RU2010126195A

RU2010126195A - Селективное обогащение пост-трансляционно модифицированных белков и/или пептидов

Info

Publication number: RU2010126195A
Application number: RU2010126195/04A
Authority: RU
Inventors: Ральф ХОФФМАНН (NL); Ральф ХОФФМАНН; Хюго М. ВИССЕР (NL); Хюго М. ВИССЕР; Эдвин П. РОМЕЙН (NL); Эдвин П. РОМЕЙН
Original assignee: Конинклейке Филипс Электроникс Н.В. (Nl); Конинклейке Филипс Электроникс Н.В.
Priority date: 2007-11-26
Filing date: 2008-11-17
Publication date: 2012-01-10
Also published as: EP2235040A1; WO2009069033A1; CN101874037A; BRPI0820567A2; JP2011504488A; US20100256011A1; EP2062912A1

Abstract

1. Способ для селективного обогащения и/или отделения пост-транскрипционно гликозилированных белков и/или пептидов из образца, включающий: ! (a) двойное мечение белков и/или пептидов, содержащихся в образце; ! (b) связывание по крайней мере первой группы гликозилированных белков и/или пептидов; и ! (с) отделение связанной по крайней мере первой группы гликозилированных белков и/или пептидов, где двойное химическое мечение включает изотопическое и изобарическое мечение. ! 2. Способ по п.1, дополнительно включающий: расщепление белков на пептиды перед и/или одновременно с выполнением стадии (а). ! 3. Способ по п.1 или 2, где изотопическое мечение выполняется перед изобарическим мечением. ! 4. Способ по п.1 или 2, где изотопическое мечение выполняется перед расщеплением белков на пептиды. ! 5. Способ по п.1 или 2, где стадия (b) включает по крайней мере одно лектиновое аффинное связывание и гликопротеиновое химическое связывание. ! 6. Способ по п.1 или 2, где стадия (с) включает удаление гликозильной модификации из по крайней мере первой группы отделенных гликозилированных белков и/или пептидов. ! 7. Способ по п.6, где гликозильная модификации удалена химически или ферментативно. ! 8. Способ по п.6, где первая группа отделенных гликозилированных белков и/или пептидов содержит N-гликозилированные белки и/или пептиды. ! 9. Способ по п.8, где гликозильная модификация удалена ферментативно с помощью пептид:N-гликозидазы F. ! 10. Способ по п.6 или 8, где после осуществления стадии (с) остающаяся группа/-ы белковых молекул подвергается/-ются другому циклу стадий от (а) до (с), и где стадия (с) включает удаление гликозильной модификации из по крайней мере

Claims

1. Способ для селективного обогащения и/или отделения пост-транскрипционно гликозилированных белков и/или пептидов из образца, включающий:

(a) двойное мечение белков и/или пептидов, содержащихся в образце;

(b) связывание по крайней мере первой группы гликозилированных белков и/или пептидов; и

(с) отделение связанной по крайней мере первой группы гликозилированных белков и/или пептидов, где двойное химическое мечение включает изотопическое и изобарическое мечение.

2. Способ по п.1, дополнительно включающий: расщепление белков на пептиды перед и/или одновременно с выполнением стадии (а).

3. Способ по п.1 или 2, где изотопическое мечение выполняется перед изобарическим мечением.

4. Способ по п.1 или 2, где изотопическое мечение выполняется перед расщеплением белков на пептиды.

5. Способ по п.1 или 2, где стадия (b) включает по крайней мере одно лектиновое аффинное связывание и гликопротеиновое химическое связывание.

6. Способ по п.1 или 2, где стадия (с) включает удаление гликозильной модификации из по крайней мере первой группы отделенных гликозилированных белков и/или пептидов.

7. Способ по п.6, где гликозильная модификации удалена химически или ферментативно.

8. Способ по п.6, где первая группа отделенных гликозилированных белков и/или пептидов содержит N-гликозилированные белки и/или пептиды.

9. Способ по п.8, где гликозильная модификация удалена ферментативно с помощью пептид:N-гликозидазы F.

10. Способ по п.6 или 8, где после осуществления стадии (с) остающаяся группа/-ы белковых молекул подвергается/-ются другому циклу стадий от (а) до (с), и где стадия (с) включает удаление гликозильной модификации из по крайней мере второй группы отделенных гликозилированных белков и/или пептидов.

11. Способ по п.10, где вторая группа отделенных гликозилированных белков и/или пептидов содержит О-гликозилированные белки и/или пептиды.

12. Способ по п.1 или 2, дополнительно включающий: анализ отделенных белков и/или пептидов посредством масс-спектрометрии.

13. Способ по п.1 или 2, где способ выполняется в формате высокой пропускной способности.

14. Применение способа по любому из пп.1-13 для проведения качественного и/или количественного протеомного анализа.