KR20220098245A - 바실러스 게놈 및 이의 조성물을 변형시키기 위한 선택 마커-부재 방법 - Google Patents

바실러스 게놈 및 이의 조성물을 변형시키기 위한 선택 마커-부재 방법 Download PDF

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KR20220098245A
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펠리페 오세아스 벤데주
스테이시 아이린 로비다 스터브스
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다니스코 유에스 인크.
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Abstract

선택 가능한 마커의 사용 없이 그리고 가이딩된 Cas 엔도뉴클레아제의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈을 변형시키기 위한 방법 및 조성물이 제공된다. 본 개시내용은 선택 가능한 마커의 사용 없이 그리고 상기 게놈 내로의 Cas 엔도뉴클레아제의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈 내에 공여 DNA 서열을 통합시키기 위한 방법뿐만 아니라, 관심 유전자를 결실시키고/시키거나 바실러스 종 세포의 게놈 내에 점 돌연변이를 제공하기 위한 방법을 포함한다.

Description

바실러스 게놈 및 이의 조성물을 변형시키기 위한 선택 마커-부재 방법
본 발명은 박테리아 분자 생물학 분야에 관한 것으로서, 보다 구체적으로 선택 가능한 마커의 사용 없이 그리고 Cas 엔도뉴클레아제의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈을 변형시키기 위한 조성물 및 방법에 관한 것이다.
관련 출원의 상호 참조
본 출원은 2019년 11월 19일자로 출원된 미국 특허 가출원 제62/937,372호의 이익을 주장하며, 그 전체가 본원에 참조로 포함된다.
전자로 제출된 서열 목록의 참조
본 서열 목록의 공식 사본은 2020년 11월 2일자로 작성되고 그 크기가 188 킬로바이트이며 본 명세서와 동시에 제출된 파일명 NB41425-WO-PCT_SequenceListing.txt의 ASCII 형식의 서열 목록으로서 EFS-Web을 통해 전자 제출되었다. 이러한 ASCII 형식의 문헌에 포함된 서열 목록은 본 명세서의 일부이며, 그 전체가 본원에 참조로 포함된다.
바실러스 종(Bacillus sp.)에서의 효소의 상업적 생산은 항생제 내성 마커-부재 균주의 제작 방법이 요구된다. 이들 방법은 몇몇 기준에 맞아야 하는데, 즉 (i) 관심 유전자의 삽입 및 숙주 변형 둘 모두에 유용해야 하고, (ii) 신속하고 효율적이어야 하고, (iii) 사용하기 쉬어야 한다.
바실러스 종의 염색체를 변경하기 위해 널리 사용되고 알려진 방법은 플라스미드 작제물을 구축하는 단계, 및 이들을 대장균(Escherichia coli) 내로 형질전환시키는 단계를 수반한다. 후속적으로, 선택 가능한 마커를 사용하여 플라스미드를 대장균으로부터 단리하고, 바실러스 종에 형질전환시킨다. 이러한 방법의 광범위한 사용은 적어도 부분적으로는 대장균이 바실러스보다 형질전환시키기 쉽다는 생각에 기인할 수 있다. 이와 관련하여, 플라스미드의 시험관 내 결찰은 대장균은 형질전환시키지만 바실러스는 형질전환시키지 않는 니킹(nicking)된 산물을 초래한다. 바실러스 종에서 공여 DNA를 도입하기 위한 통상적인 접근법은 복제 플라스미드에 기반을 두고 있다. 불행하게도, 이 같은 접근법은 일반적으로 세포에서 플라스미드를 유지하기 위해 항생제 또는 기타 선택 가능한 마커에 대한 필요성을 비롯하여 다수의 단점과 연관이 있다. 이는 생산 균주에 바람직하지 않으며, 이는 선별 조건의 선택을 제한한다. 복제 플라스미드의 사용에 있어서 다른 단점은 플라스미드 상에 종종 복수개의 유전자가 존재하여 유전자 조절 및 발현에 영향을 미친다는 것이다.
대안적으로, 통합 플라스미드 또는 벡터가 사용될 수 있다. 통합 벡터는 복제 기원을 포함하지 않으며, 따라서 안정한 유지를 위해 숙주 염색체 내로의 삽입이 요구된다. 그러나, 이들은 문제가 없는 것은 아니다. 통합은 삽입된(현재 선형) 벡터의 양 말단에 클로닝된 영역의 복제를 초래하는 캠벨(Campbell) 유형의 재조합 이벤트를 통해 발생한다. 통합 위치에 따라 유전자가 파괴될 수 있으며, 그 결과 형질전환 효율이 떨어질 수 있다.
현재, ARM-부재 균주를 제작하기 위해 무항생제 선택 카세트가 사용될 수 있다(문헌[Ferrari et al. 1985, Nat. Biotechnol. Vol. 3: 1003~1007]). 그러나 이는 시간 소모적이며, 카세트는 동일한 균주에서 유용하도록 제거될 필요가 있다.
유전자 변형 및 바실러스 종 세포의 게놈 내로의 유전자 통합을 위한 이전 방법은 자발적 이중 가닥 절단의 발생 및 짧은 상동성 아암(게놈 내에 삽입될 관심 유전자(GOI) 및 게놈 내에 통합된 관심 유전자를 갖는 바실러스 종 세포의 식별을 가능케 하도록 게놈 내에 또한 삽입된 선택 가능한 마커 둘 모두를 포함함)을 갖는 선형 DNA 단편 상에 함께 위치한 선택 가능한 마커의 사용에 의존하였다(2002년 2월 21일자로 공개된 WO02/14490). 선택 가능한 마커 및 GOI는 세포 내의 DNA와의 재조합 시에 GOI 및 선택 가능한 마커 둘 모두가 세포의 DNA에 통합될 수 있도록 전형적으로 2개의 짧은 상동성 아암에 의해 플랭킹되어 있었다. 바실러스 종 세포 내로의 게놈의 통합을 위한 짧은 상동성 아암을 갖는 이 같은 선형 단편의 형질전환 동안의 선택 가능한 마커의 사용은 게놈의 특정 유전자위의 효율적인 변형을 위해 선택될 필요가 있다. 선택 가능한 마커는 정확한 발현용 유전자위 내에 통합되어야 하고, 이러한 통합은 개체군 내 및 게놈 내에서 확률적 방식으로 발생하는 희귀하고 자발적 DNA 손상에 의존한다. 이러한 희귀한 이벤트는 오직 마커의 사용과 염색체 통합을 조합함으로써 선택될 수 있다(2002년 2월 21일자로 공개된 WO02/14490).
바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis)에서, 유전자 결실 및 유전자 내에서의 점 돌연변이의 도입을 가능케 하기 위해 Cas 엔도뉴클레아제/RNA-가이딩된 시스템과 조합하여 단일 플라스미드 시스템을 사용하는 것이 기재되어 있다(문헌[Altenbuchner J., 2016, Applied and Environmental Microbiology, vol.82(17) pg. 5421~5427]). Cas-기반 게놈 조작 기법이 다수의 상이한 숙주 세포 유형에 적용되어 왔지만, 이들 기법에는 제한이 있는 것으로 알려져 있다. CRISPR/Cas9 방법은 마커가 없는 ARM-부재 균주를 제작하기 위해 사용되었다(문헌[So et al. 2017, Front Microbiol, Vol. 8: 1167], 문헌[Zhang et al. 2016, Sci Rep, Vol. 6: 27943]). 이러한 접근법은 Cas9 기술에 대한 접근, 변형될 게놈 상의 모든 부위에 대한 가이드 RNA 및 Cas9를 암호화하는 플라스미드 또는 선형 단편의 제작이 요구된다. 이는 또한 절차의 말기에 Cas9의 제거가 요구된다. 이전 방법의 개선에도 불구하고, Cas9-기반 방법은 여전히 관련된 많은 단계를 갖는다.
따라서, 선택 가능한 마커 및/또는 Cas 엔도뉴클레아제의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈 내로의 공여 DNA 서열(예를 들어, 관심 폴리뉴클레오타이드, 단일 유전자 발현 카세트 또는 복수개의 유전자 발현 카세트를 들 수 있지만, 이에 제한되지 않음)의 유전자 통합뿐만 아니라 게놈 변형을 위한 효과적이면서 효율적이거나, 또는 달리 더 강력한 방법의 개발에 대한 요구가 여전히 존재한다.
본 개시내용은 선택 가능한 마커의 사용 없이 그리고 가이딩된 Cas 엔도뉴클레아제 시스템의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈을 변형시키기 위한 방법 및 조성물을 포함한다. 본 개시내용은 선택 가능한 마커의 사용 없이 그리고 상기 게놈 내로의 Cas 엔도뉴클레아제의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈 내에 공여 DNA 서열을 통합시키기 위한 방법, 및 관심 유전자를 결실시키고/시키거나 바실러스 종 세포의 게놈 내에 돌연변이를 제공하기 위한 방법을 포함한다.
임의의 특정 이론, 기작 또는 작용 모드에 제한되지 않지만, 놀랍고도 예상치 못하게도, 본 출원인은 이의 단부에 긴 상동성 아암(각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드를 가짐)을 포함하는 선형 DNA 작제물이 수용능 바실러스 종 세포 내로 도입되는 경우에 게놈 변형(예를 들어, 공여 DNA 서열 통합, 뉴클레오타이드 결실, 돌연변이를 들 수 있지만, 이에 제한되지 않음)에서의 높은 효율이 관찰되며, 이때 도입 및 게놈 변형은 선택 가능한 마커 또는 가이딩된 Cas 엔도뉴클레아제 시스템의 사용 없이 발생한다는 것을 발견하였다.
이 방법은 선형 DNA 작제물을 수용능 바실러스 종 세포 내로 도입하는 단계를 이용하며, 이때 상기 선형 DNA 작제물은 선택적으로 상기 상동성 아암에 의해 플랭킹된 공여 DNA를 포함하는 적어도 900 bp의 상동성 아암에 의해 플랭킹되고, 상기 DNA 작제물은 엔도뉴클레아제를 암호화하는 DNA 단편을 포함하지 않으며, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 암호화하는 DNA 서열을 포함하지 않는다.
하나의 구현예에서, 이 방법은 선택 가능한 마커의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈 내에 공여 DNA를 통합시키기 위한 방법이며, 이때 이 방법은 수용능 바실러스 종의 세포 개체군을 제공하는 단계, 및 상기 세포 개체군의 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 선형 DNA 작제물을 도입하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)에 의해 플랭킹된 공여 DNA를 포함하고, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 가지며, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않으며, 선택적으로는 이 방법은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 배지 상에서 상기 적어도 하나의 바실러스 종 세포로부터 자손 세포를 성장시키는 단계, 및 이의 게놈에 안정하게 통합된 공여 DNA 서열을 갖는 바실러스 종의 자손 세포를 식별하는 단계를 추가로 포함한다.
하나의 구현예에서, 이 방법은 선택 가능한 마커의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈에서 뉴클레오타이드 서열을 결실시키기 위한 방법이며, 이때 이 방법은 수용능 바실러스 종의 세포 개체군을 제공하는 단계, 및 상기 세포 개체군의 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 선형 DNA 작제물을 도입하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)을 포함하고, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖고, 결실될 상기 뉴클레오타이드 서열에 플랭킹하는 게놈 DNA 영역과 서열 상동성을 가지며, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개, 1,000개, 1,100개, 1,200개, 1,300개, 1,400개, 1,500개, 1,600개, 1,700개, 1,800개, 1,900개, 2,000개, 2,100개, 2,200개, 2,300개, 2,400개, 2,500개, 2,600개, 2,700개, 2,800개, 2,900개, 3,000개, 3,100개, 3,200개, 3,300개, 3,400개, 3,500개, 3,600개, 3,700개, 3,800, 3,900개, 4,000개, 5,000개, 6,000개의 뉴클레오타이드 및 최대 7,000개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖는다.
본원에 기재되어 있는 바와 같은 선형 DNA 작제물은 이중 가닥 DNA일 수 있다.
하나의 구현예에서, 수용능 바실러스 종 세포는 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis), 바실러스 리케니포르미스(Bacillus licheniformis), 바실러스 렌투스(Bacillus lentus), 바실러스 브레비스(Bacillus brevis), 바실러스 스테아로써모필루스(Bacillus stearothermophilus), 바실러스 알칼로필루스(Bacillus alkalophilus), 바실러스 아밀로리퀘파시엔스(Bacillus amyloliquefaciens), 바실러스 클라우시(Bacillus clausii), 바실러스 할로두란스(Bacillus halodurans), 바실러스 메가테리움(Bacillus megaterium), 바실러스 코아귤란스(Bacillus coagulans), 바실러스 서큘란스(Bacillus circulans), 바실러스 라우투스(Bacillus lautus) 및 바실러스 투링기엔시스(Bacillus thuringiensis)로 이루어진 군으로부터 선택되는 바실러스 종 세포이다.
하나의 구현예에서, 수용능 바실러스 종 세포는 ComK, ComS 또는 이의 임의의 하나의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드에 작동 가능하게 연결된 프로모터를 포함하는 적어도 하나의 도입된 핵산 작제물에 의해 수용능이 되었다.
하나의 구현예에서, 수용능 바실러스 종 세포는 Pxyl-ComK 균주를 들 수 있지만 이에 제한되지 않는 초수용능 바실러스 종 균주에서 유래한 것이다.
하나의 구현예에서, 이 방법은 선택 가능한 마커의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈 내로 돌연변이를 도입하기 위한 방법이며, 이때 이 방법은 수용능 바실러스 종의 세포 개체군을 제공하는 단계, 및 상기 세포 개체군의 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 선형 DNA 작제물을 도입하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)에 의해 플랭킹된 목적하는 돌연변이를 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 가지며, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는다.
도 1은, 수용능 바실러스 종 세포 내로 도입된 선형 DNA 작제물로서, 이의 단부에 긴 상동성 아암(HR1 및 HR2; 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드(0.9 kb 이상)를 가짐)을 포함하는 선형 DNA 작제물을 사용하여 바실러스 종 세포의 게놈을 변형시키기 위한 방법을 보여준다. 상부 도면(도 1)에서, 선형 DNA 작제물은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖는 2개의 상동성 아암(하나는 5' 상류 아암인 HR1이고 및 하나는 3' 하류 아암인 HR2임)에 의해 플랭킹된 공여 DNA를 포함한다. 공여 DNA는 관심 유전자를 발현하는 발현 카세트를 포함할 수 있다. 공여 작제물이 세포 내로 도입되면, 관심 게놈 유전좌위 내에 공여 DNA를 통합시키는 상동성 재조합이 발생할 수 있다. 하부 도면(도 1)에서, 선형 DNA 작제물은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖는 2개의 상동성 아암(하나는 5' 상류 아암인 HR1이고 및 하나는 3' 하류 아암인 HR2임)를 포함하며, HR 아암들 사이에는 어떠한 추가적인 DNA도 없다. 이러한 선형 DNA 작제물이 세포 내로 도입되면, 뉴클레오타이드 결실(유전자 결실)을 초래할 수 있는 상동성 재조합이 발생할 수 있다. 선형 DNA 작제물은 당업자에게 알려져 있는 임의의 기작에 의해 바실러스 종 세포 내로 도입될 수 있다.
본 개시내용은 선택 가능한 마커의 사용 없이 그리고 가이드 RNA/Cas 엔도뉴클레아제 시스템의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈을 변형시키기 위한 방법 및 조성물을 포함한다. 본 개시내용은 상기 게놈 내로의 선택 가능한 마커의 통합 없이 수용능 바실러스 종 세포의 게놈 내에 공여 DNA 서열을 통합시키기 위한 방법 및 조성물을 포함한다. 하나의 양태에서, 이 방법은 수용능 바실러스 종 세포의 게놈 내로의 상기 공여 DNA의 도입을 위한 긴 상동성 아암(900개 이상의 뉴클레오타이드의 길이를 가짐)에 의해 플랭킹된 공여 DNA 서열을 포함하는 선형 DNA 작제물을 이용하며, 이와 같이 상기 바실러스 종 세포의 게놈에서 선택 가능한 마커를 통합시킬 필요 없이 그리고 가이딩된 Cas 시스템의 필요 없이 상기 수용능 바실러스 종 세포의 게놈 내에 공여 DNA 서열을 통합시키기 위한 매우 효과적인 시스템을 제공한다.
본 개시내용은 선택 가능한 마커의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈에서 뉴클레오타이드 서열을 결실시키기 위한 방법 및 조성물을 추가로 포함하며, 이때 이 방법은 수용능 바실러스 종의 세포 개체군을 제공하는 단계, 및 상기 세포 개체군 중 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 선형 DNA 작제물을 도입하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)을 포함하고, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖고, 결실될 상기 뉴클레오타이드 서열에 플랭킹하는 게놈 DNA 영역에 서열 상동성을 가지며, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는다.
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본원에서 사용된 바와 같이, "개시내용" 또는 "개시된 개시내용"이란 용어는 제한하기 위한 것이 아니라, 일반적으로 청구범위에 정의되거나 본원에 기재되어 있는 개시내용 중 임의의 것에 적용된다. 이들 용어는 본원에서 상호 교환 가능하게 사용된다.
Cas 유전자 및 단백질
CRISPR(클러스터링된 규칙적인 간격을 갖는 짧은 회문 반복부: clustered regularly interspaced short palindromic repeat) 유전자위는, 예를 들어 박테리아 및 고세균 세포에 의해 외래 DNA를 파괴하는 데 사용되는 DNA 개열 시스템의 성분을 암호화하는 특정 유전자위를 지칭한다(문헌[Horvath and Barrangou, 2010, Science 327: 167~170; WO2007/025097; 2007년 3월 1일자로 공개됨]. CRISPR 유전자위는 다양한 Cas(CRISPR-연관(associated)) 유전자에 의해 플랭킹될 수 있는, 짧은 가변 DNA 서열(소위 '스페이서'로 지칭됨)에 의해 분리된 짧은 직접 반복부(CRISPR 반복부)를 포함하는 CRISPR 배열로 이루어질 수 있다. 주어진 CRISPR 유전자위에서 CRISPR-연관 유전자의 개수는 종들 간에 달라질 수 있다. 다중-아단위 효과기 복합체(I형, III형 및 IV형 아형을 포함함)를 갖는 클래스 1 시스템, 및 단일 단백질 효과기(예를 들어, Cas9, Cpf1, C2c1, C2c2, C2c3을 들 수 있지만, 이에 제한되지 않는 II형 및 V형 아형을 포함함)를 갖는 클래스 2 시스템을 포함하는 여러 CRISPR/Cas 시스템이 기재되어 있다. 클래스 1 시스템(본원에 참조로 포함된 문헌[Makarova et al. 2015, Nature Reviews; Microbiology Vol. 13: 1~15]; 문헌[Zetsche et al., 2015, Cell 163, 1~13]; 및 2013년 11월 23일자로 공개된 WO 2013/176772 A1). 박테리아로부터의 II형 CRISPR/Cas 시스템은 crRNA(CRISPR RNA) 및 tracrRNA(트랜스-활성화 CRISPR RNA)를 이용하여 Cas 엔도뉴클레아제를 이의 DNA 표적으로 가이딩한다. crRNA는 이중 가닥 DNA 표적의 한 가닥에 상보적인 스페이서 영역 및 tracrRNA(트랜스-활성화 CRISPR RNA)와 염기 쌍을 이루어 Cas 엔도뉴클레아제가 DNA 표적을 개열하도록 유도하는 RNA 듀플렉스를 형성하는 영역을 포함한다. 스페이서는 Cas1 및 Cas2 단백질을 수반하는 완전히 이해되지 않은 과정을 통해 획득된다. 모든 II형 CRISPR/Cas 유전자위는 cas9 유전자 외에도 cas1 및 cas2 유전자를 포함한다(문헌[Chylinski et al., 2013, RNA Biology 10: 726~737]; 문헌[Makarova et al. 2015, Nature Reviews Microbiology Vol. 13: 1~15]). II형 CRISPR-Cas 유전자위는 각각의 CRISPR 배열 내 반복부와 부분적으로 상보적인 tracrRNA를 암호화할 수 있고, Csn1 및 Csn2와 같은 기타 단백질을 포함할 수 있다. cas1 및 cas2 유전자 부근에 있는 cas9의 존재는 II형 유전자위의 특징이다(문헌[Makarova et al. 2015, Nature Reviews Microbiology Vol. 13: 1~15]). I형 CRISPR-Cas(CRISPR-연관(associated)) 시스템은 침입하는 바이러스 DNA에 대해 방어하기 위해 단일 CRISPR RNA(crRNA) 및 Cas3과 함께 기능을 하는 캐스케이드(Cascade; 항바이러스 방어를 위한 CRISPR-연관 복합체)로 지칭되는 단백질의 복합체로 이루어져 있다(전문이 본원에 포함된 문헌[Brouns, S.J.J. et al. Science 321: 960~964]; 문헌[Makarova et al. 2015, Nature Reviews; Microbiology Vol. 13: 1~15]).
본원에서 "Cas 유전자"란 용어는 일반적으로 플랭킹 CRISPR 유전자위에 결합되거나, 회합되거나, 가까이 있거나, 또는 그 부근에 있는 유전자를 지칭한다. "Cas 유전자", "cas 유전자", "CRISPR-연관(Cas) 유전자" 및 "클러스터링된 규칙적인 간격을 갖는 짧은 회문 반복부-연관 유전자"란 용어는 본원에서 상호 교환 가능하게 사용된다.
"Cas 단백질" 또는 "Cas 폴리펩타이드"란 용어는 Cas(CRISPR-연관(associated)) 유전자에 의해 암호화된 폴리펩타이드를 지칭한다. Cas 단백질은 Cas 엔도뉴클레아제를 포함한다.
Cas 단백질은 박테리아 또는 고세균 단백질일 수 있다. 본원에서 I형 내지 III형 CRISPR Cas 단백질은 통상적으로 그 기원이 원핵생물이며, 예를 들어 I형 및 III형 Cas 단백질은 박테리아 종 또는 고세균 종으로부터 유래할 수 있는 반면, II형 Cas 단백질(즉, Cas9)은 박테리아 종으로부터 유래할 수 있다. 기타 양태에서, Cas 단백질은 Cas 단백질은 Cas1, Cas1B, Cas2, Cas3, Cas4, Cas5, Cas6, Cas7, Cas8, Cas9, Cas10, Csy1, Csy2, Csy3, Cse1, Cse2, Csc1, Csc2, Csa5, Csn2, Csm2, Csm3, Csm4, Csm5, Csm6, Cmr1, Cmr3, Cmr4, Cmr5, Cmr6, Csb1, Csb2, Csb3, Csx17, Csx14, Csx10, Csx16, CsaX, Csx3, Csx1, Csx15, Csf1, Csf2, Csf3, Csf4, 이의 상동체 또는 이의 변형된 버전 중 하나 이상을 포함한다. Cas 단백질은 Cas9 단백질, Cpf1 단백질, C2c1 단백질, C2c2 단백질, C2c3 단백질, Cas3, Cas3-HD, Cas 5, Cas7, Cas8, Cas10 또는 이들의 조합 또는 복합체를 포함한다.
"Cas 엔도뉴클레아제"란 용어는, 적합한 폴리뉴클레오타이드 성분과 복합체를 이루는 경우, 특정 DNA 표적 서열의 전부 또는 일부를 인식하고, 이에 결합하고, 선택적으로는 이를 닉킹하거나 개열할 수 있는 Cas 폴리펩타이드(Cas 단백질)를 지칭한다. Cas 엔도뉴클레아제는 (예를 들어, 세포의 게놈 내의 표적 부위에서) 이중 가닥 DNA 내의 특정 표적 부위의 전부 또는 일부를 인식하고, 이에 결합하고, 선택적으로는 이를 닉킹하거나 개열하도록 가이드 폴리뉴클레오타이드에 의해 가이딩된다. 본원에 기재되어 있는 Cas 엔도뉴클레아제는 하나 이상의 뉴클레아제 도메인을 포함한다. 본원에 기재되어 있는 공여 DNA 삽입 방법에 사용된 Cas 엔도뉴클레아제는 단일 또는 이중 가닥 절단을 표적 부위에서의 DNA 내로 도입하는 엔도뉴클레아제이다. 대안적으로, Cas 엔도뉴클레아제에는 DNA 개열 또는 닉킹 활성이 결여될 수 있지만, 이는 적합한 RNA 성분과 복합체를 형성하는 경우에 여전히 DNA 표적 서열에 특이적으로 결합할 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "Cas9"(이전에는 Cas5, Csn1 또는 Csx12로서 지칭됨) 또는 "Cas9 엔도뉴클레아제"로서 지칭되거나 "Cas9 엔도뉴클레아제 활성"을 갖는 폴리펩타이드는 DNA 표적 서열의 전부 또는 일부에 특이적으로 결합하고, 선택적으로는 이를 닉킹하거나 개열하기 위해 cr뉴클레오타이드 및 tracr뉴클레오타이드와의 복합체, 또는 단일 가이드 폴리뉴클레오타이드와 복합체를 형성하는 Cas 엔도뉴클레아제를 지칭한다. Cas9 엔도뉴클레아제는 RuvC 뉴클레아제 도메인 및 HNH(H-N-H) 뉴클레아제 도메인을 포함하며, 이들 각각은 표적 서열에서 단일 DNA 가닥을 개열할 수 있다(도메인 둘 모두의 공동 작용에 의해 DNA 이중 가닥 개열이 초래되는 반면, 하나의 도메인의 활성에 의해 닉(nick)이 초래됨). 일반적으로, RuvC 도메인은 서브도메인 I, II 및 III을 포함하며, 이때 도메인 I은 Cas9의 N-말단 근처에 위치하고, 서브도메인 II 및 III은 HNH 도메인에 플랭킹하는 단백질의 중간에 위치한다(문헌[Makarova et al. 2015, Nature Reviews Microbiology Vol. 13: 1~15], 문헌[Hsu et al, 2013, Cell 157: 1262~1278]). Cas9 엔도뉴클레아제는 전형적으로 II형 CRISPR 시스템으로부터 유래하는데, 이 시스템은 적어도 하나의 폴리뉴클레오타이드 성분과 복합체를 이룬 Cas9 엔도뉴클레아제를 사용하는 DNA 개열 시스템을 포함한다. 예를 들어, Cas9는 CRISPR RNA(crRNA) 및 트랜스-활성화 CRISPR RNA(tracrRNA)와 복합체를 이룰 수 있다. 다른 예에서, Cas9는 단일 가이드 RNA와 복합체를 이룰 수 있다(문헌[Makarova et al. 2015, Nature Reviews Microbiology Vol. 13: 1~15]).
가이딩된 Cas 시스템
"가이드 RNA/Cas 엔도뉴클레아제 복합체", "가이드 RNA/Cas 엔도뉴클레아제 시스템", "가이드 RNA/Cas 복합체", "가이드 RNA/Cas 시스템", "gRNA/Cas 복합체", "gRNA/Cas 시스템", "RNA-가이딩된 엔도뉴클레아제", "RGEN"이란 용어는 본원에서 상호 교환 가능하게 사용되며, 복합체를 형성할 수 있는 적어도 하나의 RNA 성분 및 적어도 하나의 Cas 엔도뉴클레아제를 지칭하며, 이때 상기 가이드 RNA/Cas 엔도뉴클레아제 복합체는 Cas 엔도뉴클레아제를 DNA 표적 부위로 유도하여, Cas 엔도뉴클레아제가 DNA 표적 부위를 인식하고, 이에 결합하고, 선택적으로는 이를 닉킹하거나, 개열(단일 또는 이중 가닥 절단을 도입)하도록 할 수 있다.
DNA 작제물 및 공여 DNA
상동성 지향적 복구(HDR)는 이중 가닥 및 단일 가닥 DNA 절단을 복구하는 세포 내의 기작이다. 상동성 지향적 복구는 상동성 재조합(HR) 및 단일 가닥 어닐링(SSA)을 포함한다(문헌[Lieber. 2010 Annu. Rev. Biochem. 79: 181~211]). 가장 일반적인 형태의 HDR은 상동성 재조합(HR)으로 지칭되며, 이는 공여 DNA와 수용 DNA 간의 가장 긴 서열 상동성 요건을 갖는다. 다른 형태의 HDR은 단일 가닥 어닐링(SSA) 및 절단 유도 복제를 포함하며, 이들은 HR에 비해 더 짧은 서열 상동성을 필요로 한다. 닉(단일 가닥 절단)에서의 상동성 지향적 복구는 이중 가닥 절단에서의 HDR과 다른 기작을 통해 일어날 수 있다(문헌[Davis and Maizels. PNAS (0027-8424), 111(10), p. E924~E932).
상동성 재조합은 상동성 부위에서 2개의 DNA 분자 사이의 DNA 단편의 교환을 포함한다. 상동성 재조합의 빈도는 여러 인자에 영향을 받는다. 상이한 유기체는 상동성 재조합의 양 및 상동성 재조합과 비상동성 재조합의 상대 비율이 다르다. 상동성 재조합을 관찰하는 데 필요한 상동성 영역(상동성 아암)의 길이는 유기체마다 다르다. 예를 들어, 상동 재조합(HR)을 통한 원핵생물 유기체(세포)의 게놈의 변경은 유전자 조작을 위한 강력한 도구이다. 상동 재조합은 기타 유기체에서 또한 이루어져 왔다. 예를 들어, 기생 원생동물 리슈마니아(Leishmania)에서의 상동 재조합에 적어도 150 bp 내지 200 bp의 상동성이 필요했으며(문헌[Papadopoulou and Dumas, (1997) Nucleic Acids Res 25: 4278~86]), 프로토박테리움인 대장균에서의 효율적인 재조합에 적어도 150 bp 내지 200 bp의 상동성이 필요하다(문헌[Lovett et al (2002) Genetics 160: 851~859]).
"상동성"이란 유사한 DNA 서열을 의미한다. 예를 들어, 본원에 기재되어 있는 DNA 작제물에서 발견되는 "게놈 영역에 대한 상동성 영역"은 세포 또는 유기체 게놈 내의 주어진 "게놈 영역"과 유사한 서열을 갖는 DNA 영역이다. 상동성 영역은 상동성 재조합을 촉진시키는 데 충분한 임의의 길이를 가질 수 있다. 예를 들어, 본원에 기재되어 있는 선형 DNA 작제물의 상동성 영역이 상응하는 상동성 영역과의 상동성 재조합을 겪는 데 충분한 상동성을 갖도록 상동성 영역은 적어도 약 900개의 염기 쌍(bp)과 2,000 bp 사이; 900개의 염기 쌍(bp)과 3,000 bp 사이; 1,000개의 염기 쌍(bp)과 2,000 bp 사이; 1,000개의 염기 쌍(bp)과 3,000 bp 사이; 1,000개의 염기 쌍(bp)과 4,000 bp 사이; 2,000 bp와 3,000 bp 사이; 2,000 bp와 4,000 bp 사이; 2,000 bp와 5,000 bp 사이; 2,000 bp와 6,000 bp 사이; 3,000 bp와 4,000 bp 사이; 3,000 bp와 5,000 bp 사이; 3,000 bp와 6,000 bp 사이; 4,000 bp와 5,000 bp 사이; 4,000 bp와 6,000 bp 사이; 5,000 bp와 최대 6,000 bp 사이의 길이를 포함할 수 있다. "충분한 상동성"은 2개의 폴리뉴클레오타이드 서열이 상동성 재조합 반응을 위한 기질로서 작용하기에 충분한 구조적 유사성을 갖는다는 것을 나타낸다. 구조적 유사성은 각각의 폴리뉴클레오타이드 단편의 전체 길이뿐만 아니라 폴리뉴클레오타이드의 서열 유사성을 포함한다. 서열 유사성은 전체 서열 길이에 걸친 서열 동일성(%)에 의해, 및/또는 100%의 서열 동일성을 갖는 연속된 뉴클레오타이드와 같은 국부적 유사성 및 서열 길이의 일부에 걸친 서열 동일성(%)을 포함하는 보존된 영역에 의해 기술될 수 있다.
또한, 상동성의 양은 2개의 폴리뉴클레오타이드의 전체 정렬된 길이에 걸친 서열 동일성(%)에 의해 기술될 수도 있는데, 이는 적어도 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100%의 서열 동일성(%)을 포함한다. 충분한 상동성은 폴리뉴클레오타이드 길이, 전체 서열 동일성(%) 및 선택적으로 연속된 뉴클레오타이드의 보존된 영역 또는 국소 서열 동일성(%)의 임의의 조합을 포함하며, 예를 들어 충분한 상동성은 게놈의 영역과 적어도 80%의 서열 동일성을 갖는 900 bp 내지 7,000 bp의 영역으로서 기술될 수 있다. 충분한 상동성은 또한 높은 엄격성 조건 하에 특이적으로 혼성화하는 2개의 폴리뉴클레오타이드의 예측된 능력에 의해 기술될 수 있고, 예를 들어 문헌[Sambrook et al., (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY); Current Protocols in Molecular Biology, Ausubel et al., Eds (1994) Current Protocols, (Greene Publishing Associates, Inc. and John Wiley & Sons, Inc.)]; 및 문헌[Tijssen (1993) Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology--Hybridization with Nucleic Acid Probes, (Elsevier, New York)]을 참고한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "게놈 영역"은 변형될 게놈 서열의 어느 한 측에 존재하거나, 대안적으로 변형될 게놈 서열의 일부를 또한 포함하는 세포의 게놈 내의 염색체의 분절이다. 본원에 기재되어 있는 바와 같은 게놈 영역은 적어도 900개, 1,000개, 1,100개, 1,200개, 1,300개, 1,400개, 1,500개, 1,600개, 1,700개, 1,800개, 1,900개, 2,000개, 2,100개, 2,200개, 2,300개, 2,400개, 2,500개, 2,600개, 2,700개, 2,800개, 2,900개, 3,000개, 3,100개, 3,200개, 3,300개, 3,400개, 3,500개, 3,600개, 3,700개, 3,800개, 3,900개, 4,000개, 5,000개, 6,000개의 뉴클레오타이드 및 최대 7,000개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖는다.
본원에 기재되어 있는 바와 같은 게놈 영역이 상응하는 상동성 영역과의 상동성 재조합을 겪는 데 충분한 상동성을 갖도록 게놈 영역은 적어도 약 900개의 염기 쌍(bp)과 2,000 bp 사이, 900개의 염기 쌍(bp)과 3,000 bp 사이; 1,000개의 염기 쌍(bp)과 2,000 bp 사이, 1,000개의 염기 쌍(bp)과 3,000 bp 사이, 1,000개의 염기 쌍(bp)과 4,000 bp 사이, 2,000 bp와 3,000 bp 사이; 2,000 bp와 4,000 bp 사이; 2,000 bp와 5,000 bp 사이; 2,000 bp와 6,000 bp 사이, 3,000 bp와 4,000 bp 사이; 3,000 bp와 5,000 bp 사이; 3,000 bp와 6,000 bp 사이, 4,000 bp와 5,000 bp 사이; 4,000 bp와 6,000 bp 사이, 5,000 bp와 최대 6,000 bp 사이의 길이 또는 그 이상의 염기를 포함할 수 있다.
본원에 기재되어 있는 바와 같이, 변형될 게놈 서열은 변형될 단일 염기(예를 들어, 본원에 기재되어 있는 점 돌연변이) 및 결실된 유전자 또는 염색체 단편을 포함한다. 바실러스 종 세포의 게놈 내에 공여 DNA를 통합시키는 것이 바람직한 양태에서, 게놈 영역은 바실러스 종 게놈 상에서 서로에 대해 바로 옆에 직접 위치한다.
주어진 게놈 영역과 DNA 작제물 상에서 발견되는 상응하는 상동성 영역(HR1, HR2) 사이의 구조적 유사성은 상동성 재조합이 일어날 수 있도록 하는 임의의 서열 동일성 정도일 수 있다. 예를 들어, DNA 작제물의 "상동성 영역"과 유기체 게놈의 "게놈 영역"이 공유하는 상동성 또는 서열 동일성의 양은 이 서열이 상동성 재조합을 겪도록 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성일 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "DNA 작제물"은 적어도 제1 상동성 아암(HR1; 5 프라임 상동성 아암인 5'HR로도 지칭됨) 및 제2 상동성 아암(HR2; 3 프라임 상동성 아암인 3'HR로도 지칭됨)을 포함하는 DNA 서열을 지칭한다. DNA 작제물은 제1과 제2 상동성 아암 사이에 공여 DNA(상동성 아암에 의해 플랭킹된 공여 DNA)를 추가로 포함할 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "선형 DNA 작제물"은 선형인 단일 가닥 또는 이중 가닥 DNA 작제물을 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "상동성 아암"은 바실러스 종 게놈 내의 게놈 영역에 상동성인 핵산 서열을 지칭한다. 주어진 게놈 영역과 DNA 작제물 상에서 발견되는 상응하는 상동성 아암(HR1, HR2) 사이의 구조적 유사성은 상동성 재조합이 일어날 수 있도록 하는 임의의 서열 동일성 정도일 수 있다. 예를 들어, DNA 작제물의 HR1 및/또는 HR2의 "상동성 영역"과 유기체 게놈의 "게놈 영역"이 공유하는 상동성 또는 서열 동일성의 양은 이 서열이 상동성 재조합을 겪도록 적어도 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 서열 동일성일 수 있다.
하나의 양태에서, 바실러스 종 게놈 내에 통합될 관심 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 본원에 기재되어 있는 선형 이중 가닥 DNA 작제물 상에 위치한 이중 가닥 공여 DNA 서열에 플랭킹하는 본 개시내용의 상동성 아암은 약 900개의 염기 쌍(bp)과 2,000 bp 사이, 900개의 염기 쌍(bp)과 3,000 bp 사이, 1,000개의 염기 쌍(bp)과 2,000 bp 사이, 1,000개의 염기 쌍(bp)과 3,000 bp 사이, 1,000개의 염기 쌍(bp)과 4,000 bp 사이, 900개의 염기 쌍(bp)과 2,000 bp 사이; 2,000 bp와 3,000 bp 사이; 2,000 bp와 4,000 bp 사이; 2,000 bp와 5,000 bp 사이; 2,000 bp와 6,000 bp 사이, 3,000 bp와 4,000 bp 사이; 3,000 bp와 5,000 bp 사이; 3,000 bp와 6,000 bp 사이, 4,000 bp와 5,000 bp 사이; 4,000 bp와 6,000 bp 사이, 5,000 bp와 최대 7,000 bp 사이를 포함한다.
하나의 양태에서, 바실러스 종 게놈 내에 통합될 관심 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 선형 단일 가닥 DNA 작제물 상에 위치한 단일 가닥 공여 DNA에 플랭킹하는 본 개시내용의 상동성 아암은 약 900개의 뉴클레오타이드 내지 2,000개의 뉴클레오타이드, 900개의 뉴클레오타이드 내지 3,000개의 뉴클레오타이드, 1,000개의 뉴클레오타이드 내지 2,000개의 뉴클레오타이드, 1,000개의 뉴클레오타이드 내지 3,000개의 뉴클레오타이드, 1,000개의 뉴클레오타이드 내지 4,000개의 뉴클레오타이드, 900개의 뉴클레오타이드 내지 2,000개의 뉴클레오타이드; 2,000개의 뉴클레오타이드 내지 3,000개의 뉴클레오타이드; 2,000개의 뉴클레오타이드 내지 4,000개의 뉴클레오타이드; 2,000개의 뉴클레오타이드 내지 5,000개의 뉴클레오타이드; 2,000개의 뉴클레오타이드 내지 6,000개의 뉴클레오타이드; 3,000개의 뉴클레오타이드 내지 4,000개의 뉴클레오타이드; 3,000개의 뉴클레오타이드 내지 5,000개의 뉴클레오타이드; 3,000개의 뉴클레오타이드 내지 6,000개의 뉴클레오타이드; 4,000개의 뉴클레오타이드 내지 5,000개의 뉴클레오타이드; 4,000개의 뉴클레오타이드 내지 6,000개의 뉴클레오타이드; 5,000개의 뉴클레오타이드 내지, 6,000개의 뉴클레오타이드 내지 최대 7,000개의 뉴클레오타이드를 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "공여 DNA" 및 "공여 DNA 서열"은 바실러스 종 세포의 게놈 내에 삽입될 관심 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 DNA 서열을 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같은 공여 DNA는 제1 상동성 아암(HR1; 5 프라임 상동성 아암인 5'HR로도 지칭됨) 및 제2 상동성 아암(HR2; 3 프라임 상동성 아암인 3'HR로도 지칭됨)에 의해 플랭킹되며, 이는 수용능 바실러스 종 게놈 내로의 공여 DNA의 통합 위치를 결정한다.
하나의 양태에서, 공여 DNA 서열의 관심 뉴클레오타이드 서열은 관심 폴리뉴클레오타이드, 재조합 DNA, 관심 합성 서열, 관심 이종성 서열, 관심 상동성 서열, 관심 유전자, 하나 이상의 발현 카세트, 하나 이상의 재조합 DNA 작제물, 하나 이상의 발현 카세트, 형질전환되지 않은 천연 게놈 서열과 비교할 때 목적하는 변형/돌연변이(예를 들어, 염기 치환)를 갖는 뉴클레오타이드 서열(예를 들어, 단일 염기를 포함하지만 이에 제한되지 않음), 전사 조절 서열, 번역 조절 서열, 프로모터 서열, 종결자 서열, 유전자이식 핵산 서열, 메신저 RNA의 적어도 일부에 상보적인 안티센스 서열, 이종성 서열 또는 이의 임의의 하나의 조합을 포함한다.
본원에 기재되어 있는 관심 폴리뉴클레오타이드는 관심 유기체에서의 발현을 위한 발현 카세트에 제공될 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "발현"이란 용어는 전구체 형태 또는 성숙한 형태의 기능적 최종 산물(예를 들어, crRNA, tracrRNA, mRNA, 가이드 RNA, sRNA, siRNA, 안티센스 RNA 또는 폴리펩타이드(단백질))의 생산을 지칭한다. "발현"이란 용어는 폴리펩타이드의 생산에 관여된 임의의 단계를 포함하며, 이 단계는 전사, 전사 후 변형, 번역, 번역 후 변형 및 분비를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
발현 카세트는 본원에 개시되어 있는 바와 같이 폴리뉴클레오타이드에 작동 가능하게 연결된 5' 및 3' 조절 서열 및 또는 태그 및 합성 서열을 포함할 수 있다.
본원에 개시되어 있는 발현 카세트는 바실러스 종(숙주) 세포에서 기능적인 전사 및 번역 개시 영역(즉, 프로모터), 5' 비번역된 영역, 다양한 단백질 태그 및 서열을 암호화하는 폴리뉴클레오타이드, 관심 폴리뉴클레오타이드 및 전사 및 번역 종결 영역(즉, 종결 영역)을 전사의 5'-3' 방향으로 포함할 수 있다. 또한, 발현 카세트에는 본원에서 그 외에 기재된 조절 영역의 전사 조절 하에 있도록 폴리뉴클레오타이드의 삽입을 위한 복수의 제한 부위 및/또는 재조합 부위가 제공된다. 조절 영역(즉, 프로모터, 전사 조절 영역 및 번역 종결 영역) 및/또는 관심 폴리뉴클레오타이드는 숙주 세포에 또는 서로에 자연적일/유사할 수 있다. 다양한 단백질 서열을 암호화하는 기타 폴리뉴클레오타이드 서열은 관심 폴리뉴클레오타이드의 5' 또는 3' 말단 중 하나에 부가될 수 있다. 대안적으로, 조절 영역 및/또는 관심 폴리뉴클레오타이드는 숙주 세포에 또는 서로에 이종일 수 있다.
특정 구현예에서, 본원에 개시되어 있는 폴리뉴클레오타이드는 본원에서 그 외에 개시되거나 당해 기술분야에 알려져 있는 바와 같이 관심 폴리뉴클레오타이드 서열 또는 발현 카세트의 임의의 조합에 의해 스태킹(stacking)될 수 있다. 스태킹된 폴리뉴클레오타이드는 초기 폴리뉴클레오타이드와 동일한 프로모터에 작동 가능하게 연결될 수 있거나, 별도의 프로모터 폴리뉴클레오타이드에 작동 가능하게 연결될 수 있다.
발현 카세트는 선택적으로는 상응하는 종결 영역과 함께 관심 폴리뉴클레오타이드에 작동 가능하게 연결된 프로모터를 포함할 수 있다. 종결 영역은 전사 개시 영역에 자연적일 수 있거나, 작동 가능하게 연결된 관심 폴리뉴클레오타이드에 또는 프로모터 서열에 자연적일 수 있거나, 숙주 유기체에 자연적일 수 있거나, 다른 공급원으로부터 유래(즉, 외래 또는 이종)할 수 있다. 편리한 종결 영역은 세포 외 단백질(예를 들어, B. 서브틸리스로부터의 aprE, B. 리케니포르미스로부터의 aprL)의 분비와 관련된 원핵생물 리보솜 RNA 오페론 또는 유전자로부터의 람다 파지 t0 종결 영역 또는 강한 종결자와 같은 파지 서열로부터 이용 가능하다. 편리한 종결 영역은 옥토핀(octopine) 합성효소 및 노팔린(nopaline) 합성효소 종결 영역과 같은 A. 투메파시엔스의 Ti-플라스미드로부터 이용 가능하다. 또한, 문헌[Guerineau et al. (1991) Mol. Gen. Genet. 262: 141~144]; 문헌[Proudfoot (1991) Cell 64: 671~674]; 문헌[Sanfacon et al. (1991) Genes Dev. 5: 141~149]; 문헌[Mogen et al. (1990) Plant Cell 2: 1261~1272]; 문헌[Munroe et al. (1990) Gene 91: 151~158]; 문헌[Ballas et al. (1989) Nucleic Acids Res. 17: 7891~7903]; 및 문헌[Joshi et al. (1987) Nucleic Acids Res. 15: 9627~9639]을 참고한다.
적절한 경우, 관심 폴리뉴클레오타이드는 형질전환 또는 표적화된 유기체에서의 발현 증가에 최적화될 수 있다. 예를 들어, 폴리뉴클레오타이드는 개선된 발현을 위한 유기체-선호 코돈을 사용하도록 합성되거나 변경될 수 있다.
추가적인 서열 변형은 세포 숙주에서 유전자 발현을 향상시키는 것으로 알려져 있다. 이들은 의사 폴리아데닐화 신호를 암호화하는 서열, 엑손-인트론 스플라이스 부위 신호, 트랜스포존-유사 반복부, 및 유전자 발현에 유해할 수 있는 기타 이 같이 잘 규명된 서열의 제거를 포함한다. 서열의 G-C 함량은 숙주 세포에서 발현되는 알려진 유전자를 참조하여 계산할 때 주어진 세포 숙주에 대해 평균 수준으로 조정될 수 있다. 가능한 경우, 서열은 예측된 헤어핀 2차 mRNA 구조를 피하도록 변형된다.
발현 카세트는 5' 리더 서열을 추가로 함유할 수 있다. 이 같은 리더 서열은 번역 또는 RNA 안정성 수준을 향상시키도록 작용할 수 있다. 5' 비번역된 영역과 상호 교환 가능하게 사용되는 5' 리더 서열은 널리 알려져 있고 잘 규명된 박테리아 UTR, 예를 들어 바실러스 서브틸리스 aprE 유전자 또는 바실러스 리케니포르미스 amyL 유전자 또는 임의의 박테리아 리보솜 단백질 유전자로부터의 것에서 유래할 수 있다. 번역 리더는 당해 기술분야에 알려져 있고, 피코르나바이러스(picornavirus) 리더, 예를 들어 EMCV 리더(뇌심근염 5' 비암호화 영역)(문헌[Elroy-Stein et al. (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86: 6126~6130]); 포티바이러스(potyvirus) 리더, 예를 들어 TEV 리더(담배 식각 바이러스(Tobacco Etch Virus))(문헌[Gallie et al. (1995) Gene 165(2): 233~238]), MDMV 리더(옥수수 위축 모자이크 바이러스(Maize Dwarf Mosaic Virus))(문헌[Johnson et al. (1986) Virology 154: 9~20]) 및 인간 면역글로불린 중쇄 결합 단백질(BiP)(문헌[Macejak et al. (1991) Nature 353: 90~94]); 알팔파 모자이크 바이러스의 코트 단백질 mRNA(AMV RNA 4)로부터의 비번역된 리더(Jobling et al. (1987) Nature 325: 622~625); 담배 모자이크 바이러스 리더(TMV)(문헌[Gallie et al. (1989) in Molecular Biology of RNA, ed. Cech (Liss, New York), pp. 237~256]); 및 옥수수 황색얼룩 반점 바이러스 리더(MCMV: maize chlorotic mottle virus reader)(문헌[Lommel et al. (1991) Virology 81: 382~385])를 포함한다. 또한, 문헌[Della-Cioppa et al. (1987) Plant Physiol. 84: 965~968]을 참고한다. 번역을 향상시키는 것으로 알려져 있는 기타 방법, 예를 들어 인트론 등이 또한 사용될 수 있다.
발현 카세트를 제조할 때, 다양한 DNA 단편은 적절한 배향으로, 그리고 적절한 경우 적절한 리딩 프레임에서 DNA 서열을 제공하도록 조작될 수 있다. 이를 위해, 어댑터(adapter) 또는 링커는 DNA 단편을 연결하기 위해 사용될 수 있거나, 기타 조작은 편리한 제한 부위, 필요치 않은 DNA의 제거, 제한 부위의 제거 등을 제공하도록 수반될 수 있다. 이 목적을 위해, 시험관 내 돌연변이 유발, 프라이머 복구, 제한, 어닐링, 재치환, 예를 들어 전이 및 전환이 수반될 수 있다.
일부 구현예에서, 리파아제 또는 프로테아제 단백질을 암호화하는 뉴클레오타이드 서열은 제어 요소, 예를 들어 전사 제어 요소(예를 들어, 프로모터)에 작동 가능하게 연결된다. 전사 제어 요소는 진핵생물 세포 또는 원핵생물 세포(예를 들어, 박테리아 또는 바실러스 종 세포) 중 어느 하나에서 기능적일 수 있다.
바실러스 종 세포에서 유전자, 이의 오픈 리딩 프레임(ORF) 및/또는 이의 변이체 서열의 발현에 사용하기에 적합한 원핵생물 프로모터(원핵생물 세포에서 기능적인 프로모터) 및 프로모터 서열 영역의 비제한적인 예는 일반적으로 당업자에 알려져 있다. 본 개시내용의 프로모터 서열은 일반적으로 바실러스 종 세포(예를 들어, B. 리케니포르미스 세포, B. 서브틸리스 세포 등)에서 기능적이 되도록 선택된다. 마찬가지로, 바실러스 종 세포에서 유전자 발현을 유도하는 데 유용한 프로모터로는 바실러스 리케니포르미스 아밀라아제 유전자(amyL)의 프로모터, 바실러스 스테아로써모필루스 말토제닉 아밀라아제 유전자(amyM)의 프로모터, 바실러스 아밀로리쿼파시엔스 아밀라아제(amyQ)의 프로모터, 바실러스 서브틸리스 xylA 및 xylB 유전자의 프로모터, 바실러스 서브틸리스 알칼라인 프로테아제(aprE) 프로모터(문헌[Stahl et al., 1984]), 바실러스 서브틸리스의 α-아밀라아제 프로모터(문헌[Yang et al., 1983]), 바실러스 아밀로리쿼파시엔스의 α-아밀라아제 프로모터(문헌[Tarkinen et al., 1983]), 바실러스 서브틸리스로부터의 중성 프로테아제(nprE) 프로모터(문헌[Yang et al., 1984]), 돌연변이 aprE 프로모터(PCT 공개공보 제WO2001/51643호), 또는 바실러스 리케니포르미스 또는 기타 관련된 바실러스로부터의 임의의 기타 프로모터를 들 수 있지만, 이에 제한되지 않는다. 기타 특정 구현예에서, 프로모터는 미국 특허 공개공보 제2014/0329309호에 개시되어 있는 리보좀 단백질 프로모터 또는 리보솜 RNA 프로모터(예를 들어, rrnI 프로모터)이다. spac와 같은 합성 프로모터는 기타 보조 인자에 따라 구성적이거나 유도성일 수 있다. n25, 람다 pL 또는 pR과 같은 파지 프로모터는 동일한 방식으로 구성적이거나 유도성일 수 있다. 바실러스 종 세포에서 광범위한 활성(프로모터 강도)을 갖는 프로모터 라이브러리를 선별 및 생성하기 위한 방법은 PCT 공개공보 제WO2003/089604호에 기술되어 있다.
바실러스 종에서 기능적인 구성적 프로모터로는 바실러스 리케니포르미스 아밀라아제 유전자(amyL)의 프로모터, 바실러스 스테아로써모필루스 말토제닉 아밀라아제 유전자(amyM)의 프로모터, 바실러스 아밀로리쿼파시엔스 아밀라아제(amyQ)의 프로모터, 바실러스 서브틸리스 알칼라인 프로테아제(aprE)의 프로모터, 바실러스 서브틸리스의 α-아밀라아제 프로모터(문헌[Yang et al., 1983]), 바실러스 아밀로리쿼파시엔스의 α-아밀라아제 프로모터(문헌[Tarkinen et al., 1983]), 바실러스 서브틸리스로부터의 중성 프로테아제(nprE) 프로모터(문헌[Yang et al., 1984])를 들 수 있지만, 이에 제한되지 않는다.
하나의 양태에서, 공여 DNA는 바실러스 종 게놈 내에 통합될 재조합 DNA를 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "재조합"은 예를 들어 화학적 합성에 의한, 또는 유전자 조작 기술에 의한 단리된 핵산 분절의 조작에 의한, 분리되었을 2개의 서열 분절의 인공 조합을 지칭한다. "재조합"이란 용어는, 생물학적 성분 또는 조성물(예를 들어, 세포, 핵산, 폴리펩타이드/효소, 벡터 등)을 참조하여 사용되는 경우, 생물학적 성분 또는 조성물이 자연에서 발견되지 않는 상태로 있음을 나타낸다. 다시 말해, 생물학적 성분 또는 조성물은 인간의 개입에 의해 이의 자연 상태로부터 변형되었다. 예를 들어, 재조합 세포는 이의 자연적(즉, 비-재조합) 세포에서는 발견되지 않는 하나 이상의 유전자를 발현하는 세포, 하나 이상의 자연적 유전자를 이의 자연적 세포와는 상이한 양으로 발현하는 세포, 및/또는 하나 이상의 자연적 유전자를 이의 자연적 세포와는 상이한 조건 하에 발현하는 세포를 포함한다. 재조합 핵산은 하나 이상의 뉴클레오타이드에 의해 자연적 서열과 다를 수 있고/있거나, 이종성 서열(예를 들어, 이종성 프로모터, 비자연적 또는 변이체 신호 서열을 암호화하는 서열 등)에 작동 가능하게 연결될 수 있고/있거나, 인트론 서열이 없을 수 있고/있거나, 단리된 형태로 있을 수 있다. 재조합 폴리펩타이드/효소는 하나 이상의 아미노산에 의해 자연적 서열과 상이할 수 있고/있거나, 이종성 서열과 융합될 수 있고/있거나, 절두될 수 있거나 아미노산의 내부 결실을 가질 수 있고/있거나, 자연적 세포에서 발견되지 않는 방식으로 (예를 들어, 폴리펩타이드를 암호화하는 발현 벡터의 세포 상에 존재하므로 폴리펩타이드를 과발현시키는 재조합 세포로부터) 발현될 수 있고/있거나, 단리된 형태로 있을 수 있다. 일부 구현예에서, 재조합 폴리뉴클레오타이드 또는 폴리펩타이드/효소는 이의 야생형 대응물과 동일하지만, 비자연적 형태(예를 들어, 단리되거나 농후화된 형태)로 있는 서열을 갖는다는 것이 강조된다.
본원에서 사용된 바와 같이, "재조합 DNA"는 핵산 단편의 인공 조합을 포함하는 적어도 하나의 발현 카세트를 포함하는 DNA 서열을 지칭한다. 재조합 DNA는 본원에 개시되어 있는 바와 같은 관심 폴리뉴클레오타이드에 작동 가능하게 연결된 5' 및 3' 조절 서열을 포함할 수 있다. 예를 들어, 재조합 DNA는 상이한 공급원으로부터 유래하는 조절 서열 및 암호화 서열을 포함할 수 있다.
본원에서 사용되는 표준 재조합 DNA 및 분자 클로닝 기법은 당해 분야에 널리 알려져 있고, 문헌[Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual; Cold Spring Harbor Laboratory: Cold Spring Harbor, NY (1989)]에 보다 자세히 기술되어 있다.
선별 가능한 마커 표현형을 사용하지 않고 변경된 게놈을 갖는 이들 세포를 확인하기 위해 다양한 방법이 이용 가능하다. PCR 방법, 서열분석 방법, 뉴클레아제 소화(digestion), 서던 블롯(Southern blot) 및 이들의 임의의 조합을 포함하지만 이에 제한되지 않는 이 같은 방법은 표적 서열을 직접 분석하여 게놈 서열에서의 임의의 변화를 검출하는 것으로 볼 수 있다.
수용능 바실러스 종에서의 효율적인 게놈 변형을 위해 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖는 긴 상동성 아암을 포함하는 선형 DNA 작제물의 용도
본 개시내용은 선택 가능한 마커의 사용 또는 통합 없이 그리고 Cas 엔도뉴클레아제의 사용 또는 통합 없이 바실러스 종 세포의 게놈을 변형시키기 위한 방법을 포함한다.
임의의 특정 이론, 기작 또는 작용 모드에 제한되지 않지만, 놀랍고도 예상치 못하게도, 본 출원인은 긴 상동성 아암(각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드를 가짐)을 포함하는 선형 DNA 작제물이 수용능 바실러스 종 세포 내로 도입되는 경우에 게놈 변형(예를 들어, 사용된 선형 DNA 작제물의 유형에 따라 공여 DNA 서열 통합, 유전자 결실, 돌연변이를 들 수 있지만, 이에 제한되지 않음)에서의 높은 효율이 관찰되며, 이때 도입 및 게놈 변형은 선택 가능한 마커 또는 가이딩된 Cas 엔도뉴클레아제 시스템의 사용 없이 발생한다는 것을 발견하였다.
본 개시내용은 가이딩된 Cas 엔도뉴클레아제 시스템의 사용 없이 그리고 상기 게놈 내로의 선택 가능한 마커의 통합 없이 공여 DNA를 포함하는 선형 DNA 작제물을 사용하여 수용능 바실러스 종 세포의 게놈 내에 공여 DNA 서열을 통합시키기 위한 방법 및 조성물을 포함한다.
하나의 구현예에서, 이 방법은 선택 가능한 마커의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈 내에 공여 DNA를 통합시키기 위한 방법이며, 이때 이 방법은 수용능 바실러스 종의 세포 개체군을 제공하는 단계, 및 상기 세포 개체군의 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 선형 DNA 작제물을 도입하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)에 의해 플랭킹된 공여 DNA를 포함하고, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 가지며, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않으며, 선택적으로는 이 방법은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 배지 상에서 상기 적어도 하나의 바실러스 종 세포로부터 자손 세포를 성장시키는 단계, 및 이의 게놈에 안정하게 통합된 공여 DNA 서열을 갖는 바실러스 종의 자손 세포를 식별하는 단계를 추가로 포함한다.
본원에 기재되어 있는 바와 같이, 선택 가능한 마커의 사용 없이 그리고 가이딩된 Cas 시스템의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈 내로 공여 DNA를 통합하는 것은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)에 의해 플랭킹된 공여 DNA를 포함하는 선형 DNA 작제물을 수용능 바실러스 종 세포 내로 도입함으로써 높은 빈도로 발생할 수 있으며, 이때 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖는다.
본 개시내용은 바실러스 종 세포의 게놈에서 관심 유전자를 결실시키기 위한 방법을 포함한다.
하나의 구현예에서, 이 방법은 선택 가능한 마커의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈에서 뉴클레오타이드 서열을 결실시키기 위한 방법이며, 이때 이 방법은 수용능 바실러스 종의 세포 개체군을 제공하는 단계, 및 상기 세포 개체군의 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 선형 DNA 작제물을 도입하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)을 포함하고, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖고, 결실될 상기 뉴클레오타이드 서열에 플랭킹하는 게놈 DNA 영역에 대한 서열 상동성을 가지며, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는다.
본 개시내용은 바실러스 종 세포의 게놈 내로 돌연변이(예를 들어, 점 돌연변이를 들 수 있지만, 이에 제한되지 않음)을 제공하기 위한 방법을 포함한다.
하나의 구현예에서, 이 방법은 선택 가능한 마커의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈 내로 돌연변이를 도입하기 위한 방법이며, 이때 이 방법은 수용능 바실러스 종의 세포 개체군을 제공하는 단계, 및 상기 세포 개체군의 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 선형 DNA 작제물을 도입하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)에 의해 플랭킹된 목적하는 돌연변이를 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖고, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는다. 하나의 구현예에서, 상기 방법은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 배지 상에서 상기 적어도 하나의 바실러스 종 세포로부터 자손 세포를 성장시키는 단계, 및 이의 게놈에 돌연변이를 갖는 바실러스 종 자손 세포를 식별하는 단계를 추가로 포함한다. 하나의 양태에서, 목적하는 돌연변이를 갖는 뉴클레오타이드 서열은 바실러스 종 세포의 자연적 서열(변형 이전의 바실러스 종의 게놈 DNA 서열)과 비교하여 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 염기 변형 또는 치환을 포함한다. 하나의 양태에서, 목적하는 돌연변이(염기 치환)을 갖는 뉴클레오타이드 서열은 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 염기로 이루어져 있다.
본 개시내용은 복수개의 유전자 발현 카세트를 도입하기 위한 방법을 포함한다. 효소 생산을 위한 바실러스 종 숙주의 개발에서의 장애물 중 하나는, 항생제 내성 마커(아암) 없이 염색체 내의 복수개의 효소 발현 카세트를 통합시키는 것이다. 통합 벡터, Cre/loxP 시스템 및 영양 요구성 마커의 사용과 같은 기존의 접근법은 시간 소모적이고, 편집 효율은 비교적 낮다.
본원에 기재되어 있는 방법은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 아암(HR2)에 의해 플랭킹된 공여 DNA를 이용하여 복수개의 관심 유전자(관심 유전자 발현 카세트)에 대한 통합을 가능케 하여, 유전자 통합 효율을 높이며, 이때 각각의 상동성 아암은 적어도 900개 초과의 뉴클레오타이드의 길이를 갖는다.
복수개의 유전자 발현 카세트 또는 복수개의 발현 카세트는 본원에서 상호 교환 가능하게 사용되며, 적어도 하나의 관심 유전자를 포함하는 복수개의 동일한 발현 카세트를 지칭한다. 하나의 양태에서, 상기 유전자 발현 카세트의 복수개는 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 및 최대 10개로 이루어진 군으로부터 선택된다.
정의
달리 정의되지 않는 한, 본원에서 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어는 본 조성물 및 방법이 적용되는 기술분야의 당업자가 일반적으로 이해하는 것과 동일한 의미를 갖는다.
"대립유전자" 또는 "대립유전자 변이체"는 염색체 상의 주어진 유전자위를 차지하고 있는 몇몇 대안적인 유전자 형태 중 하나이다. 염색체 상의 주어진 유전자위에 존재하는 모든 대립 유전자가 동일한 경우, 이 유기체는 이 유전자위에서 동형 접합성이다. 염색체 상의 주어진 유전자위에 존재하는 대립유전자가 상이한 경우, 이 유기체는 이 유전자위에서 이형 접합성이다. 폴리펩타이드의 대립유전자 변이체는 유전자의 대립유전자 변이체에 의해 암호화된 폴리펩타이드이다.
본원에서 사용된 바와 같이, "숙주 세포"는 새로 도입된 DNA 서열을 위한 숙주 또는 발현 비히클로서 작용하는 능력을 갖는 세포를 지칭한다. 따라서, 본 개시내용의 특정 구현예에서 숙주 세포는 바실러스 종 세포이다.
"재조합 숙주 세포"("유전자 변형된 숙주 세포"로도 지칭됨)는 이종성 핵산, 예를 들어 재조합 DNA 작제물이 도입되어 있거나, 본원에 기재되어 있는 가이드 RNA/Cas 엔도뉴클레아제 시스템과 같은 게놈 변형 시스템이 도입되어 있거나 이를 포함하는 숙주 세포이다. 예를 들어, 해당 박테리아 숙주 세포는 외인성 핵산(예를 들어, 플라스미드 또는 원형 재조합 DNA 작제물)의 적합한 바실러스 종 세포 내로의 도입에 의해 유전자 변형된 바실러스 종 세포를 포함한다.
본원에서 정의된 바와 같이, "모 세포" 또는 "모 (숙주) 세포"는 상호 교환 가능하게 사용될 수 있으며, "변형되지 않은" 모 세포를 지칭한다. 예를 들어, "모" 세포는 "모" 세포의 게놈이 (예를 들어, 모 세포 내로 도입된 하나 이상의 돌연변이/변형을 통해) 변경되어 이의 변형된 "딸"세포를 생성하는 임의의 미생물 세포 또는 균주를 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "변형된 세포" 또는 "변형된 (숙주) 세포"는 상호 교환 가능하게 사용될 수 있으며, 변형된 세포가 유래하는 "모" 숙주 세포에 존재하지 않는 적어도 하나의 유전자 변형을 포함하는 재조합 (숙주) 세포를 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "바실러스 속" 또는 "바실러스 종" 세포는, 바실러스 서브틸리스, 바실러스 리케니포르미스, 바실러스 렌투스, 바실러스 브레비스, 바실러스 스테아로써모필루스, 바실러스 알칼로필루스, 바실러스 아밀로리퀘파시엔스, 바실러스 클라우시, 바실러스 할로두란스, 바실러스 메가테리움, 바실러스 코아귤란스, 바실러스 서큘란스, 바실러스 라우투스 및 바실러스 투링기엔시스를 포함하지만 이에 제한되지 않는, 당업자에게 알려져 있는 바와 같은 "바실러스" 속 내의 모든 종을 포함한다. 바실러스 속은 계속해서 분류학적 개편을 겪고 이는 것으로 인식된다. 따라서, 이는, 이 속은 이제 "게오바실러스 스테아로써모필루스(GeoBacillus stearothermophilus)"로 지칭되는 B. 스테아로써모필루스와 같은 유기체를 포함하지만 이에 제한되지 않는, 재분류되어 있는 종을 포함시키기 위한 것이다.
본원에서 사용된 바와 같이, "수용능 바실러스 종 세포" 또는 "수용능 바실러스 종 균주로부터의 세포"는 상호 교환 가능하게 사용되며, 당해 기술분야에 알려져 있는 임의의 방법에 의해 수용능이 된 바실러스 종 세포를 지칭한다. 하나의 양태에서, 바실러스 종 세포는 ComK, ComS, ComS1, ComG, ComC, ComDE, Spo0H, AbrB, Spo0A, Spo0K, Sin, DegU, Com A, ComP, ComQ, COmB, srfA, ComK 또는 이의 임의의 하나의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드에 작동 가능하게 연결된 프로모터를 포함하는 적어도 하나의 도입된 핵산 작제물에 의해 수용능이 된다(문헌[Dubnau D., 1991, Microbiological Reviews, Vol 55, No. 3, p. 395~424]; 문헌[Hamoen et al., 2003, Microbiology, 149, pg. 9~17]).
하나의 양태에서, 바실러스 종 세포는 자연 수용능, 인공 수용능 또는 유도 수용능을 통해 수용능이 된다(문헌[Dubnau D., 1991, Microbiological Reviews, Vol 55, No. 3, p. 395~424]; 문헌[Hamoen et al., 2003, Microbiology, 149, pg. 9~17]; 문헌[Jarmer Hanne et al. FEMS Microbiology Letters 206, pg. 197~200]).
하나의 양태에서, 비수용능 바실러스 종 세포를 수용능으로 만들기 위한 방법은 세포가 DNA의 흡수를 위해 더욱 수용능이 되도록 바실러스 종 세포에서의 ComS, ComS1, ComK 또는 이들 폴리펩타이드(또는 이들 폴리펩타이드를 암호화하는 유전자)의 임의의 조합의 도입 및 발현을 포함한다.
하나의 양태에서, 비수용능 바실러스 종 세포를 수용능으로 만들기 위한 방법은 ComK, ComS, ComS1, ComG, ComC, ComDE, Spo0H, AbrB, Spo0A, Spo0K, Sin, DegU, Com A, ComP, ComQ, COmB, srfA, ComK 또는 이의 임의의 하나의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드에 작동 가능하게 연결된 유도성 프로모터를 포함하는 적어도 하나의 핵산 작제물을 비수용능 바실러스 종 세포 내로 도입하는 단계를 포함한다.
이 같은 유도성 프로모터의 예로는 xylAp; 말토오스, 만니톨 또는 아라비노오스와 같은 당에 의해 유도되는 프로모터; tetA 또는 spac 프로모터와 같은 소분자; ydhI 프로모터와 같은 온도 유도형 프로모터; 탠덤(tandem) 프로모터(WO99/043835 및 05/098016 참조)(바람직하게는, 탠덤 프로모터는 Pconsensus amyQ-PcryIIIA-cryIIIA 또는 PamyL4199-Pconsensus amyQ-PcryIIIA-cryIIIA임(PCT/US2007/088186 참조)); 또는 이의 임의의 하나의 조합을 들 수 있지만, 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용된 바와 같이, "초수용능 바실러스 종 세포" 또는 "초수용능 바실러스 종 균주로부터의 세포"는 상호 교환 가능하게 사용되며, 1% 초과의 세포 개체군이 바실러스 종의 염색체 DNA로 형질전환 가능한 수용능 바실러스 종 세포를 지칭한다. 대안적으로, 초수용능은 10% 초과의 세포 개체군이 자가 복제 바실러스 플라스미드로 형질전환 가능하다는 것을 의미한다. 바람직하게는, 초수용능 바실러스 종 세포는 야생형 또는 모 세포 개체군에 대해 관찰된 것보다 높은 속도로 형질전환될 것이다.
하나의 양태에서, 바실러스 종 세포는 ComK 폴리펩타이드(Pxyl-ComK)를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드에 작동 가능하게 연결된 크실로오스-유도성 프로모터(Pxyl)를 포함하는 적어도 하나의 도입된 핵산 작제물에 의해 초수용능이 되어, 초수용능 바실러스 종 Pxyl-ComK 균주를 생성한다.
하나의 양태에서, 초수용능 바실러스 종 균주는 ComK, ComS, ComS1, ComG, ComC, ComDE, Spo0H, AbrB, Spo0A, Spo0K, Sin, DegU, Com A, ComP, ComQ, COmB, srfA, ComK 또는 이의 임의의 하나의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드에 작동 가능하게 연결된 프로모터(예를 들어, 유도성 프로모터를 들 수 있지만, 이에 제한되지 않음)를 포함하는 적어도 하나의 핵산 작제물을 바실러스 종 세포 내로 도입함으로써 초수용능이 되는 균주이다.
하나의 양태에서, 수용능 또는 초수용능 바실러스 종 균주는 바실러스 서브틸리스 168(BGSC1A1), spoIIAC, aprE, nprE 및 amyE 유전자의 결실을 갖는 바실러스 서브틸리스 168delta4, 바실러스 서브틸리스 A164delta5(상기와 같지만, srfAC USPTO 5891701의 추가적인 결실을 가짐), 바실러스 서브틸리스 MDT101(B. 리케니포르미스 SJ1904의 DNA 메틸트랜스페라아제를 발현함) 및 바실러스 리케니포르미스 SJ1904(USPTO 5733753)로 이루어진 군으로부터 선택된다.
본원에서 사용된 바와 같이, "증가된"이란 용어는 증가된 분량 또는 활성이 비교되는 분량 또는 활성보다 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7%, 8%, 9%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 16%, 17%, 18%, 19%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 100% 또는 적어도 약 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 10배, 11배, 12배, 13배, 14배, 15배, 16배, 17배, 18배, 19배, 20배, 21배, 22배, 23배, 24배, 25배, 26배, 27배, 28배, 29배, 30배, 31배, 32배, 33배, 34배, 35배, 36배, 37배, 38배, 39배, 40배, 50배, 60배, 70배, 80배, 90배, 100배, 110배, 120배, 130배, 140배, 150배, 160배, 170배, 180배, 190배, 200배, 210배, 220배, 230배, 240배, 250배, 260배, 270배, 280배, 290배, 300배, 310배, 320배, 330배, 340배, 350배, 360배, 370배, 380배, 390배, 400배, 410배, 420배, 430배, 440배, 440배, 450배, 460배, 470배, 480배, 490배 또는 500배 더 큰 분량 또는 활성을 지칭할 수 있다. "증가된", "더 높은" 및 "개선된"이란 용어는 본원에서 상호 교환 가능하게 사용된다. "증가된"이란 용어는 본원에 기재되어 있는 대조군 또는 기준 방법과 비교할 때 본원에 기재되어 있는 다성분 방법에 의해 수득된 형질전환 또는 유전자 편집 효율을 규명하기 위해 사용될 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "통합 효율"이란 용어는 이의 게놈 내에 통합된 목적하는 관심 유전자를 갖는 형질전환된 세포의 개수를 형질전환된 세포의 총 개수로 나눔으로써 정의된다. 이러한 개수는 100을 곱해서 "%"로서 나타낼 수 있다.
통합 효율(%) = (이의 게놈 내에 통합된 관심 유전자를 갖는 형질전환된 세포의 개수/형질전환된 세포의 총 개수) * 100
"보존된 도메인" 또는 "모티프"란 용어는 진화적으로 관련된 단백질의 정렬된 서열을 따라 특정 위치에 보존된 아미노산 세트를 의미한다. 기타 위치에서의 아미노산은 상동성 단백질 사이에 변경될 수 있는 반면, 특정 위치에서 고도로 보존된 아미노산은 단백질의 구조, 안정성 또는 활성에 필수적인 아미노산을 나타낸다. 이들은 단백질 상동체의 패밀리의 정렬된 서열에서 이들의 높은 보존 정도에 의해 확인되기 때문에, 새로 결정된 서열을 가진 단백질이 이전에 확인된 단백질 패밀리에 속하는지를 결정하기 위한 식별자 또는 "서명"으로 사용될 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "핵산"은 폴리뉴클레오타이드를 의미하고, 데옥시리보뉴클레오타이드 또는 리보뉴클레오타이드 염기의 단일 가닥 또는 이중 가닥 중합체를 포함한다. 핵산은 또한 단편 및 변형된 뉴클레오타이드를 포함할 수 있다. 따라서, "폴리뉴클레오타이드", "핵산 서열", "뉴클레오타이드 서열" 및 "핵산 단편"이란 용어는 선택적으로 합성, 비천연 또는 변경된 뉴클레오타이드 염기를 함유하는 단일 가닥 또는 이중 가닥인 RNA 및/또는 DNA 및/또는 RNA-DNA의 중합체를 나타내기 위해 상호 교환 가능하게 사용된다. 뉴클레오타이드(보통 이의 5'-모노포스페이트 형태로 발견됨)는 하기와 같이 단일 문자 표시에 의해 지칭된다: 아데노신 또는 데옥시아데노신에 대해서(각각 RNA 또는 DNA에 있어서) "A", 시토신 또는 데옥시시토신에 대해서 "C", 구아노신 또는 데옥시구아노신에 대해서 "G", 우리딘에 대해서 "U", 데옥시티미딘에 대해서 "T", 퓨린(A 또는 G)에 대해서 "R", 피리미딘(C 또는 T)에 대해서 "Y", G 또는 T에 대해서 "K", A 또는 C 또는 T에 대해서 "H", 이노신에 대해서 "I", 및 임의의 뉴클레오타이드에 대해서 "N"(예를 들어, DNA 서열을 지칭하는 경우 N은 A, C, T 또는 G일 수 있고; RNA 서열을 지칭하는 경우 N은 A, C, U 또는 G일 수 있음).
본원에 기재되어 있는 폴리뉴클레오타이드(또는 핵산 분자)는 "유전자", "벡터" 및 "플라스미드"를 포함하는 것으로 이해된다.
"유전자"란 용어는, 단백질 암호화 서열의 전부 또는 일부를 포함하고 프로모터 서열과 같은 조절 서열(전사되지 않은 서열)을 포함할 수 있는 특정 아미노산 서열을 들 수 있지만 이에 제한되지 않는, 기능적인 분자를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드를 지칭하며, 여기서 조절 서열은, 예를 들어 유전자가 발현되는 조건을 결정한다. 유전자의 전사된 영역은 비번역된 영역(UTR)(인트론을 포함함), 5'-비번역된 영역(UTR) 및 3'-UTR뿐만 아니라 암호화 서열을 포함할 수 있다. "자연적 유전자"는 그 자신의 조절 서열과 함께 자연에서 발견되는 바와 같은 유전자를 지칭한다.
"코돈 변형 유전자" 또는 "코돈 선호 유전자" 또는 "코돈 최적화 유전자"는 숙주 세포의 바람직한 코돈 사용의 빈도를 모방하도록 설계된 코돈 사용 빈도를 갖는 유전자이다. 유전자를 코돈 최적화하도록 이루어진 핵산 변경은 "동의어"이며, 이는 이들이 모 유전자의 암호화된 폴리펩타이드의 아미노산 서열을 변경시키지 않는다는 것을 의미한다. 그러나, 자연적 유전자 및 변이체 유전자 둘 모두는 특정 숙주 세포에 대해 코돈 최적화될 수 있으며, 이와 관련하여 이와 같은 제한은 의도된 것은 아니다. 코돈 선호 유전자를 합성하는 방법이 당해 기술분야에서 이용 가능하다. 예를 들어, 본원에 참조로 포함된 미국 특허 제5,380,831호 및 제5,436,391호, 및 문헌[Murray et al. (1989) Nucleic Acids Res. 17: 477~498]을 참고한다.
추가적인 서열 변형은 숙주 유기체에서의 유전자 발현을 향상시키는 것으로 알려져 있다. 이들은, 예를 들어 의사 폴리아데닐화 신호를 암호화하는 하나 이상의 서열, 하나 이상의 엑손-인트론 스플라이스 부위 신호, 하나 이상의 트랜스포존-유사 반복부, 및 유전자 발현에 유해할 수 있는 이 같은 기타 잘 규명된 서열의 제거를 포함한다. 서열의 G-C 함량은, 숙주 세포에서 발현되는 알려진 유전자를 참조하여 계산할 때, 주어진 숙주 유기체에 대해 평균 수준으로 조정될 수 있다. 가능한 경우, 서열은 하나 이상의 예측된 헤어핀 2차 mRNA 구조를 피하도록 변형된다.
본원에서 사용된 바와 같이, "암호화 서열"이란 용어는 이의 (암호화된) 단백질 산물의 아미노산 서열을 직접 나타낸 뉴클레오타이드 서열을 지칭한다. 암호화 서열의 경계는 일반적으로 오픈 리딩 프레임(이하 "ORF"로 지칭됨)에 의해 결정되며, 이는 흔히 ATG 시작 코돈으로 시작한다. 암호화 서열은 전형적으로 DNA, cDNA 및 재조합 뉴클레오타이드 서열을 포함한다.
본원에서 정의된 바와 같이, "오픈 리딩 프레임"(이하 "ORF"로 지칭됨)이란 용어는 (i) 개시 코돈, (ii) 아미노산을 나타내는 일련의 2개 이상의 코돈, 및 (iii) 종결 코돈으로 이루어진 중단되지 않은 리딩 프레임을 포함하는 핵산 또는 핵산 서열(자연적으로 발생한 것, 비자연적으로 발생한 것, 또는 합성된 것)을 의미하며, 이때 ORF는 5'에서 3' 방향으로 리딩(또는 번역)된다.
본원에서 사용된 바와 같은 "염색체 통합"이란 용어는 관심 폴리뉴클레오타이드가 바실러스 종의 염색체 내에 통합되는 과정을 지칭한다. 선형 공여 DNA 작제물의 상동성 아암(상동성 아암에 의해 플랭킹된 선형 공여 DNA)은 바실러스 종 염색체의 상동성 영역과 정렬될 것이다. 후속적으로, 이들 상동성 아암 사이의 서열은 이중 교차(즉, 상동성 재조합)로 관심 폴리뉴클레오타이드에 의해 대체된다.
"조절 서열"은 암호화 서열의 상류(5' 비암호화 서열), 내부 또는 하류(3' 비암호화 서열)에 위치하며, 회합된 암호화 서열의 전사, RNA 가공 또는 안정성 또는 번역에 영향을 미치는 뉴클레오타이드 서열을 지칭한다. 조절 서열은 프로모터, 번역 리더 서열, 5' 비번역 서열, 3' 비번역 서열, 인트론, 폴리아데닐화 표적 서열, RNA 가공 부위, 효과기 결합 부위 및 줄기-루프 구조를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
본원에서 사용된 바와 같이, "프로모터"란 용어는 암호화 서열 또는 기능적 RNA의 발현을 제어할 수 있는 핵산 서열을 지칭한다. 일반적으로, 암호화 서열은 프로모터 서열에 대해 3'(하류)에 위치한다. 프로모터는 그 전체가 자연적 유전자로부터 유래할 수 있거나, 자연에서 발견되는 상이한 프로모터들로부터 유래하는 상이한 요소들로 구성될 수 있거나, 심지어 합성 핵산 분절을 포함할 수 있다. 당업자라면 상이한 프로모터가 상이한 세포 유형으로, 또는 상이한 발달 단계에서, 또는 상이한 환경적 또는 생리적 조건에 반응하여 유전자의 발현을 유도할 수 있다는 것을 이해한다. 대부분의 경우 유전자가 대부분의 세포 유형에서 발현되도록 하는 프로모터는 흔히 "구성적 프로모터"로서 지칭된다. 대부분의 경우에 조절 서열의 정확한 경계가 완전하게 정의되지 않았기 때문에 상이한 길이를 갖는 DNA 단편은 동일한 프로모터 활성을 가질 수 있는 것으로 추가로 인식된다.
"작동 가능하게 연결된"은 2개 이상의 요소들 사이의 기능적 연결을 의미하도록 의도된다. 예를 들어, 관심 폴리뉴클레오타이드와 조절 서열(예를 들어, 프로모터) 사이의 작동 가능한 연결은 관심 폴리뉴클레오타이드의 발현을 허용하는 기능적 연결이다(즉, 관심 폴리뉴클레오타이드는 프로모터의 전사적 제어 하에 있음). 작동 가능하게 연결된 요소는 연속적 또는 불연속적일 수 있다. 암호화 서열(예를 들어, ORF)은 센스 또는 안티센스 배향으로 조절 서열에 작동 가능하게 연결될 수 있다. 2개의 단백질 암호화 영역의 연결을 지칭하도록 사용될 때, 작동 가능하게 연결되었다는 것은 암호화 영역이 동일한 리딩 프레임 내에 있는 것으로 의도된다.
핵산은 다른 핵산 서열과의 기능적 관계가 이루어지는 경우에 "작동 가능하게 연결된 것이다". 예를 들어, 분비 리더(즉, 신호 펩타이드)를 암호화하는 DNA는 폴리펩타이드의 분비에 참여하는 전단백질(pre-protein)로서 발현되는 경우에 폴리펩타이드를 위한 DNA에 작동 가능하게 연결되거나; 프로모터 또는 인핸서는 서열의 전사에 영향을 미치는 경우에 암호화 서열에 작동 가능하게 연결되거나; 리보솜 결합 부위는 번역을 용이하게 하기 위해 위치하는 경우에 암호화 서열에 작동 가능하게 연결된다. 일반적으로, "작동 가능하게 연결된"은 연결되어 있는 DNA 서열이 연속적이며, 분비 리더의 경우에 연속적이며 리딩 단계에 있다는 것을 의미한다. 그러나, 인핸서는 연속적이어서는 안 된다. 연결은 편리한 제한 부위에서의 결찰에 의해 달성된다. 이 같은 부위가 존재하지 않으면 통상적인 관례에 따라 합성 올리고뉴클레오타이드 어댑터(adaptor) 또는 링커가 사용된다.
본원에서 사용된 바와 같이, "관심 유전자의 단백질 암호화 서열에 연결된 관심 유전자(또는 이의 오픈 리딩 프레임)의 발현을 제어하는 기능적인 프로모터 서열"은 바실러스에서 암호화 서열의 전사 및 번역을 제어하는 프로모터 서열을 지칭한다. 예를 들어, 특정 구현예에서 본 개시내용은 5' 프로모터(또는 5' 프로모터 영역 또는 탠덤 5' 프로모터 등)를 포함하는 폴리뉴클레오타이드에 관한 것으로, 프로모터 영역은 관심 단백질을 암호화하는 핵산 서열에 작동 가능하게 연결된다. 따라서, 특정 구현예에서 기능적인 프로모터 서열은 관심 단백질을 암호화하는 관심 유전자의 발현을 제어한다. 기타 구현예에서, 기능적인 프로모터 서열은 바실러스 종 세포에서 관심 단백질을 암호화하는 내인성 유전자 또는 이종성 유전자의 발현의 제어한다.
프로모터 서열은 근위 상류 요소 및 더 원위의 상류 요소로 이루어지며, 이때 후자 요소는 종종 인핸서로서 지칭된다. "인핸서"는 프로모터 활성을 자극할 수 있는 DNA 서열이고, 프로모터 고유의 요소 또는 프로모터의 수준 또는 조직 특이성을 향상시키기 위해 삽입된 이종성 요소일 수 있다.
본원에 개시되어 있는 선형 재조합 DNA 및 원형 재조합 DNA는 당해 기술분야에 알려져 있는 임의의 방법을 이용하여 바실러스 종 세포 내로 도입될 수 있다.
본원에서 정의된 바와 같이, 적어도 하나의 선형 DNA 작제물, 폴리뉴클레오타이드, 또는 이의 유전자 또는 이의 벡터를 "박테리아 세포 내로 도입하기" 또는 "바실러스 종 세포 내로 도입하기"와 같은 문구에서 사용되는 바와 같은 "도입"이란 용어는 수용능 바실러스 종 세포 내로 DNA 작제물을 도입하기 위해 당해 기술분야에 알려져 있는 방법을 포함하며, 이때 이 방법은 바실러스 종 세포 내로 도입될 선형 DNA 작제물을 수용능 바실러스 종의 세포 개체군과 혼합하는 단계를 포함하지만, 이에 제한되지 않는다.
"도입"은, 성분(들)이 유기체 세포의 내부에 또는 세포 자체에 접근하는 방식으로 본원에 개시되어 있는 유기체(예를 들어, 세포 또는 유기체), 선형 DNA 작제물로의 제시를 의미하는 것으로 의도된다. 이 방법 및 조성물은, 본원에 개시되어 있는 선형 DNA 작제물이 유기체의 적어도 하나의 세포의 내부에 접근하는 한 유기체 또는 세포 내로 서열을 도입하기 위한 특정 방법에 의존하지 않는다. 도입은 핵산이 세포의 게놈 내에 혼입(통합)될 수 있는 수용능 바실러스 종 세포 내로의 핵산의 혼입에 대한 언급을 포함하며, 핵산의 세포로의 일시적인(직접적인) 제공에 대한 언급을 포함한다.
안정한 형질전환은 유기체 내로 도입된 뉴클레오타이드 작제물이 유기체의 게놈 내에 통합되며 이의 자손에 의해 유전될 수 있음을 의미하도록 의도된다. 일시적인 형질전환은 폴리뉴클레오타이드가 (직접적 또는 간접적으로) 유기체 내로 도입되고 유기체의 게놈으로 통합되지 않거나, 폴리펩타이드가 유기체로 도입된다는 것을 의미하도록 의도된다. 일시적인 형질전환은 도입된 조성물이 단지 유기체에서 일시적으로 발현되거나 존재한다는 것을 나타낸다.
바실러스 종 세포의 게놈의 변형 및/또는 그 내부로의 삽입을 갖는 이들 세포를 식별하기 위한 다양한 방법이 이용 가능하다. 목적하는 관심 변형을 갖는 형질전환된 세포의 식별은 당업자에게 알려져 있는 임의의 방법에 의해 확인될 수 있다. 예를 들어, 본원에 기재되어 있는 방법에 의해 수득된 이들의 게놈 내에 변형을 갖는 바실러스 종 세포의 식별은 당해 기술분야에 알려져 있는 임의의 표현형 또는 유전자형 스크린에 의해 식별될 수 있다. 선별 가능한 표현형은 탈지유를 함유하는 LB 한천 상에서 성장하는 콜로니 주변의 광륜(halo)의 존재가 바실러스 종 세포의 게놈 내로의 발현 카세트의 통합(본원의 실시예에 기술되어 있는 바와 같음)을 나타내는 표현형 스크린, 항미생물 민감성 스크린, 지시약(indicator)의 색깔 변화를 초래하는 한천에서의 트리글리세리드의 가수분해를 초래하는 발현 카세트의 통합, 색깔 변화를 초래하는 지시약 기질의 가수분해를 초래하는 발현 카세트의 통합, 콜로니 표현형에 영향을 미쳐서 콜로니 형태에서의 차이가 게놈 변형으로서 사용될 수 있는 유전자의 결실, 형광 단백질의 발현을 야기하는 발현 카세트의 통합, 또는 이의 임의의 하나의 조합을 포함한다.
선별 가능한 유전자형 방법은 형질전환된 바실러스 종 세포의 게놈 서열을 결정하기 위한 방법을 포함한다. 이 같은 방법은 게놈 뉴클레오타이드 서열에서의 임의의 변화를 검출하기 위해 게놈 서열을 직접 분석하는 것으로 간주될 수 있으며, 이는 PCR 방법, 서열분석 방법, 뉴클레아제 소화, 서던 블롯 및 이들의 임의의 조합을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 예를 들어, 본원에 기재되어 있는 방법을 위해 필요한 정도로 본원에 참조로 포함된 미국 특허 출원 제12/147,834호를 참고한다. 이 방법은 또한 이의 게놈 내에 통합된 관심 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 세포로부터 유기체를 회수하는 단계를 포함한다.
"게놈", 박테리아 (숙주) 세포 "게놈" 또는 바실러스 (숙주) 세포 "게놈"이란 용어는 핵 내에서 발견되는 염색체 DNA뿐만 아니라 세포의 세포이하 성분(염색체 외 DNA) 내에서 발견되는 세포소기관 DNA를 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "플라스미드", "벡터" 및 "카세트"란 용어는 종종 전형적으로는 세포의 중심 대사의 일부가 아니며, 보통 이중 가닥 DNA 분자의 형태인 유전자를 보유하는 염색체 외 요소를 지칭한다. 이 같은 요소는 임의의 공급원으로부터 유래하는 단일 가닥 또는 이중 가닥 DNA 또는 RNA의 자가 복제 서열, 게놈 통합 서열, 파지 또는 뉴클레오타이드 서열(선형 또는 원형임)일 수 있으며, 여기서 다수의 뉴클레오타이드 서열은 적절한 3' 비번역된 서열과 함께 선택된 유전자 산물을 위한 프로모터 단편 및 DNA 서열을 세포 내로 도입할 수 있는 고유의 제작물에 연결되거나 재조합된다.
"벡터"란 용어는 세포 내에서 복제(번식)할 수 있는 임의의 핵산을 포함하며, 새로운 유전자 또는 DNA 분절을 세포 내로 전달할 수 있다. 벡터는 바이러스, 박테리오파지, 프로바이러스, 플라스미드, 파지미드, 트랜스포존 및 인공 염색체(예를 들어, BAC(박테리아 인공 염색체)) 등을 포함하며, 이들은 "에피솜"(즉, 숙주 유기체의 염색체를 자체적으로 복제하거나 상기 염색체 내에 통합시킬 수 있음)이다.
"발현 카세트" 및 "발현 벡터"란 용어는, 세포에서 특정 핵산의 전사를 허용하는 일련의 특정 핵산 요소를 갖는, 재조합 또는 합성에 의해 생성된 핵산 작제물을 지칭한다. 재조합 발현 카세트는 플라스미드, 염색체, 미토콘드리아 DNA, 색소체 DNA, 바이러스 또는 핵산 단편 내에 혼입될 수 있다. 전형적으로, 발현 벡터의 재조합 발현 카세트 일부는 기타 서열들 중에서 전사될 핵산 서열 및 프로모터를 포함한다. 일부 구현예에서, DNA 작제물은 또한 표적 세포 내에 특정 핵산의 전사를 허용하는 일련의 특정 핵산 요소를 포함한다. 특정 구현예에서, 본 개시내용의 DNA 작제물은 본원에서 정의된 바와 같은 선택 마커 및 불활성화 염색체 또는 유전자 또는 DNA 분절을 포함한다. 다수의 원핵생물 발현 벡터는 상업적으로 구입 가능하며, 당업자에게 알려져 있다. 적절한 발현 벡터의 선택은 당업자의 지식 내에서 이루어진다.
본원에서 사용된 바와 같이, "표적화 벡터"는 표적화 벡터가 형질전환된 숙주 세포의 염색체 내의 영역과 상동성이고 그 영역에서 상동성 재조합을 유도할 수 있는 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하는 벡터이다. 예를 들어, 표적화 벡터의 용도는 상동성 재조합을 통해 돌연변이를 숙주 세포의 염색체 내로 도입하는 것이다. 일부 구현예에서, 표적화 벡터는 예를 들어 말단(즉, 스터퍼(stuffer) 서열 또는 플랭킹 서열)에 첨가된 기타 비상동성 서열을 포함한다. 말단은 표적화 벡터가 예를 들어 벡터 내로의 삽입과 같이 닫힌 원을 형성하도록 닫혀있을 수 있다. 적절한 벡터의 선택 및/또는 제작은 당업자의 지식 내에서 충분히 이루어진다.
본원에서 사용된 바와 같이, "플라스미드"란 용어는 클로닝 벡터로서 사용되고 다수의 박테리아 및 일부 진핵생물에서 염색체 외의 자가 복제 유전 요소를 형성하는 원형의 이중 가닥(ds) DNA 작제물을 지칭한다. 일부 구현예에서, 플라스미드는 숙주 세포의 게놈 내에 혼입되어 있다.
관심 폴리뉴클레오타이드는 본원에 추가로 기재되어 있으며, 효소의 생산(예를 들어, 비제한적인 예로서 박테리아를 발효하여 효소를 생성하는 것을 통해)에 관여된 것의 상업 시장 및 관심을 반영하는 폴리뉴클레오타이드를 포함한다.
관심 폴리뉴클레오타이드는 하나 이상의 관심 단백질을 암호화할 수 있다. 이는 기타 생물학적 기능을 가질 수 있다. 관심 폴리뉴클레오타이드는 형질전환될 바실러스 종 세포의 게놈, 즉 상동성 또는 이종성 서열 내에 이미 존재하거나 존재하지 않을 수 있다.
관심 뉴클레오타이드는 표적화된 관심 유전자 서열에 대한 메신저 RNA(mRNA)의 적어도 일부에 상보적인 안티센스 서열을 포함할 수 있다. 안티센스 뉴클레오타이드는 상응하는 mRNA와 혼성화하도록 제작된다. 서열이 상응하는 mRNA와 혼성화하여 이의 발현을 간섭하는 한 안티센스 서열의 변형은 이루어질 수 있다. 이러한 방식으로, 상응하는 안티센스 서열에 대해 70%, 80%, 또는 85%의 서열 동일성을 갖는 안티센스 제작물이 사용될 수 있다. 더욱이, 안티센스 뉴클레오타이드의 일부는 표적 유전자의 발현을 방해하기 위해 사용될 수 있다. 일반적으로, 적어도 50개의 뉴클레오타이드, 100개의 뉴클레오타이드, 200개의 뉴클레오타이드 또는 그 이상의 뉴클레오타이드의 서열이 사용될 수 있다.
또한, 유기체 내의 내인성 유전자의 발현을 억제하기 위해 관심 폴리뉴클레오타이드가 또한 센스 배향으로 사용될 수 있다. 폴리뉴클레오타이드를 센스 배향으로 사용하여 유기체에서의 유전자 발현을 억제하기 위한 방법이 당해 기술분야에 알려져 있다. 이 방법은 일반적으로 내인성 유전자의 전사체에 상응하는 뉴클레오타이드 서열의 적어도 일부에 작동 가능하게 연결된 유기체에서 발현을 유도하는 프로모터를 포함하는 DNA 작제물로 유기체를 형질전환시키는 단계를 수반한다. 전형적으로, 이 같은 뉴클레오타이드 서열은 내인성 유전자의 전사체의 서열에 대해 상당한 서열 동일성, 일반적으로 약 65% 초과의 서열 동일성, 약 85%의 서열 동일성, 약 95% 초과의 서열 동일성을 갖는다. 본원에 참조로 포함된 미국 특허 5,283,184호 및 5,034,323호를 참고한다.
표현형 마커는, 시각적 마커 및 선택 가능한 마커(그것이 양성의 선택 가능한 마커든 음성의 선택 가능한 마커든)를 포함하는, 선별 가능하거나 선택 가능한 마커이다. 임의의 표현형 마커가 사용될 수 있다. 구체적으로, 선택 가능하거나 선별 가능한 마커는 종종 특정 조건 하에 이를 포함하는 분자 또는 세포를 식별하거나, 이를 선택하거나, 이에 반하여 선택할 수 있도록 하는 DNA 분절을 포함한다. 이들 마커는 RNA, 펩타이드 또는 단백질의 생성(이에 제한되지 않음)과 같은 활성을 암호화할 수 있거나, RNA, 펩타이드, 단백질, 무기 및 유기 화합물 또는 조성물 등에 대한 결합 부위를 제공할 수 있다.
"선택 가능한 마커" 및 "선택 가능한 마커 암호화 뉴클레오타이드 서열"이란 용어는 (숙주) 세포 내에서 발현할 수 있으며, 선택 가능한 마커의 발현이 상응하는 선택제의 존재 하에 또는 필수 영양소의 결핍 하에 성장하는 능력을 발현된 유전자를 함유하는 세포에 부여하는 뉴클레오타이드 서열을 지칭한다. 하나의 양태에서, 선택 마커는 벡터를 함유하는 이들 숙주의 용이한 선택을 가능케 하는, 숙주 세포에서 발현할 수 있는 핵산(예를 들어, 유전자)을 지칭한다. 이 같은 선택 가능한 마커의 예로는 항균제를 들 수 있지만, 이에 제한되지 않는다.
"선택 가능한 마커"이란 용어는 숙주 세포가 유입되는 관심 DNA을 흡수하거나 일부 기타 반응이 일어났다는 암시를 제공하는 유전자를 포함한다. 전형적으로, 선택 가능한 마커는, 외인성 DNA를 함유하는 세포가 형질전환 동안에 임의의 외인성 서열을 수용하지 않은 세포와 구별되도록 하기 위해 숙주 세포에 대한 항미생물 내성 또는 대사적 이점을 부여하는 유전자이다.
"상주하는 선택 가능한 마커"는 형질전환될 미생물의 염색체 상에 위치하는 것이다. 상주하는 선택 가능한 마커는 형질전환용 DNA 작제물 상의 선택 가능한 마커와는 상이한 유전자를 암호화한다. 선택 마커는 당업자에게 잘 알려져 있다. 상기에 나타나 있는 바와 같이, 마커는 항미생물 내성 마커(예를 들어, ampR, phleoR, specR, kanR, eryR, tetR, cmpR 및 neoR)일 수 있다(예를 들어, 문헌[Guerot-Fleury, 1995; Palmeros et al., 2000]; 및 문헌[Trieu-Cuot et al., 1983] 참조). 일부 구현예에서, 본 발명은 클로람페니콜 내성 유전자(예를 들어, pC194 상에 존재하는 유전자뿐만 아니라, 바실러스 리케니포르미스 게놈에 존재하는 내성 유전자)를 제공한다. 이러한 내성 유전자는 본 발명뿐만 아니라, 염색체 통합형 카세트 및 편입형 플라스미드의 염색체 증폭을 수반하는 구현예에 특히 유용하다(예를 들어, 문헌[Albertini and Galizzi, 1985]; 문헌[Stahl and Ferrari, 1984] 참조). 본 발명에 따라 유용한 기타 마커로는 영양 요구성 마커(예를 들어, 세린, 리신, 트립토판); 및 검출 마커(예를 들어, β-갈락토시다아제)를 들 수 있지만, 이에 제한되지 않는다.
관심 폴리뉴클레오타이드는 기타 형질(trait)과 조합하여 스태킹되거나 사용될 수 있는 유전자를 포함한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "폴리펩타이드" 및 "단백질"이란 용어는 사용 교환 가능하게 사용되며, 펩타이드 결합에 의해 연결된 아미노산 잔기를 포함하는, 임의의 길이의 중합체를 지칭한다. 본원에서는 아미노산 잔기에 대한 통상적인 1-문자 또는 3-문자 코드가 사용된다. 폴리펩타이드는 선형 또는 분지형일 수 있으며, 이는 변형된 아미노산을 포함할 수 있고, 이는 비-아미노산에 의해 중단될 수 있다. 폴리펩타이드란 용어는 또한 자연적으로 변형되거나 개입, 예를 들어 이황화 결합 형성, 글리코실화, 지질화, 아세틸화, 인산화 또는 임의의 기타 조작 또는 변형(예를 들어, 표지 성분과의 접합)에 의해 변형되어 있는 아미노산 중합체를 포함한다. 예를 들어, 아미노산의 하나 이상의 유사체(예를 들어, 비천연 아미노산 등)뿐만 아니라, 당해 기술분야에 알려져 있는 기타 변형을 함유하는 폴리펩타이드가 상기 정의 내에 또한 포함된다.
"관심 단백질" 또는 "POI"란 용어는 변형된 바실러스 (딸)세포에서 발현되어야 하는 관심 폴리펩타이드를 지칭한다. 따라서, 본원에서 사용된 바와 같이 POI는 효소, 기질-결합 단백질, 표면 활성 단백질, 구조 단백질, 수용체 단백질, 항체 등일 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "관심 유전자" 또는 "GOI"는 POI를 암호화하는 핵산 서열(예를 들어, 폴리뉴클레오타이드, 유전자 또는 ORF)을 지칭한다. "관심 단백질"을 암호화하는 "관심 유전자"는 자연적으로 발생하는 유전자, 돌연변이된 유전자 또는 합성 유전자일 수 있다.
특정 구현예에서, 본 개시내용의 관심 유전자는 상업적으로 관련이 있는 산업용 관심 단백질, 예를 들어 효소(예를 들어, 아세틸 에스테라아제, 아미노펩티다아제, 아밀라아제, 아라비나아제, 아라비노푸라노시다아제, 탄산 탈수효소, 카르복시펩티다아제, 카탈라아제, 셀룰라아제, 키티나아제, 카이모신, 큐티나아제, 데옥시리보뉴클레아제, 에피메라아제, 에스테라아제, α-갈락토시다아제, β-갈락토시다아제, α-글루카나아제, 글루칸 라이아제, 엔도-β-글루카나아제, 글루코아밀라아제, 글루코오스 옥시다아제, α-글루코시다아제, β-글루코시다아제, 글루쿠로니다아제, 글리코신 하이드롤라아제, 헤미셀룰라아제, 헥소오스 옥시다아제, 하이드롤라아제, 인버타아제, 이소메라아제, 라카아제, 리파아제, 라이아제, 만노시다아제, 옥시다아제, 산화/환원 효소, 펙테이트 라이아제, 펙틴 아세틸 에스테라아제, 펙틴 탈중합효소, 펙틴 메틸 에스테라아제, 펙틴 분해 효소, 퍼하이드롤라아제, 폴리올 옥시다아제, 퍼옥시다아제, 페놀옥시다아제, 파이타아제, 폴리갈락투로나아제, 프로테아제, 펩티다아제, 람노-갈락투로나아제, 리보뉴클레아제, 트랜스페라아제, 수송 단백질, 트랜스글루타미나아제, 자일라아제, 헥소오스 옥시다아제 및 이들의 조합)를 암호화한다.
"돌연변이"는 핵산 서열에서의 임의의 변화 또는 변경을 지칭한다. 점 돌연변이, 결실 돌연변이, 침묵 돌연변이, 프레임이동 돌연변이, 스플라이싱 돌연변이 등을 포함하는 일부 유형의 돌연변이가 존재한다. 돌연변이는 (예를 들어, 부위 지향적 돌연변이 유발을 통해) 특이적으로, 또는 (예를 들어, 화학 작용제, 복구 마이너스(repair minus) 박테리아 균주를 통한 계대배양(passage)을 통해) 무작위로 이루어질 수 있다.
본원에 기재되어 있는 "점 돌연변이"는 유전자 서열 내의 오직 하나 또는 극 소수의 뉴클레오타이드에 영향을 미치는 돌연변이를 지칭한다. 점 돌연변이는 가장 흔하게는 하나의 염기의 다른 염기로의 치환을 수반한다(이는 DNA 내에서뿐만 아니라 상보적인 염기를 변경함). 점 돌연변이란 용어는 또한 단일 염기 쌍의 삽입 또는 결실을 포함한다. 점 돌연변이 또는 치환은 DNA 또는 RNA의 서열로부터 단일 뉴클레오타이드 염기가 변경, 삽입 또는 결실되는 유전자 돌연변이를 포함한다.
수용능 바실러스 종 세포의 게놈 내로 돌연변이를 도입하기 위한 방법이 본원에 기재되어 있다.
하나의 구현예에서, 이 방법은 선택 가능한 마커의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈 내로 돌연변이를 도입하기 위한 방법이며, 이때 이 방법은 수용능 바실러스 종의 세포 개체군을 제공하는 단계, 및 상기 세포 개체군의 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 선형 DNA 작제물을 도입하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)에 의해 플랭킹된 목적하는 돌연변이를 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖고, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는다. 하나의 구현예에서, 상기 방법은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 배지 상에서 상기 적어도 하나의 바실러스 종 세포로부터 자손 세포를 성장시키는 단계, 및 이의 게놈 내에 돌연변이를 갖는 바실러스 종의 자손 세포를 식별하는 단계를 추가로 포함한다. 하나의 양태에서, 목적하는 돌연변이를 갖는 뉴클레오타이드 서열은 바실러스 종 세포의 자연적 서열(변형 이전의 바실러스 종의 게놈 DNA 서열)과 비교하여 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 염기 변형 또는 치환을 포함한다. 하나의 양태에서, 목적하는 돌연변이(염기 치환)를 갖는 뉴클레오타이드 서열은 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 염기로 이루어져 있다.
본 개시내용의 하나의 양태에서, 공여 DNA는 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖는 2개의 상동성 아암(하나는 5' 상류 아암인 HR1이고, 하나는 3' 하류 아암인 HR2임)에 의해 플랭킹된 목적하는 돌연변이를 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 이러한 공여 작제물이 세포 내로 도입되면, 원래의 게놈 서열의 돌연변이를 초래하는 상동성 재조합이 발생할 수 있다.
"돌연변이된 유전자"는 인간 개입을 통해 변경된 유전자이다. 이 같은 "돌연변이된 유전자"는 적어도 하나의 뉴클레오타이드의 부가, 결실 또는 치환에 의해 돌연변이되지 않은 상응하는 유전자의 서열과는 상이한 서열을 갖는다. 본 개시내용의 특정 구현예에서, 돌연변이된 유전자는 본원에 개시되어 있는 바와 같은 방법에서 기인하는 변경을 포함한다. 돌연변이된 세포 또는 유기체는 돌연변이된 유전자를 포함하는 세포 또는 유기체이다.
본원에서 사용된 바와 같이, 폴리펩타이드 또는 이의 서열의 문맥에서, "치환"이란 용어는 하나의 아미노산을 다른 아미노산으로 대체(즉, 치환)하는 것을 의미한다.
본원에서 정의된 바와 같이, "내인성 유전자"는 유기체의 게놈 내의 이의 천연 위치에 있는 유전자를 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 폴리뉴클레오타이드 또는 폴리펩타이드 서열과 관련하여 "이종성"은 외래 종으로부터 기원하는 서열이거나, 동일한 종으로부터 유래하는 경우 의도적인 인간 개입에 의해 조성물에서의 이의 자연적인 형태 및/또는 게놈 유전좌위로부터 실질적으로 변형된다. 예를 들어, 이종성 폴리뉴클레오타이드에 작동 가능하게 연결된 프로모터는 폴리뉴클레오타이드가 유래하는 종과 상이한 종에서 기원되거나, 동일한/유사한 종에서 유래하는 경우 하나 또는 둘 모두는 이들의 원래의 형태 및/또는 게놈 유전좌위로부터 실질적으로 변형되거나, 프로모터는 작동 가능하게 연결된 폴리뉴클레오타이드에 있어 자연적인 프로모터가 아니다. 본원에서 사용된 바와 같이, 달리 기재되지 않는 한, 키메라 폴리뉴클레오타이드는 암호화 서열에 이종성인 전사 개시 영역에 작동 가능하게 연결된 암호화 서열을 포함한다.
본원에서 정의된 바와 같이, "이종성" 유전자, "비내인성" 유전자 또는 "외래" 유전자는 정상적으로는 숙주 유기체에서 발견되지 않지만 유전자 전달에 의해 숙주 유기체 내로 도입되는 유전자(또는 ORF)를 지칭한다. 본원에서 사용된 바와 같이, "외래" 유전자(들)란 용어는 비자연적 유기체 내에 삽입된 자연적 유전자(또는 ORF) 및/또는 자연적 또는 비자연적 유기체 내에 삽입된 키메라 유전자를 포함한다.
본원에서 정의된 바와 같이, "이종성" 핵산 작제물 또는 "이종성" 핵산 서열은 이것이 발현되는 세포에 자연적이지 않은 서열의 일부를 갖는다.
본원에서 정의된 바와 같이, "이종성 제어 서열"은 관심 유전자의 발현을 조절(제어)하는데 자연에서 기능을 하지 못하는 유전자 발현 제어 서열(예를 들어, 프로모터 또는 인핸서)을 지칭한다. 일반적으로, 이종성 핵산 서열은 세포에 내인성(자연적)이 아니거나, 이들이 존재하는 게놈의 일부이며, 감염, 형질감염, 형질전환, 마이크로주사, 전기천공 등에 의해 세포에 부가되었다. "이종성" 핵산 작제물은 자연적 숙주 세포에서 발견되는 제어 서열/DNA 암호화 서열 조합과 동일하거나 상이한 제어 서열/DNA 암호화 (ORF) 서열 조합을 함유할 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "신호 서열" 및 "신호 펩타이드"란 용어는 성숙한 단백질 또는 전구체 형태의 단백질의 분비 또는 직접적인 수송에 참여할 수 있는 아미노산 잔기의 서열을 지칭한다. 신호 서열은 전형적으로 전구체 또는 성숙한 단백질 서열에 대해 N 말단에 위치한다. 신호 서열은 내인성 또는 외인성일 수 있다. 신호 서열은 정상적으로는 성숙한 단백질에는 결여되어 있다. 신호 서열은 전형적으로 단백질이 수송된 이후에 신호 펩티다아제에 의해 단백질로부터 개열된다.
"유래하는"이란 용어는 "기원하는", "수득된", "수득 가능한" 및 "생성된"이란 용어를 포함하고, 일반적으로 하나의 특정 재료 또는 조성물이 다른 특정 재료 또는 조성물에서 그 기원을 찾거나, 다른 특정 재료 또는 조성물을 참고하여 기술될 수 있는 특징을 갖는다는 것을 나타낸다.
본원에서 사용된 바와 같이, "플랭킹 서열"은 토의 중인 서열의 상류 또는 하류에 있는 임의의 서열을 지칭한다(예를 들어, A-B-C 유전자의 경우에 유전자 B는 A 및 C 유전자 서열에 의해 플랭킹됨). 특정 구현예에서, 유입 서열은 각각의 측면 상에서 상동성 아암에 의해 플랭킹된다. 일부 구현예에서, 플랭킹 서열은 하나의 측면(3' 또는 5') 상에만 존재하는 반면, 기타 구현예에서 이는 플랭킹된 서열의 각각의 측면 상에 존재한다. 각각의 상동성 아암의 서열은 바실러스 종 게놈(예를 들어, 바실러스 염색체) 내의 서열과 상동성이다.
본원에서 사용된 바와 같이, "스터퍼 서열"이란 용어는 상동성 아암(전형적으로 벡터 서열)에 플랭킹하는 임의의 추가 DNA를 지칭한다. 그러나, 이 용어는 임의의 비상동성 DNA 서열을 포함한다. 임의의 이론에 제한되지 않지만, 스터퍼 서열은 세포가 DNA 흡수를 개시하기 위한 중요하지 않은 표적을 제공한다.
핵산 또는 폴리펩타이드 서열의 문맥에서 "서열 동일성" 또는 "동일성"은 특정 비교 창에 걸쳐 최대 관련성(correspondence)을 위해 정렬되는 경우에 동일한 2개의 서열 내의 핵산 염기 또는 아미노산 잔기를 지칭한다.
"서열 동일성(%)"이란 용어는 비교 창에 걸쳐 최적으로 정렬된 2개의 서열을 비교함으로써 결정된 값을 지칭하며, 이때 비교 창 내의 폴리뉴클레오타이드 또는 폴리펩타이드 서열의 일부는 2개의 서열의 최적 정렬을 위한 기준 서열(부가 또는 결실을 포함하지 않음)과 비교할 때 부가 또는 결실(즉, 갭)을 포함할 수 있다. 동일한 핵산 염기 또는 아미노산 잔기가 서열 둘 모두에서 나타나는 위치의 개수를 결정하여 일치된 위치의 개수를 산출하고, 일치된 위치의 개수를 비교 창 내의 위치의 총 개수로 나누고, 그 결과에 100을 곱하여 서열 동일성(%)을 수득함으로써 백분율(%)을 계산한다. 서열 동일성(%)의 유용한 예로는 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 또는 95%, 또는 50% 내지 100%의 임의의 정수 백분율을 들 수 있지만, 이에 제한되지 않는다. 이들 동일성은 본원에 기재되어 있는 프로그램 중 임의의 것을 사용하여 결정될 수 있다.
서열 정렬 및 동일성 또는 유사성(%)의 계산은 LASERGENE 생물정보학 컴퓨팅 세트(DNASTAR Inc.(위스콘신주 매디슨 소재))의 MegAlignTM 프로그램을 포함하지만 이에 제한되지 않는, 상동 서열을 검출하도록 설계된 다양한 비교 방법을 사용하여 결정될 수 있다. 본 출원의 문맥에서, 서열 분석 소프트웨어가 분석에 사용되는 경우, 달리 명시되지 않는 한, 분석 결과는 언급된 프로그램의 "디폴트 값"에 기초하는 것으로 이해될 것이다. 본원에서 사용된 바와 같이, "디폴트 값"은 최초로 초기화되는 경우에 원래 소프트웨어로 로딩되는 임의의 값 또는 파라미터 세트를 의미할 것이다.
"Clustal V 정렬 방법"은 Clustal V(문헌[Higgins and Sharp, (1989) CABIOS 5: 151~153]; 문헌[Higgins et al., (1992) Comput Appl Biosci 8: 189~191]에 기술되어 있음)로 명명되고 LASERGENE 생물정보학 컴퓨팅 세트(DNASTAR Inc.(위스콘신주 매디슨 소재))의 MegAlignTM 프로그램에서 발견되는 정렬 방법에 해당한다. 다중 정렬의 경우, 디폴트 값은 GAP PENALTY = 10 및 GAP LENGTH PENALTY = 10에 해당한다. Clustal 방법을 사용하는 단백질 서열의 쌍 정렬 및 이의 동일성(%)의 계산을 위한 디폴트 파라미터는 KTUPLE = 1, GAP PENALTY = 3, WINDOW = 5 및 DIAGONALS SAVED = 5이다. 핵산의 경우, 이들 파라미터는 KTUPLE = 2, GAP PENALTY = 5, WINDOW = 4 및 DIAGONALS SAVED = 4이다. Clustal V 프로그램을 사용하여 서열을 정렬한 후, 동일한 프로그램에서 "서열 거리" 표를 보고 "동일성(%)"을 수득하는 것이 가능하다.
"Clustal W 정렬 방법"은 Clustal W(문헌[Higgins and Sharp, (1989) CABIOS 5: 151~153; 문헌[Higgins et al., (1992) Comput Appl Biosci 8: 189~191]에 기술되어 있음)로 명명되고 LASERGENE 생물정보학 컴퓨팅 세트(DNASTAR Inc.(위스콘신주 매디슨 소재))의 MegAlignTM v6.1 프로그램에서 발견되는 정렬 방법에 해당한다. 다중 정렬을 위한 디폴트 파라미터(GAP PENALTY = 10, GAP LENGTH PENALTY = 0.2, 지연 발산 서열(%) = 30, DNA 전이 가중치 = 0.5, 단백질 가중치 매트릭스 = Gonnet 시리즈, DNA 가중치 매트릭스 = IUB). Clustal W 프로그램을 사용하여 서열을 정렬한 후, 동일한 프로그램에서 "서열 거리" 표를 보고 "동일성(%)"을 수득할 수 있다.
달리 명시되지 않는 한, 본원에 제공된 서열 동일성/유사성 값은 하기 파라미터를 사용하는 GAP 버전 10(GCG, Accelrys(캘리포니아주의 샌디에고 소재))을 사용하여 수득된 값을 지칭한다: 뉴클레오타이드 서열에 대한 동일성(%) 및 유사성(%)은 갭 생성 페널티 가중치 50 및 갭 길이 연장 페널티 가중치 3 및 nwsgapdna.cmp 점수 매트릭스를 사용하며; 아미노산 서열에 대한 동일성(%) 및 유사성(%)은 GAP 생성 페널티 가중치 8 및 갭 길이 연장 페널티 2 및 BLOSUM62 점수 매트릭스를 사용함(문헌[Henikoff and Henikoff, (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 10915]). GAP는 문헌[Needleman and Wunsch, (1970) J Mol Biol 48: 443~53]의 알고리즘을 사용하여 일치의 개수를 최대화하고 갭의 개수를 최소화하는 2개의 완전한 서열의 정렬을 찾는다. GAP는 가능한 모든 정렬 및 갭 위치를 고려하고, 일치된 염기의 단위로 갭 생성 페널티 및 갭 연장 페널티를 사용하여 가장 많은 개수의 일치된 염기와 가장 적은 갭을 갖는 정렬을 생성한다.
"BLAST"는 생물학적 서열 간의 유사성 영역을 찾는데 사용되는 미국 국립 생물공학 정보 센터(NCBI: National Center for Biotechnology Information)에 의해 제공되는 검색 알고리즘이다. 이 프로그램은 뉴클레오타이드 또는 단백질 서열을 서열 데이터베이스와 비교하고, 일치의 통계적 유의성을 계산하여 유사성이 무작위로 발생한 것으로 예측되지 않도록 쿼리 서열(query sequence)과 충분한 유사성을 갖는 서열을 확인한다. BLAST에는 식별된 서열 및 이들의 쿼리 서열에 대한 국소 정렬이 보고되어 있다.
당업자라면 여러 수준의 서열 동일성이 기타 종 또는 자연적 또는 합성적으로 변형된 종으로부터 폴리펩타이드를 식별하는 데 유용하며, 이때 이 같은 폴리펩타이드가 동일하거나 유사한 기능 또는 활성을 갖는다는 것을 잘 이해하고 있다. 동일성(%)의 유용한 예로는 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90% 또는 95%, 또는 50% 내지 100%의 임의의 정수 백분율을 포함하지만, 이에 제한되지 않는다. 실제로, 51%, 52%, 53%, 54%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%와 같은 50% 내지 100%의 임의의 정수의 아미노산 동일성은 본 개시내용을 기술하는 데 유용할 수 있다.
"번역 리더 서열"은 유전자의 프로모터 서열과 암호화 서열 사이에 위치한 폴리뉴클레오타이드 서열을 지칭한다. 번역 리더 서열은 번역 시작 서열의 상류에 있는 mRNA에 존재한다. 번역 리더 서열은 mRNA에 대한 1차 전사체의 가공, mRNA 안정성 또는 번역 효율에 영향을 미칠 수 있다. 번역 리더 서열의 예가 기술되어 있다(예를 들어, 문헌[Turner and Foster, (1995) Mol Biotechnol 3: 225~236]).
"3' 비암호화 서열", "전사 종결자" 또는 "종결 서열"은 암호화 서열의 하류에 위치한 DNA 서열을 지칭하며, 폴리아데닐화 인식 서열, 및 mRNA 가공 또는 유전자 발현에 영향을 미칠 수 있는 조절 신호를 암호화하는 기타 서열을 포함한다. 폴리아데닐화 신호는 보통 mRNA 전구체의 3' 말단에 대한 폴리아데닐산 영역의 부가에 영향을 주는 것을 특징으로 한다. 상이한 3' 비암호화 서열의 사용은 문헌[Ingelbrecht et al., (1989) Plant Cell 1: 671~680]에 예시되어 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, "RNA 전사체"는 DNA 서열의 RNA 중합효소-촉매된 전사로부터 생긴 산물을 지칭한다. RNA 전사체가 DNA 서열의 완벽한 상보적인 복제물인 경우, 이는 1차 전사체 또는 프리-mRNA로서 지칭된다. RNA 전사체가 1차 전사체인 프리-mRNA의 전사 후 가공으로부터 유래하는 RNA 서열인 경우 이는 성숙한 RNA 또는 mRNA로서 지칭된다. "메신저 RNA" 또는 "mRNA"는 인트론이 없고 세포에 의해 단백질로 번역될 수 있는 RNA를 지칭한다. "cDNA"는 효소인 역전사효소를 사용하는 mRNA 주형에 상보적이고 이로부터 합성되는 DNA를 지칭한다. cDNA는 단일 가닥이거나, DNA 중합효소 I의 Klenow 단편을 사용하여 이중 가닥 형태로 변환될 수 있다. "센스" RNA는 mRNA를 포함하는 RNA 전사체를 지칭하며, 세포 내 또는 시험관 내에서 단백질로 번역될 수 있다. "안티센스 RNA"는, 표적 1차 전사체 또는 mRNA의 전부 또는 일부에 상보적이고 표적 유전자의 발현을 차단하는 RNA 전사체를 지칭한다(예를 들어, 미국 특허 5,107,065호 참조). 안티센스 RNA의 상보성은 특정 유전자 전사체의 임의의 부분, 즉 5' 비암호화 서열, 3' 비암호화 서열, 인트론 또는 암호화 서열에 있을 수 있다. "기능적 RNA"는 번역되지 않을 수 있지만 여전히 세포 과정에 영향을 미치는 안티센스 RNA, 리보자임 RNA 또는 기타 RNA를 지칭한다. "보체" 및 "역보체(reverse complement)"는 mRNA 전사체에 대하여 본원에서 상호 교환 가능하게 사용되며, 메시지의 안티센스 RNA를 정의하기 위한 의미이다.
"성숙한" 단백질은 번역 후 가공된 폴리펩타이드(즉, 1차 번역 산물에 존재하는 임의의 프리펩타이드 또는 프로펩타이드가 제거된 것)를 지칭한다. "전구체" 단백질은 mRNA의 1차 번역 산물(즉, 프리펩타이드 및 프로펩타이드가 여전히 존재하는 것)을 지칭한다. 프리펩타이드 및 프로펩타이드는 세포 내 국부화 신호일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.
단백질은 아미노산 치환, 결실, 절두(truncation) 및 삽입을 비롯한 다양한 방식으로 변경될 수 있다. 이러한 조작 방법은 일반적으로 알려져 있다. 예를 들어, 단백질(들)의 아미노산 서열 변이체는 DNA 내에서의 돌연변이에 의해 제조될 수 있다. 돌연변이 유발 및 뉴클레오타이드 서열 변경을 위한 방법은, 예를 들어 문헌[Kunkel, (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82: 488~92]; 문헌[Kunkel et al., (1987) Meth Enzymol 154: 367~82]; 미국 특허 제4,873,192호; 문헌[Walker and Gaastra, eds. (1983) Techniques in Molecular Biology (MacMillan Publishing Company, New York] 및 여기에 인용된 문헌을 포함한다. 단백질의 생물학적 활성에 영향을 미칠 가능성이 없는 아미노산 치환에 관한 지침은, 예를 들어 문헌[Dayhoff et al., (1978) Atlas of Protein Sequence and Structure (Natl Biomed Res Found, Washington, D.C.)]의 모델에서 발견된다. 하나의 아미노산을 유사한 성질을 갖는 다른 아미노산과 교환하는 것과 같은 보존적 치환이 바람직할 수 있다. 보존적 결실, 삽입 및 아미노산 치환은 단백질의 특징에 근본적인 변화를 일으킬 것으로 예상되지 않으며, 임의의 치환, 결실, 삽입, 또는 이들의 조합의 효과는 통상적인 선별 분석법에 의해 평가될 수 있다.
표준 DNA 단리, 정제, 분자 클로닝, 벡터 제작 및 검증/특성화 방법은 잘 확립되어 있다(예를 들어, 문헌[Sambrook et al., (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY)] 참조). 벡터 및 작제물은 원형 플라스미드, 및 관심 폴리뉴클레오타이드 및 선택적으로는 기타 성분(링커, 어댑터, 조절 또는 분석을 포함함)을 포함하는 선형 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 일부 예에서, 관심 뉴클레오타이드는 인트론, 암호화 서열, 5' UTR, 3' UTR 및/또는 조절 영역 내에 포함될 수 있다.
약어의 의미는 다음과 같다: "sec"는 초를 의미하고, "min"은 분을 의미하고, "h"는 시간을 의미하고, "d"는 일을 의미하고, "㎕"는 마이크로리터를 의미하고, "㎖"는 밀리리터를 의미하고, "ℓ"는 리터를 의미하고, "μM"은 마이크로몰을 의미하고, "mM"은 밀리몰을 의미하고, "M"은 몰을 의미하고, "mmol"은 밀리몰을 의미하고, "μmole"은 마이크로몰을 의미하고, "g"은 그램을 의미하고, "㎍"은 마이크로그램을 의미하고, "ng"는 나노그램을 의미하고, "U"는 단위를 의미하고, "bp"는 염기 쌍을 의미하고, "kb"는 킬로염기를 의미한다.
본원에 개시되어 있는 조성물 및 방법의 비제한적인 구현예는 하기와 같다:
1. 선택 가능한 마커의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈 내에 공여 DNA를 통합시키는 방법으로서, 수용능 바실러스 종의 세포 개체군을 제공하는 단계, 및 상기 세포 개체군의 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 선형 DNA 작제물을 도입하는 단계를 포함하며, 이때 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)에 의해 플랭킹된 공여 DNA를 포함하고, 각각의 상동성 아암은 900개의 뉴클레오타이드의 길이 또는 900개 초과의 뉴클레오타이드의 길이를 가지며, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 것인 방법.
2. 선택 가능한 마커의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈 내에 공여 DNA를 통합시키는 방법으로서, 수용능 바실러스 종의 세포 개체군을 제공하는 단계, 및 상기 세포 개체군의 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 선형 DNA 작제물을 도입하는 단계를 포함하며, 이때 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)에 의해 플랭킹된 공여 DNA를 포함하고, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 가지며, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 것인 방법.
3. 선택 가능한 마커의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈에서 뉴클레오타이드 서열을 결실시키기 위한 방법으로서, 수용능 바실러스 종의 세포 개체군을 제공하는 단계, 및 상기 세포 개체군의 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 선형 DNA 작제물을 도입하는 단계를 포함하며, 이때 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)을 포함하고, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖고, 결실된 뉴클레오타이드 서열에 플랭킹하는 게놈 DNA 영역에 대해 서열 상동성을 가지며, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 것인 방법.
4. 선택 가능한 마커의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈에서 뉴클레오타이드 서열을 결실시키기 위한 방법으로서, 수용능 바실러스 종의 세포 개체군을 제공하는 단계, 및 상기 세포 개체군의 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 선형 DNA 작제물을 도입하는 단계를 포함하며, 이때 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)으로 이루어져 있고, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖고, 결실된 상기 뉴클레오타이드 서열에 플랭킹하는 게놈 DNA 영역에 대해 서열 상동성을 가지며, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 것인 방법.
5. 제1 내지 제4 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개, 1,000개, 1,100개, 1,200개, 1,300개, 1,400개, 1,500개, 1,600개, 1,700개, 1,800개, 1,900개, 2,000개, 2,100개, 2,200개, 2,300개, 2,400개, 2,500개, 2,600개, 2,700개, 2,800개, 2,900개, 3,000개, 3,100개, 3,200개, 3,300, 3,400, 3,500, 3,600개, 3,700개, 3,800개, 3,900개, 4,000개, 5,000개, 6,000개의 뉴클레오타이드 및 최대 7,000개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖는 것인 방법.
6. 제1 내지 제4 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 선형 DNA 작제물은 이중 가닥 DNA인 것인 방법.
7. 제1 내지 제4 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 수용능 바실러스 종 세포는 바실러스 서브틸리스, 바실러스 리케니포르미스, 바실러스 렌투스, 바실러스 브레비스, 바실러스 스테아로써모필루스, 바실러스 알칼로필루스, 바실러스 아밀로리퀘파시엔스, 바실러스 클라우시, 바실러스 할로두란스, 바실러스 메가테리움, 바실러스 코아귤란스, 바실러스 서큘란스, 바실러스 라우투스 및 바실러스 투링기엔시스로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 방법.
8. 제1 내지 제4 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 상기 수용능 바실러스 종 세포는 ComK, ComS 또는 이의 임의의 하나의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드에 작동 가능하게 연결된 프로모터를 포함하는 적어도 하나의 도입된 핵산 작제물에 의해 수용능이 되는 것인 방법.
9. 제1 내지 제4 구현예 중 어느 한 구현예에 있어서, 상기 수용능 바실러스 종 세포는 초수용능 바실러스 종 균주에서 유래한 것인 방법.
10. 제7 구현예에 있어서, 상기 초수용능 바실러스 종 균주는 Pxyl-ComK 균주인 것인 방법.
11. 제1 또는 제2 구현예에 있어서, 공여 DNA는 관심 폴리뉴클레오타이드, 관심 유전자, 복수개의 관심 유전자, 하나 이상의 재조합 DNA, 전사 조절 서열, 번역 조절 서열, 프로모터 서열, 종결자 서열, 유전자이식 핵산 서열, 메신저 RNA의 적어도 일부에 상보적인 안티센스 서열, 이종성 서열, 게놈 내로 도입될 점 돌연변이를 포함하는 뉴클레오타이드 서열 또는 이의 임의의 하나의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 것인 방법.
12. 제1 또는 제2 구현예에 있어서, 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 배지 상에서 상기 적어도 하나의 바실러스 종 세포로부터 자손 세포를 성장시키는 단계, 및 이의 게놈에 안정하게 통합된 공여 DNA 서열을 갖는 바실러스 종 자손 세포를 식별하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
13. 제3 또는 제4 구현예에 있어서, 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 배지 상에서 상기 적어도 하나의 바실러스 종 세포로부터 자손 세포를 성장시키는 단계, 및 이의 게놈으로부터 결실된 뉴클레오타이드 서열을 갖는 바실러스 종 자손 세포를 식별하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
14. 제3 또는 제4 구현예에 있어서, 선형 DNA 작제물은 상기 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)에 의해 플랭킹된 공여 DNA를 추가로 포함하고, 상기 공여 DNA는 상기 바실러스 종 세포의 게놈에 삽입되는 반면, 상기 뉴클레오타이드 서열은 상기 바실러스 종 세포의 상기 게놈에서 결실되는 것인 방법.
15. 제14 구현예에 있어서, 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 배지 상에서 상기 적어도 하나의 바실러스 종 세포로부터 자손 세포를 성장시키는 단계, 및 이의 게놈으로부터 결실된 뉴클레오타이드 서열을 갖고 이의 게놈 내에 통합된 공여 DNA를 갖는 바실러스 종 자손 세포를 식별하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
16. 선택 가능한 마커의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈 내로 돌연변이를 도입하기 위한 방법으로서, 수용능 바실러스 종의 세포 개체군을 제공하는 단계, 및 상기 세포 개체군의 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 선형 DNA 작제물을 도입하는 단계를 포함하며, 이때 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)에 의해 플랭킹된 목적하는 돌연변이를 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 상기 DNA 작제물의 상기 단일 염기는 상기 적어도 하나의 바실러스 종의 게놈 내의 상응하는 단일 염기와는 상이하고, 각각의 상동성 아암은 적어도 1,200개의 뉴클레오타이드의 길이를 가지며, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 것인 방법.
17. 제16 구현예에 있어서, 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 배지 상에서 상기 적어도 하나의 바실러스 종 세포로부터 자손 세포를 성장시키는 단계, 및 이의 게놈 내에 단일 염기 돌연변이를 갖는 바실러스 종 자손 세포를 식별하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
18. 제16 구현예에 있어서, 목적하는 돌연변이를 갖는 뉴클레오타이드 서열은 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 염기 변형 또는 치환을 포함하는 것인 방법.
19. 제16 구현예에 있어서, 목적하는 돌연변이를 갖는 뉴클레오타이드 서열은 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개의 염기로 이루어져 있는 것인 방법.
실시예
본 개시내용은 하기 실시예에서 추가로 정의된다. 이들 실시예는 본 개시내용의 특정 바람직한 양태를 나타내면서 예시로만 제공되는 것으로 이해되어야 한다. 당업자라면 상기 토의 및 이들 실시예로부터 본 개시내용의 본질적인 특징을 확인할 수 있으며, 본 발명의 진의 및 범주에서 벗어나지 않는 한, 다양한 용도 및 조건에 맞도록 본 개시내용을 다양하게 변화 및 변경시킬 수 있다.
실시예 1
선택이 없는, 바실러스 서브틸리스의 염색체 내로의 선형 공여 DNA의 통합
본 실시예에는 상동성 영역(HR1-aprE 및 HR2-aprE)에 의해 플랭킹된 공여 DNA(관심 유전자를 암호화함)로 구성된 선형 DNA 작제물의 조립 및 후속적인 형질전환, 및 ComK의 발현을 위해 유도된 바실러스 서브틸리스 세포의 염색체 내로의 통합 빈도가 기재되어 있다. 관심 유전자(GOI)는 리파아제 및 프로테아제이다.
게놈 DNA로부터 선형 DNA 작제물을 하기와 같이 증폭하였다. HR1-aprE1을 암호화하는 제1 작제물(서열 번호 1), 프로테우스 불가리스(Proteus vulgaris)에서 유래한 리파아제(서열 번호 2), BPN' 종결자(서열 번호 3) 및 HR2-aprE1(서열 번호 4)을 올리고(서열 번호 5) 및 (서열 번호 6)를 이용하여 PCR에 의해 증폭하여, 산물(서열 번호 7)을 수득하였다. HR1-aprE2를 암호화하는 제2 작제물(서열 번호 8), P2 프로모터(서열 번호 9), 바실러스 지브소니(Bacillus gibsonii)에서 유래한 프로테아제(서열 번호 10), BPN' 종결자(서열 번호 3) 및 HR2-aprE2(서열 번호 11)를 올리고(서열 번호 12) 및 (서열 번호 13)를 이용하여 PCR에 의해 증폭하여, 산물(서열 번호 14)을 수득하였다.
리파아제(서열 번호 7) 또는 프로테아제(서열 번호 14)를 암호화하는 공여 DNA의 통합을 위한 이들 합성 선형 DNA 작제물을 바실러스 서브틸리스(B. subtilis) 내에 하기와 같이 형질전환시켰다. 발현용 PxylA 유도성 프로모터를 사용하여 amyE 유전좌위에 도입된 B. 서브틸리스 comK 유전자(서열 번호 15)를 함유하는 B. 서브틸리스 세포를 125 ㎖의 배플 플라스크(baffled flask) 내의 15 ㎖의 L 브로스(1%(wㆍv-1) 트립톤, 0.5% 효모 추출물(wㆍv-1), 1% NaCl(wㆍv-1))에서 37℃에서 250 RPM으로 하룻밤 동안 성장시켰다. 하룻밤 동안의 배양액을 백이십오(125) ㎖의 배플 플라스크 내의 10 ㎖의 신선한 L 브로스에서 0.2(OD600 단위)까지 희석하였다. 배양액이 37℃(250 RPM)에서 0.9(OD600 단위)에 도달할 때까지 세포를 성장시켰다. D-크실로오스를 10%(w/v) 저장액으로부터 0.1%(w/v)가 되도록 첨가하였다. 세포를 37℃(250 RPM) 추가의 2시간 동안 성장시킨 후, 0.5X L-브로스 중의 4 ㎖의 50% 글리세롤을 첨가하고, 혼합하고, 형질전환에 대한 준비가 될 때까지 -80℃에서 저장하였다. 100 ng의 (서열 번호 7) 및 (서열 번호 14) DNA를 100 ㎕의 수용능 세포에 첨가함으로써 형질전환을 준비하고, 37℃에서 1,000 RPM으로 1시간 동안 배양한 후, 900 ㎕의 LB(이는 10-1 희석액임)를 첨가함으로써 세포를 10배 희석하였다. 세포를 10-5까지 추가로 10배씩 4회 희석하였다. 이어서, 10-4 및 10-5 희석액으로부터의 100 ㎕를 (서열 번호 7)의 경우에 로다민 올리브 오일 한천(ROA) 및 (서열 번호 14)의 경우에 1.6% 탈지유를 함유하는 LB 한천 상에 도말하였다. 플레이트를 37℃에서 하룻밤 동안 배양하였다. 리파아제를 발현하는 세포는 ROA 상에 짙은 핑크색 광륜을 갖는 핑크색 콜로니로서 나타나는 반면, 모세포는 백색 콜로니로서 나타난다. 프로테아제를 발현하는 세포는 LB-탈지유 한천 상에 투명한 광륜을 형성한다.
리파아제를 암호화하는 공여 DNA의 통합 빈도를 결정하기 위해, ROA 상에서 비선택적으로 성장된 핑크색 콜로니의 비율(%)을 점수로 나타냈다(표 1). 탈지유를 함유하는 비선택적 LB 한천 상의 콜로니 주변의 광륜의 존재를 프로테아제의 통합 빈도를 결정하기 위해 사용하였다. 표 1에 나타나 있는 바와 같이, 46%의 콜로니가 프로테아제 통합을 나타내는 광륜을 포함하는 것으로 확인되었다.
선택이 없는 공여 DNA의 통합 빈도
서열 번호 게놈 유전좌위 상동성 아암(HR1)의 길이(bp) 상동성 아암(HR2)의 길이(bp) 통합 빈도(%)
DNA 부재 해당 없음 해당 없음 해당 없음 해당 없음 0
리파아제 통합 7 aprE 3,275 2,912 31
프로테아제 통합 14 aprE 2,965 2,971 46
실시예 2
선택이 없는, 다양한 길이의 상동성 아암을 포함하는 선형 DNA 작제물을 이용한 바실러스 서브틸리스의 염색체 내로의 선형 공여 DNA의 통합
본 실시예에는 길이가 다양한 상동성 영역에 의해 플랭킹된 공여 DNA(관심 유전자를 암호화함)로 구성된 선형 DNA 작제물의 조립 및 후속적인 형질전환, 및 ComK의 발현을 위해 유도된 바실러스 서브틸리스 세포의 염색체 내로의 통합 빈도가 기재되어 있다.
aprE 유전좌위(서열 번호 7) 및 프로테아제(서열 번호 14)에서 리파아제의 통합을 위한 공여 DNA를 포함하는 DNA 작제물을 PCR용 주형으로 사용하여 길이가 다양한 상동성 아암을 갖는 산물을 증폭하였다. 주형, 프라이머 및 HR1 및 HR2 상동성 길이는 표 2에 나열되어 있다.
다양한 길이의 HR를 갖는 공여 DNA의 제작
주형 F 프라이머 R 프라이머 산물 HR1(bp) HR2(bp)
서열 번호 7 서열 번호 16 서열 번호 17 서열 번호 22 336 755
서열 번호 7 서열 번호 18 서열 번호 19 서열 번호 23 1,200 1,681
서열 번호 7 서열 번호 18 서열 번호 13 서열 번호 24 1,200 2,971
서열 번호 7 서열 번호 12 서열 번호 19 서열 번호 25 3,265 1,681
서열 번호 7 서열 번호 5 서열 번호 6 서열 번호 26 3,275 2,912
서열 번호 7 서열 번호 12 서열 번호 20 서열 번호 27 3,265 6,095
서열 번호 7 서열 번호 16 서열 번호 20 서열 번호 28 336 6,095
서열 번호 14 서열 번호 21 서열 번호 17 서열 번호 29 289 755
서열 번호 14 서열 번호 18 서열 번호 19 서열 번호 30 900 1,681
서열 번호 14 서열 번호 18 서열 번호 13 서열 번호 31 900 2,971
서열 번호 14 서열 번호 12 서열 번호 19 서열 번호 32 2,965 1,681
서열 번호 14 서열 번호 12 서열 번호 13 서열 번호 33 2,965 2,971
상술한 선형 공여 DNA 작제물(서열 번호 22, 서열 번호 23, 서열 번호 24, 서열 번호 25, 서열 번호 26, 서열 번호 27, 서열 번호 28, 서열 번호 29, 서열 번호 30, 서열 번호 31, 서열 번호 32 및 서열 번호 33)을 B. 서브틸리스 내에 하기와 같이 형질전환시켰다. 발현용 PxylA 유도성 프로모터를 사용하여 amyE 유전좌위에 도입된 B. 서브틸리스 comK 유전자(서열 번호 15)를 함유하는 B. 서브틸리스 세포를 125 ㎖의 배플 플라스크 내의 15 ㎖의 L 브로스(1%(wㆍv-1) 트립톤, 0.5% 효모 추출물(wㆍv-1), 1% NaCl(wㆍv-1))에서 37℃에서 250 RPM으로 하룻밤 동안 성장시켰다. 하룻밤 동안의 배양액을 백이십오(125) ㎖의 배플 플라스크 내의 10 ㎖의 신선한 L 브로스에서 0.2(OD600 단위)까지 희석하였다. 배양액이 37℃(250 RPM)에서 0.9(OD600 단위)에 도달할 때까지 세포를 성장시켰다. D-크실로오스를 10%(w/v) 저장액으로부터 0.1%(w/v)가 되도록 첨가하였다. 세포를 37℃(250 RPM) 추가의 2시간 동안 성장시킨 후, 0.5X L-브로스 중의 4 ㎖의 50% 글리세롤을 첨가하고, 혼합하고, 형질전환에 대한 준비가 될 때까지 -80℃에서 저장하였다. 80 ng의 DNA를 100 ㎕의 수용능 세포에 첨가함으로써 형질전환을 준비하고, 37℃에서 1,000 RPM으로 1시간 동안 배양한 후, 900 ㎕의 LB(이는 10-1 희석액임)를 첨가함으로써 세포를 10배 희석하였다. 세포를 10-5까지 추가로 10배씩 4회 희석하였다. 이어서, 10-3, 10-4 및 10-5 희석액으로부터의 100 ㎕를 LB 한천 상에 도말하였다. 플레이트를 37℃에서 하룻밤 동안 배양하였다.
리파아제를 암호화하는 공여 DNA의 통합 빈도를 결정하기 위해, ROA 상에서 비선택적으로 성장된 핑크색 콜로니의 비율(%)을 점수로 나타냈다(표 3). 탈지유를 함유하는 비선택적 LB 한천 상의 콜로니 주변의 광륜의 존재를 프로테아제의 통합 빈도를 결정하기 위해 사용하였다. 표 3에 나타나 있는 바와 같이, 900 bp 미만의 상동성 아암 길이에서는 고빈도의 통합이 얻어지지 않았다.
선택이 없는 공여 DNA의 통합 빈도는 긴 상동성 아암을 요구한다
서열 번호 게놈 유전좌위 상동성 아암(HR1)의 길이(bp) 상동성 아암(HR2)의 길이(bp) 통합 빈도(%)
DNA 부재 해당 없음 해당 없음 해당 없음 해당 없음 0
통합 서열 번호 22 aprE 336 755 0
통합 서열 번호 23 aprE 1,200 1,681 1
통합 서열 번호 24 aprE 1,200 2,971 2
통합 서열 번호 25 aprE 3,265 1,681 10
통합 서열 번호 26 aprE 3,275 2,912 32
통합 서열 번호 27 aprE 3,265 6,095 37
통합 서열 번호 28 aprE 336 6,095 0
통합 서열 번호 29 aprE 289 755 0
통합 서열 번호 30 aprE 900 1,681 5
통합 서열 번호 31 aprE 900 2,971 2
통합 서열 번호 32 aprE 2,965 1,681 9
통합 서열 번호 33 aprE 2,965 2,971 28
실시예 3
선택이 없는, 길이가 다양한 상동성 아암을 포함하는 선형 DNA 작제물을 이용한 바실러스 서브틸리스의 염색체 내로의 마커-부재 결실 및 점 돌연변이
본 실시예에는 결실 및 점 돌연변이를 생성하기 위해 길이가 약 3 kb인 상동성 영역을 포함하는 선형 DNA 작제물의 조립 및 후속적인 형질전환, 및 ComK의 발현을 위해 유도된 바실러스 서브틸리스 세포의 염색체 내로의 결실 또는 점 돌연변이 빈도가 기재되어 있다.
B. 서브틸리스에서의 skf 유전좌위의 결실을 위해, HR1-skf(서열 번호 35) 및 HR2-skf(서열 번호 36) 서열을 포함하는 선형 DNA 작제물(서열 번호 34)을 PCR에 의해 증폭하였다.
B. 서브틸리스에서의 lipA 유전자 유전좌위의 결실을 위해, HR1-lipA(서열 번호 38) 및 HR2-lipA(서열 번호 39) 서열을 포함하는 선형 DNA 작제물(서열 번호 37)을 PCR에 의해 증폭하였다.
B. 서브틸리스 게놈의 통합된 Proteus HR2 리파아제(서열 번호 40) 내로 S79의 아미노산 변경을 도입하기 위해, 돌연변이 유발 PCR 전략을 사용하였다. 먼저, 합성 P4 프로모터(서열 번호 42)에 의해 구동되는 리파아제를 암호화하는 게놈 서열(서열 번호 41)을 전방향 프라이머(서열 번호 12) 및 역방향 프라이머(서열 번호 43)를 이용한 PCR용 주형으로 사용하여 서열 번호 44를 생성하였다. 이어, 서열 번호 41을 전방향 프라이머(서열 번호 45) 및 역방향 프라이머(서열 번호 46)를 이용한 PCR용 주형으로 사용하여 서열 번호 47을 생성하였다. 최종 선형 DNA 작제물을 생성하기 위해, 10 ng의 단편 둘 모두를 함께 혼합하고, 98℃에서 30초 동아, 98℃에서 10초 동안의 24회 사이클, 70℃(-0.5/사이클)에서 30초 동안, 72℃에서 3.5분 동안 배양한 후, 72℃에서 3분 동안 배양하였다. 얻어진 산물을 올리고(서열 번호 12) 및 (서열 번호 13)를 사용하여 PCR에 의해 증폭하여, 서열 번호 48의 선형 DNA 작제물을 수득하였다.
선형 DNA 작제물(서열 번호 34), (서열 번호 37) 및 (서열 번호 48)을 B. 서브틸리스 내에 하기와 같이 형질전환시켰다. 발현용 PxylA 유도성 프로모터를 사용하여 amyE 유전좌위에 도입된 B. 서브틸리스 comK 유전자(서열 번호 15)를 함유하는 B. 서브틸리스 세포를 125 ㎖의 배플 플라스크 내의 15 ㎖의 L 브로스(1%(wㆍv-1) 트립톤, 0.5% 효모 추출물(wㆍv-1), 1% NaCl(wㆍv-1))에서 37℃에서 250 RPM으로 하룻밤 동안 성장시켰다. 하룻밤 동안의 배양액을 백이십오(125) ㎖의 배플 플라스크 내의 10 ㎖의 신선한 L 브로스에서 0.2(OD600 단위)까지 희석하였다. 배양액이 37℃(250 RPM)에서 0.9(OD600 단위)에 도달할 때까지 세포를 성장시켰다. D-크실로오스를 10%(w/v) 저장액으로부터 0.1%(w/v)가 되도록 첨가하였다. 세포를 37℃(250 RPM) 추가의 2시간 동안 성장시킨 후, 0.5X L-브로스 중의 4 ㎖의 50% 글리세롤을 첨가하고, 혼합하고, 형질전환에 대한 준비가 될 때까지 -80℃에서 저장하였다. 100 ng의 DNA를 100 ㎕의 수용능 세포에 첨가함으로써 형질전환을 준비하고, 37℃에서 1,000 RPM으로 1시간 동안 배양한 후, 900 ㎕의 LB(이는 10-1 희석액임)를 첨가함으로써 세포를 10배 희석하였다. 세포를 10-5까지 추가로 10배씩 4회 희석하였다. 이어서, 10-3, 10-4 및 10-5 희석액으로부터의 100 ㎕를 skf(서열 번호 34)의 결실을 위한 LB 한천 또는 lipA(서열 번호 37)이 결실 또는 리파아제 점 돌연변이(서열 번호 48)를 위한 로다민 올리브 오일 한천(ROA) 중 하나 상에 도말하였다. 플레이트를 37℃에서 하룻밤 동안 배양하였다.
skf 결실 빈도를 결정하기 위해, 콜로니로부터의 DNA를 B. 서브틸리스에서 skf 유전좌위에 특이적인 프라이머를 사용하여 PCR에 의해 증폭하였다. skf 유전좌위가 성공적으로 결실되면 프라이머(서열 번호 49) 및 (서열 번호 50)은 1,200 bp의 산물을 생성한다. 형질전환체의 콜로니 PCR에 의해 전체 콜로니 중 31%가 skf 유전좌위의 결실을 갖는다는 것이 밝혀졌다(표 4).
B. 서브틸리스 lipA 유전자의 결실 또는 이종성 리파아제에서의 점 돌연변이의 빈도는 ROA 플레이트 상의 백색 콜로니의 빈도에 의해 결정되었다. lipA의 결실의 경우에 콜로니의 25%는 백색인 것으로 밝혀졌으며, 점 돌연변이의 경우에 32%는 백색이었다(표 4). 각각의 형질전환을 위한 백색 콜로니의 예는 염색체 영역을 증폭시키고 결실에 대한 예상된 크기 변화를 찾음으로써, 그리고 점 돌연변이의 부위를 서열분석함으로써 결실 또는 점 돌연변이를 포함하는 것으로 추가로 확인되었다.
선택이 없는 고빈도의 결실 및 점 돌연변이
서열 번호 게놈 유전좌위 상동성 아암(HR1)의 길이(bp) 상동성 아암(HR2)의 길이(bp) 통합 빈도(%)
DNA 부재 해당 없음 해당 없음 해당 없음 해당 없음 0
skf 결실 16 skf 3,006 3,032 31
lipA 결실 19 lipA 3,040 3,047 25
리파아제 점 돌연변이 27 aprE 2,965 2,971 32
SEQUENCE LISTING <110> Danisco US Inc. <120> SELECTION MARKER FREE METHODS FOR MODIFYING THE GENOME OF BACILLUS AND COMPOSITIONS THEREOF <130> NB41425-WO-PCT <160> 50 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 3275 <212> DNA <213> Bacillus subtilis <400> 1 ccctgctgac agaaatatcc ggcggtgacc cggagcttca aagcacccgt ctcgtcaacg 60 cctgcctcag caacattgaa tttgcagaag aaaaatggcg gataaaagac tataatatca 120 acagccactt atccggcttt atcaaataag aaaaagacag gcgtttgcct gtcttttctt 180 ttatttctta gcagccggca tctctttttg aagctcgtcc aaaatggcat tcgccccgtc 240 tacactgcgg cgcagagacc acaccgcacg atccacgtgg tatacatgcc cgtttttcac 300 tgccttcagt tttttccaaa ggacattctt ttcgatcggg cgtttaccgt cggcgtcgag 360 gtcatctgtt tttcctgtca tcaggatgat cacatccgga tctgttttca gcagctgctc 420 cagtgtcatt ttcatattca cagagtcgcc gccattgctt gaatcgctat tgcctgacgt 480 actgattgca tatcggtagc cgacctgtgt taaaagtctc gatgtaaaga agttttcatc 540 cctggccata atggtatcat ttgtatttcc gatcaaaagc acggactggc tgttcgcgct 600 gattttctgc tttgtctcgc taagcttttc ttcatgcgcc gtcagctttt tctccatttc 660 cttctccttg ccgactgctt ttgcaatcgt aagcgaagcg tcaattgtat cctgataatc 720 agcatttaaa ttattaagtg caatcgtcgg cgctattttt ttcagctgat cgtacacctt 780 cttatgccgg gtcgtgtcag caataattaa atcgggtttt aatgaagcga ttttttccat 840 gcttggctgt gagcgagtgc cgacagatgt gtagccgtca attttcttca gcacatcctt 900 gttgatcagc tgcttcgctt tgttgtcatc ggcaaccccg acaggcgtaa tgccgagatc 960 aagcagtgta tcaataaaac ctagctcaag aacaacaacc cgcttcggat gctcaggcac 1020 atttgtcttc cctaaatcat gtgttaccgc cactttatgt tctttactgt tttgattgcc 1080 gcttgaagac gagcaagcag ccgttaagac agaaagaagt aaaactgtaa gaataatcag 1140 tgtttttttc atatgttcca gtctctcctg ttggtagttt ctatggttaa gatgtccaag 1200 agtagtataa cacggaatga gaatcattat caccaattat ttttaaaatg agaagagaaa 1260 gttcggctta caggaaaatc ttgtttcgcg acacagcagt tcagcagctg atcatcctgt 1320 ccacaaaaaa gcttgcagaa aaataacatt ctctgcaagc tgatcctgtt aaagcttcac 1380 aatcactctt ccttgaatgc gattttgcaa aatatctttt aacgcacccg gcgtttcttc 1440 caatgatact tccctgtcca cgatggtcag cagctgatca ggcttgagat cagaagacat 1500 gcgctcccaa acagcggctc tgacgtccat cggacaatat actgaatcga ttccgagcag 1560 gcttactccg cgaagaataa aaggatacac ggttgccgga acttctcctc cgccggttaa 1620 gccgctcact gcgacagatc cgccgtattg aattttgctt aaaagcgagg caagctgttt 1680 tccgccgact ggatcaaccg ctccctgcca ttgctgcttg gacagcgcct taagcgttcc 1740 gtcatagaca tcttccctgc tgattacttc gcttgcacca agctgtttca aataatcagc 1800 cgcctcccgg tttccggtac ttgccaccac atcataaccc cgcttgttca gcatcgatac 1860 cgcaattccg ccgacaccgc cggttgctcc tgtgactagc acgctgcctt tttccggaga 1920 cagaccgttc tgttcaagcc gatgcactga taacgccgca gtaaatcccg ccgttccgta 1980 caccatcgct tcttttaacg aaagattctg tggcaaaggc accagccagt caccaggcac 2040 cgaagcgtat tcacttaatc cgccatcacg tgagacaccg agctcatagc ttgtcgcgat 2100 cacctcatcc ccctccgcaa aacgcggatc attggaagag acgaccgtac ccgcagcatc 2160 aatgcctaaa ataagcggat actctctgac gatattgcct cctgcttttc cggccagacc 2220 atctttgtaa ttaatgccgg aataagcaac tttaatcagg acaccatcct tcggcaaatc 2280 ctctgttgat atggttttca catggactga aacatcatcg gcattttttt ctgcctgcaa 2340 ggcttgaaat aacgttgaca ttcggcacac tccttttcat ttatatcgta accgaagaac 2400 gttcaaaaaa ccaaatcatc aagccgccat tttcacttcg ccggcacatt gagacaataa 2460 tggacaaatc cggtatcctc ttcatagccg ttttgctcat acaagcttct tgccttccgg 2520 ttgtggtgct cagtctgaag tgttaaacat tttgccccgt tttgccctgc ataatccttt 2580 gcggcagaaa gcagccggcc gccggctccc tttgtacgcg catgaggaac gacaaataag 2640 tcatttaata tgtatatcct tttcattgac acagaagaaa acgttggata gagctgggta 2700 aagcctatga attctccatt ttcttctgct atcaaaataa cagactcgtg attttccaaa 2760 cgagctttca aaaaagcctc tgccccttgc aaatcggatg cctgtctata aaattcccga 2820 tattggttaa acagcggcgc aatggcggcc gcatctgatg tctttgcttg gcgaatgttc 2880 atcttatttc ttcctccctc tcaataattt tttcattcta tcccttttct gtaaagttta 2940 tttttcagaa tacttttatc atcatgcttt gaaaaaatat cacgataata tccattgttc 3000 tcacggaagc acacgcaggt catttgaacg aattttttcg acaggaattt gccgggactc 3060 aggagcattt aacctaaaaa agcatgacat ttcagcataa tgaacattta ctcatgtcta 3120 ttttcgttct tttctgtatg aaaatagtta tttcgagtct ctacggaaat agcgagagat 3180 gatataccta aatagagata aaatcatctc aaaaaaatgg gtctactaaa atattattcc 3240 atctattaca ataaattcac agaatagtct tttaa 3275 <210> 2 <211> 864 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> synthesized sequence -Optimized coding sequence for Proteus vulgaris (WP099659650.1) lipase <400> 2 gtgtcaacaa catatcctat tgtcctggta cacggccttt ctggtttcga tgacatcgta 60 ggataccctt atttttatgg gattgccgac gccctggaga aagatggcca caaagttttt 120 acagcctcac tctctgcatt caattccaac gaagtccgtg gcgagcaatt atgggagttc 180 gtgcaaaaga ttctcaaaga gactaaagca aaaaaggtga atttgatcgg gcactcccaa 240 ggtcctcttg cgtgtcgtta tgtggcggcc aagcatgcta aaagtattgc aagtgttaca 300 tctgtgaatg gagtgaatca cggtagcgaa atcgccgatc ttgtcagacg gattatgaga 360 aaagattctg tccctgagta tatcgcggac gcggtaatga aggctattgg cactataatc 420 agtactttta gcggaaatag aggaaaccct caagacgcta tagcagctct ggaggcctta 480 acgacggaaa acgtgatgga atttaacaaa aaatatcctc agggactgcc agcaattcgt 540 gggggtgaag gtaaagaagt cgtgaacggc gtacactact atagctttgg ttcttacata 600 cagggtctca tcgctggcga gaagggaaac ttgctcgatc ctacccacgc cgctatgcgc 660 gttttatccg cgtttttttc agaacgtgag aacgatggtt tagtaggacg gacttcaatg 720 cggctcggca agttaattaa agacgactac gctgaggatc atttagatat ggtcaatcaa 780 gttgcggggt tagttggacg cggggaggat ataattgcta tatatacgaa tcatgccaat 840 tttttagcgt caaaaaagct ctaa 864 <210> 3 <211> 254 <212> DNA <213> Bacillus amyloliquefaciens <400> 3 tctagataca taaaaaaccg gccttggccc cgccggtttt ttattatttt tcttcctccg 60 catgttcaat ccgctccata atcgacggat ggctccctct gaaaatttta acgagaaacg 120 gcgggttgac ccggctcagt cccgtaacgg ccaagtcctg aaacgtctca atcgccgctt 180 cccggtttcc ggtcagctca atgccgtaac ggtcggcggc gttttcctga taccgggaga 240 cggcattcgt aatc 254 <210> 4 <211> 2912 <212> DNA <213> Bacillus subtilis <400> 4 aacgcctcac tcctcacatc aacccgttac ttctattgta atcataaatt caaattctta 60 gaaccaagct gtgttccgca cttttccacc cttttaagca tggaaacccc gatcgctggg 120 aaaactaaca atgtttggag tgatgcaaat gaaaaaaata gtggcagcca tcgtggtaat 180 cggtcttgtg tttatcgcat ttttttatct ttacagccga tcaggcgatg tgtatcaatc 240 ggtagacgcg gatttgatca cactgtcttc aagcggccag gaagatatcg agattgaaaa 300 aagacagcac gtcaaagata tgctggatat tatgaatcag ggaaaacagg tgaagacaga 360 aaaaacatca gcccctgatt acgaagggac aatcaagttt cataaagacc ggtatgactc 420 attcagacta tggattgacg gcagccagca agccgttttt ttgaaggatg gcacatacta 480 caaattaagc aaaaatgata caaaggcgct gctaaatatt attaaaaaag aagcaaagga 540 ttgaaaatga aaaagcgaag ctaaccgctt cgctttttca ttttattggg gcaaaatatc 600 tctcagtgcc cgtctgagca ttttccccgt cgcatttttc ggaatatcgt caagaaacgt 660 aatggcggca ggccgcttgt attttgccag atgcttttcg cagtgctgca tgatgtcctc 720 ctctgttacc ccagagcgtt tcggcaccac atatcccttt accgcttccc cgctttgggg 780 gtccggcacg ccgatgacaa ccgcctcctt gacgtccgga tggctgtaca gcacctcctc 840 cacctcccgc ggatacacat tgtatcctcc tacaatgatc atgtcttttt tccggtcaac 900 aatgtaaaaa tagccgtcct catcccgtct tgccaagtcc cccgtataaa gccacccgtc 960 ttttaatgca tgctctgttt ccatcggcat tttataatag cccttcatca cattggggcc 1020 tttcacgatc aattcgccga cctggtgagc gggcagctcg cgtccgagcg gatctacgac 1080 cttgttttcg acatgtaaga tacttgtccc gatggagccc ggctttctgc ccctgtcaaa 1140 cgggttaaag cacgtgacgg gtgatgcttc cgagagcccg tagccttcca aaatggtaac 1200 accgaatttt tcttcaaacg ccgtcagcaa cgcgactggc atggacgcgc ctcccgaaat 1260 gcacagccgg atcgaagaaa aatcatcttt ctttccgttt tcatgctgaa acaagtagtt 1320 atacattgta ggcacaccgg caaaaatggt cgcctgctgc tgcttaacaa gcttaaaaac 1380 agatgccgga ctgaattgag gctcaatcaa tacagttgcg ccgctcatca gcggtgcatt 1440 catacagacg gttaaacaaa acacgtgaaa catgggaaga gcgcagacca cattgtccct 1500 ctcatccatt cccaaatagc ctgcgacatc gttggcattg ctgtacaaat tctgatgtgt 1560 cagcatcgcg cctttcggtt ttccagtcgt tcctgacgta tataaaataa ccgcggtatc 1620 atcaggtaca ggttcttggt tttgtttagc ggcagatgtc ggccgcaata tttttgcaaa 1680 cgttgtcatt ttcatcctga cctctgggtc cgcagcttcc ggctcggcct cccccgtctg 1740 gcataaaatg acgagctcaa cctttggcag cgattcatgc atgctctcat aaagcggcaa 1800 aagctggcta acgcccacga ttgcctttac atcgccattt gtcagcatat aaccaatttc 1860 tgtcggcgtg tacaacggat tgatgggaac aactacgatc ccagctttta 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accggcagct 2760 tcaagagacg ctttctgttc ttcttttctg accatcgctc tgatggaatg atcaggatta 2820 tcttggaata aagagacgag tctttgcccg atttgtccgt tcgctccgat taaaaacact 2880 ttcatgtgaa tccctcctgc ctccattatt tc 2912 <210> 5 <211> 25 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> synthesized sequence - F primer <400> 5 ccctgctgac agaaatatcc ggcgg 25 <210> 6 <211> 21 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> synthesized sequence - R primer <400> 6 gaaataatgg aggcaggagg g 21 <210> 7 <211> 7346 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> synthesized sequence - HR1-aprE, aprE promoter, Proteus vulgaris lipase, BPNprime terminator, HR2-aprE <400> 7 ccctgctgac agaaatatcc ggcggtgacc cggagcttca aagcacccgt ctcgtcaacg 60 cctgcctcag caacattgaa tttgcagaag aaaaatggcg gataaaagac tataatatca 120 acagccactt atccggcttt atcaaataag aaaaagacag gcgtttgcct gtcttttctt 180 ttatttctta gcagccggca tctctttttg aagctcgtcc aaaatggcat tcgccccgtc 240 tacactgcgg cgcagagacc acaccgcacg atccacgtgg tatacatgcc cgtttttcac 300 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ataagccaaa attacccttt 3000 acttaattaa tttggtaacg taatataatt ggagaatttg gttattctgc tttcagcaca 3060 atggttttcg cagccatatc atgaacggtt tgttttttct tcgtaaatgc ggcagtcaaa 3120 tagatcaggc gggagaacac atgcacccac gctatcaggt aacggacaat ggcttgcggg 3180 aaggatattt ttttatatgt ttcgtccctc acgatttgca gcccgatgat ttttttgccc 3240 agtgtgccct tccaatttgt cagcggcatc agcaaagggt acacaatcag catcaatatg 3300 gcgacaataa tgacaccggc ggacccatcg ccaaacgtaa atccggctgc caaaatcact 3360 gctgcggcaa tgattacatc aagtaaaaga gcgcaggcgc gcagcatgaa accagctagt 3420 tccaatagaa acactcctta aaatgttaaa taaacaccta atgattgtaa aaaagaaggg 3480 cctaaagtgg gaataggtga taagccttaa atcacaaaag ttggtgaaaa tgtcataggt 3540 aaattggcat aatcagccag cttatcacat taccaaattc ttttttagcc cgaaaccaag 3600 ccctcagaag ttatttttgt taaaatagaa aagttacaac agaattcgga gggtttattg 3660 tgggaaaagt gaaacgaaat gccccttgcc catgcggcag cggcaagaaa tataaaaaat 3720 gctgcggaag taaagttgtc gacttcccgg cggaactagc ggcaaaagaa gcgaaacaaa 3780 ttcaggaaga cttagtggag tatgccttca cagtacatag 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aagataaggc cgacaacgcc gacaatcagc gacacgataa 240 cagtcgggct ggaccatccc ccggagcctt cacccgcgtt gctgaatccg aatacaatgc 300 cgccgaagcc aatcgtcgac aggatgatag acaatacatc gattttcggc tttgtcgttt 360 cagatacatt ttgcatatat gcgataccga aaacaagcgc cagcacaagg aatggaagag 420 agatccagaa aatccagtgc cagttgagat gctccagaac caatcctgag aaagttgggc 480 cgatggcggg cgcgaacata atgacaagcc cgatcgttcc cattgcggca ccccgtttat 540 gaggcgggaa aatcaccaag attgtgttaa acatcagcgg cagtaaaaga ccggttccaa 600 gtgcctgaac gatccttgcc gctaataaaa acgagaagct cggcgcaagc gccgcaatga 660 atgtacctaa aattgaaaag ataagtgaca cggtaaaaag ctgtcttgtt gtgaaccact 720 gcaacagcag tcctgaaaca ggaacaagga taccgagtac aagcaggtag cccgtcgtta 780 accattggac ggttgccgct gtaatgttca attccttcat aaggtcggtt aacgcaatat 840 tcagcgctgt ttcactgaac atgccgataa aaccggccaa cagcaaggaa atcataatcg 900 gcatcacttt gtattgctga gatgctttag ctgttgtttc caaaatcatt tcccctctct 960 atcaactgca tgtagtatgt cgtttttttt atctcttcag caggtcagga atgcagctgg 1020 agatatgaag gagcggcgta ctgttttttg 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ggttttgttt agcggcagat gtcggccgca atatttttgc 2580 aaacgttgtc attttcatcc tgacctctgg gtccgcagct tccggctcgg cctcccccgt 2640 ctggcataaa atgacgagct caacctttgg cagcgattca tgcatgctct cataaagcgg 2700 caaaagctgg ctaacgccca cgattgcctt tacatcgcca tttgtcagca tataaccaat 2760 ttctgtcggc gtgtacaacg gattgatggg aacaactacg atcccagctt ttaaagcgcc 2820 aaaaaacgcg atgataaaat caggcgaatt gccaagcagc aaagctaaat ggtccccttt 2880 ctccataccg gcttcctgaa ggccgtccgc aaatcgctga atatattcat tcagctcttg 2940 atacgtcatc atgtgatctt taaacctgca tgcgatgctg tcgggcttct cagatgctgt 3000 ttcttccaat tttgaaacaa gattcattct cccacccctt aagtgaatga atagtcattc 3060 attattgaag ccaagctttc ttctccatta tagagaaaca gaaaaaaaca ctcaagagca 3120 aaaagccctg agtgtcagta ctgtcatagt ttcttcaatg cttcggcaat cggcgtatct 3180 ccttctgtca gatcaaaggc ccgattttcc gtattcttct catctaaaga ggcaatgacc 3240 gtttttgcaa cgtcatcacg ggaaataaat ccccgctcca gatccttcgc tgctgaaaca 3300 gttcccgttc caggctcatt gcgaaggcct cccggacgga taatcgtata ggttaaaccg 3360 ctcgcttcca gaattttatc agcataatgc ttggccacat aataaggctt gagtgcctca 3420 ttccaatttt cacggttatg ggcttgcagg gcgctgacca taataaaccg tttgattccg 3480 gcaatggccg cagcttcaat ggcttttgcc gctccatcaa gatccaccag cagcgtttta 3540 tcatagcctg tgctgccgcc ggaaccggct gtgaaaatga tcgcgtcaca accttttgcc 3600 gcagcggcga tttcttccgg gctgccctcc agattcgcaa gcacagcttc tgcaccggca 3660 gcttcaagag acgctttctg ttcttctttt ctgaccatcg ctctgatgga atgatcagga 3720 ttatcttgga ataaagagac gagtctttgc ccgatttgtc cgttcgctcc gattaaaaac 3780 actttcatgt gaatccctcc tgcctccatt atttcaaaaa cacaaccgct ctttcaaacg 3840 atgtgttttg ccttagtaaa tcagatcaag gaaatcctct ttcgtaatgt tcccaaagta 3900 atg 3903 <210> 48 <211> 7334 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> synthesized sequence <400> 48 tcgtcaacgc ctgcctcagc aacattgaat ttgcagaaga aaaatggcgg ataaaagact 60 ataatatcaa cagccactta tccggcttta tcaaataaga aaaagacagg cgtttgcctg 120 tcttttcttt tatttcttag cagccggcat ctctttttga agctcgtcca aaatggcatt 180 cgccccgtct acactgcggc gcagagacca caccgcacga tccacgtggt atacatgccc 240 gtttttcact gccttcagtt ttttccaaag gacattcttt tcgatcgggc gtttaccgtc 300 ggcgtcgagg tcatctgttt ttcctgtcat caggatgatc acatccggat ctgttttcag 360 cagctgctcc agtgtcattt tcatattcac agagtcgccg ccattgcttg aatcgctatt 420 gcctgacgta ctgattgcat atcggtagcc gacctgtgtt aaaagtctcg atgtaaagaa 480 gttttcatcc ctggccataa tggtatcatt tgtatttccg atcaaaagca cggactggct 540 gttcgcgctg attttctgct ttgtctcgct aagcttttct tcatgcgccg tcagcttttt 600 ctccatttcc ttctccttgc cgactgcttt tgcaatcgta agcgaagcgt caattgtatc 660 ctgataatca gcatttaaat tattaagtgc aatcgtcggc gctatttttt tcagctgatc 720 gtacaccttc ttatgccggg tcgtgtcagc aataattaaa tcgggtttta atgaagcgat 780 tttttccatg cttggctgtg agcgagtgcc gacagatgtg tagccgtcaa ttttcttcag 840 cacatccttg ttgatcagct gcttcgcttt gttgtcatcg gcaaccccga caggcgtaat 900 gccgagatca agcagtgtat caataaaacc tagctcaaga acaacaaccc gcttcggatg 960 ctcaggcaca tttgtcttcc ctaaatcatg tgttaccgcc actttatgtt ctttactgtt 1020 ttgattgccg cttgaagacg agcaagcagc cgttaagaca gaaagaagta aaactgtaag 1080 aataatcagt gtttttttca tatgttccag tctctcctgt tggtagtttc tatggttaag 1140 atgtccaaga gtagtataac acggaatgag aatcattatc accaattatt tttaaaatga 1200 gaagagaaag ttcggcttac aggaaaatct tgtttcgcga cacagcagtt cagcagctga 1260 tcatcctgtc cacaaaaaag cttgcagaaa aataacattc tctgcaagct gatcctgtta 1320 aagcttcaca atcactcttc cttgaatgcg attttgcaaa atatctttta acgcacccgg 1380 cgtttcttcc aatgatactt ccctgtccac gatggtcagc agctgatcag gcttgagatc 1440 agaagacatg cgctcccaaa cagcggctct gacgtccatc ggacaatata ctgaatcgat 1500 tccgagcagg cttactccgc gaagaataaa aggatacacg gttgccggaa cttctcctcc 1560 gccggttaag ccgctcactg cgacagatcc gccgtattga attttgctta aaagcgaggc 1620 aagctgtttt ccgccgactg gatcaaccgc tccctgccat tgctgcttgg acagcgcctt 1680 aagcgttccg tcatagacat cttccctgct gattacttcg cttgcaccaa gctgtttcaa 1740 ataatcagcc gcctcccggt ttccggtact tgccaccaca tcataacccc gcttgttcag 1800 catcgatacc gcaattccgc cgacaccgcc ggttgctcct gtgactagca cgctgccttt 1860 ttccggagac agaccgttct gttcaagccg atgcactgat aacgccgcag taaatcccgc 1920 cgttccgtac accatcgctt cttttaacga aagattctgt ggcaaaggca ccagccagtc 1980 accaggcacc gaagcgtatt cacttaatcc gccatcacgt gagacaccga gctcatagct 2040 tgtcgcgatc acctcatccc cctccgcaaa acgcggatca ttggaagaga cgaccgtacc 2100 cgcagcatca atgcctaaaa taagcggata ctctctgacg atattgcctc ctgcttttcc 2160 ggccagacca tctttgtaat taatgccgga ataagcaact ttaatcagga caccatcctt 2220 cggcaaatcc tctgttgata tggttttcac atggactgaa acatcatcgg catttttttc 2280 tgcctgcaag gcttgaaata acgttgacat tcggcacact ccttttcatt tatatcgtaa 2340 ccgaagaacg ttcaaaaaac caaatcatca agccgccatt ttcacttcgc cggcacattg 2400 agacaataat ggacaaatcc ggtatcctct tcatagccgt tttgctcata caagcttctt 2460 gccttccggt tgtggtgctc agtctgaagt gttaaacatt ttgccccgtt ttgccctgca 2520 taatcctttg cggcagaaag cagccggccg ccggctccct ttgtacgcgc atgaggaacg 2580 acaaataagt catttaatat gtatatcctt ttcattgaca cagaagaaaa cgttggatag 2640 agctgggtaa agcctatgaa ttctccattt tcttctgcta tcaaaataac agactcgtga 2700 ttttccaaac gagctttcaa aaaagcctct gccccttgca aatcggatgc ctgtctataa 2760 aattcccgat attggttaaa cagcggcgca atggcggccg catctgatgt ctttgcttgg 2820 cgaatgttca tcttatttct tcctccctct caataatttt ttcattctat cccttttctg 2880 taaagtttat ttttcagaat acttttatca tcatgctttg aaaaaatatc acgataatat 2940 ccattgttct cacggaagca cacgcgtcgc tgataaacag ctgacatcaa tatcctattt 3000 tttcaaaaaa tattttaaaa gttgttgact taaaagaagc taaatgttat agtaataaaa 3060 cagaatagtc ttttaagtaa gtctactctg aattttttta aaaggagagg gtaaagaaag 3120 ccgccaggaa aaacttgtct gaatagtacg gttgcaattt ttaggggaaa cagatatact 3180 taagtgtaca gaatagtctt ttaagtaagt ctactctgaa tttttttaaa aggagagggt 3240 aaagagtgtc aacaacatat cctattgtcc tggtacacgg cctttctggt ttcgatgaca 3300 tcgtaggata cccttatttt tatgggattg ccgacgccct ggagaaagat ggccacaaag 3360 tttttacagc ctcactctct gcattcaatt ccaacgaagt ccgtggcgag caattatggg 3420 agttcgtgca aaagattctc aaagagacta aagtcaaaaa ggtgaatttg atcgggcacg 3480 cgcaaggtcc tcttgcgtgt cgttatgtgg cggccaagca tgctaaaagt attgcaagtg 3540 ttacatctgt gaatggagtg aatcacggta gcgaaatcgc cgatcttgtc agacggatta 3600 tgagaaaaga ttctgtccct gagtatatcg cggacgcggt aatgaaggct attggcacta 3660 taatcagtac ttttagcgga aatagaggaa accctcaaga cgctatagca gctctggagg 3720 ccttaacgac ggaaaacgtg atggaattta acaaaaaata tcctcaggga ctgccagcaa 3780 ttcgtggggg tgaaggtaaa gaagtcgtga acggcgtaca ctactatagc tttggttctt 3840 acatacaggg tctcatcgct ggcgagaagg gaaacttgct cgatcctacc cacgccgcta 3900 tgcgcgtttt atccgcgttt ttttcagaac gtgagaacga tggtttagta ggacggactt 3960 caatgcggct cggcaagtta attaaagacg actacgctga ggatcattta gatatggtca 4020 atcaagttgc ggggttagtt ggacgcgggg aggatataat tgctatatat acgaatcatg 4080 ccaatttttt agcgtcaaaa aagctctaat ctagatacat aaaaaaccgg ccttggcccc 4140 gccggttttt tattattttt cttcctccgc atgttcaatc cgctccataa tcgacggatg 4200 gctccctctg aaaattttaa cgagaaacgg cgggttgacc cggctcagtc ccgtaacggc 4260 caagtcctga aacgtctcaa tcgccgcttc ccggtttccg gtcagctcaa tgccgtaacg 4320 gtcggcggcg ttttcctgat accgggagac ggcattcgta atcaacgcct cactcctcac 4380 atcaacccgt tacttctatt gtaatcataa attcaaattc ttagaaccaa gctgtgttcc 4440 gcacttttcc acccttttaa gcatggaaac cccgatcgct gggaaaacta acaatgtttg 4500 gagtgatgca aatgaaaaaa atagtggcag ccatcgtggt aatcggtctt gtgtttatcg 4560 cattttttta tctttacagc cgatcaggcg atgtgtatca atcggtagac gcggatttga 4620 tcacactgtc ttcaagcggc caggaagata tcgagattga aaaaagacag cacgtcaaag 4680 atatgctgga tattatgaat cagggaaaac aggtgaagac agaaaaaaca tcagcccctg 4740 attacgaagg gacaatcaag tttcataaag accggtatga ctcattcaga ctatggattg 4800 acggcagcca gcaagccgtt tttttgaagg atggcacata ctacaaatta agcaaaaatg 4860 atacaaaggc gctgctaaat attattaaaa aagaagcaaa ggattgaaaa tgaaaaagcg 4920 aagctaaccg cttcgctttt tcattttatt ggggcaaaat atctctcagt gcccgtctga 4980 gcattttccc cgtcgcattt ttcggaatat cgtcaagaaa cgtaatggcg gcaggccgct 5040 tgtattttgc cagatgcttt tcgcagtgct gcatgatgtc ctcctctgtt accccagagc 5100 gtttcggcac cacatatccc tttaccgctt ccccgctttg ggggtccggc acgccgatga 5160 caaccgcctc cttgacgtcc ggatggctgt acagcacctc ctccacctcc cgcggataca 5220 cattgtatcc tcctacaatg atcatgtctt ttttccggtc aacaatgtaa aaatagccgt 5280 cctcatcccg tcttgccaag tcccccgtat aaagccaccc gtcttttaat gcatgctctg 5340 tttccatcgg cattttataa tagcccttca tcacattggg gcctttcacg atcaattcgc 5400 cgacctggtg agcgggcagc tcgcgtccga gcggatctac gaccttgttt tcgacatgta 5460 agatacttgt cccgatggag cccggctttc tgcccctgtc aaacgggtta aagcacgtga 5520 cgggtgatgc ttccgagagc ccgtagcctt ccaaaatggt aacaccgaat ttttcttcaa 5580 acgccgtcag caacgcgact ggcatggacg cgcctcccga aatgcacagc cggatcgaag 5640 aaaaatcatc tttctttccg ttttcatgct gaaacaagta gttatacatt gtaggcacac 5700 cggcaaaaat ggtcgcctgc tgctgcttaa caagcttaaa aacagatgcc ggactgaatt 5760 gaggctcaat caatacagtt gcgccgctca tcagcggtgc attcatacag acggttaaac 5820 aaaacacgtg aaacatggga agagcgcaga ccacattgtc cctctcatcc attcccaaat 5880 agcctgcgac atcgttggca ttgctgtaca aattctgatg tgtcagcatc gcgcctttcg 5940 gttttccagt cgttcctgac gtatataaaa taaccgcggt atcatcaggt acaggttctt 6000 ggttttgttt agcggcagat gtcggccgca atatttttgc aaacgttgtc attttcatcc 6060 tgacctctgg gtccgcagct tccggctcgg cctcccccgt ctggcataaa atgacgagct 6120 caacctttgg cagcgattca tgcatgctct cataaagcgg caaaagctgg ctaacgccca 6180 cgattgcctt tacatcgcca tttgtcagca tataaccaat ttctgtcggc gtgtacaacg 6240 gattgatggg aacaactacg atcccagctt ttaaagcgcc aaaaaacgcg atgataaaat 6300 caggcgaatt gccaagcagc aaagctaaat ggtccccttt ctccataccg gcttcctgaa 6360 ggccgtccgc aaatcgctga atatattcat tcagctcttg atacgtcatc atgtgatctt 6420 taaacctgca tgcgatgctg tcgggcttct cagatgctgt ttcttccaat tttgaaacaa 6480 gattcattct cccacccctt aagtgaatga atagtcattc attattgaag ccaagctttc 6540 ttctccatta tagagaaaca gaaaaaaaca ctcaagagca aaaagccctg agtgtcagta 6600 ctgtcatagt ttcttcaatg cttcggcaat cggcgtatct ccttctgtca gatcaaaggc 6660 ccgattttcc gtattcttct catctaaaga ggcaatgacc gtttttgcaa cgtcatcacg 6720 ggaaataaat ccccgctcca gatccttcgc tgctgaaaca gttcccgttc caggctcatt 6780 gcgaaggcct cccggacgga taatcgtata ggttaaaccg ctcgcttcca gaattttatc 6840 agcataatgc ttggccacat aataaggctt gagtgcctca ttccaatttt cacggttatg 6900 ggcttgcagg gcgctgacca taataaaccg tttgattccg gcaatggccg cagcttcaat 6960 ggcttttgcc gctccatcaa gatccaccag cagcgtttta tcatagcctg tgctgccgcc 7020 ggaaccggct gtgaaaatga tcgcgtcaca accttttgcc gcagcggcga tttcttccgg 7080 gctgccctcc agattcgcaa gcacagcttc tgcaccggca gcttcaagag acgctttctg 7140 ttcttctttt ctgaccatcg ctctgatgga atgatcagga ttatcttgga ataaagagac 7200 gagtctttgc ccgatttgtc cgttcgctcc gattaaaaac actttcatgt gaatccctcc 7260 tgcctccatt atttcaaaaa cacaaccgct ctttcaaacg atgtgttttg ccttagtaaa 7320 tcagatcaag gaaa 7334 <210> 49 <211> 25 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> synthesized sequence <400> 49 gaagctgaat gagatttctt aaggc 25 <210> 50 <211> 23 <212> DNA <213> artificial sequence <220> <223> synthesized sequence <400> 50 aaggaggctt atttccgctt ttc 23

Claims (16)

  1. 선택 가능한 마커의 사용 없이 공여 DNA를 바실러스 종 세포의 게놈 내에 통합시키기 위한 방법으로서,
    수용능 바실러스 종(competent Bacillus sp.)의 세포 개체군을 제공하는 단계; 및 선형 DNA 작제물을 상기 세포 개체군 중 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 도입하는 단계를 포함하며, 이때 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)에 의해 플랭킹(flanking)된 공여 DNA를 포함하고, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖고, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 것인, 방법.
  2. 선택 가능한 마커의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈 내의 뉴클레오타이드 서열을 결실시키기 위한 방법으로서,
    수용능 바실러스 종 세포의 개체군을 제공하는 단계; 및 선형 DNA 작제물을 상기 세포 개체군 중 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 도입하는 단계를 포함하며, 이때 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)을 포함하고, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖고, 결실될 상기 뉴클레오타이드 서열에 플랭킹하는 게놈 DNA 영역에 대한 서열 상동성을 갖고, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 것인, 방법.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개, 1,000개, 1,100개, 1,200개, 1,300개, 1,400개, 1,500개, 1,600개, 1,700개, 1,800개, 1,900개, 2,000개, 2,100개, 2,200개, 2,300개, 2,400개, 2,500개, 2,600개, 2,700개, 2,800개, 2,900개, 3,000개, 3,100개, 3,200개, 3,300개, 3,400개, 3,500개, 3,600개, 3,700개, 3,800개, 3,900개, 4,000개, 5,000개, 6,000개의 뉴클레오타이드 및 최대 7,000개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖는 것인 방법.
  4. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 선형 DNA 작제물은 이중 가닥 DNA인 것인 방법.
  5. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 수용능 바실러스 종 세포는 바실러스 서브틸리스(Bacillus subtilis), 바실러스 리케니포르미스(Bacillus licheniformis), 바실러스 렌투스(Bacillus lentus), 바실러스 브레비스(Bacillus brevis), 바실러스 스테아로써모필루스(Bacillus stearothermophilus), 바실러스 알칼로필루스(Bacillus alkalophilus), 바실러스 아밀로리퀘파시엔스(Bacillus amyloliquefaciens), 바실러스 클라우시(Bacillus clausii), 바실러스 할로두란스(Bacillus halodurans), 바실러스 메가테리움(Bacillus megaterium), 바실러스 코아귤란스(Bacillus coagulans), 바실러스 서큘란스(Bacillus circulans), 바실러스 라우투스(Bacillus lautus) 및 바실러스 투링기엔시스(Bacillus thuringiensis)로 이루어진 군으로부터 선택되는 것인 방법.
  6. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 수용능 바실러스 종 세포는 ComK, ComS 또는 이의 임의의 하나의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 폴리펩타이드를 암호화하는 폴리뉴클레오타이드에 작동 가능하게 연결된 프로모터를 포함하는 적어도 하나의 도입된 핵산 작제물에 의해 수용능이 되는 것인 방법.
  7. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 수용능 바실러스 종 세포는 초수용능 바실러스 종 균주에서 유래하는 것인 방법.
  8. 제8항에 있어서, 상기 초수용능 바실러스 종 균주는 Pxyl-ComK 균주인 것인 방법.
  9. 제1항에 있어서, 상기 공여 DNA는 관심 폴리뉴클레오타이드, 관심 유전자, 복수개의 관심 유전자, 하나 이상의 재조합 DNA, 전사 조절 서열, 번역 조절 서열, 프로모터 서열, 종결자 서열, 유전자이식 핵산 서열, 메신저 RNA의 적어도 일부에 상보적인 안티센스 서열, 이종성 서열 또는 이의 임의의 하나의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는 것인 방법.
  10. 제1항에 있어서, 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 배지 상에서 상기 적어도 하나의 바실러스 종 세포로부터 자손 세포를 성장시키는 단계, 및 이의 게놈 내에 안정하게 통합된 공여 DNA 서열을 갖는 바실러스 종의 자손 세포를 식별하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
  11. 제2항에 있어서, 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 배지 상에서 상기 적어도 하나의 바실러스 종 세포로부터 자손 세포를 성장시키는 단계, 및 이의 게놈으로부터 결실된 뉴클레오타이드 서열을 갖는 바실러스 종 자손 세포를 식별하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
  12. 제2항에 있어서, 상기 선형 DNA 작제물은 상기 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)에 의해 플랭킹된 공여 DNA를 추가로 포함하며, 이때 상기 공여 DNA는 상기 바실러스 종 세포의 게놈 내에 삽입되는 반면, 상기 뉴클레오타이드 서열은 상기 바실러스 종 세포의 상기 게놈에서 결실되는 것인 방법.
  13. 제12항에 있어서, 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 배지 상에서 상기 적어도 하나의 바실러스 종 세포로부터 자손 세포를 성장시키는 단계, 및 이의 게놈으로부터 결실된 뉴클레오타이드 서열을 갖고 이의 게놈 내에 통합된 공여 DNA를 갖는 바실러스 종의 자손 세포를 식별하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
  14. 선택 가능한 마커의 사용 없이 바실러스 종 세포의 게놈 내로 돌연변이를 도입하기 위한 방법으로서,
    수용능 바실러스 종의 세포 개체군을 제공하는 단계, 및 상기 세포 개체군의 적어도 하나의 바실러스 종 세포 내로 선형 DNA 작제물을 도입하는 단계를 포함하며, 이때 상기 DNA 작제물은 상류 상동성 아암(HR1) 및 하류 상동성 아암(HR2)에 의해 플랭킹된 목적하는 돌연변이를 갖는 뉴클레오타이드 서열을 포함하고, 각각의 상동성 아암은 적어도 900개의 뉴클레오타이드의 길이를 갖고, 상기 DNA 작제물은 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 것인 방법.
  15. 제14항에 있어서, 선택 가능한 마커를 포함하지 않는 배지 상에서 상기 적어도 하나의 바실러스 종 세포로부터 자손 세포를 성장시키는 단계, 및 이의 게놈 내에 돌연변이를 갖는 바실러스 종의 자손 세포를 식별하는 단계를 추가로 포함하는 것인 방법.
  16. 제1항, 제2항 및 제14항 중 어느 한 항의 방법에 따라 생산된 단리된 바실러스 종 세포.
KR1020227020443A 2019-11-19 2020-11-18 바실러스 게놈 및 이의 조성물을 변형시키기 위한 선택 마커-부재 방법 KR20220098245A (ko)

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* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5380831A (en) 1986-04-04 1995-01-10 Mycogen Plant Science, Inc. Synthetic insecticidal crystal protein gene
US5107065A (en) 1986-03-28 1992-04-21 Calgene, Inc. Anti-sense regulation of gene expression in plant cells
US4873192A (en) 1987-02-17 1989-10-10 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Process for site specific mutagenesis without phenotypic selection
US5034323A (en) 1989-03-30 1991-07-23 Dna Plant Technology Corporation Genetic engineering of novel plant phenotypes
US5231020A (en) 1989-03-30 1993-07-27 Dna Plant Technology Corporation Genetic engineering of novel plant phenotypes
TW261517B (ko) 1991-11-29 1995-11-01 Mitsubishi Shozi Kk
US5955310A (en) 1998-02-26 1999-09-21 Novo Nordisk Biotech, Inc. Methods for producing a polypeptide in a bacillus cell
US6509185B1 (en) 2000-01-07 2003-01-21 Genencor International, Inc. Mutant aprE promotor
EP1309677B2 (en) 2000-08-11 2012-04-11 Genencor International, Inc. Bacillus transformation, transformants and mutant libraries
AU2003230981A1 (en) 2002-04-22 2003-11-03 Genencor International, Inc. Methods of creating modified promoters resulting in varying levels of gene expression
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CN104232674A (zh) * 2014-07-15 2014-12-24 广东肇庆星湖生物科技股份有限公司 一种提高解淀粉芽孢杆菌生产鸟苷产量的方法

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