RU2022131298A

RU2022131298A - Антитело против cd147

Info

Publication number: RU2022131298A
Application number: RU2022131298A
Authority: RU
Inventors: Кейсуке ФУКУТИ; Каёко НАНАИ; Масато АМАНО; Кодзо ЙОНЕДА; Юсуке ТОТОКИ; Сёдзи ЯМАМОТО
Original assignee: Дайити Санкио Компани, Лимитед
Priority date: 2017-07-27
Filing date: 2018-07-26
Publication date: 2023-06-28

Claims

1. Антитело против человеческого CD147 или его антигенсвязывающий фрагмент, которое конкурирует, по меньшей мере, с одним антителом, выбранным из группы, состоящей из следующих антител по пунктам (A)-(F), за связывание с CD147, и которое активирует сигнальную трансдукцию посредством CD147:

(A) антитело, включающее вариабельную область тяжелой цепи, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 71, и вариабельную область легкой цепи, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 69;

(B) антитело, включающее вариабельную область тяжелой цепи, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 51, и вариабельную область легкой цепи, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 49;

(C) антитело, включающее вариабельную область тяжелой цепи, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 61, и вариабельную область легкой цепи, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 59,

(D) антитело, включающее вариабельную область тяжелой цепи, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 81, и вариабельную область легкой цепи, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 79;

(E) антитело, включающее вариабельную область тяжелой цепи, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 10, и вариабельную область легкой цепи, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 8; и

(F) антитело, включающее вариабельную область тяжелой цепи, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 20, и вариабельную область легкой цепи, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 18.

2. Антитело против человеческого CD147 или его антигенсвязывающий фрагмент, которое связывается с эпитопом, с которым связывается, по меньшей мере, одно антитело, выбранное из группы, состоящей из следующих антител по пунктам (A)-(F), и которое активирует сигнальную трансдукцию посредством CD147:

(C) антитело, включающее вариабельную область тяжелой цепи, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 61, и вариабельную область легкой цепи, состоящую из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 59;

3. Антитело против человеческого CD147 или его антигенсвязывающий фрагмент по п. 1 или 2, которое характеризуется пониженной опосредованной антителами клеточной цитотоксичностью (ADCC) или отсутствием ADCC.

4. Антитело против человеческого CD147 или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп. 1-3, которое характеризуется пониженной комплементзависимой цитотоксичностью (CDC) или отсутствием CDC.

5. Антитело против человеческого CD147 или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп. 1-4, которое характеризуется пониженным антителозависимым клеточным фагоцитозом (ADCP) или отсутствием ADCP.

6. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп. 1-5, которое связывается с эпитопом, включающим остатки аргинина (Arg) в положении 106 до остатков глицина (Gly) в положении 165 в последовательности SEQ ID NO: 3.

7. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп. 1-6, которое связывается с эпитопом, включающим остатки аргинина (Arg) в положении 106, лизина (Lys) в положении 108, аланина (Ala) в положении 109, валина (Val) в положении 110, лизина (Lys) в положении 127, серина (Ser) в положении 128, глутаминовой кислоты (Glu) в положении 129, серина (Ser) в положении 130, валина (Val) в положении 131, пролина (Pro) в положении 132, пролина (Pro) в положении 133, валина (Val) в положении 134, глутамина (Gln) в положении 164 и глицина (Gly) в положении 165 в аминокислотной последовательности, представленной в последовательности SEQ ID NO: 3.

8. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп. 1-7, где:

в последовательности тяжелой цепи, которая включает вариабельную область, имеющую CDRH1, CDRH2 и CDRH3, CDRH1 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 75, CDRH2 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 76, и CDRH3 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 77; и

в последовательности легкой цепи, которая включает вариабельную область, имеющую CDRL1, CDRL2 и CDRL3, CDRL1 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 72, CDRL2 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 73, и CDRL3 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 74.

9. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп. 1-5, которое связывается с эпитопом, включающим аминокислотную последовательность, представленную в последовательности SEQ ID NO: 143, или аминокислотную последовательность, в которой одна или несколько аминокислот удалены, замещены или добавлены в последовательность SEQ ID NO: 143.

10. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп. 1-5 или 9, где:

в последовательности тяжелой цепи, которая включает вариабельную область, имеющую CDRH1, CDRH2 и CDRH3, CDRH1 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 55, CDRH2 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 56, и CDRH3 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 57; и

в последовательности легкой цепи, которая включает вариабельную область, имеющую CDRL1, CDRL2 и CDRL3, CDRL1 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 52, CDRL2 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 53, и CDRL3 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 54.

11. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп. 1-5 или 9, где:

в последовательности тяжелой цепи, которая включает вариабельную область, имеющую CDRH1, CDRH2 и CDRH3, CDRH1 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 65, CDRH2 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 66, и CDRH3 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 67; и

в последовательности легкой цепи, которая включает вариабельную область, имеющую CDRL1, CDRL2 и CDRL3, CDRL1 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 62, CDRL2 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 63, и CDRL3 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 64.

12. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп. 1-5 или 9, где:

в последовательности тяжелой цепи, которая включает вариабельную область, имеющую CDRH1, CDRH2 и CDRH3, CDRH1 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 85, CDRH2 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 86, и CDRH3 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 87; и

в последовательности легкой цепи, которая включает вариабельную область, имеющую CDRL1, CDRL2 и CDRL3, CDRL1 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 82, CDRL2 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 83, и CDRL3 состоит из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 84.

13. Антигенсвязывающий фрагмент антитела по любому из пп. 1-12, который выбирают из группы, состоящей из Fab, F(ab')2, Fab' и Fv.

14. Антитело по любому из пп. 1-12, которое представляет собой scFv.

15. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп. 1-12, которое представляет собой химерное антитело.

16. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп. 1-12, которое является гуманизированным.

17. Антитело по любому из пп. 1-16, где тяжелая цепь включает константную область тяжелой цепи человеческого иммуноглобулина G1, константную область тяжелой цепи человеческого иммуноглобулина G2 или константную область тяжелой цепи человеческого иммуноглобулина G4, и легкая цепь включает константную область легкой цепи человеческого иммуноглобулина к.

18. Антитело по п. 17, где тяжелая цепь включает константную область тяжелой цепи человеческого иммуноглобулина G4.

19. Антитело по п. 18, где в константной области тяжелой цепи человеческого иммуноглобулина G4, серии (Ser) в положении 228, указанном в соответствии с системой нумерации аминокислот в белке, заменен на пролин (Pro).

20. Антитело по п. 18, где в константной области тяжелой цепи человеческого иммуноглобулина G4, фенилаланин (Phe) в положении 234, указанном в соответствии с системой нумерации аминокислот в белке, заменен на аланин (Ala), и лейцин (Leu) в положении 235, указанном в соответствии с системой нумерации аминокислот в белке, заменен на аланин (Ala).

21. Антитело по п. 18, где в константной области тяжелой цепи человеческого иммуноглобулина G4, серии (Ser) в положении 228, указанном в соответствии с системой нумерации аминокислот в белке, заменен на пролин (Pro), фенилаланин (Phe) в положении 234, указанном в соответствии с системой нумерации аминокислот в белке, заменен на аланин (Ala), и лейцин (Leu) в положении 235, указанном в соответствии с системой нумерации аминокислот в белке, заменен на аланин (Ala).

22. Антитело по п. 17, где тяжелая цепь включает константную область тяжелой цепи человеческого иммуноглобулина G2.

23. Противоопухолевая композиция, включающая, по меньшей мере, одно из антител или один из их антигенсвязывающих фрагментов по любому из пп. 1-22 и где опухолью является опухоль, экспрессирующая CD147.

24. Композиция по п. 23, где опухоль представляет собой рак поджелудочной железы, рак печени, рак желудка, рак толстой кишки, рак почки, рак молочной железы, рак матки, рак яичников, рак легкого, лимфому, рак щитовидной железы, рак кожи, рак головы и шеи, саркому, рак предстательной железы, рак мочевого пузыря, рак головного мозга, гастроинтестинальную стромальную опухоль (GIST), лейкоз, острый миелолейкоз (AML), хронический миелолейкоз (CML), хронический лимфоцитарный лейкоз (CLL), острый лимфоцитарный лейкоз (ALL), злокачественную лимфому, В-клеточную лимфому, неходжкинскую лимфому или диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому (DLBCL).

25. Композиция по любому из пп. 23 или 24, где опухоль представляет собой рак поджелудочной железы, рак печени, рак желудка, рак толстой кишки, рак почки, лейкоз, острый миелолейкоз (AML), хронический миелолейкоз (CML), хронический лимфоцитарный лейкоз (CLL), острый лимфоцитарный лейкоз (ALL), злокачественную лимфому, В-клеточную лимфому, неходжкинскую лимфому или диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому (DLBCL).

26. Композиция по любому из пп. 23-25, где опухоль представляет собой SMAD4-положительную опухоль или опухоль, имеющую пониженный уровень экспрессии или характеризующуюся отсутствием экспрессии KLF5.

27. Композиция по любому из пп. 23-26, дополнительно включающая еще одно противоопухолевое средство.

28. Способ лечения опухоли, экспрессирующей CD147, включающий введение пациенту антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по любому из пп. 1-22 или композиции по любому из пп. 23-27.

29. Способ по п. 28, где опухоль представляет собой рак поджелудочной железы, рак печени, рак желудка, рак толстой кишки, рак почки, рак молочной железы, рак матки, рак яичников, рак легкого, лимфому, рак щитовидной железы, рак кожи, рак головы и шеи, саркому, рак предстательной железы, рак мочевого пузыря, рак головного мозга, гастроинтестинальную стромальную опухоль (GIST), лейкоз, острый миелолейкоз (AML), хронический миелолейкоз (CML), хронический лимфоцитарный лейкоз (CLL), острый лимфоцитарный лейкоз (ALL), злокачественную лимфому, В-клеточную лимфому, неходжкинскую лимфому или диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому (DLBCL).

30. Способ по п. 28 или 29, где опухоль представляет собой рак поджелудочной железы, рак печени, рак желудка, рак толстой кишки, рак почки, лейкоз, острый миелолейкоз (AML), хронический миелолейкоз (CML), хронический лимфоцитарный лейкоз (CLL), острый лимфоцитарный лейкоз (ALL), злокачественную лимфому, В-клеточную лимфому, неходжкинскую лимфому или диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому (DLBCL).

31. Способ по любому из пп. 28-30, где опухоль представляет собой SMAD4-положительную опухоль или опухоль, имеющую пониженный уровень экспрессии или характеризующуюся отсутствием экспрессии KLF5.

32. Способ по любому из пп. 28-31, где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, или композицию вводят в комбинации с еще одним противоопухолевым средством.

33. Применение антитела или его антиген-связывающего фрагмента по любому из пп. 1-22 или композиции по любому из пп. 23-27 для лечения опухоли, где опухоль экспрессирует CD147.

34. Применение по п. 33, где опухоль представляет собой рак поджелудочной железы, рак печени, рак желудка, рак толстой кишки, рак почки, рак молочной железы, рак матки, рак яичников, рак легкого, лимфому, рак щитовидной железы, рак кожи, рак головы и шеи, саркому, рак предстательной железы, рак мочевого пузыря, рак головного мозга, гастроинтестинальную стромальную опухоль (GIST), лейкоз, острый миелолейкоз (AML), хронический миелолейкоз (CML), хронический лимфоцитарный лейкоз (CLL), острый лимфоцитарный лейкоз (ALL), злокачественную лимфому, В-клеточную лимфому, неходжкинскую лимфому или диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому (DLBCL).

35. Применение по п. 33 или 34, где опухоль представляет собой рак поджелудочной железы, рак печени, рак желудка, рак толстой кишки, рак почки, лейкоз, острый миелолейкоз (AML), хронический миелолейкоз (CML), хронический лимфоцитарный лейкоз (CLL), острый лимфоцитарный лейкоз (ALL), злокачественную лимфому, В-клеточную лимфому, неходжкинскую лимфому или диффузную крупноклеточную В-клеточную лимфому (DLBCL).

36. Применение по любому из пп. 33-35, где опухоль представляет собой SMAD4-положительную опухоль или опухоль, имеющую пониженный уровень экспрессии или характеризующуюся отсутствием экспрессии KLF5.

37. Применение по любому из пп. 33-36, где антитело или его антигенсвязывающий фрагмент, или композицию вводят в комбинации с еще одним противоопухолевым средством.

38. Полинуклеотид, который кодирует антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп. 1-22.

39. Полинуклеотид по п. 38, который включает полинуклеотид, выбранный из группы, состоящей из следующих полинуклеотидов по пунктам (j1) - (j3)

(j1) полинуклеотида, кодирующего CDRH1, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 75, CDRH2, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 76, и CDRH3, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 77, и полинуклеотид, кодирующего CDRL1, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 72, CDRL2, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 73, и CDRL3, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 74;

(j2) полинуклеотида, имеющего идентичность, по меньшей мере, 95% с последовательностью нуклеотида по пункту (j1); и

(j3) полинуклеотида, в котором от одного до нескольких нуклеотидов заменены, удалены или добавлены в полинуклеотиде по пунктам (j1) или (j2).

40. Полинуклеотид по п. 38, который включает полинуклеотид, выбранный из группы, состоящей из следующих полинуклеотидов по пунктам (i1)-(i3):

(i1) полинуклеотида, кодирующего CDRH1, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 55, CDRH2, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 56, и CDRH3, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 57, и полинуклеотида, кодирующего CDRL1, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 52, CDRL2, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 53, и CDRL3, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 54;

(i2) полинуклеотида, имеющего идентичность, по меньшей мере, 95% с последовательностью нуклеотида по пункту (i1); и

(i3) полинуклеотида, в котором от одного до нескольких нуклеотидов заменены, удалены или добавлены в полинуклеотиде по пунктам (i1) или (i2).

41. Полинуклеотид по п. 38, который включает полинуклеотид выбранный из группы, состоящей из следующих полинуклеотидов по пунктам (k1)-(k3):

(k1) полинуклеотида, кодирующего CDRH1, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 65, CDRH2, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 66, и CDRH3, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 67, и полинуклеотида, кодирующего CDRL1, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 62, CDRL2, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 63, и CDRL3, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 64;

(k2) полинуклеотида, имеющего идентичность, по меньшей мере, 95% с последовательностью нуклеотида по пункту (k1); и

(k3) полинуклеотида, в котором от одного до нескольких нуклеотидов заменены, удалены или добавлены в полинуклеотиде по пунктам (k1) или (k2).

42. Полинуклеотид по п. 38, который включает полинуклеотид выбранный из группы, состоящей из следующих полинуклеотидов по пунктам (m1)-(m3):

(m1) полинуклеотида, кодирующего CDRH1, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 85, CDRH2, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 86, и CDRH3, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 87, и полинуклеотида, кодирующего CDRL1, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 82, CDRL2, состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 83, и CDRL3 и состоящий из аминокислотной последовательности SEQ ID NO: 84;

(m2) полинуклеотида, имеющего идентичность, по меньшей мере, 95% с последовательностью нуклеотида по пункту (m1); и

(m3) полинуклеотида, в котором от одного до нескольких нуклеотидов заменены, удалены или добавлены в полинуклеотиде по пунктам (m1) или (m2).

43. Экспрессирующий вектор, включающий полинуклеотид по любому из пп. 38-42.

44. Клетка-хозяин, трансформированная с помощью экспрессирующего вектора по п. 43.

45. Способ получения антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по любому из пп. 1-22, включающий стадию культивирования клетки-хозяина по п. 44 и собирание целевого антитела или его антигенсвязывающего фрагмента из жидкости над осадком культуры клеток.

46. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп. 1-22, где активация сигнальной трансдукции посредством CD147 представляет собой активацию р38 и/или активацию SMAD4.

47. Антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по п. 46, где активация р38МАРК и/или активация SMAD4 представляет собой повышение уровня экспрессии р38МАРК, фосфорилирование p38MAPK, фосфорилирование HSP27, повышение уровня экспрессии CXCL8, повышение уровня экспрессии rhoB, снижение KLF5 мРНК или снижение уровня экспрессии белка KLF5.

48. Способ лечения опухоли, включающий введение антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по п. 46 или 47.

49. Применение антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по п. 46 или п. 48 для лечения опухоли.

50. Способ прогнозирования восприимчивости к противораковому лечению, включающий:

выявление экспрессии SMAD4 или экспрессии KLF5 в биологическом образце, полученном от пациента с раковым заболеванием; и

определение восприимчивости пациента к противораковому лечению с помощью антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по любому из пп. 1-22 или фармацевтической композиции по любому из пп. 23-27 в качестве положительной в случае, когда у пациента выявляют экспрессию SMAD4, или, когда у пациента выявляют снижение уровня экспрессии KLF5 или отсутствие экспрессии.

51. Способ отбора пациентов для лечения рака, включающий:

отбор пациента в качестве пациента для противоракового лечения с помощью антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по любому из пп. 1-22 или композиции по любому из пп. 23-27, в случае, когда у пациента выявляют экспрессию SMAD4, или когда у пациента выявляют снижение уровня экспрессии KLF5 или отсутствие экспрессии.

52. Способ лечения злокачественного новообразования, включающий:

использование биологического образца, полученного от пациента с раковым заболеванием, для выявления присутствия или отсутствия экспрессии SMAD4 или выявления экспрессии KLF5 в биологическом образце; и

введение антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по любому из пп. 1-22 или фармацевтической композиции по любому из пп. 23-27 пациенту, у которого выявляется экспрессия SMAD4, или пациенту, у которого выявляется снижение уровня экспрессии KLF5 или отсутствие экспрессии KLF5.

53. Применение антитела или его антиген-связывающего фрагмента по любому из пп. 1-22 или композиции по пп. 23-27 для лечения злокачественного новообразования, включающий стадии:

использования биологического образца, полученного от пациента с раковым заболеванием, для выявления присутствия или отсутствия экспрессии SMAD4 или выявления экспрессии KLF5 в биологическом образце; и

введения антитела или его антигенсвязывающего фрагмента или фармацевтической композиции, у которого выявляется экспрессия SMAD4, или пациенту, у которого выявляется снижение уровня экспрессии KLF5 или отсутствие экспрессии KLF5.

54. Набор для определения восприимчивости к противораковому лечению с помощью антитела или его антигенсвязывающего фрагмента по любому из пп. 1-22 или композиции по любому из пп. 23-27, где набор включает, по меньшей мере, одно средство для выявления экспрессии SMAD4 или экспрессии KLF5 в биологическом образце, полученном от пациента с раковым заболеванием.

55. Комплекс антитело-лекарственное средство, включающий антитело или его антигенсвязывающий фрагмент по любому из пп. 1-22, конъюгированное с другим лекарственным средством.

56. Биспецифическое антитело, включающее антигенсвязывающий фрагмент антитела по любому из пп. 1-22 и антигенсвязывающий фрагмент, который связывается с антигеном, не являющимся CD147.