KR20230173164A - 변형된 포유류 세포 - Google Patents
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Abstract
본원 발명은 일정한 포유류 세포 내인성 생성물(예를 들면, 숙주 세포 단백질 및 바이러스 유사 입자)의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형되는 포유류 세포(예를 들면, 중국 햄스터 난소(CHO) 세포), 그리고 관심되는 재조합 생성물, 예를 들면, 재조합 단백질, 재조합 바이러스 입자, 또는 재조합 바이러스 벡터의 생산에 이런 세포를 이용하는 방법에 관계한다. 이들 변형은 생물제조 동안 세포 배양 성과 개선(예를 들면, 더 높은 생존력 및 생성물 역가), 생성물 품질 개선(예를 들면, 더 일관되고 우호적인 글리코실화; 더 안정된 약품), 그리고 문제 되는 또는 바람직하지 않은 내인성 숙주 세포 생성물(예를 들면, 가수분해 숙주 세포 단백질 및 바이러스 유사 입자)을 제거하기 위한 정제 시 부담 감소를 포함한, 여러 핵심 분야에서 원하는 형질을 갖는 조작된 포유류 숙주 세포를 생성하기 위해 특이적으로 선택된다.
Description
관련된 출원에 대한 교차 참조
본 출원은 2021년 4월19일에 제출된 미국 가출원 번호 63/176,846, 2021년 7월 9일에 제출된 미국 가출원 번호 63/220,124, 2021년 7월 9일에 제출된 미국 가출원 번호 63/220,181에 우선권을 주장하고, 이들 각각의 내용은 온전히 참조로서 편입되고 이들 각각에 대해 우선권이 청구된다.
1. 발명의 분야
본원 발명은 일정한 포유류 세포 내인성 생성물 (예를 들면, 숙주 세포 단백질 및 바이러스 유사 입자)의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형되는 포유류 세포 (예를 들면, 중국 햄스터 난소 (CHO) 세포), 그리고 관심되는 재조합 생성물 (예를 들면, 재조합 단백질, 재조합 바이러스 입자, 또는 재조합 바이러스 벡터)의 생산에 이런 세포를 이용하는 방법에 관계한다. 이들 변형은 생물제조 동안 세포 배양 성과 개선 (예를 들면, 더 높은 생존력 및 생성물 역가), 생성물 품질 개선 (예를 들면, 더 일관되고 우호적인 글리코실화; 더 안정된 약품), 그리고 문제 되는 또는 바람직하지 않은 내인성 숙주 세포 생성물 (예를 들면, 가수분해 숙주 세포 단백질 및 바이러스 유사 입자)을 제거하기 위한 정제 시 부담 감소를 포함한, 여러 핵심 분야에서 원하는 형질을 갖는 조작된 포유류 숙주 세포를 생성하기 위해 특이적으로 선택된다.
2. 배경
세포생물학 및 면역학에서 급속한 진전으로 인해, 암, 심혈관 질환 및 대사 질환을 포함한 다양한 질환에 대한 신규한 치료적 재조합 단백질의 개발에 대한 요구가 증가하고 있다. 이들 생물약제학적 후보는 통상적으로 관심되는 생성물을 발현할 수 있는 상업적인 세포주에 의해 제조된다. 예를 들어, 중국 햄스터 난소 (CHO) 세포가 단일클론 항체를 생산하는 데 폭넓게 적용되었다.
포유류 세포에 의한 일정한 단백질 (예를 들면, 아폽토시스를 증진하여 배양 생존력 및 생산성을 감소시키는 단백질)의 발현은 세포 배양 성과에 유해하다. 인간에서 전형적으로 발현되지 않는 일정한 글리코실화 효소가 비인간 포유류 세포에서는 발현될 수 있다; 이런 이유로, 이런 비인간 포유류 세포의 이용은 재조합 생성물에서 비인간 글리코실화 패턴을 유발할 수 있다. 게다가, CHO 세포를 포함한 포유류 세포는 세포 성장, 생존, 및/또는 생산성에 필수적이지 않은 많은 단백질을 발현한다. 하지만, 이들 포유류 세포 단백질의 발현은 상당한 세포 에너지 및 DNA/단백질 구성 요소를 소비한다. 이런 단백질의 발현을 감소시키거나 제거함으로써, 세포 성장이 더 효율적이도록 만들어질 수 있다. 이에 더하여, 세포가 관심되는 재조합 생성물 (예를 들면, 재조합 단백질)의 생산에 이용되는 맥락에서, 이들 내인성 단백질 중에서 일부는 관심되는 재조합 생성물과 동시 정제되어, 추가의 정제 과정 개선과 연관된 비용 증가 및/또는 결과 생성물의 저장 수명 감소를 야기할 수 있다. 예를 들어, 관심되는 생성물과 동시 정제되는 일정한 잔류 포유류 세포 단백질은 최종 약품에서 계면활성제로서 이용되는 폴리소르베이트를 분해하고 입자 형성을 야기할 수 있다 (Dixit et al., J Pharm Sci, 2016, Volume 105, Issue 5, Pages 1657-1666). 유사하게, 포유류 세포에 의한 내인성 레트로바이러스 유사 입자 (RVLP)의 발현은 바람직하지 않고, 그리고 생물치료제 제조 공정에서 RVLP의 적절한 제거를 입증하기 위한 하류 가공에 상당한 부담이 가해진다.
따라서, 관심되는 재조합 생성물 (예를 들면, 재조합 단백질, 재조합 바이러스 입자, 또는 재조합 바이러스 벡터)을 생산하기 위한 더 효율적인 방법, 포유류 세포 및 조성물이 당해 분야에서 요구되는데, 여기서 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 변형된 포유류 세포는 포유류 세포 생존력, 발현 및 생성물 품질과 관련하여 개선된 속성을 나타낼 뿐만 아니라 관심되는 생성물의 하류 정제를 용이하게 한다. 이런 개선된 포유류 세포는 포유류 숙주 세포의 유전체에 신중하게 선택된 변형 (즉, 세포주 조작)을 적용함으로써 달성될 수 있다.
3. 요약
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 변형된 포유류 세포에 관계하는데, 여기서 상기 세포는 변형되지 않은 세포에서 내인성 생성물의 발현에 비하여 하나 이상의 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형되고, 여기서 하나 이상의 내인성 생성물은 세포 배양 동안 변형된 세포의 아폽토시스를 증진하고/하거나; 세포 배양 동안 변형된 세포의 응괴 및/또는 응집을 증진하고/하거나; 세포 배양 동안 변형된 세포의 성장, 생존 및/또는 생산성에 필수적이지 않고/않거나; 세포 배양 동안 변형된 세포에 의해 생산된 재조합 단백질 생성물에서 비인간 글리코실화 패턴을 증진하고/하거나; 세포 배양 동안 변형된 세포에 의해 생산된 관심되는 생성물과 동시 정제될 수 있고/있거나; 및/또는 생성물 품질 및/또는 안전성 이유로 정제에 의한 제거를 필요로 한다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 변형된 포유류 세포에 관계하는데, 여기서 상기 세포는 변형되지 않은 세포에서 내인성 생성물의 발현에 비하여 하나 이상의 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형되고, 여기서 하나 이상의 내인성 생성물은 내인성 바이러스 유사 입자 예컨대 예를 들면, RVLP 무리 항원 (GAG) 발현의 감소 또는 제거를 통한 레트로바이러스 유사 입자 (RVLP), 및/또는 BCL2 관련 X, 아폽토시스 조절인자 (BAX); BCL2 길항제/킬러 1 (BAK); 세포간 부착 분자 1 (ICAM-1); 단백질 키나아제 R 유사 ER 키나아제 (PERK); 시르투인 1 (SIRT-1); MYC 원종양유전자, BHLH 전사 인자 (MYC); 당단백질 알파-갈락토실트랜스퍼라제 1 (GGTA1); 시티딘 일인산염-N-아세틸뉴라민산 수산화효소 (CMAH); 지질단백질 리파아제 (LPL); 포스포리파아제 A2 군 XV (LPLA2); 팔미토일-단백질 티오에스테라아제 1 (PPT1); 분지쇄 케토산 탈수소효소 E1 알파 아단위 (BCKDHA); 분지쇄 케토산 탈수소효소 E1 베타 아단위 (BCKDHB); 및 리파아제 A (리소좀 산성 리파아제/콜레스테릴 에스테르 가수분해효소, 리파아제) (LIPA)로 구성되는 내인성 단백질 군 중 하나 이상에서 선택된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 변형된 세포에 관계하는데, 여기서 RVLP의 발현이 예를 들면, RVLP 무리 항원 (GAG) 발현의 감소 또는 제거를 통해 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 변형된 세포에 관계하는데, 여기서:
a) BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
b) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
c) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
d) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
e) BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
f) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
g) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
h) BAX; BAK; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
i) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
j) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
k) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
l) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
m) BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
n) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
o) BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
p) BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
q) BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
r) BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
s) BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
t) BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
u) BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
v) BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
w) BAX; BAK; ICAM-1; 및 SIRT-1;
x) BAX; BAK; 및 ICAM-1;
y) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
z) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
aa) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
bb) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
cc) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
dd) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ee) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ff) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
gg) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
hh) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ii) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
jj) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
kk) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
ll) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
mm) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nn) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
oo) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
pp) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
qq) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rr) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ss) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
tt) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
uu) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; 및 SIRT-1;
vv) BAX; BAK; BCKDHA; 및 ICAM-1;
ww) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xx) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
yy) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
zz) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaa) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbb) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ccc) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ddd) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eee) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
fff) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ggg) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
hhh) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
iii) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
jjj) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
kkk) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
lll) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmm) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nnn) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
ooo) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ppp) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqq) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rrr) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
sss) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1;
ttt) BAX; BAK; BCKDHB; 및 ICAM-1;
uuu) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
vvv) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
www) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xxx) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
yyy) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
zzz) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaaa) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbbb) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
cccc) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
dddd) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eeee) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ffff) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
gggg) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
hhhh) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
iiii) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
jjjj) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
kkkk) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
llll) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmmm) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
nnnn) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
oooo) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
pppp) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqqq) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1; 또는
rrrr) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; 및 ICAM-1의 발현이
감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 변형된 세포에 관계하는데, 여기서:
a) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
b) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
c) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
d) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
e) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
f) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
g) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
h) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
i) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
j) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
k) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
l) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
m) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
n) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
o) GAG; BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
p) GAG; BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
q) GAG; BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
r) GAG; BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
s) GAG; BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
t) GAG; BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
u) GAG; BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
v) GAG; BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
w) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; 및 SIRT-1;
x) GAG; BAX; BAK; 및 ICAM-1;
y) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
z) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
aa) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
bb) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
cc) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
dd) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ee) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ff) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
gg) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
hh) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ii) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
jj) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
kk) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
ll) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
mm) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nn) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
oo) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
pp) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
qq) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rr) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ss) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
tt) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
uu) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; 및 SIRT-1;
vv) BAX; BAK; BCKDHA; 및 ICAM-1;
ww) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xx) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
yy) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
zz) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaa) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbb) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ccc) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ddd) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eee) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
fff) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ggg) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
hhh) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
iii) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
jjj) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
kkk) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
lll) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmm) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nnn) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
ooo) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ppp) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqq) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rrr) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
sss) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1;
ttt) BAX; BAK; BCKDHB; 및 ICAM-1;
uuu) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
vvv) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
www) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xxx) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
yyy) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
zzz) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaaa) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbbb) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
cccc) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
dddd) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eeee) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ffff) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
gggg) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
hhhh) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
iiii) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
jjjj) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
kkkk) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
llll) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmmm) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
nnnn) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
oooo) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
pppp) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqqq) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1; 또는
rrrr) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; 및 ICAM-1의 발현이
감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 전술된 변형된 세포에 관계하는데, 여기서 하나 이상의 내인성 생성물은 발현이 검출되지 않는다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 전술된 변형된 세포에 관계하는데, 여기서 변형된 세포는 관심되는 재조합 생성물을 발현하도록 형질감염된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명은 전술된 변형된 세포에 관계하는데, 여기서 관심되는 재조합 생성물은 재조합 바이러스 벡터를 포함한다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명은 전술된 변형된 세포에 관계하는데, 여기서 관심되는 재조합 생성물은 재조합 바이러스 입자를 포함한다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명은 전술된 변형된 세포에 관계하는데, 여기서 관심되는 재조합 생성물은 재조합 단백질을 포함한다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명은 전술된 변형된 세포에 관계하는데, 여기서 재조합 단백질은 항체 또는 이의 항원 결합 단편이다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명은 전술된 변형된 세포에 관계하는데, 여기서 항체는 다중특이적 항체 또는 이의 항원 결합 단편이다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명은 전술된 변형된 세포에 관계하는데, 여기서 항체는 단일 중쇄 서열 및 단일 경쇄 서열 또는 이들의 항원 결합 단편으로 구성된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명은 전술된 변형된 세포에 관계하는데, 여기서 항체는 키메라 항체, 인간 항체 또는 인간화 항체이다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명은 전술된 변형된 세포에 관계하는데, 여기서 항체는 단일클론 항체이다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명은 전술된 변형된 세포에 관계하는데, 여기서 외인성 핵산 서열이 하나 이상의 표적화된 위치에서 포유류 세포의 세포 유전체에 통합된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 전술된 변형된 세포에 관계하는데, 여기서 변형된 세포는 검출 가능한 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; BCKDHA; BCKDHB; LPL; 및/또는 LIPA를 발현하지 않는다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명은 전술된 변형된 세포에 관계하는데, 여기서 변형된 세포는 감소된 수준의 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; BCKDHA; BCKDHB; LPL; 및/또는 LIPA를 발현할 수 있다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 전술된 변형된 세포에 관계하는데, 여기서 변형된 세포는 변형된 포유류 세포이다. 일정한 실시형태에서, 변형된 세포는 변형된 CHO 세포이다. 다른 실시형태에서, 변형된 세포는 변형된 HEK 293, HEK-293T, BHK, A549 또는 HeLa 세포이다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 전술된 변형된 세포를 포함하는 조성물에 관계한다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 관심되는 재조합 생성물을 생산하는 방법에 관계하는데, 상기 방법은 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 변형된 포유류 세포를 배양하는 단계를 포함하되, 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 변형된 세포는 아래의 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; LPL; 및/또는 LIPA 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 포유류 세포의 모집단을 배양하는 방법에 관계하는데, 여기서 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 변형된 세포는 아래의 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; BCKDHA; BCKDHB; LPL; 및/또는 LIPA 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 변형된 포유류 세포의 모집단을 배양하는 방법 또는 관심되는 재조합 생성물을 생산하는 방법에 관계하는데, 상기 방법은 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 포유류 세포의 모집단을 배양하는 단계를 포함하되, 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 변형된 세포는
a) BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
b) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
c) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
d) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
e) BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
f) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
g) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
h) BAX; BAK; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
i) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
j) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
k) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
l) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
m) BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
n) BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
o) BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
p) BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
q) BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
r) BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
s) BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
t) BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
u) BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
v) BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
w) BAX; BAK; ICAM-1; 및 SIRT-1;
x) BAX; BAK; 및 ICAM-1;
y) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
z) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
aa) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
bb) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
cc) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
dd) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ee) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ff) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
gg) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
hh) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ii) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
jj) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
kk) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
ll) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
mm) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nn) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
oo) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
pp) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
qq) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rr) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ss) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
tt) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
uu) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; 및 SIRT-1;
vv) BAX; BAK; BCKDHA; 및 ICAM-1;
ww) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xx) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
yy) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
zz) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaa) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbb) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ccc) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ddd) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eee) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
fff) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ggg) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
hhh) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
iii) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
jjj) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
kkk) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
lll) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmm) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nnn) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
ooo) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ppp) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqq) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rrr) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
sss) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1;
ttt) BAX; BAK; BCKDHB; 및 ICAM-1;
uuu) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
vvv) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
www) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xxx) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
yyy) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
zzz) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaaa) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbbb) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
cccc) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
dddd) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eeee) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ffff) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
gggg) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
hhhh) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
iiii) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
jjjj) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
kkkk) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
llll) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmmm) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
nnnn) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
oooo) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
pppp) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqqq) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1; 또는
rrrr) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; 및 ICAM-1의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 변형된 포유류 세포의 모집단을 배양하는 방법 또는 관심되는 재조합 생성물을 생산하는 방법에 관계하는데, 상기 방법은 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 포유류 세포의 모집단을 배양하는 단계를 포함하되, 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 변형된 세포는:
a) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
b) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
c) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
d) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
e) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
f) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
g) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
h) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
i) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
j) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
k) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
l) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
m) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
n) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
o) BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
p) BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
q) BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
r) BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
s) GAG; BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
t) GAG; BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
u) GAG; BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
v) GAG; BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
w) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; 및 SIRT-1;
x) GAG; BAX; BAK; 및 ICAM-1
y) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
z) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
aa) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
bb) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
cc) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
dd) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ee) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ff) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
gg) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
hh) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ii) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
jj) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
kk) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
ll) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
mm) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nn) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
oo) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
pp) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
qq) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rr) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ss) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
tt) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
uu) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; 및 SIRT-1;
vv) BAX; BAK; BCKDHA; 및 ICAM-1;
ww) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xx) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
yy) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
zz) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaa) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbb) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ccc) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ddd) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eee) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
fff) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ggg) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
hhh) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
iii) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
jjj) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
kkk) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
lll) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmm) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nnn) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
ooo) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ppp) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqq) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rrr) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
sss) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1;
ttt) BAX; BAK; BCKDHB; 및 ICAM-1;
uuu) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
vvv) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
www) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xxx) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
yyy) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
zzz) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaaa) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbbb) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
cccc) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
dddd) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eeee) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ffff) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
gggg) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
hhhh) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
iiii) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
jjjj) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
kkkk) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
llll) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmmm) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
nnnn) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
oooo) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
pppp) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqqq) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1; 또는
rrrr) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; 및 ICAM-1의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 변형된 포유류 세포의 모집단을 배양하거나 관심되는 재조합 생성물을 생산하기 위한 전술된 방법에 관계하는데, 상기 방법은 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 포유류 세포의 모집단을 배양하는 단계를 포함하되, 관심되는 재조합 생성물은 핵산 서열에 의해 인코딩된다. 일정한 실시형태에서, 핵산 서열은 하나 이상의 표적화된 위치에서 변형된 세포의 세포 유전체에 통합된다. 일정한 실시형태에서, 변형된 세포에 의해 발현된 관심되는 재조합 생성물은 포유류 세포의 세포 유전체에 무작위로 통합되는 핵산 서열에 의해 인코딩된다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물은 재조합 바이러스 벡터를 포함한다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물은 재조합 바이러스 입자를 포함한다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물은 재조합 단백질을 포함한다. 일정한 실시형태에서, 재조합 단백질은 항체 또는 이의 항원 결합 단편이다. 일정한 실시형태에서, 항체는 다중특이적 항체 또는 이의 항원 결합 단편이다. 일정한 실시형태에서, 항체는 단일 중쇄 서열 및 단일 경쇄 서열 또는 이들의 항원 결합 단편으로 구성된다. 일정한 실시형태에서, 항체는 키메라 항체, 인간 항체 또는 인간화 항체이다. 일정한 실시형태에서, 항체는 단일클론 항체이다. 일정한 실시형태에서, 상기 방법은 관심되는 재조합 생성물을 정제하는, 관심되는 생성물을 수확하는, 및/또는 관심되는 생성물을 제제화하는 단계를 포함한다. 일정한 실시형태에서, 변형된 세포는 변형된 CHO 세포이다. 일정한 실시형태에서, 변형된 세포는 변형된 HEK 293, HEK 293T, BHK, A549, 또는 HeLa 세포이다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 요부는 본원에 설명된 바와 같은 변형된 포유류 세포를 포함하는 조성물에 관계한다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 요부는 관심되는 재조합 생성물을 생산하는 방법에 관계하는데, 상기 방법은 i) 본원에 설명된 바와 같은 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 외인성 핵산을 포함하는 변형된 포유류 세포를 배양하는 단계; ii) 관심되는 재조합 생성물을 배양 배지 또는 변형된 포유류 세포로부터 회수하는 단계를 포함하되, 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; BCKDHA; BCKDHB; LPL; 및/또는 LIPA 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 변형된 포유류 세포를 생산하기 위한 방법에 관계하는데, 상기 방법은 포유류 세포에서 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; BCKDHA; BCKDHB; LPL; 및 LIPA로 구성되는 유전자의 군에서 선택되는 적어도 하나의 내인성 유전자를 표적으로 하는 뉴클레아제 보조 및/또는 핵산을 적용하여 상기 내인성 유전자의 발현을 감소시키거나 제거하는 단계, 그리고 변형되지 않은 포유류 세포와 비교하여, 상기 내인성 유전자의 발현이 감소되거나 제거된 변형된 포유류 세포를 선택하는 단계를 포함한다. 일정한 실시형태에서, 뉴클레아제 보조 유전자 표적화 시스템은 CRISPR/Cas9, CRISPR/Cpf1, 아연 핑거 뉴클레아제, TALEN 또는 메가뉴클레아제로 구성된 군에서 선택된다.
일정한 실시형태에서, 본원에 설명된 변형된 포유류 세포에 변형은 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 외인성 핵산의 도입 전, 또는 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 외인성 핵산의 도입 후 수행된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 포유류 세포에서 유전자 발현의 감소는 RNA 침묵에 의해 매개된다. 일정한 실시형태에서, RNA 침묵은 siRNA 유전자 표적화 및 녹다운, shRNA 유전자 표적화 및 녹다운, 그리고 miRNA 유전자 표적화 및 녹다운으로 구성된 군에서 선택된다.
일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 변형된 세포는:
a) BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
b) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
c) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
d) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
e) BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
f) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
g) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
h) BAX; BAK; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
i) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
j) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
k) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
l) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
m) BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
n) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
o) BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
p) BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
q) BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
r) BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
s) BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
t) BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
u) BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
v) BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
w) BAX; BAK; ICAM-1; 및 SIRT-1;
x) BAX; BAK; 및 ICAM-1;
y) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
z) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
aa) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
bb) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
cc) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
dd) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ee) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ff) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
gg) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
hh) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ii) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
jj) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
kk) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
ll) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
mm) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nn) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
oo) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
pp) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
qq) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rr) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ss) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
tt) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
uu) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; 및 SIRT-1;
vv) BAX; BAK; BCKDHA; 및 ICAM-1;
ww) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xx) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
yy) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
zz) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaa) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbb) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ccc) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ddd) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eee) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
fff) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ggg) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
hhh) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
iii) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
jjj) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
kkk) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
lll) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmm) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nnn) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
ooo) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ppp) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqq) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rrr) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
sss) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1;
ttt) BAX; BAK; BCKDHB; 및 ICAM-1;
uuu) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
vvv) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
www) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xxx) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
yyy) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
zzz) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaaa) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbbb) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
cccc) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
dddd) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eeee) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ffff) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
gggg) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
hhhh) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
iiii) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
jjjj) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
kkkk) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
llll) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmmm) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
nnnn) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
oooo) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
pppp) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqqq) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1; 또는
rrrr) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; 및 ICAM-1의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 변형된 세포는:
a) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
b) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
c) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
d) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
e) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
f) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
g) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
h) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
i) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
j) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
k) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
l) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
m) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
n) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
o) GAG; BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
p) GAG; BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
q) GAG; BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
r) GAG; BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
s) GAG; BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
t) GAG; BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
u) GAG; BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
v) GAG; BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
w) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; 및 SIRT-1;
x) GAG; BAX; BAK; 및 ICAM-1;
y) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
z) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
aa) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
bb) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
cc) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
dd) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ee) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ff) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
gg) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
hh) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ii) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
jj) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
kk) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
ll) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
mm) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nn) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
oo) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
pp) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
qq) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rr) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ss) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
tt) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
uu) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; 및 SIRT-1;
vv) BAX; BAK; BCKDHA; 및 ICAM-1;
ww) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xx) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
yy) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
zz) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaa) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbb) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ccc) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ddd) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eee) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
fff) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ggg) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
hhh) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
iii) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
jjj) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
kkk) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
lll) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmm) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nnn) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
ooo) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ppp) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqq) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rrr) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
sss) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1;
ttt) BAX; BAK; BCKDHB; 및 ICAM-1;
uuu) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
vvv) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
www) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xxx) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
yyy) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
zzz) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaaa) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbbb) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
cccc) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
dddd) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eeee) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ffff) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
gggg) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
hhhh) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
iiii) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
jjjj) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
kkkk) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
llll) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmmm) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
nnnn) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
oooo) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
pppp) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqqq) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1; 또는
rrrr) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; 및 ICAM-1의 발현이 감소되거나 제거된다.
관심되는 재조합 생성물을 발현하기 위한 전술된 방법의 일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물은 핵산 서열에 의해 인코딩된다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 핵산 서열은 하나 이상의 표적화된 위치에서 변형된 세포의 세포 유전체에 통합된다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 핵산 서열은 포유류 세포의 세포 유전체에 무작위로 통합된다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 핵산 서열은 유전자전위효소 매개 유전자 통합 (예를 들면, Lonza의 GS piggyBac 유전자전위효소 시스템, ATUM의 Leap-In 유전자전위효소 시스템, 또는 후성적 표적화와 함께 Probiogen의 DirectedLuck 유전자전위효소를 이용)에 의하여 포유류 세포의 세포 유전체 내로 통합된다.
일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물은 바이러스 벡터를 포함한다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물은 바이러스 입자를 포함한다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물은 재조합 단백질을 포함한다. 일정한 실시형태에서, 재조합 단백질은 항체 또는 이의 항원 결합 단편이다. 일정한 실시형태에서, 항체는 다중특이적 항체 또는 이의 항원 결합 단편이다. 일정한 실시형태에서, 항체는 단일 중쇄 서열 및 단일 경쇄 서열 또는 이들의 항원 결합 단편으로 구성된다. 일정한 실시형태에서, 항체는 키메라 항체, 인간 항체 또는 인간화 항체이다. 일정한 실시형태에서, 항체는 단일클론 항체이다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 요부는 본원에 개시된 바와 같은 변형된 포유류 세포에 의해 발현된 관심되는 생성물을 정제하는, 관심되는 생성물을 수확하는, 및/또는 관심되는 생성물을 제제화하는 단계를 포함한다.
4. 도면의 간단한 설명
도 1. CRISPR/Cas9 다중 녹아웃 (KO) 방법은 고효율 녹아웃 (LC-MS/MS에 의해 확증됨)을 달성한다. 다중 유전자 편집 접근방식을 나타내는 계통도가 도해된다. 개별 gRNA가 먼저 각 녹아웃 표적에 대해 스크리닝되었다. 가장 강력한 gRNA는 Cas9 단백질로 다중화되고 세포의 고도로 편집된 풀을 생성하기 위해 세포 내로 순차적으로 형질감염되었다 (≥75% 인델 빈도). 모든 표적 유전자가 녹아웃된 클론의 확률을 결정하기 위해, 각 표적의 풀 단계에서 인델 퍼센트가 측정되었다. 단일 세포 클로닝 (SCC) 후, 모든 표적이 녹아웃된 것들을 확인하기 위해, 클론이 PCR 및 생어 염기서열분석을 통해 분석되고 스크리닝되었다. 상위 클론이 그들의 성장 프로필을 특징화하기 위해, 생산 배양을 개시하도록 선택되었다. 생산 배양의 종료 시점에, 수확된 세포 배양액 (HCCF)이 단백질 수준에서 녹아웃의 실증을 위한 LC-MS/MS를 위해 제출되었다. 상위 녹아웃 숙주가 세포 은행을 창출하기 위한 냉동보존을 위해 선택되었다.
도 2. 스크리닝 과정 및 녹아웃 효율을 검출하기 위한 인델 분석. 편집 효율을 결정하기 위해, 도 1에 도해된 작업 흐름으로부터 생성된 생어 트레이스가 ICE 소프트웨어 (Synthego)를 이용하여 분석되었다.
도 3. CRISPR/Cas9 다중 녹아웃 방법은 고효율 녹아웃을 달성한다. 10x 형질감염된 CHO 풀에서 각 유전자에 대한 KO 효율의 비교. 10x 형질감염된 풀은 2x KO 세포 (BAX/BAK 이중 KO 세포)를 형질감염시킴으로써 생성되었다. 10x KO 세포에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었다.
도 4. CRISPR/Cas9 다중 녹아웃 방법은 고효율 녹아웃을 달성한다. 6x KO CHO 숙주에서 각 유전자에 대한 KO 효율의 비교. ICE에 의해 표적화 풀에서 측정된 KO의 백분율. Bax와 Bak1 유전자에 대한 인델 백분율은 웨스턴 블롯 분석에 의해 100%인 것으로 결정되었다. 나머지 유전자의 인델 백분율은 유전체 DNA 염기서열분석에 의해 결정되었다. 6x KO 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, LPLA2 (PLA2G7로도 지칭됨), LPL (LPL1로도 지칭됨), CMAH, 및 GGTA1이었다.
도 5a-5f. mAb-M 및 mAb-N을 발현하는 6x 녹아웃 세포에 대한 핵심 치수 및 매개변수. 야생형 (WT) 대조 및 6x 녹아웃 (KO) CHO 세포가 mAb-M 및 mAb-N을 발현하는 벡터로 형질감염되었고, 회수된 풀이 2-L 생물반응기 용기에서 생산 실행을 설정하는 데 이용되었다. WT 및 6x KO CHO 풀의 2-L 생물반응기 배양물이 (5a) mAb 역가, (5b) 세포 특이적 생산성 (Qp), (5c) 통합 생존 세포 수 (IVCC), (5d) 생존 세포 수, 그리고 (5e) 생존력에 대해 분석되었다. WT 및 6x KO CHO 풀에 대한 2-L 생물반응기 배양물로부터 수확된 물질은 또한, 응집체 %, 전하 분포, 알파-Gal 및 NGNA (N-글리콜릴뉴라민산) 수준의 측면에서 (5f) 생성물 품질에 대해 분석되었다. WT CHO 대조는 유전자 녹아웃이 없는 부모 숙주이다. WT-N 생산 생물반응기 실행은 12일차에 생존력의 큰 감소로 인해 중지되었다. 6x CHO 풀에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, LPLA2 (LPA2G7로도 지칭됨), LPL, CMAH, 및 GGTA1이었다. NGNA 방법: N-글리콜릴뉴라민산 (NGNA) 함유 글리칸의 수준이 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피-질량 분석 (HILIC-MS)에 의해 결정되었다. 이 분석에서 글리칸은 PNGase F로 처리하여 단백질로부터 효소적으로 방출되었고, 이후 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피에 의해 분리되기 전 프로카인 기반 IPC 형광단 (InstantPC, Agilent Technologies)으로 형광 표지화되었다. 표지화된 글리칸의 상대적 정량화는 글리칸 형광 신호의 통합에 의해 달성되었으며, 분리된 글리칸의 식별은 질량 분석법에 의해 결정되었다. 알파-Gal 방법: 알파-Gal 함유 글리칸의 수준은 시알리다아제 처리된 글리칸의 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피-질량 분석 (HILIC-MS) 분석에 의해 결정되었다. 이 분석에서 글리칸은 시알산을 제거하기 위해 먼저 시알리다아제로 처리되었고, 이후 PNGase F 처리에 의해 단백질로부터 효소적으로 방출되었다. 차후에, 방출 글리칸은 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피에 의해 분리되기 전 프로카인 기반 IPC 형광단 (InstantPC, Agilent Technologies)으로 표지화되었다. 표지화된 글리칸의 상대적 정량화가 글리칸 형광 신호의 통합에 의해 달성되었고, 분리된 글리칸의 식별이 질량 분석법에 의해 결정되었다.
도 6. 3개의 6x KO 클론 CHO 숙주 각각에서 각 유전자에 대한 KO 효율의 비교. Bax와 Bak1 유전자에 대한 인델 백분율은 웨스턴 블롯 분석에 의해 결정되었다. 나머지 유전자의 인델 백분율은 유전체 DNA 염기서열분석에 의해 결정되었다. 6x KO 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, LPLA2 (PLA2G7로도 지칭됨), LPL, CMAH, 및 GGTA1이었다.
도 7a-7f. mAb-M을 발현하는 6x 녹아웃 클론 CHO 숙주에 대한 핵심 치수 및 매개변수. 야생형 (WT) 대조 및 6x KO 클론 CHO 숙주가 mAb-M을 발현하는 벡터로 형질감염되었고, 회수된 풀이 AMBR15 용기에서 생물반응기 생산 배양물을 설정하는 데 이용되었다. 생물반응기 배양물이 (7a) 역가, (7b) 특이적 생산성 (Qp), (7c) 통합 생존 세포 수 (IVCC), (7d) 생존 세포 수, 그리고 (7e) 생존력에 대해 분석되었다. WT 및 6x KO 세포에 대한 생물반응기 배양물로부터 수확된 물질은 또한, 응집체 % 및 전하 분포의 측면에서 (7f) 생성물 품질에 대해 분석되었다. 6x KO 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, LPLA2 (PLA2G7로도 지칭됨), LPL, CMAH, 및 GGTA1이었다.
도 8. mAb-N을 발현하는 6x 녹아웃 클론 CHO 숙주에 대한 핵심 치수 및 매개변수. 야생형 (WT) 대조 및 6x KO 클론 CHO 숙주가 mAb-N을 발현하는 벡터로 형질감염되었고, 회수된 풀이 AMBR15 용기에서 생물반응기 생산 배양물을 설정하는 데 이용되었다. WT 및 6x KO 생물반응기 배양물이 수확 시점에 역가, 특이적 생산성 (Qp), 생존력 %, 생존 세포 수 (VCC), 통합 생존 세포 수 (IVCC), 그리고 알파-Gal 및 NGNA (N-글리콜릴뉴라민산)에 대한 글리코형 수준에 대해 분석되었다. 6x KO 클론 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, LPLA2 (PLA2G7로도 지칭됨), LPL, CMAH, 및 GGTA이었다.
도 9. CRISPR/Cas9 다중 녹아웃 방법은 고효율 녹아웃을 달성한다. 9x 및 10x KO CHO 숙주에서 각 유전자에 대한 KO 효율의 비교. 9x KO 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었고; 10x KO 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었다. Bax와 Bak1 유전자에 대한 인델 백분율은 웨스턴 블롯 분석에 의해 결정되었다. 나머지 유전자의 인델 백분율은 유전체 DNA 염기서열분석에 의해 결정되었다. 9x KO CHO 숙주에 대한 3개의 다른 풀 및 10x KO CHO 숙주에 대한 2개의 다른 풀이 인델 백분율에 대해 평가되었다. 10x KO 숙주는 Myc를 KO 표적으로 이용한다는 점에서 9x KO 숙주와 상이하였다.
도 10a-10f. mAb-H를 발현하는 9x 및 10x CHO 숙주에 대한 핵심 치수 및 매개변수. mAb-H에 대한 9x 및 10x KO CHO 풀에 대한 역가 (10a), 특이적 생산성 (Qp) (10b), 통합 생존 세포 수 (IVCC) (10c), 0, 7, 10 및 12일차 생존 세포 수 (10d), 생존력 (10E), 그리고 응집체 % 및 전하 변이체를 측정하는 생성물 품질 분석 (10f). 9x KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었고; 10x KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었다. 야생형 (WT) CHO 풀은 유전자 녹아웃이 없는 부모 숙주이었다. 9x KO 숙주에 대한 3개의 상이한 풀 및 10x KO 숙주에 대한 2개의 상이한 풀이 유가식 생산 배양물에서 평가되었다.
도 11a-11e. mAb-I를 발현하는 9x 및 10x CHO 숙주에 대한 핵심 치수 및 매개변수. mAb-I를 발현하도록 형질감염된 야생형 (WT) 대조, 9x KO, 및 10x KO 숙주가 AMBR15 생물반응기에서 14 일 동안 배양되었다. CHO 배양물이 (11a) 역가, (11b) 특이적 생산성 (Qp), (11c) 통합 생존 세포 수 (IVCC), (11d) 생존력, 그리고 응집체 %, 전하 분포 및 알파-Gal 수준의 측면에서 (11e) 생성물 품질에 대해 분석되었다. 9x KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었고; 10x KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었다.
도 12. mAb-H를 발현하는 10x 녹아웃 CHO 클론에 대한 핵심 치수 및 매개변수. mAb-H를 발현하는 야생형 (WT) 및 10x KO 클론이 세포 배양 성과 및 생성물 품질에 대해 평가되었다. mAb-H를 발현하는 WT 및 10x KO CHO 풀이 단일 세포 클로닝되었고, 이후 각 부문으로부터 상위 mAb 발현 클론을 선택하기 위해 스크리닝되었다. 선택된 클론이 AMBR15 생산 생물반응기 배양물에서 14 일에 걸쳐 역가, 특이적 생산성 (Qp), 통합 생존 세포 수 (IVCC), 생존력 %, 전하 분포, 및 응집체 %에 대해 평가되었다. 10x KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었다.
도 13. CRISPR/Cas9 다중 녹아웃 방법은 고효율 녹아웃을 달성한다. 4개의 8x KO 클론 숙주 각각에서 각 유전자에 대한 KO 효율의 비교. Bax와 Bak1 유전자에 대한 인델 백분율은 웨스턴 블롯 분석에 의해 결정되었다. 나머지 유전자의 인델 백분율은 유전체 DNA 염기서열분석에 의해 결정되었다. 8x KO 클론 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, LPLA2 (PLA2G7로도 지칭됨), LPL, CMAH, GGTA1, BCKDHA 및 BCKDHB이었다.
도 14. mAb-N을 발현하는 8x 클론 CHO 숙주에 대한 핵심 치수 및 매개변수. mAb-N을 발현하는 야생형 (WT) 및 4개의 8x KO CHO 풀이 세포 배양 성과 및 생성물 품질에 대해 평가되었다. WT 및 8x KO 클론 CHO 숙주가 mAb-N을 발현하도록 형질감염되었고, 회수된 풀이 AMBR15 생산 생물반응기 배양물에서 14 일에 걸쳐 역가, 특이적 생산성 (Qp), 생존력, 생존 세포 수 (VCC), 및 통합 생존 세포 수 (IVCC)에 대해 평가되었다. 8x KO 클론 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, LPLA2 (PLA2G7로도 지칭됨), LPL, CMAH, GGTA1, BCKDHA 및 BCKDHB이었다.
도 15a-15b. mAb-O 및 mAb-P를 발현하는 Penta (5x), 9x 및 10x CHO 세포주에 대한 핵심 치수 및 매개변수. mAb-O 또는 mAb-P풀 발현하는 야생형 (WT) 및 Penta (5x), 9x, 10x KO 풀이 세포 배양 성과 및 생성물 품질 영향에 대해 평가되었다. WT 및 Penta (5x), 9x, 10x KO 숙주가 형질감염되었고, 회수된 풀이 AMBR250 생산 생물반응기 배양물에서 - 12 일에 걸쳐 평가되었다. Penta (5x) KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, 및 ICAM-1이었고; 9x KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었고; 10x KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었다. (15a) mAb-O (상부 패널) 및 mAb-P (하부 패널)에 대한 생존력 프로필이 생산 생물반응기 배양물에 대해 표시된다. (15b) 생물반응기 배양물이 12일차에 수확되었고, 배양 상층액이 친화성 크로마토그래피, 그 이후에 2번의 연마 크로마토그래피 단계를 통해 정제되었다. 그 결과로 생긴 정제된 물질 (3번의 크로마토그래피 작업 후)은 이후, HCP ELISA에 의해 숙주 세포 단백질 (HCP) 함량에 대해 분석되었다. 정제된 물질은 또한, 특이적 FAR (지방산 방출) 속도에 의해 표시된 바와 같은 폴리소르베이트 분해의 속도를 측정함으로써 그들의 폴리소르베이트-분해 잔류 효소 수준에 대해 분석되었다. 특이적 FAR 속도는 폴리소르베이트를 가수분해적으로 분해하는 정제된 물질 내에 효소 HCP의 잔류 수준을 표시한다. 더 높은 특이적 FAR 속도는 약품에서 폴리소르베이트 분해 및 연관된 유리 지방산 입자 형성의 위험이 더 높다는 것을 표시한다.
도 16a-16d. 4개의 상이한 CHO 세포주 (16a) 내지 (16d)의 형광 현장 혼성화 (FISH) 분석. 이들 세포주 중에서 2개는 CHO 숙주 세포주 (하나는 CHO-K1로부터 유래되고 하나는 표적화 통합 (TI) 세포주이다)이고, 그리고 이들 세포주 중 2개는 재조합 단일클론 항체를 생산하는 CHO 재조합 세포주 (TI 숙주의 형질감염으로 생성됨)이었다. 레트로바이러스 유사 입자 (RVLP)에 대한 프로브가 CHO 염색체에서 RVLP 신호를 탐색하는 데 이용되었다. 한 염색체에서 강한 RVLP 신호 (선이 있는 화살표로 표시됨) 및 다양한 다른 염색체에서 여러 약한 신호 (선이 없는 화살표로 표시됨)가 4개의 검사된 CHO 세포주 모두에서 관찰되었다.
도 17. 2개의 CHO 숙주 세포주의 RVLP DNA 사본수 분석. RVLP에 대해 특이적인 플라스미드가 표준으로 이용되었다 (1 uL의 DNA 표준은 1.8 x 108개 사본과 동등하였다). 이 플라스미드는 FISH 분석을 위해 RVLP 프로브와 동일한 서열을 이용하였다.
도 18. CHO 세포에서 RVLP 발현을 방해하기 위한 안내 RNA (gRNA) 작제물의 설계. RVLP의 기질 (gMax) 및 캡시드 (gCap)에 대한 상이한 안내 RNA가 기능적 GAG 단백질 생산을 제거하기 위한 목적으로 설계되었다.
도 19a-19g. PDGFRa는 UPR 활성화에 의해 하향조절된다. 도 19a 및 도 19b는 mAb1 발현 CHO 세포가 pH 7.07에서 성장될 때 PDGFRa 단백질 수준 및 mRNA 수준이 각각, 하향조절되었다는 것을 묘사한다. 도 19c는 화학적 UPR 유도제: 튜니카마이신 및 DTT로 처리된 2개의 mAb1 발현 숙주 세포주인 CHO DG44 및 CHO-K1의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 19d는 튜니카마이신 및 DTT로 처리된, 도 19c의 숙주 세포주 둘 모두에서 PDGFRa mRNA 수준의 qPCR 분석을 묘사한다. 도 19e는 UPR 경로 특이적 억제제의 존재 하에 UPR을 활성화하기 위해 튜니카마이신으로 처리된 mAb1 발현 CHO-K1 세포의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. XBP-1에 대한 RT-PCR 패널은 IRE1알파 RNA분해효소 활성화를 보여준다. 도 19f는 UPR 경로 특이적 억제제의 존재 하에 튜니카마이신으로 처리된 CHO-K1 세포에서 PDGFRa mRNA 수준의 qPCR 분석을 묘사한다. 도 19g는 튜니카마이신 및 PERK 억제제로 처리된 WT 및 PERK KO 빈 숙주 CHO-K1 (클론 9) 세포주의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다.
도 20a-20e. 도 20a는 상이한 UPR 경로 특이적 억제제의 존재 하에 UPR을 활성화하기 위해 탑시가르긴으로 처리된 mAb1 발현 CHO-K1 세포의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. XBP-1의 RT-PCR 패널은 IRE1알파 RNA분해효소 활성화를 보여준다. 도 20b는 상이한 UPR 경로 특이적 억제제의 존재 하에 UPR을 활성화하기 위해 튜니카마이신으로 처리된 빈 숙주 CHO-K1 세포의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 20c는 상이한 UPR 경로 특이적 억제제의 존재 하에 탑시가르긴으로 처리된 CHO-K1 세포에서 PDGFRa mRNA 수준의 qPCR 분석을 묘사한다. 도 20d는 루시페라아제에 대한 sgRNA를 대조로서 이용한, PERK 유전자에 대한 Cas9-sgRNA의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 20e는 Cas9를 이용하여 PERK를 녹아웃한 후, 빈 숙주 CHO-K1 단일 세포 클론의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 클론 9가 도 19g에서 이용되었다.
도 21a-21d. PDGFRa 신호전달은 세포 성장, 예를 들면, CHO 세포 성장에 중요하고, 성장 인자 신호전달은 PDGFRa 억제 후 온전하다. 도 21a는 단백질 합성, 세포 주기 진행 및 세포 증식의 상류에서 PDGFRa 및 인슐린 수용체 (IR) 신호전달의 계통도이다. 더 굵은 화살표는 개별 수용체에 의한 더 강한 활성화를 표시한다. 도 21b는 시드 트레인 배지에서 PDGFRa 억제제 및/또는 인슐린의 존재 또는 부재 하에 4일 후 빈 CHO-K1 숙주 세포 VCC 및 생존력 %을 묘사한다. 도 21c는 시드 트레인 배지에서 PDGFRa 억제제 및/또는 인슐린의 존재 또는 부재 하에 4 일 후 빈 숙주 CHO-K1 세포 (도 21b)의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 21d는 생산 동안 PDGFRa 억제제 및/또는 인슐린의 존재 하에 mAb2 발현 CHO-K1 세포의 12일차 상대적 IVCC, 생존력 %, 상대적 역가 및 상대적 Qp를 묘사한다.
도 22a-22d. 도 22a는 시드 트레인 배지에서 증가하는 PDGFRa 억제제 농도로 4 일 후 빈 숙주 CHO-K1 세포 생존 세포 수 (VCC) 및 생존력 %을 묘사한다. 도 22b는 시드 트레인 배지에서 증가하는 PDGFRa 억제제 농도로 4 일 후 빈 숙주 CHO-K1 세포의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 22c는 10 μM 농도의 PERK 억제제의 존재 또는 부재 하에 생산 동안 mAb2 발현 CHO-K1 세포의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 22d는 PERK 억제제의 존재 또는 부재 하에 mAb2 발현 CHO-K1 세포에 대한 생산 동안 UPR, CHOP 및 GADD34의 PERK 분지의 하류 표적의 qPCR 분석을 묘사한다.
도 23a-23c. PDGFRa 수준은 PERK KO 세포주에서 생산 동안 안정화된다. 도 23a는 CRISPR-Cas9를 이용하여 PERK를 녹아웃한 후, mAb2 발현 CHO-K1 단일 세포 클론의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 23b는 mAb2 발현 CHO-K1 PERK KO 세포의 14일차 상대적 IVCC, 생존력 %, 상대적 역가 및 상대적 Qp를 묘사한다. 도 23c는 mAb2 발현 CHO-K1 WT 및 PERK KO 세포에 대한 생산의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다.
도 24a-24e. PERK 및 Bax/Bak TKO는 생물공정 결과를 상승적으로 증가시킨다. 도 24a는 Cas9를 이용하여 PERK를 녹아웃한 후, 시드 트레인에서 mAb3 발현 CHO-K1 단일 세포 클론의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 상이한 생물공정: 희박 생산 배지, 농후 생산 배지 및 농후 생산 배지를 이용한 강화된 과정 전체에 대하여 다양한 mAb3 발현 CHO-K1 숙주의 전체 역가 (도 24b에 묘사됨) 및 상대적 Qp (도 24c에 묘사됨). 도 24d는 농후 생산 배지에서 다양한 mAb3 발현 CHO-K1 숙주의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 24e는 희박 생산 배지 및 농후 생산 배지에서 중쇄와 경쇄 mRNA 수준의 qPCR 분석을 묘사한다.
도 25a-25b. 도 25a는 상대적 역가, Qp 및 IVCC를 보여주는, Bax/Bak DKO 배경 또는 PERK/Bax/Bak TKO 배경 중 어느 하나에서 mAb3 발현 풀의 6-일 생성물에 대한 생물공정 결과를 묘사한다. 도 25b는 상대적 역가, Qp 및 IVCC를 보여주는, WT, PERK KO, Bax/Bak DKO 또는 PERK/Bax/Bak TKO 배경 중 어느 하나에서 Fab1 발현 풀의 14-일 생성물에 대한 생물공정 결과를 묘사한다.
도 26. 도 26은 상이한 숙주: (1) = BAX/BAK-녹아웃; (2) = ICAM-1-녹아웃; (3) = 대조, 녹아웃 없음; (4) = MYC-녹아웃; (5) = BAX/BAK/ICAM-1/MYC/SIRT-1-녹아웃 (Penta-KO); (6) = SIRT-1-녹아웃에서 mAb-Q의 시간 종속적 역가를 묘사한다.
도 27. 도 27은 상이한 숙주: (1) = BAX/BAK-녹아웃; (2) = ICAM-1-녹아웃; (3) = 대조, 녹아웃 없음; (4) = MYC-녹아웃; (5) = BAX/BAK/ICAM-1/MYC/SIRT-1-녹아웃 (Penta-KO); (6) = SIRT-1-녹아웃에서 mAb-R의 시간 종속적 역가를 묘사한다.
도 28. 도 28은 mAb-R을 발현하는 세포: (1) = 대조, 녹아웃 없음; (2) = MYC-녹아웃; (3) = BAX/BAK/ICAM-1/MYC/SIRT-1-녹아웃 (Penta-KO)에 대한 배양 시간 동안 평균 세포 직경의 증가를 묘사한다.
도 1. CRISPR/Cas9 다중 녹아웃 (KO) 방법은 고효율 녹아웃 (LC-MS/MS에 의해 확증됨)을 달성한다. 다중 유전자 편집 접근방식을 나타내는 계통도가 도해된다. 개별 gRNA가 먼저 각 녹아웃 표적에 대해 스크리닝되었다. 가장 강력한 gRNA는 Cas9 단백질로 다중화되고 세포의 고도로 편집된 풀을 생성하기 위해 세포 내로 순차적으로 형질감염되었다 (≥75% 인델 빈도). 모든 표적 유전자가 녹아웃된 클론의 확률을 결정하기 위해, 각 표적의 풀 단계에서 인델 퍼센트가 측정되었다. 단일 세포 클로닝 (SCC) 후, 모든 표적이 녹아웃된 것들을 확인하기 위해, 클론이 PCR 및 생어 염기서열분석을 통해 분석되고 스크리닝되었다. 상위 클론이 그들의 성장 프로필을 특징화하기 위해, 생산 배양을 개시하도록 선택되었다. 생산 배양의 종료 시점에, 수확된 세포 배양액 (HCCF)이 단백질 수준에서 녹아웃의 실증을 위한 LC-MS/MS를 위해 제출되었다. 상위 녹아웃 숙주가 세포 은행을 창출하기 위한 냉동보존을 위해 선택되었다.
도 2. 스크리닝 과정 및 녹아웃 효율을 검출하기 위한 인델 분석. 편집 효율을 결정하기 위해, 도 1에 도해된 작업 흐름으로부터 생성된 생어 트레이스가 ICE 소프트웨어 (Synthego)를 이용하여 분석되었다.
도 3. CRISPR/Cas9 다중 녹아웃 방법은 고효율 녹아웃을 달성한다. 10x 형질감염된 CHO 풀에서 각 유전자에 대한 KO 효율의 비교. 10x 형질감염된 풀은 2x KO 세포 (BAX/BAK 이중 KO 세포)를 형질감염시킴으로써 생성되었다. 10x KO 세포에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었다.
도 4. CRISPR/Cas9 다중 녹아웃 방법은 고효율 녹아웃을 달성한다. 6x KO CHO 숙주에서 각 유전자에 대한 KO 효율의 비교. ICE에 의해 표적화 풀에서 측정된 KO의 백분율. Bax와 Bak1 유전자에 대한 인델 백분율은 웨스턴 블롯 분석에 의해 100%인 것으로 결정되었다. 나머지 유전자의 인델 백분율은 유전체 DNA 염기서열분석에 의해 결정되었다. 6x KO 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, LPLA2 (PLA2G7로도 지칭됨), LPL (LPL1로도 지칭됨), CMAH, 및 GGTA1이었다.
도 5a-5f. mAb-M 및 mAb-N을 발현하는 6x 녹아웃 세포에 대한 핵심 치수 및 매개변수. 야생형 (WT) 대조 및 6x 녹아웃 (KO) CHO 세포가 mAb-M 및 mAb-N을 발현하는 벡터로 형질감염되었고, 회수된 풀이 2-L 생물반응기 용기에서 생산 실행을 설정하는 데 이용되었다. WT 및 6x KO CHO 풀의 2-L 생물반응기 배양물이 (5a) mAb 역가, (5b) 세포 특이적 생산성 (Qp), (5c) 통합 생존 세포 수 (IVCC), (5d) 생존 세포 수, 그리고 (5e) 생존력에 대해 분석되었다. WT 및 6x KO CHO 풀에 대한 2-L 생물반응기 배양물로부터 수확된 물질은 또한, 응집체 %, 전하 분포, 알파-Gal 및 NGNA (N-글리콜릴뉴라민산) 수준의 측면에서 (5f) 생성물 품질에 대해 분석되었다. WT CHO 대조는 유전자 녹아웃이 없는 부모 숙주이다. WT-N 생산 생물반응기 실행은 12일차에 생존력의 큰 감소로 인해 중지되었다. 6x CHO 풀에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, LPLA2 (LPA2G7로도 지칭됨), LPL, CMAH, 및 GGTA1이었다. NGNA 방법: N-글리콜릴뉴라민산 (NGNA) 함유 글리칸의 수준이 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피-질량 분석 (HILIC-MS)에 의해 결정되었다. 이 분석에서 글리칸은 PNGase F로 처리하여 단백질로부터 효소적으로 방출되었고, 이후 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피에 의해 분리되기 전 프로카인 기반 IPC 형광단 (InstantPC, Agilent Technologies)으로 형광 표지화되었다. 표지화된 글리칸의 상대적 정량화는 글리칸 형광 신호의 통합에 의해 달성되었으며, 분리된 글리칸의 식별은 질량 분석법에 의해 결정되었다. 알파-Gal 방법: 알파-Gal 함유 글리칸의 수준은 시알리다아제 처리된 글리칸의 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피-질량 분석 (HILIC-MS) 분석에 의해 결정되었다. 이 분석에서 글리칸은 시알산을 제거하기 위해 먼저 시알리다아제로 처리되었고, 이후 PNGase F 처리에 의해 단백질로부터 효소적으로 방출되었다. 차후에, 방출 글리칸은 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피에 의해 분리되기 전 프로카인 기반 IPC 형광단 (InstantPC, Agilent Technologies)으로 표지화되었다. 표지화된 글리칸의 상대적 정량화가 글리칸 형광 신호의 통합에 의해 달성되었고, 분리된 글리칸의 식별이 질량 분석법에 의해 결정되었다.
도 6. 3개의 6x KO 클론 CHO 숙주 각각에서 각 유전자에 대한 KO 효율의 비교. Bax와 Bak1 유전자에 대한 인델 백분율은 웨스턴 블롯 분석에 의해 결정되었다. 나머지 유전자의 인델 백분율은 유전체 DNA 염기서열분석에 의해 결정되었다. 6x KO 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, LPLA2 (PLA2G7로도 지칭됨), LPL, CMAH, 및 GGTA1이었다.
도 7a-7f. mAb-M을 발현하는 6x 녹아웃 클론 CHO 숙주에 대한 핵심 치수 및 매개변수. 야생형 (WT) 대조 및 6x KO 클론 CHO 숙주가 mAb-M을 발현하는 벡터로 형질감염되었고, 회수된 풀이 AMBR15 용기에서 생물반응기 생산 배양물을 설정하는 데 이용되었다. 생물반응기 배양물이 (7a) 역가, (7b) 특이적 생산성 (Qp), (7c) 통합 생존 세포 수 (IVCC), (7d) 생존 세포 수, 그리고 (7e) 생존력에 대해 분석되었다. WT 및 6x KO 세포에 대한 생물반응기 배양물로부터 수확된 물질은 또한, 응집체 % 및 전하 분포의 측면에서 (7f) 생성물 품질에 대해 분석되었다. 6x KO 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, LPLA2 (PLA2G7로도 지칭됨), LPL, CMAH, 및 GGTA1이었다.
도 8. mAb-N을 발현하는 6x 녹아웃 클론 CHO 숙주에 대한 핵심 치수 및 매개변수. 야생형 (WT) 대조 및 6x KO 클론 CHO 숙주가 mAb-N을 발현하는 벡터로 형질감염되었고, 회수된 풀이 AMBR15 용기에서 생물반응기 생산 배양물을 설정하는 데 이용되었다. WT 및 6x KO 생물반응기 배양물이 수확 시점에 역가, 특이적 생산성 (Qp), 생존력 %, 생존 세포 수 (VCC), 통합 생존 세포 수 (IVCC), 그리고 알파-Gal 및 NGNA (N-글리콜릴뉴라민산)에 대한 글리코형 수준에 대해 분석되었다. 6x KO 클론 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, LPLA2 (PLA2G7로도 지칭됨), LPL, CMAH, 및 GGTA이었다.
도 9. CRISPR/Cas9 다중 녹아웃 방법은 고효율 녹아웃을 달성한다. 9x 및 10x KO CHO 숙주에서 각 유전자에 대한 KO 효율의 비교. 9x KO 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었고; 10x KO 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었다. Bax와 Bak1 유전자에 대한 인델 백분율은 웨스턴 블롯 분석에 의해 결정되었다. 나머지 유전자의 인델 백분율은 유전체 DNA 염기서열분석에 의해 결정되었다. 9x KO CHO 숙주에 대한 3개의 다른 풀 및 10x KO CHO 숙주에 대한 2개의 다른 풀이 인델 백분율에 대해 평가되었다. 10x KO 숙주는 Myc를 KO 표적으로 이용한다는 점에서 9x KO 숙주와 상이하였다.
도 10a-10f. mAb-H를 발현하는 9x 및 10x CHO 숙주에 대한 핵심 치수 및 매개변수. mAb-H에 대한 9x 및 10x KO CHO 풀에 대한 역가 (10a), 특이적 생산성 (Qp) (10b), 통합 생존 세포 수 (IVCC) (10c), 0, 7, 10 및 12일차 생존 세포 수 (10d), 생존력 (10E), 그리고 응집체 % 및 전하 변이체를 측정하는 생성물 품질 분석 (10f). 9x KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었고; 10x KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었다. 야생형 (WT) CHO 풀은 유전자 녹아웃이 없는 부모 숙주이었다. 9x KO 숙주에 대한 3개의 상이한 풀 및 10x KO 숙주에 대한 2개의 상이한 풀이 유가식 생산 배양물에서 평가되었다.
도 11a-11e. mAb-I를 발현하는 9x 및 10x CHO 숙주에 대한 핵심 치수 및 매개변수. mAb-I를 발현하도록 형질감염된 야생형 (WT) 대조, 9x KO, 및 10x KO 숙주가 AMBR15 생물반응기에서 14 일 동안 배양되었다. CHO 배양물이 (11a) 역가, (11b) 특이적 생산성 (Qp), (11c) 통합 생존 세포 수 (IVCC), (11d) 생존력, 그리고 응집체 %, 전하 분포 및 알파-Gal 수준의 측면에서 (11e) 생성물 품질에 대해 분석되었다. 9x KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었고; 10x KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었다.
도 12. mAb-H를 발현하는 10x 녹아웃 CHO 클론에 대한 핵심 치수 및 매개변수. mAb-H를 발현하는 야생형 (WT) 및 10x KO 클론이 세포 배양 성과 및 생성물 품질에 대해 평가되었다. mAb-H를 발현하는 WT 및 10x KO CHO 풀이 단일 세포 클로닝되었고, 이후 각 부문으로부터 상위 mAb 발현 클론을 선택하기 위해 스크리닝되었다. 선택된 클론이 AMBR15 생산 생물반응기 배양물에서 14 일에 걸쳐 역가, 특이적 생산성 (Qp), 통합 생존 세포 수 (IVCC), 생존력 %, 전하 분포, 및 응집체 %에 대해 평가되었다. 10x KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었다.
도 13. CRISPR/Cas9 다중 녹아웃 방법은 고효율 녹아웃을 달성한다. 4개의 8x KO 클론 숙주 각각에서 각 유전자에 대한 KO 효율의 비교. Bax와 Bak1 유전자에 대한 인델 백분율은 웨스턴 블롯 분석에 의해 결정되었다. 나머지 유전자의 인델 백분율은 유전체 DNA 염기서열분석에 의해 결정되었다. 8x KO 클론 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, LPLA2 (PLA2G7로도 지칭됨), LPL, CMAH, GGTA1, BCKDHA 및 BCKDHB이었다.
도 14. mAb-N을 발현하는 8x 클론 CHO 숙주에 대한 핵심 치수 및 매개변수. mAb-N을 발현하는 야생형 (WT) 및 4개의 8x KO CHO 풀이 세포 배양 성과 및 생성물 품질에 대해 평가되었다. WT 및 8x KO 클론 CHO 숙주가 mAb-N을 발현하도록 형질감염되었고, 회수된 풀이 AMBR15 생산 생물반응기 배양물에서 14 일에 걸쳐 역가, 특이적 생산성 (Qp), 생존력, 생존 세포 수 (VCC), 및 통합 생존 세포 수 (IVCC)에 대해 평가되었다. 8x KO 클론 숙주에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, LPLA2 (PLA2G7로도 지칭됨), LPL, CMAH, GGTA1, BCKDHA 및 BCKDHB이었다.
도 15a-15b. mAb-O 및 mAb-P를 발현하는 Penta (5x), 9x 및 10x CHO 세포주에 대한 핵심 치수 및 매개변수. mAb-O 또는 mAb-P풀 발현하는 야생형 (WT) 및 Penta (5x), 9x, 10x KO 풀이 세포 배양 성과 및 생성물 품질 영향에 대해 평가되었다. WT 및 Penta (5x), 9x, 10x KO 숙주가 형질감염되었고, 회수된 풀이 AMBR250 생산 생물반응기 배양물에서 - 12 일에 걸쳐 평가되었다. Penta (5x) KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, 및 ICAM-1이었고; 9x KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었고; 10x KO에 대한 KO 표적은 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH, 및 GGTA1이었다. (15a) mAb-O (상부 패널) 및 mAb-P (하부 패널)에 대한 생존력 프로필이 생산 생물반응기 배양물에 대해 표시된다. (15b) 생물반응기 배양물이 12일차에 수확되었고, 배양 상층액이 친화성 크로마토그래피, 그 이후에 2번의 연마 크로마토그래피 단계를 통해 정제되었다. 그 결과로 생긴 정제된 물질 (3번의 크로마토그래피 작업 후)은 이후, HCP ELISA에 의해 숙주 세포 단백질 (HCP) 함량에 대해 분석되었다. 정제된 물질은 또한, 특이적 FAR (지방산 방출) 속도에 의해 표시된 바와 같은 폴리소르베이트 분해의 속도를 측정함으로써 그들의 폴리소르베이트-분해 잔류 효소 수준에 대해 분석되었다. 특이적 FAR 속도는 폴리소르베이트를 가수분해적으로 분해하는 정제된 물질 내에 효소 HCP의 잔류 수준을 표시한다. 더 높은 특이적 FAR 속도는 약품에서 폴리소르베이트 분해 및 연관된 유리 지방산 입자 형성의 위험이 더 높다는 것을 표시한다.
도 16a-16d. 4개의 상이한 CHO 세포주 (16a) 내지 (16d)의 형광 현장 혼성화 (FISH) 분석. 이들 세포주 중에서 2개는 CHO 숙주 세포주 (하나는 CHO-K1로부터 유래되고 하나는 표적화 통합 (TI) 세포주이다)이고, 그리고 이들 세포주 중 2개는 재조합 단일클론 항체를 생산하는 CHO 재조합 세포주 (TI 숙주의 형질감염으로 생성됨)이었다. 레트로바이러스 유사 입자 (RVLP)에 대한 프로브가 CHO 염색체에서 RVLP 신호를 탐색하는 데 이용되었다. 한 염색체에서 강한 RVLP 신호 (선이 있는 화살표로 표시됨) 및 다양한 다른 염색체에서 여러 약한 신호 (선이 없는 화살표로 표시됨)가 4개의 검사된 CHO 세포주 모두에서 관찰되었다.
도 17. 2개의 CHO 숙주 세포주의 RVLP DNA 사본수 분석. RVLP에 대해 특이적인 플라스미드가 표준으로 이용되었다 (1 uL의 DNA 표준은 1.8 x 108개 사본과 동등하였다). 이 플라스미드는 FISH 분석을 위해 RVLP 프로브와 동일한 서열을 이용하였다.
도 18. CHO 세포에서 RVLP 발현을 방해하기 위한 안내 RNA (gRNA) 작제물의 설계. RVLP의 기질 (gMax) 및 캡시드 (gCap)에 대한 상이한 안내 RNA가 기능적 GAG 단백질 생산을 제거하기 위한 목적으로 설계되었다.
도 19a-19g. PDGFRa는 UPR 활성화에 의해 하향조절된다. 도 19a 및 도 19b는 mAb1 발현 CHO 세포가 pH 7.07에서 성장될 때 PDGFRa 단백질 수준 및 mRNA 수준이 각각, 하향조절되었다는 것을 묘사한다. 도 19c는 화학적 UPR 유도제: 튜니카마이신 및 DTT로 처리된 2개의 mAb1 발현 숙주 세포주인 CHO DG44 및 CHO-K1의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 19d는 튜니카마이신 및 DTT로 처리된, 도 19c의 숙주 세포주 둘 모두에서 PDGFRa mRNA 수준의 qPCR 분석을 묘사한다. 도 19e는 UPR 경로 특이적 억제제의 존재 하에 UPR을 활성화하기 위해 튜니카마이신으로 처리된 mAb1 발현 CHO-K1 세포의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. XBP-1에 대한 RT-PCR 패널은 IRE1알파 RNA분해효소 활성화를 보여준다. 도 19f는 UPR 경로 특이적 억제제의 존재 하에 튜니카마이신으로 처리된 CHO-K1 세포에서 PDGFRa mRNA 수준의 qPCR 분석을 묘사한다. 도 19g는 튜니카마이신 및 PERK 억제제로 처리된 WT 및 PERK KO 빈 숙주 CHO-K1 (클론 9) 세포주의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다.
도 20a-20e. 도 20a는 상이한 UPR 경로 특이적 억제제의 존재 하에 UPR을 활성화하기 위해 탑시가르긴으로 처리된 mAb1 발현 CHO-K1 세포의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. XBP-1의 RT-PCR 패널은 IRE1알파 RNA분해효소 활성화를 보여준다. 도 20b는 상이한 UPR 경로 특이적 억제제의 존재 하에 UPR을 활성화하기 위해 튜니카마이신으로 처리된 빈 숙주 CHO-K1 세포의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 20c는 상이한 UPR 경로 특이적 억제제의 존재 하에 탑시가르긴으로 처리된 CHO-K1 세포에서 PDGFRa mRNA 수준의 qPCR 분석을 묘사한다. 도 20d는 루시페라아제에 대한 sgRNA를 대조로서 이용한, PERK 유전자에 대한 Cas9-sgRNA의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 20e는 Cas9를 이용하여 PERK를 녹아웃한 후, 빈 숙주 CHO-K1 단일 세포 클론의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 클론 9가 도 19g에서 이용되었다.
도 21a-21d. PDGFRa 신호전달은 세포 성장, 예를 들면, CHO 세포 성장에 중요하고, 성장 인자 신호전달은 PDGFRa 억제 후 온전하다. 도 21a는 단백질 합성, 세포 주기 진행 및 세포 증식의 상류에서 PDGFRa 및 인슐린 수용체 (IR) 신호전달의 계통도이다. 더 굵은 화살표는 개별 수용체에 의한 더 강한 활성화를 표시한다. 도 21b는 시드 트레인 배지에서 PDGFRa 억제제 및/또는 인슐린의 존재 또는 부재 하에 4일 후 빈 CHO-K1 숙주 세포 VCC 및 생존력 %을 묘사한다. 도 21c는 시드 트레인 배지에서 PDGFRa 억제제 및/또는 인슐린의 존재 또는 부재 하에 4 일 후 빈 숙주 CHO-K1 세포 (도 21b)의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 21d는 생산 동안 PDGFRa 억제제 및/또는 인슐린의 존재 하에 mAb2 발현 CHO-K1 세포의 12일차 상대적 IVCC, 생존력 %, 상대적 역가 및 상대적 Qp를 묘사한다.
도 22a-22d. 도 22a는 시드 트레인 배지에서 증가하는 PDGFRa 억제제 농도로 4 일 후 빈 숙주 CHO-K1 세포 생존 세포 수 (VCC) 및 생존력 %을 묘사한다. 도 22b는 시드 트레인 배지에서 증가하는 PDGFRa 억제제 농도로 4 일 후 빈 숙주 CHO-K1 세포의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 22c는 10 μM 농도의 PERK 억제제의 존재 또는 부재 하에 생산 동안 mAb2 발현 CHO-K1 세포의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 22d는 PERK 억제제의 존재 또는 부재 하에 mAb2 발현 CHO-K1 세포에 대한 생산 동안 UPR, CHOP 및 GADD34의 PERK 분지의 하류 표적의 qPCR 분석을 묘사한다.
도 23a-23c. PDGFRa 수준은 PERK KO 세포주에서 생산 동안 안정화된다. 도 23a는 CRISPR-Cas9를 이용하여 PERK를 녹아웃한 후, mAb2 발현 CHO-K1 단일 세포 클론의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 23b는 mAb2 발현 CHO-K1 PERK KO 세포의 14일차 상대적 IVCC, 생존력 %, 상대적 역가 및 상대적 Qp를 묘사한다. 도 23c는 mAb2 발현 CHO-K1 WT 및 PERK KO 세포에 대한 생산의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다.
도 24a-24e. PERK 및 Bax/Bak TKO는 생물공정 결과를 상승적으로 증가시킨다. 도 24a는 Cas9를 이용하여 PERK를 녹아웃한 후, 시드 트레인에서 mAb3 발현 CHO-K1 단일 세포 클론의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 상이한 생물공정: 희박 생산 배지, 농후 생산 배지 및 농후 생산 배지를 이용한 강화된 과정 전체에 대하여 다양한 mAb3 발현 CHO-K1 숙주의 전체 역가 (도 24b에 묘사됨) 및 상대적 Qp (도 24c에 묘사됨). 도 24d는 농후 생산 배지에서 다양한 mAb3 발현 CHO-K1 숙주의 웨스턴 블롯 분석을 묘사한다. 도 24e는 희박 생산 배지 및 농후 생산 배지에서 중쇄와 경쇄 mRNA 수준의 qPCR 분석을 묘사한다.
도 25a-25b. 도 25a는 상대적 역가, Qp 및 IVCC를 보여주는, Bax/Bak DKO 배경 또는 PERK/Bax/Bak TKO 배경 중 어느 하나에서 mAb3 발현 풀의 6-일 생성물에 대한 생물공정 결과를 묘사한다. 도 25b는 상대적 역가, Qp 및 IVCC를 보여주는, WT, PERK KO, Bax/Bak DKO 또는 PERK/Bax/Bak TKO 배경 중 어느 하나에서 Fab1 발현 풀의 14-일 생성물에 대한 생물공정 결과를 묘사한다.
도 26. 도 26은 상이한 숙주: (1) = BAX/BAK-녹아웃; (2) = ICAM-1-녹아웃; (3) = 대조, 녹아웃 없음; (4) = MYC-녹아웃; (5) = BAX/BAK/ICAM-1/MYC/SIRT-1-녹아웃 (Penta-KO); (6) = SIRT-1-녹아웃에서 mAb-Q의 시간 종속적 역가를 묘사한다.
도 27. 도 27은 상이한 숙주: (1) = BAX/BAK-녹아웃; (2) = ICAM-1-녹아웃; (3) = 대조, 녹아웃 없음; (4) = MYC-녹아웃; (5) = BAX/BAK/ICAM-1/MYC/SIRT-1-녹아웃 (Penta-KO); (6) = SIRT-1-녹아웃에서 mAb-R의 시간 종속적 역가를 묘사한다.
도 28. 도 28은 mAb-R을 발현하는 세포: (1) = 대조, 녹아웃 없음; (2) = MYC-녹아웃; (3) = BAX/BAK/ICAM-1/MYC/SIRT-1-녹아웃 (Penta-KO)에 대한 배양 시간 동안 평균 세포 직경의 증가를 묘사한다.
5. 상세한 설명
본원 발명은 일정한 포유류 세포 내인성 생성물 (예를 들면, 숙주 세포 단백질 및 바이러스 유사 입자)의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형되는 포유류 세포 (예를 들면, 중국 햄스터 난소 (CHO) 세포), 그리고 관심되는 재조합 생성물 (예를 들면, 재조합 단백질, 재조합 바이러스 입자, 또는 재조합 바이러스 벡터)의 생산에 이런 세포를 이용하는 방법에 관계한다. 이들 변형은 생물제조 동안 세포 배양 성과 개선 (예를 들면, 더 높은 생존력 및 생성물 역가), 생성물 품질 개선 (예를 들면, 더 일관되고 우호적인 글리코실화; 더 안정된 약품), 그리고 문제 되는 또는 바람직하지 않은 내인성 숙주 세포 생성물 (예를 들면, 가수분해 숙주 세포 단백질 및 바이러스 유사 입자)을 제거하기 위한 정제 시 부담 감소를 포함한, 여러 핵심 분야에서 원하는 형질을 갖는 조작된 포유류 숙주 세포를 생성하기 위해 특이적으로 선택된다.
명료함을 위해, 하지만 제한 없이, 본원에 개시된 요부의 상세한 설명은 아래의 하위섹션으로 나눠진다:
5.1
정의;
5.2
내인성 생성물의 발현 감소 또는 제거;
5.3
유전자 특이적 변형을 포함하는 포유류 세포;
5.4
세포 배양 방법; 그리고
5.5
관심되는 재조합 생성물의 생산
5.1. 정의
본원 명세서에서 이용된 용어는 일반적으로, 당해 분야에서, 본원 발명의 맥락에서, 그리고 각 용어가 이용되는 특정한 맥락에서 그들의 통상적인 의미를 갖는다. 본원 발명의 조성물과 방법 및 이들을 만들고 이용하는 방법을 설명함에 있어서 실무자에게 추가 지침을 제공하기 위해, 일정한 용어가 아래에, 또는 본원 발명의 다른 곳에서 논의된다.
본원에서 이용된 바와 같이, 청구항에서 및/또는 명세서에서 용어 "포함하는"과 함께 이용될 때 단어 "a" 또는 "an"의 이용은 "하나"를 의미할 수 있지만, 이것은 또한 "하나 이상," "적어도 하나," 그리고 "하나 또는 하나 초과"의 의미와 부합한다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "포함하다," "내포하다," "갖는," "갖다" "할 수 있다," "함유하다", 그리고 이들의 변이체는 추가 행동 또는 구조의 가능성을 배제하지 않는 개방형 이행 관용구, 용어 또는 단어인 것으로 의도된다. 본원 발명은 또한, 명시적으로 진술되는지 또는 그렇지 않는지에 상관없이, 본원에 제시된 실시형태 또는 요소를 "포함하는," "이들로 구성되는" 및 "이들로 본질적으로 구성되는" 다른 실시형태를 예기한다.
용어 "약" 또는 "대략"은 당업자에 의해 결정될 때 특정 값에 대한 허용되는 오차 범위 이내를 의미하는데, 이것은 상기 값이 어떻게 측정되거나 결정되는지, 다시 말하면, 측정 시스템의 제한에 부분적으로 의존할 것이다. 예를 들어, "약"은 당해 분야에서 관례에 따라, 3 이내 또는 3보다 큰 표준 편차를 의미할 수 있다. 대안으로, "약"은 소정의 값의 최대 20%, 바람직하게는 최대 10%, 더 바람직하게는 최대 5%, 더 바람직하게는 최대 1%의 범위를 의미할 수 있다. 대안으로, 특히 생물학적 시스템 또는 과정에 대하여, 상기 용어는 값의 1 크기 자릿수 이내, 바람직하게는 5배 이내, 더 바람직하게는 2배 이내를 의미할 수 있다.
용어 "세포 배양 배지" 및 "배양 배지"는 아래의 범주 중 하나 이상으로부터 적어도 한 가지 성분을 전형적으로 제공하는, 포유류 세포를 성장시키는 데 이용되는 영양액을 지칭한다:
1) 통상적으로 탄수화물 예컨대 글루코오스의 형태에서 에너지 공급원;
2) 모든 필수 아미노산, 그리고 통상적으로 20가지 아미노산 + 시스테인의 기본 세트;
3) 낮은 농도로 필요한 비타민 및/또는 기타 유기 화합물;
4) 유리 지방산; 및
5) 미량 원소, 여기서 미량 원소는 통상적으로 마이크로몰 범위의 매우 낮은 농도로 필요한 무기 화합물 또는 자연 발생 원소로 정의된다.
영양액은 임의적으로, 아래의 범주 중 임의의 것으로부터 하나 이상의 성분으로 보충될 수 있다:
1) 호르몬 및 기타 성장 인자, 예를 들면, 인슐린, 트랜스페린 및 표피 성장 인자;
2) 염 및 완충액, 예를 들면, 칼슘, 마그네슘 및 인산염;
3) 뉴클레오시드 및 염기, 예컨대 예를 들면, 아데노신, 티미딘 및 히포크산틴; 그리고
4) 단백질 및 조직 가수분해물.
세포를 "배양하는"은 세포의 생존 및/또는 성장 및/또는 증식에 적합한 조건하에 세포를 세포 배양 배지와 접촉시키는 것을 지칭한다.
"회분식 배양"은 세포 배양을 위한 모든 성분 (세포 및 모든 배양 영양분 포함)이 배양 과정의 시작 시점에 배양 생물반응기에 공급되는 배양을 지칭한다.
본원에서 이용된 바와 같이, "유가식 세포 배양"은 세포 및 배양 배지가 배양 생물반응기에 초기에 공급되고, 그리고 추가적인 배양 영양분이 배양 종료 전 주기적 세포 및/또는 생성물 수확과 함께 또는 이것 없이, 배양 과정 동안 연속적으로 또는 별개의 증분으로 배양물에 공급되는 회분식 배양을 의미한다.
때때로 연속 배양으로 지칭되는 "관류 배양"은 세포가 예를 들면 여과, 캡슐화, 미세담체에 고정 등에 의해 배양물에 구속되고 배양 배지가 연속적으로, 단계적으로 또는 간헐적으로 도입 (또는 이들의 조합)되고 배양 생물반응기로부터 제거되는 배양이다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "세포"는 동물 세포, 포유류 세포, 배양된 세포, 숙주 세포, 재조합 세포 및 재조합 숙주 세포를 지칭한다. 이런 세포는 일반적으로, 적합한 영양분 및/또는 성장 인자를 함유하는 배지에 배치될 때 성장하고 생존할 수 있는, 포유류 조직으로부터 획득되거나 유래된 세포주이다.
용어 "숙주 세포," "숙주 세포주" 및 "숙주 세포 배양물"은 교체가능하게 이용되고, 그리고 외인성 핵산이 차후에 도입되어 재조합 세포를 창출할 수 있는 세포 및 이들의 자손을 지칭한다. 이들 숙주 세포는 또한, 일정한 내인성 숙주 세포 생성물 (예를 들면, 내인성 바이러스 유사 입자 또는 내인성 숙주 세포 단백질)의 발현을 변경하거나 결실시키도록 변형 (즉, 조작)될 수 있다. 숙주 세포에는 "형질전환체" 및 "형질전환된 세포"가 포함되는데, 이들은 계대 (passage)의 횟수에 상관없이, 일차 형질전환된 세포 및 이것으로부터 유래된 자손을 포함한다. 자손은 핵산 함량에서 부모 세포와 완전하게 동일할 필요가 없으며 돌연변이를 포함할 수 있다. 최초 형질전환된 세포에 대해 스크리닝되거나 선별된 것과 동일한 기능 또는 생물학적 활성을 갖는 돌연변이체 자손은 본원에 포함된다. 이들 숙주 세포에 외인성 핵산의 도입 (예를 들면, 형질감염에 의한)은 본래 "숙주 세포," "숙주 세포주" 또는 "숙주 세포주"로부터 유래되는 재조합 세포를 창출할 것이다. 용어 "숙주 세포," "숙주 세포주" 및 "숙주 세포 배양물"은 또한, 이런 재조합 세포 및 이들의 자손을 지칭할 수 있다.
용어 "재조합 세포", "재조합 세포주" 및 "재조합 세포 배양물"은 교체가능하게 이용되고, 그리고 외인성 핵산이 도입되어 관심되는 재조합 생성물의 발현이 가능한 세포 및 이들의 자손을 지칭한다. 이런 세포에 의해 발현된 재조합 생성물은 재조합 단백질, 재조합 바이러스 입자, 또는 재조합 바이러스 벡터일 수 있다.
용어 "포유류 숙주 세포" 또는 "포유류 세포"는 적합한 영양분 및 성장 인자를 함유하는 배지에서 단층 배양 또는 현탁 배양 중 어느 하나에 배치될 때 성장하고 생존할 수 있는, 포유동물로부터 유래된 세포주를 지칭한다. 특정 세포주에 필요한 성장 인자는 예를 들면, Mammalian Cell Culture (Mather, J. P. ed., Plenum Press, N.Y. 1984), 및 Barnes and Sato, (1980) Cell, 22:649에 설명된 바와 같이, 과도한 실험 없이 경험적으로 쉽게 결정된다. 전형적으로, 세포는 대량의 관심되는 특정 단백질, 예를 들면, 당단백질을 배양 배지 내로 발현하고 분비할 수 있다. 본원 발명의 맥락에서 적합한 포유류 숙주 세포의 실례에는 중국 햄스터 난소 세포/-DHFR (CHO, Urlaub and Chasin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77:4216 1980); dp12.CHO 세포 (1989년 3월 15일에 공개된 EP 307,247); CHO-K1 (ATCC, CCL-61); SV40에 의해 형질전환된 원숭이 신장 CV1 라인 (COS-7, ATCC CRL 1651); 인간 배아 신장 라인 (현탁 배양 동안 성장을 위해 하위클로닝된 293 또는 293 세포, Graham et al., J. Gen Virol., 36:59 1977); 아기 햄스터 신장 세포 (BHK, ATCC CCL 10); 생쥐 세르톨리 세포 (TM4, Mather, Biol. Reprod., 23:243-251 1980); 원숭이 신장 세포 (CV1 ATCC CCL 70); 아프리카 녹색 원숭이 신장 세포 (VERO-76, ATCC CRL-1587); 인간 경부 암종 세포 (HELA, ATCC CCL 2); 개 신장 세포 (MDCK, ATCC CCL 34); 버팔로 쥐 간 세포 (BRL 3A, ATCC CRL 1442); 인간 폐 세포 (W138, ATCC CCL 75); 인간 간 세포 (Hep G2, HB 8065); 생쥐 유방 종양 (MMT 060562, ATCC CCL51); TRI 세포 (Mather et al., Annals N.Y. Acad. Sci., 383:44-68 1982); MRC 5 세포; FS4 세포; 및 인간 간암 라인 (Hep G2)이 포함될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 포유류 세포에는 중국 햄스터 난소 세포/-DHFR (CHO, Urlaub and Chasin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 77:4216 1980); dp12.CHO 세포 (1989년 3월 15일에 공개된 EP 307,247)가 포함된다.
세포 배양의 "성장기"는 세포가 일반적으로 급속하게 분할하는 지수적 세포 성장의 기간 (로그 기)을 지칭한다. 세포가 성장기에 유지되는 지속 기간은 예를 들면, 세포 유형, 세포의 성장률 및/또는 배양 조건에 따라 변할 수 있다. 일정한 실시형태에서, 이 시기 동안, 세포는 통상적으로 1-4 일 사이의 기간 동안, 그리고 세포 성장이 최대화되도록 하는 조건하에 배양된다. 숙주 세포에 대한 성장 주기의 결정은 과도한 실험 없이 구상된 특정 숙주 세포에 대해 결정될 수 있다. "세포 성장이 최대화되도록 하는 기간 및 조건하에" 등은 특정 세포주에 대해, 세포 성장과 분할에 최적인 것으로 결정되는 배양 조건을 지칭한다. 일정한 실시형태에서, 성장기 동안, 세포는 특정 세포주에 대한 최적 성장이 달성되도록, 일반적으로 가습되고 조절된 분위기에서 약 30℃-40℃에서 필요한 첨가제를 함유하는 영양 배지에서 배양된다. 일정한 실시형태에서, 세포는 약 1 일 및 4 일 사이, 통상적으로 2 일 내지 3 일 사이의 기간 동안 성장기에 유지된다.
세포 배양의 "생산기"는 세포 성장이 안정 상태에서 유지되는 기간을 지칭한다. 대수적 세포 성장은 전형적으로, 이러한 시기 이전이나 도중에 감소하고, 그리고 단백질 생산이 대체한다. 생산기 동안, 대수적 세포 성장이 종료되고, 그리고 단백질 생산이 일차적으로 이루어진다. 이 기간 동안 배지는 일반적으로, 계속된 단백질 생산을 뒷받침하고 원하는 당단백질 생성물을 획득하기 위해 보충된다. 유가식 및/또는 관류 세포 배양 과정은 이러한 시기 동안 세포 배양 배지를 보충하거나 새로운 배지를 제공하여 원하는 세포 밀도, 생존력 및/또는 재조합 단백질 생성물 역가를 달성하고/하거나 유지한다. 생산기는 대규모로 수행될 수 있다.
단백질의 활성에 대하여 본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "활성"은 효소 활성, 리간드 결합, 약물 수송, 이온 수송, 단백질 국지화, 수용체 결합, 및/또는 구조적 활성을 포함하지만 이들에 한정되지 않는 단백질의 임의의 활성을 지칭한다. 이런 활성은 단백질의 발현을 감소시키거나 제거하고, 그것에 의하여 단백질의 존재를 감소시키거나 제거함으로써 조정, 예를 들면, 감소 또는 제거될 수 있다. 이런 활성은 또한, 결과의 변형된 단백질이 야생형 단백질에 비하여 활성이 감소되거나 제거되도록, 단백질을 인코딩하는 핵산 서열을 변형함으로써 조정, 예를 들면, 감소 또는 제거될 수 있다.
용어 "발현" 또는 "발현하다"는 숙주 세포 내에서 발생하는 전사와 번역을 지칭하기 위해 본원에서 이용된다. 숙주 세포에서 생성물 유전자의 발현 수준은 세포 내에 존재하는 상응하는 mRNA의 양, 또는 세포에 의해 생산되는 생성물 유전자에 의해 인코딩된 단백질의 양 중 어느 하나에 근거하여 결정될 수 있다. 예를 들어, 생성물 유전자로부터 전사된 mRNA는 바람직하게는 노던 혼성화에 의해 정량화된다. Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, pp. 7.3-7.57 (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989). 생성물 유전자에 의해 인코딩된 단백질은 단백질의 생물학적 활성을 검정함으로써, 또는 단백질과 반응할 수 있는 항체를 이용한 웨스턴 블로팅 또는 방사면역검정과 같은, 이런 활성과 무관한 분석을 이용함으로써 정량화될 수 있다. Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, pp. 18.1-18.88 (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989). 변형되지 않은 세포에서 내인성 생성물(들)의 발현에 비하여 하나 이상의 내인성 생성물의 발현의 감소 및/또는 제거가 언급될 때, 발현의 이런 감소 및/또는 제거는 내인성 생성물의 전부 또는 일부를 인코딩하는 mRNA의 존재 또는 이런 mRNA로부터 번역된 내인성 생성물의 존재에도 불구하고, 활성 내인성 생성물의 감소 및/또는 제거를 포괄한다.
본원에서 이용된 바와 같이, "폴리펩티드"는 일반적으로, 약 10개 초과의 아미노산을 갖는 펩티드와 단백질을 지칭한다. 폴리펩티드는 숙주 세포와 상동성일 수 있거나, 또는 바람직하게는, 외인성일 수 있는데, 이는 이들이 활용되는 숙주 세포에 이종성, 다시 말하면, 외래라는 것을 의미한다 (예를 들면 중국 햄스터 난소 세포에 의해 생산된 인간 단백질, 또는 포유류 세포에 의해 생산된 효모 폴리펩티드). 일정한 실시형태에서, 포유류 폴리펩티드 (포유류 생물체로부터 최초 유래된 폴리펩티드), 더 바람직하게는 배지 내로 직접적으로 분비되는 것들이 이용된다.
용어 "단백질"은 사슬 길이가 더 높은 수준의 삼차 및/또는 사차 구조를 생성하는 데 충분한 아미노산의 서열을 지칭하는 것으로 의미된다. 이것은 이런 구조를 갖지 않는 "펩티드" 또는 다른 작은 분자량 약물과 구별된다. 전형적으로, 본원에서 단백질은 적어도 약 15-20 kD, 바람직하게는 적어도 약 20 kD의 분자량을 가질 것이다. 본원에서 상기 정의 내에 포괄된 단백질의 실례에는 숙주 세포 단백질뿐만 아니라 모든 포유류 단백질, 특히, 치료용과 진단용 단백질, 예컨대 치료용과 진단용 항체, 그리고 일반적으로, 하나 이상의 사슬간 및/또는 사슬내 이황화 결합을 포함하는 다중사슬 폴리펩티드를 포함한, 하나 이상의 이황화 결합을 포함하는 단백질이 포함된다.
용어 "항체"는 본원에서 가장 넓은 의미로 이용되고, 그리고 단일클론 항체, 다중클론 항체, 단일특이적 항체 (예를 들면, 단일 중쇄 서열 및 단일 경쇄 서열로 구성되는 항체뿐만 아니라 이런 대합의 다합체), 다중특이적 항체 (예를 들면, 이중특이적 항체), 그리고 항체 단편 (이들이 원하는 항원 결합 활성을 나타내는 한)을 포함하지만 이들에 한정되지 않는 다양한 항체 구조를 포괄한다.
본원에서 이용된 바와 같이, "항체 단편", 항체의 "항원 결합 부분" (또는 단순히 "항체 부분") 또는 항체의 "항원 결합 단편"은 무손상 항체가 결합하는 항원에 결합하는 무손상 항체의 부분을 포함하는, 무손상 항체 이외의 분자를 지칭한다. 항체 단편의 실례에는 Fv, Fab, Fab', Fab'-SH, F(ab')2; 디아바디; 선형 항체; 단일 사슬 항체 분자 (예를 들면, scFv 및 scFab); 단일 도메인 항체 (dAb); 및 항체 단편으로부터 형성된 다중특이적 항체가 포함되지만 이들에 한정되지 않는다. 일정한 항체 단편에 관한 검토를 위해, Holliger and Hudson, Nature Biotechnology 23:1126-1136 (2005)을 참조한다.
용어 "키메라" 항체는 중쇄 및/또는 경쇄의 일부분이 특정 공급원 또는 종으로부터 유래되고, 반면 중쇄 및/또는 경쇄의 나머지 부분이 상이한 공급원 또는 종으로부터 유래되는 항체를 지칭한다.
항체의 "부류"는 이의 중쇄에 의해 소유된 불변 도메인 또는 불변 영역의 유형을 지칭한다. 항체의 5가지 주요 부류: IgA, IgD, IgE, IgG 및 IgM이 있고, 그리고 이들 중에서 몇몇은 하위부류 (아이소타입), 예를 들면, IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA1 및 IgA2로 더욱 나눠질 수 있다. 일정한 실시형태에서, 항체는 IgG1 아이소타입이다. 일정한 실시형태에서, 항체는 IgG2 아이소타입이다. 면역글로불린의 상이한 부류에 상응하는 중쇄 불변 도메인은 각각, α, δ, ε, γ 및 μ로 불린다. 항체의 경쇄는 이의 불변 도메인의 아미노산 서열에 근거하여, 카파 (κ) 및 람다 (λ)로 불리는 두 가지 유형 중에서 한 가지에 배정될 수 있다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "역가"는 소정량의 배지 용적에 의해 나눠진, 세포 배양물에 의해 생산된 재조합적으로 발현된 항체의 총량을 지칭한다. 역가는 전형적으로, 배지 밀리리터 또는 리터당 항체 밀리그램 (mg/ml 또는 mg/L)의 단위로 표현된다. 일정한 실시형태에서, 역가는 배지 리터당 항체 그램 (g/L)으로 표현된다. 역가는 상대적 치수, 예컨대 상이한 배양 조건하에 단백질 생성물을 획득하는 것과 비교하여 역가의 백분율 증가의 면에서 표현되거나 평가될 수 있다.
용어 "핵산," "핵산 분자" 또는 "폴리뉴클레오티드"는 뉴클레오티드의 중합체를 포함하는 임의의 화합물 및/또는 물질을 포함한다. 각 뉴클레오티드는 염기, 특이적으로 퓨린- 또는 피리미딘 염기 (다시 말하면, 시토신 (C), 구아닌 (G), 아데닌 (A), 티민 (T) 또는 우라실 (U)), 당 (다시 말하면, 데옥시리보오스 또는 리보오스), 그리고 인산염 기로 구성된다. 종종, 핵산 분자는 염기의 서열에 의해 설명되는데, 여기서 상기 염기는 핵산 분자의 일차 구조 (선형 구조)를 나타낸다. 염기의 서열은 전형적으로 5'에서 3'로 나타내진다. 본원에서, 용어 핵산 분자는 예를 들면, 상보성 DNA (cDNA) 및 유전체 DNA를 포함한 데옥시리보핵산 (DNA), 리보핵산 (RNA), 특히 전령 RNA (mRNA), DNA 또는 RNA의 합성 형태, 그리고 이들 분자 중에서 두 가지 이상을 포함하는 혼성 중합체를 포괄한다. 핵산 분자는 선형 또는 환상일 수 있다. 이에 더하여, 용어 핵산 분자는 센스와 안티센스 가닥뿐만 아니라 단일 가닥과 이중 가닥 형태 둘 모두를 포함한다. 게다가, 본원에 설명된 핵산 분자는 자연 발생 또는 비-자연 발생 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 비-자연 발생 뉴클레오티드의 실례에는 유도체화된 당 또는 인산염 백본 연쇄 또는 화학적으로 변형된 잔기를 갖는 변형된 뉴클레오티드 염기가 포함된다. 핵산 분자는 또한, 시험관내에서 및/또는 생체내에서, 예를 들면, 숙주 또는 환자에서 본원 발명의 항체의 직접적인 발현을 위한 벡터로서 적합한 DNA와 RNA 분자를 포괄한다. 이런 DNA (예를 들면, cDNA) 또는 RNA (예를 들면, mRNA) 벡터는 변형되지 않거나 변형될 수 있다. 예를 들어, mRNA는 mRNA가 개체 내로 주입되어 항체가 생체내에서 생산될 수 있도록, RNA 벡터의 안정성 및/또는 인코딩된 분자의 발현을 향상시키기 위해 화학적으로 변형될 수 있다 (참조: 예를 들면, Stadler er al, Nature Medicine 2017, 2017년 6월 12일 온라인 공개됨, doi:10.1038/nm.4356 또는 EP 2 101 823 B1).
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "벡터"는 자신에게 연결된 다른 핵산을 수송할 수 있는 핵산 분자를 지칭한다.
"인간 항체"는 인간 또는 인간 세포에 의해 생산되거나, 또는 인간 항체 레퍼토리 또는 다른 인간 항체-인코딩 서열을 활용하는 비인간 공급원으로부터 유래된 항체의 아미노산 서열에 상응하는 아미노산 서열을 소유하는 것이다. 인간 항체의 이러한 정의는 비인간 항원 결합 잔기를 포함하는 인간화 항체를 특정적으로 배제한다.
"인간화" 항체는 비인간 CDR로부터 아미노산 잔기 및 인간 FR로부터 아미노산 잔기를 포함하는 키메라 항체를 지칭한다. 일정한 양상에서, 인간화 항체는 적어도 1개, 그리고 전형적으로 2개의 가변 도메인을 실제적으로 모두 포함할 것인데, 여기서 CDR의 전부 또는 실제적으로 전부가 비인간 항체의 것들에 상응하고, 그리고 FR의 전부 또는 실제적으로 전부가 인간 항체의 것들에 상응한다. 인간화 항체는 임의적으로, 인간 항체로부터 유래된 항체 불변 영역의 적어도 일부를 포함할 수 있다. 항체, 예를 들면, 비인간 항체의 "인간화 형태"는 인간화를 겪은 항체를 지칭한다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "초가변 영역" 또는 "HVR"은 서열에서 초가변성이고 항원 결합 특이성을 결정하는 항체 가변 도메인의 각 영역, 예를 들면 "상보성 결정 영역" ("CDR")을 지칭한다.
일반적으로, 항체는 6개의 CDR을 포함한다: VH에서 3개 (CDR-H1, CDR-H2, CDR-H3), 그리고 VL에서 3개 (CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3). 본원에서 예시적인 CDR은 하기를 포함한다:
(a) 아미노산 잔기 26-32 (L1), 50-52 (L2), 91-96 (L3), 26-32 (H1), 53-55 (H2), 그리고 96-101 (H3)에서 발생하는 초가변 루프 (Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987));
(b) 아미노산 잔기 24-34 (L1), 50-56 (L2), 89-97 (L3), 31-35b (H1), 50-65 (H2), 그리고 95-102 (H3)에서 발생하는 CDR (Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)); 그리고
(c) 아미노산 잔기 27c-36 (L1), 46-55 (L2), 89-96 (L3), 30-35b (H1), 47-58 (H2), 그리고 93-101 (H3)에서 발생하는 항원 접촉 (MacCallum et al. J. Mol. Biol. 262: 732-745 (1996)).
별도로 표시되지 않으면, CDR은 Kabat et al., 위와 같음에 따라서 결정된다. 당업자는 CDR 지정이 Chothia, 위와 같음, McCallum, 위와 같음, 또는 임의의 다른 과학적으로 용인된 명명법 시스템에 따라서 또한 결정될 수 있다는 것을 이해할 것이다.
"면역접합체"는 세포독성 작용제를 포함하지만 이에 한정되지 않는 한 가지 이상의 이종성 분자(들)에 접합된 항체이다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "단일클론 항체"는 실제적으로 동질성 항체의 모집단으로부터 획득된 항체를 지칭한다, 다시 말하면, 상기 모집단을 구성하는 개별 항체는 예를 들면, 자연 발생 돌연변이를 포함하거나 단일클론 항체 제조물의 생산 동안 발생하는 가능한 변이체 항체 (이런 변이체는 일반적으로 미량으로 존재한다)를 제외하고, 동일하고 및/또는 동일한 에피토프에 결합한다. 상이한 결정인자 (에피토프)에 대해 지향된 상이한 항체를 전형적으로 포함하는 다중클론 항체 제조물과 대조적으로, 단일클론 항체 제조물의 각 단일클론 항체는 항원 상에서 단일 결정인자에 대해 지향된다. 따라서, 수식어 "단일클론"은 항체의 실제적으로 동질성 모집단으로부터 획득되는 것으로서 항체의 특징을 표시하고, 그리고 임의의 특정 방법에 의한 항체의 생산을 필요로 하는 것으로 해석되지 않는다. 예를 들어, 본원에 개시된 요부에 따른 단일클론 항체는 하이브리도마 방법, 재조합 DNA 방법, 파지 전시 방법, 그리고 인간 면역글로불린 좌위 중에서 전부 또는 일부를 포함하는 유전자도입 동물을 활용하는 방법을 포함하지만 이들에 한정되지 않는 다양한 기술에 의해 만들어질 수 있는데, 이런 방법 및 단일클론 항체를 만들기 위한 다른 예시적인 방법은 본원에 설명된다.
용어 "가변 영역" 또는 "가변 도메인"은 항체를 항원에 결합시키는 데 관련되는 항체 중쇄 또는 경쇄의 도메인을 지칭한다. 선천적 항체의 중쇄와 경쇄의 가변 도메인 (각각, VH와 VL)은 일반적으로 유사한 구조를 갖는데, 각 도메인이 4개의 보존된 프레임워크 영역 (FR) 및 3개의 상보성 결정 영역 (CDR)을 포함한다. (참조: 예를 들면, Kindt et al. Kuby Immunology, 6th ed., W.H. Freeman and Co., page 91 (2007).) 단일 VH 또는 VL 도메인이 항원 결합 특이성을 부여하는 데 충분할 수 있다. 게다가, 특정 항원에 결합하는 항체는 각각, 상보성 VL 또는 VH 도메인의 라이브러리를 스크리닝하기 위해, 항원에 결합하는 항체로부터 VH 또는 VL 도메인을 이용하여 단리될 수 있다. 참조: 예를 들면, Portolano et al., J. Immunol. 150:880-887 (1993); Clarkson et al., Nature 352:624-628 (1991).
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "세포 밀도"는 소정의 용적의 배지 내에 세포의 수를 지칭한다. 일정한 실시형태에서, 높은 세포 밀도는 더 높은 단백질 생산성을 야기할 수 있다는 점에서 바람직하다. 세포 밀도는 배양물로부터 샘플을 추출하고 세포를 현미경 하에 분석하거나, 상업적으로 가용한 세포 계수 장치를 이용하거나, 또는 생물반응기 그 자체 내로 (또는 배지 및 현탁된 세포가 통과된 후 생물반응기로 복귀되는 루프 내로) 도입된 상업적으로 가용한 적합한 프로브를 이용하는 것을 포함하지만 이들에 한정되지 않는 당해 분야에 알려진 임의의 기술에 의해 모니터링될 수 있다.
본원에서 이용된 바와 같이, "레트로바이러스 유사 입자" (RVLP)는, 바이러스 입자와 유사하지만 이론에 한정됨 없이, 내인성 레트로바이러스 유전자의 발현의 결과인 것으로 생각되는, 포유류 세포에 의해 생산된 내인성 생성물을 지칭한다. RVLP는 당해 분야에, 예를 들면, Duroy et al., Biotechnology and Bioengineering, 117(2); 446-485 (2020)에 설명되고, 이것은 본원에서 온전히 참조로서 편입된다. RVLP는 복수의 단백질로 구성될 수 있고, 따라서 본원에 설명된 방법과 조성물은 전체적으로 RVLP, 또는 RVLP의 임의의 구성요소, 예를 들면, RVLP 무리 항원 ("GAG")의 감소 또는 제거에 관계한다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "재조합 단백질"은 일반적으로, 활용되는 숙주 세포에 "이종성," 다시 말하면, 외래인 핵산, 예컨대 비인간 숙주 세포 내로 도입되는 인간 항체를 인코딩하는 핵산에 의해 인코딩되는 항체를 포함한, 펩티드와 단백질을 지칭한다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "재조합 바이러스 입자"는 일반적으로, 자연적으로 발생할 수 있거나, 또는 백신 생산에 이용하기 위한 외인성 핵산을 재조합함으로써 생산될 수 있는 바이러스 입자를 지칭한다.
본원에서 이용된 바와 같이, 용어 "재조합 바이러스 벡터"는 일반적으로, 아데노 관련 바이러스 (AAV), 단순 헤르페스 바이러스 (HSV), 레트로바이러스, 폭스바이러스, 렌티바이러스에 기초된 재조합 벡터를 포함하지만 이들에 한정되지 않는, 예를 들면, 유전자 요법에 이용하기 위한 외인성 바이러스 요소를 발현하도록 변형된 바이러스 벡터를 지칭한다.
5.2. 내인성 생성물의 발현 감소 또는 제거
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 변형된 포유류 세포, 예를 들면, CHO 세포에 관계하는데, 여기서 하나 이상의 포유류 세포 내인성 생성물 (예를 들면, 숙주 세포 단백질 및 바이러스 유사 입자)의 발현이 감소되거나 제거된다. 예를 들어 그러나 제한 없이, 포유류 세포에서 내인성 생성물 발현을 감소시키거나 제거하기 위한 방법은 (1) 내인성 생성물 또는 이의 성분을 코딩하는 유전자를 예를 들면, 상기 유전자 내로 결실, 삽입, 치환, 또는 이들의 조합을 도입함으로써 변형하는 단계; (2) 내인성 생성물 또는 이의 성분을 인코딩하는 mRNA의 전사 및/또는 안정성을 감소시키거나 제거하는 단계; 및 (3) 내인성 생성물 또는 이의 성분을 인코딩하는 mRNA의 번역을 감소시키거나 제거하는 단계를 포함한다. 일정한 실시형태에서, 단백질 발현의 감소 또는 제거는 표적화된 유전체 편집에 의해 획득된다. 예를 들어, CRISPR/Cas9 기반 유전체 편집이 하나 이상의 표적 유전자를 변형하여, 편집을 위해 표적화된 유전자 (또는 유전자들)의 발현 감소 또는 제거를 야기하는 데 이용될 수 있다.
일정한 실시형태에서, 발현 감소 또는 제거를 위해 표적화된 포유류 세포 내인성 생성물 중에서 하나 이상이 아폽토시스를 증진하는 역할에 근거하여 선택된다. 아폽토시스가 배양 생존력 및 생산성을 감소시킬 수 있기 때문에, 이런 단백질의 발현을 감소시키거나 제거하는 것은 배양 생존력 및 생산성에 긍정적인 영향을 줄 수 있다. 예를 들어, 그러나 제한 없이, 아폽토시스를 증진하는 역할에 근거하여 선택된 포유류 세포 단백질은 BCL2 관련 X, 아폽토시스 조절인자 (BAX) 또는 BCL2 길항제/킬러 1 (BAK)이다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 BAX의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 BAK의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 BAX 및 BAK의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 발현 감소 또는 제거를 위해 표적화된 포유류 세포 내인성 생성물은 세포 배양 동안 응괴 및/또는 응집을 증진하는 역할에 근거하여 선택된다. 포유류 세포가 관심되는 재조합 생성물의 생산에 이용될 때, 세포 배양 동안 이런 응괴 및/또는 응집은 포유류 세포 생존력에 대한 응괴 및/또는 응집의 부정적인 영향으로 인해 생성물 역가 감소를 야기할 수 있다. 예를 들어, 그러나 제한 없이, 세포 배양 동안 응괴 및/또는 응집을 증진하는 역할에 근거하여 선택된 포유류 세포 내인성 생성물은 세포간 부착 분자 1 (ICAM-1)이다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 ICAM-1의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 발현 감소 또는 제거를 위해 표적화되는 포유류 세포 내인성 생성물은 비접힘 단백질 반응 (UPR)을 조절하는 역할에 근거하여 선택되는 내인성 생성물이다. 예를 들어, 그러나 제한 없이, UPR을 조절하는 역할에 근거하여 선택된 세포 생성물은 이노시톨 요구 효소 1 (IRE1), 단백질 키나아제 R 유사 ER 키나아제 (PERK) 또는 활성화 전사 인자 6 (ATF6)이다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 PERK의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원에서 이용된 바와 같이, PERK는 진핵 PERK 세포 단백질, 예를 들면, CHO PERK 세포 단백질 (유전자 ID: 100765343; GenBank: EGW03658.1; 동종형 NCBI 참조 서열: XP_027285344.2 및 NCBI 참조 서열: XP_016831844.1), 그리고 이들 기능적 변이체를 지칭한다. 일정한 실시형태에서, 본원에서 이용된 바와 같이, PERK의 기능적 변이체는 관심되는 재조합 생성물의 생산에 이용되는 변형된 세포의 야생형 PERK 서열에 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일성을 갖는 PERK 서열 변이체를 포괄한다.
일정한 실시형태에서, 발현 감소 또는 제거를 위해 표적화된 포유류 세포 내인성 생성물 중에서 하나 이상은 비효율적 세포 성장을 증진하는 역할에 근거하여 선택된다. 포유류 세포는 세포 성장, 생존, 및/또는 생산성을 위해 필수적이지 않은 많은 내인성 생성물을 발현한다. 이들 내인성 생성물의 발현이 상당한 세포 에너지 및 DNA/단백질 구성 요소를 소비하기 때문에, 이런 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하는 것은 세포 성장이 더 효율적으로 되게 만들 수 있고, 그리고 관심되는 재조합 생성물을 생산하는 데 이용된 세포의 경우에, 이들 세포 자원은 관심되는 재조합 생성물의 더 높은 생산성을 달성하도록 전환될 수 있다. 예를 들어, 그러나 제한 없이, 관심되는 재조합 생성물의 효율적인 세포 성장 및 더 높은 생산성을 증진하는 역할에 근거하여 선택된 포유류 세포 내인성 생성물은 BAX, BAK, ICAM-1, PERK, 시르투인 1 (SIRT-1) 또는 MYC 원종양유전자, BHLH 전사 인자 (MYC)이다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 SIRT-1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 PERK의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 SIRT-1 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 BAX 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 BAK 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 ICAM-1 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 BAX 및 SIRT-1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 BAK 및 SIRT-1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 ICAM-1 및 SIRT-1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 BAX, SIRT-1 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 BAK, SIRT-1 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 ICAM-1, SIRT-1 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 BAX, BAK, SIRT-1 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 BAX, ICAM-1, SIRT-1 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 BAK, ICAM-1, SIRT-1 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 BAX, BAK, MYC, SIRT-1 및 ICAM의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 BAX, BAK, ICAM-1, PERK, SIRT-1 및/또는 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 예를 들면, 세포가 재조합 단백질 생산에 이용될 때, 발현 감소 또는 제거를 위해 표적화되는 포유류 세포 내인성 생성물은 재조합 단백질 생성물에서 비인간 글리코실화 패턴을 증진할 수 있는 내인성 생성물이다. 이런 비인간 글리코실화 패턴은 갈락토오스-α-1,3-갈락토오스 (αGAL) 및/또는 N-글리콜릴뉴라민산 (NGNA)의 추가를 포함할 수 있다. 예를 들어, 그러나 제한 없이, 비인간 글리코실화 패턴을 증진하는 역할에 근거하여 선택된 포유류 세포 단백질은 αGAL 추가를 증진하는 당단백질 알파-갈락토실트랜스퍼라제 1 (GGTA1), 또는 NGNA 추가를 증진하는 시티딘 일인산염-N-아세틸뉴라민산 수산화효소 (CMAH)이다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 GGTA1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 GGTA1 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 발현 감소 또는 제거를 위해 표적화되는 포유류 세포 내인성 생성물은 분지쇄 아미노산 (BCAA)의 이화를 증진하는 내인성 생성물이다. 분지쇄 아미노산, 예를 들면, 류신, 이소류신 및 발린이 필수 아미노산이고, 따라서 포유류 세포 배양에 이용되는 화학적으로 정의된 배지에 일반적으로 포함되긴 하지만, BCAA의 이화는 세포 성장, 생산성 및 생성물 품질을 감소시키는 독성 중간체 및 대사산물을 야기할 수 있다. 예를 들어, BCAA 이화를 증진하는 역할에 근거하여 선택된 포유류 세포 단백질은 분지쇄 케토산 탈수소효소 E1 알파 아단위 (BCKDHA) 또는 분지쇄 알파-케토산 탈수소효소 E1 베타 아단위 (BCKDHB)이다.
세포가 관심되는 재조합 생성물 (예를 들면, 재조합 단백질, 재조합 바이러스 입자, 또는 재조합 바이러스 벡터)의 생산에 이용되는 맥락에서, 일정한 포유류 세포 내인성 생성물은 관심되는 생성물과 동시 정제되어, 추가 정제 과정과 연관된 비용 증가 및/또는 결과의 재조합 생성물의 저장 수명 감소를 야기할 수 있다. 예를 들어, 생물치료제 제조 동안 생산되는 포유류 세포로부터 유래된 일정한 내인성 바이러스 유사 입자 (예를 들면, CHO 세포에서 RVLP)는 환자 안전성을 담보하기 위해, 정제 과정에 의해 충분히 낮은 수준으로 제거되어야 한다. 예를 들어, 관심되는 재조합 생성물과 동시 정제되는 일정한 잔류 숙주 세포 단백질은 최종 약품에서 계면활성제로서 이용되는 폴리소르베이트를 분해하고 입자 형성을 야기할 수 있다. 예를 들어, 그러나 제한 없이, 관심되는 재조합 생성물과 동시 정제되고 최종 약품에서 계면활성제로서 이용되는 폴리소르베이트를 분해하는 잠재력에 근거하여 발현 감소 또는 제거를 위해 표적화되는 포유류 세포 내인성 숙주 세포 단백질은 LPL1로도 지칭되는 지질단백질 리파아제 (LPL); PLA2G7로도 지칭되는 포스포리파아제 A2 군 (LPLA2); 팔미토일-단백질 티오에스테라아제 1 (PPT1); 또는 리파아제 A (리소좀 산성 리파아제/콜레스테릴 에스테르 가수분해효소, 리파아제) (LIPA)를 포함한다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 PPT1 및 LPL의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 PPT1 및 LIPA의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 PPT1, LPL 및 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 PPT1, LPL 및 LIPA의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 PPT1, LIPA 및 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포는 PPT1, LPL, LIPA 및 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 세포 배양 동안 생산된 숙주 세포 내인성 생성물의 전체 양을 감소시킴으로써 관심되는 재조합 생성물의 정제를 용이하게 하기 위해 하나 이상의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다. 전체 숙주 세포 내인성 생성물 생산의 이런 감소는 정제 과정에 이용되는 크로마토그래피 및 기타 재료와 시스템에 대한 부담을 감소시키고, 그것에 의하여 정제의 전체 비용을 감소시키고 정제 과정 효율을 증가시킬 수 있다. 예를 들어, 그러나 제한 없이, 세포 배양 동안 생산된 내인성 생성물의 전체 양에 근거하여 발현 감소 또는 제거를 위해 표적화된 숙주 세포 내인성 생성물은 아래의 내인성 생성물에서 선택된다: RVLP 무리 항원 (GAG); MYC 원종양유전자, BHLH 전사 인자 (MYC); BCL2 관련 X, 아폽토시스 조절인자 (BAX); BCL2 길항제/킬러 1 (BAK); 세포간 부착 분자 1 (ICAM-1); 단백질 키나아제 R 유사 ER 키나아제 (PERK); 시르투인 1 (SIRT-1); 당단백질 알파-갈락토실트랜스퍼라제 1 (GGTA1); 시티딘 일인산염-N-아세틸뉴라민산 수산화효소 (CMAH); 지질단백질 리파아제 (LPL); 포스포리파아제 A2 군 (LPLA2); 팔미토일-단백질 티오에스테라아제 1 (PPT1); 분지쇄 케토산 탈수소효소 E1 알파 아단위 (BCKDHA); 분지쇄 케토산 탈수소효소 E1 베타 아단위 (BCKDHB); 그리고 리파아제 A (리소좀 산성 리파아제/콜레스테릴 에스테르 가수분해효소, 리파아제) (LIPA).
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: MYC; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; PPT1 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; 및 PERK.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; MYC; SIRT-1; 및 ICAM.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: MYC; BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; PPT1 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; 및 PERK.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; MYC; SIRT-1; 및 ICAM.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: MYC; BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; PPT1 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; 및 PERK.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; MYC; SIRT-1; 및 ICAM.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: MYC; BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; PPT1 및 LIPA.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; 및 PERK.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; SIRT-1; 및 ICAM.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 아래의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된다: BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 숙주 세포는 변형되지 않은, 다시 말하면, "참조" 숙주 세포에서 숙주 세포 내인성 생성물의 발현에 비하여 하나 이상의 숙주 세포 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형된다. 일정한 실시형태에서, 참조 숙주 세포는 하나 이상의 특정 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현이 감소되거나 제거되지 않는 숙주 세포이다. 일정한 실시형태에서, 참조 숙주 세포는 GAG 구성요소, 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK를 코딩하는 유전자(들)의 적어도 하나 또는 둘 모두의 야생형 대립유전자를 포함하는 세포이다. 예를 들어, 그러나 제한 없이, 참조 숙주 세포는 GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK를 코딩하는 유전자(들)의 야생형 대립유전자 둘 모두를 갖는 숙주 세포이다. 일정한 실시형태에서, 참조 숙주 세포는 WT 숙주 세포이다. 일정한 실시형태에서, 하나 이상의 숙주 세포 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하는 변형은 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 외인성 핵산의 도입 전 수행된다. 일정한 실시형태에서, 하나 이상의 숙주 세포 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하는 변형은 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 외인성 핵산의 도입 후 수행된다.
일정한 실시형태에서, 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형된 세포에서 하나 이상의 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현은 참조 세포, 예를 들면, WT 숙주 세포의 상응하는 내인성 생성물 발현의 약 90% 미만, 약 80% 미만, 약 70% 미만, 약 60% 미만, 약 50% 미만, 약 40% 미만, 약 30% 미만, 약 20% 미만, 약 10% 미만, 약 5% 미만, 약 4% 미만, 약 3% 미만, 약 2% 미만 또는 약 1% 미만이다. 일정한 실시형태에서, 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형된 세포에서 하나 이상의 내인성 생성물의 발현은 참조 세포, 예를 들면, WT 숙주 세포의 상응하는 내인성 생성물 발현의 약 90% 미만, 약 80% 미만, 약 70% 미만, 약 60% 미만, 약 50% 미만, 약 40% 미만, 약 30% 미만, 약 20% 미만, 약 10% 미만, 약 5% 미만, 약 4% 미만, 약 3% 미만, 약 2% 미만, 또는 약 1% 미만이다.
일정한 실시형태에서, 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형된 숙주 세포에서 하나 이상의 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현은 참조 숙주 세포, 예를 들면, WT 숙주 세포의 상응하는 내인성 생성물 발현의 적어도 약 90%, 적어도 약 80%, 적어도 약 70%, 적어도 약 60%, 적어도 약 50%, 적어도 약 40%, 적어도 약 30%, 적어도 약 20%, 적어도 약 10%, 적어도 약 5%, 적어도 약 4%, 적어도 약 3%, 적어도 약 2%, 또는 적어도 약 1%이다. 일정한 실시형태에서, 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형된 숙주 세포에서 하나 이상의 내인성 생성물의 발현은 참조 세포, 예를 들면, WT 포유류 세포의 상응하는 내인성 생성물 발현의 적어도 약 90%, 적어도 약 80%, 적어도 약 70%, 적어도 약 60%, 적어도 약 50%, 적어도 약 40%, 적어도 약 30%, 적어도 약 20%, 적어도 약 10%, 적어도 약 5%, 적어도 약 4%, 적어도 약 3%, 적어도 약 2%, 또는 적어도 약 1%이다.
일정한 실시형태에서, 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형된 세포에서 하나 이상의 특정 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현은 참조 숙주 세포, 예를 들면, WT 숙주 세포의 상응하는 내인성 생성물 발현의 약 90% 이내, 약 80% 이내, 약 70% 이내, 약 60% 이내, 약 50% 이내, 약 40% 이내, 약 30% 이내, 약 20% 이내, 약 10% 이내, 약 5% 이내, 약 4% 이내, 약 3% 이내, 약 2% 이내 또는 약 1% 이내이다. 일정한 실시형태에서, 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형된 세포에서 하나 이상의 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현은 참조 세포, 예를 들면, WT 포유류 세포의 상응하는 내인성 생성물 발현의 약 40% 이내이다. 일정한 실시형태에서, 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형된 세포에서 하나 이상의 내인성 생성물의 발현은 참조 세포, 예를 들면, WT 숙주 세포의 상응하는 내인성 생성물 발현의 약 90% 이내, 약 80% 이내, 약 70% 이내, 약 60% 이내, 약 50% 이내, 약 40% 이내, 약 30% 이내, 약 20% 이내, 약 10% 이내, 약 5% 이내, 약 4% 이내, 약 3% 이내, 약 2% 이내 또는 약 1% 이내이다.
일정한 실시형태에서, 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형된 세포에서 하나 이상의 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현은 참조 세포, 예를 들면, WT 숙주 세포의 상응하는 내인성 생성물 발현의 약 1% 및 약 90% 사이, 약 10% 및 약 90% 사이, 약 20% 및 약 90% 사이, 약 25% 및 약 90% 사이, 약 30% 및 약 90% 사이, 약 40% 및 약 90% 사이, 약 50% 및 약 90% 사이, 약 60% 및 약 90% 사이, 약 70% 및 약 90% 사이, 약 80% 및 약 90% 사이, 약 85% 및 약 90% 사이, 약 1% 및 약 80% 사이, 약 10% 및 약 80% 사이, 약 20% 및 약 80% 사이, 약 30% 및 약 80% 사이, 약 40% 및 약 80% 사이, 약 50% 및 약 80% 사이, 약 60% 및 약 80% 사이, 약 70% 및 약 80% 사이, 약 75% 및 약 80% 사이, 약 1% 및 약 70% 사이, 약 10% 및 약 70% 사이, 약 20% 및 약 70% 사이, 약 30% 및 약 70% 사이, 약 40% 및 약 70% 사이, 약 50% 및 약 70% 사이, 약 60% 및 약 70% 사이, 약 65% 및 약 70% 사이, 약 1% 및 약 60% 사이, 약 10% 및 약 60% 사이, 약 20% 및 약 60% 사이, 약 30% 및 약 60% 사이, 약 40% 및 약 60% 사이, 약 50% 및 약 60% 사이, 약 55% 및 약 60% 사이, 약 1% 및 약 50% 사이, 약 10% 및 약 50% 사이, 약 20% 및 약 50% 사이, 약 30% 및 약 50% 사이, 약 40% 및 약 50% 사이, 약 45% 및 약 50% 사이, 약 1% 및 약 40% 사이, 약 10% 및 약 40% 사이, 약 20% 및 약 40% 사이, 약 30% 및 약 40% 사이, 약 35% 및 약 40% 사이, 약 1% 및 약 30% 사이, 약 10% 및 약 30% 사이, 약 20% 및 약 30% 사이, 약 25% 및 약 30% 사이, 약 1% 및 약 20% 사이, 약 5% 및 약 20% 사이, 약 10% 및 약 20% 사이, 약 15% 및 약 20% 사이, 약 1% 및 약 10% 사이, 약 5% 및 약 10% 사이, 약 5% 및 약 20% 사이, 약 5% 및 약 30% 사이, 약 5% 및 약 40% 사이에 있다. 일정한 실시형태에서, 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형된 세포에서 하나 이상의 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현은 참조 세포, 예를 들면, WT 숙주 세포의 상응하는 내인성 생성물 발현의 약 1% 및 약 90% 사이, 약 10% 및 약 90% 사이, 약 20% 및 약 90% 사이, 약 25% 및 약 90% 사이, 약 30% 및 약 90% 사이, 약 40% 및 약 90% 사이, 약 50% 및 약 90% 사이, 약 60% 및 약 90% 사이, 약 70% 및 약 90% 사이, 약 80% 및 약 90% 사이, 약 85% 및 약 90% 사이, 약 1% 및 약 80% 사이, 약 10% 및 약 80% 사이, 약 20% 및 약 80% 사이, 약 30% 및 약 80% 사이, 약 40% 및 약 80% 사이, 약 50% 및 약 80% 사이, 약 60% 및 약 80% 사이, 약 70% 및 약 80% 사이, 약 75% 및 약 80% 사이, 약 1% 및 약 70% 사이, 약 10% 및 약 70% 사이, 약 20% 및 약 70% 사이, 약 30% 및 약 70% 사이, 약 40% 및 약 70% 사이, 약 50% 및 약 70% 사이, 약 60% 및 약 70% 사이, 약 65% 및 약 70% 사이, 약 1% 및 약 60% 사이, 약 10% 및 약 60% 사이, 약 20% 및 약 60% 사이, 약 30% 및 약 60% 사이, 약 40% 및 약 60% 사이, 약 50% 및 약 60% 사이, 약 55% 및 약 60% 사이, 약 1% 및 약 50% 사이, 약 10% 및 약 50% 사이, 약 20% 및 약 50% 사이, 약 30% 및 약 50% 사이, 약 40% 및 약 50% 사이, 약 45% 및 약 50% 사이, 약 1% 및 약 40% 사이, 약 10% 및 약 40% 사이, 약 20% 및 약 40% 사이, 약 30% 및 약 40% 사이, 약 35% 및 약 40% 사이, 약 1% 및 약 30% 사이, 약 10% 및 약 30% 사이, 약 20% 및 약 30% 사이, 약 25% 및 약 30% 사이, 약 1% 및 약 20% 사이, 약 5% 및 약 20% 사이, 약 10% 및 약 20% 사이, 약 15% 및 약 20% 사이, 약 1% 및 약 10% 사이, 약 5% 및 약 10% 사이, 약 5% 및 약 20% 사이, 약 5% 및 약 30% 사이, 약 5% 및 약 40% 사이에 있다.
일정한 실시형태에서, 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형된 세포에서 하나 이상의 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현은 참조 세포, 예를 들면, WT 숙주 세포의 상응하는 내인성 생성물 발현의 약 5% 및 약 40% 사이에 있다.
일정한 실시형태에서, 상이한 참조 세포 (예를 들면, 상응하는 유전자의 적어도 하나 또는 둘 모두의 야생형 대립유전자를 포함하는 세포)에서 하나 이상의 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현 수준은 다를 수 있다.
일정한 실시형태에서, 유전공학 시스템이 하나 이상의 특정 내인성 생성물의 발현 (예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 발현)을 감소시키거나 제거하는 데 이용된다. 당해 분야에 알려진 다양한 유전공학 시스템이 본원에 개시된 방법에 이용될 수 있다. 이런 시스템의 무제한적 실례에는 CRISPR/Cas 시스템, 아연 핑거 뉴클레아제 (ZFN) 시스템, 전사 활성자 유사 반응기 뉴클레아제 (TALEN) 시스템, 그리고 유전자 침묵에 의해 단백질 발현을 감소시키거나 제거하기 위한 다른 도구, 예컨대 짧은 간섭 RNA (siRNA), 짧은 헤어핀 RNA (shRNA) 및 마이크로RNA (miRNA)의 이용이 포함된다. 전통적인, 향상된 또는 변형된 Cas 시스템뿐만 아니라 다른 세균 기반 유전체 절제 도구 예컨대 Cpf-1을 포함한, 당해 분야에 알려진 임의의 CRISPR/Cas 시스템이 본원에 개시된 방법용으로 이용될 수 있다.
일정한 실시형태에서, 하나 이상의 유전자, 예를 들면, 내인성 생성물 예컨대 GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드를 코딩하는 유전자의 일부가 숙주 세포에서 상응하는 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하기 위해 결실된다. 일정한 실시형태에서, 유전자의 적어도 약 2%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85% 또는 적어도 약 90%가 결실된다. 일정한 실시형태에서, 유전자의 약 2% 이내, 약 5% 이내, 약 10% 이내, 약 15% 이내, 약 20% 이내, 약 25% 이내, 약 30% 이내, 약 35% 이내, 약 40% 이내, 약 45% 이내, 약 50% 이내, 약 55% 이내, 약 60% 이내, 약 65% 이내, 약 70% 이내, 약 75% 이내, 약 80% 이내, 약 85% 이내 또는 약 90% 이내가 결실된다. 일정한 실시형태에서, 유전자의 약 2% 및 약 90% 사이, 약 10% 및 약 90% 사이, 약 20% 및 약 90% 사이, 약 25% 및 약 90% 사이, 약 30% 및 약 90% 사이, 약 40% 및 약 90% 사이, 약 50% 및 약 90% 사이, 약 60% 및 약 90% 사이, 약 70% 및 약 90% 사이, 약 80% 및 약 90% 사이, 약 85% 및 약 90% 사이, 약 2% 및 약 80% 사이, 약 10% 및 약 80% 사이, 약 20% 및 약 80% 사이, 약 30% 및 약 80% 사이, 약 40% 및 약 80% 사이, 약 50% 및 약 80% 사이, 약 60% 및 약 80% 사이, 약 70% 및 약 80% 사이, 약 75% 및 약 80% 사이, 약 2% 및 약 70% 사이, 약 10% 및 약 70% 사이, 약 20% 및 약 70% 사이, 약 30% 및 약 70% 사이, 약 40% 및 약 70% 사이, 약 50% 및 약 70% 사이, 약 60% 및 약 70% 사이, 약 65% 및 약 70% 사이, 약 2% 및 약 60% 사이, 약 10% 및 약 60% 사이, 약 20% 및 약 60% 사이, 약 30% 및 약 60% 사이, 약 40% 및 약 60% 사이, 약 50% 및 약 60% 사이, 약 55% 및 약 60% 사이, 약 2% 및 약 50% 사이, 약 10% 및 약 50% 사이, 약 20% 및 약 50% 사이, 약 30% 및 약 50% 사이, 약 40% 및 약 50% 사이, 약 45% 및 약 50% 사이, 약 2% 및 약 40% 사이, 약 10% 및 약 40% 사이, 약 20% 및 약 40% 사이, 약 30% 및 약 40% 사이, 약 35% 및 약 40% 사이, 약 2% 및 약 30% 사이, 약 10% 및 약 30% 사이, 약 20% 및 약 30% 사이, 약 25% 및 약 30% 사이, 약 2% 및 약 20% 사이, 약 5% 및 약 20% 사이, 약 10% 및 약 20% 사이, 약 15% 및 약 20% 사이, 약 2% 및 약 10% 사이, 약 5% 및 약 10% 사이, 또는 약 2% 및 약 5% 사이가 결실된다.
일정한 실시형태에서, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드를 인코딩하는 유전자의 적어도 하나의 엑손이 숙주 세포에서 적어도 부분적으로 결실된다. 본원에서 이용된 바와 같이, "부분적으로 결실된"은 엑손과 같은 영역의 적어도 약 2%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 약 2% 이내, 약 5% 이내, 약 10% 이내, 약 15% 이내, 약 20% 이내, 약 25% 이내, 약 30% 이내, 약 35% 이내, 약 40% 이내, 약 45% 이내, 약 50% 이내, 약 55% 이내, 약 60% 이내, 약 65% 이내, 약 70% 이내, 약 75% 이내, 약 80% 이내, 약 85% 이내, 약 90% 이내, 약 95% 이내, 약 2% 및 약 90% 사이, 약 10% 및 약 90% 사이, 약 20% 및 약 90% 사이, 약 25% 및 약 90% 사이, 약 30% 및 약 90% 사이, 약 40% 및 약 90% 사이, 약 50% 및 약 90% 사이, 약 60% 및 약 90% 사이, 약 70% 및 약 90% 사이, 약 80% 및 약 90% 사이, 약 85% 및 약 90% 사이, 약 2% 및 약 80% 사이, 약 10% 및 약 80% 사이, 약 20% 및 약 80% 사이, 약 30% 및 약 80% 사이, 약 40% 및 약 80% 사이, 약 50% 및 약 80% 사이, 약 60% 및 약 80% 사이, 약 70% 및 약 80% 사이, 약 75% 및 약 80% 사이, 약 2% 및 약 70% 사이, 약 10% 및 약 70% 사이, 약 20% 및 약 70% 사이, 약 30% 및 약 70% 사이, 약 40% 및 약 70% 사이, 약 50% 및 약 70% 사이, 약 60% 및 약 70% 사이, 약 65% 및 약 70% 사이, 약 2% 및 약 60% 사이, 약 10% 및 약 60% 사이, 약 20% 및 약 60% 사이, 약 30% 및 약 60% 사이, 약 40% 및 약 60% 사이, 약 50% 및 약 60% 사이, 약 55% 및 약 60% 사이, 약 2% 및 약 50% 사이, 약 10% 및 약 50% 사이, 약 20% 및 약 50% 사이, 약 30% 및 약 50% 사이, 약 40% 및 약 50% 사이, 약 45% 및 약 50% 사이, 약 2% 및 약 40% 사이, 약 10% 및 약 40% 사이, 약 20% 및 약 40% 사이, 약 30% 및 약 40% 사이, 약 35% 및 약 40% 사이, 약 2% 및 약 30% 사이, 약 10% 및 약 30% 사이, 약 20% 및 약 30% 사이, 약 25% 및 약 30% 사이, 약 2% 및 약 20% 사이, 약 5% 및 약 20% 사이, 약 10% 및 약 20% 사이, 약 15% 및 약 20% 사이, 약 2% 및 약 10% 사이, 약 5% 및 약 10% 사이, 또는 약 2% 및 약 5% 사이가 결실된다는 것을 지칭한다.
일정한 무제한적 실시형태에서, CRISPR/Cas9 시스템이 숙주 세포에서 하나 이상의 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현을 감소시키거나 제거하는 데 이용된다. 주기적인 간격을 두고 분포하는 짧은 회문 구조 반복 서열 (CRISPR) 시스템은 원핵 세포에서 발견되는 유전체 편집 도구이다. 유전체 편집에 활용될 때, 상기 시스템은 Cas9 (crRNA를 가이드로서 활용하는 DNA를 변형할 수 있는 단백질), CRISPR RNA (crRNA, Cas9와 활성 복합체를 형성하는 tracrRNA (일반적으로 헤어핀 루프 형태에서)에 결합하는 영역과 함께, 숙주 DNA의 정확한 섹션으로 안내하기 위해 Cas9에 의해 이용되는 RNA가 포함됨), 그리고 전사촉진 crRNA (tracrRNA, crRNA에 결합하고 Cas9와 활성 복합체를 형성함)를 포함한다. 용어 "안내 RNA" 및 "gRNA"는 세포에서 표적 서열 예컨대 유전체 또는 에피솜 서열에 RNA 안내 뉴클레아제 예컨대 Cas9의 특이적 연결 (또는 "표적화")을 증진하는 임의의 핵산을 지칭한다. gRNA는 단분자 (단일 RNA 분자 포함, 그리고 키메라로 대체 지칭됨) 또는 모듈식 (예를 들면, 이중화에 의해 서로 통상적으로 연결되는 하나 초과, 전형적으로 2개의 별개의 RNA 분자, 예컨대 crRNA 및 tracrRNA 포함)일 수 있다.
CRISPR/Cas9 전략은 포유류 세포를 형질감염시키기 위한 벡터를 이용할 수 있다. 안내 RNA (gRNA)는 각 적용 분야에 맞게 설계될 수 있는데, 그 이유는 이것이 Cas9가 포유류 세포에서 표적 DNA를 식별하고 직접 결합하는 데 이용하는 서열이기 때문이다. 복수의 crRNA 및 tracrRNA가 함께 포장되어, 단일-안내 RNA (sgRNA)가 형성될 수 있다. sgRNA는 Cas9 유전자와 함께 연결되고 포유류 세포 내로 형질감염을 위한 벡터로 만들어질 수 있다.
일정한 실시형태에서, 하나 이상의 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현을 감소시키거나 제거하는 데 이용하기 위한 CRISPR/Cas9 시스템은 Cas9 분자, 그리고 내인성 생성물 또는 이의 성분을 인코딩하는 유전자의 표적 서열에 상보적인 표적화 도메인을 포함하는 하나 이상의 gRNA를 포함한다. 일정한 실시형태에서, 표적 유전자는 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드를 코딩하는 유전자의 영역이다. 표적 서열은 유전자 내에 임의의 엑손 또는 인트론 영역일 수 있다.
일정한 실시형태에서, gRNA는 단일 벡터로 포유류 세포에 투여되고, 그리고 Cas9 분자는 두 번째 벡터로 숙주 세포에 투여된다. 일정한 실시형태에서, gRNA 및 Cas9 분자는 단일 벡터로 숙주 세포에 투여된다. 대안으로, gRNA 및 Cas9 분자 각각은 별개의 벡터에 의해 투여될 수 있다. 일정한 실시형태에서, CRISPR/Cas9 시스템은 예를 들면, 전기천공에 의해 전달된 하나 이상의 gRNA와 복합화된 Cas9 단백질을 포함하는 리보핵산단백질 복합체 (RNP)로서 숙주 세포로 전달될 수 있다 (RNP를 세포에 전달하는 추가 방법에 대해, 예를 들면, DeWitt et al., Methods 121-122:9-15 (2017)를 참조한다). 일정한 실시형태에서, CRISPR/Cas9 시스템을 숙주 세포에 투여하는 것은 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현 감소 또는 제거를 야기한다.
CRISPR/Cas9를 이용하여, 특정 표적 유전자가 1개, 2개, 3개 또는 그 초과의 상이한 부위에서 표적화될 수 있다. 예를 들어, 그러나 제한 없이, 코딩 서열 내에 3개의 상이한 부위가, 3개의 상이한 gRNA를 이용하는 것과 동시에 다중 리보핵산단백질 전달을 이용하여 표적화될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 다중 리보핵산단백질 전달은 통상적인 플라스미드 기반 CRISPR/Cas9 편집과 비교하여 더 높은 유전자 편집 효능과 특이성을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 유전자 표적 부위(들)에서 이중 가닥 개열은 인델 형성을 유도한다. 일정한 실시형태에서, 예를 들면, 복수 부위가 다중 gRNA 용법으로 인해 표적화될 때, 표적 부위 사이의 서열, 예를 들면, 개재성 엑손의 결실은 표적 단백질의 CDS의 프레임시프트를 야기한다.
일정한 실시형태에서, 변형된 세포 풀에서 PCR-증폭된 유전자 좌위의 염기서열분석은 유전자에 대한 성공적인 표적화를 보여주는 첫 번째 gRNA 부위에서 연쇄 반응의 중단을 드러낼 것이다. 일정한 실시형태에서 세포 풀은 이러한 풀의 세포 중 적어도 약 2%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 또는 적어도 약 95%에서 모든 표적화된 유전자에 변형(들)을 포함할 것이다. 일정한 실시형태에서 세포 풀은 이러한 풀의 세포 중 적어도 약 2%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 또는 적어도 약 95%에서 "n"개의 표적화된 유전자 (여기서 "n"은 표적화된 유전자의 개수이다) 중 "n-1"개에서 변형(들)을 포함할 것이다. 일정한 실시형태에서 세포 풀은 이러한 풀의 세포 중 적어도 약 2%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 또는 적어도 약 95%에서 "n"개의 표적화된 유전자 중 "n-2"개에서 변형(들)을 포함할 것이다. 일정한 실시형태에서 세포 풀은 이러한 풀의 세포 중 적어도 약 2%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 또는 적어도 약 95%에서 "n"개의 표적화된 유전자 중 "n-3"개에서 변형(들)을 포함할 것이다. 일정한 실시형태에서 세포 풀은 이러한 풀의 세포 중 적어도 약 2%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 또는 적어도 약 95%에서 "n"개의 표적화된 유전자 중 "n-4"개에서 변형(들)을 포함할 것이다. 일정한 실시형태에서 세포 풀은 이러한 풀의 세포 중 적어도 약 2%, 적어도 약 5%, 적어도 약 10%, 적어도 약 15%, 적어도 약 20%, 적어도 약 25%, 적어도 약 30%, 적어도 약 35%, 적어도 약 40%, 적어도 약 45%, 적어도 약 50%, 적어도 약 55%, 적어도 약 60%, 적어도 약 65%, 적어도 약 70%, 적어도 약 75%, 적어도 약 80%, 적어도 약 85%, 적어도 약 90%, 또는 적어도 약 95%에서 "n"개의 표적화된 유전자 중 1개 내지 "n"개에서 변형(들)을 포함할 것이다.
일정한 실시형태에서, 유전공학 시스템은 포유류 세포에서 하나 이상의 특정 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현을 감소시키거나 제거하기 위한 ZFN 시스템이다. ZFN은 아연 핑거 DNA 결합 도메인을 DNA-절단 도메인과 조합함으로써 생성되는 제한 효소로서 작용할 수 있다. 아연 핑거 도메인은 아연 핑거 뉴클레아제가 유전체 내에 원하는 서열을 표적으로 하는 것을 가능하게 하는 특정한 DNA 서열을 표적으로 하도록 조작될 수 있다. 개별 ZFN의 DNA 결합 도메인은 전형적으로 복수의 개별 아연 핑거 반복을 포함하고 복수의 염기쌍을 각각 인식할 수 있다. 새로운 아연 핑거 도메인을 생성하기 위한 가장 통상적인 방법은 공지된 특이성의 더 작은 아연 핑거 "모듈"을 조합하는 것이다. ZFN에서 가장 통상적인 개열 도메인은 IIs형 제한 엔도뉴클레아제 FokI로부터 비특이적 개열 도메인이다. ZFN은, 상동성 주형이 없는 경우에 비상동성 말단 연결 (NHEJ)에 의해 수복될, 표적 DNA 서열 내에 이중 가닥 절단 (DSB)을 생성함으로써 단백질의 발현을 조정한다. 이런 수복은 염기쌍의 결실 또는 삽입을 야기하고, 프레임시프트를 생성하며, 유해한 단백질의 생성을 예방할 수 있다 (Durai et al., Nucleic Acids Res.; 33 (18): 5978-90 (2005)). ZFN의 복수의 쌍이 또한, 유전체 서열의 전체 큰 분절을 완전히 제거하는 데 이용될 수 있다 (Lee et al., Genome Res.; 20 (1): 81-9 (2010)).
일정한 실시형태에서, 유전공학 시스템은 포유류 세포에서 하나 이상의 특정 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현을 감소시키거나 제거하기 위한 TALEN 시스템이다. TALEN은 DNA의 특정한 서열을 절단하도록 조작될 수 있는 제한 효소이다. TALEN 시스템은 ZFN과 유사한 원리로 작동한다. TALEN은 전사 활성인자 유사 이펙터 DNA 결합 도메인을 DNA 개열 도메인과 조합함으로써 생성된다. 전사 활성인자 유사 이펙터 (TALE)는 특정한 뉴클레오티드를 강하게 인식하는 2개의 가변 위치를 갖는 33-34개의 아미노산 반복 모티프로 구성된다. 이들 TALE의 어레이를 조립함으로써, TALE DNA 결합 도메인은 원하는 DNA 서열에 결합하도록 조작될 수 있고, 그것에 의하여 뉴클레아제가 유전체 내에 특정한 위치에서 절단되도록 안내할 수 있다 (Boch et al., Nature Biotechnology; 29(2):135-6 (2011)). 일정한 실시형태에서, 표적 유전자는 GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK를 인코딩한다.
일정한 실시형태에서, 하나 이상의 특정 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현이 상응하는 핵산 (예를 들면, mRNA)에 대한 상보성 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 이용하여 감소되거나 제거될 수 있다. 이런 올리고뉴클레오티드의 무제한적 실례에는 작은 간섭 RNA (siRNA), 짧은 헤어핀 RNA (shRNA), 및 마이크로 RNA (miRNA)가 포함된다. 일정한 실시형태에서, 이런 올리고뉴클레오티드는 GAG 구성요소 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 핵산 서열의 적어도 일부와 상동할 수 있는데, 여기서 상응하는 핵산 서열에 비하여 상기 부분의 상동성은 적어도 약 75 또는 적어도 약 80 또는 적어도 약 85 또는 적어도 약 90 또는 적어도 약 95 또는 적어도 약 98 퍼센트이다. 일정한 무제한적 실시형태에서, 상보성 부분은 적어도 10개의 뉴클레오티드 또는 적어도 15개의 뉴클레오티드 또는 적어도 20개의 뉴클레오티드 또는 적어도 25개의 뉴클레오티드 또는 적어도 30개의 뉴클레오티드로 구성될 수 있고, 그리고 안티센스 핵산, shRNA, mRNA 또는 siRNA 분자는 길이에서 15개까지 또는 20개까지 또는 25개까지 또는 30개까지 또는 35개까지 또는 40개까지 또는 45개까지 또는 50개까지 또는 75개까지 또는 100개까지의 뉴클레오티드일 수 있다. 안티센스 핵산, shRNA, mRNA 또는 siRNA 분자는 DNA 또는 비정형성 또는 비-자연 발생 잔기, 예를 들면, 그러나 제한 없이, 포스포로티오에이트 잔기를 포함할 수 있다.
본원에 개시된 유전공학 시스템은 바이러스 벡터, 예를 들면, 레트로바이러스 벡터 예컨대 감마-레트로바이러스 벡터 및 렌티바이러스 벡터를 이용하여 포유류 세포 내로 전달될 수 있다. 레트로바이러스 벡터 및 적절한 포장 라인의 조합이 적합한데, 여기서 캡시드 단백질이 인간 세포를 감염시키는 데 기능적일 것이다. PA12 (Miller, et al. (1985) Mol. Cell. Biol. 5:431-437); PA317 (Miller, et al. (1986) Mol. Cell. Biol. 6:2895-2902); 및 CRIP (Danos, et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:6460-6464)를 포함하지만 이들에 한정되지 않는 다양한 암포트로픽 바이러스 생산 세포주가 알려져 있다. 비-암포트로픽 입자, 예를 들면, VSVG, RD114 또는 GALV 외피로 위유형화된 입자, 그리고 당해 분야에 알려진 임의의 다른 것들 역시 적합하다. 가능한 형질도입 방법에는 또한, 예를 들면, Bregni, et al. (1992) Blood 80:1418-1422의 방법에 의한, 세포 및 생산자 세포의 직접적인 공동배양, 또는 예를 들면, Xu, et al. (1994) Exp. Hemat. 22:223-230; 및 Hughes, et al. (1992) J. Clin. Invest. 89:1817의 방법에 의한, 적합한 성장 인자 및 다가양이온과 함께 또는 이들 없이 바이러스 상층액 단독 또는 농축된 벡터 스톡과 함께 배양이 포함된다.
다른 형질도입 바이러스 벡터가 본원에 개시된 포유류 세포를 변형하는 데 이용될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 선택된 벡터는 높은 감염 효율 및 안정된 통합과 발현을 나타낸다 (참조: 예를 들면, Cayouette et al., Human Gene Therapy 8:423-430, 1997; Kido et al., Current Eye Research 15:833-844, 1996; Bloomer et al., Journal of Virology 71:6641-6649, 1997; Naldini et al., Science 272:263-267, 1996; 및 Miyoshi et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94:10319, 1997). 이용될 수 있는 다른 바이러스 벡터에는 예를 들면, 아데노바이러스, 렌티바이러스 및 아데노 관련 바이러스 벡터, 우두 바이러스, 소 유두종 바이러스, 또는 헤르페스 바이러스, 예컨대 엡스타인 바르 바이러스가 포함된다 (예를 들면, Miller, Human Gene Therapy 15-14, 1990; Friedman, Science 244:1275-1281, 1989; Eglitis et al., BioTechniques 6:608-614, 1988; Tolstoshev et al., Current Opinion in Biotechnology 1:55-61, 1990; Sharp, The Lancet 337:1277-1278, 1991; Cornetta et al., Nucleic Acid Research and Molecular Biology 36:311-322, 1987; Anderson, Science 226:401-409, 1984; Moen, Blood Cells 17:407-416, 1991; Miller et al., Biotechnology 7:980-990, 1989; LeGal La Salle et al., Science 259:988-990, 1993; 및 Johnson, Chest 107:77S-83S, 1995의 벡터를 또한 참조한다). 레트로바이러스 벡터가 특히 잘 개발되고 임상 환경에 이용되었다 (Rosenberg et al., N. Engl. J. Med 323:370, 1990; Anderson et al., 미국 특허 번호 5,399,346).
비바이러스 접근방식 또한, 본원에 개시된 포유류 세포의 유전공학에 이용될 수 있다. 예를 들어, 핵산 분자가 리포펙션의 존재 하에 핵산을 투여함으로써 (Feigner et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 84:7413, 1987; Ono et al., Neuroscience Letters 17:259, 1990; Brigham et al., Am. J. Med. Sci. 298:278, 1989; Staubinger et al., Methods in Enzymology 101:512, 1983), 아시알로오르소뮤코이드-폴리리신 접합 (Wu et al., Journal of Biological Chemistry 263:14621, 1988; Wu et al., Journal of Biological Chemistry 264:16985, 1989)에 의해, 또는 수술 조건 하에 미량주사 (Wolff et al., Science 247:1465, 1990)에 의해 포유류 세포 내로 도입될 수 있다. 유전자 전달을 위한 다른 비바이러스 수단에는 인산칼슘, DEAE 덱스트란, 전기천공 및 원형질체 융합을 이용한 시험관내 형질감염이 포함된다. 리포솜 또한, 포유류 세포 내로 핵산 분자의 전달에 잠재적으로 유익할 수 있다. 개체의 영향을 받은 조직 내로 정상적인 유전자의 이식 역시 정상적인 핵산을 탈체 배양가능 세포 유형 (예를 들면, 자가 또는 이종성 일차 세포 또는 이의 후손)으로 이전함으로써 달성될 수 있고, 그 후 세포 (또는 이의 후손)가 표적 조직 내로 주사되거나 또는 전신 주사된다.
5.3 유전자 특이적 변형을 포함하는 포유류 세포
한 가지 양상에서, 본원 발명은 하나 이상의 내인성 생성물의 발현이 감소되거나 제거된 하나 이상의 세포, 예를 들면, 포유류 세포를 포함하는 세포 또는 조성물에 관계한다. 일정한 실시형태에서, 세포는 GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현이 감소되거나 제거된다.
본원에서 이용된 바와 같이, 발현 제거는 참조 세포와 비교하여, 세포에서 특정 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현 제거를 지칭한다. 본원에서 이용된 바와 같이, 발현 감소는 참조 세포와 비교하여, 세포에서 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현 감소를 지칭한다.
본원 발명의 요부와 관련하여 유용한 세포의 무제한적 실례에는 CHO 세포 (예를 들면, DHFR CHO 세포), dp12.CHO 세포, CHO-K1 (ATCC, CCL-61), SV40에 의해 형질전환된 원숭이 신장 CV1 라인 (예를 들면, COS-7 ATCC CRL-1651), 인간 배아 신장 라인 (예를 들면, 현탁 배양 동안 성장을 위해 하위클로닝된 HEK 293 또는 HEK 293 세포), 아기 햄스터 신장 세포 (예를 들면, BHK, ATCC CCL 10), 생쥐 세르톨리 세포 (예를 들면, TM4), 원숭이 신장 세포 (예를 들면, CV1 ATCC CCL 70), 아프리카 녹색 원숭이 신장 세포 (예를 들면, VERO-76, ATCC CRL-1587), 인간 경부 암종 세포 (예를 들면, HELA, ATCC CCL 2), 개 신장 세포 (예를 들면, MDCK, ATCC CCL 34), 버팔로 쥐 간 세포 (예를 들면, BRL 3A, ATCC CRL 1442), 인간 폐 세포 (예를 들면, W138, ATCC CCL 75), 인간 간 세포 (예를 들면, Hep G2, HB 8065), 생쥐 유방 종양 (예를 들면, MMT 060562, ATCC CCL51), TRI 세포, MRC 5 세포, FS4 세포, 인간 간암 라인 (예를 들면, Hep G2), 골수종 세포주 (예를 들면, Y0, NS0 및 Sp2/0)가 포함된다. 일정한 실시형태에서, 세포는 CHO 세포이다. CHO 숙주 세포의 추가의 무제한적 실례에는 CHO K1SV 세포, CHO DG44 세포, CHO DUKXB-11 세포, CHOK1S 세포 및 CHO K1M 세포가 포함된다.
일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 세포는 관심되는 재조합 생성물을 발현한다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물은 재조합 단백질이다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물은 단일클론 항체이다. 관심되는 재조합 생성물의 추가의 무제한적 실례는 섹션 5.5에 제공된다.
일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 세포는 상업적으로 유용한 양의 관심되는 재조합 생성물의 생산에 이용될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 세포는 적어도 부분적으로, 참조 세포, 예를 들면, WT 숙주 세포에 비하여 생산 과정의 성분의 분해 수준 감소를 유도함으로써 상업적으로 유용한 양의 관심되는 재조합 생성물의 생산을 가능하게 한다. 일정한 실시형태에서, 생산 과정의 성분은 지질 함유 성분이다. 일정한 실시형태에서, 지질 함유 성분은 세정제이다. 일정한 실시형태에서, 세정제는 폴리소르베이트 함유 성분이다. 일정한 실시형태에서, 폴리소르베이트 함유 성분은 PS20 (폴리옥시에틸렌 (20) 소르비탄 모노라우레이트)이다. 일정한 실시형태에서, 폴리소르베이트 함유 성분은 PS80 (폴리옥시에틸렌 (80) 소르비탄 모노올리에이트)이다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 세포는 생산 과정의 성분, 예를 들면, PS20의 분해를, 참조 세포, 예를 들면, WT 숙주 세포에서 관찰된 상응하는 PS20 분해의 약 90% 미만, 약 80% 미만, 약 70% 미만, 약 60% 미만, 약 50% 미만, 약 40% 미만, 약 30% 미만, 약 20% 미만, 약 10% 미만, 약 5% 미만, 약 4% 미만, 약 3% 미만, 약 2% 미만 또는 약 1% 미만으로 감소시킬 수 있다.
일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 세포는 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 핵산을 포함할 수 있다. 일정한 실시형태에서, 핵산은 하나 이상의 벡터, 예를 들면, 발현 벡터 내에 존재할 수 있다. 벡터의 한 가지 유형은 "플라스미드"인데, 이것은 추가의 DNA 분절이 결찰될 수 있는 환상 이중 가닥 DNA 루프를 지칭한다. 다른 유형의 벡터는 바이러스 벡터인데, 여기서 추가의 DNA 분절이 바이러스 유전체 내로 결찰될 수 있다. 일정한 벡터는 그들이 도입되는 숙주 세포에서 자동 복제할 수 있다 (예를 들면, 세균 복제 기점을 갖는 세균 벡터 및 에피솜 포유류 벡터). 다른 벡터 (예를 들면, 비에피솜 포유류 벡터)는 숙주 세포 내로 도입 시에 숙주 세포의 유전체 내로 통합되고, 그것에 의하여 숙주 유전체와 함께 복제된다. 게다가, 일정한 벡터, 발현 벡터는 그들이 작동가능하게 연결되는 유전자의 발현을 주동할 수 있다. 일반적으로, 재조합 DNA 기술에서 유용한 발현 벡터는 종종, 플라스미드 (벡터)의 형태이다. 본원 발명에 이용하기 위한 발현 벡터의 추가의 무제한적 실례에는 동등한 기능을 제공하는 바이러스 벡터 (예를 들면, 복제 결함성 레트로바이러스, 아데노바이러스 및 아데노 관련 바이러스)가 포함된다.
일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 핵산은 본원에 개시된 숙주 세포 내로 도입될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 세포 내로 핵산의 도입은 형질감염, 전기천공, 미량주사, 핵산 서열을 포함하는 바이러스 또는 박테리오파지 벡터로 감염, 세포 융합, 염색체 매개 유전자 전달, 마이크로세포 매개 유전자 전달, 스페로플라스트 융합 등을 포함하지만 이들에 한정되지 않는 당해 분야에 공지된 임의의 방법에 의해 실행될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 숙주 세포는 진핵, 예를 들면, 중국 햄스터 난소 (CHO) 세포 또는 림프계 세포 (예를 들면, Y0, NS0, Sp20 세포)이다.
일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 핵산은 숙주 세포 유전체 내로 무작위로 통합될 수 있다 ("무작위 통합" 또는 "RI"). 예를 들어, 그러나 제한 없이, 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 핵산은 하나 이상의 특정 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현이 감소되거나 제거되도록 또한 변형된 세포의 유전체 내로 무작위로 통합될 수 있다.
일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 핵산은 표적화된 방식으로 숙주 세포 유전체 내로 통합될 수 있다 (본원에 상세하게 설명된 바와 같은, "표적화 통합" 또는 "TI"). 예를 들어, 그러나 제한 없이, 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 핵산은 하나 이상의 특정 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현이 감소되거나 제거되도록 변형된 세포의 유전체 내로 표적화된 방식으로 통합될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 핵산의 도입을 위한 TI 숙주 세포의 이용은 견실하고 안정된 세포 배양 성과 및 그 결과로 생긴 관심되는 재조합 생성물에서 서열 변이체의 더 낮은 위험을 제공할 것이다. TI 숙주 세포 및 이들의 이용을 위한 전략은 미국 특허 출원 공개 번호 US20210002669에 상세하게 설명되고, 이것의 내용은 온전히 참조로서 편입된다.
표적화 통합을 이용한 일정한 실시형태에서, 외인성 뉴클레오티드 서열은 TI 숙주 세포의 유전체의 특정한 좌위 내의 부위에 통합된다. 일정한 실시형태에서, 외인성 뉴클레오티드 서열이 통합되는 좌위는 콘틱 NW_006874047.1, NW_ 006884592.1, NW_ 006881296.1, NW_ 003616412.1, NW_ 003615063.1, NW_ 006882936.1, 및 NW_ 003615411.1에서 선택되는 서열과 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99%, 또는 적어도 약 99.9% 상동하다.
일정한 실시형태에서, 통합된 외인성 서열의 5' 바로 옆에 있는 뉴클레오티드 서열은 NW_006874047.1의 뉴클레오티드 41190-45269, NW_006884592.1의 뉴클레오티드 63590-207911, NW_006881296.1의 뉴클레오티드 253831-491909, NW_003616412.1의 뉴클레오티드 69303-79768, NW_003615063.1의 뉴클레오티드 293481-315265, NW_006882936.1의 뉴클레오티드 2650443-2662054, 또는 NW_003615411.1의 뉴클레오티드 82214-97705, 그리고 이들과 적어도 50% 상동한 서열로 구성된 군에서 선택된다. 일정한 실시형태에서, 통합된 외인성 서열의 5' 바로 옆에 있는 뉴클레오티드 서열은 NW_006874047.1의 뉴클레오티드 41190-45269, NW_006884592.1의 뉴클레오티드 63590-207911, NW_006881296.1의 뉴클레오티드 253831-491909, NW_003616412.1의 뉴클레오티드 69303-79768, NW_003615063.1의 뉴클레오티드 293481-315265, NW_006882936.1의 뉴클레오티드 2650443-2662054, 또는 NW_003615411.1의 뉴클레오티드 82214-97705와 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99%, 또는 적어도 약 99.9% 상동하다.
일정한 실시형태에서, 통합된 외인성 서열의 3' 바로 옆에 있는 뉴클레오티드 서열은 NW_006874047.1의 뉴클레오티드 45270-45490, NW_006884592.1의 뉴클레오티드 207912-792374, NW_006881296.1의 뉴클레오티드 491910-667813, NW_003616412.1의 뉴클레오티드 79769-100059, NW_003615063.1의 뉴클레오티드 315266-362442, NW_006882936.1의 뉴클레오티드 2662055-2701768, 또는 NW_003615411.1의 뉴클레오티드 97706-105117, 그리고 이들과 적어도 50% 상동한 서열로 구성된 군에서 선택된다. 일정한 실시형태에서, 통합된 외인성 서열의 3' 바로 옆에 있는 뉴클레오티드 서열은 NW_006874047.1의 뉴클레오티드 45270-45490, NW_006884592.1의 뉴클레오티드 207912-792374, NW_006881296.1의 뉴클레오티드 491910-667813, NW_003616412.1의 뉴클레오티드 79769-100059, NW_003615063.1의 뉴클레오티드 315266-362442, NW_006882936.1의 뉴클레오티드 2662055-2701768, 또는 NW_003615411.1의 뉴클레오티드 97706-105117과 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99%, 또는 적어도 약 99.9% 상동하다.
일정한 실시형태에서, 통합된 외인성 서열은 NW_006874047.1의 뉴클레오티드 41190-45269, NW_006884592.1의 뉴클레오티드 63590-207911, NW_006881296.1의 뉴클레오티드 253831-491909, NW_003616412.1의 뉴클레오티드 69303-79768, NW_003615063.1의 뉴클레오티드 293481-315265, NW_006882936.1의 뉴클레오티드 2650443-2662054, NW_003615411.1의 뉴클레오티드 82214-97705, 그리고 이들과 적어도 50% 상동한 서열로 구성된 군에서 선택되는 뉴클레오티드 서열과 5'에서 측접된다. 일정한 실시형태에서, 통합된 외인성 서열은 NW_006874047.1의 뉴클레오티드 45270-45490, NW_006884592.1의 뉴클레오티드 207912-792374, NW_006881296.1의 뉴클레오티드 491910-667813, NW_003616412.1의 뉴클레오티드 79769-100059, NW_003615063.1의 뉴클레오티드 315266-362442, NW_006882936.1의 뉴클레오티드 2662055-2701768, NW_003615411.1의 뉴클레오티드 97706-105117, 그리고 이들과 적어도 50% 상동한 서열로 구성된 군에서 선택된 뉴클레오티드 서열과 3'에서 측접된다. 일정한 실시형태에서, 통합된 외인성 뉴클레오티드 서열의 5'에서 측접하는 뉴클레오티드 서열은 NW_006874047.1의 뉴클레오티드 41190-45269, NW_006884592.1의 뉴클레오티드 63590-207911, NW_006881296.1의 뉴클레오티드 253831-491909, NW_003616412.1의 뉴클레오티드 69303-79768, NW_003615063.1의 뉴클레오티드 293481-315265, NW_006882936.1의 뉴클레오티드 2650443-2662054, 및 NW_003615411.1의 뉴클레오티드 82214-97705와 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99%, 또는 적어도 약 99.9% 상동하다. 일정한 실시형태에서, 통합된 외인성 뉴클레오티드 서열의 3'에서 측접하는 뉴클레오티드 서열은 NW_006874047.1의 뉴클레오티드 45270-45490, NW_006884592.1의 뉴클레오티드 207912-792374, NW_006881296.1의 뉴클레오티드 491910-667813, NW_003616412.1의 뉴클레오티드 79769-100059, NW_003615063.1의 뉴클레오티드 315266-362442, NW_006882936.1의 뉴클레오티드 2662055-2701768, 및 NW_003615411.1의 뉴클레오티드 97706-105117과 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99%, 또는 적어도 약 99.9% 상동하다.
일정한 실시형태에서, 통합된 외인성 뉴클레오티드 서열은 콘틱 NW_006874047.1, NW_ 006884592.1, NW_ 006881296.1, NW_ 003616412.1, NW_ 003615063.1, NW_ 006882936.1, NW_ 003615411.1, 그리고 이들과 적어도 50% 상동한 서열로 구성된 군에서 선택된 뉴클레오티드 서열에 작동가능하게 연결된다. 일정한 실시형태에서, 외인성 뉴클레오티드 서열에 작동가능하게 연결된 뉴클레오티드 서열은 콘틱 NW_006874047.1, NW_ 006884592.1, NW_ 006881296.1, NW_ 003616412.1, NW_ 003615063.1, NW_ 006882936.1, 및 NW_ 003615411.1에서 선택되는 서열과 적어도 약 50%, 적어도 약 60%, 적어도 약 70%, 적어도 약 80%, 적어도 약 90%, 적어도 약 95%, 적어도 약 99%, 또는 적어도 약 99.9% 상동하다.
일정한 실시형태에서, 관심되는 생성물을 인코딩하는 핵산은 유전자전위효소 기반 통합을 이용하여 숙주 세포 유전체 내로 통합될 수 있다. 유전자전위효소 기반 통합 기술은 예를 들면, Trubitsyna et al., Nucleic Acids Res. 45(10):e89 (2017), Li et al., PNAS 110(25):E2279-E2287 (2013) 및 WO 2004/009792 에 개시되고, 이들은 본원에서 온전히 참조로서 편입된다.
일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 핵산은 숙주 세포 유전체 내로 무작위로 통합될 수 있다 ("무작위 통합" 또는 "RI"). 일정한 실시형태에서, 무작위 통합은 당해 분야에 알려진 임의의 방법 또는 시스템에 의해 매개될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 핵산 서열은 유전자전위효소 매개 유전자 통합 (예를 들면, Lonza의 GS piggyBac 유전자전위효소 시스템, ATUM의 Leap-In 유전자전위효소 시스템, 또는 후성적 표적화와 함께 Probiogen의 DirectedLuck 유전자전위효소를 이용)에 의하여 포유류 세포의 세포 유전체 내로 통합된다. 일정한 실시형태에서, 무작위 통합은 MaxCyte STX® 전기천공 시스템에 의해 매개된다.
일정한 실시형태에서, 표적화 통합은 무작위 통합과 조합될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 표적화 통합 이후에 무작위 통합이 뒤따를 수 있다. 일정한 실시형태에서, 무작위 통합 이후에 표적화 통합이 뒤따를 수 있다. 예를 들어, 그러나 제한 없이, 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 핵산은 하나 이상의 특정 내인성 생성물, 예를 들면, GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거되도록 조정된 세포의 유전체 내로 무작위로 통합될 수 있고, 그리고 동일한 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 핵산은 표적화된 방식으로 세포의 유전체에 통합될 수 있다.
일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 숙주 세포는 하나 이상의 변형된 유전자를 포함한다. 일정한 실시형태에서, 유전자에 대한 변형은 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거한다. 일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 숙주 세포는 하나 이상의 변형된 GAG 유전자 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 유전자를 포함한다. 일정한 실시형태에서, 변형된 GAG 유전자 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 유전자의 후속 전사체는 발현이 감소되거나 제거된 내인성 생성물을 코딩한다. 일정한 실시형태에서, 하나 이상의 변형된 유전자는 코딩 영역의 파괴에 의해 변형된다. 일정한 실시형태에서, 유전자 변형은 이중대립형질 변형을 포함한다. 일정한 실시형태에서, 유전자 변형은 1개 이상의 염기쌍, 2개 이상의 염기쌍, 3개 이상의 염기쌍, 4개 이상의 염기쌍, 5개 이상의 염기쌍, 6개 이상의 염기쌍, 7개 이상의 염기쌍, 8개 이상의 염기쌍, 9개 이상의 염기쌍, 10개 이상의 염기쌍, 11개 이상의 염기쌍, 12개 이상의 염기쌍, 13개 이상의 염기쌍, 14개 이상의 염기쌍, 15개 이상의 염기쌍, 16개 이상의 염기쌍, 17개 이상의 염기쌍, 18개 이상의 염기쌍, 19개 이상의 염기쌍, 또는 20개 이상의 염기쌍의 결실을 포함한다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 변형된 세포, 또는 하나 이상의 변형된 세포를 포함하는 조성물에 관계하는데, 여기서 변형된 세포, 또는 하나 이상의 변형된 세포를 포함하는 조성물은 아래의 특징 중에서 한 가지 이상을 나타낸다: 1) 변형된 세포는 변형을 결여하는 유사한 세포에 비하여 개선된 세포 배양 성과를 나타내고; 2) 변형된 세포는 변형을 결여하는 유사한 세포에 비하여 개선된 생성물 품질 속성을 나타내고; 3) 변형된 세포는 변형을 결여하는 유사한 세포에 비하여 개선된 약품 안정성 속성을 나타내고; 그리고 4) 변형된 세포는 변형을 결여하는 유사한 세포에 비하여 개선된 정제 성과 속성을 나타낸다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 아래의 특징 모두를 갖는 세포, 또는 하나 이상의 세포를 포함하는 조성물에 관계한다: 1) 변형된 세포는 변형을 결여하는 유사한 세포에 비하여 개선된 세포 배양 성과를 나타내고; 2) 변형된 세포는 변형을 결여하는 유사한 세포에 비하여 개선된 생성물 품질 속성을 나타내고; 3) 변형된 세포는 변형을 결여하는 유사한 세포에 비하여 개선된 약품 안정성 속성을 나타내고; 그리고 4) 변형된 세포는 변형을 결여하는 유사한 세포에 비하여 개선된 정제 성과 속성을 나타낸다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 변형을 결여하는 유사한 세포에 비하여 개선된 세포 배양 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 i) 증가된/연장된 생존력 및 대사를 위한 더 건강한 미토콘드리아; ii) 감소된 세포 응괴/응집; 및/또는 iii) 더 높은 생산성 및 더 높은 역가로 인해 개선된 세포 배양 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX 및/또는 BAK의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 증가된/연장된 생존력 및 대사를 위한 더 건강한 미토콘드리아를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 증가된/연장된 생존력 및 대사를 위한 더 건강한 미토콘드리아를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAK의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 증가된/연장된 생존력 및 대사를 위한 더 건강한 미토콘드리아를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 ICAM-1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 감소된 세포 응괴/응집을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 PERK의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 더 높은 생산성 및 더 높은 역가를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 SIRT-1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 더 높은 생산성 및 더 높은 역가를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 MYC의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 증가된/연장된 생존력 및 대사를 위한 더 건강한 미토콘드리아를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; SIRT-1 및/또는 MYC의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 세포 배양 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; SIRT-1; MYC 및/또는 PERK의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 세포 배양 성과를 나타낸다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 바람직하지 않은 유형의 글리코실화가 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GGTA1 및/또는 CMAH의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GGTA1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 CMAH의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질을 나타낸다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 폴리소르베이트 분해 위험이 감소됨으로 인해 개선된 생성물 안정성을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 생성물에서 잔류 가수분해 효소의 수준이 감소됨으로 인해 개선된 생성물 안정성을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포에서 폴리소르베이트 분해 위험의 감소는 LPL, LIPA, LPLA2 및/또는 PPT1의 발현 감소 또는 제거에 의해 달성될 수 있다 . 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포에서 폴리소르베이트 분해 위험의 감소는 LPL의 발현 감소 또는 제거에 의해 달성될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포에서 폴리소르베이트 분해 위험의 감소는 LPLA2의 발현 감소 또는 제거에 의해 달성될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포에서 폴리소르베이트 분해 위험의 감소는 PPT1의 발현 감소 또는 제거에 의해 달성될 수 있다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 다양한 내인성 숙주 세포 생성물의 제거로 인해 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 제거된 내인성 숙주 세포 생성물은 바이러스 유사 입자 (예를 들면, RVLP)이다. 일정한 실시형태에서, 제거된 내인성 숙주 세포 생성물은 폴리소르베이트 분해에 관련된 단백질이다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG, BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2; 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 세포 파편이 더 적은 더 깨끗한 수확물로 인해 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 세포 파편이 더 적은 더 깨끗한 수확물을 나타낸다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 개선된 세포 배양 성과를 나타내는 변형된 세포, 또는 하나 이상의 TI 세포를 포함하는 조성물에 관계한다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAK의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 ICAM-1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 SIRT-1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 PERK의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1 및/또는 MYC 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 바람직하지 않은 유형의 글리코실화가 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질을 나타내는 TI 세포, 또는 하나 이상의 TI 세포를 포함하는 조성물에 관계한다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 GGTA1 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 GGTA1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 GGTA1 및/또는 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 폴리소르베이트 분해 위험이 감소됨으로 인해 개선된 생성물 안정성을 나타내는 TI 세포, 또는 하나 이상의 TI 세포를 포함하는 조성물에 관계한다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 LPL, LIPA, LPLA2 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 LPL의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 LPL 및 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 LPL 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 LPLA2 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 LPL, LPLA2 및/또는 PPT1 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 개선된 정제 성과를 나타내는 TI 세포, 또는 하나 이상의 TI 세포를 포함하는 조성물에 관계한다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2; 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 세포는 세포 파편이 더 적은 더 깨끗한 수확물로 인해 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 세포 파편이 더 적은 더 깨끗한 수확물을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; 및 SIRT-1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 세포 파편이 더 적은 더 깨끗한 수확물을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 세포는 BAX; BAK; 및 ICAM-1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 세포 파편이 더 적은 더 깨끗한 수확물을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2; 및/또는 PPT1 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 개선된 세포 배양 성과를 나타내고 바람직하지 않은 유형의 글리코실화가 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질을 나타내는 TI 세포, 또는 하나 이상의 TI 세포를 포함하는 조성물에 관계한다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC 및 GGTA1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1 및/또는 CMAH 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 개선된 세포 배양 성과, 바람직하지 않은 유형의 글리코실화가 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질, 그리고 폴리소르베이트 분해 위험이 감소됨으로 인해 개선된 생성물 안정성을 나타내는 TI 세포, 또는 하나 이상의 TI 세포를 포함하는 조성물에 관계한다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; 및 LPL의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; 및 LPL의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; 및 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; 및 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; GGTA1; CMAH; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; MYC; SIRT-1; 및 ICAM의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2 및/또는 PPT1 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 개선된 세포 배양 성과, 바람직하지 않은 유형의 글리코실화가 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질, 폴리소르베이트 분해 위험이 감소됨으로 인해 개선된 생성물 안정성, 그리고 개선된 정제 성과를 나타내는 TI 세포, 또는 하나 이상의 TI 세포를 포함하는 조성물에 관계한다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2 및/또는 PPT1 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1 및/또는 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK 및/또는 SIRT-1 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 TI 세포는 BAX; BAK; PERK 및/또는 ICAM-1 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명은 개선된 세포 배양 성과를 나타내고 바람직하지 않은 유형의 글리코실화가 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질을 나타내는 변형된 세포, 또는 하나 이상의 변형된 세포를 포함하는 조성물에 관계한다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 i) 증가된/연장된 생존력 및 대사를 위한 더 건강한 미토콘드리아; ii) 감소된 세포 응괴/응집; 및/또는 iii) 더 높은 생산성 및 더 높은 역가로 인해 개선된 세포 배양 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; GGTA1 및/또는 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1 및/또는 CMAH 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; 및/또는 GGTA1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; 및/또는 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 개선된 세포 배양 성과 및 폴리소르베이트 분해 위험이 감소됨으로 인해 개선된 생성물 안정성을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 i) 증가된/연장된 생존력 및 대사를 위한 더 건강한 미토콘드리아; ii) 감소된 세포 응괴/응집; 및/또는 iii) 더 높은 생산성 및 더 높은 역가로 인해 개선된 세포 배양 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 생성물에서 잔류 가수분해 효소의 수준이 감소됨으로 인해 개선된 생성물 안정성을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; LPL, LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; LPL, LIPA; LPLA2 및/또는 PPT1 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; 및/또는 LPL의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; 및/또는 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; LPL; LIPA 및/또는 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; LPL; LIPA 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; LIPA; LPLA2 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 개선된 세포 배양 성과 및 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 i) 증가된/연장된 생존력 및 대사를 위한 더 건강한 미토콘드리아; ii) 감소된 세포 응괴/응집; 및/또는 iii) 더 높은 생산성 및 더 높은 역가로 인해 개선된 세포 배양 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 다양한 내인성 숙주 세포 생성물 (예를 들면, 내인성 바이러스 유사 입자 및/또는 내인성 숙주 세포 단백질)의 제거로 인해 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 정제 성과 및 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 세포 파편이 더 적은 더 깨끗한 수확물로 인해 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1;PERK; SIRT-1 및/또는 MYC의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 세포 파편이 더 적은 더 깨끗한 수확물 및 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; PERK 및/또는 SIRT-1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 세포 파편이 더 적은 더 깨끗한 수확물 및 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG 및/또는 BAX; BAK; PERK 및/또는 ICAM-1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 세포 파편이 더 적은 더 깨끗한 수확물 및 개선된 정제 성과를 나타낸다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 개선된 세포 배양 성과, 바람직하지 않은 유형의 글리코실화가 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질, 그리고 폴리소르베이트 분해 위험이 감소됨으로 인해 및/또는 생성물에서 잔류 가수분해 효소의 수준이 감소됨으로 인해 개선된 생성물 안정성을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 i) 증가된/연장된 생존력 및 대사를 위한 더 건강한 미토콘드리아; ii) 감소된 세포 응괴/응집; 및/또는 iii) 더 높은 생산성 및 더 높은 역가로 인해 개선된 세포 배양 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; PERK; SIRT-1; GGTA1; CMAH; MYC; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2; 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; PERK; SIRT-1; GGTA1; CMAH; MYC; LPL; LIPA; LPLA2; 및/또는 PPT1 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; PERK; SIRT-1; GGTA1; CMAH; MYC; 및/또는 LPL의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; SIRT-1; PERK; GGTA1; CMAH; MYC; 및/또는 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; PERK; SIRT-1; GGTA1; CMAH; MYC; 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; PERK; SIRT-1; GGTA1; CMAH; MYC; LPL; LIPA 및/또는 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; SIRT-1; PERK; GGTA1; CMAH; MYC; LPL; LIPA 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 BAX; BAK, ICAM-1; PERK; SIRT-1; GGTA1; CMAH; MYC; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2; 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 개선된 세포 배양 성과, 바람직하지 않은 유형의 글리코실화가 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질, 폴리소르베이트 분해 위험이 감소됨으로 인해 개선된 생성물 안정성, 그리고 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2 및/또는 PPT1 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2 및/또는 PPT1 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 바람직하지 않은 유형의 글리코실화가 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질, 그리고 폴리소르베이트 분해 위험이 감소됨으로 인해 및/또는 생성물에서 잔류 가수분해 효소의 수준이 감소됨으로 인해 개선된 생성물 안정성을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GGTA1; CMAH 및 LPL의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GGTA1; CMAH 및 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GGTA1; CMAH 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GGTA1; LPL; LIPA; LPLA2 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 CMAH; LPL; LIPA; LPLA2 및/또는 PPT1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질을 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2 및/또는 PPT1 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질을 나타낸다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 바람직하지 않은 유형의 글리코실화가 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질 및 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2; 및/또는 PPT1 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1 및/또는 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; 및 GGTA1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 바람직하지 않은 유형의 글리코실화가 제거됨으로 인해 개선된 생성물 품질, 폴리소르베이트 분해 위험이 감소됨으로 인해 및/또는 생성물에서 잔류 가수분해 효소의 수준이 감소됨으로 인해 개선된 생성물 안정성, 그리고 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2; 및/또는 PPT1 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1 및/또는 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; 및 GGTA1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 폴리소르베이트 분해 위험이 감소됨으로 인해 및/또는 생성물에서 잔류 가수분해 효소의 수준이 감소됨으로 인해 개선된 생성물 안정성, 그리고 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; 및 LPL의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; 및 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; 및 LIPA의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL 및 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거됨으로 인해 개선된 정제 성과를 나타낸다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; 및/또는 PPT1 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC LPL; LIPA; LPLA2; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC LPL; LIPA; BCKDHA; BCKDHB; LPLA2; 및/또는 PPT1 중 하나 이상의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LIPA; LPLA2; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; 및 LPL의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; 및 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; 및 LPLA2의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPLA2; 및 PPT1의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH의 발현이 감소되거나 제거된다.
일정한 실시형태에서, 숙주 세포는 세포주이다. 일정한 실시형태에서, 숙주 세포는 일정수의 세대 동안 배양된 세포주이다. 일정한 실시형태에서, 숙주 세포는 일차 세포이다.
일정한 실시형태에서, 관심되는 폴리펩티드의 발현은 발현 수준이 10, 20, 30, 50, 100, 200, 또는 300 세대에 걸쳐 일정한 수준에 유지되거나, 또는 20% 미만으로 증가하거나 감소하면 안정된다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 폴리펩티드의 발현은 배양이 어떤 선택도 없이 유지될 수 있으면 안정된다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 폴리펩티드의 발현은 관심되는 유전자의 폴리펩티드 생성물이 약 1 g/L, 약 2 g/L, 약 3 g/L, 약 4 g/L, 약 5 g/L, 약 10 g/L, 약 12g/L, 약 14 g/L, 또는 약 16g/L에 도달하면 높다.
관심되는 외인성 뉴클레오티드 또는 벡터는 형질감염, 형질도입, 전기천공, 또는 주입을 포함하지만 이들에 한정되지 않는 전통적인 세포생물학 방법에 의해 숙주 세포 내로 도입될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 외인성 뉴클레오티드 또는 벡터는 지질 기반 형질감염 방법, 인산칼슘 기반 형질감염 방법, 양이온성 중합체 기반 형질감염 방법, 또는 나노입자 기반 형질감염을 포함하는 화학 기반 형질감염 방법에 의해 숙주 세포 내로 도입된다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 외인성 뉴클레오티드는 렌티바이러스, 레트로바이러스, 아데노바이러스, 또는 아데노 관련 바이러스 매개 형질도입을 포함하지만 이들에 한정되지 않는 바이러스 매개 형질도입에 의해 숙주 세포 내로 도입된다. 일정한 실시형태에서, 관심되는 외인성 뉴클레오티드 또는 벡터는 유전자 총 매개 주입을 통해 숙주 세포 내로 도입된다. 일정한 실시형태에서, DNA와 RNA 분자 둘 모두 본원에 설명된 방법을 이용하여 숙주 세포 내로 도입된다.
5.4. 세포 배양 방법
한 가지 양상에서, 본원 발명은 본원에 개시된 변형된 세포를 배양하는 단계를 포함하는, 관심되는 재조합 생성물을 생산하기 위한 방법을 제공한다. 당해 분야에 알려진 포유류 세포에 적합한 배양 조건은 본원에 개시된 변형된 세포를 배양하는 데 이용될 수 있거나 (J. Immunol. Methods (1983) 56:221-234), 또는 당업자에 의해 쉽게 결정될 수 있다 (참조: 예를 들면, Animal Cell Culture: A Practical Approach 2nd Ed., Rickwood, D. and Hames, B. D., eds. Oxford University Press, New York (1992)).
포유류 세포 배양물은 배양되는 특정 세포에 적합한 배지에서 제조될 수 있다. 상업적으로 가용한 배지 예컨대 Ham's F10 (Sigma), 최소 필수 배지 (MEM, Sigma), RPMI-1640 (Sigma) 및 Dulbecco의 변형된 Eagle 배지 (DMEM, Sigma)가 예시적인 영양액이다. 이에 더하여, Ham and Wallace, (1979) Meth. Enz., 58:44; Barnes and Sato, (1980) Anal. Biochem., 102:255; 미국 특허 번호 4,767,704; 4,657,866; 4,927,762; 5,122,469 또는 미국 특허 번호 4,560,655; 국제 공개 번호 WO 90/03430; 및 WO 87/00195 (이들 모두의 개시 내용은 본원에서 참조로서 편입된다)에 설명된 임의의 배지가 배양 배지로서 이용될 수 있다. 임의의 이들 배지는 필요에 따라 호르몬 및/또는 다른 성장 인자 (예컨대 인슐린, 트랜스페린, 또는 표피 성장 인자), 염 (예컨대 염화나트륨, 칼슘, 마그네슘, 및 인산염), 완충액 (예컨대 HEPES), 뉴클레오시드 (예컨대 아데노신 및 티미딘), 항생제 (예컨대 젠타마이신 (젠타마이신), 미량 원소 (통상적으로 마이크로몰 범위의 최종 농도로 존재하는 무기 화합물로 정의됨), 지질 (예컨대 리놀레산 또는 다른 지방산) 및 이들의 적합한 운반체, 그리고 글루코오스 또는 동등한 에너지 공급원으로 보충될 수 있다. 임의의 다른 필요한 보충물 또한, 당업자에게 알려져 있는 적절한 농도로 포함될 수 있다.
일정한 실시형태에서, 특정 내인성 생성물의 활성을 감소 및/또는 제거하도록 변형된 포유류 세포는 CHO 세포이다. 임의의 적합한 배지가 본원 발명의 CHO 세포를 배양하는 데 이용될 수 있다. 일정한 실시형태에서, CHO 세포를 배양하기 위한 적합한 배지는 변경된 농도의 일부 성분 예컨대 아미노산, 염, 당, 및 비타민과 함께 기초 배지 성분 예컨대 DMEM/HAM F-12 기반 제제 (DMEM 및 HAM F12 배지의 조성에 대해, American Type Culture Collection Catalogue of Cell Lines and Hybridomas, Sixth Edition, 1988, pages 346-349에서 배양 배지 제제를 참조한다) (미국 특허 번호 5,122,469에 설명된 바와 같은 배지 제제가 특히 적합하다)을 함유할 수 있고, 그리고 글리신, 히포크산틴, 및 티미딘; 재조합 인간 인슐린, 가수분해된 펩톤, 예컨대 Primatone HS 또는 Primatone RL (Sheffield, England), 또는 등가물; 세포 보호제, 예컨대 플루로닉 F68 또는 동등한 플루로닉 폴리올; 젠타마이신; 및 미량 원소를 임의적으로 함유할 수 있다.
일정한 실시형태에서, 특정 내인성 생성물, 예를 들면, GAG 및/또는 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LIPA; LPLA2; BCKDHA; BCKDHB; PPT1; 및/또는 PERK 폴리펩티드의 발현을 감소 및/또는 제거하도록 변형된 포유류 세포는 재조합 생성물을 발현하는 세포이다. 재조합 생성물은 다양한 세포 배양 조건 하에 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 세포를 성장시킴으로써 생산될 수 있다. 예를 들어, 재조합 생성물의 대규모 또는 소규모 생산을 위한 세포 배양 절차가 본원 발명의 맥락에서 잠재적으로 유용하다. 유동층 생물반응기, 중공 섬유 생물반응기, 회전병 배양, 진탕 플라스크 배양, 또는 교반 탱크 생물반응기 시스템을 포함하지만 이들에 한정되지 않는 절차가 미세담체와 함께 또는 이것 없이, 2가지 후자 시스템에서 이용될 수 있고, 회분식, 유가식 또는 연속 방식으로 교대로 작동될 수 있다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 세포 배양은 교반 탱크 생물반응기 시스템에서 수행되고, 그리고 유가식 배양 절차가 이용된다. 유가식 배양에서, 포유류 숙주 세포 및 배양 배지가 초기에 배양 용기 공급되고, 그리고 추가적인 배양 영양분이 배양 종료 전 주기적 세포 및/또는 생성물 수확과 함께 또는 이것 없이, 배양 동안 연속적으로 또는 별개의 증분으로 배양물에 공급된다. 유가식 배양에는 예를 들면, 주기적으로 전체 배양물 (세포 및 배지 포함)이 제거되고 새로운 배지에 의해 대체되는 반-연속 유가식 배양이 포함될 수 있다. 유가식 배양은 세포 배양을 위한 모든 성분 (세포 및 모든 배양 영양분 포함)이 배양 과정의 시작 시점에 배양 용기에 공급되는 단순한 회분식 배양과 구별된다. 유가식 배양은 상층액이 과정 동안 배양 용기로부터 제거되지 않는 한 관류 배양과도 구별될 수 있다 (관류 배양에서는 세포가 예를 들면, 여과, 캡슐화, 미세담체에 고정 등에 의해 배양물에 구속되고, 그리고 배양 배지가 연속적으로 또는 간헐적으로 도입되고 배양 용기로부터 제거된다).
일정한 실시형태에서, 배양물의 세포는 예기된 특정한 숙주 세포 및 특정한 생산 계획에 적합할 수 있는 임의의 기법 또는 루틴에 따라서 증식될 수 있다. 이런 이유로, 본원 발명은 단일 단계 또는 다단계 배양 절차를 예기한다. 단일 단계 배양 동안, 숙주 세포가 배양 환경에 접종되고, 그리고 본원 발명의 과정이 세포 배양의 단일 생산기 동안 이용된다. 대안으로, 다단계 배양이 구상된다. 다단계 배양 동안, 세포가 여러 단계 또는 시기에서 배양될 수 있다. 예를 들어, 세포는 첫 번째 단계 또는 성장기 배양 동안 성장될 수 있는데, 여기서 저장에서 아마도 제거될 수 있는 세포는 성장 및 높은 생존력을 증진하는 데 적합한 배지에 접종된다. 세포는 숙주 세포 배양물에 새로운 배지의 첨가에 의해, 적절한 기간 동안 성장기에 유지될 수 있다.
일정한 실시형태에서, 세포 배양의 성장기에 포유류 세포의 성장을 향상시키기 위한 유가식 또는 연속 세포 배양 조건이 고안된다. 성장기에 세포는 성장이 최대화되는 조건하에 및 기간 동안 성장된다. 배양 조건, 예컨대 온도, pH, 용존 산소 (dO2) 등은 특정 숙주용으로 이용되는 것들이고 당업자에게 명백할 것이다. 일반적으로, pH는 산 (예를 들면, CO2) 또는 염기 (예를 들면, Na2CO3 또는 NaOH) 중 어느 한 가지를 이용하여 약 6.5 및 7.5 사이의 수준으로 조정된다. 포유류 세포 예컨대 CHO 세포를 배양하기 위한 적합한 온도 범위는 약 30℃ 내지 38℃ 사이이고, 그리고 적합한 dO2는 5-90% 사이의 공기 포화도이다.
특정 시기에 세포가 세포 배양의 생산 시기 또는 단계를 접종하는 데 이용될 수 있다. 대안으로, 전술된 바와 같이 생산 시기 또는 단계는 접종 또는 성장 시기 또는 단계와 연속할 수 있다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명에 설명된 배양 방법은 세포 배양물로부터, 예를 들면, 세포 배양의 생산기로부터 재조합 생성물을 수확하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 세포 배양 방법에 의해 생산된 재조합 생성물은 세 번째 생물반응기, 예를 들면, 생산 생물반응기로부터 수확될 수 있다. 예를 들어, 그러나 제한 없이, 개시된 방법은 세포 배양의 생산기의 완료 시점에 재조합 생성물을 수확하는 단계를 포함할 수 있다. 대안으로 또는 부가적으로, 재조합 생성물은 생산기의 완료에 앞서 수확될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 재조합 생성물은 일단 특정 세포 밀도가 달성되면 세포 배양물로부터 수확될 수 있다. 예를 들어 그러나 제한 없이, 세포 밀도는 수확에 앞서 약 2.0 x 107개 세포/mL 내지 약 5.0 x 107개 세포/mL일 수 있다.
일정한 실시형태에서, 세포 배양물로부터 생성물을 수확하는 것은 원심분리, 여과, 음향파 분리, 응집 및 세포 제거 기술 중에서 한 가지 이상을 포함할 수 있다.
일정한 실시형태에서, 관심되는 재조합 생성물은 숙주 세포로부터 분비될 수 있거나, 또는 막 결합, 세포질 또는 핵 단백질일 수 있다. 일정한 실시형태에서, 재조합 생성물의 가용성 형태는 조건화 세포 배양 배지로부터 정제될 수 있고, 그리고 재조합 생성물의 막 결합된 형태는 발현 세포로부터 전체 막 분획물을 제조하고 막을 비이온성 세정제 예컨대 TRITON® X-100 (EMD Biosciences, San Diego, Calif.)으로 추출함으로써 정제될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 세포질 또는 핵 단백질은 숙주 세포를 용해하고 (예를 들면, 기계력, 초음파처리 및/또는 세정제에 의해), 세포막 분획물을 원심분리에 의해 제거하고, 상층액을 유지함으로써 제조될 수 있다.
5.5 관심되는 재조합 생성물의 생산
본원 발명의 세포 및/또는 방법은 본원에 개시된 세포에 의해 발현될 수 있는 임의의 관심되는 재조합 생성물을 생산하는 데 이용될 수 있다.
5.5.1
바이러스 입자 및 바이러스 벡터 생성물
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 세포 및/또는 방법은 바이러스 입자 또는 바이러스 벡터의 생산에 이용될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 방법은 바이러스 입자의 생산에 이용될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 방법은 바이러스 벡터의 생산에 이용될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 방법은 바이러스 폴리펩티드의 발현에 이용될 수 있다. 이런 폴리펩티드의 무제한적 실례에는 바이러스 단백질, 바이러스 구조 (Cap) 단백질, 바이러스 포장 (Rep) 단백질, AAV 캡시드 단백질 및 바이러스 보조 단백질이 포함된다. 일정한 실시형태에서, 바이러스 폴리펩티드는 AAV 바이러스 폴리펩티드이다.
일정한 실시형태에서, 바이러스 입자 또는 바이러스 벡터의 생산과 관련하여 유용한 세포에는 인간 배아 신장 라인 (예를 들면, 현탁 배양 동안 성장을 위해 하위클로닝된 HEK 293 또는 HEK 293 세포), 인간 경부 암종 세포 (예를 들면, HELA, ATCC CCL 2), 인간 폐 세포 (예를 들면, W138, ATCC CCL 75), 인간 간 세포 (예를 들면, Hep G2, HB 8065), 인간 간암 라인 (예를 들면, Hep G2), 골수종 세포주 (예를 들면, Y0, NS0 및 Sp2/0), SV40에 의해 형질전환된 원숭이 신장 CV1 라인 (예를 들면, COS-7 ATCC CRL-1651), 아기 햄스터 신장 세포 (예를 들면, BHK, ATCC CCL 10), 생쥐 세르톨리 세포 (예를 들면. TM4), 원숭이 신장 세포 (예를 들면, CV1 ATCC CCL 70), 아프리카 녹색 원숭이 신장 세포 (예를 들면, VERO-76, ATCC CRL-1587), 개 신장 세포 (예를 들면, MDCK, ATCC CCL 34), 버팔로 쥐 간 세포 (예를 들면, BRL 3A, ATCC CRL 1442), 생쥐 유방 종양 (예를 들면, MMT 060562, ATCC CCL51), TRI 세포, MRC 5 세포, 그리고 FS4 세포가 포함되지만 이들에 한정되지 않는다. 일정한 실시형태에서, 세포는 CHO 세포이다. CHO 숙주 세포의 추가의 무제한적 실례에는 CHO K1SV 세포, CHO DG44 세포, CHO DUKXB-11 세포, CHOK1S 세포 및 CHO K1M 세포가 포함된다.
일정한 실시형태에서, 본원에 설명된 방법에 의해 생산된 바이러스 입자에 의해 운반될 수 있는 관심되는 유전자의 실례에는 포유류 폴리펩티드, 예컨대 예를 들면, 레닌; 인간 성장 호르몬 및 소 성장 호르몬을 포함한, 성장 호르몬; 성장 호르몬 방출 인자; 부갑상선 호르몬; 갑상선 자극 호르몬; 지질단백질; 알파-1-항트립신; 인슐린 A-사슬; 인슐린 B-사슬; 프로인슐린; 난포 자극 호르몬; 칼시토닌; 황체형성 호르몬; 글루카곤; 렙틴; 응고 인자 예컨대 인자 VIIIC, 인자 IX, 조직 인자, 및 폰 빌레브란트 인자; 항응고 인자 예컨대 단백질 C; 심방 나트륨이뇨 인자; 폐 계면활성제; 플라스미노겐 활성인자, 예컨대 우로키나아제 또는 인간 소변 또는 조직-유형 플라스미노겐 활성인자 (t-PA); 봄베신; 트롬빈; 조혈 성장 인자; 종양 괴사 인자-알파 및 -베타; 종양 괴사 인자 수용체 예컨대 사멸 수용체 5 및 CD120; TNF 관련 아폽토시스 유도 리간드 (TRAIL); B 세포 성숙 항원 (BCMA); B-림프구 자극기 (BLyS); 증식 유도 리간드 (APRIL); 엔케팔리나아제; RANTES (regulated on activation normally T-cell expressed and secreted); 인간 대식세포 염증성 단백질 (MIP-1-알파); 혈청 알부민 예컨대 인간 혈청 알부민; 뮤에레리안 억제 물질; 렐락신 A-사슬; 렐락신 B-사슬; 프로렐락신; 생쥐 성선자극호르몬 관련 펩티드; 미생물 단백질, 예컨대 베타 락타마아제; DNA분해효소; IgE; 세포독성 T 림프구 관련 항원 (CTLA), 예컨대 CTLA-4; 인히빈; 액티빈; 혈소판 유래 내피 세포 성장 인자 (PD-ECGF); 혈관 내피 성장 인자 패밀리 단백질 (예를 들면, VEGF-A, VEGF-B, VEGF-C, VEGF-D, 및 P1GF); 혈소판 유래 성장 인자 (PDGF) 패밀리 단백질 (예를 들면, PDGF-A, PDGF-B, PDGF-C, PDGF-D, 및 이들의 이량체); 섬유모세포 성장 인자 (FGF) 패밀리 예컨대 aFGF, bFGF, FGF4, 및 FGF9; 표피 성장 인자 (EGF); 호르몬 또는 성장 인자에 대한 수용체 예컨대 VEGF 수용체(들) (예를 들면, VEGFR1, VEGFR2, 및 VEGFR3), 표피 성장 인자 (EGF) 수용체(들) (예를 들면, ErbB1, ErbB2, ErbB3, 및 ErbB4 수용체), 혈소판 유래 성장 인자 (PDGF) 수용체(들) (예를 들면, PDGFR-α 및 PDGFR-β), 그리고 섬유모세포 성장 인자 수용체(들); TIE 리간드 (안지오포이에틴, ANGPT1, ANGPT2); 안지오포이에틴 수용체 예컨대 TIE1 및 TIE2; 단백질 A 또는 D; 류마티스 인자; 신경영양 인자 예컨대 뼈 유래 신경영양 인자 (BDNF), 뉴로트로핀-3, -4, -5 또는 -6 (NT-3, NT-4, NT-5 또는 NT-6), 또는 신경 성장 인자 예컨대 NGF-b; 전환 성장 인자 (TGF) 예컨대 TGF-알파 및 TGF-베타 (TGF-β1, TGF-β2, TGF-β3, TGF-β4, 또는 TGF-β5 포함); 인슐린 유사 성장 인자-I 및 -II (IGF-I 및 IGF-II); des(1-3)-IGF-I (뇌 IGF-I), 인슐린 유사 성장 인자 결합 단백질 (IGFBP); CD 단백질 예컨대 CD3, CD4, CD8, CD19 및 CD20; 에리트로포이에틴; 뼈유도 인자; 면역독소; 뼈 형태형성 단백질 (BMP); 케모킨 예컨대 CXCL12 및 CXCR4; 인터페론 예컨대 인터페론-알파, -베타, 및 -감마; 집락 자극 인자 (CSF), 예를 들면, M-CSF, GM-CSF, 및 G-CSF; 사이토킨 예컨대 인터류킨 (IL), 예를 들면, IL-1 내지 IL-10; 미드킨; 초과산화물 디스무타아제; T 세포 수용체; 표면 막 단백질; 붕괴 촉진 인자; 바이러스 항원 예컨대 예를 들면, AIDS 외피의 일부; 수송 단백질; 귀소 수용체; 어드레신; 조절 단백질; 인테그린 예컨대 CD11a, CD11b, CD11c, CD18, ICAM, VLA-4 및 VCAM; 에프린; Bv8; 델타 유사 리간드 4 (DLL4); Del-1; BMP9; BMP10; 폴리스타틴; 간세포 성장 인자 (HGF)/산란 인자 (SF); Alk1; Robo4; ESM1; 퍼레칸; EGF 유사 도메인, 멀티플 7 (EGFL7); CTGF 및 이의 패밀리의 구성원; 트롬보스폰딘 예컨대 트롬보스폰딘1 및 트롬보스폰딘2; 콜라겐 예컨대 콜라겐 IV 및 콜라겐 XVIII; 뉴로필린 예컨대 NRP1 및 NRP2; 플레이오트로핀 (PTN); 프로그래눌린; 프로리페린; Notch 단백질 예컨대 Notch1 및 Notch4; 세마포린 예컨대 Sema3A, Sema3C, 및 Sema3F; 종양 관련 항원 예컨대 CA125 (난소암 항원); 면역부착소; 그리고 상기 열거된 폴리펩티드 중 임의의 것의 단편 및/또는 변이체뿐만 아니라 예를 들면, 임의의 상기 열거된 단백질을 포함한, 하나 이상의 단백질에 결합하는 항체 (항체 단편 포함)가 포함된다.
일부 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포에 의해 생산된 바이러스 입자에 의해 운반되는 관심되는 유전자는 8MPI, 8MP2, 8MP38 (GDFIO), 8MP4, 8MP6, 8MP8, CSFI (M-CSF), CSF2 (GM-CSF), CSF3 (G-CSF), EPO, FGF1 (αFGF), FGF2 (βFGF), FGF3 (int-2), FGF4 (HST), FGF5, FGF6 (HST-2), FGF7 (KGF), FGF9, FGF1 0, FGF11, FGF12, FGF12B, FGF14, FGF16, FGF17, FGF19, FGF20, FGF21, FGF23, IGF1, IGF2, IFNA1, IFNA2, IFNA4, IFNA5, IFNA6, IFNA7, IFN81, IFNG, IFNWI, FEL1, FEL1 (EPSELON), FEL1 (ZETA), IL 1A, IL 1B, IL2, IL3, IL4, IL5, IL6, IL7, IL8, IL9, IL1 0, IL 11, IL 12A, IL 12B, IL 13, IL 14, IL 15, IL 16, IL 17, IL 17B, IL 18, IL 19, IL20, IL22, IL23, IL24, IL25, IL26, IL27, IL28A, IL28B, IL29, IL30, PDGFA, PDGFB, TGFA, TGFB1, TGFB2, TGFBb3, LTA (TNF-β), LTB, TNF (TNF-α), TNFSF4 (OX40 리간드), TNFSF5 (CD40 리간드), TNFSF6 (FasL), TNFSF7 (CD27 리간드), TNFSF8 (CD30 리간드), TNFSF9 (4-1 BB 리간드), TNFSF10 (TRAIL), TNFSF11 (TRANCE), TNFSF12 (APO3L), TNFSF13 (April), TNFSF13B, TNFSF14 (HVEM-L), TNFSF15 (VEGI), TNFSF18, HGF (VEGFD), VEGF, VEGFB, VEGFC, IL1R1, IL1R2, IL1RL1, IL1RL2, IL2RA, IL2RB, IL2RG, IL3RA, IL4R, IL5RA, IL6R, IL7R, IL8RA, IL8RB, IL9R, IL10RA, IL10RB, IL 11RA, IL12RB1, IL12RB2, IL13RA1, IL13RA2, IL15RA, IL17R, IL18R1, IL20RA, IL21R, IL22R, IL1HY1, IL1RAP, IL1RAPL1, IL1RAPL2, IL1RN, IL6ST, IL18BP, IL18RAP, IL22RA2, AIF1, HGF, LEP (렙틴), PTN, 및 THPO.k로 구성된 군에서 선택되는 사이토킨, 사이토킨 관련 단백질, 및 사이토킨 수용체를 제한 없이 포함하는, 임의의 단백질에 결합하거나 상호작용하는 단백질을 인코딩할 수 있다.
일부 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포에 의해 생산된 바이러스 입자에 의해 운반되는 관심되는 유전자는 CCLI (1-309), CCL2 (MCP -1/MCAF), CCL3 (MIP-Iα), CCL4 (MIP-Iβ), CCL5 (RANTES), CCL7 (MCP-3), CCL8 (mcp-2), CCL11 (에오탁신), CCL 13 (MCP-4), CCL 15 (MIP-Iδ), CCL 16 (HCC-4), CCL 17 (TARC), CCL 18 (PARC), CCL 19 (MDP-3b), CCL20 (MIP-3α), CCL21 (SLC/엑소더스-2), CCL22 (MDC/ STC-1), CCL23 (MPIF-1), CCL24 (MPIF-2 /에오탁신-2), CCL25 (TECK), CCL26 (에오탁신-3), CCL27 (CTACK / ILC), CCL28, CXCLI (GROI), CXCL2 (GR02), CXCL3 (GR03), CXCL5 (ENA-78), CXCL6 (GCP-2), CXCL9 (MIG), CXCL 10 (IP 10), CXCL 11 (1-TAC), CXCL 12 (SDFI), CXCL 13, CXCL 14, CXCL 16, PF4 (CXCL4), PPBP (CXCL7), CX3CL 1 (SCYDI), SCYEI, XCLI (림포탁틴), XCL2 (SCM-Iβ), BLRI (MDR15), CCBP2 (D6/JAB61), CCRI (CKRI/HM145), CCR2 (mcp-IRB IRA), CCR3 (CKR3/CMKBR3), CCR4, CCR5 (CMKBR5/ChemR13), CCR6 (CMKBR6/CKR-L3/STRL22/ DRY6), CCR7 (CKR7/EBII), CCR8 (CMKBR8/ TER1/CKR- L1), CCR9 (GPR-9-6), CCRL1 (VSHK1), CCRL2 (L-CCR), XCR1 (GPR5/CCXCR1), CMKLR1, CMKOR1 (RDC1), CX3CR1 (V28), CXCR4, GPR2 (CCR10), GPR31, GPR81 (FKSG80), CXCR3 (GPR9/CKR-L2), CXCR6 (TYMSTR/STRL33/Bonzo), HM74, IL8RA (IL8Rα), IL8RB (IL8Rβ), LTB4R (GPR16), TCP10, CKLFSF2, CKLFSF3, CKLFSF4, CKLFSF5, CKLFSF6, CKLFSF7, CKLFSF8, BDNF, C5, C5R1, CSF3, GRCC10 (C10), EPO, FY (DARC), GDF5, HDF1, HDF1α, DL8, PRL, RGS3, RGS13, SDF2, SLIT2, TLR2, TLR4, TREM1, TREM2, 및 VHL로 구성된 군에서 선택되는 케모킨, 케모킨 수용체, 또는 케모킨 관련 단백질에 결합하거나 상호작용하는 단백질을 인코딩할 수 있다. 일부 실시형태에서, 본원 발명의 포유류 세포에 의해 발현된 폴리펩티드는 0772P (CA125, MUC16) (즉, 난소암 항원), ABCF1; ACVR1; ACVR1B; ACVR2; ACVR2B; ACVRL1; ADORA2A; 아그레칸; AGR2; AICDA; AIF1; AIG1; AKAP1; AKAP2; AMH; AMHR2; 아밀로이드 베타; ANGPTL; ANGPT2; ANGPTL3; ANGPTL4; ANPEP; APC; APOC1; AR; ASLG659; ASPHD1 (아스파르트산염 베타-수산화효소 도메인 함유 1; LOC253982); AZGP1 (아연-a-당단백질); B7.1; B7.2; BAD; BAFF-R (B 세포 활성화 인자 수용체, BLyS 수용체 3, BR3; BAG1; BAI1; BCL2; BCL6; BDNF; BLNK; BLRI (MDR15); BMP1; BMP2; BMP3B (GDF10); BMP4; BMP6; BMP8; BMPR1A; BMPR1B (뼈 형태형성 단백질 수용체-유형 IB); BMPR2; BPAG1 (플렉틴); BRCA1; 브레비칸; C19orf10 (IL27w); C3; C4A; C5; C5R1; CANT1; CASP1; CASP4; CAV1; CCBP2 (D6/JAB61); CCL1 (1-309); CCL11 (에오탁신); CCL13 (MCP-4); CCL15 (MIP1δ); CCL16 (HCC-4); CCL17 (TARC); CCL18 (PARC); CCL19 (MIP-3β); CCL2 (MCP-1); MCAF; CCL20 (MIP-3α); CCL21 (MTP-2); SLC; 엑소더스-2; CCL22 (MDC/STC-1); CCL23 (MPIF-1); CCL24 (MPIF-2/에오탁신-2); CCL25 (TECK); CCL26 (에오탁신-3); CCL27 (CTACK/ILC); CCL28; CCL3 (MTP-Iα); CCL4 (MDP-Iβ); CCL5(RANTES); CCL7 (MCP-3); CCL8 (mcp-2); CCNA1; CCNA2; CCND1; CCNE1; CCNE2; CCR1 (CKRI / HM145); CCR2 (mcp-IRβ/RA); CCR3 (CKR/ CMKBR3); CCR4; CCR5 (CMKBR5/ChemR13); CCR6 (CMKBR6/CKR-L3/STRL22/ DRY6); CCR7 (CKBR7/EBI1); CCR8 (CMKBR8/TER1/CKR-L1); CCR9 (GPR-9-6); CCRL1 (VSHK1); CCRL2 (L-CCR); CD164; CD19; CD1C; CD20; CD200; CD22 (B 세포 수용체 CD22-B 동종형); CD24; CD28; CD3; CD37; CD38; CD3E; CD3G; CD3Z; CD4; CD40; CD40L; CD44; CD45RB; CD52; CD69; CD72; CD74; CD79A (CD79α, 면역글로불린 관련 알파, B 세포 특이적 단백질); CD79B; CDS; CD80; CD81; CD83; CD86; CDH1 (E-카드헤린); CDH10; CDH12; CDH13; CDH18; CDH19; CDH20; CDH5; CDH7; CDH8; CDH9; CDK2; CDK3; CDK4; CDK5; CDK6; CDK7; CDK9; CDKN1A (p21/WAF1/Cip1); CDKN1B (p27/Kip1); CDKN1C; CDKN2A (P16INK4a); CDKN2B; CDKN2C; CDKN3; CEBPB; CER1; CHGA; CHGB; 키틴분해효소; CHST10; CKLFSF2; CKLFSF3; CKLFSF4; CKLFSF5; CKLFSF6; CKLFSF7; CKLFSF8; CLDN3;CLDN7 (클라우딘-7); CLL-1 (CLEC12A, MICL, 및 DCAL2); CLN3; CLU (클러스테린); CMKLR1; CMKOR1 (RDC1); CNR1; COL 18A1; COL1A1; COL4A3; COL6A1; 보체 인자 D; CR2; CRP; CRIPTO (CR, CR1, CRGF, CRIPTO, TDGF1, 기형암종 유래 성장 인자); CSFI (M-CSF); CSF2 (GM-CSF); CSF3 (GCSF); CTLA4; CTNNB1 (b-카테닌); CTSB (카텝신 B); CX3CL1 (SCYDI); CX3CR1 (V28); CXCL1 (GRO1); CXCL10 (IP-10); CXCL11 (I-TAC/IP-9); CXCL12 (SDF1); CXCL13; CXCL14; CXCL16; CXCL2 (GRO2); CXCL3 (GRO3); CXCL5 (ENA-78/LIX); CXCL6 (GCP-2); CXCL9 (MIG); CXCR3 (GPR9/CKR-L2); CXCR4; CXCR5 (버킷 림프종 수용체 1, G 단백질 연계 수용체); CXCR6 (TYMSTR/STRL33/Bonzo); CYB5; CYC1; CYSLTR1; DAB2IP; DES; DKFZp451J0118; DNCLI; DPP4; E16 (LAT1, SLC7A5); E2F1; ECGF1; EDG1; EFNA1; EFNA3; EFNB2; EGF; EGFR; ELAC2; ENG; ENO1; ENO2; ENO3; EPHB4; EphB2R; EPO; ERBB2 (Her-2); EREG; ERK8; ESR1; ESR2; ETBR (엔도텔린 B형 수용체); F3 (TF); FADD; FasL; FASN; FCER1A; FCER2; FCGR3A; FcRH1 (Fc 수용체 유사 단백질 1); FcRH2 (IFGP4, IRTA4, SPAP1A (SH2 도메인 함유 포스파타아제 앵커 단백질 1a), SPAP1B, SPAP1C); FGF; FGF1 (αFGF); FGF10; FGF11; FGF12; FGF12B; FGF13; FGF14; FGF16; FGF17; FGF18; FGF19; FGF2 (bFGF); FGF20; FGF21; FGF22; FGF23; FGF3 (int-2); FGF4 (HST); FGF5; FGF6 (HST-2); FGF7 (KGF); FGF8; FGF9; FGFR; FGFR3; FIGF (VEGFD); FELl (EPSILON); FILl (ZETA); FLJ12584; FLJ25530; FLRTI (섬유결합소); FLT1; FOS; FOSL1 (FRA-1); FY (DARC); GABRP (GABAa); GAGEB1; GAGEC1; GALNAC4S-6ST; GATA3; GDF5; GDNF-Ra1 (GDNF 패밀리 수용체 알파 1; GFRA1; GDNFR; GDNFRA; RETL1; TRNR1; RET1L; GDNFR-알파1; GFR-ALPHA-1); GEDA; GFI1; GGT1; GM-CSF; GNASI; GNRHI; GPR2 (CCR10); GPR19 (G 단백질 연계 수용체 19; Mm.4787); GPR31; GPR44; GPR54 (KISS1 수용체; KISS1R; GPR54; HOT7T175; AXOR12); GPR81 (FKSG80); GPR172A (G 단백질 연계 수용체 172A; GPCR41; FLJ11856; D15Ertd747e);GRCCIO (C10); GRP; GSN (겔솔린); GSTP1; HAVCR2; HDAC4; HDAC5; HDAC7A; HDAC9; HGF; HIF1A; HOP1; 히스타민 및 히스타민 수용체; HLA-A; HLA-DOB (MHC 클래스 II 분자 (Ia 항원)의 베타 아단위; HLA-DRA; HM74; HMOXI; HUMCYT2A; ICEBERG; ICOSL; 1D2; IFN-a; IFNA1; IFNA2; IFNA4; IFNA5; IFNA6; IFNA7; IFNB1; IFN감마; DFNW1; IGBP1; IGF1; IGF1R; IGF2; IGFBP2; IGFBP3; IGFBP6; IL-l; IL10; IL10RA; IL10RB; IL11; IL11RA; IL-12; IL12A; IL12B; IL12RB1; IL12RB2; IL13; IL13RA1; IL13RA2; IL14; IL15; IL15RA; IL16; IL17; IL17B; IL17C; IL17R; IL18; IL18BP; IL18R1; IL18RAP; IL19; IL1A; IL1B; ILIF10; IL1F5; IL1F6; IL1F7; IL1F8; IL1F9; IL1HY1; IL1R1; IL1R2; IL1RAP; IL1RAPL1; IL1RAPL2; IL1RL1; IL1RL2, ILIRN; IL2; IL20; IL20Rα; IL21 R; IL22; IL-22c; IL22R; IL22RA2; IL23; IL24; IL25; IL26; IL27; IL28A; IL28B; IL29; IL2RA; IL2RB; IL2RG; IL3; IL30; IL3RA; IL4; IL4R; IL5; IL5RA; IL6; IL6R; IL6ST (당단백질 130); 인플루엔자 A; 인플루엔자 B; EL7; EL7R; EL8; IL8RA; DL8RB; IL8RB; DL9; DL9R; DLK; INHA; INHBA; INSL3; INSL4; IRAK1; IRTA2 (면역글로불린 슈퍼패밀리 수용체 전위 관련 2); ERAK2; ITGA1; ITGA2; ITGA3; ITGA6 (a6 인테그린); ITGAV; ITGB3; ITGB4 (b4 인테그린); α4β7 및 αEβ7 인테그린 이종이량체; JAG1; JAK1; JAK3; JUN; K6HF; KAI1; KDR; KITLG; KLF5 (GC Box BP); KLF6; KLKIO; KLK12; KLK13; KLK14; KLK15; KLK3; KLK4; KLK5; KLK6; KLK9; KRT1; KRT19 (케라틴 19); KRT2A; KHTHB6 (모발 특이적 H형 케라틴); LAMAS; LEP (렙틴); LGR5 (류신 풍부 반복 함유 G 단백질 연계 수용체 5; GPR49, GPR67); Lingo-p75; Lingo-Troy; LPS; LTA (TNF-b); LTB; LTB4R (GPR16); LTB4R2; LTBR; LY64 (림프구 항원 64 (RP105), 류신 풍부 반복 (LRR) 패밀리의 I형 막 단백질); Ly6E (림프구 항원 6 복합체, 좌위 E; Ly67,RIG-E,SCA-2,TSA-1); Ly6G6D (림프구 항원 6 복합체, 좌위 G6D; Ly6-D, MEGT1); LY6K (림프구 항원 6 복합체, 좌위 K; LY6K; HSJ001348; FLJ35226); MACMARCKS; MAG 또는 OMgp; MAP2K7 (c-Jun); MDK; MDP; MIB1; 미드킨; MEF; MIP-2; MKI67; (Ki-67); MMP2; MMP9; MPF (MPF, MSLN, SMR, 거대핵세포 증강 인자, 메소텔린); MS4A1; MSG783 (RNF124, 가설 단백질 FLJ20315);MSMB; MT3 (메탈로티오넥틴-111); MTSS1; MUC1 (점액소); MYC; MY088; Napi3b (NaPi2b로도 알려져 있음) (NAPI-3B, NPTIIb, SLC34A2, 용질 운반체 패밀리 34 (인산나트륨), 구성원 2, II형 나트륨 의존성 인산염 전달체 3b); NCA; NCK2; 뉴로칸; NFKB1; NFKB2; NGFB (NGF); NGFR; NgR-Lingo; NgR- Nogo66 (Nogo); NgR-p75; NgR-Troy; NME1 (NM23A); NOX5; NPPB; NR0B1; NR0B2; NR1D1; NR1D2; NR1H2; NR1H3; NR1H4; NR112; NR113; NR2C1; NR2C2; NR2E1; NR2E3; NR2F1; NR2F2; NR2F6; NR3C1; NR3C2; NR4A1; NR4A2; NR4A3; NR5A1; NR5A2; NR6A1; NRP1; NRP2; NT5E; NTN4; ODZI; OPRD1; OX40; P2RX7; P2X5 (푸린성 수용체 P2X 리간드 게이팅 이온 통로 5); PAP; PART1; PATE; PAWR; PCA3; PCNA; PD-L1; PD-L2; PD-1; POGFA; POGFB; PECAM1; PF4 (CXCL4); PGF; PGR; 포스파칸; PIAS2; PIK3CG; PLAU (uPA); PLG; PLXDC1; PMEL17 (실버 동족체; SILV; D12S53E; PMEL17; SI; SIL); PPBP (CXCL7); PPID; PRI; PRKCQ; PRKDI; PRL; PROC; PROK2; PSAP; PSCA hlg (2700050C12Rik, C530008O16Rik, RIKEN cDNA 2700050C12, RIKEN cDNA 2700050C12 유전자); PTAFR; PTEN; PTGS2 (COX-2); PTN; RAC2 (p21 Rac2); RARB; RET (ret 원종양유전자; MEN2A; HSCR1; MEN2B; MTC1; PTC; CDHF12; Hs.168114; RET51; RET-ELE1); RGSI; RGS13; RGS3; RNF110 (ZNF144); ROBO2; S100A2; SCGB1D2 (리포필린 B); SCGB2A1 (맘마글로빈2); SCGB2A2 (맘마글로빈 1); SCYEI (내피 단핵구 활성화 사이토킨); SDF2; 세마 5b (FLJ10372, KIAA1445, Mm.42015, SEMA5B, SEMAG, 세마포린 5b Hlog, 세마 도메인, 7 트롬보스폰딘 반복 (1형 및 1형 유사), 막경유 도메인 (TM) 및 짧은 세포질 도메인, (세마포린) 5B); SERPINA1; SERPINA3; SERP1NB5 (마스핀); SERPINE1(PAI-1); SERPDMF1; SHBG; SLA2; SLC2A2; SLC33A1; SLC43A1; SLIT2; SPPI; SPRR1B (Sprl); ST6GAL1; STABI; STAT6; STEAP (전립선의 6 막경유 상피 항원); STEAP2 (HGNC_8639, IPCA-1, PCANAP1, STAMP1, STEAP2, STMP, 전립선암 관련 유전자 1, 전립선암 관련 단백질 1, 전립선의 6 막경유 상피 항원 2, 6 막경유 전립선 단백질); TB4R2; TBX21; TCPIO; TOGFI; TEK; TENB2 (추정 막경유 프로테오글리칸); TGFA; TGFBI; TGFB1II; TGFB2; TGFB3; TGFBI; TGFBRI; TGFBR2; TGFBR3; THIL; THBSI (트롬보스폰딘-1 ); THBS2; THBS4; THPO; TIE (Tie-1 ); TMP3; 조직 인자; TLR1; TLR2; TLR3; TLR4; TLR5; TLR6; TLR7; TLR8; TLR9; TLR10; TMEFF1 (EGF 유사 및 2개의 폴리스타틴 유사 도메인 1을 갖는 막경유 단백질; 토모레굴린-1); TMEM46 (shisa 동족체 2); TNF; TNF-a; TNFAEP2 (B94 ); TNFAIP3; TNFRSFIIA; TNFRSF1A; TNFRSF1B; TNFRSF21; TNFRSF5; TNFRSF6 (Fas); TNFRSF7; TNFRSF8; TNFRSF9; TNFSF10 (TRAIL); TNFSF11 (TRANCE); TNFSF12 (AP03L); TNFSF13 (April); TNFSF13B; TNFSF14 (HVEM-L); TNFSF15 (VEGI); TNFSF18; TNFSF4 (OX40 리간드); TNFSF5 (CD40 리간드); TNFSF6 (FasL); TNFSF7 (CD27 리간드); TNFSFS (CD30 리간드); TNFSF9 (4-1 BB 리간드); TOLLIP; 톨 유사 수용체; TOP2A (국소이성화효소 Ea); TP53; TPM1; TPM2; TRADD; TMEM118 (링 핑거 단백질, 막경유 2; RNFT2; FLJ14627); TRAF1; TRAF2; TRAF3; TRAF4; TRAF5; TRAF6; TREM1; TREM2; TrpM4 (BR22450, FLJ20041, TRPM4, TRPM4B, 일시적 수용체 전위 양이온 통로, 서브패밀리 M, 구성원 4); TRPC6; TSLP; TWEAK; 티로시나아제 (TYR; OCAIA; OCA1A; 티로시나아제; SHEP3);VEGF; VEGFB; VEGFC; 베르시칸; VHL C5; VLA-4; XCL1 (림포탁틴); XCL2 (SCM-1b); XCRI(GPR5/ CCXCRI); YY1; 및/또는 ZFPM2에 결합하거나 상호작용할 수 있다.
많은 다른 바이러스 구성요소 및/또는 다른 관심되는 유전자가 본원 발명에 따른 포유류 세포에 의해 포장될 수 있고, 그리고 상기 목록은 제한하는 것으로 의미되지 않는다.
5.5.2
재조합 단백질 생성물
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 세포 및/또는 방법은 재조합 단백질, 예를 들면, 재조합 포유류 단백질의 생산에 이용될 수 있다. 이런 재조합 단백질의 무제한적 실례에는 호르몬, 수용체, 융합 단백질, 조절 인자, 성장 인자, 보체계 인자, 효소, 응고 인자, 항응고 인자, 키나아제, 사이토킨, CD 단백질, 인터류킨, 치료용 단백질, 진단용 단백질 및 항체가 포함된다. 본원 발명의 세포 및/또는 방법은 생산되는 분자, 예를 들면, 항체에 특이적이지 않다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 방법은 치료용과 진단용 항체 또는 이들의 항원 결합 단편을 포함한, 항체의 생산에 이용될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 본원 발명의 세포 및 방법에 의해 생산된 항체는 단일특이적 항체 (예를 들면, 단일 중쇄 서열 및 단일 경쇄 서열로 구성되는 항체뿐만 아니라 이런 대합의 다합체), 다중특이적 항체, 그리고 이들의 항원 결합 단편일 수 있지만 이들에 한정되지 않는다. 예를 들어, 그러나 제한 없이, 다중특이적 항체는 이중특이적 항체, 바이에피토픽 항체, T 세포 의존성 이중특이적 항체 (TDB), 이중 작용 FAb (DAF), 또는 이들의 항원 결합 단편일 수 있다.
5.5.2.1
다중특이적 항체
일정한 양상에서, 본원에 제공된 세포 및 방법에 의해 생산된 항체는 다중특이적 항체, 예를 들면, 이중특이적 항체이다. "다중특이적 항체"는 적어도 2개의 상이한 부위, 다시 말하면, 상이한 항원 상에서 상이한 에피토프 (즉, 이중특이적) 또는 동일한 항원 상에서 상이한 에피토프 (즉, 바이에피토픽)에 대한 결합 특이성을 갖는 단일클론 항체이다. 일정한 양상에서, 다중특이적 항체는 3개 이상의 결합 특이성을 갖는다. 다중특이적 항체는 본원에 설명된 바와 같은 전장 항체 또는 항체 단편으로서 제조될 수 있다.
다중특이적 항체를 만들기 위한 기술은 상이한 특이성을 갖는 2개의 면역글로불린 중쇄-경쇄 쌍의 재조합 공동발현 (참조: Milstein and Cuello, Nature 305: 537 (1983)) 및 "노브-인-홀" 조작 (참조: 예를 들면, 미국 특허 번호 5,731,168 및 Atwell et al., J. Mol. Biol. 270:26 (1997))을 포함하지만 이들에 한정되지 않는다. 다중특이적 항체는 또한, 항체 Fc-이종이량체성 분자를 만들기 위해 정전 스티어링 효과를 조작함으로써 (참조: 예를 들면, WO 2009/089004); 두 개 이상의 항체 또는 단편을 교차연결함으로써 (참조: 예를 들면, US 특허 번호 4,676,980 및 Brennan et al., Science, 229: 81 (1985)); 류신 지퍼를 이용하여 이중특이적 항체를 생성함으로써 (참조: 예를 들면, Kostelny et al., J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992) 및 WO 2011/034605); 경쇄 오대합 문제를 회피하기 위해 공통 경쇄 기술을 이용함으로써 (참조: 예를 들면, WO 98/50431); 이중특이적 항체 단편을 만들기 위해 "디아바디" 기술을 이용함으로써 (참조: 예를 들면, Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)); 그리고 단일 사슬 Fv (sFv) 이량체를 이용함으로써 (참조: 예를 들면, Gruber et al., J. Immunol., 152:5368 (1994)); 그리고 예를 들면, Tutt et al. J. Immunol. 147: 60 (1991)에 설명된 바와 같이 삼중특이적 항체를 제조함으로써 만들어질 수 있다.
예를 들면, "문어 항체", 또는 DVD-Ig를 포함한, 3개 이상의 항원 결합 부위를 갖는 조작된 항체 또한 본원에 포함된다 (참조: 예를 들면, WO 2001/77342 및 WO 2008/024715). 3개 이상의 항원 결합 부위를 갖는 다중특이적 항체의 다른 무제한적 실례는 WO 2010/115589, WO 2010/112193, WO 2010/136172, WO 2010/145792 및 WO 2013/026831에서 찾아볼 수 있다. 이중특이적 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 또한, "이중 작용 FAb" 또는 "DAF"를 포함한다 (참조: 예를 들면, US 2008/0069820 및 WO 2015/095539).
다중특이적 항체는 또한, 동일한 항원 특이성의 하나 이상의 결합 팔에서 도메인 교차로, 다시 말하면, VH/VL 도메인 (참조: 예를 들면, WO 2009/080252 및 WO 2015/150447), CH1/CL 도메인 (참조: 예를 들면, WO 2009/080253) 또는 완전한 Fab 팔 (참조: 예를 들면, WO 2009/080251, WO 2016/016299, 또한 Schaefer et al, PNAS, 108 (2011) 1187-1191 및 Klein at al., MAbs 8 (2016) 1010-20 참조)을 교환함으로써 비대칭적 형태로 제공될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 다중특이적 항체는 교차-Fab 단편을 포함한다. 용어 "교차-Fab 단편" 또는 "xFab 단편" 또는 "교차 Fab 단편"은 중쇄와 경쇄의 가변 영역 또는 불변 영역 중 어느 한 가지가 교환되는 Fab 단편을 지칭한다. 교차-Fab 단편은 경쇄 가변 영역 (VL) 및 중쇄 불변 영역 1 (CH1)로 구성되는 폴리펩티드 사슬, 그리고 중쇄 가변 영역 (VH) 및 경쇄 불변 영역 (CL)으로 구성되는 폴리펩티드 사슬을 포함한다. 비대칭적 Fab 팔은 또한, 정확한 Fab 대합을 주도하기 위해 하전된 또는 비-하전된 아미노산 돌연변이를 도메인 인터페이스 내로 도입함으로써 조작될 수 있다. 참조: 예를 들면, WO 2016/172485.
다중특이적 항체에 대한 다양한 추가의 분자 형식은 당해 분야에 공지되고 본원에 포함된다 (참조: 예를 들면, Spiess et al., Mol. Immunol. 67 (2015) 95-106).
일정한 실시형태에서, 본원에 또한 포함되는 다중특이적 항체의 특정 유형은 표적 세포를 사멸시키기 위한 T 세포의 재표적화를 위해, 표적 세포, 예를 들면, 종양 세포 상에서 표면 항원에, 그리고 T 세포 수용체 (TCR) 복합체의 활성화, 불변 구성요소, 예컨대 CD3에 동시에 결합하도록 설계된 이중특이적 항체이다.
이러한 목적에 유용할 수 있는 이중특이적 항체 형식의 추가의 무제한적 실례에는 2개의 scFv 분자가 유연한 링커에 의해 융합되는 이른바 "BiTE" (이중특이적 T 세포 인게이저) 분자 (참조: 예를 들면, WO 2004/106381, WO 2005/061547, WO 2007/042261 및 WO 2008/119567, Nagorsen and Buerle, Exp Cell Res 317, 1255-1260 (2011)); 디아바디 (Holliger et al., Prot. Eng. 9, 299-305 (1996)) 및 이들의 유도체, 예컨대 탠덤 디아바디 ("TandAb"; Kipriyanov et al., J Mol Biol 293, 41-56 (1999)); 디아바디 형식에 기초되지만 추가 안정화를 위한 C 말단 이황화 다리를 특징으로 하는 "DART" (이중 친화성 재표적화) 분자 (Johnson et al., J Mol Biol 399, 436-449 (2010)), 그리고 전체 하이브리드 생쥐/쥐 IgG 분자인 이른바 트리오맙 (Seimetz et al., Cancer Treat. Rev. 36, 458-467 (2010)에서 검토됨)이 포함되지만 이들에 한정되지 않는다. 본원에 포함된 특정 T 세포 이중특이적 항체 형식은 WO 2013/026833, WO 2013/026839, WO 2016/020309; Bacac et al., Oncoimmunology 5(8) (2016) e1203498에 설명된다.
5.5.2.2
항체 단편
일정한 양상에서, 본원에 제공된 세포 및 방법에 의해 생산된 항체는 항체 단편이다. 예를 들어, 그러나 제한 없이, 항체 단편은 Fab, Fab', Fab'-SH, 또는 F(ab')2 단편, 특히 Fab 단편이다. 무손상 항체의 파파인 소화는 중쇄와 경쇄 가변 도메인 (각각, VH와 VL), 그리고 또한 경쇄의 불변 도메인 (CL) 및 중쇄의 첫 번째 불변 도메인 (CH1)을 각각 포함하는, "Fab" 단편으로 불리는 2개의 동일한 항원 결합 단편을 생산한다. 용어 "Fab 단편"은 따라서, VL 도메인 및 CL 도메인을 포함하는 경쇄, 그리고 VH 도메인 및 CH1 도메인을 포함하는 중쇄 단편을 포함하는 항체 단편을 지칭한다. "Fab' 단편"은 항체 힌지 영역으로부터 하나 이상의 시스테인을 포함하는 CH1 도메인의 카르복시 말단에서 잔기의 부가에 의해 Fab 단편과 상이하다. Fab'-SH는 불변 도메인의 시스테인 잔기(들)가 자유 티올 기를 보유하는 Fab' 단편이다. 펩신 처리는 2개의 항원 결합 부위 (2개의 Fab 단편) 및 Fc 영역의 일부를 갖는 F(ab')2 단편을 산출한다. 구제 수용체 결합 에피토프 잔기를 포함하고 증가된 생체내 반감기를 갖는 Fab 및 F(ab')2 단편에 관한 논의를 위해, 미국 특허 번호 5,869,046을 참조한다.
일정한 실시형태에서, 항체 단편은 디아바디, 트리아바디 또는 테트라바디이다. "디아바디"는 이가 또는 이중특이적일 수 있는 2개의 항원 결합 부위를 갖는 항체 단편이다. 참조: 예를 들면, EP 404,097; WO 1993/01161; Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003); 및 Hollinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993). 트리아바디 및 테트라바디 역시 Hudson et al., Nat. Med. 9:129-134 (2003)에 설명된다.
추가의 양상에서, 항체 단편은 단일 사슬 Fab 단편이다. "단일 사슬 Fab 단편" 또는 "scFab"는 항체 중쇄 가변 도메인 (VH), 항체 중쇄 불변 도메인 1 (CH1), 항체 경쇄 가변 도메인 (VL), 항체 경쇄 불변 도메인 (CL) 및 링커로 구성되는 폴리펩티드이고, 여기서 상기 항체 도메인 및 상기 링커는 N 말단에서 C 말단 방향으로 아래의 순서 중에서 한 가지를 갖는다: a) VH-CH1-링커-VL-CL, b) VL-CL-링커-VH-CH1, c) VH-CL-링커-VL-CH1 또는 d) VL-CH1-링커-VH-CL. 특히, 상기 링커는 적어도 30개 아미노산, 바람직하게는 32개 및 50개 사이의 아미노산의 폴리펩티드이다. 상기 단일 사슬 Fab 단편은 CL 도메인 및 CH1 도메인 사이에 자연 이황화 결합을 통해 안정화된다. 이에 더하여, 이들 단일 사슬 Fab 단편은 시스테인 잔기 (예를 들면 Kabat 넘버링에 따른 가변 중쇄에서 위치 44 및 가변 경쇄에서 위치 100)의 삽입을 통한 사슬간 이황화 결합의 생성에 의해 더욱 안정화될지도 모른다.
다른 양상에서, 항체 단편은 단일 사슬 가변 단편 (scFv)이다. "단일 사슬 가변 단편" 또는 "scFv"는 링커에 의해 연결된, 항체의 중쇄 (VH)와 경쇄 (VL)의 가변 도메인의 융합 단백질이다. 특히, 링커는 10 내지 25개 아미노산의 짧은 폴리펩티드이고, 그리고 통상적으로, 유연성을 위한 글리신뿐만 아니라 용해도를 위한 세린 또는 트레오닌이 풍부하고, 그리고 VH의 N 말단을 VL의 C 말단과 연결하거나 그 반대일 수 있다. 이러한 단백질은 불변 영역의 제거 및 링커의 도입에도 불구하고, 본래 항체의 특이성을 유지한다. ScFv 단편에 관한 검토를 위해, 예를 들면, Pl
ckthun, in The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg and Moore eds., (Springer-Verlag, New York), pp. 269-315 (1994)를 참조한다; 또한, WO 93/16185; 및 미국 특허 번호 5,571,894와 5,587,458을 참조한다.
다른 양상에서, 항체 단편은 단일 도메인 항체이다. "단일 도메인 항체"는 항체의 중쇄 가변 도메인 중에서 전부 또는 일부, 또는 항체의 경쇄 가변 도메인 중에서 전부 또는 일부를 포함하는 항체 단편이다. 일정한 양상에서, 단일 도메인 항체는 인간 단일 도메인 항체이다 (Domantis, Inc., Waltham, MA; 참조: 예를 들면, 미국 특허 번호 6,248,516 B1).
항체 단편은 무손상 항체의 단백질분해성 소화를 포함하지만 이에 한정되지 않는 다양한 기술에 의해 만들어질 수 있다.
5.5.2.3
키메라 및 인간화 항체
일정한 양상에서, 본원에 제공된 세포 및 방법에 의해 생산된 항체는 키메라 항체이다. 일정한 키메라 항체는 예를 들면, 미국 특허 번호 4,816,567; 및 Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81:6851-6855 (1984))에 설명된다. 한 가지 실례에서, 키메라 항체는 비인간 가변 영역 (예를 들면, 생쥐, 쥐, 햄스터, 토끼, 또는 비인간 영장류, 예컨대 원숭이로부터 유래된 가변 영역) 및 인간 불변 영역을 포함한다. 추가의 실례에서, 키메라 항체는 "부류 전환된" 항체인데, 여기서 부류 또는 하위부류가 부모 항체의 것으로부터 변화되었다. 키메라 항체는 이들의 항원 결합 단편을 포함한다.
일정한 양상에서, 키메라 항체는 인간화 항체이다. 전형적으로, 비인간 항체는 부모 비인간 항체의 특이성 및 친화성을 유지하면서, 인간에 대한 면역원성을 감소시키기 위해 인간화된다. 일반적으로, 인간화 항체는 CDRs (또는 이들의 부분)가 비인간 항체로부터 유래되고, 그리고 FRs (또는 이들의 부분)가 인간 항체 서열로부터 유래되는 하나 이상의 가변 도메인을 포함한다. 인간화 항체는 임의적으로, 인간 불변 영역의 적어도 일부를 또한 포함할 것이다. 일정한 실시형태에서, 인간화 항체에서 일부 FR 잔기는 예를 들면, 항체 특이성 또는 친화성을 복원하거나 개선하기 위해, 비인간 항체 (예를 들면, CDR 잔기가 유래되는 항체)로부터 상응하는 잔기로 치환된다.
인간화 항체 및 이들을 만드는 방법은 예를 들면, Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)에서 검토되고, 그리고 예를 들면, Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); Queen et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 86:10029-10033 (1989); US 특허 번호 5,821,337, 7,527,791, 6,982,321 및 7,087,409; Kashmiri et al., Methods 36:25-34 (2005) (특이성 결정 영역 (SDR) 합체를 설명); Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991) ("표면치환"을 설명); Dall'Acqua et al., Methods 36:43-60 (2005) ("FR 셔플링"을 설명); 그리고 Osbourn et al., Methods 36:61-68 (2005) 및 Klimka et al., Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000) (FR 셔플링에 대한 "보도된 선택" 접근방식을 설명)에서 더욱 설명된다.
인간화에 이용될 수 있는 인간 프레임워크 영역은 다음을 포함하지만 이들에 한정되지 않는다: "최고 적합" 방법을 이용하여 선택된 프레임워크 영역 (참조: 예를 들면, Sims et al. J. Immunol. 151:2296 (1993)); 경쇄 또는 중쇄 가변 영역의 특정 하위군의 인간 항체의 공통 서열로부터 유래된 프레임워크 영역 (참조: 예를 들면, Carter et al. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992); 및 Presta et al. J. Immunol., 151:2623 (1993)); 인간 성숙 (체성으로 돌연변이된) 프레임워크 영역 또는 인간 생식계열 프레임워크 영역 (참조: 예를 들면, Almagro and Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)); 그리고 스크리닝 FR 라이브러리로부터 유래된 프레임워크 영역 (참조: 예를 들면, Baca et al., J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997) 및 Rosok et al., J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)).
5.5.2.4
인간 항체
일정한 양상에서, 본원에 제공된 세포 및 방법에 의해 생산된 항체는 인간 항체이다. 인간 항체는 당해 분야에 공지된 다양한 기술을 이용하여 생산될 수 있다. 인간 항체는 van Dijk and van de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001) 및 Lonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)에서 전반적으로 설명된다.
인간 항체는 항원 공격에 대한 응답으로 무손상 인간 항체 또는 인간 가변 영역을 포함하는 무손상 항체를 생성하도록 변형된 유전자도입 동물에 면역원을 투여함으로써 제조될 수 있다. 이런 동물은 전형적으로, 내인성 면역글로불린 좌위를 대체하거나, 또는 염색체외로 존재하거나 동물의 염색체 내로 무작위로 통합되는 인간 면역글로불린 좌위 중에서 전부 또는 일부를 포함한다. 이런 유전자도입 생쥐에서, 내인성 면역글로불린 좌위는 일반적으로 비활성화된다. 유전자도입 동물로부터 인간 항체를 획득하기 위한 방법에 관한 검토를 위해, Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)를 참조한다. 또한, 예를 들면, XENOMOUSETM 기술을 설명하는 미국 특허 번호 6,075,181 및 6,150,584; HUMAB® 기술을 설명하는 미국 특허 번호 5,770,429; K-M MOUSE® 기술을 설명하는 미국 특허 번호 7,041,870, 그리고 VELOCIMOUSE® 기술을 설명하는 미국 특허 출원 공개 번호 US 2007/0061900을 참조한다. 이런 동물에 의해 생산된 무손상 항체로부터 인간 가변 영역은 예를 들면, 상이한 인간 불변 영역과 조합함으로써 더욱 변형될 수 있다.
인간 항체는 또한, 하이브리도마-기초된 방법에 의해 만들어질 수 있다. 인간 단일클론 항체의 생산을 위한 인간 골수종 및 생쥐-인간 헤테로골수종 세포주가 설명되었다. (참조: 예를 들면 Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987); 및 Boerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991).) 인간 B 세포 하이브리도마 기법을 통해 생산된 인간 항체 역시 Li et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 103:3557-3562 (2006)에 설명된다. 추가 방법은 예를 들면, 미국 특허 번호 7,189,826 (하이브리도마 세포주로부터 단일클론 인간 IgM 항체의 생산을 설명) 및 Ni, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006) (인간-인간 하이브리도마를 설명)에 설명된 것들을 포함한다. 인간 하이브리도마 기법 (트리오마 기술) 역시 Vollmers and Brandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005) 및 Vollmers and Brandlein, Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3):185-91 (2005)에 설명된다.
5.5.2.5
표적 분자
본원에 개시된 세포 및 방법에 의해 생산된 항체에 의해 표적화될 수 있는 분자의 무제한적 실례에는 가용성 혈청 단백질 및 이들의 수용체, 그리고 다른 막 결합된 단백질 (예를 들면, 부착소)이 포함된다. 일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 세포 및 방법에 의해 생산된 항체는 8MPI, 8MP2, 8MP38 (GDFIO), 8MP4, 8MP6, 8MP8, CSFI (M-CSF), CSF2 (GM-CSF), CSF3 (G-CSF), EPO, FGF1 (αFGF), FGF2 (βFGF), FGF3 (int-2), FGF4 (HST), FGF5, FGF6 (HST-2), FGF7 (KGF), FGF9, FGF1 0, FGF11, FGF12, FGF12B, FGF14, FGF16, FGF17, FGF19, FGF20, FGF21, FGF23, IGF1, IGF2, IFNA1, IFNA2, IFNA4, IFNA5, IFNA6, IFNA7, IFN81, IFNG, IFNWI, FEL1, FEL1 (EPSELON), FEL1 (ZETA), IL 1A, IL 1B, IL2, IL3, IL4, IL5, IL6, IL7, IL8, IL9, IL1 0, IL 11, IL 12A, IL 12B, IL 13, IL 14, IL 15, IL 16, IL 17, IL 17B, IL 18, IL 19, IL20, IL22, IL23, IL24, IL25, IL26, IL27, IL28A, IL28B, IL29, IL30, PDGFA, PDGFB, TGFA, TGFB1, TGFB2, TGFBb3, LTA (TNF-β), LTB, TNF (TNF-α), TNFSF4 (OX40 리간드), TNFSF5 (CD40 리간드), TNFSF6 (FasL), TNFSF7 (CD27 리간드), TNFSF8 (CD30 리간드), TNFSF9 (4-1 BB 리간드), TNFSF10 (TRAIL), TNFSF11 (TRANCE), TNFSF12 (APO3L), TNFSF13 (April), TNFSF13B, TNFSF14 (HVEM-L), TNFSF15 (VEGI), TNFSF18, HGF (VEGFD), VEGF, VEGFB, VEGFC, IL1R1, IL1R2, IL1RL1, IL1RL2, IL2RA, IL2RB, IL2RG, IL3RA, IL4R, IL5RA, IL6R, IL7R, IL8RA, IL8RB, IL9R, IL10RA, IL10RB, IL 11RA, IL12RB1, IL12RB2, IL13RA1, IL13RA2, IL15RA, IL17R, IL18R1, IL20RA, IL21R, IL22R, IL1HY1, IL1RAP, IL1RAPL1, IL1RAPL2, IL1RN, IL6ST, IL18BP, IL18RAP, IL22RA2, AIF1, HGF, LEP (렙틴), PTN, 및 THPO.k로 구성된 군에서 선택되는 1개, 2 개 또는 그 초과의 사이토킨, 사이토킨 관련 단백질, 및 사이토킨 수용체에 결합할 수 있다
일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 세포 및 방법에 의해 생산된 항체는 CCLI (1-309), CCL2 (MCP -1/MCAF), CCL3 (MIP-Iα), CCL4 (MIP-Iβ), CCL5 (RANTES), CCL7 (MCP-3), CCL8 (mcp-2), CCL11 (에오탁신), CCL 13 (MCP-4), CCL 15 (MIP-Iδ), CCL 16 (HCC-4), CCL 17 (TARC), CCL 18 (PARC), CCL 19 (MDP-3b), CCL20 (MIP-3α), CCL21 (SLC/엑소더스-2), CCL22 (MDC/ STC-1), CCL23 (MPIF-1), CCL24 (MPIF-2 /에오탁신-2), CCL25 (TECK), CCL26 (에오탁신-3), CCL27 (CTACK / ILC), CCL28, CXCLI (GROI), CXCL2 (GR02), CXCL3 (GR03), CXCL5 (ENA-78), CXCL6 (GCP-2), CXCL9 (MIG), CXCL 10 (IP 10), CXCL 11 (1-TAC), CXCL 12 (SDFI), CXCL 13, CXCL 14, CXCL 16, PF4 (CXCL4), PPBP (CXCL7), CX3CL 1 (SCYDI), SCYEI, XCLI (림포탁틴), XCL2 (SCM-Iβ), BLRI (MDR15), CCBP2 (D6/JAB61 ), CCRI (CKRI/HM145), CCR2 (mcp-IRB IRA), CCR3 (CKR3/CMKBR3), CCR4, CCR5 (CMKBR5/ChemR13), CCR6 (CMKBR6/CKR-L3/STRL22/DRY6), CCR7 (CKR7/EBII), CCR8 (CMKBR8/ TER1/CKR- L1), CCR9 (GPR-9-6), CCRL1 (VSHK1), CCRL2 (L-CCR), XCR1 (GPR5/CCXCR1), CMKLR1, CMKOR1 (RDC1), CX3CR1 (V28), CXCR4, GPR2 (CCR10), GPR31, GPR81 (FKSG80), CXCR3 (GPR9/CKR-L2), CXCR6 (TYMSTR/STRL33/Bonzo), HM74, IL8RA (IL8Rα), IL8RB (IL8Rβ), LTB4R (GPR16), TCP10, CKLFSF2, CKLFSF3, CKLFSF4, CKLFSF5, CKLFSF6, CKLFSF7, CKLFSF8, BDNF, C5, C5R1, CSF3, GRCC10 (C10), EPO, FY (DARC), GDF5, HDF1, HDF1α, DL8, PRL, RGS3, RGS13, SDF2, SLIT2, TLR2, TLR4, TREM1, TREM2, 및 VHL로 구성된 군에서 선택되는 케모킨, 케모킨 수용체, 또는 케모킨 관련 단백질에 결합할 수 있다.
일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 방법에 의해 생산된 항체 (예를 들면, 다중특이적 항체 예컨대 이중특이적 항체)는 아래의 0772P (CA125, MUC16) (즉, 난소암 항원), ABCF1; ACVR1; ACVR1B; ACVR2; ACVR2B; ACVRL1; ADORA2A; 아그레칸; AGR2; AICDA; AIF1; AIG1; AKAP1; AKAP2; AMH; AMHR2; 아밀로이드 베타; ANGPTL; ANGPT2; ANGPTL3; ANGPTL4; ANPEP; APC; APOC1; AR; ASLG659; ASPHD1 (아스파르트산염 베타-수산화효소 도메인 함유 1; LOC253982); AZGP1 (아연-a-당단백질); B7.1; B7.2; BAD; BAFF-R (B 세포 활성화 인자 수용체, BLyS 수용체 3, BR3; BAG1; BAI1; BCL2; BCL6; BDNF; BLNK; BLRI (MDR15); BMP1; BMP2; BMP3B (GDF10); BMP4; BMP6; BMP8; BMPR1A; BMPR1B (뼈 형태발생 단백질 수용체-유형 IB); BMPR2; BPAG1 (플렉틴); BRCA1; 브레비칸; C19orf10 (IL27w); C3; C4A; C5; C5R1; CANT1; CASP1; CASP4; CAV1; CCBP2 (D6/JAB61); CCL1 (1-309); CCL11 (에오탁신); CCL13 (MCP-4); CCL15 (MIP1δ); CCL16 (HCC-4); CCL17 (TARC); CCL18 (PARC); CCL19 (MIP-3β); CCL2 (MCP-1); MCAF; CCL20 (MIP-3α); CCL21 (MTP-2); SLC; 엑소더스-2; CCL22 (MDC/STC-1); CCL23 (MPIF-1); CCL24 (MPIF-2/에오탁신-2); CCL25 (TECK); CCL26 (에오탁신-3); CCL27 (CTACK/ILC); CCL28; CCL3 (MTP-Iα); CCL4 (MDP-Iβ); CCL5(RANTES); CCL7 (MCP-3); CCL8 (mcp-2); CCNA1; CCNA2; CCND1; CCNE1; CCNE2; CCR1 (CKRI / HM145); CCR2 (mcp-IRβ/RA);CCR3 (CKR/ CMKBR3); CCR4; CCR5 (CMKBR5/ChemR13); CCR6 (CMKBR6/CKR-L3/STRL22/ DRY6); CCR7 (CKBR7/EBI1); CCR8 (CMKBR8/TER1/CKR-L1); CCR9 (GPR-9-6); CCRL1 (VSHK1); CCRL2 (L-CCR); CD164; CD19; CD1C; CD20; CD200; CD22 (B 세포 수용체 CD22-B 동종형); CD24; CD28; CD3; CD37; CD38; CD3E; CD3G; CD3Z; CD4; CD40; CD40L; CD44; CD45RB; CD52; CD69; CD72; CD74; CD79A (CD79α, 면역글로불린 관련 알파, B 세포 특이적 단백질); CD79B; CDS; CD80; CD81; CD83; CD86; CDH1 (E-카드헤린); CDH10; CDH12; CDH13; CDH18; CDH19; CDH20; CDH5; CDH7; CDH8; CDH9; CDK2; CDK3; CDK4; CDK5; CDK6; CDK7; CDK9; CDKN1A (p21/WAF1/Cip1); CDKN1B (p27/Kip1); CDKN1C; CDKN2A (P16INK4a); CDKN2B; CDKN2C; CDKN3; CEBPB; CER1; CHGA; CHGB; 키틴분해효소; CHST10; CKLFSF2; CKLFSF3; CKLFSF4; CKLFSF5; CKLFSF6; CKLFSF7; CKLFSF8; CLDN3;CLDN7 (클라우딘-7); CLL-1 (CLEC12A, MICL, 및 DCAL2); CLN3; CLU (클러스테린); CMKLR1; CMKOR1 (RDC1); CNR1; COL 18A1; COL1A1; COL4A3; COL6A1; 보체 인자 D; CR2; CRP; CRIPTO (CR, CR1, CRGF, CRIPTO, TDGF1, 기형암종 유래 성장 인자); CSFI (M-CSF); CSF2 (GM-CSF); CSF3 (GCSF); CTLA4; CTNNB1 (b-카테닌); CTSB (카텝신 B); CX3CL1 (SCYDI); CX3CR1 (V28); CXCL1 (GRO1); CXCL10 (IP-10); CXCL11 (I-TAC/IP-9); CXCL12 (SDF1); CXCL13; CXCL14; CXCL16; CXCL2 (GRO2); CXCL3 (GRO3); CXCL5 (ENA-78/LIX); CXCL6 (GCP-2); CXCL9 (MIG); CXCR3 (GPR9/CKR-L2); CXCR4; CXCR5 (버킷 림프종 수용체 1, G 단백질 연계 수용체); CXCR6 (TYMSTR/STRL33/Bonzo); CYB5; CYC1; CYSLTR1; DAB2IP; DES; DKFZp451J0118; DNCLI; DPP4; E16 (LAT1, SLC7A5); E2F1; ECGF1; EDG1; EFNA1; EFNA3; EFNB2; EGF; EGFR; ELAC2; ENG; ENO1; ENO2; ENO3; EPHB4; EphB2R; EPO; ERBB2 (Her-2); EREG; ERK8; ESR1; ESR2; ETBR (엔도텔린 B형 수용체); F3 (TF); FADD; FasL; FASN; FCER1A; FCER2; FCGR3A; FcRH1 (Fc 수용체 유사 단백질 1); FcRH2 (IFGP4, IRTA4, SPAP1A (SH2 도메인 함유 포스파타아제 앵커 단백질 1a), SPAP1B, SPAP1C); FGF; FGF1 (αFGF); FGF10; FGF11; FGF12; FGF12B; FGF13; FGF14; FGF16; FGF17; FGF18; FGF19; FGF2 (bFGF); FGF20; FGF21; FGF22; FGF23; FGF3 (int-2); FGF4 (HST); FGF5; FGF6 (HST-2); FGF7 (KGF); FGF8; FGF9; FGFR; FGFR3; FIGF (VEGFD); FELl (EPSILON); FILl (ZETA); FLJ12584; FLJ25530; FLRTI (섬유결합소); FLT1; FOS; FOSL1 (FRA-1); FY (DARC); GABRP (GABAa); GAGEB1; GAGEC1; GALNAC4S-6ST; GATA3; GDF5; GDNF-Ra1 (GDNF 패밀리 수용체 알파 1; GFRA1; GDNFR; GDNFRA; RETL1; TRNR1; RET1L; GDNFR-알파1; GFR-ALPHA-1); GEDA; GFI1; GGT1; GM-CSF; GNASI; GNRHI; GPR2 (CCR10); GPR19 (G 단백질 연계 수용체 19; Mm.4787); GPR31; GPR44; GPR54 (KISS1 수용체; KISS1R; GPR54; HOT7T175; AXOR12); GPR81 (FKSG80); GPR172A (G 단백질 연계 수용체 172A; GPCR41; FLJ11856; D15Ertd747e);GRCCIO (C10); GRP; GSN (겔솔린); GSTP1; HAVCR2; HDAC4; HDAC5; HDAC7A; HDAC9; HGF; HIF1A; HOP1; 히스타민 및 히스타민 수용체; HLA-A; HLA-DOB (MHC 클래스 II 분자의 베타 아단위 (Ia 항원); HLA-DRA; HM74; HMOXI; HUMCYT2A; ICEBERG; ICOSL; 1D2; IFN-a; IFNA1; IFNA2; IFNA4; IFNA5; IFNA6; IFNA7; IFNB1; IFN감마; DFNW1; IGBP1; IGF1; IGF1R; IGF2; IGFBP2; IGFBP3; IGFBP6; IL-l; IL10; IL10RA; IL10RB; IL11; IL11RA; IL-12; IL12A; IL12B; IL12RB1; IL12RB2; IL13; IL13RA1; IL13RA2; IL14; IL15; IL15RA; IL16; IL17; IL17B; IL17C; IL17R; IL18; IL18BP; IL18R1; IL18RAP; IL19; IL1A; IL1B; ILIF10; IL1F5; IL1F6; IL1F7; IL1F8; IL1F9; IL1HY1; IL1R1; IL1R2; IL1RAP; IL1RAPL1; IL1RAPL2; IL1RL1; IL1RL2, ILIRN; IL2; IL20; IL20Rα; IL21 R; IL22; IL-22c; IL22R; IL22RA2; IL23; IL24; IL25; IL26; IL27; IL28A; IL28B; IL29; IL2RA; IL2RB; IL2RG; IL3; IL30; IL3RA; IL4; IL4R; IL5; IL5RA; IL6; IL6R; IL6ST (당단백질 130); 인플루엔자 A; 인플루엔자 B; EL7; EL7R; EL8; IL8RA; DL8RB; IL8RB; DL9; DL9R; DLK; INHA; INHBA; INSL3; INSL4; IRAK1; IRTA2 (면역글로불린 슈퍼패밀리 수용체 전위 관련 2); ERAK2; ITGA1; ITGA2; ITGA3; ITGA6 (a6 인테그린); ITGAV; ITGB3; ITGB4 (b4 인테그린); α4β7 및 αEβ7 인테그린 이종이량체; JAG1; JAK1; JAK3; JUN; K6HF; KAI1; KDR; KITLG; KLF5 (GC Box BP); KLF6; KLKIO; KLK12; KLK13; KLK14; KLK15; KLK3; KLK4; KLK5; KLK6; KLK9; KRT1; KRT19 (케라틴 19); KRT2A; KHTHB6 (모발 특이적 H형 케라틴); LAMAS; LEP (렙틴); LGR5 (류신 풍부 반복 함유 G 단백질 연계 수용체 5; GPR49, GPR67); Lingo-p75; Lingo-Troy; LPS; LTA (TNF-b); LTB; LTB4R (GPR16); LTB4R2; LTBR; LY64 (림프구 항원 64 (RP105), 류신 풍부 반복 (LRR) 패밀리의 I형 막 단백질); Ly6E (림프구 항원 6 복합체, 좌위 E; Ly67,RIG-E,SCA-2,TSA-1); Ly6G6D (림프구 항원 6 복합체, 좌위 G6D; Ly6-D, MEGT1); LY6K (림프구 항원 6 복합체, 좌위 K; LY6K; HSJ001348; FLJ35226); MACMARCKS; MAG 또는 OMgp; MAP2K7 (c-Jun); MDK; MDP; MIB1; 미드킨; MEF; MIP-2; MKI67; (Ki-67); MMP2; MMP9; MPF (MPF, MSLN, SMR, 거대핵세포 증강 인자, 메소텔린); MS4A1; MSG783 (RNF124, 가설 단백질 FLJ20315);MSMB; MT3 (메탈로티오넥틴-111); MTSS1; MUC1 (점액소); MYC; MY088; Napi3b (NaPi2b로도 알려져 있음) (NAPI-3B, NPTIIb, SLC34A2, 용질 운반체 패밀리 34 (인산나트륨), 구성원 2, II형 나트륨 의존성 인산염 전달체 3b); NCA; NCK2; 뉴로칸; NFKB1; NFKB2; NGFB (NGF); NGFR; NgR-Lingo; NgR-Nogo66 (Nogo); NgR-p75; NgR-Troy; NME1 (NM23A); NOX5; NPPB; NR0B1; NR0B2; NR1D1; NR1D2; NR1H2; NR1H3; NR1H4; NR112; NR113; NR2C1; NR2C2; NR2E1; NR2E3; NR2F1; NR2F2; NR2F6; NR3C1; NR3C2; NR4A1; NR4A2; NR4A3; NR5A1; NR5A2; NR6A1; NRP1; NRP2; NT5E; NTN4; ODZI; OPRD1; OX40; P2RX7; P2X5 (푸린성 수용체 P2X 리간드 게이팅 이온 통로 5); PAP; PART1; PATE; PAWR; PCA3; PCNA; PD-L1; PD-L2; PD-1; POGFA; POGFB; PECAM1; PF4 (CXCL4); PGF; PGR; 포스파칸; PIAS2; PIK3CG; PLAU (uPA); PLG; PLXDC1; PMEL17 (실버 동족체; SILV; D12S53E; PMEL17; SI; SIL); PPBP (CXCL7); PPID; PRI; PRKCQ; PRKDI; PRL; PROC; PROK2; PSAP; PSCA hlg (2700050C12Rik, C530008O16Rik, RIKEN cDNA 2700050C12, RIKEN cDNA 2700050C12 유전자); PTAFR; PTEN; PTGS2 (COX-2); PTN; RAC2 (p21 Rac2); RARB; RET (ret 원종양유전자; MEN2A; HSCR1; MEN2B; MTC1; PTC; CDHF12; Hs.168114; RET51; RET-ELE1); RGSI; RGS13; RGS3; RNF110 (ZNF144); ROBO2; S100A2; SCGB1D2 (리포필린 B); SCGB2A1 (맘마글로빈2); SCGB2A2 (맘마글로빈 1); SCYEI (내피 단핵구 활성화 사이토킨); SDF2; 세마 5b (FLJ10372, KIAA1445, Mm.42015, SEMA5B, SEMAG, 세마포린 5b Hlog, 세마 도메인, 7 트롬보스폰딘 반복 (1형 및 1형 유사), 막경유 도메인 (TM) 및 짧은 세포질 도메인, (세마포린) 5B); SERPINA1; SERPINA3; SERP1NB5 (마스핀); SERPINE1(PAI-1); SERPDMF1; SHBG; SLA2; SLC2A2; SLC33A1; SLC43A1; SLIT2; SPPI; SPRR1B (Sprl); ST6GAL1; STABI; STAT6; STEAP (전립선의 6 막경유 상피 항원); STEAP2 (HGNC_8639, IPCA-1, PCANAP1, STAMP1, STEAP2, STMP, 전립선암 관련 유전자 1, 전립선암 관련 단백질 1, 전립선의 6 막경유 상피 항원 2, 6 막경유 전립선 단백질); TB4R2; TBX21; TCPIO; TOGFI; TEK; TENB2 (추정 막경유 프로테오글리칸); TGFA; TGFBI; TGFB1II; TGFB2; TGFB3; TGFBI; TGFBRI; TGFBR2; TGFBR3; THIL; THBSI (트롬보스폰딘-1 ); THBS2; THBS4; THPO; TIE (Tie-1 ); TMP3; 조직 인자; TLR1; TLR2; TLR3; TLR4; TLR5; TLR6; TLR7; TLR8; TLR9; TLR10; TMEFF1 (EGF 유사 및 2개의 폴리스타틴 유사 도메인 1을 갖는 막경유 단백질; 토모레굴린-1); TMEM46 (shisa 동족체 2); TNF; TNF-a; TNFAEP2 (B94 ); TNFAIP3; TNFRSFIIA; TNFRSF1A; TNFRSF1B; TNFRSF21; TNFRSF5; TNFRSF6 (Fas); TNFRSF7; TNFRSF8; TNFRSF9; TNFSF10 (TRAIL); TNFSF11 (TRANCE); TNFSF12 (AP03L); TNFSF13 (April); TNFSF13B; TNFSF14 (HVEM-L); TNFSF15 (VEGI); TNFSF18; TNFSF4 (OX40 리간드); TNFSF5 (CD40 리간드); TNFSF6 (FasL); TNFSF7 (CD27 리간드); TNFSFS (CD30 리간드); TNFSF9 (4-1 BB 리간드); TOLLIP; 톨 유사 수용체; TOP2A (국소이성화효소 Ea); TP53; TPM1; TPM2; TRADD; TMEM118 (링 핑거 단백질, 막경유 2; RNFT2; FLJ14627); TRAF1; TRAF2; TRAF3; TRAF4; TRAF5; TRAF6; TREM1; TREM2; TrpM4 (BR22450, FLJ20041, TRPM4, TRPM4B, 일시적 수용체 전위 양이온 통로, 서브패밀리 M, 구성원 4); TRPC6; TSLP; TWEAK; 티로시나아제 (TYR; OCAIA; OCA1A; 티로시나아제; SHEP3);VEGF; VEGFB; VEGFC; 베르시칸; VHL C5; VLA-4; XCL1 (림포탁틴); XCL2 (SCM-1b); XCRI(GPR5/ CCXCRI); YY1; 그리고 ZFPM2에서 선택되는 하나 이상의 표적 분자에 결합할 수 있다.
일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 세포 및 방법에 의해 생산된 항체는 CD 단백질 예컨대 CD3, CD4, CD5, CD16, CD19, CD20, CD21 (CR2 (보체 수용체 2) 또는 C3DR (C3d/엡스타인 바르 바이러스 수용체) 또는 Hs.73792); CD33; CD34; CD64; CD72 (B 세포 분화 항원 CD72, Lyb-2); CD79b (CD79B, CD79β, IGb (면역글로불린 관련 베타), B29); ErbB 수용체 패밀리의 CD200 구성원 예컨대 EGF 수용체, HER2, HER3, 또는 HER4 수용체; 세포 부착 분자 예컨대 LFA-1, Mac1, p150.95, VLA-4, ICAM-1, VCAM, 알파4/베타7 인테그린, 그리고 알파v/베타3 인테그린뿐만 아니라 이들의 알파 또는 베타 아단위 중 어느 하나 (예를 들면, 항-CD11a, 항-CD18, 또는 항-CD11b 항체); 성장 인자 예컨대 VEGF-A, VEGF-C; 조직 인자 (TF); 알파 인터페론 (알파IFN); TNF알파, 인터류킨, 예컨대 IL-1 베타, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-8, IL-9, IL-13, IL 17 AF, IL-1S, IL-13R 알파1, IL13R 알파2, IL-4R, IL-5R, IL-9R, IgE; 혈액형 항원; flk2/flt3 수용체; 비만 (OB) 수용체; mpl 수용체; CTLA-4; RANKL, RANK, RSV F 단백질, 단백질 C 등에 결합할 수 있다.
일정한 실시형태에서, 본원에 제공된 세포 및 방법은 보체 단백질 C5에 특이적으로 결합하는 항체 (또는 다중특이적 항체, 예컨대 이중특이적 항체) (예를 들면, 인간 C5에 특이적으로 결합하는 항-C5 효현제 항체)를 생성하는 데 이용될 수 있다. 일정한 실시형태에서, 항-C5 항체는 (a) SSYYMA (서열 번호: 1)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR1; (b) AIFTGSGAEYKAEWAKG (서열 번호: 26)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR2; (c) DAGYDYPTHAMHY (서열 번호: 27)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR3; (d) RASQGISSSLA (서열 번호: 28)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR1; (e) GASETES (서열 번호: 29)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR2; 및 (f) QNTKVGSSYGNT (서열 번호: 30)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR3에서 선택되는 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 6개의 CDR을 포함한다. 예를 들어, 일정한 실시형태에서, 항-C5 항체는 (a) SSYYMA (서열 번호: 1)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR1; (b) AIFTGSGAEYKAEWAKG (서열 번호: 26)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR2; (c) DAGYDYPTHAMHY (서열 번호: 27)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR3에서 선택되는 1개, 2개 또는 3개의 CDR을 포함하는 중쇄 가변 도메인 (VH) 서열; 및/또는 (d) RASQGISSSLA (서열 번호: 28)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR1; (e) GASETES (서열 번호: 29)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR2; 및 (f) QNTKVGSSYGNT (서열 번호: 30)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR3에서 선택되는 1개, 2개 또는 3개의 CDR을 포함하는 경쇄 가변 도메인 (VL) 서열을 포함한다. 상기 중쇄 가변 영역의 CDR1, CDR2와 CDR3 및 경쇄 가변 영역의 CDR1, CDR2와 CDR3의 서열은 US 2016/0176954에서 각각, 서열 번호: 117, 서열 번호: 118, 서열 번호: 121, 서열 번호: 122, 서열 번호: 123, 및 서열 번호: 125로서 개시된다. (참조: US 2016/0176954에서 표 7과 8.)
일정한 실시형태에서, 항-C5 항체는 아래의 VH와 VL 서열을 포함한다:
QVQLVESGGG LVQPGRSLRL SCAASGFTVH SSYYMAWVRQ APGKGLEWVG AIFTGSGAEY KAEWAKGRVT ISKDTSKNQV VLTMTNMDPV DTATYYCASD AGYDYPTHAM HYWGQGTLVT VSS (서열 번호: 31)
그리고
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQGIS SSLAWYQQKP GKAPKLLIYG ASETESGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQN TKVGSSYGNT FGGGTKVEIK (서열 번호: 32) (각각, 이들 서열의 번역후 변형 포함). 상기 VH와 VL 서열은 US 2016/0176954에서 각각, 서열 번호: 106 및 서열 번호: 111로서 개시된다. (참조: US 2016/0176954에서 표 7과 8.) 일정한 실시형태에서, 항-C5 항체는 305L015이다 (참조: US 2016/0176954).
일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 방법에 의해 생산된 항체는 OX40에 결합할 수 있다 (예를 들면, 인간 OX40에 특이적으로 결합하는 항-OX40 효현제 항체). 일정한 실시형태에서, 항-OX40 항체는 (a) DSYMS (서열 번호: 2)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR1; (b) DMYPDNGDSSYNQKFRE (서열 번호: 3)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR2; (c) APRWYFSV (서열 번호: 4)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR3; (d) RASQDISNYLN (서열 번호: 5)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR1; (e) YTSRLRS (서열 번호: 6)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR2; 및 (f) QQGHTLPPT (서열 번호: 7)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR3에서 선택되는 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 6개의 CDR을 포함한다. 예를 들어, 일정한 실시형태에서, 항-OX40 항체는 (a) DSYMS (서열 번호: 2)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR1; (b) DMYPDNGDSSYNQKFRE (서열 번호: 3)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR2; 및 (c) APRWYFSV (서열 번호: 4)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR3에서 선택되는 1개, 2개 또는 3개의 CDR을 포함하는 중쇄 가변 도메인 (VH) 서열 및/또는 (a) RASQDISNYLN (서열 번호: 5)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR1; (b) YTSRLRS (서열 번호: 6)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR2; 및 (c) QQGHTLPPT (서열 번호: 7)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR3에서 선택되는 1개, 2개 또는 3개의 CDR을 포함하는 경쇄 가변 도메인 (VL) 서열을 포함한다. 일정한 실시형태에서, 항-OX40 항체는 아래의 VH와 VL 서열을 포함한다:
EVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT DSYMSWVRQA PGQGLEWIGD MYPDNGDSSY NQKFRERVTI TRDTSTSTAY LELSSLRSED TAVYYCVLAP RWYFSVWGQG TLVTVSS (서열 번호: 8)
그리고
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQDIS NYLNWYQQKP GKAPKLLIYY TSRLRSGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ GHTLPPTFGQ GTKVEIK (서열 번호: 9) (각각, 이들 서열의 번역후 변형 포함).
일정한 실시형태에서, 항-OX40 항체는 (a) NYLIE (서열 번호: 10)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR1; (b) VINPGSGDTYYSEKFKG (서열 번호: 11)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR2; (c) DRLDY (서열 번호: 12)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR3; (d) HASQDISSYIV (서열 번호: 13)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR1; (e) HGTNLED (서열 번호: 14)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR2; 및 (f) VHYAQFPYT (서열 번호: 15)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR3에서 선택되는 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 6개의 CDR을 포함한다. 예를 들어, 일정한 실시형태에서, 항-OX40 항체는 (a) NYLIE (서열 번호: 10)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR1; (b) VINPGSGDTYYSEKFKG (서열 번호: 11)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR2; 및 (c) DRLDY (서열 번호: 12)의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄 가변 영역 CDR3에서 선택되는 1개, 2개 또는 3개의 CDR을 포함하는 중쇄 가변 도메인 (VH) 서열 및/또는 (a) HASQDISSYIV (서열 번호: 13)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR1; (b) HGTNLED (서열 번호: 14)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR2; 및 (c) VHYAQFPYT (서열 번호: 15)의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄 가변 영역 CDR3에서 선택되는 1개, 2개 또는 3개의 CDR을 포함하는 경쇄 가변 도메인 (VL) 서열을 포함한다. 일정한 실시형태에서, 항-OX40 항체는 아래의 VH와 VL 서열을 포함한다:
EVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYAFT NYLIEWVRQA PGQGLEWIGV INPGSGDTYY SEKFKGRVTI TRDTSTSTAY LELSSLRSED TAVYYCARDR LDYWGQGTLV TVSS (서열 번호: 16)
그리고
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCHASQDIS SYIVWYQQKP GKAPKLLIYH GTNLEDGVPS RFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCVH YAQFPYTFGQ GTKVEIK (서열 번호: 17) (각각, 이들 서열의 번역후 변형 포함).
항-OX40 항체에 관한 추가 상세는 WO 2015/153513에 제공되고, 이것은 본원에서 온전히 참조로서 편입된다.
일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 세포 및 방법에 의해 생산된 항체는 인플루엔자 바이러스 B 적혈구응집소, 다시 말하면, "fluB"에 결합할 수 있다 (예를 들면, 야마가타 계통의 인플루엔자 B 바이러스로부터 유래된 적혈구응집소에 결합하거나, 빅토리아 계통의 인플루엔자 B 바이러스로부터 유래된 적혈구응집소에 결합하거나, 조상 계통의 인플루엔자 B 바이러스로부터 유래된 적혈구응집소에 결합하거나, 또는 시험관내 및/또는 생체내에서 야마가타 계통, 빅토리아 계통 및 조상 계통의 인플루엔자 B 바이러스로부터 유래된 적혈구응집소에 결합하는 항체). 항-FluB 항체에 관한 추가 상세는 WO 2015/148806에 설명되고, 이것은 본원에서 온전히 참조로서 편입된다.
일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 세포 및 방법에 의해 생산된 항체는 저밀도 지질단백질 수용체 관련 단백질 (LRP)-1 또는 LRP-8 또는 트랜스페린 수용체, 그리고 베타-세크레타아제 (BACE1 또는 BACE2), 알파-세크레타아제, 감마-세크레타아제, 타우-세크레타아제, 아밀로이드 전구 단백질 (APP), 사멸 수용체 6 (DR6), 아밀로이드 베타 펩티드, 알파-시누클레인, 파킨, 헌팅틴, p75 NTR, CD40 및 카스파제-6으로 구성된 군에서 선택되는 적어도 하나의 표적에 결합할 수 있다.
일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 세포 및 방법에 의해 생산된 항체는 CD40에 대한 인간 IgG2 항체이다. 일정한 실시형태에서, 항-CD40 항체는 RG7876이다.
일정한 실시형태에서, 본원 발명의 세포 및 방법은 폴리펩티드를 생성하는 데 이용될 수 있다. 예를 들어, 그러나 제한 없이, 폴리펩티드는 표적화된 면역사이토킨이다. 일정한 실시형태에서, 표적화된 면역사이토킨은 CEA-IL2v 면역사이토킨이다. 일정한 실시형태에서, CEA-IL2v 면역사이토킨은 RG7813이다. 일정한 실시형태에서, 표적화된 면역사이토킨은 FAP-IL2v 면역사이토킨이다. 일정한 실시형태에서, FAP-IL2v 면역사이토킨은 RG7461이다.
일정한 실시형태에서, 본원에 제공된 세포 또는 방법에 의해 생산된 다중특이적 항체 (예컨대 이중특이적 항체)는 CEA 및 적어도 하나의 추가 표적 분자에 결합할 수 있다. 일정한 실시형태에서, 본원에 제공된 방법에 따라서 생산된 다중특이적 항체 (예컨대 이중특이적 항체)는 종양 표적화 사이토킨 및 적어도 하나의 추가 표적 분자에 결합할 수 있다. 일정한 실시형태에서, 본원에 제공된 방법에 따라서 생산된 다중특이적 항체 (예컨대 이중특이적 항체)는 IL2v (즉, 인터류킨 2 변이체)에 융합되고 IL1 기반 면역사이토킨 및 적어도 하나의 추가 표적 분자에 결합한다. 일정한 실시형태에서, 본원에 제공된 방법에 따라서 생산된 다중특이적 항체 (예컨대 이중특이적 항체)는 T 세포 이중특이적 항체 (즉, 이중특이적 T 세포 인게이저 또는 BiTE)이다.
일정한 실시형태에서, 본원에 제공된 방법에 따라서 생산된 다중특이적 항체 (예컨대 이중특이적 항체)는 IL-1 알파 및 IL- 1 베타, IL-12 및 IL-1S; IL-13 및 IL-9; IL-13 및 IL-4; IL-13 및 IL-5; IL-5 및 IL-4; IL-13 및 IL-1베타; IL-13 및 IL- 25; IL-13 및 TARC; IL-13 및 MDC; IL-13 및 MEF; IL-13 및 TGF-~; IL-13 및 LHR 효현제; IL-12 및 TWEAK, IL-13 및 CL25; IL-13 및 SPRR2a; IL-13 및 SPRR2b; IL-13 및 ADAMS, IL-13 및 PED2, IL17A 및 IL17F, CEA 및 CD3, CD3 및 CD19, CD138 및 CD20; CD138 및 CD40; CD19 및 CD20; CD20 및 CD3; CD3S 및 CD13S; CD3S 및 CD20; CD3S 및 CD40; CD40 및 CD20; CD-S 및 IL-6; CD20 및 BR3, TNF 알파 및 TGF-베타, TNF 알파 및 IL-1 베타; TNF 알파 및 IL-2, TNF 알파 및 IL-3, TNF 알파 및 IL-4, TNF 알파 및 IL-5, TNF 알파 및 IL6, TNF 알파 및 IL8, TNF 알파 및 IL-9, TNF 알파 및 IL-10, TNF 알파 및 IL-11, TNF 알파 및 IL-12, TNF 알파 및 IL-13, TNF 알파 및 IL-14, TNF 알파 및 IL-15, TNF 알파 및 IL-16, TNF 알파 및 IL-17, TNF 알파 및 IL-18, TNF 알파 및 IL-19, TNF 알파 및 IL-20, TNF 알파 및 IL-23, TNF 알파 및 IFN 알파, TNF 알파 및 CD4, TNF 알파 및 VEGF, TNF 알파 및 MIF, TNF 알파 및 ICAM-1, TNF 알파 및 PGE4, TNF 알파 및 PEG2, TNF 알파 및 RANK 리간드, TNF 알파 및 Te38, TNF 알파 및 BAFF, TNF 알파 및 CD22, TNF 알파 및 CTLA-4, TNF 알파 및 GP130, TNF a 및 IL-12p40, VEGF 및 안지오포이에틴, VEGF 및 HER2, VEGF-A 및 HER2, VEGF-A 및 PDGF, HER1 및 HER2, VEGFA 및 ANG2, VEGF-A 및 VEGF-C, VEGF-C 및 VEGF-D, HER2 및 DR5, VEGF 및 IL-8, VEGF 및 MET, VEGFR 및 MET 수용체, EGFR 및 MET, VEGFR 및 EGFR, HER2 및 CD64, HER2 및 CD3, HER2 및 CD16, HER2 및 HER3; EGFR (HER1) 및 HER2, EGFR 및 HER3, EGFR 및 HER4, IL-14 및 IL-13, IL-13 및 CD40L, IL4 및 CD40L, TNFR1 및 IL-1 R, TNFR1 및 IL-6R 및 TNFR1 및 IL-18R, EpCAM 및 CD3, MAPG 및 CD28, EGFR 및 CD64, CSPGs 및 RGM A; CTLA-4 및 BTN02; IGF1 및 IGF2; IGF1/2 및 Erb2B; MAG 및 RGM A; NgR 및 RGM A; NogoA 및 RGM A; OMGp 및 RGM A; POL-l 및 CTLA-4; 그리고 RGM A 및 RGM B에서 선택되는 적어도 두 개의 표적 분자에 결합할 수 있다.
일정한 실시형태에서, 본원에 제공된 방법에 따라서 생산된 다중특이적 항체 (예컨대 이중특이적 항체)는 항-CEA/항-CD3 이중특이적 항체이다. 일정한 실시형태에서, 항-CEA/항-CD3 이중특이적 항체는 RG7802이다. 일정한 실시형태에서, 항-CEA/항-CD3 이중특이적 항체는 아래에 제공된 서열 번호: 18-21에 진술된 아미노산 서열을 포함한다:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCKASAAVG TYVAWYQQKP GKAPKLLIYS
ASYRKRGVPSRFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCHQ YYTYPLFTFG QGTKLEIKRT
VAAPSVFIFPPSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK
DSTYSLSSTLTLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC (서열 번호: 18)
QAVVTQEPSL TVSPGGTVTL TCGSSTGAVT TSNYANWVQE KPGQAFRGLI
GGTNKRAPGTPARFSGSLLG GKAALTLSGA QPEDEAEYYC ALWYSNLWVF GGGTKLTVLS
SASTKGPSVFPLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV SWNSGALTSG VHTFPAVLQS
SGLYSLSSVVTVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSC (서열 번호: 19)
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT EFGMNWVRQA PGQGLEWMGW
INTKTGEATYVEEFKGRVTF TTDTSTSTAY MELRSLRSDD TAVYYCARWD FAYYVEAMDY
WGQGTTVTVSSASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV SWNSGALTSG
VHTFPAVLQSSGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSCDGGGGS
GGGGSEVQLLESGGGLVQPG GSLRLSCAAS GFTFSTYAMN WVRQAPGKGL EWVSRIRSKY
NNYATYYADSVKGRFTISRD DSKNTLYLQM NSLRAEDTAV YYCVRHGNFG NSYVSWFAYW
GQGTLVTVSSASVAAPSVFI FPPSDEQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG
NSQESVTEQDSKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGECDKT
HTCPPCPAPEAAGGPSVFLF PPKPKDTLMI SRTPEVTCVV VDVSHEDPEV KFNWYVDGVE
VHNAKTKPREEQYNSTYRVV SVLTVLHQDW LNGKEYKCKV SNKALGAPIE KTISKAKGQP
REPQVYTLPPCRDELTKNQV SLWCLVKGFY PSDIAVEWES NGQPENNYKT TPPVLDSDGS
FFLYSKLTVDKSRWQQGNVF SCSVMHEALH NHYTQKSLSL SPGK (서열 번호: 20)
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT EFGMNWVRQA PGQGLEWMG
WINTKTGEATYVEEFKGRVTF TTDTSTSTAY MELRSLRSDD TAVYYCARWD FAYYVEAMD
YWGQGTTVTVSSASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV SWNSGALTS
GVHTFPAVLQSSGLYSLSSVV TVPSSSLGTQ TYICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSCDKTHT
CPPCPAPEAAGGPSVFLFPPK PKDTLMISRT PEVTCVVVDV SHEDPEVKFN WYVDGVEVH
NAKTKPREEQYNSTYRVVSVL TVLHQDWLNG KEYKCKVSNK ALGAPIEKTI SKAKGQPRE
PQVCTLPPSRDELTKNQVSLS CAVKGFYPSD IAVEWESNGQ PENNYKTTPP VLDSDGSFF
LVSKLTVDKSRWQQGNVFSCS VMHEALHNHY TQKSLSLSPG K (서열 번호: 21)
항-CEA/항-CD3 이중특이적 항체에 관한 추가 상세는 WO 2014/121712에 제공되고, 이것은 본원에서 온전히 참조로서 편입된다.
일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 세포 및 방법에 의해 생산된 다중특이적 항체 (예컨대 이중특이적 항체)는 항-VEGF/항-안지오포이에틴 이중특이적 항체이다. 일정한 실시형태에서, 항-VEGF/항-안지오포이에틴 이중특이적 항체 이중특이적 항체는 Crossmab이다. 일정한 실시형태에서, 항-VEGF/항-안지오포이에틴 이중특이적 항체는 RG7716이다. 일정한 실시형태에서, 항-CEA/항-CD3 이중특이적 항체는 아래에 제공된 서열 번호: 22-25에 진술된 아미노산 서열을 포함한다:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGYDFT HYGMNWVRQA PGKGLEWVGW
INTYTGEPTYAADFKRRFTF SLDTSKSTAY LQMNSLRAED TAVYYCAKYP YYYGTSHWYF
DVWGQGTLVTVSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV TVSWNSGALT
SGVHTFPAVLQSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCDKTH
TCPPCPAPEAAGGPSVFLFP PKPKDTLMAS RTPEVTCVVV DVSHEDPEVK FNWYVDGVEV
HNAKTKPREEQYNSTYRVVS VLTVLAQDWL NGKEYKCKVS NKALGAPIEK TISKAKGQPR
EPQVYTLPPCRDELTKNQVS LWCLVKGFYP SDIAVEWESN GQPENNYKTT PPVLDSDGSF
FLYSKLTVDKSRWQQGNVFS CSVMHEALHN AYTQKSLSLS PGK (서열 번호: 22)
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGW
INPNSGGTNYAQKFQGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSDD TAVYYCARSP NPYYYDSSGY
YYPGAFDIWGQGTMVTVSSA SVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW
KVDNALQSGNSQESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS
FNRGECDKTHTCPPCPAPEA AGGPSVFLFP PKPKDTLMAS RTPEVTCVVV DVSHEDPEVK
FNWYVDGVEVHNAKTKPREE QYNSTYRVVS VLTVLAQDWL NGKEYKCKVS NKALGAPIEK
TISKAKGQPREPQVCTLPPS RDELTKNQVS LSCAVKGFYP SDIAVEWESN GQPENNYKTT
PPVLDSDGSFFLVSKLTVDK SRWQQGNVFS CSVMHEALHN AYTQKSLSLS PGK (서열 번호: 23)
DIQLTQSPSS LSASVGDRVT ITCSASQDIS NYLNWYQQKP GKAPKVLIYF
TSSLHSGVPSRFSGSGSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQQ YSTVPWTFGQ GTKVEIKRTV
AAPSVFIFPPSDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD
STYSLSSTLTLSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC (서열 번호: 24)
SYVLTQPPSV SVAPGQTARI TCGGNNIGSK SVHWYQQKPG QAPVLVVYDD
SDRPSGIPERFSGSNSGNTA TLTISRVEAG DEADYYCQVW DSSSDHWVFG GGTKLTVLSS
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS
GLYSLSSVVTVPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP KSC (서열 번호: 25)
일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 방법에 의해 생산된 다중특이적 항체 (예컨대 이중특이적 항체)는 항-Ang2/항-VEGF 이중특이적 항체이다. 일정한 실시형태에서, 항-Ang2/항-VEGF 이중특이적 항체는 RG7221이다. 일정한 실시형태에서, 항-Ang2/항-VEGF 이중특이적 항체는 CAS 번호 1448221-05-3이다.
다른 분자에 임의적으로 접합된 가용성 항원 또는 이들의 단편이 항체를 생성하기 위한 면역원으로서 이용될 수 있다. 막경유 분자, 예컨대 수용체의 경우에, 이들의 단편 (예를 들면, 수용체의 세포외 도메인)이 면역원으로서 이용될 수 있다. 대안으로, 막경유 분자를 발현하는 세포가 면역원으로서 이용될 수 있다. 이런 세포는 자연 공급원 (예를 들면, 암 세포주)로부터 유래될 수 있거나, 또는 막경유 분자를 발현하기 위해 재조합 기술에 의해 형질전환된 세포일 수 있다. 항체를 제조하는 데 유용한 다른 항원 및 이들의 형태는 당업자에게 명백할 것이다.
일정한 실시형태에서, 본원에 개시된 세포 및 방법에 의해 생산된 폴리펩티드 (예를 들면, 항체)는 화학 분자 예컨대 염료 또는 세포독성 작용제 예컨대 화학요법제, 약물, 성장 억제제, 독소 (예를 들면, 세균, 진균, 식물 또는 동물 기원의 효소적으로 활성 독소, 또는 이의 단편), 또는 방사성동위원소 (즉, 방사접합체)에 결합할 수 있거나 더욱 접합될 수 있다. 본원에 설명된 방법을 이용하여 생산된 항체 또는 이중특이적 항체를 포함하는 면역접합체는 중쇄 중에서 단지 하나만 또는 경쇄 중에서 단지 하나만의 불변 영역에 접합된 세포독성 작용제를 함유할 수 있다.
5.5.2.6
항체 변이체
일정한 양상에서, 본원에 제공된 항체, 예를 들면, 섹션 5.5.5에 제공된 항체의 아미노산 서열 변이체가 예기된다. 예를 들어, 항체의 결합 친화성 및/또는 다른 생물학적 성질을 변경하는 것이 바람직할 수 있다. 항체의 아미노산 서열 변이체는 상기 항체를 인코딩하는 뉴클레오티드 서열 내로 적절한 변형을 도입함으로써 또는 펩티드 합성에 의해 제조될 수 있다. 이런 변형은 예를 들면, 항체의 아미노산 서열로부터 결실 및/또는 이들 서열 내로 삽입 및/또는 이들 서열 내에 잔기의 치환을 포함한다. 최종 작제물이 원하는 특징, 예컨대 항원 결합을 소유한다면, 최종 작제물에 도달하기 위해 결실, 삽입 및 치환의 임의의 조합이 만들어질 수 있다.
5.5.2.6.1
치환, 삽입 및 결실 변이체
일정한 양상에서, 하나 이상의 아미노산 치환을 갖는 항체 변이체가 제공된다. 치환적 돌연변이유발을 위한 관심되는 부위는 CDR 및 FR을 포함한다. 보존성 치환은 "바람직한 치환"의 표제하에 표 1에 도시된다. 더 실제적인 변화는 "예시적인 치환"의 표제하에 표 1에서 제공되고, 그리고 아미노산 측쇄 부류에 관하여 아래에 더욱 설명된다. 아미노산 치환은 관심되는 항체 내로 도입될 수 있고, 그리고 생성물은 원하는 활성, 예를 들면, 유지된/향상된 항원 결합, 감소된 면역원성, 또는 개선된 ADCC 또는 CDC에 대해 스크리닝될 수 있다.
표 1
|
본래
잔기 |
예시적인
치환 |
바람직한
치환 |
| Ala (A) | Val; Leu; Ile | Val |
| Arg (R) | Lys; Gln; Asn | Lys |
| Asn (N) | Gln; His; Asp, Lys; Arg | Gln |
| Asp (D) | Glu; Asn | Glu |
| Cys (C) | Ser; Ala | Ser |
| Gln (Q) | Asn; Glu | Asn |
| Glu (E) | Asp; Gln | Asp |
| Gly (G) | Ala | Ala |
| His (H) | Asn; Gln; Lys; Arg | Arg |
| Ile (I) | Leu; Val; Met; Ala; Phe; 노르류신 | Leu |
| Leu (L) | 노르류신; Ile; Val; Met; Ala; Phe | Ile |
| Lys (K) | Arg; Gln; Asn | Arg |
| Met (M) | Leu; Phe; Ile | Leu |
| Phe (F) | Trp; Leu; Val; Ile; Ala; Tyr | Tyr |
| Pro (P) | Ala | Ala |
| Ser (S) | Thr | Thr |
| Thr (T) | Val; Ser | Ser |
| Trp (W) | Tyr; Phe | Tyr |
| Tyr (Y) | Trp; Phe; Thr; Ser | Phe |
| Val (V) | Ile; Leu; Met; Phe; Ala; 노르류신 | Leu |
아미노산은 공통 측쇄 특성에 따라 군화될 수 있다:
(1) 소수성: 노르류신, Met, Ala, Val, Leu, Ile;
(2) 중성 친수성: Cys, Ser, Thr, Asn, Gln;
(3) 산성: Asp, Glu;
(4) 염기성: His, Lys, Arg;
(5) 사슬 방향성에 영향을 주는 잔기: Gly, Pro;
(6) 방향족: Trp, Tyr, Phe.
비보존성 치환은 이들 부류 중에서 한 가지의 구성원을 다른 부류의 구성원으로 교체하는 것을 수반할 것이다.
치환 변이체의 한 가지 유형은 부모 항체의 하나 이상의 초가변 영역 잔기를 치환하는 것을 수반한다 (예를 들면, 인간화 또는 인간 항체). 일반적으로, 추가 연구를 위해 선택되는 결과의 변이체(들)는 부모 항체에 비하여 일정한 생물학적 특성에서 변형 (예를 들면, 개선) (예를 들면, 증가된 친화성, 감소된 면역원성)을 가질 것이고 및/또는 부모 항체의 실제적으로 유지된 일정한 생물학적 특성을 가질 것이다. 예시적인 치환 변이체는 친화성 성숙된 항체인데, 이것은 예를 들면, 파지 전시 기반 친화성 성숙 기술, 예컨대 본원에 설명된 것들을 이용하여 편의하게 생성될 수 있다. 간단히 말하면, 하나 이상의 CDR 잔기가 돌연변이되고, 그리고 변이체 항체가 파지에서 전시되고 특정 생물학적 활성 (예를 들면, 결합 친화성)에 대해 스크리닝된다.
예를 들어, 항체 친화성을 개선하기 위해 CDR에서 변형 (예를 들면, 치환)이 만들어질 수 있다. 이런 변형은 CDR "핫스팟", 다시 말하면, 체성 성숙 과정 동안 높은 빈도로 돌연변이를 겪는 코돈에 의해 인코딩된 잔기 (참조: 예를 들면, Chowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)) 및/또는 항원에 접촉하는 잔기에서 만들어질 수 있으며, 결과의 변이체 VH 또는 VL은 결합 친화성에 대해 검사된다. 이차 라이브러리를 구축하고 이들로부터 재선별함에 의한 친화성 성숙은 예를 들면, Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178:1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, (2001).)에 설명되었다. 친화성 성숙의 일부 양상에서, 다양성이 임의의 다양한 방법 (예를 들면, 오류 가능성 PCR, 사슬 셔플링, 또는 올리고뉴클레오티드-유도 돌연변이)에 의해, 성숙을 위해 선택된 가변 유전자 내로 도입된다. 이차 라이브러리가 이후 창출된다. 상기 라이브러리는 이후, 원하는 친화성을 갖는 임의의 항체 변이체를 확인하기 위해 스크리닝된다. 다양성을 도입하기 위한 다른 방법은 CDR 지향 접근방식을 수반하는데, 여기서 여러 CDR 잔기 (예를 들면, 한 번에 4-6개의 잔기)가 무작위화된다. 항원 결합에 관련된 CDR 잔기는 예를 들면, 알라닌 스캐닝 돌연변이유발 또는 모형화를 이용하여 특이적으로 확인될 수 있다. 특히, CDR-H3 및 CDR-L3이 종종 표적화된다.
일정한 양상에서, 치환, 삽입 또는 결실은 이런 변형이 항원에 결합하는 항체의 능력을 실제적으로 감소시키지 않으면, 하나 이상의 CDR 내에서 일어날 수 있다. 예를 들어, 결합 친화성을 실제적으로 감소시키지 않는 보존성 변형 (예를 들면, 본원에 제시된 바와 같은 보존성 치환)이 CDR에서 만들어질 수 있다. 이런 변형은 예를 들면, CDR에서 항원 접촉 잔기의 외부에 있을 수 있다. 앞서 제공된 일정한 변이체 VH와 VL 서열에서, 각 CDR은 변형되지 않거나, 또는 단지 1개, 2개 또는 3개의 아미노산 치환을 포함한다.
돌연변이유발을 위해 표적화될 수 있는 항체의 잔기 또는 영역의 확인을 위한 유용한 방법은 Cunningham and Wells (1989) Science, 244:1081-1085에 의해 설명된 바와 같이 "알라닌 스캐닝 돌연변이유발"로 불린다. 이러한 방법에서, 잔기 또는 표적 잔기의 군 (예를 들면, 하전된 잔기, 예컨대 arg, asp, his, lys, 및 glu)이 확인되고, 그리고 항체의 항원과의 상호작용이 영향을 받는지를 결정하기 위해 중성 또는 음성으로 하전된 아미노산 (예를 들면, 알라닌 또는 폴리알라닌)에 의해 대체된다. 추가 치환은 초기 치환에 기능적 감수성을 나타내는 아미노산 위치에서 도입될 수 있다. 대안으로 또는 부가적으로, 항원 항체 복합체의 결정 구조는 항체 및 항원 사이의 접촉 포인트를 확인하는 데 이용될 수 있다. 이런 접촉 잔기 및 인접한 잔기는 치환을 위한 후보로서 표적화되거나 제거될 수 있다. 변이체는 그들이 원하는 특성을 포함하는지를 결정하기 위해 스크리닝될 수 있다.
아미노산 서열 삽입은 1개 잔기로부터 100개 이상의 잔기를 포함하는 폴리펩티드까지의 길이 범위에서 변하는 아미노 및/또는 카르복실 말단 융합뿐만 아니라 단일 또는 복수 아미노산 잔기의 서열내 삽입을 포함한다. 말단 삽입의 실례에는 N 말단 메티오닐 잔기를 갖는 항체가 포함된다. 항체 분자의 다른 삽입 변이체는 항체의 혈청 반감기를 증가시키는 효소 (예를 들면, ADEPT (항체 지향된 효소 전구약물 요법)의 경우) 또는 폴리펩티드에 대한 항체의 N 또는 C 말단에 융합을 포함한다.
5.5.2.6.2
글리코실화 변이체
일정한 양상에서, 본원에서 제공된 항체는 항체가 글리코실화되는 정도가 증가하거나 감소하도록 변형된다. 항체에 글리코실화 부위의 부가 또는 결실은 하나 이상의 글리코실화 부위가 창출되거나 제거되도록 아미노산 서열을 변형함으로써 편의하게 달성될 수 있다.
항체가 Fc 영역을 포함하는 경우에, 거기에 부착된 올리고당류는 변형될 수 있다. 포유류 세포에 의해 생산된 선천적 항체는 전형적으로, Fc 영역의 CH2 도메인의 Asn297에 N-연쇄에 의해 일반적으로 부착되는 분지된, 바이안테나리 올리고당류를 포함한다. 참조: 예를 들면, Wright et al. TIBTECH 15:26-32 (1997). 올리고당류는 다양한 탄수화물, 예를 들면, 만노오스, N-아세틸 글루코사민 (GlcNAc), 갈락토오스 및 시알산뿐만 아니라 바이안테나리 올리고당류 구조의 "줄기"에서 GlcNAc에 부착된 푸코오스를 포함할 수 있다. 일부 양상에서, 본원 발명의 항체에서 올리고당류의 변형은 일정한 개선된 특성을 갖는 항체 변이체를 창출하기 위해 만들어질 수 있다.
한 양상에서, Fc 영역에 부착된 (직접적으로 또는 간접적으로) 푸코오스를 결여하는 비푸코실화된 올리고당류, 다시 말하면 올리고당류 구조를 갖는 항체 변이체가 제공된다. 이런 비푸코실화된 올리고당류 ("비푸코실화된" 올리고당류로서 또한 지칭됨)는 특히 N-연결된 올리고당류인데, 이것은 바이안테나리 올리고당류 구조의 줄기에서 첫 번째 GlcNAc에 부착된 푸코오스 잔기를 결여한다. 한 양상에서, 선천적 또는 부모 항체와 비교하여 Fc 영역에서 증가된 비율의 비푸코실화된 올리고당류를 갖는 항체 변이체가 제공된다. 예를 들어, 비푸코실화된 올리고당류의 비율은 적어도 약 20%, 적어도 약 40%, 적어도 약 60%, 적어도 약 80%, 또는 심지어 약 100% (다시 말하면, 푸코실화된 올리고당류가 존재하지 않는다)일 수 있다. 비푸코실화된 올리고당류의 백분율은 예를 들면 WO 2006/082515에 설명된 바와 같이, MALDI-TOF 질량 분석법에 의해 측정될 때, Asn 297에 부착된 모든 올리고당류의 합계 (예를 들면 복합체, 하이브리드 및 높은 만노오스 구조)에 비하여, 푸코오스 잔기를 결여하는 올리고당류의 (평균) 양이다. Asn297은 Fc 영역 내에 대략 위치 297 (Fc 영역 잔기의 EU 넘버링)에서 위치된 아스파라긴 잔기를 지칭한다; 하지만, Asn297은 또한, 항체에서 경미한 서열 변이로 인해, 위치 297의 대략 ± 3개 아미노산 상류 또는 하류에, 다시 말하면, 위치 294 및 300 사이에 위치될 수 있다. Fc 영역에서 증가된 비율의 비푸코실화된 올리고당류를 갖는 이런 항체는 개선된 FcγRIIIa 수용체 결합 및/또는 개선된 이펙터 기능, 특히 개선된 ADCC 기능을 가질 수 있다. 참조: 예를 들면, US 2003/0157108; US 2004/0093621.
감소된 푸코실화를 갖는 항체를 생산할 수 있는 세포주의 실례에는 단백질 푸코실화가 결함되는 Lec13 CHO 세포 (Ripka et al. Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986); US 2003/0157108; 및 WO 2004/056312, 특히 실시예 11), 그리고 녹아웃 세포주, 예컨대 알파-1,6-푸코실전달효소 유전자, FUT8, 녹아웃 CHO 세포 (참조: 예를 들면, Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87:614-622 (2004); Kanda, Y. et al., Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006); 및 WO 2003/085107), 또는 GDP-푸코오스 합성 또는 전달체 단백질의 활성이 감소되거나 전폐된 세포 (참조: 예를 들면, US2004259150, US2005031613, US2004132140, US2004110282)가 포함된다.
추가의 양상에서, 항체 변이체는 양분된 올리고당류가 제공되는데, 예를 들면, 여기서 항체의 Fc 영역에 부착된 바이안테나리 올리고당류는 GlcNAc에 의해 양분된다. 이런 항체 변이체는 전술된 바와 같이 감소된 푸코실화 및/또는 개선된 ADCC 기능을 가질 수 있다. 이런 항체 변이체의 실례는 예를 들면 Umana et al., Nat Biotechnol 17, 176-180 (1999); Ferrara et al., Biotechn Bioeng 93, 851-861 (2006); WO 99/54342; WO 2004/065540, WO 2003/011878에 설명된다.
올리고당류 내에 적어도 하나의 갈락토오스 잔기가 Fc 영역에 부착되는 항체 변이체 역시 제공된다. 이런 항체 변이체는 개선된 CDC 기능을 가질 수 있다. 이런 항체 변이체는 예를 들면, WO 1997/30087; WO 1998/58964; 및 WO 1999/22764에 설명된다.
5.5.2.6.3
Fc 영역 변이체
일정한 양상에서, 하나 이상의 아미노산 변형이 본원에서 제공된 항체의 Fc 영역 내로 도입되어, Fc 영역 변이체가 생성될 수 있다. Fc 영역 변이체는 하나 이상의 아미노산 위치에서 아미노산 변형 (예를 들면, 치환)을 포함하는 인간 Fc 영역 서열 (예를 들면, 인간 IgG1, IgG2, IgG3 또는 IgG4 Fc 영역)을 포함할 수 있다.
일정한 양상에서, 본원 발명은 전부는 아니지만 일부 이펙터 기능을 소유하는 항체 변이체를 예기하는데, 이들 기능으로 인해 이것은 생체내에서 항체의 반감기가 중요하나 일정한 이펙터 기능 (예를 들면, 보체 의존성 세포독성 (CDC) 및 항체 의존성 세포 매개된 세포독성 (ADCC))이 불필요하거나 유해한 적용을 위한 바람직한 후보가 된다. CDC 및/또는 ADCC 활성의 감소/고갈을 확증하기 위해 시험관내 및/또는 생체내 세포독성 분석이 수행될 수 있다. 예를 들어, 항체가 FcγR 결합을 결여 (따라서, ADCC 활성을 아마도 결여)하지만, FcRn 결합 능력을 유지하도록 담보하기 위해, Fc 수용체 (FcR) 결합 측정이 수행될 수 있다. ADCC를 매개하기 위한 일차 세포인 NK 세포는 단지 FcγRIII만을 발현하고, 반면 단핵구는 FcγRI, FcγRII 및 FcγRIII을 발현한다. 조혈 세포 상에서 FcR 발현은 Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol. 9:457-492 (1991)의 464 페이지 상에 표 3에 요약된다. 관심되는 분자의 ADCC 활성을 평가하기 위한 시험관내 분석의 무제한적 실례는 미국 특허 번호 5,500,362 (예를 들면, Hellstrom, I. et al. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 83:7059-7063 (1986)을 참조한다) 및 Hellstrom, I et al., Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 82:1499-1502 (1985); 5,821,337 (Bruggemann, M. et al., J. Exp. Med. 166:1351-1361 (1987)을 참조한다)에 설명된다. 대안으로, 비방사성 분석 방법이 이용될 수 있다 (참조: 예를 들면, 유세포 분석법의 경우에 ACTI™ 비방사성 세포독성 분석 (CellTechnology, Inc. Mountain View, CA); 및 CytoTox 96® 비방사성 세포독성 분석 (Promega, Madison, WI)). 이런 분석을 위한 유용한 이펙터 세포는 말초혈 단핵 세포 (PBMC) 및 자연 킬러 (NK) 세포를 포함한다. 대안으로 또는 부가적으로, 관심되는 분자의 ADCC 활성은 생체내에서, 예를 들면, 동물 모형, 예컨대 Clynes et al. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 95:652-656 (1998)에 개시된 것에서 평가될 수 있다. 항체가 C1q에 결합할 수 없고, 따라서 CDC 활성을 결여한다는 것을 확증하기 위해, C1q 결합 측정 또한 실행될 수 있다. 참조: 예를 들면, WO 2006/029879 및 WO 2005/100402에서 C1q와 C3c 결합 ELISA. 보체 활성화를 평가하기 위해, CDC 분석이 수행될 수 있다 (참조: 예를 들면, Gazzano-Santoro et al., J. Immunol. Methods 202:163 (1996); Cragg, M.S. et al., Blood 101:1045-1052 (2003); 및 Cragg, M.S. and M.J. Glennie, Blood 103:2738-2743 (2004)). FcRn 결합 및 생체내 소실/반감기 결정이 또한, 당해 분야에 공지된 방법을 이용하여 수행될 수 있다 (참조: 예를 들면, Petkova, S.B. et al., Int'l. Immunol. 18(12):1759-1769 (2006); WO 2013/120929 Al).
감소된 이펙터 기능을 갖는 항체는 Fc 영역 잔기 238, 265, 269, 270, 297, 327 및 329 중에서 하나 이상의 치환을 갖는 것들을 포함한다 (U.S. 특허 번호 6,737,056). 이런 Fc 돌연변이체는 잔기 265 및 297의 알라닌으로의 치환을 갖는 이른바 "DANA" Fc 돌연변이체를 포함하여, 아미노산 위치 265, 269, 270, 297 및 327 중 두 개 이상에서 치환을 갖는 Fc 돌연변이체를 포함한다 (US 특허 번호 7,332,581).
FcR에 개선된 또는 축소된 결합을 갖는 일정한 항체 변이체가 설명된다. (참조: 예를 들면, 미국 특허 번호 6,737,056; WO 2004/056312, 그리고 Shields et al., J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001).)
일정한 양상에서, 항체 변이체는 ADCC를 개선하는 하나 이상의 아미노산 치환, 예를 들면 Fc 영역의 위치 298, 333 및/또는 334 (잔기의 EU 넘버링)에서 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다.
일정한 양상에서, 항체 변이체는 FcγR 결합을 축소하는 하나 이상의 아미노산 치환, 예를 들면, Fc 영역의 위치 234 및 235 (잔기의 EU 넘버링)에서 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 한 가지 양상에서, 치환은 L234A 및 L235A (LALA)이다. 일정한 양상에서, 항체 변이체는 인간 IgG1 Fc 영역으로부터 유래된 Fc 영역에서 D265A 및/또는 P329G를 추가로 포함한다. 한 가지 양상에서, 치환은 인간 IgG1 Fc 영역으로부터 유래된 Fc 영역에서 L234A, L235A 및 P329G (LALA-PG)이다. (참조: 예를 들면, WO 2012/130831). 다른 양상에서, 치환은 인간 IgG1 Fc 영역으로부터 유래된 Fc 영역에서 L234A, L235A 및 D265A (LALA-DA)이다.
일부 양상에서, 예를 들면, US 특허 번호 6,194,551, WO 99/51642 및 Idusogie et al. J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)에 설명된 바와 같이, 변경된 (다시 말하면, 개선된 또는 축소된) C1q 결합 및/또는 보체 의존성 세포독성 (CDC)을 야기하는, Fc 영역 내에 변경이 만들어진다.
증가된 반감기, 그리고 태아에 모계 IgG의 전달을 책임지는 신생아 Fc 수용체 (FcRn)에 개선된 결합을 갖는 항체 (Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976) 및 Kim et al., J. Immunol. 24:249 (1994))는 US2005/0014934A1 (Hinton et al.))에 설명된다. 이들 항체는 FcRn에 Fc 영역의 결합을 개선하는, 그 안에 하나 이상의 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 이런 Fc 변이체는 다음의 Fc 영역 잔기: 238, 252, 254, 256, 265, 272, 286, 303, 305, 307, 311, 312, 317, 340, 356, 360, 362, 376, 378, 380, 382, 413, 424 또는 434 중 하나 이상에서 치환, 예를 들면, Fc 영역 잔기 434의 치환을 갖는 것들을 포함한다 (참조: 예를 들면, US 특허 번호 7,371,826; Dall'Acqua, W.F., et al. J. Biol. Chem. 281 (2006) 23514-23524).
생쥐 Fc-생쥐 FcRn 상호작용에 결정적인 Fc 영역 잔기가 특정 부위 돌연변이유발에 의해 확인되었다 (참조: 예를 들면, Dall'Acqua, W.F., et al. J. Immunol 169 (2002) 5171-5180). 잔기 I253, H310, H433, N434 및 H435 (EU 색인 넘버링)가 이러한 상호작용에 관련된다 (Medesan, C., et al., Eur. J. Immunol. 26 (1996) 2533; Firan, M., et al., Int. Immunol. 13 (2001) 993; Kim, J.K., et al., Eur. J. Immunol. 24 (1994) 542). 잔기 I253, H310 및 H435가 인간 Fc의 뮤린 FcRn과의 상호작용에 결정적인 것으로 밝혀졌다 (Kim, J.K., et al., Eur. J. Immunol. 29 (1999) 2819). 인간 Fc-인간 FcRn 복합체에 관한 연구는 잔기 I253, S254, H435 및 Y436이 이러한 상호작용에 결정적이라는 것을 보여주었다 (Firan, M., et al., Int. Immunol. 13 (2001) 993; Shields, R.L., et al., J. Biol. Chem. 276 (2001) 6591-6604). Yeung, Y.A., et al. (J. Immunol. 182 (2009) 7667-7671)에서 잔기 248 내지 259 및 301 내지 317 및 376 내지 382 및 424 내지 437의 다양한 돌연변이체가 보고되고 조사되었다.
일정한 양상에서, 항체 변이체는 FcRn 결합을 감소시키는 하나 이상의 아미노산 치환, 예를 들면 Fc 영역의 위치 253 및/또는 310 및/또는 435 (잔기의 EU 넘버링)에서 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 일정한 양상에서, 항체 변이체는 위치 253, 310 및 435에서 아미노산 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 한 가지 양상에서, 치환은 인간 IgG1 Fc 영역으로부터 유래된 Fc 영역에서 I253A, H310A 및 H435A이다. 참조: 예를 들면, Grevys, A., et al., J. Immunol. 194 (2015) 5497-5508.
일정한 양상에서, 항체 변이체는 FcRn 결합을 감소시키는 하나 이상의 아미노산 치환, 예를 들면 Fc 영역의 위치 310 및/또는 433 및/또는 436 (잔기의 EU 넘버링)에서 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 일정한 양상에서, 항체 변이체는 위치 310, 433 및 436에서 아미노산 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 한 가지 양상에서, 치환은 인간 IgG1 Fc 영역으로부터 유래된 Fc 영역에서 H310A, H433A 및 Y436A이다. (참조: 예를 들면, WO 2014/177460 Al).
일정한 양상에서, 항체 변이체는 FcRn 결합을 증가시키는 하나 이상의 아미노산 치환, 예를 들면 Fc 영역의 위치 252 및/또는 254 및/또는 256 (잔기의 EU 넘버링)에서 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 일정한 양상에서, 항체 변이체는 위치 252, 254 및 256에서 아미노산 치환을 갖는 Fc 영역을 포함한다. 한 가지 양상에서, 치환은 인간 IgG1 Fc 영역으로부터 유래된 Fc 영역에서 M252Y, S254T 및 T256E이다. Fc 영역 변이체의 다른 실례와 관련하여, Duncan & Winter, Nature 322:738-40 (1988); 미국 특허 번호 5,648,260; 미국 특허 번호 5,624,821; 및 WO 94/29351을 또한 참조한다.
본원에 보고된 바와 같은 항체의 중쇄의 C 말단은 아미노산 잔기 PGK로 끝나는 완전한 C 말단일 수 있다. 중쇄의 C 말단은 C 말단 아미노산 잔기 중에서 1개 또는 2개가 제거된 단축된 C 말단일 수 있다. 한 가지 바람직한 양상에서, 중쇄의 C 말단은 PG로 끝나는 단축된 C 말단이다. 본원에 보고된 바와 같은 모든 양상 중 한 가지 양상에서, 본원에서 특정된 바와 같은 C 말단 CH3 도메인을 포함하는 중쇄를 포함하는 항체는 C 말단 글리신-리신 디펩티드 (G446 및 K447, 아미노산 위치의 EU 색인 넘버링)를 포함한다. 본원에 보고된 바와 같은 모든 양상 중 한 양상에서, 본원에서 특정된 바와 같은 C 말단 CH3 도메인을 포함하는 중쇄를 포함하는 항체는 C 말단 글리신 잔기 (G446, 아미노산 위치의 EU 색인 넘버링)를 포함한다.
5.5.2.6.4
시스테인 조작된 항체 변이체
일정한 양상에서, 시스테인 조작된 항체, 예를 들면 THIOMABTM 항체를 창출하는 것이 바람직할 수 있는데, 여기서 항체의 하나 이상의 잔기가 시스테인 잔기로 치환된다. 특정한 양상에서, 치환된 잔기는 상기 항체의 접근가능 부위에서 발생한다. 이들 잔기를 시스테인으로 치환함으로써, 반응성 티올 기는 따라서, 항체의 접근가능 부위에서 위치되고, 그리고 상기 항체를 다른 모이어티, 예컨대 약물 모이어티 또는 링커-약물 모이어티에 접합하여 본원에서 더욱 설명된 바와 같은 면역접합체를 창출하는 데 이용될 수 있다. 시스테인 조작된 항체는 예를 들면, 미국 특허 번호 7,521,541, 8,30,930, 7,855,275, 9,000,130, 또는 WO 2016040856에 설명된 바와 같이 생성될 수 있다.
5.5.2.6.5
항체 유도체
일정한 양상에서, 본원에서 제공된 항체는, 당해 분야에 공지되고 쉽게 가용한 추가의 비단백질성 모이어티를 포함하도록 더욱 변형될 수 있다. 항체의 유도체화에 적합한 모이어티는 수용성 중합체를 포함하지만 이들에 한정되지 않는다. 수용성 중합체의 무제한적 실례에는 폴리에틸렌 글리콜 (PEG), 에틸렌 글리콜/프로필렌 글리콜의 공중합체, 카르복시메틸셀룰로오스, 덱스트란, 폴리비닐 알코올, 폴리비닐 피롤리돈, 폴리-1, 3-디옥솔란, 폴리-1,3,6-트리옥산, 에틸렌/말레산 무수물 공중합체, 폴리아미노산 (동종중합체 또는 무작위 공중합체), 그리고 덱스트란 또는 폴리(n-비닐 피롤리돈)폴리에틸렌 글리콜, 프로프로필렌 글리콜 동종중합체, 프롤릴프로필렌 산화물/에틸렌 산화물 공중합체, 폴리옥시에틸화된 폴리올 (예를 들면, 글리세롤), 폴리비닐 알코올, 그리고 이들의 혼합물이 포함되지만 이들에 한정되지 않는다. 폴리에틸렌 글리콜 프로피온알데히드는 물에서 안정성으로 인해, 제조 시에 이점을 가질 수 있다. 중합체는 임의의 분자량일 수 있고, 그리고 분지되거나 분지되지 않을 수 있다. 항체에 부착된 중합체의 숫자는 변할 수 있고, 그리고 하나 초과의 중합체가 부착되면, 이들은 동일하거나 상이한 분자일 수 있다. 일반적으로, 유도체화에 이용되는 중합체의 숫자 및/또는 유형은 개선되는 항체의 특정 특성 또는 기능, 항체 유도체가 정의된 조건하에 요법에서 이용될 것인지의 여부 등을 포함하지만 이들에 한정되지 않는 고려 사항에 근거하여 결정될 수 있다.
5.5.2.7
면역접합체
본원 발명은 또한, 한 가지 이상의 치료제 예컨대 세포독성 작용제, 화학요법제, 약물, 성장 억제제, 독소 (예를 들면, 단백질 독소, 세균, 진균, 식물 또는 동물 기원의 효소적으로 활성 독소, 또는 이들의 단편), 또는 방사성 동위원소에 접합된 (화학적으로 결합된) 본원에 개시된 항체를 포함하는 면역접합체를 제공한다.
한 양상에서, 면역접합체는 항체-약물 접합체 (ADC)인데, 여기서 항체는 전술된 치료제 중에서 한 가지 이상에 접합된다. 항체는 전형적으로, 링커를 이용하여 치료제 중에서 한 가지 이상에 연결된다. 치료제 및 약물 및 링커의 실례를 포함하는 ADC 기술의 개요는 Pharmacol Review 68:3-19 (2016)에 진술된다.
다른 양상에서, 면역접합체는 디프테리아 A 사슬, 디프테리아 독소의 비결합 활성 단편, 외독소 A 사슬 (녹농균 (Pseudomonas aeruginosa)으로부터), 리신 A 사슬, 아브린 A 사슬, 모데신 A 사슬, 알파-사르신, 알레우리테스 포르디 (Aleurites fordii) 단백질, 디안틴 단백질, 피토라카 아메리카나 (Phytolaca americana) 단백질 (PAPI, PAPII 및 PAP-S), 모모디카 차란티아 (momordica charantia) 억제제, 쿠르신, 크로틴, 사파오나리아 오피시날리스 (sapaonaria officinalis) 억제제, 겔로닌, 미토겔린, 레스트릭토신, 페노마이신, 에노마이신 및 트리코테센을 포함하지만 이들에 한정되지 않는 효소적으로 활성 독소 또는 이의 단편에 접합된 본원에 설명된 바와 같은 항체를 포함한다.
다른 양상에서, 면역접합체는 방사접합체를 형성하기 위해 방사성 원자에 접합된 본원에 설명된 바와 같은 항체를 포함한다. 다양한 방사성 동위원소가 방사접합체의 생산에 가용하다. 실례에는 At211, I131, I125, Y90, Re186, Re188, Sm153, Bi212, P32, Pb212 및 Lu의 방사성 동위원소가 포함된다. 방사접합체가 검출에 이용될 때, 이것은 신티그래피 연구를 위한 방사성 원자, 예를 들면, tc99m 또는 I123, 또는 핵 자기 공명 (NMR) 영상화 (자기 공명 영상법, mri로도 알려져 있음)를 위한 스핀 표지, 예컨대 요오드-123 어게인, 요오드-131, 인듐-111, 플루오르-19, 탄소-13, 질소-15, 산소-17, 가돌리늄, 망간 또는 철을 포함할 수 있다.
항체 및 세포독성 작용제의 접합체는 다양한 이중기능성 단백질 연계 작용제, 예컨대 N-숙신이미딜-3-(2-피리딜디티오) 프로피온산염 (SPDP), 숙신이미딜-4-(N-말레이미도메틸) 시클로헥산-1-카르복실산염 (SMCC), 이미노티올란 (IT), 이미도에스테르의 이중기능성 유도체 (예를 들면, 디메틸 아디피미데이트 HCl), 활성 에스테르 (예를 들면, 디숙신이미딜 수베르산염), 알데히드 (예를 들면, 글루타르알데히드), 비스-아지도 화합물 (예를 들면, 비스 (p-아지도벤조일) 헥산디아민), 비스-디아조늄 유도체 (예를 들면, 비스-(p-디아조늄벤조일)-에틸렌디아민), 디이소시아네이트 (예를 들면, 톨루엔 2,6-디이소시아네이트) 및 비스-활성 플루오르 화합물 (예를 들면, 1,5-디플루오로-2,4-디니트로벤젠)을 이용하여 만들어질 수 있다. 예를 들어, 리신 면역독소는 Vitetta et al., Science 238:1098 (1987)에 설명된 바와 같이 제조될 수 있다. 탄소-14-표지화된 1-이소티오시아나토벤질-3-메틸디에틸렌 트리아민펜타아세트산 (MX-DTPA)은 항체에 방사성뉴클레오티드의 접합을 위한 예시적인 킬레이트화제이다. 참조: WO 94/11026. 링커는 세포에서 세포독성 약물의 방출을 용이하게 하는 "개열가능 링커"일 수 있다. 예를 들어, 산 불안정 링커, 펩티드분해효소 민감성 링커, 광불안정 링커, 디메틸 링커 또는 이황화물 함유 링커 (Chari et al., Cancer Res. 52:127-131 (1992); 미국 특허 번호 5,208,020)가 이용될 수 있다.
본원에서 면역접합체 또는 ADC는 상업적으로 가용한 (예를 들면, Pierce Biotechnology, Inc., Rockford, IL., U.S.A로부터) BMPS, EMCS, GMBS, HBVS, LC-SMCC, MBS, MPBH, SBAP, SIA, SIAB, SMCC, SMPB, SMPH, 술포-EMCS, 술포-GMBS, 술포-KMUS, 술포-MBS, 술포-SIAB, 술포-SMCC 및 술포-SMPB, 그리고 SVSB (숙신이미딜-(4-비닐술폰)벤조에이트)를 포함하지만 이들에 한정되지 않는 교차연결제 시약으로 제조된 이와 같은 접합체를 명시적으로 예기하지만, 이들에 한정되지 않는다.
6. 실시예
하기 실시예는 본원에 개시된 요부를 단지 예시하고, 그리고 어떤 방식으로든 제한하는 것으로 고려되지 않아야 한다.
실시예 1 - 재료와 방법
세포 배양
부모 및 KO 숙주 CHO 세포주는 기존 문헌 (Domingos et al., Biotechnology Progress. Published online 2021:e3140)에 설명된 대로 유지되었다. 간략히 설명하면, CHO 세포를 150 rpm 교반, 37 ℃ 및 5% CO2로 유지되는 125 mL 진탕 플라스크 용기 내 독점 DMEM/F12 기반 배지에서 배양하였다. 세포를 3-4일마다 4x105개 세포/mL의 파종 밀도로 계대배양하였다.
합성 gRNA 표적 설계 및 스크리닝
이용된 유전자 표적은 표 2-6에 나열된다. gRNA 서열은 CRISPR Guide RNA Design 소프트웨어 (Benchling)를 이용하여 설계되었으며 Integrated DNA Technologies (IDT)에서 제조되었다. gRNA 서열은 소프트웨어의 표적과 비표적 점수를 기준으로 선택되었으며, 초기 엑손을 표적으로 하는 최소 3개의 gRNA가 각 유전자 표적에 대해 스크리닝되었다.
IDT로부터 Alt-R® CRISPR-Cas9 sgRNA (sgRNA) 및 Alt-R® S.p. Cas9 Nuclease V3 시약이 이용되었다. Cas9 단백질의 리보핵산단백질 (RNP) 기반 형질감염이 이용되었다. RNP는 각 표적 유전자에 대해 20 pmol sgRNA와 20 pmol의 Cas9 단백질을 1:1 비율로 조합함으로써 형성되었다. Neon™ Transfection System 및 Neon™ Transfection System 100 μL 키트 (Thermo Fisher Scientific)와 함께 RNP를 이용하여 1,200만 개의 CHO 세포를 형질감염시켰다. 형질감염 매개변수는 1610V, 펄스 폭 10 ms, 그리고 펄스 3개로 설정되었다.
표 2: 10x KO 표적 녹아웃 유전자 사양
| 표현된 유전자명 | 단백질명 (HUGO/NCBI 유전자 데이터베이스) | 유전자 기호 | 단백질 기호 | *gRNA 서열 |
| 유전자 A | BCL2 관련 X, 아폽토시스 조절인자 | Bax | BAX | GGGTCGGGGGAGCAGCTCGG |
| 유전자 B | BCL2 길항제/킬러 1 | Bak1 | BAK1 | ATGGCGTCTGGACAAGGACC |
| 유전자 C | 시르투인 1 | Sirt1 | SIRT1 | GCTCTAGTGACTGGACTCCA |
| 유전자 D | MYC 원종양유전자, bHLH 전사인자 | MYC | MYC | CACCATCTCCACTGATCCG |
| 유전자 E | 세포간 부착 분자 1 | Icam | ICAM1 | ACCTGCATGGATGCACCCCG |
| 유전자 F | 지질단백질 관련 포스포리파아제 A2 | PLA2G7 | Lp-PLA2 | ACCCAGCAGTCAATGATAAC |
| 유전자 G | 지질단백질 리파아제 | Lpl | LPL | CAGAGTTTGACCGCCTCCCA |
| 유전자 H | 팔미토일-단백질 티오에스테라아제 1 | PPT1 | PPT1 | CTGCTGTAACCCCATAAGCA |
| 유전자 I | 시티딘 모노포스포-N-아세틸뉴라민산 수산화효소 | Cmah | CMAH | ACATTGAGGATTTAGACGGA |
| 유전자 J | 당단백질 알파-갈락토실트랜스퍼라아제 1 | Ggta1 | GGTA1 | TCACCGTCAAAACCTCTGGG |
* PAM 부위가 밑줄로 표시된 5'에서 3' 가닥
표 3: 6X KO 표적 녹아웃 유전자 사양
| 표현된 유전자명 | 단백질명 (HUGO/NCBI 유전자 데이터베이스) | 유전자 기호 | 단백질 기호 | *gRNA 서열 |
| 유전자 A | BCL2 관련 X, 아폽토시스 조절인자 | Bax | BAX | GGGTCGGGGGAGCAGCTCGG |
| 유전자 B | BCL2 길항제/킬러 1 | Bak1 | BAK1 | ATGGCGTCTGGACAAGGACC |
| 유전자 F | 지질단백질 관련 포스포리파아제 A2 | PLA2G7 | Lp-PLA2 | ACCCAGCAGTCAATGATAAC |
| 유전자 G | 지질단백질 리파아제 | Lpl | LPL | CAGAGTTTGACCGCCTCCCA |
| 유전자 I | 시티딘 모노포스포-N-아세틸뉴라민산 수산화효소 | Cmah | CMAH | ACATTGAGGATTTAGACGGA |
| 유전자 J | 당단백질 알파-갈락토실트랜스퍼라아제 1 | Ggta1 | GGTA1 | TCACCGTCAAAACCTCTGGG |
* PAM 부위가 밑줄로 표시된 5'에서 3' 가닥
표 4: 8x KO 표적 녹아웃 유전자 사양
| 표현된 유전자명 | 단백질명 (HUGO/NCBI 유전자 데이터베이스) | 유전자 기호 | 단백질 기호 | *gRNA 서열 |
| 유전자 A | BCL2 관련 X, 아폽토시스 조절인자 | Bax | BAX | GGGTCGGGGGAGCAGCTCGG |
| 유전자 B | BCL2 길항제/킬러 1 | Bak1 | BAK1 | ATGGCGTCTGGACAAGGACC |
| 유전자 F | 지질단백질 관련 포스포리파아제 A2 | PLA2G7 | LPLA2 | ACCCAGCAGTCAATGATAAC |
| 유전자 G | 지질단백질 리파아제 | Lpl | LPL | CAGAGTTTGACCGCCTCCCA |
| 유전자 I | 시티딘 모노포스포-N-아세틸뉴라민산 수산화효소 | Cmah | CMAH | ACATTGAGGATTTAGACGGA |
| 유전자 J | 당단백질 알파-갈락토실트랜스퍼라아제 1 | Ggta1 | GGTA1 | TCACCGTCAAAACCTCTGGG |
| 유전자 K | 분지쇄 케토산 탈수소효소 E1 알파 아단위 | BCKDHA | BCKDHA | GGTCCATGACCCGGTAGATG |
| 유전자 L | 분지쇄 알파-케토산 탈수소효소 E1 베타 아단위 | BCKDHB | BCKDHB | CGCGGGCGGCCGGGATTCTG |
표 5: 9X KO 표적 녹아웃 유전자 사양
| 표현된 유전자명 | 단백질명 (HUGO/NCBI 유전자 데이터베이스) | 유전자 기호 | 단백질 기호 | *gRNA 서열 |
| 유전자 A | BCL2 관련 X, 아폽토시스 조절인자 | Bax | BAX | GGGTCGGGGGAGCAGCTCGG |
| 유전자 B | BCL2 길항제/킬러 1 | Bak1 | BAK1 | ATGGCGTCTGGACAAGGACC |
| 유전자 C | 시르투인 1 | Sirt1 | SIRT1 | GCTCTAGTGACTGGACTCCA |
| 유전자 E | 세포간 부착 분자 1 | Icam | ICAM1 | ACCTGCATGGATGCACCCCG |
| 유전자 F | 지질단백질 관련 포스포리파아제 A2 | PLA2G7 | Lp-PLA2 | ACCCAGCAGTCAATGATAAC |
| 유전자 G | 지질단백질 리파아제 | Lpl | LPL | CAGAGTTTGACCGCCTCCCA |
| 유전자 H | 팔미토일-단백질 티오에스테라아제 1 | PPT1 | PPT1 | CTGCTGTAACCCCATAAGCA |
| 유전자 I | 시티딘 모노포스포-N-아세틸뉴라민산 수산화효소 | Cmah | CMAH | ACATTGAGGATTTAGACGGA |
| 유전자 J | 당단백질 알파-갈락토실트랜스퍼라아제 1 | Ggta1 | GGTA1 | TCACCGTCAAAACCTCTGGG |
표 6: 펜타 (5x) KO 표적 녹아웃 유전자 사양
| 표현된 유전자명 | 단백질명 (HUGO/NCBI 유전자 데이터베이스) | 유전자 기호 | 단백질 기호 | *gRNA 서열 |
| 유전자 A | BCL2 관련 X, 아폽토시스 조절인자 | Bax | BAX | GGGTCGGGGGAGCAGCTCGG |
| 유전자 B | BCL2 길항제/킬러 1 | Bak1 | BAK1 | ATGGCGTCTGGACAAGGACC |
| 유전자 C | 시르투인 1 | Sirt1 | SIRT1 | GCTCTAGTGACTGGACTCCA |
| 유전자 D | MYC 원종양유전자, bHLH 전사인자 | Myc | MYC | CACCATCTCCACTGATCCG |
| 유전자 E | 세포간 부착 분자 1 | Icam | ICAM1 | ACCTGCATGGATGCACCCCG |
유전체 DNA PCR 및 gRNA 인델 분석
형질감염 후 48-72시간째에, DNeasy 혈액 및 조직 키트 (Qiagen)를 이용하여 RNP 형질감염된 세포로부터 DNA를 추출하였다. 각 gRNA 절단 부위를 중심으로 한 400-500 bp DNA 영역을 PCR 증폭하였다. QIAquick PCR 정제 키트 (Qiagen)를 이용하여 앰플리콘을 정제하고 생어 염기서열분석을 이용하여 염기서열분석하였다. 각 검사 샘플 및 해당 대조 샘플에 대한 생어 염기서열분석 추적은 Inference of CRISPR Edits (ICE) 소프트웨어 도구에 업로드되어 개발자의 지침에 따라 분석되었다. ICE 분석은 "인델 백분율"과 "녹아웃 점수"를 보고한다. "인델 백분율"은 인델로 인해 프레임시프트가 발생하는지 여부에 관계없이 대조 추적에 대한 편집된 추적의 편집 효율을 나타낸다; "녹아웃 점수"는 기능적 녹아웃을 초래할 가능성이 있는 프레임시프트 인델 또는 단편 결실이 있는 세포의 비율을 나타낸다.
다중 CRISPR 편집 및 CHO KO 세포 풀과 단일 세포 클론 생성
6x CHO KO 풀 및 세포주 (BAX, BAK, LPLA2, LPL, CMAH 및 GGTA1), 8x CHO KO 풀 및 세포주 (BAX, BAK, LPLA2, LPL, CMAH, GGTA1, BCKDHA 및 BCKDHB), 9x CHO KO 풀 및 세포주 (유전자 BAX, BAK, SIRT-1, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH 및 GGTA1), 그리고 10x CHO KO 풀 및 세포주 (유전자 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH 및 GGTA1)의 경우, 각 유전자 표적에 대해 단지 하나의 gRNA가 이용되었다. 각 표적 유전자에 대한 가장 효율적인 가이드가 식별되어 6x, 8x, 9x 및 10x CHO KO 풀을 생성하는 데 이용되었다. Bax와 Bak 유전자가 이전에 녹아웃된 부모 CHO 숙주를 이용하여 6x, 8x, 9x 및 10x CHO KO 풀 및 세포주를 생성하였다. 따라서 추가로 4개 유전자, 6개 유전자, 7개 유전자 또는 8개 유전자를 표적화하여 각각 6x, 8x, 9x 및 10x CHO KO 풀 및 세포주를 생성하였다. Penta (5x) KO에 대한 전략은 아래의 실시예 8에 설명된다.
4개의 sgRNAS, 6개의 sgRNA, 7개의 sgRNA 또는 8개의 sgRNA를 1:1 sgRNA (20 pmol) 대 Cas9 단백질 (20 pmol)의 비율로 함께 모아서 각 표적 유전자에 대해 20 pmol의 RNP를 형성하여 6x, 8x, 9x 및 10x CHO KO 풀 및 세포주를 생성하였다. 1,200만 개의 세포가 통합 RNP로 형질감염되었다. 따라서 4개 유전자, 6개 유전자, 7개 유전자, 또는 8개 유전자를 표적으로 할 경우 각각 총 80 pmol, 120 pmol, 140 pmol, 또는 160 pmol의 RNP가 이용되었다. 각 표적 유전자에 대한 녹아웃 효율을 향상시키기 위해 1:1 비율로 sgRNA와 Cas9 단백질의 3회 연속 형질감염을 수행하였다. 편집 효율은 각 형질감염 후에 측정되었다.
6x, 8x, 9x 및 10x 세포 KO 풀은 단일 세포 인쇄 (SCP)를 통해 1개 세포/웰의 목표 파종 밀도로 384웰 평판에 단일 세포 클로닝되었다. 평판을 37℃, 5% CO2, 80% 습도에서 2주 동안 배양하였다. 이 단계 이후에 1개 세포/웰의 목표 점유율을 갖는 웰의 자동화된 컨플루언시 기반 히트 선발 및 Microlab STAR (Hamilton)를 이용한 96웰 평판으로의 후속 확장이 이어졌다.
녹아웃 세포 풀 및 단일 세포 클론의 DNA 염기서열분석 및 ICE 분석
MagNA Pure 96 Instrument (Roche Life Science)를 이용하여 형질감염된 풀과 단일 세포 클론으로부터 유전체 DNA를 추출한 후, PCR을 수행하여 이전에 설명한 대로 각 gRNA 절단 부위 주변의 유전체 영역을 증폭하였다. PCR 산물은 제조업체의 지침에 따라 QIAquick 96 PCR 정제 키트 (Qiagen) 또는 ZR-96 DNA Clean-Up 키트 (Zymo Research)를 이용하여 정제한 후, 생어 염기서열분석 및 ICE 인델 분석을 수행하였다.
유가식 생산 배양
9x KO (유전자 BAX, BAK, SIRT-1, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH 및 GGTA1) 및 10x KO (유전자 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH 및 GGTA1) CHO 풀을 이용하여 ambr15 초소형생물반응기 시스템 (Sartorius Stedim Biotech)에서 12일 생산 배양 분석을 수행하였다. 성장, 생존력 및 역가와 같은 매개변수를 평가하였다. 세포는 생산 0일차에 독점적인 무혈청 생산 배지에서 40x106개 세포/mL로 파종되었고, 그 이후에 2일차에 온도가 33℃로 전환되었다. 생산 배양물은 pH 및 용존 산소 조절이 가능한 환경에서 유지되었다. 생산 배양물은 1, 4 및 8일차에 독점 공급물을 제공받았다. 12일차에, 수확된 세포 배양액 (HCCF)을 수집하고 분석하였다. 12일차 역가는 UV 검출과 함께 단백질 A 친화성 크로마토그래피를 이용하여 결정되었다. FLEX2 자동화 세포 배양 분석기 (Nova Biomedical)를 이용하여 생존율 및 생존 세포 수를 모니터링하였다. 각 생산 배양물에 대한 통합 생존 세포 수 (IVCC)는 생존 세포 수 측정을 이용하여 계산되었다; IVCC는 배양 기간 동안 생존 세포의 성장 곡선 아래 면적의 적분을 나타낸다.
벡터 작제물, 세포 배양 조건 및 생산
두 개의 개별 단위로서 중쇄 (HC)와 경쇄 (LC) 둘 모두의 발현은 그들의 개별 거대세포바이러스 (CMV) 프로모터 및 조절 요소에 의해 지시되었다. 플라스미드는 유인원 바이러스 (SV) 40 초기 프로모터 및 인핸서 요소에 의해 지시되는 선택 마커로서 디히드로폴레이트 환원효소 (DHFR) 또는 푸로마이신을 인코딩하였다. SV40 후기 폴리아데닐화 (폴리 A) 신호 서열은 HC DNA 및 LC DNA의 3' 영역에 이용되었다. 세포는 50 mL 튜브 스핀 용기에서 독점적인 무혈청 DMEM/F12 기반 배지에서 150 rpm, 37℃ 및 5% CO2에서 진탕하면서 배양되었으며 3-4일마다 4x105개 세포/mL의 파종 밀도로 계대되었다 (Hu, et al., 2013).
유가식 생산 배양은 기존 문헌 (Hsu, Aulakh, Traul, & Yuk, 2012)에 언급된 바와 같이 3, 7 및 10일차에 볼루스 공급과 함께 다양한 용기 (예: 튜브-스핀 및 AMBR15)를 이용하여 독점적인 화학적 정의 배지로, 여기에서 및 아래의 실시예 2에 개시된 대로 수행되었다. 죽어가는 세포로부터의 DNA 방출로 인한 세포 응집을 방지하기 위해 생산 분석 동안 모든 배양물에 항세포 응집제를 이용하였다. 희박 또는 농후 생산 배지를 이용하여 세포를 낮은 (1-2 x106개 세포/mL) 또는 높은 (10 x106개 세포/mL) 파종 밀도로 파종하였다. 3일차에 배양 온도를 37℃에서 35℃로 전환하였다. 역가는 UV 검출과 함께 단백질-A 친화성 크로마토그래피를 이용하여 측정하였다. Vi-Cell XR 기기 (Beckman Coulter 품목 #383721)를 이용하여 생존율 및 생존 세포 수를 결정하였다.
PERK의 CRISPR/Cas9 매개된 중단 (EIF2AK3)
sgRNA 프라이머 서열은 다음과 같았다:
PERK sgRNA 1: 5'AGTCACGGCGGGCACTCGCG
PERK sgRNA 2: 5'TACGGCCGAAGTGACCGTGG
PERK sgRNA 3: 5'GCGTGACTCATGTTCGCCAG
루시페라아제 sgRNA: 5'ATCCTGTCCCTAGTGGCCC
5백만 개의 세포를 세척하고 완충액 R (Neon 100uL 키트 카탈로그: MPK10025 Invitrogen)에 현탁시켰다. 5 마이크로그램의 Cas9:sgRNA RNP 복합체를 세포 배양 혼합물에 첨가하였다. 세포를 1,620V에서 3x10 ms 펄스를 이용하여 전기천공하였다. 형질감염된 세포를 3일 동안 배양한 후, 제한 희석을 통해 단일 세포 클로닝을 수행하였다. 풀 및 단일 세포 클론을 웨스턴 블롯 분석을 통해 PERK 녹아웃에 대해 스크리닝하였다.
IRE1알파 RNA분해효소 활성을 검출하기 위한 RT-PCR 분석
CHO-XBP1s 정방향 프라이머: 5'CCTTGTAATTGAGAACCAGG
CHO-XBP1s 역방향 프라이머: 5'CCAAAAGGATATCAGACTCGG
Power SYBR Green RNA-to CT-1 단계 키트 및 Applied Biosystems에서 이용되는 프로토콜 (#4389986).
면역블로팅 및 시약
1.5 백만 개의 세포를 프로테아제 억제제 칵테일 (Roche EDTA 프리 미니 정제 칵테일)이 함유된 1x NP40 완충액 (10mM Tris, pH 8.0, 0.5% NP40, 150mM NaCl, 10mM DTT 및 5mM MgCl2)에서 얼음 위에서 20분 동안 용해시켰다. 용해물을 황산도데실나트륨-폴리아크릴아미드 겔 전기이동 (SDS-PAGE) (4-12% 트리스 글리신)에 적용하고 니트로셀룰로오스 막으로 옮겼다. 트리스 완충 식염수 (TBS)-0.1% Tween 완충액 중 5% 우유로 차단한 후, 막을 개별 항체로 블로팅하였다. HRP 접합 항토끼 항체와 SuperSignal West Dura Extended Duration Substrate를 이용하여 블롯을 시각화하였다. 아래의 억제제가 이용되었다: ATF6i (10 μM Ceapin-A7 (Gallagher, et al., 2016)), PERKi (10 μM 화합물 39 (Axten, et al., 2012)), IRE1i6 (10 μM 4u8c (Cross, et al., 2012)), IRE1i9 (10 μM 인하우스/Genentech), PDGFRi (5-20 μM Abcam, AG-1296). 아래의 항체가 이용되었다: 항-PDGFRa (Cell Signaling Technology (CST), D1E1E), 토끼 항-BiP (C50B12, Cell Signaling Technology, 3177), 토끼 항-PERK (CST, C33E10), 생쥐 항-β-액틴 -HRP (AC-15) (Abcam, ab49900), 토끼 항-포스포-Akt (Ser473) (CST, D9E), 토끼 항-Akt (CST, 5G3), 토끼 절단 카스파제3 (CST, asp175), 염소 항인간 IgG-HRP (MP Biomedicals, 0855252), 토끼 IRE1a (CST, 14C10), 생쥐 항-포스포-IRE1, 생쥐 항-XBP1, 토끼 항-Bax (Abcam, ab32503), 토끼 항-Bak (CST, D4E4), 당나귀 항-토끼 HRP (Jackson ImmunoResearch Laboratories, Inc., 711-035-152), 토끼 항-sod2 (CST, D3X8F)
실시예 2: 리보핵산단백질 (RNP)을 이용한 다중 CRISRP/Cas9 KO 작업 흐름
도 1은 여러 유전자 (예: 10개 유전자 (BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1), "10x" KO 풀, 또는 8개 유전자 (BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2 및 PPT1), "8x" KO 풀)가 녹아웃된 풀로부터 단일 세포 클론을 생성하기 위한 예시적인 작업 흐름을 도해한다. 각 표적 유전자에 대한 강력한 gRNA를 확인하기 위해, RNP 복합체의 합성 gRNA에 결합된 정제된 Cas9 단백질의 형질감염을 수행하여 소정의 유전자에 대한 여러 gRNA를 동시에 스크리닝하였다 (도 2). 편집 효율을 정량화하기 위해, 생어 염기서열분석 데이터 분석을 위한 온라인 소프트웨어인 Inference of CRISPR Edits (ICE)를 이용하였는데 (How To Use ICE: A Detailed Guide for Analyzing CRISPR Editing Results; www.synthego.com/guide/how-to-use-crispr/ice-analytic-guide), 이를 표적 NGS에 대해 광범위하게 검증하여 (Hsiau T, et al. Inference of CRISPR edits from Sanger trace data. BioRxiv. Published online 2018:251082.), 유형을 식별하고 Cas9 유도된 편집의 존재비를 정량적으로 추론하였다 (Brinkman EK, et al., Easy quantitative assessment of genome editing by sequence trace decomposition. Nucleic Acid Research. 2014;42 (22):e168-e168). 세포를 RNP로 형질감염시키고, 형질감염된 세포로부터 DNA를 추출하고, gRNA 절단 부위 주변 영역을 증폭하고, 염기서열분석된 앰플리콘을 분석하기 위한 제안된 작업 흐름을 단 4일 만에 완료할 수 있다 (도 2). 이들 gRNA의 경우 crRNA-XT 버전을 이용하여 세포를 순차적으로 4회 형질감염시켰다. 매우 강력한 gRNA 표적화 유전자 SMPD1E의 경우 단지 한 라운드의 형질감염 (마지막 라운드에서)만 수행되었다. 예를 들어 10x 풀의 순차적 형질감염에 대한 효율은 도 3에 도시된다. KO 효율은 순차적 형질감염 후 모든 유전자에 대해 최소 70%이다. BAX/BAK 이중 KO 숙주는 8개 유전자를 순차적으로 녹아웃시켜 10x KO 세포를 생성하는 데 이용되었다. 도 4는 6x CHO KO 숙주의 각 유전자에 대한 인델 녹아웃 효율을 제공한다. ICE에 의해 표적화 풀에서 측정된 KO의 백분율. Bax와 Bak1 유전자에 대한 인델 백분율은 웨스턴 블롯 분석에 의해 100%로 결정되었다. 나머지 유전자의 인델 백분율은 유전체 DNA 염기서열분석에 의해 결정되었다.
도 5a-5f에 도해된 바와 같이, 야생형 (WT) 대조 및 6x KO 풀링된 CHO 세포를 mAb-M 또는 mAb-N을 발현하는 벡터로 형질감염시키고, 회수된 풀을 이용하여 2L 용기에서 생물반응기 생산 배양물을 설정하였다. WT 및 6x KO 배양물은 (5a) 역가, (5b) 세포 특이적 생산성 (Qp), (5c) 통합 생존 세포 수 (IVCC), (5d) 생존 세포 수, (5e) 생존력에 대해 평가되었다. 세포 특이적 생산성 (Qp)은 비생산성으로도 지칭되고 생성물 역가 (mAb 생성물의 경우)를 통합 생존 세포 수 (IVCC)로 나누어 계산한다. IVCC는 생물반응기 생산 배양 기간 동안의 누적 생존 세포 수를 나타내며, 생존 세포 수 성장 곡선 아래 면적으로 계산된다. 배양물은 또한, 응집체 % (mAb 생성물의 더 높은 분자량 형태의 표시를 제공함), 전하 분포 (산성, 주요 및 염기성 종 측면에서), 그리고 알파-Gal 및 NGNA (N-글리콜릴뉴라민산)에 대한 글리코형 측면에서 (5f) 생성물 품질에 대한 영향을 평가하였다. 알파-Gal 및 NGNA는 CHO 유래 재조합 단백질에 존재하는 비인간 글리코실화 패턴을 나타내고, 그리고 CMAH 및 GGT1 유전자 녹아웃은 재조합 mAb 생성물에서 이들 비인간 글리코형의 발현을 최소화하기 위해 6x KO 세포에서 구현되었다. WT CHO 풀은 유전자 녹아웃이 없는 부모 숙주이다. WT-N 생산 실행은 12일차까지의 생존력이 낮기 때문에 14일차 대신 12일차에 중단되었다. NGNA 방법: N-글리콜릴뉴라민산 (NGNA) 함유 글리칸의 수준은 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피-질량 분석 (HILIC-MS)으로 측정하였다. 이 분석에서 글리칸은 PNGase F로 처리하여 단백질로부터 효소적으로 방출되었고, 이후 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피에 의해 분리되기 전 프로카인 기반 IPC 형광단 (InstantPC, Agilent Technologies)으로 형광 표지화되었다. 표지화된 글리칸의 상대적 정량화는 글리칸 형광 신호의 통합에 의해 달성되었으며, 분리된 글리칸의 식별은 질량 분석법에 의해 결정되었다. 알파-Gal 방법: 알파-Gal 함유 글리칸의 수준은 시알리다아제 처리된 글리칸의 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피-질량 분석 (HILIC-MS) 분석에 의해 결정되었다. 이 분석에서 글리칸은 시알산을 제거하기 위해 먼저 시알리다아제로 처리되었고, 이후 PNGase F 처리에 의해 단백질로부터 효소적으로 방출되었다. 차후에, 방출 글리칸은 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피에 의해 분리되기 전 프로카인 기반 IPC 형광단 (InstantPC, Agilent Technologies)으로 표지화되었다. 표지화된 글리칸의 상대적 정량화는 글리칸 형광 신호의 통합에 의해 달성되었으며, 분리된 글리칸의 식별은 질량 분석법에 의해 결정되었다.
도 1에 도해된 대로 3개의 6x 클론 숙주가 분리되었고, 3개의 6x KO 클론 숙주 각각에서 각 유전자에 대한 KO 효율이 결정되었다 (도 6). Bax와 Bak1 유전자의 인델 백분율은 웨스턴 블롯 분석에 의해 결정되었다. 나머지 유전자의 인델 백분율은 유전체 DNA 염기서열분석에 의해 결정되었다.
도 7a-7f에 도해된 바와 같이, WT 대조 및 6x KO 개별적으로 개발된 클론 CHO 숙주를 mAb-M을 발현하는 벡터로 형질감염시키고, 회수된 풀을 이용하여 AMBR15 용기에서 생물반응기 생산 배양물을 설정하였다. WT 및 6x CHO 배양물은 (7a) 역가, (7b) 세포 특이적 생산성 (Qp), (7c) 통합 생존 세포 수 (IVCC), (7d) 생존 세포 수, (7e) mAb M에 대한 6X KO CHO 숙주 풀에 대한 생존력에 대해 평가되었다. WT 및 6X KO 숙주의 응집체 % 및 전하 변이체 수준을 측정하는 (7f) 생성물 품질 분석이 측정되었다. 또한, WT 대조 및 6x KO 개별적으로 개발된 클론 숙주를 mAb-N을 발현하는 벡터로 형질감염시키고, 회수된 풀을 이용하여 AMBR15 용기에서 생물반응기 생산 실행을 설정하였다. 도 8은 대조 WT 및 6X KO 숙주에서의 수확일 역가, 특이적 생산성 (Qp), 생존력 %, VCC, IVCC, 알파-Gal 및 NGNA 글리코형 수준을 보여준다. 알파-Gal과 NGNA는 비인간 글리코실화 패턴을 나타낸다. NGNA 방법: N-글리콜릴뉴라민산 (NGNA) 함유 글리칸의 수준을 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피-질량 분석 (HILIC-MS)으로 측정하였다. 이 분석에서 글리칸은 PNGase F로 처리하여 단백질로부터 효소적으로 방출되었고, 이후 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피에 의해 분리되기 전 프로카인 기반 IPC 형광단 (InstantPC, Agilent Technologies)으로 형광 표지화되었다. 표지화된 글리칸의 상대적 정량화는 글리칸 형광 신호의 통합에 의해 달성되었으며, 분리된 글리칸의 식별은 질량 분석법에 의해 결정되었다. 알파-Gal 방법: 알파-Gal 함유 글리칸의 수준은 시알리다아제 처리된 글리칸의 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피-질량 분석 (HILIC-MS) 분석에 의해 결정되었다. 이 분석에서 글리칸은 시알산을 제거하기 위해 먼저 시알리다아제로 처리되었고, 이후 PNGase F 처리에 의해 단백질로부터 효소적으로 방출되었다. 차후에, 방출 글리칸은 친수성 상호작용 액체 크로마토그래피에 의해 분리되기 전 프로카인 기반 IPC 형광단 (InstantPC, Agilent Technologies)으로 표지화되었다. 표지화된 글리칸의 상대적 정량화는 글리칸 형광 신호의 통합에 의해 달성되었으며, 분리된 글리칸의 식별은 질량 분석법에 의해 결정되었다.
유전체 DNA 분석에 의한 9x (유전자 BAX, BAK, SIRT-1, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH 및 GGTA1) 및 10x KO (유전자 BAX, BAK, SIRT-1, MYC, ICAM-1, LPLA2, LPL, PPT1, CMAH 및 GGTA1) 숙주의 각 유전자에 대한 인델 녹아웃 효율은 도 9에 도시된다. Bax와 Bak1 유전자에 대한 인델 백분율은 웨스턴 블롯 분석에 의해 결정되었다. 나머지 유전자의 인델 백분율은 유전체 DNA 염기서열분석에 의해 결정되었다. 9x KO CHO 숙주에 대한 3개의 다른 풀 및 10x KO CHO 숙주에 대한 2개의 다른 풀이 인델 백분율에 대해 평가되었다. 10x KO 숙주는 Myc를 KO 표적으로 이용한다는 점에서 9x KO 숙주와 상이하였다. 도 10은 mAb-H에 대한 9x 및 10x KO CHO 풀의 0, 7, 10 및 12일차 동안의 역가 (도 10a), 특이적 생산성 (Qp) (도 10b), 통합 생존 세포 수 (IVCC) (도 10c) 및 생존 세포 수 (도 10d)를 보여준다. WT CHO 풀은 유전자 녹아웃이 없는 부모 숙주이었다. 9x KO 숙주에 대한 3개의 다른 풀 및 10x KO 숙주에 대한 2개의 다른 풀이 생물반응기의 유가식 생산 배양물에서 평가되었다.
도 11a-11e에 도해된 바와 같이, AMBR15 생물반응기에서의 14일 생산 실행은 mAb-I를 발현하는 WT, 9x KO 및 10x KO 숙주에 대해 수행되었다. 상기 도면은 (11a) 역가, (11b) 특이적 생산성 (Qp), (11c) 통합 생존 세포 수 (IVCC), (11d) 생존 세포 수를 나타내고, 그리고 생물반응기로부터의 수확물에 대한 (11e) 생성물 품질 분석이 수행되었고, 그리고 이들은 응집체 %, 전하 분포 및 비인간 글리코실화 수준 (알파-Gal의 측면에서)을 측정하였다.
도 12에 도해된 바와 같이, AMBR15 생물반응기에서 WT 및 10x KO (10x-A) mAb-H 발현 상위 클론에 대해 14일 생산 배양을 수행하였다. WT 및 10x-A mAb-H 발현 CHO 풀은 단일 세포 클로닝되었으며, 스크리닝 후 AMBR15 생물반응기에서 14일 생산 배양에서 각 부문의 상위 클론을 평가하였다. 14일차 역가, 특이적 생산성 (Qp), 통합 생존 세포 수 (IVCC), 생존력 %, 전하 변이체 수준 및 응집체 %를 측정하여 세포 배양 성과 및 생성물 품질에 대한 영향을 평가하였다.
4개의 8x 클론 CHO 숙주는 도 1에 도해된 대로 분리되었으며, 도 13은 4개의 8x KO 클론 숙주 각각에서 각 유전자에 대한 KO 효율의 비교를 보여준다. Bax와 Bak1 유전자의 인델 백분율은 웨스턴 블롯 분석에 의해 결정되었다. 나머지 유전자의 인델 백분율은 유전체 DNA 염기서열분석에 의해 결정되었다.
도 14에 도해된 바와 같이, AMBR15 생물반응기에서 mAb-N을 발현하는 WT 및 4개의 8x KO 클론 CHO 숙주에 대해 14일 풀 생산 배양을 수행하였다. WT 및 8x KO 클론 숙주를 형질감염시키고, 회수된 CHO 풀을 14일 생물반응기 생산 배양물에서 평가하였다. 도 14는 생산 배양물에 대해 측정된 수확일-14 역가, 특이적 생산성 (Qp), 생존력 %, 생존 세포 수 (VCC) 및 통합 생존 세포 수 (IVCC)를 보여준다.
도 15a-15b에 도해된 바와 같이, mAb-O 또는 mAb-P를 발현하는 WT 및 Penta (5x), 9x와 10x KO CHO 풀에 대해 12일 풀 생산 배양을 수행하였다. WT 및 KO 숙주를 형질감염시키고, 회수된 풀을 AMBR250 생물반응기에서 12일에 걸쳐 평가하였다. (15a) mAb-O (상부 패널) 및 mAb-P (하부 패널)를 발현하는 생산 생물반응기 배양물에 대한 생존율이 표시된다. 생물반응기 생산 배양물을 12일차에 수확하고 친화성 크로마토그래피 및 2번의 연마 크로마토그래피 단계를 통해 정제하였다. mAb 생성물에 대한 전형적인 하류 가공을 대표하는 3번의 크로마토그래피 작업을 거친 후, 정제된 물질 (mAb-O 또는 mAb-P)의 잔류 HCP 수준을 분석하였다. 정제된 물질의 HCP 수준은 우리의 자체 플랫폼 CHP 숙주 세포 단백질 (HCP) 효소 결합 면역흡착 분석 (ELISA)을 통해 측정되었다. HCP 수준은 정제된 물질 중 mAb 생성물의 양으로 정규화되었고 ng/mg (즉, mAb mg당 HCP ng)으로 정량화되었다. 폴리소르베이트를 분해하여 지방산을 방출할 수 있는 정제된 물질 중 잔류 가수분해 HCP 수준 또한, 지방산 방출 (FAR) 속도를 통해 평가되었다. FAR 속도 연구는 정제된 물질을 폴리소르베이트 20과 함께 인큐베이션하고 액체 크로마토그래피 (LC-MS)를 이용하여 인큐베이션 시간에 걸쳐 폴리소르베이트 20의 가수분해에 의해 방출된 지방산의 수준을 측정함으로써 수행되었다. FAR 속도를 통해 폴리소르베이트 분해에 대한 효소 활성을 평가하기 위해 정제된 물질을 폴리소르베이트 20과 함께 인큐베이션하기 위한 전체 연구 절차는 기존 문헌에 자세히 설명되었다 (Cheng et al., 2019, Journal of Pharmaceutical Sciences, 108: 2880-2886). FAR 속도 연구 중에 방출된 지방산을 정량화하는 LC-MS 방법 역시 자세히 설명되었다 (Honenmann et al., 2019, Journal of Chromatography B, 1116:1-8). 특이적 FAR 속도는 FAR 속도를 mAb 생성물의 농도로 정규화함으로서 FAR 속도로부터 계산된다. 더 높은 특이적 FAR 속도는 폴리소르베이트의 더 높은 가수분해를 의미하며, 이는 따라서 약품에서 폴리소르베이트 분해 및 입자 형성 위험이 더 높다는 것을 의미한다. 폴리소르베이트는 계면 응력으로부터 약품을 보호하기 위해 계면활성제로서 첨가되며, 약품을 장기간 보관하는 동안 제품을 보호할 수 있는 적절한 계면활성제가 남아 있도록 폴리소르베이트 분해가 최소화되어야 한다. 약품을 장기간 보관하는 동안 폴리소르베이트가 분해되면, 생성된 유리 지방산 (분해물로서 생성됨)이 축적되어 입자로 침전될 수 있다. 약품의 품질을 유지하려면 폴리소르베이트 분해와 입자 형성 위험을 최소화하는 것이 중요하다. 따라서 정제된 물질에서 측정된 특이적 FAR 속도를 낮추는 것이 바람직하다. (15b) 표는 HCP ELISA로 측정한 HCP 수준 및 특이적 FAR 속도로 표시되는 폴리소르베이트 분해 속도를 보여준다.
실시예 3: RVLP의 내인성 발현 방해
도 16은 4개의 상이한 CHO 세포주 (a) 내지 (d)의 형광 현장 혼성화 (FISH) 분석을 도해한다. 이들 세포주 중 2개는 CHO 숙주 세포주 (하나는 CHO-K1로부터 유래되고 하나는 TI 세포주이다)이었고, 이들 세포주 중 2개는 재조합 단일클론 항체를 생성하는 CHO 재조합 세포주 (TI 숙주의 형질감염으로 생성됨)이었다. RVLP에 대한 프로브가 CHO 염색체에서 RVLP 신호를 탐색하는 데 이용되었다. 한 염색체에서 강한 RVLP 신호 (선이 있는 화살표에 의해 표시됨) 및 다양한 다른 염색체에서 여러 약한 신호 (선이 없는 화살표에 의해 표시됨)가 4가지의 검사된 CHO 세포주 모두에서 관찰되었다.
도 17은 2개의 CHO 숙주 세포주의 RVLP DNA 사본수 분석을 제공한다. RVLP에 특이적인 플라스미드를 표준으로 이용하였다 (DNA 표준의 1 uL은 1.8 x 108개 사본과 동일함). 이 플라스미드는 FISH 분석을 위해 RVLP 프로브와 동일한 서열을 이용하였다. 도 18은 CHO 세포에서 RVLP 발현을 방해하기 위한 안내 RNA (gRNA) 작제물의 설계를 도해한다. RVLP의 기질 (gMax) 및 캡시드 (gCap)에 대한 다양한 안내 RNA가 CHO 세포에서 내인성 RVLP 발현을 방해하여, 더 낮은 수준의 RVLP를 발현하는 변형된 CHO 숙주 세포를 생성할 목적으로 설계되었다; 예를 들면, GAG 발현을 제거하거나 감소시킴으로써. 이런 변형된 포유동물 숙주는 생물제조에서 내인성 RVLP를 제거하기 위한 하류 가공에 대한 부담을 감소시킬 것이다.
실시예 4: UPR 활성화는 PDGFRa 전사를 약화시키고 이의 발현을 하향조절한다
특정 CHO 세포주에서 낮은 pH 조건에 의해 촉발된 시드 트레인 배양에서 UPR의 활성화가 목표 pH에서 생산 배지의 배양 성장에 부정적인 영향을 미치는 흥미로운 현상이 이전에 설명되었다 (Tung, et al., 2018). 낮은 pH 조건에 노출될 때, 이 세포주에서 높은 세포내 BiP 수준이 검출되었으며, 이는 생산 중 낮은 성장 프로필 및 불량한 생물공정 결과와 상관관계가 있었다 (Tung, et al., 2018). 낮은 pH 조건 대 높은 pH 조건에서 감소된 생산 배양 성장의 기본 메커니즘을 더 잘 이해하기 위해, 시드 트레인 배양물을 높은 pH 및 낮은 pH 조건에서 유지하고 질량 분석법을 통해 단백질체학 분석을 실시하였다. PDGFRa 단백질 발현 수준의 유의한 감소가 낮은 pH 조건 하에서 관찰되었으며 (도 19a), 이는 PDGFRa 유전자의 전사 감쇠와 연관되었다 (도 19b). 높은 세포내 BiP 수준이 UPR 활성화를 나타내기 때문에, CHO 세포에서 UPR 및 감소된 PDGFRa 수준 사이의 잠재적 상관관계를 조사하기로 결정하였다. 튜니카마이신 (Tun, 강한 UPR 유도제) 및 DTT (약한 UPR 유도제)를 이용하여 2개의 항체 발현 (mAb1) CHO 숙주 세포주인 CHO DG44 및 CHO-K1의 시드 트레인 배양물에서 UPR을 화학적으로 유도하였다. 최적의 pH 조건 하에 강한 UPR 유도제 (Tun)를 이용하면 완전히 기능적인 PDGFRa 수준이 양쪽 CHO 숙주 배경에서 단백질과 mRNA 수준 둘 모두에서 감소하였다 (도 19c 및 19d). UPR 활성화의 지표인 BiP 수준은 강한 및 약한 UPR 화학 유도제에 반응하여 그에 따라 증가한다 (도 19c). 튜니카마이신 처리 시 관찰된 저분자량 PDGFRa 단백질 밴드는 튜니카마이신 처리가 단백질 글리코실화를 억제하므로 이 단백질의 비글리코실화된 형태를 나타낸다 (도 19c).
UPR의 어느 분지가 PDGFRa 수준 조절을 담당하는지 더 자세히 분석하기 위해, 강한 UPR 유도제 (튜니카마이신 및 탑시가르긴)를 이용하여 UPR 경로의 ATF6, PERK 또는 IRE1a 분지에 대한 특정 억제제로 처리된 CHO-K1 세포에서 UPR을 유도하였다 (도 19e, 19f 및 도 20a, 20b와 20c). 이들 데이터는 UPR 경로의 PERK 분지의 억제가, 튜니카마이신 (도 19e) 및 탑시가르긴 (도 20a) 처리된 배양물 둘 모두에서 증가된 수준의 세포내 BiP 단백질 및 XBP-1 RNA 처리에 의해 명백한 바와 같이 UPR의 다른 분지의 활성화에 영향을 주지 않으면서 단백질 (도 19e) 및 mRNA 수준 (도 19f)에서 PDGFRa의 하향조절을 구조했음을 보여주었다. UPR 경로의 PERK 분지의 활성화를 통한 PDGFRa의 하향조절은 항체 발현 (도 19e 및 도 20a) 및 빈 숙주 세포 (도 20b) 둘 모두에서 발생하였다. PERK 억제제의 존재 하에 관찰된 PERK 단백질의 약간 더 낮은 분자량은 아마도, 이 특정 억제제에 의한 PERK의 공유 변형에 기인한다 (도 20b).
또한, sgRNA는 CRISPR-Cas9를 이용하여 CHO-K1 세포에서 PERK 유전자를 녹아웃하도록 설계되고 검사되었으며 (도 20d), 최고의 녹아웃 표현형을 갖는 형질감염된 풀 (sgPERK#2)은 PERK 단백질을 발현하지 않은 빈 CHO-K1 숙주 세포주를 분리하기 위해 단일 세포 클로닝되었다 (도 20e). 이들 빈 CHO-K1 PERK KO 숙주 세포주를 성장, 형질감염률, 선택 배지에서의 회수율 및 배양 성과에 대해 평가하여 야생형 (WT) CHO-K1 숙주와 비슷한 전체 배양 성과를 갖는 PERK KO 숙주 세포주를 확인하였다. 이후, 빈 WT 및 빈 PERK KO 숙주 세포주 (클론 9, 도 20e)를 튜니카마이신 및 PERK 억제제와 함께 또는 이들 없이 처리하여 UPR 유도 시 PDGFRa 조절을 평가하였다 (도 19g). WT 대조와 비교하여, PDGFRa 발현은 UPR 유도 시 하향조절되지 않았으며 PERK 억제제의 첨가는 PERK KO 숙주에서 PDGFRa 발현을 추가로 안정화시키지 못하였다 (도 19g).
당사의 항체 발현 세포주 중 하나인 mAb1 CHO DG44에 대한 이번 조사에서는 전사 하향조절 및 그에 따른 PDGFRa 단백질의 더 낮은 발현이, 세포가 낮은 pH에 노출된 시드 트레인 배양물로부터 공급될 때 생산 중 불량한 성장 결과의 원인일 가능성이 있음이 밝혀졌다 (도 19a 및 19b). 이러한 불량한 성장 결과는 UPR 활성화를 나타내는 증가된 세포내 BiP 수준과 상관관계가 있는 것으로 이전에 밝혀졌다 (Tung, et al., 2018). UPR이 화학적으로 유도된 경우, PDGFRa 단백질 수준 역시 전사 하향조절로 인해 감소하였는데, 이는 UPR 경로의 PERK 분지의 화학적 억제에 의해 역전될 수 있는 현상으로, PERK 활성화가 PDGFRa 하향조절을 매개한다는 것을 암시한다 (도 19c, 19d, 19e, 도 19f, 그리고 도 20a, 20b, 20c). 이는 PERK KO 세포주에서 UPR의 화학적 유도가 PDGFRa 발현의 하향조절을 초래하지 않을 때 추가로 확인되었다 (도 19g).
실시예 5: PDGFRa 신호전달 경로는 CHO 배양 성장에 중요하며 인슐린 신호 전달 경로와 병행하여 기능한다
UPR에 의해 유발된 불량한 성장 프로필은 PDGFRa 수준의 감소와 상관관계가 있는 것으로 이전에 밝혀졌다 (도 19a 및 19b) (Tung, et al., 2018). PDGFRa 및 인슐린 신호전달 경로는 중복되는 하류 표적을 갖지만 (도 21a), 인슐린 신호전달은 PDGFRa 신호전달을 부정적으로 조절한다 (Cirri, et al., 2005). CHO 세포 성장에서 PDGFRa 신호전달 경로의 중요성을 검사하기 위해, 빈 숙주 CHO-K1 세포를 다양한 농도의 PDGFRa 억제제의 존재 하에 배양하였는데, 이는 Akt 신호전달 경로의 약화 (도 21c)로 인해 20 μM 농도에서 세포 성장을 약 50% 감소시켰다 (도 21b). PDGFRa 억제제로 처리된 CHO 배양물에 인슐린을 첨가하면 세포 성장이 부분적으로 구제되었고 (도 21B), 처리되지 않은 배양물과 비교하여 Akt 인산화 및 이의 활성화가 증가하였다 (도 21c). 이들 조사 결과는 PDGFRa 및 인슐린 신호전달 경로가 실제로 CHO 세포에서 중복되는 하류 표적을 갖고 Akt 신호전달 경로가 PDGFRa 억제제의 존재 하에 온전하게 유지된다는 것을 확인시켜 주었다 (도 21b 및 21c). PDGFRa 신호전달은 유가식 생산 3일차에 이의 억제가 항체 발현 (mAb2) CHO 세포주에서 세포 생존력에 영향을 주지 않으면서 세포 성장을 유의하게 감소시키기 때문에 CHO 생산 배양 성장에 중요하다 (도 21d). 시드 트레인 배양 (도 21b)과 유사하게, 생산 배양 3일차에 인슐린을 첨가하면 관찰된 세포 성장 억제가 부분적으로 구제되었다 (도 21d).
PDGFRa 신호 전달 경로는 성장 인자가 없는 화학적으로 정의된 배지에서 배양되는 우리의 CHO 세포의 세포 성장에 중요한 것으로 입증되었으며 (도 22a 및 22b), 이는 우리의 CHO 세포가 PDGFRa 리간드를 분비하거나 PDGFRa 신호 전달 경로가 이들 세포에서 생래적으로 활동성이라는 것을 암시한다. 배양 배지에 인슐린을 첨가하면 PDGFRa 신호전달이 억제될 때 세포 성장이 부분적으로 구조되었으며, 이는 PDGFRa 억제제가 특이적이고 하류 신호전달에 영향을 미치지 않음을 암시하는데 (도 21b 및 21c), 그 이유는 PDGFRa 및 인슐린 수용체 (IR) 둘 모두가 부분적으로 중첩되는 신호전달 경로를 갖기 때문이다 (도 21a).
UPR의 PERK 분지에 의한 PDGFRa의 하향조절은 생산 배양에서도 관찰되었는데, 배양 기간이 끝날 무렵 PDGFRa 수준의 감소가 하류 표적 단백질의 mRNA 수준의 급증에 의해 명백한 바와 같이 더 높은 수준의 PERK 활성과 일치하였다 (도 22c 및 22d). PERK의 화학적 억제는 그의 하류 표적의 전사 증가를 방지하고 또한 생산 동안 PDGFRa 수준을 안정화시켰다 (도 22c 및 22d).
실시예 6: UPR의 PERK 분지의 활성화는 PDGFRa 신호전달을 약화시키고, 특이적 생산성을 감소시키며, 생산 동안 배양 생존력을 증진한다
PERK 활성화와 PDGFRa 발현의 하향조절 사이의 상관관계는 PERK 억제제의 부재 (대조) 또는 존재 (생산 3일차에 첨가) 하에 mAb2 발현 CHO-K1 세포주를 이용하여 생산 배양 동안 모니터링되었다. 생산 배양 13 및 14일차에 관찰된 PDGFRa 하향조절 (도 22c, 왼쪽 패널)은 PERK 신호전달 경로의 활성화 (도 22d)를 나타내는, PERK의 하류 표적인 CHOP 및 GADD34 유전자의 mRNA 수준 증가와 상관관계가 있었다 (Marciniak, et al., 2004). PERK 억제제의 첨가는 PERK 신호전달을 차단하고 (CHOP 및 GADD34 mRNA 수준의 증가 없음) PDGFRa 발현의 하향조절을 방지하였다 (도 22c 오른쪽 패널 및 22d). PERK 억제제의 이용은 비용이 많이 들고 배양된 세포에 대한 잠재적인 비표적 활성을 완전히 배제할 수 없기 때문에, PERK KO mAb2 발현 CHO-K1 세포주를 생성하여 PDGFRa 하향조절과 생산 배양 성과에서 이러한 신호 전달 경로의 역할을 직접 조사하기로 결정하였다.
CRISPR-Cas9 기술을 이용하여 mAb2 발현 CHO-K1 세포주에서 PERK 유전자를 녹아웃시켰고, 단일 세포 클로닝 후, 부모 세포주와 비슷한 성장 프로필을 갖는 파생된 PERK KO 세포주 (도 23a, 밑줄로 표시된 클론)를 생산 배양 동안 평가하였다 (도 23b 및 23c). PERK KO 세포주는 전체적으로 부모 세포주와 비교하여 감소된 성장 및 생존력을 나타냈지만 (도 23b), 모든 PERK KO 세포주는 WT 부모 세포주와 비교하여 더 높은 비생산성을 나타내고 대부분 경우에 역가가 더 높았다 (도 23b). 생산 동안 이들 세포주의 웨스턴 블롯 분석은 PDGFRa 수준이 생산이 끝날 무렵 감소된 수준의 PDGFRa 발현을 나타내는 WT 부모 세포주와 비교하여 PERK KO 세포주에서 안정화되었음을 확인시켜 주었다 (도 23c). PERK KO 세포주에서 더 높은 수준의 세포내 BiP 단백질은 증가된 UPR 활성화를 나타냈고 (도 23c), 관찰된 세포 성장 및 생존력 감소 (도 23b)는 증가된 카스파제-3 절단과 상관관계가 있었으며, 이는 생산 배양이 끝날 무렵 아폽토시스 경로의 활성화를 의미하였다 (도 23C). WT 또는 PERK KO 세포주에서 발현된 항체는 비슷한 생성물 품질을 보였다.
이들 조사 결과는 UPR의 PERK 분지의 활성화가 시드 트레인 및 생산 배양 둘 모두에서 PDGFRa의 발현을 하향조절한다는 것을 확인시켜 주었다. 흥미롭게도, PERK KO 배양물은 전체 생존력과 성장은 더 낮았지만 생산 중 역가와 특이적 생산성은 더 높았다 (도 23b). 이들 배양물에서 세포내 BiP 수준 증가 및 더 높은 수준의 카스파제-3 절단은 각각, UPR 및 아폽토시스 경로의 활성화를 나타냈고, 더 낮은 배양 생존력과 상관관계가 있었다 (도 23C). 아마도, 생산 중 더 높은 수준의 특이적 생산성은 세포 아폽토시스를 유발하고, 초기 PERK 활성화는 단순히 이들 세포의 특이적 생산성을 감소시킴으로써 세포 아폽토시스를 약화시킨다.
실시예 7: Bax/Bak 이중 녹아웃 CHO 세포주에서 PERK를 녹아웃시키는 것은 도입유전자 전사를 강화하고 아폽토시스성 세포 사멸을 약화시킴으로써 특이적 생산성 및 역가를 대폭 증가시켰다
PERK KO 클론이 생산 동안 더 높은 수준의 아폽토시스를 나타냈기 때문에 (도 23c), PERK 유전자는 mAb3 발현 WT 세포주 또는 Bax/Bak 이중 녹아웃 (DKO) 세포주의 mAb3 발현 풀에서 녹아웃되었다 (도 24a). Bax/Bak는 미토콘드리아에서 작용하여 아폽토시스성 세포 사멸을 개시하는 단백질이며 (Taylor, Cullen, & Martin, 2008), 이들 유전자의 결실로 인해 세포주는 WT CHO 세포주와 비교하여, 아폽토시스에 대한 내성이 더 강해지고 긴 생산 과정 동안 생존력과 생산성이 잠재적으로 향상된다 (Misaghi, Qu, Snowden, Chang, & Snedcor, 2013). 단일 세포 분류 후 PERK/Bax/Bak 삼중 녹아웃 (TKO) 클론 (도 24a)을 세 가지 다른 생산 플랫폼에 걸쳐 대조 (WT, PERK KO 및 Bax/Bak DKO 풀)와 비교하였다: 1) 희박 생산 배지 이용, 2) 농후 생산 배지 이용, 3) 강화된 과정에서 농후 생산 배지 이용. TKO 클론은 모든 생산 플랫폼에 걸쳐 비슷한 생성물 품질 속성 (표 8)을 유지하면서 대조 (도 24b와 24c, 표 7)와 비교하여 더 높은 역가 및 상대적 비생산성을 보여주는 더 나은 생물공정 결과를 나타냈다. PERK/Bax/Bak TKO 풀 및 클론을 검사하는 유사한 생산 플랫폼은 PERK 유전자의 결실이 항체 (mAb3) 또는 Fab (Fab1)를 발현하는 CHO 세포의 더 높은 특이적 생산성을 야기한다는 것을 분명히 보여준다 (도 25a, 25b 및 표 9). 이들 데이터는 Bax/Bak/PERK TKO CHO 세포의 특이적 생산성의 관찰된 증가가 클론 또는 생성물 특이적이지 않고 오히려 일반적인 현상임을 암시한다.
표 7. 다양한 생물공정에 걸쳐 mAb3 발현 CHO-K1 TKO 세포에 대한 생물공정 결과.
표 8. 다양한 생물공정에 걸친 mAb3 발현 CHO-K1 TKO 세포의 생성물 품질
표 9. Bax/Bak DKO 및 PERK/Bax/Bak TKO의 단일 세포 클론에 대한 생물공정 결과.
웨스턴 블롯 분석은 PERK/Bax/Bak TKO 클론이 부모 세포주에 비해 시드 트레인 (도 24a) 및 생산 배지 (도 24d)에서 항체 중쇄와 경쇄의 더 높은 세포내 수준을 가짐을 보여주었다. 추가로, TKO 클론은 부모 세포주와 비교하여 생산에서 아폽토시스 경로의 억제를 나타내는 더욱 안정화된 PDGFRa 발현 및 카스파제-3 절단 없음을 나타냈다 (도 24d). 흥미롭게도, PERK/Bax/Bak TKO 클론은 더 높은 수준의 IRE1a, 인광체-IRE1a 및 유의하게 더 높은 수준의 스플라이싱된 XBP-1 전사 인자를 가졌는데, 이는 이들 세포가 생산 중 증가된 단백질 번역 및 단백질억제 스트레스를 경험한다는 것을 나타낸다 (도 24d). TKO 클론은 또한 더 높은 수준의 Sod2 단백질을 나타냈는데, 이는 반응성 산소 종 (ROS) 경로의 활성화를 의미하였다 (도 24d). 이들 조사 결과는 생산 중 UPR의 PERK 분지의 활성화가 단백질 번역 및 IRE1a와 ROS 경로의 약화를 감소시킴으로써 단백질억제 스트레스를 누적적으로 감소시켜 생산 배양에서 아폽토시스성 세포 사멸을 완화시킨다는 것을 암시한다. 이들 생산 공정에 대한 추가 조사는 특이적 생산성의 증가를, 부모 세포주와 비교하여 TKO 클론의 중쇄와 경쇄 전사체의 증가된 mRNA 수준과 연관시켰다 (도 24e). 이는 UPR의 PERK 분지가 직접적으로, 또는 IRE1a 또는 PDGFRa 신호전달의 약화를 통해 간접적으로, 생산 동안 CMV 프로모터로부터 도입유전자 전사를 감소시킨다는 것을 암시한다.
위에서 언급한 바와 같이, PERK KO 세포주의 증가된 특이적 생산성으로 인한 아폽토시스를 방지하기 위해, 항체 발현 Bax/Bak 이중 녹아웃 세포주에서 PERK가 녹아웃되었다 (도 24a). 흥미롭게도, 생산 중 TKO 클론의 상승 효과는 부모 세포주와 비교하여 더 높은 전체 역가 (최대 8g/L) 및 상대적인 특이적 생산성을 야기하면서, 비슷한 IVCC와 생존력을 가졌다 (도 24b, 24c 및 표 7). 이러한 상승 효과는, UPR의 IRE1a 분지를 약화시키는 것으로 밝혀진 PERK의 결실로 인한 IRE1a 신호전달 증가 (Chang, et al., 2018)뿐만 아니라 Bax와 Bak 유전자의 결실로 인한 아폽토시스 신호전달 경로의 약화로 인한 IRE1a 활성 연장으로 설명될 수 있다. 더 많이 인산화된 IRE1a 및 이의 하류 표적인 스플라이싱된 XBP-1의 증가된 존재로 표시되는, 생산 동안 우리의 TKO 클론에서 IRE1a 신호전달의 증가와 연장이 관찰되었다 (도 24d). XBP-1은 생물공정 결과를 일시적으로 개선하는 것으로 나타났으며 (Rajendra, Hougland, Schmitt, & Barnard, 2015), 항체 전사 수준의 관찰된 증가 (도 24e)는 UPR의 PERK 분지의 활성화가 CMV 프로모터로부터 도입유전자(들)의 전사를 약화시키거나, 또는 PDGFRa 및/또는 IRE1a 신호전달이 직접적으로 또는 그들의 하류 표적을 통해 CMV 프로모터로부터 전사를 향상시키는 역할을 한다는 것을 암시한다. 그러나 이들 신호 전달 경로 간의 정확한 메커니즘과 상호작용은 아직 밝혀지지 않았다.
본원 발명에 제시된 이들 조사 결과는 항체 발현 CHO 세포에서 UPR의 만성 활성화가 주로 PDGFRa 수준을 하향조절하는 PERK 경로를 통해 불량한 성장을 촉발할 수 있음을 암시한다. 이들 세포의 UPR은 주로 ER의 단백질억제 스트레스에 의해 발생하며, 이는 세포 배양 매개변수부터 아미노산 서열 및 발현된 단백질의 조성에 이르기까지 다양한 요인에 의해 유발될 수 있다. 이는 단백질 생산이 증가하여 ER에 대한 부담이 증가할 때 적응 성장을 증진하는 방법인 것으로 의심된다. PDGFRa 수준을 조절하여 세포 증식과 대사를 늦추면, PERK 경로에 의해 또한 조절되는 ER 확장에 더 많은 시간을 허용할 수 있다. PERK 경로를 녹아웃시키면 세포가 성장할 수도 있지만, 세포가 높은 비율의 특이적 생산성과 단백질 합성으로 인해 부과되는 추가 스트레스를 수용할 수 없기 때문에 아폽토시스가 발생할 수도 있다. 이를 우회하기 위해, 아폽토시스 경로의 구성요소 (Bax/Bak 유전자)의 결실과 함께 PERK 경로를 녹아웃시키면, 높은 비율의 특이적 생산성 및 증가된 세포 생존력 둘 모두를 달성할 수 있다. 따라서, 약화된 아폽토시스 경로(들)를 갖는 포유동물 단백질 발현 숙주 세포주에서 PERK를 녹아웃시키면, 특이적 생산성 및 이에 따른 배양 역가를 유의하게 증가시킬 수 있다는 것이 본원 발명에서 제안된다.
실시예 8: Penta (5x) KO CHO 세포
일반적인 기술
1) 재조합 DNA 기술
Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y, (1989)에 설명된 바와 같은 표준 방법이 DNA를 조작하는 데 이용되었다. 분자 생물학 시약은 제조업체의 사용설명서에 따라서 이용되었다.
2) DNA 서열 결정
DNA 염기서열분석이 SequiServe GmbH (Vaterstetten, Germany) 또는 Eurofins Genomics GmbH (Ebersberg, Germany) 또는 Microsynth AG (Balgach, Switzerland)에서 수행되었다.
3) DNA와 단백질 서열 분석 및 서열 데이터 관리
EMBOSS (유럽 분자생물학 개방 소프트웨어 스위트) 소프트웨어 패키지 및 Geneious prime 2021 (Auckland, New Zealand)가 서열 창출, 매핑, 분석, 주해 및 도해에 이용되었다.
4) 유전자와 올리고뉴클레오티드 합성
원하는 유전자 분절이 Geneart GmbH (Regensburg, Germany) 또는 Twist Bioscience (San Francisco, USA)에서 화학적 합성에 의해 제조되었다. 합성된 유전자 단편이 증식/증폭을 위해 대장균 (E. coli) 플라스미드 내로 클로닝되었다. 하위클로닝된 유전자 단편의 DNA 서열이 DNA 염기서열분석에 의해 실증되었다. 대안으로, 짧은 합성 DNA 단편이 화학적으로 합성된 올리고뉴클레오티드를 어닐링함으로써 또는 PCR을 통해 조립되었다. 이들 개별 올리고뉴클레오티드는 metabion GmbH (Planegg-Martinsried, Germany)에 의해 제조되었다.
5) 시약
모든 상업적인 화학물질, 항체 및 키트는 별도로 명시되지 않으면, 제조업체의 프로토콜에 따라서 제공된 그대로 이용되었다.
6) TI 숙주 세포주의 배양
TI CHO 숙주 세포가 85% 습도 및 5% CO2를 갖는 가습된 인큐베이터에서 37℃에서 배양되었다. 이들은 300 μg/ml 히그로마이신 B 및 4 μg/ml의 두 번째 선택 마커를 함유하는 독점적인 DMEM/F12 기반 배지에 배양되었다. 이들 세포는 30 ml의 총 용적에서 0.3x10E6개 세포/ml의 농도로 3 또는 4 일마다 분할되었다. 배양을 위해 125 ml 비-배플 Erlenmeyer 진탕 플라스크가 이용되었다. 세포가 5 cm의 진탕 진폭에서 150 rpm으로 진탕되었다. 세포 수가 Cedex HiRes 세포 계수기 (Roche)로 결정되었다. 세포는 60 일령에 도달할 때까지 배양 상태로 유지되었다.
7) 클로닝
a) 일반적:
R-부위를 이용한 클로닝은 후속 단편에 위치하는 서열과 동등한, 관심되는 유전자 (GOI) 바로 다음의 DNA 서열에 의존한다. 그런 식으로, 단편의 조립이 동등한 서열의 중첩 및 DNA 연결효소에 의한 조립된 DNA에서 틈새의 후속 밀봉에 의해 가능하다. 이런 이유로, 오른쪽 R-부위를 포함하는 특정 예비 벡터에서 단일 유전자의 클로닝이 필요하다. 이들 예비 벡터의 성공적인 클로닝 후, R-부위와 측접된 관심되는 유전자가 R-부위 바로 다음을 직접적으로 절단하는 효소에 의한 제한 절단을 통해 절단된다. 마지막 단계는 한 단계에서 모든 DNA 단편의 조립이다. 더 상세하게는, 5'-엑소뉴클레아제가 중첩 영역 (R-부위)의 5' 단부를 제거한다. 그 후, R-부위의 어닐링이 발생할 수 있고, 그리고 DNA 중합효소가 3' 단부를 연장하여 서열 내에 갭을 채운다. 최종적으로, DNA 연결효소가 뉴클레오티드 중간에 틈새를 밀봉한다. 엑소뉴클레아제, DNA 중합효소 및 리가아제와 같은 상이한 효소를 함유하는 조립 마스터 믹스의 첨가, 그리고 50 ℃에서 반응 믹스의 후속 인큐베이션이 이들 단일 단편의 하나의 플라스미드로의 조립을 야기한다. 그 후, 적격성 대장균 (E. coli) 세포가 상기 플라스미드로 형질전환된다.
일부 벡터의 경우에, 제한 효소를 통한 클로닝 전략이 이용되었다. 적합한 제한 효소의 선택에 의해, 원하는 관심 유전자가 절단되고, 그리고 그 후에 결찰에 의해 상이한 벡터 내로 삽입될 수 있다. 이런 이유로, 바람직하게는, 정확한 어레이에서 단편의 결찰이 수행될 수 있도록, 복수의 클로닝 부위 (MCS)를 절단하는 효소가 스마트한 방식으로 이용되고 선택된다. 만약 벡터와 단편이 동일한 제한 효소로 미리 절단되면, 단편과 벡터의 점착 말단이 완벽하게 함께 적합되고, 그리고 차후에 DNA 연결효소에 의해 결찰될 수 있다. 결찰 후, 적격성 대장균 (E. coli) 세포가 이러한 새로 생성된 플라스미드로 형질전환된다.
b) 제한 절단을 통한 클로닝:
제한 효소로 플라스미드의 절단을 위해, 하기 성분이 얼음 위에 함께 피펫팅되었다:
표 10: 제한 절단 반응 믹스
| 성분 | ng (설정값) | μl |
| 정제된 DNA CutSmart 완충액 (10x) 제한 효소 PCR-등급 물 |
미정 | 미정 5 1 50까지 |
| 총합 | 50 |
만약 더 많은 효소가 한 번의 절단에서 이용되면, 1 μl의 각 효소가 이용되었고, 그리고 용적이 더 많은 또는 더 적은 PCR-등급 물의 첨가에 의해 조정되었다. 모든 효소는 그들이 new England Biolabs로부터 CutSmart 완충액 (100% 활성)과 함께 이용에 유자격이고 동일한 인큐베이션 온도 (모두 37℃)를 갖는다는 전제조건하에 선택되었다.
샘플을 일정한 온도 (37℃)에서 인큐베이션하는 것을 가능하게 하는, 열혼합기 또는 유전자 증폭기를 이용한 인큐베이션이 수행되었다. 인큐베이션 동안, 이들 샘플은 교반되지 않았다. 인큐베이션 시간이 60 분에 세팅되었다. 그 후에 이들 샘플은 부하 염료와 직접적으로 혼합되고, 그리고 아가로오스 전기이동 겔 위에 부하되거나 추가 이용을 위해 4℃에서/얼음 위에서 보관되었다.
겔 전기이동을 위해 1% 아가로오스 겔이 준비되었다. 그 때문에 1.5 g의 다목적 아가로오스가 125 Erlenmeyer 진탕 플라스크 내로 계량되고 150 ml TAE-완충액으로 채워졌다. 아가로오스가 완전히 용해될 때까지, 혼합물이 극초단파 오븐에서 가열되었다. 0.5 μg/ml 브롬화에티듐이 아가로오스 용액 내로 첨가되었다. 그 후에 겔이 주형에서 주조되었다. 아가로오스가 세팅된 후, 주형이 전기이동 챔버 내로 배치되었고, 그리고 상기 챔버가 TAE-완충액으로 채워졌다. 그 후에 샘플이 부하되었다. 첫 번째 포켓 (왼쪽으로부터)에 적합한 DNA 분자량 마커가 부하되었고, 그 이후에 샘플이 부하되었다. 겔이 <130V에서 대략 60 분 동안 이동되었다. 전기이동 후, 겔이 챔버로부터 이전되고 UV-영상장치에서 분석되었다.
표적 띠가 절단되고 1.5 ml Eppendorf 튜브로 이전되었다. 겔의 정제를 위해, Qiagen로부터 QIAquick Gel 추출 키트가 제조업체의 사용설명서에 따라서 이용되었다. DNA 단편이 추가 이용을 위해 -20℃에서 보관되었다.
결찰을 위한 단편이 삽입물 및 벡터-단편의 길이, 그리고 이들의 서로에 대한 상관에 따라서, 1:2, 1:3 또는 1:5 벡터 대 삽입물의 몰 비율로 함께 피펫팅되었다. 만약 벡터 내로 삽입되어야 하는 단편이 짧으면, 1:5-비율이 이용되었다. 만약 삽입물이 더 길면, 벡터와 관련하여 더 적은 양의 이것이 이용되었다. 50 ng의 양의 벡터가 각 결찰에서 이용되었고, 그리고 특정한 양의 삽입물이 NEBioCalculator로 계산되었다. 결찰을 위해, NEB로부터 T4 DNA 결찰 키트가 이용되었다. 결찰 혼합물에 대한 실례는 아래의 표에 묘사된다:
표 11:
결찰 반응 믹스
| 성분 | ng (설정값) | 농도 [ng/μl] | μl |
| T4 DNA 연결효소 완충액 (10x) | 2 | ||
| 벡터 DNA (4000 bp) | 50 | 50 | 1 |
| 삽입물 DNA (2000 bp) | 125 | 20 | 6.25 |
| 뉴클레아제-없는 물 | 9.75 | ||
| T4 리가아제 | 1 | ||
| 총합 | 20 |
모든 성분이 얼음 위에 함께 피펫팅되고, DNA 및 물의 혼합으로 시작하여, 완충액의 첨가 및 최종적으로 효소의 첨가가 이어졌다. 반응물이 위아래로 피펫팅에 의해 온화하게 혼합되고, 짧게 마이크로퓨지되고, 그리고 이후 실온에서 10 분 동안 인큐베이션되었다. 인큐베이션 후, T4 리가아제가 65 ℃에서 10 분 동안 열 비활성화되었다. 샘플이 얼음 위에서 냉각되었다. 최종 단계에서, 10-베타 적격성 대장균 (E. coli) 세포가 2 μl의 결찰된 플라스미드로 형질전환되었다 (하기 참조).
c) R-부위 조립을 통한 클로닝:
조립을 위해, 각 단부에서 R-부위를 갖는 모든 DNA 단편이 얼음 위에서 함께 피펫팅되었다. 4개 초과의 단편이 조립될 때, 동몰 비율 (0.05 ng)의 모든 단편이 제조업체에 의해 권장된 대로 이용되었다. 반응 믹스의 절반은 NEBuilder HiFi DNA 조립 마스터 믹스에 의해 구현되었다. 총 반응 용적이 40 μl이었고 PCR-clean 물로 채움에 의해 도달되었다. 다음의 표에서, 예시적인 피펫팅 기법이 묘사된다.
표 12: 조립 반응 믹스
| 성분 | bp |
pmol
(설정값) |
ng
(설정값) |
농도 [ng/μl] | μl |
| 삽입물 1 | 2800 | 0.05 | 88.9 | 21 | 4.23 |
| 삽입물 2 | 2900 | 0.05 | 90.5 | 35 | 2.59 |
| 삽입물 3 | 4200 | 0.05 | 131.6 | 35.5 | 3.71 |
| 삽입물 4 | 3600 | 0.05 | 110.7 | 23 | 4.81 |
| 벡터 | 4100 | 0.05 | 127.5 | 57.7 | 2.21 |
| NEBuilder HiFi DNA 조립 마스터 믹스 | 20 | ||||
| PCR-clean 물 | 2.45 | ||||
| 총합 | 40 |
반응 혼합물의 설정 후, 튜브가 끊임없이 50℃에서 60 분 동안 유전자증폭기에서 인큐베이션되었다. 성공적인 조립 후, 10-베타 적격성 대장균 (E. coli) 세균이 2 μl의 조립된 플라스미드 DNA로 형질전환되었다 (하기 참조).
d) 10-베타 적격성 대장균 (E. coli) 세포의 형질전환:
형질전환을 위해, 10-베타 적격성 대장균 (E. coli) 세포가 얼음 위에서 해동되었다. 그 후, 2 μl의 플라스미드 DNA가 세포 현탁액 내로 직접적으로 피펫팅되었다. 튜브가 튕겨지고 30 분 동안 얼음 위에 놓였다. 그 후에, 이들 세포는 42℃-온도 장방형 발열체 내로 배치되고 정확하게 30 초 동안 열 충격을 받았다. 그 직후에, 이들 세포는 얼음 위에서 2 분 동안 냉각되었다. 950 μl의 NEB 10-베타 생장 배지가 세포 현탁액에 첨가되었다. 이들 세포는 37℃에서 1 시간 동안 진탕하에 인큐베이션되었다. 이후, 50-100 μl가 미리 가온된 (37℃) LB-Amp 한천 평판 위에 피펫팅되고 일회용 주걱으로 확산되었다. 평판이 37 ℃에서 하룻밤 동안 인큐베이션되었다. 암피실린에 대한 내성 유전자를 보유하는 플라스미드를 성공적으로 통합한 세균만 이들 평판에서 성장할 수 있다. 단일 집락이 다음 날 선발되었고, 그리고 후속 플라스미드 제조를 위해 LB-Amp 배지에 배양되었다.
e) 세균 배양:
대장균 (E. coli)의 배양이 0.1 mg/ml의 암피실린 농도를 야기하는 1 ml/L 100 mg/ml 암피실린으로 스파이킹된 LB (루리아 베르타니, Luria Bertani)-배지에서 행위되었다. 상이한 플라스미드 제조 수량을 위해, 하기 양이 단일 세균 집락에 접종되었다.
표 13: 대장균 (E. coli) 배양 용적
| 수량 플라스미드 제조 | 용적 LB-Amp 배지 [ml] | 인큐베이션 시간 [h] |
| 미니-프렙 96 웰 (EpMotion) | 1.5 | 23 |
| 미니-프렙 15 ml-튜브 | 3.6 | 23 |
| 맥시-프렙 | 200 | 16 |
미니-프렙의 경우에, 96 웰 2 ml 딥 웰 평판이 웰마다 1.5 ml LB-Amp 배지로 채워졌다. 집락이 선발되었고, 그리고 이쑤시개가 배지에 밀어 넣어졌다. 모든 집락이 선발될 때, 평판이 점착성 공기 다공성 막으로 폐쇄되었다. 평판이 200 rpm의 진탕 속도로 37℃ 인큐베이터에서 23 시간 동안 인큐베이션되었다.
미니-프렙의 경우에 15 ml-튜브 (환기 뚜껑이 있음)가 3.6 ml LB-Amp 배지로 채워지고 세균 집락으로 동등하게 접종되었다. 인큐베이션 동안 이쑤시개가 제거되지 않고 튜브에 남겨졌다. 96 웰 평판과 유사하게, 이들 튜브는 37℃, 200 rpm에서 23 시간 동안 인큐베이션되었다.
맥시-프렙의 경우에 200 ml의 LB-Amp 배지가 고압멸균된 유리 1 L Erlenmeyer 플라스크 내로 채워지고, 그리고 대략 5 시간된 1 ml의 세균 하루-배양액이 접종되었다. Erlenmeyer 플라스크가 페이퍼 플러그로 폐쇄되고 37℃, 200 rpm에서 16 시간 동안 인큐베이션되었다.
f) 플라스미드 제조:
미니-프렙의 경우에, 50 μl의 세균 현탁액이 1 ml 딥 웰 평판 내로 이전되었다. 그 후, 세균 세포가 평판에서 3000 rpm, 4℃에서 5 분 동안 원심분리되었다. 상층액이 제거되었고, 그리고 세균 펠렛이 포함된 평판이 EpMotion 내로 배치되었다. 대략 90 분 후, 이동이 실행되었고, 그리고 용리된 플라스미드-DNA가 추가 이용을 위해 EpMotion으로부터 이전될 수 있었다.
미니-프렙의 경우에, 15 ml 튜브가 인큐베이터로부터 꺼내지고, 그리고 3.6 ml 세균 배양액이 2개의 2 ml Eppendorf 튜브 내로 분할되었다. 이들 튜브는 실온에서 3 분 동안 테이블톱 마이크로원심분리기에서 6,800xg로 원심분리되었다. 그 후, 미니-프렙이 제조업체의 사용설명서에 따라서 Qiagen QIAprep Spin Miniprep 키트로 수행되었다. 플라스미드 DNA 농도가 나노드롭으로 측정되었다.
제조업체의 사용설명서에 따라서 Macherey-Nagel NucleoBond® Xtra Maxi EF 키트를 이용하여 맥시-프렙이 수행되었다. DNA 농도가 나노드롭으로 측정되었다.
g) 에탄올 침전:
DNA 용액의 용적이 2.5배 용적 에탄올 100%와 혼합되었다. 혼합물이 -20℃에서 10 분 동안 인큐베이션되었다. 이후 DNA가 14,000 rpm, 4℃에서 30 분 동안 원심분리되었다. 상층액이 조심스럽게 제거되었고, 그리고 펠렛이 70% 에탄올로 세척되었다. 다시 한 번, 튜브가 14,000 rpm, 4℃에서 5 분 동안 원심분리되었다. 상층액이 피펫팅에 의해 조심스럽게 제거되었고, 그리고 펠렛이 건조되었다. 에탄올이 증발될 때, 적합한 양의 내독소-없는 물이 첨가되었다. 상기 DNA는 4 ℃에서 하룻밤 동안 물에서 재용해될 때까지 시간이 제공되었다. 적은 분취량이 채취되었고, 그리고 DNA 농도가 나노드롭 장치로 측정되었다.
플라스미드 생성
발현 카세트 조성
항체 사슬의 발현을 위해, 아래의 기능적 요소를 포함하는 전사 단위가 이용되었다:
- 인트론 A를 포함하는 인간 거대세포바이러스로부터 극초기 인핸서 및 프로모터,
- 인간 중쇄 면역글로불린 5'-비번역 영역 (5'UTR),
- 뮤린 면역글로불린 중쇄 신호 서열,
- 개별 항체 사슬을 인코딩하는 핵산,
- 소 성장 호르몬 폴리아데닐화 서열 (BGH pA), 그리고
- 임의적으로 인간 가스트린 종결자 (hGT).
발현되는 원하는 유전자를 포함하는 발현 단위/카세트 이외에, 기본/표준 포유류 발현 플라스미드는
- 대장균 (E. coli)에서 이러한 플라스미드의 복제를 가능하게 하는, 벡터 pUC18로부터 복제 기점, 그리고
- 대장균 (E. coli)에서 암피실린 내성을 부여하는 베타 락타마아제 유전자를 포함한다.
전방과 후방 벡터 클로닝
2-플라스미드 항체 작제물을 작제하기 위해, 항체 HC와 LC 단편이 L3 및 LoxFas 서열을 포함하는 전방 벡터 백본, 그리고 LoxFas와 2L 서열 및 pac 선택가능 마커를 포함하는 후방 벡터 내로 클로닝되었다. Cre 재조합효소 플라스미드 pOG231 (Wong, E.T., et al., Nucl. Acids Res. 33 (2005) e147; O'Gorman, S., et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94 (1997) 14602-14607)이 모든 RMCE 과정에 이용되었다.
개별 항체 사슬을 인코딩하는 cDNA가 유전자 합성 (Geneart, Life Technologies Inc.)에 의해 생성되었다. 유전자 합성 및 백본-벡터가 37 ℃에서 1 시간 동안 HindIII-HF 및 EcoRI-HF (NEB)로 절단되고 아가로즈 겔 전기이동에 의해 분리되었다. 삽입물 및 백본의 DNA-단편이 아가로오스 겔로부터 절단되고 QIAquick Gel 추출 키트 (Qiagen)에 의해 추출되었다. 정제된 삽입물 및 백본 단편이 3:1의 삽입물/중추 비율에서 제조업체의 프로토콜에 따라서 신속 결찰 키트 (Roche)를 통해 결찰되었다. 결찰 접근방식이 이후, 42 ℃에서 30 초 동안 열 충격을 통해 적격성 대장균 (E. coli) DH5α에서 형질전환되었고, 그리고 그들이 선택을 위해 암피실린이 포함된 한천 평판에 도말되기 전 37 ℃에서 1 시간 동안 인큐베이션되었다. 평판이 37℃에서 하룻밤 동안 인큐베이션되었다.
다음 날에 클론이 선발되었고, 그리고 각각, EpMotion® 5075 (Eppendorf)로 또는 QIAprep Spin Mini-Prep 키트 (Qiagen)/ NucleoBond Xtra Maxi EF 키트 (Macherey & Nagel)로 수행된 미니 또는 맥시-제조를 위해 37 ℃에서 진탕하에 하룻밤 동안 인큐베이션되었다. 임의의 바람직하지 않은 돌연변이의 부재를 담보하기 위해 모든 작제물이 염기서열분석되었다 (SequiServe GmbH).
두 번째 클로닝 단계에서, 사전에 클로닝된 벡터가 첫 번째 클로닝에서와 동일한 조건에서 KpnI-HF/SalI-HF 및 SalI-HF/MfeI-HF로 절단되었다. TI 백본 벡터가 KpnI-HF 및 MfeI - HF로 절단되었다. 분리와 추출이 상기에 설명된 바와 같이 수행되었다. 정제된 삽입물 및 백본의 결찰이 4 ℃에서 하룻밤 동안 1:1:1의 삽입물/삽입물/중추 비율에서 제조 프로토콜에 따라서 T4 DNA 연결효소 (NEB)를 이용하여 수행되었고, 그리고 65 ℃에서 10 분 동안 비활성화되었다. 하기 클로닝 단계가 전술된 바와 같이 수행되었다.
클로닝된 플라스미드는 TI 형질감염 및 풀 생성에 이용되었다.
배양, 형질감염, 선택 및 단일 세포 클로닝
TI 숙주 세포가 독점적인 DMEM/F12 기반 배지에서 150 rpm의 일정한 교반 속도에서 표준 가습된 조건 (95% rH, 37℃ 및 5% CO2)하에 일회용 125 ml 배기된 진탕 플라스크에서 증식되었다. 3-4 일마다 세포가 선택 마커 1 및 선택 마커 2를 유효 농도로 함유하는 화학적으로 정의된 배지에 3x10E5개 세포/ml의 농도로 파종되었다. 배양액의 밀도와 생존력이 Cedex HiRes 세포 계수기 (F. Hoffmann-La Roche Ltd, Basel, Switzerland)로 측정되었다.
안정된 형질감염을 위해, 동몰량의 전방과 후방 벡터가 혼합되었다. 형질감염마다 이용된 전체 DNA는 2.5:2.5:1 (전방, 후방, Cre 플라스미드)의 플라스미드 비율에서 30 μg이었다.
형질감염보다 2일 앞서, TI 숙주 세포가 새로운 배지에 4x10E5개 세포/ml의 밀도로 파종되었다. 형질감염이 제조업체의 프로토콜에 따라서 OC-400 전기천공 카세트를 이용하여 MaxCyte STX 전기천공 장치 (MaxCyte Inc., Gaithersburg)로 수행되었다. 3x10E7개 세포가 총 30 μg 핵산, 다시 말하면 30 μg 플라스미드 (2.5:2.5:1 몰 비율의 전방:후방:Cre 플라스미드)에서) 또는 5 μg Cre mRNA 및 25 μg 전방과 후방 벡터 혼합물 중 어느 하나로 형질감염되었다. 형질감염 후, 이들 세포는 선택 작용제가 없는 30 ml 배지에 파종되었다.
파종 후 5일차에, 이들 세포는 원심분리되고, 그리고 재조합 세포의 선택을 위해 6x10E5개 세포/ml의 유효 농도에서 푸로마이신 (선택 작용제 1) 및 1-(2'-데옥시-2'-플루오로-1-베타-D-아라비노푸라노실-5-요오드)우라실 (FIAU; 선택 작용제 2)을 함유하는 80 mL 화학적으로 정의된 배지로 이전되었다. 이들 세포는 그날부터, 분할 없이 37℃, 150 rpm, 5% CO2 및 85% 습도에서 배양되었다. 배양액의 세포 밀도와 생존력이 규칙적으로 모니터링되었다. 배양액의 생존력이 다시 증가하기 시작할 때, 선택 작용제 1과 2의 농도가 이전에 이용된 양의 약 절반까지 감소되었다.
더 상세하게는, 세포의 회수를 증진하기 위해, 만약 생존력이 > 40 %이고 생존가능 세포 밀도 (VCD)가 > 0.5x10E6개 세포/mL이면, 선택 압력이 감소되었다. 이런 이유로, 4x10E5개 세포/ml가 원심분리되고 40 ml 선택 배지 II (화학적으로 정의된 배지, ½ 선택 마커 1 & 2)에서 재현탁되었다. 이들 세포는 앞서와 동일한 조건에서 인큐베이션되고, 그리고 또한 분할되지 않았다.
선택을 시작하고 10 일 후, Cre 매개된 카세트 교환의 성공이 세포내 GFP 및 세포 표면에 결합된 세포외 이종성 폴리펩티드의 발현을 측정하는 유세포 분석법에 의해 검사되었다. 인간 항체 경쇄와 중쇄에 대한 APC 항체 (알로피코시아닌-표지화된 F(ab')2 단편 염소 항인간 IgG)가 FACS 염색에 이용되었다. 유세포 분석법이 BD FACS Canto II 유세포 분석기 (BD, Heidelberg, Germany)로 수행되었다. 샘플마다 만 개의 사건이 측정되었다. 생존 세포가 측면 산란 (SSC)에 대한 전방 산란 (FSC)의 플롯에서 게이팅되었다. 생존 세포 게이트가 비형질감염된 TI 숙주 세포로 정의되고, 그리고 FlowJo 10.8.1 EN 소프트웨어 (TreeStar, Olten, Switzerland)를 이용함으로써 모든 샘플에 적용되었다. GFP의 형광이 FITC 통로 (488 nm에서 여기, 530 nm에서 검출)에서 정량화되었다. 이종성 폴리펩티드가 APC 통로 (645 nm에서 여기, 660 nm에서 검출)에서 측정되었다. 부모 CHO 세포, 다시 말하면, TI 숙주 세포의 생산에 이용된 세포는 GFP 및 이종성 폴리펩티드 발현에 대하여 음성 대조로서 이용되었다. 선택이 시작되고 14 일 내지 21 일 후, 생존력이 90%를 초과하였고, 그리고 선택이 완료된 것으로 고려되었다.
선택 후, 안정되게 형질감염된 세포의 풀에 제한 희석에 의한 단세포 클로닝이 실행될 수 있다. 이러한 목적으로, 세포가 Cell Tracker GreenTM (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA)으로 염색되고 384-웰 평판에 0.6개 세포/웰로 도말된다. 단세포 클로닝 및 모든 추가 배양 단계의 경우에, 선택 작용제 2가 배지로부터 제외된다. 단지 하나의 세포만을 함유하는 웰이 명시야 및 형광 기반 평판 영상화에 의해 확인된다. 하나의 세포를 함유하는 웰만 추가로 고려된다. 도말 후 대략 3주에, 집락이 합류성 웰로부터 선발되고 96 웰 평판에서 더욱 배양된다.
FACS 스크리닝
형질감염 효율 및 형질감염의 RMCE 효율을 검사하기 위해, FACS 분석이 수행되었다. 형질감염된 접근방식의 4x10E5 세포가 원심분리되고 (1200 rpm, 4 분) 1 mL PBS로 2회 세척되었다. PBS로 세척 단계 후, 펠렛이 400 μL PBS에서 재현탁되고 FACS 튜브 (셀 스트레이너 캡이 달린 Falcon ® 둥근 바닥 튜브; Corning)에 이전되었다. 계측이 FACS Canto II로 수행되었고, 그리고 데이터가 소프트웨어 FlowJo에 의해 분석되었다.
유가식 배양
유가식 생산 배양이 독점적인 화학적으로 정의된 배지를 포함하는 진탕 플라스크 또는 Ambr15 용기 (Sartorius Stedim)에서 수행되었다. 세포가 0일차에 2x10E6개 세포/ml로 파종되었다. 배양액은 3, 7 및 10일차에 독점적인 유가 배지를 제공받았다. 배양 중인 세포의 생존 세포 수 (VCC) 및 생존율이 0, 3, 7, 10 및 14일차에 Cedex HiRes 기기 (Roche Diagnostics GmbH, Mannheim, Germany)를 이용하여 측정되었다. 글루코오스, 유산염 및 생성물 역가 농도가 3, 5, 7, 10, 12 및 14일차에 Cobas 분석기 (Roche Diagnostics GmbH, Mannheim, Germany)를 이용하여 측정되었다. 상층액이 원심분리 (10 분, 1000 rpm 및 10 분, 4000 rpm)에 의해 유가식 배양의 시작 후 14 일째에 수확되고 여과 (0.22 μm)에 의해 정화되었다. 14일차 역가가 UV 검출과 함께 단백질 A 친화성 크로마토그래피를 이용하여 결정되었다. 생성물 품질이 Caliper의 LabChip (Caliper Life Sciences)에 의해 결정되었다.
CHO 세포에서 RNP 기반 CRISPR-Cas9 유전자 녹아웃
재료/공급원:
ㆍ 가이드 및 프라이머 설계를 위한 Geneious 2021.2.2 소프트웨어
ㆍ CHO TI 숙주 세포주; 배양 상태: 30-60일차
ㆍ Gibco TrueCut Cas9 단백질, A45220P, Thermo Fisher
ㆍ sgRNA (각 sgRNA가 실시예 1의 표 6에서 목록으로부터의 표적 유전자에 대해 맞춤 설계된다, 3nm 화학적으로 변형된 sgRNA, Synthego)
ㆍ 배지 (200 μg/ml 히그로마이신 B, 4 μg/ml 선택 작용제 2)
ㆍ DPBS - Ca 및 Mg가 없는 Dulbecco의 인산염 완충된 식염수 (Thermo Fisher)
ㆍ 덮개 (자체 제작)가 있는 마이크로평판 24 딥 웰 평판 (Agilent Technologies, Porvoir science)
ㆍ OC-100 카세트를 부하하기 위한 얇고, 긴 RNA분해효소, DNA분해효소, 발열원 없는 필터 팁 (Biozyme)
ㆍ Hera Safe 후드 (Thermo Fisher)
ㆍ Cedex HiRes 분석기 (Innovatis)
ㆍ Liconic 인큐베이터 Storex IC
ㆍ HyClone 전기천공 완충액
ㆍ MaxCyte OC-100 카세트
ㆍ MaxCyte STX 전기천공 시스템
CRISPR-Cas9 RNP 전달
RNP가 30 pmol Cas9를 30 pmol μg gRNA 믹스 (동등한 비율의 각 gRNA - 예시적인 유전자 특이적 gRNA 서열에 대해 아래의 표를 참조한다)와 혼합함으로써 선조립되고 실온에서 20 분 동안 인큐베이션되었다. 2-4x10E6개 세포/mL 사이의 농도를 갖는 세포가 원심분리되었다 (3 분, 300 g). 그 후에, 이들 세포는 90 μL Hyclone 전기천공 완충액에서 재현탁되었다. 예비인큐베이션된 RNP 믹스가 이들 세포에 첨가되고 5 분 동안 인큐베이션되었다. 세포/RNP 용액은 이후, OC-100 큐벳 내로 이전되고, 그리고 MaxCyte 전기천공 시스템을 이용하여 프로그램 "CHO2"로 전기천공되었다. 전기천공 직후에, 세포 현탁액이 24 dwell 내로 이전되고 37℃에서 30 분 동안 인큐베이션되었다. 신선하고 미리 가온된 배지가 1x10E6개의 최종 세포 농도로 첨가되고, 그리고 세포 확대를 위해 350 rpm에서 진탕하면서 37℃에서 인큐베이션되었다. 유전체 DNA 준비 (6 또는 8일차)를 위해, QuickExtract 키트 (Lucigen)가 세포에 추가되고 PCR 주형으로서 역할을 하였다. 특이적 유전자 앰플리콘이 표준 Q5 Hot Start 중합효소 프로토콜 (NEB) 및 gRNA 표적 부위에 걸쳐 있는 유전자 특이적 프라이머 (예를 들면 하기 참조)를 이용하여 PCR-증폭되었다. 개별 앰플리콘이 QIAquick PCR 정제 키트 (Qiagen)를 이용하여 정제되고, 그리고 녹아웃에 의한 유전자 비활성화를 실증하기 위해 Eurofins Genomics GmbH에 의한 생어 염기서열분석에 의해 분석되었다.
SIRT-1 안내 RNA
gRNA_SIRT1_1: TATCATCCAACTCAGGTGGA
gRNA_SIRT1_2: GCAGCATCTCATGATTGGCA
gRNA_SIRT1_3: GCATTCTTGAAGTAACTTCA
SIRT-1 PCR 프라이머
SIRT1_for: ATGGCAGTTTTAGACACC
SIRT1_rev: CTTGGAACTCAGACAAGG
MYC 안내 RNA
gRNA_MYC_1: CTATGACCTCGACTACGACT
gRNA_MYC_2: GGACGCAGCGACCGTCACAT
gRNA_MYC_3: CACCATCTCCAGCTGATCCG
MYC PCR 프라이머
MYC_for: CACACACACACTTGGAAG
MYC_rev: CTTGATGAAGGTCTCGTC
ICAM-1 안내 RNA
gRNA_ICAM1_1: ACCTGCATGGATGCACCCCG
gRNA_ICAM1_2: GCACCGTGCCCACCTCCAGG
gRNA_ICAM1_3: TAACCGCCAGAGAAAGATC
gRNA_ICAM1_4: ACCTGCATGGATGCACCCCG
ICAM-1 PCR 프라이머
ICAM1_for: CCAAGCTAGATGATGTGAG
ICAM1_rev: GCCCTACCCTTTTAATAC
BAK 안내 RNA
gRNA_BAK_1: TACAGCATCTTGGGTCAGGT
gRNA_BAK_2: GTCCATCTCGGGGTTGGCAG
gRNA_BAK_3: AATCTTGGTGAAGAGTTCGT
gRNA_BAK_4: TCATCACAGTCCTGCCTAGG
gRNA_BAK_5: ATGGCGTCTGGACAAGGACC
BAK PCR 프라이머
BAK_for: CGTATCTGAGTTCACGAAC
BAK_rev: CCATCAGGAACAAGAGAC
BAX 안내 RNA
gRNA_BAX_1: ACAGGGGCCTTTTTGCTACA
gRNA_BAX_2: GCTCATCTCCAATTCGCCTG
gRNA_BAX_3: ACGAGAGGTCTTCTTCCGTG
gRNA_BAX_4: GGGTCGGGGGAGCAGCTCGG
gRNA_BAX_5: GGGTCCCGAAGTATGAGAGG
BAX PCR 프라이머:
BAX_for: ATCTTGTCTCCCTCGTAG
BAX_rev: TCCTGGACTTCTCTAACC
유가식 배양
유가식 생산 배양이 독점적인 화학적으로 정의된 배지를 포함하는 Ambr 15 또는 Ambr 250 또는 2-L 생물반응기 (Sartorius Stedim)에서 수행되었다. 세포가 2x10E6개 세포/ml로 파종되었다. 배양액은 3, 7 및 10일차에 독점적인 유가 배지를 제공받았다. 배양 중인 세포의 생존 세포 수 (VCC) 및 생존율이 0, 3, 7, 10, 12 및 14일차에 Cedex HiRes (Roche Diagnostics GmbH, Mannheim, Germany)를 이용하여 측정되었다. 글루코오스 농도, 유산염 농도 및 생성물 역가가 3, 5, 7, 10, 12 및 14일차에 Cobas 분석기 (Roche Diagnostics GmbH, Mannheim, Germany)를 이용하여 측정되었다. 상층액이 원심분리 (10 분, 1000 rpm, 그 이후에 10 분, 4000 rpm)에 의해 유가식 배양의 시작 후 10, 12 또는 14 일째에 수확되고 여과 (0.22 μm)에 의해 정화되었다. 수확 역가가 UV 검출과 함께 단백질 A 친화성 크로마토그래피를 이용하여 더욱 결정되었다. 생성물 품질이 Caliper의 LabChip (Caliper Life Sciences)에 의해 결정되었다.
높은 세포 밀도 유가식 배양
유가식 생산 배양이 독점적인 화학적으로 정의된 배지를 포함하는 Ambr 15 또는 Ambr 250 또는 2-L 생물반응기 (Sartorius Stedim)에서 수행되었다. 세포가 0일차에 15x10E6개 세포/ml로 파종되었다. 배양액은 1, 3 및 6일차에 독점적인 유가 배지를 제공받았다. 배양 중인 세포의 생존 세포 수 (VCC) 및 생존율이 0, 3, 7, 10, 12 및 14일차에 Cedex HiRes 기기 (Roche Diagnostics GmbH, Mannheim, Germany)를 이용하여 측정되었다. 글루코오스 농도, 유산염 농도 및 생성물 역가가 3, 5, 7, 10, 12 및 14일차에 Cobas 분석기 (Roche Diagnostics GmbH, Mannheim, Germany)를 이용하여 측정되었다. 상층액이 원심분리 (10 분, 1000 rpm, 그 이후에 10 분, 4000 rpm)에 의해 배양의 시작 후 10 또는 12 또는 14 일째에 수확되고 여과 (0.22 μm)에 의해 정화되었다. 수확 역가가 UV 검출과 함께 단백질 A 친화성 크로마토그래피를 이용하여 더욱 결정되었다. 생성물 품질이 Caliper의 LabChip (Caliper Life Sciences)에 의해 결정되었다.
결과
유가식 배양 과정에서, BAK, BAX, SIRT-1, ICMA-1, MYC 유전자의 발현이 감소된 변형된 세포에 대해 40% 이상의 생산성 증가가 관찰되었다.
이러한 효과는 변형되지 않은 세포 풀 또는 클론과 비교하여 상이한 항체를 상이한 형식으로 발현하는 세포 풀 또는 클론에서 관찰되었다 (데이터는 10-일 및 14-일 유가식 배양 각각에 대해 아래의 표에 제시됨). 대조 세포 및 변형된 세포는 확인된 유전자의 전사 활성이 추가로 감소된 점을 제외하고 동일한 유전형을 갖는다, 다시 말하면, 개별 항체를 안정되게 발현하는 세포 내로 변형이 도입되었다.
본원 발명의 요부는 본원 발명의 요부에 따른 변형의 조합의 효과가 배양 시간이 10 일을 초과할 때 더 확연하다는 조사 결과에 적어도 부분적으로 기초된다. 도 26과 27에 도시된 바와 같이, BAK, BAX, SIRT-1, MYC 및 ICAM-1 유전자의 발현이 감소된 변형된 세포는 성장 결함을 나타내지 않고, 생물공정 생존력이 증가하며, 용적 생산성 증가를 나타낸다.
용적 생산성 증가는 15%-45%의 용적 증가를 야기하는, 평균 세포 직경의 1-2 μm 증가에 근거된다. 이것은 도 28에 전형적으로 도시된다.
배양 결과의 요약
본 출원의 전역에 언급된 모든 도면과 모든 참고문헌, 특허와 공개된 특허 출원, 그리고 수탁 번호의 내용은 본원에 명시적으로 참조로서 편입된다.
Claims (45)
- 변형된 포유류 세포로서, 상기 세포는 변형되지 않은 세포에서 내인성 생성물의 발현에 비하여 하나 이상의 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형되고, 여기서 하나 이상의 내인성 생성물은
(a) 세포 배양 동안 변형된 세포의 아폽토시스를 증진하고/하거나;
(b) 세포 배양 동안 변형된 세포의 응괴 및/또는 응집을 증진하고/하거나;
(c) 세포 배양 동안 변형된 세포의 성장, 생존 및/또는 생산성에 필수적이지 않고/않거나;
(d) 세포 배양 동안 변형된 세포에 의해 생산된 재조합 단백질 생성물에서 비인간 글리코실화 패턴을 증진하고/하거나;
(e) 세포 배양 동안 변형된 세포에 의해 생산된 관심되는 생성물과 동시 정제될 수 있고/있거나;
(f) 분지쇄 아미노산 이화작용을 증진하고/하거나;
(g) 생성물 품질 및/또는 안전성 이유로 정제에 의한 제거를 필요로 하는, 변형된 포유류 세포. - 변형된 포유류 세포로서, 상기 세포는 변형되지 않은 세포에서 내인성 생성물의 발현에 비하여 하나 이상의 내인성 생성물의 발현을 감소시키거나 제거하도록 변형되고, 여기서 하나 이상의 내인성 생성물은 내인성 바이러스 유사 입자 예컨대 레트로바이러스 유사 입자(RVLP) 및/또는 BCL2 관련 X, 아폽토시스 조절인자(BAX); BCL2 길항제/킬러 1(BAK); 세포간 부착 분자 1(ICAM-1); 단백질 키나아제 R 유사 ER 키나아제(PERK); 시르투인 1(SIRT-1); MYC 원종양유전자, BHLH 전사 인자(MYC); 당단백질 알파-갈락토실트랜스퍼라제 1(GGTA1); 시티딘 일인산염-N-아세틸뉴라민산 수산화효소(CMAH); 분지쇄 케토산 탈수소효소 E1 알파 아단위(BCKDHA); 분지쇄 케토산 탈수소효소 E1 베타 아단위(BCKDHB); 지질단백질 리파아제(LPL); 포스포리파아제 A2 군 XV(LPLA2); 팔미토일-단백질 티오에스테라아제 1(PPT1); 및 리파아제 A(리소좀 산성 리파아제/콜레스테릴 에스테르 가수분해효소, 리파아제)(LIPA)로 구성되는 내인성 단백질 군에서 선택되는, 변형된 포유류 세포.
- 제2항에 있어서, RVLP의 발현은 RVLP 무리 항원(GAG)의 발현을 감소시키거나 제거함으로써 감소되거나 제거되는, 변형된 포유류 세포.
- 제2항에 있어서,
a) BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
b) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
c) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
d) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
e) BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
f) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
g) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
h) BAX; BAK; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
i) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
j) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
k) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
l) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
m) BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
n) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
o) BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
p) BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
q) BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
r) BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
s) BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
t) BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
u) BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
v) BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
w) BAX; BAK; ICAM-1; 및 SIRT-1;
x) BAX; BAK; 및 ICAM-1;
y) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
z) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
aa) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
bb) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
cc) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
dd) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ee) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ff) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
gg) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
hh) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ii) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
jj) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
kk) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
ll) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
mm) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nn) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
oo) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
pp) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
qq) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rr) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ss) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
tt) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
uu) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; 및 SIRT-1;
vv) BAX; BAK; BCKDHA; 및 ICAM-1;
ww) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xx) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
yy) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
zz) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaa) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbb) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ccc) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ddd) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eee) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
fff) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ggg) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
hhh) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
iii) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
jjj) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
kkk) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
lll) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmm) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nnn) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
ooo) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ppp) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqq) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rrr) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
sss) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1;
ttt) BAX; BAK; BCKDHB; 및 ICAM-1;
uuu) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
vvv) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
www) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xxx) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
yyy) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
zzz) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaaa) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbbb) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
cccc) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
dddd) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eeee) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ffff) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
gggg) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
hhhh) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
iiii) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
jjjj) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
kkkk) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
llll) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmmm) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
nnnn) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
oooo) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
pppp) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqqq) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1; 또는
rrrr) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; 및 ICAM-1
의 발현이 감소되거나 제거되는, 변형된 포유류 세포. - 제2항 또는 제3항에 있어서,
a) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
b) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
c) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
d) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
e) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
f) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
g) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
h) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
i) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
j) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
k) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
l) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
m) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
n) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
o) GAG; BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
p) GAG; BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
q) GAG; BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
r) GAG; BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
s) GAG; BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
t) GAG; BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
u) GAG; BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
v) GAG; BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
w) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; 및 SIRT-1;
x) GAG; BAX; BAK; 및 ICAM-1;
y) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
z) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
aa) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
bb) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
cc) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
dd) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ee) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ff) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
gg) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
hh) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ii) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
jj) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
kk) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
ll) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
mm) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nn) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
oo) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
pp) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
qq) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rr) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ss) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
tt) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
uu) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; 및 SIRT-1;
vv) BAX; BAK; BCKDHA; 및 ICAM-1;
ww) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xx) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
yy) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
zz) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaa) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbb) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ccc) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ddd) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eee) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
fff) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ggg) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
hhh) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
iii) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
jjj) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
kkk) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
lll) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmm) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nnn) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
ooo) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ppp) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqq) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rrr) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
sss) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1;
ttt) BAX; BAK; BCKDHB; 및 ICAM-1;
uuu) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
vvv) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
www) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xxx) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
yyy) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
zzz) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaaa) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbbb) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
cccc) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
dddd) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eeee) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ffff) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
gggg) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
hhhh) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
iiii) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
jjjj) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
kkkk) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
llll) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmmm) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
nnnn) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
oooo) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
pppp) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqqq) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1; 또는
rrrr) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; 및 ICAM-1
의 발현이 감소되거나 제거되는, 변형된 포유류 세포. - 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 변형된 세포는 관심되는 재조합 생성물을 발현하도록 형질감염되는, 변형된 포유류 세포.
- 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 변형된 세포는 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 재조합 세포로부터 생성되는, 변형된 포유류 세포.
- 제6항 또는 제7항에 있어서, 하나 이상의 내인성 생성물은 검출 가능한 발현이 없는, 변형된 포유류 세포.
- 제6항 또는 제7항에 있어서, 관심되는 재조합 생성물은 바이러스 벡터를 포함하는, 변형된 포유류 세포.
- 제6항 또는 제7항에 있어서, 관심되는 재조합 생성물은 바이러스 입자를 포함하는, 변형된 포유류 세포.
- 제6항 또는 제7항에 있어서, 관심되는 재조합 생성물은 재조합 단백질을 포함하는, 변형된 포유류 세포.
- 제11항에 있어서, 재조합 단백질은 항체 또는 이의 항원 결합 단편인, 변형된 포유류 세포.
- 제12항에 있어서, 항체는 다중특이적 항체 또는 이의 항원 결합 단편인, 변형된 포유류 세포.
- 제12항에 있어서, 항체는 단일 중쇄 서열 및 단일 경쇄 서열 또는 이들의 항원 결합 단편으로 구성되는, 변형된 포유류 세포.
- 제12항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 항체는 키메라 항체, 인간 항체 또는 인간화 항체인, 변형된 포유류 세포.
- 제12항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 항체는 단일클론 항체인, 변형된 포유류 세포.
- 제6항 또는 제7항에 있어서, 외인성 핵산 서열은 하나 이상의 표적화된 위치에서 포유류 세포의 세포 유전체에 통합되는, 변형된 포유류 세포.
- 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 변형된 세포는 검출 가능한 BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; BCKDHA; BCKDHB; LPL; 및/또는 LIPA를 발현하지 않는, 변형된 포유류 세포.
- 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 변형된 세포는 감소된 수준의 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; BCKDHA; BCKDHB; LPL; 및/또는 LIPA를 발현하는, 변형된 포유류 세포.
- 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 변형된 세포는 변형된 CHO 세포인, 변형된 포유류 세포.
- 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 변형된 세포는 변형된 HEK 293, HEK-293T, BHK, A549 또는 HeLa 세포인, 변형된 포유류 세포.
- 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항의 변형된 포유류 세포를 포함하는 조성물.
- 관심되는 재조합 생성물을 생산하는 방법으로서, i) 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항의 변형된 포유류 세포를 배양하는 단계; ii) 배양 배지 또는 변형된 포유류 세포로부터 관심되는 재조합 생성물을 회수하는 단계를 포함하되,
여기서 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 변형된 세포는 GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; BCKDHA; BCKDHB; LPL; 및/또는 LIPA 중 하나 이상의 발현의 감소 또는 제거를 나타내는, 방법. - 변형된 포유류 세포를 생산하기 위한 방법으로서,
(1) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; BCKDHA; BCKDHB; LPL; 및 LIPA로 구성되는 유전자의 군에서 선택되는 적어도 하나의 내인성 유전자를 표적으로 하는 뉴클레아제 보조 및/또는 핵산을 포유류 세포에 적용하여 상기 내인성 유전자의 발현을 감소시키거나 제거하는 단계, 그리고
(2) 변형되지 않은 포유류 세포와 비교하여, 상기 내인성 유전자의 발현이 감소되거나 제거된 변형된 포유류 세포를 선택하는 단계
를 포함하는, 방법. - 제24항에 있어서, 변형은 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 외인성 핵산의 도입 전, 또는 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 외인성 핵산의 도입 후 수행되는, 방법.
- 제23항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 뉴클레아제 보조 유전자 표적화 시스템은 CRISPR/Cas9, CRISPR/Cpf1, 아연 핑거 뉴클레아제, TALEN 또는 메가뉴클레아제로 구성된 군에서 선택되는, 방법.
- 제23항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 유전자 발현의 감소는 RNA 침묵에 의해 매개되는, 방법.
- 제27항에 있어서, RNA 침묵은 siRNA 유전자 표적화 및 녹다운, shRNA 유전자 표적화 및 녹다운, 그리고 miRNA 유전자 표적화 및 녹다운으로 구성된 군에서 선택되는, 방법.
- 제23항 또는 제24항에 있어서, 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 변형된 세포는
a) BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
b) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
c) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
d) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
e) BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
f) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
g) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
h) BAX; BAK; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
i) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
j) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
k) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
l) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
m) BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
n) BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
o) BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
p) BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
q) BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
r) BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
s) BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
t) BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
u) BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
v) BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
w) BAX; BAK; ICAM-1; 및 SIRT-1;
x) BAX; BAK; 및 ICAM-1;
y) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
z) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
aa) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
bb) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
cc) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
dd) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ee) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ff) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
gg) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
hh) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ii) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
jj) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
kk) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
ll) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
mm) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nn) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
oo) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
pp) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
qq) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rr) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ss) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
tt) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
uu) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; 및 SIRT-1;
vv) BAX; BAK; BCKDHA; 및 ICAM-1;
ww) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xx) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
yy) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
zz) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaa) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbb) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ccc) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ddd) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eee) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
fff) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ggg) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
hhh) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
iii) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
jjj) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
kkk) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
lll) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmm) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nnn) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
ooo) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ppp) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqq) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rrr) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
sss) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1;
ttt) BAX; BAK; BCKDHB; 및 ICAM-1;
uuu) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
vvv) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
www) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xxx) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
yyy) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
zzz) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaaa) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbbb) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
cccc) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
dddd) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eeee) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ffff) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
gggg) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
hhhh) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
iiii) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
jjjj) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
kkkk) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
llll) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmmm) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
nnnn) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
oooo) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
pppp) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqqq) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1; 또는
rrrr) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; 및 ICAM-1
의 발현의 감소 또는 제거를 나타내는, 방법. - 제23항 또는 제29항에 있어서, 관심되는 재조합 생성물을 발현하는 변형된 세포는
a) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
b) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
c) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
d) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
e) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
f) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
g) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
h) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
i) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
j) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
k) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
l) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
m) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
n) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; SIRT-1; PERK; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
o) GAG; BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
p) GAG; BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
q) GAG; BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
r) GAG; BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
s) GAG; BAX; BAK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
t) GAG; BAX; BAK; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
u) GAG; BAX; BAK; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
v) GAG; BAX; BAK; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
w) GAG; BAX; BAK; ICAM-1; 및 SIRT-1;
x) GAG; BAX; BAK; 및 ICAM-1
y) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
z) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
aa) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
bb) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
cc) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
dd) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ee) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ff) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
gg) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
hh) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ii) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
jj) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
kk) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
ll) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
mm) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nn) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
oo) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
pp) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
qq) BAX; BAK; BCKDHA; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rr) BAX; BAK; BCKDHA; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ss) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
tt) BAX; BAK; BCKDHA; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
uu) BAX; BAK; BCKDHA; ICAM-1; 및 SIRT-1;
vv) BAX; BAK; BCKDHA; 및 ICAM-1;
ww) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xx) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
yy) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
zz) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaa) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbb) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ccc) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ddd) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eee) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
fff) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
ggg) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
hhh) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
iii) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
jjj) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
kkk) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
lll) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmm) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
nnn) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
ooo) BAX; BAK; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
ppp) BAX; BAK; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqq) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
rrr) BAX; BAK; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
sss) BAX; BAK; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1;
ttt) BAX; BAK; BCKDHB; 및 ICAM-1;
uuu) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
vvv) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
www) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
xxx) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
yyy) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
zzz) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
aaaa) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
bbbb) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
cccc) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; LPL, LPLA2; 및 PPT1;
dddd) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; 및 PPT1;
eeee) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; MYC; LPL; LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
ffff) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; SIRT-1; 및 MYC;
gggg) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; 및 MYC;
hhhh) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; PERK; SIRT-1; MYC; GGTA1; CMAH; LPL, LPLA2; PPT1; 및 LIPA;
iiii) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
jjjj) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
kkkk) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
llll) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; 및 CMAH;
mmmm) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
nnnn) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
oooo) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
pppp) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; MYC; PERK; LPL; LPLA2; GGTA1; CMAH; 및 PPT1;
qqqq) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; ICAM-1; 및 SIRT-1; 또는
rrrr) BAX; BAK; BCKDHA; BCKDHB; 및 ICAM-1
의 발현의 감소 또는 제거를 나타내는, 방법. - 제23항 및 제25항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 관심되는 재조합 생성물은 핵산 서열에 의해 인코딩되는, 방법.
- 제31항에 있어서, 핵산 서열은 하나 이상의 표적화된 위치에서 변형된 세포의 세포 유전체에 통합되는, 방법.
- 제31항에 있어서, 핵산 서열은 포유류 세포의 세포 유전체에 무작위로 통합되는, 방법.
- 제23항 및 제25항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 관심되는 재조합 생성물은 바이러스 벡터를 포함하는, 방법.
- 제23항 및 제25항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 관심되는 재조합 생성물은 바이러스 입자를 포함하는, 방법.
- 제23항 및 제25항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 관심되는 재조합 생성물은 재조합 단백질을 포함하는, 방법.
- 제36항에 있어서, 재조합 단백질은 항체 또는 이의 항원 결합 단편인, 방법.
- 제36항에 있어서, 항체는 다중특이적 항체 또는 이의 항원 결합 단편인, 방법.
- 제36항에 있어서, 항체는 단일 중쇄 서열 및 단일 경쇄 서열 또는 이들의 항원 결합 단편으로 구성되는, 방법.
- 제37항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 항체는 키메라 항체, 인간 항체 또는 인간화 항체인, 방법.
- 제37항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 항체는 단일클론 항체인, 방법.
- 제23항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 관심되는 생성물을 정제하는 단계, 관심되는 생성물을 수확하는 단계, 및/또는 관심되는 생성물을 제제화하는 단계를 포함하는, 방법.
- 제23항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 변형된 포유류 세포는 변형된 CHO 세포인, 방법.
- 제23항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 변형된 포유류 세포는 변형된 HEK 293, HEK 293T, BHK, A549, 또는 HeLa 세포인, 방법.
- 제31항에 있어서, 관심되는 재조합 생성물을 인코딩하는 핵산 서열은 유전자전위효소 매개 유전자 통합 시스템을 이용하여 포유류 세포의 세포 유전체 내로 통합되는, 방법.
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