RU2337141C2 - Способ проведения аллель-специфичной пцр для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и в гена каппа-казеина - Google Patents
Способ проведения аллель-специфичной пцр для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и в гена каппа-казеина Download PDFInfo
- Publication number
- RU2337141C2 RU2337141C2 RU2006134100/13A RU2006134100A RU2337141C2 RU 2337141 C2 RU2337141 C2 RU 2337141C2 RU 2006134100/13 A RU2006134100/13 A RU 2006134100/13A RU 2006134100 A RU2006134100 A RU 2006134100A RU 2337141 C2 RU2337141 C2 RU 2337141C2
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- allele
- specific
- kappa
- cattle
- casein
- Prior art date
Links
Images
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Изобретение относится к области генетики и молекулярной биологии и может быть использовано в селекции сельскохозяйственных животных. Крупный рогатый скот генотипируют по аллелям А и В гена каппа-казеина с помощью двухстадийной полимеразной цепной реакции (ПЦР). Данную реакцию осуществляют с помощью двух В-аллель-специфичных праймеров и двух А-аллель-специфичных праймеров. Применение изобретения обеспечивает эффективную аллель-специфичную ПЦР для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и В гена каппа-казеина. 1 ил.
Description
Изобретение относится к области генетики и селекции сельскохозяйственных животных, в частности к способу ДНК-анализа аллельного полиморфизма гена каппа-казеина крупного рогатого скота.
Существуют различные способы ДНК-анализа аллельного полиморфизма гена каппа-казеина крупного рогатого скота [1, 2, 3], среди которых способ проведения аллель-специфичной ПЦР для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и В гена каппа-казеина [3].
В способе проведения аллель-специфичной ПЦР для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и В гена каппа-казеина, предложенном Rincon G. and Medrano J.F. (2003) [3], используется принцип тетра-праймерной ARMS-PCR, где в реакции применяют 4 олигонуклеотида, два из которых являются внешними (общие праймеры «JK5» и «JK3»), инициирующими при совместном фланкировании амплификацию фрагмента ДНК гена каппа-казеина любого из его аллелей, а остальные два - внутренними (аллель-специфичные праймеры «INNERKCAS FORWARD» и «INNERKCAS REVERSE»), каждый из которых при совместном фланкировании только с одним из внешних праймеров инициирует амплификацию соответствующего аллель-специфичного фрагмента ДНК [3]. (схема 1). Следует отметить, что каждый внутренний праймер помимо рефракторного 3'-терминального «mismatch-нуклеотида» имеет дополнительный некомплементарный ни к одному из аллелей гена каппа-казеина «mismatch-нуклеотид» в позиции -2 от 3'-терминального нуклеотида (-0+) праймера.
Цель изобретения - разработка эффективной техники проведения аллель-специфичной ПЦР для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и В гена каппа-казеина.
Способ проведения аллель-специфичной ПЦР для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и В гена каппа-казеина, схожий со способом, предложенным Rincon G. and Medrano J.F. (2003) [3], включающим подготовку пробы нуклеиновой кислоты, внесение указанной пробы в реакционную смесь для ПЦР, состоящую из дНТФ, буферной системы, Taq ДНК полимеразы, 4-х праймеров; проведение ПЦР; детекцию амплифицированных фрагментов ДНК методом гель-электрофореза; отличается тем, что используются другие последовательности праймеров, все из которых являются аллель-специфичными, не имеющие дополнительных некомплементарных ни к одному из аллелей гена каппа-казеина крупного рогатого скота «mismatch-нуклеотидов» в позиции -2 от 3'-терминальных нуклеотидов праймеров, но имеющие 5'-некомплементарные участки (n) длиной 5-3 нуклеотидов: В-аллель-специфичные праймеры «B-F-hs»: 5'-cccccGTGAGCCTACAAGTACACCTACCAT-3' и «B-R-hs»: 5'-cCcccGATGTCTCCTTAGAGTATTTAGACC-3', которые инициируют амплификацию B-аллель-специфичного фрагмента ДНК гена каппа-казеина крупного рогатого скота размером 156 bp; A-аллель-специфичные праймеры A-F-hs: 5'-gggggCTGTTCACACACAAAAACAGTAAAG-3' и A-R-hs: 5'-gggGGGTGCCTAACCTTATACAGCCTTTCG-3', которые инициируют амплификацию A-аллель-специфичного фрагмента ДНК гена каппа-казеина крупного рогатого скота размером 242 bp; проводят 2-стадийную ПЦР с совмещением температуры отжига и синтеза при 72°С.
Условия проведения реакции
Предлагаемый способ проведения аллель-специфичной ПЦР для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и В гена каппа-казеина проводили на программируемом термоциклере «Терцик» (Россия) в объеме 20 мкл, содержащей 60 мМ Трис-HCl (рН 8,5), 1,5 мМ MgCl2, 25 мМ KCl, 10 мМ меркаптоэтанол; 0,1 мМ тритон Х-100; 0,2 мМ дНТФ, 0.5 ед. Taq ДНК полимеразы, 2 пары аллель-специфичных праймеров: 1-ая пара В-аллель-специфичных праймеров = 0.5 мкМ праймера «B-F-hs»: 5'-cccccGTGAGCCTACAAGTACACCTACCAT-3', 0,5 мкМ праймера «B-R-hs»: 5'-cCcccGATGTCTCCTTAGAGTATTTAGACC-3' (ПЦР амплификация В-аллель-специфичного фрагмента ДНК гена каппа-казеина крупного рогатого скота размером 156 bp); 2-ая пара A-аллель-специфичных праймеров = 0.5 мкМ праймера «A-F-hs»: 5'-gggggCTGTTCACACACAAAAACAGTAAAG-3', 0,5 мкМ праймера «A-R-hs»: 5'-gggGGGTGCCTAACCTTATACAGCCTTTCG -3' (ПЦР амплификация A-аллель-специфичного фрагмента ДНК гена каппа-казеина крупного рогатого скота размером 242 bp); 1 мкл пробы ДНК, выделенной из лейкоцитов крови крупного рогатого скота в следующем оптимальном режиме амплификации: ×1: 94°С - 4 мин; ×40: 94°С - 1 мин, 72°С - 1 мин; ×1: 72°С - 10 мин (схема 1, чертеж).
Визуализацию амплифицированной ДНК проводили методом гель-электрофореза. Для этого продукты амплификации смешивали с буфером для нанесения проб (0,25% бромфенолового синего, 40% (вес-объем) сахарозы в H2O) в соотношении 6:1. Полученную смесь вносили в лунки 2,5% агарозного геля, приготовленного на ТАЕ буфере (0,04 М трис-ацетат, 0,002 М ЭДТА, рН 8,0) с содержанием бромистого этидия 0,5 мкг/мл, и подвергали горизонтальному электрофорезу в ТАЕ буфере при напряжении 15 В/см в течение 1 часа с последующим просматриванием в УФ-трансиллюминаторе (290-330 нм) (чертеж).
Заключение
По результатам практических исследований, направленных на апробацию предлагаемого способа проведения аллель-специфичной ПЦР для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и В гена каппа-казеина, нами получен обеспечиваемый заявленным способом технический результат, выраженный в способности ДНК-анализа аллельного полиморфизма гена каппа-казеина крупного рогатого скота (идентификация генотипов АА, ВВ, АВ) при использовании разработанной нами техники аллель-специфичной ПЦР с праймерами «B-F-hs»+«B-R-hs»+«A-F-hs»+«A-R-hs» (чертеж).
Источники информации
1. Kaminski S. (1993). PCR-RFLP identification of kappa-casein genotype in bulls. PhD Thesis, Agricultural University, Olsztyn.
2. Medrano, J.F. and E.Aguilar-Cordova. 1990. Genotyping of bovine kappa-casein loci following DNA sequence amplification. Bio/Technology. 8: 144-146.
3. Rincon G. and Medrano J.F. (2003), Single nucleotide polymorphism genotyping of bovine milk protein genes using the tetra-primer ARMS-PCR J. Anim. Breed. Genet. 120: 331-337.
Claims (1)
- Способ проведения аллель-специфичной ПЦР для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и В гена каппа-казеина, включающий подготовку пробы нуклеиновой кислоты, внесение указанной пробы в реакционную смесь для ПЦР, состоящую из дНТФ, буферной системы, Taq ДНК полимеразы, 4-х праймеров; проведение ПЦР; детекцию амплифицированных фрагментов ДНК методом гель-электрофореза, отличающийся тем, что используют последовательности праймеров, все из которых являются аллель-специфичными: В-аллель-специфичные праймеры «B-F-hs»: 5'-cccccGTGAGCCTACAAGTACACCTACCAT-3' и «B-R-hs»: 5'-cCcccGATGTCTCCTTAGAGTATTTAGACC-3', которые инициируют амплификацию В-аллель-специфичного фрагмента ДНК гена каппа-казеина крупного рогатого скота размером 156 bp; А-аллель-специфичные праймеры «A-F-hs»: 5'-gggggCTGTTCACACACAAAAACAGTAAAC-3' и «A-R-hs»: 5'-gggGGGTGCCTAACCTTATACAGCCTTTCG-3', которые инициируют амплификацию А-аллель-специфичного фрагмента ДНК гена каппа-казеина крупного рогатого скота размером 242 bp; проводят 2-х стадийную ПЦР с совмещением температуры отжига и синтеза при 72°С.
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2006134100/13A RU2337141C2 (ru) | 2006-09-25 | 2006-09-25 | Способ проведения аллель-специфичной пцр для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и в гена каппа-казеина |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
RU2006134100/13A RU2337141C2 (ru) | 2006-09-25 | 2006-09-25 | Способ проведения аллель-специфичной пцр для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и в гена каппа-казеина |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2006134100A RU2006134100A (ru) | 2008-03-27 |
RU2337141C2 true RU2337141C2 (ru) | 2008-10-27 |
Family
ID=40042231
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2006134100/13A RU2337141C2 (ru) | 2006-09-25 | 2006-09-25 | Способ проведения аллель-специфичной пцр для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и в гена каппа-казеина |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
RU (1) | RU2337141C2 (ru) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2688435C2 (ru) * | 2013-08-19 | 2019-05-21 | Эбботт Молекьюлар Инк. | Набор для получения реакционной смеси для синтеза 3′-o-пропаргил-модифицированной нуклеиновой кислоты |
RU2791519C1 (ru) * | 2021-11-11 | 2023-03-09 | Общество с ограниченной ответственностью "Плем-Анализ" (ООО "Плем-Анализ") | Способ проведения ПЦР с аллель-специфичными зондами для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и В гена каппа-казеина |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2017177025A1 (en) * | 2016-04-06 | 2017-10-12 | Life Technologies Corporation | Compositions, methods, and kits for synthesis and detection of nucleic acids |
-
2006
- 2006-09-25 RU RU2006134100/13A patent/RU2337141C2/ru not_active IP Right Cessation
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
LINDERSSON M, LUND & Eacute; N A, ANDERSSON L. Genotyping bovine milk proteins using allele discrimination by primer length and automated DNA sizing technology. Anim Genet. 1995 Apr; 26(2): 67-72. * |
RINCON G., MEDRANO J.F. Single nucleotide polymorphism genotyping of bovine milk protein genes using the tetra-primer ARMS-PCR. J. Anim. Breed. Genet, 2003, 120: 331-337. * |
Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
RU2688435C2 (ru) * | 2013-08-19 | 2019-05-21 | Эбботт Молекьюлар Инк. | Набор для получения реакционной смеси для синтеза 3′-o-пропаргил-модифицированной нуклеиновой кислоты |
US10577646B2 (en) | 2013-08-19 | 2020-03-03 | Abbott Molecular Inc. | Nucleotide analogs |
US10995363B2 (en) | 2013-08-19 | 2021-05-04 | Abbott Molecular Inc. | Nucleotide analogs |
RU2791519C1 (ru) * | 2021-11-11 | 2023-03-09 | Общество с ограниченной ответственностью "Плем-Анализ" (ООО "Плем-Анализ") | Способ проведения ПЦР с аллель-специфичными зондами для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям А и В гена каппа-казеина |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
RU2006134100A (ru) | 2008-03-27 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Koopaee et al. | SNPs Genotyping technologies and their applications in farm animals breeding programs | |
Bailes et al. | An inexpensive, simple protocol for DNA isolation from blood for high-throughput genotyping by polymerase chain reaction or restriction endonuclease digestion | |
Ramunno et al. | Identification of the goat CSN1S1F allele by means of PCR-RFLP method. | |
US20130059756A1 (en) | Primer set for pcr, peaction liquid for pcr, and method for detecting food poisoning bacteria | |
US10227660B2 (en) | Strand-invasion based DNA amplification method | |
US8409806B2 (en) | Allelic ladder loci | |
ES2776427T3 (es) | Método de amplificación de ADN basado en invasión de cadena | |
US10745732B2 (en) | Genetic marker for discriminating and detecting causative bacteria of fish Edwardsiellosis and Streptococcosis, and method for discriminating and detecting causative bacteria using same | |
Rincón et al. | Genomic polymorphism in Uruguayan Creole cattle using RAPD and microsatellite markers | |
RU2337141C2 (ru) | Способ проведения аллель-специфичной пцр для генотипирования крупного рогатого скота по аллелям а и в гена каппа-казеина | |
KR101843432B1 (ko) | 소 미토콘드리아 dna의 단일염기다형성 마커를 포함하는 소 개체 및 품종 식별용 조성물, 및 이를 이용하는 소의 식별 방법 | |
RU2744595C1 (ru) | Способ определения аллелей генов ryr1, dmd и esr1 методом пцр в "реальном времени", а также с помощью высокопроизводительной пцр в формате микрочипа | |
Kyseľová et al. | Simultaneous identification of CSN3 and LGB genotypes in cattle by high-resolution melting curve analysis | |
Dandapat et al. | A note on a DNA polymorphism study of leptin gene in Sahiwal and crossbred cattle using PCR-RFLP technique | |
Karl et al. | Cost-effective sequence-based nonhuman primate MHC class I genotyping from RNA | |
KR100874378B1 (ko) | 단일염기다형성을 이용한 한우육 판별방법 | |
Dayem et al. | Genotyping of kappa-casein gene in Egyptian buffalo bulls | |
KR101700622B1 (ko) | 개의 품종 식별을 위한 dna 마커 및 이를 이용한 개 품종 식별방법 | |
YU et al. | Tetra-primer amplification refractory mutation system PCR and its application in fauna and flora genetics and breeding research | |
RU2458146C1 (ru) | СПОСОБ ИДЕНТИФИКАЦИИ ПОЛИМОРФИЗМА rs1128446 ГЕНА ТИОРЕДОКСИНРЕДУКТАЗЫ-1 У ЧЕЛОВЕКА | |
KR20130064197A (ko) | 한우 및 수입우 판별에 유용한 단일염기다형성마커 및 이의 용도 | |
EP2505670B1 (en) | Method for the identification of SNPs | |
RU2668829C2 (ru) | Способ проведения аллель-специфичной пцр для генотипирования крупного рогатого скота по аллельным вариантам аа, кк и ак гена фермента диацетил-глицерин о-ацетил трансферазы для определения наследуемости жирномолочности | |
Muhaghegh et al. | Single strand conformation polymorphism (SSCP) in 3’region of growth hormone gene in five breeds of Indian buffalo | |
Badamsuren et al. | Genetic diversity analysis of Mongolian native sheep and other sheep breeds based on microsatellite marker |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20090926 |