RU2012140430A - Способы диагностики патогенов, вызывающих инфекционные заболевания и их лекарственной чувствительности - Google Patents

Способы диагностики патогенов, вызывающих инфекционные заболевания и их лекарственной чувствительности Download PDF

Info

Publication number
RU2012140430A
RU2012140430A RU2012140430/10A RU2012140430A RU2012140430A RU 2012140430 A RU2012140430 A RU 2012140430A RU 2012140430/10 A RU2012140430/10 A RU 2012140430/10A RU 2012140430 A RU2012140430 A RU 2012140430A RU 2012140430 A RU2012140430 A RU 2012140430A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
pathogen
sample
target mrna
level
determining
Prior art date
Application number
RU2012140430/10A
Other languages
English (en)
Inventor
Дебора ХАНГ
Джеймс ГОМЕС
Лиза КОСИМИ
Роб НИКОЛЬ
Марк БОРОВСКИЙ
Эми БАРЧАК
Эндрю Б. ОНДЕРДОНК
Original Assignee
Дзе Брод Инститьют, Инк
Дзе Дженерал Хоспитал Корпорейшн
Дзе Брихэм Энд Уимен'З Хоспитал, Инк.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Дзе Брод Инститьют, Инк, Дзе Дженерал Хоспитал Корпорейшн, Дзе Брихэм Энд Уимен'З Хоспитал, Инк. filed Critical Дзе Брод Инститьют, Инк
Publication of RU2012140430A publication Critical patent/RU2012140430A/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
    • C12Q1/025—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
    • C12Q1/04—Determining presence or kind of microorganism; Use of selective media for testing antibiotics or bacteriocides; Compositions containing a chemical indicator therefor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
    • G01N33/56911—Bacteria
    • G01N33/5695—Mycobacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
    • G01N2333/195—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from bacteria
    • G01N2333/35—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from bacteria from Mycobacteriaceae (F)
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/56—Staging of a disease; Further complications associated with the disease

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Botany (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

1. Способ определения чувствительности патогена к лекарственным средствам, где способ включает:получение образца, содержащего патоген;осуществление контакта образца с одним или несколькими тестируемыми соединениями с получением образца для тестирования;обработку образца для тестирования в условиях, в которых происходит высвобождение матричной рибонуклеиновой кислоты (мРНК) из патогена в образец для тестирования;воздействие на образец для тестирования множества зондов нуклеиновой кислоты, содержащего множество подгрупп зондов, где каждая подгруппа содержит один или несколько зондов, которые специфично связываются с мРНК-мишенью, которая по-разному экспрессируется в организмах, которые являются чувствительными к тестируемому соединению, и в организмах, которые являются резистентными, при этом воздействие осуществляют в течение периода времени и в условиях, в которых может происходить связывание между зондом и мРНК-мишенью;определение уровня связывания между зондом и мРНК-мишенью и таким образом определение уровня мРНК-мишени; исравнение уровня мРНК-мишени в присутствии тестируемого соединения с эталонным уровнем, при этом отличие в уровне мРНК-мишени по сравнению с эталонным уровнем мРНК-мишени показывает, является ли патоген чувствительным или резистентным к тестируемому соединению.2. Способ по п.1, в котором тестируемое соединение является известным или возможным средством лечения, направленным против патогена.3. Способ по п.1, в котором способ включает осуществление контакта образца с двумя или большим количеством тестируемых соединений.4. Способ по п.1, в котором образец подвергают контакту с �

Claims (26)

1. Способ определения чувствительности патогена к лекарственным средствам, где способ включает:
получение образца, содержащего патоген;
осуществление контакта образца с одним или несколькими тестируемыми соединениями с получением образца для тестирования;
обработку образца для тестирования в условиях, в которых происходит высвобождение матричной рибонуклеиновой кислоты (мРНК) из патогена в образец для тестирования;
воздействие на образец для тестирования множества зондов нуклеиновой кислоты, содержащего множество подгрупп зондов, где каждая подгруппа содержит один или несколько зондов, которые специфично связываются с мРНК-мишенью, которая по-разному экспрессируется в организмах, которые являются чувствительными к тестируемому соединению, и в организмах, которые являются резистентными, при этом воздействие осуществляют в течение периода времени и в условиях, в которых может происходить связывание между зондом и мРНК-мишенью;
определение уровня связывания между зондом и мРНК-мишенью и таким образом определение уровня мРНК-мишени; и
сравнение уровня мРНК-мишени в присутствии тестируемого соединения с эталонным уровнем, при этом отличие в уровне мРНК-мишени по сравнению с эталонным уровнем мРНК-мишени показывает, является ли патоген чувствительным или резистентным к тестируемому соединению.
2. Способ по п.1, в котором тестируемое соединение является известным или возможным средством лечения, направленным против патогена.
3. Способ по п.1, в котором способ включает осуществление контакта образца с двумя или большим количеством тестируемых соединений.
4. Способ по п.1, в котором образец подвергают контакту с одним или несколькими тестируемыми соединениями в течение периода времени, составляющего менее четырех часов.
5. Способ идентификации патогена инфекционной болезни, где способ включает:
получение образца для тестирования от субъекта, который предположительно инфицирован патогеном;
обработку образца для тестирования в условиях, в которых высвобождается матричная рибонуклеиновая кислота (мРНК);
воздействие на образец для тестирования множества зондов нуклеиновой кислоты, содержащего множество подгрупп зондов, при этом каждая подгруппа содержит один или несколько зондов, которые специфично связываются с мРНК-мишенью, которая однозначно идентифицирует патоген, при этом воздействие осуществляют в течение периода времени и в условиях, в которых может происходить связывание между зондом и мРНК-мишенью; и
определение уровня связывания между зондом и мРНК-мишенью и таким образом определение уровня мРНК-мишени;
при этом повышение уровня мРНК-мишени в образце для тестирования по сравнению с эталонным образцом свидетельствует об идентификации патогена в образце для тестирования.
6. Способ по п.1 или 5, в котором образец для тестирования выбран из группы, состоящей из слюны, крови, мочи, кала, синовиальной жидкости, цереброспинальной жидкости и цервикального/вагинального мазка.
7. Способ по п.1 или 5, в котором образец для тестирования содержит множество разных патогенов инфекционных болезней или организмов, не вызывающих заболевания.
8. Способ по п.1 или 5, в котором один или несколько зондов нуклеиновой кислоты выбраны из зондов, указанных в таблице 2.
9. Способ по п.1 или 5, в котором патогеном является бактерия, гриб, вирус или паразит.
10. Способ по п.1 или 5, в котором патогеном является Mycobacterium tuberculosis.
11. Способ по п.1 или 5, в котором мРНК не является очищенной перед осуществлением контакта с зондами.
12. Способ по п.1 или 5, в котором способ не включает амплификацию мРНК.
13. Способ по п.1 или 5, в котором способ включает лизис клеток ферментативно, химически или механически.
14. Способ по п.1 или 5, в котором способ включает применение микрофлюидного устройства.
15. Способ по п.1 или 5, в котором способ применяют для мониторинга инфекции патогеном.
16. Способ по п.1, в котором патоген находится в образце, полученном от субъекта.
17. Способ по п.5 или 16, в котором субъектом является человек.
18. Способ по п.5 или 16, где способ дополнительно включает определение или отбор средства лечения для субъекта и необязательно введение средства лечения субъекту.
19. Способ отбора средства лечения для субъекта, где способ включает:
необязательную идентификацию патогена в образце от субъекта способом, включающим:
получение образца для тестирования от субъекта, предположительно инфицированного патогеном;
обработку образца для тестирования в условиях, в которых высвобождается матричная рибонуклеиновая кислота (мРНК);
воздействие на образец для тестирования множества зондов нуклеиновой кислоты, содержащего множество подгрупп зондов, при этом каждая подгруппа содержит один или несколько зондов, которые специфично связываются с мРНК-мишенью, которая однозначно идентифицирует патоген, при этом воздействие осуществляют в течение периода времени и в условиях, в которых может происходить связывание между зондом и мРНК-мишенью; и
определение уровня связывания между зондом и мРНК-мишенью и таким образом определение уровня мРНК-мишени;
при этом повышение уровня мРНК-мишени в образце для тестирования по сравнению с эталонным образцом свидетельствует об идентификации патогена в образце для тестирования;
определение чувствительности патогена к лекарственным средствам с применением способа по п.1; и
отбор лекарственного средства, к которому патоген является чувствительным, для применения при лечении субъекта.
20. Способ мониторинга инфекции патогеном у субъекта, где способ включает:
получение первого образца, содержащего патоген, в первый момент времени;
определение чувствительности патогена к лекарственным средствам в первом образце с применением способа по п.1;
необязательный отбор средства лечения, к которому патоген является чувствительным, и
введение выбранного средства лечения субъекту;
получение второго образца, содержащего патоген, во второй момент времени;
определение чувствительности патогена к лекарственным средствам во втором образце с применением способа по п.1; и
сравнение чувствительности патогена к лекарственным средствам в первом образце и втором образце и таким образом осуществление мониторинга инфекции у субъекта.
21. Способ по п.20, в котором субъект имеет ослабленный иммунитет.
22. Способ по п.20, в котором способ включает отбор средства лечения, к которому патоген является чувствительным, и введение отобранного средства лечения субъекту, и определение чувствительности патогена к лекарственному средству во втором образце к выбранному средству лечения с применением способа по п.1, при этом изменение чувствительности патогена к лекарственному средству свидетельствует о том, является ли патоген или становится резистентным к средству лечения.
23. Способ по п.20, в котором изменение чувствительности патогена к лекарственным средствам свидетельствует о том, что патоген является или становится резистентным к средству лечения, и способ дополнительно включает введение субъекту другого средства лечения.
24. Способ мониторинга инфекции патогеном в популяции субъектов, где способ включает:
получение первого множества образцов от субъектов в популяции в первый момент времени;
определение чувствительности патогенов к лекарственным средствам в первом множестве образцов с применением способа по п.1 и необязательно идентификацию патогена инфекционной болезни в первом множестве образцов способом, включающим:
получение образца для тестирования от субъекта, предположительно инфицированного патогеном;
обработку образца для тестирования в условиях, в которых высвобождается матричная рибонуклеиновая кислота (мРНК);
воздействие на образец для тестирования множества зондов нуклеиновых кислот, содержащего множество подгрупп зондов, при этом каждая подгруппа содержит один или несколько зондов, которые специфично связываются с мРНК-мишенью, которая однозначно идентифицирует патоген, при этом воздействие осуществляют в течение периода времени и в условиях, в которых может происходить связывание между зондом и мРНК-мишенью; и
определение уровня связывания между зондом и мРНК-мишенью и таким образом определение уровня мРНК-мишени;
при этом повышение уровня мРНК-мишени в образце для тестирования по сравнению с эталонным образцом свидетельствует об идентификации патогена в образце для тестирования;
необязательное введение средства лечения субъекту;
получение второго множества образцов от субъектов в популяции во второй момент времени;
определение чувствительности патогенов к лекарственным средствам во втором множестве образцов с применением способа по п.1 и необязательно идентификацию патогена инфекционной болезни в первом множестве образцов способом, включающим:
получение образца для тестирования от субъекта, предположительно инфицированного патогеном;
обработку образца для тестирования в условиях, в которых высвобождается матричная рибонуклеиновая кислота (мРНК);
воздействие на образец для тестирования множества зондов нуклеиновой кислоты, содержащего множество подгрупп зондов, при этом каждая подгруппа содержит один или несколько зондов, которые специфично связываются с мРНК-мишенью, которая однозначно идентифицирует патоген, при этом воздействие осуществляют в течение периода времени и в условиях, в которых может происходить связывание между зондом и мРНК-мишенью; и
определение уровня связывания между зондом и мРНК-мишенью и таким образом определение уровня мРНК-мишени;
при этом повышение уровня мРНК-мишени в образце для тестирования по сравнению с эталонным образцом свидетельствует об идентификации патогена в образце для тестирования;
сравнение чувствительности патогенов к лекарственным средствам и необязательно идентификацию патогенов в первом множестве образцов и втором множестве образцов и таким образом осуществление мониторинга инфекции в популяции субъектов.
25. Множество полинуклеотидов, связанных с твердой подложкой, где множество содержит, по меньшей мере, один полинуклеотид и каждый полинуклеотид избирательно гибридизуется с одним или несколькими генами, выбранными из генов, указанных в таблице 2.
26. Множество полинуклеотидов по п.25, где множество содержит последовательности SEQ ID NO: 1-227 или любое их сочетание.
RU2012140430/10A 2010-02-24 2011-02-24 Способы диагностики патогенов, вызывающих инфекционные заболевания и их лекарственной чувствительности RU2012140430A (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US30766910P 2010-02-24 2010-02-24
US61/307,669 2010-02-24
US32325210P 2010-04-12 2010-04-12
US61/323,252 2010-04-12
PCT/US2011/026092 WO2011106536A2 (en) 2010-02-24 2011-02-24 Methods of diagnosing infectious disease pathogens and their drug sensitivity

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2012140430A true RU2012140430A (ru) 2014-03-27

Family

ID=44507562

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2012140430/10A RU2012140430A (ru) 2010-02-24 2011-02-24 Способы диагностики патогенов, вызывающих инфекционные заболевания и их лекарственной чувствительности

Country Status (10)

Country Link
US (5) US9885088B2 (ru)
EP (2) EP2816123B1 (ru)
JP (2) JP6138491B2 (ru)
KR (1) KR20120133385A (ru)
CN (2) CN103003446A (ru)
AU (1) AU2011220736C1 (ru)
CA (1) CA2791228C (ru)
MX (1) MX345230B (ru)
RU (1) RU2012140430A (ru)
WO (1) WO2011106536A2 (ru)

Families Citing this family (40)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US9885088B2 (en) 2010-02-24 2018-02-06 The Broad Institute, Inc. Rapid phenotypic diagnosis of pathogens and drug resistance using transcriptional expression signatures
ITRM20100411A1 (it) * 2010-07-23 2012-01-24 Massimo Amicosante Uso di sequenze amminoacidiche da mycobacterium tuberculosis o dei loro corrispondenti acidi nucleici per la diagnosi e la prevenzione di infezione tubercolare, relativo kit diagnostico e vaccino.
WO2013090897A1 (en) * 2011-12-15 2013-06-20 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Using adaptive immunity to detect drug resistance
GB201220662D0 (en) * 2012-11-16 2013-01-02 ALERE TECHNOLOGIES GmbH Assays
WO2014143158A1 (en) 2013-03-13 2014-09-18 The Broad Institute, Inc. Compositions and methods for labeling of agents
CN113025732A (zh) * 2013-07-03 2021-06-25 克维拉公司 靶向抗生素敏感性测试的方法
CA2949732C (en) 2014-06-13 2023-01-17 Q-Linea Ab Method for detecting and characterising a microorganism
EP3174993B1 (en) 2014-07-30 2023-12-06 President and Fellows of Harvard College Probe library construction
CA2966575A1 (en) * 2014-11-05 2016-06-02 California Institute Of Technology Microfluidic measurements of the response of an organism to a drug
KR101649851B1 (ko) * 2014-12-30 2016-08-30 주식회사 인트론바이오테크놀로지 신규한 시가독소생산 F18형 대장균 박테리오파지 Ｅｓｃ-ＣＯＰ-1 및 이의 시가독소생산 F18형 대장균 증식 억제 용도
GB201507026D0 (en) 2015-04-24 2015-06-10 Linea Ab Q Medical sample transportation container
WO2017011819A1 (en) * 2015-07-15 2017-01-19 Northeastern University Microdroplet based bioassay platform
WO2017040316A1 (en) 2015-08-28 2017-03-09 The Broad Institute, Inc. Sample analysis, presence determination of a target sequence
US11345969B2 (en) 2016-02-11 2022-05-31 The Translational Genomics Research Institute Systems and methods for the detection of infectious diseases
GB2554767A (en) 2016-04-21 2018-04-11 Q Linea Ab Detecting and characterising a microorganism
WO2018058078A1 (en) 2016-09-23 2018-03-29 California Institute Of Technology Digital quantification of dna replication and/or chromosome segregation based determination of antimicrobial susceptibility
PT3551753T (pt) 2016-12-09 2022-09-02 Harvard College Diagnósticos baseados num sistema efetor de crispr
CN106636410A (zh) * 2016-12-28 2017-05-10 山东省农业科学院畜牧兽医研究所 环介导等温扩增多重耐药基因oqxAB的检测引物、检测试剂盒及检测方法
KR101750972B1 (ko) * 2017-02-21 2017-06-27 신영수 약물의 면역 반응 유도능 평가용 조성물
HUE061438T2 (hu) * 2017-03-01 2023-07-28 Specific Tech Llc Mikroorganizmusok gyógyszer-rezisztenciájának kimutatása
CA3056411A1 (en) 2017-03-15 2018-09-20 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based diagnostics for virus detection
US11174515B2 (en) 2017-03-15 2021-11-16 The Broad Institute, Inc. CRISPR effector system based diagnostics
US11104937B2 (en) 2017-03-15 2021-08-31 The Broad Institute, Inc. CRISPR effector system based diagnostics
US11618928B2 (en) 2017-04-12 2023-04-04 The Broad Institute, Inc. CRISPR effector system based diagnostics for malaria detection
US11131673B2 (en) 2017-04-27 2021-09-28 Northeastern University Live single-cell bioassay in microdroplets
US11788123B2 (en) 2017-05-26 2023-10-17 President And Fellows Of Harvard College Systems and methods for high-throughput image-based screening
EP3695009A4 (en) 2017-10-11 2021-08-11 California Institute of Technology ANTIBIOTIC SENSITIVITY OF MICROORGANISMS AND RELATED COMPOSITIONS, PROCEDURES AND SYSTEMS
CN108165564B (zh) * 2017-12-01 2021-06-08 北京蛋白质组研究中心 结核分枝杆菌H37Rv编码基因及其应用
WO2021130199A2 (en) * 2019-12-27 2021-07-01 F. Hoffmann-La Roche Ag Compositions and methods for detecting methicillin-resistant staphylococcus aureus
DK3746568T3 (da) 2018-01-29 2023-12-18 Broad Inst Inc Crispr-effektorsystembaseret diagnostik
WO2020046801A1 (en) * 2018-08-27 2020-03-05 The Broad Institute, Inc. COMPOSITIONS AND METHODS FOR DETECTING ANTIBIOTIC RESPONSIVE mRNA EXPRESSION SIGNATURES AND USES THEREOF
WO2020061643A1 (en) * 2018-09-27 2020-04-02 Garvan Institute Of Medical Research Expression profiling
EP3861129A4 (en) * 2018-10-02 2022-07-20 BioFire Diagnostics, LLC BACTERIAL RESPONSE
US20210396756A1 (en) 2018-10-03 2021-12-23 The Broad Institute, Inc. Crispr effector system based diagnostics for hemorrhagic fever detection
CN109557296B (zh) * 2018-11-22 2022-05-20 珠海澳加动力生物科技有限公司 一种循环检测肿瘤细胞药物敏感性的方法
CN109671467B (zh) * 2018-12-12 2023-03-24 中国人民解放军军事科学院军事医学研究院 一种病原体感染损伤机理解析方法及装置
US20220119871A1 (en) 2019-01-28 2022-04-21 The Broad Institute, Inc. In-situ spatial transcriptomics
WO2020186223A1 (en) 2019-03-14 2020-09-17 The Broad Institute, Inc. Sherlock assays for tick-borne diseases
CN110499353B (zh) * 2019-08-09 2023-11-07 佛山市第四人民医院(佛山市结核病防治所) 一种用于结核耐药诊断的微生物标志物及其应用
IN202041055641A (ru) * 2020-12-21 2021-11-19

Family Cites Families (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6300058B1 (en) 1992-01-29 2001-10-09 Hitachi Chemical Research Center, Inc. Method for measuring messenger RNA
US5637684A (en) * 1994-02-23 1997-06-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Phosphoramidate and phosphorothioamidate oligomeric compounds
US20080113342A1 (en) * 1998-11-16 2008-05-15 Monsanto Technology Llc Plant Genome Sequence and Uses Thereof
JP2001103981A (ja) * 1999-08-03 2001-04-17 Nisshinbo Ind Inc 結核菌診断キット
WO2001021839A2 (en) * 1999-09-24 2001-03-29 Pharmacia & Upjohn Company Gene expression profiles
EP1261716A2 (en) * 1999-11-16 2002-12-04 Apollo Biotechnology, Inc. Method for rapid and accurate identification of microorganisms
WO2002077183A2 (en) * 2001-03-21 2002-10-03 Elitra Pharmaceuticals, Inc. Identification of essential genes in microorganisms
KR100454585B1 (ko) 2001-10-09 2004-11-02 주식회사 에스제이하이테크 마이코박테리아의 균주 감별, 결핵균의 스트레인 감별과항생제 내성을 검출하기 위한 프로브를 포함하는마이크로어레이와 이를 이용한 검출 방법 및 진단 키트
CN1580283A (zh) 2003-08-13 2005-02-16 清华大学 一种检测核酸分子的方法
US7611834B2 (en) 2005-09-30 2009-11-03 Sandia Corporation Methods and devices for protein assays
JP5555157B2 (ja) * 2007-04-10 2014-07-23 ナノストリング テクノロジーズ， インコーポレイテッド ナノレポーターにおける使用のための標的特異的配列を同定するための方法およびコンピュータシステム
JP2009017836A (ja) * 2007-07-13 2009-01-29 Gifu Univ 生菌の遺伝子検査方法
BRPI0815850A2 (pt) 2007-08-01 2014-10-07 Medivation Neurology Inc "método para tratar, retardar a progressão, prevenir ou atrasar o desenvolvimento de esquizofrenia em um individuo, composiçã farmaceuticamente aceitável, kit e método para reforçar uma resposta de um individuo a um antipsicótico"
US20090082552A1 (en) 2007-09-26 2009-03-26 Magdalena Bynum Microfluidic protein assay
US20100222289A1 (en) * 2007-10-22 2010-09-02 Cfs Research Llc Methods for diagnosis and treatment of chronic fatigue syndrome
US20120165246A1 (en) * 2009-02-26 2012-06-28 Tyrian Diagnostics Limited Method of Diagnosis of Infection by Mycobacteria and Reagents Therefor
US9885088B2 (en) 2010-02-24 2018-02-06 The Broad Institute, Inc. Rapid phenotypic diagnosis of pathogens and drug resistance using transcriptional expression signatures

Also Published As

Publication number Publication date
US20190119728A1 (en) 2019-04-25
EP2539467A4 (en) 2013-09-25
EP2816123A1 (en) 2014-12-24
MX345230B (es) 2017-01-20
US20150203900A1 (en) 2015-07-23
US9885088B2 (en) 2018-02-06
WO2011106536A3 (en) 2012-02-02
CN103003446A (zh) 2013-03-27
AU2011220736B2 (en) 2014-08-14
US20220251631A1 (en) 2022-08-11
EP2539467B1 (en) 2016-06-08
EP2539467A2 (en) 2013-01-02
WO2011106536A9 (en) 2012-03-15
US20130190196A1 (en) 2013-07-25
US10982291B2 (en) 2021-04-20
CA2791228A1 (en) 2011-09-01
AU2011220736C1 (en) 2014-12-18
JP2013520206A (ja) 2013-06-06
EP2816123B1 (en) 2018-09-12
AU2011220736A1 (en) 2012-09-13
CN104212890A (zh) 2014-12-17
JP6138491B2 (ja) 2017-05-31
WO2011106536A2 (en) 2011-09-01
KR20120133385A (ko) 2012-12-10
MX2012009906A (es) 2015-09-28
JP2016073282A (ja) 2016-05-12
US20210062246A1 (en) 2021-03-04
CA2791228C (en) 2020-07-07

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2012140430A (ru) Способы диагностики патогенов, вызывающих инфекционные заболевания и их лекарственной чувствительности
Jones et al. Association of Blastocystis subtype 3 and 1 with patients from an Oregon community presenting with chronic gastrointestinal illness
US10563262B2 (en) Biomarkers of traumatic brain injury
Hebb et al. Detection of novel organisms associated with salpingitis, by use of 16S rDNA polymerase chain reaction
JP2013520206A5 (ru)
Merino et al. Microbiological diagnosis of spinal tuberculosis
Van den Bergh et al. Transcriptome analysis of monocyte-HIV interactions
Barton et al. Transcriptomics in human challenge models
EP2920321B1 (en) Nucleic acid assay for diagnosing or monitoring a pathogen infection in a bodily fluid from a subject treated with an anti-pathogenic agent
Reinton et al. Respiratory tract infections during the 2011 Mycoplasma pneumoniae epidemic
Kamachi et al. Laboratory-based surveillance of pertussis using multitarget real-time PCR in Japan: evidence for Bordetella pertussis infection in preteens and teens
CN103255216A (zh) 院内感染多病原体并行检测基因芯片及其制作方法和应用
Mohamed et al. Changes in vaginal microbiome in pregnant and nonpregnant women with bacterial vaginosis: toward microbiome diagnostics?
Nishi et al. An epidemiologic survey of methicillin-resistant Staphylococcus aureus by combined use of mec-HVR genotyping and toxin genotyping in a university hospital in Japan
Behr et al. Molecular tools for typing and branding the tubercle bacillus
Eisenach Use of an insertion sequence for laboratory diagnosis and epidemiologic studies of tuberculosis
KR101768955B1 (ko) 에볼라 바이러스 진단용 프라이머 세트 및 이의 용도
CN117867169A (zh) Cdi增强的新冠肺炎测试
RU2677293C1 (ru) Способ определения генетических детерминант резистентности возбудителя туберкулеза к бедаквилину и линезолиду
EP3967776A1 (en) Use of p44 as marker for diagnosing anaplasmosis
Goto et al. Detection of Toxoplasma gondii by polymerase chain reaction in cerebrospinal fluid from human immunodeficiency virus-1-infected Japanese patients with focal neurological signs
Vica et al. Molecular diagnostic of presence and tetracycline resistance in urine samples
Fontes et al. Pathogen detection
TOKGÜN et al. Echinococcus granulosus İnfeksiyonu Tanısında Moleküler Uygulamalar ve Yeni Yaklaşımlar
Ramroodi et al. Relationship between Chlamydia pneumonia infection and susceptibility of multiple sclerosis (MS) in southeast of Iran: a case-control study