RU2009120527A - Способ и набор для детектирования микроорганизма - Google Patents

Способ и набор для детектирования микроорганизма Download PDF

Info

Publication number
RU2009120527A
RU2009120527A RU2009120527/10A RU2009120527A RU2009120527A RU 2009120527 A RU2009120527 A RU 2009120527A RU 2009120527/10 A RU2009120527/10 A RU 2009120527/10A RU 2009120527 A RU2009120527 A RU 2009120527A RU 2009120527 A RU2009120527 A RU 2009120527A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
sample
test sample
water
pcr
microorganism
Prior art date
Application number
RU2009120527/10A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2410440C1 (ru
Inventor
Синити ЙОСИДА (JP)
Синити ЙОСИДА
Такаси СОЕДЗИМА (JP)
Такаси СОЕДЗИМА
Original Assignee
Моринага Милк Индастри Ко., Лтд. (Jp)
Моринага Милк Индастри Ко., Лтд.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Моринага Милк Индастри Ко., Лтд. (Jp), Моринага Милк Индастри Ко., Лтд. filed Critical Моринага Милк Индастри Ко., Лтд. (Jp)
Publication of RU2009120527A publication Critical patent/RU2009120527A/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2410440C1 publication Critical patent/RU2410440C1/ru

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
    • C12Q1/04—Determining presence or kind of microorganism; Use of selective media for testing antibiotics or bacteriocides; Compositions containing a chemical indicator therefor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2523/00—Reactions characterised by treatment of reaction samples
    • C12Q2523/10—Characterised by chemical treatment
    • C12Q2523/101—Crosslinking agents, e.g. psoralen
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2561/00—Nucleic acid detection characterised by assay method
    • C12Q2561/109—Invader technology

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

1. Способ детектирования живой клетки микроорганизма в тест-пробе, предусматривающий стадии: ! a) добавления сшивающего агента, способного сшивать ДНК при облучении светом, имеющим длину волны 350-700 нм, к этой тест-пробе; ! b) облучения тест-пробы, к которой добавлен сшивающий агент, светом, имеющим длину волны 350-700 нм; ! c) удаления сшивающего агента, содержащегося в тест-пробе, облученной светом; ! d) добавления среды к тест-пробе, из которой удален сшивающий агент, и инкубирования этой тест-пробы; ! e) добавления опять сшивающего агента, способного сшивать ДНК при облучении светом, имеющим длину волны 350-700 нм, к инкубируемой тест-пробе; ! f) облучения тест-пробы, к которой добавлен сшивающий агент, светом, имеющим длину волны 350-700 нм; ! g) экстракции ДНК из этой тест-пробы и амплификации района-мишени экстрагированной ДНК при помощи способа амплификации нуклеиновых кислот; и ! h) анализа амплифицированного продукта. ! 2. Способ по п.1, в котором этот амплифицированный продукт анализируют на основе калибровочной кривой, которая создана с использованием стандартной пробы микроорганизма и показывает зависимость между количеством этого микроорганизма и амплифицированного продукта. ! 3. Способ по п.1, в котором способом амплификации нуклеиновых кислот является способ ПЦР, LAMP, SDA, LCR или способ микроматрицы ДНК. ! 4. Способ по п.2, в котором способом амплификации нуклеиновых кислот является способ ПЦР, LAMP, SDA, LCR или способ микроматрицы ДНК. ! 5. Способ по п.3, в котором способ ПЦР выполняют с использованием ПЦР реального времени и выполняют одновременно ПЦР и анализ амплифицированного продукта. ! 6. Способ по п.4, в котором способ ПЦР выпол�

Claims (26)

1. Способ детектирования живой клетки микроорганизма в тест-пробе, предусматривающий стадии:
a) добавления сшивающего агента, способного сшивать ДНК при облучении светом, имеющим длину волны 350-700 нм, к этой тест-пробе;
b) облучения тест-пробы, к которой добавлен сшивающий агент, светом, имеющим длину волны 350-700 нм;
c) удаления сшивающего агента, содержащегося в тест-пробе, облученной светом;
d) добавления среды к тест-пробе, из которой удален сшивающий агент, и инкубирования этой тест-пробы;
e) добавления опять сшивающего агента, способного сшивать ДНК при облучении светом, имеющим длину волны 350-700 нм, к инкубируемой тест-пробе;
f) облучения тест-пробы, к которой добавлен сшивающий агент, светом, имеющим длину волны 350-700 нм;
g) экстракции ДНК из этой тест-пробы и амплификации района-мишени экстрагированной ДНК при помощи способа амплификации нуклеиновых кислот; и
h) анализа амплифицированного продукта.
2. Способ по п.1, в котором этот амплифицированный продукт анализируют на основе калибровочной кривой, которая создана с использованием стандартной пробы микроорганизма и показывает зависимость между количеством этого микроорганизма и амплифицированного продукта.
3. Способ по п.1, в котором способом амплификации нуклеиновых кислот является способ ПЦР, LAMP, SDA, LCR или способ микроматрицы ДНК.
4. Способ по п.2, в котором способом амплификации нуклеиновых кислот является способ ПЦР, LAMP, SDA, LCR или способ микроматрицы ДНК.
5. Способ по п.3, в котором способ ПЦР выполняют с использованием ПЦР реального времени и выполняют одновременно ПЦР и анализ амплифицированного продукта.
6. Способ по п.4, в котором способ ПЦР выполняют с использованием ПЦР реального времени и выполняют одновременно ПЦР и анализ амплифицированного продукта.
7. Способ по п.1, в котором тест-пробой является пищевой продукт, проба крови, проба мочи, проба спинальной жидкости, проба синовиальной жидкости, проба плеврального выпота, промышленная вода, водопроводная вода, грунтовая вода, речная вода или дождевая вода.
8. Способ по п.2, в котором тест-пробой является пищевой продукт, проба крови, проба мочи, проба спинальной жидкости, проба синовиальной жидкости, проба плеврального выпота, промышленная вода, водопроводная вода, грунтовая вода, речная вода или дождевая вода.
9. Способ по п.3, в котором тест-пробой является пищевой продукт, проба крови, проба мочи, проба спинальной жидкости, проба синовиальной жидкости, проба плеврального выпота, промышленная вода, водопроводная вода, грунтовая вода, речная вода или дождевая вода.
10. Способ по п.4, в котором тест-пробой является пищевой продукт, проба крови, проба мочи, проба спинальной жидкости, проба синовиальной жидкости, проба плеврального выпота, промышленная вода, водопроводная вода, грунтовая вода, речная вода или дождевая вода.
11. Способ по п.5, в котором тест-пробой является пищевой продукт, проба крови, проба мочи, проба спинальной жидкости, проба синовиальной жидкости, проба плеврального выпота, промышленная вода, водопроводная вода, грунтовая вода, речная вода или дождевая вода.
12. Способ по п.6, в котором тест-пробой является пищевой продукт, проба крови, проба мочи, проба спинальной жидкости, проба синовиальной жидкости, проба плеврального выпота, промышленная вода, водопроводная вода, грунтовая вода, речная вода или дождевая вода.
13. Способ по любому из пп.1-12, в котором сшивающий агент выбран из группы, состоящей из моноазида этидия, диазида этидия, псоларена, 4,5',8-триметилпсоларена и 8-метоксипсоралена.
14. Способ по любому из пп.1-12, в котором длина района-мишени равна 50-5000 оснований.
15. Способ по п.13, в котором длина района-мишени равна 50-5000 оснований.
16. Способ по любому из пп.1-12, в котором этот микроорганизм является патогенной бактерией.
17. Способ по п.13, в котором этот микроорганизм является патогенной бактерией.
18. Способ по п.14, в котором этот микроорганизм является патогенной бактерией.
19. Способ по п.15, в котором этот микроорганизм является патогенной бактерией.
20. Способ по п.16, в котором районом-мишенью является патогенный ген.
21. Способ по п.17, в котором районом-мишенью является патогенный ген.
22. Способ по п.18, в котором районом-мишенью является патогенный ген.
23. Способ по п.19, в котором районом-мишенью является патогенный ген.
24. Способ детекции живой клетки микроорганизма в тест-пробе по п.1, который включает использование набора, содержащего следующие компоненты:
сшивающий агент, способный сшивать ДНК при облучении светом, имеющим длину волны 350-700 нм; среду и
праймер (праймеры) для амплификации района-мишени ДНК микроорганизма, который является мишенью детектирования, способом амплификации нуклеиновых кислот.
25. Способ по п.24, где способом амплификации нуклеиновых кислот является способ ПЦР, LAMP, SDA, LCR или способ микроматрицы ДНК.
26. Способ по п.24 или 25, в котором сшивающий агент выбран из группы, состоящей из моноазида этидия, диазида этидия, псоларена, 4,5',8-триметилпсоларена и 8-метоксипсоларена.
RU2009120527/10A 2007-08-16 2008-08-01 Способ и набор для детектирования микроорганизма RU2410440C1 (ru)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2007-212366 2007-08-16
JP2007212366 2007-08-16

Publications (2)

Publication Number Publication Date
RU2009120527A true RU2009120527A (ru) 2010-12-10
RU2410440C1 RU2410440C1 (ru) 2011-01-27

Family

ID=40350613

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2009120527/10A RU2410440C1 (ru) 2007-08-16 2008-08-01 Способ и набор для детектирования микроорганизма

Country Status (10)

Country Link
US (2) US8221975B2 (ru)
EP (1) EP2077334B1 (ru)
JP (1) JP4378537B2 (ru)
KR (1) KR101120270B1 (ru)
CN (1) CN101617057B (ru)
AU (1) AU2008287928B2 (ru)
CA (1) CA2666448C (ru)
NZ (1) NZ576113A (ru)
RU (1) RU2410440C1 (ru)
WO (1) WO2009022558A1 (ru)

Families Citing this family (11)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP1992690B1 (en) * 2006-02-17 2014-05-21 Morinaga Milk Industry Co., Ltd. Method for detection of microorganism and kit for detection of microorganism
JP4825313B2 (ja) * 2009-07-24 2011-11-30 森永乳業株式会社 微生物検出法及び微生物検出キット
US9228240B2 (en) * 2010-06-03 2016-01-05 California Institute Of Technology Methods for detecting and quantifying viable bacterial endo-spores
US9458498B2 (en) 2011-01-24 2016-10-04 Takara Bio Inc. Method for modifying nucleic acids
RU2460801C1 (ru) * 2011-04-15 2012-09-10 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Московский государственный университет прикладной биотехнологии" Министерства образования и науки Российской Федерации Способ выявления санитарно-показательных бактерий и стартовых культур в мясных продуктах
DE102012014981B3 (de) 2012-07-26 2013-07-18 Sartorius Stedim Biotech Gmbh Verfahren zur Differenzierung zwischen lebenden und toten Zellen
RU2525934C1 (ru) * 2013-05-13 2014-08-20 Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт экологии и генетики микроорганизмов Уральского отделения Российской академии наук Способ видовой дифференциации жизнеспособных родококков, иммобилизованных в гелевом носителе
CN103497999B (zh) * 2013-09-29 2015-03-04 杨波 一种用于肉毒杆菌lamp核酸检测引物组和试剂盒
CN109182469A (zh) * 2018-08-24 2019-01-11 暨南大学 基于数字lamp技术检测阪崎肠杆菌的引物及试剂盒与方法
RU2700247C1 (ru) * 2018-10-01 2019-09-13 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" Тест-система для выявления ДНК сальмонелл (Salmonella spp.) в биологическом материале животных, продуктах питания и кормах животного и растительного происхождения
RU2700476C1 (ru) * 2018-10-01 2019-09-17 Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования "Кубанский государственный аграрный университет имени И.Т. Трубилина" Способ выявления ДНК сальмонелл (Salmonella spp.) в биологическом материале животных, продуктах питания и кормах животного и растительного происхождения

Family Cites Families (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US7052844B2 (en) * 1999-12-21 2006-05-30 Ingeneus, Inc. Purification of DS-DNA using heteropolymeric capture probes and a triplex, quadruplex or homologous duplex binding mechanism
GB0008787D0 (en) * 2000-04-10 2000-05-31 Norsk Naeringsmiddelforskning A method of cell detection
CN1293255A (zh) * 2000-10-25 2001-05-02 中国科学院武汉病毒研究所 一种在玻片上检测基因突变的方法
JPWO2002052034A1 (ja) 2000-12-26 2004-04-30 大島　譲二 生死判別方法及び核酸増幅方法
US20030020337A1 (en) * 2001-07-26 2003-01-30 Joachim Jon B. Electric machine rotor with crankshaft torsional damper
CN1169968C (zh) * 2001-12-27 2004-10-06 成都天友生物科技股份有限公司 一种家蚕微粒子病的核酸分子杂交检测方法
RU2258740C2 (ru) 2003-08-21 2005-08-20 Вафин Рамиль Ришадович СПОСОБ ДЕТЕКЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ С ПОМОЩЬЮ ИЗОТЕРМИЧЕСКОЙ РЕАКЦИИ АМПЛИФИКАЦИИ-RAMIL (РЕВЕРТАЗНОЕ АМПЛИФИКАЦИОННОЕ ЗАКЛЮЧЕНИЕ (REVERTASE AMPLIFICATION ILLATION) ИЛИ РНК-аза H ЗАВИСИМОЕ АМПЛИФИКАЦИОННОЕ ЗАКЛЮЧЕНИЕ (RNAase Н-DEPENDENT AMPLIFICATION ILLATION)

Also Published As

Publication number Publication date
CA2666448A1 (en) 2009-02-19
KR101120270B1 (ko) 2012-03-06
JP4378537B2 (ja) 2009-12-09
CN101617057B (zh) 2013-10-30
WO2009022558A1 (ja) 2009-02-19
AU2008287928B2 (en) 2011-07-28
US20120277121A1 (en) 2012-11-01
EP2077334B1 (en) 2015-10-14
US8221975B2 (en) 2012-07-17
EP2077334A1 (en) 2009-07-08
CN101617057A (zh) 2009-12-30
KR20090078333A (ko) 2009-07-17
JPWO2009022558A1 (ja) 2010-11-11
NZ576113A (en) 2012-05-25
CA2666448C (en) 2013-09-10
RU2410440C1 (ru) 2011-01-27
AU2008287928A1 (en) 2009-02-19
US20110053790A1 (en) 2011-03-03
EP2077334A4 (en) 2012-04-04

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2009120527A (ru) Способ и набор для детектирования микроорганизма
US10907202B2 (en) Methods and apparatus for sequential amplification reactions
US8728765B2 (en) Closed-system multi-stage nucleic acid amplification reactions
NZ597138A (en) Method and kit for detecting microorganisms
US8119352B2 (en) Multi-stage amplification reactions by control of sequence replication times
DE602004005711D1 (de) Schnell-verfahren zur detektion von mikroorganismen in lebensmittelproben
WO2019136034A8 (en) Loop-mediated isothermal amplification (lamp) based assay for detecting microbes
RU2010144789A (ru) Процесс и способ мониторинга желудочно-кишечной микрофлоры
US11072822B2 (en) RNA amplification method, RNA detection method and assay kit
US12123052B2 (en) Methods and apparatus for sequential amplification reactions
US10501790B2 (en) PCR amplification methods for detecting and quantifying sulfate-reducing bacteria in oilfield fluids
CN111902546A (zh) 量化物质中的生物负荷的方法
KR20060064271A (ko) 혐기소화공정의 메탄생성균에 대한 정량방법
Flowe Characterization of Microbial Communities Found in Bioreactor Effluent
Afonina et al. 5′-MGB probes allow rapid identification of methanogens and sulfate reducers in cold marine sediments by real-time PCR and melting curve analysis
Taşkın Selective quantification of viable Escherichia Coli cells in biosolids upon propidium monoazide treatment by quantitative PCR
BR102012019512A2 (pt) Método de detectação e quantificação de microrganismos viáveis em amostras de alimentos
ES2193873B1 (es) Metodo para la deteccion de presencia bacteriana en un sujeto.

Legal Events

Date Code Title Description
MM4A The patent is invalid due to non-payment of fees

Effective date: 20180802