KR20220107151A - 다가 및 다중특이적 나노입자 플랫폼 및 방법 - Google Patents

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ser
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gly
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진-필리프 줄리엔
디에즈 에두르네 루자스
베빈 트리너
티안티안 짜오
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더 호스피탈 포 식 칠드런
더 가버닝 카운슬 오브 더 유니버시티 오브 토론토
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Abstract

융합 단백질은 나노케이지 단량체의 제1 나노케이지 단량체 서브유닛; 및 제1 나노케이지 단량체 서브유닛에 연결된 생체활성 모이어티를 포함하고; 여기서 상기 융합 단백질은 제2 나노케이지 단량체 서브유닛을 포함하는 단백질과 자가-조립되어 나노케이지 단량체를 형성한다.

Description

다가 및 다중특이적 나노입자 플랫폼 및 방법
본 발명은 나노입자에 관한 것이다. 특히, 본 발명은 나노입자 서브유닛 융합 단백질, 상기 나노입자를 포함하는 백신, 예방제 및 치료제, 및 관련 조성물 및 방법에 관한 것이다.
나노입자는 다양한 분야의 발전에 기여하였다. 이들의 사용은 표적화된 전달을 제공할 가능성이 있으며, 정렬된 마이크로어레이의 조작, 서방출 및 촉매 과정을 위한 케이지화된(caged) 미세환경을 가능하게 한다.
민감하고 준안정한 단백질을 함유하는 나노입자의 제작을 위해 단백질 자가-조립은 매력적인 방법이다. 실제로, 자가-조립된 나노입자는 생리학적 조건 하에 비공유 상호작용을 통해 형성되고 균일하고 종종 대칭적인 나노캡슐 또는 나노케이지를 안정적으로 생성한다. 자가-조립 단백질 나노입자는 추가된 기능을 전달하기 위해 모두 변경될 수 있는 3개의 별개의 표면: 외부, 내부 및 서브유닛 간 표면을 보유한다.
자가-조립 단백질을 포함하는 융합 단백질이 설명되었다. 예를 들어, 이는 백신으로서 사용하기 위해 조립된 나노케이지의 외부 표면에 항원을 표시하는 것으로 공지되어 있다.
나노케이지를 포함하는 개선된 조성물 및 방법에 대한 필요성이 존재한다.
측면에서, 융합 단백질 및 자가-조립 나노케이지뿐만 아니라, 단일 나노입자 상의 다수의 카고(cargo), 예를 들어 동일한 카고 및/또는 상이한 카고의 다수 카피의 제시 및 조정을 가능하게 하는 관련 조성물 및 방법이 본원에서 설명된다. 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 융합 단백질, 나노케이지, 조성물 및 방법은 상이한 카고 분자들의 비를 제어하여, 예를 들어 특정 치료 및/또는 예방 목적을 위해 자가-조립된 나노케이지를 최적화할 수 있도록 한다.
일 측면에 따르면,
나노케이지 단량체의 제1 나노케이지 단량체 서브유닛; 및
제1 나노케이지 단량체 서브유닛에 연결된 생체활성 모이어티
를 포함하는 융합 단백질로서, 상기 융합 단백질이 제2 나노케이지 단량체 서브유닛을 포함하는 단백질과 자가-조립되어 나노케이지 단량체를 형성하는, 융합 단백질이 제공된다.
일 실시양태에서, 생체활성 모이어티는 조립된 나노케이지의 내부 및/또는 외부 표면을 수식한다.
일 측면에서, 생체활성 모이어티는 항체 또는 이의 단편, 항원, 검출가능한 모이어티, 약제, 진단제 또는 이들의 조합을 포함한다.
일 측면에서, 항체 또는 이의 단편은 Fc 단편을 포함한다.
일 측면에서, Fc 단편은 IgG1 Fc 단편이다.
일 측면에서, Fc 단편은 융합 단백질의 반감기를, 예를 들어 수분 또는 수시간으로부터 수일, 수주 또는 수개월로 조절하는 하나 이상의 돌연변이, 예컨대 LS, YTE, LALA 및/또는 LALAP를 포함한다.
일 측면에서, 항체 또는 이의 단편은 Fab 단편을 포함한다.
일 측면에서, 항체 또는 이의 단편은 scFab 단편, scFv 단편 또는 sdAb 단편을 포함한다.
일 측면에서, 항체 또는 이의 단편은 Fab 단편의 중쇄 및/또는 경쇄를 포함한다.
일 측면에서, 항체 또는 이의 단편은 경쇄 및 중쇄 둘 다를 포함하거나, Fc 단편의 경우에, 링커에 의해 임의로 분리된 제1 및 제2 쇄를 포함한다.
일 측면에서, 링커는 다음과 적어도 70%(예컨대, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다:
Figure pct00001
한 측면에서, 융합 단백질은 별도로 생성된 Fab 경쇄 및/또는 중쇄와 회합된다.
일 측면에서, 항체 또는 이의 단편은 항체-예방가능한 및/또는 항체-치료가능한 병태와 연관된 항원에 특이적으로 결합한다.
일 측면에서, 항원은 바이러스(예를 들어, HIV-1을 포함하는 HIV, 인플루엔자, RSV, 로타바이러스), 세균(예를 들어, TB, 씨. 디피실레(C. difficile)) 기생충(예를 들어, 말라리아), 진균 또는 효모를 포함하는 감염원, 고형 암 및 액형 암을 포함하는 암(예를 들어, CD19, CD22, CD79, BCMA, 또는 CD20), 또는 자가면역 질환을 포함하는 면역 질환과 연관된다.
일 측면에서, 항원은 HIV-1과 연관되고, 항체 또는 이의 단편은 예를 들어 이발리주맙-A12P, 10E8, 10E8.v4, N49P7, PGDM1400, 10-1074, VRC01 또는 이들의 조합을 포함한다.
일 측면에서, 항체 또는 이의 단편은 다음과 적어도 70%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다:
Fc 쇄 1:
Figure pct00002
Fc 쇄 2:
Figure pct00003
이발리주맙-A12P 경쇄:
Figure pct00004
이발리주맙-A12P 중쇄:
Figure pct00005
10E8.v4 경쇄:
Figure pct00006
10E8.v4 중쇄:
Figure pct00007
N49P7 경쇄:
Figure pct00008
N49P7 중쇄:
Figure pct00009
PGDM1400 경쇄:
Figure pct00010
PGDM1400 중쇄:
Figure pct00011
또는 이들의 조합.
일 측면에서, 항체 또는 이의 단편은 추가 모이어티, 예컨대 항원, 검출가능한 모이어티(예를 들어, 소분자, 형광 분자, 방사성 동위원소 또는 자기 입자), 약제, 진단제 또는 이들의 조합에 접합되거나 회합된다.
일 측면에서, 항체 또는 이의 단편은 항체-약물 접합체를 포함한다.
일 측면에서, 항원은 백신-예방가능한 및/또는 백신-치료가능한 병태와 연관된다.
일 측면에서, 항원은 바이러스, 세균, 기생충, 진균 또는 효모를 포함하는 감염원, 고형 암 및 액형 암을 포함하는 암, 또는 자가면역 질환을 포함하는 면역 질환과 연관된다.
일 측면에서, 검출가능한 모이어티는 형광 단백질, 예컨대 GFP, EGFP, 아메트린(Ametrine) 및/또는 플라빈-기반 형광 단백질, 예컨대 LOV-단백질, 예컨대 iLOV를 포함한다.
일 측면에서, 약제는 소분자, 펩티드, 지질, 탄수화물 또는 독소를 포함한다.
일 측면에서, 약 3 내지 약 100개의 나노케이지 단량체, 예컨대 24, 32, 또는 60개의 단량체, 또는 약 4 내지 약 200개의 나노케이지 단량체 서브유닛, 예컨대 4, 6, 8, 10, 12, 14, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50개 이상은 임의로 하나 이상의 전체 나노케이지 단량체와 조합되어, 자가조립되어 나노케이지를 형성한다.
일 측면에서, 나노케이지 단량체는 페리틴, 아포페리틴, 엔캡슐린, SOR, 루마진 신타제, 피루베이트 데하이드로게나제, 카복시좀, 볼트 단백질(vault protein), GroEL, 열 충격 단백질, E2P, MS2 외피 단백질, 이들의 단편 및 이들의 변이체로부터 선택된다.
일 측면에서, 나노케이지 단량체는 아포페리틴이다.
일 측면에서, 제1 및 제2 나노케이지 단량체 서브유닛은 아포페리틴의 "N" 영역 및 "C" 영역을 상호교환가능하게 포함한다.
일 측면에서, 아포페리틴의 "N" 영역은 다음과 적어도 70%(예컨대, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다:
Figure pct00012
일 측면에서, 아포페리틴의 "C" 영역은 다음과 적어도 70%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다:
Figure pct00013
일 측면에서, 융합 단백질은 나노케이지 단량체 서브유닛과 생체활성 모이어티 사이에 링커를 추가로 포함한다.
일 측면에서, 링커는 가요성 또는 강성이며 약 1 내지 약 30개의 아미노산 잔기, 예컨대 약 8 내지 약 16개의 아미노산 잔기를 포함한다.
일 측면에서, 링커는 GGS 반복부, 예컨대 1, 2, 3, 4개 이상의 GGS 반복부를 포함한다.
일 측면에서, 링커는 다음과 적어도 70%(예컨대, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다:
ASTASSASSGGGGGGSGGSGGSGGS.
일 측면에서, 융합 단백질은 C-말단 링커를 추가로 포함한다.
일 측면에서, C-말단 링커는 다음과 적어도 70%(예컨대, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다:
GGSGGSGGSGGSGGGASGGS.
일 측면에 따르면, 본원에 기재된 융합 단백질의 한 쌍이 제공되며, 상기 쌍은 자가-조립하여 나노케이지 단량체를 형성하고, 여기서 제1 및 제2 나노케이지 단량체 서브유닛은 상이한 생체활성 모이어티에 융합된다.
일 측면에 따르면, 본원에 기재된 적어도 하나의 융합 단백질, 및 융합 단백질과 자가-조립하여 나노케이지 단량체를 형성하는 적어도 하나의 제2 나노케이지 단량체 서브유닛을 포함하는 나노케이지가 제공된다.
일 측면에 따르면, 본원에 기재된 적어도 하나의 쌍을 포함하는 나노케이지가 제공된다.
일 측면에서, 각각의 나노케이지 단량체는 본원에 기재된 융합 단백질 또는 쌍을 포함한다.
일 측면에서, 나노케이지 단량체의 약 20% 내지 약 80%는 본원에 기재된 융합 단백질 또는 쌍을 포함한다.
일 측면에서, 융합 단백질은 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 상이한 생체활성 모이어티를 포함한다.
일 측면에서, 나노케이지는 본원에 기재된 생체활성 모이어티와 동일하거나 상이할 수 있는 생체활성 모이어티에 임의로 융합된 적어도 하나의 전체 나노케이지 단량체를 포함한다.
일 측면에서, 나노케이지는 다가 및/또는 다중특이적이다.
일 측면에서, 나노케이지는 본원에 기재된 제1, 제2 및 제3 융합 단백질, 및 생체활성 잔기에 임의로 융합된 적어도 하나의 전체 나노케이지 단량체를 포함하고, 여기서 제1, 제2 및 제3 융합 단백질 및 전체 나노케이지 단량체의 생체활성 모이어티는 모두 서로 상이하다.
일 측면에서, 제1, 제2 및 제3 융합 단백질은 각각 N-페리틴 또는 C-페리틴에 융합된 항체 또는 이의 단편을 포함하고, 여기서 제1, 제2 및 제3 융합 단백질 중 적어도 하나는 N-페리틴에 융합되고 제1, 제2 및 제3 융합 단백질 중 적어도 하나는 C-페리틴에 융합된다.
일 측면에서, 제1 융합 단백질의 항체 또는 이의 단편은 Fc 단편이고; 여기서 제2 및 제3 융합 단백질은 각각 HIV와 같은 바이러스의 상이한 항원에 특이적인 항체 또는 이의 단편을 포함하거나, 제2 및 제3 융합 단백질 중 하나는 HIV와 같은 바이러스의 항원에 특이적인 항체 또는 이의 단편을 포함하고 제3 융합 단백질은 CD4 수용체와 같은 상이한 항원에 특이적인 항체 또는 이의 단편을 포함하고; 여기서 전체 나노케이지 단량체는 임의로 HIV와 같은 동일한 바이러스의 또 다른 상이한 항원에 특이적인 생체활성 모이어티에 융합된다.
일 측면에서, Fc 단편은 융합 단백질의 반감기를, 예를 들어 수분 또는 수시간으로부터 수일, 수주 또는 수개월로 조절하는 하나 이상의 돌연변이, 예컨대 LS, YTE, LALA 및/또는 LALAP를 포함한다.
일 측면에서, 제2 융합 단백질의 항체 또는 이의 단편은 N49P7 또는 iMab A12P이고; 여기서 제3 융합 단백질의 항체 또는 이의 단편은 10E8v4이다.
일 측면에서, 나노케이지는 다음의 4가지 융합 단백질을 포함하거나 이로 이루어진다:
a. 전장 페리틴에 융합된 PGDM1400(임의로 scPGDM1400);
b. N-페리틴에 융합된 Fc(임의로 scFc);
c. C-페리틴에 융합된 N49P7 또는 iMab A12P(임의로 scN49P7 또는 sciMab A12P); 및
d. C-페리틴에 융합된 10E8v4(임의로 sc10E8v4).
일 측면에서, 나노케이지는 a:b:c:d의 4:2:1:1: 비를 포함한다.
일 측면에서, 나노케이지는 다음의 서열 중 하나 이상과 적어도 70%(예컨대, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 구성되고, 서열에서 페리틴 서브유닛은 볼드체로 표시되고, 링커는 밑줄로 표시되고, 경쇄는 이탤릭체로 표시되고, 중쇄는 소문자로 표시된다:
a. PGDM1400-hFerr:
Figure pct00014
b. Fc-N-hFerr LS
Figure pct00015
c1. N49P7-C-hFerr
Figure pct00016
c2. 이발리주맙-A12P-C-hFerr
Figure pct00017
또는
d. 10E8.v4-C-hFerr
Figure pct00018
일 측면에서, 나노케이지는 약제, 진단제 및/또는 영상화제와 같은 카고 분자를 운반한다.
일 측면에서, 카고 분자는 융합 단백질에 융합되지 않고 나노케이지 내부에 함유된다.
일 측면에서, 카고 분자는 단백질이고, 카고 분자가 나노케이지 내부에 함유되도록 융합 단백질에 융합된다.
일 측면에서, 카고 분자는 형광 단백질, 예컨대 GFP, EGFP, 아메트린 및/또는 플라빈-기반 형광 단백질, 예컨대 LOV-단백질, 예컨대 iLOV이다.
일 측면에서, 카고 분자는 내부에 함유되어 T-세포 에피토프를 제공하지만, 임의로 B-세포 에피토프는 제공하지 않는다.
일 측면에서, 카고 분자는 융합 단백질에 융합되고 내부에 함유되어 T-세포 에피토프를 제공하지만, 임의로 B-세포 에피토프는 제공하지 않는다.
일 측면에서, 카고 분자는 소분자, 방사성 동위원소 또는 자기 입자이다.
일 측면에서, 나노케이지는 표면 상에 항원을 추가로 포함한다.
일 측면에서, 항원은 나노케이지 단량체와의 융합 단백질로서 발현된다.
일 측면에 따르면, 본원에 기재된 나노케이지를 포함하는 백신이 제공된다.
일 측면에 따르면, 본원에 기재된 나노케이지를 포함하는 치료용 또는 예방용 조성물이 제공된다.
일 측면에 따르면, 본원에 기재된 융합 단백질 또는 쌍을 코딩하는 핵산 분자가 제공된다.
일 측면에 따르면, 본원에 기재된 핵산 분자를 포함하는 벡터가 제공된다.
일 측면에 따르면, 본원에 기재된 벡터를 포함하고 본원에 기재된 융합 단백질 또는 쌍을 생산하는 숙주 세포가 제공된다.
일 측면에 따르면, 본원에 기재된 나노케이지 또는 백신을 투여하는 단계를 포함하는, 대상체를 면역화하는 방법이 제공된다.
일 측면에 따르면, 본원에 기재된 나노케이지 또는 백신을 투여하는 단계를 포함하는, 질환 또는 병태를 치료 및/또는 예방하는 방법이 제공된다.
일 측면에서, 질환 또는 병태는 암, 감염성 질환, 예컨대 HIV, 말라리아, 인플루엔자, RSV, 로타바이러스 또는 자가면역 질환이다.
일 측면에 따르면, 본원에 기재된 나노케이지를 대상체, 조직 또는 샘플에 투여하는 단계로서, 상기 나노케이지가 형광 단백질 또는 자기 영상화 모이어티와 같은 진단 표지를 포함하는 것인 단계 및 상기 대상체, 조직 또는 샘플을 영상화하는 단계를 포함하는 진단 영상화 방법이 제공된다.
일 측면에 따르면, 대상체를 면역화하기 위한 본원에 기재된 나노케이지 또는 백신의 용도가 제공된다.
일 측면에 따르면, 질환 또는 병태를 치료 및/또는 예방하기 위한 본원에 기재된 나노케이지 또는 백신의 용도가 제공된다.
일 측면에서, 질환 또는 병태는 암, 감염성 질환, 예컨대 HIV, 말라리아, 인플루엔자, RSV, 로타바이러스, 또는 자가면역 질환이다.
일 측면에 따르면, 대상체, 조직 또는 샘플을 진단 영상화하고 대상체, 조직 또는 샘플을 영상화하기 위한, 본원에 기재된 나노케이지의 용도가 제공되며, 여기서 상기 나노케이지는 형광성 단백질 또는 자기 영상화 모이어티와 같은 진단 표지를 포함한다.
일 측면에 따르면, FACS 또는 ELISA에서와 같은 연구 도구로서 본원에 기재된 융합 단백질, 쌍 또는 나노케이지의 용도가 제공된다.
일 측면에 따르면, 대상체를 면역화하는 데 사용하기 위한 본원에 기재된 나노케이지 또는 백신이 제공된다.
일 측면에 따르면, 질환 또는 병태를 치료 및/또는 예방하는 데 사용하기 위한 본원에 기재된 나노케이지 또는 백신이 제공된다.
일 측면에서, 질환 또는 병태는 암, 감염성 질환, 예컨대 HIV, 말라리아, 인플루엔자, RSV, 로타바이러스, 또는 자가면역 질환이다.
일 측면에 따르면, 대상체, 조직 또는 샘플을 진단 영상화하고 대상체, 조직 또는 샘플을 영상화하는 데 사용하기 위한 본원에 기재된 나노케이지가 제공되며, 여기서 상기 나노케이지는 형광 단백질 또는 자기 영상화 모이어티와 같은 진단 표지를 포함한다.
일 측면에 따르면, FACS 또는 ELISA에서와 같은 연구 도구로서 사용하기 위한 본원에 기재된 융합 단백질, 쌍 또는 나노케이지가 제공된다.
일 측면에 따르면, 복수의 융합 단백질을 포함하는 나노케이지로서,
각각의 융합 단백질이 페리틴 경쇄 및 Fab 단편을 포함하고,
각각의 Fab 단편이 항원에 특이적으로 결합할 수 있고,
각각의 Fab 단편이 나노케이지의 외부 표면을 수식하고,
복수가 적어도 12개의 융합 단백질을 포함하는, 나노케이지가 제공된다.
일 측면에서, 복수는 적어도 19개의 융합 단백질을 포함한다.
일 측면에서, 복수는 적어도 24개의 융합 단백질을 포함한다.
일 측면에서, 복수는 24개의 융합 단백질이다.
일 측면에서, 복수의 융합 단백질의 Fab 단편은 동일한 항원에 특이적으로 결합할 수 있다.
일 측면에서, 나노케이지는 임의의 페리틴 중쇄를 포함하지 않는다.
일 측면에서, Fab 단편은 중화 항체의 Fab 단편이다.
일 측면에서, 항원은 감염원과 연관된다.
일 측면에서, 감염원은 바이러스이다.
일 측면에서, 바이러스는 인간 면역결핍 바이러스(HIV)이다.
일 측면에서, 나노케이지는 대조군에 비해 적어도 100배, 150배, 200배, 250배, 300배, 350배, 400배, 450배 또는 500배 큰 중화 활성으로 감염원을 중화할 수 있다.
일 측면에서, 대조군은 중화 항체의 전장 버전을 포함한다.
일 측면에서, 중화 항체는 IgG 항체이다.
일 측면에 따르면, 복수의 제1 융합 단백질 및 복수의 제2 융합 단백질을 포함하는 나노케이지가 제공되며,
각각의 제1 융합 단백질은 나노케이지 단량체 또는 이의 서브유닛 및 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하고,
각각의 제2 융합 단백질은 나노케이지 단량체 또는 이의 서브유닛 및 Fc 단편을 포함한다.
일 측면에서, 나노케이지 단량체는 페리틴, 아포페리틴, 엔캡슐린, 황 산소 환원효소(SOR), 루마진 신타제, 피루베이트 데하이드로게나제, 카복시좀, 볼트 단백질, GroEL, 열 충격 단백질, E2P, MS2 외피 단백질, 이들의 단편, 및 이들의 변이체로부터 선택된다.
일 측면에서, 나노케이지 단량체는 아포페리틴 또는 페리틴이다.
일 측면에서, 나노케이지 단량체는 페리틴 경쇄이다.
일 측면에서, 나노케이지 단량체는 임의의 페리틴 중쇄를 포함하지 않는다.
일 측면에 따르면, 복수의 제1 융합 단백질 및 복수의 제2 융합 단백질을 포함하는 나노케이지로서,
(a) (i) 제1 융합 단백질은 페리틴 경쇄, 및 제1 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하고,
(ii) 제2 융합 단백질은 페리틴 경쇄, 및 제2 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하거나,
(b) (i) 제1 융합 단백질은 N-페리틴, 및 제1 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하고,
(ii) 제2 융합 단백질은 C-페리틴, 및 제2 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하고,
각각의 융합 단백질 내에서, Fab 단편은 페리틴 경쇄, N-페리틴 또는 C-페리틴의 N-말단에 융합되고,
제1 항원은 제2 항원과 구별되는, 나노케이지가 제공된다.
일 측면에 따르면, 복수의 제1 융합 단백질, 복수의 제2 융합 단백질 및 복수의 제3 융합 단백질을 포함하는 나노케이지로서,
(a) 제1 융합 단백질이 페리틴 경쇄, 및 제1 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하고,
(b) 제2 융합 단백질이 C-페리틴, 및 제2 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하고,
(c) 제3 융합 단백질은 N-페리틴 및 Fc 단편을 포함하고,
각각의 융합 단백질 내에서, Fab 또는 Fc 단편은 페리틴 경쇄, C-페리틴 또는 N-페리틴의 N-말단에 융합되고,
제1 항원은 제2 항원과 구별되는, 나노케이지가 제공된다.
일 측면에서, 나노케이지는 복수의 제4 융합 단백질을 추가로 포함하고, 여기서 제4 융합 단백질은 C-페리틴, 및 제3 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하고, 제3 항원은 제1 및 제2 항원과 구별된다.
일 측면에서, Fab 단편은 중화 항체의 Fab 단편이다.
일 측면에서, 제1 및 제2 항원은 각각 감염원과 연관된다.
일 측면에서, 제1 및 제2 항원은 동일한 감염원과 연관된다.
일 측면에서, 감염원은 바이러스이다.
일 측면에서, 바이러스는 인간 면역결핍 바이러스(HIV)이다.
일 측면에서, 제1 및 제2 항원은 각각 바이러스와 연관되고,
여기서 나노케이지는 슈도바이러스의 패널에서 슈도바이러스의 100%를 중화할 수 있고,
슈도바이러스의 패널은, 바이러스와 연관된 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 나노케이지 내의 각각의 Fab 단편에 대해, 해당 Fab 단편에 상응하는 중화 항체에 내성인 적어도 하나의 슈도바이러스를 포함한다.
일 측면에서, 슈도바이러스의 패널은 적어도 10가지, 적어도 11가지, 적어도 12가지, 적어도 13가지 또는 적어도 14가지의 슈도바이러스를 포함한다.
일 측면에서, 제1 및 제2 항원은 각각 바이러스와 연관되고,
여기서 나노케이지는 1 nM 미만, 500 pM 미만, 250 pM 미만, 100 pM 미만, 50 pM 미만, 10 pM 미만 또는 5 pM 미만의 IC50으로 슈도바이러스의 패널을 중화할 수 있고,
슈도바이러스의 패널은, 바이러스와 연관된 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 나노케이지 내의 각각의 Fab 단편에 대해, 해당 Fab 단편에 상응하는 중화 항체에 내성인 적어도 하나의 슈도바이러스를 포함한다.
일 측면에서, 제1 및 제2 항원은 각각 바이러스와 연관되고,
여기서 나노케이지는 하나 이상의 대조군의 것보다 적어도 10배, 적어도 20배, 적어도 30배, 적어도 40배, 적어도 50배, 적어도 60배, 적어도 70배, 적어도 80배, 적어도 90배 또는 적어도 100배 낮은 IC50(몰 농도)으로 슈도바이러스의 패널을 중화할 수 있고,
슈도바이러스의 패널은, 바이러스와 연관된 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 나노케이지 내의 각각의 Fab 단편에 대해, 해당 Fab 단편에 상응하는 중화 항체에 내성인 적어도 하나의 슈도바이러스를 포함한다.
일 측면에서, 하나 이상의 대조군은 나노케이지 내의 Fab 단편에 상응하는 중화 항체를 포함하고, 상기 Fab 단편은 바이러스와 연관된 항원에 특이적으로 결합할 수 있다.
일 측면에서, 중화 항체는 IgG 항체이다.
일 측면에서, 하나 이상의 대조군은 중화 항체의 칵테일을 포함하고, 여기서 상기 칵테일은, 바이러스와 연관된 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 나노케이지 내의 각각의 Fab 단편에 대해, 해당 Fab 단편에 상응하는 중화 항체를 포함한다.
일 측면에서, 중화 항체는 IgG 항체이다.
일 측면에서, 하나 이상의 대조군은 하나 이상의 다중특이적 항체를 포함하고, 여기서 상기 하나 이상의 다중특이적 항체는 집합적으로 제1 및 제2 항원, 및 임의로 제3 항원에 결합할 수 있다.
일 측면에서, 하나 이상의 대조군은 제1, 제2 및 제3 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 삼중특이적 항체를 포함한다.
일 측면에서, 제1, 제2 및 제3 항원은 HIV-1과 연관되고; 여기서
제1 융합 단백질의 Fab 단편은 PDGM1400 Fab이고,
제2 융합 단백질의 Fab 단편은 10E8v4 Fab이고,
제3 융합 단백질의 Fc 단편은 인간 IgG1 Fc 단편이고,
제4 융합 단백질의 Fab 단편은 N49P7 Fab이다.
일 측면에서, 제1 및 제2 항원은 HIV-1과 연관되고; 여기서 제3 항원은 CD4와 연관되고; 여기서
제1 융합 단백질의 Fab 단편은 PDGM1400 Fab이고,
제2 융합 단백질의 Fab 단편은 10E8v4 Fab이고,
제3 융합 단백질의 Fc 단편은 인간 IgG1 Fc 단편이고,
제4 융합 단백질의 Fab 단편은 iMab Fab이다.
일 측면에 따르면, 본원에 기재된 나노케이지를 포함하는 치료용 또는 예방용 조성물이 제공된다.
일 측면에 따르면, 본원에 기재된 나노케이지 또는 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 질환 또는 병태를 치료 또는 예방하는 방법이 제공된다.
일 측면에 따르면, 상이한 특이성의 사전에 선택된 비를 특징으로 하는 다중특이적 자가-조립 나노케이지의 제조 방법으로서,
각각의 폴리뉴클레오티드가 융합 단백질을 코딩하는 복수의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 발현 플라스미드로 숙주 세포를 공동형질감염시키는 단계로서, 하고,
여기서 각각의 융합 단백질은 (i) 나노케이지 단량체 또는 이의 서브유닛 및 (ii) 주어진 특이성의 항체 또는 항체 단편을 포함하고,
상기 공동형질감염 단계는 사전에 선택된 비에 기초한 비로 폴리뉴클레오티드를 공동형질감염시키는 것을 포함하는, 단계;
숙주 세포에 의해 생산된 폴리펩티드를 수득하는 단계; 및
폴리펩티드를 조립된 나노케이지에 존재하는 모든 상이한 특이성에 대한 친화성 선택에 의해 정제하는 단계
를 포함하는 방법이 제공된다.
일 측면에서, 복수의 폴리뉴클레오티드는 제1 융합 단백질을 코딩하는 적어도 하나의 폴리뉴클레오티드 및 제2 융합 단백질을 코딩하는 적어도 하나의 폴리뉴클레오티드를 포함하고,
여기서 제1 융합 단백질은 제1 나노케이지 단량체 서브유닛을 포함하고,
제2 융합 단백질은 제1 나노케이지 단량체 서브유닛과 자가-조립할 수 있는 제2 나노케이지 단량체 서브유닛을 포함한다.
본 발명의 신규 특징은 본 발명의 하기 상세한 설명을 검토함으로써 당업자에게 명백해질 것이다. 그러나, 본 발명의 취지 및 범위 내에서 다양한 변경 및 수정이 본 발명의 상세한 설명 및 뒤따르는 청구범위로부터 당업자에게 명백해질 것이므로 본 발명의 상세한 설명 및 제시된 구체적 예들은 본 발명의 소정 측면을 나타내면서 단지 예시 목적으로 제공된 것임을 이해하여야 한다.
본 발명은 도면을 참조하여 하기 설명으로부터 추가로 이해될 것이며, 여기서:
도 1. 다중특이적 다중친화성 항체(멀타바디(multabody)) 플랫폼의 자가-조립의 개략도. 단일쇄 Fab(각각 밝은 분홍색 및 진한 분홍색의 경쇄(LC) 및 중쇄(HC)) 및 단일쇄 Fc 영역(녹색)은 GGS-유사 가요성 링커(진회색)를 통해 인간 아포페리틴(회색)의 경쇄의 N-말단에 연결된다. 아포페리틴의 24개 서브유닛은 공간적으로 분산된 항체 단편으로 둘러싸인 12 nm 구형 코어에서 자가-조립된다.
도 2. 상이한 결합가를 갖는 HIV-1 멀타바디의 특성규명. (a) 인간 아포페리틴 상에 디스플레이된 상이한 Fab 밀도의 도식적 표현. scFab-인간 아포페리틴-코딩 플라스미드를 상이한 비의 비접합 아포페리틴과 함께 공동형질감염시키면, 각각 크기 배제 크로마토그래피 및 SDS-PAGE에서 조기 용출 용적 및 더 적은 비접합 아포페리틴으로 확인되는 바와 같이 5(암황색), 12(검은색), 19(파란색) 및 24(빨간색)의 scFab 결합가가 초래되었다. 가장 낮은 결합가(20%) 및 가장 높은 결합가(100%)를 가진 샘플의 음성 염색 전자현미경 사진이 도시되어 있다. (b) 5-PsV 패널(PVO.04, JRCSF, BG505 T332N, THRO4156.18 및 t278-50)에 대한 5개 bNAb의 중화에 대한 결합력(avidity) 효과. N49P7-t278-50, 다음의 경우에는 중화 내성으로 인해 IC50-배수 증가 분석이 생략되었다: VRC01-T278-50 및 10-1074-THRO4156.18. 효능 배수 증가는 모 IgG IC50(nM)을 멀타바디 IC50(nM)으로 나눈 값으로서 계산되었다.
도 3. 32-N 및 32-I 멀타바디의 설계, 조립 및 생물물리학적 특성규명. (a) scFab-인간 아포페리틴 서브유닛의 이종이량체화를 선호하는 인간 아포페리틴 분할 설계의 개략도. N-페리틴 및 C-페리틴으로 명명된, 생성된 2개의 절반은 각각 잔기 1 내지 95 및 95 내지 175에 걸쳐 있다. scFc는 N-페리틴 절반의 N-말단에서 연결된 반면, N49P7, iMab(본원에서 이발리주맙으로도 지칭됨) 및 10E8v4는 C-페리틴 절반의 N-말단에 연결되었다. 분할된 절반의 이종이량체화는 상이한 항체 단편들의 자가-조립을 유도하여 2개의 카고를 갖는 단일 인간 아포페리틴 서브유닛의 형성을 초래한다. 완전한 인간 아포페리틴 서브유닛에 연결된 PGDM1400 scFab와 이들 구성물의 추가 조합은 멀타바디 표면 상에 32개 scFab/scFc의 혼합물을 표시하는 나노입자의 조립을 유발한다. 음성 염색 전자현미경 사진, scFab/scFc 32-N/32-I 설계의 모델 표현, 및 32-N 및 32-I 멀타바디의 구체적 조성이 도시되어 있다. 자가-조립을 유도하는 데 필요한 이종-올리고머화에 기반하여, 4개의 성분을 갖는 멀타바디의 정제는 단백질 A(Fc 결합) 및 단백질 L(PGDM1400 결합)의 2단계 정제에 의해 달성될 수 있다. (b) 24량체 PGDM1400 멀타바디(검정), 32-N 멀타바디(암자홍색) 및 32-I 멀타바디(파란색)의 다각도 광산란과 연동된 크기 배제 크로마토그래피. 각 용출 피크의 몰 질량(UV 흡광도 아래 선)은 샘플이 단분산이고 32-N/32-I 멀타바디가 본 설계의 추가 항체 단편으로 인해 24량체 형식보다 상당히 더 크다는 것을 보여준다. (c) 32-N/32-I 멀타바디, 12량체 멀타바디, 모 IgG 및 N6/PGDM1400x10E8v4 삼중특이적 항체의 Tm 및 Tagg 온도 비교. (d) 다수의 에피토프에 대한 32-N 및 32-I 멀타바디의 결합의 농도-반응 곡선. PGDM1400, N49P7 및 10E8 결합 부위는 HIV Env(회색)의 표면 표현에서 각각 빨간색, 파란색 및 분홍색으로 표시되어 있다. iMab의 결합은 가용성 CD4를 사용하여 평가되었으며, 인간 FcRn에 대한 Fc의 기능적 결합은 pH 7.5 및 pH 5.6에서의 결합을 측정하여 시험되었다. BG505 SOSIP.664_D368R 삼량체 및 93TH057 gp120 단량체가 각각 PGDM1400 및 N49P7에 대한 에피토프-특이적 리간드로서 선택되었다.
도 4. 멀타바디의 생물물리학적 및 기능적 특성에 대한 분할 설계의 효과.
PGDM1400의 6개 카피 및 전체 아포페리틴 서브유닛(좌측 패널) 또는 절반 페리틴(N-페리틴 절반에 부착된 Fc 및 C-페리틴 절반에 연결된 PGDM1400, 우측 패널)과 다량체화된 Fc의 6개 카피로 구성된 12량체 멀타바디의의 비교. a) 항-hIgG Fc 포획(AHC) 바이오센서 상에 로딩된 12량체 멀타바디에 대한 BG505.664의 결합의 생물층 간섭계(biolayer interferometry: BLI) 농도-반응 곡선. b) 무게중심 평균 형광(BCM) 및 266 nm에서의 정적 광산란(SLS) 대 온도 플롯. Tm 및 Tagg는 노란색 선으로 표시된다. c) BG505 T332N PsV에 대한 중화 분석.
도 5. 멀타바디 친화성-정제 방식. 단백질 A 및 단백질 L 순차 친화성 정제. 단백질 A에 대한 결합은 Fc(녹색)를 갖는 멀타바디에 대해 강화되고 단백질 L은 카파 쇄 Fab PGDM1400(파란색)을 갖는 멀타바디에 대해 강화된다. iMab의 카파 쇄의 위치 12에 알라닌-대-프롤린 점 돌연변이를 도입하여 단백질 L에 대한 결합을 방해하였다75. 인간 아포페리틴의 2개의 절반의 보완은 단백질 A 정제 단계 동안 N49P7/iMab(오렌지색) 및 10E8 scFab(분홍색)(C-페리틴에 융합됨)의 존재를 보장한다. 겔 여과를 수행하여 임의의 응집된 물질을 분리한다.
도 6. 32-N 멀타바디의 뱃치 간 변동성이 최소화된다. a) SEC 크로마토그램. b) BCM 및 266 nm에서의 SLS 대 온도 플롯. 열전이 온도(Tm 및 Tagg)는 노란색 선으로 표시된다. c) 93TH057 gp120에 대한 32-N 내의 N49P7 결합의 농도-반응 곡선. d) 멀타바디 내의 각각의 Fab에 대해 내성인 하나의 PsV를 포함하도록 선택된 4개의 PsV 패널에 대한 32-N의 중화 프로파일.
도 7. 열안정성 분석. 32-N 및 32-I 멀타바디, 이들의 개별 12량체 멀타바디, 모 IgG 및 N6/PGDM1400x10E8 삼중특이적 항체에 대한 BCM(상단 패널) 및 266 nm에서의 SLS(하단 패널) 대 온도 플롯. 열전이 온도(Tm 및 Tagg)는 노란색 선으로 표시된다.
도 8. bNAb PGDM1400, 10E8v4, N49P7 및 iMab의 결합 프로파일. Ni-NTA 바이오센서에 고정화된 93TH057 gp120, BG505 SOSIP.664_D368R, MPER-mVenus 및 CD4에 대한 IgG 결합의 BLI 반응 곡선.
도 9. 14-슈도바이러스 패널에 대한 32-N 및 32-I 멀타바디의 중화 특성. 멀타바디(빨간색 다이아몬드), 모 bNAbs(검은색 원), IgG 조합(검은색 삼각형) 및 N6/PGDM1400x10E8v4 삼중특이적 항체(검은색 사각형)의 폭 및 중앙 IC50 값(㎍/mL). IgG 칵테일은 멀타바디 샘플(즉, 66% PGDM1400, 17% N49P7/iMab 및 17% 10E8v4)에서와 동일한 상대적 양으로 모 항체 각각을 함유하였다. 14-PsV 패널은 모 IgG에 대한 감수성 및 내성에 기반하여 선택되었다.
도 10. 14-슈도바이러스 패널에 대한 32-N 및 32-I 멀타바디의 중화 특성. 멀타바디(빨간색 다이아몬드), 모 bNAb(검은색 원), IgG 조합(66% PGDM1400, 17% N497/iMab 및 17% 10E8v4, 검은색 삼각형) 및 N6/PGDM1400x10E8v4 삼중특이적 항체(검은색 사각형)의 폭 및 중앙 IC50 값.
도 11. 마우스에서 멀타바디의 면역원성 및 노출. 그룹당 5마리의 수컷 C57BL/6 마우스를 사용하여, 5 mg/kg의 마우스 대리(surrogate) 멀타바디 및 Fc-변형된 멀타바디(Fc 수용체 결합을 방해하는 LALAP 돌연변이)를 피하 투여한 후의 혈중 항약물 항체 및 멀타바디 순환을 평가하였다. 참조 샘플 Hp페리틴 말라리아 PfCSP 펩티드 및 모 마우스 IgG1 및 IgG2a 이소형을 각각 면역원성 및 노출의 비교를 위해 사용하였다.
정의
달리 설명되지 않는 한, 본원에서 사용되는 모든 기술 및 과학 용어는 본 개시내용이 속하는 기술 분야에서 통상의 지식을 가진 자에 의해 통상적으로 이해되는 바와 동일한 의미를 갖는다. 분자 생물학에서 통상적인 용어의 정의는 문헌[Benjamin Lewin, Genes V, published by Oxford University Press, 1994 (ISBN 0-19-854287-9); Kendrew et al. (eds.), The Encyclopedia of Molecular Biology, published by Blackwell Science Ltd., 1994 (ISBN 0-632-02182-9); 및 Robert A. Meyers (ed.), Molecular Biology and Biotechnology: a Comprehensive Desk Reference, published by VCH Publishers, Inc., 1995 (ISBN 1-56081-569-8)]에서 찾아볼 수 있다. 본원에 기재된 것과 유사하거나 등가인 임의의 방법 및 재료가 본 발명의 시험을 위한 실시에 사용될 수 있지만, 전형적인 재료 및 방법이 본원에서 설명된다. 본 발명을 설명하고 청구함에 있어, 다음의 용어가 사용될 것이다.
또한, 본원에서 사용된 용어는 단지 특정한 측면을 설명하기 위한 것이며 제한하려는 의도가 아님을 이해해야 한다. 설명된 측면을 이해하는 데 도움이 되도록 많은 특허 출원, 특허 및 간행물이 본원에서 참조로 인용된다. 이들 참조문헌 각각은 그 전체가 참조로 본원에 통합된다.
본 출원의 범위를 이해함에 있어서, 관사 하나("a", "an"), 그("the") 및 상기("said")는 하나 이상의 요소가 있음을 의미하는 것으로 의도된다. 또한, 본원에서 사용된 용어 "포함하는(comprising)" 및 이의 파생어는 언급된 특징, 요소, 성분, 군, 정수 및/또는 단계가 존재한다는 것을 명시하지만, 다른 언급되지 않은 특징, 요소, 성분, 군, 정수 및/또는 단계의 존재를 배제하지 않는 개방형 용어인 것으로 의도된다. 상기 내용은 유사한 의미를 가지는 단어들, 예컨대 용어 "포함하는(including)," "갖는(having)" 및 이의 파생어에도 적용된다.
소정 성분을 "포함하는(comprising)" 것으로 기재된 임의의 측면은 또한 "~로 이루어지다(consist of)" 또는 "본질적으로 ~로 이루어지다(consist essentially of)"일 수 있고, "로 이루어지다"는 폐쇄형 또는 제한적 의미를 갖고, "본질적으로 ~로 이루어지다"는 명시된 성분을 포함하지만, 상기 성분을 제공하기 위해 사용된 과정의 결과로서 존재하는 불순물, 불가피한 물질로 존재하는 물질을 제외한 다른 성분들, 및 본 발명의 기술적 효과를 달성하는 것 이외의 목적을 위해 첨가된 성분은 배제하는 것을 의미한다. 예를 들어, 어구 "본질적으로 ~로 이루어진"을 사용하여 정의된 조성물은 임의의 공지된 허용되는 첨가제, 부형제, 희석제, 담체 등을 포함한다. 전형적으로, 본질적으로 성분들의 세트로 이루어진 조성물은 5중량% 미만, 통상적으로 3중량% 미만, 보다 전형적으로 1중량% 미만 및 보다 더욱 전형적으로 0.1중량% 미만의 명시되지 않은 성분(들)을 포함할 것이다.
포함되는 것으로 본원에 정의된 임의의 성분은 단서 또는 부정적 제한에 의해 청구된 발명으로부터 명시적으로 배제될 수 있음을 이해할 것이다. 예를 들어, 일부 측면에서 본원에 기재된 나노케이지 및/또는 융합 단백질은 페리틴 중쇄를 배제할 수 있고/있거나 철-결합 성분을 배제할 수 있다.
또한, 본원에 주어진 모든 범위는 명시적으로 언급되었는지 여부에 관계없이 범위의 끝 및 임의의 중간 범위 지점을 또한 포함한다.
본원에서 사용된 "실질적으로", "약" 및 "대략"과 같은 정도의 용어는 최종 결과가 크게 변경되지 않도록 하는 수식된 용어의 합리적인 양의 편차를 의미한다. 이들 정도의 용어는 이러한 편차가 수식하는 단어의 의미를 부정하지 않으면 수식된 용어의 적어도 ± 5%의 편차를 포함하는 것으로 해석되어야 한다.
추가로, 핵산 또는 폴리펩티드에 대해 주어진 모든 염기 크기 또는 아미노산 크기 및 모든 분자량 또는 분자 질량값은 근사치이며, 설명을 위해 제공된 것임을 이해해야 한다. 본원에 기술된 것들과 유사하거나 동일한 방법 또는 재료를 본원 발명을 실시 또는 시험하는데 사용할 수는 있지만, 적합한 방법 및 재료가 하기에 설명된다. 약어 "예를 들어(e,g,)"는 라틴어 exempli gratia로부터 유래된 것이고, 이는 비제한적인 예를 나타내기 위해 본원에서 사용된다. 따라서, 약어 "예를 들어(e,g,)"는 용어 "예를 들어"와 동의어이다. 용어 "또는"은 문맥이 달리 명시적으로 나타내지 않는 한, "및"을 포함하는 것으로 의도된다.
용어 "단백질 나노입자", "나노케이지" 및 "멀타바디"는 본원에서 상호교환가능하게 사용되며 다중-서브유닛, 단백질-기반 다면체 형상의 구조를 지칭한다. 서브유닛 또는 나노케이지 단량체는 각각 단백질 또는 폴리펩티드(예를 들어, 글리코실화된 폴리펩티드)로 구성되며, 임의로 핵산, 보결기, 유기 및 무기 화합물의 단일 또는 다중 특징으로 구성된다. 단백질 나노입자의 비제한적 예는 페리틴 나노입자(예를 들어, 본원에 참조로 통합된 문헌[Zhang, Y. Int. J. Mol. Sci., 12:5406-5421, 2011] 참조), 엔캡슐린 나노입자(예를 들어, 본원에 참조로 통합된 문헌[Sutter et al., Nature Struct, and Mol. Biol., 15:939-947, 2008] 참조), 황 산화효소 환원효소(SOR) 나노입자(예를 들어, 본원에 참조로 통합된 문헌[Urich et al., Science, 311 :996-1000, 2006] 참조), 루마진 신타제 나노입자(예를 들어, 본원에 참조로 통합된 문헌[Zhang et al., J. Mol. Biol., 306: 1099-1114, 2001] 참조) 또는 피루베이트 데하이드로게나제 나노입자(예를 들어, 본원에 참조로 통합된 문헌[Izard et al., PNAS 96: 1240-1245, 1999] 참조)를 포함한다. 페리틴, 아포페리틴, 엔캡슐린, SOR, 루마진 신타제 및 피루베이트 데하이드로게나제는 일부 경우에 각각 24, 60, 24, 60 및 60개의 단백질 서브유닛으로 구성된 구형 단백질 복합체로 자가-조립되는 단량체 단백질이다. 페리틴 및 아포페리틴은 일반적으로 본원에서 상호교환가능하게 지칭되며 둘 다 본원에 기재된 융합 단백질, 나노케이지 및 방법에 사용하기에 적합한 것으로 이해된다. 카복시좀, 볼트 단백질, GroEL, 열 충격 단백질, E2P 및 MS2 외피 단백질도 나노케이지를 생성하며 본원에서 사용하기 위해 고려된다. 추가적으로, 완전히 또는 부분적으로 합성된 자가-조립 단량체가 또한 본원에서 사용하기 위해 고려된다.
각각의 나노케이지 단량체는 기능적 나노케이지 단량체로 자가-조립될 2개 이상의 서브유닛으로 분할될 수 있다는 것이 이해될 것이다. 예를 들어, 페리틴 또는 아포페리틴은 N- 및 C-서브유닛, 예를 들어 전장 페리틴을 실질적으로 반으로 나누어 얻은 N- 및 C-서브유닛로 분할될 수 있으므로, 각 서브유닛은 나노케이지 단량체 및 이어서 나노케이지로의 후속 자가-조립을 위해 상이한 생체활성 모이어티에 개별적으로 결합될 수 있다. "기능성 나노케이지 단량체"란, 나노케이지 단량체가 다른 이러한 단량체와 함께 본원에 기재된 바와 같이 나노케이지로 자가-조립될 수 있음을 의미한다.
용어 "페리틴" 및 "아포페리틴"은 본원에서 상호교환가능하게 사용되며 일반적으로, 전형적으로 24개의 단백질 서브유닛을 포함하는 페리틴 복합체로 조립될 수 있는 폴리펩티드(예를 들어, 페리틴 쇄)를 지칭한다. 페리틴은 임의의 종으로부터 유래될 수 있음이 이해될 것이다. 전형적으로, 페리틴은 인간 페리틴이다. 일부 실시양태에서, 페리틴은 야생형 페리틴이다. 예를 들어, 페리틴은 야생형 인간 페리틴일 수 있다. 일부 실시양태에서, 페리틴 경쇄는 나노케이지 단량체로서 사용되고/되며 페리틴 경쇄의 서브유닛은 나노케이지 단량체 서브유닛으로서 사용된다. 일부 실시양태에서, 조립된 나노케이지는 철에 결합할 수 있는 임의의 페리틴 중쇄 또는 기타 페리틴 성분을 포함하지 않는다.
본원에서 사용된 용어 "다중특이적"은 적어도 2개의 상이한 결합 파트너, 예를 들어 항원 또는 수용체(예를 들어, Fc 수용체)가 결합할 수 있는 적어도 2개의 결합 부위를 갖는 특징을 지칭한다. 예를 들어, 2개의 Fab 단편 각각이 상이한 항원에 결합하는 적어도 2개의 Fab 단편을 포함하는 나노케이지는 "다중특이적"이다. 추가 예로서, Fc 단편(Fc 수용체에 결합할 수 있음) 및 Fab 단편(항원에 결합할 수 있음)을 포함하는 나노케이지는 "다중특이적"이다.
본원에서 사용된 용어 "다가"는 결합 파트너, 예를 들어 항원 또는 수용체(예를 들어, Fc 수용체)가 결합할 수 있는 적어도 2개의 결합 부위를 갖는 특징을 지칭한다. 적어도 2개의 결합 부위에 결합할 수 있는 결합 파트너는 동일하거나 상이할 수 있다.
"백신"은 대상체에서 예방적 또는 치료적 면역 반응을 유도하는 약학적 조성물이다. 일부 경우에, 면역 반응은 보호 면역 반응이다. 전형적으로, 백신은 병원체, 예를 들어 바이러스성 병원체의 항원 또는 병리학적 상태와 상관관계가 있는 세포 성분에 대한 항원-특이적 면역 반응을 유도한다. 백신은 폴리뉴클레오티드(예컨대, 개시된 항원을 코딩하는 핵산), 펩티드 또는 폴리펩티드(예컨대, 개시된 항원), 바이러스, 세포 또는 하나 이상의 세포 성분을 포함할 수 있다. 하나의 구체적이고 비제한적인 예에서, 백신은 대조군과 비교하여 말라리아 감염과 관련된 증상의 중증도를 감소시키고/시키거나 기생충 부하(load)를 감소시키는 면역 반응을 유도한다. 다른 비제한적 예에서, 백신은 대조군과 비교하여 말라리아 또는 HIV 감염을 감소 및/또는 예방하는 면역 반응을 유도한다.
본원에서 사용된 용어 "항체"는 당업계에서 "면역글로불린"(Ig)으로도 지칭되며, 쌍을 이룬 중쇄 및 경쇄 폴리펩티드로부터 구성된 단백질을 지칭한다; IgA, IgD, IgE, IgG, 예컨대 IgG1, IgG2, IgG3 및 IgG4, 및 IgM을 포함하는 다양한 Ig 이소형이 존재한다. 항체는 인간, 마우스, 래트, 원숭이, 라마 또는 상어를 포함하는 임의의 종으로부터 유래될 수 있다는 것을 이해할 것이다. 항체가 정확하게 폴딩될 때, 각 쇄는 더 많은 선형 폴리펩티드 서열에 의해 연결된 다수의 별개의 구형 도메인으로 폴딩된다. 예를 들어, 면역글로불린 경쇄는 가변(VL) 및 불변(CL) 도메인으로 폴딩되는 반면, 중쇄는 가변(VH) 도메인 및 3개의 불변(CH, CH2, CH3) 도메인으로 폴딩된다. 중쇄 가변 도메인과 경쇄 가변 도메인(VH 및 VL)의 상호작용은 항원 결합 영역(Fv)을 형성한다. 각 도메인은 당업자에게 친숙한 잘 확립된 구조를 갖는다.
경쇄 및 중쇄 가변 영역은 표적 항원에 결합하는 역할을 하고, 따라서 항체들 간에 상당한 서열 다양성을 나타낼 수 있다. 불변 영역은 적은 서열 다양성을 나타내고, 다수의 천연 단백질을 결합시키는 역할을 하여 중요한 면역학적 사건을 유발한다. 항체의 가변 영역은 분자의 항원 결합 결정기를 포함하므로 표적 항원에 대한 항체의 특이성을 결정한다. 대부분의 서열 가변성은 가변 중쇄 및 경쇄마다 각각 3개씩, 6개의 초가변 영역에서 발생하고; 초가변 영역들은 결합하여 항원 결합 부위를 형성하고 항원 결정기의 결합 및 인식에 기여한다. 항원에 대한 항체의 특이성 및 친화성은 초가변 영역의 구조 및 크기, 모양 및 이들이 항원에 제시하는 표면의 화학에 의해 결정된다.
본원에서 언급되는 "항체 단편"은 당업계에 공지된 임의의 적합한 항원-결합 항체 단편을 포함할 수 있다. 항체 단편은 천연 발생 항체 단편일 수 있거나, 천연 발생 항체의 조작에 의해 또는 재조합 방법을 사용하여 수득될 수 있다. 예를 들어, 항체 단편은 Fv, 단일쇄 Fv(scFv; 펩티드 링커로 연결된 VL 및 VH로 이루어진 분자), Fc, 단일쇄 Fc, Fab, 단일쇄 Fab, F(ab')2, 단일 도메인 항체(sdAb; 단일 VL 또는 VH로 이루어진 단편) 및 이들 중 임의의 것의 다가 제시를 포함할 수 있지만 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용된 용어 "합성 항체"란, 재조합 DNA 기술을 사용하여 생성된 항체를 의미한다. 상기 용어는 또한 항체를 코딩하는 DNA 분자로서 항체 단백질을 발현하는 DNA 분자 또는 항체를 특정하는 아미노산 서열의 합성에 의해 생성된 항체를 의미하는 것으로 해석되어야 하며, 여기서 DNA 또는 아미노산 서열은 당업계에서 이용가능하고 널리 공지되어 있는 합성 DNA 또는 아미노산 서열 기술을 사용하여 수득되었다.
용어 "에피토프"는 항원 결정기를 지칭한다. 에피토프는 항원성인, 즉 특정 면역 반응을 유발하는 분자 상의 특정 화학 기 또는 펩티드 서열이다. 항체는 예를 들어 폴리펩티드 상의 특정 항원 에피토프에 특이적으로 결합한다. 에피토프는 단백질의 3차 폴딩에 의해 병치된 연속 아미노산 또는 비연속 아미노산 둘 다로부터 형성될 수 있다. 연속 아미노산으로부터 형성된 에피토프는 전형적으로 변성 용매에 노출되었을 때 유지되는 반면, 3차 폴딩에 의해 형성된 에피토프는 전형적으로 변성 용매로 처리 시 손실된다. 에피토프는 전형적으로 독특한 공간적 입체형태에서 적어도 3개, 보다 일반적으로 적어도 5개, 약 9개, 약 11개, 또는 약 8개 내지 약 12개의 아미노산을 포함한다. 에피토프의 공간적 입체형태를 결정하는 방법은 예를 들어, X-선 결정학 및 2차원 핵자기 공명을 포함한다. 예를 들어, 문헌[., "Epitope Mapping Protocols" in Methods in Molecular Biology, Vol. 66, Glenn E. Morris, Ed (1996)]을 참조한다.
본원에서 사용된 용어 "항원"은 면역 반응을 유발하는 분자로서 정의된다. 이러한 면역 반응은 항체 생산 또는 특정 면역학적 적격 세포의 활성화 또는 둘 다를 포함할 수 있다. 당업자라면 실질적으로 모든 단백질 또는 펩티드를 포함하는 임의의 거대분자가 항원으로서 작용할 수 있음을 이해할 것이다. 또한, 항원은 재조합 또는 게놈 DNA로부터 유래될 수 있다. 당업자는 면역 반응을 유발하는 단백질을 코딩하는 뉴클레오티드 서열 또는 부분 뉴클레오티드 서열을 포함하는 임의의 DNA라면, 그 용어가 본원에서 사용될 때 "항원"을 코딩하는 것임을 이해할 것이다. 또한, 당업자는 항원이 유전자의 전장 뉴클레오티드 서열에 의해서만 코딩될 필요는 없다는 것을 이해할 것이다. 본원에 기재된 측면이 하나 초과의 유전자의 부분적 뉴클레오티드 서열의 사용을 포함하지만 이에 제한되지 않고, 이들 뉴클레오티드 서열이 원하는 면역 반응을 유도하기 위해 다양한 조합으로 배열될 수 있다는 것이 쉽게 명백하다. 더욱이, 당업자라면, 항원이 "유전자"에 의해 코딩될 필요가 전혀 없다는 것을 이해할 것이다. 항원이 합성될 수 있거나 생물학적 샘플로부터 유래될 수 있다는 것은 쉽게 명백하다. 이러한 생물학적 샘플은 조직 샘플, 세포 또는 생물학적 유체를 포함할 수 있으나 이에 제한되지 않는다.
따라서, 본원에 기재된 조성물은 예를 들어 바이러스, 세균, 진균 또는 기생충 감염, 암 및 자가면역 장애와 같은 다양한 질환 상태에 대한 척추동물 대상체의 보호 또는 치료에 적합할 수 있다. 이러한 특정 질환 상태는 단지 예로서 언급되었으며 제한하려는 의도가 아님을 인식해야 한다.
본원에 기재된 조성물과 조합되여 유용한 적합한 항원은 본원에 정의된 바와 같은 임의의 항원을 포함한다. 항원은 상업적으로 입수가능하거나 당업자가 항원을 생산할 수 있다. 항원은 변형된 살아있는 미생물 또는 사멸된 미생물, 또는 종양 세포, 합성 생성물, 유전자 조작된 단백질, 펩티드, 다당류 또는 유사한 생성물, 또는 알레르겐을 포함하나 이에 제한되지 않는 미생물 또는 기타 세포로부터 정제된 천연 생성물일 수 있다. 항원성 모이어티는 또한 단백질, 펩티드, 다당류 또는 유사한 생성물의 서브유닛일 수 있다. 항원은 또한 유전적 항원, 즉 면역 반응을 일으키는 DNA 또는 RNA일 수 있다.
사용될 수 있는 항원의 대표적인 예는 예방용 또는 치료용 백신 및 알레르겐에 사용될 수 있는 자가면역 질환, 호르몬 또는 종양 항원 이외에 바이러스, 세균, 진균, 기생충 및 기타 감염원으로부터 유래된 천연, 재조합 또는 합성 생성물을 포함할 수 있지만 이에 제한되지 않는다. 일 실시양태에서, 항원은 인플루엔자, HIV, RSV, 뉴캐슬병 바이러스(NDV) 등과 같은 다양한 바이러스로부터의 바이러스-유사 입자(VLP)를 포함한다. PCT/US2006/40862, PCT/US2004/022001, 미국 특허출원 제11/582,540호, 미국 특허출원 제60/799,343호, 미국 특허출원 제60/817,402호, 미국 특허출원 제60/859,240호를 참조하며, 이들 모두는 전문이 본원에 참조로 통합된다. 또 다른 실시양태에서, 항원은 키메라 VLP를 포함한다. "키메라 VLP"는 적어도 2개의 상이한 공급원(유기체)으로부터의 단백질 또는 이의 일부분을 함유하는 VLP를 지칭한다. 일반적으로, 하나의 단백질은 숙주 세포로부터 VLP 형성을 유도할 수 있는 바이러스로부터 유래된다. 따라서, 일 실시양태에서, 상기 키메라 VLP는 RSV M 단백질을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 키메라 VLP는 NDV M 단백질을 포함한다. 또 다른 실시양태에서, 상기 키메라 VLP는 인플루엔자 바이러스 M 단백질을 포함한다.
바이러스 또는 세균 생성물은 유기체가 효소적 절단에 의해 생성하는 성분일 수 있거나, 당업자에게 널리 공지된 재조합 DNA 기술에 의해 생성된 유기체의 성분일 수 있다.
항원의 일부 구체적 예는 간염 바이러스 A, B, C, D 및 E3, 인간 면역결핍 바이러스(HIV), 헤르페스 바이러스 1, 2, 6 및 7, 사이토메갈로바이러스, 수두 대상포진, 유두종 바이러스, 엡스타인 바 바이러스, 파라-인플루엔자 바이러스, 아데노바이러스, 분야 바이러스(예를 들어, 한타 바이러스), 콕사키 바이러스, 피코르나 바이러스, 로타바이러스, 호흡기 합포체 바이러스, 리노바이러스, 풍진 바이러스, 파포바이러스, 유행성 이하선염 바이러스, 홍역 바이러스, 폴리오 바이러스(다수의 유형), 아데노 바이러스(다수의 유형), 파라인플루엔자(다수의 유형), 조류 또는 대유행 인플루엔자(다양한 유형), 계절성 인플루엔자, 해운열 바이러스, 서양 및 동양 말 뇌척수염, B형 일본 뇌염, 러시아 춘하 뇌염, 돼지 콜레라 바이러스, 뉴캐슬병 바이러스, 계두, 광견병, 고양이 및 개 홍역 등 바이러스, 지연 뇌 바이러스(slow brain virus), 라우스 육종 바이러스(RSV), 파포바바이러스과(Papovaviridae), 파르보바이러스과(Parvoviridae), 피코르바이러스과(Picornaviridae), 폭스바이러스과(Poxyiridae)(예컨대, 천연두 또는 백시니아), 레오바이러스과(Reoviridae)(예를 들어, 로타바이러스), 레트로바이러스과(Retroviridae)(HTLV-I, HTLV-II, 렌티바이러스) 및 토가바이러스과(Togaviridae)(예를 들어, 루비바이러스)에 의해 유발된 바이러스 감염으로부터 유래된 항원이다. 이들 과에 속하는 바이러스는 관절염, 세기관지염, 뇌염, 안구 감염(예를 들어, 결막염, 각막염), 만성 피로 증후군, B형 일본 뇌염, 주닌(Junin), 치쿤구니야, 리프트(Rift) 계곡열, 황열, 수막염, 기회 감염(예를 들어, 에이즈), 폐렴, 버킷 림프종, 수두, 출혈열, 홍역, 유행성 이하선염, 파라인플루엔자, 광견병, 감기, 소아마비, 백혈병, 풍진, 성매개질환, 피부 질환(예를 들어, 카포시, 사마귀) 및 바이러스혈증을 포함하나 이에 제한되지 않는 다양한 질환 또는 증상을 유발할 수 있다.
항원은 또한 세균 및 진균 감염으로부터 유래될 수 있으며, 예를 들어 항원은 TB 및 나병 유발 미코박테리아(Mycobacteria), 폐렴구균, 호기성 그램 음성 바실러스, 미코플라스마, 스타필로코커스 감염증, 스트렙토코커스 감염증, 살로넬라, 클리미디아, 비. 페르투시스(B. pertussis), 렙토스피라 포노나(Leptospira pomona) 및 황달출혈로부터 유래될 수 있다. 구체적 실시양태는 에스. 파라티피(S. paratyphi) A 및 B, 씨. 디프테리아(C. diphtheriae), 씨. 테타니(C. tetani), 씨. 보툴리늄(C. botulinum), 씨. 퍼프링젠스(C. perfringens), 시. 페세리(C. feseri) 및 기타 가스 괴저 세균, 비. 안트라시스(B. anthracis), 피. 페스티스(P. pestis), 피. 물코시다(P. multocida), 네이세리아 메닝지티디스(Neisseria meningitidis), 엔. 고노레아(N. gonorrheae), 헤모필러스 인플루엔자(Hemophilus influenzae), 악티노마이세스(Actinomyces)(예를 들어, 노르카디아(Norcardia)), 아시네토박터(Acinetobacter), 바실러스과(Bacillaceae)(예를 들어, 바실러스 안트라시스(Bacillus anthrasis)), 박테로이데스(Bacteroides)(예를 들어, 박테로이데스 프라길리스(Bacteroides fragilis)), 블라스토마이코시스(Blastomycosis), 보르데텔라(Bordetella), 보렐리아(Borrelia)(예를 들어, 보렐리아 부르그도르페리(Borrelia burgdorferi)), 브루셀라(Brucella), 칸디다(Candidia), 캄필로박터(Campylobacter), 클라미디아(Chlamydia), 콕시디오이데스(Coccidioides), 코리네박테리움(Corynebacterium)(예를 들어, 코리네박테리움 디프테리아(Corynebacterium diptheriae)), 크립토코커스(Cryptococcus), 더마토사이코세스(Dermatocycoses), 이. 콜라이(E. coli)(예를 들어, 장독소생산 이. 콜라이 및 장출혈성 이. 콜라이), 엔테로박터(Enterobacter)(예를 들어, 엔테로박터 에어로게네스(Enterobacter aerogenes)), 엔테로박테리아세아(Enterobacteriaceae)(클렙시엘라(Klebsiella), 살모넬라(Salmonella)(예를 들어, 살모넬라 티피(Salmonella typhi), 살모넬라 엔테리티디스(Salmonella enteritidis), 세라티아(Serratia), 예르시니아(Yersinia), 시겔라(Shigella)), 에리시펠로트릭스(Erysipelothrix), 헤모필루스(Haemophilus)(예를 들어, 헤모필루스 인플루엔자(Haemophilus influenza) B형), 헬리코박터(Helicobacter), 레지오넬라(Legionella)(예를 들어, 레지오넬라 뉴모필라(Legionella pneumophila)), 렙토스피라(Leptospira), 리스테리아(Listeria)(예를 들어, 리스테리아 모노사이토게네스(Listeria monocytogenes)), 미코플라스마, 미코박테리움(Mycobacterium)(예를 들어, 미코박테리움 레프라(Mycobacterium leprae) 및 미코박테리움 투베르큘로시스( Mycobacterium tuberculosis)), 비브리오(Vibrio)(예를 들어, 비브리오 콜레라(Vibrio cholerae)), 파스퇴렐라세아(Pasteurellacea), 프로테우스(Proteus), 슈도모나스(Pseudomonas)(예를 들어, 슈도모나스 아에루기노사(Pseudomonas aeruginosa)), 리케치아과(Rickettsiaceae), 스피로헤테스(Spirochetes)(예를 들어, 트레포네마 종(Treponema spp.), 렙토스피라 종(Leptospira spp.), 보렐리아 종(Borrelia spp.)), 시겔라 종(Shigella spp.), 메닝지오코커스(Meningiococcus), 뉴모코커스(Pneumococcus) 및 스트렙토코커스(Streptococcus)(예를 들어, 스트렙토코커스 뉴모니아(Streptococcus pneumoniae) 및 A군, B군 및 C군 스트렙토코커스), 우레아플라스마(Ureaplasmas), 트레포네마 폴리듐(Treponema pollidum) 등; 스타필로코커스 아우레우스, 플라스모듐 종(Plasmodium sp.)(플라스모듐 팔시파룸(Pl. falciparum), 플라스모듐 비박스(Pl. vivax) 등), 아스퍼질러스 종(Aspergillus sp.), 칸디다 알비칸스(Candida albicans), 파스퇴렐라 헤몰리티카(Pasteurella haemolytica), 코리네박테리움 디프테리아(Corynebacterium diptheriae) 톡소이드, 수막구균 다당류, 보르데텔라 페르투시스(Bordetella pertusis), 스트렙토코커스 뉴모니아(폐렴구균) 다당류, 클로스트리듐 테타니(Clostridium tetani) 톡소이드, 미코박테리움 보비스(Mycobacterium bovis), 살모넬라 티피의 사멸된 세포, 크립토코커스 네오포르만스(Cryptococcus neoformans) 및 아스퍼질러스를 포함한다.
항원은 또한 기생 말라리아, 리슈만편모충증, 트리파노소마증, 톡소플라스마증, 주혈흡충증, 사상충증 말라리아, 아메바증, 바베시아증, 콕시듐증, 크립토스포리듐증, 이핵아메바증, 구역(Dourine), 체외 기생충, 편모충증, 연충증, 범안열원충증, 트리코모나스 및 포자충(예를 들어, 플라스모듐 비박스, 플라스모듐 팔시파룸, 플라스모듐 말라리아(Plasmodium malariae), 플라스모듐 노울레시(Plasmodium Knowlesi) 및 플라스모듐 오벌(Plasmodium ovale))로부터 유래될 수 있다. 이러한 기생충은 옴, 털진드기유충증, 안구 감염, 장 질환(예를 들어, 이질, 편모충증), 간 질환, 폐 질환, 기회 감염(예를 들어, 에이즈 관련), 말라리아, 임신 합병증 및 톡소플라스마증을 포함하나 이에 제한되지 않는 다양한 질환 또는 증상을 유발할 수 있다.
본원에 기재된 조성물에서 사용하기에 적합한 종양 연관 항원은 단일 종양 유형을 나타낼 수 있고 여러 유형의 종양 간에 공유되고/되거나 정상 세포와 비교하여 종양 세포에서 독점적으로 발현되거나 과발현될 수 있는 돌연변이 및 비돌연변이 분자 둘 다를 포함한다. 단백질 및 당단백질 외에도, 탄수화물, 강글리오사이드, 당지질 및 뮤신의 종양 특이적 발현 패턴도 입증되었다. 대상체 암 백신에서 사용하기 위한 예시적인 종양 연관 항원은 종양유전자의 단백질 생성물, 종양 억제 유전자 및 종양 세포 고유의 돌연변이 또는 재배열을 갖는 기타 유전자, 재활성화된 배아 유전자 생성물, 종양태아 항원, 조직 특이적(그러나 종양 특이적이지 않음) 분화 항원, 성장 인자 수용체, 세포 표면 탄수화물 잔기, 외래 바이러스 단백질 및 다수의 기타 자가 단백질을 포함한다. 종양 연관 항원의 구체적 실시양태는 예를 들어 돌연변이된 항원, 예를 들어 Ras p21 원종양유전자, 종양 억제인자 p53 및 HER-2/neu 및 BCR-ab1 종양유전자의 단백질 생성물뿐만 아니라, CDK4, MUM1, 카스파제 8 및 베타 카테닌; 과발현된 항원, 예컨대 갈렉틴 4, 갈렉틴 9, 탄산 탈수효소, 알돌라제 A, PRAME, Her2/neu, ErbB-2 및 KSA, 종양태아 항원, 예컨대 알파 태아단백질(AFP), 인간 융모막 성선자극 호르몬(hCG); 자가 항원, 예컨대 암배아 항원(CEA) 및 멜라닌 세포 분화 항원, 예컨대 Mart 1/Melan A, gp100, gp75, 티로시나제, TRP1 및 TRP2; 전립선 연관 항원, 예컨대 PSA, PAP, PSMA, PSM-P1 및 PSM-P2; 재활성화된 배아 유전자 생성물, 예컨대 MAGE 1, MAGE 3, MAGE 4, GAGE 1, GAGE 2, BAGE, RAGE 및 기타 암 고환 항원, 예컨대 NY-ESO1, SSX2 및 SCP1; 뮤신, 예컨대 Muc-1 및 Muc-2; 강글리오사이드, 예컨대 GM2, GD2 및 GD3, 중성 당지질 및 당단백질, 예컨대 루이스(y) 및 글로보-H(globo-H); 및 당단백질, 예컨대 Tn, 톰슨-프라이덴리히 항원(Thompson-Freidenreich antigen)(TF) 및 sTn을 포함한다. 또한, 종양 연관 항원으로서 본원에는 전세포 및 종양 세포 용해물뿐만 아니라 이의 면역원성 부분뿐만 아니라 B 세포 림프종에 대항해 사용하기 위한 B 림프구의 단클론 증식 시 발현되는 면역글로불린 이디오타입이 포함된다. 종양 연관 항원 및 이들 각각의 종양 세포 표적은 예를 들어 암종에 대한 항원으로서 사이토케라틴, 특히 사이토케라틴 8, 18 및 19를 포함한다. 상피막 항원(EMA), EphA1, EphA2, EphA3, EphA4, EphA5, EphA6, EphA7, EphA8, EphA10, EphB1, EphB2, EphB3, EphB4, EphB6, 인간 배아 항원(HEA-1125), 인간 유지방구, MBr8, Ber-EP4, 17-1A, C26 및 T16도 공지된 암종 항원이다. 데스민 및 근육-특이적 액틴은 근성 육종의 항원이다. 태반 알칼리 포스파타제, 베타-인간 융모막 성선자극 호르몬 및 알파-태아단백은 영양막 및 생식 세포 종양의 항원이다. 전립선 특이적 항원은 전립선 암종의 항원, 결장 선암종의 암배아 항원이다. HMB-45는 흑색종의 항원이다. 자궁경부암에서, 유용한 항원은 인유두종 바이러스에 의해 코딩될 수 있다. 크로마그라닌-A 및 시냅토피신은 신경내분비 및 신경외배엽 종양의 항원이다. 특히 관심대상은 괴사 영역을 갖는 고형 종양 덩어리를 형성하는 공격적인 종양이다. 이러한 괴사 세포의 용해는 항원 제시 세포에 대한 풍부한 항원 공급원이고, 따라서 대상체 요법은 통상적인 화학요법 및/또는 방사선 요법과 함께 유리한 용도를 찾을 수 있다. 항원은 임의의 종양 또는 악성 세포주로부터 유래될 수 있다.
항원은 알레르기를 유발하는 일반적인 알레르겐으로부터 유래될 수도 있다. 알레르겐은 식물 재료, 금속, 화장품 또는 세제 중의 성분, 라텍스 등과 같은 다양한 인공 또는 천연 공급원으로부터 유래된 유기 또는 무기 재료를 포함한다. 본원에 기재된 조성물 및 방법에 사용하기에 적합한 알레르겐의 부류는 꽃가루, 동물 비듬, 풀, 곰팡이, 먼지, 항생제, 쏘는 곤충(sting insect) 독 및 다양한 환경(화학물질 및 금속을 포함) 약물 및 식품 알레르겐을 포함할 수 있지만, 이에 제한되지 않는다. 일반적인 나무 알레르겐은 미루 나무, 백양 나무, 물푸레 나무, 자작 나무, 단풍 나무, 참나무, 느릅나무, 히코리 및 피칸 나무로부터의 꽃가루를 포함하고; 일반적인 식물 알레르겐은 호밀, 돼지풀, 창질경이, 괭이밥 독(sorrel-dock) 및 명아주로부터의 것들을 포함하고; 식물 접촉 알레르겐은 포이즌 오크, 포이즌 아이비 및 서양쐐기풀의 것들을 포함하고; 일반적인 풀 알레르겐은 티머시, 존슨, 버뮤다, 페스큐 및 블루그래스 알레르겐을 포함하고; 일반적인 알레르겐은 곰팡이 또는 진균, 예컨대 알테르나리아(Alternaria), 푸사리움(Fusarium), 호르모덴드룸(Hormodendrum), 아스퍼질루스(Aspergillus), 마이크로폴리스포라(Micropolyspora), 무코르(Mucor) 및 호열성 방선균(thermophilic actinomycete)로부터 수득될 수도 있고; 페니실린 및 테트라사이클린은 일반적인 항생제 알레르겐이고; 상피 알레르겐은 집먼지 또는 유기 먼지(전형적으로 진균 기원의 먼지), 곤충, 예컨대 집먼지 진드기(더말파고이데스 프테로시니시스(dermalphagoides pterosinyssis) 또는 동물 출처, 예컨대 깃털, 및 고양이 및 개 비듬으로부터 수득될 수 있고; 일반적인 식품 알레르겐은 우유 및 치즈(유제품), 달걀, 밀, 견과류(예를 들어, 땅콩), 해산물(예를 들어, 조개류), 완두콩, 대두 및 글루텐 알레르겐을 포함하고; 일반적인 환경 알레르겐은 금속(니켈 및 금), 화학물질(포름알데히드, 트리니트로페놀 및 테레빈유), 라텍스, 고무, 섬유(면 또는 울), 포대(burlap), 염모제, 화장품, 세제 및 향수 알레르겐을 포함하며; 일반적인 약물 알레르겐은 국소 마취제 및 살리실산염 알레르겐을 포함하고; 항생제 알레르겐은 페니실린 및 설폰아미드 알레르겐을 포함하며; 일반적인 곤충 알레르겐은 벌, 말벌 및 개미 독, 및 카크로치 칼릭스(cockroach calyx) 알레르겐을 포함한다. 특히 잘 특성규명된 알레르겐은 Der pI 알레르겐의 주요 및 잠재 에피토프(Hoyne et al. (1994) Immunology 83, 190-195), 벌 독 포스포리파제 A2(PLA)(Akdis et al. (1996) J. Clin. Invest. 98, 1676-1683), 자작 나무의 꽃가루 알레르겐 Bet v1(Bauer et al. (1997) Clin. Exp. Immunol. 107, 536-541) 및 다중-에피토프 재조합 풀 알레르겐 rKBG8.3(Cao et al. (1997) Immunology 90, 46-51)을 포함하나, 이에 제한되지 않는다. 이들 및 기타 적합한 알레르겐은 상업적으로 입수가능하고/하거나 공지된 기술에 따라서 추출물로서 용이하게 제조될 수 있다.
항원은 정제된 또는 부분적으로 정제된 항원의 형태일 수 있고, 상기 항원, 항원성 펩티드, 당업계에 공지되어 있고 이용가능한 단백질, 및 통상의 기술을 사용하여 식별될 수 있는 다른 다른 단백질 중 임의의 것으로부터 유래될 수 있다. 항원은 전형적으로 이의 독성 또는 병독성 특성이 감소되거나 파괴되고 적절한 것으로 도입될 때 특정 미생물, 항원의 제조에 사용되는 미생물의 추출물 또는 생성물에 대한 면역 반응을 유도하는 형태이거나, 알레르겐의 경우, 특정 알레르겐으로 인한 알레르기의 증상을 완화하는데 도움이 될 것이다. 항원은 단독으로 또는 조합하여 사용될 수 있다; 예를 들어, 다수의 세균 항원, 다수의 바이러스 항원, 다수의 세균 항원, 다수의 기생충 항원, 다수의 세균, 바이러스 톡소이드, 다수의 종양 항원, 다수의 알레르겐 또는 임의의 전술한 생성물들의 조합을 애쥬번트(adjuvant) 조성물과 조합함으로써, 다가 항원성 조성물 및/또는 백신을 생성할 수 있다. 본원에 기재된 조성물에서, 항원은 조성물의 소포 성분에 포획되거나 이에 흡착되거나 이와의 혼합물일 수 있다.
일 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물과 함께 사용하기에 적합한 항원은 면역원성이 불량한 항원, 예를 들어 말라리아 항원, 뎅기 항원 및 HIV 항원, 또는 유행성 질환에 대한 면역을 부여하도록 의도된 항원, 예를 들어 인플루엔자 항원을 포함한다. 본원에 기재된 또는 공지된 임의의 이러한 항원들의 조합은 본원에 기재된 융합 단백질, 융합 단백질의 쌍 및 나노케이지에서의 사용을 위해 고려된다.
"코딩"은 정의된 뉴클레오티드 서열(예를 들어, rRNA, tRNA 및 mRNA) 또는 정의된 아미노산 서열 및 이로부터 유래된 생물학적 특성을 갖는 생물학적 과정에서의 다른 중합체 및 거대분자의 합성을 위한 주형으로서 역할을 하는, 유전자, cDNA 또는 mRNA와 같은 폴리뉴클레오티드 내의 특정 뉴클레오티드 서열의 고유한 특성을 지칭한다. 따라서, 유전자에 상응하는 mRNA의 전사 및 번역에 의해 세포 또는 다른 생물학적 시스템에서 단백질이 생성되는 경우, 유전자는 단백질을 코딩한다. 뉴클레오티드 서열이 mRNA 서열과 동일하며 일반적으로 서열목록에 제공되는 코딩 가닥과, 유전자 또는 cDNA의 전사를 위한 주형으로서 사용되는 비-코딩 가닥 둘 다는 유전자 또는 cDNA의 단백질 또는 다른 생성물을 코딩하는 것으로 지칭될 수 있다.
본원에서 사용된 용어 "발현"은 프로모터에 의해 추진되는 특정 뉴클레오티드 서열의 전사 및/또는 번역으로서 정의된다.
"단리된"은 자연 상태로부터 변경되거나 제거된 것을 의미한다. 예를 들어, 살아있는 동물에 자연적으로 존재하는 핵산 또는 펩티드는 "단리"되지 않았지만, 자연 상태의 공존 물질로부터 부분적으로 또는 완전히 분리된 동일한 핵산 또는 펩타이드는 "단리"된 것이다. 단리된 핵산 또는 단백질은 실질적으로 정제된 형태로 존재할 수 있거나, 예를 들어 숙주 세포와 같은 비천연 환경에 존재할 수 있다.
달리 언급되지 않는 한, "아미노산 서열을 코딩하는 뉴클레오티드 서열"은 서로의 축퇴 버전이며 동일한 아미노산 서열을 코딩하는 모든 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 어구 단백질 또는 RNA를 코딩하는 뉴클레오티드 서열은 또한 단백질을 코딩하는 뉴클레오티드 서열이 일부 버전에서 인트론(들)을 함유할 수 있는 정도까지 인트론을 포함할 수 있다.
본원에서 사용된 용어 "조절"이란, 치료 또는 화합물의 부재 하의 대상체의 반응 수준과 비교하여 및/또는 그 밖에 동일하지만 미치료된 대상체의 반응 수준과 비교하여 대상체의 반응 수준의 검출 가능한 증가 또는 감소를 조절하는 것을 의미한다. 상기 용어는 본래의 신호 또는 반응을 교란하고/하거나 이에 영향을 줌으로써 대상체, 전형적으로 인간에서 유익한 치료 반응을 조절하는 것을 포함한다.
용어 "작동가능하게 연결된"은 조절 서열과 이종 핵산 서열 간의 기능적 연결을 지칭하는 것으로 후자의 발현을 초래한다. 예를 들어, 제1 핵산 서열이 제2 핵산 서열과 기능적 관계에 놓인 경우, 제1 핵산 서열은 제2 핵산 서열과 작동가능하게 연결된다. 예를 들어, 프로모터가 코딩 서열의 전사 또는 발현에 영향을 미치는 경우, 프로모터는 코딩 서열에 작동가능하게 연결된다. 일반적으로, 작동가능하게 연결된 DNA 서열은 연속적이며, 필요에 따라 동일한 리딩 프레임(reading frame) 내에서 2개의 단백질 코딩 영역을 연결한다.
면역원성 조성물의 "비경구" 투여는 예를 들어 피하(s.c.), 정맥내(i.v.), 근육내(i.m.) 또는 흉골내 주사 또는 주입 기술을 포함한다.
본원에서 사용된 용어 "폴리뉴클레오티드"는 뉴클레오티드의 쇄로서 정의된다. 또한, 핵산은 뉴클레오티드의 중합체이다. 따라서, 본원에서 사용되는 핵산 및 폴리뉴클레오티드는 상호교환가능하다. 당업자는 핵산이 단량체 "뉴클레오티드"로 가수분해될 수 있는 폴리뉴클레오티드라는 일반적인 지식을 가지고 있다. 단량체 뉴클레오티드는 뉴클레오시드로 가수분해될 수 있다. 본원에서 사용된 바와 같이, 폴리뉴클레오티드는 재조합 수단, 즉 통상적인 클로닝 기술 및 PCR 등을 이용한 재조합 라이브러리 또는 세포 게놈으로부터의 핵산 서열의 클로닝을 포함하나 이에 제한되지 않는 당업계에서 이용가능한 임의의 수단에 의해 및 합성 수단에 의해 수득되는 모든 핵산 서열을 포함하나 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "펩티드", "폴리펩티드" 및 "단백질"은 상호교환가능하게 사용되고 펩티드 결합에 의해 공유 결합된 아미노산 잔기로 구성된 화합물을 지칭한다. 단백질 또는 펩티드는 적어도 2개의 아미노산을 함유해야 하며, 단백질 또는 펩티드의 서열을 구성할 수 있는 최대 아미노산 수에는 제한이 없다. 폴리펩티드는 펩티드 결합에 의해 서로 결합된 2개 이상의 아미노산을 포함하는 임의의 펩티드 또는 단백질을 포함한다. 본원에서 사용된 바와 같이, 상기 용어는, 예를 들어, 당업계에서 일반적으로 펩티드, 올리고펩티드 및 올리고머로도 지칭되는 짧은 쇄 및 당업계에서 일반적으로 단백질로 지칭되는 보다 긴 쇄 둘 다를 지칭하며, 단백질에는 많은 유형이 있다. "폴리펩티드"는 예를 들어, 특히 생물학적 활성 단편, 실질적으로 상동인 폴리펩티드, 올리고펩티드, 동종이량체, 이종이량체, 폴리펩티드의 변이체, 변형된 폴리펩티드, 유도체, 유사체, 융합 단백질을 포함한다. 폴리펩티드는 천연 펩티드, 재조합 펩티드, 합성 펩티드 또는 이들의 조합을 포함한다.
항체와 관련하여 본원에서 사용될 때 용어 "특이적으로 결합한다"란, 특정 항원을 인식하지만, 샘플 중의 다른 분자를 실질적으로 인식하지 않거나 이에 결합하지 않는 항체를 의미한다. 예를 들어, 하나의 종으로부터의 항원에 특이적으로 결합하는 항체는 또한 하나 이상의 종으로부터의 항원에 결합할 수 있다. 그러나, 이러한 종간 반응성은 그 자체가 특이적인 것으로서 항체의 분류를 변경하지는 않는다. 또 다른 예에서, 항원에 특이적으로 결합하는 항체는 항원의 상이한 대립형질 형태에 결합할 수 있다. 그러나, 이러한 교차 반응성 자체는 특이적인 것으로서 항체의 분류를 변경하지 않는다. 일부 경우에, 용어 "특이적 결합" 또는 "특이적으로 결합하는"을 항체, 단백질 또는 펩티드와 제2 화학종과의 상호작용과 관련하여 사용하여, 상호작용이 화학종 상의 특정 구조(예를 들어, 항원 결정기 또는 에피토프)의 존재에 의존한다는 것을 의미할 수 있다; 예를 들어, 항체는 일반적으로 단백질보다는 특정 단백질 구조를 인식하고 이에 결합한다. 항체가 에피토프 "A"에 특이적인 경우, 표지된 "A" 및 항체를 함유하는 반응에서 에피토프 A(또는 유리, 비표지 A)를 함유하는 분자의 존재는 항체에 결합된 표지된 A의 양을 감소시킬 것이다.
용어 "치료적 유효량", "유효량" 또는 "충분한 양"은 포유동물, 예를 들어 인간을 포함하는 대상체에게 투여될 때, 원하는 결과를 달성하기에 충분한 양, 예를 들어 보호 면역 반응을 유발하기에 유효한 양을 의미한다. 본원에 기재된 화합물의 유효량은 면역원, 대상체의 연령, 성별 및 체중과 같은 요인에 따라 달라질 수 있다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 최적의 치료 반응을 달성하기 위해 투여량 또는 치료 요법이 조정될 수 있다. 예를 들어, 본원에 기재된 융합 단백질의 치료적 유효량의 투여는 측면에서 플라스모듐(Plasmodium) 또는 HIV와 같은 병원체에 대한 면역을 증가시키기에 충분하다. 또 다른 측면에서, 본원에 기재된 융합 단백질의 치료적 유효량의 투여는 암, HIV, 말라리아 또는 자가면역 질환과 같은 질환 또는 병태를 치료하기에 충분하다. 또 다른 측면에서, 본원에 기재된 융합 단백질의 치료적 유효량의 투여는 백신의 효능을 증가시키는 애쥬번트로서 작용하기에 충분하다. 또 다른 측면에서, 본원에 기재된 융합 단백질의 치료적 유효량의 투여는 질환 또는 감염의 획득을 예방하기에 충분하다.
또한, 치료적 유효량을 이용한 대상체의 치료 요법은 단일 투여로 이루어질 수 있거나, 대안적으로 일련의 적용을 포함할 수 있다. 치료 기간의 길이는 면역원, 대상체의 연령, 제제의 농도, 제제에 대한 환자의 반응성 또는 이들의 조합과 같은 다양한 요인에 의존한다. 또한, 치료에 사용되는 제제의 유효 투여량이 특정 치료 요법의 과정에 걸쳐 증가하거나 감소할 수 있다는 것이 이해될 것이다. 투여량의 변화가 일어날 수 있고 당업계에 공지된 표준 진단 분석에 의해 명백해질 수 있다. 본원에 기재된 융합 단백질은, 측면에서, 말라리아, HIV 또는 암과 같은 해당 질환 또는 장애에 대한 통상적인 요법에 의한 치료 전, 동안 또는 후에 투여될 수 있다. 예를 들어, 본원에 기재된 융합 단백질에 대해, 암을 치료하기 위한 면역요법과 조합하여 특정한 용도를 찾을 수 있다.
본원에서 사용된 용어 "형질감염된" 또는 "형질전환된" 또는 "형질도입된"은 외인성 핵산이 숙주 세포 내로 전달되거나 도입되는 과정을 지칭한다. "형질감염된" 또는 "형질전환된" 또는 "형질도입된" 세포는 외인성 핵산으로 형질감염, 형질전환 또는 형질도입된 세포이다. 세포는 1차 대상 세포 및 이의 자손을 포함한다.
본원에서 사용된 어구 "전사 조절 하에" 또는 "작동가능하게 연결된"은 프로모터가 RNA 폴리머라제에 의한 전사의 개시 및 폴리뉴클레오티드의 발현을 제어하기 위해 폴리뉴클레오티드와 관련하여 올바른 위치 및 배향에 있음을 의미한다.
"벡터"는 단리된 핵산을 포함하고 단리된 핵산을 세포의 내부로 전달하는 데 사용될 수 있는 물질의 조성물이다. 선형 폴리뉴클레오티드, 이온성 또는 양친매성 화합물과 연관된 폴리뉴클레오티드, 플라스미드 및 바이러스를 포함하나 이에 제한되지 않는 수많은 벡터가 당업계에 공지되어 있다. 따라서, 용어 "벡터"는 자율적으로 복제하는 플라스미드 또는 바이러스를 포함한다. 상기 용어는 또한 예를 들어 폴리리신 화합물, 리포좀 등과 같은, 세포 내로의 핵산 전달을 촉진하는 비-플라스미드 및 비-바이러스성 화합물을 포함하는 것으로 해석되어야 한다. 바이러스 벡터의 예는 아데노바이러스 벡터, 아데노-연관 바이러스 벡터, 레트로바이러스 벡터 등을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용된 용어 "대상체"는 동물계의 임의의 구성원, 전형적으로 포유동물을 지칭한다. 용어 "포유동물"은 인간, 기타 고등 영장류, 가축 및 농장 동물, 동물원, 스포츠 또는 애완 동물, 예컨대 개, 고양이, 소, 말, 양, 돼지, 염소, 토끼 등을 포함한 포유동물로 분류되는 임의의 동물을 의미한다. 전형적으로 포유동물은 인간이다.
하나 이상의 추가 치료제 "와 조합된" 투여는 동시(병렬) 투여 및 임의의 순서로 연속 투여를 포함한다.
용어 "약학적으로 허용되는"은 화합물 또는 화합물들의 조합이 약학적 용도를 위한 제형의 나머지 성분과 양립할 수 있고 미국 식품의약국에 의해 공포된 표준을 포함하는 확립된 정부 표준에 따라 인간에게 투여하는 것이 일반적으로 안전하다는 것을 의미한다.
용어 "약학적으로 허용되는 담체"는 용매, 분산매, 코팅, 항세균제, 항진균제, 등장제 및/또는 흡수 지연제 등을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 약학적으로 허용되는 담체의 사용은 널리 공지되어 있다.
용어 "애쥬번트"는 백신에 존재하고 백신에 존재하는 항원에 대한 면역 반응을 향상시키는 화합물 또는 혼합물을 지칭한다. 예를 들어, 애쥬번트는 본원에서 고려되는 백신에 존재하는 폴리펩티드 또는 본원에서 고려되는 이의 면역원성 단편 또는 변이체에 대한 면역 반응을 향상시킬 수 있다. 애주번트는 항원을 천천히 방출하는 조직 저장소로서 역할을 할 수 있으며 또한 면역 반응을 비특이적으로 향상시키는 림프계 활성화인자로서의 역할을 할 수 있다. 사용될 수 있는 애쥬번트의 예는 MPL-TDM 애쥬번트(모노포스포릴 지질 A/합성 트레할로스 디콜리노미콜레이트, 예를 들어 GSK Biologics로부터 입수가능)를 포함한다. 또 다른 적합한 애주번트는 면역자극성 애쥬번트 AS021/AS02 (GSK)이다. 이들 면역자극성 애주번트는 강력한 T 세포 반응을 제공하도록 제형화되고 QS-21, 퀼라이 사포나리아(Quillay saponaria)로부터의 사포닌, TL4 리간드, 모노포스포릴 지질 A를 지질 또는 리포솜 담체 함께 포함한다. 다른 애주번트는 비이온성 블록 공중합체 애주번트(예를 들어, CRL 1005), 인산알루미늄(예를 들어, AIPO.sub.4), R-848(Th1-유사 보조제), 이미퀴모드, PAM3CYS, 폴리(I:C), 록솔리빈, BCG(바실 칼메트-게렝(bacille Calmette-Guerin)) 및 코리네박테리움 파르붐(Corynebacterium parvum), CpG 올리고데옥시뉴클레오티드(OD), 콜레라 독소 유래 항원(예를 들어, CTA 1-DD), 지질다당류 애쥬번트, 완전 프로인트 애쥬번트, 불완전 프로인트 애쥬번트, 사포닌, 미네랄 겔, 예컨대 수산화알루미늄, 표면 활성 물질, 예컨대 리소레시틴, 플루로닉 폴리올, 다중음이온, 펩티드, 수중 오일 또는 탄화수소 에멀젼(예를 들어, Novartis Vaccines로부터 입수가능한 MF59 또는 Montanide ISA 720), 키홀 림펫 헤모시아닌 및 디니트로페놀을 포함하나, 이에 제한되지 않는다.
"변이체"는 비교 서열 내의 하나 이상의 아미노산 잔기의 삽입, 결실, 변형 및/또는 치환에 의해 비교 기준 서열과 상이한 아미노산 서열을 갖는 생물학적으로 활성인 융합 단백질, 항체 또는 이의 단편이다. 변이체는 일반적으로 비교 서열과 100% 미만의 서열 동일성을 갖는다. 그러나, 일반적으로 생물학적으로 활성인 변이체는 비교 서열과 적어도 약 70% 아미노산 서열 동일성, 예컨대 적어도 약 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 가질 것이다. 변이체는 비교 기준 서열의 생물학적 활성의 일부 수준을 보유하는 적어도 10개의 아미노산의 펩티드 단편을 포함한다. 또한, 변이체는 비교 서열의 N-말단 또는 C-말단에 또는 비교 서열 내에 하나 이상의 아미노산 잔기가 첨가된 폴리펩티드를 포함한다. 변이체는 또한 다수의 아미노산 잔기가 결실되고 임의로 하나 이상의 아미노산 잔기로 치환된 폴리펩티드를 포함한다. 변이체는 또한 예를 들어 천연 발생 아미노산 이외의 모이어티로의 치환에 의해 또는 비-천연 발생 아미노산을 생성하도록 아미노산 잔기를 변형시킴으로써 공유적으로 변형될 수 있다.
"아미노산 서열 동일성 퍼센트"는 본원에서 서열을 정렬시키고, 필요한 경우 갭을 도입하여 최대 서열 동일성 퍼센트를 달성한 후의 본 발명의 폴리펩티드와 같은 관심대상의 서열 내의 잔기와 동일한 후보 서열 내의 아미노산 잔기의 백분율로서 정의되고 서열 동일성의 일부분으로서 임의의 보존적 치환을 고려하지 않는다. 후보 서열 내로의 N-말단, C-말단 또는 내부 연장, 결실 또는 삽입은 서열의 동일성 또는 상동성에 영향을 주는 것으로 해석되지 않는다. "BLAST"와 같은 정렬을 위한 방법 및 컴퓨터 프로그램은 당업계에 널리 공지되어 있다.
본원의 목적상 "활성(active)" 또는 "활성(activity)"은 본원에 기재된 융합 단백질의 생물학적 활성 및/또는 면역학적 활성을 지칭하며, 여기서 "생물학적" 활성은 융합 단백질에 의해 유발되는 생물학적 기능(억제성 또는 자극성)을 지칭한다.
본원에 기재된 융합 단백질은 변형을 포함할 수 있다. 이러한 변형은 효과기 분자, 예컨대 항말라리아제 또는 애쥬번트에 대한 접합을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 변형은 또한 검출가능한 리포터 모이어티에 대한 접합을 포함하나 이에 제한되지 않는다. 반감기를 연장시키는 변형(예를 들어, 페길화)도 포함된다. 단백질 및 비단백질 제제는 당업계에 공지된 방법에 의해 융합 단백질에 접합될 수 있다. 접합 방법은 직접적 결합, 공유 부착된 링커를 통한 결합, 및 특이적 결합 쌍 구성원(예를 들어, 아비딘-비오틴)를 포함한다. 이러한 방법은 예를 들어 본원에서 참조로 통합된 문헌[Greenfield et al., Cancer Research 50, 6600-6607 (1990)]에 설명된 것들 및 둘 다 본원에 참조로 통합된 문헌[Amon et al., Adv. Exp. Med. Biol. 303, 79-90 (1991) 및 Kiseleva et al, MoI. Biol. (USSR)25, 508-514 (1991)]에 설명된 것들을 포함한다.
융합 단백질
융합 단백질이 본원에서 기재된다. 융합 단백질은 생체활성 모이어티에 연결된 나노케이지 단량체의 제1 나노케이지 단량체 서브유닛을 포함한다. 융합 단백질은 제2 나노케이지 단량체 서브유닛을 포함하는 단백질과 함께 자가-조립되어 나노케이지 단량체를 형성한다. 이러한 복수의 융합 단백질 쌍은 자가-조립되어 나노케이지를 형성한다. 이러한 방식으로, 생체활성 모이어티는 조립된 나노케이지의 내부 표면, 조립된 나노케이지의 외부 표면 또는 둘 다를 수식할 수 있다.
생체활성 모이어티는 융합 단백질의 일부가 될 수 있는 임의의 모이어티일 수 있고, 전형적으로 단백질이다. 전형적으로, 생체활성 모이어티는 항체 또는 이의 단편, 항원, 검출가능한 모이어티, 약제, 진단제 또는 이들의 조합을 포함한다.
생체활성 모이어티가 항체 및 이의 단편일 때, 이는 예를 들어 Fc 단편의 쇄 하나 또는 둘 다를 포함할 수 있다. Fc 단편은 이해될 수 있는 바와 같이 임의의 유형의 항체로부터 유래될 수 있지만 전형적으로 gG1 Fc 단편이다. Fc 단편은 융합 단백질 및/또는 융합 단백질을 포함하는 생성된 조립된 나노케이지의 반감기를 조절하는 하나 이상의 돌연변이, 예컨대 LS, YTE, LALA 및/또는 LALAP를 추가로 포함할 수 있다. 예를 들어, 반감기는 분, 일, 주 또는 심지어 개월의 단위일 수 있다.
더욱이, 생체이용률의 변화를 가능하게 하고 당업자에 의해 이해될 수 있는 Fc 서열 변형 및 다른 제제(예를 들어, 인간 혈청 알부민 펩티드 서열)의 첨가를 포함하는, 본원에 기재된 융합 단백질 및 나노케이지에서의 다른 치환이 고려된다. 또한, 본원에 기재된 융합 단백질 및 나노케이지는 면역원성 및 항약물 반응을 약화시키기 위해(치료제, 예를 들어, 숙주에 대한 서열 일치, 또는 면역억제 요법의 추가[예를 들어, FVIII에 대한 억제제의 발생률을 감소시키는데 있어 1차 전략인, 류마티스 관절염의 치료를 위한 또는 신생아 내용성(tolerance)의 유도를 위한 인플릭시맙을 투여할 때 메토트렉세이트(그 전체가 본원에 참조로 통합되는 문헌[DiMichele DM, Hoots WK, Pipe SW, Rivard GE, Santagostino E. International workshop on immune tolerance induction: consensus recommendations. Haemophilia. 2007;13:1-22]에서 검토됨)와 같은]) 또는 면역 반응을 향상시키기 위해(예를 들어, 백신용 세균 서열) 서열에서 또는 다른 제제의 첨가에 의해 조절될 수 있다.
다른 측면에서, 생체활성 모이어티가 항체 또는 이의 단편인 경우, 이는 예를 들어 Fab 단편의 중쇄 및/또는 경쇄를 포함할 수 있다. 항체 또는 이의 단편은 예를 들어 scFab 단편, scFv 단편 또는 sdAb 단편을 포함할 수 있다. 임의의 항체 또는 이의 단편이 본원에 기재된 융합 단백질에 사용될 수 있음이 이해될 것이다.
일반적으로, 본원에 기재된 융합 단백질은 Fab 경쇄 및/또는 중쇄와 회합되고, 이는 융합 단백질과 별도로 또는 연속적으로 생성될 수 있다.
항체 또는 이의 단편이 2개의 쇄, 예컨대 Fc 단편의 경우에 제1 및 제2 쇄, 또는 중쇄 및 경쇄를 포함하는 경우, 2개의 쇄는 임의로 링커에 의해 분리된다. 링커는 가요성 또는 강성일 수 있지만, 전형적으로 쇄가 적절하게 폴딩될 수 있도록 가요성이다. 링커는 일반적으로 융합 단백질에 일부 가요성을 부여할 정도로 충분히 길지만, 링커 길이는 나노케이지 단량체 및 생체활성 모이어티 서열 및 융합 단백질의 3차원 입체형태에 따라 달라질 수 있음이 이해될 것이다. 따라서, 링커는 전형적으로 약 1 내지 약 30개의 아미노산 잔기, 예컨대 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 또는 29개 내지 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30개의 아미노산 잔기, 예컨대 약 8 내지 약 16개의 아미노산 잔기, 예컨대 8, 10 또는 12개의 아미노산 잔기이다.
링커는 임의의 아미노산 서열일 수 있고, 하나의 전형적인 예에서, 링커는 GGS 반복부를 포함하고, 보다 전형적으로 링커는 약 2, 3, 4, 5 또는 6개의 GGS 반복부, 예컨대 약 4개의 GGS 반복부를 포함한다. 특정 측면에서, 링커는 다음과 적어도 70%(예컨대, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다:
Figure pct00019
전형적인 측면에서, 항체 또는 이의 단편은 항체-예방가능 및/또는 항체-치료가능 병태와 연관된 항원에 특이적으로 결합한다. 예를 들어, 항체 또는 이의 단편이 결합하는 항원은 바이러스(예를 들어, HIV-1을 포함하는 HIV, 인플루엔자, RSV, 로타바이러스), 세균(예를 들어, TB, 씨. 디피실레) 기생충(예를 들어, 말라리아), 진균 또는 효모를 포함하는 감염원, 고형 암 및 액형 암을 포함하는 암(예를 들어, CD19, CD22, CD79, BCMA 또는 CD20), 또는 자가면역 질환을 포함하는 면역 질환과 연관될 수 있다. 전형적으로, 항원은 HIV-1과 연관되고 항체 또는 이의 단편은 예를 들어 이발리주맙-A12P, 10E8, 10E8.v4, N49P7, PGDM1400, 10-1074, VRC01 또는 이들의 조합을 포함한다.
특정 예에서, 항체 또는 이의 단편은 다음의 서열 중 하나 이상과 적어도 70%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다:
Fc 쇄 1:
Figure pct00020
Fc 쇄 2:
Figure pct00021
이발리주맙-A12P 경쇄:
Figure pct00022
이발리주맙-A12P 중쇄:
Figure pct00023
10E8.v4 경쇄:
Figure pct00024
10E8.v4 중쇄:
Figure pct00025
N49P7 경쇄:
Figure pct00026
N49P7 중쇄:
Figure pct00027
PGDM1400 경쇄:
Figure pct00028
PGDM1400 중쇄:
Figure pct00029
또는 이들의 조합.
추가 측면에서, 항체 또는 이의 단편은 항원, 검출가능한 모이어티(예를 들어, 소분자, 형광 분자, 방사성 동위원소 또는 자기 입자), 약제, 진단제 또는 이들의 조합과 같은 추가 모이어티에 접합되거나 회합되고, 예를 들어 항체-약물 접합체를 포함할 수 있다.
생체활성 모이어티가 항원인 측면에서, 항원은 예를 들어 백신-예방가능한 및/또는 백신-치료가능한 병태와 연관될 수 있다. 이러한 경우에, 항원은 예를 들어 바이러스, 세균, 기생충, 진균 또는 효모를 포함하는 감염원, 고형 암 및 액형 암을 포함하는 암, 또는 자가면역 질환을 포함하는 면역 질환과 연관될 수 있다.
생체활성 모이어티가 검출가능한 모이어티인 측면에서, 검출가능한 모이어티는 형광 단백질, 예컨대 GFP, EGFP, 아메트린 및/또는 플라빈-기반 형광 단백질, 예컨대 LOV-단백질, 예컨대 iLOV를 포함할 수 있다.
생체활성 모이어티가 약제인 측면에서, 약제는 예를 들어 소분자, 펩티드, 지질, 탄수화물 또는 독소를 포함할 수 있다.
전형적인 측면에서, 본원에 기재된 융합 단백질로부터 조립된 나노케이지는 약 3 내지 약 100개의 나노케이지 단량체, 예컨대 약 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 55, 56, 58, 60, 62, 64, 66, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96 또는 98개 내지 약 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50, 52, 55, 56, 58, 60, 62, 66, 68, 70, 72, 74, 76, 78, 80, 82, 84, 86, 88, 90, 92, 94, 96, 98 또는 100개의 나노케이지 단량체, 예컨대 24, 32 또는 60개의 단량체를 포함한다. 나노케이지 단량체는 천연, 합성 또는 부분 합성의 임의의 공지된 나노케이지 단량체일 수 있으며, 측면에서 페리틴, 아포페리틴, 엔캡슐린, SOR, 루마진 신타제, 피루베이트 데하이드로게나제, 카복시좀, 볼트 단백질, GroEL, 열 충격 단백질, E2P, MS2 외피 단백질, 이들의 단편 및 이들의 변이체로부터 선택된다. 전형적으로, 나노케이지 단량체는 페리틴 또는 아포페리틴이다.
아포페리틴이 나노케이지 단량체로서 선택되는 경우, 전형적으로 제1 및 제2 나노케이지 단량체 서브유닛은 아포페리틴의 "N" 영역 및 "C" 영역을 상호교환가능하게 포함한다. 다른 나노케이지 단량체는 본원에 기재된 아포페리틴과 매우 유사한 이분형 서브유닛으로 분할될 수 있어, 서브유닛이 자가-조립되고 각각 생체활성 모이어티와 융합될 수 있음이 이해될 것이다.
전형적으로, 아포페리틴의 "N" 영역은 다음과 적어도 70%(예컨대, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다:
Figure pct00030
전형적으로, 아포페리틴의 "C" 영역은 다음과 적어도 70%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다:
Figure pct00031
측면에서, 본원에 기재된 융합 단백질은 전술한 링커와 매우 유사하게 나노케이지 단량체 서브유닛과 생체활성 모이어티 사이에 링커를 추가로 포함한다. 다시 말하면, 링커는 가요성 또는 강성일 수 있지만, 전형적으로 생체활성 모이어티가 활성을 유지하고 나노케이지 단량체 서브유닛 쌍이 자가-조립 특성을 유지할 수 있도록 가요성이다. 링커는 일반적으로 융합 단백질에 일부 가요성을 부여할 정도로 충분히 길지만, 링커 길이는 나노케이지 단량체 및 생체활성 모이어티 서열 및 융합 단백질의 3차원 입체형태에 따라 달라질 수 있음이 이해될 것이다. 따라서, 링커는 전형적으로 약 1 내지 약 30개의 아미노산 잔기, 예컨대 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28 또는 29개 내지 약 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30개의 아미노산 잔기, 예컨대 약 8 내지 약 16개의 아미노산 잔기, 예컨대 8, 10 또는 12개의 아미노산 잔기이다.
링커는 임의의 아미노산 서열일 수 있고, 하나의 전형적인 예에서, 링커는 GGS 반복부를 포함하고, 보다 전형적으로 링커는 약 2, 3, 4, 5 또는 6개의 GGS 반복부, 예컨대 약 4개의 GGS 반복부를 포함한다. 특정 측면에서, 링커는 다음과 적어도 70%(예컨대, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다:
ASTASSASSGGGGGGSGGSGGSGGS.
유사하게, 융합 단백질은 융합 단백질의 하나 이상의 속성을 개선하기 위한 C-말단 링커를 추가로 포함할 수 있다. 측면에서, 링커는 GGS 반복부를 포함하고, 보다 전형적으로, 링커는 약 2, 3, 4, 5 또는 6개의 GGS 반복부, 예컨대 약 4개의 GGS 반복부를 포함한다. 특정 측면에서, C-말단 링커는 다음과 적어도 70%(예컨대, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다:
GGSGGSGGSGGSGGGASGGS.
또한, 본원에는 전술한 융합 단백질의 한 쌍이 기재되며, 여기서 상기 쌍은 자가-조립하여 나노케이지 단량체를 형성하고, 제1 및 제2 나노케이지 단량체 서브유닛은 상이한 생체활성 모이어티에 융합된다. 이것은 한 쌍의 서브유닛로부터 조립된 단일 나노케이지 단량체에 다가 및/또는 다중특이성을 제공한다.
소정 측면에서, 융합 단백질은 항원을 추가로 포함할 수 있다. 이러한 측면은 국제특허출원 제WO 2019/023812호에 명시적으로 설명되어 있으며, 이는 그 전체가 본원에 참조로 통합된다. 간략하게, 이러한 측면에서, 항원은 적어도 제1 및 제2 항체-결합 에피토프를 갖고; 항체 또는 이의 단편은 적어도 제1 항원 에피토프에 특이적이다. 제1 항원 에피토프에 대한 항체 또는 이의 단편의 결합은 항원-결합 모이어티에 대한 결합을 위한 제2 항원 에피토프를 제시하고/하거나 제1 항체-결합 에피토프는 항체 또는 이의 단편에 결합하고, 여기서 상기 결합은 항체 또는 이의 단편과 관련하여 상기 제2 항체-결합 에피토프를 제시한다.
다른 측면에서, 항체 또는 이의 단편은 상기 열거된 것과 같은 임의의 항원에 대해 유도될 수 있다. 전형적으로, 항원은 암 또는 감염원, 예컨대 A형, B형, C형 간염, HIV, 미코박테리아, 말라리아 병원체, SARS 병원체, 헤르페스바이러스, 인플루엔자바이러스, 폴리오바이러스로부터 또는 세균성 병원체, 예컨대 클라미디아 및 미코박테리아로부터 또는 공동-동원 및 세포독성 사멸을 위한 자가반응성 B 세포 또는 임의의 T 세포로부터 유래된다.
본원에 기재된 융합 단백질에 대해, 대안적으로 치료제 또는 진단제로서의 용도를 찾을 수 있다. 따라서, 측면에서 항체 또는 이의 단편은 예를 들어 종양 항원 또는 자가항원에 특이적일 수 있다.
실질적으로 동일한 서열은 하나 이상의 보존적 아미노산 돌연변이를 포함할 수 있다. 참조 서열에 대한 하나 이상의 보존적 아미노산 돌연변이가 참조 서열과 비교하여 생리학적, 화학적 또는 기능적 특성에 실질적인 변화가 없는 돌연변이 펩티드를 생성할 수 있다는 것이 당업계에 공지되어 있고; 이러한 경우에, 참조 및 돌연변이 서열은 "실질적으로 동일한" 폴리펩티드로 간주될 것이다. 보존적 아미노산 돌연변이는 아미노산의 추가, 결실 또는 치환을 포함할 수 있고; 보존적 아미노산 치환은 본원에서 아미노산 잔기의 유사한 화학적 특성(예를 들어, 크기, 전하 또는 극성)을 갖는 또 다른 아미노산 잔기로의 치환으로서 정의된다.
비제한적인 예에서, 보존적 돌연변이는 아미노산 치환일 수 있다. 이러한 보존적 아미노산 치환은 염기성, 중성, 소수성 또는 산성 아미노산을 동일한 그룹의 다른 아미노산으로 치환할 수 있다. 용어 "염기성 아미노산"이란, 전형적으로 생리학적 pH에서 양으로 하전된 7 초과의 측쇄 pK 값을 갖는 친수성 아미노산을 의미한다. 염기성 아미노산은 히스티딘(His 또는 H), 아르기닌(Arg 또는 R) 및 리신(Lys 또는 K)을 포함한다. 용어 "중성 아미노산"(또한 "극성 아미노산")이란, 생리학적 pH에서 비하전되지만 2개의 원자에 의해 공통적으로 공유된 전자의 쌍이 원자 중 하나에 의해 보다 가깝게 유지되는 적어도 1개의 결합을 갖는 측쇄를 갖는 친수성 아미노산을 의미한다. 극성 아미노산은 세린(Ser 또는 S), 트레오닌(Thr 또는 T), 시스테인(Cys 또는 C), 티로신(Tyr 또는 Y), 아스파라긴(Asn 또는 N) 및 글루타민(Gln 또는 Q)을 포함한다. 용어 "소수성 아미노산"(또한 "비극성 아미노산")은 Eisenberg(1984)의 정규화된 컨센서스 소수성 척도에 따라 0 초과의 소수성을 나타내는 아미노산을 포함하는 것으로 의미된다. 소수성 아미노산은 프롤린(Pro 또는 P), 이소류신(Ile 또는 I), 페닐알라닌(Phe 또는 F), 발린(Val 또는 V), 류신(Leu 또는 L), 트립토판(Trp 또는 W), 메티오닌(Met 또는 M), 알라닌(Ala 또는 A) 및 글리신(Gly 또는 G)을 포함한다.
"산성 아미노산"은 전형적으로 음으로 하전된 7 미만의 측쇄 pK 값을 갖는 친수성 아미노산을 지칭한다. 산성 아미노산은 글루타메이트(Glu 또는 E) 및 아스파테이트(Asp 또는 D)를 포함한다.
서열 동일성은 2개의 서열의 유사성을 평가하는 데 사용되며; 이는 2개의 서열이 잔기 위치 사이에 최대 상응성을 위해 정렬되는 경우 동일한 잔기의 퍼센트를 계산함으로써 결정된다. 임의의 공지된 방법이 서열 동일성을 계산하는 데 사용될 수 있으며; 예를 들어, 컴퓨터 소프트웨어가 서열 동일성을 계산하는 데 이용가능하다. 제한하고자 함이 없이, 서열 동일성은 스위스 인스티튜트 오브 바이오인포매틱스 (Swiss Institute of Bioinformatics)에 의해 유지되는(그리고 ca.expasy.org/tools/blast/에서 발견되는) NCBI BLAST2 서비스, BLAST-P, 블라스트 (Blast)-N, 또는 FASTA-N와 같은 소프트웨어 또는 당업계에 공지된 임의의 다른 적절한 소프트웨어에 의해 계산될 수 있다.
본 발명의 실질적으로 동일한 서열은 적어도 85% 동일할 수 있고; 또 다른 예에서, 실질적으로 동일한 서열은 본원에 기재된 서열에 대해 아미노산 수준에서 적어도 70, 75, 80, 85, 90, 95, 96, 97, 98, 99 또는 100%(또는 이들 사이의 임의의 백분율) 동일할 수 있다. 특정 측면에서, 실질적으로 동일한 서열은 참조 서열의 활성 및 특이성을 보유한다. 비제한적 실시양태에서, 서열 동일성의 차이는 보존적 아미노산 돌연변이(들)로 인한 것일 수 있다.
본 발명의 폴리펩티드 또는 융합 단백질은 또한 이들의 발현, 검출 또는 정제를 보조하기 위한 추가의 서열을 포함할 수 있다. 당업자에게 공지된 임의의 이러한 서열 또는 태그가 사용될 수 있다. 예를 들어, 제한하고자 함이 없이, 융합 단백질은 표적화 또는 신호 서열(예를 들어, ompA가 있지만 이에 제한되지 않음), 검출 태그를 포함할 수 있으며, 예시적인 태그 카세트는 Strep 태그 또는 이들의 임의의 변이체; 예를 들어, 미국 특허 제7,981,632호 참조, His 태그, 서열 모티프 DYKDDDDK를 갖는 플래그(Flag) 태그, Xpress 태그, Avi 태그, 칼모둘린 태그, 폴리글루타메이트 태그, HA 태그, Myc 태그, Nus 태그, S 태그, SBP 태그, Softag 1, Softag 3, V5 태그, CREB-결합 단백질(CBP), 글루타티온 S-트랜스퍼라제(GST), 말토스 결합 단백질(MBP), 녹색 형광 단백질(GFP), 티오레독신 태그 또는 이의 임의의 조합; 정제 태그(예를 들어, His5 또는 His6이 있지만 이에 제한되지 않음) 또는 이들의 조합을 포함한다.
다른 예에서, 추가의 서열은 WO 95/04069에서 크로난(Cronan) 등 또는 WO/2004/076670에서 보게스(Voges) 등에 의해 설명된 바와 같은 비오틴 인식 부위일 수 있다. 당업자에게 또한 공지된 바와 같이, 링커 서열은 추가의 서열 또는 태그와 함께 사용될 수 있다.
보다 구체적으로, 태그 카세트는 높은 친화성 또는 결합력으로 항체에 특이적으로 결합할 수 있는 세포외 성분을 포함할 수 있다. 단일쇄 융합 단백질 구조 내에서, 태그 카세트는 (a) 커넥터 영역에 대해 아미노-말단에 바로 위치하거나, (b) 링커 모듈 사이에 개재되어 이를 연결하거나, (c) 결합 도메인에 대해 카복시-말단에 바로 위치하거나, (d) 결합 도메인(예를 들어, scFv 또는 scFab)과 효과기 도메인 사이에 개재되어 이를 연결하거나, (e) 결합 도메인의 서브유닛 사이에 개재되어 이를 연결하거나, (f) 단일쇄 융합 단백질의 아미노-말단에 위치할 수 있다. 소정 실시양태에서, 하나 이상의 접합 아미노산은 태그 카세트와 소수성 부분 사이에 배치되고 이를 연결할 수 있거나, 태그 카세트와 커넥터 영역 사이에 배치되고 이를 연결할 수 있거나, 태그 카세트와 링커 모듈 사이에 배치되고 이를 연결할 수 있거나, 태그 카세트와 결합 도메인 사이에 배치되고 이를 연결할 수 있다.
또한 다양한 방법론을 사용하여 표면에 고정화된, 단리되거나 정제된 융합 단백질, 폴리펩티드 또는 이의 단편이 본원에서 포함된다; 예를 들어, 제한하고자 함이 없이, 폴리펩티드는 His-태그 커플링, 비오틴 결합, 공유 결합, 흡착 등을 통해 표면에 연결되거나 커플링될 수 있다. 고체 표면은 임의의 적합한 표면일 수 있으며, 예를 들어 마이크로티터 플레이트의 웰 표면, 표면 플라즈몬 공명(SPR) 센서칩의 채널, 막, 비드(예컨대, 자기-기반 또는 세파로스-기반 비드 또는 기타 크로마토그래피 수지), 유리, 필름 또는 임의의 기타 유용한 표면일 수 있지만 이에 제한되지 않는다.
다른 측면에서, 융합 단백질은 카고 분자에 연결될 수 있고; 융합 단백질은 카고 분자를 원하는 부위로 전달할 수 있고, 당업계에 공지된 임의의 방법(재조합 기술, 화학적 접합, 킬레이트화 등)을 사용하여 카고 분자에 연결될 수 있다. 카고 분자는 치료제 또는 진단제와 같은 임의의 유형의 분자일 수 있다. 예를 들어, 어떠한 방식으로든 제한하고자 함이 없이, 치료제는 방사성면역요법을 위해 사용될 수 있는 방사성동위원소일 수 있고; 독소, 예컨대 면역독소; 사이토카인, 예컨대 면역사이토카인; 세포독소; 아폽토시스 유도제; 효소; 면역요법을 위한 항암 항체; 또는 당업계에 공지된 임의의 다른 적합한 치료 분자일 수 있다. 대안으로, 진단제는 방사성 동위원소, 상자성 표지, 예컨대 가돌리늄 또는 산화철, 형광단, 근적외선(NIR) 형광색소 또는 염료(예컨대, Cy3, Cy5.5, Alexa680, Dylight680 또는 Dylight800), 검출가능한 단백질 기반 분자에 융합된 친화성 표지(예를 들어, 비오틴, 아비딘 등), 또는 영상화 방법에 의해 검출될 수 있는 기타 적합한 제제를 포함할 수 있지만, 이에 제한되지는 않는다. 구체적이고 비제한적인 예에서, 융합 단백질은 FITC와 같은 형광제에 연결될 수 있거나 강화된 녹색 형광 단백질(EGFP)에 유전적으로 융합될 수 있다.
일부 측면에서, 카고 분자는 단백질이고, 카고 분자가 나노케이지 내부에 함유되도록 융합 단백질에 융합된다. 다른 측면에서, 카고 분자는 융합 단백질에 융합되지 않고 나노케이지 내부에 함유된다. 카고 분자는 전형적으로 단백질, 소분자, 방사성 동위원소 또는 자기 입자이다.
본원에 기재된 융합 단백질은 이들의 표적에 특이적으로 결합한다. 항원의 특정 에피토프에 대한 항체의 선택적 인식을 지칭하는 항체 특이성은 본원에 기재된 항체 또는 단편의 친화성 및/또는 결합력에 기반하여 결정될 수 있다. 항원과 항체의 해리에 대한 평형 상수(KD)로 나타내지는 친화성은 항원 결정기(에피토프)와 항체 결합 부위 사이의 결합 강도를 측정한다. 결합력은 항체와 이의 항원 사이의 결합 강도의 척도이다. 항체는 전형적으로 10-5 내지 10-11 M의 KD로 결합한다. 10-4 M 초과의 임의의 KD는 일반적으로 비특이적 결합을 나타내는 것으로 간주된다. KD 값이 작을수록, 항원 결정기와 항체 결합 부위 사이의 결합 강도는 더 강해진다. 측면에서, 본원에 기재된 항체는 10-4 M, 10-5 M, 10-6 M, 10-7 M, 10-8 M, 10-9 M, 10-10 M, 10-11 M 또는 10-12 M 미만의 KD를 갖는다.
또한 본원에 기재된 적어도 하나의 융합 단백질 및 상기 융합 단백질과 자가-조립하여 나노케이지 단량체를 형성하는 적어도 하나의 제2 나노케이지 단량체 서브유닛을 포함하는 나노케이지가 본원에서 기재된다. 추가로, 융합 단백질의 쌍이 본원에서 기재되며, 여기서 상기 쌍은 자가-조립하여 나노케이지 단량체를 형성하고, 제1 및 제2 나노케이지 단량체 서브유닛은 상이한 생체활성 모이어티에 융합된다.
나노케이지가 다수의 동일한 융합 단백질, 다수의 상이한 융합 단백질(따라서 다가 및/또는 다중특이적임), 융합 단백질과 야생형 단백질의 조합 및 이들의 임의의 조합으로부터 자가-조립될 수 있다는 것이 이해할 것이다. 예를 들어, 나노케이지는 면역요법을 위한 적어도 하나의 항암 항체와 조합된 본원에 기재된 융합 단백질 중 적어도 하나로 내부 및/또는 외부가 수식될 수 있다. 전형적인 측면에서, 나노케이지 단량체의 약 20% 내지 약 80%는 본원에 기재된 융합 단백질을 포함한다. 본원에 기재된 모듈식 해결책의 관점에서, 각 나노케이지 단량체가 2개의 서브유닛으로 나뉠 수 있고 각각이 상이한 생체활성 모이어티에 독립적으로 결합할 수 있기 때문에, 나노케이지는 이론상 나노케이지 내에 있는 단량체보다 최대 2배 많은 생체활성 모이어티를 포함할 수 있다. 이러한 모듈성은 특정 예에서 본원에 기재된 바와 같은 생체활성 모이어티의 임의의 원하는 비를 4개의 상이한 생체활성 모이어티의 4:2:1:1 비를 달성하기 위해 이용될 수 있다는 것을 이해할 것이다. 예를 들어, 본원에 기술된 나노케이지는 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 상이한 생체활성 모이어티를 포함할 수 있다. 이러한 방식으로, 나노케이지는 다가 및/또는 다중특이적일 수 있고 이 정도는 비교적 쉽게 제어될 수 있다.
측면에서, 본원에 기재된 나노케이지는 나노케이지 단량체 서브유닛에 연결된 것으로 본원에 기재된 생체활성 모이어티와 동일하거나 상이할 수 있는 생체활성 모이어티에 임의로 융합된 적어도 하나의 전체 나노케이지 단량체를 추가로 포함할 수 있다.
전형적인 측면에서, 본원에 기재된 나노케이지는 제1, 제2 및 제3 융합 단백질, 및 생체활성 잔기에 임의로 융합된 적어도 하나의 전체 나노케이지 단량체를 포함하며, 여기서 제1, 제2 및 제3 융합 단백질 및 전체 나노케이지 단량체의 생체활성 모이어티는 모두 서로 다르다.
보다 전형적으로, 제1, 제2 및 제3 융합 단백질은 각각 N-페리틴 또는 C-페리틴에 융합된 항체 또는 이의 단편을 포함하며, 여기서 제1, 제2 및 제3 융합 단백질 중 적어도 하나는 N-페리틴에 융합되고 제1, 제2 및 제3 융합 단백질 중 적어도 하나는 C-페리틴에 융합된다. 예를 들어, 제1 융합 단백질의 항체 또는 이의 단편은 전형적으로 Fc 단편이고; 제2 및 제3 융합 단백질은 전형적으로 HIV와 같은 바이러스의 상이한 항원에 특이적인 항체 또는 이의 단편을 각각 포함하거나, 제2 및 제3 융합 단백질 중 하나는 HIV와 같은 바이러스의 항원에 특이적인 항체 또는 이의 단편을 포함하고 제3 융합 단백질은 CD4 수용체와 같은 상이한 항원에 특이적인 항체 또는 이의 단편을 포함하고; 전체 나노케이지 단량체는 임의로 HIV와 같은 동일한 바이러스의 또 다른 상이한 항원에 특이적인 생체활성 모이어티에 융합된다.
측면에서, 제2 융합 단백질의 항체 또는 이의 단편은 N49P7 또는 iMab A12P이고; 제3 융합 단백질의 항체 또는 이의 단편은 10E8v4이다. 전형적인 측면에서, 본원에 기재된 나노케이지는 다음의 4가지 융합 단백질을 임의로 4:2:1:1: 비로 포함한다:
a. 전장 페리틴에 융합된 PGDM1400(임의로 scPGDM1400);
b. N-페리틴에 융합된 Fc(임의로 scFc);
c. C-페리틴에 융합된 N49P7 또는 iMab A12P(임의로 scN49P7 또는 sciMab A12P); 및
d. C-페리틴에 융합된 10E8v4(임의로 sc10E8v4).
측면에서, 나노케이지는 다음의 서열 중 하나 이상과 적어도 70%(예컨대, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 구성되고, 서열에서 페리틴 서브유닛은 볼드체로 표시되고, 링커는 밑줄로 표시되고, 경쇄는 이탤릭체로 표시되고, 중쇄는 소문자로 표시된다:
a. PGDM1400-hFerr:
Figure pct00032
b. Fc-N-hFerr LS
Figure pct00033
c1. N49P7-C-hFerr
Figure pct00034
c2. 이발리주맙-A12P-C-hFerr
Figure pct00035
또는
d. 10E8.v4-C-hFerr
Figure pct00036
일반적으로 본원에 기재된 나노케이지는 중공이고, 따라서 약제, 진단제 및/또는 영상화제와 같은 카고 분자를 운반할 수 있다는 것이 이해될 것이다. 일반적으로 카고 분자는 융합 단백질과 융합되지 않고 나노케이지 내부에 함유되지만, 카고 분자는 대안적으로 단백질이고, 카고 분자가 나노케이지 내부에 함유되도록 융합 단백질에 융합될 수 있다.
측면에서, 카고 분자는 내부에 함유되어 T-세포 에피토프를 제공하지만, 임의로 B-세포 에피토프는 제공하지 않는다. 대안적으로, 카고 분자는 융합 단백질에 융합되고 내부에 함유되어 T-세포 에피토프를 제공하지만, 임의로 B-세포 에피토프는 제공하지 않는다.
카고 분자는 형광 단백질, 예컨대 GFP, EGFP, 아메트린 및/또는 플라빈-기반 형광 단백질, 예컨대 LOV-단백질, 예컨대 iLOV일 수 있고/있거나 카고 분자는 소분자, 방사성 동위원소 또는 자기 입자일 수 있다.
또한, 나노케이지는 표면에 항원을 추가로 포함할 수 있으며, 이는 나노케이지 단량체와의 융합 단백질로서 발현될 수 있다.
본원에 기재된 나노케이지를 포함하는 백신뿐만 아니라, 치료용 또는 예방용 조성물과 같은 나노케이지를 포함하는 조성물이 본원에서 또한 기재된다. 질환 또는 병태를 치료 및/또는 예방하기 위한 관련 방법 및 용도가 또한 기재되며, 상기 방법 또는 용도는 이를 필요로 하는 대상체에게 본원에 기재된 나노케이지, 백신 또는 조성물을 투여하는 것을 포함한다. 나노케이지는 생체활성 요법 또는 보다 구체적으로 항체 요법이 사용될 수 있는 임의의 질환 또는 병태의 치료에 사용될 수 있지만, 예를 들어 질환 또는 병태는 전형적으로 암, 감염성 질환, 예컨대 HIV, 말라리아, 인플루엔자, RSV, 로타바이러스 또는 자가면역 질환이다.
본원에 기재된 융합 단백질 및 폴리펩티드를 코딩하는 핵산 분자뿐만 아니라, 핵산 분자를 포함하는 벡터 및 벡터를 포함하는 숙주 세포도 본원에 기재된다.
본원에 기재된 융합 단백질을 코딩하는 폴리뉴클레오티드는 본 발명의 폴리뉴클레오티드의 핵산 서열과 실질적으로 동일한 핵산 서열을 갖는 폴리뉴클레오티드를 포함한다. "실질적으로 동일한" 핵산 서열은 본원에서 2개의 서열을 (적절한 뉴클레오티드 삽입 또는 결실에 의해) 최적으로 정렬시키고 비교하여 2개의 서열 사이의 뉴클레오티드의 정확한 일치를 결정할 때, 다른 핵산 서열에 대해 적어도 70%, 적어도 75%, 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95% 동일성을 갖는 서열로서 정의된다.
항체의 단편을 코딩하는 폴리뉴클레오티드의 적절한 공급원은 전장 항체를 발현하는 하이브리도마 및 비장 세포와 같은 임의의 세포를 포함한다. 단편은 항체 등가물로서 그 자체로 사용될 수 있거나, 전술한 바와 같이 등가물로 재조합될 수 있다. 이 섹션에서 설명하는 DNA의 결실 및 재조합은 "항체의 기능적 등가물"이라는 제목의 섹션에서 상기 열거된 공개 특허출원에 기재된 방법과 같은 공지된 방법 및/또는 하기에 설명하는 것과 같은 다른 표준 재조합 DNA 기술에 의해 수행될 수 있다. DNA의 또 다른 공급원은 당업계에 공지된 바와 같은 파지 디스플레이 라이브러리로부터 생산된 단일쇄 항체이다.
추가적으로, 발현 서열, 프로모터 및 인핸서 서열에 작동가능하게 연결된 이전에 기재된 폴리뉴클레오티드 서열을 함유하는 발현 벡터가 제공된다. 효모 및 포유동물 세포 배양 시스템을 포함하나 이에 제한되지 않는 원핵생물, 예컨대 세균 및 진핵생물 시스템에서 항체 폴리펩티드의 효율적인 합성을 위한 다양한 발현 벡터가 개발되었다. 본 발명의 벡터는 염색체, 비염색체 및 합성 DNA 서열의 세그먼트를 포함할 수 있다.
임의의 적합한 발현 벡터가 사용될 수 있다. 예를 들어, 원핵생물 클로닝 벡터는 colE1, pCR1, pBR322, pMB9, pUC, pKSM 및 RP4와 같은 이. 콜라이 유래의 플라스미드를 포함한다. 원핵생물 벡터는 또한 ML3과 같은 파지 DNA의 유도체 및 다른 섬유상 단일-가닥 DNA 파지를 포함한다. 효모에서 유용한 벡터의 예는 2μ 플라스미드이다. 포유동물 세포에서의 발현에 적합한 벡터는 SV-40의 널리 공지된 유도체, 아데노바이러스, 레트로바이러스 유래의 DNA 서열, 및 전술한 것과 같은 기능적 포유동물 벡터의 조합으로부터 유래된 셔틀 벡터, 및 기능적 플라스미드 및 파지 DNA를 포함한다.
추가의 진핵생물 발현 벡터는 당업계에 공지되어 있다(예를 들어, P J. Southern & P. Berg, J. Mol. Appl. Genet, 1:327-341 (1982); Subramani et al, Mol. Cell. Biol, 1: 854-864 (1981); Kaufinann & Sharp, "Amplification And Expression of Sequences Cotransfected with a Modular Dihydrofolate Reductase Complementary DNA Gene," J. Mol. Biol, 159:601-621 (1982); Kaufhiann & Sharp, Mol. Cell. Biol, 159:601-664 (1982); Scahill et al., "Expression And Characterization Of The Product Of A Human Immune Interferon DNA Gene In Chinese Hamster Ovary Cells," Proc. Nat'l Acad. Sci USA, 80:4654-4659 (1983); Urlaub & Chasin, Proc. Nat'l Acad. Sci USA, 77:4216-4220, (1980); 이들은 모두 본원에 참조로 통합된다).
발현 벡터는 전형적으로 발현될 DNA 서열 또는 단편에 작동가능하게 연결된 적어도 하나의 발현 제어 서열을 함유한다. 클로닝된 DNA 서열의 발현을 제어하고 조절하기 위해, 제어 서열이 벡터에 삽입된다. 유용한 발현 제어 서열의 예는 lac 시스템, trp 시스템, tac 시스템, trc 시스템, 파지 람다의 주요 오퍼레이터 및 프로모터 영역, fd 외피 단백질의 제어 영역, 효모의 해당 프로모터, 예를 들어 3-포스포글리세레이트 키나제에 대한 프로모터, 효모 산 포스파타제의 프로모터, 예를 들어 Pho5, 효모 알파-교배 인자의 프로모터, 및 폴리오마, 아데노바이러스, 레트로바이러스 및 시미안 바이러스로부터 유래된 프로모터, 예를 들어 초기 및 후기 프로모터 또는 SV40, 및 원핵 세포 또는 진핵 세포 및 이들의 바이러스 또는 이들의 조합의 유전자의 발현을 제어하는 것으로 공지된 기타 서열이다.
이전에 기재된 발현 벡터를 함유하는 재조합 숙주 세포도 본원에 기재된다. 본원에 기재된 융합 단백질은 하이브리도마 이외의 세포주에서 발현될 수 있다. 본 발명에 따른 폴리펩티드를 코딩하는 서열을 포함하는 핵산은 적합한 포유동물 숙주 세포의 형질전환을 위해 사용될 수 있다.
특히 선호되는 세포주는 높은 수준의 발현, 관심대상 단백질의 구성적 발현 및 숙주 단백질로부터의 최소한의 오염에 기반하여 선택된다. 발현을 위한 숙주로서 이용가능한 포유류 세포주는 당업계에 널리 공지되어 있으며 중국 햄스터 난소(CHO) 세포, 새끼 햄스터 신장(BHK) 세포 및 기타 많은 세포와 같지만 이에 제한되지 않는 많은 불멸화 세포주를 포함한다. 적합한 추가의 진핵 세포는 효모 및 다른 진균을 포함한다. 유용한 원핵생물 숙주는 예를 들어 이. 콜라이 SG-936, 이. 콜라이 HB 101, 이. 콜라이 W3110, 이. 콜라이 X1776, 이. 콜라이 X2282, 이. 콜라이 DHI 및 이. 콜라이 MRC1과 같은 이. 콜라이, 슈도모나스, 바실러스 서브틸리스와 같은 바실러스 및 스트렙토마이세스를 포함한다.
본 발명의 이들 재조합 숙주 세포는 폴리펩티드의 발현을 허용하는 조건 하에 세포를 배양하고, 숙주 세포 또는 숙주 세포를 둘러싸는 배지로부터 폴리펩티드를 정제함으로써 융합 단백질을 제조하는데 사용될 수 있다. 재조합 숙주 세포에서의 분비를 위한 발현된 폴리펩티드의 표적화는 관심대상의 항체-코딩 유전자의 5' 말단에 신호 또는 분비 리더 펩티드-코딩 서열을 삽입함으로써 촉진될 수 있다(문헌[Shokri et al, (2003) Appl Microbiol Biotechnol. 60(6): 654-664, Nielsen et al, Prot. Eng., 10:1-6 (1997); von Heinje et al., Nucl. Acids Res., 14:4683-4690 (1986); 이들 모두는 본원에서 참조로 통합된다] 참조). 이들 분비 리더 펩티드 요소는 원핵생물 서열 또는 진핵생물 서열로부터 유래될 수 있다. 따라서 적합하게는, 숙주 세포 세포질 밖으로 이동하여 배지에 바로 분비되도록 폴리펩티드의 N-말단에 결합하는 아미노산인 분비성 리더 펩티드가 사용된다.
본원에 기재된 융합 단백질은 추가의 아미노산 잔기에 융합될 수 있다. 이러한 아미노산 잔기는 예를 들어 단리를 용이하게 하기 위한 펩티드 태그일 수 있다. 특정 장기 또는 조직으로의 항체의 귀소(homing)를 위한 다른 아미노산 잔기도 고려된다.
Fab-나노케이지가 HC 페리틴과 LC의 공동형질감염에 의해 생성될 수 있다는 것이 이해될 것이다. 대안적으로, 도 1c에 도시된 바와 같이 단 하나의 플라스미드의 형질감염만을 필요로 하는 단일쇄 Fab-페리틴 나노케이지가 사용될 수 있다. 이는 LC와 HC 사이의 상이한 길이, 예를 들어 60 또는 70개의 아미노산의 링커로 수행될 수 있다. 단일쇄 Fab가 사용될 경우, 중쇄와 경쇄가 쌍을 이루는 것이 보장될 수 있다. 전술한 정제를 용이하게 하기 위해 구성물의 N-말단에 또는 링커 내에 태그(예를 들어, 플래그, HA, myc, His6x, Strep 등)가 또한 첨가될 수 있다. 또한, 태그 시스템을 사용함으로써, 상이한 Fab-나노입자 플라스미드를 공동형질감염시킬 때 연속/추가적 친화성 크로마토그래피 단계를 사용하여 동일한 나노입자 상에 많은 상이한 Fab가 존재하는지를 확인할 수 있다. 이것은 나노입자에 다중특이성을 제공한다. 프로테아제 부위(예를 들어, TEV, 3C 등)를 삽입하여 원하는 경우에 발현 및/또는 정제 후 링커 및 태그를 절단할 수 있다. 이러한 구성물의 예는 항-HIV 광범위 중화 scFab 10E8에 대한 것이다:
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또 다른 측면에서, 본원에 기재된 융합 단백질의 치료적 유효량을 이를 필요로 하는 포유동물, 전형적으로 새끼, 유년성 또는 신생아 포유동물에 투여함으로써 대상체를 백신접종하는 방법이 본원에서 기재된다. 치료적 유효성은 해당 항원에 대한 보호 면역 반응을 제공하는 것과 같은 원하는 치료 효과를 생성하는 데 유효한 양을 의미한다.
본원에 기재된 융합 단백질 및 백신을 투여하기 위해 임의의 적합한 방법 또는 경로가 사용될 수 있다. 투여 경로는 예를 들어 경구, 정맥내, 복강내, 피하, 또는 근육내 투여를 포함한다.
본원에 기재된 융합 단백질이 예방 또는 치료 목적으로 포유동물에서 사용될 경우, 약학적으로 허용되는 담체를 추가로 포함하는 조성물의 형태로 투여될 것으로 이해된다. 적합한 약학적으로 허용되는 담체는 예를 들어 물, 생리 식염수, 포스페이트 완충 식염수, 덱스트로스, 글리세롤, 에탄올 등 중 하나 이상 및 이들의 조합을 포함한다. 약학적으로 허용되는 담체는 결합 단백질의 저장 수명 또는 효능을 증가시키는 습윤제 또는 유화제, 방부제 또는 완충제와 같은 소량의 보조 물질을 추가로 포함할 수 있다. 주사 조성물은, 당업계에 공지된 바와 같이, 포유동물에게 투여한 후 활성 성분의 속방출, 서방출 또는 지연 방출을 제공하도록 제형화될 수 있다.
인간 항체는 인간에게 투여하는데 특히 유용하지만, 다른 포유동물에게도 투여될 수 있다. 본원에서 사용된 용어 "포유동물"은 인간, 실험 동물, 가정의 애완 동물 및 농장 동물을 포함하나 이에 제한되지 않는다.
또한, 본원에 기재된 융합 단백질의 치료적 또는 예방적 유효량을 포함하는 백신접종용 키트도 본원에 포함된다. 키트는 예를 들어 임의의 적합한 애쥬번트를 추가로 포함할 수 있다. 키트는 지침서를 포함할 수 있다.
상기 개시내용은 본 발명을 전반적으로 설명한다. 하기의 구체적 실시예를 참조하여 보다 완전한 이해를 얻을 수 있다. 이들 실시예는 단지 설명의 목적으로만 제공되며, 달리 명시되지 않는 한, 제한하는 것으로 의도되지 않는다. 따라서, 본 발명은 결코 하기의 실시예로 제한되는 것으로 해석되지 않아야 하며, 오히려 본원에 제공된 교시의 결과로서 명백해질 수 있는 임의의 모든 변형을 포함하는 것으로 해석되어야 한다.
하기의 실시예는 벡터 및 플라스미드의 구성, 이러한 벡터 및 플라스미드 내로의 폴리펩티드를 코딩하는 유전자의 삽입, 또는 숙주 세포 내로의 플라스미드의 도입에서 사용되는 것과 같은 종래 방법의 상세한 설명을 포함하지 않는다. 이러한 방법들은 당업자에게 널리 공지되어 있으며, 본원에서 참조로 통합되는 문헌[Sambrook, J., Fritsch, E. F. and Maniatis, T. (1989), Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press]을 포함하는 다수의 간행물에 설명되어 있다.
추가의 설명이 없어도, 당업자라면 상기 설명 및 하기의 예시적인 실시예를 사용하여, 본 발명의 화합물을 제조 및 이용하고, 청구된 방법을 실시할 수 있을 것으로 믿어진다. 따라서, 하기의 실시예는 본 발명의 전형적인 측면을 구체적으로 지적하는 것으로, 본 개시내용의 나머지를 어떤 방식으로든 제한하는 것으로 해석되지 않아야 한다.
실시예
실시예 1
서론
30년이 넘는 노력에도 불구하고, 인간 면역 결핍 바이러스 I형(HIV-1)에 대한 효과적인 백신 또는 치유법은 존재하지 않는다. 그러나, 이러한 탐구를 고무시키는 것은 HIV-1에 감염된 개체의 작은 비율에서 순환하는 HIV-1 단리주에 걸쳐 탁월한 중화 효능을 갖는 항체가 발생한다는 사실이다. 1세대 광범위 중화 항체(bNAb) 2F51, 4E102,3, 2G124 및 b125,6이 발견된 이후로, Env-특이적 단일 B 세포 분류7-9, 항체 클로닝 및 고처리량 중화 분석10-13, 및 보다 최근에는 프로테오믹 디콘볼류션(proteomic deconvolution)14의 새로운 기술의 구현으로 인해 bNAb 목록이 극적으로 증가하였다. 수십여 가지의 HIV bNAb가 현재 삼량체 정점의 V1/V2 루프, V3 루프 글리칸, CD4 결합 부위(CD4bs), gp120-g41 계면, 융합 펩티드 및 막-근위 외부 영역(MPER)7,9,19,10,12-18을 포함하여 삼량체 HIV 외피(Env) 상에 6개의 보존된 부위를 표적화하는 것으로 설명되었다.
HIV-1과의 싸움에서 치료 분자로서 bNAb의 관심은 마카크20-24 및 인간화된 마우스25-28에 대한 챌린지(challenge) 연구에서 일부에 대해 관찰된 강력한 항바이러스 활성 및 bNAb가 치료적으로 주입될 때29-33 감염된 인간에서 달성된 바이러스혈증 감소로부터 비롯된 것이다. 또한, 항체는 경구 항레트로바이러스 요법(ART)과 비교하여 주요 이점을 가지고 있다: 항체는 더 긴 순환 반감기를 갖고 바이러스에 대한 숙주 면역을 향상시키는 면역 복합체를 형성할 수 있다. 이러한 관찰은 종래의 백신학 대신 또는 이에 추가하여 bNAb의 수동 투여를 통해 HIV-1에 대한 보호를 부여하는 항체 기반 요법의 임상 평가 및 감염된 개체에서 HIV-1을 제어하고/하거나 제거하려는 노력으로 이어졌다.
bNAb의 임상 사용에 대한 주요 제한 사항 중 하나는 중화-내성 바이러스 집단의 신속한 선택이다30-32,34,35. HIV와 같은 RNA 바이러스는 바이러스가 mAb 인식을 피하기 위해 내성 돌연변이를 발달시킬 수 있도록 하는 특별한 유전적 다양성을 나타낸다. 그러나, 소정 bNAb에 대한 결합을 방해하는 돌연변이는 바이러스 적합성에서 상당한 불이익을 줄 수 있다37-39. HIV-1 치료 요법에서 상이한 약물들의 조합과 유사하게, 이러한 관찰은 HIV-1에 대한 성공적인 항체 기반 요법이 bNAb 특이성들의 조합을 포함해야 함을 시사한다. 결과적으로, Env에 대한 이중특이성40-42 또는 삼중특이성43-45을 갖는 상이한 형식의 항체-유사 분자의 개발이 최근에 연구되었다. 추가의 고려 사항은 생체내 효능을 위해 필요한 항체의 양이다. 실제로, VRC0146, 10E847,48 및 NIH45-4649와 같은 구조-가이드 디자인 또는 생물정보학 접근법을 사용하여 효능을 개선하기 위해 bNAb를 조작하는 데 광범위한 노력을 기울였지만, 지금까지는 중간 정도의 성공을 거두었다. Env의 다수의 에피토프를 표적화하는 이중특이적 및 삼중특이적 항체의 경우에, 효능은 일반적으로 모 mAb의 효능에 의해 제한된다. 결과적으로, 중화폭(neutralization breadth)은 크게 개선되었지만, 항바이러스 효능은 상대적으로 거의 달성되지 않았다40,43,44,45.
항체의 효능은 동일한 바이러스 상의 하나 이상의 에피토프와 상호작용하는 이의 능력에 의해 크게 영향을 받는다. 이러한 효과는 통상적으로 결합력(향상된 겉보기 친화성)으로서 알려져 있으며 일반적으로 낮은 친화성을 보완하기 위해 IgM 항체에 의해 자연 상태에서 사용되는 특성이다. 따라서, IgG의 불변 영역에 IgM의 뮤-테일피스를 첨가하는 것은 개선된 생체 활성을 가진 12가 IgM-유사 분자를 생성하는 것으로 조사되었다53,54. 진화를 뛰어넘어, 다양한 비천연 항체 형식은 IgG 이가성의 한계를 극복하도록 조작되었다. 이들 설계 중 일부는 선형 헤드-투-테일(head-to-tail) 방식의 Fab의 탠덤 융합55, 탠덤식((Tamdabs)56 또는 IgG의 CH3에 융합된(디-디아바디)57 디아바디 조합, 첨부된 IgG58-60 및 다량체화 스캐폴드, 예컨대 p5361, 류신 지퍼 헬릭스62, 스트렙타비딘63, 바르나제-바스타(barnase-barstar) 모듈64 또는 5량체 형태65로 자가-조립되고 10가66가 되도록 추가 조작될 수 있는 이. 콜라이 베로톡신의 B-서브유닛의 사용을 포함한다. 이들 항체 구조는 치료제로서 성공적인 개발을 위해 다양한 도전에 직면해 있다. 항체의 가변 단편(Fv)에 의존하는 다량체 항체 형식은 종종 낮은 안정성 및 결과적으로 높은 응집 경향과 연관된다67. 또한, 복합체의 친화성 상수에 의해 좌우되는 이량체화 모듈의 해리는 분자의 생체내 장기간 안정성을 제한할 수 있다. 또한, 최대 3 내지 5 결합가는 일반적으로 위에서 언급한 대부분의 항체 형식으로 달성되므로 높은 결합력과 다중특이성의 조합을 불가능하게 한다.
측면에서, 단일 분자에서 최대 32개의 항체 단편(항원 결합 단편[Fab] 및 결정화 가능한 단편[Fc])을 다량체화하기 위한 모듈 서브유닛으로서 아포페리틴 프로토머를 사용하는 다중특이적, 다중친화성 항체 플랫폼이 본원에서 기재된다. 이러한 접근법을 사용하여, 본 발명자들은 분자에 다중특이성, 높은 결합력뿐만 아니라 효과기 기능 및 연장된 혈청 반감기를 부여하기 위해 HIV-1에 대한 최상의 bNAb 중 3가지의 Fab 모이어티 및 IgG 1로부터의 결정화 가능한 단편(Fc)을 포함하여 4가지 다른 특이성을 하나의 단일 분자로 효율적으로 결합시켰다. 생성된 멀타바디는 이들의 개별 모 항체 또는 IgG 조합과 비교하여 범-바이러스 중화폭 및 현저하게 더 높은 중화 효능을 보여주었다. 놀랍게도, 14개 슈도바이러스(PsV) 패널에 대한 멀타바디의 평균 중앙 IC50 값은 항HIV 삼중특이적 N6/PGDM1400x10E8 항체 또는 현재 가장 잘 알려진 bNAb로 제조된 칵테일과 비교하여 질량 및 몰 농도에서 각각 10배 및 100배 더 낮았다. 본원에 기재된 멀타바디 설계는 HIV-1 감염을 억제하는 치료 특성을 향상시키기 위해 항체를 다량체화하는 견고하고 강력한 플러그 앤 플레이(plug-and-play) 플랫폼을 나타낸다.
재료 및 방법
Fab 단독 아포페리틴-기반 멀타바디의 발현 및 정제. 인간 아포페리틴의 경쇄 및 scFab-인간 아포페리틴 융합체를 코딩하는 유전자를 합성하고 GeneArt(Life Technologies)에 의해 pHLsec 발현 벡터로 클로닝하였다. 200 ml의 HEK293F 세포(Thermo Fisher Scientifics)를 Freestyle 발현 배지에 0.8 x 106개 세포/mL의 밀도로 시딩하고 Multitron Pro 쉐이커(Infors HT)에서 37℃, 8% CO2, 및 70% 습도에서 125rpm 진동으로 인큐베이션하였다. 시딩 후 24시간 이내에, 1:1 비에서 형질감염 시약 FectoPRO(Polyplus Transfections)와 함께 실온(RT)에서 10분 동안 사전인큐베이션된 50 ㎍의 여과된 DNA를 사용하여 세포를 일시적으로 형질감염시켰다. 각각 20%, 50%, 80% 및 100% scFab 결합가 나노입자를 수득하기 위해 scFab-인간 아포에리틴 및 인간 아포에리틴을 코딩하는 플라스미드를 1:4, 1:1, 4:1 및 1:0의 비로 혼합하였다. 6 내지 7일 후, 세포 현탁액을 5000 xg에서 15분 동안 원심분리하여 수거하고, 상청액을 0.22 ㎛ Steritop 필터(EMD Millipore)를 통해 여과하였다. 나노입자를 Fab에 대한 친화성 크로마토그래피하고 세척 후 용출시켜 정제하였다. 단백질을 함유하는 분획을 모아서 농축시키고 20 mM 인산나트륨 pH 8.0, 150 mM NaCl 중에서 슈퍼로스 6(Superose 6) 10/300 GL 크기 배제 컬럼(GE Heathcare)에 로딩하였다.
32-N 및 32-I 멀타바디의 설계, 발현 및 정제. 절반 페리틴에 연결된 scFab 및 scFc 단편을 코딩하는 유전자는 KOD-Plus 돌연변이유발 키트(Toyobo, 일본 오사카)를 사용하여 인간 아포페리틴의 경쇄의 잔기 1 내지 95(C_페리틴) 및 95 내지 175(N-페리틴)의 결실에 의해 생성하였다. 또한, iMab-C-페리틴에 대한 단백질 L 결합 특이성은 동일한 돌연변이유발 키트를 사용하여 항체 경쇄의 알라닌 12의 프롤린 잔기로의 돌연변이75를 통한 부위 지정 돌연변이유발에 의해 파괴하였다. HEK 293F 세포에서 32-N 멀타바디의 일시적 형질감염은 66 ㎍의 플라스미드 PGDM1400 scFab-인간 아포페리틴: Fc-인간 아포페리틴: N49P7 scFab-C-페리틴: 10E8 scFab-C-페리틴을 4:2:1:1 비로 혼합하여 수득하였다. 32-I 멀타바디의 경우, 플라스미드 N49P7 scFab-C-페리틴을 iMab scFab-C-페리틴으로 대체하였다. DNA 혼합물을 여과하고 세포 배양물에 첨가하기 전에 60 ㎕의 FectoPRO와 함께 RT에서 인큐베이션하였다. 먼저 20 mM Tris pH 8.0, 3 M MgCl2 및 10% 글리세롤 용출 완충액과 HiTrap 단백질 A HP 컬럼(GE Healthcare)을 사용하여 친화성 크로마토그래피에 의해 멀타바디를 정제하였다. PD-10 탈염 컬럼(GE Healthcare)을 사용하여 완충액 교환 후, HiTrap 단백질 L 컬럼(GE Healthcare)을 사용하여 2차 친화성 크로마토그래피에 의해 멀타바디를 추가로 정제하였다. 단백질을 함유하는 분획을 농축시키고 슈퍼로스 6 10/300 GL 컬럼(GE Healthcare)에서 겔 여과에 의해 추가로 정제하였다.
음성-염색 전자현미경. 약 0.02 mg/mL 농도의 멀타바디 3 μL를 탄소 코팅된 구리 그리드에 30초 동안 첨가하고 3 μl의 2% 우라닐 포르메이트로 염색하였다. 와트만 1번 여과지를 사용하여 과량의 염색을 그리드로부터 즉시 제거하고, 추가적인 3 μl의 2% 우라닐 포르메이트를 20초 동안 첨가하였다. 200 kV에서 작동하고 Orius 전하-결합 소자(CCD) 카메라가 장착된 전계 방출 FEI Tecnai F20 전자현미경(Gatan Inc.)을 사용하여 그리드를 영상화하였다.
생물층 간섭계. 결합 동역학 측정은 PBS pH 7.4, 0.01% BSA 및 0.002% Tween에서 Octet RED96 BLI 시스템(Pall ForteBio)을 사용하여 수행하였다. 각각의 멀타바디 성분에 대한 독특한 His-태그된 리간드를 선택하고 Ni-NTA 바이오센서에 로딩하여 0.8 nm의 신호 반응에 도달하도록 하였다. 회합 속도는 로딩된 바이오센서를 멀타바디(50-25-12.5-6.25-3.1-1.5 nM)의 연속 희석액을 함유하는 웰 및 완충액 함유 웰로 각각 옮겨서 측정하였다. 해리 속도는 바이오센서를 완충액-함유 웰에 침지시켜 측정하였다. 이들 두 단계 각각의 지속시간은 180초였다. PGDM1400에 대한 선택적 결합을 달성하기 위해, BG5050 SOSIP.664 삼량체의 CD4bs에 D368R 돌연변이를 도입하였고, 결과적으로 상기 항원에 대한 N49P7의 결합이 붕괴되었다. 유사하게, gp120 서브유닛 93TH057, mVenus에 융합된 MPER 펩티드, 가용성 CD4 및 β2-마이크로글로불린과 복합체화된 hFcRn을 각각 N49P7, 10E8, iMab 및 Fc에 대한 유일한 리간드로서 생성하였다. 엔도솜 재순환을 겪는 멀타바디의 능력은 생리학적(7.5) 및 산성(5.6) pH에서 hFcRn β2-마이크로글로불린 복합체에 대한 결합을 측정하여 시험하였다.
다각도 광산란(SEC-MALS)과 연동된 크기 배제 크로마토그래피. MiniDAWN TREOS 및 Optilab T-rEX 굴절계(Wyatt)를 Agilent Technologies 1260 infinity II HPLC과 연동하여 사용하였다. 50 ㎍의 24량체 PGDM1400 scFab 멀타바디, 멀타바디 32-N 및 멀타바디 32-I를 20 mM 인산나트륨 pH 8.0, 150 mM NaCl 중에서 슈퍼로스 6 10/300(GE Healthcare) 컬럼에 로딩하였다. 데이터 수집 및 분석은 ASTRA 소프트웨어(Wyatt)를 사용하여 수행되었다.
용융 및 응집 온도 측정. 멀타바디, 모 IgG, 12량체 동종-올리고머 Fab 및 Fc 및 N6/PGDM1400x10E8 삼중특이적 항체의 용융 온도(Tm) 및 응집 온도(Tagg)는 UNit 시스템(Unchained Labs)을 사용하여 결정하였다. Tm은 무게 중심 평균 형광을 측정하여 얻은 반면, Tagg는 기준선에 비해 266 nm 파장에서의 정적 광산란이 50% 증가하는 온도로서 결정되었다. 샘플을 1.0 mg/mL로 농축시키고 1℃씩 증가하는 25℃ 내지 95℃의 열 램프(thermal ramp)에 적용하였다. 3회의 독립적인 측정의 평균 및 표준 오차를 UNit 분석 소프트웨어를 사용하여 계산하였다.
바이러스 생산 및 TZM-bl 중화 분석. 293T 세포를 이전에 설명된 바와 같이73 HIV-1 서브타입 B 백본 NL4-3.Luc.R-E 플라스미드(AIDS Research and Reference Reagent Program (ARRRP)) 및 전장 Env 클론을 코딩하는 플라스미드로 공동형질감염시켜 14가지의 HIV-1 슈도타입 바이러스의 패널을 생성하였다. HIV 단리주 X2988, ZM106.9 및 3817은 에이즈 백신 개발(CAVD), SF162를 위한 협력에 의해 제이.엘. 니바(J.L. Nieva)(Biofisika Institute)에 의해 친절하게 제공되었으며 pCNE8, 1632, THRO, 278, ZM197, JRCSF, t257, Du422 및 BG505는 NIH ARRRP로부터 제공되었다. 중화는 표준 TZM-bl 중화 분석을 사용하여 단일-사이클 중화 분석에서 결정하였다. 간단히 말해서, 항체 및 항체-기반 입자를 TZM-bl 세포와 함께 44 내지 72시간 인큐베이션하기 전에 37℃에서 1시간 동안 10 내지 15% 조직 배양 감염 용량의 슈도바이러스와 인큐베이션하였다. 브라이트라이트 플러스(Britelite plus) 시약(PerkinElmer)을 세포에 첨가하고 Synergy Neo2 Multi-Mode Assay 마이크로플레이트 판독기(Biotek Instruments)를 사용하여 발광성을 상대적 광 단위(RLU)로 측정하여 바이러스 중화를 모니터링하였다.
약동학 및 면역원성 연구. 생체내 연구는 20g C57BL/6 수컷 마우스를 사용하여 수행하였다. 마우스 아포페리틴 경쇄의 N-말단에 융합된 마우스 HD37 IgG2a의 scFab 및 scFc 단편으로 구성된 대리 멀타바디를 연구를 위해 사용하였다. 2:1:1 비의 HD37 scFab-m페리틴:Fc-m페리틴:m페리틴을 전술한 절차에 따라 형질감염시키고 정제하였다. L35A, L234A 및 P329G 돌연변이를 마우스 IgG2a Fc 구성물에 도입하여 멀타바디의 효과기 기능을 침묵시켰다. 200 ㎕의 PBS(pH 7.5) 중의 5 mg/kg의 멀타바디 또는 대조군 샘플(HD37 IgG1, HD37 IgG2a 및 hp페리틴-PfCSP 말라리아 펩티드)의 단일 주사를 피하 주사하였다. 혈액 샘플을 다수의 시점에서 수집하고 혈청 샘플을 ELISA에 의해 순환 항체 및 ADA 수준에 대해 평가하였다. 간단히 말해서, 96웰 피어스 니켈 코팅 플레이트(Thermo Fisher)를 50 μL의 His6x-태그된 항원 hCD19로 0.5 ㎍/ml에서 코팅하여, IgG 및 멀타바디에 대한 시약-특이적 표준 곡선을 사용하여 순환 HD37-특이적 농도를 결정하였다. 항약물 항체 측정을 위해, Nunc MaxiSorp 플레이트(Biolegend)를 12량체 HD37 scFab 멀타바디 또는 hp페리틴 PfCSP 말라리아 펩티드로 코팅하였다. HRP-단백질 A(Invitrogen)를 2차 분자로서 사용하고 화학발광 신호를 Synergy Neo2 Multi-Mode Assay 마이크로플레이트 판독기(Biotek Instruments)를 사용하여 정량화하였다.
결과
멀타바디는 표준형 IgG보다 최대 500배 더 강력하게 HIV-1을 중화할 수 있다. 인간 아포페리틴 경쇄의 강력한 자가-조립 특성을 사용하여 Fab를 24개의 단량체로 구성된 중공 구형 단백질 케이지의 표면 상으로 다량체화하였다. 실제로, 아포페리틴은 24개의 동일한 폴리펩티드로 구성된 12nm 직경 구조로 자가-조립되며 쉽게 유전적 융합될 수 있다70. 각 아포페리틴 서브유닛의 N-말단은 구형 케이지의 바깥쪽을 가리키므로 관심대상의 단백질의 유전적 융합에 접근할 수 있다. 높은 내열성 및 정확한 쇄 쌍형성을 포함한 IgG 분자의 모든 특성을 유지하기 위해, 본 발명자들은 단일쇄 Fab(scFab) 및 단일쇄 Fc(scFc) 단편에 대한 아포페리틴 융합을 생성하였다. 폴딩 시, 아포페리틴 서브유닛은 이의 N-말단에 융합된 24개 단백질의 다량체화를 구동하는 빌딩 블록 역할을 한다(도 1). 중요하게도, 동일한 분자(예를 들어, Fab 및 Fc) 상에서 다수의 특이성의 제시는 각 성분을 코딩하는 DNA를 선택된 비로 공동형질감염시킨 후 모든 특이성을 선택하는 엄격한 친화성 정제 프로토콜(예를 들어, 단백질 A와 조합된 조합된 단백질 L 친화성 크로마토그래피는 각각 Fab 및 Fc를 선택한다)에 따라 달성되고 제어될 수 있다.
먼저, 본 발명자들은 바이러스 감염을 차단하는 능력에 있어 본 발명자들의 새로운 멀타바디 플랫폼에 디스플레이된 HIV-1 bNAb에 대한 다중-결합가의 영향을 조사하고 이를 동일한 bNAb에 대한 표준 2가 IgG 디스플레이와 비교하였다. Env에 대해 상이한 특이성을 갖는 bNAb의 패널을 선택하고, 이들의 scFab를, scFab-인간 아포페리틴-코딩 플라스미드를 상이한 비의 비접합 아포페리틴과 함께 공동형질감염시켜 상이한 밀도에서 다량체화하였다(도 2a). 멀타바디는 밀도의 연속적인 고리와 규칙적으로 이격된 돌출 Fab를 갖는 단분산의 잘 형성된 구형 입자로 조립된다(도 2a). 놀랍게도, 현재까지 설명된 가장 강력한 항-HIV bNAb인 PGDM1400(중앙 IC50 값 = 0.003 ㎍/mL)은 5-슈도바이러스 패널에 대한 IgG 형식과 비교하여 24량체 멀타바디로서 100 내지 500배 더 높은 중화(중앙 IC50(nM) 값의 배수 개선)를 나타냈다(도 2b). bNAb 10-1074는 또한 이의 IgG와 비교하여 멀타바디로서 중화 효능의 급격한 개선을 나타낸 반면, bNAb 10E8, N49P7 및 VRC01은 여전히 효과적이기는 하지만 동일한 향상을 나타내지 않았다.
아포페리틴 조작은 32량체 멀타바디의 효율적인 이종-올리고머화를 초래한다. 다음으로, 본 발명자들은 분자에 다중특이성을 부여함으로써 예외적으로 강력한 24량체 PGDM1400 멀타바디의 폭을 개선하고자 하였다. 이러한 목적으로, 본 발명자들은 인간 IgG1 이소형의 Fc 단편 외에도, PGDM1400 Fab를 거의 범 중화(near-pan neutralizing) 항체 10E8v4(개선된 용해도를 갖는 변형된 10E871)의 Fab 및 N49P7와 조합하였다. 4개의 성분(3개의 Fab 및 1개의 Fc)의 이러한 이종-올리고머화 수준을 달성하기 위해, 본 발명자들은 인간 아포페리틴 구조를 2개의 서브유닛(N-페리틴 및 C-페리틴)으로 분할하고 각 절반의 N-말단에 Fab를 부착하였다(도 3a). 분할 아포페리틴 보완은 이 2개의 절반의 자가-회합을 유도하고 결과적으로 융합된 단백질의 매우 효율적인 이종이량체화 과정을 초래하였다. 중요하게도, 분할 및 전장 아포페리틴으로 조립된 멀타바디의 생물물리학적 및 기능적 특성 사이에 유의한 차이는 관찰되지 않았다(도 4). 이 설계는 4가지 다른 특이성을 갖는 멀타바디를 선택할 수 있는 간단한 2단계 정제 절차를 가능하게 하고(도 5) 높은 뱃치 간 균질성을 보여주었다(도 6). 또한, 아포페리틴의 이분형 분할은 표준 아포페리틴 빌딩 블록과 비교하여 분자당 최대 32개 성분까지 추가 Fab/Fc 단편을 수용할 수 있도록 하였다(도 3b). 8개의 추가 위치(본 발명자들의 조작된 플랫폼에서 기존에는 24개 내지 32개)는 24량체 PGDM1400 멀타바디에서 관찰되는 효능의 이득을 많이 희생하지 않으면서 다중특이성을 제공하는 데 중요한 역할을 한다. 이와 같이, 멀타바디 32-N은 scFab- 및 scFc-코딩 플라스미드의 공동형질감염에 의해 각각 4:2:1:1 비로 PGDM1400의 16개 카피, Fc의 8개 카피, 10E8v4의 4개 카피 및 N49P7의 4개 카피를 달성하도록 설계되었다(도 3a). 멀타바디 32-N은 고도로 수식된 균질한 입자를 형성하였으며(도 3b), 상응하는 IgG 분자의 Tm 및 Tagg 분포와 유사하고 또한 이전에 IgGs72에 대해 보고된 바와 같은 풀림(unfolding) 및 응집의 전이 온도를 나타냈다(도 3c 및 도 7). 결합 동역학 실험을 사용하여 멀타바디의 각 성분(PDGM1400, N49P7, 10E8v4 및 Fc 단편)이 각각 에피토프 특이적 분자: BG505 SOSIP D368R, 93TH057 gp120, MPER 펩티드 및 인간 FcR에 결합함으로써 이의 에피토프와 계합(engage)할 수 있음을 입증하였다(도 3d). 어떤 개별 IgG 분자도 모든 항원에 결합할 수 있는 능력을 갖지 않았다(도 8). 32-N이 이의 다수의 항원과 결합하는 능력은 멀타바디의 올리고머 형식에 의해 부과된 기하구조가 항원 결합에 부정적인 영향을 미치지 않는다는 것을 나타내며, 이것은 아마도 결합 계면이 외부를 향하고 있기 때문일 것이다.
HIV Env와 T 세포 수용체 CD4를 교차-표적화하는 멀타바디도 설계될 수 있는지 여부를 조사하기 위해, 본 발명자들은 N49P7을, HIV를 효과적으로 근절하는 것으로 제시된 CD4-유도된 부착 후 억제제인 iMab으로 대체하였다68,69. PDGM1400, iMab, 10E8v4 및 Fc 단편을 함유하는 멀타바디(32-I로 명명)는 32-N과 유사한 균질성, 열안정성 및 다중특이성을 나타냈고(도 3, 도 7 및 도 8), 이는 항체 서열이 쉽게 교환되어 특이성을 변경할 수 있는 멀타바디 플랫폼의 견고한 플러그 앤 플레이 성질을 강조한다.
HIV-1 멀타바디는 탁월한 범-중화 활성 및 효능을 나타낸다. 멀타바디 32-N 및 32-I의 중화 효능 및 중화폭은 표준화된 시험관내 TZM-bl 중화 분석73에서 14-슈도바이러스(PsV) 패널에 대해 평가하였다. 14-PsV 패널은 평가되는 각 bNAb에 대해 최소 하나의 내성 PsV와 함께 저민감성 PsV를 포함하도록 설계되었다. 멀타바디의 IC50 값 및 폭을 (i) 각 개별 IgG, (ii) 멀타바디에 존재하는 동일한 상대적 양의 각 IgG를 함유하는 IgG 칵테일 및 (iii) N6/PGDM1400x10E8 삼중특이적 항체43와 비교하였다. 32-N 및 32-I 멀타바디는 각각 0.0093 ㎍/mL(4 pM) 및 0.0085 ㎍/mL(3.5 pM)의 중앙 IC50 값으로 상기 패널에 대해 100% 폭을 나타냈다(도 9 및 도 10). 전체 바이러스 포괄범위(virus coverage)는 또한 IgG 혼합물 및 삼중특이적 항체에 의해 달성되었다. 그러나, 시험된 모든 PsV에 대한 조합된 칵테일 또는 삼중특이적 항체의 효능은 단독으로 시험할 때 최고의 mAb의 효능과 유사하였다(표 1). 이와 같이, IgG 칵테일 및 삼중특이적 항체의 IC50 값과 비교하여, 멀타바디에 대해 각각 ㎍/mL 및 nM으로 계산할 때 중앙 IC50 값의 10배 및 100배가 넘는 감소가 수득되었다(도 9 및 도 10, 표 1 및 표 2).
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Figure pct00039
멀타바디의 생체내 약동학 및 항약물 항체 프로파일은 상응하는 IgG와 유사하다. 다음으로, 본 발명자들은 마우스에 5 mg/kg을 피하 투여한 후 멀타바디의 생체내 독성, 면역원성 및 생체이용률을 조사하였다. 본 발명자들의 신규 플랫폼 기술을 평가하기 위해, 본 발명자들은, 인간에서의 사용을 목적으로 하는 HIV-1에 사용되는 모든 인간 성분과 대조적으로, 마우스 아포페리틴 서브유닛에 융합된 마우스 Fab 및 마우스 Fc(IgG2a 이소형)로 구성된 종-일치된 대리 멀타바디를 사용하였다. 상기 대리 멀타바디에 대해 선택된 Fab 특이성은 내인성 인간 단백질에 결합하지 않는 HIV-1 인간 mAb와 유사하게 내인성 마우스 단백질에 결합하지 않는 것이다. 멀타바디 투여는 체중 감소 또는 가시적인 독성 징후 없이 잘 허용되었다. 대리 멀타바디는 마우스에서 유의한 면역원성 반응을 유도하지 않았다; 14일 후에 검출된 항약물 항체(ADA)의 수준은 대리 멀타바디 및 이의 서열-일치된 IgG2a 둘 다에 대해 무시해도 될 정도의 수준이었다(도 11b). 이것은 면역원성의 양성 대조군으로서 사용된 헬리코박터 파일로리 페리틴(hp페리틴)의 표면 상에 말라리아 포자소체 단백질(CSP)을 디스플레이하는 면역원성이 높은 입자와 대조적이다. 또한, 대리 멀타바디는 모 IgG1 및 IgG2a 분자와 유사한 범위의 생체내 노출 일수를 보여주었다(도 11b). 혈청 반감기는 Fc 효과기 기능을 침묵시키는 것으로 보고된 LALAP 돌연변이의 도입으로 연장될 수 있었다74. 전반적으로, 이들 데이터는 멀타바디 플랫폼의 생체이용률 특성의 조정 가능성을 입증하고 이의 개발 가능성에 대한 고무적인 초기 생체내 검증 세트를 제공한다.
참조문헌
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Figure pct00041
Figure pct00042
Figure pct00043
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SEQUENCE LISTING <110> THE HOSPITAL FOR SICK CHILDREN THE GOVERNING COUNCIL OF THE UNIVERSTIY OF TORONTO <120> MULTI-VALENT AND MULTI-SPECIFIC NANOPARTICLE PLATFORMS AND METHODS <130> 3206-5028 (158410) ELL <140> PCT/CA2020/051061 <141> 2020-07-31 <160> 21 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 72 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker <400> 1 Gly Gly Ser Ser Gly Ser Gly Ser Gly Ser Thr Gly Thr Ser Ser Ser 1 5 10 15 Gly Thr Gly Thr Ser Ala Gly Thr Thr Gly Thr Ser Ala Ser Thr Ser 20 25 30 Gly Ser Gly Ser Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Gly Gly Ser Ala 35 40 45 Gly Gly Thr Ala Thr Ala Gly Ala Ser Ser Gly Ser Gly Ser Ser Gly 50 55 60 Ser Ser Ser Ser Gly Gly Thr Gly 65 70 <210> 2 <211> 227 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 2 Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly 1 5 10 15 Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met 20 25 30 Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His 35 40 45 Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe 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Ala Gly Ala Ser Ser Gly 260 265 270 Ser Gly Ser Ser Gly Ser Ser Ser Ser Gly Gly Thr Gly Glu Val Arg 275 280 285 Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly Ser Leu Arg 290 295 300 Leu Ser Cys Ser Ala Ser Gly Phe Asp Phe Asp Asn Ala Trp Met Thr 305 310 315 320 Trp Val Arg Gln Pro Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Gly Arg Ile 325 330 335 Thr Gly Pro Gly Glu Gly Trp Ser Val Asp Tyr Ala Glu Ser Val Lys 340 345 350 Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Thr Lys Asn Thr Leu Tyr Leu 355 360 365 Glu Met Asn Asn Val Arg Thr Glu Asp Thr Gly Tyr Tyr Phe Cys Ala 370 375 380 Arg Thr Gly Lys Tyr Tyr Asp Phe Trp Ser Gly Tyr Pro Pro Gly Glu 385 390 395 400 Glu Tyr Phe Gln Asp Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Ile Val Ser Ser 405 410 415 Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys 420 425 430 Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr 435 440 445 Phe Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser 450 455 460 Gly Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser 465 470 475 480 Leu Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr 485 490 495 Tyr Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys 500 505 510 Lys Val Glu Pro Lys Ser Cys Ser Arg Ala Ser Thr Ala Ser Ser Ala 515 520 525 Ser Ser Gly Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser Gly 530 535 540 Gly Ser Gly Lys Thr Pro Asp Ala Met Lys Ala Ala Met Ala Leu Glu 545 550 555 560 Lys Lys Leu Asn Gln Ala Leu Leu Asp Leu His Ala Leu Gly Ser Ala 565 570 575 Arg Thr Asp Pro His Leu Cys Asp Phe Leu Glu Thr His Phe Leu Asp 580 585 590 Glu Glu Val Lys Leu Ile Lys Lys Met Gly Asp His Leu Thr Asn Leu 595 600 605 His Arg Leu Gly Gly Pro Glu Ala Gly Leu Gly Glu Tyr Leu Phe Glu 610 615 620 Arg Leu Thr Leu Arg His Asp Gly Gly Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser 625 630 635 640 Gly Gly Ser Gly Gly Gly Ala Ser Gly Gly Ser 645 650 <210> 21 <211> 710 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> scFab 10E8 <400> 21 Tyr Glu Leu Thr Gln Glu Thr Gly Val Ser Val Ala Leu Gly Arg Thr 1 5 10 15 Val Thr Ile Thr Cys Arg Gly Asp Ser Leu Arg Ser His Tyr Ala Ser 20 25 30 Trp Tyr Gln Lys Lys Pro Gly Gln Ala Pro Ile Leu Leu Phe Tyr Gly 35 40 45 Lys Asn Asn Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser Gly Ser Ala 50 55 60 Ser Gly Asn Arg Ala Ser Leu Thr Ile Ser Gly Ala Gln Ala Glu Asp 65 70 75 80 Asp Ala Glu Tyr Tyr Cys Ser Ser Arg Asp Lys Ser Gly Ser Arg Leu 85 90 95 Ser Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu Ser Gln Pro Lys 100 105 110 Ala Ala Pro Ser Val Thr Leu Phe Pro Pro Ser Ser Glu Glu Leu Gln 115 120 125 Ala Asn Lys Ala Thr Leu Val Cys Leu Ile Ser Asp Phe Tyr Pro Gly 130 135 140 Ala Val Thr Val Ala Trp Lys Ala Asp Ser Ser Pro Val Lys Ala Gly 145 150 155 160 Val Glu Thr Thr Thr Pro Ser Lys Gln Ser Asn Asn Lys Tyr Ala Ala 165 170 175 Ser Ser Tyr Leu Ser Leu Thr Pro Glu Gln Trp Lys Ser His Arg Ser 180 185 190 Tyr Ser Cys Gln Val Thr His Glu Gly Ser Thr Val Glu Lys Thr Val 195 200 205 Ala Pro Thr Glu Cys Gly Gly Ser Ser Gly Ser Gly Ser Gly Ser Thr 210 215 220 Gly Glu Asn Leu Tyr Phe Gln Gly Ser Ala Gly Thr Thr Gly Thr Ser 225 230 235 240 Ala Ser Thr Ser Gly Tyr Pro Tyr Asp Val Pro Asp Tyr Ala Gly Gly 245 250 255 Gly Gly Ser Ala Gly Gly Thr Ala Thr Leu Glu Val Leu Phe Gln Gly 260 265 270 Pro Ser Ser Gly Ser Ser Ser Ser Gly Gly Thr Gly Glu Val Gln Leu 275 280 285 Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Lys Pro Gly Gly Ser Leu Arg Leu 290 295 300 Ser Cys Ser Ala Ser Gly Phe Asp Phe Asp Asn Ala Trp Met Thr Trp 305 310 315 320 Val Arg Gln Pro Pro Gly Lys Gly Leu Glu Trp Val Gly Arg Ile Thr 325 330 335 Gly Pro Gly Glu Gly Trp Ser Val Asp Tyr Ala Ala Pro Val Glu Gly 340 345 350 Arg Phe Thr Ile Ser Arg Leu Asn Ser Ile Asn Phe Leu Tyr Leu Glu 355 360 365 Met Asn Asn Leu Arg Met Glu Asp Ser Gly Leu Tyr Phe Cys Ala Arg 370 375 380 Thr Gly Lys Tyr Tyr Asp Phe Trp Ser Gly Tyr Pro Pro Gly Glu Glu 385 390 395 400 Tyr Phe Gln Asp Trp Gly Arg Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala 405 410 415 Ser Thr Lys Gly Pro Ser Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser 420 425 430 Thr Ser Gly Gly Thr Ala Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe 435 440 445 Pro Glu Pro Val Thr Val Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly 450 455 460 Val His Thr Phe Pro Ala Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu 465 470 475 480 Ser Ser Val Val Thr Val Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr 485 490 495 Ile Cys Asn Val Asn His Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg 500 505 510 Val Glu Pro Lys Ser Cys Ser Arg Gly Gly Gly Gly Gly Ser Gly Gly 515 520 525 Ser Gly Gly Ser Gly Gly Ser Met Ser Ser Gln Ile Arg Gln Asn Tyr 530 535 540 Ser Thr Asp Val Glu Ala Ala Val Asn Ser Leu Val Asn Leu Tyr Leu 545 550 555 560 Gln Ala Ser Tyr Thr Tyr Leu Ser Leu Gly Phe Tyr Phe Asp Arg Asp 565 570 575 Asp Val Ala Leu Glu Gly Val Ser His Phe Phe Arg Glu Leu Ala Glu 580 585 590 Glu Lys Arg Glu Gly Tyr Glu Arg Leu Leu Lys Met Gln Asn Gln Arg 595 600 605 Gly Gly Arg Ala Leu Phe Gln Asp Ile Lys Lys Pro Ala Glu Asp Glu 610 615 620 Trp Gly Lys Thr Pro Asp Ala Met Lys Ala Ala Met Ala Leu Glu Lys 625 630 635 640 Lys Leu Asn Gln Ala Leu Leu Asp Leu His Ala Leu Gly Ser Ala Arg 645 650 655 Thr Asp Pro His Leu Cys Asp Phe Leu Glu Thr His Phe Leu Asp Glu 660 665 670 Glu Val Lys Leu Ile Lys Lys Met Gly Asp His Leu Thr Asn Leu His 675 680 685 Arg Leu Gly Gly Pro Glu Ala Gly Leu Gly Glu Tyr Leu Phe Glu Arg 690 695 700 Leu Thr Leu Arg His Asp 705 710

Claims (120)

  1. 나노케이지 단량체의 제1 나노케이지 단량체 서브유닛; 및
    제1 나노케이지 단량체 서브유닛에 연결된 생체활성 모이어티
    를 포함하는 융합 단백질로서, 상기 융합 단백질이 제2 나노케이지 단량체 서브유닛을 포함하는 단백질과 자가-조립되어 나노케이지 단량체를 형성하는, 융합 단백질.
  2. 제1항에 있어서, 생체활성 모이어티는 조립된 나노케이지의 내부 및/또는 외부 표면을 수식하는 것인, 융합 단백질.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 생체활성 모이어티는 항체 또는 이의 단편, 항원, 검출가능한 모이어티, 약제, 진단제 또는 이들의 조합을 포함하는 것인, 융합 단백질.
  4. 제3항에 있어서, 항체 또는 이의 단편은 Fc 단편을 포함하는 것인, 융합 단백질.
  5. 제4항에 있어서, Fc 단편은 IgG1 Fc 단편인, 융합 단백질.
  6. 제4항 또는 제5항에 있어서, Fc 단편은 융합 단백질의 반감기를, 예를 들어 수분 또는 수시간으로부터 수일, 수주 또는 수개월로 조절하는 하나 이상의 돌연변이, 예컨대 LS, YTE, LALA 및/또는 LALAP를 포함하는 것인, 융합 단백질.
  7. 제3항에 있어서, 항체 또는 이의 단편은 Fab 단편을 포함하는 것인, 융합 단백질.
  8. 제3항에 있어서, 항체 또는 이의 단편은 scFab 단편, scFv 단편 또는 sdAb 단편을 포함하는 것인, 융합 단백질.
  9. 제3항에 있어서, 항체 또는 이의 단편은 Fab 단편의 중쇄 및/또는 경쇄를 포함하는 것인, 융합 단백질.
  10. 제9항에 있어서, 항체 또는 이의 단편은 경쇄 및 중쇄 둘 다를 포함하거나, Fc 단편의 경우에 링커에 의해 임의로 분리된 제1 및 제2 쇄를 포함하는 것인, 융합 단백질.
  11. 제10항에 있어서, 링커는 다음과 적어도 70%(예컨대, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진 것인, 융합 단백질:
    Figure pct00047
  12. 제9항에 있어서, 별도로 생성된 Fab 경쇄 및/또는 중쇄와 회합된 융합 단백질.
  13. 제3항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 항체 또는 이의 단편은 항체-예방가능한 및/또는 항체-치료가능한 병태와 연관된 항원에 특이적으로 결합하는 것인, 융합 단백질.
  14. 제13항에 있어서, 항원은 바이러스(예를 들어, HIV-1을 포함하는 HIV, 인플루엔자, RSV, 로타바이러스), 세균(예를 들어, TB, 씨. 디피실레(C. difficile)) 기생충(예를 들어, 말라리아), 진균 또는 효모를 포함하는 감염원, 고형 암 및 액형 암을 포함하는 암(예를 들어, CD19, CD22, CD79, BCMA, 또는 CD20), 또는 자가면역 질환을 포함하는 면역 질환과 연관되는 것인, 융합 단백질.
  15. 제14항에 있어서, 항원은 HIV-1과 연관되고 항체 또는 이의 단편은 예를 들어 이발리주맙-A12P, 10E8, 10E8.v4, N49P7, PGDM1400, 10-1074, VRC01 또는 이들의 조합을 포함하는 것인, 융합 단백질.
  16. 제15항에 있어서, 항체 또는 이의 단편은 다음과 적어도 70%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진 것인, 융합 단백질:
    Fc 쇄 1:
    Figure pct00048

    Fc 쇄 2:
    Figure pct00049

    이발리주맙-A12P 경쇄:
    Figure pct00050

    이발리주맙-A12P 중쇄:
    Figure pct00051

    10E8.v4 경쇄:
    Figure pct00052

    10E8.v4 중쇄:
    Figure pct00053

    N49P7 경쇄:
    Figure pct00054

    N49P7 중쇄:
    Figure pct00055

    PGDM1400 경쇄:
    Figure pct00056

    PGDM1400 중쇄:
    Figure pct00057
    또는 이들의 조합.
  17. 제3항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 항체 또는 이의 단편은 추가 모이어티, 예컨대 항원, 검출가능한 모이어티(예를 들어, 소분자, 형광 분자, 방사성 동위원소 또는 자기 입자), 약제, 진단제 또는 이들의 조합에 접합되거나 회합되는 것인, 융합 단백질.
  18. 제17항에 있어서, 항체 또는 이의 단편은 항체-약물 접합체를 포함하는 것인, 융합 단백질.
  19. 제3항에 있어서, 항원은 백신-예방가능한 및/또는 백신-치료가능한 병태와 연관되는 것인, 융합 단백질.
  20. 제19항에 있어서, 항원은 바이러스, 세균, 기생충, 진균 또는 효모를 포함하는 감염원, 고형 암 및 액형 암을 포함하는 암, 또는 자가면역 질환을 포함하는 면역 질환과 연관되는 것인, 융합 단백질.
  21. 제3항에 있어서, 검출가능한 모이어티는 형광 단백질, 예컨대 GFP, EGFP, 아메트린(Ametrine) 및/또는 플라빈-기반 형광 단백질, 예컨대 LOV-단백질, 예컨대 iLOV를 포함하는 것인, 융합 단백질.
  22. 제3항에 있어서, 약제는 소분자, 펩티드, 지질, 탄수화물 또는 독소를 포함하는 것인, 융합 단백질.
  23. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 약 3 내지 약 100개의 나노케이지 단량체, 예컨대 24, 32, 또는 60개의 단량체, 또는 약 4 내지 약 200개의 나노케이지 단량체 서브유닛, 예컨대 4, 6, 8, 10, 12, 14, 18, 20, 22, 24, 26, 28, 30, 32, 34, 36, 38, 40, 42, 44, 46, 48, 50개 이상이, 임의로 하나 이상의 전체 나노케이지 단량체와 조합되어, 자가조립되어 나노케이지를 형성하는 것인, 융합 단백질.
  24. 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 나노케이지 단량체는 페리틴, 아포페리틴, 엔캡슐린, SOR, 루마진 신타제, 피루베이트 데하이드로게나제, 카복시좀, 볼트 단백질(vault protein), GroEL, 열 충격 단백질, E2P, MS2 외피 단백질, 이들의 단편 및 이들의 변이체로부터 선택되는 것인, 융합 단백질.
  25. 제24항에 있어서, 나노케이지 단량체는 아포페리틴인, 융합 단백질.
  26. 제25항에 있어서, 제1 및 제2 나노케이지 단량체 서브유닛은 아포페리틴의 "N" 영역 및 "C" 영역을 상호교환가능하게 포함하는 것인, 융합 단백질.
  27. 제26항에 있어서, 아포페리틴의 "N" 영역은 다음과 적어도 70%(예컨대, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 것인, 융합 단백질:
    Figure pct00058
  28. 제26항 또는 제27항에 있어서, 아포페리틴의 "C" 영역은 다음과 적어도 70%(예를 들어, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 것인, 융합 단백질:
    Figure pct00059
  29. 제1항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서, 나노케이지 단량체 서브유닛과 생체활성 모이어티 사이에 링커를 추가로 포함하는 융합 단백질.
  30. 제29항에 있어서, 링커는 가요성 또는 강성이고 약 1 내지 약 30개의 아미노산 잔기, 예컨대 약 8 내지 약 16개의 아미노산 잔기를 포함하는 것인, 융합 단백질.
  31. 제29항 또는 제30항에 있어서, 링커는 GGS 반복부, 예컨대 1, 2, 3, 4개 이상의 GGS 반복부를 포함하는 것인, 융합 단백질.
  32. 제29항에 있어서, 링커는 다음과 적어도 70%(예컨대, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 것인, 융합 단백질:
    ASTASSASSGGGGGGSGGSGGSGGS.
  33. 제1항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서, C-말단 링커를 추가로 포함하는 융합 단백질.
  34. 제33항에 있어서, C-말단 링커는 다음과 적어도 70%(예컨대, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 것인, 융합 단백질:
    GGSGGSGGSGGSGGGASGGS.
  35. 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항의 융합 단백질의 한 쌍으로서, 상기 쌍은 자가-조립하여 나노케이지 단량체를 형성하고, 여기서 제1 및 제2 나노케이지 단량체 서브유닛은 상이한 생체활성 모이어티에 융합되는 것인, 융합 단백질의 한 쌍.
  36. 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항의 적어도 하나의 융합 단백질, 및 상기 융합 단백질과 자가-조립하여 나노케이지 단량체를 형성하는 적어도 하나의 제2 나노케이지 단량체 서브유닛을 포함하는 나노케이지.
  37. 제35항의 적어도 한 쌍을 포함하는 나노케이지.
  38. 제36항 또는 제37항에 있어서, 각각의 나노케이지 단량체는 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항의 융합 단백질 또는 제35항의 쌍을 포함하는 것인, 나노케이지.
  39. 제36항 또는 제37항에 있어서, 나노케이지 단량체의 약 20% 내지 약 80%는 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항의 융합 단백질 또는 제35항의 쌍을 포함하는 것인, 나노케이지.
  40. 제36항 내지 제39항 중 어느 한 항에 있어서, 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개의 상이한 생체활성 모이어티를 포함하는 나노케이지.
  41. 제36항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 제1항 내지 제37항 중 어느 한 항의 생체활성 모이어티와 동일하거나 상이할 수 있는 생체활성 모이어티에 임의로 융합된 적어도 하나의 전체 나노케이지 단량체를 포함하는 나노케이지.
  42. 제36항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 나노케이지는 다가 및/또는 다중특이적인, 나노케이지.
  43. 제36항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항의 제1, 제2 및 제3 융합 단백질, 및 생체활성 모이어티에 임의로 융합된 적어도 하나의 전체 나노케이지 단량체를 포함하고, 여기서 제1, 제2 및 제3 융합 단백질 및 전체 나노케이지 단량체의 생체활성 모이어티는 모두 서로 상이한 것인, 나노케이지.
  44. 제43항에 있어서, 제1, 제2 및 제3 융합 단백질은 각각 N-페리틴 또는 C-페리틴에 융합된 항체 또는 이의 단편을 포함하고, 제1, 제2 및 제3 융합 단백질 중 적어도 하나는 N-페리틴에 융합되고 제1, 제2 및 제3 융합 단백질 중 적어도 하나는 C-페리틴에 융합되는 것인, 나노케이지.
  45. 제44항에 있어서, 제1 융합 단백질의 항체 또는 이의 단편은 Fc 단편이고; 제2 및 제3 융합 단백질은 각각 HIV와 같은 바이러스의 상이한 항원에 특이적인 항체 또는 이의 단편을 포함하거나, 제2 및 제3 융합 단백질 중 하나는 HIV와 같은 바이러스의 항원에 특이적인 항체 또는 이의 단편을 포함하고 제3 융합 단백질은 CD4 수용체와 같은 상이한 항원에 특이적인 항체 또는 이의 단편을 포함하고; 전체 나노케이지 단량체는 임의로 HIV와 같은 동일한 바이러스의 또 다른 상이한 항원에 특이적인 생체활성 모이어티에 융합되는 것인, 나노케이지.
  46. 제45항에 있어서, Fc 단편은 융합 단백질의 반감기를, 예를 들어 수분 또는 수시간으로부터 수일, 수주 또는 수개월로 조절하는 하나 이상의 돌연변이, 예컨대 LS, YTE, LALA 및/또는 LALAP를 포함하는 것인, 나노케이지.
  47. 제45항 또는 제46항에 있어서, 제2 융합 단백질의 항체 또는 이의 단편은 N49P7 또는 iMab A12P이고; 제3 융합 단백질의 항체 또는 이의 단편은 10E8v4인, 나노케이지.
  48. 제47항에 있어서, 다음의 4가지 융합 단백질을 포함하는 나노케이지:
    a. 전장 페리틴에 융합된 PGDM1400(임의로 scPGDM1400);
    b. N-페리틴에 융합된 Fc(임의로 scFc);
    c. C-페리틴에 융합된 N49P7 또는 iMab A12P(임의로 scN49P7 또는 sciMab A12P); 및
    d. C-페리틴에 융합된 10E8v4(임의로 sc10E8v4).
  49. 제48항에 있어서, a:b:c:d의 4:2:1:1: 비를 포함하는 나노케이지.
  50. 제48항 또는 제49항에 있어서, 다음의 서열 중 하나 이상과 적어도 70%(예컨대, 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%) 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진 나노케이지:
    a. PGDM1400-hFerr:
    Figure pct00060

    b. Fc-N-hFerr LS
    Figure pct00061

    c1. N49P7-C-hFerr
    Figure pct00062

    c2. 이발리주맙-A12P-C-hFerr
    Figure pct00063
    또는
    d. 10E8.v4-C-hFerr
    Figure pct00064

    상기 서열에서, 페리틴 서브유닛은 볼드체로 표시되고, 링커는 밑줄로 표시되고, 경쇄는 이탤릭체로 표시되고, 중쇄는 소문자로 표시된다.
  51. 제36항 내지 제50항 중 어느 한 항에 있어서, 약제, 진단제 및/또는 영상화제와 같은 카고 분자를 운반하는 나노케이지.
  52. 제51항에 있어서, 카고 분자는 융합 단백질에 융합되지 않고 나노케이지 내부에 함유되는 것인, 나노케이지.
  53. 제51항에 있어서, 카고 분자는 단백질이며, 카고 분자가 나노케이지 내부에 함유되도록 융합 단백질에 융합되는 것인, 나노케이지.
  54. 제51항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서, 카고 분자가 형광 단백질, 예컨대 GFP, EGFP, 아메트린 및/또는 플라빈-기반 형광 단백질, 예컨대 LOV-단백질, 예컨대 iLOV인, 나노케이지.
  55. 제51항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 카고 분자는 내부에 함유되어 T-세포 에피토프를 제공하지만, 임의로 B-세포 에피토프는 제공하지 않는 것인, 나노케이지.
  56. 제51항 내지 제54항 중 어느 한 항에 있어서, 카고 분자는 융합 단백질에 융합되고 내부에 함유되어 T-세포 에피토프를 제공하지만, 임의로 B-세포 에피토프는 제공하지 않는 것인, 나노케이지.
  57. 제51항 또는 제52항에 있어서, 카고 분자는 소분자, 방사성 동위원소 또는 자기 입자인, 나노케이지.
  58. 제36항 내지 제57항 중 어느 한 항에 있어서, 표면 상에 항원을 추가로 포함하는 나노케이지.
  59. 제58항에 있어서, 항원은 나노케이지 단량체와의 융합 단백질로서 발현되는 것인, 나노케이지.
  60. 제36항 내지 제59항 중 어느 한 항의 나노케이지를 포함하는 백신.
  61. 제36항 내지 제59항 중 어느 한 항의 나노케이지를 포함하는 치료용 또는 예방용 조성물.
  62. 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항의 융합 단백질 또는 제35항의 쌍을 코딩하는 핵산 분자.
  63. 제62항의 핵산 분자를 포함하는 벡터.
  64. 제63항의 벡터를 포함하고 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항의 융합 단백질 또는 제35항의 쌍을 생산하는 숙주 세포.
  65. 제36항 내지 제59항 중 어느 한 항의 나노케이지 또는 제60항의 백신을 투여하는 단계를 포함하는, 대상체의 면역화 방법.
  66. 제36항 내지 제59항 중 어느 한 항의 나노케이지 또는 제60항의 백신을 투여하는 단계를 포함하는, 질환 또는 병태의 치료 및/또는 예방 방법.
  67. 제66항에 있어서, 질환 또는 병태는 암, 감염성 질환, 예컨대 HIV, 말라리아, 인플루엔자, RSV, 로타바이러스 또는 자가면역 질환인, 방법.
  68. 제36항 내지 제59항 중 어느 한 항의 나노케이지를 대상체, 조직 또는 샘플에 투여하는 단계로서, 상기 나노케이지는 형광 단백질 또는 자기 영상화 모이어티와 같은 진단 표지를 포함하는 것인 단계 및 대상체, 조직 또는 샘플을 영상화하는 단계를 포함하는, 진단 영상화 방법.
  69. 대상체를 면역화하기 위한, 제36항 내지 제59항 중 어느 한 항의 나노케이지 또는 제60항의 백신의 용도.
  70. 질환 또는 병태를 치료 및/또는 예방하기 위한, 제36항 내지 제59항 중 어느 한 항의 나노케이지 또는 제60항의 백신의 용도.
  71. 제70항에 있어서, 질환 또는 병태가 암, 감염성 질환, 예컨대 HIV, 말라리아, 인플루엔자, RSV, 로타바이러스, 또는 자가면역 질환인, 용도.
  72. 대상체, 조직 또는 샘플을 진단 영상화하고 대상체, 조직 또는 샘플을 영상화하기 위한 제36항 내지 제59항 중 어느 한 항의 나노케이지의 용도로서, 상기 나노케이지는 형광 단백질 또는 자기 영상화 모이어티와 같은 진단 표지를 포함하는, 용도.
  73. FACS 또는 ELISA에서와 같은 연구 도구로서의 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항의 융합 단백질, 제35항의 쌍 또는 제36항 내지 제59항 중 어느 한 항의 나노케이지의 용도.
  74. 대상체를 면역화하는데 사용하기 위한 제36항 내지 제59항 중 어느 한 항의 나노케이지 또는 제60항의 백신.
  75. 질환 또는 병태를 치료 및/또는 예방하는데 사용하기 위한 제36항 내지 제59항 중 어느 한 항의 나노케이지 또는 제60항의 백신.
  76. 질환 또는 병태는 암, 감염성 질환, 예컨대 HIV, 말라리아, 인플루엔자, RSV, 로타바이러스, 또는 자가면역 질환인, 제70항의 나노케이지.
  77. 제36항 내지 제59항 중 어느 한 항에 있어서, 대상체, 조직 또는 샘플을 진단 영상화하고 대상체, 조직 또는 샘플을 영상화하데 사용하기 위한 나노케이지로서, 상기 나노케이지는 형광 단백질 또는 자기 영상화 모이어티와 같은 진단 표지를 포함하는 것인, 나노케이지.
  78. FACS 또는 ELISA에서와 같은 연구 도구로서 사용하기 위한 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항의 융합 단백질, 제35항의 쌍 또는 제36항 내지 제59항 중 어느 한 항의 나노케이지.
  79. 복수의 융합 단백질을 포함하는 나노케이지로서,
    각각의 융합 단백질은 페리틴 경쇄 및 Fab 단편을 포함하고,
    각각의 Fab 단편은 항원에 특이적으로 결합할 수 있고,
    각각의 Fab 단편은 나노케이지의 외부 표면을 수식하고,
    복수는 적어도 12개의 융합 단백질을 포함하는, 나노케이지.
  80. 제79항에 있어서, 복수는 적어도 19개의 융합 단백질을 포함하는 것인, 나노케이지.
  81. 제80항에 있어서, 복수는 적어도 24개의 융합 단백질을 포함하는 것인, 나노케이지.
  82. 제82항에 있어서, 복수는 24개의 융합 단백질인, 나노케이지.
  83. 제79항 내지 제82항 중 어느 한 항에 있어서, 복수의 융합 단백질의 Fab 단편은 동일한 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 것인, 나노케이지.
  84. 제79항 내지 제83항 중 어느 한 항에 있어서, 나노케이지는 임의의 페리틴 중쇄를 포함하지 않는 것인, 나노케이지.
  85. 제79항 내지 제84항 중 어느 한 항에 있어서, Fab 단편은 중화 항체의 Fab 단편인, 나노케이지.
  86. 제79항 내지 제85항 중 어느 한 항에 있어서, 항원은 감염원과 연관되는 것인, 나노케이지.
  87. 제86항에 있어서, 감염원은 바이러스인, 나노케이지.
  88. 제87항에 있어서, 바이러스는 인간 면역결핍 바이러스(HIV)인, 나노케이지.
  89. 제85항 내지 제88항 중 어느 한 항에 있어서, 나노케이지는 대조군에 비해 적어도 100배, 150배, 200배, 250배, 300배, 350배, 400배, 450배 또는 500배 더 큰 중화 활성으로 감염원을 중화할 수 있는 것인, 나노케이지.
  90. 제89항에 있어서, 대조군은 중화 항체의 전장 버전을 포함하는 것인, 나노케이지.
  91. 제90항에 있어서, 중화 항체는 IgG 항체인, 나노케이지.
  92. 복수의 제1 융합 단백질 및 복수의 제2 융합 단백질을 포함하는 나노케이지로서,
    각각의 제1 융합 단백질은 나노케이지 단량체 또는 이의 서브유닛 및 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하고,
    각각의 제2 융합 단백질은 나노케이지 단량체 또는 이의 서브유닛 및 Fc 단편을 포함하는 것인, 나노케이지.
  93. 제92항에 있어서, 나노케이지 단량체는 페리틴, 아포페리틴, 엔캡슐린, 황 산소 환원효소(SOR), 루마진 신타제, 피루베이트 데하이드로게나제, 카복시좀, 볼트 단백질, GroEL, 열 충격 단백질, E2P, MS2 외피 단백질, 이들의 단편, 및 이들의 변이체로부터 선택되는 것인, 나노케이지.
  94. 제93항에 있어서, 나노케이지 단량체는 아포페리틴 또는 페리틴인, 나노케이지.
  95. 제93항에 있어서, 나노케이지 단량체는 페리틴 경쇄인, 나노케이지.
  96. 제94항 또는 제95항에 있어서, 나노케이지 단량체는 임의의 페리틴 중쇄를 포함하지 않는 것인, 나노케이지.
  97. 복수의 제1 융합 단백질 및 복수의 제2 융합 단백질을 포함하는 나노케이지로서,
    (a) (i) 제1 융합 단백질은 페리틴 경쇄, 및 제1 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하고,
    (ii) 제2 융합 단백질은 페리틴 경쇄, 및 제2 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하거나,
    (b) (i) 제1 융합 단백질은 N-페리틴, 및 제1 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하고,
    (ii) 제2 융합 단백질은 C-페리틴, 및 제2 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하고,
    각각의 융합 단백질 내에서, Fab 단편은 페리틴 경쇄, N-페리틴 또는 C-페리틴의 N-말단에 융합되고,
    제1 항원은 제2 항원과 구별되는 것인, 나노케이지.
  98. 복수의 제1 융합 단백질, 복수의 제2 융합 단백질 및 복수의 제3 융합 단백질을 포함하는 나노케이지로서,
    (a) 제1 융합 단백질은 페리틴 경쇄, 및 제1 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하고,
    (b) 제2 융합 단백질은 C-페리틴, 및 제2 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하고,
    (c) 제3 융합 단백질은 N-페리틴 및 Fc 단편을 포함하고,
    각각의 융합 단백질 내에서, Fab 또는 Fc 단편은 페리틴 경쇄, C-페리틴 또는 N-페리틴의 N-말단에 융합되고,
    제1 항원은 제2 항원과 구별되는 것인, 나노케이지.
  99. 제97항 또는 제98항에 있어서, 복수의 제4 융합 단백질을 추가로 포함하고, 상기 제4 융합 단백질은 C-페리틴, 및 제3 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 Fab 단편을 포함하고, 상기 제3 항원은 제1 및 제2 항원과 구별되는 것인, 나노케이지.
  100. 제97항 내지 제99항 중 어느 한 항에 있어서, Fab 단편이 중화 항체의 Fab 단편인, 나노케이지.
  101. 제97항 내지 제100항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 및 제2 항원이 각각 감염원과 연관되는 것인, 나노케이지.
  102. 제101항에 있어서, 제1 및 제2 항원은 동일한 감염원과 연관되는 것인 나노케이지.
  103. 제101항 또는 제102항에 있어서, 감염원이 바이러스인, 나노케이지.
  104. 제103항에 있어서, 바이러스가 인간 면역결핍 바이러스(HIV)인, 나노케이지.
  105. 제100항에 있어서, 제1 및 제2 항원이 각각 바이러스와 연관되고,
    나노케이지는 슈도바이러스의 패널에서 슈도바이러스를 100% 중화할 수 있고,
    슈도바이러스의 패널은, 바이러스와 연관된 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 나노케이지 내의 각각의 Fab 단편에 대해, 해당 Fab 단편에 상응하는 중화 항체에 내성인 적어도 하나의 슈도바이러스를 포함하는 것인, 나노케이지.
  106. 제105항에 있어서, 슈도바이러스의 패널이 적어도 10가지, 적어도 11가지, 적어도 12가지, 적어도 13가지 또는 적어도 14가지의 슈도바이러스를 포함하는, 나노케이지.
  107. 제100항, 제105항 및 제106항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 및 제2 항원이 각각 바이러스와 연관되고,
    나노케이지는 1 nM 미만, 500 pM 미만, 250 pM 미만, 100 pM 미만, 50 pM 미만, 10 pM 미만 또는 5 pM 미만의 IC50으로 슈도바이러스의 패널을 중화할 수 있고,
    슈도바이러스의 패널은, 바이러스와 연관된 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 나노케이지 내의 각각의 Fab 단편에 대해, 해당 Fab 단편에 상응하는 중화 항체에 내성인 적어도 하나의 슈도바이러스를 포함하는 것인, 나노케이지.
  108. 제100항 및 제105항 내지 제107항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 및 제2 항원이 각각 바이러스와 연관되고,
    나노케이지는 하나 이상의 대조군보다 적어도 10배, 적어도 20배, 적어도 30배, 적어도 40배, 적어도 50배, 적어도 60배, 적어도 70배, 적어도 80배, 적어도 90배 또는 적어도 100배 낮은 IC50(몰 농도)으로 슈도바이러스의 패널을 중화할 수 있고,
    슈도바이러스의 패널은, 바이러스와 연관된 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 나노케이지 내의 각각의 Fab 단편에 대해, 해당 Fab 단편에 상응하는 중화 항체에 내성인 적어도 하나의 슈도바이러스를 포함하는 것인, 나노케이지.
  109. 제108항에 있어서, 하나 이상의 대조군은 나노케이지 내의 Fab 단편에 상응하는 중화 항체를 포함하고, 상기 Fab 단편은 바이러스와 연관된 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 것인, 나노케이지.
  110. 제109항에 있어서, 중화 항체는 IgG 항체인, 나노케이지.
  111. 제108항 내지 제110항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 대조군은 중화 항체의 칵테일을 포함하고, 상기 칵테일은, 바이러스와 연관된 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 나노케이지 내의 각각의 Fab 단편에 대해, 해당 Fab 단편에 상응하는 중화 항체를 포함하는 것인, 나노케이지.
  112. 제111항에 있어서, 중화 항체가 IgG 항체인, 나노케이지.
  113. 제108항 내지 제112항 중 어느 한 항에 있어서, 하나 이상의 대조군은 하나 이상의 다중특이적 항체를 포함하고, 상기 하나 이상의 다중특이적 항체는 집합적으로 제1 및 제2 항원 및 임의로 제3 항원에 결합할 수 있는 것인, 나노케이지.
  114. 제113항에 있어서, 하나 이상의 대조군은 제1, 제2 및 제3 항원에 특이적으로 결합할 수 있는 삼중특이적 항체를 포함하는 것인, 나노케이지.
  115. 제99항 내지 제114항 중 어느 한 항에 있어서, 제1, 제2 및 제3 항원은 HIV-1과 연관되고;
    제1 융합 단백질의 Fab 단편은 PDGM1400 Fab이고,
    제2 융합 단백질의 Fab 단편은 10E8v4 Fab이고,
    제3 융합 단백질의 Fc 단편은 인간 IgG1 Fc 단편이고,
    제4 융합 단백질의 Fab 단편은 N49P7 Fab인, 나노케이지.
  116. 제99항 내지 제114항 중 어느 한 항에 있어서, 제1 및 제2 항원은 HIV-1과 연관되고; 제3 항원은 CD4와 연관되고;
    제1 융합 단백질의 Fab 단편은 PDGM1400 Fab이고,
    제2 융합 단백질의 Fab 단편은 10E8v4 Fab이고,
    제3 융합 단백질의 Fc 단편은 인간 IgG1 Fc 단편이고,
    제4 융합 단백질의 Fab 단편은 iMab Fab인, 나노케이지.
  117. 제79항 내지 제116항 중 어느 한 항의 나노케이지를 포함하는 치료용 또는 예방용 조성물.
  118. 제79항 내지 제116항 중 어느 한 항의 나노케이지 또는 제117항의 조성물을 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는, 질환 또는 병태의 치료 또는 예방 방법.
  119. 상이한 특이성의 사전에 선택된 비를 특징으로 하는 다중특이성 자가-조립 나노케이지의 제조 방법으로서,
    각각의 폴리뉴클레오티드가 융합 단백질을 코딩하는 복수의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 발현 플라스미드로 숙주 세포를 공동형질감염시키는 단계로서,
    각각의 융합 단백질은 (i) 나노케이지 단량체 또는 이의 서브유닛 및 (ii) 주어진 특이성의 항체 또는 항체 단편을 포함하고,
    상기 공동형질감염 단계는 사전에 선택된 비에 기초한 비로 폴리뉴클레오타이드를 공동형질감염시키는 것을 포함하는, 단계;
    숙주 세포에 의해 생산된 폴리펩티드를 수득하는 단계; 및
    조립된 나노케이지에 존재하는 모든 상이한 특이성에 대한 친화성 선택에 의해 폴리펩타이드를 정제하는 단계
    를 포함하는 방법.
  120. 제119항에 있어서, 복수의 폴리뉴클레오타이드는 제1 융합 단백질을 코딩하는 적어도 하나의 폴리뉴클레오타이드 및 제2 융합 단백질을 코딩하는 적어도 하나의 폴리뉴클레오타이드를 포함하고,
    제1 융합 단백질은 제1 나노케이지 단량체 서브유닛을 포함하고,
    제2 융합 단백질은 제1 나노케이지 단량체 서브유닛과 자가-조립할 수 있는 제2 나노케이지 단량체 서브유닛을 포함하는 것인, 방법.
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