PL244067B1 - Sposób wykrywania raka prostaty o złym rokowaniu - Google Patents
Sposób wykrywania raka prostaty o złym rokowaniu Download PDFInfo
- Publication number
- PL244067B1 PL244067B1 PL437870A PL43787021A PL244067B1 PL 244067 B1 PL244067 B1 PL 244067B1 PL 437870 A PL437870 A PL 437870A PL 43787021 A PL43787021 A PL 43787021A PL 244067 B1 PL244067 B1 PL 244067B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- mutation
- prostate cancer
- palb2
- mutations
- gene
- Prior art date
Links
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 title claims abstract description 49
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 44
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 12
- 238000010837 poor prognosis Methods 0.000 title claims description 11
- 101100518728 Homo sapiens PALB2 gene Proteins 0.000 claims abstract description 45
- 101150099884 PALB2 gene Proteins 0.000 claims abstract description 45
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 88
- 239000000969 carrier Substances 0.000 claims description 29
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 claims description 24
- 102220036074 rs515726123 Human genes 0.000 claims description 16
- 102220035967 rs180177143 Human genes 0.000 claims description 15
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 claims description 14
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 12
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 7
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 6
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 3
- 230000004083 survival effect Effects 0.000 abstract description 24
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 abstract description 3
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 abstract 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 abstract 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 abstract 1
- 108010067741 Fanconi Anemia Complementation Group N protein Proteins 0.000 description 23
- 102100040884 Partner and localizer of BRCA2 Human genes 0.000 description 22
- 108010072866 Prostate-Specific Antigen Proteins 0.000 description 13
- 102100038358 Prostate-specific antigen Human genes 0.000 description 13
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 12
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 10
- 239000000047 product Substances 0.000 description 9
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 8
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 6
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 6
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 5
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 5
- 235000019441 ethanol Nutrition 0.000 description 5
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 5
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 5
- TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L Magnesium chloride Chemical compound [Mg+2].[Cl-].[Cl-] TWRXJAOTZQYOKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 4
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 4
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 3
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 3
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 description 3
- 230000034994 death Effects 0.000 description 3
- 231100000517 death Toxicity 0.000 description 3
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 3
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 3
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 2
- 239000012160 loading buffer Substances 0.000 description 2
- 229910001629 magnesium chloride Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 description 2
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 2
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 2
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 2
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 2
- 238000000611 regression analysis Methods 0.000 description 2
- HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N Acrylamide Chemical compound NC(=O)C=C HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 230000005971 DNA damage repair Effects 0.000 description 1
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 description 1
- 230000009946 DNA mutation Effects 0.000 description 1
- 230000033616 DNA repair Effects 0.000 description 1
- 229920002307 Dextran Polymers 0.000 description 1
- ZGTMUACCHSMWAC-UHFFFAOYSA-L EDTA disodium salt (anhydrous) Chemical compound [Na+].[Na+].OC(=O)CN(CC([O-])=O)CCN(CC(O)=O)CC([O-])=O ZGTMUACCHSMWAC-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 102000016627 Fanconi Anemia Complementation Group N protein Human genes 0.000 description 1
- 238000000729 Fisher's exact test Methods 0.000 description 1
- 108010010803 Gelatin Proteins 0.000 description 1
- 208000033640 Hereditary breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 102000015087 Poly (ADP-Ribose) Polymerase-1 Human genes 0.000 description 1
- 108010064218 Poly (ADP-Ribose) Polymerase-1 Proteins 0.000 description 1
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 1
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 1
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 1
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007844 allele-specific PCR Methods 0.000 description 1
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 1
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- DQLATGHUWYMOKM-UHFFFAOYSA-L cisplatin Chemical compound N[Pt](N)(Cl)Cl DQLATGHUWYMOKM-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 229960004316 cisplatin Drugs 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 238000013480 data collection Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 1
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 1
- 239000008273 gelatin Substances 0.000 description 1
- 229920000159 gelatin Polymers 0.000 description 1
- 235000019322 gelatine Nutrition 0.000 description 1
- 235000011852 gelatine desserts Nutrition 0.000 description 1
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 description 1
- 208000025581 hereditary breast carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 230000001771 impaired effect Effects 0.000 description 1
- 230000000415 inactivating effect Effects 0.000 description 1
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000001394 metastastic effect Effects 0.000 description 1
- 206010061289 metastatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 1
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 1
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 239000011535 reaction buffer Substances 0.000 description 1
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 1
- 239000013049 sediment Substances 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- BHZOKUMUHVTPBX-UHFFFAOYSA-M sodium acetic acid acetate Chemical compound [Na+].CC(O)=O.CC([O-])=O BHZOKUMUHVTPBX-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 235000017454 sodium diacetate Nutrition 0.000 description 1
- 229940037001 sodium edetate Drugs 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 239000010414 supernatant solution Substances 0.000 description 1
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Przedmiotem zgłoszenia jest sposób oceny czy w materiale biologicznym badanej osoby występuje specyficzna zmiana konstytucyjna w genie PALB2. Wynalazek dotyczy nowej metody diagnostycznej wykrywającej genetyczną predyspozycję do agresywnego raka prostaty o złym rokowaniu co do przeżycia.
Description
Przedmiotem wynalazku jest sposób wykrywania raka prostaty o złym rokowaniu obejmujący wykrywanie mutacji genu PALB2. Wynalazek dotyczy nowej metody diagnostycznej wykrywającej raka stercza o złym rokowaniu.
W polskiej populacji występują dwie mutacje założycielskie genu PALB2 (c.509_510delGA oraz c.172_175delTTGT), które stanowią około 80% mutacji tego genu wykrywanych w naszej populacji (1). Dotychczas nikt nie badał związku pomiędzy nosicielstwem mutacji genu PALB2 a przeżyciem pacjentów z rakiem prostaty. Tym samym użyteczność kliniczna badania mutacji PALB2 u mężczyzn z rakiem prostaty nie była znana.
Problemy te rozwiązuje niniejszy wynalazek precyzyjnie ustalający po raz pierwszy:
1) częstość mutacji założycielskich genu PALB2 u mężczyzn z rakiem prostaty w polskiej populacji
2) charakterystykę kliniczną raków prostaty u Polaków z mutacją konstytucyjną PALB2 w tym agresywny kliniczny przebieg raków prostaty u nosicielek mutacji PALB2 wyrażony złym rokowaniem co do przeżycia.
Przedmiotem wynalazku jest sposób wykrywania genetycznie uwarunkowanej formy agresywnego raka prostaty o złym rokowaniu charakteryzujący się tym, że w próbce materiału genetycznego pobranej od pacjenta wykrywa się obecność zmiany konstytucyjnej w obrębie genu PALB2 w posta ci mutacji c.509_510delGA lub c.172_175delTTGT.
Korzystnie, bada się obecność mutacji konstytucyjnej genu PALB2 u mężczyzny, niezależnie od historii rodzinnej zachorowań na nowotwory.
Korzystnie, pacjent jest osobą pochodzenia polskiego.
Korzystnie, obecność mutacji genu PALB2 bada się w celu zmiany postępowania klinicznego w stosunku do nosicieli mutacji genu PALB2, w którym diagnostykę raka prostaty zaczyna się od 45 roku życia z zastosowaniem markerów dla raka stercza, korzystnie PSA.
Obecność zmiany germinalnej można badać techniką wybraną spośród metod pośredniego wykrywania mutacji jak np. ASO PCR (ang. Allele specific - PCR), SSCP (ang. single-strand conformation polymorphism), ASA (ang. allele specific analysis), RFLP-PCR (ang. restriction fragment length polymorphism - polymerase chain reaction), real-time PCR i innych metod pośredniego lub metod bezpośredniego wykrywania mutacji jak sekwencjonowanie.
Zatem, możliwe jest zastosowanie mutacji w obrębie genu PALB2 albo polinukleotydu zawierającego tą mutację albo polipeptydu kodowanego przez allel genu PALB2 zawierający tą mutację do wykrywania genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do raka stercza o złym rokowaniu, przy czym mutacja wybrana jest z grupy obejmującej następujące mutacje genu PALB2: mutację c.509_510delGA i mutację c.172_175delTTGT.
Do realizacji wynalazku służyć może zestaw do wykrywania genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do raka prostaty o złym rokowaniu, który zawiera przynajmniej dwa różne oligonukleotydy pozwalające na amplifikację regionu zawierającego mutację w obrębie genu PALB2, przy czym amplifikowany region zawiera mutację wybraną z grupy obejmującej następujące mutacje genu PALB2: mutację c.509_510delGA i mutację c.172_175delTTGT.
Szczegółowy opis wynalazku
Mutacje założycielskie c.509_510delGA oraz c.172_175delTTGT genu PALB2 występują z częstością około 0,2% w naszej populacji, a więc w Polsce żyje około 50 000 nosicieli tych mutacji genu PALB2. Koszt testu opartego o wykrywanie mutacji założycielskich charakterystycznych dla polskiej populacji jest wielokrotni e mniejszy niż koszt pełnej analizy sekwencji genu PALB2, a czas badania nieporównywalnie krótszy. Taki test może być wykonywany w wielu laboratoriach bez konieczności stosowania skomplikowanego i kosztownego sprzętu. Obecność dwóch dominujących mutacji genu PALB2 (c.509_510delGA oraz c.72_175delTTGT) w polskiej populacji stwarza unikalną możliwość niezwykle efektywnej diagnostyki genetycznej opartej o identyfikację tych zmian DNA oraz w konsekwencji wyjątkowego modelu do badania znaczenia tych mutacji za pomocą korelacji genetyczno-klinicznych.
Zgodnie z wynalazkiem ustalono, że u mężczyzn, u których występują mutacje genu PLAB2 rozwija się agresywna forma raka gruczołu krokowego o złym rokowaniu. Było to możliwe dzięki analizie dużej grupy mężczyzn z rakiem stercza w homogennej genetycznie populacji polskiej.
Nieoczekiwanie ustalono, że u nosicieli mutacji genu PALB2 (c.509_510delGA oraz c.172_175delTTGT) często, u około 60% pacjentów, stwierdza się wysoki poziom PSA w momencie rozpoznania raka prostaty oraz stwierdza się bardzo wysoki odsetek raków o wysokim stopniu zaawansowania histopatologicznego: ~ 65% raków u nosicieli mutacji oceniono według skali Gleasona na 8 do 10 punktów. Również wykazano, że średni okres przeżycia pacjentów z rakiem prostaty z mutacją PALB2 jest znacząco krótszy (61 miesięcy versus 144 miesięcy; HR = 2,74, p = 0,0008), niż u mężczyzn z rakiem prostaty bez mutacji genu PALB2. 5-letnie przeżycie u nosicieli mutacji wynosiło jedynie 42%, w porównaniu do 72% u pacjentów bez mutacji (p = 0,006). 10-letnie przeżycie u nosicieli mutacji wynosiło 31%, w porównaniu do 55% u pacjentów bez mutacji (p = 0,01).
Przeżycie u mężczyzn z rakiem prostaty i mutacją genu PALB2 pozostało statystycznie istotnie gorsze (niż u mężczyzn z rakiem stercza, ale bez mutacji genu PALB2) po wprowadzeniu poprawek na poziom PSA w momencie rozpoznania (>20 vs <20 ng/ml) oraz stopień zaawansowania histopatologicznego (Gleason >7 vs <7) - (HR =1,99, 95%CI 1,07-3,71, p = 0,031).
Prezentowany sposób diagnostyczny dotyczy opracowania nowego markera złego rokowania dla raka stercza (mutacji genu PALB2). Odkrycie jest nowatorskie, wcześniej nikt nie badał związku pomiędzy nosicielstwem mutacji PALB2 a przeżyciem pacjentów z rakiem stercza.
Uzyskane wyniki wskazują, że raki stercza u nosicieli mutacji genu PALB2 powinny być wykrywane wcześnie oraz być może leczone radykalniej niż dotychczas, na przykład przez poszerzenie leczenia o chemioterapię już od pierwszych etapów leczenia. Gen PALB2 jest genem naprawy DNA a raki prostaty u nosicieli mutacji PALB2 najprawdopodobniej mają upośledzoną naprawę uszkodzeń DNA. Dlatego pacjenci z rakiem stercza i mutacją genu PALB2 mogą dobrze odpowiadać na chemioterapię (np. leczenie cisplatyną i/lub inhibitorami PARP1). Tak więc wykrycie mutacji genu PALB2 u mężczyzn z rakiem stercza (np. przerzutowym) może być wskazaniem do chemioterapii np. z zastosowaniem leków uszkadzających DNA. Mutacje konstytucyjne genu PALB2 są obecne u nosicieli od urodzenia. Identyfikacja takich mutacji stwarza możliwość wykrycia zagrożenia rakiem stercza na wiele lat przed zachorowaniem. Tak więc zastosowanie testu PALB2 wykrywającego mutacje c.509_510delGA oraz c.172_175delTTGT stwarza możliwość identyfikacji i objęcia mężczyzn zindywidualizowanym postępowaniem medycznym. Taki test można wykonać około 30-40 roku życia, ponieważ w przeprowadzonych badaniach najwcześniejsze zachorowanie na raka stercza u nosicieli mutacji PALB2 odnotowano w wieku 50 lat. Wykrycie mutacji u mężczyzny byłoby wówczas wskazaniem do wykonywania regularnych badań p rzesiewowych raka stercza (PSA - Prostate-specific antigen, badanie urologiczne) od około 45 roku życia. Takie zindywidualizowane postępowanie medyczne najprawdopodobniej przyczyni się do wczesnego rozpoznania i wprowadzenia radykalnego leczenia tego nowotworu na wczesnych etapach rozwoju, gdy całkowite wyleczenie jest możliwe.
Dla lepszego zrozumienia wynalazku został on zilustrowany poniższymi przykładami wykonania oraz figurami.
Na Fig. 1 przedstawiono krzywe przeżycia Kaplana-Meiera mężczyzn z rakiem prostaty: dla nosicieli mutacji c.509_510delGA lub c.172_175delTTGT genu PALB2 (n=16) oraz dla mężczyzn bez tej mutacji (n=5430).
Na Fig. 2 przedstawiono fragment sekwencji genomowego DNA zawierający badane mutacje PALB2.
Przykład 1
A) Ustalanie korelacji pomiędzy mutacjami skracającymi białko PALB2 (c.509_510delGA i c.172_175delTTGT) a charakterystyką kliniczną raka prostaty i przeżyciem pacjentów w polskiej populacji.
Zasady testu, wybór grupy pacjentów
Aby ustalić charakterystykę kliniczną raków prostaty u nosicieli mutacji PALB2, przeprowadzono analizę występowania tej mutacji w grupie 5472 mężczyzn z rakiem prostaty, zdiagnozowanych w latach od 1999 do 2015 w 14 szpitalach w Polsce. Pacjenci nie byli selekcjonowani pod względem historii rodzinnej zachorowań na nowotwory. Wiek zachowania wynosił od 35 do 96 lat (średnia 67,8). Do badania włączono 5472 mężczyzn, od których wyizolowano genomowe DNA oraz ustalono genotyp (obecność lub brak mutacji c.509_510delGA i c.172_175delTTGT genu PALB2). Zgromadzono informacje odnośnie charakterystyki klinicznej raków prostaty (poziomu PSA w chwili rozpoznania oraz stopnia zawansowania klinicznego i histopatologicznego).
Aby ocenić przeżycie pacjenci byli obserwowani od daty biopsji stercza (rozpoznania raka prostaty) do daty śmieci lub do czerwca 2016. Średni okres obserwacji (mediana) wynosił 102 miesiące. Dane odnośnie przeżycia dostępne były dla 5446 mężczyzn (99,5%) z rakiem prostaty. Określono krzywe przeżycia Kaplana-Meiera dla nosicieli mutacji genu PALB2 (16 osób) oraz dla mężczyzn bez mutacji genu PALB2 (5430 osób). Przeżycie nosicieli mutacji versus mężczyzn bez wykrytej mutacji PALB2 porównano za pomocą analizy Cox regression.
Ponadto, ponieważ nosiciele mutacji różnili się od osób bez mutacji pod względem poziomu markera PSA oraz stopnia złośliwości guzów wyrażonej wg skali Gleasona, przyprowadzono dodatkową analizę wieloczynnikową Cox regression, w której rozpatrywano poziom PSA oraz stopień złośliwości (wg skali Gleasona) jako czynniki mające wpływ na asocjację pomiędzy obecnością mutacji genu PALB2 a okresem przeżycia pacjentów.
Izolacja genomowego DNA
Od wszystkich pacjentów pobrano próbkę krwi obwodowej. Do probówek zawierających 1 ml 1 M wersenianu sodu pobierano 10 ml krwi obwodowej. W celu rozbicia błony komórkowej do próbek dodawano roztwór TKM (10 mM Tris-HCl, 10 mM KCl, 2 mM EDTA, 4 mM MgCl2) i 1 ml Igepal (SIGMA). Następnie próbkę wirowano w temp. 20°C przez 10 minut przy 3400 obr./min. (w wirówce Eppendorf 5810R). Po odwirowaniu zlewano supernatant zostawiając osad leukocytów, który następnie zalewano roztworem TKM i rozbijano ręcznie. Powstałą mieszaninę wirowano przy 3400 obr. w temp. 20°C przez 5 minut. Supernatant zlewano a powstały osad przepłukiwano dwukrotnie roztworem TKM. Następnie dodawano 0,5 ml 10% SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) i całość mieszano pipetą Pasterowską. W następnym etapie w celu rozbicia kompleksów białko-DNA próbkę inkubowano w łaźni wodnej w temperaturze 60°C przez 7 minut. Białko z roztworu wytrącano dodając 1 ml 5 M NaCl. Tak przygotowaną mieszaninę wirowano w temp. 20°C, przy 9900 obr./min. przez 25 minut. Powstały supernatant przenoszono do odrębnej probówki. Z roztworu supernatantu wytrącano DNA dodając 10 ml 96% alkoholu etylowego. Wytrącony „kłaczek” DNA przenoszono do probówki i suszono w suszarce próżniowej przez 10 minut. DNA rozpuszczano w 200 μl TE (25 Mm Tris, HCl, 1Mm EDTA; pH 8,4) i przechowywano w 4°C.
Wykrywanie mutacji
Mutacje wykrywano za pomocą techniki PCR czasu rzeczywistego z wykorzystaniem starterów o sekwencji 509 F: TTGCTACTGATTTCTTCCTGTTCCTTT oraz 509_R: C AGGAGAGAGACTGT GTCTTT GG i sond o sekwencji 509_WT: TGATTCACTCAGATTGTCT i 509 M: CTGATTCACTCATTGTCT dla mutacji PALB2 c.509_510delGA, a starterów o sekwencji 172_F CTGAAAAGATTAAGCATTCTATTAAG i 172_R GGTCTAGATTTACCTGAGTGTTTTAG oraz sond o sekwencji 172_WT: TAGAAGAACAAGATTGTTTGT i 172_M: TAGAAGAACAAGATTGTCTCA dla mutacji PALB2 c.172_175delTTGT (sekwencje podano od końca 5’ do 3’).
Reakcje PCR przeprowadzano w automatycznym termocyklerze (LightCycler® Real-Time PCR 480 System (Roche Life Science). Mieszanina reakcyjna o objętości 5 μl zawierała: 1 μl (10 ng) genomowego DNA, 0,0625 μl (Assay 80x) gotowego mixu starterów i sond (Applied Biosystems, Life Technologies), 2,5 μl mixu reakcyjnego (GoTaq Probe qPCR Master Mix 2X, Promega), uzupełnione do 5 μl wodą wolną od nukleaz. Analogicznie przygotowano kontrolę ujemną, która nie zawierała DNA.
Amplifikację przeprowadzano w następujących warunkach:
1. 95°C ^ 10 min (zmiana temp. 4,8°C/s)
2. 95°C ^ 10 sek. (zmiana temp. 4,8°C/s)
55°C ^ 30 sek. (zmiana temp. 2,5°C/s) 45 cykli
72°C ^ 1 sek. (zmiana temp. 4,8°C/s)
3. 40°C ^ 30 sek. (zmiana temp. 2,5°C/s)
4. 60°C - 61°C ^ 1 sek. (zmiana temp. 0,06°C/s)
5. 40°C ^ 30 sek. (zmiana temp. 2,5°C/s)
Obecność mutacji wykrytych w analizach PCR potwierdzono za pomocą bezpośredniego sekwencjonowania.
Potwierdzenie obecności mutacji przez sekwencjonowanie
Amplifikację sekwencji kodującej genu PALB2 zawierającej badane mutacje DNA przeprowadzono z użyciem starterów wykorzystanych do wykrywania tej mutacji, które są przedstawione powyżej. Reakcję PCR przeprowadzano w automatycznym termocyklerze (DNA ThermalCycler 9600 - Perkin
Elmer). Mieszanina reakcyjna o objętości 25 μl zawierała: 1 μl (50 ng) genomowego DNA, po 4 pmol każdej pary starterów, 2,5 μl buforu reakcyjnego (100 mM Tris-HCl, 500 mM KCl, 15 mM MgCl2, 1 mg/ml żelatyny; pH 8.6), 200 μM każdego z deoksynukleotydów (dATP, dCTP, dGTP i dTTP) oraz 1 U polimerazy Taq DNA. Analogicznie przygotowano kontrolę ujemną, która nie zawierała DNA. Amplifikację przeprowadzano w warunkach przedstawionych poniżej.
1. 94°C ^ 25 sek.
55°C ^ 30 sek. 35 cykli
72°C ^ 35 sek.
2. 40°C ^ »
Oczyszczanie produktów PCR: Produkty amplifikacji przenoszono na kolumienkę Microcon-100 (Amicon) umieszczoną na probówce Eppendorf, dodawano 400 μl wody destylowanej i wirowano przy 1850 g przez 15 minut. Przesącz zawierający startery i pozostałości mieszaniny reakcyjnej PCR wylewano, zaś produkty reakcji pozostałe na filtrze kolumienki zalewano 400 μl H2O i wirowano ponownie przez 15 minut przy 1850 g. Ostatnią czynność powtarzano 3-krotnie. W celu odzyskania oczyszczonych produktów PCR odwróconą o 180° kolumienkę przenoszono na nową probówkę i wirowano przez 3 minuty przy 9000 g. Wszystkie wirowania przeprowadzono w temp. 25°C. Uzyskiwano w ten sposób około 5 μl czystego produktu, który rozcieńczano wodą do objętości 20 μl.
PCR sekwencyjny: Asymetryczny PCR sekwencyjny wykonywano w automatycznym termocyklerze Gene Amp PCR System 9600 firmy Perkin Elmer w 20 μl mieszaninie reakcyjnej zawierającej: 1 pmol jednego startera, 4 μl oczyszczonego matrycowego produktu PCR, 8 μl BigDye Terminator Ready Reaction Kit v3.0 (Applied Biosystems).
Parametry sekwencyjnego PCR:
wstępna denaturacja - 96°C 30 sekund cykli, każdy składający się z:
denaturacji - 94°C 30 sekund przyłączania starterów - 55°C 45 sekund wydłużania komplementarnego DNA - 72°C 60 sekund
Całość produktów sekwencjonowania (20 μl) przenoszono do probówki Eppendorf o pojemności 0,5 ml, zalewano 60 μl 96% etanolu oraz dodawano 1 μl kwaśnego octanu sodu (pH 5,0) w celu wytrącenia produktów PCR. Probówki wirowano w 3000 g przez 20 min w 25°C. Po odwirowaniu etanol wylewano, a osad zawierający produkty PCR-u sekwencyjnego przepłukiwano zalewając go 200 μl 70% etanolu oraz wirowano w 3000 g przez 5 min w 25°C. Następnie cały alkohol ostrożnie wylewano, a pozostały w probówce osad suszono w aparacie próżniowym Eppendorf Concentrator 5301 przez 20 - 30 min, po czym rozpuszczano w 4 μl sekwencyjnego buforu obciążającego (150 μl formamidu dejonizowanego, 50 μl 50mMEDTA, 0,05%) Dextran Blue). Rozpuszczone w buforze obciążającym produkty denaturowano przez 4 minuty w 94°C, przenoszono do łaźni z lodem, po czym nanoszono na denaturujący poliakrylamidowy żel sekwencyjny (4% akrylamid - 19:1, 1 x TBE, 6M mocznik). Rozdział elektroforetyczny dokonywano w automatycznym aparacie do sekwencjonowania ABIPRISM 377 DNA Sequencer (Applied Biosystems). Zbieranie danych w trakcie elektroforezy oraz ich analiza odbywały się za pomocą programów ABI PRISM 377 Collection Software and Sequencing Analysis Software Version 3.0 (Applied Biosystems).
Wyniki
Charakterystyka kliniczna raków u 16 nosicieli mutacji PALB2 (c.509_510delGA lub c.172_175delTTGT) oraz u 5456 osób bez tej mutacji jest przedstawiona w tabeli 1.
Wiek rozpoznania raka stercza był podobny u nosicieli mutacji oraz osób bez mutacji (68,3 versus 67,3 lat, p = 0,65). Mediana PSA w momencie diagnozy była wyższa u nosicieli niż u osób bez mutacji (21,2 versus 10,7 ng/ml, p = 0,0059); u 57,1% nosicieli mutacji PSA wynosiło powyżej 20 ng/ml w porównaniu do 28,2% u osób bez wykrytej mutacji PALB2 (p=0,036). Guzy o wysokim stopniu złośliwości (Gleason 8-10) były częstsze u nosicieli mutacji niż u mężczyzn bez mutacji PALB2 (64,3% vs 18,1%, p<0,0001).
PL 244067 BI
Tabela 1. Charakterystyka kliniczna raków prostaty u nosicieli mutacji c.509_510delGA lub c.172_175delTTGT genu PALB2 oraz u osób bez tych mutacji
| Kategoria | Nosiciele mutacji PALB2(n=16) | Przypadki bez mutacji PALB2 (n = 5456) | Liczba p | |
| Wiek rozpoznania (lata) | średnia | 68,3 | 67,3 | 0,65 |
| Wiek rozpoznania (zakres) | <60 | 18,8% (3/16) | 18,5% (1008/5456) | 0,98 |
| 61 70 | 43,8% (7/16) | 44,5% (2429/5456) | 0,95 | |
| >70 | 37,5% (6/16) | 37,0% (2019/5456) | 0,97 | |
| Poziom PSA w momencie rozpoznania | mediana | 21,2 | 10,7 | 0,0059 |
| Poziom PSA w momencie rozpoznania (zakres) | <4,0 | 0,0% (0/14) | 5,7% (146/2542) | 0,73 |
| 4,1-10 | 14,3% (2/14) | 41,6% (1058/2542) | 0,072 | |
| 10,1-20,0 | 28,6% (4/14) | 24,4% (621/2542) | 0,96 | |
| >20,0 | 57,1% (8/14) | 28,2% (717/2542) | 0,036 | |
| Wynik wg skali Gleasona | <7 | 7,1% (1/14) | 54,1% (1575/2913) | 0,0012 |
| 7 | 28,6% (4/14) | 27,9% (812/2913) | 0,95 | |
| >7 | 64,3% (9/14) | 18,1% (526/2913) | <0,0001 | |
| Stopień zaawansowania klinicznego | Tl/2 | 64,3% (9/14) | 75,1% (1658/2209) | 0,54 |
| T3/4 | 35,7% (5/14) | 24,9% (551/2209) | 0,54 |
Objaśnienie do tabeli 1: wartości liczb p obliczono za pomocą testu Fiszera (Fisher exact test) Dane odnośnie przeżycia dostępne były dla 16 nosicieli mutacji oraz dla 5430 osób bez tej mutacji (tabela 2).
PL 244067 BI
Tabela 2. Porównanie przeżycia u mężczyzn z rakiem stercza z mutacją c.509_510delGA lub c.172_175delTTGT genu PALB2 oraz u mężczyzn z rakiem stercza bez tych mutacji
| Przypadki z mutacją PALB2 n = 16 | Przypadki bez mutacji PALB2 n = 5430 | |
| Mediana okresu obserwacji | 96 | 102 |
| Odsetek zmarłych | 68,8% (H/16) | 41,1% (2230/5430) |
| Mediana czasu przeżycia (miesiące) | 61 | 144 |
| 5-letnie przeżycie | 42% | 72% |
| 10 letnie przeżycie | 31% | 55% |
| HR | 2,74 | Ref. |
| 95% CI | 1,52 to 4,95 | |
| Liczba p | 0,0008 | |
Objaśnienie do tabeli 2: HR, 95% Cl and wartości p są policzone za pomocą modelu proporcjonalnego hazardu Coxa.
W okresie obserwacji wynoszącym 102 miesiące, odnotowano 11 zgonów (68,8%) w grupie 16 nosicieli mutacji genu PALB2 oraz 2230 (41,1%) zgonów w grupie 5430 osób bez mutacji (p = 0,046). Przeżycie było istotnie gorsze w grupie mężczyzn z rakiem prostaty i mutacją skracającą białko PALB2 w porównaniu do mężczyzn z rakiem prostaty, u których nie stwierdzono mutacji genu PALB2 (HR = 2,74; p = 0,0008). Średnie przeżycie w grupie nosicieli było ponad 2-krotnie krótsze w grupie nosicieli niż u osób bez mutacji (61 miesięcy versus 144 miesiące). 5-letnie przeżycie u nosicieli mutacji wynosiło jedynie 42%, w porównaniu do 72% u pacjentów bez mutacji (p = 0,006). 10-letnie przeżycie u nosicieli mutacji wynosiło 31%, w porównaniu do 55% u pacjentów bez mutacji (p = 0,01). Przeżycie u mężczyzn z rakiem prostaty i mutacją genu PALB2 pozostało statystycznie istotnie gorsze (niż u mężczyzn z rakiem stercza, ale bez mutacji genu PALB2) po wprowadzeniu poprawek na poziom PSA w momencie rozpoznania (>20 vs <20 ng/ml) oraz stopień zaawansowania histopatologicznego (Gleason >7 vs <7) - (HR =1,99, 95%CI 1,07-3,71, p = 0,031).
Różnice w krzywych przeżycia Kaplana-Meiera dla nosicieli mutacji genu PALB2 oraz dla mężczyzn bez mutacji przedstawia Fig. 1.
W podsumowaniu, niniejsze wyniki dowodzą, że mutacje inaktywujące białko PALB2 są markerami raka stercza o złym rokowaniu.
Literatura
Cybulski C, Kluźniak W, Huzarski T, Wokołorczyk D, Kashyap A, Rusak B, Stempa K, Gronwald J, Szymiczek A, Bagherzadeh M, Jakubowska A, Dębniak T, Lener M, Rudnicka H, Szwiec M, Jarkiewicz-Tretyn J, Stawicka M, Domagała P, Naród SA, Lubiński J, Akbari MR; Polish Hereditary Breast Cancer Consortium. The spectrum of mutations predisposing to familial breast cancer in Poland. Int J Cancer. 2019 Dec 15; 145(12):3311-3320. doi: 10.1002/ijc.32492. Epub2019 Jun 26. PMID: 31173646.
Claims (4)
1. Sposób wykrywania genetycznie uwarunkowanej formy agresywnego raka prostaty o złym rokowaniu, znamienny tym, że w próbce materiału genetycznego pobranej od pacjenta wykrywa się obecność zmiany konstytucyjnej w obrębie genu PALB2 w postaci mutacji c.509_510delGA lub C.172_175delTTGT.
2. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że bada się obecność mutacji konstytucyjnej genu PALB2 u mężczyzny, niezależnie od historii rodzinnej zachorowań na nowotwory.
3. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że pacjent jest osobą pochodzenia polskiego.
4. Sposób według dowolnego z powyższych zastrz. od 1 do 3, znamienny tym, że obecność mutacji genu PALB2 bada się w celu zmiany postępowania klinicznego w stosunku do nosicieli mutacji genu PALB2, w którym diagnostykę raka prostaty zaczyna się od 45 roku życia z zastosowaniem markerów dla raka stercza, korzystnie PSA.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL437870A PL244067B1 (pl) | 2021-05-16 | 2021-05-16 | Sposób wykrywania raka prostaty o złym rokowaniu |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL437870A PL244067B1 (pl) | 2021-05-16 | 2021-05-16 | Sposób wykrywania raka prostaty o złym rokowaniu |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL437870A1 PL437870A1 (pl) | 2022-11-21 |
| PL244067B1 true PL244067B1 (pl) | 2023-11-27 |
Family
ID=84191821
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL437870A PL244067B1 (pl) | 2021-05-16 | 2021-05-16 | Sposób wykrywania raka prostaty o złym rokowaniu |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL244067B1 (pl) |
-
2021
- 2021-05-16 PL PL437870A patent/PL244067B1/pl unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PL437870A1 (pl) | 2022-11-21 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| JP6770957B2 (ja) | 試料中のｐｉｋ３ｃａ突然変異状態を決定する方法 | |
| JP6743056B2 (ja) | 前立腺がん予後判定の方法 | |
| US20180282820A1 (en) | Monitoring treatment or progression of myeloma | |
| AU2007284649B2 (en) | Consensus coding sequences of human breast and colorectal cancers | |
| JP2017525977A (ja) | 細胞増殖性異常検出用または疾患程度等級付け用の遺伝子組成物およびその用途 | |
| US20220162710A1 (en) | Composition for diagnosis or prognosis prediction of glioma, and method for providing information related thereto | |
| EP3368684B1 (en) | Biomarker for breast cancer | |
| JP5865241B2 (ja) | 肉腫の予後分子署名およびその使用 | |
| PL244067B1 (pl) | Sposób wykrywania raka prostaty o złym rokowaniu | |
| US20040072166A1 (en) | HURP gene as a molecular marker for bladder cancer | |
| Brand et al. | Association of polymorphisms in TGFB1 and prostate cancer prognosis | |
| JP6608424B2 (ja) | 前癌性結腸直腸ポリープおよび結腸直腸癌を特定するための方法およびキット | |
| JP2023507796A (ja) | がん特異的無細胞ｄｎａを同定するための異なるフラグメントサイズを使用したマルチプレックスアッセイ | |
| CN101883864B (zh) | 用在癌症检测中的约12317-16254残基之间的线粒体dna缺失 | |
| CN113166810A (zh) | 包括gba基因单碱基多态性的脑动脉瘤诊断用snp标志物 | |
| NL2033031B1 (en) | Single nucleotide polymorphism (snp) molecular marker and kit for assessing tumor progression risk of patient with carcinoma of colon and rectum, and use thereof | |
| US20140179538A1 (en) | Mutations in pancreatic neoplasms | |
| KR101977351B1 (ko) | 항암제 저항성 또는 민감성 예측용 조성물 | |
| KR101930818B1 (ko) | 방광암의 비침습적 진단 방법 | |
| CN117305450A (zh) | 用于检测膀胱癌相关基因甲基化的核酸组合物及其相应的试剂盒和用途 | |
| CN117327796A (zh) | 用于检测尿路上皮癌的组合物及其用途 | |
| CN117004727A (zh) | 用于检测膀胱癌的组合物及其用途 | |
| PL236574B1 (pl) | Sposób wykrywania wysokiego ryzyka raka piersi przez badanie mutacji genu RECQL | |
| CN118028469A (zh) | 用于检测卵巢癌的组合物及其用途 | |
| Law et al. | Trinucleotide repeat analysis of Huntington's disease gene in Singapore |