KR960703175A - 핵산 서열의 개선된 검출 방법(Improved methods for detecting nucleic acid sequences) - Google Patents

핵산 서열의 개선된 검출 방법(Improved methods for detecting nucleic acid sequences) Download PDF

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Abstract

개선된 사이클링 프로브 반응이 기술되어 있다.

Description

핵산 서열의 개선된 검출 방법(Improved methods for detecting nucleic acid sequences)
본 내용은 요부공개 건이므로 전문내용을 수록하지 않았음
제1도는 개선된 CPR의 도식이다.
제2도는 개선된 CPR의 생성물을 나타내는 겔을 묘사한 것이다.[이때 Tm은 듀플렉스와 일본쇄 용융 전이의 중간점을 의미한다].

Claims (26)

  1. a) 표적 핵산, 하기 일반식을 지니며 표적물에 대해 과몰량으로 존재하는 상보적인 일본쇄 핵산 및 RNase H의 부재하에 형성되는 것보다 듀플렉스 형성율을 실질적으로 증가시키기에 충분한 화학적 전위로 존재하는 RNase H를 포함하는 반응 혼합물을 제공하여 표적물-프로브 듀플렉스가 형성되도록 하는 단계; b) 단계(a)로부터 표적물-프로브 듀플렉스를 처리하여 분해가능한 핵산 결합의 예정된 서열내에서 프로브를 분해함으로써 프로브로부터 하나 이상의 온전한 DNA-함유 올리고뉴클레오티드 단편을 형성시키는 단계(이때, 단편은 나머지가 표적 핵산에 더 이상 하이브리드화 될 수 없거나 될 수 없도록 처리된다); c) 상기 단계 (a) 및 (b)를 반복하는 단계; 및 d) 형성된 온전한 DNA-함유 단편을 검출하므로써 일본쇄 표적 핵산을 검출하는 단계를 포함하는, 일본쇄 표적 핵산을 검출하는 방법.
    [NA1-R-NA2]n
    상기 식에서, NA1및 NA2는 DNA 서열이고, R은 분해가능한 핵산 결합이며, n은 1 내지 10이다.
  2. 제1항에 있어서, 듀플렉스의 Tm 보다 높은 온도에서 수행되는 방법.
  3. 제1항에 있어서, 온도가 Tm보다 높은 x℃(여기서, x는 5,10,20,30,40,50,60,70 또는 80이다] 이상인 방법.
  4. 제1항에 있어서, 듀플렉스 형성율이 RNase H의 첨가에 의해 y배(여기서, y는 2,5,10,50,100,500,103,104,105,106)이상 증가되는 방법.
  5. 제1항에 있어서, RNase H의 부재하에서 듀플렉스 형성율이 실질적으로 0인 방법.
  6. 제1항에 있어서, RNase H의 농도, 분자수 또는 화학적 전위가 프로브, 표적물, 프로브와 표적물 모두, 듀플렉스, 또는 프로브와 표적물과 듀플렉스의 배합물의 농도, 분자수 또는 화학적 전위 보다 z배(여기서, z는 1,2,5,10,25,50,100,500, 103,104,105또는 106이상이다) 이상 큰 방법.
  7. 제1항에 있어서, RNase H의 농도, 분자수 또는 화학적 전위가, 활성이 40,000cpm/㎕인 표지된 프로브를 반응당 20,000cpm으로 사용하여 생물학적 샘플중 하나의 표적 분자의 검출; 활성이 40,000cpm/㎕인 표지된 프로브를 반응당 20,000cpm으로 사용하여 10-5pMole 이하의 농도의 표적 쇄의 검출; 활성이 40,000cpm/㎕인 표지된 프로브를 반응당 20,000cpm으로 사용하여 10-6pMole 이하의 농도의 표적 쇄의 검출; 활성이 40,000cpm/㎕인 표지된 프로브를 반응당 20,000cpm으로 사용하여 10-7pMole 이하의 농도의 표적 쇄의 검출; 활성이 40,000cpm/㎕인 표지된 프로브를 반응당 20,000cpm으로 사용하여 10-8pMole 이하의 농도의 표적 쇄의 검출; 활성이 40,000cpm/㎕인 표지된 프로브를 반응당 20,000cpm으로 사용하여 10-9pMole 이하의 농도의 표적 쇄의 검출; 활성이 40,000cpm/㎕인 표지된 프로브를 반응당 20,000cpm으로 사용하여 10-10pMole 이하 농도의 표적 쇄의 검출; 활성이 40,000cpm/㎕인 표지된 프로브를 반응당 20,000cpm으로 사용하여 10-11pMole 이하의 농도의 표적 쇄의 검출; 활성이 40,000cpm/㎕인 표지된 CPR 프로브를 반응당 20,000cpm으로 사용하여 10-12pMole 이하의 농도의 표적 쇄의 검출을 허용하기에 충분한 방법.
  8. 제1항에 있어서, 프로브 및 표적물이 반응 혼합물중에서 실질적으로 동일한 양, 농도, 수 또는 화학적 전위로 존재하는 방법.
  9. 제1항에 있어서, 표적물에 대한 프로브의 중량, 몰, 수, 농도 또는 화학적 전위의 비율이 1:1, 2:1, 10:1, 25:1, 50:1, 100:1 또는 10-n:1(여기서, n은 3 내지 10의 정수이다) 이하인 방법.
  10. 제1항에 있어서, 최고 농도의 일본쇄에 대한 RNase H의 중량, 몰, 수, 농도, 또는 화학적 건위의 비율이 1:1, 2:1, 10:1, 25:1, 50:1, 100:1 또는 10n:1(여기서, n은 3 내지 10의 정수이다) 이상인 방법.
  11. 제1항에 있어서, RNase H가 n배(여기서, n은 2,5,10,50,100,500,103,104,105,106이다) 이상으로 듀플렉스 형성율을 촉진시킬 수 있는 방법.
  12. 제1항에 있어서, 표적물이 DNA 분자, RNA 분자, 합성, 순수한 천연, 유전 공학적 또는 재조합 DNA 또는 RNA분자, 게놈 분자를 포함한 천연 발생 핵산 또는 바이러스, 세균, 식물 또는 동물 핵산을 포함하는 염색체인 방법.
  13. 제1항에 있어서, 단계(b)에서 올리고뉴클레오타이드 단편을 검출가능한 마커로 표지하고 표지된 단편을 단계(d)에서 검출하는 방법.
  14. 제1항에 있어서, 단계(b)에서 올리고뉴클레오타이드 단편은 비표지되지만 검출 가능한 마커로 표시될수 있고, 단계(c) 또는 (d)를 수행하기 전에 단편을 표지시켜 표지된 단편을 단계(d)에서 검출하는 방법.
  15. 제1항에 있어서, 분해가능한 핵산 결합이 RNA 서열인 방법.
  16. 제1항에 있어서, NA1및 NA2가 독립적으로 0 내지 약 20개의 데옥시리보뉴클레오타이드를 포함하고 R이 1 내지 약 100개의 리보뉴클레오타이드들 포함하는 방법.
  17. 제1항에 있어서, n이 2 내지 10의 정수이고, 프로브내에서 하나 이상의 NA1또는 NA2가 상이한 방법.
  18. 제1항에 있어서, n이 1인 방법.
  19. 제1항에 있어서, 단계(b)에서의 처리가 이본쇄 표적물-프로브 복합체를 이본쇄 특이적 리보뉴클레아제와 접촉시킴을 포함하는 방법.
  20. 제1항에 있어서, 프로브를 고정 지지체상에 고정시키는 방법.
  21. 제15항에 있어서, 비표지된 단편이 3′-하이드록실 그룹을 갖고 단편의 표지화가 3′-하이드록실 그룹으로부터 RNA 테일링을 포함하는 방법.
  22. 일본쇄 표적 핵산; 표적물에 대해 과몰량으로 존재하고 일반식[NA1-R-NA2]n(여기서, NA1및 NA2는 DNA 서열이고, R은 분해가능한 핵산 결합이며, n은 1 내지 10이다)을 갖는 상보성 일본쇄 핵산 프로브; 및 RNase H의 부재하에 형성되는 것보다 듀플렉스 형성율을 실질적으로 증가시키기에 충분한 화학적 전위로 존재하는 RNase H를 포함하는 일본쇄 표적 핵산의 검출용 반응 혼합물.
  23. 제22항에 있어서, 검출이 듀플렉스의 Tm 보다 높은 온도에서 수행되는 반응 혼합물.
  24. 제22항에 있어서, 듀플렉스 형성율이 RNase H의 첨가에 의해 n배 (여기서, n은 2,5,10,50,100,500,103,104,105,106이다) 이상 증가되는 반응 혼합물.
  25. 제22항에 있어서, RNase H의 부재하에 듀플렉스 형성율이 실질적으로 0인 반응 혼합물.
  26. 제22항에 있어서, RNase H의 농도, 분자수 또는 화학적 전위가 프로브, 표적물, 프로브와 표적물 모두, 듀플렉스, 또는 프로브와 표적물과 듀플렉스의 배합물의 농도, 분자수 또는 화학적 전위보다 n배 이상 (여기서, n은 1,2,5,10,25,50,100,500,103,104,105, 또는 106이다) 이상 큰 반응 혼합물.
    ※ 참고사항 : 최초출원 내용에 의하여 공개하는 것임.
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Families Citing this family (18)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU8102694A (en) * 1993-11-17 1995-06-06 Id Biomedical Corporation Cycling probe cleavage detection of nucleic acid sequences
AU7368596A (en) * 1995-09-22 1997-04-09 Albert S Benight Nucleic acid reactions
US7381525B1 (en) 1997-03-07 2008-06-03 Clinical Micro Sensors, Inc. AC/DC voltage apparatus for detection of nucleic acids
US6503709B1 (en) 1997-07-03 2003-01-07 Id Biomedical Corporation Methods for rapidly detecting methicillin resistant staphylococci
US6274316B1 (en) * 1997-07-03 2001-08-14 Id Biomedical Corporation Compositions and methods for detecting vancomycin resistant enterococci by cycling probe reactions
WO2000063437A2 (en) 1999-04-20 2000-10-26 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
US20060275782A1 (en) 1999-04-20 2006-12-07 Illumina, Inc. Detection of nucleic acid reactions on bead arrays
US8481268B2 (en) 1999-05-21 2013-07-09 Illumina, Inc. Use of microfluidic systems in the detection of target analytes using microsphere arrays
CA2380258C (en) 1999-07-26 2008-07-15 Clinical Micro Sensors, Inc. Sequence determination of nucleic acids using electronic detection
US7582420B2 (en) 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
ATE380883T1 (de) 2000-10-24 2007-12-15 Univ Leland Stanford Junior Direkte multiplex charakterisierung von genomischer dna
WO2003006677A2 (en) 2001-07-12 2003-01-23 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
AU2003208959A1 (en) 2002-01-30 2003-09-02 Id Biomedical Corporation Methods for detecting vancomycin-resistant microorganisms and compositions therefor
US20040259100A1 (en) 2003-06-20 2004-12-23 Illumina, Inc. Methods and compositions for whole genome amplification and genotyping
CN101225434B (zh) * 2007-01-18 2011-09-14 上海生物芯片有限公司 Cpt基因芯片及其检测方法和应用
CN102002522B (zh) * 2009-11-10 2014-07-09 复旦大学附属华山医院 一种检测肺炎支原体耐药突变的方法
EP3448867A4 (en) * 2016-04-27 2019-11-27 Prominex, Inc. COMPOSITIONS AND METHODS FOR NUCLEIC ACID DETECTION
US10995104B2 (en) 2017-05-30 2021-05-04 Roche Molecular System, Inc. Catalysts for reversing formaldehyde adducts and crosslinks

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5011769A (en) * 1985-12-05 1991-04-30 Meiogenics U.S. Limited Partnership Methods for detecting nucleic acid sequences

Also Published As

Publication number Publication date
CN1129461A (zh) 1996-08-21
EP0708840A1 (en) 1996-05-01
JPH09502084A (ja) 1997-03-04
WO1995000667A1 (en) 1995-01-05
AU7208894A (en) 1995-01-17
BR9406898A (pt) 1996-03-26
CA2165545A1 (en) 1995-01-05

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