RU2014137125A - Способы формирования изображения биологического образца - Google Patents
Способы формирования изображения биологического образца Download PDFInfo
- Publication number
- RU2014137125A RU2014137125A RU2014137125A RU2014137125A RU2014137125A RU 2014137125 A RU2014137125 A RU 2014137125A RU 2014137125 A RU2014137125 A RU 2014137125A RU 2014137125 A RU2014137125 A RU 2014137125A RU 2014137125 A RU2014137125 A RU 2014137125A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- image
- biological sample
- specified
- protocol
- interest
- Prior art date
Links
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/58—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances
- G01N33/582—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances with fluorescent label
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6841—In situ hybridisation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T7/00—Image analysis
- G06T7/0002—Inspection of images, e.g. flaw detection
- G06T7/0012—Biomedical image inspection
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06V—IMAGE OR VIDEO RECOGNITION OR UNDERSTANDING
- G06V20/00—Scenes; Scene-specific elements
- G06V20/60—Type of objects
- G06V20/69—Microscopic objects, e.g. biological cells or cellular parts
- G06V20/695—Preprocessing, e.g. image segmentation
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T2207/00—Indexing scheme for image analysis or image enhancement
- G06T2207/10—Image acquisition modality
- G06T2207/10064—Fluorescence image
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T2207/00—Indexing scheme for image analysis or image enhancement
- G06T2207/30—Subject of image; Context of image processing
- G06T2207/30004—Biomedical image processing
- G06T2207/30096—Tumor; Lesion
Landscapes
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Pathology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Multimedia (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
- Radiology & Medical Imaging (AREA)
- Quality & Reliability (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
Abstract
1. Способ формирования изображения представляющей интерес области биологического образца, включающий стадии:1) формирования первого изображения, включающего указанную представляющую интерес область указанного биологического образца, после осуществления первого протокола, но до осуществления второго протокола; и2) формирования второго изображения, включающего указанную представляющую интерес область указанного биологического образца, после осуществления второго протокола;где указанная представляющая интерес область меньше указанного образца и где второй протокол включает иммунофлуоресцентное выявление белка-мишени или флуоресцентное выявление по меньшей мере одной нуклеиновокислотной последовательности-мишени посредством гибридизации зонда с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью.2. Способ по п. 1, где представляющую интерес область выбирают путем сравнения первого изображения биологического образца с предопределенным критерием.3. Способ по п. 1, где первый протокол включает иммунофлуоресцентное выявление белка-мишени.4. Способ по п. 3, где иммунофлуоресцентное выявление включает физическое связывание антитела с белком-мишенью.5. Способ по п. 4, где указанное антитело мечено флуорофором.6. Способ по п. 3, где первый протокол дополнительно включает иммунофлуоресцентное выявление по меньшей мере одного дополнительного белка, обеспечивающего морфологическую информацию.7. Способ по п. 1, где указанная реакция гибридизации выбрана из группы, состоящей из FISH (флуоресцентная гибридизация in situ), IQ-FISH (интерфазная количественная FISH), PCR (полимеразная цепная реакция) in situ, амплификации по типу катящегося кольца и примированного
Claims (19)
1. Способ формирования изображения представляющей интерес области биологического образца, включающий стадии:
1) формирования первого изображения, включающего указанную представляющую интерес область указанного биологического образца, после осуществления первого протокола, но до осуществления второго протокола; и
2) формирования второго изображения, включающего указанную представляющую интерес область указанного биологического образца, после осуществления второго протокола;
где указанная представляющая интерес область меньше указанного образца и где второй протокол включает иммунофлуоресцентное выявление белка-мишени или флуоресцентное выявление по меньшей мере одной нуклеиновокислотной последовательности-мишени посредством гибридизации зонда с нуклеиновокислотной последовательностью-мишенью.
2. Способ по п. 1, где представляющую интерес область выбирают путем сравнения первого изображения биологического образца с предопределенным критерием.
3. Способ по п. 1, где первый протокол включает иммунофлуоресцентное выявление белка-мишени.
4. Способ по п. 3, где иммунофлуоресцентное выявление включает физическое связывание антитела с белком-мишенью.
5. Способ по п. 4, где указанное антитело мечено флуорофором.
6. Способ по п. 3, где первый протокол дополнительно включает иммунофлуоресцентное выявление по меньшей мере одного дополнительного белка, обеспечивающего морфологическую информацию.
7. Способ по п. 1, где указанная реакция гибридизации выбрана из группы, состоящей из FISH (флуоресцентная гибридизация in situ), IQ-FISH (интерфазная количественная FISH), PCR (полимеразная цепная реакция) in situ, амплификации по типу катящегося кольца и примированного мечения in situ.
8. Способ по п. 1, где первый или второй протокол включает окрашивание образца флуоресцентным маркером, обеспечивающим морфологическую информацию.
9. Способ по п. 8, где указанный флуоресцентный маркер окрашивает ядро клетки.
10. Способ по п. 1, где первый или второй протокол включает выявление аутофлуоресценции биологического образца.
11. Способ по п. 1, где первое и второе изображения представляют собой флуоресцентные изображения.
12. Способ по п. 11, где формирование первого изображения и/или формирование второго изображения включает формирование изображения светлопольного типа, сходного со светлопольным окрашиванием, где указанные изображения светлопольного типа сходны с имитированным Н&Е(гематоксилин и эозин)-изображением или имитированным DAB(3,3'-диаминобензидин)-изображением.
13. Способ по п. 1, дополнительно включающий формирование составного изображения, включающего по меньшей мере представляющие интерес области из первого и второго изображений.
14. Способ по п. 13, где формирование составного изображения включает соотнесение расположения выбранных сигналов, полученных при формировании первого изображения, с расположением выбранных сигналов, полученных при формировании второго изображения.
15. Способ по п. 13 или 14, где выбранные сигналы исходят из представляющей интерес области.
16. Способ анализа биологического образца, включающий получение изображения биологического образца по п. 1 и анализ биологического образца по изображению.
17. Способ формирования изображения биологического образца, включающий стадии:
1) формирования первого изображения указанного биологического образца после осуществления первого протокола и до осуществления второго протокола на указанном биологическом образце; и
2) получения изображения представляющей интерес области указанного образца после осуществления второго протокола на представляющей интерес области указанного биологического образца, где указанная представляющая интерес область меньше указанного образца.
18. Способ получения изображения биологического образца, включающий стадии:
1) формирования первого изображения указанного биологического образца после осуществления на нем первого протокола, но до применения второго протокола; и
2) формирования второго изображения представляющей интерес области указанного образца после осуществления указанного второго протокола на указанной представляющей интерес области, где указанная представляющая интерес область меньше указанного образца.
19. Способ по п. 1, где указанное второе изображение охватывает меньшую область указанного биологического образца по сравнению с областью, охватываемой указанным первым изображением.
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201261618282P | 2012-03-30 | 2012-03-30 | |
US61/618,282 | 2012-03-30 | ||
PCT/US2013/033286 WO2013148458A1 (en) | 2012-03-30 | 2013-03-21 | Methods for generating an image of a biological sample |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
RU2014137125A true RU2014137125A (ru) | 2016-05-27 |
Family
ID=48096230
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
RU2014137125A RU2014137125A (ru) | 2012-03-30 | 2013-03-21 | Способы формирования изображения биологического образца |
Country Status (11)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US11573235B2 (ru) |
EP (1) | EP2831559A1 (ru) |
JP (1) | JP6348481B2 (ru) |
KR (1) | KR20140145141A (ru) |
CN (1) | CN104520689A (ru) |
AU (1) | AU2013240137B2 (ru) |
CA (1) | CA2867359A1 (ru) |
IN (1) | IN2014DN07533A (ru) |
RU (1) | RU2014137125A (ru) |
SG (1) | SG11201406104QA (ru) |
WO (1) | WO2013148458A1 (ru) |
Families Citing this family (16)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US10088658B2 (en) | 2013-03-18 | 2018-10-02 | General Electric Company | Referencing in multi-acquisition slide imaging |
WO2015124777A1 (en) * | 2014-02-21 | 2015-08-27 | Ventana Medical Systems, Inc. | Medical image analysis for identifying biomarker-positive tumor cells |
CA2955156C (en) * | 2014-09-03 | 2024-04-30 | Ventana Medical Systems, Inc. | Systems and methods for generating fields of view |
WO2017013045A1 (en) | 2015-07-17 | 2017-01-26 | Koninklijke Philips N.V. | Registration of histopathology images |
CN109121437A (zh) * | 2015-12-18 | 2019-01-01 | 雅培实验室 | 用于评估组织学染色的方法和系统 |
EP3203413A1 (en) | 2016-02-08 | 2017-08-09 | Ecole Polytechnique Federale De Lausanne (Epfl) | Method for quantitative measurement of a biomarker by in situ immunofluorescence and uses thereof |
JP6654271B2 (ja) | 2016-06-10 | 2020-02-26 | ルミネックス コーポレーション | イメージングフローサイトメーター(ifc)から取得された画像を使用した、細胞画像のセグメンテーションおよび形態分析のための明視野と蛍光チャンネルの統合方法 |
TWI611170B (zh) * | 2016-10-05 | 2018-01-11 | 閤康生物科技股份有限公司 | 樣品製備系統及製備方法 |
US9738937B1 (en) * | 2017-03-31 | 2017-08-22 | Cellmax, Ltd. | Identifying candidate cells using image analysis |
EP3876196A1 (en) | 2017-04-07 | 2021-09-08 | Avelas Biosciences, Inc. | Ratiometric fluorescence imaging methods |
US10684199B2 (en) | 2017-07-27 | 2020-06-16 | Agilent Technologies, Inc. | Preparation of tissue sections using fluorescence-based detection |
RU2717944C1 (ru) * | 2019-05-24 | 2020-03-27 | Валентин Григорьевич Никитаев | Способ определения степени злокачественности аденокарциномы предстательной железы |
CN112444508A (zh) * | 2019-09-03 | 2021-03-05 | 天马日本株式会社 | 荧光图像分析装置 |
CN114463246A (zh) * | 2020-11-06 | 2022-05-10 | 广达电脑股份有限公司 | 圈选系统及圈选方法 |
KR102441907B1 (ko) * | 2021-07-08 | 2022-09-08 | 가톨릭대학교 산학협력단 | 암 진단을 위한 이미지 분류 장치 및 이미지 분류 방법 |
WO2023147133A1 (en) * | 2022-01-28 | 2023-08-03 | University Of Southern California | Liquid biopsy analytes to define cancer stages |
Family Cites Families (21)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5364856A (en) | 1991-03-28 | 1994-11-15 | Eli Lilly And Company | 6-heterocyclic-4-amino-1,3,4,5-tetrahydrobenz[CD]indoles |
US6404906B2 (en) | 1997-03-03 | 2002-06-11 | Bacus Research Laboratories,Inc. | Method and apparatus for acquiring and reconstructing magnified specimen images from a computer-controlled microscope |
US7691598B2 (en) * | 2001-03-30 | 2010-04-06 | Nanoprobes, Inc. | Method for detecting a target molecule by metal deposition |
US7219016B2 (en) * | 2001-04-20 | 2007-05-15 | Yale University | Systems and methods for automated analysis of cells and tissues |
US7504222B2 (en) * | 2001-10-31 | 2009-03-17 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Compositions, kits, and methods for identification, assessment, prevention, and therapy of breast cancer |
AU2003277205A1 (en) * | 2002-10-02 | 2004-04-23 | New York University | Adult bone marrow derived stem cells |
US20080138816A1 (en) * | 2005-05-20 | 2008-06-12 | Amnis Corporation | Methods for preparing and analyzing cells having chromosomal abnormalities |
US8060348B2 (en) | 2006-08-07 | 2011-11-15 | General Electric Company | Systems for analyzing tissue samples |
US8131476B2 (en) * | 2006-08-07 | 2012-03-06 | General Electric Company | System and method for co-registering multi-channel images of a tissue micro array |
WO2008023055A1 (en) | 2006-08-25 | 2008-02-28 | Universite Catholique De Louvain | Method and kit for determining antigen content in a sample using double immunohistochemical detection |
US8019134B2 (en) * | 2006-11-16 | 2011-09-13 | Definiens Ag | Automatic image analysis and quantification for fluorescence in situ hybridization |
US7741045B2 (en) | 2006-11-16 | 2010-06-22 | General Electric Company | Sequential analysis of biological samples |
US7629125B2 (en) | 2006-11-16 | 2009-12-08 | General Electric Company | Sequential analysis of biological samples |
JP2010529834A (ja) * | 2007-05-21 | 2010-09-02 | デイナ ファーバー キャンサー インスティチュート,インコーポレイテッド | 癌遺伝子の発見のための組成物および方法 |
AU2008258859A1 (en) * | 2007-06-06 | 2008-12-11 | F.Hoffmann-La Roche Ag | Composition of a first non-labeled monoclonal antibody binding to a tumor antigen and a non-cross reactive second monoclonal antibody labeled with a NIR fluorescence label |
US20090258365A1 (en) * | 2008-03-25 | 2009-10-15 | Terstappen Leon W M M | METHOD FOR DETECTING IGF1R/Chr 15 in CIRCULATING TUMOR CELLS USING FISH |
WO2010005991A2 (en) * | 2008-07-07 | 2010-01-14 | The Board Of Regents Of The University Of Texas System | Circulating tumor and tumor stem cell detection using genomic specific probes |
CN102165489B (zh) | 2008-09-16 | 2015-11-25 | 赫斯托克斯公司 | 生物标志物表达的可再现量化 |
US8269827B2 (en) | 2009-09-29 | 2012-09-18 | General Electric Company | System and methods for mapping fluorescent images into a bright field color space |
US8639013B2 (en) | 2011-08-17 | 2014-01-28 | General Electric Company | System and methods for generating a brightfield image using fluorescent images |
US8568991B2 (en) | 2011-12-23 | 2013-10-29 | General Electric Company | Photoactivated chemical bleaching of dyes |
-
2013
- 2013-03-21 RU RU2014137125A patent/RU2014137125A/ru not_active Application Discontinuation
- 2013-03-21 CA CA2867359A patent/CA2867359A1/en not_active Abandoned
- 2013-03-21 WO PCT/US2013/033286 patent/WO2013148458A1/en active Application Filing
- 2013-03-21 AU AU2013240137A patent/AU2013240137B2/en active Active
- 2013-03-21 SG SG11201406104QA patent/SG11201406104QA/en unknown
- 2013-03-21 IN IN7533DEN2014 patent/IN2014DN07533A/en unknown
- 2013-03-21 CN CN201380017701.XA patent/CN104520689A/zh active Pending
- 2013-03-21 US US14/388,057 patent/US11573235B2/en active Active
- 2013-03-21 EP EP13716556.9A patent/EP2831559A1/en not_active Withdrawn
- 2013-03-21 KR KR1020147027571A patent/KR20140145141A/ko not_active Application Discontinuation
- 2013-03-21 JP JP2015503398A patent/JP6348481B2/ja active Active
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP2831559A1 (en) | 2015-02-04 |
AU2013240137B2 (en) | 2017-04-20 |
JP2015514213A (ja) | 2015-05-18 |
IN2014DN07533A (ru) | 2015-04-24 |
KR20140145141A (ko) | 2014-12-22 |
AU2013240137A1 (en) | 2014-10-02 |
US11573235B2 (en) | 2023-02-07 |
WO2013148458A1 (en) | 2013-10-03 |
SG11201406104QA (en) | 2014-10-30 |
JP6348481B2 (ja) | 2018-06-27 |
US20150050650A1 (en) | 2015-02-19 |
CN104520689A (zh) | 2015-04-15 |
CA2867359A1 (en) | 2013-10-03 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
RU2014137125A (ru) | Способы формирования изображения биологического образца | |
RU2014137129A (ru) | Иммунофлуоресцентный анализ и флуоресцентный анализ нуклеиновых кислот в одном и том же образце | |
JP2015514213A5 (ru) | ||
Cho et al. | Microscopic examination of spatial transcriptome using Seq-Scope | |
Lyubimova et al. | Single-molecule mRNA detection and counting in mammalian tissue | |
Lianidou et al. | Circulating tumor cells in breast cancer: detection systems, molecular characterization, and future challenges | |
JP2015514212A5 (ru) | ||
RU2014153257A (ru) | Способы обнаружения ДНК, РНК и белка в биологических образцах | |
KR20180040586A (ko) | 절편화된 조직의 사용자-한정된 영역에서의 유전자 발현의 동시적인 정량화 | |
Maes et al. | Beyond H&E: Integration of nucleic acid–based analyses into diagnostic pathology | |
Hanley et al. | Detection of low abundance RNA molecules in individual cells by flow cytometry | |
KR20180039643A (ko) | 절편화된 조직의 사용자-한정된 영역에서의 복수의 단백질의 동시적인 정량화 | |
Dittami et al. | Seasonal dynamics of harmful algae in outer Oslofjorden monitored by microarray, qPCR, and microscopy | |
US20230034263A1 (en) | Compositions and methods for spatial profiling of biological materials using time-resolved luminescence measurements | |
US20190128871A1 (en) | 3d cell culture and ex vivo drug testing methods | |
JP2022513316A (ja) | Pd-1軸指向型治療薬に対する応答を予測するための方法およびシステム | |
Kadam et al. | Gene expression analysis using conventional and imaging methods | |
AU2017217609B2 (en) | Methods of sample cycle multiplexing and in situ imaging | |
KR20180027525A (ko) | 표적-특이적 dna 프로브를 사용한 생물학적 샘플에서의 염색제의 다중 프로파일링을 위한 방법 및 시스템 | |
Calabrese et al. | Highly sensitive detection of HBV RNA in liver tissue by in situ Hybridization | |
Ao et al. | Fiber-Optic Array Scanning Technology (FAST) for detection and molecular characterization of circulating tumor cells | |
MacKinnon et al. | The use of M-FISH and M-BAND to define chromosome abnormalities | |
Ostalecki et al. | Combined multi-gene analysis at the RNA and protein levels in single FFPE tissue sections | |
CN103937893A (zh) | 基于8个麻蝇线粒体snp遗传标记的法医昆虫学检测试剂盒 | |
JP2023507809A (ja) | Rna検出 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20170630 |