RU2017133063A - Применение пористой капиллярной мембраны для определения количества продуктов амплификации по типу катящегося кольца - Google Patents
Применение пористой капиллярной мембраны для определения количества продуктов амплификации по типу катящегося кольца Download PDFInfo
- Publication number
- RU2017133063A RU2017133063A RU2017133063A RU2017133063A RU2017133063A RU 2017133063 A RU2017133063 A RU 2017133063A RU 2017133063 A RU2017133063 A RU 2017133063A RU 2017133063 A RU2017133063 A RU 2017133063A RU 2017133063 A RU2017133063 A RU 2017133063A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- products
- acc
- membrane
- labeled
- paragraphs
- Prior art date
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6851—Quantitative amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2531/00—Reactions of nucleic acids characterised by
- C12Q2531/10—Reactions of nucleic acids characterised by the purpose being amplify/increase the copy number of target nucleic acid
- C12Q2531/125—Rolling circle
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
Claims (42)
1. Способ анализа образцов, включающий:
(a) фильтрование жидкого образца, содержащего продукты амплификации по типу катящегося кольца (АКК), с применением пористой капиллярной мембраны, с помощью которого получают массив продуктов АКК на мембране; при этом образец содержит по меньшей мере первую совокупность продуктов АКК и вторую совокупность продуктов АКК, причем первая и вторая совокупности меченых продуктов АКК мечены различно; и
(b) определение количества первой меченой совокупности продуктов АКК и количества второй меченой совокупности продуктов АКК в области мембраны.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что этап (b) определения включает подсчет количества первых и вторых меченых продуктов АКК в указанной области.
3. Способ по п. 1, отличающийся тем, что этап (b) определения включает обнаружение совокупного сигнала из указанной области.
4. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что пористая капиллярная мембрана представляет собой пористую мембрану из анодированного оксида алюминия.
5. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что продукты АКК метят различно с помощью гибридизации флуоресцентно меченых олигонуклеотидов с продуктами АКК до этапа (а).
6. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что указанный способ включает визуализацию области мембраны для получения одного или более изображений и определение количества отдельных меченых продуктов АКК в одном или более изображениях.
7. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что этап (а) выполняют путем:
(i) размещения образца на пористой капиллярной мембране; а также
(ii) приложения силы, которая перемещает образец через мембрану.
8. Способ по п. 7, отличающийся тем, что сила представляет собой активную силу или пассивную силу.
9. Способ по п. 8, отличающийся тем, что активная сила представляет собой центробежную силу, отрицательное давление или положительное давление.
10. Способ по п. 8, отличающийся тем, что пассивная сила реализуется путем капиллярного действия или испарения.
11. Способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающий промывание пористой капиллярной мембраны между этапами (а) и (b).
12. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что этап подсчета включает подсчет по меньшей мере 1000 меченых продуктов АКК в области мембраны.
13. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что внутренний диаметр пор в мембране составляет от 2 нм до 500 нм.
14. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что среднее расстояние между центрами соседних пор в мембране составляет от 50 нм до 1000 нм.
15. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что среднее расстояние между краями соседних пор в мембране составляет от 10 нм до 500 нм.
16. Способ по любому из предшествующих пунктов, дополнительно включающий сравнение количества первых продуктов АКК в образце с количеством вторых продуктов АКК в образце.
17. Способ по любому из предшествующих пунктов, отличающийся тем, что пористую капиллярную мембрану делают прозрачной с помощью смачивающего агента между этапами (а) и (b).
18. Способ анализа образцов, включающий:
(a) фильтрование жидкого образца, содержащего продукты амплификации по типу катящегося кольца (АКК), с использованием подложки для захвата, которая функционирует как фильтр для продуктов АКК, таким образом создавая массив продуктов АКК на подложке; при этом образец содержит по меньшей мере первую совокупность продуктов АКК и вторую совокупность продуктов АКК, причем первая и вторая совокупности меченых продуктов АКК мечены различно; а также
(b) определение количества первой меченой совокупности продуктов АКК и количества второй меченой совокупности продуктов АКК в области мембраны.
19. Способ по п. 18, отличающийся тем, что этап (b) определения включает подсчет количества первых и вторых меченых продуктов АКК в указанной области.
20. Способ по п. 18, отличающийся тем, что этап (b) определения включает обнаружение совокупного сигнала из указанной области.
21. Способ по любому из пп. 18-20, отличающийся тем, что пористая капиллярная мембрана представляет собой пористую мембрану из анодированного оксида алюминия.
22. Способ по любому из пп. 18-21, отличающийся тем, что продукты АКК метят различно с помощью гибридизации флуоресцентно меченых олигонуклеотидов с продуктами АКК, до этапа (а).
23. Способ по любому из пп. 18-22, отличающийся тем, что указанный способ включает визуализацию области мембраны для получения одного или более изображений и определение количества отдельных меченых продуктов АКК в одном или более изображениях.
24. Способ по любому из пп. 18-23, отличающийся тем, что этап (а) выполняют путем:
(i) размещения образца на пористой капиллярной мембране; а также
(ii) приложения силы, которая перемещает образец через мембрану.
25. Способ по п. 24, отличающийся тем, что сила представляет собой активную силу или пассивную силу.
26. Способ по п. 25, отличающийся тем, что активная сила представляет собой центробежную силу, отрицательное давление или положительное давление.
27. Способ по п. 25, отличающийся тем, что пассивная сила реализуется путем капиллярного действия или испарения.
28. Способ по любому из пп. 18-27, дополнительно включающий промывание пористой капиллярной мембраны между этапами (а) и (b).
29. Способ по любому из пп. 18-28, отличающийся тем, что этап подсчета включает подсчет по меньшей мере 1000 меченых продуктов АКК в области мембраны.
30. Способ по любому из пп. 18-29, отличающийся тем, что внутренний диаметр пор в мембране составляет от 2 нм до 500 нм.
31. Способ по любому из пп. 18-30, отличающийся тем, что среднее расстояние между центрами соседних пор в мембране составляет от 50 нм до 1000 нм.
32. Способ по любому из пп. 18-31, отличающийся тем, что среднее расстояние между краями соседних пор в мембране составляет от 10 нм до 500 нм.
33. Способ по любому из пп. 18-32, дополнительно включающий сравнение количества первых продуктов АКК в образце с количеством вторых продуктов АКК в образце.
34. Способ по любому из пп. 18-33, отличающийся тем, что пористую капиллярную мембрану делают прозрачной с помощью смачивающего агента между этапами (а) и (b).
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| GB1507376.0 | 2015-04-30 | ||
| GBGB1507376.0A GB201507376D0 (en) | 2015-04-30 | 2015-04-30 | Use of a porous transparent capillary membrane for counting rolling circle amplification products |
| PCT/IB2016/052495 WO2016174649A1 (en) | 2015-04-30 | 2016-05-02 | Use of a porous capillary membrane for determining the amount of rolling circle amplification products |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2017133063A true RU2017133063A (ru) | 2019-03-22 |
| RU2017133063A3 RU2017133063A3 (ru) | 2019-11-15 |
| RU2725196C2 RU2725196C2 (ru) | 2020-06-30 |
Family
ID=53488914
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2017133063A RU2725196C2 (ru) | 2015-04-30 | 2016-05-02 | Применение пористой капиллярной мембраны для определения количества продуктов амплификации по типу катящегося кольца |
Country Status (15)
| Country | Link |
|---|---|
| US (2) | US10208336B2 (ru) |
| EP (1) | EP3289099B1 (ru) |
| JP (1) | JP6874252B2 (ru) |
| KR (1) | KR102587191B1 (ru) |
| CN (1) | CN106460073B (ru) |
| AU (1) | AU2016255964B2 (ru) |
| BR (1) | BR112017019774A2 (ru) |
| CA (1) | CA2978524A1 (ru) |
| DK (1) | DK3289099T3 (ru) |
| ES (1) | ES2803048T3 (ru) |
| GB (1) | GB201507376D0 (ru) |
| IL (1) | IL254343B (ru) |
| PL (1) | PL3289099T3 (ru) |
| RU (1) | RU2725196C2 (ru) |
| WO (1) | WO2016174649A1 (ru) |
Families Citing this family (9)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| GB201507376D0 (en) * | 2015-04-30 | 2015-06-17 | Vanadis Diagnostics Ab | Use of a porous transparent capillary membrane for counting rolling circle amplification products |
| CN111154754B (zh) | 2015-09-18 | 2024-02-02 | 苏州新波生物技术有限公司 | 分析dna样品的探针集合和使用所述探针集合的方法 |
| US10781476B2 (en) | 2016-10-27 | 2020-09-22 | Vanadis Diagnostics | Method for processing rolling circle amplification products |
| WO2018122852A1 (en) | 2016-12-29 | 2018-07-05 | Schnell Amit | Cartridge for use in in-vitro diagnostics and method of use thereof |
| US11117128B2 (en) | 2017-08-25 | 2021-09-14 | Vanadis Diagnostics Ab | Filtration device |
| WO2019195346A1 (en) | 2018-04-02 | 2019-10-10 | Progenity, Inc. | Methods, systems, and compositions for counting nucleic acid molecules |
| WO2020206170A1 (en) | 2019-04-02 | 2020-10-08 | Progenity, Inc. | Methods, systems, and compositions for counting nucleic acid molecules |
| EP3956063A1 (en) * | 2019-04-16 | 2022-02-23 | Countagen AB | Sample analysis device |
| CN113416767B (zh) * | 2021-06-18 | 2023-04-07 | 山东雷泽生物科技有限责任公司 | 一种检测生物分子数量的方法 |
Family Cites Families (16)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5854033A (en) | 1995-11-21 | 1998-12-29 | Yale University | Rolling circle replication reporter systems |
| US20030219765A1 (en) | 2000-03-23 | 2003-11-27 | Jose Costa | Methods for evaluating cancer risk |
| GB0101397D0 (en) * | 2001-01-19 | 2001-03-07 | Amersham Pharm Biotech Uk Ltd | Suppression of non-specific nucleic acid amplication |
| WO2003004690A2 (en) | 2001-07-06 | 2003-01-16 | 454$m(3) CORPORATION | Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter |
| EP1576351A4 (en) * | 2002-11-26 | 2010-06-23 | Univ Utah Res Found | MICROPOROUS MATERIALS, METHODS, AND ARTICLES FOR LOCATING AND QUANTIFYING ANALYTES |
| US20060228813A1 (en) | 2003-04-10 | 2006-10-12 | Ying Wu | Method for immobilizing biomolecules on metal oxide substrates |
| US7989166B2 (en) | 2005-04-12 | 2011-08-02 | In Situ Rcp A/S | Circle probes and their use in the identification of biomolecules |
| US20080167198A1 (en) * | 2007-01-04 | 2008-07-10 | Christopher Gerard Cooney | Filter based detection system |
| WO2011142836A2 (en) | 2010-05-14 | 2011-11-17 | Fluidigm Corporation | Assays for the detection of genotype, mutations, and/or aneuploidy |
| US20120034603A1 (en) | 2010-08-06 | 2012-02-09 | Tandem Diagnostics, Inc. | Ligation-based detection of genetic variants |
| EP2633081B1 (en) * | 2010-10-29 | 2017-01-11 | Olink Bioscience AB | Proximity ligation technology for western blot applications |
| CN102146460A (zh) * | 2011-01-26 | 2011-08-10 | 中国科学院南海海洋研究所 | 一种凡纳滨对虾LvE165微卫星DNA标记的检测方法 |
| CN102827929B (zh) | 2012-08-01 | 2014-06-04 | 浙江大学 | 一种核酸检测方法 |
| GB2520763A (en) | 2013-12-02 | 2015-06-03 | Vanadis Diagnostics Ab | Nucleic acid probe and method of detecting genomic fragments |
| GB2520765A (en) | 2013-12-02 | 2015-06-03 | Vanadis Diagnostics Ab | Multiplex detection of nucleic acids |
| GB201507376D0 (en) * | 2015-04-30 | 2015-06-17 | Vanadis Diagnostics Ab | Use of a porous transparent capillary membrane for counting rolling circle amplification products |
-
2015
- 2015-04-30 GB GBGB1507376.0A patent/GB201507376D0/en not_active Ceased
-
2016
- 2016-05-02 CN CN201680000965.8A patent/CN106460073B/zh active Active
- 2016-05-02 AU AU2016255964A patent/AU2016255964B2/en active Active
- 2016-05-02 JP JP2017550503A patent/JP6874252B2/ja active Active
- 2016-05-02 DK DK16721243.0T patent/DK3289099T3/da active
- 2016-05-02 WO PCT/IB2016/052495 patent/WO2016174649A1/en active Application Filing
- 2016-05-02 PL PL16721243T patent/PL3289099T3/pl unknown
- 2016-05-02 EP EP16721243.0A patent/EP3289099B1/en active Active
- 2016-05-02 KR KR1020177026924A patent/KR102587191B1/ko active IP Right Grant
- 2016-05-02 RU RU2017133063A patent/RU2725196C2/ru active
- 2016-05-02 CA CA2978524A patent/CA2978524A1/en active Granted
- 2016-05-02 US US15/144,468 patent/US10208336B2/en active Active
- 2016-05-02 BR BR112017019774A patent/BR112017019774A2/pt active IP Right Grant
- 2016-05-02 ES ES16721243T patent/ES2803048T3/es active Active
-
2017
- 2017-09-05 IL IL254343A patent/IL254343B/en unknown
-
2019
- 2019-01-11 US US16/246,155 patent/US10934579B2/en active Active
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| DK3289099T3 (da) | 2020-07-20 |
| PL3289099T3 (pl) | 2020-09-07 |
| CA2978524A1 (en) | 2016-11-03 |
| US10208336B2 (en) | 2019-02-19 |
| BR112017019774A2 (pt) | 2018-05-15 |
| IL254343B (en) | 2021-09-30 |
| JP6874252B2 (ja) | 2021-05-19 |
| AU2016255964B2 (en) | 2021-09-30 |
| CN106460073A (zh) | 2017-02-22 |
| US20190211383A1 (en) | 2019-07-11 |
| US20170022548A1 (en) | 2017-01-26 |
| AU2016255964A1 (en) | 2017-09-21 |
| IL254343A0 (en) | 2017-11-30 |
| RU2725196C2 (ru) | 2020-06-30 |
| KR20170140177A (ko) | 2017-12-20 |
| RU2017133063A3 (ru) | 2019-11-15 |
| EP3289099B1 (en) | 2020-04-15 |
| ES2803048T3 (es) | 2021-01-22 |
| GB201507376D0 (en) | 2015-06-17 |
| WO2016174649A1 (en) | 2016-11-03 |
| JP2018515067A (ja) | 2018-06-14 |
| KR102587191B1 (ko) | 2023-10-06 |
| CN106460073B (zh) | 2020-03-31 |
| EP3289099A1 (en) | 2018-03-07 |
| US10934579B2 (en) | 2021-03-02 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2017133063A (ru) | Применение пористой капиллярной мембраны для определения количества продуктов амплификации по типу катящегося кольца | |
| US11747332B2 (en) | Microarray based sample detection system | |
| JP2020534673A5 (ru) | ||
| Hosokawa et al. | Size-selective microcavity array for rapid and efficient detection of circulating tumor cells | |
| US9884296B2 (en) | Composite membrane utilized in membrane distillation | |
| CN108949496A (zh) | 一种基于液滴微流控芯片的单细胞分离方法 | |
| ES2394724T3 (es) | Procesamiento de imágenes y análisis de datos matriciales | |
| CN102639716A (zh) | 使用二维cDNA文库的基因表达解析方法 | |
| CN104073428A (zh) | 一种细胞分离微结构系统 | |
| JP2007504446A5 (ru) | ||
| US20160101418A1 (en) | Method and system for ultra-high dynamic range nucleic acid quantification | |
| CN107694347B (zh) | 一种微孔阵列滤膜及其制备方法和应用 | |
| WO2018175424A1 (en) | System for rapid, portable, and multiplexed detection and identification of pathogen specific nucleic acid sequences | |
| WO2018080993A1 (en) | Ultra-high throughput detection of fluorescent droplets using time domain encoded optofluidics | |
| KR101328591B1 (ko) | 단일 세포 포획용 폴리머 기판, 그 제조방법, 및 이를 포함하는 세포 포획 시스템 | |
| FI3601588T3 (fi) | Solujen fenotyypin määritys | |
| JP7027358B2 (ja) | センサ装置及びその使用方法 | |
| Choi et al. | Fabrication of a membrane filter with controlled pore shape and its application to cell separation and strong single cell trapping | |
| CN109971609B (zh) | 一种数字pcr芯片及其制备方法 | |
| CN105233889A (zh) | 聚去甲肾上腺素功能化微流控芯片的制备方法及其手性分离应用 | |
| CN110327994B (zh) | 一种多维微流控电泳芯片及检测装置，检测方法 | |
| CN206512222U (zh) | 一种高通量自动捕获单细胞的微流控芯片 | |
| Zhu et al. | Cell loss in integrated microfluidic device | |
| CN219951078U (zh) | 一种高捕获率微流控稀有单细胞分析芯片 | |
| CN109097245B (zh) | 一种用于细胞高效抓捕的微流控阵列 |