PL237867B1 - Sposób i zastosowanie do wykrywania zwiększonego ryzyka raka piersi przez badanie mutacji genu SERPINI2 - Google Patents
Sposób i zastosowanie do wykrywania zwiększonego ryzyka raka piersi przez badanie mutacji genu SERPINI2 Download PDFInfo
- Publication number
- PL237867B1 PL237867B1 PL417681A PL41768116A PL237867B1 PL 237867 B1 PL237867 B1 PL 237867B1 PL 417681 A PL417681 A PL 417681A PL 41768116 A PL41768116 A PL 41768116A PL 237867 B1 PL237867 B1 PL 237867B1
- Authority
- PL
- Poland
- Prior art keywords
- serpini2
- gene
- breast cancer
- mutation
- mutations
- Prior art date
Links
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 title claims abstract description 46
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 title claims abstract description 46
- 101150105960 Serpini2 gene Proteins 0.000 title claims abstract description 37
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 14
- 230000035772 mutation Effects 0.000 title claims description 51
- 238000012360 testing method Methods 0.000 title description 12
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 10
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 10
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 10
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 claims description 9
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 8
- 102220022892 rs386834100 Human genes 0.000 claims description 7
- 102220310584 rs1555534147 Human genes 0.000 claims description 6
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims description 4
- 230000001143 conditioned effect Effects 0.000 claims description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims description 2
- WOWHHFRSBJGXCM-UHFFFAOYSA-M cetyltrimethylammonium chloride Chemical compound [Cl-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C WOWHHFRSBJGXCM-UHFFFAOYSA-M 0.000 claims 1
- 208000030776 invasive breast carcinoma Diseases 0.000 abstract description 4
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 abstract description 3
- 238000009007 Diagnostic Kit Methods 0.000 abstract 1
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 abstract 1
- 239000012620 biological material Substances 0.000 abstract 1
- 101000711237 Homo sapiens Serpin I2 Proteins 0.000 description 16
- 102100034076 Serpin I2 Human genes 0.000 description 16
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 10
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 9
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 7
- 230000002776 aggregation Effects 0.000 description 6
- 238000004220 aggregation Methods 0.000 description 6
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 5
- 101150072950 BRCA1 gene Proteins 0.000 description 4
- 238000011161 development Methods 0.000 description 4
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 4
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 4
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 4
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 3
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 3
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 3
- 230000000737 periodic effect Effects 0.000 description 3
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 3
- 238000002604 ultrasonography Methods 0.000 description 3
- 102000036365 BRCA1 Human genes 0.000 description 2
- 108700020463 BRCA1 Proteins 0.000 description 2
- 108700040618 BRCA1 Genes Proteins 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 description 2
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 2
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 2
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 2
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 2
- 102200067153 rs28897672 Human genes 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000007482 whole exome sequencing Methods 0.000 description 2
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZGTMUACCHSMWAC-UHFFFAOYSA-L EDTA disodium salt (anhydrous) Chemical compound [Na+].[Na+].OC(=O)CN(CC([O-])=O)CCN(CC(O)=O)CC([O-])=O ZGTMUACCHSMWAC-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 1
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 1
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 1
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 238000002052 colonoscopy Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 238000013399 early diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 235000019441 ethanol Nutrition 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000009607 mammography Methods 0.000 description 1
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 1
- 230000036438 mutation frequency Effects 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 238000004904 shortening Methods 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 229940037001 sodium edetate Drugs 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 239000010414 supernatant solution Substances 0.000 description 1
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Zgłoszenie opisuje sposób wykrywania genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do raka piersi. Sposób ten polega na ocenie czy w materiale biologicznym badanej osoby występuje specyficzna zmiana konstytucyjna w genie SERPINI2. Zgłoszenie dotyczy też zastosowania nowej metody diagnostycznej wykrywającej wysoką genetyczną predyspozycję do inwazyjnego raka piersi oraz zestawu diagnostycznego do wykrywania genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do raka piersi.
Description
Opis wynalazku
Wynalazek dotyczy nowej metody diagnostycznej do wykrywania zwiększonego ryzyka raka piersi przez badanie mutacji genu SERPINI2. W przedstawianym sposobie zastosowanie wykrywania mutacji genu SERPINI2, identyfikuje grupę kobiet, które są w grupie zwiększonego ryzyka zachorowania na raka piersi.
Dotychczas nie było wiadome, że mutacje genu SERPINI2 są związane z ryzykiem raka piersi. Nie opisano mutacji patogennych tego genu u kobiet z rakiem piersi. Tym samym potencjalna użyteczność kliniczna badania mutacji SERPINI2 w diagnostyce wysokiej dziedzicznej predyspozycji do raka piersi nie była znana. Problem ten rozwiązuje niniejszy wynalazek ustalający po raz pierwszy: 1. Częstość mutacji założycielskiej genu SERPINI2 u kobiet z rakiem piersi i kobiet zdrowych w polskiej populacji. 2. Ryzyko raka piersi u zdrowych nosicielek mutacji genu SERPINI2 w polskiej populacji.
Przedmiotem wynalazku jest sposób wykrywania genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do raka piersi charakteryzujący się tym, że w próbce materiału genetycznego pobranej od pacjentki bada się obecność mutacji c.615_618delGAAA, c.622_623delGG i c.626_627delCA genu SERPINI2, przy czym stwierdzenie obecności tych zmian świadczy o genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do raka piersi u badanej pacjentki.
Korzystnie bada się obecność mutacji konstytucyjnej genu SERPINI2 u kobiety, niezależnie od historii rodzinnej zachorowań na nowotwory.
Kolejnym przedmiotem wynalazku jest zastosowanie mutacji w obrębie genu SERPINI2 do wykrywania in vitro genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do raka piersi, przy czym mutacjami tymi są mutacje c.615_618delGAAA,c.622_623delGG i c.626_627delCA genu SERPINI2.
Na Fig. 1 przedstawiono fragment sekwencji genomowego DNA zawierający przykładową badaną mutację genu SERPINI. Przedstawiona została konstytucyjna delecja 8 nukleotydów w obrębie genu SERPINI2 (c.615_618delGAAA, c.622_623delGG, c.626_627delCA) na chromosomie 3.
Nukleotydy, które ulegają delecji wyróżniono w przedstawionej sekwencji genomowego DNA.
Szczegółowy opis wynalazku
Zgodnie z wynalazkiem oszacowano ryzyko raka piersi u Polek z mutacją genu SERPINI2. Nieoczekiwanie ustalono, że wykrycie mutacji genu SERPINI wiąże się z około 5-krotnie zwiększonym ryzykiem raka piersi, co odpowiada około 30% ryzyku zachorowania na ten nowotwór w ciągu życia u Polki. Ryzyko to dodatkowo wzrasta w przypadku, gdy w rodzinie nosicielki występuje zachorowanie na raki piersi w rodzinie: 1) gdy co najmniej jedna krewna I lub II stopnia chorowała na raka piersi ryzyko jest zwiększone około 12-krotnie co odpowiada ryzyku raka piersi u Polki wynoszącemu około 70%.
Szacuje się, że około 0,1% raków piersi w Polsce jest wywołanych przez mutację genu SERPINI2 c. 1667_1667+3 delAGTA.
Zgodnie z wynalazkiem ustalono, że gen SERPINI2 może być genem dziedzicznej predyspozycji ponieważ:
- stwierdzono związek powtarzalnej w polskiej mutacji genu SERPINI2 z ryzykiem nieselekcjonowanego raka piersi.
- stwierdzono związek obecności mutacji SERPINI2 z przypadkami rodzinnej agregacji raków piersi.
Wykazano, że u nosicielek mutacji SERPINI2 występuje zwiększone ryzyko inwazyjnego raka piersi. Odkrycie to możliwe było dzięki analizie dużej grupy kobiet z inwazyjnym rakiem piersi w homogennej genetycznie populacji polskiej.
Prezentowane wyniki po raz pierwszy potwierdzają, że powtarzalna mutacja genu SERPINI2 jest czynnikiem przyczynowym raka piersi u Polek. Niniejszy wynalazek dotyczy również opcji zmiany postępowania medycznego w przypadku wykrycia rzeczonej mutacji genu SERPINI2 u zdrowej Polki. Identyfikacja mutacji genu SERPINI2 może być wskazaniem do wykonywania regularnych badań kontrolnych za pomocą badań obrazowych takich jak USG, MMG i ewentualnie MRI, mających na celu wczesne wykrycie raka piersi optymalnie na wczesnym etapie rozwoju, co wiąże się z lepszym rokowaniem. Proponowany schemat badań obejmuje coroczne USG piersi od 25 roku życia oraz MMG (ew. poszerzone o MRI) od 35 roku życia.
Przedstawiany w zgłoszeniu patentowym sposób dotyczy opracowania nowego markera ryzyka raka piersi. Wcześniej nikt nie badał i nie odkrył związku pomiędzy nosicielstwem mutacji SERPINI2 a ryzykiem raka piersi. Niniejszy wynalazek w oparciu o analizę kliniczną raków piersi w grupie nosicielek SERPINI2 przedstawia również sposoby postępowania medycznego, które mogą uchronić nosicielki
PL 237 867 B1 mutacji SERPINI2 przed zachorowaniem na raka i/lub rozpoznaniem raka na zaawansowanym etapie. Warunkiem zastosowania takiego postępowania medycznego jest identyfikacja specyficznej mutacji genu SERPINI2 za pomocą testu diagnostycznego opracowanego na podstawie niniejszego wynalazku. Tak więc, przedmiotem wynalazku jest sposób wykrywania genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do raka piersi, charakteryzujący się tym, że w próbce materiału genetycznego pobranej od pacjentki bada się obecność mutacji konstytucyjnej genu SERPINI2, przy czym korzystne jest, jeżeli pacjentka jest osobą pochodzenia polskiego. Jak ustalono w przykładzie 1 wynalazku w polskiej populacji mutacja powtarzalna genu SERPINI2 występuje z częstością 0,02%, a więc w Polsce żyje około 5 000 nosicielek tej mutacji konstytucyjnej SERPINI2.
Koszt testu opartego o wykrywanie wybranej zmiany SERPINI2 - mutacji charakterystycznej dla polskiej populacji, jest wielokrotnie mniejszy niż koszt pełnej analizy sekwencji genu, a czas badania nieporównywalnie krótszy. Taki test może być wykonywany w wielu laboratoriach bez konieczności stosowania skomplikowanego i kosztownego sprzętu. Obecność mutacji powtarzalnej genu SERPINI2 w polskiej populacji stwarza unikalną możliwość niezwykle efektywnej diagnostyki genetycznej (opartej o identyfikację tej zmiany DNA). Mutacja konstytucyjna genu SERPINI2 jest obecna u nosicieli od urodzenia. Identyfikacja takich mutacji stwarza możliwość wykrycia zagrożenia rakiem piersi na wiele lat przed zachorowaniem. Tak więc zastosowanie testu SERPINI2 stwarza możliwość objęcia kobiet zindywidualizowanym postępowaniem medycznym. Test według wynalazku można wykonać u kobiet, w których rodzinie występował rak piersi. Wykrycie mutacji SERPINI2 u kobiety byłoby wówczas wskazaniem do wykonywania regularnych badań okresowych piersi od 25 roku życia. Takie zindywidualizowane postępowanie medyczne najprawdopodobniej przyczyni się do wczesnego rozpoznania i leczenia tego nowotworu na wczesnych etapach rozwoju, gdy całkowite wyleczenie jest możliwe. Odpowiednie postępowanie medyczne (np. badania okresowe) zastosowane dzięki niniejszemu wynalazkowi powinno doprowadzić do zmniejszenia umieralności nosicielek mutacji SERPINI2 w Polsce.
P r z y k ł a d 1
A) Poszukiwanie mutacji genu SERPINI2 w grupie 144 kobiet z rakiem piersi z rodzin z agregacją tego nowotworu z polskiej populacji przez sekwencjonowanie eksomowe.
Aby określić spektrum mutacji genu SERPINI2 w polskiej populacji przeprowadzono pełne sekwencjonowanie tego genu w grupie 144 kobiet z rakiem piersi z rodzin z agregacją tego nowotwor u. Specyficznym celem sekwencjonowania było wykrycie mutacji powtarzalnych/założycielskich genu SERPINI2 charakterystycznych dla naszej populacji, których wykrycie następnie umożliwiłoby ocenę ryzyka raka piersi u nosicieli tych mutacji w badaniu asocjacyjnym w dużej grupie przypadków i kontroli. Badanie całej sekwencji kodującej genu SERPINI2, przeprowadzono za pomocą sekwencjonowania eksomowego.
B) Ustalanie korelacji pomiędzy obecnością mutacji skracającej białko SERPINI2 (delecja 8 bp), a ryzykiem raka piersi.
Aby ustalić ryzyko związane z występowaniem mutacji genu SERPINI2 (c.615_618delGAAA, c.622_623delGG, c.626_627delCA), przeprowadzono analizę występowania tej mutacji w grupie 13611 kobiet z inwazyjnym rakiem piersi, zdiagnozowanych w latach od 1996 do 2013 w 18 szpitalach w Polsce. Pacjentki nie były selekcjonowane pod względem historii rodzinnej zachorowań na nowotwory.
Kobiety, u których uprzednio wykryto jedną z trzech mutacji założycielskich genu BRCA1 (C61G, 4153delA i 5382insC), które stanowią około 90% wszystkich mutacji BRCA1 stwierdzanych w polskiej populacji, zostały wykluczone z badania (1). W 576 przypadkach stwierdzono jedną z trzech mutacji założycielskich genu BRCA1 (C61G lub 4153delA lub 5382insC) - przypadki te zostały wykluczone z dalszych analiz.
Ostatecznie oznaczanie obecności mutacji genu SERPINI2 wykonano w grupie 13 611 kobiet z rakiem piersi, u których nie stwierdzono mutacji genu BRCA1 (wiek rozpoznania od 18 do 92 lat, średnia wieku rozpoznania 53,2 lata). 6 973 raków zdiagnozowano wieku 50 lat lub poniżej a 6638 raków zdiagnozowano w wieku powyżej 50 lat.
Grupę kontrolną stanowiło 4702 kobiet w wieku 18-94 lat (średnia wieku 53 lat). Celem grupy kontrolnej było ustalenie częstości badanej mutacji w populacji zdrowych kobiet w Polsce. Kontrole te pochodziły z czterech źródeł. Pierwsza grupa to 979 kobiet z regionu Szczecina (w wieku 24-84 lat), sparowanych pod względem płci z pacjentkami z rakiem piersi zdiagnozowanymi w Szczecinie w latach 1996 oraz 2004. Druga grupa to 1707 kobiet (w wieku od 32 do 72), które brały udział w badaniach okresowych (USG i mammografia) w 8 ośrodkach w Polsce w latach 2009-2011. Trzecia podgrupa
PL 237 867 B1 kontrolna składała się z 1031 zdrowych kobiet z okolic Opola (przedział wiekowy 20-94) od których pobrano próbki krwi w latach 2012 i 2013. Czwarta seria zawierała 985 zdrowych kobiet (w wieku 50-66), które uczestniczyły w kolonoskopowym programie badań przesiewowych w latach 2007-2010.
Izolacja genomowego DNA
Od wszystkich pacjentek pobrano próbkę krwi obwodowej. Do probówek zawierających 1 ml 1 M wersenianu sodu pobierano 10 ml krwi obwodowej. W celu rozbicia błony komórkowej do próbek dodawano roztwór TKM (10 mM Tris-HCL, 10 mM KCL, 2 mM EDTA, 4 mM MgCL) i 1 ml Igepal (SIGMA). Następnie próbkę wirowano w temp. 20°C przez 10 minut przy 3400 obr./min. (w wirówce Eppendorf 5810R). Po odwirowaniu zlewano supernatant zostawiając osad leukocytów, który następnie zalewano roztworem TKM i rozbijano ręcznie. Powstałą mieszaninę wirowano przy 3400 obr. w temp. 20°C przez 5 minut. Supernatant zlewano a powstały osad przepłukiwano dwu krotnie roztworem TKM. Następnie dodawano 0,5 ml 10% SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) i całość mieszano pipetą Pasterowską. W następnym etapie w celu rozbicia kompleksów białko-DNA próbkę inkubowano w łaźni wodnej w temperaturze 60°C przez 7 minut. Białko z roztworu wytrącano dodając 1 ml 5 M NaCl. Tak przygotowaną mieszaninę wirowano w temp. 20°C, przy 9900 obr/min przez 25 minut. Powstały supernatant przenoszono do odrębnej probówki. Z roztworu supernatantu wytrącano DNA dodając 10 ml 96% alkoholu etylowego. Wytrącony „kłaczek” DNA przenoszono do probówki i suszono w suszarce próżniowej przez 10 minut. DNA rozpuszczano w 200 μl TE (25 Mm Tris, HCL, 1Mm EDTA; pH 8,4) i przechowywano w 4°C.
Wykrywanie mutacji c.615 618delGAAA. c.622 623delGG. c.626 627delCA genu SERPINI2
Mutację wykrywano za pomocą techniki PCR czasu rzeczywistego z wykorzystaniem starterów
3167F: 5’-TTTGTTCTCAGAAGAGCCTTCATC; 3167r 5’-CAGAAAAGAGGACACACAGCTGA) oraz sond 3167del: 5’-TTGGAATTTTGACAGTAAATT i 3167wt 5’-TTGGAATTTTGACAGTTGA. Reakcje
PCR przeprowadzano w automatycznym termocyklerze (LightCycler® Real-Time PCR 480 System (Ro che Life Science). Mieszanina reakcyjna o objętości 5 μl zawierała: 1 μl (10ng) genomowego DNA, 0,0625 μl (Assay 80x) gotowego mixu starterów i sond (Applied Biosystems, Life Technologies), 2,5 μl mixu reakcyjnego (GoTaq Probe qPCR Master Mix 2X, Promega), uzupełnione do 5 μl wodą wolną od nukleaz. Analogicznie przygotowano kontrolę ujemną, która nie zawierała DNA.
Amplifikację przeprowadzano w następujących warunkach:
1. 95°C ^ 10 min
2. 95°C ^ 10 sec.
55°C ^ 30 sec.
72°C ^ 1 sec.
3. 40°C ^ 30 sec.
4. 60°C - 61 °C ^ 1 sec.
5. 40°C ^ 30 sec.
(zmiana temp. 4,8°C C/s) (zmiana temp. 4,8°C C/s) (zmiana temp. 2,5°C C/s) (zmiana temp. 4,8°C C/s) (zmiana temp. 2,5°C C/s) (zmiana temp. 0,06°C C/s) (zmiana temp. 2,5°C C/s)
Sekwencjonowanie eksomowe
Przeprowadzono sekwencjonowanie eksomowe 144 próbek DNA z zastosowaniem Illumina HiSeq2000 sekwenatora oraz Agilent SureSelect human exome kit wersja 5. Wykonano sekwencjonowania 200 tys. eksonów zawartych w ponad 20 000 genów za pomocą sekwencjonowania nowej generacji (whole exome sequencing - sekwencjonowanie cało-exomowe) 144 próbek ludzkiego DNA. Odczyty sekwencji eksomu (dla każdej próbki DNA) miały 90% pokrycie badanych regionów w stopniu 10x po wykluczeniu odczytów niskiej jakości (odczyty o średniej długość < 20 bp i długość odczytu < połowy średniej długości odczytu) oraz zduplikowanych odczytów. Dla każdego z 144 genomów oceniano sekwencję o długości, co najmniej 50 Mbp, która zawiera regiony kodujące opisane w bazach CCDS i RefSeq oraz w projekcie GENCODE, w tym pełen region kodujący genu SERPINI2.
Wyniki
W grupie 144 kobiet z rodzinną agregacją raków piersi, u których wykonano pełne sekwencjonowanie genu SERPINI2 stwierdzono jedną mutację zaburzającą długość białka SERPINI2. Była to delecja ośmiu nukleotydów w obrębie tego genu, która została wykryta u 3 niespokrewnionych osób w grupie 144 kobiet z rodzinną agregacją raków piersi.
Związek mutacji powtarzalnej genu SERPINI2 z ryzykiem raka piersi w naszej populacji oceniliśmy w badaniu asocjacyjnym obejmującym 13611 kobiet z rakiem piersi oraz 4702 kobiet zdrowych (kontroli). Mutacja ta została wykryta u 15 z 13611 kobiet z rakiem piersi (0.11%) oraz u 1 z 4702 kontroli (0.02%) (OR = 5.2; 95% CI: 0.7 - 39; p = 0.1). Częstość mutacji w grupie 1840 przypadków rodzinnych
PL 237 867 Β1 (z grupy przypadków kolejnych) wynosiła 5/1840 (0,27%), a więc była wyższa niż w grupie kontrolnej kobiet zdrowych (OR = 12,8; 95% Cl: 1,5-109; p = 0.01). Wyniki te sugerują, że mutacja genu SERPINI2 predysponuje do raka piersi w polskiej populacji.
Wyniki te po raz pierwszy sugerują, że mutacja skracająca białko SERPINI2 może wiązać się z około 5-krotnie zwiększonym ryzykiem zachorowania na raka piersi. W przypadkach rodzinnych agregacji raka piersi ryzyko to może być wyższe, zwiększono około 12-krotnie.
Claims (3)
1. Sposób wykrywania genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do raka piersi, znamienny tym, że w próbce materiału genetycznego pobranej od pacjentki bada się obecność mutacji c.615_618delGAAA, c.622_623delGG i c.626_627delCA genu SERPINI2, przy czym stwierdzenie obecności tych zmian świadczy o genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do raka piersi u badanej pacjentki.
2. Sposób według zastrz. 1, znamienny tym, że bada się obecność mutacji konstytucyjnych genu SERPINI2 u kobiety, niezależnie od historii rodzinnej zachorowań na nowotwory.
3. Zastosowanie mutacji w obrębie genu SERPINI2 do wykrywania in vitro genetycznie uwarunkowanej predyspozycji do raka piersi, przy czym mutacjami tymi są mutacje c.615_618deIGAAA, c.622_623delGG i c.626_627delCA genu SERPINI2.
Rysunek
CAATGCTAGCACAGGTAAGCCCTGCTTTAGTATCCAAAAGTAGAGTAAAA TTTCCAAATACATTTGTATTTTCATTTGTGTCAATAGACTTTTCAAGTAT TTGTTACCTTTCAGCTGACTGCTCAAATTCCTATGTGAGTGGAAACGTAA GAACT CGTATAATAAAATAACAT CACCAACC TAGGGAGGC T TAT T T CTAC TTCCTCTTCTTGCATCTCAGAGAGCCATTTTAGGATTTGTTGAGCAGTAA TTAGTTTTTCCACTTCTTCTATATCCATACCTTCTGCAGGAAGTATGATA ATTAAGCTAAATTCATCACCTTTGTAAGACAATTCTAAAACTTGGTAGTT CAGGGAAGAT T CAGAAAAATAACC T GGAATAGACAAAATAAAAT AT CAAA TATAC T T GGCAAT T C T CAAGAC TAT GC T TAGGAACT GTGGTTTCT CACAT TACCATATTTTGTTCTCAGAAGAGCCTTCATCATTGGAATTTTGACAGT[T G/-]AA[CC/-]ATT[TTTC/-]TTAGTAAAATTTATCAGCTGTGTGTCCTCTTTTCTGAA TTTCTGTTTCCAATCTCCTTTGAAATAAATAGCATTCACCAGGACAAGCC GAGTCAGAGGGCCAAATTCTTCCCCTGAAAACATGTCTTTAATTTTTCCT AGGAAGTGGGTGGAGGAGGAGGTAAGAAGAAATGTGCAATAGTGATTCAG
T GGAAT T GC T T T GAATAGAAT TAAAGCAAAAGT G T C T T T T GCAGAT CAG T TTTGGATAGGGCATGTTATCATCTAAATATGGTAATTTTGAGAATAGACG GGATTGCTGTTAAATATTTCATGAAGAAACAGGTGCAAATGGAATTTCAC TACGAAAT TAGAAATATGAGACT G T T T TAGGCAAAC T CAGATATACCTAG AC T C T C CAATAAGAT CAT T T GTAAC CAT T GTAT G T CAGACATAAAGAATA AAAATAT TACTTCTTCCATATTTACTGGTATTATTCCATCTATTT CAAGG
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL417681A PL237867B1 (pl) | 2016-06-22 | 2016-06-22 | Sposób i zastosowanie do wykrywania zwiększonego ryzyka raka piersi przez badanie mutacji genu SERPINI2 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| PL417681A PL237867B1 (pl) | 2016-06-22 | 2016-06-22 | Sposób i zastosowanie do wykrywania zwiększonego ryzyka raka piersi przez badanie mutacji genu SERPINI2 |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| PL417681A1 PL417681A1 (pl) | 2018-01-03 |
| PL237867B1 true PL237867B1 (pl) | 2021-06-14 |
Family
ID=60787996
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| PL417681A PL237867B1 (pl) | 2016-06-22 | 2016-06-22 | Sposób i zastosowanie do wykrywania zwiększonego ryzyka raka piersi przez badanie mutacji genu SERPINI2 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| PL (1) | PL237867B1 (pl) |
-
2016
- 2016-06-22 PL PL417681A patent/PL237867B1/pl unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| PL417681A1 (pl) | 2018-01-03 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| ES2367280T3 (es) | Métodos para evaluar estados patológicos usando arn extracelular. | |
| BR112020023587A2 (pt) | método para determinar um perfil de fragmentação de dna livre de células (cfdna), método para identificar um mamífero como tendo câncer, método de identificação do tecido de origem de um câncer e método para tratar um mamífero com câncer | |
| JP2003516161A (ja) | 核酸検出のための方法 | |
| CN105671181B (zh) | 用于检测肺癌的基因标志物、引物、探针及试剂盒 | |
| KR102067607B1 (ko) | Y 염색체 메틸화 사이트의 전립선암 진단 마커로써의 응용 | |
| JP2022517456A (ja) | 臓器健康および疾患をモニタリングするための方法およびシステム | |
| Li et al. | Assessment of ctDNA in CSF may be a more rapid means of assessing surgical outcomes than plasma ctDNA in glioblastoma | |
| Ligon et al. | Identification of female carriers for Duchenne and Becker muscular dystrophies using a FISH-based approach | |
| EP3368684B1 (en) | Biomarker for breast cancer | |
| CN110283910B (zh) | 目标基因dna甲基化作为分子标志物在制备判别结直肠组织癌变进展试剂盒中的应用 | |
| Mosca et al. | Cell-free DNA in the plasma of patients with systemic sclerosis | |
| CN102159728A (zh) | 乳腺癌转移的判断方法及血清的评价方法 | |
| US20110097271A1 (en) | Colon Cancer Associated Transcript 1 (CCAT1) As A Cancer Marker | |
| PL237867B1 (pl) | Sposób i zastosowanie do wykrywania zwiększonego ryzyka raka piersi przez badanie mutacji genu SERPINI2 | |
| US9777334B2 (en) | Cancer blood test using BC200 RNA isolated from peripheral blood for diagnosis and treatment of invasive breast cancer | |
| JP2002272497A (ja) | 癌の診断方法、およびその診断用ベクター | |
| EP2368117A1 (en) | Method for detection of autoimmune diseases | |
| US20220290249A1 (en) | Colorectal cancer diagnostic marker, method for assisting diagnosis of colorectal cancer, method for collecting data for diagnosis of colorectal cancer, colorectal cancer diagnostic kit, therapeutic agent for colorectal cancer, method for diagnosing colorectal cancer, and method for treating colorectal cancer | |
| RU2665965C1 (ru) | Способ скрининга злокачественных новообразований у человека | |
| Banerji et al. | A circulating biomarker of facioscapulohumeral muscular dystrophy clinical severity, valid in skeletal muscle and blood | |
| Urbanova et al. | Two Czech patients with familial adenomatous polyposis presenting mosaicism in APC gene | |
| KR102783617B1 (ko) | miRNA를 이용한 대퇴골두 무혈성 괴사증의 진단방법 | |
| Foddis et al. | Ide copy number variant does not influence lesion size and mortality in two C57BL/6J mouse models of cerebrovascular ischemia nor in human cerebrovascular disease. An exploratory study | |
| RU2650994C1 (ru) | Способ прогнозирования риска развития генитального эндометриоза | |
| Mehvari et al. | P292: Contribution of rare variants in the development of familial premature coronary artery disease in a cohort of cardiac patients |