaag caaatcccaa 1260

aaaggcactc ccagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagtt ggaatcgcta 1320

gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt 1380

cacaccacgg gagttggggg ggcccaacgc cagtgaccta acccttcggg gagggagctg 1440

tctaaggcaa aaccaatgac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc 1500

ggctggatca cct 1513

<210> 97

<211> 1513

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 97

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggactgcgag gagcttgctc ctcaaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120

cctgccctat gcagggggat aacgtttgga aacgaacgct aataccgcat aatctagttg 180

gttcgcatga actgactagc aaagatttat cggcatagga tggacccgcg ttagattagc 240

tagttggtga gataacagcc caccaaggca acgatctata gccggcctga gagggtgaac 300

ggccacactg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360

gcacaatggg cgcaagcctg atgcagcgac gccgcgtgaa ggatgaaggt cttcggatcg 420

taaacttcta tcagcaggga agaataccat gacggtacct gactaagaag ccccggctaa 480

ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggaa ttactgggtg 540

taaagggtgc gtaggtggcg atttaagtca gatgtgaaaa ctcagggctc aaccttgaga 600

ctgcatctga aactgagttg ctagagtgca ggagaggaaa gcggaattcc gagtgtagcg 660

gtgaaatgcg tagatattcg gaggaacacc agtagcgaag gcggctttct ggactgtaac 720

tgacactgag gcacgaaagc gtggggagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 780

cgtaaacgat gaatactagg tgtcggggct cacgggtctc ggtgccgcag ctaacgcatt 840

aagtattcca cctgggaagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacggggacc 900

cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct tacctaaact 960

tgacatcctt ttgaccgatc cttaatcgga tctttactag cttgctagta cagaagtgac 1020

aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga 1080

gcgcaacccc tatctttagt agccatcatt cagttgggca ctctagagag actgccaggg 1140

ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ttagggctac 1200

acacgtgcta caatgggtgc tacaaaggga agcaaaaccg cgaggtcaag caaatcccca 1260

aaaggcactc ccagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagtt ggaatcgcta 1320

gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt 1380

cacaccacgg gagttggggg ggcccaacgc cagtgaccta acccttcggg gagggagctg 1440

tctaaggcaa aaccaatgac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc 1500

ggctggatca cct 1513

<210> 98

<211> 1513

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 98

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggactgcgag gagcttgctc ctcaaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120

cctgccctat gcagggggat aacgtttgga aacgaacgct aataccgcat aacctagtcg 180

gttcgcatga actgactagc aaagatttat cggcatagga tggacccgcg ttagattagc 240

tagttggtga gataacagcc caccaaggca acgatctata gccggcctga gagggtgaac 300

ggccacactg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360

gcacaatggg cgcaagcctg atgcagcgac gccgcgtgaa ggatgaaggt cttcggatcg 420

taaacttcta tcagcaggga agaataccat gacggtacct gactaagaag ccccggctaa 480

ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggaa ttactgggtg 540

taaagggtgc gtaggtggcg atttaagtca gatgtgaaaa ctcagggctc aaccttgaga 600

ctgcatctga aactgagttg ctagagtgca ggagaggaaa gcggaattcc gagtgtagcg 660

gtgaaatgcg tagatattcg gaggaacacc agtagcgaag gcggctttct ggactgtaac 720

tgacactgag gcacgaaagc gtggggagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 780

cgtaaacgat gaatactagg tgtcggggct cacgggtctc ggtgccgcag ctaacgcatt 840

aagtattcca cctgggaagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacggggacc 900

cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct tacctaaact 960

tgacatcctt ttgaacgatc cttaatcgga tctttactag cttgctagta cagaagtgac 1020

aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga 1080

gcgcaacccc tatctttagt agccatcatt cagttgggca ctctagagag actgccaggg 1140

ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ttagggctac 1200

acacgtgcta caatgggtgc tacaaaggga agcaaaaccg cgaggtcaag caaatcccaa 1260

aaaggcactc ccagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagtt ggaatcgcta 1320

gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt 1380

cacaccacgg gagttggggg ggcccaacgc cagtgaccta acccttcggg gagggagctg 1440

tctaaggcaa aaccaatgac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc 1500

ggctggatca cct 1513

<210> 99

<211> 1513

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 99

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggactgcgag gagcttgctc ctcaaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120

cctgccctat gcagggggat aacgtttgga aacgaacgct aataccgcat aatctagtcg 180

gttcgcatga actgactagc aaagatttat cggcatagga tggacccgcg ttagattagc 240

tagttggtga gataacagcc caccaaggca acgatctata gccggcctga gagggtgaac 300

ggccacactg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360

gcacaatggg cgcaagcctg atgcagcgac gccgcgtgaa ggatgaaggt cttcggatcg 420

taaacttcta tcagcaggga agaataccat gacggtacct gactaagaag ccccggctaa 480

ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggaa ttactgggtg 540

taaagggtgc gtaggtggcg atttaagtca gatgtgaaaa ctcagggctc aaccttgaga 600

ctgcatctga aactgagttg ctagagtgca ggagaggaaa gcggaattcc gagtgtagcg 660

gtgaaatgcg tagatattcg gaggaacacc agtagcgaag gcggctttct ggactgtaac 720

tgacactgag gcacgaaagc gtggggagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 780

cgtaaacgat gaatactagg tgtcggggct cacgggtctc ggtgccgcag ctaacgcatt 840

aagtattcca cctgggaagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacggggacc 900

cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct tacctaaact 960

tgacatccca ttgaccgatc cttaatcgga tctttactag cttgctagta caatggtgac 1020

aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga 1080

gcgcaacccc tatctttagt agccatcatt cagttgggca ctctagagag actgccaggg 1140

ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ttagggctac 1200

acacgtgcta caatgggtgc tacaaaggga agcaaaaccg tgaggtcaag caaatcccaa 1260

aaaggcactc ccagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagtt ggaatcgcta 1320

gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt 1380

cacaccacgg gagttggggg ggcccaacgc cagtgaccta acccttcggg gagggagctg 1440

tctaaggcaa aaccaatgac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc 1500

ggctggatca cct 1513

<210> 100

<211> 1513

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 100

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggactgcgag gagcttgctc ctcaaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120

cctgccctat gcagggggat aacgtttgga aacgaacgct aataccgcat aacctagttg 180

gttcgcatga actgactagc aaagatttat cggcatagga tggacccgcg ttagattagc 240

tagttggtga gataacagcc caccaaggca acgatctata gccggcctga gagggtgaac 300

ggccacactg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360

gcacaatggg cgcaagcctg atgcagcgac gccgcgtgaa ggatgaaggt cttcggatcg 420

taaacttcta tcagcaggga agaataccat gacggtacct gactaagaag ccccggctaa 480

ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggaa ttactgggtg 540

taaagggtgc gtaggtggcg atttaagtca gatgtgaaaa ctcagggctc aaccttgaga 600

ctgcatctga aactgagttg ctagagtgca ggagaggaaa gcggaattcc gagtgtagcg 660

gtgaaatgcg tagatattcg gaggaacacc agtagcgaag gcggctttct ggactgtaac 720

tgacactgag gcacgaaagc gtggggagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 780

cgtaaacgat gaatactagg tgtcggggct cacgggtctc ggtgccgcag ctaacgcatt 840

aagtattcca cctgggaagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacggggacc 900

cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct tacctaaact 960

tgacatcctt ttgaccgatc cttaatcgga tctttactag cttgctagta cagaagtgac 1020

aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga 1080

gcgcaacccc tatctttagt agccatcatt cagttgggca ctctagagag actgccaggg 1140

ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ttagggctac 1200

acacgtgcta caatgggtgc tacaaaggga agcaaaaccg cgaggtcaag caaatcccaa 1260

aaaggcactc ccagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagtt ggaatcgcta 1320

gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt 1380

cacaccacgg gagttggggg ggcccaacgc cagtgaccta acccttcggg gagggagctg 1440

tctaaggcaa aaccaatgac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc 1500

ggctggatca cct 1513

<210> 101

<211> 1513

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 101

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggactgcgag gagcttgctc ctcaaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120

cctgccctat gcagggggat aacgtttgga aacgaacgct aataccgcat aacctagtcg 180

gttcgcatga actgactagc aaagatttat cggcatagga tggacccgcg ttagattagc 240

tagttggtga gataacagcc caccaaggca acgatctata gccggcctga gagggtgaac 300

ggccacactg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360

gcacaatggg cgcaagcctg atgcagcgac gccgcgtgaa ggatgaaggt cttcggatcg 420

taaacttcta tcagcaggga agaataccat gacggtacct gactaagaag ccccggctaa 480

ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggaa ttactgggtg 540

taaagggtgc gtaggtggcg atttaagtca gatgtgaaaa ctcagggctc aaccttgaga 600

ctgcatctga aactgagttg ctagagtgca ggagaggaaa gcggaattcc gagtgtagcg 660

gtgaaatgcg tagatattcg gaggaacacc agtagcgaag gcggctttct ggactgtaac 720

tgacactgag gcacgaaagc gtggggagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 780

cgtaaacgat gaatactagg tgtcggggct cacgggtctc ggtgccgcag ctaacgcatt 840

aagtattcca cctgggaagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacggggacc 900

cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct tacctaaact 960

tgacatcctt ttgaccgatc tttaatcgga tctttactag cttgctagta cagaagtgac 1020

aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga 1080

gcgcaacccc tatctttagt agccatcatt tggttgggca ctctagagag actgccaggg 1140

ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ttagggctac 1200

acacgtgcta caatgggtgc tacaaaggga agcaaaaccg cgaggtcaag caaatcccaa 1260

aaaggcactc ccagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagtt ggaatcgcta 1320

gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt 1380

cacaccacgg gagttggggg ggcccaacgc cagtgaccta acccttcggg gagggagctg 1440

tctaaggcaa aaccaatgac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc 1500

ggctggatca cct 1513

<210> 102

<211> 1513

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 102

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggactgcgag gagcttgctc ctcaaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120

cctgccctat gcagggggat aacgtttgga aacgaacgct aataccgcat aacctagttg 180

gttcgcatga actgactagc aaagatttat cggcatagga tggacccgcg ttagattagc 240

tagttggtga gataacagcc caccaaggca acgatctata gccggcctga gagggtgaac 300

ggccacactg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360

gcacaatggg cgcaagcctg atgcagcgac gccgcgtgaa ggatgaaggt cttcggatcg 420

taaacttcta tcagcaggga agaataccat gacggtacct gactaagaag ccccggctaa 480

ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggaa ttactgggtg 540

taaagggtgc gtaggtggcg atttaagtca gatgtgaaaa ctcagggctc aaccttgaga 600

ctgcatctga aactgagttg ctagagtgca ggagaggaaa gcggaattcc gagtgtagcg 660

gtgaaatgcg tagatattcg gaggaacacc agtagcgaag gcggctttct ggactgtaac 720

tgacactgag gcacgaaagc gtggggagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 780

cgtaaacgat gaatactagg tgtcggggct cacgggtctc ggtgccgcag ctaacgcatt 840

aagtattcca cctgggaagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacggggacc 900

cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct tacctaaact 960

tgacatcctt ttgaccgatc cttaatcgga tctttactag cttgctagta cagaagtgac 1020

aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga 1080

gcgcaacccc tatctttagt agccatcatt cagttgggca ctctagagag actgccaggg 1140

ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ttagggctac 1200

acacgtgcta caatgggtgc tacaaaggga agcaaaaccg cgaggtcaag caaatcccaa 1260

aaaggcactc ccagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagtt ggaatcgcta 1320

gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt 1380

cacaccacgg gagttggggg ggcccaacgc cagtgaccta acccttcggg gagggagctg 1440

tctaaggcaa aaccaatgac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc 1500

ggctggatca cct 1513

<210> 103

<211> 1183

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 103

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggactgcgag gagcttgctc ctcaaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120

cctgccctat gcagggggat aacgtttgga aacgaacgct aataccgcat aacctagttg 180

gttcgcatga actgactagc aaagatttat cggcatagga tggacccgcg ttagattagc 240

tagttggtga gataacagcc caccaaggca acgatctata gccggcctga gagggtgaac 300

ggccacactg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt gggaatattg 360

cacaatgggc gcaagcctga tgcagcgacg ccgcgtgaag gatgaaggtc ttcggatcgt 420

aaacttctat cagcagggaa gaataccatg acggtacctg actaagaagc cccggctaac 480

tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg gggcaagcgt tatccggaat tactgggtgt 540

aaagggtgcg taggtggcga tttaagtcag atgtgaaaac tcagggctca accttgagac 600

tgcatctgaa actgagttgc tagagtgcag gagaggaaag cggaattccg agtgtagcgg 660

tgaaatgcgt agatattcgg aggaacacca gtagcgaagg cggctttctg gactgtaact 720

gacactgagg cacgaaagcg tggggagcga acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780

gtaaacgatg aatactaggt gtcggggctc acgggtctcg gtgccgcagc taacgcatta 840

agtattccac ctggaagtac gaccgcaagg ttgaaactca aaggaattga cggggacccg 900

cacaagcggt ggagcatgtg gtttaattcg aagcaacgcg aagaacctta cctaaacttg 960

acatcctttt gaccgatcct taatcggatc tttactagct tgctagtaca gaagtgacag 1020

gtggtgcatg gttgtcgtca gctcgtgtcg tgagatgttg ggttaagtcc cgcaacgagc 1080

gcaaccccta tctttagtag ccatcattca gttgggcact ctagagagac tgccagggat 1140

aacctggagg aaggtgggat gacgtcaaat catcatgccc ctt 1183

<210> 104

<211> 1513

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 104

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggactgcgag gagcttgctc ctcaaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120

cctgccctat gcagggggat aacgtttgga aacgaacgct aataccgcat aacctagttg 180

gttcgcatga actgactagc aaagatttat cggcatagga tggacccgcg ttagattagc 240

tagttggtga gataacagcc caccaaggca acgatctata gccggcctga gagggtgaac 300

ggccacactg ggactgagac acggcccaga ctcctacggg aggcagcagt ggggaatatt 360

gcacaatggg cgcaagcctg atgcagcgac gccgcgtgaa ggatgaaggt cttcggatcg 420

taaacttcta tcagcaggga agaataccat gacggtacct gactaagaag ccccggctaa 480

ctacgtgcca gcagccgcgg taatacgtag ggggcaagcg ttatccggaa ttactgggtg 540

taaagggtgc gtaggtggcg atttaagtca gatgtgaaaa ctcagggctc aaccttgaga 600

ctgcatctga aactgagttg ctagagtgca ggagaggaaa gcggaattcc gagtgtagcg 660

gtgaaatgcg tagatattcg gaggaacacc agtagcgaag gcggctttct ggactgtaac 720

tgacactgag gcacgaaagc gtggggagcg aacaggatta gataccctgg tagtccacgc 780

cgtaaacgat gaatactagg tgtcggggct cacgggtctc ggtgccgcag ctaacgcatt 840

aagtattcca cctgggaagt acgaccgcaa ggttgaaact caaaggaatt gacggggacc 900

cgcacaagcg gtggagcatg tggtttaatt cgaagcaacg cgaagaacct tacctaaact 960

tgacatcctt ttgaccgatc cttaatcgga tctttactag cttgctagta cagaagtgac 1020

aggtggtgca tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga 1080

gcgcaacccc tatctttagt agccatcatt cagttgggca ctctagagag actgccaggg 1140

ataacctgga ggaaggtggg gatgacgtca aatcatcatg ccccttatgt ttagggctac 1200

acacgtgcta caatgggtgc tacaaaggga agcaaaaccg cgaggtcaag caaatcccaa 1260

aaaggcactc ccagttcgga ttgtagtctg caactcgact acatgaagtt ggaatcgcta 1320

gtaatcgcga atcagaatgt cgcggtgaat acgttcccgg gtcttgtaca caccgcccgt 1380

cacaccacgg gagttggggg ggcccaacgc cagtgaccta acccttcggg gagggagctg 1440

tctaaggcaa aaccaatgac tggggtgaag tcgtaacaag gtagccgtat cggaaggtgc 1500

ggctggatca cct 1513

<210> 105

<211> 1512

<212> ДНК

<213> Lachnospiraceae bacterium 11041

<400> 105

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac 60

ggactgcgag gagcttgctc ctcaaagtta gtggcggacg ggtgagtaac gcgtgggtaa 120

cctgccctat gcaggggata acgtttggaa acgaacgcta ataccgcata acctagttgg 180

ttcgcatgaa ctgactagca aagatttatc ggcataggat ggacccgcgt tagattagct 240

agttggtgag ataacagccc accaaggcaa cgatctatag ccggcctgag agggtgaacg 300

gccacactgg gactgagaca cggcccagac tcctacggga ggcagcagtg gggaatattg 360

cacaatgggc gcaagcctga tgcagcgacg ccgcgtgaag gatgaaggtc ttcggatcgt 420

aaacttctat cagcagggaa gaataccatg acggtacctg actaagaagc cccggctaac 480

tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg gggcaagcgt tatccggaat tactgggtgt 540

aaagggtgcg taggtggcga tttaagtcag atgtgaaaac tcagggctca accttgagac 600

tgcatctgaa actgagttgc tagagtgcag gagaggaaag cggaattctg agtgtagcgg 660

tgaaatgcgt agatattcgg aggaacacca gtagcgaagg cggctttctg gactgtaact 720

gacactgagg cacgaaagcg tggggagcga acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780

gtaaacgatg aatactaggt gtcggggctc acgggtctcg gtgccgcagc taacgcatta 840

agtattccac ctgggaagta cgaccgcaag gttgaaactc aaaggaattg acggggaccc 900

gcacaagcgg tggagcatgt ggtttaattc gaagcaacgc gaagaacctt acctaaactt 960

gacatcccat tgaccgatcc ttaatcggat ctttactagc ttgctagtac aatggtgaca 1020

ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt gggttaagtc ccgcaacgag 1080

cgcaacccct atctttagta gccatcattc agttgggcac tctagagaga ctgccaggga 1140

taacctggag gaaggtgggg atgacgtcaa atcatcatgc cccttatgtt tagggctaca 1200

cacgtgctac aatgggtgct acaaagggaa gcaaaaccgc gaggtcaagc aaatcccaaa 1260

aaggcactcc cagttcggat tgtagtctgc aactcgacta catgaagttg gaatcgctag 1320

taatcgcgaa tcagaatgtc gcggtgaata cgttcccggg tcttgtacac accgcccgtc 1380

acaccacggg agttgggggg gcccaacgcc agtgacctaa cccttcgggg agggagctgt 1440

ctaaggcaaa accaatgact ggggtgaagt cgtaacaagg tagccgtatc ggaaggtgcg 1500

gctggatcac ct 1512

<210> 106

<211> 1519

<212> ДНК

<213> Ruminococcus lactaris

<400> 106

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

ggagtattta aacggaagtc ttcggatgga agtttggata cttagcggcg gacgggtgag 120

taacgcgtgg gcaacctgcc ccataccggg ggataacagc cagaaatggc tgctaatacc 180

gcataagcgc acagcgcctc atggcgcggt gtgaaaaact ccggtggtat gggatgggcc 240

cgcgtctgat taggtagttg gcggggtaac ggcccaccaa gccgacgatc agtagccgac 300

ctgagagggt gaccggccac attgggactg agacacggcc caaactccta cgggaggcag 360

cagtggggaa tattgcacaa tgggggaaac cctgatgcag cgacgccgcg tgagcgaaga 420

agtatttcgg tatgtaaagc tctatcagca gggaagaaaa tgacggtacc tgactaagaa 480

gccccggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta gggggcaagc gttatccgga 540

tttactgggt gtaaagggag cgtagacggc caggcaagtc tgatgtgaaa ggcaggggct 600

caacccctgg actgcattgg aaactgtcag gctggagtgc cggagaggta agcggaattc 660

ctagtgtagc ggtgaaatgc gtagatatta ggaggaacac cagtggcgaa ggcggcttac 720

tggacggtaa ctgacgttga tgctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt agataccctg 780

gtagtccacg ccgtaaacga tgaatactag gtgtcggggg gcaaagccct tcggtgccgc 840

cgcaaacgca ttaagtattc cacctgggga gtacgttcgc aagaatgaaa ctcaaaggaa 900

ttgacgggga cccgcacaag cggtggagca tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac 960

cttaccaagc cttgacatcc cattgaagcc agagtaacgt ctgacggcct tcgggacaat 1020

ggagacaggt ggtgcatggt tgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg 1080

caacgagcgc aacccttatc ttcagtagcc agcacgcgat ggtgggcact ctggagagac 1140

tgccagggac aacctggagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatggct 1200

tgggctacac acgtgctaca atggcgtaaa cagagggaag cagccctgcg aaggtgagcg 1260

aatcccaaaa ataacgtctc agttcggatt gtagtctgca actcgactac atgaagctgg 1320

aatcgctagt aatcgcgaat cagaatgtcg cggtgaatac gttcccgggt cttgtacaca 1380

ccgcccgtca caccatggga gtcagtaacg cccgaagtca gtgacctaac cgaaaggaag 1440

gagctgccga aggcgggact ggtaactggg gtgaagtcgt aacaaggtag ccgtatcgga 1500

aggtgcggct ggatcacct 1519

<210> 107

<211> 1519

<212> ДНК

<213> Ruminococcus lactaris

<400> 107

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

ggagtgttta accggaagtc ttcggatgga aggttagata tttagcggcg gacgggtgag 120

taacgcgtgg gcaacctgcc ccataccggg ggataacagc cagaaatggc tgctaatacc 180

gcataagcgc acagcgcctc atggcgcggt gtgaaaaact ccggtggtat gggatgggcc 240

cgcgtctgat taggtagttg gcggggtaac ggcccaccaa gccgacgatc agtagccgac 300

ctgagagggt gaccggccac attgggactg agacacggcc caaactccta cgggaggcag 360

cagtggggaa tattgcacaa tgggggaaac cctgatgcag cgacgccgcg tgagcgaaga 420

agtatttcgg tatgtaaagc tctatcagca gggaagaaaa tgacggtacc tgactaagaa 480

gccccggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta gggggcaagc gttatccgga 540

tttactgggt gtaaagggag cgtagacggc caggcaagtc tgatgtgaaa ggcaggggct 600

caacccctgg actgcattgg aaactgtcag gctggagtgc cggagaggta agcggaattc 660

ctagtgtagc ggtgaaatgc gtagatatta ggaggaacac cagtggcgaa ggcggcttac 720

tggacggtaa ctgacgttga tgctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt agataccctg 780

gtagtccacg ccgtaaacga tgaatactag gtgtcggggg gcaaagccct tcggtgccgc 840

tgcaaacgca ttaagtattc cacctgggga gtacgttcgc aagaatgaaa ctcaaaggaa 900

ttgacgggga cccgcacaag cggtggagca tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac 960

cttaccaagc cttgacatcc cattgaagcc agagtaacgt ctgacggcct tcgggacaat 1020

ggagacaggt ggtgcatggt tgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg 1080

caacgagcgc aacccttatc ttcagtagcc agcacgcaga ggtgggcact ctggagagac 1140

tgccagggac aacctggagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatggct 1200

tgggctacac acgtgctaca atggcgtaaa cagagggaag cagccctgcg aaggtgagcg 1260

aatcccaaaa ataacgtctc agttcggatt gtagtctgca actcgactac atgaagctgg 1320

aatcgctagt aatcgcgaat cagaatgtcg cggtgaatac gttcccgggt cttgtacaca 1380

ccgcccgtca caccatggga gtcagtaacg cccgaagtca gtgacctaac cgaaaggaag 1440

gagctgccga aggcgggact ggtaactggg gtgaagtcgt aacaaggtag ccgtatcgga 1500

aggtgcggct ggatcacct 1519

<210> 108

<211> 1519

<212> ДНК

<213> Ruminococcus lactaris

<400> 108

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

ggagtattta aacggaagtc ttcggatgga agtttggata cttagcggcg gacgggtgag 120

taacgcgtgg gcaacctgcc ccataccggg ggataacagc cagaaatggc tgctaatacc 180

gcataagcgc acagcgcctc atggcgcggt gtgaaaaact ccggtggtat gggatgggcc 240

cgcgtctgat taggtagttg gcggggtaac ggcccaccaa gccgacgatc agtagccgac 300

ctgagagggt gaccggccac attgggactg agacacggcc caaactccta cgggaggcag 360

cagtggggaa tattgcacaa tgggggaaac cctgatgcag cgacgccgcg tgagcgaaga 420

agtatttcgg tatgtaaagc tctatcagca gggaagaaaa tgacggtacc tgactaagaa 480

gccccggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta gggggcaagc gttatccgga 540

tttactgggt gtaaagggag cgtagacggc caggcaagtc tgatgtgaaa ggcaggggct 600

caacccctgg actgcattgg aaactgtcag gctggagtgc cggagaggta agcggaattc 660

ctagtgtagc ggtgaaatgc gtagatatta ggaggaacac cagtggcgaa ggcggcttac 720

tggacggtaa ctgacgttga tgctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt agataccctg 780

gtagtccacg ccgtaaacga tgaatactag gtgtcggggg gcaaagccct tcggtgccgc 840

cgcaaacgca ttaagtattc cacctgggga gtacgttcgc aagaatgaaa ctcaaaggaa 900

ttgacgggga cccgcacaag cggtggagca tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac 960

cttaccaagc cttgacatcc cattgaagcc agagtaacgt ctgacggcct tcgggacaat 1020

ggagacaggt ggtgcatggt tgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg 1080

caacgagcgc aacccttatc ttcagtagcc agcacgcgat ggtgggcact ctggagagac 1140

tgccagggac aacctggagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatggct 1200

tgggctacac acgtgctaca atggcgtaaa cagagggaag cagccctgcg aaggtgagcg 1260

aatcccaaaa ataacgtctc agttcggatt gtagtctgca actcgactac atgaagctgg 1320

aatcgctagt aatcgcgaat cagaatgtcg cggtgaatac gttcccgggt cttgtacaca 1380

ccgcccgtca caccatggga gtcagtaacg cccgaagtca gtgacctaac cgaaaggaag 1440

gagctgccga aggcgggact ggtaactggg gtgaagtcgt aacaaggtag ccgtatcgga 1500

aggtgcggct ggatcacct 1519

<210> 109

<211> 1519

<212> ДНК

<213> Ruminococcus lactaris

<400> 109

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

ggagtattta accggaagtc ttcggatgga aagttagata cttagcggcg gacgggtgag 120

taacgcgtgg gcaacctgcc ccataccggg ggataacagc cagaaatggc tgctaatacc 180

gcataagcgc acagcgcccc atggcgcggt gtgaaaaatt ccggtggtat gggatgggcc 240

cgcgtctgat taggtagttg gcggggtaac ggcccaccaa gccgacgatc agtagccgac 300

ctgagagggt gaccggccac attgggactg agacacggcc caaactccta cgggaggcag 360

cagtggggaa tattgcacaa tgggggaaac cctgatgcag cgacgccgcg tgagcgaaga 420

agtatttcgg tatgtaaagc tctatcagca gggaagaaaa tgacggtacc tgactaagaa 480

gccccggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta gggggcaagc gttatccgga 540

tttactgggt gtaaagggag cgtagacggc caggcaagtc tgatgtgaaa ggcaggggct 600

caacccctgg actgcattgg aaactgtcag gctggagtgc cggagaggta agcggaattc 660

ctagtgtagc ggtgaaatgc gtagatatta ggaggaacac cagtggcgaa ggcggcttac 720

tggacggtaa ctgacgttga tgctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt agataccctg 780

gtagtccacg ccgtaaacga tgaatactag gtgtcggggg gcaaagccct tcggtgccgc 840

cgcaaacgca ttaagtattc cacctgggga gtacgttcgc aagaatgaaa ctcaaaggaa 900

ttgacgggga cccgcacaag cggtggagca tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac 960

cttaccaagc cttgacatcc cattgaagcc agagtaacgt ctgggggcct tcgggacaat 1020

ggagacaggt ggtgcatggt tgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg 1080

caacgagcgc aacccttatc ttcagtagcc agcacgcgat ggtgggcact ctggagagac 1140

tgccagggac aacctggagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatggct 1200

tgggctacac acgtgctaca atggcgtaaa cagagggaag cagccctgcg aaggtgagcg 1260

aatcccaaaa ataacgtctc agttcggatt gtagtctgca actcgactac atgaagctgg 1320

aatcgctagt aatcgcgaat cagaatgtcg cggtgaatac gttcccgggt cttgtacaca 1380

ccgcccgtca caccatggga gtcagtaacg cccgaagtca gtgacctaac cgaaaggaag 1440

gagctgccga aggcgggact ggtaactggg gtgaagtcgt aacaaggtag ccgtatcgga 1500

aggtgcggct ggatcacct 1519

<210> 110

<211> 1519

<212> ДНК

<213> Ruminococcus lactaris

<400> 110

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgagc 60

ggagtatcta aacggaagtc ttcggatgga aggttagata cttagcggcg gacgggtgag 120

taacgcgtgg gcaacctgcc ccataccggg ggataacagc cagaaatggc tgctaatacc 180

gcataagcgc acagcgcccc atggcgcggt gtgaaaaatt ccggtggtat gggatgggcc 240

cgcgtctgat taggtagttg gcggggtaac ggcccaccaa gccgacgatc agtagccgac 300

ctgagagggt gaccggccac attgggactg agacacggcc caaactccta cgggaggcag 360

cagtggggaa tattgcacaa tgggggaaac cctgatgcag cgacgccgcg tgagcgaaga 420

agtatttcgg tatgtaaagc tctatcagca gggaagaaaa tgacggtacc tgactaagaa 480

gccccggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta gggggcaagc gttatccgga 540

tttactgggt gtaaagggag cgtagacggc caggcaagtc tgatgtgaaa ggcaggggct 600

caacccctgg actgcattgg aaactgtcag gctggagtgc cggagaggta agcggaattc 660

ctagtgtagc ggtgaaatgc gtagatatta ggaggaacac cagtggcgaa ggcggcttac 720

tggacggtaa ctgacgttga tgctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt agataccctg 780

gtagtccacg ccgtaaacga tgaatactag gtgtcggggg gcaaagccct tcggtgccgc 840

cgcaaacgca ttaagtattc cacctgggga gtacgttcgc aagaatgaaa ctcaaaggaa 900

ttgacgggga cccgcacaag cggtggagca tgtggtttaa ttcgaagcaa cgcgaagaac 960

cttaccaagc cttgacatcc cattgaagcc agagtaacgt ctgacggcct tcgggacaat 1020

ggagacaggt ggtgcatggt tgtcgtcagc tcgtgtcgtg agatgttggg ttaagtcccg 1080

caacgagcgc aacccttatc ttcagtagcc agcacgcaga ggtgggcact ctggagagac 1140

tgccagggac aacctggagg aaggtgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc ccttatggct 1200

tgggctacac acgtgctaca atggcgtaaa cagagggaag cagccctgcg aaggtgagcg 1260

aatcccaaaa ataacgtctc agttcggatt gtagtctgca actcgactac atgaagctgg 1320

aatcgctagt aatcgcgaat cagaatgtcg cggtgaatac gttcccgggt cttgtacaca 1380

ccgcccgtca caccatggga gtcagtaacg cccgaagtca gtgacctaac cgaaaggaag 1440

gagctgccga aggcgggact ggtaactggg gtgaagtcgt aacaaggtag ccgtatcgga 1500

aggtgcggct ggatcacct 1519

<210> 111

<211> 1504

<212> ДНК

<213> Turicibacter sanguinis

<400> 111

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60

gaaccacttc ggtggtgagc ggcgaacggg tgagtaacac gtaggttatc tgcccatcag 120

acggggacaa cgattggaaa cgatcgctaa taccggatag gacgaaagtt taaaggtgct 180

tcggcaccac tgatggatga gcctgcggcg cattagctag ttggtagggt aaaggcctac 240

caaggcgacg atgcgtagcc gacctgagag ggtgaacggc cacactggga ctgagacacg 300

gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggcga aagcctgacc 360

gagcaacgcc gcgtgaatga tgaaggcctt cgggttgtaa aattctgtta taagggaaga 420

atggctctag taggaaatgg ctagagtgtg acggtacctt atgagaaagc cacggctaac 480

tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcgagcgt tatccggaat tattgggcgt 540

aaagagcgcg caggtggttg attaagtctg atgtgaaagc ccacggctta accgtggagg 600

gtcattggaa actggtcaac ttgagtgcag aagagggaag tggaattcca tgtgtagcgg 660

tgaaatgcgt agagatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggcttcctg gtctgtaact 720

gacactgagg cgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780

gtaaacgatg agtgctaagt gttgggggtc gaacctcagt gctgaagtta acgcattaag 840

cactccgcct ggggagtacg gtcgcaagac tgaaactcaa aggaattgac ggggacccgc 900

acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac caggtcttga 960

cataccagtg accgtcctag agataggatt ttcccttcgg ggacaatgga tacaggtggt 1020

gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1080

ccctgtcgtt agttgccagc attcagttgg ggactctaac gagactgcca gtgacaaact 1140

ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg 1200

ctacaatggt tggtacaaag agaagcgaag cggtgacgtg gagcaaacct cataaagcca 1260

atctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg cctacatgaa gttggaatcg ctagtaatcg 1320

cgaatcagca tgtcgcggtg aatacgttcc cgggtcttgt acacaccgcc cgtcacacca 1380

cgagagttta caacacccga agtcagtggc ctaaccgcaa ggagggagct gcctaaggtg 1440

gggtagatga ttggggtgaa gtcgtaacaa ggtatcccta ccggaaggtg gggatggatc 1500

acct 1504

<210> 112

<211> 1504

<212> ДНК

<213> Turicibacter sanguinis

<400> 112

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60

gaaccacttc ggtggtgagc ggcgaacggg tgagtaacac gtaggttatc tgcccatcag 120

acggggacaa cgattggaaa cgatcgctaa taccggatag gacgaaagtt taaaggtgct 180

tcggcaccac tgatggatga gcctgcggcg cattagctag ttggtagggt aaaggcctac 240

caaggcgacg atgcgtagcc gacctgagag ggtgaacggc cacactggga ctgagacacg 300

gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggcga aagcctgacc 360

gagcaacgcc gcgtgaatga tgaaggcctt cgggttgtaa aattctgtta taagggaaga 420

atggctctag taggaaatgg ctagagtgtg acggtacctt atgagaaagc cacggctaac 480

tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcgagcgt tatccggaat tattgggcgt 540

aaagagcgcg caggtggttg attaagtctg atgtgaaagc ccacggctta accgtggagg 600

gtcattggaa actggtcaac ttgagtgcag aagagggaag tggaattcca tgtgtagcgg 660

tgaaatgcgt agagatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggcttcctg gtctgtaact 720

gacactgagg cgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780

gtaaacgatg agtgctaagt gttgggggtc gaacctcagt gctgaagtta acgcattaag 840

cactccgcct ggggagtacg gtcgcaagac tgaaactcaa aggaattgac ggggacccgc 900

acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac caggtcttga 960

cataccagtg accgtcctag agataggatt ttcccttcgg ggacaatgga tacaggtggt 1020

gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1080

ccctgtcgtt agttgccagc attcagttgg ggactctaac gagactgcca gtgacaaact 1140

ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg 1200

ctacaatggt tggtacaaag agaagcgaag cggtgacgtg gagcaaacct cataaagcca 1260

atctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg cctacatgaa gttggaatcg ctagtaatcg 1320

cgaatcagca tgtcgcggtg aatacgttcc cgggtcttgt acacaccgcc cgtcacacca 1380

cgagagttta caacacccga agtcagtggc ctaaccgcaa ggagggagct gcctaaggtg 1440

gggtagatga ttggggtgaa gtcgtaacaa ggtatcccta ccggaaggtg gggatggatc 1500

acct 1504

<210> 113

<211> 1504

<212> ДНК

<213> Turicibacter sanguinis

<400> 113

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60

gaaccacttc ggtggtgagc ggcgaacggg tgagtaacac gtaggttatc tgcccatcag 120

acggggacaa cgattggaaa cgatcgctaa taccggatag gacgaaagtt taaaggtgct 180

tcggcaccac tgatggatga gcctgcggcg cattagctag ttggtagggt aaaggcctac 240

caaggcgacg atgcgtagcc gacctgagag ggtgaacggc cacactggga ctgagacacg 300

gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggcga aagcctgacc 360

gagcaacgcc gcgtgaatga tgaaggcctt cgggttgtaa aattctgtta taagggaaga 420

atggctctag taggaaatgg ctagagtgtg acggtacctt atgagaaagc cacggctaac 480

tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcgagcgt tatccggaat tattgggcgt 540

aaagagcgcg caggtggttg attaagtctg atgtgaaagc ccacggctta accgtggagg 600

gtcattggaa actagtcaac ttgagtgcag aagagggaag tggaattcca tgtgtagcgg 660

tgaaatgcgt agagatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggcttcctg gtctgtaact 720

gacactgagg cgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780

gtaaacgatg agtgctaagt gttgggggtc gaacctcagt gctgaagtta acgcattaag 840

cactccgcct ggggagtacg gtcgcaagac tgaaactcaa aggaattgac ggggacccgc 900

acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac caggtcttga 960

cataccagtg accgtcctag agataggatt ttcccttcgg ggacaatgga tacaggtggt 1020

gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1080

ccctgtcgtt agttgccagc attcagttgg ggactctaac gagactgcca gtgacaaact 1140

ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg 1200

ctacaatggt tggtacaaag agaagcgaag cggtgacgtg gagcaaacct cataaagcca 1260

atctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg cctacatgaa gttggaatcg ctagtaatcg 1320

cgaatcagca tgtcgcggtg aatacgttcc cgggtcttgt acacaccgcc cgtcacacca 1380

cgagagttta caacacccga agtcagtggc ctaaccgcaa ggagggagct gcctaaggtg 1440

gggtagatga ttggggtgaa gtcgtaacaa ggtatcccta ccggaaggtg gggatggatc 1500

acct 1504

<210> 114

<211> 1504

<212> ДНК

<213> Turicibacter sanguinis

<400> 114

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60

gaaccacttc ggtggtgagc ggcgaacggg tgagtaacac gtaggttatc tgcccatcag 120

acggggacaa cgattggaaa cgatcgctaa taccggatag gacgaaagtt taaaggtgct 180

tcggcaccac tgatggatga gcctgcggcg cattagctag ttggtagggt aaaggcctac 240

caaggcgacg atgcgtagcc gacctgagag ggtgaacggc cacactggga ctgagacacg 300

gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggcga aagcctgacc 360

gagcaacgcc gcgtgaatga tgaaggcctt cgggttgtaa aattctgtta taagggaaga 420

atggctctag taggaaatgg ctagagtgtg acggtacctt atgagaaagc cacggctaac 480

tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcgagcgt tatccggaat tattgggcgt 540

aaagagcgcg caggtggttg attaagtctg atgtgaaagc ccacggctta accgtggagg 600

gtcattggaa actggtcaac ttgagtgcag aagagggaag tggaattcca tgtgtagcgg 660

tgaaatgcgt agagatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggcttcctg gtctgtaact 720

gacactgagg cgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780

gtaaacgatg agtgctaagt gttgggggtc gaacctcagt gctgaagtta acgcattaag 840

cactccgcct ggggagtacg gtcgcaagac tgaaactcaa aggaattgac ggggacccgc 900

acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac caggtcttga 960

cataccagtg accgtcctag agataggatt ttcccttcgg ggacaatgga tacaggtggt 1020

gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1080

ccctgtcgtt agttgccagc attcagttgg ggactctaac gagactgcca gtgacaaact 1140

ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg 1200

ctacaatggt tggtacaaag agaagcgaag cggtgacgtg gagcaaacct cataaagcca 1260

atctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg cctacatgaa gttggaatcg ctagtaatcg 1320

cgaatcagca tgtcgcggtg aatacgttcc cgggtcttgt acacaccgcc cgtcacacca 1380

cgagagttta caacacccga agtcagtggc ctaaccgcaa ggagggagct gcctaaggtg 1440

gggtagatga ttggggtgaa gtcgtaacaa ggtatcccta ccggaaggtg gggatggatc 1500

acct 1504

<210> 115

<211> 1504

<212> ДНК

<213> Turicibacter sanguinis

<400> 115

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60

gaaccacttc ggtggtgagc ggcgaacggg tgagtaacac gtaggttatc tgcccatcag 120

acggggacaa cgattggaaa cgatcgctaa taccggatag gacgaaagtt taaaggtgct 180

tcggcaccac tgatggatga gcctgcggcg cattagctag ttggtagggt aaaggcctac 240

caaggcgacg atgcgtagcc gacctgagag ggtgaacggc cacactggga ctgagacacg 300

gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggcga aagcctgacc 360

gagcaacgcc gcgtgaatga tgaaggcctt cgggttgtaa aattctgtta taagggaaga 420

atggctctag taggaaatgg ctagagtgtg acggtacctt atgagaaagc cacggctaac 480

tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcgagcgt tatccggaat tattgggcgt 540

aaagagcgcg caggtggttg attaagtctg atgtgaaagc ccacggctta accgtggagg 600

gtcattggaa actggtcaac ttgagtgcag aagagggaag tggaattcca tgtgtagcgg 660

tgaaatgcgt agagatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggcttcctg gtctgtaact 720

gacactgagg cgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780

gtaaacgatg agtgctaagt gttgggggtc gaacctcagt gctgaagtta acgcattaag 840

cactccgcct ggggagtacg gtcgcaagac tgaaactcaa aggaattgac ggggacccgc 900

acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac caggtcttga 960

cataccagtg accgtcctag agataggatt ttcccttcgg ggacaatgga tacaggtggt 1020

gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1080

ccctgtcgtt agttgccagc attcagttgg ggactctaac gagactgcca gtgacaaact 1140

ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg 1200

ctacaatggt tggtacaaag agaagcgaag cggtgacgtg gagcaaacct cataaagcca 1260

atctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg cctacatgaa gttggaatcg ctagtaatcg 1320

cgaatcagca tgtcgcggtg aatacgttcc cgggtcttgt acacaccgcc cgtcacacca 1380

cgagagttta caacacccga agtcagtggc ctaaccgcaa ggagggagct gcctaaggtg 1440

gggtagatga ttggggtgaa gtcgtaacaa ggtatcccta tcggaaggtg gggatggatc 1500

acct 1504

<210> 116

<211> 1504

<212> ДНК

<213> Turicibacter sanguinis

<400> 116

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60

gaaccacttc ggtggtgagc ggcgaacggg tgagtaacac gtaggttatc tgcccatcag 120

acggggacaa cgattggaaa cgatcgctaa taccggatag gacgaaagtt taaaggtgct 180

tcggcaccac tgatggatga gcctgcggcg cattagctag ttggtagggt aaaggcctac 240

caaggcgacg atgcgtagcc gacctgagag ggtgaacggc cacactggga ctgagacacg 300

gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggcga aagcctgacc 360

gagcaacgcc gcgtgaatga tgaaggcctt cgggttgtaa aattctgtta taagggaaga 420

atggctctag taggaaatgg ctagagtgtg acggtacctt atgagaaagc cacggctaac 480

tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcgagcgt tatccggaat tattgggcgt 540

aaagagcgcg caggtggttg attaagtctg atgtgaaagc ccacggctta accgtggagg 600

gtcattggaa actggtcaac ttgagtgcag aagagggaag tggaattcca tgtgtagcgg 660

tgaaatgcgt agagatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggcttcctg gtctgtaact 720

gacactgagg cgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780

gtaaacgatg agtgctaagt gttgggggtc gaacctcagt gctgaagtta acgcattaag 840

cactccgcct ggggagtacg gtcgcaagac tgaaactcaa aggaattgac ggggacccgc 900

acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac caggtcttga 960

cataccagtg accgtcctag agataggatt ttcccttcgg ggacaatgga tacaggtggt 1020

gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1080

ccctgtcgtt agttgccagc attcagttgg ggactctaac gagactgcca gtgacaaact 1140

ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg 1200

ctacaatggt tggtacaaag agaagcgaag cggtgacgtg gagcaaacct cataaagcca 1260

atctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg cctacatgaa gttggaatcg ctagtaatcg 1320

cgaatcagca tgtcgcggtg aatacgttcc cgggtcttgt acacaccgcc cgtcacacca 1380

cgagagttta caacacccga agtcagtggc ctaaccgcaa ggagggagct gcctaaggtg 1440

gggtagatga ttggggtgaa gtcgtaacaa ggtatcccta ccggaaggtg gggatggatc 1500

acct 1504

<210> 117

<211> 1504

<212> ДНК

<213> Turicibacter sanguinis

<400> 117

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60

gaaccacttc ggtggtgagc ggcgaacggg tgagtaacac gtaggttatc tgcccatcag 120

acggggacaa cgattggaaa cgatcgctaa taccggatag gacgaaagtt taaaggtgct 180

tcggcaccac tgatggatga gcctgcggcg cattagctag ttggtagggt aaaggcctac 240

caaggcgacg atgcgtagcc gacctgagag ggtgaacggc cacactggga ctgagacacg 300

gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggcga aagcctgacc 360

gagcaacgcc gcgtgaatga tgaaggcctt cgggttgtaa aattctgtta taagggaaga 420

atggctctag taggaaatgg ctagagtgtg acggtacctt atgagaaagc cacggctaac 480

tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcgagcgt tatccggaat tattgggcgt 540

aaagagcgcg caggtggttg attaagtctg atgtgaaagc ccacggctta accgtggagg 600

gtcattggaa actggtcaac ttgagtgcag aagagggaag tggaattcca tgtgtagcgg 660

tgaaatgcgt agagatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggcttcctg gtctgtaact 720

gacactgagg cgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780

gtaaacgatg agtgctaagt gttgggggtc gaacctcagt gctgaagtta acgcattaag 840

cactccgcct ggggagtacg gtcgcaagac tgaaactcaa aggaattgac ggggacccgc 900

acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac caggtcttga 960

cataccagtg accgtcctag agataggatt ttcccttcgg ggacaatgga tacaggtggt 1020

gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1080

ccctgtcgtt agttgccagc attcagttgg ggactctaac gagactgcca gtgacaaact 1140

ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg 1200

ctacaatggt tggtacaaag agaagcgaag cggtgacgtg gagcaaacct cataaagcca 1260

atctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg cctacatgaa gttggaatcg ctagtaatcg 1320

cgaatcagca tgtcgcggtg aatacgttcc cgggtcttgt acacaccgcc cgtcacacca 1380

cgagagttta caacacccga agtcagtggc ctaaccgcaa ggagggagct gcctaaggtg 1440

gggtagatga ttggggtgaa gtcgtaacaa ggtatcccta ccggaaggtg gggatggatc 1500

acct 1504

<210> 118

<211> 1490

<212> ДНК

<213> Turicibacter sanguinis

<400> 118

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60

gaaccacttc ggtggtgagc ggcgaacggg tgagtaacac gtaggttatc tgcccatcag 120

acggggacaa cgattggaaa cgatcgctaa taccggatag gacgaaagtt taaaggtgct 180

tcggcaccac tgatggatga gcctgcggcg cattagctag ttggtagggt aaaggcctac 240

caaggcgacg atgcgtagcc gacctgagag gggaacggcc acactggact gagacacggc 300

ccagactcct acgggaggca gcagtaggga atcttcggca atgggcgaaa gcctgaccga 360

gcaacgccgc gtgaatgatg aaggccttcg ggttgtaaaa ttctgttata agggaagaat 420

ggctctagta ggaaatggct agagtgtgac ggtaccttat gagaaagcca cggctaacta 480

cgtgccagca gccgcggtaa tacgtaggtg gcgagcgtta tccggaatta ttgggcgtaa 540

agagcgcgca ggtggttgat taagtctgat gtgaaagcca cggcttaacc gtggagggtc 600

attggaaact ggtcaacttg agtgcagaag agggaagtgg aattccatgt gtagcggtga 660

aatgcgtaga gatatggagg aacaccagtg gcgaaggcgg cttcctggtc tgtaactgac 720

actgaggcgc gaaagcgtgg gagcaaacag gattagatac ctggtagtcc acgccgtaaa 780

cgatgagtgc taagtgttgg ggtcgaacct cagtgctgaa gttaacgcat taagcactcc 840

gcctggggag tacggtcgca agactgaaac tcaaaggaat tgacggggac ccgcacaagc 900

ggtggagcat gtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc ttaccaggtc ttgacatacc 960

agtgaccgtc ctagagatag gatttccctt cgggacaatg gatacaggtg gtgcatggtt 1020

gtcgtcagct cgtgtcgtga gatttgggtt aagtcccgca acgagcgcaa cccctgtcgt 1080

agttgccagc attcagttgg ggactctaac gagactgcca gtgacaaact ggaggaaggt 1140

ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg ctacaatggt 1200

tggtacaaag agagcgaagc ggtgacgtgg agcaaacctc ataaagccaa tctcagttcg 1260

gattgtaggc tgcaactcgc ctacatgaag tggaatcgct agtaatcgcg aatcagcatg 1320

tcgcggtgaa tacgttccgg gtcttgtaca caccgcccgt cacaccacga gagtttacaa 1380

cacccgaagt cagtggccta accgcaagga gggagctgcc taaggtgggt agatgattgg 1440

ggtgaagtcg taacaaggta tccctaccgg aaggtgggga tggatcacct 1490

<210> 119

<211> 1504

<212> ДНК

<213> Turicibacter sanguinis

<400> 119

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60

gaaccacttc ggtggtgagc ggcgaacggg tgagtaacac gtaggttatc tgcccatcag 120

acggggacaa cgattggaaa cgatcgctaa taccggatag gacgaaagtt taaaggtgct 180

tcggcaccac tgatggatga gcctgcggcg cattagctag ttggtagggt aaaggcctac 240

caaggcgacg atgcgtagcc gacctgagag ggtgaacggc cacactggga ctgagacacg 300

gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggcga aagcctgacc 360

gagcaacgcc gcgtgaatga tgaaggcctt cgggttgtaa aattctgtta taagggaaga 420

atggctctag taggaaatgg ctagagtgtg acggtacctt atgagaaagc cacggctaac 480

tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcgagcgt tatccggaat tattgggcgt 540

aaagagcgcg caggtggttg attaagtctg atgtgaaagc ccacggctta accgtggagg 600

gtcattggaa actggtcaac ttgagtgcag aagagggaag tggaattcca tgtgtagcgg 660

tgaaatgcgt agagatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggcttcctg gtctgtaact 720

gacactgagg cgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780

gtaaacgatg agtgctaagt gttgggggtc gaacctcagt gctgaagtta acgcattaag 840

cactccgcct ggggagtacg gtcgcaagac tgaaactcaa aggaattgac ggggacccgc 900

acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac caggtcttga 960

cataccagtg accgtcctag agataggatt ttcccttcgg ggacaatgga tacaggtggt 1020

gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1080

ccctgtcgtt agttgccagc attcagttgg ggactctaac gagactgcca gtgacaaact 1140

ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg 1200

ctacaatggt tggtacaaag agaagcgaag cggtgacgtg gagcaaacct cataaagcca 1260

atctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg cctacatgaa gttggaatcg ctagtaatcg 1320

cgaatcagca tgtcgcggtg aatacgttcc cgggtcttgt acacaccgcc cgtcacacca 1380

cgagagttta caacacccga agtcagtggc ctaaccgcaa ggagggagct gcctaaggtg 1440

gggtagatga ttggggtgaa gtcgtaacaa ggtatcccta ccggaaggtg gggatggatc 1500

acct 1504

<210> 120

<211> 1504

<212> ДНК

<213> Turicibacter sanguinis

<400> 120

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60

gaaccacttc ggtggtgagc ggcgaacggg tgagtaacac gtaggttatc tgcccatcag 120

acggggacaa cgattggaaa cgatcgctaa taccggatag gacgaaagtt taaaggtgct 180

tcggcaccac tgatggatga gcctgcggcg cattagctag ttggtagggt aaaggcctac 240

caaggcgacg atgcgtagcc gacctgagag ggtgaacggc cacactggga ctgagacacg 300

gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggcga aagcctgacc 360

gagcaacgcc gcgtgaatga tgaaggcctt cgggttgtaa aattctgtta taagggaaga 420

atggctctag taggaaatgg ctagagtgtg acggtacctt atgagaaagc cacggctaac 480

tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcgagcgt tatccggaat tattgggcgt 540

aaagagcgcg caggtggttg attaagtctg atgtgaaagc ccacggctta accgtggagg 600

gtcattggaa actggtcaac ttgagtgcag aagagggaag tggaattcca tgtgtagcgg 660

tgaaatgcgt agagatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggcttcctg gtctgtaact 720

gacactgagg cgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780

gtaaacgatg agtgctaagt gttgggggtc gaacctcagt gctgaagtta acgcattaag 840

cactccgcct ggggagtacg gtcgcaagac tgaaactcaa aggaattgac ggggacccgc 900

acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac caggtcttga 960

cataccagtg accgtcctag agataggatt ttcccttcgg ggacaatgga tacaggtggt 1020

gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1080

ccctgtcgtt agttgccagc attcagttgg ggactctaac gagactgcca gtgacaaact 1140

ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg 1200

ctacaatggt tggtacaaag agaagcgaag cggtgacgtg gagcaaacct cataaagcca 1260

atctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg cctacatgaa gttggaatcg ctagtaatcg 1320

cgaatcagca tgtcgcggtg aatacgttcc cgggtcttgt acacaccgcc cgtcacacca 1380

cgagagttta caacacccga agtcagtggc ctaaccgcaa ggagggagct gcctaaggtg 1440

gggtagatga ttggggtgaa gtcgtaacaa ggtatcccta ccggaaggtg gggatggatc 1500

acct 1504

<210> 121

<211> 1504

<212> ДНК

<213> Turicibacter sanguinis

<400> 121

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60

gaaccacttc ggtggtgagc ggcgaacggg tgagtaacac gtaggttatc tgcccatcag 120

acggggacaa cgattggaaa cgatcgctaa taccggatag gacgaaagtt taaaggtgct 180

tcggcaccac tgatggatga gcctgcggcg cattagctag ttggtagggt aaaggcctac 240

caaggcgacg atgcgtagcc gacctgagag ggtgaacggc cacactggga ctgagacacg 300

gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggcga aagcctgacc 360

gagcaacgcc gcgtgaatga tgaaggcctt cgggttgtaa aattctgtta taagggaaga 420

atggctctag taggaaatgg ctagagtgtg acggtacctt atgagaaagc cacggctaac 480

tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcgagcgt tatccggaat tattgggcgt 540

aaagagcgcg caggtggttg attaagtctg atgtgaaagc ccacggctta accgtggagg 600

gtcattggaa actggtcaac ttgagtgcag aagagggaag tggaattcca tgtgtagcgg 660

tgaaatgcgt agagatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggcttcctg gtctgtaact 720

gacactgagg cgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780

gtaaacgatg agtgctaagt gttgggggtc gaacctcagt gctgaagtta acgcattaag 840

cactccgcct ggggagtacg gtcgcaagac tgaaactcaa aggaattgac ggggacccgc 900

acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac caggtcttga 960

cataccagtg accgtcctag agataggatt ttcccttcgg ggacaatgga tacaggtggt 1020

gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1080

ccctgtcgtt agttgccagc attcagttgg ggactctaac gagactgcca gtgacaaact 1140

ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg 1200

ctacaatggt tggtacaaag agaagcgaag cggtgacgtg gagcaaacct cataaagcca 1260

atctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg cctacatgaa gttggaatcg ctagtaatcg 1320

cgaatcagca tgtcgcggtg aatacgttcc cgggtcttgt acacaccgcc cgtcacacca 1380

cgagagttta caacacccga agtcagtggc ctaaccgcaa ggagggagct gcctaaggtg 1440

gggtagatga ttggggtgaa gtcgtaacaa ggtatcccta ccggaaggtg gggatggatc 1500

acct 1504

<210> 122

<211> 1504

<212> ДНК

<213> Turicibacter sanguinis

<400> 122

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60

gaaccacttc ggtggtgagc ggcgaacggg tgagtaacac gtaggttatc tgcccatcag 120

acggggacaa cgattggaaa cgatcgctaa taccggatag gacgaaagtt taaaggtgct 180

tcggcaccac tgatggatga gcctgcggcg cattagctag ttggtagggt aaaggcctac 240

caaggcgacg atgcgtagcc gacctgagag ggtgaacggc cacactggga ctgagacacg 300

gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggcga aagcctgacc 360

gagcaacgcc gcgtgaatga tgaaggcctt cgggttgtaa aattctgtta taagggaaga 420

atggctctag taggaaatgg ctagagtgtg acggtacctt atgagaaagc cacggctaac 480

tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcgagcgt tatccggaat tattgggcgt 540

aaagagcgcg caggtggttg attaagtctg atgtgaaagc ccacggctta accgtggagg 600

gtcattggaa actggtcaac ttgagtgcag aagagggaag tggaattcca tgtgtagcgg 660

tgaaatgcgt agagatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggcttcctg gtctgtaact 720

gacactgagg cgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780

gtaaacgatg agtgctaagt gttgggggtc gaacctcagt gctgaagtta acgcattaag 840

cactccgcct ggggagtacg gtcgcaagac tgaaactcaa aggaattgac ggggacccgc 900

acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac caggtcttga 960

cataccagtg accgtcctag agataggatt ttcccttcgg ggacaatgga tacaggtggt 1020

gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1080

ccctgtcgtt agttgccagc attcagttgg ggactctaac gagactgcca gtgacaaact 1140

ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg 1200

ctacaatggt tggtacaaag agaagcgaag cggtgacgtg gagcaaacct cataaagcca 1260

atctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg cctacatgaa gttggaatcg ctagtaatcg 1320

cgaatcagca tgtcgcggtg aatacgttcc cgggtcttgt acacaccgcc cgtcacacca 1380

cgagagttta caacacccga agtcagtggc ctaaccgcaa ggagggagct gcctaaggtg 1440

gggtagatga ttggggtgaa gtcgtaacaa ggtatcccta ccggaaggtg gggatggatc 1500

acct 1504

<210> 123

<211> 1505

<212> ДНК

<213> Turicibacter sanguinis

<400> 123

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60

gaaccacttc ggtggtgagc ggcgaacggg tgagtaacac gtaggttatc tgcccatcag 120

acggggacaa cgattggaaa cgatcgctaa taccggatag gacgaaagtt taaaggtgct 180

tcggcaccac tgatggatga gcctgcggcg cattagctag ttggtagggt aaaggcctac 240

caaggcgacg atgcgtagcc gacctgagag ggtgaacggc cacactggga ctgagacacg 300

gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggcga aagcctgacc 360

gagcaacgcc gcgtgaatga tgaaggcctt cgggttgtaa aattctgtta taagggaaga 420

atggctctag taggaaatgg ctagagtgtg acggtacctt atgagaaagc cacggctaac 480

tacgtgccag cagccgcggt aatacgtagg tggcgagcgt tatccggaat tattgggcgt 540

aaagagcgcg caggtggttg attaagtctg atgtgaaagc ccacggctta accgtggagg 600

gtcattggaa actggtcaac ttgagtgcag aagagggaag tggaattcca tgtgtagcgg 660

tgaaatgcgt agagatatgg aggaacacca gtggcgaagg cggcttcctg gtctgtaact 720

gacactgagg cgcgaaagcg tggggagcaa acaggattag ataccctggt agtccacgcc 780

gtaaacgatg agtgctaagt gttgggggtc gaacctcagt gctgaagtta acgcattaag 840

cactccgcct ggggagtacg gtcgcaagac tgaaactcaa aggaattgac ggggacccgc 900

acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac caggtcttga 960

cataccagtg accgtcctag agataggatt ttcccttcgg ggacaatgga tacaggtggt 1020

gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac 1080

ccctgtcgtt agttgccagc attcagttgg ggactctaac gagactgcca gtgacaaact 1140

ggaggaaggt ggggatgacg tcaaatcatc atgcccctta tgacctgggc tacacacgtg 1200

ctacaatggt tggtacaaag agaagcgaag cggtgacgtg gagcaaacct cataaagcca 1260

atctcagttc ggattgtagg ctgcaactcg cctacatgaa gttggaatcg ctagtaatcg 1320

cgaatcagca tgtcgcggtg aatacgttcc cgggtcttgt acacaccgcc cgtcacacca 1380

cgagagttta caaacacccg aagtcagtgg cctaaccgca aggagggagc tgcctaaggt 1440

ggggtagatg attggggtga agtcgtaaca aggtatccct accggaaggt ggggatggat 1500

cacct 1505

<210> 124

<211> 1498

<212> ДНК

<213> Turicibacter sanguinis

<400> 124

agagtttgat cctggctcag gatgaacgct ggcggcgtgc ctaatacatg caagtcgagc 60

gaaccacttc ggtggtgagc ggcgaacggg tgagtaacac gtaggttatc tgcccatcag 120

acggggacaa cgattggaaa cgatcgctaa taccggatag gacgaaagtt taaaggtgct 180

tcggcaccac tgatggatga gcctgcggcg cattagctag ttggtagggt aaaggcctac 240

caaggcgacg atgcgtagcc gacctgagag ggtgaacggc cacactggga ctgagacacg 300

gcccagactc ctacgggagg cagcagtagg gaatcttcgg caatgggcga aagcctgacc 360

gagcaacgcc gcgtgaatga tgaaggcctt cgggttgtaa aattctgtta taaggaagaa 420

tggctctagt aggaaatggc tagagtgtga cggtacctta tgagaaagcc acggctaact 480

acgtgccagc agccgcggta atacgtaggt ggcgagcgtt atccggaatt attgggcgta 540

aagagcgcgc aggtggttga ttaagtctga tgtgaaagcc cacggcttaa ccgtggaggg 600

tcattggaaa ctggtcaact tgagtgcaga agagggaagt ggaattccat gtgtagcggt 660

gaaatgcgta gagatatgga ggaacaccag tggcgaaggc ggcttcctgg tctgtaactg 720

acactgaggc gcgaaagcgt ggggagcaaa caggattaga taccctggta gtccacgccg 780

taaacgatga gtgctaagtg ttgggggtcg aacctcagtg ctgaagttaa cgcattaagc 840

actccgcctg gggagtacgg tcgcaagact gaaactcaaa ggaattgacg gggacccgca 900

caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc aggtcttgac 960

ataccagtga ccgtctagag ataggatttt cccttcgggg acaatggata caggtggtgc 1020

atggttgtcg tcagctcgtg tcgtgagatg ttggttaagt ccgcaacgag cgcaacccct 1080

gtcgttagtt gccagcattc agttggggac tctaacgaga ctgccagtga caaactggag 1140

gaaggtgggg atgacgtcaa atcatcatgc cccttatgac ctgggctaca cacgtgctac 1200

aatggttggt acaaagagaa gcgaagcggt gacgtggagc aaacctcata aagccaatct 1260

cagttcggat tgtaggctgc aactcgccta catgaagttg gaatcgctag taatcgcgaa 1320

tcagcatgtc gcggtgaata cgttcccggt cttgtacaca ccgcccgtca caccacgaga 1380

gtttacaaca cccgaagtca gtggcctaac cgcaaggagg gagctgccta aggtggggta 1440

gatgattggg tgaagtcgta acaaggtatc cctaccggaa ggtggggatg gatcacct 1498

<---

Claims (17)

1. Композиция для предотвращения или лечения дисбиоза желудочно-кишечного тракта у субъекта, нуждающегося в этом, содержащая терапевтически эффективное количество первого вида жизнеспособных бактерий и второго вида жизнеспособных бактерий, отличающаяся тем, что первый вид содержит последовательность 16S рДНК, которая по меньшей мере на 99% идентична последовательности 16S рДНК, приведенной в SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88 или SEQ ID NO: 89, а второй вид имеет один или более признаков, выбранных из группы, состоящей из: (i) продуцирования ингибитора гистондеацетилазы (ингибитора HDAC), (ii) продуцирования метаболита триптофана, (iii) продуцирования фермента, участвующего в продуцировании вторичной желчной кислоты, и (iv) их комбинаций.

2. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что первый вид содержит последовательность 16S рДНК, приведенную в SEQ ID NO: 85, SEQ ID NO: 86, SEQ ID NO: 87, SEQ ID NO: 88 или SEQ ID NO: 89.

3. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что второй вид содержит последовательность 16S рДНК, которая по меньшей мере на 97% идентична последовательности 16S рДНК, приведенной в SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63 или SEQ ID NO: 64.

4. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что второй вид содержит последовательность 16S рДНК, которая по меньшей мере на 98% идентична последовательности 16S рДНК, приведенной в SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63 или SEQ ID NO: 64.

5. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что второй вид содержит последовательность 16S рДНК, приведенную в SEQ ID NO: 6, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 8, SEQ ID NO: 9, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63 или SEQ ID NO: 64.

6. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что второй вид выбран из Clostridium bolteae, Clostridium innocuum, Clostridium orbiscindens, или Flavonifractor plautii, или их комбинаций.

7. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что ингибитор HDAC выбран из группы, состоящей из: бутирата, изовалерата, изобутирата, пропионата, 2-метилбутирата и их комбинаций.

8. Композиция по п. 1, в которой метаболит триптофана содержит индол.

9. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что фермент выбран из группы, состоящей из гидролазы желчных солей (BSH), 3-α-гидроксистероиддегидрогеназы (3-α-HSDH), 7-α-гидроксистероиддегидрогеназы (7-α-HSDH), 12-α-гидроксистероиддегидрогеназы (12-α-HSDH) и их комбинаций.

10. Композиция по п. 1, которая включает по меньшей мере 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 или 20 видов жизнеспособных бактерий.

11. Композиция по п. 1, отличающаяся тем, что по меньшей мере 75% видов жизнеспособных бактерий являются спорами.

12. Композиция по п. 1, где дисбиоз желудочно-кишечного тракта связан с (i) инфекцией Clostridium difficile, (ii) инфекцией ванкомицинрезистентных Enterococcus или (iii) с каждым из (i) и (ii).

13. Состав для предотвращения или лечения дисбиоза желудочно-кишечного тракта у субъекта, нуждающегося в этом, содержащий композицию по любому из пп. 1-12 и фармацевтически приемлемый эксципиент.

14. Состав по п. 13, который находится в капсуле или таблетке.

15. Применение композиции по любому из пп. 1-12 или состава по п. 13 или 14 для предотвращения или лечения дисбиоза желудочно-кишечного тракта у нуждающегося в этом субъекта.

16. Применение композиции по любому из пп. 1-12 или состава по п. 13 или 14 для лечения инфекции C. difficile, или предотвращения инфекции C. difficile, или предотвращения рецидива инфекции C. Difficile у нуждающегося в этом субъекта.

17. Лекарственная форма с единичной дозой для предотвращения или лечения дисбиоза желудочно-кишечного тракта у субъекта, нуждающегося в этом, содержащая композицию по любому из пп. 1-12 или состав по п. 13 или 14, причем лекарственная форма с единичной дозой пригодна для перорального введения.

Images