KR20240038028A - Ct45에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질 - Google Patents

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Abstract

본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질을 제공하고, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역 CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함한다. 또한, 상기 항원 결합 단백질을 인코딩하는 핵산, 상기 핵산을 포함하는 벡터, 상기 항원 결합 단백질을 발현하는 재조합 세포 및 상기 항원 결합 단백질을 포함하는 약학 조성물이 제공된다. 본 발명은 의학에 사용하기 위한 항원 결합 단백질 및 상기 항원 결합 단백질을 제조하는 방법을 추가로 제공한다.

Description

CT45에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질
본 발명은 CT45 단백질-유래 항원에 대한 항원 결합 단백질, 특히 MHC와의 복합체에서 종양 발현 CT45-IP 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것이다. 항원 결합 단백질은 CT45 발현 증식성 질환의 진단, 치료 및 예방에 사용하기 위해 제공된다. 상기 항원 결합 단백질을 인코딩하는 핵산, 상기 핵산을 포함하는 벡터, 상기 항원 결합 단백질을 발현하는 재조합 세포 및 상기 항원 결합 단백질을 포함하는 약학 조성물이 추가로 제공된다.
T 세포 기반 면역치료는 주조직 적합성 복합체(MHC)의 분자에 의해 나타나는 종양 관련 또는 종양 특이적 단백질에서 유래된 펩티드 에피토프를 표적으로 한다. 이러한 종양 관련 항원(TAA)은 암 세포에 의해 특이적으로 발현되고/되거나 암 세포에서 상향 조절되는 효소, 수용체, 전사 인자 등과 같은 모든 단백질 부류로부터 유래된 펩티드일 수 있다. 세포 표면 단백질만 표적으로 삼을 수 있는 CAR-T 치료와 현재의 항체 기반 접근법과 달리, T 세포 기반 면역치료는 달리는 접근불가능한 세포내 단백질을 표적으로 함을 가능하게 하여 표적의 수와 다양성을 크게 증가시킨다.
"고환암 항원 45(CT45)"는 직렬 탄덤(tandem) 반복(일반적으로 A1, A2, A3, A5, A6, A7, A8, A9 및 A10으로 명명됨)으로 된 9개의 거의 동일한 유전자로 구성된 다중 유전자 패밀리이다. 9개의 CT45 유전자는 모두 189개의 아미노산을 포함한 추정 단백질을 인코딩한다. 통상적으로, 고환 생식세포에서만 발현되는 CT45A1 단백질은 폐암, 유방암, 난소암에서도 발현되는 것으로 나타났다(문헌[Chen, YT et al., Int. J Cancer 124 (2009): 2893-2898]). CT45A1은 또한 다발성 골수종에서 불량한 예후 및 불량한 결과와 연관되는 것으로 나타났다(문헌[Andrade, VC et al., Exp.Hematol. 37 (2009): 446-449]). CT45A1은 EMT(상피-중간엽 전이) 및 전이성 유전자를 상향 조절하여 EMT 및 종양 전파를 촉진하는 유전자로 기재되었다. 또한, CT45A1은 암 줄기 유사 세포의 개시 또는 유지에 연루되어 종양 형성 및 악성 진행을 촉진하는 것으로 기재되었다(문헌[Yang, P. et al., Curr. Pharm. Des 21 (2015): 1292-1300]). 유방암 모델에서 CT45A1 과발현은 다양한 발암성 및 전이성 유전자의 상향 조절, 구성적으로 활성화된 ERK 및 CREB 신호 전달 경로 및 증가된 종양 형성, 침윤 및 전이를 초래하는 것으로 나타났다. CT45A1의 침묵은 암 세포 이동과 침윤을 감소시키는 것으로 나타났다. CT45A2는 신규 이중 표현형 급성 백혈병을 앓는 소아 환자에서 신규한 스플라이싱된 MLL 융합 파트너인 것으로 나타났으며, 따라서 백혈병 발생과 관련될 수 있다(문헌[Cerveira, N. et al., BMC. Cancer 10 (2010): 518]). CT45는 암 세포주 및 폐암 표본 둘 다에서 빈번하게 발현되는 것으로 나타났다(문헌[Chen, L. et al., Cancer Res 65 (2005): 5599-5606]). CT45는 정상적인 성인 조직에서는 발현이 제한되거나 전혀 발현되지 않기 때문에, 면역치료 개입을 위한 매력적인 표적이다.
MHC와의 복합체에서 세포내 표적을 특이적으로 인식하는 새로운 항암제의 개발은 치료가 어려운 암, 특히 고형 종양을 해결하는 가장 중요한 열쇠 중 하나이다. 따라서, 암 세포에 특이성이 높은 세포내 단백질을 특이적으로 표적으로 하는 새로운 항암제의 개발이 필요하다. 본 발명은 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하는 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 신규 항원 결합 단백질, 및 증식성 질환, 특히 암의 치료에 상기 분자를 사용하는 방법을 제공함으로써 이러한 필요성을 다룬다. 본 발명의 항원 결합 단백질은 높은 안정성, 높은 친화력, 높은 기능적 결합력, 높은 효능 및 높은 특이성을 특징으로 한다. CT45 항원성 펩티드에 결합하는 선행 기재된 항원 결합 단백질과 비교하여, 본 발명의 항원 결합 단백질은 증가된 안정성, 증가된 친화력, 증가된 기능적 결합력, 증가된 효능 및/또는 증가된 특이성 중 1개 이상을 나타낸다. 따라서, 본 발명의 항원 결합 단백질은 선행 기술의 항원 결합 단백질보다 더 효과적이고 안전하다.
제1 양상에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때
CDRa1은 서열번호 80의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 82의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 85의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 87의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
CDRa1은 서열번호 71의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 72의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 75의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 77의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 63의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 66의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 68의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
CDRa1은 서열번호 90의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 92의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 66의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 96의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
CDRa1은 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 8의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 10의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
CDRa1은 서열번호 53의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 55의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 58의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 60의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 133의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 75의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 136의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
CDRa1은 서열번호 99의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 101의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 75의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 104의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
CDRa1은 서열번호 14의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 16의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 19의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 21의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
CDRa1은 서열번호 107의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 109의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 112의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 114의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
CDRa1은 서열번호 125의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 127의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 112의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 130의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
CDRa1은 서열번호 117의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 119의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 58의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 122의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 35의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 38의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 40의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 26의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 29의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 31의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
CDRa1은 서열번호 43의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 45의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 48의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 50의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고,
이때, 상기 항원 결합 단백질은 1, 2 또는 3개 이하의 아미노산 돌연변이를 갖는 상기 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및 CDRb3 서열을 포함한다.
제2 양상에서, 본 발명은 본 발명의 제1 양상의 항원 결합 단백질을 인코딩하는 서열을 포함하는 핵산에 관한 것이다.
제3 양상에서, 본 발명은 본 발명의 제2 양상의 핵산을 포함하는 벡터에 관한 것이다.
제4 양상에서, 본 발명은 본 발명의 제1 양상의 항원 결합 단백질, 본 발명의 제2 양상의 핵산, 또는 본 발명의 제3 양상의 벡터를 포함하는 숙주 세포에 관한 것이다.
제5 양상에서, 본 발명은 본 발명의 제1 양상의 항원 결합 단백질, 본 발명의 제2 양상의 핵산, 본 발명의 제3 양상의 벡터, 또는 본 발명의 제4 양상의 숙주 세포, 및 임의적으로 약학적으로 허용되는 담체를 포함하는 약학 조성물에 관한 것이다.
제6 양상에서, 본 발명은 (a) 숙주 세포를 제공하는 단계, (b) 본 발명의 제1 양상에 따른 항원 결합 단백질을 인코딩하는 코딩 서열을 포함하는 유전자 구축물을 제공하는 단계, (c) 상기 유전자 구축물을 상기 숙주 세포에 도입하는 단계, 및 (d) 상기 숙주 세포에 의해 유전자 구축물을 발현시키는 단계를 포함하는, 본 발명의 제1 양상에 따른 항원 결합 단백질의 제조 방법에 관한 것이다.
제7 양상에서, 본 발명은 의학에 사용하기 위한 본 발명의 제1 양상의 항원 결합 단백질, 본 발명의 제2 양상의 핵산, 본 발명의 제3 양상의 벡터, 본 발명의 제4 양상의 숙주 세포, 또는 본 발명의 제5 양상의 약학 조성물에 관한 것이다.
제8 양상에서, 본 발명은 증식성 질환의 치료 및/또는 진단 방법에 사용하기 위한 본 발명의 제1 양상의 항원 결합 단백질, 본 발명의 제2 양상의 핵산, 본 발명의 제3 양상의 벡터, 본 발명의 제4 양상의 숙주 세포, 또는 본 발명의 제5 양상의 약학 조성물에 관한 것이다.
제9 양상에서, 본 발명은 (a) 생물학적 샘플을 본 발명의 제1 양상의 항원 결합 단백질과 접촉시키는 단계, 및 (b) 상기 생물학적 샘플에 대한 상기 항원 결합 단백질의 결합을 검출하는 단계를 포함하는, 생물학적 샘플에서 암을 검출하는 시험관내 방법에 관한 것이다.
정의
"CT45 항원성 펩티드"는 CT45A1(Uniprot 수탁 번호 Q5HYN5로 접근가능한 서열번호 749), CT45A2, CT45A3, CT45A5, CT45A6, CT45A7, CT45A8, CT45A9 및 CT45A10의 아미노산 143-151에 상응하는 아미노산 서열 KIFEMLEGV(서열번호 138)을 포함하거나 이로 이루어진다. 이러한 CT45 항원성 펩티드는 또한 본원에서 "CT45 펩티드" 또는 "CT45-IP"로 지칭된다. CT45 항원성 펩티드는 종양 관련 또는 종양 특이적 단백질로부터 유래된 펩티드 에피토프이며, 주조직 적합성 복합체(MHC), 바람직하게는 MHC I의 분자에 의해 세포 표면에 제시된다. 보다 특히, CT45 항원성 펩티드는 HLA 단백질, 바람직하게는 HLA-A, 보다 바람직하게는 HLA-A*02와 복합체로 세포 표면에 존재한다. 가장 바람직한 실시양태에서, CT45 항원성 펩티드는 아미노산 서열 KIFEMLEGV(서열번호 138)로 구성된다. CT45 항원성 펩티드가 아미노산 서열 KIFEMLEGV(서열번호 138) 외에 추가 아미노산을 포함하는 경우, CT45 항원성 펩티드의 전체 길이가 30 또는 20개의 아미노산을 초과하지 않는 것이 바람직하고, 보다 바람직하게는 15개의 아미노산을 초과하지 않으며, 보다 바람직하게는 12개의 아미노산을 초과하지 않는다. CT45 항원성 펩티드가 서열번호 138 외에 추가 아미노산을 포함하는 경우, 항원성 펩티드가 서열번호 MHC 단백질과 복합체일 때 서열번호 138의 아미노산은 바람직하게는 MHC 단백질의 펩티드 결합 그루브(groove) 내에 위치한다. 당업자는 MHC I에 제시된 항원성 펩티드가 일반적으로 12개 이하의 아미노산임을 알고 있다. 그러나, 펩티드가 MHC 단백질에 인위적으로 로딩된 경우, MHC I에 인위적으로 로딩된 항원성 펩티드가 12개의 아미노산보다 길 수 있다는 것이 타당하다. 본원에 사용된 용어 "항원" 또는 "표적 항원"은 항원 결합 부위에 의해 결합될 수 있는 분자, 또는 분자 또는 복합체의 일부를 지칭하고, 이때 상기 항원 결합 부위는 항원 결합 단백질, 바람직하게는 본 발명의 항원 결합 단백질에 존재한다. 본 발명의 맥락에서, 항원은 CT45 항원성 펩티드, 보다 특히 HLA 단백질, 예를 들어, HLA-A*02와 같은 MHC 단백질과 복합체를 이루는 CT45 항원성 펩티드이다.
본원에서 "CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포"는 MHC 분자와의 복합체로 표면 CT45-IP에 제시되는 세포를 의미한다. 바람직한 실시양태에서, CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포는 종양 세포이고, 이때 종양은 바람직하게는 본원의 하기 '치료 방법 및 용도' 섹션에서 정의된 바와 같은 암이다. 본 발명의 맥락에서, CT45-IP:MHC 복합체는 정상(건강한) 조직("건강한 세포들"로도 지칭됨) 내의 세포의 표면 또는 다른 항원 제시 펩티드가 로딩되거나 펩티드가 없는 대조 세포의 표면 상의 상기 복합체의 수준에 비해, CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포의 세포 표면에 과다 제시된다. "과다 제시되는"은 CT45-IP:MHC 복합체가 건강한 조직 또는 대조 세포에 존재하는 수준의 적어도 2배, 바람직하게는 5배 내지 10배 수준으로 존재하는 것을 의미한다.
"CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포"의 예는 본원의 실시예에서 사용된 CT45-IP 로딩된 T2 세포 또는 NCIH1703 또는 A375 종양 세포이다.
"도메인"은 일반적으로 서열 상동성에 근거하여 정의되고, 종종 특정 구조적 또는 기능적 실체를 지칭하는 단백질의 임의의 영역일 수 있다.
본 발명의 맥락에서, 용어 "면역글로불린(Ig) 도메인"은 그리스어로 표시되는 핵심 토폴로지를 갖는 2개의 β-시트로 정렬된 7 내지 9개의 역평행 β-가닥의 2층 샌드위치로 구성된 단백질 도메인을 의미한다. Ig 도메인은 아마도 자연적으로 발생하는 단백질에서 가장 빈번히 사용되는 "빌딩 블록"일 것이다. Ig 도메인을 함유하는 단백질은, 예를 들어, 항체, T 세포 수용체(TCR) 및 세포 부착 분자를 포함하는 면역글로불린 슈퍼패밀리에 포함된다. Ig 도메인의 예로는 항체와 TCR의 가변 도메인과 불변 도메인이 있다.
본 발명의 맥락에서, "V A "는 TCR-유래 CDR 서열 및 TCR-유래 프레임워크 서열을 포함하는 TCR 가변 도메인을 지칭한다. CDR 및 프레임워크 서열은 TCR α-쇄(Vα), β-쇄(Vβ), γ-쇄(Vγ) 또는 δ-쇄(Vδ)의 가변 도메인, 바람직하게는 Vα로부터 유래될 수 있다. 본 발명의 맥락에서, VA 도메인의 CDR 및 프레임워크 서열은 반드시 동일한 TCR 쇄로부터 유래될 필요는 없다. 일부 실시양태에서, (공여자 TCR의) 하나의 TCR 가변 도메인으로부터 유래된 CDR은 (수용자 TCR의) 또 다른 TCR 가변 도메인에 이식된다. 예를 들어, 공여자 TCR은 TRAV5 및 TRAJ17에 의해 인코딩되는 Vα를 포함할 수 있고, 수용자 TCR은 TRAV14 및 TRAJ33에 의해 인코딩되는 VA를 포함할 수 있다. 공여자 TCR의 CDR1, CDR3 및 임의적으로 CDR2가 수용자 TCR에 이식되는 경우, CDR은 서로 상이한 프레임워크 영역의 맥락에 존재할 것이지만, CDR에 의해 전달되는 항원성 펩티드에 대한 친화도 및 특이성은 변하지 않을 것이고, 즉, 수용자 TCR의 가변 도메인을 이식한 후, 공여자 TCR의 가변 도메인과 항원성 펩티드에 대해 실질적으로 동일한 친화도 및 특이성을 갖게 될 것이다.
본 발명의 맥락에서, "V B "는 TCR-유래 CDR 서열 및 TCR-유래 프레임워크 서열을 포함하는 가변 도메인을 지칭한다. CDR 및 프레임워크 서열은 TCR α-쇄(Vα), β-쇄(Vβ), γ-쇄(Vγ) 또는 δ-쇄(Vδ)의 가변 도메인, 바람직하게는 Vβ로부터 유래될 수 있다. 본 발명의 맥락에서, VB 도메인의 CDR 및 프레임워크 서열은 반드시 동일한 TCR로부터 유래될 필요는 없다. 일부 실시양태에서, (공여자 TCR의) 하나의 TCR 가변 도메인으로부터 유래된 CDR은 (수용자 TCR의) 또 다른 TCR 가변 도메인에 이식된다. 예를 들어, 공여자 TCR은 TRBV2 및 TRBJ2-1에 의해 인코딩되는 Vv를 포함할 수 있고, 수용자 TCR은 TRBV27 및 TRBJ1-5에 의해 인코딩되는 VA를 포함할 수 있다. 공여자 TCR의 CDR1, CDR3 및 임의적으로 CDR2가 수용자 TCR에 이식되는 경우, CDR은 상이한 프레임워크 영역에 존재할 것이지만 CDR에 의해 전달되는 항원성 펩티드에 대한 친화도 및 특이성은 변하지 않을 것이다. 즉, 수용자 TCR의 가변 도메인을 이식한 후, 공여자 TCR의 가변 도메인과 항원성 펩티드에 대해 실질적으로 동일한 친화도 및 특이성을 갖게 될 것이다.
CDR은 상이한 알파 가변 도메인 또는 상이한 베타 가변 도메인 사이에서 교환/이식될 수 있을 뿐만 아니라, TCR 알파로부터 TCR 베타, 감마 또는 델타 가변 도메인으로, 또는 TCR 베타로부터 TCR 알파, 감마 또는 델타 가변 도메인으로 이식될 수도 있다.
본 발명의 맥락에서, Vα는 TCR α-쇄의 가변 도메인을 지칭한다.
본 발명의 맥락에서, Vβ는 TCR β-쇄의 가변 도메인을 의미한다.
본 발명의 맥락에서, Vγ는 TCR γ-쇄의 가변 도메인을 의미한다.
본 발명의 맥락에서, Vδ는 TCR δ-쇄의 가변 도메인을 의미한다.
본 발명의 맥락에서, VL은 항체 경쇄의 가변 도메인을 지칭한다.
본 발명의 맥락에서, VH는 항체 중쇄의 가변 도메인을 지칭한다.
본 발명의 맥락에서, CL은 항체 경쇄의 불변 도메인을 의미한다.
본 발명의 맥락에서, CH1, CH2 및 CH3은 항체 중쇄, 특히 IgG 중쇄의 불변 도메인을 의미한다.
항원 결정 인자로도 알려진 "에피토프"라는 용어는 면역 체계에 의해 인식되는 항원의 일부이다. 본원에서 사용된 용어 에피토프는 "구조적 에피토프" 및 "기능적 에피토프"라는 용어를 포함한다. "구조적 에피토프"는 항원에 결합될 때 항원 결합 단백질에 의해 덮이는 항원, 예를 들어, 펩티드-MHC 복합체의 아미노산이다. 전형적으로, 항원 결합 단백질의 임의의 아미노산 원자의 5Å 이내에 있는 항원의 모든 아미노산이 포함된 것으로 간주된다. 항원의 구조적 에피토프는 X-선 결정학 또는 NMR 분석을 포함하는 공지된 방법에 의해 측정될 수 있다. 항체의 구조적 에피토프는 일반적으로 약 20 내지 30개의 아미노산을 포함한다. TCR의 구조적 에피토프는 일반적으로 20 내지 30개의 아미노산을 포함한다. 본원에 정의된 "기능적 에피토프"는 구조적 에피토프를 형성하는 아미노산의 하위 세트이고, H-결합, 염다리, 방향족 스태킹 또는 소수성 상호작용과 같은 비공유 상호작용을 직접적으로 형성하거나 항원의 결합 형태를 간접적으로 안정화함으써 본 발명의 항원 결합 단백질 또는 이의 기능적 단편과의 상호작용의 형성에 결정적인 항원의 아미노산을 포함하고, 이는 돌연변이 스캐닝에 의해 측정된다. 본 발명의 맥락에서, 기능적 에피토프는 "결합 모티프"로도 지칭된다. 전형적으로, 항체에 의해 결합된 항원의 기능적 에피토프는 4 내지 6개의 아미노산을 포함한다. 전형적으로, 펩티드-MHC 복합체의 기능적 에피토프는 펩티드의 2 내지 6개 또는 7개의 아미노산과 MHC 분자의 2 내지 7개의 아미노산을 포함한다. MHC I 제시된 펩티드는 전형적으로 8 내지 10개의 아미노산 길이를 갖기 때문에, 각각의 소정 펩티드의 아미노산 하위 세트만이 펩티드-MHC 복합체의 기능적 에피토프의 일부이다. 에피토프, 특히 본 발명의 항원 결합 단백질에 의해 결합된 기능적 에피토프는 결합 계면의 형성에 필요한 항원의 아미노산을 포함하거나 이로 이루어진다.
"주조직 적합성 복합체(MHC)"는 획득 면역 체계가 척추동물의 외부 분자를 인식하여 조직 적합성을 결정하는 데 필수적인 세포 표면 단백질 세트이다. MHC 분자의 주요 기능은 병원체에서 파생된 항원에 결합하여 적절한 T 세포가 인식할 수 있도록 세포 표면에 디스플레잉하는 것이다. 인간 MHC는 HLA(인간 백혈구 항원) 복합체(또는 간단히 HLA)로도 지칭된다. 따라서, 바람직한 실시양태에서, MHC는 HLA이다. MHC 유전자 계열은 클래스 I, 클래스 II 및 클래스 III의 세 가지 하위 군으로 나뉜다. 펩티드와 MHC 클래스 I 분자(MHC I)의 복합체는 일반적으로 적절한 T 세포 수용체(TCR)를 보유하는 CD8 양성 T 세포(CD8+ T 세포)에 의해 인식되는 반면, 펩티드와 MHC 클래스 II 분자(MHC II)의 복합체는 일반적으로 적절한 TCR을 보유하는 CD4 양성 보조 T 세포(CD4+ T 세포)에 의해 인식된다. CD4와 CD8은 일반적으로 각각 MHC I과 MHC II에 결합할 때 TCR의 공동-수용체(co-receptor)로 기능한다. 일부 예외적인 경우에는, 펩티드와 MHC I의 복합체가 CD8 음성(특히 CD8 음성, CD4 양성) T 세포에 의해 인식된다(문헌[Soto et al., 2013, Cancer Immunol Immunother. 2013 Feb; 62(2): 359-369]). CD8 양성 및 CD4 양성 T 세포의 반응은 공동으로 및 상승효과적으로 항종양 효과에 기여하기 때문에, 종양 관련 항원과 상응하는 T 세포 수용체의 식별과 특성화는 백신 및 세포치료제와 같은 암 면역치료의 개발에 중요하다. HLA-A 유전자는 6번 염색체의 단완(short arm)에 위치하며 HLA-A의 더 큰 α-쇄 구성 요소를 인코딩한다. HLA-A α-쇄의 변형은 HLA 기능의 핵심이다. 이러한 변이는 집단의 유전적 다양성을 촉진한다. 각각의 HLA는 특정 구조의 펩티드에 대해 상이한 친화력을 갖기 때문에 HLA가 다양할수록 세포 표면에 '제시'되는 항원도 더욱 다양해진다. 본 개시내용의 맥락에서, MHC 클래스 I HLA 단백질은 HLA-A, HLA-B 또는 HLA-C 단백질, 적합하게는 HLA-A 단백질, 예를 들어, HLA-A*02일 수 있다. MHC 클래스 I 의존성 면역 반응에서 펩티드는 종양 세포에 의해 발현되는 특정 MHC 클래스 I 분자에 결합할 수 있어야 할 뿐만 아니라 이후 특정 T 세포 수용체(TCR)를 보유하는 T 세포에 의해 인식되어야 한다.
본원에서 "MHC 단백질과의 복합체 내의 항원성 펩티드"는 MHC 분자에 비공유 결합된 항원성 펩티드를 의미한다. 특히, 항원성 펩티드는 MHC 분자에 의해 형성된 "펩티드 결합 그루브"에 위치한다. MHC 분자와 항원성 펩티드의 복합체는 본원에서 "펩티드-MHC 복합체" 또는 "pMHC 복합체"로도 지칭된다. CT45 항원성 펩티드의 경우, 복합체는 "CT45 항원성 펩티드-MHC 복합체" 또는 "CT45-IP:MHC 복합체"로도 지칭된다.
"HLA-A*02"는 특정 HLA 대립유전자를 나타내고, 이때 문자 A는 대립유전자를 나타내고 접두사 "*02 접두사"는 A2 혈청형을 나타낸다.
"항원 결합 단백질"이라는 용어는 본원에서 항원, 특히 MHC와의 복합체 내의 항원성 펩티드에 특이적으로 결합할 수 있는 항원 결합 부위를 포함하는 폴리펩티드 또는 2개 이상의 폴리펩티드의 복합체를 의미한다. 본원의 맥락에서, 사용되는 용어 항원 결합 단백질은 가용성 항원 결합 단백질, 막 결합 항원 결합 단백질, 1가, 2가 및 다가 항원 결합 단백질, 단일특이성, 이중특이성 및 다중특이성 항원 결합 단백질, 단일 쇄 항원 결합 단백질 및 2개 이상의 쇄를 포함하는 항원 결합 단백질, 융합 단백질 및 키메라 단백질을 비롯한 후술되는 다수의 상이한 형식의 항원 결합 단백질을 포함한다. 상기 용어는 TCR, 항체 또는 키메라 항원 수용체(CAR)의 전체 구조를 갖는 항원 결합 단백질을 포함한다. 본 발명의 항원 결합 단백질은 TCR-유래 CDR, 특히 TCR-유래 CDRa1, CDRa3 및 임의적으로 CDRa2를 포함하는 가변 도메인 VA, 및 TCR-유래 CDRb1, CDRb3 및 임의적으로 CDRb2를 포함하는 가변 도메인 VB를 포함한다. 특정 실시양태에서, 전체 VA 도메인 및/또는 전체 VB 도메인은 TCR-유래이고, 따라서 TCR 알파, 베타, 감마 또는 델타 가변 도메인(Vα, Vβ, Vγ 또는 Vδ)이다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 TCR이다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 항원 결합 단백질은 본원에 정의된 바와 같은 VA 및 VB, 및 추가로 VA 또는 VB에 직접 또는 간접적으로 융합된 추가 도메인을 포함한다. 이러한 항원 결합 단백질은 "융합 단백질"로 지칭될 수 있다. 융합 단백질인 본 발명의 항원 결합 단백질에 포함된 추가 도메인의 예는 하기 나열되어 있다. 항원 결합 단백질이 이중특이성 또는 다중특이성 항원 결합 단백질인 경우, 이는 본원에 정의된 VA 및 VB 이외에 1개 이상 이상의 가변 도메인, 바람직하게는 2개의 가변 도메인, 및 임의적으로 불변 도메인을 포함하고, 이때 가변 및 /또는 불변 도메인은 항체 또는 TCR로부터 유래될 수 있다. 따라서, 항원-결합 단백질은 2개의 상이한 항원 결합 부위(하나는 VA 및 VB에 의해 형성되고 하나는 추가의 1개 이상, 바람직하게는 2개의 가변 도메인에 의해 형성됨)를 포함하고, 이는, 예를 들어, 이중특이성 항체로부터 알려진 바와 같이, 2개의 상이한 항원에 동시에 특이적으로 결합할 수 있다. 일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 TCR-유래 VA 및 VB, 및 추가로 2개의 항체-유래 가변 도메인, 특히 VL 및 VH를 포함한다. 항체와 TCR 모두의 요소를 포함하는 이러한 구축물은 하이브리드 형식을 나타내며, 예를 들어, "이중특이성 TCR-항체 융합 단백질"로 지칭될 수 있다. 이러한 이중특이성 융합 단백질에서 가변 도메인은 다양한 배향으로 정렬될 수 있다. 이러한 이중특이성 융합 단백질을 생산하는 기술은 당업자에게 공지되어 있고, 당업자는 다양한 형식으로 이중특이성 항원 결합 단백질을 생성하고 생산하기 위해 본원에 정의된 가변 도메인을 용이하게 사용할 수 있다. 당업자는 원하는 형태로 접히는 것(folding)을 보장하기 위해 적합한 링커를 선택할 수 있다.
본원에서 "하나 이상"은 특정 개체 중 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 6개 이상과 같이 특정 개체 중 하나 이상을 의미한다. 예를 들어, 본원에서 하나 이상의 결합 부위는 1, 2, 3, 4, 5 또는 6개 이상의 결합 부위를 의미한다.
본 발명의 맥락에서, 용어 "이중특이성"은 2개의 상이한 항원에 대해 2개 이상의 결합가 및 결합 특이성을 갖고, 따라서 2개 이상의 항원 결합 부위를 포함하는 항원 결합 단백질을 의미한다. 용어 "결합가"는 항원 결합 단백질의 결합 부위의 수를 의미하며, 예를 들어, 2가 항원 결합 단백질은 2개의 결합 부위를 갖는 항원 결합 단백질에 관한 것이다. 결합 부위는 동일하거나 다른 표적에 결합할 수 있다. 즉, 2가 항원 결합 단백질은 단일특이성이거나, 즉, 하나의 표적에 결합하거나, 이중특이성일 수 있고, 즉, 2개의 다른 표적에 결합할 수 있다. 본 발명의 항원 결합 분자는 TCR-유래 CDR을 포함하는 하나 이상의 항원 결합 부위를 포함한다. 바람직한 실시양태에서, 본 발명의 항원 결합 분자는 하나 이상의 TCR-유래 항원 결합 부위를 포함한다.
항원 결합 단백질은 TCR인 것이 바람직하다. 본원에 사용된 용어 "TCR"은 천연 및 조작된 TCR을 모두 포함한다.
"천연 TCR"은 자연으로부터 단리될 수 있는 야생형 TCR을 의미한다. 천연 TCR은 신호 형질도입에 관여하는 CD3 복합체의 불변 단백질과 연관된 면역글로불린 수퍼패밀리의 이종이량체 세포 표면 단백질이다. 천연 이종이량체 TCR은 αβ 및 γδ 형태로 존재하며 구조적으로 유사하지만 상이한 위치와 기능을 가지고 있다. 천연 전장 αβ 이종이량체 TCR은 α-쇄와 β-쇄로 구성된다. α-쇄는 TRAV 유전자에 의해 인코딩되는 가변 영역(V 영역), TRAJ 유전자에 의해 인코딩되는 연결 영역(J 영역) 및 TRAC 유전자에 의해 인코딩되는 불변 영역(C 영역)을 포함한다. β-쇄는 TRBV 유전자에 의해 인코딩되는 가변 영역(V 영역), TRBJ 유전자에 의해 인코딩되는 연결 영역(J 영역) 및 TRBC 유전자에 의해 인코딩되는 불변 영역(C 영역), 및 일반적으로 V와 J 영역 사이의 TRBD 유전자에 의해 인코딩되는 짧은 다양성 영역(D 영역)을 포함하지만, 상기 D 영역은 종종 J 영역의 일부로 간주된다(문헌[Lefranc, (2001), Curr Protoc Immunol Appendix 1: Appendix 10]). 상이한 α-쇄 및 β-쇄 가변, 연결 및 불변 영역을 인코딩하는 유전자는 IMGT 명명법에서 고유 번호로 지칭된다(문헌[Folch and Lefranc, (2000), Exp Clin Immunogenet 17(1): 42-54]; [Scaviner and Lefranc, (2000), Exp CLin Immunogenet 17(2): 83-96]; [LeFranc and LeFranc, (2001), "T cell Receptor Factsbook", Academic Press]). TCR 유전자에 대한 추가 정보는 International ImMunoGeneTics information system®, 문헌[Lefranc MP et al., (Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue):D413-22)]; 및 웹사이트[http://www.imgt.org/]에서 찾을 수 있다.
단백질 수준에서 TCR α-, β-, γ- 및 δ-쇄는 2개의 면역글로불린 도메인, 즉, 가변 도메인과 불변 도메인으로 구성된다. 가변 도메인은 V(D)J 영역에 상응한다. 불변 도메인은 C 영역에 상응한다. 불변 도메인은 막-근위 도메인이고, 본 발명의 맥락에서, 막횡단(TM) 도메인 및 짧은 세포질 꼬리(short cytoplasmic tail)도 포함한다. 불변 도메인과 가변 도메인 각각은 쇄 내 다이설파이드 결합을 포함한다. 가변 도메인(αβ TCR의 Vα 및 Vβ 및 γδ TCR의 Vγ 및 Vδ)은 상보성 결정 영역(CDR)을 포함하는 고도로 다형성인 루프(loop)를 포함한다.
각각의 TCR 가변 도메인은 프레임워크 서열에 내장된 3개의 "TCR 상보성 결정 영역(CDR)"을 포함하며, 그 중 하나는 CDR3으로 명명된 초가변 영역이다. 본 발명의 맥락에서, CDRa1, CDRa2 및 CDRa3은 α-쇄 CDR을 나타내고, CDRb1, CDRb2 및 CDRb3은 β-쇄 CDR을 나타낸다. CDRa1 및 CDRa2를 인코딩하는 서열은 TRAV에 포함되고, CDRa3을 인코딩하는 서열은 TRAV 및 TRAJ에 포함되며, CDRb1 및 CDRb2를 인코딩하는 서열은 TRBV에 포함되고, CDRb3을 인코딩하는 서열은 TRBV, TRBD 및 TRBJ에 포함된다. TCR에서, CDR1 및 CDR3 아미노산 잔기는 항원성 펩티드와 접촉하는 반면, CDR2 아미노산 잔기는 주로 HLA 분자와 접촉한다(문헌[Stadinski et al., J Immunol. 2014 June 15; 192(12): 6071-6082]; [Cole et al., J Biol Chem. 2014 Jan 10;289(2):628-38]). 따라서, TCR의 항원 특이성은 CDR3 및 CDR1 서열에 의해 정의된다. CDR2 서열은 항원 특이성을 결정하는 데 필요하지 않지만, 펩티드-MHC 복합체에 대한 TCR의 전반적인 친화력에 중요할 수 있다.
"TCR 프레임워크 영역(FR)"은 CDR 사이에 삽입된 아미노산 서열, 즉, 상이한 TCR 사이에 일정 정도 보존되는 가변 도메인의 부분을 의미한다. α-, β-, γ- 및 δ-쇄 가변 도메인은 각각 4개의 FR을 가지고, 이때 FR1-a, FR2-a, FR3-a, FR4-a(α- 또는 γ-쇄의 경우) 및 FR1-b, FR2-b, FR3-b, FR4-b(β-쇄 또는 δ-쇄의 경우)로 표시된다. 따라서, α-쇄 또는 β-쇄 가변 도메인은 (FR1-a)-(CDRa1)-(FR2-a)-(CDRa2)-(FR3-a)-(CDRa3)-(FR4-a)로 기재될 수 있고 β- 또는 δ-쇄 가변 도메인은 (FR1-b)-(CDRb1)-(FR2-b)-(CDRb2)-(FR3-b)-(CDRb3)-(FR4-b)로 기재될 수 있다. 본 발명의 맥락에서, α-, β-, γ- 또는 δ-쇄 가변 도메인의 CDR/FR 서열은 IMGT 정의에 근거하여 결정된다(문헌[Lefranc et al., Dev. Comp. Immunol., 2003, 27(1):55-77]; www.imgt.org). 따라서, TCR 또는 TCR-유래 도메인과 관련된 경우 CDR/FR 아미노산 위치는 상기 IMGT 정의에 따라 표시된다. 바람직하게는, 가변 도메인 Vα의 CDR/FR 아미노산 위치의 IMGT 위치는 TRAV24*01의 IMGT 넘버링과 유사하게 제시되고/되거나, 가변 도메인 Vβ의 CDR/FR 아미노산 위치의 IMGT 위치는 TRBV12-3*01의 넘버링과 유사하게 제시된다.
"조작된 TCR"은 천연 TCR과 밀접하게 유사하지만 가변 및/또는 불변 도메인에서 약간의 변형을 포함하는 단백질일 수 있으며, 예를 들어, 인간화 TCR 또는 이종이량체화 또는 발현 수준이 개선된 TCR이거나 단일 쇄 TCR, 가용성 TCR, 1가, 2가 또는 다가 TCR, 단일특이성, 이중특이성 또는 다중특이성 TCR, TCR의 기능적 단편, 또는 TCR의 기능적 단편을 포함하는 융합 단백질 또는 키메라 단백질일 수 있다.
"TCR의 기능적 단편"은 표적 항원에 대해 유래된 모 TCR의 친화도, 기능적 결합력 및/또는 특이성을 유지하거나 실질적으로 유지하는 TCR의 단편을 의미한다. 이 맥락에서, "모 TCR"은 기능적 단편이 유래되는 전체 길이의 TCR을 의미한다. 표적 항원성 펩티드에 대한 결합은 CDR1 및 CDR3 서열에 의해 정의되고 표적 항원성 펩티드 MHC 복합체에 대한 결합은 CDR1, CDR2 및 CDR3에 의해 정의되므로, CDR1 및 CDR3 및 임의적으로 모 TCR의 CDR2 서열을 포함하는 항원 결합 단백질 표적 항원에 대한 모 TCR의 친화도, 기능적 결합력 및/또는 특이성을 유지한다. 당업자는 CDR이 프레임워크 영역(FR)과 함께 산재되어야 한다는 것을 알고 있지만, 프레임워크 영역의 특정 아미노산 서열은 표적 항원 특이성에 직접적으로 관여하지 않는다. 기능성 TCR 단편의 예에는 TCR 알파, 베타, 감마 또는 델타 가변 도메인과 같은 단일 가변 도메인, 또는 막통과 도메인 및 짧은 세포질 꼬리가 없는 α, β, δ 또는 γ 쇄와 같은 α, β, δ 또는 γ 쇄의 단편이 포함된다. 본원에 사용된 용어 "단편"은 천연적으로 발생하는 단편(예컨대, 스플라이스 변종 또는 펩티드 단편)뿐만 아니라 인공적으로 구축된 단편, 특히 유전자 기술 수단에 의해 획득된 단편을 의미한다.
예를 들어, 하기 기재된 대로 측정된 표적 항원에 대한 결합에 대한 KD가 모 TCR의 KD와 동일하거나 10x, 5x, 3x, 또는 2x 이하로 증가 또는 감소된, 바람직하게는 감소된 경우, TCR의 기능적 단편은 표적 항원에 대한 친화성을 유지하거나 실질적으로 유지하는 것으로 간주된다.
TCR의 기능적 단편은, 예를 들어, 표적 항원에 대한 기능적 결합력이 모 TCR의 기능적 결합력과 동일하거나, 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10%, 8%, 5%, 3%, 2% 또는 1% 이하 증가 또는 감소된, 바람직하게는 감소된 경우, 표적 항원에 대한 기능적 결합력을 유지하거나 실질적으로 유지하는 것으로 간주된다. 특히, TCR의 기능적 단편은, 예를 들어, 세포독성 검정, 바람직하게는 하기 설명된 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된 모 단백질의 표적에 반응하는 세포독성 활성은 모 TCR의 세포독성 활성과 동일하거나, 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10%, 8%, 5%, 3%, 2% 또는 1%, 바람직하게는 10%, 8%, 5%, 3%, 2% 또는 1% 이하 증가 또는 감소된, 바람직하게는 감소된 경우, 표적 항원에 대한 기능적 결합력을 유지하거나 실질적으로 유지하는 것으로 간주된다.
TCR의 기능적 단편은 모 TCR의 표적 항원성 펩티드 이외의 펩티드에 유의하게 결합하지 않는 경우, 표적 항원에 대한 특이성(즉, 표적 항원에 특이적으로 결합하는 능력)을 유지하거나 실질적으로 유지하는 것으로 간주된다.
용어 "α/β TCR" 또는 "γ/δ TCR"은 각각 전술한 α-쇄와 β-쇄, 또는 γ-쇄와 δ-쇄를 포함하는 TCR을 의미한다. 이러한 TCR은 "전장 TCR" 또는 "통상적인 TCR"로도 기재될 수 있다. α/β TCR 또는 γ/δ TCR은 천연 TCR일 수 있거나 천연 TCR의 구조를 유지하는 조작된 TCR, 즉, 상기 설병한 가변 및/또는 불변 도메인에 약간의 변형을 포함하는 조작된 TCR, 예컨대 인간화된 TCR일 수 있다.
본원에서 사용된 "단일 쇄 TCR(scTCR)"은 TCR의 가변 도메인이 단일 폴리펩티드에 위치하는 TCR을 의미한다. 전형적으로, scTCR의 가변 도메인은 링커에 의해 분리되고, 이때 상기 링커는 전형적으로 10 내지 30개의 아미노산, 예컨대 25개의 아미노산을 포함한다.
본원에서 "키메라 단백질"은 다수의 종으로부터의 서열을 포함하는 단백질을 지칭한다. 본원에서 "키메라 TCR"은 여러 종의 서열을 포함하는 TCR을 의미한다. 바람직하게는, 본 발명의 맥락에서, 키메라 TCR은 인간으로부터의 1개 이상의 도메인과 마우스로부터의 하나의 도메인을 포함하는 α-쇄를 포함할 수 있다. 보다 바람직하게는, 본 발명의 맥락에서, 키메라 TCR은 인간 α-쇄의 가변 도메인 및 예를 들어, 뮤린 TCR α-쇄의 불변 도메인을 포함하는 α-쇄를 포함할 수 있다.
본원에 사용된 용어 "항체"는 천연 및 조작된 항체를 포함하는 것을 의미한다. "조작된 항체"라는 용어에는 기능성 항체 단편, 단일 쇄 항체, 단일 도메인 항체, 이중특이성 또는 다중특이성 항체가 포함된다.
천연 "항체"는 2개의 중쇄와 2개의 경쇄를 포함하고, 이때 중쇄는 다이설파이드 결합에 의해 서로 연결되고 각각의 중쇄는 다이설파이드 결합에 의해 경쇄에 연결된다. 경쇄에는 람다(λ)와 카파(κ)의 두 가지 유형이 있다. 항체 분자의 기능적 활성을 결정하는 5가지 주요 중쇄 클래스(또는 아이소타입(isotype))가 있다: IgM, IgD, IgG, IgA 및 IgE. 각각의 쇄에는 고유한 도메인(영역으로도 지칭됨)이 포함된다. 경쇄는 가변 도메인(VL)과 불변 도메인(CL)인 2개의 도메인을 포함한다. 중쇄는 항체 아이소타입에 따라 4개 또는 5개의 도메인(가변 도메인(VH) 및 3개 또는 4개의 불변 도메인(CH1, CH2 및 CH3, 및 임의적으로 CH4, 집합적으로 CH로 지칭됨))을 포함한다. 경쇄(VL)와 중쇄(VH)의 가변 도메인은 항원에 대한 결합 인식과 특이성을 결정한다. 경쇄(CL) 및 중쇄(CH)의 불변 도메인은 항체 쇄 회합, 분비, 태반을 통한 이동성, 보체 결합 및 Fc 수용체(FcR)에 대한 결합과 같은 중요한 생물학적 특성을 부여한다.
항체의 특이성은 항체 결합 부위와 항원 결정기 사이의 구조적 상보성에 있다. 항체 결합 부위는 주로 "항체 상보성 결정 영역(CDR)" 또는 초가변 영역으로부터의 잔기로 구성된다. 때때로, 초가변이 아닌 영역 또는 프레임워크 영역(FR)의 잔기가 전체 도메인 구조에 영향을 미치므로 결합 부위도 영향을 받는다. CDR은 천연 항체 결합 부위의 천연 Fv 영역의 결합 친화도 및 특이성을 함께 정의하는 아미노산 서열을 의미한다. 항체의 경쇄와 중쇄는 각각 CDR1-L, CDR2-L, CDR3-L 및 CDR1-H, CDR2-H, CDR3-H로 표시되는 3개의 CDR을 갖는다. 따라서, 항체 항원 결합 부위는 중쇄 및 경쇄 V 영역 각각의 CDR 세트를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다. "항체 프레임워크 영역(FR)"은 CDR 사이에 삽입된 아미노산 서열, 즉, 단일 종의 다양한 항체 간에 상대적으로 보존되는 항체 경쇄 및 중쇄 가변 영역의 부분을 의미한다. 항체의 경쇄와 중쇄는 각각 FR1-L, FR2-L, FR3-L, FR4-L 및 FR1-H, FR2-H, FR3-H, FR4-H로 표시되는 4개의 FR을 갖는다. 따라서, 경쇄 가변 도메인은 (FR1-L)-(CDR1-L)-(FR2-L)-(CDR2-L)-(FR3-L)-(CDR3-L)-(FR4-L)로 기재될 수 있고, 중쇄 가변 도메인은 (FR1-H)-(CDR1-H)-(FR2-H)-(CDR2-H)-(FR3-H)-(CDR3-H)-(FR4-H)로 기재될 수 있다. 본원에 사용된 "인간 프레임워크 영역"은 천연적으로 발생하는 인간 항체의 프레임워크 영역에 대해 실질적으로(약 85% 또는 그 이상, 특히 90%, 95%, 97%, 99% 또는 100%) 동일한 프레임워크 영역이다. 본 발명의 맥락에서, 항체 경쇄 또는 중쇄 가변 도메인에서의 CDR/FR 정의는 IMGT 정의를 기반으로 결정된다(문헌[Lefranc et al., Dev. Comp. Immunol., 2003, 27(1):55-77]; www.imgt.org). 따라서, 소정 가변 쇄의 CDR1, CDR2 및 CDR3의 아미노산 서열과 FR1, FR2, FR3 및 FR4의 아미노산 서열은 상기 IMGT 정의에 따라 표시된다.
본 발명의 항체, TCR 또는 항원 결합 단백질의 CDR의 아미노산 서열을 알면, 당업자는 TCR 프레임워크 영역 또는 항체 프레임워크 영역과 같은 프레임워크 영역을 용이하게 결정할 수 있다. CDR이 표시되지 않는 경우, 당업자는 먼저 TCR에 대한 IMGT 정의 또는 항체에 대한 IMGT 정의에 근거하여 CDR 아미노산 서열을 결정한 후, 프레임워크 영역의 아미노산 서열을 결정할 수 있다.
조작된 항체 형식에는 기능성 항체 단편, 단일 쇄 항체, 단일 도메인 항체, 및 키메라, 인간화, 이중특이성 또는 다중특이성 항체가 포함된다. 조작된 항체 형식에는 항체의 경쇄 가변 도메인이 TCR의 α-쇄 가변 도메인으로 대체될 수 있고 중쇄 가변 도메인은 TCR의 β-쇄 가변 도메인으로 대체될 수 있거나 그 반대일 수 있는 구축물이 추가로 포함된다. "기능성 항체 단편"은 표적 항원에 결합하는 능력, 특히 표적 항원에 대한 친화도 및/또는 특이성을 유지하는 전장 항체의 일부를 의미한다. 바람직하게는, 기능성 항체 단편은 전장 항체의 항원 결합 영역 또는 가변 영역을 포함한다. 기능성 항체 단편의 예에는 Fv, Fab, F(ab')2, Fab', dsFv, (dsFv)2, scFv, sc(Fv)2 및 다이아바디(diabody)가 포함된다. 기능성 항체 단편은 또한 중쇄 항체와 같은 단일 도메인 항체일 수도 있다. 용어 "Fab"는 IgG를 파파인과 같은 프로테아제에 의해 처리하여 수득된 단편 중 H 쇄의 N-말단측 및 L 쇄 전체의 약 절반이 다이설파이드 결합을 통해 함께 결합되는, 약 50,000 달튼(Dalton)의 분자량과 항원 결합 활성을 갖는 항체 단편을 의미한다. Fv 단편은 항체의 Fab 단편의 N-말단 부분이거나 하나의 경쇄와 하나의 중쇄의 가변 부분으로 이루어진다.
본원에 사용된 바와 같이, 항원 결합 단백질의 "형식"은 도메인, 특히 가변 및 임의적으로 불변 도메인의 정의된 공간 정렬을 표시한다. 이러한 항원 결합 단백질 형식의 중요한 특징은 폴리펩티드 쇄(단일 쇄, 이중 쇄 또는 다중 쇄)의 개수, 다양한 도메인을 연결하는 링커의 유형 및 길이, 가변 도메인의 개수(및 이에 따른 결합가의 개수), 다양한 가변 도메인의 수(및 이에 따른 상이한 항원에 대한 특이성의 개수(예컨대, 이중특이성, 다중특이성)) 및 가변 도메인의 순서와 방향(예컨대, 교차, 평행)이다.
"인간화된 항체"라는 용어는 완전히 또는 부분적으로 비인간 기원의 항체를 지칭하며, 인간에서의 면역 반응을 방지하거나 최소화하기 위해 특정 아미노산, 특히 중쇄 및 경쇄의 프레임워크 영역을 대체하여 변형된 항체를 의미한다. 인간화된 항체의 불변 도메인은 주로 인간 CH 및 CL 도메인이다. 항체 서열의 인간화를 위한 다수의 방법이 당업계에 공지되어 있고, 예를 들어, 문헌[the review by Almagro & Fransson(2008) Front Biosci. 13: 1619-1633]을 참고한다.
본원의 맥락에서, "참조 서열에 대해 85% 이상 동일한" 서열은 전체 길이에 걸쳐 참조 서열의 전체 길이와 85% 이상, 특히 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 서열이다. 기준 서열에 대해 "적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일"한 아미노산 서열로 구성된 단백질은 참조 서열에 비해 결실, 삽입 및/또는 치환 같은 돌연변이를 포함할 수 있다. 치환의 경우, 참조 서열에 대해 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 아미노산 서열로 구성된 단백질은 참조 서열이 아닌 또 다른 종으로부터 유래된 상동 서열에 상응할 수 있다.
본원의 맥락에서, "동일성 백분율"은 전역 페어와이즈 배열(global pairwise alignment)을 사용하여 계산될 수 있다(즉, 2개의 서열이 전체 길이에 걸쳐 비교됨). 2개 이상의 서열의 동일성을 비교하는 방법은 당업계에 주지되어 있다. 예를 들어, 전체 길이를 고려할 때, 2개의 서열의 최적 배열(갭(gap) 포함)을 찾는 데 사용되는 니들맨-운슈(Needleman-Wunsch) 전역 정렬 알고리즘(문헌[Needleman and Wunsch, 1970 J. Mol. Biol. 48:443-453])을 찾는 "니들" 프로그램이 사용될 수 있다. 니들 프로그램은, 예를 들어, www.ebi.ac.uk 사이트에서 이용가능하며 하기 출판물에 추가로 기재된다(문헌[EMBOSS: The European Molecular Biology Open Software Suite (2000) Rice, P. Longden, I. and Bleasby, A. Trends in Genetics 16, (6) pp. 276-277]). 본 발명에 따른 두 폴리펩티드 사이의 동일성 백분율은 10.0의 "Gap Open" 매개변수, 0.5의 "Gap Extend" 매개변수, 및 Blosum62 매트릭스를 갖는 EMBOSS: 니들(글로벌) 프로그램을 사용하여 계산된다.
"아미노산 돌연변이"는 결실, 삽입 또는 치환일 수 있다.
"아미노산 치환"은 보존적이거나 비보존적일 수 있다. 한 실시양태에서, 치환은 하나의 아미노산이 유사한 구조적 및/또는 화학적 특성을 갖는 또 다른 아미노산으로 치환되는 보존적 치환이다.
한 실시양태에서, 보존적 아미노산 치환은 아미노산을 동일한 부류의 또 다른 아미노산, 예를 들어, (1) 비극성: Ala, Val, Leu, Ile, Pro, Met, Phe, Trp; (2) 하전되지 않은 극성: Gly, Ser, Thr, Cys, Tyr, Asn, Gln; (3) 산성: Asp, Glu; 및 (4) 염기성: Lys, Arg, His로 치환하는 것을 포함할 수 있다. 다른 보존적 아미노산 치환도 하기와 같이 이루어질 수 있다: (1) 방향족: Phe, Tyr, His; (2) 양성자 공여자: Asn, Gln, Lys, Arg, His, Trp; 및 (3) 양성자 수용자: Glu, Asp, Thr, Ser, Tyr, Asn, Gln(예를 들어, US 10,106,805(이의 내용 전체는 참고로 인용됨) 참고).
또 다른 실시양태에서, 보존적 치환은 표 1에 따라 이루어질 수 있다. 단백질 변형에 대한 내성을 예측하는 방법은, 예를 들어, 문헌[Guo et al., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 101(25):9205-9210 (2004)]에서 발견될 수 있고, 이의 내용은 그 전체가 본원에 참고로 인용된다.
보존적 아미노산 치환
보존적 아미노산 치환
아미노산 치환(다른 것들은 당업계에 공지됨)
Ala Ser, Gly, Cys
Arg Lys, Gln, His
Asn Gln, His, Glu, Asp
Asp Glu, Asn, Gln
Cys Ser, Met, Thr
Gln Asn, Lys, Glu, Asp, Arg
Glu Asp, Asn, Gln
Gly Pro, Ala, Ser
His Asn, Gln, Lys
Ile Leu, Val, Met, Ala
Leu Ile, Val, Met, Ala
Lys Arg, Gln, His
Met Leu, Ile, Val, Ala, Phe
Phe Met, Leu, Tyr, Trp, His
Ser Thr, Cys, Ala
Thr Ser, Val, Ala
Trp Tyr, Phe
Tyr Trp, Phe, His
Val Ile, Leu, Met, Ala, Thr
본 발명의 항원 결합 단백질은 하나 이상의 천연적으로 발생하는 아미노산 대신 합성 아미노산을 포함할 수 있다. 이러한 합성 아미노산은 당업계에 공지되어 있으며, 예를 들어, 아미노사이클로헥산 카르복실산, 노르류신, α-아미노 n-데칸산, 호모세린, S-아세틸아미노메틸-시스테인, 트랜스-3- 및 트랜스-4-하이드록시프롤린, 4-아미노페닐알라닌, 4-니트로페닐알라닌, 4-클로로페닐알라닌, 4-카르복시페닐알라닌, β-페닐세린, β-하이드록시페닐알라닌, 페닐글리신, α-나프틸알라닌, 사이클로헥실알라닌, 사이클로헥실글리신, 인돌린-2-카르복실산, 1,2,3,4-테트라하이드로이소퀴놀린-3-카르복실산, 아미노말론산, 아미노말론산 모노아미드, N'-벤질-N'-메틸-리신, N',N'-다이벤질-리신, 6-하이드록시리신, 오르니틴, α-아미노사이클로펜탄 카르복실산, α-아미노사이클로헥산 카르복실산, α-아미노사이클로헵탄 카르복실산, α-(2-아미노-2-노르보르난)-카르복실산, α,γ-다이아미노부티르산, α,β-다이아미노프로피온산, 호모페닐알라닌 및 α-tert-부틸글리신을 포함할 수 있다.
한 실시양태에서, 본 발명의 항원 결합 단백질은 글리코실화, 아미드화, 카르복실화, 인산화, 에스테르화, N-아실화, 예를 들어, 다이설파이드 가교를 통해 고리화되거나, 산 부가 염으로 전환되고/되거나 임의적으로 이량체화되거나 또는 중합되거나 접합된다.
본원에서 "공유 연결"은, 예를 들어, 다이설파이드 결합 또는 펩티드 연결, 또는 링커 또는 링커 서열, 예컨대 폴리펩티드 링커를 통한 공유 연결을 지칭한다.
본원에 사용된 용어 "링커"는 도메인 또는 요소, 예를 들어, 정확히 접혀 항원 결합 부위를 형성하는 이중특이성 항원 결합의 가변 도메인에 충분한 이동성을 제공하기 위해 도메인 사이, 또는 도메인과 제제 사이에 삽입된 하나 이상의 아미노산 잔기를 의미한다.
일부 실시양태에서, 링커는 0개의 아미노산으로 구성되며, 이는 링커가 부재함을 의미한다. 링커는 각각 아미노산 서열 수준에서 가변 도메인 사이 또는 가변 도메인과 불변 도메인(또는 이량체화 도메인) 사이의 전이에 삽입된다. 항체 도메인과 TCR 도메인의 대략적인 크기가 주지되어 있기 때문에 도메인 사이의 전이를 확인할 수 있다. 도메인 전이의 정확한 위치는 실험 데이터에 의해 입증되거나 모델링 기술이나 2차 구조 예측에 의해 가정될 수 있는 바와 같이 베타 시트 또는 알파 나선과 같은 2차 구조 요소를 형성하지 않는 펩티드 스트레치(stretch)를 찾아 결정될 수 있다.
링커는 각각의 문맥에서 달리 명시되지 않는 한 길이가 적어도 1 내지 30개의 아미노산일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커의 길이는 2 내지 25개, 2 내지 20개, 또는 3 내지 18개의 아미노산일 수 있다. 일부 실시양태에서, 링커는 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6 또는 5개 이하의 아미노산 길이를 갖는 펩티드일 수 있다. 다른 실시양태에서, 링커는 5 내지 25개, 5 내지 15개, 4 내지 11개, 10 내지 20개, 또는 20 내지 30개의 아미노산 길이일 수 있다. 다른 실시양태에서, 링커는 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30개의 아미노산 길이일 수 있다. 특정 실시양태에서, 링커는 24개 미만, 20개 미만, 16개 미만, 12개 미만, 10개 미만, 예를 들어, 5 내지 24개, 10 내지 24개 또는 5 내지 10개의 아미노산 잔기 길이일 수 있다. 일부 실시양태에서, 상기 링커는 1개 이상의 아미노산 잔기 길이, 예를 들어, 1개 초과, 2개 초과, 5개 초과, 10개 초과, 20개 초과의 아미노산 잔기 길이, 22개 초과의 아미노산 잔기 길이이다. 바람직한 실시양태에서, 링커는 글리신/세린 링커, 즉, 글리신 및 세린 잔기로 이루어지거나 본질적으로 이루어진 링커이다.
본 개시내용의 항원 결합 단백질은 합성, 재조합, 단리, 조작 및/또는 정제될 수 있다.
본 발명의 맥락에서, "조작된" 항원 결합 단백질, 특히 조작된 TCR은 생명공학적 방법에 의해, 특히 천연 단백질 서열에 아미노산 돌연변이를 도입함으로써 변형된 단백질을 의미한다. 이러한 생명공학적 방법은 당업자에게 주지되어 있다.
"정제된"은 폴리펩티드(예를 들어, 본 발명의 항원 결합 단백질) 또는 뉴클레오티드 서열(예를 들어, 본원에 기재된 항원 결합 단백질 또는 이의 기능적 단편을 인코딩함)을 언급할 때, 지시된 분자가 동일한 유형의 다른 생물학적 거대분자의 실질적인 부재하에 존재함을 의미한다. 특히 본원에 사용된 용어 "정제된"은 중량 기준으로 적어도 75%, 85%, 95% 또는 98%의 동일한 유형의 생물학적 거대분자가 존재함을 의미한다. 본원에 사용된 용어 "정제된"은 항원 결합 단백질에 이의 치료, 진단, 예방, 연구 또는 기타 용도를 방해할 수 있는 DNA, RNA, 단백질, 폴리펩티드 또는 세포가 부재함을 추가로 나타낼 수 있다.
특정 폴리펩티드를 인코딩하는 정제된 핵산 분자는 대상 폴리펩티드를 인코딩하지 않는 다른 핵산 분자가 실질적으로 부재하는 핵산 분자를 의미하지만, 상기 분자는 조성물의 기본 특성에 해로운 영향을 미치지 않는 일부 추가 염기 또는 부분을 포함할 수 있다.
"단리된"이라는 용어는 자연 상태에서 변경되거나 제거된 것을 의미한다. 예를 들어, 생존 동물에 자연적으로 존재하는 핵산 또는 펩티드는 "단리"되지 않지만, 자연 상태의 공존 물질로부터 부분적으로 또는 완전히 분리된 동일한 핵산 또는 펩티드는 "단리"된다. 단리된 핵산 또는 단백질은 실질적으로 정제된 형태로 존재할 수 있거나, 예를 들어, 숙주 세포와 같은 비천연 환경에 존재할 수 있다. 단리된 항원 결합 단백질은 상이한 항원 특이성을 갖는 다른 항원 결합 단백질이 실질적으로 부재한다(예를 들어, CT45-IP에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질은 CT45-IP 이외의 항원에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질이 실질적으로 부재함). 또한, 분리된 항원 결합 단백질에는 다른 세포 물질 및/또는 화학물질이 실질적으로 부재할 수 있다.
"재조합" 분자는 재조합 수단에 의해 제조, 발현, 생성 또는 단리된 분자이다. 재조합 분자는 자연에 존재하지 않는다.
"유전자"라는 용어는 하나 이상의 단백질 또는 효소의 전부 또는 일부를 포함하는 아미노산의 특정 서열을 인코딩하거나 이에 상응하는 DNA 서열을 의미하며, 프로모터 서열과 같은 조절 DNA 서열을 포함할 수도 있고 포함하지 않을 수도 있고, 이는, 예를 들어, 유전자가 발현되는 조건을 결정한다. 구조적 유전자가 아닌 일부 유전자는 DNA에서 RNA로 전사될 수 있지만 아미노산 서열로 번역되지는 않는다. 다른 유전자는 구조 유전자의 조절자 또는 DNA 전사의 조절자로 기능할 수 있다. 특히, 유전자라는 용어는 단백질을 인코딩하는 게놈 서열, 즉, 조절인자, 프로모터, 인트론 및 엑손 서열을 포함하는 서열을 의미할 수 있다.
"친화도"는 본 발명의 맥락에서, 항원 결합 단백질과 이의 항원, 즉, MHC 단백질과 복합체 내의 CT45-IP 펩티드 사이의 평형 결합에 의해 정의된다. 친화도는 일반적으로 평형 해리 상수(KD)로 표현된다.
"K D "는 항원 결합 단백질과 이의 항원 사이의 koff/kon 비율인 평형 해리 상수이다. KD와 친화도는 반비례한다. KD 값은 항원 결합 단백질의 농도와 관련이 있으며, KD 값이 낮을수록 항원 결합 단백질의 친화도가 높다는 것을 의미한다. KD 값은 표면 플라즈몬 공명(SPR) 또는 생물-층 간섭계(BLI)를 사용한 결합 및 해리 속도 측정과 같은 다양한 공지된 방법에 의해 실험적으로 평가될 수 있다. 당업자에게 알려진 바와 같이, 사용된 완충액, 단백질의 농도와 같은 실험에 사용된 실험 조건은 결과에 큰 영향을 미칠 수 있다.
본 발명의 맥락에서, "기능적 결합력"은 MHC와의 복합체에서 표적 항원성 펩티드에 결합 시 효과기 세포, 바람직하게는 T 세포를 활성화하는 항원 결합 단백질, 바람직하게는 TCR의 능력을 설명하는 매개변수로 정의된다. 효과기 세포, 바람직하게는 T 세포의 활성화는 기능 검정, 특히 하기 기재된 바와 같은 사이토카인 생성 검정 또는 세포독성 검정으로 측정될 수 있다. 일부 실시양태에서, 기능 검정에서 측정된 EC50이, 하기 기술된 세포독성 검정에서 약 60nM 미만, 약 10nM 미만, 또는 약 1nM 미만과 같이 낮고/거나 기능 검정에서 결정된 활성이 각각의 기능 검정에서 정의된 최대 활성의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 바람직하게는 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90% 또는 적어도 95%와 같이 높은 경우, 항원 결합 단백질의 기능적 결합력은 높은 것으로 간주된다. 기능 검정에 따라, 최대 활성은 알려진 높은 기능적 결합력을 갖는 참조 단백질의 활성 또는 하기 설명된 "최대 용해 대조군"의 활성일 수 있다.
본 발명의 맥락에서, "효능"은, MHC와의 복합체에서 표적 항원성 펩티드를 이의 표면 상에 제시하는 암 세포를 사살하는 효과기 세포, 바람직하게는 T 세포를 활성화시키는 항원 결합 단백질, 바람직하게는 TCR의 능력을 기술하는 매개변수로서 정의된다. 효능은 기능 검정, 특히 하기 기재된 바와 같이 생존 세포 모니터링 세포독성 검정에서 결정될 수 있다.
"기능 검정"에서, 항원 결합 단백질은, 예를 들어, "효과기 세포(E)"에서 발현되고, 효과기 세포는 "표적 세포(T)", 즉, 펩티드-MHC 복합체를 제시하는 항원 제시 세포와 공동-배양(co-culturing)된다. 따라서, 기능 검정은 "공동-배양 검정"으로 기재될 수도 있다. 본원에 기재된 모든 세포 배양 검정의 경우, 세포 배양 온도는 바람직하게는 약 37℃이다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질은 TCR이고 효과기 세포는 T 세포이다. 표적 세포는 항원성 펩티드가 인공적으로 로딩된 세포(예컨대, T2 세포)일 수 있거나 표면에 표적 항원성 펩티드를 내인적으로 제시하는 세포(예컨대, CT45를 발현하는 암 세포)일 수 있다. 항원 결합 단백질이 펩티드-MHC 복합체에 결합하는 것은 효과기 세포를 활성화시킨다. 기능 검정 유형에 따라, 활성화 정도를 측정하는 판독값이 상이하다. 사이토카인 생성 검정에서, 효과기 세포에 의해 사이토카인(예컨대, TNF-α, IFN-γ, CD107a+, IL-2 및/또는 그랜자임 B)의 생성이 측정된다. 세포독성 검정에서, 효과기 세포에 의한 표적 세포의 사살은, 예를 들어, 표적 세포, 특히 암 세포의 증식 감소를 (예를 들어, 생존 세포 모니터링 세포독성 검정에서) 측정함으로써 또는 표적 세포로부터의 세포내 단백질의 방출을 측정함으로써 결정된다. 세포독성 검정에서 측정하기에 적합한 세포내 단백질은 내인성 단백질(예컨대, LDH) 또는 항원 제시 세포(예컨대, 루시퍼라제)에 의해 발현되는 형질전환 단백질일 수 있다.
본 발명의 맥락에서, "T2 세포"라는 용어는 TAP 기능이 결여된 MHCI 분자(HLA-A2)를 발현하는 세포를 의미한다. T2 세포에는 다양한 농도의 외인성 항원성 펩티드가 인위적으로 용이하게 로딩될 수 있다. T2 세포는, 예를 들어, 문헌[Hosken and Bevan, Science 1990 Apr 20;248(4953):367-70]에 기재되어 있다. T2 세포는, 예를 들어, ATCC(American Type Culture Collection)에서 시판된다. T2 세포의 로딩은 T2 세포를 원하는 농도의 항원성 펩티드와 함께 약 2시간 동안 인큐베이션함으로써 당업자에게 공지된 표준 세포 배양 조건하에 달성될 수 있다. 본 발명의 맥락에서, 1μM, 100nM, 10nM, 1nM, 100pM, 10pM, 1pM과 같은 특정 농도의 항원성 펩티드와 함께 인큐베이션된 T2 세포는 상기 농도의 항원성 펩티드가 로딩된 T2 세포로 지칭되고, 예를 들어, 10μM의 항원성 펩티드와 함께 인큐베이션된 T2 세포는 10μM의 항원성 펩티드가 로딩된 T2 세포로 지칭된다.
용어 "E:T 비율"은 효과기 세포(즉, 항원 결합 단백질, 특히 TCR을 발현하는 면역 세포, 특히 T 세포) 대 표적 세포의 비율을 의미한다. 일부 실시양태에서, E:T 비율은 시딩(seeding) 비율, 즉, 표적 세포에 대한 면역 세포, 특히 T 세포의 총 개수의 비율에 상응한다. 일부 실시양태에서, E:T 비율은 시딩 비율보다 낮다. 이는 모든 면역 세포가 항원 결합 단백질을 발현하지 않는 경우, 즉, 낮은 전기천공 효율로 인해 모든 면역 세포가 효과기 세포가 아닌 경우에 적용된다. 일부 실시양태에서, 시딩 비율은 E:T 비율의 근사치로서 사용된다. 일부 실시양태에서, E:T 비율은 전기천공 효율을 고려하여 시딩 비율을 조정함으로써 측정된다.
예시적인 루시퍼라제 방출 검정은 방법 섹션에 기재되어 있고 실시예 1 및 2에서 수행된다. 루시퍼라제 방출 검정의 특정 실시양태에서, 효과기 세포는 TCR, 예컨대, TCR을 인코딩하는 mRNA로 전기천공된 T 세포 또는 TCR을 인코딩하는 핵산으로 안정하게 형질도입된 T 세포, 예를 들어, TCR을 인코딩하는 핵산을 포함하는 렌티바이러스 벡터로 형질도입된 T 세포를 일시적으로 또는 안정하게 발현하는 T 세포, 바람직하게는 사전-자극된 T 세포이다. 이러한 효과기 세포는 루시퍼라제를 발현하는 표적 세포와 함께 배양된다. 바람직하게는, 표적 세포는 항원성 펩티드가 로딩된 T2 세포이다. 바람직하게는, 효과기 세포와 표적 세포는 2:1 내지 1:2, 바람직하게는 1:1의 비율로 시딩된다. 정의된 시간, 예를 들어, 12 내지 38시간, 바람직하게는 18 내지 30시간, 보다 바람직하게는 약 24시간의 공동-배양 후, 상청액 중 루시퍼라제의 양을 측정하고, 이때 높은 루시퍼라제 농도는 높은 사살 활성, 및 이에 따라 제시된 펩티드에 대한 항원 결합 단백질, 바람직하게는 TCR의 높은 기능적 결합력을 나타낸다. 세포독성 검정, 바람직하게는 상기 정의된 루시퍼라제 방출 검정에서 표적 세포에 대한 효과기 세포의 세포독성 활성이 대조 독성 시약의 세포독성 활성의 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 75%, 바람직하게는 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95%인 경우, 항원 결합 단백질의 기능적 결합력이 높은 것으로 간주된다. 당업자는 세포독성 활성이 100%보다 높을 수 있다는 것을 알고 있다. 이는 100% 세포독성 활성이, 독성 시약과 함께 표적 세포의 인큐베이션을 의미하는 "최대 용해 제어"에 의해 정의된다는 사실 때문이다. 일부 실시양태에서, 독성 시약은 표적 세포의 용해에 영향을 미치는 세제, 예를 들어, Triton-X100, Tween-20, Tween-80 또는 NP-40이다. 일부 구체적인 실시양태에서, 최대 용해 제어는 표적 세포 배양물에 0.2% Triton-X100 용액을 첨가하는 것을 포함한다. 독성 시약의 세포독성 활성, 즉, 독성 시약에 의해 살해된 표적 세포의 개수는 100%로 정의된다. 표적 세포는 공동-배양 동안 여전히 증식할 수 있기 때문에, 효과기 세포는 결국 독성 시약이 최대 용해 제어 동안 사살한 것 보다 세포독성 검정 동안 훨씬 더 많은 수의 표적 세포를 사살할 수 있다. 이러한 경우, 계산된 세포독성 활성은 100%보다 높을 것이다.
예시적인 사이토카인 생성 검정은 방법 섹션에 기재되어 있으며 실시예 3에서 수행된다. 사이토카인 생성 검정의 특정 실시양태에서, 효과기 세포는 T 세포, 바람직하게는 TCR을 발현하는 사전-자극된 T 세포, 예를 들어, TCR을 인코딩하는 핵산에 의해 일시적으로 형질감염되거나 안정하게 형질도입된 T 세포, 바람직하게는 TCR을 인코딩하는 mRNA로 전기천공된 T 세포이다. 이러한 효과기 세포는 바람직하게는 항원성 펩티드가 로딩된 T2 세포인 표적 세포와 함께 배양된다. 바람직하게는, 효과기 세포와 표적 세포는 2:1 내지 1:2, 바람직하게는 1:1의 비율로 시딩된다. 공동-배양은 바람직하게는 분비 차단제의 존재 하에 일어난다. 정의된 시간, 예를 들어, 3 내지 7시간, 바람직하게는 약 5시간의 공동-배양 후, 효과기 세포는, 예를 들어, CD107a+, IFN-감마, TNF 알파, IL-2 및 그랜자임 B로부터 선택된 1개 이상의 세포내 사이토카인에 대해 염색되어 사이토카인을 생성하는 효과기 세포의 양이 측정된다. 항원 결합 단백질의 기능적 결합력은, 항원이 상기 정의한 사이토카인 생성 검정에서 효과기 세포를 활성화할 수 있는 경우, 특히 표적 세포와의 공동-배양 시 사이토카인을 생성하는 효과기 세포의 개수가 생존 CD4+, CD8+ 및/또는 CD3+ 세포와 같은 면역 세포 집단당 적어도 2%, 적어도 2.5%, 바람직하게는 적어도 3%인 경우 높은 것으로 간주된다. 바람직하게는, 표적 세포와의 공동-배양 시 사이토카인을 생성하는 효과기 세포의 개수는 효과기 세포의 총 개수당 적어도 10%, 적어도 25%, 또는 적어도 50%이다. 상기 설명된 바와 같이, 모든 면역 세포가 항원 결합 단백질을 발현하는 것은 아니다. 즉, 공동-배양 검정에서 시딩된 모든 면역 세포가, 예를 들어, 낮은 전기천공 효율로 인한 효과기 세포인 것은 아니다.
예시적인 생존-세포 모니터링 세포독성 검정은 방법 섹션에 기재되어 있으며 실시예 5에서 수행된다. 생존-세포 모니터링 세포독성 검정의 특정 실시양태에서, 효과기 세포는 TCR을 일시적으로 또는 안정하게 발현하는 T 세포, 바람직하게는 사전-자극된 T 세포, 예컨대, TCR을 인코딩하는 mRNA로 전기천공된 T 세포이다. 이러한 효과기 세포는 CT45-IP 항원성 펩티드를 내인적으로 발현 및 제시하고 임의적으로 CT45-IP 항원성 펩티드를 추가로 로딩하는 종양 세포와 공동-배양된다. 일부 실시양태에서, 종양 세포는 A375 세포 또는 NCIH-1703 세포이다. 종양 세포는 바람직하게는 형광 표지된다. 생존 세포 모니터링 세포독성 검정의 일부 실시양태에서, 총 T 세포(TCR(= 효과기 세포)를 발현하는 T 세포 및 TCR을 발현하지 않는 T 세포 포함)의 시딩 비율은 9:1 내지 0.5:1, 예컨대 9:1, 6:1, 3:1, 2:1 또는 1:1이다. 일부 실시양태에서, E:T 비율은 6:1 내지 0.2:1이다. 상기 정의한 생존 세포 모니터링 세포독성 검정에서 종양 세포의 사살(종양 세포 증식의 감소로 결정됨)이 6:1 이하, 5:1 이하, 4:1 이하, 3:1 이하, 바람직하게는 2:1 이하, 보다 바람직하게는 1:1 이하, 보다 보다 바람직하게는 0.5:1 이하의 E:T 비율로 관찰되는 경우 항원 결합 단백질의 효능이 높은 것으로 간주된다.
"EC50"이라고도 불리는 "절반 최대 효과 농도"는 특정된 노출 시간 후 기준선과 최대치 사이의 중간 지점에서 반응을 유도하는 분자의 농도를 나타낸다. EC50 값이 낮을수록 분자의 기능적 결합력은 높다. EC50 값은 다양한 공지된 방법, 예를 들어, 상기 기재된 기능 검정이나 기타 ELISA 또는 유세포 분석 기반 사살 분석을 사용하여 실험적으로 평가될 수 있다.
상기 기재된 기능 검정에서 EC50을 결정하기 위해, T2 세포와 같은 항원 제시 세포에 로딩된 다양한 농도의 항원성 펩티드를 "펩티드 적정 실험"에 사용해야 한다. 펩티드 적정을 이용한 예시적인 루시퍼라제 방출 검정이 방법 섹션에 기재되어 있고 실시예 1에서 수행되었다. 특정 실시양태에서, "EC50"은 표적 세포, 특히 CT45 항원성 펩티드가 로딩된 T2 세포에 로딩된 항원성 펩티드의 농도를 의미하고, 이는 상기 표적 세포가 상기 정의된 바와 같이 루시퍼라제 방출에서 효과기 세포와 공동-배양될 때 기준선과 최대치 사이의 중간에서 반응을 유도한다. 세포독성 검정, 바람직하게는 상기 정의된 바와 같은 루시퍼라제 방출 검정에서 결정된 EC50이 약 60nM 미만, 약 50nM 미만, 약 30nM 미만, 약 25nM 미만, 바람직하게는 약 20nM 미만, 약 15nM 미만, 약 10nM 미만, 보다 바람직하게는 약 5nM 미만, 약 2.5nM 미만, 약 1.5nM 미만 또는 약 1nM 미만인 경우, 항원 결합 단백질의 기능적 결합력이 높은 것으로 간주된다.
"덱스트라머(dextramer) 염색"은 항원 결합 단백질을 발현하는 세포를 10개의 CT45-IP:MHC 복합체를 포함하는 형광 표지된 다량체와 접촉시키는 것을 포함한다.
본 발명의 맥락에서, 용어 "특이성"은 항원 결합 단백질이 이의 표적 펩티드를 상이한 아미노산 서열을 갖는 펩티드, 예를 들어, 하기 정의된 유사한 펩티드와 구별하는 능력을 의미한다. 표적 펩티드에 대한 결합이 유사한 펩티드에 대한 결합보다 상당히 더 높은 친화도 및/또는 더 높은 기능적 결합력으로 발생하는 경우, 항원 결합 단백질은 표적 펩티드에 특이적인 것으로 간주된다. 항원 결합 단백질의 특이성은 아미노산 서열 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및 CDRb3에 의해 결정된다. CDRa2 및 CDRb2의 아미노산 서열은 MHC 분자와 접촉하며 항원 특이성에 필요하지 않다.
본 발명의 맥락에서, 본원에서 "유사한 펩티드"는 잠재적인 표적외 펩티드, 즉, 생화학적/생물리학적 특성에 근거하여 본 발명의 항원 결합 단백질에 의해 잠재적으로 결합될 수 있는 펩티드를 의미하며, 상동성 시퀀스 또는 유사한 모티프를 포함하지만 이에 제한되지는 않는다. 유사한 펩티드는 일반적으로 8 내지 12개의 아미노산 길이로 이루어진다. 본 발명의 맥락에서, 전형적으로, 유사한 펩티드는 제시된 MHC, 특히 MHCI이다. 또한, 본 발명의 맥락에서, 유사한 펩티드는 CT45 항원성 펩티드의 아미노산 서열과 유사한 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어진 펩티드, 더욱 구체적으로 CT45의 에피토프와 비교하여 항원성 펩티드는 일부 또는 모든 아미노산이 CT45 항원성 펩티드의 에피토프를 구성하는 아미노산과 동일 및/또는 유사한 생화학적/생물리학적 특성을 갖는 에피토프를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 발명의 맥락에서, 조사된 유사한 펩티드는 CT45-IP의 결합 관련 위치 내의 유사성 점수 및 정상 조직에 대한 최소 한 번의 검출 요구 사항을 사용하여 종양 및 정상 조직에 제시된 HLA-A*02 결합 펩티드의 데이터베이스(XPRESIDENT® 데이터베이스)로부터 선택되었다. MHC 단백질에 의해 제시된 유사한 펩티드에 항원 결합 단백질이 결합하는 것은 부작용을 야기할 수 있다. 이러한 이상 반응은 문헌[Lowdell et al., Cytotherapy, published on December 4, 2018]에서 보고된 바와 같이 건강한 조직에서 특정 TCR과 유사한 펩티드의 교차 반응과 같은 "종양 외(off-tumor)" 부작용일 수 있다.
특히, 하기 펩티드가 본 발명의 맥락에서 유사한 펩티드이다: 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0001-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010).
당업자는 유사한 펩티드 중에서 본 발명의 항원 결합 단백질에 의해 검출가능한 정도로 결합되지 않는 일부, 예를 들어, 기능 검정에서 배경 수준을 넘어서는 결합 신호 또는 반응이 검출되지 않는 펩티드가 있다는 것을 알고 있다. 이러한 맥락에서, "배경 수준"은 비동종, "유사하지 않은" 펩티드, 예를 들어, 대조 펩티드 NYESO1-001에 대해 또는 펩티드가 부재할 때 관찰된 기능 검정에서의 결합 신호 또는 반응을 의미한다.
다른 유사한 펩티드의 경우, 낮지만 중요하지 않은 결합이 검출가능할 수 있다. 이러한 후자의 유사 펩티드는 "잠재적으로 관련이 있는" 유사 펩티드로 기재될 수도 있다. 유사한 펩티드에 결합할 때 하기 중 1개 이상이 적용되고 표적 항원성 펩티드가 유사한, 바람직하게는 동일한 실험 조건하에 비교되는 경우, 항원 결합 단백질은 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않고 이의 표적 항원성 펩티드에 특이적인 것으로 간주된다:
- 상기 기재된 기능 검정으로 결정된 유사 펩티드에 대한 기능적 결합력이 표적 항원성 펩티드 CT45-IP에 대한 기능적 결합력의 25% 이하, 20% 이하, 15% 이하, 10% 이하임.
- 상기 기재된 세포독성 검정으로 측정한 유사한 펩티드에 대한 세포독성 활성이 표적 항원성 펩티드 CT45-IP에 대한 세포독성 활성의 25% 이하, 20% 이하, 15% 이하, 10% 이하임.
- 상기 기제된 기능 검정, 바람직하게는 세포독성 검정으로 결정된 유사한 펩티드의 EC50이 표적 항원성 펩티드 CT45-IP의 EC50과 비교하여 50배 이상, 100배 이상, 200배 이상 또는 500배 이상 증가함.
- 유사 펩티드에 대한 KD가 표적 항원성 펩티드 CT45-IP에 대한 KD와 비교하여 적어도 25배, 적어도 30배, 적어도 40배, 적어도 50배, 적어도 75배, 또는 적어도 100배 증가함.
본원에서, 특정 값을 언급할 때 용어 "약"은 그 값이 ±10%, ±9%, ±8%, ±7%, ±6%, ±5%, ±4%, ±3%, ±2% 또는 ±1%만큼 편차가 있을 수 있음을 의미한다.
항원 결합 단백질
제1 양상에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때
1) CDRa1은 서열번호 14의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 489의 아미노산 서열, 바람직하게는 서열번호 519의 아미노산 서열을 포함하고, CDRb1은 서열번호 489의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 504의 아미노산 서열을 포함하거나,
2) CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 490의 아미노산 서열, 바람직하게는 서열번호 520의 아미노산 서열을 포함하고, CDRb1은 서열번호 490의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 505, 바람직하게는 서열번호 526의 아미노산 서열을 포함하거나,
3) CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 491의 아미노산 서열을 포함하거나, CDRb1은 서열번호 66의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 506, 바람직하게는 서열번호 527의 아미노산 서열을 포함하거나,
4) CDRa1은 서열번호 90의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 492의 아미노산 서열을 포함하고, CDRb1은 서열번호 66의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 507, 바람직하게는 서열번호 528의 아미노산 서열을 포함하거나,
5) CDRa1은 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 493의 아미노산 서열을 포함하고, CDRb1은 서열번호 8의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 508, 바람직하게는 서열번호 529의 아미노산 서열을 포함하거나,
6) CDRa1은 서열번호 53의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 494의 아미노산 서열, 바람직하게는 서열번호 521의 아미노산 서열을 포함하고, CDRb1은 서열번호 53의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 509, 바람직하게는 서열번호 530의 아미노산 서열을 포함하거나,
7) CDRa1은 서열번호 71의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 495의 아미노산 서열을 포함하고, CDRb1은 서열번호 75의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 510, 바람직하게는 서열번호 531의 아미노산 서열을 포함하거나,
8) CDRa1은 서열번호 99의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 496의 아미노산 서열, 바람직하게는 서열번호 522의 아미노산 서열을 포함하고, CDRb1은 서열번호 49의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 511의 아미노산 서열을 포함하거나,
9) CDRa1은 서열번호 80의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 497의 아미노산 서열을 포함하고, CDRb1은 서열번호 85의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 512, 바람직하게는 서열번호 532의 아미노산 서열을 포함하거나,
10) CDRa1은 서열번호 107의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 498의 아미노산 서열, 바람직하게는 서열번호 523의 아미노산 서열을 포함하고, CDRb1은 서열번호 498의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 513, 바람직하게는 서열번호 533의 아미노산 서열을 포함하거나,
11) CDRa1은 서열번호 125의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 499의 아미노산 서열을 포함하고, CDRb1은 서열번호 112의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 514, 바람직하게는 서열번호 534의 아미노산 서열을 포함하거나,
12) CDRa1은 서열번호 117의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 500의 아미노산 서열을 포함하고, CDRb1은 서열번호 58의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 515, 바람직하게는 서열번호 535의 아미노산 서열을 포함하거나,
13) CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 501의 아미노산 서열, 바람직하게는 서열번호 524의 아미노산 서열을 포함하고, CDRb1은 서열번호 501의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 516, 바람직하게는 서열번호 536의 아미노산 서열을 포함하거나,
14) CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 502의 아미노산 서열, 바람직하게는 서열번호 525의 아미노산 서열을 포함하고, CDRb1은 서열번호 50의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 517, 바람직하게는 서열번호 537의 아미노산 서열을 포함하거나,
15) CDRa1은 서열번호 43의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 503의 아미노산 서열을 포함하고, CDRb1은 서열번호 48의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 518, 바람직하게는 서열번호 538의 아미노산 서열을 포함하고,
이때, 상기 항원 결합 단백질은 1, 2 또는 3개 이하의 아미노산 돌연변이를 갖는 상기 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및 CDRb3 서열을 포함한다.
CDRa3 및 CDRb3에 포함된 상기 언급된 아미노산 서열은 CDRa3 및 CDRb3의 중심 아미노산이다(본원에서 "CDR3 코어"라고도 지칭됨). 본 발명자들은 CDR3 서열 내에서 항원성 펩티드에 대한 특이적 결합에 가장 관련된 아미노산을 포함하는 코어 서열이 정의될 수 있는 한편, CDR3 코어 외부의 아미노산은 항원성 펩티드에 대한 특이적 결합에 덜 관련성이 있다는 것을 발견하였다(데이터는 나타내지 않음). CDR3 코어는 CDR3의 8개의 중심 아미노산을 포함한다. 일부 실시양태에서, CDR3 코어는, 특히 CDR3 서열이 12개 이하의 아미노산인 경우에, CDR3의 8개의 중심 아미노산으로 구성된다. 12개의 아미노산보다 긴 CDR3 서열의 경우, CDR3 코어는 추가 아미노산, 특히 9 내지 13개의 중심 아미노산을 포함할 수 있다.
(실시양태 15개 중) 실시양태 1개로서 본원에 설명된 모든 실시양태는 바람직하게는 (실시양태 15개 중) 다른 실시양태 1개와 조합된다. 동일한 방식으로, (실시양태 15개 중) 실시양태 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15개로서 본원에 기재된 각각의 모든 실시양태는 바람직하게는 각각의 (실시양태 15개 중) 다른 실시양태 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15개와 조합된다. 예를 들어, (실시양태 15개 중) 실시양태 1개의 CDR1 및 CDR3 서열은 바람직하게는 (실시양태 15개 중) 실시양태 1개의 CDR2 서열과 조합된다.
바람직한 실시양태에서,
1) CDRa3은 서열번호 16의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 21의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
2) CDRa3은 서열번호 133의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 136의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
3) CDRa3은 서열번호 63의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 68의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
4) CDRa3은 서열번호 92의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 96의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
5) CDRa3은 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 10의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
6) CDRa3은 서열번호 55의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 60의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
7) CDRa3은 서열번호 72의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 77의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
8) CDRa3은 서열번호 101의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 104의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
9) CDRa3은 서열번호 82의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 87의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
10) CDRa3은 서열번호 109의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 114의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
11) CDRa3은 서열번호 127의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 130의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
12) CDRa3은 서열번호 119의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 122의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
13) CDRa3은 서열번호 35의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 40의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
14) CDRa3은 서열번호 26의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 31의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
15) CDRa3은 서열번호 45의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 50의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고,
이때, 상기 항원 결합 단백질은 1, 2 또는 3개 이하의 아미노산 돌연변이를 갖는 상기 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및 CDRb3 서열을 포함한다.
1, 2 또는 3개 이하의 아미노산 돌연변이를 갖는 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및 CDRb3 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 각각에 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있는 항원 결합 단백질을 의미한다.
항원 결합 단백질의 바람직한 실시양태에서,
1) CDRa2는 서열번호 15의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 20의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
2) CDRa2는 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 76의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
3) CDRa2는 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 67의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
4) CDRa2는 서열번호 91의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 95의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
5) CDRa2는 서열번호 3의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 9의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
6) CDRa2는 서열번호 54의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 59의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
7) CDRa2는 서열번호 15의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 76의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
8) CDRa2는 서열번호 100의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 76의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
9) CDRa2는 서열번호 81의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 86의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
10) CDRa2는 서열번호 108의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 113의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
11) CDRa2는 서열번호 126의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 113의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
12) CDRa2는 서열번호 118의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 59의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
13) CDRa2는 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 39의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
14) CDRa2는 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 30의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
15) CDRa2는 서열번호 44의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 49의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고,
이때, 상기 항원 결합 단백질은 1개, 2개, 3개 또는 4개 이하의 아미노산 돌연변이를 갖는 상기 CDRa2 및 CDRb2 서열을 포함한다.
1개, 2개, 3개 또는 4개 이하의 아미노산 돌연변이를 갖는 CDRa2 및 CDRb2 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 본원에서 CDRa2 및/또는 CDRb2 각각에서 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있는 항원 결합 단백질을 의미한다.
본 발명의 항원 결합 단백질의 모든 실시양태에서, CDRa1, CDRa2, CDRa3, CDRb1, CDRb2 및 CDRb3 서열 내의 아미노산 돌연변이(존재하는 경우)는 바람직하게는 아미노산 치환, 보다 바람직하게는 보존적 아미노산 치환이다(표 1 참고). CDR 서열이 2개 이하, 바람직하게는 1개 이하의 아미노산 돌연변이를 포함하는 것이 바람직하다. 아미노산 돌연변이(존재하는 경우)가 각각의 CDR 서열의 처음 또는 마지막 위치에 있는 것이 추가로 바람직하다. 가장 바람직한 실시양태에서, CDR 서열은 어떠한 아미노산 돌연변이도 포함하지 않는다.
공지된 아미노산 서열에 돌연변이를 도입하는 것은 당업계에 주지된 표준 절차이자 당업자에게 일상적인 작업이다. 각각의 방법은 당업계에 공지되어 있다(예컨대, 2007년 이후 Stratagene's QuikChange Site Directed Mutagenesis Kit). 따라서, 당업자는 일반적으로 아미노산 서열, 특히 CDR 서열에 치환과 같은 특정 돌연변이를 도입할 수 있다.
표적에 결합하기 위한 CDR 변이체의 스크리닝은 또한 당업자에 의해 적용되는 표준 절차이다. 본원은 CT45-IP 펩티드에 대한 본 발명의 항원 결합 단백질의 결합을 결정하기 위한 사이토카인 생성 및 루시퍼라제 방출 검정을 포함하는 기능 검정을 언급한다. CT45-IP 펩티드에 대한 본 발명의 항원 결합 단백질의 결합은 또한 덱스트라머 염색에 의해 결정될 수 있다.
CDR의 아미노산 돌연변이 결과는 용이하게 예측가능하지 않을 수 있지만, 당업자라면 과도한 부담 없이 다수의 돌연변이를 생성하고 스크리닝할 수 있을 것이다. 따라서, 당업자는 자신의 CDR 내에 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 운반하는 항원 결합 단백질을 생성할 수 있을 것이고, 이어서 표 3의 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질과 동일한 결합 특징을 갖는 항원 결합 단백질을 확인할 수 있을 것이다.
바람직한 실시양태에서, 1개 또는 2개 이하의 아미노산 돌연변이, 바람직하게는 1개 이하의 아미노산 돌연변이, 보다 바람직하게는 1개 이하의 아미노산 치환, 가장 바람직하게는 1개 이하의 보존적 아미노산 치환이 CDRa3 및/또는 CDRb3의 8개의 중심 아미노산 내, 즉, CDR3 코어 내에 포함된다. CDR3이 12개 이상의 아미노산을 포함하는 경우, 1개 또는 2개 이하의 아미노산 돌연변이, 바람직하게는 1개 이하의 아미노산 돌연변이, 보다 바람직하게는 1개 이하의 아미노산 치환, 가장 바람직하게는 1개 이하의 보존적 아미노산 치환이 CDRa3 및/또는 CDRb3의 9 내지 13개의 중심 아미노산 내에, 즉, CDR3 코어 최대(core max) 내에 포함되는 것이 보다 바람직하다(표 3).
일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은, 예를 들어, 항원 결합 단백질을 발현하는 세포(항원 결합 단백질이 막 결합된 경우), 바람직하게는 림프구, 보다 바람직하게는 T 세포 또는 NK 세포, 보다 바람직하게는 T 세포에서 면역 반응을 유도한다. 일부 실시양태에서, 면역 반응은 또한 본 발명의 항원 결합 단백질에 의해 동원된 세포에서 유도될 수 있다(항원 결합 단백질이 예를 들어, T 세포 또는 NK세포에 결합하여 동원할 수 있는 가용성 이중특이성 항원 결합 단백질인 경우). 바람직하게는, 면역 반응은 인터페론(IFN) γ 및/또는 종양 괴사 인자(TNF) α의 생성 증가를 특징으로 한다. 면역 반응은 바람직하게는 CT45 항원성 펩티드와 MHC 단백질의 복합체를 표면에 제시하는 종양 세포에 대해 지시된다.
일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 CT45 항원성 펩티드와 MHC 단백질의 복합체에 특이적으로 결합한다. 일부 실시양태에서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138로 구성된다. 일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 MHC 단백질과 복합체인 서열번호 138의 아미노산 서열에 특이적으로 결합한다.
본 발명의 모든 양상에서, CT45 항원성 펩티드는 HLA-A, HLA-B 또는 HLA-C, 바람직하게는 HLA-A, 보다 바람직하게는 HLA-A*02와 같은 MHC 클래스 I HLA 단백질과 복합체를 이루는 것이 바람직하다.
본 발명의 항원 결합 단백질은 높은 안정성, CT45-IP 항원성 펩티드에 대한 높은 친화성, CT45-IP 항원성 펩티드에 대한 높은 기능적 결합력, CT45-IP 항원성 펩티드를 제시하는 종양 세포 사살에 있어서 높은 효능 및/또는 CT45-IP 항원성 펩티드에 대한 높은 특이성을 특징으로 한다.
본 발명의 항원 결합 단백질은 유사한, 바람직하게는 동일한 실험 조건에서 측정할 때 참조 단백질에 비해 증가된 안정성, 증가된 결합 친화성, 증가된 기능적 결합력, 증가된 효능 및/또는 증가된 특이성, 바람직하게는 증가된 결합 친화성, 증가된 기능적 결합력, 증가된 효능 및/또는 증가된 특이성을 갖는다.
본원에서 "참조 단백질"은 본 발명의 항원 결합 단백질과 비교되는 단백질을 의미한다. 본 발명의 항원 결합 단백질과 참조 단백질의 비교는 유사한, 바람직하게는 동일한 실험 조건하에, 바람직하게는 병렬 수행된다. 비교되는 매개변수에 따라, 이러한 참조 단백질은, 예를 들어, 본 발명의 맥락에서, 정의된 CDR 서열을 포함하지 않는 CT45 항원성 펩티드에 결합하는 TCR, CT45로부터 유래된 다른 항원성 펩티드에 결합하는 TCR, 또는 관련되지 않은 항원성 펩티드, 예를 들어, 항원성 펩티드 NYESO1-001(서열번호 188)에 결합하는 TCR일 수 있다. 참조 단백질은 비교되는 항원 결합 단백질과 동일한 형식인 것이 바람직하다. 항원 결합 단백질이 TCR인 경우, 적합한 참조 단백질도 TCR이다.
본원에서 "증가된 안정성"은, 예를 들어, 동일한 실험 조건하에 참조 단백질과 비교되는 항원 결합 단백질의 증가된 발현 수준을 지칭한다. 본 발명의 항원 결합 단백질은 유사한, 바람직하게는 동일한 실험 조건하에 측정할 때 참조 단백질과 비교하여 높은 발현 수준, 특히 증가된 발현 수준을 갖는다. 본 발명자들은 실시예 4에서 항원 결합 단백질이 T 세포에서 높은 발현 수준을 나타냄을 보였다. 항원 결합 단백질의 발현 수준은, 예를 들어, 덱스트라머 염색에 의해 측정될 수 있다.
본 발명의 항원 결합 단백질은 유사한, 바람직하게는 동일한 실험 조건하에 측정할 때 참조 단백질과 비교하여 CT45-IP 항원성 펩티드에 대해 높은 친화도, 특히 증가된 친화도를 갖는다.
본 발명의 항원 결합 단백질은 유사한, 바람직하게는 동일한 실험 조건하에 측정할 때 참조 단백질과 비교하여 CT45-IP 항원성 펩티드에 대해 높은 기능적 결합력, 특히 증가된 기능적 결합력을 갖는다. 본 발명자들은 실시예 1에서 항원 결합 단백질이 CT45-IP 항원성 펩티드에 대해 높은 기능적 결합력을 나타냄을 보였다. 기능적 결합력은 기능 검정, 특히 상기 기재된 세포독성 검정으로 측정할 수 있다. 기능적 활성을 측정하는 것은 펩티드 적정 실험에서 EC50을 결정하는 것을 포함할 수 있다.
본 발명의 항원 결합 단백질은 유사한, 바람직하게는 동일한 실험 조건하에 측정할 때 참조 단백질과 비교하여 CT45-IP 항원성 펩티드를 제시하는 종양 세포를 사살하는 데 있어 높은 효능, 특히 증가된 효능을 갖는다. 본 발명자들은 실시예 5에서 항원 결합 단백질이 CT45-IP 항원성 펩티드를 제시하는 종양 세포를 사살하는 데 있어서 높은 효능을 나타냄을 보였다. 효능은 기능 검정, 특히 상기 기재된 생존-세포 모니터링 세포독성 검정에서 결정될 수 있다.
바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 CT45-IP의 구조적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 보다 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 CT45-IP의 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 본 발명자들은 본 발명의 항원 결합 단백질에 의한 결합과 관련된 CT45-IP의 잔기를 확인하기 위해 실험을 수행하였다(실시예 2, 표 4). 본 발명자들은 서열번호 138의 아미노산 위치 3, 4, 5, 6 및 7이 결합과 관련된 것임을 확인하였다. 따라서, 일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 서열번호 138의 위치 3, 4, 5, 6 및 7로 이루어진 군으로부터 선택되는 2, 3 또는 4개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 항원 결합 단백질에 의한 결합과 관련된 잔기는 CT45-IP의 "결합 모티프"로도 지칭될 수 있다. 당업자는 정확한 에피토프 또는 기능적 에피토프의 측정이 사용된 방법 및 선택된 컷오프 값에 따라 약간 달라질 수 있다는 것을 알고 있다. 본 발명의 맥락에서, 에피토프는 전술한 바와 같이 세포독성 검정(루시퍼라제 방출)으로 측정되었다. 실험 조건은 실시예 2에서 추가로 정의된다.
1개 이상의 위치가 치환된 서열번호 138에 따른 아미노산 서열은 본원의 맥락에서, "CT45-IP 변이체 서열"로 지칭된다. 특히, 1개의 위치(서열번호 139 내지 145)가 알라닌으로 치환된다. CT45-IP 변이체 서열을 갖는 펩티드는 본원에서 CT45-IP 변이체 펩티드로도 지칭된다. 한 실시양태에서, 본 발명의 항원 결합 단백질은 CT45-IP 변이체 펩티드에 대해 세포독성 검정, 보다 구체적으로 전술한 루시퍼라제 방출 검정에서 감소된 기능적 결합력, 특히 감소된 세포독성 활성을 나타내고, 이때 적어도 서열번호 138의 위치 3, 4, 5, 6 및 7 중 하나가 알라닌으로 치환되고, 특히 기능적 결합력이 CT45-IP의 기능적 결합력과 비교하여 70% 초과, 80% 초과, 90% 초과, 95% 초과만큼 감소한다.
본 발명의 항원 결합 단백질은 유사한, 바람직하게는 동일한 실험 조건하에 측정할 때 참조 단백질과 비교하여 CT45-IP 항원성 펩티드에 대해 높은 특이성, 특히 증가된 특이성을 갖는다. 본 발명자들은 실시예 2에서 본 발명의 항원 결합 단백질이 표적 항원, 즉, MHC 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 높은 특이성으로 결합한다는 것을 입증하였다.
본 발명자들은, 예를 들어, CT45-IP의 서열 및/또는 모티프와 유사하여 CT45-IP에 결합하는 항원 결합 단백질에 의해 결합될 증가될 위험을 갖는 잠재적인 표적외(off-target) 펩티드를 확인하였다.
일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다.
바람직한 실시양태에서, VA 및 VB는 TCR 가변 도메인, 특히 TCR 알파, 베타, 감마 또는 델타 가변 도메인이다. 일부 실시양태에서, VA는 TCR 알파, 감마 또는 델타 가변 도메인이고 VB는 TCR 베타, 감마 또는 델타 가변 도메인이다. 바람직하게는, VA는 TCR 알파 가변 도메인이고 VB는 TCR 베타 가변 도메인이거나, VA는 TCR 감마 가변 도메인이고 VB는 TCR 델타 가변 도메인이거나, VA는 TCR 알파 가변 도메인이고 VB는 TCR 감마 가변 도메인이거나, VA는 TCR 델타 가변 도메인이고 VB는 TCR 베타 가변 도메인이다. 바람직한 실시양태에서, VA는 TCR 알파 가변 도메인이고 VB는 TCR 베타 가변 도메인이다. 일부 실시양태에서, VA는 CDR1 및 CDR3 및 임의적으로 TCR 알파 가변 도메인으로부터 유래된 CDR2를 포함하는 TCR 감마 가변 도메인이고/이거나 VB는 CDR1 및 CDR3 및 임의적으로 TCR 베타 가변 도메인으로부터 유래된 CDR2를 포함하는 TCR 델타 가변 도메인이다.
바람직하게는 VA 내에서
1) FR1-a는 서열번호 539, 554 또는 569를 포함하거나 이로 이루어지고;
FR2-a는 서열번호 584를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-a는 서열번호 599 또는 614를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-a는 서열번호 629를 포함하거나 이로 이루어지거나;
2) FR1-a는 서열번호 540, 555 또는 570을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-a는 서열번호 585를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-a는 서열번호 600 또는 615를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-a는 서열번호 630을 포함하거나 이로 이루어지거나;
3) FR1-a는 서열번호 541, 556 또는 571을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-a는 서열번호 586을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-a는 서열번호 601 또는 616을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-a는 서열번호 631을 포함하거나 이로 이루어지거나;
4) FR1-a는 서열번호 542, 557 또는 572를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-a는 서열번호 587을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-a는 서열번호 602 또는 617을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-a는 서열번호 632를 포함하거나 이로 이루어지거나;
5) FR1-a는 서열번호 543, 558 또는 573을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-a는 서열번호 588을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-a는 서열번호 603 또는 618을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-a는 서열번호 633을 포함하거나 이로 이루어지거나;
6) FR1-a는 서열번호 544, 559 또는 574를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-a는 서열번호 589를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-a는 서열번호 604 또는 619를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-a는 서열번호 634를 포함하거나 이로 이루어지거나;
7) FR1-a는 서열번호 545, 560 또는 575를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-a는 서열번호 590을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-a는 서열번호 605 또는 620을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-a는 서열번호 635를 포함하거나 이로 이루어지거나;
8) FR1-a는 서열번호 546, 561 또는 576을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-a는 서열번호 591을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-a는 서열번호 606 또는 621을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-a는 서열번호 636을 포함하거나 이로 이루어지거나;
9) FR1-a는 서열번호 547, 562 또는 577을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-a는 서열번호 592를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-a는 서열번호 607 또는 622를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-a는 서열번호 637을 포함하거나 이로 이루어지거나;
10) FR1-a는 서열번호 548, 563 또는 578을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-a는 서열번호 593을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-a는 서열번호 608 또는 623을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-a는 서열번호 638을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
11) FR1-a는 서열번호 549, 564 또는 579를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-a는 서열번호 594를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-a는 서열번호 609 또는 624를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-a는 서열번호 639를 포함하거나 이로 이루어지거나;
12) FR1-a는 서열번호 550, 565 또는 580을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-a는 서열번호 595를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-a는 서열번호 610 또는 625를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-a는 서열번호 640을 포함하거나 이로 이루어지거나;
13) FR1-a는 서열번호 551, 566 또는 581을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-a는 서열번호 596을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-a는 서열번호 611 또는 626을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-a는 서열번호 641을 포함하거나 이로 이루어지거나;
14) FR1-a는 서열번호 552, 567 또는 582를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-a는 서열번호 597을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-a는 서열번호 612 또는 627을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-a는 서열번호 642를 포함하거나 이로 이루어지거나;
15) FR1-a는 서열번호 553, 568 또는 583을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-a는 서열번호 598을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-a는 서열번호 613 또는 628을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-a는 서열번호 643을 포함하거나 이로 이루어지고;
VB 내에서
1) FR1-b는 서열번호 644 또는 659를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-b는 서열번호 674 또는 689를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-b는 서열번호 704 또는 719를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-b는 서열번호 734를 포함하거나 이로 이루어지거나;
2) FR1-b는 서열번호 645 또는 660을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-b는 서열번호 675 또는 690을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-b는 서열번호 705 또는 720을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-b는 서열번호 735를 포함하거나 이로 이루어지거나;
3) FR1-b는 서열번호 646 또는 661을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-b는 서열번호 676 또는 691을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-b는 서열번호 706 또는 721을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-b는 서열번호 736을 포함하거나 이로 이루어지거나;
4) FR1-b는 서열번호 647 또는 662를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-b는 서열번호 677 또는 692를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-b는 서열번호 707 또는 722를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-b는 서열번호 737을 포함하거나 이로 이루어지거나;
5) FR1-b는 서열번호 648 또는 663을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-b는 서열번호 678 또는 693을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-b는 서열번호 708 또는 723을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-b는 서열번호 738을 포함하거나 이로 이루어지거나;
6) FR1-b는 서열번호 649 또는 664를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-b는 서열번호 679 또는 694를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-b는 서열번호 709 또는 724를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-b는 서열번호 739를 포함하거나 이로 이루어지거나;
7) FR1-b는 서열번호 650 또는 665를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-b는 서열번호 680 또는 695를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-b는 서열번호 710 또는 725를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-b는 서열번호 740을 포함하거나 이로 이루어지거나;
8) FR1-b는 서열번호 651 또는 666을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-b는 서열번호 681 또는 696을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-b는 서열번호 711 또는 726을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-b는 서열번호 741을 포함하거나 이로 이루어지거나;
9) FR1-b는 서열번호 652 또는 667을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-b는 서열번호 682 또는 697을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-b는 서열번호 712 또는 727을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-b는 서열번호 742를 포함하거나 이로 이루어지거나;
10) FR1-b는 서열번호 653 또는 668을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-b는 서열번호 683 또는 698을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-b는 서열번호 713 또는 728을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-b는 서열번호 743을 포함하거나 이로 이루어지거나;
11) FR1-b는 서열번호 654 또는 669를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-b는 서열번호 684 또는 699를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-b는 서열번호 714 또는 729를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-b는 서열번호 744를 포함하거나 이로 이루어지거나;
12) FR1-b는 서열번호 655 또는 670을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-b는 서열번호 685 또는 700을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-b는 서열번호 715 또는 730을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-b는 서열번호 745를 포함하거나 이로 이루어지거나;
13) FR1-b는 서열번호 656 또는 671을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-b는 서열번호 686 또는 701을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-b는 서열번호 716 또는 731을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-b는 서열번호 746을 포함하거나 이로 이루어지거나;
14) FR1-b는 서열번호 657 또는 672를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-b는 서열번호 687 또는 702를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-b는 서열번호 717 또는 732를 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-b는 서열번호 747을 포함하거나 이로 이루어지거나;
15) FR1-b는 서열번호 658 또는 673을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR2-b는 서열번호 688 또는 703을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR3-b는 서열번호 718 또는 733을 포함하거나 이로 이루어지고/지거나;
FR4-b는 서열번호 748을 포함하거나 이로 이루어지고,
이때 FR1-a, FR2-a, FR3-a, FR4-a, FR1-b, FR2-b, FR3-b 및 FR4-b 각각은 임의적으로 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서,
1) FR1-a는 서열번호 539를 포함하거나 이로 이루어지거나;
2) FR1-a는 서열번호 540을 포함하거나 이로 이루어지거나;
3) FR1-a는 서열번호 541을 포함하거나 이로 이루어지거나;
4) FR1-a는 서열번호 542를 포함하거나 이로 이루어지거나;
5) FR1-a는 서열번호 543을 포함하거나 이로 이루어지거나;
6) FR1-a는 서열번호 544를 포함하거나 이로 이루어지거나;
7) FR1-a는 서열번호 545를 포함하거나 이로 이루어지거나;
8) FR1-a는 서열번호 546을 포함하거나 이로 이루어지거나;
9) FR1-a는 서열번호 547을 포함하거나 이로 이루어지거나;
10) FR1-a는 서열번호 548을 포함하거나 이로 이루어지거나;
11) FR1-a는 서열번호 549를 포함하거나 이로 이루어지거나;
12) FR1-a는 서열번호 550을 포함하거나 이로 이루어지거나;
13) FR1-a는 서열번호 551을 포함하거나 이로 이루어지거나;
14) FR1-a는 서열번호 552를 포함하거나 이로 이루어지거나;
15) FR1-a는 서열번호 553을 포함하거나 이로 이루어지고,
이때 FR1-a, FR2-a, FR3-a 및 FR4-a 각각은 임의적으로 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서,
1) FR3-a는 서열번호 599를 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 599의 위치 10 외부의 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
2) FR3-a는 서열번호 600을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 600의 위치 11 외부의 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
3) FR3-a는 서열번호 601을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 601의 위치 5 외부의 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
4) FR3-a는 서열번호 602를 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 602의 위치 12 외부의 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
5) FR3-a는 서열번호 603을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 603의 위치 22 외부의 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
6) FR3-a는 서열번호 604를 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 604의 위치 25 외부의 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
7) FR3-a는 서열번호 605를 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 605의 위치 21 외부의 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
8) FR3-a는 서열번호 606을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 606의 위치 18 외부의 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
9) FR3-a는 서열번호 607을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 607의 위치 24 외부의 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
10) FR3-a는 서열번호 608을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 608의 위치 21 외부의 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
11) FR3-a는 서열번호 609를 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 609의 위치 7 외부의 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
12) FR3-a는 서열번호 610을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 610의 위치 30 외부의 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
13) FR3-a는 서열번호 611을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 611의 위치 18 외부의 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
14) FR3-a는 서열번호 612를 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 612의 위치 19 외부의 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
15) FR3-a는 서열번호 613을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 613의 위치 23 외부의 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하는 것이 바람직하다.
일부 실시양태에서,
1) FR2-b는 서열번호 674를 포함하거나 이로 이루어지거나;
2) FR2-b는 서열번호 675를 포함하거나 이로 이루어지거나;
3) FR2-b는 서열번호 676을 포함하거나 이로 이루어지거나;
4) FR2-b는 서열번호 677을 포함하거나 이로 이루어지거나;
5) FR2-b는 서열번호 678을 포함하거나 이로 이루어지거나;
6) FR2-b는 서열번호 679를 포함하거나 이로 이루어지거나;
7) FR2-b는 서열번호 680을 포함하거나 이로 이루어지거나;
8) FR2-b는 서열번호 681을 포함하거나 이로 이루어지거나;
9) FR2-b는 서열번호 682를 포함하거나 이로 이루어지거나;
10) FR2-b는 서열번호 683을 포함하거나 이로 이루어지거나;
11) FR2-b는 서열번호 684를 포함하거나 이로 이루어지거나;
12) FR2-b는 서열번호 685를 포함하거나 이로 이루어지거나;
13) FR2-b는 서열번호 686을 포함하거나 이로 이루어지거나;
14) FR2-b는 서열번호 687을 포함하거나 이로 이루어지거나;
15) FR2-b는 서열번호 688을 포함하거나 이로 이루어지는 것이 바람직하고,
이때 FR1-b, FR2-b, FR3-b 및 FR4-b 각각은 임의적으로 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서,
1) FR2-b는 서열번호 689를 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 689의 위치 16 외부의 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
2) FR2-b는 서열번호 690을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 690의 위치 17 외부의 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
3) FR2-b는 서열번호 691을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 691의 위치 5 외부의 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
4) FR2-b는 서열번호 692를 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 692의 위치 15 외부의 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
5) FR2-b는 서열번호 693을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 693의 위치 7 외부의 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
6) FR2-b는 서열번호 694를 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 694의 위치 13 외부의 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
7) FR2-b는 서열번호 695를 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 695의 위치 11 외부의 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
8) FR2-b는 서열번호 696을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 696의 위치 11 외부의 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
9) FR2-b는 서열번호 697을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 697의 위치 1 외부의 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
10) FR2-b는 서열번호 698을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 698의 위치 1 외부의 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
11) FR2-b는 서열번호 699를 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 699의 위치 16 외부의 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
12) FR2-b는 서열번호 700을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 700의 위치 7 외부의 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
13) FR2-b는 서열번호 701을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 701의 위치 11 외부의 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
14) FR2-b는 서열번호 702를 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 702의 위치 1 외부의 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나;
15) FR2-b는 서열번호 703을 포함하거나 이로 이루어지고, 임의적으로 서열번호 703의 위치 7 외부의 6, 5, 4, 3, 2 또는 1개의 아미노산 돌연변이를 포함하는 것이 바람직하다.
바람직한 실시양태에서,
1) VA는 서열번호 189 또는 서열번호 189에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 14를 포함하는 CDRa1, 서열번호 489를 포함하는 CDRa3, 및 임의적으로 서열번호 15를 포함하는 CDRa2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하고; VB는 서열번호 339 또는 서열번호 339에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 19를 포함하는 CDRb1, 서열번호 504를 포함하는 CDRb3, 및 임의적으로 서열번호 20을 포함하는 CDRb2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나,
2) VA는 서열번호 190 또는 서열번호 190에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 24를 포함하는 CDRa1, 서열번호 490을 포함하는 CDRa3, 및 임의적으로 서열번호 25를 포함하는 CDRa2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하고; VB는 서열번호 340 또는 서열번호 340에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 75를 포함하는 CDRb1, 서열번호 505를 포함하는 CDRb3, 및 임의적으로 서열번호 76을 포함하는 CDRb2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나,
3) VA는 서열번호 191 또는 서열번호 191에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 24를 포함하는 CDRa1, 서열번호 491을 포함하는 CDRa3, 및 임의적으로 서열번호 25를 포함하는 CDRa2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하고; VB는 서열번호 341 또는 서열번호 341에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 66을 포함하는 CDRb1, 서열번호 506을 포함하는 CDRb3, 및 임의적으로 서열번호 67을 포함하는 CDRb2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나,
4) VA는 서열번호 192 또는 서열번호 192에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 90을 포함하는 CDRa1, 서열번호 492를 포함하는 CDRa3, 및 임의적으로 서열번호 91을 포함하는 CDRa2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하고; VB는 서열번호 342 또는 서열번호 342에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 66을 포함하는 CDRb1, 서열번호 507을 포함하는 CDRb3, 및 임의적으로 서열번호 95를 포함하는 CDRb2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나,
5) VA는 서열번호 193 또는 서열번호 193에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 2를 포함하는 CDRa1, 서열번호 493을 포함하는 CDRa3, 및 임의적으로 서열번호 3을 포함하는 CDRa2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하고; VB는 서열번호 343 또는 서열번호 343에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 8을 포함하는 CDRb1, 서열번호 508을 포함하는 CDRb3, 및 임의적으로 서열번호 9를 포함하는 CDRb2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나,
6) VA는 서열번호 194 또는 서열번호 194에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 53을 포함하는 CDRa1, 서열번호 494를 포함하는 CDRa3, 및 임의적으로 서열번호 54를 포함하는 CDRa2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하고; VB는 서열번호 344 또는 서열번호 344에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 58을 포함하는 CDRb1, 서열번호 509를 포함하는 CDRb3, 및 임의적으로 서열번호 59를 포함하는 CDRb2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나,
7) VA는 서열번호 195 또는 서열번호 195에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 71을 포함하는 CDRa1, 서열번호 495를 포함하는 CDRa3, 및 임의적으로 서열번호 15를 포함하는 CDRa2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하고; VB는 서열번호 345 또는 서열번호 345에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 75를 포함하는 CDRb1, 서열번호 510을 포함하는 CDRb3, 및 임의적으로 서열번호 76을 포함하는 CDRb2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나,
8) VA는 서열번호 196 또는 서열번호 196에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 99를 포함하는 CDRa1, 서열번호 496을 포함하는 CDRa3, 및 임의적으로 서열번호 100을 포함하는 CDRa2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하고; VB는 서열번호 346 또는 서열번호 346에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 75를 포함하는 CDRb1, 서열번호 511을 포함하는 CDRb3, 및 임의적으로 서열번호 76을 포함하는 CDRb2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나,
9) VA는 서열번호 197 또는 서열번호 197에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 80를 포함하는 CDRa1, 서열번호 497을 포함하는 CDRa3, 및 임의적으로 서열번호 81을 포함하는 CDRa2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하고; VB는 서열번호 347 또는 서열번호 347에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 85를 포함하는 CDRb1, 서열번호 512를 포함하는 CDRb3, 및 임의적으로 서열번호 86을 포함하는 CDRb2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나,
10) VA는 서열번호 198 또는 서열번호 198에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 107을 포함하는 CDRa1, 서열번호 498을 포함하는 CDRa3, 및 임의적으로 서열번호 108을 포함하는 CDRa2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하고; VB는 서열번호 348 또는 서열번호 348에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 112를 포함하는 CDRb1, 서열번호 513을 포함하는 CDRb3, 및 임의적으로 서열번호 113을 포함하는 CDRb2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나,
11) VA는 서열번호 199 또는 서열번호 199에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 125를 포함하는 CDRa1, 서열번호 499를 포함하는 CDRa3, 및 임의적으로 서열번호 126을 포함하는 CDRa2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하고; VB는 서열번호 349 또는 서열번호 349에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 112를 포함하는 CDRb1, 서열번호 514를 포함하는 CDRb3, 및 임의적으로 서열번호 113을 포함하는 CDRb2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나,
12) VA는 서열번호 200 또는 서열번호 200에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 117을 포함하는 CDRa1, 서열번호 500을 포함하는 CDRa3, 및 임의적으로 서열번호 118을 포함하는 CDRa2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하고; VB는 서열번호 350, 또는 서열번호 350에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 58을 포함하는 CDRb1, 서열번호 515를 포함하는 CDRb3, 및 임의적으로 서열번호 59를 포함하는 CDRb2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나,
13) VA는 서열번호 201 또는 서열번호 201에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 24를 포함하는 CDRa1, 서열번호 501을 포함하는 CDRa3, 및 임의적으로 서열번호 25를 포함하는 CDRa2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하고; VB는 서열번호 351 또는 서열번호 351에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 38을 포함하는 CDRb1, 서열번호 516을 포함하는 CDRb3, 및 임의적으로 서열번호 39를 포함하는 CDRb2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나,
14) VA는 서열번호 202 또는 서열번호 202에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 24를 포함하는 CDRa1, 서열번호 502를 포함하는 CDRa3, 및 임의적으로 서열번호 25를 포함하는 CDRa2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하고; VB는 서열번호 352 또는 서열번호 352에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 29를 포함하는 CDRb1, 서열번호 517을 포함하는 CDRb3, 및 임의적으로 서열번호 30을 포함하는 CDRb2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나,
15) VA는 서열번호 203 또는 서열번호 203에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 43을 포함하는 CDRa1, 서열번호 503을 포함하는 CDRa3, 및 임의적으로 서열번호 44를 포함하는 CDRa2를 포함하는 아미노산 서열을 포함하고; VB는 서열번호 353, 또는 서열번호 353에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고, 서열번호 48을 포함하는 CDRb1, 서열번호 518을 포함하는 CDRb3, 및 임의적으로 서열번호 49를 포함하는 CDRb2를 포함하는 아미노산 서열을 포함한다.
바람직한 실시양태에서,
1) VA는 서열번호 189, 249, 264 또는 279를 포함하고; VB는 서열번호 339, 399, 414 또는 429를 포함하거나,
2) VA는 서열번호 190, 250, 265 또는 280을 포함하고; VB는 서열번호 340, 400, 415 또는 430을 포함하거나,
3) VA는 서열번호 191, 251, 266 또는 281을 포함하고; VB는 서열번호 341, 401, 416 또는 431을 포함하거나,
4) VA는 서열번호 192, 252, 267 또는 282를 포함하고; VB는 서열번호 342, 402, 417 또는 432를 포함하거나,
5) VA는 서열번호 193, 253, 268 또는 283을 포함하고; VB는 서열번호 343, 403, 418 또는 433을 포함하거나,
6) VA는 서열번호 194, 254, 269 또는 284를 포함하고; VB는 서열번호 344, 404, 419 또는 434를 포함하거나,
7) VA는 서열번호 195, 255, 270 또는 285를 포함하고; VB는 서열번호 345, 405, 420 또는 435를 포함하거나,
8) VA는 서열번호 196, 256, 271 또는 286을 포함하고; VB는 서열번호 346, 406, 421 또는 436을 포함하거나,
9) VA는 서열번호 197, 257, 272 또는 287을 포함하고; VB는 서열번호 347, 407, 422 또는 437을 포함하거나,
10) VA는 서열번호 198, 258, 273 또는 288을 포함하고; VB는 서열번호 348, 408, 423 또는 438을 포함하거나,
11) VA는 서열번호 199, 259, 274 또는 289를 포함하고; VB는 서열번호 349, 409, 424 또는 439를 포함하거나,
12) VA는 서열번호 200, 260, 275 또는 290을 포함하고; VB는 서열번호 350, 410, 425 또는 440을 포함하거나,
13) VA는 서열번호 201, 261, 276 또는 291을 포함하고; VB는 서열번호 351, 411, 426 또는 441을 포함하거나,
14) VA는 서열번호 202, 262, 277 또는 292를 포함하고; VB는 서열번호 352, 412, 427 또는 442를 포함하거나,
15) VA는 서열번호 203, 263, 278 또는 293을 포함하고; VB는 서열번호 353, 413, 428 또는 443을 포함한다.
일부 실시양태에서,
1) VA는 서열번호 189를 포함하고; VB는 서열번호 414를 포함하거나,
2) VA는 서열번호 190을 포함하고; VB는 서열번호 415를 포함하거나,
3) VA는 서열번호 191을 포함하고; VB는 서열번호 416을 포함하거나,
4) VA는 서열번호 192를 포함하고; VB는 서열번호 417을 포함하거나,
5) VA는 서열번호 193을 포함하고; VB는 서열번호 418을 포함하거나,
6) VA는 서열번호 194를 포함하고; VB는 서열번호 419를 포함하거나,
7) VA는 서열번호 195를 포함하고; VB는 서열번호 420을 포함하거나,
8) VA는 서열번호 196을 포함하고; VB는 서열번호 421을 포함하거나,
9) VA는 서열번호 197을 포함하고; VB는 서열번호 422를 포함하거나,
10) VA는 서열번호 198을 포함하고; VB는 서열번호 423을 포함하거나,
11) VA는 서열번호 199를 포함하고; VB는 서열번호 424를 포함하거나,
12) VA는 서열번호 200을 포함하고; VB는 서열번호 425를 포함하거나,
13) VA는 서열번호 201을 포함하고; VB는 서열번호 426을 포함하거나,
14) VA는 서열번호 202를 포함하고; VB는 서열번호 427을 포함하거나,
15) VA는 서열번호 203을 포함하고; VB는 서열번호 428을 포함한다.
VA는 바람직하게는 서열번호 13, 132, 62, 89, 1, 52, 70, 98, 79, 106, 124, 116, 34, 23 및 42로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 서열번호 13, 132, 62, 89, 1, 52, 70, 98, 79, 106, 124, 116, 34, 23 또는 42에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고 본 발명의 항원 결합 단백질과 관련하여 정의된 CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa2 및 CDRa3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. VB는 바람직하게는 서열번호 18, 135, 65, 94, 7, 57, 74, 103, 84, 111, 129, 121, 37, 28 및 47로 이루어진 군으로부터 선택되는 아미노산 서열, 또는 서열번호 18, 135, 65, 94, 7, 57, 74, 103, 84, 111, 129, 121, 37, 28 또는 47에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고 본 발명의 항원 결합 단백질과 관련하여 정의된 CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다.
본 발명의 항원 결합 단백질의 아미노산 서열 및 상응하는 DNA 서열 각각에 변형 및 변화가 이루어질 수 있고, 여전히 바람직한 특성을 갖는 기능성 항원 결합 단백질 또는 폴리펩티드가 생성될 수 있다.
바람직한 실시양태에서,
1) VA는 서열번호 13의 아미노산 서열 또는 서열번호 13에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 18의 아미노산 서열 또는 서열번호 18에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
2) VA는 서열번호 132의 아미노산 서열 또는 서열번호 132에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 135의 아미노산 서열 또는 서열번호 135에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
3) VA는 서열번호 62의 아미노산 서열 또는 서열번호 62에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 65의 아미노산 서열 또는 서열번호 65에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
4) VA는 서열번호 89의 아미노산 서열 또는 서열번호 89에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 94의 아미노산 서열 또는 서열번호 94에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
5) VA는 서열번호 1의 아미노산 서열 또는 서열번호 1에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 7의 아미노산 서열 또는 서열번호 7에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
6) VA는 서열번호 52의 아미노산 서열 또는 서열번호 52에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 57의 아미노산 서열 또는 서열번호 57에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
7) VA는 서열번호 70의 아미노산 서열 또는 서열번호 70에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 74의 아미노산 서열 또는 서열번호 74에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
8) VA는 서열번호 98의 아미노산 서열 또는 서열번호 98에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 103의 아미노산 서열 또는 서열번호 103에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
9) VA는 서열번호 79의 아미노산 서열 또는 서열번호 79에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 84의 아미노산 서열 또는 서열번호 84에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
10) VA는 서열번호 106의 아미노산 서열 또는 서열번호 106에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 111의 아미노산 서열 또는 서열번호 111에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
11) VA는 서열번호 124의 아미노산 서열 또는 서열번호 124에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 129의 아미노산 서열 또는 서열번호 129에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
12) VA는 서열번호 116의 아미노산 서열 또는 서열번호 116에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 121의 아미노산 서열 또는 서열번호 121에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
13) VA는 서열번호 34의 아미노산 서열 또는 서열번호 34에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 37의 아미노산 서열 또는 서열번호 37에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
14) VA는 서열번호 23의 아미노산 서열 또는 서열번호 23에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 28의 아미노산 서열 또는 서열번호 28에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
15) VA는 서열번호 42의 아미노산 서열 또는 서열번호 42에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 47의 아미노산 서열 또는 서열번호 47에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고,
이때 VA 및 VB는 본 발명의 항원 결합 단백질과 관련하여 정의된 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있고, 바람직하게는 아미노산 돌연변이를 포함하지 않을 수 있다.
바람직한 실시양태에서,
1) VA는 서열번호 13, 204, 219 또는 234를 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 18, 354, 369 또는 384를 포함하거나 이로 이루어지거나,
2) VA는 서열번호 132, 205, 220 또는 235를 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 135, 355, 370 또는 385를 포함하거나 이로 이루어지거나,
3) VA는 서열번호 62, 206, 221 또는 236을 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 65, 356, 371 또는 386을 포함하거나 이로 이루어지거나,
4) VA는 서열번호 89, 207, 222 또는 237을 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 94, 357, 372 또는 387을 포함하거나 이로 이루어지거나,
5) VA는 서열번호 1, 208, 223 또는 238을 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 7, 358, 373 또는 388을 포함하거나 이로 이루어지거나,
6) VA는 서열번호 52, 209, 224 또는 239를 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 57, 359, 374 또는 389를 포함하거나 이로 이루어지거나,
7) VA는 서열번호 70, 210, 225 또는 240을 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 74, 360, 375 또는 390을 포함하거나 이로 이루어지거나,
8) VA는 서열번호 198, 211, 226 또는 241을 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 103, 361, 376 또는 391을 포함하거나 이로 이루어지거나,
9) VA는 서열번호 79, 212, 227 또는 242를 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 84, 362, 377 또는 392를 포함하거나 이로 이루어지거나,
10) VA는 서열번호 106, 213, 228 또는 243을 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 111, 363, 378 또는 393을 포함하거나 이로 이루어지거나,
11) VA는 서열번호 124, 214, 229 또는 244를 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 129, 364, 379 또는 394를 포함하거나 이로 이루어지거나,
12) VA는 서열번호 116, 215, 230 또는 245를 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 121, 365, 380 또는 395를 포함하거나 이로 이루어지거나,
13) VA는 서열번호 34, 216, 231 또는 246을 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 37, 366, 381 또는 396을 포함하거나 이로 이루어지거나,
14) VA는 서열번호 23, 217, 232 또는 247을 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 28, 367, 382 또는 397을 포함하거나 이로 이루어지거나,
15) VA는 서열번호 42, 218, 233 또는 248을 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 47, 368, 383 또는 398을 포함하거나 이로 이루어진다.
보다 바람직하게는,
1) VA는 서열번호 13의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 18의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
2) VA는 서열번호 132의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 135의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
3) VA는 서열번호 62의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 65의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
4) VA는 서열번호 89의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 94의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
5) VA는 서열번호 1의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 7의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
6) VA는 서열번호 52의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 57의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
7) VA는 서열번호 70의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 74의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
8) VA는 서열번호 98의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 103의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
9) VA는 서열번호 79의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 84의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
10) VA는 서열번호 106의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 111의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
11) VA는 서열번호 124의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 129의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
12) VA는 서열번호 116의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 121의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
13) VA는 서열번호 34의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 37의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
14) VA는 서열번호 23의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 28의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
15) VA는 서열번호 42의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 47의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어진다.
다른 실시양태에서,
1) VA는 서열번호 13을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 369를 포함하거나 이로 이루어지거나,
2) VA는 서열번호 132를 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 370을 포함하거나 이로 이루어지거나,
3) VA는 서열번호 62를 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 371을 포함하거나 이로 이루어지거나,
4) VA는 서열번호 89를 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 372를 포함하거나 이로 이루어지거나,
5) VA는 서열번호 1을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 373을 포함하거나 이로 이루어지거나,
6) VA는 서열번호 52를 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 374를 포함하거나 이로 이루어지거나,
7) VA는 서열번호 70을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 375를 포함하거나 이로 이루어지거나,
8) VA는 서열번호 198을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 376을 포함하거나 이로 이루어지거나,
9) VA는 서열번호 79를 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 377을 포함하거나 이로 이루어지거나,
10) VA는 서열번호 106을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 378을 포함하거나 이로 이루어지거나,
11) VA는 서열번호 124를 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 379를 포함하거나 이로 이루어지거나,
12) VA는 서열번호 116을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 380을 포함하거나 이로 이루어지거나,
13) VA는 서열번호 34를 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 381을 포함하거나 이로 이루어지거나,
14) VA는 서열번호 23을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 382를 포함하거나 이로 이루어지거나,
15) VA는 서열번호 42를 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 383을 포함하거나 이로 이루어진다.
항원 결합 단백질은 1가 또는 다가, 예를 들어, 4가, 3가 또는 2가일 수 있다.
항원 결합 단백질은 단일특이성 또는 다중특이성, 예를 들어, 사중특이성, 삼중특이성 또는 이중특이성이다.
일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 가용성 단백질이다.
본 발명의 항원 결합 단백질에서, 제1 및 제2 폴리펩티드는 단일 폴리펩티드 쇄에 포함될 수 있다. 이러한 단일 쇄 구축물은, 예를 들어, 단일 쇄 TCR(scTCR) 또는 단일 쇄 이중특이성 항원 결합 단백질, 특히 단일 쇄 이중특이성 TCR, 또는 단일 쇄 이중특이성 TCR-항체 분자일 수 있다.
제1 및 제2 폴리펩티드가 2개의 폴리펩티드 쇄에 포함되는 것이 바람직하고, 즉, VA는 제1 폴리펩티드 쇄에 포함되고 VB는 제2 폴리펩티드 쇄에 포함된다.
항원 결합 단백질은 TCR인 것이 바람직하다. TCR은 α/β TCR, γ/δ TCR, 단일 쇄 TCR, 막 결합 TCR, 가용성 TCR, 1가, 2가 또는 다가 TCR, 단일특이성, 이중특이성 또는 다중특이성 TCR, TCR의 기능적 단편, TCR의 기능적 단편을 포함하는 융합 단백질 또는 TCR의 기능적 단편을 포함하는 키메라 단백질로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있다. 바람직한 실시양태에서, TCR은 α/β TCR 또는 γ/δ TCR, 바람직하게는 α/β TCR이다. 본 발명의 맥락에서, 항원 결합 단백질이 바람직하게는 TCR이라고 언급될 때마다, 이는 가장 바람직하게는 항원 결합 단백질이 α/β TCR 또는 γ/δ TCR, 바람직하게는 α/β TCR이라는 것을 추가로 의미한다. 한 실시양태에서, TCR 불변 도메인 서열은 임의의 적합한 종, 예컨대 임의의 포유동물, 예를 들어, 인간, 래트, 원숭이, 토끼, 당나귀 또는 마우스, 바람직하게는 인간 또는 마우스, 보다 바람직하게는 인간으로부터 유래될 수 있다. 한 실시양태에서, TCR은 αβ TCR이고 서열번호 5, 750, 751 또는 156, 바람직하게는 서열번호 5, 750 또는 751에 따른 α-쇄 불변 도메인(TRAC) 서열, 및 서열번호 11, 32 또는 157, 바람직하게는 서열번호 11 또는 32에 따른 β-쇄 불변 도메인(TRBC1 또는 TRBC2) 서열이다.
바람직하게는, 제1 폴리펩티드는 서열번호 17, 134, 64, 93, 6, 56, 73, 102, 83, 110, 128, 120, 36, 27, 46 및 158 내지 172, 바람직하게는 서열번호 17, 134, 64, 93, 6, 56, 73, 102, 83, 110, 128, 120, 36, 27 및 46으로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 서열번호 17, 134, 64, 93, 6, 56, 73, 102, 83, 110, 128, 120, 36, 27, 46 또는 158 내지 172에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고 본 발명의 항원 결합 단백질과 관련하여 정의된 CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa2 및 CDRa3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있고; 제2 폴리펩티드는 서열번호 22, 137, 69, 97, 12, 61, 78, 105, 88, 115, 131, 123, 41, 33, 51 및 173 내지 187, 바람직하게는 서열번호 22, 137, 69, 97, 12, 61, 78, 105, 88, 115, 131, 123, 41, 33 및 51로 이루어진 군으로부터 선택되는 아미노산 서열, 또는 서열번호 22, 137, 69, 97, 12, 61, 78, 105, 88, 115, 131, 123, 41, 33, 51 또는 173 내지 187에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고 본 발명의 항원 결합 단백질과 관련하여 정의된 CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다.
보다 바람직하게는, 제1 폴리펩티드는 서열번호 17, 134, 64, 93, 6, 56, 73, 102, 83, 110, 128, 120, 36, 27, 46 및 158 내지 172, 바람직하게는 서열번호 17, 134, 64, 93, 6, 56, 73, 102, 83, 110, 128, 120, 36, 27 및 46으로 이루어진 군으로부터 선택되는 아미노산 서열, 또는 서열번호 17, 134, 64, 93, 6, 56, 73, 102, 83, 110, 128, 120, 36, 27, 46 또는 158 내지 172에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고 돌연변이 없이 본 발명의 항원 결합 단백질과 관련하여 정의된 CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 제2 폴리펩티드는 서열번호 22, 137, 69, 97, 12, 61, 78, 105, 88, 115, 131, 123, 41, 33, 51 및 173 내지 187, 바람직하게는 서열번호 22, 137, 69, 97, 12, 61, 78, 105, 88, 115, 131, 123, 41, 33 및 51로 이루어진 군으로부터 선택되는 아미노산 서열, 또는 서열번호 22, 137, 69, 97, 12, 61, 78, 105, 88, 115, 131, 123, 41, 33, 51 또는 173 내지 187에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고 아미노산 돌연변이 없이 본 발명의 항원 결합 단백질과 관련하여 정의된 CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어진다.
바람직한 실시양태에서,
1) 제1 폴리펩티드는 서열번호 17의 아미노산 서열 또는 서열번호 17에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 22의 아미노산 서열 또는 서열번호 22에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
2) 제1 폴리펩티드는 서열번호 134의 아미노산 서열 또는 서열번호 134에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 137의 아미노산 서열 또는 서열번호 137에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
3) 제1 폴리펩티드는 서열번호 64의 아미노산 서열 또는 서열번호 64에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 69의 아미노산 서열 또는 서열번호 69에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
4) 제1 폴리펩티드는 서열번호 93의 아미노산 서열 또는 서열번호 93에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 97의 아미노산 서열 또는 서열번호 97에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
5) 제1 폴리펩티드는 서열번호 6의 아미노산 서열 또는 서열번호 6에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 12의 아미노산 서열 또는 서열번호 12에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
6) 제1 폴리펩티드는 서열번호 56의 아미노산 서열 또는 서열번호 56에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 61의 아미노산 서열 또는 서열번호 61에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
7) 제1 폴리펩티드는 서열번호 73의 아미노산 서열 또는 서열번호 73에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 78의 아미노산 서열 또는 서열번호 78에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
8) 제1 폴리펩티드는 서열번호 102의 아미노산 서열 또는 서열번호 102에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 105의 아미노산 서열 또는 서열번호 105에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
9) 제1 폴리펩티드는 서열번호 83의 아미노산 서열 또는 서열번호 83에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 88의 아미노산 서열 또는 서열번호 88에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
10) 제1 폴리펩티드는 서열번호 110의 아미노산 서열 또는 서열번호 110에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 115의 아미노산 서열 또는 서열번호 115에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
11) 제1 폴리펩티드는 서열번호 128의 아미노산 서열 또는 서열번호 128에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 131의 아미노산 서열 또는 서열번호 131에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
12) 제1 폴리펩티드는 서열번호 120의 아미노산 서열 또는 서열번호 120에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 123의 아미노산 서열 또는 서열번호 123에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
13) 제1 폴리펩티드는 서열번호 36의 아미노산 서열 또는 서열번호 36에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 41의 아미노산 서열 또는 서열번호 41에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
14) 제1 폴리펩티드는 서열번호 27의 아미노산 서열 또는 서열번호 27에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 33의 아미노산 서열 또는 서열번호 33에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나;
15) 제1 폴리펩티드는 서열번호 46의 아미노산 서열 또는 서열번호 46에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 51의 아미노산 서열 또는 서열번호 51에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고,
이때 제1 및 제2 폴리펩티드는 본 발명의 항원 결합 단백질과 관련하여 정의된 CDR 서열을 포함하며, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있고, 바람직하게는 아미노산 돌연변이를 포함하지 않을 수 있다.
바람직한 실시양태에서,
1) 제1 폴리펩티드는 서열번호 17, 294, 309 또는 324를 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 22, 444, 459 또는 474를 포함하거나 이로 이루어지거나;
2) 제1 폴리펩티드는 서열번호 134, 295, 310 또는 325를 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 137, 445, 460 또는 475를 포함하거나 이로 이루어지거나;
3) 제1 폴리펩티드는 서열번호 64, 296, 311 또는 326을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 69, 446, 461 또는 476을 포함하거나 이로 이루어지거나;
4) 제1 폴리펩티드는 서열번호 93, 297, 312 또는 327을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 97, 447, 462 또는 477을 포함하거나 이로 이루어지거나;
5) 제1 폴리펩티드는 서열번호 6, 298, 313 또는 328을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 12, 448, 463 또는 478을 포함하거나 이로 이루어지거나;
6) 제1 폴리펩티드는 서열번호 56, 299, 314 또는 329를 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 61, 449, 464 또는 479를 포함하거나 이로 이루어지거나;
7) 제1 폴리펩티드는 서열번호 73, 300, 315 또는 330을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 78, 450, 465 또는 480을 포함하거나 이로 이루어지거나;
8) 제1 폴리펩티드는 서열번호 102, 301, 316 또는 331을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 105, 451, 466 또는 481을 포함하거나 이로 이루어지거나;
9) 제1 폴리펩티드는 서열번호 83, 302, 317 또는 332를 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 88, 452, 467 또는 482를 포함하거나 이로 이루어지거나;
10) 제1 폴리펩티드는 서열번호 110, 303, 318 또는 333을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 115, 453, 468 또는 483을 포함하거나 이로 이루어지거나;
11) 제1 폴리펩티드는 서열번호 128, 304, 319 또는 334를 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 131, 454, 469 또는 484를 포함하거나 이로 이루어지거나;
12) 제1 폴리펩티드는 서열번호 120, 305, 320 또는 335를 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 123, 455, 470 또는 485를 포함하거나 이로 이루어지거나;
13) 제1 폴리펩티드는 서열번호 36, 306, 321 또는 336을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 41, 456, 471 또는 486을 포함하거나 이로 이루어지거나;
14) 제1 폴리펩티드는 서열번호 27, 307, 322 또는 337을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 33, 457, 472 또는 487을 포함하거나 이로 이루어지거나;
15) 제1 폴리펩티드는 서열번호 46, 308, 323 또는 338을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 51, 458, 473 또는 488을 포함하거나 이로 이루어진다.
보다 바람직하게는,
1) 제1 폴리펩티드는 서열번호 17을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 22를 포함하거나 이로 이루어지거나;
2) 제1 폴리펩티드는 서열번호 134를 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 137을 포함하거나 이로 이루어지거나;
3) 제1 폴리펩티드는 서열번호 64를 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 69를 포함하거나 이로 이루어지거나;
4) 제1 폴리펩티드는 서열번호 93을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 97을 포함하거나 이로 이루어지거나;
5) 제1 폴리펩티드는 서열번호 6을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 12를 포함하거나 이로 이루어지거나;
6) 제1 폴리펩티드는 서열번호 56을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 61을 포함하거나 이로 이루어지거나;
7) 제1 폴리펩티드는 서열번호 73을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 78을 포함하거나 이로 이루어지거나;
8) 제1 폴리펩티드는 서열번호 102를 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 105를 포함하거나 이로 이루어지거나;
9) 제1 폴리펩티드는 서열번호 83을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 88을 포함하거나 이로 이루어지고;
10) 제1 폴리펩티드는 서열번호 110을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 115를 포함하거나 이로 이루어지거나;
11) 제1 폴리펩티드는 서열번호 128을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 131을 포함하거나 이로 이루어지거나;
12) 제1 폴리펩티드는 서열번호 120을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 123을 포함하거나 이로 이루어지거나;
13) 제1 폴리펩티드는 서열번호 36을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 41을 포함하거나 이로 이루어지거나;
14) 제1 폴리펩티드는 서열번호 27을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 33을 포함하거나 이로 이루어지거나;
15) 제1 폴리펩티드는 서열번호 46을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 51을 포함하거나 이로 이루어진다.
다른 실시양태에서,
1) 제1 폴리펩티드는 서열번호 17을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 459를 포함하거나 이로 이루어지거나;
2) 제1 폴리펩티드는 서열번호 134를 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 460을 포함하거나 이로 이루어지거나;
3) 제1 폴리펩티드는 서열번호 64를 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 461을 포함하거나 이로 이루어지거나;
4) 제1 폴리펩티드는 서열번호 93을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 462를 포함하거나 이로 이루어지거나;
5) 제1 폴리펩티드는 서열번호 6을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 463을 포함하거나 이로 이루어지거나;
6) 제1 폴리펩티드는 서열번호 56을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 464를 포함하거나 이로 이루어지거나;
7) 제1 폴리펩티드는 서열번호 73을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 465를 포함하거나 이로 이루어지거나;
8) 제1 폴리펩티드는 서열번호 102를 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 466을 포함하거나 이로 이루어지거나;
9) 제1 폴리펩티드는 서열번호 83을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 467을 포함하거나 이로 이루어지거나;
10) 제1 폴리펩티드는 서열번호 110을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 468을 포함하거나 이로 이루어지거나;
11) 제1 폴리펩티드는 서열번호 128을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 469를 포함하거나 이로 이루어지거나;
12) 제1 폴리펩티드는 서열번호 120을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 470을 포함하거나 이로 이루어지거나;
13) 제1 폴리펩티드는 서열번호 36을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 471을 포함하거나 이로 이루어지거나;
14) 제1 폴리펩티드는 서열번호 27을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 472를 포함하거나 이로 이루어지거나;
15) 제1 폴리펩티드는 서열번호 46을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 473을 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 바람직한 실시양태에서, 본 발명의 항원 결합 단백질은, 예를 들어, 이종 서열, 바람직하게는 마우스 서열의 도입에 의해 조작될 수 있으며, 이는 발현 및 안정성을 증가시킬 수 있다. 또한, 최신 기술(예를 들어, WO 2018/104407, PCT/EP2018/069151, WO 2011/044186, WO 2014/018863)로부터 공지된 바와 같은 추가적인 안정화 돌연변이가 도입될 수 있다(예를 들어, 가변 도메인에서 바람직하지 않은 아미노산의 대체 및/또는, 예를 들어, TCR의 불변 도메인과 페어링(pairing)되지 않은 시스테인의 제거 사이에 다이설파이드 결합의 도입).
특히, TCR 불변 도메인 서열은 TRAC의 엑손 2의 Cys4와 TRBC1 또는 TRBC2의 엑손 2의 Cys2 사이의 천연 다이설파이드 결합을 삭제하기 위해 절단 또는 치환에 의해 변형될 수 있다. 알파 및/또는 베타 쇄 불변 도메인 서열은 또한 TRAC의 Thr 48 및 TRBC1 또는 TRBC2의 Ser 57에 대한 시스테인 잔기의 치환에 의해 변형될 수 있으며, 상기 시스테인은 TCR의 알파 및 베타 불변 도메인 사이에 다이설파이드 결합을 형성한다. TRBC1 또는 TRBC2는 불변 도메인의 위치 75에서 시스테인에서 알라닌으로의 돌연변이 및 불변 도메인의 위치 89에서 아스파라긴에서 아스파르트산으로의 돌연변이를 추가로 포함할 수 있다. 불변 도메인은 천연 TRAC 및/또는 TRBC1/2 서열에 비해 추가적인 돌연변이, 치환 또는 결실을 추가로 또는 대안적으로 함유할 수 있다. TRAC 및 TRBC1/2라는 용어는 천연 다형성 변이체, 예를 들어, TRAC의 위치 4에서 N에서 K로의 변형을 포함한다(문헌[Bragado et al Int Immunol. 1994 Feb;6(2):223-30]).
일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 1가 또는 다가, 예를 들어, 4가, 3가 또는 2가이다.
일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 이중특이성, 특히 이중특이성 TCR, 이중특이성 항체 또는 이중특이성 TCR-항체 분자이다. 당업자는 항원 결합 단백질이 이중특이성 "항체"인 경우, 항원 결합 부위 중 하나가 본 발명의 항원 결합 단백질과 관련하여 정의된 TCR-유래 CDR1, CDR3 및 임의적으로 CDR2 서열을 포함한다는 것을 알고 있다. 반면, 다른 항원 결합 부위는 전적으로 항체-유래일 수 있다.
일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 가용성 단백질이다. 일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 가용성 TCR이다. 본원에 사용된 용어 "가용성 TCR"은, 예를 들어, 다이설파이드 결합에 의해 연결된 TCR α-쇄 및 β-쇄의 세포외 부분을 포함하지만 천연 단백질의 막횡단 및 세포질 도메인이 결여된 천연 TCR의 이형이량체 절두된(truncated) 변이체를 의미한다.
한 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 인간 기원의 것이고, 이는 인간 유전자좌로부터 생성되고, 따라서 인간 서열을 포함하는 것으로 이해된다.
일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 인간화, 키메라화 및/또는 뮤린화된다.
한 실시양태에서, 본 발명의 항원 결합 단백질은 다음 중 하나 이상을 추가로 포함한다:
(i) 하나 이상의 추가 항원 결합 부위;
(ii) 임의적으로 세포질 신호전달 영역을 포함하는 막횡단 영역;
(iii) 진단제; 및
(iv) 치료제.
상기 나열된 요소 (i) 내지 (iv)가 본 발명의 항원 결합 단백질에 융합된 폴리펩티드인 경우, 항원 결합 단백질은 "TCR 융합 단백질"로도 지칭될 수 있다.
추가 항원 결합 부위(존재하는 경우)는 바람직하게는 항체-유래이다.
본 발명에는 내인성 막횡단 영역 대신에 막 앵커 도메인과 같은 대체 도메인을 갖는 항원 결합 단백질, 특히 TCR이 포함된다. TCR 발현 또는 안정성 및/또는 쇄 페어링(paring)을 개선하기 위해 TCR 가변 도메인 또는 불변 도메인에 점 돌연변이를 갖는 항원 결합 단백질, 특히 TCR도 포함된다.
본 발명의 맥락에서, "막횡단 영역"은, 예를 들어, TCR 알파 또는 베타 막횡단 도메인일 수 있다.
"세포질 신호전달 영역"은, 예를 들어, TCR 알파 또는 베타 세포내 도메인일 수 있다.
본원에서 "진단제"는 (직접적으로 또는 간접적으로) 신호를 제공하는 당업계에 공지된 형광 분자, 방사성 분자 또는 기타 표지와 같은 검출가능한 분자 또는 물질을 의미한다.
"형광 분자"는 당업계에 공지되어 있으며, 플루오레세인 이소티오시아네이트(FITC), 피코에리트린(PE), 청색 레이저에 사용하기 위한 형광단(예컨대, PerCP, PE-Cy7, PE-Cy5, FL3 및 APC 또는 Cy5, FL4), 빨간색, 보라색 또는 UV 레이저에 사용하기 위한 형광단(예컨대, 퍼시픽 블루(pacific blue), 퍼시픽 오렌지(pacific orange))을 포함한다.
"방사성 분자"에는 I123, I124, In111, Re186, Re188, Tc99와 같은 신티그래픽(scintigraphic) 연구용 방사성 결합가 포함되지만 이에 제한되지는 않는다. 본 발명의 항원 결합 단백질은 또한 요오드-123, 인듐-111, 불소-19, 탄소-13, 질소-15, 산소-17, 가돌리늄, 망간 또는 철과 같은 핵자기공명(NMR) 영상(자기공명 영상, MRI로도 알려짐)을 위한 스핀 라벨을 포함할 수 있다.
이러한 진단제는 항원 결합 단백질에 직접적으로 연결(즉, 물리적으로 연결)되거나 간접적으로 연결될 수 있다.
본원에서 "치료제"는 치료 효과를 갖는 제제를 지칭한다. 치료제 및 약물이라는 용어는 본원에서 상호교환적으로 사용된다. 한 실시양태에서, 치료제는 세포독성제 또는 방사성 동위원소와 같은 성장 억제제일 수 있다.
상이하지 않게 사용될 수 있는 "성장 억제제" 또는 "항증식제"는 시험관내 또는 생체내에서 세포, 특히 종양 세포의 성장을 억제하는 화합물 또는 조성물을 의미한다.
본원에서 사용된 용어 "세포독성제"는 세포의 기능을 억제 또는 방지하고/하거나 세포의 파괴를 유발하는 물질을 의미한다. "세포독성제"라는 용어는 화학치료제, 효소, 항생제, 및 이의 단편 및/또는 변이체를 포함하여 박테리아, 진균, 식물 또는 동물 기원의 소분자 독소 또는 효소 활성 독소와 같은 독소, 및 다양한 항종양제 또는 하기에 개시된 항암제를 포함하도록 의도된다. 일부 실시양태에서, 세포독성제는 탁소이드, 빈카스, 탁산, 메이탄시노이드 또는 메이탄시노이드 유사체, 예를 들어, DM1 또는 DM4, 소형 약물, 토메이마이신 또는 피롤로벤조디아제핀 유도체, 크립토피신 유도체, 렙토마이신 유도체, 아우리스타틴 또는 돌라스타틴 유사체, 전구약물, 토포이소머라제 II 억제제, DNA 알킬화제, 항튜불린제, CC-1065 또는 CC-1065 유사체이다.
"방사성 동위원소"라는 용어는 암 치료에 적합한 방사성 동위원소, 예를 들어, At211, Bi212, Er169, I131, I125, Y90, In111, P32, Re186, Re188, Sm153, Sr89, 및 Lu의 방사성 동위원소를 포함하도록 의도된다. 이러한 방사성 동위원소는 일반적으로 주로 베타 방사선을 방출한다. 한 실시양태에서, 방사성 동위원소는 알파 방사체 동위원소, 보다 정확하게는 알파 방사선을 방출하는 토륨 227이다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 항원 결합 단백질은 직접적으로 또는 절단가능 또는 비절단가능 링커를 통해 1개 이상의 성장 억제제에 공유결합적으로 부착된다. 이러한 하나 이상의 성장 억제제가 부착된 항원 결합 단백질은 접합체로도 지칭될 수 있다. 절단가능한 링커는 세포 내 항원 결합 단백질로부터 세포독성제 또는 성장 억제제의 방출을 촉진한다. 예를 들어, 산-불안정성 링커, 펩티다제-민감성 링커, 에스테라제-불안정성 링커, 광불안정성 링커 또는 다이설파이드-함유 링커(예를 들어, US 5,208,020 참고)가 사용될 수 있다. 링커는 일부 경우에 더 나은 내성을 유발할 수 있는 "절단불가능한 링커"(예컨대, SMCC 링커)일 수도 있다.
이러한 접합체, 예를 들어, 면역접합체의 제조는 출원 WO 2004/091668 또는 문헌[Hudecz, F., Methods Mol. Biol. 298: 209-223 (2005)] 및 [Kirin et al., Inorg Chem. 44(15): 5405-5415 (2005)](이의 내용은 그 전문이 본원에 참고로 인용됨)에 기재되어 있으며, 당업자에 의해, 이러한 1개 이상의 성장 억제제가 부착된 항원 결합 단백질의 제조에 적용될 수 있다.
대안적으로, 본 발명의 항원 결합 단백질과 세포독성 또는 성장 억제 폴리펩티드를 포함하는 융합 단백질은 재조합 기술 또는 펩티드 합성에 의해 제조될 수 있다. DNA의 길이는 서로 인접하거나 접합체의 원하는 특성을 파괴하지 않는 링커 펩티드를 인코딩하는 영역에 의해 분리된 접합체의 두 부분을 인코딩하는 각각의 영역을 포함할 수 있다.
본 발명의 항원 결합 단백질은 또한 전구약물(예컨대, 펩티딜 화학치료제, WO 81/01145 참고)을 활성 항암 약물(예를 들어, WO 88/07378 및 US 4,975,278 참고)로 전환시키는 전구약물 활성화 효소에 폴리펩티드를 접합시킴으로써 의존성 효소 매개 전구약물 치료에 사용될 수 있다.
일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 서열번호 138의 아미노산 위치 1, 3 및 4를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 바람직한 실시양태에서, 이러한 항원 결합 단백질은 서열번호 138의 아미노산 위치 1, 3, 4 및 5, 또는 1, 3, 4 및 6, 또는 1, 3, 4, 5 및 6 또는 1, 3, 4, 5, 6 및 7을 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다.
일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 서열번호 138의 아미노산 위치 4, 6 및 7을 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 바람직한 실시양태에서, 이러한 항원 결합 단백질은 서열번호 138의 아미노산 위치 1, 4, 6 및 7, 또는 3, 4, 6 및 7 또는 1, 3, 4, 6 및 7을 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다.
일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 서열번호 138의 아미노산 위치 5 및 7을 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 일부 바람직한 실시양태에서, 이러한 항원 결합 단백질은 서열번호 138의 아미노산 위치 5, 6 및 7, 또는 3, 4, 5, 6 및 7을 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다.
일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군의 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다.
일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군의 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다.
본 발명의 항원 결합 단백질의 VA 및 VB에 포함된 V 영역 및 J 영역을 인코딩하는 유전자는 표 2에 나열되어 있다. 주석은 IMGT/GENE-DB(버전: 28/11/2019)를 참조 데이터베이스로 사용하여 GeneData 11.0.1에 의해 수행되었다.
일부 실시양태에서, VA는 TRAV14, 특히 TRAV14/DV4에 의해 인코딩되는 V 영역, 및 서열번호 24에 따른 CDRa1 및 서열번호 25에 따른 CDRa2를 포함한다.
일부 실시양태에서, VB는 TRBV13에 의해 인코딩되는 V 영역, 및 서열번호 75에 따른 CDRb1 및 서열번호 76에 따른 CDRb2를 포함한다.
일부 실시양태에서, VB는 TRBV4-1에 의해 인코딩되는 V 영역, 및 서열번호 58에 따른 CDRb1 및 서열번호 59에 따른 CDRb2를 포함한다.
일부 실시양태에서, VB는 TRBV6-1에 의해 인코딩되는 V 영역, 및 서열번호 112에 따른 CDRb1 및 서열번호 113에 따른 CDRb2를 포함한다.
본 발명자들은 본 발명의 항원 결합 단백질이 CD8+ T 세포에서 발현되는 경우, 항원 제시 세포에 의해 MHC 상에 제시된 CT45-IP에 결합할 때 상기 CD8+ T 세포를 활성화할 수 있다는 것을 보였다.
CD8+ T 세포 외에도, T 보조 세포라고 불리는 CD4+ T 세포도 모든 종류의 다양한 면역 세포와 관련된 조직화된 면역 반응에 중요하다. 관련 펩티드-MHC 복합체를 조우한 후 T 세포의 완전한 활성화를 위해서는 일반적으로 각각의 공동-수용체의 추가 결합이 필요하다. CD8+ T 세포의 경우 이러한 도움은 CD8 공동-수용체에 의해 제공되고, CD4+ T 세포의 경우 이러한 도움은 CD4 공동-수용체에 의해 제공된다. 드문 경우지만, CD8+ T 세포에서 파생된 TCR이 CD4+ T 세포로 전달될 때 CD4+ T 세포의 활성화로 이어질 만큼 충분히 강력한 세포내 신호를 유도할 수 있다.
본 발명자들은 본 발명의 항원 결합 단백질 중 일부가 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포에서 발현되는 경우, 항원 제시 세포에 의해 MHC에 제시된 CT45-IP에 결합 시 상기 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있음을 보였다(실시예 3, 데이터는 나타내지 않음).
본 발명의 맥락에서, 상기 정의된 사이토카인 생성 검정에서 항원 결합 단백질을 발현하는 T 세포(즉, 효과기 세포)가 CT45-IP 항원성 펩티드를 제시하는 표적 세포와의 공동-배양 시 하나 이상의 세포내 사이토카인을 생성하는 경우, 특히 항원 결합 단백질을 발현하고 1개 이상의 세포내 사이토카인을 생성하는 T 세포의 개수가 CD4+ 또는 CD8+ T 세포와 같은 T 세포의 분석된 집단당 적어도 2%, 적어도 2.5%, 바람직하게는 적어도 3%인 경우에 항원 결합 단백질은 "T 세포를 활성화할 수 있는" 것으로 간주된다.
따라서, 일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다. 즉, 항원 결합 단백질, 바람직하게는 TCR은 CD8과 독립적으로 CD4+ T 세포를 활성화할 수 있다. 즉, 항원 결합 단백질, 바람직하게는 TCR은 CD8의 부재하에 CT45 항원성 펩티드와 MHC 분자의 복합체에 결합할 수 있다. 가장 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포 및 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 둘 다를 활성화할 수 있다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 TCR이다.
본 발명의 맥락에서, 항원 결합 단백질은 상기 기재된 기능적 사이토카인 생성 검정에서 사이토카인 생성이 상기 CD4+ 또는 CD4- CD8+ T 세포 집단의 2% 이상, 2.5% 이상, 바람직하게는 3% 이상에서 검출되는 경우, T 세포 집단을 활성화할 수 있는 것으로 간주된다. 분비된 사이토카인은, 예를 들어, IFN-감마 및/또는 TNF-알파일 수 있다.
CD8+ T 세포-유래 TCR을 통한 CD4+ T 세포의 활성화는 TCR과 함께 CD8 공동-수용체를 CD4+ 세포로 전달함으로써 향상될 수 있다. 본 발명자들은 본원에 기재된 CT45-IP-특이적 TCR 및 CD8을 사용한 CD4+ T 세포의 공동-형질감염이 CT45-IP 제시 종양 세포의 사살을 유의하게 향상시킨다는 것을 보였다(실시예 8, 데이터는 나타내지 않음). CD8+ T 세포와 함께 CD4+ T 세포를 결합시키는 것은 세포 면역치료에 많은 이점을 제공한다. CD4+ T 세포는 종양 세포에 대해 직접적인 세포독성을 유발할 수 있을 뿐만 아니라 다른 면역 세포와 결합하여 장기간 지속되는 항종양 효과에 기여할 수 있다. 이 보조 기능은 사이토카인, 케모카인 및 보조자극 분자를 제공하여 발휘되며 세포독성 CD8+ T 세포의 지원, 효과기 및 기억 T 세포의 형성, 대식세포/수지상 세포의 활성화 및 성숙, 수지상 세포의 라이센싱으로 구성되고, 이는 결국 CD8+ T 세포를 효과적으로 자극하고 CD8+ T 세포 효과기와 기억 형성, NK 세포와 같은 선천성 면역 세포의 활성화, 기억 B 세포의 형성 및 기타 여러 효과를 유도한다.
일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 특히 일시적인 발현 후에 적어도 5%, 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 또는 적어도 40%의 평균 발현을 갖는다. TCR의 평균 발현은 실시예에 기재된 바와 같이 TCR 표면 염색에 의해 결정될 수 있다. 염색은 당업계에 공지된 기술에 의해 수행될 수 있다. 예를 들어, 특정 VB 항체(인간 TCR의 경우), 항-mTCRB 항체(키메라 TCR의 경우) 또는 표지된 CT45-IP:MHC 다량체(예컨대, 사량체 또는 덱스트라머)를 사용하여 염색을 수행할 수 있다. 이러한 염색은 특정 세포 집단을 확인하기 위해 염색과 추가로 조합될 수 있다.
항원 결합 단백질 1
일부 실시양태에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때 CDRa1은 서열번호 14의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 16의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 19의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 21의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 상기 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 이하에서 "항원 결합 단백질 1"로도 지칭된다. 항원 결합 단백질 1의 바람직한 실시양태에서, CDRa2는 서열번호 15의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 20의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa2 및/또는 CDRb2 서열은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 항원 결합 단백질 1은 서열번호 138의 위치 1, 3, 4, 5, 6 및 7로 이루어진 군으로부터 선택되는 4, 5 또는 6개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된, 항원 결합 단백질 1을 발현하는 T 세포에 의한 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포, 예를 들어, CT45-IP 로딩된 T2 세포의 사살을 유도하기 위한 EC50은 약 30nM 미만, 약 25nM 미만, 약 20nM 미만, 약 15nM 미만 또는 약 10nM 미만이다. 항원 결합 단백질 1은 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0008) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 항원 결합 단백질 1의 바람직한 실시양태에서, VA는 서열번호 13의 아미노산 서열 또는 서열번호 13에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 18의 아미노산 서열 또는 서열번호 18의 아미노산 서열에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 이때 VA 및 VB는 항원 결합 단백질 1에 대해 상기 기재된 바와 같은 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나, 바람직하게는 아미노산 돌연변이를 포함하지 않을 수 있다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질 1의 알파 쇄 가변 영역은 TRAV38-1에 의해 인코딩되고/되거나 항원 결합 단백질 1의 베타 쇄 가변 영역은 TRBV7-9에 의해 인코딩된다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질 1은 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다.
항원 결합 단백질 2
일부 실시양태에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때 CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 133의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 75의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 136의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 상기 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 이하에서 "항원 결합 단백질 2"로도 지칭된다. 항원 결합 단백질 2의 바람직한 실시양태에서, CDRa2는 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 76의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa2 및/또는 CDRb2 서열은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 항원 결합 단백질 2는 서열번호 138의 위치 3, 4, 5, 6 및 7로 이루어진 군으로부터 선택되는 3, 4 또는 5개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된 항원 결합 단백질 2를 발현하는 T 세포에 의한 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포, 예를 들어, CT45-IP 로딩된 T2 세포의 사살을 유도하기 위한 EC50은 약 30nM 미만, 약 25nM 미만, 약 20nM 미만, 약 15nM 미만, 약 10nM 미만 또는 약 5nM 미만이다. 항원 결합 단백질 2는 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0008) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 항원 결합 단백질 2의 바람직한 실시양태에서, VA는 서열번호 132의 아미노산 서열 또는 서열번호 132에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 135의 아미노산 서열 또는 서열번호 135에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 이때 VA 및 VB는 항원 결합 단백질 2에 대해 상기 기재된 바와 같은 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있고, 바람직하게는 아미노산 돌연변이를 포함하지 않을 수 있다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질 2의 알파 쇄 가변 영역은 TRAV14/DV4에 의해 인코딩되고/되거나 항원 결합 단백질 2의 베타 쇄 가변 영역은 TRBV13에 의해 인코딩된다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질 2는 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다.
항원 결합 단백질 3
일부 실시양태에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때 CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 63의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 66의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 68의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 상기 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 이하에서 "항원 결합 단백질 3"으로도 지칭된다. 항원 결합 단백질 3의 바람직한 실시양태에서, CDRa2는 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 67의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa2 및/또는 CDRb2 서열은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 항원 결합 단백질 3은 서열번호 138의 위치 3, 4, 5, 6 및 7로 이루어진 군으로부터 선택되는 3, 4 또는 5개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된 항원 결합 단백질 3을 발현하는 T 세포에 의한 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포, 예를 들어, CT45-IP 로딩된 T2 세포의 사살을 유도하기 위한 EC50은 약 15nM 미만, 약 10nM 미만, 약 5nM 미만, 약 2.5nM 미만 또는 약 1.5nM 미만이다. 항원 결합 단백질 3은 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0008) 및 서열번호 155(SP-05-0010), 바람직하게는 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 항원 결합 단백질 3의 바람직한 실시양태에서, VA는 서열번호 62의 아미노산 서열 또는 서열번호 62에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 65의 아미노산 서열 또는 서열번호 65에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 이때 VA 및 VB는 항원 결합 단백질 3에 대해 상기 기재된 바와 같은 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있고, 바람직하게는 아미노산 돌연변이를 포함하지 않을 수 있다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질 3의 알파 쇄 가변 영역은 TRAV14/DV4에 의해 인코딩되고/되거나 항원 결합 단백질 3의 베타 쇄 가변 영역은 TRBV27에 의해 인코딩된다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질 3은 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다.
항원 결합 단백질 4
일부 실시양태에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때 CDRa1은 서열번호 90의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 92의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 66의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 96의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 상기 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 이하에서 "항원 결합 단백질 4"로도 지칭된다. 항원 결합 단백질 4의 바람직한 실시양태에서, CDRa2는 서열번호 91의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 95의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa2 및/또는 CDRb2 서열은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 항원 결합 단백질 4는 서열번호 138의 위치 3, 4, 6, 7 및 8로 이루어진 군으로부터 선택되는 3, 4 또는 5개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된 항원 결합 단백질 4를 발현하는 T 세포에 의한 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포, 예를 들어, CT45-IP 로딩된 T2 세포의 사살을 유도하기 위한 EC50은 약 25nM 미만, 약 20nM 미만, 약 15nM 미만, 약 10nM 미만, 약 5nM 미만, 약 2.5nM 미만 또는 약 1.5nM 미만이다. 항원 결합 단백질 1은 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0008) 및 서열번호 155(SP-05-0010), 바람직하게는 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 항원 결합 단백질 4의 바람직한 실시양태에서, VA는 서열번호 89의 아미노산 서열 또는 서열번호 89에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 94의 아미노산 서열 또는 서열번호 94에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 이때 VA 및 VB는 항원 결합 단백질 4에 대해 상기 기재된 바와 같은 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있고, 바람직하게는 아미노산 돌연변이를 포함하지 않을 수 있다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질 4의 알파 쇄 가변 영역은 TRAV3에 의해 인코딩되고/되거나 항원 결합 단백질 4의 베타 쇄 가변 영역은 TRBV6-2에 의해 인코딩된다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질 4는 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다.
항원 결합 단백질 5
일부 실시양태에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때 CDRa1은 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 8의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 10의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 상기 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 이하에서 "항원 결합 단백질 5"로도 지칭된다. 항원 결합 단백질 5의 바람직한 실시양태에서, CDRa2는 서열번호 3의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 9의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa2 및/또는 CDRb2 서열은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 항원 결합 단백질 5는 서열번호 138의 위치 3, 6, 7 및 8로 이루어진 군으로부터 선택되는 2, 3 또는 4개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된 항원 결합 단백질 5를 발현하는 T 세포에 의한 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포, 예를 들어, CT45-IP 로딩된 T2 세포의 사살을 유도하기 위한 EC50은 약 25nM 미만, 약 15nM 미만, 10nM 미만, 약 5nM 미만, 약 2.5nM 미만, 약 1.5nM 미만 또는 약 1nM 미만이다. 항원 결합 단백질 5는 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0008) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 항원 결합 단백질 5의 바람직한 실시양태에서, VA는 서열번호 1의 아미노산 서열 또는 서열번호 1에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 7의 아미노산 서열 또는 서열번호 7에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 이때 VA 및 VB는 항원 결합 단백질 5에 대해 상기 기재된 바와 같은 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있고, 바람직하게는 아미노산 돌연변이를 포함하지 않을 수 있다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질 5의 알파 쇄 가변 영역은 TRAV35에 의해 인코딩되고/되거나 항원 결합 단백질 5의 베타 쇄 가변 영역은 TRBV9에 의해 인코딩된다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질 5는 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다.
항원 결합 단백질 6
일부 실시양태에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때 CDRa1은 서열번호 53의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 55의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 58의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 60의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 상기 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 이하에서 "항원 결합 단백질 6"으로도 지칭된다. 항원 결합 단백질 6의 바람직한 실시양태에서, CDRa2는 서열번호 54의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 59의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa2 및/또는 CDRb2 서열은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 항원 결합 단백질 6은 서열번호 138의 위치 1, 3, 4 및 6으로 이루어진 군으로부터 선택되는 2, 3 또는 4개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된 항원 결합 단백질 6을 발현하는 T 세포에 의한 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포, 예를 들어, CT45-IP 로딩된 T2 세포의 사살을 유도하기 위한 EC50은 약 30nM 미만, 약 25nM 미만, 약 20nM 미만, 약 15nM 미만, 약 10nM 미만 또는 약 5nM 미만이다. 항원 결합 단백질 6은 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0008) 및 서열번호 155(SP-05-0010), 바람직하게는 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010), 보다 바람직하게는 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 150(SP-05-0003) 0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 항원 결합 단백질 6의 바람직한 실시양태에서, VA는 서열번호 52의 아미노산 서열 또는 서열번호 52에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 57의 아미노산 서열 또는 서열번호 57에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 이때 VA 및 VB는 항원 결합 단백질 6에 대해 상기 기재된 바와 같은 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있고, 바람직하게는 아미노산 돌연변이를 포함하지 않을 수 있다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질 6의 알파 쇄 가변 영역은 TRAV12-3에 의해 인코딩되고/되거나 항원 결합 단백질 6의 베타 쇄 가변 영역은 TRBV4-1에 의해 인코딩된다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질 6은 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다.
항원 결합 단백질 7
일부 실시양태에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때 CDRa1은 서열번호 71의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 72의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 75의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 77의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 상기 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 이하에서 "항원 결합 단백질 7"로도 지칭된다. 항원 결합 단백질 7의 바람직한 실시양태에서, CDRa2는 서열번호 15의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 76의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa2 및/또는 CDRb2 서열은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 항원 결합 단백질 7은 서열번호 138의 위치 1, 4, 6 및 7로 이루어진 군으로부터 선택되는 3 또는 4개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된 항원 결합 단백질 4를 발현하는 T 세포에 의한 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포, 예를 들어, CT45-IP 로딩된 T2 세포의 사살을 유도하기 위한 EC50은 약 5nM 미만, 약 2.5nM 미만, 약 1.5nM 미만 또는 약 1nM 미만이다. 항원 결합 단백질 7은 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0008) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 항원 결합 단백질 7의 바람직한 실시양태에서, VA는 서열번호 70의 아미노산 서열 또는 서열번호 70에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 74의 아미노산 서열 또는 서열번호 74에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 이때 VA 및 VB는 항원 결합 단백질 7에 대해 상기 기재된 바와 같은 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있고, 바람직하게는 아미노산 돌연변이가 없다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질 7의 알파 쇄 가변 영역은 TRAV38-2/DV8에 의해 인코딩되고/되거나 항원 결합 단백질 7의 베타 쇄 가변 영역은 TRBV13에 의해 인코딩된다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질 7은 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다.
항원 결합 단백질 8
일부 실시양태에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때 CDRa1은 서열번호 99의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 101의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 75의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 104의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 상기 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 이하에서 "항원 결합 단백질 8"로도 지칭된다. 항원 결합 단백질 8의 바람직한 실시양태에서, CDRa2는 서열번호 100의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 76의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa2 및/또는 CDRb2 서열은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 항원 결합 단백질 8은 서열번호 138의 위치 5 및 7로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 또는 2개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된 항원 결합 단백질 8을 발현하는 T 세포에 의한 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포, 예를 들어, CT45-IP 로딩된 T2 세포의 사살을 유도하기 위한 EC50은 약 30nM 미만, 약 25nM 미만, 약 20nM 미만, 약 15nM 미만, 약 10nM 미만 또는 약 10nM 미만이다. 항원 결합 단백질 8은 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0008) 및 서열번호 155(SP-05-0010), 바람직하게는 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 항원 결합 단백질 8의 바람직한 실시양태에서, VA는 서열번호 98의 아미노산 서열 또는 서열번호 98에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 103의 아미노산 서열 또는 서열번호 103에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 이때 VA 및 VB는 항원 결합 단백질 8에 대해 상기 기재된 바와 같은 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있고, 바람직하게는 아미노산 돌연변이를 포함하지 않을 수 있다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질 8의 알파 쇄 가변 영역은 TRAV19에 의해 인코딩되고/되거나 항원 결합 단백질 8의 베타 쇄 가변 영역은 TRBV13에 의해 인코딩된다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질 8은 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다.
항원 결합 단백질 9
일부 실시양태에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때 CDRa1은 서열번호 80의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 82의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 85의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 87의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 상기 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 이하에서 "항원 결합 단백질 9"로도 지칭된다. 항원 결합 단백질 9의 바람직한 실시양태에서, CDRa2는 서열번호 81의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 86의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa2 및/또는 CDRb2 서열은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 항원 결합 단백질 9는 서열번호 138의 위치 1, 3, 4, 5, 6, 7 및 8로 이루어진 군으로부터 선택되는 5, 6 또는 7개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된 항원 결합 단백질 9를 발현하는 T 세포에 의한 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포, 예컨대 CT45-IP 로딩된 T2 세포의 사살을 유도하기 위한 EC50은 약 5nM 미만, 약 2.5nM 미만, 약 1.5nM 미만 또는 약 1nM 미만이다. 항원 결합 단백질 9는 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0008) 및 서열번호 155(SP-05-0010), 바람직하게는 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 항원 결합 단백질 9의 바람직한 실시양태에서, VA는 서열번호 79의 아미노산 서열 또는 서열번호 79에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 84의 아미노산 서열 또는 서열번호 84에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 이때 VA 및 VB는 항원 결합 단백질 9에 대해 상기 기재된 바와 같은 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있고, 바람직하게는 아미노산 돌연변이를 포함하지 않을 수 있다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질 9의 알파 쇄 가변 영역은 TRAV5에 의해 인코딩되고/되거나 항원 결합 단백질 9의 베타 쇄 가변 영역은 TRBV2에 의해 인코딩된다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질 9는 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다.
항원 결합 단백질 10
일부 실시양태에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때 CDRa1은 서열번호 107의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 109의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 112의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 114의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 상기 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 이하에서 "항원 결합 단백질 10"으로도 지칭된다. 항원 결합 단백질 10의 바람직한 실시양태에서, CDRa2는 서열번호 108의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 113의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa2 및/또는 CDRb2 서열은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 항원 결합 단백질 10은 서열번호 138의 위치 5, 6 및 7로 이루어진 군으로부터 선택되는 2개 또는 3개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된 항원 결합 단백질 10을 발현하는 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포, 예를 들어, CT45-IP 로딩된 T2 세포의 사살을 유도하기 위한 EC50은 약 30nM 미만, 약 25nM 미만, 약 20nM 미만, 약 15nM 미만 또는 약 10nM 미만이다. 항원 결합 단백질 10은 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0008) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 항원 결합 단백질 10의 바람직한 실시양태에서, VA는 서열번호 106의 아미노산 서열 또는 서열번호 106에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 111의 아미노산 서열 또는 서열번호 111에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 이때 VA 및 VB는 항원 결합 단백질 10에 대해 상기 기재된 바와 같은 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나, 바람직하게는 아미노산 돌연변이를 포함하지 않을 수 있다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질 10의 알파 쇄 가변 영역은 TRAV1-2에 의해 인코딩되고/되거나 항원 결합 단백질 10의 베타 쇄 가변 영역은 TRBV6-1에 의해 인코딩된다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질 10은 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다.
항원 결합 단백질 11
일부 실시양태에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때 CDRa1은 서열번호 125의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 127의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 112의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 130의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 상기 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 이하에서 "항원 결합 단백질 11"로도 지칭된다. 항원 결합 단백질 11의 바람직한 실시양태에서, CDRa2는 서열번호 126의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 113의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa2 및/또는 CDRb2 서열은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 항원 결합 단백질 11은 서열번호 138의 위치 1, 3, 4, 5, 6 및 8로 이루어진 군으로부터 선택되는 4, 5 또는 6개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된 항원 결합 단백질 11을 발현하는 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포, 예를 들어, CT45-IP 로딩된 T2 세포의 사살을 유도하기 위한 EC50은 약 60nM 미만이다. 항원 결합 단백질 11은 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0008) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 항원 결합 단백질 11의 바람직한 실시양태에서, VA는 서열번호 124의 아미노산 서열 또는 서열번호 124에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 129의 아미노산 서열 또는 서열번호 129에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 이때 VA 및 VB는 항원 결합 단백질 11에 대해 상기 기재된 바와 같은 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있고, 바람직하게는 아미노산 돌연변이를 포함하지 않을 수 있다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질 11의 알파 쇄 가변 영역은 TRAV22에 의해 인코딩되고/되거나 항원 결합 단백질 11의 베타 쇄 가변 영역은 TRBV6-1에 의해 인코딩된다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질 11은 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다.
항원 결합 단백질 12
일부 실시양태에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때 CDRa1은 서열번호 117의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 119의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 58의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 122의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 상기 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 이하에서 "항원 결합 단백질 12"로도 지칭된다. 항원 결합 단백질 12의 바람직한 실시양태에서, CDRa2는 서열번호 118의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 59의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나, 이때 CDRa2 및/또는 CDRb2 서열은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 항원 결합 단백질 12는 서열번호 138의 위치 3, 4, 6 및 7로 이루어진 군으로부터 선택되는 2, 3 또는 4개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된 항원 결합 단백질 12를 발현하는 T 세포에 의한 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포, 예를 들어, CT45-IP 로딩된 T2 세포의 사살을 유도하기 위한 EC50은 약 60nM 미만 또는 약 50nM 미만이다. 항원 결합 단백질 12는 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0008) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 항원 결합 단백질 12의 바람직한 실시양태에서, VA는 서열번호 116의 아미노산 서열 또는 서열번호 116에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 121의 아미노산 서열 또는 서열번호 121에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 이때 VA 및 VB는 항원 결합 단백질 12에 대해 상기 기재된 바와 같은 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있고, 바람직하게는 아미노산 돌연변이를 포함하지 않을 수 있다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질 12의 알파 쇄 가변 영역은 TRAV27에 의해 인코딩되고/되거나 항원 결합 단백질 12의 베타 쇄 가변 영역은 TRBV4-1에 의해 인코딩된다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질 12는 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다.
항원 결합 단백질 13
일부 실시양태에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때 CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 35의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 38의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 40의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 상기 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 이하에서 "항원 결합 단백질 13"으로도 지칭된다. 항원 결합 단백질 13의 바람직한 실시양태에서, CDRa2는 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 39의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa2 및/또는 CDRb2 서열은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 항원 결합 단백질 13은 서열번호 138의 위치 1, 3, 4, 6 및 7로 이루어진 군으로부터 선택되는 3, 4 또는 5개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된, 항원 결합 단백질 13을 발현하는 T 세포에 의한 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포, 예를 들어, CT45-IP 로딩된 T2 세포의 사살을 유도하기 위한 EC50은 약 50nM 미만, 약 30nM 미만, 약 25nM 미만, 약 20nM 미만 또는 약 15nM 미만이다. 항원 결합 단백질 13은 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0008) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 항원 결합 단백질 13의 바람직한 실시양태에서, VA는 서열번호 34의 아미노산 서열 또는 서열번호 34에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 37의 아미노산 서열 또는 서열번호 37에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 이때 VA 및 VB는 항원 결합 단백질 13에 대해 상기 기재된 바와 같은 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함하거나, 바람직하게는 아미노산 돌연변이를 포함하지 않을 수 있다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질 13의 알파 쇄 가변 영역은 TRAV14/DV4에 의해 인코딩되고/되거나 항원 결합 단백질 13의 베타 쇄 가변 영역은 TRBV19에 의해 인코딩된다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질 13은 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다.
항원 결합 단백질 14
일부 실시양태에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때 CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 26의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 29의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 31의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 상기 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 이하에서 "항원 결합 단백질 14"로도 지칭된다. 항원 결합 단백질 14의 바람직한 실시양태에서, CDRa2는 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 30의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa2 및/또는 CDRb2 서열은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 항원 결합 단백질 14는 서열번호 138의 위치 1, 3, 4 및 5로 이루어진 군으로부터 선택되는 2, 3 또는 4개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된 항원 결합 단백질 14를 발현하는 T 세포에 의한 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포, 예를 들어, CT45-IP 로딩된 T2 세포의 사살을 유도하기 위한 EC50은 약 50nM 미만, 약 30nM 미만, 약 25nM 미만 또는 약 20nM 미만이다. 항원 결합 단백질 14는 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0008) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 항원 결합 단백질 14의 바람직한 실시양태에서, VA는 서열번호 23의 아미노산 서열 또는 서열번호 23에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 28의 아미노산 서열 또는 서열번호 28에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 이때 VA 및 VB는 항원 결합 단백질 14에 대해 상기 기재된 바와 같은 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있고, 바람직하게는 아미노산 돌연변이가 없다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질 14의 알파 쇄 가변 영역은 TRAV14/DV4에 의해 인코딩되고/되거나 항원 결합 단백질 14의 베타 쇄 가변 영역은 TRBV11-2에 의해 인코딩된다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질 14는 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다.
항원 결합 단백질 15
일부 실시양태에서, 본 발명은 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질에 관한 것으로서, CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때 CDRa1은 서열번호 43의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 45의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 48의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 50의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 상기 CDR 서열을 포함하는 항원 결합 단백질은 이하에서 "항원 결합 단백질 15"로도 지칭된다. 항원 결합 단백질 15의 바람직한 실시양태에서, CDRa2는 서열번호 44의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 49의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 이때 CDRa2 및/또는 CDRb2 서열은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 항원 결합 단백질 15는 서열번호 138의 위치 1, 3, 4, 5, 6 및 7로 이루어진 군으로부터 선택되는 4, 5 또는 6개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 루시퍼라제 방출 검정에서 측정된 항원 결합 단백질 15를 발현하는 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포, 예를 들어, CT45-IP 로딩된 T2 세포의 사살을 유도하기 위한 EC50은 약 50nM 미만, 약 30nM 미만, 약 25nM 미만 또는 약 20nM 미만이다. 항원 결합 단백질 15는 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0008) 및 서열번호 155(SP-05-0010), 바람직하게는 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다. 항원 결합 단백질 15의 바람직한 실시양태에서, VA는 서열번호 42의 아미노산 서열 또는 서열번호 42에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, VB는 서열번호 27의 아미노산 서열 또는 서열번호 27에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; 이때 VA 및 VB는 항원 결합 단백질 15에 대해 상기 기재된 바와 같은 CDR 서열을 포함하고, CDR 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있고, 바람직하게는 아미노산 돌연변이를 포함하지 않을 수 있다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질 15의 알파 쇄 가변 영역은 TRAV21에 의해 인코딩되고/되거나 항원 결합 단백질 15의 베타 쇄 가변 영역은 TRBV5-1에 의해 인코딩된다. 바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질 15는 CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포 및/또는 CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포를 활성화할 수 있다.
본 발명은 또한 항원 결합 단백질, 특히 TCR을 디스플레잉하는 입자를 포함하고, 입자 라이브러리 내에 상기 입자를 포함시키는 것을 포함한다. 이러한 입자에는 파지, 효모, 리보솜 또는 포유동물 세포가 포함되지만 이에 제한되지는 않는다. 이러한 입자 및 라이브러리를 생성하는 방법은 당업계에 공지되어 있다(예를 들어, WO 2004/044004; WO 01/48145, 문헌[Chervin et al. (2008) J. Immuno. Methods 339.2: 175-184] 참고).
핵산, 벡터 및 재조합 숙주 세포
본 발명의 항원 결합 단백질의 폴리펩티드는 핵산에 의해 인코딩될 수 있고 생체내, 생체외 또는 시험관내에서 발현될 수 있다. 따라서, 제2 양상에서, 본 발명은 본 발명의 제1 양상의 항원 결합 단백질을 인코딩하는 하나 이상의 서열을 포함하거나 이로 이루어진 핵산에 관한 것이다.
핵산은 하나의 핵산 분자에 포함될 수 있거나 2개 이상의 핵산 분자로 분리될 수 있고, 이때 각각의 핵산 분자는 본 발명의 제1 양상의 항원 결합 단백질을 인코딩하는 하나 이상의 서열 중 1개 이상을 포함한다. 일부 실시양태에서, 하나의 핵산 분자는 본 발명의 항원 결합 단백질의 한 부분 또는 단량체(예를 들어, 본 발명의 TCR의 2개의 쇄 중 하나)를 인코딩하고, 또 다른 핵산 분자는 본 발명의 항원 결합 단백질의 또 다른 부분 또는 단량체(예를 들어, TCR의 2개의 쇄 중 다른 하나)를 인코딩한다. 일부 실시양태에서, 핵산은 2개 이상의 항원 결합 단백질 폴리펩티드 쇄, 예를 들어, 2개 이상의 TCR 쇄를 인코딩한다. 다수의 항원 결합 단백질 폴리펩티드 쇄를 인코딩하는 핵산은 2개 이상의 쇄 서열 사이에 핵산 절단 부위를 포함할 수 있고, 2개 이상의 쇄 서열 사이에 내부 리보솜 진입 부위(IRES)와 같은 전사 또는 번역 시작 부위를 인코딩할 수 있고/있거나 2개 이상의 항원 결합 단백질 쇄 사이의 단백질분해 표적 부위를 인코딩할 수 있다. 2개 이상의 항원 결합 단백질 폴리펩티드 쇄가 하나의 핵산 분자 상에 인코딩되는 경우, 2개 이상의 항원 결합 단백질 폴리펩티드 쇄는 동일한 프로모터의 제어하에 있거나 별도의 프로모터의 제어하에 있을 수 있다.
본 발명의 맥락에서, 용어 "핵산"은 단일 또는 이중 가닥 올리고뉴클레오티드 또는 데옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드 염기 또는 둘 다의 중합체를 지칭한다. 뉴클레오티드 단량체는 핵염기, 5탄당(예컨대, 리보스 또는 2'-다이옥시리보스에 제한되지 않음) 및 1 내지 3개의 포스페이트 기로 구성된다. 전형적으로, 핵산은 개별 뉴클레오티드 단량체 사이의 포스포다이에스테르 결합을 통해 형성된다. 본 발명의 맥락에서, 핵산이라는 용어에는 리보핵산(RNA) 및 데옥시리보핵산(DNA) 분자가 포함되지만 이에 제한되지 않고 다른 연결을 포함하는 핵산의 합성 형태(예컨대, 문헌[Nielsen et al. (Science 254:1497-1500, 1991)]에 기재된 펩티드 핵산)도 포함된다. 일반적으로, 핵산은 단일 또는 이중 가닥 분자이며 천연적으로 발생하는 뉴클레오티드로 구성된다. 핵산의 단일 가닥의 설명은 또한 (적어도 부분적으로) 상보적 가닥의 서열을 정의한다. 핵산은 단일 또는 이중 가닥일 수 있거나 이중 및 단일 가닥 서열 모두의 부분을 함유할 수 있다. 예시적인 이중 가닥 핵산 분자는 3' 또는 5' 오버행(overhang)을 가질 수 있으므로 전체 길이에 걸쳐 완전한 이중 가닥이 필요하거나 가정되지 않는다. 용어 핵산은 염색체 또는 염색체 분절, 벡터(예컨대, 발현 벡터), 발현 카세트, 네이키드 DNA 또는 RNA 폴리머, 프라이머, 프로브, cDNA, 게놈 DNA, 재조합 DNA, cRNA, mRNA, tRNA, 마이크로RNA(miRNA) 또는 소형 간섭 RNA(siRNA)를 포함한다. 핵산은, 예를 들어, 단일 가닥, 이중 가닥 또는 삼중 가닥일 수 있으며 특정 길이로 제한되지 않는다. 달리 표시되지 않는 한, 특정 핵산 서열은 명시적으로 표시되는 임의의 서열에 더하여 상보적 서열을 포함하거나 인코딩한다.
바람직한 실시양태에서, 핵산은 단리된 핵산이다. 바람직한 실시양태에서, 핵산은 재조합 핵산이다.
핵산은 전체 세포, 세포 용해물에 존재할 수 있거나 부분적으로 정제된 형태 또는 실질적으로 순수한 형태의 핵산일 수 있다. 핵산은 표준 기술에 의해 다른 세포 성분 또는 다른 오염물질(예컨대, 다른 세포 핵산 또는 단백질)로부터 정제될 때 "단리"되거나 "실질적으로 순수"하게 된다.
본 개시내용의 핵산 분자는 RNA의 증폭 및 역전사 방법을 포함하지만 이에 제한되지 않는 표준 분자 생물학 기술을 사용하여 수득될 수 있다. 예를 들어, 가변 쇄를 인코딩하는 DNA 단편이 수득되면, 이러한 DNA 단편은, 예를 들어, 가변 영역 유전자를 전장 쇄 유전자로 전환시키기 위해 표준 재조합 DNA 기술에 의해 추가로 조작될 수 있다. 이러한 조작에서, 변이체를 인코딩하는 DNA 단편은 다른 DNA 분자 또는 불변 영역 또는 가요성 링커와 같은 다른 단백질을 인코딩하는 단편에 작동가능하게 연결된다. 본 문맥에서 사용된 용어 "작동가능하게 연결된"은 2개의 DNA 단편이 기능적 방식으로 결합되어, 예를 들어, 2개의 DNA 단편에 의해 인코딩되는 아미노산 서열이 인프레임(in-frame)으로 유지되거나, 단백질이 원하는 프로모터의 제어하에 발현되도록 하는 것이다. 가변 영역, 예를 들어, 가변 알파 영역 및/또는 가변 베타 영역을 인코딩하는 분리된 DNA는 가변 인코딩 DNA를, 불변 영역을 인코딩하는 또 다른 DNA 분자에 작동가능하게 연결함으로써 전장 쇄 유전자로 전환될 수 있다. 예를 들어, TCR 또는 항체에 대한 인간 불변 영역 유전자의 서열은 당업계에 공지되어 있으며 이러한 영역을 포함하는 DNA 단편은 표준 PCR 증폭에 의해 수득될 수 있다.
전형적으로, 상기 핵산은 하나 이상의 적합한 벡터에 포함될 수 있는 하나 이상의 DNA 또는 RNA 분자를 포함한다.
제3 양상에서, 본 발명은 본 발명의 제2 양상의 핵산을 포함하는 벡터 또는 벡터의 집합에 관한 것이다. 바람직하게는, 항원 결합 단백질을 인코딩하는 서열은 프로모터 서열에 작동가능하게 연결된다. 본원에서 "벡터의 집합체"는 2개 이상의 벡터를 의미한다. 2개 이상의 항원 결합 단백질 폴리펩티드 쇄가 하나의 벡터에 인코딩되는 경우, 2개 이상의 항원 결합 단백질 폴리펩티드 쇄는 동일한 프로모터의 제어하에 있거나 별도의 프로모터의 제어하에 있을 수 있다.
"벡터", "클로닝 벡터" 및 "발현 벡터"라는 용어는 DNA 또는 RNA 서열(예컨대, 외래 유전자)을 숙주 세포에 도입하여 숙주를 형질전환시키고 도입된 서열의 발현(예를 들어, 전사 및 번역)을 촉진시킬 수 있는 운반체(vehicle)를 의미한다.
항원 결합 단백질 또는 이의 기능적 단편을 인코딩하는 폴리뉴클레오티드를 발현하기 위해 다양한 발현 벡터가 사용될 수 있다. 바이러스 기반 및 비-바이러스 발현 벡터 둘 다를 사용하여 포유동물 숙주 세포에서 본원에 기재된 항원 결합 단백질 또는 이의 기능적 단편을 생성할 수 있다. 비-바이러스 벡터 및 시스템에는 플라스미드들, 플라스미드, 코스미드, 에피솜, 인공 염색체, 파지 또는 바이러스 벡터가 포함된다.
이러한 벡터는 대상에게 투여 시 상기 폴리펩티드의 발현을 유발하거나 지시하기 위한 조절 요소, 예를 들어, 프로모터, 인핸서, 터미네이터 등을 포함할 수 있다. 동물 세포를 위한 발현 벡터에 사용되는 프로모터 및 인핸서의 예로는 SV40의 초기 프로모터 및 인핸서(문헌[Mizukami T. et al. 1987]), 몰로니(Moloney) 마우스 백혈병 바이러스의 LTR 프로모터 및 인핸서(문헌[Kuwana Y et al. 1987]), 항체 중쇄의 프로모터(문헌[Mason JO et al. 1985]) 및 인핸서(문헌[Gillies SD et al. 1983]) 등을 포함한다.
예를 들어, 포유동물(예를 들어, 인간 또는 비인간) 세포에서 본원에 기재된 폴리뉴클레오티드 및 폴리펩티드의 발현에 유용한 비-바이러스성 벡터에는 단백질 발현을 위해 당업계에 공지된 모든 적합한 벡터가 포함된다. 플라스미드의 다른 예에는 복제 원점을 포함하는 복제 플라스미드, 또는, 예를 들어, pUC, pcDNA, pBR 등과 같은 통합 플라스미드가 포함된다.
"바이러스 벡터"라는 용어는 바이러스 기원의 1개 이상의 요소를 포함하고 바이러스 벡터 입자로 포장될 수 있는 능력을 갖고 적어도 외인성 핵산을 인코딩하는 핵산 벡터 구축물을 지칭한다. 벡터 및/또는 입자는 관심 있는 핵산을 시험관내 또는 생체내 세포에 전달하는 목적으로 이용될 수 있다. 다양한 형태의 바이러스 벡터가 당업계에 공지되어 있다. 유용한 바이러스 벡터에는 레트로바이러스, 렌티바이러스, 아데노바이러스, 아데노 관련 바이러스, 헤르페스 바이러스, SV40 기반 벡터, 유두종 바이러스, 엡스타인 바르(Epstein Barr) 바이러스, 백시니아 바이러스 벡터 및 셈리키 포레스트(Semliki Forest) 바이러스(SFV)를 기반으로 하는 벡터가 포함된다. 재조합 바이러스는 패키징 세포를 형질감염시키거나 보조 플라스미드 또는 바이러스를 이용한 일시적 형질감염과 같은 당업계에 공지된 기술에 의해 생성될 수 있다. 바이러스 패키징 세포의 전형적인 예에는 PA317 세포, PsiCRIP 세포, GPenv+ 세포, 293 세포 등이 포함된다. 이러한 복제 결함 재조합 바이러스를 생성하기 위한 상세한 프로토콜은, 예를 들어, WO 95/14785, WO 96/22378, US 5,882,877, US 6,013,516, US 4,861,719, US 5,278,056 및 WO 94/19478에서 찾을 수 있다.
본원에 기재된 제1 폴리펩티드 및 제2 폴리펩티드는 동일한 벡터 또는 별도의 벡터, 즉, 벡터의 집합에 존재할 수 있다.
제4 양상에서, 본 발명은 본 발명의 제1 양상의 항원 결합 단백질, 본 발명의 제2 양상의 핵산 또는 본 발명의 제3 양상의 벡터를 포함하는 숙주 세포에 관한 것이다. 숙주 세포는 특히 본 발명에 따른 핵산 및/또는 벡터로 형질감염, 감염 또는 형질도입 또는 형질전환될 수 있다.
숙주 세포는 진핵 세포, 예를 들어, 식물, 동물, 진균 또는 조류, 또는 원핵 세포, 예를 들어, 박테리아 또는 원생동물일 수 있다. 숙주 세포는 배양된 세포 또는 일차 세포, 즉, 유기체, 예를 들어, 인간으로부터 직접 분리된 세포일 수 있다. 숙주 세포는 부착 세포 또는 현탁된 세포, 즉, 현탁액에서 성장하는 세포일 수 있다. 재조합 항원 결합 단백질, 예를 들어, TCR, 폴리펩티드 또는 단백질을 생성할 목적으로, 숙주 세포는 바람직하게는 포유동물 세포이다. 가장 바람직하게는, 숙주 세포는 인간 세포이다. 숙주 세포는 임의의 세포 유형일 수 있고, 임의의 유형의 조직으로부터 유래할 수 있으며 임의의 발달 단계의 것일 수 있지만, 숙주 세포는 바람직하게는 말초 혈액 백혈구(PBL) 또는 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)이다. 보다 바람직하게는, 숙주 세포는 T 세포, T 세포 전구 세포 또는 NK 세포와 같은 림프구이다. NK 세포는 바이러스에 감염된 세포와 종양 세포를 빠르게 사살할 수 있는 천연적으로 발생하는 림프성 비-T 세포이다. NK 세포는 암 치료에서 세포 치료 제품으로 사용하기 위해 종양 특이적 TCR을 발현하도록 조작될 수 있다(문헌[Shimasaki et al., Nat Rev Drug Discov. 2020 Mar;19(3):200-218]). 바람직한 실시양태에서, 숙주 세포는 T 세포, 예를 들어, CD4 또는 CD8 양성 T 세포 또는 γδ T 세포이다. T 세포는 임의의 T 세포, 예를 들어, 배양된 T 세포, 예를 들어, 1차 T 세포, 또는 배양된 T 세포주로부터의 T 세포, 예를 들어, Jurkat, SupT1 등, 또는 포유동물 T 세포로부터 수득된 T 세포, 바람직하게는 인간 환자로부터의 T 세포 또는 T 세포 전구체일 수 있다. 포유동물로부터 수득된 경우, T 세포는 혈액, 골수, 림프절, 흉선 또는 기타 조직이나 체액을 포함하되 이에 제한되지 않는 다양한 출처로부터 수득될 수 있다. T 세포는 또한 농축되거나 정제될 수 있다. 바람직하게는, T 세포는 인간 T 세포이다. 보다 바람직하게는, T 세포는 인간으로부터 단리된 T 세포이다. T 세포는 임의 유형의 T 세포일 수 있으며 CD4 양성 보조 T 세포(예컨대, Th1 및 Th2 세포), CD8 양성 T 세포(예컨대, 세포독성 T 세포), 종양 침윤 세포(TIL), 기억 T 세포, 나이브 T 세포, γδ T 세포 등을 포함하지만 이에 제한되지 않는 임의의 발달 단계일 수 있다.
다른 바람직한 실시양태에서, 숙주 세포는 차이니즈 햄스터 난소(CHO) 세포 또는 효모 세포와 같은 재조합 발현을 위한 세포이다.
"형질전환"이라는 용어는 "외부"(즉, 외인성) 유전자, DNA 또는 RNA 서열을 숙주 세포에 도입하여 숙주 세포가 도입된 유전자 또는 서열을 발현하여 원하는 물질, 일반적으로 본원에 기재된 항원 결합 단백질 또는 이의 기능적 단편을 생성하는 것을 의미한다. 도입된 DNA 또는 RNA 염기를 수용하고 발현하는 숙주 세포는 "형질전환"되었다.
본 발명의 핵산은 적합한 발현 시스템에서 본 발명의 재조합 항원 결합 단백질을 생성하는 데 사용될 수 있다. "발현 시스템"이라는 용어는, 예를 들어, 벡터에 의해 운반되고 숙주 세포에 도입된 외래 DNA에 의해 인코딩되는 단백질의 발현을 위한 적합한 조건하의 숙주 세포 및 적합성 벡터를 의미한다.
일반적인 발현 시스템에는 대장균 숙주 세포 및 플라스미드 벡터, 곤충 숙주 세포 및 배큘로바이러스 벡터, 포유류 숙주 세포 및 벡터가 포함된다. 숙주 세포의 다른 예에는 원핵 세포(예컨대, 박테리아) 및 진핵 세포(예컨대, 효모 세포, 포유동물 세포, 곤충 세포, 식물 세포 등)가 포함되지만 이에 제한되지는 않는다. 구체적인 예로는 대장균, 클루이베로마이세스(Kluyveromyces) 또는 사카로마이세스(Saccharomyces) 효모, 포유동물 세포주(예컨대, Vero 세포, CHO 세포, 3T3 세포, COS 세포, HEK 세포 등)뿐만 아니라 1차 또는 확립된 포유동물 세포 배양물(예컨대, 림프모세포, 섬유아세포, 배아세포, 상피세포, 신경세포, 지방세포 등)이 포함된다. 예에는 또한 마우스 SP2/0-Ag14 세포(ATCC CRL1581), 마우스 P3X63-Ag8.653 세포(ATCC CRL1580), 다이하이드로폴레이트 환원효소 유전자에 결함이 있는 CHO 세포(문헌[Urlaub G et al; 1980]), 래트 YB2/3HL.P2.G11.16Ag.20 세포(ATCC CRL1662) 등이 포함된다. 일부 실시양태에서, YB2/0 세포가 바람직할 수 있고, 그 이유는 키메라 또는 인간화된 항체의 ADCC 활성이 상기 세포에서 발현될 때 향상되기 때문이다. 바람직한 실시양태에서, 상기 기재된 숙주 세포는 발현 시스템으로 사용된다.
특히, 본 발명의 항원 결합 단백질 중 일부, 특히 연결되지 않은 2개의 폴리펩티드를 포함하는 항원 결합 단백질의 발현을 위해, 발현 벡터는 제1 폴리펩티드를 인코딩하는 유전자, 예를 들어, 하기와 같은 유형 중 하나일 수 있다. TCR 알파 쇄 및 TCR 베타 쇄와 같은 제2 폴리펩티드를 인코딩하는 유전자는 별도의 벡터에 존재하거나 2개의 유전자가 모두 동일한 벡터에 존재하는 유형(탄덤 유형)이다. 항원 결합 단백질 발현 벡터의 구축 용이성, 동물 세포 내 도입 용이성, 동물 세포 내 TCR 알파 및 베타 쇄 등 2개의 폴리펩티드의 발현 수준의 균형 등의 양상에서 탄덤형 발현 벡터는 인간화된 항체와 관련하여 기재되는 것이 바람직하다(문헌[Shitara K et al. J Immunol Methods. 1994 Jan 3;167(1-2):271-8]). 인간화된 항체와 관련하여 기재된 탄덤형 발현 벡터의 예에는 pKANTEX93(WO 97/10354), pEE18 등이 포함된다.
한 실시양태에서, 이러한 재조합 숙주 세포는 본 발명의 하나 이상의 항원 결합 단백질의 생성을 위해 사용될 수 있다.
약학 조성물
제5 양상에서, 본 발명은 본 발명의 제1 양상의 항원 결합 단백질, 본 발명의 제2 양상의 핵산, 본 발명의 제3 양상의 벡터 또는 본 발명의 제4 양상의 숙주 세포, 및 임의적으로 약학적으로 허용되는 담체를 포함하는 약학 조성물에 관한 것이다.
본 발명의 항원 결합 단백질은 CT45-IP 항원성 펩티드를 제시하는 세포에 대해 세포독성을 일으킬 수 있는 것으로 나타났다. 상기 펩티드는 종양 세포에 의해 특이적으로 제시되므로, 본 발명의 항원 결합 단백질은 환자의 종양 세포를 파괴하는 데 유용한다. 환자의 면역 반응은 이상적으로는 면역원성을 강화하는 제제(즉, 보조제)와 함께 기재된 항원 결합 단백질을 환자에게 직접 투여함으로써 유도될 수 있다. 이러한 치료적 백신접종으로부터 유래하는 면역 반응은 종양 세포에 대해 매우 특이적인 것으로 예상될 수 있고, 그 이유는 펩티드 KIFEMLEGV(서열번호 138)가 비교가능한 카피(copy) 수로 정상 조직에 제시 또는 과다 제시되지 않기에, 환자의 정상 조직 세포에 대한 원하지 않는 자가면역 반응의 위험을 방지하기 때문이다.
본 발명은 또한 약제로서 사용하기 위한 본 발명에 따른 항원 결합 단백질에 관한 것이다. 본 발명은 또한 약제로서 사용하기 위한 본 발명의 약학 조성물에 관한 것이다.
본원에서 사용되는 용어 "약학 조성물" 또는 "치료 조성물"은 대상에게 적절하게 투여될 때 원하는 치료 효과를 유도할 수 있는 화합물 또는 조성물을 의미한다.
일부 실시양태에서, 대상은 환자로도 지칭될 수 있다.
이러한 치료학적 또는 약학 조성물은 치료 효과량의 본 발명의 항원 결합 단백질 또는 치료제를 추가로 포함하는 항원 결합 단백질을, 투여 방식에 적합하도록 선택된 약학적 또는 생리학적으로 허용되는 제제 제제와 혼합하여 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 본 발명의 항원 결합 단백질은 일반적으로 약학적으로 허용되는 담체를 포함하는 멸균 약학 조성물의 일부로 공급될 것이다.
"약학적으로" 또는 "약학적으로 허용되는"은 적절하게 포유동물, 특히 인간에게 투여될 때 유해한, 알레르기성 또는 기타 바람직하지 않은 반응을 일으키지 않는 분자 실체 및 조성물을 의미한다. 약학적으로 허용되는 담체는 무독성 고체, 반고체 또는 액체 충전제, 희석제, 캡슐화 물질 또는 임의의 유형의 제형 보조제를 의미한다.
"약학적으로 허용되는 담체"에는 생리학적으로 적합한 용매, 증량제, 안정화제, 분산 매질, 코팅제, 항균제 및 항진균제, 등장성 및 흡수 지연제 등이 포함될 수 있다. 한 실시양태에서, 담체는 수성 담체이다. 일부 실시양태에서, 수성 담체는 본원에 기재된 항원 결합 단백질과 조합될 때 개선된 특성, 예를 들어, 개선된 용해도, 효능 및/또는 개선된 면역치료를 부여할 수 있다.
본 발명에 유용한 약학적으로 허용되는 담체 또는 희석제의 추가 예에는 SPGA와 같은 안정화제, 탄수화물(예를 들어, 소르비톨, 만니톨, 전분, 수크로스, 글루코스, 덱스트란), 알부민 또는 카제인과 같은 단백질, 소혈청 또는 탈지유와 같은 단백질 함유 제제 및 완충제(예컨대, 포스페이트 완충제)가 포함된다.
약학 조성물의 형태, 투여 경로, 투여량 및 치료는 당연히 치료할 상태, 질병의 중증도, 환자의 연령, 체중 및 성별 등에 따라 달라진다. 이러한 약학 조성물은 (환자에게 투여하려는 원하는 방법에 따라) 임의의 적합한 형태로 제공된다. 이는 단위 투여 형태로 제공될 수 있고 일반적으로 밀봉된 용기에 제공되며 키트의 일부로 제공될 것이다. 이러한 키트에는 일반적으로(반드시 그런 것은 아니지만) 사용 지침이 포함된다. 이는 복수의 상기 단위 투여 형태를 포함할 수 있다.
바람직하게는, 약학 조성물은 주사, 예를 들어, 정맥내로 투여된다. 약학 조성물이 본 발명의 항원 결합 단백질, 바람직하게는 TCR을 발현하는 숙주 세포를 포함하는 경우, 주사용 세포에 대한 약학적으로 허용되는 담체는 임의의 등장성 담체, 예를 들어, 생리 식염수(물 중 약 0.90% w/v의 NaCl, 물 중 약 300mOsm/L NaCl 또는 물 1 리터당 약 9.0g NaCl), NORMOSOL R 전해질 용액(Abbott, Chicago, IL), PLASMALYTE A(Baxter, Deerfield, IL), 물 중 약 5% 덱스트로스, 또는 링거 락테이트(Ringer's lactate)를 포함할 수 있다. 한 실시양태에서, 약학적으로 허용되는 담체에는 인간 혈청 알부민이 보충된다.
생물학적 반감기와 같은 경험적 고려사항은 일반적으로 용량 결정에 영향을 미친다. 투여 빈도는 치료 과정 전반에 걸쳐 결정 및 조정될 수 있으며 암 세포 수 감소, 암 세포 감소 유지, 암 세포 증식 감소 또는 암 세포 사살을 기반으로 한다. 대안적으로, 항원 결합 단백질의 지속적인 연속 방출 제제가 적절할 수 있다. 지속 방출을 달성하기 위한 다양한 제제 및 장치가 당업계에 공지되어 있다.
한 실시양태에서, 항원 결합 단백질의 투여량은 1회 이상의 투여를 받은 개체에서 경험적으로 결정될 수 있다. 개체에게는 항원 결합 단백질의 증분 투여량이 제공된다. 항원 결합 단백질의 효능을 평가하기 위해, 암 세포 상태의 마커가 수반될 수 있다. 이는 FACS, 기타 영상 기술을 통한 암 세포 증식 및 세포 사살의 직접 측정, 이러한 측정에 의해 평가된 건강 개선, 또는 승인된 시험 또는 생존 연장에 의해 측정된 삶의 질 향상이 포함한다. 복용량은 개인, 질병의 단계, 사용된 과거 및 동시 치료에 따라 달라질 것이라는 것이 당업자에게 명백할 것이다.
투여에 사용되는 용량은 다양한 매개변수, 특히 사용되는 투여 방식, 관련 병리학 또는 대안적으로 원하는 치료 기간의 함수로서 조정될 수 있다.
본 발명의 약학 조성물, 벡터, 핵산 및 세포는 실질적으로 순수한 형태, 예를 들어, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 순도로 제공될 수 있다.
항원 결합 단백질의 생성 방법
제6 양상에서, 본 발명은 (a) 숙주 세포를 제공하는 단계, (b) 본 발명의 제1 양상에 따른 항원 결합 단백질을 인코딩하는 코딩 서열을 포함하는 유전자 구축물을 제공하는 단계, (c) 상기 유전자 구축물을 상기 숙주 세포에 도입하는 단계, 및 (d) 상기 숙주 세포에 의해 유전자 구축물을 발현시키는 단계를 포함하는, 항원 결합 단백질의 제조 방법에 관한 것이다.
한 실시양태에서, 방법은 숙주 세포로부터 항원 결합 단백질을 단리 및 정제하고, 임의적으로 숙주 세포, 바람직하게는 림프구, 보다 바람직하게는 T 세포 또는 NK 세포, 가장 바람직하게는, T 세포에서 항원 결합 단백질을 재구성하는 것을 추가로 포함한다. 당업자는 항원 결합 단백질을 발현하는 데 적합한 숙주 세포를 선택할 수 있다.
본 발명의 항원 결합 단백질은 제한없이 임의의 화학적, 생물학적, 유전적 또는 효소적 기술과 같은 당업계에 공지된 임의의 기술에 의해 단독으로 또는 조합으로 생성될 수 있다.
본 발명의 항원 결합 단백질은, 예를 들어, 단백질 A-세파로스, 하이드록시인회석 크로마토그래피, 겔 전기영동, 투석 또는 친화성 크로마토그래피와 같은 항체 정제 절차에 의해 배양 배지로부터 적합하게 분리된다.
한 실시양태에서, 본원에서 발현된 항원 결합 단백질 또는 폴리펩티드를 회수하는 것은 단백질 A 크로마토그래피, 카파 선택 크로마토그래피 및/또는 크기 배제 크로마토그래피, 바람직하게는 단백질 A 크로마토그래피 및/또는 크기 배제 크로마토그래피, 보다 바람직하게는 단백질 A 크로마토그래피 및 크기 배제 크로마토그래피를 수행하는 것을 지칭한다.
원하는 서열의 아미노산 서열을 알면, 당업자는 폴리펩티드 생성을 위한 표준 기술에 의해 본 발명의 항원 결합 단백질을 생성할 수 있다. 예를 들어, 이는 주지된 고체상 방법, 특히 시판되는 펩티드 합성 장치(예컨대, Applied Biosystems(Foster City, California)에서 제조한 것)를 사용하여 제조자의 지시에 따라 합성될 수 있다. 대안적으로, 본 발명의 항체 및 항원 결합 단백질은 당업계에 널리 공지된 재조합 DNA 및 유전자 형질감염 기술에 의해 생성될 수 있다(문헌[Morrison SL. et al. (1984)] 및 특허 문서 US 5,202,238; 및 US 5,204,244 참고). 예를 들어, 원하는 (폴리)펩티드를 인코딩하는 DNA 서열을 발현 벡터에 통합하고 이러한 벡터를 원하는 폴리펩티드를 발현할 적합한 진핵 또는 원핵 숙주에 도입한 후 DNA 발현 생성물로서 단편이 수득될 수 있고, 이후에 이는 주지된 기술을 사용하여 분리될 수 있다.
통상적인 재조합 DNA 및 유전자 형질감염 기술에 기초한 인간화된 항체를 제조하는 방법은 당업계에 주지되어 있으며(예를 들어, 문헌[Riechmann L. et al. 1988]; [Neuberger MS. et al. 1985] 참고), 본 발명의 항원 결합 단백질의 생성에 용이하게 적용될 수 있다.
한 예에서, 본 발명의 재조합 항원 결합 단백질의 발현을 위한 벡터는, 예를 들어, HCMV-유래 프로모터 요소인 pUC19 유도체에 의해 제어되는 모노시스트론으로 설계하였다. 예를 들어, 플라스미드 DNA는 표준 배양 방법에 따라 대장균에서 증폭된 후, 시판되는 키트(Macherey & Nagel)를 사용하여 정제되었다. 정제된 플라스미드 DNA를 제조업체(ExpiCHO™ 시스템, Thermo Fisher Scientific)의 지침에 따라 예를 들어, CHO-S 세포의 일시적 형질감염에 사용하였다. 형질감염된 CHO 세포를 예를 들어, 32℃ 내지 37℃에서 6 내지 14일 동안 배양하고 ExpiCHO™ Feed 용액을 1 내지 2회 공급하였다.
예를 들어, SartoClear Dynamics® Lab Filter Aid(Sartorius)를 사용하여 여과(0.22μm)를 통해 조절된 세포 상청액을 제거하였다. 이중특이성 항원 결합 단백질은, 예를 들어, 친화성 및 크기 배제 크로마토그래피를 인라인으로 수행하도록 장착된 AKta Pure 25 L FPLC 시스템(GE Lifesciences)을 사용하여 정제하였다. 예를 들어, 표준 친화성 크로마토그래피 프로토콜에 따라 단백질 A 또는 L 컬럼(GE Lifesciences)에서 친화성 크로마토그래피를 수행하였다. 예를 들어, 표준 프로토콜에 따라 예를 들어, Superdex 200 pg 16/600 컬럼(GE Lifesciences)을 사용하여 고순도 단량체 단백질을 얻기 위해 친화성 컬럼으로부터 용리(pH 2.8) 직후 크기 배제 크로마토그래피를 수행하였다. 단백질 농도는, 예를 들어, 예측된 단백질 서열에 따라 계산된 흡광 계수를 사용하여 NanoDrop 시스템(Thermo Scientific)에서 측정되었다. 필요한 경우 Vivaspin 장치(Sartorius)를 사용하여 농도를 조정하였다. 마지막으로, 정제된 분자를 예를 들어, 포스페이트 완충 식염수에 2 내지 8℃의 온도에서 약 1mg/mL의 농도로 보관하였다.
정제된 이중특이성 항원 결합 단백질의 품질은, 예를 들어, Vanquish UHPLC 시스템 내에서 300mM NaCl을 함유하는 50mM 인산나트륨 pH 6.8에서 실행되는 MabPac SEC-1 컬럼(5μm, 7.8x300mm)의 HPLC-SEC에 의해 측정되었다.
치료 방법 및 용도
제7 양상에서, 본 발명은 본 발명의 제1 양상의 항원 결합 단백질, 본 발명의 제2 양상의 핵산, 본 발명의 제3 양상의 벡터, 본 발명의 제4 양상의 숙주 세포, 또는 의학에 사용하기 위한 본 발명의 제5 양상의 약학 조성물에 관한 것이다.
제8 양상에서, 본 발명은 증식성 질환의 치료 및/또는 진단 방법에 사용하기 위한 본 발명의 제1 양상의 항원 결합 단백질, 본 발명의 제2 양상의 핵산, 본 발명의 제3 양상의 벡터, 본 발명의 제4 양상의 숙주 세포, 또는 의학에 사용하기 위한 본 발명의 제5 양상의 약학 조성물에 관한 것이다.
본 발명의 항원 결합 단백질은 특히 증식성 질환의 예방 및/또는 치료를 위한 면역치료, 바람직하게는 입양 세포 치료, 보다 바람직하게는 입양 T 세포 치료에 사용하기 위한 것이다. 본 발명의 화합물의 투여는, 예를 들어, 림프구, 바람직하게는 NK 세포 또는 T 세포, 보다 바람직하게는 본 발명의 T 세포를 상기 환자에게 주입하는 것을 포함할 수 있다. 바람직하게는, 이러한 림프구는 환자의 자가 림프구이고 본 발명의 핵산 또는 항원 결합 단백질로 시험관내 형질도입된다.
바람직한 실시양태에서, 증식성 질환은 암, 특히 CT45 발현 암이다.
본 발명의 맥락에서, 관련 펩티드, 예를 들어, CT45-IP 펩티드가 제시되는 경우 암은 "CT45 발현 암"(CT45 "양성" 암으로도 지칭됨)으로 간주된다. NCI의 지침에 따르면 모든 암의 98% 초과에서 발생한다. 본원에 명명된 다른 모든 적응증에서는 이러한 암 치료의 표준에 따라 생검을 수행할 수 있으며 XPresident® 및 관련 방법(WO 03/100432, WO 2005/076009, WO 2011/128448, WO 2016/107740, US 7,811,828, US 9,791,444 및 US 2016/0187351(각각의 내용은 전체가 참조로 본원에 포함됨)에 따름)에 따라 펩티드를 식별할 수 있다. 한 실시양태에서, 암은, 예를 들어, 본 발명의 항원 결합 단백질을 사용하여 용이하게 검정(즉, 진단)된다. 항원 결합 단백질을 사용하여 항원 발현 암을 확인하는 방법은 당업자에게 공지되어 있다. 암종은 피부 또는 신체 기관을 덮거나 덮는 조직에서 발생하는 특정 유형의 암이기 때문에 용어 "암" 및 "암종"은 본원에서 상호교환적으로 사용되지 않는 것으로 이해되어야 한다.
한 실시양태에서, CT45 발현 암은 폐암, NSCLC, 담낭암, 담관암, 림프절암, 난소암, 식도암, 간암, 자궁암 및 흑색종으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
한 실시양태에서, 암은 CT45-항원이 과발현되고, 돌연변이되고/거나 CT45 항원성 펩티드가 제시되는 암이다. 이러한 암은, 예를 들어, 본 발명의 항원 결합 단백질을 사용하여 용이하게 분석(즉, 진단)된다. 항원 결합 단백질을 사용하여 항원 발현 암을 확인하는 방법은 당업자에게 공지되어 있다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 치료 효과량의 본원에서 상기 정의된 바와 같은 본 발명에 따른 항원 결합 단백질, 핵산 또는 벡터, 숙주 세포 또는 하기 약학 조성물을 이를 필요로 하는 대상에게 투여하는 것을 포함하는 증식성 질환의 치료 방법에 관한 것이다.
특정 실시양태에서, 본 발명은 세포 표면에서 본 발명의 항원 결합 단백질을 발현하는 림프구, 바람직하게는 NK 세포 또는 T 세포, 보다 바람직하게는 T 세포를 대상에게 투여하는 것을 포함하는 증식성 질환을 갖는 대상의 치료 방법에 관한 것이다.
용어 "대상" 또는 "개체"는 상호교환적으로 사용되며, 예를 들어, 인간 또는 인간이 아닌 포유동물, 바람직하게는 인간일 수 있다.
본 발명의 맥락에서, "치료하는" 또는 "치료"라는 용어는 치료학적 치료(즉, 특정 질병을 앓고 있는 대상에 대한 것) 및/또는 예방적 또는 예방적 치료(즉, 특정 질병이 발병하기 쉬운 대상에 대한 것) 모두를 포함한다. 치료란 장애 또는 상태의 하나 이상의 증상의 진행을 역전, 완화 및/또는 억제하는 것을 의미한다. 예방적 치료는 장애 또는 질환의 하나 이상의 증상 발생을 예방하는 것을 의미한다. 따라서, 치료란 질병의 완치에 이르는 치료뿐만 아니라, 질병의 진행을 늦추고, 질병의 발생을 예방 또는 지연시키고/시키거나 대상의 생존을 연장시키는 치료를 의미한다.
한 실시양태에서, "질병" 또는 "장애"는 본 발명의 항원 결합 단백질을 사용한 치료로부터 수혜될 수 있는 임의의 상태이다. 한 실시양태에서, 이는 대상을 문제의 장애에 걸리기 쉬운 병리학적 상태를 포함하는 만성 및 급성 장애 또는 질환을 포함한다. "치료를 필요로 하는"이란 용어는 이미 질병을 앓고 있는 대상뿐만 아니라 해당 질병을 예방해야 하는 대상도 의미한다.
암과 같은 "증식성 질환"은 세포의 조절되지 않은 및/또는 부적절한 증식을 수반한다.
한 실시양태에서, 치료 방법은 면역치료, 특히 입양 자가 또는 이종 세포 치료, 바람직하게는 T 세포 치료를 포함한다.
바람직한 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 TCR 또는 이의 기능적 단편이거나 이를 포함한다.
항원 결합 단백질은 숙주 세포의 표면에서 발현되는 것이 바람직하다.
한 실시양태에서, 치료 방법은 항원 결합 단백질을 발현하는 숙주 세포의 투여를 포함하고, 이때 숙주 세포는 T 세포, T 세포 전구세포 또는 NK 세포, 바람직하게는 T 세포이다.
한 실시양태에서, 숙주 세포, 바람직하게는 T 세포, T 세포 전구 세포 또는 NK 세포, 보다 바람직하게는 T 세포는 자가 세포이다.
한 실시양태에서, 숙주 세포, 바람직하게는 T 세포, T 세포 전구세포 또는 NK 세포, 보다 바람직하게는 T 세포는 동종이계이다.
한 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 치료 활성제, 바람직하게는 방사성 핵종, 화학치료제 및 독소로 이루어진 군으로부터 선택된 치료 활성제에 접합된다.
한 실시양태에서, 치료 방법은 치료가 필요한 대상에게 1개 이상의 화학치료제를 투여하는 것을 추가로 포함한다.
한 실시양태에서, 치료 방법은 치료가 필요한 대상에게 방사선 치료를 투여하는 것을 추가로 포함한다.
관련된 양상에서, 본 발명은 환자에게 본 개시내용의 항원 결합 단백질을 투여하는 것을 포함하는, MHC 단백질과의 복합체인 KIFEMLEGV의 아미노산 서열(서열번호 138)을 포함하거나 이로 이루어진 펩티드를 나타내는 증식성 질환, 특히 암을 앓고 있는 환자에서 면역 반응을 유도하는 방법에 관한 것으로서, 상기 암은 폐암, NSCLC, 담낭암, 담관암, 림프절암, 난소암, 식도암, 간암, 자궁암 및 흑색종으로 이루어진 암의 군으로부터 선택된다. 한 실시양태에서, 상기 방법에서 언급된 면역 반응은 세포독성 T 세포 반응이다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 대상의 증식성 질환 치료용 약제를 제조하기 위한 본 발명에 따른 항원 결합 단백질, 핵산 또는 벡터, 숙주 세포 또는 약학 조성물의 용도에 관한 것이다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 대상의 질병을 치료하기 위한 본 발명에 따른 항원 결합 단백질, 핵산 또는 벡터, 숙주 세포 또는 약학 조성물의 용도에 관한 것이다.
암 치료에 대한 지침을 제공하는 텍스트 중에는 문헌[Cancer, Principals and Practice of Oncology, 4th Edition, DeVita et al, Eds. JB Lippincott Co., Philadelphia, Pa. (1993)]이 있다. 암의 종류와 환자의 전반적인 상태 등 당업계에서 인정되는 기타 요인에 따라 적절한 치료 접근법이 선택된다. 암 환자 치료에서, 본 발명의 항원 결합 단백질은 단독으로 사용될 수 있거나 다른 항종양제를 사용하는 치료에 첨가될 수 있다.
따라서, 일부 실시양태에서, 항원 결합 단백질은, 예를 들어, 화학치료제, 비화학치료제, 항종양제 및/또는 방사선과 같은 암 치료에 널리 사용되는 다양한 약물 및 치료와 동시에, 이전에 또는 이후에 투여될 수 있다.
본원에서 "진단"은 의학적 진단을 의미하며 어떤 질병이나 병태가 개인의 증상 및 징후를 설명하는지 결정하는 것을 의미한다.
항원 결합 단백질 또는 이의 약학 조성물의 "치료 효과량"은 임의의 의학적 치료에 적용할 수 있는 합리적인 이익/위험 비율로 상기 증식성 질환을 치료하기에 충분한 양의 항원 결합 단백질을 의미한다. 그러나, 본 발명의 항원 결합 단백질, 핵산 또는 벡터, 숙주 세포 또는 약학 조성물의 총 일일 사용량은 양호한 의학적 판단의 범위 내에서 주치의에 의해 결정될 것이라는 것이 이해될 것이다. 임의의 특정 환자에 대한 특정 치료 효과 용량 수준은 치료되는 장애 및 장애의 중증도; 사용된 특정 항원 결합 단백질의 활성; 사용된 특정 조성물, 환자의 연령, 체중, 전반적인 건강 상태, 성별 및 식이; 사용된 특정 폴리펩티드의 투여 시간, 투여 경로 및 배설 속도; 치료 기간; 사용된 특정 폴리펩티드와 함께 또는 동시에 사용되는 약물; 및 의학 분야에서 주지된 요소들을 비롯한 다양한 요소에 따라 다를 것이다. 예를 들어, 원하는 치료 효과를 달성하는 데 필요한 수준보다 낮은 수준에서 화합물의 용량을 시작하고 원하는 효과가 달성될 때까지 용량을 점진적으로 증가시키는 것이 당업계에 주지되어 있다.
한 실시양태에서, 본 발명의 항원 결합 단백질을 사용한 치료의 효능은 생체내, 예를 들어, 암의 마우스 모델에서, 예를 들어, 치료군과 대조군 사이의 종양 부피 변화를 측정함으로써 분석된다.
본 발명의 항원 결합 단백질, 본 발명의 핵산 또는 본 발명의 벡터, 본 발명의 숙주 세포 또는 본 발명의 약학 조성물은 임의의 실행가능한 방법에 의해 투여될 수 있다.
본원에 개시된 바와 같이, 일부 실시양태에서, 상기 정의된 바와 같은 숙주 세포는 본원에 기재된 의학적 용도 또는 치료 방법에 사용된다. 이러한 실시양태에서, 숙주 세포는 바람직하게는 림프구, 예컨대 NK 세포, T 세포 또는 T 세포 전구세포, 바람직하게는 CD4 및/또는 CD8 양성 T 세포 또는 γδ T 세포, 가장 바람직하게는 CD4 및/또는 CD8이다. 양성 T 세포, 가장 바람직하게는 CD4 및/또는 CD8 양성 T 세포이다.
따라서, 본 발명의 숙주 세포, 바람직하게는 T 세포는 치료 조성물의 활성 성분으로 사용될 수 있다. 따라서, 본 발명은 또한 표적 세포가 펩티드 KIFEMLEGV(서열번호 138)를 포함하는 폴리펩티드를 비정상적으로 발현하는 환자에서 표적 세포를 사살하는 방법을 제공하며, 상기 방법은 환자에게 효과 수의 숙주 세포, 바람직하게는 T 세포를 투여하는 것을 포함한다. 상기 방법의 맥락에서, 숙주 세포는 일단 대상에 투여되는 경우, 바람직하게는 면역 반응을 유도한다.
한 양상에서, TCR 유발 면역 반응 또는 T 세포 반응은 시험관내, 생체외 또는 생체내에서 KIFEMLEGV(서열번호 138)와 같은 펩티드에 의해 유도된 효과기 기능의 증식 및 활성화를 의미할 수 있다. MHC 클래스 I 제한된 세포독성 T 세포의 경우, 예를 들어, 효과기 기능은 펩티드 펄스되는(pulsed), 펩티드-전구체 펄스되는 또는 자연적인 펩티드 제시 표적 세포의 용해, 펩티드에 의해 유도되는 사이토카인, 바람직하게는 인터페론-감마, TNF-알파 또는 IL-2의 분비, 펩티드에 의해 유도되는 효과기 분자, 예컨대, 그랜자임 또는 퍼포린의 분비, 또는 탈과립일 수 있다.
본 발명의 맥락에서, T 세포가 약제로 사용되는 경우, 일반적으로 T 세포는 성분채집술을 통해 대상으로부터 수집된다. 이어서, T 세포는 세포 표면에 본 발명의 항원 결합 단백질을 발현하도록 유전적으로 조작되고, 유전적으로 조작된 T 세포는 증폭된 후 대상에 다시 주입된다. 이러한 예에서, 항원 결합 단백질은 바람직하게는 막 결합 항원 결합 단백질, 보다 바람직하게는 TCR이다.
따라서, 숙주 세포는 본원의 '핵산, 벡터 및 재조합 숙주 세포' 섹션에 기재된 바와 같이 본 발명에 따른 핵산 및/또는 벡터로 형질감염, 감염 또는 형질전환되었다.
숙주 세포가 형질감염되어 본 발명의 항원 결합 단백질을 발현하는 경우, 바람직하게는 세포는 항원 결합 단백질을 발현할 수 있는 발현 벡터를 포함한다. 이후 숙주 세포는 활성화된 숙주 세포로 지칭될 수 있다.
이러한 소위 T 세포의 입양 전달을 위한 프로토콜은 당업계에 주지되어 있다. 리뷰는 하기에서 찾을 수 있다: 문헌[Gattinoni, L. et al., Nat.Rev.Immunol. 6 (2006): 383-393]; [Morgan, R. A. et al., Science 314 (2006): 126-129].
본 발명의 목적을 위해, 투여되는 본 발명의 제1 양상의 항원 결합 단백질, 본 발명의 제2 양상의 핵산, 본 발명의 제3 양상의 벡터, 본 발명의 제4 양상의 숙주 세포의 양 또는 본 발명의 제5 양상의 약학 조성물의 양 또는 용량은 합리적인 기간에 걸쳐 대상 또는 동물에서 예를 들어, 치료 또는 예방 반응을 일으키기에 충분할 수 있다. 예를 들어, 본 발명에 따른 항원 결합 단백질, 핵산, 벡터, 숙주 세포 또는 약학 조성물의 용량은 투여 시점으로부터 일정 기간, 예컨대, 약 2시간 이상, 예를 들어, 12 내지 24시간 이상 내에 암 항원에 결합하거나 암을 검출, 치료 또는 예방하는 데 충분해야 한다. 특정 실시양태에서, 기간은 훨씬 더 길 수 있다. 용량은 본 발명에 따른 항원 결합 단백질, 핵산, 벡터, 숙주 세포 또는 약학 조성물의 효능 및 동물(예를 들어, 인간)의 상태, 및 치료되는 동물(예컨대, 인간)의 체중에 의해 결정될 것이다.
시험관내에서 T 세포를 생성하기 위해 다수의 다른 방법이 사용될 수 있다. 예를 들어, 자가 종양 침윤 림프구를 CTL 생성에 사용할 수 있다. 문헌[Plebanski, M. et al., Eur.J Immunol 25 (1995): 1783-1787]은 T 세포 제조에 자가 말초 혈액 림프구(PLB)를 사용하였다. 또한, B 세포가 자가 T 세포 생성에 사용될 수 있다.
동종이계 세포도 T 세포의 제조에 사용될 수 있으며, 방법은 US 6805861에 자세히 설명되어 있으며, 이는 본원에 참고로 인용된다.
펩티드 KIFEMLEGV(서열번호 138)에 대해 본 발명의 항원 결합 단백질을 발현하는 숙주 세포는 치료에 유용하다. 따라서, 본 발명의 추가 양상은 본 발명의 전술한 방법에 의해 수득될 수 있는 활성화된 숙주 세포를 제공한다.
상기 방법에 의해 생성된 활성화된 숙주 세포는 펩티드 KIFEMLEGV(서열번호 138)를 포함하는 폴리펩티드를 비정상적으로 발현하는 세포를 특이적으로 인식할 수 있다.
본 발명자들은 또한 "비정상적으로 발현되는"에 의해 폴리펩티드가 정상(건강한) 조직에서의 발현 수준과 비교하여 과발현되거나 종양이 유래된 조직에서는 유전자가 침묵하지만 종양에서는 발현된는 것을 의미한다. 본 발명자들은 "과발현된"에 의해 폴리펩티드가 정상 조직에 존재하는 것의 적어도 1.2배, 정상 조직에 존재하는 수준의 바람직하게는 적어도 5배, 보다 바람직하게는 적어도 5배 또는 10배 수준으로 존재함을 의미한다.
한 양상에서, 숙주 세포, 특히 T 세포는 이의 항원 결합 단백질, 특히 이의 TCR을 통해 CT45-IP:MHC 복합체와 상호작용(예를 들어, 결합)함으로써 세포를 인식한다. 숙주 세포는, 표적 세포가 펩티드 KIFEMLEGV(서열번호 138)를 포함하는 폴리펩티드를 비정상적으로 발현하는 환자에서 표적 세포를 사살하는 방법에 유용하며, 이때 환자에게 효과적인 수의 활성화된 숙주 세포가 투여된다. 환자에게 투여되는 T 세포는 환자로부터 유래되고 전술한 바와 같이 활성화될 수 있다(즉, 이는 자가 T 세포이다). 대안적으로, T 세포는 환자로부터 유래한 것이 아니라 다른 개인으로부터 유래한 것이다(즉, 이종성 T 세포이다). 이러한 경우, 개인이 건강한 개인인 것이 바람직하다. 본 발명자들이 "건강한 개체"라 함은 개체가 일반적으로 건강하고, 바람직하게는 유능한 면역체계를 갖고, 보다 바람직하게는 용이하게 시험되고 검출될 수 있는 임의의 질병을 앓고 있지 않음을 의미한다.
생체내에서, 본 발명에 따른 CD8-양성 T 세포에 대한 표적 세포는 종양 세포(때때로 MHC 클래스 II를 발현함) 및/또는 종양 주변의 간질 세포(종양 세포)(이는 때때로 MHC 클래스 II를 발현하기도 함(문헌[Dengjel, J. et al., Clin Cancer Res 12 (2006): 4163-4170]))일 수 있다.
진단적 사용
CT45는 상기 본원에 정의된 암의 표면에서 발현된다. CT45 항원성 펩티드는 암 표지자 역할을 하므로 항암 치료의 효과성을 나타내거나 질병의 재발을 감지하는 데 사용될 수 있는 잠재력을 가지고 있다.
따라서, 또 다른 양상에서, 본 발명은 진단제로서 사용하기 위한, 특히 생체내 진단제로서 사용하기 위한 제1 양상의 항원 결합 단백질, 제2 양상의 핵산, 제3 양상의 벡터, 제4 양상의 숙주 세포, 또는 제5 양상의 약학 조성물을 제공한다. 바람직한 실시양태에서, 진단제는 증식성 질환의 진단을 위한 것이다. 보다 바람직한 실시양태에서, 진단제는 MHC 단백질과 복합체인 KIFEMLEGV의 아미노산 서열(서열번호 138)을 포함하거나 이로 이루어진 펩티드를 제시하는 암 진단을 위한 것이며, 바람직하게는 상기 암은 폐암, NSCLC, 담낭암, 담관암, 림프절암, 난소암, 식도암, 간암, 자궁암 및 흑색종으로 이루어진 암의 군으로부터 선택된다.
한 실시양태에서, 본 발명의 항원 결합 단백질은 치료제에 대한 환자의 감수성을 측정하고 항암 치료의 효과를 모니터링하거나 치료 후 질병의 재발을 감지하기 위해 CT45 발현 종양을 표적으로 하는 치료와 관련하여 분석의 구성요소로서 사용된다.
따라서, 본 발명의 추가 목적은 대상에서 CT45 발현을 생체내 검출하기 위해 사용하기 위한, 또는 대상의 생물학적 샘플에서 CT45 발현을 생체외 또는 시험관내 검출하기 위해 사용하기 위한 본 발명에 따른 항원 결합 단백질에 관한 것이다. 상기 검출은 특히 하기를 위해 의도될 수 있다:
a) 피험자에게 암의 존재를 진단함,
b) CT45를 표적으로 하는 치료제에 대한 암을 앓는 환자의 감수성을 측정함, 또는
c) 종양 세포에서 CT45 항원성 펩티드의 발현을 검출함으로써, 항-CT45 암 치료의 효과성을 모니터링하거나, 항-CT45 암 치료, 특히 본 발명에 따른 항원 결합 단백질에 의한 치료 후 암 재발을 검출함.
한 실시양태에서, 항원 결합 단백질은 시험관내 또는 생체외 용도로 의도된다.
또 다른 양상에서, 본 발명은 (a) 생물학적 샘플을 본 발명의 제1 양상의 항원 결합 단백질과 접촉시키는 단계, 및 (b) 상기 생물학적 샘플에 대한 상기 항원 결합 단백질의 결합을 검출하는 단계를 포함하는, 생물학적 샘플에서 암을 검출하는 시험관내 방법에 관한 것이다.
키트
마지막으로, 본 발명은 또한 본 발명의 하나 이상의 항원 결합 단백질을 포함하는 키트를 제공한다.
한 실시양태에서, 키트는 하기를 포함한다:
a) 본원의 "항원 결합 단백질" 섹션에서 정의된 바와 같은 본 발명의 하나 이상의 항원 결합 단백질, 상기 항원 결합 단백질을 인코딩하는 핵산, 상기 핵산을 포함하는 벡터, 또는 상기 항원 결합 단백질, 핵산 및/또는 벡터를 포함하는 숙주 세포,
b) 임의적으로 포장재, 및
c) 임의적으로, 상기 항원 결합 단백질이 암 치료에 효과적이거나 암 치료에 사용됨을 표시하는 상기 포장재 내에 함유된 라벨 또는 포장 삽입물.
바람직한 실시양태에서, 키트는 본 발명의 항원 결합 단백질을 인코딩하는 핵산, 또는 이 핵산을 포함하는 벡터를 포함한다. 키트는 세포, 바람직하게는 T 세포, T 세포 전구세포 또는 NK 세포, 보다 바람직하게는 T 세포의 표면에서 항원 결합 단백질의 조절가능한 발현을 위한 지침을 추가로 포함할 수 있다.
본 개시내용의 키트는 세포, 바람직하게는 T 세포, T 세포 전구세포 또는 NK 세포, 보다 바람직하게는 T 세포, 예를 들어, 핵산 또는 발현 벡터를 세포 내로 도입하는 데 유용한 형질감염/형질도입 시약과 같이 표면에서 항원 결합 단백질의 조절가능한 발현에 유용한 임의의 다른 시약을 추가로 포함할 수 있다.
키트가 본 발명의 항원 결합 단백질을 인코딩하는 핵산을 포함하는 숙주 세포, 또는 이 핵산을 포함하는 벡터, 즉, 본 발명의 항원 결합 단백질을 발현할 수 있는 숙주 세포를 포함하는 것이 또한 바람직할 수 있다.
키트의 구성 요소는 별도의 용기에 존재할 수 있고, 여러 구성 요소가 단일 용기에 존재할 수 있다. 적합한 용기에는 단일 튜브, 플레이트의 하나 이상의 웰(예컨대, 96웰 플레이트, 384웰 플레이트 등) 등이 포함된다.
관련된 실시양태에서, 본 발명의 하나 이상의 항원 결합 단백질은 단일 및/또는 다중 챔버의 사전-충전된 주사기(예를 들어, 액체 주사기 및 라이오시린지(lyosyringe))에 함유된다.
한 실시양태에서, 본 발명은 단일 용량 투여 단위를 생성하기 위한 키트를 포함한다.
따라서, 한 실시양태에서, 본 발명의 키트의 a)에서 언급된 바와 같은 본 발명의 하나 이상의 항원 결합 단백질은 제1 용기에 함유된 본 발명의 건조된 항원 결합 단백질이다. 이어서, 키트는 수성 제제를 갖는 제2 용기를 추가로 함유한다.
따라서, 한 실시양태에서, 키트는 하기를 포함한다:
a) 상기 "항원 결합 단백질" 섹션에서 정의된 바와 같은 본 발명의 하나 이상의 건조된 항원 결합 단백질을 포함하는 제1 용기,
b) 수성 제제를 포함하는 제2 용기,
c) 임의적으로 포장재, 및
d) 임의적으로, 상기 항원 결합 단백질이 암 치료에 효과적이거나 암 치료에 사용된다는 것을 표시하는 상기 포장재 내에 함유된 라벨 또는 포장 삽입물.
수성 제제는 전형적으로 본원의 "약학 조성물" 섹션에서 정의된 바와 같은 약학적으로 허용되는 담체를 포함하는 수용액이다.
관련된 실시양태에서, "제1 용기" 및 "제2 용기"는 다중 챔버 사전충전형(multi-chambered pre-filled) 주사기(예를 들어, 라이오시린지)의 챔버를 지칭한다.
본원 전반에 걸쳐, "및/또는"이라는 용어는 그것이 연결하는 하나 이상의 경우가 발생할 수 있는 것을 포괄하는 것으로 해석되는 문법적 접속사이다. 예를 들어, "이러한 천연 서열 단백질은 표준 재조합 및/또는 합성 방법을 사용하여 제조될 수 있다"라는 표현은 천연 서열 단백질이 표준 재조합 및 합성 방법을 사용하여 제조될 수 있거나 천연 서열 단백질이 표준 재조합 방법을 사용하여 제조될 수 있거나, 또는 천연 서열 단백질이 합성 방법을 사용하여 제조될 수 있음을 나타낸다.
또한, 본원 전체에 걸쳐, "포함하는"이라는 용어는 구체적으로 언급된 모든 특징뿐만 아니라 임의적, 추가적인, 불특정 특징을 포함하는 것으로 해석되어야 한다. 본원에 사용된 용어 "포함하는"의 사용은 또한 구체적으로 언급된 특징 이외의 특징이 존재하지 않는(즉, ~로 이루어진) 실시양태를 개시한다.
또한, 단수형은 복수형을 배제하지 않는다. 특정 척도가 서로 상이한 종속항에 기재되어 있다는 단순한 사실만으로는 이러한 척도의 조합이 유리하게 사용될 수 없다는 것을 의미하지 않는다.
이제 본 발명은 다음의 도면 및 실시예를 참조하여 더 자세히 기재될 것이다. 본원에 인용된 모든 문헌 및 특허 문서는 본원에 참고로 인용된다. 본 발명이 전술한 설명에서 상세히 설명되고 설명되었지만, 실시예는 예시적이거나 예시적인 것으로 간주되어야 하며 제한적인 것은 아니다
도 1: TCR로 형질감염된 T 세포에 의해 CT45-IP 펩티드가 로딩된 T2 세포의 사살 효율에 의해 측정된 기능적 결합력(EC 50 ). 구성적으로 루시퍼라제를 발현하는 T2 세포에 적정량의 CT45-IP 펩티드를 로딩한 후 특정 TCR로 형질감염된 CD8+ T 세포와 함께 배양하였다. 사살은 T2 세포를 사살하여 방출되는 상청액에서 루시퍼라제 활성을 측정하여 분석하였다. 두 명의 상이한 공여자의 세포를 사용하여 분석을 2회 반복하였다(채색된 원 및 다이아몬드 모양의 기호로 표시됨). 시험된 TCR의 절반 최대 사살 효율을 계산하여 기능적 결합력을 평가하였다.
도 2: 서열 유사 펩티드에 대한 교차 반응성 검사. 구성적으로 루시퍼라제를 발현하는 T2 세포에는 CT45-IP 펩티드, 10개의 상이한 서열 유사 펩티드, 미관련 펩티드 대조군 NYESO1-001이 펩티드당 10μM 농도로 로딩되거나 로딩되지 않았다. 이어서, 해당 T2 세포를 특정 TCR로 형질감염된 CD8+ T 세포와 공동-배양하였다. 사살은 T2 세포를 사살하여 방출되는 상청액에서 루시퍼라제 활성을 측정하여 분석하였다. 두 명의 상이한 공여자의 세포를 사용하여 분석을 2회 반복하였다(흑색 막대 = 분석 1, 공여자 1; 적색 막대 = 분석 2, 공여자 2).
도 3: TCR 표면 염색. pHLA-덱스트라머 결합으로 측정한 TCR 발현의 유세포 분석 평가. 히스토그램은 CT45-IP-HLA-A2*02 덱스트라머로 염색한 후 TCR-mRNA 전기천공 T 세포(흑색 선) 및 Mock-TCR 대조(연회색 점선)를 나타낸다. 양성 사건의 백분율이 플롯에 표시된다. Mock-TCR 컨트롤은 덱스트라머 음성 영역에 대한 참조로 사용된다.
도 4: 종양 세포주 효능. 관심 있는 TCR을 발현하는 T 세포와 함께 또는 T 세포 없이 공동-배양되는 RFP를 발현하는 종양 세포주의 생존 세포 모니터링. 종양 세포를 나타내는 적색 카운트(count)를 48시간에 걸쳐 정량화하고 0시간 시점에 대해 정규화하였다. 왼쪽의 플롯은 종양 세포주 NCIH1703을 나타내고 오른쪽의 플롯은 세포주 A375의 증식을 나타낸다. Mock-TCR(음성 대조군, 상단), TCR-9(중간) 및 TCR-7(하단)로 전기천공된 CD8+ T 세포가 표시된다. 양성 대조군으로 10μM CT45-IP 펩티드가 추가로 로딩된 표적 세포(가운데 점이 있는 원)와 효과기 세포가 없는 표적 세포(별표) 및 관심 TCR을 발현하는 효과기 세포의 다른 E:T 비율(다양한 회색 음영의 원)이 사용되었다.
실시예
물질 및 방법
TCR 식별
알파 및 베타 TCR 쇄 서열을 건강한 공여자의 T 세포로부터 단리하였다. 펩티드-특이적 T 세포의 농축을 보장하기 위해, 문헌[Walter et al., 2003 J Immunol., Nov 15; 171(10):4974-8]에 기재된 바와 같이 세포를 CT45-IP-MHC 및 CD28(프라이밍)로 코팅된 인공 항원 제시 세포로 반복적으로 자극한 후, CT45-IP-HLA-A*02 사량체를 사용하여 단일 세포를 분류하거나 CT45-IP 로딩된 T2 세포로 자극하였다. 충분한 확장 후, 세포를 CT45-IP-HLA-A*02 사량체를 사용하여 분류하였다.
TCR 뉴클레오티드 서열은, 예를 들어, 문헌[Molecular CLoning, Laboratory Manual, Fourth Edition by Green and Sambrook]에 기재된 바와 같이 5' RACE 및 Sanger 서열분석과 같은 표준 방법을 통해 수득하였다. TCR의 V 영역과 J 영역을 인코딩하는 유전자는 표 2에 나열되어 있다. 주석은 IMGT/GENE-DB(버전: 28/11/2019)를 참조 데이터베이스로 사용하여 GeneData 11.0.1에 의해 수행되었다. TCR 아미노산 서열은 표 3에 나열되어 있다.
확인된 TCR
ID V알파 J알파 V베타 J베타
TCR-1 TRAV38-1 TRAJ22 TRBV7-9 TRBJ2-7
TCR-2 TRAV14/DV4 TRAJ52 TRBV13 TRBJ1-1
TCR-3 TRAV14/DV4 TRAJ33 TRBV27 TRBJ1-5
TCR-4 TRAV3 TRAJ30 TRBV6-2 TRBJ2-1
TCR-5 TRAV35 TRAJ26 TRBV9 TRBJ2-7
TCR-6 TRAV12-3 TRAJ7 TRBV4-1 TRBJ2-1
TCR-7 TRAV38-2/DV8 TRAJ32 TRBV13 TRBJ2-1
TCR-8 TRAV19 TRAJ40 TRBV13 TRBJ2-1
TCR-9 TRAV5 TRAJ17 TRBV2 TRBJ2-1
TCR-10 TRAV1-2 TRAJ44 TRBV6-1 TRBJ2-1
TCR-11 TRAV22 TRAJ44 TRBV6-1 TRBJ2-7
TCR-12 TRAV27 TRAJ50 TRBV4-1 TRBJ1-2
TCR-13 TRAV14/DV4 TRAJ5 TRBV19 TRBJ2-1
TCR-14 TRAV14/DV4 TRAJ22 TRBV11-2 TRBJ1-6
TCR-15 TRAV21 TRAJ37 TRBV5-1 TRBJ2-7
TCR 아미노산 서열
서열번호 TCR 쇄 영역/도메인 서열
1 TCR-5 알파 가변 도메인 QQLNQSPQSMFIQEGEDVSMNCTSSSIFNTWLWYKQDPGEGPVLLIALYKAGELTSNGRLTAQFGITRKDSFLNISASIPSDVGIYFCAGGYNYGQNFVFGPGTRLSVLP
2 TCR-5 알파 CDR1 SIFNT
3 TCR-5 알파 CDR2 LYKAGEL
4 TCR-5 알파 CDR3 AGGYNYGQNFV
5 TCR-5 알파 불변 도메인 YIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
6 TCR-5 알파 전장 QQLNQSPQSMFIQEGEDVSMNCTSSSIFNTWLWYKQDPGEGPVLLIALYKAGELTSNGRLTAQFGITRKDSFLNISASIPSDVGIYFCAGGYNYGQNFVFGPGTRLSVLPYIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
7 TCR-5 베타 가변 도메인 GVTQTPKHLITATGQRVTLRCSPRSGDLSVYWYQQSLDQGLQFLIQYYNGEERAKGNILERFSAQQFPDLHSELNLSSLELGDSALYFCASSAGLAGGYEQYFGPGTRLTVT
8 TCR-5 베타 CDR1 SGDLS
9 TCR-5 베타 CDR2 YYNGEE
10 TCR-5 베타 CDR3 ASSAGLAGGYEQY
11 TCR-5 베타 불변 도메인 EDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
12 TCR-5 베타 전장 GVTQTPKHLITATGQRVTLRCSPRSGDLSVYWYQQSLDQGLQFLIQYYNGEERAKGNILERFSAQQFPDLHSELNLSSLELGDSALYFCASSAGLAGGYEQYFGPGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
13 TCR-1 알파 가변 도메인 QTVTQSQPEMSVQEAETVTLSCTYDTSENNYYLFWYKQPPSRQMILVIRQEAYKQQNATENRFSVNFQKAAKSFSLKISDSQLGDTAMYFCAPLGLVAGSARQLTFGSGTQLTVLP
14 TCR-1 알파 CDR1 TSENNYY
15 TCR-1 알파 CDR2 QEAYKQQN
16 TCR-1 알파 CDR3 APLGLVAGSARQLT
750 TCR-1 알파 불변 도메인 DIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
17 TCR-1 알파 전장 QTVTQSQPEMSVQEAETVTLSCTYDTSENNYYLFWYKQPPSRQMILVIRQEAYKQQNATENRFSVNFQKAAKSFSLKISDSQLGDTAMYFCAPLGLVAGSARQLTFGSGTQLTVLPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
18 TCR-1 베타 가변 도메인 GVSQDPRHKITKRGQNVTFRCDPISEHNRLYWYRQTLGQGPEFLTYFQNEAQLEKSRLLSDRFSAERPKGSFSTLEIQRTEQGDSAMYLCASSTDITSYEQYFGPGTRLTVT
19 TCR-1 베타 CDR1 SEHNR
20 TCR-1 베타 CDR2 FQNEAQ
21 TCR-1 베타 CDR3 ASSTDITSYEQY
11 TCR-1 베타 불변 도메인 EDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
22 TCR-1 베타 전장 GVSQDPRHKITKRGQNVTFRCDPISEHNRLYWYRQTLGQGPEFLTYFQNEAQLEKSRLLSDRFSAERPKGSFSTLEIQRTEQGDSAMYLCASSTDITSYEQYFGPGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
23 TCR-14 알파 가변 도메인 QKITQTQPGMFVQEKEAVTLDCTYDTSDQSYGLFWYKQPSSGEMIFLIYQGSYDEQNATEGRYSLNFQKARKSANLVISASQLGDSAMYFCAINGLPGSARQLTFGSGTQLTVLP
24 TCR-14 알파 CDR1 TSDQSYG
25 TCR-14 알파 CDR2 QGSYDEQN
26 TCR-14 알파 CDR3 AINGLPGSARQLT
750 TCR-14 알파 불변 도메인 DIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
27 TCR-14 알파 전장 QKITQTQPGMFVQEKEAVTLDCTYDTSDQSYGLFWYKQPSSGEMIFLIYQGSYDEQNATEGRYSLNFQKARKSANLVISASQLGDSAMYFCAINGLPGSARQLTFGSGTQLTVLPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
28 TCR-14 베타 가변 도메인 GVAQSPRYKIIEKRQSVAFWCNPISGHATLYWYQQILGQGPKLLIQFQNNGVVDDSQLPKDRFSAERLKGVDSTLKIQPAKLEDSAVYLCASSRFVATGTSPLHFGNGTRLTVT
29 TCR-14 베타 CDR1 SGHAT
30 TCR-14 베타 CDR2 FQNNGV
31 TCR-14 베타 CDR3 ASSRFVATGTSPLH
32 TCR-14 베타 불변 도메인 EDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF
33 TCR-14 베타 전장 GVAQSPRYKIIEKRQSVAFWCNPISGHATLYWYQQILGQGPKLLIQFQNNGVVDDSQLPKDRFSAERLKGVDSTLKIQPAKLEDSAVYLCASSRFVATGTSPLHFGNGTRLTVTEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF
34 TCR-13 알파 가변 도메인 QKITQTQPGMFVQEKEAVTLDCTYDTSDQSYGLFWYKQPSSGEMIFLIYQGSYDEQNATEGRYSLNFQKARKSANLVISASQLGDSAMYFCAMSDPIMDTGRRALTFGSGTRLQVQP
24 TCR-13 알파 CDR1 TSDQSYG
25 TCR-13 알파 CDR2 QGSYDEQN
35 TCR-13 알파 CDR3 AMSDPIMDTGRRALT
751 TCR-13 알파 불변 도메인 NIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
36 TCR-13 알파 전장 QKITQTQPGMFVQEKEAVTLDCTYDTSDQSYGLFWYKQPSSGEMIFLIYQGSYDEQNATEGRYSLNFQKARKSANLVISASQLGDSAMYFCAMSDPIMDTGRRALTFGSGTRLQVQPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
37 TCR-13 베타 가변 도메인 GITQSPKYLFRKEGQNVTLSCEQNLNHDAMYWYRQDPGQGLRLIYYSQIVNDFQKGDIAEGYSVSREKKESFPLTVTSAQKNPTAFYLCASKSRGPNLADTQYFGPGTRLTVL
38 TCR-13 베타 CDR1 LNHDA
39 TCR-13 베타 CDR2 SQIVND
40 TCR-13 베타 CDR3 ASKSRGPNLADTQY
11 TCR-13 베타 불변 도메인 EDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
41 TCR-13 베타 전장 GITQSPKYLFRKEGQNVTLSCEQNLNHDAMYWYRQDPGQGLRLIYYSQIVNDFQKGDIAEGYSVSREKKESFPLTVTSAQKNPTAFYLCASKSRGPNLADTQYFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
42 TCR-15 알파 가변 도메인 KQEVTQIPAALSVPEGENLVLNCSFTDSAIYNLQWFRQDPGKGLTSLLLIQSSQREQTSGRLNASLDKSSGRSTLYIAASQPGDSATYLCAVLLTGKLIFGQGTTLQVKP
43 TCR-15 알파 CDR1 DSAIYN
44 TCR-15 알파 CDR2 IQSSQRE
45 TCR-15 알파 CDR3 AVLLTGKLI
750 TCR-15 알파 불변 도메인 DIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
46 TCR-15 알파 전장 KQEVTQIPAALSVPEGENLVLNCSFTDSAIYNLQWFRQDPGKGLTSLLLIQSSQREQTSGRLNASLDKSSGRSTLYIAASQPGDSATYLCAVLLTGKLIFGQGTTLQVKPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
47 TCR-15 베타 가변 도메인 GVTQTPRYLIKTRGQQVTLSCSPISGHRSVSWYQQTPGQGLQFLFEYFSETQRNKGNFPGRFSGRQFSNSRSEMNVSTLELGDSALYLCASSGGPGPSGEQYFGPGTRLTVT
48 TCR-15 베타 CDR1 SGHRS
49 TCR-15 베타 CDR2 YFSETQ
50 TCR-15 베타 CDR3 ASSGGPGPSGEQY
11 TCR-15 베타 불변 도메인 EDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
51 TCR-15 베타 전장 GVTQTPRYLIKTRGQQVTLSCSPISGHRSVSWYQQTPGQGLQFLFEYFSETQRNKGNFPGRFSGRQFSNSRSEMNVSTLELGDSALYLCASSGGPGPSGEQYFGPGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
52 TCR-6 알파 가변 도메인 QQKEVEQDPGPLSVPEGAIVSLNCTYSNSAFQYFMWYRQYSRKGPELLMYTYSSGNKEDGRFTAQVDKSSKYISLFIRDSQPSDSATYLCAMSGNSGARDYGNNRLAFGKGNQVVVIP
53 TCR-6 알파 CDR1 NSAFQY
54 TCR-6 알파 CDR2 TYSSGN
55 TCR-6 알파 CDR3 AMSGNSGARDYGNNRLA
751 TCR-6 알파 불변 도메인 NIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
56 TCR-6 알파 전장 QQKEVEQDPGPLSVPEGAIVSLNCTYSNSAFQYFMWYRQYSRKGPELLMYTYSSGNKEDGRFTAQVDKSSKYISLFIRDSQPSDSATYLCAMSGNSGARDYGNNRLAFGKGNQVVVIPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
57 TCR-6 베타 가변 도메인 EVTQTPKHLVMGMTNKKSLKCEQHMGHRAMYWYKQKAKKPPELMFVYSYEKLSINESVPSRFSPECPNSSLLNLHLHALQPEDSALYLCASATWEEAGPYNEQFFGPGTRLTVL
58 TCR-6 베타 CDR1 MGHRA
59 TCR-6 베타 CDR2 YSYEKL
60 TCR-6 베타 CDR3 ASATWEEAGPYNEQF
11 TCR-6 베타 불변 도메인 EDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
61 TCR-6 베타 전장 EVTQTPKHLVMGMTNKKSLKCEQHMGHRAMYWYKQKAKKPPELMFVYSYEKLSINESVPSRFSPECPNSSLLNLHLHALQPEDSALYLCASATWEEAGPYNEQFFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
62 TCR-3 알파 가변 도메인 QKITQTQPGMFVQEKEAVTLDCTYDTSDQSYGLFWYKQPSSGEMIFLIYQGSYDEQNATEGRYSLNFQKARKSANLVISASQLGDSAMYFCGYSNYQLIWGAGTKLIIKP
24 TCR-3 알파 CDR1 TSDQSYG
25 TCR-3 알파 CDR2 QGSYDEQN
63 TCR-3 알파 CDR3 GYSNYQLI
750 TCR-3 알파 불변 도메인 DIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
64 TCR-3 알파 전장 QKITQTQPGMFVQEKEAVTLDCTYDTSDQSYGLFWYKQPSSGEMIFLIYQGSYDEQNATEGRYSLNFQKARKSANLVISASQLGDSAMYFCGYSNYQLIWGAGTKLIIKPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
65 TCR-3 베타 가변 도메인 QVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASREGTGGYQPQHFGDGTRLSIL
66 TCR-3 베타 CDR1 MNHEY
67 TCR-3 베타 CDR2 SMNVEV
68 TCR-3 베타 CDR3 ASREGTGGYQPQH
32 TCR-3 베타 불변 도메인 EDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF
69 TCR-3 베타 전장 QVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASREGTGGYQPQHFGDGTRLSILEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF
70 TCR-7 알파 가변 도메인 QTVTQSQPEMSVQEAETVTLSCTYDTSESDYYLFWYKQPPSRQMILVIRQEAYKQQNATENRFSVNFQKAAKSFSLKISDSQLGDAAMYFCTFRYGGATNKLIFGTGTLLAVQP
71 TCR-7 알파 CDR1 TSESDYY
15 TCR-7 알파 CDR2 QEAYKQQN
72 TCR-7 알파 CDR3 TFRYGGATNKLI
751 TCR-7 알파 불변 도메인 NIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
73 TCR-7 알파 전장 QTVTQSQPEMSVQEAETVTLSCTYDTSESDYYLFWYKQPPSRQMILVIRQEAYKQQNATENRFSVNFQKAAKSFSLKISDSQLGDAAMYFCTFRYGGATNKLIFGTGTLLAVQPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
74 TCR-7 베타 가변 도메인 GVIQSPRHLIKEKRETATLKCYPIPRHDTVYWYQQGPGQDPQFLISFYEKMQSDKGSIPDRFSAQQFSDYHSELNMSSLELGDSALYFCASRGGWAETPDTQYFGPGTRLTVL
75 TCR-7 베타 CDR1 PRHDT
76 TCR-7 베타 CDR2 FYEKMQ
77 TCR-7 베타 CDR3 ASRGGWAETPDTQY
11 TCR-7 베타 불변 도메인 EDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
78 TCR-7 베타 전장 GVIQSPRHLIKEKRETATLKCYPIPRHDTVYWYQQGPGQDPQFLISFYEKMQSDKGSIPDRFSAQQFSDYHSELNMSSLELGDSALYFCASRGGWAETPDTQYFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
79 TCR-9 알파 가변 도메인 EDVEQSLFLSVREGDSSVINCTYTDSSSTYLYWYKQEPGAGLQLLTYIFSNMDMKQDQRLTVLLNKKDKHLSLRIADTQTGDSAIYFCAEKETAGNKLTFGGGTRVLVKP
80 TCR-9 알파 CDR1 DSSSTY
81 TCR-9 알파 CDR2 IFSNMDM
82 TCR-9 알파 CDR3 AEKETAGNKLT
751 TCR-9 알파 불변 도메인 NIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
83 TCR-9 알파 전장 EDVEQSLFLSVREGDSSVINCTYTDSSSTYLYWYKQEPGAGLQLLTYIFSNMDMKQDQRLTVLLNKKDKHLSLRIADTQTGDSAIYFCAEKETAGNKLTFGGGTRVLVKPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
84 TCR-9 베타 가변 도메인 EPEVTQTPSHQVTQMGQEVILRCVPISNHLYFYWYRQILGQKVEFLVSFYNNEISEKSEIFDDQFSVERPDGSNFTLKIRSTKLEDSAMYFCASTVQSPRTNEQFFGPGTRLTVL
85 TCR-9 베타 CDR1 SNHLY
86 TCR-9 베타 CDR2 FYNNEI
87 TCR-9 베타 CDR3 ASTVQSPRTNEQF
11 TCR-9 베타 불변 도메인 EDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
88 TCR-9 베타 전장 EPEVTQTPSHQVTQMGQEVILRCVPISNHLYFYWYRQILGQKVEFLVSFYNNEISEKSEIFDDQFSVERPDGSNFTLKIRSTKLEDSAMYFCASTVQSPRTNEQFFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
89 TCR-4 알파 가변 도메인 QSVAQPEDQVNVAEGNPLTVKCTYSVSGNPYLFWYVQYPNRGLQFLLKYITGDNLVKGSYGFEAEFNKSQTSFHLKKPSALVSDSALYFCAAPRDDKIIFGKGTRLHILP
90 TCR-4 알파 CDR1 VSGNPY
91 TCR-4 알파 CDR2 YITGDNLV
92 TCR-4 알파 CDR3 AAPRDDKII
751 TCR-4 알파 불변 도메인 NIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
93 TCR-4 알파 전장 QSVAQPEDQVNVAEGNPLTVKCTYSVSGNPYLFWYVQYPNRGLQFLLKYITGDNLVKGSYGFEAEFNKSQTSFHLKKPSALVSDSALYFCAAPRDDKIIFGKGTRLHILPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
94 TCR-4 베타 가변 도메인 GVTQTPKFRVLKTGQSMTLLCAQDMNHEYMYWYRQDPGMGLRLIHYSVGEGTTAKGEVPDGYNVSRLKKQNFLLGLESAAPSQTSVYFCASSYLRTGGNEQFFGPGTRLTVL
66 TCR-4 베타 CDR1 MNHEY
95 TCR-4 베타 CDR2 SVGEGT
96 TCR-4 베타 CDR3 ASSYLRTGGNEQF
11 TCR-4 베타 불변 도메인 EDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
97 TCR-4 베타 전장 GVTQTPKFRVLKTGQSMTLLCAQDMNHEYMYWYRQDPGMGLRLIHYSVGEGTTAKGEVPDGYNVSRLKKQNFLLGLESAAPSQTSVYFCASSYLRTGGNEQFFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
98 TCR-8 알파 가변 도메인 QKVTQAQTEISVVEKEDVTLDCVYETRDTTYYLFWYKQPPSGELVFLIRRNSFDEQNEISGRYSWNFQKSTSSFNFTITASQVVDSAVYFCALSGRGSGTYKYIFGTGTRLKVLA
99 TCR-8 알파 CDR1 TRDTTYY
100 TCR-8 알파 CDR2 RNSFDEQN
101 TCR-8 알파 CDR3 ALSGRGSGTYKYI
751 TCR-8 알파 불변 도메인 NIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
102 TCR-8 알파 전장 QKVTQAQTEISVVEKEDVTLDCVYETRDTTYYLFWYKQPPSGELVFLIRRNSFDEQNEISGRYSWNFQKSTSSFNFTITASQVVDSAVYFCALSGRGSGTYKYIFGTGTRLKVLANIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
103 TCR-8 베타 가변 도메인 GVIQSPRHLIKEKRETATLKCYPIPRHDTVYWYQQGPGQDPQFLISFYEKMQSDKGSIPDRFSAQQFSDYHSELNMSSLELGDSALYFCASSAGTSYNEQFFGPGTRLTVL
75 TCR-8 베타 CDR1 PRHDT
76 TCR-8 베타 CDR2 FYEKMQ
104 TCR-8 베타 CDR3 ASSAGTSYNEQF
11 TCR-8 베타 불변 도메인 EDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
105 TCR-8 베타 전장 GVIQSPRHLIKEKRETATLKCYPIPRHDTVYWYQQGPGQDPQFLISFYEKMQSDKGSIPDRFSAQQFSDYHSELNMSSLELGDSALYFCASSAGTSYNEQFFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
106 TCR-10 알파 가변 도메인 QNIDQPTEMTATEGAIVQINCTYQTSGFNGLFWYQQHAGEAPTFLSYNVLDGLEEKGRFSSFLSRSKGYSYLLLKELQMKDSASYLCAVPAPYTGTASKLTFGTGTRLQVTL
107 TCR-10 알파 CDR1 TSGFNG
108 TCR-10 알파 CDR2 NVLDGL
109 TCR-10 알파 CDR3 AVPAPYTGTASKLT
750 TCR-10 알파 불변 도메인 DIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
110 TCR-10 알파 전장 QNIDQPTEMTATEGAIVQINCTYQTSGFNGLFWYQQHAGEAPTFLSYNVLDGLEEKGRFSSFLSRSKGYSYLLLKELQMKDSASYLCAVPAPYTGTASKLTFGTGTRLQVTLDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
111 TCR-10 베타 가변 도메인 GVTQTPKFQVLKTGQSMTLQCAQDMNHNSMYWYRQDPGMGLRLIYYSASEGTTDKGEVPNGYNVSRLNKREFSLRLESAAPSQTSVYFCASSEGYSTYNEQFFGPGTRLTVL
112 TCR-10 베타 CDR1 MNHNS
113 TCR-10 베타 CDR2 SASEGT
114 TCR-10 베타 CDR3 ASSEGYSTYNEQF
11 TCR-10 베타 불변 도메인 EDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
115 TCR-10 베타 전장 GVTQTPKFQVLKTGQSMTLQCAQDMNHNSMYWYRQDPGMGLRLIYYSASEGTTDKGEVPNGYNVSRLNKREFSLRLESAAPSQTSVYFCASSEGYSTYNEQFFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
116 TCR-12 알파 가변 도메인 QLLEQSPQFLSIQEGENLTVYCNSSSVFSSLQWYRQEPGEGPVLLVTVVTGGEVKKLKRLTFQFGDARKDSSLHITAAQPGDTGLYLCAGGLSDSYDKVIFGPGTSLSVIP
117 TCR-12 알파 CDR1 SVFSS
118 TCR-12 알파 CDR2 VVTGGEV
119 TCR-12 알파 CDR3 AGGLSDSYDKVI
751 TCR-12 알파 불변 도메인 NIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
120 TCR-12 알파 전장 QLLEQSPQFLSIQEGENLTVYCNSSSVFSSLQWYRQEPGEGPVLLVTVVTGGEVKKLKRLTFQFGDARKDSSLHITAAQPGDTGLYLCAGGLSDSYDKVIFGPGTSLSVIPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
121 TCR-12 베타 가변 도메인 EVTQTPKHLVMGMTNKKSLKCEQHMGHRAMYWYKQKAKKPPELMFVYSYEKLSINESVPSRFSPECPNSSLLNLHLHALQPEDSALYLCASSQGVGQEYGYTFGSGTRLTVV
58 TCR-12 베타 CDR1 MGHRA
59 TCR-12 베타 CDR2 YSYEKL
122 TCR-12 베타 CDR3 ASSQGVGQEYGYT
32 TCR-12 베타 불변 도메인 EDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF
123 TCR-12 베타 전장 EVTQTPKHLVMGMTNKKSLKCEQHMGHRAMYWYKQKAKKPPELMFVYSYEKLSINESVPSRFSPECPNSSLLNLHLHALQPEDSALYLCASSQGVGQEYGYTFGSGTRLTVVEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF
124 TCR-11 알파 가변 도메인 IQVEQSPPDLILQEGANSTLRCNFSDSVNNLQWFHQNPWGQLINLFYIPSGTKQNGRLSATTVATERYSLLYISSSQTTDSGVYFCAVNTGTASKLTFGTGTRLQVTL
125 TCR-11 알파 CDR1 DSVNN
126 TCR-11 알파 CDR2 IPSGT
127 TCR-11 알파 CDR3 AVNTGTASKLT
750 TCR-11 알파 불변 도메인 DIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
128 TCR-11 알파 전장 IQVEQSPPDLILQEGANSTLRCNFSDSVNNLQWFHQNPWGQLINLFYIPSGTKQNGRLSATTVATERYSLLYISSSQTTDSGVYFCAVNTGTASKLTFGTGTRLQVTLDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
129 TCR-11 베타 가변 도메인 GVTQTPKFQVLKTGQSMTLQCAQDMNHNSMYWYRQDPGMGLRLIYYSASEGTTDKGEVPNGYNVSRLNKREFSLRLESAAPSQTSVYFCASSPRGQGRSYEQYFGPGTRLTVT
112 TCR-11 베타 CDR1 MNHNS
113 TCR-11 베타 CDR2 SASEGT
130 TCR-11 베타 CDR3 ASSPRGQGRSYEQY
11 TCR-11 베타 불변 도메인 EDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
131 TCR-11 베타 전장 GVTQTPKFQVLKTGQSMTLQCAQDMNHNSMYWYRQDPGMGLRLIYYSASEGTTDKGEVPNGYNVSRLNKREFSLRLESAAPSQTSVYFCASSPRGQGRSYEQYFGPGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG
132 TCR-2 알파 가변 도메인 QKITQTQPGMFVQEKEAVTLDCTYDTSDQSYGLFWYKQPSSGEMIFLIYQGSYDEQNATEGRYSLNFQKARKSANLVISASQLGDSAMYFCAMREGSDAGGTSYGKLTFGQGTILTVHP
24 TCR-2 알파 CDR1 TSDQSYG
25 TCR-2 알파 CDR2 QGSYDEQN
133 TCR-2 알파 CDR3 AMREGSDAGGTSYGKLT
751 TCR-2 알파 불변 도메인 NIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
134 TCR-2 알파 전장 QKITQTQPGMFVQEKEAVTLDCTYDTSDQSYGLFWYKQPSSGEMIFLIYQGSYDEQNATEGRYSLNFQKARKSANLVISASQLGDSAMYFCAMREGSDAGGTSYGKLTFGQGTILTVHPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS
135 TCR-2 베타 가변 도메인 GVIQSPRHLIKEKRETATLKCYPIPRHDTVYWYQQGPGQDPQFLISFYEKMQSDKGSIPDRFSAQQFSDYHSELNMSSLELGDSALYFCASSPSTGRLNTEAFFGQGTRLTVV
75 TCR-2 베타 CDR1 PRHDT
76 TCR-2 베타 CDR2 FYEKMQ
136 TCR-2 베타 CDR3 ASSPSTGRLNTEAF
32 TCR-2 베타 불변 도메인 EDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF
137 TCR-2 베타 전장 GVIQSPRHLIKEKRETATLKCYPIPRHDTVYWYQQGPGQDPQFLISFYEKMQSDKGSIPDRFSAQQFSDYHSELNMSSLELGDSALYFCASSPSTGRLNTEAFFGQGTRLTVVEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF
TCR의 재발현
인간 불변 쇄 도메인은 소수성을 강화하기 위해 막횡단 도메인에 추가적인 돌연변이가 있는 뮤린 대응물에 의해 교환되었다. 두 가지 수정 사항 모두 문헌[Jin et al., JCI Insight; 2018;3(8):e99488]에 기재되어 있다.
기능적 특성을 평가하기 위해, 확인된 TCR을 TCR mRNA 전기천공 기술을 사용하여 건강한 공여자의 1차 T 세포에서 재발현시켰다. 간단히 말하면, TCR 알파 및 베타 쇄 뉴클레오티드 서열의 DNA 주형에 대해 T7 전사가 수행되었다. 생성된 TCR mRNA를 공동-배양 실험에서 검증된 외인성 TCR의 일시적인 발현을 위해 사전-활성화된 T 세포의 전기천공에 사용하였다.
공동-배양 검정(기능적 결합력, 특이성 및 TCR 모티프 평가)
TCR의 기능적 특성을 T2 세포와의 공동-배양 실험에서 평가하였다. CD8+ T 세포를 사전-자극하고 TCR mRNA로 전기천공하였다. 공동-배양일에, 루시퍼라제 형질도입된 T2 세포에 상이한 농도(기능적 결합력 평가, EC50)의 펩티드 CT45-IP(서열번호 138), 10μM 농도의 서열이 유사한 펩티드(서열번호 146 내지 155) 또는 각각의 TCR의 평균 EC50(TCR-모티브 측정)의 10 내지 30배 초과 농도의 CT45-IP 펩티드의 알라닌-치환 변이체로 로딩하였다. 대조군으로서 10μM 농도의 미관련 펩티드 NYESO1-001(서열번호 188) 및 로딩되지 않은 T2 세포를 사용하였다. 요약하여, T2 세포를 각각의 양의 펩티드와 함께 2시간 동안 배양한 후 세척하고 수확하였다.
모델 TCR 1G4-a95Ly로 전기천공된 세포, 및 외인성 TCR이 없는 모의(mock)-전기천공된 T 세포를 대조군으로 사용하였다. T 세포와 펩티드가 로딩된 T2 세포를 1:1의 비율로 시딩하고 상청액이 수확될 때까지 24시간 동안 인큐베이션하였다. 상청액을 세포자멸사/세포괴사 T2 세포에 의해 방출되고 펩티드 특이적 T 세포에 의해 사살되는 루시퍼라제의 존재에 대한 분석을 실시하였다. 특정 기질을 첨가함으로써, 마이크로플레이트 판독기에서 화학발광 신호를 측정하여 상청액에 존재하는 루시퍼라제의 양을 측정하였다.
CD4+ T 세포의 기능성 시험
CD3+ T 세포를 자극하고 TCR mRNA로 전기천공하였다. 밤새 인큐베이션한 후, TCR-형질감염된 T 세포를 10μM CT45-IP(서열번호 138) 또는 10μM 미관련 NYESO1-001(서열번호 188) 펩티드로 로딩하였다. 공동-배양 시작 직후, 사이토카인 분비 차단 시약을 첨가하고 37℃에서 5시간 동안 배양하였다. 그 후, T 세포를 CD4 및 CD8과 같은 다양한 표면 마커에 대한 형광 표지된 항체로 염색하였다. 고정 및 투과화 후, 세포를 세포내 사이토카인(TNF-α 및 IFN-γ)에 대해 염색하고 유세포 분석기에서 분석하였다(데이터는 나타내지 않음).
공동-자극 분자 CD8의 렌티바이러스 공동-형질도입
MHC 클래스 I 제한 TCR을 형질도입한 후 CD4 T 세포를 면역 반응에 참여시키기 위해 공동-자극 분자 CD8을 사용한 공동-형질도입을 수행하였다. 이를 위해 TCR 쇄와 CD8 분자를 인코딩하는 렌티바이러스 벡터를 사전-자극된 CD3+ T 세포의 형질도입에 사용하였다. T 세포를 24시간 동안 IL-2의 첨가와 함께 플레이트-코팅된 CD3 및 항-CD28을 사용하여 활성화하였다. 사전-적정된 농축 렌티바이러스 상청액을 렌티바이러스 입자의 형질도입 강화를 위한 보조제, 예를 들어, Lentiboost® 시약(Sirion Biotech)과 함께 세포에 첨가하였다. T 세포는 증가하는 부피의 배지 및 감소하는 농도의 IL-2를 사용하여 10일에 걸쳐 확장되었고, 그 동안 세포를 더 큰 세포 배양 플라스크로 연속적으로 옮겼다. 유세포 분석을 통해 세포를 동결시키기 전에 T 세포의 형질도입 효율과 휴면 상태를 확인하였다. 이어서, 종양 세포를 제시하는 CT45-IP에 대한 사살 효율에 대한 CD8 공동-형질감염의 효과를 생존 세포 모니터링 사살 분석에서 분석하였다(데이터는 나타내지 않음).
TCR 표면 염색
전기천공 및 사전-활성화된 CD8+ T 세포를 사용하여 표면 마커 염색을 수행하였다. 이를 위해, 항-CD8, CD3 및/또는 mTCRB 항체를 사용하고 형광 표지된 덱스트라머(접합된 CT45-IP-HLA-A*02 또는 미관련 NYESO1-001-HLA-A*02를 갖는 덱스트라머 골격)에 의한 TCR 염색을 사용하였다. 30분 후 세포를 세척하고 고정한 후 유세포 분석으로 분석하였다. 덱스트라머 양성 세포를 정의하기 위한 게이트는 미관련 펩티드-MHC 덱스트라머로 염색된 세포의 신호에 따라 설정하였다.
생존 세포 모니터링 사살 분석
적색 형광 단백질(RFP)을 발현하는 종양 세포주의 증식은 시간 경과에 따른 적색 개체 카운트를 정량화하여 실시간 세포 이미징 시스템을 사용하여 모니터링하였다. 세포주 NCIH1703 및 A375를 9:1, 3:1 또는 1:1의 E:T 비율로 또는 T 세포 없이 본 발명의 TCR을 발현하는 T 세포와 함께 배양하고 48시간 동안 모니터링하였다. 양성 대조군으로서, 표적 세포에는 10μM의 펩티드 CT45-IP를 로딩하였다. 시간 경과에 따른 종양 세포주 증식의 감소는 종양 세포 사살의 지표이다.
실시예 1: 기능적 결합력
확인된 15개의 CT45-IP 특이적 TCR은 모두 도 1에 표시되는 절반 최대 사살 용량 EC50으로 표현되는 펩티드 적정 실험으로 측정한 높은 기능적 결합력을 나타낸다. 측정된 EC50 값의 범위는 0.15nM 내지 59.5nM이다. 특히 EC50 값은 7.78nM(TCR-1); 4.69nM(TCR-2); 1.02nM(TCR-3); 1.31nM(TCR-4); 1.32nM(TCR-5); 3.25nM(TCR-6); 0.48nM(TCR-7); 6.52nM(TCR-8); 0.15nM(TCR-9); 8.75nM(TCR-10); 59.50nM(TCR-11); 47.47nM(TCR-12); 11.38nM(TCR-13); 17.69nM(TCR-14); 18.60nM(TCR-15)이다.
실시예 2: 특이성과 TCR-모티프
본원에 기재된 TCR은 10개의 CT45-IP 서열 유사 펩티드(서열번호 146 내지 155)를 인식하는 능력을 시험함으로써 특이성 프로필에 대해 시험하였다. CT45-IP 및 CT45-IP 서열 유사 펩티드의 로딩은 10μM의 매우 높은 농도에서 발생하여 낮은 신호를 감지한다. TCR은 CT45-IP를 제외한 다른 펩티드에 대한 결합을 나타내지 않았다. 도 2에 도시된 바와 같이 펩티드 SP-05-0004(서열번호 149)에 대한 TCR-9 및 TCR-6에 대한 약한 결합 신호가 검출되었다. TCR 특성화에는 표 4에 나열된 바와 같이 CT45-IP 펩티드에 대한 TCR 결합 모티프의 결정도 포함되었다. 이 목적을 위해, CT45-IP 알라닌 교환 펩티드 변이체(서열번호 139 내지 145)를 모든 15개의 TCR을 사용한 공동-배양 실험에서 시험하였다. 알라닌 교환 펩티드는 각각의 TCR의 평균 EC50보다 10 내지 30배 높은 농도 범위에서 시험하였다. 해당되는 위치는 숫자(펩티드 내 아미노산의 위치를 의미함)로 표시하고, 관련되지 않은 위치는 하이픈으로 표시하며, 시험되지 않은 위치는 x로 표시하였다.
공통 모티브
ID 공통 모티브
TCR-1 1x34567-x
TCR-2 -x3(4)567-x
TCR-3 -x34567-x
TCR-4 -x34-678x
TCR-5 -x3--67(8)x
TCR-6 1x34-6--x
TCR-7 1x-4-67-x
TCR-8 -x---5-7-x
TCR-9 1x34567(8)x
TCR-10 -x--567-x
TCR-11 1x3456-8x
TCR-12 -x34-67-x
TCR-13 1x34-67-x
TCR-14 1x345---x
TCR-15 1x34567-x
실시예 3: CD4 기능성
CD4+ T 세포의 기능성에 대한 시험은 상기 기재된 대로 수행하였다. 시험된 15개의 TCR 중에서, 본 발명자들은 CD8+ T 세포뿐만 아니라 CD4+ T 세포에서도 기능성을 나타내는 TCR을 식별하였다(데이터는 나타내지 않음).
실시예 4: 표면 발현
본원에 기재된 TCR의 표면 발현은 CT45-IP-HLA-A2*02 덱스트라머 염색으로 측정되었으며 도 3에 도시되어 있다. TCR mRNA 전기천공 후 CD3+ T 세포에 대한 게이팅 후 표면 발현은 0.53%(TCR-11)에서 55.5%(TCR-5)까지의 양성 사건으로 다양하였다. 특히, 표면 발현은 8.9%(TCR-1); 39.1%(TCR-2); 27.2%(TCR-3); 39.1%(TCR-4); 61.1%(TCR-5); 2.9%(TCR-6); 53.3%(TCR-7); 60.7%(TCR-8); 44.0%(TCR-9); 52.8%(TCR-10); 6.6%(TCR-11); 20.1%(TCR-12); 53.1%(TCR-13); 11.6%(TCR-14); 22.6%(TCR-15)였다.
실시예 5: 종양 세포주에 대한 효능
2개의 종양 세포주로서, 세포당 약 30개의 카피를 갖는 A375와 CT45-IP의 세포당 약 150개의 카피를 갖는 NCIH1703을 TCR-9, TCR-7 또는 Mock-TCR을 발현하는 CD8+ T 세포와 함께 배양하였다(도 4). 2개의 세포주를 사살하는 TCR의 효능을 생존 세포 모니터링 실험에서 평가하였다. Mock-TCR은 종양 세포 증식을 크게 감소시키지 않는 반면, 2 미만의 정규화된 적색 개체 카운트에 의해 측정되는 바와 같이, 6:1(TCR-9) 또는 1.8:1(TCR-7)(NCIH1703 및 A375)의 E:T 비율에서 추가 펩티드 로딩 없이, 6:1(TCR-9) 또는 1.8:1(TCR-7)(NCIH1703 및 A375)의 E:T 비율로, 및 2:1(TCR-9) 또는 0.6:1(TCR-7) 및 0.6:1(TCR-9) 또는 0.2:1(TCR-7)(NICIH1703)의 E:T 비율로, TCR-9 및 TCR-7은 CT45-IP 펩티드가 로딩된 종양 세포주를 효율적으로 사살한다.
실시예 6: 안전 창(safety window)
공동-배양 검정은 각각 적정 시리즈의 펩티드 CT45-IP 및 SP-05-0004가 로딩된 T2 세포를 사용하여 수행하였다. 안전 창을 EC50 SP-05-0004를 EC50 CT45-IP로 나눈 값으로 측정하였다(데이터는 나타내지 않음).
실시예 7: CT45-IP 제시
CT45-IP 항원성 펩티드의 검출 빈도는 원발성 종양 샘플 및 배양된 종양 샘플에서 분석하였다. 결과의 요약을 표 5에 나타냈다. 표에서 0% 초과의 발현은 +로 표시되고, 10% 이상의 발현은 ++로 표시되며, 30% 이상의 발현은 +++로 표시된다. 발현이 검출된 종양 개체는 담관암(CCC), 간암(HCC), 피부암(MEL, 세포주 식별로 인함), 림프절암(NHL), 비소세포폐암(NSCLC), 난소암(OC), 식도암(OSCAR) 및 자궁암(UEC)이다.
표적 제시
실체 표적 검출 빈도(%)
CCC +
HCC +
MEL +++
NHL +
NSCLC +
OC ++
OSCAR ++
UEC +
실시예 8: 종양 세포에 대한 CT45-IP-특이적 TCR 및 CD8과 공동-형질도입된 CD4+ T 세포의 효능
CT45-IP를 나타내는 종양 세포를 CD4+ T 세포 또는 본원에 기재된 CT45-IP 특이적 TCR 및 CD8과 공동-형질도입된 CD3+ T 세포와 공동-배양하였다. T 세포의 사살 효능을 생존 세포 모니터링 실험에서 평가하였다. CT45-IP-특이적 TCR 및 CD8을 이용한 공동-형질도입 시, 2 미만의 정규화된 적색 개체 카운트로 측정된 종양 세포주의 효율적인 사살이 관찰되었다(데이터는 나타내지 않음).
항목
1. 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질로서, 이때 CT45 항원성 펩티드는 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질은 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 Va를 포함하는 제1 폴리펩티드, 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고, 이때
1) CDRa1은 서열번호 14의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 16의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 19의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 21의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
2) CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 133의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 75의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 136의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
3) CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 63의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 66의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 68의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
4) CDRa1은 서열번호 90의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 92의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 66의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 96의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
5) CDRa1은 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 8의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 10의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
6) CDRa1은 서열번호 53의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 55의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 58의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 60의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
7) CDRa1은 서열번호 71의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 72의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 75의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 77의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
8) CDRa1은 서열번호 99의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 101의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 75의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 104의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
9) CDRa1은 서열번호 80의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 82의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 85의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 87의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
10) CDRa1은 서열번호 107의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 109의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 112의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 114의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
11) CDRa1은 서열번호 125의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 127의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 112의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 130의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
12) CDRa1은 서열번호 117의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 119의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 58의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 122의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
13) CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 35의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 38의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 40의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
14) CDRa1은 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 26의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 29의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 31의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
15) CDRa1은 서열번호 43의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3은 서열번호 45의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1은 서열번호 48의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3은 서열번호 50의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고,
이때, 상기 항원 결합 단백질은 1, 2 또는 3개 이하의 아미노산 돌연변이를 갖는 상기 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및 CDRb3 서열을 포함하고, CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 각각은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있는, 항원 결합 단백질.
2. 항목 1의 항원 결합 단백질, 이때
1) CDRa2는 서열번호 15의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 20의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
2) CDRa2는 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 76의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
3) CDRa2는 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 67의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
4) CDRa2는 서열번호 91의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 95의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
5) CDRa2는 서열번호 3의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 9의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
6) CDRa2는 서열번호 54의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 59의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
7) CDRa2는 서열번호 15의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 76의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
8) CDRa2는 서열번호 100의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 76의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
9) CDRa2는 서열번호 81의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 86의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
10) CDRa2는 서열번호 108의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 113의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
11) CDRa2는 서열번호 126의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 113의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
12) CDRa2는 서열번호 118의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 59의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
13) CDRa2는 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 39의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
14) CDRa2는 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 30의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
15) CDRa2는 서열번호 44의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2는 서열번호 49의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고,
이때, 상기 항원 결합 단백질은 1개, 2개, 3개 또는 4개 이하의 아미노산 돌연변이를 갖는 상기 CDRa2 및 CDRb2 서열을 포함하고, CDRa2 및/또는 CDRb2 각각은 1개, 2개, 3개 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다.
3. 항목 1 또는 2의 항원 결합 단백질, 이때 상기 항원 결합 단백질은 CT45 항원성 펩티드와 MHC 단백질의 복합체에 특이적으로 결합한다.
4. 항목 1 내지 3 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때 MHC 단백질은 HLA 단백질, 더 특히 HLA-A, 보다 더 특히 HLA-A*02이다.
5. 항목 1 내지 4 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때 상기 항원 결합 단백질을 발현하는 T 세포에 의한 CT45-IP:MHC 복합체 제시 세포의 사살을 유도하기 위한 CT45-IP의 EC50은 약 60nM 미만, 약 50nM 미만, 약 30nM 미만, 약 25nM 미만, 약 20nM 미만, 약 15nM 미만, 약 10nM 미만, 약 5nM 미만, 약 2.5nM 미만, 약 1.5nM 미만 또는 약 1nM 미만이다.
6. 항목 1 내지 5의 항원 결합 단백질, 이때, 상기 항원 결합 단백질은 서열번호 138의 위치 3, 4, 5, 6 및 7로 이루어진 군으로부터 선택되는 2, 3 또는 4개의 아미노산 위치를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다.
7. 항목 1 내지 6 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때, 상기 항원 결합 단백질은 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010), 바람직하게는 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010), 보다 바람직하게는 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다.
8. 항목 1 내지 7 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때 제1 및 제2 폴리펩티드는 2개의 폴리펩티드 쇄에 포함되고, 바람직하게는 이때 VA는 제1 폴리펩티드 쇄에 포함되고 VB는 제2 폴리펩티드 쇄에 포함된다.
9. 항목 1 내지 7 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때, 상기 항원 결합 단백질은 단일 쇄 항원 결합 단백질, 바람직하게는 단일 쇄 TCR, 또는 단일 쇄 이중특이성 항원 결합 단백질, 바람직하게는 단일 쇄 이중특이성 TCR이다.
10. 항목 1 내지 9 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때, 상기 항원 결합 단백질은 1가 또는 다가, 예를 들어, 4가, 3가 또는 2가이다.
11. 항목 1 내지 10 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때, 상기 항원 결합 단백질은 단일특이성 또는 다중특이성, 예를 들어, 사중특이성, 삼중특이성 또는 이중특이성이다.
12. 항목 1 내지 11 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때, 상기 항원 결합 단백질은 가용성 단백질이다.
13. 항목 1 내지 12 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때, 상기 항원 결합 단백질은 TCR이다.
14. 항목 13의 항원 결합 단백질, 이때 TCR은 α/β TCR, γ/δ TCR, 단일 쇄 TCR, 막 결합 TCR, 가용성 TCR, 1가, 2가 또는 다가 TCR, 단일특이성, 이중특이성 또는 다중특이성 TCR, TCR의 기능적 단편, 및 TCR의 기능적 단편을 포함하는 융합 단백질 또는 키메라 단백질로 이루어진 군으로부터 선택된다.
15. 항목 13의 항원 결합 단백질, 이때 TCR은 α/β TCR 또는 γ/δ TCR, 바람직하게는 α/β TCR이다.
16. 하기 중 하나 이상을 추가롤 포함하는 항목 1 내지 15 중 어느 하나의 항원 결합 단백질:
(i) 하나 이상의 추가 항원 결합 부위;
(ii) 임의적으로 세포질 신호전달 영역을 포함하는 막횡단 도메인;
(iii) 진단제;
(iv) 치료제.
17. 항목 16의 항원 결합 단백질, 이때 하나 이상의 추가 항원 결합 부위는 바람직하게는 VL 및 VH를 포함하거나 이로 이루어진 항체-유래 항원 결합 부위를 포함한다.
18. 항목 1 내지 17 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때 VA는 서열번호 13, 132, 62, 89, 1, 52, 70, 98, 79, 106, 124, 116, 34, 23 및 42로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 서열번호 13, 132, 62, 89, 1, 52, 70, 98, 79, 106, 124, 116, 34, 23, 또는 42에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고 CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고; VB는 서열번호 18, 135, 65, 94, 7, 57, 74, 103, 84, 111, 129, 121, 37, 28 및 47로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 서열번호 18, 135, 65, 94, 7, 57, 74, 103, 84, 111, 129, 121, 37, 28 또는 47에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa1, CDRa2, CDRa3, CDRb1, CDRb2 및/또는 CDRb3 서열은 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이, 바람직하게는 아미노산 치환을 포함할 수 있다.
19. 항목 1 내지 18 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때 VA 및 VB는 TCR 가변 도메인, 바람직하게는 TCR 알파, 베타, 감마 또는 델타 가변 도메인이고, 보다 바람직하게는 VA는 TCR 알파 또는 감마, 바람직하게는 알파, 가변 도메인이고, VB는 TCR 베타 또는 델타, 바람직하게는 베타, 가변 도메인이다.
20. 불변 도메인을 추가로 포함하는 항목 1 내지 19 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때 상기 불변 도메인은 서열번호 5, 750, 751, 156, 11, 32 및 157, 바람직하게는 서열번호 5, 750, 751, 11 및 32로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 서열번호 5, 750, 751, 156, 11, 32 또는 157에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어진다.
21. 항목 1 내지 20 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때 제1 폴리펩티드는 TCR 알파 쇄이고 제2 폴리펩티드는 TCR 베타 쇄이거나, 제1 폴리펩티드는 TCR 감마 쇄이고 제2 폴리펩티드는 TCR 델타 쇄이고, 바람직하게는 제1 폴리펩티드는 TCR 알파 쇄이고 제2 폴리펩티드는 TCR 베타 쇄이다.
22. 항목 1 내지 21 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때 제1 폴리펩티드는 서열번호 17, 134, 64, 93, 6, 56, 73, 102, 83, 110, 128, 120, 36, 27, 46 및 158 내지 172, 바람직하게는 서열번호 17, 134, 64, 93, 6, 56, 73, 102, 83, 110, 128, 120, 36, 27 및 46으로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 서열번호 17, 134, 64, 93, 6, 56, 73, 102, 83, 110, 128, 120, 36, 27, 46 또는 158 내지 172에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, 제2 폴리펩티드는 서열번호 22, 137, 69, 97, 12, 61, 78, 105, 88, 115, 131, 123, 41, 33, 51 및 173 내지 187, 바람직하게는 서열번호 22, 137, 69, 97, 12, 61, 78, 105, 88, 115, 131, 123, 41, 33 및 51로 이루어진 군으로부터 선택되는 아미노산 서열, 또는 서열번호 22, 137, 69, 97, 12, 61, 78, 105, 88, 115, 131, 123, 41, 33, 51 또는 173 내지 187에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어진다.
23. 항목 1 내지 22 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때, 상기 항원 결합 단백질은 하기를 포함하거나 이로 이루어진 기능적 에피토프에 특이적으로 결합한다:
i. 서열번호 138의 아미노산 위치 1, 3 및 4, 바람직하게는 서열번호 138의 아미노산 위치 1, 3, 4 및 5, 또는 1, 3, 4 및 6 또는 1, 3, 4, 5 및 6 또는 1, 3, 4, 5, 6 및 7;
ii. 서열번호 138의 아미노산 위치 4, 6 및 7, 바람직하게는 서열번호 138의 아미노산 위치 1, 4, 6 및 7, 또는 3, 4, 6 및 7 또는 1, 3, 4, 6 및 7; 또는
iii. 서열번호 138의 아미노산 위치 5 및 7, 바람직하게는 서열번호 138의 아미노산 위치 5, 6 및 7, 또는 3, 4, 5, 6 및 7.
24. 항목 1 내지 23 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때, 상기 항원 결합 단백질은 하기로 이루어진 군의 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는다:
i. 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010); 또는
ii. 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010).
25. 항목 1 내지 24 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때, 상기 항원 결합 단백질은 적어도 5%, 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 또는 적어도 40%의 평균 발현을 갖는다.
26. 항목 1 내지 25 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때 VA는 TRAV14, 특히 TRAV14/DV4에 의해 인코딩되는 V 분절, 및 서열번호 24에 따른 CDRa1 및 서열번호 25에 따른 CDRa2를 포함한다.
27. 항목 1 내지 26 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때 VB는 하기를 포함한다:
i. TRBV13에 의해 인코딩되는 V 분절, 및 서열번호 75에 따른 CDRb1 및 서열번호 76에 따른 CDRb2;
ii. TRBV4-1에 의해 인코딩되는 V 영역, 및 서열번호 58에 따른 CDRb1 및 서열번호 59에 따른 CDRb2, 또는
iii. TRBV6-1에 의해 인코딩되는 V 영역, 및 서열번호 112에 따른 CDRb1 및 서열번호 113에 따른 CDRb2.
28. 항목 1 내지 27 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 이때, 상기 항원 결합 단백질은 하기를 활성화할 수 있다:
- CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포, 및/또는
- CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포,
이때, 항원 결합 단백질은 바람직하게는 TCR, 보다 바람직하게는 α/β TCR 또는 γ/δ TCR이다.
29. 항목 1 내지 28 중 어느 하나의 항원 결합 단백질을 인코딩하는 하나 이상의 서열을 포함하는 핵산.
30. 항목 29의 핵산을 포함하는 벡터 또는 벡터의 집합.
31. 항목 1 내지 28 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 항목 29의 핵산, 또는 항목 30의 벡터 또는 벡터의 집합을 포함하는 숙주 세포.
32. 항목 31의 숙주 세포, 이때 숙주 세포는 하기와 같다:
- 림프구, 바람직하게는 T 세포, T 세포 전구세포 또는 NK 세포, 보다 바람직하게는 CD4 또는 CD8 양성 T 세포; 또는
- 차이니즈 햄스터 난소(CHO) 세포 또는 효모 세포와 같은 재조합 발현을 위한 세포.
33. 항목 1 내지 28 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 항목 29의 핵산, 항목 30의 벡터 또는 벡터의 집합, 또는 항목 31 또는 32의 숙주 세포 및 임의적으로 약학적으로 허용되는 담체를 포함하는 약학 조성물.
34. 의학에 사용하기 위한 항목 1 내지 28 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 항목 29의 핵산, 항목 30의 벡터 또는 벡터의 집합, 항목 31 또는 32의 숙주 세포, 또는 항목 33의 약학 조성물.
35. 증식성 질환, 특히 암의 치료 및/또는 진단 방법에 사용하기 위한 항목 1 내지 28 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 항목 29의 핵산, 항목 30의 벡터 또는 벡터의 집합, 항목 31 또는 32의 숙주 세포, 또는 항목 33의 약학 조성물.
36. 치료 효과량의 항목 1 내지 28 중 어느 하나의 항원 결합 단백질, 항목 29의 핵산, 항목 30의 벡터 또는 벡터의 집합, 항목 31 또는 32의 숙주 세포, 또는 항목 33의 약학 조성물을 이를 필요로 하는 대상에게 투여하는 단계를 포함하는 증식성 질환, 특히 암의 치료 방법.
37. 항목 35 또는 36의 치료 방법에 사용하기 위한 항원 결합 단백질, 핵산, 벡터 또는 벡터의 집합, 숙주 세포 또는 약학 조성물, 이때 암은 CT45 발현 암이고, 보다 특히 폐암, NSCLC, 담낭암, 담관암, 림프절암, 난소암, 식도암, 간암, 자궁암 및 흑색종으로 이루어진 암의 군으로부터 선택된다.
38. 항목 35 또는 37의 치료 방법에 사용하기 위한 항원 결합 단백질, 핵산, 벡터 또는 벡터의 집합, 숙주 세포 또는 약학 조성물, 또는 항목 36 또는 37의 치료 방법, 이때 상기 치료 방법은 면역치료, 특히 입양 자가 또는 이종 T 세포 치료를 포함한다.
39. 항목 35, 37 및 38 중 어느 하나의 치료 방법에 사용하기 위한 항원 결합 단백질, 핵산, 벡터 또는 벡터의 집합, 숙주 세포 또는 약학 조성물, 또는 항목 36 내지 38 중 어느 하나의 치료 방법, 이때 항원 결합 단백질은 TCR이다.
40. 항목 35 및 37 내지 39 중 어느 하나의 치료 방법에 사용하기 위한 항원 결합 단백질, 핵산, 벡터 또는 벡터의 집합, 숙주 세포 또는 약학 조성물, 또는 항목 36 내지 39 중 어느 하나의 치료 방법, 이때 상기 항원 결합 단백질은 숙주 세포의 표면 상에 발현된다.
41. 항목 35 및 37 내지 40 중 어느 하나의 치료 방법에 사용하기 위한 항원 결합 단백질, 핵산, 벡터 또는 벡터의 집합, 숙주 세포 또는 약학 조성물, 또는 항목 36 내지 40 중 어느 하나의 치료 방법, 이때 상기 치료 방법은 항원 결합 단백질을 발현하는 숙주 세포를 투여하는 단계를 포함하고, 상기 숙주 세포는 T 세포, T 세포 전구세포 또는 NK 세포, 바람직하게는 T 세포이다.
42. 항목 40의 사용을 위한 항원 결합 단백질, 핵산, 벡터 또는 벡터의 집합, 숙주 세포 또는 약학 조성물, 또는 항목 40의 치료 방법, 이때 상기 숙주 세포는 바람직하게는 T 세포, T 세포 전구 세포 또는 NK 세포, 보다 바람직하게는 T 세포는 자가유래성(autologous)이다.
43. 항목 40의 사용을 위한 항원 결합 단백질, 핵산, 벡터 또는 벡터의 집합, 숙주 세포 또는 약학 조성물, 또는 항목 40의 치료 방법, 이때 상기 숙주 세포는 바람직하게는 T 세포, T 세포 전구세포 또는 NK 세포, 보다 바람직하게는 T 세포는 동종이계(allogenic)이다.
44. 항목 35 및 37 내지 43 중 어느 하나의 치료 방법에 사용하기 위한 항원 결합 단백질, 핵산, 벡터 또는 벡터의 집합, 숙주 세포 또는 약학 조성물, 또는 항목 36 내지 43 중 어느 하나의 치료 방법, 이때 항원 결합 단백질은 치료 활성제에 접합된다.
45. 항목 44의 사용을 위한 항원 결합 단백질, 핵산, 벡터 또는 벡터의 집합, 숙주 세포 또는 약학 조성물, 또는 항목 44의 치료 방법, 이때 치료 활성제는 방사성 핵종, 화학치료제 및 독소로 이루어진 군으로부터 선택된다.
46. 항목 35 및 37 내지 45 중 어느 하나의 치료 방법에 사용하기 위한 항원 결합 단백질, 핵산, 벡터 또는 벡터의 집합, 숙주 세포 또는 약학 조성물, 또는 항목 36 내지 45 중 어느 하나의 치료 방법, 이때 상기 치료 방법은 치료가 필요한 대상에게 1개 이상의 화학치료제를 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
47. 항목 35 및 37 내지 46 중 어느 하나의 치료 방법에 사용하기 위한 항원 결합 단백질, 핵산, 벡터 또는 벡터의 집합, 숙주 세포 또는 약학 조성물, 또는 항목 36 내지 46 중 어느 하나의 치료 방법, 이때 상기 치료 방법은 치료가 필요한 대상에게 방사선 치료를 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
48. 하기를 포함하는, 치료가 필요한 대상에서 암을 치료하는 방법:
a) 상기 대상으로부터 세포를 분리하는 단계;
b) 항목 1 내지 28 중 어느 하나의 항원 결합 단백질을 인코딩하는 벡터 또는 벡터의 집합으로 상기 세포를 형질전환시켜 형질전환된 세포를 생성하는 단계;
c) 상기 형질전환된 세포를 확장(expanding)시켜 다수의 형질전환된 세포를 생성하는 단계; 및
d) 상기 다수의 형질전환된 세포를 상기 대상에게 투여하는 단계.
49. 하기를 포함하는, 치료가 필요한 대상에서 암을 치료하는 방법:
a) 건강한 공여자로부터 세포를 단리하는 단계;
b) 항목 1 내지 28 중 어느 하나의 항원 결합 단백질을 인코딩하는 벡터 또는 벡터의 집합으로 상기 세포를 형질전환시켜 형질전환된 세포를 생성하는 단계;
c) 상기 형질전환된 세포를 확장시켜 다수의 형질전환된 세포를 생성하는 단계; 및
d) 상기 다수의 형질전환된 세포를 상기 대상에게 투여하는 단계.
50. 항목 48 또는 49의 방법, 이때 형질전환된 세포는 림프구, 바람직하게는 NK 세포, T 세포 또는 T 세포 전구세포, 보다 바람직하게는 T 세포이다.
51. 증식성 질환의 치료를 위한 약제의 제조를 위한 항목 1 내지 28 중 어느 하나의 항원 결합 단백질의 용도.
52. 하기를 포함하는, 생물학적 샘플에서 암, 특히 CT45를 발현하는 암을 검출하는 시험관내 방법:
a) 생물학적 샘플을 항목 1 내지 28 중 어느 하나의 항원 결합 단백질과 접촉시키는 단계, 및
b) 상기 생물학적 샘플에 대한 상기 항원 결합 단백질의 결합을 검출하는 단계.
53. 하기를 포함하는, 항목 1 내지 28 중 어느 하나에 따른 항원 결합 단백질을 제조하는 방법:
a) 숙주 세포를 제공하는 단계,
b) 항목 1 내지 28 중 어느 하나의 항원 결합 단백질을 인코딩하는 핵산을 포함하는 유전자 구축물을 제공하는 단계,
c) 상기 유전자 구축물을 상기 숙주 세포에 도입하는 단계, 및
d) 상기 숙주 세포에 의해 상기 유전자 구축물을 발현하는 단계.
54. 숙주 세포로부터 항원 결합 단백질을 단리 및 정제하고, 임의적으로 T 세포에서 항원 결합 단백질을 재구성하는 단계를 추가로 포함하는 항목 53의 방법.
55. 상기 항원 결합 단백질의 세포 표면 제시를 추가로 포함하는 항목 53 또는 54의 방법.
56. 항목 53 내지 55 중 어느 하나의 방법, 이때 유전자 구축물은 항원 결합 단백질을 인코딩하는 핵산에 작동가능하게 연결된 프로모터 서열을 포함하는 발현 구축물이다.
57. 항목 53 내지 56 중 어느 하나의 방법, 이때 유전자 구축물은 레트로바이러스 형질감염에 의해 숙주 세포 내로 도입된다.

Claims (15)

  1. 주조직 적합성 복합체(MHC) 단백질과 복합체인 CT45 항원성 펩티드에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질로서,
    CT45 항원성 펩티드가 서열번호 138의 아미노산 서열(KIFEMLEGV)을 포함하거나 이로 이루어지고, 항원 결합 단백질이 상보성 결정 영역(CDR) CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 가변 도메인 VA를 포함하는 제1 폴리펩티드 및 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 가변 도메인 VB를 포함하는 제2 폴리펩티드를 포함하고,
    1) CDRa1이 서열번호 14의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3이 서열번호 16의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1이 서열번호 19의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3이 서열번호 21의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    2) CDRa1이 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3이 서열번호 133의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1이 서열번호 75의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3이 서열번호 136의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    3) CDRa1이 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3이 서열번호 63의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1이 서열번호 66의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3이 서열번호 68의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    4) CDRa1이 서열번호 90의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3이 서열번호 92의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1이 서열번호 66의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3이 서열번호 96의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    5) CDRa1이 서열번호 2의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3이 서열번호 4의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1이 서열번호 8의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3이 서열번호 10의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    6) CDRa1이 서열번호 53의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3이 서열번호 55의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1이 서열번호 58의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3이 서열번호 60의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    7) CDRa1이 서열번호 71의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3이 서열번호 72의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1이 서열번호 75의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3이 서열번호 77의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    8) CDRa1이 서열번호 99의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3이 서열번호 101의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1이 서열번호 75의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3이 서열번호 104의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    9) CDRa1이 서열번호 80의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3이 서열번호 82의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1이 서열번호 85의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3이 서열번호 87의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    10) CDRa1이 서열번호 107의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3이 서열번호 109의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1이 서열번호 112의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3이 서열번호 114의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    11) CDRa1이 서열번호 125의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3이 서열번호 127의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1이 서열번호 112의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3이 서열번호 130의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    12) CDRa1이 서열번호 117의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3이 서열번호 119의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1이 서열번호 58의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3이 서열번호 122의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    13) CDRa1이 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3이 서열번호 35의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1이 서열번호 38의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3이 서열번호 40의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    14) CDRa1이 서열번호 24의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3이 서열번호 26의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1이 서열번호 29의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3이 서열번호 31의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    15) CDRa1이 서열번호 43의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRa3이 서열번호 45의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb1이 서열번호 48의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb3이 서열번호 50의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고,
    항원 결합 단백질이 1, 2 또는 3개 이하의 아미노산 돌연변이를 갖는 상기 CDRa1, CDRa3, CDRb1 및 CDRb3 서열을 포함하고, CDRa1, CDRa3, CDRb1 및/또는 CDRb3 각각이 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있는,
    항원 결합 단백질.
  2. 제1항에 있어서,
    1) CDRa2가 서열번호 15의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2가 서열번호 20의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    2) CDRa2가 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2가 서열번호 76의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    3) CDRa2가 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2가 서열번호 67의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    4) CDRa2가 서열번호 91의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2가 서열번호 95의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    5) CDRa2가 서열번호 3의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2가 서열번호 9의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    6) CDRa2가 서열번호 54의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2가 서열번호 59의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    7) CDRa2가 서열번호 15의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2가 서열번호 76의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    8) CDRa2가 서열번호 100의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2가 서열번호 76의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    9) CDRa2가 서열번호 81의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2가 서열번호 86의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    10) CDRa2가 서열번호 108의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2가 서열번호 113의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    11) CDRa2가 서열번호 126의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2가 서열번호 113의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    12) CDRa2가 서열번호 118의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2가 서열번호 59의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    13) CDRa2가 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2가 서열번호 39의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    14) CDRa2가 서열번호 25의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2가 서열번호 30의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나,
    15) CDRa2가 서열번호 44의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고, CDRb2가 서열번호 49의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고,
    항원 결합 단백질이 1, 2, 3 또는 4개 이하의 아미노산 돌연변이를 갖는 CDRa2 및 CDRb2 서열을 포함하고, CDRa2 및/또는 CDRb2 각각이 1, 2, 3 또는 4개의 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있는,
    항원 결합 단백질.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서,
    항원 결합 단백질이 T 세포 수용체(TCR)이고, 바람직하게는 TCR이 α/β TCR, γ/δ TCR, 단일 쇄 TCR, 막 결합 TCR, 가용성 TCR, 1가, 2가 또는 다가 TCR, 단일특이성, 이중특이성 또는 다중특이성 TCR, TCR의 기능적 단편, 및 TCR의 기능적 단편을 포함하는 융합 단백질 또는 키메라 단백질로 이루어진 군으로부터 선택되고, 보다 바람직하게는 TCR이 α/β TCR 또는 γ/δ TCR, 가장 바람직하게는 α/β TCR인, 항원 결합 단백질.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서,
    VA가 서열번호 13, 132, 62, 89, 1, 52, 70, 98, 79, 106, 124, 116, 34, 23 및 42로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 서열번호 13, 132, 62, 89, 1, 52, 70, 98, 79, 106, 124, 116, 34, 23 또는 42에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고 제1항 또는 제2항에 따른 CDRa1, CDRa2 및 CDRa3을 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고;
    VB가 서열번호 18, 135, 65, 94, 7, 57, 74, 103, 84, 111, 129, 121, 37, 28 및 47로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 서열번호 18, 135, 65, 94, 7, 57, 74, 103, 84, 111, 129, 121, 37, 28 또는 47에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖고 제1항 또는 제2항에 따른 CDRb1, CDRb2 및 CDRb3을 포함하는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고,
    CDRa1, CDRa2, CDRa3, CDRb1, CDRb2 및/또는 CDRb3 서열이 1, 2 또는 3개의 아미노산 돌연변이, 바람직하게는 아미노산 치환을 포함할 수 있는,
    항원 결합 단백질.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서,
    불변 도메인을 추가로 포함하는 항원 결합 단백질로서, 불변 도메인이 서열번호 5, 750, 751, 156, 11, 32 및 157로 이루어진 군, 바람직하게는 서열번호 5, 750, 751, 11 및 32로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 서열번호 5, 750, 751, 156, 11, 32 또는 157에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어진, 항원 결합 단백질.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서,
    제1 폴리펩티드가 서열번호 17, 134, 64, 93, 6, 56, 73, 102, 83, 110, 128, 120, 36, 27, 46 및 158 내지 172로 이루어진 군, 바람직하게는 서열번호 17, 134, 64, 93, 6, 56, 73, 102, 83, 110, 128, 120, 36, 27 및 46으로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 서열번호 17, 134, 64, 93, 6, 56, 73, 102, 83, 110, 128, 120, 36, 27, 46 또는 158 내지 172에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지고;
    제2 폴리펩티드가 서열번호 22, 137, 69, 97, 12, 61, 78, 105, 88, 115, 131, 123, 41, 33, 51 및 173 내지 187로 이루어진 군, 바람직하게는 서열번호 22, 137, 69, 97, 12, 61, 78, 105, 88, 115, 131, 123, 41, 33 및 51로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 서열번호 22, 137, 69, 97, 12, 61, 78, 105, 88, 115, 131, 123, 41, 33, 51 또는 173 내지 187에 대해 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% 또는 99%의 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어진,
    항원 결합 단백질.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서,
    서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 149(SP-05-0004), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군, 바람직하게는 서열번호 146(SP-05-0001), 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 148(SP-05-0003), 서열번호 150(SP-05-0005), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007), 서열번호 153(SP-05-0008), 서열번호 154(SP-05-0009) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군, 보다 바람직하게는 서열번호 147(SP-05-0002), 서열번호 151(SP-05-0006), 서열번호 152(SP-05-0007) 및 서열번호 155(SP-05-0010)로 이루어진 군으로부터 선택된 1개 이상, 2개 이상, 3개 이상, 4개 이상, 5개 이상 또는 모든 유사한 펩티드에 유의하게 결합하지 않는, 항원 결합 단백질.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서,
    CD4+ T 세포, 특히 CD4+ CD8- T 세포, 및/또는
    CD8+ T 세포, 특히 CD8+ CD4- T 세포
    를 활성화할 수 있고;
    바람직하게는 TCR, 보다 바람직하게는 α/β TCR 또는 γ/δ TCR인,
    항원 결합 단백질.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 따른 항원 결합 단백질을 인코딩하는 서열을 포함하는 핵산.
  10. 제8항에 따른 핵산을 포함하는 벡터.
  11. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 따른 항원 결합 단백질, 제9항에 따른 핵산, 또는 제10항에 따른 벡터를 포함하는 숙주 세포.
  12. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 따른 항원 결합 단백질, 제9항에 따른 핵산, 제10항에 따른 벡터, 또는 제11항에 따른 숙주 세포, 및 임의적으로 약학적으로 허용되는 담체를 포함하는 약학 조성물.
  13. 의학, 바람직하게는 증식성 질환, 특히 암의 치료 및/또는 진단 방법에 사용하기 위한 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 따른 항원 결합 단백질, 제9항에 따른 핵산, 제10항에 따른 벡터, 제11항에 따른 숙주 세포, 또는 제12항에 따른 약학 조성물.
  14. a) 생물학적 샘플을 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 따른 항원 결합 단백질과 접촉시키는 단계, 및
    b) 상기 생물학적 샘플에 대한 상기 항원 결합 단백질의 결합을 검출하는 단계
    를 포함하는, 생물학적 샘플에서 암, 특히 CT45를 발현하는 암을 검출하는 시험관내 방법.
  15. a) 숙주 세포를 제공하는 단계,
    b) 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 따른 항원 결합 단백질을 인코딩하는 핵산을 포함하는 유전자 구축물을 제공하는 단계,
    c) 상기 유전자 구축물을 상기 숙주 세포에 도입하는 단계, 및
    d) 상기 숙주 세포에 의해 상기 유전자 구축물을 발현하는 단계
    를 포함하는, 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 따른 항원 결합 단백질을 제조하는 방법.
KR1020247005786A 2021-07-27 2022-07-27 Ct45에 특이적으로 결합하는 항원 결합 단백질 KR20240038028A (ko)

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