KR20230104155A - 피부 건강을 개선하고 진균 및 다른 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 및 병태를 치료하고 예방하는 조성물 및 방법 - Google Patents

피부 건강을 개선하고 진균 및 다른 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 및 병태를 치료하고 예방하는 조성물 및 방법 Download PDF

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KR20230104155A
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얀준 후앙
니콜라 조바노빅
바누 프라카쉬 쵸우다리 사카무리
아이다 리스터
쉬에청 장
산제이 제인
엠마 진 밀드레드 타일러
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덤바이온트, 인코포레이티드
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Abstract

본원은 무엇보다도 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠을 사용하는 조성물 및 방법을 개시한다. 조성물은 피부 건강을 개선할 수 있다. 방법은 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠을 숙주 또는 숙주 부위, 예컨대, 피부 또는 점막에 적용하여, 하나 이상의 병원성 미생물의 존재를 최소화하고/하거나, 하나 이상의 추가 치료제의 치료 효과를 최대화하고/하거나, 숙주 또는 숙주 부위의 건강을 개선하는 단계를 포함할 수 있다. 병원성 미생물을 최소화하는 방법은 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 및 허용되는 담체를 포함하는 조성물을 표면에 적용하는 단계를 포함할 수 있다. 조성물 및 방법은 생장 및/또는 대사물질(예를 들어, 프로바이오틱의 생장으로부터 비롯됨)을 최대화하기 위해 프리바이오틱 또는 또 다른 미생물을 포함할 수 있다. 조성물 및 방법은 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 대사물질을 포함할 수 있다.

Description

피부 건강을 개선하고 진균 및 다른 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 및 병태를 치료하고 예방하는 조성물 및 방법
관련 출원의 교차참조
본원은 전체 내용이 본원에 참고로 포함되는, 2020년 10월 14일에 출원된 미국 가출원 제63/091,783호의 우선권 및 이익을 주장한다.
서열목록
본원은 ASCII 형식으로 전자적으로 제출되었고 전체적으로 본원에 참고로 포함되는 서열목록을 함유한다. 2021년 10월 12일에 생성된 상기 ASCII 사본은 명칭이 DER-004WO_SL.txt이고 크기가 75,569 바이트이다.
분야
무엇보다도, 본 개시내용은 잔티노박테리움 리비둠(Janthinobacterium lividum), 알칼리게네스 패칼리스(Alcaligenes faecalis), 바실러스 알티투디니스(Bacillus altitudinis), 바실러스 푸밀러스(Bacillus pumilus) 또는 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis) 및 이들의 조합을 사용하여 피부 건강을 개선하고 병원성 미생물 또는 미세유기체와 관련된 질환, 장애 및 병태를 억제하고 치료하고 예방하는 특정 유익한 조성물 및 방법을 제공하는 것으로, 이들의 각각의 균주는 건강한 인간 피부로부터 처음 단리되었다. 그리고/또는, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 및 이들의 조합의 대사물질, 세포 용해물 또는 포스트바이오틱(postbiotic) 대사물질을 함유하는 조성물, 제제 및 제품은 미용 및 소비자 용도로 사용될 수 있다.
병원성 미생물들에 의한 피부, 손발톱, 점막 및 점막강의 국소 감염은 다수의 인간 및 비인간 대상체에 대한 건강 문제이다. 이 미생물들은 다양한 세균, 바이러스 및 진균 감염을 야기한다. 이 상태는 피부, 손발톱, 점막 및 점막강의 세균불균형(dysbiosis)으로 인해 발생하여, 병원성 미생물 또는 병원성 미생물 군집이 확립될 수 있게 한다.
비교적 많은 수의 인간 집단에 영향을 미치는 다양한 감염, 예컨대, 세균, 바이러스, 기생충, 고세균 및 진균 감염이 있다. 이 인간 감염은 단일 미생물 종 또는 균주, 또는 종 또는 균주의 조합의 결과일 수 있다.
말라세지아(Malassezia)에 의한 인간 감염은 인구의 대다수에 영향을 미친다. 말라세지아는 얼굴, 두피 및 몸통 상부를 포함하는 인간 피부의 피지선 부위 및 다른 포유동물 피부의 피지선 부위에서 생장하는, 대체로 친유성을 띠는 흔한 진균이다. 말라세지아 종은 정상적인 인간 피부 세균총의 일부이지만, 면역손상된 숙주에서 잡색(versicolor)과 같은 양성 피부 병태부터 진균혈증까지 다양한 임상 발현증상을 가진 여러 피부 질환들을 야기할 수 있거나 악화시킬 수도 있다. 현재 14개의 기재된 종, 즉 말라세지아 푸르푸르(M. furfur), 말라세지아 파키데르마티스(M. pachydermatis), 말라세지아 심포디알리스(M. sympodialis), 말라세지아 글로보사(M. globosa), 말라세지아 오브투사(M. obtusa), 말라세지아 레스트릭타(M. restricta), 말라세지아 슬로오피애(M. slooffiae), 말라세지아 에퀴나(M. equina), 말라세지아 데르마티스(M. dermatis), 말라세지아 자포니카(M. japonica), 말라세지아 나나(M. nana), 말라세지아 카프레(M. capre), 말라세지아 야마토엔시스(M. yamatoensis) 및 말라세지아 쿠니쿨리(M. cuniculi)가 있다. 비듬, 아토피성 습진, 피부염, 어루러기(pityriasis versicolor), 지루성 피부염 및 모낭염은 모두 말라세지아 감염과 관련된 병태이다. 어루러기 또는 전풍(tinea versicolor)은 각질층의 만성적으로 반복되는 감염일 수 있는, 일반적으로 발생하는 표재성 진균증인 원형 말라세지아 감염이다. 이것은 불규칙하고 신체, 몸통 및 사지의 기름진 부분에서 가장 자주 발생하는 미세한 흰색 비늘 모양의 저색소침착 또는 과색소침착 반점을 특징으로 한다. 일부 환자들은 소양증을 경험할 수 있으나, 대다수는 무증상이다. 말라세지아와 관련된 두 번째로 가장 흔한 감염인 지루성 피부염은 건조하거나 기름진 비늘을 가진 홍반성 플라크를 특징으로 하는 아급성 또는 만성 표재성 습진성 피부염이다. 이것은 두피, 얼굴, 귀, 가슴 및 겨드랑이 부위와 같은 피지선 부위에서 발생한다. 국소 항진균제는 말라세지아 관련 질환을 치료하는 일반적인 방법이며 재발을 방지하기 위해 지속적인 예방이 종종 필요하다.
다른 잠재적 병원성 피부사상균성 진균은 효모, 사상성 또는 이형성 진균(예를 들어, 칸디다 알비칸스(Candida albicans))일 수 있다. 피부사상균은 영양을 위해 케라틴을 필요로 하며 생존을 위해 각질층, 모발 또는 손발톱에 기생하는 진균이다. 인간 피부사상균 감염은 종종 트리코파이톤(Trichophyton), 마이크로스포룸(Microsporum) 및 에피데르모파이톤(Epidermophyton) 종에 의해 야기된다. 트리코파이톤 루브룸(Trichophyton rubrum)은 전 세계적으로 피부 및 손발톱 진균증의 약 46% 내지 72%의 원인이다. 조사 연구는 가장 흔한 피부사상균인 트리코파이톤 루브룸이 족부 백선의 원인균이기도 하다는 것을 확립하였다. 흔한 지속적인 진균 감염인 조갑진균증은 전 세계 인구의 2% 내지 8%에서 진단된다. 이 질환은 손발톱의 변형 및/또는 통증을 야기한다. 피부사상균증의 치료는 항진균성 국소 제품(예를 들어, 테르비나핀(terbinafine), 이트라코나졸(itraconazole), 미코나졸(miconazole) 등) 및/또는 전신 요법을 포함한다.
항진균 약물 내성 및 감염 재발뿐만 아니라 특정 병원체(예를 들어, 진균)에 대한 일부 장기간 치료의 비효율성 및 독성으로 인해 현재 이용 가능한 치료에 대한 대안적 치료가 필요하게 되었다.
무엇보다도, 본 개시내용은 하나 이상의 병원성 미생물에 의한 감염을 치료하거나, 억제하거나 예방하기 위해 하나 이상의 세균(예를 들어, 프로바이오틱(probiotic))을 포함하는 조성물 및 방법을 제공한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 프로바이오틱을 포함하는 약학 조성물을 제공하는 것으로, 이때 상기 프로바이오틱은 (i) 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 치료하기에 효과적인 양의 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스, 잔티노박테리움 리비둠 및 (ii) 동결보호제인 적어도 하나의 제1 부형제를 포함한다.
일부 실시양태에서, 질환, 장애 또는 병태는 포유동물에 존재한다. 일부 실시양태에서, 포유동물은 인간이다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 인간 피부 질환, 장애 또는 병태를 치료하기에 효과적인 양으로 이러한 치료를 필요로 하는 인간에게 투여된다. 일부 실시양태에서, 질환, 장애 또는 병태는 피부 질환을 포함한다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 인간의 피부 상에 또는 내에 존재하는 국소 병원성 미생물의 생장을 치료하기에 효과적인 양으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 국소 병원성 미생물은 말라세지아를 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 질환, 장애 또는 병태는 말라세지아와 관련된다. 일부 실시양태에서, 말라세지아는 말라세지아 레스트릭타, 말라세지아 푸르푸르 또는 말라세지아 글로보사 중 하나 이상을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 이러한 실시양태에서, 질환, 장애 또는 병태는 비듬, 아토피성 습진, 피부염, 어루러기, 전풍, 지루성 피부염, 모낭염 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 국소 병원성 미생물은 피부사상균을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 질환, 장애 또는 병태는 피부사상균과 관련된다. 일부 실시양태에서, 피부사상균은 트리코파이톤을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 트리코파이톤은 트리코파이톤 멘타그로파이테스(Trichophyton mentagrophytes)를 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 트리코파이톤은 트리코파이톤 루브룸을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 질환, 장애 또는 병태는 수염 백선, 두피 백선, 체부 백선, 서혜부 백선, 족부 백선, 전풍, 조갑진균증 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 질환, 장애 또는 병태는 그람 양성 세균 및 스타필로코커스(Staphylococcus)와 관련된다. 일부 실시양태에서, 질환, 장애 또는 병태는 아토피성 피부염, 농가진, 피부 감염, 연조직 감염 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 질환, 장애 또는 병태는 칸디다(Candida)와 관련된다. 일부 실시양태에서, 질환, 장애 또는 병태는 구강 아구창, 요로 감염, 생식기 감염, 피부점막 칸디다증 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 질환, 장애 또는 병태는 트리코파이톤과 관련된다. 일부 실시양태에서, 질환, 장애 또는 병태는 수염 백선, 두피 백선, 체부 백선, 서혜부 백선, 족부 백선, 전풍, 조갑진균증 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5로 기재된 핵산 서열과 적어도 95% 동일한 핵산 서열을 포함하거나 이로 구성된, 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 중 하나 이상을 포함한다. 일부 실시양태에서, 퍼센트 동일성이 적어도 99%이다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 병원성 미생물에 의한 감염으로부터 발생하는 적어도 하나의 증상을 치료하기 위해 포유동물에 국소 적용되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 적어도 하나의 제1 부형제를 포함하는 약학 조성물은 제2 부형제를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 동결되거나 동결건조된다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물의 동결보호제는 동결보호제 없이 동일한 프로바이오틱을 포함하는 조성물에 비해 동결 또는 동결건조 후 프로바이오틱의 회수율을 높인다. 일부 이러한 실시양태에서, 동결보호제는 동결보호제 없이 동일한 프로바이오틱을 포함하는 약학 조성물에 비해 병원성 유기체에 대한 약학 조성물의 효능, 안정성 및/또는 생존율을 높인다. 일부 이러한 실시양태에서, 동결보호제가 있는 조성물의 회수율은 동결보호제가 없는 조성물에 비해 20일 후 1 내지 3 로그 더 크다. 일부 실시양태에서, 동결보호제는 이당류를 포함한다. 일부 실시양태에서, 이당류는 트레할로스를 포함한다. 일부 실시양태에서, 트레할로스는 2% 내지 20%의 D-트레할로스를 포함한다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 적어도 하나의 추가 단리된 또는 합성 프로바이오틱을 추가로 포함한다. 일부 이러한 실시양태에서, 추가 단리된 프로바이오틱은 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠을 포함한다. 일부 실시양태에서, 추가 단리된 미생물은 락토바실러스(Lactobacillus), 락토코커스(Lactococcus), 큐티박테리움(Cutibacterium) 또는 프로피오니박테리움(Propionibacterium)으로부터 선택된 속의 하나 이상의 구성원을 포함한다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 제1 추가 단리된 미생물 및 제2 추가 단리된 미생물을 추가로 포함하고, 이때 제1 추가 단리된 미생물 및 제2 추가 단리된 미생물은 세균, 바이러스, 효모, 진균 또는 이들의 임의의 조합으로부터 독립적으로 선택된다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 세균, 바이러스, 효모, 진균 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된 복수의 추가 단리된 미생물을 추가로 포함한다. 일부 이러한 실시양태에서, 단리된 미생물은 인간 단리된 또는 합성 미생물이다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 항진균 화합물을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 항진균 화합물은 치료적 양으로 조성물에 존재한다. 일부 실시양태에서, 항진균 화합물은 준치료적 양으로 조성물에 존재한다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 항세균 화합물을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 항세균 화합물은 치료적 양으로 조성물에 존재한다. 일부 실시양태에서, 항세균 화합물은 준치료적 양으로 조성물에 존재한다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 프리바이오틱(prebiotic)을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 적어도 하나의 포스트바이오틱을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 국소적으로 허용되는 담체를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 국소적으로 허용되는 담체는 프리바이오틱, 대사물질, 포스트바이오틱, 세포 용해물, 프로바이오틱 또는 이들의 임의의 조합을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 동결건조에 의해 분말 형태로 건조된다. 일부 실시양태에서, 포함된 프로바이오틱은 재수화 시 적어도 10% 생존 가능하다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 적어도 약 164일 동안 냉장 조건에서 적어도 90% 생존 가능하다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 인간 또는 비인간 대상체에게 국소 투여되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 크림, 겔, 폼(foam), 연고, 분말 또는 로션으로서 제제화된다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 액체, 팅크제, 스프레이, 분무제 또는 흡입제로서 제제화된다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 인간 피부에 국소 투여되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 인간 점막에 국소 투여되도록 제제화된다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 95% 동일한 핵산 서열을 포함하는 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠을 포함하는 합성 조성물을 제공하는 것으로, 이때 이 조성물은 국소 적용되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 핵산 서열 동일성은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5의 핵산 서열과 99% 동일하다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물은 인간 피부, 손발톱, 모발 또는 점막과 접촉할 물질에 적용되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물은 인간 피부, 손발톱, 모발 또는 점막에 적용되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물은 수성 제제로 제제화된다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물은 인간과 접촉하는 표면에 국소 적용되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물은 미용 조성물로서 사용되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물은 치약, 구강세정제, 샴푸, 비누, 치실, 점안액 또는 비강 스프레이 조성물로서 제제화된다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물은 자외선차단제, 보습제, 안티에이징, 프로바이오틱 또는 건강 증진 조성물로서 제제화된다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나, 억제하거나 예방하기에 효과적인 양으로, 16s rRNA 유전자 서열에서 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 98% 동일한 핵산 서열을 포함하는 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠을 포함하는 약학 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나, 억제하거나 예방하기에 효과적인 양으로, 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3 또는 서열번호 4를 포함하는 핵산 서열을 포함하는 알칼리게네스 또는 바실러스를 포함하는 약학 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 병원성 미생물을 치료하거나 예방하는 방법으로서, 유효량의 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠을, 이러한 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 피부 병태의 치료를 필요로 하는 대상체에서 피부 병태를 치료하는 방법으로서, 알칼리게네스, 바실러스 또는 잔티노박테리움 속의 프로바이오틱을 포함하는 치료 유효량의 약학 조성물을 상기 대상체에게 국소 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공하는 것으로, 이때 상기 프로바이오틱은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5의 16s rRNA 유전자 서열과 적어도 95% 동일한 핵산 서열을 가진 폴리뉴클레오타이드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열번호 6과 적어도 95% 동일한 메틸트랜스퍼라제를 가진 프로바이오틱을 포함하는 알칼리게네스를 포함하는 프로바이오틱의 효능을 개선하는 방법을 제공한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 서열을 가진 16s rRNA 핵산 분자를 포함하는 단리된 알칼리게네스, 바실러스 또는 잔티노박테리움 프로바이오틱을 제공한다. 일부 이러한 실시양태에서, 단리된 알칼리게네스 프로바이오틱은 서열번호 6과 적어도 95% 동일한 메틸트랜스퍼라제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 서열을 가진 16s rRNA 핵산 분자를 포함하는 단리된 알칼리게네스, 바실러스 또는 잔티노박테리움 프로바이오틱을 포함하고, 임의로 서열번호 6으로 기재된 아미노산 서열을 가진 메틸트랜스퍼라제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 합성 조성물은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 서열을 가진 16s rRNA 핵산 분자를 포함하는 단리된 알칼리게네스, 바실러스 또는 잔티노박테리움 프로바이오틱을 포함하고, 임의로 서열번호 6으로 기재된 아미노산 서열을 가진 메틸트랜스퍼라제를 포함한다. 일부 실시양태에서, 미용 조성물은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 서열을 가진 16s rRNA 핵산 분자를 포함하는 단리된 알칼리게네스, 바실러스 또는 잔티노박테리움 프로바이오틱을 포함하고, 임의로 서열번호 6으로 기재된 아미노산 서열을 가진 메틸트랜스퍼라제를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 98% 동일한 16s rRNA 핵산 서열을 포함하는 단리된 알칼리게네스, 바실러스 또는 잔티노박테리움 프로바이오틱을 제공한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 98% 동일한 16s rRNA 핵산 서열을 포함하는 임의의 알칼리게네스, 바실러스 또는 잔티노박테리움으로부터 선택된 적어도 2종의 프로바이오틱을 포함하는 조합 조성물을 제공한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 이러한 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나 예방하기에 효과적인 양으로 존재하는 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠의 적어도 하나의 종을 포함하는 약학 조성물을 제공하는 것으로, 이때 이 약학 조성물은 국소 제형으로 존재한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 적어도 하나의 종으로부터의 대사물질을 포함하는 약학 조성물을 제공하는 것으로, 이때 상기 대사물질은 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료, 억제 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 이러한 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나, 억제하거나 예방하기에 충분한 양으로 존재하고, 상기 약학 조성물은 국소 제형으로 존재한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 이러한 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나 예방하기에 효과적인 양으로 존재하는 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠의 적어도 하나의 종의 세포 용해물을 포함하는 약학 조성물을 제공하는 것으로, 이때 이 약학 조성물은 국소 제형으로 존재한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료, 억제 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 이러한 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나, 억제하거나 예방하기에 효과적인 양으로 존재하는 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠의 적어도 하나의 종의 포스트바이오틱을 포함하는 약학 조성물을 제공하는 것으로, 이때 이 약학 조성물은 국소 제형으로 존재한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 피부 장애의 치료를 필요로 하는 대상체에서 피부 장애를 치료하는 방법으로서, 유효량의 프로바이오틱 세균, 프로바이오틱 세균의 대사물질, 프로바이오틱 세균의 포스트바이오틱 및/또는 프로바이오틱 세균의 세포 용해물을 포함하는 제제를 국소 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공하는 것으로, 이때 상기 프로바이오틱 세균은 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠이고; 상기 장애는 국소 병원성 미생물의 존재와 관련된다. 일부 이러한 실시양태에서, 상기 제제는 피부, 손발톱 또는 모발에 투여되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 상기 제제는 점막에 투여되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 점막은 질, 음경, 요도, 방광, 항문, 입, 코, 인후, 기관지, 폐, 눈, 및 귀 및 비강의 점막으로 구성된 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나, 억제하거나 예방하기에 효과적인 양으로 적어도 하나의 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠으로부터 생성된 대사물질을 포함하는 약학 조성물을 제공한다. 일부 이러한 실시양태에서, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 유전자 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나 예방하기에 효과적인 양으로 적어도 하나의 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠으로부터의 세포 용해물을 포함하는 약학 조성물을 제공한다. 일부 이러한 실시양태에서, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 유전자 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나, 억제하거나 예방하기에 효과적인 양으로 적어도 하나의 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠으로부터의 포스틱바이오틱을 포함하는 약학 조성물을 제공한다. 일부 이러한 실시양태에서, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 유전자 서열을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 유효량의 적어도 하나의 인간 단리된 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 대사물질을 포함하는, 국소 적용되도록 제제화된 합성 조성물을 제공한다. 일부 이러한 실시양태에서, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 유전자 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 합성 조성물은 미용 조성물이다. 일부 실시양태에서, 미용 조성물은 치약, 구강세정제, 샴푸, 비누, 보습제 또는 치실로서 제제화된다. 일부 실시양태에서, 미용 조성물은 자외선차단제, 보습제, 안티에이징, 프로바이오틱 또는 건강 증진 조성물을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 유효량의 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 세포 용해물을 포함하는, 국소 적용되도록 제제화된 합성 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 유전자 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 합성 조성물은 미용 조성물이다. 일부 실시양태에서, 조성물은 치약, 구강세정제, 샴푸, 비누, 보습제 또는 치실로서 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 자외선차단제, 보습제, 안티에이징, 프로바이오틱 또는 건강 증진 조성물로서 제제화된다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 유효량의 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 포스트바이오틱을 포함하는, 국소 적용되도록 제제화된 합성 조성물을 제공한다. 일부 이러한 실시양태에서, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠은 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 유전자 서열을 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 합성 조성물은 미용 조성물이다. 일부 실시양태에서, 조성물은 치약, 구강세정제, 샴푸, 비누, 보습제, 립밤 또는 치실로서 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 자외선차단제, 보습제, 안티에이징, 프로바이오틱 또는 건강 증진 조성물로서 제제화된다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠으로부터 선택된 프로바이오틱 또는 이의 유도체, 및 프로바이오틱의 적어도 하나의 대사물질의 수준을 증가시키는 적어도 하나의 동결보호제를 포함하는 조성물을, 치료를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 치료를 필요로 하는 대상체의 치료 방법을 제공하는 것으로, 이때 적어도 하나의 대사물질의 증가된 수준은 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료와 관련된다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠으로부터 선택된 프로바이오틱 또는 이의 유도체, 및 프로바이오틱의 적어도 하나의 대사물질의 수준을 감소시키는 적어도 하나의 동결보호제를 포함하는 조성물을, 치료를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 치료를 필요로 하는 대상체의 치료 방법을 제공하는 것으로, 이때 적어도 하나의 대사물질의 감소된 수준은 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료와 관련된다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠으로부터 선택된 적어도 하나의 프로바이오틱 또는 이의 유도체 및 적어도 하나의 동결보호제를 포함하는 동결건조된 프로바이오틱 조성물을 제공한다. 일부 이러한 실시양태에서, 동결보호제는 이당류를 포함한다. 일부 실시양태에서, 동결보호제는 동결보호제를 포함하지 않는 조성물에 비해 조성물의 효능, 안정성 및/또는 생존율을 개선한다. 일부 실시양태에서, 동결건조된 제제는 적어도 하나의 프리바이오틱을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 의약으로서 사용하기 위한, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 중 적어도 하나 및 적어도 하나의 동결보호제를 포함하는 프로바이오틱 조성물을 제공한다. 일부 이러한 실시양태에서, 이 조성물은 적어도 하나의 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료에 사용하기 위한 것이다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 병원성 미생물과 관련된 감염의 치료에 사용하기 위한, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 중 적어도 하나를 포함하는 프로바이오틱 조성물을 제공한다. 일부 이러한 실시양태에서, 감염은 피부 감염이다. 일부 실시양태에서, 병원성 미생물은 말라세지아를 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 병원성 미생물은 비듬, 아토피성 습진, 피부염, 어루러기, 전풍, 지루성 피부염, 모낭염 또는 이들의 임의의 조합과 관련된다. 일부 실시양태에서, 병원성 미생물은 피부사상균을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 병원성 미생물은 수염 백선, 두피 백선, 체부 백선, 서혜부 백선, 족부 백선, 전풍, 조갑진균증 또는 이들의 임의의 조합과 관련된다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱 조성물은 족부 백선 또는 전풍의 치료에 사용하기 위한 것이다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠의 적어도 하나의 대사물질을 포함하는 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 이 조성물은 병원성 미생물과 관련된 감염의 치료에 사용하기 위한 것이다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 (i) 적어도 하나의 안정화된 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠, 및 동결보호제인 적어도 하나의 제1 부형제를 포함하는 조성물을 포함하는 적어도 하나의 바이알; 및 (ii) 설명서를 포함하는 키트를 제공한다. 일부 실시양태에서, 키트는 재구성을 위한 제제화 완충제의 적어도 하나의 바이알을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 키트는 혼합 및 적용에 대한 설명서, 및 임의로 하나 이상의 혼합 및/또는 적용 도구를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 분말 형태로 존재한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 액체 형태로 존재한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 세균을 제공한다. 일부 실시양태에서, 세균은 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스로부터 선택된 프로바이오틱을 포함하거나 이로 구성되고, 이 세균들은 건강한 인간 피부로부터 처음 단리되거나 단리되었다. 제한 없이, 일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 조성물 및 방법은 미생물 감염을 효과적으로 억제하거나, 치료하거나 예방하기 위해 숙주의 마이크로바이옴(microbiome)을 조절하는 데 유용할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이 조성물 및 방법은 본 개시내용에 의해 제공된 하나 이상의 프로바이오틱 생성물(예를 들어, 조성물, 약학 조성물 등)을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 이러한 실시양태에서, 본 개시내용의 프로바이오틱 생성물은 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스로부터 선택된 프로바이오틱 및/또는 이의 활성 성분 또는 대사물질을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용에 의해 제공된 세균은 인간으로부터 단리되거나 합성된다.
또한, 본원은 국소 및 미용 조성물 및 방법을 제공한다. 일부 실시양태에서, 이 국소 및 미용 조성물은 피부 건강의 개선, 태양에의 노출 효과의 감소 및 노화에 유용할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이 국소 및 미용 조성물은 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스로부터 선택된 프로바이오틱 및/또는 이의 활성 성분 또는 대사물질을 포함하거나 이로 구성된다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스로부터 선택된 프로바이오틱의 적어도 하나의 균주를 포함하거나 본질적으로 이로 구성된 약학 조성물을 제공한다. 일부 이러한 실시양태에서, 약학 조성물은 하나 이상의 부형제를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 일반적으로 건강을 개선하고/하거나 국소 미생물 및/또는 이에 의해 야기된 질환을 억제하거나, 치료하거나 예방하기에 효과적인 양으로 사용된다. 일부 실시양태에서, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스로부터 선택된 프로바이오틱 및 적어도 하나의 부형제를 포함하는 약학 조성물은 적어도 하나의 부형제를 포함하지 않는 약학 조성물보다 더 효과적이다.
일부 실시양태에서, 조성물은 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스로부터 선택된 프로바이오틱, 및/또는 이로부터 유래한 하나 이상의 물질을 포함하거나 본질적으로 이로 구성된다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용에 의해 제공된 약학 조성물은 인간 유래의 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 하나 이상의 대사물질을 포함하거나 본질적으로 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 대사물질은 국소 미생물의 억제, 치료 또는 예방에 사용하기에 효과적인 양으로 투여된다.
또한, 본원은 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 세포 용해물을 포함하거나, 본질적으로 이로 구성되거나, 이로 구성된 약학 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 세포 용해물은 국소 병원성 미생물의 억제, 치료 또는 예방에 사용하기에 효과적인 양으로 투여된다. 일부 이러한 실시양태에서, 약학 조성물은 부형제를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 부형제, 및/또는 본원에서 제공된 프로바이오틱으로부터 유래한 물질은 국소 미생물에 의한 감염의 억제, 치료 또는 예방에 사용하기에 효과적인 양으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 부형제, 및/또는 본원에서 제공된 프로바이오틱으로부터 유래한 물질은 병원성 미생물 및/또는 이에 의해 야기된 질환을 억제하거나, 치료하거나 예방하기 위해 이 약학 조성물을 사용하는 방법의 일부이다. 일부 실시양태에서, 이러한 인간 단리된 프로바이오틱은 이를 필요로 하는 대상체(예를 들어, 피부, 점막, 모발, 손발톱)에 적용하기 위한 조성물, 또는 대상체와 접촉하는 물체(예를 들어, 천, 바닥 등)에 적용하기 위한 조성물로 제제화된다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 피부, 점막, 모발 및/또는 손발톱에 적용되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 예를 들어, 붕대, 자외선차단제, 치약, 구강세정제, 샴푸, 비누, 보습제, 립밤 또는 치실에 적용되거나 포함되거나, 이러한 제품으로서 제제화된다.
일부 실시양태에서, 본원은 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 또는 이들의 조합으로부터 선택된 프로바이오틱; 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 또는 이들의 조합으로부터 선택된 프로바이오틱으로부터 하나 이상의 대사물질; 프로바이오틱 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 또는 이들의 조합의 세포 용해물; 및/또는 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 또는 이들의 조합으로부터 선택된 하나 이상의 포스바이오틱을 포함하는, 국소 적용되도록 제제화된 합성 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 이 합성 조성물은 이를 필요로 하는 대상체(예를 들어, 피부, 점막, 모발, 손발톱) 또는 대상체와 접촉하는 물체(예를 들어, 천, 바닥 등)에 적용되도록 제제화될 수 있다. 일부 실시양태에서, 이 합성 조성물은 미용 조성물이다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 조성물은 프리바이오틱을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 프리바이오틱은 아미노산, 바이오틴, 글리세롤, 프락토올리고당류, 갈락토올리고당류, 이눌린, 락툴로스, 만난 올리고당류, 올리고프럭토스 풍부 이눌린, 올리고프럭토스, 올리고덱스트로스, 타가토스, 트랜스-갈락토올리고당류, 비천연 글리칸 및 자일로올리고당류 중 하나 이상으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 약학 조성물은 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스로부터 선택된 프로바이오틱을 포함하고 적어도 하나의 단리된 추가 미생물을 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 추가 단리된 미생물은 락토바실러스 종, 락토코커스 종, 인간 피부에서 전형적으로 발견되는 양성 진균 종, 또는 프로피오니박테리움 또는 큐티박테리움 종으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물(약학 조성물을 포함함)은 적어도 하나의 추가 항진균 또는 항세균 화합물과 함께 투여되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 약학 조성물은 피부 또는 점막에 국소 투여되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 점막강용으로 제작된 전달 장치의 일부이다.
일부 실시양태에서, 인간 단리된 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 핵산 서열은 각각 알칼리게네스 패칼리스에 상응하는 서열번호 1, 바실러스 알티투디니스에 상응하는 서열번호 2, 바실러스 푸밀러스에 상응하는 서열번호 3, 바실러스 서브틸리스에 상응하는 서열번호 4, 또는 잔티노박테리움 리비둠에 상응하는 서열번호 5로 식별된다. 일부 실시양태에서, 인간 단리된 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠은 그의 16s rRNA 유전자 서열(즉, 서열번호 1 내지 5로 제공됨)에 대해 각각 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 90% 동일하거나, 각각 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 93%, 적어도 95%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 또는 100% 동일한 핵산 서열을 포함하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하거나 이로 구성된다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용에 의해 제공된 약학 조성물은 진균 미생물, 예컨대, 칸디다 알비칸스(Candida albicans), 칸디다 글라브라타(C. glabrata), 칸디다 파랍실로시스(C. parapsilosis), 칸디다 트로피칼리스(C. tropicalis), 칸디다 아우리스(C. auris), 칸디다 크루세이(C. krusei) 또는 칸디다 케피르(C. kefyr)에 의한 감염을 치료하거나 예방하는 데 사용된다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 진균 병원성 미생물, 예컨대, 트리코파이톤 또는 말라세지아 종을 치료하는 데 사용된다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 진균 병원성 미생물, 예컨대, 트리코파이톤 루브룸, 트리코파이톤 베루코숨(T. verrucosum), 트리코파이톤 톤수란스(T. tonsurans), 트리코파이톤 테레스트레(T. terrestre), 트리코파이톤 인터디기탈레(T. interdigitale) 또는 트리코파이톤 멘타그라파이테스(T. mentagraphytes)에 의한 감염을 치료하는 데 사용된다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 세균 병원성 미생물, 예컨대, 스타필로코커스(Staphylococcus), 슈도모나스(Pseudomonas), 엔테로코커스(Enterococcus) 및 스타필로코커스 아우레우스(Staphylococcus aureus)에 의한 감염을 치료하는 데 사용된다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 바이러스 병원성 미생물, 예컨대, 폴리오바이러스, 헤르페스 심플렉스 바이러스, A형 간염 바이러스, 로타바이러스, 아데노바이러스, 코로나바이러스 및 인플루엔자 A형 바이러스에 의한 감염을 치료하는 데 사용된다.
일부 실시양태에서, 약학 조성물은 가드넬라 바기날리스(Gardnerella vaginalis), 칸디다 알비칸스, 아토포비움 바기내(Atopobium vaginae), 스타필로코커스 아우레우스, 에스케리키아 콜라이(Escherichia coli), 슈도모나스 및 살모넬라(Salmonella)로 구성된 군으로부터 선택된 병원성 미생물에 의한 감염을 치료하는 데 사용된다.
일부 실시양태에서, 국소 적용에 적합한 가용성 제제를 가진 조성물에 사용하기 위해 또는 이러한 조성물로서 사용하기 위해 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 단리된 대사물질을 제공한다. 일부 실시양태에서, 대사물질은 엑토인(ectoine), 베타락톤(betalactone), 테르펜(terpene), 레조르시놀(resorcinol), T1PKS, 퀴롤로박틴(quilolobactin), 부르크호데르산(burkhoderic acid), 바실리박틴(bacillibactin), 하이드록실아민, 사이클로-(L-Pro-Gly)5(서열번호 36), 페닐아세트산, p-하이드록시페닐아세틸아미드, 아밀라제, 프로테아제, 셀룰라제, 이투린(iturin), 키티나제, 투니카마이신(tunicamycin), 부티로락톤(butyrolactone), 포스포네이트, 시데로포어(siderophore), 인돌 아세트산, 열안정성 케라티나제, 인돌-3-아세트산, 삼투물질, 카탈라제 생성, 아밀라제, ACC 데아미나제, 구아닐-선호 RNase, 비나제(binase), 박테리오신(bacteriocin), 비리보좀 펩티드 합성효소, 삭티펩티드(sactipeptide), 바실리신(bacilysin), 슈도모닌(pseudomonine), 펜기신(fengycin), 서팩틴(surfactin), 리체니신(lichenysin), 포자형성 킬링 인자, 4-페닐부탄산, 부타날(Butanal), 3-메틸-, 프로펜, 2-부텐, 2-헵타논, 6-메틸-5-메틸렌- 및 6-옥사비사이클로[3.1.0]헥산, 디케토피페라진 코르디세디펩티드(cordycedipeptide), 푸밀라시딘(pumilacidin), 살균제, 4-디펜틸헥산-2,5-디올, 1,1'-(4,5-디부틸사이클로헥산-1,2-디일)비스(에탄-1-올), 1,1'-(4,5-디부틸-3,6-디메틸사이클로헥산-1,2-디일)비스(에탄-1-온), 항진균 환형 리포펩티드, 폴리케타이드(PK), 리보좀 및 비리보좀 합성 펩티드, 및 이들의 임의의 조합으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 인간 단리된 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스는 엑토인, 베타락톤, 테르펜, 레조르시놀, 베타락톤, T1PKS, 퀴롤로박틴, 부르크호데르산, 바실리박틴, 하이드록실아민, 사이클로-(L-Pro-Gly)5(서열번호 36), 페닐아세트산, p-하이드록시페닐아세틸아미드, 아밀라제, 프로테아제, 셀룰라제, 이투린, 키티나제, 투니카마이신, 부티로락톤, 포스포네이트, 폴리케타이드, 시데로포어, 인돌 아세트산, 열안정성 케라티나제, 인돌-3-아세트산, 삼투물질, 카탈라제 생성, 아밀라제, ACC 데아미나제, 구아닐-선호 RNase, 비나제, 박테리오신, 비리보좀 펩티드 합성효소, 삭티펩티드, 바실리신, 슈도모닌, 펜기신, 서팩틴(surfactin), 리체니신, 포자형성 킬링 인자, 4-페닐부탄산, 부타날, 3-메틸-, 프로펜, 2-부텐, 2-헵타논, 6-메틸-5-메틸렌- 및 6-옥사비사이클로[3.1.0]헥산, 디케토피페라진 코르디세디펩티드, 푸밀라시딘, 살균제, 4-디펜틸헥산-2,5-디올, 1,1'-(4,5-디부틸사이클로헥산-1,2-디일)비스(에탄-1-올), 1,1'-(4,5-디부틸-3,6-디메틸사이클로헥산-1,2-디일)비스(에탄-1-온), 항진균 환형 리포펩티드, 폴리케타이드(PK), 테르펜, 리보좀 및 비리보좀 합성 펩티드, 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된 항균 대사물질을 생성한다. 일부 실시양태에서, 이러한 항균 대사물질은 미생물에 의해 야기된 병태, 질환 또는 장애를 예방하거나, 억제하거나 치료하기 위한 국소 적용 또는 점막에의 적용에 사용될 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 프로바이오틱에 의해 생성된 대사물질은 인간 기준 균주로부터 단리되지 않는다. 일부 이러한 실시양태에서, 인간 단리된 균주로부터의 대사물질은 인간으로부터 단리되지 않은 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 또 다른 기준 균주보다 더 높은 수준으로 존재하거나 검출된다. 일부 실시양태에서, 인간 단리된 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 대사물질은 바실리박틴, 바실리신, 카로테노이드 리체니신, 펜기신, 엑토인, 퀴놀로박틴 및 이들의 임의의 조합으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 인간 단리된 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 또는 이들의 하나 이상의 대사물질을 포함하는 약학 조성물은 별도로 저장된 멸균 제제화 완충제를 사용한 재구성 전에 동결건조되거나, -20℃에서 동결되거나 -80℃에서 동결된다.
일부 실시양태에서, 제제는 눈 윤활제, 아미노산, 예를 들어, 트립토판, 디펩티드, 올리고펩티드, 폴리펩티드, 카사미노산, 글루코스를 비롯한 단당류, 만니톨을 비롯한 당 알코올, 글리세롤을 비롯한 단순 알코올, 올리고-알코올, 단순 폴리올, 복합 폴리올, 수크로스 및 트레할로스 및 이들의 이성질체를 비롯한 이당류, 다당류, λ-카라기난을 비롯한 변형된 다당류, 셀룰로스 및 카르복시메틸 셀룰로스를 비롯한 변형된 셀룰로스, 전분 및 2-하이드록시에틸전분(HES)을 비롯한 변형된 전분, 카르보폴(Carbopol) 중합체를 비롯한 다른 생체접착제, 증점제 및 유변학 변형제, 예를 들어, CMC, 현탁액 및/또는 에멀젼 안정화제, 및 이들의 임의의 조합 중 하나 이상을 포함한다. 일부 이러한 실시양태에서, 하나 이상의 이러한 성분은 재구성용 완충제에 포함된다.
일부 실시양태에서, 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 또는 이들의 대사물질을 포함하는 조성물은 병원성 미생물에 의해 야기된 질환 또는 장애를 치료하거나 예방하는 방법에 사용된다. 일부 실시양태에서, 치료 방법은 병원성 미생물의 생장을 억제하거나, 지연시키거나 중단시키는 방법을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 상기 방법은 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스로부터 선택된 인간 단리된 또는 합성 프로바이오틱, 이의 대사물질 및/또는 세포 용해물을, 이를 필요로 하는 대상체에게 유효량으로 투여하는 단계를 포함하고, 이때 인간 단리된 또는 합성 프로바이오틱, 이의 대사물질 및/또는 세포 용해물은 이러한 미생물에 의해 야기된 질환 또는 장애를 치료하거나 예방하기 위해 미생물의 생장을 억제하거나, 지연시키거나 중단시키에 효과적인 양으로 존재한다. 일부 실시양태에서, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스로부터 선택된 인간 단리된 또는 합성 프로바이오틱은 추가 항진균제, 항바이러스제 또는 항세균제와 함께 적용된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 적어도 하나의 추가 프로바이오틱 또는 비병원성 미생물을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 약학 조성물, 합성 조성물, 미용 조성물 및 프로바이오틱 조성물은 밀리리터 또는 밀리그램당 적어도 10, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 1010, 1011, 1012, 1013, 1014, 1015, 1016, 1017, 1018, 1019, 1020 콜로니 형성 유닛(CFU)의 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스를 함유한다.
본원은 유효량의 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 임의적 대사물질, 세포 용해물 및/또는 프리바이오틱, 및 약학적으로 허용되는 부형제를 포함하는 약학 조성물을 제조하는 방법을 제공한다. 이 방법은 투여 직전에 제2 부형제 제제로 재구성하여 제제를 생성하기 위해 보존을 향상시키는 부형제를 함유하는 약물 제제의 존재 하에서 동결건조로 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스를 보존하는 단계, 및 보존된 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스를 포장하는 단계를 포함한다. 일부 실시양태에서, 부형제는 제한 없이 DMSO, 천연 눈물, 눈 윤활제, 아미노산, 펩티드, 글리세롤, 다른 단순 폴리올, 복합 폴리올, 변형된 폴리올, 당 알코올, 글루코스, 단당류, 이당류, 올리고당류, 다당류 및 변형된 올리고당류와 다당류, 비타민, 단백질, 완충제 및 이들의 조합으로 구성된 군으로부터 선택된다.
본원은 안정화된 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 적어도 하나의 바이알, 및 안정화된 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 재구성을 위한 제제화 완충제의 적어도 하나의 임의적 바이알, 혼합 및 적용에 대한 설명서, 및 임의로 하나 이상의 혼합 및 적용 도구를 포함하는 키트를 제공한다. 일부 실시양태에서, 혼합 및 적용 도구는 포함되고, 주사기, 빈 멸균 용기 및 분사기 또는 분무기로부터 선택된 하나 이상의 요소를 포함한다. 일부 실시양태에서, 상기 키트는 이를 필요로 하는 하나 이상의 대상체에 다회 적용하기 위해 안정화된 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 다수의 바이알, 및 안정화된 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 재구성용 액체의 적어도 하나의 바이알을 함유한다. 일부 실시양태에서, 상기 키트는 의료 전문가에 의한 적용을 위해 준비된다. 일부 실시양태에서, 상기 키트는 이를 필요로 하는 대상체에 의한 적용을 위해 준비된다.
도 1은 모두 페트리 접시에서 생장된 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 및 바실러스 서브틸리스의 대표적인 예를 보여준다.
도 2a 내지 2d는 인간 단리된 알칼리게네스 패칼리스가 한천 플레이트에서 말라세지아, 트리코파이톤 루브룸 및 스타필로코커스 아우레우스의 생장을 억제하였음을 보여준다. 도 2a 및 2d는 항진균제 테르비나핀(TRB)과 비교되었을 때 말라세지아 푸르푸르 및 말라세지아 레스트릭타에서 생장된 DB05646 주변의 억제 영역을 보여준다. 도 2b는 항세균제 옥사실린과 비교되었을 때 스타필로코커스 아우레우스에서 생장된 DB05646 주변의 억제 영역을 보여준다. 도 2c는 DB05646의 교차된 스트리크(streak)가 없는 트리코파이톤 루브룸의 생장에 비해 DB05646의 교차된 스트리크에 의한 트리코파이톤 루브룸의 억제를 보여준다. 트리코파이톤 루브룸의 한 스팟(spot)은 총 4개의 스팟에 대한 각각의 사분면에 추가되었다.
도 3a 내지 3d는 인간 단리된 바실러스 알티투디니스가 한천 플레이트에서 말라세지아, 트리코파이톤 루브룸 및 스타필로코커스 아우레우스의 생장을 억제하였음을 보여준다. 도 3a 및 3d는 항진균제 테르비나핀(TRB)과 비교되었을 때 말라세지아 푸르푸르에서 생장된 DB10033 주변의 억제 영역을 보여준다. 도 3b는 항세균제 옥사실린과 비교되었을 때 스타필로코커스 아우레우스에서 생장된 DB10033 주변의 억제 영역을 보여준다. 도 3c는 콜로니의 두 측면을 둘러싸는 DB10033의 스트리크가 있는 경우 및 없는 경우(모의군) 생장된 트리코파이톤 루브룸 콜로니의 폭을 보여준다.
도 4a 내지 4d는 인간 단리된 바실러스 푸밀러스가 한천 플레이트에서 말라세지아, 트리코파이톤 루브룸 및 스타필로코커스 아우레우스의 생장을 억제하였음을 보여준다. 도 4a 및 4d는 항진균제 테르비나핀(TRB)과 비교되었을 때 말라세지아 푸르푸르에서 생장된 DB03376 주변의 억제 영역을 보여준다. 도 4b는 항세균제 옥사실린과 비교되었을 때 스타필로코커스 아우레우스에서 생장된 DB03376 주변의 억제 영역을 보여준다. 각각의 실험에 대해 3회 재현실험을 수행하였다. 도 4c는 콜로니의 두 측면을 둘러싸는 DB03376의 스트리크가 있는 경우 및 없는 경우(모의군) 생장된 트리코파이톤 루브룸 콜로니의 폭을 보여준다.
도 5a 내지 5d는 인간 단리된 바실러스 서브틸리스가 한천 플레이트에서 말라세지아, 트리코파이톤 루브룸 및 스타필로코커스 아우레우스의 생장을 억제하였음을 보여준다. 도 5a 및 5d는 항진균제 테르비나핀(TRB)과 비교되었을 때 말라세지아 푸르푸르에서 생장된 DB02475 주변의 억제 영역을 보여준다. 도 5b는 항세균제 옥사실린과 비교되었을 때 스타필로코커스 아우레우스에서 생장된 DB02475 주변의 억제 영역을 보여준다. 각각의 실험에 대해 3회 재현실험을 수행하였다. 도 5c는 콜로니의 두 측면을 둘러싸는 DB02475의 스트리크가 있는 경우 및 없는 경우(모의군) 생장된 트리코파이톤 루브룸 콜로니의 폭을 보여준다.
도 6은 스타필로코커스 아우레우스 및 잔티노박테리움 리비둠 DB02473 또는 알칼리게네스 패칼리스 DB05646 둘 다로 접종된 외식편(explant) 상에서의 CFU 플레이팅에 의한 스타필로코커스 아우레우스 ATCC 43300 CFU/외식편의 존재도를 보여준다.
도 7은 활성 DB05646 알칼리게네스 패칼리스(흰색) 및 대조군(수성 겔, 검은색 사선) 조건으로 처리된 피험자에서 전풍의 징후 및 증상의 임상 점수를 보여준다. (이전 시점에 비해) 점수의 감소는 임상 개선을 표시한다. 7명의 개체에 대한 점수가 표시되어 있다.
도 8은 대조군 위치와 비교된 활성 치료 위치에서 기준시점에 비해 말라세지아 수준으로서 표시된, 활성 DB05646 알칼리게네스 패칼리스(흰색) 및 대조군(수성 겔, 검은색 사선)으로 처리된 피험자에서 qPCR에 의한 말라세지아의 존재도를 보여준다.
도 9는 qPCR을 통해 측정된 존재도를 가진 피험자에 최종적으로 치료 적용한 후 최대 1주(14일째 날)까지 DB05646 존재의 지속을 입증한다. 활성(흰색) 및 대조군(수성 겔, 검은색 대각선) 치료군은 기준시점, 5일째 날 및 14일째 날에 DB05646 수준을 보여준다.
도 10은 DB05646의 예시적인 계통발생 분석이다.
도 11은 알칼리게네스 패칼리스 기준 균주와 비교된 DB05646의 ANI 전체 게놈 분석으로부터의 결과를 보여준다.
도 12는 범게놈 분석을 이용하여 다른 알칼리게네스 패칼리스 기준 게놈과 비교하였을 때 DB05646과 알려진 기능을 가진 34개의 가변 유전자 사이의 퍼센트 유사성을 보여준다.
도 13은 DB10033의 예시적인 계통발생 분석이다.
도 14는 DB 바실러스 알티투디니스 균주 및 공개적으로 이용 가능한 바실러스 알티투디니스 기준 균주와 비교하였을 때 DB10033의 전체 게놈 분석의 ANI 분석으로부터의 결과를 보여준다.
도 15는 DB03376의 예시적인 계통발생 분석을 보여준다.
도 16은 다른 DB 바실러스 푸밀러스 균주 및 공개적으로 이용 가능한 바실러스 푸밀러스 기준 균주와 비교하였을 때 바실러스 푸밀러스 DB03376의 전체 게놈 서열의 ANI 분석으로부터의 결과를 보여준다.
도 17은 DB02475의 예시적인 계통발생 분석을 보여준다.
도 18은 다른 DB 바실러스 서브틸리스 균주 및 공개적으로 이용 가능한 바실러스 서브틸리스 기준 균주와 비교하였을 때 바실러스 서브틸리스 DB02475의 전체 게놈 서열의 ANI 분석으로부터의 결과를 보여준다.
도 19는 동결건조 후 잔티노박테리움 리비둠 균주 DB02473의 살아있는 콜로니 형성 유닛(CFU)의 회수율을 시험하는 실험에 대한 데이터를 보여준다. 좌표축은 1 ㎖ 또는 2 ㎖의 용액 중의 동결건조된 물질 0.1 g의 CFU/㎖이다.
도 20은 동결건조 후 잔티노박테리움 리비둠 균주 DB02473의 살아있는 콜로니 형성 유닛(CFU)의 회수율을 시험하는 실험에 대한 데이터를 보여준다. 좌표축은 1 ㎖ 또는 2 ㎖의 용액 중의 동결건조된 물질 0.1 g의 CFU/㎖이다.
도 21은 동결건조 후 알칼리게네스 패칼리스 균주 DB05646의 살아있는 콜로니 형성 유닛(CFU)의 회수율을 입증하는 데이터를 보여준다. 좌표축은 1 ㎖ 또는 2 ㎖의 용액 중의 동결건조된 물질 0.1 g을 가진 제제의 CFU/㎖이다.
도 22a 내지 22f는 잔티노박테리움 리비둠 균주 DB02473의 살아있는 콜로니 형성 유닛(CFU)의 회수율을 입증하는 데이터를 보여준다. 제제의 안정성을 예정된 간격으로 -80℃, -20℃ 및 4℃에서 평가하였다. (도 22a) 제제 K, (도 22b) 제제 L, (도 22c) 제제 M, (도 22d) 제제 N, (도 22e) 제제 O, 및 (도 22f) 제제 P.
도 23a 내지 23e는 알칼리게네스 패칼리스 균주 DB05646의 살아있는 콜로니 형성 유닛(CFU)의 회수율을 입증하는 데이터를 보여준다. 제제의 안정성을 예정된 간격으로 27℃ 및 40℃ 안정성과 함께 -80℃, -20℃ 및 4℃에서 평가하였다. (도 23a) 제제 Q, (도 23b) 제제 R, (도 23c) 제제 S, (도 23d) 제제 T, 및 (도 23e) 제제 U.
본 개시내용의 다양한 실시양태가 본원에 제시되고 설명되었지만, 이러한 실시양태가 단지 예로서 제공된다는 것은 당분야에서 숙련된 자에게 자명할 것이다. 본 개시내용을 벗어나지 않으면서 다수의 변경, 변화 및 치환이 당분야에서 숙련된 자에게 인식될 수 있다. 본원에 기재된 개시내용의 실시양태에 대한 다양한 대안이 사용될 수 있음을 이해해야 한다.
특정 용어
본원 전체에 걸쳐, 본 개시내용의 다양한 실시양태는 범위 형식으로 제시될 수 있다. 범위 형식의 설명은 단지 편의와 간결함을 위한 것이며 본 개시내용의 범위에 대한 융통성 없는 제한으로서 해석되어서는 안 됨을 이해해야 한다. 따라서, 범위의 설명은 모든 가능한 하위범위뿐만 아니라 그 범위 내의 개별 수치 값도 구체적으로 개시한 것으로 간주되어야 한다.
명료함을 위해 별도의 실시양태의 맥락으로 설명되는 본 개시내용의 특정 특징은 단일 실시양태에서 조합으로 제공될 수도 있음이 인식된다. 대조적으로, 간결함을 위해 단일 실시양태의 맥락으로 설명된 본 개시내용의 다양한 특징들은 개별적으로 또는 임의의 적절한 하위조합으로 제공될 수 있거나, 본 개시내용의 임의의 다른 설명된 실시양태에서 적절하게 제공될 수도 있다. 실시양태가 요소 없이 작동할 수 없지 않는 한, 다양한 실시양태의 맥락으로 설명된 특정 특징은 해당 실시양태의 필수 특징으로서 간주되어서는 안 된다.
달리 표시되지 않는 한, 본원에서 사용된 모든 퍼센트는 중량 퍼센트이다.
본 명세서 및 첨부된 청구범위에서 사용된 바와 같이, 문맥이 달리 명시하지 않는 한, 단수 형태는 복수 지시대상을 포함한다는 점을 인지해야 한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "약"은 최대 약 +/- 10%의 편차를 포함하며 생성물에서 기능적 등가성을 허용한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "허용되는" 부형제는 활성 성분과 양립 가능해야 하고 이것이 투여되는 대상체에게 해롭지 않은 부형제를 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "호전"은 질환 상태(예를 들어, 대사 질환 상태)의 치료에 있어서 질환의 예방, 중증도 또는 진행의 감소, 관해 또는 치유를 포함하는 임의의 치료적으로 유리한 결과를 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 숙주 유기체의 "콜로니화"는 세균 또는 다른 미시적 유기체의 비일시적 체류를 포함한다. 본원에서 사용된 바와 같이, 병원성 세균에 의한 숙주 대상체 피부(또는 임의의 다른 미생물 적소)의 "콜로니화의 감소"는 피부에서의 병원체의 체류 시간의 감소, 피부에서의 복제의 감소, 및 피부에 있거나 피부에 부착된 병원체의 수(또는 농도)의 감소를 포함한다. 부착성 병원체의 감소의 측정은 예를 들어, 생검 샘플에 의해, 또는 피부 면봉닦기, 문지르기 또는 긁기에 의해 입증될 수 있거나, 감소는 간접적으로 측정될 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "콜로니 형성 유닛" 또는 "CFU"는 동일한 세포의 전체 콜로니로 스스로를 분열할 수 있는 개별 세포이다.
본원에서 사용된 바와 같이, 2종 이상의 세균의 "조합"은 2종의 세균이 동일한 물질 또는 생성물, 또는 물리적으로 연결된 생성물에 물리적으로 공존하는 것뿐만 아니라, 2종의 세균의 시간적 공투여 또는 공국소화도 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 어구 "동결보호제 없이"는 동일한 성분의 사용 시 또는 동일한 제제로서, 동결보호제가 제거되고 물로 대체되어 있는 조성물을 지칭한다. 즉, "동결보호제 없이"는 동일한 조성물로부터의 특정 동결보호제의 존재 또는 부재를 설명하기 위해 사용된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "로부터 유래한"은 환경 샘플로부터 즉시 채취된 미생물, 미세유기체 또는 다른 살아있는 배양물을 포함하고, 환경 공급원으로부터 단리된 후 순수 배양물 또는 분리주로 생장된 미생물, 미세유기체 또는 다른 살아있는 배양물도 포함한다. 어떤 것으로부터 유래한 어떤 것은 언급된 공급원으로부터 단리된 물질, 및 단리된 물질을 사용함으로써 수득된 물질(예를 들어, 언급된 공급원으로부터 단리된 미생물로부터 생장된 미생물의 배양물)을 포함한다. 유사하게, 본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "유도체"는 프로바이오틱을 지칭할 때 프로바이오틱으로부터 유래하거나 프로바이오틱의 생성물인 임의의 물질, 예컨대, 모균주 폴리뉴클레오타이드 또는 폴리펩티드와 유사한 하나 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 폴리펩티드, 하나 이상의 대사물질, 세포 용해물 등(그러나, 이들로 제한되지 않음)을 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 본원에서 제공된 조성물에 대한 용량은 프로바이오틱 또는 프리바이오틱 조성물이 병원성 미생물 및/또는 대상체(예를 들어, 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 앓는 대상체)의 생리학을 원하는 방식으로 변경하기에 충분한 양으로 투여될 때 "유효 용량"인 것으로 간주된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "인간 단리된"은 인간 공급원으로부터 단리된 세균 또는 다른 미생물로서 정의된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "억제한다", "억제하는" 또는 "억제"는 병태 또는 생장의 진행을 중지시키거나, 늦추거나, 지연시키거나, 일시 중지시키거나, 약화시키거나 감소시키거나, 병태 또는 생장을 예방하거나, 병태 또는 원하지 않는 생장을 실질적으로 치료하는 것을 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "시험관내"는 살아있는 유기체와 별개로 생장하는, 예를 들어, 조직 배양에서 생장하는 살아있는 세포에서 일어나는 과정을 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "생체내"는 살아있는 유기체에서 일어나는 과정을 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "포유동물"은 인간 및 비인간 포유동물 둘 다를 포함하고, 인간, 비인간 영장류, 개, 고양이, 뮤린, 소, 말 및 돼지를 포함하나 이들로 제한되지 않는다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "방법"은 화학, 약리학, 생물학, 생화학 및 의학 분야의 실무자에게 알려져 있거나 알려진 방식, 수단, 기법 및 절차로부터 용이하게 개발된 방식, 수단, 기법 및 절차를 포함하나 이들로 제한되지 않는, 주어진 작업을 달성하는 방식, 수단, 기법 및 절차를 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "미생물"은 미세유기체, 즉 미시적 유기체를 지칭하고, 예를 들어, 임의의 유형의 세균, 효모와 곰팡이를 포함하는 진균, 고세균, 원생생물 및 바이러스를 기술하는 데 사용될 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "마이크로바이옴"은 미세 진핵생물, 진균, 고세균, 세균 및 바이러스(세균 바이러스, 즉 파지를 포함함)를 포함하는, 인체에서 지속적 및 일시적으로 생존하는 미생물, 미세유기체 또는 살아있는 배양물 군집의 유전적 내용물을 지칭하는 것으로, 이때 "유전적 내용물"은 게놈 DNA, 리보좀 RNA와 같은 RNA, 후성유전체, 플라스미드 및 모든 다른 유형의 유전 정보를 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "미생물총"은 미세 진핵생물, 고세균, 세균 및 바이러스(세균 바이러스, 즉 파지를 포함함)를 포함하는 동물 대상체, 전형적으로 인간과 같은 포유동물에서 (지속적 또는 일시적으로) 발생하는 미세유기체 또는 미생물의 군집을 지칭한다.
사용된 바와 같이, 용어 "과다생성" 및 "과다발현"은 유기체에 의한 하나 이상의 화합물(예를 들어, 대사물질)의 생성을 지칭하고, 용어 "과다발현"은 하나 이상의 화합물(예를 들어, 대사물질)을 생성하는 유전자의 발현을 지칭한다. 과다생성 또는 과다발현은 다른 균주(예를 들어, 기준 균주)에 비해 (각각) 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 1.5배, 2배, 2.5배, 3배, 4배, 5배, 또는 더 많은 생성 또는 더 많은 발현을 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "병원체"는 질환 또는 감염과 관련된 미생물을 의미한다. 예를 들어, 수염 백선은 트리코파이톤 멘타그로파이테스 또는 트리코파이톤 베루코숨에 의해 가장 자주 야기되는 수염 부위의 피부사상균 감염이다. 두피 백선은 트리코파이톤 톤수란스(Trichophyton tonsurans), 마이크로스포룸 카니스(Microsporum canis) 및 마이크로스포룸 아우도우이니(M. audouinii) 또는 다른 트리코파이톤 종(예를 들어, 트리코파이톤 쇼엔레이니(T. schoenleinii), 트리코파이톤 비올락세움(T. violaceum))에 의해 야기되는 피부사상균증이다. 체부 백선은 일반적으로 트리코파이톤 멘타그로파이테스, 트리코파이톤 루브룸 및 마이크로스포룸 카니스에 의해 야기되는 얼굴, 몸통 및 사지의 피부사상균 감염이다. 서혜부 백선은 일반적으로 트리코파이톤 루브룸 또는 트리코파이톤 멘타그로파이테스에 의해 야기되는 피부사상균증이다. 족부 백선은 일반적으로 트리코파이톤 루브룸에 의해 야기되는 발의 피부사상균 감염이다. 전풍은 가장 일반적으로 말라세지아 속의 진균 및 일부 경우 말라세지아 푸르푸르에 의해 야기되는, 가슴, 등, 몸통 또는 다른 신체 부위의 피부사상균 감염이다. 조갑진균증은 손톱 또는 발톱, 베드(bed) 또는 플레이트(plate)의 피부사상균 감염이고 일반적으로 트리코파이톤 루브룸, 마이크로스포룸 종 또는 트리코파이톤 톤수란스에 의해 야기되지만, 아스퍼길러스(Aspergillus), 푸사리움(Fusarium), 아크레모니움(Acremonium), 사이탈리디움(Scytalidium), 스코풀라리옵시스(Scopulariopsis), 패실로마이세스(Paecilomyces), 신세팔라스트룸(Syncephalastrum), 네오스사이탈리디움(Neoscytalidium), 캐토미움(Chaetomium), 알터나리아(Alternaria) 및 오니코콜라(Onychocola) 종 또는 효모, 예컨대, 칸디다 알비칸스 및 칸디다 파랍실로시스에 의해서도 야기될 수 있다. 피부사상균 반응은 변화무쌍하고, 진균의 국소화된 생장과 관련 없고 오히려 신체의 다른 곳에서의 피부사상균증에 대한 염증 반응이다. 관련된 다른 질환, 장애 또는 병태는 아토피성 피부염, 농가진, 피부 및 연조직 감염이나 이들로 제한되지 않고, 종종 그람 양성 세균인 스타필로코커스에 의해 야기된다.
본원에서 사용된 바와 같이, 본원에서 사용된 용어 "약학 조성물"은 적어도 하나의 활성 성분, 예컨대, 본원에 기재된 임의의 둘 이상의 정제된 세균 균주와, 하나 이상의 약학적으로 허용되는 부형제를 포함할 수 있는 하나 이상의 불활성 성분의 혼합 또는 조합으로부터 생성된 생성물을 의미한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "포스트바이오틱"은 건강을 증진시키기 위해 사용될 수 있는, 미생물에 의해 생성된 기능성 생물활성 화합물을 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "예방하는" 또는 "예방"은 병태, 질환 또는 장애의 초기 임상적 또는 미학적 증상의 가능성 또는 발생 또는 중증도를 완전히 또는 실질적으로 감소시키는 것을 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "프로바이오틱"은 충분한 수로 제공되는 경우 숙주 유기체에 하나 이상의 입증 가능한 건강 이점을 부여함으로써 숙주 유기체에 유리한 영향을 미치는 살아있는 미세유기체, 미생물 또는 살아있는 배양물(예를 들어, 세균 또는 진균을 포함함)을 지칭한다. 추후 일부 시점에서 프로바이오틱을 포함하는 합성 또는 조작된 조성물이 제공되더라도, 본 개시내용의 프로바이오틱은 적어도 처음에는 인간으로부터 유래한다(즉, 인간 피부 샘플로부터 수집됨).
본원에서 사용된 바와 같이, "프로바이오틱 세균" 또는 "프로바이오틱 미세유기체" 또는 "프로바이오틱 미생물" 또는 "프로바이오틱 배양물" 또는 "프로바이오틱 세균들"은 충분한 수로 제공되는 경우 숙주 유기체에 하나 이상의 입증 가능한 건강 이점을 부여함으로써 숙주 유기체에 유리한 영향을 미치는 세균, 미세유기체, 미생물, 진균, 배양물 또는 세균들이다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "기준 균주"는 동일한 속(예를 들어, 잔티노박테리움, 알칼리게네스, 바실러스 등)으로부터 단리된 균주를 지칭하고 동일한 종(예를 들어, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 서브틸리스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 알티투디니스 등)의 변이체일 수 있거나 이러한 변이체가 아닐 수 있다. 기준 균주는 상이한 환경 적소로부터 단리된 균주일 수 있고, 예를 들어, 시험 균주가 인간 피부로부터 단리된 경우, 기준 균주도 인간 피부로부터 단리될 수 있거나, 기준 균주는 또 다른 유기체(예를 들어, 도롱뇽)의 피부, 또는 또 다른 공급원, 예컨대, 농작물, 먼지, 폐수 등으로부터 단리될 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "가용성 대사물질"은 생존 가능한 세포가 제거된 세포 배양물의 상청액에 존재하는 대사물질 또는 대사물질들을 지칭한다. 바람직한 실시양태에서, 배양물은 적어도 약 OD600 0.5의 세포 밀도까지 생장된다. 추가 바람직한 실시양태에서, 세포는 원심분리에 의해 제거되고 이 실시양태는 "무세포 상청액"으로서 지칭될 수 있다. 보다 바람직한 실시양태에서, 상청액은 여과되고 "무세포 여액"으로서 지칭될 수 있다. 상청액이 본 개시내용의 제제에 직접 사용될 수 있거나, 하나 이상의 대사물질이 사용 전에 임의의 적합한 수단에 의해 상청액으로부터 단리될 수 있다는 것은 자명할 것이다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "균주"는 정의된 16s rRNA 핵산 서열과 97% 이상 동일한 임의의 핵산 서열로서 정의된다. 균주의 보다 바람직한 실시양태는 정의된 16s rRNA 핵산 서열과 98% 이상 또는 99% 이상 동일한 핵산 서열이다.
2개 이상의 핵산 또는 폴리펩티드 서열과 관련하여 본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "퍼센트 동일성"은 최대 일치를 위해 비교되고 정렬된 경우 하기 서열 비교 알고리즘(예를 들어, BLASTP 및 BLASTN 또는 숙련된 자가 이용할 수 있는 다른 알고리즘) 중 하나를 이용하여 측정하였거나 시각적 검사로 측정하였을 때 동일한 특정된 퍼센트의 뉴클레오타이드 또는 아미노산 잔기를 가진 2개 이상의 서열 또는 하위서열을 의미한다. 적용에 따라, 퍼센트 "동일성"은 비교되는 서열의 영역에 걸쳐, 예를 들어, 기능적 도메인에 걸쳐 존재할 수 있거나, 대안적으로 비교되는 2개의 서열의 전체 길이에 걸쳐 존재할 수 있다. 일부 측면에서, 퍼센트 동일성은 2종 이상의 미생물을 포함하는 2종 이상의 유기체의 계통발생 유사성을 특징규명하는 데 유용한 영역과 관련하여 정의된다. 이 상황에서 퍼센트 동일성은 클로닝 또는 시퀀싱 조작에 의해 도입된 서열, 예를 들어, 프라이머, 어댑터 등을 포함할 수 있는 이러한 서열을 더 큰 서열의 환경 내에서 식별하고 계통발생 유사성을 알려주지 않는 도입된 서열을 분석에 포함시키지 않으면서 관심 있는 영역에서 퍼센트 동일성을 분석함으로써 측정될 수 있다. 서열 비교를 위해, 전형적으로 하나의 서열은 시험 서열과 비교되는 기준 서열로서 작용한다. 서열 비교 알고리즘을 사용할 때, BLASTP 및 BLASTN과 같은 프로그램, 또는 숙련된 자가 이용할 수 있는 다른 알고리즘을 사용하여 분석할 목적으로 시험 서열과 기준 서열을 컴퓨터에 입력하고, 필요한 경우 후속 좌표를 지정하고, 서열 알고리즘 프로그램 파라미터를 지정한다. 그 다음, 서열 비교 알고리즘은 지정된 프로그램 파라미터를 기반으로 기준 서열에 비해 시험 서열(들)에 대한 퍼센트 서열 동일성을 계산한다. 비교를 위한 서열의 최적 정렬은 예를 들어, 문헌[Smith & Waterman, Adv. Appl. Math. 2:482 (1981)]의 국소 상동성 알고리즘, 문헌[Needleman & Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443 (1970)]의 상동성 정렬 알고리즘, 문헌[Pearson & Lipman, Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 85:2444 (1988)]의 유사성 검색 방법, 이 알고리즘들의 전산화된 구현(위스콘신 제네틱스 소프트웨어 팩키지(Wisconsin Genetics Software Package) 내의 GAP, BESTFIT, FASTA 및 TFASTA, 제네틱스 컴퓨터 그룹(Genetics Computer Group), 미국 위스콘신주 매디슨 사이언스 드라이브 575) 또는 시각적 검사(일반적으로 하기 문헌[Ausubel et al.] 참조)에 의해 수행될 수 있다. 퍼센트 서열 동일성 및 서열 유사성을 측정하기에 적합한 알고리즘의 일례는 문헌[Altschul et al., J. Mol. Biol. 215:403-410 (1990)]에 기재된 BLAST 알고리즘이다. BLAST 분석을 수행하기 위한 소프트웨어는 국립 생명공학 정보 센터(National Center for Biotechnology Information)를 통해 공개적으로 이용될 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "대상체"는 인간, 실험실 동물(예를 들어, 영장류, 래트, 마우스), 가축(예를 들어, 소, 양, 염소, 돼지, 칠면조 및 닭), 수생 동물(예를 들어, 어류, 갑각류, 고래류 및 두족류) 및 가정용 애완동물(예를 들어, 개, 고양이 및 설치류)를 비롯한 임의의 동물 대상체를 지칭한다. 대상체는 병원성 미생물로 인한 감염을 포함하나 이로 제한되지 않는 세균불균형을 앓고 있을 수 있거나, 병원성 미생물로 인한 감염을 발생시키거나 다른 대상체에게 전염시킬 수 있는 위험이 있을 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "충분한 양"은 원하는 효과를 생성하기에 충분한 양, 예를 들어, 대상체의 미생물총의 미생물 함량을 변경시키기에 충분한 양을 의미한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "합성"은 하나 이상의 측면에서 천연적으로 존재하거나 유래한 대응물을 전체적으로 또는 부분적으로 모방하도록 전체적으로 또는 부분적으로 실험실에서 생성되거나 비천연적으로 유래한 임의의 것을 지칭한다. 예를 들어, 합성 세균은 자연에서 발견되는 세균을 모방하거나 변화시키도록(예를 들어, 개선하도록) 전체적으로 또는 부분적으로 제조되거나 변경된 하나 이상의 성분을 가진 조작된 세균일 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "치료적 양"은 예를 들어, 치료 효과를 달성하기 위해 처방되는 항균, 예를 들어, 항진균 또는 항세균 화합물의 양이다. 전형적으로 처방되는 농도보다 낮은 농도는 "준치료적" 양으로서 지칭된다. 준치료적 양은 전형적으로 단일요법으로서 사용되는 작용제(예를 들어, 항균제, 예를 들어, 항진균제, 예를 들어, 항세균제)에 대한 것이다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "치료 유효량"은 질환의 증상을 호전시키기에 효과적인 양이다. 치료 유효량은 예방이 요법으로서 간주될 수 있기 때문에 "예방 유효량"일 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "국소"는 신체 표면(예를 들어, 피부, 점막 또는 점막성 막)에 적용하기에 적합한 제제의 언급을 포함한다. 피부는 모발, 손가락 및 발톱과 같은 외부 표면을 포함한다. 이와 관련하여 언급될 수 있는 점막성 막 또는 점막은 질, 음경, 요도, 방광, 항문, 결장, 입(뺨의 점막, 연구개, 잇몸, 혀 밑면 및 입 바닥을 포함함), 코, 인후(인두, 후두, 기관 및 식도의 점막을 포함함), 기관지, 폐, 눈 및 귀의 점막을 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "치료한다", "치료하는" 또는 "치료"는 병태, 질환 또는 장애의 진행을 실질적으로 또는 완전히 없애거나, 호전시키거나, 억제하거나, 지연시키거나, 예방하거나 역전시키는 것, 및/또는 병태, 질환 또는 장애의 하나 이상의 임상적 또는 미학적 증상을 실질적으로 또는 완전히 없애거나, 호전시키거나, 억제하거나, 지연시키거나, 예방하거나 역전시키는 것을 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "생존 가능한 유기체"는 생장하고 증식할 수 있는 유기체이다. 일부 실시양태에서, 생존율은 배양될 수 있는 콜로니 형성 유닛의 수에 의해 평가될 수 있다. 일부 실시양태에서, 생존율은 다른 수단, 예컨대, 생존/사멸 염색 및 현미경관찰, 또는 유세포분석 및 정량적 중합효소 연쇄 반응에 의해 평가될 수 있다.
조성물
본원은 인간 단리된 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠, 또는 이들의 임의의 조합을 포함하거나, 본질적으로 이로 구성되거나, 이로 구성된 프로바이오틱을 제공한다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 서열번호 1, 2, 3, 4 및/또는 5로 기재된 16s rRNA 서열로 표시되는 폴리뉴클레오타이드를 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 인간 단리된 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠, 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된 프로바이오틱을 포함하는 조성물을 제공하는 것으로, 이 프로바이오틱은 항균 및/또는 다른 유익한 성질을 포함한다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 인간 숙주에 적응되어, 상기 조성물이 인간에 적용하기에 안전하고 적어도 치료적으로 효과적이기에 충분히 오랫동안 인간 숙주에서 생존하도록 갖춰져 있음을 보장한다. 일부 실시양태에서, 상기 조성물은 적용 대상체(예를 들어, 숙주, 예를 들어, 이를 필요로 하는 대상체)의 마이크로바이옴을 조절한다.
일부 실시양태에서, 조성물은 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 또는 이들의 임의의 조합 중 하나 이상의 프로바이오틱, 대사물질, 포스트바이오틱 및/또는 세포 용해물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 DB02473, DB02475, DB03376, DB10033, DB05646 또는 이들의 임의의 조합을 포함하거나, 본질적으로 이로 구성되거나, 이로 구성된다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 가용성 대사물질 및 본 개시내용에서 사용하기 위한 가용성 대사물질은 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 및 임의의 추가 미생물, 예컨대, 비피도박테리움(Bifidobacterium), 브레비박테리움(Brevibacterium), 프로피오니박테리움(Propionibacterium), 락토코커스(Lactococcus), 스트렙토코커스(Streptococcus), 락토바실러스(Lactobacillus)(예를 들어, 락토바실러스 악시도필러스(L. acidophilus)), 엔테로코커스(Enterococcus), 페디오코커스(Pediococcus), 류코노스톡(Leuconostoc), 오에노코커스(Oenococcus) 및 이들의 조합으로부터의 가용성 대사물질을 포함하나 이들로 제한되지 않는다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 세포 용해물 및 본 개시내용에서 사용하기 위한 세포 용해물은 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 및 임의의 추가 미생물, 예컨대, 비피도박테리움, 브레비박테리움, 프로피오니박테리움, 락토코커스, 스트렙토코커스, 락토바실러스(예를 들어, 락토바실러스 악시도필러스), 엔테로코커스, 페디오코커스, 류코노스톡, 오에노코커스 또는 이들의 임의의 조합으로부터의 세포 용해물을 포함하나 이들로 제한되지 않는다.
일부 실시양태에서, 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 또는 이의 성분 또는 유도체를 포함하는 조성물은 하나 이상의 추가 성분의 첨가에 의해 개선된다. 일부 실시양태에서, 개선은 하나 이상의 추가 성분이 없는 조성물에 비해 더 큰 효능, 안정성 및/또는 생존율이다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 추가 성분은 부형제, 예를 들어, 동결보호제를 포함할 수 있으나 이로 제한되지 않는다.
프로바이오틱
일부 실시양태에서, 본 개시내용에 의해 제공된 프로바이오틱은 하나 이상의 세균 속을 포함하거나 이로 구성된다. 본 개시내용의 본원에서 제공된 방법에 의해 제공되고 이러한 방법에 유용한 프로바이오틱 세균은 인간 단리된 또는 합성(즉, 실험실에서 생성된, 예를 들어, 조작된 세균) 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 및 임의의 추가 미생물, 예컨대, 비피도박테리움, 브레비박테리움, 프로피오니박테리움, 락토코커스, 스트렙토코커스, 락토바실러스(예를 들어, 락토바실러스 악시도필러스), 엔테로코커스, 페디오코커스, 류코노스톡, 오에노코커스 또는 이들의 임의의 조합을 포함하나 이들로 제한되지 않는다.
일부 실시양태에서, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 균주는 원래 인간 공급원으로부터 유래한다. 일부 실시양태에서, 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 균주는 기준 균주, 예를 들어, 비인간 균주에 비해 인간 피부에서 더 우수한 지속성을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 균주는 기준 균주에 비해 대사물질 또는 대사물질들 또는 포스트바이오틱의 더 우수한 생성 또는 과다생성을 나타낸다. 이러한 실시양태에서, 기준 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 균주는 도롱뇽 피부, 농작물 등과 같은 상이한 환경 적소로부터 단리된 균주일 수 있다.
일부 실시양태에서, 프로바이오틱 속은 알칼리게네스, 바실러스 및/또는 잔티노박테리움을 포함하거나 이로 구성된다.
일부 실시양태에서, 알칼리게네스는 알칼리게네스 패칼리스를 포함하거나 이로 구성된다.
일부 실시양태에서, 바실러스는 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 및/또는 바실러스 서브틸리스를 포함하거나 이로 구성된다.
일부 실시양태에서, 잔티노박테리움은 잔티노박테리움 리비둠을 포함하거나 이로 구성된다.
일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 프로바이오틱 알칼리게네스 패칼리스를 포함하거나, 본질적으로 이로 구성되거나, 이로 구성된다. 일부 이러한 실시양태에서, 프로바이오틱은 DB05646을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 서열번호 1로 기재된 핵산 서열을 포함하거나 이로 구성됨을 특징으로 한다.
일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 프로바이오틱 바실러스 알티투디니스를 포함하거나, 본질적으로 이로 구성되거나, 이로 구성된다. 일부 이러한 실시양태에서, 프로바이오틱은 DB10033을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 DB02448, DB02457, DB02461, DB02478, DB02549 또는 DB02623을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 서열번호 2로 기재된 핵산 서열을 포함하거나 이로 구성됨을 특징으로 한다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 서열번호 7 내지 12 중 어느 한 서열번호로 기재된 핵산 서열을 포함하거나 이로 구성됨을 특징으로 한다.
일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 바실러스 푸밀러스를 포함하거나, 본질적으로 이로 구성되거나, 이로 구성된다. 일부 이러한 실시양태에서, 프로바이오틱은 DB03376을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 DB01269, DB02420, DB02429, DB02430, DB02485, DB02492, DB02548, DB02622, DB02626, DB02680, DB02681, DB02708, DB03355, DB03366 또는 DB03376을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 서열번호 3으로 기재된 핵산 서열을 포함하거나 이로 구성됨을 특징으로 한다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 서열번호 13 내지 16 및 18 내지 26 중 어느 한 서열번호로 기재된 핵산 서열을 포함하거나 이로 구성됨을 특징으로 한다.
일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 바실러스 서브틸리스를 포함하는 프로바이오틱을 포함하거나, 본질적으로 이로 구성되거나, 이로 구성된다. 일부 이러한 실시양태에서, 프로바이오틱은 DB02475를 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 DB01270, DB01298, DB02460, DB02462, DB02946, DB03347, DB03351, DB03353 또는 DB03376을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 서열번호 4로 기재된 핵산 서열을 포함하거나 이로 구성됨을 특징으로 한다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 서열번호 27 내지 35 중 어느 한 서열번호로 기재된 핵산 서열을 포함하거나 이로 구성됨을 특징으로 한다.
일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 잔티노박테리움 리비둠을 포함하는 프로바이오틱을 포함하거나, 본질적으로 이로 구성되거나, 이로 구성된다. 일부 이러한 실시양태에서, 프로바이오틱은 DB02473을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 서열번호 5로 기재된 핵산 서열을 포함하거나 이로 구성됨을 특징으로 한다.
잔티노박테리움
잔티노박테리움은 인체를 포함하는 많은 환경 적소에서 일반적으로 발견되는 그람 음성 베타프로테오세균 속이다. 진균 감염으로부터 양서류를 보호하는 잔티노박테리움 리비둠의 능력이 확인되었다.
일부 실시양태에서, 잔티노박테리움의 하나 이상의 종은 환경 공급원으로부터 단리된다. 일부 실시양태에서, 잔티노박테리움의 하나 이상의 종은 인간 공급원으로부터 단리된다. 일부 실시양태에서, 인간 공급원은 인간 피부이다. 일부 실시양태에서, 인간 피부는 건강한 인간 피부(예를 들어, 질환, 장애 또는 병태가 수집 위치에 존재하지 않음)이다. 일부 실시양태에서, 인간 피부는 병든 인간 피부(예를 들어, 질환, 장애 또는 병태가 수집 위치에 존재함)이다.
일부 실시양태에서, 잔티노박테리움은 DB02473을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 잔티노박테리움은 NCBI 기준 균주로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 종은 잔티노박테리움 리비둠이다. 일부 실시양태에서, 잔티노박테리움은 그의 16s rRNA 서열이 서열번호 5로 기재된 서열을 포함하거나 이로 구성됨을 특징으로 한다.
일부 실시양태에서, 잔티노박테리움 리비둠 균주는 기준 균주(예를 들어, NCBI 기준 균주)와 비교된다. 일부 실시양태에서, 기준 균주는 동일한(예를 들어, 인간 피부) 또는 상이한(예를 들어, 토양, 곤충, 수중 등) 환경 적소로부터 단리된 또 다른 잔티노박테리움 리비둠 균주이다. 일부 실시양태에서, 기준 잔티노박테리움 리비둠 균주는 동물(예를 들어, 척추동물), 농작물, 토양, 물 등과 같은 상이한 환경 적소로부터 단리된 균주일 수 있다.
일부 실시양태에서, 인간 유래 잔티노박테리움 리비둠 균주는 기준 균주에 비해 인간 피부에서 더 우수한 지속성을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 인간 유래 잔티노박테리움 리비둠 균주는 기준 균주에 비해 대사물질 또는 포스트바이오틱의 더 우수한 지속성, 생성 또는 과다생성과 같은 이점을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 이점은 인간 피부에서의 증가된 수명이다. 일부 실시양태에서, 이점은 대사물질의 증가된 생성과 관련된다. 일부 실시양태에서, 이점은 대사물질의 감소된 생성과 관련된다. 일부 실시양태에서, 인간 유래 잔티노박테리움 리비둠 또는 단리된 인간 유래 잔티노박테리움 리비둠은 다른 균주(예를 들어, 기준 균주)에 비해 그의 대사물질을 과다생성하거나 과다발현한다.
알칼리게네스
알칼리게네스는 척추동물(예를 들어, 인간)의 장관(예를 들어, 알칼리게네스 패칼리스) 또는 기도, 물, 토양, 부패 물질 등에서 일반적으로 발견되는 그람 음성 호기성 막대형 세균 속이다. 이 속은 인체를 비롯한 많은 환경 적소에서 일반적으로 발견되는 탄수화물을 소비하지 않는다.
일부 실시양태에서, 알칼리게네스의 하나 이상의 종은 환경 공급원으로부터 단리된다. 일부 실시양태에서, 알칼리게네스의 하나 이상의 종은 인간 공급원으로부터 단리된다. 일부 실시양태에서, 인간 공급원은 인간 피부이다. 일부 실시양태에서, 인간 피부는 건강한 인간 피부(예를 들어, 질환, 장애 또는 병태가 수집 위치에 존재하지 않음)이다. 일부 실시양태에서, 인간 피부는 병든 인간 피부(예를 들어, 질환, 장애 또는 병태가 수집 위치에 존재함)이다.
일부 실시양태에서, 알칼리게네스는 DB 균주 DB05646(예를 들어, 표 1 및 19에 제공된 바와 같음)으로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 알칼리게네스는 NCBI 기준 균주(예를 들어, 표 19에 제공된 바와 같으나 이들로 제한되지 않음)로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 종은 알칼리게네스 패칼리스이다. 일부 실시양태에서, 알칼리게네스 패칼리스는 그의 16s rRNA 서열이 서열번호 1로 기재된 서열을 포함하거나 이로 구성됨을 특징으로 한다.
일부 실시양태에서, 알칼리게네스 패칼리스는 서열번호 6으로 기재된 핵산 서열을 포함하거나 이로 구성된 유전자를 추가로 포함한다. 일부 이러한 실시양태에서, 서열번호 6을 포함하거나 이로 구성된 핵산은 서열번호 6으로 표시된 유전자를 가진 프로바이오틱을 포함하는 조성물에 유리한 성질을 부여한다. 일부 실시양태에서, 알칼리게네스 패칼리스는 서열번호 6의 서열을 가진 핵산을 포함하지 않고, 서열번호 6과 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.5%, 99%, 99.1%, 99.2%, 99.3%, 99.4%, 99.5%, 99.6%, 99.7%, 99.8%, 99.9% 이상 동일한 임의의 핵산도 포함하지 않는다.
일부 실시양태에서, 알칼리게네스 패칼리스 균주는 기준 균주(예를 들어, NCBI 기준 균주)와 비교된다. 일부 실시양태에서, 기준 균주는 동일한(예를 들어, 인간 피부) 또는 상이한(예를 들어, 양서류 피부) 환경 적소로부터 단리된 또 다른 알칼리게네스 패칼리스 균주이다. 일부 실시양태에서, 기준 알칼리게네스 패칼리스 균주는 도롱뇽 피부, 농작물 등과 같은 상이한 환경 적소로부터 단리된 균주일 수 있다.
일부 실시양태에서, 인간 유래 알칼리게네스 패칼리스 균주는 기준 균주에 비해 인간 피부에서 더 우수한 지속성을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 인간 유래 알칼리게네스 패칼리스 균주는 기준 균주에 비해 대사물질 또는 포스트바이오틱의 이점, 예컨대, 더 우수한 지속성, 생성 또는 과다생성을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 이점은 인간 피부에서의 증가된 수명이다. 일부 실시양태에서, 이점은 대사물질의 증가된 생성과 관련된다. 일부 실시양태에서, 이점은 대사물질의 감소된 생성과 관련된다. 일부 실시양태에서, 인간 유래 알칼리게네스 패칼리스 또는 단리된 인간 유래 알칼리게네스 패칼리스는 다른 균주(예를 들어, 기준 균주)에 비해 그의 대사물질을 과다생성하거나 과다발현한다.
바실러스
바실러스는 그람 양성 막대형 및 일반적으로 호기성 세균 속이다. 일부 실시양태에서, 바실러스는 혐기성을 나타낸다. 바실러스는 토양 및 물과 같은 위치에서 널리 발견된다.
일부 실시양태에서, 바실러스의 하나 이상의 종은 환경 공급원으로부터 단리된다. 일부 실시양태에서, 바실러스의 하나 이상의 종은 인간 공급원으로부터 단리된다. 일부 실시양태에서, 인간 공급원은 인간 피부이다. 일부 실시양태에서, 인간 피부는 건강한 인간 피부(예를 들어, 질환, 장애 또는 병태가 수집 위치에 존재하지 않음)이다. 일부 실시양태에서, 인간 피부는 병든 인간 피부(예를 들어, 질환, 장애 또는 병태가 수집 위치에 존재함)이다.
일부 실시양태에서, 바실러스(예를 들어, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 등)는 일부 실시양태에서 항균 효과를 가질 수 있는 여러 대사물질을 생성한다.
일부 실시양태에서, 바실러스는 DB10033(바실러스 알티투디니스), DB03376(바실러스 푸밀러스) 또는 DB02475(바실러스 서브틸리스)로부터 선택된 DB 균주를 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 바실러스는 표 21, 23 및/또는 25에 제공된 바와 같은 DB 균주로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 바실러스는 NCBI 기준 균주들(예를 들어, 표 21, 23 및 25에 제공된 바와 같으나 이들로 제한되지 않음)로부터 선택된다. 일부 실시양태에서, 종은 바실러스 알티투디니스이다. 일부 실시양태에서, 종은 바실러스 푸밀러스이다. 일부 실시양태에서, 종은 바실러스 서브틸리스이다. 일부 실시양태에서, 바실러스는 그의 16s rRNA 서열이 서열번호 2, 3 또는 4 중 어느 한 서열번호로 기재된 서열을 포함하거나 이로 구성됨을 특징으로 한다. 일부 실시양태에서, 바실러스는 그의 16s rRNA 서열이 서열번호 7 내지 37 중 어느 한 서열번호로 기재된 서열을 포함하거나 이로 구성됨을 특징으로 한다.
일부 실시양태에서, DB10033(바실러스 알티투디니스), DB03376(바실러스 푸밀러스), 또는 DB02475(바실러스 서브틸리스) 균주는 기준 균주(예를 들어, NCBI 기준 균주)와 비교된다. 일부 실시양태에서, 기준 균주는 동일한(예를 들어, 인간 피부) 또는 상이한(예를 들어, 양서류 피부) 환경 적소로부터 단리된 또 다른 바실러스 균주이다. 일부 실시양태에서, 기준 바실러스 균주는 도롱뇽 피부, 농작물 등과 같은 상이한 환경 적소로부터 단리된 균주일 수 있다.
일부 실시양태에서, 인간 유래 바실러스(예를 들어, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스) 균주는 기준 균주에 비해 인간 피부에서 더 우수한 지속성을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 인간 유래 바실러스(예를 들어, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스) 균주는 기준 균주에 비해 이점, 예컨대, 대사물질 또는 포스트바이오틱의 더 우수한 지속성, 생성 또는 과다생성을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 이점은 인간 피부에서의 증가된 수명이다. 일부 실시양태에서, 이점은 대사물질의 증가된 생성과 관련된다. 일부 실시양태에서, 이점은 대사물질의 감소된 생성과 관련된다. 일부 실시양태에서, 인간 유래 바실러스(예를 들어, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스) 또는 단리된 인간 유래 바실러스(예를 들어, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스)는 다른 균주(예를 들어, 기준 균주)에 비해 그의 대사물질을 과다생성하거나 과다발현한다.
프리바이오틱
본 개시내용의 교시에 따른 프리바이오틱은 유익한 세균의 생장을 촉진하는 하나 이상의 성분을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 프리바이오틱 물질은 관련 프로바이오틱에 의해 소비될 수 있거나, 그렇지 않으면 관련 프로바이오틱을 생존 상태로 유지하는 데 도움이 될 수 있거나 그의 생장을 자극할 수 있다. 일부 실시양태에서, 유효량으로 적용되거나 소비될 때, 프리바이오틱은 또한 대상체의 천연 생성 마이크로바이옴에 유리한 영향을 미침으로써 건강 이점을 부여한다. 일부 실시양태에서, 그 자체가 프리바이오틱이거나 하나 이상의 프리바이오틱을 포함하는, 숙주에 의해 소비되는 식품은 결장에 들어가고 내생성 세균을 위한 기질로서 사용됨으로써, 에너지, 대사 기질 및/또는 필수 미량영양소를 간접적으로 숙주에게 제공한다. 일부 실시양태에서, 프리바이오틱은 프로바이오틱 균주의 효과 또는 수명을 향상시키기 위해 임의의 프로바이오틱 조성물에 첨가될 수도 있다.
프리바이오틱은 프로바이오틱이 그의 환경에서 존속하고 심지어 번성하도록 도와주므로, 그의 건강 이점은 대체로 간접적이다. 예를 들어, 장내 미생물총(microflora)에 의한 결장 발효에 의해 생성된 대사물질, 예컨대, 단쇄 지방산은 숙주의 건강에 있어서 중요한 기능적 역할을 할 수 있다. 프리바이오틱은 이점을 그의 숙주에게 제공하는 인간 미생물총의 능력을 향상시키는 데 유용한 작용제일 수 있다.
본 개시내용의 실시양태에 따른 프리바이오틱은 제한 없이 아미노산, 펩티드, 글리세롤, 다른 단순 폴리올, 당 알코올, 글루코스, 단당류, 이당류, 다당류 및 올리고당류, 다당류 및 변형된 다당류, 폴리소르베이트, 비타민, 영양소 전구체, 단백질 및 이들의 조합을 포함하는 프리바이오틱 조성물을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 프리바이오틱을 포함하는 조성물은 제한 없이 아미노산, 글리세롤, 당 알코올, 단당류, 이당류, 올리고당류, 다당류, 변형된 다당류 및 폴리소르베이트를 포함한다.
일부 이러한 실시양태에서, 이 화합물들은 프로바이오틱의 수를 증가시키고 이의 관련 이점을 증강시키는 능력을 가진다. 본 개시내용의 특정 실시양태에 따라 프리바이오틱으로서 분류되는 올리고당류의 비제한적 예는 갈락토올리고당류, 프럭토올리고당류, 이눌린, 이소말토-올리고당류, 락티롤, 락토수크로스, 락툴로스, 피로덱스트린, 대두 올리고당류, 트랜스갈락토-올리고당류 및 자일로-올리고당류를 포함한다.
일부 실시양태에서, 조성물은 아미노산 또는 펩티드를 포함하는 프리바이오틱을 포함한다.
일부 실시양태에서, 프리바이오틱은 하나 이상의 유익한 대사물질의 생성을 증가시키기 위해 포함된다.
일부 실시양태에서, 추가로 동결보호제로서 사용되는 프리바이오틱이 첨가된다.
바람직한 실시양태는 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 생장을 개선하는 프리바이오틱을 포함한다. 일부 이러한 실시양태에서, 프리바이오틱은 하나 이상의 폴리소르베이트를 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 프리바이오틱은 D-만니톨, Tween 20, Tween 40 및 사이티딘 중 하나 이상을 포함하거나 이로 구성된다.
바람직한 실시양태는 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 기능을 향상시키는 프리바이오틱을 포함한다.
보다 바람직한 실시양태는 인간 단리된 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 기능을 향상시키는 프리바이오틱을 포함한다.
포스트바이오틱
일부 실시양태에서, 포스트바이오틱은 이 미생물 성분들의 모든 동의어 및 관련 용어에 대한 포괄적 용어로서 간주될 수 있다. 일부 실시양태에서, 포스트바이오틱은 대사물질, 단쇄 지방산(SCFA, 예를 들어, 아세트산, 프로피온산 및 부티르산), 미생물 세포 분획, 기능성 단백질, 세포외 다당류(EPS), 세포 용해물, 테이코산, 페닐젖산, 휘발성 유기 화합물(VOC), B-비타민 합성(바이오틴, 코발라민, 폴레이트, 니코틴산, 판토텐산, 피리독신, 리보플라빈 및 티아민), 펩티도글리칸 단리된 뮤로펩티드, 항균 펩티드(AMP) 및 필리형(pili-type) 구조물을 비롯한 많은 상이한 성분들을 포함할 수 있다.
대사물질
일부 실시양태에서, 본 개시내용에 의해 제공된 프로바이오틱은 하나 이상의 대사물질을 생성한다. 일부 실시양태에서, 이러한 대사물질은 본원에서 제공된 프로바이오틱에 하나 이상의 이점을 부여할 수 있다. 일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 프로바이오틱은 여러 대사물질을 생성한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 대사물질은 특정 항균 효과를 가질 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 대사물질은 엑토인, 베타락톤, 테르펜, 레조르시놀, T1PKS, 퀴롤로박틴, 부르크호데르산, 바실리박틴, 하이드록실아민, 사이클로-(L-Pro-Gly)5, 페닐아세트산, p-하이드록시페닐아세틸아미드, 아밀라제, 프로테아제, 셀룰라제, 이투린, 키티나제, 투니카마이신, 부티로락톤, 포스포네이트, 시데로포어, 인돌 아세트산, 열안정성 케라티나제, 인돌-3-아세트산, 삼투물질, 카탈라제 생성, 아밀라제, ACC 데아미나제, 구아닐-선호 RNase, 비나제, 박테리오신, 비리보좀 펩티드 합성효소, 삭티펩티드, 바실리신, 슈도모닌, 펜기신, 서팩틴, 리체니신, 포자형성 킬링 인자, 4-페닐부탄산, 부타날, 3-메틸-, 프로펜, 2-부텐, 2-헵타논, 6-메틸-5-메틸렌- 및 6-옥사비사이클로[3.1.0]헥산, 디케토피페라진 코르디세디펩티드, 푸밀라시딘, 살균제, 4-디펜틸헥산-2,5-디올, 1,1'-(4,5-디부틸사이클로헥산-1,2-디일)비스(에탄-1-올), 1,1'-(4,5-디부틸-3,6-디메틸사이클로헥산-1,2-디일)비스(에탄-1-온), 항진균 환형 리포펩티드, 폴리케타이드(PK), 리보좀 및 비리보좀 합성 펩티드, N1-테트라하이드로푸란-2-일메틸-2-시아노아세트아미드, Lys-Pro, 6-옥소-피페콜린산, (1Z)-N-(4-아미노부틸)에탄이미드산, 발릴-4-하이드록시프롤린, 2-(1-에톡시에톡시)프로판산, 1-피롤린-5-카르복실산, 메틸티오 2-(프로피오닐옥시)프로피오네이트, 5-구아니디노-2-옥소펜탄산, 에틸 아세토아세테이트, 리불로스-5-포스페이트, 1-메틸-1H-피롤, N-아세틸오르니틴, D-1-피페리딘-2-카르복실산, (2S)-4-아세트아미도-2-아미노부탄산, N6-아세틸-L-라이신, N-아세틸메티오닌, 6-옥소-피페콜린산, 2-메틸티아졸리딘, 히스타민, 아세틸아르기닌, 디에틸 말로네이트, 6-옥소-피페콜린산, (디메틸아미노)아세토니트릴, N-아세틸글루탐산, 3-메틸크로토닐글리신, 푸트레신, 바닐린, N-아세틸카다베린, 1-피롤린, 8-아자비사이클로[3.2.1]옥탄-3-올, 2-[(1S)-1, 하이드록시에틸]-4(1H)-퀴나졸리논, 4-모르폴리닐아세트산, 아미노에틸에탄올아민, 4-모르폴리닐아세트산, 우로칸산, (2S)-6-아미노-2-[(E)-(하이드록시메틸렌)아미노]헥산이미드산, (Z)-노렌독시펜(Norendoxifen), Ser-Leu, 5-메틸사이토신, 니케타마이드(Nikethamide), 펜톡실, 필로카르핀(Pilocarpine), 프롤린아미드, 피페콜린산, 아미노아디프산, Gly-Phe, 2-에틸니코틴아미드, (2R,3S)-3-하이드록시-8-메틸-8-아자비사이클로[3.2.1]옥탄-2-카르복실산, 3-하이드록시퀴누클리딘-3-카르보니트릴 염산염, 발레로니트릴, 이소프로필메톡시피라진, 2-sec-부틸-3-메톡시피라진, 4-피페리돈, (1S,3R,4s)-1,3,4,5-테트라하이드록시사이클로헥산카르복실산, 2,3,5,6-테트라메틸피라진, N-아세틸프로카인아미드, 아프로바르비탈(Aprobarbital), Leu-Val, N-아세틸아스파르트산, 감마-글루타밀-3-(2-메틸렌사이클로프로필)알라닌, 4-구아니디노부티르산, 메틸 아세토아세테이트, 메틸 인돌-3-아세테이트, 3-아미노-2-페닐-2H-피라졸로[4,3-c]피리딘-4,6-디올, N8-아세틸스퍼미딘, 우리딘, 헥소스 이량체1, N(6)-메틸아데노신, 구아노신, 이노신, 4-모르폴린프로판설폰산, 석시부존(Suxibuzone), 우라실, L-감마-글루타밀-L-류신, 5-하이드록시-2-푸로산, 15,16-DiHODE, 3-하이드록시부티르산, 타이민, NP-008993, N-아세틸트립토판, 4-데옥시-5-C-(3,5-디-sec-부틸-1-사이클로펜텐-1-일)펜톤산, 푸르푸랄(Furfural), 4-[(3-아세트아미도프로필)아미노]부탄산, 사이토신, 아프로바르비탈(Aprobarbital), 5-메틸-트립토판, 아세틸세린, N-아세틸트립토판, N-이소-발레릴글리신, 리불로스-5-포스페이트, 구아노신, 3-메틸크로토닐글리신, 2-피롤리돈, 8-아자비사이클로[3.2.1]옥탄-3-올, 6-옥소-피페콜린산, 테트라아세틸에틸렌디아민, 2-(하이드록시메틸)부탄산, N6-아세틸-L-라이신, 프로스타글란딘 E2, 푸라네올(Furaneol), 미리오신(Myriocin), 3-하이드록시-5,8-테트라데카디엔카르니틴, 아세틸아르기닌, 하이포잔틴, 트로프산/아세토바닐론/3-페닐젖산, 우라실, 3-하이드록시옥탄산, 데스메니놀(Desmeninol), 키누렌산(Kynurenic acid), 2-하이드록시펠바메이트, (1S,3R,4s)-1,3,4,5-테트라하이드록시사이클로헥산카르복실산, 레불린산, 4,5-디데옥시-3-C-메틸-D-에리쓰로-펜톤산, 3,13,13,17-테트라메틸-21-옥사-12-아자헥사사이클로[10.7.1.1~2,17~.0~5,20~.0~6,11~.0~14,19~]헤니코사-1(20),2,4,6,8,10-헥센, 2-아세트아미도옥탄산, 4-메틸-2-옥소발레르산(케토류신), L-5-하이드록시트립토판, 피루브산, DL-글리세르산, 5-메틸사이티딘, 에다라본(Edaravone), 3-하이드록시부티르산, Thr-Val, 4-인돌카르브알데하이드, 메틸 2-[(2-메톡시-2-옥소에틸)아미노]아세테이트, 벤젠, L-감마-글루타밀-L-류신, 알라닐류신, 1-피롤린, 타이민, 인돌-3-아세트산, 레불린산, 글루타르산/에틸말론산, 프테린, N-아세틸-L-류신, 4-데옥시-5-C-(3,5-디-sec-부틸-1-사이클로펜텐-1-일)펜톤산, 4-(메틸니트로사미노)-1-(3 -피리딜-N-옥사이드)-1-부탄올, N-아세틸-L-페닐알라닌, 티라민, 아세토페논, 니코틴산, 인돌-3-카르복실레이트, asp-leu, 히스티딘, 3,3'-(1,4-부탄디일디이미노)디프로판산, 8-하이드록시퀴놀린, 알라닐류신, 4-하이드록시벤즈알데하이드, 2-아미노-4-메틸피리미딘, 포메피졸(Fomepizole), 3-이소프로필말산, 메틸 2-[(2-메톡시-2-옥소에틸)아미노]아세테이트, 호모-L-아르기닌, 1-(4-아미노부틸)우레아, N-(2-하이드록시페닐)아세트아미드, 아세틸히스티딘, 1-비닐이미다졸, 2-[(8E,11E,14Z)-8,11,14-헵타데카트리엔-1-일]-6-하이드록시벤조산, 4-쿠마르산, 프롤린아미드 또는 ile-ala 중 하나 이상일 수 있거나 이를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 가용성 대사물질 및 본 개시내용에서 사용하기 위한 가용성 대사물질은 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 및 임의의 추가 미생물, 예컨대, 비피도박테리움, 브레비박테리움, 프로피오니박테리움, 락토코커스, 스트렙토코커스, 락토바실러스(예를 들어, 락토바실러스 악시도필러스), 엔테로코커스, 페디오코커스, 류코노스톡, 오에노코커스 및 이들의 임의의 조합으로부터의 가용성 대사물질을 포함하나 이들로 제한되지 않는다.
일부 실시양태에서, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 균주는 기준 균주와 비교된다. 일부 실시양태에서, 기준 균주는 또 다른 환경 적소로부터 단리된 또 다른 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 균주이다.
일부 실시양태에서, 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 또는 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스는 다른 균주(예를 들어, 기준 균주)에 비해 그의 화합물(예를 들어, 대사물질)을 과다생성하거나 과다발현한다. 사용된 바와 같이, 용어 "과다생성" 및 "과다발현"은 다른 균주(예를 들어, 기준 균주)에 비해 (각각) 적어도 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 100%, 110%, 120%, 130%, 140%, 1.5배, 2배, 2.5배 또는 3배 더 많은 생성 또는 더 많은 발현을 의미한다. 일부 이러한 실시양태에서, 기준 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 균주는 도롱뇽 피부, 농작물 등과 같은 상이한 환경 적소로부터 단리된 균주일 수 있다. 사용된 바와 같이, 용어 "과다생성"은 유기체에 의한 화합물(예를 들어, 대사물질)의 생성을 의미하고 용어 "과다발현"은 화합물(예를 들어, 대사물질)을 생성하는 유전자의 발현을 의미한다.
일부 실시양태에서, 프로바이오틱은 하나 이상의 대사물질을 생성한다. 일부 실시양태에서, 대사물질은 프리바이오틱일 수 있다. 일부 실시양태에서, 대사물질은 포스트바이오틱일 수 있다. 일부 실시양태에서, 대사물질은 단일배양으로부터 생성된다. 일부 실시양태에서, 대사물질은 공배양으로부터 생성된다. 일부 실시양태에서, 특정 대사물질은 다른 대사물질보다 더 높은 수준(예를 들어, 1배, 2배, 3배, 4배, 5배 이상)으로 생성된다. 일부 실시양태에서, 특정 대사물질은 다른 대사물질보다 더 낮은 수준(예를 들어, 1배, 2배, 3배, 4배, 5배 이하)으로 생성된다. 일부 실시양태에서, 대사물질은 단일배양에서 (다른 대사물질 수준에 비해) 증가되고 (단일배양에 비해) 공배양에서 동일하게 유지되거나 감소된다. 일부 실시양태에서, 대사물질은 단일배양에서 (다른 대사물질 수준에 비해) 감소되고, (단일배양에 비해) 공배양에서 동일하게 유지되거나 증가된다. 일부 실시양태에서, 공배양은 말라세지아 푸르푸르와 함께 배양하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 잔티노박테리움(예를 들어, 잔티노박테리움 리비둠)은 항균 효과를 가질 수 있는 여러 대사물질을 생성한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 대사물질의 증가된 생성은 유리한 효과(예를 들어, 병리학적 미생물에 대한 더 큰 치료 효능 등)를 부여한다. 일부 실시양태에서, 대사물질은 잔티노박테리움의 단일 균주에 의해 생성된다. 일부 실시양태에서, 대사물질 농도는 (예를 들어, 또 다른 미생물, 예를 들어, 말라세지아 푸르푸르 등을 사용한) 공배양에서 증가된다. 일부 실시양태에서, 대사물질의 증가는 프로바이오틱 및/또는 대사물질의 치료적 사용에 추가 이점을 부여한다.
일부 실시양태에서, 잔티노박테리움의 대사물질은 비올라세인(violacein), 인돌-3-카르복스알데하이드, 프로디지오신(prodigiosin), 살리실레이트, 2,4-디아마부티레이트, 하나 이상의 란티바이오틱 또는 이들의 임의의 조합을 포함하거나 이로 구성된다. 당분야에서 숙련된 자에게 알려져 있을 바와 같이, 비올라세인은 그의 보라색으로 인해 알려진 비스인돌 화합물이며, 일부 실시양태에서 하나 이상의 항균성을 나타낸다. 일부 실시양태에서, 인돌-3-카르복스알데하이드(헤테로아렌 카르브알데하이드, 인돌 알칼로이드 및 인돌의 구성원)는 식물 대사물질, 인간 제노바이오틱(xenobiotic) 대사물질, 세균 대사물질 및 해양 대사물질로서의 역할을 한다. 일부 실시양태에서, 프로디지오신(적색으로 착색된 알칼로이드 2차 대사물질)은 세라티아(Serratia) 종과 관련된다. 일부 이러한 실시양태에서, 프로디지오신 분자는 그들의 공통된 피롤릴 피로메텐 골격에 의해 식별되고, 항균 활성을 포함하는 다양한 생물학적 활성을 가진 것으로 밝혀졌다. 일부 실시양태에서, 박테리오신의 서브세트인 란티바이오틱(lantibiotic)은 분자내 고리 구조를 함유하는 유전적으로 코딩된 펩티드이고 이들 중 대다수는 항균성을 가진 것으로 확인되었다. 일부 실시양태에서, 란티바이오틱 펩티드는 그들의 특징적인 고리 구조를 생성하기 위해 번역 후 변형된다. 당분야에서 숙련된 자에게 알려져 있을 바와 같이, 가장 잘 알려진 란티바이오틱 중 하나는 니신(nisin)이다.
일부 실시양태에서, 대사물질은 비올라세인, 인돌-3-카르복스알데하이드, 프로디지오신, 살리실레이트, 2,4-디아마부티레이트 및 하나 이상의 란티바이오틱을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 이점은 2-(알파-D-만노실)-D-글리세르산, 2-케토글루코네이트, 2-O-에틸 아스코르브산, 안쓰라마이신(anthramycin), 아프로바르비탈(Aprobarbital), 벤디오카르브(bendiocarb), 비스(2-에틸헥실) 프탈레이트, 시스-5-테트라데세노일카르니틴, 디부틸 프탈레이트, 이미다졸 프로피오네이트, 인돌-3-카르복실레이트, 인돌린-2-온, N-아세틸-L-아스파르트산, 인산, 프탈산, 피밀프로스트(Pimilprost), 트리메타디온(trimethadione) 및 베르놀레이트(Vernolate)의 증가된 생성이다.
일부 실시양태에서, 알칼리게네스(예를 들어, 알칼리게네스 패칼리스)는 일부 실시양태에서 항균 효과를 가질 수 있는 여러 대사물질을 생성한다. 일부 실시양태에서, 알칼리게네스(예를 들어, 알칼리게네스 패칼리스)는 일부 실시양태에서 항균 효과를 가질 수 있는 여러 대사물질을 생성한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 대사물질의 증가된 생성은 유리한 효과(예를 들어, 병리학적 미생물에 대한 더 큰 치료 효능 등)를 부여한다. 일부 실시양태에서, 대사물질은 알칼리게네스의 단일 균주에 의해 생성된다. 일부 실시양태에서, 대사물질 농도는 (예를 들어, 또 다른 미생물, 예를 들어, 말라세지아 푸르푸르 등을 사용한) 공배양에서 증가된다. 일부 실시양태에서, 대사물질의 증가는 프로바이오틱 및/또는 대사물질의 치료적 사용에 추가 이점을 부여한다.
일부 실시양태에서, 알칼리게네스 대사물질은 N1-테트라하이드로푸란-2-일메틸-2-시아노아세트아미드, Lys-Pro, 6-옥소-피페콜린산, (1Z)-N-(4-아미노부틸)에탄이미드산, 발릴-4-하이드록시프롤린 또는 이들의 임의의 조합을 포함하거나 이로 구성된다. 일부 실시양태에서, 대사물질은 2-(1-에톡시에톡시)프로판산, 1-피롤린-5-카르복실산, 메틸티오 2-(프로피오닐옥시)프로피오네이트, 5-구아니디노-2-옥소펜탄산, 에틸 아세토아세테이트, 리불로스-5-포스페이트, 1-메틸-1H-피롤, N-아세틸오르니틴, D-1-피페리딘-2-카르복실산, (2S)-4-아세트아미도-2-아미노부탄산, N6-아세틸-L-라이신, N-아세틸메티오닌, 6-옥소-피페콜린산, 2-메틸티아졸리딘, 히스타민, 아세틸아르기닌, 디에틸 말로네이트, (디메틸아미노)아세토니트릴, N-아세틸글루탐산, 3-메틸크로토닐글리신, 푸트레신, 바닐린, N-아세틸카다베린, 1-피롤린, 8-아자비사이클로[3.2.1]옥탄-3-올, 2-[(1S)-1-하이드록시에틸]-4(1H)-퀴나졸리논, 4-모르폴리닐아세트산, 아미노에틸에탄올아민, 4-모르폴리닐아세트산, 우로칸산, (2S)-6-아미노-2-[(E)-(하이드록시메틸렌)아미노]헥산이미드산, (Z)-노렌독시펜, Ser-Leu, 5-메틸사이토신, 니케타마이드, 펜톡실, 필로카르핀, 프롤린아미드, 피페콜린산, 아미노아디프산, Gly-Phe, 2-에틸니코틴아미드, (2R,3S)-3-하이드록시-8-메틸-8-아자비사이클로[3.2.1]옥탄-2-카르복실산, 3-하이드록시퀴누클리딘-3-카르보니트릴 염산염, 발레로니트릴, 이소프로필 메톡시 피라진, 2-sec-부틸-3-메톡시피라진, 4-피페리돈, (1S,3R,4s)-1,3,4,5-테트라하이드록시사이클로헥산카르복실산, 2,3,5,6-테트라메틸피라진, N-아세틸프로카인아미드, 아프로바르비탈, Leu-Val, N-아세틸아스파르트산, 감마-글루타밀-3-(2-메틸렌사이클로프로필)알라닌, 4-구아니디노부티르산, 메틸 아세토아세테이트, 메틸 인돌-3-아세테이트, 3-아미노-2-페닐-2H-피라졸로[4,3-c]피리딘-4,6-디올, N8-아세틸스퍼미딘, 우리딘, 헥소스이량체1, N(6)-메틸아데노신, 구아노신, 이노신, 4-모르폴린프로판설폰산, 석시부존, 우라실, L-감마-글루타밀-L-류신, 5-하이드록시-2-푸로산, 15,16-DiHODE, 3-하이드록시부티르산, 타이민, NP-008993, N-아세틸트립토판, 4-데옥시-5-C-(3,5-디-sec-부틸-1-사이클로펜텐-1-일)펜톤산, 푸르푸랄, 4-[(3-아세트아미도프로필)아미노]부탄산, 사이토신 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 바실러스(예를 들어, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스)는 일부 실시양태에서 항균 효과를 가질 수 있는 여러 대사물질을 생성한다. 일부 실시양태에서, 바실러스(예를 들어, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스)는 일부 실시양태에서 항균 효과를 가질 수 있는 여러 대사물질을 생성한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 대사물질의 증가된 생성은 유리한 효과(예를 들어, 병리학적 미생물에 대한 더 큰 치료 효능 등)를 부여한다. 일부 실시양태에서, 대사물질은 바실러스의 단일 균주에 의해 생성된다. 일부 실시양태에서, 대사물질 농도는 (예를 들어, 또 다른 미생물, 예를 들어, 말라세지아 푸르푸르 등을 사용한) 공배양에서 증가된다. 일부 실시양태에서, 대사물질의 증가는 프로바이오틱 및/또는 대사물질의 치료적 사용에 추가 이점을 부여한다.
일부 실시양태에서, 바실러스(예를 들어, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 등) 대사물질은 5-메틸-트립토판, 아세틸세린, N-아세틸트립토판, N-이소-발레릴글리신, 리불로스-5-포스페이트, 구아노신, 3-메틸크로토닐글리신, 2-피롤리돈, 8-아자비사이클로[3.2.1]옥탄-3-올, 6-옥소피페콜린산, 테트라아세틸에틸렌디아민, 2-(하이드록시메틸)부탄산, N6-아세틸-L-라이신, 프로스타글란딘 E2, 푸라네올, 미리오신, 3-하이드록시-5,8-테트라데카디엔카르니틴, 아세틸아르기닌, 하이포잔틴, 트로프산/아세토바닐론/3-페닐젖산, 우라실, 3-하이드록시옥탄산, 데스메니놀 키누렌산, 2-하이드록시펠바메이트, (1S,3R,4s)-1,3,4,5-테트라하이드록시사이클로헥산카르복실산, 레불린산, 4,5-디데옥시-3-C-메틸-D-에리쓰로-펜톤산, 3,13,13,17-테트라메틸-21-옥사-12-아자헥사사이클로[10.7.1.1~2,17~.0~5,20~.0~6,11~.0~14,19~]헤니코사-1(20),2,4,6,8,10-헥사엔, 2-아세트아미도옥탄산, 4-메틸-2-옥소발레르산(케토류신), L-5-하이드록시트립토판, 피루브산, DL-글리세르산, 5-메틸사이티딘, 에다라본, 3-하이드록시부티르산, Thr-Val, 4-인돌카르브알데하이드, 메틸 2-[(2-메톡시-2-옥소에틸)아미노]아세테이트, 벤젠, L-감마-글루타밀-L-류신, 알라닐류신, 1-피롤린, 타이민, 인돌-3-아세트산, 레불린산, 글루타르산/에틸말론산, 프테린, N-아세틸-L-류신, 4-데옥시-5-C-(3,5-디-sec-부틸-1-사이클로펜텐-1-일)펜톤산, 4-(메틸니트로사미노)-1-(3-피리딜-N-옥사이드)-1-부탄올, N-아세틸-L-페닐알라닌, 티라민, 아세토페논, 니코틴산, 인돌-3-카르복실레이트, asp-leu, 히스티딘, 3,3'-(1,4-부탄디일디이미노)디프로판산, 8-하이드록시퀴놀린, 알라닐류신, 4-하이드록시벤즈알데하이드, 2-아미노-4-메틸피리미딘, 포메피졸, 3-이소프로필말산, 메틸 2-[(2-메톡시-2-옥소에틸)아미노]아세테이트, 호모-L-아르기닌, 1-(4-아미노부틸)우레아, N-(2-하이드록시페닐)아세트아미드, 아세틸히스티딘, 1-비닐이미다졸, 2-[(8E,11E,14Z)-8,11,14-헵타데카트리엔-1-일]-6-하이드록시벤조산, 4-쿠마르산, 프롤린아미드, ile-ala 및 이들의 임의의 조합을 포함하거나 이들로 구성된다.
균주의 유전적 분석
전체 게놈 샷건(shotgun) 시퀀싱 및 게놈 서열 어셈블리
본원에서 제공된 일부 실시양태에서, 하나 이상의 프로바이오틱 또는 다른 미생물 균주는 당분야에서 숙련된 자에게 알려져 있고 이용 가능한 방법 및 자원을 사용함으로써 유전적으로 분석된다. 일부 실시양태에서, 유전적 분석은 전체 게놈 샷건 시퀀싱 및/또는 게놈 서열 어셈블리를 포함한다. 일부 이러한 실시양태에서, 분석될 각각의 균주(예를 들어, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 등)에 대해 샷건 시퀀싱 라이브러리를 생성한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 샷건 라이브러리를 풀링하고 (예를 들어, HiSeq X를 이용하여) 시퀀싱한다. 일부 실시양태에서, (예를 들어, 표준 생물정보학 분석 접근법을 이용하여) 시퀀싱 리드를 역다중화한다. 설명서에 따라 일루미나(Illumina)에 의해 제조된 넥스테라 플렉스(Nextera Flex) 키트를 사용하여 균주를 생성하였다. 샷건 라이브러리를 풀링하고 HiSeq X 플랫폼에서 시퀀싱하였다. 시퀀싱 리드를 개별 FASTA 파일로 자동 역다중화하였고, 당분야에서 숙련된 자에게 알려져 있고 이용 가능한 표준 생물정보학 분석 절차를 통해 실행하였다. 일부 실시양태에서, 이러한 유전적 분석 방법 및 접근법은 세정된 시퀀싱 리드로부터 어셈블링된 게놈을 제공한다.
뉴클레오타이드 수준 게놈 유사성 분석
일부 실시양태에서, 평균 뉴클레오타이드 식별(ANI, img.jgi.doe.gov/docs/docs/ANI.pdf에서 발견됨) 분석을 이용하여 게놈 서열(예를 들어, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 등)을 분석하여 유사성 및 유전적 다양성을 확인한다.
계통유전체학 분석
일부 실시양태에서, 당분야에서 숙련된 자에게 알려져 있고 이용 가능한 접근법 및 방법론(예를 들어, RAxML 팩키지)을 이용하여 계통유전체학 관계를 확인하고 평가한다.
약학 조성물 및 미용 조성물
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 약학 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 미용 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 약학 또는 미용 조성물은 적어도 하나의 프로바이오틱 및 하나 이상의 추가 성분을 포함한다. 일부 실시양태에서, 약학 또는 미용 조성물은 적어도 하나의 프로바이오틱(예를 들어, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스) 또는 이의 유도체(예를 들어, 대사물질, 세포 용해물 등) 및 적어도 하나의 부형제를 포함하거나 본질적으로 이들로 구성된다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱을 포함하는 약학 또는 미용 조성물은 본원에 개시되고 제공된 인간 단리된 또는 합성 프로바이오틱을 포함한다. 일부 실시양태에서, 약학 또는 미용 조성물은 적어도 하나의 인간 단리된 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스를 포함한다. 일부 이러한 실시양태에서, 조성물은 국소 병원성 미생물을 치료하거나, 억제하거나 예방하기에 효과적인 양으로 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된 프로바이오틱을 포함하거나, 본질적으로 이로 구성되거나, 이로 구성된다.
일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 약학 또는 미용 조성물은 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 또는 이들의 임의의 조합을 포함하거나, 본질적으로 이로 구성되거나, 이로 구성된 프로바이오틱을 포함하는 합성 또는 인간 단리된 조성물이고 국소 적용되도록 제제화된다.
일부 실시양태에서, 세균 균주의 조성물은 약학 또는 미용 조성물로서 투여되도록 제제화될 수 있다. 일부 실시양태에서, 약학적으로 또는 미용적으로 허용되는 부형제는 조성물의 의도된 투여 경로에 기반하여 선택되고, 예를 들어, 경구 또는 비강 투여용 조성물은 직장 투여용 조성물과 상이한 약학적으로 또는 미용적으로 허용되는 부형제를 포함할 수 있다. 부형제의 예는 멸균수, 생리 식염수, 용매, 기초 물질, 유화제, 현탁제, 계면활성제, 안정화제, 풍미제, 방향제, 부형제, 비히클, 방부제, 결합제, 희석제, 장성 조절제, 진정제, 증량제, 붕해제, 완충제, 코팅제, 윤활제, 착색제, 감미제, 증점제 및 가용화제를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 약학 또는 미용 조성물은 동결건조된 제제 또는 수용액의 형태로 임의의 담체 또는 안정화제를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 허용되는 부형제, 담체 또는 안정화제는 예를 들어, 완충제, 항산화제, 방부제, 중합체, 킬레이팅 시약 및/또는 계면활성제를 포함할 수 있다. 약학 또는 미용 조성물은 바람직하게는 GMP 조건 하에서 제조된다. 일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 약학 또는 미용 조성물은 예를 들어, 캡슐, 정제, 환제, 향낭, 액체, 산제, 과립, 미세 과립, 필름 코팅된 제제, 펠릿, 트로키, 설하 제제, 저작정, 협측 제제, 페이스트, 시럽, 현탁액, 엘릭시르, 에멀젼, 도포제, 연고, 고약, 습포제, 경피 흡수 시스템, 로션, 흡입제, 에어로졸, 주사제, 좌제 등의 형태로 경구, 비강 또는 비경구 사용될 수 있다.
또한, 본원은 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 세포 용해물을 포함하거나, 본질적으로 이로 구성되거나, 이로 구성된 약학 또는 미용 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 세포 용해물은 국소 병리학적 미생물의 치료에 사용하기에 효과적인 양으로 투여된다. 일부 이러한 실시양태에서, 약학 또는 미용 조성물은 부형제를 추가로 포함한다. 일부 실시양태에서, 부형제, 및/또는 본원에서 제공된 프로바이오틱으로부터 유래한 물질은 국소 미생물의 치료에 사용하기에 효과적인 양으로 투여된다. 일부 실시양태에서, 부형제, 및/또는 본원에서 제공된 프로바이오틱으로부터 유래한 물질은 병원성 미생물 및/또는 이에 의해 야기된 질환을 치료하기 위해 이 약학 또는 미용 조성물을 사용하는 방법의 일부이다. 일부 실시양태에서, 이러한 인간 단리된 프로바이오틱은 이를 필요로 하는 대상체(예를 들어, 피부, 점막, 모발, 손발톱)에 적용하기 위해 또는 대상체와 접촉하는 물체(예를 들어, 천, 바닥 등)에 적용하기 위해 조성물로 제제화될 수 있다. 일부 실시양태에서, 약학 또는 미용 조성물은 피부, 점막, 모발 및/또는 손발톱에 적용되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 약학 또는 미용 조성물은 예를 들어, 붕대, 자외선차단제, 치약, 구강세정제, 샴푸, 비누, 보습제, 립밤 또는 치실에 적용되거나 포함되거나, 이러한 제품으로서 제제화된다.
제제 및 투여
일부 실시양태에서, 본원은 본원에 개시된 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 중 적어도 하나를 포함하는 조성물을 제공하는 것으로, 이때 이 조성물은 이를 필요로 하는 대상체에게 투여되도록 제제화된다.
일부 실시양태에서, 조성물은 적용 대상체(예를 들어, 숙주, 예를 들어, 이를 필요로 하는 대상체)의 마이크로바이옴을 조절되도록 제제화된다.
일부 실시양태에서, 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 대사물질, 포스트바이오틱 및/또는 세포 용해물의 조성물은 피부에 투여되도록 제제화된다. 또 다른 실시양태에서, 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 대사물질, 포스트바이오틱 및/또는 세포 용해물의 조성물은 점막에 투여되도록 제제화된다.
일부 실시양태에서, 제제는 적어도 하나의 프로바이오틱 세균, 프로바이오틱 세균의 적어도 하나의 대사물질, 프로바이오틱 세균의 적어도 하나의 세포 용해물 또는 프로바이오틱 세균의 포스트바이오틱 중 하나 이상을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 제제는 잔티노박테리움 리비둠과, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 중 하나 이상의 조합을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 제제는 알칼리게네스 패칼리스와, 잔티노박테리움 리비둠, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 중 하나 이상의 조합을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 제제는 바실러스 알티투디니스와, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 중 하나 이상의 조합을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 제제는 바실러스 푸밀러스와, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스 또는 바실러스 서브틸리스 중 하나 이상의 조합을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 제제는 바실러스 서브틸리스와, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스 또는 바실러스 푸밀러스 중 하나 이상의 조합을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 제제는 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 중 하나 이상과 조합된 하나 초과의 세균을 추가로 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 제제는 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 및/또는 바실러스 서브틸리스 중 하나 이상의 적어도 10개, 102개, 103개, 104개, 105개, 106개, 107개, 108개, 109개, 1010개, 1011개, 1012개, 1013개, 1014개, 1015개, 1016개, 1017개, 1018개, 1019개, 1020개의 세균을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 제제는 하나 초과의 가용성 대사물질, 세포 용해물 또는 포스트바이오틱을 추가로 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 제제는 적어도 10개, 102개, 103개, 104개, 105개, 106개, 107개, 108개, 109개, 1010개, 1011개, 1012개, 1013개, 1014개, 1015개, 1016개, 1017개, 1018개, 1019개, 1020개의 세균, 배양물, 이들의 대사물질, 세포 용해물 또는 포스트바이오틱을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 제제는 적어도 하나의 프로바이오틱 세균, 프로바이오틱 세균의 적어도 하나의 대사물질, 프로바이오틱 세균의 적어도 하나의 세포 용해물 또는 프로바이오틱 세균의 포스트바이오틱 중 하나 이상을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용에 의해 제공된 하나 이상의 조성물을 필요로 하는 대상체는 국소 감염을 갖거나 가질 위험이 있다. 일부 실시양태에서, 대상체는 적어도 하나의 미생물에 의해 야기된 피부 및/또는 점막의 감염을 가진다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용의 조성물은 이를 필요로 하는 대상체에게 국소 투여되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 대상체의 피부에 국소 투여되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 대상체의 두피에 국소 투여되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 점막 표면에 적용되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 경구 투여되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 경피 투여되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 주사 투여되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 겔, 연고, 로션, 에멀젼, 페이스트, 크림, 폼, 무스, 액체, 관주, 위관영양, 스프레이, 현탁액, 분산액, 비강 스프레이 및 에어로졸로부터 선택된 제제이다.
일부 실시양태에서, 제제는 피부에의 효과적인 적용, 커버리지 및 접착을 위해 원하는 형태 및 원하는 점도, 유동 또는 다른 물리적 또는 화학적 특성을 제공하기 위해 하나 이상의 부형제를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간 단리된 또는 합성(예를 들어, 실험실에서 생성된 하나 이상의 성분, 예를 들어, 조작된 세균 등을 포함함) 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스는 건조된다(예를 들어, 말려지거나 탈수된다). 건조는 표준 수행 방법에 의해 달성될 수 있으며 동결건조와 같은 방법들로부터 선택될 수 있다. 건조된 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스의 재수화는 적어도 10%, 20% 생존 가능한, 적어도 30% 생존 가능한 세균, 적어도 50% 생존 가능한 세균을 생성한다. 일부 실시양태에서, (예를 들어, 동결건조를 통해) 건조된 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 또는 바실러스 서브틸리스, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실루스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스의 재수화는 적어도 60% 생존 가능한 세균을 생성한다.
일부 실시양태에서, 미생물의 생존율의 유지를 돕는 물질이 동결건조 과정에서 사용된다. 일부 실시양태에서, 이 물질은 동결보호제 및/또는 열 변화 안정화제(예를 들어, 더 낮은 온도에서 및/또는 온도 전이 동안 보호를 제공하기 위한 안정화제 등)일 수 있다. 일부 실시양태에서, 동결보호제 및/또는 열은 아미노산, 펩티드, 글리세롤, 다른 단순 폴리올, 복합 폴리올, 변형된 폴리올, 당 알코올, 글루코스, 단당류, 이당류, 올리고당류, 다당류 및 변형된 올리고당류와 다당류, 비타민, 단백질, 완충제 및 이들의 조합으로부터 선택될 수 있으나 이들로 제한되지 않는다. 일부 실시양태에서, 동결보호제 및/또는 열 변화 안정화제는 동결건조 조성물의 0.001% 내지 50%를 구성한다.
일부 실시양태에서, 액체 동결건조 조성물은 이당류, 당 알코올, 단순 폴리올, 아미노산, 다당류, 변형된 다당류 및 이들의 조합을 포함한다. 특정 실시양태에서, 조성물은 트레할로스, 수크로스, 포스페이트 완충 식염수, 만니톨, 글리세롤, 트립토판, 카르복시 메틸 셀룰로스(나트륨 염), 말토덱스트린, 개별 종의 이성질체 또는 이들의 혼합물, 및 이들의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 이 물질은 동결건조 조성물의 0.001% 내지 50%를 구성한다.
일부 실시양태에서, 액체 동결건조 조성물은 0.1% 내지 50% 트레할로스, 0.1% 내지 50% 수크로스, 0.1% 내지 50% 만니톨, 0.1% 내지 50% 글리세롤, 0.001% 내지 1% 트립토판, 0.1% 내지 6% 카르복시 메틸 셀룰로스(나트륨 염), 0.1% 내지 20% 말토덱스트린, 0.1% 내지 20% 포스페이트 완충 식염수, 개별 종의 이성질체 또는 이들의 혼합물, 및 이들의 조합을 포함한다. 일부 이러한 실시양태에서, 동결건조물의 하나 이상의 성분은 재수화 시 개선된 조성물을 생성한다(예를 들어, 트레할로스 등).
일부 실시양태에서, 동결건조는 -45℃ 내지 40℃의 범위 내에서 하나 이상의 단계로 수행된다. 동결건조는 100 내지 1500 Torr에서 -45℃ 내지 -15℃의 온도에서 동결된 동결건조 용액으로 시작되며, 10 내지 2000 mTorr에서 0.1시간 내지 100시간 동안 -25℃ 내지 -5℃의 1차 건조 주기까지 상승으로 시작한 후, 10 내지 2000 mTorr에서 0.1시간 내지 100시간 동안 0℃ 내지 30℃의 2차 건조 주기까지 상승 후, 10 내지 2000 mTorr에서 0.1시간 내지 100시간 동안 5℃ 내지 40℃의 3차 건조 주기까지 상승을 이용하는 최대 3회의 건조 단계가 뒤따른다.
일부 실시양태에서, 동결건조된 건조 생성물은 최대 15%의 수분 함량을 가진다. 일부 실시양태에서, 동결건조된 건조 생성물은 0.1% 내지 6%의 수분 함량을 가진다. 일부 실시양태에서, 동결건조된 건조 생성물은 최대 0.4의 수분 활성도, 또는 0.05 내지 0.20의 수분 활성도를 가진다.
일부 실시양태에서, 조성물은 적어도 30일, 60일, 90일, 120일, 150일 이상 동안 실온에서 적어도 10%의 생존 가능한 미생물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 적어도 30일, 60일, 90일, 120일, 150일 이상 동안 냉장 조건에서 적어도 10%의 생존 가능한 미생물을 포함한다. 일부 실시양태에서, 조성물은 적어도 30일, 60일, 90일, 120일, 150일 이상 동안 동결 조건에서 적어도 10%의 생존 가능한 미생물을 포함한다. 조성물 중의 미생물의 적어도 1%, 적어도 5%, 적어도 10%, 적어도 20%, 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%가 적어도 10일, 15일, 20일, 25일, 30일, 35일, 40일, 45일, 50일, 55일, 60일, 65일, 70일, 75일, 80일, 85일, 90일, 95일, 100일, 105일, 110일, 115일, 120일, 125일, 130일, 135일, 140일, 145일, 150일, 155일, 160일, 165일, 170일, 175일, 180일 이상 동안 적어도 360일까지 생존 가능한 조성물도 개시된다.
일부 실시양태에서, 동결건조된 조성물은 0.001% 내지 90%의 미생물을 포함한다. 일부 경우, 건조 후 조성물 중의 미생물의 생존율은 최대 100%이다. 일부 경우, 최대 360일 동안 실온에서 저장 시 동결건조된 조성물 중의 미생물의 생존율은 실온에서 0.0001% 내지 100%이다. 일부 경우, 미생물은 아르곤, 질소 또는 주위 공기 하에 최대 360일 동안 실온 또는 0℃ 내지 10℃에서 저장될 때 0.0001% 내지 100% 생존 가능하다.
일부 실시양태에서, 미생물은 동결건조된 생성물의 1% 내지 50%를 구성한다. 일부 경우, 건조 후 조성물 중의 미생물의 생존율은 10% 내지 100%이다. 일부 경우, 최대 360일 동안 실온에서 저장 시 동결건조된 조성물 중의 미생물의 생존율은 실온에서 10% 내지 100%이다. 일부 경우, 미생물은 아르곤 또는 질소 하에 최대 360일 동안 실온 또는 0℃ 내지 10℃에서 40%를 초과하지 않는 습도로 저장될 때 10% 내지 100% 생존 가능하다.
일부 실시양태에서, 미생물은 동결건조된 생성물의 5% 내지 20%를 구성한다. 일부 경우, 건조 후 조성물 중의 미생물의 생존율은 50% 내지 100%이다. 일부 경우, 최대 360일 동안 실온에서 저장 시 동결건조된 조성물 중의 미생물의 생존율은 50% 내지 100%이다. 일부 경우, 미생물은 아르곤 또는 질소 하에 30일 내지 360일 동안 실온 또는 0℃ 내지 10℃에서 30%를 초과하지 않는 습도로 저장될 때 50% 내지 100% 생존 가능하다.
일부 실시양태에서, 조성물은 본원에 기재된 조성물 및 약학적으로 허용되는 부형제를 포함하는 약학 조성물이다. 일부 실시양태에서, 조성물은 기재된 인간 단리된 또는 합성 조성물의 합성 형태이다. 일부 실시양태에서, 조성물은 미용 조성물에 사용하기 위한 것이다.
본원에 개시된 조성물은 저장 수명, 적용, 피부 침투 및 치료 효과 중 어느 하나 이상을 개선하기 위해 하나 이상의 부형제를 포함하는 제제로 제공될 수 있다. 일부 실시양태에서, 부형제는 저장 수명, 적용, 피부 침투 및 치료 효과 중 어느 하나 이상을 개선하기 위해 필요하다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 국소 제형으로 존재할 수 있으며, 이때 국소 제형은 표면, 예컨대, 피부, 손발톱, 모발 및/또는 점막에의 용이한 적용을 제공한다. 표면은 대상체와 접촉하는 표면일 수 있다.
특정 실시양태에서, 본원에 기재된 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 조성물은 경구 섭취용으로 제제화된다. 일부 실시양태에서, 경구 섭취 형태는 환제, 정제, 캡슐, 페이스트, 액체 현탁액, 콜로이드일 수 있거나, 다양한 식품, 예컨대, 사탕, 껌, 요거트, 우유, 치즈, 코티지 치즈 또는 비-유제품 기반 또는 락토스 감소된 대체물과 혼합될 수 있다. 일부 실시양태에서, 제제는 식용 조성물의 풍미, 냄새 또는 질감을 개선하는 추가 비활성 성분을 함유할 수 있다. 일부 실시양태에서, 제제는 결합제, 캡슐화 필름, 또는 저장 수명 및 생체이용률을 보존하는 부형제도 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 에멀젼은 한 액체가 제2 액체의 본체 전체에 걸쳐 작은 소구체로 분산되어 있는 제제로서 기재될 수 있다. 일부 실시양태에서, 분산된 액체는 불연속상이고, 분산 매질은 연속상이다. 일부 실시양태에서, 오일이 분산된 액체이고 수용액이 연속상인 경우, 이것은 수중유 에멀젼으로서 알려져 있는 반면, 물 또는 수용액이 분산된 상이고 오일 또는 유성 물질이 연속상인 경우, 이것은 유중수 에멀젼으로서 알려져 있다. 일부 실시양태에서, 오일상은 적어도 부분적으로 HFA 추진제와 같은 추진제로 구성될 수 있다. 일부 실시양태에서, 오일상 및 수성상 중 하나 또는 둘 다는 하나 이상의 계면활성제, 유화제, 에멀젼 안정화제, 완충제 및 다른 부형제를 함유할 수 있다. 일부 실시양태에서, 예를 들어, 부형제는 계면활성제, 특히 비이온성 계면활성제; 유화제, 특히 유화 왁스; 및 액체 비휘발성 비수성 물질, 특히 글리콜, 예컨대, 프로필렌 글리콜을 포함하거나 이들로 구성된다. 일부 실시양태에서, 오일상은 다른 유성 약학적으로 승인된 부형제를 함유할 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 하이드록실화된 피마자유 또는 참깨유와 같은 물질은 계면활성제 또는 유화제로서 오일상에 사용될 수 있다.
일부 실시양태에서, 로션은 낮은 내지 중간 점도 액체 제제로서 기재될 수 있다. 일부 실시양태에서, 로션은 현탁제 및 분산제의 사용을 통해 분산 매질에 용해되지 않는 미세 분말 물질을 함유할 수 있다. 일부 실시양태에서, 로션은 비히클과 혼화되지 않고 통상적으로 유화제 또는 다른 적합한 안정화제에 의해 분산되는 액체 물질을 분산된 상으로서 가질 수 있다. 일부 실시양태에서, 로션은 100 내지 1000 센티스토크의 점도를 가진 에멀젼의 형태로 존재한다. 일부 실시양태에서, 로션의 유동성은 넓은 표면적에 걸쳐 신속하고 균일한 적용을 가능하게 한다. 일부 실시양태에서, 로션은 전형적으로 피부 표면에 그의 의약 성분의 얇은 코팅을 남기면서 피부에서 건조되도록 의도된다.
일부 실시양태에서, 크림은 "수중유" 또는 "유중수 유형"의 점성 액체 또는 반고체 에멀젼으로서 기재될 수 있다. 일부 실시양태에서, 크림은 유화제 및/또는 다른 안정화제를 함유할 수 있다. 일부 실시양태에서, 제제는 1000 센티스토크 초과, 전형적으로 20,000 내지 50,000 센티스토크의 점도를 가진 크림의 형태로 존재한다. 일부 실시양태에서, 크림은 일반적으로 펴 바르기 더 쉽고 제거하기 더 쉽기 때문에 종종 연고보다 선호된다.
당분야에서 숙련된 자가 이해할 바와 같이, 크림과 로션의 차이는 점도이다. 일부 실시양태에서, 점도는 다양한 오일의 양/사용, 및 제제를 제조하는 데 사용된 물의 퍼센트에 의해 좌우된다. 일부 실시양태에서, 크림은 전형적으로 로션보다 더 진하고 다양한 용도를 가질 수 있으며 종종 피부에 대한 원하는 효과에 따라 더 다양한 오일/버터를 사용한다. 일부 실시양태에서, 제제가 크림을 포함하거나 크림으로 구성되는 경우, 물 베이스(base) 퍼센트는 전체의 약 60% 내지 75%이고 오일 베이스는 전체의 약 20% 내지 30%이며, 이때 나머지 퍼센트는 총 100%를 위해 유화제, 방부제 및 첨가제이다.
일부 실시양태에서, 연고는 연고 베이스 및 임의로 본 개시내용에서 제공된 하나 이상의 활성제를 함유하는 반고체 제제로서 기재될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 적합한 연고 베이스는 탄화수소 베이스(예를 들어, 바셀린, 백색 바셀린, 황색 연고 및 광유); 흡수 베이스(친수성 c, 무수 라놀린, 라놀린 및 콜드 크림); 물 제거 가능한 베이스(예를 들어, 친수성 연고) 및 수용성 베이스(예를 들어, 폴리에틸렌 글리콜 연고)를 포함한다. 일부 실시양태에서, 페이스트는 전형적으로 더 큰 퍼센트의 고체를 함유한다는 점에서 연고와 상이하다. 일부 실시양태에서, 페이스트는 전형적으로 동일한 성분을 사용함으로써 제조된 연고보다 흡수성이 더 높고 기름기가 더 적다.
일부 실시양태에서, 겔은 액체 비히클에 용해되거나 현탁된 증점제 또는 중합체 물질의 작용에 의해 반고체가 되는 액체 비히클 중의 작은 또는 큰 분자의 분산액을 함유하는 반고체 시스템으로서 기재될 수 있다. 일부 실시양태에서, 액체는 친유성 성분, 수성 성분 또는 이들 둘 다를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 에멀젼은 겔일 수 있거나 그렇지 않으면 겔 성분을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 겔은 비혼화성 성분의 균질화된 블렌드를 함유하지 않기 때문에 에멀젼이 아니다. 일부 실시양태에서, 적합한 겔화제는 변형된 셀룰로스, 예컨대, 하이드록시프로필 셀룰로스 및 하이드록시에틸 셀룰로스; 카르보폴 단독중합체 및 공중합체; 및 이들의 조합을 포함하나 이들로 제한되지 않는다. 액체 비히클에서 적합한 용매는 디글리콜 모노에틸 에테르; 알켄 글리콜, 예컨대, 프로필렌 글리콜; 디메틸 이소소르바이드; 알코올, 예컨대, 이소프로필 알코올 및 에탄올을 포함하나 이들로 제한되지 않는다. 일부 실시양태에서, 용매는 전형적으로 약물을 용해시키는 그의 능력으로 인해 선택된다. 일부 실시양태에서, 제제의 피부 감촉 및/또는 연화성을 개선하는 다른 첨가제도 혼입될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 이러한 첨가제는 이소프로필 미리스테이트, 에틸 아세테이트, C12-C15 알킬 벤조에이트, 광유, 스쿠알란, 사이클로메티콘, 카프르/카프릴산 트리글리세라이드 및 이들의 조합을 포함할 수 있나 이들로 제한되지 않는다.
일부 실시양태에서, 폼은 기체 추진제와 조합된 에멀젼으로서 기재될 수 있다. 일부 실시양태에서, 기체 추진제는 주로 하이드로플루오로알칸(HFA)으로 구성된다. 적합한 추진제는 HFA, 예컨대, 1,1,1,2-테트라플루오로에탄(HFA 134a) 및 1,1,1,2,3,3,3-헵타플루오로프로판(HFA 227)을 포함하지만, 이들과 의료용으로 현재 승인되었거나 승인될 수 있는 다른 HFA의 혼합물 및 혼화물이 적합하다. 일부 실시양태에서, 추진제는 바람직하게는 분무 동안 인화성 또는 폭발성 증기를 생성할 수 있는 탄화수소 추진제 기체가 아니다. 또한, 일부 실시양태에서, 조성물은 바람직하게는 사용 동안 인화성 또는 폭발성 증기를 생성할 수 있는 휘발성 알코올을 함유하지 않는다.
일부 실시양태에서, 연화제는 피부를 부드럽게 하거나 진정시키는 외용제로서 기재될 수 있고 당분야에 일반적으로 알려져 있고 문헌["Handbook of Pharmaceutical Excipients", 4th Ed., Pharmaceutical Press, 2003]과 같은 문헌에 나열되어 있다. 일부 실시양태에서, 연화제는 예를 들어, 아몬드유, 피마자유, 세라토니아 추출물, 세토스테아로일 알코올, 세틸 알코올, 세틸 에스테르 왁스, 콜레스테롤, 면실유, 사이클로메티콘, 에틸렌 글리콜 팔미토스테아레이트, 글리세린, 글리세린 모노스테아레이트, 글리세릴 모노올레이트, 이소프로필 미리스테이트, 이소프로필 팔미테이트, 라놀린, 레시틴, 경질 광유, 중쇄 트리글리세라이드, 광유 및 라놀린 알코올, 바셀린, 바셀린 및 라놀린 알코올, 대두유, 전분, 스테아릴 알코올, 해바라기유, 자일리톨 및 이들의 조합일 수 있거나 이들을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 연화제는 에틸헥실 스테아레이트 및/또는 에틸헥실 팔미테이트를 포함한다.
일부 실시양태에서, 계면활성제는 표면 장력을 낮추어 생성물의 유화, 발포, 분산, 발림 및 습윤 성질을 증가시키는 표면 활성제이다. 일부 실시양태에서, 적합한 비이온성 계면활성제는 유화 왁스, 글리세릴 모노올레이트, 폴리옥시에틸렌 알킬 에테르, 폴리옥시에틸렌 피마자유 유도체, 폴리소르베이트, 소르비탄 에스테르, 벤질 알코올, 벤질 벤조에이트, 사이클로덱스트린, 글리세린 모노스테아레이트, 폴록사머, 포비돈 및 이들의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 비이온성 계면활성제는 스테아릴 알코올이다.
일부 실시양태에서, 유화제는 하나의 액체가 또 다른 액체에 현탁되는 것을 촉진하고 오일과 물의 안정한 혼합물 또는 에멀젼의 형성을 촉진하는 표면 활성 물질이다. 특정 실시양태에서, 유화제는 금속성 비누, 특정 동물유 및 식물유, 및 다양한 극성 화합물이다. 일부 실시양태에서, 적합한 유화제는 아카시아, 음이온성 유화 왁스, 스테아르산칼슘, 카르보머, 세토스테아릴 알코올, 세틸 알코올, 콜레스테롤, 디에탄올아민, 에틸렌 글리콜 팔미토스테아레이트, 글리세린 모노스테아레이트, 글리세릴 모노올레이트, 하이드록시프로필 셀룰로스, 하이프로멜로스, 함수 라놀린, 라놀린 알코올, 레시틴, 중쇄 트리글리세라이드, 메틸셀룰로스, 광유 및 라놀린 알코올, 일염기성 인산나트륨, 모노에탄올아민, 비이온성 유화 왁스, 올레산, 폴록사머, 폴록사머들, 폴리옥시에틸렌 알킬 에테르, 폴리옥시에틸렌 피마자유 유도체, 폴리옥시에틸렌 소르비탄 지방산 에스테르, 폴리옥시에틸렌 스테아레이트, 프로필렌 글리콜 알기네이트, 자가 유화 글리세릴 모노스테아레이트, 구연산나트륨 탈수화물, 라우릴황산나트륨, 소르비탄 에스테르, 스테아르산, 해바라기유, 트라가칸쓰, 트리에탄올아민, 잔탄 검 및 이들의 조합을 포함한다. 일부 실시양태에서, 유화제는 글리세롤 스테아레이트이다. 일부 실시양태에서, 유화제는 글리세롤이다. 일부 실시양태에서, 유화제는 글리세린이다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 대상체의 두피에 적용되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 샴푸, 컨디셔너, 무스, 젤 및 스프레이로부터 선택된 제품으로서 사용되도록 제제화된다. 이러한 조성물은 지루성 피부염의 치료에 유용할 것이다. 이러한 조성물을 사용한 지루성 피부염의 치료는 비듬 및 유아지방관으로부터 선택된 증상을 감소시킬 수 있다. 그러나, 본원에 개시된 조성물은 두피 이외의 다른 신체 부위에서 지루성 피부염을 치료하는 데 사용될 수 있다. 다른 부위의 비제한적 예는 가슴, 위, 피부 주름, 팔, 다리, 사타구니 부위 및 가슴 아래를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 조성물의 pH를 조절하는 완충제를 포함한다. 바람직하게는, 완충제는 조성물을 약 4의 pH 내지 약 7.5의 pH, 약 4의 pH 내지 약 7의 pH, 및 약 5의 pH 내지 약 7의 pH로 유지한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 바람직한 피부 pH를 제공하거나 유지하도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 바람직한 피부 pH는 약 4.5 내지 약 6.5이다. 일부 실시양태에서, 바람직한 피부 pH는 약 5 내지 약 6이다. 일부 실시양태에서, 바람직한 피부 pH는 약 5.5이다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 피부 pH 조절제와 함께 제제화된다. pH 조절제의 비제한적 예는 살리실산, 글리콜산, 트리클로로아세트산, 아젤산, 젖산, 아스파르트산, 염산염, 스테아르산, 글리세릴 스테아레이트, 세틸 팔미테이트, 우레아 포스페이트 및 토코페릴 아세테이트를 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 더 많은 산소를 피부에 제공하도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 더 많은 산소 노출을 피부에 제공하도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 더 많은 산소 확산을 피부에 제공하도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 피부를 통한 더 많은 산소 확산을 제공하도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 더 많은 산소를 피부에 제공하는 작용제와 함께 제제화된다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 더 많은 산소를 피부에 제공하는 작용제와 함께 사용된다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 더 많은 산소를 피부에 제공하는 작용제의 사용 전에 사용된다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 더 많은 산소를 피부에 제공하는 작용제의 사용 후에 사용된다. 산소를 피부에 제공하는 작용제의 비제한적 예는 엽록소(chlorophyll)이다.
일부 실시양태에서, 진균 및 미생물의 생장을 방지하기 위해 방부제가 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 적합한 항진균제 및 항균제는 벤조산, 부틸파라벤, 에틸 파라벤, 메틸 파라벤, 프로필파라벤, 벤조산나트륨, 프로피온산나트륨, 염화벤즈알코늄, 염화벤즈에토늄, 벤질 알코올, 염화세틸피리디늄, 클로로부탄올, 페놀, 페닐에틸 알코올 및 티메로살을 포함하나 이들로 제한되지 않는다. 일부 실시양태에서, 국소 적용 시 그의 의도된 목적을 위해 조성물의 효과에 영향을 미치지 않으면서 진균 생장을 방해하기에 효과적인 방부제의 농도가 선택된다.
일부 실시양태에서, 의도된 제제의 유형을 기반으로 제제 중의 부형제를 선택한다. 특정 실시양태에서, 부형제는 젤라틴, 카제인, 레시틴, 아카시아 검, 콜레스테롤, 트라가칸쓰, 스테아르산, 염화벤즈알코늄, 스테아르산칼슘, 글리세릴 모노스테아레이트, 세토스테아릴 알코올, 세토마크로골 유화 왁스, 소르비탄 에스테르, 폴리옥시에틸렌 알킬 에테르, 폴리옥시에틸렌 피마자유 유도체, 폴리옥시에틸렌 소르비탄 지방산 에스테르, 폴리에틸렌 글리콜, 폴리옥시에틸렌 스테아레이트, 콜로이드 이산화규소, 포스페이트, 도데실황산나트륨, 카르복시메틸셀룰로스 칼슘, 카르복시메틸셀룰로스 나트륨, 메틸셀룰로스, 하이드록시에틸셀룰로스, 하이드록시프로필셀룰로스, 하이드록시프로필메틸셀룰로스 프탈레이트, 비결정질 셀룰로스, 규산알루미늄마그네슘, 트리에탄올아민, 폴리비닐 알코올, 폴리비닐피롤리돈, 당 및 전분을 포함한다.
본원은 국소 적용을 위한 수성 제제에 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스를 포함하는 프로바이오틱 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱 조성물은 피부에 적용되도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 프로바이오틱 조성물은 점막에 적용되도록 제제화된다.
일부 실시양태에서, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 프로바이오틱 조성물은 하나 이상의 추가 활성제와 함께 공제제화된다. 프로바이오틱 조성물은 조합 단락에 상세히 기재된 바와 같이 하나 이상의 추가 항균제와 함께 공제제화될 수 있다. 요약하건대, 추가 항균제는 항진균제, 항세균제, 항기생충제, 또는 이 작용제들 중 임의의 작용제의 조합일 수 있다.
일부 실시양태에서, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 프로바이오틱 조성물은 추가 이점을 부여하는 하나 이상의 추가 활성제, 예컨대, 소양증, 통증, 변색 또는 다른 바람직하지 않은 효과를 완화하는 작용제와 함께 공제제화된다.
일부 실시양태에서, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 프로바이오틱 조성물은 추가 미생물을 추가로 함유한다. 일부 실시양태에서, 이 조성물은 적어도 2종, 3종 또는 4종의 상이한 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스를 함유하고, 이때 적어도 하나는 인간 숙주로부터 단리된다. 일부 실시양태에서, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 프로바이오틱은 락토바실러스 종 또는 락토코커스 종을 추가로 함유한다. 일부 실시양태에서, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 프로바이오틱은 종종 인간 피부에서 발견되는 양성 또는 유익한 진균 균주, 또는 양성 또는 유익한 프로피오니박테리움 균주를 추가로 함유한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용에 따른 에멀젼 조성물의 형태로 존재하는 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 조성물이 특히 효과적이다. 일부 실시양태에서, 조성물은 에멀젼 형태를 위한 것이고 미용 분야에 사용된다. 이 경우, 에멀젼은 수중유 에멀젼, 유중수 에멀젼, 수중유중수 에멀젼 또는 유중수중유 에멀젼의 형태로 존재할 수 있다. 대안적으로, 본 개시내용의 미용 조성물은 비수성 조성물의 형태로 사용될 수도 있다. 비수성 조성물의 형태는 고체, 반고체, 압착, 무스, 분말 및 스틱 형태로 예시된다. 본 개시내용에서 "비수성 조성물"은 물에 의해 제제화되지 않는 조성물을 지칭한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용의 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 조성물은 조합 요법 방식으로 항균제, 프로바이오틱, 포스트바이오틱 및 프리바이오틱을 포함하는 다른 작용제와 함께 투여될 수 있다. 투여는 몇 시간 또는 며칠에 걸쳐 순차적일 수 있거나, 동시적일 수 있다.
한 실시양태에서, 세균 조성물은 항세균제, 항진균제, 항바이러스제 및 항기생충제를 포함하는 하나 이상의 항균제와 함께 조합 요법에 포함된다.
일부 실시양태에서, 항세균제는 세팔로스포린(cephalosporin) 항생제(세팔렉신(cephalexin), 세푸록심(cefuroxime), 세파드록실(cefadroxil), 세파졸린(cefazolin), 세팔로틴(cephalothin), 세파클로르(cefaclor), 세파만돌(cefamandole), 세폭시틴(cefoxitin), 세프프로질(cefprozil) 및 세프토비프롤(ceftobiprole)); 플루오로퀴놀론(fluoroquinolone) 항생제(시프로(cipro), 레바퀸(Levaquin), 플록신(floxin), 테퀸(tequin), 아벨록스(avelox) 및 노르플록스(norflox)); 테트라사이클린(tetracycline) 항생제(테트라사이클린, 미노사이클린(minocycline), 옥시테트라사이클린(oxytetracycline) 및 독시사이클린(doxycycline)); 페니실린(penicillin) 항생제(아목시실린(amoxicillin), 암피실린(ampicillin), 페니실린 V, 디클록사실린(dicloxacillin), 카르베니실린(carbenicillin), 반코마이신(vancomycin) 및 메티실린(methicillin)); 및 카르바페넴(carbapenem) 항생제(에르타페넴(ertapenem), 도리페넴(doripenem), 이미페넴(imipenem)/실라스타틴(cilastatin) 및 메로페넴(meropenem))를 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 항바이러스제는 아바카비르(Abacavir), 아사이클로비르(Acyclovir), 아데포비르(Adefovir), 암프레나비르(Amprenavir), 아타자나비르(Atazanavir), 시도포비르(Cidofovir), 다루나비르(Darunavir), 델라비르딘(Delavirdine), 디다노신(Didanosine), 도코사놀(Docosanol), 에파비렌즈(Efavirenz), 엘비테그라비르(Elvitegravir), 엠트리시타빈(Emtricitabine), 엔푸비르타이드(Enfuvirtide), 에트라비린(Etravirine), 팜시클로비르(Famciclovir), 포스카르넷(Foscarnet), 포미비르센(Fomivirsen), 간시클로비르(Ganciclovir), 인디나비르(Indinavir), 이독수리딘(Idoxuridine), 라미부딘(Lamivudine), 로피나비르 마라비록(Lopinavir Maraviroc), MK-2048, 넬피나비르(Nelfinavir), 네비라핀(Nevirapine), 펜시클로비르(Penciclovir), 랄테그라비르(Raltegravir), 릴피비린(Rilpivirine), 리토나비르(Ritonavir), 사퀴나비르(Saquinavir), 스타부딘(Stavudine), 테노포비르트리플루리딘(TenofovirTrifluridine), 발라시클로비르(Valaciclovir), 발간시클로비르(Valganciclovir), 비다라빈(Vidarabine), 이바시타빈(Ibacitabine), 아만타딘(Amantadine), 오셀타미비르(Oseltamivir), 리만티딘(Rimantidine), 티프라나비르(Tipranavir), 잘시타빈(Zalcitabine), 자나미비르(Zanamivir) 및 지도부딘(Zidovudine)을 포함할 수 있다.
항진균 화합물의 비제한적 예는 폴리엔 항진균제, 예컨대, 나타마이신(natamycin), 리모시딘(rimocidin), 필리핀(filipin), 니스타틴(nystatin), 암포테리신(amphotericin) B, 칸디신(candicin) 및 하마이신(hamycin); 이미다졸 항진균제, 예컨대, 미코나졸(miconazole), 케토코나졸(ketoconazole), 클로트리마졸(clotrimazole), 에코나졸(econazole), 오모코나졸(omoconazole), 비포나졸(bifonazole), 부토코나졸(butoconazole), 펜티코나졸(fenticonazole), 이소코나졸(isoconazole), 옥시코나졸(oxiconazole), 세르타코나졸(sertaconazole), 술코나졸(sulconazole) 및 티오코나졸(tioconazol); 트리아졸 항진균제, 예컨대, 플루코나졸(fluconazole), 이트라코나졸(itraconazole), 이사부코나졸(isavuconazole), 라부코나졸(ravuconazole), 포사코나졸(posaconazole), 보리코나졸(voriconazole), 테르코나졸(terconazole) 및 알바코나졸(albaconazole); 티아졸 항진균제, 예컨대, 아바펀진(abafungin); 알릴아민 항진균제, 예컨대, 테르비나핀(terbinafine), 나프티핀(naftifine) 및 부테나핀(butenafine); 및 에키노칸딘(echinocandin) 항진균제, 예컨대, 아니둘라펀진(anidulafungin), 카스포펀진(caspofungin) 및 미카펀진(micafungin)을 포함하나 이들로 제한되지 않는다. 항진균성을 가진 다른 화합물은 폴리고디알(polygodial), 벤조산, 시클로피록스(ciclopirox), 톨나프테이트(tolnaftate), 운데실렌산(undecylenic acid), 플루사이토신(flucytosine) 또는 5-플루오로사이토신, 그리세오풀빈(griseofulvin) 및 할로프로긴(haloprogin)을 포함하나 이들로 제한되지 않는다.
한 실시양태에서, 세균 조성물은 하나 이상의 코르티코스테로이드, 메살라진, 메살라민, 설파살라진, 설파살라진 유도체, 면역억제 약물, 사이클로스포린 A, 머캡토퓨린, 아자티오퓨린, 프레드니손, 메토트렉세이트, 항히스타민, 글루코코르티코이드, 에피네프린, 테오필린, 크로몰린 나트륨, 항-류코트리엔, 비염용 항-콜린성 약물, 항-콜린성 충혈완화제, 비만 세포 안정화제, 단일클론 항-IgE 항체, 백신 및 이들의 조합과 함께 조합 요법에 포함된다.
동결보호제
일부 실시양태에서, 프로바이오틱을 보호하기 위해 동결보호제가 사용된다. 일부 이러한 실시양태에서, 동결보호제는 제제화 과정 및/또는 조성물(예를 들어, 약학 조성물) 제조 과정과 같은 과정 동안 프로바이오틱을 보호하는 데 사용된다. 일부 실시양태에서, 동결보호제는 아미노산, 펩티드, 글리세롤, 다른 단순 폴리올, 복합 폴리올, 변형된 폴리올, 당 알코올, 글루코스, 단당류, 이당류, 올리고당류, 다당류 및 변형된 올리고당류와 다당류, 비타민, 단백질, 완충제 및 이들의 조합으로부터 선택될 수 있으나 이들로 제한되지 않는다. 일부 실시양태에서, 동결보호제는 트레할로스를 포함하거나 트레할로스로 구성된다. 일부 실시양태에서, 트레할로스는 약 2% 내지 20%로 존재한다. 일부 실시양태에서, 트레할로스는 D-트레할로스이다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 글리세롤과 함께 제제화된다. 일부 경우, 조성물의 세균 균주는 글리세롤을 발효시켜, 단쇄 지방산을 생성한다. 단쇄 지방산의 비제한적 예는 아세트산, 젖산 및 프로피온산을 포함한다. 일부 경우, 글리세롤의 존재 하에서 생장된 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스는 하나 이상의 항균 대사물질의 생성을 향상시킨다.
일부 실시양태에서, 피부를 가로지른, 특히 각질층을 가로지른 약물의 경피 전달을 촉진하기 위해 침투 증강제가 사용된다. 일부 실시양태에서, 일부 침투 증강제는 피부 자극, 피부 독성 및 피부 알레르기를 야기할 수 있다. 그러나, 일부 실시양태에서, 보다 통상적으로 사용되는 침투 증강제는 예를 들어, 우레아(카르보닐디아미드), 이미두레아(imidurea), N,N-디에틸포름아미드, N-메틸-2-피롤리딘, 1-도데칼-아자사이클로펩탄-2-온, 칼슘 티오글리케이트, 2-피롤리딘, N,N-디에틸-m-톨루아미드, 올레산 및 이의 에스테르 유도체, 예컨대, 메틸, 에틸, 프로필, 이소프로필, 부틸, 비닐 및 글리세릴모노올레에이트, 소르비탄 에스테르, 예컨대, 소르비탄 모노라우레이트 및 소르비탄 모노올레에이트, 다른 지방산 에스테르, 예컨대, 이소프로필 라우레이트, 이소프로필 미리스테이트, 이소프로필 팔미테이트, 디이소프로필 아디페이트, 프로필렌 글리콜 모노라우레이트, 프로필렌 글리콜 모노올레에이트, 및 비이온성 세제, 예컨대, BRIJ® 76(스테아릴 폴리(10) 옥시에틸렌 에테르), BRIJ® 78(스테아릴 폴리(20) 옥시에틸렌 에테르), BRIJ® 96(올레일 폴리(10) 옥시에틸렌 에테르) 및 BRIJ® 721(스테아릴 폴리(21) 옥시에틸렌 에테르)(ICI Americas Inc. Corp.)을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 조성물은 특정 농도로 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스를 포함하도록 제제화될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 조성물은 미생물이 유효량으로 전달/투여될 수 있도록 하는 양의 프로바이오틱을 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 전달되는 프로바이오틱의 양은 유닛 용량당 적어도 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 1010, 1011 또는 1012 CFU이다. 일부 실시양태에서, 조성물의 총 중량에 비해 적어도 약 0.0001 중량%(건조 중량으로 표현됨), 약 0.0001 중량% 내지 약 99 중량%, 약 0.001 중량%% 내지 약 90 중량%, 약 0.01 중량% 내지 약 80 중량%, 및 약 0.1 중량% 내지 약 70 중량%의 비율로 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 프로바이오틱을 사용하여 조성물을 제제화할 수 있다. 일부 실시양태에서, 국소 투여되도록 의도된 조성물은 담체 그램당 적어도 103개, 104개, 105개, 106개, 107개, 108개, 109개, 1010개, 1011개 또는 1012개의 미생물을 포함하거나, 비활성 또는 사멸된 미생물, 또는 세균 분획 또는 생성된 대사물질에 대해 계산된 등가 용량으로 미생물을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 미생물은 적어도 약 102 CFU 내지 약 1020 CFU의 유닛 용량당 유효량으로 전달될 수 있다. 일부 실시양태에서, 국소 투여를 위해 제제화된 조성물은 약 105 내지 약 1012 CFU/용량의 용량(세균 당량으로서 표현됨)에 상응하도록 조절된 농도의 각각의 세균 균주 및/또는 상응하는 분획 및/또는 대사물질을 포함한다.
일부 실시양태에서, 국소 적용용으로 본원에서 제공된 조성물은 일반적으로 약 102 내지 약 1015 CFU/g, 약 105 내지 약 1012 CFU/g, 또는 약 106 내지 약 1013 CFU/g의 세균을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 피부 평방 cm당 적어도 106개의 미생물의 양으로 대상체에게 전달된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 피부 평방 cm당 적어도 107개의 미생물을 전달하도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 피부 평방 cm당 적어도 108개의 미생물을 전달하도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 피부 평방 cm당 적어도 109개의 미생물을 전달하도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 피부 평방 cm당 109개 미만의 미생물을 전달하도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 피부 평방 cm당 108개 미만의 미생물을 전달하도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 피부 평방 cm당 107개 미만의 미생물을 전달하도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 피부 평방 cm당 약 107개 내지 108개의 미생물을 전달하도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 피부 평방 cm당 약 106개의 미생물 내지 피부 평방 cm당 약 1010개의 미생물을 전달하도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 피부 평방 cm당 약 106개의 미생물 내지 피부 평방 cm당 약 109개의 미생물을 전달하도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 피부 평방 cm당 약 107개의 미생물 내지 피부 평방 cm당 약 1010개의 미생물을 전달하도록 제제화된다. 일부 실시양태에서, 조성물은 피부 평방 cm당 약 107개의 미생물 내지 피부 평방 cm당 약 109개의 미생물을 전달하도록 제제화된다.
특정 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 밀리리터당 약 105개의 미생물 내지 밀리리터당 약 1012개의 미생물의 농도로 제제화된다. 특정 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 밀리리터당 약 106개의 미생물의 농도로 제제화된다. 특정 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 밀리리터당 약 107개의 미생물의 농도로 제제화된다. 특정 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 밀리리터당 약 108개의 미생물의 농도로 제제화된다. 특정 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 밀리리터당 약 109개의 미생물의 농도로 제제화된다. 특정 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 밀리리터당 약 1010개의 미생물의 농도로 제제화된다.
특정 실시양태에서, 국소 또는 경구 사용을 위한 본원에 개시된 조성물은 트립토판을 비롯한 아미노산, 디펩티드, 올리고펩티드, 폴리펩티드, 카사미노산, 글루코스를 비롯한 단당류, 만니톨을 비롯한 당 알코올, 글리세롤을 비롯한 단순 알코올, 올리고-알코올, 단순 폴리올, 복합 폴리올, 수크로스 및 트레할로스 및 이들의 이성질체를 비롯한 이당류, 다당류, 만니톨, λ-카라기난을 비롯한 변형된 다당류, 셀룰로스 및 카르복시메틸 셀룰로스를 비롯한 변형된 셀룰로스, 전분 및 2-하이드록시에틸전분(HES)을 비롯한 변형된 전분, 카르보폴 중합체를 비롯한 생체접착제, 증점제 및 유변학 변형제, 현탁액 및/또는 에멀젼 안정화제, 계면활성제, 오일, 변형된 오일, 비타민, 단백질, 완충제, 염, 소 무혈청 배지(예를 들어, 트립신 대두 브로쓰), 동결건조된 세균, 또는 다른 비활성/사멸된 세균 및 이들의 조합을 포함하나 이들로 제한되지 않는 생물학적 안정성 화합물을 함유할 수 있다.
포맷팅, 포장 및 키트
일부 실시양태에서, 제제화 후, 본원에 개시된 조성물은 최종 사용자에 의한 전달 및 사용에 적합한 방식으로 포장될 수 있다. 한 실시양태에서, 조성물은 적절한 분배기에 배치되고 최종 사용자에게 운송된다. 최종 용기의 비제한적 예는 펌프 병, 압착 병, 병, 튜브, 캡슐 또는 바이알을 포함할 수 있다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 포장 전에 도포기에 첨가될 수 있다. 도포기의 비제한적 예는 면 패드, 폴리에스테르 패드, Q-팁, 스폰지 및 브러시를 포함한다. 일부 실시양태에서, 도포기는 포장재 내에 배치된다. 포장재의 비제한적 예는 백(bag) 및 호일 또는 왁스 안감처리된 종이 패킷을 포함한다. 일부 실시양태에서, 포장재의 내부는 멸균 상태일 수 있다. 일부 실시양태에서, 포장재 내의 공기는 밀봉 전에 진공에 의해 제거된다. 일부 실시양태에서, 포장재는 열밀봉된다. 일부 실시양태에서, 포장재는 접착제에 의해 밀봉된다.
또 다른 실시양태에서, 본원에 개시된 조성물은 피부에 적용하기 전에 재구성을 위해 동결건조를 통해 탈수되거나 건조됨으로써 제조된다. 한 실시양태에서, 글리세롤 또는 다른 당 알코올과 같은 하나 이상의 추가 작용제를 사용하여 동결건조를 수행한다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 추가 작용제는 선택된 세균의 저장 수명을 개선한다. 한 실시양태에서, 제제 조성물은 트레할로스(알파-D-글루코피라노실-1,1-알파-D-글루코피라노사이드)를 포함하지 않는다. 일부 실시양태에서, 조성물은 동결될 필요가 없다.
일부 실시양태에서, 본원에서 제공된 조성물은 하나 이상의 용기 내에 포장될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시양태에서, 단일 병, 튜브, 용기 또는 캡슐은 2개의 동등하거나 동등하지 않은 부분으로 나누어질 수 있고, 이때 한 부분은 팩킹 형태(건조, 동결건조 등)로 세균을 함유하고 다른 부분은 액체 또는 겔일 수 있는 활성화 물질을 함유한다. 일부 이러한 실시양태에서, 선택된, 형질전환된 또는 조작된 세균 및 활성화 물질을 피부 또는 다른 표면에 분배하기 위해, 최종 사용자가 용기에 인가된 단일 힘으로 내용물의 전부 또는 일부를 2개의 용기 부분 내에 분배할 수 있도록 단일 병 또는 용기를 설계할 수 있다. 일부 실시양태에서, 키트는 또한 2개 이상의 용기, 즉 선택된, 형질전환된 또는 조작된 세균의 집단(들)을 가진 용기, 및 선택된, 형질전환된 또는 조작된 세균의 집단과 혼합될 제제를 가진 용기를 포함하는 형태로 존재할 수 있다.
일부 실시양태에서, 2개 이상의 용기, 즉 선택된, 형질전환된 또는 조작된 세균의 집단을 가진 1개의 용기, 선택되지 않거나, 형질전환되지 않거나 조작되지 않은 천연 비병원성 피부 세균을 가진 다른 용기, 및 선택된, 형질전환된 또는 조작된 세균의 집단과 혼합될 제제를 가진 제3 용기. 또 다른 예에서, 단일 병을 구성하는 2개 이상의 용기는 각각 상이한 챔버로부터 배출하는 2개의 별개의 튜브에 연결된 1개의 펌프를 가진다. 키트는 하나 이상의 보완 제품, 예컨대, 비누, 특정 pH를 가진 바디 워시 또는 보습 로션, 로션 또는 크림도 포함할 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 보완 제품은 프로바이오틱이다. 보완 제품은 원래 제품의 활성에 유익한 임의의 화합물을 포함할 수 있으며 지속적인 효능을 위해 그의 활성을 향상시킬 수 있다. 또 다른 고려되는 포장은 선택된, 형질전환된 또는 조작된 세균의 집단이 세균의 활성화를 허용할 붕대/필름의 제2층과 조합되고 임의로 번식/성장 인자도 제한할 수 있는, 붕대 또는 필름 상의 층으로서 유지되는 포장이다. 또 다른 실시양태에서, 최종 제품은 냉장 저장되고, 이때 세균은 그의 활성 상태로 존재한다. 또 다른 실시양태에서, 세균은 수용성 셀룰로스의 작은 비드에 저장된다. 이 비드는 자외선차단제, 보습제, 바디 워시 또는 비누와 같은 임의의 용액에 혼합될 수 있다.
사용 방법
본원에서 제공된 방법 및 조성물은 하나 이상의 방식으로 사용될 수 있다. 일부 실시양태에서, 사용 방법은 치료 방법이거나 이를 포함한다. 일부 실시양태에서, 본 개시내용에 의해 제공된 조성물은 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스에 의해 생성된 대사물질에 민감한 기생충 미생물의 생장으로부터 발생하는 감염을 치료하고/하거나 예방하는 데 사용된다. 이 미생물은 세균, 바이러스, 효모 또는 곰팡이일 수 있다.
한 실시양태에서, 감염은 조갑진균증이다. 한 실시양태에서, 감염은 족부 백선이다. 한 실시양태에서, 감염은 아토피성 피부염이다. 한 실시양태에서, 감염은 농가진이다. 한 실시양태에서, 감염은 피부 또는 연조직의 감염이다.
한 실시양태에서, 감염은 피부사상균에 의해 야기된다. 한 실시양태에서, 감염은 말라세지아 종에 의해 야기된다. 한 실시양태에서, 감염은 트리코파이톤 종에 의해 야기된다. 한 실시양태에서, 감염은 스타필로코커스 종에 의해 야기된다. 한 실시양태에서, 감염은 트리코파이톤 루브룸에 의해 야기된다. 한 실시양태에서, 감염은 스타필로코쿠스 아우레우스에 의해 야기된다. 한 실시양태에서, 감염은 말라세지아 푸르푸르, 말라세지아 레스트릭타 또는 말라세지아 글라보사에 의해 야기된다. 한 실시양태에서, 감염은 그람 양성 세균에 의해 야기된다.
본 개시내용의 조성물의 투여 전, 대상체는 임의로 세균 조성물을 수용하도록 피부를 준비하기 위한 전처리 프로토콜을 가질 수 있다. 특정 실시양태에서, 예컨대, 환자가 회복력이 높은 병원체에 의한 급성 감염을 가질 때 전처리 프로토콜이 권장된다. 다른 실시양태에서, 예컨대, 감염을 야기하는 병원체가 회복력이 없거나 환자가 성공적으로 치료되었지만 의사가 감염이 재발할 수 있다고 우려하는 급성 감염을 가졌을 때 전처리 프로토콜은 완전히 임의적이다. 이 경우, 전처리 프로토콜은 환자의 마이크로바이옴에 영향을 미치는 세균 조성물의 능력을 향상시킬 수 있다.
미생물 군집 또는 종의 투여를 위해 환자를 준비하는 한 가지 방식으로서, 적어도 하나의 항생제 또는 항진균제를 투여하여 환자의 미생물을 변경시킬 수 있다. 이것은 경구 또는 국소 적용될 수 있다.
환자가 감염의 치료를 위해 항생제를 제공받은 경우, 또는 환자가 특정 전처리 프로토콜의 일부로서 항생제를 제공받은 경우, 한 실시양태에서 세균 조성물이 투여되기 전에 피부에 존재하는 항생제의 농도가 실질적으로 감소될 수 있게 하기에 충분한 시간을 두고 항생제를 중단해야 한다. 한 실시양태에서, 항생제는 세균 조성물을 투여하기 1일, 2일 또는 3일 전에 중단될 수 있다. 한 실시양태에서, 항생제는 세균 조성물을 투여하기 3, 4, 5, 6 또는 7 항생제 반감기 전에 중단될 수 있다. 또 다른 실시양태에서, 항생제는 세균 조성물의 성분이 피부의 항생제 농도보다 더 높은 MIC50을 갖도록 선택될 수 있다.
세균 조성물 또는 조성물의 요소의 MIC50은 당분야에 잘 알려져 있는 방법에 의해 측정될 수 있다(예를 들어, 문헌[Reller et al., Antimicrobial Susceptibility Testing: A Review of General Principles and Contemporary Practices, Clinical Infectious Diseases 49(11):1749-1755 (2009)] 참조). 이러한 실시양태에서, 항생제 투여와 세균 조성물 투여 사이의 추가 시간은 필요하지 않다. 전처리 프로토콜이 급성 감염의 치료의 일부인 경우, 감염이 항생제에 민감하되, 세균 조성물의 성분이 항생제에 민감하지 않도록 항생제를 선택할 수 있다.
일부 실시양태에서, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 프로바이오틱 조성물의 적용 전에 피부 병원체의 양을 감소시키기 위해 대상체의 피부를 세제 물질로 전처리한다.
일부 실시양태에서, 유익한 대사물질의 생성을 증가시키는 물질로 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 프로바이오틱을 전처리한다.
일부 실시양태에서, 프로바이오틱(예를 들어, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스)의 상대적 존재도를 대상체 또는 표면에서 측정한다. 일부 실시양태에서, 예를 들어, 대상체의 두피, 부비강 위치, 미간 등으로부터 샘플을 수집한다. 일부 실시양태에서, 질환, 장애 또는 병태의 진단 또는 발병 위험을 확인하기 위해 대상체의 상대적 프로바이오틱 존재도를 대상체의 집단과 비교한다.
제조 방법
약학 조성물, 제품, 및 조성물을 포함하는 식품 또는 가정용 제품을 포함하는, 본원에서 제공된 임의의 조성물은 임의의 형태, 예를 들어, 수성 또는 오일 형태, 예컨대, 용액 또는 현탁액, 반고체 형태로 매립된 형태, 분말 형태 또는 동결 건조된 형태로 세균 균주를 함유할 수 있다. 일부 실시양태에서, 조성물 또는 조성물의 세균 균주는 동결건조된다. 일부 실시양태에서, 조성물의 세균 균주의 서브세트는 동결건조된다. 동결건조는 제조업체 설명서 매뉴얼에 의해 권장된 바와 같이 -80℃ 내지 -20℃에서 물질을 동결한 후, 다양한 상승 속도 및 유지 시간으로 1차 건조하고 2차 건조함으로써 수행되었다. 조성물, 구체적으로 세균을 포함하는 조성물을 동결건조하는 방법은 당분야에 잘 알려져 있다. 예를 들어, 전체적으로 본원에 참고로 포함되는 미국 특허 제3,261,761호; 미국 특허 제4,205,132호; PCT 공개 제WO 2014/029578호 및 제WO 2012/098358호를 참조한다. 세균은 조합으로서 동결건조될 수 있고/있거나, 세균은 개별적으로 동결건조될 수 있고 투여 전에 조합될 수 있다. 세균 균주는 이를 다른 세균 균주와 조합하기 전에 약학 부형제와 조합될 수 있거나, 다수의 동결건조된 세균은 동결건조된 형태로 존재하는 동안 조합될 수 있고, 일단 조합되면 세균의 혼합물은 나중에 약학 부형제와 조합될 수 있다. 일부 실시양태에서, 세균 균주는 동결건조된 케이크이다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 세균 균주를 포함하는 조성물은 동결건조된 케이크이다. 세균 균주는 이를 다른 세균 균주와 조합하기 전에 약학 부형제와 조합될 수 있거나, 다수의 동결건조된 세균은 동결건조된 형태로 존재하는 동안 조합될 수 있고, 일단 조합되면 세균의 혼합물은 나중에 약학 부형제와 조합될 수 있다. 일부 실시양태에서, 세균 균주는 동결건조된 분말이다. 일부 실시양태에서, 하나 이상의 세균 균주를 포함하는 조성물은 동결건조물이다.
일부 실시양태에서, 조성물의 세균 균주는 당분야에 잘 알려져 있는 발효 기법을 이용함으로써 제조될 수 있다. 일부 실시양태에서, 활성 성분은 혐기성 세균 종의 빠른 생장을 뒷받침할 수 있는 발효기를 이용함으로써 제조된다. 발효기는 예를 들어, 교반 탱크 반응기 또는 일회용 웨이브 생물반응기일 수 있다. 배양 배지, 예컨대, LB 배지 및 TB 배지, 또는 동물 성분을 결여하는 이 배지의 유사한 버전을 사용하여 세균 종의 생장을 뒷받침할 수 있다. 세균 생성물은 원심분리 및 여과와 같은 전통적인 기법에 의해 발효 브로쓰로부터 정제되고 농축될 수 있으며, 임의로 당분야에 잘 알려져 있는 기법에 의해 건조되고 동결건조될 수 있다.
본 개시내용의 약학 또는 미용 조성물은 당분야에 잘 알려져 있고 관용적으로 실시되는 방법에 따라 제조될 수 있다(예를 들어, 문헌[Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Mack Publishing Co. 20th ed. 2000] 참조). 따라서, 일부 실시양태에서, 본 개시내용은 프로바이오틱 및 적어도 하나의 추가 성분을 포함하는 의약의 제조를 위한 조성물을 제공한다. 일부 실시양태에서, 하나의 추가 성분은 부형제를 포함하거나 부형제로 구성된다. 일부 실시양태에서, 부형제는 조성물의 하나 이상의 특징, 예를 들어, 하나 이상의 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나 예방하는 효능을 개선한다.
제품
일부 실시양태에서, 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스는 제품, 예를 들어, 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 또는 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 프로바이오틱, 용해물 또는 대사물질로 함침된 제품으로 제제화된다.
일부 실시양태에서, 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스는 천과 회합된다. 천은 일반적으로 의류로 만들어지기에 적합한 유연한 재료, 예를 들어, 착용자의 일상적인 움직임을 견디기에 충분한 재료 강도를 가진 재료를 지칭한다. 천은 섬유질, 직조 또는 니트일 수 있고; 천연 생성 재료 또는 합성 재료로 만들어질 수 있다. 예시적인 천 재료는 면, 아마, 울, 모시, 실크, 데님, 가죽, 나일론, 폴리에스테르 및 스판덱스, 및 이들의 블렌드를 포함한다.
일부 실시양태에서, 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스는 방적사와 회합된다. 방적사는 일반적으로 뜨개질 또는 직조에 적합한 길고 얇은 방적된 유연성 재료를 지칭한다. 일부 실시양태에서, 방적사는 예를 들어, 양모, 면, 폴리에스테르, 또는 하나 이상의 다른 적합한 재료 및 이들의 블렌드로 만들어질 수 있다.
일부 실시양태에서, 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스는 실과 회합된다. 실은 일반적으로 바느질에 적합한 길고 얇은 방적된 유연성 재료를 지칭한다. 실은 일반적으로 방적사보다 더 얇은 직경을 가진다. 실은 예를 들어, 면, 폴리에스테르, 나일론, 실크 및 이들의 블렌드로 만들어질 수 있다.
예를 들어, 신발, 신발 삽입물, 잠옷, 운동화, 벨트, 모자, 셔츠, 속옷, 운동복, 헬멧, 수건, 장갑, 양말, 붕대 등과 같은 의류 제품도 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스로 처리될 수 있다. 시트, 베개, 베갯잇 및 담요를 비롯한 침구도 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스로 처리될 수 있다. 일부 실시양태에서, 일정 시간 동안 세척될 수 없는 피부 부위도 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스와 접촉될 수 있다. 예를 들어, 치유 과정 동안 손상된 팔다리를 고정하는 정형외과 주조물로 둘러싸인 피부, 보철물 또는 정기적으로 착용되는 장치, 예컨대, 보청기와 접촉하는 피부 부위, 및 적절한 치유를 위해 건조된 상태로 유지되어야 하는 손상, 예컨대, 꿰맨 상처와 인접한 부위는 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스와의 접촉으로부터 이익을 얻을 수 있다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 본원에 기재된 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스를 포함하는 착용 가능한 제품을 제공한다. 착용 가능한 제품은 보행을 방해하지 않는 방식으로 사용자의 신체와 밀착될 수 있는 가벼운 제품일 수 있다.
착용 가능한 제품의 예는 손목시계, 손목밴드, 헤드밴드, 헤어고무줄, 헤어네트, 샤워 캡, 모자, 헤어피스 및 장신구를 포함한다. 본원에 기재된 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스를 포함하는 착용 가능한 제품은, 예를 들어, 피부 장애의 치료 또는 예방, 낮은 아질산염 수준과 관련된 질환 또는 병태의 치료 또는 예방, 체취의 치료 또는 예방, 대상체에게 산화질소를 공급하는 치료, 또는 미생물 생장을 억제하는 치료 중 하나 이상을 제공하는 농도를 제공할 수 있다.
일부 실시양태에서, 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스는 모발과 접촉하도록 의도된 제품, 예를 들어, 브러시, 빗, 샴푸, 컨디셔너, 헤드밴드, 헤어고무줄, 헤어네트, 샤워 캡, 모자 및 헤어피스와 회합된다. 인간 대상체의 표면과 접촉하는 제품, 예컨대, 기저귀는 본 개시내용의 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스와 회합될 수 있다.
일부 실시양태에서, 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스는 인간 피부 병원체를 위한 저장소로서 작용할 수 있는 가정용 용품과 회합된다. 일부 실시양태에서, 샤워 커튼, 욕실 매트, 샤워 매트 또는 배수 타일은 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스, 또는 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 포스트바이오틱, 용해물 또는 대사물질로 함침된다.
일부 실시양태에서, 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스는 가정용 또는 산업용 세정 물질, 예를 들어, 체육관 샤워기 청소용 세정 물질과 회합된다.
일부 실시양태에서, 인간 단리된 또는 합성 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스를 포함하는 제품은 포장된다. 포장재는 제품을 압축하거나 손상, 먼지 또는 분해로부터 보호하는 데 기여할 수 있다. 포장재는 예를 들어, 플라스틱, 종이, 판지 또는 목재를 포함할 수 있다. 일부 실시양태에서, 포장재는 세균이 침투할 수 없다. 일부 실시양태에서, 포장재는 산소 및/또는 이산화탄소가 침투할 수 있다.
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실시예
실시예 1: 인간 공급원으로부터 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 및 바실러스 서브틸리스의 단리
요약
인간 피부로부터 프로바이오틱 잠재력을 가진 새로운 세균 분리주를 식별하기 위해, 42명의 건강한 젊은 성인으로부터 수집된 대략 700개의 피부 마이크로바이옴 샘플을 생존 가능한 콜로니 형성 유닛에 대해 스크리닝하였다. 단일 콜로니의 계대배양을 통해 개별 분리주를 정제하였다. 이 개별 세균 분리주들 중 454개의 분리주들의 1차 스크리닝을 완료하여, 말라세지아, 스타필로코커스 아우레우스 및/또는 트리코파이톤 루브룸에 대한 억제 활성을 보이는 5개의 후보 종을 제공하였다.
재료 및 방법
생물탐사용 샘플
건강한 인간 피험자의 피부 또는 족부 백선을 가진 인간 피험자의 발가락으로부터 샘플을 공급하고 수집하였다. eSwab 튜브(Fisher, 카탈로그 번호 23-600-900)를 사용하여 당업자에게 알려져 있는 표준 문지르기/면봉닦기 절차에 따라 인간 피험자로부터 피부 마이크로바이옴 샘플을 수집하였다. 각각의 피험자에 대해 이마, 하퇴, 발뒤꿈치 및 발가락으로부터 샘플을 수집하였다.
균주 단리
인간 피부로부터 수집된 샘플을 직접 처리하였거나, 동결보호제로서 10% DMSO와 함께 -80℃에서 저장하고 처리를 위해 실온에서 해동시켰다. 피부 샘플을 플레이트당 30개 내지 300개 콜로니의 정도까지 희석한 후 표준 미생물 관행에 따라 1% 글리세롤이 공급된 BHI 및 R2A 한천 플레이트에 플레이팅하였다. 플레이트를 주위 온도에서 3일 내지 5일 동안 인큐베이션하고 세균 콜로니에 대해 시각적으로 확인하였다.
알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 및 바실러스 서브틸리스 균주의 분자 식별
모든 샘플을 하위배양으로 정제하고 16S rRNA 시퀀싱을 통해 확인하였다. 정제된 콜로니로부터 DNA를 추출하고 열 순환기와 표준 27F/1492R 프라이머 쌍을 사용하여 중합효소 연쇄 반응으로 증폭하였다. PCR 생성물을 생거 시퀀싱에 사용하기 전에 E-겔에서 확인하였다. 수득된 서열을 NCBI 데이터베이스에 대해 검색하여 분류학적 정보를 확인하였다.
결과, 해석 및 결론
족부 백선 모카신을 가진 인간 피험자의 엄지발가락 발톱 바닥으로부터 알칼리게네스 패칼리스인 DB05646을 단리하였고 이것은 비발효 그람 음성(NFGN) 막대형 세균이다(도 1).
건강한 인간 피험자의 정면 하퇴로부터 바실러스 알티투디니스인 DB10033을 단리하였고, 제2 건강한 인간 피험자의 발뒤꿈치로부터 바실러스 푸밀러스인 DB03376을 단리하였고, 또 다른 건강한 인간 피험자의 이마로부터 바실러스 서브틸리스인 DB02475를 단리하였고, 이들은 그람 양성 막대형 세균이다(도 1).
실시예 2: 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 및 바실러스 서브틸리스의 유전적 평가 방법 및 존재도
요약
공개된 게놈 서열을 가진 균주와 함께 본원에 개시된 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 균주의 유전적 분석 및 분자 진화 연구는 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 균주가 적어도 4개의 상이한 하위군에 속하고, 각각의 하위군이 토양, 식물, 양서류 및 인간 피부를 포함하는 다양한 공급원으로부터 단리된 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 균주를 포함함을 보여주었다. 인간 숙주에서 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 상대적 존재도를 해부학적 부위에서 측정하였다.
재료 및 방법
전체 게놈 샷건 시퀀싱 및 게놈 서열 어셈블리
일루미나에 의해 제작된 넥스테라 플렉스 키트를 설명서에 따라 사용하여 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 균주 각각에 대한 샷건 시퀀싱 라이브러리를 생성하였다. 샷건 라이브러리를 풀링하고 HiSeq X 플랫폼에서 시퀀싱하였다. 시퀀싱 리드를 개별 FASTA 파일로 자동 역다중화하고 표준 생물정보학 분석을 통해 실행하여, 세정된 시퀀싱 리드로부터 어셈블링된 게놈을 제공하였다. 상이한 미생물 종의 상대적 존재도에 대해서도 샘플을 평가하였다.경ㅅ
알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 균주의 뉴클레오타이드 수준 게놈 유사성
여러 공개된 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 게놈과 함께 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 균주의 게놈 서열(표 17, 19, 22 및 24에 표시된 기준 번호로 기재됨, 이에 대한 서열은 예를 들어, 월드 와이드 웹(ncbi.nlm.nih.gov/genome/)에서 발견될 수 있음)을, 평균 뉴클레오타이드 식별("ANI"; 웹(hypertext transfer protocol secure//img.jgi.doe.gov/docs/docs/ANI.pdf) 참조) 분석을 통해 실행하여 유사성 및 유전적 다양성을 확인하였다.
알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 게놈 서열의 계통유전체학 분석
본원에 기재된 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 균주와, 공개된 게놈 서열을 가진 균주(표 19, 21, 23 및 25에 표시된 기준 번호로 기재됨, 이에 대한 서열은 예를 들어, 월드 와이드 웹(ncbi.nlm.nih.gov/genome/)에서 발견될 수 있음)의 계통유전체학 관계를, 동봉된 설명서에 따라 RAxML 팩키지를 사용하여 평가하였다(예를 들어, 웹(cme.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/) 참조; 또한, 예를 들어, 문헌[A. Stamatakis: "RAxML Version 8: A tool for Phylogenetic Analysis and Post-Analysis of Large Phylogenies." 2014. Bioinformatics] 참조).
인간 숙주에서 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 상대적 존재도
전술된 바와 같이 gDNA의 16s 앰플리콘 시퀀싱 및 메타게놈 샷건 시퀀싱을 이용하여 228명의 건강한 피험자 및 28명의 병든 피험자(피부 병원체에 의한 감염을 가진 것으로서 진단된 피험자)의 마이크로바이옴을 분석하였다. 건강한 참가자 및 병든 참가자의 두피, 부비강 위치 및 미간으로부터 샘플을 수집하였다. 각각의 해부학적 부위에서 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 및 바실러스 서브틸리스의 평균 상대적 존재도를, 마이크로바이옴 샘플에서 관찰된 각각의 종으로 배정된 총 리드의 평균 퍼센트로서 계산하였다.
결과, 해석 및 결론
관심 있는 균주 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 및 바실러스 서브틸리스의 동일성이 확인되고 당업자에게 알려져 있고 이용 가능한 표준 유전적 분석 절차를 통해 실행되면, 상이한 해부학적 부위에서 각각의 종의 상대적 존재도를 평가하였다. 228명의 건강한 피험자와 28명의 병든 피험자의 상이한 해부학적 부위에서 전체 미생물 군집을 분석하여 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 및 바실러스 서브틸리스의 존재도를 측정하였다(표 2). 시험된 피험자들은 그들의 피부에서 상이한 존재도로 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 및/또는 바실러스 서브틸리스를 가진 것으로 발견되었다. 바실러스 서브틸리스는 건강한 해부학적 부위 및 일부 병든 부위에서 가장 높은 평균 상대적 존재도를 가졌고 알칼리게네스 패칼리스는 병든 두피 및 병든 미간 해부학적 부위에서 가장 높은 상대적 존재도를 가졌다.
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실시예 3: 병원체 스크리닝
요약
1개 내지 3개의 말라세지아 종, 트리코파이톤 루브룸 및 스타필로코커스 아우레우스를 억제하는 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 능력을 시험하였다. 스크리닝되는 균주를 발효기에서 생장시킨 후, 변형된 억제 어세이에 사용하였다. 이 어세이는 시험되는 병원체의 유형에 맞게 조정되었지만, 각각의 실험에서 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스에 의해 유도된 억제 영역을 측정하고 대조군과 비교하였다. 상기 4종의 균주들 모두가 말라세지아 글로보사, 말라세지아 푸르푸르, 트리코파이톤 루브룸 및/또는 스타필로코커스 아우레우스의 생장을 억제하는 것으로 확인되었다. DB05646은 말라세지아 레스트릭타에 대해서도 시험되었고 말라세지아 레스트릭타를 억제하는 것으로 확인되었다.
재료 및 방법
미생물 균주
말라세지아 레스트릭타 MYA4611, 말라세지아 푸르푸르 12078, 말라세지아 글로보사 MYA4794는 ATCC로부터 구입되었고 동봉된 설명서에 따라 유지되었다. 16s rRNA 서열을 사용하여 모든 구입된 미생물 균주의 동일성을 확인하였다. 트리코파이톤 루브룸 균주 18754는 ATCC로부터 구입되었고 설명서에 따라 유지되었다. 스타필로코커스 아우레우스 균주 25923은 ATCC로부터 구입되었고 설명서에 따라 유지되었다. DMSO 또는 글리세롤을 동결보호제로서 사용하여 알칼리게네스 패칼리스 DB05646, 바실러스 알티투디니스 DB10033, 바실러스 푸밀러스 DB03376 또는 바실러스 서브틸리스 DB02475 균주를 -80℃에서 저장하였다.
알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스를 5 L 규모로 발효기에서 생장시켰다. 14시간 내지 15시간 경과된 진탕 플라스크 배양물로 발효기를 접종하고, 600 nm에서 흡광도를 측정함으로써 25℃에서의 생장을 모니터링하였다. 발효기 배양물을 무균적으로 수거하였고 세포 펠릿을, 동결보호제 및 안정화제를 함유하는 제제화 완충제에 재현탁시켜 동결된 또는 동결건조된 제제를 제조하였다. 동결 또는 동결건조 전, 최종 제제화된 생성물을 109, 108, 107 및 106 CFU/㎖로 희석하기 전과 후 병원체 말라세지아 레스트릭타, 말라세지아 푸르푸르, 말라세지아 글로보사, 트리코파이톤 루브룸 및 스타필로코커스 아우레우스에 대한 생존율, 순도 및 기능적 활성에 대해 시험하였다. 순도는 >99.99%이었고, 희석되지 않은 샘플과 희석된 샘플 사이에 생존율의 하락은 0이거니 최소치이었고 활성의 변화는 없었다.
순도 어세이
진탕 플라스크 배양물을 사용하여 발효기를 접종하였고, 수거된 배양물을 동결보호제 비히클에 재현탁하고 100 ㎕의 플레이팅이 플레이트당 약 30개 내지 300개의 콜로니를 생장시키도록 희석하였다. 이 추정치는 600 nm 판독에서의 흡광도 및 1OD 유닛의 CFU/㎖를 측정하는 이전 실험에 기반한 것이었고, 이러한 방법론은 당분야에서 숙련된 자에게 알려져 있으며 이용 가능하다. LB50 한천, 또는 0.5% 글리세롤 한천으로 보충된 BHI의 6개 내지 10개 플레이트를 100 ㎕의 배양물로 도말 플레이팅하였다. 플레이트를 최대 1주일 동안 실온에서 인큐베이션하고 비-알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 생장에 대해 모니터링하였다.
생존율 어세이
진탕 플라스크에서 생장된 배양물의 수거 시, 600 nm에서 흡광도를 측정하였고, OD와 CFU 사이의 먼저 계산된 관계를 이용하여 CFU/㎖를 계산하였다. 1개의 샘플을 본원에 기재된 바와 같이 즉시 플레이팅하고 또 다른 샘플을 말라세지아 레스트릭타, 말라세지아 푸르푸르, 말라세지아 글로보사 및 트리코파이톤 루브룸 생장에 대해 분석하였다. 변형된 억제 어세이를 이용하여 생장을 측정하였고 항생작용 어세이를 이용하여 스타필로코커스 생장을 측정하였다. 또한, 수거물로부터 3개의 샘플을 108, 107 및 106 CFU/㎖와 동등하도록 만들었다. 각각의 희석액으로부터 100 ㎕를 96웰 플레이트의 제1웰에 삼중으로 첨가하였다. 이 웰로부터 30 ㎕를 회수하여 96웰 플레이트의 제2웰 내의 멸균 PBS 270 ㎕에 첨가하였다. 팁을 교체하기 전에 100 ㎕ 부피를 가진 피펫을 사용하여 웰의 내용물을 혼합하였고 이 제2웰로부터 30 ㎕를 회수하여 270 ㎕ 멸균 PBS를 가진 제3웰로 옮겼다. 100 ㎕ 부피를 이용하여 배양물을 혼합하였다. 이 방식으로, 7개의 연속 10배 희석액을 원래의 10배 희석액으로 만들었다. 각각의 희석액의 10 ㎕ 스팟을 3회 재현실험 희석액 각각으로부터 LB50 한천 플레이트에 점적하고 건조되도록 두었다. 플레이트를 실온에서 2일 동안 인큐베이션하고 CFU를 카운팅하였다. 스팟 카운트의 희석 계수를 사용하여 CFU/㎖를 계산하였다.
말라세지아 항생작용 어세이
시험관내 어세이를 설정하였다. 요약하건대, YPD-Mal 한천 플레이트에서 5일 내지 14일 동안 말라세지아를 생장시킨 후, 플레이트로부터 진균 물질을 긁어내어, 1 ㎖ 멸균수 내에 5 mm 유리 비드를 함유하는 크리오튜브에 넣었다. 그 다음, 상기 튜브를 볼텍싱하여 상기 물질을 균질화하였다. OD 600을 측정하고 0.3으로 희석하였다. 이어서, 비드를 사용하여 200 ㎕ 부피의 긁어낸 배양물을 Media 22 한천 플레이트에 도말하고 건조하여, 새로운 배양된 플레이트를 생성하였다. 냉동된 샘플 또는 최적화된 배양물(최적화된 생장 시간 및 최적화된 CFU/㎖)로부터 알칼리게네스 패칼리스 DB05646, 바실러스 알티투디니스 DB10033, 바실러스 푸밀러스 DB03376 또는 바실러스 서브틸리스 DB02475의 5 ㎕ 스팟 1개를 각각의 플레이트에 첨가하고 건조하였다. 플레이트를 4일 동안 27℃에서 인큐베이션하였다. 억제 영역의 폭을 측정하였다.
억제 영역이 측정될 수 있으므로 결과는 반정량적이다. ImageJ를 이용하여 먼저 상기 영역의 폭을 픽셀(직선)로 측정하고 페트리 접시의 mm 기반 픽셀 측정치로 전환하였다.
트리코파이톤 루브룸 항생작용 어세이
문헌[Ramsey et al. (2015)]에 보고된 절차와 유사하고 본원에 기재되고 제공된 바와 같이 최적화된 변형된 억제 어세이에 따라 시험관내 어세이를 설정하였다. 요약하건대, 50% LB-Lennox(LBS-50)에서 알칼리게네스 패칼리스 DB05646, 바실러스 알티투디니스 DB10033, 바실러스 푸밀러스 DB03376 또는 바실러스 서브틸리스 DB02475 배양물을 24시간 동안 약 2x109 CFU/㎖까지 생장시켰다. 배양물의 분취액을 플레이트의 한쪽 가장자리부터 다른 쪽 가장자리까지 이어진 2개의 수직 직선으로 33% 트립톤 한천 플레이트에 적용하였다. 각각의 선은 플레이트를 이등분하였고 2개의 선은 플레이트 중심에서 교차하여 균등한 십자를 만들었고 4개의 구획이 세균 접종물의 선에 의해 분리되었다. 멸균 면봉을 사용하여 선을 그었다.
사보우라우드 덱스트로스 한천(Sabouraud Dextrose Agar)에서 생장된 약 2주 경과된 배양물로부터 트리코파이톤 루브룸의 분생포자를 수거하고, 표준 광학 현미경 하에서 혈구계수기를 이용하여 카운팅하고, 스팟당 5 ㎕로 4개의 재현실험 스폿에 106개 포자/㎖의 농도로 적용하였다. 진균 접종물을 세균 접종물의 선에 의해 분리된 4개의 빈 플레이트 구획에 첨가하였다. 이 방식으로, 진균 콜로니는 세균(또는 페트리 접시의 가장자리)에 의해 둘러싸였고, 세균이 진균 생장을 억제하는 데 비효과적이지 않는 한, 서로 생장하여 하나의 더 큰 콜로니를 만들 수 없었다. 진균이 인접 진균 콜로니와 병합하기 위해서는 세균을 넘어 생장해야 할 것이다. 주형을 사용하여 각각의 플레이트에서 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 십자 및 포자 스팟의 위치를 복제하였다. 어세이 플레이트를 1주 내지 2주 동안 표시된 바와 같이 주위 온도 또는 27℃에서 인큐베이션하였다. 7일째 날 및 14일째 날에 이미지를 촬영하였다.
십자 형성에 있어서 플레이트에 그어진 세균에 의한 트리코파이톤 루브룸의 억제는 4개의 트리코파이톤 루브룸 접종물 점을 갖되 세균 십자를 갖지 않는 대조군에 비해 진균 콜로니 크기(mm)의 감소에 의해 확인되었다. ImageJ를 이용하여 먼저 트리코파이톤 루브룸 콜로니의 반지름을 픽셀(직선)로 측정하고 페트리 접시의 mm 기반 픽셀 측정치로 전환하였다.
스타필로코커스 아우레우스 항생작용 어세이
표준 실험 절차에 따라 시험관내 어세이를 설정하였다. 스타필로코커스 아우레우스 25923의 연구 세포 은행 바이알을 해동시키고 50% LB-베지톤 배지(LB50)에 100배 희석하였다. 이 현탁액의 최종 농도는 1x106 CFU/㎖이었다. 200 ㎕의 이것을 LB50 한천 플레이트에 첨가하였고, 5개 내지 10개의 5 mm 멸균 유리 비드를 사용하여 세균 잔디를 한천 위에 분산시켰다. 비드를 제거하고 플레이트를 건조하였다. 냉동된 샘플 또는 20시간 내지 24시간 배양물로부터 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 5 ㎕ 스팟 1개 또는 2개를 각각의 플레이트에 첨가하고 건조하였다. 모의 대조군 플레이트를 그대로 두었다. 모든 플레이트를 27℃에서 24시간 동안 인큐베이션하였다.
영역이 측정될 수 있기 때문에 결과는 반정량적이다. ImageJ를 이용하여 먼저 영역의 폭을 픽셀(직선)로 측정하고 페트리 접시의 mm 기반 픽셀 측정치로 전환하였다.
결과, 해석 및 결론
성공적인 결과는 모의 대조군의 잔디와 비교된 실험 또는 대조군 플레이트에서의 투명한 내지 약간 흐린 억제 영역이었다. 억제 정도는 억제 영역의 폭 및 영역의 투명도에 의해 측정되었다.
알칼리게네스 패칼리스
알칼리게네스 패칼리스에 대한 어세이 결과는 도 2a 내지 2d에 제시되어 있다. 알칼리게네스 패칼리스 균주 DB05646은 말라세지아 종, 스타필로코커스 아우레우스 및 트리코파이톤 루브룸을 억제함으로써 높은 항균 활성을 보여주었다. 모든 실험에서, DB05646은 이 병원체들의 생장을 항진균제(도 2a 및 2d) 또는 항생제(도 2b)보다 유의미하게 더 잘 억제하였고 더 큰 억제 영역을 가졌다. 4개의 사분면을 생성하기 위한 세균의 십자 패턴을 사용하는 변형된 억제 어세이에서, DB05646은 트리코파이톤 루브룸의 생장을 중지시켰다(도 2c).
바실러스 알티투디니스
바실러스 알티투디니스에 대한 어세이 결과는 도 3a 내지 3d에 제시되어 있다. 바실러스 알티투디니스 DB10033은 2개의 말라세지아 종, 스타필로코커스 아우레우스 및 트리코파이톤 루브룸의 억제를 보여주었다. 그러나, 이것은 항생제(도 3a 및 3b) 또는 항진균제(도 3a 및 3d)만큼 효과적이지 않았으며, 스타필로코커스 아우레우스의 억제 영역은 가변적이었다(도 3b). DB10033은 4개의 사분면을 생성하기 위해 세균의 십자 패턴을 사용하는 변형된 억제 어세이에서 트리코파이톤 루브룸 콜로니의 크기를 대략 절반까지 감소시켰다(도 3c).
바실러스 푸밀러스
바실러스 푸밀러스에 대한 어세이 결과는 도 4a 내지 4d에 제시되어 있다. 바실러스 푸밀러스 DB03376은 2개의 말라세지아 종, 스타필로코커스 아우레우스 및 트리코파이톤 루브룸의 억제를 보여주었다. 이것은 항생제(도 4b) 또는 항진균제(도 4a 및 4b)에 비해 말라세지아 및 스타필로코커스 아우레우스를 억제하는 데 있어서 필적할만하였거나 더 우수하였다. DB03376은 4개의 사분면을 생성하기 위해 세균의 십자 패턴을 사용하는 변형된 억제 어세이에서 트리코파이톤 루브룸 콜로니의 크기를 대략 3/4까지 감소시켰다(도 4c).
바실러스 서브틸리스
바실러스 서브틸리스에 대한 어세이 결과는 도 5a 내지 5d에 제시되어 있다. 바실러스 서브틸리스 DB02475는 2개의 말라세지아 종, 스타필로코커스 아우레우스 및 트리코파이톤 루브룸의 억제를 보여주었다. 그러나, 이것은 항생제(도 5b) 또는 항진균제(도 5a 및 5d)만큼 효과적이지 않았으며 스타필로코커스 아우레우스의 억제 영역은 가변적이었다(도 5b). DB02475는 4개의 사분면을 생성하기 위해 세균의 십자 패턴을 사용하는 변형된 억제 어세이에서 트리코파이톤 루브룸 콜로니의 크기를 대략 절반까지 감소시켰다(도 5c).
실시예 4: 항생제 및 항균제 내성, 플라스미드 및 병독성 인자
요약
알칼리게네스 패칼리스 DB05646, 바실러스 알티투디니스 DB10033, 바실러스 푸밀러스 DB03376 또는 바실러스 서브틸리스 DB02475의 생물안전성을 평가하기 위해, 이 균주들을 병독성 인자에 대해 시험하였고 인 실리코(in silico) 분석 및 습식 실험실 실험 확인 둘 다를 수행하여 이들의 항생제 내성 프로파일에 대해 조사하였다. 인 실리코 게놈 마이닝(mining)은 알칼리게네스 패칼리스 DB05646, 바실러스 알티투디니스 DB10033, 바실러스 푸밀러스 DB03376 또는 바실러스 서브틸리스 DB02475의 게놈에서 알려진 병독성 인자 및 항생제 내성 유전자를 보여주지 않았다. 항생제 내성 시험은 시험된 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 균주가 24종 이상의 항생제에 대해 다양한 정도로 민감함을 보여주었다. 알칼리게네스 패칼리스 DB05646, 바실러스 알티투디니스 DB10033, 바실러스 푸밀러스 DB03376 또는 바실러스 서브틸리스 DB02475 균주는 세팔로스포린, 퀴놀론 및 테트라사이클린 계열의 항생제에 민감하며, 아미노글리코사이드, 마크롤라이드, 아즈트레오남, 카르바페넴, 메로페넴, 클로람페니콜, 클린다마이신 및 아목시실린/클라불라네이트(4:1)에 덜 민감하고, 바시트라신(bacitracin)에 대한 내성을 가진다.
재료 및 방법
전체 게놈 샷건 시퀀싱 및 생물정보학 분석
넥스테라 플렉스 키트(Illumina)를 사용하여 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 균주 각각에 대한 샷컨 시퀀싱 라이브러리를 생성하였다. 샷건 라이브러리를 풀링하고 HiSeq X 플랫폼에서 시퀀싱하였다. 시퀀싱 리드를 개별 FASTA 파일로 자동 역다중화하고 표준 생물정보학 분석을 실행하여, 세척된 시퀀싱 리드로부터 어셈블링된 게놈을 제공하였다.
병독성 인자, 플라스미드 및 항생제 내성에 대한 인 실리코 시험
아브리케이트(Abricate)(Seemann T, Abricate, Github hypertext transfer protocol secure//github.com/tseemann/abricate)를 사용하여 알칼리게네스 패칼리스 DB05646, 바실러스 서브틸리스 DB02475, 바실러스 푸밀러스 DB03376 및 바실러스 알티투디니스 DB10033을 분석하였다. 사용된 데이터베이스는 CARD, 레스파인더(Resfinder), VFDB 및 플라스미드파인더(plasmidfinder)이었다. 최상위 분석은 이 균주들이 병독성 인자 및 플라스미드를 갖지 않음을 보여주었다. CARD = 포괄적인 항생제 내성 데이터베이스; 레스파인더 = 항균제 내성 데이터베이스; VFDB = 병독성 인자 데이터베이스; 플라스미드파인더 = 플라스미드 레플리콘의 수집 데이터베이스.
내부 항생제 내성 시험
하나의 알칼리게네스 패칼리스 DB05646, 바실러스 알티투디니스 DB10033, 바실러스 푸밀러스 DB03376 또는 바실러스 서브틸리스 DB02475 콜로니를 50% BHI 한천에서 3일 동안 생장시킨 다음, 1 ㎖의 1x PBS 완충제에서 잘 혼합하여 각각 10배 및 100배 희석하였다. 200 ㎕의 희석된 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 세포를 150 mm 페트리 접시에서 삼중으로 R2A/BHI 한천 플레이트에 균일하게 플레이팅하였다. 디스크 분배기(BD BBL 센시-디스크(Sensi-Disc) 디자이너 분배기 시스템, 12-Place)를 사용하여 항생제 디스크(BD BBL 센시-디스크 항균제 민감성 시험 디스크)를 분배하였다. 플레이트를 실온에서 2일 내지 3일 동안 인큐베이션하고 인큐베이션 종료 시에 이미지화하였다.
베지톤 LB 브로쓰에서 생장된, 3일 경과된 각각의 균주의 세균 콜로니를 1 ㎖의 1x PBS 완충제에서 잘 혼합하여, 각각 10배 및 100배 희석하였다. 200 ㎕의 희석된 세균 세포를 150 mm 페트리 접시에서 삼중으로 베지톤 한천 플레이트에 균일하게 플레이팅하였다. 디스크 분배기(BD BBL 센시-디스크 디자이너 분배기 시스템, 12-Place)를 사용하여 항생제 디스크(BD BBL 센시-디스크 항균제 민감성 시험 디스크)를 분배하였다. 플레이트를 실온에서 2일 내지 3일 동안 인큐베이션하고 인큐베이션 종료 시에 이미지화하였다.
항생제에 대한 각각의 균주의 민감성은 항생제 디스크를 둘러싼 세포의 명확한 억제 영역에 의해 반영된다. ImageJ를 사용하여 억제 영역을 측정하고 분석을 위해 cm로 변환하였다.
항생제 MIC 시험
LB 브로쓰-베지톤에서 정제되고 생장된 배양물로부터 생장된 알칼리게네스 패칼리스 DB05646, 바실러스 알티투디니스 DB10033, 바실러스 푸밀러스 DB03376 또는 바실러스 서브틸리스 DB02475를 사용하여 항생제 내성 프로파일 및 MIC 시험을 수행하였다.
결과, 해석 및 결론
게놈 크기의 적어도 100배의 커버리지로 4개의 모든 인간 단리된 알칼리게네스 패칼리스 DB05646, 바실러스 알티투디니스 DB10033, 바실러스 푸밀러스 DB03376 또는 바실러스 서브틸리스 DB02475 균주를 시퀀싱하였다. 게놈 서열을 콘티그(contig)로 어셈블링하고, 하기 데이터베이스를 포함하는 공용 데이터베이스에 기반한 표준 분석 절차를 통해 실행하였다: 포괄적인 항생제 내성 데이터베이스(CARD, hypertext transfer protocol secure//card.mcmaster.ca/), 레스파인더 3.2(식별된 획득된 항균제 내성 유전자 및/또는 염색체 돌연변이), Argannot((hypertext transfer protocol secure on the world-wide web at ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24145532)에서 이용 가능함), 플라스미드파인더 2.1 및 병원성 세균의 병독성 인자(VFDB, hypertext transfer protocol //www.mgc.ac.cn/VFs/main.htm). 인 실리코 검색은 병독성 인자를 코딩하는 알려진 유전자를 찾지 못하였다.
아브리케이트를 사용하여 분석하였을 때 시험된 균주들 중 어느 균주도 그의 게놈 내에 플라스미드 또는 병독성 인자를 갖지 않았다(표 3). DB05646은 항생제 또는 항균제 내성 유전자를 갖지 않으나, DB10033 및 DB03376은 2개의 추정 항생제 내성 유전자 및 1개의 항균제 내성 유전자를 가진다. DB02475는 6개의 추정 항생제 내성 유전자를 갖고 항균제 내성 유전자를 갖지 않는다(표 3 및 4).
Figure pct00006
Figure pct00007
Figure pct00008
MIC에 근거할 때, DB05646은 모든 국소 항생제들이 통상적으로 발견되는 농도로 존재할 때 이 농도에서 모든 국소 항생제들에 민감한 것으로 입증되었다. 뮤피로신(Mupirocin)은 국소 박트로반(Bactroban) 크림 또는 연고에서 2%(20,000 ㎍/㎖)로 사용된다. 국소 클로르헥시딘은 히비클렌(Hibiclen) 용액에서 4%(40,000 ㎍/㎖)로 사용되고 베타셉트(Betasept) 외과용 스크럽에서 4%로 사용되고, 면봉의 포비돈-요오드는 베타딘(Betadine) 면봉 스틱 또는 외과용 스크럽 용액에서 7.5% 내지 10%(75,000 내지 100,000 ㎍/㎖)로 사용된다. 포비돈-요오드를 제외하고, MIC는 국소 치료 농도보다 훨씬 더 낮다.
실시예 5: 프로바이오틱의 조합을 사용한 억제 어세이
요약
잔티노박테리움 리비둠 DB02473, 알칼리게네스 패칼리스 DB05646, 바실러스 알티투디니스 DB10033, 바실러스 푸밀러스 DB03376 또는 바실러스 서브틸리스 DB02475를 진탕 플라스크에서 생장시키고 말라세지아 레스트릭타 또는 말라세지아 푸르푸르의 잔디에 스트리킹하거나 점적하였다. 단독으로 또는 조합으로 말라세지아 레스트릭타 또는 말라세지아 푸르푸르를 억제하는 이 세균들의 능력이 관찰되었다. 시험된 균주들 중 일부는 또 다른 세균과 함께 생장했을 때 말라세지아 레스트릭타 또는 말라세지아 푸르푸르를 억제하는 증가된 능력을 가졌다.
재료 및 방법
균주
말라세지아 레스트릭타 MYA4611, 말라세지아 푸르푸르 12078, 말라세지아 글로보사 MYA4794를 ATCC로부터 구입하고 설명서에 따라 유지하였다. 트리코파이톤 루브룸 균주 18754를 ATCC로부터 구입하고 설명서에 따라 유지하였다.
스타필로코쿠스 아우레우스 균주 25923을 ATCC로부터 구입하고 설명서에 따라 유지하였다. 동결보호제로서 DMSO 또는 글리세롤을 사용하여 잔티노박테리움 리비둠 DB02473, 알칼리게네스 패칼리스 DB05646, 바실러스 알티투디니스 DB10033, 바실러스 푸밀러스 DB03376 또는 바실러스 서브틸리스 DB02475 균주를 -80℃에서 저장하였다.
시험관내 어세이를 설정하였다. 이 어세이는 병원체의 생장을 중단시키거나 제한하는 세균, 진균 또는 소분자의 능력을 시험하기 위한 표준 억제 어세이의 변형이다. 잠재적 억제제를 병원체의 잔디에 첨가하였고, 억제제 주변의 병원체 생장의 억제 영역을 측정하였다.
요약하건대, 말라세지아를 YPD-Mal 한천 플레이트에서 5일 내지 14일 동안 생장시킨 후, 플레이트로부터 진균 물질을 긁어내어, 1 ㎖ 멸균수 내에 5 mm 유리 비드를 함유하는 크리오튜브에 넣었다. 그 다음, 상기 튜브를 볼텍싱하여 상기 물질을 균질화하였다. OD 600을 측정하고 0.3으로 희석하였다. 이어서, 비드를 사용하여 200 ㎕ 부피의 균질화된 접종물을 Media 22 한천 플레이트에 도말하고 건조하여, 새로운 배양된 플레이트를 생성하였다.
잔티노박테리움 리비둠 DB02473, 알칼리게네스 패칼리스 DB05646, 바실러스 알티투디니스 DB10033, 바실러스 푸밀러스 DB03376 또는 바실러스 서브틸리스 DB02475를 진탕 플라스크에서 생장시켰다. 냉동된 배양물의 분취액을, 배플이 있는 250 ㎖ 플라스크 내의 50 ㎖ BHI 브로쓰에 접종하고 약 20시간 내지 22시간 동안 25℃ 및 200 rpm에서 밤새 인큐베이션하였다.
각각의 세균 균주를 1 ㎖ 부피로 소정의 CFU/㎖까지 희석하였다(약 10^6, 약 10^4 내지 10^8의 범위). 면봉을 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 희석액에 담그고 플레이트의 중심부터 둘레까지 직선으로 스트리킹하였다. 그 다음, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 및 바실러스 서브틸리스로부터 선택된 다른 균주들 중 한 균주의 희석액 또는 멸균 배지에 담군 면봉을 플레이트의 중심부터 둘레까지 직선으로 스트리킹하여, 한 균주의 절반 및 또 다른 균주의 절반을 포함하는, 플레이트를 가로지르는 직선을 생성하였다. 두 세균이 사용된 경우, 플레이트의 중심은 두 세균 균주가 병원체의 잔디에서 혼합되는 계면이었다.
일부 경우, 프로바이오틱 접종물(알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스)의 5 ㎕ 스팟 1개를 전술된 바와 같이 준비된 말라세지아의 잔디를 가진 플레이트의 중심에 첨가하였다. 상기 스팟 바로 옆에 프로바이오틱 접종물 또는 멸균 배지의 추가 5 ㎕ 스팟을 첨가하였다.
동결된 샘플 또는 최적화된 배양물(최적화된 생장 시간 및 최적화된 CFU/㎖)로부터의 잔티노박테리움 리비둠 DB02473, 알칼리게네스 패칼리스 DB05646, 바실러스 알티투디니스 DB10033, 바실러스 푸밀러스 DB03376 또는 바실러스 서브틸리스 DB02475의 줄무늬선 또는 점을 각각의 플레이트에 첨가하고 건조하였다. 플레이트를 4일 동안 27℃에서 인큐베이션하였다. 억제 영역의 폭을 관찰하였다.
결과, 해석 및 결론
말라세지아 푸르푸르의 잔디에서 함께 생장하였을 때, 바실러스 푸밀러스 DB03376과 함께 생장된 바실러스 서브틸리스 DB02475는 개별적으로 각각의 균주에 의해 나타난 억제에 비해 말라세지아 푸르푸르의 더 큰 억제를 야기하였다. 이것은 DB02475 및 DB03376이 프로바이오틱 단독보다 더 큰 정도로 억제함으로써 말라세지아 푸르푸르를 억제하도록 함께 작용함을 시사한다(표 6). 표 6에 나타낸 바와 같이, 함께 생장된 균주 DB02475 및 DB03376은 각각의 균주 단독보다 더 큰 억제 영역을 생성하면서 말라세지아 레스트릭타를 억제하였다. 추가로, 조합된 균주 DB10033과 DB03376은 각각의 균주가 개별적으로 할 수 있는 것보다 말라세지아 레스트릭타에 대한 더 큰 억제 영역을 유발하였다. DB10033과 DB3376 또는 DB3376과 DB02475가 함께 존재하였을 때 진균 잔디의 추가 제거가 관찰되었다(데이터는 표시되지 않음). 이들 데이터는 본원에 기재된 균주의 특정 조합이 말라세지아 병원체를 억제하는 데 있어서 개별 균주 단독보다 더 효과적일 수 있음을 뒷받침한다.
Figure pct00009
실시예 6: 생체외 돼지 피부 연구
요약
인간 피부를 모방하는 시스템에서 알칼리게네스 패칼리스(DB05646) 및 잔티노박테리움 리비둠(DB02473)의 병원체 생장 억제 능력을 시험하기 위해 생체외 돼지 피부 어세이를 개발하였다. 상기 두 세균을 스타필로코커스 아우레우스에 의해 콜로니화된 돼지 피부 외식편에서 프로바이오틱으로서 시험하였다. 외식편으로부터 회수된 콜로니 형성 유닛 카운팅으로 알칼리게네스 패칼리스, 잔티노박테리움 리비둠 및 스타필로코커스 아우레우스의 존재를 측정하였다. PBS 및 비히클 대조군에 비해 DB05646 및 DB02473 프로바이오틱의 스타필로코커스 아우레우스 억제 활성이 관찰되었다.
재료 및 방법
DB05646 및 DB02473을 5 L 규모로 발효기에서 생장시켰다. 14시간 내지 15시간 경과된 진탕 플라스크 배양물로 발효기를 접종하였고, 600 nm에서 흡광도를 측정함으로써 25℃에서의 생장을 모니터링하였다. 세포를 16시간에서 수거하고, 회전시키고, 액체 비히클에 재현탁하였다.
스타필로코커스 아우레우스 ATCC 43300 배양물을 준비하기 위해, 단일 콜로니를 5 ㎖ THB 브로쓰에 넣고 37℃의 진탕 인큐베이터에 밤새 넣어두었다. 돼지 피부 외식편이 감염될 준비가 되기 약 2.5시간 전, 20 ㎕의 ATCC 43300 배양물을 2 ㎖의 신선한 THB 브로쓰로 옮기고 37℃의 진탕 인큐베이터에서 계속 생장시켰다. 5 x 10^8 CFU/㎖에 상응하는 0.6의 OD를 목표로 하는 광학 밀도(OD) 판독으로 세포 밀도를 확인한다. 콜로니 카운트를 검증하기 위해 최종 배양물의 분취액을 MSA 플레이트에 플레이팅하였다.
돼지 피부 외식편을 지역 공급업체로부터 입수하였다. 외과용 스크럽 브러시와 물로 문지름으로써 먼지와 이물질을 완전히 제거하였다. 털을 클립핑으로 제거한 다음 일회용 면도기로 면도를 반복하였다. 직경 8 mm의 외식편을 생성하고 2% 페니실린/스트렙토마이신 및 0.2% 펀기존(Fungizone)을 함유하는 RPMI에 담그고 30초 동안 볼텍싱하고 2분 동안 초음파처리하고 다시 30초 동안 볼텍싱하였다. 2% 페니실린/스트렙토마이신 및 0.2% 펀기존을 함유하는 RPMI를 교체하였고, 조직을 37℃에서 30분 동안 용액에 담가둔 상태로 인큐베이션하였다. 외식편을 약 10 ㎖의 신선한 RPMI로 3회 헹구어 임의의 다른 용액을 제거한 후, 30분 동안 항생제 없이 RPMI에 담가둔 상태로 인큐베이션하였다. 외식편을, 트랜스웰을 가진 6웰 플레이트에 피부가 위로 향하도록 넣고, 2 ㎖ RPMI를 바닥에 넣었다.
10^7 CFU/외식편의 최종 농도를 위해 20 ㎕의 스타필로코커스 아우레우스 ATCC 43300 배양물로 외식편을 접종하였다. 프로바이오틱 기반 약물로 처리하기 전에 스타필로코커스 아우레우스를 37℃에서 2시간 동안 생장시켰다. 각각의 약물, 비히클 및 PBS에 대해 5 ㎕를 각각의 외식편에 적용하였다. 접종된 외식편을 25℃에서 48시간 동안 인큐베이션하였다. DB02473 약물은 10^8 CFU/㎖의 용량으로 제제화되었고 DB05646 약물은 10^10 CFU/㎖의 용량으로 제제화되었다. 10배 또는 100배 희석된 DB05646 약물의 경우, 그에 따라 비히클을 사용하여 원래 약물을 희석하였다.
세포 존재도를 측정하기 위해, 외식편을 플레이트로부터 제거하고 1 ㎖의 1x PBS로 채워진 2 ㎖ 튜브에 넣었다. 30초 동안 볼텍싱하고 2분 동안 초음파처리하고 또 다시 30초 동안 볼텍싱하여 세균을 유리시켰다. 프로바이오틱 CFU 카운팅을 위해 샘플을 BHI 한천에 플레이팅하고 스타필로코커스 아우레우스 CFU 카운팅을 위해 샘플을 MSA에 플레이팅하였다. MSA 플레이트를 37℃에서 인큐베이션하고 BHI 플레이트를 25℃에서 인큐베이션하였다. 표준 CFU 카운팅 방법을 이용하여 0시간, 7시간 및 24시간에서 스타필로코커스 아우레우스 ATCC 43300의 CFU/㎖ 측정을 수행하였다. 각각의 프로바이오틱 농도 또는 비히클 대조군에 대해 3회 외식편 재현실험을 수행하였다. 결과의 통계적 분석을 위해 2원 ANOVA 및 투키(Tukey)의 HSD 사후 검정을 이용하였다.
결과, 해석 및 결론
외식편당 스타필로코커스 아우레우스 존재도에 대한 DB02473 및 DB05646의 처리 효과를 평가하기 위해 총 4회의 실험을 수행하였다. 데이터의 높은 가변성에도 불구하고, 2회의 실험에서 DB02473 및 DB05646의 존재는 처리 후 7시간, 24시간 및 48시간에서 PBS 및 비히클 대조군에 비해 돼지 피부 외식편에서 스타필로코커스 아우레우스의 CFU/㎖ 양을 유의미하게 감소시켰다. 대조적으로, 비히클 및 PBS 대조군은 각각의 시점에서 돼지 피부 외식편에서 스타필로코커스 아우레우스의 CFU/㎖를 변화시키지 않았다(즉, 검출 가능한 변화가 없거나 유의미하지 않은 증가).
10^9 CFU/㎖의 농도에서 DB05646은 0시간 대조군과 비교되었을 때 돼지 피부 외식편에서 스타필로코커스 아우레우스를 유의미하게 감소시키는 데 있어서 가장 효과적인 반면, 10^10 및 10^8 CFU/㎖의 DB05646은 0시간 대조군과 비교되었을 때 스타필로코커스 아우레우스 CFU 카운트를 유의미하게 감소시키지 않았다. 10^9 CFU/㎖의 DB02473은 0시간 대조군과 비교되었을 때 외식편에서 스타필로코커스 아우레우스 양을 약간, 그러나 유의미하지 않게 감소시켰다(도 6). 그러나, 24시간 시점에서 PBS 및 비히클 대조군과 비교되었을 때, DB02473 및 DB05646 약물 둘 다가 돼지 피부 외식편에서 스타필로코커스 아우레우스 존재도를 유의미하게 감소시켰다.
이들 데이터는 DB02473 및 DB05646 둘 다가 생체외 피부 모델에서 스타필로코커스 아우레우스의 생장에 대한 억제 효과를 가짐을 보여준다.
실시예 7. 임상 시험
요약
피부 질환의 치료 및 예방에 사용하기 위해 알칼리게네스 패칼리스 균주 DB05646을 시험하였다. DB05646은 IIa 상 무작위배정 이중 맹검 비히클 및 수성 겔 대조 환자내 비교 임상 시험에서 전풍의 징후 및 증상을 개선하는 초기 경향을 보여주었다. 이 임상 시험은 알칼리게네스 패칼리스 DB05646이 말라세지아 근처에 적용될 때 인간 공급원으로부터 단리된 알칼리게네스 패칼리스 DB05646을 사용한 프로바이오틱 치료가 일부 피험자들에서 말라세지아 존재도의 감소와 상관관계를 가짐을 입증하였다. 일부 피험자들은 최종 치료 적용 후 1주까지 DB05646의 지속을 나타내었다.
재료 및 방법
스크리닝에서 포함/제외 기준을 충족시키는 피험자는 연구의 4개 코호트 중 하나에 등록되었다. 각각의 피험자는 DB05646 프로바이오틱, 비히클 겔 또는 수성 겔의 용량이 그의 가슴과 등에 위치한, 전풍에 의해 영향을 받은 피부에 적용되도록 무작위로 배정되었다. 코호트 1은 전풍에 의해 영향을 받은 하나의 몸통 위치에서 시험 제품 ㎖당 10^6 CFU의 DB05646을 제공받고 또 다른 위치에서 수성 겔을 제공받은 6명의 피험자들을 가졌다. 코호트 2는 전풍에 의해 영향을 받은 하나의 몸통 위치에서 시험 제품 ㎖당 10^8 CFU의 DB05646을 제공받고 또 다른 위치에서 수성 겔을 제공받은 6명의 피험자들을 가졌다. 코호트 3은 전풍에 의해 영향을 받은 하나의 몸통 위치에서 시험 제품 ㎖당 10^10 CFU의 DB05646을 제공받고 또 다른 위치에서 수성 겔을 제공받은 6명의 피험자들을 가졌다. 이 3개의 코호트들 각각에서 2명의 피험자들은 단일 용량의 시험 제품을 제공받았고 4명의 피험자들은 연속 5일 동안 용량을 제공받았다(다회 용량). 코호트 4는 전풍에 의해 영향을 받은 하나의 몸통 위치에서 비히클을 제공받고 또 다른 위치에서 수성 겔을 제공받은 4명의 피험자들을 가졌다. 피험자는 병원에서 전풍에 의해 영향을 받은 대상체의 가슴 또는 등 피부와 함께 상이한 해부학적 위치에 적용된 DB05646 프로바이오틱 함유 약물, 비히클 및/또는 수성 겔을 제공받았다. 비히클 겔 대 수성 겔 코호트는 연속 5일 동안 1일 1회 치료 용량을 제공받기 위해 등록된 4명의 피험자들을 가졌다.
피험자는 병원 방문 시 진료를 받았고 최대 연속 5일 동안 약물을 적용받은 후, 최종 약물 투여 약 1주 후에 추적조사 방문을 가졌다. 미생물, 즉 진균 및 세균 존재도를 측정하기 위해 방문할 때마다 면봉을 수집하였다. 전풍의 징후 및 증상에 대해 5점 척도를 사용하여 임상 평가를 수행하였고, 국소 내약성의 평가를 수행하였다.
표준 qPCR 방법을 이용하여 말라세지아 및 알칼리게네스 패칼리스의 절대적 존재도를 측정하였다. 전체 게놈 시퀀싱을 이용하여 마이크로바이옴의 상대적 미생물 존대도를 평가하였다.
결과, 해석 및 결론
이 임상 시험은 알칼리게네스 패칼리스 DB05646이 말라세지아 근처에 적용될 때 알칼리게네스 패칼리스 DB05646이 일부 피험자들에서 전풍 및 말라세지아 존재도의 임상 점수 감소와 상관관계를 가짐을 입증하였다.
도 7에 나타낸 바와 같이, DB05646을 함유하는 특정 농도의 활성 약물은 점수를 낮추었는데, 이는 대조군인 수성 겔을 사용한 치료에 비해 개선된 임상 징후 및 증상을 시사한다. 활성 약물을 각각 10^9 또는 10^10 CFU/㎖의 농도로 코호트 2의 6명의 피험자들(2명의 단일 용량 피험자들 및 4명의 다회 용량 피험자들) 및 코호트 3의 6명의 피험자들(2명의 단일 용량 피험자들 및 4명의 다회 용량 피험자들)에게 투여하였다. 12명의 피험자들 중 7명의 피험자들은 수성 겔 대조군으로 치료된 해부학적 위치와 비교되었을 때 DB05646 프로바이오틱으로 치료된 해부학적 위치에서 임상 점수의 정량 가능한 감소를 경험하였고 5명의 피험자들은 임상 점수의 더 큰 감소를 가졌다(도 7). 이 차이는 모든 피험자들에서 14일째 날에 가장 두드러졌다(도 7, 모든 패널). 추가로, 시험 과정에 걸쳐 qPCR에 의해 측정되었을 때 다수의 피험자들은 치료 부위에서 말라세지아의 절대적 존재도의 감소를 경험하였다(도 8). 일부 피험자들은 또한 최종 치료 적용 후 1주까지 DB05646 존재의 지속을 나타내었다(도 9).
실시예 8. 대사물질
요약
알칼리게네스 패칼리스 DB05646 및 바실러스 푸밀러스 DB03376 추출물을 대사물질에 대해 분석하였다. 말라세지아 푸르푸르 배양물의 존재 및 부재 하에서 알칼리게네스 패칼리스의 대사물질 프로파일을 액체 크로마토그래피-질량 분광측정(LC-MS)으로 분석하였다. 알칼리게네스 패칼리스 분리주에 의해 생성된 대사물질 및 말라세지아 푸르푸르 배양물의 존재 하에서 알칼리게네스 패칼리스에 의해 상향조절된 대사물질의 전체 스펙트럼 패널이 개발되었고 표 7 내지 16에 제시되어 있다.
재료 및 방법
알칼리게네스 패칼리스 DB05646 및 바실러스 푸밀러스 DB03376과 말라세지아의 분리된 공인큐베이션은 0.4 ㎛ 필터 삽입물을 사용하여 12웰 플레이트의 웰에서 두 배양물을 서로 분리하였다. 5의 OD600에서 Media 22 중의 프로바이오틱 배양물 각각 2 ㎖를 12웰 플레이트의 4개의 이중 웰에 첨가하였다. 2 ㎖의 Media 22를 음성 대조군으로서 12웰 플레이트의 4개의 이중 웰에 첨가하였다. 0.4 ㎛ 필터(Greiner Bio One, 카탈로그 번호 700388)를 가진 삽입물을 각각의 웰에 넣었다. 프로바이오틱-말라세지아 공인큐베이션을 설정하기 위해, 새로 생장된 한천 플레이트로부터의 말라세지아를, 5개 내지 10개의 5 mm 유리 비드를 함유하는 소정의 부피의 RPMI 내로 긁어 넣었다. 이것을 볼텍싱하고 현탁액의 OD600을 측정하였다. 새로운 현탁액을 Media 22에서 0.05의 OD600으로 만들고 1 ㎖를 이중 삽입물에 첨가하였다. 대조군으로서, 1 ㎖의 Media 22 브로쓰를 각각의 삽입물에 첨가하였다. 플레이트를 27℃에서 48시간 동안 180 rpm으로 진탕하고 48시간에서 각각의 웰로부터 2개의 1 ㎖ 샘플을 분리된 튜브에 수집하였다.
초음파처리 시작 사이에 20초 동안 얼음 위에 놓아두면서, 40% 강도로 설정된 프로브 초음파처리기를 이용하여 1.2 ㎖ 샘플을 40초 동안 3회 초음파처리하였다. 이 절차는 알칼리게네스 패칼리스를 용해시켰다. 초음파처리된 물질을 14,000xg에서 2분 동안 원심분리하였다. 700 ㎕의 상청액을 새로운 튜브로 옮겼다. 튜브의 뚜껑을 닫고 액체 질소에서 급속 동결시키고 -80℃에서 저장하였다. 용해물 상청액의 나머지를 급속 동결시킨 후 동결기 상자 내에 -80℃에서 저장하였다.
반극성 대사물질 검출을 표준 방법에 따라 수행하였다. LC-MS 분석 전에 0.1% 포름산을 함유하는 10 mM 포름산암모늄을 사용하여 사용된 배지의 각각의 샘플을 20배 희석하였다. 고해상 사중극자-오비트랩 질량 분광측정기(Q Exactive HF Hybrid Quadrupole-Orbitrap, Thermo Fisher Scientific)와 커플링된 UPLC 시스템(Vanquish, Thermo Fisher Scientific)을 이용하여 LC-MS 분석을 수행하였다. 전기분무 이온화 계면을 이온화 공급원으로서 사용하였다. 음성 및 양성 모드로 분석을 수행하였다. 화합물을 식별하기 위해 QC 샘플을 MS/MS 모드로 분석하였다. 문헌[Catalin et al., UPLC/MS monitoring of water-soluble vitamin Bs in cell culture media in minutes, Water Application note 2011, 720004042en]에 기재된 프로토콜의 약간 변형된 버전을 이용하여 UPLC를 수행하였다.
컴파운드 디스커버러(Compound Discoverer) 3.1(ThermoFisher Scientific)을 이용하여 LS-MS 데이터를 처리하였다. 화합물은 수준 1부터 수준 3까지 3개 수준의 주석으로 식별되었다(표 7 내지 16에서 "화합물 ID"로 표지된 화합물). 크로마토그램의 면적을 기반으로 주어진 샘플에서 각각의 화합물에 대한 정량적 값을 생성하였다.
결과, 해석 및 결론
DB05646 또는 DB03376에 의해 유의미하게 더 큰(5배 이상으로 생성된) 화합물이 특히 관심을 끌었다. DB05646/DB03376 단일배양 및/또는 말라세지아 푸르푸르와의 공배양에서 5개의 화합물 군이 DB05646/DB03376에 의해 과다생성되었다.
총 89개의 화합물들이 DB05646에 의해 유의미하게 생성되는 것으로 확인되었다.
군 1 화합물들은 DB05646 단일배양에서만 유의미하게 생성되었다(표 7).
군 2 화합물들은 DB05646 단일배양, 말라세지아 푸르푸르 단일배양 및 공배양에서 유의미하게 생성되었다(표 8). 군 2 화합물들 중에서 특히 흥미로운 것은 말라세지아 푸르푸르 단일배양과 비교되었을 때 DB05646 말라세지아 푸르푸르 공배양에서 유의미하게 생성된 6개의 화합물들이었다: 2-(1-에톡시에톡시)프로판산; 1-피롤린-5-카르복실산; 메틸티오 2-(프로피오닐옥시)프로피오네이트: 5-구아니디노-2-옥소펜탄산; 에틸 아세토아세테이트: 및 리불로스-5-포스페이트.
군 3 화합물들은 DB05646 단일배양 및 공배양에서 유의미하게 생성되었다(표 9). 특히, 군 3의 29개의 화합물들 중 24개의 화합물들은 말라세지아 푸르푸르 단일배양과 비교되었을 때 공배양에서도 유의미하게 생성되었다. 이것은 DB05646이 공배양에서 이러한 22개의 화합물들의 생성에 유의미하게 기여함을 뒷받침한다.
군 4 화합물들은 DB05646 단일배양 및 말라세지아 푸르푸르 단일배양 둘 다에서 유의미하게 생성되었지만, 공배양에서는 그렇지 않았다(표 10). 군 4의 6개의 화합물들 중 2개 화합물들, 즉 구아노신과 이노신은 공배양에서 유의미하게 감소되었는데, 이는 이 2개의 화합물들이 공배양에서 상호작용에 중요하다는 것을 뒷받침한다.
군 5 화합물들은 공배양에서만 상향조절되었다(표 11). 군 5의 14개의 화합물들 중 9개의 화합물들은 Media 22와 비교되었을 때 공배양에서 유의미하게 더 높지 않았지만, 말라세지아 푸르푸르와 비교되었을 때 공배양에서 유의미하게 더 높았는데, 이는 이 화합물들이 공배양에서 DB05646에 의해 생성되었지만 말라세지아 푸르푸르에 의해 소비되었음을 뒷받침한다.
DB05646의 존재 하에서 공배양에서 5배 이상 유의미하게 감소된 44개의 화합물들의 경우, 2개의 화합물들, 즉 호모시트룰린 및 말론산이 특히 관심을 끌었다. 이 2개의 화합물들은 Media 22와 비교되었을 때 DB05656 단일배양에서 약간 더 낮았지만, 말라세지아 푸르푸르와 비교되었을 때 공배양에서 유의미하게 더 낮았다. 이 2개의 화합물들은 예컨대, 말라세지아 푸르푸르에 대한 영양 기아의 기작을 통해 말라세지아 푸르푸르 생장 억제에 있어서 중요한 역할을 할 수 있다.
유사하게, 다양한 조건에서 DB03376에 의해 유의미하게 생성된 총 77개의 화합물들이 있었다.
군 1 화합물들은 DB03376 단일배양에서만 유의미하게 생성되었다(표 12).
군 2 화합물들은 DB03376 단일배양, 말라세지아 푸르푸르 단일배양 및 공배양에서 유의미하게 생성되었다(표 13).
군 3 화합물은 DB03376 단일배양 및 공배양에서 유의미하게 생성되었다(표 14). 특히, 모든 8개의 군 3 화합물들은 또한 말라세지아 푸르푸르 단일배양과 비교되었을 때 공배양에서 유의미하게 생성되었다. 이것은 DB03376이 공배양에서 이 화합물들의 생성에 유의미하게 기여함을 뒷받침한다.
DB03376 단일배양 및 말라세지아 푸르푸르 단일배양 둘 다에서 유의미하게 생성되었으나 공배양에서는 그렇지 않은 단지 2개의 화합물들이 군 4에 있었다(표 15). 이 2개의 화합물들 중 하이포잔틴은 공배양에서 유의미하게 감소되었는데, 이는 이 2개의 화합물들이 공배양에서 상호작용에 중요하다는 것을 뒷받침한다.
군 5 화합물들은 공배양에서만 상향조절되었다(표 16). 군 5 화합물들의 대다수(50/57)는 Media 22와 비교되었을 때 공배양에서 유의미하게 더 높지 않았지만, 말라세지아 푸르푸르와 비교되었을 때 공배양에서 유의미하게 더 높았는데, 이는 이 화합물들이 공배양에서 DB05646에 의해 생성되었지만 말라세지아 푸르푸르에 의해 소비되었음을 암시한다.
유사하게, DB03376의 존재 하에서 유의미하게 감소된 화합물의 경우, 4개의 화합물들, 즉 무디플로라마이드(mudifloramide), N,N'-디[4-(2,6-디메틸모르폴리노)페닐]티오우레아, 콜린 포스페이트 및 (Z)-노렌독시펜이 특히 관심을 끌었다. 이 4개의 화합물들은 Media 22와 비교되었을 때 DB03376 단일배양에서 낮은 수준으로 검출되었으나, 말라세지아 푸르푸르와 비교되었을 때 공배양에서 유의미하게 더 낮았다. 이 화합물들은 예컨대, 말라세지아 푸르푸르에 대한 영양 기아의 기작을 통해 말라세지아 푸르푸르 생장 억제에 있어서 중요한 역할을 할 수 있다.
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실시예 9: 알칼리게네스 패칼리스의 게놈 비교 연구
요약
인간 피부로부터 프로바이오틱 잠재력을 가진 새로운 세균 분리주를 식별하기 위해, 42명의 건강한 청년으로부터 수집된 약 700개의 피부 마이크로바이옴 샘플을 생존 가능한 콜로니 형성 유닛에 대해 스크리닝하였다. 단일 콜로니의 계대배양을 통해 개별 분리주를 정제하였다. 이러한 개별 세균 분리주들 중 454개의 분리주들의 1차 스크리닝을 수행하여, 말라세지아, 스타필로코커스 아우레우스 및/또는 트리코파이톤 루브룸에 대한 억제 활성을 보이는 5개의 후보 종을 제공하였다.
알칼리게네스 패칼리스 DB05646에 대한 생물정보학 분석을 수행하기 위해, NCBI 기준 균주에 대해 균주 어셈블리, 분류학적 분류, 동일성 및 안전성을 포함하는 다양한 분석을 수행하였다(표 19). 분석은 균주의 계통발생을 평가하기 위해 전체 게놈과 공개적 및 상업적으로 이용 가능한 게놈의 정렬과 함께, 분류학적 분류를 이용한 균주의 시퀀싱 데이터의 어셈블리를 포함하였다. 평균 뉴클레오타이드 동일성(ANI; 당업자에게 알려져 있고 참조를 위해 본원에도 기재되어 있음)으로 균주 동일성을 평가하였고, 약학적 적용 가능성이 있는 2차 대사물질 프로파일을 확립하였다.
Figure pct00021
재료 및 방법
전체 게놈 샷건 시퀀싱 및 게놈 서열 어셈블리
일루미나(Illumina)에 의해 제조된 넥스테라 플렉스 키트를 제조업체의 설명서에 따라 사용하여 DB05646에 대한 샷건 시퀀싱을 수행하였다. 샷건 라이브러리를 풀링하고 HiSeq X 플랫폼에서 시퀀싱하였다. 시퀀싱 리드를 개별 FASTA 파일로 자동 역다중화하고 표준 생물정보학 분석을 수행하여, 세정된 시퀀싱 리드로부터 어셈블링된 게놈을 제공하였다.
전체 게놈 정렬/계통발생
전체 게놈 분석을 수행하였다. 어셈블링된 게놈을 기준 게놈(즉, 표 17) 및 공용 데이터베이스로부터의 외집단(outgroup)과 함께 전체 게놈 정렬에 사용하였다. 정렬을 수행하고 국소 동선형 블록(Locally collinear block; LCB)을 추출하기 위해 배경에서 점진적 담자색을 사용하는 홈블록(Homblock)을 이용하여 전체 게놈 정렬을 수행하였다. LCB는 게놈 재배열이 없는 것으로 보이는 보존된 분절이다. 전체 게놈 정렬을 이용하여 계통발생을 확립하였다. 일단 정렬 파일이 생성되면, 균주들의 진화적 관계를 보여주는 트리(tree)를 생성하기 위해 외집단으로서 사용된 상이한 속의 기준 세균으로서 아크로모박터 자일로속시단스(Achromobacter xylosoxidans)와 함께 DB05646 및 NCBI 기준 균주들(표 17)에 대해 RaxML을 사용하여 계통발생 트리를 구축하였다(도 10 참조).
평균 뉴클레오타이드 동일성
평균 뉴클레오타이드 동일성(ANI)은 전체 게놈 정렬과 유사하지만, 대신에 BLAST를 사용하여 게놈 사이의 뉴클레오타이드 게놈 유사성을 수행한다. 종의 균주 수준 동일성 해상도를 제공하는 ANI는 원핵 게놈을 비교하는 데 널리 사용된다. 평균 뉴클레오타이드 동일성 파이톤 스크립트(python script)를 사용하여 ANI를 수행하였다. 비교를 위해 표 17의 모든 균주를 사용하였다. 95%의 컷오프를 사용하여 종 수준 동일성을 확립하고 100%를 사용하여 균주 수준 동일성을 확립한다.
범게놈 분석
범게놈 분석을 위해 Roary를 이용하였다. 이것은 코어 게놈(100% 커버리지 및 99% 이상의 동일성), 액세서리 게놈 또는 변수(99% 미만의 동일성, 그러나 여전히 일부 일치, 또는 균주에 특이적인 유전자)에 속하는 유전자를 단리하기 위해 어셈블리의 주석달린 gff 파일(prokka에 의해 생성됨)을 요구한다. 표 17의 어셈블리에 대해 범게놈 분석을 수행하였다. prokka(원핵 주석 도구)를 사용하여 이 분석에 사용된 모든 게놈 어셈블리(DB 특이적, refseq 및 genbank)을 주석달았다. 범게놈을 구축하기 위해 생성된 gff 파일을 Roary에 사용하였다. DB05646과 기준 균주 사이의 유전적 차이를 확립하기 위해 가변 유전자를 구체적으로 평가하였다.
안티스매시(Antismash)
안티스매시는 세균 게놈에서 2차 대사물질 생합성 유전자 클러스터의 식별 및 주석을 위한 웹 브라우저 기반 도구이다. 이것은 약학적 적용 가능성을 가질 수 있는 2차 대사물질 프로파일에 대한 게놈 어셈블리를 마이닝할 수 있다. 알칼리게네스 패칼리스 균주 LK36, MB207, NBIB-017, HPC1271 및 MUB14(GCF_010092625.1)의 전체 게놈 어셈블리에 대해 안티스매시 분석을 수행하였다.
결과, 해석 및 결론
계통발생
DB05646은 외집단 아크로모박터 자일로옥시단스(상이한 종)로부터의 명확한 분리를 보여주었다. DB05646은 또한 모든 22개의 기준 균주로부터 분리되었고 동일한 종의 또 다른 균주와 분기군을 공유하지 않는다.
평균 뉴클레오타이드 동일성
도 11에 도시된 히트맵에 나타낸 데이터는 DB05646이 인간 숙주로부터 단리된 균주를 포함하는 일부 NCBI 기준 균주에 대해 95% 이상의 종 수준 동일성을 가짐을 보여주고, 다른 알칼리게네스 패칼리스 기준 균주보다 더 큰 퍼센트 차이로 외집단 아크로모박터 자일로옥시단스로부터의 명확한 분리를 보여준다. DB05646은 확실히 알칼리게네스 패칼리스의 다른 종과 함께 분류되지만, 균주 수준에서는 기준 균주들과 유전적으로 상이하며 이들 중 어느 균주에 대해서도 100% 미만의 동일성을 가진다. DB05646은 알칼리게네스 패칼리스 종이지만, 기준 균주들과 유전적으로 상이한 균주이다.
범게놈 분석
범게놈 분석을 이용하여 DB05646과 알려진 기능을 가진 34개의 가변 유전자 사이의 퍼센트 유사성을 측정하였다. 34개의 가변 유전자로 이루어진 이 세트로부터 33개의 유전자가 다른 균주 또는 blastdb 커버리지에서 발견되었고 코어 유전자로서 분류되기에는 퍼센트 동일성이 낮았지만 여전히 모든 게놈에 존재하였다(도 12).
흥미롭게도, DB05646으로부터의 한 유전자, 즉 ycgJ(추정 메틸트랜스퍼라제; 서열번호 6))는 DB05646에서만 발견되었으며 NCBI로부터의 임의의 다른 알칼리게네스 패칼리스 균주에서는 발견되지 않았다. 이것은 모든 알칼리게네스 패칼리스 기준 균주들에 대한 국소 BLAST 및 전체 NCBI nr/nt 데이터베이스에 대한 온라인 BLAST에 의해 확인되었다. 새로 발견된 이 유전자와 임의의 다른 알려진 균주 사이에 유사성은 발견되지 않았다. 일부 실시양태에서, 이 메틸트랜스퍼라제는 후성유전학에서 역할을 할 수 있다. 일부 실시양태에서, 이 메틸트랜스퍼라제 유전자는 병원체에 대한 효과적인 치료에 사용되는 DB05646의 능력에서 역할을 할 수 있다. 따라서, 이 메틸트랜스퍼라제 유전자의 사용은 하나 이상의 병원체의 추가 알칼리게네스 패칼리스 기반 치료를 개발하기 위해 알칼리게네스 패칼리스 및/또는 하나 이상의 다른 균주에 대한 첨가제로서 간주될 수 있다.
Figure pct00022
보존된 유전자 및 대사물질
2차 대사물질 프로파일에 대한 안티스매시 마이닝 전체 게놈 어셈블리. DB05646은 엑토인, 바실리박틴, 퀴놀로박틴, 부르크호데르산 및 에물산 대사물질 프로파일을 가진 것으로 밝혀졌다. 표 18A에 나타낸 바와 같이, 이 프로파일은 게놈 NCBI 기준 균주(인간으로부터 단리되고/되거나 항균 활성을 가짐) LK36, MB207, NBIB-017, HPC1271 및 MUB14(GCF_010092625.1)에서도 발견되었다.
[표 18A]
Figure pct00023
보존된 경로를 더 평가하기 위해, 보존된 경로 비교를 위한 모든 세균 게놈 어셈블리를 먼저 PROKKA 주석 도구로 주석달았다. 기능성 아미노산 서열을 함유하는 생성된 .faa 파일을 블라스트코알라(blastkoala) 검색을 위한 입력물로서 사용하였다. 파일을 블라스트코알라 서버에 업로드하고 속 수준 분류군(taxa) KEGG 오르톨로지(orthology) 데이터베이스를 사용하여 실행하였다. 이 도구는 오르톨로지 기반 검색에 기반한 오르톨로지를 기반으로 K 번호를 아미노산 서열에 배정하였다. 이 K 번호는 기능성 오르톨로그(ortholog)의 관점에서 분자 기능을 나타낸다. 이 방법을 이용하여 모든 게놈에 대해 K 번호를 생성하였다.
맞춤형 R 스크립트를 사용하여 분류군 비교의 게놈 사이의 공통 K 번호(기능성 아미노산)를 단리하였다. KEGG 경로 재구축 웹 서버(hypertext transfer protocol secure on the world-wide web at mLkegg.jp/kegg/mapper/reconstruct.htmL)를 사용하여, 게놈 비교로부터 생성된 공통 K 번호를 경로로 재구축하였다. 일단 공통 K 번호가 업로드되면, 이 K 번호를 나타내는 경로를 공통 보존된 경로로부터 생성하였고, 문헌 검토를 기반으로 항생제 및 항진균 성질을 가진 경로를 더 조사하였다.
알칼리게네스 패칼리스 균주 LK36, MB207, NBIB-017, HPC1271 및 MUB14(GCF_010092625.1)에서 보존된 항균 경로에 대한 분석에 기반하였을 때, 데이터는 테르페노이드 및 폴리케타이드 생합성 경로뿐만 아니라 제노바이오틱 분해 경로도 보존됨을 보여주었다(표 18B). 각각의 경로 내부에 맵핑된 K 번호는 경로 번호 다음에 표시되어 있다. 예를 들어, 경로 "M00793 dTDP-L-람노스 생합성(4)(완전한 3/4)"는 경로 내부에 맵핑된 4개의 K 번호를 갖고; 4개의 K 번호 중 3개는 이 균주들에서 공통된다.
[표 18B]
Figure pct00024
실시예 10: 바실러스 알티투디니스의 게놈 비교 연구
요약
인간 피부 샘플로부터 단리된 바실러스 알티투디니스(DB 균주)에 대한 생물정보학 분석을 수행하기 위해, DB 군 내에서 및 기준 균주에 대해 균주 어셈블리, 분류학적 분류, 동일성 및 안전성을 포함하는 다양한 분석을 수행하였다(표 19). 분석은 균주의 계통발생을 평가하기 위해 전체 게놈과 몇몇 공개적 및 상업적으로 이용 가능한 게놈의 정렬과 함께, 분류학적 분류를 이용한 균주의 시퀀싱 데이터의 어셈블리를 포함하였다.
평균 뉴클레오타이드 동일성(ANI; 당업자에게 알려져 있고 참조를 위해 본원에도 기재되어 있음)으로 균주 동일성을 평가하였고 약학적 적용 가능성을 가진 2차 대사물질 프로파일을 확립하였다.
Figure pct00025
재료 및 방법
전체 게놈 샷건 시퀀싱 및 게놈 서열 어셈블리
일루미나에 의해 제조된 넥스테라 플렉스 키트를 제조업체의 설명서에 따라 사용하여 표 21의 모든 균주들에 대한 샷건 시퀀싱을 수행하였다. 샷건 라이브러리를 풀링하고 HiSeq X 플랫폼에서 시퀀싱하였다. 시퀀싱 리드를 개별 FASTA 파일로 자동 역다중화하고 표준 생물정보학 분석을 수행하여, 세정된 시퀀싱 리드로부터 어셈블링된 게놈을 제공하였다.
전체 게놈 정렬/계통발생
전체 게놈 분석을 수행하였다. 어셈블링된 게놈을 선택된 기준 게놈 및 공용 데이터베이스로부터의 외집단과 함께 전체 게놈 정렬에 사용하였다. 정렬을 수행하고 국소 동선형 블록(LCB)을 추출하기 위해 배경에서 점진적 담자색을 사용하는 홈블록을 이용하여 전체 게놈 정렬을 수행하였다. LCB는 게놈 재배열이 없는 것으로 보이는 보존된 분절이다. 전체 게놈 정렬을 이용하여 계통발생을 확립하였다. 일단 정렬 파일이 생성되면, 균주들의 진화적 관계를 보여주는 트리를 생성하기 위해 외집단으로서 사용된 상이한 속의 기준 세균으로서 할로바실러스 할로필러스(Halobacillus halophilus)와 함께 모든 DB 균주들 및 NCBI 기준 균주들(표 19)에 대해 RaxML을 사용하여 계통발생 트리를 구축하였다(도 13 참조).
평균 뉴클레오타이드 동일성
평균 뉴클레오타이드 동일성(ANI)은 전체 게놈 정렬과 유사하지만, 대신에 BLAST를 사용하여 게놈 사이의 뉴클레오타이드 게놈 유사성을 수행한다. 종의 균주 수준 동일성 해상도를 제공하는 ANI는 원핵 게놈을 비교하는 데 널리 사용된다. 평균 뉴클레오타이드 동일성 파이톤 스크립트를 사용하여 ANI를 수행하였다. 비교를 위해 표 19의 모든 균주를 사용하였다. 95%의 컷오프를 사용하여 종 수준 동일성을 확립하고 100%를 사용하여 균주 수준 동일성을 확립한다.
안티스매시
안티스매시는 세균 게놈에서 2차 대사물질 생합성 유전자 클러스터의 식별 및 주석을 위한 웹 브라우저 기반 도구이다. 이것은 약학적 적용 가능성을 가질 수 있는 2차 대사물질 프로파일에 대한 게놈 어셈블리를 마이닝할 수 있다. 표 19의 모든 덤바이온트(DermBiont)(DB) 균주들의 전체 게놈 어셈블리에 대해 안티스매시 분석을 수행하였다.
결과, 해석 및 결론
계통발생
바실러스 알티투디니스의 다양한 DB 균주들 사이의 게놈 차이를 보여주는 계통발생 트리를 생성하였다(도 13). DB10033(바실러스 알티투디니스; 서열번호 2), DB02448(서열번호 7), DB02457(서열번호 8), DB02461(서열번호 9), DB02478(서열번호 10), DB02549(서열번호 11) 및 DB02623(서열번호 12)은 외집단 할로바실러스 할로필러스로부터의 명확한 분리를 보여주었다. 할로바실러스는 바실러스와 밀접하게 관련된 속이다. 시험된 모든 "DB" 균주들은 또한 계통발생 분석에 사용된 19개의 공개적으로 이용 가능한 게놈으로부터의 분기군을 공유하는 데 있어서 차이를 보여준다(도 13).
평균 뉴클레오타이드 동일성
도 14에 도시된 히트맵에 나타낸 데이터는 모든 7개의 DB 바실러스 알티투디니스 균주가 DB 군 내에서 및 기준 바실러스 알티투디니스 게놈과 비교되었을 때 약 98% 내지 99% 유사성의 동일성 범위를 가짐을 보여준다. 이것은 바실러스 알티투디니스를 시험된 모든 7개의 DB 균주들의 종으로서 확인시켜준다. DB 균주들 중 어느 균주도 DB 군과 100% 동일성을 공유하지 않거나 기준 게놈과 비교되었을 때 100% 동일성을 공유하지 않는데, 이는 분명한 균주 수준 차이를 입증한다(도 14).
안티스매시
안티스매시를 이용하여 모든 DB 바실러스 알티투디니스 균주들에 존재하는 공통 화합물의 목록을 생성하였다(즉, 표 21에 제공된 바와 같음). DB 바실러스 알티투디니스 균주는 항생제, 항종양 약물 또는 콜레스테롤 강하 약물로서 약학적 적용 가능성을 가진 프로파일을 보여주었다(표 20A).
DB 바실러스 알티투디니스 균주에 존재하는 공통 화합물은 바실리신, 카로테노이드, 리체니신 및 펜기신을 포함하였다. 또한, 바클릴리박틴(DB02461) 또는 포자형성 킬링 인자(DB02478 및 DB02623)를 포함하는 항세균 화합물을 3개의 DB 균주들에서 검출하였다.
[표 20A]
Figure pct00026
보존된 경로를 더 평가하기 위해, 보존된 경로 비교를 위한 모든 세균 게놈 어셈블리를 먼저 PROKKA 주석 도구로 주석달았다. 기능성 아미노산 서열을 함유하는 생성된 .faa 파일을 블라스트코알라 검색을 위한 입력물로서 사용하였다. 파일을 블라스트코알라 서버에 업로드하고 속 수준 분류군 KEGG 오르톨로지 데이터베이스를 사용하여 실행하였다. 이 도구는 오르톨로지 기반 검색에 기반한 오르톨로지를 기반으로 K 번호를 아미노산 서열에 배정하였다. 이 K 번호는 기능성 오르톨로그의 관점에서 분자 기능을 나타낸다. 이 방법을 이용하여 모든 게놈에 대해 K 번호를 생성하였다.
맞춤형 R 스크립트를 사용하여 분류군 비교의 게놈 사이의 공통 K 번호(기능성 아미노산)를 단리하였다. KEGG 경로 재구축 웹 서버(hypertext transfer protocol secure on the world-wide web at kegg.jp/kegg/mapper/reconstruct.htmL)를 사용하여, 게놈 비교로부터 생성된 공통 K 번호를 경로로 재구축하였다. 일단 공통 K 번호가 업로드되면, 이 K 번호를 나타내는 경로를 공통 보존된 경로로부터 생성하였고, 문헌 검토를 기반으로 항생제 및 항진균 성질을 가진 경로를 더 조사하였다.
균주 DB10033, DB2448, DB02457, DB02461, DB02478, DB02549, DB02623에서 보존된 항균 경로에 대한 분석에 기반하였을 때, 데이터는 테르페노이드, 폴리케타이드 및 2차 대사물질 경로가 모든 DB 바실러스 알티투디니스 경로들 사이에 보존됨을 보여주었다(표 20B). 각각의 경로 내부에 맵핑된 K 번호는 경로 번호 다음에 표시되어 있다. 예를 들어, 경로 "M00096 C5 이소프레노이드 생합성, 비-말로네이트 경로(8)(완전한 8/8)"는 경로 내부에 맵핑된 8개의 K 번호를 갖고; 8개의 K 번호 모두가 이 균주들에서 공통된다.
[도 20B]
Figure pct00027
실시예 11: 바실러스 푸밀러스 균주의 게놈 비교 연구
요약
인간 피부 샘플로부터 단리된 바실러스 푸밀러스 균주(DB 균주)에 대한 생물정보학 분석을 수행하기 위해, DB 군 내에서 및 기준 균주에 대해 균주 어셈블리, 분류학적 분류, 동일성 및 안전성을 포함하는 다양한 분석을 수행하였다(표 22). 분석은 균주의 계통발생을 평가하기 위해 전체 게놈과 몇몇 공개적 및 상업적으로 이용 가능한 게놈의 정렬과 함께, 분류학적 분류를 이용한 균주의 시퀀싱 데이터의 어셈블리를 포함하였다.
평균 뉴클레오타이드 동일성(ANI; 당업자에게 알려져 있고 참조를 위해 본원에도 기재되어 있음)으로 균주 동일성을 평가하였고 약학적 적용 가능성을 가진 2차 대사물질 프로파일을 확립하였다.
Figure pct00028
재료 및 방법
전체 게놈 샷건 시퀀싱 및 게놈 서열 어셈블리
일루미나에 의해 제조된 넥스테라 플렉스 키트를 제조업체의 설명서에 따라 사용하여 표 22의 모든 균주들에 대한 샷건 시퀀싱을 수행하였다. 샷건 라이브러리를 풀링하고 HiSeq X 플랫폼에서 시퀀싱하였다. 시퀀싱 리드를 개별 FASTA 파일로 자동 역다중화하고 표준 생물정보학 분석을 수행하여, 세정된 시퀀싱 리드로부터 어셈블링된 게놈을 제공하였다.
전체 게놈 정렬/계통발생
전체 게놈 분석을 수행하였다. 어셈블링된 게놈을 표 22의 기준 게놈 및 공용 데이터베이스로부터의 외집단과 함께 전체 게놈 정렬에 사용하였다. 정렬을 수행하고 국소 동선형 블록(LCB)을 추출하기 위해 배경에서 점진적 담자색을 사용하는 홈블록을 이용하여 전체 게놈 정렬을 수행하였다. LCB는 게놈 재배열이 없는 것으로 보이는 보존된 분절이다. 전체 게놈 정렬을 이용하여 계통발생을 확립하였다. 일단 정렬 파일이 생성되면, 균주들의 진화적 관계를 보여주는 트리를 생성하기 위해 외집단으로서 사용된 상이한 속의 기준 세균으로서 할로바실러스 할로필러스와 함께 모든 DB 균주들 및 NCBI 기준 균주들(표 22)에 대해 RaxML을 사용하여 계통발생 트리를 구축하였다(도 15 참조).
평균 뉴클레오타이드 동일성
평균 뉴클레오타이드 동일성(ANI)은 전체 게놈 정렬과 유사하지만, 대신에 BLAST를 사용하여 게놈 사이의 뉴클레오타이드 게놈 유사성을 수행한다. 종의 균주 수준 동일성 해상도를 제공하는 ANI는 원핵 게놈을 비교하는 데 널리 사용된다. 평균 뉴클레오타이드 동일성 파이톤 스크립트를 사용하여 ANI를 수행하였다. 비교를 위해 표 22의 모든 균주를 사용하였다. 95%의 컷오프를 사용하여 종 수준 동일성을 확립하고 100%를 사용하여 균주 수준 동일성을 확립한다.
안티스매시
안티스매시는 세균 게놈에서 2차 대사물질 생합성 유전자 클러스터의 식별 및 주석을 위한 웹 브라우저 기반 도구이다. 이것은 약학적 적용 가능성을 가질 수 있는 2차 대사물질 프로파일에 대한 게놈 어셈블리를 마이닝할 수 있다. 표 22의 모든 덤바이온트(DB) 균주들의 전체 게놈 어셈블리에 대해 안티스매시 분석을 수행하였다.
결과, 해석 및 결론
계통발생
바실러스 푸밀러스의 다양한 DB 균주들 사이의 게놈 차이를 보여주는 계통발생 트리를 생성하였다(도 15). DB01269(서열번호 13), DB02420(서열번호 14), DB02429(서열번호 15), DB02430(서열번호 16), DB02485(서열번호 17), DB02492(서열번호 18), DB02548(서열번호 19), DB02622(서열번호 20), DB02626(서열번호 21), DB02680(서열번호 22), DB02681(서열번호 23), DB02708(서열번호 24), DB03355(서열번호 25), DB03366(서열번호 26), DB03376(서열번호 3)은 외집단 할로바실러스 할로필러스로부터의 명확한 분리를 보여주었다. 할로바실러스는 바실러스와 밀접하게 관련된 속이다. 시험된 모든 "DB" 균주들은 또한 계통발생 분석에 사용된 19개의 공개적으로 이용 가능한 게놈으로부터의 분기군을 공유하는 데 있어서 차이를 보여준다.
평균 뉴클레오타이드 동일성
도 16에 도시된 히트맵에 나타낸 데이터는 15개의 DB 바실러스 푸밀러스 균주들 중 DB02548을 제외한 14개의 균주들이 그 DB 군 내에서 및 기준 바실러스 푸밀러스 게놈과 비교되었을 때 약 95% 내지 99% 유사성의 동일성 범위를 가짐을 보여준다. 이것은 바실러스 푸밀러스를 시험된 15개의 DB 게놈 중 14개의 게놈의 종으로서 확인시켜준다. DB 균주들 중 어느 균주도 DB 군 내에서 100% 동일성을 공유하지 않거나 기준 게놈과 비교되었을 때 100% 동일성을 공유하지 않는데, 이는 분명한 균주 수준 차이를 입증한다(도 16). DB02548(서열번호 19)을 제외한 표 22의 DB 바실러스 푸밀러스 균주는 또한 상업적으로 이용 가능한 ATCC 균주의 게놈에 대해 96% 내지 98% 동일성 범위를 보여주고, 이것은 균주 수준이 아니라 종 수준 동일성을 추론하기에 충분한 정보를 제공하였다(도 16).
안티스매시
안티스매시를 이용하여 모든 DB 바실러스 푸밀러스 균주들에 존재하는 공통 화합물의 목록을 생성하였다(즉, 표 22에서 제공된 바와 같음).
제공된 DB 바실러스 푸밀러스 균주들 중 여러 균주들에 존재하는 공통 화합물은 바실리신, 카로테노이드, 리체니신, 펜기신 및 바실리박틴이었다(표 23A). 2개의 2차 대사물질인 플란토졸리신(Plantazolicin) 및 데세리옥사민(Deserrioxamine) E는 DB 균주들 중 일부에 존재하였지만, DB03376에는 존재하지 않았다.
[표 23A]
Figure pct00029
보존된 경로를 더 평가하기 위해, 보존된 경로 비교를 위한 모든 세균 게놈 어셈블리를 먼저 PROKKA 주석 도구로 주석달았다. 기능성 아미노산 서열을 함유하는 생성된 .faa 파일을 블라스트코알라 검색을 위한 입력물로서 사용하였다. 파일을 블라스트코알라 서버에 업로드하고 속 수준 분류군 KEGG 오르톨로지 데이터베이스를 사용하여 실행하였다. 이 도구는 오르톨로지 기반 검색에 기반한 오르톨로지를 기반으로 K 번호를 아미노산 서열에 배정하였다. 이 K 번호는 기능성 오르톨로그의 관점에서 분자 기능을 나타낸다. 이 방법을 이용하여 모든 게놈에 대해 K 번호를 생성하였다.
맞춤형 R 스크립트를 사용하여 분류군 비교의 게놈 사이의 공통 K 번호(기능성 아미노산)를 단리하였다. KEGG 경로 재구축 웹 서버(hypertext transfer protocol secure on the world-wide web at kegg.jp/kegg/mapper/reconstruct.htmL)를 사용하여, 게놈 비교로부터 생성된 공통 K 번호를 경로로 재구축하였다. 일단 공통 K 번호가 업로드되면, 이 K 번호를 나타내는 경로를 공통 보존된 경로로부터 생성하였고, 문헌 검토를 기반으로 항생제 및 항진균 성질을 가진 경로를 더 조사하였다.
균주 DB01269, DB02420, DB02429, DB02430, DB02485, DB02492, DB02548, DB02622, DB02626, DB02680, DB02681, DB02708, DB03355, DB03366, DB03376에서 보존된 항균 경로에 대한 분석에 기반하였을 때, 데이터는 테르페노이드, 폴리케타이드 및 2차 대사물질 생합성 경로가 보존됨을 보여주었다(표 23B). 각각의 경로 내부에 맵핑된 K 번호는 경로 번호 다음에 표시되어 있다. 예를 들어, 경로 "M00096 C5 이소프레노이드 생합성, 비-말로네이트 경로(8)(완전한 8/8)"는 경로 내부에 맵핑된 8개의 K 번호를 갖고; 8개의 K 번호 모두가 이 균주들에서 공통된다.
[도 23B]
Figure pct00030
실시예 13: 바실러스 서브틸리스의 게놈 비교 연구
요약
인간 피부 샘플로부터 단리된 바실러스 서브틸리스 균주(DB 균주)에 대한 생물정보학 분석을 수행하기 위해, DB 군 내에서 및 기준 균주에 대해 균주 어셈블리, 분류학적 분류, 동일성 및 안전성을 포함하는 다양한 분석을 수행하였다(표 24). 분석은 균주의 계통발생을 평가하기 위해 전체 게놈과 몇몇 공개적 및 상업적으로 이용 가능한 게놈의 정렬과 함께, 분류학적 분류를 이용한 균주의 시퀀싱 데이터의 어셈블리를 포함하였다.
평균 뉴클레오타이드 동일성(ANI; 당업자에게 알려져 있고 참조를 위해 본원에도 기재되어 있음)으로 균주 동일성을 평가하였고 약학적 적용 가능성을 가진 2차 대사물질 프로파일을 확립하였다.
Figure pct00031
재료 및 방법
전체 게놈 샷건 시퀀싱 및 게놈 서열 어셈블리
일루미나에 의해 제조된 넥스테라 플렉스 키트를 제조업체의 설명서에 따라 사용하여 표 24의 모든 균주들에 대한 샷건 시퀀싱을 수행하였다. 샷건 라이브러리를 풀링하고 HiSeq X 플랫폼에서 시퀀싱하였다. 시퀀싱 리드를 개별 FASTA 파일로 자동 역다중화하고 표준 생물정보학 분석을 수행하여, 세정된 시퀀싱 리드로부터 어셈블링된 게놈을 제공하였다.
전체 게놈 정렬/계통발생
전체 게놈 분석을 수행하였다. 어셈블링된 게놈을 표 24에서 제공된 기준 게놈 및 공용 데이터베이스로부터의 외집단과 함께 전체 게놈 정렬에 사용하였다. 정렬을 수행하고 국소 동선형 블록(LCB)을 추출하기 위해 배경에서 점진적 담자색을 사용하는 홈블록을 이용하여 전체 게놈 정렬을 수행하였다. LCB는 게놈 재배열이 없는 것으로 보이는 보존된 분절이다. 전체 게놈 정렬을 이용하여 계통발생을 확립하였다. 일단 정렬 파일이 생성되면, 균주들의 진화적 관계를 보여주는 트리를 생성하기 위해 외집단으로서 사용된 상이한 속의 기준 세균으로서 할로바실러스 할로필러스와 함께 모든 DB 균주들 및 NCBI 기준 균주들(표 24)에 대해 RaxML을 사용하여 계통발생 트리를 구축하였다(도 17 참조).
평균 뉴클레오타이드 동일성
평균 뉴클레오타이드 동일성(ANI)은 전체 게놈 정렬과 유사하지만, 대신에 BLAST를 사용하여 게놈 사이의 뉴클레오타이드 게놈 유사성을 수행한다. 종의 균주 수준 동일성 해상도를 제공하는 ANI는 원핵 게놈을 비교하는 데 널리 사용된다. 평균 뉴클레오타이드 동일성 파이톤 스크립트를 사용하여 ANI를 수행하였다. 비교를 위해 표 24의 모든 균주들을 사용하였다. 95%의 컷오프를 사용하여 종 수준 동일성을 확립하고 100%를 사용하여 균주 수준 동일성을 확립한다.
안티스매시
안티스매시는 세균 게놈에서 2차 대사물질 생합성 유전자 클러스터의 식별 및 주석을 위한 웹 브라우저 기반 도구이다. 이것은 약학적 적용 가능성을 가질 수 있는 2차 대사물질 프로파일에 대한 게놈 어셈블리를 마이닝할 수 있다. 표 24에서 제공된 모든 DB 균주들에 대해 안티스매시 분석을 수행하였다.
결과, 해석 및 결론
계통발생
바실러스 서브틸리스의 다양한 DB 균주들 사이의 게놈 차이를 보여주는 계통발생 트리를 생성하였다(도 17). DB01270(서열번호 27), DB01298(서열번호 28), DB02460(서열번호 29), DB02462(서열번호 30), DB02946(서열번호 31), DB03347(서열번호 32), DB03351(서열번호 33), DB03353(서열번호 34), DB03367(서열번호 35) 및 DB02475(서열번호 4)는 외집단 할로바실러스 할로필러스로부터의 명확한 분리를 보여주었다. 할로바실러스는 바실러스와 밀접하게 관련된 속이다. 시험된 모든 "DB" 균주들은 또한 계통발생 분석에 사용된 20개의 공개적으로 이용 가능한 게놈으로부터의 분기군을 공유하는 데 있어서 차이를 보여준다. DB 바실러스 서브틸리스 균주는 분기군에 의해 상업적으로 이용 가능한 ATCC 균주와 상이하다(도 17).
평균 뉴클레오타이드 동일성
도 18에 도시된 히트맵에 나타낸 데이터는 10개의 DB 바실러스 서브틸리스 균주들 중 DB02462 및 DB02475를 제외한 8개의 균주들이 그 DB 균주 군 내에서 비교되고 기준 바실러스 서브틸리스 게놈과 비교되었을 때 약 95% 내지 99% 유사성의 동일성 범위를 가짐을 보여준다. 이것은 바실러스 서브틸리스를 시험된 10개의 게놈 중 8개의 게놈의 종으로서 확인시켜준다. DB 균주들 중 어느 균주도 DB 군 내에서 100% 동일성을 공유하지 않거나 임의의 기준 게놈과 비교되었을 때 100% 동일성을 공유하지 않는데, 이는 분명한 균주 수준 차이를 입증한다(도 18). DB 바실러스 서브틸리스 균주는 또한 상업적으로 이용 가능한 ATCC 균주의 게놈에 대해 최대 99%의 동일성을 보여주는데, 이는 균주 수준 차이를 시사한다(도 18).
안티스매시
안티스매시를 이용하여 모든 DB 바실러스 푸밀러스 균주들에 존재하는 공통 화합물의 목록을 생성하였다(즉, 표 25에서 제공된 바와 같음).
모든 제공된 DB 바실러스 서브틸리스 균주들에 존재하는 공통 화합물은 바실리신, 서브틸로신, 바실리박틴, 바실라엔 및 펜기신이었다. 흥미롭게도, DB 균주 DB2475는 바실리신을 제외한 2차 대사물질에 대한 중복 유전자를 함유하지 않는다.
Figure pct00032
실시예 13A: 바실러스 서브틸리스의 경로 분석
보존된 경로를 더 평가하기 위해, 보존된 경로 비교를 위한 모든 세균 게놈 어셈블리를 PROKKA 주석 도구로 주석단다. 기능성 아미노산 서열을 함유하는 생성된 .faa 파일을 블라스트코알라 검색을 위한 입력물로서 사용한다. 파일을 블라스트코알라 서버에 업로드하고 속 수준 분류군 KEGG 오르톨로지 데이터베이스를 사용하여 실행한다. 이 도구는 오르톨로지 기반 검색에 기반한 오르톨로지를 기반으로 K 번호를 아미노산 서열에 배정한다. 이 K 번호는 기능성 오르톨로그의 관점에서 분자 기능을 나타낸다. 이 방법을 이용하여 모든 게놈에 대해 K 번호를 생성한다.
맞춤형 R 스크립트를 사용하여 분류군 비교의 게놈 사이의 공통 K 번호(기능성 아미노산)를 단리한다. KEGG 경로 재구축 웹 서버(hypertext transfer protocol secure on the world-wide web at kegg.jp/kegg/mapper/reconstruct.htmL)를 사용하여, 게놈 비교로부터 생성된 공통 K 번호를 경로로 재구축한다. 일단 공통 K 번호가 업로드되면, 이 K 번호를 나타내는 경로를 생성한다. 공통 보존된 경로로부터, 문헌 검토를 기반으로 항생제 및 항진균 성질을 가진 경로를 더 조사한다.
균주 DB01270, DB01298, DB02460, DB02462, DB02946, DB03347, DB03351, DB03353 및 DB02475에서 보존된 항균 경로에 대한 분석을 기반으로, 경로 보존을 보여주기 위해 데이터를 생성한다.
실시예 14: 동결보호제를 포함하는 부형제를 사용한 DB02473 잔티노박테리움 리비둠의 동결건조
재료 및 방법
잔티노박테리움 리비둠 균주 DB02473을 5 L 규모로 Bioflo-3000 발효기에서 생장시켰다. 14시간 내지 15시간 경과된 50 ㎖ 진탕 플라스크 배양물로 발효기를 접종하였고 유기체를 15시간 내지 16시간 동안 생장시켰다. 발효기에서, 인산/수산화암모늄을 첨가하여 pH를 7.0±0.1로 조절하였다. 연속적인 공기 퍼징과 교반을 이용함으로써 용존 산소를 30%로 조절하였다. 산소 요구에 따라, 교반을 변경시켜 용존 산소 함량을 30%로 유지하였다. 600 nm에서 4 내지 5 AU의 흡광도에서, 발효기를 수거하고 30분 동안 8000 RPM으로 원심분리하였고, 세포 펠릿을 무균적으로 수집하였다. 그 다음, 농축된 세포 펠릿을 약 10^9 내지 10^10 CFU/㎖의 농도로 액체 비히클에 재현탁하였다.
블렌딩/제제화
잔티노박테리움 리비둠 펠릿을, 2% 내지 20% 이당류(동결보호제), PBS 및 초순수를 포함하는 혼합물에 재현탁하였다.
동결건조
랩콘코 프리존(Labconco Freezone)-12 동결건조기 및 제조업체의 설명서에 따라 최적화된 파라미터를 사용하여 동결건조를 수행하였다.
첫 번째는 5 ㎖ 바이알에서 2 ㎖ 부피로 조성물을 동결건조하였다. 두 번째는 트레이에서 24 ㎖의 부피로 조성물을 동결건조하였고 세 번째는 트레이에서 48 ㎖의 조성물을 동결건조하였다.
안정성 측정 및 CFU 플레이팅
샘플을 동결건조 직후(0일째 날) 측정하였거나, 도 19에 나타낸 일 수 동안 4℃에서 저장하였다. 이어서, 샘플을 재구성하고 콜로니 형성 유닛(CFU)에 대해 측정하였다.
각각의 동결건조 실험 방법으로부터의 샘플을 연속 희석하고 한천에 플레이팅함으로써 CFU/㎖를 평가하였다. 동결건조된 물질의 안정성과 회수율을 시험하기 위해, 0.1 g의 동결건조된 샘플을 1 ㎖의 용액에 재현탁하였다. 각각의 샘플에 대해, 10배 연속 희석을 7회 수행하였고 평가를 위해 최종 3회 희석액을 플레이팅하였다. 전체 0.1 ㎖의 각각의 희석액을 LBS-50 플레이트에 도말하고 실온에서 48시간 동안 인큐베이션하였다. 각각의 플레이트에 대한 CFU를 카운팅하였고 안정성 및 살아있는 세균 회수율을 계산하였다.
결과, 해석 및 결론
1 또는 2 ㎖ 용액에서 재구성된 동결건조 후 0.1 g의 건조 물질로부터 10^9 CFU/㎖를 일관되게 회수하였다. 도 19는 동결건조 후 잔티노박테리움 리비둠 DB02473의 살아있는 CFU의 회수 결과를 시간 경과에 따라 도시한다. 시간 경과에 따른 생존율은 매우 안정하였고 살아있는 세균 세포의 농도는 동결건조 후 0일째 날부터 164일째 날까지 10^9 CFU/㎖로 유지되었다. 저장 동안 0.25를 초과하지 않는 수분 활성도를 가진 분말 물질을 동결건조 과정으로부터 수득하였다. 안정성의 결과는 도 19에 표시되어 있다. 따라서, 본원에서 제공된 제제 및 부형제를 사용하였을 때, 이 동결건조된 생성물은 4℃에서 적어도 최대 164일 동안 그의 생존율을 유지한다. 제제 G를 5 ㎖ 바이알에서 동결건조하였고, H를 트레이에서 동결건조하였으며, I를 부피가 2배인 트레이에서 동결건조하였고 J를 제제 I와 동일하게 동결건조하되, 탈수 조건에서 저장하였다.
실시예 14A: 동결보호제를 포함하는 부형제를 사용한 DB02473 잔티노박테리움 리비둠의 동결건조
재료 및 방법
잔티노박테리움 리비둠 균주 DB02473을 5 L 규모로 Bioflo-3000 발효기에서 생장시켰다. 14시간 내지 15시간 경과된 50 ㎖ 진탕 플라스크 배양물로 발효기를 접종하였고 유기체를 15시간 내지 16시간 동안 생장시켰다. 발효기에서, 인산/수산화암모늄을 첨가하여 pH를 7.0±0.1로 조절하였다. 연속적인 공기 퍼징과 교반을 이용함으로써 용존 산소를 30%로 조절하였다. 산소 요구에 따라, 교반을 변경시켜 용존 산소 함량을 30%로 유지하였다. 600 nm에서 4 내지 5 AU의 흡광도에서, 발효기를 수거하고 30분 동안 8000 RPM으로 원심분리하였고 세포 펠릿을 무균적으로 수집하였다. 그 다음, 농축된 세포 펠릿을 약 10^9 내지 10^10 CFU/㎖의 농도로 액체 비히클에 재현탁하였다.
블렌딩/제제화
잔티노박테리움 리비둠 펠릿을, 멸균된 0% 내지 20% 이당류(동결보호제), 0% 내지 10% 당 알코올, 0% 내지 1.0% 아미노산, 0% 내지 1.0% 단순 알코올, 0% 내지 3% 증점제, PBS 및 초순수로 구성된 혼합물에 재현탁하였다.
동결건조
5 ㎖ 바이알 내의 2 ㎖ 부피의 조성물 및 랩콘코 프리존-12 동결건조기, 및 제조업체의 설명서에 따라 최적화된 파라미터를 사용하여 동결건조를 수행하였다.
안정성 측정 및 CFU 플레이팅
샘플을 동결건조 직후(0일째 날) 측정하였거나, 표시된 일 수 동안 4℃에서 저장하였다. 이어서, 샘플을 재구성하고 콜로니 형성 유닛에 대해 측정하였다.
각각의 동결건조 실험 방법으로부터의 샘플을 연속 희석하고 한천에 플레이팅함으로써 CFU/㎖를 평가하였다. 동결건조된 물질의 안정성과 회수율을 시험하기 위해, 0.1 g의 동결건조된 샘플을 1 또는 2 ㎖의 용액에 재현탁하였다. 각각의 샘플에 대해, 10배 연속 희석을 5회 수행하였고 평가를 위해 최종 3회 희석액을 플레이팅하였다. 0.1 ㎖의 각각의 희석액을 LBS-50 플레이트에 도말하고 실온에서 48시간 동안 인큐베이션하였다. 각각의 플레이트에 대한 CFU를 카운팅하였고 안정성 및 살아있는 세균 회수율을 계산하였다.
결과, 해석 및 결론
1 또는 2 ㎖ 용액에 재구성된 동결건조 후 0.1 g의 건조 물질로부터 저장 시 CFU 회수율 및 생존율은 도 20에 나타낸 바와 같이 낮았다. 저장 동안 0.35를 초과하지 않는 수분 활성도를 가진 분말 물질을 동결건조 과정으로부터 수득하였다. 따라서, 본원에서 제공된 제제를 사용하는 동결건조된 생성물은 심지어 4℃에서 20일 동안 생존율을 유지하지 않았다(도 20, 제제 B', C', D' 및 F'). 제제 B'는 동결보호제 이당류, 아미노산, 단순 알코올 및 증점제를 포함하는 복합 제제이다. 제제 C'는 단순 알코올과 함께 동결보호제를 포함한다. 제제 D'는 아미노산과 함께 동결보호제를 포함하고, 제제 F'는 당 알코올만을 포함한다.
실시예 15: 동결보호제를 포함하는 부형제를 사용한 알칼리게네스 패칼리스의 동결건조
재료 및 방법
알칼리게네스 패칼리스 균주 DB05646을, 영양소 배지로서 테리픽(terrific) 브로쓰를 가진 5 L Bioflo-3000 발효기에서 생장시켰다. 15시간 내지 16시간 경과된 진탕 플라스크 배양물로 발효기를 접종하였다. 발효기에서, 인산/수산화암모늄을 첨가하여 pH를 조절하였다. 연속적인 공기 퍼징과 교반을 이용함으로써 용존 산소를 30%로 유지하였다. 산소 요구에 따라, 교반을 변경시켜 용존 산소 함량을 30%로 유지하였다. 600 nm에서 9 내지 10 AU의 흡광도에서, 발효기를 수거하고 30분 동안 8000 RPM으로 원심분리하였고 세포 펠릿을 무균적으로 수집하였다. 그 다음, 농축된 세포 펠릿을 약 10^9 내지 10^11 CFU/㎖의 농도로 액체 비히클에 재현탁하였다.
블렌딩/제제화
알칼리게네스 패칼리스 펠릿을, 멸균된 0% 내지 10% 이당류(동결보호제), 0% 내지 10% 당 알코올, 0% 내지 1.0% 아미노산, 0% 내지 1.0% 단순 알코올, 0% 내지 3% 증점제, PBS 및 초순수로 구성된 혼합물에 재현탁하였다.
동결건조
5 ㎖ 바이알 내의 2 ㎖ 부피의 조성물 및 랩콘코 프리존-12 동결건조기, 및 제조업체의 설명서에 따라 최적화된 파라미터를 사용하여 동결건조를 수행하였다.
안정성 측정 및 CFU 플레이팅
샘플을 동결건조 직후(0일째 날) 측정하였거나, 도 21에 표시된 일 수 동안 4℃에서 저장하였다. 이어서, 샘플을 재구성하고 콜로니 형성 유닛(CFU)에 대해 측정하였다.
각각의 동결건조 실험 접근법으로부터의 샘플(즉, 각각의 제제로부터의 샘플; 용기의 한 방법, 그러나 상이한 제제)을 연속 희석하고 한천에 플레이팅함으로써 CFU/㎖를 평가하였다. 동결건조된 물질의 안정성과 회수율을 시험하기 위해, 0.1 g의 동결건조된 샘플을 1 ㎖의 용액에 재현탁하였다. 각각의 샘플에 대해, 10배 연속 희석을 8회 수행하였고 평가를 위해 최종 3회 희석액을 플레이팅하였다. 0.1 ㎖의 각각의 희석액을 LBS 플레이트에 도말하고 37℃에서 48시간 동안 인큐베이션하였다. 각각의 플레이트에 대한 CFU를 카운팅하였고 안정성 및 살아있는 세균 회수율을 계산하였다.
결과, 해석 및 결론
1 또는 2 ㎖ 용액에서 재구성되었을 때 동결건조 후 0.1 g의 건조 물질로부터 약 10^10 CFU/㎖를 일관되게 회수하였다. 시간 경과에 따른 생존율은 매우 안정하였고, 살아있는 세균 세포의 농도는 4℃에서 저장되었을 때 동결건조 후 0일째 날부터 164일째 날까지 약 10^10 CFU/㎖로 유지되었다(도 21, 제제 B, C, D, E 및 F). 10^10 CFU/㎖의 생존율도 최소 7일 동안 실온에서 유지되었다. 이당류를 함유하지 않는 제제 F는 동일한 생존율 유지를 보여주지 않았다. 저장 동안 0.25를 초과하지 않는 수분 활성도를 가진 분말 물질을 동결건조 과정으로부터 수득하였다. 안정성 결과는 도 20에 표시되어 있다. 따라서, 이 동결건조된 생성물은 4℃에서 적어도 최대 164일 동안 그의 생존율을 유지한다(도 21). 제제 B는 동결보호제 이당류, 아미노산, 단순 알코올 및 증점제를 포함하는 복합 제제이다. 제제 C는 단순 알코올과 함께 동결보호제를 포함한다. 제제 D는 아미노산과 함께 동결보호제를 포함하고, 제제 E는 동결보호제를 제외한 추가 부형제를 갖지 않으며, 제제 F는 당 알코올만을 포함한다.
실시예 16: 동결보호제를 포함하는 부형제를 사용한 잔티노박테리움 리비둠의 동결 제제화
재료 및 방법
잔티노박테리움 리비둠 균주 DB02473을 5 L 규모로 Bioflo-3000 발효기에서 생장시켰다. 14시간 내지 15시간 경과된 50 ㎖ 진탕 플라스크 배양물로 발효기를 접종하였고, 유기체를 15시간 내지 16시간 동안 생장시켰다. 발효기에서, 인산/수산화암모늄을 첨가하여 pH를 7.0±0.1로 조절하였다. 연속적인 공기 퍼징과 교반을 이용함으로써 용존 산소를 30%로 조절하였다. 산소 요구에 따라, 교반을 변경시켜 용존 산소 함량을 30%로 유지하였다. 600 nm에서 4 내지 5 AU의 흡광도에서, 발효기를 수거하고 30분 동안 8000 RPM으로 원심분리하였고 세포 펠릿을 무균적으로 수집하였다. 그 다음, 농축된 세포 펠릿을 약 10^9 내지 10^10 CFU/㎖의 농도로 액체 비히클에 재현탁하였다.
블렌딩/제제화
부형제를 용해시키고 여과 멸균하였다. 여과 후 여과될 수 없는 첨가제를 분배하였다. 잔티노박테리움 리비둠의 펠릿을 부형제 및 동결보호제의 다양한 제제에 재현탁하였다. 재현탁 후, 액체 질소를 사용하여 샘플을 급속 동결시켰거나 -80℃ 동결기에서 서서히 동결시켰다. 시험된 제제는 주로 2% 내지 20% 이당류, 0.1% 내지 5.0% 다당류, 0% 내지 1.0% 당 알코올, 0.1% 내지 2% 단순 알코올 및 0.1% 내지 2.0% 증점제, 0% 내지 0.1% 아미노산으로 구성되었다.
1. 제제 K: 2% 내지 20% 이당류, 0.1% 내지 2% 단순 알코올 및 0.1% 내지 5.0% 다당류.
2. 제제 L: 2% 내지 20% 이당류, 0.1% 내지 2% 단순 알코올, 0% 내지 0.1% 아미노산 및 0.1% 내지 5.0% 다당류.
3. 제제 M: 2% 내지 20% 이당류, 0.1% 내지 2% 당 알코올, 0.1% 내지 5.0% 다당류.
4. 제제 N: 2% 내지 20% 이당류, 0.1% 내지 1.0% 당 알코올 및 0.1% 내지 5.0% 다당류.
5. 제제 O: 2% 내지 20% 이당류, 0.1% 내지 1.0% 당 알코올, 0.1% 내지 5.0% 다당류, 0.1% 내지 2% 단순 알코올 및 0% 내지 0.1% 아미노산.
6. 제제 P: 2% 내지 20% 이당류, 0.1% 내지 1.0% 당 알코올, 0.1% 내지 5.0% 다당류, 0.1% 내지 2% 단순 알코올 및 0% 내지 0.1% 아미노산. CFU를 측정함으로써 예정된 간격으로 -80℃, -20℃ 또는 4℃에서 저장된 제제의 안정성을 평가하였다. 안정성 데이터는 도 22a 내지 22f에 제시되어 있다.
각각의 분무 건조 실험 방법으로부터의 샘플을 연속 희석하고 한천에 플레이팅함으로써 CFU/㎖를 평가하였다. 동결된 물질의 안정성과 회수율을 시험하기 위해 1 ㎖의 샘플을 해동시켰다. 각각의 샘플에 대해 10배 연속 희석을 7회 수행하였고 평가를 위해 최종 3회 희석액을 플레이팅하였다. 0.1 ㎖의 각각의 희석액을 LBS-50 플레이트에 도말하고 48시간 동안 실온에서 인큐베이션하였다. 각각의 플레이트에 대한 CFU를 카운팅하였고 안정성 및 살아있는 세균 회수율을 계산하였다.
결과, 해석 및 결론
-80℃에서 동결된 상태로 유지된 1 ㎖의 각각의 조성물로부터 10^9 내지 10^10 CFU/㎖가 회수되었다. 시간 경과에 따른 생존율은 -80℃에서 저장되었을 때 매우 안정하였고 살아있는 세균 세포의 농도는 일부 제제에서 적어도 1개월 및 최대 4개월 동안 일정하게 유지되었다(기준시점, 1주, 2주, 1개월, 2개월, 3개월, 4개월, 5개월 및/또는 6개월을 포함하는 다양한 시간 간격으로 -80℃, -20℃ 또는 4℃에서 DB02473의 CFU 회수율 및 안정성을 보여주는 도 22a 내지 22f 참조). 제제 L 중의 잔티노박테리움 리비둠 DB02473을 가진 제제는 시험 지속기간 동안 -80℃에서 안정하였다(도 22b). 안정성은 더 높은 저장 온도에서 감소하였고 모든 제제에서 더 가변적이었다. -20℃ 및 4℃의 온도에서 모든 제제에서, 1주의 저장 후 거의 로그 손실 이상의 생존율이 있었다. 2주에서 4℃의 제제 K, 1주에서 4℃의 제제 L, 1개월 후 -20℃의 제제 M, 1개월 후 -20℃의 제제 P와 같은 일부 예외가 있었지만, 모두가 시간 0에서의 조성물의 초기 생존율에 필적할만한 생존율을 유지하였다(각각 도 22a 내지 22c 및 22f).
실시예 18: 동결보호제를 포함하는 부형제를 사용한 알칼리게네스 패칼리스 DB05646의 동결 제제화
재료 및 방법
알칼리게네스 패칼리스 균주 DB05646을, 영양소 배지로서 테리픽 브로쓰를 가진 5 L Bioflo 3000a 발효기에서 생장시켰다. 15시간 내지 16시간 경과된 진탕 플라스크 배양물로 발효기를 접종하였다. 발효기에서, 인산/수산화암모늄을 첨가하여 pH를 조절하였다. 연속적인 공기 퍼징과 교반을 이용함으로써 용존 산소를 30%로 조절하였다. 산소 요구에 따라, 교반을 변경시켜 용존 산소 함량을 30%로 유지하였다. 600 nm에서 9 내지 10 AU의 흡광도에서, 발효기를 수거하고 30분 동안 원심분리하였고 세포 펠릿을 무균적으로 수집하였다. 그 다음, 농축된 세포 펠릿을 약 10^10 내지 10^11 CFU/㎖의 농도로 액체 비히클에 재현탁하였다.
블렌딩/제제화
부형제를 용해시키고 여과 멸균하였다. 여과 후 여과될 수 없는 첨가제를 분배하였다. 알칼리게네스 패칼리스의 펠릿을 부형제 및 동결보호제의 다양한 제제에 재현탁하였다. 시험된 제제는 2% 내지 20% 이당류, 0.2% 내지 5.0% 다당류, 0% 내지 1.0% 당 알코올, 0.1% 내지 2% 단순 알코올 및 0% 내지 0.1% 아미노산의 혼합물이었다.
1. 제제 Q: 2% 내지 20% 이당류 및 0.1% 내지 2.0% 다당류.
2. 제제 R: 2% 내지 20% 이당류, 0.1% 내지 2% 단순 알코올 및 0.1% 내지 5.0% 다당류.
3. 제제 S: 2% 내지 20% 이당류, 0% 내지 1.0% 당 알코올 및 0.1% 내지 2.0% 증점제.
4. 제제 T: 2% 내지 20% 이당류, 0.2% 내지 5.0% 다당류, 0% 내지 1.0% 당 알코올, 0.1% 내지 2% 단순 알코올 및 0% 내지 0.1% 아미노산.
5. 제제 U: 2% 내지 20% 이당류, 0% 내지 1.0% 당 알코올 및 0.1% 내지 5.0% 다당류 및 0% 내지 0.1% 아미노산.
CFU를 측정함으로써 예정된 간격으로 -80℃, -20℃, 4℃, 27℃ 및 40℃에서 저장된 제제의 안정성을 평가하였다. 안정성 데이터는 도 23a 내지 23e에 제시되어 있다.
각각의 분무 건조 실험 방법으로부터의 샘플을 연속 희석하고 한천에 플레이팅함으로써 CFU/㎖를 평가하였다. 동결된 물질의 안정성과 회수율을 시험하기 위해 1 ㎖의 샘플을 해동시켰다. 각각의 샘플에 대해 10배 연속 희석을 8회 수행하였고 평가를 위해 최종 3회 희석액을 플레이팅하였다. 0.1 ㎖의 각각의 희석액을 LBS 플레이트에 도말하고 48시간 동안 37℃에서 인큐베이션하였다. 각각의 플레이트에 대한 CFU를 카운팅하였고 안정성 및 살아있는 세균 회수율을 계산하였다.
결과, 해석 및 결론
DB05646 제제 Q에 대한 안정성 데이터는 샘플이 최대 적어도 6개월(데이터가 수집된 가장 긴 시점) 동안 -80℃, -20℃, 4℃, 27℃ 및 40℃에서 안정하였음을 보여준다(도 23a 참조). 더 높은 온도에서, CFU를 약 1 로그 감소시키는 약간의 생존율 손실이 관찰되었다. 제제 R, S, T 및 U로 표시된 다른 제제는 1개월 이상 동안 -80℃, -20℃ 및 4℃에서 생존율의 손실 없이 거동이 유사하다(각각 도 23b 내지 23e 참조).
-80℃에서 동결된 상태로 유지된 1 ㎖의 제제 Q로부터 10^10 내지 10^11 CFU/㎖가 회수되었다(도 23a). 시간 경과에 따른 생존율은 최대 4개월 동안 -80℃, -20℃ 및 4℃에서 저장되었을 때 매우 안정하였으나, 약 6개월 정도쯤에 생존율의 일부 손실이 시작되는 것으로 보인다. 제제 Q의 안정성은 또한 시험된 모든 기간 동안 27℃ 및 40℃에서 감소하였다(도 23a). 모든 제제에서 조성물은 -80℃, -20℃ 및 4℃의 온도에서 안정하였고 10^10 CFU/㎖는 1개월까지 회수 가능하였다(도 23a 내지 23e).
실시예 19: 조작된 알칼리게네스 패칼리스 조성물
본 실시예는 알칼리게네스 패칼리스 프로바이오틱을 포함하는 조작된 조성물을 제공한다. 표 19에서 제공된 기준 균주를 입수한다. 서열번호 6의 vegJ 메틸트랜스퍼라제 또는 이의 변이체를 코딩하도록 균주를 조작한다.
방법
알칼리게네스 패칼리스 균주 DB05646의 게놈 DNA를, 프라이머, 예를 들어, F-AGATCTTTACCGATAGTTAAAAGTACTA(서열번호 37) 및 R-CCTAGGTTATCTGCCCCGCTTGCCTAAC(서열번호 38)를 사용하는 표준 고충실도 PCR에 사용한다. PCR 생성물을 아가로스 겔에서 런닝시키고 HDLJNHPI_02397 ycgJ 추정 메틸트랜스퍼라제(서열번호 6) 유전자의 크기에 상응하는 정확한 크기의 밴드를 절제하고 표준 기법을 이용하여 정제한다. 제한효소 XbaI 및 BamHI, 또는 적절한 제한효소를 사용하여 PCR 생성물을 절단한 후, 선택된 벡터에 라이게이션시키기 전에 정제한다. XbaI 및 BamHI 또는 적절한 제한효소를 사용하여 적절한 벡터(예를 들어, 시그마 알드리치(Sigma Aldrich)로부터의 PSF-OXb13 배지 발현 대장균 벡터)를 선형화하고 표준 기법을 이용하여 정제한다. 제조업체의 설명서를 이용하여 PCR 생성물을 PSF-OXB13 배지 발현 대장균 벡터에 라이게이션시킨다. HDLJNHPI_02397 ycgJ 추정 메틸트랜스퍼라제(서열번호 6) 유전자를 함유하는 PSF-OXB13 대장균 플라스미드를 사용한 전기천공을 통해 컴피턴트(competent) 대장균 세포 또는 ATCC 알칼리게네스 패칼리스 균주 LRA 41 02 82의 세포를 형질전환시킨다. 형질전환된 세균을 선택하기 위해 카나마이신 또는 다른 적절한 항생제를 항생제로서 사용한다. 약 25개의(필요한 경우 더 많은) 단일 콜로니를 선택하고 배양하고 저장하고 플라스미드의 직접적인 생거 시퀀싱으로 서열번호 6을 갖는지를 확인한다. 형질전환된 균주를 트리코파이톤 루브룸, 스타필로코커스 아우레우스 및 말라세지아 종에 대한 억제 활성에 대해 시험한다.
기능 상실 실험을 위한 표적화 돌연변이유발
DB05646에서 발견된 추정 HDLJNHPI_02397 ycgJ 추정 메틸트랜스퍼라제(서열번호 6)의 제거를 위해 제조업체의 설명서에 따라 표적화 돌연변이유발 키트(예를 들어, 뉴 잉글랜드 바이오랩스(New England Biolabs) Q5 키트)를 사용한다. 표적화 유전자의 제거를 확인하기 위해 F-AGATTCTTACCGATAGTTAAAAGTACTA(서열번호 39) 및 R-CCTAGGTTATCTGCCCCGCTTGCCTAAC(서열번호 40)와 같은 프라이머 및 표준 PCR 열순환기 설정을 이용하여 돌연변이체를 PCR로 스크리닝한다. 추정 표적화 유전자를 결여하는 회수된 균주를 트리코파이톤 루브룸, 스타필로코커스 아우레우스 및 말라세지아 종을 억제하는 그의 능력에 대해 시험한다. 억제에 있어서 HDLJNHPI_02397 ycgJ 추정 메틸트랜스퍼라제(서열번호 6) 유전자의 역할을 확인하기 위해 후술된 억제 어세이를 이용하여 균주 DB05646에 비해 병원성 유기체를 억제하는 돌연변이체의 능력을 측정한다.
말라세지아 항생작용 어세이
ycgJ 유전자를 함유하는 형질전환된 대장균에 의한 말라세지아의 억제를 시험하기 위해 시험관내 어세이를 설정한다. 요약하건대, 말라세지아를 YPD-Mal 한천 플레이트에서 5일 내지 14일 동안 생장시킨 후, 진균 물질을 플레이트로부터 긁어내어, 1 ㎖ 멸균수 내에 5 mm 유리 비드를 함유하는 크리오튜브에 넣는다. 상기 튜브를 볼텍싱하여 상기 물질을 균질화한다. OD 600을 측정하고 0.3까지 희석한다. 비드를 사용하여 200 ㎕ 부피의 긁어낸 배양물을 Media 22 한천 플레이트에 도말하고 건조하여 새로운 배양된 플레이트를 생성한다. HDLJNHPI_02397 ycgJ 추정 메틸트랜스퍼라제(서열번호 6) 유전자를 가진 형질전환된 대장균의 5 ㎕ 스팟 1개를 각각의 플레이트에 첨가하고 건조한다. 플레이트를 4일 동안 27℃에서 인큐베이션한다. 임의의 억제 영역의 폭을 측정한다.
결과는 억제 영역이 측정되기 때문에 반정량적이다. ImageJ를 사용하여 상기 영역의 폭을 픽셀(직선)로 측정하고 페트리 접시의 mm 기반 픽셀 측정치로 전환한다.
트리코파이톤 루브룸 항생작용 어세이
문헌[Ramsey et al. (2015)]에 보고된 절차와 유사하고 본원에 기재되고 제공된 바와 같이 최적화된 변형된 억제 어세이에 따라 시험관내 어세이를 설정한다. 요약하건대, 50% LB-Lennox(LBS-50)에서 알칼리게네스 패칼리스 DB05646, 바실러스 알티투디니스 DB10033, 바실러스 푸밀러스 DB03376 또는 바실러스 서브틸리스 DB02475 배양물을 24시간 동안 약 2x109 CFU/㎖까지 생장시킨다. 플레이트의 한쪽 가장자리부터 다른 쪽 가장자리까지 이어진 2개의 수직 직선으로 배양물의 분취액을 33% 트립톤 한천 플레이트에 적용한다. 각각의 선은 플레이트를 이등분하고 2개의 선은 플레이트의 중심에서 교차하여 균등한 십자를 만들고 4개의 구획이 세균 접종물의 선에 의해 분리된다. 멸균 면봉을 사용하여 선을 그린다.
사보우라우드 덱스트로스 한천에서 생장된, 약 2주 경과된 배양물로부터 트리코파이톤 루브룸의 분생포자를 수거하고, 표준 광학 현미경 하에서 혈구계수기를 이용하여 카운팅하고, 스팟당 5 ㎕를 가진 4개의 재현실험 스폿에 106개 포자/㎖의 농도로 적용한다. 진균 접종물을 세균 접종물의 선에 의해 분리된 4개의 빈 플레이트 구획에 첨가한다. 이 방식으로, 진균 콜로니는 세균(또는 페트리 접시의 가장자리)에 의해 둘러싸이고, 세균이 진균 생장을 억제하는 데 비효과적이지 않는 한, 서로 생장하여 하나의 더 큰 콜로니를 만들지 않는다. 진균이 인접 진균 콜로니와 병합하기 위해서는 세균을 넘어 생장해야 한다. 주형을 사용하여 각각의 플레이트에서 형질전환된 대장균 십자 및 포자 스팟의 위치를 복제한다. 어세이 플레이트를 1주 내지 2주 동안 표시된 바와 같이 주위 온도 또는 27℃에서 인큐베이션한다. 7일째 날 및 14일째 날에 이미지를 촬영한다.
십자 형성에 있어서 플레이트에 그어진 세균에 의한 트리코파이톤 루브룸의 억제는 4개의 트리코파이톤 루브룸 접종물 점을 갖되 세균 십자를 갖지 않는 대조군에 비해 진균 콜로니 크기(mm)의 감소에 의해 확인된다. ImageJ를 이용하여 먼저 트리코파이톤 루브룸 콜로니의 반지름을 픽셀(직선)로 측정하고 페트리 접시의 mm 기반 픽셀 측정치로 전환한다.
스타필로코커스 아우레우스 항생작용 어세이
표준 실험 절차에 따라 시험관내 어세이를 설정한다. 스타필로코커스 아우레우스 25923의 연구 세포 은행 바이알을 해동시키고 50% LB-베지톤 배지(LB50)에서 100배 희석한다. 이 현탁액의 최종 농도는 1x106 CFU/㎖이다. 200 ㎕의 이것을 LB50 한천 플레이트에 첨가하고, 5개 내지 10개의 5 mm 멸균 유리 비드를 사용하여 세균 잔디를 한천 위에 분산시킨다. 비드를 제거하고 플레이트를 건조한다. 형질전환된 세균의 5 ㎕ 스팟 1개 또는 2개를 각각의 플레이트에 첨가하고 건조한다. 모의 대조군 플레이트를 그대로 두었다. 모든 플레이트를 27℃에서 24시간 동안 인큐베이션한다.
영역이 측정될 수 있기 때문에 결과는 반정량적이다. ImageJ를 이용하여 먼저 영역의 폭을 픽셀(직선)로 측정하고 페트리 접시의 mm 기반 픽셀 측정치로 전환한다.
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참조에 의한 포함
본원에서 인용된 모든 간행물, 특허, 특허 출원 및 다른 문헌은 각각의 개별 간행물, 특허, 특허 출원 또는 다른 문헌이 모든 목적을 위해 참고로 포함되는 것으로 개별적으로 표시된 것처럼 동일한 정도로 모든 목적을 위해 전체적으로 본원에 참고로 포함된다.
균등물
다양한 특정 실시양태가 예시되고 설명되었지만, 본 명세서는 제한적이지 않다. 본 개시내용(들)의 사상 및 범위를 벗어나지 않으면서 다양한 변경을 만들 수 있음이 인식될 것이다. 본 명세서를 검토할 때 많은 변경이 당분야에서 숙련된 자에게 명확해질 것이다.
SEQUENCE LISTING <110> DERMBIONT <120> COMPOSITIONS AND METHODS FOR IMPROVING SKIN HEALTH AND FOR THE TREATMENT AND PREVENTION OF DISEASES, DISORDERS AND CONDITIONS ASSOCIATED WITH FUNGI AND OTHER PATHOGENIC MICROBES <130> DER-004WO <140> <141> <150> 63/091,783 <151> 2020-10-14 <160> 40 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 1413 <212> DNA <213> Alcaligenes faecalis <400> 1 gaacggcagc gcgagagagc ttgctctctt ggcggcgagt ggcggacggg tgagtaatat 60 atcggaacgt gcccagtagc gggggataac tactcgaaag agtggctaat accgcatacg 120 ccctacgggg gaaagggggg gatcgcaaga cctctcacta ttggagcggc cgatatcgga 180 ttagctagtt ggtggggtaa aggctcacca aggcaacgat ccgtagctgg tttgagagga 240 cgaccagcca cactgggact gagacacggc ccagactcct acgggaggca gcagtgggga 300 attttggaca atgggggaaa ccctgatcca gccatcccgc gtgtatgatg aaggccttcg 360 ggttgtaaag tacttttggc agagaagaaa aggtacctcc taatacgagg tactgctgac 420 ggtatctgca gaataagcac cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tacgtagggt 480 gcaagcgtta atcggaatta ctgggcgtaa agcgtgtgta ggcggttcgg 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Claims (133)

  1. 프로바이오틱(probiotic)을 포함하는 약학 조성물로서, 상기 프로바이오틱이 (i) 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 치료하기에 효과적인 양의 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스(Alcaligenes faecalis), 바실러스 알티투디니스(Bacillus altitudinis), 바실러스 푸밀러스(Bacillus pumilus), 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis), 잔티노박테리움 리비둠(Janthinobacterium lividum) 및 (ii) 동결보호제인 적어도 하나의 제1 부형제를 포함하는 것인 약학 조성물.
  2. 제1항에 있어서, 병원성 미생물에 의한 감염으로부터 발생하는 적어도 하나의 증상을 치료하기 위해 포유동물에게 국소 적용되도록 제제화된 약학 조성물.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 제2 부형제를 추가로 포함하는 약학 조성물.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, 동결된 또는 동결건조된 약학 조성물.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 동결보호제가 동결보호제 없이 동일한 프로바이오틱을 포함하는 조성물에 비해 동결 또는 동결건조 후 프로바이오틱의 회수율을 높이는 것인 약학 조성물.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 동결보호제가 동결보호제 없이 동일한 프로바이오틱을 포함하는 약학 조성물에 비해 병원성 유기체에 대한 약학 조성물의 효능, 안정성 및/또는 생존율을 높이는 것인 약학 조성물.
  7. 제6항에 있어서, 동결보호제를 가진 조성물의 회수율이 동결보호제를 갖지 않은 조성물에 비해 20일 후 1 내지 3 로그 더 큰 것인 약학 조성물.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, 동결보호제가 이당류를 포함하는 것인 약학 조성물.
  9. 제8항에 있어서, 이당류가 트레할로스를 포함하는 것인 약학 조성물.
  10. 제9항에 있어서, 트레할로스가 2% 내지 20%의 D-트레할로스를 포함하는 것인 약학 조성물.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 중 하나 이상을 포함하는 프로바이오틱이 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5로 기재된 핵산 서열과 적어도 95% 동일한 핵산 서열을 포함하거나 이로 구성된 것인 약학 조성물.
  12. 제11항에 있어서, 퍼센트 동일성이 적어도 99%인 약학 조성물.
  13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 하나의 추가 단리된 또는 합성 미생물을 추가로 포함하는 약학 조성물.
  14. 제13항에 있어서, 추가 단리된 미생물이 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠으로부터 선택된 인간 단리된 또는 합성 프로바이오틱을 포함하는 것인 약학 조성물.
  15. 제13항에 있어서, 추가 단리된 미생물이 락토바실러스(Lactobacillus), 락토코커스(Lactococcus), 큐티박테리움(Cutibacterium) 또는 프로피오니박테리움(Propionibacterium)으로부터 선택된 속의 하나 이상의 구성원을 포함하는 것인 약학 조성물.
  16. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 추가 단리된 미생물 및 제2 추가 단리된 미생물을 추가로 포함하는 약학 조성물로서, 제1 추가 단리된 미생물 및 제2 추가 단리된 미생물이 세균, 바이러스, 효모, 진균 또는 이들의 임의의 조합으로부터 독립적으로 선택된 것인 약학 조성물.
  17. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 세균, 바이러스, 효모, 진균 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된 복수의 추가 단리된 미생물을 추가로 포함하는 약학 조성물.
  18. 제17항에 있어서, 단리된 미생물이 인간 단리된 또는 합성 미생물인 약학 조성물.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 질환, 장애 또는 병태가 말라세지아(Malassezia)와 관련된 것인 약학 조성물.
  20. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 질환, 장애 또는 병태가 말라세지아 비듬, 아토피성 습진, 피부염, 어루러기(pityriasis versicolor), 전풍(tinea versicolor), 지루성 피부염, 모낭염 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된 것인 약학 조성물.
  21. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 질환, 장애 또는 병태가 피부사상균과 관련된 것인 약학 조성물.
  22. 제1항 내지 제18항 및 제21항 중 어느 한 항에 있어서, 질환, 장애 또는 병태가 수염 백선, 두피 백선, 체부 백선, 서혜부 백선, 족부 백선, 전풍, 조갑진균증 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된 것인 약학 조성물.
  23. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 질환, 장애 또는 병태가 그람 양성 세균 및 스타필로코커스(Staphylococcus)와 관련된 것인 약학 조성물.
  24. 제1항 내지 제18항 및 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 질환, 장애 또는 병태가 아토피성 피부염, 농가진, 피부 감염, 연조직 감염, 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된 것인 약학 조성물.
  25. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 질환, 장애 또는 병태가 칸디다(Candida)와 관련된 것인 약학 조성물.
  26. 제1항 내지 제18항 및 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 질환, 장애 또는 병태가 구강 아구창, 요로 감염, 생식기 감염, 피부점막 칸디다증 또는 이들의 임의의 조합으로부터 선택된 것인 약학 조성물.
  27. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 질환, 장애 또는 병태가 트리코파이톤(Trichophyton)과 관련된 것인 약학 조성물.
  28. 제1항 내지 제18항 및 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 질환, 장애 또는 병태가 수염 백선, 두피 백선, 체부 백선, 서혜부 백선, 족부 백선, 전풍, 조갑진균증 또는 이들의 임의의 조합과 관련된 것인 약학 조성물.
  29. 제1항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 항진균 화합물을 추가로 포함하는 약학 조성물.
  30. 제29항에 있어서, 항진균 화합물이 치료적 양으로 조성물에 존재하는 것인 약학 조성물.
  31. 제29항에 있어서, 항진균 화합물이 준치료적(sub-therapeutic) 양으로 조성물에 존재하는 것인 약학 조성물.
  32. 제1항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, 항세균 화합물을 추가로 포함하는 약학 조성물.
  33. 제32항에 있어서, 항세균 화합물이 치료적 양으로 조성물에 존재하는 것인 약학 조성물.
  34. 제32항에 있어서, 항세균 화합물이 준치료적 양으로 조성물에 존재하는 것인 약학 조성물.
  35. 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, 프리바이오틱(prebiotic)을 추가로 포함하는 약학 조성물.
  36. 제1항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 하나의 포스트바이오틱(postbiotic)을 추가로 포함하는 약학 조성물.
  37. 제1항 내지 제36항 중 어느 한 항에 있어서, 국소적으로 허용되는 담체를 포함하는 약학 조성물.
  38. 제37항에 있어서, 국소적으로 허용되는 담체가 프리바이오틱, 대사물질, 포스트바이오틱, 세포 용해물, 프로바이오틱 또는 이들의 임의의 조합을 추가로 포함하는 것인 약학 조성물.
  39. 제1항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 질환, 장애 또는 병태가 피부 질환을 포함하는 것인 약학 조성물.
  40. 제1항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 질환, 장애 또는 병태가 포유동물에 존재하는 것인 약학 조성물.
  41. 제40항에 있어서, 포유동물이 인간인 약학 조성물.
  42. 제41항에 있어서, 인간 피부 질환, 장애 또는 병태를 치료하기에 효과적인 양으로 이러한 치료를 필요로 하는 인간에게 투여되는 약학 조성물.
  43. 제41항 또는 제42항에 있어서, 인간의 피부 상에 또는 내에 존재하는 국소 병원성 미생물의 생장을 치료하기에 효과적인 양으로 투여되는 약학 조성물.
  44. 제43항에 있어서, 국소 병원성 미생물이 말라세지아를 포함하거나 이로 구성된 것인 약학 조성물.
  45. 제44항에 있어서, 말라세지아가 말라세지아 푸르푸르(Malassezia furfur)를 포함하거나 이로 구성된 것인 약학 조성물.
  46. 제44항에 있어서, 말라세지아가 말라세지아 레스트릭타(Malassezia restricta)를 포함하거나 이로 구성된 것인 약학 조성물.
  47. 제44항에 있어서, 말라세지아가 말라세지아 글로보사(Malassezia globosa)를 포함하거나 이로 구성된 것인 약학 조성물.
  48. 제43항에 있어서, 국소 병원성 미생물이 피부사상균을 포함하거나 이로 구성된 것인 약학 조성물.
  49. 제48항에 있어서, 피부사상균이 트리코파이톤을 포함하거나 이로 구성된 것인 약학 조성물.
  50. 제49항에 있어서, 트리코파이톤이 트리코파이톤 멘타그로파이테스(Trichophyton mentagrophytes)를 포함하거나 이로 구성된 것인 약학 조성물.
  51. 제49항에 있어서, 트리코파이톤이 트리코파이톤 루브룸(Trichophyton rubrum)을 포함하거나 이로 구성된 것인 약학 조성물.
  52. 제43항에 있어서, 국소 병원성 미생물이 그람 양성 세균을 포함하거나 이로 구성된 것인 약학 조성물.
  53. 제52항에 있어서, 세균이 스타필로코쿠스 아우레우스(Staphylococcus aureus)인 약학 조성물.
  54. 제1항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서, 동결건조에 의해 분말 형태로 건조된 약학 조성물.
  55. 제54항에 있어서, 프로바이오틱이 재수화 시 적어도 10% 생존 가능한 것인 약학 조성물.
  56. 제1항 내지 제55항 중 어느 한 항에 있어서, 프로바이오틱이 적어도 약 164일 동안 냉장 조건에서 적어도 90% 생존 가능한 것인 약학 조성물.
  57. 제1항 내지 제56항 중 어느 한 항에 있어서, 인간 또는 비인간 대상체에게 국소 투여되도록 제제화된 약학 조성물.
  58. 제57항에 있어서, 크림, 겔, 폼(foam), 연고, 분말 또는 로션으로서 제제화된 약학 조성물.
  59. 제57항에 있어서, 액체, 팅크제, 스프레이, 분무제 또는 흡입제로서 제제화된 약학 조성물.
  60. 제57항에 있어서, 인간 피부에 국소 투여되도록 제제화된 약학 조성물.
  61. 제57항에 있어서, 인간 점막에 국소 투여되도록 제제화된 약학 조성물.
  62. 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 95% 동일한 핵산 서열을 포함하는 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠을 포함하는 합성 조성물로서, 국소 적용되도록 제제화된 합성 조성물.
  63. 제62항에 있어서, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 핵산 서열 동일성이 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5의 핵산 서열과 99% 동일한 것인 합성 조성물.
  64. 제62항 또는 제63항에 있어서, 인간 피부, 손발톱, 모발 또는 점막과 접촉할 물질에 적용되도록 제제화된 합성 조성물.
  65. 제62항 또는 제63항에 있어서, 인간 피부, 손발톱, 모발 또는 점막에 적용되도록 제제화된 합성 조성물.
  66. 제62항 내지 제65항 중 어느 한 항에 있어서, 수성 제제로 제제화된 합성 조성물.
  67. 제62항 내지 제66항 중 어느 한 항에 있어서, 인간과 접촉하는 표면에 국소 적용되도록 제제화된 합성 조성물.
  68. 제62항 내지 제67항 중 어느 한 항에 있어서, 미용 조성물로서 사용되도록 제제화된 합성 조성물.
  69. 제68항에 있어서, 치약, 구강세정제, 샴푸, 비누, 치실, 점안제 또는 비강 스프레이 조성물로서 제제화된 합성 조성물.
  70. 제68항에 있어서, 자외선차단제, 보습제, 안티에이징, 프로바이오틱 또는 건강 증진 조성물로서 제제화된 합성 조성물.
  71. 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나, 억제하거나 예방하기에 효과적인 양으로, 16s rRNA 유전자 서열에서 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 98% 동일한 핵산 서열을 포함하는 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠을 포함하는 약학 조성물.
  72. 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나, 억제하거나 예방하기에 효과적인 양으로, 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3 또는 서열번호 4를 포함하는 핵산 서열을 포함하는 알칼리게네스 또는 바실러스를 포함하는 약학 조성물.
  73. 병원성 미생물을 치료하거나 예방하는 방법으로서, 유효량의 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠을, 이러한 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법.
  74. 피부 병태의 치료를 필요로 하는 대상체에서 피부 병태를 치료하는 방법으로서, 알칼리게네스, 바실러스 또는 잔티노박테리움 속의 프로바이오틱을 포함하는 치료 유효량의 약학 조성물을 상기 대상체에게 국소 투여하는 단계를 포함하고, 상기 프로바이오틱이 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5의 16s rRNA 유전자 서열과 적어도 95% 동일한 핵산 서열을 가진 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 것인 방법.
  75. 서열번호 6과 적어도 95% 동일한 메틸트랜스퍼라제를 가진 프로바이오틱을 포함하는 알칼리게네스를 포함하는 프로바이오틱의 효능을 개선하는 방법.
  76. 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 서열을 가진 16s rRNA 핵산 분자를 포함하는 단리된 알칼리게네스, 바실러스 또는 잔티노박테리움 프로바이오틱.
  77. 제76항에 있어서, 서열번호 6과 적어도 95% 동일한 메틸트랜스퍼라제를 포함하는 단리된 알칼리게네스 프로바이오틱.
  78. 제76항 또는 제77항의 적어도 하나의 알칼리게네스, 바실러스 또는 잔티노박테리움 프로바이오틱을 포함하는 약학 조성물.
  79. 제76항 또는 제77항의 적어도 하나의 알칼리게네스, 바실러스 또는 잔티노박테리움 프로바이오틱을 포함하는 합성 조성물.
  80. 제76항 또는 제77항의 적어도 하나의 알칼리게네스, 바실러스 또는 잔티노박테리움 프로바이오틱을 포함하는 미용 조성물.
  81. 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 98% 동일한 16s rRNA 핵산 서열을 포함하는 단리된 알칼리게네스, 바실러스 또는 잔티노박테리움 프로바이오틱.
  82. 제76항의 알칼리게네스, 바실러스 또는 잔티노박테리움으로부터 선택된 적어도 2종의 프로바이오틱을 포함하는 조합 조성물.
  83. 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 이러한 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나 예방하기에 효과적인 양으로 존재하는, 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠의 적어도 하나의 종을 포함하는 약학 조성물로서, 국소 제형으로 존재하는 약학 조성물.
  84. 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스의 적어도 하나의 종으로부터의 대사물질을 포함하고 국소 제형으로 존재하는 약학 조성물로서, 이 대사물질이 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료, 억제 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 이러한 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나, 억제하거나 예방하기에 충분한 양으로 존재하는 것인 약학 조성물.
  85. 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 이러한 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나 예방하기에 효과적인 양으로 존재하는, 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠의 적어도 하나의 종의 세포 용해물을 포함하는 약학 조성물로서, 국소 제형으로 존재하는 약학 조성물.
  86. 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료, 억제 또는 예방을 필요로 하는 대상체에서 이러한 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나, 억제하거나 예방하기에 효과적인 양으로 존재하는, 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠의 적어도 하나의 종의 포스트바이오틱을 포함하는 약학 조성물로서, 국소 제형으로 존재하는 약학 조성물.
  87. 피부 장애의 치료를 필요로 하는 대상체에서 피부 장애를 치료하는 방법으로서, 유효량의 프로바이오틱 세균, 프로바이오틱 세균의 대사물질, 프로바이오틱 세균의 포스트바이오틱 및/또는 프로바이오틱 세균의 세포 용해물을 포함하는 제제를 국소 투여하는 단계를 포함하고, 프로바이오틱 세균이 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠이고, 장애가 국소 병원성 미생물의 존재와 관련된 것인 방법.
  88. 제87항에 있어서, 제제가 피부, 손발톱 또는 모발에 투여되도록 제제화된 것인 방법.
  89. 제87항에 있어서, 제제가 점막에 투여되도록 제제화된 것인 방법.
  90. 제89항에 있어서, 점막이 질, 음경, 요도, 방광, 항문, 입, 코, 인후, 기관지, 폐, 눈, 및 귀 및 비강의 점막으로 구성된 군으로부터 선택된 것인 방법.
  91. 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나, 억제하거나 예방하기에 효과적인 양으로, 적어도 하나의 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠으로부터 생성된 대사물질을 포함하는 약학 조성물.
  92. 제91항에 있어서, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠이 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 유전자 서열을 포함하는 것인 약학 조성물.
  93. 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나 예방하기에 효과적인 양으로, 적어도 하나의 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠으로부터의 세포 용해물을 포함하는 약학 조성물.
  94. 제93항에 있어서, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠이 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 유전자 서열을 포함하는 것인 약학 조성물.
  95. 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태를 치료하거나, 억제하거나 예방하기에 효과적인 양으로, 적어도 하나의 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠으로부터의 포스트바이오틱을 포함하는 약학 조성물.
  96. 제95항에 있어서, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠이 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 유전자 서열을 포함하는 것인 약학 조성물.
  97. 유효량의 적어도 하나의 인간 단리된 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 대사물질을 포함하는, 국소 적용되도록 제제화된 합성 조성물.
  98. 제97항에 있어서, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠이 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 유전자 서열을 포함하는 것인 합성 조성물.
  99. 제98항에 있어서, 미용 조성물인 합성 조성물.
  100. 제99항에 있어서, 치약, 구강세정제, 샴푸, 비누, 보습제 또는 치실로서 제제화된 합성 조성물.
  101. 제99항에 있어서, 미용 조성물이 자외선차단제, 보습제, 안티에이징, 프로바이오틱 또는 건강 증진 조성물을 포함하는 것인 합성 조성물.
  102. 유효량의 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스 또는 바실러스 서브틸리스 세포 용해물을 포함하는, 국소 적용되도록 제제화된 합성 조성물.
  103. 제102항에 있어서, 잔티노박테리움 리비둠, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠이 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 유전자 서열을 포함하는 것인 합성 조성물.
  104. 제103항에 있어서, 미용 조성물인 합성 조성물.
  105. 제104항에 있어서, 치약, 구강세정제, 샴푸, 비누, 보습제 또는 치실로서 제제화된 합성 조성물.
  106. 제104항에 있어서, 자외선차단제, 보습제, 안티에이징, 프로바이오틱 또는 건강 증진 조성물로서 제제화된 합성 조성물.
  107. 유효량의 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 포스트바이오틱을 포함하는, 국소 적용되도록 제제화된 합성 조성물.
  108. 제107항에 있어서, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠이 서열번호 1, 서열번호 2, 서열번호 3, 서열번호 4 또는 서열번호 5와 적어도 95% 동일한 16S rRNA 유전자 서열을 포함하는 것인 합성 조성물.
  109. 제108항에 있어서, 미용 조성물인 합성 조성물.
  110. 제109항에 있어서, 치약, 구강세정제, 샴푸, 비누, 보습제, 립밤 또는 치실로서 제제화된 합성 조성물.
  111. 제109항에 있어서, 자외선차단제, 보습제, 안티에이징, 프로바이오틱 또는 건강 증진 조성물로서 제제화된 합성 조성물.
  112. 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠으로부터 선택된 바이오틱 또는 이의 유도체 및 적어도 하나의 동결보호제를 포함하는 조성물을, 치료를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 치료를 필요로 하는 대상체를 치료하는 방법으로서, 동결보호제가 프로바이오틱의 적어도 하나의 대사물질의 수준을 증가시키고, 적어도 하나의 대사물질의 증가된 수준이 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료와 관련된 것인 방법.
  113. 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠으로부터 선택된 바이오틱 또는 이의 유도체 및 적어도 하나의 동결보호제를 포함하는 조성물을, 치료를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 치료를 필요로 하는 대상체를 치료하는 방법으로서, 동결보호제가 프로바이오틱의 적어도 하나의 대사물질의 수준을 감소시키고, 적어도 하나의 대사물질의 적어도 하나의 감소된 수준이 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료와 관련된 것인 방법.
  114. 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠으로부터 선택된 적어도 하나의 프로바이오틱 또는 이의 유도체 및 적어도 하나의 동결보호제를 포함하는 동결건조된 프로바이오틱 조성물.
  115. 제114항에 있어서, 동결보호제가 이당류를 포함하는 것인 동결건조된 프로바이오틱 조성물.
  116. 제115항에 있어서, 동결보호제가 동결보호제를 포함하지 않는 조성물에 비해 조성물의 효능, 안정성 및/또는 생존율을 개선하는 것인 동결건조된 프로바이오틱 조성물.
  117. 제114항 내지 제116항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 하나의 프리바이오틱을 추가로 포함하는 동결건조된 제제.
  118. 의약으로서 사용하기 위한, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 중 적어도 하나 및 적어도 하나의 동결보호제를 포함하는 프로바이오틱 조성물.
  119. 제118항에 있어서, 적어도 하나의 병원성 미생물과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 치료에 사용하기 위한 프로바이오틱 조성물.
  120. 병원성 미생물과 관련된 감염의 치료에 사용하기 위한, 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 중 적어도 하나를 포함하는 프로바이오틱 조성물.
  121. 제120항에 있어서, 감염이 피부 감염인 프로바이오틱 조성물.
  122. 제120항 또는 제121항에 있어서, 병원성 미생물이 말라세지아를 포함하거나 이로 구성된 것인 프로바이오틱 미생물.
  123. 제122항에 있어서, 병원성 미생물이 비듬, 아토피성 습진, 피부염, 어루러기, 전풍, 지루성 피부염, 모낭염 또는 이들의 임의의 조합과 관련된 것인 프로바이오틱 미생물.
  124. 제120항에 있어서, 병원성 미생물이 피부사상균을 포함하거나 이로 구성된 것인 프로바이오틱 조성물.
  125. 제124항에 있어서, 병원성 미생물이 수염 백선, 두피 백선, 체부 백선, 서혜부 백선, 족부 백선, 전풍, 조갑진균증 또는 이들의 임의의 조합과 관련된 것인 프로바이오틱 조성물.
  126. 제119항에 있어서, 족부 백선 또는 전풍의 치료에 사용하기 위한 프로바이오틱 조성물.
  127. 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠의 적어도 하나의 대사물질을 포함하는 조성물.
  128. 제127항에 있어서, 병원성 미생물과 관련된 감염의 치료에 사용하기 위한 조성물.
  129. (i) 적어도 하나의 안정화된 인간 단리된 또는 합성 알칼리게네스 패칼리스, 바실러스 알티투디니스, 바실러스 푸밀러스, 바실러스 서브틸리스 또는 잔티노박테리움 리비둠 및 적어도 하나의 제1 부형제를 포함하는 조성물을 포함하는 적어도 하나의 바이알; 및 (ii) 설명서를 포함하는 키트로서, 적어도 하나의 제1 부형제가 동결보호제인 키트.
  130. 제129항에 있어서, 재구성을 위한 제제화 완충제의 적어도 하나의 바이알을 추가로 포함하는 키트.
  131. 제130항에 있어서, 혼합 및 적용에 대한 설명서, 및 임의로 하나 이상의 혼합 및/또는 적용 도구를 추가로 포함하는 키트.
  132. 제129항 내지 제131항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물이 분말 형태로 존재하는 것인 키트.
  133. 제129항 내지 제131항 중 어느 한 항에 있어서, 조성물이 액체 형태로 존재하는 것인 키트.
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