RU2015142071A - Способ определения устойчивости микобактерий туберкулеза к рифампицину и изониазиду - Google Patents

Способ определения устойчивости микобактерий туберкулеза к рифампицину и изониазиду Download PDF

Info

Publication number
RU2015142071A
RU2015142071A RU2015142071A RU2015142071A RU2015142071A RU 2015142071 A RU2015142071 A RU 2015142071A RU 2015142071 A RU2015142071 A RU 2015142071A RU 2015142071 A RU2015142071 A RU 2015142071A RU 2015142071 A RU2015142071 A RU 2015142071A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
gene
probes
detection
paragraphs
rpob
Prior art date
Application number
RU2015142071A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2619258C2 (ru
Inventor
Сергей Альбертович Кирьянов
Татьяна Александровна Левина
Наталия Юрьевна Макарова
Анатолий Петрович Суслов
Original Assignee
Общество С Ограниченной Ответственностью "Энджентикс"
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Общество С Ограниченной Ответственностью "Энджентикс" filed Critical Общество С Ограниченной Ответственностью "Энджентикс"
Priority to RU2015142071A priority Critical patent/RU2619258C2/ru
Priority to PCT/RU2016/050046 priority patent/WO2017058064A1/ru
Publication of RU2015142071A publication Critical patent/RU2015142071A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2619258C2 publication Critical patent/RU2619258C2/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (8)

1. Способ определения устойчивости микобактерий туберкулеза к рифомпицину и изониазиду в биологическом образце, отличающийся тем, что указанный способ включает одновременную детекцию мутаций в ДНК микобактерий биологического образца, приводящих к устойчивости микроорганизмов к рифампицину и изониазиду, в участках гена rpoB, гена katG и промоторной области гена inhA посредством мультиплексной полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с использованием зондов детекции, которые комплементарны указанным участкам генов rpoB, katG и промоторной области гена inhA, не содержащим мутацию.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что указанный биологический образец представляет собой непосредственно материал клинического образца или предварительно выращенную культуру микроорганизмов.
3. Способ по п. 2, где клинический образец представляет собой мокроту, экссудат, смыв или бронхо-альвеолярный лаваж.
4. Способ по п. 2 или 3, отличающийся тем, что способ проводят для более чем одного клинического образца.
5. Способ по любому из пп. 1-3, где указанные участки выбраны из группы, включающей кодоны 430, 431, 445, 450 и 452 гена rpoB, кодон 315 гена katG, -15/-17 позиции промоторной области гена inhА или их комбинации.
6. Способ по любому из пп. 1-3, где указанные зонды детекции представляют собой зонды длиной 12-18 нуклеотидов с добавлением малобороздочных лигандов для детекции мутаций в кодонах 445, 450 и 452 гена rpoB, и зонды длиной 20-24 нуклеотидов без добавления малобороздочных лигандов для детекции мутаций в кодонах 430-431 и 435 гена rpoB, кодоне 315 гена katG и -15/-17 позиции гена inhА.
7. Применение способа по любому из пп. 1-6 для подтверждения клинического диагноза туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью.
8. Набор зондов детекции для осуществления способа по любому из пп. 1-6, в котором указанные зонды включают последовательности, представленные в SEQ ID NO:1-5.
RU2015142071A 2015-10-02 2015-10-02 Способ определения устойчивости микобактерий туберкулеза к рифампицину и изониазиду RU2619258C2 (ru)

Priority Applications (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2015142071A RU2619258C2 (ru) 2015-10-02 2015-10-02 Способ определения устойчивости микобактерий туберкулеза к рифампицину и изониазиду
PCT/RU2016/050046 WO2017058064A1 (ru) 2015-10-02 2016-09-30 Способ определения устойчивости микобактерий туберкулеза к рифампицину и изониазиду

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
RU2015142071A RU2619258C2 (ru) 2015-10-02 2015-10-02 Способ определения устойчивости микобактерий туберкулеза к рифампицину и изониазиду

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2015142071A true RU2015142071A (ru) 2017-04-06
RU2619258C2 RU2619258C2 (ru) 2017-05-12

Family

ID=58423959

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2015142071A RU2619258C2 (ru) 2015-10-02 2015-10-02 Способ определения устойчивости микобактерий туберкулеза к рифампицину и изониазиду

Country Status (2)

Country Link
RU (1) RU2619258C2 (ru)
WO (1) WO2017058064A1 (ru)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108950025A (zh) * 2018-01-29 2018-12-07 中国人民解放军第四军医大学 一种用于结核分枝杆菌katG基因突变快速检测的引物组、试剂盒及应用

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN112749833B (zh) * 2020-12-09 2022-12-13 暨南大学 基于朴素贝叶斯模型的大肠杆菌利福平抗性突变预测方法
CN112941210A (zh) * 2021-02-07 2021-06-11 中山大学达安基因股份有限公司 结核分枝杆菌利福平和异烟肼耐药突变检测试剂盒及方法

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
RU2485177C1 (ru) * 2012-03-07 2013-06-20 Федеральное Государственное Бюджетное Учреждение науки Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения РАН (ИХБФМ СО РАН) СПОСОБ ВЫЯВЛЕНИЯ УСТОЙЧИВЫХ К РИФАМПИЦИНУ ИЗОЛЯТОВ Mycobacterium tuberculosis

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108950025A (zh) * 2018-01-29 2018-12-07 中国人民解放军第四军医大学 一种用于结核分枝杆菌katG基因突变快速检测的引物组、试剂盒及应用
CN108950025B (zh) * 2018-01-29 2021-12-17 中国人民解放军第四军医大学 一种用于结核分枝杆菌katG基因突变快速检测的引物组、试剂盒及应用

Also Published As

Publication number Publication date
WO2017058064A1 (ru) 2017-04-06
RU2619258C2 (ru) 2017-05-12

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Poehlmann et al. K-ras mutation detection in colorectal cancer using the Pyrosequencing technique
JP2019196400A5 (ru)
Oh et al. Detection of low-level KRAS mutations using PNA-mediated asymmetric PCR clamping and melting curve analysis with unlabeled probes
JP2016195614A5 (ru)
WO2014116729A3 (en) Haplotying of hla loci with ultra-deep shotgun sequencing
JP2016535987A5 (ru)
JP2017501685A5 (ru)
RU2015142071A (ru) Способ определения устойчивости микобактерий туберкулеза к рифампицину и изониазиду
RU2017113727A (ru) Праймеры и зонды для полимеразной цепной реакции для обнаружения mycobacterium tuberculosis
MX2007008984A (es) Marcadores de cancer y metodos de deteccion.
RU2015123459A (ru) Одновременная детекция белка-мишени и нуклеиновых кислот-мишеней в одной клетке
Brown et al. Identification and characterization of novel HLA alleles: Utility of next-generation sequencing methods
MX2021011249A (es) Caldo de enriquecimiento selectivo para la deteccion de uno o mas patogenos.
Efrati et al. LNA-based PCR clamping enrichment assay for the identification of KRAS mutations
JP2014083052A5 (ru)
WO2014194318A3 (en) Real-time pcr point mutation assays for detecting hiv-1 resistance to antiviral drugs
VanDijken et al. Microfluidic chips for detecting the t (4; 14) translocation and monitoring disease during treatment using reverse transcriptase-polymerase chain reaction analysis of IgH-MMSET hybrid transcripts
AU2014235176B2 (en) KIR3DL1 allele classification kit and method
DK3063295T3 (en) METHOD OF ANALYSIS OF BODY FLUID SAMPLES
Thomas et al. BRAF mutation detection in hairy cell leukaemia from archival haematolymphoid specimens
Chen et al. A sensitive peptide nucleic acid probe assay for detection of BRAF V600 mutations in melanoma
CN104212911A (zh) 用于检测慢性乙型肝炎及肝癌t细胞受体库的引物及试剂盒
RU2015151395A (ru) Способ молекулярно-генетической детекции устойчивости микобактерий туберкулеза к противотуберкулезным препаратам второго ряда (фторхинолонам, аминогликозидам и капреомицину)
Albitar et al. Wild-type blocking PCR combined with direct sequencing as a highly sensitive method for detection of low-frequency somatic mutations
RafiqáSayyed et al. Multiplex SNP detection in multiple codons for accurate drug therapy

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20191003