KR20230030622A - 혈액학적 악성 종양의 치료를 위한 이중특이적 CD123 x CD3 디아바디의 사용 - Google Patents

혈액학적 악성 종양의 치료를 위한 이중특이적 CD123 x CD3 디아바디의 사용 Download PDF

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Abstract

본 발명은 화학치료제 및/또는 저메틸화제에 대해 불응성인 혈액학적 악성 종양을 포함하는, 급성 골수성 백혈병 (AML) 또는 골수이형성 증후군 (MDS)과 같은 혈액학적 악성 종양을 치료하는 방법에 관한 것이다. 방법은 환자에게 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자를 상기 환자의 상기 혈액학적 악성 종양의 세포의 살해를 자극하기에 효과적인 양으로 투여하는 단계와 관련이 있다. 본 발명은 이러한 투여 전의 환자의 세포 샘플이 하나 이상의 표적 유전자의 발현의 베이스라인 수준, 예를 들어, 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 기준 집단에서 이러한 유전자의 발현의 베이스라인 수준에 비해, 또는 기준 유전자의 발현의 수준에 관하여 증가된 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 입증하는 이러한 방법의 구체예와 특히 관련이 있다.

Description

혈액학적 악성 종양의 치료를 위한 이중특이적 CD123 x CD3 디아바디의 사용
서열 목록에 대한 참조:
본 출원은 37 C.F.R. 1.821 et seq.에 따르는 하나 이상의 서열 목록을 포함하며, 이것은 컴퓨터로 판독 가능한 매체 (파일명: 1301_0167P1_ST25.txt, 2020년 6월 17일에 생성되고, 31,062 바이트의 크기를 가짐)로 개시되고, 이 파일은 그 전체가 본원에 참조로 포함된다.
본 발명의 분야:
본 발명은 화학치료제 및/또는 저메틸화제에 대해 불응성인 혈액학적 악성 종양을 포함하는, 급성 골수성 백혈병 (AML) 또는 골수이형성 증후군 (MDS)과 같은 혈액학적 악성 종양을 치료하는 방법에 관한 것이다. 방법은 환자에게 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자를 상기 환자의 상기 혈액학적 악성 종양의 세포의 살해를 자극하기에 효과적인 양으로 투여하는 단계와 관련이 있다. 본 발명은 이러한 투여 전의 환자의 세포 샘플이 하나 이상의 표적 유전자의 발현의 베이스라인 수준, 예를 들어, 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 기준 집단에서 이러한 유전자의 발현의 베이스라인 수준에 비해, 또는 기준 유전자의 발현의 수준에 관하여 증가된 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 입증하는 이러한 방법의 구체예와 특히 관련이 있다.
I. CD123
CD123 (인터류킨 3 수용체 알파, IL-3Ra)은 40 kDa 분자이고 인터류킨 3 수용체 복합체의 일부이다 (Stomski, F.C. et al. (1996) "Human Interleukin-3 (IL-3) Induces Disulfide-Linked IL-3 Receptor Alpha- And Beta-Chain Heterodimerization, Which Is Required For Receptor Activation But Not High-Affinity Binding," Mol. Cell. Biol. 16(6):3035-3046). 인터류킨 3 (IL-3)은 적혈구, 골수 및 림프 전구물질의 세포로의 다능성 줄기 세포의 조기 분화를 구동시킨다. CD123은 CD34+ 수임된(committed) 전구물질 상에서 발현되지만 (Taussig, D.C. et al. (2005) "Hematopoietic Stem Cells Express Multiple Myeloid Markers: Implications For The Origin And Targeted Therapy Of Acute Myeloid Leukemia," Blood 106:4086-4092), CD34+/CD38- 정상적인 조혈성 줄기 세포에 의해서는 발현되지 않는다. CD123은 호염기구, 비만 세포, 형질세포양 수지상세포에 의해 발현되고, 단핵구, 대식 세포 및 호산구에 의해 약간 발현되고, 호중구 및 거대핵세포에 의해서는 낮게 발현되거나 발현되지 않는다. 일부 비-조혈성 조직 (태반, 고환의 라이디히 세포(Leydig cell), 특정 뇌 세포 요소 및 일부 내피 세포)은 CD123을 발현하지만, 발현은 대부분 세포질에서 이루어진다.
CD123은 백혈병 아세포 및 백혈병 줄기 세포 (LSC)에 의해 발현되는 것으로 보고된다 (Jordan, C.T. et al. (2000) "The Interleukin-3 Receptor Alpha Chain Is A Unique Marker For Human Acute Myelogenous Leukemia Stem Cells," Leukemia 14:1777-1784; Jin, W. et al. (2009) "Regulation Of Th17 Cell Differentiation And EAE Induction By MAP3K NIK," Blood 113:6603-6610). 인간 정상 전구물질 집단에서, CD123은 정상적인 조혈성 줄기 세포 (HSC)가 아니라 조혈성 전구 세포 (HPC)의 부분집합에 의해 발현된다. CD123은 또한 형질세포양 수지상세포 (pDC) 및 호염기구에 의해 발현되고, 단핵구 및 호산구에 의해 더 낮은 정도로 발현된다 (Lopez, A.F. et al. (1989) "Reciprocal Inhibition Of Binding Between Interleukin 3 And Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor To Human Eosinophils," Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 86:7022-7026; Sun, Q. et al. (1996) "Monoclonal Antibody 7G3 Recognizes The N-Terminal Domain Of The Human Interleukin-3 (IL-3) Receptor Alpha Chain And Functions As A Specific IL-3 Receptor Antagonist," Blood 87:83-92; Munoz, L. et al. (2001) "Interleukin-3 Receptor Alpha Chain (CD123) Is Widely Expressed In Hematologic Malignancies," Haematologica 86(12):1261-1269; Masten, B.J. et al. (2006) "Characterization Of Myeloid And Plasmacytoid Dendritic Cells In Human Lung," J. Immunol. 177:7784-7793; Korpelainen, E.I. et al. (1995) "Interferon-Gamma Upregulates Interleukin-3 (IL-3) Receptor Expression In Human Endothelial Cells And Synergizes With IL-3 In Stimulating Major Histocompatibility Complex Class II Expression And Cytokine Production," Blood 86:176-182).
CD123은 급성 골수성 백혈병 (AML) 및 골수이형성 증후군 (MDS)을 포함한 혈액학적 악성 종양의 넓은 범위 내에서 악성 세포 상에서 과발현되는 것으로 보고되었다 (Munoz, L. et al. (2001) "Interleukin-3 Receptor Alpha Chain (CD123) Is Widely Expressed In Hematologic Malignancies," Haematologica 86(12):1261-1269). CD123의 과발현은 AML의 불량한 예후와 관련이 있다 (Tettamanti, M.S. et al. (2013) "Targeting Of Acute Myeloid Leukaemia By Cytokine-Induced Killer Cells Redirected With A Novel CD123-Specific Chimeric Antigen Receptor," Br. J. Haematol. 161:389-401).
II. CD3
CD3은 4개의 별개의 사슬로 구성된 T 세포 공수용체이다 (Wucherpfennig, K.W. et al. (2010) "Structural Biology Of The T-Cell Receptor: Insights Into Receptor Assembly, Ligand Recognition, And Initiation Of Signaling," Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2(4):a005140; pages 1-14). 포유동물에서, 복합체는 CD3γ 사슬, CD3δ 사슬, 및 2개의 CD3ε 사슬을 함유한다. 이들 사슬은 T 림프구에서 활성화 신호를 생성하기 위해 T 세포 수용체 (TCR)로 알려져 있는 분자와 회합한다. CD3의 부재시, TCR은 적절하게 조립되지 않고 분해된다 (Thomas, S. et al. (2010) "Molecular Immunology Lessons From Therapeutic T-Cell Receptor Gene Transfer," Immunology 129(2):170-177). CD3은 모든 성숙한 T 세포의 막에 결합되는 것으로 발견되고, 사실상 다른 세포 유형에서는 발견되지 않는다 (Janeway, C.A. et al. (2005) In: Immunobiology: The Immune System In Health And Disease," 6th Ed., Garland Science Publishing, NY, pp. 214- 216; Sun, Z. J. et al. (2001) "Mechanisms Contributing To T Cell Receptor Signaling And Assembly Revealed By The Solution Structure Of An Ectodomain Fragment Of The CD3ε:γ Heterodimer," Cell 105(7):913-923; Kuhns, M.S. et al. (2006) "Deconstructing The Form And Function Of The TCR/CD3 Complex," Immunity. 2006 Feb;24(2):133-139 참조).
III. AML 및 MDS
급성 골수성 백혈병 (AML) 및 골수이형성 증후군 (MDS)은 일반적으로 휴면 상태이며 (즉, 빠르게 분열하는 세포가 아니며) 그러므로 세포사 (아폽토시스(apoptosis)) 및 통상적인 화학치료제에 저항하는 백혈병 줄기 세포 (LSC)의 작은 집단에서 발생하고, 그것에 의해 영속화되는 것으로 생각된다. LSC는 높은 수준의 CD123 발현을 특징으로 하며, 이것은 정상적인 인간 골수의 상응하는 정상 조혈성 줄기 세포 집단에서는 존재하지 않는다 (Jin, W. et al. (2009) "Regulation Of Th17 Cell Differentiation And EAE Induction By MAP3K NIK," Blood 113:6603-6610; Jordan, C.T. et al. (2000) "The Interleukin-3 Receptor Alpha Chain Is A Unique Marker For Human Acute Myelogenous Leukemia Stem Cells," Leukemia 14:1777-1784). CD123은 AML의 45%-95%, 모양 세포 백혈병 (HCL)의 85%, 및 급성 B 림프아구성 백혈병 (B-ALL)의 40%에서 발현된다. CD123 발현은 또한 다수의 다른 악성 종양/전악성 종양과 관련이 있다: 만성 골수성 백혈병 (CML) 전구 세포 (급성기(blast crisis) CML 포함); 호지킨 리드 스텐버그 (RS) 세포(Hodgkin's Reed Sternberg cell); 형질전환된 비-호지킨 림프종(non-Hodgkin's lymphoma) (NHL); 일부 만성 림프구성 백혈병 (CLL) (CD11c+); 급성 T 림프아구성 백혈병 (T-ALL)의 부분집합 (16%, 대부분 미숙함, 주로 성인), 형질세포양 수지상세포 (pDC) DC2 악성 종양 및 CD34+/CD38-골수이형성 증후군 (MDS) 골수 세포 악성 종양.
AML은 골수에서 형질전환된 골수 전구 세포의 증식 및 축적을 특징으로 하는 클론 질환이며, 이것은 궁극적으로는 조혈성 기능 부전으로 이어진다. AML의 발생률은 나이에 따라 증가하고, 고령의 환자는 전형적으로 젊은 환자보다 더 나쁜 치료 결과를 나타낸다 (Robak, T. et al. (2009) "Current And Emerging Therapies For Acute Myeloid Leukemia," Clin. Ther. 2:2349-2370). 불행하게도, 현재는, AML에 걸린 대부분의 성인은 질환으로 사망한다.
AML에 대한 치료는 처음에는 관해의 유도 (유도 요법)에 초점을 맞추었다. 관해가 달성되면, 치료는 이러한 관해의 확보 (관해 후 또는 강화 요법) 및, 어떤 경우에는, 유지 요법에 초점을 맞추도록 변화한다. AML에 대한 표준 관해 유도 패러다임은 안트라사이클린/시타라빈 조합으로의 화학요법에 이어서, 집중 치료를 견딜 수 있는 환자의 능력 및 화학요법 단독으로의 치유 가능성에 따라, 강화 화학요법 (보통 유도 기간 동안 사용된 것과 동일한 약물의 더 큰 용량을 이용함) 또는 인간 줄기 세포 이식이 뒤따른다 (예를 들어, Roboz, G.J. (2012) "Current Treatment Of Acute Myeloid Leukemia," Curr. Opin. Oncol. 24:711-719 참조).
유도 요법에서 빈번하게 사용되는 작용제는 시타라빈 및 안트라사이클린을 포함한다. 시타라빈 (AraC로도 알려져 있음)은 DNA 합성을 방해하여 암 세포 (및 다른 빠르게 분열하는 정상 세포)를 살해한다. AraC 치료와 관련된 부작용은 감소된 백혈구 생산의 결과인 감염에 대한 저항성의 감소; 감소된 혈소판 생산의 결과인 출혈; 및 적혈구의 잠재적인 감소로 인한 빈혈을 포함한다. 다른 부작용은 구역질 및 구토를 포함한다. 안트라사이클린 (예를 들어, 다우노루비신, 독소루비신, 및 이다루비신)은 DNA 및 RNA 합성의 억제, DNA의 고차 구조의 붕괴, 및 세포를 손상시키는 유리 산소 라디칼의 생산을 포함한 여러 작용 방식을 갖고 있다. 안트라사이클린의 가장 중대한 부작용은 심장독성이며, 이것은 투여되는 평생 용량 및, 어느 정도로는, 그것들의 유용성을 상당히 제한한다.
줄기 세포 이식은 첫 번째 또는 후속 관해에서 AML에 걸린 환자에서 항-백혈병 요법의 가장 효과적인 형태로 확립되어 있다 (Roboz, G.J. (2012) "Current Treatment Of Acute Myeloid Leukemia," Curr. Opin. Oncol. 24:711-719). 하지만, 불행하게도, 새롭게 진단된 AML의 치료의 상당한 진전에도, 환자 중 20% 내지 40%는 표준 유도 화학요법으로 관해를 달성하지 못하고, 첫 번째 완전한 관해에 진입한 환자 중 50% 내지 70%는 3년 이내에 재발할 것으로 예상된다. 재발시, 또는 저항성 질환에 걸린 환자에 대해 최적의 전략은 여전히 불확실하다 (Tasian, S.K. (2018 "Acute Myeloid Leukemia Chimeric Antigen Receptor T-Cell Immunotherapy: How Far Up The Road Have We Traveled?," Ther. Adv. Hematol. 9(6):135-148; Przespolewski, A. et al. (2018) "Advances In Immunotherapy For Acute Myeloid Leukemia" Future Oncol. 14(10):963-978; Shimabukuro-Vornhagen, A. et al. (2018) "Cytokine Release Syndrome," J. Immunother. Cancer. 6(1):56 pp. 1-14; Milone, M.C. et al. (2018) "The Pharmacology of T Cell Therapies," Mol. Ther. Methods Clin. Dev. 8:210-221; Dhodapkar, M.V. et al. (2017) "Hematologic Malignancies: Plasma Cell Disorders," Am. Soc. Clin. Oncol. Educ. Book. 37:561-568; Kroschinsky, F. et al. (2017) "New Drugs, New Toxicities: Severe Side Effects Of Modern Targeted And Immunotherapy Of Cancer And Their Management," Crit. Care 14;21(1):89 참조). 따라서, 새로운 치료 전략이 필요하다.
IV. 이중특이적 분자
비-단일특이적 분자 (예를 들어, 이중특이적 항체, 이중특이적 디아바디, BiTE® 항체, 등)의 공급은 천연 항체와 같은 단일특이적 분자보다 큰 이점을 제공한다: 상이한 에피토프를 발현하는 세포를 동시-결찰하고 공존시키는 능력. 따라서 이중특이적 분자는 요법 및 면역진단을 포함하는 광범위한 용도를 갖는다. 이중특이성은 다양한 용도에서 디아바디의 디자인 및 조작에 있어서 큰 유연성을 허용하여, 멀티머 항원에 대한 향상된 결합력, 상이한 항원의 교차결합, 및 2개의 표적 항원의 존재에 의존하는 특정 세포 유형에 대해 유도된 표적화를 제공한다. 상이한 세포의 동시-결찰, 예를 들어, 종양 세포에 대한 효과기 세포, 예컨대 세포독성 T 세포의 교차결합이 특히 중요하다 (Staerz et al. (1985) "Hybrid Antibodies Can Target Sites For Attack By T Cells," Nature 314:628-631, 및 Holliger et al. (1996) "Specific Killing Of Lymphoma Cells By Cytotoxic T-Cells Mediated By A Bispecific Diabody," Protein Eng. 9:299-305).
천연 항체보다 더 큰 능력을 가진 분자를 제공하기 위해서, 다양한 재조합 이중특이적 항체 포맷이 개발되었으며 (예를 들어, PCT 공개 번호 WO 2008/003116, WO 2009/132876, WO 2008/003103, WO 2007/146968, WO 2009/018386, WO 2012/009544, WO 2013/070565 참조), 그 중 대부분은 추가의 결합 단백질 (예를 들어, scFv, VL, VH, 등)을 항체 코어 (IgA, IgD, IgE, IgG 또는 IgM)에, 또는 그 안에 융합시키거나, 또는 다수의 항체 결합 부분 (예를 들어, 2개의 Fab 단편 또는 scFv)을 서로 융합시키기 위해 링커 펩타이드를 사용한다. 대안의 포맷은 결합 단백질 (예를 들어, scFv, VL, VH, 등)을 다이머화 도메인, 예컨대 CH2-CH3 도메인에, 또는 CL 및 CH1 도메인이 그것들의 각각의 천연 위치에서 전환되고 및/또는 VL 및 VH 도메인이 하나 초과의 항원에 결합할 수 있도록 다양화된 (WO 2008/027236; WO 2010/108127) 대안의 폴리펩타이드 (WO 2005/070966, WO 2006/107786 WO 2006/107617, WO 2007/046893) 및 다른 포맷에 융합시키기 위해 링커 펩타이드를 사용한다.
해당 기술은 2개 이상의 상이한 에피토프 종에 결합할 수 있는 디아바디를 생산하는 능력을 추가적으로 언급하였다 (예를 들어, Holliger et al. (1993) "'Diabodies': Small Bivalent And Bispecific Antibody Fragments," Proc. Natl. Acad. Sci. (U.S.A.) 90:6444-6448 참조). 안정하고 공유 결합된 헤테로다이머 비-단일특이적 디아바디가 기재되어 있다 (예를 들어, WO 2006/113665; WO/2008/157379; WO 2010/080538; WO 2012/018687; WO/2012/162068; Johnson, S. et al. (2010) "Effector Cell Recruitment With Novel Fv-Based Dual-Affinity Re-Targeting Protein Leads To Potent Tumor Cytolysis And In Vivo B-Cell Depletion," J. Molec. Biol. 399(3):436-449; Veri, M.C. et al. (2010) "Therapeutic Control Of B Cell Activation Via Recruitment Of Fcgamma Receptor IIb (CD32B) Inhibitory Function With A Novel Bispecific Antibody Scaffold," Arthritis Rheum. 62(7):1933-1943; Moore, P.A. et al. (2011) "Application Of Dual Affinity Retargeting Molecules To Achieve Optimal Redirected T-Cell Killing Of B-Cell Lymphoma," Blood 117(17):4542-4551 참조). 이러한 디아바디는 하나 이상의 시스테인 잔기를 각각의 이용된 폴리펩타이드 종에 통합시킨다. 예를 들어, 이러한 작제물의 C-말단으로의 시스테인 잔기의 추가는 폴리펩타이드 사슬 사이에서 이황화 결합을 허용하여, 2가 분자의 결합 특성을 방해하지 않으면서 결과로 생성된 헤테로다이머를 안정화시키는 것으로 나타났다. 이에 더하여, 디아바디-유사 도메인을 포함하는 3가 분자가 기재되었다 (예를 들어, WO 2015/184203; 및 WO 2015/184207 참조). 디아바디 에피토프 결합 도메인은 또한 T 림프구, 자연 살해 (NK) 세포 또는 다른 단핵 세포 상에서 발현되는 임의의 면역 효과기 세포의 표면 결정요인, 예컨대 CD3, CD16, CD32, 또는 CD64로 향할 수 있다. 많은 연구에서, 효과기 세포 결정요인, 예를 들어, Fcγ 수용체 (FcγR)에 결합하는 디아바디는 또한 효과기 세포를 활성화시키는 것으로 발견되었다 (Holliger et al. (1996) "Specific Killing Of Lymphoma Cells By Cytotoxic T-Cells Mediated By A Bispecific Diabody," Protein Eng. 9:299-305; Holliger et al. (1999) "Carcinoembryonic Antigen (CEA)-Specific T-cell Activation In Colon Carcinoma Induced By Anti-CD3 x Anti-CEA Bispecific Diabodies And B7 x Anti-CEA Bispecific Fusion Proteins," Cancer Res. 59:2909-2916; WO 2006/113665; WO 2008/157379; WO 2010/080538; WO 2012/018687; WO 2012/162068). 정상적으로는, 효과기 세포 활성화는 Fc-FcγR 상호작용을 통한 효과기 세포로의 항원-결합된 항체의 결합에 의해 촉발되며; 따라서, 이 점에 있어서, 디아바디 분자는 그것들이 Fc 도메인을 포함하는지 여부와 관계없이 Ig-유사 기능성을 나타낼 수 있다 (예를 들어, 당업계에 공지되거나 본원에서 예시된 임의의 효과기 기능 검정 (예를 들어, ADCC 검정)에서 분석됨). 종양과 효과기 세포를 교차결합시킴으로써, 디아바디는 효과기 세포를 종양 세포 근처로 가져올 뿐만 아니라, 효과적인 종양 살해로 이어진다 (예를 들어, Cao et al. (2003) "Bispecific Antibody Conjugates In Therapeutics," Adv. Drug. Deliv. Rev. 55:171-197 참조).
CD123-발현 악성 종양 세포의 T 세포 재방향성 세포 살해를 매개할 수 있는 CD123 및 CD3을 표적화하는 여러 이중특이적 분자가 개발 중이다 (예를 들어, Vey, N., et al. (2017) "Interim Results From A Phase 1 First-In-Human Study Of Flotetuzumab, a CD123 x CD3 Bispecific DART Molecule In AML/MDS," Annals of Oncology, 28(S5)5, mdx373.001; Godwin, C.D., et al. (2017) "Bispecific Anti-CD123 x Anti-CD3 Adaptir™ Molecules APVO436 and APVO437 Have Broad Activity Against Primary Human AML Cells In Vitro" Blood. 130(S1): 2639; Forslund, A., et al. (2016) "Ex Vivo Activity Profile of the CD123xCD3 Duobody® Antibody JNJ-63709178 Against Primary Acute Myeloid Leukemia Bone Marrow Samples" Blood 128(22):2875. 참조). 하지만, T 세포를 혈액학적 악성 종양의 위치로 표적화할 수 있는 이중특이적 결합 분자를 이용하려는 노력은 충분히 성공적이지 않았다. E따라서, CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자로 혈액학적 악성 종양을 치료하기 위한 새로운 전략을 개발하기 위한 충족되지 않은 필요성이 남아있다. 본 발명은 하기 기재된 바와 같이 이 필요성 등을 직접 해결한다.
본 발명은 화학치료제 및/또는 저메틸화제에 대해 불응성인 혈액학적 악성 종양을 포함하는, 급성 골수성 백혈병 (AML) 또는 골수이형성 증후군 (MDS)과 같은 혈액학적 악성 종양을 치료하는 방법에 관한 것이다. 방법은 환자에게 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자를 환자의 혈액학적 악성 종양의 세포의 살해를 자극하기에 효과적인 양으로 투여하는 단계와 관련이 있다. 본 발명은 이러한 투여 전의 환자의 세포 샘플이 하나 이상의 표적 유전자의 발현의 베이스라인 수준, 예를 들어, 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 기준 집단에서 이러한 유전자의 발현의 베이스라인 수준에 비해, 또는 기준 유전자의 발현의 수준에 관하여 증가된 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 입증하는 이러한 방법의 구체예와 특히 관련이 있다.
상세히 설명하면, 본 발명은 환자가 혈액학적 악성 종양을 치료하기 위한 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 사용에 대해 적합한 반응자인지 여부를 결정하는 방법을 제공하며, 방법은 다음 단계를 포함한다:
(a) 하나 이상의 표적 및/또는 기준 유전자의 발현에 비해 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 투여 전의 환자의 세포 샘플에서 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 평가하는 단계; 및
(b) 하나 이상의 표적 유전자의 발현이 하나 이상의 표적 및/또는 기준 유전자의 발현에 비해 증가된 것으로 발견되면 환자를 CD123 x CD3 이중특이적 분자로의 치료에 적합한 반응자로 확인하는 단계로서, 상기 하나 이상의 표적 유전자는 SERPHINH1, NOTCH2, FCGR3A/B, FPR1, FBP1, PDGFA, CRABP2, THBS1, ICOS 및 CD8B로 이루어진 군으로부터 선택되는, 단계.
본 발명은 (i) 하나 이상의 표적 유전자의 발현; 및 (ii) 그 발현이 혈액학적 악성 종양과 특징적으로 관련이 없는 하나 이상의 기준 유전자를 평가하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 환자의 하나 이상의 기준 유전자의 베이스라인 발현에 비해 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 평가하는 단계를 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체 또는 이러한 개체의 집단의 하나 이상의 표적 유전자의 발현에 비해 환자의 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 평가하는 단계를 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다. 본 발명은 이러한 환자의 하나 이상의 표적 유전자의 발현이 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체 또는 이러한 개체의 집단의 이러한 표적 유전자(들)의 발현 수준의 제1 사분위수보다 크거나 (즉, 하위 25%보다 크거나), 제2 사분위수보다 크거나 (즉, 하위 50%보다 크거나), 또는 제3 사분위수보다 큰 (즉, 하위 75%보다 큰) 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 본 발명의 방법 및 조성물을 사용하여 혈액학적 악성 종양에 대해 이전에 성공적으로 치료되지 않은 개체 (예를 들어, CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용하는 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응하지 않은 개체), 또는 이러한 개체의 집단의 하나 이상의 표적 유전자의 발현에 비해 환자의 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 평가하는 단계를 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다. 본 발명은 이러한 환자의 하나 이상의 표적 유전자의 발현이 성공적으로 치료되지 않은 개체 또는 이러한 개체의 집단의 이러한 표적 유전자(들)의 발현 수준의 제1 사분위수보다 크거나 (즉, 하위 25%보다 크거나), 제2 사분위수보다 크거나 (즉, 하위 50%보다 크거나), 또는 제3 사분위수보다 큰 (즉, 하위 75%보다 큰) 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 본 발명의 방법 및 조성물을 사용하여 혈액학적 악성 종양에 대해 이전에 성공적으로 치료된 개체 (예를 들어, CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용하는 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응한 개체) 또는 이러한 개체의 집단의 하나 이상의 표적 유전자의 발현에 비해 환자의 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 평가하는 단계를 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다. 본 발명은 이러한 환자의 하나 이상의 표적 유전자의 발현이 성공적으로 치료된 개체 또는 이러한 개체의 이러한 집단의 이러한 표적 유전자(들)의 발현 수준의 제1 사분위수 이내 (즉, 하위 25% 이내), 제2 사분위수 이내 (즉, 하위 25%와 50% 사이), 또는 제3 사분위수 이내 (즉, 하위 50%와 75% 사이)에 있는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 집단에서 하나 이상의 표적 유전자의 상대적인 발현 수준이 개체의 집단으로부터 얻어진 세포 샘플에서 유전자 발현 수준의 평균을 계산하여 확립되는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 이러한 환자가
(a) 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단에서 이러한 표적 유전자의 발현 수준의 제1 사분위수보다 크거나;
(b) CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응하지 않은 개체의 집단에서 이러한 표적 유전자의 발현 수준의 제1 사분위수보다 크거나; 또는
(c) CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응한 개체의 집단에서 이러한 표적 유전자의 발현 수준의 적어도 제1 사분위수 이내에 있는
이러한 표적 유전자 중 적어도 하나의 발현 수준을 나타내는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 이러한 환자가
(a) 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단에서 이러한 표적 유전자의 발현 수준의 제2 사분위수보다 크거나;
(b) CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응하지 않은 개체의 집단에서 이러한 표적 유전자의 발현 수준의 제2 사분위수보다 크거나; 또는
(c) CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응한 개체의 집단에서 이러한 표적 유전자의 발현 수준의 적어도 제2 사분위수 이내에 있는
이러한 표적 유전자 중 적어도 하나의 발현 수준을 나타내는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 이러한 환자가
(a) 상기 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단에서 이러한 표적 유전자의 발현 수준의 제3 사분위수보다 크거나; 또는
(b) CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 상기 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응하지 않은 개체의 집단에서 이러한 표적 유전자의 발현 수준의 제3 사분위수보다 큰
이러한 표적 유전자 중 적어도 하나의 발현 수준을 나타내는 이러한 방법의 구체예를 더 제공하고; 본 발명은 환자가 이러한 치료, 및 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 투여가 환자의 혈액학적 악성 종양의 세포의 살해를 자극하는 이러한 방법에 대해 적합한 반응자인 것으로 결정되면 환자에게 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 치료 투약량을 투여하는 단계를 더 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 혈액학적 악성 종양을 치료하는 방법을 더 제공하며, 방법은
(a) 환자가 혈액학적 악성 종양을 치료하기 위한 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 사용에 적합한 반응자인지 여부를 결정하기 위해서 상기 구체예 중 어느 하나의 방법을 이용하는 단계;
(b) 환자가 이러한 치료에 적합한 반응자인 것으로 결정되면 환자에게 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 치료 투약량을 투여하는 단계
를 포함하며, CD123 x CD3 이중특이적 분자의 투여는 환자에서 혈액학적 악성 종양의 세포의 살해를 자극한다.
본 발명은 치료 시작 후 환자로부터 얻어진 세포 샘플에서 이러한 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 1회 이상 평가하는 단계를 추가적으로 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 세포 샘플이 골수 또는 혈액 샘플인 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다. 특히, 이러한 방법의 구체예에서 세포 샘플은 골수 샘플이다.
본 발명은 환자의 골수의 샘플에서 하나 이상의 표적 유전자의 발현 수준을 검출하는 단계를 더 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다. 본 발명은 하나 이상의 기준 유전자의 발현 수준을 검출하는 단계를 더 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은, 특히, CD123 x CD3 이중특이적 분자의 투여 전에 환자의 골수의 샘플에서 이러한 하나 이상의 표적 유전자 및/또는 이러한 하나 이상의 기준 유전자의 발현 수준을 검출하는 단계를 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 발현의 평가 또는 환자가 혈액학적 악성 종양을 치료하기 위한 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 사용에 적합한 반응자인지 여부의 결정이
(a) 유전자 발현 플랫폼을 사용하여 하나 이상의 세포 샘플(들)에서 각각의 표적 유전자에 대한 유전자 발현 수준을 결정하고;
(b) 표적 유전자 발현 수준을 하나 이상의 기준 유전자의 발현 수준과 비교함으로써
수행되는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 발현의 평가 또는 환자가 혈액학적 악성 종양을 치료하기 위한 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 사용에 적합한 반응자인지 여부의 결정이
(a) 하우스키핑(housekeeping) 유전자의 기준 유전자 세트를 포함하는 유전자 발현 플랫폼에서 하나 이상의 세포 샘플(들)에서 각각의 표적 유전자에 대한 미처리(raw) RNA 수준을 측정하고;
(b) 내부 기준 유전자의 측정된 RNA 수준을 사용하여 표적 유전자에 대한 각각의 측정된 미처리 RNA 수준에 상대적인 발현 값을 할당함으로써
수행되는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 하나 이상의 기준 유전자가 ABCF1, G6PD, NRDE2, OAZ1, POLR2A, SDHA, STK11IP, TBC1D10B, TBP, 및 UBB 중 하나 이상을 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 유전자 시그니쳐(signature) 점수가 하나 이상의 표적 유전자에 대해 결정되는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다. 본 발명의 특정 구체예에서 이러한 유전자 시그니쳐 점수는
(a) 하우스키핑 유전자의 기준 유전자 세트를 포함하는 유전자 발현 플랫폼을 사용하여 하나 이상의 세포 샘플에서 각각의 표적 유전자에 대한 미처리 RNA 수준을 측정하는 단계,
(b) 각각의 측정된 미처리 RNA 수준을 이러한 하우스키핑 유전자의 기하학적 평균에 대해 표준화하고, 선택적으로 각각의 RNA 값을 표준에 대해 추가로 표준화하는 단계,
(c) 각각의 표준화된 RNA 값을 로그 변환하는 단계,
(d) 시그니쳐에서 각각의 표적 유전자에 대한 로그 변환된 RNA 값을 합계하는 단계, 및
(e) 유전자 시그니쳐 점수를 생성하기 위해 표준화된 로그 변환된 RNA 값의 합계를 시그니쳐의 표적 유전자의 수로 나누는 단계
를 포함하는 과정에 의해 각각의 표적 유전자의 미처리 RNA 수준으로부터 결정된다.
본 발명은
(a) 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단에서 표적 유전자 중 하나 이상의 발현 수준으로부터 계산된 유전자 시그니쳐에 대한 점수의 제1 사분위수보다 크거나; 또는
(b) CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응하지 않은 개체의 집단에서 표적 유전자 중 하나 이상의 발현 수준으로부터 계산된 유전자 시그니쳐에 대한 점수의 제1 사분위수보다 크거나; 또는
(c) CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응한 개체의 집단에서 표적 유전자 중 하나 이상이 발현 수준으로부터 계산된 유전자 시그니쳐에 대한 점수의 적어도 제1 사분위수 이내에 있는
환자 유전자 시그니쳐 점수가 CD123 x CD3 이중특이적 분자로의 치료에 대한 더 바람직한 환자 반응을 나타내는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은
(a) 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단에서 표적 유전자 중 하나 이상의 발현 수준으로부터 계산된 유전자 시그니쳐에 대한 제2 사분위수보다 크거나; 또는
(b) CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응하지 않은 개체의 집단에서 표적 유전자 중 하나 이상의 발현 수준으로부터 계산된 유전자 시그니쳐에 대한 제2 사분위수보다 크거나; 또는
(c) CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응한 개체의 집단에서 표적 유전자 중 하나 이상의 발현 수준으로부터 계산된 유전자 시그니쳐에 대한 점수의 적어도 제2 사분위수 이내에 있는
환자 유전자 시그니쳐 점수가 CD123 x CD3 이중특이적 분자로의 치료에 대한 더 바람직한 환자 반응을 나타내는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은
(a) 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단에서 표적 유전자 중 하나 이상의 발현 수준으로부터 계산된 유전자 시그니쳐에 대한 점수의 제3 사분위수보다 크거나; 또는
(b) CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응하지 않은 개체의 집단에서 표적 유전자 중 하나 이상의 발현 수준으로부터 계산된 유전자 시그니쳐에 대한 점수의 제3 사분위수보다 큰
환자 유전자 시그니쳐 점수가 CD123 x CD3 이중특이적 분자로의 치료에 대한 더 바람직한 환자 반응을 나타내는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 CD123 x CD3 이중특이적 분자가 이중특이적 항체 또는 scFv를 포함하는 이중특이적 분자인 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 CD123 x CD3 이중특이적 분자가 JNJ-63709178, XmAb14045 또는 APVO436인 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 CD123 x CD3 이중특이적 분자가 2, 3, 또는 4개의 폴리펩타이드 사슬을 가진 공유 결합된 이중특이적 디아바디인 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 CD123 x CD3 이중특이적 분자가
(a) 서열 번호: 6의 CDR을 포함하는 VHCD123 도메인; 및
(b) 서열 번호: 10의 CDR을 포함하는 VLCD123 도메인
을 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 CD123 x CD3 이중특이적 분자가
(a) 서열 번호: 6을 포함하는 VHCD123 도메인; 및
(b) 서열 번호: 10을 포함하는 VLCD123 도메인
을 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 CD123 x CD3 이중특이적 분자가
(a) 서열 번호: 14의 CDR을 포함하는 VHCD3 도메인; 및
(b) 서열 번호: 1의 CDR을 포함하는 VLC23 도메인
을 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 CD123 x CD3 이중특이적 분자가
(a) 서열 번호: 14를 포함하는 VHCD3 도메인; 및
(b) 서열 번호: 1을 포함하는 VLCD3 도메인
을 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 CD123 x CD3 이중특이적 분자가
(a) 서열 번호: 21의 아미노산 서열을 포함하는 제1 폴리펩타이드 사슬; 및
(b) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 제2 폴리펩타이드 사슬
을 포함하는 디아바디이고
제1 및 제2 폴리펩타이드 사슬은 이황화 결합에 의해 서로 공유 결합된 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 이러한 환자의 혈액학적 악성 종양이 급성 골수성 백혈병 (AML), 만성 골수성 백혈병 (CML), CML의 급성기, 아벨손(Abelson) 종양 유전자-관련된 CML (Bcr-ABL 전좌), 골수이형성 증후군 (MDS), 급성 B 림프아구성 백혈병 (B-ALL), 급성 T 림프아구성 백혈병 (T-ALL), 만성 림프구성 백혈병 (CLL), 리히터 증후군(Richter's syndrome), CLL의 리히터 변환(Richter's transformation), 모양 세포 백혈병 (HCL), 모구 형질세포양 수지상세포 신생물 (BPDCN), 비-호지킨 림프종 (NHL), 예컨대 맨틀 세포 림프종 (MCL) 및 소림프구성 림프종 (SLL), 호지킨 림프종, 전신성 비만세포증, 및 버킷 림프종으로 이루어진 군으로부터 선택되는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 이러한 환자의 혈액학적 악성 종양이 AML, MDS, BPDCN, 또는 T-ALL인 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 이러한 환자의 혈액학적 악성 종양이 시타라빈/안트라사이클린-기반 세포독성 화학요법에 대해 불응성인 것과 같이 화학요법 (CTX)에 대해 불응성 또는 저메틸화제 (HMA) 화학요법에 대해 불응성인 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 정상적인 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC)에 의해 발현되는 CD123의 상응하는 베이스라인 수준과 비교하여 아세포 (암 세포)의 CD123의 발현 수준을 결정하는 단계를 더 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 발현 수준이 CD123의 세포 표면 발현을 측정함으로써 결정되는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다. 본 발명은 CD123의 세포 표면 발현이 발현의 베이스라인 수준에 비해 적어도 약 20% 증가된 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다. 본 발명은 CD123 발현의 증가가 환자를 CD123 x CD3 이중특이적 분자로의 치료에 더 반응성으로 만드는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 유효 투약량이 약 30, 약 60, 약 100, 약 200, 약 300, 약 400, 및 약 500 ng/kg 환자 중량/일로 이루어진 군으로부터 선택되는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 치료 투약량이 지속적인 주입으로 투여되는 상기 기재된 방법 모두의 구체예를 더 제공한다. 본 발명은 치료 투약량이 1일 동안 지속적인 주입에 의해 약 30 ng/kg/일 투여된 후 이어서, 1일 동안 지속적인 주입에 의해 약 60 ng/kg 환자 중량/일의 치료 투약량이 투여된 후 이어서, 1일 동안 지속적인 주입에 의해 약 100 ng/kg/일의 치료 투약량이 투여된 후 이어서, 1일 동안 지속적인 주입에 의해 약 200 ng/kg/일의 치료 투약량이 투여된 후 이어서, 1일 동안 지속적인 주입에 의해 약 300 ng/kg/일의 치료 투약량이 투여된 후 이어서, 1일 동안 지속적인 주입에 의해 약 400 ng/kg/일의 치료 투약량이 투여된 후 이어서, 1일 동안 지속적인 주입에 의해 약 500 ng/kg/일의 치료 투약량이 투여되는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다. 본 발명은 치료 투약량이 최대 추가적인 21일 동안 지속적인 주입에 의해 투여되는 약 500 ng/kg/일의 투여를 더 포함하는 이러한 방법의 구체예를 더 제공한다.
본 발명은 환자가 인간 환자인 상기 기재된 방법 모두의 구체예를 더 제공한다.
도 1A-1C는 예시의 디아바디 분자의 전체적은 구조를 나타낸다. 도 1A는 2개의 에피토프-결합 도메인, 헤테로다이머-촉진 도메인 및 시스테인 함유 링커를 가진 2개의 사슬 CD123 x CD3 이중특이적 디아바디 (플로테투주맙으로도 알려져 있는 "DART-A")의 제1 및 제2 폴리펩타이드 사슬의 구조를 제공한다. 도 1B-1C는 3개의 폴리펩타이드 사슬로 구성된 2개의 에피토프-결합 도메인을 가진 CD123 x CD3 이중특이적 디아바디의 전체적인 구조를 제공한다. 폴리펩타이드 사슬 중 2개는 CH2 및 CH3 도메인을 소유하여, 회합된 사슬이 Fc 도메인 전부 또는 일부를 형성한다. VL 및 VH 도메인을 포함하는 폴리펩타이드 사슬은 헤테로다이머-촉진 도메인 및 링커를 더 포함한다. 시스테인 잔기는 링커 (도 1A 및 1B) 및/또는 헤테로다이머-촉진 도메인 (도 1C)에 존재할 수 있다. 동일한 에피토프를 인식하는 VL 및 VH 도메인은 동일한 음영 또는 충전 패턴을 사용하여 나타난다.
도 2는 플로테투주맙에 대한 완전한 반응 (완전 관해 (CR), 부분적 조혈 회복 (CRh)을 동반한 완전 관해, 불완전한 조혈 회복 (CRi)을 동반한 완전 관해)과 관련된 상위 10개의 유전자의 발현을 나타낸다. 이 코호트(cohort) 내의 각각의 유전자의 발현은 -2에서 +2로 등급이 나누어졌다. 치료 후 환자의 반응, 및 연구에 포함된 시점의 상태 및 면역 클러스터(cluster)가 맨 윗줄에 나타난다. 면역 클러스터 상태는 이전에 상세히 설명된 바와 같이 정의되었다 (Vadakekolathu J, et al. (2020) "Immune Landscapes Predict Chemotherapy Resistance And Immunotherapy Response In Acute Myeloid Leukemia," Sci Transl Med. 12:eaaz0463).
도 3은 완전 반응, 부분 반응, 및 무반응을 나타내는 환자에 대한 10-유전자 시그니쳐 점수를 플롯팅한다.
도 4는 재발된 불응성 AML에 걸린 환자의 베이스라인 골수 샘플에서 10-유전자 분류자 점수와 면역 세포 유형-특이적 및 생물학적 활성 시그니쳐 점수 사이의 상관 계수를 요약하는 열 지도를 나타낸다.
도 5는 플로테투주맙의 항-백혈병 활성에 대해 단독으로 또는 조합으로, 10-유전자 시그니쳐 점수 및 ELN 세포유전학 위험의 예측 능력을 측정하는 AUROC 곡선을 나타낸다.
본 발명은 화학치료제 및/또는 저메틸화제에 대해 불응성인 혈액학적 악성 종양을 포함하는, 급성 골수성 백혈병 (AML) 또는 골수이형성 증후군 (MDS)과 같은 혈액학적 악성 종양을 치료하는 방법에 관한 것이다. 방법은 환자에게 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자를 상기 환자의 상기 혈액학적 악성 종양의 세포의 살해를 자극하기에 효과적인 양으로 투여하는 단계와 관련이 있다. 본 발명은 이러한 투여 전의 환자의 세포 샘플이 하나 이상의 표적 유전자의 발현의 베이스라인 수준, 예를 들어, 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 기준 집단에서 이러한 유전자의 발현의 베이스라인 수준에 비해, 또는 기준 유전자의 발현의 수준에 관하여 증가된 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 입증하는 이러한 방법의 구체예와 특히 관련이 있다.
상기 나타난 바와 같이, 화학요법 저항성 및 재발은 급성 골수성 백혈병 (AML)에 걸린 어린이 및 성인에 대한 중요한 사망의 원인으로 남아있다. 통상적인 화학요법을 받으면, 환자 중 26.9%만이 5년 이상 생존할 것으로 예상된다.
급성 골수성 백혈병 (AML)에 걸린 환자에서 치료적 접근법은 30년이 넘도록 실질적으로 변하지 않았다. 표준 최전선 요법은 다우노루비신과 함께 제공되는 시타라빈의 2-약물 양생법이다 (소위 7+3 유도 요법, 본원에서 "CTX"로 축약됨). 저메틸화제 (본원에서 "HMA"로 축약됨) 데시타빈 및 아자시티딘은 보통 고령의 환자 또는 CTX 양생법에 부적합한 것으로 간주되는 환자들에게 투여된다. 하지만, 문헌으로부터의 추정은 최대 45%의 환자가 표준 최전선 화학요법에 대해 불응성이라는 것을 나타낸다. 통상적인 세포독성 화학요법의 추가의 강화는 이들 약물에 의해 일반적으로 유도되는 정상 조직에 대한 급성 및 장기간 부작용의 심각도 때문에 실현 가능하지 않는 것으로 간주되었다 (Tasian, S.K. (2018 "Acute Myeloid Leukemia Chimeric Antigen Receptor T-Cell Immunotherapy: How Far Up The Road Have We Traveled?," Ther. Adv. Hematol. 9(6):135-148; Przespolewski, A. et al. (2018) "Advances In Immunotherapy For Acute Myeloid Leukemia" Future Oncol. 14(10):963-978; Shimabukuro-Vornhagen, A. et al. (2018) "Cytokine Release Syndrome," J. Immunother. Cancer. 6(1):56 pp. 1-14; Milone, M.C. et al. (2018) "The Pharmacology of T Cell Therapies," Mol. Ther. Methods Clin. Dev. 8:210-221; Dhodapkar, M.V. et al. (2017) "Hematologic Malignancies: Plasma Cell Disorders," Am. Soc. Clin. Oncol. Educ. Book. 37:561-568; Kroschinsky, F. et al. (2017) "New Drugs, New Toxicities: Severe Side Effects Of Modern Targeted And Immunotherapy Of Cancer And Their Management," Crit. Care 14;21(1):89).
T 세포에 결합하는 이중특이적 항체는 전염증성 사이토카인의 방출을 자극한다. 이러한 사이토카인은 직접적인 세포독성에 의해 그리고 면역 세포의 활성화 및 종양 부위로의 모집에 의해 항-백혈병 효능을 증가시킬 수 있다 ((Hoseini, S.S. et al. (2107) "Acute Myeloid Leukemia Targets For Bispecific Antibodies," Blood Cancer Journal 7:e522, doi:10.1038/bcj.2017.2; pp. 1-12). 특히, CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자인 플로테투주맙으로의 치료는 재발된/불응성 ("R/R") AML의 1/2 단계 연구에서 테스트되고 있다. 혈액학적 악성 종양을 유발하는 암 세포를 선택적으로 표적화하는 면역 요법의 큰 가능성에도 (예를 들어, Koch, J. et al. (2017) "Recombinant Antibodies to Arm Cytotoxic Lymphocytes in Cancer Immunotherapy," Transfus. Med. Hemother. 44:337-350; Lichtenegger, F.S. et al. (2017) "Recent Developments In Immunotherapy Of Acute Myeloid Leukemia," J. Hematol. Oncol. 10:142, pp. 1-20 참조), T 세포를 혈액학적 악성 종양의 위치로 표적화할 수 있는 이중특이적 결합 분자를 이용하려는 노력이 완전히 성공적인 것은 아니었다.
따라서 면역요법을 포함한 새로운 치료 전략의 발견이 우선 순위로 남아있다. 면역 풍부화되고 IFN 감마-지배적인 종양 미세환경 ("TME")을 가진 AML 환자는 훨씬 더 짧은 무재발 생존을 경험한다는 것이 이전에 보고되었으며, 표준 유도 화학요법에 대한 불응성을 시사한다 (Vadakekolathu, J. et al. (2017) "Immune Gene Expression Profiling in Children and Adults with Acute Myeloid Leukemia Identifies Distinct Phenotypic Patterns," Blood 130:3942A). 이에 더하여, 특정 유전자 발현 시그니쳐가 CD123 x CD3 이중특이적 분자, 플로테투주맙에 대한 반응과 관련이 있는 것으로 보고되었다 (Vadakekolathu J, et al. (2020) "Immune Landscapes Predict Chemotherapy Resistance And Immunotherapy Response In Acute Myeloid Leukemia," Sci. Transl. Med. 12(546):eaaz0463).
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "유전자 발현 시그니쳐"는 특정 세포 유형 및/또는 생물학적 과정의 특성을 나나태는 유전자 군의 유전자 발현 패턴을 나타내도록 의도된다 (예를 들어, Stenner, F. et al. (2018) "Cancer Immunotherapy and the Immune Response in Follicular Lymphoma," Front. Oncol. 8:219 doi: 10.3389/fonc.2018.00219, pages 1-7; Cesano, A. et al. (2018) "Bringing The Next Generation Of Immuno-Oncology Biomarkers To The Clinic," Biomedicines 6(14) doi: 10.3390/biomedicines6010014, pages 1-11; Shrestha, G. et al. (2016) "The Value Of Genomics In Dissecting The RAS-Network And In Guiding Therapeutics For RAS-Driven Cancers," Semin. Cell Dev. Biol. 58:108-117; Gingras, I. et al. (2015) "CCR 20th Anniversary Commentary: Gene-Expression Signature in Breast Cancer--Where Did It Start and Where Are We Now?," Clin. Cancer Res. 21(21):4743-4746; Eberhart, C.G. (2011) "Molecular Diagnostics In Embryonal Brain Tumors," Brain Pathol. 21(1):96-104; Baylin, S.B. (2009) "Stem Cells, Cancer, And Epigenetics," StemBook, ed. The Stem Cell Research Community, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.50.1, pages 1-14; Asakura, M. et al. (2009) "Global Gene Expression Profiling In The Failing Myocardium," Circ. J. 73(9):1568-1576; Shaffer, A.L. et al. (2001) "Signatures Of The Immune Response," Immunity 15(3):375-385; Staudt, L.M. et al. (2005) "The Biology Of Human Lymphoid Malignancies Revealed By Gene Expression Profiling," Adv. Immunol. 87:163-208 참조). 관찰된 유전자 발현 시그니쳐, 및/또는 변경된 (또는 변경되지 않은) 생물학적 과정(들)으로부터 발생한 상기 시그니쳐의 변화는 병원성 의학적 병태의 존재, 성질 및/또는 심각도를 평가하는데 사용될 수 있다.
본 발명의 중심 양태는 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자, 플로테투주맙을 이용하는 요법을 포함하는, CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자를 이용하는 요법에 대해 바람직한 반응을 예측하는 고유한 "10-유전자 발현 시그니쳐"의 확인에 관한 것이다. "10-유전자 발현 시그니쳐"의 10개의 유전자는 다음과 같다: SERPHINH1, NOTCH2, FCGR3A/B, FPR1, FBP1, PDGFA, CRABP2, THBS1, ICOS 및 CD8B. 본 발명은 부분적으로 혈액학적 악성 종양 (예를 들어, 급성 골수성 백혈병)을 가진 환자의 특정 부분집단이 특히 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자 (예를 들어, 플로테투주맙)로 치료될 수 있다는 인식으로부터 유래한다. 이 부분집단의 구성원은 이러한 10-유전자 발현 시그니쳐의 증가된 발현을 나타내는 능력에 의해 쉽게 확인될 수 있다.
I. 본 발명의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자로의 치료에 특히 적합한 환자 집단의 확인
A. "유전자 발현 시그니쳐"를 결정하기 위한 방법
본 발명의 방법 및 조성물을 사용하여 혈액학적 악성 종양의 치료를 받아들일 수 있는 것으로 확인되도록, 환자가 10-유전자 발현 시그니쳐의 증가된 발현을 나타내는지 여부를 결정하기 위해서, 환자로부터 얻은 세포 샘플로부터의 RNA 샘플은 발현이 이러한 시그니쳐와 관련이 있는 하나 이상의 "표적" 유전자의 증가된 발현을 입증하는지 여부를 결정하기 위해 평가된다. 이러한 평가는 유전자 발현의 기존의 검출 및/또는 측정을 이용할 수 있거나 또는 이러한 유전자 발현을 검출 및/또는 측정하는 단계(들)를 포함할 수 있다. 본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "세포 샘플"은 세포 또는 세포 추출물을 함유하는 샘플을 나타낸다.
임의의 세포 샘플이 환자가 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자를 이용하는 요법에 대해 바람직한 반응의 특성을 나타내는 10-유전자 발현 시그니쳐를 나타내는지 여부를 결정하는데 사용하기 위한 RNA 또는 단백질의 공급원으로서 이용될 수 있다. 특정 구체예에서, 이러한 유전자 발현 비교는 환자 또는 공여체의 집단의 골수 (BM) 샘플 또는 혈액 샘플 또는 아세포 (암 세포)의 샘플로부터 얻어진 RNA를 사용하여 실행된다. RNA가 베이스라인 발현 수준을 제공하기 위해 공여체 집단의 이러한 세포로부터 얻어진 경우, 이용된 발현 수준의 평균이 사용될 수 있다 (예를 들어, 기하학적 평균이 이용될 수 있다). 많은 다양한 기준 집단이 이러한 유전자 발현 비교에 사용될 수 있다. 특정 구체예에서, 환자에 의해 나타나는 적어도 하나의 표적 유전자의 발현 수준은 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단; 이러한 기준 발현 수준이 결정된 시점에 이러한 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있고 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응하지 않은 개체의 집단 (즉, CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응하지 않은 개체의 집단); 및/또는 이러한 기준 발현 수준이 결정된 시점에 이러한 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있고 그 이후에 본 발명의 방법 및 조성물을 사용하여 혈액학적 악성 종양에 대해 성공적으로 치료된 개체의 집단 (즉, CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응한 개체의 집단)에서 나타나는 이러한 표적 유전자의 발현 수준과 비교된다. 비교 집단이 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단인 경우에 이러한 집단은 바람직하게는 환자와 동일한 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체를 포함한다. 이러한 집단은 화학치료제로의 사전 치료 이후에 재발하고 및/또는 화학치료제로의 치료에 대해 불응성 (즉, 원발성 불응성)인 개체를 포함할 수 있다. 비교 집단이 혈액학적 악성 종양 CD123 x CD3 이중특이적 분자에 대한 치료에 성공적으로 반응하거나, 또는 성공적으로 반응하지 않은 개체의 집단인 경우에 이러한 집단은 바람직하게는 환자와 동일한 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체를 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 유전자의 발현은 베이스라인 또는 다른 비교기 (예를 들어, 집단에서 이러한 유전자의 발현)에 비해, 그 발현이 적어도 약 10% 더 크거나, 적어도 약 20% 더 크거나, 적어도 약 30% 더 크거나, 적어도 약 40% 더 크거나, 적어도 약 50% 더 크거나, 적어도 약 60% 더 크거나, 적어도 약 70% 더 크거나, 적어도 약 80% 더 크거나, 적어도 약 90% 더 크거나, 적어도 약 1.5배 더 크거나, 적어도 약 2배 더 크거나, 적어도 약 2.5배 더 크거나, 적어도 약 3배 더 크거나, 적어도 약 3.5배 더 크거나, 적어도 약 4배 더 크거나, 적어도 약 4.5배 더 크거나, 적어도 약 5배 더 크거나, 적어도 약 5.5배 더 크거나, 적어도 약 6배 더 크거나, 적어도 약 6.5배 더 크거나, 적어도 약 7배 더 크거나, 적어도 약 7.5배 더 크거나, 적어도 약 8배 더 크거나, 적어도 약 8.5배 더 크거나, 적어도 약 9배 더 크거나, 적어도 약 10배 더 크면 "증가된다"고 한다. 이러한 증가는 대안으로 "log2 배수 변화"에 관하여 기재될 수 있다. 발현의 증가에 관하여, 0.4의 log2 배수 변화는 약 30% 더 큰 발현과 동등하고; 0.5의 log2 배수 변화는 약 40% 더 큰 발현과 동등하고; 0.6의 log2 배수 변화는 약 50% 더 큰 발현과 동등하고; 0.7의 log2 배수 변화는 약 60% 더 큰 발현과 동등하고; 0.8의 log2 배수 변화는 약 70% 더 큰 발현과 동등하고; 0.9의 log2 배수 변화는 약 90% 더 큰 발현과 동등하고; 1의 log2 배수 변화는 2배 증가와 동등하고; 1.5의 log2 배수 변화는 2.8배 증가와 동등하고; 2의 log2 배수 변화는 4배 증가와 동등하고; 2.5의 log2 배수 변화는 5.7배 증가와 동등하고; 3의 log2 배수 변화는 8배 증가와 동등하고; 3.5의 log2 배수 변화는 11.3배 증가와 동등하고; 4의 log2 배수 변화는 16배 증가와 동등하다. Log2 배수 변화는 보통 수치를 배열 데이터에 비교할 때 사용되고 t-테스트에 또한 적절하다.
대안으로, 이러한 증가는 "유전자 시그니쳐 점수"에 관하여 기재되며 표적 유전자의 각각의 클러스터의 발현이 측정되고, 하나 이상의 하우스키핑 유전자 및/또는 내부 표준에 대해 표준화되고, 합계되어 단일 유전자 시그니쳐 점수를 생선한다. 선택적으로, 표준화 이후 및 합계 이전에, 각각의 표적 유전자의 발현이 log 변환되고, 및/또는 가중치가 부여될 수 있다. 이러한 점수를 계산하기 위한 방법은 해당 분야에 공지되어 있고 구체적인 방법은 본원에서 제공된다 (하기 실시예 1 참조).
환자의 10-유전자 시그니쳐 점수는 또한 그것이 유전자 시그니쳐 점수의 제1 사분위수보다 크거나 (즉, 하위 25%보다 크거나), 유전자 시그니쳐 점수의 제2 사분위수보다 크거나 (즉, 하위 50%보다 크거나), 유전자 시그니쳐 점수의 제3 사분위수보다 크거나 (즉, 하위 75%보다 크거나), 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단에서 이러한 표적 유전자의 발현 수준으로부터 계산된 유전자 시그니쳐 점수의 85%보다 크거나, 90%보다 크거나, 또는 95%보다 크면 "증가된다"고 한다.
환자의 10-유전자 시그니쳐 점수는 또한 그것이 유전자 시그니쳐 점수의 제1 사분위수보다 크거나 (즉, 하위 25%보다 크거나), 유전자 시그니쳐 점수의 제2 사분위수보다 크거나 (즉, 하위 50%보다 크거나), 유전자 시그니쳐 점수의 제3 사분위수보다 크거나 (즉, 하위 75%보다 크거나), 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응하지 않은 개체의 집단 (예를 들어, CD123 x CD3 이중특이적 분자로의 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응하지 않은 개체의 집단)에서 이러한 표적 유전자의 발현 수준으로부터 계산된 유전자 시그니쳐 점수의 85%보다 크거나, 90%보다 크거나, 또는 95%보다 크면 "증가된다"고 한다.
환자의 10-유전자 시그니쳐 점수는 또한 그것이 유전자 시그니쳐 점수의 적어도 제1 사분위수 내에 있거나 (즉, 하위 25% 이내), 적어도 제2 사분위수 내에 있거나 (즉, 하위 25%와 50% 사이), 적어도 제3 사분위수 내에 있거나 (즉, 하위 50%와 75% 사이), 이전에 본 발명의 방법 및 조성물을 사용하여 혈액학적 악성 종양에 대해 성공적으로 치료된 개체의 집단 (예를 들어, CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응한 개체의 집단)에서 이러한 표적 유전자의 발현 수준으로부터 계산된 유전자 시그니쳐 점수의 85%보다 크거나, 90%보다 크거나, 또는 95%보다 크면 "증가된다"고 한다.
증가된 10-유전자 시그니쳐 점수의 결과는 본 발명의 CD123 x CD3 이중특이적 분자로의 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 대해 더 바람직한 환자 반응을 나타낸다.
한 구체예에서, 환자는 표적 유전자의 발현이 이러한 환자가 건강할 때, 또는 이러한 환자가 혈액학적 악성 종양의 진단을 받기 전에 평가되는 환자에서 그 발현의 베이스라인 수준에 비해, 또는 이러한 환자의 화학요법 치료 양생법 과정 동안 또는 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자를 수반하는 이러한 환자의 치료 양생법 과정 동안의 시점에 상기 유전자의 발현에 비해 "증가되는지" 여부를 결정함으로써 증가된 10-유전자 발현 시그니쳐를 나타내고 따라서 특히 본 발명의 방법 및 조성물을 사용한 혈액학적 악성 종양의 치료를 받아들일 수 있는 것으로 확인된다.
제2 구체예에서, 환자는 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단에서 하나 이상의 표적 유전자(들)의 발현 수준을 이러한 표적 유전자(들)의 발현의 평균이 계산되거나 가중치가 부여된 베이스라인 수준과 비교함으로써 증가된 10-유전자 발현 시그니쳐를 나타내며 따라서 특히 본 발명의 방법 및 조성물을 사용한 혈액학적 악성 종양의 치료를 받아들일 수 있는 것으로 확인된다. 발현이 이러한 평균이 계산되거나 가중치가 부여된 베이스라인 수준보다 더 큰 표적 유전자는 "증가된" 발현 수준을 나타낸다고 하고, 본 발명의 방법 및 조성물이 이러한 환자에서 혈액학적 악성 종양을 치료하는데 사용하기에 특히 적합하다. 예를 들어, 본 발명의 방법 및 조성물은 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단에서 이러한 표적 유전자(들)의 발현 수준의 제1 사분위수보다 큰 (즉, 하위 25%보다 큰), "증가된" 수준의 표적 유전자(들) 발현을 나타내는 환자에서 사용하기에 특히 적합하다. 본 발명의 방법 및 조성물은 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단에서 이러한 표적 유전자(들)의 발현 수준의 제2 사분위수보다 큰 (즉, 하위 50%보다 큰), "증가된" 수준의 표적 유전자(들) 발현을 나타내는 환자에서 사용하기에 특히 적합하다. 본 발명의 방법 및 조성물은 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단에서 이러한 표적 유전자(들)의 발현 수준의 제3 사분위수보다 큰 (즉, 하위 75%보다 큰), "증가된" 수준의 표적 유전자(들) 발현을 나타내는 환자에서 사용하기에 특히 적합하다. 본 발명의 방법 및 조성물은 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단에서 이러한 표적 유전자(들)의 발현 수준의 85%보다 크거나, 90%보다 크거나, 또는 95%보다 큰, "증가된" 수준의 표적 유전자(들) 발현을 나타내는 환자에서 사용하기에 특히 적합하다.
제3 구체예에서, 환자는 이전에 본 발명의 방법 및 조성물을 사용하여 혈액학적 악성 종양에 대해 성공적으로 치료되지 않은 개체의 집단 (예를 들어, CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응하지 않은 개체의 집단)에서 하나 이상의 표적 유전자(들)의 발현 수준을 이러한 표적 유전자(들)의 발현의 평균이 계산되거나 가중치가 부여된 베이스라인 수준과 비교함으로써 증가된 10-유전자 발현 시그니쳐를 나타내며 따라서 특히 본 발명의 방법 및 조성물을 사용한 혈액학적 악성 종양의 치료를 받아들일 수 있는 것으로 확인된다. 발현이 이러한 평균이 계산되거나 가중치가 부여된 베이스라인 수준과 같거나 그것보다 더 큰 표적 유전자는 "증가된" 수준의 발현을 나타낸다고 하고, 본 발명의 방법 및 조성물은 이러한 환자에서 혈액학적 악성 종양을 치료하는데 사용하기에 특히 적합하다. 본 발명의 방법 및 조성물은 성공적으로 치료되지 않은 개체의 이러한 집단에서 이러한 표적 유전자(들)의 발현 수준의 제1 사분위수보다 큰 (즉, 하위 25%보다 큰), "증가된" 수준의 표적 유전자(들) 발현을 나타내는 환자에서 사용하기에 특히 적합하다. 본 발명의 방법 및 조성물은 성공적으로 치료되지 않은 개체의 이러한 집단에서 이러한 표적 유전자(들)의 발현 수준의 제2 사분위수보다 큰 (즉, 하위 50%보다 큰), "증가된" 수준의 표적 유전자(들) 발현을 나타내는 환자에서 사용하기에 특히 적합하다. 본 발명의 방법 및 조성물은 성공적으로 치료되지 않은 개체의 이러한 집단에서 이러한 표적 유전자(들)의 발현 수준의 제3 사분위수보다 큰 (즉, 하위 75%보다 큰), "증가된" 수준의 표적 유전자(들) 발현을 나타내는 환자에서 사용하기에 특히 적합하다. 본 발명의 방법 및 조성물은 성공적으로 치료되지 않은 개체의 이러한 집단에서 이러한 표적 유전자(들)의 발현 수준의 85%보다 크거나, 90%보다 크거나, 또는 95%보다 큰, "증가된" 수준의 표적 유전자(들) 발현을 나타내는 환자에서 사용하기에 특히 적합하다.
제4 구체예에서, 환자는 이전에 본 발명의 방법 및 조성물을 사용하여 혈액학적 악성 종양에 대해 성공적으로 치료된 개체의 집단 (예를 들어, CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응한 개체의 집단)에서 하나 이상의 표적 유전자(들)의 발현 수준을 이러한 표적 유전자(들)의 발현의 평균이 계산되거나 가중치가 부여된 베이스라인 수준과 비교함으로써 증가된 10-유전자 발현 시그니쳐를 나타내며 따라서 본 발명의 방법 및 조성물을 사용한 혈액학적 악성 종양의 치료를 받아들일 수 있는 것으로 확인된다. 발현이 이러한 평균이 계산되거나 가중치가 부여된 베이스라인 수준과 같거나 그것보다 더 큰 표적 유전자는 "증가된" 수준의 발현을 나타낸다고 하고, 본 발명의 방법 및 조성물은 이러한 환자에서 혈액학적 악성 종양을 치료하는데 사용하기에 특히 적합하다. 본 발명의 방법 및 조성물은 성공적으로 치료된 개체의 이러한 집단에서 이러한 표적 유전자(들)의 발현 수준의 적어도 제1 사분위수 이내 (즉, 하위 25% 이내)에 있는, "증가된" 수준의 표적 유전자(들) 발현을 나타내는 환자에서 사용하기에 특히 적합하다. 본 발명의 방법 및 조성물은 성공적으로 치료된 개체의 이러한 집단에서 이러한 표적 유전자(들)의 발현 수준의 적어도 제2 사분위수 이내 (즉, 하위 25%와 50% 사이)에 있는, "증가된" 수준의 표적 유전자(들) 발현을 나타내는 환자에서 사용하기에 특히 적합하다. 본 발명의 방법 및 조성물은 성공적으로 치료된 개체의 이러한 집단에서 이러한 표적 유전자(들)의 발현 수준의 적어도 제3 사분위수 이내 (즉, 하위 50%와 75% 사이)에 있는, "증가된" 수준의 표적 유전자(들) 발현을 나타내는 환자에서 사용하기에 특히 적합하다. 본 발명의 방법 및 조성물은 이전에 치료된 개체의 이러한 집단에서 이러한 표적 유전자(들)의 발현 수준의 적어도 제4 사분위수 이내 (즉, 하위 75% 초과)에 있는, "증가된" 수준의 표적 유전자(들) 발현을 나타내는 환자에서 사용하기에 더 특히 적합하다.
특정 구체예에서, 표적 유전자의 발현이 "증가되는지" 여부는 그 발현 수준을 질환과 관련이 없거나 질환 상태의 결과로서 증가된 발현을 나타내지 않는 하나 이상의 유전자 ("기준" 유전자)의 발현 수준과 비교함으로써 결정된다. 기준 유전자는 종종 상이한 수준으로 발현되기 때문에, 기준 유전자 발현의 기하학적 평균은 스케일링 인자(scaling factor)를 계산하는데 이용될 수 있다. 기하학적 평균은 데이터 세트의 샘플 값 당 각각의 유전자를 곱한 다음 결과로 생성된 생성물의 n 번째 근(root)을 취함으로써 얻어진다 (여기서 n은 세트 내 숫자의 개수이다). 기하학적 평균은 그것이 일련의 숫자의 중심 집중 경향(central tendency)을 나타낸다는 점에서 산술 평균과 유사하다. 하지만, 산술 평균과 달리, 기하학적 평균은 프로브 사이의 수치 수준의 크기 변화에 덜 민감하다. 샘플의 코호트 전반에 걸쳐 생물학적 시그니쳐를 비교하기 위해서, 생물학적 유전자 간의 비교가 샘플 대량 입력 및 샘플 품질과 같은 기술적인 변화로 인한 차이에 관계없이 이루어질 수 있도록 "기준" 유전자(들)의 세트로부터의 기하학적 평균이 데이터 세트 전반에 걸쳐 개개의 샘플을 표준화하는데 사용될 수 있다.
바람직한 "기준" 유전자는 정상 및 악성 세포에서 동일한 수준으로 구성적으로 발현된다. 기본적인 세포 기능의 유지에 필요한 유전자와 같은 하우스키핑 유전자 (Eisenberg, E. et al. (2003) "Human Housekeeping Genes Are Compact," Trends in Genetics. 19(7):362-365; kon Butte, A.J. et al. (2001) "Further Defining Housekeeping, Or "Maintenance," Genes Focus On 'A Compendium Of Gene Expression In Normal Human Tissues'," Physiol. Genomics. 7(2):95-96; Zhu, J. et al. (2008) "On The Nature Of Human Housekeeping Genes," Trends in Genetics 24(10):481-484; Eisenberg, E. et al. (2013) "Human Housekeeping Genes, Revisited," Trends in Genetics. 29(10):569-574)가 기준 유전자의 바람직한 클래스이다.
추가의 구체예에서, 본 발명의 CD123 x CD3 결합 분자 요법은 추가적으로 항-인간 PD-L1 결합 분자, 예컨대 항-인간 PD-L1 항체, 또는 인간 PD-L1 결합 도메인을 가진 디아바디의 투여를 포함할 수 있다. 이 구체예에 따라 사용될 수 있는 항-인간 PD-L1 결합 분자는 아테졸리주맙, 아벨루맙, 및 두르발루맙을 포함한다 (예를 들어, 미국 특허 번호 9,873,740; 8,779,108 참조). 아테졸리주맙 (WHO Drug Information, 2015, Recommended INN: List 74, 29(3):387), 두르발루맙 (WHO Drug Information, 2015, Recommended INN: List 74, 29(3):393-394) 및 아벨루맙 (WHO Drug Information, 2016, Recommended INN: List 74, 30(1):100-101)의 완전한 중쇄 및 경쇄의 아미노산 서열은 해당 분야에 공지되어 있다.
대안의 추가의 구체예에서, 본 발명의 CD123 x CD3 결합 분자 요법은 추가적으로 항-인간 PD-1 결합 분자, 예컨대 항-인간 PD-1 항체, 또는 인간 PD-1 결합 도메인을 가진 디아바디의 투여를 포함할 수 있다. 이 구체예에 따라 사용될 수 있는 항-인간 PD-1 결합 분자는 니볼루맙 (5C4, BMS-936558, ONO-4538, MDX-1106으로도 알려져 있고, Bristol-Myers Squibb 사의 OPDIVO®로 시판되고 있다), 펨브롤리주맙 (이전에는 람브롤리주맙으로 알려져 있었고, MK-3475, SCH-900475로도 알려져 있으며, Merck 사의 KEYTRUDA®로 시판되고 있다), EH12.2H7 (BioLegend로부터 상업적으로 이용 가능함), 피딜리주맙 (CAS Reg. No.: 1036730-42-3, CT-011로도 알려져 있음, CureTech), 레티판리맙 (CAS Reg. No.: 2226345-85-1, MGA012로도 알려져 있음), 및 DART-I (WO 2017/019846에 개시됨)를 포함한다 (또한, 예를 들어, 미국 특허 번호 5,952,136; 7,488,802; 7,521,051; 8,008,449; 8,088,905; 8,354,509; 8,552,154; 8,779,105; 8,900,587; 9,084,776; PCT 특허 공보 WO 2004/056875; WO 2006/121168; WO 2008/156712; WO 2012/135408; WO 2012/145493; WO 2013/014668; WO 2014/179664; WO 2014/194302; WO 2015/112800; WO 2017/019846, 및 WO 2017/214092 참조).
B. 예시의 "표적" 유전자
표 1은 10-유전자 시그니쳐에서 확인된 각각의 유전자에 대한 표적 유전자 및 대표적인 비-제한적 GenBank® Accession Number를 개시한다.
Figure pct00001
C. 예시의 "기준" 유전자
정상 및 악성 세포에서 동일한 수준으로 구성적으로 발현되는 하우스키핑 유전자는 기준 유전자의 예시의 클래스를 포함한다. 하우스키핑 유전자는 일반적인 유전자 발현 (예컨대 전사 인자, 억제자, RNA 스플라이싱(splicing) 인자, 번역 인자, tRNA 합성 효소, RNA 결합 단백질, 리보솜 단백질, 미토콘드리아 리보솜 단백질, RNA 폴리머라제, 단백질 처리 인자, 열 충격 단백질, 히스톤, 세포 주기 조절 물질, 아폽토시스, 종양 유전자, DNA 복구/복제, 등을 암호화하는 유전자), 대사 (예컨대 탄수화물 대사, 시트르산 회로, 지질 대사, 아미노산 대사, NADH 데하이드로게나제, 시토크롬 C 옥시다제, ATPase, 리소좀 효소, 프로테아솜 단백질, 리보뉴클레아제, 티오리덕타제, 등의 효소를 암호화하는 유전자), 세포 구조 온전성 (예컨대 세포골격 단백질, 세포 소기관 합성에 수반되는 단백질, 미토콘드리아 단백질, 등을 암호화하는 유전자), 및 세포 표면 단백질 (예컨대 세포 부착 단백질, 이온 채널 및 수송체, 수용체, HLA/면역글로불린/세포 인식 단백질, 등을 암호화하는 유전자), 키나제/신호전달 단백질 (예컨대 성장 인자, 조직 괴사 인자, 카세인 키나제, 등)에 수반되는 유전자를 포함한다. 이 목적에 적합한 기준 유전자는 다음을 암호화하는 유전자를 포함한다:
● 스테롤 조절 요소 결합 단백질 (예를 들어, ATF1, ATF2, ATF4, ATF6, ATF7, ATF7, BTF3, E2F4, ERH, HMGB1, ILF2, IER2, JUND, TCEB2, 등);
● 억제자 (예를 들어, PUF60, 등);
● RNA 스플라이싱 단백질 (예를 들어, BAT1, HNRPD, HNRPK, PABPN1, SRSF3, 등);
● 번역 인자 (예를 들어, EIF1, EIF1AD, EIF1B, EIF2A, EIF2AK1, EIF2AK3, EIF2AK4, EIF2AK1, EIF2B2, EIF2B3, EIF2B4, EIF2S2, EIF3A, EIF3B, EIF3D, EIF3G, EIF3I, EIF3H, EIF3J, EIF3K, EIF3L, EIF3M, EIF3S5, EIF3S8, EIF4A1, EIF4A2, EIF4A3, EIF4E2, EIF4G1, EIF4G2, EIF4G3, EIF4H, EIF5, EIF5, EIF5A, EIF5AL1, EIF5B, EIF6, TUFM, 등);
● tRNA 합성 효소 (예를 들어, AARS, AARS2, AARSD1434, CARS, CARS2, DARS, DARS2, EARS2614, FARS2, FARSA, FARSB, GARS, HARS, HARS2, IARS, IARS2, KARS, LARS2, MARS, MARS2, NARS, NARS2, QARS, RARS, RARS2, SARS, TARS, VARS2, WARS2, YARS, YARS2436, 등);
● RNA 결합 단백질 (예를 들어, ELAVL1, 등);
● 리보솜 단백질 (예를 들어, RPL5, RPL8, RPL9, RPL10A, RPL11, RPL14, RPL25, RPL26L1, RPL27, RPL30, RPL32, RPL34, RPL35, RPL35A, RPL36AL, RPS5, RPS6, RPS6KA3, RPS6KB1, RPS6KB2, RPS13, RPS19BP1, RPS20, RPS23, RPS24, RPS27, RPN1, 등);
● 미토콘드리아 리보솜 단백질 (예를 들어, MRPL9, MRPL1, MRPL10, MRPL11, MRPL12, MRPL13, MRPL14, MRPL15, MRPL16, MRPL17, MRPL18, MRPL19, MRPL2, MRPL20, MRPL21, MRPL22, MRPL23, MRPL24, MRPL27, MRPL28, MRPL3, MRPL30, MRPL32, MRPL33, MRPL35, MRPL36, MRPL37, MRPL38, MRPL4, MRPL40, MRPL41, MRPL42, MRPL43, MRPL44, MRPL45, MRPL46, MRPL47, MRPL48, MRPL49, MRPL50, MRPL51, MRPL52, MRPL53, MRPL54, MRPL55, MRPL9, MRPS10, MRPS11, MRPS12, MRPS14, MRPS15, MRPS16, MRPS17, MRPS18A, MRPS18B, MRPS18C, MRPS2, MRPS21, MRPS22, MRPS23, MRPS24, MRPS25, MRPS26, MRPS27, MRPS28, MRPS30, MRPS31, MRPS33, MRPS34, MRPS35, MRPS5, MRPS6, MRPS7, MRPS9, 등);
● RNA 폴리머라제 (예를 들어, POLR1C, POLR1D, POLR1E, POLR2A, POLR2B, POLR2C, POLR2D, POLR2E, POLR2F, POLR2G, POLR2H, POLR2I, POLR2J, POLR2K, POLR2L, POLR3C, POLR3E, POLR3GL, POLR3K, 등);
● 단백질 처리 단백질 (예를 들어, PPID, PPIE, PPIF, PPIG, PPIH, CANX, CAPN1, CAPN7, CAPNS1, NACA, NACA2, PFDN2, PFDN4, PFDN5, PFDN6, SNX2, SNX3, SNX4, SNX5, SNX6, SNX9, SNX12, SNX13, SNX17, SNX18, SNX19, SNX25, SSR1, SSR2, SSR3, SUMO1, SUMO3, 등);
● 열 충격 단백질 (예를 들어, HSPA4, HSPA5, HSPA8, HSPA9, HSPA14, HSBP1, 등);
● 히스톤 (예를 들어, HIST1H2BC, H1FX, H2AFV, H2AFX, H2AFY, H2AFZ, 등);
● 세포 주기 단백질 (예를 들어, ARHGAP35, ARHGAP5, ARHGDIA, ARHGEF10L, ARHGEF11, ARHGEF40, ARHGEF7, RAB10, RAB11A, RAB11B, RAB14, RAB18, RAB1A, RAB1B, RAB21, RAB22A, RAB2A, RAB2B380, RAB3GAP1, RAB3GAP2, RAB40C, RAB4A, RAB5A, RAB5B, RAB5C, RAB6A, RAB7A, RAB9A, RABEP1, RABEPK, RABGEF1, RABGGTA, RABGGTB, CENPB, CTBP1, CCNB1IP1, CCNDBP1, CCNG1, CCNH, CCNK402, CCNL1, CCNL2, CCNY, PPP1CA, PPP1CC, PPP1R10, PPP1R11, PPP1R15B, PPP1R37, PPP1R7, PPP1R8, PPP2CA, PPP2CB552, PPP2R1A, PPP2R2A, PPP2R2D, PPP2R3C, PPP2R4, PPP2R5A, PPP2R5B, PPP2R5C, PPP2R5D, PPP2R5E, PPP4C, PPP4R1, PPP4R2, PPP5C, PPP6C, PPP6R2, PPP6R3, RAD1, RAD17, RAD23B, RAD50, RAD51C, IST1, 등);
● 아폽토시스 단백질 (예를 들어, DAD1, DAP3, DAXX, 등);
● 종양 유전자 단백질 (예를 들어, ARAF, MAZ, MYC, 등);
● DNA 복구/복제 단백질 (예를 들어, MCM3AP, XRCC5, XRCC6, 등);
● 대사 단백질 (예를 들어, PRKAG1, PRKAA1, PRKAB1, PRKACA, PRKAG1, PRKAR1A, PRKRIP1, 등);
● 탄수화물 대사 단백질 (예를 들어, ALDOA, B3GALT6, B4GALT3, B4GALT5, B4GALT7, GSK3A, GSK3B, TPI1, PGK1, PGAM5, ENOPH1, LDHA, TALDO1, TSTA3);
● 시트르산 회로 단백질 (예를 들어, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, 등);
● 지질 대사 단백질 (예를 들어, HADHA, 등);
● 아미노산 대사 단백질 (예를 들어, COMT, 등);
● NADH 데하이드로게나제 (예를 들어, NDUFA2, NDUFA3, NDUFA4, NDUFA5, NDUFA6, NDUFA7, NDUFA8, NDUFA9, NDUFA10, NDUFA11, NDUFA12, NDUFA13, NDUFAF2, NDUFAF3, NDUFAF4, NDUFB2, NDUFB3, NDUFB4, NDUFB5, NDUFB6, NDUFB7, NDUFB10, NDUFB11, NDUFB8, NDUFB9, NDUFC1, NDUFC2, NDUFC2, NDUFS5, NDUFV2, NDUFS2, NDUFS3, NDUFS4, NDUFS5, NDUFS6, NDUFS7, NDUFS8, NDUFV1, NDUFV2, 등);
● 시토크롬 C 옥시다제 (예를 들어, COX4I1, COX5B, COX6B1, COX6C, COX7A2, COX7A2L, COX7C, COX8, COX8A, COX11, COX14, COX15, COX16, COX19617, COX20, CYC1, UQCC, UQCR10, UQCR11, UQCRB, UQCRC1, UQCRC2, UQCRHL591, UQCRQ, ATPase, ATP2C1, ATP5A1, ATP5B, ATP5C1, ATP5D, ATP5F1, ATP5G2, ATP5G3, ATP5H, ATP5J, ATP5J2, ATP5J2, ATP5L, ATP5O, ATP5S, ATP5SL, ATP6AP1, ATP6V0A2, ATP6V0B, ATP6V0C, ATP6V0D1, ATP6V0E1, ATP6V1C1, ATP6V1D, ATP6V1E1, ATP6V1F, ATP6V1G1, ATP6V1H, ATPAF2, ATPIF1, 등);
● 리소좀 단백질 (예를 들어, CTSD, CSTB, LAMP1, LAMP2, M6PR, 등);
● 프로테아솜 단백질 (예를 들어, PSMA1, PSMA2, PSMA3, PSMA4, PSMA5, PSMA6, PSMA7, PSMB1, PSMB2, PSMB3, PSMB4, PSMB5, PSMB6, PSMB7, PSMC2, PSMC3, PSMC4, PSMC5, PSMC6, PSMD1, PSMD10, PSMD11, PSMD12, PSMD13, PSMD14, PSMD2, PSMD3, PSMD4, PSMD5, PSMD6, PSMD7, PSMD8, PSMD9, PSME2, PSME3, PSMF1, PSMG2, PSMG3, PSMG4591, UBA1, UBA2, UBA3, UBA5, UBA52, UBAC2, UBALD1, UBAP1, UBAP2L, UBB, UBC, UBE2A, UBE2B, UBE2D2, UBE2D3, UBE2D4, UBE2E1, UBE2E2, UBE2E3, UBE2F, UBE2G2, UBE2H, UBE2I, UBE2J1, UBE2J2, UBE2K, UBE2L3, UBE2M, UBE2N, UBE2NL989, UBE2Q1, UBE2R2, UBE2V1, UBE2V2, UBE2W, UBE2Z, UBE3A, UBE3B, UBE3C, UBE4A, UBE4B, USP10, USP14, USP16, USP19, USP22, USP25, USP27X073, USP33, USP38, USP39, USP4, USP47, USP5, USP7, USP8, USP9X590, 등);
● 리보뉴클레아제 (예를 들어, RNH, 등);
● 티오리덕타제 (예를 들어, TXN2, TXNDC11, TXNDC12, TXNDC15, TXNDC17, TXNDC9, TXNL1, TXNL4A, TXNL4B, TXNRD1, 세포 골격, ANXA6, ANXA7, ARPC1A, ARPC2, ARPC5L, CAPZA2, CAPZB, RHOB, RHOT1, RHOT2, TUBB, WDR1, 등);
● 세포 소기관 합성에 수반되는 단백질 (예를 들어, BLOC1S1, BLOC1S2, BLOC1S3, BLOC1S4, BLOC1S6, AP1G1, AP1M1, AP2A1, AP2A2, AP2M1, AP2S1, AP3B1, AP3D1, AP3M1, AP3S1, AP3S2, AP4B1, AP5M1, ANXA6, ANXA7, AP1B1, CLTA, CLTB, CLTC, 등);
● 미토콘드리아 단백질 (예를 들어, MTX2, 등);
● 세포 표면 단백질 (예를 들어, AP2S1, CD81, GPAA1, LGALS9, MGAT2, MGAT4B, VAMP3, 등);
● 세포 부착 단백질 (예를 들어, CTNNA1, CTNNB1, CTNNBIP1, CTNNBL1, CTNND1458, 등);
● 이온 채널 및 수송체 단백질 (예를 들어, ABCB10, ABCB7, ABCD3, ABCE1, ABCF1, ABCF2, ABCF3, CALM1, MFSD11, MFSD12, MFSD3, MFSD5, SLC15A4, SLC20A1, SLC25A11, SLC25A26, SLC25A28, SLC25A3, SLC25A32, SLC25A38, SLC25A39, SLC25A44, SLC25A46, SLC25A5, SLC27A4, SLC30A1, SLC30A5, SLC30A9, SLC35A2, SLC35A4, SLC35B1, SLC35B2, SLC35C2, SLC35E1, SLC35E3, SLC35F5, SLC38A2, SLC39A1, SLC39A3, SLC39A7, SLC41A3, SLC46A3, SLC48A1, 수용체, ACVR1, ACVR1B, CD23, 등);
● HLA/면역글로불린/세포 인식 단백질 (예를 들어, BAT1, BSG, MIF, TAPBP, 등);
● 키나제/신호전달 단백질 (예를 들어, ADRBK1, AGPAT1, ARF1, ARF3, ARF4, ARF5, ARL2, CSF1, CSK, DCT, EFNA3, FKBP1A, GDI1, GNAS1, GNAI2, HAX1, ILK, MAPKAPK2, MAP2K2, MAP3K11, PITPNM, RAC1, RAP1B, RAGA, STK19, STK24, STK25, YWHAB, YWHAH, YWHAQ, YWHAZ, 등);
● 성장 인자 (예를 들어, AIF1, HDGF, HGS, LTBP4, VEGFB, ZFP36L1, 조직 괴사 인자, CD40, 카세인 키나제, CSNK1E, CSNK2B, 등); 및
● 그 밖의 단백질 (예를 들어, ALAS1, ARHGEF2, ARMET, AES, BECN1, BUD31, CKB, CPNE1, ENSA, FTH1, GDI2, GUK1, HPRT, IFITM1, JTB, MMPL2, NME2, NONO, P4HB, PRDX1, PTMA, RPA2, SULT1A3, SYNGR2, TTC1, C11Orf13, C14orf2, C21orf33, SPAG7, SRM, TEGT, DAZAP2, MEA1, 등).
예시의 하우스키핑 유전자는 표 2에서 나열된 것들을 포함한다. 표 2는 또한 각각의 유전자에 대한 대표적인 비-제한적 NCBI Accession Number를 제공한다. 이러한 유전자 (및/또는 그것의 스플라이싱 변이체)의 임의의 조합 또는 부분조합이 이용될 수 있다.
Figure pct00002
Figure pct00003
특정 구체예에서, 다음 기준 유전자가 이용된다: ABCF1, G6PD, NRDE2, OAZ1, POLR2A, SDHA, STK11IP, TBC1D10B, TBP, 및 UBB.
D. 표적 및 기준 유전자의 발현을 평가하기 위한 예시의 방법
베이스라인 또는 기준 유전자(들)에 대한 표적 유전자(들)의 발현 수준을 나타내기 위해서, 각각의 평가된 표적 유전자에 상응하는 세포 샘플의 mRNA 양이 결정되고 베이스라인 또는 기준 유전자(들)에 상응하는 mRNA의 발현에 대해 표준화된다. 임의의 적합한 방법이 이러한 분석을 달성하는데 이용될 수 있다. 예시의 방법은 nCOUNTER® Analysis System (NanoString Technologies, Inc.)을 이용한다. nCOUNTER® Analysis System에서, 샘플의 RNA는 샘플 RNA가 프로브에 혼성체화하는 것을 허용하기에 충분한 조건 하에서 유전자-특이적 리포터 프로브 및 캡쳐 프로브의 세트의 존재 하에 인큐베이션된다. 각각의 리포터 프로브는 형광 바코드(barcode)를 운반하고 각각의 캡쳐 프로브는 데이터 수집을 위해 혼성체화된 복합체를 고체 지지체에 고정시킬 수 있는 비오틴 모이어티를 함유한다. 혼성체화 이후, 초과량의 프로브가 제거되고, 지지체는 자동화된 형광 현미경에 의해 스캔된다. 바코드는 각각의 표적 분자에 대해 계수된다. 데이터 분석은 nSolver® 4.0 Analysis Software (NanoString Technologies, Inc.), 또는 유사한 것들을 사용하여 실행될 수 있다. 실시예 1에서 제공된 데이터는 770개의 상이한 유전자에 대한 프로브의 세트 (750개의 유전자가 종양의 계면, 종양 미세환경, 및 면역 반응에서 핵심 경로를 커버한다), 및 데이터 표준화에 사용될 수 있는 20개의 내부 기준 유전자를 함유하는 PanCancer IO 360™ Gene Expression Panel 키트 (NanoString Technologies, Inc.)를 사용하여 얻어졌다 (표 5). 10-유전자 시그니쳐 점수는 다음과 같이 계산된다:
● 각각의 유전자에 대한 미가공 데이터 수치는 각각의 샘플에 대해 선택된 하우스키핑 (HK) 유전자 (예를 들어, ABCF1, NRDE2, G6PD, OAZ1, POLR2A, SDHA, STK11IP, TBC1D10B, TBP, UBB)의 기하학적 평균에 대해 표준화된다.
● 그 다음에 HK 표준화된 데이터는 IO 360 패널 표준에 대해, 바람직하게는 테스트 샘플과 동일한 카트리지 상에서 실행된 것들에 대해 표준화된다.
● 그 다음에 각각의 표준화된 유전자 수치는 log 변환된다.
● 각각의 표준화되고 log 변환된 RNA 값이 합계된다.
● 표준화되고 log 변환된 RNA 값의 합계를 시그니쳐의 표적 유전자의 수 (즉, 10)로 나누어서 단일 점수를 생성한다.
II. 예시의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자
A. JNJ-63709178
JNJ-63709178은 침묵(silenced) Fc 기능을 가진 인간화된 IgG4 이중특이적 항체이다. 항체는 Genmab DuoBody® 기술을 사용하여 생산되었고 종양 세포 상의 CD123과 T 세포 상의 CD3 둘 다에 결합할 수 있다. JNJ-63709178은 T 세포를 CD123-발현 종양 세포에 모집하여 시험관 내에서(in vitro) 이들 종양 세포의 살해를 유도할 수 있다 (MOLM-13, OCI-AML5 및 KG-1; EC50 = 0.51-0.91 nM). JNJ-63709178은 WO 2016/036937, Gaudet, F. et al. (2016) "Development of a CD123 x CD3 Bispecific Antibody (JNJ-63709178) for the Treatment of Acute Myeloid Leukemia (AML)," Blood 128:2824; 및 Forslund, A. et al. (2016) "Ex Vivo Activity Profile of the CD123 x CD3 Duobody® Antibody JNJ-63709178 Against Primary Acute Myeloid Leukemia Bone Marrow Samples," Blood 128:2875 (이 문서들은 본원에 참조로 포함됨)에 개시되어 있다. JNJ-63709178 및/또는 관련된 항체, 13RB179, 13RB180, 13RB181, 13RB182, 13RB183, 13RB186, 13RB187, 13RB188, 13RB189, CD3B19, 7959, 3978, 7955, 9958, 8747, 8876, 4435 및 5466의 중쇄 및 경쇄의 아미노산 서열은 WO 2016/036937에 개시되어 있다.
B. XmAb14045
XmAb14045 (비베코타맙으로도 알려져 있음)는 CD123 결합 도메인 및 세포독성 T-세포 결합 도메인 (CD3) 둘 다를 함유하는 종양-표적화된 항체이다. XmAb 이중특이적 Fc 도메인은 이들 2개의 항원 결합 도메인에 대한 스캐폴드(scaffold)의 역할을 하고 XmAb14045에게 긴 순환 반감기, 안정성 및 제조의 용이함을 부여한다. XmAb14045에 의한 CD3의 결합은 CD123-발현 종양 세포의 매우 강력하고 표적화된 살해를 위해 T 세포를 활성화시킨다 (미국 특허 공보 2017/0349660; Chu, S.Y. et al. (2014) "Immunotherapy with Long-Lived Anti- CD123 x CD3 Bispecific Antibodies Stimulates Potent T Cell-Mediated Killing of Human AML Cell Lines and of CD123+ Cells in Monkeys: A Potential Therapy for Acute Myelogenous Leukemia," Blood 124(21):2316 (이 문서는 본원에 참조로 포함됨). XmAb14045 및 유사한 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자의 중쇄 및 경쇄의 아미노산 서열은 미국 특허 공보 2017/0349660 및 WHO Drug Information, Proposed INN: List 120, 2018, 32(4):658-660에 개시되어 있다.
C. APVO436
APVO436은 항-CD123 scFv 부분 및 항-CD3 scFv 부분을 소유하는 ADAPTIR™ CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자이다. 각각의 scFv 부분은 ADCC/CDC 효과기 기능을 폐지하도록 변형된 Fc 도메인에 결합된다. APVO436은 낮은 nM 범위의 EC50 값으로 인간 CD123 및 CD3-발현 세포에 결합하고 낮은 효과기 대 표적 비율로 CD123-발현 종양 세포주에 대한 강력한 표적-특이적 활성을 입증하는 것으로 개시되어 있다. APVO436은 원발성 AML 대상체 샘플 및 정상 공여체 샘플을 이용한 실험에서 CD123 발현 세포의 고갈을 동반하는 내인성 T-세포 활성화 및 증식을 강력하게 유도할 수 있는 것으로 개시되어 있다. APVO436 (Comeau, M.R. et al. (2018) "APVO436, a Bispecific anti-CD123 x anti-CD3 ADAPTIR™ Molecule for Redirected T-cell Cytotoxicity, Induces Potent T-cell Activation, Proliferation and Cytotoxicity with Limited Cytokine Release," AACR Annual Meeting April 2018, Abstract 1786; Godwin, C.D. et al. (2017) "Bispecific Anti-CD123 x Anti-CD3 ADAPTIR™ Molecules APVO436 and APVO437 Have Broad Activity Against Primary Human AML Cells In Vitro," American Society of Hematology Annual Meeting, December 2017, Blood 130:2639; Comeau, M.R. et al. (2017) "Bispecific anti-CD123 x anti-CD3 ADAPTIR™ Molecules for Redirected T-cell Cytotoxicity in Hematological Malignancies," AACR Annual Meeting April 2017, Abstract 597 참조). APVO436 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자의 중쇄 및 경쇄의 아미노산 서열은 WO 2018/057802A1에 개시되어 있다.
D. DART-A
DART-A (플로테투주맙으로도 알려져 있음, CAS 번호: 1664355-28-5)는 본 발명의 예시의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자이다. DART-A는 CD123의 에피토프 및 CD3의 에피토프에 동시에 그리고 특이적으로 결합할 수 있는 서열-최적화된 이중특이적 디아바디 ("CD123 x CD3" 이중특이적 디아바디)이다 (미국 특허 공개 번호 US 2016-0200827, PCT Publn. WO 2015/026892, Al-Hussaini, M. et al. (2016) "Targeting CD123 In Acute Myeloid Leukemia Using A T-Cell-Directed Dual-Affinity Retargeting Platform," Blood 127:122-131, Vey, N. et al. (2017) "A Phase 1, First-in-Human Study of MGD006/S80880 ( CD123 x CD3 ) in AML/MDS," 2017 ASCO Annual Meeting, June 2-6, 2017, Chicago, IL: Abstract TPS7070 (이 문서들은 각각 그 전문이 본원에 참조로 포함됨)). DART-A는 유사한 조성물의 다른 비-서열-최적화된 CD123 x CD3 이중특이적 디아바디에 비해 향상된 기능적 활성을 나타내는 것으로 발견되었으며, 따라서 "서열-최적화된" CD123 x CD3 이중특이적 디아바디라고 불린다. PCT 출원 PCT/US2017/050471은 환자에게 DART-A를 투여하기 위한 특정 주입 양생법을 기재하고 있으며, 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
DART-A는 제1 폴리펩타이드 사슬 및 제2 폴리펩타이드 사슬을 포함한다 (도 1). 이중특이적 디아바디의 제1 폴리펩타이드 사슬은, N-말단에서 C-말단 방향으로, N-말단, CD3에 결합할 수 있는 단클론성 항체의 경쇄 가변 도메인 (VL 도메인) (VLCD3), 개재 링커 펩타이드 (링커 1), CD123에 결합할 수 있는 단클론성 항체의 중쇄 가변 도메인 (VH 도메인) (VHCD123), 및 C-말단을 포함할 것이다.
이러한 VLCD3 도메인에 대한 예시의 서열은 서열 번호: 1이다:
Figure pct00004
VLCD3의 항원 결합 도메인은 다음을 포함한다:
CDRL1 (서열 번호: 2): RSSTGAVTTSNYAN
CDRL2 (서열 번호: 3): GTNKRAP
CDRL3 (서열 번호: 4): ALWYSNLWV
이러한 링커 1에 대한 예시의 서열은 서열 번호: 5이다: GGGSGGGG. 이러한 VHCD123 도메인에 대한 예시의 서열은 서열 번호: 6이다:
Figure pct00005
VHCD123의 항원 결합 도메인은 다음을 포함한다:
CDRH1 (서열 번호: 7): DYYMK
CDRH2 (서열 번호: 8): DIIPSNGATFYNQKFKG
CDRH3 (서열 번호: 9): SHLLRASWFAY
제2 폴리펩타이드 사슬은, N-말단에서 C-말단 방향으로, N-말단, CD123에 결합할 수 있는 단클론성 항체의 VL 도메인 (VLCD123), 개재 링커 펩타이드 (예를 들어, 링커 1), CD3에 결합할 수 있는 단클론성 항체의 VH 도메인 (VHCD3), 및 C-말단을 포함할 것이다. 이러한 VLCD123 도메인에 대한 예시의 서열은 서열 번호: 10이다:
Figure pct00006
VLCD123의 항원 결합 도메인은 다음을 포함한다:
CDRL1 (서열 번호: 11): KSSQSLLNSGNQKNYLT
CDRL2 (서열 번호: 12): WASTRES
CDRL3 (서열 번호: 13): QNDYSYPYT
이러한 VHCD3 도메인에 대한 예시의 서열은 서열 번호: 14이다:
Figure pct00007
VHCD3의 항원 결합 도메인은 다음을 포함한다:
CDRH1 (서열 번호: 15): TYAMN
CDRH2 (서열 번호: 16): RIRSKYNNYATYYADSVKD
CDRH3 (서열 번호: 17): HGNFGNSYVSWFAY
본 발명의 서열-최적화된 CD123 x CD3 이중특이적 디아바디는 이러한 제1 및 제2 폴리펩타이드가 그것들의 길이를 따라 시스테인 잔기를 통해 서로 공유 결합되도록 조작된다. 이러한 시스테인 잔기는 폴리펩타이드의 VL 및 VH 도메인을 분리하는 개재 링커 (예를 들어, 링커 1)로 도입될 수 있다. 대안으로, 제2 펩타이드 (링커 2)는, 예를 들어, 이러한 폴리펩타이드 사슬의 VL 도메인에 대한 N-말단 또는 VH 도메인의 C-말단의 위치에서 각각의 폴리펩타이드 사슬로 도입된다. 이러한 링커 2에 대한 예시의 서열은 서열 번호: 18이다: GGCGGG.
헤테로다이머의 형성은 반대 전하의 폴리펩타이드 코일(coil)을 함유하도록 이러한 폴리펩타이드 사슬을 추가로 조작함으로써 구동될 수 있다. 따라서, 특정 구체예에서, 폴리펩타이드 사슬 중 하나는 잔기가 pH 7에서 음전하를 형성하는 "E-코일" 도메인 (서열 번호: 19: E VAAL E K E VAAL E K E VAAL E K E VAAL E K)을 함유하도록 조작되지만, 2개의 폴리펩타이드 사슬 중 다른 하나는 잔기가 pH 7에서 양전하를 형성하는 "K-코일" 도메인 (서열 번호: 20: K VAAL K E K VAAL K E K VAAL K E K VAAL K E)을 함유하도록 조작될 것이다. 이러한 대전된 도메인의 존재는 제1 및 제2 폴리펩타이드 사이의 회합을 촉진하며, 따라서 헤테로다이머화를 촉진한다.
어느 코일이 제1 또는 제2 폴리펩타이드 사슬에 제공되는지는 중요하지 않다. 하지만, 본 발명의 예시의 서열-최적화된 CD123 x CD3 이중특이적 디아바디 ("DART-A")는 다음 서열을 가진 제1 폴리펩타이드 사슬을 갖는다 (서열 번호: 21):
Figure pct00008
DART-A 사슬 1은 서열 번호: 1 - 서열 번호: 5 - 서열 번호: 6 - 서열 번호: 18 - 서열 번호: 19로 구성된다. DART-A의 제1 폴리펩타이드 사슬을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호: 22이다:
Figure pct00009
DART-A의 제2 폴리펩타이드 사슬은 다음 서열을 갖는다 (서열 번호: 23):
Figure pct00010
DART-A 사슬 2는 서열 번호: 10 - 서열 번호: 5 - 서열 번호: 14 - 서열 번호: 18 - 서열 번호: 20으로 구성된다. DART-A의 제2 폴리펩타이드 사슬을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드는 서열 번호: 24이다:
Figure pct00011
DART-A는 인간 및 시노몰구스 원숭이(cynomolgus monkey) 세포에 의해 배열된 바와 같이 CD123과 CD3에 동시에 결합하는 능력을 갖는다. DART-A의 공급은 T 세포 활성화를 유발하고, 아세포 감소를 매개하고, T 세포 확장을 구동시키고, T 세포 활성화를 유도하고 표적 암 세포의 재방향성 살해를 유발하는 것이 발견되었다 (표 3).
Figure pct00012
더 구체적으로, DART-A는, 높은 CD123 발현 (Kasumi-3 (EC50=0.01 ng/mL)), 중간 CD123-발현 (Molm13 (EC50=0.18 ng/mL) 및 THP-1 (EC50=0.24 ng/mL)) 및 중약 또는 낮은 CD123 발현 (TF-1 (EC50=0.46 ng/mL) 및 RS4-11 (EC50=0.5 ng/mL))을 가진 표적 세포주에서 CD3 에피토프 결합 특이성에 관계없이, mL 당 ng 이하의 범위에서 최대 활성의 50% (EC50)을 달성하는데 필요한 농도로 강력한 재방향성 살해 능력을 나타낸다. 유사하게, 상이한 공여체의 T 세포를 가진 다수의 표적 세포주로 DART-A-재방향성 살해가 또한 관찰되었고 CD123을 발현하지 않는 세포주에서는 재방향성 살해 활성이 관찰되지 않았다. 결과는 표 4에서 요약된다.
Figure pct00013
추가적으로, 인간 T 세포 및 종양 세포 (Molm13 또는 RS4-11)가 조합되어 NOD/SCID 감마 (NSG) 넉아웃(knockout) 마우스에 피하로 주사될 때, MOLM13 종양은 0.16, 0.5, 0.2, 0.1, 0.02, 및 0.004 mg/kg 용량 수준에서 크게 억제되었다. 0.004 mg/kg 및 그 이상의 용량이 MOLM13 모델에서 활성이었다. RS4-11 모델과 비교하여 MOLM13 모델에서 종양 성장의 억제와 관련된 더 낮은 DART-A 용량은 시험관 내 데이터와 일치하는데 MOLM13 세포가 RS4-11 세포보다 더 높은 수준의 CD123 발현을 나타낸다는 것을 입증하며, MOLM13 세포에서 시험관 내에서 DART-A-매개된 세포독성에 대한 증가된 민감도와 관련이 있다.
DART-A는 AML 환자의 원발성 AML 표본 (골수 단핵구 세포 (BMNC) 및 말초 혈액 단핵구 세포 (PBMC))에 대해 활성이다. DART-A와 함께 원발성 AML 골수 샘플을 인큐베이션하는 것은 시간이 흐름에 따른 백혈병 세포 집단의 고갈을 초래하였으며, 잔류 T 세포 (CD4 및 CD8 둘 다)의 수반되는 확장 및 T 세포 활성화 마커 (CD25 및 Ki-67)의 유도가 동반되었다. CD8 및 CD4 T 세포 둘 다에서 그랜자임 B 및 퍼포린 수준의 상향 조절이 관찰되었다. DART-A와 함께 원발성 AML 골수 샘플을 인큐베이션하는 것은 미처리 대조군 또는 대조군 DART와 비교하여 시간이 흐름에 따른 백혈병 세포 집단의 고갈을 초래하였다. T 세포가 계수되고 (CD8 및 CD4 염색) 활성화 (CD25 염색)이 분석될 때, T 세포는 미처리 또는 대조군 DART 샘플과 비교하여 DART-A 샘플에서 확장되고 활성화되었다. DART-A는 또한 인간 및 시노몰구스 원숭이 PBMC 둘 다에서 pDC 세포의 고갈을 매개할 수 있는 것으로 발견되었으며, 시노몰구스 원숭이 pDC는 10 ng/kg 정도의 DART-A로 주입 후 빠르면 4일에 고갈되었다. DART-A-처리된 동물에서 사이토카인 인터페론 감마, TNF 알파, IL6, IL5, IL4 및 IL2의 수준의 증가는 관찰되지 않았다. 이들 데이터는 DART-A-매개된 표적 세포 살해가 그랜자임 B 및 퍼포린 경로를 통해 매개되었다는 것을 나타낸다.
CD123-음성 표적 (U937 세포)에 대해 또는 대조군 DART로 활성이 관찰되지 않았으며, 관찰된 T 세포 활성화가 엄중히 표적 세포 결합에 의존적이고 DART-A에 의한 CD3의 1가 결합이 T 세포 활성화를 촉발시키기에 불충분하다는 것을 나타낸다.
요컨대, DART-A는 여러 혈액학적 악성 종양에서 상향 조절된 항원인 CD123을 발현하는 세포에 대해 T 림프구를 방향 전환하기 위해 TCR의 CDε 서브유닛에 결합하는 항체-기반 분자이다. DART-A는 유사한 친화도로 인간 및 시노몰구스 원숭이 항원 둘 다에 결합하고 CD123+ 세포를 살해하도록 두 종 모두의 T 세포를 방향 전환한다. DART-A의 매주 증가하는 용량으로 주 4일 또는 7일 주입된 원숭이는 치료 시작 후 72h에 순환 CD123+ 세포의 고갈을 나타냈으며, 주입 일정과 관계없이, 치료 4주 전반에 걸쳐 지속되었다. 순환 T 세포의 감소가 또한 발생했지만, 4일 용량 일정에 따라 원숭이에 후속 주입하기 전에 베이스라인으로 회복되었으며, DART-A-매개된 이동(mobilization)과 일치한다. DART-A 투여는 순환 PD1+ T 세포를 증가시켰지만, TIM-3+ T 세포는 그렇지 않으며; 게다가, 치료된 원숭이의 T 세포의 생체 외(ex vivo) 분석은 변경되지 않은 재방향성 표적 세포 용해를 나타냈으며, 소진되지 않았다는 것을 나타낸다. 독성은, 용량이 증가했을 때에도 후속 투여 이후에는 그렇지 않았지만, DART-A 최초 주입 후 사이토카인의 최소한의 일시적 방출, 및 CD123+ 골수 전구물질의 부수적인 감소와 함께 적혈구 질량의 최소한의 가역적인 감소로 제한되었다.
E. 추가적인 이중특이적 디아바디 분자
Fc 영역을 포함하고 도 1B에서 나타난 일반적인 구조를 가진 DART-A의 대체 버전은 US 2016-0200827에서 기재되어 있다. Fc 도메인의 CH2 및 CH3 도메인을 함유하는 예시의 폴리펩타이드는 다음 서열 (서열 번호: 25) ("노브(Knob)-함유" Fc 도메인):
Figure pct00014
(여기서 X는 K이거나 없다)
및 서열 (서열 번호: 26) ("홀(Hole)-함유" Fc 도메인)을 갖는다:
Figure pct00015
(여기서 X는 K이거나 없다).
예시의 DART-A w/Fc 작제물의 제1 폴리펩타이드는, N-말단에서 C-말단 방향으로, N-말단, CD123에 결합할 수 있는 단클론성 항체의 VL 도메인 (VLCD123), 개재 링커 펩타이드 (링커 1), CD3에 결합할 수 있는 단클론성 항체의 VH 도메인 (VHCD3), 링커 2, E-코일 도메인, 링커 5, 펩타이드 1, Fc 도메인의 CH2 및 CH3 도메인을 함유하는 폴리펩타이드 및 C-말단을 포함한다. 예시의 링커 5는 다음 서열을 갖는다: GGG. 예시의 펩타이드 1은 다음 서열을 갖는다: DKTHTCPPCP (서열 번호: 29). 따라서, 이러한 DART-A w/Fc 버전 1 작제물의 제1 폴리펩타이드는 다음으로 구성된다: 서열 번호: 10 - 서열 번호: 5 - 서열 번호: 14 - 서열 번호: 18 - 서열 번호: 19 - GGG - 서열 번호: 29 - 서열 번호: 25 (여기서 X는 K이다).
이러한 DART-A w/Fc 버전 1 작제물의 제1 폴리펩타이드의 예시의 서열은 다음 서열을 갖는다 (서열 번호: 27):
Figure pct00016
이러한 DART-A w/Fc 버전 1 작제물의 제2 사슬은, N-말단에서 C-말단 방향으로, N-말단, CD3에 결합할 수 있는 단클론성 항체의 VL 도메인 (VLCD3), 개재 링커 펩타이드 (링커 1), CD123에 결합할 수 있는 단클론성 항체의 VH 도메인 (VHCD123), 링커 2, K-코일 도메인, 및 C-말단을 포함할 것이다. 따라서, 이러한 DART-A w/Fc 버전 1 작제물의 제2 폴리펩타이드는 다음으로 구성된다: 서열 번호: 1 - 서열 번호: 5 - 서열 번호: 6 - 서열 번호: 18 - 서열 번호: 20. 이러한 폴리펩타이드는 다음 서열을 갖는다 (서열 번호: 28):
Figure pct00017
이러한 DART-A w/Fc 버전 1의 제3 폴리펩타이드 사슬은 IgG Fc 도메인의 CH2 및 CH3 도메인을 포함할 것이다. 펩타이드 1 (DKTHTCPPCP; 서열 번호: 29) 및 Fc 도메인의 CH2 및 CH3 도메인 (서열 번호: 26, 여기서 X는 K이다)으로 구성된 예시의 폴리펩타이드는 서열 번호: 30의 서열을 갖는다:
Figure pct00018
대안의 최적화된 항-CD3 결합 도메인을 포함하는 추가적인 CD123 x CD3 이중특이적 디아바디는 WO 2019/160904에서 제공된다. 특히, 이러한 디아바디는 서열 번호: 6의 VHCD123 도메인을 포함하고 VLCD123 도메인은 서열 번호: 10이고 Fc 영역을 더 포함한다.
III. 약학적 제제
본 발명의 조성물은 약학적 조성물 (예를 들어, 불순한 또는 비-멸균 조성물)의 제조에 유용한 대용량(bulk) 약물 조성물 및 단위 투약 형태의 제조에 사용될 수 있는 약학적 조성물 (즉, 대상체 또는 환자에게 투여하기에 적합한 조성물)을 포함한다. 이러한 조성물은 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자의 예방적 또는 치료적 유효량 및 약학적으로 허용 가능한 담체를 포함한다.
예시의 약학적 제제는 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자 및 수성 안정화제, 그리고 선택적으로, 약학적으로 허용 가능한 담체를 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "약학적으로 허용 가능한 담체"는 동물, 및 더 구체적으로는, 인간에게 전달하기에 적합한 것으로 규제 기관에 의해 승인되거나 미국 약전 또는 또 다른 일반적으로 인정되는 약전에 나열된 희석제, 보조제 (예를 들어, 프로인트 보조제(Freund's adjuvant) (완전 및 불완전)), 부형제, 또는 비히클(vehicle)을 나타내도록 의도된다. 이러한 약학적 담체는 멸균 액체, 예컨대 물 및 땅콩 오일, 대두 오일, 미네랄 오일, 참깨 오일 등과 같은 석유, 동물, 식물 또는 합성 기원의 오일을 포함하는 오일일 수 있다. 물은 약학적 조성물이 정맥내로 투여될 때 담체로서 사용될 수 있다. 식염수 용액 및 수성 덱스트로스 및 글리세롤 용액이 또한 액체 담체로서, 특히 주사용액에 대해, 이용될 수 있다. 적합한 약학적 부형제는 전분, 글루코스, 락토스, 수크로스, 젤라틴, 맥아, 쌀, 밀가루, 백악, 실리카 겔, 나트륨 스테아레이트, 글리세롤 모노스테아레이트, 활석, 염화나트륨, 탈지분유, 글리세롤, 프로필렌, 글리콜, 물, 에탄올 등을 포함한다. 조성물은 또한, 원하는 경우, 소량의 습윤제 또는 에멀젼화제, 또는 pH 완충제를 함유할 수 있다. 이들 조성물은 용액, 현탁액, 에멀젼, 타블렛, 알약, 캡슐, 분말, 지속 방출형(sustained-release) 제제 등의 형태를 취할 수 있다.
일반적으로, 본 발명의 조성물의 성분은 별도로 공급되거나 또는 단위 투약 형태로, 예를 들어, 액체 제제로서, 활성제의 양을 표시하는 바이알, 앰플 또는 사세(sachette)와 같은 밀봉된 용기 내 동결건조된 분말 또는 무수 농축물로서 함께 혼합된다. 조성물이 주입에 의해 투여되어야 하는 경우, 그것은 멸균 약학적 등급의 물 또는 식염수를 함유하는 주입 병으로 분배될 수 있다. 조성물이 주사에 의해 투여되는 경우, 투여 전에 성분이 혼합될 수 있도록 멸균 주사용수 또는 식염수의 앰플이 제공될 수 있다.
본 발명은 또한 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자를 단독으로 또는 안정화제 및/또는 약학적으로 허용 가능한 담체와 함께 함유하는 하나 이상의 용기를 포함하는 약학적 팩(pack) 또는 키트를 제공한다. 추가적으로, 질환의 치료에 유용한 하나 이상의 다른 예방제 또는 치료제가 또한 약학적 팩 또는 키트에 포함될 수 있다. 본 발명은 또한 본 발명의 약학적 조성물의 성분 중 하나 이상으로 채워진 하나 이상의 용기를 포함하는 약학적 팩 또는 키트를 제공한다. 이러한 용기(들)와 선택적으로 관련된 것은 약품 또는 생물학적 제품의 제조, 사용 또는 판매를 규제하는 정부 기관에 의해 규정된 형태의 통지일 수 있으며, 이것은 기관에 의한 인간 투여를 위한 제조, 사용 또는 판매의 승인을 반영한다.
IV. 키트
본 발명은 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자, 교육용 자료 (예를 들어, 저장, 투약량, 징후, 부작용, 사용 금지 사유, 등과 관련됨), 및 선택적으로 상기 방법에서 사용될 수 있는 안정화제 및/또는 담체를 포함하는 키트를 제공한다. 이러한 키트에서, CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자는 그 안에 함유된 분자의 양을 나타낼 수 있는 밀봉된 용기, 예컨대 앰플, 바이알, 사세에 포장될 수 있다. 용기는 임의의 약학적으로 허용 가능한 물질, 예컨대 유리, 수지, 플라스틱, 등으로 형성될 수 있다. 이러한 키트의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자는 대상체에게 투여하기 위해, 예를 들어, 물 또는 식염수로, 적절한 농도로 복원될 수 있는, 밀봉된 용기 내의 액체 용액, 건조 멸균된 동결건조 분말 또는 무수 농축물로서 공급될 수 있다. 이러한 액체 또는 동결건조된 물질은 원래의 용기에서 2 내지 8℃에서 저장되어야 하고 물질은 복원된 후 약 24시간 이내, 약 12시간 이내, 약 6시간 이내, 약 5시간 이내, 약 3시간 이내, 또는 약 1시간 이내에 투여되어야 한다. 키트는 하나 이상의 용기에 암 치료에 유용한 하나 이상의 다른 예방제 및/또는 치료제를 더 포함할 수 있어야 하고; 및/또는 키트는 암과 관련된 하나 이상의 암 항원에 결합하는 하나 이상의 세포독성 항체를 더 포함할 수 있다. 특정 구체예에서, 다른 예방제 또는치료제는 화학치료제이다. 다른 구체예에서, 예방제 또는 치료제는 생물학적 치료제 또는 호르몬 치료제이다. 키트는 사용 설명서, 또는 다른 인쇄된 정보를 더 포함할 수 있다.
추가적으로, 질환의 치료에 유용한 하나 이상의 다른 예방제 또는 치료제가 또한 약학적 팩 또는 키트에 포함될 수 있다. 본 발명은 또한 본 발명의 약학적 조성물의 성분 중 하나 이상으로 채워진 하나 이상의 용기를 포함하는 약학적 팩 또는 키트를 제공한다. 이러한 용기(들)와 선택적으로 관련된 것은 약품 또는 생물학적 제품의 제조, 사용 또는 판매를 규제하는 정부 기관에 의해 규정된 형태의 통지일 수 있으며, 이것은 기관에 의한 인간 투여를 위한 제조, 사용 또는 판매의 승인을 반영한다.
V. 투여 방법
본 발명의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자 약학적 제제는 대상체에게 본 발명의 분자, 또는 본 발명의 융합 단백질 또는 컨쥬게이션된(conjugated) 분자를 포함하는 약학적 조성물의 유효량을 투여함으로써 질환, 장애 또는 감염과 관련된 하나 이상의 증상의 치료, 예방, 및 개선을 위해 제공될 수 있다. 한 양태에서, 이러한 조성물은 실질적으로 정제된다 (즉, 그 효과를 제한하거나 원치않는 부작용을 생산하는 물질이 실질적으로 없다). 특정 구체예에서, 대상체는 동물, 바람직하게는 포유동물, 예컨대 비-영장류 (예를 들어, 소, 말, 고양이, 개, 설치류, 등) 또는 영장류 (예를 들어, 원숭이, 예컨대 시노몰구스 원숭이, 인간, 등)이다. 특정 구체예에서, 대상체 또는 환자는 인간이다.
본 발명의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자 약학적 제제를 투여하는 방법은 비경구 투여 (예를 들어, 피내, 근육내, 복강내, 정맥내 및 피하)를 포함하지만, 이에 제한되는 것은 아니다. 특정 구체예에서, CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자는 정맥내로 투여된다. 조성물은 임의의 편리한 경로로, 예를 들어, 주입에 의해 투여될 수 있고, 다른 생물학적 활성제와 함께 투여될 수 있다.
주입에 의한 투여는 아마도 주입 펌프를 사용하여 달성된다. "주입 펌프"는 유체를 제어된 방식으로, 특히 한정된 속도로 그리고 연장된 기간 동안 환자의 체내로 전달하는 의료용 디바이스이다. 주입 펌프는 기계적으로 동력이 공급될 수 있지만, 더 전형적으로는 전기적으로 동력이 공급된다. 일부 주입 펌프는 "고정식(stationary)" 주입 펌프이고, 환자의 침대 옆에서 사용되도록 디자인된다. "이동식(ambulatory)" 주입 펌프라고 불리는 다른 것들은 휴대 가능하거나 착용 가능하도록 디자인된다. "주사기" 펌프는 전달되는 유체가 챔버의 레저버(reservoir) (예를 들어, 주사기) 내에 남아있고, 이동 가능한 피스톤이 챔버의 부피를 제어하며 따라서 유체의 전달을 제어하는데 사용되는 주입 펌프이다. "탄성 중합체(elastomeric)" 주입 펌프에서, 유체는 신축성 풍선 레저버에 남아있고, 풍선의 탄성 벽으로부터의 압력이 유체 전달을 구동한다. "연동(peristaltic)" 주입 펌프에서, 롤러 세트가 플렉시블한(flexible) 배관의 길이를 따라 조여서, 유체를 앞으로 밀어낸다. "다중-채널" 주입 펌프에서, 유체는 다수의 레저버로부터 다양한 속도로 전달될 수 있다. "스마트 펌프(smart pump)"는 부정적인 약물 상호작용의 위험에 반응하여, 또는 펌프의 파라미터가 명시된 한계를 초과하여 설정될 때 경보를 발할 수 있도록 컴퓨터로 제어되는 유체 전달 시스템이 장착된 주입 펌프이다. 주입 펌프의 예는 널리 공지되어 있고, 예를 들어, [Anonymous] 2002 "General-Purpose Infusion Pumps," Health Devices 31(10):353-387; 및 미국 특허 번호 10,029,051, 10,029,047, 10,029,045, 10,022,495, 10,022,494, 10,016,559, 10,006,454, 10,004,846, 9,993,600, 9,981,082, 9,974,901, 9,968,729, 9,931,463, 9,927,943, 등에서 제공된다.
특정 구체예에서, 본 발명의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자 약학적 제제는 환자가 치료적 양생법 동안에 이동 가능하도록 하나 이상의 이동식 펌프에 의해 촉진된 주입에 의해 투여될 수 있다. 특정 구체예에서, 본 발명의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자 약학적 제제는 지속적인 주입에 의해 투여될 수 있다. 특정 구체예에서, 7일 연속 주입 양생법은 3일 동안 약 30 ng/kg 환자 중량/일의 치료 투약량에 이어서 4일 동안 약 100 ng/kg/일의 치료 투약량 (예를 들어, 3일 동안 30 ng/kg 환자 중량/일의 치료 투약량에 이어서 4일 동안 100 ng/kg/일의 치료 투약량; 등)을 포함한다. 또 다른 특정 구체예에서, 7일 연속 주입 양생법은 1일 동안 약 30 ng/kg 환자 중량/일의 치료 투약량에 이어서, 1일 동안 약 60 ng/kg 환자 중량/일의 치료 투약량에 이어서, 1일 동안 약 100 ng/kg/일의 치료 투약량에 이어서, 1일 동안 약 200 ng/kg/일의 치료 투약량에 이어서, 1일 동안 약 300 ng/kg/일의 치료 투약량에 이어서, 1일 동안 약 400 ng/kg/일의 치료 투약량에 이어서, 1일 동안 약 500 ng/kg/일의 치료 투약량을 포함한다. 특정 구체예에서, 이러한 7일 연속 주입 양생법에는 21일 동안 매일 500 ng/kg/일의 치료 투약량이 투여되는 21일 연속 주입 양생법이 뒤따른다. 특정 구체예에서, 이러한 21일 연속 주입 양생법에는 이러한 21일 양생법의 각 주의 제1 일 내지 제4 일 동안에 약 500 ng/kg/일의 치료 투약량이 투여되고 각 주의 제5 일 내지 제7 일 동안에 치료 투약량이 투여되지 않는 21일 연속 주입 양생법이 뒤따른다.
상기 기재된 치료 과정 중 어느 것에서도, 종양 미세환경에서 CD8+ T-림프구의 비율이 추가적으로 모니터링될 수 있다. 이러한 모니터링은 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자의 투여 전에, CD123 x CD3 결합 분자 요법의 과정 동안에, 및/또는 CD123 x CD3 결합 분자 요법의 주기가 끝난 후에 일어날 수 있다.
VI. 본 발명의 조성물의 사용
본 발명의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자는 CD123의 발현과 관련이 있거나 그것을 특징으로 하는 임의의 질환 또는 병태를 치료하는데 사용될 수 있다. 특히, 본 발명의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자는 혈액학적 악성 종양을 치료하는데 사용될 수 있다. 본 발명의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자는 화학-불응성(chemo-refractory) 혈액학적 악성 종양을 포함하는 혈액학적 악성 종양의 치료에 사용하기에 특히 적합하다. 본원에서 사용된 바와 같이, 화학-불응성 혈액학적 악성 종양은 2회 이상의 유도 시도, 6개월 미만의 첫 번째 CR, 또는 2회 이상의 주기의 저메틸화제로의 치료 이후 실패에 대해 불응성인 혈액학적 악성 종양이다.
따라서, 제한되는 것이 아니라, 이러한 분자는 급성 골수성 백혈병 (AML) (예컨대 원발성 화학-불응성 AML), 만성 골수성 백혈병 (CML), 예컨대 CML의 급성기 및 아벨손 종양 유전자-관련된 CML (Bcr-ABL 전좌), 골수이형성 증후군 (MDS), 급성 B 림프아구성 백혈병 (B-ALL), 급성 T 림프아구성 백혈병 (T-ALL), 만성 림프구성 백혈병 (CLL), 예컨대 리히터 증후군 또는 CLL의 리히터 변환, 모양 세포 백혈병 (HCL), 모구 형질세포양 수지상세포 신생물 (BPDCN), 비-호지킨 림프종 (NHL), 예컨대 맨틀 세포 림프종 (MCL) 및 소림프구성 림프종 (SLL), 호지킨 림프종, 전신성 비만세포증, 및 버킷 림프종의 진단 또는 치료에 이용될 수 있다. 본 발명의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자는 추가적으로 상기 기재된 병태의 치료를 위한 의약의 제조에 사용될 수 있다.
본 발명의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자는 급성 골수성 백혈병 (AML, 원발성 화학-불응성 급성 골수성 백혈병 포함), 혈액학적 골수이형성 증후군 (MDS), 모구 형질세포양 수지상세포 신생물 (BPDCN), 비-호지킨 림프종 (NHL), 또는 급성 T 림프아구성 백혈병 (T-ALL)의 치료에 사용하기에 특히 적합하다.
실시예
이제 본 발명을 일반적으로 기재하면, 그것은 다음 실시예에 대한 참조를 통해 더 쉽게 이해될 것이며, 이는 예시의 방법으로 제공되고 명시되지 않는 한 본 발명을 제한하려는 의도는 아니다.
실시예 1
본 발명의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자로의 치료에 특히 적합한 환자 집단의 유전자 발현 시그니쳐
혈액학적 악성 종양, 특히 AML을 가진 환자의 유전자의 발현 패턴과 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자 요법의 바람직한 결과 사이의 연관성을 입증하기 위해, RNA를 플로테투주맙 (NCT#02152956, 예시의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자)의 1/2 단계 임상 시험에 등록된 재발된 또는 불응성 AML에 걸린 환자로부터 개개의 환자 동의를 얻은 환자로부터 얻어진 골수 ("BM") 샘플로부터 단리시켰다.
기정 면역 유전자 시그니쳐 점수를 포함을 포함하는, 770개의 면역-관련 유전자의 발현을 예시의 CD123 x CD3 이중특이적 분자 플로테투주맙으로 치료된 환자의 부분군의 베이스라인 골수 샘플에서 검사하였다. 간략히 말하면, NanoString PanCancer IO360™ 검정을 사용하여, 권장된 단계 2 용량 (RP2D)에서 플로테투주맙으로 치료된 재발된/불응성 AML에 걸린 환자 (n=38)의 부분군의 골수 샘플; 베이스라인에서 수거된 38개의 골수 샘플 및 치료시 수거된 34개의 골수 샘플 (주기 1 이후 [n=25] 및 주기 2 이후 [n=9]))에서 14개의 면역 세포 유형 및 32개의 면역 종양학 시그니쳐의 풍부함을 포함하는, 770개의 유전자의 발현을 조사하였다. IO 360 유전자 수치를 근본적으로 다음과 같이 nCounter® 시스템 (NanoString Technologies, Inc.)을 사용하여 생성하였다: RNA (샘플 당 ~100 ng)를 미분획화된 골수 흡인물로부터 추출하고, 혼성체화를 위해 리포터 프로브 및 캡쳐 프로브와 함께 인큐베이션하였다. 전사물 수치를 고해상도 설정을 사용한 nCounter FLEX 분석 시스템에서 분석하였다. 리포터 코드 수치 (RCC) 출력 파일을 사용하여 유전자 시그니쳐 점수를 계산하였다. NanoString에 의해 기재된 기정 시그니쳐에 대한 시그니쳐 점수를 근본적으로 WO 2020/092404 및 Vadakekolathu J, et al. (2020) "Immune Landscapes Predict Chemotherapy Resistance And Immunotherapy Response In Acute Myeloid Leukemia," Sci. Transl. Med. 12(546):eaaz0463에서 기재된 바와 같이 생물학적으로 관련된 유전자 설정의 기정 선형 조합 (가중 평균)으로 계산하였다. 이에 더하여, 순위가 매겨진 유전자 목록 (χ2 값)을 Orange3 소프트웨어 패키지 (Version 3.25.0)를 사용하여 생성하였다. 비지도 계층적 클러스터링 (유클리디언 거리(Euclidean distance), 완전한 연결).
이전에 보고된 바와 같이 1차 유도 실패 (PIF)/조기 재발 (ER) 환자는 만기 재발 (LR)을 나타내는 환자에 비해 더 높은 면역 침투를 나타냈다. PD-L1 및 염증성 케모카인 점수는 LR과 비교하여 PIF/ER 및 HMA-처리된 환자에서 더 높았다. 종양 염증 시그니쳐 점수 (TIS)는 항원 처리 기계 및 염증 케모카인 점수와 연관성이 있으며 (P<0.0001), 고도로 T 세포-염증 발생 샘플에서 항원 제공 및 T 세포 화학유인(chemoattraction)의 발생을 시사한다 (Vadakekolathu J, et al. (2020) "Immune Landscapes Predict Chemotherapy Resistance And Immunotherapy Response In Acute Myeloid Leukemia." Sci. Transl. Med. 12(546):eaaz0463).
유전자 발현 패널에서 770개의 면역-관련 유전자의 순위를 매김으로써 추가의 분석을 수행하였다. 이 순위는 완전 관해 (CR), 불완전 조혈 회복 (CRi)을 동반한 완전 관해 또는 부분적 조혈 회복 (CRh)를 동만흔 완전 관해로 정의되는, 예시의 CD123 x CD3 이중특이적 분자 플로테투주맙에 대한 완전한 반응과 관련된 상위 10개의 유전자를 포함하는 빈약한 발현 시그니쳐를 확인하였다. 10개의 확인된 유전자, CD8B, CRABP2, FCGR3A/B, FBP1, FPR1, ICOS, NOTCH2, PDGFA, SERPINH1, 및 THBS1은 상기 표 1에서 나열되어 있다. 표 1은 또한 각 유전자에 대한 대표적인 비-제한적인 NCBI Accession Number를 제공한다. 예시의 CD123 x CD3 이중특이적 분자 플로테투주맙에 대한 완전한 반응과 관련된 이들 10개의 유전자의 발현을 나타내는 열 지도가 도 2에서 제공된다. 새롭게 확인된 10-유전자 시그니쳐 점수를 환자 코호트 전반에 걸친 유전자 발현의 평균 합계로 계산하였다. 이 10-유전자 시그니쳐의 발현은 LR에 비해 연구 등록 시점에 PIF/ER 환자에서 및 높거나 중간의 면역 클러스터 점수를 가진 환자에서 더 높았다. 도 3은 환자 반응 (완전한 반응, 부분적 반응, 또는 무반응)에 따른 10-유전자 시그니쳐 점수를 플롯팅하고 항백혈병 반응을 나타내는 환자가 더 높은 10-유전자 시그니쳐 점수를 갖는다는 것을 나타낸다. 도 4에서 제공된 열 지도에서 나타난 바와 같이, 이 10-유전자 시그니쳐 점수는 호중구, 대식 세포 및 골수 세포 유형을 포함하는 기정 면역 유전자 시그니쳐 점수 (NanoString)의 발현에 의해 결정된, 측정된 골수 면역 침투의 정도, 및 염증 케모카인 및 T 세포-염증 발생한, IFN-γ-구동된 TME를 반영하는 다른 시그니쳐 점수와 연관성이 있다. 어떠한 특정 메커니즘에도 결부되지 않으면서, 시그니쳐의 유전자는 CD8B, 면역 체크포인트 ICOS 및 NOTCH2를 포함하며, 이것들 모두는 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자, 예컨대 플로테투주맙에 의해 재활성화될 수 있는 T 세포-고동되고 고도로 면역억제된 종양 미세환경을 반영한다. 이 점에 있어서, 증가된 Notch 신호 전달은 결장직장 암종을 갖고 T-세포 반응이 억제된 환자에서 향상된 CD8 T-세포 침투와 연관성이 있었다. 게다가, Notch1은 아니지만, Notch2 신호 전달은 림프종의 실험 모델에서 항-종양 활성을 가진 세포독성 T 림프구의 생성을 위해 결정적으로 요구되고 그랜자임 B의 전사 활성화제의 역할을 한다.
기능적 단백질 회합 네트워크의 분석을 STRING (string-db.org)을 사용하여 분석하였다. 이들 데이터는 완전한 반응과 관련된 10개의 유전자가 항원 결합 및 처리, VEGF-활성화된 수용체 활성, Notch 신호 전달, 암에서 마이크로-RNA 조절 및 T 헬퍼(helper) 1형 (Th1) 및 Th2 분화와 관련된 존재론 및 경로에서 풍부화되었다는 것을 나타냈다 (표 5). 이들 데이터는 플로테투주맙과 같은 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자로부터의 항-백혈병 반응을 촉진하는데 있어서 TME에서 향상되고 지속적인 항원 제공의 잠재적인 역할을 지지한다.
Figure pct00019
예시의 CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자 플로테투주맙의 항-백혈병 활성에 대한 연구 엔트리 및 10-유전자 시그니쳐 점수에서 European Leukemia-Net (ELN) 위험 질환 상태의 예측 능력을 측정하는 AUROC 곡선 (Dohner H, et al., 2017, "Diagnosis and management of AML in adults: 2017 ELN recommendations from an international expert panel." Blood 129(4): 424-47)은, 개별적으로 또는 조합으로, 도 5에서 나타나고, 표준 오차 및 신뢰 구간은 표 6에서 제공된다.특히, 10-유전자 시그니쳐 점수는 ELN 위험 범주 단독에 대한 0.672의 AUROC 값과 비교하여 단독으로 고려될 때 0.854의 AUROC 값을 갖고 ELN 위험 범주와 함께 고려될 때 0.904의 AUROC 값을 갖는다. 이에 더하여, CD123 x CD3 이중특이적 결합 분자 플로테투주맙로의 처리는 면역 침투, PD-L1 발현, 항원 제공 및 IFN-γ 신호 전달 유전자 시그니쳐의 높아진 수준에 의해 시사되는 바와 같이 TME를 조절한다.
Figure pct00020
이 명세서에서 언급된 모든 간행물 및 특허는 개개의 간행물 또는 특허 출원이 구체적으로 및 개별적으로 그 전문이 참조로 포함되는 것과 같은 정도로 본원에 참조로 포함된다. 본 발명은 그것의 특정 구체예에 관하여 기재되었지만, 추가의 변형이 가능하고, 본 발명이 속한 분야 내에서 공지된 또는 관습적인 관행의 범위 내에 있고 앞서 제시된 필수적인 특징에 적용될 수 있는 것처럼 일반적으로는, 본 발명의 원리에 따르고 본 개시물로부터의 이러한 이탈을 포함하는 본 출원이 임의의 변화, 용도, 또는 순응을 커버하는 것으로 의도된다.
SEQUENCE LISTING <110> MacroGenics, Inc. Nottingham Trent University Davidson, Jan Kenneth Rutella, Sergio <120> Use of Bispecific CD123 x CD3 Diabodies for the Treatment of Hematologic Malignancies <130> 1301.0167P1 <160> 30 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 110 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VLCD3 Light Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 1 Gln Ala Val Val Thr Gln Glu Pro Ser Leu Thr Val Ser Pro Gly Gly 1 5 10 15 Thr Val Thr Leu Thr Cys Arg Ser Ser Thr Gly Ala Val Thr Thr Ser 20 25 30 Asn Tyr Ala Asn Trp Val Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Gly 35 40 45 Leu Ile Gly Gly Thr Asn Lys Arg Ala Pro Trp Thr Pro Ala Arg Phe 50 55 60 Ser Gly Ser Leu Leu Gly Gly Lys Ala Ala Leu Thr Ile Thr Gly Ala 65 70 75 80 Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Leu Trp Tyr Ser Asn 85 90 95 Leu Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly 100 105 110 <210> 2 <211> 14 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDRL1 of VLCD3 Light Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 2 Arg Ser Ser Thr Gly Ala Val Thr Thr Ser Asn Tyr Ala Asn 1 5 10 <210> 3 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDRL2 of VLCD3 Light Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 3 Gly Thr Asn Lys Arg Ala Pro 1 5 <210> 4 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDRL3 of VLCD3 Light Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 4 Ala Leu Trp Tyr Ser Asn Leu Trp Val 1 5 <210> 5 <211> 8 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker 1 <400> 5 Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly 1 5 <210> 6 <211> 120 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VHCD123 Heavy Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 6 Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu Leu Lys Lys Pro Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr 20 25 30 Tyr Met Lys Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Asp Ile Ile Pro Ser Asn Gly Ala Thr Phe Tyr Asn Gln Lys Phe 50 55 60 Lys Gly Arg Val Thr Ile Thr Val Asp Lys Ser Thr Ser Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Arg Ser His Leu Leu Arg Ala Ser Trp Phe Ala Tyr Trp Gly Gln 100 105 110 Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 7 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDRH1 of VHCD123 Heavy Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 7 Asp Tyr Tyr Met Lys 1 5 <210> 8 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDRH2 of VHCD123 Heavy Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 8 Asp Ile Ile Pro Ser Asn Gly Ala Thr Phe Tyr Asn Gln Lys Phe Lys 1 5 10 15 Gly <210> 9 <211> 11 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDRH3 of VHCD123 Heavy Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 9 Ser His Leu Leu Arg Ala Ser Trp Phe Ala Tyr 1 5 10 <210> 10 <211> 113 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VLCD123 Light Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 10 Asp Phe Val Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly 1 5 10 15 Glu Arg Val Thr Met Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Asn Ser 20 25 30 Gly Asn Gln Lys Asn Tyr Leu Thr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln 35 40 45 Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val 50 55 60 Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr 65 70 75 80 Ile Ser Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Asn 85 90 95 Asp Tyr Ser Tyr Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile 100 105 110 Lys <210> 11 <211> 17 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDRL1 of VLCD123 Light Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 11 Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Asn Ser Gly Asn Gln Lys Asn Tyr Leu 1 5 10 15 Thr <210> 12 <211> 7 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDRL2 of VLCD123 Light Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 12 Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser 1 5 <210> 13 <211> 9 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDRL3 of VLCD123 Light Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 13 Gln Asn Asp Tyr Ser Tyr Pro Tyr Thr 1 5 <210> 14 <211> 125 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> VHCD3 Heavy Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 14 Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly 1 5 10 15 Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr 20 25 30 Ala Met Asn Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val 35 40 45 Gly Arg Ile Arg Ser Lys Tyr Asn Asn Tyr Ala Thr Tyr Tyr Ala Asp 50 55 60 Ser Val Lys Asp Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Ser 65 70 75 80 Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr 85 90 95 Tyr Cys Val Arg His Gly Asn Phe Gly Asn Ser Tyr Val Ser Trp Phe 100 105 110 Ala Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser 115 120 125 <210> 15 <211> 5 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDRH1 of VHCD3 Heavy Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 15 Thr Tyr Ala Met Asn 1 5 <210> 16 <211> 19 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDRH2 of VHCD3 Heavy Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 16 Arg Ile Arg Ser Lys Tyr Asn Asn Tyr Ala Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser 1 5 10 15 Val Lys Asp <210> 17 <211> 14 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> CDRH3 of VHCD3 Heavy Chain Variable Domain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 17 His Gly Asn Phe Gly Asn Ser Tyr Val Ser Trp Phe Ala Tyr 1 5 10 <210> 18 <211> 6 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker 2 <400> 18 Gly Gly Cys Gly Gly Gly 1 5 <210> 19 <211> 28 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> "E-Coil" Heterodimer-Promoting Domain <400> 19 Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys Glu Val 1 5 10 15 Ala Ala Leu Glu Lys Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys 20 25 <210> 20 <211> 28 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> "K-Coil" Heterodimer-Promoting Domain <400> 20 Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu Lys Val 1 5 10 15 Ala Ala Leu Lys Glu Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu 20 25 <210> 21 <211> 272 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> First Polypeptide Chain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 21 Gln Ala Val Val Thr Gln Glu Pro Ser Leu Thr Val Ser Pro Gly Gly 1 5 10 15 Thr Val Thr Leu Thr Cys Arg Ser Ser Thr Gly Ala Val Thr Thr Ser 20 25 30 Asn Tyr Ala Asn Trp Val Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Gly 35 40 45 Leu Ile Gly Gly Thr Asn Lys Arg Ala Pro Trp Thr Pro Ala Arg Phe 50 55 60 Ser Gly Ser Leu Leu Gly Gly Lys Ala Ala Leu Thr Ile Thr Gly Ala 65 70 75 80 Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Leu Trp Tyr Ser Asn 85 90 95 Leu Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Gly Gly 100 105 110 Gly Ser Gly Gly Gly Gly Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu 115 120 125 Leu Lys Lys Pro Gly Ala Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly 130 135 140 Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr Tyr Met Lys Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly 145 150 155 160 Gln Gly Leu Glu Trp Ile Gly Asp Ile Ile Pro Ser Asn Gly Ala Thr 165 170 175 Phe Tyr Asn Gln Lys Phe Lys Gly Arg Val Thr Ile Thr Val Asp Lys 180 185 190 Ser Thr Ser Thr Ala Tyr Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp 195 200 205 Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Ser His Leu Leu Arg Ala Ser Trp 210 215 220 Phe Ala Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly 225 230 235 240 Cys Gly Gly Gly Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys Glu Val Ala Ala Leu 245 250 255 Glu Lys Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys 260 265 270 <210> 22 <211> 816 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Polynucleotide Encoding First Polypeptide Chain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 22 caggctgtgg tgactcagga gccttcactg accgtgtccc caggcggaac tgtgaccctg 60 acatgcagat ccagcacagg cgcagtgacc acatctaact acgccaattg ggtgcagcag 120 aagccaggac aggcaccaag gggcctgatc gggggtacaa acaaaagggc tccctggacc 180 cctgcacggt tttctggaag tctgctgggc ggaaaggccg ctctgactat taccggggca 240 caggccgagg acgaagccga ttactattgt gctctgtggt atagcaatct gtgggtgttc 300 gggggtggca caaaactgac tgtgctggga gggggtggat ccggcggcgg aggcgaggtg 360 cagctggtgc agtccggggc tgagctgaag aaacccggag cttccgtgaa ggtgtcttgc 420 aaagccagtg gctacacctt cacagactac tatatgaagt gggtcaggca ggctccagga 480 cagggactgg aatggatcgg cgatatcatt ccttccaacg gggccacttt ctacaatcag 540 aagtttaaag gcagggtgac tattaccgtg gacaaatcaa caagcactgc ttatatggag 600 ctgagctccc tgcgctctga agatacagcc gtgtactatt gtgctcggtc acacctgctg 660 agagccagct ggtttgctta ttggggacag ggcaccctgg tgacagtgtc ttccggagga 720 tgtggcggtg gagaagtggc cgcactggag aaagaggttg ctgctttgga gaaggaggtc 780 gctgcacttg aaaaggaggt cgcagccctg gagaaa 816 <210> 23 <211> 280 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Second Polypeptide Chain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 23 Asp Phe Val Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly 1 5 10 15 Glu Arg Val Thr Met Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Asn Ser 20 25 30 Gly Asn Gln Lys Asn Tyr Leu Thr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln 35 40 45 Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val 50 55 60 Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr 65 70 75 80 Ile Ser Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Asn 85 90 95 Asp Tyr Ser Tyr Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile 100 105 110 Lys Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Glu Val Gln Leu Val Glu Ser 115 120 125 Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala 130 135 140 Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr Ala Met Asn Trp Val Arg Gln 145 150 155 160 Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Gly Arg Ile Arg Ser Lys Tyr 165 170 175 Asn Asn Tyr Ala Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Asp Arg Phe Thr 180 185 190 Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Ser Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser 195 200 205 Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Val Arg His Gly Asn 210 215 220 Phe Gly Asn Ser Tyr Val Ser Trp Phe Ala Tyr Trp Gly Gln Gly Thr 225 230 235 240 Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Cys Gly Gly Gly Lys Val Ala Ala 245 250 255 Leu Lys Glu Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu Lys Val Ala Ala Leu Lys 260 265 270 Glu Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu 275 280 <210> 24 <211> 840 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> Polynucleotide Encoding Second Polypeptide Chain of Humanized CD123 x CD3 Bispecific Antibody Flotuzumab (DART-A) <400> 24 gacttcgtga tgacacagtc tcctgatagt ctggccgtga gtctggggga gcgggtgact 60 atgtcttgca agagctccca gtcactgctg aacagcggaa atcagaaaaa ctatctgacc 120 tggtaccagc agaagccagg ccagccccct aaactgctga tctattgggc ttccaccagg 180 gaatctggcg tgcccgacag attcagcggc agcggcagcg gcacagattt taccctgaca 240 atttctagtc tgcaggccga ggacgtggct gtgtactatt gtcagaatga ttacagctat 300 ccctacactt tcggccaggg gaccaagctg gaaattaaag gaggcggatc cggcggcgga 360 ggcgaggtgc agctggtgga gtctggggga ggcttggtcc agcctggagg gtccctgaga 420 ctctcctgtg cagcctctgg attcaccttc agcacatacg ctatgaattg ggtccgccag 480 gctccaggga aggggctgga gtgggttgga aggatcaggt ccaagtacaa caattatgca 540 acctactatg ccgactctgt gaaggataga ttcaccatct caagagatga ttcaaagaac 600 tcactgtatc tgcaaatgaa cagcctgaaa accgaggaca cggccgtgta ttactgtgtg 660 agacacggta acttcggcaa ttcttacgtg tcttggtttg cttattgggg acaggggaca 720 ctggtgactg tgtcttccgg aggatgtggc ggtggaaaag tggccgcact gaaggagaaa 780 gttgctgctt tgaaagagaa ggtcgccgca cttaaggaaa aggtcgcagc cctgaaagag 840 <210> 25 <211> 217 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> "Knob-Bearing" CH2 and CH3 Fc Domain <220> <221> MISC_FEATURE <222> (217)..(217) <223> XAA is Lys (K) or is Absent <400> 25 Ala Pro Glu Ala Ala Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys 1 5 10 15 Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val 20 25 30 Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr 35 40 45 Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu 50 55 60 Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His 65 70 75 80 Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys 85 90 95 Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln 100 105 110 Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met 115 120 125 Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Trp Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro 130 135 140 Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn 145 150 155 160 Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu 165 170 175 Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val 180 185 190 Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln 195 200 205 Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Xaa 210 215 <210> 26 <211> 217 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> "Hole-Bearing" CH2 and CH3 Fc Domain <220> <221> MISC_FEATURE <222> (217)..(217) <223> XAA is Lys (K) or is Absent <400> 26 Ala Pro Glu Ala Ala Gly Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys 1 5 10 15 Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val 20 25 30 Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr 35 40 45 Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu 50 55 60 Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His 65 70 75 80 Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys 85 90 95 Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln 100 105 110 Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met 115 120 125 Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Ser Cys Ala Val Lys Gly Phe Tyr Pro 130 135 140 Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn 145 150 155 160 Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu 165 170 175 Val Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val 180 185 190 Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His Asn Arg Tyr Thr Gln 195 200 205 Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Xaa 210 215 <210> 27 <211> 510 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> First Polypeptide Chain of DART-A w/Fc Version 1 Construct <400> 27 Asp Phe Val Met Thr Gln Ser Pro Asp Ser Leu Ala Val Ser Leu Gly 1 5 10 15 Glu Arg Val Thr Met Ser Cys Lys Ser Ser Gln Ser Leu Leu Asn Ser 20 25 30 Gly Asn Gln Lys Asn Tyr Leu Thr Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Gly Gln 35 40 45 Pro Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Trp Ala Ser Thr Arg Glu Ser Gly Val 50 55 60 Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Thr 65 70 75 80 Ile Ser Ser Leu Gln Ala Glu Asp Val Ala Val Tyr Tyr Cys Gln Asn 85 90 95 Asp Tyr Ser Tyr Pro Tyr Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile 100 105 110 Lys Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Glu Val Gln Leu Val Glu Ser 115 120 125 Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu Ser Cys Ala 130 135 140 Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr Ala Met Asn Trp Val Arg Gln 145 150 155 160 Ala Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Gly Arg Ile Arg Ser Lys Tyr 165 170 175 Asn Asn Tyr Ala Thr Tyr Tyr Ala Asp Ser Val Lys Asp Arg Phe Thr 180 185 190 Ile Ser Arg Asp Asp Ser Lys Asn Ser Leu Tyr Leu Gln Met Asn Ser 195 200 205 Leu Lys Thr Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Val Arg His Gly Asn 210 215 220 Phe Gly Asn Ser Tyr Val Ser Trp Phe Ala Tyr Trp Gly Gln Gly Thr 225 230 235 240 Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly Cys Gly Gly Gly Glu Val Ala Ala 245 250 255 Leu Glu Lys Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys Glu Val Ala Ala Leu Glu 260 265 270 Lys Glu Val Ala Ala Leu Glu Lys Gly Gly Gly Asp Lys Thr His Thr 275 280 285 Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Ala Ala Gly Gly Pro Ser Val Phe 290 295 300 Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met Ile Ser Arg Thr Pro 305 310 315 320 Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His Glu Asp Pro Glu Val 325 330 335 Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val His Asn Ala Lys Thr 340 345 350 Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr Arg Val Val Ser Val 355 360 365 Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly Lys Glu Tyr Lys Cys 370 375 380 Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile Glu Lys Thr Ile Ser 385 390 395 400 Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val Tyr Thr Leu Pro Pro 405 410 415 Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser Leu Trp Cys Leu Val 420 425 430 Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu Trp Glu Ser Asn Gly 435 440 445 Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro Val Leu Asp Ser Asp 450 455 460 Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val Asp Lys Ser Arg Trp 465 470 475 480 Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala Leu His 485 490 495 Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys 500 505 510 <210> 28 <211> 272 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Second Polypeptide Chain of DART-A w/Fc Version 1 Construct <400> 28 Gln Ala Val Val Thr Gln Glu Pro Ser Leu Thr Val Ser Pro Gly Gly 1 5 10 15 Thr Val Thr Leu Thr Cys Arg Ser Ser Thr Gly Ala Val Thr Thr Ser 20 25 30 Asn Tyr Ala Asn Trp Val Gln Gln Lys Pro Gly Gln Ala Pro Arg Gly 35 40 45 Leu Ile Gly Gly Thr Asn Lys Arg Ala Pro Trp Thr Pro Ala Arg Phe 50 55 60 Ser Gly Ser Leu Leu Gly Gly Lys Ala Ala Leu Thr Ile Thr Gly Ala 65 70 75 80 Gln Ala Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Leu Trp Tyr Ser Asn 85 90 95 Leu Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Gly Gly 100 105 110 Gly Ser Gly Gly Gly Gly Glu Val Gln Leu Val Gln Ser Gly Ala Glu 115 120 125 Leu Lys Lys Pro Gly Ala Ser Val Lys Val Ser Cys Lys Ala Ser Gly 130 135 140 Tyr Thr Phe Thr Asp Tyr Tyr Met Lys Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly 145 150 155 160 Gln Gly Leu Glu Trp Ile Gly Asp Ile Ile Pro Ser Asn Gly Ala Thr 165 170 175 Phe Tyr Asn Gln Lys Phe Lys Gly Arg Val Thr Ile Thr Val Asp Lys 180 185 190 Ser Thr Ser Thr Ala Tyr Met Glu Leu Ser Ser Leu Arg Ser Glu Asp 195 200 205 Thr Ala Val Tyr Tyr Cys Ala Arg Ser His Leu Leu Arg Ala Ser Trp 210 215 220 Phe Ala Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Gly Gly 225 230 235 240 Cys Gly Gly Gly Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu Lys Val Ala Ala Leu 245 250 255 Lys Glu Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu Lys Val Ala Ala Leu Lys Glu 260 265 270 <210> 29 <211> 10 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Peptide 1 <400> 29 Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro 1 5 10 <210> 30 <211> 227 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Polypeptide Containing Peptide 1 (SEQ ID NO:29) and "Hole-Bearing" CH2 and CH3 Fc Domain (SEQ ID NO:26) <400> 30 Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Ala Ala Gly 1 5 10 15 Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met 20 25 30 Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His 35 40 45 Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val 50 55 60 His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr 65 70 75 80 Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly 85 90 95 Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile 100 105 110 Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val 115 120 125 Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser 130 135 140 Leu Ser Cys Ala Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu 145 150 155 160 Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro 165 170 175 Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Val Ser Lys Leu Thr Val 180 185 190 Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met 195 200 205 His Glu Ala Leu His Asn Arg Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser 210 215 220 Pro Gly Lys 225

Claims (25)

  1. 환자가 혈액학적 악성 종양을 치료하기 위한 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 사용에 대해 적합한 반응자인지 여부를 결정하는 방법으로서, 상기 방법은
    (a) 하나 이상의 표적 및/또는 기준 유전자의 발현에 비해 상기 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 투여 전에 상기 환자의 세포 샘플에서 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 평가하는 단계; 및
    (b) 하나 이상의 표적 유전자의 발현이 하나 이상의 표적 및/또는 기준 유전자의 발현에 비해 증가된 것으로 발견되면 환자를 CD123 x CD3 이중특이적 분자로의 치료에 적합한 반응자로 확인하는 단계로서, 상기 하나 이상의 표적 유전자는 SERPHINH1, NOTCH2, FCGR3A/B, FPR1, FBP1, PDGFA, CRABP2, THBS1, ICOS 및 CD8B로 이루어진 군으로부터 선택되는, 단계.
    (b) 상기 하나 이상의 표적 유전자의 발현이 상기 하나 이상의 표적 및/또는 기준 유전자의 발현에 비해 증가된 것으로 발견되면 환자를 CD123 x CD3 이중특이적 분자로의 치료에 적합한 반응자로 확인하는 단계로서, 상기 하나 이상의 표적 유전자는 SERPHINH1, NOTCH2, FCGR3A/B, FPR1, FBP1, PDGFA, CRABP2, THBS1, ICOS 및 CD8B로 이루어진 군으로부터 선택되는, 단계
    를 포함하는, 방법.
  2. 제1 항에 있어서, 상기 방법은
    (i) 하나 이상의 표적 유전자의 발현; 및
    (ii) 그 발현이 상기 혈액학적 악성 종양과 특징적으로 관련이 없는 하나 이상의 기준 유전자
    를 평가하는 것을 특징으로 하는 방법.
  3. 제1 항 또는 제2 항에 있어서, 상기 방법은 상기 환자의 상기 하나 이상의 기준 유전자의 베이스라인 발현에 비해 상기 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 평가하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  4. 제1 항 내지 제3 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은
    (a) 상기 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체, 또는 이러한 개체의 집단; 또는
    (b) 상기 혈액학적 악성 종양을 치료하기 위한 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 사용에 성공적으로 반응하지 않은 개체, 또는 이러한 개체의 집단; 또는
    (c) 상기 혈액학적 악성 종양을 치료하기 위한 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 사용에 성공적으로 반응한 개체, 또는 이러한 개체의 집단
    의 상기 하나 이상의 표적 유전자의 발현에 비해 상기 환자의 상기 하나 이상의 표적 유전자의 발현을 평가하는 단계를 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  5. 제1 항 내지 제4 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 집단에서 상기 하나 이상의 표적 유전자의 상대적인 발현 수준은 상기 개체의 집단으로부터 얻어진 세포 샘플에서 유전자 발현 수준의 평균을 계산함으로써 확립되는 것을 특징으로 하는 방법.
  6. 제1 항 내지 제5 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자는
    (a) 상기 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단에서 상기 표적 유전자의 발현 수준의 제1 사분위수보다 크거나; 또는
    (b) CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 상기 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응하지 않은 개체의 집단에서 상기 표적 유전자의 발현 수준의 제1 사분위수보다 크거나; 또는
    (c) CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 상기 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응한 개체의 집단에서 상기 표적 유전자의 발현 수준의 적어도 제1 사분위수 내에 있는
    상기 표적 유전자 중 적어도 하나의 발현 수준을 나타내는 것을 특징으로 하는 방법.
  7. 제1 항 내지 제6 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 방법은 상기 환자가 이러한 치료에 대해 적합한 반응자인 것으로 결정되면 상기 환자에게 상기 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 치료 투약량을 투여하는 단계를 더 포함하며, 상기 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 상기 투여는 상기 환자에서 상기 혈액학적 악성 종양의 세포의 살해를 자극하는 것을 특징으로 하는 방법.
  8. 혈액학적 악성 종양을 치료하는 방법으로서, 상기 방법은
    (a) 제1 항 내지 제6 항 중 어느 한 항의 방법을 이용하여 환자가 상기 혈액학적 악성 종양을 치료하기 위한 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 사용에 대해 적합한 반응자인지 여부를 결정하는 단계;
    (b) 상기 환자가 이러한 치료에 대해 적합한 반응자인 것으로 결정되면 상기 환자에게 상기 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 치료 투약량을 투여하는 단계
    를 포함하며
    상기 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 상기 투여는 상기 환자에서 상기 혈액학적 악성 종양의 세포의 살해를 자극하는, 방법.
  9. 제1 항 내지 제8 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 세포 샘플은 골수 샘플인 것을 특징으로 하는 방법.
  10. 제1 항 내지 제9 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 발현의 평가 또는 환자가 혈액학적 악성 종양을 치료하기 위한 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 사용에 대해 적합한 반응자인지 여부의 상기 결정은
    (a) 유전자 발현 플랫폼을 사용하여 하나 이상의 세포 샘플(들)에서 각각의 표적 유전자에 대한 유전자 발현 수준을 결정하고;
    (b) 상기 표적 유전자 발현 수준을 하나 이상의 기준 유전자의 발현 수준과 비교함으로써 수행되는 것을 특징으로 하는 방법.
  11. 제1 항 내지 제10 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 발현의 평가 또는 상기 환자가 혈액학적 악성 종양을 치료하기 위한 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 사용에 대해 적합한 반응자인지 여부의 상기 결정은
    (a) 하우스키핑 유전자의 기준 유전자 세트를 포함하는 유전자 발현 플랫폼을 사용하여 하나 이상의 세포 샘플에서 각각의 표적 유전자에 대한 미처리 RNA 수준을 측정하고,
    (b) 내부 기준 유전자의 측정된 RNA 수준을 사용하여 표적 유전자에 대한 각각의 측정된 미처리 RNA 수준에 대해 상대적인 발현 값을 할당함으로써 수행되는 것을 특징으로 하는 방법.
  12. 제1 항 내지 제11 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 하나 이상의 기준 유전자는 ABCF1, G6PD, NRDE2, OAZ1, POLR2A, SDHA, STK11IP, TBC1D10B, TBP, 및 UBB 중 하나 이상을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  13. 제1 항 내지 제12 항 중 어느 한 항에 있어서, 유전자 시그니쳐 점수는 상기 하나 이상의 표적 유전자에 대해 결정되는 것을 특징으로 하는 방법.
  14. 제13 항에 있어서, 상기 유전자 시그니쳐 점수는
    (a) 하우스키핑 유전자의 기준 유전자 세트를 포함하는 유전자 발현 플랫폼을 사용하여 하나 이상의 세포 샘플에서 각각의 표적 유전자에 대한 미처리 RNA 수준을 측정하는 단계,
    (b) 각각의 측정된 미처리 RNA 수준을 이러한 하우스키핑 유전자의 기하학적 평균에 대해 표준화하고, 선택적으로 각각의 RNA 값을 표준에 대해 추가로 표준화하는 단계,
    (c) 각각의 표준화된 RNA 값을 로그 변환하는 단계,
    (d) 시그니쳐의 각각의 표적 유전자에 대한 로그 변환된 RNA 값을 합계하는 단계, 및
    (e) 유전자 시그니쳐 점수를 생성하기 위해 표준화된 로그 변환된 RNA 값의 합계를 시그니쳐의 표적 유전자의 수로 나누는 단계
    를 포함하는 과정에 의해 결정되는 것을 특징으로 하는 방법.
  15. 제13 항 또는 제14 항에 있어서,
    (a) 상기 혈액학적 악성 종양으로 고통받고 있는 개체의 집단에서 상기 표적 유전자 중 하나 이상의 발현 수준으로부터 계산된 상기 유전자 시그니쳐에 대한 점수의 제1 사분위수보다 크거나; 또는
    (b) CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 상기 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응하지 않은 개체의 집단에서 상기 표적 유전자 중 하나 이상의 발현 수준으로부터 계산된 상기 유전자 시그니쳐에 대한 점수의 제1 사분위수보다 크거나; 또는
    (c) CD123 x CD3 이중특이적 분자를 사용한 상기 혈액학적 악성 종양에 대한 치료에 성공적으로 반응한 개체의 집단에서 상기 표적 유전자 중 하나 이상의 발현 수준으로부터 계산된 상기 유전자 시그니쳐에 대한 점수의 적어도 제1 사분위수 이내에 있는
    환자 유전자 시그니쳐 점수는 상기 CD123 x CD3 이중특이적 분자로의 치료에 대한 더 바람직한 환자 반응을 나타내는 것을 특징으로 하는 방법.
  16. 제1 항 내지 제15 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 CD123 x CD3 이중특이적 분자는 scFv를 포함하는 이중특이적 항체 또는 이중특이적 분자인 것을 특징으로 하는 방법.
  17. 제16 항에 있어서, 상기 CD123 x CD3 이중특이적 분자는 JNJ-63709178, XmAb14045 또는 APVO436인 것을 특징으로 하는 방법.
  18. 제1 항 내지 제15 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 CD123 x CD3 이중특이적 분자는 2, 3, 또는 4개의 폴리펩타이드 사슬을 가진 공유 결합된 이중특이적 디아바디인 것을 특징으로 하는 방법.
  19. 제18 항에 있어서, 상기 디아바디는
    (a) 서열 번호: 21의 아미노산 서열을 가진 제1 폴리펩타이드 사슬; 및
    (b) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 가진 제2 폴리펩타이드 사슬
    을 포함하며
    상기 제1 및 상기 제2 폴리펩타이드 사슬은 이황화 결합에 의해 서로 공유 결합된 것을 특징으로 하는 방법.
  20. 제1 항 내지 제19 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자의 상기 혈액학적 악성 종양은 급성 골수성 백혈병 (AML), 만성 골수성 백혈병 (CML), CML의 급성기, 아벨손 종양 유전자-관련된 CML (Bcr-ABL 전좌), 골수이형성 증후군 (MDS), 급성 B 림프아구성 백혈병 (B-ALL), 급성 T 림프아구성 백혈병 (T-ALL), 만성 림프구성 백혈병 (CLL), 리히터 증후군, CLL의 리히터 변환, 모양 세포 백혈병 (HCL), 모구 형질세포양 수지상세포 신생물 (BPDCN), 비-호지킨 림프종 (NHL), 예컨대 맨틀 세포 림프종 (MCL) 및 소림프구성 림프종 (SLL), 호지킨 림프종, 전신성 비만세포증, 및 버킷 림프종으로 이루어진 군으로부터 선택되는 것을 특징으로 하는 방법.
  21. 제21 항에 있어서, 상기 환자의 상기 혈액학적 악성 종양은 AML인 것을 특징으로 하는 방법.
  22. 제1 항 내지 제21 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자의 상기 혈액학적 악성 종양은 화학요법에 대해 불응성인 것을 특징으로 하는 방법.
  23. 제1 항 내지 제22 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 CD123 x CD3 이중특이적 분자의 상기 치료 투약량은 약 30, 약 60, 약 100, 약 200, 약 300, 약 400 및 약 500ng/kg 환자 중량/일로 이루어진 군으로부터 선택되는 적어도 1회 용량을 포함하는 것을 특징으로 하는 방법.
  24. 제1 항 내지 제23 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 치료 투약량은 지속적 주입에 의해 투여되는 것을 특징으로 하는 방법.
  25. 제1 항 내지 제24 항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 환자는 인간 환자인 것을 특징으로 하는 방법.
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