RU2551208C1 - НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ И ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНОГО ЗОНДА ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ Burkholderia mallei И ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ЕГО ОТ Burkholderia pseudomallei - Google Patents
НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ И ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНОГО ЗОНДА ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ Burkholderia mallei И ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ЕГО ОТ Burkholderia pseudomallei Download PDFInfo
- Publication number
- RU2551208C1 RU2551208C1 RU2014116384/10A RU2014116384A RU2551208C1 RU 2551208 C1 RU2551208 C1 RU 2551208C1 RU 2014116384/10 A RU2014116384/10 A RU 2014116384/10A RU 2014116384 A RU2014116384 A RU 2014116384A RU 2551208 C1 RU2551208 C1 RU 2551208C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- isfl
- mallei
- burkholderia
- glanders
- primers
- Prior art date
Links
Images
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Изобретение относится к биотехнологии, а именно к набору олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации Burkholderia mallei и дифференциации его от Burkholderia pseudomallei. Прямой и обратный праймеры имеют следующую структуру: 5′-GGCGTCAGGACTACAACGAGC-3′-Bm-ISfl-f и 5′-CACGGGCGACATCACGAACA-3′-Bm-ISfl-r. Флуоресцентно-меченый зонд имеет следующую структуру: Bm-ISfl-Pr 5′ (FAM)-GGGCGTGAAGCTCGTTGACCTGCCC-(BHQ1) 3′, где FAM - карбоксифлуоресцеин, флуоресцентный краситель, длина волны поглощения которого составляет 490 нм, а BHQ1 - гаситель флуоресценции с диапазоном гашения 480-580 нм. Предложенное изобретение позволяет с высокой чувствительностью и специфичностью детектировать возбудителя сапа и дифференцировать его от возбудителя мелиоидоза в пробах чистых культур и биологическом материале. 1 ил., 1 табл., 3 пр.
Description
Изобретение относится к биотехнологии, молекулярной биологии и может быть использовано в медицине для выявления генетического материала возбудителя сапа Burkholderia mallei в пробах как для диагностики в практическом здравоохранении и службе Роспотребнадзора, так и для научных исследований.
Возбудитель сапа (В. mallei) - аэробная грамотрицательная неферментирующая бактерия, принадлежащая к роду Burkholderia и относящаяся к потенциальным агентам биотерроризма группы В. Сап - тяжелое антропозо-онозное инфекционное заболевание, характеризующееся септицемией, образованием специфических гранулем, абсцессов в органах и тканях и высокой летальностью. Особенно это касается случаев внутрилабораторного заражения, поскольку возбудитель сапа чрезвычайно опасен при манипуляциях в лабораторных условиях.
В настоящее время сап регистрируют в Монголии, Турции, Иране, Ираке, Китае, Индии и других странах, использующих в различных сферах экономики непарнокопытных животных. В 2010 году случаи сапа выявлены среди львов и тигров в зоопарке Ирана. Заболеваемость среди людей носит в основном спорадический характер. Тем не менее, периодически появляются публикации о выделении В. mallei в клинических лабораториях Италии, Испании, США.
Необходимость исследований, направленных на диагностику штаммов В. mallei, связана с сохранением угрозы возникновения чрезвычайных ситуаций, возможных террористических актов с использованием этого возбудителя.
Метод полимеразной цепной реакции обладает высокой специфичностью и чувствительностью и является прямым методом выявления ДНК возбудителя сапа. В основе реакции лежит механизм репликации, который характеризуется внутриклеточным удвоением молекул ДНК ферментом ДНК-полимеразой. Выбор специфического фрагмента ДНК и подбор праймеров играет важнейшую роль в проведении амплификации, что сказывается на качестве диагностики исследуемых микроорганизмов.
Внедрение в лабораторную диагностику метода ПЦР в режиме реального времени с флуоресцентной детекцией, позволяет проводить выявление продуктов амплификации в процессе реакции и вести количественный учет ДНК. С использованием зондов, меченых различными флуоресцентными красителями, в одной пробирке вместе с праймерами можно осуществлять автоматическую регистрацию и интерпретацию полученных результатов. Подобный подход дает возможность отказаться от стадии электрофореза, что ведет к резкому уменьшению вероятности контаминации исследуемых проб продуктами амплификации, а также позволяет снизить требования, предъявляемые к ПЦР лаборатории.
Наиболее близким аналогом являются специфичные праймеры на основе фрагментов гена fliP, предложенные Н. Tomaso с соавторами в 2006 году [Tomaso Н., Scholz Н., Al Dahouk S., et al. Development of a 5′-Nuclease Real-Time PCR Assay Targeting fliP for the Rapid Identification of Burkholderia mallei in Clinical Samples // Clin Chem. 2006 Feb; 52(2):307-10], где впервые удалось дифференцировать В. mallei от В. pseudomallei и других гетерологичных микроорганизмов с помощью ПЦР тест-системы в режиме реального времени.
Праймеры на основе фрагментов гена fliP были использованы в ПЦР с электрофоретическим учетом результатов для обнаружения возбудителя сапа при вспышке среди львов и тигров в зоопарке Ирана, опубликованной в работе Khaki Р. с соавторами в 2012 [Khaki P., Mosavari N., Khajeh N., Emam M., Ahouran M., Hashemi S. et al. Glanders outbreak at Tehran Zoo, Iran // Iranian Journal Microbiology March 2012 4 (1): 3-7]. Применение данных праймеров с детекцией результатов методом электрофореза имеет определенный недостаток - это высокий риск контаминации проб на этапе постановки реакции.
Однако в настоящее время в России для ПЦР диагностики существуют наборы реагентов, которые идентифицируют возбудителей сапа и мелиоидоза, но не дифференцируют их между собой.
Целью настоящего изобретения является разработка высокоспецифичных олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации сапа, а также для дифференциации от возбудителя мелиоидоза методом полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией.
Цель достигается конструированием специфичных олигонуклеотидов для идентификации возбудителя сапа и дифференциации от возбудителя мелиоидоза, обладающих активностью прямого и обратного праймеров в реакции амплификации, имеющих следующую структуру:
5′-GGCGTCAGGACTACAACGAGC-3′-Bm-ISfl-f
5′-CACGGGCGACATCACGAACA-3′-Bm-ISfl-r
Флуоресцентная детекция реализуется при помощи сконструированного видоспецифического олигонуклеотидного зонда с комплементарными концевыми последовательностями по типу «молекулярного маяка»:
Bm-ISfl-Pr 5′(FAM)-GGGCGTGAAGCTCGTTGACCTGCCC-(BHQ1) 3′,
где FAM - карбоксифлуоресцеин, флуоресцентный краситель, длина волны поглощения которого составляет 490 нм, а длина волны флуоресценции - 520 нм, BHQ1 - гаситель флуоресценции с диапазоном гашения 480-580 нм.
Характеристика олигонуклеотидных праймеров, зонда и ДНК мишени для гибридизации.
Основываясь на данных, представленных в базе GenBank NCBI (National Center for Biotechnology Information, США), для идентификации возбудителя сапа и дифференциации от возбудителя мелиоидоза были подобраны праймеры, обозначенные Bm-ISfl-f/Bm-ISfl-r, и зонд, Bm-ISfl-Pr, комплементарные фрагментам гена fliP (flagellar biosynthetic protein fliP). Расчетная длина специфического фрагмента составляла 298 п.н.
В качестве положительного контроля эксперименты проводили на типовом штамме В. mallei 10230, используя для выделения ДНК обеззараженные суспензии микроорганизма в концентрациях от 1×109 м.к./мл до 1×101 м.к./мл. Апробация праймеров была осуществлена на наборе штаммов возбудителей сапа и мелиоидоза коллекционного центра ФКУЗ Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора.
Чувствительность реакции амплификации с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени с праймерами Bm-ISfl-f/Bm-ISfl-r и зондом Bm-ISfl-Pr оценивалась при исследовании проб ДНК, выделенных из десятикратных разведений чистых культур возбудителя сапа, и составила 1×103 м.к./мл,
Примеры конкретного выполнения.
Пример 1. Методика конструирования олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации ДНК возбудителей сапа методом ПЦР в режиме реального времени.
На основе анализа in silico нуклеотидных последовательностей возбудителя сапа, присутствующих в базах данных (EMBL, Genbank, DDBJ), для конструирования прямого Bm-ISfl-f и обратного Bm-ISfl-r праймеров были выбраны участки, комплементарные фрагменту гена fliP В. mallei, кодирующего белок биосинтеза флагеллина - flagellar biosynthetic protein fliP (GenBank NCBI, GeneID: 3091254), имеющий вставку, фланкированную IS407A. Расчетная длина предполагаемого ампликона - 298 п.н. (табл.1)
Сконструирован олигонуклеотидный зонд Bm-ISfl-Pr размером 25 п.н., который гибридизуется на участке ампликона между прямым и обратным праймерами Bm-ISfl-f/Bm-ISfl-r. На разных концах зонда расположены флуорофор FAM и гасителем флуоресценции BHQ1. Комплементарные концевые последовательности зонда образуют «шпильку» по принципу «молекулярного маяка».
При подборе праймеров и зонда руководствовались общими требованиями к олигонуклеотидным затравкам, используемым в ПЦР. С помощью компьютерных программ была проанализирована структура выбранных пар праймеров (образование димеров, шпилек и других вторичных структур) и показана их теоретическая пригодность для успешной инициации реакции амплификации и гибридизации.
Праймеры Bm-ISfl-f/Bm-ISfl-r и зонд Bm-ISfl-Pr были проанализированы с использованием компьютерной программы BLAST на web-сервере Национального Центра Биотехнологической Информации (NCBI) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/) для установления гомологии между ними и нуклеотидными последовательностями близкородственных буркхольдерий, в том числе с В. pseudomallei и других гетерологичных микроорганизмов, присутствующих в базах данных (EMBL, GenBank, DDBJ). На момент проведения компьютерного анализа гомологии выявлено не было.
Пример 2. Амплификация и детекция специфических фрагментов ДНК с помощью разработанных праймеров Bm-ISfl-f/Bm-ISfl-r и флуоресцентно-меченого зонда Bm-ISfl-Pr для идентификации возбудителя сапа методом ПЦР в режиме реального времени.
В состав реакционной смеси помимо анализируемой ДНК входили разработанные комплементарные специфическому фрагменту ДНК В. mallei прямой Bm-ISfl-f и обратный Bm-ISfl-r праймеры, олигонуклеотидный зонд Bm-ISfl-Pr, а также дезоксирибонуклеозидтрифосфаты, буферный раствор и фермент Taq-F полимераза (ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора). Амплификацию продолжительностью 45 циклов проводили в объеме 25 мкл. В качестве отрицательного контрольного образца в реакционную смесь добавляли ТЕ-буфер.
Анализ продуктов ПНР осуществляли в режиме реального времени на приборе «Rotor-Gene 6000» («Corbett Research», Австралия). Регистрацию результатов проводили в табличной и графической форме. Результат амплификации каждого штамма В. mallei считался положительным, в случае если кривая накопления флуоресценции по каналу детекции пересекала пороговую линию на участке характерного экспоненциального подъема флуоресценции, на цикле, не превышающем граничное значение порогового цикла реакции (Ct) в соответствующей графе в таблице результатов (рис.1). Рисунок 1 отображает график нарастания флуоресцентных кривых, полученных при амплификации ДНК штамма В. mallei 10230 с праймерами Bm-ISfl-f/Bm-ISfl-r и зондом Bm-ISfl-Pr (изображены кривые: 1 - В. mallei 10230 в концентрации 105 м.к./мл, 2 - B. mallei 10230 в концентрации 104 м.к./мл, 3 - В. mallei 10230 в концентрации 103 м.к./мл, 4 - отрицательный контроль и кривые накопления флуоресценции проб В. mallei в концентрации меньше 102 м.к./мл, не пересекающие пороговую линию).
Пример 3. Определение чувствительности и специфичности реакции амплификации с помощью разработанных олигонуклеотидных праймеров Bm-ISfl-f/Bm-ISfl-r и флуоресцентно-меченого зонда Bm-ISfl-Pr для идентификации возбудителя сапа и дифференциации его от возбудителя мелиоидоза.
Чувствительность реакции амплификации с разработанными специфичными праймерами Bm-ISfl-f/Bm-ISfl-r и флуоресцентно-меченым зондом Bm-ISfl-Pr оценивалась при исследовании проб ДНК, выделенных из бактериальных взвесей клеток В. mallei. Штаммы буркхольдерий выращивали на плотных питательных средах в течение 1-2 суток. Готовили бактериальные взвеси клеток в 4 мл 0,15 М раствора натрия хлорида в концентрации 1×109 м.к./мл по отраслевому стандартному образцу мутности ГИСК им. Л.А. Тарасевича (ОСО 42-28-85 П) и разводили таким образом, чтобы концентрация возбудителя сапа составляла от 1×109 до 1×101 м.к./мл.
Учитывая, что возбудитель сапа относится к агентам II группы патогенности, пробоподготовку и обеззараживание материала для проведения ПЦР осуществляли согласно МУ 1.3.2569-09 «Организация работы лабораторий, использующих методы амплификации нуклеиновых кислот при работе с материалом, содержащим микроорганизмы I-IV групп патогенности» и МУ 4.2.2831-11 «Лабораторная диагностика сапа». Обеззараживание исследуемых проб проводили добавлением раствора мертиолята натрия до конечной концентрации 0,01% и прогреванием в течение 30 мин при температуре 56°С. Выделение ДНК из чистых культур буркхольдерий, близкородственных и гетерологичных микроорганизмов проводили путем нуклеосорбции и лизиса клеток гуанидинтиоцианатом с помощью набора «ДНК-сорб-В» (ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора) в соответствии с инструкцией по применению. Постановку реакции ПЦР проводили, как описано в примере 2.
Специфичность разработанных праймеров Bm-ISfl-f/Bm-ISfl-r и флуоресцентно-меченого зонда Bm-ISfl-Pr оценена на коллекции из 84 штаммов, из которых 14 штаммов В. mallei и 70 штаммов гетерологичных микроорганизмов (48 штаммов В. pseudomallei, 10 штаммов В. cepacia, 5 штаммов В. thailandensis и по 1 штамму Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas fluores-cens, Pseudomonas putida, Francisella tularensis, Yersinia pestis, Bacillus an-thracis, Echerichia coli). Оценка специфичности показала отсутствие перекрестных реакций с близкородственными гетерологичными штаммами, в том числе с ДНК В. pseudomallei, и наличие специфической амплификации со всеми штаммами В. mallei.
Чувствительность тест системы оценивали на десятикратных разведениях бактериальных взвесей штаммов В. mallei. В амплификационную смесь добавляли по 10 мкл ДНК, выделенной из разведений от 1×105 до 1×101 м.к./мл. Анализ результатов показал, что с помощью разработанных праймеров Bm-ISfl-f/Bm-ISfl-r и флуоресцентно-меченого зонда Bm-ISfl-Pr обнаруживают ДНК возбудителя сапа при концентрации в пробе 1×103 м.к./мл.
Таким образом, разработанные праймеры Bm-ISfl-f/Bm-ISfl-r и флуоресцентно-меченый зонд Вт-ISfl-Pr могут быть использованы для обнаружения ДНК возбудителя сапа. Позволяют в короткий срок с высокой чувствительностью и специфичностью детектировать возбудителя сапа и дифференцировать его от возбудителя мелиоидоза в пробах чистых культур и биологическом материале.
Олигонуклеотидные праймеры и флуоресцентно-меченый зонд по типу «молекулярного маяка» для идентификации сапа и дифференциации от возбудителя мелиоидоза методом полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией, имеющие следующую структуру:
5'- GGC GTC AGG ACT ACA ACG AGC -3' - Bm-ISfl- f
5'- CAC GGG CGA CAT CAC GAA CA - 3' - Bm- ISfl- r
5'(FAM)-GGGCGTGAAGCTCGTTGACCTGCCC-(BHQ1) 3' - Bm-ISfl-Pr,
комплементарные фрагменту гена fliP B. mallei, кодирующего белок биосинтеза флагеллина - flagellar biosynthetic protein fliP (GenBank NCBI, GeneID: 3091254), имеющий вставку, фланкированную IS407A, где FAM - карбоксифлуоресцеин, флуоресцентный краситель, длина волны поглощения которого сотавляет 490 нм, а длина волны флуоресценции - 520 нм; BHQ1 - гаситель флуоресценции с диапазоном гашения 480-580 нм.
Claims (1)
- Набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации Burkholderia mallei и дифференциации его от Burkholderia pseudomallei методом полимеразной цепной реакции с флуоресцентной детекцией, комплементарных фрагментам гена fliP (жгутиковый биосинтетический белок) возбудителя сапа, обладающих активностью прямого и обратного праймеров в реакции амплификации, и зонда с комплементарными концевыми последовательностями по типу «молекулярного маяка», обеспечивающего флуоресцентную детекцию, имеющие следующую структуру:
где FAM - карбоксифлуоресцеин, флуоресцентный краситель, длина волны поглощения которого составляет 490 нм, а длина волны флуоресценции - 520 нм; BHQ1 - гаситель флуоресценции с диапазоном гашения 480-580 нм.
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2014116384/10A RU2551208C1 (ru) | 2014-04-22 | 2014-04-22 | НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ И ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНОГО ЗОНДА ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ Burkholderia mallei И ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ЕГО ОТ Burkholderia pseudomallei |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2014116384/10A RU2551208C1 (ru) | 2014-04-22 | 2014-04-22 | НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ И ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНОГО ЗОНДА ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ Burkholderia mallei И ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ЕГО ОТ Burkholderia pseudomallei |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2551208C1 true RU2551208C1 (ru) | 2015-05-20 |
Family
ID=53294319
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2014116384/10A RU2551208C1 (ru) | 2014-04-22 | 2014-04-22 | НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ И ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНОГО ЗОНДА ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ Burkholderia mallei И ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ЕГО ОТ Burkholderia pseudomallei |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
RU (1) | RU2551208C1 (ru) |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2608506C1 (ru) * | 2016-02-02 | 2017-01-18 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Набор 5'-фосфорилированных олигонуклеотидных праймеров для амплификации методом полимеразной цепной реакции полной кодирующей последовательности гена мембранного протеина ttss hrcv burkholderia pseudomallei |
RU2608505C1 (ru) * | 2016-02-02 | 2017-01-18 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Набор 5'-фосфорилированных олигонуклеотидных праймеров для амплификации методом полимеразной цепной реакции полной кодирующей последовательности гена омра/мотв burkholderia pseudomallei |
RU2738358C1 (ru) * | 2019-12-11 | 2020-12-11 | Федеральное бюджетное учреждение науки "Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (ФБУН ГНЦ ПМБ) | Набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов и способ выявления ДНК возбудителей сапа и мелиоидоза методом ПЦР с детекцией продукта в режиме реального времени |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2011146629A2 (en) * | 2010-05-19 | 2011-11-24 | Qiagen Gaithersburg Inc. | Methods and compositions for sequence-specific purification and multiplex analysis of nucleic acids |
RU2474619C1 (ru) * | 2012-01-26 | 2013-02-10 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора | ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЕ ПРАЙМЕРЫ ДЛЯ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ B. mallei МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ |
RU2474614C1 (ru) * | 2011-09-23 | 2013-02-10 | Федеральное государственное учреждение здравоохранения Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора | ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЕ ПРАЙМЕРЫ ДЛЯ ДЕТЕКЦИИ И ТИПИРОВАНИЯ ГЕНОВ β-ЛАКТАМАЗ ПАТОГЕННЫХ БУРКХОЛЬДЕРИЙ |
RU2478713C1 (ru) * | 2012-01-26 | 2013-04-10 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора | ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЕ ПРАЙМЕРЫ BmVAT7-Ch2s/BmVAT7-Ch2as ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ ФРАГМЕНТА ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ВМАА0871 ШТАММОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ САПА |
EP2078095B9 (de) * | 2006-09-07 | 2013-07-24 | Österreichisches Rotes Kreuz Landesverband Oberösterreich | Bakteriennachweis |
-
2014
- 2014-04-22 RU RU2014116384/10A patent/RU2551208C1/ru not_active IP Right Cessation
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP2078095B9 (de) * | 2006-09-07 | 2013-07-24 | Österreichisches Rotes Kreuz Landesverband Oberösterreich | Bakteriennachweis |
WO2011146629A2 (en) * | 2010-05-19 | 2011-11-24 | Qiagen Gaithersburg Inc. | Methods and compositions for sequence-specific purification and multiplex analysis of nucleic acids |
RU2474614C1 (ru) * | 2011-09-23 | 2013-02-10 | Федеральное государственное учреждение здравоохранения Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора | ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЕ ПРАЙМЕРЫ ДЛЯ ДЕТЕКЦИИ И ТИПИРОВАНИЯ ГЕНОВ β-ЛАКТАМАЗ ПАТОГЕННЫХ БУРКХОЛЬДЕРИЙ |
RU2474619C1 (ru) * | 2012-01-26 | 2013-02-10 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора | ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЕ ПРАЙМЕРЫ ДЛЯ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ B. mallei МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ |
RU2478713C1 (ru) * | 2012-01-26 | 2013-04-10 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора | ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЕ ПРАЙМЕРЫ BmVAT7-Ch2s/BmVAT7-Ch2as ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ ФРАГМЕНТА ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ВМАА0871 ШТАММОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ САПА |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
TOMASO H. ET AL., Development of a 5'-nuclease real-time PCR assay targeting fliP for the rapid identification of Burkholderia mallei in clinical samples, Clin Chem., 2006, v.52, no.2, p. 307-310. * |
Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2608506C1 (ru) * | 2016-02-02 | 2017-01-18 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Набор 5'-фосфорилированных олигонуклеотидных праймеров для амплификации методом полимеразной цепной реакции полной кодирующей последовательности гена мембранного протеина ttss hrcv burkholderia pseudomallei |
RU2608505C1 (ru) * | 2016-02-02 | 2017-01-18 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Набор 5'-фосфорилированных олигонуклеотидных праймеров для амплификации методом полимеразной цепной реакции полной кодирующей последовательности гена омра/мотв burkholderia pseudomallei |
RU2738358C1 (ru) * | 2019-12-11 | 2020-12-11 | Федеральное бюджетное учреждение науки "Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (ФБУН ГНЦ ПМБ) | Набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов и способ выявления ДНК возбудителей сапа и мелиоидоза методом ПЦР с детекцией продукта в режиме реального времени |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US9593381B2 (en) | Method and kit for detecting carbapenemase genes | |
US20220098645A1 (en) | Fast and portable microfluidic detection system as an alternative to salmonella's classical culture method | |
US20090226895A1 (en) | Method of detecting vibrio parahaemolyticus via real-time PCR-hybridization | |
Seidel et al. | Development of a nucleic acid lateral flow immunoassay (NALFIA) for reliable, simple and rapid detection of the methicillin resistance genes mecA and mecC | |
Grudlewska-Buda et al. | Comparison of the intensity of biofilm formation by Listeria monocytogenes using classical culture-based method and digital droplet PCR | |
CN102363815A (zh) | 运用交叉引物核酸恒温扩增技术检测沙门菌的试剂及其扩增方法和检测方法 | |
CN107338314B (zh) | 闭管可视化鳗源嗜水气单胞菌环介导等温扩增检测方法 | |
RU2551208C1 (ru) | НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ И ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНОГО ЗОНДА ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ Burkholderia mallei И ДИФФЕРЕНЦИАЦИИ ЕГО ОТ Burkholderia pseudomallei | |
KR20170030746A (ko) | Lamp를 이용한 살모넬라 검출용 프라이머 및 그 용도 | |
RU2435860C1 (ru) | ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНЫЙ ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫЙ ЗОНД ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ ВОЗБУДИТЕЛЕЙ САПА И МЕЛИОИДОЗА B.pseudomallei И B.mallei | |
Reiman et al. | Indirect detection of Bacillus anthracis using real-time PCR to detect amplified gamma phage DNA | |
KR20170030190A (ko) | Lamp를 이용한 클로스트리디움 퍼프린젠스 검출용 프라이머 및 그 용도 | |
Mozioğlu et al. | Oligomer based real-time detection of microorganisms producing nuclease enzymes | |
RU2608651C1 (ru) | Способ идентификации генов клинически значимых семейств β-лактамаз у грамотрицательных микроорганизмов | |
WO2014189398A1 (en) | Method for simultaneous detection of bacteria and fungi in a biological preparation by pcr, primers as well as bacteria and fungi detection kit | |
RU2542395C1 (ru) | Набор реагентов и способ для выявления днк возбудителей чумы, сибирской язвы и туляремии методом пцр с гибридизационно-флуоресцентным учетом результатов | |
TWI658048B (zh) | 檢測美人魚發光桿菌殺魚亞種之特異性引子及其使用方法 | |
RU2738358C1 (ru) | Набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых зондов и способ выявления ДНК возбудителей сапа и мелиоидоза методом ПЦР с детекцией продукта в режиме реального времени | |
RU2556810C1 (ru) | НАБОР ОЛИГОНУКЛЕОТИДНЫХ ПРАЙМЕРОВ И ФЛУОРЕСЦЕНТНО-МЕЧЕНОГО ЗОНДА ДЛЯ ИДЕНТИФИКАЦИИ Burkholderia pseudomallei | |
RU2639498C1 (ru) | Набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации возбудителя бластомикоза blastomyces dermatitidis | |
Wang et al. | A CRISPR-Cas12a-based platform facilitates the detection and serotyping of Streptococcus suis serotype 2 | |
RU2703803C1 (ru) | Набор олигонуклеотидных праймеров Ft 101 и способ определения бактерий Francisella tularensis (варианты) | |
RU2706570C1 (ru) | Набор олигонуклеотидных праймеров Ft 40 и способ определения бактерий Francisella tularensis (Варианты) | |
RU2706564C1 (ru) | Набор олигонуклеотидных праймеров Ft 182 и способ определения бактерий Francisella tularensis (Варианты) | |
RU2699180C1 (ru) | Набор олигонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченого зонда для идентификации рнк возбудителей сапа burkholderia mallei и мелиоидоза burkholderia pseudomallei на основе транскрипционной амплификации (nasba) в режиме "реального времени" |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20160423 |