KR20230102647A - Esbl 주요 내성 균주 확인을 위한 다중진단 pcr 키트 - Google Patents
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Abstract
본 발명은 ESBL 주요 내성 균주 확인을 위한 다중진단 PCR 키트에 관한 것으로서, 본 발명에서는 ESBL 내성균의 전체 95% 이상을 커버할 수 있는 항생제 내성 유전자를 타겟으로 각각의 SNP 패턴을 계산 및 분석하였으며, 분석 결과를 토대로 항생제 내성 유전자를 검출할 수 있는 13쌍의 단일 검출 프라이머와 79쌍의 SNP 조합 프라이머를 합쳐 총 92쌍의 프라이머 쌍을 디자인하여 이를 이용한 다중 진단 PCR 키트를 개발하였다. 기존의 세균 배양방식을 거치지 않고, DNA 추출과정을 거치지 않으며, 검체에서 직접 항생제 내성 유전자를 검출할 수 있으므로, 빠르게 분석이 가능하며 실험의 편리성 및 효율성이 보장될 것으로 예상된다.
Description
본 발명은 기질확장성 베타 락타마아제(Extended-Spectrum Beta Lactamase; ESBL) 주요 내성 균주 확인을 위한 다중진단 PCR 키트에 대한 것이다.
항생제 내성의 문제는 WHO의 global report에서 심각하게 규정하고 있는 세계적인 문제이지만, 한국을 포함한 아시아 국가 내 병원성 세균의 항생제 내성률이 전반적으로 높은 양상을 띄고 있다.
특히, 가장 널리 쓰이는 광범위 세팔로스포린(cephalosporin) 계열 항생제에 내성을 가지는 ESBL의 생성을 주도하는 ESBL 내성균과 관련하여, 미국에서 분리되는 K. pneumoniae와 E. coli의 1.3%~8.6% 가 ESBL을 생성하며, 국내에서는 E. coli 및 K. pneumoniae가 각각 7.5~15%, 22.8%~38% 가 ESBL 생성 균주임이 보고된 바가 있다. 나아가, ESBL 내성 균주는 매우 빠른 변이율을 통한 빠른 전이율을 보이고 있다.
기존의 배양방식 위주의 항생제 내성검사가 소요시간과 단위비용의 규모가 매우 크기 때문에 이를 대체할 수 있는 분자진단 방식이 필요하지만, 변이가 매우 빠른 항생제 내성 유전자의 경우는 개발이 쉽지 않다. 이에, ESBL 내성 균주를 효과적으로 검출할 수 있는 진단기술과 진단키트의 제공은 종래의 배양방식 위주의 항생제 내성 유전자 검사를 대체할 수 있는 분자적 진단 방식으로써 대규모 검사 시 소요시간과 단위비용을 대폭 낮출 수 있어, 개발 필요성이 매우 높다.
본 발명의 목적은 기질확장성 베타 락타마아제(Extended-Spectrum Beta Lactamase; ESBL) 내성 유전자 다중 검출용 프라이머 세트, 상기 프라이머 세트를 포함하는 ESBL 내성 유전자 다중 검출용 키트 및 이를 이용한 ESBL 내성 유전자 다중 검출 방법을 제공하는데 있다.
상기 목적을 달성하기 위하여, 본 발명은 1) CMY 유전자 검출용 프라이머 세트; 2) NDM 유전자 검출용 프라이머 세트; 3) KPC 유전자 검출용 프라이머 세트; 4) VIM 유전자 검출용 프라이머 세트; 5) SHV 유전자 검출용 프라이머 세트; 6) CTX 유전자 검출용 프라이머 세트; 7) TEM 유전자 검출용 프라이머 세트; 8) Amp 유전자 검출용 프라이머 세트; 및 9) OXA 유전자 검출용 프라이머 세트를 포함하는 ESBL 내성 유전자 다중 검출용 프라이머 세트를 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 프라이머 세트를 포함하는 ESBL 내성 유전자 다중 검출용 키트를 제공한다.
또한, 본 발명은 상기 프라이머 세트를 이용한 ESBL 내성 유전자 다중 검출 방법을 제공한다.
본 발명은 ESBL 주요 내성 균주 확인을 위한 다중진단 PCR 키트에 관한 것으로서, 본 발명에서는 ESBL 내성균의 전체 95% 이상을 커버할 수 있는 항생제 내성 유전자를 타겟으로 각각의 SNP 패턴을 계산 및 분석하였으며, 분석 결과를 토대로 항생제 내성 유전자를 검출할 수 있는 13쌍의 단일 검출 프라이머와 79쌍의 SNP 조합 프라이머를 합쳐 총 92쌍의 프라이머 쌍을 디자인하여 이를 이용한 다중 진단 PCR 키트를 개발하였다. 기존의 세균 배양방식을 거치지 않고, DNA 추출과정을 거치지 않으며, 검체에서 직접 항생제 내성 유전자를 검출할 수 있으므로, 빠르게 분석이 가능하며 실험의 편리성 및 효율성이 보장될 것으로 예상된다.
도 1은 총 70개의 타겟 ESBL 내성 유전자를 검출하기 위한 96 well plate 구성을 나타낸다.
도 2는 개발된 검출 프라이머의 특이성 확인 결과를 나타낸다.
도 3은 real-time PCR의 증폭 곡선 및 표준 곡선을 나타낸다.
도 4는 개발된 조합 프라이머의 타겟 내성 유전자 검출 기법을 나타낸다.
도 5는 개발된 조합 프라이머의 SNP 조합 프라이머를 이용한 항생제 내성 유전자 검출 실험의 요약도를 나타낸다.
도 2는 개발된 검출 프라이머의 특이성 확인 결과를 나타낸다.
도 3은 real-time PCR의 증폭 곡선 및 표준 곡선을 나타낸다.
도 4는 개발된 조합 프라이머의 타겟 내성 유전자 검출 기법을 나타낸다.
도 5는 개발된 조합 프라이머의 SNP 조합 프라이머를 이용한 항생제 내성 유전자 검출 실험의 요약도를 나타낸다.
이에, 본 발명에서는 기하급수적으로 증가하고 있는 전장 유전체 염기서열 내 항생제 내성 유전자를 효율적으로 분석하였고, 변이 SNP(단일 뉴클레오티드 다형성) 서열이 매우 빈번하게 일어나는 ESBL 내성 유전자 전체 95%를 커버할 수 있는 타겟을 선별 및 검출 SNP 패턴을 계산하였다. 계산된 SNP 패턴을 기반으로 총 92쌍의 검출 프라이머를 디자인하였고, 이는 2개의 96-well reaction plate에서 총 70개의 ESBL 내성 유전자를 빠르고 정확하게 검출할 수 있다(도 1).
본 발명은 별도의 DNA 추출단계가 필요 없으며, 항생제 내성 유전자 검출 결과에 이르기까지 90분 미만의 소요시간이 드는바, 기존의 배양 스크리닝 방법보다 낮은 검사가격과 손쉬운 대량 검사에 대한 솔루션을 제공할 수 있도록 ESBL 내성 유전자의 약 95% 이상을 커버할 수 있는 검출 타겟 선정 및 검출 프라이머를 디자인하고, 빠르고 정확하게 검출할 수 있는 Real-Time PCR 기법을 개발하고, 본 발명을 완성하였다.
본 발명은 1) 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 1 및 서열번호 3으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 1 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 1 및 서열번호 5로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 1 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 7 및 서열번호 9로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 8 및 서열번호 9로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 CMY 유전자 검출용 프라이머 세트;
2) 서열번호 10 및 서열번호 11로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 10 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 13 및 서열번호 15로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 14 및 서열번호 15로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 NDM 유전자 검출용 프라이머 세트;
3) 서열번호 16 및 서열번호 17로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 16 및 서열번호 18로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 KPC 유전자 검출용 프라이머 세트;
4) 서열번호 19 및 서열번호 20으로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 VIM 유전자 검출용 프라이머 세트;
5) 서열번호 21 및 서열번호 23으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 22 및 서열번호 23으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 24 및 서열번호 25로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 24 및 서열번호 26로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 27 및 서열번호 29로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 28 및 서열번호 29로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 30 및 서열번호 32로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 31 및 서열번호 32로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 33 및 서열번호 35로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 34 및 서열번호 35로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 36 및 서열번호 38로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 37 및 서열번호 38로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 39 및 서열번호 41로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 40 및 서열번호 41로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 42 및 서열번호 44로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 43 및 서열번호 44로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 45 및 서열번호 47로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 46 및 서열번호 47로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 SHV 유전자 검출용 프라이머 세트;
6) 서열번호 48 및 서열번호 49로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 50 및 서열번호 51로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 52 및 서열번호 53으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 54 및 서열번호 55로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 56 및 서열번호 58로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 57 및 서열번호 58로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 59 및 서열번호 60으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 59 및 서열번호 61로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 62 및 서열번호 64로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 63 및 서열번호 64로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 65 및 서열번호 66으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 65 및 서열번호 67로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 68 및 서열번호 70으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 69 및 서열번호 70으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 71 및 서열번호 72로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 71 및 서열번호 73으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 74 및 서열번호 76으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 75 및 서열번호 76으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 77 및 서열번호 78로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 77 및 서열번호 79로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 CTX 유전자 검출용 프라이머 세트;
7) 서열번호 80 및 서열번호 82로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 81 및 서열번호 82로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 83 및 서열번호 84로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 83 및 서열번호 85로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 86 및 서열번호 87로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 86 및 서열번호 88로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 89 및 서열번호 91로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 90 및 서열번호 91로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 92 및 서열번호 94로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 93 및 서열번호 94로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 95 및 서열번호 96으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 95 및 서열번호 97로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 98 및 서열번호 100으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 99 및 서열번호 100으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 101 및 서열번호 103으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 102 및 서열번호 103으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 104 및 서열번호 106으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 105 및 서열번호 106으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 107 및 서열번호 109로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 108 및 서열번호 109로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 110 및 서열번호 111로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 110 및 서열번호 112로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 TEM 유전자 검출용 프라이머 세트;
8) 서열번호 113 및 서열번호 114로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 115 및 서열번호 116으로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 Amp 유전자 검출용 프라이머 세트; 및
9) 서열번호 117 및 서열번호 118로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 119 및 서열번호 120으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 121 및 서열번호 122로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 123 및 서열번호 124로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 125 및 서열번호 126으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 127 및 서열번호 128로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 129 및 서열번호 130으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 129 및 서열번호 131로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 132 및 서열번호 133으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 132 및 서열번호 134로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 135 및 서열번호 137으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 136 및 서열번호 137로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 138 및 서열번호 139로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 140 및 서열번호 141로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 142 및 서열번호 143으로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 142 및 서열번호 144로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 OXA 유전자 검출용 프라이머 세트를 포함하는 ESBL 내성 유전자 다중 검출용 프라이머 세트를 제공한다.
본 발명에 있어서, "프라이머"는 증폭하려는 핵산 가닥에 상보적인 단일 가닥 올리고뉴클레오티드 서열을 말하며, 프라이머 연장 산물의 합성을 위한 개시점으로서 작용할 수 있다. 상기 프라이머의 길이 및 서열은 연장 산물의 합성을 시작하도록 허용해야 한다. 프라이머의 구체적인 길이 및 서열은 요구되는 DNA 또는 RNA 표적의 복합도(complexity) 뿐만 아니라 온도 및 이온 강도와 같은 프라이머 이용 조건에 의존할 것이다. 본 발명에 있어서, 프라이머로 이용된 올리고뉴클레오티드는 또한 뉴클레오티드 유사체(analogue), 예를 들면, 포스포로티오에이트(phosphorothioate), 알킬포스포로티오에이트 또는 펩티드 핵산(peptide nucleic acid)를 포함할 수 있거나 또는 삽입 물질(intercalating agent)를 포함할 수 있다.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는 ESBL 내성 유전자 다중 검출용 키트를 제공한다.
본 발명의 상기 프라이머 세트 이외에, PCR 키트에 포함되는 통상적인 구성성분을 포함할 수 있다. 상기 키트에 포함되는 통상적인 구성성분은 반응완충액, 중합효소, dNTP(dATP, dCTP, dGTP 및 dTTP) 및 Mg2 +와 같은 보조인자(cofactor) 등일 수 있다. 다양한 DNA 중합효소가 본 발명의 증폭 단계에 이용될 수 있으며, E. coli DNA 중합효소 I의 클레나우 단편, 열안정성 DNA 중합효소 및 박테리오파아지 T7 DNA 중합효소를 포함한다. 바람직하게는, 중합효소는 다양한 박테리아 종으로부터 얻을 수 있는 열안정성 DNA 중합효소이다. 상기 중합효소 대부분은 박테리아 그 자체로부터 분리될 수 있고 또는 상업적으로 구입할 수 있다.
또한, 본 발명은 (1) 상기에 따른 프라이머 세트를 이용하여, 시료로부터 PCR 증폭을 수행하여, PCR 증폭 산물을 수득하는 단계; 및 (2) 상기 PCR 증폭 산물을 분석하는 단계를 포함하는 ESBL 내성 유전자 다중 검출 방법을 제공한다.
바람직하게는, 상기 PCR은 실시간 PCR(Real-Time PCR; RT-PCR)일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
본 발명의 방법에 있어서, 상기 증폭 산물의 분석은 모세관 전기영동, DNA 칩, 겔 전기영동, 방사성 측정, 형광 측정 또는 인광 측정을 통해 수행될 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다. 상기 겔 전기영동은 증폭 산물의 크기에 따라 아가로스 겔 전기영동 또는 아크릴아미드 겔 전기영동을 이용할 수 있다. 또한, 형광 측정 방법은 프라이머의 5'-말단에 Cy5 또는 Cy3를 표지하여 PCR을 수행하면 표적 서열이 검출가능한 형광 표지 물질로 표지되며, 이렇게 표지된 형광은 형광 측정기를 이용하여 측정할 수 있다. 또한, 방사성 측정 방법은 PCR 수행 시 32P 또는 35S 등과 같은 방사성 동위원소를 PCR 반응액에 첨가하여 증폭 산물을 표지한 후, 방사성 측정기구, 예를들면, 가이거 계수기(Geiger counter) 또는 액체섬광계수기(liquid scintillation counter)를 이용하여 방사성을 측정할 수 있다.
바람직하게는, 상기 PCR 증폭 산물을 분석하는 단계는 PCR 증폭 산물의 SNP 패턴을 분석하는 것일 수 있으나, 이에 제한되는 것은 아니다.
한편, PCR이란 중합효소를 이용하여 표적 핵산에 특이적으로 결합하는 프라이머 세트로부터 표적 핵산을 증폭하는 방법이다. 이러한 PCR 방법은 당업계에 잘 알려져 있으며, 상업적으로 이용가능한 키트를 이용할 수도 있다.
이하에서는, 본 발명을 한정하지 않는 실시예에 따라 본 발명을 상세히 설명한다. 본 발명의 하기 실시예는 본 발명을 구체화하기 위한 것일 뿐 본 발명의 권리범위를 제한하거나 한정하는 것이 아님은 물론이다. 따라서, 본 발명의 상세한 설명 및 실시예로부터 본 발명이 속하는 기술분야의 전문가가 용이하게 유추할 수 있는 것은 본 발명의 권리범위에 속하는 것으로 해석된다.
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실시예
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본 발명은 베타-락타마아제 유전자를 함유하는 ESBL 주요 내성 균주 확인을 위한 다중진단 PCR키트를 제공하는 기술로써, 생물정보학을 기반으로 개발되었다.
본 발명은 광범위 항생제 내성 유전자를 포함하는 데이터베이스를 이용하여 총 70개의 베타-락타마아제 타겟 유전자를 정렬 및 그룹화하였으며, 각 그룹 내 속한 항생제 내성 유전자 간 단일 뉴클레오타이드 다형성(SNP) 패턴을 계산함으로써 그룹 내에 속한 항생제 내성 유전자를 각기 검출하기 위한 13쌍의 단일 프라이머와 79쌍의 SNP 조합 프라이머를 합쳐 총 92쌍의 프라이머 쌍이 제작되었다.
본 발명에서 디자인한 조합용 프라이머 쌍의 디자인은 타겟 유전자 간 염기서열 유사도가 매우 높아 특이적으로 검출이 가능한 서열이 확보되지 않는 경우, 디자인하는 것을 전제로 하였다.
본 발명에서 디자인한 조합용 프라이머 쌍의 디자인 과정은 다음과 같다. 데이터베이스를 이용하여 정렬된 총 70개의 ESBL 타겟 내성 유전자를 클러스터링과 염기 서열 정렬을 통하여 해당 유전자 내 보존 지역과 변이 지역을 확인하였다. 또한, 같은 대립 유전자 간 서열 정렬을 수행하여 SNP가 존재하는 위치와 염기서열을 확인하였다. 이후, 70개의 타겟 내성 유전자를 각각 검출할 수 있는 특이적인 SNP 패턴을 계산하였다.
본 발명에서 발명한 SNP 조합 프라이머는 특정 위치의 해당 SNP 염기서열이 프라이머 말단에 위치할 수 있도록 설계하는 3’-mismatch 프라이머 디자인 기법을 활용하였으며, 최대한 SNP를 제외한 그 외 변이 지역이 설계된 프라이머 염기서열 내에 포함되지 않을 수 있도록 설계되었다.
본 발명에서 계산한 특이적인 SNP 패턴을 이용하여 분리 균주 내 해당 타겟 ESBL 내성 유전자의 검출 유무를 RT-PCR 상 확인하기 위해서는, 검출 결과를 쌍으로 비교해야 한다. 이는 mismatch에 의해 유도된 증폭 격차를 확인해야만 특정 위치의 SNP를 확인할 수 있기 때문이다.
본 발명에서 개발된 조합 프라이머의 특정 위치의 SNP 패턴을 통하여 타겟 내성 유전자를 추론하는 방식은 도 4에 나타냈다. 타겟 내성 유전자는 고유한 위치에 할당된 단일 염기 다형성을 소유하고 있기 때문에, 각 위치에 맞는 검출 염기쌍을 조합하여 분리 균주 내 최종 검출 SNP 패턴을 획득한 후, 타겟 내성 유전자를 추론하는 방식이다.
본 발명의 도면에 기재된 예시의 설명은 다음과 같다. NDM의 당해 연도 타겟 유전자는 NDM-1, NDM-5, NDM-9 이며, 이 3개의 유전자는 SNP로써 구분되어지는데, 해당 point mutation의 위치는 262(G 또는 T) 위치, 454(G 또는 A) 위치이다. 검출의 방법은 다음과 같다. 첫째, 262 위치의 SNP를 검출하기 위해 2쌍의 프라이머를 디자인하여 RT-PCR 실험 수행하여 해당 위치의 SNP를 검출하였다. 둘째, 454 위치의 SNP를 검출하기 위해 2쌍의 프라이머를 디자인한 후 RT-PCR 실험 수행하여 해당 위치의 SNP를 검출하였다. 셋째, 각 위치의 SNP가 검출되면 이를 조합하여 최종 검출 SNP 패턴을 도출 및 개별 유전자를 추론하였다.
단일 프라이머와 SNP 조합 프라이머를 합쳐 총 92쌍의 프라이머 쌍이 디자인되었다. 디자인된 총 92쌍의 프라이머 정보는 표 1 내지 표 5에 나타냈다.
| Allele | Primer | Sequence (5'-3') |
Size
(bp) |
SNP
위치 |
SNP |
| CMY | CMY_1_F | GAG GCA ATG ACC AGA CGC G (서열번호 1) | 107 | 661 | |
| CMY_1_R(T) | TTC CCT TCG CGA TAG CCC MA (서열번호 2) | T | |||
| CMY_1_R(C) | TTC CCT TCG CGA TAG CCC MG (서열번호 3) | C | |||
| CMY_1_R(A) | TTC CCT TCG CGA TAG CCC MT (서열번호 4) | A | |||
| CMY_2_F | GAG GCA ATG ACC AGA CGC G (서열번호 1) | 108 | 662 | ||
| CMY_2_R(T) | CTT CCC TTC GCG ATA GCC CA (서열번호 5) | T | |||
| CMY_2_R(G) | CTT CCC TTC GCG ATA GCC CC (서열번호 6) | G | |||
| CMY_3_F(T) | GAA GGG AAG CCC GTA CAC RTT TC (서열번호 7) | 151 | 692 | T | |
| CMY_3_F(G) | GAA GGG AAG CCC GTA CAC RGT TC (서열번호 8) | G | |||
| CMY_3_R | CAA GCG CAA TGC CCT GCT G (서열번호 9) | ||||
| NDM | NDM_1_F | GTC TGG CAG CAC ACT TCC TA (서열번호 10) | 108 | 262 | |
| NDM_1_R(G) | CCA GGC GGT ATC GAC CAC C (서열번호 11) | G | |||
| NDM_1_R(T) | CCA GGC GGT ATC GAC CAA C (서열번호 12) | T | |||
| NDM_2_F(G) | CGA ACC AGC TTG CCC CGC AAG (서열번호 13) | 178 | 454 | G | |
| NDM_2_F(A) | CGA ACC AGC TTG CCC CGC AAA (서열번호 14) | A | |||
| NDM_2_R | GCG ATG TCG GTG CCG TCG ATC (서열번호 15) | ||||
| KPC | KPC_1_F | CTG CGG AGT GTA TGG CAC GG (서열번호 16) | 125 | 814 | |
| KPC_1_R(T) | CGA TGA CGG CCT CGC TGT AC (서열번호 17) | T | |||
| KPC_1_R(C) | CGA TGA CGG CCT CGC TGT GC (서열번호 18) | C | |||
| VIM | VIM-1_F | AAG TCC GTT AGC CCA TTC CG (서열번호 19) | 100 | ||
| VIM-1_R | AAC ACC ATC GGC AAT CTG GT (서열번호 20) |
| Allele | Primer | Sequence (5'-3') |
Size
(bp) |
SNP
위치 |
SNP |
| SHV | SHV_1_F(A) | TAT CTC CCT GTT AGC CAC C (서열번호 21) | 84 | 40 | A |
| SHV_1_F(G) | TAT CTC CCT GTT AGC CGC C (서열번호 22) | G | |||
| SHV_1_R | AGC TGG CTT TCG CTT TGT TT (서열번호 23) | ||||
| SHV_2_F | CGC CTG TGT ATT ATC TCC CTG T (서열번호 24) | 98 | 90 | ||
| SHV_2_R(T) | GAC AGC TGG CTT TCG CTT AGT (서열번호 25) | T | |||
| SHV_2_R(A) | GAC AGC TGG CTT TCG CTT TGT (서열번호 26) | A | |||
| SHV_3_1_F(T) | GCC GGT CAG CGA AAA ACA T (서열번호 27) | 93 | 324 | T | |
| SHV_3_2_F(C) | GCC GGT CAG CGA AAA ACA C (서열번호 28) | C | |||
| SHV_3_R | AGA TTG GCG GCG CTG TTA T (서열번호 29) | ||||
| SHV_4_F(T) | CGG TCG GYG AAC TCT GTG C (서열번호 30) | 171 | 357 | T | |
| SHV_4_F(C) | CGG TCG GYG AAC TCT GCG C (서열번호 31) | C | |||
| SHV_4_R | CGG GAA GCG CCT CAT TCA GTT C (서열번호 32) | ||||
| SHV_5_F(A) | CCA CTA CCC CGG CCA GCA TGA (서열번호 33) | 135 | 547 | A | |
| SHV_5_F(G) | CCA CTA CCC CGG CCA GCA TGG (서열번호 34) | G | |||
| SHV_5_R | GCA CGG AGC GGA TCA ACG GTC (서열번호 35) | ||||
| SHV_6_F(G) | CGA TAA GAC CGG AGC TGG C (서열번호 36) | 135 | 700 | G | |
| SHV_6_F(A) | CGA TAA GAC CGG AGC TAG C (서열번호 37) | A | |||
| SHV_6_R | ATT TGC TGA TTT CGC TCG GC (서열번호 38) | ||||
| SHV_7_F(G) | CGA TAA GAC CGG AGC TRG CRA G (서열번호 39) | 66 | 705 | G | |
| SHV_7_F(A) | CGA TAA GAC CGG AGC TRG CRA A (서열번호 40) | A | |||
| SHV_7_R | TTG TTA TTC GGG CCA AGC AGG (서열번호 41) | ||||
| SHV_8_F(C) | CCC GAA TAA CAA AGC AGA KCG CA (서열번호 42) | 87 | 759 | C | |
| SHV_8_F(G) | CCC GAA TAA CAA AGC AGA KCG GA (서열번호 43) | G | |||
| SHV_8_R | CCG GCG ATT TGC TGA TTT CG (서열번호 44) | ||||
| SHV_9_F(C) | GTG GTG ATW TAT CTG CGG GAT ACC C (서열번호 45) | 89 | 786 | C | |
| SHV_9_F(G) | GTG GTG ATW TAT CTG CGG GAT ACG (서열번호 46) | G | |||
| SHV_9_R | CAG TGC TCG ATC AGC GC (서열번호 47) |
| Allele | Primer | Sequence (5'-3') |
Size
(bp) |
SNP
위치 |
SNP |
| CTX | CTX_G1_marker_F | AGA GAG TGC AAC GGA TGA TGT (서열번호 48) | 186 | ||
| CTX_G1_marker_R | CAC CGC GAT AAA GCA CCT GC (서열번호 49) | ||||
| CTX_G2_marker_F | CAA CCG TCA CGC TGT YGT TA (서열번호 50) | 90 | |||
| CTX_G2_marker_R | CCG ACT GCC GCT CTA ATT CG (서열번호 51) | ||||
| CTX-M-2_F | GTT CGG GAG GTC GGC TTG (서열번호 52) | 150 | |||
| CTX-M-2_R | GGT GCT TAT CGC TCT CGC TC (서열번호 53) | ||||
| CTX-M-8_F | GCT AAT GAC AAC GGC CTG T (서열번호 54) | 163 | |||
| CTX-M-8_R | GCG GTA GAG CGT CTG TGC (서열번호 55) | ||||
| CTX_G1_1_F(T) | CCA GTA AAG TTA TGG CGG T (서열번호 56) | 94 | 239 | T | |
| CTX_G1_1_F(C) | CCA GTA AAG TTA TGG CGG C (서열번호 57) | C | |||
| CTX_G1_1_R | AGA TCG GCA GGC TTG ATC TCG (서열번호 58) | ||||
| CTX_G1_2_F | GGA TCG CAC TGA ACC TAC GC (서열번호 59) | 253 | 725 | ||
| CTX_G1_2_R(A) | AAT ATC ATT GGT GGT GCC GTA GTC G (서열번호 60) | A | |||
| CTX_G1_2_R(G) | AAT ATC ATT GGT GGT GCC GTA GCC G (서열번호 61) | G | |||
| CTX_G2_1_F(T) | GGC AAC CGT CAC GCT GTT (서열번호 62) | 94 | 59 | T | |
| CTX_G2_1_F(C) | GGC AAC CGT CAC GCT GTC (서열번호 63) | C | |||
| CTX_G2_1_R | TCC CGA CTG CCG CTC TAA TT (서열번호 64) | ||||
| CTX_G2_2_F | CTG ATG GCG ACG GCA ACC (서열번호 65) | 126 | 138 | ||
| CTX_G2_2_R(C) | CAA TGC CAC ACC CAG TCT GC (서열번호 66) | C | |||
| CTX_G2_2_R(A) | CAA TGC CAC ACC CAG TCT TC (서열번호 67) | A | |||
| CTX_G2_3_F(C) | AGT AAA GTG ATG GCC GC (서열번호 68) | 69 | 239 | C | |
| CTX_G2_3_F(T) | AGT AAA GTG ATG GCC GT (서열번호 69) | T | |||
| CTX_G2_3_R | TCG CTG ATT TAA CAG ATT CGG (서열번호 70) | ||||
| CTX_G2_4_F | CGA ACC GAA TCT GTT AAA TCA GCG A (서열번호 71) | 144 | 390 | ||
| CTX_G2_4_R(G) | GCS RYR TTA TCG CTG TAC TGC A (서열번호 72) | G | |||
| CTX_G2_4_R(A) | GCS RYR TTA TCG CTG TAC TGT A (서열번호 73) | A | |||
| CTX_G2_5_F(A) | CGG CAG CGG TGA CTA TG (서열번호 74) | 67 | 725 | A | |
| CTX_G2_5_F(G) | CGG CAG CGG TGG CTA TG (서열번호 75) | G | |||
| CTX_G2_5_R | CAG CGG CGC ACG ATC TTT (서열번호 76) | ||||
| CTX_G2_6_F | GGT GAT CTG GCC AAA AGA T (서열번호 77) | 67 | 799 | ||
| CTX_G2_6_R(A) | CTT AGG TTG AGG CTG GGT (서열번호 78) | A | |||
| CTX_G2_6_R(G) | CTT AGG TTG AGG CTG GGC (서열번호 79) | G |
| Allele | Primer | Sequence (5'-3') |
Size
(bp) |
SNP
위치 |
SNP |
| TEM | TEM_1_F(G) | TAT TCA ACA TTT YCG TGT CG (서열번호 80) | 112 | 25 | G |
| TEM_1_F(A) | TAT TCA ACA TTT YCG TGT CA (서열번호 81) | A | |||
| TEM_1_R | ACC CAA CTG ATC TTC AGC AT (서열번호 82) | ||||
| TEM_2_F | GTG TCR CCC TTA TTC CCT TT (서열번호 83) | 96 | 94 | ||
| TEM_2_R(A) | CCA ACT GAT CTT CAG CAT CTT T (서열번호 84) | A | |||
| TEM_2_R(G) | CCA ACT GAT CTT CAG CAT CTT C (서열번호 85) | G | |||
| TEM_3_F | CGT GTC RCC CTT ATT CCC TT (서열번호 86) | 142 | 139 | ||
| TEM_3_R(C) | TCT TAC CGC TGT TGA GAT CCA G (서열번호 87) | C | |||
| TEM_3_R(A) | TCT TAC CGC TGT TGA GAT CCA T (서열번호 88) | A | |||
| TEM_4_R(A) | CAT AGC AGA ACT TTA AAA GTG CTC AT (서열번호89) | 122 | 199 | A | |
| TEM_4_R(C) | TAG CAG AAC TTT AAA AGT GCT CAG C (서열번호 90) | C | |||
| TEM_4_F | GAA GAT CAG TTG GGT GCA (서열번호 91) | ||||
| TEM_5_F(C) | TAA AGT TCT GCT ATG TGG C (서열번호 92) | 119 | 228 | C | |
| TEM_5_F(T) | TAA AGT TCT GCT ATG TGG T (서열번호 93) | T | |||
| TEM_5_R | GCT TTT CTG TGA CTG GTG AG (서열번호 94) | ||||
| TEM_6_F | CAG TTG GGT GCA CGA GTG G (서열번호 95) | 153 | 244 | ||
| TEM_6_R(A) | CTC TTG CCC GGC GTC AAT A (서열번호 96) | A | |||
| TEM_6_R(G) | CTC TTG CCC GGC GTC AAC A (서열번호 97) | G | |||
| TEM_7_F(G) | ACC ATG AGT GAT AAC ACT GCG (서열번호 98) | 122 | 396 | G | |
| TEM_7_F(T) | ACC ATG AGT GAT AAC ACT GCT (서열번호 99) | T | |||
| TEM_7_R | TCC GGT TCC CAA CGA TCA A (서열번호 100) | ||||
| TEM_8_F(T) | CGA GCG TGA CAC CAC GAT (서열번호 101) | 91 | 539 | T | |
| TEM_8_F(C) | CGA GCG TGA CAC CAC GAC (서열번호 102) | C | |||
| TEM_8_R | TTG TTG CCG GGA AGC TAG AG (서열번호 103) | ||||
| TEM_9_F(C) | TGA CAC CAC GAY GCC TGC (서열번호 104) | 108 | 545 | C | |
| TEM_9_F(T) | TGA CAC CAC GAY GCC TGT (서열번호 105) | T | |||
| TEM_9_R | TCC GCC TCC ATC CAG TCT AT (서열번호 106) | ||||
| TEM_10_F(T) | ACC ACT TCT GCG CTC GGT (서열번호 107) | 110 | 665 | T | |
| TEM_10_F(C) | ACC ACT TCT GCG CTC GGC (서열번호 108) | C | |||
| TEM_10_R | GCT TAC CAT CTG GCC CCA GT (서열번호 109) | ||||
| TEM_11_F | CCG GCA ACA ATT AAT AGA CTG GA (서열번호 110) | 134 | 717 | ||
| TEM_11_R(G) | CTG CAA TGA TAC CGC GAG AC (서열번호 111) | G | |||
| TEM_11_R(A) | CTG CAA TGA TAC CGC GAG AT (서열번호 112) | A |
| Allele | Primer | Sequence (5'-3') |
Size
(bp) |
SNP
위치 |
SNP |
| Amp | ampC_F | GGC TCC AGG AAC ACA ACG TC (서열번호 113) | 161 | ||
| ampC_R | CTT CTG CGG GCG GTA CAT TA (서열번호 114) | ||||
| ampC1_F | ACA TTC GCC GGT TGC CGA T (서열번호 115) | 109 | |||
| ampC1_R | CTT TAA CGC CGC ATA CAC CT (서열번호 116) | ||||
| OXA | OXA-1_F | ACT GGT GCA GGA TTC ACA GC (서열번호 117) | 173 | ||
| OXA-1_R | GTG TTT AGA ATG GTG ATC GC (서열번호 118) | ||||
| OXA-2_F | CAT GTT GGT TTT TGA TCC TGT (서열번호 119) | 170 | |||
| OXA-2_R | CTT GGT CTT GAT TGT GGC CT (서열번호 120) | ||||
| OXA-10_F | CCA GAA TAT CAG TGG TGG CAT T (서열번호 121) | 159 | |||
| OXA-10_R | GCC TCC GTT ACC AAA GCC TC (서열번호 122) | ||||
| OXA-184_F | AGA CTA CAA TAC AAG CGG AGT (서열번호 123) | 97 | |||
| OXA-184_R | CGA AGC AGG AGA AAA AGG TTC (서열번호 124) | ||||
| OXA-48_F | GCG AGG CAC GTA TGA GCA AG (서열번호 125) | 126 | |||
| OXA-48_R | AAA AGC TGA TTT GCT CCG TG (서열번호 126) | ||||
| OXA-447_F | GAA TAT AGC CAT TGG AGA GG (서열번호 127) | 141 | |||
| OXA-447_R | GAA GCA GGA GAA AAG GCT TGT (서열번호 128) | ||||
| OXA_G1_1_F | GAT AAA TGA AAG TCG TCC GCA (서열번호 129) | 157 | 791 | ||
| OXA_G1_1_R(T) | CAA CAC GGG TAA TTC CAC GA (서열번호 130) | T | |||
| OXA_G1_1_R(C) | CAA CAC GGG TAA TTC CAC GG (서열번호 131) | C | |||
| OXA_G2_1_F | CGG CTA CCC AGC AAA TCG CT (서열번호 132) | 168 | 642 | ||
| OXA_G2_1_R(T) | AGC CAA TCT TAG GTT CGA TA (서열번호 133) | T | |||
| OXA_G2_1_R(A) | AGC CAA TCT TAG GTT CGA TT (서열번호 134) | A | |||
| OXA_G3_1_F(T) | TGG GCG AGT AAC GAC TTT TT (서열번호 135) | 171 | 143 | T | |
| OXA_G3_1_F(C) | TGG GCG AGT AAC GAC TTT TC (서열번호 136) | C | |||
| OXA_G3_1_R | CAT ATC TTG CGC CCA AGA AGA T (서열번호 137) | ||||
| OXA_G3_2_F(A) | AAT GTT CTT GCT TTT AAA GAA GTG A (서열번호 138) | 156 | 346 | A | |
| OXA-G3_2_R1 | AAT TGC TTG TTC TTT AGC G (서열번호 139) | ||||
| OXA-G3_2_F(G) | GTT CTT GCT TTT AAA GAA GTG G (서열번호 140) | 152 | G | ||
| OXA-G3_2_R2 | ATT GCT TGT TCT TTA GCG CT (서열번호 141) | ||||
| OXA-G3_3_F | CTT TTT GGC TTG ACA ACT CAC (서열번호 142) | 198 | 605 | ||
| OXA-G3_3_R(G) | CAA TCC AAG CAA TTT TTT GCC (서열번호 143) | G | |||
| OXA-G3_3_R(A) | CAA TCC AAG CAA TTT TTT GCT (서열번호 144) | A |
70개의 ESBL 타겟 내성 유전자 각각의 검출 SNP 패턴은 표 6에 나타냈다.
| Allele | gene | SNP position | Detection SNP pattern |
| CMY | CMY-2 | 661, 662, 692 | TGT |
| CMY-4 | AGT | ||
| CMY-6 | TTT | ||
| CMY-16 | CGT | ||
| CMY-42 | TGG | ||
| NDM | NDM-1 | 262,454 | GG |
| NDM-5 | TG | ||
| NDM-9 | GA | ||
| KPC | KPC-2 | 814 | C |
| KPC-3 | T | ||
| SHV | SHV-1 | 40, 92, 324,357, 547, 700, 705, 759, 786 | ATCCGGGCG |
| SHV-5 | ATCCGAGCC | ||
| SHV-14 | ATCTGGACG | ||
| SHV-26 | ATCCAGGCG | ||
| SHV-27 | ATTTGGGCG | ||
| SHV-28 | ATTCGGACG | ||
| SHV-33 | ATCTGGACC | ||
| SHV-36 | AACTGGGCG | ||
| SHV-49 | ATCCGGGCC | ||
| SHV-76 | GACCGGACC | ||
| SHV-100 | ATTCGGACC | ||
| SHV-134 | AACCGAGCG | ||
| SHV-142 | GACCGGGCG | ||
| SHV-172 | AACCGGGCC | ||
| SHV-187 | ATCTGGAGG | ||
| SHV-228 | AACCGGGCG | ||
| SHV-1a | AATCGGGCG | ||
| CTX Group1 | CTX-M-65 | 239, 725 | TA |
| CTX-M-14 | CA | ||
| CTX-M-27 | CG | ||
| CTX Group2 | CTX-M-1 | 59, 138, 239, 390, 725, 799 | TATAAA |
| CTX-M-3 | TCCAAA | ||
| CTX-M-15 | TCCAGA | ||
| CTX-M-32 | TATAGA | ||
| CTX-M-55 | TCTAGA | ||
| CTX-M-123 | TCCGGA | ||
| CTX-M-176 | TCCAGG | ||
| CTX-M-186 | CCCCGA | ||
| CTX individual | CTX-M-2 | - | Individually detection |
| CTX-M-8 | Individually detection | ||
| TEM | TEM-1 | 25, 94, 139, 199, 228, 244, 396, 539, 545, 665, 717 | GACATGGTCCG |
| TEM-33 | GACCTGTTCCG | ||
| TEM-84 | GACATGGTCCA | ||
| TEM-116 | GACACAGTTCG | ||
| TEM-135 | GACATGTCCCG | ||
| TEM-141 | GGCATGTTCCG | ||
| TEM-150 | GACACGGTCCG | ||
| TEM-171 | GACACAGTCCG | ||
| TEM-176 | GACATGTTCTG | ||
| TEM-181 | GACACGGTTCG | ||
| TEM-206 | AACATGTTCCG | ||
| TEM-210 | GAACTGTTCCG | ||
| TEM-217 | GACATGTTCCG | ||
| OXA individual | OXA-1 | - | Individually detection |
| OXA-2 | Individually detection | ||
| OXA-10 | Individually detection | ||
| OXA-48 | Individually detection | ||
| OXA-447 | Individually detection | ||
| OXA-184 | Individually detection | ||
| OXA Group1 | OXA-9 | 791 | T |
| OXA-896 | C | ||
| OXA Group2 | OXA-181 | 642 | A |
| OXA-232 | T | ||
| OXA-61 | 143, 346, 605 | CGG | |
| OXA-193 | CGA | ||
| OXA-460 | CAA | ||
| OXA-461 | TGA | ||
| VIM | VIM-1 | - | Individually detection |
| Amp | AmpC | - | Individually detection |
| AmpC1 | Individually detection |
Real-Time PCR을 위한 반응 조건은 표 7에 나타냈으며, PCR 반응조건은 QuantStudio™3 (Applied Biosystems, USA) 및 THUNDERBIRD®SYBR®qPCR Mix (Toyobo, Japan)를 기준으로 확립되었다.
| 구분 | 온도 | 시간 | 반복수 |
| 초기변성 (Initial-denaturation) | 95℃ | 10분 | 1 |
| 변성 (denaturation) | 95℃ | 15초 | 40 |
| 결합 (annealing) | 55℃ | 30초 | |
| 신장 (extension) | 72℃ | 5초 | |
| 후변성 (Post-denaturation) | 95℃ | 15초 | 1 |
| 최종신장 (elongation) | 60℃ | 1분 | 1 |
| 해리곡선 (Dissociation curve) | 60℃~95℃ | +0.5℃/1초 | - |
디자인된 프라이머를 이용하여 민감도, 특이성 시험을 수행하였다. 특이성 실험에 사용된 주형 DNA는 Genomic DNA와 Plasmid DNA를 동시 추출한 DNA를 주형 DNA로 사용하였고, 특이성 실험에 사용된 주형 DNA의 농도는 100ng로 RT-PCR을 수행하였다(도 2). 민감도 테스트에 사용된 주형 DNA의 농도는 10ng부터 시작하여 1/10씩 4-6회 희석한 상태에서 RT-PCR 실험을 수행하였다(도 3).
사용되는 주형 DNA는 단일 집락 5-10mg을 loop를 이용하여 추출한 후, 열 처리, 원심 분리의 단계를 거쳐 상층액을 이용해 주형 DNA로써 사용하였다.
<110> KOREA FOOD & DRUG ADMINISTRATION
University-Industry Cooperation Group of Kyung Hee University
UNIST(ULSAN NATIONAL INSTITUTE OF SCIENCE AND TECHNOLOGY)
AJOU UNIVERSITY INDUSTRY-ACADEMIC COOPERATION FOUNDATION
<120> Multiplex PCR kit for detecting ESBL resistant strains
<130> ADP-2021-0366
<160> 144
<170> KopatentIn 2.0
<210> 1
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CMY_1_F primer
<400> 1
gaggcaatga ccagacgcg 19
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CMY_1_R(T) primer
<400> 2
ttcccttcgc gatagcccma 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CMY_1_R(C) primer
<400> 3
ttcccttcgc gatagcccmg 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CMY_1_R(A) primer
<400> 4
ttcccttcgc gatagcccmt 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CMY_2_R(T) primer
<400> 5
cttcccttcg cgatagccca 20
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CMY_2_R(G) primer
<400> 6
cttcccttcg cgatagcccc 20
<210> 7
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CMY_3_F(T) primer
<400> 7
gaagggaagc ccgtacacrt ttc 23
<210> 8
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CMY_3_F(G) primer
<400> 8
gaagggaagc ccgtacacrg ttc 23
<210> 9
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CMY_3_R primer
<400> 9
caagcgcaat gccctgctg 19
<210> 10
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> NDM_1_F primer
<400> 10
gtctggcagc acacttccta 20
<210> 11
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> NDM_1_R(G) primer
<400> 11
ccaggcggta tcgaccacc 19
<210> 12
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> NDM_1_R(T) primer
<400> 12
ccaggcggta tcgaccaac 19
<210> 13
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> NDM_2_F(G) primer
<400> 13
cgaaccagct tgccccgcaa g 21
<210> 14
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> NDM_2_F(A) primer
<400> 14
cgaaccagct tgccccgcaa a 21
<210> 15
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> NDM_2_R primer
<400> 15
gcgatgtcgg tgccgtcgat c 21
<210> 16
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> KPC_1_F primer
<400> 16
ctgcggagtg tatggcacgg 20
<210> 17
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> KPC_1_R(T) primer
<400> 17
cgatgacggc ctcgctgtac 20
<210> 18
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> KPC_1_R(C) primer
<400> 18
cgatgacggc ctcgctgtgc 20
<210> 19
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> VIM-1_F primer
<400> 19
aagtccgtta gcccattccg 20
<210> 20
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> VIM-1_R primer
<400> 20
aacaccatcg gcaatctggt 20
<210> 21
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_1_F(A) primer
<400> 21
tatctccctg ttagccacc 19
<210> 22
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_1_F(G) primer
<400> 22
tatctccctg ttagccgcc 19
<210> 23
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_1_R primer
<400> 23
agctggcttt cgctttgttt 20
<210> 24
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_2_F primer
<400> 24
cgcctgtgta ttatctccct gt 22
<210> 25
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_2_R(T) primer
<400> 25
gacagctggc tttcgcttag t 21
<210> 26
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_2_R(A) primer
<400> 26
gacagctggc tttcgctttg t 21
<210> 27
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_3_1_F(T) primer
<400> 27
gccggtcagc gaaaaacat 19
<210> 28
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_3_2_F(C) primer
<400> 28
gccggtcagc gaaaaacac 19
<210> 29
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_3_R primer
<400> 29
agattggcgg cgctgttat 19
<210> 30
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_4_F(T) primer
<400> 30
cggtcggyga actctgtgc 19
<210> 31
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_4_F(C) primer
<400> 31
cggtcggyga actctgcgc 19
<210> 32
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_4_R primer
<400> 32
cgggaagcgc ctcattcagt tc 22
<210> 33
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_5_F(A) primer
<400> 33
ccactacccc ggccagcatg a 21
<210> 34
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_5_F(G) primer
<400> 34
ccactacccc ggccagcatg g 21
<210> 35
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_5_R primer
<400> 35
gcacggagcg gatcaacggt c 21
<210> 36
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_6_F(G) primer
<400> 36
cgataagacc ggagctggc 19
<210> 37
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_6_F(A) primer
<400> 37
cgataagacc ggagctagc 19
<210> 38
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_6_R primer
<400> 38
atttgctgat ttcgctcggc 20
<210> 39
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_7_F(G) primer
<400> 39
cgataagacc ggagctrgcr ag 22
<210> 40
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_7_F(A) primer
<400> 40
cgataagacc ggagctrgcr aa 22
<210> 41
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_7_R primer
<400> 41
ttgttattcg ggccaagcag g 21
<210> 42
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_8_F(C) primer
<400> 42
cccgaataac aaagcagakc gca 23
<210> 43
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_8_F(G) primer
<400> 43
cccgaataac aaagcagakc gga 23
<210> 44
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_8_R primer
<400> 44
ccggcgattt gctgatttcg 20
<210> 45
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_9_F(C) primer
<400> 45
gtggtgatwt atctgcggga taccc 25
<210> 46
<211> 24
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_9_F(G) primer
<400> 46
gtggtgatwt atctgcggga tacg 24
<210> 47
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> SHV_9_R primer
<400> 47
cagtgctcga tcagcgc 17
<210> 48
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G1_marker_F primer
<400> 48
agagagtgca acggatgatg t 21
<210> 49
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G1_marker_R primer
<400> 49
caccgcgata aagcacctgc 20
<210> 50
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_marker_F primer
<400> 50
caaccgtcac gctgtygtta 20
<210> 51
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_marker_R primer
<400> 51
ccgactgccg ctctaattcg 20
<210> 52
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX-M-2_F primer
<400> 52
gttcgggagg tcggcttg 18
<210> 53
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX-M-2_R primer
<400> 53
ggtgcttatc gctctcgctc 20
<210> 54
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX-M-8_F primer
<400> 54
gctaatgaca acggcctgt 19
<210> 55
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX-M-8_R primer
<400> 55
gcggtagagc gtctgtgc 18
<210> 56
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G1_1_F(T) primer
<400> 56
ccagtaaagt tatggcggt 19
<210> 57
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G1_1_F(C) primer
<400> 57
ccagtaaagt tatggcggc 19
<210> 58
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G1_1_R primer
<400> 58
agatcggcag gcttgatctc g 21
<210> 59
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G1_2_F primer
<400> 59
ggatcgcact gaacctacgc 20
<210> 60
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G1_2_R(A) primer
<400> 60
aatatcattg gtggtgccgt agtcg 25
<210> 61
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G1_2_R(G) primer
<400> 61
aatatcattg gtggtgccgt agccg 25
<210> 62
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_1_F(T) primer
<400> 62
ggcaaccgtc acgctgtt 18
<210> 63
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_1_F(C) primer
<400> 63
ggcaaccgtc acgctgtc 18
<210> 64
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_1_R primer
<400> 64
tcccgactgc cgctctaatt 20
<210> 65
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_2_F primer
<400> 65
ctgatggcga cggcaacc 18
<210> 66
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_2_R(C) primer
<400> 66
caatgccaca cccagtctgc 20
<210> 67
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_2_R(A) primer
<400> 67
caatgccaca cccagtcttc 20
<210> 68
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_3_F(C) primer
<400> 68
agtaaagtga tggccgc 17
<210> 69
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_3_F(T) primer
<400> 69
agtaaagtga tggccgt 17
<210> 70
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_3_R primer
<400> 70
tcgctgattt aacagattcg g 21
<210> 71
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_4_F primer
<400> 71
cgaaccgaat ctgttaaatc agcga 25
<210> 72
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_4_R(G) primer
<400> 72
gcsryrttat cgctgtactg ca 22
<210> 73
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_4_R(A) primer
<400> 73
gcsryrttat cgctgtactg ta 22
<210> 74
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_5_F(A) primer
<400> 74
cggcagcggt gactatg 17
<210> 75
<211> 17
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_5_F(G) primer
<400> 75
cggcagcggt ggctatg 17
<210> 76
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_5_R primer
<400> 76
cagcggcgca cgatcttt 18
<210> 77
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_6_F primer
<400> 77
ggtgatctgg ccaaaagat 19
<210> 78
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_6_R(A) primer
<400> 78
cttaggttga ggctgggt 18
<210> 79
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> CTX_G2_6_R(G) primer
<400> 79
cttaggttga ggctgggc 18
<210> 80
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_1_F(G) primer
<400> 80
tattcaacat ttycgtgtcg 20
<210> 81
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_1_F(A) primer
<400> 81
tattcaacat ttycgtgtca 20
<210> 82
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_1_R primer
<400> 82
acccaactga tcttcagcat 20
<210> 83
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_2_F primer
<400> 83
gtgtcrccct tattcccttt 20
<210> 84
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_2_R(A) primer
<400> 84
ccaactgatc ttcagcatct tt 22
<210> 85
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_2_R(G) primer
<400> 85
ccaactgatc ttcagcatct tc 22
<210> 86
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_3_F primer
<400> 86
cgtgtcrccc ttattccctt 20
<210> 87
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_3_R(C) primer
<400> 87
tcttaccgct gttgagatcc ag 22
<210> 88
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_3_R(A) primer
<400> 88
tcttaccgct gttgagatcc at 22
<210> 89
<211> 26
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_4_R(A) primer
<400> 89
catagcagaa ctttaaaagt gctcat 26
<210> 90
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_4_R(C) primer
<400> 90
tagcagaact ttaaaagtgc tcagc 25
<210> 91
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_4_F primer
<400> 91
gaagatcagt tgggtgca 18
<210> 92
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_5_F(C) primer
<400> 92
taaagttctg ctatgtggc 19
<210> 93
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_5_F(T) primer
<400> 93
taaagttctg ctatgtggt 19
<210> 94
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_5_R primer
<400> 94
gcttttctgt gactggtgag 20
<210> 95
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_6_F primer
<400> 95
cagttgggtg cacgagtgg 19
<210> 96
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_6_R(A) primer
<400> 96
ctcttgcccg gcgtcaata 19
<210> 97
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_6_R(G) primer
<400> 97
ctcttgcccg gcgtcaaca 19
<210> 98
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_7_F(G) primer
<400> 98
accatgagtg ataacactgc g 21
<210> 99
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_7_F(T) primer
<400> 99
accatgagtg ataacactgc t 21
<210> 100
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_7_R primer
<400> 100
tccggttccc aacgatcaa 19
<210> 101
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_8_F(T) primer
<400> 101
cgagcgtgac accacgat 18
<210> 102
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_8_F(C) primer
<400> 102
cgagcgtgac accacgac 18
<210> 103
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_8_R primer
<400> 103
ttgttgccgg gaagctagag 20
<210> 104
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_9_F(C) primer
<400> 104
tgacaccacg aygcctgc 18
<210> 105
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_9_F(T) primer
<400> 105
tgacaccacg aygcctgt 18
<210> 106
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_9_R primer
<400> 106
tccgcctcca tccagtctat 20
<210> 107
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_10_F(T) primer
<400> 107
accacttctg cgctcggt 18
<210> 108
<211> 18
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_10_F(C) primer
<400> 108
accacttctg cgctcggc 18
<210> 109
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_10_R primer
<400> 109
gcttaccatc tggccccagt 20
<210> 110
<211> 23
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_11_F primer
<400> 110
ccggcaacaa ttaatagact gga 23
<210> 111
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_11_R(G) primer
<400> 111
ctgcaatgat accgcgagac 20
<210> 112
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> TEM_11_R(A) primer
<400> 112
ctgcaatgat accgcgagat 20
<210> 113
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ampC_F primer
<400> 113
ggctccagga acacaacgtc 20
<210> 114
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ampC_R primer
<400> 114
cttctgcggg cggtacatta 20
<210> 115
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ampC1_F primer
<400> 115
acattcgccg gttgccgat 19
<210> 116
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> ampC1_R primer
<400> 116
ctttaacgcc gcatacacct 20
<210> 117
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-1_F primer
<400> 117
actggtgcag gattcacagc 20
<210> 118
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-1_R primer
<400> 118
gtgtttagaa tggtgatcgc 20
<210> 119
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-2_F primer
<400> 119
catgttggtt tttgatcctg t 21
<210> 120
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-2_R primer
<400> 120
cttggtcttg attgtggcct 20
<210> 121
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-10_F primer
<400> 121
ccagaatatc agtggtggca tt 22
<210> 122
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-10_R primer
<400> 122
gcctccgtta ccaaagcctc 20
<210> 123
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-184_F primer
<400> 123
agactacaat acaagcggag t 21
<210> 124
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-184_R primer
<400> 124
cgaagcagga gaaaaaggtt c 21
<210> 125
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-48_F primer
<400> 125
gcgaggcacg tatgagcaag 20
<210> 126
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-48_R primer
<400> 126
aaaagctgat ttgctccgtg 20
<210> 127
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-447_F primer
<400> 127
gaatatagcc attggagagg 20
<210> 128
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-447_R primer
<400> 128
gaagcaggag aaaaggcttg t 21
<210> 129
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA_G1_1_F primer
<400> 129
gataaatgaa agtcgtccgc a 21
<210> 130
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA_G1_1_R(T) primer
<400> 130
caacacgggt aattccacga 20
<210> 131
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA_G1_1_R(C) primer
<400> 131
caacacgggt aattccacgg 20
<210> 132
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA_G2_1_F primer
<400> 132
cggctaccca gcaaatcgct 20
<210> 133
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA_G2_1_R(T) primer
<400> 133
agccaatctt aggttcgata 20
<210> 134
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA_G2_1_R(A) primer
<400> 134
agccaatctt aggttcgatt 20
<210> 135
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA_G3_1_F(T) primer
<400> 135
tgggcgagta acgacttttt 20
<210> 136
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA_G3_1_F(C) primer
<400> 136
tgggcgagta acgacttttc 20
<210> 137
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA_G3_1_R primer
<400> 137
catatcttgc gcccaagaag at 22
<210> 138
<211> 25
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA_G3_2_F(A) primer
<400> 138
aatgttcttg cttttaaaga agtga 25
<210> 139
<211> 19
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-G3_2_R1 primer
<400> 139
aattgcttgt tctttagcg 19
<210> 140
<211> 22
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-G3_2_F(G) primer
<400> 140
gttcttgctt ttaaagaagt gg 22
<210> 141
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-G3_2_R2 primer
<400> 141
attgcttgtt ctttagcgct 20
<210> 142
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-G3_3_F primer
<400> 142
ctttttggct tgacaactca c 21
<210> 143
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-G3_3_R(G) primer
<400> 143
caatccaagc aattttttgc c 21
<210> 144
<211> 21
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> OXA-G3_3_R(A) primer
<400> 144
caatccaagc aattttttgc t 21
Claims (6)
1) 서열번호 1 및 서열번호 2로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 1 및 서열번호 3으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 1 및 서열번호 4로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 1 및 서열번호 5로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 1 및 서열번호 6으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 7 및 서열번호 9로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 8 및 서열번호 9로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 CMY 유전자 검출용 프라이머 세트;
2) 서열번호 10 및 서열번호 11로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 10 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 13 및 서열번호 15로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 14 및 서열번호 15로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 NDM 유전자 검출용 프라이머 세트;
3) 서열번호 16 및 서열번호 17로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 16 및 서열번호 18로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 KPC 유전자 검출용 프라이머 세트;
4) 서열번호 19 및 서열번호 20으로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 VIM 유전자 검출용 프라이머 세트;
5) 서열번호 21 및 서열번호 23으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 22 및 서열번호 23으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 24 및 서열번호 25로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 24 및 서열번호 26로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 27 및 서열번호 29로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 28 및 서열번호 29로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 30 및 서열번호 32로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 31 및 서열번호 32로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 33 및 서열번호 35로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 34 및 서열번호 35로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 36 및 서열번호 38로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 37 및 서열번호 38로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 39 및 서열번호 41로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 40 및 서열번호 41로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 42 및 서열번호 44로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 43 및 서열번호 44로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 45 및 서열번호 47로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 46 및 서열번호 47로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 SHV 유전자 검출용 프라이머 세트;
6) 서열번호 48 및 서열번호 49로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 50 및 서열번호 51로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 52 및 서열번호 53으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 54 및 서열번호 55로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 56 및 서열번호 58로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 57 및 서열번호 58로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 59 및 서열번호 60으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 59 및 서열번호 61로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 62 및 서열번호 64로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 63 및 서열번호 64로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 65 및 서열번호 66으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 65 및 서열번호 67로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 68 및 서열번호 70으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 69 및 서열번호 70으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 71 및 서열번호 72로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 71 및 서열번호 73으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 74 및 서열번호 76으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 75 및 서열번호 76으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 77 및 서열번호 78로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 77 및 서열번호 79로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 CTX 유전자 검출용 프라이머 세트;
7) 서열번호 80 및 서열번호 82로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 81 및 서열번호 82로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 83 및 서열번호 84로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 83 및 서열번호 85로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 86 및 서열번호 87로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 86 및 서열번호 88로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 89 및 서열번호 91로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 90 및 서열번호 91로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 92 및 서열번호 94로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 93 및 서열번호 94로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 95 및 서열번호 96으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 95 및 서열번호 97로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 98 및 서열번호 100으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 99 및 서열번호 100으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 101 및 서열번호 103으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 102 및 서열번호 103으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 104 및 서열번호 106으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 105 및 서열번호 106으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 107 및 서열번호 109로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 108 및 서열번호 109로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 110 및 서열번호 111로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 110 및 서열번호 112로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 TEM 유전자 검출용 프라이머 세트;
8) 서열번호 113 및 서열번호 114로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 115 및 서열번호 116으로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 Amp 유전자 검출용 프라이머 세트; 및
9) 서열번호 117 및 서열번호 118로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 119 및 서열번호 120으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 121 및 서열번호 122로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 123 및 서열번호 124로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 125 및 서열번호 126으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 127 및 서열번호 128로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 129 및 서열번호 130으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 129 및 서열번호 131로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 132 및 서열번호 133으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 132 및 서열번호 134로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 135 및 서열번호 137으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 136 및 서열번호 137로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 138 및 서열번호 139로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 140 및 서열번호 141로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 142 및 서열번호 143으로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 142 및 서열번호 144로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 OXA 유전자 검출용 프라이머 세트를 포함하는 기질확장성 베타 락타마아제(Extended-Spectrum Beta Lactamase; ESBL) 내성 유전자 다중 검출용 프라이머 세트.
2) 서열번호 10 및 서열번호 11로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 10 및 서열번호 12로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 13 및 서열번호 15로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 14 및 서열번호 15로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 NDM 유전자 검출용 프라이머 세트;
3) 서열번호 16 및 서열번호 17로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 16 및 서열번호 18로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 KPC 유전자 검출용 프라이머 세트;
4) 서열번호 19 및 서열번호 20으로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 VIM 유전자 검출용 프라이머 세트;
5) 서열번호 21 및 서열번호 23으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 22 및 서열번호 23으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 24 및 서열번호 25로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 24 및 서열번호 26로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 27 및 서열번호 29로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 28 및 서열번호 29로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 30 및 서열번호 32로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 31 및 서열번호 32로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 33 및 서열번호 35로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 34 및 서열번호 35로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 36 및 서열번호 38로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 37 및 서열번호 38로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 39 및 서열번호 41로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 40 및 서열번호 41로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 42 및 서열번호 44로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 43 및 서열번호 44로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 45 및 서열번호 47로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 46 및 서열번호 47로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 SHV 유전자 검출용 프라이머 세트;
6) 서열번호 48 및 서열번호 49로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 50 및 서열번호 51로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 52 및 서열번호 53으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 54 및 서열번호 55로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 56 및 서열번호 58로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 57 및 서열번호 58로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 59 및 서열번호 60으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 59 및 서열번호 61로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 62 및 서열번호 64로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 63 및 서열번호 64로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 65 및 서열번호 66으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 65 및 서열번호 67로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 68 및 서열번호 70으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 69 및 서열번호 70으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 71 및 서열번호 72로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 71 및 서열번호 73으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 74 및 서열번호 76으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 75 및 서열번호 76으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 77 및 서열번호 78로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 77 및 서열번호 79로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 CTX 유전자 검출용 프라이머 세트;
7) 서열번호 80 및 서열번호 82로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 81 및 서열번호 82로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 83 및 서열번호 84로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 83 및 서열번호 85로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 86 및 서열번호 87로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 86 및 서열번호 88로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 89 및 서열번호 91로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 90 및 서열번호 91로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 92 및 서열번호 94로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 93 및 서열번호 94로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 95 및 서열번호 96으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 95 및 서열번호 97로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 98 및 서열번호 100으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 99 및 서열번호 100으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 101 및 서열번호 103으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 102 및 서열번호 103으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 104 및 서열번호 106으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 105 및 서열번호 106으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 107 및 서열번호 109로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 108 및 서열번호 109로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 110 및 서열번호 111로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 110 및 서열번호 112로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 TEM 유전자 검출용 프라이머 세트;
8) 서열번호 113 및 서열번호 114로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 115 및 서열번호 116으로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 Amp 유전자 검출용 프라이머 세트; 및
9) 서열번호 117 및 서열번호 118로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 119 및 서열번호 120으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 121 및 서열번호 122로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 123 및 서열번호 124로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 125 및 서열번호 126으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 127 및 서열번호 128로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 129 및 서열번호 130으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 129 및 서열번호 131로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 132 및 서열번호 133으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 132 및 서열번호 134로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 135 및 서열번호 137으로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 136 및 서열번호 137로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 138 및 서열번호 139로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 140 및 서열번호 141로 표시되는 프라이머 세트, 서열번호 142 및 서열번호 143으로 표시되는 프라이머 세트 및 서열번호 142 및 서열번호 144로 표시되는 프라이머 세트로 이루어진 OXA 유전자 검출용 프라이머 세트를 포함하는 기질확장성 베타 락타마아제(Extended-Spectrum Beta Lactamase; ESBL) 내성 유전자 다중 검출용 프라이머 세트.
제1항에 따른 프라이머 세트를 포함하는 ESBL 내성 유전자 다중 검출용 키트.
제1항에 있어서, 상기 키트는 증폭 반응을 수행하기 위한 시약을 더 포함하는 것을 특징으로 하는 ESBL 내성 유전자 다중 검출용 키트.
(1) 제1항에 따른 프라이머 세트를 이용하여, 시료로부터 PCR 증폭을 수행하여, PCR 증폭 산물을 수득하는 단계; 및
(2) 상기 PCR 증폭 산물을 분석하는 단계를 포함하는 ESBL 내성 유전자 다중 검출 방법.
(2) 상기 PCR 증폭 산물을 분석하는 단계를 포함하는 ESBL 내성 유전자 다중 검출 방법.
제4항에 있어서, 상기 PCR은 실시간 PCR(Real-Time PCR; RT-PCR)인 것을 특징으로 하는 ESBL 내성 유전자 다중 검출 방법.
제4항에 있어서, 상기 PCR 증폭 산물을 분석하는 단계는 PCR 증폭 산물의 SNP 패턴을 분석하는 것을 특징으로 하는 ESBL 내성 유전자 다중 검출 방법.
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020210192946A KR20230102647A (ko) | 2021-12-30 | 2021-12-30 | Esbl 주요 내성 균주 확인을 위한 다중진단 pcr 키트 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| KR1020210192946A KR20230102647A (ko) | 2021-12-30 | 2021-12-30 | Esbl 주요 내성 균주 확인을 위한 다중진단 pcr 키트 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| KR20230102647A true KR20230102647A (ko) | 2023-07-07 |
Family
ID=87154824
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| KR1020210192946A KR20230102647A (ko) | 2021-12-30 | 2021-12-30 | Esbl 주요 내성 균주 확인을 위한 다중진단 pcr 키트 |
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| Country | Link |
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| KR (1) | KR20230102647A (ko) |
Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR101775406B1 (ko) | 2016-03-30 | 2017-09-06 | 연세대학교 원주산학협력단 | 그람음성균 및 항생제 내성에 관련된 유전자들의 동시 검출을 위한 방법 및 그 조성물 |
-
2021
- 2021-12-30 KR KR1020210192946A patent/KR20230102647A/ko not_active Application Discontinuation
Patent Citations (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| KR101775406B1 (ko) | 2016-03-30 | 2017-09-06 | 연세대학교 원주산학협력단 | 그람음성균 및 항생제 내성에 관련된 유전자들의 동시 검출을 위한 방법 및 그 조성물 |
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