RU2019142994A - Кумарины, замещенные вторичными аминами, и их применение в качестве флуоресцентных меток - Google Patents
Кумарины, замещенные вторичными аминами, и их применение в качестве флуоресцентных меток Download PDFInfo
- Publication number
- RU2019142994A RU2019142994A RU2019142994A RU2019142994A RU2019142994A RU 2019142994 A RU2019142994 A RU 2019142994A RU 2019142994 A RU2019142994 A RU 2019142994A RU 2019142994 A RU2019142994 A RU 2019142994A RU 2019142994 A RU2019142994 A RU 2019142994A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- optionally substituted
- alkyl
- optionally
- nucleotide
- halogen
- Prior art date
Links
- 150000003335 secondary amines Chemical group 0.000 title 1
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 claims 55
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 26
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 26
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 claims 16
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 claims 16
- 150000002367 halogens Chemical class 0.000 claims 16
- 125000004093 cyano group Chemical group *C#N 0.000 claims 14
- 125000000623 heterocyclic group Chemical group 0.000 claims 11
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 claims 10
- 125000000547 substituted alkyl group Chemical group 0.000 claims 10
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 claims 8
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims 8
- 125000004452 carbocyclyl group Chemical group 0.000 claims 7
- 125000001072 heteroaryl group Chemical group 0.000 claims 7
- 125000000896 monocarboxylic acid group Chemical group 0.000 claims 7
- 125000005017 substituted alkenyl group Chemical group 0.000 claims 7
- 125000004426 substituted alkynyl group Chemical group 0.000 claims 7
- RWRDLPDLKQPQOW-UHFFFAOYSA-N Pyrrolidine Chemical compound C1CCNC1 RWRDLPDLKQPQOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 6
- 125000004103 aminoalkyl group Chemical group 0.000 claims 6
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 claims 6
- 125000005415 substituted alkoxy group Chemical group 0.000 claims 6
- 125000003107 substituted aryl group Chemical group 0.000 claims 6
- 125000003545 alkoxy group Chemical group 0.000 claims 5
- 125000003601 C2-C6 alkynyl group Chemical group 0.000 claims 4
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims 4
- NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N Piperidine Chemical compound C1CCNCC1 NQRYJNQNLNOLGT-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 4
- 125000003342 alkenyl group Chemical group 0.000 claims 4
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 claims 4
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 claims 4
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 3
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 claims 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims 2
- 238000003556 assay Methods 0.000 claims 2
- 125000001495 ethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 claims 2
- -1 —CO 2 H Chemical group 0.000 claims 2
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical group OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 claims 1
- 125000000882 C2-C6 alkenyl group Chemical group 0.000 claims 1
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical group C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 claims 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 claims 1
- 125000000304 alkynyl group Chemical group 0.000 claims 1
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 150000001408 amides Chemical class 0.000 claims 1
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 claims 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 claims 1
- 125000000484 butyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 claims 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 claims 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 claims 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims 1
- 238000012252 genetic analysis Methods 0.000 claims 1
- 125000004051 hexyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 claims 1
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims 1
- 125000000959 isobutyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])* 0.000 claims 1
- 125000001449 isopropyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 claims 1
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 claims 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 claims 1
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims 1
- 125000000449 nitro group Chemical group [O-][N+](*)=O 0.000 claims 1
- 125000001147 pentyl group Chemical group C(CCCC)* 0.000 claims 1
- 125000001436 propyl group Chemical group [H]C([*])([H])C([H])([H])C([H])([H])[H] 0.000 claims 1
- 238000000159 protein binding assay Methods 0.000 claims 1
- 125000000548 ribosyl group Chemical group C1([C@H](O)[C@H](O)[C@H](O1)CO)* 0.000 claims 1
- 125000002914 sec-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])C([H])(*)C([H])([H])[H] 0.000 claims 1
- 229910052711 selenium Inorganic materials 0.000 claims 1
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 claims 1
- 125000000999 tert-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
- C07D405/00—Heterocyclic compounds containing both one or more hetero rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms, and one or more rings having nitrogen as the only ring hetero atom
- C07D405/02—Heterocyclic compounds containing both one or more hetero rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms, and one or more rings having nitrogen as the only ring hetero atom containing two hetero rings
- C07D405/04—Heterocyclic compounds containing both one or more hetero rings having oxygen atoms as the only ring hetero atoms, and one or more rings having nitrogen as the only ring hetero atom containing two hetero rings directly linked by a ring-member-to-ring-member bond
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
- C07D413/00—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms
- C07D413/02—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms containing two hetero rings
- C07D413/04—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and oxygen atoms as the only ring hetero atoms containing two hetero rings directly linked by a ring-member-to-ring-member bond
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07D—HETEROCYCLIC COMPOUNDS
- C07D417/00—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and sulfur atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by group C07D415/00
- C07D417/02—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and sulfur atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by group C07D415/00 containing two hetero rings
- C07D417/04—Heterocyclic compounds containing two or more hetero rings, at least one ring having nitrogen and sulfur atoms as the only ring hetero atoms, not provided for by group C07D415/00 containing two hetero rings directly linked by a ring-member-to-ring-member bond
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
- C07F9/02—Phosphorus compounds
- C07F9/28—Phosphorus compounds with one or more P—C bonds
- C07F9/38—Phosphonic acids [RP(=O)(OH)2]; Thiophosphonic acids ; [RP(=X1)(X2H)2(X1, X2 are each independently O, S or Se)]
- C07F9/44—Amides thereof
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
- C07F9/02—Phosphorus compounds
- C07F9/547—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
- C07F9/6558—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing at least two different or differently substituted hetero rings neither condensed among themselves nor condensed with a common carbocyclic ring or ring system
- C07F9/65586—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing at least two different or differently substituted hetero rings neither condensed among themselves nor condensed with a common carbocyclic ring or ring system at least one of the hetero rings does not contain nitrogen as ring hetero atom
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
- C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic Table
- C07F9/02—Phosphorus compounds
- C07F9/547—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
- C07F9/6561—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing systems of two or more relevant hetero rings condensed among themselves or condensed with a common carbocyclic ring or ring system, with or without other non-condensed hetero rings
- C07F9/65616—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom containing systems of two or more relevant hetero rings condensed among themselves or condensed with a common carbocyclic ring or ring system, with or without other non-condensed hetero rings containing the ring system having three or more than three double bonds between ring members or between ring members and non-ring members, e.g. purine or analogs
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/06—Pyrimidine radicals
- C07H19/10—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
- C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
- C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
- C07H19/14—Pyrrolo-pyrimidine radicals
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/107—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties fluorescence
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Plural Heterocyclic Compounds (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Pyrane Compounds (AREA)
- Nitrogen Condensed Heterocyclic Rings (AREA)
Claims (81)
1. Соединение Формулы (I) или его соль:
где:
X представляет собой О, S, Se или NRn, где Rn представляет собой Н или C1-6алкил;
каждый из R и R1 независимо представляет собой Н, галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, С-амидо, N-амидо, -NO2, -SO3H, -SO2NH2, факультативно замещенный алкил, факультативно замещенный алкенил, факультативно замещенный алкинил, факультативно замещенный алкокси, факультативно замещенный аминоалкил, факультативно замещенный карбоциклил, факультативно замещенный гетероциклил, факультативно замещенный арил или факультативно замещенный гетероарил;
каждый из R2 и R4 независимо представляет собой Н, галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, С-амидо, N-амидо, -NO2, -SO3H, -SO2NH2, факультативно замещенный алкил, факультативно замещенный алкенил, факультативно замещенный алкинил, факультативно замещенный алкокси, факультативно замещенный аминоалкил, факультативно замещенный карбоциклил, факультативно замещенный гетероциклил, факультативно замещенный арил или факультативно замещенный гетероарил; или один из R2 и R4 соединен с R3 с образованием факультативно замещенного гетероциклического кольца;
R3 представляет собой Н, С1-6алкил, замещенный С2-6алкил, факультативно замещенный С2-6алкенил, факультативно замещенный С2-6алкинил или факультативно замещенный карбоциклил, гетероциклил, арил или гетероарил, или R3 соединен с R2 или R4 с образованием факультативно замещенного цикла;
где, когда R представляет собой -CN, R3 не является С1-6алкилом;
каждый R5 независимо представляет собой галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, С-амидо, N-амидо, -NO2, -SO3H, -SO2NH2, факультативно замещенный алкил, факультативно замещенный алкенил, факультативно замещенный алкинил, факультативно замещенный алкокси, факультативно замещенный аминоалкил, факультативно замещенный карбоциклил, факультативно замещенный гетероциклил, факультативно замещенный арил или факультативно замещенный гетероарил; и m составляет 0, 1, 2, 3 или 4.
2. Соединение по п. 1, где R представляет собой Н, галоген, -CO2H, амино, -ОН, С-амидо, N-амидо, -NO2, -SO3H, -SO2NH2, факультативно замещенный алкил, факультативно замещенный алкенил, факультативно замещенный алкинил, факультативно замещенный алкокси, факультативно замещенный аминоалкил, факультативно замещенный карбоциклил, факультативно замещенный гетероциклил, факультативно замещенный арил или факультативно замещенный гетероарил.
3. Соединение по п. 1 или 2, где каждый из R2 и R4 независимо представляет собой Н, галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, С-амидо, N-амидо, -NO2, -SO3H, -SO2NH2, факультативно замещенный алкил, факультативно замещенный алкенил, факультативно замещенный алкинил, факультативно замещенный алкокси, факультативно замещенный аминоалкил, факультативно замещенный карбоциклил, факультативно замещенный гетероциклил, факультативно замещенный арил или факультативно замещенный гетероарил; и ни один из R2, и R4 не соединен с R3 с образованием факультативно замещенного гетероциклического кольца.
4. Соединение по п. 2, где R2 представляет собой -SO3H, и/или R4 представляет собой -SO3H.
5. Соединение по любому из пп. 1-4, где
a) X представляет собой О или S, или
b) X представляет собой NRn, при этом Rn представляет собой Н или С1-6алкил, факультативно,
где (a) R3 представляет собой Н; или (b) R3 представляет собой метил, этил, пропил, изопропил, бутил, изобутил, втор-бутил, трет-бутил, пентил или гексил; или (с) R3 представляет собой этил, или
- R3 представляет собой замещенный С2-6алкил, при этом, факультативно:
a) R3 представляет собой С2-6алкил, замещенный -CO2H или
b) R3 представляет собой -(СН2)nCOOH, где n составляет 2, 3, 4, 5 или 6 или
c) R3 представляет собой -(CH2)nSO3H, где n составляет 2, 3, 4, 5 или 6.
6. Соединение по любому из пп. 1-5, характеризующееся по меньшей мере одним из следующего:
- m составляет 0, 1 или 2;
- каждый R5 независимо представляет собой факультативно замещенный C1-6алкил, галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, -SO3H или -SO2NH2,
- факультативно, каждый R5 представляет собой галоген, -CN, -CO2H, -SO3H, -SO2NH2 или факультативно замещенный С1-6алкил,
- факультативно, R5 представляет собой С2-6алкил, замещенный -CO2H, -SO3H, или -SO2NH2,
- факультативно, R5 представляет собой -(СН2)хСООН, при этом X составляет 2, 3, 4, 5 или 6.
7. Соединение по п. 4, где R5 представляет собой -SO3H или -SO2NH2.
8. Соединение по любому из пп. 1-6, где R1 представляет собой Н, галоген или C1-6алкил, факультативно, где R1 представляет собой Н или Cl.
9. Соединение по любому из пп. 1-8, где R представляет собой Н, галоген или C1-6алкил, факультативно, где R1 представляет собой Н или Cl.
10. Соединение по любому из пп. 1-9, где R представляет собой Н, галоген, -CO2H, амино, -ОН, С-амидо, N-амидо, -NO2, -SO3H, -SO2NH2, факультативно замещенный алкил, факультативно замещенный алкенил, факультативно замещенный алкинил, факультативно замещенный алкокси, факультативно замещенный аминоалкил, факультативно замещенный карбоциклил, факультативно замещенный гетероциклил, факультативно замещенный арил или факультативно замещенный гетероарил, факультативно, где R представляет собой Н.
11. Соединение по любому из пп. 1-10, где a) R2 представляет собой Н, факультативно замещенный алкил, С1-4алкил, факультативно замещенный -CO2H, или -SO3H или -SO3H, факультативно, где R2 представляет собой Н или -SO3H или
b) R2 соединен с R3 с образованием факультативно замещенного гетероциклического кольца, предпочтительно пирролидина или пиперидина, факультативно замещенного одной или более алкильными группами.
12. Соединение по любому из пп. 1-11, где R4 представляет собой Н, факультативно замещенный алкил, С1-4алкил, факультативно замещенный -CO2H, или -SO3H или -SO3H, или где R4 соединен с R3 с образованием факультативно замещенного гетероциклического кольца, предпочтительно пирролидина или пиперидина, факультативно замещенного одной или более алкильными группами.
13. Соединение по п. 1, где X представляет собой О или S; R представляет собой Н; R1 представляет собой Н; R3 представляет собой -(СН2)nCOOH, при этом n составляет 2, 3, 4, 5 или 6; R5 представляет собой Н, -SO3H или -SO2NH2; R2 представляет собой Н или -SO3H; и R4 представляет собой Н или -SO3H, факультативно,
a) где R3 представляет собой -(СН2)2СООН или
b) где R3 представляет собой -(СН2)5СООН.
14. Соединение Формулы (II) или его соль:
где:
X' выбран из О, S и NRp, где Rp представляет собой Н или С1-6алкил;
R6 представляет собой Н или С1-4алкил;
R7 представляет собой Н, галоген, -CN, -ОН, факультативно замещенный С1-4алкил, факультативно замещенный С1-4алкенил, факультативно замещенный С2-4алкинил, -CO2H, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(С1-4алкил), -SO2N(С1-4алкил)2 и факультативно замещенный С1-4алкокси;
каждый из R8 и R10 независимо представляет собой Н, галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(С1-4алкил), -SO2N(С1-4алкил)2, факультативно замещенный С1-6алкил, факультативно замещенный С1-6алкенил, факультативно замещенный С2-6алкинил или факультативно замещенный С1-6алкокси; или
один из R8 и R10 представляет собой Н, галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(C1-4алкил), -SO2N(C1-4алкил)2, факультативно замещенный С1-6алкил, факультативно замещенный С1-6алкенил, факультативно замещенный С2-6алкинил, или факультативно замещенный С1-6алкокси, и другой из R8 и R10 совместно с R9 образует факультативно замещенное 4-7-членное гетероциклическое кольцо;
R9 представляет собой С2-6алкил или С1-6алкил, замещенный -CO2H, -CO2C1-4алкил, -CONH2, -CONH(С1-4алкил), -CON(С1-4алкил)2, -CN, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(C1-4алкил) или -SO2N(C1-4алкил)2;
каждый R11 независимо представляет собой галоген, -CN, карбокси, амино, -ОН, С-амидо, N-амидо, нитро, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(С1-4алкил), -SO2N(С1-4алкил)2, факультативно замещенный алкил, факультативно замещенный алкенил, факультативно замещенный алкинил и факультативно замещенный С1-6алкокси; и
q составляет 0, 1 или 2.
15. Соединение по п. 14, характеризующееся по меньшей мере одним из следующего:
i) X' представляет собой О или X' представляет собой S, или X' представляет собой NRp, при этом Rp представляет собой Н или С1-6алкил,
ii) R6 представляет собой Н или R6 представляет собой С1-4алкил,
iii) R7 представляет собой Н или R7 представляет собой факультативно замещенный С1-4алкил, -CO2H, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(С1-4алкил) или -SO2N(С1-4алкил)2, факультативно, где R7 представляет собой С1-4алкил, факультативно замещенный -CO2H,
iv) R8 представляет собой Н или R8 представляет собой -CO2H, -SO3H или -SO2NH2,
v) R10 представляет собой Н или представляет собой -CO2H, -SO3H или -SO2NH2,
vi) (a) R8 представляет собой Н, и R10 представляет собой -SO3H, или (b) R8 представляет собой -SO3H, и R10 представляет собой Н,
vii) один из R8 и R10 представляет собой Н, галоген, -CN, -CO2H, амино, -ОН, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(С1-4алкил), -SO2N(С1-4алкил)2, факультативно замещенный С1-6алкил, факультативно замещенный С1-6алкенил, факультативно замещенный С2-6алкинил, или факультативно замещенный С1-6алкокси, и другой из R8 и R10 совместно с R9 образует факультативно замещенное 4-7-членное гетероциклическое кольцо,
viii) R9 представляет собой С2-6алкил или R9 представляет собой С1-6алкил, замещенный -CO2H, -СО2С1-4алкил, -CONH2, -CONH(С1-4алкил), -CON(C1-4алкил)2, -CN, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(C1-4алкил) или -SO2N(C1-4алкил)2, факультативно, где
R9 представляет собой С1-6алкил, замещенный -CO2H, предпочтительно где R9 представляет собой -(СН2)у-CO2H, при этом у составляет 2, 3, 4 или 5,
ix) каждый R11 независимо представляет собой галоген, -CO2H, -SO3H, -SO2NH2, -SO2NH(C1-4алкил), -SO2N(C1-4алкил)2 или факультативно замещенный алкил,
x) q составляет 0, 1 или 2.
16. Соединение, выбранное из группы, состоящей из:
и их солей.
17. Соединение по любому из предшествующих пунктов, где указанное соединение присоединено к нуклеотиду или олигонуклеотиду.
18. Нуклеотид или олигонуклеотид, меченный соединением по любому из пп. 1-16.
19. Меченый нуклеотид или олигонуклеотид по п. 18, факультативно включающий по меньшей мере одно из следующего:
- соединение по пп. 1-5 присоединено через R3 Формулы (I) или R9 Формулы (II), дополнительно включая следующее
- R3 в Формуле (I) представляет собой -(СН2)nCOOH, при этом n составляет 2, 3, 4, 5 или 6, или R9 в Формуле (II) представляет собой -(СН2)уСООН, при этом у составляет 2, 3, 4, 5 или 6, и в результате присоединения образуется амид с использованием -СООН группы,
- метка присоединена к положению С5 пиримидинового основания или положению С7 7-деазапуринового основания через линкерный фрагмент,
- дополнительно включающий 3'ОН блокирующую группу, ковалентно присоединенную к рибозному или дезоксирибозному сахару нуклеотида.
20. Набор, включающий первый меченый нуклеотид по п. 19 и второй меченый нуклеотид, факультативно,
i) где второй нуклеотид мечен соединением, отличным от соединения-метки первого меченого нуклеотида, или не имеет метки, факультативно, а) при этом первый и второй меченые нуклеотиды могут быть возбуждены светом лазера с одной длиной волны и/или b) при этом указанный набор дополнительно включает третий нуклеотид и четвертый нуклеотид, причем каждый из второго, третьего и четвертого нуклеотидов мечен отличным соединением, или не имеет метки, и каждая метка имеет отчетливый максимум поглощения, отличимый от других меток,
ii) где набор включает четыре нуклеотида, при этом первый из четырех нуклеотидов представляет собой меченый нуклеотид по любому из пп. 18 или 19, второй из четырех нуклеотидов имеет вторую метку, третий нуклеотид имеет третью метку, и четвертый нуклеотид не имеет метки (темный), или
iii) где набор включает четыре нуклеотида, при этом первый из четырех нуклеотидов представляет собой меченый нуклеотид по любому из пп. 18 или 19, второй из четырех нуклеотидов имеет вторую метку, третий нуклеотид содержит смесь из двух указанных меток, и четвертый нуклеотид не имеет метки (темный).
21. Применение соединения по любому из пп. 1-17, олигонуклеотида по п. 18 или 19 или набора по п. 20 в секвенировании, экспрессионном анализе, анализе гибридизации, генетическом анализе, анализе РНК или анализе связывания белка.
22. Применение по п. 21 с использованием устройства для автоматизированного секвенирования, где устройство для автоматизированного секвенирования включает два лазера, функционирующих с различными длинами волны.
23. Способ секвенирования, включающий введение нуклеотида по любому из пп. 18 или 19 в анализ секвенированием, при этом указанный способ факультативно включает обнаружение нуклеотида, причем анализ секвенированием факультативно выполняют на устройстве для автоматизированного секвенирования, а устройство для автоматизированного секвенирования включает два источника света, функционирующих с различными длинами волны.
24. Способ синтеза соединения Формулы (I) или Формулы (II), рассмотренного выше.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| GBGB1716931.9A GB201716931D0 (en) | 2017-10-16 | 2017-10-16 | New fluorescent compounds and their use as biomarkers |
| GB1716931.9 | 2017-10-16 | ||
| PCT/GB2018/052971 WO2019077331A1 (en) | 2017-10-16 | 2018-10-16 | SECONDARY AMINE SUBSTITUTED COUMARIN COMPOUNDS AND USES THEREOF AS FLUORESCENT MARKERS |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2019142994A true RU2019142994A (ru) | 2021-06-23 |
| RU2019142994A3 RU2019142994A3 (ru) | 2021-06-23 |
| RU2756272C2 RU2756272C2 (ru) | 2021-09-29 |
Family
ID=60419088
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2019142994A RU2756272C2 (ru) | 2017-10-16 | 2018-10-16 | Кумарины, замещенные вторичными аминами, и их применение в качестве флуоресцентных меток |
Country Status (13)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US11390619B2 (ru) |
| EP (1) | EP3697778A1 (ru) |
| JP (1) | JP7307686B2 (ru) |
| KR (1) | KR102411545B1 (ru) |
| CN (1) | CN111094276A (ru) |
| AU (1) | AU2018351881B2 (ru) |
| CA (1) | CA3060885C (ru) |
| GB (1) | GB201716931D0 (ru) |
| IL (1) | IL271613A (ru) |
| RU (1) | RU2756272C2 (ru) |
| SG (1) | SG11201909761WA (ru) |
| WO (1) | WO2019077331A1 (ru) |
| ZA (1) | ZA201906890B (ru) |
Families Citing this family (17)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| GB201716931D0 (en) | 2017-10-16 | 2017-11-29 | Illumina Cambridge Ltd | New fluorescent compounds and their use as biomarkers |
| WO2020178231A1 (en) * | 2019-03-01 | 2020-09-10 | Illumina, Inc. | Multiplexed fluorescent detection of analytes |
| NL2023327B1 (en) * | 2019-03-01 | 2020-09-17 | Illumina Inc | Multiplexed fluorescent detection of analytes |
| US20230019461A1 (en) * | 2019-07-12 | 2023-01-19 | Nippon Kayaku Kabushiki Kaisha | Polarized light-emitting film containing water-soluble coumarin compound or salt thereof, polarized light-emitting plate, and display device |
| AU2020389779A1 (en) | 2019-11-27 | 2022-05-26 | Illumina Cambridge Limited | Cyclooctatetraene containing dyes and compositions |
| US11981964B2 (en) * | 2020-07-28 | 2024-05-14 | Illumina Cambridge Limited | Substituted coumarin dyes and uses as fluorescent labels |
| US20220195517A1 (en) * | 2020-12-17 | 2022-06-23 | Illumina Cambridge Limited | Long stokes shift chromenoquinoline dyes and uses in sequencing applications |
| AU2022277632A1 (en) | 2021-05-20 | 2023-11-09 | Illumina Cambridge Limited | Compositions and methods for sequencing by synthesis |
| US20230304086A1 (en) | 2022-03-28 | 2023-09-28 | Illumina Cambridge Limited | Labeled avidin and methods for sequencing |
| US20230357845A1 (en) | 2022-03-31 | 2023-11-09 | Illumina, Inc. | Compositions and methods for improving sequencing signals |
| AU2023244351A1 (en) | 2022-03-31 | 2024-01-18 | Illumina, Inc. | Nucleosides and nucleotides with 3' vinyl blocking group useful in sequencing by synthesis |
| WO2023232829A1 (en) | 2022-05-31 | 2023-12-07 | Illumina, Inc | Compositions and methods for nucleic acid sequencing |
| WO2024068889A2 (en) | 2022-09-30 | 2024-04-04 | Illumina, Inc. | Compositions and methods for reducing photo damage during sequencing |
| AU2023409138A1 (en) | 2022-12-22 | 2024-10-03 | Illumina, Inc. | Transition-metal catalyst compositions and methods for sequencing by synthesis |
| WO2024137774A1 (en) | 2022-12-22 | 2024-06-27 | Illumina, Inc. | Palladium catalyst compositions and methods for sequencing by synthesis |
| US20240271206A1 (en) | 2022-12-27 | 2024-08-15 | Illumina, Inc. | Methods of sequencing using 3' allyl blocked nucleotides |
| US20240327909A1 (en) | 2023-03-30 | 2024-10-03 | Illumina, Inc. | Compositions and methods for nucleic acid sequencing |
Family Cites Families (40)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5268486A (en) | 1986-04-18 | 1993-12-07 | Carnegie-Mellon Unversity | Method for labeling and detecting materials employing arylsulfonate cyanine dyes |
| US5302509A (en) | 1989-08-14 | 1994-04-12 | Beckman Instruments, Inc. | Method for sequencing polynucleotides |
| JP2999841B2 (ja) * | 1991-04-03 | 2000-01-17 | 三井化学株式会社 | 発光スクリーン用樹脂組成物 |
| JPH0559111A (ja) * | 1991-09-03 | 1993-03-09 | Mitsui Toatsu Chem Inc | 光重合性樹脂組成物 |
| DE4302459A1 (de) * | 1993-01-29 | 1994-08-04 | Bayer Ag | Sulfocumarinhaltige Nukleotide und deren Verwendung in Nachweisverfahren für Nukleinsäuren |
| JPH0743896A (ja) * | 1993-07-28 | 1995-02-14 | Toyobo Co Ltd | 光重合性組成物 |
| US5846719A (en) | 1994-10-13 | 1998-12-08 | Lynx Therapeutics, Inc. | Oligonucleotide tags for sorting and identification |
| DE19509043A1 (de) | 1995-03-03 | 1996-09-05 | Bayer Ag | Cyanierung von Doppelbindungssystemen |
| EP0983364B1 (en) * | 1997-03-12 | 2002-06-12 | PE Corporation (NY) | Dna polymerases having improved labeled nucleotide incorporation properties |
| AU6846698A (en) | 1997-04-01 | 1998-10-22 | Glaxo Group Limited | Method of nucleic acid amplification |
| US6465178B2 (en) | 1997-09-30 | 2002-10-15 | Surmodics, Inc. | Target molecule attachment to surfaces |
| US6485944B1 (en) | 1997-10-10 | 2002-11-26 | President And Fellows Of Harvard College | Replica amplification of nucleic acid arrays |
| GB0002310D0 (en) | 2000-02-01 | 2000-03-22 | Solexa Ltd | Polynucleotide sequencing |
| IL141148A0 (en) | 1998-07-30 | 2002-02-10 | Solexa Ltd | Arrayed biomolecules and their use in sequencing |
| AR021833A1 (es) | 1998-09-30 | 2002-08-07 | Applied Research Systems | Metodos de amplificacion y secuenciacion de acido nucleico |
| US6391937B1 (en) | 1998-11-25 | 2002-05-21 | Motorola, Inc. | Polyacrylamide hydrogels and hydrogel arrays made from polyacrylamide reactive prepolymers |
| US6664061B2 (en) | 1999-06-25 | 2003-12-16 | Amersham Biosciences Ab | Use and evaluation of a [2+2] photoaddition in immobilization of oligonucleotides on a three-dimensional hydrogel matrix |
| US6372813B1 (en) | 1999-06-25 | 2002-04-16 | Motorola | Methods and compositions for attachment of biomolecules to solid supports, hydrogels, and hydrogel arrays |
| AU2001279244A1 (en) | 2000-08-09 | 2002-02-18 | Motorola, Inc. | The use and evaluation of a (2+2) photocycloaddition in immobilization of oligonucleotides on a three-dimensional hydrogel matrix |
| EP1322710B2 (en) | 2000-09-29 | 2015-02-18 | Life Technologies Corporation | Modified carbocyanine dyes and their conjugates |
| JP4143270B2 (ja) * | 2001-03-21 | 2008-09-03 | 三菱製紙株式会社 | 感光性組成物および感光性平版印刷版材料 |
| DK3147292T3 (en) | 2002-08-23 | 2018-12-03 | Illumina Cambridge Ltd | LABELED NUCLEOTIDES |
| DK3363809T3 (da) | 2002-08-23 | 2020-05-04 | Illumina Cambridge Ltd | Modificerede nukleotider til polynukleotidsekvensering |
| DE10258150A1 (de) | 2002-12-10 | 2004-07-08 | Dyomics Gmbh | Hydrophile Marker auf der Basis von Benzopyrylo-Polymethinen |
| JP2005007851A (ja) * | 2003-05-23 | 2005-01-13 | Fuji Photo Film Co Ltd | 多色感熱記録材料 |
| GB0321306D0 (en) | 2003-09-11 | 2003-10-15 | Solexa Ltd | Modified polymerases for improved incorporation of nucleotide analogues |
| GB0326073D0 (en) | 2003-11-07 | 2003-12-10 | Solexa Ltd | Improvements in or relating to polynucleotide arrays |
| US20110059865A1 (en) | 2004-01-07 | 2011-03-10 | Mark Edward Brennan Smith | Modified Molecular Arrays |
| JP4990886B2 (ja) | 2005-05-10 | 2012-08-01 | ソレックサ リミテッド | 改良ポリメラーゼ |
| US20070020457A1 (en) | 2005-07-21 | 2007-01-25 | 3M Innovative Properties Company | Composite particle comprising an abrasive grit |
| US8431416B2 (en) | 2009-04-01 | 2013-04-30 | Becton, Dickinson And Company | Reactive heterocycle-substituted 7-hydroxycoumarins and their conjugates |
| KR101133246B1 (ko) * | 2010-02-24 | 2012-04-05 | 원광대학교산학협력단 | 신규한 코마린 유도체, 이의 제조방법 및 상기 코마린 유도체를 포함하는 형광 면역측정용 키트 |
| US9389182B2 (en) * | 2011-08-31 | 2016-07-12 | University Of Southern California | Labeling of proteins with the fluorophore 7-amino-4-methylcoumarin (AMC) generated novel proteolytic substrates |
| US9012022B2 (en) | 2012-06-08 | 2015-04-21 | Illumina, Inc. | Polymer coatings |
| EP2970356B1 (en) | 2013-03-15 | 2018-05-30 | Illumina Cambridge Limited | Modified nucleosides or nucleotides |
| CN103740136B (zh) * | 2013-12-29 | 2016-01-06 | 浙江龙盛集团股份有限公司 | 一种高牢度分散翠蓝染料组合物 |
| GB201508858D0 (en) | 2015-05-22 | 2015-07-01 | Illumina Cambridge Ltd | Polymethine compounds with long stokes shifts and their use as fluorescent labels |
| GB201516987D0 (en) | 2015-09-25 | 2015-11-11 | Illumina Cambridge Ltd | Polymethine compounds and their use as fluorescent labels |
| US10385214B2 (en) * | 2016-09-30 | 2019-08-20 | Illumina Cambridge Limited | Fluorescent dyes and their uses as biomarkers |
| GB201716931D0 (en) | 2017-10-16 | 2017-11-29 | Illumina Cambridge Ltd | New fluorescent compounds and their use as biomarkers |
-
2017
- 2017-10-16 GB GBGB1716931.9A patent/GB201716931D0/en not_active Ceased
-
2018
- 2018-10-16 SG SG11201909761WA patent/SG11201909761WA/en unknown
- 2018-10-16 KR KR1020197038714A patent/KR102411545B1/ko active IP Right Grant
- 2018-10-16 WO PCT/GB2018/052971 patent/WO2019077331A1/en unknown
- 2018-10-16 US US16/604,964 patent/US11390619B2/en active Active
- 2018-10-16 CN CN201880044334.5A patent/CN111094276A/zh active Pending
- 2018-10-16 AU AU2018351881A patent/AU2018351881B2/en active Active
- 2018-10-16 EP EP18788878.9A patent/EP3697778A1/en active Pending
- 2018-10-16 RU RU2019142994A patent/RU2756272C2/ru active
- 2018-10-16 JP JP2019570930A patent/JP7307686B2/ja active Active
- 2018-10-16 CA CA3060885A patent/CA3060885C/en active Active
-
2019
- 2019-10-18 ZA ZA2019/06890A patent/ZA201906890B/en unknown
- 2019-12-19 IL IL271613A patent/IL271613A/en unknown
-
2022
- 2022-07-01 US US17/856,441 patent/US11858923B2/en active Active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| AU2018351881B2 (en) | 2021-07-22 |
| US20210188832A1 (en) | 2021-06-24 |
| KR20200052856A (ko) | 2020-05-15 |
| JP2020537630A (ja) | 2020-12-24 |
| US11390619B2 (en) | 2022-07-19 |
| EP3697778A1 (en) | 2020-08-26 |
| US20230025669A1 (en) | 2023-01-26 |
| CN111094276A (zh) | 2020-05-01 |
| CA3060885A1 (en) | 2019-04-25 |
| ZA201906890B (en) | 2023-03-29 |
| AU2018351881A1 (en) | 2019-11-07 |
| BR112019027604A2 (pt) | 2020-07-07 |
| CA3060885C (en) | 2023-06-13 |
| SG11201909761WA (en) | 2020-02-27 |
| RU2756272C2 (ru) | 2021-09-29 |
| KR102411545B1 (ko) | 2022-06-20 |
| WO2019077331A1 (en) | 2019-04-25 |
| JP7307686B2 (ja) | 2023-07-12 |
| US11858923B2 (en) | 2024-01-02 |
| RU2019142994A3 (ru) | 2021-06-23 |
| GB201716931D0 (en) | 2017-11-29 |
| IL271613A (en) | 2020-02-27 |
| NZ758381A (en) | 2023-11-24 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2019142994A (ru) | Кумарины, замещенные вторичными аминами, и их применение в качестве флуоресцентных меток | |
| US11981955B2 (en) | Polymethine compounds and their use as fluorescent labels | |
| AU2013380645B2 (en) | Polymethine compounds and their use as fluorescent labels | |
| AU2002354577B2 (en) | Nucleotide compositions comprising photocleavable markers and methods of preparation thereof | |
| CO5580803A2 (es) | Derivados de piperidin-bencensulfonamida | |
| RU2010144823A (ru) | Гетероциклические ингибиторы мек и способы их применения | |
| EA200801176A1 (ru) | Способы и соединения для получения аналогов сс-1065 | |
| ES2431163T3 (es) | Inhibidores de PIM quinasa y métodos para su uso | |
| CY1112283T1 (el) | Μεθοδος για την παρασκευη 17-βινυλ-τριφλικων ως ενδιaμεσα | |
| RU2009117654A (ru) | Получение азоксистробина | |
| CY1114548T1 (el) | Διεργασιες για την παρασκευη azoxystrobin με τη χρηση dabco ως καταλυτη και νεα ενδιαμεσα που χρησιμοποιουνται στις διεργασιες | |
| AR031251A1 (es) | Derivado de pirimidina, composicion farmaceutica que lo comprende, su uso en la fabricacion de un medicamento y proceso de preparacion | |
| RU2014124974A (ru) | Фотоактивируемое химическое обесцвечивание красителей | |
| EA201390916A1 (ru) | Новые ферроценовые метки для электрохимического анализа и их применение в аналитических способах | |
| EP3828167A1 (en) | Polymethine compounds and their use as fluorescent labels | |
| EA200500268A1 (ru) | Производные диоксан-2-алкилкарбаматов, способ их получения и применение в терапии | |
| US20140255917A1 (en) | Polymethine compounds and their use as fluorescent labels | |
| JP2022537677A (ja) | ２つのローダミン誘導体および核酸分子を含む蛍光複合体 | |
| NL2023327B1 (en) | Multiplexed fluorescent detection of analytes | |
| WO2005014723A1 (en) | Cyanin-type compounds having an alkynyl linker arm | |
| EA200100825A1 (ru) | Новые 1-арил-4-тиотриазины | |
| Sun et al. | Facile one-step synthesis of 2, 5-diketopiperazines | |
| DE602004004679D1 (de) | Verfahren zur herstellung des hemicalciumsalzes von (e)-7-ä4-(4-fluorphenyl)-6-isopropyl-2-ämethyl(methylsulfonyl)aminoüpyrimidin-5-ylü(3r,5s)-3,5-dihydroxy-6-heptensäure | |
| JP2013530948A5 (ru) | ||
| EA200800633A1 (ru) | Способ получения производных сартана и промежуточных соединений, пригодных для этого способа |