RU2000101306A - Способ количественной оценки экспрессии гена с использованием мультиплексной конкурентной обратно-транскриптазной полимеразной цепной реакции - Google Patents
Способ количественной оценки экспрессии гена с использованием мультиплексной конкурентной обратно-транскриптазной полимеразной цепной реакцииInfo
- Publication number
- RU2000101306A RU2000101306A RU2000101306/13A RU2000101306A RU2000101306A RU 2000101306 A RU2000101306 A RU 2000101306A RU 2000101306/13 A RU2000101306/13 A RU 2000101306/13A RU 2000101306 A RU2000101306 A RU 2000101306A RU 2000101306 A RU2000101306 A RU 2000101306A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- gene
- competitive
- cdna
- matrix
- housekeeping
- Prior art date
Links
- 230000002860 competitive Effects 0.000 title claims 42
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 title claims 13
- 238000010240 RT-PCR analysis Methods 0.000 title 1
- 238000011158 quantitative evaluation Methods 0.000 title 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 claims 29
- 229920002676 Complementary DNA Polymers 0.000 claims 28
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims 28
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims 20
- 210000001736 Capillaries Anatomy 0.000 claims 12
- 239000000243 solution Substances 0.000 claims 12
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 claims 11
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 10
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 10
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims 8
- 102000006602 Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenases Human genes 0.000 claims 7
- 108020004445 Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenases Proteins 0.000 claims 7
- 229920000272 Oligonucleotide Polymers 0.000 claims 7
- 230000000875 corresponding Effects 0.000 claims 6
- 108020004999 Messenger RNA Proteins 0.000 claims 5
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 claims 5
- 239000011521 glass Substances 0.000 claims 5
- 229920002106 messenger RNA Polymers 0.000 claims 5
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims 5
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims 4
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 claims 4
- 238000005755 formation reaction Methods 0.000 claims 4
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 claims 4
- 108091007521 restriction endonucleases Proteins 0.000 claims 4
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 claims 4
- 230000002194 synthesizing Effects 0.000 claims 4
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 claims 3
- 239000000833 heterodimer Substances 0.000 claims 3
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 claims 3
- 210000001519 tissues Anatomy 0.000 claims 3
- 229920000160 (ribonucleotides)n+m Polymers 0.000 claims 2
- 101700011961 DPOM Proteins 0.000 claims 2
- 101710029649 MDV043 Proteins 0.000 claims 2
- 229920001850 Nucleic acid sequence Polymers 0.000 claims 2
- 101700061424 POLB Proteins 0.000 claims 2
- 101700054624 RF1 Proteins 0.000 claims 2
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 claims 2
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims 2
- 238000010191 image analysis Methods 0.000 claims 2
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 claims 2
- 239000011550 stock solution Substances 0.000 claims 2
- 229920002652 28S ribosomal RNA Polymers 0.000 claims 1
- 102000007469 Actins Human genes 0.000 claims 1
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 claims 1
- 108010042407 Endonucleases Proteins 0.000 claims 1
- 102000004533 Endonucleases Human genes 0.000 claims 1
- 108020004412 RNA 3' Polyadenylation Signals Proteins 0.000 claims 1
- 229920000972 Sense strand Polymers 0.000 claims 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 claims 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 claims 1
- 230000001413 cellular Effects 0.000 claims 1
- 239000000975 dye Substances 0.000 claims 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 claims 1
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 1
- 235000011187 glycerol Nutrition 0.000 claims 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 claims 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims 1
- 239000003973 paint Substances 0.000 claims 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 claims 1
- 238000007789 sealing Methods 0.000 claims 1
Claims (29)
1. Способ количественного определения относительной экспрессии различных генов-мишеней и анализа характера экспрессии гена, включающий:
а) выделение клеточной мРНК генов-мишеней и хаускипинг-генов, которые обратно транскрибируют и специфически амплифицируют в присутствии конкурентных матриц так, что получают отношение каждого гена-мишени к каждому хаускипинг гену и это отношение используют для количественной оценки экспрессии каждого гена-мишени путем проведения одновременной амплификации полимеразной цепной реакции в смеси, содержащей:
i) по меньшей мере одну пару олигонуклеотидных праймеров для каждого гена-мишени,
ii) по меньшей мере одну пару олигонуклеотидных праймеров для каждого хаускпинг гена,
iii) по меньшей мере одну мутированную конкурентную матрицу для каждого гена-мишени,
iv) по меньшей мере одну мутированную конкурентную матрицу для каждого хаускипинг гена;
v) нативную кДНК, которая содержит по меньшей мере одну копию кДНК каждого гена-мишени и по меньшей мере одну копию кДНК каждого хаускипинг-гена;
с образованием кДНК-продуктов полимеразной цепной реакции, представляющих: нативную кДНК каждого гена-мишени и каждого хаускипинг гена, и мутированную кДНК каждого гена-мишени и каждого хаускипинг гена; при этом в смесь для ПЦР амплификации входят соответствующее количество смеси конкурентных матриц для различных генов-мишеней в известных концентрациях по отношению одна к другой, а также входят различные определенные количества хаускипинг-генов по отношению к генам-мишеням, так, что нативная и конкурентная матрицы генов-мишеней и хаускипинг-генов, подлежащие оценке, могут быть визуализированы после амплификации посредством i) приготовления такого количества мастер смеси, содержащей аликвоты кДНК, смесь конкурентных матриц, dNTP's, термостабильную ДНК-полимеразу и буфер, которое достаточно для определения оцениваемых генов; ii) перенесением аликвот реакционной смеси в такое число реакционных сосудов (на льду), которое соответствует количеству оцениваемых генов, и iii) помещением в каждый реакционный сосуд аликвоты праймеров, специфичных в отношении оцениваемых генов, а также помещением праймеров для хаускипинг-гена в отдельную пробирку,
б) выделения кДНК-продуктов;
в) обнаружения относительного присутствия нативных кДНК-продуктов и мутированных кДНК-продуктов по сравнению количества нативной кДНК, кодирующей каждый ген-мишень, и количества мутированной кДНК, кодирующей конкурентную матрицу гена-мишени, с количеством нативной кДНК, кодирующей каждый хаускипинг-ген и количеством мутированной кДНК, кодирующей конкурентную матрицу каждого хаускипинг-гена;
г) определения отношения плотностей полосы, соответствующей продукту ПЦР для нативного гена по сравнению с плотностью полосы, соответствующей продукту ПЦР для конкурентной матрицы каждого гена; при этом отношение плотностей нативный/конкурентная матрица для каждого гена делят на отношение плотностей нативный/конкурентная матрица для хаускипинг-гена с получением окончательного значения в единицах мРНК/106 мРНК хаускипинг-гена.
а) выделение клеточной мРНК генов-мишеней и хаускипинг-генов, которые обратно транскрибируют и специфически амплифицируют в присутствии конкурентных матриц так, что получают отношение каждого гена-мишени к каждому хаускипинг гену и это отношение используют для количественной оценки экспрессии каждого гена-мишени путем проведения одновременной амплификации полимеразной цепной реакции в смеси, содержащей:
i) по меньшей мере одну пару олигонуклеотидных праймеров для каждого гена-мишени,
ii) по меньшей мере одну пару олигонуклеотидных праймеров для каждого хаускпинг гена,
iii) по меньшей мере одну мутированную конкурентную матрицу для каждого гена-мишени,
iv) по меньшей мере одну мутированную конкурентную матрицу для каждого хаускипинг гена;
v) нативную кДНК, которая содержит по меньшей мере одну копию кДНК каждого гена-мишени и по меньшей мере одну копию кДНК каждого хаускипинг-гена;
с образованием кДНК-продуктов полимеразной цепной реакции, представляющих: нативную кДНК каждого гена-мишени и каждого хаускипинг гена, и мутированную кДНК каждого гена-мишени и каждого хаускипинг гена; при этом в смесь для ПЦР амплификации входят соответствующее количество смеси конкурентных матриц для различных генов-мишеней в известных концентрациях по отношению одна к другой, а также входят различные определенные количества хаускипинг-генов по отношению к генам-мишеням, так, что нативная и конкурентная матрицы генов-мишеней и хаускипинг-генов, подлежащие оценке, могут быть визуализированы после амплификации посредством i) приготовления такого количества мастер смеси, содержащей аликвоты кДНК, смесь конкурентных матриц, dNTP's, термостабильную ДНК-полимеразу и буфер, которое достаточно для определения оцениваемых генов; ii) перенесением аликвот реакционной смеси в такое число реакционных сосудов (на льду), которое соответствует количеству оцениваемых генов, и iii) помещением в каждый реакционный сосуд аликвоты праймеров, специфичных в отношении оцениваемых генов, а также помещением праймеров для хаускипинг-гена в отдельную пробирку,
б) выделения кДНК-продуктов;
в) обнаружения относительного присутствия нативных кДНК-продуктов и мутированных кДНК-продуктов по сравнению количества нативной кДНК, кодирующей каждый ген-мишень, и количества мутированной кДНК, кодирующей конкурентную матрицу гена-мишени, с количеством нативной кДНК, кодирующей каждый хаускипинг-ген и количеством мутированной кДНК, кодирующей конкурентную матрицу каждого хаускипинг-гена;
г) определения отношения плотностей полосы, соответствующей продукту ПЦР для нативного гена по сравнению с плотностью полосы, соответствующей продукту ПЦР для конкурентной матрицы каждого гена; при этом отношение плотностей нативный/конкурентная матрица для каждого гена делят на отношение плотностей нативный/конкурентная матрица для хаускипинг-гена с получением окончательного значения в единицах мРНК/106 мРНК хаускипинг-гена.
2. Способ по п. 1, отличающийся тем, что мутированные конкурентные матрицы гена-мишени и хаускипинг-гена: представляют собой по меньшей мере один олигонуклеотид, имеющий гомологию по последовательности с геном-мишенью и хаускипинг-геном, соответственно; или точечную мутацию в последовательности сайта узнавания эндонуклеазы рестрикции.
3. Способ по п. 2, отличающийся тем, что точечная мутация вызывает несовпадение одного или двух оснований.
4. Способ по п. 3, отличающийся тем, что точечная мутация приводит к приобретению или утрате сайта узнавания эндонуклеазы рестрикции EcoRI.
5. Способ по п. 1, отличающийся тем, что ген-мишень и хаускипинг-ген имеют один и тот же сайт узнавания.
6. Способ по п. 1, отличающийся тем, что кДНК-продукты выделяют путем обработки эндонуклеазами рестрикции, а затем рестрицированные к ДНК-продукты подвергают электрофорезу для разделения нативных кДНК-продуктов и мутированных кДНК-продуктов.
7. Способ по п. 6, отличающийся тем, что мутация конкурентной матрицы гена-мишени приводит к утрате сайта узнавания EcoRI, а мутация конкурентной матрицы хаускипинг-гена приводит к появлению сайта узнавания EcoRI.
8. Способ по п. 7, отличающийся тем. что кДНК-продукты рестрицируют EcoRI.
9. Способ по п. 1, отличающийся тем, что мутированные конкурентные матрицы гена-мишени и хаускипинг-гена представляют собой искусственно укороченные конкурентные матрицы.
10. Способ по п. 1, отличающийся тем, что амплификацию полимеразной цепной реакцией доводят до такой точки, в которой образование гетеродимера максимально.
11. Способ по п. 1, отличающийся тем, что по меньшей мере один хаускипинг-ген выбран из группы, включающей глицеральдегид фосфат дегидрогеназу (GAPDH), b-актин или 28S РНК.
12. Способ по п. 1, отличающийся тем, что мутированные конкурентные матрицы, используемые в качестве внутренних стандартов, получают сайт-направленным метагенезом.
13. Способ по п. 1, отличающийся тем, что до проведения одновременной амплификации полимеразной цепной реакцией для каждой мутированной конкурентной матрицы:
i) проводят две исходные полимеразные цепные реакции с использованием внешнего праймера и внутреннего праймера для несовпадающего по одному основанию внутреннего стандарта - конкурентной матрицы с получением двух перекрывающихся фрагментов ДНК;
ii) проводят выделение и очистку перекрывающихся фрагментов ДНК, полученных в исходной полимеразной цепной реакции на этапе i);
iii) амплифицируют полимеразной цепной реакцией каждый из двух перекрывающихся фрагментов ДНК с использованием только внешних праймеров;
iv) проводят амплификацию полимеразной цепной реакцией по п. 7 без праймеров, что дает возможность образоваться гетеродимеру;
v) очищают и амплифицируют полимеразной цепной реакцией продукты, полученные на этапе (iv), которые потом разводят и используют в качестве конкурентной матрицы.
i) проводят две исходные полимеразные цепные реакции с использованием внешнего праймера и внутреннего праймера для несовпадающего по одному основанию внутреннего стандарта - конкурентной матрицы с получением двух перекрывающихся фрагментов ДНК;
ii) проводят выделение и очистку перекрывающихся фрагментов ДНК, полученных в исходной полимеразной цепной реакции на этапе i);
iii) амплифицируют полимеразной цепной реакцией каждый из двух перекрывающихся фрагментов ДНК с использованием только внешних праймеров;
iv) проводят амплификацию полимеразной цепной реакцией по п. 7 без праймеров, что дает возможность образоваться гетеродимеру;
v) очищают и амплифицируют полимеразной цепной реакцией продукты, полученные на этапе (iv), которые потом разводят и используют в качестве конкурентной матрицы.
14. Способ количественного определения относительной экспрессии различных генов-мишеней и анализа характера экспрессии гена в образцах ткани, включающий:
а) синтез по меньшей мере одной пары праймеров для по меньшей мере одного хаускипинг-гена,
б) синтез по меньшей мере одной пары праймеров для каждого гена-мишени,
в) синтез по меньшей мере одной конкурентной матрицы для каждого хаускипинг-гена,
г) синтез по меньшей мере одной конкурентной матрицы для каждого гена-мишени,
д) выделение по меньшей мере части последовательности РНК из данных образцов тканей,
е) проведение обратной транскрипции РНК для получения по меньшей мере одной нативной кДНК,
ж) проведение амплификации нативной кДНК полимеразной цепной реакцией в присутствии каждого из олигоцуклеотидных праймеров для гена-мишени, каждого из олигонуклеотидных праймеров для хаускипинг-гена, и предопределенных количеств конкурентной матрицы для каждого хаускипинг-гена и конкурентной матрицы для каждого гена-мишени, при этом в смесь для ПЦР амплификации входят соответствующее количество смеси конкурентных матриц для различных генов-мишеней в известных концентрациях по отношению одна к другой, а также входят различные определенные количества хаускипинг-генов по отношению к генам-мишеням, так, что нативная и конкурентная матрицы генов-мишеней и хаускипинг-генов, подлежащие оценке, могут быть визуализированы после амплификации посредством i) приготовления такого количества мастер-смеси, содержащей аликвотны кДНК, смесь конкурентных матриц, dNTP's, термостабильную ДНК-полимеразу и буфер, которое достаточно для определения оцениваемых генов; ii) перенесением аликвот реакционной смеси в такое число реакционных сосудов (на льду), которое соответствует количеству оцениваемых генов, и iii) помещением в каждый реакционный сосуд аликвоты праймеров, специфичных в отношении оцениваемых генов, а также помещением праймеров для хаускипинг-гена в отдельную пробирку,
з) обработку амплифицированных кДНК-продуктов, полученных на этапе "ж", по меньшей мере одним ферментом рестрикции,
и) электрофорез рестрицированных кДНК для разделения амплифицированного гена-мишени от амплифицированной конкурентной матрицы гена-мишени и амплифицированной конкурентной матрицы хаускипинг-гена, и
к) измерение относительной экспрессии гена-мишени как минимум в одном образце ткани и путем деления отношения гена-мишени к известному количеству конкурентной матрицы для гена-мишени на отношение хаускипинг-гена к известному количеству конкурентной матрицы для хаускипинг-гена, при этом количественная оценка экспрессии гена-мишени определяется из отношения плотностей полосы, соответствующей продукту ПЦР для нативного гена по сравнению с плотностью полосы, соответствующей продукту ПЦР для конкурентной матрицы каждого гена; при этом отношение плотностей нативный/конкурентная матрица для каждого гена делят на отношение плотностей нативный/конкурентная матрица для хаускипинг-гена с получением окончательного значения в единицах мРНК/106 мРНК хаускипинг-гена.
а) синтез по меньшей мере одной пары праймеров для по меньшей мере одного хаускипинг-гена,
б) синтез по меньшей мере одной пары праймеров для каждого гена-мишени,
в) синтез по меньшей мере одной конкурентной матрицы для каждого хаускипинг-гена,
г) синтез по меньшей мере одной конкурентной матрицы для каждого гена-мишени,
д) выделение по меньшей мере части последовательности РНК из данных образцов тканей,
е) проведение обратной транскрипции РНК для получения по меньшей мере одной нативной кДНК,
ж) проведение амплификации нативной кДНК полимеразной цепной реакцией в присутствии каждого из олигоцуклеотидных праймеров для гена-мишени, каждого из олигонуклеотидных праймеров для хаускипинг-гена, и предопределенных количеств конкурентной матрицы для каждого хаускипинг-гена и конкурентной матрицы для каждого гена-мишени, при этом в смесь для ПЦР амплификации входят соответствующее количество смеси конкурентных матриц для различных генов-мишеней в известных концентрациях по отношению одна к другой, а также входят различные определенные количества хаускипинг-генов по отношению к генам-мишеням, так, что нативная и конкурентная матрицы генов-мишеней и хаускипинг-генов, подлежащие оценке, могут быть визуализированы после амплификации посредством i) приготовления такого количества мастер-смеси, содержащей аликвотны кДНК, смесь конкурентных матриц, dNTP's, термостабильную ДНК-полимеразу и буфер, которое достаточно для определения оцениваемых генов; ii) перенесением аликвот реакционной смеси в такое число реакционных сосудов (на льду), которое соответствует количеству оцениваемых генов, и iii) помещением в каждый реакционный сосуд аликвоты праймеров, специфичных в отношении оцениваемых генов, а также помещением праймеров для хаускипинг-гена в отдельную пробирку,
з) обработку амплифицированных кДНК-продуктов, полученных на этапе "ж", по меньшей мере одним ферментом рестрикции,
и) электрофорез рестрицированных кДНК для разделения амплифицированного гена-мишени от амплифицированной конкурентной матрицы гена-мишени и амплифицированной конкурентной матрицы хаускипинг-гена, и
к) измерение относительной экспрессии гена-мишени как минимум в одном образце ткани и путем деления отношения гена-мишени к известному количеству конкурентной матрицы для гена-мишени на отношение хаускипинг-гена к известному количеству конкурентной матрицы для хаускипинг-гена, при этом количественная оценка экспрессии гена-мишени определяется из отношения плотностей полосы, соответствующей продукту ПЦР для нативного гена по сравнению с плотностью полосы, соответствующей продукту ПЦР для конкурентной матрицы каждого гена; при этом отношение плотностей нативный/конкурентная матрица для каждого гена делят на отношение плотностей нативный/конкурентная матрица для хаускипинг-гена с получением окончательного значения в единицах мРНК/106 мРНК хаускипинг-гена.
15. Способ по п. 14, отличающийся тем, что предусматривает получение искусственно укороченных конкурентных матриц для хаускипинг-гена, которые служат внутренним мутированным стандартом хаускипинг-гена, так, что отпадает необходимость подвергать амплифицированную кДНК рестрикции эндонуклеазами.
16. Способ по п. 14, отличающийся тем, что продукты полимеразной цепной реакции денатурируют при температуре около 94oС и затем медленно охлаждают, что делает возможным образование гетеродимера.
17. Прибор для количественного определения уровня экспрессии представляющих интерес генов-мишеней и анализа характера экспрессии гена, программируемый для автоматического смешивания мастер смеси и смесей конкурентных матриц так, что желаемый набор генов может быть проанализирован в любом конкретном образце к ДНК, отличающийся тем, что он выполнен с возможностью проводить молекулярное фенотипирование посредством количественной ОТ-ПЦР, при этом реакционные смеси для ПЦР готовятся из стоковых растворов, находящихся в соединенных капиллярами резервуарах; при этом происходит комбинирование соответствующих аликвот каждого компонента, необходимого для амплификации конкретного гена из конкретной кДНК; смесь перемещается по капиллярным трубкам в воздушный термосайклер; после ПЦР смесь перемещается прямо в лунки агарозных гелей; гели денситометрируются и получают цифровые образы; и проводится анализ цифровых образов для количественной оценки экспрессии гена.
18. Прибор по п. 17, имеющий схему, которая включает:
i) Y-клапаны 1, 2 и 4, многоканальный конвектор 1, при этом Раствор А в стеклянном флаконе А представляет собой стоковый раствор реакционной смеси для ПЦР, содержащий dNTPs, буфер, электрофорезный краситель, а также праймеры для b-актина или GAPDH (праймеры могут отсутствовать), капиллярная трубка проходит через уплотнительное кольцо в крышке стеклянного флакона А, затем через клапан "вкл/выкл" и входит в Y-клапан 1; другая капиллярная трубка, входящая в Y-клапан 1, идет от многоканального конвектора 1;
при этом многочисленные капиллярные трубки, входящие в многоканальный конвектор 1, проходят через клапан "вкл/выкл", капиллярные трубки, идущие в клапаны "вкл/выкл", выходят через уплотнительные кольца в крышках стеклянных флаконов, содержащих раздельные смеси конкурентных матриц (СТ) (растворы В), при этом имеется 4 группы смесей СТ (каждая группа содержит 100 различных СТ в пяти различных полярностях (10Е-12-10Е-16 М) и можно менять группы смесей СТ в зависимости от потребности;
капилляр, идущий от Y-клапана 1 входит в Y-клапан 2, другой капилляр, входящий в Y-клапан 2, идет от многоканального конвектора 2, капилляр, идущий от Y-клапана 2 входит в Y-клапан 4, другой капилляр, входящий в Y-клапан 4, идет от многоканального конвектора 3, и капилляр, идущий от Y-клапана 4 входит в Y-клапан 5;
ii) Y-клапан 3 и многоканальный конвектор 2, при этом многочисленные капиллярные трубки, входящие в многоканальный конвектор 2, и идущие от одного из Y-клапанов 3, идут из стеклянных флаконов, каждый из которых содержит раствор праймеров (растворы С) для конкретного гена, при этом между Y-клапанами 3 и многоканальным конвектором имеются клапаны "вкл/выкл", а другие капилляры, идущие от Y-клапанов 3, попадают в Y-клапаны 7;
iii) Y-клапаны 5, 6 и 7 и многоканальный конвектор 4, при этом капиллярная трубка, выходя из каждого Y-клапана 3, проходит клапан "вкл/выкл" и соединяется с Y-клапаном 7, другие трубки входят в Y-клапаны 7 из многоканального конвектора 4 через клапан "вкл/выкл", капилляр, входящий многоканальный конвектор 4, идет от Y-клапана 5, одна четвертая часть трубок от Y-клапанов 7 идет в Y-клапаны 8, другие трубки, входящие в Y-клапаны 8, идут от Y-клапанов 6 через клапаны "вкл/выкл", трубки от остальных трех четвертей Y-клапанов 7 и трубки из Y-клапанов 8 соединяются с раздельными стеклянными капиллярами в воздушном термосайклере.
i) Y-клапаны 1, 2 и 4, многоканальный конвектор 1, при этом Раствор А в стеклянном флаконе А представляет собой стоковый раствор реакционной смеси для ПЦР, содержащий dNTPs, буфер, электрофорезный краситель, а также праймеры для b-актина или GAPDH (праймеры могут отсутствовать), капиллярная трубка проходит через уплотнительное кольцо в крышке стеклянного флакона А, затем через клапан "вкл/выкл" и входит в Y-клапан 1; другая капиллярная трубка, входящая в Y-клапан 1, идет от многоканального конвектора 1;
при этом многочисленные капиллярные трубки, входящие в многоканальный конвектор 1, проходят через клапан "вкл/выкл", капиллярные трубки, идущие в клапаны "вкл/выкл", выходят через уплотнительные кольца в крышках стеклянных флаконов, содержащих раздельные смеси конкурентных матриц (СТ) (растворы В), при этом имеется 4 группы смесей СТ (каждая группа содержит 100 различных СТ в пяти различных полярностях (10Е-12-10Е-16 М) и можно менять группы смесей СТ в зависимости от потребности;
капилляр, идущий от Y-клапана 1 входит в Y-клапан 2, другой капилляр, входящий в Y-клапан 2, идет от многоканального конвектора 2, капилляр, идущий от Y-клапана 2 входит в Y-клапан 4, другой капилляр, входящий в Y-клапан 4, идет от многоканального конвектора 3, и капилляр, идущий от Y-клапана 4 входит в Y-клапан 5;
ii) Y-клапан 3 и многоканальный конвектор 2, при этом многочисленные капиллярные трубки, входящие в многоканальный конвектор 2, и идущие от одного из Y-клапанов 3, идут из стеклянных флаконов, каждый из которых содержит раствор праймеров (растворы С) для конкретного гена, при этом между Y-клапанами 3 и многоканальным конвектором имеются клапаны "вкл/выкл", а другие капилляры, идущие от Y-клапанов 3, попадают в Y-клапаны 7;
iii) Y-клапаны 5, 6 и 7 и многоканальный конвектор 4, при этом капиллярная трубка, выходя из каждого Y-клапана 3, проходит клапан "вкл/выкл" и соединяется с Y-клапаном 7, другие трубки входят в Y-клапаны 7 из многоканального конвектора 4 через клапан "вкл/выкл", капилляр, входящий многоканальный конвектор 4, идет от Y-клапана 5, одна четвертая часть трубок от Y-клапанов 7 идет в Y-клапаны 8, другие трубки, входящие в Y-клапаны 8, идут от Y-клапанов 6 через клапаны "вкл/выкл", трубки от остальных трех четвертей Y-клапанов 7 и трубки из Y-клапанов 8 соединяются с раздельными стеклянными капиллярами в воздушном термосайклере.
19. Прибор по п. 18, отличающийся тем, что раствор А во флаконе А представляет собой компоненты ПЦР, включая буфер, краску для электрофореза, глицерин и dNTPs вместе с размерами для актина или GAPDH или без них, которые хранятся при 0oС.
20. Прибор по п. 18, отличающийся тем, что раствор В во флаконе В представляет собой смеси конкурентных матриц (СТ) в концентрации 10Х, а прибор также включает резервуары для четырех различных смесей пятидесяти СТ в пяти различных концентрациях в 20 резервуарах для смесей СТ.
21. Прибор по п. 18, отличающийся тем, что раствор С во флаконе С представляет собой праймеры, а прибор также включает 50 отдельных резервуаров для растворов праймеров, при том, что каждый раствор содержит пару праймеров в концентрации 10Х.
22. Прибор по п. 18, отличающийся тем, что в нем используется раствор Taq-полимеразы во флаконе, хранящийся при 0oС.
23. Прибор по п. 18, отличающийся тем, что в нем используются содержащиеся во флаконах растворы кДНК, которые заменяют при проведении каждого нового эксперимента, при этом каждый раствор кДНК содержит внутренний стандарт-последовательность b-актина или GAPDH для оценки эффективности обратной транскрипции; до проведения обратной транскрипции к каждому образцу РНК добавляют известное количество последовательности РНК, содержащей поли-А фрагмент, коллинеарный последовательности b-актина или GAPDH, при этом данная последовательность представляет собой укороченную последовательность b-актина или GAPDH, которая амплифицируется с праймерами, применяющимися для амплификации нативной последовательности.
24. Прибор по п. 18, отличающийся тем, что содержит высокоплотностные олигонуклеотидные матрицы для определения продуктов ПЦР после количественной ОТ-ПЦР.
25. Прибор по п. 24, отличающийся тем, что олигонуклеотид, гибридизующийся со смысловой нитью каждой амплифицируемой кДНК, помечен флуоресцентной меткой.
26. Прибор по п. 24, отличающийся тем, что один или несколько dNTP's в ПЦР помечены флуоресцентной меткой.
27. Прибор по п. 24, отличающийся тем, что высокоплотностные олигонуклеотидные матрицы по две для каждого гена имеют следующие свойства:
i) к одной матрице прикреплены олигонуклеотиды, которые гомологичные и будут связываться с последовательностями, уникальными для нативной матрицы гена, который был ПЦР-амплифицирован; и
ii) к другой матрице прикреплены олигонуклеотиды, которые гомологичные и будут связываться с последовательностями, которые покрывают промежуток между 5'-концом конкурентной матрицы и усеченным несовпадающим 3'-концом конкурентной матрицы.
i) к одной матрице прикреплены олигонуклеотиды, которые гомологичные и будут связываться с последовательностями, уникальными для нативной матрицы гена, который был ПЦР-амплифицирован; и
ii) к другой матрице прикреплены олигонуклеотиды, которые гомологичные и будут связываться с последовательностями, которые покрывают промежуток между 5'-концом конкурентной матрицы и усеченным несовпадающим 3'-концом конкурентной матрицы.
28. Прибор по п. 27, отличающийся тем, что продукты ПЦР наносят на высокоплотностные олигонуклеотидные матрицы.
29. Прибор по п. 28, отличающийся тем, что экспрессию генов-мишеней оценивают путем сравнения интенсивностей флуоресценции матриц для нативной и конкурентной матрицы хаускипинг-генов и генов-мишеней, а для количественной оценки экспрессии генов используют анализ цифровых образов.
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| US08/876,766 US5876978A (en) | 1993-04-06 | 1997-06-16 | Method for quantitative measurement of gene expression using multiplex competitive reverse transcriptase-polymerase chain reaction |
| US08/876,766 | 1997-06-16 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2000101306A true RU2000101306A (ru) | 2002-03-20 |
| RU2190019C2 RU2190019C2 (ru) | 2002-09-27 |
Family
ID=25368530
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2000101306/13A RU2190019C2 (ru) | 1997-06-16 | 1998-06-15 | Способ количественной оценки экспрессии гена с использованием мультиплексной конкурентной обратно-транскриптазной полимеразной цепной реакции (варианты), прибор для количественного определения уровня экспрессии генов-мишеней |
Country Status (10)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US5876978A (ru) |
| EP (1) | EP0998581B1 (ru) |
| JP (2) | JP2001519672A (ru) |
| CN (1) | CN1152965C (ru) |
| AT (1) | ATE267267T1 (ru) |
| AU (1) | AU8072898A (ru) |
| CA (2) | CA2482307C (ru) |
| DE (1) | DE69824004T2 (ru) |
| RU (1) | RU2190019C2 (ru) |
| WO (1) | WO1998058083A2 (ru) |
Families Citing this family (107)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO1997041261A1 (en) * | 1996-05-02 | 1997-11-06 | Immunological Associates Of Denver | Quantitation of rna transcripts using genomic dna as the internal amplification competitor |
| US6258543B1 (en) * | 1996-05-02 | 2001-07-10 | Xtrana, Inc. | Quantitation of RNA transcripts using genomic DNA as the internal amplification competitor |
| US5853990A (en) | 1996-07-26 | 1998-12-29 | Edward E. Winger | Real time homogeneous nucleotide assay |
| US6054276A (en) * | 1998-02-23 | 2000-04-25 | Macevicz; Stephen C. | DNA restriction site mapping |
| US6391551B1 (en) | 1998-03-13 | 2002-05-21 | Promega Corporation | Detection of nucleic acid hybrids |
| US6312902B1 (en) | 1998-03-13 | 2001-11-06 | Promega Corporation | Nucleic acid detection |
| US6277578B1 (en) | 1998-03-13 | 2001-08-21 | Promega Corporation | Deploymerization method for nucleic acid detection of an amplified nucleic acid target |
| US7090975B2 (en) * | 1998-03-13 | 2006-08-15 | Promega Corporation | Pyrophosphorolysis and incorporation of nucleotide method for nucleic acid detection |
| US6268146B1 (en) | 1998-03-13 | 2001-07-31 | Promega Corporation | Analytical methods and materials for nucleic acid detection |
| US6270973B1 (en) | 1998-03-13 | 2001-08-07 | Promega Corporation | Multiplex method for nucleic acid detection |
| US6703211B1 (en) | 1998-03-13 | 2004-03-09 | Promega Corporation | Cellular detection by providing high energy phosphate donor other than ADP to produce ATP |
| US6235480B1 (en) | 1998-03-13 | 2001-05-22 | Promega Corporation | Detection of nucleic acid hybrids |
| US6270974B1 (en) | 1998-03-13 | 2001-08-07 | Promega Corporation | Exogenous nucleic acid detection |
| DE19906169A1 (de) * | 1999-02-08 | 2000-08-10 | Bioinside Ges Fuer Biodiagnost | Testkit und Verfahren zum quantitativen Nachweis von gentechnisch veränderter DNS in Lebensmitteln mittels fluoreszenzgekoppelter PCR |
| US6248535B1 (en) | 1999-12-20 | 2001-06-19 | University Of Southern California | Method for isolation of RNA from formalin-fixed paraffin-embedded tissue specimens |
| EP1257664A4 (en) * | 2000-01-28 | 2006-04-05 | Althea Technologies Inc | METHOD FOR THE ANALYSIS OF GENE EXPRESSION |
| EP1172445A1 (en) * | 2000-07-14 | 2002-01-16 | Praenadia GmbH | A method for direct genetic analysis of target cells by using fluorescence probes |
| US6984522B2 (en) * | 2000-08-03 | 2006-01-10 | Regents Of The University Of Michigan | Isolation and use of solid tumor stem cells |
| US20080194022A1 (en) * | 2000-08-03 | 2008-08-14 | Clarke Michael F | Isolation and use of solid tumor stem cells |
| US8044259B2 (en) | 2000-08-03 | 2011-10-25 | The Regents Of The University Of Michigan | Determining the capability of a test compound to affect solid tumor stem cells |
| WO2002048352A1 (fr) * | 2000-12-12 | 2002-06-20 | Aisin Seiki Kabushiki Kaisha | Methode d'analyse d'expression genique |
| WO2002072866A2 (en) * | 2001-03-14 | 2002-09-19 | Medical College Of Ohio | Method for quantitative measurement of gene expression for identifying individuals at risk for bronchogenic carcinoma |
| US7229774B2 (en) | 2001-08-02 | 2007-06-12 | Regents Of The University Of Michigan | Expression profile of prostate cancer |
| JP2005532036A (ja) | 2002-01-09 | 2005-10-27 | 理化学研究所 | 癌プロフィール |
| ES2382868T3 (es) | 2002-02-20 | 2012-06-14 | Sysmex Corporation | Cebadores para amplificación de ácido nucleico en la detección ARNm de gen constitutivo y método de ensayo que usa estos cebadores |
| US20030186246A1 (en) * | 2002-03-28 | 2003-10-02 | Willey James C. | Multiplex standardized reverse transcriptase-polymerase chain reacton method for assessment of gene expression in small biological samples |
| AU2003223367A1 (en) * | 2002-03-28 | 2003-10-13 | Medical College Of Ohio | Method and compositions for the diagnosis and treatment of non-small cell lung cancer using gene expression profiles |
| CN1182256C (zh) * | 2002-08-09 | 2004-12-29 | 周国华 | 基因表达量比较分析法 |
| US8323897B2 (en) | 2002-12-04 | 2012-12-04 | Applied Biosystems, Llc | Multiplex amplification of polynucleotides |
| CN1316036C (zh) * | 2003-01-06 | 2007-05-16 | 徐定邦 | 一种以聚合酶链式反应为基础的基因定量方法 |
| CA2528669A1 (en) * | 2003-06-09 | 2005-01-20 | The Regents Of The University Of Michigan | Compositions and methods for treating and diagnosing cancer |
| CA2528572C (en) | 2003-06-10 | 2020-08-25 | The Trustees Of Boston University | Gene expression analysis of airway epithelial cells for diagnosing lung cancer |
| WO2005028629A2 (en) * | 2003-09-19 | 2005-03-31 | Applera Corporation | Whole genome expression analysis system |
| US20060024690A1 (en) * | 2003-09-19 | 2006-02-02 | Kao H P | Normalization of data using controls |
| US7332280B2 (en) * | 2003-10-14 | 2008-02-19 | Ronald Levy | Classification of patients having diffuse large B-cell lymphoma based upon gene expression |
| JP2007526455A (ja) * | 2004-02-03 | 2007-09-13 | ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミシガン | 癌を特徴付ける、制御する、診断する、および処置するための組成物ならびに方法 |
| US7709262B2 (en) * | 2004-02-18 | 2010-05-04 | Trustees Of Boston University | Method for detecting and quantifying rare mutations/polymorphisms |
| EP2208797A3 (en) | 2004-03-01 | 2010-11-24 | Applied Biosystems, LLC | Methods, compositions and kits for use in polynucleotide amplification |
| WO2005086679A2 (en) * | 2004-03-05 | 2005-09-22 | Medical College Of Ohio | Methods and compositions for assessing nucleic acids and alleles |
| CN100460520C (zh) * | 2004-04-05 | 2009-02-11 | 周国华 | 采用碱基序列测定法比较同一基因在不同来源中的表达量的方法 |
| CN1294279C (zh) * | 2004-04-05 | 2007-01-10 | 周国华 | 采用碱基序列测定法比较同一基因在不同来源中的表达量的方法 |
| EP1745157A4 (en) * | 2004-04-12 | 2008-06-11 | Ohio Med College | METHODS AND COMPOSITIONS FOR ANALYZING ANALYTES |
| US20050255485A1 (en) * | 2004-05-14 | 2005-11-17 | Livak Kenneth J | Detection of gene duplications |
| US7524827B2 (en) | 2004-06-01 | 2009-04-28 | Pronai Therapeutics, Inc. | Methods and compositions for the inhibition of gene expression |
| US7279281B2 (en) * | 2004-06-01 | 2007-10-09 | The Regents Of The University Of Michigan | Methods and kits for diagnosing or monitoring autoimmune and chronic inflammatory diseases |
| JP2006014723A (ja) * | 2004-06-01 | 2006-01-19 | Sumitomo Chemical Co Ltd | コモンマーモセット由来のグリセルアルデヒド３リン酸デヒドロゲナーゼ遺伝子及びその利用 |
| US20060003337A1 (en) * | 2004-06-30 | 2006-01-05 | John Brandis | Detection of small RNAS |
| WO2006005235A1 (fr) * | 2004-07-09 | 2006-01-19 | Huadong Research Institute For Medicine And Biotechnics | Procede de comparaison destine a la quantite d'expression pour le meme gene provenant de sources differentes par la mesure des sequences de base |
| JP2006042804A (ja) * | 2004-07-09 | 2006-02-16 | Sumitomo Chemical Co Ltd | コモンマーモセット由来の１８ｓリボソームｒｎａ遺伝子及びその利用 |
| EP1778874B1 (en) | 2004-07-30 | 2011-11-23 | Adeza Biomedical Corporation | Oncofetal fibronectin as a marker for cervical cancer |
| ES2530057T3 (es) * | 2005-01-21 | 2015-02-26 | Gene Express, Inc. | Composiciones y procedimientos de uso de mezclas estandarizadas |
| EP3770278A1 (en) | 2005-04-14 | 2021-01-27 | The Trustees of Boston University | Diagnostic for lung disorders using class prediction |
| CN102539734B (zh) | 2005-05-12 | 2016-02-03 | 清华大学 | 核仁素辅助的癌症诊断与治疗方法 |
| US7439024B2 (en) * | 2005-06-01 | 2008-10-21 | The United States Of America As Represented By The Department Of Veterans Affairs | Methods and kits for diagnosing or monitoring autoimmune and chronic inflammatory diseases |
| EP1907858A4 (en) * | 2005-06-13 | 2009-04-08 | Univ Michigan | COMPOSITIONS AND METHODS OF TREATMENT AND DIAGNOSIS OF CANCER |
| WO2006135886A2 (en) * | 2005-06-13 | 2006-12-21 | The Regents Of The University Of Michigan | Compositions and methods for treating and diagnosing cancer |
| EP1934377B1 (en) * | 2005-09-02 | 2012-03-07 | The University of Toledo | Methods for identifying biomarkers useful in diagnosis of biological states |
| US8652467B2 (en) * | 2005-10-14 | 2014-02-18 | The Regents Of The University Of Michigan | Dek protein compositions and methods of using the same |
| EP1961065A4 (en) | 2005-10-31 | 2009-11-11 | Oncomed Pharm Inc | COMPOSITIONS AND METHOD FOR DIAGNOSIS AND TREATMENT OF CANCER |
| US7723477B2 (en) | 2005-10-31 | 2010-05-25 | Oncomed Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for inhibiting Wnt-dependent solid tumor cell growth |
| JP5129149B2 (ja) * | 2005-10-31 | 2013-01-23 | ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミシガン | 癌を処置および診断するための組成物および方法 |
| WO2008121102A2 (en) * | 2006-02-21 | 2008-10-09 | The Regents Of The University Of Michigan | Hedgehog signaling pathway antagonist cancer treatment |
| JP2009529329A (ja) | 2006-03-09 | 2009-08-20 | トラスティーズ オブ ボストン ユニバーシティ | 鼻腔上皮細胞の遺伝子発現プロファイルを用いた、肺疾患のための診断および予後診断の方法 |
| JP2009531464A (ja) | 2006-03-29 | 2009-09-03 | メリアル リミテッド | 連鎖球菌に対するワクチン |
| WO2008030605A2 (en) * | 2006-09-08 | 2008-03-13 | The Regents Of The University Of Michigan | Herv group ii viruses in lymphoma and cancer |
| WO2008045952A2 (en) * | 2006-10-10 | 2008-04-17 | The Regents Of The University Of Michigan | Photoreceptor precursor cells |
| EP2106439B1 (en) * | 2007-01-24 | 2014-11-12 | The Regents of the University of Michigan | Compositions and methods for treating and diagnosing pancreatic cancer |
| US20090324596A1 (en) | 2008-06-30 | 2009-12-31 | The Trustees Of Princeton University | Methods of identifying and treating poor-prognosis cancers |
| US10745701B2 (en) | 2007-06-28 | 2020-08-18 | The Trustees Of Princeton University | Methods of identifying and treating poor-prognosis cancers |
| AU2008270972B2 (en) | 2007-07-02 | 2013-10-24 | Oncomed Pharmaceuticals, Inc. | Compositions and methods for treating and diagnosing cancer |
| WO2009039190A1 (en) * | 2007-09-17 | 2009-03-26 | Gene Express, Inc. | Cancer risk biomarker |
| WO2009039457A1 (en) | 2007-09-19 | 2009-03-26 | The Trustees Of Boston University | Identification of novel pathways for drug development for lung disease |
| WO2009091556A2 (en) * | 2008-01-17 | 2009-07-23 | The General Hospital Corporation | Diagnostic methods and kits using fibroblast growth factor-23 |
| NZ592338A (en) | 2008-09-26 | 2012-11-30 | Oncomed Pharm Inc | Frizzled-binding agents and uses thereof |
| LT2356462T (lt) | 2008-11-11 | 2017-03-10 | The Regents Of The University Of Michigan | Anti-cxcr1 kompozicijos ir būdai |
| US9495515B1 (en) | 2009-12-09 | 2016-11-15 | Veracyte, Inc. | Algorithms for disease diagnostics |
| US8362318B2 (en) | 2008-12-18 | 2013-01-29 | Board Of Trustees Of Michigan State University | Enzyme directed oil biosynthesis in microalgae |
| US8481698B2 (en) * | 2009-03-19 | 2013-07-09 | The President And Fellows Of Harvard College | Parallel proximity ligation event analysis |
| EP2963128A1 (en) | 2009-07-10 | 2016-01-06 | The Regents of the University of Michigan | Compositions and methods for diagnosing and treating macular degeneration |
| JP5575239B2 (ja) | 2009-07-21 | 2014-08-20 | ジェン−プローブ・インコーポレーテッド | 拡張されたダイナミックレンジにわたる核酸配列の定量的検出のための方法および組成物 |
| WO2011025540A1 (en) | 2009-08-28 | 2011-03-03 | Bellweather Farms | Chemical induction of lactation |
| WO2011082253A2 (en) | 2009-12-30 | 2011-07-07 | Board Of Trustees Of Michigan State University | A method to produce acetyldiacylglycerols (ac-tags) by expression ofan acetyltransferase gene isolated from euonymus alatus (burning bush) |
| TWI535445B (zh) | 2010-01-12 | 2016-06-01 | 安可美德藥物股份有限公司 | Ｗｎｔ拮抗劑及治療和篩選方法 |
| US8574832B2 (en) | 2010-02-03 | 2013-11-05 | Massachusetts Institute Of Technology | Methods for preparing sequencing libraries |
| CA2794674A1 (en) | 2010-04-01 | 2011-10-06 | Oncomed Pharmaceuticals, Inc. | Frizzled-binding agents and uses thereof |
| US9125931B2 (en) | 2010-04-06 | 2015-09-08 | Massachusetts Institute Of Technology | Post-transcriptional regulation of RNA-related processes using encoded protein-binding RNA aptamers |
| CN103168118A (zh) | 2010-04-06 | 2013-06-19 | 麻省理工学院 | 用减少数量的转录物测量进行的基因表达概况分析 |
| EP2407242A1 (en) | 2010-07-13 | 2012-01-18 | Dublin City University | Direct clone analysis and selection technology |
| US9173897B2 (en) | 2010-12-07 | 2015-11-03 | Northwestern University | Molecular targets for ALS and related disorders |
| US9657290B2 (en) | 2012-07-03 | 2017-05-23 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Scalable bio-element analysis |
| EP3415638A1 (en) * | 2012-10-18 | 2018-12-19 | IDEXX Laboratories, Inc. | Nucleic acid amplification controls and kits and methods of use thereof |
| WO2014066328A1 (en) | 2012-10-23 | 2014-05-01 | Oncomed Pharmaceuticals, Inc. | Methods of treating neuroendocrine tumors using wnt pathway-binding agents |
| EP3351661A1 (en) | 2012-11-26 | 2018-07-25 | The University of Toledo | Methods for standardized sequencing of nucleic acids and uses thereof |
| US9944973B2 (en) | 2012-11-26 | 2018-04-17 | The University Of Toledo | Methods for standardized sequencing of nucleic acids and uses thereof |
| CA2899353A1 (en) | 2013-02-04 | 2014-08-07 | Oncomed Pharmaceuticals, Inc. | Methods and monitoring of treatment with a wnt pathway inhibitor |
| US9168300B2 (en) | 2013-03-14 | 2015-10-27 | Oncomed Pharmaceuticals, Inc. | MET-binding agents and uses thereof |
| WO2014186036A1 (en) | 2013-03-14 | 2014-11-20 | Allegro Diagnostics Corp. | Methods for evaluating copd status |
| US11976329B2 (en) | 2013-03-15 | 2024-05-07 | Veracyte, Inc. | Methods and systems for detecting usual interstitial pneumonia |
| US10392629B2 (en) | 2014-01-17 | 2019-08-27 | Board Of Trustees Of Michigan State University | Increased caloric and nutritional content of plant biomass |
| CN107206043A (zh) | 2014-11-05 | 2017-09-26 | 维拉赛特股份有限公司 | 使用机器学习和高维转录数据在经支气管活检上诊断特发性肺纤维化的系统和方法 |
| EP3037545A1 (en) | 2014-12-23 | 2016-06-29 | The Provost, Fellows, Foundation Scholars, & the other members of Board, of the College of the Holy & Undiv. Trinity of Queen Elizabeth near Dublin | A DNA-methylation test for prostate cancer |
| EP3259385A4 (en) | 2015-02-22 | 2018-07-25 | The Board of Trustees of the Leland Stanford Junior University | Micro-screening apparatus, process, and products |
| WO2017201302A1 (en) | 2016-05-18 | 2017-11-23 | The University Of Chicago | Btk mutation and ibrutinib resistance |
| WO2018009915A1 (en) | 2016-07-08 | 2018-01-11 | Trustees Of Boston University | Gene expression-based biomarker for the detection and monitoring of bronchial premalignant lesions |
| WO2018089953A1 (en) | 2016-11-14 | 2018-05-17 | Orca Biosystems, Inc. | Methods and apparatuses for sorting target particles |
| EP3714043A4 (en) | 2017-11-22 | 2021-08-11 | The Regents of The University of Michigan | COMPOSITIONS AND METHODS OF TREATMENT OF CANCER |
| WO2019213619A1 (en) | 2018-05-04 | 2019-11-07 | Abbott Laboratories | Hbv diagnostic, prognostic, and therapeutic methods and products |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5643765A (en) * | 1993-04-06 | 1997-07-01 | University Of Rochester | Method for quantitative measurement of gene expression using multiplex competitive reverse transcriptase-polymerase chain reaction |
| DE69429038T2 (de) * | 1993-07-28 | 2002-03-21 | Pe Corporation (Ny), Norwalk | Vorrichtung und Verfahren zur Nukleinsäurevervielfältigung |
-
1997
- 1997-06-16 US US08/876,766 patent/US5876978A/en not_active Expired - Lifetime
-
1998
- 1998-06-15 RU RU2000101306/13A patent/RU2190019C2/ru not_active IP Right Cessation
- 1998-06-15 DE DE69824004T patent/DE69824004T2/de not_active Expired - Fee Related
- 1998-06-15 CA CA002482307A patent/CA2482307C/en not_active Expired - Lifetime
- 1998-06-15 CN CNB988074400A patent/CN1152965C/zh not_active Expired - Lifetime
- 1998-06-15 CA CA002294470A patent/CA2294470C/en not_active Expired - Fee Related
- 1998-06-15 EP EP98929076A patent/EP0998581B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1998-06-15 JP JP50464399A patent/JP2001519672A/ja active Pending
- 1998-06-15 AT AT98929076T patent/ATE267267T1/de not_active IP Right Cessation
- 1998-06-15 AU AU80728/98A patent/AU8072898A/en not_active Abandoned
- 1998-06-15 WO PCT/US1998/012420 patent/WO1998058083A2/en active IP Right Grant
-
2004
- 2004-10-18 JP JP2004303292A patent/JP2005095179A/ja active Pending
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| RU2000101306A (ru) | Способ количественной оценки экспрессии гена с использованием мультиплексной конкурентной обратно-транскриптазной полимеразной цепной реакции | |
| CN109750110B (zh) | 47个人类常染色体与y染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 | |
| RU2190019C2 (ru) | Способ количественной оценки экспрессии гена с использованием мультиплексной конкурентной обратно-транскриптазной полимеразной цепной реакции (варианты), прибор для количественного определения уровня экспрессии генов-мишеней | |
| EP0907752B1 (en) | Method for determination of nucleic acid sequences and diagnostic applications thereof | |
| EP0777747B1 (en) | Nucleotide sequencing method | |
| CN109880912B (zh) | 44个人类y染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 | |
| US11186866B2 (en) | Method for multiplex detection of methylated DNA | |
| CN109880913B (zh) | 38个人类y染色体基因座的复合扩增试剂盒及其应用 | |
| CN108441565B (zh) | 人类y染色体37个str基因座的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 | |
| CN105463116B (zh) | 一种基于20个三等位基因snp遗传标记的法医学复合检测试剂盒及检测方法 | |
| Marmiroli et al. | Advanced PCR techniques in identifying food components | |
| KR101873303B1 (ko) | 타액 내 dna 메틸화를 이용한 연령 예측 방법 | |
| JP2001526050A (ja) | Ｂｒｃａ１の癌罹病性突然変異 | |
| JP2002533054A (ja) | Ｂｒｃａ２の癌罹患性突然変異 | |
| CN110863056A (zh) | 一种人类dna精准分型的方法、试剂和应用 | |
| US6403303B1 (en) | Method and reagents for testing for mutations in the BRCA1 gene | |
| WO1999061659A1 (en) | A novel str marker system for dna fingerprinting | |
| CN110564861A (zh) | 人类Y染色体STR基因座和InDel位点的荧光标记复合扩增试剂盒及其应用 | |
| CA2697532A1 (en) | Method of amplifying nucleic acid | |
| Krieg et al. | Fast Detection of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) by Primer Elongation with Monitoring of Supercritical‐Angle Fluorescence | |
| US20060078881A1 (en) | Method and kit for detection of mutations in mitochondrial dna | |
| US9315871B2 (en) | Mutation detection probe, mutation detection method, method of evaluating drug efficacy, and mutation detection kit | |
| KR102001528B1 (ko) | 한국 재래돼지 식별용 유전자 마커 및 이의 용도 | |
| KR20130061797A (ko) | 한우 동일성검사를 위한 단일염기다형성 및 그의 용도 | |
| EP3458603B1 (en) | Penta e polymorphisms for human identification |