RU2007136716A - Синтез олигонуклеотидов - Google Patents
Синтез олигонуклеотидов Download PDFInfo
- Publication number
- RU2007136716A RU2007136716A RU2007136716/04A RU2007136716A RU2007136716A RU 2007136716 A RU2007136716 A RU 2007136716A RU 2007136716/04 A RU2007136716/04 A RU 2007136716/04A RU 2007136716 A RU2007136716 A RU 2007136716A RU 2007136716 A RU2007136716 A RU 2007136716A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- protected
- group
- hydroxyl
- acid
- formula
- Prior art date
Links
- 0 B[C@]1O[C@](C*)C(*)C1* Chemical compound B[C@]1O[C@](C*)C(*)C1* 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
- C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
- Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
- Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
- Y02P20/55—Design of synthesis routes, e.g. reducing the use of auxiliary or protecting groups
Abstract
1. Способ получения олигонуклеотида, включающий стадии: ! a) предоставление гидроксилсодержащего соединения, имеющего формулу ! ! в которой B представляет собой гетероциклическое основание и ! i) R2 представляет собой H, защищенную 2'-гидроксильную группу, F, защищенную аминогруппу, O-алкильную группу, O-замещенный алкил, замещенный алкиламино или a C4'-О2' метиленовый мостик, ! R3 представляет собой OR'3, NHR"3, NR"3R'"3, где R'3 представляет собой группу, защищающую гидроксил, защищенный нуклеотид или защищенный олигонуклеотид, R"3, R"′3, независимо друг от друга, представляют собой группы, защищающие амин, ! и R5 представляет собой OH или ! ii) R2 представляет собой H, защищенную 2'-гидроксильную группу, F, защищенную аминогруппу, O-алкильную группу, O-замещенный алкил, замещенный алкиламино или C4'-O2' метиленовый мостик, ! R3 представляет собой OH и ! R5 представляет собой OR'5 и R'5 представляет собой группу, защищающую гидроксил, защищенный нуклеотид или защищенный олигонуклеотид или ! iii) R2 представляет собой OH ! R3 представляет собой OR'3, NHR"3, NR"3R'"3, где R'3 представляет собой группу, защищающую гидроксил, защищенный нуклеотид или защищенный олигонуклеотид, R"3, R'"3 независимо друг от друга представляет собой группы, защищающие амин, и ! R5 представляет собой OR'5, и R'5 представляет собой группу, защищающую гидроксил, защищенный нуклеотид или защищенный олигонуклеотид; ! b) взаимодействие указанного соединения с фосфитилирующим агентом в присутствии активатора, имеющего формулу I (активатор I) ! ! в которой R представляет собой алкил, циклоалкил, арил, аралкил, гетероалкил, гетероарил, ! R1, R2 представляют собой H, либо они вместе образуют 5-6-членное кольцо, ! X1, X2 независи
Claims (16)
1. Способ получения олигонуклеотида, включающий стадии:
a) предоставление гидроксилсодержащего соединения, имеющего формулу
в которой B представляет собой гетероциклическое основание и
i) R2 представляет собой H, защищенную 2'-гидроксильную группу, F, защищенную аминогруппу, O-алкильную группу, O-замещенный алкил, замещенный алкиламино или a C4'-О2' метиленовый мостик,
R3 представляет собой OR'3, NHR"3, NR"3R'"3, где R'3 представляет собой группу, защищающую гидроксил, защищенный нуклеотид или защищенный олигонуклеотид, R"3, R"′3, независимо друг от друга, представляют собой группы, защищающие амин,
и R5 представляет собой OH или
ii) R2 представляет собой H, защищенную 2'-гидроксильную группу, F, защищенную аминогруппу, O-алкильную группу, O-замещенный алкил, замещенный алкиламино или C4'-O2' метиленовый мостик,
R3 представляет собой OH и
R5 представляет собой OR'5 и R'5 представляет собой группу, защищающую гидроксил, защищенный нуклеотид или защищенный олигонуклеотид или
iii) R2 представляет собой OH
R3 представляет собой OR'3, NHR"3, NR"3R'"3, где R'3 представляет собой группу, защищающую гидроксил, защищенный нуклеотид или защищенный олигонуклеотид, R"3, R'"3 независимо друг от друга представляет собой группы, защищающие амин, и
R5 представляет собой OR'5, и R'5 представляет собой группу, защищающую гидроксил, защищенный нуклеотид или защищенный олигонуклеотид;
b) взаимодействие указанного соединения с фосфитилирующим агентом в присутствии активатора, имеющего формулу I (активатор I)
в которой R представляет собой алкил, циклоалкил, арил, аралкил, гетероалкил, гетероарил,
R1, R2 представляют собой H, либо они вместе образуют 5-6-членное кольцо,
X1, X2 независимо друг от друга представляют собой N или CH,
Y представляет собой H или Si(R4)3, где R4 представляет собой алкил, циклоалкил, арил, аралкил, гетероалкил, гетероарил,
B представляет собой депротонированную кислоту,
с получением фосфитилированного соединения;
c) взаимодействие указанного фосфитилированного соединения без выделения со вторым соединением, имеющим формулу
в которой R5, R3, R2, B выбраны независимо друг от друга, но имеют те же определения, как указано выше,
в присутствии активатора II, отличающегося от активатора I.
2. Способ по п.1, в котором активатор формулы I имеет формулу, выбранную из группы, включающей
в которых Y такой, как определено в п.1,
R представляет собой метил, фенил или бензил.
3. Способ по п.1 или 2, в котором фосфитилирующий агент имеет формулу II
в которой Z представляет собой уходящую группу, а R1 и R2 независимо друг от друга являются вторичными аминогруппами.
4. Способ по п.3, в котором фосфитилирующий агент представляет собой 2-цианоэтил-N,N,N',N'-тетраизопропилфосфордиамидит.
5. Способ по п.1, в котором депротонированная кислота образована из группы, включающей трифторуксусную кислоту, дихлоруксусную кислоту, метансульфоновую кислоту, трифторметансульфоновую кислоту, o-хлорфенолят.
6. Способ по п.1, в котором реакцию проводят в присутствии ацетона.
7. Способ по п.1, в котором фосфитилирующий агент используют в количестве от 1,0 до 1,2 моль/моль гидроксильных групп в гидроксилсодержащем соединении.
8. Способ по п.1, в котором фосфитилирующий агент используют в количестве от 3 до 5 моль/моль гидроксильных групп в гидроксилсодержащем соединении.
9. Способ по п.1, в котором полимерный спирт добавляют после стадии b) по п.1.
10. Способ по п.9, в котором полимерный спирт является поливиниловым спиртом.
11. Способ по п.9, в котором депротонированная кислота образована из группы, включающей трифторуксусную кислоту, дихлоруксусную кислоту, метансульфоновую кислоту, трифторметансульфоновую кислоту (трифлат), o-хлор-фенолят и их смеси.
12. Способ по п.9, в котором реакцию проводят в присутствии ацетона.
13. Способ по п.11, в котором, по меньшей мере, 95% мас./мас. реакционной среды представляет собой ацетон.
14. Способ по п.1, в котором депротонированная кислота образована из группы, включающей трифторуксусную кислоту, дихлоруксусную кислоту, метансульфоновую кислоту, трифторметансульфоновую кислоту (трифлат), o-хлор-фенолят и их смеси.
15. Применение кетонов, имеющих формулу Rx-C(=O)-Ry, в которой RX и Ry независимо друг от друга представляют собой C1-C6 алкил или вместе образуют циклоалкил, в качестве реакционной среды или дополнительного растворителя при синтезе олигонуклеотидов.
16. Применение п.15, в котором кетон представляет собой ацетон, бутанон, пентанон, гексанон, циклогексанон или их смесь.
Applications Claiming Priority (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| EP05101674 | 2005-03-04 | ||
| EP05101674.9 | 2005-03-04 | ||
| US66054905P | 2005-03-11 | 2005-03-11 | |
| US60/660,549 | 2005-03-11 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2007136716A true RU2007136716A (ru) | 2009-04-10 |
| RU2465280C2 RU2465280C2 (ru) | 2012-10-27 |
Family
ID=35229733
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2007136716/04A RU2465280C2 (ru) | 2005-03-04 | 2006-03-06 | Синтез олигонуклеотидов |
Country Status (11)
| Country | Link |
|---|---|
| EP (1) | EP1858909B1 (ru) |
| JP (1) | JP5435872B2 (ru) |
| KR (1) | KR101437824B1 (ru) |
| CN (1) | CN101133073B (ru) |
| AU (1) | AU2006221999A1 (ru) |
| BR (1) | BRPI0609351A2 (ru) |
| CA (1) | CA2599259A1 (ru) |
| MX (1) | MX2007010764A (ru) |
| RU (1) | RU2465280C2 (ru) |
| UA (1) | UA96411C2 (ru) |
| WO (1) | WO2006094963A1 (ru) |
Families Citing this family (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| IL185439A0 (en) * | 2005-03-04 | 2008-01-06 | Girindus Ag | Synthesis of oligonucleotides |
| CN101679474A (zh) * | 2007-05-22 | 2010-03-24 | 集润德斯股份公司 | 寡核苷酸的合成 |
| CN101684136A (zh) * | 2008-09-23 | 2010-03-31 | 苏州瑞博生物技术有限公司 | 一种寡核苷酸的制备方法 |
| CN106589005B (zh) * | 2016-11-01 | 2019-08-06 | 北京擎科生物科技有限公司 | 一种荧光信号放大探针中间体、荧光探针及其制备方法 |
| WO2018215049A1 (en) * | 2017-05-23 | 2018-11-29 | F. Hoffmann-La Roche Ag | Process for galnac oligonucleotide conjugates |
| WO2019158007A1 (zh) * | 2018-02-13 | 2019-08-22 | 深圳华大生命科学研究院 | 合成寡核苷酸的方法及系统 |
| CN112898363A (zh) * | 2021-01-25 | 2021-06-04 | 苏州金唯智生物科技有限公司 | 一种亚磷酰胺单体组合物及其制备方法和应用 |
Family Cites Families (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| RU2088588C1 (ru) * | 1990-07-02 | 1997-08-27 | Хехст АГ | Олигонуклеотиды и способ их получения |
| US5532130A (en) * | 1993-07-20 | 1996-07-02 | Dyad Pharmaceutical Corporation | Methods and compositions for sequence-specific hybridization of RNA by 2'-5' oligonucleotides |
| CA2226111C (en) * | 1996-05-03 | 2005-09-20 | Hybridon, Inc. | In situ preparation of nucleoside phosphoramidites and their use in synthesis of oligonucleotides |
| JPH1180185A (ja) * | 1997-09-05 | 1999-03-26 | Res Dev Corp Of Japan | オリゴヌクレオチドの化学合成法 |
| US6274725B1 (en) * | 1998-06-02 | 2001-08-14 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Activators for oligonucleotide synthesis |
| JP2004168684A (ja) * | 2002-11-19 | 2004-06-17 | Rikogaku Shinkokai | 核酸の短工程合成を可能にする新規ホスホロアミダイト化合物 |
| JP5132025B2 (ja) * | 2002-11-19 | 2013-01-30 | 第一三共株式会社 | 新規２’，５’−オリゴアデニル酸類縁体 |
-
2006
- 2006-03-06 WO PCT/EP2006/060489 patent/WO2006094963A1/en active Application Filing
- 2006-03-06 BR BRPI0609351-5A patent/BRPI0609351A2/pt not_active IP Right Cessation
- 2006-03-06 UA UAA200710909A patent/UA96411C2/ru unknown
- 2006-03-06 KR KR1020077019765A patent/KR101437824B1/ko not_active IP Right Cessation
- 2006-03-06 CN CN2006800066835A patent/CN101133073B/zh not_active Expired - Fee Related
- 2006-03-06 JP JP2007557523A patent/JP5435872B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2006-03-06 EP EP06708653.8A patent/EP1858909B1/en active Active
- 2006-03-06 AU AU2006221999A patent/AU2006221999A1/en not_active Abandoned
- 2006-03-06 RU RU2007136716/04A patent/RU2465280C2/ru not_active IP Right Cessation
- 2006-03-06 CA CA002599259A patent/CA2599259A1/en not_active Abandoned
- 2006-03-06 MX MX2007010764A patent/MX2007010764A/es active IP Right Grant
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN101133073A (zh) | 2008-02-27 |
| UA96411C2 (en) | 2011-11-10 |
| WO2006094963A1 (en) | 2006-09-14 |
| BRPI0609351A2 (pt) | 2011-10-18 |
| JP2008532946A (ja) | 2008-08-21 |
| RU2465280C2 (ru) | 2012-10-27 |
| MX2007010764A (es) | 2007-11-07 |
| JP5435872B2 (ja) | 2014-03-05 |
| CN101133073B (zh) | 2012-08-29 |
| CA2599259A1 (en) | 2006-09-14 |
| EP1858909A1 (en) | 2007-11-28 |
| KR101437824B1 (ko) | 2014-10-02 |
| KR20070110309A (ko) | 2007-11-16 |
| EP1858909B1 (en) | 2014-09-10 |
| AU2006221999A1 (en) | 2006-09-14 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2007136716A (ru) | Синтез олигонуклеотидов | |
| RU2213098C2 (ru) | Лиганды меланокортиновых рецепторов | |
| RU2002117428A (ru) | Аминогетероцикламиды в качестве пестицидов и антипаразитарных агентов | |
| JP2005539072A5 (ru) | ||
| ATE338461T1 (de) | Pyrazolpyrimidinfungizide | |
| EP1826196A3 (en) | Vinyl ether compounds | |
| JP2004505965A5 (ru) | ||
| TW200510443A (en) | Avermectin and avermectin monosaccharide derivatives substituted in the 4"-or 4'- position having pesticidal properties | |
| UA86013C2 (ru) | Производные арилалкилкарбаматов, их получение и применение в лечении | |
| JP2008532946A5 (ru) | ||
| CA2414960A1 (en) | Epoxycarboxamide compound, azide compound, and amino alcohol compound, and process for preparing .alpha.keto amide compound using them | |
| WO2005117590A3 (en) | Novel compounds, pharmaceutical compositions containing same, and methods of use for same | |
| RU2011106570A (ru) | Азотсодержащие производные панкратистатина | |
| DE602004009943D1 (de) | 9,10-alpha,alpha-oh-taxananaloga und verfahren zu deren herstellung | |
| EA200100090A2 (ru) | Новые пиперидин-4-сульфонамидные производные, способ их получения и содержащие их фармацевтические композиции | |
| IE812888L (en) | Phenylalkylamines. | |
| CO5580721A2 (es) | Composicion fungicida basada en al menos un derivado de piridilmetilbenzamida y al menos un derivado de ditiocarbamato | |
| DE602004012865D1 (de) | Verfahren zur herstellung von acylphosphinen | |
| TW200510444A (en) | Avermectins substituted in the 4" and 4'-positions having pesticidal properties | |
| DE60222244D1 (de) | Verfahren zur herstellung von zwischenverbindungen in der herstellung von discodermolid und discodermolid-analoga | |
| AR034260A1 (es) | Proceso catalitico para la preparacion de derivados de tiazol | |
| RU2211837C2 (ru) | Трехъядерные конденсированные гетероциклические соединения, способ их получения (варианты) и фармацевтическая композиция | |
| RU2004120783A (ru) | Способ получения 2-(2-нитрофенилазо)фенолов без использования органических растворителей | |
| RU97100889A (ru) | Способ стереоселективного получения энантиомера гетеробициклического спирта, энантиомерно чистый продукт, промежуточные и способы получения промежуточных продуктов | |
| ATE300534T1 (de) | Verfahren und zwischenverbindungen zur herstellung von imidazopyridinen |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FA92 | Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted) |
Effective date: 20110428 |
|
| FZ9A | Application not withdrawn (correction of the notice of withdrawal) |
Effective date: 20120418 |
|
| MM4A | The patent is invalid due to non-payment of fees |
Effective date: 20130307 |