KR910008411A - 캄피로박터(Campyrobacter) 리보솜 RNA(rRNA)에 대한 하이브리다이제이션(hybridization) 분석 방법 - Google Patents

캄피로박터(Campyrobacter) 리보솜 RNA(rRNA)에 대한 하이브리다이제이션(hybridization) 분석 방법 Download PDF

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디몬드 랜달
제이.에켄버그 스티븐
알.허드슨 지오프레이
엘.존스 크리스토퍼
에이.마티넬리 리챠드
이.모나한 존
더블유.슈움 제임스
지.웨스버그 윌리암
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제프레이 루딘
시바 코닝 디아그노스틱스 코오포레이티드
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Abstract

내용 없음

Description

캄피로박터(Campyrobacter) 리보솜 RNA(rRNA)에 대한 하이브리다이제이션 (hybridizaion) 분석방법
본 내용은 요부공개 건이므로 전문내용을 수록하지 않았음
제1도는 실시예 1에 기재된 캄피로박터에 대한 비교표지 분석결과를 나타내는 것이고,
제2도는 실시예 2에 기재된 캄피로박퍼 rRNA MagicRLite 샌드위치 (sandwich) 하이브리다이제이션 분석결과를 나타내는 것이며,
제3도는 실시예 3에 기재된 바와 같이 화학발광표시(chemiluminescent labelling) 형태를 변화시키면서 MagicRLite 샌드위치 하이브리다이제이션 분석을 행한 결과를 나타내는 것이다.

Claims (45)

  1. a. 하나이상의 세포종의 세포를 포함하는 실험시료로서 하나 이상의 캄피로박터(Campyrobacter)종을 포함할 수도 있으며 캄피로박터 세포 또는 캄피로박터 rRNA를 포함하는 것으로 추정되는 실험시료를 제공하는 단계, b. 실험시료의 세포로부터 rRNA를 유리시키는 단계, c. 적어도 하나는 캄피로박터 16S rRNA의 한부분에 특이적이고 상보적인 뉴클레오타이드 염기서열을 갖는 것으로서 이들 중 적어도 하나는 하나 이상의 1차 지지체 결합쌍으로 표지되고 이들 중 적어도 하나는 하나 이상의 검색분자로 표지된 적어도 두 개의 표지된 올리고뉴클레오타이드 표식자와 실험시료내에 존재할 수도 있는 캄피로박터 rRNA로 하이브리드 시켜 하이브리드 복합체를 형성시키는 단계, d. 2차 지지체 결합쌍이 결합하는 1차 지지체 결합쌍에 상보적이며 고체 지지체상에 고정화된 하나 이상의 2차 지지체 결합쌍을 갖는 고체 지지체상에 하이브리드 복합체를 포착시켜 샌드위치 복합체를 형성시키는 단계. e. 샌드위치 복합체를 실험시료 및 과량의 미하이브리드 표식자로 부터 분리하는 단계. f. 샌드위치 복합체에 결합된 검색분자의 활성화에 의해 캄피로박터의 존재 여부를 검색하는 단계로 구성됨을 특징으로 하는 캄피로박터 rRNA의 분석방법.
  2. 제1항에 있어서, 1차지지체 결합쌍은 저분자 항원이고, 2차지지체 결합쌍은 항체임을 특징으로 하는 분석방법.
  3. 제1항에 있어서, 뉴클레오타이드 표식자는 하기의 a∼m으로 구성되는 군 중 적어도 2개의 명확한 뉴클레오타이드 서열을 포함함을 특징으로 하는 분석방법. a. 5'-AAC TTT TAC TCA ACT TGT GTT AAG CAG GAG TAT AGA GTA TTA GCA GTC G-3', b. 5'-TAC TCA ACT TGT GTT AAG CAG GAG TAT AGA-3', c. 5'-GTT AAG CAG GAG TAT AGA GTA TTA GCA GTC G-3', d. 5'-GTA CCG TCA GAA TTC TTC CCT AAG AAA-3', e. 5'-TCT GCC TCT CCC TCA CTC TAG ACT ATG ACT T-3', f. 5'-ACT AGC ATC CCA ACA ACT AGT GTA C-3', g. 5'-AAC TTT CCC TAC TCA ACT TGT-3', h. 5'-TCT GCC TCT CCC TCA CTC TAG ATT ATC AGT T-3', i. 5'-TCT GCC TCT CCC TCA CTC TAG ATT ATG ATGT T-3', j. 5'-GGA GTA TGG AGT ATT AGC AGT CAT TTC TAA-3', k 5'-ACT GCC GTG ACT AGC ACA GCA ACA AC-3', l. 5'-TGT TAG CAA CTA AAT ACG TGG GTT GCG-3', m. 5'-GCC TTC GCA ATG GGT ATT CTT GGT GAT-3'.
  4. 제1항에 있어서, 검색분자는 화학 발광체 분자임을 특징으로 하는 분석방법.
  5. 제1항에 있어서, 화학 발광체 분자는 아크리디니움 에스테르임을 특징으로 하는 분석 방법
  6. 제1항에 있어서, 화학 발광체 분자는 디메틸아크리디니움 에스테르임을 특징으로 하는 분석 방법
  7. 제1항에 있어서, 고체지지체는 상자성 입자임을 특징으로 하는 분석방법.
  8. 제1항에 있어서, 검색분자는 1. ON HNO3가 함유된 0.5% H202용액인 1차 반응시약 용액을 첨가한 다음, 2. 5N NaOH를 포함하는 0.5% 계면활성제 용액인 2차 반응시약 용액을 첨가하여 반응시킴으로써 활성화됨을 특징으로 하는 분석 방법.
  9. 제8항에 있어서, 계면활성제는 "Arquad"임을 특징으로 하는 분석방법.
  10. 제1항에 있어서, 실험시료내의 캄피로박터 세포수를 정량하는 단계를 더욱 포함하며, 캄피로박터에 대한 하이브리다이제이션 분석법의 민감도는 실험시료 밀리리터당 약 1X104박테리아 세포의 수가 되도록 함을 특징으로 하는 분석방법.
  11. 제1항에 있어서, 1차지지체 결합쌍은 아비딘/스트렙아비딘 또는 비오틴이고, 2차지지체 결합쌍은 각각 비오틴 또는 아비딘/스트렙아비딘임을 특징으로 하는 분석방법.
  12. 제2항에 있어서, 1차지지체 결합쌍은 디니트로페놀이고, 2차지지체 결합쌍은 항-디니트로페놀 항체임을 특징으로 하는 분석방법.
  13. 제1항에 있어서, 검색분자는 효소임을 특징으로 하는 분석방법.
  14. 제1항에 있어서, 1차지지체 결합쌍은 항체 또는 항원이고, 2차 지지체 결합쌍은 각각 항원 또는 항체임을 특징으로 하는 분석방법.
  15. 제1항에 있어서, rRNA는 0.25% SDS를 포함하는 트리스, EDTA 완충용액(pH8-9)에서 실온으로 10분동안 용해시킴으로서 스투울(stool)이 존재하지 않는 세포로부터 유리되며, 스투울이 존재하는 세포로 부터의 rRNA 유리는 0.25% SDS를 포함하는 트리스, EDTA 완충용액(pH8-9)에서 75℃로 10분동안 용해한 후에 여과하여 행함을 특징으로 하는 분석방법.
  16. a. 캄피로박터 세포로 부터 rRNA를 유리시키기 위한 용액, b. 1차 결합체 결합쌍으로 표지된 것으로 캄피로박터 rRNA에 상보적인 1차 표지된 올리고뉴클레오타이드 표식자, c. 검색분자로 표지된 것으로 캄피로박터 rRNA에 상보적인 2차 표지된 올리고뉴클레오타이드 표식자, d. 1차지지체 결합쌍과 상보적이며 고체지지체상에 결합된 2차 지지체 결합쌍을 갖는 고체지지체로 구성되지만, 상기 1차 표식자 또는 2차 표식자는 캄피로박터 16S rRNA의 한 부분에 특이적인 것을 특징으로 하는 실험시료내에서 캄피로박터를 검색하고 정량하기에 적합한 실험 키트(kit)
  17. 상보적이며 캄피로박터 16S rRNA에 특이적이고, 5'-GTA CCG TCA GAA TTC TTC CCT AAG AAA-3' 의 뉴클레오타이드 서열을 가짐을 특징으로 하는 올리고뉴클레오타이드 표식자.
  18. 상보적이며 캄피로박터 16S rRNA에 특이적이고, 5'-TCT GCC TCT CCC TCA CTC TAG ACT ATG AGT T-3'의 뉴클레오타이드 서열을 가짐을 특징으로 하는 올리고뉴클레오타이드 표식자.
  19. 상보적이며 캄피로박터 16S rRNA에 특이적이고, 5'-GCC TTC GCA ATG GGT ATT CTT GGT GAT-3' 의 뉴클레오타이드 서열을 가짐을 특징으로 하는 올리고뉴클레오타이드 표식자.
  20. 상보적이며 캄피로박터 16S rRNA에 특이적이고, a. 5'-AAC TTT TAC TCA ACT TGT GTT AAG CAG GAG TAT AGA GTA TTA GCA GTC G-3', b. 5'-TAC TCA ACT TGT GTT AAG CAG GAG TAT AGA-3', c. 5'-GTT AAG CAG GAG TAT AGA GTA TTA GCA GTC G-3', d. 5'-GTA CCG TCA GAA TTC TTC CCT AAG AAA-3', e. 5'-TCT GCC TCT CCC TCA CTC TAG ACT ATG ACT T-3', f. 5'-ACT AGC ATC CCA ACA ACT AGT GTA C-3', g. 5'-AAC TTT CCC TAC TCA ACT TGT-3', h. 5'-TCT GCC TCT CCC TCA CTC TAG ATT ATC AGT T-3', i. 5'-TCT GCC TCT CCC TCA CTC TAG ATT ATG ATGT T-3', j. 5'-GGA GTA TGG AGT ATT AGC AGT CAT TTC TAA-3', k 5'-ACT GCC GTG ACT AGC ACA GCA ACA AC-3', l. 5'-TGT TAG CAA CTA AAT ACG TGG GTT GCG-3', m. 5'-GCC TTC GCA ATG GGT ATT CTT GGT GAT-3'를 포함하는 뉴클레오타이드 서열 중 하나임을 특징으로 하는 올리고뉴클레오타이드 표식자.
  21. a. 하나 이상의 세포종의 세포를 포함하는 실험시료로서 하나 이상의 표적핵산서열을 포함하는 것으로 추정되는 실험시료를 제공하는 단계. b. 실험시료의 세포로 부터 표적핵산서열을 유리시키는 단계. c. 적어도 하나는 표적핵산서열의 한 부분에 특이적이고 각각의 표식자는 상보적인 것으로서 유니트의 표식자 중 적어도 하나는 하나 이상의 1차지지체 결합쌍으로 표지되고 유니트의 표식자 중 적어도 하나는 하나 이상의 명확한 검색분자로 표지된 적어도 두 개의 표지된 올리고 뉴클레오타이드 표식자를 포함하는 다수의 명확한 올리고뉴클레오타이드 표식자와 실험시료내에 존재할 수도 있는 표적핵산서열을 하이브리드시켜 다수의 하이브리드 복합체를 형성시키는 단계, d. 2차지지체 결합쌍이 1차지지체 결합쌍에 상보적이며 고체지지체상에 고정화된 하나 이상의 2차지지체 결합쌍을 갖는 고체지지체상에 하이브리드 복합체를 포착시켜 샌드위치 복합체를 형성시키는 단계, e. 샌드위치 복합체를 실험시료 및 미하이브리드 표식자로부터 분리하는 단계, f. 샌드위치 복합체에 결합된 것으로서 식별할 수 있는 활성화 반응을 제공하는 검색분자의 활성화에 의해 하나 이상의 표적핵산 서열의 존재여부를 검색하는 단계로 구성됨을 특징으로 하는 실험시료내에서 하나 이상의 표적핵산서열의 존재 여부 분석방법.
  22. 제21항에 있어서, 1차지지체 결합쌍은 저분자 항원이고, 2차지지체 결합쌍은 항체임을 특징으로 하는 분석 방법.
  23. 제21항에 있어서, 검색분자는 화학 발광체 분자임을 특징으로 하는 분석방법.
  24. 제23항에 있어서, 화학 발광체 분자는 디메틸아크리디니움 에스테르임을 특징으로 하는 분석 방법
  25. 제1항에 있어서, 고체지지체는 상자성 입자임을 특징으로 하는 분석방법.
  26. 제21항에 있어서, 화학 발광체분자 검색할 수 있는 광반응을 일으키기 위하여 검색분자는 1. ON HNO3가 함유된 0.5% H202용액인 1차 반응시약 용액을 첨가한 다음, 2. 5N NaOH를 포함하는 0.5% 계면활성제 용액인 2차 반응시약 용액을 첨가하여 반응시킴으로써 활성화됨을 특징으로 하는 분석 방법.
  27. 제8항에 있어서, 계면활성제는 "Arquad"임을 특징으로 하는 분석방법.
  28. 제21항에 있어서, 화학 발광체 분자는 아크리디니움 에스테르임을 특징으로 하는 분석방법.
  29. 제1항에 있어서, 1차지지체 결합쌍은 아비딘/스트렙아비딘 또는 비오틴이고, 2차지지체 결합쌍은 각각 비오틴 또는 아비딘/스트렙아비딘임을 특징으로 하는 분석방법.
  30. 제22항에 있어서, 1차지지체 결합쌍은 디니트로페놀이고, 2차지지체 결합쌍은 항-디니트로페놀 항체임을 특징으로 하는 분석방법.
  31. 제21항에 있어서, 검색분자는 효소임을 특징으로 하는 분석방법.
  32. 제21항에 있어서, 표적핵산서열은 하나의 속 또는 종의 박테리아 리보솜의 5S 또는 16S 또는 23S 서브유닛임을 특징으로 하는 분석방법.
  33. 제21항에 있어서, 유니트 중 하나는, a. 5'-AAC TTT TAC TCA ACT TGT GTT AAG CAG GAG TAT AGA GTA TTA GCA GTC G-3', b. 5'-TAC TCA ACT TGT GTT AAG CAG GAG TAT AGA-3', c. 5'-GTT AAG CAG GAG TAT AGA GTA TTA GCA GTC G-3', d. 5'-GTA CCG TCA GAA TTC TTC CCT AAG AAA-3', e. 5'-TCT GCC TCT CCC TCA CTC TAG ACT ATG ACT T-3', f. 5'-ACT AGC ATC CCA ACA ACT AGT GTA C-3', g. 5'-AAC TTT CCC TAC TCA ACT TGT-3', h. 5'-TCT GCC TCT CCC TCA CTC TAG ATT ATC AGT T-3', i. 5'-TCT GCC TCT CCC TCA CTC TAG ATT ATG ATGT T-3', j. 5'-GGA GTA TGG AGT ATT AGC AGT CAT TTC TAA-3', k 5'-ACT GCC GTG ACT AGC ACA GCA ACA AC-3', l. 5'-TGT TAG CAA CTA AAT ACG TGG GTT GCG-3', m. 5'-GCC TTC GCA ATG GGT ATT CTT GGT GAT-3'의 뉴클레오타이드 서열로 구성되는 군 중 적어도 두개를 포함하며, 뉴클레오타이드 서열은 캄피로박터 16S rRNA에 상보적이며 특이적이고, 캄피로박터 세포가 실험시표내에 존재할 것으로 추정됨을 특징으로 하는 분석방법.
  34. 제21항에 있어서, 실험시료내의 하나 이상의 속 또는 종의 박테리아수를 정량하는 단계를 더 포함하며, 분석실험은 실험시료 밀리리터당 약 1X104박테리아 세포를 정량할 수 있는 것임을 특징으로 하는 분석방법.
  35. 제21항에 있어서, 명확한 검색분자는 순차적으로 또는 동시에 활성화됨을 특징으로 하는 분석방법.
  36. 제21항에 있어서, rRNA는 0.25% SDS를 포함하는 트리스, EDTA 완충용액(pH8-9)에서 실온으로 10분동안 용해시킴으로서 스투울(stool)이 존재하지 않는 세포로부터 유리되며, 스투울이 존재하는 세포로 부터의 rRNA 유리는 0.25% SDS를 포함하는 트리스, EDTA 완충용액(pH8-9)에서 75℃로 10분동안 용해한 후에 여과하여 행함을 특징으로 하는 분석방법.
  37. a. 세포로부터 표적핵산 서열을 유리시키기 위한 용액, b. 각각의 표식자는 표적핵산서열에 상보적이며 1차지지체 결합쌍으로 표지된 적어도 2개의 명확한 1차 표지된 적어도 2개의 명확한 1차 표지된 올리고뉴클레오타이드 표식자. c. 각각의 표식자는 1차 표식자 중의 하나와 같이 표적핵산서열에 상보적이며 분별될 수 있는 표지를 갖고 검색분자로 표지된 적어도 2개의 명확한 2차 표지된 올리고뉴클레오타이드 표식자, d. 1차지지체 결합쌍에 상보적인 2차지지체 결합쌍이 표지된 고체지지체로 구성되지만 동일한 표적핵산서열에 상보적인 1차 표식자와 2차표식자 중 적어도 하나는 표적핵산서열의 한 부분에 특이적임을 특징으로 하는 하나 이상의 표적핵산서열 존재여부의 검색 및 정량에 적합한 실험키트(kit)
  38. 제1항에 있어서, 올리고뉴클레오타이드는 하기 a 내지 k를 포함하는 부분에 상응함을 특징으로 하는 분석방법. a. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0163-0214, b. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0176-0205, c. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0163-0204, d. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0437-0463, e. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0641-0671, f. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0821-0845, g. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0195-0215, h. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0156-0185, i. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0829-0854, j. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 1107-1140, k. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0706-0732
  39. 제21항에 있어서, 올리고뉴클레오타이드는 하기 a 내지 k를 포함하는 부분에 상응함을 특징으로 하는 분석방법. a. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0163-0214, b. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0176-0205, c. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0163-0204, d. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0437-0463, e. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0641-0671, f. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0821-0845, g. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0195-0215, h. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0156-0185, i. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0829-0854, j. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 1107-1140, k. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0706-0732
  40. 제1항에 있어서, 올리고뉴클레오타이드는 a. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0163-0268, b. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0391-0450, c. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0631-0868, d. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 1102-1145의 부분에 상응함을 특징으로 하는 분석방법.
  41. 제21항에 있어서, 올리고뉴클레오타이드는 a. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0163-0268, b. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0391-0450, c. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 0631-0868, d. 이. 콜리 16S rRNA 의 염기 1102-1145의 부분에 상응함을 특징으로 하는 분석방법.
  42. 제1항에 있어서, 각각의 표식자는 캄피로박터 16S rRNA의 상호 배제적인 부분에 상보적이고 특이적임을 특징으로 하는 분석방법.
  43. 제16항에 있어서, 각각의 표식자는 캄피로박터 16S rRNA의 상호 배제적인 부분에 상보적이고 특이적임을 특징으로 하는 분석방법.
  44. 제21항에 있어서, 각각의 표식자는 캄피로박터 16S rRNA의 상호 배제적인 부분에 상보적이고 특이적임을 특징으로 하는 분석방법.
  45. 제37항에 있어서, 각각의 표식자는 캄피로박터 16S rRNA의 상호 배제적인 부분에 상보적이고 특이적임을 특징으로 하는 분석방법.
    ※ 참고사항 : 최초출원 내용에 의하여 공개하는 것임.
KR1019900016974A 1989-10-23 1990-10-23 캄피로박터(Campyrobacter) 리보솜 RNA(rRNA)에 대한 하이브리다이제이션(hybridization) 분석 방법 KR910008411A (ko)

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