RU2482191C1 - METHOD FOR DIFFERENTIATION OF STRAINS Helicobacter pylori BY MULTILOCAL VNTR-TYPING - Google Patents
METHOD FOR DIFFERENTIATION OF STRAINS Helicobacter pylori BY MULTILOCAL VNTR-TYPING Download PDFInfo
- Publication number
- RU2482191C1 RU2482191C1 RU2011154058/10A RU2011154058A RU2482191C1 RU 2482191 C1 RU2482191 C1 RU 2482191C1 RU 2011154058/10 A RU2011154058/10 A RU 2011154058/10A RU 2011154058 A RU2011154058 A RU 2011154058A RU 2482191 C1 RU2482191 C1 RU 2482191C1
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- pylori
- vntr
- strains
- typing
- locus
- Prior art date
Links
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
Предлагаемое изобретение относится к области медицинской микробиологии, в частности к молекулярно-генетическому типированию штаммов Helicobacter pylori.The present invention relates to the field of medical microbiology, in particular to molecular genetic typing of Helicobacter pylori strains.
Широкая распространенность хеликобактериоза среди различных групп населения и пути его передачи позволяют рассматривать хеликобактериоз как инфекционное заболевание, носящее характер эпидемии. Инфицированность взрослого населения России, по результатам выборочных исследований, колеблется от 50 до 80%, а в некоторых регионах она приближается к 100%, в связи с чем на федеральном и региональном уровнях уделяется большое внимание внедрению современных методов диагностики Н.pylori - ассоциированных заболеваний и мониторинга инфекции.The widespread prevalence of helicobacteriosis among various groups of the population and the ways of its transmission make it possible to consider helicobacteriosis as an infectious disease of the epidemic nature. According to the results of selective studies, the adult population of Russia ranges from 50 to 80%, and in some regions it approaches 100%, and therefore at the federal and regional levels much attention is paid to the introduction of modern diagnostic methods for H. pylori - associated diseases and monitoring infection.
Эрадикация Н.pylori является одним из основных направлений в терапии язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки, однако даже после интенсивной терапии Н.pylori вновь обнаруживается в биоптатах слизистой оболочки желудка. По данным [1], частота повторного выявления Н.pylori в течение года после успешной эрадикационной терапии варьирует от 0 до 41.5%. Повторное выявление Н.pylori, как полагают, происходит посредством двух различных механизмов: реинфекции и рецидивирования. Подтверждением факта реинфекции является наличие геномных различий между прежним и новым штаммами Н.pylori. Для изучения путей передачи хеликобактериоза также необходим простой, надежный и воспроизводимый метод молекулярного генотипирования Н.pylori.H. pylori eradication is one of the main directions in the treatment of gastric and duodenal ulcer, however, even after intensive therapy, H. pylori is again found in biopsy specimens of the gastric mucosa. According to [1], the frequency of repeated detection of H. pylori within a year after successful eradication therapy varies from 0 to 41.5%. The re-detection of H. pylori is thought to occur through two different mechanisms: reinfection and recurrence. Confirmation of the fact of reinfection is the presence of genomic differences between the old and new H. pylori strains. A simple, reliable, and reproducible method of molecular genotyping of H. pylori is also needed to study the transmission of helicobacteriosis.
Для молекулярного типирования Н.pylori в последнее время стали применять современные методы, такие как гель-электрофорез в пульсирующем поле (PFGE) [2], полиморфизм длины рестрикционных фрагментов (RFLP) [3], приемы, направленные на определение межгенных повторяющихся (ERIC-PCR) и внегенных палиндромных последовательностей у энтеробактерий (REP-PCR) [4, 5], применение универсальных (случайных) праймеров в системе RAPD-PCR [6]. Однако практическое использование многих из них ограничивается как сложностью методического характера, так и проблемами с воспроизводимостью и оценкой результатов [7].Recently, modern methods have been used for molecular typing of H. pylori, such as pulsed field gel electrophoresis (PFGE) [2], restriction fragment length polymorphism (RFLP) [3], and methods aimed at determining intergenic repeating (ERIC- PCR) and extragenic palindromic sequences in enterobacteria (REP-PCR) [4, 5], the use of universal (random) primers in the RAPD-PCR system [6]. However, the practical use of many of them is limited by both methodological complexity and problems with reproducibility and evaluation of results [7].
Одним из универсальных методов молекулярного генотипирования является определение кратности вариабельных тандемных повторов того или иного локуса (VNTR-анализ, variable number tandem repeats analysis) на хромосоме хозяина. Прием хорошо зарекомендовал себя при типировании различных микроорганизмов, включая возбудители лептоспироза, чумы и туляремии [8-10].One of the universal methods of molecular genotyping is to determine the multiplicity of variable tandem repeats of a particular locus (VNTR analysis, variable number tandem repeats analysis) on the host chromosome. Reception has proven itself in typing various microorganisms, including causative agents of leptospirosis, plague and tularemia [8-10].
Известен способ диагностики Helicobacter pylori-инфекции (см. патент RU №2265219, кл. G01N 33/53, от 25.06.2003 г.), заключающийся в том, что исследуют мононуклеарные клетки периферической крови, регистрируя методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) специфические участки генома, характерные для Helicobacter pylori. Однако этот способ не дает возможности выявления вариабельных участков генома Helicobacter pylori и, следовательно, непригоден для дифференциации штаммов Н.pylori.A known method for the diagnosis of Helicobacter pylori infection (see patent RU No. 2265219, class G01N 33/53, dated June 25, 2003), which consists in examining peripheral blood mononuclear cells by registering specific polymerase chain reaction (PCR) method parts of the genome characteristic of Helicobacter pylori. However, this method does not allow the identification of variable regions of the Helicobacter pylori genome and, therefore, is unsuitable for the differentiation of H. pylori strains.
За прототип выбран способ выявления генетической гетерогенности штаммов Н.pylori методом гель-электрофореза в пульсирующем поле (PFGE) (см. Takami S., Т.Hayashi, Н.Akashi, Т.Shimoyama and Т.Tamura. 1994. Genetic heterogeneity of Helicobacter pylori by pulse-field gel electrophoresis and re-evaluation of DNA homology. Eur. J. Gastroenterol. Hepatol. Suppl. 1: S53-S60) [2]. Метод предусматривает выделение хромосомной ДНК из колонии Н.pylori, залитой в легкоплавкую агарозу, уравновешивание буфером для рестриктаз, проведение рестрикции хромосомной ДНК в течение 12 часов различными рестриктазами с последующим гель-электрофорезом в пульсирующем поле в течение 24 часов и окрашиванием геля бромистым этидием.For the prototype, a method was selected for detecting the genetic heterogeneity of H. pylori strains by pulsed field gel electrophoresis (PFGE) (see Takami S., T. Hayashi, N. Akashi, T. Shimoyama and T. Tamura. 1994. Genetic heterogeneity of Helicobacter pylori by pulse-field gel electrophoresis and re-evaluation of DNA homology. Eur. J. Gastroenterol. Hepatol. Suppl. 1: S53-S60) [2]. The method involves the isolation of chromosomal DNA from a colony of H. pylori, poured into low-melting agarose, equilibration with restriction enzyme buffer, restriction of the chromosomal DNA for 12 hours with various restrictases, followed by gel electrophoresis in a pulsating field for 24 hours and staining the gel with ethidium bromide.
Недостатками данного метода являются невозможность подбора рестриктаз, подходящих для анализа разных штаммов Н.pylori, большие затраты времени и трудности воспроизведения применяемых методов в разных лабораториях.The disadvantages of this method are the impossibility of selecting restriction enzymes suitable for the analysis of different strains of H. pylori, the time consuming and the difficulty of reproducing the methods used in different laboratories.
Цель предполагаемого изобретения заключалась в поиске в геноме Helicobacter pylori VNTR-содержащих локусов, использование которых позволяет проводить дифференциацию штаммов Н.pylori методом мультилокусного VNTR-типирования.The purpose of the proposed invention was to search for VNTR-containing loci in the Helicobacter pylori genome, the use of which allows differentiation of H. pylori strains by multilocus VNTR typing.
Поставленная цель достигается тем, что в известном способе дифференциации Н.pylori методом мультилокусного VNTR-типирования, включающем выделение хромосомной ДНК исследуемого штамма, проведение ПЦР с амплификацией генов и последующим анализом результатов, однако при проведении ПЦР используют олигонуклеотидные праймеры на VNTR-содержащие локусы Н.pylori - НрА, HpD, HpE и HpF, имеющие следующие последовательности:This goal is achieved by the fact that in the known method for differentiating H. pylori by multilocus VNTR typing, including isolation of the chromosomal DNA of the studied strain, PCR with amplification of genes and subsequent analysis of the results, however, when conducting PCR, oligonucleotide primers for VNTR-containing N. loci are used. pylori - HPA, HpD, HpE and HpF having the following sequences:
дифференциацию штаммов Н.pylori проводят по числу повторов в амплифицированных фрагментах по каждому VNTR-содержащему локусу Н.pylori - HpA, HpD, HpE и HpF, что дает возможность определять генотипы изучаемых штаммов.differentiation of H. pylori strains is performed according to the number of repeats in amplified fragments for each VNTR-containing H. pylori locus — HpA, HpD, HpE and HpF, which makes it possible to determine the genotypes of the studied strains.
Способ осуществляют следующим образом.The method is as follows.
Выделение хромосомной ДНК исследуемого штамма Н.pylori проводят методом кипячения взвеси бактерий в физрастворе в течение 15 мин (1). Полимеразную цепную реакцию с амплификацией фрагментов VNTR-содержащих локусов HpA, HpD, HpE и HpF осуществляют по следующим программам: локус HpA - 1-й цикл - 95°C, 5 мин; затем 35 циклов - 95°C, 45 сек; 57°C, 45 сек; 72°C, 1 мин и завершающий цикл 72°C - 5 мин; локусы HpD, HpE и HpF - 1-й цикл - 95°C, 5 мин; затем 35 циклов - 95°C, 45 сек; 60°C, 45 сек; 72°C, 1 мин и завершающий цикл 72°C - 5 мин. Олигонуклеотидные праймеры, используемые для амплификации в ПЦР фрагментов VNTR-содержащих локусов HpA, HpD, HpE и HpF рассчитаны на основе нуклеотидных последовательностей этих генов у штамма Н.pylori J99 и 11637, представленных в базе данных NCBI GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/.). Продукты амплификации анализируют в 7% полиакриламидном геле (ПАГ) и определяют размер амплифицированных фрагментов по стандарту молекулярных размеров. Число повторов в данном фрагменте определяют как разность между его размером и минимальным размером фрагмента без повторов, деленную на длину повтора. Для установления генотипа исследуемого штамма число повторов для каждого VNTR-локуса заносится в определенную ячейку матрицы для каждого штамма и является его уникальной характеристикой, дифференцирующей один штамм от другого.Isolation of the chromosomal DNA of the studied H. pylori strain is carried out by the method of boiling suspended bacteria in saline for 15 min (1). The polymerase chain reaction with amplification of fragments of VNTR-containing HpA, HpD, HpE and HpF loci is carried out according to the following programs: HpA locus - 1st cycle - 95 ° C, 5 min; then 35 cycles - 95 ° C, 45 sec; 57 ° C, 45 sec; 72 ° C, 1 min and a final cycle of 72 ° C - 5 min; HpD, HpE and HpF loci - 1st cycle - 95 ° C, 5 min; then 35 cycles - 95 ° C, 45 sec; 60 ° C, 45 sec; 72 ° C, 1 min and a final cycle of 72 ° C - 5 min. Oligonucleotide primers used for PCR amplification of fragments of VNTR-containing HpA, HpD, HpE, and HpF loci were calculated based on the nucleotide sequences of these genes for H. pylori strain J99 and 11637, presented in the NCBI GenBank database (http: //www.ncbi .nlm.nih.gov /.). Amplification products are analyzed on a 7% polyacrylamide gel (PAG) and the size of the amplified fragments is determined according to the molecular size standard. The number of repeats in a given fragment is defined as the difference between its size and the minimum fragment size without repeats, divided by the length of the repeat. To establish the genotype of the studied strain, the number of repeats for each VNTR locus is entered in a specific cell of the matrix for each strain and is its unique characteristic that differentiates one strain from another.
Пример 1. Определение числа повторов для штамма Н.pylori J99Example 1. The determination of the number of repetitions for strain H. pylori J99
По нуклеотидной последовательности штамма Н.pylori J99, представленной в базе данных NCBI GenBank, определяем виртуальный размер фрагмента, амплифицированного с помощью праймеров для локуса HpA. Он равен 245 п.н. и содержит 6 повторов длиной 9 н., следовательно, минимальный размер фрагмента без повторов равен 245-6.9=191 п.н. Для локуса HpD фрагмент равен 302 п.н. и содержит 14 повторов длиной 8 н., следовательно, минимальный размер фрагмента без повторов равен 302-14.8=190 п.н. Для локуса НрЕ фрагмент оказывается равен 131 п.н. и содержит 13 повторов длиной 7 н., следовательно, минимальный размер фрагмента без повторов равен 131-13.7=40 п.н. Для локуса HpF фрагмент равен 102 п.н. и содержит 4 повтора длиной 12 н., следовательно, минимальный размер фрагмента без повторов равен 102-4.12=54 п.н. Число повторов по каждому VNTR-локусу заносится в таблицу.Using the nucleotide sequence of H. pylori J99 strain presented in the NCBI GenBank database, we determine the virtual fragment size amplified using primers for the HpA locus. It is equal to 245 bp and contains 6 repeats with a length of 9 N., therefore, the minimum fragment size without repeats is 245-6.9 = 191 bp For the HpD locus, the fragment is 302 bp and contains 14 repeats with a length of 8 N., therefore, the minimum fragment size without repeats is 302-14.8 = 190 bp For the HpE locus, the fragment is 131 bp. and contains 13 repeats with a length of 7 N., therefore, the minimum fragment size without repeats is 131-13.7 = 40 bp For the HpF locus, the fragment is 102 bp and contains 4 repeats 12 n long. Therefore, the minimum fragment size without repeats is 102-4.12 = 54 bp The number of repetitions for each VNTR locus is entered in the table.
Пример 2. Определение числа повторов для штамма Н.pylori NCTC 11637Example 2. The determination of the number of repetitions for strain N. pylori NCTC 11637
Выделение ДНК Н.pylori проводят методом кипячения взвеси бактерий в физрастворе в течение 15 мин. Полимеразную цепную реакцию проводят в объеме 25 мкл; реакционная смесь содержит: 1×буфер (10×ПЦР-буфер - 2,5 мкл), MgCl2 - 2,0 мМ, смесь dNTP - 0,3 мМ, олигонуклеотидные праймеры - 2 пмол, Taq DNA полимераза - 0,1 ед., исследуемой ДНК - 10 мкл. Продукты амплификации анализируют в 7% полиакриламидном геле (ПАГ) с добавлением этидиум бромида и просматриваются в УФ свете и определяют размер амплифицированных фрагментов по стандарту молекулярных размеров. Число повторов в данном фрагменте определяют как разность между его размером и минимальным размером фрагмента без повторов, деленную на длину повтора. Для локуса НрА обнаружен фрагмент размером 218 п.н. Определяем число повторов по данному локусу: (218-191)/9=3. Для локуса HpD обнаружен фрагмент размером 374 п.н. Определяем число повторов по данному локусу: (374-190)/8=23. Для локуса НрЕ обнаружен фрагмент размером 82 п.н. Определяем число повторов по данному локусу: (82-40)/7=6. Для локуса HpF обнаружен фрагмент размером 102 п.н. Определяем число повторов по данному локусу: (102-54)/12=4. Для установления генотипа исследуемого штамма число повторов для каждого VNTR-локуса заносится в определенную ячейку таблицы для каждого штамма.The isolation of H. pylori DNA is carried out by boiling a suspension of bacteria in saline for 15 minutes. The polymerase chain reaction is carried out in a volume of 25 μl; the reaction mixture contains: 1 × buffer (10 × PCR buffer - 2.5 μl), MgCl 2 - 2.0 mm, dNTP mixture - 0.3 mm, oligonucleotide primers - 2 pmol, Taq DNA polymerase - 0.1 unit ., the investigated DNA - 10 μl. The amplification products are analyzed on a 7% polyacrylamide gel (PAG) with the addition of ethidium bromide and viewed in UV light and the size of the amplified fragments is determined according to the molecular size standard. The number of repeats in a given fragment is defined as the difference between its size and the minimum fragment size without repeats, divided by the length of the repeat. A fragment of 218 bp was detected for the NrA locus. We determine the number of repetitions at a given locus: (218-191) / 9 = 3. A fragment of 374 bp was detected for the HpD locus We determine the number of repetitions at a given locus: (374-190) / 8 = 23. A fragment of 82 bp was detected for the HPE locus. We determine the number of repetitions at a given locus: (82-40) / 7 = 6. A fragment of 102 bp was detected for the HpF locus We determine the number of repetitions at a given locus: (102-54) / 12 = 4. To establish the genotype of the studied strain, the number of repeats for each VNTR locus is entered in a specific table cell for each strain.
Пример 3. Определение числа повторов для клинического изолята Н.pyloriExample 3. The determination of the number of repetitions for clinical isolate H. pylori
Выделение ДНК, полимеразную цепную реакцию, гель-электрофорез и учет результатов проводят так же, как в примере 2. Для локуса НрА обнаружен фрагмент размером 218 п.н. Определяем число повторов по данному локусу: (218-191)/9=3. Для локуса HpD обнаружен фрагмент размером 390 п.н. Определяем число повторов по данному локусу: (390-190)/8=25. Для локуса НрЕ обнаружен фрагмент размером 61 п.н. Определяем число повторов по данному локусу: (61-40)/7=3. Для локуса HpF обнаружен фрагмент размером 102 п.н. Определяем число повторов по данному локусу: (102-54)/12=4. Для установления генотипа исследуемого штамма число повторов для каждого VNTR-локуса заносится в определенную ячейку таблицы для каждого штамма.Isolation of DNA, polymerase chain reaction, gel electrophoresis and analysis of the results are carried out as in example 2. For the HPA locus, a fragment of 218 bp was detected. We determine the number of repetitions at a given locus: (218-191) / 9 = 3. A fragment of 390 bp was detected for the HpD locus. We determine the number of repetitions at a given locus: (390-190) / 8 = 25. A fragment of 61 bp was detected for the HPE locus. We determine the number of repetitions at a given locus: (61-40) / 7 = 3. A fragment of 102 bp was detected for the HpF locus We determine the number of repetitions at a given locus: (102-54) / 12 = 4. To establish the genotype of the studied strain, the number of repeats for each VNTR locus is entered in a specific table cell for each strain.
Результаты примеров 1, 2, 3 сведены в таблицу. Из таблицы видно, что дифференциация штаммов Н.pylori методом мультилокусного VNTR-типирования позволяет определить генотипы изученных штаммов:The results of examples 1, 2, 3 are summarized in table. The table shows that the differentiation of H. pylori strains by multilocus VNTR typing allows us to determine the genotypes of the studied strains:
Штамм J99 - генотип: НрА 6, HpD 14, НрЕ 7, HpF 4Strain J99 - genotype: HPA 6, HpD 14, HPE 7, HpF 4
Штамм NCTC 11637 - генотип: НрА 3, HpD 23, НрЕ 3, HpF 7Strain NCTC 11637 - genotype: HPA 3, HpD 23, HPE 3, HpF 7
Клинический изолят - генотип: НрА 3, HpD 25, НрЕ 3, HpF 4Clinical isolate - genotype: HPA 3, HpD 25, HPE 3, HpF 4
Таким образом, заявленный способ дифференциации штаммов Н.pylori методом мультилокусного VNTR-типирования, основанный на определении числа повторов в амплифицированных фрагментах VNTR-содержащих локусов Н.pylori - НрА, HpD, НрЕ и HpF, позволяет быстро, эффективно и надежно проводить дифференциацию штаммов Н.pylori.Thus, the claimed method for differentiating H. pylori strains by multilocus VNTR typing, based on determining the number of repeats in amplified fragments of VNTR-containing H. pylori loci — HpA, HpD, HpE and HpF, allows the differentiation of H strains quickly, efficiently and reliably .pylori.
Использование предлагаемого изобретения позволяет осуществлять дифференциацию штаммов Н.pylori методом мультилокусного VNTR-типирования, которая может быть применена в клинической лабораторной диагностике хеликобактериоза у больных для дифференциации случаев рецидива и реинфекции, для выявления путей передачи инфекции в случаях семейного хеликобактериоза и для мониторинга Н.pylori-ассоциированных заболеваний. Заявляемый способ позволяет быстро, эффективно и надежно проводить дифференциацию штаммов Н.pylori, создавать унифицированные базы данных и проводить сравнительное изучение штаммов Н.pylori, выделенных в разных регионах.Using the present invention allows the differentiation of H. pylori strains by multilocus VNTR typing, which can be used in the clinical laboratory diagnosis of helicobacteriosis in patients to differentiate cases of relapse and reinfection, to identify transmission pathways in cases of familial helicobacteriosis, and to monitor H. pylori- associated diseases. The inventive method allows you to quickly, efficiently and reliably differentiate H. pylori strains, create unified databases and conduct a comparative study of H. pylori strains isolated in different regions.
Источники информацииInformation sources
1. Xia H.X., Talley N.J, Keane C.T., O'Morain C.F. Reccurence of Helicobacter pylori infection after successful eradication: nature and possible causes // Dig. Dis. Sci. - 1997. - Vol. 42. - №9. - Р.1821-1834.1. Xia H.X., Talley N.J., Keane C.T., O'Morain C.F. Reccurence of Helicobacter pylori infection after successful eradication: nature and possible causes // Dig. Dis. Sci. - 1997. - Vol. 42. - No. 9. - R. 1821-1834.
2. Takami, S., Т.Hayashi, H.Akashi, T.Shimoyama, and T.Tamura. 1994. Genetic heterogeneity of Helicobacter pylori by pulse-field gel electrophoresis and re-evaluation of DNA homology. Eur. J. Gastroenterol. Hepatol. Suppl. 1: S53-S60.2. Takami, S., T. Hayashi, H. Akashi, T. Shimoyama, and T. Tamura. 1994. Genetic heterogeneity of Helicobacter pylori by pulse-field gel electrophoresis and re-evaluation of DNA homology. Eur. J. Gastroenterol. Hepatol. Suppl. 1: S53-S60.
3. Salaun, L., C.Audibert, G.Le Ley, C.Burucoa, J.L.Fauchere, and B.Picard. 1998. Panmictic structure of Helicobacter pylori demonstrated by the comparative study of six genetic markers. FEMS Microbiol. Lett. 161: 231-239.3. Salaun, L., C. Audibert, G. Le Ley, C. Burucoa, J. L. Fauchere, and B. Picard. 1998. Panmictic structure of Helicobacter pylori demonstrated by the comparative study of six genetic markers. FEMS Microbiol. Lett. 161: 231-239.
4. Ann-Catrin, E.Т., N.Hosseini, A.M.Svennerholm, and I.Bo..lin. 2000. Different Helicobacter pylori strains colonize the antral and duodenal mucosa of duodenal ulcer patients. Helicobacter 5: 69-78.4. Ann-Catrin, E.T., N. Hosseini, AMSvennerholm, and I. Bo .. lin. 2000. Different Helicobacter pylori strains colonize the antral and duodenal mucosa of duodenal ulcer patients. Helicobacter 5: 69-78.
5. Miehlke, S., R.Thomas, O.Gutierrez, D.Y.Graham, and M.F.Go. 1999. DNA fingerprinting of single colonies of Helicobacter pylori from gastric cancer patients suggests infection with a single predominant strain. J. Clin. Microbiol. 37: 245-247.5. Miehlke, S., R. Thomas, O. Gutierrez, D.Y. Graham, and M.F. Go. 1999. DNA fingerprinting of single colonies of Helicobacter pylori from gastric cancer patients suggests infection with a single predominant strain. J. Clin. Microbiol. 37: 245-247.
6. Akopyantz, N., N.O.Bukanov, T.U.Westblom, S.Kresovich, and D.E.Berg. 1992. DNA diversity among clinical isolates of Helicobacter pylori detected by PCR-based RAPD fingerprinting. Nucleic Acids Res. 20: 5137-5142.6. Akopyantz, N., N. O. Bukanov, T. U. Westblom, S. Kresovich, and D.E. Berg. 1992. DNA diversity among clinical isolates of Helicobacter pylori detected by PCR-based RAPD fingerprinting. Nucleic Acids Res. 20: 5137-5142.
7. Van Belkum A., Struelens M., de Visser H. et al. Role the genomic typing in taxonomy, evolutionary genetics and microbial epidemiology // J. Clin. Microbiol. Rev. - 2001. - Vol.14(3). - P.547-560.7. Van Belkum A., Struelens M., de Visser H. et al. Role the genomic typing in taxonomy, evolutionary genetics and microbial epidemiology // J. Clin. Microbiol. Rev. - 2001 .-- Vol.14 (3). - P.547-560.
8. Adair D.M., Worsham P.L., Hill K.K. et al. Diversity in variable number tandem repeat Yersinia pestis // J. Clin. Microbiol. - 2000. - Vol.38(4). - P.1516-1519.8. Adair D.M., Worsham P.L., Hill K.K. et al. Diversity in variable number tandem repeat Yersinia pestis // J. Clin. Microbiol. - 2000. - Vol. 38 (4). - P.1516-1519.
9. Farlow J., Smith K.L., Wong J. et al. Francisella tularensis strain typing using multiple-locus variable number tandem repeat analysis // J. Clin. Microbiol. - 2001. - Vol.39(9). - P.3186-3192.9. Farlow J., Smith K. L., Wong J. et al. Francisella tularensis strain typing using multiple-locus variable number tandem repeat analysis // J. Clin. Microbiol. - 2001 .-- Vol. 39 (9). - P.3186-3192.
10. A.T.Slack*, M.F Dohnt, M.L Symonds and L.D Smythe. Development of a Multiple-Locus Variable number of tandem repeat Analysis (MLVA) for Leptospira interrogans and its application to Leptospira interrogans serovar Australis isolates from Far North Queensland, Australia.10. A.T. Slack *, M.F. Dohnt, M.L. Symonds and L.D. Smythe. Development of a Multiple-Locus Variable number of tandem repeat Analysis (MLVA) for Leptospira interrogans and its application to Leptospira interrogans serovar Australis isolates from Far North Queensland, Australia.
http://www.ann-clinmicrob.com/content/4/1/10.http://www.ann-clinmicrob.com/content/4/1/10.
Claims (1)
НрА F: 5-TGGGGAACAAAACGAAGTTAAAAGG-3
R: 5-TCTTATTCGCCCATTTTCCAACG-3
HpD F: 5-CGTTTCTATCAACGCCCCTATTTC-3
R: 5-AAAAGGCGAAATACTGGGATAGCTT-3
HpE F: 5-ACCGCTCAAATCCCACCAACC-3
R: 5-ATGATGCTATAATCACTAATCACT-3
HpF F: 5-GGTAATATTCATATTGCTTTTTGCGCG-3
R: 5-AGATCGTTAAGATTTTGGACGCTTTC-3,
дифференциацию штаммов Н. pylori проводят по числу повторов в амплифицированных фрагментах по каждому VNTR-содержащему локусу Н. pylori - НрА, HpD, HpE и HpF, что дает возможность определять генотипы изучаемых штаммов. A method for differentiating Helicobacter pylori strains by multilocus VNTR typing, including isolation of the chromosomal DNA of the studied strain, polymerase chain reaction with amplification of gene fragments and subsequent analysis of the results, characterized in that oligonucleotide primers for VNTR-containing N. pori loci are used in PCR HpA, HpD, HpE and HpF having the following sequences:
HPA F: 5-TGGGGAACAAAACGAAGTTAAAAGG-3
R: 5-TCTTATTCGCCCATTTTCCAACG-3
Hpd F: 5-CGTTTCTATCAACGCCCCTATTTC-3
R: 5-AAAAGGCGAAATACTGGGATAGCTT-3
HPE F: 5-ACCGCTCAAATCCCACCAACC-3
R: 5-ATGATGCTATAATCACTAATCACT-3
HpF F: 5-GGTAATATTCATATTGCTTTTTGCGCG-3
R: 5-AGATCGTTAAGATTTTGGACGCTTTC-3,
differentiation of H. pylori strains is carried out according to the number of repeats in amplified fragments for each VNTR-containing N. pylori locus — HPA, HpD, HpE and HpF, which makes it possible to determine the genotypes of the studied strains.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2011154058/10A RU2482191C1 (en) | 2011-12-28 | 2011-12-28 | METHOD FOR DIFFERENTIATION OF STRAINS Helicobacter pylori BY MULTILOCAL VNTR-TYPING |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| RU2011154058/10A RU2482191C1 (en) | 2011-12-28 | 2011-12-28 | METHOD FOR DIFFERENTIATION OF STRAINS Helicobacter pylori BY MULTILOCAL VNTR-TYPING |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2482191C1 true RU2482191C1 (en) | 2013-05-20 |
Family
ID=48789860
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2011154058/10A RU2482191C1 (en) | 2011-12-28 | 2011-12-28 | METHOD FOR DIFFERENTIATION OF STRAINS Helicobacter pylori BY MULTILOCAL VNTR-TYPING |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| RU (1) | RU2482191C1 (en) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2616280C1 (en) * | 2015-12-24 | 2017-04-13 | федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Казанский (Приволжский) федеральный университет" (ФГАОУ ВО КФУ) | METHOD OF DIAGNOSTIC OF THE STATE OF INTESTINES MICROBIOTIC ON THE BACKGROUND OF ERADICATION THERAPY Helicobacter pylori AND ITS APPLICATION |
| RU2765495C1 (en) * | 2021-05-31 | 2022-01-31 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Ростовский-на-Дону ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Method for the determination of francisella tularensis subspecies by multi-primer pcr |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20060020391A1 (en) * | 2000-09-06 | 2006-01-26 | Kreiswirth Barry N | Method for tracking and controlling infections |
| JP2008161113A (en) * | 2006-12-28 | 2008-07-17 | Toyobo Co Ltd | Method for discriminating bacterium helicobacter pylori |
-
2011
- 2011-12-28 RU RU2011154058/10A patent/RU2482191C1/en not_active IP Right Cessation
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US20060020391A1 (en) * | 2000-09-06 | 2006-01-26 | Kreiswirth Barry N | Method for tracking and controlling infections |
| JP2008161113A (en) * | 2006-12-28 | 2008-07-17 | Toyobo Co Ltd | Method for discriminating bacterium helicobacter pylori |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| формула пп.46-87. * |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2616280C1 (en) * | 2015-12-24 | 2017-04-13 | федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования "Казанский (Приволжский) федеральный университет" (ФГАОУ ВО КФУ) | METHOD OF DIAGNOSTIC OF THE STATE OF INTESTINES MICROBIOTIC ON THE BACKGROUND OF ERADICATION THERAPY Helicobacter pylori AND ITS APPLICATION |
| RU2765495C1 (en) * | 2021-05-31 | 2022-01-31 | Федеральное казенное учреждение здравоохранения "Ростовский-на-Дону ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт" Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | Method for the determination of francisella tularensis subspecies by multi-primer pcr |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Redondo et al. | A novel RT-PCR for the detection of Helicobacter pylori and identification of clarithromycin resistance mediated by mutations in the 23S rRNA gene | |
| Li et al. | Characterization of CRISPR-Cas systems in clinical Klebsiella pneumoniae isolates uncovers its potential association with antibiotic susceptibility | |
| Estrada et al. | Pulsed field, PCR ribotyping and multiplex PCR analysis of Yersinia enterocolitica strains isolated from meat food in San Luis Argentina | |
| Yula et al. | Detection of primary clarithromycin resistance of Helicobacter pylori and association between cagA+ status and clinical outcome | |
| US20110287965A1 (en) | Methods and compositions to detect clostridium difficile | |
| Zhang et al. | Genomic characterization of clinical Listeria monocytogenes isolates in Beijing, China | |
| Zhang et al. | Development of hydrolysis probe-based real-time PCR for identification of virulent gene targets of Burkholderia pseudomallei and B. mallei—a retrospective study on archival cases of service members with melioidosis and glanders | |
| Takai et al. | Prevalence of virulent Rhodococcus equi in soil from five R. equi-endemic horse-breeding farms and restriction fragment length polymorphisms of virulence plasmids in isolates from soil and infected foals in Texas | |
| Rusak et al. | Rapid detection of Yersinia enterocolitica serotype O: 3 using a duplex PCR assay | |
| Her et al. | Application and evaluation of the MLVA typing assay for the Brucella abortus strains isolated in Korea | |
| RU2482191C1 (en) | METHOD FOR DIFFERENTIATION OF STRAINS Helicobacter pylori BY MULTILOCAL VNTR-TYPING | |
| Gand et al. | Development of a real-time PCR method for the genoserotyping of Salmonella Paratyphi B variant Java | |
| Antonov et al. | Molecular identification and typing of Burkholderia pseudomallei and Burkholderia mallei: when is enough enough? | |
| WO2017009198A1 (en) | Listeria monocytogenes clonogrouping and assessment of infectivity | |
| US20160177378A1 (en) | Method for simultaneous detection of bacteria and fungi in a biological preparation by pcr, primers as well as bacteria and fungi detection kit | |
| RU2737775C1 (en) | Method for identifying yersinia pestis and yersinia pseudotuberculosis and simultaneous differentiation of yersinia pestis of main and central asian subspecies by multiplex pcr | |
| CN114574603A (en) | RPA-LFS detection primer probe combination of hemophilus capsulatus and hemophilus non-capsulatus and application thereof | |
| Yakoob et al. | Polycolonization of Helicobacter pylori among Chinese subjects | |
| Peng et al. | Characterization of class 1 integrons and antimicrobial resistance in CTX-M-3-producing Serratia marcescens isolates from southern Taiwan | |
| RU2736649C1 (en) | Method for genetic differentiation of yersinia pseudotuberculosis strains by molecular-genetic typing | |
| RU2688434C1 (en) | Method for differentiation of helicobacter pylori strains by molecular-genetic typing | |
| JP5707641B2 (en) | Genotyping method of Pseudomonas aeruginosa and primer set used therefor | |
| CA2627969A1 (en) | Identification of usa300 community-associated methicillin-resistant staphylococcus aureus | |
| Korolik et al. | Specific identification, grouping and differentiation of Campylobacter jejuni among thermophilic campylobacters using multiplex PCR | |
| Peña et al. | Molecular resistance testing of Helicobacter pylori in gastric biopsies |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20171229 |