RU2018125593A - Структуры мирнк с высокой активностью и сниженным воздействием вне мишени - Google Patents

Структуры мирнк с высокой активностью и сниженным воздействием вне мишени Download PDF

Info

Publication number
RU2018125593A
RU2018125593A RU2018125593A RU2018125593A RU2018125593A RU 2018125593 A RU2018125593 A RU 2018125593A RU 2018125593 A RU2018125593 A RU 2018125593A RU 2018125593 A RU2018125593 A RU 2018125593A RU 2018125593 A RU2018125593 A RU 2018125593A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
molecule
chain
seq
nucleotides
antisense
Prior art date
Application number
RU2018125593A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2018125593A3 (ru
RU2788030C2 (ru
Inventor
Венбин ИН
Кендзироу МИНОМИ
Йенс ХАРБОРТ
Сима СИНА
Джейн ЧЖЭН
Нарендра ВАИШ
Original Assignee
Нитто Денко Корпорейшн
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Нитто Денко Корпорейшн filed Critical Нитто Денко Корпорейшн
Publication of RU2018125593A publication Critical patent/RU2018125593A/ru
Publication of RU2018125593A3 publication Critical patent/RU2018125593A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2788030C2 publication Critical patent/RU2788030C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C12N15/1137—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing against enzymes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/713—Double-stranded nucleic acids or oligonucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P43/00—Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/00-A61P41/00
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/111—General methods applicable to biologically active non-coding nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Y—ENZYMES
    • C12Y205/00—Transferases transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups (2.5)
    • C12Y205/01—Transferases transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups (2.5) transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups (2.5.1)
    • C12Y205/01018—Glutathione transferase (2.5.1.18)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/321—2'-O-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/322—2'-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/34—Spatial arrangement of the modifications
    • C12N2310/343—Spatial arrangement of the modifications having patterns, e.g. ==--==--==--
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/35—Nature of the modification
    • C12N2310/352—Nature of the modification linked to the nucleic acid via a carbon atom
    • C12N2310/3521—Methyl
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/35—Nature of the modification
    • C12N2310/353—Nature of the modification linked to the nucleic acid via an atom other than carbon
    • C12N2310/3533—Halogen
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/50—Methods for regulating/modulating their activity
    • C12N2320/53—Methods for regulating/modulating their activity reducing unwanted side-effects

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
  • Medicinal Preparation (AREA)
  • Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Claims (41)

1. Молекула нуклеиновой кислоты, где:
a) молекула имеет полинуклеотидную смысловую цепь и полинуклеотидную антисмысловую цепь;
b) каждая цепь молекулы составляет от 15 до 30 нуклеотидов в длину;
c) непрерывная область от 15 до 30 нуклеотидов антисмысловой цепи комплементарна последовательности мРНК;
d) по меньшей мере часть смысловой цепи комплементарна по меньшей мере части антисмысловой цепи, и молекула имеет область дуплекса от 15 до 30 нуклеотидов в длину, в которой один или более нуклеотидов в области дуплекса в положениях с 3 до 8 от 5'-конца антисмысловой цепи представляют собой дезоксинуклеотиды.
2. Молекула по п. 1, в которой антисмысловая цепь имеет дезоксинуклеотиды во множестве положений, множество положений представляет собой одно из следующих:
каждое из положений 4, 6 и 8 от 5'-конца антисмысловой цепи;
каждое из положений 3, 5 и 7 от 5'-конца антисмысловой цепи;
каждое из положений 1, 3, 5 и 7 от 5'-конца антисмысловой цепи;
каждое из положений 3-8 от 5'-конца антисмысловой цепи; и
каждое из положений 5-8 от 5'-конца антисмысловой цепи.
3. Молекула по п. 1, где молекула представляет собой RNAi молекулу, активную для модулирования экспрессии мРНК.
4. Молекула по п. 1, где молекула активна для ингибирования экспрессии гена, выбранного из кодирующих белок генов, протоонкогенов, онкогенов, генов-супрессоров опухолей и генов клеточной сигнализации.
5. Молекула по п. 1, в котором мРНК представляет собой мРНК человека.
6. Молекула по п. 1, в котором мРНК представляет собой мРНК человека, экспрессирующую любой элемент или подэлемент семейства белков человека, включающего SRY, β-глобин, RAS, цитозольную GST, митохондриальную GST, MAPEG GST, GST-π, p16, p21, p53, сывороточный альбумин, коллаген VII типа, C3 комплемента, аполипопротеин B, фенилаланингидроксилазу, фактор VIII, гентингтин, белок ретинобластомы RB1, CFTR, титин, атрофин и дистрофин.
7. Молекула по п. 1, где молекула имеет IC50 для нокдауна мРНК меньше чем 100 пМ.
8. Молекула по п. 1, где молекула имеет IC50 для нокдауна мРНК меньше чем 50 пМ.
9. Молекула по п. 1, где молекула имеет IC50 для нокдауна мРНК меньше чем 10 пМ.
10. Молекула по п. 1, где одно введение молекулы ингибирует мРНК по меньшей мере на 25% in vivo.
11. Молекула по п. 1, в которой каждая цепь молекулы составляет от 18 до 22 нуклеотидов в длину.
12. Молекула по п. 1, в которой область дуплекса составляет 19 нуклеотидов в длину.
13. Молекула по п. 1, в которой полинуклеотидная смысловая цепь и полинуклеотидная антисмысловая цепь соединены в виде одной цепи и образуют область дуплекса, соединенную на одном конце с помощью петли.
14. Молекула по п. 1, где молекула имеет тупой конец.
15. Молекула по п. 1, где молекула имеет один или более 3'- липких концов.
16. Молекула по п. 1, в которой один или более нуклеотидов в области дуплекса модифицирован или химически модифицирован.
17. Молекула по п. 16, в которой модифицированные или химически модифицированные нуклеотиды представляют собой 2′-O-алкилзамещенные нуклеотиды, 2′-дезокси-2′-фторзамещенные нуклеотиды, фосфотиоатные нуклеотиды, замкнутые нуклеотиды или любое их сочетание.
18. Молекула по п. 1, в которой последовательность оснований антисмысловой цепи представляет собой SEQ ID №№ 157 и последовательность оснований смысловой цепи представляет собой SEQ ID №№ 131.
19. Молекула по п. 1, в которой антисмысловая цепь представляет собой SEQ ID №№ 182 и смысловая цепь представляет собой SEQ ID №№ 156.
20. Молекула по п. 1, в которой последовательность оснований антисмысловой цепи представляет собой SEQ ID №№ 195 и последовательность оснований смысловой цепи представляет собой SEQ ID №№ 183.
21. Молекула по п. 1, в которой антисмысловая цепь представляет собой SEQ ID №№ 205 и смысловая цепь представляет собой SEQ ID №№ 193.
22. Молекула по п. 1, в которой антисмысловая цепь представляет собой SEQ ID №№ 357 и смысловая цепь представляет собой SEQ ID №№ 343.
23. Молекула по п. 1, в которой антисмысловая цепь представляет собой SEQ ID №№ 356 и смысловая цепь представляет собой SEQ ID №№ 342.
24. Фармацевтическая композиция, содержащая молекулу по любому из пп. 1-23 и фармацевтически приемлемый носитель.
25. Фармацевтическая композиция по п. 24, в которой носитель содержит липидную молекулу или липосому.
26. Вектор или клетка, содержащие молекулу по любому из пп. 1-23.
27. Способ предотвращения, лечения или улучшения заболевания у субъекта, нуждающегося в этом, посредством сайленсинга генов, где способ включает введение субъекту композиции по п. 24.
28. Способ по п. 27, в котором заболевание представляет собой злокачественную опухоль, злокачественное новообразование, саркому или карциному.
29. Применение композиции по п. 24 для предотвращения, улучшения или лечения заболевания или состояния у субъекта, нуждающегося в этом.
30. Композиция по п. 24 для применения в медицинской терапии.
31. Композиция по п. 24 для применения в лечении организма человека или животного.
32. Применение композиции по п. 24 для получения или изготовления лекарственного средства для предотвращения, улучшения или лечения заболевания или состояния у субъекта, нуждающегося в этом.
RU2018125593A 2015-12-13 2016-12-12 Структуры мирнк с высокой активностью и сниженным воздействием вне мишени RU2788030C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201562266675P 2015-12-13 2015-12-13
US62/266,675 2015-12-13
PCT/US2016/066239 WO2017106111A1 (en) 2015-12-13 2016-12-12 Sirna structures for high activity and reduced off target

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2018125593A true RU2018125593A (ru) 2020-01-13
RU2018125593A3 RU2018125593A3 (ru) 2020-04-06
RU2788030C2 RU2788030C2 (ru) 2023-01-16

Family

ID=

Also Published As

Publication number Publication date
US20170166898A1 (en) 2017-06-15
US20220267779A1 (en) 2022-08-25
TW201726920A (zh) 2017-08-01
CN108367022A (zh) 2018-08-03
WO2017106111A1 (en) 2017-06-22
CA3005937C (en) 2021-11-09
JP2018537104A (ja) 2018-12-20
RU2018125593A3 (ru) 2020-04-06
EP3386519A1 (en) 2018-10-17
JP6457704B2 (ja) 2019-01-23
EP3386519B1 (en) 2021-03-24
BR112018008344A2 (pt) 2018-10-30
US10358647B2 (en) 2019-07-23
AU2016371624B2 (en) 2020-08-27
TWI752927B (zh) 2022-01-21
US11390871B2 (en) 2022-07-19
AU2016371624A1 (en) 2018-07-12
US11926831B2 (en) 2024-03-12
EP3386519A4 (en) 2018-11-07
EP3816287A1 (en) 2021-05-05
PT3386519T (pt) 2021-04-27
CA3005937A1 (en) 2017-06-22
ES2865030T3 (es) 2021-10-14
US20190323015A1 (en) 2019-10-24
KR20180086260A (ko) 2018-07-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Li et al. Inhibition of microRNA-497 ameliorates anoxia/reoxygenation injury in cardiomyocytes by suppressing cell apoptosis and enhancing autophagy
Kumarswamy et al. SERCA2a gene therapy restores microRNA-1 expression in heart failure via an Akt/FoxO3A-dependent pathway
Qiu et al. microRNAs and neurodegenerative diseases
Chen et al. Implication of miRNAs for inflammatory bowel disease treatment: Systematic review
Ling Non-coding RNAs: therapeutic strategies and delivery systems
HRP20190992T1 (hr) Suprimiranje gena za huntingtin inducirano s rnai
JP2018513668A5 (ru)
JP2018512060A5 (ru)
RU2017126598A (ru) Рнк-агенты для модуляции гена gst-pi
US8883751B2 (en) Composition containing microRNA-21 inhibitor for enhancing radiation sensitivity
JP2018512041A5 (ru)
TWI752927B (zh) 具高活性及減低脫靶之siRNA構造
JP2015518373A5 (ru)
JPWO2010047216A6 (ja) ｍｉｃｒｏＲＮＡの機能阻害法
EP2543372A1 (en) Medicament for the treatment of liver cancer
RU2668794C2 (ru) Композиция, содержащая инкапсулированный антагомир
JP2015525081A5 (ru)
EA201892366A1 (ru) Антисмысловые олигомеры и способы их применения для лечения заболеваний, связанных с геном кислой альфа-глюкозидазы
US10329566B2 (en) Nucleic acid molecule, expression cassette, expression vector, eukaryotic host cell, induction method of RNA interference in eukaryotic host and use of the nucleic acid molecule in therapy of diseases induced by expansion of trinucleotide CAG repeats
Maduri Applicability of RNA interference in cancer therapy: current status
WO2015030149A1 (ja) 細胞のアンチエイジングに関連する生体分子群
Jamwal et al. Gene therapy and immunotherapy as promising strategies to combat Huntington’s disease-associated neurodegeneration: emphasis on recent updates and future perspectives
Baines et al. Current and emerging targeting strategies for treatment of pancreatic cancer
CN102433383A (zh) 人stim1基因的用途及其相关药物
CN103740722A (zh) 抑制视网膜色素上皮细胞凋亡的shRNA及其应用