JP2015142556A - タマネギにおける疾病抵抗性遺伝子座 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】ゲノム内に少なくとも1個の遺伝子移入された対立遺伝子座を含むタマネギ植物。乾腐病および紅色根腐病に対する抵抗性を含むタマネギ植物であって、さらにピンク補色形質が欠失している、タマネギ植物。このような植物は、望ましい球根色と一体となった複数疾病抵抗性と関連する遺伝子移入されたQTLを含むタマネギ植物。疾病抵抗性及び/又は望ましい球根色を有する植物或いは生殖質を産生、育種、同定、選択する等のための異なる多型性分子マーカーを含む組成物および方法。
【選択図】図1
Description
本出願は、2013年11月27日出願の米国仮出願番号61/909,883の利益を主張し、引用によりその全体を本明細書に包含させる。
本発明は農業の分野、より具体的には、疾病への抵抗性を好ましい球根色と組み合わせて有するタマネギ植物を生産するための方法および組成物に関する。
“SEMB012US_ST25.txt”なるファイル名に含まれ、Microsoft Windowsオペレーティング・システムで測定して61.3キロバイトであり、2014年11月20日に作成した配列表を本願と共に電子的に提出し、引用により本明細書に包含させる。
植物の疾病抵抗性は、特に食用作物の生産のための、植物育種において重要な形質である。タマネギ植物に影響する経済的に重要な疾病は、とりわけ乾腐病(フザリウム・オキシスポラム・フォルマ・スペシャリス・セペ(Fusarium oxysporum f. sp. cepae))および紅色根腐病(ホーマ・テレストリス(Phoma terrestris))を含む。これらの疾病は、商業用タマネギ作物に影響を与える植物自体の喪失をもたらし得る。植物の育種における努力が、疾病に抵抗性である多くのタマネギ品種をもたらしているが、このような努力は、多くの場合、遺伝連鎖、不適切な表現型アッセイおよび形質の複雑なまたはほとんど理解されていない問題、例えば遺伝により複雑化している。
一つの面において、本発明は、乾腐病および紅色根腐病に対する抵抗性を含むタマネギ植物を提供し、ここで、該植物はさらにピンク補色形質を欠失する(lacks of the complemetary pinks trait)。一つの態様において、タマネギ植物は、連鎖群2(LG2)上のNQ0345038(配列番号3)およびNQ0257326(配列番号23)の遺伝子座により定義される該タマネギゲノム領域により付与される乾腐病に対する抵抗性、連鎖群2(LG2)上のNQ0257277(配列番号22)およびNQ0258453(配列番号27)の遺伝子座により定義される該タマネギゲノム領域により付与される紅色根腐病に対する抵抗性および連鎖群2(LG2)上のNQ0257220(配列番号26)およびNQ0257692(配列番号29)の遺伝子座により定義される該タマネギゲノム領域により付与されるピンク補色球根色を欠失する、cis結合した連鎖を含む。他の態様において、cis結合した連鎖を、北米黄タマネギ(North American Yellow)および汎用黄タマネギ(Universal Yellow)から成る群から選択されるタマネギ品種に遺伝子移入する。他の態様において、本発明は、乾腐病および紅色根腐病に対する抵抗性を含むタマネギ植物の部分を提供し、ここで、該植物はさらにピンク補色形質を欠失し、ここで、該植物の部分は、さらに花粉、胚珠、葉、胚、根、根端、葯、花、球根、幹、芽、種、プロトプラスト、細胞およびカルスとして定義される。さらに他の態様において、タマネギ植物は農学的にエリート系統またはハイブリッドまたは自殖である。
配列番号1〜74 − タマネギにおける疾病抵抗性および球根色表現型のマーカー利用選抜(MAS)に使用したマーカー配列。
配列番号75〜115 − TaqMan(登録商標)アッセイで使用したVIC標識プローブの配列。
配列番号116〜156 − TaqMan(登録商標)アッセイで使用したFAM標識プローブの配列。
配列番号157〜197および239〜240 − TaqMan(登録商標)アッセイで使用した順方向プライマーの配列。
配列番号198〜238 − TaqMan(登録商標)アッセイで使用した逆方向プライマーの配列。
本発明は、真菌病原体フザリウム・オキシスポラム・フォルマ・スペシャリス・セペが原因の乾腐病(FBR)および/または真菌病原体ホーマ・テレストリスが原因の紅色根腐病(PR)に対する抵抗性を示し、同時にまたピンク補色(CP)と呼ばれる形質および/またはここで定義する球根色遺伝子座の欠失による農産物として望ましい球根色(例えば黄色)も示す、疾病抵抗性タマネギ植物を生産するための方法および組成物を提供する。疾病抵抗性タマネギ系統を育種および選択する方法ならびにこのような疾病抵抗性タマネギの植物および植物部分をさらに提供する。またここに開示されるのは、このような植物疾病抵抗性を付与する定量的形質遺伝子座(“QTL”)と連鎖している分子マーカーである。これらのマーカーは、これらの遺伝子座の単独でのまたは任意の望む遺伝子座組み合わせでの使用を促進する。
本開示は、タマネギ植物の疾病抵抗性に大きな影響を与える定量的形質遺伝子座(QTL)および球根色に大きな影響を与えるQTL、ならびにマーカー利用選抜(MAS)および/またはマーカー利用戻し交配によるような、望ましい生殖質へのQTLの追跡および遺伝子移入に使用できる、このような遺伝子座に遺伝的に連鎖したかつ予測であるマーカーを同定する。本発明はまた、望ましい球根色と一体となった疾病抵抗性を付与する単一遺伝子座の遺伝子移入も提供する。このような望ましい球根色は、ここに記載するまたは当分野で知られる球根色遺伝子座またはCPの遺伝子座の欠失により付与され得る。本発明のタマネギ植物はまた、疾病抵抗性および望む球根色の両者を有するタマネギ植物を生産するために、望ましい球根色を含むタマネギ植物への疾病抵抗性を付与する1個以上のQTLの遺伝子移入によっても製造できる。
本発明で有用なマーカーをタマネギゲノムから設計できる。Duangjitらは、タマネギゲノムの最新の公的に入手可能な遺伝子地図を公開した(非特許文献2)。出願人らは、ある対立形質で存在するとき、タマネギにおける疾病抵抗性および好ましい球根色と関連するゲノム領域、QTL、対立遺伝子、多型核酸、連鎖マーカーなどを発見した。ここに略記した方法を使用して、タマネギにおいて乾腐病(FBR)および紅色根腐病(PR)に対する抵抗性と同時に好ましい球根色も示すQTLが同定された。このような形質と関連するゲノム領域は、遺伝子座NQ0345038(配列番号3)およびNQ0257326(配列番号23)により規定されるタマネギ連鎖群2(LG2);遺伝子座NQ0257277(配列番号22)およびNQ0258453(配列番号27)により規定されるLG2;遺伝子座NQ0257220(配列番号26)およびNQ0257692(配列番号29)により規定されるLG2;遺伝子座NQ0258523(配列番号30)およびNQ0345206(配列番号36)により規定されるLG3;遺伝子座NQ0345564(配列番号38)およびNQ0257917(配列番号63)により規定されるLG4;遺伝子座NQ0344978(配列番号49)およびNQ0344766(配列番号55)により規定されるLG4;遺伝子座NQ0258361(配列番号37)およびNQ0344778(配列番号61)により規定されるLG4;または遺伝子座NQ0257378(配列番号64)およびNQ0345734(配列番号74)により規定されるLG6に位置した。
ここに提供されるのは、疾病抵抗性および/または望ましい球根色と関連する1個以上の遺伝子移入されたゲノム領域を含むタマネギ植物およびそれを得る方法である。マーカー利用遺伝子移入は、1個以上のマーカーにより規定される染色体領域の、ある生殖質から第二の生殖質への伝達を含む。遺伝子移入されたゲノム領域を含む、交配の子孫を、第一生殖質(例えば、タマネギにおける疾病抵抗性または望ましい球根色を有する生殖質)からの望む遺伝子移入されたゲノム領域のマーカー特性および第二の生殖質の望む遺伝的背景の連鎖および非連鎖マーカー特性の両者の組み合わせにより同定できる。
本発明の実施に際して使用できる遺伝子マーカーは、制限断片長多型(RFLP)、増幅断片長多型(AFLP)、単純反復配列(SSR)、単純配列長多型(SSLPs)、一ヌクレオチド多型(SNP)、挿入/欠失多型(Indels)、タンデム反復数(VNTR)および 無作為増幅多型DNA(RAPD)、アイソザイムおよび当業者に知られるその他を含むが、これらに限定されない。作物におけるマーカー発見および開発は、マーカー利用育種活動への応用のための初期構想を提供する(特許文献1〜4)。得られた“遺伝子地図”は、特徴付けられた遺伝子座(多型核酸マーカーまたは対立遺伝子が同定され得る任意の他の遺伝子座)の互いの相対位置を表す。
次の定義を、本発明をよりよく特定し、本発明の実施に際し当業者の指針となるように提供する。特に断らない限り、用語は、関連分野の当業者の一般的使用と一致すると理解されるべきである。
タマネギにおける疾病マッピング
起始タマネギ系統SYG-75-1706/Serranaからの大F2:3マッピング集団(約620系統群、複数疾病にわたり選択的に表現型分類した)を作製し、種々の形質について表現型分類した。これにより、タマネギにおける乾腐病(FBR)および紅色根腐病(PR)の2種の重要な疾病のQTLが同定された。デフォレスト(ウィスコンシン州)(FBRおよびPRについての播種実生栽培箱試験)およびドンナ(テキサス州)(PRについての成熟植物/球根実地評価)で行った表現型に基づき、これらの形質についての数個の主要なQTLが同定された(表1)。最も顕著なことは、FBRおよびPR抵抗性が、連鎖群2(LG2)上の類似領域に対する反発相に、ピンク補色(LG2上の62.5にマッピング)の第三の有害形質もこの集団に位置づけられている場所である遺伝子位置で、マッピングされた。ピンク補色とのこの反発連鎖は、在来種ドナーSerranaからのFBR抵抗性がエリートタマネギ生殖質に育種することが極めて困難であった理由と見なされた。従って、FBR抵抗性、PR抵抗性および球根色遺伝子座を、育種プログラムへの同時遺伝子移入のために正しい相で連鎖させる努力をした。この試みにより同定されたQTLを下の表1に示す。
タマネギにおける球根色マッピング
タマネギの色を制御する3遺伝子座を、LG2、LG4およびLG6にマッピングした。2個の上位遺伝子座により制御されることが報告されているピンク補色(CP)を、実施例1に記載のとおり、同じSYG-75-1706/Serrana集団でLG6およびLG2にマッピングした。ピンク補色は、エリートタマネギ系統と、ある種のより外来性の生殖質を含む広い交配種にそれ自体顕在化する球根色現象である。これは伝統的に、Serranaのようなブラジル産タマネギ在来種に存在する、FBRのようなある疾病抵抗性に近づくバリアを作っていた。CP遺伝子座は、バイナリー形質(黄色対薄紅色球根表現型)としてLG6:〜22.4cMおよびLG2:〜62.5cMの位置にマッピングされた。ジヒドロフラボノール4−レダクターゼ(DFR)遺伝子に基づく候補遺伝子マーカーを開発し、LG6上の同じ領域にマッピングし、球根色を制御するR遺伝子座であることが疑われる。
FBR、PRおよび色のCis結合連鎖
SYG-75-1706/Serrana F2:3集団内で、北米黄タマネギおよび汎用黄タマネギタマネギ系統の両者において、FBR抵抗性とPR抵抗性を合わせる機会がある。色および疾病抵抗性の根底を成す主QTL/遺伝子の同定と共に、表現型および遺伝子型情報を使用して、形質の組み合わせに使用できる組み換え系統群を同定できる。連鎖群2の連続的ハプロタイプストレッチに一緒に組み合わさった複数疾病抵抗性を有する、新規cis結合イベントが同定された。QTL情報に基づき、次のハプロタイプが、汎用黄タマネギ球根において高レベルのFBRおよびPR抵抗性を有するための(すなわちFBR、PRに対する抵抗性を有し、CPを欠く単一タマネギ系統)最も望ましい配置であると見なされる。汎用黄タマネギ球根は、北米および南米生殖質の両方と交配でき、(補色)薄紅色球根を製造しないため、有利である。LG2での二重組み換えイベントがこの表現型を得るために必要である(図1)。北米黄タマネギドナーも、この生殖質を北米生殖質と交配したとき、CPを生じないために、また望ましい。北米黄タマネギは、LG2上の1706対立遺伝子(62〜63位)により定義され、連鎖群2上の一組み換えしか必要としない。
マーカーを利用する選択のためのマーカー
QTL結果および区間に基づき、新開発交配におけるHAP QTLアプローチのための重要な疾病抵抗性遺伝子座のためのマーカーをここで提供する。タマネギ育種はHAP QTLアプローチしやすい。開発交配種ケージは、一植物×一植物交配パターンから成るため、各開発交配種に行く各植物の親マーカー遺伝子型を得ることができる。親遺伝子型を、マーカー利用選抜(MAS)のための標的である可能性があると見なされる形質領域にあるコアセットのマーカーを使用して得ることができる(“マスター遺伝子座”として同定)。それゆえに、ケージあたり、選択した数の同じ多型性マーカー(二親性に基づき同定)を、繁殖×繁殖(F×F)交配における真性F1同定、ならびに目的の形質について分離される分離集団におけるその後の形質MASに使用できる。これは、主流育種ワークフローを可能にする。表2は、MASおよびF×Fワークフローで使用できるマーカーの例の一覧である。これらのマーカー配列を、ハイスループット実験室設定で使用するためのTaqMan(登録商標)アッセイ開発に使用した(表3)。これらのマーカーは、新規開発的交配における親遺伝子型判定のために使用できる“マスター遺伝子座”におけるマーカー、ならびにF×Fスクリーニングにおける各F1の同定およびまた得られた分離世代(典型的にF1M1)におけるMAS選択に使用できることが同定されている続く多型性マーカーとして働くことが意図される。
タマネギ乾腐病(FBR) LG2 QTL精細マッピング
F3球根を、実施例1に記載の起始G-75-1706/Serrana-FBRマッピング集団から得た。分離F2:3系統群を、主作用FBR QTL領域を>12cMから5cM未満に狭めるために、LG2上のFBRのQTL領域における望む遺伝子型データに基づき選択した。選択したF3系統群のLG2 QTL領域におけるF2遺伝子型を表4に記載する。表4に見られるとおり、F2:3 segpop系統群を、F2世代におけるQTL領域の“階段的”セクションのためにFBR QTL LG2領域において組み換えおよびヘテロ接合(網掛け)を有するように選択した。F2個体におけるヘテロ接合領域を、好ましい対立遺伝子についてホモ接合および好ましくない対立遺伝子についてホモ接合のF3個体(球根)を、精細マッピングを可能にするためにF3世代におけるさらなる実験で選択できるように選択した。
タマネギFBR−PR抵抗性形質結合プロジェクト
精細マッピングプロジェクトに準じて、FBRおよびPR抵抗性の結合を、利用可能なF3球根を使用する2段アプローチならびにSYG-75-1706/Serrana集団からの遺伝子原料のF3種源の植え付けのを介して達成できた。球根を、LG2上のSerranaからのFBR QTLについての好ましい対立遺伝子と北米黄タマネギ球根(または汎用黄タマネギ)におけるLG2上のSYG-75-1706からのPRについての好ましい対立遺伝子を組み合わせた個体を同定するためにサンプリングする。
全て組み合わさったFBRおよびPR抵抗性を有する、汎用黄タマネギおよび北米黄タマネギドナーを達成するための必要な遺伝子組み合わせを有するリーディング生殖質イベントドナーは、連鎖群02の標的領域における組み換えにより可能となった(表7)。この表のイベントドナーは、先に記載した表4および表6に示す選択の小集団である。表4および6系統群の起源は、本表では前駆細胞源番号(接頭辞“HCS”)を介して同定できる。病理試験は、2種の汎用ドナーおよび3種の北米黄タマネギドナーが、抵抗性親Serranaと明らかに同等な高レベルのFBR抵抗性を有することを示す。同様に、球根色および/または紅色根腐病抵抗性は、先の世代のデータから、各表カラムに“黄色”または“抵抗”により示されるとおり、これらのドナーの幾つかで好ましく固定されていることが表現型分類により確認された。全例で、望む組み換えイベント(北米または汎用黄タマネギドナーそれぞれでLG02領域において必要な一または二組み換えイベント)が産生され、FBR抵抗性が固定され、表現型分類により確認された。北米黄タマネギドナーイベントの2種は望むLG02およびLG06配置に固定された。本データセットで分離されている遺伝子型領域(表で“SEG”と示す)は、固定された色遺伝子座配置またはPR抵抗性を得るために、示す分子マーカーと共に、1回を超える育種サイクルで固定される。
Claims (29)
- 乾腐病および紅色根腐病に対する抵抗性を含むタマネギ植物であって、さらにピンク補色形質が欠失している、タマネギ植物。
- 連鎖群2(LG2)上のNQ0345038(配列番号3)およびNQ0257326(配列番号23)の遺伝子座により定義される該タマネギゲノム領域により付与される乾腐病に対する抵抗性、連鎖群2(LG2)上のNQ0257277(配列番号22)およびNQ0258453(配列番号27)の遺伝子座により定義される該タマネギゲノム領域により付与される紅色根腐病に対する抵抗性および連鎖群2(LG2)上のNQ0257220(配列番号26)およびNQ0257692(配列番号29)の遺伝子座により定義される該タマネギゲノム領域によりピンク補色球根色が欠失しているcis結合した連鎖を含む、請求項1に記載のタマネギ植物。
- 該cis結合した連鎖を北米黄タマネギおよび汎用黄タマネギから成る群から選択されるタマネギ品種に遺伝子移入する、請求項2に記載のタマネギ植物。
- さらに花粉、胚珠、葉、胚、根、根端、葯、花、球根、幹、芽、種、プロトプラスト、細胞およびカルスとして規定される、請求項1に記載のタマネギ植物の部分。
- 農学的にエリート系統である、請求項1に記載のタマネギ植物。
- ハイブリッドまたは自殖である、請求項1に記載のタマネギ植物。
- ゲノム内に少なくとも1個の遺伝子移入された対立遺伝子座を含むタマネギ植物であって、該遺伝子移入された対立遺伝子座が:
乾腐病(FBR)に対する抵抗性を付与する連鎖群2(LG2)上のNQ0345038(配列番号3)およびNQ0257326(配列番号23)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
紅色根腐病(PR)に対する抵抗性を付与する連鎖群2(LG2)上のNQ0257277(配列番号22)およびNQ0258453(配列番号27)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
ピンク補色球根色を欠失させる連鎖群2(LG2)上のNQ0257220(配列番号26)およびNQ0257692(配列番号29)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
乾腐病(FBR)に対する抵抗性を付与する連鎖群3(LG3)上のNQ0258523(配列番号30)およびNQ0345206(配列番号36)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
乾腐病(FBR)に対する抵抗性を付与する連鎖群4(LG4)上のNQ0345564(配列番号38)およびNQ0257917(配列番号63)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
紅色根腐病(PR)に対する抵抗性を付与する連鎖群4(LG4)上のNQ0344978(配列番号49)およびNQ0344766(配列番号55)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
球根色の発色または阻止を付与する連鎖群4(LG4)上のNQ0258361(配列番号37)およびNQ0344778(配列番号61)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
または
赤色色素球根色を付与する連鎖群6(LG6)上のNQ0257378(配列番号64)およびNQ0345734(配列番号74)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
を含む、タマネギ植物またはそこからの子孫植物。 - 連鎖群2(LG2)上のNQ0345038(配列番号3)およびNQ0257326(配列番号23)の遺伝子座により定義される該タマネギゲノム領域により付与される乾腐病(FBR)に対する抵抗性、連鎖群2(LG2)上のNQ0257277(配列番号22)およびNQ0258453(配列番号27)の遺伝子座により定義される該タマネギゲノム領域により付与される紅色根腐病に対する抵抗性および連鎖群2(LG2)上のNQ0257220(配列番号26)およびNQ0257692(配列番号29)の遺伝子座により定義される該タマネギゲノム領域によりピンク補色球根色を欠失しているcis結合した連鎖を含む、請求項7に記載のタマネギ植物。
- 該cis結合した連鎖を北米黄タマネギおよび汎用黄タマネギから成る群から選択されるタマネギ品種に遺伝子移入する、請求項8に記載のタマネギ植物。
- さらに花粉、胚珠、葉、胚、根、根端、葯、花、球根、幹、芽、種、プロトプラスト、細胞およびカルスとして規定される、請求項7に記載のタマネギ植物の部分。
- 農学的にエリート系統である、請求項7に記載のタマネギ植物。
- ハイブリッドまたは自殖である、請求項7に記載のタマネギ植物。
- 少なくとも1個のタマネギ植物において疾病抵抗性または球根色と関連する遺伝子型を検出する方法であって、(i)少なくとも1個のタマネギ植物において疾病抵抗性または球根色と関連する少なくとも1個の多型核酸の対立遺伝子を検出する工程を含み、ここで、該多型核酸が、
乾腐病(FBR)に対する抵抗性を付与する連鎖群2(LG2)上のNQ0345038(配列番号3)およびNQ0257326(配列番号23)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
紅色根腐病(PR)に対する抵抗性を付与する連鎖群2(LG2)上のNQ0257277(配列番号22)およびNQ0258453(配列番号27)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
ピンク補色球根色を欠失させる連鎖群2(LG2)上のNQ0257220(配列番号26)およびNQ0257692(配列番号29)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
乾腐病(FBR)に対する抵抗性を付与する連鎖群3(LG3)上のNQ0258523(配列番号30)およびNQ0345206(配列番号36)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
乾腐病(FBR)に対する抵抗性を付与する連鎖群4(LG4)上のNQ0345564(配列番号38)およびNQ0257917(配列番号63)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
紅色根腐病(PR)に対する抵抗性を付与する連鎖群4(LG4)上のNQ0344978(配列番号49)およびNQ0344766(配列番号55)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
球根色の発色または阻止を付与する連鎖群4(LG4)上のNQ0258361(配列番号37)およびNQ0344778(配列番号61)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
または
赤色色素球根色を付与する連鎖群6(LG6)上のNQ0257378(配列番号64)およびNQ0345734(配列番号74)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域内にあるか、遺伝的に連鎖している、方法。 - さらに(ii)疾病抵抗性または球根色と関連する遺伝子型が検出されている少なくとも1個のタマネギ植物を選択する工程を含む、請求項13に記載の方法。
- タマネギ植物が農業生産的にエリート系統である、請求項13に記載の方法。
- タマネギ植物がハイブリッドまたは自殖である、請求項13に記載の方法。
- タマネギ植物が疾病抵抗性を含む少なくとも1個の親植物の交配から得られた子孫植物である、請求項13に記載の方法。
- ゲノム内に疾病抵抗性または球根色と関連する少なくとも1個の遺伝子座を含むタマネギ植物の生産方法であって、
(i)疾病抵抗性または球根色と関連する遺伝子座を欠く第一タマネギ植物と:
乾腐病(FBR)に対する抵抗性を付与する連鎖群2(LG2)上のNQ0345038(配列番号3)およびNQ0257326(配列番号23)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
紅色根腐病(PR)に対する抵抗性を付与する連鎖群2(LG2)上のNQ0257277(配列番号22)およびNQ0258453(配列番号27)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
ピンク補色球根色を欠失させる連鎖群2(LG2)上のNQ0257220(配列番号26)およびNQ0257692(配列番号29)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
乾腐病(FBR)に対する抵抗性を付与する連鎖群3(LG3)上のNQ0258523(配列番号30)およびNQ0345206(配列番号36)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
乾腐病(FBR)に対する抵抗性を付与する連鎖群4(LG4)上のNQ0345564(配列番号38)およびNQ0257917(配列番号63)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
紅色根腐病(PR)に対する抵抗性を付与する連鎖群4(LG4)上のNQ0344978(配列番号49)およびNQ0344766(配列番号55)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
球根色の発色または阻止を付与する連鎖群4(LG4)上のNQ0258361(配列番号37)およびNQ0344778(配列番号61)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
または
赤色色素球根色を付与する連鎖群6(LG6)上のNQ0257378(配列番号64)およびNQ0345734(配列番号74)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域
により定義される疾病抵抗性または球根色と関連する遺伝子座を含む第二タマネギ植物を交配させ;
(ii)該交配から得られた子孫において疾病抵抗性または球根色と関連する遺伝子座にあるまたは遺伝的に連結した少なくとも1個の多型座を検出し;そして
(iii)疾病抵抗性または球根色と関連する該多型および該座を含むタマネギ植物を選択することを含む、方法。 - さらに(iv)工程(iii)のタマネギ植物とそれ自体または他のタマネギ植物を交配させて、さらなる世代を生産する工程を含む、請求項18に記載の方法。
- 工程(iii)および(iv)を約3回〜約10回繰り返す、請求項19に記載の方法。
- タマネギ植物が連鎖群2(LG2)上のNQ0345038(配列番号3)およびNQ0257326(配列番号23)の遺伝子座により定義される該タマネギゲノム領域により付与される乾腐病(FBR)に対する抵抗性、連鎖群2(LG2)上のNQ0257277(配列番号22)およびNQ0258453(配列番号27)の遺伝子座により定義される該タマネギゲノム領域により付与される紅色根腐病に対する抵抗性および連鎖群2(LG2)上のNQ0257220(配列番号26)およびNQ0257692(配列番号29)の遺伝子座により定義される該タマネギゲノム領域によりピンク補色球根色が欠失している、請求項18に記載の方法。
- タマネギ植物が農業生産的にエリート系統である、請求項18に記載の方法。
- タマネギがハイブリッドまたは自殖である、請求項18に記載の方法。
- タマネギ植物育種方法であって、
(i)疾病抵抗性または球根色と関連するQTL内にあるか、遺伝的に連鎖している多型核酸の少なくとも1個の対立遺伝子を含む少なくとも第一タマネギ植物を選択し、ここで、該QTLが、
乾腐病(FBR)に対する抵抗性を付与する連鎖群2(LG2)上のNQ0345038(配列番号3)およびNQ0257326(配列番号23)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
紅色根腐病(PR)に対する抵抗性を付与する連鎖群2(LG2)上のNQ0257277(配列番号22)およびNQ0258453(配列番号27)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
ピンク補色球根色を欠失させる連鎖群2(LG2)上のNQ0257220(配列番号26)およびNQ0257692(配列番号29)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
乾腐病(FBR)に対する抵抗性を付与する連鎖群3(LG3)上のNQ0258523(配列番号30)およびNQ0345206(配列番号36)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
乾腐病(FBR)に対する抵抗性を付与する連鎖群4(LG4)上のNQ0345564(配列番号38)およびNQ0257917(配列番号63)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
紅色根腐病(PR)に対する抵抗性を付与する連鎖群4(LG4)上のNQ0344978(配列番号49)およびNQ0344766(配列番号55)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
球根色の発色または阻止を付与する連鎖群4(LG4)上のNQ0258361(配列番号37)およびNQ0344778(配列番号61)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
または
赤色色素球根色を付与する連鎖群6(LG6)上のNQ0257378(配列番号64)およびNQ0345734(配列番号74)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域
にマッピングされ;
(ii)第一タマネギ植物とそれ自体または第二タマネギ植物を交配させて、疾病抵抗性または球根色に関連するQTLを含む子孫タマネギ植物を生産することを含む、方法。 - 疾病抵抗性または球根色と関連する該QTLと遺伝的に連鎖している少なくとも1個の多型核酸が、疾病抵抗性または球根色と関連する該QTLの40cM、20cM、15cM、10cM、5cMまたは1cM内にマッピングされる、請求項24に記載の方法。
- タマネギ植物に対立遺伝子を遺伝子移入する方法であって、
(i)次の領域に位置するまたは遺伝的に連鎖している少なくとも1個の多型核酸に関して、集団内の少なくとも1個のタマネギ植物を遺伝子型判定し:
乾腐病(FBR)に対する抵抗性を付与する連鎖群2(LG2)上のNQ0345038(配列番号3)およびNQ0257326(配列番号23)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
紅色根腐病(PR)に対する抵抗性を付与する連鎖群2(LG2)上のNQ0257277(配列番号22)およびNQ0258453(配列番号27)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
ピンク補色球根色を欠失させる連鎖群2(LG2)上のNQ0257220(配列番号26)およびNQ0257692(配列番号29)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
乾腐病(FBR)に対する抵抗性を付与する連鎖群3(LG3)上のNQ0258523(配列番号30)およびNQ0345206(配列番号36)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
乾腐病(FBR)に対する抵抗性を付与する連鎖群4(LG4)上のNQ0345564(配列番号38)およびNQ0257917(配列番号63)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
紅色根腐病(PR)に対する抵抗性を付与する連鎖群4(LG4)上のNQ0344978(配列番号49)およびNQ0344766(配列番号55)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
球根色の発色または阻止を付与する連鎖群4(LG4)上のNQ0258361(配列番号37)およびNQ0344778(配列番号61)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
または
赤色色素球根色を付与する連鎖群6(LG6)上のNQ0257378(配列番号64)およびNQ0345734(配列番号74)の遺伝子座により定義されるタマネギゲノム領域;
(ii)疾病抵抗性または球根色と関連する少なくとも1個の対立遺伝子を含む少なくとも1個のタマネギ植物を集団から選択することを含む、方法。 - タマネギ植物が農業生産的にエリート系統である、請求項26に記載の方法。
- タマネギがハイブリッドまたは自殖である、請求項26に記載の方法。
- 請求項26に記載の方法により得られる、タマネギ植物。
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