MX2014014535A - Loci de resistencia a enfermedades en la cebolla. - Google Patents

Abstract

La presente descripción se proporciona para plantas de cebolla únicas con resistencia a enfermedades y color de bulbo deseable y su progenie; dichas plantas pueden comprender un QTL introgresado asociado con resistencia a múltiples enfermedades acoplada con un color de bulbo deseable; en ciertos aspectos, composiciones, que incluyen distintos marcadores moleculares polimórficos, y métodos para la producción, reproducción, identificación, selección, y los tipos de plantas o plasma germinal con resistencia a enfermedades y/o color de bulbo deseable se proporcionan.

Description

LOCI DE RESISTENCIA A ENFERMEDADES EN LA CEBOLLA REFERENCIA CRUZADA CON SOLICITUDES RELACIONADAS Esta solicitud reclama el beneficio de la Solicitud Provisional de Estados Unidos No. 61/909,883 presentada el 27 de noviembre de 2013, incorporada aquí mediante referencia en su totalidad.

CAMPO DE LA INVENCIÓN La presente invención se refiere al campo de la agricultura y, más concretamente, a los métodos y composiciones para producir plantas de cebolla con resistencia a la enfermedad combinada con un color del bulbo favorable.

INCORPORACIÓN DEL LISTADO DE SECUENCIAS El listado de secuencias que está contenida en el archivo llamado "SEMB012US_ST25.txt", que es de 61.3 kilobytes medido en el sistema operativo Microsoft Windows y fue creado el 20 de noviembre de 2014, es presentado electrónicamente con la presente e incorporado aquí por referencia.

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN La resistencia a las enfermedades vegetales es una característica importante en la reproducción vegetal, particularmente para la producción de cultivos alimentarios. Enfermedades económicamente importantes que afectan a las plantas de cebolla incluyen pudrición basal Fusarium (Fusarium oxysporum f. Ssp. cepae) y raíz rosa (Phoma terrestris), entre otros. Estas enfermedades pueden ocasionar pérdida de plantas, que afecta a los cultivos comerciales de cebolla. Los esfuerzos de reproducción de plantas han resultado en muchas variedades de cebolla que son resistentes a la enfermedad, pero esos esfuerzos en muchos casos han sido complicados por cuestiones como el acoplamiento genético, ensayos fenotípicos inadecuados y herencia compleja o mal entendida de las características.

BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN En un aspecto, la invención proporciona una planta de cebolla que comprende resistencia a la pudrición basal Fusarium y raíz rosa, en donde la planta además comprende la falta de la característica rosa complementaria. En una modalidad, la planta de cebolla comprende un enlace acoplado-cis con resistencia a pudrición basal Fusarium conferida por la región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo de enlace 2 (LG2), resistencia a la raíz rosada conferida por dicha región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en el grupo de enlace 2 (LG2), y falta del color del bulbo rosa complementario conferido por dicha región genómica de cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el enlace del grupo 2 (LG2). En otra modalidad, el enlace acoplado-cis es introgresado en una variedad de cebolla seleccionada del grupo formado por amarillo América del norte y amarillo Universal. En otra modalidad, la invención proporciona una parte de una planta de cebolla que comprende la resistencia a la pudrición basal Fusarium y raíz rosa, en donde la planta además está compuesta por la falta del característica rosa complementaria, en donde la parte de una planta además se define como polen, un óvulo, una hoja, un embrión, una raíz, una punta de la raíz, una antera, una flor, un bulbo, un tallo, un brote, una semilla, un protoplasto, una célula y un callo. En aún otras modalidades, la planta de cebolla es una línea selecta agronómicamente, o un híbrido o un endógamo.

En un aspecto, la invención proporciona una planta de cebolla que comprende en su genoma al menos un locus de alelo introgresado, en dicho locus de alelo introgresado comprende: una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo 2 de enlace (LG2), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en el grupo 2 de enlace (LG2), que confiere resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el grupo 2 de enlace (LG2) confiriendo la falta del color del bulbo rosa complementario; una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0258523 (SEQ ID NO: 30) y NQ0345206 (SEQ ID NO: 36) en grupo de enlace 3 (LG3), confiere resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de cebolla definida por los loci NQ 0345564 (SEQ ID NO: 38) y NQ0257917 (SEQ ID NO: 63) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0344978 (SEQ ID NO: 49) y NQ0344766 (SEQ ID NO: 55) en grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258361 (SEQ ID NO: 37) y NQ0344778 (SEQ ID NO: 61) en el grupo de enlace 4 (LG4) confiriendo la producción o la inhibición del color del bulbo; o una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257378 (SEQ ID NO: 64) y NQ0345734 (SEQ ID NO: 74) en el grupo de enlace 6 (LG6) confiriendo un color del bulbo de pigmento rojo; o una progenie de planta de estas. En una modalidad, la planta de cebolla comprende un enlace acoplado-cis con resistencia a la pudrición basal Fusarium (FBR) otorgada por dicha región genómica de cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo de enlace 2 (LG2), resistencia a raíz rosada conferida por la región genómica de cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en el grupo de enlace 2 (LG2), y falta del color del bulbo rosa complementario otorgado por dicha región genómica de cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el grupo de enlace 2 (LG2). En otra modalidad, el enlace acoplado-cis es introgresado en una variedad de cebolla seleccionada del grupo formado por amarillo América del norte y amarillo Universal. En otra modalidad, una parte de la planta de cebolla se define como polen, un óvulo, una hoja, un embrión, una raíz, una punta de raíz, una antera, una flor, una bulbo, un tallo, un brote, una semilla, un protoplasto, una célula y un callo. En otras modalidades, la planta de cebolla es una línea agronómicamente selecta o un híbrido o un endógamo.

En otro aspecto, la invención proporciona un método de detección en al menos una planta de cebolla un genotipo asociado con resistencia a enfermedades o color del bulbo, el método que comprende el paso de: (i) detectar en por lo menos una planta de cebolla un alelo de por lo menos un ácido nucleico polimórfico que se asocia con resistencia a enfermedades o color del bulbo, en donde el ácido nucleico polimórfico está en o genéticamente enlazado a: una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en ei grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el grupo de enlace 2 (LG2) confiriendo al falta del color del bulbo rosa complementario; una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258523 (SEQ ID NO: 30) y NQ0345206 (SEQ ID NO: 36) en el grupo de enlace 3 (LG3), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345564 (SEQ ID NO: 38) y NQ0257917 (SEQ ID NO: 63) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0344978 (SEQ ID NO: 49) y NQ0344766 (SEQ ID NO: 55) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258361 (SEQ ID NO: 37) y NQ0344778 (SEQ ID NO:61) en el grupo de enlace 4 (LG4) confiriendo la producción o la inhibición del color del bulbo; o una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257378 (SEQ ID NO: 64) y NQ0345734 (SEQ ID NO: 74) en el grupo de enlace 6 (LG6) confiriendo un color del bulbo del pigmento rojo. En una modalidad, el método además comprende el paso de: (¡i) seleccionar al menos una planta de cebolla en donde se ha detectado un genotipo asociado con la resistencia a la enfermedad o color del bulbo. En otras modalidades, la planta de cebolla es una línea agronómicamente selecta o un híbrido o un endógamo o una planta de progenie resultante de la cruza de por lo menos una planta de origen que comprende la resistencia a las enfermedades.

En otro aspecto, la invención proporciona un método para producir una planta de cebolla que comprende en su genoma por lo menos un locus asociado con resistencia a enfermedades o color del bulbo, el método que comprende: (i) cruzar una primera planta de cebolla que carece de un locus asociado con color de bulo o resistencia a la enfermedad con una segunda planta de cebolla que comprende un locus asociado con la resistencia a la enfermedad o color del bulbo definido por: una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el grupo de enlace 2 (LG2) confiriendo la falta del color del bulbo rosa complementario; una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258523 (SEQ ID NO: 30) y NQ0345206 (SEQ ID NO: 36) en el grupo de enlace 3 (LG3), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345564 (SEQ ID NO: 38) y NQ0257917 (SEQ ID NO: 63) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0344978 (SEQ ID NO: 49) y NQ0344766 (SEQ ID NO: 55) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258361 (SEQ ID NO: 37) y NQ0344778 (SEQ ID NO:61) en el grupo de enlace 4 (LG4) confiriendo la producción o la inhibición del color del bulbo; o una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257378 (SEQ ID NO: 64) y NQ0345734 (SEQ ID NO: 74) en el grupo de enlace 6 (LG6) confiriendo un color del bulbo del pigmento rojo; (ii) detectar en la progenie resultante de dicho cruce al menos un primer locus polimórfico en o geneticamente enlazado a dicho locus asociado con resistencia a enfermedades o color del bulbo; y (iii) seleccionar una planta de cebolla que comprende dicho polimorfismo y dicho locus asociado a resistencia a la enfermedad o color de bulbo. En una modalidad, el método además comprende el paso de: (iv) cruzar la planta de cebolla del paso (iii) con sí mismo u otra planta de cebolla para producir una generación posterior. En otra modalidad, los pasos (iii) y (iv) se repiten cerca de 3 veces hasta cerca de 10 veces. En otra modalidad, la planta de cebolla comprende resistencia a la pudrición basal Fusarium (FBR) otorgada por dicha región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo de enlace 2 (LG2), resistencia a la raíz rosada conferida por dicha región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en el grupo de enlace 2 (LG2), y falta del color del bulbo rosa complementario otorgado por dicha región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el grupo de enlace 2 (LG2). En otras modalidades, la planta de cebolla es una línea agronómicamente selecta o un híbrido o un endógamo.

Otro aspecto de la invención proporciona un método de reproducción de la planta de cebolla, el método que comprende ios pasos de: (i) seleccionar por lo menos una primera planta de cebolla que comprende al menos un alelo de un ácido nucleico polimórfico que ésta en, o genéticamente enlazado a un QTL asociado con la resistencia a la enfermedad o color del bulbo, en donde los mapas QTL a: una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el grupo de enlace 2 (LG2) confiriendo la falta del color del bulbo rosa complementario; una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258523 (SEQ ID NO: 30) y NQ0345206 (SEQ ID NO: 36) en un grupo de enlace 3 (LG3), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0345564 (SEQ ID NO: 38) y NQ0257917 (SEQ ID NO: 63) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0344978 (SEQ ID NO: 49) y NQ0344766 (SEQ ID NO: 55) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258361 (SEQ ID NO: 37) y NQ0344778 (SEQ ID NO: 61) en el grupo de enlace 4 (LG4) confiriendo la producción o la inhibición del color del bulbo; o una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257378 (SEQ ID NO:64) y NQ0345734 (SEQ ID NO: 74) en el grupo de enlace 6 (LG6) confiriendo un color del bulbo del pigmento rojo; (ii) cruzar la primera planta de cebolla con sí misma o una segunda planta de cebolla para producir plantas de cebolla de progenie que comprende el QTL asociado con resistencia a enfermedades o color del bulbo. En una modalidad, por lo menos un ácido nucleico polimórfico que geneticamente está enlazado a dicho QTL asociado con resistencia a enfermedades o mapas del color del bulbo dentro de 40 cM, 20 cM, 15 cM, 10 cM, 5 cM o 1 cM de dicho QTL asociado con la resistencia a enfermedades o color del bulbo.

En otro aspecto, la invención proporciona un método de introgresión de un alelo en una planta de cebolla, el método que comprende: (i) genotipar por lo menos una planta de cebolla en una población con respecto a por lo menos un ácido nucleico polimórfico situado en o genéticamente enlazado a: una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el grupo de enlace 2 (LG2) confiriendo la falta del color del bulbo rosa complementaria; una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0258523 (SEQ ID NO: 30) y NQ0345206 (SEQ ID NO: 36) en el grupo de enlace 3 (LG3), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0345564 (SEQ ID NO: 38) y NQ0257917 (SEQ ID NO: 63) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0344978 (SEQ ID NO: 49) y NQ0344766 (SEQ ID NO: 55) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0258361 (SEQ ID NO: 37) y NQ0344778 (SEQ ID NO: 61) en el grupo de enlace 4 (LG4) confiriendo la producción o la inhibición del color del bulbo; o una región genómica de cebolla definida por los loci NQ0257378 (SEQ ID NO: 64) y NQ0345734 (SEQ ID NO:74) en el grupo de enlace 6 (LG6) confiriendo un color del bulbo del pigmento rojo; (ii) seleccionar de la población por lo menos una planta de cebolla que comprende al menos un alelo asociado con resistencia a enfermedades o color del bulbo. En algunas modalidades, la planta de cebolla es una línea agronómicamente selecta o un híbrido o un endógamo. En otra modalidad, la invención proporciona una planta de cebolla obtenida por tales métodos.

En otro aspecto, la invención proporciona una planta de cebolla que comprende resistencia a la pudrición basal Fusarium y raíz rosa, en donde la planta además comprende la falta del característica rosa complementaria.

BREVE DESCRIPCIÓN DEL LISTADO DE SECUENCIAS SEQ ID NOs: 1-74 - secuencias de marcador utilizadas para la selección asistida por marcadores (MAS) de fenotipos de color de bulbo y resistencia a la enfermedad en la cebolla.

SEQ ID NOs: 75-115 - secuencias de sondas marcadas con VIC utilizadas para ensayos de Taqman®.

SEQ ID NOs: 116-156 - secuencias de sondas marcadas con FAM utilizadas para ensayos de Taqman®.

SEQ ID NOs: 157-197 y 239-240 - secuencias de iniciadores directos utilizados para ensayos de Taqman®.

SEQ ID NOs: 198-238 - secuencias de iniciadores inversos utilizados para ensayos de Taqman®.

DESCRIPCION DETALLADA DE LA INVENCION La presente invención proporciona metodos y composiciones para producir plantas de cebolla resistentes a las enfermedades que exhiben resistencia a la pudrición basal Fusarium (FBR), causado por el hongo patógeno Fusarium oxysporum f. sp. cepae y/o raíz rosada (PR), causada por el hongo patógeno Phoma terrestris; mientras que tambien exhibe un color de bulbo agronómicamente deseables (por ejemplo amarillo), conferido por la falta de un característica llamada rosas complementarias (CP) y/o un locus de color de bulbo identificado en este documento. Métodos de reproducción y selección de líneas de cebolla resistentes a las enfermedades son además proporcionados, así como las plantas y partes de plantas de esas cebollas resistentes a las enfermedades. También se ha descrito en este documento marcadores moleculares enlazados a locus de características cuantitativas "(QTL) contribuyendo a dicha resistencia a las enfermedades de las plantas. Estos marcadores facilitan el uso de estos locus individualmente o en cualquier combinación deseada de locus.

Sorprendentemente, los inventores han sido capaces de desarrollar métodos y composiciones que permiten, por primera vez, la producción eficiente de plantas de cebolla con resistencia a enfermedades específicas, mientras que al mismo tiempo evita o minimiza la característica indeseable de color de bulbo CP, lo cual se ha asociado con estos locus de resistencia a la enfermedad. Tales características anteriormente han estado disponibles para la combinación en una planta de cebolla sola sin el enlace deletéreo de los loci de resistencia a la enfermedad y la característica CP indeseable. La presente invención permite la producción de una planta de cebolla que posee una característica de resistencia deseada de la enfermedad tal como se describe en este documento sin un alelo enlazado genéticamente causando la característica de CP. La capacidad de combinar estas características en una planta de cebolla sola es el resultado de la ruptura del enlace entre la característica de resistencia a la enfermedad y la presencia de CP. En una modalidad de la presente invención, se puede lograr romper el enlace entre dos características por repetidos eventos meióticos (es decir, recombinación) para producir plantas con ambas características deseadas. Así, una modalidad de la presente invención proporciona una planta de cebolla que comprende la resistencia a enfermedades y un color del bulbo deseado, en donde el color del bulbo deseado es el resultado de la ausencia de un alelo confiriendo CP.

La invención representa un avance significativo en la téenica que proporciona, en ciertas modalidades, métodos y composiciones que permiten introgresión o resistencia a las enfermedades seleccionadas y combinaciones de enfermedades en un fondo genético comercialmente deseable. En modalidades específicas de la invención, un QTL que confiere resistencia a por lo menos una enfermedad que incluye, sin limitarse a FBR y PR, y que carece de CP y/o proporciona un color de bulbo deseable, es identificado y definido por el intervalo de mapa delimitado por las posiciones en el genoma de cebolla que corresponde a NQ0345038 (SEQ ID NO:3) y NQ0257326 (SEQ ID NO:23) en grupo de enlace 2 (LG 2); NQ0257277 (SEQ ID NO:22) y NQ0258453 (SEQ ID NO:27) en grupo de enlace 2 (LG 2); NQ0257220 (SEQ ID NO:26) y NQ0257692 (SEQ ID NO:29) en grupo de enlace 2 (LG 2); NQ0258523 (SEQ ID NO:30) y NQ0345206 (SEQ ID NO:36) en grupo de enlace 3 (LG 3); NQ0345564 (SEQ ID NO:38) y NQ0257917 (SEQ ID NO:63) en grupo de enlace 4 (LG 4); NQ0344978 (SEQ ID NO:49) y NQ0344766 (SEQ ID NO:55) en grupo de enlace 4 (LG 4); NQ0258361 (SEQ ID NO:37) y NQ0344778 (SEQ ID N0:61) en grupo de enlace 4 (LG 4); o NQ0257378 (SEQ ID NO:64) y NQ0345734 (SEQ ID NO:74) en grupo de enlace 6 (LG6). La invención además proporciona una planta de cebolla que comprende uno o más QTL que confieren resistencia a enfermedad, junto con un color de bulbo deseable, en donde el color del bulbo deseable puede conferirse por ausencia de CP o por otro locus de color de bulbo descrito aquí. En una modalidad, el color del bulbo deseable de acuerdo con la invención puede conferirse por falta de locus CP, un gen en la ruta de biosíntesis de antocianinas, un gen de dihidroflavanol 4-reductasa (DFR), u otros genes o locus conocidos en la teenica que confieren un color de bulbo deseado. De acuerdo con la presente invención, marcadores dentro de los intervalos QTL definidos aquí pueden utilizarse para identificar plantas resistentes a las enfermedades. En una modalidad específica, eventos de acoplamiento cis novedosos tal como se describe aquí pueden combinarse juntos en un solo haplotipo de un grupo de enlace, por ejemplo en LG2, para producir plantas con resistencia a enfermedades junto con características adicionales deseadas.

A través del uso de los marcadores correspondientes proporcionados aquí y/u otros marcadores que puedan estar enlazados al mismo, una persona con experiencia en la técnica usa marcadores genéticos para ¡ntrogresar y combinar características de resistencia a enfermedad ("pila") o de otras características deseables en las líneas de cebolla comercialmente relevantes. En una modalidad específica, plantas de cebolla de acuerdo con la invención pueden ser cruzadas para producir plantas de cebolla híbridas o variedades que comprenden las características deseadas.

De acuerdo con la invención, resistencia a las enfermedades identificadas QTL puede ser introgresada en cualquier fondo genético de cebolla. En una modalidad, las líneas de cebolla que comprenden un color de bulbo comercialmente favorable, tal como un bulbo amarillo, incluyendo amarillo América del norte o amarillo Universal, por ejemplo, puede usarse para introgresión de QTL que confiere resistencia a enfermedades combinada con cualquier característica deseable adicional tal como el color de bulbo y/o falta de CP. Por lo tanto, utilizando los métodos de la invención y a partir de cualquiera de las fuentes genéticas identificadas aquí o disponibles en la téenica, una planta de cebolla de cualquier genotipo puede producirse tal que comprende además la resistencia a enfermedades deseada, incluyendo FBR y PR, acoplada con cualquier característica adicional. Además, dichas plantas pueden prepararse para comprender otras características deseadas, por ejemplo características agronómicas selectas.

Ciertas modalidades además proporcionan métodos de detección en una planta de cebolla de un genotipo asociado con resistencia a enfermedades, que puede ser acoplada con un color de bulbo deseado. Ciertas modalidades también proporcionan métodos de identificación y selección de una planta de cebolla que comprende en su genoma un genotipo asociado con la resistencia a enfermedad acoplado con un color de bulbo deseado. Modalidades adicionales proporcionan metodos de producción de una planta de cebolla que comprende en su genoma al menos un locus introgresado asociado con la resistencia a enfermedad acoplada con un color de bulbo deseado y métodos para introgresión tal como alelos en una variedad de cebolla dado. Las plantas de cebolla y sus partes hechas por cualquiera de dichos métodos son también proporcionados para, así como secuencias de ácido nucleico polimórficas que pueden utilizarse en la producción e identificación de dichas plantas. En una modalidad, la invención proporciona un producto alimenticio que comprende una planta de cebolla o un bulbo u otra parte de la planta de dicha planta.

Proporcionando los marcadores para obtener un fenotipo de interés, tales como resistencia a enfermedades, o resistencia a enfermedades acoplada con un color de bulbo deseado, la Invención resulta en un ahorro significante que permite reemplazar los ensayos fenotipados costosos, que consumen tiempo y potencialmente poco fiables. Además, los programas de reproducción pueden diseñarse explícitamente para manejar la frecuencia de fenotipos específicos favorables al dirigir los genotipos particulares. La fidelidad de estas asociaciones puede ser monitoreada continuamente para asegurar la capacidad predictiva mantenida y decisiones de reproducción informada.

De acuerdo con la invención, una persona con experiencia en la téenica puede identificar una fuente de plasma germinal candidato que posee un fenotipo de resistencia a enfermedades deseable acoplado con un fenotipo de color de bulbo deseado como se describe aquí. Las técnicas de la presente invención pueden utilizarse para identificar fenotipos resistentes a enfermedades deseables acoplados con un color de bulbo deseado al identificar marcadores genéticos asociados con dicho fenotipo o fenotipos, o dichas técnicas pueden emplear ensayos fenotípicos para identificar las plantas deseadas ya sea solas o en combinación con los ensayos genéticos, con lo cual identifican también un genotipo marcador asociado con la característica que puede ser utilizada para la producción de nuevas variedades con los métodos descritos aquí.

La invención proporciona para la introgresión de al menos un primer locus que confiere resistencia a enfermedades acoplada con un color de bulbo deseado en un fondo genético determinado. La producción de cebolla exitosa depende de atención a varias prácticas hortícolas. Estos incluyen el manejo de suelo con especial atención a la correcta fertilización, establecimiento de cultivo con espaciamiento adecuado, control de malezas y la introducción de abejas u otros insectos para la polinización, irrigación y manejo de plagas. Se pueden establecer los cultivos de cebolla de semillas o bulbos de arranque, entre otros métodos conocidos en la técnica. Los bulbos de inicio pueden resultar en un cultivo más temprano en comparación con un cultivo producido a partir de la siembra directa.

Desarrollo de las plantas de cebolla con resistencia a enfermedades acoplada con un color de bulbo deseado La presente descripción identifica locus de características cuantitativas (QTL) con mejor influencia en la resistencia a enfermedades de las plantas de cebolla y QTL con mejor influencia en el color del bulbo, así como marcadores geneticamente enlazados y predictivos de dichos locus que pueden utilizarse para el seguimiento y la ¡ntrogresión de los QTL en plasma germinal deseable, tal como por la selección asistida por marcadores (MAS) y/o retrocruzamiento asistido por marcadores. La invención también se proporciona para la ¡ntrogresión de un solo locus que confiere resistencia a enfermedades acoplada con un color de bulbo deseable. Dicho color de bulbo deseable puede ser conferido por un locus de color de bulbo como se describe aquí o conocido en la téenica o por la falta de un locus para CP. Una planta de cebolla de la presente invención también puede ser producida por ¡ntrogresión de uno o más QTL que confiere la resistencia a enfermedades en una planta de cebolla que comprende un color de bulbo deseado para producir una planta de cebolla con resistencia a enfermedades y color de bulbo deseado.

Como se describe en los ejemplos, se identifican cinco QTL para resistencia a las enfermedades a FBR y PR, junto con tres locus que controlan el color del bulbo y/o CP. Uno de estos locus de color se encuentra que se localizan con un marcador en un gen candidato desde la ruta de biosíntesls de antocianinas. El principal efecto QTL para FBR y PR localizados en una región similar en LG2, donde uno de los loci para rosas complementarios tambien se ha localizado. Estos resultados de mapeo verifican un enlace de FBR, PR y características CP, y porque ha sido difícil combinar la resistencia de estas enfermedades sin CP durante la reproducción de cebolla. Los intervalos de QTL y marcadores para estas características de enfermedad ahora pueden utilizarse para desarrollar nuevas líneas y variedades de cebolla. En una modalidad, los enlaces de cis-acoplamiento novedosos, por ejemplo en LG2 como se describe aquí, permite la combinación de resistencia a las enfermedades en las líneas de cebolla donantes tal como amarillo de América del norte y amarillo Universal, entre otros.

La presente invención contempla el seguimiento y la introducción de dicho QTL y cualquier combinación de los mismos en un fondo genético determinado. Una persona con experiencia en la téenica comprenderá que la resistencia a una o más enfermedades atribuidas por este QTL puede ser introgresado desde un genotipo a otro mediante un locus descrito aquí vía MAS. En consecuencia, se puede seleccionar una fuente de plasma germinal de cebolla que tiene resistencia a una o más enfermedades. Usando este QTL, un criador puede seleccionar una planta de cebolla con resistencia a las enfermedades o con resistencia a la enfermedad acoplado con un color de bulbo deseable, o rastrear dichos fenotipos durante la reproducción usando MAS para la región descrita aquí. Proporcionado con la presente descripción, una persona con experiencia en la técnica puede introducir resistencia a una o más enfermedades acopladas con el color de bulbo deseado en cualquier fondo genético.

QTL identificado aquí puede usarse para MAS para resistencia a una o más enfermedades acopladas con un color de bulbo deseado en cebolla. Este descubrimiento de un QTL asociado con la resistencia a las enfermedades acoplada con un color de bulbo deseado puede facilitar el desarrollo de las plantas de cebolla comercialmente valiosas o sus variedades que tienen resistencia a múltiples enfermedades.

Para la mayoría de los objetivos de reproducción, los criadores comerciales pueden trabajar dentro de plasma germinal que se refiere a menudo como el "tipo cultivado" o "selecto". Este plasma germinal es más fácil de usar en la reproducción de planta porque generalmente funciona bien cuando se evalúa para rendimiento hortícola. La ventaja en el rendimiento de un tipo cultivado proporcionado es a veces compensada por una falta de diversidad alélica. Este es el compromiso de un criador que acepta cuando se trabaja con el plasma germinal cultivado - mejor rendimiento general, pero una falta de diversidad alélica. Los criadores generalmente aceptan esta compensación porque el progreso es más rápido cuando se trabaja con material cultivado que cuando se reproduce con fuentes genéticamente diversas.

En contraste, cuando un criador hace cruces intra-específicos, o cruces inter-específicos, se produce un intercambio inverso. En estos ejemplos, un criador típicamente cruza plasma germinal cultivado con un tipo no cultivado. En dichos cruces, el criador puede tener acceso a nuevos alelos del tipo no cultivado, pero debe superar el arrastre genético asociado con el donador de origen. Debido a la dificultad de esta estrategia de reproducción, este enfoque a menudo falla debido a problemas de fertilidad y fecundidad La dificultad con este enfoque de reproducción se extiende a muchos cultivos, y se ejemplifica con un fenotipo resistente a las enfermedades importante que primero se describe en tomate en 1944 (Smith, Proc. Am. Soc. Hort. Sci. 44:413-16). En este cruce, la resistencia a las enfermedades de nematodo se transfiere de L. peruvianum (Pl 128657) en un tomate cultivado. A pesar de la reproducción intensiva, no es hasta mediados de los años 1970 antes que los criadores pudieran superar la resistencia genética y liberar las líneas exitosas que llevan esta característica. De hecho, incluso hoy en día, los criadores de tomate entregan este gen de resistencia a las enfermedades a una variedad híbrida de sólo uno de los padres.

Hasta la fecha, el procedimiento de ¡ntrogresión de genes de resistencia novedosos en tipos comerciales aceptables es un procedimiento largo y a menudo arduo y puede ser difícil porque la característica puede ser poligénica, o tienen baja heredabilidad, o tienen arrastre de enlace o alguna combinación de ios mismos. Mientras algunos fenotipos están determinados por el genotipo en un locus, más variación observada en la naturaleza es continua. A diferencia de las características simplemente heredadas, la variación continua puede ser el resultado de la herencia poligénica, y puede ser difícil de rastrear. Los loci que afectan la variación continua se denominan como QTL. La variación en el fenotipo de una característica cuantitativa es el resultado de la composición alelica en QTL y el efecto ambiental. La heredabilidad de una característica es la proporción de la variación fenotípica atribuida a la varianza genética, que varía entre 0 y 1.0. Por lo tanto, una característica con heredabilidad cerca de 1.0 no es grandemente afectada por el ambiente. Aquellos con experiencia en la téenica reconocen la importancia de crear líneas comerciales con características hortícolas con alta heredabilidad porque estos cultivares permitirá a los agricultores producir un cultivo con especificaciones de mercado uniforme.

Región genómica, QTL, ácidos nucleicos polimórficos, v alelos asociados con resistencia a las enfermedades v color de bulbo favorable en cebolla Los marcadores útiles para la presente invención se pueden diseñar del genoma de cebolla. Duangjit et al. publicó el mapa genético públicamente disponible más reciente del genoma de cebolla (Theor Appl Genet 126 (8): 2093-2101, 2013). Los solicitantes han descubierto regiones genómicas, QTL, alelos, ácidos nucleicos polimórficos, marcadores enlazados y lo similar cuando están presentes en ciertas formas alélicas se asocian con resistencia a las enfermedades y color de bulbo favorable en cebolla. Utilizando los métodos descritos aquí, QTL se identifica en cebolla para resistencia a pudrición basal con Fusarium (FBR) y raíz rosada (PR), mientras que también exhibe un color de bulbo favorable. Las regiones genómicas asociadas con dichas características se ubican en el grupo de enlace de cebolla 2 (LG2) definido por locus NQ0345038 (SEQ ID NO:3) y NQ0257326 (SEQ ID NO:23); en LG2 definido por locus NQ0257277 (SEQ ID NO:22) y NQ0258453 (SEQ ID NO:27); en LG2 definido por locus NQ0257220 (SEQ ID NO:26) y NQ0257692 (SEQ ID NO:29); en LG3 definido por locus NQ0258523 SEQ ID NO:30) y NQ0345206 SEQ ID NO:36); en LG4 definido por locus NQ0345564 SEQ ID NO:38) y NQ0257917 SEQ ID NO:63); en LG4 definido por locus NQ0344978 SEQ ID NO:49) y NQ0344766 SEQ ID NO:55); en LG 4 definido por locus NQ0258361 SEQ ID NO:37) y NQ0344778 SEQ ID NO:61); o en LG6 definido por locus NQ0257378 SEQ ID NO:64) y NQ0345734 SEQ ID NO:74).

Ciertas de las varias modalidades de la presente descripción utilizan un QTL o marcador de ácido nucleico polimórfico o alelo situado en o dentro de dichas regiones genómicas. Los marcadores de flanqueo en LG2 que identifican a una región genómica asociada con resistencia a múltiples enfermedades o color de bulbo favorable incluyen NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29). Los marcadores de intervención en LG2 que identifican a una región genómica asociada con resistencia a múltiples enfermedades o color de bulbo favorable pueden incluir por lo menos cualquiera de SEQ ID NOs: 4-28. Los marcadores de flanqueo en LG3 que identifican a una región genómica asociada con resistencia a la enfermedad o color de bulbo favorable incluyen NQ0258523 (SEQ ID NO: 30) y NQ0345206 (SEQ ID NO: 36). Los marcadores de intervención en LG3 que identifican a una región genómica asociada con resistencia a la enfermedad o color de bulbo favorable pueden incluir por lo menos cualquiera de SEQ ID NOs: 31-35. Los marcadores de flanqueo en LG4 que identifican a una región genómica asociada con resistencia a múltiples enfermedades o color de bulbo favorable incluyen NQ0258361 (SEQ ID NO: 37) y NQ0257917 (SEQ ID NO: 63). Los marcadores de intervención en LG4 que identifican a una región genómica asociada con resistencia a múltiples enfermedades o color de bulbo favorable pueden incluir por lo menos cualquiera de SEQ ID NOs: 38-62. Los marcadores de flanqueo en LG6 que identifican a una región genómica asociada con resistencia a la enfermedad o color de bulbo favorable incluyen NQ0257378 (SEQ ID NO: 64) y NQ0345734 (SEQ ID NO: 74). Los marcadores de intervención en LG6 que identifican a una región genómica asociada con resistencia a la enfermedad o color de bulbo favorable pueden incluir por lo menos cualquiera de SEQ ID NOs: 65-73. Estas regiones genómicas, o sus subregiones, asociadas con resistencia a las enfermedades y/o color de bulbo favorable pueden ser descritas como que es flanqueado por o definido por cualquiera de los marcadores descritos aquí, aunque una persona con experiencia en la teenica reconocerá que los marcadores adicionales pueden usarse, también.

Los marcadores anteriores y estados alélicos son ejemplares.

Una persona con experiencia en la técnica podrá reconocer cómo identificar las plantas de cebolla con otros marcadores de ácido nucleico polimórficos y sus estados alélicos relacionados con resistencia a las enfermedades o color de bulbo deseable en cebolla consistente con la presente descripción. Una persona con experiencia en la téenica también sabría cómo identificar el estado alélico de otros marcadores de ácido nucleico polimórficos ubicados en las regiones genómicas o enlazadas a QTL u otros marcadores identificados aquí, para determinar su asociación con resistencia a las enfermedades o color de bulbo deseable en cebolla.

Una persona con experiencia en la técnica debe entender que ácidos nucleicos polimórficos que se ubican en las regiones genómicas identificadas pueden utilizarse en ciertas modalidades de los métodos de la invención. Teniendo en cuenta las disposiciones aquí de una región genómica, QTL y marcadores polimórficos identificados aquí, marcadores adicionales situados dentro o cerca de una región genómica descritos aquí que están asociados con el fenotipo pueden obtenerse escribiendo nuevos marcadores en varios plasmas germinales. La región genómica, QTL y marcadores polimórficos identificados aquí también pueden asignarse en relación con cualquier mapa genético o físico disponible publicitariamente para colocar la región descrita aquí en dicho mapa. Una persona con experiencia en la técnica puede entender que los ácidos nucleicos polimórficos adicionales que están genéticamente enlazados con QTL asociados con resistencia a las enfermedades o color de bulbo deseable en cebolla y este mapa dentro de aproximadamente 40 cM, 20 cM, 10 cM, 5 cM, o 1 cM de QTL o los marcadores asociados con la resistencia a las enfermedades o color de bulbo deseable en cebolla también puede ser usado.

Introqresrón de un locus genómico asociado con resistencia a las enfermedades y/o color de bulbo deseable en cebolla Proporcionadas aquí son las plantas de cebolla que comprenden una o más regiones genómicas introgresadas asociadas con resistencia a las enfermedades y/o color de bulbo deseable y sus métodos de obtención. La introgresión asistida con marcador consiste en la transferencia de una región cromosómica, definida por uno o más marcadores, de un plasma germinal a un segundo plasma germinal. Las crías de una cruza que contienen la región genómica introgresada puede identificarse por la combinación de marcadores característicos de la región genómica introgresada deseada de un primer plasma germinal (por ejemplo, plasma germinal con resistencia a enfermedades o color de bulbo deseable de cebolla) y ambos marcadores enlazados y no enlazados característicos del fondo genético deseado de un segundo plasma germinal.

Los marcadores de flanqueo que caen en el extremo proximal del telómero y el extremo proximal centrómero de cualquiera de estos intervalos genómicos puede ser útil en una variedad de esfuerzos de reproducción que incluyen, pero no se limitan a, introgresión de regiones genómicas asociadas con resistencia a las enfermedades acopladas con un color de bulbo deseable de cebolla en un fondo genético que comprende marcadores relacionados con plasma germinal que normalmente contiene un genotipo asociado con otro fenotipo.

Los marcadores que están enlazados y los inmediatamente adyacentes o adyacentes a la resistencia a las enfermedades identificadas y/o color de bulbo deseable QTL que permiten la introgresión del QTL en ausencia de ADN enlazado extraño de plasma germinal de fuente que contiene el QTL se proporciona aquí. Aquellos de experiencia en la téenica podrán apreciar que al buscar introgresar una región genómica más pequeña que comprende un QTL relacionado con resistencia a enfermedades y/o color de bulbo deseable en cebolla descritos aquí, cualquiera de los marcadores proximal telómero o proximal centrómero que son inmediatamente adyacentes a una región genómica más grande que comprende el QTL puede ser utilizado para introgresar esta región genómica más pequeña.

Un marcador dentro de aproximadamente 40 cM de un marcador de una resistencia a las enfermedades QTL o color de bulbo deseable QTL descritos aquí, por ejemplo, puede ser útil en una variedad de esfuerzos de reproducción que incluyen, pero no se limitan a, introgresión de regiones genómicas asociadas con resistencia a las enfermedades acoplada con un color de bulbo deseable de cebolla en un fondo genético que comprende marcadores relacionados con plasma germinal que normalmente contiene un genotipo asociado a otro fenotipo. Por ejemplo, un marcador dentro de 40 cM, 20 cM, 15 cM, 10 cM, 5 cM, 2 cM o 1 cM o menos de resistencia a las enfermedades QTL o color de bulbo deseable QTL o marcador descritos aquí puede ser utilizado para introgresión asistida con marcador de resistencia a las enfermedades acoplado con un color de bulbo deseable de cebolla.

Un marcador de desequilibrio de enlace con una resistencia a las enfermedades o marcador QLT de fenotipo de color de bulbo deseable en LG2, LG3, LG4 y/o LG6 descritos aquí por lo tanto puede utilizarse para introgresión asistida con marcador de resistencia a las enfermedades o color de bulbo deseable en cebolla. Por ejemplo, un marcador dentro de 40 cM, 20 cM, 15 cM, 10 cM, 5 cM, 2 cM o 1 cM de una resistencia a las enfermedades o marcador de QLT de color de bulbo deseable en LG2, LG3, LG4 y/o LG6 como se describe aquí puede utilizarse para introgresión asistida con marcadores de resistencia a las enfermedades o color de bulbo deseable. Como se describe anteriormente, una resistencia a las enfermedades o marcador QLT de color de bulbo deseable en LG2, LG3, LG4 y/o LG6 pueden incluir uno o más de SEQ ID NO: 1-74 o cualquier locus o subregiones descritas aquí, así como otros marcadores conocidos en aquellas mismas regiones y que geneticamente están enlazadas al mismo.

Téenicas de reproducción asistida molecular Los marcadores genéticos que pueden utilizarse en la práctica de la presente invención incluyen, pero no se limitan a, los polimorfismos de longitud de fragmento de restricción (RFLP), polimorfismos de longitud de fragmento amplificado (AFLP), repeticiones de secuencia simple (SSR), polimorfismos de longitud de secuencia simple (SSLP), polimorfismos de nucleótido único (SNP), polimorfismos de inserción/supresión (Indels), repeticiones tándem de número variable (VNTR), y ADN polimórfico amplificado aleatorio (RAPD), isoenzimas y otros conocidos por aquellos de experiencia en la téenica. El descubrimiento de marcador y desarrollo de cultivos proporciona el marco inicial para las aplicaciones a las actividades de reproducción asistida con marcador (Publicación de Patente de E.U.A. Nos.: 2005/0204780, 2005/0216545, 2005/0218305 y 2006/00504538). El "mapa genético" resultante es la representación de la posición relativa de locus caracterizado (marcadores polimórficos de ácido nucleico o cualquier otro locus para el cual pueden ser identificado alelos) uno con otro.

Los polimorfismos que comprenden tan poco como el cambio de un nucleótido único pueden analizarse en un número de maneras. Por ejemplo, se puede hacer la detección mediante técnicas electroforéticas incluyendo un polimorfismo conformacional de cadena sencilla (Orita et al., Genomics 8 (2): 271-278, 1989), electroforesis de gel gradiente desnaturalizado (Myers, EPO 0273085, 1985), o polimorfismos de longitud de fragmento divisibles (Life Technologies, Inc., Gathersberg, MD 20877), pero la disponibilidad disponibilidad generalizada de las máquinas de secuenciación de ADN a menudo hace más fácil ajustar los productos amplificados de secuencia directamente. Una vez que se conoce la diferencia de secuencia polimórfica, los ensayos rápidos pueden ser diseñados para pruebas de progenie, que normalmente implican alguna versión de amplificación por PCR de alelos específicos (PASA, Sommer, et al., Biotechniques 12 (1): 82-87, 1992), o amplificación por PCR de múltiples alelos específicos (PAMSA, Dutton and Sommer, Biotechniques, 11(6)700-7002, 1991).

Como un conjunto, los marcadores polimórficos sirven como una herramienta útil para las plantas de huella genética para informar el grado de identidad de líneas o variedades (Patente de E.U.A. No. 6,207,367). Estos marcadores forman la base para la determinación de las asociaciones con fenotipos y pueden usarse para impulsar la ganancia genética. En ciertas modalidades de los métodos de la invención, los ácidos nucleicos polimórficos pueden utilizarse para detectar en una planta de cebolla un genotipo asociado con resistencia a las enfermedades acoplado con un color de bulbo deseable, identificar una planta de cebolla con un genotipo asociado con resistencia a las enfermedades acoplada con un color de bulbo deseable, y seleccionar una planta de cebolla con un genotipo asociado con resistencia a las enfermedades acoplada con un color de bulbo deseable. En ciertas modalidades de los métodos de la invención, los ácidos nucleicos polimórficos pueden utilizarse para producir una planta de cebolla que comprende en su genoma un locus introgresado asociado con la resistencia a las enfermedades acopladas con un color de bulbo deseable. En ciertas modalidades de la invención, los ácidos nucleicos polimórficos pueden utilizarse para criar plantas de cebolla de progenie que comprenden un locus asociado con la resistencia a la enfermedad acoplada con un color de bulbo deseable.

Ciertos marcadores genéticos pueden incluir marcadores "codominantes" o "dominantes". Los marcadores "codominantes" revelan la presencia de dos o más alelos (dos por cada individuo diploide). Los marcadores "dominantes" revelan la presencia de solamente un solo alelo. Los marcadores se heredan preferiblemente en moda codominante así la presencia de ambos alelos en un locus diploide, o múltiples alelos en loci triploides o tetraploides, son fácilmente detectables, y son libres de variación ambiental, es decir, su heredabilidad es 1. Un genotipo marcador típicamente comprende dos alelos de marcador en cada locus en un organismo diploide. La composición alélica de marcador de cada locus puede ser homocigoto o heterocigoto. La tendencia homozigótica es una condición donde ambos alelos en un locus se caracterizan por la misma secuencia de nucleótidos. La tendencia heterocigótica se refiere a diferentes condiciones de los alelos en un locus.

Los análisis basados en ácido nucleico para determinar la presencia o ausencia de polimorfismos genéticos (es decir, para genotipificación) pueden utilizarse en programas de reproducción para la identificación, selección, introgresión, y lo similar. Una amplia variedad de marcadores genéticos para el análisis de los polimorfismos genéticos están disponibles y son conocidos por aquellos de experiencia en la téenica. El análisis puede utilizarse para seleccionar los genes, porciones de genes, QTL, alelos o regiones genómicas que comprenden o están enlazadas a un marcador genético que está enlazado a o asociado con una resistencia a las enfermedades o fenotipo de color de bulbo deseable.

Como se utiliza aquí, los métodos de análisis de ácido nucleico incluyen, pero no se limitan a, métodos de detección basados en PCR (por ejemplo, ensayos TaqMan), métodos de microénsayos, métodos basados en espectrometría de masas y/o métodos de secuenciación de ácidos nucleicos, incluyendo la secuenciación del genoma entero. En ciertas modalidades, la detección de sitios polimórficos en una muestra de ADN, ARN o ADNc puede facilitarse mediante el uso de métodos de amplificación de ácido nucleico. Dichos métodos específicamente aumentan la concentración de polinucleótidos que abarcan el sitio polimórfico, o incluyen este sitio y secuencias localizadas distales o proximales a este. Dichas moléculas amplificadas pueden detectarse fácilmente mediante electroforesis en gel, métodos de detección de fluorescencia u otros medios.

El uso de sondas TaqMan® en PCR es conocido en la téenica (véase, por ejemplo, Holland et al., PNAS 88:7276-7280, 1991) y permite la especificidad incrementada de ensayos de PCR por detección basada en fluoróforo. En una modalidad de la invención, las sondas TaqMan® tal como aquellas establecidas en el cuadro 3 pueden utilizarse para detectar SNP que confieren resistencia a las enfermedades. Los ensayos de TaqMan ® utilizan dos iniciadores específicos dirigidos a una región que flanquea un sitio SNP y dos sondas fluorescentes, cada una etiquetada con un fluoróforo diferente (VIC o 6-FAM) covalentemente enlazada al extremo 5’ de la sonda. Un templador no fluorescente cerca del extremo 3' previene la liberación de la fluorescencia si la sonda no se degrada. Durante PCR, sondas que hibridan específicamente a los fragmentos de ADN son destruidas y se libera la fluorescencia del fluoróforo correspondiente.

Un método para lograr dicha amplificación emplea la reacción en cadena de polimerasa (PCR) (Mullís et al. 1986 Coid Spring Harbor Symp.

Quant. Biol. 51:263-273; Patente europea 50,424; Patente Europea 84,796; Patente Europea 258,017; Patente Europea 237,362; Patente Europea 201,184; Patente de E.U.A 4,683,202; Patente de E.U.A. 4,582,788; y Patentes de E.U.A. 4,683,194), usando pares de iniciadores que son capaces de hibridar a las secuencias proximales que definen un polimorfismo en su forma de doble cadena. Tambien pueden utilizarse métodos de tipificación de ADN basados en espectrometría de masas. Dichos métodos se describen en Patentes de E.U.A.6,613,509 y 6,503,710 y las referencias encontradas aquí.

Los polimorfismos en las secuencias de ADN pueden ser detectados o tipificados por una variedad de métodos efectivos bien conocidos en la téenica, incluyendo, pero sin limitarse a, aquellos descritos en Patente de E.U.A. Nos 5,468,613, 5,217,863; 5,210,015; 5,876,930; 6,030,787; 6,004,744; 6,013,431; 5,595,890; 5,762,876; 5,945,283; 5,468,613; 6,090,558; 5,800,944; 5,616,464; 7,312,039; 7,238,476; 7,297,485; 7,282,355; 7,270,981 y 7,250,252 todos los cuales se incorporan aquí para referencia en sus totalidades. Sin embargo, las composiciones y los métodos de la presente invención pueden utilizarse en conjunción con cualquier método de tipificación de polimorfismo para tipificar ios polimorfismos en muestras de ADN genómicas. Estas muestras de ADN genómicas utilizadas incluyen pero no se limitan a ADN genómico aislado directamente de una planta, ADN genómico clonado, o ADN genómico amplificado.

Por ejemplo, los polimorfismos en las secuencias de ADN pueden detectarse por hibridación con sondas de oligonucleótidos específicos de alelo (ASO) como se describe en Patente de E.U.A. Nos. 5,468,613 y 5,217,863. La Patente de E.U.A. No. 5,468,613 describe hibridaciones de oligonucleótidos específicos de alelo donde variaciones de nucleótidos simples o múltiples en la secuencia del ácido nucleico pueden detectarse en ácidos nucleicos mediante un proceso en el cual se amplifica la secuencia que contiene la variación de nucleótido, el manchado de una membrana y tratada con una sonda de oligonucleótidos específica de secuencia etiquetada.

La secuencia de ácido nucleico objetivo tambien puede detectarse por métodos de ligadura de sonda como se describe en Patente de E.U.A. No.5,800,944 donde la secuencia de interés es amplificada e hibridada sondas seguidas por la ligadura para detectar una parte etiquetada de la sonda.

Los microarreglos también pueden utilizarse para la detección de polimorfismo, en donde conjuntos de sonda de oligonucleótidos están montados de manera superpuesta para representar una sola secuencia tal que una diferencia en la secuencia objetivo en un momento dado podría resultar en hibridación de sonda parcial (Borevitz et al., Genome Res. 13:513-523, 2003; Cui et al., Bioinformatics 21-3852-3858, 2005). En cualquier microarreglo, se prevé que habrá una pluralidad de las secuencias objetivo, que pueden representar los genes y/o las regiones sin codificación en donde cada secuencia objetivo está representada por una serie de oligonucleótidos superpuestos, en lugar de una sola sonda. Esta plataforma se proporciona para la clasificación de alto rendimiento de una pluralidad de polimorfismos.

La tipificación de las secuencias objetivo por metodos basados en microarreglo es descrito en Patente de E.U.A. No. 6,799,122; 6,913,879; y 6,996,476.

La secuencia de ácido nucleico objetivo también puede detectarse mediante sonda que enlaza a métodos como se describe en la Patente de E.U.A. No. 5,616,464, que emplea a por lo menos un par de sondas que tienen secuencias homologas a las porciones adyacentes de la secuencia de ácido nucleico objetivo y que tiene cadenas laterales que se unen no covalentemente para formar un tallo sobre la base que se aparea de las sondas a la secuencia de ácido nucleico objetivo. Al menos una de las cadenas laterales tiene un grupo fotoactivable que puede formar una reticulación covalente con el otro miembro de cadena lateral del tallo.

Otros métodos para la detección de SNP e Indels incluyen métodos de extensión de base única (SBE). Los ejemplos de métodos de SBE incluyen, pero no se limitan a, aquellos descritos en Patente de E.U.A. No. 6,004,744; 6,013,431; 5,595,890; 5,762,876; y 5,945,283. Los métodos de SBE se basan en la extensión de un iniciador de nucleótido que es adyacente a un polimorfismo para incorporar un residuo del nucleótido detectable sobre la extensión del iniciador. En ciertas modalidades, el método de SBE utiliza tres oligonucleótidos sintéticos. Dos de los oligonucleótidos sirven como iniciadores de PCR y son complementarios a la secuencia del locus de ADN genómico que flanquea una región que contiene el polimorfismo a ensayarse. Después de la amplificación de la región del genoma que contiene el polimorfismo, el producto de PCR se mezcla con el tercer oligonucleótido (llamado un iniciador de extensión) que está diseñado para hibridar con el ADN amplificado adyacente al polimorfismo en la presencia de la polimerasa de ADN y dos dideoxinucleosidotrifosfatos etiquetados diferencialmente. Si el polimorfismo está presente en la plantilla, uno de los dideoxinucleosidotrifosfatos etiquetados puede agregarse al iniciador en una extensión de cadena de base única. El alelo presente entonces se interfiere al determinar cuál de las dos etiquetas diferenciales se añaden al iniciador de extensión. Las muestras de heterocigotos resultarán en una sola de las dos bases etiquetadas que se incorporan y así sólo una de las dos etiquetas será detectada. Las muestras de heterocigotos tienen ambos alelos presentes, y así será la incorporación directa de ambas etiquetas (en diferentes moleculas del iniciador de extensión) y así se detectarán ambas etiquetas.

En otro método para la detección de polimorfismos, SNP e Indels pueden detectarse por los métodos descritos en la Patente de E.U.A. Nos. 5,210,015; 5,876,930; y 6,030,787 en el cual una sonda del oligonucleótido que tiene un colorante reportero fluorescente 5' y un colorante templador 3' covalentemente enlazado a los extremos 5’ y 3’ de la sonda. Cuando la sonda está intacta, la proximidad del colorante reportero al colorante templador resulta en la supresión de la fluorescencia de colorante reportero, por ejemplo, por la transferencia de energía tipo Forster. Durante la PCR, iniciadores de avance y retroceso hibridan a una secuencia específica del ADN objetivo que flanquea un polimorfismo mientras la sonda de hibridación híbrida a la secuencia que contiene polimorfismo dentro del producto PCR amplificado. En la polimerasa de ADN de ciclo PCR posterior con actividad de exonucleasa 5’ 3’ escinde la sonda y separa el colorante reportero del colorante templador resultando en la fluorescencia incrementada del reportero.

En otra modalidad, el locus o los loci de interés pueden ser directamente secuenciados utilizando teenologías de secuenciación de ácido nucleico. Los métodos para la secuenciación de ácido nucleico son conocidos en la técnica e incluyen tecnologías proporcionadas por 454 Life Sciences (Branford, CT), Agencourt Bioscience (Beverly, MA), Applied Biosystems (Foster City, CA), LI-COR Biosciences (Lincoln, NE), NimbleGen Systems (Madíson, Wl), lllumina (San Diego, CA) y VisiGen Biotechnologies (Houston, TX). Dichas tecnologías de secuenciación de ácido nucleico comprenden formatos tales como arreglos de perlas paralelas, secuenciación por ligadura, electroforesis capilar, microchips electrónicos, "biochips", microarreglos, microchips paralelos y arreglos de molécula única, como se revisa por R.F. Service Science 2006311:1544-1546.

Los marcadores a ser utilizados en los métodos de la presente invención deben ser preferiblemente diagnosticados de origen a fin de que inferencias se hagan acerca de las poblaciones posteriores. La experiencia hasta la fecha sugiere que los marcadores de SNP pueden ser ideales para el mapeo debido a la probabilidad de que un alelo SNP particular sea derivado de orígenes independientes en las poblaciones existentes de una especie en particular es muy baja. Como tal, los marcadores SNP parecen ser útiles para seguimiento y asistencia de introgresión de QTL.

Definiciones Las siguientes definiciones se proporcionan para definir mejor la presente invención y guiar a aquellos de experiencia ordinaria en a téenica en la práctica de la presente invención. A menos que se indique lo contrario, los términos son de entenderse de acuerdo con los usos convencionales por aquellos de experiencia ordinaria en la técnica relevante.

Como se utiliza aquí, un "color de bulbo deseado" o "color de bulbo deseable" o "color de bulbo favorable" se refiere a un bulbo de cebolla que exhibe un color comercialmente aceptable tal como amarillo, y/o que carece de un color perjudicial o indeseable, tal como el otorgado por rosas complementarios (CP).

Como se utiliza aquí, el término "planta" incluye células de planta, protoplastos de planta, células de planta de cultivo tisular de las cuales las plantas de cebolla pueden ser regeneradas, callos de planta, grupos de plantas y células de planta que están intactas en las plantas o partes de plantas tales como polen, flores, semillas, hojas, tallos, y lo similar.

Como se usa aquí, el término "población" significa una colección heterogénea genéticamente de plantas que comparten una derivación parental común.

Como se utiliza aquí, los términos "variedad" y "cultivar" significan un grupo de plantas similares que por sus pedigríes genéticos y desempeño pueden ser identificadas de otras variedades dentro de la misma especie.

Como se utiliza aquí, un "alelo" se refiere a uno de dos o más formas alternativas de una secuencia genómica en un locus determinado en un cromosoma.

Un "locus de característica cuantitativa (QTL)" es una localización cromosómica que codifica para al menos un primer alelo que afecta la expresividad de un fenotipo.

Como se utiliza aquí, "repulsión" o "fase de repulsión" se refiere a la herencia de los alelos de dos genes, donde el alelo deseado en cada uno de los dos locus genéticos se encuentra en diferentes cromosomas homólogos. Esto puede también ser referido como configuración “trans" de alelos.

Como se usa aquí, un "marcador" significa una característica detectable que puede utilizarse para discriminar entre los organismos. Los ejemplos de dichas características incluyen, pero no se limitan a, marcadores genéticos, marcadores bioquímicos, metabolitos, características morfológicas y características agronómicas.

Como se usa aquí, el término "fenotipo" significa las características detectables de una célula o un organismo que puede ser influenciado por la expresión génica.

Como se usa aquí, el término "genotipo" significa la composición alélica específica de una planta.

Como se usa aquí, el término "introgresado", cuando se utiliza en referencia a un locus genético, se refiere a un locus genético que se ha introducido en un fondo genético novedoso, tal como a través de retrocruzamiento. La ¡ntrogresión de un locus genético así puede lograrse a través de métodos de reproducción de plantas y/o por métodos genéticos moleculares. Dichos métodos genéticos moleculares incluyen, pero no se limitan a, varias téenicas de transformación de plantas y/o métodos que se proporcionan para la recombinación homologa, recombinación no homologa, recombinación específica de sitio y/o modificaciones genómicas que se proporcionan para la sustitución de locus o conversión de locus.

Como se usa aquí, el término "enlazado", cuando se utiliza en el contexto de marcadores de ácido nucleico y/o regiones genómicas, significa que los marcadores y/o regiones genómicas están situados en el mismo grupo de enlace o cromosoma tal que tienden a segregarse juntos en la meiosis.

Como se utiliza aquí, el término "que denota" cuando se utiliza en referencia a un genotipo de planta se refiere a cualquier método por el que una planta está indicada por tener un cierto genotipo. Esto incluye cualquier medio de identificación de una planta que tiene un cierto genotipo. La indicación de un cierto genotipo puede incluir, pero no está limitado a, cualquier entrada en cualquier tipo de medio escrito o electrónico o base de datos con el cual el genotipo de la planta es proporcionado. Las indicaciones de un cierto genotipo también pueden incluir, pero no se limitan a, cualquier método donde una planta es físicamente marcada o etiquetada. Los ejemplos ilustrativos de marca física o etiquetas útiles en la invención incluyen, pero no se limitan a, un código de barras, una identificación por radiofrecuencia (RFID), una etiqueta o lo similar.

EJEMPLOS Las siguientes modalidades descritas son meramente representativas de la invención que pueden ser incorporadas en varias formas. Así, detalles estructurales, funcionales y de procedimientos específicos descritos en los ejemplos siguientes no son para interpretarse como limitación.

EJEMPLO 1 Mapeo de la enfermedad en la cebolla Una población de mapeo grande F2:3 (aproximadamente 620 familias fenotipadas selectivamente a través de enfermedades) desde la línea de cebolla de origen SYG-75-1706/Serrana se crea y se forma en fenotipo para varias características. Esto resulta en la identificación de QTL para dos enfermedades importantes en cebolla: Pudrición basal con Fusarium (FBR) y raíz rosada (PR). Varios QTL principales para estas características se identifican (cuadro 1), basado en fenotipado realizado en Deforest, Wl (prueba de cámara de crecimiento de las plántulas inoculadas para FBR y PR) y Donna, TX (evaluación de campo planta/bulbo maduro para PR). Más notablemente, la resistencia FBR y PR mapeada en fase de repulsión a una región similar en el grupo 2 de enlace (LG2), en una localización genética donde una tercera característica perjudicial para rosas complementarios (mapeo a posición 62.5 LG2) también se ha mapeado en esta población. Este enlace de repulsión con rosas complementarios es considerado como una resistencia de FBR de razón de la variedad autóctona donante Serrana ha sido muy difícil de criar en el plasma germinal de cebolla selecto. Así se realizó un esfuerzo para enlazar la resistencia de FBR, resistencia de PR y un locus de color de bulbo en la fase correcta de introgresión simultánea en programas de reproducción. QTL identificado de este esfuerzo se proporcionan en el cuadro 1.

CUADRO 1 Resumen de QTL significativo detectado para la enfermedad de cebolla v características de color "*" denota significancia en los valores-p<0.05 Además del estudio anterior de QTL, la resistencia de PR fue mapeado como un característica binaria en la misma población (SYG-75-1706/Serrana), como se comporta según lo esperado para un solo gen bajo el control dominante incompleto. El mapeo binario confirmó la posición de resistencia de PR en LG2 en 56.3 cM.

EJEMPLO 2 Mapeo de color de bulbo en la cebolla Tres locus de control de color en cebolla fueron mapeados a LG2, LG4 y LG6. Rosas complementarias (CP), que se ha descritas para ser controladas por dos locus epistáticos, fueron mapeadas a LG6 y LG2 en la misma población de SYG-75-1706/Serrana como se describe en el ejemplo 1. Rosas complementarias es un fenómeno de color de bulbo que se manifiesta en cruzas amplias que involucran las líneas selectas de cebolla y cierto plasma germinal más exótico. Esto tradicionalmente ha creado una barrera para el acceso a ciertas resistencias de la enfermedad, tales como FBR, que está presente en variedades de cebolla brasileña como Serrana. Los loci de CP fueron mapeados como una característica binaria (fenotipo amarillo contra rosa) a las posiciones de LG6: ~22.4cM y LG2: -62.5 cM. Un marcador de genes candidato basado en el gen dihidroflavonol 4-reductasa (DFR) fue desarrollado y mapas a la misma región en LG6 y se sospecha que sea el locus R que controla el color del bulbo.

En un segundo, población selecta x selecta F2 (SWL-74-14197-DH/HRL-77-5225B) segregando el color del bulbo (segregando para los bulbos amarillos, blancos, rojos, rosados), dos QTL fueron Identificados por el color del bulbo. SWL-74-14197 de origen es de bulbo y HRL-77-5225B es de bulbo rojo. Un QTL en LG4 -53 cM aparece para el control de la producción/inhibición de pigmentos de color, mientras que QTL en LG6 en el gen -22.4 cM parece controlar la producción del pigmento rojo.

Los loci LG6 para color de CP y el color del bulbo parecen ser los mismos en ambas poblaciones/características y es probable que el locus R o gen DFR en donde un marcador de este gen candidato para los mapas de ruta de biosíntesis de antocianinas (NACEP009089369 y NACEP009090969, mapeo de LG6: 22,3 cM y 22,6 cM, respectivamente).

EJEMPLO 3 Enlace de acoplamiento-Cis de FBR, PR y color Dentro de la población de SYG-75-1706/Serrana F2:3, existe la oportunidad para combinar la resistencia de FBR con resistencia de PR, línea de cebolla amarilla de América del norte y amarilla Universal. Con la identificación de color subyacente de QTL/genes principales y resistencia a enfermedades, fenotipo e información del genotipo puede utilizarse para identificar las familias recombinantes que pueden utilizarse para acoplar las características. Los eventos de cis-acoplamiento se han identificado, que han combinado resistencias múltiples de enfermedades juntos en un tramo continuo del haplotipo del grupo de enlace 2. Basándose en la información de QTL, el haplotipo siguiente se considera la configuración más deseable para la obtención de un alto nivel de resistencia de FBR y PR en un bulbo amarillo universal (es decir, una línea de cebolla sencilla con resistencia a FBR, PR y la falta del CP). Un bulbo amarillo universal es beneficioso porque puede ser cruzado con plasma germinal de América del norte y América del sur y no producen bulbos rosas (complementarios). Un evento de doble recombinación en LG2 es necesario para obtener este fenotipo (Cuadro A). Un donante amarillo de América del norte también es deseable, como este plasma germinal no producirá CP cuando se cruzó a plasma germinal de América del norte. Un amarillo de América del norte se define por un alelo 1706 en LG2 (posición 62-63) y sólo requiere una recombinación sencilla en el grupo de enlace 2.

El Cuadro A siguiente muestra una configuración deseada del haplotipo para el plasma germinal de donador de cebolla amarillo Universal que es resistente a la pudrición basal Fusarium (FBR) y raíz rosada (PR). Un alelo parental 1706 en el cromosoma 2 (posición 62-63) resulta en plasma germinal de la cebolla amarillo de América del norte que es resistente a la pudrición basal Fusarium (FBR) y raíz rosada (PR).

CUADRO A I FAVORABLE Por lo tanto, se identificaron cinco QTL para resistencia a las enfermedades a FBR y PR, junto con tres locus que controlan el color del bulbo y/o CP. Uno de estos locus de color fue encontrado para colocalizar con un marcador en un gen candidato desde la ruta de biosíntesis de antocianinas. El principal efecto de QTL para FBR y PR localizada en una región similar en LG2, donde uno de los loci para rosas complementarias tambien se ha colocado. Estos resultados de mapeo verifican el enlace sospechado de FBR, PR y rosas complementarias, y por lo tanto por qué ha sido difícil combinar todas las características en la reproducción. En general, esta información proporciona una idea de control genético de estas características clave de la cebolla y ahora permite un enfoque más controlado para combinar todas las características en las líneas selectas de cebolla. Los intervalos de QTL y marcadores para estas características de la enfermedad se han activado para uso en nuevos cruces de desarrollo y las poblaciones segregantes resultantes en un enfoque MAS HAPQTL. Además, la creación de eventos puede permitir la creación de nuevos enlaces de cis-acoplamiento en LG2 para combinar la resistencia de FBR y PR en un donador de bulbo amarillo de América del norte y de bulbo amarillo Universal. También se han realizado eventos de recombinación que combinan la FBR y PR en un amarillo de América del norte.

EJEMPLO 4 Detalles del marcador para la selección asistida por marcadores Basado en los resultados de QTL e intervalos, los marcadores se han proporcionado aquí para locus de la resistencia a enfermedades importantes para un enfoque QTL HAP en nuevos cruces de desarrollo. La reproducción de la cebolla es susceptible a un enfoque QTL HAP. Desde que las jaulas de cruce de desarrollo están compuestas de un patrón de cruce de planta sencilla x planta sencilla, pueden obtenerse los genotipos parentales de marcador para cada planta en una cruza de desarrollo respectiva. Genotipos parentales pueden obtenerse utilizando un conjunto central de marcadores que se encuentran en las regiones de características que se consideran objetivos potenciales para la selección asistida por marcadores (MAS). Por lo tanto, cada jaula, un selecto número de los mismos marcadores polimórficos (identificados en forma bi-parental) puede utilizarse para la verdadera identificación de F1 en cruces fértil x fértil (FxF), así como en cuanto a la posterior MAS de característica en segregar las poblaciones que están segregando para el característica de interés. Esto permite el flujo de trabajo de la reproducción convencional. El cuadro 2 proporciona una lista de ejemplo de los marcadores que pueden utilizarse para MAS y flujo de trabajo FxF. Estas secuencias marcadoras fueron usadas para desarrollar ensayos Taqman® para su uso en un laboratorio de alto rendimiento (cuadro 3). Estos marcadores tienen la intención de servir como marcadores en los "locus maestros," que puede utilizarse para la genotipificación parental en nuevos cruces del desarrollo, con los marcadores polimórficos subsecuentes identificados que pueden utilizarse para identificar los respectivos F1 en la detección de FxF y también la selección MAS en la generaciones resultantes de segregación (generalmente F1M1).

CUADRO 2 Lista de marcadores para MAS v fluio de trabajo FxF en co CUADRO 3 Lista de marcadores para los ensayos Taqman® s> I? EJEMPLO 5 Mapeo fino de LG2 QTL de pudrición basal Fusarium de cebolla Los bulbos F3 fueron obtenidos de la población original de mapeo de SYG-75-1706/Serrana-FBR descrita en el ejemplo 1. La segregación de las familias F2:3 fueron elegidas basado en los datos de genotipo deseado en la región QTL para FBR en LG2, con el fin de reducir la región FBR QTL de efecto importante de > 12 cM a menos de 5 cM. El genotipo F2 en la región LG2 QTL de las familias F3 seleccionadas se muestra en el cuadro 4. Como se ve en el cuadro 4, las familias segpop F2:3 fueron elegidas para tener una recombinación en la región de FBR QTL LG2 y heterocigota (sombreados) de una sección "escalonada" de la región QTL en la generación de F2. La región heterocigota en los individuos F2 fue elegida tal que los individuos F3 (bulbos) homocigotos para el alelo favorable y homocigotos para el alelo desfavorable podrían ser seleccionados para la experimentación adicional en la generación de F3 para habilitar el mapeo fino.

CUADRO 4 Detección de genotipo de las seis plantas F2 seleccionadas para el mapeo fino de FBR LG2 QTL Los bulbos F3 de cada una de estas familias se qenotiparon con marcadores en ia región LG2 QTL como se describe posteriormente - - - - Basado en los genotipos de QTL LG2 de los bulbos de F3 de cada una de las seis familias en el cuadro 4, se realizaron selecciones del bulbo para los homocigotos favorables y alelos desfavorables. Por ejemplo, para la población segregante RV_SYG-75-1706/SERRANA-FBR:01.0113. de cruce, diez bulbos F3 que se fijaron homocigotos para el alelo Serrana en y a la izquierda de la posición 49.8 en LG2 y diez bulbos F3 que se fijaron homocigotos para el alelo SYG-75-1706 a traves de toda la región FBR QTL fueron seleccionados (véase el cuadro 5). Los bulbos seleccionados (una jaula separada para cada "grupo" de alelo) para cada una de los 6 poblaciones de segregación fueron trasplantados en 16 jaulas de cabezal en un campo al norte de Woodland en diciembre. Las selecciones de bulbo F3 para los alelos favorables y desfavorables en cada "escalón" están concentrada por separado para producir semilla fijada para solamente la región QTL recombinante de interés, manteniendo el resto del genoma heterogéneo (reduciendo las posibilidades de depresión por endogamia y efectos de fondo de QTL).

La semilla concentrada es cosechada y probada para FBR. Para cada una de las 6 familias, una diferencia estadística entre las dos entradas que representan los dos "grupos" de alelos concentrados de la familia permite la determinación de si la resistencia de FBR se encuentra con el intervalo genético respectivo para que esa familia F3 esté segregando.

CUADRO 5 Ejemplo de bulbos F3 seleccionados para la distribución de masas (familia RV SYG-75- 1706/SERRANA-FBR:01.0113.) - .. . _ . - - _ - Posteriormente, 29 familias F2:3 adicionales han sido elegidas de la población de SYG-75-1706/Serrana para un mapeo fino adicional de FBR QTL en LG2, así como la validación de QTL para FBR en LG3 y LG4.

Las familias F3 para el proyecto de mapeo fino de FBR QTL representan más cobertura de la región de FBR QTL en LG2, para producir individuos que permiten mayor estrechamiento de la región de FBR QTL en LG2.

Las familias F3 para la validación de FBR QTL son representadas por las familias que se fijan para los alelos favorables Serrana en la región principal de FBR QTL en LG2, pero son heterocigotos para las regiones menores de QTL en LG3 y LG4. La selección similar para los individuos homocigóticos para varias combinaciones de ambos alelos para el menor QTL (dado que se fija LG2 QTL), como se describió anteriormente, producen entradas de semilla concentradas que pueden ser incluidas en el ensayo para determinar si el menor QTL proporciona resistencia adicional significativa a FBR.

EJEMPLO 6 Provecto de acoplamiento de la característica de resistencia a FBR-PR de la cebolla Al igual que el proyecto de mapeo fino, el acoplamiento de FBR y resistencia de PR podría lograrse mediante un enfoque de 2-niveles usando bulbos F3 disponibles, así como plantar fuentes semilleras F3 de material genético de la población de SYG-75-1706/Serrana. Los bulbos son muestreados para identificar a individuos que combinan los alelos favorables para FBR QTL de Serrana en LG2 con los alelos favorables para PR de SYG-75-1706 en LG2, en un bulbo amarillo de Norteamérica (o amarillo Universal).

Para el enfoque de fuente plantón/semilla, siete familias F3 fueron seleccionadas basadas en datos de marcador de la planta F2 para tener una favorable combinación de alelos en la región de características LG2 y región de color QTL LG6, así como un puntaje de enfermedad fenotípica favorable. Se sembró la semilla F3 y plantas F3 resultante genotipadas con marcadores Taqman que abarcaba el QTL principal para FBR en LG2, QTL menor para FBR en LG3 & LG4, región PR QTL en LG2, además de las regiones QTL de color en LG2 y LG6. Individuos recombinantes de cada familia F3 se identificaron por contener tanto del complemento completo de características como sea posible en un estado fijo o heterocigoto e individuos "similares" fueron colocados juntos en una jaula de cabezal para la futura concentración.

El cuadro 6 presenta genotipos representantes de las familias F2 que inicialmente fueron seleccionados para el seguimiento y las selecciones de las plantas resultantes de F3 que se seleccionaron por tener recombinación deseable para combinar las características. Los marcadores para indicar los alelos favorables para la resistencia de FBR (FBRR) en LG2 fueron utilizados como criterios principales, seguido por alelos favorables para la resistencia de PR (PRR) en LG2 y por último los alelos favorables de color, idealmente el amarillo Universal, que combina el alelo de color Serrana en LG2 y el alelo de color SYG-75-1706 en LG6; sin embargo, obtener un amarillo Norteamericano era tambien un objetivo, que requiere un alelo de color SYG-75-1706 para regiones de color LG2 y LG6/QTL. La semilla concentrada de estas jaulas es cosechada e incluida en el ensayo para verificar que los rasgos se han acoplado. En los casos de las combinaciones amarillo Universal FBR + PR, esto implica una doble recombinación en LG2 y por lo tanto requieren una generación adicional de MAS para fijar todas las características.

CUADRO 6 Información qenotípica v fenotípica para una mayoría de las familias F2 seleccionadas para el acoplamiento de características en generaciones F3 posteriores (v más allá) . ; ; . . : . . . . : i : ; - - : i ! ¡ ; . ¡ Í | ! ¡ | | ; ; I : I ¡ : | ¡ ¡ > Í | ¡ j : . I ! i ¡ ; ¡ . : > ! ; . : ¡ ¡ ¡ i ¡ ; ¡ I \ ¡ ; . ; i i ¡ ! ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ ¡ J ¡ - ! l ; ; ; ¡ ¡ l ; ; ¡ , · | i il ; ¡ ¡ ¡ ¡ I | ¡ ¡ ; | | ¡ I ; . ¡ . - ! - ‘ , , . .ll ¡ . ¡ Se muestran los genotipos F2 para las regiones QTL de interés, y debajo de cada progenitor F2 hay un genotipo representativo de la progenie de F3 (varios) que fueron seleccionados para concentrarse en jaulas para la creación de un donante de características. El haplotipo deseado era un amarillo norteamericano o Universal con resistencia FBR + PR. Varias jaulas proporcionan un donante FBR + PR amarillo de América del norte y varias jaulas proporcionan un donante FBR + PR amarillo Universal (que requiere 1 ronda de MAS adicional).

EJEMPLO 7 Los donantes de evento de plasma germinal líderes que poseen combinaciones de genes necesarios para alcanzar los donantes amarillo Universal y amarillo de América del norte que han combinado resistencia FBR y PR, se hacen posibles a través de la recombinación en la región objetivo del grupo de enlace 02 se han hecho (cuadro 7). Los donantes del evento en este cuadro son un subconjunto de las selecciones como se muestra en el cuadro 4 y cuadro 6 descrito anteriormente. La derivación de las familias de los cuadros 4 & 6 puede ser identificada en cuadro actual a través de la fuente del progenitor ID (prefijos "HCS"). Las pruebas de patología indican que todos los donantes universales 2 y 3 donantes de amarillo norteamericanos poseen altos niveles de resistencia FBR, significativamente equivalente a Serrana de origen resistente. Del mismo modo, el color del bulbo y/o resistencia de la raíz rosa ha sido confirmada fenotípicamente de datos de generación anterior para fijarse favorable para varios de estos donantes, como se indica en "AMARILLO" o "RESISTIR" en las columnas del cuadro respectivo. En todos los casos, los eventos de recombinación deseada (eventos de recombinación simple o doble como sea necesario para la región de LG02 en los donantes de amarillo de America del norte o Universal, respectivamente) se han generado, y resistencia de FBR se ha fijado y confirmado fenotípicamente. Dos de los eventos de donantes de amarillo norteamericanos se fijan para la configuración deseada LG02 y LG06. Regiones genotípicas que segregan en este conjunto de datos (denotado como "SEG" en el cuadro) son fijas en un ciclo de reproducción adicional, con marcadores moleculares indicados, para obtener la configuración de locus de color fijo o resistencia de PR.

CUADRO 7 Información qenotípica o fenotípica para donantes de eventos de plasma germinal líderes ! . . - .

Claims (29)

NOVEDAD DE LA INVENCIÓN REIVINDICACIONES

1. Una planta de cebolla que comprende resistencia a la pudrición basal Fusarium y raíz rosa, en donde la planta además comprende la falta del característica rosa complementaria.

2. La planta de cebolla de conformidad con la reivindicación 1, caracterizada además porque dicha planta comprende un enlace acoplado-cis con resistencia a pudrición basal Fusarium conferida por dicha región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo de enlace 2 (LG2), resistencia a la raíz rosada conferida por dicha región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en el grupo de enlace 2 (LG2), y falta del color del bulbo rosa complementario conferido por dicha región genómica de cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el grupo de enlace 2 (LG2).

3. La planta de cebolla de conformidad con la reivindicación 2, caracterizada además porque dicho enlace acoplado-cis es introgresado en una variedad de cebolla seleccionada del grupo formado por Amarillo America del Norte y Amarillo Universal.

4. Una parte de la planta de cebolla de la reivindicación 1, definida además como polen, un óvulo, una hoja, un embrión, una raíz, una punta de raíz, una antera, una flor, una bulbo, un tallo, un brote, una semilla, un protoplasto, una célula y un callo.

5. La planta de cebolla de conformidad con la reivindicación 1, caracterizada además porque la planta de cebolla es una línea selecta agronómicamente.

6. La planta de cebolla de conformidad con la reivindicación 1, caracterizada además porque la planta de cebolla es un híbrido o un endógamo.

7. Una planta de cebolla que comprende en su genoma al menos un locus de alelo introgresado, en donde dicho locus de alelo introgresado comprende: una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el grupo de enlace 2 (LG2) confiriendo la falta del color del bulbo rosa complementario; una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258523 (SEQ ID NO: 30) y NQ0345206 (SEQ ID NO: 36) en el grupo de enlace 3 (LG3), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345564 (SEQ ID NO: 38) y NQ0257917 (SEQ ID NO: 63) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0344978 (SEQ ID NO: 49) y NQ0344766 (SEQ ID NO: 55) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258361 (SEQ ID NO: 37) y NQ0344778 (SEQ ID NO:61) en el grupo de enlace 4 (LG4) confiriendo la producción o la inhibición del color del bulbo; o una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257378 (SEQ ID NO: 64) y NQ0345734 (SEQ ID NO: 74) en el grupo de enlace 6 (LG6) confiriendo un color del bulbo del pigmento rojo; o una planta de progenie de estos.

8. La planta de cebolla de conformidad con la reivindicación 7, caracterizada además porque dicha planta comprende un enlace acoplado-cis con resistencia a la pudrición basal Fusarium (FBR) otorgada por dicha región genómica de cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo de enlace 2 (LG2), resistencia a raíz rosada conferida por dicha región genómica de cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en el grupo de enlace 2 (LG2), y falta del color del bulbo rosa complementario otorgado por dicha región genómica de cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el grupo de enlace 2 (LG2).

9. La planta de cebolla de conformidad con la reivindicación 8, caracterizada además porque dicho enlace acoplado-cis es introgresado en una variedad de cebolla seleccionada del grupo formado por Amarillo América del Norte y Amarillo Universal.

10. Una parte de la planta de cebolla de la reivindicación 7, definida además como polen, un óvulo, una hoja, un embrión, una raíz, una punta de raíz, una antera, una flor, una bulbo, un tallo, un brote, una semilla, un protoplasto, una célula y un callo.

11. La planta de cebolla de conformidad con la reivindicación 7, caracterizada además porque la planta de cebolla es una línea selecta agronómicamente.

12. La planta de cebolla de conformidad con la reivindicación 7, caracterizada además porque la planta de cebolla es un híbrido o un endógamo.

13. Un método para detectar en al menos una planta de cebolla un genotipo asociado con resistencia a enfermedades o color del bulbo, el método que comprende el paso de: (i) detectar en por lo menos una planta de cebolla un alelo de por lo menos un ácido nucleico polimórfico que se asocia con resistencia a enfermedades o color del bulbo, en donde el ácido nucleico polimórfico está en o genéticamente enlazado a: una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el grupo de enlace 2 (LG2) confiriendo la falta del color del bulbo rosa complementario; una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258523 (SEQ ID NO: 30) y NQ0345206 (SEQ ID NO: 36) en el grupo de enlace 3 (LG3), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345564 (SEQ ID NO: 38) y NQ0257917 (SEQ ID NO: 63) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0344978 (SEQ ID NO: 49) y NQ0344766 (SEQ ID NO: 55) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258361 (SEQ ID NO: 37) y NQ0344778 (SEQ ID NO:61) en el grupo de enlace 4 (LG4) confiriendo la producción o la inhibición del color del bulbo; o una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257378 (SEQ ID NO: 64) y NQ0345734 (SEQ ID NO: 74) en el grupo de enlace 6 (LG6) confiriendo un color del bulbo de pigmento rojo.

14. El método de conformidad con la reivindicación 13, caracterizado además porque comprende adicionalmente el paso de: (ii) seleccionar al menos una planta de cebolla en donde se ha detectado un genotipo asociado con la resistencia a la enfermedad o color del bulbo.

15. El método de conformidad con la reivindicación 13, caracterizado además porque la planta de cebolla es una línea selecta agronómicamente.

16. El método de conformidad con la reivindicación 13, caracterizado además porque la planta de cebolla es un híbrido o un endógamo.

17. El método de conformidad con la reivindicación 13, caracterizado además porque la planta de cebolla es una planta de progenie resultando de la cruza de al menos una planta de origen que comprende resistencia a la enfermedad.

18. Un método para producir una planta de cebolla que comprende en su genoma por lo menos un locus asociado con resistencia a enfermedades o color del bulbo, el método que comprende: (i) cruzar una primera planta de cebolla que carece de un locus asociado con color de bulo o resistencia a la enfermedad con una segunda planta de cebolla que comprende un locus asociado con la resistencia a la enfermedad o color del bulbo definido por: una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el grupo de enlace 2 (LG2) confiriendo la falta del color del bulbo rosa complementario; una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258523 (SEQ ID NO: 30) y NQ0345206 (SEQ ID NO: 36) en el grupo de enlace 3 (LG3), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarlum (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345564 (SEQ ID NO: 38) y NQ0257917 (SEQ ID NO: 63) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0344978 (SEQ ID NO: 49) y NQ0344766 (SEQ ID NO: 55) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258361 (SEQ ID NO: 37) y NQ0344778 (SEQ ID NO:61) en el grupo de enlace 4 (LG4) confiriendo la producción o la inhibición del color del bulbo; o una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257378 (SEQ ID NO: 64) y NQ0345734 (SEQ ID NO: 74) en el grupo de enlace 6 (LG6) confiriendo un color del bulbo del pigmento rojo; (¡i) detectar en la progenie resultante de dicho cruce al menos un primer locus polimórfico en o genéticamente enlazado a dicho locus asociado con resistencia a enfermedades o color del bulbo; y (iii) seleccionar una planta de cebolla que comprende dicho polimorfismo y dicho locus asociado con la resistencia a enfermedades o color del bulbo.

19. El método de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado además porque comprende además el paso de: (iv) cruzar la planta de cebolla del paso (iii) con ella misma u otra planta de cebolla para producir una generación posterior.

20. El método de conformidad con la reivindicación 19, caracterizado además porque los pasos (iii) y (iv) se repiten cerca de 3 veces hasta cerca de 10 veces.

21. El metodo de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado además porque dicha planta de cebolla comprende resistencia a la pudrición basal Fusarium (FBR) otorgada por dicha región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo de enlace 2 (LG2), resistencia a la raíz rosada conferida por dicha región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en el grupo de enlace 2 (LG2), y falta del color del bulbo rosa complementario otorgado por dicha región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el grupo de enlace 2 (LG2).

22. El método de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado además porque la planta de cebolla es una línea selecta agronómicamente.

23. El método de conformidad con la reivindicación 18, caracterizado además porque la cebolla es un híbrido o un endógamo.

24. Un método de reproducción de la planta de cebolla, el método que comprende los pasos de: (i) seleccionar por lo menos una primera planta de cebolla que comprende al menos un alelo de un ácido nucleico polimórfico que está en o genéticamente enlazado a un QTL asociado con la resistencia a la enfermedad o color del bulbo, en donde el QTL se mapea para: una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el grupo de enlace 2 (LG2) confiriendo la falta del color del bulbo rosa complementario; una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258523 (SEQ ID NO: 30) y NQ0345206 (SEQ ID NO: 36) en el grupo de enlace 3 (LG3), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345564 (SEQ ID NO: 38) y NQ0257917 (SEQ ID NO: 63) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0344978 (SEQ ID NO: 49) y NQ0344766 (SEQ ID NO: 55) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258361 (SEQ ID NO: 37) y NQ0344778 (SEQ ID NO:61) en el grupo de enlace 4 (LG4) confiriendo la producción o la inhibición del color del bulbo; o una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257378 (SEQ ID NO: 64) y NQ0345734 (SEQ ID NO: 74) en el grupo de enlace 6 (LG6) confiriendo un color del bulbo del pigmento rojo; (ii) cruzar la primera planta de cebolla con sí misma o una segunda planta de cebolla para producir plantas de cebolla de progenie que comprenden el QTL asociado con la resistencia a enfermedades o color del bulbo.

25. El método de conformidad con la reivindicación 24, caracterizado además porque por lo menos un ácido nucleico polimórfico que genéticamente está enlazado a dicho QTL asociado con resistencia a enfermedades o mapas del color del bulbo dentro de 40 cM, 20 cM, 15 cM, 10 cM, 5 cM o 1 cM de dicho QTL asociado con la resistencia a enfermedades o color del bulbo.

26. Un método de introgresión de un alelo en una planta de cebolla, el método que comprende:(¡) genotipar al menos una planta de cebolla en una población con respecto a por lo menos un ácido nucleico polimórfico situado en o genéticamente unido a: una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345038 (SEQ ID NO: 3) y NQ0257326 (SEQ ID NO: 23) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257277 (SEQ ID NO: 22) y NQ0258453 (SEQ ID NO: 27) en el grupo de enlace 2 (LG2), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257220 (SEQ ID NO: 26) y NQ0257692 (SEQ ID NO: 29) en el grupo de enlace 2 (LG2) confiriendo la falta del color del bulbo rosa complementario; una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258523 (SEQ ID NO: 30) y NQ0345206 (SEQ ID NO: 36) en el grupo de enlace 3 (LG3), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0345564 (SEQ ID NO: 38) y NQ0257917 (SEQ ID NO: 63) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la pudrición basal de Fusarium (FBR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0344978 (SEQ ID NO: 49) y NQ0344766 (SEQ ID NO: 55) en el grupo de enlace 4 (LG4), confiriendo resistencia a la raíz rosada (PR); una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0258361 (SEQ ID NO: 37) y NQ0344778 (SEQ ID NO:61) en el grupo de enlace 4 (LG4) confiriendo la producción o la inhibición del color del bulbo; o una región genómica de la cebolla definida por los loci NQ0257378 (SEQ ID NO: 64) y NQ0345734 (SEQ ID NO: 74) en el grupo de enlace 6 (LG6) confiriendo un color del bulbo del pigmento rojo; (ii) seleccionar de la población por lo menos una planta de cebolla que comprende al menos un alelo asociado con resistencia a enfermedades o color del bulbo.

27. El método de conformidad con la reivindicación 26, caracterizado además porque la planta de cebolla es una línea selecta agronómicamente.

28. El método de conformidad con la reivindicación 26, caracterizado además porque la cebolla es un híbrido o un endógamo.

29. Una planta de cebolla obtenida por el método de la reivindicación 26.