KR20230037574A - 키메라 항원 수용체 강직성 신호전달을 감소시키기 위한 방법 및 조성물 - Google Patents

키메라 항원 수용체 강직성 신호전달을 감소시키기 위한 방법 및 조성물 Download PDF

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KR20230037574A
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엘리사 랜도니
미리암 드로스테
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셀 메디카 인코포레이티드
더 유니버시티 오브 노쓰 캐롤라이나 엣 채플 힐
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Abstract

본 개시내용은 키메라 항원 수용체("CAR") 및 강직성 신호전달을 제거하기 위한 프레임워크 서열에 대한 변형과 관련된 방법 및 조성물에 관한 것이다. 조성물은 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 대한 결합 특이성을 갖는 변형된 결합 구성원을 포함하고, 단일 사슬 항체(scFv)로 제조되어 CAR에 통합될 때 안정적이다. 상기 방법은 CSPG4 CAR의 발현을 위한 핵산 작제물, 및 암 치료를 위한 치료 방법에 대한 CSPG4 CAR의 적용을 추가로 포함한다. 본 개시내용은 또한 인간화 프레임워크 서열의 변형에 관한 것이다.

Description

키메라 항원 수용체 강직성 신호전달을 감소시키기 위한 방법 및 조성물
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 각각의 서열 목록을 비롯하여 전문이 본 명세서에 참조에 의해 원용되는 2020년 6월 29일자로 출원된 미국 가출원 제63/045,646호에 대한 35 U.S.C.§ 119하의 이익을 주장한다.
연방 정부 후원의 연구 또는 개발에 관한 진술
이 작업은 미국 국립 보건원, 파산 재단(NVD), 국방부 W81XWH-16-1-0500(SF), 및 일 폰도 디 지오 온루스(Il Fondo di Gio Onlus)(SP)로부터의 R01 CA193140(GD), 1R35 GM134864(NVD), UL1 TR002014(NVD), RO1DE028172(SF), RO3CA239193(SF), RO3CA216114(SF)에 의한 지원을 받았다. GD는 셀 메디카(Cell Medica)의 지원도 받았다. 내용은 전적으로 저자의 책임이며, NIH의 공식적인 견해를 반드시 나타내는 것은 아니다. 763.74 단클론성 항체 및 이의 인간화 형태의 서열은 가특허로서 제출되었다.
서열 목록의 포함
크기가 249,328 바이트이고 2021년 6월 27일자로 생성된 P35071WO00_ST25.txt라는 파일을 비롯하여, 본 명세서에 전체가 참고로 포함되는 서열 목록은 그 전체가 본 명세서에 참고로 포함된다.
키메라 항원 수용체(CAR)는 원 개념이 단클론성 항체의 중쇄(VH) 및 경쇄(VL)의 가변 영역이 절단 불가능한 유연한 링커에 의해 조립되어, T 세포 수용체의 신호전달 분자 및 공동자극성 엔도도메인(endodomain)과 융합되는, 단일 사슬 항체(scFv)를 형성하는 융합 단백질이다. 문헌[Eshhar et al., "Specific activation and targeting of cytotoxic lymphocytes through chimeric single chains consisting of antibody-binding domains and the gamma or zeta subunits of the immunoglobulin and T-cell receptors," Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 90:720-724 (1993); Finney et al., "Chimeric receptors providing both primary and costimulatory signaling in T cells from a single gene product," J. Immunol. 161:2791-2797 (1998); Imai et al., "Chimeric receptors with 4-1BB signaling capacity provoke potent cytotoxicity against acute lymphoblastic leukemia," Leukemia 18:676-684 (2004)] 참조. T 세포에 CD19-특이적 CAR이 접목되고 이러한 세포가 급성 B 세포 백혈병이 있는 소아 환자에게 주입될 때에는 놀랍고 지속적인 항종양 활성이 달성된다. 문헌[Maude et al., "Chimeric antigen receptor T cells for sustained remissions in leukemia," N. Engl. J. Med. 371:1507-1517 (2014)] 참조.
종양 세포에 의해 발현된 항원과의 CAR 체결은 세포용해, 사이토카인 분비 및 증식을 특징으로 하는 T 세포의 신속하고 심오한 활성화를 촉진한다. 문헌[Dotti et al., "Design and development of therapies using chimeric antigen receptor-expressing T cells," Immunol. Rev. 257:107-126 (2014)] 참조. 그러나, CAR은 T 세포에서 강직성 신호전달(tonic signaling)을 유발할 수 있는 것으로 나타났고, 이는 빠른 T 세포 고갈 및 손상된 항종양 활성을 야기하는 지속적인 항원 독립적 활성화를 의미한다(Long et al., "4-1BB costimulation ameliorates T cell exhaustion induced by tonic signaling of chimeric antigen receptors," Nat. Med. 21:581-590 (2015) ("Long et al. (2015)"). CAR-T 세포에서 강직성 신호전달을 기술한 첫 보고서는 이러한 효과를 자가응집하여 세포 표면 CAR 클러스터링 및 결과적인 신호전달을 유발하는 특정 scFv의 성향의 결과로 보았다. 동일 문헌 참조. 유사한 강직성 신호전달은 NKT 세포를 비롯한 다른 면역 세포에서도 관찰된다. 문헌[Xu et al., NKT cells co-expressing a GD2-specific chimeric antigen receptor and IL-15 show enhanced in vivo persistence and antitumor activity against neuroblastoma," Clin. Cancer Res. 25(23):7126-7138 (2019)] 참조.
scFv를 형성하기 위해 커플링된 VH와 VL 도메인은 scFv 올리고머화를 야기하는 언폴딩(unfolding) 경향이 있다는 것은 잘 알려져 있다. 문헌[Worn and Pluckthun, "Stability engineering of antibody single-chain Fv fragments," J Mol. Biol. 305:989-1010 (2001) ("Worn and Pluckthun (2001)"] 참조. scFv를 안정화하기 위한 노력으로, VH와 VL 도메인 사이의 이황화 결합 조작, VH와 VL 도메인 내에 하전된 아미노산의 도입 또는 상이한 프레임워크 영역(FWR) 내에 상보성 결정 영역(CDR)의 이식을 포함하는 다양한 전략이 개발되었다. 문헌[Young et al., "Thermal stabilization of a single-chain Fv antibody fragment by introduction of a disulphide bond," FEBS Lett. 377:135-139 (1995); Miller et al., "Stability engineering of scFvs for the development of bispecific and multivalent antibodies," Protein Eng Des Sel 23:549-557 (2010); and Kugler et al., "Stabilization and humanization of a single-chain Fv antibody fragment specific for human lymphocyte antigen CD19 by designed point mutations and CDR-grafting onto a human framework," Protein Eng Des Sel 22:135-147 (2009)] 참조. CAR 형식으로 조립된 scFv의 경연에서 뮤린 14g2a 단클론성 항체에서 유래된 scFv에 의해 유발된 강직성 신호전달은 특히 항체의 FWR의 결과로 보였다. 문헌[Long et al. (2015)] 참조. 놀랍게도, 14g2a 항체의 FWR에 FMC63 단클론성 항체(mAb) 유래의 scFv의 CDR의 접목은 이 scFv가 CAR을 생성하는 데 사용되었을 때, FMC63 scFv의 강직성 신호전달을 유발하기에 충분했고, 이는 FWR이 CAR 형식으로 scFv의 강직성 신호전달을 유발하는데 있어서 중대한 역할을 함을 나타낸다. 동일 문헌 참조.
TCR-매개 강직성 신호전달은 미경험 T 세포의 잘 특성화된 항상성 특성이고 이들의 장기간 지속성을 촉진하는 데 중대한 역할을 한다. 문헌[Myers et al., "Tonic Signals: Why Do Lymphocytes Bother? Trends Immunol. 38:844-857 (2017)] 참조. 그러나, TCR-매개 강직성 신호전달은 클래스 I 또는 II로 제시된 자가-펩타이드와의 TCR 체결을 필요로 하고, 림프계 기관에 위치한 T 세포에 엄격히 제한된다. 문헌[Hochweller et al., "Dendritic cells control T cell tonic signaling required for responsiveness to foreign antigen," Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 107:5931-5936 (2010)] 참조. 뚜렷한 대조로, T 세포에서의 CAR-매개의 강직성 신호전달은 엄밀히 본질적으로 임의의 특정 CAR 체결과 무관하고 IFNγ와 같은 사이토카인의 자발적 방출로서 정의되는 CAR 신호전달을 지칭한다. 문헌[Long et al.(2015)] 참조. CAR-매개 강직성 신호전달을 촉발하는 이벤트는 신호전달의 개시를 야기하는, 충분한 수의 CAR 분자의 자발적인 응집으로서 식별되었다. 문헌[Long et al., (2015)] 참조. 여기서, 본 발명자들은 강직성 신호전달이 CAR 분자의 자가-응집에 기인한다는 것을 확인하고, 추가로 CAR-CD3ζ 사슬의 기능 상실이 IFNγ의 자발적인 방출을 완전히 폐기시키므로, CAR-CD3ζ 사슬이 자발적인 사이토카인 방출에 전적으로 책임이 있음을 입증한다. 자발적인 사이토카인 방출은 T 세포 고갈과 연관된 세포 표면 마커의 검출보다, CAR 강직성 신호전달 및 기능 감소의 존재를 정의하는 가장 강력하고 신뢰할 수 있는 검정인 것으로 보인다.
합성 scFv의 불안정성은 이들의 자발적인 응집을 유발하여 가용성 시약의 생성을 방해하는 것으로 오랫동안 인식되어 왔다. 문헌[Worn and Pluckthun (2001); Miller et al., "Stability engineering of scFvs for the development of bispecific and multivalent antibodies," Protein Eng Des Sel 23:549-557 (2010)] 참조. 본 발명자들은 VL 및 VH 도메인을 융합시켜 왜곡된 scFv의 특이성을 복구하기 위해 구조 모델링 및 전산적 단백질 설계에 의해 유도된 돌연변이유발이 사용될 수 있다는 것을 이미 입증한 바 있다. 문헌[Krokhotin et al. "Computationally Guided Design of Single-Chain Variable Fragment Improves Specificity of Chimeric Antigen Receptors," Mol. Ther. Oncolytics. 15:30-37 (2019)] 참조. 일반적으로, 단백질의 열역학적 안정성(ΔG)은 이의 생물학적 기능성에 중대하다. 단백질의 아미노산 돌연변이는 중요한 잔기 상호작용을 붕괴하고, 단백질 활성 부위, 및 단백질 안정성을 변경시킬 수 있다. 이러한 불안정한 돌연변이 단백질 형태는 수많은 인간 장애의 기본적인 근원이다. 문헌[Redler et al., "Protein Destabilization as a Common Factor in Diverse Inherited Disorders," J Mol. Evol. 82:11-16 (2016)] 참조. 따라서, 단백질 구조에 대한 돌연변이의 효과를 정량하는 것은 단백질 안정성 및 이에 의한 기능성을 평가하는데 중요하다.
상이한 힌지(hinge)/스페이서(spacer) 영역 또는 상이한 벡터/프로모터를 함유하는 CAR을 사용하여 T 세포에서 CAR 강직성 신호전달을 악화시키거나 약화시키는 데 있어서, 공동자극성 CD28 및 4-1BB 엔도도메인의 역할에 대해 상충되는 데이터가 보고되어 있다. 문헌[Long et al., (2015); Frigault et al., "Identification of chimeric antigen receptors that mediate constitutive or inducible proliferation of T cells," Cancer Immunol. Res. 3:356-367 (2015); 및 Watanabe et al., "Fine-tuning the CAR spacer improves T-cell potency," Oncoimmunology 5:e1253656 (2016)] 참조. 그러나, 이러한 상충되는 데이터에도 불구하고, scFv의 고유의 불안정성은 사용된 공동자극 유형이나 CAR 구조의 다른 성분의 변형에 의해 교정될 수 없다는 결론을 내리는 것이 가능하다. 실제로, 원래의 항체가 항원 특이성 및 친화성 측면에서 우수한 프로파일을 갖고 있음에도 불구하고, CAR 강직성 신호전달은 추가 CAR 개발로부터 특정 scFv를 포기하기에 좋은 이유로 흔히 간주된다.
본 개시내용의 기술분야
본 개시내용은 조작성 결합 도메인, 키메라 항원 수용체, 및 면역 세포에서 강직성 신호전달을 방지하기 위한 조작된 결합 도메인 및 키메라 항원 수용체에 의해 형질전환된 숙주 세포에 관한 것이다. 본 개시내용은 추가로 조작성 결합 도메인, 키메라 항원 수용체, 및 인간 및 마우스 화합성을 제공하기 위해 마우스로부터의 아미노산 치환을 함유하는 인간화 프레임워크 영역을 갖는 숙주 세포에 관한 것이다.
본 개시내용은 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1), 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2), 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3), 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열, 및 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1), 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2), 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3), 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는, 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 대한 결합 특이성을 갖는 결합 구성원을 제공하고 포함한다.
본 개시내용은 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1), 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2), 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3), 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열을 포함하는 폴리펩타이드를 인코딩하는 핵산을 제공하고 포함한다.
본 개시내용은 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1), 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2), 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3), 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는 폴리펩타이드를 인코딩하는 핵산을 제공하고, 포함한다.
본 개시내용은 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열, 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1), 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2), 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3), 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열, 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1), 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2), 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3), 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는, 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열, 막관통 도메인 서열, 및 엔도도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 코딩 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물을 제공하고, 포함한다.
본 개시내용은 서열번호 28 내지 65로 이루어진 군으로부터 선택되는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열, 막관통 도메인 서열, 및 엔도도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR)를 제공하고, 포함한다.
본 개시내용은 서열번호 28 내지 65로 이루어진 군으로부터 선택되는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열, 막관통 도메인 서열, 및 엔도도메인 서열을 포함하는 CAR을 인코딩하는 핵산 분자를 제공하고, 포함한다.
본 개시내용은 공여자로부터 말초 혈액 단핵 세포("PBMC")를 단리시키는 단계, PBMC로부터 자연 살해 T(NKT) 세포, T 세포, 또는 자연 살해(NK) 세포를 분리하여 단리된 면역 세포를 제조하는 단계, 및 단리된 면역 세포를 1일 내지 20일 동안 확장시켜, 내인성 T-세포 수용체의 자극 및 공동자극 수용체, 사이토카인 또는 이 둘의 조합에 의한 공동자극에 의해 유전자 조작을 위한 확장된 면역 세포를 제조하는 단계, 및 서열번호 61 내지 109로 이루어진 군으로부터 선택되는 가변 경쇄 및 서열번호 110 내지 152로 이루어진 군으로부터 선택되는 가변 중쇄를 포함하는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물을 도입시키는 단계를 포함하는, CAR을 포함하는 면역 세포를 생산하는 방법을 제공하고, 포함한다.
본 개시내용은 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열, 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1), 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2), 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3), 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열, 및 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열, 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1), 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2), 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3), 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는, 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열, 막관통 도메인 서열, 및 엔도도메인 서열을 포함하는, 키메라 항원 수용체(CAR) 코딩 서열을 인코딩하는 발현 작제물을 포함하는 유전자 조작된 면역 세포를 제공하고 포함한다.
본 개시내용은 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 코딩 서열을 인코딩하는 발현 작제물을 포함하는 복수의 유전자 조작된 면역 세포를 포함하는 세포 집단으로서, CAR이 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열, 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1), 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2), 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3), 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열, 및 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열, 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1), 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2), 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3), 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열, 막관통 도메인 서열, 및 엔도도메인 서열을 포함하는 것인, 세포 집단을 제공하고 포함한다.
본 개시내용은 개체에서 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)-양성 세포를 저해하는 방법으로서, 치료적 유효량의 유전자 조작된 면역 세포와 세포를 접촉시키는 단계를 포함하고, 여기서 면역 세포는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열로서, 항체 또는 항원 결합 단편이 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열, 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1), 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2), 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3), 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열, 및 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열, 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1), 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2), 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3), 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는 것인 엑토도메인 서열, 막관통 도메인 서열, 및 엔도도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR)를 포함하는 것인, 방법을 제공하고 포함한다.
본 개시내용은 암을 치료하는 방법으로서, 이를 필요로 하는 대상체에게 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 키메라 항원 수용체(CAR)를 포함하는 유전자 조작된 면역 세포를 투여하는 단계를 포함하고, CAR이 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열, 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1), 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2), 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3), 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열, 및 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열, 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1), 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2), 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3), 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는 엑토도메인 서열, 막관통 도메인 서열 및 엔도도메인 서열을 포함하는, 방법을 제공하고 포함한다.
본 개시내용은 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열, 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1), 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2), 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3), 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열, 및 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열, 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1), 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2), 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3), 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는 엑토도메인 서열, 막관통 도메인 서열 및 엔도도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 코딩 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함하는 벡터, 숙주 세포, 또는 이의 조합을 포함하는 키트를 제공하고 포함한다.
본 개시내용은 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열, 및 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1); 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2); 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3); 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4); 및 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1); 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2); 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3); 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는, 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열; 막관통 도메인 서열; 및 엔도도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 코딩 서열을 발현하는 NKT 세포에서 NKT 세포 확장 잠재성을 유지하는 방법으로서, Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자를 포함하는 단백질 코딩 서열을 발현하는 단계, 및 조작된 NKT 세포를 배양하여 지속적인 확장 잠재성을 가진 유전자 조작된 NKT 세포의 집단을 제조하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고 포함한다.
CAR의 일부로서 마우스 면역 세포에서 발현될 때 강직성 신호전달을 갖는 scFv를 식별하는 단계, scFv의 구조적 모델로서 생성하는 단계, 및 전산적 돌연변이유발을 수행하여 일련의 돌연변이유발된 scFv를 제조하는 단계, 돌연변이유발된 scFv의 자유 에너지를 계산하는 단계, 돌연변이유발된 scFv를 프레임워크 1.4(FW1.4)를 포함하는 인간화 scFv에 정렬시키는 단계, 중대한 뮤린 잔기를 식별하는 단계; 및 하나 이상의 인간 대 마우스 잔기 변화를 도입시켜 scFv의 안정성을 증가시키고 마우스 모델에 사용하기 위한 변형된 인간화 scFv를 제조하는 단계를 포함하는, scFv의 마우스 모델에서 강직성 신호전달을 감소시키는 방법.
본 개시내용은 첨부된 도면을 참조하여 개시되며, 여기서:
도 1은 scFv 763.74(A)(서열번호 28)를 인코딩하는 CAR을 발현하는 CAR-T 세포의 실시형태의 강직성 신호전달의 결과를 제시한다. 도 1a는 배양 8일차에 평가된 것으로서 T 세포의 CAR 발현을 보여주는 유세포 분석의 대표적인 플롯을 제시한다. 763.74(A)CD28 및 763.74(A)4-1BB는 T 세포에서 발현되는 특정 CAR을 나타낸다. 도 1b는 임의의 CAR 특이적 활성화 없이 대조군 CAR(CTR), 763.74(A)CD28 또는 763.74(A)4-1BB CAR을 발현하는 T 세포에 의해 방출된 IFNγ의 정량화를 제시한다. IFNγ는 사이토카인 없이 2mL 완전 배지에서 24웰 플레이트에 106개 세포/웰을 플레이팅한 후 24시간 후에 수집한 상청액에서 측정된다. 데이터는 평균±SD, n=10, *P=0.0184, ***P=0.0003(CTR 대 763.74(A)CD28) P=0.0004(763.74(A)CD28 대 763.74(A)4-1BB) 대응표본 t 테스트로 제시된다. 도 1c는 임의의 CAR 특이적 활성화 없이 대조군 CAR(CTR), 763.74(A)CD28ζY6F 또는 763.74(A)4-1BBζY6F CAR을 발현하는 T 세포에 의해 방출된 IFNγ의 정량화를 제시한다. 데이터는 평균±SD, n=4로 제시된다. 도 1d는 scFv 763.74(A) 및 CD28 또는 4-1BB 엔도도메인 중 어느 하나를 사용하여 CAR이 수득되는 GFP-태그화된 CAR을 발현하는 T 세포(화살표)에서의 GFP 응집을 보여주는 대표적인 공초점 현미경 이미지를 제시한다. 대조군 CAR(CTR) 또는 GFP-발현 T 세포. 단일 필드의 대표적인 세포(배율 63X)가 도시된다.
도 2는 CAR-T 세포에서의 강직성 신호전달을 역전시키는 scFv 763.74(A)의 FWR에서의 아미노산 치환을 보여주는 정렬을 제시한다. 도 2a는 scFv 763.74(A)(서열번호 28)의 VL(서열번호 67) 및 VH(서열번호 110)의 서열 및 scFv 763.74(B)의 VL 및 VH(각각 서열번호 29, 68, 및 115)의 서열을 제시한다. 박스는 아미노산 치환 위치를 나타낸다. 도 2b는 CD28 또는 4-1BB 엔도도메인을 인코딩하는 scFv 763.74(A) 및 scFv 763.74(B) CAR로 조작된 T 세포에서 CAR 발현을 보여주는 대표적인 유세포 분석 플롯을 제시한다. 비-형질도입된(NT) T 세포는 음성 대조군으로서 도시된다. 도 2c는 임의의 CAR 특이적 활성화 없이 상이한 CAR을 발현하는 T 세포에 의해 방출된 IFNγ의 정량화 결과를 제시한다. CTR은 대조군 CAR-T 세포를 나타낸다. IFNγ은 사이토카인이 없는 2mL 완전 배지에서 106개 세포/웰을 24웰 플레이트에 플레이팅한 후 24시간 후에 수집한 상청액에서 측정한다. 데이터는 평균±SD, n=5, * P=0.0154 763.74(A) CD28 대 4-1BB; * P=0.194 763.74(A) 대 (B)4-1BB, 대응표본 t 테스트로서 제시된다. 도 2d는 scFv 763.74(A) 또는 scFv 763.74(B) 중 어느 하나 및 CD28 또는 4-1BB 엔도도메인 중 어느 하나를 사용하여 CAR이 수득되는 GFP-태그화된 CAR을 발현하는 T 세포에서의 GFP 응집을 보여주는 대표적인 공초점 현미경 이미지를 제시한다. 단일 필드의 대표적인 세포(배율 63X)가 도시된다.
도 3은 scFv를 불안정화시키는 scFv 763.74(A)의 FWR에서의 아미노산 치환을 제시한다. 도 3a는 도시된 FWR 돌연변이를 갖는 전산적 모델링을 통해 생성된 scFv 763.74(B)의 구조 형태를 리본 플롯으로 제시한 것이다. 도 3b는 scFv 763.74(B) 안정성에 미치는 영향에 대해 평가된 선택 아미노산 돌연변이를 제시한다. ΔΔGmut>0인 scFv 763.74(B) 구조에 대한 돌연변이는 불안정성이고 이어서 T 세포에서 CAR 형식으로 scFv의 자발적 응집에 영향을 미친다. 도 3c는 V123에서의 돌연변이(서열번호 256 내지 274)의 계산된 ΔΔG를 제시한다. 도 3d는 E127에서의 돌연변이(서열번호 275 내지 295)의 계산된 ΔΔG를 제시한다.
도 4는 흑색종 종양 모델에서 종양 제거를 매개하는데 있어서 CD28과 함께 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포 효과의 결과를 제시한다. 도 4a는 대표적인 흐름 플롯(A)을 제시하며, 도 4b는 대조군 T 세포(CTR) 및 CD28 또는 4-1BB 엔도도메인을 인코딩하는 scFv 763.74(A) 및 scFv 763.74(B) CAR에 의해 조작된 T 세포를 흑색종 세포주(E:T = 1:5)와 5일 동안 공동배양한 실험에서 잔류 종양 세포의 정량을 정리한 것이다. 세포를 수집하고, 유세포 분석에 의해 각각 T 세포 및 흑색종 세포를 식별하기 위해 CD3 및 CD276(B7-H3) mAb로 염색했다. 데이터는 평균±SD, n=6, **** P<0.0001, 본페로니(Bonferroni) 교정을 사용한 양방향 ANOVA로 제시된다. 도 4c는 흑색종 이종이식편 모델의 실험 개요를 제시한다. eGFP-FFLuc WM115(5×105개 세포)를 피하(s.c.)로 주사하고, 7일 후 마우스에게 대조군 T 세포(CTR) 또는 CD28 또는 4-1BB 엔도도메인을 인코딩하는 scFv 763.74(A) 및 scFv 763.74(B) CAR로 조작된 T 세포(5×106개 세포)를 정맥내(i.v.) 주사했다. 도 4d는 계획(c)에 따라 처리된 마우스에서의 대표적인 종양 생물발광(BLI)(스케일: 최소 = 5×106; 최대 = 5×108)을 제시한다. 도 4e는 (d)에서 생착된 마우스 중 종양 부피의 대표적인 그래프를 제시한다. 점선은 개별 마우스를 나타내고, 굵은 실선은 그룹에 대한 평균을 나타낸다. 4개의 독립적인 실험의 요약(각 조건마다 n=12), *** P=0.00012; **** P<0.0001, 본페로니 교정을 사용한 양방향 ANOVA.
도 5는 CD28과 함께 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포의 교모세포종 종양 모델에서의 항종양 활성의 결과를 제시한다. 도 5a는 교모세포종(GBM) 이종이식편 모델의 실험 개요를 제시한다. GBM-NS(1×105개 세포)를 미상핵(i.c.)으로 주사하고 15일 후 마우스에게 대조군 T 세포(CTR) 또는 CD28 또는 4-1BB 엔도도메인을 인코딩하는 scFv 763.74(A) 및 scFv 763.74(B) CAR로 조작된 T 세포(2×106개 세포)를 종양내 주사한다. 종양 성장은 자기 공명 이미지화(MRI)로 모니터한다. 도 5b 내지 5f는 조영제 주사에 의한 T1-가중 이미지(T1-wi) 및 (a)에서와 같이 처리된 마우스에서 종양 진행 및 침윤의 패턴을 보여주는 T2 가중 이미지(T2-wi)에 의해 수행된 대표적인 MRI를 제시한다. 도 5g는 (a)에서와 같이 처리된 마우스의 캐플란-마이어(Kaplan-Meier) 생존 곡선을 제시한다. CTR, 763.74(A)CD28, 763.74(B)4-1BB에 대한 n= 7마리 마우스/그룹. 763.74(B)CD28 및 763.74(A)4-1BB에 대한 n=15마리 마우스/그룹. 전체 생존 통계 분석은 맨틀-콕스(Mantel-Cox) 로그 순위 테스트를 사용하여 수행한다. 도 5h는 T 세포의 종양내 전달 후 표시된 시점에서 종양으로부터 단리된 CAR-T 세포에서의 CD69 발현의 대표적인 시간 경과를 제시한다. 데이터는 평균±SD, n=2로 제시된다.
도 6은 CAR 강직성 신호전달 및 항종양 활성에 대한 scFv 763.74(A)의 FWR의 인간화 효과의 결과를 제시한다. 도 6a는 배양 8일차에 평가된 CD28을 인코딩하는 h763.74(#2)(서열번호 111) 및 h763.74(#5)(서열번호 114) CAR(h763.74(#2)CD28 및 h763.74(#5)CD28)에 의해 조작된 T 세포에서의 CAR 발현을 보여주는 대표적인 유세포분석 플롯을 제시한다. 비-형질도입된(NT) T 세포는 음성 대조군으로서 도시된다. 도 6b는 사이토카인이 없는 배지 2mL에서 5×105개 세포/웰로 플레이팅한 후, 휴지기 대조군(CTR), h763.74(#2) CD28 및 h763.74(#5)CD28 CAR-T 세포의 24시간째에 수집된 상청액에서 IFNγ의 대표적인 정량을 제시한다. 데이터는 평균±SD, n=6으로 제시된다. 도 6c는 대조군(CTR) 또는 h763.74(#2)CD28 또는 h763.74(#5)CD28 CAR을 발현하는 T 세포를 5일 동안 흑색종 세포주(E:T=1:5)와 함께 플레이팅한 공동배양 실험의 대표적인 흐름 플롯을 제시한다. 세포를 수집하고 CD3 및 CD276(B7-H3) mAb로 염색하여 유세포분석에 의해 각각 T 세포 및 흑색종 세포를 식별한다. 도 6d는 흑색종 이종이식편 모델의 실험 개요를 제시한다. eGFP-FFLuc WM115(5×105개 세포)를 피하(s.c.) 주사하고 7일 후 마우스에 대조군 T 세포(CTR) 또는 763.74(B)CD28 CAR 또는 h763.74(#2)CD28 또는 h763.74(#5)CD28 CAR로 조작된 T 세포(5×106개 세포)를 정맥내(i.v.) 주사한다. 도 6은 도식(d)에 따라 처리된 마우스의 종양 BLI 동역학을 제시한다. 점선은 개별 마우스를 나타내고 굵은 실선은 그룹의 평균을 나타낸다. 2가지 독립 실험의 요약(각 그룹에 대해 n = 10). 도 6f는 (d)에서와 같이 처리된 eGFP-FFLuc WM115 종양 보유 마우스의 안락사 시에 말초 혈액, 간 및 비장에서의 인간 CD3+CD45+ 세포의 정량을 제시한다. 데이터는 평균±SD, n=6으로 제시된다. g. (d)에서와 같이 처리된 eGFP-FFLuc WM115 종양 보유 마우스의 희생 시, 인간 CD3+CD45+ 세포에 대해 게이트화된 말초 혈액 내 CAR-T 세포의 백분율. 데이터는 평균±SD, n=6으로 제시된다.
도 7은 763.74 항체로부터 유래된 scFv를 사용하여 생성된 CAR의 작제물 및 T 세포에서의 발현의 특성화를 제시한다. 도 7a는 763.74(A) CAR 작제물의 다이어그램을 제시한다. 도 7b는 배양 8일째에 평가된 763.74(A)CD28ζY6F 또는 763.74(A)4-1BBζY6F CAR에 의해 조작된 T 세포에서 CAR 발현의 대표적인 흐름 플롯 및 요약을 제시한다. 데이터는 평균±SD, n=4로 제시된다. 비-형질도입된(NT) T 세포는 음성 대조군으로서 제시된다.
도 8은 본 개시내용에 따른 scFv 763.74(A) 또는 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포의 특성화를 제시한다. 도 7a는 CD28 또는 4-1BB 엔도도메인을 인코딩하는 scFv 763.74(A) 및 scFv 763.74(B) CAR에 의해 조작된 T 세포 및 대조군 CAR-T 세포(CTR)에서의 배양 8일째에 평가된 CAR 발현의 요약을 제시한다. 데이터는 평균±SD, n=8로 제시된다. 비-형질도입된(NT) T 세포는 음성 대조군으로서 도시된다. 도 8b는 (a)에서 나타낸 바와 같은 배양 6일 및 10일째에 CTR 및 CAR-T 세포의 총 세포 수를 제시한다. 데이터는 평균±SD, n=4로 제시된다. 도 8c는 GFP 태그화된 763.74(A)CD28, 763.74(A)4-1BB, 763.74(B)CD28 및 763.74(B)4-1BB CAR을 발현하는 T 세포의 세포 표면에서의 CAR 분자의 분포를 보여주는 대표적인 세포의 현미경 이미지를 제시한다. 공초점 현미경(배율, 63X)을 통해 촬영된 단일 시야의 대표적인 이미지가 도시된다. 도 8d는 항-이디오타입 항체에 의해 매개된 CAR의 가교결합 후, (c)에서와 같은 T 세포의 세포 표면에서의 GFP-태그화된 CAR 분자의 분포를 제시한다. 공초점 현미경법(배율, 63X)을 통해 촬영된 단일 시야의 대표적인 이미지가 도시된다. 도 8e는 유세포분석에 의해 평가된 것으로서, 배양 10일째에 (a)에서 나타낸 CTR 및 CAR-T 세포의 세포 하위세트 조성을 보여주는 그래프를 제시한다. 데이터는 평균±SD, n=4로 제시된다. 도 8f는 유세포분석에 의해 평가된 것으로서, 배양 10일째에 (a)에서 나타낸 CTR 및 CAR-T 세포에서의 고갈-연관 마커의 발현을 제시하는 대표적인 그래프이다. 데이터는 평균±SD, n=4로 제시된다.
도 9는 scFv 763.74(B)의 안정성에 미치는 영향에 대한 아미노산 돌연변이의 평가를 제시한다. 도 9a는 763.74(A)V-경쇄의 위치 3에서의 돌연변이(위치 3에서 서열번호 159 내지 1831)의 자유 에너지(ΔΔG)의 변화를 제시한다. b. T5에서 돌연변이(서열번호 184 내지 202)의 ΔΔG. c. A9에서 돌연변이(서열번호 203 내지 221)의 ΔΔG. d. E83에서 돌연변이(서열번호 232 내지 249)의 ΔΔG. e. Q124에서 돌연변이(서열번호 256 내지 274)의 ΔΔG. f. V126에서 돌연변이(서열번호 315 내지 333)의 ΔΔG. g. L230에서 돌연변이(서열번호 276 내지 295)의 ΔΔG.
도 10은 scFv 763.74(A) 및 scFv 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포의 항종양 활성의 대표적인 결과를 제시한다. 도 10a는 유세포분석에 의해 평가된 흑색종 세포주에서 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4) 항원의 발현을 제시한다. 점선 및 실선은 각각 이소형 및 CSPG4 mAb를 나타낸다. 도 10b는 흑색종 세포주(E:T = 1:5)와 함께 대조군 CAR-T 세포(CTR) 및 CD28 또는 4-1BB 엔도도메인을 인코딩하는 scFv 763.74(A) 및 scFv 763.74(B) CAR에 의해 조작된 T 세포의 공동배양 24시간 후에 수집된 상청액에서 IFNγ 및 IL-2 생산의 정량에 대한 대표적인 결과를 제시한다. 데이터는 평균±SD, n=5로 제시된다. 도 10c는 eGFP-FFLuc WM115 종양 세포(5×105개 세포/마우스)가 피하에 생착되고, CTR 또는, CD28 또는 4-1BB 엔도도메인을 인코딩하는 scFv 763.74(A) 및 scFv 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포(5×106개 세포/마우스)로 7일 후 처리된 마우스의 종양 BLI 동역학의 대표적인 결과를 제시한다. 점선은 개별 마우스를 나타내고, 굵은 실선은 그룹의 평균을 나타낸다. 4가지 독립 실험의 요약(각 조건마다 n=12), ****, P<0.0001, 본페로니 교정을 사용한 양방향 ANOVA.
도 11은 가장 이른 시점에 대부분의 GBM-NS의 제거를 보여주는 CD28을 인코딩하는 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포의 대표적인 결과를 제시한다. 도 11a는 대조군(CTR) 및 CS28 또는 4-1BB 엔도도메인을 인코딩하는 scFv 763.74(A) 및 scFv 763.74(B) CAR을 발현하는 세포를 GBM-NS(E:T=1:5)와 공동배양한 대표적인 실험에서 여러 시점(2, 4, 6 및 24시간)에서 종양 세포의 정량을 정리한 것이다. 데이터는 평균±SD, n=5로 제시된다. 도 11b는 GBM-NS와의 공동배양에서 2시간 후 CAR-T 세포의 대표적인 FSC-SSC 점 플롯을 제시한다. CAR-T 세포 및 종양 세포는 각각 CD45 및 CSPG4 발현 세포의 백분율을 평가하여 측정한다. 도 11c는 GBM-NS와 공동배양된 CAR-T 세포에서 CD69 발현의 대표적인 유세포 분석 적층 히스토그램의 그래프를 제시한다.
도 12는 scFv 763.74(A)의 인간화 과정 및 돌연변이체의 테스트를 제시한다. 도 12a는 ScFv 인간화 및 조작 작업 흐름을 제시한다. 도 12b는 유세포분석에 의해 분석된 인간화 scFv h763.74(#2), h763.74(#3), h763.74(#4) 및 h763.74(#5)의 대표적인 결합 결과를 제시한다. CSPG4+ MDA-MB-231 및 CSPG4- MDA-MB-468을 scFv(10μg/ml)와 함께 인큐베이션한 후, 단백질-L-비오틴(0.3μg/ml) 및 피코에리트린-표지된 스트렙타비딘(SAV-PE)으로 염색한다. 도 12c는 배양 8일째에 평가된 것으로서 상이한 h763.74 CAR을 사용하여 생성된 T 세포 및 CTR T 세포에서의 CAR 발현을 정리한 것이다. 데이터는 평균±SD, n=3으로 제시된다. 비-형질도입된(NT) T 세포는 음성 대조군으로서 도시된다. 도 12d는 대조군(CTR) 또는 상이한 유형의 h763.74 CAR-T 세포가 5일 동안 WM155 흑색종 세포주(E:T = 1:5)와 공동배양된 실험에서 잔류 종양 세포의 정량을 정리한 것이다. 데이터는 평균±SD, n=3으로 제시된다. 그런 다음, 세포를 수집하고 CD3 및 CD276(B7-H3) mAb로 염색하여 유세포분석에 의해 각각 T 세포 및 흑색종 세포를 식별한다. 도 12e는 (d)에 예시된 공동배양(E:T = 1:5) 24시간 후 수집된 상청액에서 IFNγ 및 IL-2 생산의 정량을 제시한 것이다. 데이터는 평균±SD, n=5로 제시된다.
도 13은 인간화 scFv의 아미노산 서열 및 대표적인 안정성 분석을 제시한다. 도 13a는 인간화 scFv h763.74(#2)(서열번호 37) 및 h763.74(#5)(서열번호 57)의 VL(서열번호 69 및 72) 및 VH(서열번호 72 및 114) 사슬의 서열을 제시한다. 아미노산 치환(인간에서 뮤린으로)은 박스로 표시된다. 도 13b는 PBS에 1mg/ml로 제형화되어 4℃ 및 37℃에서 2일 동안 보관된 인간화 scFv h763.74(#2) 및 h763.74(#5) 단백질의 물리적 안정성의 대표적인 결과를 제시한다. 단량체의 백분율은 분석용 HPLC에 의해 분석된다.
도 14는 인간화 scFv 763.74-기반 CAR 작제물을 발현하는 T 세포의 항종양 활성의 대표적인 결과를 제시한다. 도 14a는 배양 8일째에 평가된 것으로서 대조군 T 세포(CTR) 및 h763.74(#2)CD28 및 h763.74(#5)CD28 CAR을 사용하여 생성된 T 세포에서의 CAR 발현을 정리한 것이다. 데이터는 평균±SD, n=10으로 제시된다. 도 14b는 CTR, h763.74(#2)CD28 및 h763.74(#5)CD28 CAR-T 세포가 5일 동안 흑색종 세포주(E:T=1:5)와 공동배양된 실험에서 잔류 종양 세포의 정량을 정리한 것이다. 데이터는 평균±SD, n=4/6으로 제시된다. 세포를 수집하고 CD3 및 CD276(B7-H3) mAb로 염색하여 유세포분석에 의해 각각 T 세포 및 흑색종 세포를 식별한다. 도 14c는 (b)에 예시된 공동배양(E:T=1:5) 24시간 후 수집된 상청액에서 IFNγ 및 IL-2 생성의 정량에 대한 대표적인 결과를 제시한다. 데이터는 평균±SD, n=5로 제시된다. 도 14d는 eGFP-FFLuc WM115 종양 세포(5×105개 세포/마우스)가 피하에 생착되고 대조군 CART 세포(CTR) 및 h763.74(#2)CD28 또는 h763.74(#5)CD28 CAR을 발현하는 T 세포(5×106개 세포/마우스)로 7일 후 처리된 마우스의 종양 BLI의 대표적인 결과(색상 척도: 최소 = 5×106; 최대 = 5×108)의 대표적인 결과를 제시한다. 도 14e는 CTR, h763.74(#2)CD28 또는 h763.74(#5)CD28 CAR-T 세포로 처리된 WM115 종양 보유 마우스에서 여러 시점에 수집한 말초 혈액 중 인간 CD3+CD45+ 세포의 대표적인 정량을 제시한다(13일: n=15, 25일, 31일 및 43일: n=5). 데이터는 평균±SD, n=5로 제시된다. 도 14f는 대표적인 실험인 (e)에서와 같이 여러 시점에 수집한 말초 혈액 중 인간 CD3+CD45+ 세포에 대해 게이트화된 PD-1+ 세포의 백분율을 제시한다(13일: n=15, 25일, 31일 및 43일: n=5). 데이터는 평균±SD, n=5로 제시된다. 도 14g는 대표적인 실험의 (e)에서와 같이 희생시, 말초 혈액, 간 및 비장에서 인간 CD3+CD45+ 세포에 대해 게이트화된 PD-1+ 세포의 백분율을 제시한다. 데이터는 평균±SD, n=6-10으로 제시된다.
원래 정의된 바와 같이, CAR 강직성 신호전달은 T 세포에 부정적인 효과의 결과로 보이고, 특히 급속한 고갈로 인한 불량한 항종양 효과를 유발한다. 문헌[Long et al. (2015)] 참조. 본 발명자들의 시험관내 및 생체내 데이터는 이 개념을 지지한다. 놀랍게도, 본 발명자들의 이종이식편 모델에서, scFv의 안정성의 교정 및 CAR 강직성 신호전달의 폐기는 급속한 항종양 효과를 나타내는 CD28 엔도도메인을 인코딩하는 CAR-T 세포의 항종양 효과를 유의하게 향상시켰다. 이 관찰은 4-1BB가 CAR 시냅스에서 포스파타제 복합체를 동원함으로써 CAR-CD3γ 신호전달을 약화시킨다는 본 발명자들의 최근 발견과 기계작용적으로 관련될 수 있는 느린 항종양 효과를 4-1BB가 나타냄을 시사하는 이전 작업과 일치한다. 문헌[Zhao et al., "Structural Design of Engineered Costimulation Determines Tumor Rejection Kinetics and Persistence of CAR T Cells," Cancer Cell 28:415-428 (2015); Sun et al., "THEMIS-SHP1 Recruitment by 4-1BB Tunes LCK-Mediated Priming of Chimeric Antigen Receptor-Redirected T Cells. Cancer Cell. 37(2):216-225 (2020) ("Sun et al. 2020")] 참조. 더욱이, 본 발명자들은 scFv의 자가-응집으로 인한 CAR-T 세포에 의한 IFNγ의 자발적 방출로서 결정된 강직성 신호전달이 CAR-T 세포의 자발적인 증식과는 별개의 현상으로서 간주되어야 한다는 것을 시사하고자 한다. 문헌[Frigault et al., "Identification of chimeric antigen receptors that mediate constitutive or inducible proliferation of T cells," Cancer Immunol. Res. 3:356-367 (2015)] 참조. 후자는 대신, 특히 말초 혈액에서 대규모로 접근할 수 없는 종양 세포를 가진 고형 종양이 있는 환자에서, 즉각적인 항원 자극의 부재 하에 지속될 수 있는 CAR-T 세포의 긍정적인 속성일 수 있다. 4-1BB를 인코딩하는 CAR-T 세포의 자발적인 증식 및 향상된 생존은 근접한 CAR 신호전달보다는 지속적인 NF-KB 경로 때문일 수 있으며, 이 현상은 완전히 기계작용적으로 정의되기 위해 추가 연구를 필요로 한다. 문헌[Gomes-Silva et al., "Tonic 4-1BB Costimulation in Chimeric Antigen Receptors Impedes T Cell Survival and Is Vector-Dependent," Cell Rep. 21:17-26 (2017); Li et al., "4-1BB enhancement of CAR T function requires NF-kappaB and TRAFs," JCI. Insight. 3 (2018); 및 Philipson et al., "4-1BB costimulation promotes CAR T cell survival through noncanonical NF-kappaB signaling," Sci. Signal. 13 (2020)] 참조.
CAR이 유전자적으로 이식된 T 세포에 의한 염증유발성 사이토카인의 활성화 및 방출로 정의되는 키메라 항원 수용체(CAR) 강직성 신호전달은 면역 세포 고갈 및 불량한 항종양 효과를 야기하기 때문에 부정적인 속성으로 간주된다. 불안정한 뮤린 scFv는 자가-응집을 유발하고 뮤린 서열은 인간 대상체에서 면역 반응을 유도할 수 있다. 여기서, 본 발명자들은 scFv가 CAR 형식으로 조립되고 CAR이 T 세포에서 발현될 때 scFv의 불안정성이 강직성 신호전달을 유발하는 데 중대하다는 것을 입증했다. 더욱이, 본 발명자들은 scFv의 뮤린 FWR 내에서 불안정성 또는 FWR의 인간화를 유발하는 아미노산의 치환에 의한 강직성 신호전달이 교정될 수 있음을 증명했다. 강직성 신호전달의 교정은 CAR-T 세포의 항종양 효과를 향상시킨다.
여기서, 본 발명자들은 CAR에 포함된 CD3 γ 사슬을 통한 자가-응집 및 신호전달을 촉진하는 단클론성 항체 단일 사슬 Fv의 고유 불안정성에 의해 CAR 강직성 신호전달이 유발된다는 것을 보고한다. 이 현상은 CD28 또는 4-1BB 공동자극성 엔도도메인을 인코딩하는 CAR에서 검출된다. 단클론성 항체 단일 사슬 Fv의 불안정성은 전산적 모델링에 의해 식별될 수 있는 프레임워크 영역 내의 특정 아미노산에 의해 유발된다. 프레임워크 영역의 불안정성 또는 인간화를 유발하는 아미노산의 치환은 항원 특이성의 변형을 유발함이 없이 CAR의 강직성 신호전달을 교정하고 CAR-T 세포의 항종양 효과를 향상시킨다.
여기서, 본 발명자들은 불안정한 scFv가 T 세포에서 CAR 강직성 신호전달을 야기하는 CAR 분자의 자가-응집을 유발한다는 것을 입증한다. 본 발명자들이 생성한 CSPG4-특이적 CAR은 763.74 mAb 유래의 뮤린 scFv를 사용한다. E.콜라이(E.coli)에서 발현된 이러한 scFv는 응집하는 경향을 보였고 scFv는 가용성 형태로 생산할 수 없었다.
여기서, 본 발명자들은 scFv를 안정화시키는 FWR 내의 유도된 특정 아미노산 치환을 모델링하는 것이 CAR 강직성 신호전달을 폐기하기 때문에 scFv의 불안정성이 CAR의 자가-응집 및 강직성 신호전달의 독점적인 원인이라는 것을 보여준다. 이하에 제시된 결과는 scFv의 불안정성이 CAR 자가-응집 및 신장성 신호전달을 유발한다는 것을 구조적 및 기능적 분석을 통해 입증한다. FWR의 아미노산 치환 또는 인간화는 강직성 신호전달을 폐기하고 CAR-T 세포의 기능성을 향상시킨다.
전산적 돌연변이유발을 사용하면, scFv 763.74(A)의 구조에 대한 FWR 돌연변이의 효과를 상세히 설명하는 것이 Eris 도구에 의해 용이해졌다. 전산적 모델링은 FWR 내의 아미노산 치환이 scFv의 안정성에 어떻게 영향을 미치는지를 입증하며, 이는 특이성에 영향을 미침이 없이 scFv의 안정성을 평가하고 교정하기 위해 전산적 분석이 구현될 수 있음을 나타낸다. 마지막으로, 본 발명자들은 뮤린 FWR을 프레임워크 rFW1.4와 같은 안정한 인간 FWR로 치환시키면 또한 항원 특이성을 변형시킴이 없이 CAR 강직성 신호전달을 교정한다는 것을 입증한다. 문헌[Borras et al., "Generic approach for the generation of stable humanized single-chain Fv fragments from rabbit monoclonal antibodies," J Biol. Chem. 285:9054-9066 (2010)] 참조. 안정한 인간 프레임워크 rFW1.4는 상이한 기원의 CDR을 수용할 수 있고, 이들의 물리화학적 안정성을 평가하기 위해 가용성 scFv 단백질의 분석을 허용한다. 따라서, 이 접근법은 CAR을 설계하기 위해 최적의 물리적 및 결합 특성을 갖는 scFv를 선택하는 데 사용될 수 있다. 종합하면, 데이터는 안정하고 단량체인 scFv가 항원-독립적인 강직성 신호전달을 피하는 CAR을 생성하는 데 적용할 수 있음을 시사한다. 인간 프레임워크 rFW1.4에 의해 조작된 ScFv는 또한 면역원성에 대한 낮은 가능성을 가질 수도 있으며 완전한 효능으로 환자에게 반복적으로 주입될 수 있는 잠재성이 있다.
본 발명자들의 데이터는 유일한 차이가 공동자극성 엔도도메인의 세포질내 테일에 의해 표현되는 CAR을 사용하면, CD28 및 4-1BB 둘 모두가 강직성 신호전달을 유발했음을 나타낸다.
중요한 것으로, scFv의 안정화는 CAR 내에 사용된 공동자극에 상관없이, 강직성 신호전달을 폐기하였고, 이는 불안정한 scFv가 FWR의 돌연변이 또는 인간화에 의해 구제될 수 있고 CD28 및 4-1BB 공동자극 둘 모두가 사용될 수 있음을 나타낸다.
여기서, 본 발명자들은 FWR 내의 아미노산 치환이 scFv를 안정화시킬 수 있고 CAR의 강직성 신호전달을 교정할 수 있음을 보여준다. 본 발명자들은 부가적으로, 뮤린 FWR를 안정한 인간 FWR로 치환하는 것이 또한 CAR-T 세포의 항원-독립적 활성화를 방지한다는 것을 보여준다. 따라서, 본 발명자들은 CAR 작제에 사용된 불안정한 scFv에 CAR 강직성 신호전달의 원인을 국재화하고 강직성 신호전달을 교정하는 구조-기반의 전략을 제공한다.
전반적으로, 본 발명자들은 CAR의 강직성 신호전달이 불안정한 scFv의 자가-응집으로 인한 것이며, 이는 아미노산 치환 또는 인간화에 의해 수득되는 scFv의 FWR의 안정화에 의해 폐기될 수 있음을 입증한다. scFv 안정성의 교정 및 CAR 강직성 신호전달의 제거는 CAR-T 세포의 항종양 효과를 향상시킨다.
본 개시내용은 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)(유전자 ID: 1464(인간) 및 121021(마우스))에 대한 결합 특이성을 갖는 결합 구성원을 제공하고 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 결합 구성원은 일반적으로 항체 VH 및 VL 도메인을 포함한다. 특이적 결합 구성원의 VH 도메인도 본 발명에 사용하기 위해 제공된다. 각각의 VH 및 VL 도메인 내에는 상보성 결정 영역(각각 "CDR", "HCDR" 및 "LCDR"), 및 프레임워크 영역(각각 "FR", "VH-FR" 및 "VL-FR")이 있다. VH 도메인은 HCDR1 내지 HCDR3을 포함하고, VL 도메인은 LCDR1 내지 LCDR3을 포함한다. 항체 분자는 VH CDR1, CDR2 및 CDR3 및 프레임워크 서열 VH-FR1 내지 VH-FR4를 포함하는 항체 VH 도메인을 포함할 수 있다. 이는 대안적으로 또는 또한 VL CDR1, CDR2 및 CDR3 및 프레임워크 서열 VL-FR1 내지 VL-FR4를 포함하는 항체 VL 도메인을 포함할 수 있다. 본 명세서에 개시된 모든 VH 및 VL 서열, CDR 서열, CDR 세트 및 HCDR 세트 및 LCDR 세트는 특이적 결합 구성원의 실시형태를 나타낸다. 본 명세서에 기재된 바와 같이, "CDR 세트"는 CDR1, CDR2 및 CDR3을 포함한다. 따라서, HCDR 세트는 HCDR1, HCDR2 및 HCDR3을 지칭하고, LCDR 세트는 LCDR1, LCDR2 및 LCDR3을 지칭한다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 프레임워크 서열은 마우스, 인간, 토끼 및 래트를 포함하나 이에 제한되지 않는 임의의 공급원으로부터 수득될 수 있다. 양상에서, 프레임워크 서열은 2종으로부터의 서열을 포함하도록 변형된다. 양상에서, 프레임워크 서열은 안정성을 증가시키기 위해 마우스 잔기를 도입하는 하나 이상의 변형을 갖는 변형된 인간 프레임워크 서열이다. 이러한 변형된 인간화 프레임워크는 마우스 및 인간 세포 둘 모두에서 동일한 작제물의 사용을 가능하게 한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 결합 구성원은 서열번호 1 내지 3에 제시된 바와 같은 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및 서열번호 4 내지 6에 제시된 바와 같은 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열을 포함한다.
본 개시내용은 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 대한 결합 특이성을 갖고 프레임워크 서열을 포함하는 결합 구성원을 제공하고 포함한다. 양상에서, 경쇄 프레임워크 서열("VL-FR")은 서열번호 153 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되며, 여기서 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1)은 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되고, 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2)는 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되고, 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3)은 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되고, 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)는 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택된다. 양상에서, 중쇄 프레임워크 서열("VH-FR")은 서열번호 256 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되고, 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1)은 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되고, 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2)는 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되고, 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3)은 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되고, 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)는 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택된다.
본 개시내용은 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1)이 서열번호 153 내지 158로 이루어진 군으로부터 선택되고, 경쇄 프레임워크 2(VL-FR2)가 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되고, 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3)이 서열번호 226 내지 231로 이루어진 군으로부터 선택되고, 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)가 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되고, 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1)이 서열번호 347 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되고, 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2)가 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되고, 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3)이 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되고, 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)가 서열번호 361 내지 362로 이루어진 군으로부터 선택되는, CSPG4에 대한 결합 특이성을 갖는 결합 구성원을 제공하고 포함한다. 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 69 내지 72로 이루어진 군으로부터 선택되고 가변 중쇄 서열은 서열번호 111 내지 114로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 69이고 가변 중쇄 서열은 서열번호 111이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 70이고 가변 중쇄 서열은 서열번호 112이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 71이고 가변 중쇄 서열은 서열번호 113이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 71이고 가변 중쇄 서열은 서열번호 114이다.
본 개시내용은 CSPG4에 대한 결합 특이성을 갖는 폴리펩타이드를 인코딩하는 핵산 서열을 제공하고 포함하며, 여기서 가변 경쇄 서열은 서열번호 67 내지 109로 이루어진 군으로부터 선택되고 가변 중쇄 서열은 서열번호 110 내지 152로 이루어진 군으로부터 선택된다. 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 69 내지 72로 이루어진 군으로부터 선택되고 가변 중쇄 서열은 서열번호 111 내지 114로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 69이고 가변 중쇄 서열은 서열번호 111이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 70이고 가변 중쇄 서열은 서열번호 112이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 71이고 가변 중쇄 서열은 서열번호 113이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 71이고 가변 중쇄 서열은 서열번호 114이다.
양상에서, 핵산 서열은 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1), 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2), 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3) 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 경쇄 가변 서열을 포함하는 폴리펩타이드를 인코딩한다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 69이다. 또 다른 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 70이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 71이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 72이다. 또 다른 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 73이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 74이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 76이다. 또 다른 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 77이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 78이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 79이다. 또 다른 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 80이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 83이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 96이다. 또 다른 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 97이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 102이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 103이다. 또 다른 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 104이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 105이다. 일 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 106이다. 또 다른 양상에서, 가변 경쇄 서열은 서열번호 107이다. 양상에서, 가변 경쇄 서열을 인코딩하는 핵산 서열은 서열번호 110 내지 152로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 서열을 인코딩하는 핵산 서열과 조합될 수 있다.
양상에서, 핵산 서열은 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역 HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1), 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2), 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3); 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 중쇄 서열을 포함하는 폴리펩타이드를 인코딩한다. 일 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 111이다. 또 다른 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 112이다. 일 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 113이다. 일 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 114이다. 또 다른 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 115이다. 일 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 116이다. 일 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 117이다. 또 다른 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 118이다. 일 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 119이다. 일 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 120이다. 또 다른 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 121이다. 일 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 122이다. 일 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 123이다. 또 다른 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 135이다. 일 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 136이다. 일 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 137이다. 또 다른 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 138이다. 일 양상에서, 가변 중쇄 서열은 서열번호 145이다. 양상에서, 가변 중쇄 서열을 인코딩하는 핵산 서열은 서열번호 67 내지 109로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 서열을 인코딩하는 핵산 서열과 조합될 수 있다.
본 개시내용은 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 대한 결합 특이성을 갖는 키메라 항원 수용체("CAR") 및 CAR에 대한 발현 작제물을 제공하고 포함한다. 본 명세서에 제공된 바와 같이, CDR 영역은 상기 기재된 바와 같다.
본 명세서에서 사용된 용어 "키메라 항원 수용체" 또는 "CAR"은 면역 이펙터 세포에서 발현되고 항원에 특이적으로 결합하도록 조작된 인공 T 세포 수용체를 지칭한다. 양상에서, CAR은 엑토도메인, 막관통 도메인 및 엔도도메인을 포함한다. 양상에서, 부가적인 "스페이서" 또는 "힌지 영역"이 CAR에 포함된다. 특정 양상에서, CAR은 엔도도메인 없이 엑토도메인 및 막관통 도메인을 포함할 수 있지만, 본 출원의 더 많은 CAR은 엔도도메인을 포함하고 세포내 신호전달을 제공한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 용어 "엑토도메인"은 CAR의 세포외 부분을 지칭하고 신호 펩타이드, 항원 인식 도메인(예를 들어, 결합 구성원), 및 항원 인식 도메인을 막관통 도메인에 연결하는 스페이서 또는 힌지 영역을 포괄한다. 발현될 때, 신호 펩타이드는 전형적으로 내인성 세포 경로를 사용하여 제거될 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "항원 인식 도메인"은 일반적으로 특별한 암 항원에 특이적인 단일 사슬 가변 단편(scFv)을 포함한다. 일부 양상에서, 동일한 세포에 2개 이상의 CAR이 있는 경우, 제2 CAR은 또 다른 특별한 항원에 특이적인 scFv를 포함할 수 있다.
본 명세서에서 사용된 용어 "단일 사슬 가변 단편" 또는 "scFv"는 VH::VL 이종이량체를 형성하기 위해 공유 연결된 면역글로불린의 중쇄(VH) 및 경쇄(VL) 가변 영역의 융합 단백질이다. 중쇄(VH) 및 경쇄(VL)는 직접 접합되거나; 또는 VH의 N-말단을 VL의 C-말단과 연결하거나, 또는 VH의 C-말단을 VL의 N-말단과 연결하는 펩타이드-인코딩 링커(예를 들어, 10, 15, 20, 25개 아미노산)에 의해 접합된다. 링커에는 일반적으로 유연성을 위한 글리신, 및 용해도를 위한 세린 또는 트레오닌이 풍부하다. 적합하지만, 비제한적인 예는 서열번호 11이다. 불변 영역의 제거 및 링커의 도입에도 불구하고, scFv 단백질은 원래 면역글로불린의 특이성을 보유한다. 단일 사슬 Fv 폴리펩타이드 항체는 문헌[Huston, et al. (Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 85:5879-5883, 1988)]에 기재된 바와 같이 VH- 및 VL-인코딩 서열을 포함하는 핵산으로부터 발현될 수 있다. 또한, 미국 특허 제5,091,513호, 제5,132,405호 및 제4,956,778호; 및 미국 특허 공개 제20050196754호 및 제20050196754호 참조. 적합한 VH 및 VL 인코딩 서열은 상기에서 식별된다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "스페이서" 또는 "힌지 영역"은 추가로 막관통 도메인과 항체 인식 도메인 사이의 짧은 펩타이드 단편인 재조합 단백질의 선택적인 링커 부분이다. 스페이서 또는 힌지 영역은 1 내지 20개의 아미노산일 수 있다. 엑토도메인에 대한 힌지 영역의 예로는 면역글로불린의 CH2CH3 영역, IgG1의 힌지 영역, 및 CD3의 부분을 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "막관통 도메인"은 단백질이 발현될 때 이중층을 적어도 한 번 횡단하는 주로 비극성 아미노산 잔기의 영역이다. 일반적으로, 막관통 도메인은 18 내지 21개의 아미노산 잔기에 의해 인코딩되고 알파 나선 구성을 채택한다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 막관통 도메인은 관련 기술분야에 공지된 임의의 종류일 수 있다. 양상에서, 막관통 도메인은 CD28(유전자 ID:940, 12487), CD3-ζ(유전자 ID:919;12503 CD247), CD4(유전자 ID:920, 12504), CD8(유전자 ID: 924, 12525), CD16(유전자 ID:2214; 14131; Fcgr3), NKp44(유전자 ID:9436, NCR2), NKp46(유전자 ID:9437, 17086, NCR1), 및 NKG2d(유전자 ID:22914;27007 KLRK1)로 이루어진 군으로부터 선택된다. 양상에서, 막관통 도메인은 CD28(유전자 ID:940, 12487) 막관통 도메인이다.
본 명세서에서 사용된 용어 "엔도도메인"은 세포에서 신호 전달을 제공하는 CAR의 세포내 도메인을 지칭한다. 일반적으로, 엔도도메인은 자극 도메인과 선택적으로 공동자극 도메인인 2부분으로 더욱 나뉠 수 있다. 양상에서, 엔도도메인 서열은 CD28(유전자 ID: 940), TNF 수용체 수퍼패밀리 구성원 9(유전자 ID 3604, 예를 들어, 4-1BB 또는 CD137), CD247(유전자 ID 919, CD3-ζ), 2B4(유전자 ID: 51744, CD244), 인터루킨 21(IL-21, 유전자 ID 59067), 조혈 세포 신호 변환인자(HCST, 유전자 ID 10870, 예를 들어, DAP10) 및 막관통 면역 신호전달 어댑터(TYROBP, 유전자 ID 7305; DAP12)로 이루어진 군으로부터 선택된다. 가장 일반적으로 사용되는 엔도도메인 성분은 3개의 ITAM을 함유하고 항원이 결합된 후 NKT 세포로 활성화 신호를 전달하는 CD3-제타이다. 일반적으로 사용되는 또 다른 엔도도메인은 TNF 수용체 수퍼패밀리 구성원 9(유전자 ID 3604, 예를 들어, 4-1BB 또는 CD137) 엔도도메인이다. 다른 적합한 자극 도메인은 2B4(CD244), TNF 수용체 수퍼패밀리 구성원 9(유전자 ID 3604, 예를 들어, 4-1BB 또는 CD137), 인터루킨 21(IL-21, 유전자 ID 59067), 조혈 세포 신호 변환인자(HCST, 유전자 ID 10870, 예를 들어, DAP10) 및 막관통 면역 신호전달 어댑터(TYROBP, 유전자 ID 7305; DAP12)로부터 수득될 수 있다.
본 개시내용은 엑토도메인, 막관통 도메인 서열 및 엔도도메인 서열을 포함하는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 대한 결합 특이성을 갖는, 키메라 항원 수용체("CAR")를 인코딩하는 핵산 발현 작제물 및 이로부터 생성된 CAR 단백질을 제공하고 포함한다. 양상에서, 엑토도메인 가변 경쇄 서열은 서열번호 1 내지 3에 제시된 LCDR1 내지 LCDR3 서열 및 서열번호 4 내지 6에 제시된 HCDR1 내지 HCDR3을 포함한다. 본 명세서에 제공된 바와 같이, 엑토도메인은 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1), 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2), 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3), 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함한다. 본 명세서에 제공된 바와 같이, 엑토도메인은 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1), 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2), 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3), 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함한다. 본 개시내용의 CAR은 서열번호 67 내지 109로 이루어진 군으로부터 선택되는 가변 경쇄 서열 및 서열번호 110 내지 152로 이루어진 군으로부터 선택되는 가변 중쇄 서열을 포함한다. 양상에서, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 폴리펩타이드 서열을 포함한다. 양상에서, 엑토도메인은 서열번호 28의 scFv 폴리펩타이드 서열을 포함한다. 일 양상에서, 엑토도메인은 서열번호 34의 scFv 폴리펩타이드 서열을 포함한다. 일 양상에서, 엑토도메인은 서열번호 46의 scFv 폴리펩타이드 서열을 포함한다. 일 양상에서, 엑토도메인은 서열번호 47의 scFv 폴리펩타이드 서열을 포함한다. 일 양상에서, 엑토도메인은 서열번호 57의 scFv 폴리펩타이드 서열을 포함한다.
엑토도메인, 막관통 도메인 서열 및 엔도도메인 서열을 포함하는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 대한 결합 특이성을 갖는, 키메라 항원 수용체("CAR")를 인코딩하는 핵산 발현 작제물 및 이로부터 생산된 CAR 단백질은 CD28(유전자 ID: 940, 12487), CD3-ζ(유전자 ID: 919;12503 CD247 ), CD4(유전자 ID: 920, 12504), CD8(유전자 ID: 924, 12525), CD16(유전자 ID: 2214; 14131; Fcgr3), NKp44(유전자 ID: 9436, NCR2), NKp46(유전자 ID: 9437, 17086, NCR1) 및 NKG2d(유전자 ID: 22914;27007 KLRK1)로 이루어진 군으로부터 선택되는 막관통 도메인을 포함한다. 일 양상에서, 막관통 도메인은 CD28 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 막관통 도메인은 CD3-ζ 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 막관통 도메인은 CD4 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 막관통 도메인은 CD8 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 막관통 도메인은 CD16 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택된 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 막관통 도메인은 NKp44 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택된 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 막관통 도메인은 NKp46 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택된 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 막관통 도메인은 NKG2d 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택된 scFv 서열로부터 선택된다. 엑토도메인 및 막관통 도메인은 CD28(유전자 ID:940), TNF 수용체 수퍼패밀리 구성원 9(유전자 ID 3604, 예를 들어, 4-1BB 또는 CD137), CD247(유전자 ID 919, CD3-ζ), 2B4(유전자 ID:51744, CD244), 인터루킨 21(IL-21, 유전자 ID 59067), 조혈 세포 신호 변환인자(HCST, 유전자 ID 10870, 예를 들어, DAP10) 및 막관통 면역 신호전달 어댑터(TYROBP, 유전자 ID 7305; DAP12)로 이루어진 군으로부터 선택되는 엔도도메인 서열 중 어느 하나와 조합될 수 있다.
엑토도메인, 막관통 도메인 서열 및 엔도도메인 서열을 포함하는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 대한 결합 특이성을 갖는 키메라 항원 수용체("CAR")를 인코딩하는 핵산 발현 작제물 및 이로부터 생성된 CAR 단백질은 CD28(유전자 ID: 940), TNF 수용체 수퍼패밀리 구성원 9(유전자 ID 3604, 예를 들어, 4-1BB 또는 CD137), CD247(유전자 ID: 919, CD3-ζ), 2B4(유전자 ID:51744, CD244), 인터루킨 21(IL-21, 유전자 ID 59067), 조혈 세포 신호 변환인자(HCST, 유전자 ID 10870, 예를 들어, DAP10) 및 막관통 면역 신호전달 어댑터(TYROBP, 유전자 ID 7305; DAP12)로 이루어지는 군으로부터 선택되는 엔도도메인 서열을 포함한다.
일 양상에서, 엔도도메인은 CD28 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD28 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택된 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 4-1BB 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD28 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 CD247 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD28 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택된 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 2B4 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD28 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 IL-21 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD28 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택된 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 HCST 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD28 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 TYROBP 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD28 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 양상에서, CAR을 인코딩하는 핵산 발현 작제물은 추가로 성장 인자에 대한 적어도 하나의 단백질 코딩 서열, Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 단백질 코딩 서열, 또는 둘 모두를 인코딩하며, 여기서, 각각은 구제역 바이러스(FMDV) 2A 서열 또는 FMDV 2A 관련 시스 작용성 가수분해효소 요소(CHYSEL) 서열에 의해 CAR 코딩 서열로부터 분리된다.
일 양상에서, 엔도도메인은 CD28 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD3-ζ 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택된 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 4-1BB 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD3-ζ 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 CD247 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD3-ζ 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택된 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 CD3-ζ 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD3-ζ 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 IL-21 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD3-ζ 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택된 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 HCST 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD3-ζ 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 TYROBP 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD3-ζ 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 양상에서, CAR을 인코딩하는 핵산 발현 작제물은 추가로 성장 인자에 대한 적어도 하나의 단백질 코딩 서열, Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 단백질 코딩 서열, 또는 둘 모두를 인코딩하며, 여기서, 각각은 구제역 바이러스(FMDV) 2A 서열 또는 FMDV 2A 관련 시스 작용성 가수분해효소 요소(CHYSEL) 서열에 의해 CAR 코딩 서열로부터 분리된다.
일 양상에서, 엔도도메인은 CD28 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD4 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택된 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 4-1BB 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD4 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 CD247 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD4 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택된 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 CD4 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD4 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 IL-21 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD4 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 HCST 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD4 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 TYROBP 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD4 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 양상에서, CAR을 인코딩하는 핵산 발현 작제물은 추가로 성장 인자에 대한 적어도 하나의 단백질 코딩 서열, Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 단백질 코딩 서열, 또는 둘 모두를 인코딩하며, 여기서, 각각은 구제역 바이러스(FMDV) 2A 서열 또는 FMDV 2A 관련 시스 작용성 가수분해효소 요소(CHYSEL) 서열에 의해 CAR 코딩 서열로부터 분리된다.
일 양상에서, 엔도도메인은 CD28 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD8 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 4-1BB 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD8 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 CD247 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD8 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 CD4 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD8 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 IL-21 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD8 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 HCST 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD8 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 TYROBP 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD8 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 양상에서, CAR을 인코딩하는 핵산 발현 작제물은 추가로 성장 인자에 대한 적어도 하나의 단백질 코딩 서열, Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 단백질 코딩 서열, 또는 둘 모두를 인코딩하며, 여기서, 각각은 구제역 바이러스(FMDV) 2A 서열 또는 FMDV 2A 관련 시스 작용성 가수분해효소 요소(CHYSEL) 서열에 의해 CAR 코딩 서열로부터 분리된다.
일 양상에서, 엔도도메인은 CD28 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD16 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 4-1BB 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD16 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 CD247 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD16 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 CD4 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD16 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 IL-21 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD16 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 HCST 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD16 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 TYROBP 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 CD16 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 양상에서, CAR을 인코딩하는 핵산 발현 작제물은 추가로 성장 인자에 대한 적어도 하나의 단백질 코딩 서열, Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 단백질 코딩 서열, 또는 둘 모두를 인코딩하며, 여기서, 각각은 구제역 바이러스(FMDV) 2A 서열 또는 FMDV 2A 관련 시스 작용성 가수분해효소 요소(CHYSEL) 서열에 의해 CAR 코딩 서열로부터 분리된다.
일 양상에서, 엔도도메인은 CD28 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKp44 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 4-1BB 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKp44 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 CD247 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKp44 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 CD4 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKp44 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 IL-21 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKp44 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 HCST 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKp44 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 TYROBP 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKp44 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 양상에서, CAR을 인코딩하는 핵산 발현 작제물은 추가로 성장 인자에 대한 적어도 하나의 단백질 코딩 서열, Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 단백질 코딩 서열, 또는 둘 모두를 인코딩하며, 여기서, 각각은 구제역 바이러스(FMDV) 2A 서열 또는 FMDV 2A 관련 시스 작용성 가수분해효소 요소(CHYSEL) 서열에 의해 CAR 코딩 서열로부터 분리된다.
일 양상에서, 엔도도메인은 CD28 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKp46 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 4-1BB 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKp46 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 CD247 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKp44 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 CD4 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKp46 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 IL-21 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKp46 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 HCST 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKp46 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 TYROBP 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKp46 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 양상에서, CAR을 인코딩하는 핵산 발현 작제물은 추가로 성장 인자에 대한 적어도 하나의 단백질 코딩 서열, Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 단백질 코딩 서열, 또는 둘 모두를 인코딩하며, 여기서, 각각은 구제역 바이러스(FMDV) 2A 서열 또는 FMDV 2A 관련 시스 작용성 가수분해효소 요소(CHYSEL) 서열에 의해 CAR 코딩 서열로부터 분리된다.
일 양상에서, 엔도도메인은 CD28 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKG2d 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 4-1BB 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKG2d 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 CD247 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKG2d 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 CD4 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKG2d 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 IL-21 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKG2d 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 HCST 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKG2d 막관통 도메인이고 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 일 양상에서, 엔도도메인은 TYROBP 엔도도메인이고, 막관통 도메인은 NKG2d 막관통 도메인이고, 엑토도메인은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택된다. 양상에서, CAR을 인코딩하는 핵산 발현 작제물은 추가로 성장 인자에 대한 적어도 하나의 단백질 코딩 서열, Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 단백질 코딩 서열, 또는 둘 모두를 인코딩하며, 여기서, 각각은 구제역 바이러스(FMDV) 2A 서열 또는 FMDV 2A 관련 시스 작용성 가수분해효소 요소(CHYSEL) 서열에 의해 CAR 코딩 서열로부터 분리된다.
본 개시내용은 Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 단백질 코딩 서열을 추가로 포함하는 상기 제공된 바와 같은 키메라 항원 수용체를 인코딩하는 핵산 발현 작제물을 제공하고 포함한다. 또한, CAR, Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 단백질 서열 및 최대 3개의 추가 단백질 코딩 서열을 포함하는 다중단백질(polyprotein)을 인코딩하는 발현 작제물이 제공되고 포함된다. 일 양상에서, Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 단백질 서열 및 최대 3개의 추가 단백질 코딩 서열은 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된다. 일 양상에서, 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱은 구제역 바이러스(FMDV) 2A 서열 또는 관련 시스 작용성 가수분해효소 요소(CHYSEL)이다. 양상에서, Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자는 림프계 인핸서 결합 인자 1(LEF1, 유전자 ID 51176), 베타-카테닌(CTNNB1, 유전자 ID 1499), Smad3(유전자 ID 4088), HNF1 호메오박스(homeobox) A(HNF1A, 유전자 ID: 6927(alt. TCF1)), 전사 인자 7(TCF7, 유전자 ID:6932(alt. TCF1)) 및 TLE 패밀리 구성원 1, 전사 공동억제인자(TLE 1, 유전자 ID 7088))로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 서열로부터 선택되는 엑토도메인, CD28, CD3-ζ, CD4, CD8, CD16, NKp44, NKp46, 및 NKG2d로 이루어진 군으로부터 선택된 막관통 도메인, 및 CD28, 4-1BB, CD3-ζ, 2B4, 인터루킨 21, HCST, 및 TYROBP로 이루어진 군으로부터 선택되는 엔도도메인을 포함하고, 추가로 림프계 인핸서 결합 인자 1, 베타-카테닌, Smad3, HNF1 호메오박스 A, 전사인자 7 및 TLE 패밀리 구성원 1, 전사 공동억제인자로 이루어진 군으로부터 선택되는 Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 단백질 코딩 서열을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD28 막관통 도메인, CD28 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함하고, 여기서, LEF1은 기준 서열(RefSeq) ID 번호: NP_057353.1, NP_001124185.1 및 NP_001124186.1로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD3-ζ 막관통 도메인, CD28 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD4 막관통 도메인, CD28 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD8 막관통 도메인, CD28 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD16 막관통 도메인, CD28 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp44 막관통 도메인, CD28 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp46 막관통 도메인, CD28 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKG2d 막관통 도메인, CD28 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD28 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD3-ζ 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD4 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD8 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD16 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp44 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp46 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKG2d 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD28 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD3-ζ 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD4 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD8 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD16 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp44 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp46 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKG2d 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함한다.
본 개시내용은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택된 scFv 서열로부터 선택되는 엑토도메인, CD28, CD3-ζ, CD4, CD8, CD16, NKp44, NKp46 및 NKG2d로 이루어진 군으로부터 선택되는 막관통 도메인, 및 CD28, 4-1BB, CD3-ζ, 2B4, 인터루킨 21, HCST 및 TYROBP로 이루어진 군으로부터 선택되는 엔도도메인을 포함하고, 추가로 Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 단백질 코딩 서열을 포함하고, 추가로 인터루킨-15(IL-15), 인터루킨-7(IL-7), 인터루킨-12(IL-12), 인터루킨-18(IL-18), 인터루킨-21(IL-21), 인터루킨-27(IL-27), 인터루킨-33(IL-33), 및 이의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 성장 인자에 대한 적어도 하나의 단백질 코딩 서열을 포함하는, 상기 기재된 발현 작제물을 제공하고 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD28 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함하고, 여기서, LEF1은 기준 서열(RefSeq) ID 번호: NP_057353.1, NP_001124185.1, 및 NP_001124186.1, 및 IL-15로 이루어진 군으로부터 선택되고, 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD3-ζ 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD4 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD8 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD16 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp44 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp46 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKG2d 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD28 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD3-ζ 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD4 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD8 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD16 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp44 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp46 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKG2d 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD28 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD3-ζ 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD4 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD8 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD16 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp44 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp46 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKG2d 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다.
일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD28 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1을 포함하고, 여기서, LEF1은 기준 서열(RefSeq) ID 번호: NP_057353.1, NP_001124185.1, 및 NP_001124186.1, 및 IL-21로 이루어진 군으로부터 선택되고, 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD3-ζ 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD4 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD8 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD16 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp44 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp46 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKG2d 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD28 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD3-ζ 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD4 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD8 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD16 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp44 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp46 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKG2d 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD28 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD3-ζ 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD4 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD8 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD16 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp44 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp46 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKG2d 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-21을 포함한다.
일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD3-ζ 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD4 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD8 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD16 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp44 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp46 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKG2d 막관통 도메인, CD28 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD28 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD3-ζ 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD4 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD8 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD16 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp44 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp46 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKG2d 막관통 도메인, 4-1BB 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1 및 IL-15를 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD28 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD3-ζ 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD4 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD8 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, CD16 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp44 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKp46 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다. 일 양상에서, 발현 작제물은 서열번호 28 내지 66으로 이루어진 군으로부터 선택되는 scFv 엑토도메인 서열, NKG2d 막관통 도메인, CD3-ζ 엔도도메인, 및 각각 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리된 LEF1, IL-15 및 IL-21을 포함한다.
또한, 본 개시내용에 의해 포함되고 제공되는 것은, 상기에 제공된 바와 같은 CAR을 인코딩하고 MHC 클래스 I 또는 MHC 클래스 II 유전자를 표적화하는 작은 헤어핀 RNA(shRNA) 서열을 인코딩하는 DNA 서열을 추가로 포함하는 발현 작제물로서, 여기서 shRNA 서열은 인공 마이크로RNA(amiR) 스캐폴드에 내포된다.
본 개시내용은 서열번호 28 내지 65로 이루어진 군으로부터 선택되는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열; 막관통 도메인 서열; 및 엔도도메인 서열을 각각 상기 핵산 발현 작제물에 대해 기재된 바와 같은 것으로 포함하는 키메라 항원 수용체를 포함하고 제공한다. 일 양상에서, 엑토도메인 서열은 서열번호 34, 46, 47 및 57로 이루어진 군으로부터 선택된다. 또 다른 양상에서, 엑토도메인 서열은 서열번호 34를 포함한다. 또 다른 양상에서, 엑토도메인 서열은 서열번호 46을 포함한다. 또 다른 양상에서, 엑토도메인 서열은 서열번호 47을 포함한다. 또 다른 양상에서, 엑토도메인 서열은 서열번호 57을 포함한다. 엑토도메인, 막관통 도메인 및 엔도도메인의 적합한 조합은 상기에 언급된다. 일 양상에서, 본 개시내용은 CD28 막관통 도메인 및 CD28 엔도도메인과 조합으로, 서열번호 28 내지 65로 이루어진 군으로부터 선택되는 엑토도메인 서열을 제공한다. 일 양상에서, 본 개시내용은 CD28 막관통 도메인 및 CD3-ζ 엔도도메인과 조합으로, 서열번호 28 내지 65로 이루어진 군으로부터 선택되는 엑토도메인 서열을 제공한다. 일 양상에서, 본 개시내용은 CD28 막관통 도메인 및 4-1BB 엔도도메인과 조합으로, 서열번호 28 내지 65로 이루어진 군으로부터 선택되는 엑토도메인 서열을 제공한다. 일 양상에서, 본 개시내용은 CD3-ζ 막관통 도메인 및 CD28 엔도도메인과 조합으로, 서열번호 28 내지 65로 이루어진 군으로부터 선택되는 엑토도메인 서열을 제공한다. 일 양상에서, 본 개시내용은 CD3-ζ 막관통 도메인 및 CD3-ζ 엔도도메인과 조합으로, 서열번호 28 내지 65로 이루어진 군으로부터 선택되는 엑토도메인 서열을 제공한다. 일 양상에서, 본 개시내용은 CD3-ζ 막관통 도메인 및 4-1BB 엔도도메인과 조합으로 서열번호 28 내지 65로 이루어진 군으로부터 선택되는 엑토도메인 서열을 제공한다. 일 양상에서, 본 개시내용은 CD4 막관통 도메인 및 CD28 엔도도메인과 조합으로, 서열번호 28 내지 65로 이루어진 군으로부터 선택되는 엑토도메인 서열을 제공한다. 일 양상에서, 본 개시내용은 CD4 막관통 도메인 및 CD3-ζ 엔도도메인과 조합으로, 서열번호 28 내지 65로 이루어진 군으로부터 선택되는 엑토도메인 서열을 제공한다. 일 양상에서, 본 개시내용은 CD4 막관통 도메인 및 4-1BB 엔도도메인과 조합으로, 서열번호 28 내지 65로 이루어진 군으로부터 선택되는 엑토도메인 서열을 제공한다.
본 명세서는 상기 정의된 바와 같은 발현 작제물 및 핵산 서열에 의해 형질전환되거나 형질감염된 숙주 세포를 추가로 제공하고 포함한다. 바람직하게는, 숙주 세포는 하나 이상의 단백질을 발현하기 위해 전사되고 해독되는 외인성 핵산 서열을 도입하도록 유전자 조작된다. 외인성 핵산 서열의 도입은 형질전환, 형질감염 및 형질도입을 포함하는 관련 기술분야에 공지된 방법을 사용하여 수행될 수 있다. 일 양상에서, 숙주 세포는 박테리아이다. 다른 양상에서, 숙주 세포는 자연 살해 T(NKT) 세포, T-세포 및 자연 살해(NK) 세포로부터 선택되는 면역 세포이다. 일 양상에서, 숙주 세포는 T-세포이다. 또 다른 양상에서, 숙주 세포는 NKT 세포이다. 추가 양상에서, 숙주 세포는 I형 NKT 세포이다. 또 다른 양상에서, 숙주 세포는 CD62L 양성 I형 NKT 세포이다. 본 명세서에 제공된 바와 같이, 숙주 세포는 숙주 세포 집단의 일부이다.
본 명세서는 상기에 기재된 바와 같이 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 코딩 서열을 인코딩하는 발현 작제물을 포함하는 유전자 조작된 면역 세포의 대다수를 포함하는 세포 집단을 제공하고 포함한다. 발현 작제물의 특정 조합은 상기에 기재되어 있고 본 명세서에 참고로 포함된다.
본 개시내용의 양상에서, 세포 집단은 자연 살해 T(NKT) 세포, T-세포, 또는 자연 살해(NK) 세포를 포함하는 유전자 조작된 면역 세포를 포함한다. 일 양상에서, 집단 중의 유전자 조작된 면역 세포는 대다수의 CD62L-양성 I형 NKT 세포를 포함한다. 일 양상에서, 집단은 상기 대다수의 세포의 적어도 50%를 구성하는 대다수의 CD62L-양성 I형 NKT 세포를 포함한다.
본 개시내용은 상기에 상세하게 기재된 바와 같은 CAR의 발현을 위한 해당 발현 작제물을 포함하는 면역 세포의 생산 방법을 제공하고 포함한다. 본 명세서에 제공된 바와 같이, 방법은 공여자로부터 PBMC를 단리시키는 단계, PBMC로부터 자연 살해 T(NKT) 세포, T 세포, 또는 자연 살해(NK) 세포를 분리하여 단리된 면역 세포를 제조하는 단계, 및 단리된 면역 세포를 1일 내지 20일 동안 확장시켜, 내인성 T-세포 수용체의 자극 및 공동자극 수용체, 사이토카인 또는 이 둘의 조합에 의한 공동자극에 의해 유전자 조작을 위한 확장된 면역 세포를 제조하는 단계, 및 서열번호 61 내지 109로 이루어진 군으로부터 선택되는 가변 경쇄 및 서열번호 110 내지 152로 이루어진 군으로부터 선택되는 가변 중쇄를 포함하는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물을 도입시키는 단계를 포함한다. 일 양상에서, 유전자 조작을 위한 면역 세포를 제조하는 단계는 PBMC로부터 면역 세포를 항 T 세포, 항-NK 세포, 항-NKT 마이크로비드를 사용하여 분리하는 단계를 추가로 포함한다. 일 양상에서, 자극은 IL-7, IL-12, IL-15, IL-21, TNF-알파 또는 이들의 조합으로부터 선택되는 성장 인자와 함께 배양하는 것을 포함한다. 일 양상에서, 면역 세포는 NKT 세포이다. 추가 양상에서, NKT 세포는 I형 NKT 세포이고, 분리된 NKT 세포를 확장시키는 단계는 I형 NKT 세포를 적어도 aGalCer 및 성장 인자의 존재 하에 적어도 1일 동안 배양하여 유전자 조작을 위한 NKT 세포를 제조하는 것을 포함한다.
일 양상에서, 유전자 조작을 위해 확장된 면역 세포를 제조하기 위해 단리된 면역 세포를 1 내지 20일 동안 확장시키는 배양 기간은 유전자 조작을 위해 유전자 조작된 NKT 세포의 집단을 제조하기 위한 1 내지 2일, 1 내지 3일, 1 내지 4일, 1 내지 5일, 1 내지 6일, 1 내지 7일, 1 내지 8일, 1 내지 9일, 1 내지 10일, 1 내지 11일, 1 내지 12일, 1 내지 13일, 1 내지 14일, 1 내지 15일, 1 내지 16일, 1 내지 17일, 1 내지 18일, 1 내지 19일, 1 내지 20일, 2 내지 3일, 2 내지 4일, 2 내지 5일, 2 내지 6일, 2 내지 7일, 2 내지 8일, 2 내지 9일, 2 내지 10일, 2 내지 11일, 2 내지 12일, 2 내지 13일, 2 내지 14일, 2 내지 15일, 2 내지 16일, 2 내지 17일, 2 내지 18일, 2 내지 19일, 2 내지 20일, 3 내지 4일, 3 내지 5일, 3 내지 6일, 3 내지 7일, 3 내지 8일, 3 내지 9일, 3 내지 10일, 3 내지 11일, 3 내지 12일, 3 내지 13일, 3 내지 14일, 3 내지 15일, 3 내지 16일, 3 내지 17일, 3 내지 18일, 3 내지 19일, 3 내지 20일, 4 내지 5일, 4 내지 6일, 4 내지 7일, 4 내지 8일, 4 내지 9일, 4 내지 10일, 4 내지 11일, 4 내지 12일, 4 내지 13일, 4 내지 14일, 4 내지 15일, 4 내지 16일, 4 내지 17일, 4 내지 18일, 4 내지 19일, 4 내지 20일, 5 내지 6일, 5 내지 7일, 5 내지 8일, 5 내지 9일, 5 내지 10일, 5 내지 11일, 5 내지 12일, 5 내지 13일, 5 내지 14일, 5 내지 15일, 5 내지 16일, 5 내지 17일, 5 내지 18일, 5 내지 19일, 5 내지 20일, 6 내지 7일, 6 내지 8일, 6 내지 9일, 6 내지 10일, 6 내지 11일, 6 내지 12일, 6 내지 13일, 6 내지 14일, 6 내지 15일, 6 내지 16일, 6 내지 17일, 6 내지 18일, 6 내지 19일, 6 내지 20일, 7 내지 8일, 7 내지 9일, 7 내지 10일, 7 내지 11일, 7 내지 12일, 7 내지 13일, 7 내지 14일, 7 내지 15일, 7 내지 16일, 7 내지 17일, 7 내지 18일, 7 내지 19일, 7 내지 20일, 8 내지 9일, 8 내지 10일, 8 내지 11일, 8 내지 12일, 8 내지 13일, 8 내지 14일, 8 내지 15일, 8 내지 16일, 8 내지 17일, 8 내지 18일, 8 내지 19일, 8 내지 20일, 9 내지 10일, 9 내지 11일, 9 내지 12일, 9 내지 13일, 9 내지 14일, 9 내지 15일, 9 내지 16일, 9 내지 17일, 9 내지 18일, 9 내지 19일, 9 내지 20일, 10 내지 11일, 10 내지 12일, 10 내지 13일, 10 내지 14일, 10 내지 15일, 10 내지 16일, 10 내지 17일, 10 내지 18일, 10 내지 19일, 10 내지 20일, 11 내지 12일, 11 내지 13일, 11 내지 14일, 11 내지 15일, 11 내지 16일, 11 내지 17일, 11 내지 18일, 11 내지 19일, 11 내지 20일, 12 내지 13일, 12 내지 14일, 12 내지 15일, 12 내지 16일, 12 내지 17일, 12 내지 18일, 12 내지 19일, 12 내지 20일, 13 내지 14일, 13 내지 15일, 13 내지 16일, 13 내지 17일, 13 내지 18일, 13 내지 19일, 13 내지 20일, 14 내지 15일, 14 내지 16일, 14 내지 17일, 14 내지 18일, 14 내지 19일, 14 내지 20일, 15 내지 16일, 15 내지 17일, 15 내지 18일, 15 내지 19일, 15 내지 20일, 16 내지 17일, 16 내지 18일, 16 내지 19일, 16 내지 20일, 17 내지 18일, 17 내지 19일, 17 내지 20일, 18 내지 19일, 18 내지 20일, 또는 19 내지 20일 동안이다. 일 양상에서, CAR의 발현을 위한 해당 발현 작제물을 포함하는 면역 세포의 생산 방법에 사용하기 위한 단리된 면역 세포는 T 세포이다. 또 다른 양상에서, 단리된 면역 세포는 NK 세포이다. 일 양상에서, 단리된 면역 세포는 I형 NKT 세포이다. 추가 양상에서, 확장된 면역 세포는 CD62L 양성 I형 NKT 세포이다. 본 명세서에 제공된 바와 같이, 면역 세포를 생산하기 위한 방법은 I형 NKT 세포인 면역 세포를 단리시키는 단계 및 적어도 aGalCer, IL-2 및 IL-21의 존재 하에 배양함으로써 I형 NKT 세포를 확장시키는 단계를 포함한다. 상기 제공된 바와 같이, 발현 작제물은 외인성 성장 인자의 발현을 추가로 포함할 수 있다. 또 다른 양상에서, 발현 작제물은 Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자를 포함한다. 또한, MHC 클래스 I 또는 MHC 클래스 II 유전자를 표적으로 하는 작은 헤어핀 RNA(shRNA) 서열을 인코딩하는 DNA 서열의 부가가 포함되고 제공되며, 여기서 shRNA 서열은 인공 마이크로RNA(amiR) 스캐폴드에 내포된다. 양상에서, 단백질 코딩 서열은 구제역 바이러스(FMDV) 2A 서열 또는 FMDV 2A 관련 시스 작용성 가수분해효소 요소(CHYSEL) 서열에 의해 분리될 수 있다.
본 개시내용은 개체에서 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4) 양성 세포를 저해하는 방법으로서, 이 세포를 치료 유효량의 유전자 조작된 면역 세포와 접촉시키는 단계를 포함하는 방법을 제공하고 포함하며, 여기서 상기 면역 세포는 막관통 도메인 서열, 엔도도메인 서열 및 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR)를 포함하고, 상기 항체 또는 항원 결합 단편은 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1), 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2), 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3), 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열, 및 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1), 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2), 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3), 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함한다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 개체에서 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4) 양성 세포를 저해하는 것은 증식 저해, 활성 저해, 또는 이 둘 모두의 조합을 포함한다.
본 개시내용에 따른 양상에서, 개체에서 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4) 양성 세포를 저해하는 방법은 자연 살해 T(NKT) 세포, T-세포, 또는 자연 살해(NK) 세포인 유전자 조작된 면역 세포를 포함한다. 일 양상에서, 유전자 조작된 면역 세포는 T-세포이다. 또 다른 양상에서, 유전자 조작된 면역 세포는 NKT 세포이다. 또 다른 양상에서, NKT 세포는 I형 NKT 세포이다. 추가 양상에서, I형 NKT 세포는 CD62L-양성 I형 NKT 세포이다. 양상에서, 유전자 조작된 I형 NKT 세포는 대다수의 상기 유전자 조작된 면역 세포를 포함한다. 추가 양상에서, 유전자 조작된 I형 NKT 세포는 대다수의 CD62L-양성 I형 NKT 세포를 포함한다.
본 개시내용은 암을 치료하는 방법으로서, 막관통 도메인 서열, 엔도도메인 서열 및 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열을 포함하는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 키메라 항원 수용체(CAR)를 포함하는 유전자 조작된 면역 세포를 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고 포함하며, 여기서 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1), 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2), 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3), 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열, 및 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1), 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2), 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3), 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함한다.
본 명세서에는 CPSPG4를 발현하는 암을 치료하는 방법이 제공된다. 일 양상에서, 이 방법은 흑색종, 전이성 흑색종 질환 교모세포종, 역형성 갑상선암, 연조직 육종, 신경아교종 및 백혈병으로 이루어진 군으로부터 선택되는 암을 치료하는 방법을 제공한다. 일 양상에서, 본 개시내용의 방법을 사용하여 치료하기 위한 암은 표재성 확산 흑색종, 악성 흑자점, 악성 흑자 흑색종, 말단 흑자성 흑색종 또는 결절성 흑색종으로부터 선택되는 전이성 흑색종 질환이다. 일 양상에서, 상기 방법은 평활근육종, 역분화 지방육종, 미분화 다형성 육종(UPS), 악성 섬유성 조직구종, 고급 방추 세포 육종, 점액섬유육종, 악성 말초 신경초 종양(MPNST), 및 윤활막 육종으로부터 선택되는 연조직 육종을 치료하는 것을 제공한다. PMID: 32900797 참조. 일 양상에서, 개시된 방법을 사용하여 치료하기 위한 암은 교모세포종이다. PMID:34113233 참조. 또 다른 양상에서, 방법은 역형성 갑상선암을 치료하는 방법을 제공한다. PMID:34078123 참조. 제71항에 따른 방법에서, 상기 암은 신경아교종, 성상세포종 또는 핍지교종이다. PMID:32599896 참조. 일 양상에서, 개시된 방법을 사용하여 치료하기 위한 암은 B-세포 전구체 백혈병 및 MLL-전위 백혈병을 포함하나, 이에 제한되지 않는 백혈병이다. PMID:31195686 참조.
본 개시내용은 본 명세서에 개시된 유전자 조작된 면역 세포의 치료량을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여함으로써 CPSPG4를 발현하는 암을 치료하는 것을 제공하고 포함한다. 일 양상에서, 유전자 조작된 면역 세포는 자연 살해 T(NKT) 세포, T-세포 또는 자연 살해(NK) 세포이다. 일 양상에서, 유전자 조작된 면역 세포는 T-세포이다. 또 다른 양상에서, 유전자 조작된 면역 세포는 NKT 세포이다. 추가 양상에서, 유전자 조작된 NKT 세포는 I형 NKT 세포이다. 또 다른 추가 양상에서, 유전자 조작된 I형 NKT 세포는 CD62L-양성 I형 NKT 세포이다. 특정 양상에서, 유전자 조작된 I형 NKT 세포는 대다수의 상기 유전자 조작된 면역 세포를 포함한다. 특정 양상에서, 유전자 조작된 I형 NKT 세포는 대다수의 상기 유전자 조작된 CD62L-양성 I형 NKT 세포를 포함한다.
본 개시내용은 상기 기재된 바와 같은 발현 벡터, 숙주 세포 또는 이의 조합을 포함하는 키트를 제공하고 포함한다. 일 양상에서, 키트는 막관통 도메인 서열, 엔도도메인 서열 및 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 갖는 벡터 또는 세포를 포함하고, 상기 상기 항체 또는 항원 결합 단편은 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1), 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2), 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3), 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열, 및 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1), 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2), 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3), 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함한다.
본 개시내용은 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하고 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1); 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2); 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3); 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4); 및 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1); 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2);, 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3); 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열; 막관통 도메인 서열; 및 엔도도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 코딩 서열을 발현하는 NKT 세포에서 NKT 세포 확장 가능성을 유지하는 방법을 제공하고 포함하며, 상기 방법은 Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자를 포함하는 단백질 코딩 서열을 발현하는 단계, 및 상기 조작된 NKT 세포를 배양하여 지속적인 확장 가능성을 갖는 유전자 조작된 NKT 세포 집단을 제조하는 단계를 포함한다.
특정 양상에서, 본 개시내용에 따른 지속적인 확장 가능성을 갖는 유전자 조작된 NKT 세포의 집단은 총 세포 집단의 적어도 10%, 적어도 15%, 적어도 20%, 적어도 25%, 적어도 30%, 적어도 35%, 적어도 40%, 적어도 45%, 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90% 또는 적어도 95%를 구성한다. 특정 양상에서, 본 개시내용에 따라 지속적인 확장 가능성을 갖는 유전자 조작된 NKT 세포의 집단은 적어도 10% 내지 최대 80%, 10% 내지 90%, 10% 내지 95%, 10% 내지 98%, 10% 내지 99%, 및 최대 100%를 포함하며, 여기서 비-조작된 NKT 세포는 총 집단의 99.9% 미만을 구성한다. 양상에서, 본 개시내용에 따른 지속적인 확장 가능성을 갖는 유전자 조작된 NKT 세포의 집단은 총 세포 집단의 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90% 또는 적어도 95%를 구성한다. 특정 양상에서, 본 개시내용에 따른 지속적인 확장 가능성을 갖는 유전자 조작된 NKT 세포의 집단은 적어도 50% 내지 최대 70%, 50% 내지 최대 80%, 50% 내지 90%, 50% 내지 95%, 50% 내지 98%, 50% 내지 99%, 및 최대 100%를 구성하고, 여기서, 비-조작된 NKT 세포는 총 집단의 99.9% 미만을 구성한다. 양상에서, 조작된 NKT 세포는 CAR을 추가로 발현한다. 다른 양상에서, 조작된 NKT 세포는 CAR 및 외인성 성장 인자를 발현한다.
특정 양상에서, 본 개시내용에 따른 지속적인 확장 가능성을 갖는 유전자 조작된 NKT 세포의 집단은 적어도 50%, 적어도 55%, 적어도 60%, 적어도 65%, 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 또는 적어도 95% CD62L(+) NKT 세포를 포함한다. 특정 양상에서, 본 개시내용에 따라 지속적인 확장 가능성을 갖는 유전자 조작된 NKT 세포의 집단은 50% 내지 55%, 50% 내지 60%, 약 50% 내지 65%, 50% 내지 70%, 50% 내지 75%, 50% 내지 80%, 50% 내지 85%, 50% 내지 90%, 50% 내지 95%, 50% 내지 100%, 55% 내지 60%, 55% 내지 65%, 55% 내지 70%, 55% 내지 75%, 55% 내지 80%, 55% 내지 85%, 55% 내지 90%, 55% 내지 95%, 55% 내지 100%, 60% 내지 65%, 60% 내지 70%, 60% 내지 75%, 60% 내지 80%, 60% 내지 85%, 60% 내지 90%, 60% 내지 95%, 60% 내지 100%, 65% 내지 70%, 65% 내지 75%, 65% 내지 80%, 65% 내지 85%, 65% 내지 90%, 65% 내지 95%, 65% 내지 100%, 70% 내지 75%, 70% 내지 80%, 70% 내지 85%, 70% 내지 90%, 70% 내지 95%, 70% 내지 100%, 75% 내지 80%, 75% 내지 85%, 75% 내지 90%, 75% 내지 95%, 75% 내지 100%, 80% 내지 85%, 80% 내지 90%, 80% 내지 95%, 80% 내지 100%, 85% 내지 90%, 85% 내지 95%, 85% 내지 100%, 90% 내지 95%, 90% 내지 100% 또는 95% 내지 100% CD62L(+) NKT 세포를 포함한다. 특정 양상에서, 본 개시내용에 따라 지속적인 확장 가능성을 갖는 유전자 조작된 NKT 세포의 집단은 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100% CD62L(+) NKT 세포를 포함한다. 양상에서, 조작된 CD62L(+) NKT 세포는 CAR을 추가로 발현한다. 다른 양상에서, 조작된 CD62L(+) NKT 세포는 CAR 및 외인성 성장 인자를 발현한다.
본 개시내용은 Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자를 포함하는 적어도 단백질 코딩 서열을 발현하도록 NKT 세포를 조작하는 단계 및 조작된 NKT 세포를 배양하여 지속적인 확장 가능성을 갖는 유전자 조작된 NKT 세포의 집단을 제조하는 단계를 포함하고, 여기서, 상기 조작된 NKT 세포는 일정 기간 동안 배양되는 것인, NKT 세포 확장 가능성을 유지하는 방법을 제공하고 포함한다.
양상에서, NKT 세포를 조작하는 단계를 포함하는 NKT 세포 확장 가능성을 유지하는 방법은 지속적인 확장 가능성을 갖는 유전자 조작된 NKT 세포의 집단으로부터 원하는 세포를 분리하는 단계를 추가로 포함한다. 양상에서, 이 방법은 조작된 NKT 세포를 CD62L의 발현에 의해 분리하여 CD62L(+) 유전자 조작된 NKT 세포의 선택된 집단을 생성하는 단계를 추가로 포함한다. 양상에서, 이 방법은 조작된 NKT 세포를 4-1BB의 발현에 의해 분리하여 4-1BB(+) 유전자 조작된 NKT 세포의 선택된 집단을 생성하는 단계를 추가로 포함한다.
본 개시내용의 NKT 세포 확장 가능성을 유지하는 방법은 인간화된 NSG 마우스에서 신경아세포종 이종이식편 내로 침투하면, 생체내 지속성을 나타내는 지속적인 확장 가능성을 갖는 유전자 조작된 NKT 세포의 집단을 제공하고 포함한다.
본 개시내용은 Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자를 포함하는 단백질 코딩 서열을 적어도 발현하도록 NKT 세포를 조작하는 단계 및 조작된 NKT 세포를 배양하여, 유전자 조작된 NKT 세포가 총 세포 집단의 10%를 초과하는 CD62L(+) NKT 세포를 포함하는 세포 집단을 생성하는 단계를 포함하는, NKT 세포 고갈을 감소시키는 방법을 제공하고 포함한다. 양상에서, 지속적인 확장 가능성을 갖는 유전자 조작된 CD62L(+) NKT 세포의 10% 이상의 집단은 I형 NKT 세포를 포함한다. 양상에서, 총 집단은 I형 NKT 세포, II형 NKT 세포, 방사선조사된 PBMC 세포, 비-NKT 세포 및 비-조작된 세포를 포함한다. 양상에서, 조작된 CD62L(+) NKT 세포는 CAR을 추가로 발현한다. 다른 양상에서, 조작된 CD62L(+) NKT 세포는 CAR 및 외인성 성장 인자를 발현한다.
본 개시내용은 scFv의 마우스 모델에서 강직성 신호전달을 감소시키는 방법으로서, CAR의 일부로서 마우스 면역 세포에서 발현될 때 강직성 신호전달을 갖는 scFv를 식별하는 단계; 상기 scFv의 구조 모델을 생성하고 전산적 돌연변이유발을 수행하여 일련의 돌연변이유발된 scFv를 제조하는 단계; 상기 돌연변이유발된 scFv의 자유 에너지를 계산하는 단계; 상기 돌연변이유발된 scFv를 프레임워크 1.4(FW1.4)를 포함하는 인간화 scFv에 정렬하여 중대한 뮤린 잔기를 식별하는 단계; 및 하나 이상의 인간 대 마우스 잔기 변화를 도입시켜 상기 scFv의 안정성을 증가시키고 마우스 모델에 사용하기 위한 변형된 인간화 scFv를 제조하는 단계를 포함하는 방법을 제공하고 포함한다. 일 양상에서, 방법은 서열번호 7 내지 10의 경쇄 프레임워크 영역(VL-FR) 1 내지 4, 서열번호 11의 링커 영역, 또는 서열번호 12 내지 15의 중쇄 프레임워크 영역(VH-FR) 1 내지 4 중 적어도 하나를 포함하는 변형된 인간화 FW1.4를 포함한다. 일 양상에서, 변형된 인간화 scFv는 서열번호 16 내지 27로 이루어진 군으로부터 선택되는 변형된 FR 영역을 포함한다. 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 강직성 신호전달은 INFγ와 같은 사이토카인의 자발적인 방출에 의해 측정된다. 본 개시내용에 따른 양상에서, CAR의 일부로서 scFv에서 마우스 모델의 강직성 신호전달을 감소시키는 방법은 동일한 배양 조건 하에 비-CAR 함유 세포에 의한 INFγ 방출 수준과 구별할 수 없는 INFγ 수준을 초래한다. 다른 양상에서, 강직성 신호전달은 CAR의 일부인 비-돌연변이된 scFv에 비해 적어도 2배 감소된다. 또 다른 양상에서, 강직성 신호전달은 CAR의 일부인 비-돌연변이된 scFv에 비해 적어도 5배 감소된다. 또 다른 양상에서, 강직성 신호전달은 CAR의 일부인 비-돌연변이된 scFv에 비해 적어도 10배 감소된다. 또 다른 양상에서, 강직성 신호전달은 CAR의 일부인 비-돌연변이된 scFv에 비해 적어도 50배 감소된다. 양상에서, 강직성 신호전달은 CAR의 일부인 비-돌연변이된 scFv에 비해 100배 감소된다. 일 양상에서, 강직성 신호전달은 CAR의 일부인 비-돌연변이된 scFv에 비해 10 내지 100배 감소된다. 일 양상에서, 강직성 신호전달은 CAR의 일부인 비-돌연변이된 scFv에 비해 5 내지 50배 감소된다. 일 양상에서, 강직성 신호전달은 CAR의 일부인 비-돌연변이된 scFv에 비해 10 내지 200배 감소된다. 다른 양상에서, INFγ의 자발적 방출에 의해 측정된 강직성 신호전달은 감소되며, 여기서 INFγ의 수준은 200 pg/ml/5×105개 세포 미만이다. 다른 양상에서, INFγ의 자발적 방출에 의해 측정된 강직성 신호전달은 감소되며, 여기서 INFγ의 수준은 100 pg/ml/5×105개 세포 미만이다. 다른 양상에서, INFγ의 자발적 방출에 의해 측정되는 것으로서, 강직성 신호전달은 감소되며, 여기서 INFγ의 수준은 10 pg/ml/5×105개 세포 미만이다. 양상에서, 본 개시내용에 따라 CAR의 일부로서 scFv의 돌연변이 후 강직성 신호전달의 수준은 INFγ의 검출 수준이거나 그 수준 부근이다. 양상에서, 강직성 신호전달이 감소된 면역 세포는 지속적인 확장 가능성 및 증가된 기능성을 갖는다. 양상에서, 감소된 강직성 신호전달을 갖는 면역 세포는 지속적인 확장 가능성, 감소된 면역 세포 고갈 및 개선된 생체내 항종양 효과를 갖는다.
본 명세서에 의해 제공된 바와 같이, 마우스 모델에서 강직성 신호전달을 감소시키는 방법은 마우스 면역 세포가 자연 살해 T(NKT) 세포, T-세포 또는 자연 살해(NK) 세포인 것을 포함한다. 일 양상에서, 마우스 면역 세포는 T-세포이다. 또 다른 양상에서, 마우스 면역 세포는 NKT 세포이다. 추가 양상에서, NKT 세포는 I형 NKT 세포이다. 또 다른 양상에서, NKT 세포는 CD62L-양성 I형 NKT 세포이다.
달리 정의되지 않는 한, 본 명세서에서 사용된 모든 기술 및 과학 용어는 본 발명이 속하는 기술 분야의 기술자에 의해 일반적으로 이해되는 의미를 갖는다. 다음 참고문헌은 본 발명에 사용된 많은 용어의 일반적인 정의를 기술자에게 제공한다: Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology(2nd ed. 1994); The Cambridge Dictionary of Science and Technology(Walker ed., 1988); The Glossary of Genetics, 5th Ed., R. Rieger et al.(eds.), Springer Verlag(1991); 및 Hale & Marham, The Harper Collins Dictionary of Biology(1991). 본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 다음 용어는 달리 명시되지 않는 한, 이하에 부여된 의미를 갖는다.
용어 "포함하다(comprise)", "포함하는(comprising)", "포함하다(include)", "포함하는(including)", "갖는" 및 이들의 활용어는 "포함하지만, 이에 제한되지 않는"을 의미한다. 용어 "이루어지는"은 "포함하고 제한되는"을 의미한다. 용어 "본질적으로 이루어지는"은 조성물, 방법 또는 구조가 부가적인 성분, 단계 및/또는 부분을 포함할 수 있지만, 부가적인 성분, 단계 및/또는 부분이 청구된 조성물, 방법 또는 구조의 기본적이고 신규한 특성을 실질적으로 변경하지 않는 경우만을 의미한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 단수형 표현은 문맥상 명백하게 달리 지시하지 않는 한 복수의 지시대상을 포함한다. 예를 들어, 용어 "세포" 또는 "적어도 하나의 세포"는 이들의 혼합물을 포함하는 복수의 세포를 포함할 수 있다.
본 출원 전반에 걸쳐, 본 개시내용의 다양한 실시형태가 범위 형식으로 제시될 수 있다. 범위 형식의 설명은 단지 편의성 및 간결함을 위한 것이며 본 개시내용의 범위에 대한 융통성 없는 제한으로 해석되어서는 안 됨을 이해해야 한다. 따라서, 범위에 대한 설명은 모든 가능한 하위범위, 뿐만 아니라 해당 범위 내의 개별 수치 값을 구체적으로 개시한 것으로 간주되어야 한다. 예를 들어, 1 내지 6과 같은 범위의 설명은 1 내지 3, 1 내지 4, 1 내지 5, 2 내지 4, 2 내지 6, 3 내지 6 등과 같은 하위범위, 뿐만 아니라, 1, 2, 3, 4, 5 및 6과 같이 해당 범위 내의 개별 숫자를 구체적으로 개시한 것으로 간주되어야 한다. 이는 범위의 폭에 관계없이 적용된다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, 용어 "방법"은 주어진 과제를 달성하기 위한 방식, 수단, 기술 및 절차를 지칭하며, 예를 들어, 비제한적으로, 화학, 약리학, 생물학, 생화학 및 의학 분야의 실무자에게 공지되거나, 그에 의해 공지된 방식, 수단, 기술 및 절차에 의해 쉽게 개발되는 방식, 수단, 기술 및 절차를 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "치료"는 치료 중인 개체 또는 세포의 질병 과정을 변경하려는 시도의 임상적 개입을 지칭하며, 예방을 위해 또는 임상 병리의 과정 동안 수행될 수 있다. 치료의 치료요법적 효과로는 질병의 발생 또는 재발 방지, 증상의 완화, 질병의 임의의 직접 또는 간접적인 병리학적 결과의 축소, 전이 예방, 질병 진행 속도의 감소, 질병 상태의 호전 또는 완화, 경감 또는 개선된 예후를 포함하지만, 이에 제한되지는 않는다. 질환 또는 장애의 진행을 예방함으로써, 치료는 영향을 받거나 진단을 받은 대상체 또는 장애가 있는 것으로 의심되는 대상체의 장애로 인한 악화를 예방할 수 있지만, 또한 치료는 장애의 위험이 있거나 장애가 있는 것으로 의심되는 대상체에서 장애의 발병 또는 장애의 증상을 예방할 수 있다.
본 발명의 방법에 유용한 핵산 분자는 본 발명의 폴리펩타이드 또는 이의 단편을 인코딩하는 임의의 핵산 분자를 포함한다. 이러한 핵산 분자는 내인성 핵산 서열과 100% 동일할 필요는 없지만, 언급된 서열과 동일한 폴리펩타이드를 인코딩할 것이다.
용어 "대상체", "개체" 및 "환자"는 본 명세서에서 호환 가능하게 사용되며, 제한 없이, 포유동물, 바람직하게는 인간 및 비인간 영장류, 예컨대 마우스, 랫트 및 기니피그와 같은 설치류를 포함하는 실험실 동물을 포함한 기타 영장류를 포함하는 임의의 척추동물 대상체를 지칭한다. 이 용어는 특별한 연령을 나타내지 않는다. 따라서, 성인 및 신생 개체가 모두 커버되는 것으로 의도된다.
"유효량"은 치료 효과를 갖기에 충분한 양을 의미한다. 일 실시양태에서, "유효량"은 신생물의 지속적인 증식, 성장 또는 전이(예를 들어, 침입 또는 이동)를 정지, 호전 또는 저해하기에 충분한 양이다.
"단리된", "정제된" 또는 "생물학적으로 순수한"이라는 용어는 천연 상태에서 발견될 때 일반적으로 수반되는 성분이 다양한 정도로 없는 물질을 지칭한다. "단리"는 원래 공급원 또는 주변으로부터의 분리 정도를 나타낸다. "정제"는 단리보다 더 높은 분리 정도를 나타낸다. "정제된" 또는 "생물학적으로 순수한" 단백질은 임의의 불순물이 단백질의 생물학적 특성에 실질적으로 영향을 미치지 않거나 다른 불리한 결과를 유발하지 않도록 다른 물질이 충분히 없는 것이다. 즉, 본 발명의 핵산 또는 펩타이드는 재조합 DNA 기술에 의해 생산될 때 세포 물질, 바이러스 물질 또는 배양 배지가 실질적으로 없거나, 또는 화학적으로 합성될 때 화학적 전구체 또는 다른 화학물질이 실질적으로 없다면, 정제된 것이다. 순도 및 균질성은 전형적으로 분석 화학 기술, 예를 들어 폴리아크릴아마이드 겔 전기영동 또는 고성능 액체 크로마토그래피를 사용하여 결정된다. 용어 "정제된"은 핵산 또는 단백질이 전기영동 겔에서 본질적으로 하나의 밴드를 발생하는 것을 나타낼 수 있다. 예를 들어, 인산화 또는 글리코실화와 같은 변형으로 처리될 수 있는 단백질의 경우, 상이한 변형은 별도로 정제될 수 있는 상이한 단리된 단백질을 생성할 수 있다.
본 명세서에서 사용된 용어 "작동가능하게 연결된"은 생체분자와 연관된 생물학적 기능, 활성 및/또는 구조가 적어도 유지되도록 하는 2개 이상의 생체분자의 연결을 의미한다. 폴리펩타이드와 관련하여, 이 용어는 2개 이상의 폴리펩타이드의 연결이 각 폴리펩타이드 성분의 각각의 개별 활성 중 적어도 일부를 유지하는 융합 폴리펩타이드를 초래한다는 것을 의미한다. 2개 이상의 폴리펩타이드는 직접 또는 링커를 통해 연결될 수 있다. 핵산과 관련하여, 이 용어는 제1 폴리뉴클레오타이드가 적절한 분자(예를 들어, 전사 활성인자 단백질)가 제2 폴리뉴클레오타이드에 결합될 때 제1 폴리뉴클레오타이드의 전사를 지시하는 제2 폴리뉴클레오타이드에 인접하게 위치한다는 것을 의미한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "세포 집단"은 복수의 세포를 지칭하며, 상이한 세포 유형의 혼합물, 뿐만 아니라 균질 집단을 추가로 포함할 수 있다.
용어 "인식하다"는 표적에 선택적으로 결합함을 의미한다. 세포를 인식하는 면역 세포는 전형적으로 세포에 의해 발현되는 항원에 결합하는 수용체를 발현한다. 본 개시내용에 따른 양상에서 면역 세포는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 CAR을 발현한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드"는 다중단백질을 별도의 단백질로 프로세스하기 위한 프로테이나제의 필요성을 회피하는 18개 아미노산의 작은 펩타이드이다. 구제역 바이러스에서 처음 발견된 이 펩타이드는 두 단백질 사이의 링커로서 도입될 때 다중단백질의 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱을 제공한다. 피코나비라대(pircornaviradae)의 다른 구성원에서도 유사한 서열이 식별되었다. 문헌[de Felipe, "Skiping the co-expression problem: the new 2A 'CHYSEL' technology," Genetic Vaccines and Therapy 2:13(2004)] 참조.
본 명세서에서 사용된, 용어 "조작"은 하나 이상의 외인성 핵산 서열을 도입하기 위한 세포의 유전자 변형을 지칭한다. 바람직하게는, 조작은 단백질을 발현하기 위해 전사 및 해독되는 외인성 핵산 서열을 도입시켰다. 외인성 핵산 서열의 도입은 형질전환, 형질감염 및 형질도입을 포함하는 관련 기술분야에 공지된 방법을 사용하여 수행될 수 있다.
본 명세서에서 사용된, 용어 "Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자"는 일반적으로 세포에서 외인성으로 발현될 때 Wnt/β-카테닌 신호전달 경로의 하류 유전자를 활성화시키는 단백질을 지칭한다. Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자는 LEF1과 같은 Wnt 신호전달의 양성 조절인자의 발현 및 GSK3β와 같은 음성 조절인자의 저해를 포함한다. 또한, Wnt 신호전달의 전사 활성인자에는 문헌[Blagodatski et al., "Small Molecule Wnt Pathway Modulators from Natural Sources: History, State of the Art and Perspectives," Cells 9:589 (2020) 및 Verkaar et al., "Discovery of Novel Small Molecule Activators of β-catenin Signaling," PLoS ONE 6(4): e19185 (2011)]에 기재된 것을 포함하지만, 이에 제한되지 않는 소분자 활성인자가 포함되고, Wnt 신호전달의 음성 조절인자의 저해제, 예컨대, TWS119[Ding et al., Synthetic small molecules that control stem cell fate," PNAS 100(13):7632-7 (2003) 참조]를 포함한다.
본 명세서에서 사용되는 바와 같이, "성장 인자를 발현한다"라는 어구는 일반적으로 이종 프로모터의 제어 하에, 및 보다 일반적으로는 CHYSEL 서열의 하류에서 다중단백질의 일부로서 하나 이상의 성장 인자의 외인성 발현을 지칭한다.
본 개시내용은 특정 실시형태를 참조하여 설명했지만, 본 기술분야의 기술자는 다양한 변경이 이루어질 수 있고, 본 개시내용의 범위를 벗어남이 없이 특정 상황에 맞게 조정하기 위해 그 구성요소에 대한 등가물이 치환될 수 있음을 이해할 것이다. 따라서, 본 개시내용은 본 개시내용을 수행하기 위해 고려되는 최선의 양식으로서 개시된 특정 실시형태에 제한되지 않고, 본 개시내용은 첨부된 청구항의 범위 및 사상 내에 있는 모든 실시형태를 포함하는 것으로 의도된다.
본 명세서에서 인용된 모든 참고문헌은 그 전체가 참고로 포함된다.
실시형태:
실시형태 1: 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 대한 결합 특이성을 갖는 결합 구성원으로서, 상기 결합 구성원은 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1); 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2); 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3); 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열, 및 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1); 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2); 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3); 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는, CSPG4에 대한 결합 특이성을 갖는 결합 구성원.
실시형태 2: 실시형태 1에 있어서, 상기 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1)은 서열번호 153 내지 158로 이루어진 군으로부터 선택되고; 상기 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2)는 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되고; 상기 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3)은 서열번호 226 내지 231로 이루어진 군으로부터 선택되고; 상기 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)는 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되고; 상기 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1)은 서열번호 347 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되고; 상기 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2)는 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되고; 상기 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3)은 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되고; 상기 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)는 서열번호 361 내지 362로 이루어진 군으로부터 선택되는, CSPG4에 대한 결합 특이성을 갖는 결합 구성원.
실시형태 3: 실시형태 1 또는 2에 있어서, 상기 가변 경쇄 서열은 서열번호67 내지 109로 이루어진 군으로부터 선택되는 서열을 포함하고 상기 가변 중쇄 서열은 서열번호 110 내지 152로 이루어진 군으로부터 선택되는 서열을 포함하는, CSPG4에 대한 결합 특이성을 갖는 결합 구성원.
실시형태 4: 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1); 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2); 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3); 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열을 포함하는 폴리펩타이드를 인코딩하는 핵산.
실시형태 5: 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1); 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2); 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3); 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는 폴리펩타이드를 인코딩하는 핵산.
실시형태 6: 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및 서열번호 153 내지 221로 이루어지는 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1); 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2); 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3); 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열; 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1); 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2); 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3); 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열; 막관통 도메인 서열; 및 엔도도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 코딩 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함하는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
실시형태 7: 실시형태 6에 있어서, 상기 막관통 도메인이 CD28(유전자 ID: 940, 12487), CD3-ζ(유전자 ID: 919;12503 CD247), CD4(유전자 ID:920, 12504), CD8(유전자 ID:924, 12525), CD16(유전자 ID:2214; 14131; Fcgr3), NKp44(유전자 ID:9436, NCR2), NKp46(유전자 ID: 9437, 17086, NCR1), 및 NKG2d(유전자 ID:22914;27007 KLRK1)로 이루어지는 군으로부터 선택되는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
실시형태 8: 실시형태 6 또는 7에 있어서, 상기 엔도도메인 서열이 CD28(유전자 ID: 940), TNF 수용체 수퍼패밀리 구성원 9(유전자 ID 3604, 예를 들어, 4-1BB 또는 CD137), CD247(유전자 ID 919, CD3-ζ), 2B4(유전자 ID:51744, CD244), 인터루킨 21(IL-21, 유전자 ID 59067), 조혈 세포 신호 변환인자(HCST, 유전자 ID 10870, 예를 들어, DAP10), 및 막관통 면역 신호전달 어댑터(TYROBP, 유전자 ID 7305; DAP12)로 이루어진 군으로부터 선택되는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
실시형태 9: 실시형태 6 내지 8 중 어느 하나에 있어서, Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 단백질 서열을 인코딩하는 서열을 추가로 포함하는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
실시형태 10: 실시형태 6 내지 9 중 어느 하나에 있어서, 상기 발현 작제물이 Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 상기 단백질 서열 및 최대 3개의 부가적인 단백질 코딩 서열을 포함하는 다중단백질을 인코딩하는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
실시형태 11: 실시형태 6 내지 10 중 어느 하나에 있어서, Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 상기 단백질 서열 및 최대 3개의 부가적인 단백질 인코딩 서열이 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리되는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
실시형태 12: 실시형태 6 내지 11 중 어느 하나에 있어서, 상기 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱이 구제역 바이러스(FMDV) 2A 서열 또는 관련 시스 작용성 가수분해효소 요소(CHYSEL)인, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
실시형태 13: 실시형태 6 내지 12 중 어느 하나에 있어서, 상기 전사 활성인자가 림프계 인핸서 결합 인자 1(LEF1, 유전자 ID 51176), 베타-카테닌((CTNNB1, 유전자 ID 1499)), Smad3(유전자 ID 4088), HNF1 호메오박스 A(HNF1A, 유전자 ID: 6927(alt. TCF1), 전사 인자 7(TCF7, 유전자 ID: 6932(alt. TCF1) 및 TLE 패밀리 구성원 1, 전사 공동억제인자(TLE 1, 유전자 ID 7088)로 이루어진 군으로부터 선택되는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
실시형태 14: 실시형태 6 내지 13 중 어느 하나에 있어서, 상기 LEF1이 기준 서열(RefSeq) ID 번호: NP_057353.1, NP_001124185.1, 및 NP_001124186.1로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
실시형태 15: 실시형태 6 내지 14 중 어느 하나에 있어서, 성장 인자에 대한 적어도 하나의 단백질 코딩 서열을 추가로 포함하는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
실시형태 16: 실시형태 6 내지 15 중 어느 하나에 있어서, 상기 성장 인자는 인터루킨-15(IL-15), 인터루킨-7(IL-7), 인터루킨-12(IL-12), 인터루킨-18(IL-18), 인터루킨-21(IL-21), 인터루킨-27(IL-27), 인터루킨-33(IL-33), 및 이들의 조합으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 것인, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
실시형태 17: 실시형태 6 내지 16 중 어느 하나에 있어서, 성장 인자에 대한 상기 단백질 코딩 서열이 구제역 바이러스(FMDV) 2A 서열 또는 FMDV 2A 관련 시스 작용성 가수분해효소 요소(CHYSEL) 서열에 의해 상기 CAR 코딩 서열로부터 분리되는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
실시형태 18: 실시형태 6 내지 17 중 어느 하나에 있어서, 상기 엑토도메인 서열이 스페이서 도메인을 추가로 포함하는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
실시형태 19: 실시형태 6 내지 18 중 어느 하나에 있어서, 상기 엔도도메인이 CD3-제타 사슬에 대해 프레임내에 융합된 4-1BB의 신호 서열을 포함하는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
실시형태 20: 실시형태 6 내지 19 중 어느 하나에 있어서, MHC 클래스 I 또는 MHC 클래스 II 유전자를 표적화하는 작은 헤어핀 RNA(shRNA) 서열을 인코딩하는 DNA 서열을 추가로 포함하고, 여기서 shRNA 서열은 인공 마이크로RNA(amiR) 스캐폴드에 내포되어 있는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
실시형태 21: 서열번호 28 내지 65로 이루어진 군으로부터 선택되는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열; 막관통 도메인 서열; 및 엔도도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR).
실시형태 22: 실시형태 21에 있어서, 상기 엑토도메인 서열이 서열번호 34, 46, 47 및 57로 이루어지는 군으로부터 선택되는 키메라 항원 수용체(CAR).
실시형태 23: 실시형태 21 또는 22에 있어서, 상기 엑토도메인 서열이 서열번호 34를 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR).
실시형태 24: 실시형태 2 또는 221에 있어서, 상기 엑토도메인 서열이 서열번호 46을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR).
실시형태 25: 실시형태 21 또는 22에 있어서, 상기 엑토도메인 서열이 서열번호 47을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR).
실시형태 26: 실시형태 21 또는 22에 있어서, 상기 엑토도메인 서열이 서열번호 57을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR).
실시형태 27: 실시형태 21 내지 26 중 어느 하나에 있어서, 상기 막관통 도메인 서열이 CD28(유전자 ID: 940, 12487), CD3-ζ(유전자 ID: 919; 12503 CD247), CD4(유전자 ID:920, 12504), CD8(유전자 ID:924, 12525), CD16(유전자 ID:2214; 14131; Fcgr3), NKp44(유전자 ID:9436, NCR2), NKp46(유전자 ID: 9437, 17086, NCR1) 및 NKG2d(유전자 ID: 22914;27007 KLRK1)로 이루어진 군으로부터 선택되는, 키메라 항원 수용체(CAR).
실시형태 28: 실시형태 21 내지 27 중 어느 하나에 있어서, 상기 엔도도메인 서열이 CD28(유전자 ID: 940), TNF 수용체 수퍼패밀리 구성원 9(유전자 ID 3604, 예를 들어, 4-1BB 또는 CD137), CD247(유전자 ID 919, CD3-ζ), 2B4(유전자 ID:51744, CD244), 인터루킨 21(IL-21, 유전자 ID 59067), 조혈 세포 신호 변환인자(HCST, 유전자 ID 10870, 예를 들어, DAP10), 및 막관통 면역 신호전달 어댑터(TYROBP, 유전자 ID 7305; DAP12)로 이루어진 군으로부터 선택되는, 키메라 항원 수용체(CAR).
실시형태 29: 서열번호 28 내지 65로 이루어진 군으로부터 선택되는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열; 막관통 도메인 서열; 및 엔도도메인 서열을 포함하는 CAR을 인코딩하는 핵산 분자.
실시형태 30: 실시형태 29에 있어서, 상기 엑토도메인 서열이 서열번호 34, 46, 47 및 57로 이루어진 군으로부터 선택되는, CAR을 인코딩하는 핵산 분자.
실시형태 31: 실시형태 29 또는 30에 있어서, 상기 엑토도메인 서열이 서열번호 34를 포함하는, CAR을 인코딩하는 핵산 분자.
실시형태 32: 실시형태 29 또는 30에 있어서, 상기 엑토도메인 서열이 서열번호 46을 포함하는, CAR을 인코딩하는 핵산 분자.
실시형태 33: 실시형태 29 또는 30에 있어서, 상기 엑토도메인 서열이 서열번호 47을 포함하는, CAR을 인코딩하는 핵산 분자.
실시형태 34: 실시형태 29 또는 30에 있어서, 상기 엑토도메인 서열이 서열번호 57을 포함하는, CAR을 인코딩하는 핵산 분자.
실시형태 35: 실시형태 29 내지 34 중 어느 하나에 있어서, 상기 막관통 도메인 서열이 CD28(유전자 ID: 940, 12487), CD3-ζ(유전자 ID: 919;12503 CD247), CD4(유전자 ID:920, 12504), CD8(유전자 ID:924, 12525), CD16(유전자 ID:2214; 14131; Fcgr3), NKp44(유전자 ID:9436, NCR2), NKp46(유전자 ID: 9437, 17086, NCR1), 및 NKG2d(유전자 ID: 22914;27007 KLRK1)로 이루어지는 군으로부터 선택되는, CAR을 인코딩하는 핵산 분자.
실시형태 36: 실시형태 29 내지 35 중 어느 하나에 있어서, 상기 엔도도메인 서열이 CD28(유전자 ID: 940), TNF 수용체 수퍼패밀리 구성원 9(유전자 ID 3604, 예를 들어, 4-1BB 또는 CD137), CD247(유전자 ID 919, CD3-ζ), 2B4(유전자 ID:51744, CD244), 인터루킨 21(IL-21, 유전자 ID 59067), 조혈 세포 신호 변환인자(HCST, 유전자 ID 10870, 예를 들어, DAP10), 및 막관통 면역 신호전달 어댑터(TYROBP, 유전자 ID 7305; DAP12)로 이루어진 군으로부터 선택되는, CAR을 인코딩하는 핵산 분자.
실시형태 37: 실시형태 6 내지 20 중 어느 하나에 정의된 발현 작제물 또는 실시형태 29 내지 35 중 어느 하나에 정의된 핵산 서열에 의해 형질전환 또는 형질감염된 숙주 세포.
실시형태 38: 실시형태 37에 있어서, 상기 숙주 세포가 박테리아, 자연 살해 T(NKT) 세포, T-세포, 및 자연 살해(NK) 세포로 이루어진 군으로부터 선택되는 숙주 세포.
실시형태 39: 실시형태 37 또는 38에 있어서, 상기 숙주 세포가 T-세포인 숙주 세포.
실시형태 40: 실시형태 37 또는 38에 있어서, 상기 숙주 세포가 NKT 세포인 숙주 세포.
실시형태 41: 실시형태 37, 38 또는 40 중 어느 하나에 있어서, 상기 숙주 세포가 I형 NKT 세포인 숙주 세포.
실시형태 42: 공여자로부터 PBMC를 단리시키는 단계; 상기 PBMC로부터 자연 살해 T(NKT) 세포, T-세포 또는 자연 살해(NK) 세포를 분리하여, 단리된 면역 세포를 제조하는 단계; 및 내인성 T-세포 수용체의 자극 및 공동자극 수용체, 사이토카인 또는 이들의 조합에 의한 공동-자극에 의해 상기 단리된 면역 세포를 1 내지 20일 동안 확장시켜, 유전자 조작을 위한 확장된 면역 세포를 제조하는 단계; 및 서열번호 61 내지 서열번호 109로 이루어진 군으로부터 선택되는 가변 경쇄 및 서열번호 110 내지 152로 이루어진 군으로부터 선택되는 가변 중쇄를 포함하는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물을 도입시키는 단계를 포함하는, CAR을 포함하는 면역 세포의 생산 방법.
실시형태 43: 실시형태 42에 있어서, 상기 단리된 면역 세포가 T 세포인, CAR을 포함하는 면역 세포의 생산 방법.
실시형태 44: 실시형태 41 또는 42에 있어서, 상기 단리된 면역 세포가 NK 세포인, CAR을 포함하는 면역 세포의 생산 방법.
실시형태 45: 실시형태 41 또는 42에 있어서, 상기 단리된 면역 세포가 I형 NKT 세포인, CAR을 포함하는 면역 세포의 생산 방법.
실시형태 46: 실시형태 41, 42 또는 43 중 어느 하나에 있어서, 상기 확장된 면역 세포가 CD62L 양성 I형 NKT 세포인, CAR을 포함하는 면역 세포의 생산 방법.
실시형태 47: 실시형태 45 또는 46에 있어서, 상기 단리된 면역 세포가 I형 NKT 세포이고 상기 확장이 적어도 aGalCer, IL-2, 및 IL-21의 존재 하에 배양하는 것을 포함하는, CAR을 포함하는 면역 세포의 생산 방법.
실시형태 48: 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열, 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1); 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2); 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3); 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열; 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어지는 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1); 서열번호 350 내지 353으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2); 서열번호 354 내지 360으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3); 및 서열번호 361 내지 382로 이루어지는 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열; 막관통 도메인 서열; 및 엔도도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 코딩 서열을 인코딩하는 발현 작제물을 포함하는 유전자 조작된 면역 세포.
실시형태 49: 실시형태 47 또는 48에 있어서, 상기 유전자 조작된 면역 세포가 자연 살해 T(NKT) 세포, T-세포, 또는 자연 살해(NK) 세포인, 유전자 조작된 면역 세포.
실시형태 50: 실시형태 47 또는 49에 있어서, 상기 숙주 세포가 T-세포인, 유전자 조작된 면역 세포.
실시형태 51: 실시형태 47 또는 49에 있어서, 상기 숙주 세포가 NKT 세포인, 유전자 조작된 면역 세포.
실시형태 52: 실시형태 47, 49 또는 51 중 어느 하나에 있어서, 상기 숙주 세포가 I형 NKT 세포인, 유전자 조작된 면역 세포.
실시형태 53: 실시형태 47, 49, 51 또는 52 중 어느 하나에 있어서, 상기 숙주 세포가 CD62L-양성 I형 NKT 세포인, 유전자 조작된 면역 세포.
실시형태 54: 실시형태 48에 있어서, 상기 유전자 조작된 면역 세포가 복수의 세포를 포함하는, 유전자 조작된 면역 세포.
실시형태 55: 실시형태 48 또는 54에 있어서, 상기 유전자 조작된 면역 세포는 복수의 CD62L-양성 I형 NKT 세포를 포함하는, 유전자 조작된 면역 세포.
실시형태 56: 실시형태 48, 54 또는 55 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 CD62L-양성 I형 NKT 세포가 상기 복수의 세포 중 적어도 50%를 포함하는, 유전자 조작된 면역 세포.
실시형태 57: 실시형태 48 내지 56 중 어느 하나에 있어서, MHC 클래스 I 또는 MHC 클래스 II 유전자를 표적화하는 작은 헤어핀 RNA(shRNA) 서열을 인코딩하는 DNA 서열을 추가로 포함하고, shRNA 서열이 인공 마이크로RNA(amiR) 스캐폴드에 내포되어 있는, 유전자 조작된 면역 세포.
실시형태 58: 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 코딩 서열을 인코딩하는 발현 작제물을 포함하는 복수의 유전자 조작된 면역 세포를 포함하는 세포 집단으로서, 상기 CAR이 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열, 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1); 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2); 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3); 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열; 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어지는 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1); 서열번호 350 내지 353으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2); 서열번호 354 내지 360으로 이루어지는 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3); 및 서열번호 361 내지 382로 이루어지는 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열; 막관통 도메인 서열; 및 엔도도메인 서열을 포함하는, 세포 집단.
실시형태 59: 실시형태 58에 있어서, 상기 유전자 조작된 면역 세포가 자연 살해 T(NKT) 세포, T-세포 또는 자연 살해(NK) 세포를 포함하는, 세포 집단.
실시형태 60: 실시형태 58 또는 59에 있어서, 상기 유전자 조작된 면역 세포가 복수의 CD62L-양성 I형 NKT 세포를 포함하는, 세포 집단.
실시형태 61: 실시형태 58, 59 또는 60에 있어서, 상기 복수의 CD62L-양성 I형 NKT 세포가 상기 복수의 세포 중 적어도 50%를 포함하는, 세포 집단.
실시형태 62: 개체에서 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)-양성 세포를 저해하는 방법으로서, 세포를 치료 유효량의 유전자 조작된 면역 세포와 접촉시키는 단계를 포함하고, 여기서 상기 면역 세포는 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하고, 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열을 포함하는 가변 경쇄 서열 및 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1); 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2); 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3); 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열; 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("LCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1); 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2); 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3); 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열; 막관통 도메인 서열; 및 엔도도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR)를 포함하는, 방법.
실시형태 63: 실시형태 62에 있어서, 상기 저해가 증식 억제, 활성 억제, 또는 이 둘 모두의 조합을 포함하는 방법.
실시형태 64: 실시형태 62 또는 63에 있어서, 상기 유전자 조작된 면역 세포는 자연 살해 T(NKT) 세포, T-세포 또는 자연 살해(NK) 세포인 방법.
실시형태 65: 실시형태 62 내지 64 중 어느 하나에 있어서, 상기 유전자 조작된 면역 세포가 T-세포인 방법.
실시형태 66: 실시형태 62 내지 64 중 어느 하나에 있어서, 상기 유전자 조작된 면역 세포가 NKT 세포인 방법.
실시형태 67: 실시형태 62 내지 64 또는 66 중 어느 하나에 있어서, 상기 NKT 세포가 I형 NKT 세포인 방법.
실시형태 68: 실시형태 62 내지 64, 66 또는 67 중 어느 하나에 있어서, 상기 I형 NKT 세포가 CD62L-양성 I형 NKT 세포인 방법.
실시형태 69: 실시형태 62 내지 64, 또는 66 내지 68 중 어느 하나에 있어서, 상기 I형 NKT 세포가 상기 유전자 조작된 면역 세포의 대다수를 포함하는 방법.
실시형태 70: 실시형태 62 내지 64, 또는 66 내지 69 중 어느 하나에 있어서, 상기 I형 NKT 세포가 상기 유전자 조작된 CD62L-양성 I형 NKT 세포의 대다수를 포함하는 방법.
실시형태 71: 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 키메라 항원 수용체(CAR)를 포함하는 유전자 조작된 면역 세포를 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 암 치료 방법으로서, 상기 CAR이 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1); 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2); 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3); 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열; 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1); 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2); 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3); 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는 엑토도메인 서열; 막관통 도메인 서열; 및 엔도도메인 서열을 포함하는 것인, 방법.
실시형태 72: 실시형태 71에 있어서, 상기 암이 흑색종, 전이성 흑색종 질환[표재성 확산 흑색점, 악성 흑자 흑색점, 악성 흑자 흑색종, 말단 흑자성 흑색종 및 결절성 흑색종]; 교모세포종, 역형성 갑상선암, 연조직 육종, 신경아교종 및 백혈병으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인, 방법.
실시형태 73: 실시형태 71 또는 72에 있어서, 상기 유전자 조작된 면역 세포가 자연 살해 T(NKT) 세포, T-세포 또는 자연 살해(NK) 세포인, 암의 치료 방법.
실시형태 74: 실시형태 71 내지 73 중 어느 하나에 있어서, 상기 유전자 조작된 면역 세포가 T-세포인, 암의 치료 방법.
실시형태 75: 실시형태 71, 72 또는 73 중 어느 하나에 있어서, 상기 유전자 조작된 면역 세포가 NKT 세포인, 암의 치료 방법.
실시형태 76: 실시형태 71, 72 또는 75 중 어느 하나에 있어서, 상기 NKT 세포가 I형 NKT 세포인, 암의 치료 방법.
실시형태 77: 실시형태 71, 72, 75 또는 76 중 어느 하나에 있어서, 상기 I형 NKT 세포가 CD62L-양성 I형 NKT 세포인, 암의 치료 방법.
실시형태 78: 실시형태 71, 72, 또는 75 내지 77 중 어느 하나에 있어서, 상기 I형 NKT 세포가 상기 유전자 조작된 면역 세포의 대다수를 포함하는, 암의 치료 방법.
실시형태 79: 실시형태 71, 72 또는 75 내지 78 중 어느 하나에 있어서, 상기 I형 NKT 세포가 상기 유전자 조작된 CD62L-양성 I형 NKT 세포의 대다수를 포함하는, 암의 치료 방법.
실시형태 80: 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1); 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2); 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3); 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)를 포함하는 가변 경쇄 서열; 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1); 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2); 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3); 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는, 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열; 막관통 도메인 서열; 및 엔도도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 코딩 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함하는 벡터, 숙주 세포, 또는 이의 조합을 포함하는 키트.
실시형태 81: 서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및 서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1); 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2); 서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3); 및 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4); 서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및 서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1); 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2); 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3); 및 서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는, 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열; 막관통 도메인 서열; 및 엔도도메인 서열을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 코딩 서열을 발현하는 NKT 세포에서 NKT 세포 확장 가능성을 유지하는 방법으로서, 상기 방법이 Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자를 포함하는 단백질 코딩 서열을 발현시키는 단계 및 상기 조작된 NKT 세포를 배양하여 지속적인 확장 가능성을 갖는 유전자 조작된 NKT 세포 집단을 제조하는 단계를 포함하는 방법.
실시형태 82: CAR의 일부로서 마우스 면역 세포에서 발현될 때 강직성 신호전달을 갖는 scFv를 식별하는 단계; 상기 scFv의 구조 모델을 생성하고 전산적 돌연변이유발을 수행하여 일련의 돌연변이유발된 scFv를 제조하는 단계; 상기 돌연변이유발된 scFv의 자유 에너지를 계산하는 단계; 상기 돌연변이유발된 scFv를 프레임워크 1.4(FW1.4)를 포함하는 인간화 scFv에 정렬시켜 중대한 뮤린 잔기를 식별하는 단계; 및 하나 이상의 인간 대 마우스 잔기 변화를 도입하여 상기 scFv의 안정성을 증가시키고 마우스 모델에서 사용하기 위한 변형된 인간화 scFv를 제조하는 단계를 포함하는, scFv에서 마우스 모델의 강직성 신호전달을 감소시키는 방법.
실시형태 83: 실시형태 82에 있어서, FW1.4가 서열번호 7 내지 10의 경쇄 프레임워크 영역(VL-FR) 1 내지 4, 서열번호 11의 링커 영역 및 서열번호 12 내지 15의 중쇄 프레임워크 영역(VH-FR) 1 내지 4를 포함하는, scFv에서 마우스 모델의 강직성 신호전달을 감소시키는 방법.
실시형태 84: 실시형태 82 또는 83에 있어서, 상기 변형된 인간화 scFv가 서열번호 16 내지 27로 이루어진 군으로부터 선택되는 변형된 FR 영역을 포함하는, scFv에서 마우스 모델의 강직성 신호전달을 감소시키는 방법.
실시형태 85: 실시형태 82 내지 84 중 어느 하나에 있어서, 상기 면역 세포가 자연 살해 T(NKT) 세포, T-세포, 또는 자연 살해(NK) 세포인, scFv에서 마우스 모델의 강직성 신호전달을 감소시키는 방법.
실시형태 86: 실시형태 82 내지 85 중 어느 하나에 있어서, 상기 면역 세포가 T-세포인, scFv에서 마우스 모델의 강직성 신호전달을 감소시키는 방법.
실시형태 87: 실시형태 82 내지 85 중 어느 하나에 있어서, 상기 면역 세포가 NKT 세포인, scFv에서 마우스 모델의 강직성 신호전달을 감소시키는 방법.
실시형태 88: 실시형태 82 내지 85, 또는 87 중 어느 하나에 있어서, 상기 NKT 세포가 I형 NKT 세포인, scFv에서 마우스 모델의 강직성 신호전달을 감소시키는 방법.
실시형태 89: 실시형태 82 내지 85, 87 또는 88 중 어느 하나에 있어서, 상기 I형 NKT 세포가 CD62L-양성 I형 NKT 세포인, scFv에서 마우스 모델의 강직성 신호전달을 감소시키는 방법.
실시예:
세포주. 종양 세포주 WM115(흑색종) 및 SK-MEL-2는 미국 모식균 배양 수집소(ATCC)(CRL-1675)에서 입수했다. M14 세포는 페론(Ferrone) 박사가 제공했다. 종양 세포주 MDA-MB-468 및 MDA-MB-231은 독일 미생물 및 세포 배양물 수집소 GmbH(ACC 738 및 ACC 732)로부터 입수했다. 레트로바이러스 벡터 생산에 사용되는 293T 세포는 ATCC에서 입수한다. 모든 세포는 10% FBS(Sigma), 1% L-글루타민(Gibco) 및 1% 페니실린/스트렙토마이신(Gibco)이 보충된 적절한 배지, RPMI-1640(Gibco) 또는 DMEM(Gibco)에 의해 37℃에서 5% CO2를 함유한 가습 대기에서 배양물로 유지된다. WM115 세포는 반딧불이 루시페라아제 유전자 및 융합 단백질 증강 GFP(eGFP-FFluc)를 인코딩하는 SFG 감마 레트로바이러스 벡터에 의해 형질도입된다. 문헌[Hoyos et al., "Engineering CD19-specific T lymphocytes with interleukin-15 and a suicide gene to enhance their anti-lymphoma/leukemia effects and safety," Leukemia 24:1160-1170 (2010)] 참조. 세포는 연속 6개월 미만 동안 배양물로 유지되며, 그 후 원래의 확장된 바이알로부터의 분취량을 사용했다. 모든 종양 세포주는 마이코플라스마 오염을 배제하기 위해 일상적으로 테스트되며 신원을 확인하기 위해 유세포 분석에 의해 전이유전자 및 종양 마커의 발현에 대해 평가한다. 교모세포종 유래 신경구는 이전에 설명된 바와 같이 생성한다. 문헌[Pellegatta et al., "Constitutive and TNFalpha-inducible expression of chondroitin sulfate proteoglycan 4 in glioblastoma and neurospheres: Implications for CAR-T cell therapy," Sci. Transl. Med. 10 (2018) ("Pellegatta et al., (2018)")] 참조.
레트로바이러스 상청액의 생성, T-세포 단리, 형질도입 및 시험관내 확장. 레트로바이러스 상청액은 293T 세포의 일시적 형질감염에 의해 제조되고 T 세포를 형질도입하는 데 사용된다. 문헌[Diaconu et al., "Inducible Caspase-9 Selectively Modulates the Toxicities of CD19-Specific Chimeric Antigen Receptor-Modified T Cells," Mol. Ther. 25:580-592 (2017) ("Diaconu et al. 2017")] 참조. 건강한 지원자 혈액 공여자의 버피 코트는 Gulf Coast Regional Blood Center(텍사스 휴스턴)에서 구입한다. 말초 혈액 단핵 세포(PBMC)는 제조업체의 프로토콜에 따라 Lymphoprep(Accurate Chemical and Scientific Corporation) 밀도 구배 원심분리에 의해 단리한다. T 세포는 45% Click's 배지(Irvine Scientific), 45% RPMI-1640(Hyclone), 10% FBS(Hyclone), 1% L-글루타민(Gibco) 및 1% 페니실린/스트렙토마이신(Gibco)으로 이루어진 완전 배지에서 배양한다. T 세포는 이전에 보고된 바와 같이 IL7(10 ng/mL, PeproTech) 및 IL15(5 ng/mL, PeproTech)가 포함된 완전 배지에서 활성화, 형질도입 및 확장된다. 문헌[Diaconu et al., 2017] 참조.
면역표현형검사. T 세포는 BD Biosciences의 CD3(APC-H7, 클론 SK7), CD45Ra(PE, 클론 HI100), CCR7(FITC, 클론 150503), CTLA4(BV421, 클론 BNI3), PD-1(PE-Cy7, 클론 EH12.1), LAG3(PE, 클론 T47-530), TIM3(BV711, 클론 7D3) 및 CD45(APC, 클론 2D1)에 대한 항체, Miltenyi Biotec의 REAffinity로부터의 항-CD45(PerCP, 클론 REA747) 및 항CD69(APC, 클론 REA824)로 염색한다. 종양 세포는 BD Biosciences의 CD276(BV421, 클론 7-517)에 대한 Ab 및 763.74 mAb(항-CSPG4)로 염색한 후, BD Biosciences의 2차 래트 항-마우스 IgG1(PE, 클론 X56)로 염색한다. 763.74(A) 및 (B) CAR의 발현은 항-이디오타입 항체를 사용하여 평가하고, CTR CAR(항-CD19 CAR)의 발현은 항-이디오타입 항체(페론 박사에게서 입수함)를 사용하여 평가한 다음, BD Biosciences의 2차 래트 항-마우스 IgG1(PE, 클론 X56)을 사용하여 염색한다. h763.74 CAR의 발현에 이어 Invitrogen의 스트렙타비딘 단백질 RPE 접합체로 염색한다. 데이터 획득은 BD FACS-Diva 소프트웨어를 사용하는 BD LSRFortessa 또는 Canto II 유세포 분석기에서, 또는 MACSQuant(Miltenyi Biotec)에서 수행한다. 데이터 분석은 FlowJo 소프트웨어(버전 9 또는 10) 또는 FlowLogic 소프트웨어(버전 7.2, Miltenyi Biotec)로 수행한다.
공초점 현미경법. T 세포는 제조업체의 설명서(Abcam 면역형광 프로토콜)에 따라 제조한다. 간략하게, CAR-GFP+ 세포는 세포고정 완충액(BD Biosciences)으로 고정하고, 커버 슬립 상에 DAPI(Invitrogen)가 포함된 ProLong Diamond Antifade Mountant 한 방울과 함께 탑재한다. ZEN 소프트웨어(ZEISS Microscopy)를 사용하여 LSM700 Zeiss 공초점 현미경법으로 데이터 획득을 수행한다. 데이터 분석은 Fiji 소프트웨어로 수행한다.
공동배양물 실험 및 ELISA. 자발적인 IFNγ 방출 검정을 위해, 1×106개 T 세포를 사이토카인이 없는 2mL의 완전 배지에서 24웰 플레이트에 플레이팅한다. T 세포(2×104개 세포/웰)는 종양 세포주(M14-wt 또는 WM115; 105개 세포/웰)와 함께 사이토카인 부재 하에 완전 배지에서 24웰 플레이트 중에 1:5의 이펙터 대 표적(E:T) 비율로 공동배양한다. 배양 5일 후, 세포를 수확하고 CD3(APC-H7, 클론 SK7, BD Biosciences) 및 CD276(BV421, 클론 7-517, BD Biosciences) 단클론성 Ab(mAb)에 대해 염색하여 각각 T 세포 및 종양 세포를 검출한다. 문헌[Landoni et al., "A High-Avidity T-cell Receptor Redirects Natural Killer T-cell Specificity and Outcompetes the Endogenous Invariant T-cell Receptor," Cancer Immunol. Res. 8:57-69 (2020)] 참조. 배양물 중 잔류 종양 세포의 백분율은 유세포분석으로 계산한다. 자발적인 방출 및 배양물 상청액은 배양 24시간 후에 수확하고, DuoSet Human IFNγ ELISA 키트(R&D Systems)를 사용하여 상청액 100mL에서 IFNγ를 측정한다. Gen5 소프트웨어를 사용하여 Synergy2 마이크로플레이트 판독기(BioTek)에서 데이터 획득을 수행한다. GBM-NS는 혈청 없이, B27 보충제의 존재 하에 GBM-NS 배지에서 1:5의 E:T 비율로 T 세포와 함께 24웰 플레이트에 5×105개 세포로 플레이팅한다. T 세포는 공동배양물을 플레이팅하기 전에 3일 동안 GBM-NS 배지에서 유지된다. 문헌[Pellegatta et al.(2018)] 참조. GBM-NS 및 T 세포는 공동배양 2, 4, 6 및 24시간 후 상이한 시점에서 수집하고, 잔류 종양 세포 및 T 세포는 각각 CSPG4 및 CD45 발현에 기초한 유세포분석에 의해 측정한다. CAR-T 세포의 활성화는 CD69의 발현을 평가하여 측정한다.
전산적 분석. scFv의 3D 형태를 생성하기 위해, scFv의 1차 서열은 RCSB 데이터베이스에 대해 BLAST 검색하여 서열 유사성이 높은 상동성 주형 구조를 식별한다. BLASTp 분석은 해상도 2.70Å에 의해 scFv 단편 1696을 70.51% 서열 동일성을 갖는 잠재적 주형으로서 식별한다. 문헌[Rezacova et al., "Structural basis of HIV-1 and HIV-2 protease inhibition by a monoclonal antibody," Structure. 9:887-895 (2001) ("Rezacova et al., (2001)"] 참조. scFv 단편 1696(PDB ID: 1jp5)의 결정 구조는 상동성 모델링을 통해 scFv를 모델링하기 위한 주형으로서 사용된다. 동일 문헌 참조. Modeller-9v19를 사용하여 40개의 모델을 생성하고 분자 목적 기능 점수가 가장 낮은 구조를 scFv의 대표적인 형태로 선택했다. 문헌[Webb and Sali, "Comparative Protein Structure Modeling Using MODELLER," Curr. Protoc. Protein Sci. 86:2 (2016)] 참조. 모델링된 저해상도 구조에서 입체 충돌은 일반적이기 때문에 케이론(Chiron)을 이용하여 scFv의 구조를 최적화한다. 문헌[Kota et al., "Gaia: automated quality assessment of protein structure models," Bioinformatics. 27:2209-2215 (2011)] 참조. 케이론은 백본에 대한 교란을 최소화하거나 전혀 함이 없이 단백질 구조에 대한 짧은 DMD 시뮬레이션을 수행하여 원자 충돌을 분석한다. 문헌[Ding et al., "Ab initio folding of proteins with all-atom discrete molecular dynamics," Structure. 16:1010-1018 (2008); Shirvanyants et al., "Discrete molecular dynamics: an efficient and versatile simulation method for fine protein characterization," J Phys. Chem. B 116:8375-8382 (2012); 및 Dokholyan et al., "Discrete molecular dynamics studies of the folding of a protein-like model," Fold. Des 3:577-587 (1998)] 참조. 이이서, Eris 분자 세트를 사용하여 인실리코 돌연변이유발 연구를 위해 이완된 scFv1 구조를 고려한다. 문헌[Yin et al., "Eris: an automatic estimator of protein stability," Nat. Methods 4:466-467 (2007)] 참조. Eris 프로토콜은 단백질의 돌연변이를 유도하고 돌연변이체(ΔGmut) 및 야생형(ΔGwt) 형태의 자유 에너지를 추정한다. Eris는 Monte-Carlo 알고리즘을 사용하여 돌연변이된 부위 주변에서 신속한 측쇄 리패킹(repacking) 및 백본 이완을 수행한 후, Medusa 힘장을 사용하여 ΔGwt 및 ΔGmut을 평가한다. 동일 문헌; 및 문헌[Yin et al., "MedusaScore: an accurate force field-based scoring function for virtual drug screening," J Chem. Inf. Model. 48:1656-1662 (2008)] 참조. Eris 알고리즘은 다음 식: ΔΔGmut = ΔGmut - ΔGwt을 사용하여 돌연변이 시 단백질의 자유 에너지의 변화를 계산한다. ΔΔGmut 값은 안정화(ΔΔGmut <0) 또는 불안정화(ΔΔGmut >0) 돌연변이를 추정하기 위해 평가된다. Eris는 광범위하게 검증되며 새로운 단백질을 설계하는 데 사용된다. 문헌[Zhu et al., "Rationally designed carbohydrate-occluded epitopes elicit HIV-1 Env-specific antibodies," Nat. Commun. 10:948 (2019); Dagliyan et al., "Engineering extrinsic disorder to control protein activity in living cells," Science 354:1441-1444 (2016); and Dagliyan et al., "Rational design of a ligand-controlled protein conformational switch," Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 110:6800-6804 (2013)] 참조.
이종이식편 모델. 흑색종 마우스 실험은 UNC 축산 및 기관 동물 관리 및 사용 위원회(IACUC) 지침에 따라 수행하며 UNC IACUC(ID: 17029)의 승인을 받았다. GBM 마우스 실험은 이탈리아의 실험실 동물 관리 원칙(D. Lgs. 26/2014) 및 유럽 공동체 위원회 지침(86/609/EEC 및 2010/63/UE)에 따라 밀라노에 있는 Fondazione IRCCS Istituto Neurologico Carlo Besta의 지침에 따라 수행한다. 흑색종 모델의 경우, 암컷 및 수컷 NSG 마우스(UNC 동물 코어에서 얻은 7 내지 9주령)에 0.5×106 eGFP-FFluc-표지된 WM115 종양 세포를 피하 주사(s.c.)한다. 종양 세포 주사(0일) 7일 후 마우스에게 5×106 CAR-T 세포를 정맥내 주입한다. 흑색종 종양 세포 성장은 피하 종양에 대한 캘리퍼스 측정 및 IVIS 동역학 생체내 이미지화 시스템(PerkinElmer)을 사용한 생물발광(BLI; 총 선속, 광자/초)에 의해 매주 모니터링한다. 종양 성장 또는 불편 징후 발생의 경우, UNC 지침에 따라 마우스를 희생시킨다. 마우스가 희생되면, 셀 스트레이너에서 부순 심장, 비장 및 간으로부터 말초 혈액을 수집하고 2mL의 PBS로 세척한다. 말초 혈액, 비장 및 간을 분석하여 T 세포의 존재[CD3(APC-H7, 클론 SK7), CD45(APC, 클론 2D1), PD-1(PE/Cy7, 클론 EH12.1) 및 CAR-특이적 항-이디오타입에 대한 Ab로 염색함]를 CountBright 절대 카운팅 비드(Invitrogen)를 사용한 유세포분석에 의해 검출한다. GBM 모델의 경우, GBM-NS가 생착된 누드 마우스를 사용하여 CAR-T 세포의 항종양 활성을 평가한다. 5 내지 6주령의 마우스에게 2μL PBS 1X 중 0.1×106 GBM-NS를 미상핵내(i.c.)로 주사한다. 정수리점에 대한 좌표는 0.7mm 후방, 3mm 좌측면, 3.5mm 깊이, 및 미상핵내이다. 종양 세포 주사 후 15일째에, CAR-T 세포는 5μL PBS 1X에서 동일한 종양 좌표를 사용하여 i.c.로 주사했다. 생존 연구를 위해 마우스를 주 3회 모니터링하고 제도적 지침에 따라 불편 징후가 나타나면 안락사시킨다.
자기공명이미지화(MRI). MRI는 수평 보어 전임상 스캐너(BioSpec 70/20 USR, Bruker, 독일 에틀링겐)를 사용하여 수행한다. 시스템은 7T(1H 주파수 300MHz)의 자기장 강도 및 20cm의 보어 직경을 갖는다. 스캐너에는 일체형 심(shim)이 2차까지 설정된 능동 차폐 구배 시스템이 장착되어 있다. 최대 구배 진폭은 440 mT/m이다. 모든 획득은 교차 코일 구성을 사용하여 수행한다: 무선 주파수 여기를 위해 72mm 선형 새장 코일이 사용되며, 마우스 뇌 표면 코일은 신호를 수신했다. 마우스는 1.5 내지 2% 아이소플루란(60:40 N2O:O2(vol:vol), 유속 0.8 L/min)으로 마취한다. 연구 중에 마취의 깊이와 동물 건강 상태를 검출하기 위해 호흡률을 공압 센서로 모니터링한다. 마우스는 기체 마취용 노즈콘 및 3 지점-고정 시스템(톱니 막대 및 귀마개)이 장착된 동물 침대에 배치한다. GBM-NS를 주사하고 CAR-T 세포로 처리한 마우스를 다음 프로토콜을 사용하여 여러 시점에서 고해상도 MRI로 조사한다: 에코가 감소된 T2-가중 급속 획득(RARE) 서열(TR = 3360ms, TE = 35ms, 평면 해상도 = 100×100 um2, 슬라이스 두께 = 400um, 4회 평균, 총 획득 시간 5분 36초) 및 2개의 T1 가중 RARE 서열(TR = 510ms, TE = 8ms, 평면 해상도 = 78×78 um2, 슬라이스 두께 = 400 um, 6회 평균, 총 획득 시간 9분 47초)을 가돌리우늄-기반의 조영제를 복강내 투여하기 전 및 후에 획득했다. 모든 서열은 후각망울 뒤쪽과 소뇌 앞쪽의 슬라이스 패키지를 가지고 동일한 관상 기하구조(400 um 두께의 연속 슬라이스)를 따라 획득한다. 조영제 유도 T1 신호 증강은 혈액 뇌 장벽 병변으로 인한 것으로서 해석된다.
scFv 763.74(A)의 인간화. 뮤린 scFv 763.74(A)의 인간화는 이의 CDR을 안정한 인간 프레임워크 rFW1.4에 접목시킴으로써 수행한다. 문헌[Borras et al., "Generic approach for the generation of stable humanized single-chain Fv fragments from rabbit monoclonal antibodies, J Biol. Chem. 285:9054-9066 (2010)] 참조. 여기서 rFW1.4로 지칭되는 FW의 서열은 다음과 같다:
Figure pct00001
별표는 CDR 서열로부터 프레임워크의 아미노산 서열을 분리시킨다. (Gly4Ser)4로 이루어진 폴리펩타이드 링커는 VL 및 VH 사슬을 결합시키는 데 사용되며, 둥근 괄호로 표시된다. 763.74(A)의 인간화 버전은 인간 프레임워크 잔기를 중대한 뮤린 잔기로 대체하여 설계한다. 문헌[Yin,S., Ding,F., and Dokholyan,N.V. 2007. Eris: an automated estimator of protein stability. Nat. Methods 4:466-467] 참조.
scFv 단편의 발현 및 정제. 상응하는 발현 플라스미드에 의해 형질전환된 이. 콜라이 BL21(DE3)은 적절한 항생제를 함유한 LB 배지에서 37℃ 하에 성장시킨다. 단백질 발현은 1mM 아이소프로필 1-티오-β-d-갈락토피라노사이드를 첨가하여 흡광도(A600) 1에서 시작한다. 유도 4시간 후, 이. 콜라이 세포를 수확하고 초음파로 파괴한다. 봉입체는 반복된 세척 및 원심분리 단계에 의해 단리하고 6M 구아니딘 HCl의 존재 하에 10 mg/mL의 농도로 가용화한다. 가용화된 봉입체는 20 mM 다이티오트레이톨을 첨가함으로써 감소된다. 리폴딩은 실온에서 밤새 리폴딩 완충액(4M 우레아, 50mM 글리신, 2mM 시스틴, 2mM 시스테인 pH 10.0)에서 수행한다. 상승 농축(up-concentration) 및 10 kDa 컷오프를 이용한 접선류 여과를 사용하는 완충액 교환 후, scFv는 소수성 상호작용 크로마토그래피에 이어 크기 배제 크로마토그래피를 사용하여 정제한다.
scFv의 결합 연구. 결합 연구는 유세포분석에 의해 CSPG4+ MDA-MB-231 및 CSPG4- MDA-MB-468 세포를 사용하여 수행한다. 세포는 각각의 scFv, 비오티닐화된 단백질 L 및 마지막으로 스트렙타비딘-피코에리트린과 함께 인큐베이션한다. 세포는 FACSDiva 소프트웨어를 사용하여 FACSAria III(BD Biosciences) 기기에서 획득한다.
scFv의 안정성. 인간화 scFv는 PBS pH-7.2에서 1 mg/ml로 제형화한다. 4℃ 또는 37℃에서 48시간 보관 후 샘플을 육안으로 검사하고 단백질 농도를 280nm에서 측정한다. 샘플을 SEC-HPLC로 분석하여 총 피크 면적과 관련하여 단량체, 이량체 및 고분자량 올리고머의 백분율을 결정한다. TSKgel G2000 SWXL 컬럼, 상 다이올, L×I.D. 30 cm×7.8 mm, 5 μm 입자 크기(Sigma-Aldrich, 08540)가 크기 배제 크로마토그래피에 사용된다. 1 mg/mL의 scFv 오(5)μL를 로딩한다. 이동상은 PBS pH 7.2이다.
통계 분석. 데이터는 평균±SD로서 요약된다. 스튜던트 t 테스트 또는 이원 ANOVA는 적절한 경우 다중 비교를 위한 본페로니 보정을 사용하여 처리 그룹 간의 통계적으로 유의한 차이를 결정하는 데 사용된다(Prism 6: GraphPad 소프트웨어). 캐플란-마이어(Kaplan-Meier) 방법을 사용하여 생존 분석을 수행하고 맨틀-콕스(Mantel-Cox) 로그 순위 테스트를 적용한다(Prism 6: GraphPad 소프트웨어). 0.05 미만의 모든 P 값은 통계적으로 유의한 것으로 간주된다.
결과:
scFv의 프레임워크 영역(FWR) 내의 아미노산 치환은 CAR 강직성 신호전달을 폐기한다. CAR은 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4) 항원을 표적으로 하며, 여기서 항원 결합 모이어티는 시험관내 및 생체내 모두에서 CSPG4를 발현하는 763.74 뮤린 단클론성 항체(mAb) 표적화된 종양 세포로부터 수득한 scFv 763.74(A)이다. 문헌[Pellegatta et al., (2018) 및 Geldres et al., "T lymphocytes redirected against the chondroitin sulfate proteoglycan-4 control the growth of multiple solid tumors both in vitro and in vivo," Clin. Cancer Res. 20:962-971 (2014)] 참조. 하지만, CD28 또는 4-1BB 공동자극성 엔도도메인을 인코딩하는 scFv 763.74(A) CAR(도 1a)을 발현하는 T 세포는 CAR 강직성 신호전달로서 정의되는 현상인, 항원 자극의 부재 하에 IFNγ의 방출을 보여준다(도 1b). 문헌[Long et al.(2015)] 참조. scFv 763.74(A) CAR을 발현하는 T 세포에 의한 자발적인 IFNγ 방출은 티로신 인산화를 방지하는 CAR-CD3γ 사슬의 면역수용체 티로신 기반 활성화 모티프(ITAM)의 티로신 돌연변이가 자발적인 IFNγ 방출을 완전히 폐기하기 때문에 CAR 신호전달에 엄격하게 의존적이다(도 1c 및 도 7a, b). T 세포의 세포 표면에서 CAR 분자의 분포를 연구하기 위해, CAR의 CD3ζ 사슬이 COOH 말단에서 GFP와 융합된 scFv 763.74(A) CAR을 생성한다. 공초점 현미경 이미지화를 사용하여 scFv 763.74(A) CAR은 CAR 가교결합의 부재 하에 막 클러스터를 형성하는 것으로 보이며, 이는 아마도 CAR 분자의 자가-응집을 나타내는 것이다(도 1d). scFv 763.74(A)의 서열은 인간 CSPG4의 펩타이드 에피토프를 인식하는 뮤린 IgG1 mAb를 분비하는 하이브리도마 763.74의 초기 계대로부터 수득된다. 문헌[Reinhold et al., "Specific lysis of melanoma cells by receptor grafted T cells is enhanced by anti-idiotypic monoclonal antibodies directed to the scFv domain of the receptor," J Invest Dermatol. 112:744-750 (1999)] 참조. 하이브리도마의 배양 계대가 하이브리도마의 성장률 및 분비된 항체의 수율에 영향을 미친다는 것은 잘 알려져 있다. 문헌[Correa et al., "Effects of passage number on growth and productivity of hybridoma secreting MRSA anti-PBP2a monoclonal antibodies," Cytotechnology 68:419-427 (2016)] 참조. 또한, 배양 계대 시, 아미노산 치환이 하이브리도마로부터 유래된 서브클론의 CDR 및 FWR 모두에서 발생할 수 있음은 기술되어 있다. 문헌[Xin and Cutler,"Hybridoma passage in vitro may result in reduced ability of antimannan antibody to protect against disseminated candidiasis," Infect. Immun. 74:4310-4321 (2006)] 참조. 이러한 가능성에 비추어 볼 때, 763.74 하이브리도마의 후기 계대의 VL 및 VH 도메인은 서열이다. 본 발명자들은 VL 및 VH 둘 모두의 FWR(FR1 및 FR3)에서 아미노산 치환이 식별된 2개의 VL 및 VH 서열을 수득했다(도 2a). scFv 763.74(B)라고 하는 새로운 scFv가 조립되고, 새로운 scFv 763.74(B) CAR이 생성되며, 생성된 서열을 강직성 신호전달의 증거에 대해 scFv 763.74(A) CAR과 나란히 비교한다. 모든 CAR은 T 세포에서 동등하게 발현되고(도 2b 및 도 8a), CAR-T 세포는 시험관내에서 동등하게 확장된다(도 8b). 그러나, CD28 또는 4-1BB 공동자극성 엔도도메인을 인코딩하는 scFv 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포는 IFNγ의 자발적 방출을 나타내지 않았다(도 2c). GFP-태그화된 CAR의 공초점 현미경법에 의한 T 세포 막 상의 scFv 763.74(B) CAR의 보다 균일한 분포가 관찰된다(도 1d 및 도 8c). 중요한 것은, 항-이디오타입 mAb(MK2-23 mAb)에 의해 매개되는 T 세포에서 발현된 CAR의 가교결합이 발현된 scFv의 유형에 관계없이, CAR 분자의 유의한 클러스터 형성을 유발했고, 이는 공초점 현미경법에 의해 식별된 클러스터가 진정으로 CAR 응집체의 형성을 반영한다는 것을 추가로 나타낸다(도 8d). scFv 763.74(A) CAR 또는 scFv 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포의 표현형 분석은 기억 및 고갈 마커의 발현에 차이를 보이지 않으며, 이는 임상용의 CAR-T 세포를 제조하는데 일반적으로 필요한 10 내지 14일의 배양 동안 긴강성 신호전달이 고갈 표현형을 유도하지 않을 수 있음을 나타낸다(도 8e, f). 문헌[Ramos et al., "Clinical responses with T lymphocytes targeting malignancy-associated kappa light chains," J. Clin. Invest 126:2588-2596 (2016); Ramos et al., "Clinical and immunological responses after CD30-specific chimeric antigen receptor-redirected lymphocytes," J Clin. Invest 127:3462-3471 (2017)] 참조. 전반적으로, 이들 데이터는 scFv 항체의 FWR 내에 아미노산 치환이 CAR 형식으로 scFv의 자가-응집 및 IFNγ의 기본 방출로서 정의되는 T 세포의 강직성 신호전달을 유발하는 데 충분하다는 것을 나타낸다.
scFv의 FWR 내 아미노산 치환은 단백질 불안정화를 유발한다. scFv 763.74(A)와 scFv 763.74(B) 간의 아미노산 차이가 scFv의 불안정화를 유발하는지 연구하기 위해, 상동성 모델링 및 인실리코 돌연변이유발에 대한 구조 최적화(도 3a)를 통해 scFv 763.74(B)의 3D 형태가 생성된다. scFv 763.74(B)의 구조에 대한 FWR 돌연변이, L3K, T5S, A9S, E83Q, I123V, Q124K, V126K, Q127E 및 L230V의 효과를 설명하기 위해 Eris 도구를 사용한다. Eris는 전술한 돌연변이에 대한 ΔΔGmut을 각각 2.41, 1.26, 2.29, 0.47, 0.79, 1.87, 4.58, 2.70 및 0.67 kcal/mol로 추정했다(도 3b). 구체적으로, 돌연변이는 scFv 763.74(A) 구조를 불안정화시키고(ΔΔGmut >0), 이어서 CAR 자발적 응집에 영향을 미친다. 또한, scFv 763.74(B)의 구조적 형태를 교차 검증하기 위해, Eris 분석을 수행하여 FWR 돌연변이된 부위에서 안정화 돌연변이(ΔΔGmut <0)를 식별한다. 분석은 E83L, E83I, T5M 및 Q124M과 같은 돌연변이가 음의 ΔΔGmut을 초래하여 그들의 잠재적인 안정화 능력을 알려준다는 것을 나타낸다(도 9). 더욱이, I123 및 Q127과 같은 잔기는 scFv 763.74(B) 구조의 안정성에 중대한 것으로서 식별된다. I123 또는 Q127 위치에서 다른 19개 아미노산 중 임의의 아미노산의 치환은 scFv 763.74(B) 구조를 매우 불안정하게 만들고(ΔΔG > 0), 이에 따라 단백질 응집에 영향을 미친다(도 3c). 전반적으로, 이들 데이터는 scFv mAb의 FRW 내 아미노산 치환이 단백질을 불안정화하고 scFv의 자가-응집을 유발하며 전산 유도 분석을 사용하여 단백질 구조를 안정화할 수 있음을 나타낸다.
scFv의 FWR 내 아미노산 치환은 CAR-T 세포의 기능을 향상시킨다. scFv의 FWR 내 아미노산 치환의 효과는 흑색종 세포주 WM115(CSPG4+) 및 M14(CSPG4-)에 대한 CAR-T 세포의 항종양 활성에 영향을 미친다(도 10a). IFNγ의 자발적 방출과 아주 유사하게, 4-1BB와 함께 763.74(A) CAR을 발현하는 T 세포는 CAR-T 세포와 종양 세포가 1:5 비율로 플레이팅될 때 4일 공동배양 마지막에 시험관내에서 종양 세포를 제거하는 능력의 손상을 보였다(잔류 종양 세포 43.6%±26.0%)(도 4a, b). 이에 반해, CD28 공동자극은 763.74(A) 및 763.74(B) CAR 모두에 대해 완전한 종양 제거를 허용하는 것으로 보였다(잔류 종양 세포가 각각 2.2%±2.7% 및 2.9%±2.6%). 중요한 것으로, 4-1BB 공동자극과 함께 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포가 4-1BB와 함께 763.74(A) CAR을 발현하는 T 세포에 비해 개선된 항종양 효과를 보이지만, 종양 세포를 완전히 제거하지는 못한다(잔류 종양 세포 각각 14.1%±8.0% 및 43.6%±26.0%)(도 4a, b). CAR-T 세포는 CSPG4 발현이 결여된 흑색종 세포주 M14를 제거하지 않는데, 이는 FWR 내의 아미노산 치환에 의해 항원 특이성이 영향을 받지 않는다는 것을 나타낸다. 중요한 것으로, 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포만이 WM115 종양 세포와 함께 배양 상청액에서 검출 가능한 양의 Th1 사이토카인을 일관되게 방출했다(도 10b). 763.74(B) CAR-T 세포의 우수한 항종양 효과는 eGFP-FFLuc WM115 이종 NSG 마우스 모델을 사용하여 생체내에서 더욱 분명하다(도 4c). CD28과 함께 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포는 종양 생물발광(도 4d 및 도 10c) 및 종양 크기(도 4e) 둘 모두로서 측정된 가장 현저한 항종양 효과를 나타낸다. 763.74(B) CAR을 발현하는 CAR-T 세포의 향상된 기능은 누드 마우스에 1차 GBM-유래 신경구(GBM-NS)가 뇌에 생착되고 CAR-T 세포가 종양내 접종을 통해 처리되는, 본 발명자들이 이전에 기술한 교모세포종(GBM) 종양 모델에서 확인된다. 문헌[Pellegatta et al., "Constitutive and TNFalpha-inducible expression of chondroitin sulfate proteoglycan 4 in glioblastoma and neurospheres: Implications for CAR-T cell therapy," Sci. Transl. Med. 10 (2018) ("Pellegatta et al. 2018")] 참조; 및 도 5a 참조. 이 모델에서 종양 생착 및 진행은 자기 공명 이미지화(MRI)에 의해 모니터링된다. 대조군 T 세포 또는 CD28을 인코딩하는 763.74(A) CAR을 발현하는 T 세포에 의해 처리된 마우스에서 급속한 종양 진행이 관찰되며, 이들 동물에서 종양 덩어리가 전체 반구를 차지하고 반대쪽 반구에 침투한다(도 5b, c). CD28을 인코딩하는 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포에 의해 처리된 마우스는 더 작고 더 한정된 병변으로 나타나는 바와 같이 가장 분명한 항종양 효과를 보였지만(도 5d), 항종양 효과가 덜 극적일지라도 4-1BB를 인코딩하는 763.74(A) 또는 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포에 의해 처리된 마우스에서도 종양 제어가 또한 관찰된다(도 5e,f). 4-1BB를 인코딩하는 763.74(A) 또는 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포는 대조군 T 세포(p<0.0001)에 의해 처리된 마우스에 비해 생존을 연장시켰다. 하지만, CD28을 인코딩하는 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포는 생존 연장에 가장 효과적이었다(대조군 대비 p<0.0001; 4-1BB와 함께 763.74(A) 대비 p = 0.04, 4-1BB와 함께 763.74(B) 대비 p = 0.01). 마우스는 110일 넘게 생존하지 않으므로 CD28을 인코딩하는 763.74(A) CAR을 발현하는 T 세포의 적당한 활성이 관찰된다. Pellegatta et al. 2018(도 5g). 이 GBM 모델에서 CD28을 인코딩하는 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포의 현저한 항종양 효과를 추가로 특성화하기 위해, 두개내 주입 직후 T 세포의 활성화 상태를 조사하였다. 종양 덩어리는 CAR-T 세포 주입 후 2, 4, 6, 12, 24 및 48시간 후에 외식된다. 접종 후 2시간 이내에 CD69를 상향조절한 CD28과 함께 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포(42.5±2.1% CD69+ T 세포)가 관찰되고, 24시간 동안 높은 CD69 수준을 유지했고(22.5±1.5% CD69+ T 세포). 이는 CD28 엔도도메인을 인코딩하는 CAR-T 세포의 빠른 활성을 나타내는 이전 보고와 일치한다. 문헌[Zhao et al. "Structural Design of Engineered Costimulation Determines Tumor Rejection Kinetics and Persistence of CAR T Cells. Cancer Cell 28:415-428 (2015); Sun et al. 2020] 참조. (도 5h). 추가 시험관내 실험은 CD28과 함께 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포의 급속한 항종양 효과를 추가로 입증한다(도 11).
scFv의 FWR의 인간화는 CAR 강직성 신호전달을 폐기한다. 뮤린 유래 scFv의 인간화는 CAR에 대한 체액성 및 T 세포 반응을 방지하도록 제안된 전략이다. 문헌[Sun et al., "Construction and evaluation of a novel humanized HER2-specific chimeric receptor," Breast Cancer Res. 16:R61 (2014); Johnson et al., "Rational development and characterization of humanized anti-EGFR variant III chimeric antigen receptor T cells for glioblastoma," Sci. Transl. Med. 7:275ra22 (2015)] 참조. scFv의 뮤린 FWR의 인간 FWR로의 치환은 CAR 강직성 신호전달을 폐기하는 데 사용될 수 있다. 763.74(A)의 서열과 안정한 인간 프레임워크 rFW1.4를 정렬하고 중대한 아미노산을 식별했다. 문헌[Ewert et al., "Stability improvement of antibodies for extracellular and intracellular applications: CDR grafting to stable frameworks and structure-based framework engineering," Methods 34:184-199 (2004)] 참조. rFW1.4 서열에 돌연변이가 없는 하나의 CDR 이식편 및 중대한 영역에 최대 24개의 돌연변이가 있는 7개의 변이체가 1차 조작 라운드에서 설계되었다(도 12a). 인간화 scFv 변이체 단독(즉, CAR의 세포외 도메인만) 및 야생형 뮤린 scFv는 이. 콜라이에서 발현되었고, 리폴딩되었으며 크기 배제 크로마토그래피(SEC)에 의해 정제되었다. 야생형 뮤린 scFv 변이체는 응집으로 인해 리폴딩이 불가능했다. 따라서, 본 발명자들은 가용성 형태로 정제할 수 없었다. 이 결과는 뮤린 763.74(A) scFv가 불안정함을 추가로 시사한다. rFW1.4에 돌연변이가 없는 인간화 변이체가 발현되지만 CSPG4에는 결합하지 않는다. 거의 모든 다른 인간화 scFv 변이체는 성공적으로 발현되고 CSPG4+ 세포에 결합할 수 있다. 다음 조작 라운드에서 최소 수의 763.74(A) 뮤린 FW 잔기를 갖는 인간화 변이체는 VH 및 VL의 사슬 셔플링으로 추가로 처리된다. 총 26개의 인간화 scFv가 생성된다. 최소 수의 뮤린 FWR 잔기를 갖고 CSPG4-결합 활성을 보유한 4개의 인간화 scFv(h763.74 #2, h763.74 #3, h763.74 #4 및 h763.74 #5)가 추가 연구를 위해 선택된다(도 12b). CD28 엔도도메인과 함께 모두 4개의 인간화 scFv 763.74(A)를 갖는 CAR을 생성하고 종양 세포와의 시험관내 공동배양 실험을 수행한다. h763.74.CAR #2 및 h763.74.CAR #5를 발현하는 T 세포는 더 우수한 항종양 활성 및 시험관내 IFNγ 및 IL-2의 더 높은 생산에 대한 경향을 보였고 추가 연구를 위해 선택된다(도 12c-e). 2개의 선택된 인간화 scFv h763.74.CAR #2 및 h763.74.CAR #5를 특성화하기 위해(도 13a), 정제된 가용성 scFv를 사용한 저장 안정성 연구가 수행된다. 단백질은 1 mg/ml로 제조하고 4℃ 및 37℃에서 48시간 동안 저장한다. 인큐베이션 후, 샘플은 SEC에 의해 분석하여 단량체 단백질의 백분율을 추정한다. 테스트 조건 하에서 검출가능한 단백질 손실은 관찰되지 않고, 단량체 백분율이 91% - 97% 초과로 유지되었다(도 13b). 이 방법은 모두 4개의 선택된 인간화 scFv가 테스트된 조건에서 단량체이고 4℃ 및 37℃에서 저장 시, 이량체화하거나 응집하지 않음을 입증한다. T 세포에서 h763.74.CAR #2 및 h763.74.CAR #5의 발현은 적절하고(도 6a 및 도 14a), T 세포는 IFNγ의 자발적 방출을 보이지 않는다(도 6b). h763.74.CAR #2 및 h763.74.CAR #5를 발현하는 T 세포는 시험관내에서 CSPG4+ WM115 흑색종 세포 성장을 성공적으로 제어했지만(잔류 종양 세포가 각각 11%±15% 및 10%±17%), CSPG4- M14 흑색종 세포주를 표적화하지 않아, 항원 특이성이 유지됨을 나타낸다(도 6c 및 도 14b). h763.74.CAR #2 및 h763.74.CAR #5를 발현하는 T 세포의 항종양 활성은 IFNγ 및 IL-2의 특이적 생성에 의해 확증된다(도 14c). h763.74.CAR #2 및 h763.74.CAR #5를 발현하는 T 세포는 이종성 WM115 흑색종 마우스 모델에서 CD28 엔도도메인을 인코딩하는 763.74(B) CAR을 발현하는 T 세포와 비교된다(도 6d). h763.74.CAR #2 및 h763.74.CAR #5를 발현하는 T 세포는 강력한 항종양 활성을 보여준다(도 6e 및 도 14d). 더욱이, T 세포는 여러 시점에서 처리된 마우스의 말초 혈액에서(도 14e), 그리고 안락사 시에 간 및 비장에서(도 6f) 검출가능하고, T 세포는 CAR 발현을 보유한다(도 6g). 중요한 것으로, h763.74.CAR #2 및 h763.74.CAR #5를 발현하는 T 세포는 CD28을 갖는 763.74(B) CAR과 비교하여 PD-1의 증가된 발현을 나타내지 않는다(도 14f, g). 전반적으로, 이들 데이터는 scFv의 인간화가 특이적인 항종양 효과를 유지하는 CAR 분자의 강직성 신호전달을 제거하는 데 사용될 수 있음을 보여준다.
SEQUENCE LISTING <110> Cell Medica Inc. The University of North Carolina at Chapel Hill <120> Methods and Compositions for the Reduction of Chimeric Antigen Receptor Tonic Signaling <130> P35071WO00/1104431.00064 <140> PCT/US2021/039672 <141> 2021-06-29 <150> US 63/045,646 <151> 2020-06-29 <160> 381 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 11 <212> PRT <213> Oryctolagus cuniculus <400> 1 Arg Ala Ser Gln Thr Ile Tyr Lys Asn Leu His 1 5 10 <210> 2 <211> 7 <212> PRT <213> Oryctolagus cuniculus <400> 2 Tyr Gly Ser Asp Ser Ile Ser 1 5 <210> 3 <211> 9 <212> PRT <213> Oryctolagus cuniculus <400> 3 Leu Gln Gly Tyr Ser Thr Pro Trp Thr 1 5 <210> 4 <211> 6 <212> PRT <213> Oryctolagus cuniculus <400> 4 Thr Asp Tyr Ser Met His 1 5 <210> 5 <211> 17 <212> PRT <213> Oryctolagus cuniculus <400> 5 Trp Ile Asn Thr Ala Thr Gly Glu Pro Thr Tyr Ala Asp Asp Phe Lys 1 5 10 15 Gly <210> 6 <211> 4 <212> PRT <213> Oryctolagus cuniculus <400> 6 Tyr Tyr Asp Tyr 1 <210> 7 <211> 23 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 7 Glu Ile Val Met Thr Gln Ser Pro Ser 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Ser Ala Arg Thr Val Tyr Leu Gln 1 5 10 15 Ile Asn Asn Leu Arg Asn Glu Asp Thr Ala Thr Tyr Phe Cys Phe Ser 20 25 30 <210> 360 <211> 10 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Recombinant <400> 360 Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser 1 5 10 <210> 361 <211> 11 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Recombinant <400> 361 Trp Gly Gln Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser 1 5 10 <210> 362 <211> 11 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Recombinant <400> 362 Trp Gly Gln Gly Thr Thr Ala Thr Val Ser Ser 1 5 10 <210> 363 <211> 11 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Recombinant <400> 363 Trp Gly Gln Gly Thr Thr Cys Thr Val Ser Ser 1 5 10 <210> 364 <211> 11 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Recombinant <400> 364 Trp Gly Gln Gly Thr Thr Asp Thr Val Ser Ser 1 5 10 <210> 365 <211> 11 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Recombinant <400> 365 Trp Gly Gln Gly Thr Thr Glu Thr Val Ser Ser 1 5 10 <210> 366 <211> 11 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Recombinant <400> 366 Trp Gly Gln Gly Thr Thr Phe Thr Val Ser Ser 1 5 10 <210> 367 <211> 11 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Recombinant <400> 367 Trp Gly Gln Gly Thr Thr Gly Thr Val Ser Ser 1 5 10 <210> 368 <211> 11 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Recombinant <400> 368 Trp Gly Gln Gly Thr Thr His Thr Val Ser Ser 1 5 10 <210> 369 <211> 11 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Recombinant <400> 369 Trp Gly Gln Gly Thr Thr Ile Thr Val Ser Ser 1 5 10 <210> 370 <211> 11 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Recombinant <400> 370 Trp Gly Gln Gly Thr Thr Lys Thr Val Ser Ser 1 5 10 <210> 371 <211> 11 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Recombinant <400> 371 Trp Gly Gln Gly Thr Thr Met Thr Val Ser Ser 1 5 10 <210> 372 <211> 11 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Recombinant <400> 372 Trp Gly Gln Gly Thr Thr Asn Thr Val Ser Ser 1 5 10 <210> 373 <211> 11 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Recombinant <400> 373 Trp Gly Gln Gly Thr Thr Pro Thr Val Ser Ser 1 5 10 <210> 374 <211> 11 <212> PRT <213> Unknown <220> <223> Recombinant <400> 374 Trp Gly Gln Gly Thr 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Claims (20)

  1. 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 대한 결합 특이성을 갖는 결합 구성원으로서, 상기 결합 구성원이
    서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및
    서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1);
    서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2);
    서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3);
    서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)
    를 포함하는 가변 경쇄 서열;
    서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및
    서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1);
    서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2);
    서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3); 및
    서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)
    를 포함하는 가변 중쇄 서열
    을 포함하는, 결합 구성원.
  2. 제1항에 있어서, 상기 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1)이 서열번호 153 내지 158로 이루어진 군으로부터 선택되고;
    상기 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2)가 서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되며;
    상기 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3)이 서열번호 226 내지 231로 이루어진 군으로부터 선택되고; 그리고
    상기 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)가 서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되고;
    상기 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1)은 서열번호 347 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되고;
    상기 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2)는 서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되고;
    상기 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3)은 서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되고; 그리고
    상기 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)는 서열번호 361 내지 362로 이루어진 군으로부터 선택되는, CSPG4에 대한 결합 특이성을 갖는 결합 구성원.
  3. 제1항에 있어서, 상기 가변 경쇄 서열이 서열번호 67 내지 109로 이루어진 군으로부터 선택되는 서열을 포함하고, 상기 가변 중쇄 서열이 서열번호 110 내지 152로 이루어진 군으로부터 선택되는 서열을 포함하는, CSPG4에 대한 결합 특이성을 갖는 결합 구성원.
  4. 핵산으로서,
    서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및
    서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1);
    서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2);
    서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3); 및
    서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)
    를 포함하는 가변 경쇄 서열을 포함하는 폴리펩타이드를 인코딩하는, 핵산.
  5. 핵산으로서,
    서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및
    서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1);
    서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2);
    서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3); 및
    서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)
    를 포함하는 가변 중쇄 서열을 포함하는 폴리펩타이드를 인코딩하는 핵산.
  6. 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물로서,
    서열번호 1 내지 3에 제시된 경쇄 상보성 결정 영역("LCDR") LCDR1 내지 LCDR3 서열 및
    서열번호 153 내지 221로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 1(VL-FR1);
    서열번호 222 내지 225로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 2(VL-FR2);
    서열번호 226 내지 249로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 3(VL-FR3);
    서열번호 250 내지 255로 이루어진 군으로부터 선택되는 경쇄 프레임워크 서열 4(VL-FR4)
    를 포함하는 가변 경쇄 서열;
    서열번호 4 내지 6에 제시된 중쇄 상보성 결정 영역("HCDR") HCDR1 내지 HCDR3 서열 및
    서열번호 256 내지 349로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 1(VH-FR1);
    서열번호 350 내지 353으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 2(VH-FR2);
    서열번호 354 내지 360으로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 3(VH-FR3); 및
    서열번호 361 내지 382로 이루어진 군으로부터 선택되는 중쇄 프레임워크 서열 4(VH-FR4)
    를 포함하는 가변 중쇄 서열
    을 포함하는, 콘드로이틴 설페이트 프로테오글리칸 4(CSPG4)에 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 엑토도메인 서열;
    막관통 도메인 서열; 및
    엔도도메인 서열
    을 포함하는 키메라 항원 수용체(CAR) 코딩 서열을 인코딩하는 핵산 서열을 포함하는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
  7. 제6항에 있어서, 상기 막관통 도메인이 CD28(유전자 ID:940, 12487), CD3-ζ(유전자 ID:919;12503 CD247), CD4(유전자 ID:920, 12504), CD8(유전자 ID:924, 12525), CD16(유전자 ID:2214; 14131; Fcgr3), NKp44(유전자 ID:9436, NCR2), NKp46(유전자 ID:9437, 17086, NCR1) 및 NKG2d(유전자 ID:22914;27007KLRK1)로 이루어진 군으로부터 선택되는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
  8. 제6항에 있어서, 상기 엔도도메인 서열이 CD28(유전자 ID: 940), TNF 수용체 수퍼패밀리 구성원 9(유전자 ID 3604, 예를 들어, 4-1BB 또는 CD137), CD247(유전자 ID 919, CD3-ζ), 2B4(유전자 ID:51744, CD244), 인터루킨 21(IL-21, 유전자 ID 59067), 조혈 세포 신호 변환인자(HCST, 유전자 ID 10870, 예를 들어, DAP10), 막관통 면역 신호전달 어댑터(TYROBP, 유전자 ID 7305; DAP12)로 이루어진 군으로부터 선택되는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
  9. 제6항에 있어서, Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 단백질 서열을 인코딩하는 서열을 추가로 포함하는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
  10. 제9항에 있어서, 상기 발현 작제물이 상기 Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 상기 단백질 서열 및 최대 3개의 추가 단백질 코딩 서열을 포함하는 다중단백질을 인코딩하는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
  11. 제9항에 있어서, 상기 Wnt 신호전달 경로 중의 전사 활성인자에 대한 상기 단백질 서열과 최대 3개의 추가 단백질 코딩 서열이 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱 펩타이드에 의해 분리되는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
  12. 제11항에 있어서, 상기 자율적인 리보솜내 자가-프로세싱이 구제역 바이러스(FMDV) 2A 서열 또는 관련 시스 작용성 가수분해효소 요소(CHYSEL)인, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
  13. 제9항에 있어서, 상기 전사 활성인자가 림프계 인핸서 결합 인자 1(LEF1, 유전자 ID 51176), 베타-카테닌((CTNNB1, 유전자 ID 1499)), Smad3(유전자 ID 4088), HNF1 호메오박스(homeobox) A(HNF1A, 유전자 ID: 6927(alt. TCF1), 전사 인자 7(TCF7, 유전자 ID:6932(alt. TCF1) 및 TLE 패밀리 구성원 1, 전사 공동억제인자(TLE 1, 유전자 ID 7088)로 이루어진 군으로부터 선택되는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
  14. 제13항에 있어서, 상기 LEF1이 기준 서열(RefSeq) ID 번호: NP_057353.1, NP_001124185.1, 및 NP_001124186.1로 이루어진 군으로부터 선택되는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
  15. 제10항에 있어서, 성장 인자에 대한 적어도 하나의 단백질 코딩 서열을 추가로 포함하는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
  16. 제15항에 있어서, 상기 성장 인자가 인터루킨-15(IL-15), 인터루킨-7(IL-7), 인터루킨-12(IL-12), 인터루킨-18(IL-18), 인터루킨-21(IL-21), 인터루킨-27(IL-27), 인터루킨-33(IL-33), 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
  17. 제15항에 있어서, 성장 인자에 대한 상기 단백질 코딩 서열이 구제역 바이러스(FMDV) 2A 서열 또는 FMDV 2A 관련 시스 작용성 가수분해효소 요소(CHYSEL) 서열에 의해 상기 CAR 코딩 서열로부터 분리되는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
  18. 제6항에 있어서, 상기 엑토도메인 서열이 스페이서 도메인을 추가로 포함하는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
  19. 제6항에 있어서, 상기 엔도도메인이 CD3-제타 사슬에 프레임내 융합된 4-1BB의 신호 서열을 포함하는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
  20. 제6항에 있어서, MHC 클래스 I 또는 MHC 클래스 II 유전자를 표적화하는 작은 헤어핀 RNA(shRNA) 서열을 인코딩하는 DNA 서열을 추가로 포함하고, 상기 shRNA 서열은 인공 마이크로RNA(amiR) 스캐폴드에 내포되어 있는, 키메라 항원 수용체(CAR) 발현 작제물.
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