RU2376364C2 - Способ получения генетически модифицированного организма для скрининга биологически активных веществ - Google Patents
Способ получения генетически модифицированного организма для скрининга биологически активных веществ Download PDFInfo
- Publication number
- RU2376364C2 RU2376364C2 RU2005122470/13A RU2005122470A RU2376364C2 RU 2376364 C2 RU2376364 C2 RU 2376364C2 RU 2005122470/13 A RU2005122470/13 A RU 2005122470/13A RU 2005122470 A RU2005122470 A RU 2005122470A RU 2376364 C2 RU2376364 C2 RU 2376364C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- expression
- gene
- compensatory
- genes
- yeast
- Prior art date
Links
- 238000012216 screening Methods 0.000 title claims abstract description 20
- 239000013543 active substance Substances 0.000 title claims abstract description 19
- 235000003869 genetically modified organism Nutrition 0.000 title description 20
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 title description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 192
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 claims abstract description 97
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 claims abstract description 48
- 230000001447 compensatory effect Effects 0.000 claims abstract description 46
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims abstract description 17
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims abstract description 6
- 230000003828 downregulation Effects 0.000 claims abstract description 4
- 230000003827 upregulation Effects 0.000 claims abstract description 4
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 66
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 40
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 30
- 210000005253 yeast cell Anatomy 0.000 claims description 18
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims description 12
- 230000008859 change Effects 0.000 claims description 11
- 238000010353 genetic engineering Methods 0.000 claims description 10
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims description 9
- 239000010949 copper Substances 0.000 claims description 8
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 claims description 8
- RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N Copper Chemical compound [Cu] RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 7
- 229910052802 copper Inorganic materials 0.000 claims description 7
- 108700008625 Reporter Genes Proteins 0.000 claims description 6
- 229930182830 galactose Natural products 0.000 claims description 6
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 5
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 claims description 4
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 3
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 claims description 3
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 claims description 3
- 239000004098 Tetracycline Substances 0.000 claims description 2
- WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N alpha-D-galactose Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-PHYPRBDBSA-N 0.000 claims description 2
- 229930101283 tetracycline Natural products 0.000 claims description 2
- 229960002180 tetracycline Drugs 0.000 claims description 2
- 235000019364 tetracycline Nutrition 0.000 claims description 2
- 150000003522 tetracyclines Chemical class 0.000 claims description 2
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 claims 1
- 108700026220 vif Genes Proteins 0.000 claims 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 abstract description 69
- 230000012010 growth Effects 0.000 abstract description 23
- 239000000126 substance Substances 0.000 abstract description 18
- 239000003814 drug Substances 0.000 abstract description 4
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 abstract description 3
- 101150099105 alien gene Proteins 0.000 abstract description 2
- 230000009467 reduction Effects 0.000 abstract description 2
- 230000001174 ascending effect Effects 0.000 abstract 1
- 235000014680 Saccharomyces cerevisiae Nutrition 0.000 description 65
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 description 29
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 description 29
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 28
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 28
- 230000009036 growth inhibition Effects 0.000 description 27
- 102000001253 Protein Kinase Human genes 0.000 description 26
- 108060006633 protein kinase Proteins 0.000 description 26
- 238000013537 high throughput screening Methods 0.000 description 21
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 13
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 12
- 230000006870 function Effects 0.000 description 11
- 231100000518 lethal Toxicity 0.000 description 10
- 230000001665 lethal effect Effects 0.000 description 10
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 10
- 101150009006 HIS3 gene Proteins 0.000 description 9
- 101100394989 Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) hisI gene Proteins 0.000 description 9
- 108091023040 Transcription factor Proteins 0.000 description 9
- 102000040945 Transcription factor Human genes 0.000 description 9
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 9
- 230000004044 response Effects 0.000 description 8
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 8
- XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N Iron Chemical compound [Fe] XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 description 7
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 7
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 7
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 7
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 description 7
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 description 7
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 7
- 239000003016 pheromone Substances 0.000 description 7
- 101100520819 Arabidopsis thaliana At5g66631 gene Proteins 0.000 description 6
- 101100184274 Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) MNL1 gene Proteins 0.000 description 6
- 238000000018 DNA microarray Methods 0.000 description 6
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 101100078102 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) MSN2 gene Proteins 0.000 description 6
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 6
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 6
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 6
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 6
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 6
- 101150020019 CLA4 gene Proteins 0.000 description 5
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 101000775102 Homo sapiens Transcriptional coactivator YAP1 Proteins 0.000 description 5
- 125000002842 L-seryl group Chemical group O=C([*])[C@](N([H])[H])([H])C([H])([H])O[H] 0.000 description 5
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 5
- 101700056750 PAK1 Proteins 0.000 description 5
- 102100031206 Serine/threonine-protein kinase N1 Human genes 0.000 description 5
- 102100031873 Transcriptional coactivator YAP1 Human genes 0.000 description 5
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 5
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 5
- 101150109301 lys2 gene Proteins 0.000 description 5
- 230000002438 mitochondrial effect Effects 0.000 description 5
- 230000008723 osmotic stress Effects 0.000 description 5
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 5
- 230000035882 stress Effects 0.000 description 5
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 5
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 5
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 5
- 101100532518 Arabidopsis thaliana SAHH1 gene Proteins 0.000 description 4
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 4
- 102000014914 Carrier Proteins Human genes 0.000 description 4
- 101150096276 HOG1 gene Proteins 0.000 description 4
- 102100032606 Heat shock factor protein 1 Human genes 0.000 description 4
- 108010004889 Heat-Shock Proteins Proteins 0.000 description 4
- 102000002812 Heat-Shock Proteins Human genes 0.000 description 4
- 101000867525 Homo sapiens Heat shock factor protein 1 Proteins 0.000 description 4
- 108060001084 Luciferase Proteins 0.000 description 4
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 4
- 108010006519 Molecular Chaperones Proteins 0.000 description 4
- 101100395426 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) sty1 gene Proteins 0.000 description 4
- 101100127670 Zea mays LA1 gene Proteins 0.000 description 4
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 4
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 4
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 4
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 4
- 235000003642 hunger Nutrition 0.000 description 4
- 230000013011 mating Effects 0.000 description 4
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 4
- 230000035939 shock Effects 0.000 description 4
- 230000037351 starvation Effects 0.000 description 4
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 3
- 102100026189 Beta-galactosidase Human genes 0.000 description 3
- 101100043662 Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) steA gene Proteins 0.000 description 3
- 101150094690 GAL1 gene Proteins 0.000 description 3
- 102100028501 Galanin peptides Human genes 0.000 description 3
- 101150019756 HST7 gene Proteins 0.000 description 3
- 101710113864 Heat shock protein 90 Proteins 0.000 description 3
- 102100034051 Heat shock protein HSP 90-alpha Human genes 0.000 description 3
- 101100121078 Homo sapiens GAL gene Proteins 0.000 description 3
- 101001129076 Homo sapiens Serine/threonine-protein kinase N1 Proteins 0.000 description 3
- 101000987317 Homo sapiens Serine/threonine-protein kinase PAK 1 Proteins 0.000 description 3
- -1 LEU2 Proteins 0.000 description 3
- 101150032846 STE12 gene Proteins 0.000 description 3
- 101100386089 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) MET17 gene Proteins 0.000 description 3
- 101100390137 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) fab1 gene Proteins 0.000 description 3
- 102100032891 Superoxide dismutase [Mn], mitochondrial Human genes 0.000 description 3
- 101150023508 TEC1 gene Proteins 0.000 description 3
- 108090000848 Ubiquitin Proteins 0.000 description 3
- 102000044159 Ubiquitin Human genes 0.000 description 3
- 230000009471 action Effects 0.000 description 3
- 230000022131 cell cycle Effects 0.000 description 3
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 3
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 3
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 3
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 3
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 3
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 3
- 102000044476 human PAK1 Human genes 0.000 description 3
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 3
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 3
- 229910052742 iron Inorganic materials 0.000 description 3
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 3
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 3
- 239000005445 natural material Substances 0.000 description 3
- 230000036542 oxidative stress Effects 0.000 description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 3
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 3
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 3
- 101150080291 ste7 gene Proteins 0.000 description 3
- 108010045815 superoxide dismutase 2 Proteins 0.000 description 3
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 3
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 3
- DVNYTAVYBRSTGK-UHFFFAOYSA-N 5-aminoimidazole-4-carboxamide Chemical compound NC(=O)C=1N=CNC=1N DVNYTAVYBRSTGK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IKHGUXGNUITLKF-UHFFFAOYSA-N Acetaldehyde Chemical compound CC=O IKHGUXGNUITLKF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000255581 Drosophila <fruit fly, genus> Species 0.000 description 2
- 102000003688 G-Protein-Coupled Receptors Human genes 0.000 description 2
- 108090000045 G-Protein-Coupled Receptors Proteins 0.000 description 2
- 230000005526 G1 to G0 transition Effects 0.000 description 2
- 101150108435 GLK1 gene Proteins 0.000 description 2
- 101150042907 GPH1 gene Proteins 0.000 description 2
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 2
- 108010046163 Glycogen Phosphorylase Proteins 0.000 description 2
- 102000007390 Glycogen Phosphorylase Human genes 0.000 description 2
- SQUHHTBVTRBESD-UHFFFAOYSA-N Hexa-Ac-myo-Inositol Natural products CC(=O)OC1C(OC(C)=O)C(OC(C)=O)C(OC(C)=O)C(OC(C)=O)C1OC(C)=O SQUHHTBVTRBESD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101001105683 Homo sapiens Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 Proteins 0.000 description 2
- 101000628647 Homo sapiens Serine/threonine-protein kinase 24 Proteins 0.000 description 2
- 206010020751 Hypersensitivity Diseases 0.000 description 2
- 108090000301 Membrane transport proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000003939 Membrane transport proteins Human genes 0.000 description 2
- 102000005741 Metalloproteases Human genes 0.000 description 2
- 108010006035 Metalloproteases Proteins 0.000 description 2
- 101001092933 Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) Phosphatidylinositol-3-phosphatase Proteins 0.000 description 2
- 102000004316 Oxidoreductases Human genes 0.000 description 2
- 108090000854 Oxidoreductases Proteins 0.000 description 2
- 102100021231 Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 Human genes 0.000 description 2
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 2
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 2
- LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-M Pyruvate Chemical compound CC(=O)C([O-])=O LCTONWCANYUPML-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 101150033666 RTA1 gene Proteins 0.000 description 2
- 108010000605 Ribosomal Proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000002278 Ribosomal Proteins Human genes 0.000 description 2
- 101150087183 SKN7 gene Proteins 0.000 description 2
- 101150104869 SLT2 gene Proteins 0.000 description 2
- 101100087094 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) REE1 gene Proteins 0.000 description 2
- 101100365142 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) RTC3 gene Proteins 0.000 description 2
- 101100477888 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) SNZ1 gene Proteins 0.000 description 2
- 102000015602 Septin Human genes 0.000 description 2
- 108050004875 Septin Proteins 0.000 description 2
- 102100026764 Serine/threonine-protein kinase 24 Human genes 0.000 description 2
- 108091077721 Seripauperin family Proteins 0.000 description 2
- 102100029338 Suppressor of SWI4 1 homolog Human genes 0.000 description 2
- 101100229372 Trypanosoma brucei brucei GK gene Proteins 0.000 description 2
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 2
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 2
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 2
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 2
- 230000003115 biocidal effect Effects 0.000 description 2
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 2
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 2
- 230000021953 cytokinesis Effects 0.000 description 2
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 2
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 description 2
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 2
- 210000002472 endoplasmic reticulum Anatomy 0.000 description 2
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 2
- 238000012239 gene modification Methods 0.000 description 2
- 230000005017 genetic modification Effects 0.000 description 2
- 235000013617 genetically modified food Nutrition 0.000 description 2
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 2
- CDAISMWEOUEBRE-GPIVLXJGSA-N inositol Chemical compound O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O)[C@@H]1O CDAISMWEOUEBRE-GPIVLXJGSA-N 0.000 description 2
- 229960000367 inositol Drugs 0.000 description 2
- 229930027917 kanamycin Natural products 0.000 description 2
- 229960000318 kanamycin Drugs 0.000 description 2
- SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N kanamycin Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N 0.000 description 2
- 229930182823 kanamycin A Natural products 0.000 description 2
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 2
- KWGKDLIKAYFUFQ-UHFFFAOYSA-M lithium chloride Chemical compound [Li+].[Cl-] KWGKDLIKAYFUFQ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 210000003739 neck Anatomy 0.000 description 2
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 2
- ZAHRKKWIAAJSAO-UHFFFAOYSA-N rapamycin Natural products COCC(O)C(=C/C(C)C(=O)CC(OC(=O)C1CCCCN1C(=O)C(=O)C2(O)OC(CC(OC)C(=CC=CC=CC(C)CC(C)C(=O)C)C)CCC2C)C(C)CC3CCC(O)C(C3)OC)C ZAHRKKWIAAJSAO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CDAISMWEOUEBRE-UHFFFAOYSA-N scyllo-inosotol Natural products OC1C(O)C(O)C(O)C(O)C1O CDAISMWEOUEBRE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- QFJCIRLUMZQUOT-HPLJOQBZSA-N sirolimus Chemical compound C1C[C@@H](O)[C@H](OC)C[C@@H]1C[C@@H](C)[C@H]1OC(=O)[C@@H]2CCCCN2C(=O)C(=O)[C@](O)(O2)[C@H](C)CC[C@H]2C[C@H](OC)/C(C)=C/C=C/C=C/[C@@H](C)C[C@@H](C)C(=O)[C@H](OC)[C@H](O)/C(C)=C/[C@@H](C)C(=O)C1 QFJCIRLUMZQUOT-HPLJOQBZSA-N 0.000 description 2
- 229960002930 sirolimus Drugs 0.000 description 2
- 230000028070 sporulation Effects 0.000 description 2
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 2
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 2
- HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N α-D-glucopyranosyl-α-D-glucopyranoside Natural products OC1C(O)C(O)C(CO)OC1OC1C(O)C(O)C(O)C(CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JZMCDCPYPRKPRX-CCDZVGGQSA-N (3s,8s,9s,10r,13r,14s,17r)-17-[(2r)-7-amino-6-methylheptan-2-yl]-10,13-dimethyl-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16,17-dodecahydro-1h-cyclopenta[a]phenanthren-3-ol Chemical compound C1C=C2C[C@@H](O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(CN)C)[C@@]1(C)CC2 JZMCDCPYPRKPRX-CCDZVGGQSA-N 0.000 description 1
- GHOKWGTUZJEAQD-ZETCQYMHSA-N (D)-(+)-Pantothenic acid Chemical compound OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(O)=O GHOKWGTUZJEAQD-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 1
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- GZCWLCBFPRFLKL-UHFFFAOYSA-N 1-prop-2-ynoxypropan-2-ol Chemical compound CC(O)COCC#C GZCWLCBFPRFLKL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100038794 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 6 Human genes 0.000 description 1
- DOSMHBDKKKMIEF-UHFFFAOYSA-N 2-[3-(diethylamino)-6-diethylazaniumylidenexanthen-9-yl]-5-[3-[3-[4-(1-methylindol-3-yl)-2,5-dioxopyrrol-3-yl]indol-1-yl]propylsulfamoyl]benzenesulfonate Chemical compound C1=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC3=CC(N(CC)CC)=CC=C3C(C=3C(=CC(=CC=3)S(=O)(=O)NCCCN3C4=CC=CC=C4C(C=4C(NC(=O)C=4C=4C5=CC=CC=C5N(C)C=4)=O)=C3)S([O-])(=O)=O)=C21 DOSMHBDKKKMIEF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010030844 2-methylcitrate synthase Proteins 0.000 description 1
- 108020004565 5.8S Ribosomal RNA Proteins 0.000 description 1
- WLHQSAYHIOPMMJ-UOQFGJKXSA-N 7-aminocholesterol Chemical compound NC1C=C2C[C@@H](O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(C)C)[C@@]1(C)CC2 WLHQSAYHIOPMMJ-UOQFGJKXSA-N 0.000 description 1
- 101150022075 ADR1 gene Proteins 0.000 description 1
- 108091006112 ATPases Proteins 0.000 description 1
- 108010051457 Acid Phosphatase Proteins 0.000 description 1
- 102000013563 Acid Phosphatase Human genes 0.000 description 1
- 101710159080 Aconitate hydratase A Proteins 0.000 description 1
- 101710159078 Aconitate hydratase B Proteins 0.000 description 1
- 102000057290 Adenosine Triphosphatases Human genes 0.000 description 1
- 102000007698 Alcohol dehydrogenase Human genes 0.000 description 1
- 108010021809 Alcohol dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 108010053754 Aldehyde reductase Proteins 0.000 description 1
- 102100027265 Aldo-keto reductase family 1 member B1 Human genes 0.000 description 1
- 108700023205 Allophanate hydrolases Proteins 0.000 description 1
- 102000034263 Amino acid transporters Human genes 0.000 description 1
- 108050005273 Amino acid transporters Proteins 0.000 description 1
- 102000004400 Aminopeptidases Human genes 0.000 description 1
- 108090000915 Aminopeptidases Proteins 0.000 description 1
- 101100161469 Arabidopsis thaliana ABCB23 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100325756 Arabidopsis thaliana BAM5 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100275555 Arabidopsis thaliana CYP19-2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100277337 Arabidopsis thaliana DDM1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100139907 Arabidopsis thaliana RAR1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100036901 Arabidopsis thaliana RPL40B gene Proteins 0.000 description 1
- 101100132433 Arabidopsis thaliana VIII-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010014885 Arginine-tRNA ligase Proteins 0.000 description 1
- 102000004580 Aspartic Acid Proteases Human genes 0.000 description 1
- 108010017640 Aspartic Acid Proteases Proteins 0.000 description 1
- 101150089473 CWP1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101000741929 Caenorhabditis elegans Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit Proteins 0.000 description 1
- 101100327917 Caenorhabditis elegans chup-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100237329 Caenorhabditis elegans metl-5 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100085204 Caenorhabditis elegans ptp-2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100347613 Caenorhabditis elegans unc-54 gene Proteins 0.000 description 1
- 108090000489 Carboxy-Lyases Proteins 0.000 description 1
- 102000004031 Carboxy-Lyases Human genes 0.000 description 1
- 102100031065 Choline kinase alpha Human genes 0.000 description 1
- 108091060290 Chromatid Proteins 0.000 description 1
- 102100037355 Chromosome alignment-maintaining phosphoprotein 1 Human genes 0.000 description 1
- 108010071536 Citrate (Si)-synthase Proteins 0.000 description 1
- 102100037021 Citrate synthase, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 101100497958 Crocosmia x crocosmiiflora CYP75B138 gene Proteins 0.000 description 1
- 102000016736 Cyclin Human genes 0.000 description 1
- 108050006400 Cyclin Proteins 0.000 description 1
- 102000003903 Cyclin-dependent kinases Human genes 0.000 description 1
- 108090000266 Cyclin-dependent kinases Proteins 0.000 description 1
- 102000001493 Cyclophilins Human genes 0.000 description 1
- 108010068682 Cyclophilins Proteins 0.000 description 1
- YPWSLBHSMIKTPR-UHFFFAOYSA-N Cystathionine Natural products OC(=O)C(N)CCSSCC(N)C(O)=O YPWSLBHSMIKTPR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ILRYLPWNYFXEMH-UHFFFAOYSA-N D-cystathionine Natural products OC(=O)C(N)CCSCC(N)C(O)=O ILRYLPWNYFXEMH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710169719 D-mannonate oxidoreductase Proteins 0.000 description 1
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 1
- 230000006820 DNA synthesis Effects 0.000 description 1
- 101150016414 DUR1,2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100016370 Danio rerio hsp90a.1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101000836720 Dictyostelium discoideum Aldose reductase A Proteins 0.000 description 1
- 101100353003 Dictyostelium discoideum cypB gene Proteins 0.000 description 1
- 101100473575 Dictyostelium discoideum drpp30 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100285708 Dictyostelium discoideum hspD gene Proteins 0.000 description 1
- 101100085205 Dictyostelium discoideum ptpB gene Proteins 0.000 description 1
- 101100135859 Dictyostelium discoideum regA gene Proteins 0.000 description 1
- 101100510329 Drosophila melanogaster Pkc53E gene Proteins 0.000 description 1
- 101100247319 Drosophila melanogaster Ras64B gene Proteins 0.000 description 1
- 101150107463 ERG7 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100039328 Endoplasmin Human genes 0.000 description 1
- 102100030013 Endoribonuclease Human genes 0.000 description 1
- 101710199605 Endoribonuclease Proteins 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 101000823089 Equus caballus Alpha-1-antiproteinase 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100038984 Exosome complex component RRP4 Human genes 0.000 description 1
- 230000010190 G1 phase Effects 0.000 description 1
- 101150038242 GAL10 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150039048 GCR1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150091792 GDH3 gene Proteins 0.000 description 1
- 102000013446 GTP Phosphohydrolases Human genes 0.000 description 1
- 108091006109 GTPases Proteins 0.000 description 1
- 102100024637 Galectin-10 Human genes 0.000 description 1
- 229920001503 Glucan Polymers 0.000 description 1
- 102000030595 Glucokinase Human genes 0.000 description 1
- 108010021582 Glucokinase Proteins 0.000 description 1
- 108091022930 Glutamate decarboxylase Proteins 0.000 description 1
- 102000008214 Glutamate decarboxylase Human genes 0.000 description 1
- 102100033044 Glutathione peroxidase 2 Human genes 0.000 description 1
- 102100023903 Glycerol kinase Human genes 0.000 description 1
- 108700016170 Glycerol kinases Proteins 0.000 description 1
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000004327 Glycine dehydrogenase (decarboxylating) Human genes 0.000 description 1
- 108090000826 Glycine dehydrogenase (decarboxylating) Proteins 0.000 description 1
- 101150009243 HAP1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150068227 HSP104 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010040652 HSP30 Heat-Shock Proteins Proteins 0.000 description 1
- 101150115222 HXK1 gene Proteins 0.000 description 1
- 206010019754 Hepatitis cholestatic Diseases 0.000 description 1
- 102100024023 Histone PARylation factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 102100029768 Histone-lysine N-methyltransferase SETD1A Human genes 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101100000382 Homo sapiens ABCB7 gene Proteins 0.000 description 1
- 101000986621 Homo sapiens ATP-binding cassette sub-family C member 6 Proteins 0.000 description 1
- 101000741320 Homo sapiens Cathelicidin antimicrobial peptide Proteins 0.000 description 1
- 101000880066 Homo sapiens Chromosome alignment-maintaining phosphoprotein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000737584 Homo sapiens Cystathionine gamma-lyase Proteins 0.000 description 1
- 101000812663 Homo sapiens Endoplasmin Proteins 0.000 description 1
- 101000818310 Homo sapiens Forkhead box protein C1 Proteins 0.000 description 1
- 101001133924 Homo sapiens Gamma-glutamyl phosphate reductase Proteins 0.000 description 1
- 101000871129 Homo sapiens Glutathione peroxidase 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000905392 Homo sapiens Glycerol kinase Proteins 0.000 description 1
- 101001047783 Homo sapiens Histone PARylation factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000865038 Homo sapiens Histone-lysine N-methyltransferase SETD1A Proteins 0.000 description 1
- 101001134216 Homo sapiens Macrophage scavenger receptor types I and II Proteins 0.000 description 1
- 101001033820 Homo sapiens Malate dehydrogenase, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000982003 Homo sapiens Myopalladin Proteins 0.000 description 1
- 101000836873 Homo sapiens Nucleotide exchange factor SIL1 Proteins 0.000 description 1
- 101000840457 Homo sapiens Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101000619708 Homo sapiens Peroxiredoxin-6 Proteins 0.000 description 1
- 101001072903 Homo sapiens Phosphoglucomutase-2 Proteins 0.000 description 1
- 101000689394 Homo sapiens Phospholipid scramblase 4 Proteins 0.000 description 1
- 101000830410 Homo sapiens Probable ATP-dependent RNA helicase DDX49 Proteins 0.000 description 1
- 101001050220 Homo sapiens Proteasome adapter and scaffold protein ECM29 Proteins 0.000 description 1
- 101000580370 Homo sapiens RAD52 motif-containing protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000727821 Homo sapiens RING1 and YY1-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 101001074528 Homo sapiens Regulating synaptic membrane exocytosis protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000984584 Homo sapiens Ribosome biogenesis protein BOP1 Proteins 0.000 description 1
- 101000700835 Homo sapiens Suppressor of SWI4 1 homolog Proteins 0.000 description 1
- 101000651211 Homo sapiens Transcription factor PU.1 Proteins 0.000 description 1
- 101000596093 Homo sapiens Transcription initiation factor TFIID subunit 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000796673 Homo sapiens Transformation/transcription domain-associated protein Proteins 0.000 description 1
- 101000795074 Homo sapiens Tryptase alpha/beta-1 Proteins 0.000 description 1
- 101000643895 Homo sapiens Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 6 Proteins 0.000 description 1
- 101000964566 Homo sapiens Zinc finger Y-chromosomal protein Proteins 0.000 description 1
- 101150028525 Hsp83 gene Proteins 0.000 description 1
- 102000004867 Hydro-Lyases Human genes 0.000 description 1
- 108090001042 Hydro-Lyases Proteins 0.000 description 1
- 108010072462 Hydroxymethyl and Formyl Transferases Proteins 0.000 description 1
- 102000006933 Hydroxymethyl and Formyl Transferases Human genes 0.000 description 1
- 108010007666 IMP cyclohydrolase Proteins 0.000 description 1
- 102100020796 Inosine 5'-monophosphate cyclohydrolase Human genes 0.000 description 1
- 108090000862 Ion Channels Proteins 0.000 description 1
- 102000004310 Ion Channels Human genes 0.000 description 1
- 108090000769 Isomerases Proteins 0.000 description 1
- 102000004195 Isomerases Human genes 0.000 description 1
- 125000003412 L-alanyl group Chemical group [H]N([H])[C@@](C([H])([H])[H])(C(=O)[*])[H] 0.000 description 1
- ILRYLPWNYFXEMH-WHFBIAKZSA-N L-cystathionine Chemical compound [O-]C(=O)[C@@H]([NH3+])CCSC[C@H]([NH3+])C([O-])=O ILRYLPWNYFXEMH-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- 108010059597 Lanosterol synthase Proteins 0.000 description 1
- 102100032011 Lanosterol synthase Human genes 0.000 description 1
- 108091054455 MAP kinase family Proteins 0.000 description 1
- 102000043136 MAP kinase family Human genes 0.000 description 1
- 101150117157 MYO3 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100034184 Macrophage scavenger receptor types I and II Human genes 0.000 description 1
- 102100039742 Malate dehydrogenase, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 108010038049 Mating Factor Proteins 0.000 description 1
- 101100345589 Mus musculus Mical1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101001067395 Mus musculus Phospholipid scramblase 1 Proteins 0.000 description 1
- 101100160997 Mus musculus Rchy1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100202333 Mus musculus Slc6a12 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100026786 Myopalladin Human genes 0.000 description 1
- ACFIXJIJDZMPPO-NNYOXOHSSA-N NADPH Chemical compound C1=CCC(C(=O)N)=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OC[C@@H]2[C@H]([C@@H](OP(O)(O)=O)[C@@H](O2)N2C3=NC=NC(N)=C3N=C2)O)O1 ACFIXJIJDZMPPO-NNYOXOHSSA-N 0.000 description 1
- 108091008758 NR0A5 Proteins 0.000 description 1
- 101100324822 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) fes-4 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100285000 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) his-3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100258024 Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) stk-4 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100027096 Nucleotide exchange factor SIL1 Human genes 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 102100029221 Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 108700020962 Peroxidase Proteins 0.000 description 1
- 102000003992 Peroxidases Human genes 0.000 description 1
- 102100022239 Peroxiredoxin-6 Human genes 0.000 description 1
- 102000016462 Phosphate Transport Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010092528 Phosphate Transport Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102100036629 Phosphoglucomutase-2 Human genes 0.000 description 1
- 108700019535 Phosphoprotein Phosphatases Proteins 0.000 description 1
- 102000045595 Phosphoprotein Phosphatases Human genes 0.000 description 1
- 102100027330 Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase Human genes 0.000 description 1
- 102000004160 Phosphoric Monoester Hydrolases Human genes 0.000 description 1
- 108010065081 Phosphorylase b Proteins 0.000 description 1
- 101000662819 Physarum polycephalum Terpene synthase 1 Proteins 0.000 description 1
- 108010076039 Polyproteins Proteins 0.000 description 1
- 108010068086 Polyubiquitin Proteins 0.000 description 1
- 102100037935 Polyubiquitin-C Human genes 0.000 description 1
- 102100024765 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX49 Human genes 0.000 description 1
- 102100036134 Probable arginine-tRNA ligase, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 108090000708 Proteasome Endopeptidase Complex Proteins 0.000 description 1
- 102000004245 Proteasome Endopeptidase Complex Human genes 0.000 description 1
- 102100023080 Proteasome adapter and scaffold protein ECM29 Human genes 0.000 description 1
- 108010053763 Pyruvate Carboxylase Proteins 0.000 description 1
- 102100039895 Pyruvate carboxylase, mitochondrial Human genes 0.000 description 1
- 102100027420 RAD52 motif-containing protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 101150046378 RAM1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150019218 RAS2 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100029760 RING1 and YY1-binding protein Human genes 0.000 description 1
- 108090000944 RNA Helicases Proteins 0.000 description 1
- 102000004409 RNA Helicases Human genes 0.000 description 1
- 102000015097 RNA Splicing Factors Human genes 0.000 description 1
- 108010039259 RNA Splicing Factors Proteins 0.000 description 1
- 102000044126 RNA-Binding Proteins Human genes 0.000 description 1
- 101710105008 RNA-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 108091030071 RNAI Proteins 0.000 description 1
- 101150048608 RPP1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100476489 Rattus norvegicus Slc20a2 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100036240 Regulating synaptic membrane exocytosis protein 1 Human genes 0.000 description 1
- 101710108887 Rhomboid-related protein 4 Proteins 0.000 description 1
- 102000004167 Ribonuclease P Human genes 0.000 description 1
- 108090000621 Ribonuclease P Proteins 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102100027055 Ribosome biogenesis protein BOP1 Human genes 0.000 description 1
- 108700008016 S cerevisiae HSP12 Proteins 0.000 description 1
- 230000018199 S phase Effects 0.000 description 1
- MEFKEPWMEQBLKI-AIRLBKTGSA-N S-adenosyl-L-methioninate Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](C[S+](CC[C@H](N)C([O-])=O)C)O[C@H]1N1C2=NC=NC(N)=C2N=C1 MEFKEPWMEQBLKI-AIRLBKTGSA-N 0.000 description 1
- 101150036633 SBE22 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150103592 SCH9 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100322585 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) ADD37 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100031854 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) ADE17 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100269260 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) ADH2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100378667 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) AIM17 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100055268 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) ALD3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100055273 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) ALD5 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100111739 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) BRE4 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100437892 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) BSC1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100437920 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) BTN2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100219167 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) BUL1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100043657 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) CHA1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100274179 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) CHA4 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100274463 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) CIT3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100276526 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) CPR2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100329418 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) CRG1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100329440 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) CRP1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100010418 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) DSF1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100277129 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GAD1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100068386 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GIP3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100283482 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GOR1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100229907 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GPP2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100069420 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) GRE3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100123443 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) HAP4 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100123851 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) HER1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100452623 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) INM1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100072644 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) INO2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100072646 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) INO4 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100234556 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) KOG1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100074339 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) LEE1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100021488 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) LNP1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101000827535 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) Low-affinity Fe(2+) transport protein Proteins 0.000 description 1
- 101100078103 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) MSN4 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100242309 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) OSH3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100296458 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) PAU1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100242852 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) PAU11 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100296456 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) PAU18 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100028790 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) PBS2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100083338 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) PIC2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100137849 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) PRX1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101001105537 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) Peroxiredoxin PRX1, mitochondrial Proteins 0.000 description 1
- 101001010372 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) Protein GRE1 Proteins 0.000 description 1
- 101100087385 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) RGI2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100255666 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) RTR2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100476636 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) SAM3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100476634 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) SAM35 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100042408 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) SFB3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100533773 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) SNF6 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100257555 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) SPL2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100451671 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) SSA3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100451681 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) SSA4 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100367217 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) SUT2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100099697 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) TKL2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100537669 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) TOS3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100482027 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) TPO2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100371160 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) TSL1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100266433 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YAR066W gene Proteins 0.000 description 1
- 101100397773 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YCK1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100431692 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YCL049C gene Proteins 0.000 description 1
- 101100376076 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YDR222W gene Proteins 0.000 description 1
- 101100052544 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YDR391C gene Proteins 0.000 description 1
- 101100320389 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YFL063W gene Proteins 0.000 description 1
- 101100106169 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YHR033W gene Proteins 0.000 description 1
- 101100213463 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YHR045W gene Proteins 0.000 description 1
- 101100320511 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YHR078W gene Proteins 0.000 description 1
- 101100320522 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YHR112C gene Proteins 0.000 description 1
- 101100320523 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YHR122W gene Proteins 0.000 description 1
- 101100376303 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YHR138C gene Proteins 0.000 description 1
- 101100052865 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YHR182W gene Proteins 0.000 description 1
- 101100432129 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YHR214W gene Proteins 0.000 description 1
- 101100106336 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YIR042C gene Proteins 0.000 description 1
- 101100106435 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YLR042C gene Proteins 0.000 description 1
- 101100376711 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YNR014W gene Proteins 0.000 description 1
- 101100159948 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) YSC83 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100433395 Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) ZPS1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100382741 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) cpy1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100296591 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) pck2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100258025 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) shk1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101100071627 Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) swo1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101710113029 Serine/threonine-protein kinase Proteins 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 229930182558 Sterol Natural products 0.000 description 1
- 101000880156 Streptomyces cacaoi Subtilisin inhibitor-like protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000983177 Streptomyces rimosus N,N-dimethyltransferase OxyT Proteins 0.000 description 1
- 108091081400 Subtelomere Proteins 0.000 description 1
- 102000019197 Superoxide Dismutase Human genes 0.000 description 1
- 108010012715 Superoxide dismutase Proteins 0.000 description 1
- 101710144764 Suppressor of SWI4 1 homolog Proteins 0.000 description 1
- 101100258026 Talaromyces marneffei pakA gene Proteins 0.000 description 1
- 101100244137 Tetradesmus obliquus PETE gene Proteins 0.000 description 1
- 102100036407 Thioredoxin Human genes 0.000 description 1
- 102100027654 Transcription factor PU.1 Human genes 0.000 description 1
- 102100035222 Transcription initiation factor TFIID subunit 1 Human genes 0.000 description 1
- HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N Trehalose Natural products O[C@@H]1[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-WSWWMNSNSA-N 0.000 description 1
- 102100029639 Tryptase alpha/beta-1 Human genes 0.000 description 1
- 101150069266 UBP5 gene Proteins 0.000 description 1
- 102100021015 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 6 Human genes 0.000 description 1
- 108010083111 Ubiquitin-Protein Ligases Proteins 0.000 description 1
- 102000006275 Ubiquitin-Protein Ligases Human genes 0.000 description 1
- 102000018390 Ubiquitin-Specific Proteases Human genes 0.000 description 1
- 108010066496 Ubiquitin-Specific Proteases Proteins 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 1
- 239000012190 activator Substances 0.000 description 1
- 230000003044 adaptive effect Effects 0.000 description 1
- 229960001570 ademetionine Drugs 0.000 description 1
- 150000001312 aldohexoses Chemical class 0.000 description 1
- 208000026935 allergic disease Diseases 0.000 description 1
- HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N alpha,alpha-trehalose Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 HDTRYLNUVZCQOY-LIZSDCNHSA-N 0.000 description 1
- HXXFSFRBOHSIMQ-VFUOTHLCSA-N alpha-D-glucose 1-phosphate Chemical compound OC[C@H]1O[C@H](OP(O)(O)=O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O HXXFSFRBOHSIMQ-VFUOTHLCSA-N 0.000 description 1
- 230000037354 amino acid metabolism Effects 0.000 description 1
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000019552 anatomical structure morphogenesis Effects 0.000 description 1
- 230000001430 anti-depressive effect Effects 0.000 description 1
- 230000003561 anti-manic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001640 apoptogenic effect Effects 0.000 description 1
- 230000006907 apoptotic process Effects 0.000 description 1
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 1
- 101150115605 atm1 gene Proteins 0.000 description 1
- 230000002238 attenuated effect Effects 0.000 description 1
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 1
- 102000005936 beta-Galactosidase Human genes 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 150000005693 branched-chain amino acids Chemical class 0.000 description 1
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- 230000023852 carbohydrate metabolic process Effects 0.000 description 1
- 235000021256 carbohydrate metabolism Nutrition 0.000 description 1
- 239000012876 carrier material Substances 0.000 description 1
- 238000000423 cell based assay Methods 0.000 description 1
- 230000030833 cell death Effects 0.000 description 1
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 1
- 239000013522 chelant Substances 0.000 description 1
- 231100000838 cholestatic hepatitis Toxicity 0.000 description 1
- 210000004756 chromatid Anatomy 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- 108091036078 conserved sequence Proteins 0.000 description 1
- 238000009402 cross-breeding Methods 0.000 description 1
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 1
- 101150089050 cyp2 gene Proteins 0.000 description 1
- 201000004051 cystathioninuria Diseases 0.000 description 1
- 230000009849 deactivation Effects 0.000 description 1
- 230000034994 death Effects 0.000 description 1
- 230000007812 deficiency Effects 0.000 description 1
- 235000014113 dietary fatty acids Nutrition 0.000 description 1
- 210000001840 diploid cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 description 1
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 1
- 230000008686 ergosterol biosynthesis Effects 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 229930195729 fatty acid Natural products 0.000 description 1
- 239000000194 fatty acid Substances 0.000 description 1
- 150000004665 fatty acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000028564 filamentous growth Effects 0.000 description 1
- 238000012224 gene deletion Methods 0.000 description 1
- 230000009368 gene silencing by RNA Effects 0.000 description 1
- 238000010363 gene targeting Methods 0.000 description 1
- 125000002350 geranyl group Chemical group [H]C([*])([H])/C([H])=C(C([H])([H])[H])/C([H])([H])C([H])([H])C([H])=C(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 230000035784 germination Effects 0.000 description 1
- 230000004110 gluconeogenesis Effects 0.000 description 1
- 229930195712 glutamate Natural products 0.000 description 1
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 1
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 1
- HHLFWLYXYJOTON-UHFFFAOYSA-N glyoxylic acid Chemical compound OC(=O)C=O HHLFWLYXYJOTON-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000002288 golgi apparatus Anatomy 0.000 description 1
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000049948 human ZFY Human genes 0.000 description 1
- 230000009610 hypersensitivity Effects 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 238000003119 immunoblot Methods 0.000 description 1
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 1
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 102000006029 inositol monophosphatase Human genes 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- 230000001678 irradiating effect Effects 0.000 description 1
- 229940043355 kinase inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 101150091204 ksp1 gene Proteins 0.000 description 1
- 231100000225 lethality Toxicity 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- XIXADJRWDQXREU-UHFFFAOYSA-M lithium acetate Chemical compound [Li+].CC([O-])=O XIXADJRWDQXREU-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229960000274 lysozyme Drugs 0.000 description 1
- 239000004325 lysozyme Substances 0.000 description 1
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 1
- 102000003888 major urinary proteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000280 major urinary proteins Proteins 0.000 description 1
- 101150012912 mec-7 gene Proteins 0.000 description 1
- 230000034217 membrane fusion Effects 0.000 description 1
- 101150009774 mfa1 gene Proteins 0.000 description 1
- 210000003470 mitochondria Anatomy 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 108091005601 modified peptides Proteins 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 231100000219 mutagenic Toxicity 0.000 description 1
- 230000003505 mutagenic effect Effects 0.000 description 1
- 108700003805 myo-inositol-1 (or 4)-monophosphatase Proteins 0.000 description 1
- 230000001338 necrotic effect Effects 0.000 description 1
- 230000017066 negative regulation of growth Effects 0.000 description 1
- 229930027945 nicotinamide-adenine dinucleotide Natural products 0.000 description 1
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000030648 nucleus localization Effects 0.000 description 1
- 235000021232 nutrient availability Nutrition 0.000 description 1
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 1
- 230000003204 osmotic effect Effects 0.000 description 1
- KHPXUQMNIQBQEV-UHFFFAOYSA-L oxaloacetate(2-) Chemical compound [O-]C(=O)CC(=O)C([O-])=O KHPXUQMNIQBQEV-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 239000007800 oxidant agent Substances 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 description 1
- 108010035774 phosphoribosylaminoimidazole carboxylase Proteins 0.000 description 1
- 239000003757 phosphotransferase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 101150037186 pkc-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150088709 plb3 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150031304 ppi1 gene Proteins 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 238000003498 protein array Methods 0.000 description 1
- 230000009145 protein modification Effects 0.000 description 1
- 238000001243 protein synthesis Methods 0.000 description 1
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 description 1
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 1
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 1
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 1
- 230000022983 regulation of cell cycle Effects 0.000 description 1
- 230000037425 regulation of transcription Effects 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 230000029054 response to nutrient Effects 0.000 description 1
- 230000003938 response to stress Effects 0.000 description 1
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 210000003705 ribosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000008054 signal transmission Effects 0.000 description 1
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- AWUCVROLDVIAJX-GSVOUGTGSA-N sn-glycerol 3-phosphate Chemical compound OC[C@@H](O)COP(O)(O)=O AWUCVROLDVIAJX-GSVOUGTGSA-N 0.000 description 1
- 230000006641 stabilisation Effects 0.000 description 1
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 description 1
- 101150067801 ste20 gene Proteins 0.000 description 1
- 150000003432 sterols Chemical class 0.000 description 1
- 235000003702 sterols Nutrition 0.000 description 1
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 description 1
- 108060008226 thioredoxin Proteins 0.000 description 1
- 229940094937 thioredoxin Drugs 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 1
- 108010020589 trehalose-6-phosphate synthase Proteins 0.000 description 1
- 108020003272 trehalose-phosphatase Proteins 0.000 description 1
- AZDRQVAHHNSJOQ-XCIZNGPVSA-N trideuterioalumane Chemical compound [2H][Al]([2H])[2H] AZDRQVAHHNSJOQ-XCIZNGPVSA-N 0.000 description 1
- 101150070177 ubi4 gene Proteins 0.000 description 1
- 230000034512 ubiquitination Effects 0.000 description 1
- 238000010798 ubiquitination Methods 0.000 description 1
- 101150114748 unc-119 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010010296 urea carboxylase (hydrolyzing) Proteins 0.000 description 1
- 230000008678 vacuolar import Effects 0.000 description 1
- 210000003934 vacuole Anatomy 0.000 description 1
- 230000009105 vegetative growth Effects 0.000 description 1
- 230000028973 vesicle-mediated transport Effects 0.000 description 1
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 1
- 101150061553 zrt1 gene Proteins 0.000 description 1
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01K—ANIMAL HUSBANDRY; AVICULTURE; APICULTURE; PISCICULTURE; FISHING; REARING OR BREEDING ANIMALS, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR; NEW BREEDS OF ANIMALS
- A01K67/00—Rearing or breeding animals, not otherwise provided for; New or modified breeds of animals
- A01K67/033—Rearing or breeding invertebrates; New breeds of invertebrates
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1072—Differential gene expression library synthesis, e.g. subtracted libraries, differential screening
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1079—Screening libraries by altering the phenotype or phenotypic trait of the host
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
- C12N15/1034—Isolating an individual clone by screening libraries
- C12N15/1086—Preparation or screening of expression libraries, e.g. reporter assays
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/80—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi
- C12N15/81—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for fungi for yeasts
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/5082—Supracellular entities, e.g. tissue, organisms
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Mycology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Pathology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Environmental Sciences (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Animal Husbandry (AREA)
- Biodiversity & Conservation Biology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Abstract
Изобретение относится к области биотехнологии, конкретно к способу получения генетически модифицированного организма для скрининга биологически активных веществ. Получают генетически измененную клетку дрожжей либо введением чужеродного гена, либо изменением экспрессии собственного гена. Для компенсации влияния этих генов в клетке изменяется повышающим (ап-регуляция) или понижающим (даун-регуляция) образом экспрессия ряда генов. С помощью микроматриц (микромассивов) ДНК идентифицируют компенсаторно экспрессирующиеся гены. Воздействуют на компенсаторные гены, что приводит к уменьшению или прекращению экспрессии ап-регулируемых генов или усилению экспрессии даун-регулируемых генов. В результате в клетке возникает фенотип, проявляющийся в виде ингибирования ее роста. Изобретение позволяет получить организм для скрининга биологически активных веществ, влияющих на гены, изменение экспрессии которых не проявляется фенотипически. 8 з.п. ф-лы, 1 ил., 4 табл.
Description
Изобретение относится к области биотехнологии.
Известно, что для скрининга биологически активных веществ используют генетически модифицированные дрожжи, которые гетерологично экспрессируют белок-мишень, который должен ингибироваться испытуемым веществом. Гетерологичная экспрессия обозначает в рамках настоящего изобретения экспрессию чуждого организму гена или экспрессию собственного гена организма с модифицированной картиной экспрессии, в частности усиленную или уменьшенную экспрессию, и/или измененную во времени и/или пространственно (например, в других компартментах, в случае высших организмов, например, в других тканях) экспрессию. В простейшем случае гетерологичная экспрессия приводит к обнаружимому измененному фенотипу, в большинстве случаев к ингибированию роста дрожжей.
Ингибирование роста обозначает в рамках предлагаемого изобретения уменьшенную скорость пролиферации и/или уменьшенный рост и включает в себя также смерть клеток (апоптотическую или некротическую). Тип возникающего ингибирования роста зависит также от организма, так, у дрожжей можно наблюдать скорее задержку пролиферации или лизис, у эукариотических клеток, которые первоначально происходят из многоклеточных организмов, напротив, можно наблюдать отчасти также апоптоз. Если гетерологичная экспрессия приводит к заметному извне изменению поведения и/или морфологии организма (следовательно, к измененному фенотипу), то этот модифицированный генетически организм может быть простым образом использован для скрининга биологически активных веществ, причем эффективность испытуемых веществ может быть установлена на основе их способности элиминировать или уменьшать этот фенотип (например, ингибирование роста). Это осуществляется в случае дрожжевой системы с ингибированием роста в качестве измененного фенотипа предпочтительно при помощи простых анализов, которые пригодны также для высокопроизводительного скрининга (HTS).
Измененным фенотипом называют любое заметное извне изменение генетически модифицированного организма (формы, размера и т.д.) или его поведения (роста, скорости деления клеток) и т.д. в сравнении с немодифицированным генетически или не экспрессирующим гетерологичный белок (гетерологичные белки) или фрагменты организмом. Фенотипирование обозначает, следовательно, достижение (вызывание) такого изменения. Однако этот способ существующего уровня техники обнаруживает недостаток, заключающийся в том, что только небольшая часть экспрессирующихся генов вызывает применимый для скрининга биологически активных веществ фенотип генетически модифицированного организма. Так, предполагается, что, например, только приблизительно 20-30% всех гетерологично экспрессируемых киназ вызывают пригодное для скрининга биологически активных веществ ингибирование роста в дрожжах. В случае остальных 70-80% ингибирование роста является настолько малым, что оно является непригодным для скрининга (приводит к небольшому различию в сравнении с контролем, к высокому фону и, следовательно, к большому числу ложноположительных результатов) или вообще отсутствует.
Поэтому существует потребность в способе создания генетически модифицированного организма для скрининга биологически активных веществ, который не обнаруживает недостатков существующего уровня техники и, в частности, применим для того, чтобы добавить также такие гетерологично экспрессируемые гены к скринингу биологически активных веществ, которые в гетерологично экспрессирующем их организме не индуцируют никакой полезный или не индуцируют никакой полезный для скрининга, в частности для высокопроизводительного скрининга (HTS), фенотип.
Эта задача решается в соответствии с изобретением при помощи способа генерирования генетически модифицированного организма для скрининга биологически активных веществ, включающего следующие стадии:
a) достижение гетерологичной экспрессии по меньшей мере одного белка или фрагмента белка при помощи генетически модифицированного организма,
b) предпочтительно эта стадия сочетается с определением фенотипа этого генетически модифицированного организма,
c) анализ модифицированной картины экспрессии и идентификацию компенсаторно дифференциально регулируемых генов,
d) фенотипирование организма (предпочтительно посредством делеции, мутагенеза или сверхэкспрессии компенсаторно регулируемых генов для усиления или генерирования фенотипа в комбинации с гетерологично экспрессируемым белком или фрагментом белка).
Изобретение основывается на знании авторов изобретения, что отсутствие детектируемого фенотипа при гетерологичной экспрессии большинства генов основано на том, что генетически модифицированный организм регулирует экспрессию собственных генов в ответ на экспрессию гетерологично экспрессируемого белка или фрагмента белка повышающим или понижающим образом (т.е. регулирует компенсаторно дифференциально). В этом случае термин «регулирует дифференциально» обозначает "регулирует по-другому, чем в генетически не модифицированном организме", или без гетерологичной экспрессии гетерологично экспрессируемого белка или фрагмента белка. Термин "компенсаторно" обозначает, что эта дифференциальная регуляция генов является ответом на гетерологичную экспрессию белка или фрагмента белка.
Изобретение делает возможной развитие платформной технологии в клеточной, в противоположность просто биохимической модели, например, в дрожжах. С этой системой анализа могут быть идентифицированы ингибиторы, например, из химических библиотек, из комбинированных химических библиотек и из экстрактов природных веществ. Эта система анализа может быть приспособлена к 96-, 384- или 1536-луночным планшетам или другим общепринятым для клеточных анализов форматам. Выбираемый формат зависит отчасти также от выбранного организма, причем этот выбор находится в пределах компетенции специалистов в данной области.
Способ по изобретению применим, в частности, к генам или белкам или фрагментам белков, гетерологичная экспрессия которых в желаемом организме не приводит к детектируемому изменению фенотипа в сравнении с генетически немодифицированным или не экспрессирующим гетерологично белок или фрагмент белка организмом. Могут испытываться, например, протеинкиназы, а также другие генные продукты, которые вызывают транскрипционную ответную реакцию. Однако он применим также при детектируемо измененном фенотипе, в частности, тогда, когда измененный фенотип, хотя и является детектируемым, но по определенным причинам является непригодным или нецелесообразным для применения в скрининге биологически активных веществ. Он может усиливаться фенотипированием или быть изменен таким образом, что он становится полезным для скрининга биологически активных веществ. Фенотипирование обозначает в рамках изобретения достижение или усиление фенотипа, отличающегося от неэкспрессирующего гетерологично белки или фрагменты или от генетически немодифицированного организма, в гетерологично экспрессирующем белки или фрагменты, генетически модифицированном организме.
В качестве организмов пригодны предпочтительно клетки как эукариотические, так и прокариотические, а также многоклеточные, не являющиеся человеком организмы, которые пригодны для скрининга биологически активных веществ, например Drosophila и, предпочтительно, С.elegans. В качестве эукариотических клеток пригодны предпочтительно культивируемые клеточные линии, которые первоначально были получены из многоклеточных организмов, например 3Т3, СНО, Hela, но также другие, или эукариотические одноклеточные организмы, в частности дрожжи. Среди дрожжей пригодны, в свою очередь, особенно штаммы S. cerevisiae или S. pombe. Специалисту достаточно хорошо известны подходящие лабораторные штаммы дрожжевых клеток или подходящие эукариотические клеточные линии.
В качестве белков и фрагментов белков рассматриваются в основном все белки и фрагменты белков, гетерологичная экспрессия которых в организме приводит к изменению картины экспрессии собственных генов. Предпочтительными являются все белки и фрагменты белков, которые представляют интерес для нахождения новых биологически активных веществ, в рамках изобретения особенно предпочтительными являются киназы, фосфатазы, GPCR (связанные с G-белком рецепторы), (особенно малые) ГТФ-азы, протеазы и ионные каналы.
Понятие скрининг биологически активных веществ охватывает в рамках изобретения любой вид поиска веществ, которые действуют на активность одного или нескольких определенных рассматриваемых генов и/или рассматриваемых белков, с использованием по меньшей мере одного генетически модифицированного организма. При этом рассматриваются в основном все виды веществ, например все виды природных веществ (т.е. природно встречающихся молекул, в частности биомолекул), а также не встречающихся в природе, синтетически полученных химикалиев и природных веществ, в частности произведенных из биологических молекул веществ/производных (например, модифицированных пептидов или олигонуклеотидов).
Гетерологичная экспрессия может включать в себя введение чужеродного гена, но также измененную экспрессию собственного гена организма, например, введением соответствующего экспрессирующего вектора. Необходимая для этого генетическая модификация может при этом относиться к изменению генома организма (например, посредством стабильных, интегрируемых в геном векторов или посредством различных типов мутагенеза), быть эписомной или включать в себя просто введение подходящих векторов, которые для дальнейшего пребывания в организме требуют постоянного отбора с использованием одного или нескольких маркеров отбора. Наиболее подходящий тип зависит от различных факторов, в том числе также от вида организма, и может быть простым способом определен компетентным специалистом.
Гетерологичная экспрессия относится при этом по меньшей мере к одному белку или фрагменту белка, но может относиться также к нескольким белкам или фрагментам белков. Может быть целесообразным подтверждение экспрессии гетерологичного белка/фрагмента при помощи подходящих способов (ПЦР, Нозерн-, Вестерн-блоттинг и т.д.), перед сравнением и, следовательно, анализом картины экспрессии генов генетически модифицированного организма, с организмом без экспрессии гетерологичного белка. Этот анализ выполняют при помощи подходящих мероприятий, которые достаточно хорошо известны специалисту, в частности, для этого пригодным является применение систем массивов (например, микромассивов ДНК/РНК или белков) или чипов. Посредством сравнения картины экспрессии контрольного организма (например, организма дикого типа или организма, в который включен только пустой вектор, или при индуцируемых системах генетически модифицированного организма, у которого экспрессиия гетерологичного гена не индуцирована) и генетически модифицированного, экспрессирующего гетерологичный ген организма, такие генные продукты, которые в картине экспрессии генетически модифицированного организма в отличие от картины экспрессии контрольного организма увеличиваются/уменьшаются или вообще не обнаруживаются, рассматриваются, следовательно, как компенсаторно дифференциально регулируемые гены и могут использоваться для фенотипирования генетически модифицированного организма.
Фенотипированием называют вызывание или усиление отличимого от организма дикого типа фенотипа в генетически измененном организме (или, в случае индуцируемых систем, фенотипа, который образуется только при гетерологичной экспрессии белка или белков или фрагментов генетически модифицированным организмом и не образуется в неиндуцированном состоянии организма, если не экспрессируются этот белок или эти белки или фрагменты), предпочтительно речь идет при этом о фенотипе, подходящем для оценки в высокопроизводительном скрининге (HTS) биологически активных веществ. Это достижение или усиление может выполняться, например, на уменьшении или прекращении экспрессии одного или нескольких компенсаторно положительно регулируемых генов (это может, например, выполняться посредством геномного нокаута одного или нескольких компенсаторно дифференциально регулируемых генов или посредством мутагенеза) или усиленной экспрессии одного или нескольких компенсаторно дифференциально отрицательно регулируемых генов (это может, например, выполняться посредством гетерологичной экспрессии одного или нескольких компенсаторно дифференциально отрицательно регулируемых генов с подходящими экспрессирующими векторами). Таким образом может стать очевидным присущий организму индуцированный гетерологично экспрессируемым геном фенотип, который был запрещен компенсаторной дифференциальной регуляцией одного или нескольких генов (предпочтительно, здесь рассматривается ингибирование роста, в частности, у многоклеточных организмов, но также и другие фенотипы).
Следующей возможностью является также мечение одного или нескольких генов, которые компенсаторно положительно регулируются, с использованием подходящего маркера/метки (который связан, например, с продуктом гена) или с использованием репортера, который находится под контролем энхансера и/или промотора компенсаторно положительно регулируемого гена и вводится в этот организм. Подходящие репортеры известны компетентному специалисту, и здесь пригодны, в частности, все виды самопроизвольно светящихся белков (например, GFP, BFP и т.д.), но также другие репортеры, с которыми может быть получен детектируемый сигнал (например, люцифераза, β-галактозидазы), а также маркеры роста для ауксотрофных штаммов, такие как, например, HIS3, URA3, LEU2, TRP1, и гены устойчивости к антибиотикам, такие как, например, гены устойчивости к канамицину или G418. Возможны также другие виды фенотипирования.
Сразу же после фенотипирования целесообразно проверить успешность фенотипирования при помощи подходящих способов (например, измерением скорости пролиферации, счетом клеток или определением величины или морфологии и т.д., и сравнением с фенотипом при неосуществленной гетерологичной экспрессии).
Согласно предпочтительному варианту осуществления способа по изобретению фенотипирование выполняют с использованием делеции, мутагенеза или сверхэкспрессии по меньшей мере одного компенсаторно регулируемого гена.
Согласно предпочтительному варианту осуществления способа по изобретению фенотипирование выполняют уменьшением/увеличением компенсаторно дифференциальной экспрессии или мечением по меньшей мере одного компенсаторно дифференциально регулируемого гена. При этом гетерологичная экспрессия может приводить к компенсаторной повышающей регуляции, а также понижающей регуляции по меньшей мере одного собственного гена организма, но также к тому, что один или несколько генов положительно регулируются, и один или несколько других генов отрицательно регулируются.
Особенно практично также, если гетерологичная экспрессия белка или фрагмента белка является индуцируемой. Подходящие системы известны компетентному специалисту; так, пригодны, например, регулируемые галактозой или медью промоторы, система Tet-On - Tet-Off и т.д. При этом может индуцируемо включаться экспрессия либо чужеродного для организма гена, либо собственного гена (индуцируемое включение гена (knock-in)), или экспрессия собственного гена организма индуцируемо уменьшается или полностью выключается (индуцируемая элиминация гена (knock-out)). При этом генетическая модификация включает в себя введение подходящим образом вектора, который делает возможной индуцируемую экспрессию белка или фрагмента белка, предпочтительно белка или фрагмента с регулируемыми галактозой (GAL1/GAL10) или медью (CUP1) промоторами, индуцируемого тетрациклином вектора или тканеспецифически индуцируемых промоторов, таких как, например, hspl6-2, unc-119, unc-54, mec-7 или myo-3 в С.elegans.
Согласно предпочтительному варианту осуществления предпочтительным организмом является С.elegans, прокариотическая или эукариотическая клетка и, особенно предпочтительно, дрожжевая клетка, предпочтительно дрожжевая клетка штамма S. cerevisiae.
Анализ модифицированной экспрессии генов выполняют предпочтительно при помощи анализа профиля ДНК/РНК с использованием микромассивов кДНК или олигонуклеотидов, но может включать в себя по существу все изменения мРНК или белка стационарного состояния (транскрипцию, трансляцию, стабилизирование и т.д.) и, следовательно, также при помощи анализа профиля белков, а также при помощи массивов белков.
В одном предпочтительном варианте осуществления этого способа фенотипирование выполняют посредством уменьшения или прекращения компенсаторно дифференциальной регуляции. Если компенсаторно дифференциально регулируемый ген экспрессируется сильнее, чем в контрольных организмах, выполняют уменьшение или прекращение посредством полного или частичного ингибирования усиленной экспрессии. Предпочтительно, это выполняется скрещиванием с делеционным штаммом и последующим отбором двойных мутантов (что удобно, в частности, с дрожжами в качестве организма), геномным нокаутом с подходящими векторами (они известны специалисту и также хорошо пригодны в дрожжах, здесь прежде всего Saccharomyces cerevisiae), с использованием мутагенеза посредством облучения и/или мутагенных веществ или включения антисмысловых векторов или других, которые ингибируют образование белка рассматриваемого гена. При этом особенно предпочтительно, если нокаут компенсаторно дифференциально регулируемого гена включает в себя «удар» в репортерном гене, таком как, например, β-галактозидаза, люцифераза или маркер роста, такой как HIS3, ADE2, URA3 или маркере устойчивости, например, в отношении канамицина. Затем этот репортерный ген в последующем анализе может быть использован в качестве сигнала, чтобы детектировать и определить количественно эффективность испытуемых биологически активных веществ. При этом происходит предпочтительно обмен по меньшей мере одной части кодирующей последовательности дифферециально регулируемого гена на кодирующую последовательность (которая включает в себя также части этой последовательности, которые являются достаточными для того, чтобы быть детектируемыми) репортерного гена (например, люциферазы, β-галактозидазы и т.д.). Если компенсаторно дифференциально регулируемый ген является менее сильно экспрессируемым, чем в контрольном организме, проводят уменьшение или прекращение посредством усиления экспрессии, предпочтительно посредством скрещивания, включения эписомного или другого способного к отбору экспрессирующего вектора или посредством геномного введения (knock-in) (вышеупомянутые способы особенно хорошо пригодны для применения дрожжей в качестве организма). Предпочтительно, понижение или прекращение компенсаторно дифференциальной регуляции приводит к ингибированию роста измененного генной инженерией организма, но другие фенотипы могут быть также предпочтительными.
Следующий аспект изобретения относится к генетически модифицированному, фенотипированному организму, который был получен способом по изобретению.
В частности, изобретение относится к генетически модифицированному организму с генетически модифицированной экспрессией по меньшей мере одного собственного или чужого гена, которая приводит к компенсаторно дифференциальной регуляции по меньшей мере одного другого собственного гена организма и таким образом предпочтительно элиминирует или ингибирует появление оцениваемого/детектируемого/полезного фенотипа и с компенсаторно дифференциальной (посредством понижения/прекращения) экспрессией гена или индуцированным (посредством мечения компенсаторно дифференциально регулируемого генного продукта) фенотипом.
Следующий аспект изобретения относится к применению полученного в соответствии с изобретением генетически модифицированного организма для скрининга на вещества, обладающие действием на функцию гетерологичного белка или фрагмента белка, а также к способу идентификации веществ, обладающих действием на функцию гетерологичного белка или фрагмента белка.
Согласно следующему аспекту изобретение относится также к анализу для скрининга биологически активных веществ с использованием фенотипированного организма по изобретению посредством установления фенотипа (например, ингибирования роста вследствие индуцированной гетерологичной сверхэкспрессии белка), приведения в контакт испытуемого вещества с этим организмом и наблюдения возможного изменения фенотипа, предпочтительно его по меньшей мере частичного возврата к поведению или к морфологии организма дикого типа (следовательно, по меньшей мере частичного обратного возникновения фенотипа исходного организма, например прекращения ингибирования роста). Далее, этот аспект относится к веществам, которые посредством способа по изобретению или анализа по изобретению идентифицируются как эффективные.
Далее, изобретение объясняется более подробно при помощи примеров.
Пример 1. Развитие платформной технологии для идентификации биологически активных веществ, которые влияют на активность киназ, на основе дрожжей в качестве организма. Вызываемым фенотипом является в этом случае ингибирование роста. Принцип теста основан, следовательно, на ингибировании роста дрожжей, которые используют в качестве живого "реакционного стакана".
Под ингибированием роста подразумевают в данном контексте, например, задержку клеточного цикла или лизис рассматриваемых клеток. Дрожжи используют, так как они на основе их генетической манипулируемости являются идеально подходящими для этого. Киназы человека (или другие экзогенные киназы) сверхэкспрессируют в дрожжах под контролем индуцируемого галактозой промотора (GAL1/10). Трансформацию и культивирование дрожжей выполняют при этом в соответствии со стандартными способами. В качестве вектора используют, например, векторы серии p41x-GALl или р42х-GAL11.
В приблизительно 30% всех подлежащих испытанию киназах сверхэкспрессия будет уже приводить к ингибированию роста в дрожжах (Tugendreich et al., (2001)). Этот образ действия документируется на чертеже стадиями 1,3,5. Киназы, сверхэкспрессия которых приводит к ингибированию роста, интегрируют в подходящий штамм дрожжей и сразу после этого переносят в высокопроизводительный скрининг (HTS). В этом примере используются штаммы дрожжей штамма-фона "МАТ а his3□l
leu2□0 metl5□0 ura3DO" (BY4741 EUROSCARF).
Во время равития анализа для HTS условия оптимизируют испытанием различных "делеционных мутантов-транспортеров лекарственного средства" в вышеописанном штамме-фоне. Для всех подлежащих испытанию в этом примере протеинкиназ испытывают следующие комбинации делеций: 1. YRWS21 (МАТ а pdrl□::KanMX pdr3□::KanMX his3□1 leu2□0 met15□0 lys2□0 ura3□0) 2. YRWS39 (МАТ а pdr5□::KanMX yor1□::KanMX his3□1 leu2□0 MET15 lys2□0 ura3□0) 3. YRWS14 (МАТа pdr5□::KanMX snq2□::KanMX his3□1 leu2□0 MET15 lys2□0 ura3□0)4. YRWS13 (МАТа snq2□::KanMX yor1□::KanMX his3□l leu2□0 MET15 lys2□0 ura3□0) 5. YRWS44 (МАТ а pdr5□::KanMX snq2□::KanMX yor1□::KanMX his3□1 leu2□0 met15□0 lys2□0 ura3□0).
Затем в высокопроизводительном скрининге может проводиться поиск на биологические и химические молекулы, которые понижают или прекращают ингибирование роста, т.е. которые приводят к росту культур дрожжей. Все описанные до сих пор способы известны компетентному специалисту.
Как описано выше, приблизительно 30% всех экзогенных киназ вызывают ингибирование роста в дрожжах. Поэтому приблизительно 70% всех сверхэкспрессируемых киназ не вызывают никакого ингибирования роста или вызывают лишь небольшое ингибирование роста. Чтобы использовать принцип ингибирования роста дрожжей в качестве платформного способа для скрининга соединений всех протеинкиназ, должны также и остальные 70% протеинкиназ вызывать ингибирование роста. Для этого было необходимо настоящее изобретение.
Желаемые протеинкиназы клонируют в выбранный экспрессирующий вектор дрожжей, в данном случае р413 GALl (D. Mumberg et al. (1994) при полной длине и с С-концевой меткой, например MYC-Tag). После трансформации по способу с ацетатом лития согласно стандартному протоколу (см. Methods in Yeast Genetics) и культивирования в подходящей среде индуцируют сверхэкспрессию экзогенных киназ в дрожжах добавлением галактозы согласно стандартному протоколу (20 г/мл среды) в течение 4-6 часов при 30°С. Экспрессию киназ контролируют при помощи иммуноблотов согласно стандартному протоколу с использованием антител против выбранной метки (например, анти-Мус-антител: АВ1364 (Chemikon) или М5546 (Sigma); анти-НА-антител: НА-11-А (Biotrend) или 55138 (ICN)).
После иммунологического обнаружения экспрессии в дрожжах исследуют изменения экспрессии генов - индуцированные экспрессией экзогенных киназ - в дрожжах (компенсаторно дифференциальную регуляцию) при помощи ДНК-микромассивов. ДНК-микромассивы являются материалами-носителями, с которыми связаны химически специфические олигонуклеотиды. Отдельные олигонуклеотиды представляют здесь индивидуальные гены. ДНК-микромассивы используются в качестве инструментов, которые могут раскрывать существующую в данный момент картину экспрессии всего генома дрожжей. Для такого эксперимента трансформированные киназой дрожжи сравнивают с ложно трансформированными (пустой плазмидой) дрожжами в качестве контроля. Из обоих штаммов получают общую (тотальную) РНК с использованием стандартных способов. Затем эту РНК гибридизуют со связанными на чипе олигонуклеотидами (на микромассивах) при 45°С в течение 16 часов. Прямое сравнение РНК трансформированных киназой дрожжей с РНК ложно трансформированных дрожжей раскрывает гены дрожжей, которые компенсаторно дифференциально регулируются сверхэкспрессируемой протеинкиназой. Исследования авторов изобретения показали, что посредством генетического вмешательства, например, при сверхэкспрессии экзогенной протеинкиназы определенное количество РНК для генов дрожжей положительно регулируется, а определенное количество РНК отрицательно регулируется (таблица 1). Это проводили на примере киназы человека РАК1.
Таблица 1. 2 гена положительно регулируются, 11 генов отрицательно регулируются. Кроме того, авторы изобретения смогли впервые показать, что многие из положительно регулируемых генов регулируются положительно вследствие компенсаторных причин. В этом случае штамм дикого типа S. cerevisiae (W303-1a (штамм-фон или источник получения)) сравнивали со штаммом, который имеет делецию в гене cla4 (□cla4) (YEL252) Saccharomyces cerevisiae. До делеции в этом гене для CLA4 оба штамма являются изогенными, т.е. идентичными. При прямом сравнении препаратов РНК из этих двух различных штаммов (W303-1a и YEL252) появлялись 110 различных РНК из генома дрожжей в виде положительно регулируемых (таблица 2).
Таблица 2. 56 генов отрицательно регулировались (данные не показаны). Повышение РНК-копийности для определенных генов могло при этом возникать, возможно, вследствие компенсаторных причин. Компенсаторно обозначает в этом конкретном примере, что обусловленный делецией гена CLA4 дефект в генетически модифицированном штамме должен ослабляться увеличенной экспрессией генов, которые могут полностью или частично взять на себя функцию CLA4. Для доказательства этого положения были выбраны несколько из положительно регулируемых генов для дальнейших экспериментов (см. «2-ая делеция» в таблице 3).
Таблица 3. Для этого подбирали штаммы дрожжей MAT□ (могут быть куплены, например, в EUROSCARF или Research Genetics), которые в каждом отдельном случае несут делеции в положительно регулируемых генах. Эти делеции помечены маркерными генами, т.е. в соответствующий геном дрожжей интегрированы маркерные гены, например, для устойчивости к антибиотикам или для необходимых факторов роста, например определенные аминокислоты. Выбранные делеционные штаммы скрещивали в соответствии со стандартными генетическими способами для дрожжей (Methods in Yeast Genetics: A Cold Spring Harbor Course Manual (1994)) с CLА4-делеционным штаммом (YEL252, МАТа).
После скрещивания отбирали диплоидные дрожжи. Вызывали у них спорообразование. При этом из одной диплоидной клетки образовывались 4 гаплоидные споры, которые могли быть разделены для прорастания в 4 гаплоидных клона дрожжей. В соответствии с этим происходит перераспределение генов из диплоидного штамма. В 25% всех случаев 2 делеции различных исходных штаммов объединяются в новом гаплоидном клоне. Это можно проследить простым образом с использованием различных селективных маркеров.
С использованием этого стандартного способа пытались получить 13 различных двойных делеции. Только в 10 случаях эти двойные делеции были жизнеспособными, в 3 случаях никогда не получали двойную делецию (таблица 3, «летальный»). Во всех 3 случаях испытывали 40 асков. Поэтому ясно, что комбинация обеих делеций приводит к гибели соответствующие споры. Они являются также синтетически летальными. Удалось показать, что во всех 13 случаях двойные делеции были либо синтетически летальными, либо имели иные синтетические фенотипы (таблица 3). Это исследование подтверждает положение, что рассматриваемые гены положительно регулировались, чтобы компенсировать дефекты, возникающие в результате отсутствия CLA4. Для изобретения важно, что в исследуемых случаях (13 двойных мутаций) 3 комбинации и, следовательно, 23% всех возможных двойных мутаций обнаружили синтетическую летальность (таблица 3). В эксперименте со штаммом □с1а4 положительно регулировались 110 генов (таблица 2). Подобным образом в вышеописанном подходе посредством сверхэкспрессии РАК1 человека положительно регулировались мРНК для 2 генов (таблица 1). Следовательно, эти гены также положительно регулируются вследствие компенсаторных причин. По причине малого числа положительно регулируемых генов и связанной с этим низкой степени успеха для синтетически летальных комбинаций, авторы изобретения отказались от последующего эксперимента для идентификации штаммов, которые в комбинации из делеций в положительно регулируемых генах (с YMR096W или HIS3 из таблицы 1) и экспрессии РАК1 человека показали синтетически летальный фенотип. Напротив, получили гиперактивный мутант РАК1 человека, а именно PAK1□CRIB. Этот мутант трансформировали опять с использованием стандартных способов в дрожжи. На основе высокой киназной активности этот белок вызывал ингибирование роста в дрожжах. Был идентифицирован подходящий штамм для испытания низкомолекулярных веществ. Эта цель была достигнута. Несмотря на это, также и для этого случая получали дифференциальный профиль экспрессии с ДНК-микромассивами для обоснования валидности изобретения (таблица 4).
Таблица 4. 55 различных генов дрожжей на основе высокой киназной активности положительно регулировались компенсаторно, 3 гена отрицательно регулировались (не показано). На тот случай, если высокая активность PAKl-мутанта не была достаточной для вызывания ингибирования роста в дрожжах, смогли испытать делеционные штаммы для положительно регулируемых генов. РАК1-мутант должен был экспрессироваться в соответствующих штаммах. При взятии за основу показатель 23%-ного шанса на успех для синтетического фенотипа, в приблизительно 13 штаммах дрожжей экспрессия PAKl-мутанта человека вызывала бы ингибирование роста. Тем самым был бы идентифицирован штамм для испытания потенциальных ингибиторов киназ. В случае испытания киназ человека в дрожжах исходные штаммы не должны скрещиваться, так как киназы человека экспрессируются зависимым от галактозы образом из плазмиды. Эта плазмида должна только трансформироваться в соответствующий делеционный штамм, и должна индуцироваться экспрессия киназы. В 23% всех случаев испытуемых штаммов удалось наблюдать ингибирование роста (летальность). Штаммы с ингибированным ростом из-за соответствующих делеций не могли более компенсировать экспрессию кодируемой плазмидой протеинкиназы. Поэтому эти системы не могут переноситься в высокопроизводительный скрининг (HTS). Если сверхэкспрессия определенных киназ дикого типа в комбинации с ДНК-микромассив-экспериментом является недостаточной (как описано выше для РАК1 дикого типа, см. таблицу 2), чтобы вызвать ингибирование роста, тогда получают мутанты соответствующей киназы и используют вместо киназ дикого типа (также для экспериментов по сверхэкспрессии генов с ДНК-микромассивами). Эти мутанты могут быть получены по принципу случайного (ненаправленного) мутагенеза с целью получения гиперактивных мутантов. Для мутагенеза используют конструкции киназ с С-концевой меткой в соответствии со способом Tugendreich et al. (2001). Таким образом, авторами изобретения было впервые и неожиданно показано, что делеция компенсаторно дифференциально регулируемых генов может приводить к ингибированию роста, и на основе этих данных может быть создан стандартизованный платформный массив для протеинкиназ. В этих проведенных экспериментах было доказано ингибирование роста с частотой встречаемости 23%. Делеционные штаммы, которые после трансформации кодируемой плазмидой протеинкиназой, обнаруживают ингибирование роста, могут, как описано выше, только посредством оптимизации (на основании тестов различных "нокаутов транспортеров лекарственных средств") переводиться в HTS. На чертеже данное изобретение представлено при помощи пунктов 1, 4, 6-10.
Кроме скрещивания делений, компенсаторно дифференциально регулируемые гены могли получать их делеции также с использованием других способов, таких как геномный нокаут экспрессирующих киназу дрожжей. Однако в случае дрожжей выключение компенсаторно дифференциально регулируемых генов посредством скрещивания делеции или геномного нокаута на основе простоты образа действий является особенно предпочтительным. В противоположность этому, у других организмов могут быть пригодными скорее другие способы. Так, в примере эукариотических клеточных линий и в случае многоклеточных организмов, таких как Drosophila или С.elegans, предпочтительным является скорее применение антисмыслового способа, такого как способ с RNAi. Выбор в каждом случае способов, подходящих для отдельных организмов, находится в пределах компетенции специалиста в данной области.
Платформный способ по изобретению делает возможным высокопроизводительный скрининг (HTS) всех протеинкиназ (как описано на примере РАК1 человека) в гомогенных и поэтому требующих меньших затрат системах анализа. Эта система пригодна также для определения IС50-показателей в скрининге соединений.
Эксперименты по экспрессии генов, такие как описанные в примере, приводят также к идентификации РНК генов, которые репрессируются посредством экспрессии экзогенных киназ. Промоторы этих репрессированных генов могут служить в HTS в качестве репортера. Для этого промоторы дрожжей сливают с так называемыми репортерными генами, такими как гены β-галактозидазы, люциферазы, маркеров роста, таких как HIS3, URA3, LEU2 или TRP1, и т.д. Эти конструкции трансформируют в штамм дрожжей для HTS. Там они служат в качестве маркера роста для соединений, которые элиминируют ингибирование роста в рассматриваемом штамме.
Пример 2. Платформный анализ может использоваться также в виде так называемой мультиплексной системы. Под мультиплексной системой имеют в виду, что различные белки или фрагменты белков, например киназы, в одном и том же анализе в одно и то же время испытываются в одной реакционной смеси. Для этого сначала конструируют индивидуальные фенотипированные штаммы дрожжей. Экзогенные протеинкиназы интегрируют стандартными способами (см. выше). Затем эти штаммы дрожжей смешивают в одну гомогенную культуру. Экспрессия протеинкиназ в этой гомогенной смеси штамма дрожжей приводит к ингибированию роста, так как экспрессия каждой отдельной киназы сама по себе также вызывает ингибирование роста в фенотипированном штамме дрожжей. В высокопроизводительном скрининге (HTS) идентифицируют соединения, которые приводят к росту по меньшей мере одного штамма дрожжей. Необходимо приписать этим соединениям соответствующую киназу. Это достигается с использованием так называемого способа «ПЦР колоний» (A.J.P. Brown and M.Tuite (1998)). Для этого несколько микролитров (небольшое количество) из растущих культур дрожжей лизируют в соответствии с руководством (A.J.P. Brown and M.Tuite (1998)). Из (смеси) геномных ДНК (включающей в себя интегрированные протеинкиназы) безупречно идентифицируют со специфическими праймерами для различных протеинкиназ рассматриваемую (рассматриваемые)/ингибируемую (ингибируемые) киназу (киназы) при помощи ОТ-ПЦР. Таким образом посредством смешивания различных дрожжевых штаммов в равных частях в одном едином скрининге испытывают различные киназы. Преимуществом является огромная экономия расходов и времени.
Эта технология применима не только к протеинкиназам, но и ко всем белкам или веществам, которые вызывают транскрипционную ответную реакцию в дрожжах. Этот платформный способ, в противоположность анализам существующего уровня техники, делает возможным, например, высокопроизводительный скрининг (HTS) всех протеинкиназ (не только таких, которые вызывают фенотип уже с первого раза при гетерологичной экспрессии) в гомогенных и поэтому не вызывающих больших затрат в системах анализа.
Эта технология применима не только к протеинкиназам, но и ко всем белкам или веществам, которые вызывают транскрипционную ответную реакцию в дрожжах.
Способы
Для генетических манипуляций использовали стандартные способы в соответствии с Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, pp.545.
Условия выращивания, условия скрещивания и генетические манипуляции на дрожжах (Saccharomyces cerevisiae) выполняли в соответствии с Guthrie, С. and G.R. Fink (1991) Guide to Yeast Genetics and Molecular Biology, Volume 194, J.N. Abelson and M.I. Simon, eds. (San Diego, CA: Academic Press Inc.). Affymetrix-эксперименты («анализ экспрессии генов») проводили точно в соответствии с Klebl et al. (2001) Biochem. Biophys. Res. Commun. 286, 714-720.
Таблица 1: | ||
2 гена положительно регулируются в штамме ste20Δ-YEL206, который экспрессирует hPAK1 | ||
Примечания | Функция гена | х-кратно положительно регулируется |
YMR096W | Белок стационарной фазы | 2.15 |
HIS3 | Имидазолглицеролфосфатдегидратаза; 7-ая стадия биосинтеза гистидина | 6,77 |
11 генов отрицательно регулируются в штамме ste20Δ-YEL206, который экспрессирует hPAKI | ||
Примечания | Функция гена | х-кратно положительно регулируется |
STE20 | Серин/треонин-протеинкиназа пути трансдукции сигнала реакции на феромоны | 47,62 |
FRE7 | Белок со слабым подобием Frelp и Fre2p, участвующий в транспорте электронов | 11,70 |
MFA1 | а-фактор феромона спаривания, экспортируемый из клетки посредством Ste6p | 3,70 |
YLR042C | Неизвестна | 3,27 |
GPH1 | Гликогенфосфорилаза, высвобождает α-D-глюкозо-1-фосфат | 2,63 |
FRE1 | Железо- и медь-редуктаза, действует на хелат Fе2+-ионов | 2,55 |
YHR087W | Неизвестна | 2,31 |
CWP1 | Маннопротеин клеточной стенки; член PAU1-семейства | 2,27 |
YJL217W | Неизвестна | 2,25 |
CTR1 | Транспортный белок меди; требуется для высокоаффинного поглощения меди | 2,17 |
FET4 | Низкоаффинный транспортный белок Fe(II) | 2,00 |
Таблица 2: | |||
110 генов положительно регулируются в штамме cla4□ YEL252 | |||
Примечания | Функция гена | X-кратно положительно регулируется | |
Поддержание клеточной стенки | FKS2 | Компонент □-1,3-глюкансинтазы, функционирует, вероятно, в качестве альтернативной субъединицы относительно Fks1p (идентичность 88%); на 55% идентична Fks3p; взаимодействует с Rho1p; fks1Δfks2Δ является летальной | 6,81 |
ЕСМ29 | Возможно, участвует в структуре или биосинтезе клеточной стенки | 3,13 | |
SPI1 | Связан с клеточной стенкой через GPI-якорь; индуцируется Msn2/4p | 2,72 | |
SBE22 | Необходим для роста почек; участвует в целостности клеточной стенки | 2,08 | |
Клеточный стресс | HSP12 | Белок теплового шока 12 кДа, индуцируется нагреванием, осмотическим (HOG1-, PBS2-зависимый) или окислительным стрессом, стационарной фазой, HSF1, MSN2, YAP1; шаперон (член семейства гидрофилина); 5 STRE | 6,55 |
HSP26 | Белок теплового шока, индуцируется осмотитическим стрессом, HSF1, MSN2, нагреванием, H2O2; на 29% идентичен с Hsp42p; шаперон; 4 STRE | 4,76 | |
HSP82 | Белок теплового шока, на 97% идентичен с Нsр82р, подобен HSP90 млекопитающего (комплементируется HSP90 человека); шаперон; индуцируется HSF1, SKN7, YAP1, H2O2; имеет АТФазную активность; отчасти регулируется путем передачи сигнала HOG1, связывается с Stellp; НSР90-активность модулируется Sch9p | 2,67 | |
GPX2 | Глутатионпероксидаза, индуцируется YAP1 и оксидантами | 2,64 | |
- | SKN7 | Фактор транскрипции, участвующий в реакции на окислительный стресс (Н2О2) и контроле клеточного цикла G1 (появлении почек); взаимодействует с Rholp, Mbp1p, Cdc42p и генетически с РКС1; необходим для индуцируемого лишением N2 псевдогифального роста; объединяется с Yap1p при индукции экспрессии генов; не участвует в тепловом шоке; действует в некоторых условиях в пути передачи сигнала HOG1; часть двухкомпонентной системы; активация транскрипции, стимулируемая Skn7, зависит от пути передачи сигнала Ras/PKA | 2,60 |
SOD2 | Митохондриальная Мn2+-супероксиддисмутаза, индуцируемая НАР 1, 2, 3, 4, 5 и репрессируемая цАМФ (RAS2); транскрипционная реакция на Н2О2 является Yap1p- и Skn7р-зависимой; индуцируется Msn2/4p | 2,57 | |
ICT1 | k.o. более высокая резистентность к Сu2+ в качестве дикого типа; показатель переноса митохондриальной энергии | 2.41 | |
CYP2 | Член семейства циклофилина; белок теплового шока, изомераза, шаперон | 2,37 | |
HSP42 | Белок теплового шока, участвующий в создании устойчивости к стрессовым воздействиям; индуцируется HOG1, MSN2/4, EtOH, Н2О2; 3 STRE | 2,28 | |
MSN4 | Фактор транскрипции, сильное сходство с МSn2р; регуляция концентрации трегалозы во время стресса; 39 генов, зависимых от Msn2/4p, для индукции при диауксическом смещении и репрессируется цАМФ: ALD3, GDH3, GLK1, HOR2, HSP104, НХК1, PGM2, SOD2, SSA3, SSA4, TKL2, TPS1, ARA, например, Ras2p контролирует экспрессию генов стрессовой реакции через Msn2/4p и Yap1p; TOR-трансдукция сигнала контролирует ядерную локализацию регулируемых питательными веществами факторов транскрипции | 2,15 |
Нуклеотидный обмен | ADE2 | Фосфорибозиламиноимидазолкарбоксилаза (AIR-декарбоксилаза); белые vs красные колонии | 5,96 |
ADE17 | 5-аминоимидазол-4-карбоксамид-рибонуклеотид-(AICAR)-трансформилаза/IМР-циклогидролаза; белые vs красные колонии | 3,42 | |
DCD1 | Дезоксицитицилатдеаминаза; k.o. имеет увеличенный пул Дцеф | 2.50 | |
Транспортная малая молекула | FRE7 | Участвующая в поглощении меди и железа; небольшое сходство с Frelp | 4,98 |
YHR048 | на 29% идентична Ygrl38p, Yprl56p и на 33% Flrlp; член MFS-MDR | 4,20 | |
РН089 | Высокоаффинный Na+-зависимый транспортер фосфата | 2,76 | |
YGR138C | Член кластера I (семейства 1) MFS-MDR; 89% идентичность с Yprl56p | 2,54 | |
YER053C | Член MCF | 2,40 | |
TAF1 | Транспортер триацетилфусцеринина С (MDR-MFS); на 56%, 46%, 46% идентичен Arnip, Ycl073p, Ykrl06p | 2,24 | |
MUP3 | Низкоаффинная аминокислота-пермеаза (Met-пермеаза); член АРС-семейства | 2,16 | |
АТМ1 | Член АВС-семейства, необходимый для роста; может функционировать в обнаружении железа; на 43% идентичен АВС7 человека | 2,03 | |
Метаболизм углеводов | GRE3 | НАДФН-специфическая альдозоредуктаза, индуцируемая осмотическим стрессом, MSN2/4, 0,1 М LiCl; на 36%, 34%, 34% идентичная Yjr096p, Gcy1p, Ypr1p; STRE и PDSE; подобная белку 305 В человека (неонатального холестатического гепатита) | 3,61 |
GPH1 | Гликогенфосфорилаза, репрессируемая цАМФ; индуцируемая стрессом | 3,49 | |
GUT1 | Глицеролкиназа, катализирует превращение глицерина в глицерин-3-фосфат, индуцируется ADR1, INO2, INO4, глицерином; сильное сходство с GK человека; активность уменьшается во время осмотического стресса | 3,37 | |
PCY1 | Пируваткарбоксилаза I; превращает пируват в оксалацетат для глюконеогенеза; на 93%, 30%, 338 | 2,50 |
идентична Рус2р, Hfa1p, Dur1,2p; подобна PYC человека | |||
TSL1 | Компонент комплекса трегалозо-6-фосфатсинтаза/ фосфатаза; индуцируется STE12, STE7, ТЕС1, осмотическим стрессом и репрессируется цАМФ, глюкозой; содержит STRE | 2,40 | |
GLK1 | Глюкокиназа, специфическая в отношении альдогексоз; на 73%, 38%, 37% идентична Ydr516p, Hxk1p, Hxk2p; индуцируется GCR1, HOG1, MSN2, MSN4 и репрессируется цАМФ, холодным; белок увеличивается при Н2О2, G1-фаза | 2,09 | |
Деградация белка | YPS3 | Имеющая GPI-якорь аспартилпротеаза (yapsin) в плазматической мембране; на 45%, 36%, 47% идентична Mkc7p, Sst1p, Yps1p | 3,40 |
UBI4 | Убиквитиновый полипротеин, зрелый убиквитин отщепляется от полиубиквитина (Ubi4p) или от слияний с рибосомными белками Rps31p, RpI40Ap, RpI40Bp; рибосомного белка теплового шока и фактора конъюгации белков; на 90% идентичен RpI40A/Bp и на 100% Rps31p; индуцируемый HSF1, MSN2, голоданием, тепловым шоком; необходим для выживания от клеточного стресса; k.o. является гиперчувствительным к Н2О2, N2- и С2-голоданию; имеет STRE и HSE | 3,27 | |
VID24 | Необходим для вакуолярного импорта и деградации Fbp1p | 2,82 | |
КЗТ10 | Не-АТФ-азный компонент протеасомного комплекса, связывает конъюгаты убиквитин-лизоцим in vitro; С-конец связывается с убиквитином | 2,46 | |
BUL1 | Участвует в пути убиквитинирования, связывается с убиквитинлигазой | 2,12 | |
ААР1 | Ala/Arg-аминопептидаза, родственная другим Zn2+-металлопротеазам и Zn2+-аминопептидазам | 2,00 | |
Синтез ДНК | RIM1 | Фактор транскрипции, который связывает одноцепочечную ДНК; необходим для репликации в митохондриях | 3,27 |
Метаболизм аминокислот | YMR250W | Подобен глутаматдекарбоксилазе | 3,11 |
GDH2 | Глутамат-ДГ, первичный путь для генерирования NH4 + из глутамата, индуцируемая рапамицином; становится фосфорилированной в ответ на N2-голодание (инактивация; РАК-зависимая) | 2,83 | |
GCV1 | Т-субъединица глициндекарбоксилазы, функционирует в пути Gly-деградации | 2,31 | |
СНА1 | Митохондриальная L-Ser/L-Thr-деаминаза, катализирует превращение Ser в пируват и Thr в □-кетобутират, индуцируемая Ser, Thr, SIL1, СНА4 | 2,17 | |
Трансдукция сигнала | YGL179C | Ser/Thr-протеинкиназа со сходством с Elm1p (31%), Pak1p (49%), Kin82p (30%), Gin4p (29%) | 3,10 |
KSP1 | Ser/Thr-протеинкиназа, которая ингибирует ргр20Δ при сверхэкспрессии | 2,85 | |
SLT2 | Ser/Thr-протеинкиназа семейства МАР-киназ, участвующая в пути целостности клеточной стенки, поляризованном росте, реакции на доступность питательных веществ, тепловом шоке; взаимодействует с Rlm1p, Swi4/6p, Mkk1/2p, Spa2p, Ptp2/3p, фосфорилирует Swi4/6p и функционирует как регулятор комплекса SBF; киназная активность индуцировалась феромоном (требует Ste20p, но не Ste12p); киназная активность регулируется клеточным циклом | 2,77 | |
STE20 | Ser/Thr-протеинкиназа пути ответа на феромоны, участвует также в нитеобразном росте и STE-путях вегетативного роста | 2,25 | |
YCK1 | Изоформа CKI, на 77%, 50%, 41% идентична Yck2p, Yck3p, Hrr25p и на 50-55% изоформам человека, геранилгеранилированная; yck1Δyckts обнаруживает гиперполяризованный рост, гиперчувствительность в отношении Zn2+ и множественных лекарственных средств, устойчивость к Мn2+ | 2,21 |
YHR046C | Миоинозитол-1(или -4)-монофосфатаза, участвует в цикле инозита передачи сигнала Са2* и в биосинтезе инозита; имеет сходство с MYOP человека (антиманиакальные и -депрессивные действия Li+) | 2,17 | |
SCH9 | Ser/Thr-протеинкиназа, активируемая цАМФ; на 46%, 44%, 42% идентична Ypk2p, Ypk1p, Tpk3p и на 49% АКТ1,2 человека; регулирует FGM-путь; k.o. имеет умеренный дефект в псевдогифальном росте и обнаруживает гиперинвазивный рост | 2,17 | |
РТР2 | РТР-аза, участвующая в путях реакции на Hog1p и феромоны; взаимодействует с Hog1p, Slt2p, индуцируется SLT2, YAP1, нагреванием, осмотическим стрессом; дефосфорилирует Hog1p, Fus3p; посттрансляционно регулируется Hog1p; 2 STRE | 2,01 | |
Метаболизм липидов, жирных кислот и стеринов | PLB3 | Фосфорилаза В, высвобождает GPI в среду | 3,01 |
ERG7 | Ланостеролсинтаза (биосинтез эргостерола) незаменимая | 2,30 | |
Слияние мембран | YHR138C | Участвует в слиянии вакуолей, имеет сходство последовательности с Pb12p | 2,81 |
Регуляция клеточного цикла | PCL5 | Циклин, который связывается с Рho85р, принадлежит к подсемейству Рсl1/2р | 2,73 |
Транскрипция PolII | GAT2 | Фактор транскрипции Zn2+-пальца GATA, необходимый для экспрессии чувствительных к N2-катаболитной репрессии генов | 2,73 |
НАР4 | Фактор транскрипции, компонент комплекса Нар2/3/4/5р, участвующего в активации содержащих ССААТ-блок генов (например, SOD2) | 2,48 | |
STP4 | Фактор транскрипции с сильной гомологией относительно Stp1, 2, 3p; учасвующий в сплайсинге тРНК и поглощении аминокислот с разветвленной боковой цепью | 2,17 |
SNF6 | Фактор транскрипции, компонент активаторного комплекса общей транскрипции SWI-SNF; кислотные домены Gcn4p, Swi5p, Hap4p взаимодействуют непосредственно с комплеком SWI-SNF | 2,13 | |
SET1 | Фактор транскрипции семейства trithorax Set-доменсодержащих белков, участвует в регуляции транскрипции и структуре хромосом; имеет сходство с белком Zn2+-пальцем HRX человека | 2,04 | |
Генерирование энергии | MDH2 | Цитозольная малат-ДГ (глиоксилатный цикл); индуцируемая недостатком источника N2 и репрессируемая цАМФ, глюкозой; 3 STRE | 2,60 |
Процессинг/ модификация РНК | RPP1 | Субъединица рибонуклеазы Р и рибонуклеиновых частиц РНКазы MRP, необходимых для процессинга тРНК и рРНК 5,8S; на 23% идентична hRpp30 | 2,49 |
PRP8 | Связанный с мяРНК фактор сплайсинга U5; основной РНК-связывагощий белок; на 62% идентичный PRP8 человека; компонент сплайсингосомы | 2,41 | |
RRP4 | 3'-5'-экзорибонуклеаза, необходимая для 3'-процессинга рибосомной рРНК 5,8S; компонент ядерной и цитоплазматической форм 3'-5'-экзосомного комплекса; незаменимая; индуцируемая в S-фазе | 2,38 | |
DBP8 | Сходная с DEAD-блок-семейством РНК-геликаз | 2,33 | |
Другой метаболизм | YNL274C | Потенциальная □-кетоизокапроатредуктаза, индуцируемая YAP1, Н2О2 | 2,26 |
DUR1,2 | Амидолиаза мочевины, содержит активности уреакарбоксилазы и аллофанатгидролазы; репрессируемая NH4 + и индуцируемая N2-голоданием, феромоном спаривания, Аrg, рапамицином (ген утилизации N2) | 2,21 | |
Модификация белка | UBP5 | Убиквитин-специфическая протеаза, гомологичная Doa4p и Тrе-2 человека; член семейства роданезной гомологии | 2,17 |
Синтез белка | MSR1 | Митохондриальная аргинил-тРНК-синтетаза, на 61% идентичная Ydr341p | 2,17 |
Везикулярный транспорт | SFB3 | Возможный компонент везикул СОРII, участвующих в транспорте Pma1p из eR (эндоплазматического ретикулума) в аппарат Гольджи; взаимодействует с Sec23p | 2,17 |
Цитокинез | CDC12 | Незаменимая часть комплекса септина в шейке (мать-почка) необходима для индуцируемого феромоном морфогенеза; сборка септина зависит от Сlа4р и Ste20p (Cdc42p, Cdc24p); ошибочно локализованная в yck2ts | 2,09 |
Реакция спаривания | SSF1 | Супрессор стерильного four; на 94% идентичный Ssf2p; ssf1□ssf2□ является летальным; мультикопийный супрессор мутации hsp90 с потерей функции | 2,06 |
Неизвестные | YHR214W | Идентичная на 100%, 77%, 74% Yar066p, Yil169p, Yol155p | 9,88 |
YAR066W | Идентичная на 100%, 77%, 74% Yhr214p, Yil169p, Yol155p | 7,59 | |
RTA1 | Устойчивая к аминохолестерину; индуцируемая ТЕС1, STE7, STE12 | 4,64 | |
MSC1 | Действует в мейотическом гомологичном пути хроматидной рекомбинации | 4,62 | |
YHL021C | Индуцируемая STE12, ТЕС1, STE7 | 4,35 | |
YHR209W | Предположительная SAM-зависимая метил-трансфераза | 4,26 | |
COS 8 | Семейство белков с консервативными последовательностями | 3,74 | |
YNR014W | Идентичный на 30% Ymr206p; 4 предположительных STRE | 3, 44 | |
YIR042C | - | 3,37 | |
YCL049C | - | 3,28 | |
YHR087W | - | 3,19 | |
YHR078W | 4 потенциальных трансмембранных сегмента | 3,00 | |
TRA1 | Незаменимый компонент транскрипционного регуляторного комплекса Ada-Spt (SAGA), SAGA-подобного комплекса и МиА4-комплекса | 2,82 |
BTN2 | Повышенная экспрессия с yhc3Δ; на 38% идентичная НООК1 человека | 2,77 | |
VAB36 | Уас8р-связывающий белок 36 кДа; 2 предположительных STRE | 2,75 | |
YFL063W | Подобна субтеломерным белкам | 2,68 | |
YHR112C | Подобна цистатионин □-синтазе Str2p и другим транссульфурируюцим ферментам, также подобна CGL человека (цистатионинурия) | 2,56 | |
YBL064C | Митохондриальная тиолпероксидаза 1-Cys-семейства; одна из 4 пероксидаз в S.c.; использует тиоредоксин в качестве донора электрона; индуцируется при окислительном стрессе; уменьшает Н2О2 в присутствии ДТТ | 2,55 | |
YSC83 | Индуцирует уровни мРНК во время споруляции | 2,46 | |
ВОР1 | Байпас РАМ1 (РДМ1 = мультикопийный супрессор потери РР2А) | 2,45 | |
YHR045W | 5 потенциальных трансмембранных доменов | 2,44 | |
YHR033W | Индуцируемый недостатком N2-источника и Репрессируемый цАМФ | 2,42 | |
YPR009W | Предположительный домен Zn2+-пальца; на 34% идентичный Sut1p | 2,40 | |
YLL064C | Член семейства серипауперина | 2,39 | |
YPL137C | Сходный с Mhp1p (27%), Yor227p (43%) | 2,39 | |
YHR182W | - | 2,37 | |
YDR222W | - | 2,37 | |
YHR146W | Сходный с феромоновым адаптивным белком Mdg1p | 2,36 | |
YMR184W | - | 2,36 | |
YGL261C | Член семейства серипауперина (PAU) | 2,34 | |
YHR083W | Незаменимый | 2,32 | |
YHR122W | Незаменимый | 2,29 |
YOR227W | Идентичный на 43%, 25% Ypl137p, Mhp1p | 2,27 | |
YHR186C | Домен WD40; незаменимый | 2,26 | |
YHR073W | Сходный с оксистеринсвязывающим белком; взаимодействует с Spo12p | 2,20 | |
YJL217W | - | 2,17 | |
YHR192W | - | 2,11 | |
YDL231C | Предположительный домен Zn2+-пальца | 2,10 | |
YDR391C | Идентичный на 57%, 41% Yor013p, Yor012p | 2,05 |
Таблица 3: | |||
Название штамма | 1-я делеция | 2-я делеция | Фенотип |
W303-la | - | - | Нет |
YEL252-la | cla4 | - | Цитокинез |
YAS | cla4 | ptp2 | Синтетический |
УАЗ | cla4 | glk1 | Синтетический |
YAS | cla4 | msn4 | Синтетический |
YAS | cla4 | ygl173 | Синтетический |
YAS | cla4 | gut1 | Синтетический |
YAS | cla4 | rta1 | исправленный |
YAS | cla4 | skn7 | Синтетический |
YAS | cla4 | pde2 | Синтетический |
YAS | cla4 | yck1 | Синтетический |
чрезвычайно | |||
медленный рост | |||
YAS | cla4 | sbe22 | Синтетический |
YAS | cla4 | elm1 | летальный |
YAS | cla4 | slt2 | летальный |
YAS | cla4 | ste20 | летальный |
Таблица 4: | ||
55 генов положительно регулируются в штамме ste20Δ-YEL206, который экспрессирует hPAK1ΔCRIB | ||
Примечания | Функция гена | х-кратно положительно регулируется |
РН05 | Репрессированная кислая фосфатаза; требует гликозилирования для активности | 10,19 |
ZRT1 | Высокоаффинный Zn-транспортный белок; член ZIP-семейства | 10,12 |
РН011 | Секретируемая кислая фосфатаза | 7,67 |
HSP30 | Белок теплового шока, локализованный в плазматической мембране | 6,30 |
РН012 | Секретируемая кислая фосфатаза | 5,80 |
YIL057C | Неизвестна | 5,70 |
YOL154W | Белок, сходный с Zn-металлопротеиназами | 5,24 |
YPL274W | Высокоаффинная S-аденозилметионин-пермеаза | 5,16 |
CIT3 | Митохондриальная цитратсинтаза | 5,15 |
RTA1 | Белок, который участвует в устойчивости к 7-аминохолестерину | 5,14 |
YEL070W | Белок со сходством в отношении D-маннонатоксидоредуктазы Е.coil | 5,09 |
YDL037C | Белок со сходством в отношении глюкан-1,4-□-глюкозидазы |
4,95 |
YHR136C | Предположительный ингибитор Pho80-Pho85p циклинзависимого киназного комплекса | 4,84 |
LEE1 | Неизвестна | 4,59 |
YMR303C | Алкогольдегидрогеназа II; окисляет этанол до ацетальдегида | 4,07 |
Литература
1. Brown, A.J.P. and M. Tuite (1998). PCR-Based Gene Targeting in Saccharomyces cerevisiae. Methods Microbiol. 26, 67-81.
2. Methods in Yeast Genetics; A Cold Spring Harbor Course Manual; 1994 Edition; Kaiser, C., Michaelis, S., and A. Mitchell; Cold Spring Harbor Laboratory Press.
3. Mumberg, D., Muller, R. and M. Funk (1994). Regulatable promoters of Saccharomyces cerevisiae: comparison of transcriptional activity and their use for heterologous expression. Nucl. Acids Res. 22, 5767-5768.
4. Tugendreich, S., Perkins, E., Couto, J., Barthmaier, P., Sun, D., Tang, S., Tulac, S., Nguyen, A., Yeh, E., Mays, A., Wallace, E., Lila, Т., Shivak, D., Prichard, M., Andrejka, L, Kim, R. and T. Melese (2001). A streamlined process to phenotypically profile heterologous cDNAs in parallel using yeast cell-based assays. Genome Res. 11, 1899-1912.
Claims (9)
1. Способ создания измененной генной инженерией клетки дрожжей для скрининга на активные вещества, при котором;
a) ген или фрагмент гена, экспрессия которого приводит к компенсаторной экспрессии одного собственного гена клетки дрожжей, встраивают в клетку дрожжей и экспрессируют в измененной генной инженерией клетке дрожжей, или экспрессию собственного гена клетки дрожжей изменяют генной инженерией, что приводит к компенсаторной экспрессии одного собственного гена клетки дрожжей,
b) измененную посредством этого картину экспрессии генов клетки дрожжей анализируют сравнением с картиной экспрессии генов контрольного организма, который не был изменен генной инженерией, при помощи микроматриц (микромассивов) ДНК или белков,
c) идентифицируют гены, у которых повышающая регуляция (ап-регуляция) или понижающая регуляция (даун-регуляция) экспрессии компенсирует влияния экспрессии гена или фрагмента гена, экспрессия которого приводит к компенсаторной экспрессии одного собственного гена клетки дрожжей, или одного собственного гена клетки дрожжей, экспрессия которого была изменена генной инженерией, и
d) посредством уменьшения или прекращения экспрессии компенсаторного гена полным или частичным ингибированием ап-регулируемой экспрессии или усилением экспрессии компенсаторного гена усиленной экспрессией даун-регулируемого гена индуцируется некий фенотип в измененной генной инженерией клетке дрожжей, причем этот фенотип является ингибированием роста клетки дрожжей.
a) ген или фрагмент гена, экспрессия которого приводит к компенсаторной экспрессии одного собственного гена клетки дрожжей, встраивают в клетку дрожжей и экспрессируют в измененной генной инженерией клетке дрожжей, или экспрессию собственного гена клетки дрожжей изменяют генной инженерией, что приводит к компенсаторной экспрессии одного собственного гена клетки дрожжей,
b) измененную посредством этого картину экспрессии генов клетки дрожжей анализируют сравнением с картиной экспрессии генов контрольного организма, который не был изменен генной инженерией, при помощи микроматриц (микромассивов) ДНК или белков,
c) идентифицируют гены, у которых повышающая регуляция (ап-регуляция) или понижающая регуляция (даун-регуляция) экспрессии компенсирует влияния экспрессии гена или фрагмента гена, экспрессия которого приводит к компенсаторной экспрессии одного собственного гена клетки дрожжей, или одного собственного гена клетки дрожжей, экспрессия которого была изменена генной инженерией, и
d) посредством уменьшения или прекращения экспрессии компенсаторного гена полным или частичным ингибированием ап-регулируемой экспрессии или усилением экспрессии компенсаторного гена усиленной экспрессией даун-регулируемого гена индуцируется некий фенотип в измененной генной инженерией клетке дрожжей, причем этот фенотип является ингибированием роста клетки дрожжей.
2. Способ по п.1, отличающийся тем, что генно-инженерное изменение экспрессии влияет на экспрессию по меньшей мере одного собственного для организма и/или чужеродного для организма гена или фрагмента гена.
3. Способ по одному из пп.1 или 2, отличающийся тем, что обусловленная генно-инженерным изменением компенсаторная экспрессия одного собственного гена клетки-дрожжей является уменьшением или выключением экспрессии по меньшей мере одного собственного гена этого организма.
4. Способ по одному из пп.1-3, отличающийся тем, что измененная вследствие генно-инженерного изменения экспрессия гена или фрагмента гена, экспрессия которого приводит к компенсаторной экспрессии одного собственного гена клетки дрожжей, является индуцируемой.
5. Способ по п.4, отличающийся тем, что генно-инженерное изменение включает в себя введение вектора, который делает возможной индуцируемую экспрессию гена или фрагмента гена, экспрессия которого приводит к компенсаторной экспрессии одного собственного гена клетки дрожжей.
6. Способ по п.5, отличающийся тем, что этот вектор является индуцируемым галактозой, медью или тетрациклином вектором.
7. Способ по пп.1-6, отличающийся тем, что генно-инженерное изменение гена или фрагмента гена включает в себя нокаут.
8. Способ по п.1, отличающийся тем, что ингибирование ап-регулируемой экспрессии компенсаторного гена проводится посредством нокаута.
9. Способ по п.8, отличающийся тем, что нокаут компенсаторного гена осуществляется посредством замены по меньшей мере части кодирующей последовательности компенсаторного гена кодирующей последовательностью репортерного гена или частями последовательности репортерного гена, которые являются достаточными для возможности детекции.
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE10258885A DE10258885A1 (de) | 2002-12-17 | 2002-12-17 | Verfahren zur Generierung eines gentechnisch veränderten Organismus |
DE10258885.6 | 2002-12-17 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2005122470A RU2005122470A (ru) | 2006-05-10 |
RU2376364C2 true RU2376364C2 (ru) | 2009-12-20 |
Family
ID=32519000
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2005122470/13A RU2376364C2 (ru) | 2002-12-17 | 2003-11-18 | Способ получения генетически модифицированного организма для скрининга биологически активных веществ |
Country Status (14)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20040143854A1 (ru) |
EP (1) | EP1576186B1 (ru) |
JP (1) | JP4630067B2 (ru) |
KR (2) | KR101215854B1 (ru) |
CN (1) | CN1726290B (ru) |
AT (1) | ATE508201T1 (ru) |
AU (1) | AU2003283409A1 (ru) |
CA (1) | CA2509333A1 (ru) |
DE (2) | DE10258885A1 (ru) |
HK (1) | HK1087734A1 (ru) |
NO (1) | NO20053344L (ru) |
RU (1) | RU2376364C2 (ru) |
WO (1) | WO2004055206A1 (ru) |
ZA (1) | ZA200504212B (ru) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2013079984A1 (en) * | 2011-11-29 | 2013-06-06 | Delta Informatika Kereskedelmi Es Szolgáltató Zártkörűen Működöő Részvénytársaság | Transgenic caenorhabdxtls elegans |
RU2577988C2 (ru) * | 2010-10-29 | 2016-03-20 | Ф. Хоффманн-Ля Рош Аг | Муриновая модель воспаления с делецией il33 n-концевого домена |
Families Citing this family (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US9453251B2 (en) | 2002-10-08 | 2016-09-27 | Pfenex Inc. | Expression of mammalian proteins in Pseudomonas fluorescens |
JP2008507294A (ja) | 2004-07-26 | 2008-03-13 | ダウ グローバル テクノロジーズ インコーポレイティド | 菌株遺伝子操作による改善されたタンパク質発現のための方法 |
JP2007063225A (ja) * | 2005-09-01 | 2007-03-15 | Takeda Chem Ind Ltd | イミダゾピリジン化合物 |
JP2009515997A (ja) * | 2005-11-18 | 2009-04-16 | タケダ サン ディエゴ インコーポレイテッド | グルコキナーゼ活性剤 |
WO2007104034A2 (en) | 2006-03-08 | 2007-09-13 | Takeda San Diego, Inc. | Glucokinase activators |
WO2007124115A2 (en) * | 2006-04-20 | 2007-11-01 | Trustees Of Boston College | Compositions and methods for identifying inhibitors and activators of cyclic amp phosphodiesterases |
ATE522518T1 (de) * | 2006-05-31 | 2011-09-15 | Takeda San Diego Inc | Indazol- und isoindolderivate als glucokinaseaktivierende stoffe |
EP2091947A2 (en) | 2006-12-20 | 2009-08-26 | Takeda San Diego, Inc. | Glucokinase activators |
US8173645B2 (en) * | 2007-03-21 | 2012-05-08 | Takeda San Diego, Inc. | Glucokinase activators |
AU2008245696B2 (en) | 2007-04-27 | 2013-11-07 | Pelican Technology Holdings, Inc. | Method for rapidly screening microbial hosts to identify certain strains with improved yield and/or quality in the expression of heterologous proteins |
US9580719B2 (en) | 2007-04-27 | 2017-02-28 | Pfenex, Inc. | Method for rapidly screening microbial hosts to identify certain strains with improved yield and/or quality in the expression of heterologous proteins |
CN110172454B (zh) * | 2019-05-23 | 2020-11-13 | 浙江大学 | 一种s-腺苷甲硫氨酸合成酶突变体及其高通量筛选方法 |
Family Cites Families (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1995030012A1 (en) * | 1994-04-26 | 1995-11-09 | Cadus Pharmaceutical Corporation | Functional expression of mammalian adenylyl cyclase in yeast |
WO1999024563A1 (en) * | 1997-11-07 | 1999-05-20 | Iconix Pharmaceuticals, Inc. | Surrogate genetics target characterization method |
AU2596800A (en) * | 1998-12-31 | 2000-07-31 | Iconix Pharmaceuticals, Inc. | Method for generating a pathway reporter system |
WO2001046403A1 (en) * | 1999-12-22 | 2001-06-28 | Iconix Pharmaceuticals, Inc. | Synthetic lethal expression screen |
WO2002063029A1 (en) * | 2001-02-02 | 2002-08-15 | Iconix Pharmaceuticals, Inc. | Alteration of phenotype due to heterologous genes |
US20030044866A1 (en) * | 2001-08-15 | 2003-03-06 | Charles Boone | Yeast arrays, methods of making such arrays, and methods of analyzing such arrays |
-
2002
- 2002-12-17 DE DE10258885A patent/DE10258885A1/de not_active Ceased
-
2003
- 2003-11-18 CN CN2003801065234A patent/CN1726290B/zh not_active Expired - Fee Related
- 2003-11-18 WO PCT/EP2003/012870 patent/WO2004055206A1/de active Application Filing
- 2003-11-18 AT AT03775367T patent/ATE508201T1/de active
- 2003-11-18 CA CA002509333A patent/CA2509333A1/en not_active Abandoned
- 2003-11-18 KR KR1020057011453A patent/KR101215854B1/ko not_active IP Right Cessation
- 2003-11-18 KR KR1020127008020A patent/KR20120038025A/ko not_active Application Discontinuation
- 2003-11-18 DE DE50313671T patent/DE50313671D1/de not_active Expired - Lifetime
- 2003-11-18 AU AU2003283409A patent/AU2003283409A1/en not_active Abandoned
- 2003-11-18 RU RU2005122470/13A patent/RU2376364C2/ru not_active IP Right Cessation
- 2003-11-18 EP EP03775367A patent/EP1576186B1/de not_active Expired - Lifetime
- 2003-11-18 JP JP2004559696A patent/JP4630067B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2003-12-16 US US10/736,801 patent/US20040143854A1/en not_active Abandoned
-
2005
- 2005-05-24 ZA ZA200504212A patent/ZA200504212B/en unknown
- 2005-07-08 NO NO20053344A patent/NO20053344L/no not_active Application Discontinuation
-
2006
- 2006-07-13 HK HK06107826.9A patent/HK1087734A1/xx not_active IP Right Cessation
Non-Patent Citations (1)
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2577988C2 (ru) * | 2010-10-29 | 2016-03-20 | Ф. Хоффманн-Ля Рош Аг | Муриновая модель воспаления с делецией il33 n-концевого домена |
WO2013079984A1 (en) * | 2011-11-29 | 2013-06-06 | Delta Informatika Kereskedelmi Es Szolgáltató Zártkörűen Működöő Részvénytársaság | Transgenic caenorhabdxtls elegans |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
KR20120038025A (ko) | 2012-04-20 |
DE50313671D1 (de) | 2011-06-16 |
EP1576186B1 (de) | 2011-05-04 |
EP1576186A1 (de) | 2005-09-21 |
RU2005122470A (ru) | 2006-05-10 |
KR20050085806A (ko) | 2005-08-29 |
KR101215854B1 (ko) | 2012-12-31 |
CN1726290A (zh) | 2006-01-25 |
NO20053344D0 (no) | 2005-07-08 |
HK1087734A1 (en) | 2006-10-20 |
ATE508201T1 (de) | 2011-05-15 |
JP4630067B2 (ja) | 2011-02-09 |
DE10258885A1 (de) | 2004-07-15 |
CA2509333A1 (en) | 2004-07-01 |
NO20053344L (no) | 2005-07-08 |
WO2004055206A1 (de) | 2004-07-01 |
ZA200504212B (en) | 2006-02-22 |
JP2006509512A (ja) | 2006-03-23 |
US20040143854A1 (en) | 2004-07-22 |
AU2003283409A1 (en) | 2004-07-09 |
CN1726290B (zh) | 2012-09-05 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Bulik et al. | Chitin synthesis in Saccharomyces cerevisiae in response to supplementation of growth medium with glucosamine and cell wall stress | |
ZA200504212B (en) | Method for generating a genetically modified organism for screening active substances. | |
Roth et al. | Global analysis of protein palmitoylation in yeast | |
Chernyakov et al. | Degradation of several hypomodified mature tRNA species in Saccharomyces cerevisiae is mediated by Met22 and the 5′–3′ exonucleases Rat1 and Xrn1 | |
Mullen et al. | Identification and characterization of genes and mutants for an N‐terminal acetyltransferase from yeast. | |
Spence et al. | Cell cycle–regulated modification of the ribosome by a variant multiubiquitin chain | |
Duncan et al. | General amino acid control in fission yeast is regulated by a nonconserved transcription factor, with functions analogous to Gcn4/Atf4 | |
Benard et al. | Ski6p is a homolog of RNA-processing enzymes that affects translation of non-poly (A) mRNAs and 60S ribosomal subunit biogenesis | |
Kemp et al. | A yeast tRNA mutant that causes pseudohyphal growth exhibits reduced rates of CAG codon translation | |
Dang et al. | Identification of two hydrophilins that contribute to the desiccation and freezing tolerance of yeast (Saccharomyces cerevisiae) cells | |
Samakkarn et al. | Reprogramming of the ethanol stress response in Saccharomyces cerevisiae by the transcription factor Znf1 and its effect on the biosynthesis of glycerol and ethanol | |
Nasution et al. | Loss of D fg5 glycosylphosphatidylinositol‐anchored membrane protein confers enhanced heat tolerance in S accharomyces cerevisiae | |
Zhang et al. | Disruption of the cell wall integrity gene ECM33 results in improved fermentation by wine yeast | |
Hahne et al. | A fluorescence‐based yeast sensor for monitoring acetic acid | |
Latterich et al. | Isolation and characterization of osmosensitive vacuolar mutants of Saccharomyces cerevisiae | |
Escusa et al. | Proteasome‐and SCF‐dependent degradation of yeast adenine deaminase upon transition from proliferation to quiescence requires a new F‐box protein named Saf1p | |
Shiflett et al. | Bph1p, the Saccharomyces cerevisiae homologue of CHS1/beige, functions in cell wall formation and protein sorting | |
Antonets et al. | Distinct mechanisms of phenotypic effects of inactivation and prionization of Swi1 protein in Saccharomyces cerevisiae | |
Tatip et al. | Changes in transcription start sites of Zap1‐regulated genes during zinc deficiency: Implications for HNT1 gene regulation | |
Milgrom et al. | TFIID and Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase functions probed by genome-wide synthetic genetic array analysis using a Saccharomyces cerevisiae taf9-ts allele | |
Buskirk et al. | Adaptive evolution of a rock-paper-scissors sequence along a direct line of descent | |
He et al. | An ethanolamine kinase Eki1 affects radial growth and cell wall integrity in Trichoderma reesei | |
Martins et al. | The PAC-3 transcription factor critically regulates phenotype-associated genes in Neurospora crassa | |
EP1445327B1 (en) | Method of screening drug acting on cell wall | |
Banerjee et al. | Use of Giardia, which appears to have a single nucleotide-sugar transporter for UDP-GlcNAc, to identify the UDP-Glc transporter of Entamoeba |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20141119 |