KR20230002814A - Tdp-43 및 fus 응집을 억제하기 위한 조성물 및 방법 - Google Patents
Tdp-43 및 fus 응집을 억제하기 위한 조성물 및 방법 Download PDFInfo
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Abstract
본원에는 인간 RACK1을 녹다운하기 위한 안티센스 올리고뉴클레오티드, siRNA 및 shRNA와 같은 올리고머 화합물 및 조성물, 및 RACK1을 표적으로 하는 하나 이상의 안티센스 분자(들), 임의로 본원에 개시된 하나 이상의 올리고머 화합물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하거나 세포 내로 도입하는 것을 포함하여, 이를 필요하는 대상체에서 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)로부터 임의로 선택되는 TDP43-병증 또는 FUS-병증 신경퇴행성 질병을 치료하거나 세포에서 TDP-43 및/또는 FUS 응집을 감소시키는 방법이 기재되어 있다.
Description
관련 출원
본원은 2020년 4월 17일에 출원된 미국 가특허출원 제63/011,786호의 우선권을 기반으로 35 U.S.C.§119의 이익을 주장하며, 이는 그 전체가 참조로 본원에 포함된다.
서열 목록의 포함
EFS-WEB를 통해 제출되고 2021년 4월 16일에 생성된 서열 목록 "P61012PC00 Sequence Listing_ST25"(89,532바이트)의 컴퓨터 판독가능 형식이 본원에 참조로 포함된다.
분야
본 개시내용은 RACK1의 유전자 조절에 사용하기 위한 올리고머 안티센스 화합물 및 질병 세포에서 TDP-43 및 FUS 응집을 감소시키는 방법에 관한 것이다. 구체적으로, 본 개시내용은 올리고머 안티센스 화합물 및 TDP-43-병증 및 FUS-병증 신경퇴행성 질병을 치료하기 위한 이의 용도에 관한 것이다.
RACK1(Receptor for Activated C Kinase 1, 활성화된 C 키나아제 1에 대한 수용체)은 PKC 형질도입, miRNA 조절 및 진핵생물의 작은(40S) 리보솜 서브유닛(1)에 결합함으로써 단백질 번역을 포함하는 많은 정상적인 기능을 갖는 고도로 보존된 스캐폴드 단백질이다. 세포성 RACK1은 TDP43 또는 타우 병리를 나타내는 세포에서 응집되는 것으로 보고되었다(2,3).
RACK1은 7-블레이드 β-프로펠러 구조를 채택하는 트립토판, 아스파르트산 반복(WD-반복) 단백질이다. RACK1은 진핵생물 40S 리보솜 서브유닛의 코어 리보솜 단백질이고; > 100개의 단백질과 상호작용하는 스캐폴드 단백질로 세포 증식, 전사, 단백질 합성 및 뉴런의 기능에 중요한 다양한 신호 전달 경로를 조절하고; 번역 조절 및 리보솜 품질 제어에 관여하고; 세포질, 소포체(ER) 및 핵에서 발현된다. RACK1은 진화를 통해 고도로 보존된다. 호모 사피엔스(homo sapiens) RACK1의 아미노산 서열 동일성은 무스 무스쿨루스(Mus musculus)에 100%, 등나무 노르베기쿠스(Rattus norvegicus)에 100%, 초파리 멜라노가스터(Drosophila melanogaster)에 76%, 아라비돕시스 탈리아나(Arabidopsis thaliana)에 64%, 사카로마이세스 세레비지애(Saccharomyces cerevisiae)에 53%이다(4).
RACK1은 헌팅턴병과 관련된 유전자인 야생형 및 돌연변이 헌팅틴(HTT)과 상호작용하는 것으로 보고되었다(10).
TAR DNA-결합 단백질 43(TDP-43)은 ALS 및 전두측두엽 치매(FTLD)의 발병기전에 관여하는 잘 알려진 RNA/DNA 결합 단백질이다(5). TDP-43은 주로 핵에 국한되어 RNA의 발현과 스플라이싱에 참여하는 반면, 세포질에서는 그 기능이 특정 mRNA의 수송에서 번역까지 다양하다(6). 번역 기구에 대한 TDP-43의 결합은 RACK1과의 상호작용에 의해 매개되며 세포질 TDP-43의 증가는 전역 단백질 합성을 억제하며, 이는 야생형 RACK1의 과발현에 의해 구제된다(2). TDP-43은 전체 번역에 대한 억제자를 나타내며 RACK1을 통한 폴리리보솜에 대한 결합은 세포질 내포물의 형성을 촉진할 수 있다(2). 리보솜 결합 결핍 돌연변이(DE-RACK1) 단백질이 존재하는 경우, 핵 국소화 신호-결핍(dNLS) TDP-43 단백질 응집이 감소하고 번역 기구와 덜 관련되며 dNLS TDP-43에 의한 전역 번역 억제가 완화된다(2).
육종에서 융합/육종에서 전위(FUS/TLS) FUS는 대부분의 세포 유형의 핵에 주로 국소화된 RNA/DNA 결합 단백질이다(6). FUS의 세포질 응집은 FUS 돌연변이가 있는 ALS 환자의 뇌 및 척수 뉴런에서 보고되었으며(6), 돌연변이가 없는 FTLD(즉, 야생형 단백질)의 약 10%에서 보고되었다(11).
RACK1 발현을 증가 또는 감소시키는 분자가 기술되어 있다.
PCT/GB2007/003447은 질병의 마커로서 도파민 수용체 상호작용 단백질을 기술하고 GNB2L1(RACK1) 유전자를 포함하는 하나 이상의 핵산 서열의 변이체 형태의 존재 또는 부재를 결정하는 것을 기술하며, 여기서 변이체의 질병의 존재나 질병에 대한 감수성을 나타낸다.
US8916530 특허는 개별화된 암 요법을 위한 방법을 기술하고 암 치료를 위해 상향조절된 RACK1 유전자 발현을 녹다운시키는 데 사용하기 위한 특정 안티센스/shRNA/siRNA 서열을 언급한다.
US15/844601에는 암 치료제로서 제제를 투여함으로써 GNB2L1을 포함하는 유전자의 발현 수준을 증가시키는 방법이 기술되어 있다.
PCT/EP2019/065116은 엑소좀과 같은 약물-로딩된 세포외 소포의 친화성-기반 분리 및 정제를 기술하며, 여기서 엑소좀은 친화성 정제를 가능하게 하도록 조작된다.
CN101985037은 종양 치료를 위한 RACK1 유전자를 억제하기 위한 특정 siRNA 또는 안티센스 올리고뉴클레오티드의 용도를 기술하고 있다.
TDP-43-병증 또는 FUS-병증에 대한 추가 치료가 바람직하다.
요약
제 1 측면에서 서열번호: 1-16, 49-51 또는 289-499 중 어느 하나로부터 선택된 핵산 표적의 적어도 일부에 상보적인 부분을 포함하는 올리고머 화합물이 본원에 개시되어 있다.
한 구현양태에서, 올리고머 화합물은 길이가 14개 내지 40개의 뉴클레오티드이다.
한 구현양태에서, 핵산 표적 서열은 서열번호: 2-6, 8, 10-16, 49-51, 292-294 및 296-499 중 어느 하나로부터 선택된다. 한 구현양태에서, 핵산 표적 서열은 서열번호: 2-6, 8, 10-16, 49-51, 292-294 및 296-298 중 어느 하나로부터 선택된다. 한 구현양태에서, 핵산 표적은 서열번호: 2, 3, 292, 297 및 298 중 어느 하나로부터 선택된 서열이다.
표적 서열은 RACK1 mRNA 또는 pre-mRNA에 있다. 인간 RACK1 mRNA의 서열은, 예를 들어 NCBI 참조 서열 수탁 코드 NM_006098.5로 제공되고 서열번호: 500을 갖는다. 인간 RACK1 pre-mRNA의 서열은, 예를 들어 수탁 코드 NC_000005.10 서열 인덱스 181236897 내지 181248096에 제공된다.
한 구현양태에서, 부분은 핵산 표적 서열에 상보적이고 핵산 표적 서열은 서열 번호: 1-16, 49-51 및 289-499 중 어느 하나로부터 선택된 서열이거나 이를 포함한다. 한 구현양태에서, 부분은 핵산 표적 서열에 상보적이고 핵산 표적 서열은 서열번호: 2-6, 8, 10-16, 49-51, 292-294 및 296-499 중 어느 하나로부터 선택된 서열이거나 이를 포함한다. 한 구현양태에서, 부분은 핵산 표적 서열에 상보적이고 핵산 표적 서열은 서열번호: 2-6, 8, 10-16, 49-51, 292-294 및 296-298 중 어느 하나로부터 선택된 서열이거나 이를 포함한다. 한 구현양태에서, 부분은 핵산 표적 서열에 상보적이고 핵산 표적 서열은 서열번호: 2, 3, 292, 297 및 298 중 어느 하나이거나 이를 포함한다.
올리고머 화합물은 천연 발생 또는 변형된 단량체 또는 이들의 조합으로 구성될 수 있다. 올리고머 화합물은 단일 또는 이중 가닥일 수 있고 RNA, DNA 또는 DNA/RNA 하이브리드(예를 들어, 단일 가닥 또는 이중 가닥)일 수 있다.
올리고머 화합물은, 예를 들어 서열번호: 78-288 중 어느 하나, 바람직하게는 서열번호: 81-83 및 85-87 중 어느 하나, 더욱 바람직하게는 서열번호: 81, 86 및 87 중 어느 하나의 서열을 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드일 수 있다.
올리고머 화합물은 핵산 표적 중 하나를 표적화하고 천연 또는 비-천연 돌출부 서열을 포함하는 siRNA 화합물일 수 있다.
한 구현양태에서, siRNA는 서열번호: 17-32 및 52-54 중 어느 하나의 서열을 포함하는 가이드 가닥을 포함한다.
siRNA 서열과 같은 이중 가닥 올리고머 화합물은 동일한 3'-돌출부 서열 또는 동일하지 않은 3'돌출부 서열을 가질 수 있다. 하나는 천연일 수 있고 하나는 비-천연일 수 있다.
올리고머 화합물은 shRNA일 수 있다. 한 구현양태에서, 올리고머 화합물은 하나 이상의 세포 투과 모이어티를 포함한다.
추가 측면에서, 본원에 개시된 올리고머 화합물을 포함하는 벡터가 개시된다.
추가 측면에서, 상기 올리고머 화합물 또는 벡터 및 희석제를 포함하는 조성물이 개시된다.
본원에 개시된 측면은 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)으로부터 임의로 선택된 TDP43-병증 또는 FUS-병증 신경퇴행성 질병을 치료하는 방법에 관한 것이고, 이 방법은 중추신경계의 세포, 특히 이를 필요로 하는 대상체의 뉴런 및/또는 성상교세포에서 RACK1 RNA, 임의로 RACK1 mRNA 및/또는 RACK1 pre-mRNA를 녹다운하는 것을 포함한다.
본원에 개시된 또 다른 측면은 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)으로부터 임의로 선택된 TDP43-병증 또는 FUS-병증 신경변성 질병을 치료하는 방법이고, 이 방법은 이를 필요로 하는 대상체에게 하나 이상의 안티센스 분자(들)를, 임의로 본원에 개시된 상기 올리고머 화합물 중 하나 이상을 투여하는 것을 포함한다.
또 다른 측면은 세포에서 TDP-43 및/또는 FUS 응집을 감소 또는 억제하는 방법으로서, 상기 방법은 하나 이상의 안티센스 분자(들)를, 임의로 RACK1을 표적으로 하는 상기 올리고머 화합물 중 하나 이상을, 본원에 개시된 조성물 및/또는 벡터를 세포에서 RACK1 수준을 감소시키기에 충분한 양 및 충분한 시간 동안 세포 내로 도입하는 것을 포함한다.
추가 측면은 이를 필요로 하는 대상체에서 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)으로부터 임의로 선택된 TDP43-병증을 치료하거나, 또는 세포에서 TDP-43 및/또는 FUS 응집을 감소 또는 억제하기 위한 본원에 기재된 하나 이상의 안티센스 분자(들), 조성물, 벡터의 용도 및/또는 방법이다.
또한 한 측면에서 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)으로부터 임의로 선택된 TDP43-병증의 치료에 사용하기 위한 본원에 기재된 하나 이상의 안티센스 분자(들), 조성물, 벡터 및/또는 방법이 제공된다.
추가로, 한 측면은 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)으로부터 임의로 선택된 TDP43-병증의 치료를 위한 약제의 제조에 사용하기 위한 본원에 기재된 하나 이상의 안티센스 분자(들), 조성물, 벡터 및/또는 방법의 용도를 포함한다.
한 구현양태에서, 안티센스 분자, 임의로 올리고머 화합물은 안티센스 올리고뉴클레오티드, siRNA 또는 shRNA이다.
이제 본 개시내용의 구현양태가 도면과 관련하여 설명될 것이다:
도 1은 야생형 및 dNLS TDP-43(HA) 및 RACK1에 대해 염색된 세포의 일련의 이미지이다.
도 2는 FUS(HA) 및 RACK1의 야생형 및 상이한 돌연변이체에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 3은 SOD1(SOD100) 및 RACK1의 상이한 돌연변이체에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 4는 DE-RACK1, R495x-FUS 및 RACK1에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 5는 DE-RACK1, P525L-FUS 및 RACK1에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 6a는 퓨로마이신을 사용하여 새로 합성된 단백질(SUnSET)을 태그하는 번역의 표면 감지에 대한 겔 전기영동 웨스턴 블롯팅 결과를 도시한다. 도 6b는 a-튜불린에 대해 정규화된 전역 번역 수준을 나타내는 그래프를 도시한다. 도 6c는 전역 번역 수준 +/- RACK1 siRNA의 비율을 나타내는 그래프를 도시한다.
도 7은 R495x-FUS, 퓨로마이신(PMY) 및 핵(DAPI)에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 8은 dNLS TDP-43, 퓨로마이신(PMY) 및 핵(DAPI)에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 9는 RACK1 및 dNLS TDP-43 +/- siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 10은 RACK1 및 팬 TDP-43 +/- siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 11은 RACK1 및 R495x-FUS +/- siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 12는 RACK1 및 P525L-FUS +/- siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 13은 RACK1 및 R495x-FUS + siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 14는 RACK1 및 팬 FUS +/- siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 15는 RACK1, DAPI, 40S 리보솜 서브유닛(Rps6) 및 dNLS TDP-43에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 16은 RACK1, DAPI, 40S 리보솜 서브유닛(Rps6) 및 R495x-FUS에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 17은 RACK1, DAPI, 40S 리보솜 서브유닛 및 P525L-FUS에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 18은 RACK1, DAPI, 60S 리보솜 서브유닛(RPL14) 및 dNLS TDP-43에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 19는 RACK1, DAPI, 60S 리보솜 서브유닛(RPL14) 및 R495x-FUS에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 20은 RACK1, DAPI, 60S 리보솜 서브유닛(RPL14) 및 P525L-FUS에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 21a는 RACK1, 40S 리보솜 서브유닛(Rps6), 및 dNLS TDP-43 + RACK1 siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다. 도 21b는 RACK1, 60S 리보솜 서브유닛(RPL14), 및 dNLS TDP-43 + RACK1 siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 22a는 RACK1, 40S 리보솜 서브유닛(Rps6), 및 P525L-FUS + RACK1 siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다. 도 22b는 RACK1, 60S 리보솜 서브유닛(RPL14) 및 P525L-FUS + RACK1 siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 23은 RACK1 녹다운에 의한 전역 번역 구제의 모델이다.
도 24는 RACK1 mRNA에 대한 siRNA 예측의 핫스팟 점수의 플롯이다. 원형 마커는 핫스팟 점수의 피크이며 siRNA의 표적이 될 가능성이 있는 영역에 해당한다. 플러스 마커는 문헌에서 기존의 효과적인 siRNA의 위치를 보여준다(표 1). 별 마커는 본원에서 만들어지고 테스트된 siRNA에 해당한다(표 2). 삼각형 마커는 예측의 음성 대조군이다(표 5).
도 25는 RACK1 pre-mRNA에 대한 siRNA 예측의 핫스팟 점수(HS)를 나타내는 일련의 플롯이다. 여기서 8개의 엑손 영역이 추출되어 인트론/엑손 경계를 보여준다. 위치 4406, 5750 및 10382는 잠재적인 스플라이스-차단 siRNA 설계이다(표 4).
도 26은 RACK1을 녹다운하는 효능에 대해 표 2의 siRNA를 테스트하는 웨스턴 블롯의 이미지이다. 산타크루즈 바이오테크롤로지(Santa Cruz Biotechnology)는 양성 대조군으로 [7]과 같은 염기서열을 가지고 있다.
도 27은 RACK1-RNAi가 있거나 없이 야생형 또는 돌연변이 hTDP43을 발현하거나 발현하지 않는 파리를 생산하는 데 사용되는 UAS-Gal4 발현 시스템의 개략도이다.
도 28a 내지 28l은 다양한 유전자형의 파리눈의 대표적인 사진이다. GMR은 A1(도 28a-28d) 또는 A6(도 28e-28h, 28k, 28l)에 나타난 이식유전자의 발현을 구동한다. 구동되지 않은 대조군은 A6에 표시된다(도 28i, 28j).
도 29는 변성 점수가 1로 유지되는 파리의 백분율을 나타내는 그래프이다.
도 30은 상이한 ASO로 처리된 HeLa 세포에서 RACK1의 검출에 대한 웨스턴 블로팅 결과를 나타낸다. 레인 로딩 대조군: 튜불린
도 31은 1로 설정되고 상부 점선으로 표시되는, 비처리(UT) 세포에 비해 ASO 처리된 HeLa 세포에서 RACK1 단백질 발현을 나타내는 막대 그래프이다.
도 1은 야생형 및 dNLS TDP-43(HA) 및 RACK1에 대해 염색된 세포의 일련의 이미지이다.
도 2는 FUS(HA) 및 RACK1의 야생형 및 상이한 돌연변이체에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 3은 SOD1(SOD100) 및 RACK1의 상이한 돌연변이체에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 4는 DE-RACK1, R495x-FUS 및 RACK1에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 5는 DE-RACK1, P525L-FUS 및 RACK1에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 6a는 퓨로마이신을 사용하여 새로 합성된 단백질(SUnSET)을 태그하는 번역의 표면 감지에 대한 겔 전기영동 웨스턴 블롯팅 결과를 도시한다. 도 6b는 a-튜불린에 대해 정규화된 전역 번역 수준을 나타내는 그래프를 도시한다. 도 6c는 전역 번역 수준 +/- RACK1 siRNA의 비율을 나타내는 그래프를 도시한다.
도 7은 R495x-FUS, 퓨로마이신(PMY) 및 핵(DAPI)에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 8은 dNLS TDP-43, 퓨로마이신(PMY) 및 핵(DAPI)에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 9는 RACK1 및 dNLS TDP-43 +/- siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 10은 RACK1 및 팬 TDP-43 +/- siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 11은 RACK1 및 R495x-FUS +/- siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 12는 RACK1 및 P525L-FUS +/- siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 13은 RACK1 및 R495x-FUS + siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 14는 RACK1 및 팬 FUS +/- siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 15는 RACK1, DAPI, 40S 리보솜 서브유닛(Rps6) 및 dNLS TDP-43에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 16은 RACK1, DAPI, 40S 리보솜 서브유닛(Rps6) 및 R495x-FUS에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 17은 RACK1, DAPI, 40S 리보솜 서브유닛 및 P525L-FUS에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 18은 RACK1, DAPI, 60S 리보솜 서브유닛(RPL14) 및 dNLS TDP-43에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 19는 RACK1, DAPI, 60S 리보솜 서브유닛(RPL14) 및 R495x-FUS에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 20은 RACK1, DAPI, 60S 리보솜 서브유닛(RPL14) 및 P525L-FUS에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 21a는 RACK1, 40S 리보솜 서브유닛(Rps6), 및 dNLS TDP-43 + RACK1 siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다. 도 21b는 RACK1, 60S 리보솜 서브유닛(RPL14), 및 dNLS TDP-43 + RACK1 siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 22a는 RACK1, 40S 리보솜 서브유닛(Rps6), 및 P525L-FUS + RACK1 siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다. 도 22b는 RACK1, 60S 리보솜 서브유닛(RPL14) 및 P525L-FUS + RACK1 siRNA에 대해 염색된 일련의 세포 이미지이다.
도 23은 RACK1 녹다운에 의한 전역 번역 구제의 모델이다.
도 24는 RACK1 mRNA에 대한 siRNA 예측의 핫스팟 점수의 플롯이다. 원형 마커는 핫스팟 점수의 피크이며 siRNA의 표적이 될 가능성이 있는 영역에 해당한다. 플러스 마커는 문헌에서 기존의 효과적인 siRNA의 위치를 보여준다(표 1). 별 마커는 본원에서 만들어지고 테스트된 siRNA에 해당한다(표 2). 삼각형 마커는 예측의 음성 대조군이다(표 5).
도 25는 RACK1 pre-mRNA에 대한 siRNA 예측의 핫스팟 점수(HS)를 나타내는 일련의 플롯이다. 여기서 8개의 엑손 영역이 추출되어 인트론/엑손 경계를 보여준다. 위치 4406, 5750 및 10382는 잠재적인 스플라이스-차단 siRNA 설계이다(표 4).
도 26은 RACK1을 녹다운하는 효능에 대해 표 2의 siRNA를 테스트하는 웨스턴 블롯의 이미지이다. 산타크루즈 바이오테크롤로지(Santa Cruz Biotechnology)는 양성 대조군으로 [7]과 같은 염기서열을 가지고 있다.
도 27은 RACK1-RNAi가 있거나 없이 야생형 또는 돌연변이 hTDP43을 발현하거나 발현하지 않는 파리를 생산하는 데 사용되는 UAS-Gal4 발현 시스템의 개략도이다.
도 28a 내지 28l은 다양한 유전자형의 파리눈의 대표적인 사진이다. GMR은 A1(도 28a-28d) 또는 A6(도 28e-28h, 28k, 28l)에 나타난 이식유전자의 발현을 구동한다. 구동되지 않은 대조군은 A6에 표시된다(도 28i, 28j).
도 29는 변성 점수가 1로 유지되는 파리의 백분율을 나타내는 그래프이다.
도 30은 상이한 ASO로 처리된 HeLa 세포에서 RACK1의 검출에 대한 웨스턴 블로팅 결과를 나타낸다. 레인 로딩 대조군: 튜불린
도 31은 1로 설정되고 상부 점선으로 표시되는, 비처리(UT) 세포에 비해 ASO 처리된 HeLa 세포에서 RACK1 단백질 발현을 나타내는 막대 그래프이다.
본 개시와 관련하여 사용되는 과학 및 기술 용어는 달리 정의되지 않는 한, 당해 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에 의해 일반적으로 이해되는 의미를 가져야 한다. 또한, 문맥상 달리 요구되지 않는 한, 단수 용어는 복수를 포함하고 복수 용어는 단수를 포함한다. 예를 들어, "세포"라는 용어는 단일 세포 뿐만 아니라 복수 또는 세포 집단을 포함한다. 일반적으로, 본원에 기재된 세포 및 조직 배양, 분자 생물학, 단백질 및 올리고뉴클레오티드 또는 폴리뉴클레오티드 화학 및 혼성화와 관련하여 사용되는 명명법 및 기술은 당업계에 널리 공지되고 일반적으로 사용되는 명명법이다(Green and Sambrook, 2012).
본원에 사용된 용어 "투여"는 화합물 또는 분자, 예를 들어 안티센스 분자를 포함하는 조성물, 임의로 본원에 개시된 올리고머 화합물 또는 안티센스 분자, 예를 들어 shRNA를 포함하는 벡터를 척수강내, 뇌실내, 실질내 또는 비강내 투여 경로와 같은 임의의 효과적인 경로에 의해 대상체에게 제공하거나 주는 것을 의미한다.
본원에 사용된 용어 "유효량"은 원하는 반응을 생성하기에, 예를 들어 RACK1 단백질, TDP-43 응집 및/또는 FUS 응집을 감소 또는 제거하거나 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)과 같은 TDP-병증 및/또는 FUS-병증을 치료하기에 충분한 안티센스 분자, 예를 들어 안티센스 올리고뉴클레오티드 또는 항-RACK1 siRNA와 같은 화합물 또는 분자의 양을 지칭한다.
본원에서 사용되는 용어 "치료하는" 또는 "치료"는 당업계에서 잘 이해되는 바와 같이, 임상 결과를 포함하여 유익하거나 원하는 결과를 얻기 위한 접근법을 의미한다. 유익하거나 원하는 임상 결과에는 검출가능하던지 검출불가능하던지 하나 이상의 증상 또는 상태의 완화 또는 개선, 질병 정도의 감소, 질병 상태의 안정화(즉, 악화되지 않음), 질병 확산 방지, 질병 진행의 지연 또는 감속, 질병 상태의 개선 또는 완화, 질병 재발의 감소 및 관해(부분적이든 전체적이든)가 포함될 수 있지만 이에 제한되지는 않는다. "치료하는" 및 "치료"는 또한 치료를 받지 않는 경우 예상 생존과 비교하여 생존을 연장하는 것을 의미할 수 있다. 예를 들어, 초기 단계 ALS 또는 FTLD를 갖는 대상체는, 예를 들어, 질병의 진행을 예방하기 위해, 예를 들어 신경 퇴행의 악화를 방지하기 위해 본원에 기재된 올리고머 화합물과 같은 안티센스 분자(들)로 치료될 수 있다.
본원에 사용된 용어 "희석제"는 투여되는 활성 화합물의 생리학적 활성 또는 특성을 억제하지 않고 대상체를 자극하지 않고 투여된 화합물의 생물학적 활성 및 특성을 폐기하지 않는 약제학적으로 허용되는 담체를 지칭한다. 희석제는 임의의 모든 용매, 분산 매질, 코팅제, 계면활성제, 산화방지제, 방부제, 염, 방부제, 겔, 결합제, 부형제, 붕해제, 윤활제, 예컨대 유사 물질 및 이들의 조합을 포함하고, 해당 기술의 당업자에게 공지되어 있는 바와 같이 한다(참조로 본원에 포함된 Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th Ed. Mack Printing Company, 1990, pp. 1289-1329). 임의의 통상적인 담체가 활성 성분과 양립할 수 없는 경우를 제외하고, 약제학적 조성물에서의 이의 사용이 고려된다.
본원에 사용된 용어 "상보성" 또는 "상보적"은 RACK1 RNA, 예를 들어, RACK1 mRNA 및/또는 RACK1 pre-mRNA의 표적 서열에 혼성화하고 이에 의해 RACK1을 "녹다운"(예를 들어, RACK1 mRNA 및/또는 pre-mRNA를 적어도 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90% 또는 95% 이상 감소시키는)시키는 본원에 개시된 올리고머 화합물 또는 이의 일부와 같은 안티센스 분자의 능력을 의미한다. 안티센스 분자 및 표적 RNA 사이의 상보성은 완벽할 수 있지만(100% 상보적) 일부 미스매치는 허용된다. 예를 들어, 안티센스 분자는 표적 RNA에 대해 70%, 80%, 85%, 90% 또는 95% 상보적일 수 있거나 임의의 10개 단량체 스트레치에서 최대 1, 2 또는 3개의 미스매치를 포함할 수 있다.
본원에 사용된 용어 "역보체"는 5'에서 3' 말단 방향으로 핵산 서열의 상보적 가닥을 의미한다. 예를 들어, 5'에서 3' 방향으로의 서열이 TCCAGAGACAATCTGCCGGT(서열번호: 81)인 경우 역보체는 ACCGGCAGATTGTCTCTGGA(서열번호: 292)이다.
본원에 사용된 "적어도 부분에 상보적인"은, 예를 들어 시험관내 검정에서 측정시 RACK1 수준을 감소시키기 위해 RACK1 mRNA 또는 RACK1 pre-mRNA와 같은 RACK1 RNA에 충분한 상보성을 갖는 본원에 개시된 올리고머 화합물과 같은 안티센스 분자를 지칭한다. "적어도 부분에 상보적인"은, 예를 들어 RACK1 RNA의 적어도 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 또는 25개의 인접 뉴클레오티드에 상보적인 것을 포함한다.
본원에 사용된 바와 같이, 예를 들어 본원에 개시된 올리고머 화합물 중 임의의 하나를 포함하는 용어 "안티센스 분자"는 적어도 일부가 핵산이고, 예를 들어 안티센스 올리고뉴클레오티드, 안티센스 올리고뉴클레오티드를 포함하는 분자, siRNA 및 siRNA를 포함하는 분자를 포함한다. 안티센스 분자라는 용어는, 예를 들어 전형적으로 단일 가닥인 안티센스 올리고뉴클레오티드 뿐만 아니라 전형적으로 이중 가닥인 siRNA 화합물 및 shRNA 분자를 포함한다. 안티센스 분자는 RACK1 mRNA 또는 pre-mRNA 전사체의 적어도 일부에 상보적인 항-RACK1 안티센스 분자이다.
본원에 사용된 용어 "올리고머 화합물"은 올리고뉴클레오티드를 포함하는 본원에 개시된 화합물에 관한 것으로, 이의 적어도 일부는 RACK1 mRNA 또는 RACK1 pre-mRNA와 같은 RACK1 RNA, 또는 이의 일부에 상보적이다. 올리고머 화합물은 DNA, RNA, 또는 DNA/RNA의 하이브리드를 포함할 수 있고, 하나 이상의 변형된(즉, 비-천연 발생) 단량체를 포함할 수 있다. "올리고머 화합물"은 안티센스 올리고뉴클레오티드, siRNA 및 shRNA 구축물을 포함한다. 올리고머 화합물은 RACK1 RNA에 상보적인 부분으로 구성될 수 있지만 또한 추가의 하나 이상의 추가 분자, 기 또는 모이어티(예를 들어, 세포 투과 모이어티)를 포함할 수 있다.
본원에 사용된 용어 "안티센스 올리고뉴클레오티드" 또는 "ASO"는 RACK1 mRNA 또는 RACK1 pre-mRNA와 같은 RACK1 RNA의 적어도 일부에 상보적인 뉴클레오티드 서열을 포함하는 핵산, 예를 들어 단일 가닥 핵산이고 제한없이 혼합체(mixmer), 갭머(gapmer), 테일머(tailmer), 헤드머(headmer) 및 블록머(blockmer), 모르폴리노, 펩티드 핵산(PNA), 2'-O-치환된 안티센스 올리고뉴클레오티드(예를 들어, 2'-O-메틸 포스포로티오에이트, 2'-O-메톡시에틸 포스포로티오에이트), 잠금 핵산(LNA) 등을 포함한다. 따라서 안티센스 올리고뉴클레오티드는 센스 핵산에 수소 결합할 수 있다. 예를 들어, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 표적 RNA에 결합하는 DNA, RNA 및/또는 화학적 유사체(즉, 변형된 염기)를 포함할 수 있다.
본원에 사용된 용어 "siRNA"는 RACK1 mRNA 또는 pre-mRNA 전사체의 적어도 일부에 상보적인 가이드 가닥을 포함하는 siRNA를 지칭한다.
본원에 사용된 용어 "가이드 가닥"은 결합하도록 표적화하는 RNA 서열에 상보적인 이중 가닥 siRNA와 같은 안티센스 분자의 부분 또는 가닥을 지칭한다. 이는 자연 발생 및/또는 변형된 염기를 포함할 수 있다. "가이드 가닥"은 siRNA를 언급할 때 사용될 수 있고 "부분"은 안티센스 올리고뉴클레오티드 및/또는 다른 안티센스 분자를 언급할 때 사용될 수 있다.
본원에 사용된 용어 "shRNA 구축물"은 발현될 때 RACK1의 발현을 녹다운할 수 있는 벡터 및 shDNA 삽입체를 포함하는 구축물을 지칭하며, 벡터는 렌티바이러스와 같은 바이러스 벡터 및 비-바이러스 벡터를 포함하며, 여기서 shDNA는 발현되어 RACK1 mRNA 또는 pre-mRNA 전사체의 적어도 일부에 상보적인 가이드 가닥을 포함하는 짧은 헤어핀 RNA를 생성할 수 있다. 본원에 사용된 용어 "가이드 가닥"은 결합하도록 표적화하는 RNA 서열에 상보적인 발현된 이중 가닥 shRNA의 가닥을 지칭한다.
본원에 사용된 용어 "잠금 핵산" 또는 "LNA"는 리보스가 2'-O,4'-C 메틸렌 가교의 도입에 의해 C3'-엔도 입체형태로 잠겨 있는 바이사이클릭 RNA 유사체를 지칭한다. 바람직한 LNA 단량체 및 이의 합성 방법은 이들 모두는 전문이 본원에 참고로 포함되는 문헌에 기재되어 있다(U.S. 특허번호 6,043,060, 6,268,490, PCT 공개공보 WO 01/07455, WO 01/00641, WO 98/39352, WO 00/56746, WO 00/56748 and WO 00/66604; Morita et al., Bioorg. Med. Chem. Lett. 12(1):73-76, 2002; Hakansson et al., Bioorg. Med. Chem. Lett. 11(7):935-938, 2001; Koshkin et al., J. Org. Chem. 66(25):8504-8512, 2001; Kvaerno et al., J. Org. Chem. 66(16):5498-5503, 2001; Halkansson et al., J. Org. Chem. 65(17):5161-5166, 2000; Kvaerno et al., J. Org. Chem. 65(17):5167-5176, 2000; Pfundheller et al., Nucleosides Nucleotides 18(9):2017-2030, 1999; and Kumar et al, Bioorg. Med. Chem. Lett. 8(16):2219-2222, 1998).
"혼합체(mixmer)"라는 용어는 천연 및 비-천연 발생 뉴클레오티드 둘 모두를 포함하는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 그러나 갭머, 테일머, 헤드머 및 블록머와 달리, 5개 이상의 자연 발생 뉴클레오티드의 인접 서열이 없다.
본원에 사용된 용어 "갭머(gapmer)"는, 예를 들어 RNase H 절단을 지지하는 다수의 뉴클레오시드를 갖는 내부 DNA-기반 영역(예를 들어, "갭")이 표적 결합을 촉진하는 하나 이상의 RNA-기반 뉴클레오시드(예를 들어, 5' 및 3' "윙")에 의해 플랭킹되는 안티센스 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 갭 뉴클레오시드는 윙 뉴클레오시드와 구별된다. 비제한적인 예에서, 갭머는 표 8에 기재된 바와 같이 2-MOE 변형된 RNA 잔기가 플랭킹된 DNA 잔기를 포함한다. 5' 및 3' 윙은 동일한 화학적 변형을 가질 수 있지만 5' 및 3' 윙 사이의 상이한 변형은 물론 뉴클레오티드 길이의 차이도 고려된다.
본원에 사용된 용어 "모르폴리노 올리고뉴클레오티드"는 리보스 또는 데옥시리보스 당 모이어티를 대체하는 메틸렌모르폴린 고리 및 DNA 및 RNA의 음이온성 포스페이트를 대체하는 비-이온성 포스포로디아미데이트 결합과 같은 모르폴리노 단량체를 포함하는 비-천연 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 예를 들어, 인트론 요소를 표적으로 하는 안티센스 모르폴리노 올리고뉴클레오티드는 RNA 스플라이싱을 조절할 수 있다(12). 모르폴리노 올리고뉴클레오티드는 약 25개의 모르폴리노 단량체의 단쇄일 수 있다. 각 모르폴리노 올리고뉴클레오티드는 리보핵산(RNA)의 염기쌍 표면의 작은(~25개 염기) 영역을 차단한다. 용어 "모르폴리노 단량체"는 핵산 염기, 6원 모르폴린 고리 및 비-이온성 포스포로디아미데이트 서브유닛간 연결을 포함하는 서브유닛을 지칭한다.
본원에 사용된 용어 "세포 투과 모이어티"는 세포외 공간에서 세포 내로의 화합물, 예컨대 본원에 개시된 올리고머 화합물의 이동을 매개하는 화합물 또는 작용기를 지칭한다.
본 명세서 및 첨부된 청구범위에 사용된 바와 같이, 단수 형태 "하나" 및 "그"는 내용이 달리 명백하게 지시하지 않는 한 복수 참조를 포함한다. 따라서, 예를 들어 "화합물"을 함유하는 조성물은 둘 이상의 화합물의 혼합물을 포함한다. 또한 "또는"이라는 용어는 내용이 명백하게 달리 지시하지 않는 한 "및/또는"을 포함하는 의미로 일반적으로 사용된다는 점에 유의해야 한다.
본 출원 및 청구범위(들)에 사용된 바와 같이, "구성되는"이라는 단어 및 그 파생어는 명시된 특징, 요소, 성분, 그룹, 정수 및/또는 단계의 존재를 지정하고 및 명시되지 않은 다른 특징, 요소, 성분, 그룹, 정수 및/또는 단계의 존재도 배제하는 종결된 용어로 의도된다.
본원에서 종점에 의한 수치 범위의 언급은 그 범위 내에 포함된 모든 수 및 분수를 포함한다(예를 들어, 1 내지 5는 1, 1.5, 2, 2.75, 3, 3.90, 4 및 5를 포함한다). 이의 모든 숫자 및 분수는 "약"이라는 용어에 의해 수정된 것으로 추정된다는 것이 또한 이해되어야 한다.
본원에 사용된 용어 "약", "실질적으로" 및 "대략"은 최종 결과가 크게 변경되지 않도록 수정된 용어의 합리적인 편차량을 의미한다. 이러한 정도의 용어는 이 편차가 수정하는 단어의 의미를 무효화하지 않는 경우 수정된 용어의 적어도 ±5% 또는 적어도 ±10%의 편차를 포함하는 것으로 해석되어야 한다.
특정 섹션에 설명된 정의 및 구현양태는 당업자에 의해 이해되는 바와 같이 이들이 적합한 본원에 기재된 다른 구현양태에 적용가능하도록 의도된다.
본원에서 입증된 바와 같이, RACK1은 돌연변이 FUS 및 SOD1과 공동-응집되며, 이는 돌연변이 TDP43과 함께, 예를 들어 ALS에서 이러한 돌연변이-검증된 내포물의 독성에 대한 공통 경로를 구성할 수 있다.
또한 본원에서는 배양된 세포에서 RACK1의 녹다운이 FUS 또는 TDP43 내포물의 형성을 감소시키거나 억제할 수 있으며, 이는 아마도 탈응집된 단백질의 핵으로의 확산으로 인해 핵 국소화 서열이 결여된 돌연변이 단백질의 부분적인 핵 송환을 수반함을 입증한다(Pinarbasi et al., 2018). 이론에 얽매이지 않고 RACK1 공동-응집체에 대한 폴리리보솜의 모집은 PFAR을 보유하는 60s 리보솜 서브유닛의 모집 덕분에 ALS/FTLD-관련 단백질의 잘못된 접힘 및 전파에서 기능의 독성-획득에 기여할 수 있다. 여기에 설명된 데이터는 돌연변이 TDP-43 또는 FUS와 RACK1의 공동-응집이 리보솜 서브유닛의 격리에 의해 전역 번역을 억제하고 RACK1의 siRNA 녹다운이 60s 리보솜 PFAR의 가능한 병리학적 샤페론 활성 뿐만 아니라 전역 번역을 구제할 수 있음을 보여준다.
단백질 응집체-모집 RACK1의 신경독성은 정상적인 RACK1 활성에 대한 기능 상실을 포함하는 많은 요인으로 인한 것일 수 있다. 그러나 응집된 RACK1의 기능의독성 획득은 ALS 및 기타 TDP-43 단백병증(즉, TDP-43병증)에서 관찰되는 단백질 번역 결함의 한 원인이 될 수 있다.
RACK1의 세포-특이적 생체내 녹다운이 야생형 또는 돌연변이 인간 TDP-43의 트랜스제닉 과발현에 의해 야기되는 신경변성을 개선한다는 것이 또한 본원에서 입증된다.
따라서, 한 측면에서 서열번호: 1-16, 49-51 및 289-499 중 어느 하나로부터 선택된 핵산 표적 서열의 적어도 일부에 상보적인 부분을 포함하는 올리고머 화합물이 제공된다.
핵산 표적 서열의 적어도 일부에 상보적인 올리고머 화합물의 부분은 길이가 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 또는 25개의 뉴클레오티드일 수 있다. 한 구현양태에서, 올리고머 화합물은 길이가 14개 내지 60개 뉴클레오티드이다. 한 구현양태에서, 올리고머 화합물은 길이가 14개 내지 50개 뉴클레오티드이다. 한 구현양태에서, 올리고머 화합물은 길이가 14개 내지 40개 뉴클레오티드이다. 한 구현양태에서, 올리고머 화합물은 표적 서열의 적어도 일부에 상보적인 부분에 상응하고 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 또는 25개의 뉴클레오티드 길이를 포함한다. 또 다른 구현양태에서, 올리고머 화합물은 표적 서열에 상보적인 부분의 5' 및/또는 3' 방향에서 하나 이상의 추가 뉴클레오티드를 포함한다. 예를 들어, 올리고머 화합물은 부분의 업스트림 및 다운스트림에 15개 이하 또는 20개 이하의 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 한 구현양태에서, 올리고머 화합물은 길이가 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 또는 25개의 뉴클레오티드 길이이다.
핵산 표적 서열은 표 2, 3, 4 또는 8의 서열 또는 그 안의 임의의 서열의 일부일 수 있다. 한 구현양태에서, 핵산 표적 서열은 표 1의 핵산 표적 서열과 동일한 서열을 갖지 않는다. 한 구현양태에서, 핵산 표적 서열은 표 5의 핵산 표적 서열과 동일한 서열을 갖지 않는다. 올리고머 화합물은 표 2, 3, 4 또는 8 중 어느 하나 또는 이의 일부에 있는 서열의 역보체이거나 이를 포함한다.
한 구현양태에서, 핵산 표적 서열은 서열번호: 2-6, 8, 10-16, 49-51, 292-294 및 296-499 중 어느 하나로부터 선택된다.
한 구현양태에서, 핵산 표적 서열은 서열번호: 2-6, 8, 10-16, 49-51, 292-294 및 296-298 중 어느 하나로부터 선택된다.
한 구현양태에서, 핵산 표적 서열은 서열번호: 2, 3, 292, 297 및 298 중 어느 하나로부터 선택된다.
한 구현양태에서, 부분은 핵산 표적 서열에 상보적이고 핵산 표적 서열은 서열번호: 2-6, 8, 10-16, 49-51, 292-294 및 296-499 중 어느 하나로부터 선택된 서열이거나 이를 포함한다.
한 구현양태에서, 부분은 핵산 표적 서열에 상보적이고 핵산 표적 서열은 서열 번호: 2-6, 8, 10-16, 49-51, 292-294 및 296-298중 어느 하나로부터 선택된 서열이거나 이를 포함한다.
한 구현양태에서, 부분은 핵산 표적 서열에 상보적이고 핵산 표적 서열은 서열 번호: 2, 3, 292, 297 및 298 중 어느 하나이거나 이를 포함한다.
한 구현양태에서, 부분은 GAACTGAAGCAAGAAGTTATC(서열번호: 2) 또는 CTCTGGATCTCGAGATAAA(서열번호: 3)에 상보적이다. 바람직한 구현양태에서, 부분은 GAACTGAAGCAAGAAGTTATC(서열번호: 2)에 상보적이다. 바람직한 구현양태에서, 부분은 CTCTGGATCTCGAGATAAA(서열번호: 3)에 상보적이다. 바람직한 구현양태에서, 상기 부분은 서열번호: 81에 상보적이다. 바람직한 구현양태에서, 부분은 서열번호: 86에 상보적이다. 바람직한 구체양태에서, 부분은 서열번호: 87에 상보적이다.
올리고머 화합물은 임의로 하나 이상의 변형된 잔기를 포함하는 RNA 또는 DNA 또는 이들의 하이브리드일 수 있다. 표적은 RNA이다. 표적이 본원에서 DNA로 표시될 수 있지만, 당업자는 서열에서 티미딘(T)이 우라실(U)로 대체된다는 것을 인식할 것이다. 유사하게, 올리고머 화합물이 본원에서 RNA로 표시될 수 있지만, 당업자는 DNA 화합물이 우라실(U) 대신 티미딘(T)을 포함한다는 것을 인식할 것이다.
안티센스 분자는 분자의 생물학적 안정성을 증가시키거나 표적 RNA 또는 DNA로 형성된 이중체의 물리적 안정성을 증가시키도록 설계된 자연 발생 뉴클레오티드 및/또는 다양하게 변형된(비-자연 발생) 뉴클레오티드를 사용하여 화학적으로 합성될 수 있다. 포스포로티오에이트 유도체 및 아크리딘 치환된 뉴클레오티드와 같은 유도체가 사용될 수 있다. 변형된 뉴클레오티드의 다른 예는 N3'-P5' 포스포르아미데이트, 2'-데옥시-2'-플루오로-β-D-아라비노 핵산 유사체(FANA), 모르폴리노 단량체를 갖는 것들 및 사이클로헥센 핵산(CeNAs)(즉, 사이클로헥센 고리로 대체된 DNA의 푸라노스 모이어티) 및 트리사이클로-DNA(tcDNA)에서 발견되는 것들(즉, 사이클로프로판 단위가 융합된 뉴클레오시드의 중심 C(3')와 C(5') 사이에 추가 에틸렌 가교를 포함하는 뉴클레오티드), 펩티드 핵산(PNA)(즉, N-(2-아미노에틸)-글리신 단위)을 포함할 수 있고, 및/또는 잠금 핵산(LNA)일 수 있다. 안티센스 분자는 표적 가닥에 상보적이거나 이의 일부에만 상보적일 수 있다.
안티센스 분자는 비-변형된 올리고뉴클레오티드와 유사하게 기능할 수 있는 적어도 하나의 비-천연 발생 단량체를 포함할 수 있다. 화학적 변형은, 예를 들어 잠금 핵산(LNA)에서 발견되는 것일 수 있거나 2'-플루오로(2'-F), 2'-O-메톡시에틸(2'-MOE) 또는 2'-O-메틸( 2'-O-Me)일 수 있으며, 이는 6원 모르폴린 고리가 당 모이어티 또는 포스포로티오에이트(PS) 연결을 대체하는 리보스 모이어티 또는 모르폴리노 단량체의 2' 위치에서 변형이며, 여기서 황은 포스페이트 기에서 비-가교 산소 중 하나를 대체한다. 포스포로티오에이트 및 포스포르아미데이트 연결은 임의의 상기 언급된 안티센스 분자에 통합될 수 있다. 다른 뉴클레오시드 연결은, 예를 들어 포스포로디티오에이트, 메틸포스포네이트, 알킬포스포네이트, 알킬포스포노티오에이트, 포스포트리에스테르, 실록산, 카르보네이트, 카르보알콕시, 아세트아미데이트, 카르바메이트, 모르폴리노, 보라노, 티오에테르, 가교된 포스포르아미데이트, 가교된 메틸렌 포스포네이트, 가교된 포스포로티오에이트 및 설폰 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 이러한 변형 또는 치환된 핵산은 뉴클레아제의 존재 하에 증가된 안정성과 같은 특성 때문에 자연 발생 형태보다 바람직할 수 있다. 이 용어는 또한 2개 이상의 화학적으로 구별되는 영역을 포함하는 키메라 핵산을 포함한다. 예를 들어, 키메라 핵산은 유익한 특성(예를 들어, 증가된 뉴클레아제 내성, 세포로의 흡수 증가)을 부여하는 변형된 뉴클레오티드의 적어도 하나의 영역을 함유할 수 있거나, 본 개시내용의 2개 이상의 핵산이 연결되어 키메라 핵산을 형성할 수 있다.
안티센스 분자는 다양한 방법, 예를 들어 본원에서 참고로 포함되는 문헌에 기술된 방법을 사용하여 생성될 수 있다(Agrawal S. & Gait M.J. (2019). History and Development of Nucleotide Analogues in Nucleic Acid Drugs. Advances in Nucleic Acid Therapeutics, (pp 1-21). Royal Society of Chemistry). 안티센스 분자 또는 이의 핵산 성분은, 예를 들어 고효율 조절 영역의 제어 하에 안티센스 서열이 생성되는 재조합 플라스미드, 파지미드 또는 약독화된 바이러스의 형태로 세포에 도입된 발현 벡터를 사용하여 생물학적으로 생성될 수 있으며, 그 활성은 벡터가 도입된 세포 유형에 의해 결정될 수 있다. 또한, 안티센스 분자, 예를 들어 siRNA는 제조업체, 예를 들어 산타크루즈 바이오테크놀로지(Santa Cruz Biotechnology, Dallas, TX, USA)로부터 구입할 수 있다.
또 다른 구현양태에서, 올리고머 화합물은 비-변형된 RNA, DNA 또는 DNA/RNA의 혼합물을 포함한다.
한 구현양태에서, 올리고머 화합물은 변형된 RNA, DNA 또는 DNA/RNA의 혼합물을 포함한다.
추가 구현양태에서, 올리고머 화합물은 화학적으로 변형된 하나 이상의 뉴클레오티드 단량체를 포함한다. 추가 구현양태에서, 화학적 변형은 2' 위치에서의 변형을 포함한다. 또 다른 구현양태에서, 화학적 변형은 2'O 메틸(2')-O-Me), 2'-O-메톡시에틸(2'O-MOE), 2'플루오로(2'F) 및 2'-O,4'-C 메틸렌 가교, 즉 잠금 핵산 단량체(LNAM)로부터 선택된다.
올리고머 화합물은 변형된 백본을 포함할 수 있다. 한 구현양태에서, 올리고머 화합물은 적어도 하나의 변형된 발생 뉴클레오시드간 연결을 포함한다. 한 구현양태에서, 적어도 하나의 변형된 뉴클레오시드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결이다. 한 구현양태에서, 적어도 하나의 뉴클레오시드간 연결은 포스포르아미데이트 연결이다. 예를 들어, 모든 뉴클레오시드간 연결은, 예를 들어 실시예 4에 기재된 바와 같이 변형된 포스포로티오에이트이다. 포스포로티오에이트 연결은 Rp 및 Sp 거울상이성질체가 혼합될 수 있거나, Rp 또는 Sp 형태로 입체규칙적 또는 실질적으로 입체규칙적으로 만들어질 수 있다.
추가 구현양태에서, 올리고머 화합물은 다수의 뉴클레오티드 단량체의 변형을 포함한다. 또 다른 구현양태에서, 모든 뉴클레오티드 단량체가 변형된다. 예를 들어, 표 8을 참조하면, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 모든 염기 사이에 포스포로티오에이트 결합을 갖고 중심 DNA 염기에 플랭킹하는 RNA 염기는 2'-MOE 변형된다.
본원에 기재된 바와 같이, 본 개시내용의 안티센스 올리고뉴클레오티드는 생체내에서 RACK1 수준을 감소시키는 것으로 밝혀졌다.
한 구현양태에서, 올리고머 화합물은 안티센스 올리고뉴클레오티드이다.
안티센스 올리고뉴클레오티드는 DNA, RNA 또는 이들의 DNA/RNA 하이브리드, 예를 들어 DNA와 RNA의 혼합물이고 하나 이상의 변형된 뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
추가 구현양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 다수의 잠금 핵산 단량체(LNAM)를 포함한다.
추가 구현양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 잠금 핵산(LNA), LNA/DNA 혼합체 또는 LNA/RNA 혼합체이다.
또 다른 구현양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 갭머, 예를 들어 다수의 DNA 뉴클레오티드, 예를 들어 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 또는 15개의 DNA 뉴클레오티드를 포함하고, 다수의 RNA 뉴클레오티드, 예를 들어 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 RNA 뉴클레오티드에 의해 플랭킹된 갭머, 예를 들어 실시예 4에 기재된 갭머(표 8)이다.
한 구현양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열번호: 78-288 중 어느 하나의 서열을 포함하거나 그 서열이다. 한 구현양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열번호: 81-83 또는 85-288 중 어느 하나의 서열을 포함하거나 그 서열이다. 한 구현양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열번호: 81-83 또는 85-87 중 어느 하나의 서열을 포함하거나 그 서열이다. 한 구현양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열번호: 81의 서열을 포함하거나 그 서열이다. 한 구현양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열번호: 82의 서열을 포함하거나 그 서열이다. 한 구현양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열번호: 83의 서열을 포함하거나 그 서열이다. 한 구현양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열번호: 85의 서열을 포함하거나 그 서열이다. 한 구현양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열번호: 86의 서열을 포함하거나 그 서열이다. 한 구현양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 서열번호: 87의 서열을 포함하거나 그 서열이다.
한 구현양태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 모르폴리노 올리고뉴클레오티드이다.
본원에서 입증된 바와 같이, siRNA 서열은 RACK1을 성공적으로 녹다운시켰다.
한 구현양태에서, 올리고머 화합물은 소형 간섭 RNA(siRNA)이다.
siRNA는 표 2, 3, 4 또는 8 중 어느 하나의 서열, 이의 일부 또는 RACK1 mRNA에서 5' 또는 3'으로 연장되는 더 긴 서열의 역 상보체를 포함하는 가이드 가닥을 포함할 수 있다. 예를 들어, 표 2, 3 또는 4를 참조하면, 가이드 가닥은 괄호에 표시된 뉴클레오티드의 역보체를 포함할 수 있다. siRNA와 같은 이중-가닥 안티센스 분자는 단일 가닥 돌출부, 예를 들어 표 2, 3 및 4에서 괄호에 표시된 뉴클레오티드와 같은 천연 서열 또는 비-천연 돌출부 잔기에 상응하는 단일 가닥 돌출부을 포함할 수 있다. 따라서, siRNA는 괄호 안에 표시된 서열을 포함하거나 포함하지 않을 수 있거나 tt, 또는 RNA 맥락에서 uu와 같은 비-천연 뉴클레오티드로 대체될 수 있다.
표적은 RACK1 표적 서열의 업스트림 또는 다운스트림에 추가 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 예를 들어, 표적 서열은 인용된 RACK1 표적 서열에 대해 5'인 2개의 뉴클레오티드를 포함할 수 있고, 예를 들어 각각 5' GA 돌출부가 있는 TTTAGAGGGAAAGATCATT(서열번호: 1), 5' AT 돌출부가 있는 GAACTGAAGCAAGAAGTTATC(서열번호: 2), 5' GT 돌출부가 있는 CTCTGGATCTCGAGATAAA(서열번호: 3), 5' TG 돌출부가 있는 GCTAACTGCAAGCTGAAGA(서열번호: 4), 5' GG 돌출부가 있는 GACAAGCTGGTCAAGGTAT(서열번호: 5), 5' AA 돌출부가 있는 GGATGGCCAGGCCATGTTA(서열번호: 6), 5' AA 돌출부가 있는 ACACCTTTACACGCTAGAT(서열번호: 7), 5' GG 돌출부가 있는 CTATCTGAACACGGTGACT(서열번호: 8), 5' AC 돌출부가 있는 CAGGGATGAGACCAACTAT(서열번호 9), 5' GC 돌출부가 있는 CCAACAGCAGCAACCCTAT(서열번호: 10), 5' CA 돌출부가 있는 CTTTGTTAGTGATGTGGTT(서열번호: 11), 5' TA 돌출부가 있는 CCCTGGGTGTGTGCAAATA(서열번호: 12) , 5' CT 돌출부가 있는 GCTGATGGCCAGACTCTGT(서열번호: 13), 5' GC 돌출부가 있는 GATTTGTGGGCCATACCAA(서열번호: 14), 5' GG 돌출부가 있는 GTAACCCAGATCGCTACTA(서열번호: 15), 5' CG 돌출부가 있는 CGCAGTTCCCGGACATGAT(서열번호: 16), 5' AG 돌출부가 있는 GTACGGACTAAGGTAGATT(서열번호: 49), 5' TG 돌출부가 있는 TTTTACCTCCTTTAGATAA(서열번호: 50) 및 5' CC 돌출부가 있는 TGTTCCCCAGGATTTAGAG(서열번호 : 51)를 포함한다. 돌출부를 포함하는 올리고머 화합물에서 돌출부는 괄호에 있는 잔기의 역보체에 해당하거나 tt와 같은 비-표적 잔기일 수 있으며, 여기서 소문자(undercase)는 서열이 비-천연임을 나타낸다.
또 다른 구현양태에서, 가이드 가닥은 5' AT 돌출부가 있는 GAACTGAAGCAAGAAGTTATC(서열번호: 2), 또는 5' GT 돌출부가 있는 CTCTGGATCTCGAGATAAA(서열번호: 3)에 상보적이다. 바람직한 구현양태에서, 가이드 가닥은 5' AT 돌출부를 갖는 GAACTGAAGCAAGAAGTTATC(서열번호: 2)에 상보적이다. 바람직한 구현양태에서, 가이드 가닥은 5' GT 돌출부가 있는 CTCTGGATCTCGAGATAAA(서열번호: 3)에 상보적이다.
돌출부는, 예를 들어 A, U, C, G, dA, dT, dC, dG 뿐만 아니라 변형된 염기로부터의 임의의 2개 뉴클레오티드 조합일 수 있다.
한 구현양태에서, siRNA는 서열 5'-3' GAUAACUUCUUGCUUCAGUUC(서열번호: 18)를 포함하는 가이드 가닥이거나 이를 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 서열은 5'-3' UUUAUCUCGAGAUCCAGAG(서열번호: 19)이다.
한 구현양태에서, siRNA는 3'(AU) 돌출부(즉, 3' 말단에 추가 AU 뉴클레오티드)가 있는 5'에서 3'으로의 서열 GAUAACUUCUUGCUUCAGUUC(서열번호: 18)를 포함하는 가이드 가닥이거나 이를 포함한다. 또 다른 구현양태에서, 서열은 3'(AC) 돌출부가 있는 5'-3' UUUAUCUCGAGAUCCAGAG(서열번호: 19)이다.
또 다른 구현양태에서, siRNA는 3'(AU) 돌출부가 있는 5'에서 3'으로의 서열 GAUAACUUCUUGCUUCAGUUC(서열번호: 18) 및/또는 3'(gu) 돌출부가 있는 UUUAUCUCGAGAUCCAGAG(서열번호: 19)를 포함하는 가이드 가닥이거나 이를 포함한다. 추가 구현양태에서, 서열은 3'(AU) 돌출부를 갖는 5'-3' GAUAACUUCUUGCUUCAGUUC(서열번호: 18)이다. 또 다른 구현양태에서, 서열은 3'(gu) 돌출부를 갖는 5'-3' UUUAUCUCGAGAUCCAGAG(서열번호: 19)이다.
한 구현양태에서, 가이드 가닥은 3'(AU) 돌출부가 있는 GAUAACUUCUUGCUUCAGUUC(서열번호: 18), 또는 3'(gu) 돌출부가 있는 UUUAUCUCGAGAUCCAGAG(서열번호: 19)를 포함한다.
siRNA는, 예를 들어 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있다. 올리고머 화합물은, 예를 들어 다음을 갖는 이중 가닥일 수 있다:
3'(au) 돌출부가 있는 ss5'-3' GAACUGAAGCAAGAAGUUAUC(서열번호: 34), 및
3'(AU) 돌출부가 있는 as5'-3' GAUAACUUCUUGCUUCAGUUC(서열번호: 18), 여기서 "ss"는 센스 가닥 또는 패신저 가닥을 나타내고 "as"는 가이드 가닥일 수 있는 안티센스 가닥을 나타낸다. 가이드 가닥은 또한 이의 일부일 수 있거나 추가 잔기를 포함한다.
siRNA는, 예를 들어 다음을 갖는 이중 가닥일 수 있다:
3'(gu) 돌출부가 있는 ss5'-3' CUCUGGAUCUCGAGAUAAA(서열번호: 35); 및
3'(gu) 돌출부가 있는 as5'-3' UUUAUCUCGAGAUCCAGAG(서열번호: 19), 여기서 "ss"는 센스 가닥을 나타내고 "as"는 안티센스 가닥을 나타낸다.
한 구현양태에서, siRNA는 약 21-25개의 잔기 및 임의로 이중 가닥이다. 한 구현양태에서, siRNA는 길이가 21개 잔기이다. 한 구현양태에서, siRNA는 길이가 22개 잔기이다. 한 구현양태에서, siRNA는 길이가 23개 잔기이다. 한 구현양태에서, siRNA는 길이가 24개 잔기이다. 한 구현양태에서, siRNA는 길이가 25개 잔기이다.
한 구현양태에서, 올리고머 화합물은 짧은 헤어핀 RNA(shRNA)이다. siR-2 및 siR-3의 비제한적인 예를 사용하여, shRNA는, 예를 들어;
siR-2 5'-3': GAACUGAAGCAAGAAGUUAUC(서열번호: 34)(루프)GAUAACUUCUUGCUUCAGUUC(서열번호: 18)
siR-3 5'-3': CUCUGGAUCUCGAGAUAAA(서열번호: 35)(루프)UUUAUCUCGAGAUCCAGAG(서열번호: 35)를 포함한다.
한 구현양태에서, 안티센스 분자는 벡터, 예를 들어 플라스미드, 또는 렌티바이러스 벡터, 아데노바이러스 벡터 또는 아데노 관련 바이러스(AAV) 벡터와 같은 바이러스 벡터에 포함된다.
shRNA의 맥락에서, 루프 영역은 안정한 루프를 형성할 수 있는 뉴클레오티드의 임의의 조합일 수 있고 일반적으로 5-10nt로 구성된다. shRNA의 말단은 화학적으로 변형될 수 있고/있거나 추가적인 돌출부 뉴클레오티드를 포함할 수 있다.
일부 구현양태에서, 표적은 본원에 명시된 서열의 일부이다. 예를 들어, 표적은 길이가 19-30개인 뉴클레오티드일 수 있다. 일부 구현양태에서, 표적 서열의 적어도 일부에 상보적인 올리고머 화합물의 부분은 하나 이상의 교대 뉴클레오티드를 포함한다. 예를 들어, 부분은 화합물의 3' 절반, 특히 3' 돌출부에 하나 이상의 교대 뉴클레오티드를 포함할 수 있다. 예를 들어, 안티센스 siRNA의 5' 말단과 중간 사이의 서열이 mRNA를 인식하는 역할을 하고 중간 잔기(nt 10-11)가 일반적으로 절단 부위 인식인 것으로 밝혀졌다.
올리고머 화합물은 세포 투과 모이어티를 포함할 수 있고, 수송 시약, 또는 올리고머 화합물 또는 화합물들을 발현하는 재조합 플라스미드 또는 바이러스 벡터와 같은 벡터에 포함될 수 있다.
한 구현양태에서, 올리고머 화합물은 하나 이상의 세포 투과 모이어티를 포함한다. 세포내 흡수를 촉진하는 세포 투과 모이어티(또는 세포 부착 모이어티)의 비제한적인 예는 펩티드, 예를 들어 페네트린(Penetrin), 핍스(Pip's)(PMO/PNA 내재화 펩티드), 당류, 예를 들어 N-아세틸갈락토사민(GalNAc), 항체, 예를 들어 Fab 단편, 탄수화물, 지질, 예를 들어 콜레스테롤, 인지질, 비오틴, 페나진, 엽산, 페난트리딘, 안트라퀴논, 아크리딘, 플루오레세인, 로다민, 쿠마린 및 염료를 포함한다. 세포 투과 모이어티는 표적 서열에 상보적인 올리고머 화합물 부분의 5' 말단, 3' 말단 및/또는 내부 뉴클레오티드에 작동가능하게 연결되거나 접합될 수 있다. 한 구현양태에서, 세포 투과 모이어티는 5' 말단 및/또는 3' 말단에 접합된다. 이중 가닥 siRNA의 맥락에서, 세포 투과 모이어티는 바람직하게는 패신저 가닥, 예를 들어 3' 말단에서 부착된다. 올리고머 화합물은 다양한 방법을 사용하여 세포 투과 모이어티에 커플링될 수 있다. 예를 들어, 올리고머 화합물은 문헌에 기재된 바와 같이 모이어티에 공유적으로 연결될 수 있다(국제 특허출원 공개번호 WO2008/063113, Langel et al. 및 미국 특허출원 공개번호 US2005/0260756, Troy et al). 모이어티는 예를 들어, 문헌에 기술된 바와 같이 화학적 링커를 통해 올리고머 화합물에 연결될 수 있다(WO2008/033285, Troy et al 및 WO2007/069068, Alluis et a).
또 다른 측면은 표적 서열의 적어도 일부에 상보적인 올리고머 화합물 또는 이의 부분을 포함하는 벡터이다. 예를 들어, 올리고머 화합물은 아데노-관련 바이러스(AAV), 아데노바이러스, 렌티바이러스 또는 γ-레트로바이러스 벡터와 같은 바이러스 벡터에 포함된다. 벡터는 임의로 구성적 발현을 제공하기 위한 통합 벡터일 수 있거나 임의로 일시적 발현을 위한 핵외 벡터일 수 있다.
또 다른 측면은 올리고머 화합물, 임의로 항-RACK1 siRNA, 항-RACK1 shRNA 구축물, 또는 안티센스 올리고뉴클레오티드(예를 들어, 항-RACK1 갭머 또는 모르폴리노 올리고뉴클레오티드) 및 희석제를 포함하는 조성물이다. 희석제는, 예를 들어 RNase가 없는 물 또는 염수일 수 있으며, 임의로 멸균될 수 있다.
조성물은 안티센스 분자를 전달하기 위한 리포솜, 나노입자, 엑소솜, 또는 나노솜과 같은 지질 입자를 포함할 수 있다.
위에서 언급한 바와 같이 안티센스 분자는 벡터에 포함될 수 있다. 벡터는, 예를 들어 플라스미드, 박테리아 또는 바이러스 벡터, 예컨대 렌티바이러스 입자 또는 AAV일 수 있다. 조성물은, 예를 들어 RACK1을 표적화하기 위한 다수의 올리고머 화합물 및/또는 기타 안티센스 분자를 포함할 수 있다.
본원에 기재된 조성물은 임의로 백신으로서 대상체에게 투여될 수 있는 약제학적으로 허용되는 조성물의 제조를 위한 자체 공지된 방법에 의해 제조될 수 있으며, 유효량의 활성 물질이 약제학적으로 허용되는 비히클과의 혼합물로 조합되도록 한다.
약제학적 조성물은 동결건조된 분말 또는 수성 또는 비수성 멸균 주사용 용액 또는 현탁액을 포함하나 이에 제한되지 않으며, 이는 조성물을 의도된 수용자의 조직 또는 혈액과 실질적으로 상용성으로 만드는 항산화제, 완충제, 정균제 및 용질을 추가로 함유할 수 있다. 이러한 조성물에 존재할 수 있는 다른 성분은, 예를 들어 물, 계면활성제(예를 들어, 트윈), 알코올, 폴리올, 글리세린 및 식물성 오일을 포함한다. 즉석 주사 용액 및 현탁액은 멸균 분말, 과립, 정제 또는 농축 용액 또는 현탁액으로부터 제조될 수 있다. 조성물은 제한 없이, 예를 들어 대상체에 투여하기 전에 멸균수 또는 식염수로 재구성되는 동결건조 분말로서 공급될 수 있다.
조성물은 제한없이 염산, 인산, 아세트산, 옥살산, 타르타르산 등으로부터 유도된 것과 같은 유리 아미노기로 형성된 것 및 나트륨, 칼륨, 암모늄, 칼슘, 수산화제2철, 이소프로필아민, 트리에틸아민, 2-에틸아르니노 에탄올로부터 유도된 것과 같은 유리 카르복실기와 형성된 것을 포함하는 약제학적으로 허용되는 염의 형태일 수 있다.
본원에 기재된 조성물, 올리고머 화합물 및 벡터는, 예를 들어 척추강내, 뇌실내, 두개내, 척수내, 안와내, 안과, 수조내, 실질내, 복강내, 비강내, 에어로졸 또는 경구 투여를 위해 제형화될 수 있다. 바람직한 구현양태에서, 조성물, 올리고머 화합물 및 벡터는 척추강내 투여를 위해 제형화된다.
또한 또 다른 측면에서 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)으로부터 임의로 선택된 TDP43-병증 또는 FUS-병증 신경퇴행성 질병을 치료하는 방법이 또한 제공되며, 이 방법은 이를 필요로 하는 대상체의 뉴런 및/또는 성상세포와 같은 중추신경계의 세포에서 RACK1을 녹다운하는 단계를 포함한다.
"녹다운"은 RACK1 mRNA 및/또는 pre-mRNA를 표적으로 하는 본원에 기술된 올리고머 화합물과 같은 안티센스 분자를 사용하여 달성될 수 있다.
또한 또 다른 측면에서 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)으로부터 임의로 선택된 TDP43-병증 또는 FUS-병증 신경퇴행성 질병을 치료하는 방법이 또한 제공되며, 이 방법은 이를 필요로 하는 대상체에게 하나 이상의 안티센스 분자(들), 예를 들어 본원에 개시된 하나 이상의 올리고머 화합물을 투여하는 단계를 포함한다.
또한 또 다른 측면에서 TDP-43 및/또는 FUS 응집을 포함하는 질병 세포와 같은 세포에서 TDP-43 및/또는 FUS 응집을 감소 또는 억제하는 방법이 제공되며, 상기 방법은 세포에서 RACK1 수준을 감소시키기에 충분한 양으로 및 충분한 시간 동안 RACK1을 표적으로 하는 하나 이상의 안티센스 분자(들)을 세포에 투여하거나 세포내로 도입하는 단계를 포함한다. 한 구현양태에서, 양 및/또는 시간은 TDP-43 응집을 감소시키고/시키거나 핵 TDP-43을 부분적으로 회복시키기에 충분하다. 한 구현양태에서, 양 및/또는 시간은 FUS 응집을 감소시키고/시키거나 핵 FUS를 부분적으로 회복하기에 충분하다.
안티센스 분자, 예를 들어 본 개시내용의 올리고머 화합물은 네이키드 안티센스 분자로서 단독으로 투여될 수 있다. 본원에 사용된 "네이키드(naked)"는 안티센스 분자가 전달 비히클(예를 들어, 바이러스 벡터) 또는 전달제(예를 들어, 리포솜), 예를 들어 바이러스 벡터, 수송 시약을 사용하여 투여되지 않는 것을 의미한다.
한 구현양태에서, 안티센스 분자(들)는 재조합 플라스미드로서 또는 안티센스 분자(들)를 발현하는 바이러스 벡터로서 수송 시약을 통해 세포 내로 투여 및/또는 도입된다. 추가 구현양태에서, 안티센스 분자(들)는 전기천공을 통해 세포 내로 도입된다.
또 다른 구현양태에서, 안티센스 분자(들)는 하나 이상의 세포 투과 모이어티를 포함한다. 이러한 맥락에서, 안티센스 분자는 단독으로, 즉 네이키드로, 예를 들어 척수강내 주사될 수 있고, 안티센스 분자의 다른 요소, 예를 들어 세포로의 전달을 촉진하기 위한 화학적 변형(들)에 의존한다. 또 다른 구현양태에서, 하나 이상의 안티센스 분자는 안티센스 올리고뉴클레오티드, siRNA, 또는 shRNA 구축물이다. 또 다른 구현양태에서, 안티센스 분자(들)는 전술한 올리고머 화합물 중 하나 이상이다.
다른 구현양태에서, 하나 이상의 안티센스 분자는 표 1에 열거된 핵산 표적 서열을 추가로 표적화한다.
예를 들어, 하나 이상의 안티센스 분자는, 예를 들어 서열번호: 81, 86 또는 87 중 어느 하나를 포함하거나 이로 구성된 본원에 개시된 안티센스 올리고뉴클레오티드 분자이다.
예를 들어, 하나 이상의 안티센스 분자는 CCTTTACACGCTAGATGGT(서열번호: 75)를 표적으로 하는, 예를 들어 3' tt 돌출부가 있는 센스 5'-CCUUUACACGCUAGAUGGU(서열번호: 501) 및 3' tg 돌출부가 있는 안티센스 5'-ACCAUCUAGCGUGUAMGG(서열번호: 502)를 포함하는 siRNA 분자일 수 있다.
또 다른 구현양태에서, 하나 이상의 안티센스 분자(들)는 전술한 조성물을 통해 도입된다.
한 구현양태에서, 세포는 질병에 걸린 세포이다. 한 구현양태에서, 세포는 뉴런 또는 성상교세포와 같은 중추신경계의 세포이다. 한 구현양태에서, 세포는 TDP43-병증 또는 FUS-병증 신경퇴행성 질병, 예를 들어 근위축성 측삭 경화증(ALS), 전두측두엽 치매(FTLD) 단백병증 또는 질병 단백질이 RACK1과 상호작용하는 단백질 접힘 질병이 있는 대상체에 있다. 예를 들어, TDP43-병증은 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)이다. 또 다른 구현양태에서, FUS-병증 신경퇴행성 질병은 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID) 또는 호염기성 봉입체 질병(BIBD)이다.
또 다른 구현양태에서, 하나 이상의 안티센스 분자(들)는 상기 언급된 올리고머 화합물이고/이거나 상기 언급된 조성물에 포함된다. 한 구현양태에서, 안티센스 분자 및/또는 조성물은 수송 시약과 함께, 또는 안티센스 분자를 발현하는 재조합 플라스미드 또는 바이러스 벡터로서 세포 내로 투여되거나 도입된다. 수송 시약은 리포솜, 나노입자 또는 나노솜과 같은 지질 입자일 수 있다. 한 구현양태에서, 수송 시약은 리포솜이다.
또 다른 구현양태에서, 안티센스 분자 및/또는 조성물은 비강내, 점막, 경구, 설하, 경피, 국소, 흡입, 에어로졸, 안내, 기관내, 직장내, 질내를 포함하는 적합한 비경구 또는 장내 투여 경로로, 유전자 총, 피부 패치, 점안액 또는 구강 세척제 형태 또는 혈관내 투여에 의해; 특히 척추강내, 심실내, 실질내 또는 뇌실내 투여; 예를 들어, 출구 카테터를 통해 뇌 또는 척수 내의 심실에 연결된 이식된 저장소를 사용하는 카테터 또는 기타 배치 장치를 통해 투여된다.
다른 구현양태에서, 약제학적 조성물은 뇌 또는 CNS의 다른 부분에 직접 투여된다. 예를 들어, 이러한 방법에는 카테터를 통해 주입 부위로 미리 결정된 용량을 방출하는 역할을 하는 이식형 카테터 및 펌프의 사용이 포함된다. 당업자는 카테터가 뇌에서 원하는 투여 또는 주입 부위에 인접하게 위치하도록 카테터의 가시화를 허용하는 외과적 기술에 의해 카테터가 이식될 수 있음을 추가로 인식할 것이다. 이러한 기술은 본원에 참고로 포함되는 문헌에 기술되어 있다(Elsberry et al. U.S. Patent 5,814,014 "Techniques of Treating Neurodegenerative Disorders by Brain Infusion"). 또한 미국 특허 출원 20060129126(Kaplitt and During "Infusion device and method for infusing material into the brain of a patient")에 기술된 것과 같은 방법이 고려된다. 뇌 및 CNS의 다른 부분에 약물을 전달하기 위한 장치는 상업적으로 이용가능하다(SynchroMed® EL Infusion System; Medtronic, Minneapolis, Minnesota).
또 다른 구현양태에서, 약제학적 조성물은 혈액 뇌 장벽을 가로질러 수용체-매개 수송을 허용하도록 투여될 화합물을 변형시키는 것과 같은 방법을 사용하여 뇌에 투여된다.
다른 구현양태는 혈액 뇌 장벽을 가로지르는 수송을 촉진하는 것으로 알려진 생물학적 활성 분자와 안티센스 분자의 공동-투여를 고려한다.
특정 구현양태에서 또한 본원에 참고로 포함되는 미국 특허 7012061 "혈액 뇌 장벽의 투과성을 증가시키는 방법"에 기술된 바와 같이 혈액 뇌 장벽의 투과성을 일시적으로 증가시키기 위한 것과 같은 혈액 뇌 장벽을 가로질러 본원에 기술된 안티센스 분자를 투여하는 방법이 고려된다.
투여 경로가 경구인 경우, 약제학적 조성물은 정제, 캡슐, 분말, 용액 또는 엘릭시르의 형태일 수 있다. 정제 형태로 투여되는 경우, 약제학적 조성물은 젤라틴 또는 보조제와 같은 고체 담체를 추가로 함유할 수 있다. 정제, 캡슐 및 분말은 약 5 내지 95% 안티센스 분자, 바람직하게는 약 25 내지 90% 안티센스 분자를 함유한다. 액체 형태로 투여하는 경우, 물, 석유, 땅콩유, 광유, 대두유, 참기름 또는 합성유와 같은 동식물 유래 오일과 같은 액체 담체를 첨가할 수 있다. 약제학적 조성물의 액체 형태는 생리 식염수 용액, 덱스트로스 또는 기타 당류 용액 또는 에틸렌 글리콜, 프로필렌 글리콜 또는 폴리에틸렌 글리콜과 같은 글리콜을 추가로 함유할 수 있다. 액체 형태로 투여되는 경우, 약제학적 조성물은 약 0.5 내지 90중량%의 안티센스 분자 또는 약 1 내지 50%의 안티센스 분자를 함유한다.
투여가 비경구, 점막 전달, 경구, 설하, 경피, 국소, 흡입, 비강내, 에어로졸, 안내, 기관내, 직장내, 질내, 유전자 총에 의한, 피부 패치 또는 점안제 또는 구강 세정제 형태인 경우, 안티센스 분자는 발열원이 없는 비경구적으로 허용되는 수용액의 형태일 수 있으며, 안티센스 분자(들)에 추가하여 염화나트륨 주사액, 링거 주사액, 덱스트로스 주사액, 덱스트로스 및 염화나트륨 주사액, 락테이트 링거 주사액 또는 당업계에 공지된 기타 비히클과 같은 등장성 비히클을 함유할 수 있다. 약제학적 조성물은 또한 안정화제, 방부제, 완충제, 항산화제 또는 당업자에게 공지된 기타 첨가제를 함유할 수 있다.
약제학적 조성물 중 안티센스 분자의 양은 치료되는 상태의 성질 및 중증도, 및 대상체가 겪었거나 겪고 있는 이전 및 동시 치료의 성질에 의존할 것이다. 현재 개시된 방법을 실행하기 위해 사용되는 다양한 약제학적 조성물은 1일 체중 kg당 안티센스 분자 약 1 마이크로그램 내지 약 50 mg을 포함할 수 있는 것으로 고려된다. 본원에 개시된 약제학적 조성물을 사용한 치료 기간은 질병, 질병의 중증도 및 각 개별 대상체의 상태 및 잠재적인 특이 반응에 따라 달라질 것이다.
또 다른 구현양태에서, TDP43-병증 신경퇴행성 질병은 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD) 또는 전두측두엽 치매(FTLD), 또는 변연계-우세 연령- 관련 TDP-43 뇌병증(LATE)이다. 또 다른 구현양태에서, FUS-병증 신경퇴행성 질병은 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID) 또는 호염기성 봉입체 질병(BIBD)이다.
또 다른 구현양태에서, 대상체는 인간이다.
또 다른 측면은 이를 필요로 하는 대상체에서 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD) 또는 헌팅턴병(HD)을 치료하기 위해, 또는 병든 세포와 같은 세포에서 TDP-43 및/또는 FUS를 감소 및/또는 분해하기 위해 하나 이상의 안티센스 분자, 예를 들어 안티센스 올리고뉴클레오티드(들) 또는 siRNA 분자(들)와 같은 전술한 올리고머 화합물의 용도 및/ 또는 방법이다.
또 다른 측면은 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 신경 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)으로부터 임의로 선택된 TDP43-병증 또는 FUS-병증 신경퇴행성 질병의 치료에 사용하기 위해 본원에 개시된 하나 이상의 안티센스 분자, 예를 들어 올리고머 화합물이다.
한 구현양태에서 약제의 제조에 사용하기 위한 안티센스 올리고뉴클레오티드, siRNA 분자(들) 및/또는 조성물과 같은 올리고머 화합물을 포함하는 전술한 항-RACK1 안티센스 분자의 용도가 제공된다.
또한, 특정 섹션에 설명된 정의 및 구현양태는 당업자에 의해 이해되는 바와 같이 이들이 적합한 본원에 기재된 다른 구현양태에 적용가능하도록 의도된다. 예를 들어, 다음 구절에서, 본 개시내용의 상이한 측면이 더 상세하게 정의된다. 그렇게 정의된 각 측면은 명백하게 반대되는 의미가 없는 한 다른 측면 또는 측면과 결합될 수 있다. 특히, 바람직하거나 유리한 것으로 표시된 임의의 특징은 바람직하거나 유리한 것으로 표시된 임의의 다른 특징 또는 특징들과 조합될 수 있다.
상기 개시내용은 일반적으로 본 출원을 설명한다. 다음의 구체적인 실시예를 참조하면 보다 완전한 이해를 얻을 수 있다. 이러한 실시예는 설명의 목적으로만 설명된 것이며 본 출원의 범위를 제한하기 위한 것이 아니다. 상황이 제안하거나 적절할 수 있는 경우 형식의 변경 및 등가물의 대체가 고려된다. 본원에서 특정한 용어가 사용되었지만, 그러한 용어는 제한을 위한 것이 아니라 설명적인 의미로 사용된다.
하기 비제한적 실시예는 본 개시내용을 예시한다:
실시예
배양된 세포에서 RACK1의 녹다운은 FUS 및 TDP43 돌연변이체의 응집을 감소시키거나 억제할 수 있으며, 이는 핵 국소화 서열이 결여된 돌연변이체 단백질의 부분적 핵 송환을 수반한다.
여기에 RACK1과 TDP43 또는 FUS의 공동-응집이 리보솜 서브유닛의 격리에 의해 전역 번역을 억제하고, RACK1의 siRNA 녹다운이 전역 번역을 구제하고 TDP-43 매개 신경퇴화를 예방할 수 있음을 보여주는 데이터이다.
실시예 1
인간 배아 신장 293T(HEK293T) 세포주는 아메리칸 타입 컬쳐 컬렉션(American Type Culture Collection, ATCC, Rockville, MD)에서 구입하고 10% 소 태아 혈청(FBS), GlutaMaxTM-1(2 mM) 및 항생제(50 U/ml 페니실린 및 50 mg/ml 스트렙토마이신)가 보충된 둘베코의 변형된 이글 배지(Dulbecco's Modified Eagle Medium, DMEM)에서 37℃, 5% CO2로 유지하였다. 제조업체의 지시에 따라 리포펙타민(Lipofectamine) LTX 시약(ThermoFisher Scientific)을 사용하여 HEK293T 세포를 HA-태그된 dNLS TDP-43, R495x-FUS 또는 P525L-FUS cDNA 플라스미드로 형질주입시키고 세포를 형질주입 48시간 후 분석했다.
RACK1 녹다운은 인간 RACK1(Santa Cruz Biotechnology, sc-36354)을 특이적으로 표적화하는 3개의 19-25개 뉴클레오티드 siRNA 풀을 리포펙타민(Lipofectamine) RNAiMAX 형질주입 시약(ThermoFisher Scientific)과 함께 도입하고 제조업체의 지침에 따라 72시간 동안 인큐베이션함으로써 달성되었고, 이어서 위에서 설명한 바와 같이 HA-태그된 dNLS TDP-43, R495-FUS 또는 P525L-FUS의 cDNA 플라스미드로 형질주입시켰다.
전역 번역을 모니터링하기 위해 번역 표면 감지(SUnSET)를 수행했다. cDNA 형질주입 48시간 후, 세포를 37℃에서 10분 동안 조건 배지에서 5 μg/ml의 퓨로마이신(ThermoFisher Scientific)과 함께 인큐베이션한 후 즉시 면역세포화학적 또는 생화학적 절차를 수행했다.
면역세포화학(ICC)을 수행하여 HA-태그된 dNLS TDP-43, R495x-FUS, P525L-FUS, SOD1 돌연변이체, RACK1, 및 전역 단백질 번역의 발현을 가시화하였다. 세포를 인산염 완충액(Phosphate Saline Buffer, PBS)로 2회 세척하고 실온(RT)에서 15분 동안 4% 파라포름알데히드(PFA)에 고정한 다음 일정한 흔들림과 함께 RT에서 10분 동안 20 mM 글리신으로 세척했다. 그런 다음 세포를 PBS, 1% 소 혈청 알부민(BSA), 10% 정상 염소 혈청 및 0.1% 트리톤-X-100을 함유하는 차단 완충액과 함께 RT에서 30분 동안 인큐베이션했다. 다음 1차 항체를 RT에서 1시간 동안 또는 4℃에서 밤새 인큐베이션했다: 토끼 폴리클로날 항-HA(Abcam, ab9110, 1:1000), 닭 폴리클로날 항-HA(Abcam, ab9111, 1:8,000), 마우스 모노클로날 항-RACK1(BD Biosciences, 610178, 1:500) 및 마우스 모노클로날 항-퓨로마이신(ThermoFisher Scientific, 클론 12D10, 1:1000). 그런 다음 세포를 PBS/0.1% 트리톤-X-100으로 3 X 10분 동안 일정한 흔들림으로 세척한 다음 Alexa Fluor® 염소 항-토끼, -마우스 또는 -닭 2차 항체(ThermoFisher Scientific, 1:1000)와 함께 어둠 속에서 RT에서 30분 동안 인큐베이션했다. 그런 다음 세포를 PBS/0.1% 트리톤-X-100 3 X 10분으로 세척하고 5% PBS에 담그고 DAPI가 있는 프로롱 골드(ProLong Gold) 변색 방지 장착 매질(ThermoFisher Scientific, P36931)로 장착했다. 세포를 공초점 현미경(Leica TCS SP8 MP)으로 분석했다.
전역 번역 수준을 정량화하기 위해, 전술한 SUnSET 후, 세포를 차가운 PBS로 2회 세척하고, 2% SDS에서 용해시킨 다음, 15초 동안 30% 전력에서 초음파 처리하여 총 단백질을 추출하였다. 단백질 농도는 BCA 검정(ThermoFisher Scientific)에 의해 결정되었다. 각 형질주입에서 10 μg의 단백질을 4-12% NuPAGE SDS-PAGE(ThermoFisher Scientific)에서 분리하고 PVDF 막으로 옮기고 5% 탈지유 및 0.1% 트윈-20을 함유하는 트리스 완충 식염수(TBS)에서 RT에서 1시간 동안 차단했다. 다음 1차 항체를 4℃에서 밤새 인큐베이션했다: 토끼 항-HA(Abcam, ab9110, 1:1000), 마우스 항-RACK1(BD Biosciences, 610178, 1:2000), 마우스 항-퓨로마이신(ThermoFisher Scientific, 클론 12D10 , 1:10,000), 마우스 항-a-튜불린(ProteinTech, 66031-1-Ig, 1:20,000). 막을 일정하게 흔들면서 RT에서 TBS/0.1% 트윈(TBST) 3 X 10분으로 막을 세척한 다음, 호스래디쉬 퍼옥시다제(HRP)-접합된 항-마우스 또는 항-토끼 이차 항체(GE, 1:5000)를 30분 동안 RT에서 인큐베이션했다. 그런 다음 막을 TBST 3 X 10분으로 세척하고 SuperSignalTM 웨스트 펨토 최대 감도 기판(West Femto Maximum Sensitivity Substrate, ThermoFisher Scientific)으로 현상했다.
결과
본원에 기재된 방법을 사용하여, dNLS TDP-43의 세포질 응집체가 RACK1 응집 및 공동-응집을 유도하고(도 1) dNLS TDP-43 응집체가 형질주입된 세포에서 전역 번역을 억제한다는 것이 입증되었다(도 8). 돌연변이 SOD1의 세포질 응집체가 RACK1 응집 및 공동-응집을 유도한다는 것이 추가로 입증되었다(도 3).
dNLS FUS, R495x-FUS 및 P525L-FUS의 세포질 응집체가 RACK1 응집 및 공동- 응집을 유도하고(도 2), dNLS-FUS 형질주입된 개별 세포가 전역 번역 억제를 나타내는 것으로 입증되었다(도 7). 또한 리보솜 결합 결핍 돌연변이체(DE-RACK1)가 돌연변이체 FUS, R495x-FUS 및 RACK1 공동-응집을 붕괴하고(도 4) P525L-FUS 및 RACK1 공동-응집을 부분적으로 붕괴한다는 것이 입증되었다(도 5). 돌연변이 FUS가 전역 번역을 억제한다는 것이 추가로 입증되었으며, 이는 RACK1 녹다운에 의해 구제될 수 있다(도 6a, 6b 및 6c).
RACK1을 표적으로 하는 siRNA(RACK 1 siRNA)는 RACK1을 녹다운하고 세포질에서 dNLS TDP-43 응집을 약화시키고 핵 발현을 부분적으로 회복시키는 반면(도 9), 이는 빈 벡터 형질주입된 세포에서 내인성 핵 TDP43 발현에 영향을 미치지 않는다 (도 10).
RACK1 siRNA는 돌연변이 FUS, R495x-FUS(도 11) 및 P525L-FUS(도 12)의 세포질에서의 응집을 약화시키고, 돌연변이 FUS, R495x-FUS(도 13)의 핵 발현을 부분적으로 회복시킨다. RACK1 siRNA는 빈 벡터 형질주입 세포에서 내인성 핵 FUS 발현에 영향을 미치지 않는다(도 14).
dNLS TDP-43, RACK1, 및 40S(작은 리보솜 서브유닛, 마커로서의 Rps6) 공동- 응집체(도 15), dNLS R495x-FUS, RACK1, 및 40S 공동-응집체(도 16), 및 dNLS P525L-FUS, RACK1 및 40S 공동-응집체(도 17). 또한, dNLS TDP-43, RACK1 및 60S(큰 리보솜 서브유닛, 마커로서의 RPL14) 공동-응집체(도 18), dNLS R495x-FUS, RACK1 및 60S 공동-응집체(도 19) 및 dNLS P525L-FUS, RACK1 및 60S 공동-응집체(도 20).
RACK 1 녹다운 시, "구제된" 핵 dNLS TDP-43(도 21a 및 21b) 또는 dNLS FUS, P25L-FUS(도 22a 및 22b)는 리보솜 서브유닛과 연관되지 않는다. dNLS TDP-43(도 21a 및 21b) 또는 dNLS FUS, P525L-FUS(도 22a 및 22b)가 세포질에 남아 있는 경우, 일반적인 큰 응집체와 달리 더 확산된 패턴을 나타내는 경우가 많고 리보솜과 계속 상호작용한다.
dNLS FUS 또는 TDP 43 및 RACK1 공동-응집체는 폴리리보솜 40S 및 60S 서브유닛을 격리시켜 전체 번역 억제를 초래한다(도 15-20). RACK1 녹다운은 dNLS FUS 또는 TDP-43 응집체를 세포질에 분산시키거나 심지어 세포의 일정 비율에서 핵 발현을 회복시켜 결과적으로 응집체에서 폴리리보솜을 방출하고 전역 번역을 구제한다(도 21-23). SUnSET ICC는 dNLS TDP-43 응집체와 달리 필라멘트/확산 dNLS TDP-43 발현 세포가 정상적인 전역 번역을 표시함을 보여준다(도 8). 이 데이터는 RACK1을 녹다운하는 것이 내인성 핵 TDP-43에 영향을 미치지 않으면서 병리적 TDP 43/FUS 응집체 및 번역 기구 기능을 정상화할 수 있는 큰 잠재력을 제시하여, RACK1을 ALS 및 FTLD에 대한 매우 매력적인 치료 표적으로 만든다는 것을 시사한다.
실시예 2
다음 방법을 사용하여 RACK1 mRNA를 표적으로 하는 siRNA가 설계되었다.
단계 1. siRNA 메타-예측 결과는 5개의 서버(아래에 나열된다)에서 수집되었다. 후보 siRNA의 시작 위치에 대해, 5개의 서버에 대한 서버-기반 예측 점수가 기록된다. 각 서버에 대한 점수 정의는 서로 다르며 다음과 같이 정의된다.
써모 피셔(Thermo Fisher)의 BLOCK-ItTM RNAi 설계 도구: 별 반개의 간격으로 0 내지 5개의 별(0-5)로 예측 품질을 제공한다(링크: https://rnaidesigner.thermofisher.com/rnaiexpress/setOption.do?designOption=sirna). 점수는 간격이 0.1인 최대 단일성 점수로 정규화되었다.
siDirect의 RNAi 설계 도구: 이 서버는 서열의 각 시작 위치에 대해 1 또는 0(1 또는 0)의 점수가 부여되는 이진 예/아니오 예측을 제공한다. (링크: http://sidirect2.rnai.jp/design.cgi)
로체스터 대학 의료 센터 매튜 연구소(University of Rochester Medical Center Mathews Lab)의 올리고워크(OligoWalk) siRNA 설계 도구: 이 서버는 주어진 서열이 효율적인 siRNA가 될 수 있는 0과 1 사이의 연속 확률을 제공한다(링크: http://rna.urmc.rochester.edu/cgi-bin/server_exe/oligowalk/oligowalk_form.cgi). 이 확률은 점수로 직접 변환된다.
인비보젠(Invivogen)의 siRNA 마법사 설계 도구: 이 서버는 예측이 이루어지지 않을 때 예측을 효과적인 siRNA, 중간 siRNA 또는 비효과적인 siRNA로 분류한다(링크: https://www.invivogen.com/sirnawizard/design_advanced.php). 이러한 범주는 각각 1, 0.5 또는 0의 점수로 변환된다.
젠스크립트(Genescript)의 siRNA 표적 파인더: 이 서버는 각 예측에 대해 비정규화된 점수를 제공한다(링크: https://www.genscript.com/tools/sirna-target-finder). 점수 값은 최대 예측 점수로 나누어 단일성으로 정규화되었다.
단계 2. 정규화 후, 5개의 서버로부터의 점수를 합산하여 합 S(x)를 산출했다. S(x)는 각 염기 쌍에 점수가 할당되거나 0일 수 있기 때문에 부위마다 매우 다양, 즉 울퉁불퉁하다. S(x)의 울퉁불퉁한 분포를 매끄럽게 하기 위해, 시그마=8bp인 가우시안 필터가 적용되어 매끄러운 핫스팟 점수 HS(x)를 제공한다. (도 24는 RACK1 스플라이싱 후 엑손 mRNA에 대한 HS(x)를 나타내고, 도 25는 스플라이싱 전 RACK1 mRNA의 8개 인트론 영역에 대한 HS(x)를 나타낸다).
단계 3. HS(x)의 피크는 효과적인 siRNA 예측을 제공할 것으로 예측되는 RNA 서열의 영역을 나타낸다.
공지된 siRNA/shRNA가 표 1에 제공되어 있고 이들의 시작 위치는 도 24에 더하기 기호로 표시되어 있다. 산타 크루즈(Santa Cruz) siRNA는 246, 631 및 892에서 시작하는 위치에서 시작하는 mRNA에 결합하는 3개의 서열의 혼합물이다. 괄호 안의 소문자 "(aa)" 서열은 표적 서열이 아니라 안티센스 분자가 siRNA인 경우 통합될 수 있는 돌출부 서열이다.
표 1. 공지된 siRNA/shRNA
RACK1 mRNA에 대해 합성된 siRNA가 표 2에 제공되어 있다. 이들의 상응하는 피크는 도 24에서 별 마커로 표지되어 있다.
표 2. RACK1 mRNA에 대해 합성된 siRNA
표 2-계속
siRNA 표적화 mRNA: 코딩 영역(서열 108-1059) 내에서, 도 24의 다른 중요한 피크는 위치 887, 909, 474, 212, 646, 618, 748, 779, 685, 242, 584, 295, 508, 988, 405, 160 및 178를 포함한다. 해당하는 표적화 서열은 표 3에 나열되어 있다. 서열은 더 높은 HS(x)에서 더 낮은 HS(x)의 순서로 나열된다.
표 3. RACK1 mRNA에 대한 siRNA 설계
표 3-계속
pre-mRNA를 표적으로 하는 siRNA(스플라이스-차단 siRNA): 스플라이스-차단 siRNA는 RACK1 pre-mRNA의 인트론 및 엑스트론 영역의 경계를 결합하도록 설계되었다. 핫스팟 점수 HS(x)는 mRNA와 동일한 방식으로 구성된다. 엑스트론-인트론 경계의 핫스팟 점수를 추출하여 도 25에 나타내었다. 제안된 표적 서열은 표 4와 같다. 서열은 단백질 번역의 5'에서 3' 또는 N-말단에서 C-말단으로 나열된다.
표 4. RACK1 pre-mRNA를 표적으로 하는 siRNA
표 4-계속
음성 대조군 siRNA: 예측 방법의 효과를 테스트하기 위해, 낮은 HS(x) 점수 영역을 음성 대조군으로 사용했다. 도 24의 각 0-점수-영역의 중간은 도 24의 더 넓은에서 더 좁은 0-점수-영역의 순서로 표 5에 나열되어 있다.
표 5. RACK1 mRNA에 대한 siRNA 설계의 음성 대조군
표 5-계속
결과
siR-2 및 siR-3 siRNA 서열은 RACK1을 성공적으로 녹다운시켰다(도 26). HEK293T 세포를 siRNA 형질주입 전날 웰당 250,000개 세포의 밀도로 6-웰 플레이트(ThermoFisher Scientific)에 시딩했다. 제조업체의 지침에 따라 리포펙타민 RNAiMAX 형질주입 시약(ThermoFisher Scientific)을 사용하여 음성 대조군 또는 RACK1 siRNA의 10 μM 스톡을 세포에 도입하여 웰당 25 pmol(또는 10,000개 세포당 1 pmol)의 최종 농도를 달성했다. 형질주입 72시간 후, 세포를 2% SDS에서 용해시킨 후, 총 단백질을 추출하기 위해 15초 동안 30% 전력에서 초음파 처리하였다. 단백질 농도는 BCA 검정(ThermoFisher Scientific)에 의해 결정되었다. 각 샘플에서 10 μg의 단백질을 4-12% NuPAGE SDS-PAGE(ThermoFisher Scientific)에서 분리하고 PVDF 막으로 옮기고 위에서 설명한 대로 RACK1 및 로딩 대조군 α-튜불린에 대해 웨스턴 블롯팅했다. ImageJ를 사용하여 웨스턴 블롯 밴드 강도를 정량화했다. RACK1 강도는 각 레인에서 해당 α-튜불린 강도로 정규화되었다. 그런 다음 각 형질주입의 정규화된 RACK1 강도를 비-형질주입된(UT) 세포와 비교했다.
실시예 3: RACK1의 녹다운은 생체내에서 hTDP-43-유도된 신경변성을 예방한다
실시예 1에 나타낸 바와 같이, 배양된 세포에서 RACK1 녹다운은 다음을 포함하는 다양한 방식으로 hTDP-43 발현에 의해 유발된 표현형을 개선한다: 응집 감소; 핵 국소화 회복; 및 단백질 합성의 TDP-43-유도된 억제 완화. 이러한 발견을 확장하기 위해, RACK1 녹다운에 의한 hTDP43-유도된 독성의 감소가 생체 내 살아있는 네트워크에서 기능하는 뉴런에서도 발생한다는 것이 여기에서 추가로 입증되었다.
모듈화된 표적 발현을 가능하게 하는 초파리 멜라노가스터(Drosophila melanogaster) 발현 시스템을 사용하였다. UAS-Gal4 발현 시스템(Rodriguez et al., 2012; 도 27a 및 27b에 설명)을 사용하여, 관심 대립유전자의 발현은 GMR 프로모터에 의해 구동되어 뉴런 변성 판독을 위해 널리 사용되는 세포 집단인 망막 뉴런으로의 발현을 크게 제한한다. 인간 TDP43 대립유전자 야생형(WT) 및 ALS-관련 점 돌연변이(Q331K)(Elden et al. 2010)가 사용되었다. 망막 뉴런에서 RACK1-RNAi의 존재 또는 부재하에 WT 또는 Q331K를 발현하는 파리가 생성되었다(도 27b).
도 27a를 참조하면, 일반적으로 파리의 한 계통은 단백질 Gal4의 발현을 구동하는 선택된 세포 집단에 특이적인 프로모터로 구성된 이식유전자를 보유한다. 별도의 안정적인 파리 계통은 단백질-코딩 또는 RNAi일 수 있는 관심 서열의 발현을 구동하기 위해 업스트림 활성화 서열(UAS)을 갖는 이식유전자를 보유한다. UAS는 활성화되어 있지 않으며, 이 파리는 이식유전자를 발현하지 않는다. 그러나 이 두 계통의 파리가 교배되어 각 이식유전자의 하나의 사본을 가진 자손을 생성하면 F1 파리는 관심 있는 세포에서만 Gal4 단백질을 생성하고 UAS에 결합하여 활성화하고 관심 유전자/표적의 생산을 켠다(Rodriguez et al., 2012). 도 27b를 참조하면, 망막 뉴런에서 Gal4를 발현하는 GMR-Gal4 드라이버 계통(Bloomington Drosophila Stock Center(BDSC) 라인 #9146에서 획득)을 사용하고 5개의 UAS 계통 중 하나와 교차시켰다:
1) UAS-hTDP43WT(Elden et al., 2010; BDSC #79587에서 획득)
2) UAS-hTDP43Q331K(Elden et al., 2010; BDSC #79590에서 획득)
3) UAS-RACK1-RNAi(Perkins et al., 2015; BDSC #60399에서 획득)
4) 1이 3과 같은 염색체 상에 재조합
5) 2가 3과 같은 염색체 상에 재조합
이들 교배는 망막 뉴런에서 RACK1-RNAi가 있거나 없이 야생형 또는 돌연변이 hTDP43을 발현하거나 발현하지 않는 파리를 생산한다. RNAi 제조에 사용된 짧은 헤어핀 RNA는 헤어핀 ID # SH047-D12를 가지며; 정방향 올리고는 CAAGACCATCAAGCTGTGGAA(서열번호: 76)이고 역방향 올리고는 TTCCACAGCTTGATGGTCTTG(서열번호: 77)이다. 부모 계통은 각 이식유전자에 대해 이형접합성이고 마커가 있는 균형 염색체도 가지고 있기 때문에 드라이버만 또는 구동되지 않은 UAS 이식유전자만 보유하는 실험 파리의 형제 자매도 생산된다. 이 파리는 대조군으로 사용된다.
각 유전자형의 파리 코호트를 성인기의 처음 6일 동안 모니터링하고(A1 내지 A6), 망막 뉴런 변성에 대해 매일 점수를 매겼다. 다양한 유전자형의 대조군 파리는 정상적인 눈 형태에 대한 기준선을 제공한다. 대표적인 사진이 도 28a 내지 도 28l에 도시되어 있고, 통계적 분석을 통한 상세한 수치는 도 29 및 하기 표 6 및 7에 나타내었다. 경미한 변성을 보이는 눈의 경우, 복안은 배쪽 변연(화살표)이 없는 경우가 많으며, 변성이 없는 눈에서는 이 변연이 명백히 손상되지 않는다. 또한 죽어가는 복안의 어두운 점이 관찰될 수 있다.
도 28a, 28e, 28i(좌측 열)에 도시된 바와 같이, hTDP43WT는 A1(도 28a)에서 경미한 신경변성을 유발하며, 이는 A6(도 28e)에 지속되고 대조군에서는 존재하지 않는다(도 28i). 도 28b, 28f, 28j(두 번째 열)에 도시된 바와 같이, hTDP43WT와 RACK1-RNAi를 공동-발현하는 파리는 대조군(도 28j)과 구별할 수 없는 A1(도 28b) 또는 A6(도 28f)에서 변성이 없다. 도 28c, 28g, 28k(세 번째 열)에 도시된 바와 같이, hTDP43Q331K는 A1에서 경미한 변성을 유발하지만(도 28c), 시간이 지남에 따라 악화되어 A6에서 일부 경증(도 28g) 및 일부 중등도(도 28k) 사례를 초래한다. RACK1-RNAi가 hTDP43Q331K와 공동-발현될 때, 변성은 A1(도 28d)에서 A6(도 28h)으로 경미하게 유지된다. 도 28l은 RACK1-RNAi 단독의 GMR 발현이 표현형을 유발하지 않는다는 것을 보여주는 추가 대조군이다. 파리는 문헌(Li et al., 2010)에서 발표한 시스템에 따라 점수를 매겼다; 0= 정상; 1= <25%의 복안 손실; 2= 25-50% 복안 손실; 3= 50-75%의 복안 소실과 작은 괴사 영역(검은 반점); 4 = >75% 복안 소실과 괴사의 거대한 영역. 각 패널에서 오른쪽 상단의 숫자는 해당 눈이 받은 점수를 나타낸다.
망막 변성의 정량화를 도 29에 나타내었다. 표 6은 파리눈에 대한 신경변성 점수의 결과를 나타낸다.
표 6: 파리눈에 대한 신경변성 점수
유전자형 당 대략 50마리의 파리를 매일 점수를 매겼다. 실험 파리의 경우, 3개의 행은 A1 내지 A6일 각각에 0, 1 또는 2의 점수를 받은 파리의 비율을 나타낸다. 100% GMR > hTDP43WT는 매일 1점을 받은 반면, 100% GMR > hTDP43WT RACK1-RNAi는 매일 0점을 받았다. GMR > hTDP43Q331K 파리는 모두 A1 및 A2에서 1점을 받았지만, 그 다음 날에는 2점으로 증가하는 비율이 악화되었다. GMR > hTDP43Q331K RACK1-RNAi는 모두 A1-A6에서 1점을 받았다. 다양한 대조군은 모든 나이대에서 0점을 받았다. 표 7에 나타난 바와 같이, 카이-제곱 테스트(Chi-squared test)는 쌍별 비교로 수행되었으며, p 값이 매우 낮으면 표시된 모든 코호트 쌍이 서로 상당히 상이하다는 것을 보여준다: hTDP43WT는 대조군과 상이하다(라인 1); 돌연변이 TDP43은 WT(라인 3)와 상이하고; 및 RACK1-RNAi의 첨가는 hTDP43WT(라인 2)와 hTDP43Q331K(라인 4) 모두에 상당한 차이를 만든다. 도 29에서 GMR > hTDP43Q331K(나이에 따라 악화되는 유일한 유전자형)에 대한 카플란-마이어 곡선은 주어진 날에 점수가 1로 유지되는 파리의 백분율을 보여준다. 이는 GMR > hTDP43Q331K RACK1-RNAi와 비교하여 표시되며, 이로부터 매우 크게 다르다(Log-순위 테스트: p=0.002. 오차 막대는 95% 신뢰 구간이다).
표 7: 카이-제곱 테스트
망막 뉴런에서 hTDP-43WT를 발현하는 모든 파리는 공개된 발견(Elden et al., 2010)을 복제하는 가벼운 신경변성을 나타내는 것으로 밝혀졌다. 이것은 A1(도 28a)에서 명백했고 다음 5일 동안 변하지 않았다(도 28e, 및 표 6 및 7, 맨 위 행). 현저한 대조로, RACK1-RNAi를 hTDP-43WT와 공동 발현하는 파리의 100%는 모든 나이에서 변성이 없는 정상적인 눈 형태를 나타내었다(도 28b, 28f, 표 6 및 7, 두 번째 행). 따라서 RACK1 녹다운은 hTDP-43WT-유발된 변성을 완전히 구제한다. 돌연변이 hTDP-43Q331K의 발현은 또한 파리의 100%에서 망막 뉴런 변성을 야기하였다(도 28c, 28g, 28k). 이는 hTDP-43WT 발현으로 인한 것보다 더 심각하고 시간이 지남에 따라 상당히 악화되어(표 6 및 7, 세 번째 행, 도 29), 질병의 두 가지 특징을 모델링한다. 대조적으로, RACK1-RNAi를 hTDP-43Q331K와 공동 발현하는 파리는 A1에서 A6까지 온화한 상태를 유지하는 가벼운 변성을 나타내었다(도 2d, 2h, 표 6 및 7, 네 번째 행, 도 29). 따라서 RACK1 녹다운은 hTDP-43Q331K로 인한 시간 경과에 따른 신경 퇴행의 악화를 완전히 방지한다.
실시예 4: 안티센스 올리고뉴클레오티드
인간 RACK1 mRNA에 결합하는 안티센스 올리고뉴클레오티드(ASO)가 생성되었고 표 8에 상세되어 있다. 염기에 대한 변형은 다음과 같다. ASO는 모든 염기 사이에 포스포로티오에이트 결합을 가지고 있다. 2'-O-메톡시에틸(2'-MOE) 변형은 '갭머' 구조를 형성하기 위해 중간에 10개의 DNA 염기가 있는 각 끝에 5개의 RNA 염기에 사용된다. ASO 서열이 RACK1에 결합하는 mRNA 시작 위치가 표시된다. ASO 서열이 DNA로 표시될 수 있지만, 티미딘(T)이 우라실(U)인 RNA도 고려된다.
표 8: ASO 서열
실시예 5: 안티센스 올리고뉴클레오티드의 시험관내 및 생체내 연구
세포 배양
실시예 4에 기재된 ASO #1 내지 #10을 인간-유래 야생형 HeLa 세포에서 테스트하였다. 세포는 10% 소 태아 혈청, GlutaMaxTM-1(2 mM), 페니실린(50 U/ml) 및 스트렙토마이신(50 mg/ml)이 보충된 둘베코의 변형 이글 배지(DMEM)에서 37℃, 5% CO2에서 배양되었다. ASO 처리 하루 전, 미경험 세포를 1 ml 배지에서 75,000개 세포/웰의 밀도로 12-웰 플레이트(Corning™ Costar™ Flat Bottom Cell Culture Plates, ThermoFisher Scientific)에 시딩하고 밤새 성장시켜 20-30% 합류에 도달했다.
ASO 처리
실시예 4에 기재된 250 nM, 500 nM, 또는 1 μM의 ASO #1 내지 #10을 1 μM ASO당 5 μl RNAiMAX의 비율로 리포펙타민 RNAiMAX 형질주입 시약(ThermoFisher Scientific)을 사용하여 세포에 도입하였다. 용해될 때까지 72시간 동안 ASO/RNAiMAX 복합체를 함유하는 새로운 배지와 함께 세포를 인큐베이션하였다.
단백질 추출 및 면역블롯팅
세포를 빙냉 PBS로 2회 세척하고, 2% SDS에 용해시키고, 10초 동안 25% 진폭에서 초음파 처리하였다. 용해물을 10분 동안 14,000 RPM에서 원심분리하여 정화하고 단백질 농도를 BCA(ThermoFisher Scientific)로 결정했다. 3-5 ug*의 각 샘플을 4-12% NuPAGE 비스-트리스 SDS-PAGE(ThermoFisher Scientific)에서 분리하고 PVDF 막으로 옮기고 표준 절차에 따라 웨스턴 블로팅을 수행했다. 다음 1차 항체를 웨스턴 블롯팅에 사용했다: RACK1(BD Biosciences, 1:1,000) 및 로딩 대조군 α-튜불린(Protein Tech, 1:20,000). 밴드 강도는 ImageJ를 사용하여 정량화되었다. 결과를 도 30 및 도 31에 나타내었다. 알 수 있는 바와 같이, 비처리 세포와 비교하여, 특히 ASO #4, #9 또는 #10으로 처리된 세포에서 ASO-처리된 세포에서 RACK1 발현의 감소가 관찰된다. ASO #4는 낮은 용량(0.25 μM)에서 RACK1 발현을 감소시키는 데 효과적이었기 때문에 높은 용량(0.5 μM 또는 1 μM)에서는 조사되지 않았다.
생체내 연구
ASO #9 및 #10이 연구를 위해 선택되었다. 1.0 uL 부피의 ASO 200 uM을 마우스 6마리의, 즉 ASO #9 또는 ASO #10, 또는 음성 대조군 ASO에 대해 즉 각 ASO에 대해 2마리씩 오른쪽 선조체에 일방적으로 직접 주사했고, 각 마우스 뇌의 왼쪽 선조체는 주입되지 않은 대조군 역할을 한다. 주사 후 7일에, 선조체를 미세 해부하고 프로테아제 및 포스파타제 억제제 칵테일(Thermo)이 보충된 200 ul의 방사선면역침전 검정(RIPA) 완충액(50mM 트리스 pH7.5; 150 mM NaCl; 1% 트리톤-X-100; 1% 데옥시콜산, 0.1% SDS, 1 mM EDTA)에서 기립 균질화기를 사용하여 균질화하였다, 샘플을 14,000 rpm에서 5분 동안 4℃에서 원심분리하고 상청액의 단백질 농도를 BCA로 추정했다. 25 ug의 각 샘플을 4-12% NuPage SDS-PAGE에서 분리했다. 웨스턴 블로팅 분석을 위해, RACK1(BD Biosciences, 1:1,000), α-튜불린(로딩 대조군, ProteinTech, 1:50,000) 항체를 사용했다. ImageJ는 밴드 강도를 정량화하는 데 사용되었다.
오른쪽 선조체에 ASO #9 또는 ASO #10의 주입은 웨스턴 블롯에 의해 측정되고 튜불린 발현으로 정규화되는 대조군 ASO의 주입과 비교하여 더 적은 RACK1을 생성하였다.
본 출원이 현재 바람직한 실시예로 간주되는 것을 참조하여 설명되었지만, 본 출원은 개시된 실시예에 제한되지 않는다는 것을 이해해야 한다. 반대로, 본 출원은 첨부된 청구범위의 사상 및 범위 내에 포함된 다양한 수정 및 등가 배열을 포함하도록 의도된다.
모든 간행물, 특허 및 특허 출원은 마치 각각의 개별 간행물, 특허 또는 특허 출원이 그 전체가 참고로 포함되는 것으로 구체적이고 개별적으로 표시된 것처럼 동일한 정도로 그 전체가 참고로 본원에 포함된다. 구체적으로, 예를 들어 표 또는 다른 곳에서 제공된 등록 번호 및/또는 바이오마커 서열(예를 들어, 단백질 및/또는 핵산)을 포함하는 본원에 제공된 각각의 등록 번호와 관련된 서열은 그 전체가 참고로 포함된다.
청구범위의 범위는 바람직한 구현양태 및 실시예에 의해 제한되어서는 안 되며, 전체적으로 설명과 일치하는 가장 넓은 해석이 주어져야 한다.
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 27
aaccacauca cuaacaaag 19
<210> 28
<211> 19
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 28
uauuugcaca cacccaggg 19
<210> 29
<211> 19
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 29
acagagucug gccaucagc 19
<210> 30
<211> 19
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 30
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<210> 31
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 31
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<210> 32
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 32
aucauguccg ggaacugcg 19
<210> 33
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 33
uuuagaggga aagaucauu 19
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Construct
<400> 34
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Construct
<400> 35
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 36
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Construct
<400> 37
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Construct
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Construct
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Construct
<400> 40
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Construct
<400> 41
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Construct
<400> 42
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Construct
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<223> Synthetic Construct
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<223> Synthetic Construct
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Construct
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<223> Synthetic Construct
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Construct
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ttttacctcc tttagataa 19
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<213> Homo Sapiens
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Construct
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<223> Synthetic Construct
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uuaucuaaag gagguaaaa 19
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<212> RNA
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<223> Synthetic Construct
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cucuaaaucc uggggaaca 19
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 55
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<223> Synthetic Construct
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cacaagacac ccacucuga 19
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Construct
<400> 65
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ccgccaugac ugagcagau 19
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ccugcgccuc ugggaucuc 19
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ucagaguggg ugucuugug 19
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<212> RNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Construct
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
<400> 74
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<213> Homo Sapiens
<400> 75
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 76
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 77
ttccacagct tgatggtctt g 21
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 79
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 80
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 81
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 84
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 86
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 87
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 88
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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cgaagggtca tctgctcagt 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<400> 98
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<220>
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<220>
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 115
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<210> 116
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 116
tccgggaact gcggggtagt 20
<210> 117
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 117
gtccgggaac tgcggggtag 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 118
tgtccgggaa ctgcggggta 20
<210> 119
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 119
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 120
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<210> 121
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 121
tcatgtccgg gaactgcggg 20
<210> 122
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 122
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<210> 123
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 123
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<210> 124
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 124
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 125
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 126
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 127
gagaggatca tgtccgggaa 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 129
cggagaggat catgtccggg 20
<210> 130
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 130
gcggagagga tcatgtccgg 20
<210> 131
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 131
ggcggagagg atcatgtccg 20
<210> 132
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 132
aggcggagag gatcatgtcc 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 133
gaggcggaga ggatcatgtc 20
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<211> 20
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 135
gagaggcgga gaggatcatg 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 136
cgagaggcgg agaggatcat 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 137
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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tggtcagttt ccacatgatg 20
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ctggtcagtt tccacatgat 20
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<213> Artificial Sequence
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<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 174
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 176
tcagaggaga aggccacact 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 177
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<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 179
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 180
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 181
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 182
cggttgtcag aggagaaggc 20
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 183
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 184
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 185
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 188
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 193
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 194
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 195
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 197
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 200
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 201
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 202
ctcgagatcc agagacaatc 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 203
tctcgagatc cagagacaat 20
<210> 204
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 204
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<210> 205
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 205
tatctcgaga tccagagaca 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 206
ttatctcgag atccagagac 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 208
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<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 209
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<210> 210
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 210
ggttttatct cgagatccag 20
<210> 211
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 211
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<210> 212
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 212
gctgctgttg ggcgagaagc 20
<210> 213
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 213
tgctgctgtt gggcgagaag 20
<210> 214
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 214
ttgctgctgt tgggcgagaa 20
<210> 215
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 215
gttgctgctg ttgggcgaga 20
<210> 216
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 216
ggttgctgct gttgggcgag 20
<210> 217
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 217
gggttgctgc tgttgggcga 20
<210> 218
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 218
agggttgctg ctgttgggcg 20
<210> 219
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 219
tagggttgct gctgttgggc 20
<210> 220
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 220
atagggttgc tgctgttggg 20
<210> 221
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 221
gatagggttg ctgctgttgg 20
<210> 222
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 222
tgatagggtt gctgctgttg 20
<210> 223
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 223
atgatagggt tgctgctgtt 20
<210> 224
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 224
gatgataggg ttgctgctgt 20
<210> 225
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 225
cgatgatagg gttgctgctg 20
<210> 226
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 226
gacgatgata gggttgctgc 20
<210> 227
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 227
agacgatgat agggttgctg 20
<210> 228
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 228
gagacgatga tagggttgct 20
<210> 229
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 229
ggagacgatg atagggttgc 20
<210> 230
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 230
aggagacgat gatagggttg 20
<210> 231
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 231
caggagacga tgatagggtt 20
<210> 232
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 232
acaggagacg atgatagggt 20
<210> 233
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 233
cacaggagac gatgataggg 20
<210> 234
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 234
ccacaggaga cgatgatagg 20
<210> 235
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Oligonucleotide
<400> 235
gccacaggag acgatgatag 20
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<211> 20
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<223> Synthetic Oligonucleotide
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<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
<400> 300
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<213> Homo Sapiens
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actgagcaga tgacccttcg 20
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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atcgctacta ccccgcagtt 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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tcgctactac cccgcagttc 20
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<213> Homo Sapiens
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cgctactacc ccgcagttcc 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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gctactaccc cgcagttccc 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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ctactacccc gcagttcccg 20
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<213> Homo Sapiens
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tactaccccg cagttcccgg 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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actaccccgc agttcccgga 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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ctaccccgca gttcccggac 20
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<213> Homo Sapiens
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taccccgcag ttcccggaca 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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accccgcagt tcccggacat 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 331
ccccgcagtt cccggacatg 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 332
cccgcagttc ccggacatga 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 333
cgcagttccc ggacatgatc 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 334
gcagttcccg gacatgatcc 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 335
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 336
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 337
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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ttcccggaca tgatcctctc 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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tcccggacat gatcctctcc 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 340
cccggacatg atcctctccg 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 341
ccggacatga tcctctccgc 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 342
cggacatgat cctctccgcc 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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ggacatgatc ctctccgcct 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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gacatgatcc tctccgcctc 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 345
acatgatcct ctccgcctct 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 346
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 351
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 352
atcatgtgga aactgaccag 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 353
tcatgtggaa actgaccagg 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 354
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
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<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
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<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
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<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<213> Homo Sapiens
<400> 446
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 447
tatcatcgtc tcctgtggct 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 448
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 450
catcgtctcc tgtggctggg 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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atcgtctcct gtggctggga 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 452
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 453
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 454
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 455
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 456
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 457
tgggacaagc tggtcaaggt 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 458
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<210> 459
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 460
gacaagctgg tcaaggtatg 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 462
caagctggtc aaggtatgga 20
<210> 463
<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 463
aagctggtca aggtatggaa 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 464
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 465
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 466
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 467
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 468
aacctggcta actgcaagct 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 472
ccacattggc cacacaggct 20
<210> 473
<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 473
cacattggcc acacaggcta 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 474
acattggcca cacaggctat 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 475
cattggccac acaggctatc 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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attggccaca caggctatct 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 477
ttggccacac aggctatctg 20
<210> 478
<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 478
tggccacaca ggctatctga 20
<210> 479
<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 479
ggccacacag gctatctgaa 20
<210> 480
<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 480
gccacacagg ctatctgaac 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 481
ccacacaggc tatctgaaca 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 482
cacacaggct atctgaacac 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 483
acacaggcta tctgaacacg 20
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<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 484
cacaggctat ctgaacacgg 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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caggctatct gaacacggtg 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
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aggctatctg aacacggtga 20
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<213> Homo Sapiens
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ggctatctga acacggtgac 20
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<213> Homo Sapiens
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gctatctgaa cacggtgact 20
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ctatctgaac acggtgactg 20
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tatctgaaca cggtgactgt 20
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atctgaacac ggtgactgtc 20
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tctgaacacg gtgactgtct 20
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<213> Homo Sapiens
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ctgaacacgg tgactgtctc 20
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tgaacacggt gactgtctct 20
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gaacacggtg actgtctctc 20
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aacacggtga ctgtctctcc 20
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acacggtgac tgtctctcca 20
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<400> 498
cacggtgact gtctctccag 20
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<213> Homo Sapiens
<400> 499
acggtgactg tctctccaga 20
<210> 500
<211> 1140
<212> DNA
<213> Homo Sapiens
<400> 500
ctctctttca ctgcaaggcg gcggcaggag aggttgtggt gctagtttct ctaagccatc 60
cagtgccatc ctcgtcgctg cagcgacaca cgctctcgcc gccgccatga ctgagcagat 120
gacccttcgt ggcaccctca agggccacaa cggctgggta acccagatcg ctactacccc 180
gcagttcccg gacatgatcc tctccgcctc tcgagataag accatcatca tgtggaaact 240
gaccagggat gagaccaact atggaattcc acagcgtgct ctgcggggtc actcccactt 300
tgttagtgat gtggttatct cctcagatgg ccagtttgcc ctctcaggct cctgggatgg 360
aaccctgcgc ctctgggatc tcacaacggg caccaccacg aggcgatttg tgggccatac 420
caaggatgtg ctgagtgtgg ccttctcctc tgacaaccgg cagattgtct ctggatctcg 480
agataaaacc atcaagctat ggaataccct gggtgtgtgc aaatacactg tccaggatga 540
gagccactca gagtgggtgt cttgtgtccg cttctcgccc aacagcagca accctatcat 600
cgtctcctgt ggctgggaca agctggtcaa ggtatggaac ctggctaact gcaagctgaa 660
gaccaaccac attggccaca caggctatct gaacacggtg actgtctctc cagatggatc 720
cctctgtgct tctggaggca aggatggcca ggccatgtta tgggatctca acgaaggcaa 780
acacctttac acgctagatg gtggggacat catcaacgcc ctgtgcttca gccctaaccg 840
ctactggctg tgtgctgcca caggccccag catcaagatc tgggatttag agggaaagat 900
cattgtagat gaactgaagc aagaagttat cagtaccagc agcaaggcag aaccacccca 960
gtgcacctcc ctggcctggt ctgctgatgg ccagactctg tttgctggct acacggacaa 1020
cctggtgcga gtgtggcagg tgaccattgg cacacgctag aagtttatgg cagagcttta 1080
caaataaaaa aaaaactggc ttttctgact tttaggtttt tttttcttat atgcaaaaaa 1140
1140
<210> 501
<211> 19
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 501
ccuuuacacg cuagauggu 19
<210> 502
<211> 18
<212> RNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> Synthetic Construct
<400> 502
accaucuagc guguamgg 18
Claims (72)
- 서열번호: 1-16, 49-51 및 289-499 중 어느 하나로부터 선택된 핵산 표적 서열의 적어도 일부에 상보적인 부분을 포함하고, 바람직하게는 상기 핵산 표적 서열은 서열번호: 292, 297, 298, 2 및 3 중 어느 하나로부터 선택되는, 올리고머 화합물.
- 제 1항에 있어서, 상기 올리고머 화합물의 길이가 14개 내지 40개의 뉴클레오티드인, 올리고머 화합물.
- 제 1항 또는 제 2항에 있어서, 상기 핵산 표적 서열이 서열번호: 2-6, 8, 10-16, 49-51, 292-294 및 296-489 중 어느 하나로부터 선택되는, 올리고머 화합물.
- 제 1항 또는 제 2항에 있어서, 상기 핵산 표적 서열이 서열번호: 2-6, 8, 10-16, 292-294 및 296-298 중 어느 하나로부터 선택되는, 올리고머 화합물.
- 제 1항 또는 제 2항에 있어서, 상기 핵산 표적 서열이 서열번호: 2, 3, 292, 297 및 298 중 어느 하나로부터 선택되는, 올리고머 화합물.
- 제 1항 또는 제 2항에 있어서, 상기 부분은 상기 핵산 표적 서열에 상보적이고, 상기 핵산 표적 서열은 서열번호: 2-6, 8, 10-16, 49-51, 292-294 및 296-489중 어느 하나로부터 선택된 서열이거나 이를 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 1항 또는 제 2항에 있어서, 상기 부분은 상기 핵산 표적 서열에 상보적이고, 상기 핵산 표적 서열은 서열번호: 2-6, 8, 10-16, 49-51, 292-294 및 296-298중 어느 하나로부터 선택된 서열이거나 이를 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 1항 또는 제 2항에 있어서, 상기 부분은 상기 핵산 표적 서열에 상보적이고, 상기 핵산 표적 서열은 서열번호: 2, 3, 292, 297 및 298중 어느 하나로부터 선택된 서열이거나 이를 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 1항 내지 제 8항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고머 화합물은 RNA, DNA 또는 DNA/RNA 혼합물이거나 이를 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 1항 내지 제 9항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 변형된 뉴클레오티드를 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 9항에 있어서, 다수의 변형된 뉴클레오티드를 포함하고, 임의로 상기 부분의 뉴클레오티드의 모두가 변형된 뉴클레오티드인, 올리고머 화합물.
- 제 10항 또는 제 11항에 있어서, 상기 변형이 리보스 당의 2' 위치에서의 화학적 변형인, 올리고머 화합물.
- 제 12항에 있어서, 상기 화학적 변형이 2'O-메틸(2'-O-Me), 2'-O-메톡시에틸(2'O-MOE), 2'플루오로(2'F) 및 2'-O,4'-C 메틸렌 가교로부터 선택되는, 올리고머 화합물.
- 제 1항 내지 제 3항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고머 화합물이 적어도 하나의 변형된 뉴클레오시드간 연결을 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 14항에 있어서, 상기 변형된 뉴클레오시드간 연결이 포스포로티오에이트 연결 또는 포스포르아미데이트 연결인, 올리고머 화합물.
- 제 10항 내지 제 15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고머 화합물이 다수의 잠금 핵산 단량체(LNAM)를 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 1항 내지 제 16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고머 화합물이 단일 가닥 DNA, RNA 또는 DNA/RNA 하이브리드인, 올리고머 화합물.
- 제 1항 내지 제 16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고머 화합물이 이중 가닥 DNA, RNA 또는 DNA/RNA 하이브리드인, 올리고머 화합물.
- 제 1항 내지 제 18항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고머 화합물이 안티센스 올리고뉴클레오티드, 항-RACK1 작은 간섭 RNA(siRNA) 또는 짧은 헤어핀 RNA(shRNA) 작제물인, 올리고머 화합물.
- 제 1항 내지 제 19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 부분이 서열번호: 17-32, 52-54 및 78-288 중 어느 하나의 서열을 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 1항 내지 제 19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 부분이 서열번호: 18-22, 24, 26-32, 52-54 및 78-288 중 어느 하나의 서열을 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 1항 내지 제 19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 부분이 서열번호: 18-22, 24, 26-32, 52-54, 81-83 및 85-87 중 어느 하나의 서열을 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 1항 내지 제 19항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 부분이 서열번호: 18, 19, 81, 86 및 87 중 어느 하나의 서열을 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 19항 내지 제 23항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고머 화합물이 안티센스 올리고뉴클레오티드인, 올리고머 화합물.
- 제 24항에 있어서, 상기 안티센스 올리고뉴클레오티드가 잠금 핵산(LNA), 모르폴리노 올리고뉴클레오티드, 갭머 또는 혼합체, 임의로 LNA/RNA 혼합체인, 올리고머 화합물.
- 제 25항에 있어서, 상기 부분이 서열번호: 78-288 중 어느 하나의 서열을 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 28항에 있어서, 상기 부분이 서열번호: 81-83 및 85-288 중 어느 하나의 서열을 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 30항에 있어서, 상기 부분이 서열번호: 81, 86 및 87 중 어느 하나의 서열을 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 28항에 있어서, 상기 부분이 서열번호: 81이거나 이를 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 28항에 있어서, 상기 부분이 서열번호: 86이거나 이를 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 28항에 있어서, 상기 부분이 서열번호: 87이거나 이를 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 24항 내지 제 31항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 올리고뉴클레오티드가 다수의 RNA 뉴클레오티드가 플랭킹된 다수의 DNA 뉴클레오티드를 포함하는 갭머인, 올리고머 화합물.
- 제 32항에 있어서, 상기 갭머가 양쪽에 5개의 RNA 뉴클레오티드가 플랭킹된 10개의 DNA 뉴클레오티드를 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 32항에 있어서, RNA 뉴클레오티드 중 하나 이상이 2'O-MOE 변형을 포함하고, 임의로 모든 RNA 뉴클레오티드가 2'O-MOE 변형을 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 24항 내지 제 34항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 부분이 하나 이상의 포스포로티오에이트 뉴클레오시드간 연결을 포함하고, 임의로 모든 뉴클레오시드간 연결이 포스포로티오에이트 연결인, 올리고머 화합물.
- 제 19항 내지 제 23항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고머 화합물이 작은 간섭 RNA(siRNA)이고 상기 부분이 가이드 가닥인, 올리고머 화합물.
- 제 36항에 있어서, 상기 가이드 가닥이 서열번호: 17-32 및 52-54 중 어느 하나의 서열을 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 36항 또는 제 37항에 있어서, 상기 핵산 표적 서열이 RACK1 표적 서열의 2개 이상의 추가의 인접 잔기, 임의로 19 내지 30개, 또는 그 사이의 임의의 수의 RACK1 표적 서열 잔기를 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 36항 내지 제 38항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 가이드 가닥이 2개 이상의 추가의 비-표적 잔기를 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 37항에 있어서, 상기 가이드 가닥이 3'AU 돌출부가 있는 서열번호: 18; 3'AC 돌출부가 있는 서열번호: 19 또는 3'gu 돌출부가 있는 서열번호: 19의 서열을 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 40항에 있어서, 상기 올리고머 화합물이 이중 가닥이고 3'au 돌출부가 있는 서열번호: 40 및 3'AU 돌출부가 있는 서열번호: 18의 서열을 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 40항에 있어서, 상기 올리고머 화합물이 이중 가닥이고 3'gu 돌출부가 있는 서열번호: 35 및 3'gu 돌출부가 있는 서열번호: 19의 서열을 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 36항 내지 제 42항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 가이드 가닥이 21-25개의 잔기이고 임의로 상기 올리고머 화합물이 상기 가이드 가닥에 상보적인 패신저 가닥을 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 19항 내지 제 23항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고머 화합물이 shRNA인, 올리고머 화합물.
- 제 44항에 있어서, 상기 shRNA가 5'-3': GAACUGAAGCAAGAAGUUAUC(서열번호: 34)(루프)GAUAACUUCUUGCUUCAGUUC(서열번호: 18) 또는 5'-3': CUCUGGAUCUCGAGAUAAA(서열번호: 35)(루프)UUUAUCUCGAGAUCCAGAG(서열번호: 19)를 포함하는 서열을 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 1항 내지 제 46항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 세포 투과 모이어티를 추가로 포함하는, 올리고머 화합물.
- 제 47항에 있어서, 상기 하나 이상의 세포 투과 모이어티가 당, 바람직하게는 N-아세틸갈락토사민, 지질, 바람직하게는 콜레스테롤, 항체 또는 이의 단편, 바람직하게는 Fab 단편, 앱타머 또는 펩티드인, 올리고머 화합물.
- 제 1항 내지 제 46항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 올리고머 화합물이 벡터, 예를 들어 플라스미드, 또는 렌티바이러스 벡터, 아데노바이러스 벡터 또는 아데노-관련 바이러스(AAV) 벡터와 같은 바이러스 벡터에 포함되는, 올리고머 화합물.
- 제 1항 내지 제 45항 중 어느 한 항의 올리고머 화합물을 포함하는, 벡터.
- 제 49항에 있어서, 상기 벡터가 플라스미드 및 바이러스 벡터, 임의로 아데노-관련 바이러스(AAV), 아데노바이러스, 렌티바이러스 또는 γ-레트로바이러스 벡터로부터 선택되는, 벡터.
- 제 1항 내지 제 48항 중 어느 한 항의 올리고머 화합물, 또는 제 49항 또는 제 50항의 벡터를 포함하고, 임의로 희석제를 포함하는, 조성물.
- 제 51항에 있어서, 리포솜, 나노입자 또는 나노솜과 같은 지질 입자를 포함하는, 조성물.
- 제 51항 또는 제 52항에 있어서, 다중 올리고머 화합물, 예를 들어 2, 3, 4 또는 그 이상을 포함하는, 조성물.
- 제 51항 내지 제 53항 중 어느 한 항에 있어서, RACK1을 표적화하기 위한 다른 안티센스 분자를 추가로 포함하는, 조성물.
- 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)로부터 임의로 선택되는 TDP43-병증 또는 FUS-병증 신경퇴행성 질병의 치료를 필요로 하는 대상체에서 뉴런, 성상교세포 또는 소교세포에서의 RACK1을 녹다운시키는 단계를 포함하는, 상기 질병을 치료하는 방법.
- RACK1을 표적화하는 하나 이상의 안티센스 분자(들)의 유효량을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하여, 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)로부터 임의로 선택되는 TDP43-병증 또는 FUS-병증 신경퇴행성 질병을 치료하는 방법.
- 제 55항 또는 제 56항에 있어서, 상기 하나 이상의 안티센스 분자가 척수강내, 뇌실내, 비강내, 혈관내 또는 실질내 투여에 의해, 바람직하게는 척수강내 투여에 의해 투여되는, 방법.
- 세포에서 RACK1 수준을 감소시키기에 충분한 양과 충분한 시간 동안 RACK1을 표적으로 하나 이상의 안티센스 분자를 세포에 투여하거나 세포 내로 도입하는 단계를 포함하는, TDP-43 및/또는 FUS 응집을 포함하는 질병 세포와 같은 세포에서 TDP-43 및/또는 FUS 응집을 감소 또는 억제하는 방법.
- 제 58항에 있어서, 상기 양 및/또는 시간이 TDP-43 응집을 감소시키고/시키거나 핵 TDP-43을 회복하기에 충분한 것인, 방법.
- 제 58항에 있어서, 상기 양 및/또는 시간이 FUS 응집을 감소시키고/시키거나 핵 FUS를 회복하기에 충분한 것인, 방법.
- 제 55항 내지 제 60항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 하나 이상의 안티센스 분자(들)가 제 1항 내지 제 48항 중 어느 한 항의 올리고머 화합물 중 하나 이상이거나 이를 포함하고, 임의로 하나 이상의 각각은 제 49항 또는 제 50항의 벡터에 포함되는, 방법.
- 제 55항 내지 제 61항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 하나 이상의 안티센스 분자가 표 1에 열거된 핵산 표적 서열을 표적화하는, 방법.
- 제 55항 내지 제 62항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 하나 이상의 안티센스 분자(들)가 제 51항 내지 제 54항의 상기 언급된 조성물을 통해 도입되는, 방법.
- 제 55항 내지 제 63항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 안티센스 분자 및/또는 조성물이 네이키드이고, 수송 시약과 함께, 또는 안티센스 분자를 발현하는 재조합 플라스미드 또는 바이러스 벡터로서 세포 내로 투여 또는 도입되는, 방법.
- 제 63항에 있어서, 상기 수송 시약이 리포솜, 나노입자 또는 나노솜과 같은 지질 입자를 포함하는, 방법.
- 제 58항 내지 제 65항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 세포가 중추 신경계의 세포, 임의로 뉴런, 성상교세포 또는 소교세포인, 방법.
- 제 58항 내지 제 66항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 세포가 TDP43-병증 또는 FUS-병증 신경퇴행성 질병이 있는 대상체에 있는, 방법.
- 제 67항에 있어서, 상기 TDP43-병증 신경퇴행성 질병이 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)인, 방법.
- 제 67항에 있어서, 상기 FUS-병증 신경퇴행성 질병이 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID) 또는 호염기성 봉입체 질병(BIBD)인, 방법.
- 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)의 치료를 필요로 하는 대상체에서 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)을 치료하거나, 또는 뉴런, 성상세포 또는 소교세포와 같은 세포에서 TDP-43 및/또는 FUS 응집을 감소 또는 억제하기 위한, 하나 이상의 안티센스 분자, 임의로 제 1항 내지 제 48항 중 어느 한 항의 올리고머 화합물, 제 49항 또는 제 50항의 벡터, 및/또는 제 55항 내지 제 69항 중 어느 한 항의 방법의 용도.
- 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)로부터 임의로 선택되는 TDP43-병증 또는 FUS-병증 신경퇴행성 질병의 치료에 사용하기 위한, 안티센스 분자, 제 1항 내지 제 48항 중 어느 한 항의 올리고머 화합물, 제 49항 내지 제 50항의 벡터 또는 제 51항 내지 제 54항 중 어느 한 항의 조성물.
- 근위축성 측삭 경화증(ALS), 알츠하이머병(AD), 전두측두엽 치매(FTLD), 헌팅턴병(HD), 뉴런 중간 필라멘트 봉입 질병(NIFID), 호염기성 봉입체 질병(BIBD) 또는 변연계-우세 연령-관련 TDP-43 뇌병증(LATE)로부터 임의로 선택되는 TDP43-병증 또는 FUS-병증 신경퇴행성 질병의 치료용 약제의 제조를 위한 안티센스 분자, 제 1항 내지 제 48항 중 어느 한 항의 올리고머 화합물, 제 49항 내지 제 50항의 벡터 또는 제 51항 내지 제 54항 중 어느 한 항의 조성물의 용도.
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Publications (1)
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