JP2023545458A - 皮膚の健康状態の改善、ならびに、真菌および他の病原性マイクローブに関連する疾患、障害および疾病の処置および予防のための組成物および方法 - Google Patents

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Abstract

【解決手段】とりわけ、本明細書に開示されるのは、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムを使用する組成物および方法である。組成物は、皮膚の健康状態を改善し得る。方法は、皮膚または粘膜などの宿主または宿主域の上に、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムを適用する工程を含んでもよく、それによって、１種以上の病原性マイクローブの存在量を最小限にし、１つ以上のさらなる治療の治療効果を最大限にし、および／または、宿主または宿主域の健康状態を改善する。病原性マイクローブを最小限にする方法は、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムと、許容可能な担体とを含む組成物を、表面に適用する工程を含んでもよい。組成物および方法は、プレバイオティクスまたは別のマイクローブを含んでもよく、それによって、（例えば、プロバイオティクスの増殖から得られる）増殖および／または代謝産物を最大限にする。組成物および方法は、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムの代謝産物を含んでもよい。【選択図】図１

Description

関連出願への相互参照
本出願は、２０２０年１０月１４日に出願された米国仮出願第６３／０９１，７８３の優先権および利益を主張するものであり、当該文献の内容は、すべて参照により本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、参照により全体として本明細書に組み込まれる配列表を含んでいる。２０２１年１０月１２日に作成された上記ＡＳＣＩＩのコピーは、ＤＥＲ－００４ＷＯ＿ＳＬ．ｔｘｔのファイル名であり、７５，５６９バイトのサイズである。
技術分野
とりわけ、本開示では、ヤンシノバクテリウム・リビダム（Ｊａｎｔｈｉｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｖｉｄｕｍ）、アルカリゲネス・フェーカリス（Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、バチルス・アルティチュジニス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｔｉｔｕｄｉｎｉｓ）、バチルス・プミルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｕｍｉｌｕｓ）またはバチルス・サブチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、およびそれらの組み合わせを使用して、皮膚の健康状態の改善、ならびに、病原性マイクローブもしくはマイクロオーガニズムに関連する疾患、障害および疾病を抑制、処置および予防するための特定の有用な組成物および方法が提供され、それらの各菌株は、最初に、健康なヒトの皮膚から単離したものであるか、および／または、組成物、製剤、および製品を含む、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、およびそれらの組み合わせの代謝産物、細胞溶解物またはポストバイオティック代謝産物は、化粧料用途および消耗品用途に使用されてもよい。
病原性マイクロオーガニズムがもたらす皮膚、爪、粘膜および粘液腔の局所感染症は、数多くのヒト対象ならびに非ヒト対象にとって健康上の問題となっている。これらのマイクロオーガニズムは、様々な細菌感染症、ウイルス感染症および真菌感染症を引き起こす。これらの疾病は、皮膚、爪、粘膜および粘液腔のディスバイオシスに起因して、病原性マイクロオーガニズムまたは病原性マイクロオーガニズムの群集の確立を許容し得る。
細菌感染症、ウイルス感染症、寄生虫感染症、古細菌感染症および真菌感染症など、比較的数多くのヒト集団に影響を与える様々な感染が存在する。これらのヒト感染症は、単一の微生物種または微生物株、あるいは種または菌株の組み合わせの結果によるものの場合がある。
マラセチア（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ）がもたらすヒト感染症は、集団の大部分に影響を及ぼす。マラセチアは、一般的かつ主に好脂質性の真菌であり、顔、頭皮および体幹上部を含むヒトの皮膚の皮脂領域、ならびに他の哺乳動物の皮膚の皮脂領域で増殖する。マラセチア種は、通常のヒトの皮膚叢の一部であるが、癜風（ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ）などの良性皮膚病態から免疫的易感染宿主の真菌に及ぶ、様々な臨床症状を有する様々な皮膚疾病を引き起こしたり、悪化させたりする場合もある。記載されている１４種の種、すなわち、Ｍ．フルフル（Ｍ．ｆｕｒｆｕｒ）、Ｍ．パチデルマティス（Ｍ．ｐａｃｈｙｄｅｒｍａｔｉｓ）、Ｍ．シンポディアリス（Ｍ．ｓｙｍｐｏｄｉａｌｉｓ）、Ｍ．グロボーサ（Ｍ．ｇｌｏｂｏｓａ）、Ｍ．オブツーサ（Ｍ．ｏｂｔｕｓａ）、Ｍ．レストリクタ（Ｍ．ｒｅｓｔｒｉｃｔａ）、Ｍ．スルーフィエ（Ｍ．ｓｌｏｏｆｆｉａｅ）、（Ｍ．ｅｑｕｉｎａ）、Ｍ．デルマティス（Ｍ．ｄｅｒｍａｔｉｓ）、Ｍ．ジャポニカ（Ｍ．ｊａｐｏｎｉｃａ）、Ｍ．ナナ（Ｍ．ｎａｎａ）、Ｍ．カプレ（Ｍ．ｃａｐｒｅ）、Ｍ．ヤマトエンシス（Ｍ．ｙａｍａｔｏｅｎｓｉｓ）およびＭ．クニクリ（Ｍ． ｃｕｎｉｃｕｌｉ）が現在存在している。ふけ症、アトピー性湿疹、皮膚炎、癜風、脂漏性皮膚炎および毛包炎はすべて、マラセチア感染症に関連する疾病である。癜風（Ｐｉｔｙｒｉａｓｉｓ ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ）、あるいは癜風（ｔｉｎｅａ ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ）は、一般的に見られる表在性真菌症である、典型的なマラセチア感染症であり、慢性的に繰り返し発症する表皮層の感染症になる恐れがある。白色の微小鱗片状、低色素または色素沈着した斑点を特徴としており、これらは不規則で、大抵は身体の油脂の多い部分、体幹および四肢で生じる。患者の一部は、そう痒を経験する場合もあるが、大半は、無症状である。脂漏性皮膚炎は、マラセジアに関連する感染症で２番目に最も一般的なものであるが、これは、乾性または油性スケールの紅斑のプラークを特徴とする、亜急性または慢性のいずれかの表在性湿疹性皮膚炎である。これは、頭皮、顔、耳、胸および腋窩領域などの皮脂性領域で生じる。局所抗真菌剤は、マラセチア関連疾患を処置するための一般的な方法であり、再発を防止するためには、継続的な予防が必要となることが多い。
他の潜在的に病原性のある皮膚糸状真菌症として、酵母、糸状菌または二形性菌（例えば、カンジダ・アルビカンス）があり得る。皮膚糸状菌は、ケラチンを栄養源とする真菌であり、角質層、毛髪または爪に棲息して生存する。ヒトの皮膚糸状菌感染症は、トリコフィトン種、ミクロスポルム種およびエピデルモフィトン種によって生じる場合が多い。トリコフィトン・ルブルム（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｒｕｂｒｕｍ）は、世界中で認められている皮膚および爪における真菌症のおよそ４６％～７２％を占める。調査研究によると、最も一般的とされる皮膚糸状菌であるトリコフィトン・ルブルムは、足白癬の病原でもあることが立証されている。一般的かつ持続的な真菌感染症である爪真菌症の診断は、世界人口の２～８パーセントにおいてなされている。この疾患は、爪の変形および／または疼痛をもたらす。皮膚糸状菌症の処置には、抗真菌局所製品（例えば、テルビナフィン、イトラコナゾール、ミコナゾールなど）および／または全身療法が含まれる。
概要
特定の病原体（例えば、真菌）に対して、一部の長期処置は効果がなく、かつ、毒性があるだけでなく、抗真菌剤の薬剤耐性や感染再発があるので、既存の処置の代替となる処置が必要とされている。
とりわけ、本開示では、１種以上の病原性マイクロオーガニズムによる感染症を処置、抑制または予防するための、１種以上の細菌（例えば、プロバイオティクス）を含む組成物および方法が提供される。
一部の実施形態では、本開示は、プロバイオティクスを含む医薬組成物であって、ここで、プロバイオティクスは、（ｉ）病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置するのに有効な量で、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、ヤンシノバクテリウム・リビダムと、（ｉｉ）抗凍結剤である、少なくとも１種の第１の賦形剤とを含む、医薬組成物が提供される。
一部の実施形態では、疾患、障害または疾病は、哺乳動物に存在する。一部の実施形態では、哺乳動物は、ヒトである。一部の実施形態では、医薬組成物は、ヒトの皮膚疾患、障害または疾病を処置するのに有効な量で、処置を必要とするヒトに投与される。一部の実施形態では、疾患、障害または疾病は、皮膚疾患を含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、ヒトの皮膚上または皮膚中に存在する局所的な病原性マイクロオーガニズムの増殖を処置するのに有効な量で投与される。一部の実施形態では、局所的な病原性マイクロオーガニズムは、マラセチアを含むか、それからなる。一部の実施形態では、疾患、障害または疾病は、マラセチアに関連する。一部の実施形態では、マラセチアは、マラセチア・レストリクタ、マラセチア・フルフル、またはマラセチア・グロボーサのうちの１種以上を含むか、それからなる。一部のこのような実施形態では、疾患、障害または疾病は、ふけ症、アトピー性湿疹、皮膚炎、癜風（ｐｉｔｙｒｉａｓｉｓ ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ）、癜風（ｔｉｎｅａ ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ）、脂漏性皮膚炎、毛包炎、あるいはそれらの任意の組み合わせから選択される。一部の実施形態では、局所的な病原性マイクロオーガニズムは、皮膚糸状菌を含むか、それからなる。一部の実施形態では、疾患、障害または疾病は、皮膚生菌類に関連する。一部の実施形態では、皮膚生菌類は、トリコフィトン（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ）を含むか、それからなる。一部の実施形態では、トリコフィトンは、トリコフィトン・メンタグロフィテス（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｍｅｎｔａｇｒｏｐｈｙｔｅｓ）を含むか、それからなる。一部の実施形態では、トリコフィトンは、トリコフィトン・ルブルム（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｒｕｂｒｕｍ）を含むか、それからなる。一部の実施形態では、疾患、障害または疾病は、白癬性毛瘡、頭部白癬、体部白癬、頑癬、足部白癬、癜風、爪甲真菌症、あるいはそれらの任意の組み合わせから選択される。一部の実施形態では、疾患、障害または疾病は、グラム陽性菌およびスタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）に関連する。一部の実施形態では、疾患、障害または疾病は、アトピー性皮膚炎、膿痂疹、皮膚感染症、軟部組織感染症、あるいは任意の組み合わせから選択される。一部の実施形態では、疾患、障害または疾病は、カンジダに関連する。一部の実施形態では、疾患、障害または疾病は、鵞口瘡、尿路感染症、性器感染症、粘膜皮膚カンジダ症、あるいは任意の組み合わせから選択される。一部の実施形態では、疾患、障害または疾病は、トリコフィトンに関連する。一部の実施形態では、疾患、障害または疾病は、白癬性毛瘡、頭部白癬、体部白癬、頑癬、足部白癬、癜風、爪甲真菌症、あるいはそれらの任意の組み合わせから選択される。
一部の実施形態では、プロバイオティクスは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５に記載される核酸配列と少なくとも９５％同一である核酸配列を含むか、それからなる、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムのうちの１種以上を含む。一部の実施形態では、同一性百分率は、少なくとも９９％である。
一部の実施形態では、医薬組成物は、病原性マイクロオーガニズムによる感染症に起因する少なくとも１つの症状を処置するために、哺乳動物への局所投与のために製剤化される。一部の実施形態では、少なくとも１種の第１の賦形剤を含む医薬組成物は、第２の賦形剤をさらに含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、凍結または凍結乾燥される。一部の実施形態では、医薬組成物の抗凍結剤によって、同一のプロバイオティクスを含むが抗凍結剤を含まない組成物と比較すると、凍結または凍結乾燥した後のプロバイオティクスの回収率がより高くなる。一部のこのような実施形態では、抗凍結剤によって、同一のプロバイオティクスを含むが抗凍結剤を含まない医薬組成物と比較すると、病原体に対する医薬組成物の有効性、安定性および／または生存率がより高くなる。一部のこのような実施形態では、抗凍結剤を含む医薬組成物の回収率は、抗凍結剤を含まない医薬組成物と比較すると、２０日後では１から３ｌｏｇ大きい。一部の実施形態では、抗凍結剤は、二糖を含む。一部の実施形態では、二糖は、トレハロースを含む。一部の実施形態では、トレハロースは、２％から２０％でＤ－トレハロースを含む。
一部の実施形態では、医薬組成物は、単離した、または合成の少なくとも１種のさらなるプロバイオティクスをさらに含む。一部のこのような実施形態では、単離したさらなるプロバイオティクスは、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムを含む。一部の実施形態では、単離したさらなるマイクローブは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、キューティバクテリウム（Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、またはプロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）から選択される属の１種以上のメンバーを含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、単離した第１のさらなるマイクローブと、単離した第２のさらなるマイクローブとをさらに含み、単離した第１のさらなるマイクローブと単離した第２のさらなるマイクローブは、細菌、ウイルス、酵母、真菌、あるいはそれらの任意の組み合わせから独立して選択される。一部の実施形態では、医薬組成物は、単離した複数のさらなるマイクローブをさらに含み、マイクローブは、細菌、ウイルス、酵母、真菌、あるいはそれらの任意の組み合わせから選択される。一部のこのような実施形態では、単離したマイクローブは、ヒトから単離した、または合成のマイクローブである。
一部の実施形態では、医薬組成物は、抗真菌性化合物をさらに含む。一部の実施形態では、抗真菌性化合物は、治療量で組成物中に存在する。一部の実施形態では、抗真菌性化合物は、治療量未満で組成物中に存在する。
一部の実施形態では、医薬組成物は、抗菌性化合物をさらに含む。一部の実施形態では、抗菌性化合物は、治療量で組成物中に存在する。一部の実施形態では、抗菌性化合物は、治療量未満で組成物中に存在する。
一部の実施形態では、医薬組成物は、プレバイオティクスをさらに含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、少なくとも１種のポストバイオティクスをさらに含む。
一部の実施形態では、医薬組成物は、局所的に許容可能な担体をさらに含む。一部の実施形態では、局所的に許容可能な担体は、プレバイオティクス、代謝産物、ポストバイオティクス、細胞溶解物、プロバイオティクス、あるいはそれらの任意の組み合わせをさらに含む。
一部の実施形態では、医薬組成物は、凍結乾燥によって乾燥されて粉末形式にされる。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、再水和すると少なくとも１０％生存可能である。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、少なくとも約１６４日の冷蔵条件下で少なくとも９０％生存可能である。
一部の実施形態では、医薬組成物は、ヒト対象または非ヒト対象への局所投与のために製剤化される。一部の実施形態では、医薬組成物は、クリーム、ゲル、フォーム、軟膏、粉末またはローションとして製剤化される。一部の実施形態では、医薬組成物は、液剤、チンキ剤、スプレー剤、ミスト剤（ｍｉｓｔｅｒ）または吸入剤として製剤化される。一部の実施形態では、医薬組成物は、ヒトの皮膚への局所投与のために製剤化される。一部の実施形態では、医薬組成物は、ヒトの粘膜への局所投与のために製剤化される。
一部の実施形態では、本開示では、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と９５％同一である核酸配列を含む、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムを含む合成組成物であって、局所適用のために製剤化される、合成組成物が提供される。一部の実施形態では、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムの核酸配列の同一性は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５の核酸配列と９９％同一である。一部の実施形態では、組成物は、ヒトの皮膚、爪、毛髪または粘膜に接触する材料への適用のために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、ヒトの皮膚、爪、毛髪または粘膜への適用のために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、水性製剤に製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、ヒトに接触される表面への局所適用のために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、化粧料組成物としての使用のために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、歯磨剤、洗口剤、シャンプー、石鹸、デンタルフロス、点眼剤または点鼻剤組成物として製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、日焼け止め、保湿剤、老化防止剤、プロバイオティクスまたは健康増進組成物として製剤化される。
一部の実施形態では、本開示では、医薬組成物であって、病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置、抑制または予防するのに有効な量で、１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列において配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９８％同一である核酸配列を含むアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムを含む、医薬組成物が提供される。
一部の実施形態では、本開示では、医薬組成物であって、病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置、抑制または予防するのに有効な量で、配列番号１、配列番号２、配列番号３または配列番号４を含む核酸配列を含むアルカリゲネスまたはバチルスを含む、医薬組成物が提供される。
一部の実施形態では、本開示では、病原性マイクロオーガニズムを処置または予防する方法であって、有効量の、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムを、処置を必要とする対象に投与する工程を含む、方法が提供される。
一部の実施形態では、本開示では、処置を必要とする対象における皮膚疾病を処置する方法であって、アルカリゲネス属、バチルス属またはヤンシノバクテリウム属のプロバイオティクスを含む医薬組成物の治療有効量を対象に局所投与する工程を含む、方法であって、ここで、プロバイオティクスは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５の１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列と少なくとも９５％同一である核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む、方法が提供される。
一部の実施形態では、本開示では、アルカリゲネスを含むプロバイオティクスの有効性を改善する方法であって、プロバイオティクスは、配列番号６と少なくとも９５％同一であるメチルトランスフェラーゼを有する、方法が提供される。
一部の実施形態では、本開示では、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である配列を有する１６ｓ ｒＲＮＡ核酸分子を含む、単離したアルカリゲネス、バチルスまたはヤンシノバクテリウムのプロバイオティクスが提供される。一部のこのような実施形態では、単離したアルカリゲネスのプロバイオティクスは、配列番号６と少なくとも約９５％の同一性を有するメチルトランスフェラーゼを含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である配列を有する１６ｓ ｒＲＮＡ核酸分子を含む、単離したアルカリゲネス、バチルスまたはヤンシノバクテリウムのプロバイオティクスを含み、任意選択で、配列番号６に記載のアミノ酸配列を有するメチルトランスフェラーゼを含む。一部の実施形態では、合成組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である配列を有する１６ｓ ｒＲＮＡ核酸分子を含む、単離したアルカリゲネス、バチルスまたはヤンシノバクテリウムのプロバイオティクスを含み、任意選択で、配列番号６に記載のアミノ酸配列を有するメチルトランスフェラーゼを含む。一部の実施形態では、化粧組成物は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である配列を有する１６ｓ ｒＲＮＡ核酸分子を含む、単離したアルカリゲネス、バチルスまたはヤンシノバクテリウムのプロバイオティクスを含み、任意選択で、配列番号６に記載のアミノ酸配列を有するメチルトランスフェラーゼを含む。
一部の実施形態では、本開示では、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９８％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ核酸配列を含む、単離したアルカリゲネス、バチルスまたはヤンシノバクテリウムのプロバイオティクスが提供される。
一部の実施形態では、本開示では、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９８％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ核酸配列を含むアルカリゲネス、バチルスまたはヤンシノバクテリウムのうちのいずれかから選択される少なくとも２つのプロバイオティクスを含む組み合わせ組成物が提供される。
一部の実施形態では、本開示では、処置を必要とする対象における病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置または予防するのに有効な量で存在する、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムのうちの少なくとも１種の種を含む医薬組成物であって、当該医薬組成物は、局所剤形である、医薬組成物が提供される。
一部の実施形態では、本開示では、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのうちの少なくとも１種からの代謝産物を含む医薬組成物であって、当該代謝産物は、処置を必要とする対象における病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病の処置、抑制または予防に十分な量で存在し、当該医薬組成物は、局所剤形である、医薬組成物が提供される。
一部の実施形態では、本開示では、処置を必要とする対象における病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置または予防するのに有効な量で存在する、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムのうちの少なくとも１種の種の細胞溶解物を含む医薬組成物であって、当該医薬組成物は、局所剤形である、医薬組成物が提供される。
一部の実施形態では、本開示では、処置を必要とする対象における病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置、抑制または予防するのに有効な量で存在する、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムのうちの少なくとも１種の種のポストバイオティクスを含む医薬組成物であって、当該医薬組成物は、局所剤形である、医薬組成物が提供される。
一部の実施形態では、本開示では、処置を必要とする対象における皮膚障害を処置するための方法であって、当該方法は、有効量のプロバイオティクス菌、プロバイオティクス菌の代謝産物、プロバイオティクス菌のポストバイオティクスおよび／またはプロバイオティクス菌の細胞溶解物を含む製剤を局所投与する工程を含み、当該プロバイオティクス菌は、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムであり、当該障害は、局所的な病原性マイクロオーガニズムの存在に関連する、方法が提供される。一部のこのような実施形態では、製剤は、皮膚、爪または毛髪への投与のために製剤化される。一部の実施形態では、製剤は、粘膜への投与のために製剤化される。一部の実施形態では、粘膜は、膣、陰茎、尿道、膀胱、肛門、口、鼻、咽喉、気管支、肺、眼、ならびに耳および鼻腔の粘膜からなる群から選択される。
一部の実施形態では、本開示では、病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置、抑制または予防するのに有効な量で、ヒトから単離した、または合成の少なくとも１種のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムから産生された代謝産物を含む医薬組成物が提供される。一部のこのような実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む。
一部の実施形態では、本開示では、病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置または予防するのに有効な量で、ヒトから単離した、または合成の少なくとも１種のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムからの細胞溶解物を含む医薬組成物が提供される。一部のこのような実施形態では、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む。
一部の実施形態では、本開示では、病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置、抑制または予防するのに有効な量で、ヒトから単離した、または合成の少なくとも１種のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムからのポストバイオティクスを含む医薬組成物が提供される。一部のこのような実施形態では、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む。
一部の実施形態では、本開示では、有効量の、ヒトから単離した、少なくとも１種のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムの代謝産物を含む、局所適用のために製剤化される合成組成物が提供される。一部のこのような実施形態では、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む。一部の実施形態では、合成組成物は、化粧料組成物である。一部の実施形態では、化粧料組成物は、歯磨剤、洗口剤、シャンプー、石鹸、保湿剤またはデンタルフロスとして製剤化される。一部の実施形態では、化粧料組成物は、日焼け止め、保湿剤、老化防止剤、プロバイオティクスまたは健康増進組成物を含む。
一部の実施形態では、本開示では、有効量のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの細胞溶解物を含む、局所適用のために製剤化される合成組成物が提供される。一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む。一部の実施形態では、合成組成物は、化粧料組成物である。一部の実施形態では、組成物は、歯磨剤、洗口剤、シャンプー、石鹸、保湿剤またはデンタルフロスとして製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、日焼け止め、保湿剤、老化防止剤、プロバイオティクスまたは健康増進組成物として製剤化される。
一部の実施形態では、本開示では、有効量のヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのポストバイオティクスを含む、局所適用のために製剤化される合成組成物が提供される。一部のこのような実施形態では、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む。一部の実施形態では、合成組成物は、化粧料組成物である。一部の実施形態では、組成物は、歯磨剤、洗口剤、シャンプー、石鹸、保湿剤、リップバームまたはデンタルフロスとして製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、日焼け止め、保湿剤、老化防止剤、プロバイオティクスまたは健康増進組成物として製剤化される。
一部の実施形態では、本開示では、処置を必要とする対象を処置する方法であって、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムから選択されるプロバイオティクス、あるいはその誘導体と、少なくとも１種の抗凍結剤とを含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、抗凍結剤は、プロバイオティクスの少なくとも１種の代謝産物のレベルを上昇させ、少なくとも１種の代謝産物のレベルの上昇は、病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病の処置に関連する、方法が提供される。
一部の実施形態では、本開示では、処置を必要とする対象を処置する方法であって、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムから選択されるプロバイオティクス、あるいはその誘導体と、少なくとも１種の抗凍結剤とを含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、抗凍結剤は、プロバイオティクスの少なくとも１種の代謝産物のレベルを低下させ、少なくとも１種の代謝産物の少なくとも１つのレベルの低下は、病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病の処置に関連する、方法が提供される。
一部の実施形態では、本開示では、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムから選択される少なくとも１種のプロバイオティクス、あるいはその誘導体と、少なくとも１種の抗凍結剤とを含む、凍結乾燥プロバイオティクス組成物が提供される。一部のこのような実施形態では、抗凍結剤は、二糖を含む。一部の実施形態では、抗凍結剤によって、抗凍結剤を含まない組成物と比較すると、有効性、安定性および／または生存率が改善した組成物がもたらされる。一部の実施形態では、凍結乾燥製剤は、少なくとも１種のプレバイオティクスをさらに含む。
一部の実施形態では、本開示では、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムのうちの少なくとも１種と、少なくとも１種の抗凍結剤とを含む、薬剤として使用するためのプロバイオティクス組成物が提供される。一部のこのような実施形態では、組成物は、少なくとも１種の病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病の処置において使用するためのものである。
一部の実施形態では、本開示では、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムのうちの少なくとも１種を含む、病原性マイクロオーガニズムに関連する感染症の処置において使用するためのプロバイオティクス組成物が提供される。一部のこのような実施形態では、感染症は、皮膚感染症である。一部の実施形態では、病原性マイクロオーガニズムは、マラセチアを含むか、それからなる。一部の実施形態では、病原性マイクロオーガニズムは、ふけ症、アトピー性湿疹、皮膚炎、癜風（ｐｉｔｙｒｉａｓｉｓ ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ）、癜風（ｔｉｎｅａ ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ）、脂漏性皮膚炎、毛包炎、あるいはそれらの任意の組み合わせに関連する。一部の実施形態では、病原性マイクロオーガニズムは、皮膚糸状菌を含むか、それからなる。一部の実施形態では、病原性マイクロオーガニズムは、白癬性毛瘡、頭部白癬、体部白癬、頑癬、足部白癬、癜風、爪甲真菌症、あるいはそれらの任意の組み合わせに関連する。一部の実施形態では、プロバイオティクス組成物は、足部白癬または癜風の処置において使用するためのものである。
一部の実施形態では、本開示では、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムの少なくとも１種の代謝産物を含む組成物が提供される。一部の実施形態では、組成物は、病原性マイクロオーガニズムに関連する感染症の処置において使用するためのものである。
一部の実施形態では、本開示では、（ｉ）安定化された、ヒトから単離した、または合成の少なくとも１種のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムと、抗凍結剤である少なくとも１種の第１の賦形剤とを含む組成物を含む、少なくとも１つのバイアルと、（ｉｉ）指示書とを含むキットが提供される。一部の実施形態では、キットは、再構成のために、製剤緩衝剤用の少なくとも１つのバイアルをさらに含む。一部の実施形態では、キットは、混合用および適用用の指示書と、任意選択で、混合用および／または適用用の器具とをさらに含む。一部の実施形態では、組成物は、粉末状形式である。一部の実施形態では、組成物は、液体状形式である。
一部の実施形態では、本開示には、細菌が提供される。一部の実施形態では、細菌は、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスから選択されるプロバイオティクスを含むか、それからなり、細菌は、健康なヒトの皮膚から単離されるものか、最初に単離したものである。限定されないが、一部の実施形態では、本明細書に提供される組成物および方法は、宿主の微生物叢を調節して、微生物感染症を効果的に抑制、処置または予防するのに有用である場合がある。一部の実施形態では、これらの組成物および方法は、本開示によって提供される１種以上のプロバイオティクス製品（例えば、組成物、医薬組成物など）を含むか、これからなる。一部のこのような実施形態では、本開示のプロバイオティクス製品は、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、もしくはバチルス・サブチルスから選択されるプロバイオティクス、ならびに／または、その有効成分もしくは代謝産物を含むか、それからなる。一部の実施形態では、本開示によって提供される細菌は、ヒトから単離したものか、合成である。
さらに、本明細書で提供されるのは、局所的な化粧料組成物および方法である。一部の実施形態では、これらの局所的な化粧料組成物は、皮膚の健康を改善し、日光暴露や老化の影響を軽減するのに有用な場合がある。一部のこのような実施形態では、これらの局所的な化粧料組成物は、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、もしくはバチルス・サブチルスから選択されるプロバイオティクス、ならびに／または、その有効成分もしくは代謝産物を含むか、それからなる。
本開示では、一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスから選択されるプロバイオティクスの少なくとも１種の菌株を含むか、本質的にそれからなる医薬組成物が提供される。一部のこのような実施形態では、医薬組成物は、１種以上の賦形剤をさらに含む。一部の実施形態では、医薬組成物は、概して健康状態を改善するのに有効な量で、ならびに／または、局所的なマイクロオーガニズムおよび／もしくはそれが引き起こす疾患の抑制、処置または予防のために使用される。一部の実施形態では、医薬組成物は、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスから選択されるプロバイオティクスと、少なくとも１種の賦形剤とを含む医薬組成物は、当該少なくとも１種の賦形剤を含まない医薬組成物よりも有効である。
一部の実施形態では、組成物は、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、もしくはバチルス・サブチルスから選択されるプロバイオティクス、ならびに／または、それに由来する１種以上の材料を含むか、本質的にそれからなる。
一部の実施形態では、本開示によって提供される医薬組成物は、ヒト由来のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの１種以上の代謝産物を含むか、本質的にそれからなる。一部の実施形態では、代謝産物は、局所的なマイクロオーガニズムの抑制、処置または予防において使用するのに有効な量で投与される。
さらに本明細書で提供されるのは、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの細胞溶解物を含むか、本質的にそれからなるか、それからなる医薬組成物である。一部の実施形態では、細胞溶解物は、局所的な病原性マイクロオーガニズムの抑制、処置または予防において使用するのに有効な量で投与される。一部のこのような実施形態では、医薬組成物は、賦形剤をさらに含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるプロバイオティクスに由来する賦形剤および／または材料は、局所的なマイクロオーガニズムによる感染症の抑制、処置または予防において使用するのに有効な量で投与される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるプロバイオティクスに由来する賦形剤および／または材料は、病原性マイクロオーガニズムおよび／またはそれが引き起こす疾患を抑制、処置または予防するためにこれらの医薬組成物を使用するための方法の一部である。一部の実施形態では、ヒトから単離したこれらのプロバイオティクスは、それを必要とする対象（例えば、皮膚、粘膜、毛髪、爪）への適用のために、あるいは対象と接触する物（例えば、布、床など）への適用のために組成物に製剤化されることができる。一部の実施形態では、医薬組成物は、皮膚、粘膜、毛髪および／または爪への適用のために製剤化される。一部の実施形態では、医薬組成物は、例えば、包帯、日焼け止め、歯磨剤、洗口剤、シャンプー、石鹸、保湿剤、リップバームまたはデンタルフロスに適用されるか、それに含まれるか、それとして製剤化される。
一部の実施形態では、本明細書で提供されるのは、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、もしくはバチルス・サブチルス、あるいはそれらの組み合わせから選択されるプロバイオティクス、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、もしくはバチルス・サブチルス、あるいはそれらの組み合わせから選択されるプロバイオティクスからの１種以上の代謝産物、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、もしくはバチルス・サブチルス、あるいはそれらの組み合わせのプロバイオティクスの細胞溶解物、および／または、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、もしくはバチルス・サブチルス、あるいはそれらの組み合わせから選択される１種以上のプロバイオティクスを含む、局所適用のために製剤化される合成組成物が提供される。一部の実施形態では、これらの合成組成物は、それを必要とする対象（例えば、皮膚、粘膜、毛髪、爪）への適用のために、あるいは対象と接触する物（例えば、布、床など）への適用のために製剤化されることができる。一部の実施形態では、これらの合成組成物は、化粧料組成物である。
一部の実施形態では、本開示の組成物は、プレバイオティクスをさらに含む。一部の実施形態では、プレバイオティクスは、アミノ酸、ビオチン、グリセロール、フルクトオリゴ糖、ガラクトオリゴ糖、イヌリン、ラクツロース、マンナンオリゴ糖、オリゴフルクトース強化イヌリン、オリゴフルクトース、オリゴデキストロース、タガトース、トランスガラクトオリゴ糖、非天然グリカン、およびキシロオリゴ糖のうちの１種以上から選択される。
一部の実施形態では、本明細書で提供される医薬組成物は、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスから選択されるプロバイオティクスを含み、かつ、単離した少なくとも１種のさらなるマイクローブをさらに含む。一部の実施形態では、単離したさらなるマイクローブは、ラクトバシラス種、ラクトコッカス種、通常はヒトの皮膚上で見出される良性真菌種、またはプロピオニバクテリウム種もしくはキューティバクテリウム種から選択される。
一部の実施形態では、本明細書に開示される（医薬組成物を含む）組成物は、少なくとも１種のさらなる抗真菌性化合物または抗菌性化合物と共に投与するために製剤化される。一部の実施形態では、医薬組成物は、皮膚または粘膜への局所投与のために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、粘膜腔（ｍｕｃｏｓａｌ ｃａｖｉｔｙ）用に製造された送達装置の一部である。
一部の実施形態では、ヒトから単離したヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの核酸配列はそれぞれ、アルカリゲネス・フェーカリスに対応する配列番号１によって同定されるか、バチルス・アルティチュジニスに対応する配列番号２によって同定されるか、バチルス・プミルスに対応する配列番号３によって同定されるか、バチルス・サブチルスに対応する配列番号４によって同定されるか、あるいはヤンシノバクテリウム・リビダムに対応する配列番号５によって同定される。一部の実施形態では、ヒトから単離したアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムはそれぞれ、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９０％同一である核酸配列を含むポリヌクレオチドを含むか、それからなるか、あるいはその１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列（すなわち、配列番号１～５で提示されるようなもの）に対してそれぞれ、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９３％、少なくとも９５％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一である。
一部の実施形態では、本開示によって提供される医薬組成物は、カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ）、Ｃ．グラブラータ（Ｃ． ｇｌａｂｒａｔａ）、Ｃ．パラプシローシス（Ｃ． ｐａｒａｐｓｉｌｏｓｉｓ）、Ｃ．トロピカリス（Ｃ． ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ）、Ｃ．アウリス（Ｃ． ａｕｒｉｓ）、Ｃ．クルセイ（Ｃ． ｋｒｕｓｅｉ）、またはＣ．ケフィール（Ｃ． ｋｅｆｙｒ）などの真菌マイクロオーガニズムによる感染症を処置または予防するために使用される。
一部の実施形態では、医薬組成物は、トリコフィトン種またはマラセチア種などの真菌の病原性マイクロオーガニズムを処置するために使用される。
一部の実施形態では、医薬組成物は、Ｔ．ルブルム（Ｔ． ｒｕｂｒｕｍ）、Ｔ．ベルコーサム（Ｔ． ｖｅｒｒｕｃｏｓｕｍ）、Ｔ．トンズランス（Ｔ． ｔｏｎｓｕｒａｎｓ）、Ｔ．テレストレ（Ｔ． ｔｅｒｒｅｓｔｒｅ）、Ｔ．インテルジギターレ（Ｔ． ｉｎｔｅｒｄｉｇｉｔａｌｅ）、またはＴ．メンタグロフィテス（Ｔ． ｍｅｎｔａｇｒａｐｈｙｔｅｓ）などの真菌の病原性マイクロオーガニズムによる感染症を処置するために使用される。
一部の実施形態では、医薬組成物は、スタフィロコッカス、シュードモナス、エンテロコッカス、およびスタフィロコッカス・アウレウスなどの細菌の病原性マイクロオーガニズムによる感染症を処置するために使用される。
一部の実施形態では、医薬組成物は、ポリオウイルス、単純ヘルペスウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、ロタウイルス、アデノウイルス、コロナウイルス、およびＡ型インフルエンザウイルスなどのウイルスの病原性マイクロオーガニズムによる感染症を処置するために使用される。
一部の実施形態では、医薬組成物は、ガードネレラ・バギナリス（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、カンジダ・アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ）、アトポビウム・バギナエ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ ｖａｇｉｎａｅ）、スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）、エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、およびサルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）からなる群から選択される病原性マイクロオーガニズムによる感染症を処置するために使用される。
一部の実施形態では、単離した、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの代謝産物は、局所適用に適切な好適な製剤を含む組成物に使用するか、あるいはその組成物として使用するために提供される。一部の実施形態では、代謝産物は、エクトイン、β－ラクトン、テルペン、レゾルシノール、Ｔ１ＰＫＳ、キノロバクチン、バークホルデリア酸（ｂｕｒｋｈｏｄｅｒｉｃ ａｃｉｄ）、バシリバクチン、ヒドロキシルアミン、シクロ－（Ｌ－Ｐｒｏ－Ｇｌｙ）５（配列番号３６）、フェニル酢酸、ｐ－ヒドロキシフェニルアセチルアミド、アミラーゼ、プロテアーゼ、セルラーゼ、イツリン、キチナーゼ、ツニカマイシン、ブチロラクトン、ホスホナート、シデロフォア、インドール酢酸、耐熱性ケラチナーゼ、インドール－３－酢酸、オスモライトから選択され、カタラーゼ、アミラーゼ、ＡＣＣデアミナーゼ、グアニル嗜好性ＲＮａｓｅ（ｇｕａｎｙｌ－ｐｒｅｆｅｒｒｉｎｇ ＲＮａｓｅ）、ビナーゼ、バクテリオシン、非リボソームペプチド合成酵素、サクチペプチド（ｓａｃｔｉｐｅｐｔｉｄｅ）、バシリシン、プソイドモニン、フェンギシン、サーファクチン、リケニシン、胞子形成殺滅因子（ｓｐｏｒｕｌａｔｉｏｎ ｋｉｌｌｉｎｇ ｆａｃｔｏｒ）、４－フェニルブタン酸、ブタナール、３－メチル－、プロペン、２－ブテン、２－ヘプタノン、６－メチル－５－メチレン－、および６－オキサビシクロ［３．１．０］ヘキサン、ジケトピペラジン コルジセジペプチド、プミラシジン、溶菌剤、４－ジペンチルヘキサン－２，５－ジオール、１，１’－（４，５－ジブチルシクロヘキサン－１，２－ジイル）ビス（エタン－１－オール）、１，１’－（４，５－ジブチル－３，６－ジメチルシクロヘキサン－１，２－ジイル）ビス（エタン－１－オン）、抗真菌性環式リポペプチド、ポリケチド（ＰＫ）、リボソーム合成ペプチドおよび非リボソーム合成ペプチド、ならびにそれらの任意の組み合わせを産生する。
一部の実施形態では、ヒトから単離したヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスは、エクトイン、β－ラクトン、テルペン、レゾルシノール、β－ラクトン、Ｔ１ＰＫＳ、キノロバクチン、バークホルデリア酸（ｂｕｒｋｈｏｄｅｒｉｃ ａｃｉｄ）、バシリバクチン、ヒドロキシルアミン、シクロ－（Ｌ－Ｐｒｏ－Ｇｌｙ）５（配列番号３６）、フェニル酢酸、ｐ－ヒドロキシフェニルアセチルアミド、アミラーゼ、プロテアーゼ、セルラーゼ、イツリン、キチナーゼ、ツニカマイシン、ブチロラクトン、ホスホナート、ポリケチド、シデロフォア、インドール酢酸、耐熱性ケラチナーゼ、インドール－３－酢酸、オスモライトから選択される抗微生物性代謝産物を産生し、カタラーゼ、アミラーゼ、ＡＣＣデアミナーゼ、グアニル嗜好性ＲＮａｓｅ（ｇｕａｎｙｌ－ｐｒｅｆｅｒｒｉｎｇ ＲＮａｓｅ）、ビナーゼ、バクテリオシン、非リボソームペプチド合成酵素、サクチペプチド（ｓａｃｔｉｐｅｐｔｉｄｅ）、バシリシン、プソイドモニン、フェンギシン、サーファクチン、リケニシン、胞子形成殺滅因子（ｓｐｏｒｕｌａｔｉｏｎ ｋｉｌｌｉｎｇ ｆａｃｔｏｒ）、４－フェニルブタン酸、ブタナール、３－メチル－、プロペン、２－ブテン、２－ヘプタノン、６－メチル－５－メチレン－、および６－オキサビシクロ［３．１．０］ヘキサン、ジケトピペラジン コルジセジペプチド、プミラシジン、溶菌剤、４－ジペンチルヘキサン－２，５－ジオール、 １，１’－（４，５－ジブチルシクロヘキサン－１，２－ジイル）ビス（エタン－１－オール）、１，１’－（４，５－ジブチル－３，６－ジメチルシクロヘキサン－１，２－ジイル）ビス（エタン－１－オン）、抗真菌性環式リポペプチド、ポリケチド（ＰＫ）、テルペン、リボソーム合成ペプチドおよび非リボソーム合成ペプチド、あるいはそれらの任意の組み合わせを産生する。一部の実施形態では、このような抗微生物性代謝産物は、マイクロオーガニズムによって引き起こされる疾病、疾患または障害を予防、抑制または処置するために、局所適用、または粘膜への適用のために使用されることができる。
一部の実施形態では、本明細書によって提供されるプロバイオティクスによって産生される代謝産物は、ヒトの参照株から単離されるものではない。一部のこのような実施形態では、ヒトから単離した菌株からの代謝産物は、ヒトから単離したのではないヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの別の参照株よりも高いレベルで存在しているか、検出される。一部の実施形態では、ヒトから単離したヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの代謝産物は、バシリバクチン、バシリシン、カロチノイド・リケニシン、フェンギシン、エクトイン、キノロバクチン、ならびにそれらの任意の組み合わせから選択される。
一部の実施形態では、ヒトから単離したヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、あるいはそれらの１種以上の代謝産物を含む、医薬組成物は、分離した状態で保存されている滅菌製剤緩衝剤で再構成される前に、凍結乾燥されるか、－２０℃で凍結されるか、－８０℃で凍結される。
一部の実施形態では、製剤は、眼用潤滑剤、例えばトリプトファンなどのアミノ酸、ジペプチド、オリゴペプチド、ポリペプチド、カザミノ酸、グルコースを含む単糖類、マンニトールを含む糖アルコール類、グリセロールを含む単純なアルコール類、オリゴアルコール類、単純なポリオール類、複雑なポリオール類、スクロースおよびトレハロースを含む二糖類および異性体、ラムダカラギナンを含む多糖類および変性多糖類、カルボキシメチルセルロースを含むセルロースおよび変性セルロース、２ヒドロキシエチルデンプン（ＨＥＳ）を含むデンプンおよび変性デンプン、カーボポールポリマーを含む他の生物付着剤、例えばＣＭＣなどの増粘剤およびレオロジー改質剤、懸濁剤、ならびに／または乳化安定剤、ならびに、それらの任意の組み合わせのうちの１種以上を含む。一部のこのような実施形態では、１種以上のこのような成分は再構成のために緩衝液に含まれている。
一部の実施形態では、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、あるいはそれらの代謝産物を含む組成物は、病原性マイクロオーガニズムによって引き起こされる疾患または障害を処置または予防する方法で使用される。一部の実施形態では、治療方法は、病原性マイクロオーガニズムの増殖を抑制、減速または停止させる方法を含むか、これからなる。一部の実施形態では、方法は、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスから選択される、ヒトから単離した、または合成のプロバイオティクス、その代謝産物および／または細胞溶解物の有効量を、それを必要とする対象に投与する工程を含み、当該ヒトから単離した、または合成のプロバイオティクス、その代謝産物および／または細胞溶解物は、マイクロオーガニズムの増殖を抑制、減速または停止させて、そのようなマイクロオーガニズムによって引き起こされる疾患または障害を処置または予防するのに有効な量で存在する。一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスから選択される、ヒトから単離した、または合成のプロバイオティクスは、さらなる抗真菌剤、抗ウイルス剤または抗菌剤と併用して適用される。一部の実施形態では、組成物は、少なくとも１種のさらなるプロバイオティクスまたは非病原性マイクロオーガニズムを含む。
一部の実施形態では、本開示の医薬組成物、合成組成物、化粧料組成物およびプロバイオティクス組成物は、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの１ミリリットル当たりまたは１ミリグラム当たり、少なくとも１０、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７，１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、１０１３、１０１４、１０１５、１０１６、１０１７、１０１８、１０１９、１０２０のコロニー形成単位（ＣＦＵ）を含有する。
本明細書で提供されるのは、有効量の、ヒトから単離した、もしくは合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、もしくはバチルス・サブチルス、任意選択の代謝産物、細胞溶解物、ならびに／または、プレバイオティクスと、薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物の製造方法である。方法は、ヒトから単離した、もしくは合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、もしくはバチルス・サブチルスを、保存性を改善するために、賦形剤を含有する医薬物質製剤の存在下で凍結乾燥することによって保存する工程と、保存した当該ヒトから単離した、もしくは合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、もしくはバチルス・サブチルスを、投与の直前に第２の賦形剤で再構成して製剤を生成するために、包装する工程とを含む。一部の実施形態では、賦形剤は、ＤＭＳＯ、天然涙液、眼用潤滑剤、アミノ酸、ペプチド、グリセロール、他の単純なポリオール、複雑なポリオール、変性ポリオール、糖アルコール、グルコース、単糖類、二糖類、少糖類、オリゴ糖、多糖類、ならびに、変性オリゴ糖および変性多糖類、ビタミン、タンパク質、緩衝剤、ならびにそれらの組み合わせからなるが、これらに限定されない群から選択される。
本明細書で提供されるのは、キットであって、安定化された、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの少なくとも１つのバイアルと、安定化された、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスを再構成するための製剤緩衝剤の少なくとも１つの任意選択のバイアルと、混合用および適用用の指示書と、任意選択で、混合用および適用用の１つ以上の器具とを含む、キットである。一部の実施形態では、混合用および適用用の器具が含まれており、当該器具は、シリンジ、空の無菌容器、および、噴霧器（ａｔｏｍｉｚｅｒ）または霧吹き（ｍｉｓｔｅｒ）から選択される１つ以上の要素を含む。一部の実施形態では、キットは、必要とする１以上の対象への複数の適用のために、安定化された、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの複数のバイアルと、安定化された、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスを再構成するための液体の少なくとも１つのバイアルとを含む。一部の実施形態では、キットは、医療従事者による適用のために作製される。一部の実施形態では、キットは、必要のある対象による適用のために作製される。
すべてペトリ皿上で増殖させたアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、およびバチルス・サブチルスの代表例を示す。 ヒトから単離したアルカリゲネス・フェーカリスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図２Ａは、マラセチア・フルフルおよびマラセチア・レストリクタ上で繁殖させたＤＢ０５６４６周囲における阻止帯を、抗真菌性テルビナフィン（ＴＲＢ）と比較して示す。 ヒトから単離したアルカリゲネス・フェーカリスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図２Ｂは、Ｓ．アウレウス上で繁殖させたＤＢ０５６４６周囲における阻止帯を、抗菌性オキサシリンと比較して示す。 ヒトから単離したアルカリゲネス・フェーカリスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図２Ｃは、ＤＢ０５６４６からなる交差筋を用いない場合のトリコフィトン・ルブルムの増殖と比較した、ＤＢ０５６４６からなる交差筋によるＴ．ルブルムの抑制を示す。各四分円に１スポット、合計４スポット、Ｔ．ルブルムを添加した。 ヒトから単離したアルカリゲネス・フェーカリスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図２Ｄは、マラセチア・フルフルおよびマラセチア・レストリクタ上で繁殖させたＤＢ０５６４６周囲における阻止帯を、抗真菌性テルビナフィン（ＴＲＢ）と比較して示す。 ヒトから単離したバチルス・アルティチュジニスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図３Ａは、マラセチア・フルフル上で繁殖させたＤＢ１００３３周囲における阻止帯を、抗真菌性テルビナフィン（ＴＲＢ）と比較して示す。 ヒトから単離したバチルス・アルティチュジニスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図３Ｂは、抗菌性オキサシリンと比較して、Ｓ．アウレウス上で増殖させたＤＢ１００３３付近の阻止帯を示す。 ヒトから単離したバチルス・アルティチュジニスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図３Ｃは、コロニーの２面を囲むようにＤＢ１００３３からなる筋をつけて増殖させた場合と、つけないで増殖させた場合（モック）とにおけるトリコフィトン・ルブルムのコロニーの幅を示す。 ヒトから単離したバチルス・アルティチュジニスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図３Ｄは、マラセチア・フルフル上で繁殖させたＤＢ１００３３周囲における阻止帯を、抗真菌性テルビナフィン（ＴＲＢ）と比較して示す。 ヒトから単離したバチルス・プミルスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図４Ａは、マラセチア・フルフル上で増殖させたＤＢ０３３７６周囲における阻止帯を、抗真菌性テルビナフィン（ＴＲＢ）と比較して示す。 ヒトから単離したバチルス・プミルスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図４Ｂは、Ｓ．アウレウス上で繁殖させたＤＢ０３３７６周囲における阻止帯を、抗菌性オキサシリンと比較して示す。各実験当たり、３反復ずつ行った。 ヒトから単離したバチルス・プミルスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図４Ｃは、コロニーの２面を囲むようにＤＢ０３３７６からなる筋をつけて増殖させた場合と、つけないで増殖させた場合（モック）とにおけるトリコフィトン・ルブルムのコロニーの幅を示す。 ヒトから単離したバチルス・プミルスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図４Ｄは、マラセチア・フルフル上で増殖させたＤＢ０３３７６周囲における阻止帯を、抗真菌性テルビナフィン（ＴＲＢ）と比較して示す。 ヒトから単離したバチルス・サブチルスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図５Ａは、マラセチア・フルフル上で増殖させたＤＢ０２４７５周囲における阻止帯を、抗真菌性テルビナフィン（ＴＲＢ）と比較して示す。 ヒトから単離したバチルス・サブチルスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図５Ｂは、Ｓ．アウレウス上で繁殖させたＤＢ０２４７５周囲における阻止帯を、抗菌性オキサシリンと比較して示す。各実験当たり、３反復ずつ行った。 ヒトから単離したバチルス・サブチルスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図５Ｃは、コロニーの２面を囲むようにＤＢ０２４７５からなる筋をつけて増殖させた場合と、つけないで増殖させた場合（モック）とにおけるトリコフィトン・ルブルムのコロニーの幅を示す。 ヒトから単離したバチルス・サブチルスによって、寒天プレート上のマラセチア、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの増殖が抑制されたことを示す。図５Ｄは、マラセチア・フルフル上で増殖させたＤＢ０２４７５周囲における阻止帯を、抗真菌性テルビナフィン（ＴＲＢ）と比較して示す。 Ｓ．アウレウスと、Ｊ．リビダムＤＢ０２４７３またはＡ．フェカーリスＤＢ０５６４６のいずれかとの両方を接種した外植片にＣＦＵをプレーティングして、外植片当たりのＳ．アウレウスＡＴＣＣ４３３００ＣＦＵの存在量を示す。 活性Ａ．フェカーリスＤＢ０５６４６（白）で処置した対象と、制御条件（水性ゲル、黒の斜線）で処置した対象における癜風の兆候および症状の臨床スコアを示す。スコアの低下（前の時点と比較した場合）は、臨床的改善を示す。７個体について、スコアを示す。 活性Ａ．フェカーリスＤＢ０５６４６（白）で処置した対象と、対照（水性ゲル、黒の斜線）で処置した対象における、ｑＰＣＲによるマラセチアの存在量を示しており、活性処置位置と対照位置を比較し、ベースラインと比べた場合のマラセチアのレベルとして示す。 対象への最後の処置が適用された後最大１週間（１４日目）、ＤＢ０５６４６の存在が持続することを、存在量をｑＰＣＲによって測定して実証する。活性（白）処置郡、対照（水性ゲル、黒の斜線）処置郡は、ベースライン、５日目および１４日目でのＤＢ０５６４６レベルを示す。 ＤＢ０５６４６の例示的な系統発生解析である。 Ａ．フェカーリス参照株と比較した、ＤＢ０５６４６のＡＮＩ全ゲノム解析の結果を示す。 パンゲノム解析を使用して他のＡ．フェカーリス参照ゲノムと比較した、ＤＢ０５６４６可変遺伝子と３４可変遺伝子との間の既知の機能性の類似性パーセントを示す。 ＤＢ１００３３の例示的な系統発生解析である。 Ｂ．アルティチュジニスのＤＢ株や公的に入手可能なＢ．アルティチュジニスの参照株と比較した、ＤＢ１００３３の全ゲノム解析のＡＮＩ解析から得た結果を示す。 ＤＢ０３３７６の例示的な系統発生解析を示す。 Ｂ．プミルスの他のＤＢ株や公的に入手可能なＢ．プミルスの参照株と比較した、Ｂ．プミルスＤＢ０３３７６の全ゲノム配列のＡＮＩ解析から得た結果を示す。 ＤＢ０２４７５の例示的な系統発生解析を示す。 Ｂ．サブチルスの他のＤＢ株や公的に入手可能なＢ．サブチルスの参照株と比較した、Ｂ．サブチルスＤＢ０２４７５の全ゲノム配列のＡＮＩ解析から得た結果を示す。 凍結乾燥後のＪ．リビダムの菌株ＤＢ０２４７３の生菌コロニー形成単位（ＣＦＵ）の回収を試験する実験のデータを示す。縦座標軸は、１ｍＬまたは２ｍＬの溶液中にある０．１ｇの凍結乾燥材料のＣＦＵ／ｍＬである。５ 凍結乾燥後のＪ．リビダムの菌株ＤＢ０２４７３の生菌コロニー形成単位（ＣＦＵ）の回収を試験する実験のデータを示す。縦座標軸は、１ｍＬまたは２ｍＬの溶液中にある０．１ｇの凍結乾燥材料のＣＦＵ／ｍＬである。 凍結乾燥後のＡ．フェカーリスの菌株ＤＢ０５６４６の生菌コロニー形成単位（ＣＦＵ）の回収を実証するデータを示す。縦座標軸は、１ｍＬまたは２ｍＬの溶液中にある０．１ｇの製剤のＣＦＵ／ｍＬである。 Ｊ．リビダムの菌株ＤＢ０２４７３の生菌コロニー形成単位（ＣＦＵ）の回収を実証するデータを示す。製剤の安定性は、－８０℃、－２０℃、４℃で、予定した間隔で評価した。（Ａ）製剤Ｋ Ｊ．リビダムの菌株ＤＢ０２４７３の生菌コロニー形成単位（ＣＦＵ）の回収を実証するデータを示す。製剤の安定性は、－８０℃、－２０℃、４℃で、予定した間隔で評価した。（Ｂ）製剤Ｌ Ｊ．リビダムの菌株ＤＢ０２４７３の生菌コロニー形成単位（ＣＦＵ）の回収を実証するデータを示す。製剤の安定性は、－８０℃、－２０℃、４℃で、予定した間隔で評価した。（Ｃ）製剤Ｍ Ｊ．リビダムの菌株ＤＢ０２４７３の生菌コロニー形成単位（ＣＦＵ）の回収を実証するデータを示す。製剤の安定性は、－８０℃、－２０℃、４℃で、予定した間隔で評価した。（Ｄ）製剤Ｎ Ｊ．リビダムの菌株ＤＢ０２４７３の生菌コロニー形成単位（ＣＦＵ）の回収を実証するデータを示す。製剤の安定性は、－８０℃、－２０℃、４℃で、予定した間隔で評価した。（Ｅ）製剤Ｏ Ｊ．リビダムの菌株ＤＢ０２４７３の生菌コロニー形成単位（ＣＦＵ）の回収を実証するデータを示す。製剤の安定性は、－８０℃、－２０℃、４℃で、予定した間隔で評価した。（Ｆ）製剤Ｐ Ａ．フェカーリスの菌株ＤＢ０５６４６の生菌コロニー形成単位（ＣＦＵ）の回収を実証するデータを示す。製剤の安定性は、－８０℃、－２０℃および４℃、ならびに、２７℃および４０℃で、予定した間隔で評価した。（Ａ）製剤Ｑ Ａ．フェカーリスの菌株ＤＢ０５６４６の生菌コロニー形成単位（ＣＦＵ）の回収を実証するデータを示す。製剤の安定性は、－８０℃、－２０℃および４℃、ならびに、２７℃および４０℃で、予定した間隔で評価した。（Ｂ）製剤Ｒ Ａ．フェカーリスの菌株ＤＢ０５６４６の生菌コロニー形成単位（ＣＦＵ）の回収を実証するデータを示す。製剤の安定性は、－８０℃、－２０℃および４℃、ならびに、２７℃および４０℃で、予定した間隔で評価した。（Ｃ）製剤Ｓ Ａ．フェカーリスの菌株ＤＢ０５６４６の生菌コロニー形成単位（ＣＦＵ）の回収を実証するデータを示す。製剤の安定性は、－８０℃、－２０℃および４℃、ならびに、２７℃および４０℃で、予定した間隔で評価した。（Ｄ）製剤Ｔ Ａ．フェカーリスの菌株ＤＢ０５６４６の生菌コロニー形成単位（ＣＦＵ）の回収を実証するデータを示す。製剤の安定性は、－８０℃、－２０℃および４℃、ならびに、２７℃および４０℃で、予定した間隔で評価した。（Ｅ）製剤Ｕ
本発明の様々な実施形態を本明細書に示しており、また、説明をしているが、それら実施形態が例示目的だけで提供されていることは、当業者に自明であろう。当業者であれば、本発明から逸脱せずに、無数の変形、変更および置換を想到することができる。本明細書に記載する本発明の実施形態の様々な代替形態を使用することができることを理解されたい。
特定の用語
本出願を通して、本発明の様々な実施形態を、範囲形式で提示することができる。範囲形式での説明は、単に利便性および簡潔性のためのものであり、本発明の範囲に対する確固たる制限として解釈すべきではないことを理解されたい。したがって、範囲の説明は、考え得るすべての部分範囲と、その範囲内における個々の数値を具体的に開示したものと考慮すべきである。
明確にするために、別個の実施形態の文脈で説明している本発明のある特定の特徴を、単一の実施形態と組み合わせて提供することもできる。逆に、簡潔性のために単一の実施形態の文脈で説明している本発明の様々な特徴を、別々に提供することも、あるいは任意の適切なサブコンビネーションで、あるいは他に説明しているの本発明の任意の実施形態で、適切に提供することができる。様々な実施形態の文脈で説明されているある特定の特徴は、それらの要素なしでは実施形態が動作できない限りは、それらの実施形態の必要不可欠な特徴と考慮すべきではない。
本明細書で使用する場合、別段の記載がない限り、すべてのパーセンテージは、重量パーセントのことである。
本明細書および添付の特許請求の範囲で使用している単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」は、文脈において明確に別段の指示をしていない限り、複数の指示対象を含むことに留意されたい。
本明細書で使用する場合、「約」という用語は、生産物で機能同等性を備えることができる、最大でおよそ＋／－１０％の変動を含む。
本明細書で使用する場合、「許容可能な」賦形剤は、有効成分に対して適合性を有さなければならず、かつ、投与を受ける対象に有害であってならない賦形剤を指す。
本明細書で使用する場合、「緩和する（ａｍｅｌｉｏｒａｔｉｎｇ）」という用語は、予防、重症度または進行の軽減、寛解、または治癒を含む、疾患状態の治療における治療上有用な任意の結果を指す。
本明細書で使用する場合、宿主生物の「コロニー形成」は、細菌またはその他の微小な生物が非一時的に存在することを含む。本明細書で使用する場合、宿主対象の皮膚（または、他の任意の微生物のニッチ）における病原性細菌による「コロニー形成の減少」は、皮膚上での病原体の滞留時間の短縮、ならびに、皮膚上の病原体または皮膚に付着している病原体の数（または濃度）の減少を含む。付着している病原体の減少は、例えば、生検試料によって、皮膚から拭き取ることによって、擦り落とすことによって、または擦り取ることによって測定を実証してもよく、あるいは、減少は、間接的に測定してもよい。
本明細書で使用する場合、「コロニー形成単位」または「ＣＦＵ」という用語は、同一の細胞からなるコロニー全体に、それ自体を分割することができる個々の細胞のことである。
本明細書で使用する場合、２つ以上の細菌の「組み合わせ」には、同じ材料または製品、あるいは物理的に接続した製品のいずれかにおける２つの細菌の物理的共存、ならびに、２つの細菌の一時的な同時投与または共局在化が含まれる。
本明細書で使用する場合、「抗凍結剤を含まない」という句は、抗凍結剤が除去され、水に替えられる以外は同一の成分を有する組成物、あるいはそれ以外同一の製剤である組成物を指す。すなわち、「抗凍結剤を含まない」とは、それ以外は同一の組成物から特定の抗凍結剤が存在するか否かを説明するために使用される。
本明細書で使用する場合、「由来する」という用語は、環境試料から直ちに採取したマイクローブ、マイクロオーガニズム、または他の生物培養物を含み、また、環境供給源から単離し、次いで、純粋な培養物または単離物で増殖させたマイクローブ、マイクロオーガニズム、または他の生物培養物も含む。それ以外のものに由来するものは、記載した供給源から単離した材料、および、単離した材料を使用して得た材料（例えば、記載した供給源から単離したマイクロオーガニズムから増殖させたマイクロオーガニズムの培養物）を含む。同様に、本明細書で使用する場合、プロバイオティクスについて言及するときは、「誘導体」は、限定されないが、親株ポリヌクレオチドまたはポリペプチドと類似性を有する１種以上のポリヌクレオチドまたはポリペプチドなどのプロバイオティクス、１種以上の代謝産物、細胞溶解物などに由来するか、あるいはそれらの産物であるあらゆるものを含む。
本明細書で使用する場合、本明細書で提供される組成物の投与量は、プロバイオティクス組成物またはプレバイオティクス組成物が、所望の方法で病原性マイクロオーガニズムおよび／または対象（例えば、病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病に罹患している対象）の生理機能を改変させるのに十分な量で投与されるときに、「有効用量」と見なされる。
本明細書で使用する場合、「ヒトから単離した」という用語は、ヒト供給源から単離した細菌または他のマイクローブとして定義される。
本明細書で使用する場合、「抑制する（ｉｎｈｉｂｉｔ）」、「抑制すること（ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇ）」または「抑制（ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ）」という用語は、疾病または増殖の進行を停止、減速、遅延、休止、減弱、軽減すること、疾病または増殖を予防すること、あるいは疾病または望ましくない増殖を実質的に処置することを含む。
本明細書で使用する場合、「インビトロ」という用語は、生体から分離して増殖する生きた細胞、例えば、組織培養物で増殖するもので生じるプロセスを指す。
本明細書で使用する場合、「インビボ」という用語は、生体内で生じるプロセスを指す。
本明細書で使用する場合、「哺乳動物」という用語は、ヒトと非ヒト哺乳動物の両方を含み、ヒト、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、ネズミ、ウシ、ウマおよびブタを含むが、これらに限定されない。
本明細書で使用する場合、「方法」という用語は、所与の課題を達成するための方法、手段、技術および手順を指し、これには、化学、薬理学、生物学、生化学および医学分野の実務者に公知の方法、手段、技術および手順、あるいは、公知の方法、手段、技術および手順から、化学、薬理学、生物学、生化学および医学分野の実務者によって容易に開発できる方法、手段、手段、技術および手順を含むが、これらに限定されない。
本明細書で使用する場合、「マイクローブ」は、マイクロオーガニズム、すなわち、微小な生物を指し、例えば、任意の種類の細菌、酵母およびカビを含む真菌、古細菌、原生生物およびウイルスを説明するために使用され得る。
本明細書で使用する場合、「微生物叢（ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ）」は、真核生物、古細菌、細菌およびウイルス（細菌ウイルス、すなわち、ファージを含む）を含む、ヒトの体内および体外に持続的および一時的に生息するマイクローブ、マイクロオーガニズムまたは生きた培養物の群集の遺伝的内容を指し、「遺伝的内容」は、ゲノムＤＮＡ、リボソームＲＮＡなどのＲＮＡ、エピゲノム、プラスミド、および他のすべての種類の遺伝情報を含む。
本明細書で使用する場合、「微生物叢（ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ）」は、動物対象、通常は、哺乳動物内および哺乳動物上で（持続的または一時的に）生じるマイクロオーガニズムまたはマイクローブの群集を指し、これには、真核生物、古細菌、細菌およびウイルス（細菌ウイルス、すなわち、ファージを含む）などがある。
使用する場合、「過剰産生」および「過剰発現」という用語は、生物による１種以上の化合物（例えば、代謝産物）の産生を指し、「過剰発現」という用語は、１種以上の化合物（例えば、代謝産物）を産生する遺伝子の発現を指す。「過剰産生」および「過剰発現」は、他の株（例えば、参照株）と比較して、（それぞれ）少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、４倍、５倍、またはそれより多く産生または発現することを指す。
本明細書で使用する場合、「病原体」という用語は、疾患または感染に関連するマイクロオーガニズムを指す。例えば、白癬性毛瘡は、大抵はトリコフィトン・メンタグロフィテスまたはＴ．ベルコーサムによって引き起こされる顎髭領域の皮膚糸状菌感染症である。頭部白癬は、トリコフィトン・トンズランス、ミクロスポルム・カニス、およびＭ．オーズアニー、または他のトリコフィトン種（例えば、Ｔ．シェーンライニ、Ｔ．ビオラセウム）によって引き起こされる皮膚糸状菌症である。体部白癬は、顔、体幹および四肢の皮膚糸状菌感染症であり、一般的には、トリコフィトン・メンタグロフィテス、Ｔ．ルブルム、およびミクロスポルム・カニスによって引き起こされる。頑癬は、一般的に、トリコフィトン・ルブルムまたはＴ．メンタグロフィテスによって引き起こされる皮膚糸状菌である。足部白癬は、一般的に、Ｔ．ルブルムによって引き起こされる足の皮膚糸状菌感染症である。癜風は、最も一般的にはマラセチア属の真菌によって、また、いくつかの事例ではＭ．フルフルの真菌によって引き起こされる、胸、背中、胴または身体の他の領域の皮膚糸状菌感染症である。爪甲真菌症は、例えば、手の爪または足の爪の爪床または爪甲の皮膚糸状感染症であり、一般的に、Ｔ．ルブルム、ミクロスポルム種、またはトリコフィトン・トンズランスによって引き起こされるが、アスペルギルス、フザリウム、アクレモニウム、スキタリジウム、スコプラリオプシス、ペシロマイセス、ハリサシカビモドキ、ネオシタリジウム、ケトミウム、アルタナリア、およびオニココラ種、あるいはカンジダ・アルビカンスおよびカンジダ・パラプシローシスなどの酵母によっても引き起こされ得る。皮膚糸状菌疹の作用は多様であり、これらは、真菌の局所的な増殖とは関係がなく、身体の他の場所で皮膚糸状菌症の炎症反応である。関連する他の疾患、障害または疾病は、限定されないが、アトピー性皮膚炎、膿痂疹、皮膚感染症および軟部組織感染症があり、グラム陽性菌スタフィロコッカスによって引き起こされることが多い。
本明細書で使用する場合、「医薬組成物」という用語は、本明細書に記載される２つ以上の任意の精製細菌株などの少なくとも１種の有効成分と、１種以上の薬学的に許容可能な賦形剤を含み得る１種以上の不活性成分とを混合するか、組み合わせするかして得る製品を意味する。
本明細書で使用する場合、「ポストバイオティクス」という用語は、マイクローブによって生成される機能性生物活性化合物を指し、健康増進のために使用され得る。
本明細書で使用する場合、「予防すること（ｐｒｅｖｅｎｔｉｎｇ）」または「予防（ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ）」という用語は、疾病ｍ疾患または障害の初期の臨床的症状または審美的症状の可能性または発症または重症度を完全にまたは実質的に減少することを含む。
本明細書で使用する場合、「プロバイオティクス」という用語は、生きたマイクロオーガニズム、マイクローブ、または生きた培養物（例えば、細菌または真菌を含む）を指し、十分な数で提供されると、宿主生物に有用な影響を及ぼし、すなわち、宿主生物に１種以上の実証可能な健康上の利点をもたらす。プロバイオティクスを含む、合成または別の方法で操作した組成物が、後の時点で提供されるとしても、少なくとも最初は、本開示のプロバイオティクスは、ヒト由来（すなわち、ヒトの皮膚試料から採取したもの）である。
本明細書で使用する場合、「プロバイオティクス菌」または「プロバイオティクス・マイクロオーガニズム」または「プロバイオティクス・マイクローブ」または「プロバイオティクス培養物」または「プロバイオティクス菌」は、十分な数で提供されると、宿主生物に有用な影響を及ぼし、すなわち、宿主生物に１種以上の実証可能な健康上の利点をもたらす細菌、マイクロオーガニズム、マイクローブ、真菌、培養物または細菌である。
本明細書で使用する場合、「参照株」という用語は、同じ属（例えば、ヤンシノバクテリウム、アルカリゲネス、バチルスなど）から単離した菌株を指し、同じ種（例えば、Ｊ．リビダム、Ａ．フェカーリス、Ｂ．サブチルス、Ｂ．プミルス、Ｂ．アルティチュジニスなど）の変異体であっても、そうでなくてもよい。参照株は、異なる環境的ニッチから単離した菌株であり得、例えば、被検菌株がヒトの皮膚から単離される場合は、参照株もヒトの皮膚から単離されてもよく、あるいは別の生物（例えば、サンショウウオ）の皮膚、または農産物、汚、排水などの別の供給源から単離されてもよい。
本明細書で使用する場合、「可溶性代謝産物」という用語は、生細胞を除去して得た細胞培養物の上清に存在する１種の代謝産物または複数の代謝産物を指す。好ましい実施形態では、培養物を、少なくともＯＤ６００＝約０．５の細胞密度にまで増殖させる。さらに好ましい実施形態では、細胞を、遠心分離で除去し、「無細胞上清」と呼ぶことができる。より好ましい実施形態では、上清を濾過し、「無細胞濾液」と呼ぶことができる。上清を本開示の製剤に直接使用してもよく、あるいは使用前に任意の適切な手段で、１種以上の代謝産物を上清から単離してもよいことは自明である。
本明細書で使用する場合、「菌株」という用語は、定義した１６ｓ ｒＲＮＡ核酸配列と９７％以上同一である任意の核酸配列として定義される。菌株のより好ましい実施形態では、定義した１６ｓ ｒＲＮＡ核酸配列と９８％超、９９％超同一である核酸配列である。
本明細書で使用する場合、２つ以上の核酸配列またはポリペプチド配列に関連する「同一パーセント」という用語は、２つ以上の配列またはサブ配列を比較して、最大限の対応関係となるように整列させて、以下に記載した配列比較アルゴリズム（例えば、ＢＬＡＳＴＰおよびＢＬＡＳＴＮまたは当業者が利用可能なその他のアルゴリズム）のうちの１つを使用して測定して、または目視検査で認められた同一のヌクレオチドまたはアミノ酸残基を特定のパーセンテージ有する当該２つ以上の配列またはサブ配列のことを指す。目的に応じて、「同一」パーセントは、比較する配列の領域、例えば、機能ドメインにおいて存在することができる、あるいは、比較する２つの配列の全長にわたって存在することができる。一部の態様では、同一パーセントは、２つ以上の微生物など、２つ以上の生物の系統発生的類似性を特徴決定する上で有用な領域に関して定義される。これらの状況での同一パーセントは、例えば、プライマー、アダプターなどのクローニングまたは配列決定操作によって導入した配列を含むことができる大きな配列の枠内にあるそのような配列を同定し、系統学的類似性を通知しない導入配列を含めない分析でもってして、関心領域での同一パーセントを分析することによって、決定をすることができる。配列比較のために、通常は、１つの配列が、試験配列との比較に供する参照配列として機能する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、ＢＬＡＳＴＰおよびＢＬＡＳＴＮまたは当業者が利用可能なその他のアルゴリズムを使用して分析する目的で、試験配列と参照配列とをコンピューターに入力し、必要に応じて後続の座標を指定し、配列アルゴリズムプログラムパラメーターを指定する。次いで、配列比較アルゴリズムを、指定したプログラムパラメータに基づいて、参照配列と比較して試験配列（複数可）と同一の配列のパーセントを算出する。配列の比較のための最適なアラインメントは、例えば、Ｓｍｉｔｈ ＆ Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２ （１９８１）の局所的相同性アルゴリズム、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ＆ Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３ （１９７０）の相同性アライメントアルゴリズム、Ｐｅａｒｓｏｎ ＆ Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４ （１９８８）同様の方法のための検索、これらアルゴリズム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．でのＧＡＰ，ＢＥＳＴＦＩＴ，ＦＡＳＴＡ，および ＴＦＡＳＴＡ）のコンピューターへの導入、または、目視検査（一般的には、以下のＡｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，を参照されたい）によって実施することができる。パーセント配列同一性および配列類似性を決定する上で好適なアルゴリズムの一例は、ＢＬＡＳＴアルゴリズムであり、これは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０ （１９９０）で説明がされている。ＢＬＡＳＴ分析を実行するためのソフトウェアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎを通じて公的に入手可能である。
本明細書で使用する場合、「対象」という用語は、ヒト、実験動物（例えば、霊長類、ラット、マウス）、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、シチメンチョウおよびトリ）、水生動物（魚類、甲殻類、クジラ類および頭足類）、および家庭用ペット（例えば、イヌ、ネコおよび齧歯類）などのあらゆる動物対象のことを指す。対象は、病原微生物による感染症を含むが、それに限定されない感染症に起因する腸内毒素症に罹患し得る、または病原微生物に起因する感染症を発症または他者に感染させるリスクを持ち合わせ得る。
本明細書で使用する場合、「十分な量」という用語は、所望の効果をもたらすのに十分な量、例えば、対象の微生物叢の微生物含有量を変えるのに十分な量のことを意味する。
本明細書で使用する場合、「合成」は、１以上の態様において、天然に存在する対応物または天然に由来する対応物の全体または一部を模倣するように、全体または一部が実験室で産生される任意のもの、あるいは非天然由来の任意のものを指す。例えば、合成細菌は、自然界において見出される細菌を模倣または変化させる（例えば、改善する）ように、１つ以上の成分の全体または一部を生成または変更した、操作した細菌であってもよい。
本明細書で使用する場合、「治療量」という用語は、処方された抗微生物性の化合物、例えば、治療効果を達成するために処方される、例えば、抗真菌性化合物または抗菌性化合物の量である。通常は、処方した濃度未満の濃度を、「治療量以下」の量と称する。治療量以下の量は、通常は、単独療法として使用される薬剤（例えば、抗微生物剤、例えば、抗真菌剤、例えば、抗菌剤）に関するものである。
本明細書で使用する場合、「治療有効量」という用語は、疾患の症状を緩和するのに有効な量のことである。予防を治療法と見なすことができるので、治療上有効量を、「予防的有効量」とすることができる。
本明細書で使用する場合、「局所」という用語は、身体表面（例えば、皮膚、粘膜（ｍｕｃｏｓａ）または粘膜（ｍｕｃｏｕｓ ｍｅｍｂｒａｎｅ））への適用に適合した製剤のことも含む。皮膚として、毛髪、手指や足指の爪甲などの外表面を含む。この点において言及し得る粘膜（ｍｕｃｏｕｓ ｍｅｍｂｒａｎｅ）、または粘膜（ｍｕｃｏｓａ）として、膣、陰茎、尿道、膀胱、肛門、結腸、口（頬の粘膜、柔軟な口蓋、舌の裏側表面、および口の底床）、鼻、咽喉（咽頭、喉頭、気管、および食道の粘膜など）、気管支、肺、目、および耳の粘膜がある。
本明細書で使用する場合、「治療する」、「治療すること」または「治療」という用語は、疾病、疾患または障害の進行を、実質的にまたは完全に解消すること、緩和すること、阻止すること、遅延させること、予防すること、または快方に向かわせること、および／または、疾病、疾患または障害の１つ以上の臨床的または審美的症状を、実質的にまたは完全に解消すること、緩和すること、阻止すること、遅延させること、予防すること、または快方に向かわせることを含む。
本明細書で使用する場合、「生存可能な生物」は、増殖および繁殖およびすることができる生物のことである。一部の実施形態では、生存能力は、培養することができるコロニー形成単位の数によって評価することができる。一部の実施形態では、生存能力は、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ染色および顕微鏡検査、あるいはフローサイトメトリーおよび定量的ポリメラーゼ連鎖反応などのその他の手段で評価することができる。
組成物
本明細書で提供されるのは、ヒトから単離したアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムの菌株、あるいはそれらの任意の組み合わせを含むか、本質的にそれからなるか、それからなるプロバイオティクスである。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４および／または配列番号５に記載の１６ｓ ｒＲＮＡ配列で表されるポリヌクレオチドを含むか、それからなる。一部の実施形態では、本開示では、ヒトから単離したアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダム、あるいはそれらの任意の組み合わせから選択されるプロバイオティクスを含む組成物が提供され、当該プロバイオティクスは、抗微生物性および／または他の有用な特性を含む。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、ヒト宿主に適応しており、組成物がヒトへの適用に関する安全性と、少なくとも治療的に有効であるのに十分に長い期間にわたってヒト宿主で生存する能力を備えていることを確実にする。一部の実施形態では、組成物は、適用する対象物（例えば、宿主、例えば、必要とする対象）の微生物叢を調節する。
一部の実施形態では、組成物は、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、あるいはそれらの任意の組み合わせのうちの１種以上のプロバイオティクス、代謝産物、ポストバイオティクスおよび／または細胞溶解物を含む。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、ＤＢ０２４７３、ＤＢ０２４７５、ＤＢ０３３７６、ＤＢ１００３３、ＤＢ０５６４６、あるいはそれらの任意の組み合わせを含むか、本質的にそれからなるか、それからなる。
一部の実施形態では、本開示の可溶性代謝産物ならびに本開示で使用するための可溶性代謝産物は、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、ならびに、ビフィドバクテリウム、ブレビバクテリウム、プロピオニバクテリウム、ラクトコッカス、ストレプトコッカス、ラクトバシラス（例えば、Ｌ．アシドフィルス）、エンテロコッカス、ペディオコッカス、ロイコノストック、オエノコッカス、およびそれらの組み合わせなどのさらなるマイクローブに由来する可溶性代謝産物を含むが、これらに限定されない。
一部の実施形態では、本開示の細胞溶解物ならびに本開示で使用するための細胞溶解物は、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、ならびに、ビフィドバクテリウム、ブレビバクテリウム、プロピオニバクテリウム、ラクトコッカス、ストレプトコッカス、ラクトバシラス（例えば、Ｌ．アシドフィルス）、エンテロコッカス、ペディオコッカス、ロイコノストック、オエノコッカス、あるいはそれらの任意の組み合わせなどのさらなるマイクローブに由来する細胞溶解物を含むが、これらに限定されない。
一部の実施形態では、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、あるいはその化合物または誘導体を含む組成物は、１種以上のさらなる成分によって改善する。一部の実施形態では、改善とは、１種以上のさらなる成分を含まない組成物と比較した場合に有効性、安定性および／または生存率がより高いことである。一部の実施形態では、１種以上のさらなる成分には、例えば、抗凍結剤などの賦形剤が含まれてもよいが、これに限定されない。
プロバイオティクス
一部の実施形態では、本開示によって提供されるプロバイオティクスは、１種以上の細菌の属を含むか、それからなる。本開示によって提供され、本開示の本明細書で提供される方法において有用なプロバイオティクス菌は、ヒトから単離した、または合成の（すなわち、研究室で産生した細菌、例えば、操作した細菌）ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、ならびに、ビフィドバクテリウム、ブレビバクテリウム、プロピオニバクテリウム、ラクトコッカス、ストレプトコッカス、ラクトバシラス（例えば、Ｌ．アシドフィルス）、エンテロコッカス、ペディオコッカス、ロイコノストック、オエノコッカス、あるいはそれらの任意の組み合わせなどの任意のさらなるマイクローブを含むが、これらに限定されない。
一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの菌株は、本来はヒト供給源に由来する。一部の実施形態では、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの菌株は、参照株、例えば、非ヒトの菌株と比較して、ヒトの皮膚上での持続性が優れていることを示す。一部の実施形態では、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの菌株は、参照株と比較して、代謝産物もしくは複数の代謝産物またはポストバイオティクスの産生または過剰産生が優れていることを示す。このような実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの参照株は、サンショウウオの皮膚、農産物などの異なる環境的ニッチから単離した菌株であってもよい。
一部の実施形態では、プロバイオティクスの属は、アルカリゲネス、バチルス、および／またはヤンシノバクテリウムを含むか、それからなる。
一部の実施形態では、アルカリゲネスは、Ａ．フェカーリスを含むか、それからなる。
一部の実施形態では、バチルスは、Ｂ．アルティチュジニス、Ｂ．プミルス、および／またはＢ．サブチルスを含むか、それからなる。
一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウムは、Ｊ．リビダムを含むか、それからなる。
一部の実施形態では、プロバイオティクスは、プロバイオティクスの１種であるＡ．フェカーリスを含むか、本質的にそれからなるか、それからなる。一部のこのような実施形態では、プロバイオティクスは、ＤＢ０５６４６を含むか、それからなる。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、配列番号１に記載の核酸配列を含むか、それからなることを特徴とする。
一部の実施形態では、プロバイオティクスは、プロバイオティクスの１種であるＢ．アルティチュジニスを含むか、本質的にそれからなるか、それからなる。一部のこのような実施形態では、プロバイオティクスは、ＤＢ１００３３を含むか、それからなる。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、ＤＢ０２４４８、ＤＢ０２４５７、ＤＢ０２４６１、ＤＢ０２４７８、ＤＢ０２５４９、またはＤＢ０２６２３を含むか、それからなる。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、配列番号２に記載の核酸配列を含むか、それからなることを特徴とする。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、配列番号７～１２のうちのいずれか１つに記載の核酸配列を含むか、それからなることを特徴とする。
一部の実施形態では、プロバイオティクスは、プロバイオティクスの１種であるＢ．プミルスを含むか、本質的にそれからなるか、それからなる。一部のこのような実施形態では、プロバイオティクスは、ＤＢ０３３７６を含むか、それからなる。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、ＤＢ０１２６９、ＤＢ０２４２０、ＤＢ０２４２９、ＤＢ０２４３０、ＤＢ０２４８５、ＤＢ０２４９２、ＤＢ０２５４８、ＤＢ０２６２２、ＤＢ０２６２６、ＤＢ０２６８０、ＤＢ０２６８１、ＤＢ０２７０８、ＤＢ０３３５５、ＤＢ０３３６６、またはＤＢ０３３７６を含むか、それからなる。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、配列番号３に記載の核酸配列を含むか、それからなることを特徴とする。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、配列番号１３～１６および１８～２６のうちのいずれか１つに記載の核酸配列を含むか、それからなることを特徴とする。
一部の実施形態では、プロバイオティクスは、Ｂ．サブチルスを含むプロバイオティクスを含むか、本質的にそれからなるか、それからなる。一部のこのような実施形態では、プロバイオティクスは、ＤＢ０２４７５を含むか、それからなる。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、ＤＢ０１２７０、ＤＢ０１２９８、ＤＢ０２４６０、ＤＢ０２４６２、ＤＢ０２９４６、ＤＢ０３３４７、ＤＢ０３３５１、ＤＢ０３３５３、またはＤＢ０３３７６を含むか、それからなる。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、配列番号４に記載の核酸配列を含むか、それからなることを特徴とする。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、配列番号２７～３５のうちのいずれか１つに記載の核酸配列を含むか、それからなることを特徴とする。
一部の実施形態では、プロバイオティクスは、Ｊ．リビダムを含むプロバイオティクスを含むか、本質的にそれからなるか、それからなる。一部のこのような実施形態では、プロバイオティクスは、ＤＢ０２４７３を含むか、それからなる。一部の実施形態では、プロバイオティクスは、配列番号５に記載の核酸配列を含むか、それからなることを特徴とする。
ヤンシノバクテリウム
ヤンシノバクテリウムは、グラム陰性菌の属の１種であり、人体を含む数多くの環境的ニッチにおいて一般的に見出されるベータプロテオバクテリアである。ヤンシノバクテリウム・リビダムは、両生類を真菌感染症から保護する能力があることが確認されたものである。
一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウムの１種以上の種は、環境供給源から単離したものである。一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウムの１種以上の種は、ヒト供給源から単離したものである。一部の実施形態では、ヒト供給源は、ヒトの皮膚である。一部の実施形態では、ヒトの皮膚は、健康なヒトの皮膚である（例えば、採取場所に疾患、障害または疾病が存在しない）。一部の実施形態では、ヒトの皮膚は、疾患を有するヒトの皮膚である（例えば、採取場所に疾患、障害または疾病が存在する）。
一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウムは、ＤＢ０２４７３を含むか、それからなる。一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウムは、ＮＣＢＩ参照株から選択される。一部の実施形態では、種は、ヤンシノバクテリウム・リビダムである。一部の実施形態では、Ｊ．リビダムは、１６ｓ ｒＲＮＡ配列が、配列番号５に記載のものを含むか、それからなることを特徴とする。
一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダムの菌株は、参照株（例えば、ＮＣＢＩ参照株）と比較される。一部の実施形態では、参照株は、同じ環境的ニッチ（例えば、ヒトの皮膚）または異なる環境的ニッチ（例えば、土壌、昆虫類、水生生物など）から単離した、別のヤンシノバクテリウム・リビダムの菌株である。一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダムの参照株は、動物（例えば、脊椎動物）、農産物、土壌、水などの異なる環境的ニッチから単離した菌株であってもよい。
一部の実施形態では、ヒト由来のヤンシノバクテリウム・リビダムの菌株は、参照株と比較して、ヒトの皮膚上での持続性が優れていることを示す。一部の実施形態では、ヒト由来のヤンシノバクテリウム・リビダム株は、参照株と比較して、代謝産物またはポストバイオティクスの持続性、産生または過剰産生が優れていることなどの利点を示す。一部の実施形態では、利点は、ヒトの皮膚での寿命が増加することである。一部の実施形態では、利点は、代謝産物の産生の増加に関連する。一部の実施形態では、利点は、代謝産物の産生の減少に関連する。一部の実施形態では、ヒト由来のヤンシノバクテリウム・リビダム、あるいは単離した、ヒト由来のヤンシノバクテリウム・リビダムは、他の菌株（例えば、参照株）と比較して、代謝産物を過剰産生または過剰発現する。
アルカリゲネス
アルカリゲネスは、グラム陰性菌の属の１種であり、脊椎動物（例えば、ヒト）の腸管（例えば、Ａ．フェカーリス）または呼吸管、水、土壌、腐朽材などにおいて一般的に見出される好気性桿菌である。この属は、炭水化物を消費せず、人体を含む数多くの環境的ニッチで一般的に見出される。
一部の実施形態では、アルカリゲネスの１種以上の種は、環境供給源から単離したものである。一部の実施形態では、アルカリゲネスの１種以上の種は、ヒト供給源から単離したものである。一部の実施形態では、ヒト供給源は、ヒトの皮膚である。一部の実施形態では、ヒトの皮膚は、健康なヒトの皮膚である（例えば、採取場所に疾患、障害または疾病が存在しない）。一部の実施形態では、ヒトの皮膚は、疾患を有するヒトの皮膚である（例えば、採取場所に疾患、障害または疾病が存在する）。
一部の実施形態では、アルカリゲネスは、ＤＢ株の１つであるＤＢ０５６４６（例えば、表１および表１９で提供されるようなもの）から選択される。一部の実施形態では、アルカリゲネスは、ＮＣＢＩ参照株（例えば、表１９で提供されるようなものが挙げられるが、これらに限定されない）から選択される。一部の実施形態では、種は、アルカリゲネス・フェーカリスである。一部の実施形態では、Ａ．フェカーリスは、１６ｓ ｒＲＮＡ配列が、配列番号１に記載のものを含むか、それからなることを特徴とする。
一部の実施形態では、Ａ．フェカーリスは、配列番号６に記載の核酸配列を含むか、それからなる遺伝子をさらに含む。一部のこのような実施形態では、配列番号６を含むか、それからなる核酸は、配列番号６で表される遺伝子を有するプロバイオティクスを含む組成物に有利な特性をもたらす。一部の実施形態では、Ａ．フェカーリスは、配列番号６の配列を有する核酸を含まず、配列番号６と９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９８．５％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％、またはそれ以上の同一性を有するいかなる核酸も含まない。
一部の実施形態では、アルカリゲネス・フェーカリスの菌株は、参照株（例えば、ＮＣＢＩ参照株）と比較される。一部の実施形態では、参照株は、同じ環境的ニッチ（例えば、ヒトの皮膚）または異なる環境的ニッチ（例えば、両生類の皮膚）から単離した、別のアルカリゲネス・フェーカリスの菌株である。一部の実施形態では、アルカリゲネス・フェーカリスの参照株は、サンショウウオの皮膚、農産物などの異なる環境的ニッチから単離した菌株であってもよい。
一部の実施形態では、ヒト由来のアルカリゲネス・フェーカリスの菌株は、参照株と比較して、ヒトの皮膚上での持続性が優れていることを示す。一部の実施形態では、ヒト由来のアルカリゲネス・フェーカリスの菌株は、参照株と比較して、代謝産物またはポストバイオティクスの持続性、産生または過剰産生が優れていることなどの利点を示す。一部の実施形態では、利点は、ヒトの皮膚での寿命が増加することである。一部の実施形態では、利点は、代謝産物の産生の増加に関連する。一部の実施形態では、利点は、代謝産物の産生の減少に関連する。一部の実施形態では、ヒト由来のアルカリゲネス・フェーカリス、あるいは単離した、ヒト由来のアルカリゲネス・フェーカリスは、他の菌株（例えば、参照株）と比較して、代謝産物を過剰産生または過剰発現する。
バチルス
バチルスは、グラム陽性の属の１つであり、桿菌、一般的には好気性桿菌である。一部の実施形態では、バチルスは、嫌気性である。バチルスは、土壌および水などの場所で広く見出される。
一部の実施形態では、バチルスの１種以上の種は、環境供給源から単離したものである。一部の実施形態では、バチルスの１種以上の種は、ヒト供給源から単離したものである。一部の実施形態では、ヒト供給源は、ヒトの皮膚である。一部の実施形態では、ヒトの皮膚は、健康なヒトの皮膚である（例えば、採取場所に疾患、障害または疾病が存在しない）。一部の実施形態では、ヒトの皮膚は、疾患を有するヒトの皮膚である（例えば、採取場所に疾患、障害または疾病が存在する）。
一部の実施形態では、バチルス（例えば、Ｂ．アルティチュジニス、Ｂ．プミルス、Ｂ．サブチルスなど）は、一部の実施形態では抗微生物効果を有し得るいくつかの代謝産物を産生する。
一部の実施形態では、バチルスは、ＤＢ１００３３（Ｂ．アルティチュジニス）、ＤＢ０３３７６（Ｂ．プミルス）、またはＤＢ０２４７５（Ｂ．サブチルス）から選択されるＤＢ株を含むか、それからなる。一部の実施形態では、バチルスは、表２１、表２３および／または表２５で提供されるようなＤＢ株から選択される。一部の実施形態では、バチルスは、ＮＣＢＩ参照株（例えば、表２１、表２３および表２５で提供されるようなものが挙げられるが、これらに限定されない）から選択される。一部の実施形態では、種は、バチルス・アルティチュジニスである。一部の実施形態では、種は、バチルス・プミルスである。一部の実施形態では、種は、バチルス・サブチルスである。一部の実施形態では、バチルスは、１６ｓ ｒＲＮＡ配列が、配列番号２、配列番号３または配列番号４のうちのいずれか１つに記載のものを含むか、それからなることを特徴とする。一部の実施形態では、バチルスは、１６ｓ ｒＲＮＡ配列が、配列番号７～３７のいずれかの１つに記載のものを含むか、それからなることを特徴とする。
一部の実施形態では、ＤＢ１００３３（Ｂ．アルティチュジニス）、ＤＢ０３３７６（Ｂ．プミルス）、またはＤＢ０２４７５（Ｂ．サブチルス）の菌株は、参照株（例えば、ＮＣＢＩ参照株）と比較される。一部の実施形態では、参照株は、同じ環境的ニッチ（例えば、ヒトの皮膚）または異なる環境的ニッチ（例えば、両生類の皮膚）から単離した、別のバチルスの菌株である。一部の実施形態では、バチルスの参照株は、サンショウウオの皮膚、農産物などの異なる環境的ニッチから単離した菌株であってもよい。
一部の実施形態では、ヒト由来のバチルス（例えば、Ｂ．アルティチュジニス、Ｂ．プミルス、Ｂ．サブチルス）の菌株は、参照株と比較して、ヒトの皮膚上での持続性が優れていることを示す。一部の実施形態では、ヒト由来のバチルス（例えば、Ｂ．アルティチュジニス、Ｂ．プミルス、Ｂ．サブチルス）の菌株は、参照株と比較して、代謝産物またはポストバイオティクスの持続性、産生または過剰産生が優れていることなどの利点を示す。一部の実施形態では、利点は、ヒトの皮膚での寿命が増加することである。一部の実施形態では、利点は、代謝産物の産生の増加に関連する。一部の実施形態では、利点は、代謝産物の産生の減少に関連する。一部の実施形態では、ヒト由来のバチルス（例えば、Ｂ．アルティチュジニス、Ｂ．プミルス、Ｂ．サブチルス）、単離した、ヒト由来のバチルス（例えば、Ｂ．アルティチュジニス、Ｂ．プミルス、Ｂ．サブチルス）は、他の菌株（例えば、参照株）と比較して、代謝産物を過剰産生または過剰発現する。
プレバイオティクス
本発明の教示によるプレバイオティクスは、有用な細菌の増殖を促進する１種以上の組成物を含むか、それからなる。一部の実施形態では、プレバイオティクス物質は、関連するプロバイオティクスによって消費されるか、あるいは関連するプロバイオティクスを生きた状態で保つのを助けるか、その増殖を刺激することができる。一部の実施形態では、プレバイオティクスは、有効量で適用されるか、消費されると、対象において自然に発生する微生物叢にも有益な影響を及ぼし、それにより、健康上の利点をもたらす。一部の実施形態では、プレバイオティクス自体であるか、あるいは１種以上のプレバイオティクスを含む、宿主によって消費される食品は、結腸に到達し、内因性細菌の基質として機能し、それにより、間接的に、宿主に対して、エネルギー、代謝基質および／または必須微量栄養素をもたらす。一部の実施形態では、プレバイオティクスは、あらゆるプロバイオティクス組成物に添加されることができ、それにより、プロバイオティクスの菌株の有効性または寿命を改善することができる。
プレバイオティクスは、プロバイオティクスがその環境内で持続して繁栄さえするのを助け、したがって、その健康上の利点の大半は間接的なものである。例えば、短鎖脂肪酸など、腸内微生物叢による結腸発酵によって産生される代謝産物は、宿主の健康において重要な機能的役割を果たすことができる。プレバイオティクスは、ヒトの微生物叢が宿主に利点をもたらす能力を改善させるのに有用な薬剤になり得る。
本開示の実施形態によるプレバイオティクスは、限定されないが、アミノ酸、ペプチド、グリセロール、他の単純なポリオール類、糖アルコール類、グルコース、単糖類、二糖類、多糖類およびオリゴ糖、多糖類および変性多糖類、ポリソルベート、ビタミン、栄養素前駆物質、タンパク質、ならびにそれらの組み合わせを含むプレバイオティクス組成物を含んでもよい。
一部の実施形態では、プレバイオティクスを含む組成物は、限定されないが、アミノ酸、グリセロール、糖アルコール類、単糖類、二糖類、オリゴ糖、多糖類、変性多糖類およびポリソルベートを含む。
一部のこのような実施形態では、これらの化合物は、プロバイオティクスの数を増加させ、それらの関連する利点を増大させる能力を有する。本開示の特定の実施形態によるプレバイオティクスとして分類されるオリゴ糖の非限定的な例として、ガラクトオリゴ糖、フルクトオリゴ糖、イヌリン、イソマルトオリゴ糖、ラクチトール、乳果オリゴ糖、ラクツロース、ピロデキストリン、大豆オリゴ糖、トランスガラクトオリゴ糖およびキシロオリゴ糖が挙げられる。
一部の実施形態では、組成物は、１種のアミノ酸またはペプチドを含むプレバイオティクスを含む。
一部の実施形態では、１種以上の有益な代謝産物の産生を増加させるために、プレバイオティクスが含まれる。
一部の実施形態では、これに加えて抗凍結剤として機能するプレバイオティクスが添加される。
好ましい実施形態は、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの増殖を改善するプレバイオティクスを含む。一部のこのような実施形態では、プレバイオティクスは、１種以上のポリソルベートを含むか、それからなる。一部の実施形態では、プレバイオティクスは、Ｄ－マンニトール、Ｔｗｅｅｎ ２０、Ｔｗｅｅｎ ４０およびシチジンのうちの１種以上を含むか、それからなる。
好ましい実施形態は、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの機能を向上するプレバイオティクスを含む。
より好ましい実施形態は、ヒトから単離したヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの機能を向上するプレバイオティクスを含む。
ポストバイオティクス
一部の実施形態では、ポストバイオティクスは、これらの微生物成分のすべての同義語および関連用語の総称と見なすことができる。一部の実施形態では、ポストバイオティクスは、代謝産物、短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ、例えば、酢酸、プロピオン酸および酪酸など）、微生物細胞画分、機能性タンパク質、細胞外多糖類（ＥＰＳ）、細胞溶解物、テイコ酸、フェニル乳酸、揮発性有機化合物（ＶＯＣ）、Ｂ－ビタミン合成（ビオチン、コバラミン、葉酸、ニコチン酸、パントテン酸、ピリドキシン、リボフラビンおよびチアミン）、ペプチドグリカンから単離したムロペプチド、抗微生物ペプチド（ＡＭＰ）、および線毛構造を含む数多くの異なる成分が含まれることができる。
代謝産物
一部の実施形態では、本開示によって提供されるプロバイオティクスは、１種以上の代謝産物を産生する。一部の実施形態では、このような代謝産物は、本明細書で提供されるプロバイオティクスに１つ以上の利点をもたらし得る。一部の実施形態では、本明細書で提供されるプロバイオティクスは、いくつかの代謝産物を産生する。一部の実施形態では、１つ以上の代謝産物は、ある特定の抗微生物効果を有し得る。例えば、一部の実施形態では、代謝産物は、エクトイン、β－ラクトン、テルペン、レゾルシノール、Ｔ１ＰＫＳ、キノロバクチン、バークホルデリア酸（ｂｕｒｋｈｏｄｅｒｉｃ ａｃｉｄ）、バシリバクチン、ヒドロキシルアミン、シクロ－（Ｌ－Ｐｒｏ－Ｇｌｙ）５、フェニル酢酸、ｐ－ヒドロキシフェニルアセチルアミド、アミラーゼ、プロテアーゼ、セルラーゼ、イツリン、キチナーゼ、ツニカマイシン、ブチロラクトン、ホスホネート、シデロフォア、インドール酢酸、耐熱性ケラチナーゼ、インドール－３－酢酸、オスモライトのうちの１種以上であるか、それを含んでもよく、カタラーゼ、アミラーゼ、ＡＣＣデアミナーゼ、グアニル嗜好性ＲＮａｓｅ（ｇｕａｎｙｌ－ｐｒｅｆｅｒｒｉｎｇ ＲＮａｓｅ）、ビナーゼ、バクテリオシン、非リボソームペプチド合成酵素、サクチペプチド（ｓａｃｔｉｐｅｐｔｉｄｅ）、バシリシン、プソイドモニン、フェンギシン、サーファクチン、リケニシン、細胞形成殺滅因子（ｓｐｏｒｕｌａｔｉｏｎ ｋｉｌｌｉｎｇ ｆａｃｔｏｒ）、４－フェニルブタン酸、ブタナール、３－メチル－、プロペン、２－ブテン、２－ヘプタノン、６－メチル－５－メチレン－、および６－オキサビシクロ［３．１．０］ヘキサン、ジケトピペラジン コルジセジペプチド、プミラシジン、溶菌剤、４－ジペンチルヘキサン－２，５－ジオール、１，１’－（４，５－ジブチルシクロヘキサン－１，２－ジイル）ビス（エタン－１－オール）、１，１’－（４，５－ジブチル－３，６－ジメチルシクロヘキサン－１，２－ジイル）ビス（エタン－１－オン）、抗真菌性環式リポペプチド、ポリケチド（ＰＫ）、ならびにリボソーム合成ペプチドおよび非リボソーム合成ペプチド、Ｎ１－テトラヒドロフラン－２－イルメチル－２－シアノアセトアミド、Ｌｙｓ－Ｐｒｏ、６－オキソ－ピペコリン酸、（１Ｚ）－Ｎ－（４－アミノブチル）エタンイミド酸、バリル－４－ヒドロキシプロリン、２－（１－エトキシエトキシ）プロパン酸、１－ピロリン－５－カルボン酸、メチルチオ ２－（プロピオニルオキシ）プロピオネート、５－グアニジノ－２－オキソペンタン酸、アセト酢酸エチル、リブロース－５－ホスフェート、１－メチル－１Ｈ－ピロール、Ｎ－アセチルオルニチン、Ｄ－１－ピペリデイン－２－カルボン酸、（２Ｓ）－４－アセタミド－２－アミノブタン酸、Ｎ６－アセチル－Ｌ－リジン、Ｎ－アセチルメチオニン、６－オキソ－ピペコリン酸、２－メチルチアゾリジン、ヒスタミン、アセチルアルギニン、マロン酸ジエチル、６－オキソ－ピペコリン酸、（ジメチルアミノ）アセトニトリル、Ｎ－アセチルグルタミン酸、３－メチルクロトニルグリシン、プトレシン、バニリン、Ｎ－アセチルカダベリン、１－ピロリン、８－アザビシクロ［３．２．１］オクタン－３－オール、２－［（１Ｓ）－１，ヒドロキシエチル］－４（１Ｈ）－キナゾリノン、４－モルホリニル酢酸、アミノエチルエタノールアミン、４－モルホリニル酢酸、ウロカニン酸、（２Ｓ）－６－アミノ－２－［（Ｅ）－（ヒドロキシメチルエン）アミノ］ヘキサンイミド酸、（Ｚ）－ノルエンドキシフェン、Ｓｅｒ－Ｌｅｕ、５－メチルシトシン、ニケタミド、ペントクシル、ピロカルピン、プロリンアミド、ピペコリン酸、アミノアジビン酸、Ｇｌｙ－Ｐｈｅ、２－エチルニコチンアミド、（２Ｒ，３Ｓ）－３－ヒドロキシ－８－メチル－８－アザビシクロ［３．２．１］オクタン－２－カルボン酸、３－ヒドロキシキヌクリジン－３－カルボニトリルハイドロクロライド、バレロニトリル、イソプロピル・メトキシピラジン、２－ｓｅｃ－ブチル－３－メトキシピラジン、４－ピペリドン、（１Ｓ，３Ｒ，４ｓ）－１，３，４，５－テトラヒドロキシシクロヘキサンカルボン酸、２，３，５，６－テトラメチルピラジン、Ｎ アセチルプロカインアミド、アプロバルビタール、Ｌｅｕ－Ｖａｌ、Ｎ－アセチルアスパラギン酸、γ－グルタミル－３－（２－メチレンシクロプロピル）アラニン、４－グアニジノ酪酸、アセト酢酸メチル、メチル・インドール－３－酢酸、３－アミノ－２－フェニル－２Ｈ－ピラゾロ［４，３－ｃ］ピリジン－４，６－ジオール、Ｎ８－アセチルスペルミジン、ウリジン、ヘキソースダイマー１、Ｎ（６）－メチルアデノシン、グアノシン、イノシン、４ モルホリンプロパンスルホン酸、スキシブゾン、ウラシル、Ｌ－γ－グルタミル－Ｌ－ロイシン、５－ヒドロキシ－２－フロ酸、１５，１６－ＤｉＨＯＤＥ、３－ヒドロキシ酪酸、チミン、ＮＰ－００８９９３、Ｎ－アセチルトリプトファン、４－デオキシ－５－Ｃ－（３，５－ジ－ｓｅｃ－ブチル－１－シクロペンテン－１－イル）ペントン酸、フルフラール、４－［（３－アセトアミドプロピル）アミノ］ブタン酸、シトシン、アプロバルビタール、５－メチル－トリプトファン、アセチルセリン、Ｎ－アセチルトリプトファン、Ｎ－イソ－バレリルグリシン、リブロース－５－ホスフェート、グアノシン、３－メチルクロトニルグリシン、２－ピロリドン、８－アザビシクロ［３．２．１］オクタン－３－オール、６－オキソ－ピペコリン酸、テトラアセチルエチレンジアミン、２－（ヒドロキシメチル）ブタン酸、Ｎ６－アセチル－Ｌ－リジン、プロスタグランジン Ｅ２、フラネオール、ミリオシン、３－ヒドロキシ－５，８－テトラデカジエンカルニチン、アセチルアルギニン、ヒポキサンチン、トロパ酸／アセトバニロン／３－フェニル乳酸、ウラシル、３－ヒドロキシオクタン酸、デスメニノール キヌレン酸、２－ヒドロキシフェルバマート、（１Ｓ，３Ｒ，４ｓ）－１，３，４，５－テトラヒドロキシシクロヘキサンカルボン酸、レブリン酸、４，５－ジデオキシ－３－Ｃ－メチル－Ｄ－エリトロ－ペントン酸、３，１３，１３，１７－テトラメチル－２１－オキサ－１２－アザヘキサシクロ［１０．７．１．１～２，１７～．０～５，２０～．０～６，１１～．０～１４，１９～］ヘンイコサ－１（２０）、２，４，６，８，１０－ヘキサエン、２－アセトアミドオクタン酸、４－メチル－２－オキソ吉草酸（ケトロイシン）、Ｌ－５－ヒドロキシトリプトファン、ピルビン酸、ＤＬグリセリン酸、５－メチルシチジン、エダラボン、３ ヒドロキシ酪酸、Ｔｈｒ－Ｖａｌ、４－インドールカルボアルデヒド、メチル ２－［（２－メトキシ－２－オキソエチル）アミノ］酢酸、ベンゼン、Ｌ－γ－グルタミル－Ｌ－ロイシン、アラニルロイシン、１－ピロリン、チミン、インドール－３－酢酸、レブリン酸グルタル酸／エチルマロン酸、プテリン、Ｎ－アセチル－Ｌ－ロイシン、４－デオキシ－５－Ｃ－（３，５－ジ－ｓｅｃ－ブチル－１－シクロペンテン－１－イル）ペンタン酸、４－（メチルニトロサミノ）－１－（３－ピリジル－Ｎ－オキシド）－１－ブタノール、Ｎ－アセチル－Ｌ－フェニルアラニン、チラミン、アセトフェノン、ニコチン酸、インドール－３－カルボキシレート、ａｓｐ－ｌｅｕ、ヒスチジン、３，３’－（１，４－ブタンジイルジイミノ）ジプロパン酸、８－ヒドロキシキノリン、アラニルロイシン、４－ヒドロキシベンズアルデヒド、２－アミノ－４－メチルピリミジン、ホメピゾール、３－イソプロピルリンゴ酸、メチル ２－［（２－メトキシ－２－オキソエチル）アミノ］酢酸、ホモ－Ｌ－アルギニン、１－（４－アミノブチル）尿素、Ｎ－（２－ヒドロキシフェニル）アセトアミド、アセチルヒスチジン、１－ビニルイミダゾール、２－［（８Ｅ，１１Ｅ，１４Ｚ）－８，１１，１４－ヘプタデカトリエン－１－イル］－６－ヒドロキシ安息香酸、４－クマル酸、プロリンアミド、またはｉｌｅ－ａｌａを産生する。
一部の実施形態では、本開示の可溶性代謝産物ならびに本開示で使用するための可溶性代謝産物は、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、ならびに、ビフィドバクテリウム、ブレビバクテリウム、プロピオニバクテリウム、ラクトコッカス、ストレプトコッカス、ラクトバシラス（例えば、Ｌ．アシドフィルス）、エンテロコッカス、ペディオコッカス、ロイコノストック、オエノコッカス、あるいはそれらの任意の組み合わせに由来する可溶性代謝産物を含むが、これらに限定されない。
一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの菌株は、参照株と比較される。一部の実施形態では、参照株は、別の環境的ニッチから単離した、別のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの菌株である。
一部の実施形態では、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、あるいは、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスは、他の菌株（例えば、参照株）と比較して、その化合物（例えば、代謝産物）を過剰産生または過剰発現する。使用する場合、「過剰産生」および「過剰発現」という用語は、他の株（例えば、参照株）と比較して、（それぞれ）少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１．５倍、２倍、２．５倍、または３倍より多く産生または発現することを指す。一部のこのような実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの参照株は、サンショウウオの皮膚、農産物などの異なる環境的ニッチから単離した菌株であってもよい。使用する場合、「過剰産生」という用語は、生物による化合物（例えば、代謝産物）の産生を指し、「過剰発現」という用語は、化合物（例えば、代謝産物）を産生する遺伝子の発現を指す。
一部の実施形態では、プロバイオティクスは、１種以上の代謝産物を産生する。一部の実施形態では、代謝産物は、プレバイオティクスであってもよい。一部の実施形態では、代謝産物は、ポストバイオティクスであってもよい。一部の実施形態では、代謝産物は、単一培養から産生される。一部の実施形態では、代謝産物は、共培養から産生される。一部の実施形態では、ある特定の代謝産物は、他の代謝産物よりも高い（例えば、１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、またはそれより高い）レベルで産生される。一部の実施形態では、ある特定の代謝産物は、他の代謝産物よりも低い（例えば、１倍、２倍、３倍、４倍、５倍、またはそれより低い）レベルで産生される。一部の実施形態では、代謝産物は、単一培養で（他の代謝産物のレベルと比較して）増加し、共培養では同じ状態に留まるか、（単一培養と比較して）減少する。一部の実施形態では、代謝産物は、単一培養で（他の代謝産物のレベルと比較して）減少し、共培養では同じ状態に留まるか、（単一培養と比較して）増加する。一部の実施形態では、共培養は、Ｍ．フルフルとの培養を含む。
ヤンシノバクテリウム（例えば、Ｊ．リビダム）は、一部の実施形態では、抗微生物効果を有し得るいくつかの代謝産物を産生する。一部の実施形態では、１種以上の代謝産物の産生の増加は、有益な効果（例えば、より大きな治療有効性対病的マイクローブなど）をもたらす。一部の実施形態では、代謝産物は、ヤンシノバクテリウムの単一菌株によって産生される。一部の実施形態では、代謝産物の濃度は、（例えば、別のマイクローブ、例えば、Ｍ．フルフルなどとの）共培養で増加する。一部の実施形態では、代謝産物の増大は、プロバイオティクスおよび／または代謝産物の治療用途にさらなる利点をもたらす。
一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウムの代謝産物は、ビオラセイン、インドール－３－カルボキサルデヒド、プロジギオシン、サリチレート、２，４－ジアマ酪酸、１種以上のランチビオティック、あるいはそれらの任意の組み合わせを含むか、それからなる。当業者には公知であろうが、ビオラセインは、紫色で知られているビスインドール化合物であり、一部の実施形態では、１種以上の抗微生物特性を示す。一部の実施形態では、インドール－３－カルボキシアルデヒド（ヘテロアレーンカルバルデヒド、インドールアルカロイドおよびインドールのメンバー）は、植物代謝産物、ヒト生体異物代謝産物、細菌代謝産物および海洋生物代謝産物としての役割を有する。一部の実施形態では、プロジギオシン（アルカロイドであり、赤色に着色した二次代謝産物）は、セラチア種に関連する。一部のこのような実施形態では、プロジギオシン分子は、その共通のピロリルピロメテン骨格によって同定され、抗微生物活性を含む様々な生物学的活性を有することが示されている。一部の実施形態では、バクテリオシンの部分集合であるランチビオティックは、分子内環構造を含有する、遺伝的にコードしたペプチドであり、その多くは、抗微生物特性を有することが示されている。一部の実施形態では、ランチビオティックペプチドは、翻訳後修飾が施され、特徴的な環構造を作成する。当業者には公知であろうが、最も公知のランチビオティックの１種は、ナイシンである。
一部の実施形態では、代謝産物は、ビオラセイン、インドール－３－カルボキサルデヒド、プロジギオシン、サリチレート、２、４－ジアマ酪酸、および１種以上のランチビオティックを含むか、それからなる。一部の実施形態では、利点は、２－（α－Ｄ－マンノシル）－Ｄ－グリセリン酸、２－ケトグルコネート、２－Ｏ－エチルアスコルビン酸、アントラマイシン、アプロバルビタール、ベンダイオカルブ、ビス（２－エチルヘキシル）フタレート、シス－５－テトラデセノイルカルニチン、ジブチルフタレート、イミダゾールプロピオネート、インドール－３－カルボキシレート、インドール－２－オン、Ｎ－アセチル－Ｌ－アスパラギン酸、リン酸、フタル酸、ピミルプロスト、トリメタジオン、およびバーナレートの産生の増加が挙げられる。
一部の実施形態では、アルカリゲネス（例えば、Ａ．フェカーリス）は、一部の実施形態では抗微生物効果を有し得るいくつかの代謝産物を産生する。一部の実施形態では、アルカリゲネス（例えば、Ａ．フェカーリス）は、一部の実施形態では抗微生物効果を有し得るいくつかの代謝産物を産生する。一部の実施形態では、１種以上代謝産物の産生の増加は、有益な効果（例えば、より大きな治療有効性対病的マイクローブなど）をもたらす。一部の実施形態では、代謝産物は、アルカリゲネスの単一菌株によって産生される。一部の実施形態では、代謝産物の濃度は、（例えば、別のマイクローブ、例えば、Ｍ．フルフルとの）共培養で増加する。一部の実施形態では、代謝産物の増大は、プロバイオティクスおよび／または代謝産物の治療用途にさらなる利点をもたらす。
一部の実施形態では、アルカリゲネスの代謝産物は、Ｎ１－テトラヒドロフラン－２－イルメチル－２－シアノアセトアミド、Ｌｙｓ－Ｐｒｏ、６－オキソ－ピペコリン酸、（１Ｚ）－Ｎ－（４－アミノブチル）エタンイミド酸、バリル－４－ヒドロキシプロリン、あるいはそれらの任意の組み合わせを含むか、それからなる。一部の実施形態では、代謝産物は、２－（１－エトキシエトキシ）プロパン酸、１－ピロリン－５－カルボン酸、メチルチオ ２－（プロピオニルオキシ）プロピオネート、５－グアニジノ－２－オキソペンタン酸、アセト酢酸エチル、リブロース－５－ホスフェート、１－メチル－１Ｈ－ピロール、Ｎ－アセチルオルニチン、Ｄ－１－ピペリデイン－２－カルボン酸、（２Ｓ）－４－アセトアミド－２－アミノブタン酸、Ｎ６－アセチル－Ｌ－リジン、アセト酢酸エチル、リブロース－５－ホスフェート、１－メチル－１Ｈ－ピロール、Ｎ－アセチルオルニチン、Ｄ－１－ピペリデイン－２－カルボン酸、（２Ｓ）－４－アセタミド－２－アミノブタン酸、Ｎ６－アセチル－Ｌ－リジン、Ｎ－アセチルメチオニン、６－オキソ－ピペコリン酸、２－メチルチアゾリジン、ヒスタミン、アセチルアルギニン、マロン酸ジエチル、（ジメチルアミノ）アセトニトリル、Ｎ－アセチルグルタミン酸、３－メチルクロトニルグリシン、プトレシン、バニリン、Ｎ－アセチルカダベリン、１－ピロリン、８－アザビシクロ［３．２．１］オクタン－３－オール、２－［（１Ｓ）－１－ヒドロキシエチル］－４（１Ｈ）－キナゾリノン、４－モルホリニル酢酸、アミノエチルエタノールアミン、４－モルホリニル酢酸、ウロカニン酸、（２Ｓ）－６－アミノ－２－［（Ｅ）－（ヒドロキシメチルエン）アミノ］ヘキサンイミド酸、（Ｚ）－ノルエンドキシフェン、Ｓｅｒ－Ｌｅｕ、５－メチルシトシン、ニケタミド、ペントクシル、ピロカルピン、プロリンアミド、ピペコリン酸、アミノアジビン酸、Ｇｌｙ－Ｐｈｅ、２－エチルニコチンアミド、（２Ｒ，３Ｓ）－３－ヒドロキシ－８－メチル－８－アザビシクロ［３．２．１］オクタン－２－カルボン酸、３－ヒドロキシキヌクリジン－３－カルボニトリルハイドロクロライド、バレロニトリル、イソプロピル・メトキシピラジン、２－ｓｅｃ－ブチル－３－メトキシピラジン、４－ピペリドン、（１Ｓ，３Ｒ，４ｓ）－１，３，４，５－テトラヒドロキシシクロヘキサンカルボン酸、２，３，５，６－テトラメチルピラジン、Ｎ－アセチルプロカインアミド、アプロバルビタール、Ｌｅｕ－Ｖａｌ、Ｎ－アセチルアスパラギン酸、γ－グルタミル－３－（２－メチレンシクロプロピル）アラニン、４－グアニジノ酪酸、アセト酢酸メチル、メチル・インドール－３－酢酸、３－アミノ－２－フェニル－２Ｈ－ピラゾロ［４，３－ｃ］ピリジン－４，６－ジオール、Ｎ８－アセチルスペルミジン、ウリジン、ヘキソースダイマー１、Ｎ（６）－メチルアデノシン、グアノシン、イノシン、４－モルホリンプロパンスルホン酸、スキシブゾン、ウラシル、Ｌ－γ－グルタミル－Ｌ－ロイシン、５－ヒドロキシ－２－フロ酸、１５，１６－ＤｉＨＯＤＥ、３－ヒドロキシ酪酸、チミン、ＮＰ－００８９９３、Ｎ－アセチルトリプトファン、４－デオキシ－５－Ｃ－（３，５－ジ－ｓｅｃ－ブチル－１－シクロペンテン－１－イル）ペントン酸、フルフラール、４－［（３－アセトアミドプロピル）アミノ］ブタン酸、シトシン、あるいはそれらの任意の組み合わせから選択される。
一部の実施形態では、バチルス（例えば、Ｂ．アルティチュジニス、Ｂ．プミルス、Ｂ．サブチルス）は、一部の実施形態では抗微生物効果を有し得るいくつかの代謝産物を産生する。一部の実施形態では、バチルス（例えば、Ｂ．アルティチュジニス、Ｂ．プミルス、Ｂ．サブチルス）は、一部の実施形態では抗微生物効果を有し得るいくつかの代謝産物を産生する。一部の実施形態では、１種以上の代謝産物の産生の増加は、有益な効果（例えば、より大きな治療有効性対病的マイクローブなど）をもたらす。一部の実施形態では、代謝産物は、バチルスの単一菌株によって産生される。一部の実施形態では、代謝産物の濃度は、（例えば、別のマイクローブ、例えば、Ｍ．フルフルなどとの）共培養で増加する。一部の実施形態では、代謝産物の増大は、プロバイオティクスおよび／または代謝産物の治療用途にさらなる利点をもたらす。
一部の実施形態では、バチルス（例えば、Ｂ．アルティチュジニス、Ｂ．プミルス、Ｂ．サブチルスなど）の代謝産物は、５－メチル－トリプトファン、アセチルセリン、Ｎ－アセチルトリプトファン、Ｎ－イソ－バレリルグリシン、リブロース－５－ホスフェート、グアノシン、３－メチルクロトニルグリシン、２－ピロリドン、８－アザビシクロ［３．２．１］オクタン－３－オール、６－オキソ－ピペコリン酸、テトラアセチルエチレンジアミン、２－（ヒドロキシメチル）ブタン酸、Ｎ６－アセチル－Ｌ－リジン、プロスタグランジン Ｅ２、フラネオール、ミリオシン、３－ヒドロキシ－５，８－テトラデカジエンカルニチン、アセチルアルギニン、ヒポキサンチン、トロパ酸／アセトバニロン／３－フェニル乳酸、ウラシル、３－ヒドロキシオクタン酸、デスメニノール キヌレン酸、２－ヒドロキシフェルバマート、（１Ｓ，３Ｒ，４ｓ）－１，３，４，５－テトラヒドロキシシクロヘキサンカルボン酸、レブリン酸、４，５－ジデオキシ－３－Ｃ－メチル－Ｄ－エリトロ－ペントン酸、３，１３，１３，１７－テトラメチル－２１－オキサ－１２－アザヘキサシクロ［１０．７．１．１～２，１７～．０～５，２０～．０～６，１１～．０～１４，１９～］ヘンイコサ－１（２０）、２，４，６，８，１０－ヘキサエン、２－アセトアミドオクタン酸、４－メチル－２－オキソ吉草酸（ケトロイシン）、Ｌ－５－ヒドロキシトリプトファン、ピルビン酸、ＤＬグリセリン酸、５－メチルシチジン、エダラボン、３－ヒドロキシ酪酸、Ｔｈｒ－Ｖａｌ、４－インドールカルボアルデヒド、メチル ２－［（２－メトキシ－２－オキソエチル）アミノ］酢酸、ベンゼン、Ｌ－γ－グルタミル－Ｌ－ロイシン、アラニルロイシン、１－ピロリン、チミン、インドール－３－酢酸、レブリン酸グルタル酸／エチルマロン酸、プテリン、Ｎ－アセチル－Ｌ－ロイシン、４－デオキシ－５－Ｃ－（３，５－ジ－ｓｅｃ－ブチル－１－シクロペンテン－１－イル）ペンタン酸、４－（メチルニトロサミノ）－１－（３－ピリジル－Ｎ－オキシド）－１－ブタノール、Ｎ－アセチル－Ｌ－フェニルアラニン、チラミン、アセトフェノン、ニコチン酸、インドール－３－カルボキシレート、ａｓｐ－ｌｅｕ、ヒスチジン、３，３’－（１，４－ブタンジイルジイミノ）ジプロパン酸、８－ヒドロキシキノリン、アラニルロイシン、４－ヒドロキシベンズアルデヒド、２－アミノ－４－メチルピリミジン、ホメピゾール、３－イソプロピルリンゴ酸、メチル ２－［（２－メトキシ－２－オキソエチル）アミノ］酢酸、ホモ－Ｌ－アルギニン、１－（４－アミノブチル）尿素、Ｎ－（２－ヒドロキシフェニル）アセトアミド、アセチルヒスチジン、１－ビニルイミダゾール、２－［（８Ｅ，１１Ｅ，１４Ｚ）－８，１１，１４－ヘプタデカトリエン－１－イル］－６－ヒドロキシ安息香酸、４－クマル酸、プロリンアミド、ｉｌｅ－ａｌａ、ならびにそれらの任意の組み合わせを含むか、それからなる。
菌株の遺伝子解析
ホールゲノムショットガンシーケンシング（ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅ ｓｈｏｔｇｕｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）およびゲノム配列アセンブリ
本明細書で提供される一部の実施形態では、１種以上のプロバイオティクスまたは他のマイクローブの菌株は、概して、当業者に公知であり利用可能な方法および資源を使用して遺伝子解析される。一部の実施形態では、遺伝子解析は、ホールゲノムショットガンシーケンシングおよび／またはゲノム配列アセンブリを含む。一部のこのような実施形態では、ショットガンシーケンシングライブラリが作成され、各菌株（例えば、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルスなど）が解析される。一部の実施形態では、１つ以上のショットガンライブラリがプールされ、（例えば、ＨｉＳｅｑ Ｘを使用して）配列決定される。一部の実施形態では、（例えば、標準的な生物情報解析手法を使用して）シーケンシングリードが逆多重化される。菌株は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ社製のＮｅｘｔｅｒａ Ｆｌｅｘキットを使用して、指示書に従って生成された。ショットガンライブラリが、ＨｉＳｅｑ Ｘプラットフォームにプールされ、配列決定された。当業者に公知であり利用可能な標準的な生物情報解析手順が実行され、シーケンシングリードが自動的に個々のＦＡＳＴＡファイルに逆多重化された。一部の実施形態では、遺伝子分析のこのような方法および手法によって、クリーニングしたシーケンシングリードから構築したゲノムが生成される。
ヌクレオチドレベルでのゲノム類似性解析
一部の実施形態では、Ａｖｅｒａｇｅ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｉｄｅｎｔｉｆｙ（ＡＮＩ、ｉｍｇ．ｊｇｉ．ｄｏｅ．ｇｏｖ／ｄｏｃｓ／ｄｏｃｓ／ＡＮＩ．ｐｄｆで見出される）を使用してゲノム配列（例えば、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルスなど）が解析され、類似性や遺伝的多様性が決定される。
系統解析
一部の実施形態では、当業者に公知であり利用可能な手法および方法論（例えば、ＲＡｘＭＬパッケージ）を使用して、系統関係が決定され、評価される。
医薬組成物および化粧料組成物
一部の実施形態では、本開示では、医薬組成物が提供される。一部の実施形態では、本開示では、化粧料組成物が提供される。一部の実施形態では、医薬組成物または化粧料組成物は、少なくとも１種のプロバイオティクスと、１種以上のさらなる成分とを含む。一部の実施形態では、医薬組成物または化粧料組成物は、少なくとも１種のプロバイオティクス（例えば、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス）またはその誘導体（例えば、代謝産物、細胞溶解物など）と、少なくとも１種の賦形剤とを含むか、本質的にそれらからなる。一部の実施形態では、プロバイオティクスを含む医薬組成物または化粧料組成物は、本明細書で開示され提供されるような、ヒトから単離した、または合成のプロバイオティクスを含む。一部の実施形態では、医薬組成物または化粧料組成物は、少なくとも１種の、ヒトから単離したヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスを含む。一部のこのような実施形態では、組成物は、局所的な病原性マイクロオーガニズムを処置、抑制または予防するのに有効な量で、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、あるいはそれらの任意の組み合わせを含むか、本質的にそれからなる。
一部の実施形態では、本明細書で提供される医薬組成物または化粧料組成物は、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、あるいはそれらの任意の組み合わせを含むか、本質的にそれからなるか、それからなるプロバイオティクスを含む、合成またはヒトから単離した組成物であり、局所適用のために製剤化される。
一部の実施形態では、細菌株は、医薬組成物または化粧料組成物としての投与のために製剤化されてもよい。一部の実施形態では、薬学的または香粧的に許容可能な賦形剤は、意図した組成物の投与経路に基づいて選択され、例えば、経口投与用または経鼻投与用の組成物は、直腸投与用の組成物とは異なる、薬学的または香粧的に許容可能な賦形剤を含んでもよい。賦形剤の例には、滅菌水、生理食塩水、溶媒、基材、乳化剤、懸濁化剤、界面活性剤、安定剤、香味剤、芳香剤、賦形剤、ビヒクル、防腐剤、結合剤、希釈剤、等張性調整剤、鎮静剤、増量剤、崩壊剤、緩衝剤、コーティング剤、滑沢剤、着色剤、甘味剤、増粘剤および可溶化剤が含まれる。
一部の実施形態では、本明細書で提供される医薬組成物または化粧料組成物は、凍結乾燥製剤または水溶液の形態の任意の担体または安定剤をさらに含んでもよい。一部の実施形態では、許容可能な賦形剤、担体または安定剤には、例えば、緩衝剤、抗酸化剤、防腐剤、ポリマー、キレート試薬および／または界面活性剤が含まれてもよい。医薬組成物または化粧料組成物は、好ましくは、ＧＭＰ条件下で製造される。一部の実施形態では、本明細書で提供される医薬組成物または化粧料組成物は、例えば、カプセル、錠剤、丸剤、サシェ、液剤、粉末剤、顆粒剤、細粒、フィルムコーティング製剤、ペレット剤、トローチ剤、舌下製剤、咀嚼剤、バッカル製剤、ペースト剤、シロップ剤、懸濁剤、エリキシル剤、乳剤、リニメント剤、軟膏剤、硬膏剤、ハップ剤、経皮吸収システム、ローション剤、吸入剤、エアロゾル剤、注射剤、坐剤などの形態で、経口、経鼻または非経口的に使用されることができる。
さらに本明細書で提供されるのは、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの細胞溶解物を含むか、本質的にそれからなるか、それからなる医薬組成物または化粧料組成物である。一部の実施形態では、細胞溶解物は、局所的な病原性マイクロオーガニズムの処置において使用するのに有効な量で投与される。一部のこのような実施形態では、医薬組成物または化粧料組成物は、賦形剤をさらに含む。一部の実施形態では、本明細書で提供されるプロバイオティクスに由来する賦形剤および／または材料は、局所的なマイクロオーガニズムの処置において使用するのに有効な量で投与される。一部の実施形態では、本明細書で提供されるプロバイオティクスに由来する賦形剤および／または材料は、病原性マイクロオーガニズムおよび／またはそれが引き起こす疾患を処置するためにこれらの医薬組成物または化粧料組成物を使用するための方法の一部である。一部の実施形態では、ヒトから単離したこれらのプロバイオティクスは、それを必要とする対象（例えば、皮膚、粘膜、毛髪、爪）への適用のために、あるいは対象と接触する物（例えば、布、床など）への適用のために組成物に製剤化されることができる。一部の実施形態では、医薬組成物または化粧料組成物は、皮膚、粘膜、毛髪および／または爪への適用のために製剤化される。一部の実施形態では、医薬組成物または化粧料組成物は、例えば、包帯、日焼け止め、歯磨剤、洗口剤、シャンプー、石鹸、保湿剤、リップバームまたはデンタルフロスに適用されるか、それに含まれるか、それとして製剤化される。
製剤化および投与
一部の実施形態では、本明細書で提供されるのは、本明細書に開示される、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのうちの少なくとも１種を含む組成物であって、当該組成物は、必要とする対象への投与のために製剤化される。
一部の実施形態では、組成物は、適用する対象物（例えば、宿主、例えば、必要とする対象）の微生物叢を調節するために製剤化される。
一部の実施形態では、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムの代謝産物、ポストバイオティクスおよび／または細胞溶解物の組成物は、皮膚への投与のために製剤化される。別の実施形態では、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムの代謝産物、ポストバイオティクスおよび／または細胞溶解物の組成物は、粘膜への投与のために製剤化される。
一部の実施形態では、製剤は、少なくとも１種のプロバイオティクス菌、プロバイオティクス菌の少なくとも１種の代謝産物、プロバイオティクス菌の少なくとも１種の細胞溶解物、またはプロバイオティクス菌の少なくとも１種のポストバイオティクスのうちの１つ以上を含んでもよい。
一部の実施形態では、製剤は、ヤンシノバクテリウム・リビダムと、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのうちの１種以上との組み合わせを含んでもよい。一部の実施形態では、製剤は、アルカリゲネス・フェーカリスと、ヤンシノバクテリウム・リビダム、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのうちの１種以上との組み合わせを含んでもよい。一部の実施形態では、製剤は、バチルス・アルティチュジニスと、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのうちの１種以上との組み合わせを含んでもよい。一部の実施形態では、製剤は、バチルス・プミルスと、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、またはバチルス・サブチルスのうちの１種以上との組み合わせを含んでもよい。一部の実施形態では、製剤は、バチルス・サブチルスと、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、またはバチルス・プミルスのうちの１種以上との組み合わせを含んでもよい。
一部の実施形態では、本明細書で提供される製剤は、１種を超える細菌を、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのうちの１種以上と組み合わせてさらに含んでもよい。例えば、一部の実施形態では、製剤は、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、および／またはバチルス・サブチルスのうちの１種以上の少なくとも１０、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７，１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、１０１３、１０１４、１０１５、１０１６、１０１７、１０１８、１０１９、１０２０個の細菌を含んでもよい。
一部の実施形態では、製剤は、１種を超える可溶性代謝産物、細胞溶解物またはポストバイオティクスをさらに含んでもよい。例えば、一部の実施形態では、製剤は、少なくとも１０、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７，１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、１０１３、１０１４、１０１５、１０１６の、１０１７、１０１８、１０１９、１０２０個の細菌、培養物、その代謝産物、細胞溶解物またはポストバイオティクスを含んでもよい。
一部の実施形態では、製剤は、少なくとも１種のプロバイオティクス菌、プロバイオティクス菌の少なくとも１種の代謝産物、プロバイオティクス菌の少なくとも１種の細胞溶解物、またはプロバイオティクス菌の少なくとも１種のポストバイオティクスのうちの１つ以上を含んでもよい。
一部の実施形態では、本開示によって提供される１つ以上の組成物を必要とする対象は、局所的な感染症を有するか、有するリスクがある。一部の実施形態では、対象は、少なくとも１種のマイクロオーガニズムによって引き起こされる皮膚および／または粘膜の感染症を有する。一部の実施形態では、本開示の組成物は、必要とする対象への局所投与のために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、対象の皮膚への局所投与のために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、対象の頭皮への局所投与のために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、粘膜表面への適用のために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、経口投与のために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、経皮投与のために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、注射投与のために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、ゲル剤、軟膏剤、ローション剤、乳剤、ペースト剤、クリーム剤、フォーム剤、ムース剤、液剤、灌注剤、強制投与、噴霧剤、懸濁剤、分散剤、鼻噴霧剤およびエアロゾル剤から選択される製剤である。
一部の実施形態では、製剤は、皮膚への効果的な適用、被覆性および付着性のために、所望の形態および所望の粘度、流動性、または他の物理的もしくは化学的特性を提供するために１種以上の賦形剤を含む。
一部の実施形態では、本開示の、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス（例えば、実験室で作成した１種以上の成分、例えば、操作した細菌などを含む）は、乾燥される（例えば、気散または脱水される）。乾燥は、標準的な実施方法で達成することができ、凍結乾燥などの方法から選択することができる。乾燥した、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルスの再水和によって、少なくとも１０％、２０％の生菌、少なくとも３０％の生菌、少なくとも５０％の生菌となる。一部の実施形態では、（例えば、凍結乾燥によって）乾燥した、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルスの再水和によって、少なくとも６０％の生菌が生成される。
一部の実施形態では、マイクロオーガニズムの生存率を維持するのを助けるために、凍結乾燥プロセスである材料が使用される。一部の実施形態では、当該材料は、抗凍結剤および／または熱変化安定剤（例えば、低温時および／または温度遷移中などに保護をもたらす安定剤）であってもよい。一部の実施形態では、抗凍結剤および／または熱変化安定剤は、アミノ酸、ペプチド、グリセロール、他の単純なポリオール類、複雑なポリオール類、変性ポリオール類、糖アルコール類、グルコース、単糖類、二糖類、オリゴ糖、多糖類、ならびに、変性オリゴ糖および変性多糖類、ビタミン、タンパク質、緩衝剤、およびそれらの組み合わせから選択されてもよいが、これに限定されない。一部の実施形態では、抗凍結剤および／または熱変化安定剤は、凍結乾燥組成物に対して０．００１％から５０％含まれる。
一部の実施形態では、液状凍結乾燥組成物は、二糖類、糖アルコール類、単純なポリオール、アミノ酸、多糖類、変性多糖類、およびそれらの組み合わせを含む。ある実施形態では、組成物は、トレハロース、スクロース、リン酸緩衝生理食塩水、マンニトール、グリセロール、トリプトファン、カルボキシメチルセルロース（ナトリウム塩）、マルトデキストリン、種の別個の異性体または混合物の異性体、ならびにそれらの組み合わせを含む。一部の実施形態では、材料は、凍結乾燥組成物に対して０．００１％から５０％含まれる。
一部の実施形態では、液状凍結乾燥組成物は、トレハロース０．１％から５０％、スクロース０．１％から５０％、マンニトール０．１％から５０％、グリセロール０．１％から５０％、トリプトファン０．００１％から１％、カルボキシメチルセルロース（ナトリウム塩）０．１％から６％、マルトデキストリン０．１％から２０％、リン酸緩衝生理食塩水０．１％から２０％、種の別個の異性体または混合物の異性体、ならびにそれらの組み合わせを含む。一部のこのような実施形態では、凍結乾燥の１種以上の成分によって、再水和後の組成物の改善がもたらされる（例えば、トレハロースなど）。
一部の実施形態では、凍結乾燥は、－４５℃から４０℃の範囲内で１段階または多段階で実施される。凍結乾燥は、凍結乾燥溶液（ｆｒｏｚｅｎ ｌｙｏｐｈｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｓｏｌｕｔｉｏｎ）を用いて開始し、－４５℃から－１５℃の温度で、１００～１５００Ｔｏｒｒで凍結し、続いて、０．１～１００時間、－２５℃から－５℃で、１０～２０００Ｔｏｒｒでランピングから一次乾燥までのサイクルを行い、続いて、０．１～１００時間、０℃から３０℃で、１０～２０００ｍＴｏｒでランピングから二次乾燥までのサイクルを行い、続いて、０．１～１００時間、５℃から４０℃で、１０～２０００ｍＴｏｒでランピングから三次乾燥までのサイクルを行うことを含む、最大３段階の乾燥を行う。
一部の実施形態では、凍結乾燥した乾燥物は、最大１５％の水分量を有する。一部の実施形態では、凍結乾燥した乾燥物は、最大０．１％～６％の水分量を有する。一部の実施形態では、凍結乾燥した乾燥物は、最大０．４の水分活性を有するか、０．０５～０．２０の水分活性を有する。
一部の実施形態では、組成物は、室温で少なくとも３０日、６０日、９０日、１２０日、１５０日またはそれ以上の日数にわたって少なくとも１０％が生存可能であるマイクロオーガニズムを含む。一部の実施形態では、組成物は、少なくとも３０日、６０日、９０日、１２０日、１５０日またはそれ以上の日数にわたって冷蔵状態下で少なくとも１０％が生存可能であるマイクロオーガニズムを含む。一部の実施形態では、組成物は、凍結状態で少なくとも３０日、６０日、９０日、１２０日、１５０日またはそれ以上の日数にわたって少なくとも１０％が生存可能であるマイクロオーガニズムを含む。また、開示されるのは、組成物であって、当該組成物中のマイクロオーガニズムの少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％は、少なくとも１０日、１５日、２０日、２５日、３０日、３５日、４０日、４５日、５０日、５５日、６０日、６５日、７０日、７５日、８０日、８５日、９０日、９５日、１００日、１０５日、１１０日、１１５日、１２０日、１２５日、１３０日、１３５日、１４０日、１４５日、１５０日、１５５日、１６０日、１６５日、１７０日、１７５日、１８０日またはそれ以上から最大少なくとも３６０日にわたって生存可能である、組成物である。
一部の実施形態では、凍結乾燥組成物は、マイクロオーガニズムを０．００１％～９０％含む。一部の事例では、乾燥後の組成物中のマイクローブの生存率は、最大１００％である。一部の事例では、凍結乾燥組成物中のマイクローブの生存率は、室温で最大３６０日にわたって保存すると、室温で０．０００１％～１００％の間である。一部の事例では、マイクローブは、アルゴン、窒素または周囲空気で最大３６０日にわたって室温または０～１０℃で保存すると、０．０００１％～１００％生存可能である。
一部の実施形態では、マイクロオーガニズムは、凍結乾燥物に対して１％～５０％含まれる。一部の事例では、乾燥後の組成物中のマイクローブの生存率は、１０％～１００％の間である。一部の事例では、凍結乾燥組成物中のマイクローブの生存率は、室温で最大３６０日にわたって保存すると、室温で１０％～１００％の間である。一部の事例では、マイクローブは、アルゴン、窒素で、湿度４０％以下で、最大３６０日にわたって室温または０～１０℃で保存すると、１０％～１００％生存可能である。
一部の実施形態では、マイクロオーガニズムは、凍結乾燥物に対して５％～２０％含まれる。一部の事例では、乾燥後の組成物中のマイクローブの生存率は、５０％～１００％の間である。一部の事例では、凍結乾燥組成物中のマイクローブの生存率は、室温で最大３６０日にわたって保存すると、５０％～１００％の間である。一部の事例では、マイクローブは、アルゴン、窒素で、湿度３０％以下で、３０日～３６０日の間にわたって室温または０～１０℃で保存すると、５０％～１００％生存可能である。
一部の実施形態では、組成物は、本明細書に記載されるような組成物と、薬学的に許容可能な賦形剤とを含む医薬組成物である。一部の実施形態では、組成物は、記載にあるように、ヒトから単離した、または合成の組成物という合成形式である。一部の実施形態では、組成物は、化粧料組成物で使用するためのものである。
本明細書に開示される組成物は、保存期間、適用、皮膚浸透性および治療効果のうちのいずれか１つ以上を改善するように１種以上の賦形剤を含む製剤として提示されてもよい。一部の実施形態では、賦形剤は、保存期間、適用、皮膚浸透性および治療効果のうちのいずれか１つ以上を改善するために必要である。
一部の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、局所剤形であってもよく、ここで、局所剤形は、皮膚、爪、毛髪および／または粘膜などの表面への適用を容易にする。表面は、対象に接触する表面であってもよい。
ある実施形態では、本明細書に記載されるヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの組成物は、経口摂取のために製剤化される。一部の実施形態では、経口摂取形態は、丸剤、錠剤、カプセル剤、ペースト剤、液剤懸濁剤、コロイド、あるいは、キャンディー、咀嚼剤、ヨーグルト、牛乳、チーズ、コテージチーズ、または、非乳製品代用品もしくは低乳糖代用品などの様々な食品と混合したものであってもよい。一部の実施形態では、製剤は、食用組成物の風味、匂いまたは食感を改善する、さらなる非活性成分を含んでもよい。一部の実施形態では、製剤は、結合剤、カプセル化フィルム、または保存期間および生体利用率を維持する賦形剤も含んでもよい。
一部の実施形態では、乳剤は、第２の液体の本体全体にわたって小さな小球で分布した１種の液体の調整物として説明されることができる。一部の実施形態では、分散液は不連続相であり、分散媒は連続相である。一部の実施形態では、油が分散液であり、水溶液が連続相である場合は、水中油型乳剤として知られており、水または水溶液が分散相であり、油または油性物質が連続相である場合は、油中水型乳剤として知られている。一部の実施形態では、油相は、少なくとも一部はＨＦＡ推進剤などの推進剤からなってもよい。一部の実施形態では、油相および水相の一方または両方は、１種以上の界面活性剤、乳化剤、乳化安定剤、緩衝剤、および他の賦形剤を含有してもよい。一部の実施形態では、例えば、賦形剤は、界面活性剤、特に非イオン性界面活性剤、乳化剤、特に乳化ワックス、および、液体不揮発性非水性材料、特にプロピレングリコールなどのグリコール類を含むか、それらからなる。一部の実施形態では、油相は、薬学的に承認を受けている他の油性の賦形剤を含有してもよい。例えば、一部の実施形態では、ヒドロキシル化ヒマシ油またはゴマ油などの材料は、界面活性剤または乳化剤として油相で使用されることができる。
一部の実施形態では、ローション剤は、低粘度から中粘度の液体製剤として説明されることができる。一部の実施形態では、ローション剤は、懸濁剤および分散剤の使用によって分散媒中で不溶性である微粉末物質を含有してもよい。一部の実施形態では、ローション剤は、ビヒクルと不混和性であり、かつ、通常は乳化剤または他の適切な安定剤によって分散する液体物質を、分散相として有することができる。ある実施形態では、ローション剤は、１００～１０００センチストークスの間の粘度を有する乳剤の形態である。一部の実施形態では、ローション剤の流動性により、広範な表面積にわたって急速かつ均一な適用が可能となる。一部の実施形態では、ローション剤は、通常は、皮膚上で乾燥され、それにより、皮膚の表面に薬用成分の薄い皮膜が残ることが意図されている。
一部の実施形態では、クリーム剤は、「水中油型」または「油中水型」のいずれかの粘性液体または半固体乳剤として説明されることができる。一部の実施形態では、クリーム剤は、乳化剤および／または他の安定剤を含有してもよい。一部の実施形態では、ある実施形態では、製剤は、１０００センチストークスを超える粘度、通常は、２０，０００～５０，０００センチストークスの範囲の粘度を有するクリームの形態である。一部の実施形態では、クリーム剤は、通常は広げやすく、除去しやすいので、軟膏剤よりも好まれる場合が多い。
当業者によって理解されるように、クリーム剤とローション剤との間の差異は粘度である。一部の実施形態では、粘度は、製剤の調製に使用される様々な油の量／使用や水の割合に左右される。一部の実施形態では、クリーム剤は、通常は、ローション剤よりも濃く、様々な用途があり得、皮膚に対する所望の効果に応じて、より多様な油／バター状物質を使用する場合が多い。一部の実施形態では、製剤がクリーム剤を含むか、クリーム剤からなる場合は、水性のものの割合は全体の約６０～７５％であり、油性のものの割合は全体の約２０～３０％であり、他の割合は、乳化剤、防腐剤および添加剤であり、合計で１００％となる。
一部の実施形態では、軟膏は、軟膏基剤と、任意選択で、本開示で提供されるような１つ以上の活性剤とを含む半固体調製物として説明されることができる。例えば、一部の実施形態では、好適な軟膏基剤には、炭化水素基剤（例えば、ワセリン、白色ワセリン、黄色軟膏、および鉱油）、吸収基剤（親水性ｃ、無水ラノリン、ラノリン、およびコールドクリーム）、水で除去できる基剤（例えば、親水性軟膏）、ならびに水溶性基剤（例えば、ポリエチレングリコール軟膏）が含まれる。一部の実施形態では、ペースト剤は、通常は、より大きい割合の固形物を含有しているという点で軟膏とは異なる。一部の実施形態では、ペースト剤は、一般的には、同じ成分で調製した軟膏よりも吸収性が強く、べたつかない。
一部の実施形態では、ゲル剤は、液体ビヒクル中に小分子または大分子の分散物を含有する半固体系として説明されることができ、液体ビヒクルに溶解または懸濁した増粘剤またはポリマー材料の作用を受けて半固体になる。一部の実施形態では、液体は、親油性成分、水性成分、またはその両方を含んでもよい。一部の実施形態では、乳剤は、ゲル剤であるか、あるいはゲル成分を含んでもよい。一部の実施形態では、ゲル剤は、非混和性成分を均質化した混合物を含んでいないので、乳剤ではない。一部の実施形態では、適切なゲル化剤には、ヒドロキシプロピルセルロースおよびヒドロキシエチルセルロースなどの変性セルロース、カルボポールホモポリマーおよびコポリマー、ならびにそれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。液体ビヒクル中の好適な溶媒には、ジグリコールモノエチルエーテル、プロピレングリコールなどのアルケングリコール類、ジメチルイソソルビド、イソプロピルアルコールやエタノールなどのアルコール類が含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、溶媒は、通常は、薬剤を溶解する能力に関して選択される。一部の実施形態では、肌感触および／または製剤の保湿を改善する他の添加剤も組み込まれてもよい。例えば、一部の実施形態では、このような添加剤には、ミリスチン酸イソプロピル、酢酸エチル、Ｃ１２－Ｃ１５安息香酸アルキル、鉱油、スクワラン、シクロメチコン、カプリン酸／カプリル酸トリグリセリド、ならびにそれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。
一部の実施形態では、泡沫剤は、ガス状推進剤と組み合わせた乳剤として説明されることができる。一部の実施形態では、ガス状推進剤は、主に、ハイドロフルオロアルカン（ＨＦＡ）からなる。好適な推進剤には、１，１，１，２－テトラフルオロエタン（ＨＦＡ １３４ａ）および１，１，１，２，３，３，３－ヘプタフルオロプロパン（ＨＦＡ ２２７）などのＨＦＡが含まれるが、これらの混合物および混和物、ならびに医療用途で現在承認を受けているか承認を受け得る他のＨＦＡの混合物および混和物が好適である。一部の実施形態では、推進剤は、好ましくは、噴霧中に可燃性または爆発性のある蒸気を生成し得る炭化水素推進剤ガスではない。さらに、一部の実施形態では、組成物は、好ましくは、使用中に可燃性または爆発性のある蒸気を生成し得る揮発性アルコールを含有しない。
一部の実施形態では、皮膚軟化剤は、皮膚を軟化させたり鎮静させたりする外用剤として説明されることができ、通常は、当該技術分野で公知であり、“Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ”， ４ｔｈ Ｅｄ．， Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓ， ２００３などの概要に記載されている。一部の実施形態では、皮膚軟化剤は、例えば、アーモンド油、ヒマシ油、セラトニア抽出物、セトステアロイルアルコール、セチルアルコール、セチルエステルワックス、コレステロール、綿実油、シクロメチコン、パルミトステアリン酸エチレングリコール、グリセリン、モノステアリン酸グリセリン、モノオレイン酸グリセリル、ミリスチン酸イソプロピル、パルミチン酸イソプロピル、ラノリン、レシチン、軽質鉱油、中鎖トリグリセリド、鉱油およびラノリンアルコール、ワセリン、ワセリンおよびラノリンアルコール、大豆油、デンプン、ステアリルアルコール、ヒマワリ油、キシリトール、ならびにそれらの組み合わせであるか、それらを含んでもよい。一部の実施形態では、皮膚軟化剤は、ステアリン酸エチルヘキシルおよび／またはパルミチン酸エチルヘキシルを含む。
一部の実施形態では、界面活性剤は、表面張力を低下させ、それにより、生成物の乳化性、泡沫性、分散性、拡散性および湿潤性を上昇させる界面活性剤である。一部の実施形態では、好適な非イオン性界面活性剤には、乳化ワックス、モノオレイン酸グリセリル、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ポリソルベート、ソルビタンエステル、ベンジルアルコール、安息香酸ベンジル、シクロデキストリン、モノステアリン酸グリセリン、ポロキサマー、ポビドン、ならびにそれらの組み合わせが含まれる。一部の実施形態では、非イオン性界面活性剤は、ステアリルアルコールである。
一部の実施形態では、乳化剤は、ある液体が、別の液体において懸濁するのを促進し、油と水の安定した混合物または乳剤を形成するのを促進する表面活性物質である。一部の実施形態では、乳化剤は、金属石鹸、ある特定の動物油および植物油、ならびに様々な極性化合物である。一部の実施形態では、好適な乳化剤には、アカシア、陰イオン乳化ワックス、ステアリン酸カルシウム、カルボマー、セトステアリルアルコール、セチルアルコール、コレステロール、ジエタノールアミン、パルミトステアリン酸エチレングリコール、モノステアリン酸グリセリン、モノオレイン酸グリセリル、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒプロメロース、ラノリン、ラノリンアルコール、レシチン、中鎖トリグリセリド、メチルセルロース、鉱油およびラノリンアルコール、リン酸一ナトリウム、モノエタノーアミン、非イオン性乳化ワックス、オレイン酸、ポロキサマー、ポロキサマー類、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル、ステアリン酸ポリオキシエチレン、アルギン酸プロピレングリコール、自己乳化型モノステアリン酸グリセリル、クエン酸ナトリウム二水和物、ラウリル硫酸ナトリウム、ソルビタンエステル、ステアリン酸、ヒマワリ油、トラガカント、トリエタノールアミン、キサンタンガム、ならびにそれらの組み合わせが含まれる。一部の実施形態では、乳化剤は、ステアリン酸グリセロールである。一部の実施形態では、乳化剤は、グリセロールである。一部の実施形態では、乳化剤は、グリセリンである。
一部の実施形態では、本明細書で開示される組成物は、対象の頭皮への適用のために製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、シャンプー、コンディショナー、ムース、ゲルおよびスプレーから選択される製品としての使用のために製剤化される。このような組成物は、脂漏性皮膚炎の治療に有用であり得る。このような組成物を用いて脂漏性皮膚炎を治療することにより、ふけ症および乳痂から選択される症状を軽減することができる。しかしながら、本明細書で開示される組成物は、頭皮以外の身体の他の領域での脂漏性皮膚炎を治療するために使用されてもよい。他の領域の非限定的な例には、胸、胃、皮膚のひだ、腕、脚、鼠径部および乳房下部が含まれる。
一部の実施形態では、本明細書で開示される組成物は、緩衝剤を含み、当該緩衝剤は、組成物のｐＨを制御する。好ましくは、緩衝剤は、ｐＨ約４～ｐＨ約７．５、ｐＨ約４～ｐＨ約７、および、ｐＨ約５～ｐＨ約７に組成物を維持する。
一部の実施形態では、本明細書で開示される組成物は、皮膚で所望のｐＨを提供するか、所望のｐＨを維持するように製剤される。一部の実施形態では、皮膚の所望のｐＨは、約４．５～約６．５の間である。一部の実施形態では、皮膚の所望のｐＨは、約５～約６の間である。一部の実施形態では、皮膚の所望のｐＨは、約５．５である。一部の実施形態では、本明細書で開示される組成物は、皮膚ｐＨ調節剤と共に製剤化される。ＰＨ調節剤の非限定的な例には、サリチル酸、グリコール酸、トリクロロ酢酸、アゼイル酸（ａｚｅｉｌｉｃ ａｃｉｄ）、乳酸、アスパラギン酸、ハイドロクロライド、ステアリン酸、ステアリン酸グリセリル、パルミチン酸セチル、リン酸尿素、および酢酸トコフェロールが含まれる。
一部の実施形態では、本明細書で開示される組成物は、より多くの酸素を皮膚にもたらすように製剤化される。一部の実施形態では、本明細書で開示される組成物は、皮膚により多くの酸素をさらすように製剤化される。一部の実施形態では、本明細書で開示される組成物は、皮膚により多くの酸素を拡散するように製剤化される。一部の実施形態では、本明細書で開示される組成物は、皮膚を通してより多くの酸素を拡散するように製剤化される。一部の実施形態では、本明細書で開示される組成物は、より多くの酸素を皮膚にもたらす薬剤と共に製剤化される。一部の実施形態では、本明細書で開示される組成物は、より多くの酸素を皮膚にもたらす薬剤と共に使用される。一部の実施形態では、本明細書で開示される組成物は、より多くの酸素を皮膚にもたらす薬剤が使用される前に使用される。一部の実施形態では、本明細書で開示される組成物は、より多くの酸素を皮膚にもたらす薬剤が使用された後に使用される。皮膚に酸素をもたらす薬剤の非限定的な例として、クロロフィルが挙げられる。
一部の実施形態では、防腐剤が真菌やマイクロオーガニズムの増殖を予防するために使用されることができる。一部の実施形態では、好適な抗真菌剤および抗微生物剤には、安息香酸、ブチルパラベン、エチルパラベン、メチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、プロピオン酸ナトリウム、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、ベンジルアルコール、塩化セチルピリジニウム、クロロブタノール、フェノール、フェニルエチルアルコールおよびチメロサールが含まれるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、真菌の増殖を予防するのに有効な防腐剤の濃度は、局所適用時に意図した当該組成物の目的に関して、当該組成物の有効性に影響を及ぼすことがないように選択される。
一部の実施形態では、製剤の賦形剤は、意図した製剤の種類に基づいて選択される。ある実施形態では、賦形剤には、ゼラチン、カゼイン、レシチン、アカシアガム、コレステロール、トラガカント、ステアリン酸、塩化ベンザルコニウム、ステアリン酸カルシウム、モノステアリン酸グリセリル、セトステアリルアルコール、セトマクロゴール乳化ワックス、ソルビタンエステル、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンヒマシ油誘導体、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル、ポリエチレングリコール、ステアリン酸ポリオキシエチレン、コロイド状二酸化ケイ素、ホスフェート、ドデシル硫酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロースカルシウム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、フタル酸ヒドロキシプロピルメチルセルロース、非結晶性セルロース、ケイ酸アルミニウムマグネシウム、トリエタノールアミン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、糖類およびデンプンが含まれる。
本明細書で提供されるのは、局所適用のために水性製剤である、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスを含むプロバイオティクス組成物である。一部の実施形態では、プロバイオティクス組成物は、皮膚への適用のために製剤化される。一部の実施形態では、プロバイオティクス組成物は、粘膜への適用のために製剤化される。
一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのプロバイオティクス組成物は、１種以上のさらなる活性剤と共に共製剤化される。プロバイオティクス組成物は、組み合わせに関する項目で詳述されるように、１種以上のさらなる抗微生物剤と共に共製剤化されることができる。簡潔に説明すると、さらなる抗微生物剤は、抗真菌剤、抗菌剤、抗寄生虫剤、またはこれらの薬剤のいずれかの組み合わせであることができる。
一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのプロバイオティクス組成物は、そう痒感、疼痛、変色または他の望ましくない効果を緩和する薬剤など、さらなる利点をもたらす１種以上のさらなる活性剤と共に共製剤化される。
一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルスのプロバイオティクス組成物は、さらなるマイクローブをさらに含有する。一部の実施形態では、組成物は、少なくとも２種、３種または４種の別個の、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスを含み、少なくとも１種は、ヒト宿主から単離したものである。一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのプロバイオティクスは、ラクトバシラス種またはラクトコッカス種をさらに含有する。一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのプロバイオティクスは、ヒトの皮膚上に見出される場合が多い良性または有益な真菌株、あるいはプロピオニバクテリウムの良性または有益な菌株をさらに含有する。
一部の実施形態では、本開示による乳剤の形態の組成物であるヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの組成物は、特に有効である。一部の実施形態では、組成物は、乳剤の形態であり、化粧料用途において使用される。この事例では、乳剤は、水中油型乳剤、油中水型乳剤、水中油中水型乳剤、または油中水中油型乳剤の形態であってもよい。あるいは、本開示の化粧料組成物はまた、非水性組成物の形態で使用されてもよい。非水性組成物の形態の例示として、固体状、半固体状、圧縮状、ムース状、粉末状および棒状が挙げられる。本開示では、「非水性組成物」は、水が配合されていない組成物を指す。
一部の実施形態では、本発明の、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの組成物は、併用療法モードにおいて、抗微生物剤、プロバイオティクス、ポストバイオティクス、およびプレバイオティクスなどの他の薬剤と共に投与されることができる。投与は、数時間または数日の期間にわたって順次または同時に行われることができる。
一部の実施形態では、細菌組成物は、抗菌剤、抗真菌剤、抗ウイルス剤および抗寄生虫剤を含む１種以上の抗微生物剤と共に併用療法に含められる。
一部の実施形態では、抗菌剤には、セファロスポリン系抗生物質（セファレキシン、セフロキシム、セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン、セファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジルおよびセフトビプロール）、フルオロキノロン系抗生物質（シプロ、Ｌｅｖａｑｕｉｎ、フロキシン、テキン、アベロックスおよびノルフロックス）、テトラサイクリン系抗生物質（テトラサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリンおよびドキシサイクリン）、ペニシリン系抗生物質（アモキシシリン、アンピシリン、ペニシリンＶ、ジクロキサシリン、カルベニシリン、バンコマイシンおよびメチシリン）、ならびにカルバペネム系抗生物質（エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチンおよびメロペネム）が含まれることができる。
一部の実施形態では、抗ウイルス剤には、アバカビル、アシクロビル、アデフォビル、アンプレナビル、アタザナビル、シドフォビル、ダルナビル、デラビルジン、ジダノシン、ドコサノール、エファビレンツ、エルビテグラビル、エムトリシタビン、エンフビルチド、エトラビリン、ファムシクロビル、ホスカビル、ホミビルセン、ガンシクロビル、インジナビル、イドクスウリジン、ラミブジン、ロピナビル、マラビロク、ＭＫ－２０４８、ネルフィナビル、ネビラピン、ペンシクロビル、ラルテグラビル、リルピビリン、リトナビル、サキナビル、スタブジン、テノホビル、トリフルリジン、バラシクロビル、バルガンシクロビル、ビダラビン、イバシタビン、アマンタジン、オセルタミビル、リマンタジン、チプラナビル、ザルシタビン、ザナミビルおよびジドブジンが含まれることができる。
抗真菌性化合物の非限定的な例として、ナタマイシン、リモシジン、フィリピン、ナイスタチン、アムホテリシンＢ、カンジシンおよびハマイシンなどのポリエン系抗真菌剤、ミコナゾール、ケトコナゾール、クロトリマゾール、エコナゾール、オモコナゾール、ビホナゾール、ブトコナゾール、フェンチコナゾール、イソコナゾール、オキシコナゾール、セルタコナゾール、スルコナゾールおよびチオコナゾールなどのイミダゾール系抗真菌剤、フルコナゾール、イトラコナゾール、イサブコナゾール、ラブコナゾール、ポサコナゾール、ボリコナゾール、テルコナゾールおよびアルバコナゾールなどのトリアゾール系抗真菌剤、アバファンギンなどのチアゾール系抗真菌剤、テルビナフィン、ナフチフィンおよびブテナフィンなどのアリルアミン系抗真菌剤、ならびに、アニデュラファンギン、カスポファンギン、ミカファンギンなどのエキノカンジン系抗真菌剤が挙げられるが、これらに限定されない。抗真菌特性を有する他の化合物には、ポリゴジアル、安息香酸、シクロピロックス、トルナフタート、ウンデシレン酸、フルシトシンまたは５－フルオロシトシン、グリセオフルビン、およびハロプロギンが含まれるが、これらに限定されない。
一部の実施形態では、細菌組成物は、１種以上のコルチコステロイド、メサラジン、メサラミン、スルファサラジン、スルファサラジン誘導体、免疫抑制薬、シクロスポリンＡ、メルカプトプリン、アザチオプリン、プレドニゾン、メトトレキサート、抗ヒスタミン薬、グルココルチコイド、エピネフリン、セオフィリン、クロモリンナトリウム、抗ロイコトリエン薬、抗コリン鼻炎薬、抗コリン充血除去剤、肥満細胞安定化剤、モノクローナル抗ＩｇＥ抗体、ワクチン、およびそれらの組み合わせと共に併用療法に含められる。
抗凍結剤
一部の実施形態では、抗凍結剤は、プロバイオティクスを保護するために使用される。一部のこのような実施形態では、抗凍結剤は、製剤工程および／または組成物（例えば、医薬組成物）調製工程などの行程中にプロバイオティクスを保護するために使用される。一部の実施形態では、抗凍結剤は、アミノ酸、ペプチド、グリセロール、他の単純なポリオール類、複雑なポリオール類、変性ポリオール類、糖アルコール類、グルコース、単糖類、二糖類、オリゴ糖、多糖類、ならびに、変性オリゴ糖および変性多糖類、ビタミン、タンパク質、緩衝剤、およびそれらの組み合わせから選択されてもよいが、これに限定されない。一部の実施形態では、抗凍結剤は、トレハロースを含むか、それからなる。一部の実施形態では、トレハロースは、約２～２０％で存在する。一部の実施形態では、トレハロースは、Ｄ－トレハロースである。
一部の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、グリセロールと共に製剤化される。一部の事例では、組成物中の細菌の菌株がグリセロールを発酵させ、それにより、短鎖脂肪酸を生成する。短鎖脂肪酸の非限定的な例として、酢酸、乳酸およびプロピオン酸が挙げられる。一部の事例では、グリセロールの存在下で増殖させた、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスは、１種以上の抗微生物性代謝産物の産生を促進する。
一部の実施形態では、浸透促進剤は、皮膚全体、特に角膜層全体への薬物の経皮送達を促進するために使用される。一部の実施形態では、浸透促進剤は、皮膚刺激、皮膚毒性および皮膚アレルギーを引き起こす。しかし、一部の実施形態では、より一般的に使用されている浸透促進剤には、例えば、尿素、（カルボニルジアミド）、イミド尿素、Ｎ，Ｎ－ジエチルホルムアミド、Ｎ－メチル－２－ピロリジン、１－ドデカル－アザシクロフェプタン－２－オン、チオグリコール酸カルシウム、２－ピロリジン、Ｎ，Ｎ－ジエチル－ｍ－トルアミド、オレイン酸、ならびに、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、ビニルおよびグリセリンモノオレアートなどのそのエステル誘導体、ソルビタンモノラウレートおよびソルビタンモノオレアートなどのソルビタンエステル、ラウリン酸イソプロピル、ミリスチン酸イソプロピル、パルミチン酸イソプロピル、アジピン酸ジイソプロピルなどの他の脂肪酸エステル、モノラウリン酸プロピレングリコール、モノオレイン酸プロピレングリコール、ならびに、ＢＲＩＪ（登録商標）７６（ステアリルポリ（１０）オキシエチレンエーテル）、ＢＲＩＪ（登録商標）７８（ステアリルポリ（２０）オキシエチレンエーテル）、ＢＲＩＪ（登録商標）９６（オレイルポリ（１０）オキシエチレンエーテル）およびＢＲＩＪ（登録商標）７２１（ステアリルポリ（２１）オキシエチレンエーテル）（ＩＣＩ Ａｍｅｒｉｃａｓ Ｉｎｃ．Ｃｏｒｐ．）などの非イオン性洗浄剤が挙げられる。
一部の実施形態では、組成物は、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスを特定の濃度で含むように製剤化されることができる。例えば、一部の実施形態では、組成物は、マイクロオーガニズムを有効量で送達／投与し得る量のプロバイオティクスを含むことができる。一部の実施形態では、送達されるプロバイオティクスの量は、単位用量当たり少なくとも１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１または１０１２ＣＦＵである。一部の実施形態では、組成物は、組成物の総重量に対して少なくとも約０．０００１重量％（乾燥重量で表される）、約０．０００１重量％～約９９重量％、約０．００１重量％～約９０重量％、約０．０１重量％～約８０重量％、および約０．１重量％～約７０重量％の割合で、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのプロバイオティクスと共に製剤化されてもよい。一部の実施形態では、局所投与を意図した組成物は、担体１グラム当たり少なくとも１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１または１０１２個のマイクロオーガニズムを含むか、不活性または死滅している微生物、または細菌画分、または産生される代謝産物について算出された同等の用量でマイクロオーガニズムを含む。
一部の実施形態では、本明細書で開示されるマイクローブは、単位用量当たり少なくとも約１０２ＣＦＵ～約１０２０ＣＦＵの有効量で送達されてもよい。一部の実施形態では、局所投与のために製剤化される組成物は、約１０５～約１０１２ＣＦＵ／用量の範囲の用量（細菌等価物として表している）に対応するように調整した濃度の各細菌株および／または対応する画分および／または代謝産物を含む。
一部の実施形態では、本明細書で提供される局所適用のための組成物は、概して、約１０２～約１０１５ＣＦＵ／ｇ、約１０５～約１０１２ＣＦＵ／ｇ、または約１０６～約１０１３ＣＦＵ／ｇの細菌を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、皮膚１平方ｃｍ当たり少なくとも１０６個の量のマイクローブが対象に送達される。一部の実施形態では、組成物は、皮膚１平方ｃｍ当たり少なくとも１０７個のマイクローブが送達されるように製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、皮膚１平方ｃｍ当たり少なくとも１０８個のマイクローブが送達されるように製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、皮膚１平方ｃｍ当たり少なくとも１０９個のマイクローブが送達されるように製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、皮膚１平方ｃｍ当たり１０９個未満のマイクローブが送達されるように製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、皮膚１平方ｃｍ当たり１０８個未満のマイクローブが送達されるように製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、皮膚１平方ｃｍ当たり１０７個未満のマイクローブが送達されるように製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、皮膚１平方ｃｍ当たり約１０７個から１０８個の間のマイクローブが送達されるように製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、皮膚１平方ｃｍ当たり約１０６個のマイクローブから皮膚１平方ｃｍ当たり約１０１０個のマイクローブの間が送達されるように製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、皮膚１平方ｃｍ当たり約１０６個のマイクローブから皮膚１平方ｃｍ当たり約１０９個のマイクローブの間が送達されるように製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、皮膚１平方ｃｍ当たり約１０７個のマイクローブから皮膚１平方ｃｍ当たり約１０１０個のマイクローブの間が送達されるように製剤化される。一部の実施形態では、組成物は、皮膚１平方ｃｍ当たり約１０７個のマイクローブから皮膚１平方ｃｍ当たり約１０９個のマイクローブの間が送達されるように製剤化される。
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、１ミリリットル当たり約１０５個のマイクローブから１ミリリットル当たり約１０１２個のマイクローブの濃度で製剤化される。ある特定の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、１ミリリットル当たり約１０６個のマイクローブの濃度で製剤化される。ある特定の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、１ミリリットル当たり約１０７個のマイクローブの濃度で製剤化される。ある特定の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、１ミリリットル当たり約１０８個のマイクローブの濃度で製剤化される。ある特定の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、１ミリリットル当たり約１０９個のマイクローブの濃度で製剤化される。ある特定の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、１ミリリットル当たり約１０１０個のマイクローブの濃度で製剤化される。
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される、局所または経口使用のための組成物は、トリプトファンを含むアミノ酸、ジペプチド、オリゴペプチド、ポリペプチド、カザミノ酸、グルコースを含む単糖類、マンニトールを含む糖アルコール類、グリセロールを含む単純なアルコール類、オリゴアルコール類、単純なポリオール類、複雑なポリオール類、スクロースおよびトレハロースを含む二糖類および異性体、ラムダカラギナンを含む多糖類、マンニトール、変性多糖類、カルボキシメチルセルロースを含むセルロースおよび変性セルロース、２－ヒドロキシエチルデンプン（ＨＥＳ）を含むデンプンおよび変性デンプン、カーボポールポリマーを含む生物付着剤、増粘剤およびレオロジー改質剤、懸濁剤、ならびに／または、乳化安定剤、界面活性剤、油、変性油、ビタミン、タンパク質、緩衝剤、塩、ウシ血清不含培地（例えば、トリプシン大豆ブロス（ｔｒｙｐｔｉｃ ｓｏｙ ｂｒｏｔｈ））、凍結乾燥細菌、または他の非活性／死滅している細菌、ならびに、それらの組み合わせなどが含まれてもよい。
形式、包装、およびキット
一部の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、製剤化された後に、利用者が送達および使用する上で好適な方法で包装されてもよい。一実施形態では、組成物は、適切なディスペンサに入れられ、利用者宛てに出荷される。最終容器の非限定的な例として、ポンプボトル、スクイズボトル、ジャー、チューブ、カプセルまたはバイアルが挙げられてもよい。
一部の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、包装される前にアプリケータに添加されることができる。アプリケータの非限定的な例として、綿パッド、ポリエステルパッド、Ｑ－チップ、スポンジおよびブラシが挙げられる。一部の実施形態では、アプリケータは、包装に入れられる。包装の非限定的な例として、袋ならびにフォイルまたはワックスで裏打ちされた紙製パケットが挙げられる。一部の実施形態では、包装の内部は、無菌であってもよい。一部の実施形態では、包装内の空気は、密封前に真空で除去される。一部の実施形態では、包装は、熱で密封される。一部の実施形態では、包装は、接着剤で密封される。
別の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、皮膚に適用される前に再構成のために、凍結乾燥によって脱水または乾燥され、調製される。一部の実施形態では、グリセロールまたは他の糖アルコールなどの１種以上の賦形剤を用いて、凍結乾燥が実施される。一部の実施形態では、１種以上の賦形剤によって、選択した細菌の貯蔵寿命が改善される。一実施形態では、製剤組成物は、トレハロース（α－Ｄ－グルコピラノシル－１，１－α－Ｄ－グルコピラノシド）を含まない。一部の実施形態では、組成物は、凍結される必要はない。
一部の実施形態では、本明細書に開示される組成物は、１つ以上の容器に包装されてもよい。例えば、一部の実施形態では、単一のボトル、チューブ、容器またはカプセルが２つの等しい部分に分割されるか、２つの等しくない部分に分割され、一方の部分は、その梱包形態で（気散、凍結乾燥など）細菌を含有し、他方の部分は、液体またはゲルであり得る活性化材料を含有する。一部のこのような実施形態では、単一のボトルまたは容器は、利用者が容器に単一の力を付加することで、２つの容器部分の内容物の全部または一部を分注することができ、それにより、選択した細菌、形質転換した細菌、または操作した細菌と、活性化材料とを、皮膚または他の表面に分注することができるように設計されることができる。一部の実施形態では、キットも、２つ以上の容器を含む形態のものであってもよく、一方の容器は、選択した細菌、形質転換した細菌、または操作した細菌の集団（複数可）を含み、他方は、選択した細菌、形質転換した細菌、または操作した細菌の集団と混合するための製剤を含む。
一部の実施形態では、２つ以上の容器であって、一方の容器は、選択した細菌、形質転換した細菌、または操作した細菌の集団を含み、他方の容器は、選択したもの、形質転換したもの、または操作したものではない天然の非病原性の皮膚常在菌を含む、２つ以上の容器と、３つ目の容器であって、選択した細菌、形質転換した細菌、または操作した細菌の集団と混合するための製剤を含む、容器とがある。別の例では、単一のボトルを構成する２つ以上の容器は、２つの別個のチューブに接続された１つのポンプを有しており、それぞれのチューブは、異なるチャンバーからの排出を行う。キットはまた、特定のｐＨの石鹸、ボディウォッシュまたは保湿ローション、ローションまたはクリームなど、１つ以上の補足品を含んでもよい。別の実施形態では、補足品は、プロバイオティクスである。補足品には、元の産物の活性に有用な任意の化合物が含まれてもよく、これによって、元の産物の活性の持続効果が向上してもよい。企図される別の包装は、選択した細菌、形質転換した細菌、または操作した細菌の集団が包帯またはフィルム上で１つの層として維持される包装であり、この層は、細菌が活性化できる包帯／フィルムのもう１つの層と組み合わされ、任意選択で、繁殖要因／増殖要因を制限してもよい。別の実施形態では、最終産物は、細菌が活性状態のままで冷蔵保存される。別の実施形態では、細菌は、水溶性セルロースの小さなビーズに保存される。ビーズは、日焼け止め、保湿剤、ボディウォッシュまたは石鹸などの任意の溶液で混合されることができる。
使用方法
本明細書で提供される方法および組成物は、１つ以上の方法で使用されることができる。一部の実施形態では、使用方法は、処置方法であるか、処置方法を含む。一部の実施形態では、本開示によって提供される組成物は、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスによって産生された代謝産物に感受性のある寄生マイクロオーガニズムの増殖から生じる感染症を処置および／または予防するために使用される。これらのマイクローブは、細菌、ウイルス、酵母または真菌であってもよい。
ある実施形態では、感染症は、爪甲真菌症である。ある実施形態では、感染症は、爪甲真菌症である。ある実施形態では、感染症は、アトピー性皮膚炎である。ある実施形態では、感染症は、膿痂疹である。ある実施形態では、感染症は、皮膚または軟組織のものである。
ある実施形態では、感染症は、皮膚糸状菌によって引き起こされる。ある実施形態では、感染症は、マラセチアによって引き起こされる。ある実施形態では、感染症は、トリコフィトンによって引き起こされる。ある実施形態では、感染症は、スタフィロコッカスによって引き起こされる。ある実施形態では、感染症は、トリコフィトン・ルブルムによって引き起こされる。ある実施形態では、感染症は、スタフィロコッカス・アウレウスによって引き起こされる。ある実施形態では、感染症は、マラセチア・フルフル、Ｍ．レストリクタ、またはＭ．グロボーサによって引き起こされる。ある実施形態では、感染症は、グラム陽性菌によって引き起こされる。
本開示の組成物の投与の前に、対象は任意選択で、細菌組成物の投与を受けるために、皮膚を整えるための前処理プロトコルを有してもよい。ある特定の実施形態では、抵抗力が非常に高い病原体による急性感染症を患者が有している場合などは、前処理プロトコルが推奨される。他の実施形態では、感染症を引き起こす病原体の抵抗力が高くない場合、あるいは処置は成功したが、感染症が再発する可能性があると医師が懸念を示すような急性感染を患者が有している場合などは、前処理プロトコルは完全に任意選択である。これらの事例では、前処理プロトコルは、細菌組成物が患者の微生物叢に影響を及ぼす能力を向上し得る。
マイクローブの群集または種を投与するために患者を整える方法の１つとして、患者のマイクローブを改変するために、少なくとも１種の抗生剤または抗真菌剤が投与されてもよい。これは、経口適用または局所適用されてもよい。
感染症の処置のために患者が抗生剤の投与を受けている場合、あるいは特定の前処理プロトコルの一環として患者が抗生剤の投与を受けている場合は、ある実施形態では、細菌組成物が投与される前に、皮膚上の抗生剤の濃度を実質的に低下させるのに十分な時間、抗生剤が停止されるべきである。ある実施形態では、抗生剤は、細菌組成物の投与の１、２または３日前に中断されてもよい。ある実施形態では、抗生剤は、細菌組成物の投与の抗生剤の３、４、５、６または７抗生剤半減期前に中断されてもよい。別の実施形態では、抗生剤は、細菌組成物の成分が皮膚上の抗生剤の濃度よりも高いＭＩＣ５０を有するように選択されてもよい。
細菌組成物または組成物の要素のＭＩＣ５０は、当該技術分野で周知の方法によって決定されることができる。例えば、Ｒｅｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ Ｔｅｓｔｉｎｇ： Ａ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｇｅｎｅｒａｌ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｃｏｎｔｅｍｐｏｒａｒｙ Ｐｒａｃｔｉｃｅｓ， Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ ４９（１１）：１７４９－１７５５ （２００９）を参照されたい。このような実施形態では、抗生剤の投与と細菌組成物の投与との間にさらなる時間は、必要ない。前処理プロトコルが急性感染症の処置の一環である場合は、感染症が抗生剤に感受性を示すが細菌組成物中の成分が抗生剤に感受性を示さないように、抗生剤が選択されてもよい。
一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのプロバイオティクス組成物の適用前に、皮膚常在病原体の量を低減するために、対象の皮膚は、洗剤物質で前処理される。
一部の実施形態では、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのプロバイオティクスは、有用な代謝産物の産生を増加させる物質で前処理される。
一部の実施形態では、プロバイオティクス（例えば、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス）の相対存在量は、対象上または表面上で測定される。一部の実施形態では、例えば、対象の頭皮、副鼻腔部位、眉間などから試料が採取される。一部の実施形態では、対象上のプロバイオティクスの相対存在量は、対象の集団と比較され、疾患、障害または疾病の進行の診断またはリスクが決定される。
製造方法
医薬組成物、製造物、および組成物を含む食品または家庭用製品を含む、本明細書で提供されるいずれの組成物も、任意の形態で細菌株を含有してもよく、例えば、溶液または懸濁液などの水性形態または油性形態で含有するか、半固体形態、粉末形態または凍結乾燥形態に埋め込まれていてもよい。一部の実施形態では、組成物または組成物の細菌株は、凍結乾燥される。一部の実施形態では、組成物中の細菌株の部分集合は、凍結乾燥される。凍結乾燥は、製造元の取扱説明書で推奨されるように、－８０℃から－２０℃の間に材料を凍結し、続いて、ランプ速度や保持時間が異なる一次乾燥および二次乾燥を行うことによって実施される。組成物、特に細菌を含む組成物を凍結乾燥する方法は、当該技術分野で周知である。例えば、米国特許第３，２６１，７６１号、米国特許第４，２０５，１３２号、国際公開公報第２０１４／０２９５７８号および国際公開公報第ＷＯ２０１２／０９８３５８を参照されたい。当該文献は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。細菌は、組み合わせとして凍結乾燥されてもよく、および／または、細菌は、別々に凍結乾燥され、投与前に組み合わされてもよい。細菌株が、他の細菌株と組み合わされる前に医薬賦形剤と組み合わされてもよく、あるいは、複数の凍結乾燥細菌が、凍結乾燥形態の間に組み合わされてもよく、細菌の混合物が一旦組み合わされてから、続けて、医薬賦形剤と組み合わされてもよい。一部の実施形態では、細菌株は、凍結乾燥ケーキである。一部の実施形態では、１種以上の細菌株を含む組成物は、凍結乾燥ケーキである。細菌株が、他の細菌株と組み合わされる前に医薬賦形剤と組み合わされてもよく、あるいは、複数の凍結乾燥細菌が、凍結乾燥形態の間に組み合わされてもよく、細菌の混合物が一旦組み合わされてから、続けて、医薬賦形剤と組み合わされてもよい。一部の実施形態では、細菌株は、凍結乾燥粉末である。一部の実施形態では、１種以上の細菌株を含む組成物は、凍結乾燥剤である。
一部の実施形態では、組成物の細菌株は、当該技術分野で周知の発酵技術を使用して製造されることができる。一部の実施形態では、有効成分は、嫌気性細菌種の急速な増殖を促すことができる発酵槽を使用して製造される。発酵槽は、例えば、撹拌槽型反応器または使い捨てのウェーブバイオリアクターであってもよい。細菌種の増殖を促すために、ＬＢ培地やＴＢ培地などの培養培地、または動物成分を含んでいないこれらと同様のバージョンの培地が使用されてもよい。細菌産物は、遠心分離や濾過などの従来の技術によって、発酵ブロスから精製および濃縮させることができ、任意選択で、当該技術分野で周知の技術によって乾燥および凍結乾燥させることができる。
本開示の医薬組成物または化粧料組成物は、当該技術分野で周知かつ通常実施されている方法に従って調製されることができる（例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ： Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ， Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ． ２０ｔｈ ｅｄ． ２０００を参照されたい）。したがって、本開示では、プロバイオティクスと、少なくとも１つのさらなる成分とを含む薬剤の製造のための組成物が提供される。一部の実施形態では、１つのさらなる成分は、賦形剤を含むか、それからなる。一部の実施形態では、賦形剤によって、例えば、１つ以上の疾患、障害または疾病を処置または予防する際の有効性など組成物の１つ以上の特徴が改善される。
製造物
一部の実施形態では、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスは、製造物に製剤化され、例えば、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、あるいはヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのポストバイオティクス、または溶解物、または代謝産物を含浸させた物質に製剤化される。
一部の実施形態では、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスは、布に付随する。布は、概して、衣類を作るのに好適な柔軟な材料を指し、例えば、着用者の日常の動作に耐える十分な材料強度を有するものを指す。布は、繊維状、織状または編状であることができ、天然に存在する材料または合成材料で作られることができる。例示的な布材料には、綿、亜麻、羊毛、ラミー、絹、デニム、皮、ナイロン、ポリエステルおよびスパンデックス、ならびにそれらの混合物が含まれる。
一部の実施形態では、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスは、紡糸に付随する。紡糸は、概して、製編や製織に好適な、長く、細く紡いだ柔軟な材料を指す。一部の実施形態では、紡糸は、例えば、羊毛、綿、ポリエステル、あるいは１つ以上の他の好適な材料およびそれらの混合物で作られることができる。
一部の実施形態では、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスは、糸に付随する。糸は、概して、製縫好適な、長く、細く紡いだ柔軟な材料を指す。糸は、概して、紡糸よりも薄い直径を有する。糸は、例えば、綿、ポリエステル、ナイロン、絹、ならびにそれらの混合物で作られることができる。
例えば、靴、靴の中敷き、パジャマ、スニーカー、ベルト、帽子、シャツ、下着、運動着、ヘルメット、タオル、手袋、靴下、包帯などの衣類品も、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスで処理されてもよい。シーツ、枕、枕カバー、毛布を含む寝具も、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスで処理されてもよい。一部の実施形態では、一定期間にわたって洗浄できない皮膚の領域も、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスと接触させてもよい。例えば、治癒過程中に負傷した手足を固定する整形外科用ギプスで囲まれる皮膚、義肢や補聴器などの日常的に着用される装置と接触する皮膚の領域、ならびに、適切に治癒するためには乾燥状態を保つ必要がある、縫合後の傷口などの負傷箇所の近傍領域は、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスと接触させることによって利点が得られる場合がある。
一部の実施形態では、本開示では、本明細書に記載されるような、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスを含む着用品が提供される。着用品は、歩行を妨げない方法で利用者の身体に密接に付随することができる軽量の物品であってもよい。
着用品の例には、腕時計、リストバンド、ヘッドバンド、ヘアゴム、ヘアネット、シャワーキャップ、帽子、ヘアピースおよび宝飾品が含まれる。本明細書に記載される、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスを含む着用品は、例えば、皮膚障害の治療もしくは予防、低レベルの亜硝酸に関連する疾患もしくは疾病の治療もしくは予防、体臭の処置もしくは予防、一酸化窒素を対象に供給する処置、または微生物の増殖を抑制する処置のうちの１つ以上を提供する濃度で提供されてもよい。
一部の実施形態では、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスは、毛髪に接触させることを意図した製品、例えば、ブラシ、櫛、シャンプー、コンディショナー、ヘッドバンド、ヘアゴム、ヘアネット、シャワーキャップ、帽子およびヘアピースに付随する。おむつなど、ヒト対象の表面に接触する物品は、本開示のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスに付随する。
一部の実施形態では、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスは、それがなければヒト皮膚常在病原体の病原巣（ｒｅｓｅｒｖｏｉｒ）として機能し得る家庭用品に付随する。一部の実施形態では、シャワーカーテン、バスマット、シャワーマットまたは排水用タイルに、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス、あるいはヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのポストバイオティクス、または溶解物、または代謝産物を含浸させる。
一部の実施形態では、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスは、運動施設のシャワーを洗浄することを意図した洗浄物質などの家庭用洗浄物質または業務用洗浄物質に付随する。
一部の実施形態では、ヒトから単離した、または合成のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスを含む製品が包装される。包装は、製品を圧縮したり、破損、汚損または劣化から製品を保護したりするために機能し得る。包装は、例えば、プラスチック、紙、段ボールまたは木材を含んでもよい。一部の実施形態では、包装は、菌不透過性を有する。一部の実施形態では、包装は、酸素透過性および／または二酸化炭素透過性を有する。
実施例１：ヒト供給源からのアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、およびバチルス・サブチルスの単離。
概要
ヒト皮膚から、プロバイオティクス能力を備えた新たな細菌分離株を識別するために、４２人の健康な若年成人から収集したおよそ７００個の皮膚微生物叢試料を、生存コロニー形成単位についてスクリーニングした。シングルコロニーを継代して、個々の分離株を精製した。これらの個々の細菌分離株のうちの４５４個の一次スクリーニングを完了したところ、マラセチア、スタフィロコッカス・アウレウス、および／またはトリコフィトン・ルブルムに対する阻害活性を示す５種の候補種が挙げられた。
材料および方法
生物探査のための試料
健康なヒト対象の皮膚から、あるいは足部白癬を患ったヒト対象の足趾から試料を調達して収集した。当業者に公知である標準的な擦り取り手順／擦り落とし手順に従って、ｅＳｗａｂチューブ（Ｆｉｓｈｅｒ， Ｃａｔ． Ｎｏ． ２３－６００－９００）を使用して、ヒト対象から皮膚微生物叢試料を収集した。各対象の前額部、下腿部、踵および足趾から試料を収集した。
菌株の単離
ヒト皮膚から収集した試料を直接に処理をするか、あるいは抗凍結剤としてＤＭＳＯ１０％を用いて－８０℃で保存し、処理にあたって室温で解凍するかのいずれかを行った。皮膚試料をプレート当たり３０～３００コロニー程度になるように希釈した後、標準的な微生物取扱技術に従って、グリセロール１％を補充したＢＨＩ寒天プレートおよびＲ２Ａ寒天プレートにプレーティングした。プレートを、周囲温度で、３～５日間インキュベートし、細菌コロニーを目視で確認した。
アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、およびバチルス・サブチルスの菌株の分子同定
試料をすべて、継代培養によって精製し、１６Ｓ ｒＲＮＡ配列決定によって確認した。精製したコロニーからＤＮＡを抽出し、サーマルサイクラーと標準的な２７Ｆ／１４９２Ｒプライマーペアとを使用して、ポリメラーゼ連鎖反応を使って増幅した。Ｓａｎｇｅｒ配列決定に供する前に、ＰＣＲ産物をＥ－ゲルで確認した。得られた配列をＮＣＢＩデータベースに対して検索して、分類情報を判断した。
結果、解釈および結論
モカシン型足部白癬を患ったヒト対象の母趾の爪床から、アルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６を単離したが、このＤＢ０５６４６は、非発酵グラム陰性（ＮＦＧＮ）桿菌である（図１）。
健康なヒト対象の下腿部前面から、バチルス・アルティチュジニスでＤＢ１００３３を単離し、別の健康なヒト対象の踵から、バチルス・プミルスＤＢ０３３７６を単離し、そして、さらに別の健康なヒト対象の前額部から、バチルス・サブチルスＤＢ０２４７５を単離したが、これらはすべて、グラム陽性桿菌である（図１）。
実施例２：アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、およびバチルス・サブチルスの遺伝的評価方法および存在量
概要
本明細書に開示されているアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの菌株、ならびに、公開されているゲノム配列を有する菌株の遺伝子分析および分子進化研究によって、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの菌株が少なくとも４つの異なる亜群に分類され、各亜群が、土壌、植物、両生類およびヒトの皮膚を含む様々な供給源から単離したアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの菌株を含むことが示された。解剖学的部位で、ヒト宿主におけるアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの相対存在量を測定した。
材料および方法
ホールゲノムショットガンシーケンシング（ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅ ｓｈｏｔｇｕｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）およびゲノム配列アセンブリ
Ｉｌｌｕｍｉｎａ社製のＮｅｘｔｅｒａ Ｆｌｅｘキットを使用して、指示書に従って、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの菌株それぞれのショットガンシーケンシングライブラリを生成した。ショットガンライブラリを、ＨｉＳｅｑ Ｘプラットフォームにプールして、配列決定した。シーケンシングリードを個々のＦＡＳＴＡファイルに自動的に逆多重化し、標準的な生物情報解析を実行して、クリーニングしたシーケンシングリードから構築したゲノムを生成した。異なる微生物種の相対存在量についても、試料を評価した。
アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのヌクレオチドレベルでのゲノム類似性
アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのゲノム配列を、公開されているいくつかのアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのゲノム配列（表１７、表１９、表２２および表２４に示されている参照番号によって示されているものであり、これらの配列は、例えば、ワールドワイドウェブｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｏｍｅ／で見つけることができる）とともに、Ａｖｅｒａｇｅ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｉｄｅｎｔｉｆｙ（「ＡＮＩ」、ハイパーテキストトランスファープロトコルセキュア／／ｉｍｇ．ｊｇｉ．ｄｏｅ．ｇｏｖ／ｄｏｃｓ／ｄｏｃｓ／ＡＮＩ．ｐｄｆを参照されたい）分析に供して、類似性および遺伝的多様性を判断した。
アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのゲノム配列の系統解析
本明細書に記載するアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの菌株と、公開されているゲノム配列を有する菌株（表１９、表２１、表２３および表２５に示されている参照番号によって示されているものであり、これらの配列は、例えば、ワールドワイドウェブｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｇｅｎｏｍｅ／で見つけることができる）との系統関係を、ＲＡｘＭＬパッケージを使用して、添付の指示書に従って評価した（例えば、ｃｍｅ．ｈ－ｉｔｓ．ｏｒｇ／ｅｘｅｌｉｘｉｓ／ｗｅｂ／ｓｏｆｔｗａｒｅ／ｒａｘｍｌ／を参照されたい。また、例えば、Ａ． Ｓｔａｍａｔａｋｉｓ： “ＲＡｘＭＬ Ｖｅｒｓｉｏｎ ８： Ａ ｔｏｏｌ ｆｏｒ Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ Ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ Ｐｏｓｔ－Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｌａｒｇｅ Ｐｈｙｌｏｇｅｎｉｅｓ．” ２０１４． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓを参照されたい）。
ヒト宿主におけるアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの相対存在量
上記のｇＤＮＡの１６ｓアンプリコンシーケンシングおよびメタゲノムショットガンシーケンシングを使用して、２２８人の健康な対象および２８人の疾患を有する対象（皮膚病原体による感染症を有すると診断された対象）の微生物叢を解析した。健康な参加者および疾患を有する参加者の頭皮、副鼻腔部位および眉間から試料を収集した。各解剖学的部位におけるＡ．フェカーリス、Ｂ．アルティチュジニス、Ｂ．プミルス、およびＢ．サブチルスの平均相対存在量を算出して、微生物叢試料で観察された各種に付与される総リードの平均パーセントとした。
結果、解釈および結論
関心対象のＡ．フェカーリス、Ｂ．アルティチュジニス、Ｂ．プミルス、およびＢ．サブチルスの菌株の同一性を識別し、当業者に公知であり利用可能な標準的な遺伝子解析手順を実行して、異なる解剖学的部位で、各種の相対存在量を評価した。２２８人の健康な対象および２８人の疾患を有する対象の異なる解剖学的部位における微生物の群集を解析し、Ａ．フェカーリス、Ｂ．アルティチュジニス、Ｂ．プミルス、およびＢ．サブチルスの存在量を判断した（表２）。試験した対象は、皮膚において異なる存在量のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、プミルス、および／またはバチルス・サブチルスを有していることが判明した。健康な解剖学的部位や一部の疾患を有する部位においては、Ｂ．サブチルスが最大の平均相対存在量を有し、疾患を有する頭皮や疾患を有する眉間の解剖学的部位においては、Ａ．フェカーリスが最大の平均相対存在量を有していた。
実施例３：病原体のスクリーニング
概要
アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスを、マラセチア種のうちの１種～３種、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの抑制能力について試験した。スクリーニングした菌株を発酵槽で増殖させ、その後、改変阻害アッセイで使用した。試験する病原体の種類に合わせてアッセイを調整したが、各実験で、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスで誘導した阻止帯を測定し、対照と比較した。４種の菌株はすべて、Ｍ．グロボーサ、Ｍ．フルフル、Ｔ．ルブルム、および／またはＳ．アウレウスの増殖を抑制することが判明した。また、ＤＢ０５６４６をＭ．レストリクタに対して試験したところ、Ｍ．レストリクタを抑制することが判明した。
材料および方法
微生物株
Ｍ．レストリクタＭＹＡ４６１１、Ｍ．フルフル１２０７８、Ｍ．グロボーサＭＹＡ４７９４を、ＡＴＣＣから購入し、添付の指示書に従って維持した。購入した微生物株すべての同一性を確認するために、１６ｓ ｒＲＮＡ配列を使用した。トリコフィトン・ルブルム株１８７５４を、ＡＴＣＣから購入し、指示書に従って維持した。スタフィロコッカス・アウレウスの菌株２５９２３を、ＡＴＣＣから購入し、指示書に従って維持した。アルカリゲネス・フェーカリスの菌株ＤＢ０５６４６、バチルス・アルティチュジニスの菌株ＤＢ１００３３、バチルス・プミルスの菌株ＤＢ０３３７６、またはバチルス・サブチルスの菌株ＤＢ０２４７５を、ＤＭＳＯまたはグリセロールのいずれかを抗凍結剤として用いて、－８０℃で保存した。
アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスを、発酵槽で５Ｌ規模で増殖させた。１４～１５時間経過した震盪フラスコ培養物から発酵槽に接種し、２５℃での増殖を監視し、６００ｎｍでの吸光度を測定した。発酵槽の培養物を無菌的に回収し、細胞ペレットを、抗凍結剤および安定剤を含有する製剤緩衝剤に再懸濁して、凍結製剤または凍結乾燥製剤を調製した。凍結または凍結乾燥するのに先立って、製剤化した最終生成物を１０９、１０８、１０７および１０６ＣＦＵ／ｍｌに希釈する前後に、Ｍ．レストリクタ、Ｍ．フルフル、Ｍ．グロボーサ、Ｔ．ルブルム、およびＳ．アウレウスの病原体に対する生存能力、純度および機能活性について試験した。純度は、９９．９９％超であり、生存能力の低下はゼロから最小限であり、希釈しなかった試料と希釈した試料との間で活性に変化はなかった。
純度アッセイ
震盪フラスコ培養物を使用して発酵槽に接種し、回収した培養物を抗凍結剤ビヒクルに再懸濁し、そして、１００μｌをプレーティングすると１プレート当たり推定３０～３００コロニーまで増殖するように希釈した。この推定値は、６００ｎｍの読み取り値での吸光度と、１ＯＤ単位のＣＦＵ／ｍＬを判断した過去の経験とに基づいたものであり、このような方法論は、当業者に公知であり利用可能である。グリセロール寒天０．５％を補充したＬＢ５０寒天またはＢＨＩの６～１０枚のプレートに、１００ｍＬの培養物を広げてプレーティングした。プレートを、室温で、最大１週間インキュベートし、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルス以外の増殖を監視した。
生存能力アッセイ
震盪フラスコで増殖させた培養物の回収時に、６００ｎｍでの吸光度を測定し、過去に算出したＯＤとＣＦＵとの関係を使用してＣＦＵ／ｍＬを算出した。ある試料は、本明細書に記載されているように直ちにプレーティングし、別の試料は、Ｍ．レストリクタ、Ｍ．フルフル、Ｍ．グロボーサ、Ｔ．ルブルムの増殖について解析した。改変阻害アッセイを使用して、増殖を判断し、抗生物質アッセイを使用して、スタフィロコッカスの増殖を判断した。加えて、その後、回収物から３つの試料を作製して、１０８、１０７および１０６ＣＦＵ／ｍＬに等しくなるようにした。各希釈液から１００μｌを、９６ウェルプレートの第１のウェルに三連で添加した。このウェルから３０μｌを取り出し、９６ウェルプレートの第２のウェルにある２７０μｌの滅菌ＰＢＳに添加した。１００μｌ容量のピペットを使用してウェルの内容物を混合してから、チップを交換し、この第２のウェルから３０μｌを取り出し、第３のウェルに２７０μｌの滅菌ＰＢＳと共に移した。１００μｌ容量のものを使用して培養物を混合した。このようにして、当初１つの１０倍希釈液だったものに対して７つの連続した１０倍希釈液を作製した。３つの複製希釈液の各々から、各希釈液を、１０μｌスポットで、ＬＢ５０寒天プレートにスポッティングして乾燥させた。プレートを、室温で、２日間インキュベートし、ＣＦＵを計数した。スポット数の希釈倍率を使用して、ＣＦＵ／ｍＬを算出した。
マラセチア抗生物質アッセイ
インビトロアッセイを準備した。簡潔に説明すると、ＹＰＤ－Ｍａｌ寒天プレート上で５～１４日間マラセチアを増殖させ、その後、プレートから得た菌資材を擦り取って、１ｍＬの滅菌水に５ｍｍ径ガラスビーズを含むクライオチューブの中に入れた。その後、チューブを攪拌して資材を均一にした。ＯＤ６００を測定し、０．３まで希釈した。その後、擦り取った培養物を２００μｌ容量ずつ、ビーズを使用して、培地２２寒天プレート上に広げて乾燥させ、新たな培地プレートを作製した。凍結試料または最適化培養物（最適化増殖時間および最適化ＣＦＵ／ｍＬ）から得たアルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６、バチルス・アルティチュジニスＤＢ１００３３、バチルス・プミルスＤＢ０３３７６、またはバチルス・サブチルスＤＢ０２４７５を、各プレートに５μｌスポットして添加し、乾燥させた。プレートを、２７℃で、４日間インキュベートした。阻止帯の幅を測定した。
阻止帯を測定することができるので、結果は半定量的である。まず、阻止帯の幅を、ＩｍａｇｅＪを使用してピクセル（直線）で測定し、ペトリ皿のピクセル測定に基づいてｍｍに変換した。
Ｔ．ルブルム抗生物質アッセイ
Ｒａｍｓｅｙ ｅｔ ａｌ．（２０１５）が報告した手順に類似した改変阻害アッセイに従って、インビトロアッセイを準備し、本明細書に記載され提供されているように最適化した。簡潔に説明すると、アルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６、バチルス・アルティチュジニスＤＢ１００３３、バチルス・プミルスＤＢ０３３７６、またはバチルス・サブチルスＤＢ０２４７５の培養物を、５０％ＬＢ－Ｌｅｎｎｏｘ（ＬＢＳ－５０）で２４時間増殖させ、およそ２ｘ１０９ＣＦＵ／ｍＬにした。培養物のアリコートを、３３％トリプトン寒天プレートに、プレートの一方の側の端縁から他方の側の端縁に延びる２本の垂直直線状に適用した。各線によってプレートを２等分し、この２本の線をプレートの中心で交差させて均等な十字を描き、細菌接種物による線によって４つの区域に分けた。この線は、無菌の綿棒を使用して引いた。
Ｔ．ルブルムの分生子を、Ｓａｂｏｕｒａｕｄ Ｄｅｘｔｒｏｓｅ Ａｇａｒで増殖させたおよそ２週齢の培養物から回収し、標準的な光学顕微鏡下で血球計を使用して計数し、胞子１０６個／ｍｌの濃度で、１スポット当たり５μｌの４つの複製スポットで適用した。細菌接種物の線によって分けたプレート上の４つの空の区域に、真菌接種物を添加した。このようにして、真菌コロニーを細菌（またはペトリ皿の端縁）によって囲み、細菌が真菌の増殖を抑制するのに無効である場合を除き、互いの方へと増殖して１つの大きなコロニーを形成することができないようにした。真菌は、隣接する真菌コロニーと合併するには、細菌の上に増殖する必要がある。アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの十字と胞子スポットの位置は、鋳型を使用して、各プレート上で複製した。アッセイプレートを、上述したように周囲温度または２７℃で、１～２週間インキュベートした。７日目と１４日目とに画像を撮影した。
接種物のＴ．ルブルムの４つのドットを有するが細菌で十字が描かれていない対照と比較して、真菌コロニーのｍｍ単位の大きさが縮小したことに基づいて、プレート上に十字を形成するように引かれた細菌がＴ．ルブルムを抑制することを判断した。まず、Ｔ．ルブルムのコロニーの半径を、ＩｍａｇｅＪを使用してピクセル（直線）で測定し、ペトリ皿のピクセル測定に基づいてｍｍに変換した。
Ｓ．アウレウス抗生物質アッセイ
インビトロアッセイを、標準的な実験手順に従って準備した。Ｓ．アウレウス２５９２３のリサーチセルバンク・バイアルを解凍して、５０％ＬＢ－ｖｅｇｉｔｏｎｅ培地（ＬＢ５０）で１００倍に希釈した。この懸濁液の最終濃度は、１ｘ１０６ＣＦＵ／ｍＬであった。このうち、２００μｌをＬＢ５０寒天プレートに添加し、５ｍｍの無菌のガラスビーズを５～１０個使用して、寒天の上に細菌叢を分散させた。ビーズを取り除き、プレートを乾燥させた。凍結試料から、あるいは２０～２４時間の培養物から得たアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスを、１つまたは２つの５μｌスポットで、各プレートに添加し、乾燥させた。モック対照のプレートは、そのままにした。プレートはすべて、２７℃で、２４時間インキュベートした。
阻止帯を測定することができるので、結果は半定量的である。まず、阻止帯の幅を、ＩｍａｇｅＪを使用してピクセル（直線）で測定し、ペトリ皿のピクセル測定に基づいてｍｍに変換した。
結果、解釈および結論
成功した結果とは、モック対照の菌叢と比較すると、実験プレートまたは対照プレート上の阻止帯が透明からやや曇ったものであった。阻止の程度は、阻止帯の幅と阻止帯の透明度によって測定した。
アルカリゲネス・フェーカリス
Ａ．フェカーリスについてのアッセイ結果は、図２Ａ～図２Ｄに提示する。アルカリゲネス・フェーカリスの菌株ＤＢ０５６４６は、マラセチア種であるＳ．アウレウスとＴ．ルブルムを抑制したことから、抗微生物活性が高いことが示された。すべての実験において、ＤＢ０５６４６は、抗真菌剤（図２Ａおよび図２Ｄ）または抗生物質（図２Ｂ）よりも著しく良好にこれらの病原体の増殖を抑制し、より大きい阻止帯を有していた。細菌の十字パターンを使用して４つの四分円を形成した改変阻害アッセイでは、ＤＢ０５６４６は、Ｔ．ルブルムの増殖を停止した（図２Ｃ）。
バチルス・アルティチュジニス
Ｂ．アルティチュジニスについてのアッセイ結果は、図３Ａ～図３Ｄに提示する。バチルス・アルティチュジニスＤＢ１００３３は、Ｓ．アウレウスとＴ．ルブルムの２種類のマラセチア種を抑制することが示された。しかし、抗生物質（図３Ａおよび図３Ｂ）または抗真菌剤（図３Ａおよび図３Ｄ）ほど有効ではなく、Ｓ．アウレウスの阻止帯は、変動がみられた（図３Ｂ）。細菌の十字パターンを使用して４つの四分円を形成した改変阻害アッセイでは、ＤＢ１００３３によって、Ｔ．ルブルムコロニーの大きさがおよそ半分に縮小した（図３Ｃ）。
バチルス・プミルス
Ｂ．プミルスについてのアッセイ結果は、図４Ａ～図４Ｄに提示する。バチルス・プミルスＤＢ０３３７６は、Ｓ．アウレウスとＴ．ルブルムの２種類のマラセチア種を抑制することが示された。抗生物質（図４Ｂ）または抗真菌剤（図４Ａおよび図４Ｂ）と比較すると、マラセチアおよびＳ．アウレウスの抑制において同等または良好であった。細菌の十字パターンを使用して４つの四分円を形成した改変阻害アッセイでは、ＤＢ０３３７６によって、Ｔ．ルブルムコロニーの大きさがおよそ４分の３に縮小した（図４Ｃ）。
バチルス・サブチルス
Ｂ．サブチルスについてのアッセイ結果は、図５Ａ～図５Ｄに提示する。バチルス・サブチルスＤＢ０２４７５は、Ｓ．アウレウスとＴ．ルブルムの２種類のマラセチア種を抑制することが示された。しかし、抗生物質（図５Ｂ）または抗真菌剤（図５Ａおよび図５Ｄ）ほど有効ではなく、Ｓ．アウレウスの阻止帯は、変動がみられた（図５Ｂ）。細菌の十字パターンを使用して４つの四分円を形成した改変阻害アッセイでは、ＤＢ０２４７５によって、Ｔ．ルブルムコロニーの大きさがおよそ半分に縮小した（図５Ｃ）。
実施例４：抗生物質耐性および抗菌薬耐性、プラスミドおよび病原性因子
概要
アルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６、バチルス・アルティチュジニスＤＢ１００３３、バチルス・プミルスＤＢ０３３７６、またはバチルス・サブチルスＤＢ０２４７５のバイオセーフティを評価するために、これらの菌株の病原性因子を試験し、インシリコ分析と、ウェットラボ実験での確認の両方を行って、抗生物質耐性プロファイルを検査した。インシリコゲノムマイニングによって、アルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６、バチルス・アルティチュジニスＤＢ１００３３、バチルス・プミルスＤＢ０３３７６、またはバチルス・サブチルスＤＢ０２４７５のゲノムにおいて、公知の病原性因子や抗生物質耐性遺伝子は認められなかった。抗生物質耐性試験によって、試験したアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルスあるいはバチルス・サブチルスが、２４個を超える抗生物質に対して様々な程度で感受性があることが示された。アルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６、バチルス・アルティチュジニス ＤＢ１００３３、バチルス・プミルスＤＢ０３３７６、またはバチルス・サブチルスＤＢ０２４７５の菌株は、セファロスポリン、キノロンおよびテトラサイクリンのクラスの抗生物質に感受性を示し、アミノグリコシド、マクロライド、アズトレオナム、カルバペネム、メロペネム、クロラムフェニコール、クリンダマイシンおよびアモキシシリン／クラブラン（４：１）にあまり感受性を示さず、バシトラシンには耐性を示す。
材料および方法
ホールゲノムショットガンシーケンシングおよび生物情報解析
Ｎｅｘｔｅｒａ Ｆｌｅｘキット（Ｉｌｌｕｍｉｎａ社）を使用して、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの菌株それぞれのショットガンシーケンシングライブラリを生成した。ショットガンライブラリを、ＨｉＳｅｑ Ｘプラットフォームにプールして、配列決定した。シーケンシングリードを自動的に個々のＦＡＳＴＡファイルに逆多重化し、標準的な生物情報解析を実行して、クリーニングしたシーケンシングリードから構築したゲノムを生成した。
病原性因子、プラスミドおよび抗生物質耐性についてのインシリコ試験
アルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６、バチルス・サブチルスＤＢ０２４７５、バチルス・プミルスＤＢ０３３７６、およびバチルス・アルティチュジニスＤＢ１００３３を、Ａｂｒｉｃａｔｅ（Ｓｅｅｍａｎｎ Ｔ、Ａｂｒｉｃａｔｅ、Ｇｉｔｈｕｂハイパーテキストトランスファープロトコルセキュア／／ｇｉｔｈｕｂ．ｃｏｍ／ｔｓｅｅｍａｎｎ／ａｂｒｉｃａｔｅ）を使用して解析した。使用したデータベースは、ＣＡＲＤ、Ｒｅｓｆｉｎｄｅｒ、ＶＦＤＢおよびｐｌａｓｍｉｄｆｉｎｄｅｒであった。最上位の解析によって、菌株が病原性因子やプラスミドを有していないことが示された。ＣＡＲＤは、包括的抗生物質耐性データベース（ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｄａｔａｂａｓｅ）、Ｒｅｓｆｉｎｄｅｒは、薬剤耐性データベース（ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｄａｔａｂａｓｅ）、ＶＦＤＢは、病原性因子データベース、Ｐｌａｓｍｉｄｆｉｎｄｅｒは、プラスミドレプリコンを収集したデータベースである。
内部抗生物質耐性試験
アルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６、バチルス・アルティチュジニスＤＢ１００３３、バチルス・プミルスＤＢ０３３７６、またはバチルス・サブチルスＤＢ０２４７５のコロニー１個を、５０％ＢＨＩ寒天で３日間増殖させ、その後、１０×、１００×にそれぞれ希釈した１ｍＬの１×ＰＢＳ緩衝剤で十分に混合した。希釈したアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの細胞を、１５０ｍｍペトリ皿にあるＲ２Ａ／ＢＨＩ寒天プレートに３連で均等に２００μｌプレーティングした。ディスクディスペンサー（ＢＤ ＢＢＬ Ｓｅｎｓｉ－Ｄｉｓｃ Ｄｅｓｉｇｎｅｒ Ｄｉｓｐｅｎｓｅｒ Ｓｙｓｔｅｍ、１２箇所用）を使用して、抗生物質ディスク（ＢＤ ＢＢＬ Ｓｅｎｓｉ－Ｄｉｓｃ薬剤感受性試験ディスク）を投入した。プレートを、室温で、２～３日間インキュベートし、インキュベーションの終わりに撮像した。
ｖｅｇｉｔｏｎｅＬＢブロスで増殖させた、３日齢の菌株それぞれの細菌コロニーを、１０×、１００×にそれぞれ希釈した１ｍＬの１×ＰＢＳ緩衝剤で十分に混合した。希釈した細菌細胞を、１５０ｍｍペトリ皿にあるｖｅｇｉｔｏｎｅ寒天プレートに３連で均等に２００μｌプレーティングした。ディスクディスペンサー（ＢＤ ＢＢＬ Ｓｅｎｓｉ－Ｄｉｓｃ Ｄｅｓｉｇｎｅｒ Ｄｉｓｐｅｎｓｅｒ Ｓｙｓｔｅｍ、１２箇所用）を使用して、抗生物質ディスク（ＢＤ ＢＢＬ Ｓｅｎｓｉ－Ｄｉｓｃ薬剤感受性試験ディスク）を投入した。プレートを、室温で、２～３日間インキュベートし、インキュベーションの終わりに撮像した。
各菌株の抗生物質に対する感受性は、抗生物質ディスクを取り囲む細胞の阻止帯の透明度に反映される。ＩｍａｇｅＪを使用して阻止帯を測定し、解析のためにｃｍに変換した。
抗生物質ＭＩＣ試験
精製した培養物から増殖させ、ＬＢブロス－ｖｅｇｉｔｏｎｅで増殖させたアルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６、バチルス・アルティチュジニスＤＢ１００３３、バチルス・プミルスＤＢ０３３７６、またはバチルス・サブチルスＤＢ０２４７５を使用して、抗生物質耐性プロファイルおよびＭＩＣ試験を行った。
結果、解釈および結論
ヒトから単離したアルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６、バチルス・アルティチュジニスＤＢ１００３３、バチルス・プミルスＤＢ０３３７６、またはバチルス・サブチルスＤＢ０２４７５の菌株４種はすべて、少なくともゲノムの大きさの１００ｘを包括するように配列決定した。ゲノム配列をコンティグに組み立て、公開データベースに構築された標準的な解析手順を実行したが、これには、包括的抗生物質耐性データベース（ＣＡＲＤ、ハイパーテキストトランスファープロトコルｓｅｃｕｒｅ／／ｃａｒｄ．ｍｃｍａｓｔｅｒ．ｃａ／）、Ｒｅｓｆｉｎｄｅｒ３．２（識別獲得抗菌薬耐性遺伝子および／または染色体突然変異）、Ａｒｇａｎｎｏｔ（ハイパーテキストトランスファープロトコルセキュアａｔｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｐｕｂｍｅｄ／２４１４５５３２で利用可能）、ＰｌａｓｍｉｄＦｉｎｄｅｒ２．１、病原性細菌の病原性因子（ＶＦＤＢ、ハイパーテキストトランスファープロトコル／／ｗｗｗ．ｍｇｃ．ａｃ．ｃｎ／ＶＦ／ｍａｉｎ．ｈｔｍ）が含まれる。インシリコ検索では、病原性因子をコードする公知の遺伝子は得られなかった。
試験した菌株のいずれも、Ａｂｒｉｃａｔｅを使用して解析したゲノムにはプラスミドや病原性因子を有していなかった（表３）。ＤＢ０５６４６は、抗生物質耐性や薬剤耐性を与える遺伝子を有していないが、ＤＢ１００３３とＤＢ０３３７６は、推定抗生物質耐性を与える遺伝子を２つ、薬剤耐性を与える遺伝子を１つ有する。ＤＢ０２４７５は、推定抗生物質耐性を与える遺伝子を６つ有するが、薬剤耐性を与える遺伝子を有していない（表３および表４）。
ＭＩＣによると、ＤＢ０５６４６が一般的に見出され、存在する濃度で、すべての局所用抗生物質に感受性を示すことが実証された。ムピロシンは、局所用バクトロバンクリームまたは軟膏中で２％（２０，０００μｇ／ｍＬ）使用されている。局所用クロルヘキシジンは、Ｈｉｂｉｃｌｅｎｓ溶液中で４％（４０，０００μｇ／ｍＬ）使用されて、Ｂｅｔａｄｉｎｅ外科用スクラブで４％使用され、ポビドンヨードは、綿棒の場合、Ｂｅｔａｄｉｎｅ綿棒または外科用スクラブ溶液中で７．５～１０％（７５，０００～１００，０００μｇ／ｍＬ）使用されている。ポビドンヨードを除き、ＭＩＣは、局所治療濃度よりも大きく下回る。
実施例５：プロバイオティクスの組み合わせによる阻害アッセイ
概要
ヤンシノバクテリウム・リビダムＤＢ０２４７３、アルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６、バチルス・アルティチュジニスＤＢ１００３３、バチルス・プミルスＤＢ０３３７６、またはバチルス・サブチルスＤＢ０２４７５を、震盪フラスコで増殖させ、Ｍ．レストリクタまたはＭ．フルフルの菌叢上に筋状または点状のいずれかでつけた。これらの細菌が単独または組み合わせでＭ．レストリクタまたはＭ．フルフルを抑制する能力を観察した。試験した菌株のうちの一部は、別の細菌と組み合わせて増殖させると、Ｍ．レストリクタまたはＭ．フルフルの抑制能が増大した。
材料および方法
菌株
Ｍ．レストリクタＭＹＡ４６１１、Ｍ．フルフル１２０７８、Ｍ．グロボーサＭＹＡ４７９４を、ＡＴＣＣから購入し、指示書に従って維持した。トリコフィトン・ルブルム株１８７５４を、ＡＴＣＣから購入し、指示書に従って維持した。
スタフィロコッカス・アウレウスの菌株２５９２３を、ＡＴＣＣから購入し、指示書に従って維持した。ヤンシノバクテリウム・リビダムＤＢ０２４７３、アルカリゲネス・フェーカリスの菌株ＤＢ０５６４６、バチルス・アルティチュジニスの菌株ＤＢ１００３３、バチルス・プミルスの菌株ＤＢ０３３７６、またはバチルス・サブチルスの菌株ＤＢ０２４７５を、ＤＭＳＯまたはグリセロールのいずれかを抗凍結剤として使用して、－８０℃で保存した。
インビトロアッセイを準備した。このアッセイは、病原体の増殖を停止するか制限する、細菌、真菌または小分子の能力を試験するための標準的な阻害アッセイの変形型である。病原体の菌叢に潜在的阻害剤を添加し、阻害剤周囲の病原体の増殖阻止帯を測定した。
簡潔に説明すると、ＹＰＤ－Ｍａｌ寒天プレート上で５～１４日間マラセチアを増殖させ、その後、プレートから得た菌資材を擦り取って、１ｍＬの滅菌水に５ｍｍ径ガラスビーズを含むクライオチューブの中に入れた。その後、チューブを攪拌して資材を均一にした。ＯＤ６００を測定し、０．３まで希釈した。その後、均質化した接種物を２００μｌ容量ずつ、ビーズを使用して、２２枚の寒天プレート媒体上に広げて乾燥させ、新たな培地プレートを作製した。
ヤンシノバクテリウム・リビダムＤＢ０２４７３、アルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６、バチルス・アルティチュジニスＤＢ１００３３、バチルス・プミルスＤＢ０３３７６、またはバチルス・サブチルスＤＢ０２４７５を、震盪フラスコで増殖させた。凍結培養物のアリコートを、バフル付き２５０ｍＬフラスコの中に入れた５０ｍＬのＢＨＩブロスに接種し、２５℃、２００ｒｐｍで、約２０～２２時間一晩インキュベートした。
各菌株を希釈して、１ｍＬ体積当たり所定のＣＦＵ／ｍＬ（～１０＾６、～１０＾４－１０＾８の範囲内）にした。ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルスまたはバチルス・サブチルスから得た希釈液に綿棒を浸して、プレートの中心から外周へと直線に筋をつけた。その後、ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスから選択した他の菌株のうちの１種の希釈液、あるいは無菌培地に浸した綿棒で、半分がある菌株、半分が別の菌株を含むように、プレートを横切る直線を形成した。２つの細菌を使用した場合、プレートの中心は、病原体の菌叢上で両細菌株が混合する接点となった。
一部の事例では、上述のようにして準備したマラセチアの菌叢を有するプレートの中心に、プロバイオティクス接種物（アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス）を５μｌスポットして添加した。このスポットのすぐ隣に、プロバイオティクス接種物または無菌培地をさらに５μｌスポットして添加した。
凍結試料または最適化培養物（最適化増殖時間および最適化ＣＦＵ／ｍＬ）から得たヤンシノバクテリウム・リビダムＤＢ０２４７３、アルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６、バチルス・アルティチュジニスＤＢ１００３３、バチルス・プミルスＤＢ０３３７６、またはバチルス・サブチルスＤＢ０２４７５を、各プレートに筋または点で添加し、乾燥させた。プレートを、２７℃で、４日間インキュベートした。阻止帯の幅を観察した。
結果、解釈および結論
Ｍ．フルフルの菌叢上で一緒に増殖させた場合、バチルス・プミルスＤＢ０３３７６を、バチルス・サブチルスＤＢ０２４７５と組み合わせて増殖させると、各菌株が個々に示す抑制と比較して、Ｍ．フルフルの抑制がより大きくなった。これは、ＤＢ０２４７５とＤＢ０３３７６とが共に協働してＭ．フルフルを抑制すると、そのいずれかのプロバイオティクスを単独で用いるよりも大きい程度で抑制することを示す（表６）。表６に示すように、菌株ＤＢ０２４７５とＤＢ０３３７６が共に増殖させると、それぞれの株が単独で形成するよりも大きい阻止帯を形成してＭ．レストリクタの増殖を抑制した。加えて、菌株ＤＢ１００３３とＤＢ０３３７６は組み合わされると、Ｍ．レストリクタに対して、それぞれの菌株が個々にもたらすことができるよりも大きい阻止帯をもたらした。ＤＢ１００３３とＤＢ３３７６、あるいはＤＢ３３７６とＤＢ０２４７５が共に存在する場合、真菌叢をさらに一掃することが観察された（データは未掲載）。これらのデータから、本明細書に記載する菌株のある特定の組み合わせが、個々の菌株単独よりもマラセチア病原体を抑制する上でより有効であり得ることが裏付けられる。
実施例６： エクスビボ豚皮膚研究
概要
ヒト皮膚を模した系でのアルカリゲネス・フェーカリス（ＤＢ０５６４６）およびヤンシノバクテリウム・リビダム（ＤＢ０２４７３）の病原体の増殖抑制能力を試験するために、エクスビボ豚皮膚アッセイを開発した。スタフィロコッカス・アウレウスを定着させた豚皮膚の外植片上で、両細菌を、プロバイオティクスとして試験した。外植片から回収したコロニー形成単位計数によって、アルカリゲネス・フェーカリス、ヤンシノバクテリウム・リビダム、およびスタフィロコッカス・アウレウスの存在を測定した。ＤＢ０５６４６やＤＢ０２４７３のプロバイオティクスのスタフィロコッカス・アウレウス抑制活性を、ＰＢＳやビヒクル対象と比較して測定した。
材料および方法
ＤＢ０５６４６とＤＢ０２４７３を、発酵槽で５Ｌ規模で増殖させた。１４～１５時間経過した震盪フラスコ培養物から発酵槽に接種し、６００ｎｍでの吸光度を測定し、２５℃での増殖を監視した。１６時間の時点で細胞を回収し、遠心沈殿させ、液体ビヒクル中に再懸濁した。
スタフィロコッカス・アウレウスＡＴＣＣ４３３００培養液を作成するため、単一のコロニーを５ｍＬのＴＨＢブロスに移植し、３７℃に調節した振盪培養器に一晩入れた。豚皮膚の外植片を感染させる準備が整うおよそ２．５時間前に、２０μｌのＡＴＣＣ４３３００培養液を、２ｍＬの新鮮なＴＨＢブロスに移動させ、３７℃に調節した振盪培養器で継続して増殖させる。細胞密度を、光学濃度（ＯＤ）の読み取りによって確認し、ＯＤ０．６を狙うが、これは、５ｘ１０＾８ＣＦＵ／ｍＬに対応する。最終的な培養液のアリコートをＭＳＡプレート上にプレーティングして、コロニー数を確認した。
地元の業者から、豚皮膚の外植片を得た。土砂は、外科用スクラブブラシと水で擦り落として、完全に取り除いた。毛は、切り取り、その後、使い捨てカミソリを用いて繰り返し剃毛することによって取り除いた。直径８ｍｍの外植片を作成し、ペニシリン／ストレプトマイシン２％とファンギゾン０．２％を含有したＲＰＭＩに浸し、３０秒間攪拌し、２分超音波処理し、再び３０秒間攪拌した。ペニシリン／ストレプトマイシン２％とファンギゾン０．２％を含有したＲＰＭＩを置き換えて、組織をインキュベートし、３７℃で３０分間溶液に浸した。あらゆる他の溶液を取り除くため、外植片を、～１０ｍＬの新鮮なＲＰＭＩで３回すすぎ、その後、インキュベートし、３０分間抗生物質を含有していないＲＰＭＩに浸した。外植片を、トランスウェル付き６ウェルプレートに皮膚側を上にして、かつ、２ｍＬのＲＰＭＩを下にしてプレーティングした。
外植片に、２０μｌのＳ．アウレウスＡＴＣＣ４３３００培養液を接種し、最終濃度を１０＾７ＣＦＵ／外植片にした。Ｓ．アウレウスを３７℃で２時間増殖させ、その後、プロバイオティクスベースの薬物製品で処置した。各薬物製品について、ビヒクルとＰＢＳ５μｌを各外植片に適用した。接種した外植片を、２５℃で、４８時間インキュベートした。ＤＢ０２４７３薬物製品を、１０＾８ＣＦＵ／ｍＬの用量で製剤化し、ＤＢ０５６４６薬物製品を、１０＾１０ＣＦＵ／ｍＬの用量で製剤化した。１０ｘまたは１００ｘに希釈したＤＢ０５６４６薬物製品については、ビヒクルを使用して元の薬物製品を適宜希釈した。
細胞の存在量を判断するため、外植片をプレートから取り除き、１ｍＬの１ｘＰＢＳを充填した２ｍＬチューブにプレーティングした。細菌は、３０秒間攪拌し、２分間超音波処理し、そしてさらに３０秒間攪拌することで遊離した。プロバイオティクスのＣＦＵを計数するために、試料をＢＨＩ寒天上に播種し、Ｓ．アウレウスのＣＦＵを計数するために、ＭＳＡ上にプレーティングした。ＭＳＡプレートを、３７℃でインキュベートし、ＢＨＩプレートを、２５℃でインキュベートした。標準的なＣＦＵ計測方法を使用して、スタフィロコッカス・アウレウスＡＴＣＣ４３３００のＣＦＵ／ｍＬの測定を、０時間、７時間および２４時間の時点で行った。各プロバイオティクスの濃度、あるいはビヒクル対照のために、３回の外植片の反復実験を行った。２元配置分散分析とＴｕｋｅｙのＨＳＤ事後検定を使用して、結果の統計解析を行った。
結果、解釈および結論
外植片当たりのＳ．アウレウスの存在量に対するＤＢ０２４７３とＤＢ０５６４６の治療効果を評価するために、合計４つの実験を行った。データにおける変動性が高いにもかかわらず、２つの実験では、ＤＢ０２４７３とＤＢ０５６４６の存在によって、処置から７時間後、２４時間後および４８時間後に、ＰＢＳ対照やビヒクル対照と比較して豚皮膚外植片上のＳ．アウレウスのＣＦＵ／ｍＬ量が著しく減少した。これに対して、ビヒクル対照とＰＢＳ対照は、各時点で、豚皮膚外植片上のＳ．アウレウスのＣＦＵ／ｍＬに変化をもたらさなかった（すなわち、検出できる程の変化がなかったか、あるいは著しくはない増加がみられた）。
ＤＢ０５６４６は、１０＾９ＣＦＵ／ｍＬの濃度を有する場合、０時間の対照と比較すると、豚皮膚外植片上のＳ．アウレウスを著しく減少させるのに最も有効であったが、ＤＢ０５６４６は、１０＾１０と１０＾８ＣＦＵ／ｍＬの場合、０時間の対照と比較すると、Ｓ．アウレウスのＣＦＵ数を著しく減少させることはなかった。ＤＢ０２４７３は、１０＾９ＣＦＵ／ｍＬの場合、０時間の対照と比較すると、外植片上のＳ．アウレウスの量をわずかに減少させたが、著しく減少させることはなかった（表６）。しかし、２４時間の時点でＰＢＳ対照やビヒクル対照と比較すると、ＤＢ０２４７３とＤＢ０５６４６の薬物製品の両方が、豚皮膚外植片上のＳ．アウレウスの存在量を著しく減少させた。
これらのデータは、ＤＢ０２４７３とＤＢ０５６４６の両方がエクスビボ皮膚モデルのＳ．アウレウスの増殖に対して抑制効果を有していることを示す。
実施例７：臨床試験
概要
皮膚病の処置および予防において使用するためのアルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６株を試験した。ＤＢ０５６４６は、無作為化二重盲検第ＩＩａ相、ビヒクルおよび水性ゲル剤を対照とした患者内で比較した臨床試験において、癜風の兆候および症状を改善する初期の傾向を示した。この臨床試験によって、アルカリゲネス・フェカーリスＤＢ０５６４６をマラセチアの近傍領域に適用した場合、ヒト供給源から単離したアルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６を用いたプロバイオティクス治療が一部の対象におけるマラセチアの存在量の減少と相関付けられることを実証した。一部の対象では、最後の処置が適用された後最大１週間、ＤＢ０５６４６が持続することを実証した。
材料および方法
スクリーニングで選択基準／除外基準に適合した対象を、研究の４つのコホートのうちの１つに登録した。各対象を無作為に割り当て、胸や背中にある癜風の影響を受けた皮膚にＤＢ０５６４６プロバイオティクス、ビヒクルゲル剤または水性ゲル剤の投与を適用した。第１コホートは、癜風の影響を受けた胴部１箇所に１０＾６ＣＦＵ／ｍｌのＤＢ０５６４６試験品を受け、別の箇所に水性ゲル剤を受けた対象６人であった。第２コホートは、癜風の影響を受けた胴部１箇所に１０＾８ＣＦＵ／ｍｌのＤＢ０５６４６試験品を受け、別の箇所に水性ゲル剤を受けた対象６人であった。第３コホートは、癜風の影響を受けた胴部１箇所に１０＾１０ＣＦＵ／ｍｌのＤＢ０５６４６試験品を受け、別の箇所に水性ゲル剤を受けた対象６人であった。これらの３つのコホートのそれぞれにおいて、２人の対象が試験品の単回投与を受け、４人の対象が連続５日間（複数回投与）投与を受けた。第４コホートは、癜風の影響を受けた胴部１箇所にビヒクルを受け、別の箇所に水性ゲル剤を受けた対象４人であった。対象は、診療所で、対象の胸や背中にある癜風の影響を受けた皮膚を備えた異なる解剖学的場所に、ＤＢ０５６４６プロバイオティクスを含有した薬物製品、ビヒクルおよび／または水性ゲル剤の適用を受けた。ビヒクルゲル剤対水性ゲル剤のコホートに、４人の対象を登録し、連続５日間１日１回の治療用量を受けさせた。
診療所来院時に対象を確認し、最大連続５日間薬物製品を適用させ、その後、最後の薬物製品が投与されてからおよそ１週間後に経過観察で来院させた。真菌と細菌の両方の微生物の存在量を確認するため、各来院時に綿棒を収集した。癜風の兆候および症状について、５点満点法を使用して臨床評価を行い、局所耐容性の評価ならびに局所耐容性についての評価を行った。
標準的なｑＰＣＲ方法を使用して、マラセチアとＡ．フェカーリスの絶対存在量を測定した。ゲノム配列全体を使用して、微生物叢のマイクロビオータの相対存在量を評価した。
結果、解釈および結論
この臨床試験によって、アルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６をマラセチアの近傍領域に適用した場合、アルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６が一部の対象における癜風の臨床スコアの低下やマラセチアの存在量の減少と相関付けられることを実証した。
図７に示すように、ＤＢ０５６４６を含有した活性薬物製品のある特定の濃度がスコアの低下をもたらしており、これは、水性ゲル剤による対照と比較すると、臨床的兆候や症状を改善することを示唆している。第２コホートの対象６人（単回投与する対象２人と複数回投与する対象４人）ならびに第３コホートの対象６人（単回投与する対象２人と複数回投与する対象４人）に、活性薬物製品を、１０＾９または１０＾１０ＣＦＵ／ｍＬの濃度でそれぞれ投与した。対象１２人のうち７人は、臨床スコアの定量化可能な減少を経験し、対象５人は、水性ゲル剤対照で処置した解剖学的部位と比較すると、ＤＢ０５６４６プロバイオティクスで処置した解剖学的部位で臨床スコアの減少がより大きかった（図７）。この差異は、１４日目に、すべての対象において最も顕著であった（図７、全パネル）。加えて、ｑＰＣＲで測定した場合、複数の対象は、治験の過程にわたって、治療部位でマラセチアの絶対存在量の減少を経験した（図８）。また、一部の対象は、最後の処置が適用された後最大１週間、ＤＢ０５６４６の存在が持続することを実証した（図９）。
実施例８：代謝産物
概要
アルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６の抽出物とバチルス・プミルスＤＢ０３３７６の抽出物の代謝産物について解析した。マラセチア・フルフルの存在下および非存在下でのアルカリゲネス・フェーカリスの代謝プロフィールを、液体クロマトグラフ質量分析（ＬＣ－ＭＳ）で解析した。アルカリゲネス・フェーカリスの分離株によって産生された代謝産物と、Ｍ．フルフル培養液の存在下でアルカリゲネス・フェーカリスの分離株によってアップレギュレートされた代謝産物の全範囲のパネルを展開し、表７～表１６に示す。
材料および方法
マラセチアと共に、Ａ．フェカーリスＤＢ０５６４６とＢ．プミルスＤＢ０３３７６との共培養の分離に、０．４μｍフィルタの挿入物を使用し、１２ウェルプレートのウェルに存在する２つの培養物を互いに分離した。培地２２にある、ＯＤ６００＝５の各プロバイオティクス培養液２ｍＬを、１２ウェルプレートの４つの重複ウェルに添加した。２ｍＬの培地２２を、１２ウェルプレートの４つの重複ウェルに、陰性対照として添加した。０．４μｍフィルタの挿入物（Ｇｒｅｉｎｅｒ Ｂｉｏ－Ｏｎｅ、Ｃａｔ． Ｎｏ．７００３８８）を、各ウェルに配置した。プロバイオティクスとマラセチアの共培養を準備するために、新たに増殖させた寒天プレートからマラセチアを擦り取って、５ｍｍのガラスビーズを５～１０個含有した一定容量のＲＰＭＩに入れた。これを攪拌して、懸濁液のＯＤ６００を測定した。培地２２でＯＤ６００＝０．０５の懸濁液を新たに作成し、１ｍＬを重複挿入物に添加した。対照として、１ｍＬの培地２２ブロスを各挿入物に添加した。プレートを、１８０ｒｐｍ、２７℃で、４８時間振盪し、１ｍＬの試料を２つ、各ウェルから別個のチューブに収集した。
プローブ超音波処理器を使用し、３ｘ４０秒間、強度４０％、超音波バースト間は２０秒間、氷上になるように設定して、１．２ｍＬの試料を超音波処理した。この手順によって、アルカリゲネス・フェーカリスを溶解させた。超音波処理した材料を、１４０００ｘｇで、２分間遠心分離した。７００μｌの上清を、新たなチューブに移した。チューブに蓋をして、液体窒素で瞬間凍結し、－８０℃で保存した。溶解物の上清の残りは、瞬間凍結した後に冷凍ボックスで－８０℃で保存した。
標準的な方法に従って半極性代謝産物の検出を行った。消費した培地から得た各試料を、ＬＣ－ＭＳ分析に先立って、ギ酸０．１％を含有した１０ｍＭのギ酸アンモニウムを使用して、２０倍に希釈した。ＬＣ－ＭＳ分析は、ＵＰＬＣシステムと高解像度四重極型Ｏｒｂｉｔｒａｐ質量分析計（Ｑ Ｅｘａｃｔｉｖｅ ＨＦ Ｈｙｂｒｉｄ Ｑｕａｄｒｕｐｏｌｅ－Ｏｒｂｉｔｒａｐ、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を組み合わせて使用して実施した。イオン化源としてエレクトロスプレーイオン化インターフェイスを使用した。負モードと正モードで分析を実施した。化合物を同定するためには、ＭＳ／ＭＳのモードでＱＣ試料を分析した。ＵＰＬＣは、Ｃａｔａｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，ＵＰＬＣ／ＭＳ ｍｏｎｉｔｏｒｉｎｇ ｏｆ ｗａｔｅｒ－ｓｏｌｕｂｌｅ ｖｉｔａｍｉｎ Ｂｓ ｉｎ ｃｅｌｌ ｃｕｌｔｕｒｅ ｍｅｄｉａ ｉｎ ｍｉｎｕｔｅｓ， Ｗａｔｅｒ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｎｏｔｅ ２０１１， ７２０００４０４２ｅｎに記載されているプロトコルを若干改変したバージョンを使用して実施した。
ＬＳ－ＭＳデータは、Ｃｏｍｐｏｕｎｄ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｅｒ ３．１ （ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して処理した。レベル１からレベル３までの３つのレベルのアノテーションを使用して、化合物を同定した（表７～表１６において、化合物は「化合物ＩＤ」で標識されている）。クロマトグラムの面積に基づいて、所定の試料中の各化合物について定量値を生成した。
結果、解釈および結論
ＤＢ０５６４６やＤＢ０３３７６によって（５倍以上生産された）著しく大きい化合物については、特に関心の対象となった。ＤＢ０５６４６／ＤＢ０３３７６の単一培養および／またはＭ．フルフルとの共培養のいずれかで、ＤＢ０５６４６／ＤＢ０３３７６によって、５つの化合物群が過剰生産された。
ＤＢ０５６４６によって、合計８９種の化合物が著しく生産されることが判明した。
第１群の化合物は、ＤＢ０５６４６の単一培養のみで著しく生産された（表７）。
第２群の化合物は、ＤＢ０５６４６の単一培養、Ｍ．フルフルの単一培養、および共培養で著しく産生された（表８）。第２群の化合物のうち、特に関心の対象となったのは、Ｍ．フルフルの単一培養と比較すると、ＤＢ０５６４６ＭとＭ．フルフルの共培養で著しく産生された６種の化合物であり、これらは、２－（１－エトキシエトキシ）プロパン酸、１－ピロリン－５－カルボン酸、メチルチオ ２－（プロピオニルオキシ）プロピオネート、５－グアニジノ－２－オキソペンタン酸、アセト酢酸エチル、およびリブロース－５－ホスフェートであった。
第３群の化合物は、ＤＢ０５６４６の単一培養および共培養で著しく産生された（表９）。とりわけ、第３群の２９種の化合物のうち、２４種の化合物は、Ｍ．フルフルの単一培養と比較しても、共培養で著しく産生された。これは、ＤＢ０５６４６が共培養で、これらの２２種の化合物の産生に著しく寄与することを裏付けている。
第４群の化合物は、ＤＢ０５６４６の単一培養の単一培養とＭ．フルフルの単一培養の両方で著しく産生されたが、共培養では著しく産生されなかった（表１０）。第４群の６種の化合物のうち、グアノシンとイノシンの２種の化合物は、共培養では著しく減少し、これらの２種の化合物が、共培養における相互作用にとって重要であることが裏付けられた。
第５群の化合物は、共培養でのみアップレギュレートされた（表１１）。第５群の１４種の化合物のうち９種は、培地２２と比較した場合、共培養で著しく高い水準にはならなかったが、Ｍ．フルフルと比較した場合、共培養で著しく高い水準になり、これらの化合物がＤＢ０５６４６によって産生されるものの、共培養ではＭ．フルフルによって消費されることが裏付けられた。
ＤＢ０５６４６の存在下の共培養で５倍以上著しく減少した４４種の化合物については、ホモシトルリンとマロン酸の２種の化合物が、特に関心の対象となった。これらの２種の化合物は、培地２２と比較した場合、ＤＢ０５６５６の単一培養でわずかに低い水準になったが、Ｍ．フルフルと比較した場合、共培養で著しく低い水準になった。これらの２種の化合物は、Ｍ．フルフルの栄養飢餓のメカニズムなどによってＭ．フルフルの増殖抑制に重要な役割を果たし得る。
同様に、様々な状態下でＤＢ０３３７６によって著しく産生された化合物は、合計７７種存在していた。
第１群の化合物は、ＤＢ０３３７６の単一培養のみで著しく生産された（表１２）。
第２群の化合物は、ＤＢ０３３７６の単一培養、Ｍ．フルフルの単一培養、および共培養で著しく産生された（表１３）。
第３群の化合物は、ＤＢ０３３７６の単一培養および共培養で著しく産生された（表１４）。とりわけ、第３群のうちの８種はすべて、Ｍ．フルフルの単一培養と比較しても、共培養で著しく産生された。これは、ＤＢ０３３７６が共培養で、これらの化合物の産生に著しく寄与することを裏付けている。
ＤＢ０３３７６の単一培養とＭ．フルフルの単一培養の両方で著しく産生されたが、共培養では著しく産生されなかった化合物は、第４群には２種しか存在していなかった（表１５）。２種の化合物のうち、ヒポキサンチンは、共培養では著しく減少し、これらの２種の化合物が、共培養における相互作用にとって重要であることが裏付けられた。
第５群の化合物は、共培養でのみアップレギュレートされた（表１６）。第５群の化合物の大半（５０／５７）は、培地２２と比較した場合、共培養で著しく高い水準にはならなかったが、Ｍ．フルフルと比較した場合、共培養で著しく高い水準になり、これらの化合物がＤＢ０５６４６によって産生されるものの、共培養ではＭ．フルフルによって消費されることを示唆していた。
同様に、ＤＢ０３３７６の存在下で著しく減少した化合物については、ｍｕｄｉｆｌｏｒａｍｉｄｅ、Ｎ，Ｎ’－ジ［４－（２，６－ジメチルモルホリノ）フェニル］チオ尿素、コリンリン酸、および（Ｚ）－ノルエンドキシフェンの４種の化合物が、特に関心の対象となった。これらの４種の化合物は、培地２２と比較した場合、ＤＢ０３３７６の単一培養で低いレベルであることが検出されたが、Ｍ．フルフルと比較した場合、共培養で著しく低い水準になった。これらの化合物は、Ｍ．フルフルの栄養飢餓のメカニズムなどによってＭ．フルフルの増殖抑制に重要な役割を果たし得る。
実施例９：Ａ．フェカーリスのゲノム比較研究
概要
ヒト皮膚から、プロバイオティクス能力を備えた新たな細菌分離株を識別するために、４２人の健康な若年成人から収集したおよそ７００個の皮膚微生物叢試料を、生存コロニー形成単位についてスクリーニングした。シングルコロニーを継代して、個々の分離株を精製した。これらの個々の細菌分離株のうちの４５４個の一次スクリーニングを行ったところ、マラセチア、スタフィロコッカス・アウレウス、および／またはトリコフィトン・ルブルムに対する阻害活性を示す５種の候補種が挙げられた。
アルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６について生物情報解析を行うために、ＮＣＢＩ参照株に対して、菌株アセンブリ、分類学的分類、同一性および安全性を含む様々な解析を行った（表１９）。解析には、菌株の配列決定データのアセンブリと、菌株の系統発生を評価するために、公的かつ商業的に利用可能なゲノムを有する全ゲノムのアライメントとを含んだ。菌株の同一性は、平均ヌクレオチド同一性（ＡＮＩ、当業者に公知であり、さらに、参考として本明細書に記載される）で評価し、潜在的に医薬品用途を有する二次代謝産物プロファイルを確立した。
材料および方法
ホールゲノムショットガンシーケンシング（ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅ ｓｈｏｔｇｕｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）およびゲノム配列アセンブリ
Ｉｌｌｕｍｉｎａ社製のＮｅｘｔｅｒａ Ｆｌｅｘキットを使用して、製造業者の指示書に従って、ＤＢ０５６４６についてショットガンシーケンシングを行った。ショットガンライブラリを、ＨｉＳｅｑ Ｘプラットフォームにプールして、配列決定した。シーケンシングリードを自動的に個々のＦＡＳＴＡファイルに逆多重化し、標準的な生物情報解析を行って、クリーニングしたシーケンシングリードから構築したゲノムを生成した。
全ゲノムアライメント／系統発生
全ゲノム解析を行った。集めたゲノムを、参照ゲノム（すなわち、表１７にあるもの）や公のデータベースから得た外群とともに、全ゲノムアライメントで使用した。Ｈｏｍｂｌｏｃｋｓを使用して、全ゲノムアライメントを行ったが、これは、アライメントを行ったり、Ｌｏｃａｌｌｙ ｃｏｌｌｉｎｅａｒ ｂｌｏｃｋ（ＬＣＢ）を抽出したりするために、バックグラウンドでｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ ｍａｕｖｅを使用するものであった。ＬＣＢは、ゲノム再編成がないように見える保存されたセグメントである。全ゲノムアライメントを使用して、系統発生を確立した。アライメントファイルが生成されると、ＲａｘＭＬを使用して、ＤＢ０５６４６とＮＣＢＩ参照株（表１７）について、外群として使用する異なる属の参照細菌としてのアクロモバクター・キシロソキシダンス（Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ ｘｙｌｏｓｏｘｉｄａｎｓ）とともに、系統樹を構築し、菌株の進化的関係を示す樹を生成する（表１０を参照されたい）。
平均ヌクレオチド同一性
平均ヌクレオチド同一性（ＡＮＩ）は、全ゲノムアライメントに類似しているが、その代わりに、ゲノム間のヌクレオチドのゲノム類似性を捉えるためにＢＬＡＳＴを使用する。ＡＮＩは、原核生物ゲノムを比較する上で広く使用されており、これによって、種の菌株レベルの同一性の分解能をもたらす。平均ヌクレオチド同一性のＰｙｔｈｏｎスクリプトを使用して、ＡＮＩを行う。表１７にある菌株はすべて、比較のために使用した。９５％のカットオフを使用して種レベルの同一性を確立し、１００％のカットオフを使用して菌株レベルの同一性を確立する。
パンゲノム解析
パンゲノム解析のために、Ｒｏａｒｙを使用した。コアゲノム（被覆度１００％、同一性９９％以上）、アクセサリーゲノム、または変数（同一性９９％未満。しかし、依然として一部一致するか、ある菌株に特異的な遺伝子である）に分類されるゲノムを分離するために、アセンブリの（ｐｒｏｋｋａで生成した）アノテーション付きｇｆｆファイルが必要である。パンゲノム解析は、表１７にあるアセンブリに対して行った。解析に使用したゲノムアセンブリ（ＤＢ特異的なｒｅｆｓｅｑやｇｅｎｂａｎｋ）はすべて、ｐｒｏｋｋａ（原核生物アノテーションツール）を使用してアノテーションを付けた。結果としてできたｇｆｆファイルを、Ｒｏａｒｙで使用して、パンゲノムを構築した。特にＤＢ０５６４６と参照株との間の遺伝子差異を確立するために、可変遺伝子を評価した。
Ａｎｔｉｓｍａｓｈ
Ａｎｔｉｓｍａｓｈは、細菌ゲノムにある二次代謝産物生合成遺伝子クラスターを識別してアノテーションを付けるためのウェブブラウザベースのツールである。これによって、潜在的に医薬品用途を有し得る二次代謝産物プロファイルのゲノムアセンブリをマイニングすることができる。Ａｎｔｉｓｍａｓｈ解析は、Ａ．フェカーリスの菌株ＬＫ３６、ＭＢ２０７、ＮＢＩＢ－０１７、ＨＰＣ１２７１およびＭＵＢ１４（ＧＣＦ＿０１００９２６２５．１）の全ゲノムアセンブリに対して行った。
結果、解釈および結論
系統発生
ＤＢ０５６４６は、外群のアクロモバクター・キシロソキシダンス（異なる種）から明瞭に分けられることを示した。ＤＢ０５６４６は、２２種の参照株すべてからも分けられ、同じ種からの別の菌株とクレードを共有しない。
平均ヌクレオチド同一性
図１１に示したヒートマップに表わされたデータによって、ＤＢ０５６４６が、ヒト宿主から単離した菌株を含むＮＣＢＩ参照株のうちの一部に対して９５％超の種レベルの同一性を有していることが示され、また、他のＡ．フェカーリスの参照株よりも大きなパーセント差で、外群のアクロモバクター・キシロソキシダンスから明瞭に分けられることが示されている。ＤＢ０５６４６の群は、他の種のアルカリゲネス・フェーカリスと信頼性を有するが、菌株レベルでは、概して参照株と異なっており、いずれに対しても１００％を大きく下回る同一性を有する。ＤＢ０５６４６は、アルカリゲネス・フェーカリスの種の１つであるが、参照株とは遺伝的に異なる菌株である。
パンゲノム解析
ＤＢ０５６４６と３４種の可変遺伝子との間の既知の機能性のパーセント類似性は、パンゲノム解析を使用して判断した。３４種の可変遺伝子からなるこのセットのうち、３３種の遺伝子が、他の菌株またはＢＬＡＳＴデータベース範囲で見つかり、パーセント同一性は、コア遺伝子として分類されるものよりも低かったが、依然としてすべてのゲノムに存在していた（図１２）。
興味深いことに、ＤＢ０５６４６のうちの遺伝子の１種であるｙｃｇＪ（推定メチル化酵素、配列番号６）は、ＤＢ０５６４６のみで見出され、ＮＣＢＩのアルカリゲネス・フェーカリスの他の菌株では見出されなかった。これは、ローカルＢＬＡＳＴを用いて、Ａ．フェカーリスｍｐ参照株に対して確認し、また、オンライン ＢＬＡＳＴを用いて、ＮＣＢＩ ｎｒ／ｎｔデータベース全体に対して確認した。新たに発見したこの遺伝子と他のいずれの既知の菌株との間にも類似性は見出されなかった。一部の実施形態では、このメチルトランスフェラーゼは、エピジェネティクスに影響を与える場合がある。一部の実施形態では、このメチルトランスフェラーゼ遺伝子は、病原体に対する効果的な治療で使用されるＤＢ０５６４６の能力に影響を与える場合がある。したがって、このメチルトランスフェラーゼ遺伝子を使用するのは、さらなるＡ．フェカーリスベースの処置を展開するためのＡ．フェカーリスおよび／または他の１つ以上の菌株への添加物としてみなされてもよい。
保存される遺伝子および代謝産物
二次代謝産物プロファイルの全ゲノムアセンブリを、Ａｎｔｉｓｍａｓｈでマイニングした。ＤＢ０５６４６は、エクトイン、バシリバクチン、キノロバクチン、バークホルデリア酸およびエマルサンの代謝産物プロファイルを有することが判明した。表１８Ａに示しているように、これらのプロファイルは、ＮＣＢＩ参照株（ヒトから単離した、および／または、抗微生物活性を有する）ＬＫ３６、ＭＢ２０７、ＮＢＩＢ－０１７、ＨＰＣ１２７１およびＭＵＢ１４（ＧＣＦ＿０１００９２６２５．１）のゲノムにおいても見出された。
保存された経路をさらに評価するために、まず、保存された経路の比較用の細菌のゲノムアセンブリすべてに、ＰＲＯＫＫＡアノテーションツールを用いてアノテーションを付けた。結果としてできた．ｆａａファイルは、機能性アミノ酸配列を含むものであり、これを、ＢｌａｓｔＫＯＡＬＡ検索の入力に使用した。ファイルを、ＢｌａｓｔＫＯＡＬＡサーバーにアップロードして、属レベルの分類群のＫＥＧＧ Ｏｒｔｈｏｌｏｇｙデータベースを使用して実行した。ツールによって、Ｏｒｔｈｏｌｏｇｙベースの検索に基づいて、アミノ酸配にＫ番号を割り当てた。これらのＫ番号は、機能オーソログの観点から分子機能を表している。この方法を使用して、すべてのゲノムにＫ番号を生成した。
分類群の比較ゲノム間で共通のＫ番号（機能性アミノ酸）を、カスタムＲスクリプトを使用して単離した。ゲノム比較の結果として得た共通のＫ番号は、ＫＥＧＧ経路再構築ウェブサーバー（ワールドワイドウェブ上のハイパーテキストトランスファープロトコルセキュアｍＬｋｅｇｇ．ｊｐ／ｋｅｇｇ／ｍａｐｐｅｒ／ｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔ．ｈｔｍＬ）を使用して、経路に再構築した。共通のＫ番号をアップロードすると、これらのＫ番号を表す経路が、保存された共通の経路から作成され、文献概説に基づいて、抗生物質性や抗真菌性を有するものがさらに探索された。
アルカリゲネス・フェーカリスの菌株ＬＫ３６、ＭＢ２０７、ＮＢＩＢ－０１７、ＨＰＣ１２７１およびＭＵＢ１４（ＧＣＦ＿０１００９２６２５．１）に保存された抗菌経路の分析によると、データは、テルペノイドとポリケチドの生合成経路ならびに生体異物の分解経路が保存されたことを示した（表１８Ｂ）。各経路内にマッピングされるＫ番号は、経路番号の後ろに表示される。例えば、「Ｍ００７９３ ｄＴＤＰ－Ｌ－ラムノース生合成（４）（３／４完全）」という経路は、経路内に４つのＫ番号がマッピングされているが、その４つのＫ番号のうちの３つが、これらの菌株において共通である。
実施例１０：Ｂ．アルティチュジニスのゲノム比較研究
概要
ヒト皮膚試料（ＤＢ株）から単離したバチルス・アルティチュジニスについて生物情報解析を行うために、ＤＢ群内で、参照株と対比して、菌株アセンブリ、分類学的分類、同一性および安全性を含む様々な解析を行った（表１９）。解析には、菌株の配列決定データのアセンブリと、菌株の系統発生を評価するために、公的かつ商業的に利用可能ないくつかのゲノムを有する全ゲノムのアライメントとを含んだ。
菌株の同一性は、平均ヌクレオチド同一性（ＡＮＩ、当業者に公知であり、さらに、参考として本明細書に記載される）で評価し、潜在的に医薬品用途を有する二次代謝産物プロファイルを確立した。
材料および方法
ホールゲノムショットガンシーケンシング（ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅ ｓｈｏｔｇｕｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）およびゲノム配列アセンブリ
Ｉｌｌｕｍｉｎａ社製のＮｅｘｔｅｒａ Ｆｌｅｘキットを使用して、製造業者の指示書に従って、表２１にあるＤＢ株すべてについてショットガンシーケンシングを行った。ショットガンライブラリを、ＨｉＳｅｑ Ｘプラットフォームにプールして、配列決定した。シーケンシングリードを自動的に個々のＦＡＳＴＡファイルに逆多重化し、標準的な生物情報解析を行って、クリーニングしたシーケンシングリードから構築したゲノムを生成した。
全ゲノムアライメント／系統発生
全ゲノム解析を行った。集めたゲノムを、選択した参照ゲノムや公のデータベースから得た外群とともに、全ゲノムアライメントで使用した。Ｈｏｍｂｌｏｃｋｓを使用して、全ゲノムアライメントを行ったが、これは、アライメントを行ったり、Ｌｏｃａｌｌｙ ｃｏｌｌｉｎｅａｒ ｂｌｏｃｋ（ＬＣＢ）を抽出したりするために、バックグラウンドでｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ ｍａｕｖｅを使用するものであった。ＬＣＢは、ゲノム再編成がないように見える保存されたセグメントである。全ゲノムアライメントを使用して、系統発生を確立した。アライメントファイルが生成されると、ＲａｘＭＬを使用して、すべてのＤＢ株とＮＣＢＩ参照株（表１９）について、外群として使用する異なる属の参照細菌としてのハロバシルスハロフィルス（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈａｌｏｐｈｉｌｕｓ）とともに、系統樹を構築し、菌株の進化的関係を示す樹を生成する（表１３を参照されたい）。
平均ヌクレオチド同一性
平均ヌクレオチド同一性（ＡＮＩ）は、全ゲノムアライメントに類似しているが、その代わりに、ゲノム間のヌクレオチドのゲノム類似性を捉えるためにＢＬＡＳＴを使用する。ＡＮＩは、原核生物ゲノムを比較する上で広く使用されており、これによって、種の菌株レベルの同一性の分解能をもたらす。平均ヌクレオチド同一性のＰｙｔｈｏｎスクリプトを使用して、ＡＮＩを行う。表１９にある菌株はすべて、比較のために使用した。９５％のカットオフを使用して種レベルの同一性を確立し、１００％のカットオフを使用して菌株レベルの同一性を確立する。
Ａｎｔｉｓｍａｓｈ
Ａｎｔｉｓｍａｓｈは、細菌ゲノムにある二次代謝産物生合成遺伝子クラスターを識別してアノテーションを付けるためのウェブブラウザベースのツールである。これによって、潜在的に医薬品用途を有し得る二次代謝産物プロファイルのゲノムアセンブリをマイニングすることができる。Ａｎｔｉｓｍａｓｈ解析は、表１９にあるＤｅｒｍＢｉｏｎｔ（ＤＢ）菌株すべての全ゲノムアセンブリに対して行った。
結果、解釈および結論
系統発生
系統樹を作成したところ、Ｂ．アルティチュジニスの様々なＤＢ株間でゲノム上の差異が示された（図１３）。ＤＢ１００３３（Ｂ．アルティチュジニス、配列番号２）、ＤＢ０２４４８（配列番号７）、ＤＢ０２４５７（配列番号８）、ＤＢ０２４６１（配列番号９）、ＤＢ０２４７８（配列番号１０）、ＤＢ０２５４９（配列番号１１）およびＤＢ０２６２３（配列番号１２）は、外群のハロバチルス・ハロフィラス（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈａｌｏｐｈｉｌｕｓ）から明瞭に分けられることを示した。ハロバチルスは、バチルスと密接に関係する属である。また、試験した「ＤＢ」株はすべて、系統発生解析で使用した、公的に入手可能な１９種のゲノムとのクレードの共有において異なることを示す（図１３）。
平均ヌクレオチド同一性
図１４に示したヒートマップに表わされているデータは、Ｂ．アルティチュジニスのＤＢ株７種類がすべて、Ｂ．アルティチュジニスの参照ゲノムと比較した場合、ＤＢ群内でおおよそ９８～９９％の類似性の同一性範囲を有することを示す。Ｂ．アルティチュジニスでは、試験したＤＢ株７種すべての種で、これが確認される。ＤＢ株はいずれも、参照ゲノムと比較した場合、ＤＢ群と１００％の同一性を共有しているものはなく、株レベルで明瞭な差異を示す（図１４）。
Ａｎｔｉｓｍａｓｈ
Ａｎｔｉｓｍａｓｈを使用して、Ｂ．アルティチュジニスのＤＢ株すべて（すなわち、表２１に提示しているもの）に存在している共通の化合物の一覧を生成する。Ｂ．アルティチュジニスのＤＢ株は、抗生物質、抗腫瘍薬またはコレステロール低下薬などの潜在的に医薬品用途を有するプロファイルを示した（表２０Ａ）。
Ｂ．アルティチュジニスのＤＢ株に存在している共通の化合物には、バシリシン、カロチノイド、リケニシン、およびフェンギシンが含まれていた。加えて、３種のＤＢ株で、バシリバクチン（ＤＢ０２４６１）または胞子形成殺滅因子（ＤＢ０２４７８およびＤＢ０２６２３）を含む抗菌性化合物が検出された。
保存された経路をさらに評価するために、まず、保存された経路の比較用の細菌のゲノムアセンブリすべてに、ＰＲＯＫＫＡアノテーションツールを用いてアノテーションを付けた。結果としてできた．ｆａａファイルは、機能性アミノ酸配列を含むものであり、これを、ＢｌａｓｔＫＯＡＬＡ検索の入力に使用した。ファイルを、ＢｌａｓｔＫＯＡＬＡサーバーにアップロードして、属レベルの分類群のＫＥＧＧ Ｏｒｔｈｏｌｏｇｙデータベースを使用して実行した。ツールによって、Ｏｒｔｈｏｌｏｇｙベースの検索に基づいて、アミノ酸配にＫ番号を割り当てた。これらのＫ番号は、機能オーソログの観点から分子機能を表している。この方法を使用して、すべてのゲノムにＫ番号を生成した。
分類群の比較ゲノム間で共通のＫ番号（機能性アミノ酸）を、カスタムＲスクリプトを使用して単離した。ゲノム比較の結果として得た共通のＫ番号は、ＫＥＧＧ経路再構築ウェブサーバー（ワールドワイドウェブ上のハイパーテキストトランスファープロトコルセキュアｋｅｇｇ．ｊｐ／ｋｅｇｇ／ｍａｐｐｅｒ／ｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔ．ｈｔｍＬ）を使用して、経路に再構築した。共通のＫ番号をアップロードすると、これらのＫ番号を表す経路が、保存された共通の経路から作成され、文献概説に基づいて、抗生物質性や抗真菌性を有するものがさらに探索された。
ＤＢ１００３３、ＤＢ２４４８、ＤＢ０２４５７、ＤＢ０２４６１、ＤＢ０２４７８、ＤＢ０２５４９、ＤＢ０２６２３の菌株に保存された抗菌経路の分析によると、データは、テルペノイド、ポリケチドおよび二次代謝産物の経路がＢ．アルティチュジニスのＤＢ経路すべての間で保存されたことを示した（表２０Ｂ）。各経路内にマッピングされるＫ番号は、経路番号の後ろに表示される。例えば、「Ｍ０００９６ Ｃ５イソプレノイド生合成、非メバロン酸経路（８）（８／８完全）」という経路は、経路内に８つのＫ番号がマッピングされているが、その８つのＫ番号のうちのすべてが、これらの菌株において共通である。
実施例１１：バチルス・プミルスの菌株のゲノム比較研究
概要
ヒト皮膚試料（ＤＢ株）から単離したバチルス・プミルスの菌株について生物情報解析を行うために、ＤＢ群内で、参照菌株と対比して、菌株アセンブリ、分類学的分類、同一性および安全性を含む様々な解析を行った（表２２）。解析には、菌株の配列決定データのアセンブリと、菌株の系統発生を評価するために、公的かつ商業的に利用可能ないくつかのゲノムを有する全ゲノムのアライメントとを含んだ。菌株の同一性は、平均ヌクレオチド同一性（ＡＮＩ、当業者に公知であり、さらに、参考として本明細書に記載される）で評価し、潜在的に医薬品用途を有する二次代謝産物プロファイルを確立した。
材料および方法
ホールゲノムショットガンシーケンシング（ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅ ｓｈｏｔｇｕｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）およびゲノム配列アセンブリ
Ｉｌｌｕｍｉｎａ社製のＮｅｘｔｅｒａ Ｆｌｅｘキットを使用して、製造業者の指示書に従って、表２２にあるＤＢ株すべてについてショットガンシーケンシングを行った。ショットガンライブラリを、ＨｉＳｅｑ Ｘプラットフォームにプールして、配列決定した。シーケンシングリードを自動的に個々のＦＡＳＴＡファイルに逆多重化し、標準的な生物情報解析を行って、クリーニングしたシーケンシングリードから構築したゲノムを生成した。
全ゲノムアライメント／系統発生
全ゲノム解析を行った。集めたゲノムを、表２２にある参照ゲノムや公のデータベースから得た外群とともに、全ゲノムアライメントで使用した。Ｈｏｍｂｌｏｃｋｓを使用して、全ゲノムアライメントを行ったが、これは、アライメントを行ったり、Ｌｏｃａｌｌｙ ｃｏｌｌｉｎｅａｒ ｂｌｏｃｋ（ＬＣＢ）を抽出したりするために、バックグラウンドでｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ ｍａｕｖｅを使用するものであった。ＬＣＢは、ゲノム再編成がないように見える保存されたセグメントである。全ゲノムアライメントを使用して、系統発生を確立した。アライメントファイルが生成されると、ＲａｘＭＬを使用して、すべてのＤＢ株とＮＣＢＩ参照株（表２２）について、外群として使用する異なる属の参照細菌としてハロバシルスハロフィルス（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈａｌｏｐｈｉｌｕｓ）とともに、系統樹を構築し、菌株の進化的関係を示す樹を生成する（表１５を参照されたい）。
平均ヌクレオチド同一性
平均ヌクレオチド同一性（ＡＮＩ）は、全ゲノムアライメントに類似しているが、その代わりに、ゲノム間のヌクレオチドのゲノム類似性を捉えるためにＢＬＡＳＴを使用する。ＡＮＩは、原核生物ゲノムを比較する上で広く使用されており、これによって、種の菌株レベルの同一性の分解能をもたらす。平均ヌクレオチド同一性のＰｙｔｈｏｎスクリプトを使用して、ＡＮＩを行う。表２２にある菌株はすべて、比較のために使用した。９５％のカットオフを使用して種レベルの同一性を確立し、１００％のカットオフを使用して菌株レベルの同一性を確立する。
Ａｎｔｉｓｍａｓｈ
Ａｎｔｉｓｍａｓｈは、細菌ゲノムにある二次代謝産物生合成遺伝子クラスターを識別してアノテーションを付けるためのウェブブラウザベースのツールである。これによって、潜在的に医薬品用途を有し得る二次代謝産物プロファイルのゲノムアセンブリをマイニングすることができる。Ａｎｔｉｓｍａｓｈ解析は、表２２にあるＤｅｒｍＢｉｏｎｔ（ＤＢ）菌株すべての全ゲノムアセンブリに対して行った。
結果、解釈および結論
系統発生
系統樹を作成したところ、Ｂ．プミルスの様々なＤＢ株間でゲノム上の差異が示された（図１５）。ＤＢ０１２６９（配列番号１３）、ＤＢ０２４２０（配列番号１４）、ＤＢ０２４２９（配列番号１５）、ＤＢ０２４３０（配列番号１６）、ＤＢ０２４８５（配列番号１７）、ＤＢ０２４９２（配列番号１８）、ＤＢ０２５４８（配列番号１９）、ＤＢ０２６２２（配列番号２０）、ＤＢ０２６２６（配列番号２１）、ＤＢ０２６８０（配列番号２２）、ＤＢ０２６８１（配列番号２３）、ＤＢ０２７０８（配列番号２４）、ＤＢ０３３５５（配列番号２５）、ＤＢ０３３６６（配列番号２６）、ＤＢ０３３７６（配列番号３）は、外群のハロバチルス・ハロフィラス（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈａｌｏｐｈｉｌｕｓ）から明瞭に分けられることを示した。ハロバチルスは、バチルスと密接に関係する属である。また、試験した「ＤＢ」株はすべて、系統発生解析で使用した、公的に入手可能な１９種のゲノムとのクレードの共有において異なることを示す。
平均ヌクレオチド同一性
図１６に示したヒートマップに表わされたデータは、ＤＢ０２５４８を除き、Ｂ．プミルスのＤＢ株１５種のうちの１４種が、Ｂ．プミルスの参照ゲノムと比較した場合、ＤＢ群内でおよそ９５～９９％の類似性の同一性範囲を有することを示す。Ｂ．プミルスでは、試験したＤＢゲノム１５種のうちの１４種の種で、これが確認される。ＤＢ株はいずれも、参照ゲノムと比較した場合、ＤＢ群内で１００％の同一性を共有しているものはなく、株レベルで明瞭な差異を示す（図１６）。表２２にあるＢ．プミルスのＤＢ株はまた、ＤＢ０２５４８を除き、さらにＤＢ０２５４８（配列番号１９）を除いて、公的に利用可能なＡＴＣＣ株のゲノムと９６～９８％の同一性範囲を示し、これによって、株レベルではなく種レベルの同一性を推論するのに十分な情報がもたらされた（表１６）。
Ａｎｔｉｓｍａｓｈ
Ａｎｔｉｓｍａｓｈを使用して、Ｂ．プミルスのＤＢ株すべて（すなわち、表２２に提示しているもの）に存在している共通の化合物の一覧を生成する。
Ｂ．プミルスのＤＢ株に存在している共通の化合物には、バシリシン、カロチノイド、リケニシン、フェンギシンおよびバシリバクチンが含まれていた（表２３Ａ）。プランタゾリシンとデスフェリオキサミンＥ（Ｄｅｓｅｒｒｉｏｘａｍｉｎｅ Ｅ）の２種の二次代謝産物が、ＤＢ株のうちの一部に存在していたが、ＤＢ０３３７６には存在していなかった。
保存された経路をさらに評価するために、まず、保存された経路の比較用の細菌のゲノムアセンブリすべてに、ＰＲＯＫＫＡアノテーションツールを用いてアノテーションを付けた。結果としてできた．ｆａａファイルは、機能性アミノ酸配列を含むものであり、これを、ＢｌａｓｔＫＯＡＬＡ検索の入力に使用した。ファイルを、ＢｌａｓｔＫＯＡＬＡサーバーにアップロードして、属レベルの分類群のＫＥＧＧ Ｏｒｔｈｏｌｏｇｙデータベースを使用して実行した。ツールによって、Ｏｒｔｈｏｌｏｇｙベースの検索に基づいて、アミノ酸配にＫ番号を割り当てた。これらのＫ番号は、機能オーソログの観点から分子機能を表している。この方法を使用して、すべてのゲノムにＫ番号を生成した。
分類群の比較ゲノム間で共通のＫ番号（機能性アミノ酸）を、カスタムＲスクリプトを使用して単離した。ゲノム比較の結果として得た共通のＫ番号は、ＫＥＧＧ経路再構築ウェブサーバー（ワールドワイドウェブ上のハイパーテキストトランスファープロトコルセキュアｋｅｇｇ．ｊｐ／ｋｅｇｇ／ｍａｐｐｅｒ／ｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔ．ｈｔｍＬ）を使用して、経路に再構築した。共通のＫ番号をアップロードすると、これらのＫ番号を表す経路が、保存された共通の経路から作成され、文献概説に基づいて、抗生物質性や抗真菌性を有するものがさらに探索された。
ＤＢ０１２６９、ＤＢ０２４２０、ＤＢ０２４２９、ＤＢ０２４３０、ＤＢ０２４８５、ＤＢ０２４９２、ＤＢ０２５４８、ＤＢ０２６２２、ＤＢ０２６２６、ＤＢ０２６８０、ＤＢ０２６８１、ＤＢ０２７０８、ＤＢ０３３５５、ＤＢ０３３６６、ＤＢ０３３７６の菌株に保存された抗菌経路の分析によると、データは、テルペノイド、ポリケチドおよび二次代謝産物の経路がＢ．アルティチュジニスのＤＢ経路すべての間で保存されたことを示した（表２３Ｂ）。各経路内にマッピングされるＫ番号は、経路番号の後ろに表示される。例えば、「Ｍ０００９６ Ｃ５イソプレノイド生合成、非メバロン酸経路（８）（８／８完全）」という経路は、経路内に８つのＫ番号がマッピングされているが、その８つのＫ番号のうちのすべてが、これらの菌株において共通である。
実施例１３：Ｂ．サブチルスのゲノム比較研究
概要
ヒト皮膚試料（ＤＢ株）から単離したバチルス・サブチルスの菌株について生物情報解析を行うために、ＤＢ群内で、参照菌株と対比して、菌株アセンブリ、分類学的分類、同一性および安全性を含む様々な解析を行った（表２４）。解析には、菌株の配列決定データのアセンブリと、菌株の系統発生を評価するために、公的かつ商業的に利用可能ないくつかのゲノムを有する全ゲノムのアライメントとを含んだ。
菌株の同一性は、平均ヌクレオチド同一性（ＡＮＩ、当業者に公知であり、さらに、参考として本明細書に記載される）で評価し、潜在的に医薬品用途を有する二次代謝産物プロファイルを確立した。
材料および方法
ホールゲノムショットガンシーケンシング（ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅ ｓｈｏｔｇｕｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）およびゲノム配列アセンブリ
Ｉｌｌｕｍｉｎａ社製のＮｅｘｔｅｒａ Ｆｌｅｘキットを使用して、製造業者の指示書に従って、表２４にあるＤＢ菌株すべてについてショットガンシーケンシングを行った。ショットガンライブラリを、ＨｉＳｅｑ Ｘプラットフォームにプールして、配列決定した。シーケンシングリードを自動的に個々のＦＡＳＴＡファイルに逆多重化し、標準的な生物情報解析を行って、クリーニングしたシーケンシングリードから構築したゲノムを生成した。
全ゲノムアライメント／系統発生
全ゲノム解析を行った。集めたゲノムを、表２４に提示する参照ゲノムや公のデータベースから得た外群とともに、全ゲノムアライメントで使用した。Ｈｏｍｂｌｏｃｋｓを使用して、全ゲノムアライメントを行ったが、これは、アライメントを行ったり、Ｌｏｃａｌｌｙ ｃｏｌｌｉｎｅａｒ ｂｌｏｃｋ（ＬＣＢ）を抽出したりするために、バックグラウンドでｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ ｍａｕｖｅを使用するものであった。ＬＣＢは、ゲノム再編成がないように見える保存されたセグメントである。全ゲノムアライメントを使用して、系統発生を確立した。アライメントファイルが生成されると、ＲａｘＭＬを使用して、ＤＢ株すべてとＮＣＢＩ参照株（表２４）について、外群として使用する異なる属の参照細菌としてのハロバシルスハロフィルス（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈａｌｏｐｈｉｌｕｓ）とともに、系統樹を構築し、菌株の進化的関係を示す樹を生成する（表１７を参照されたい）。
平均ヌクレオチド同一性
平均ヌクレオチド同一性（ＡＮＩ）は、全ゲノムアライメントに類似しているが、その代わりに、ゲノム間のヌクレオチドのゲノム類似性を捉えるためにＢＬＡＳＴを使用する。ＡＮＩは、原核生物ゲノムを比較する上で広く使用されており、これによって、種の菌株レベルの同一性の分解能をもたらす。平均ヌクレオチド同一性のＰｙｔｈｏｎスクリプトを使用して、ＡＮＩを行う。表２４にある菌株はすべて、比較のために使用した。９５％のカットオフを使用して種レベルの同一性を確立し、１００％のカットオフを使用して菌株レベルの同一性を確立する。
Ａｎｔｉｓｍａｓｈ
Ａｎｔｉｓｍａｓｈは、細菌ゲノムにある二次代謝産物生合成遺伝子クラスターを識別してアノテーションを付けるためのウェブブラウザベースのツールである。これによって、潜在的に医薬品用途を有し得る二次代謝産物プロファイルのゲノムアセンブリをマイニングすることができる。Ａｎｔｉｓｍａｓｈ解析は、表２４に提示するすべてのＤＢ株に対して行った。
結果、解釈および結論
系統発生
系統樹を作成したところ、Ｂ．サブチルスの様々なＤＢ株間でゲノム上の差異が示された（図１７）。ＤＢ０１２７０（配列番号２７）、ＤＢ０１２９８（配列番号２８）、ＤＢ０２４６０（配列番号２９）、ＤＢ０２４６２（配列番号３０）、ＤＢ０２９４６（配列番号３１）、ＤＢ０３３４７（配列番号３２）、ＤＢ０３３５１（配列番号３３）、ＤＢ０３３５３（配列番号３４）、ＤＢ０３３６７（配列番号３５）、ＤＢ０２４７５（配列番号４）は、外群のハロバチルス・ハロフィラス（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｈａｌｏｐｈｉｌｕｓ）から明瞭に分けられることを示した。ハロバチルスは、バチルスと密接に関係する属である。また、試験した「ＤＢ」株はすべて、系統発生解析で使用した、公的に入手可能な２０種のゲノムとのクレードの共有において異なることを示す。Ｂ．サブチルスのＤＢ株は、公的に利用可能なＡＴＣＣ株のゲノムとクレードが異なる（表１７）。
平均ヌクレオチド同一性
図１８に示したヒートマップに表わされたデータは、ＤＢ０２４６２とＤＢ０２４７５を除き、Ｂ．サブチルスのＤＢ株１０種のうちの８種が、Ｂ．サブチルスの参照ゲノムに対して、ＤＢ株群内で比較すると、およそ９５～９９％の類似性の同一性範囲を示す。Ｂ．サブチルスでは、試験したゲノム１０種のうちの８種の種で、これが確認される。ＤＢ株はいずれも、いずれの参照ゲノムと比較しても、ＤＢ群内で１００％の同一性を共有しているものはなく、株レベルで明瞭な差異を示す（図１８）。バチルス・サブチルスのＤＢ株はまた、公的に利用可能なＡＴＣＣ株のゲノムと最大９９％の同一性を示し、これによって、株レベルでの差異を示す（図１８）。
Ａｎｔｉｓｍａｓｈ
Ａｎｔｉｓｍａｓｈを使用して、Ｂ．プミルスのＤＢ株すべて（すなわち、表２５に提示しているもの）に存在している共通の化合物の一覧を生成する。
提示するＢ．サブチルスのＤＢ株すべてに存在している共通の化合物は、バシリシン、サブチロシン、バシリバクチン、バシラエンおよびフェンギシンであった。興味深いことに、ＤＢ株ＤＢ２４７５は、バシリシンを除き、二次代謝産物に重複する遺伝子を含んでいない。
実施例１３Ａ：Ｂ．サブチルスの経路解析
保存された経路をさらに評価するために、保存された経路の比較用の細菌のゲノムアセンブリすべてに、ＰＲＯＫＫＡアノテーションツールを用いてアノテーションを付ける。結果としてできる．ｆａａファイルは、機能性アミノ酸配列を含むものであり、これを、ＢｌａｓｔＫＯＡＬＡ検索の入力に使用する。ファイルを、ＢｌａｓｔＫＯＡＬＡサーバーにアップロードして、属レベルの分類群のＫＥＧＧ Ｏｒｔｈｏｌｏｇｙデータベースを使用して実行する。ツールによって、Ｏｒｔｈｏｌｏｇｙベースの検索に基づいて、アミノ酸配にＫ番号を割り当てる。これらのＫ番号は、機能オーソログの観点から分子機能を表している。この方法を使用して、すべてのゲノムにＫ番号を生成する。
分類群の比較ゲノム間で共通のＫ番号（機能性アミノ酸）を、カスタムＲスクリプトを使用して単離する。ゲノム比較の結果として得られる共通のＫ番号は、ＫＥＧＧ経路再構築ウェブサーバー（ワールドワイドウェブ上のハイパーテキストトランスファープロトコルセキュアｋｅｇｇ．ｊｐ／ｋｅｇｇ／ｍａｐｐｅｒ／ｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔ．ｈｔｍＬ）を使用して、経路に再構築する。共通のＫ番号をアップロードすると、これらのＫ番号を表す経路が作成される。保存された共通の経路から、文献概説に基づいて、抗生物質性や抗真菌性を有するものがさらに探索される。
ＤＢ０１２７０、ＤＢ０１２９８、ＤＢ０２４６０、ＤＢ０２４６２、ＤＢ０２９４６、ＤＢ０３３４７、ＤＢ０３３５１、ＤＢ０３３５３、ＤＢ０２４７５の菌株に保存された抗菌経路の分析に基づいて、経路保存を示すデータを生成する。
実施例１４：抗凍結剤を含む賦形剤を用いた、ヤンシノバクテリウム・リビダムＤＢ０２４７３の凍結乾燥。
材料および方法
ヤンシノバクテリウム・リビダムの菌株ＤＢ０２４７３を、Ｂｉｏｆｌｏ－３０００発酵槽で５Ｌ規模で増殖させた。１４～１５時間経過した５０ｍＬの震盪フラスコ培養物から発酵槽に接種し、生物を、１５～１６時間増殖させた。発酵槽では、ｐＨは、リン酸／水酸化アンモニウムの添加によって７．０±０．１に制御した。溶存酸素は、連続したエアパージや撹拌によって３０％に制御した。溶存酸素量を３０％に維持するように、酸素要件に応じて、撹拌を変動させた。６００ｎｍでの吸光度が４～５ＡＵの場合、発酵槽を回収し、８０００ＲＰＭで、３０分間遠心分離し、細胞ペレットを無菌的に収集した。その後、濃縮した細胞ペレットを、約１０＾９～１０＾１０ＣＦＵ／ｍＬの濃度で液体ビヒクル中に再懸濁した。
配合／製剤化
Ｊ．リビダムペレットを、二糖類（抗凍結剤）２～２０％、ＰＢＳおよび超純水を含む混合液中に再懸濁した。
凍結乾燥
凍結乾燥は、凍結乾燥装置Ｌａｂｃｏｎｃｏ Ｆｒｅｚｏｎｅ－１２を使用し、パラメータを製造業者の指示書に従って最適化して実施した。
１つ目は、５ｍＬバイアルで２ｍＬ量の組成物を凍結乾燥した。２つ目は、トレイで２４ｍＬ量の組成物を凍結乾燥し、３つ目は、トレイで４８ｍＬ量の組成物を凍結乾燥した。
安定性測定およびＣＦＵプレーティング
試料は、凍結乾燥直後（０日目）に測定するか、あるいは図１９に示す日数まで４℃で保存した。その後、試料を再構成して、コロニー形成単位（ＣＦＵ）について測定した。
各実験用凍結乾燥方法における試料について、階段希釈して寒天上にプレーティングして、ＣＦＵ／ｍＬを評価した。凍結乾燥材料の安定性および回収率を試験するために、０．１ｇの凍結乾燥試料を、１ｍＬの溶液中に再懸濁した。各試料について、１０ｘ段階希釈を７回行い、３つの最終希釈液をプレーティングして評価した。各希釈液０．１ｍＬをすべて、ＬＢＳ－５０プレート上に広げ、室温で、４８時間インキュベートした。各プレートのＣＦＵを計数し、安定性および生菌回収率を算出した。
結果、解釈および結論
凍結乾燥後に１または２ｍＬの溶液中で再構成した０．１ｇの乾燥材料から、一貫して、１０＾９ＣＦＵ／ｍＬ回収した。図１９は、Ｊ．リビダムＤＢ０２４７３に関する、凍結乾燥後の経時的な生菌ＣＦＵの回収率の結果を描写する。生存率は、経時的に非常に安定しており、生菌細胞の濃度は、凍結乾燥後０日目から１６４日目まで、１０＾９ＣＦＵ／ｍＬのままであった。凍結乾燥工程から粉末材料を得たところ、保存中に水分活性が０．２５を上回ることはなかった。図１９に、安定性の結果を示す。したがって、本明細書で提供する製剤や賦形剤を用いた凍結乾燥製品は、４℃で、少なくとも最大１６４日間生存能を維持する。製剤Ｇは、５ｍＬバイアルで凍結乾燥し、製剤Ｈは、トレイで凍結乾燥し、製剤Ｉは、体積を２倍にしてトレイで凍結乾燥し、製剤Ｊは、乾燥状態で保存する以外は製剤Ｉと同一とした。
実施例１４Ａ：抗凍結剤を含む賦形剤を用いた、ヤンシノバクテリウム・リビダムＤＢ０２４７３の凍結乾燥。
材料および方法
ヤンシノバクテリウム・リビダムの菌株ＤＢ０２４７３を、Ｂｉｏｆｌｏ－３０００発酵槽で５Ｌ規模で増殖させた。１４～１５時間経過した５０ｍＬの震盪フラスコ培養物から発酵槽に接種し、生物を、１５～１６時間増殖させた。発酵槽では、ｐＨは、リン酸／水酸化アンモニウムの添加によって７．０±０．１に制御した。溶存酸素は、連続したエアパージや撹拌によって３０％に制御した。溶存酸素量を３０％に維持するように、酸素要件に応じて、撹拌を変動させた。６００ｎｍでの吸光度が４～５ＡＵの場合、発酵槽を回収し、８０００ＲＰＭで、３０分間遠心分離し、細胞ペレットを無菌的に収集した。その後、濃縮した細胞ペレットを、約１０＾９～１０＾１０ＣＦＵ／ｍＬの濃度で液体ビヒクル中に再懸濁した。
配合／製剤化
Ｊ．リビダムペレットを、二糖類（抗凍結剤）０～２０％、糖アルコール０～１０％、アミノ酸０～１．０％、単純なアルコール０～１～１．０％、増粘剤０～３％ならびにＰＢＳおよび超純水から構成された混合液で再懸濁した。
凍結乾燥
２ｍＬ体積の組成物を５ｍＬバイアルに入れ、凍結乾燥装置Ｌａｂｃｏｎｃｏ Ｆｒｅｚｏｎｅ－１２を使用し、パラメータを製造業者の指示書に従って最適化して、凍結乾燥を実施した。
安定性測定およびＣＦＵプレーティング
試料は、凍結乾燥直後（０日目）に測定するか、図示する日数まで４℃で保存した。その後、試料を再構成して、コロニー形成単位について測定した。
各実験用凍結乾燥方法における試料について、階段希釈して寒天上にプレーティングして、ＣＦＵ／ｍＬを評価した。凍結乾燥材料の安定性および回収率を試験するために、０．１ｇの凍結乾燥試料を、１または２ｍＬの溶液中に再懸濁した。各試料について、１０ｘ段階希釈を５回行い、３つの最終希釈液をプレーティングして評価した。各希釈液０．１ｍＬを、ＬＢＳ－５０プレート上に広げ、室温で、４８時間インキュベートした。各プレートのＣＦＵを計数し、安定性および生菌回収率を算出した。
結果、解釈および結論
凍結乾燥後に１または２ｍＬの溶液中で再構成した０．１ｇの乾燥材料のＣＦＵ回収率および生存率は、保存すると、図２０に示すように低くなった。凍結乾燥工程から粉末材料を得たところ、保存中に水分活性が０．３５を上回ることはなかった。したがって、本明細書で提供する製剤を使用した凍結乾燥製品は、４℃で、２０日間さえも生存能を維持しなかった（図２０、製剤Ｂ’、Ｃ’、Ｄ’およびＦ’）。製剤Ｂ’は、抗凍結剤、二糖類、アミノ酸、単純なアルコールおよび増粘剤を含む複合製剤である。製剤Ｃ’は、抗凍結剤と単純なアルコールを含む。製剤Ｄ’は、抗凍結剤とアミノ酸を含み、製剤Ｆ’は、糖アルコールのみを含む。
実施例１５：抗凍結剤を含む賦形剤を用いた、アルカリゲネス・フェーカリスの凍結乾燥。
材料および方法
アルカリゲネス・フェーカリスの菌株ＤＢ０５６４６を、Ｂｉｏｆｌｏ３０００発酵槽で、栄養培地としてテリフィックブロスを用いて５Ｌ規模で増殖させた。１５～１６時間経過した震盪フラスコ培養物から発酵槽に接種した。発酵槽では、ｐＨは、リン酸／水酸化アンモニウムの添加によって制御した。溶存酸素は、連続したエアパージや撹拌によって３０％に維持した。溶存酸素量を３０％に維持するように、酸素要件に応じて、撹拌を変動させた。６００ｎｍでの吸光度が９～１０ＡＵの場合、発酵槽を回収し、８０００ＲＰＭで、３０分間遠心分離し、細胞ペレットを無菌的に収集した。その後、濃縮した細胞ペレットを、約１０＾９～１０＾１１ＣＦＵ／ｍＬの濃度で液体ビヒクル中に再懸濁した。
配合／製剤化
Ａ．フェカーリスペレットを、二糖類（抗凍結剤）０～１０％、糖アルコール０～１０％、アミノ酸０～１．０％、単純なアルコール０～１．０％、増粘剤０～３％ならびにＰＢＳおよび超純水から構成された混合液で再懸濁した。
凍結乾燥
２ｍＬ体積の組成物を５ｍＬバイアルに入れ、凍結乾燥装置Ｌａｂｃｏｎｃｏ Ｆｒｅｚｏｎｅ－１２を使用し、パラメータを製造業者の指示書に従って最適化して、凍結乾燥を実施した。
安定性測定およびＣＦＵプレーティング
試料は、凍結乾燥直後（０日目）に測定するか、あるいは図２１に示す日数まで４℃で保存した。その後、試料を再構成して、コロニー形成単位（ＣＦＵ）について測定した。
凍結乾燥の各実験手法における試料（すなわち、各製剤の試料。容器は１つだが製剤が異なる方法）について、階段希釈して寒天上にプレーティングして、ＣＦＵ／ｍＬを評価した。凍結乾燥材料の安定性および回収率を試験するために、０．１ｇの凍結乾燥試料を、１ｍＬの溶液中に再懸濁した。各試料について、１０ｘ段階希釈を８回行い、３つの最終希釈液をプレーティングして評価した。各希釈液０．１ｍＬを、ＬＢＳプレート上に広げ、３７℃で、４８時間インキュベートした。各プレートのＣＦＵを計数し、安定性および生菌回収率を算出した。
結果、解釈および結論
凍結乾燥後に１または２ｍＬの溶液中で再構成した場合、０．１ｇの乾燥材料から、一貫して、およそ１０＾１０ＣＦＵ／ｍＬが回収された。生存率は、経時的に非常に安定しており、生菌細胞の濃度は、凍結乾燥後０日目から１６４日目まで、４℃で保存した場合、約１０＾１０ＣＦＵ／ｍＬのままであった（図２１、製剤Ｂ、Ｃ、Ｄ、ＥおよびＦ）。１０＾１０ＣＦＵ／ｍＬの生存率も、室温で、最低７日間維持した。二糖類を含まない製剤Ｆは、同じ生存率を維持することは示さなかった。凍結乾燥工程から粉末材料を得たところ、保存中に水分活性が０．２５を上回ることはなかった。図２０に、安定性の結果を示す。したがって、凍結乾燥製品は、４℃で、少なくとも最大１６４日間生存能を維持する（図２１）。製剤Ｂは、抗凍結剤、二糖類、アミノ酸、単純なアルコールおよび増粘剤を含む複合製剤である。製剤Ｃは、抗凍結剤と単純なアルコールを含む。製剤Ｄは、抗凍結剤とアミノ酸を含み、製剤Ｅは、抗凍結剤以外にさらなる賦形剤は含まず、製剤Ｆは、糖アルコールのみを含む。
実施例１６：抗凍結剤を含む賦形剤を用いた、Ｊ．リビダムの凍結製剤。
材料および方法
ヤンシノバクテリウム・リビダムの菌株ＤＢ０２４７３を、Ｂｉｏｆｌｏ－３０００発酵槽で５Ｌ規模で増殖させた。１４～１５時間経過した５０ｍＬの震盪フラスコ培養物から発酵槽に接種し、生物を、１５～１６時間増殖させた。発酵槽では、ｐＨは、リン酸／水酸化アンモニウムの添加によって７．０±０．１に制御した。溶存酸素は、連続したエアパージや撹拌によって３０％に制御した。溶存酸素量を３０％に維持するように、酸素要件に応じて、撹拌を変動させた。６００ｎｍでの吸光度が４～５ＡＵの場合、発酵槽を回収し、８０００ＲＰＭで、３０分間遠心分離し、細胞ペレットを無菌的に収集した。その後、濃縮した細胞ペレットを、約１０＾９～１０＾１０ＣＦＵ／ｍＬの濃度で液体ビヒクル中に再懸濁した。
配合／製剤化
賦形剤は、溶解し、濾過滅菌した。濾過できない添加剤は、濾過後に分注した。賦形剤や抗凍結剤の様々な製剤中に、Ｊ．リビダムペレットを再懸濁した。再懸濁後、試料を、液体窒素を使用して瞬間凍結するか、あるいは－８０℃の冷凍装置で緩慢冷凍するかのいずれかを行った。試験した製剤は、二糖類２～２０％、多糖類０．１～５．０％、糖アルコール０～１．０％、単純なアルコール０．１～２％、および増粘剤０．１～２．０％、アミノ酸０～０．１％から主に構成されたものであった。
１．製剤Ｋ：二糖類２～２０％、単純なアルコール０．１～２％、および多糖類０．１～５．０％。
２．製剤Ｌ：二糖類２～２０％、単純なアルコール０．１～２％、アミノ酸０～０．１％、および多糖類０．１～５．０％。
３．製剤Ｍ：二糖類２～２０％、糖アルコール０．１～２％、および多糖類０．１～５．０％。
４．製剤Ｎ：二糖類２～２０％、糖アルコール０．１～０～１．０％、および多糖類０．１～５．０％。
５．製剤Ｏ：二糖類２～２０％、糖アルコール０．１～１．０％、多糖類０．１～５．０％、単純なアルコール０．１～２％、およびアミノ酸０～０．１％。
６．製剤Ｐ：二糖類２～２０％、糖アルコール０．１～１．０％、多糖類０．１～５．０％、単純なアルコール０．１～２％、およびアミノ酸０～０．１％。－８０℃、－２０℃、４℃で保存した製剤は、予定した間隔で、ＣＦＵを測定して評価した。図２２Ａ～図２２Ｆに、安定性データを示す。
各実験用噴霧乾燥方法における試料について、階段希釈して寒天上にプレーティングして、ＣＦＵ／ｍＬを評価した。凍結材料の安定性および回収率を試験するために、１ｍＬの試料を凍結乾燥試料を解凍した。各試料について、１０ｘ段階希釈を７回行い、３つの最終希釈液をプレーティングして評価した。各希釈液０．１ｍＬを、ＬＢＳ－５０プレート上に広げ、室温で、４８時間インキュベートした。各プレートのＣＦＵを計数し、安定性および生菌回収率を算出した。
結果、解釈および結論
－８０℃で凍結して維持した各組成物１ｍＬから、１０＾９～１０＾１０ＣＦＵ／ｍＬを回収した。－８０℃で保存した場合、生存率は、経時的に非常に安定しており、一部の製剤では、生菌細胞の濃度は、少なくとも１か月から最大４か月まで一定のままであった（図２２Ａ～図２２Ｆを参照されたく、これらの図は、ベースライン、１週間、２週間、１か月、２か月、３か月、４か月、５か月および／または６か月などの様々な時間間隔における、－８０℃、－２０℃、４℃でのＤＢ０２４７３のＣＦＵ回収率および安定性を示す）。Ｊ．リビダムＤＢ０２４７３を含む製剤である製剤Ｌは、試験期間中、－８０℃で安定していた（図２２Ｂ）。すべての製剤において、安定性は、保存温度が高くなると低下してより可変的になった。－２０℃、４℃の温度では、すべての製剤において、ほとんど、保存から１週間後に生存率の対数損失があった。一部例外があり、例えば、４℃で２週間の製剤Ｋ、４℃で１週間の製剤Ｋ、４℃で１週間の製剤Ｌ、－２０℃で１か月後の製剤Ｍ、－２０℃で１か月後の製剤Ｐが挙げられるが、すべて、時間０における組成物の最初の生存率と同等の生存率を維持した（それぞれ、図２２Ａ～図２２Ｃおよび図２２Ｆ）。
実施例１８：抗凍結剤を含む抗凍結剤を用いた、Ａ．フェカーリスＤＢ０５６４６の凍結製剤。
材料および方法
アルカリゲネス・フェーカリスの菌株ＤＢ０５６４６を、Ｂｉｏｆｌｏ３０００ａ発酵槽で、栄養培地としてテリフィックブロスを用いて５Ｌ規模で増殖させた。１５～１６時間経過した震盪フラスコ培養物から発酵槽に接種した。発酵槽では、ｐＨは、リン酸／水酸化アンモニウムの添加によって制御した。溶存酸素は、連続したエアパージや撹拌によって３０％に制御した。溶存酸素量を３０％に維持するように、酸素要件に応じて、撹拌を変動させた。６００ｎｍでの吸光度が９～１０ＡＵの場合、発酵槽を回収し、３０分間遠心分離し、細胞ペレットを無菌的に収集した。その後、濃縮した細胞ペレットを、約１０＾１０～１０＾１１ＣＦＵ／ｍＬの濃度で液体ビヒクル中に再懸濁した。
配合／製剤化
賦形剤は、溶解し、濾過滅菌した。濾過できない添加剤は、濾過後に分注した。賦形剤や抗凍結剤の様々な製剤中に、Ａ．フェカーリスペレットを再懸濁した。試験した製剤は、二糖類２～２０％、多糖類０．２～５．０％、糖アルコール０～１．０％、単純なアルコール０．１～２％、およびアミノ酸０～０．１％の混合液であった。
１．製剤Ｑ：二糖類２～２０％、および多糖類０．１～２．０％。
２．製剤Ｒ：二糖類２～２０％、単純なアルコール０．１～２％、および多糖類０．１～５．０％。
３．製剤Ｓ：二糖類２～２０％、糖アルコール０～１．０％、および増粘剤０．１～２．０％。
４．製剤Ｔ：二糖類２～２０％、多糖類０．２～５．０％、糖アルコール０～１．０％、単純なアルコール０．１～２％、およびアミノ酸０～０．１％。
５．製剤Ｕ：二糖類２～２０％、糖アルコール０～１．０％、および多糖類０．１～５．０％、アミノ酸０～０．１％。
－８０℃、－２０℃、４℃、２７℃および４０℃で保存した製剤は、予定した間隔で、ＣＦＵを測定して評価した。図２３Ａ～図２３Ｅに、安定性データを示す。
各実験用噴霧乾燥方法における試料について、階段希釈して寒天上にプレーティングして、ＣＦＵ／ｍＬを評価した。凍結材料の安定性および回収率を試験するために、１ｍＬの試料を凍結乾燥試料を解凍した。各試料について、１０ｘ段階希釈を８回行い、３つの最終希釈液をプレーティングして評価した。各希釈液０．１ｍＬを、ＬＢＳプレート上に広げ、３７℃で、４８時間インキュベートした。各プレートのＣＦＵを計数し、安定性および生菌回収率を算出した。
結果、解釈および結論
ＤＢ０５６４６の製剤Ｑについての安定性データは、－８０℃、－２０℃、４℃、２７℃および４０℃で、最大少なくとも６か月間、試料が安定していたことを示す（データ収集した中で最長時点）（図２３Ａを参照されたい）。温度が高くなると、生存率のわずかな低下が観察されたが、これによって、ＣＦＵは約１対数減少する。製剤Ｒ、Ｓ、ＴおよびＵで示す他の製剤は、－８０℃、－２０℃、４℃で、１か月間以上、挙動が同様であり、生存率が低下することはない（それぞれ、図２３Ｂから図２３Ｅを参照されたい）。
－８０℃で凍結して維持した製剤Ｑ１ｍＬから、１０＾１０～１０＾１１ＣＦＵ／ｍＬを回収した（図２３Ａ）。－８０℃、－２０℃、４℃で、最大４カ月間保存した場合、生存率は、経時的に非常に安定していたが、およそ約６か月で、生存率の低下がいくつか現れ始める。製剤－Ｑの安定性は、試験したすべての期間において、２７℃と４０℃で傾いた（図２３Ａ）。すべての製剤において、－８０℃、－２０℃、４℃の温度で、最大１か月安定し、１０＾１０ＣＦＵ／ｍＬ回収することが可能であった（図２３Ａから図２３Ｅ）。
実施例１９：操作されたＡ．フェカーリス組成物
本実施例では、Ａ．フェカーリスプロバイオティクスを含む、操作された組成物を提供する。表１９で提供する参照株を得る。菌株を、配列番号６のｖｅｇＪメチル化酵素、あるいはその変異体をコードするように操作する。
方法
アルカリゲネス・フェーカリスの菌株ＤＢ０５６４６のゲノムＤＮＡを、例えばＦ－ＡＧＡＴＣＴＴＡＣＣＧＡＴＡＧＴＴＡＡＡＡＧＴＡＣＴＡ（配列番号３７）およびＲ－ＣＣＴＡＧＧＴＴＡＴＣＴＧＣＣＣＣＧＣＴＴＧＣＣＴＡＡＣ（配列番号３８）のプライマーを使用した標準的なハイフィデリティーＰＣＲで使用する。ＰＣＲ産物をアガロースゲルにて泳動させ、ＨＤＬＪＮＨＰＩ＿０２３９７ ｙｃｇＪ推定メチル化酵素（配列番号６）遺伝子の大きさに対応する正しい大きさの帯を切り出し、標準的な技術を使用して精製した。ＰＣＲ産物を、制限酵素であるＸｂａＩおよびＢａｍＨＩ、あるいは適切な制限酵素を使用して消化し、続いて、ベクターへとライゲーションする前に精製する。適切なベクター（例えば、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈの培地発現大腸菌ベクターＰＳＦ－ＯＸｂ１３）を、ＸｂａＩおよびＢａｍＨＩ、あるいは適切な制限酵素を使用して直鎖化し、そして、標準的な技術を使用して精製する。製造業者の仕様に従って、ＰＣＲ産物を、培地発現大腸菌ベクターＰＳＦ－ＯＸｂ１３へとライゲーションする。コンピテント大腸菌の細胞、あるいはＡＴＣＣ Ａ．フェカーリスの菌株ＬＲＡ ４１ ０２ ８２の細胞を、ＨＤＬＪＮＨＰＩ＿０２３９７ ｙｃｇＪメチル化酵素（配列番号６）の遺伝子を含むＰＳＦ－ＯＸＢ１３大腸菌プラスミドを用いたエレクトロポレーションによって形質転換する。カナマイシン、あるいは他の適切な抗生物質を、抗生物質として使用して、形質転換細菌を選択する。およそ２５個、あるいは必要に応じてそれ以上の単一コロニーを採取し、培養し、保存し、そしてプラスミドの配列番号６直接サンガー配列決定を有していることを確認する。形質転換株を、Ｔ．ルブルム、Ｓ．アウレウス、およびマラセチアの種に対する阻害活性について試験した。
機能喪失実験のための標的変異導入
ＤＢ０５６４６に見出された推定ＨＤＬＪＮＨＰＩ＿０２３９７ ｙｃｇＪ推定メチル化酵素（配列番号６）を取り除くために、標的変異導入キット（例えば、Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ Ｑ５キット）を、製造業者の指示書に従って使用する。変異体を、ＰＣＲでスクリーニングし、Ｆ－ＡＧＡＴＣＴＴＡＣＣＧＡＴＡＧＴＴＡＡＡＡＧＴＡＣＴＡ（配列番号３９）およびＲ－ＣＣＴＡＧＧＴＴＡＴＣＴＧＣＣＣＣＧＣＴＴＧＣＣＴＡＡＣ（配列番号４０）などのプライマーを使用して、標準的なＰＣＲ サーマルサイクラーの設定で、標的遺伝子が取り除かれたことを確認する。推定標的遺伝子が欠落している菌株を回収して、Ｔ．ルブルム、Ｓ．アウレウス、およびマラセチア種を抑制する能力について試験する。下記に説明する阻害アッセイを使用して、菌株ＤＢ０５６４６と比較した、変異体の病原体を抑制する能力を判断し、抑制におけるＨＤＬＪＮＨＰＩ＿０２３９７ ｙｃｇＪ推定メチル化酵素（配列番号６）の遺伝子の役割を判断する。
マラセチア抗生物質アッセイ
ｙｃｇＪ遺伝子を含む形質転換大腸菌によるマラセチアの抑制を試験するために、インビトロアッセイを準備する。簡潔に説明すると、ＹＰＤ－Ｍａｌ寒天プレート上で５～１４日間マラセチアを増殖させ、その後、プレートから得た菌資材を擦り取って、１ｍＬの滅菌水に５ｍｍ径ガラスビーズを含むクライオチューブの中に入れる。その後、チューブを攪拌して資材を均一にする。ＯＤ６００を測定し、０．３まで希釈する。その後、擦り取った培養物を２００μｌ容量ずつ、ビーズを使用して、培地２２寒天プレート上に広げて乾燥させ、新たな培地プレートを作製する。ＨＤＬＪＮＨＰＩ＿０２３９７ ｙｃｇＪ推定メチル化酵素（配列番号６）の遺伝子を含む形質転換大腸菌を、１つの５μｌスポットで、各プレートに添加し、乾燥させる。プレートを、２７℃で、４時間インキュベートする。
いずれかの阻止帯の幅を測定する。阻止帯を測定するので、結果は半定量的である。阻止帯の幅を、ＩｍａｇｅＪを使用してピクセル（直線）で測定し、ペトリ皿のピクセル測定に基づいてｍｍに変換する。
Ｔ．ルブルム抗生物質アッセイ
Ｒａｍｓｅｙ ｅｔ ａｌ．（２０１５）が報告した手順に類似した改変阻害アッセイに従って、インビトロアッセイを準備し、本明細書に記載され提供されているように最適化する。簡潔に説明すると、アルカリゲネス・フェーカリスＤＢ０５６４６、バチルス・アルティチュジニスＤＢ１００３３、バチルス・プミルスＤＢ０３３７６、またはバチルス・サブチルスＤＢ０２４７５の培養物を、５０％ＬＢ－Ｌｅｎｎｏｘ（ＬＢＳ－５０）で２４時間増殖させ、およそ２ｘ１０９ＣＦＵ／ｍＬにする。培養物のアリコートを、３３％トリプトン寒天プレートに、プレートの一方の側の端縁から他方の側の端縁に延びる２本の垂直直線状に適用する。各線によってプレートを２等分し、この２本の線をプレートの中心で交差させて均等な十字を描き、細菌接種物による線によって４つの区域に分ける。この線は、無菌の綿棒を使用して引く。
Ｔ．ルブルムの分生子を、Ｓａｂｏｕｒａｕｄ Ｄｅｘｔｒｏｓｅ Ａｇａｒで増殖させたおよそ２週齢の培養物から回収し、標準的な光学顕微鏡下で血球計を使用して計数し、胞子１０６個／ｍｌの濃度で、１スポット当たり５μｌの４つの複製スポットで適用する。細菌接種物の線によって分けたプレート上の４つの空の区域に、真菌接種物を添加する。このようにして、真菌コロニーを細菌（またはペトリ皿の端縁）によって囲み、細菌が真菌の増殖を抑制するのに無効である場合を除き、互いの方へと増殖して１つの大きなコロニーを形成することができないようにする。真菌は、隣接する真菌コロニーと合併するには、細菌の上に増殖する必要がある。形質転換大腸菌の十字と胞子スポットの位置は、鋳型を使用して、各プレート上で複製する。アッセイプレートを、上述したように周囲温度または２７℃で、１～２週間インキュベートする。７日目と１４日目とに画像を撮影する。
接種物のＴ．ルブルムの４つのドットを有するが細菌で十字が描かれていない対照と比較して、真菌コロニーのｍｍ単位の大きさが縮小したことに基づいて、プレート上に十字を形成するように引かれた細菌がＴ．ルブルムを抑制することを判断する。まず、Ｔ．ルブルムのコロニーの半径を、ＩｍａｇｅＪを使用してピクセル（直線）で測定し、その後、ペトリ皿のピクセル測定に基づいてｍｍに変換する。
Ｓ．アウレウス抗生物質アッセイ
インビトロアッセイを、標準的な実験手順に従って準備する。Ｓ．アウレウス２５９２３のリサーチセルバンク・バイアルを解凍して、５０％ＬＢ－ｖｅｇｉｔｏｎｅ培地（ＬＢ５０）で１００倍に希釈する。この懸濁液の最終濃度は、１ｘ１０６ＣＦＵ／ｍＬである。このうち、２００μｌをＬＢ５０寒天プレートに添加し、５ｍｍの無菌のガラスビーズを５～１０個使用して、寒天の上に細菌叢を分散させる。ビーズを取り除き、プレートを乾燥させる。形質転換細菌を、１つまたは２つのスポットで、各プレートに添加し、乾燥させる。モック対照のプレートは、そのままにする。プレートはすべて、２７℃で、２４時間インキュベートする。
阻止帯を測定することができるので、結果は半定量的である。まず、阻止帯の幅を、ＩｍａｇｅＪを使用してピクセル（直線）で測定し、ペトリ皿のピクセル測定に基づいてｍｍに変換する。
参照による援用
本出願で引用するすべての刊行物、特許、特許出願および他の文献は、個々の刊行物、特許、特許出願または他の文献が全ての目的のために参照により援用されることが個別に記された場合と同程度に、全ての目的のために、参照により、その全内容を本明細書で援用する。
均等物
様々な特定の実施形態を、例示し説明してきたが、上記明細書は限定を意図するものではない。本開示（複数可）の精神および範囲から逸脱することなく、様々な変更を加えることができることが理解されるであろう。この明細書を検討すれば、当業者には、数多くの変形形態が自明となるであろう。

Claims (133)

  1. プロバイオティクスを含む医薬組成物であって、ここで、プロバイオティクスは、（ｉ）病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置するのに有効な量で、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス（Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓ ｆａｅｃａｌｉｓ）、バチルス・アルティチュジニス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ａｌｔｉｔｕｄｉｎｉｓ）、バチルス・プミルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｕｍｉｌｕｓ）、バチルス・サブチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、ヤンシノバクテリウム・リビダム（Ｊａｎｔｈｉｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌｉｖｉｄｕｍ）と、（ｉｉ）抗凍結剤である、少なくとも１種の第１の賦形剤とを含む、医薬組成物。
  2. 病原性マイクロオーガニズムによる感染症に起因する少なくとも１つの症状を処置するために、哺乳動物への局所投与のために製剤化される、請求項１に記載の医薬組成物。
  3. 第２の賦形剤をさらに含む、請求項１～２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  4. 凍結または凍結乾燥される、請求項１～３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  5. 前記抗凍結剤によって、同一の前記プロバイオティクスを含むが前記抗凍結剤を含まない組成物と比較すると、凍結または凍結乾燥した後の前記プロバイオティクスの回収率がより高くなる、請求項１～４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  6. 前記抗凍結剤によって、同一の前記プロバイオティクスを含むが前記抗凍結剤を含まない医薬組成物と比較すると、病原体に対する医薬組成物の有効性、安定性および／または生存率がより高くなる、請求項１～５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  7. 抗凍結剤を含む医薬組成物の回収率は、前記抗凍結剤を含まない医薬組成物と比較すると、２０日後では１から３ｌｏｇ大きい、請求項１～６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  8. 前記抗凍結剤は、二糖を含む、請求項１～７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  9. 前記二糖は、トレハロースを含む、請求項８に記載の医薬組成物。
  10. 前記トレハロースは、２％から２０％でＤ－トレハロースを含む、請求項９に記載の医薬組成物。
  11. 前記プロバイオティクスは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５に記載される核酸配列と少なくとも９５％同一である核酸配列を含むか、それからなる、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムのうちの１種以上を含む、請求項１～１０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  12. 同一性百分率は、少なくとも９９％である、請求項１１に記載の医薬組成物。
  13. 単離した、または合成の少なくとも１種のさらなるマイクローブをさらに含む、請求項１～１２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  14. 単離したさらなるマイクローブは、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムから選択される、ヒトから単離した、または合成のプロバイオティクスを含む、請求項１３に記載の医薬組成物。
  15. 単離したさらなるマイクローブは、ラクトバシラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、キューティバクテリウム（Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、またはプロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）から選択される属の１種以上のメンバーを含む、請求項１３に記載の医薬組成物。
  16. 単離した第１のさらなるマイクローブと、単離した第２のさらなるマイクローブとをさらに含み、前記単離した第１のさらなるマイクローブと前記単離した第２のさらなるマイクローブは、細菌、ウイルス、酵母、真菌、あるいはそれらの任意の組み合わせから独立して選択される、請求項１～１５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  17. 単離した複数のさらなるマイクローブをさらに含み、前記マイクローブは、細菌、ウイルス、酵母、真菌、あるいはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項１～１６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  18. 単離したマイクローブは、ヒトから単離した、または合成のマイクローブである、請求項１７に記載の医薬組成物。
  19. 前記疾患、障害または疾病は、マラセチア（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ）に関連する、請求項１～１８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  20. 前記疾患、障害または疾病は、マラセチアによるふけ症、アトピー性湿疹、皮膚炎、癜風（ｐｉｔｙｒｉａｓｉｓ ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ）、癜風（ｔｉｎｅａ ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ）、脂漏性皮膚炎、毛包炎、あるいはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項１～１９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  21. 前記疾患、障害または疾病は、皮膚糸状菌に関連する、請求項１～１８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  22. 前記疾患、障害または疾病は、白癬性毛瘡、頭部白癬、体部白癬、頑癬、足部白癬、癜風、爪甲真菌症、あるいはそれらの任意の組み合わせから選択される、請求項１～１８または２１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  23. 前記疾患、障害または疾病は、グラム陽性菌およびスタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）に関連する、請求項１～１８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  24. 前記疾患、障害または疾病は、アトピー性皮膚炎、膿痂疹、皮膚感染症、軟部組織感染症、あるいは任意の組み合わせから選択される、請求項１～１８または２３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  25. 前記疾患、障害または疾病は、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）に関連する、請求項１～１８に記載の医薬組成物。
  26. 前記疾患、障害または疾病は、鵞口瘡、尿路感染症、性器感染症、粘膜皮膚カンジダ症、あるいは任意の組み合わせから選択される、請求項１～１８または２５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  27. 前記疾患、障害または疾病は、トリコフィトン（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ）に関連する、請求項１～１８に記載の医薬組成物。
  28. 前記疾患、障害または疾病は、白癬性毛瘡、頭部白癬、体部白癬、頑癬、足部白癬、癜風、爪甲真菌症、あるいはそれらの任意の組み合わせに関連する、請求項１～１８または２７に記載の医薬組成物。
  29. 抗真菌性化合物をさらに含む、請求項１～２８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  30. 前記抗真菌性化合物は、治療量で前記医薬組成物中に存在する、請求項２９に記載の医薬組成物。
  31. 前記抗真菌性化合物は、治療量未満で前記医薬組成物中に存在する、請求項２９に記載の医薬組成物。
  32. 抗菌性化合物をさらに含む、請求項１～３１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  33. 前記抗菌性化合物は、治療量で前記医薬組成物中に存在する、請求項３２に記載の医薬組成物。
  34. 前記抗菌性化合物は、治療量未満で前記医薬組成物中に存在する、請求項３２に記載の医薬組成物。
  35. プレバイオティクスをさらに含む、請求項１～３４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  36. 少なくとも１種のポストバイオティクスをさらに含む、請求項１～３５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  37. 局所的に許容可能な担体を含む、請求項１～３６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  38. 前記局所的に許容可能な担体は、プレバイオティクス、代謝産物、ポストバイオティクス、細胞溶解物、プロバイオティクス、あるいはそれらの任意の組み合わせをさらに含む、請求項３７に記載の医薬組成物。
  39. 前記疾患、障害または疾病は、皮膚疾患を含む、請求項１～３８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  40. 前記疾患、障害または疾病は、哺乳動物に存在する、請求項１～３９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  41. 前記哺乳動物は、ヒトである、請求項４０に記載の医薬組成物。
  42. ヒトの皮膚疾患、障害または疾病を処置するのに有効な量で、処置を必要とするヒトに投与される、請求項４１に記載の医薬組成物。
  43. 前記ヒトの皮膚上または皮膚中に存在する局所的な病原性マイクロオーガニズムの増殖を処置するのに有効な量で投与される、請求項４１または４２に記載の医薬組成物。
  44. 前記局所的な病原性マイクロオーガニズムは、マラセチアを含むか、それからなる、請求項４３に記載の医薬組成物。
  45. 前記マラセチアは、マラセチア・フルフル（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ ｆｕｒｆｕｒ）を含むか、それからなる、請求項４４に記載の医薬組成物。
  46. 前記マラセチアは、マラセチア・レストリクタ（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ ｒｅｓｔｒｉｃｔａ）を含むか、それからなる、請求項４４に記載の医薬組成物。
  47. 前記マラセチアは、マラセチア・グロボーサ（Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ ｇｌｏｂｏｓａ）を含むか、それからなる、請求項４４に記載の医薬組成物。
  48. 前記局所的な病原性マイクロオーガニズムは、皮膚糸状菌を含むか、それからなる、請求項４３に記載の医薬組成物。
  49. 前記皮膚糸状菌は、トリコフィトンを含むか、それからなる、請求項４８に記載の医薬組成物。
  50. 前記トリコフィトンは、トリコフィトン・メンタグロフィテス（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｍｅｎｔａｇｒｏｐｈｙｔｅｓ）を含むか、それからなる、請求項４９に記載の医薬組成物。
  51. 前記トリコフィトンは、トリコフィトン・ルブルム（Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ ｒｕｂｒｕｍ）を含むか、それからなる、請求項４９に記載の医薬組成物。
  52. 前記局所的な病原性マイクロオーガニズムは、グラム陽性菌を含むか、それからなる、請求項４３に記載の医薬組成物。
  53. 前記グラム陽性菌は、スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）である、請求項５２に記載の医薬組成物。
  54. 凍結乾燥によって乾燥されて粉末形式にされる、請求項１～５３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  55. 前記プロバイオティクスは、再水和すると少なくとも１０％生存可能である、請求項５４に記載の医薬組成物。
  56. 前記プロバイオティクスは、少なくとも約１６４日の冷蔵条件下で少なくとも９０％生存可能である、請求項１～５５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  57. ヒト対象または非ヒト対象への局所投与のために製剤化される、請求項１～５６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
  58. クリーム、ゲル、フォーム、軟膏、粉末またはローションとして製剤化される、請求項５７に記載の医薬組成物。
  59. 液剤、チンキ剤、スプレー剤、ミスト剤（ｍｉｓｔｅｒ）または吸入剤として製剤化される、請求項５７に記載の医薬組成物。
  60. ヒトの皮膚への局所投与のために製剤化される、請求項５７に記載の医薬組成物。
  61. ヒトの粘膜への局所投与のために製剤化される、請求項５７に記載の医薬組成物。
  62. 配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と９５％同一である核酸配列を含む、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムを含む合成組成物であって、前記合成組成物は、局所投与のために製剤化される、合成組成物。
  63. アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムの核酸配列の同一性は、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５の核酸配列と９９％同一である、請求項６２に記載の合成組成物。
  64. ヒトの皮膚、爪、毛髪または粘膜に接触する材料への適用のために製剤化される、請求項６２または６３に記載の合成組成物。
  65. ヒトの皮膚、爪、毛髪または粘膜への適用のために製剤化される、請求項６２または６３に記載の合成組成物。
  66. 水性製剤に製剤化される、請求項６２～６５のいずれか一項に記載の合成組成物。
  67. ヒトに接触される表面への局所適用のために製剤化される、請求項６２～６６のいずれか一項に記載の合成組成物。
  68. 化粧品組成物としての使用のために製剤化される、請求項６２～６７のいずれか一項に記載の合成組成物。
  69. 歯磨剤、洗口剤、シャンプー、石鹸、デンタルフロス、点眼剤または点鼻剤組成物として製剤化される、請求項６８に記載の合成組成物。
  70. 日焼け止め、保湿剤、老化防止剤、プロバイオティクスまたは健康増進組成物として製剤化される、請求項６８に記載の合成組成物。
  71. 病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置、抑制または予防するのに有効な量で、１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列において配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９８％同一である核酸配列を含むアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムを含む、医薬組成物。
  72. 病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置、抑制または予防するのに有効な量で、配列番号１、配列番号２、配列番号３または配列番号４を含む核酸配列を含むアルカリゲネスまたはバチルスを含む、医薬組成物。
  73. 病原性マイクロオーガニズムを処置または予防する方法であって、該方法は、有効量の、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムを、処置を必要とする対象に投与する工程を含む、方法。
  74. 処置を必要とする対象における皮膚疾病を処置する方法であって、該方法は、アルカリゲネス（Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓ）属、バチルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）属またはヤンシノバクテリウム（Ｊａｎｔｈｉｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）属のプロバイオティクスを含む医薬組成物の治療有効量を対象に局所投与する工程を含み、ここで、前記プロバイオティクスは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５の１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列と少なくとも９５％同一である核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む、方法。
  75. アルカリゲネスを含むプロバイオティクスの有効性を改善する方法であって、前記プロバイオティクスは、配列番号６と少なくとも９５％同一であるメチルトランスフェラーゼを有する、方法。
  76. 配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である配列を有する１６ｓ ｒＲＮＡ核酸分子を含む、単離したアルカリゲネス、バチルスまたはヤンシノバクテリウムのプロバイオティクス。
  77. 配列番号６と少なくとも９５％の同一性を有するメチルトランスフェラーゼを含む、請求項７６に記載の単離したアルカリゲネスのプロバイオティクス。
  78. 請求項７６または７７に記載のアルカリゲネス、バチルスまたはヤンシノバクテリウムのプロバイオティクスのうちの少なくとも１種を含む、医薬組成物。
  79. 請求項７６または７７に記載のアルカリゲネス、バチルスまたはヤンシノバクテリウムのプロバイオティクスのうちの少なくとも１種を含む、合成組成物。
  80. 請求項７６または７７に記載のアルカリゲネス、バチルスまたはヤンシノバクテリウムのプロバイオティクスのうちの少なくとも１種を含む、化粧料組成物。
  81. 配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９８％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ核酸配列を含む、単離したアルカリゲネス、バチルスまたはヤンシノバクテリウムのプロバイオティクス。
  82. 請求項７６のアルカリゲネス、バチルスまたはヤンシノバクテリウムのうちのいずれかから選択される少なくとも２種のプロバイオティクスを含む、組み合わせ組成物。
  83. 処置を必要とする対象における病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置または予防するのに有効な量で存在する、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムのうちの少なくとも１種の種を含む医薬組成物であって、前記医薬組成物は、局所剤形である、医薬組成物。
  84. ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスのうちの少なくとも１種からの代謝産物を含む医薬組成物であって、前記代謝産物は、処置を必要とする対象における病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病の処置、抑制または予防に十分な量で存在し、前記医薬組成物は、局所剤形である、医薬組成物。
  85. 処置を必要とする対象における病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置または予防するのに有効な量で存在する、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムのうちの少なくとも１種の種の細胞溶解物を含む医薬組成物であって、前記医薬組成物は、局所剤形である、医薬組成物。
  86. 処置を必要とする対象における病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置、阻害または予防するのに有効な量で存在する、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムのうちの少なくとも１種の種のポストバイオティクスを含む医薬組成物であって、前記医薬組成物は、局所剤形である、医薬組成物。
  87. 処置を必要とする対象における皮膚障害を処置するための方法であって、該方法は、有効量のプロバイオティクス菌、プロバイオティクス菌の代謝産物、プロバイオティクス菌のポストバイオティクスおよび／またはプロバイオティクス菌の細胞溶解物を含む製剤を局所投与する工程を含み、前記プロバイオティクス菌は、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムであり、前記皮膚障害は、局所的な病原性マイクロオーガニズムの存在に関連する、方法。
  88. 前記製剤は、皮膚、爪または毛髪への投与のために製剤化される、請求項８７に記載の方法。
  89. 前記製剤は、粘膜への投与のために製剤化される、請求項８７に記載の方法。
  90. 前記粘膜は、膣、陰茎、尿道、膀胱、肛門、口、鼻、咽喉、気管支、肺、眼、ならびに耳および鼻腔の粘膜からなる群から選択される、請求項８９に記載の方法。
  91. 病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置、抑制または予防するのに有効な量で、ヒトから単離した、または合成の少なくとも１種のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムから産生された代謝産物を含む医薬組成物。
  92. ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む、請求項９１に記載の医薬組成物。
  93. 病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置または予防するのに有効な量で、ヒトから単離した、または合成の少なくとも１種のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムからの細胞溶解物を含む医薬組成物。
  94. 前記アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む、請求項９３に記載の医薬組成物。
  95. 病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病を処置、抑制または予防するのに有効な量で、ヒトから単離した、または合成の少なくとも１種のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムからのポストバイオティクスを含む医薬組成物。
  96. 前記アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む、請求項９５に記載の医薬組成物。
  97. 有効量の、ヒトから単離した、少なくとも１種のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムの代謝産物を含む、局所適用のために製剤化される合成組成物。
  98. 前記アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む、請求項９７に記載の合成組成物。
  99. 化粧料組成物である、請求項９８に記載の合成組成物。
  100. 歯磨剤、洗口剤、シャンプー、石鹸、保湿剤またはデンタルフロスとして製剤化される、請求項９９に記載の合成組成物。
  101. 前記化粧料組成物は、日焼け止め、保湿剤、老化防止剤、プロバイオティクスまたは健康増進組成物を含む、請求項９９に記載の合成組成物。
  102. 有効量のヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、またはバチルス・サブチルスの細胞溶解物を含む、局所適用のために製剤化される合成組成物。
  103. ヤンシノバクテリウム・リビダム、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む、請求項１０２に記載の合成組成物。
  104. 化粧料組成物である、請求項１０３に記載の合成組成物。
  105. 歯磨剤、洗口剤、シャンプー、石鹸、保湿剤またはデンタルフロスとして製剤化される、請求項１０４に記載の合成組成物。
  106. 日焼け止め、保湿剤、老化防止剤、プロバイオティクスまたは健康増進組成物として製剤化される、請求項１０４に記載の合成組成物。
  107. 有効量の、ヒトから単離した、または合成のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムのポストバイオティクスを含む、局所適用のために製剤化される合成組成物。
  108. 前記アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムは、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４または配列番号５と少なくとも９５％同一である１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む、請求項１０７に記載の合成組成物。
  109. 化粧料組成物である、請求項１０８に記載の合成組成物。
  110. 歯磨剤、洗口剤、シャンプー、石鹸、保湿剤、リップバームまたはデンタルフロスとして製剤化される、請求項１０９に記載の合成組成物。
  111. 日焼け止め、保湿剤、老化防止剤、プロバイオティクスまたは健康増進組成物として製剤化される、請求項１０９に記載の合成組成物。
  112. 処置を必要とする対象を処置する方法であって、該方法は、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムから選択されるプロバイオティクス、あるいはその誘導体と、少なくとも１種の抗凍結剤とを含む組成物を前記対象に投与する工程を含み、ここで、前記抗凍結剤は、前記プロバイオティクスの少なくとも１種の代謝産物のレベルを上昇させ、前記少なくとも１種の代謝産物のレベルの上昇は、病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病の処置に関連する、方法。
  113. 処置を必要とする対象を処置する方法であって、該方法は、アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムから選択されるプロバイオティクス、あるいはその誘導体と、少なくとも１種の抗凍結剤とを含む組成物を前記対象に投与する工程を含み、ここで、前記抗凍結剤は、前記プロバイオティクスの少なくとも１種の代謝産物のレベルを低下させ、前記少なくとも１種の代謝産物の少なくとも１つのレベルの低下は、病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病の処置に関連する、方法。
  114. アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムから選択される少なくとも１種のプロバイオティクス、あるいはその誘導体と、少なくとも１種の抗凍結剤とを含む、凍結乾燥プロバイオティクス組成物。
  115. 前記抗凍結剤は、二糖を含む、請求項１１４に記載の凍結乾燥プロバイオティクス組成物。
  116. 前記抗凍結剤によって、前記抗凍結剤を含まない組成物と比較すると、有効性、安定性および／または生存率が改善した組成物がもたらされる、請求項１１５に記載の凍結乾燥プロバイオティクス組成物。
  117. 少なくとも１種のプレバイオティクスをさらに含む、請求項１１４～１１６のいずれか一項に記載の凍結乾燥プロバイオティクス組成物。
  118. アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムのうちの少なくとも１種と、少なくとも１種の抗凍結剤とを含む、薬剤として使用するためのプロバイオティクス組成物。
  119. 少なくとも１種の病原性マイクロオーガニズムに関連する疾患、障害または疾病の処置において使用するための、請求項１１８に記載のプロバイオティクス組成物。
  120. アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムのうちの少なくとも１種を含む、病原性マイクロオーガニズムに関連する感染症の処置において使用するためのプロバイオティクス組成物。
  121. 前記感染症は、皮膚感染症である、請求項１２０に記載のプロバイオティクス組成物。
  122. 前記病原性マイクロオーガニズムは、マラセチアを含むか、それからなる、請求項１２０または１２１に記載のプロバイオティクスマイクロオーガニズム。
  123. 前記病原性マイクロオーガニズムは、ふけ症、アトピー性湿疹、皮膚炎、癜風（ｐｉｔｙｒｉａｓｉｓ ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ）、癜風（ｔｉｎｅａ ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ）、脂漏性皮膚炎、毛包炎、あるいはそれらの任意の組み合わせに関連する、請求項１２２に記載のプロバイオティクスマイクロオーガニズム。
  124. 前記病原性マイクロオーガニズムは、皮膚糸状菌を含むか、それからなる、請求項１２０に記載のプロバイオティクス組成物。
  125. 前記病原性マイクロオーガニズムは、白癬性毛瘡、頭部白癬、体部白癬、頑癬、足部白癬、癜風、爪甲真菌症、あるいはそれらの任意の組み合わせに関連する、請求項１２４に記載のプロバイオティクス組成物。
  126. 足部白癬または癜風の処置において使用するための、請求項１１９に記載のプロバイオティクス組成物。
  127. アルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムのうちの少なくとも１種の代謝産物を含む組成物。
  128. 病原性マイクロオーガニズムに関連する感染症の処置において使用するための、請求項１２７に記載の組成物。
  129. （ｉ）安定化された、ヒトから単離した、または合成の少なくとも１種のアルカリゲネス・フェーカリス、バチルス・アルティチュジニス、バチルス・プミルス、バチルス・サブチルス、またはヤンシノバクテリウム・リビダムと、抗凍結剤である少なくとも１種の第１の賦形剤とを含む組成物を含む、少なくとも１つのバイアルと、（ｉｉ）指示書とを含むキット。
  130. 再構成のために、製剤緩衝剤用の少なくとも１つのバイアルをさらに含む、請求項１２９に記載のキット。
  131. 混合用および適用用の指示書と、任意選択で、混合用および／または適用用の１つ以上の器具とをさらに含む、請求項１３０に記載のキット。
  132. 前記組成物は、粉末状形式である、請求項１２９～１３１のいずれか一項に記載のキット。
  133. 前記組成物は、液体状形式である、請求項１２９～１３１のいずれか一項に記載のキット。
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