KR20220071774A - Composition for determining the eye muscle area of a bovine including an agent capable of detecting or amplifying SNP and kit comprising the same - Google Patents
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Abstract
Description
본 발명은 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 등심단면적 판별용 조성물 및 이를 포함하는 키트에 관한 것이다.The present invention relates to a composition for discriminating bovine sirloin cross-section comprising an agent capable of detecting or amplifying a SNP, and a kit comprising the same.
가축 육종은 형질이 우수한 개체를 선발하고 선발된 가축을 이용하여 후대를 생산하고, 다시 이들 후대의 형질을 검정하여 우수한 가축을 선발하는 일련의 과정을 반복하여 수행하고 있다. 기존의 경우 가축이 사육과정에서 발현되는 표현형 정보를 바탕으로 통계적 방법에 따라 육종가치를 추정하고 이에 근거하여 우수한 가축이 선별되어져 왔다. 따라서, 사람들에게 보다 효용성이 높은 가축을 얻기 위해서는 다음 세대의 가축을 생산하는데 쓰일 우수한 종축(breeding stock)을 선발(selection)하는 것이 매우 중요하다.Livestock breeding involves selecting individuals with excellent traits, producing offspring using the selected livestock, and repeating a series of processes for selecting excellent livestock by testing the traits of these offspring. In the existing case, the breeding value was estimated according to a statistical method based on the phenotypic information expressed in the breeding process of livestock, and excellent livestock have been selected based on this. Therefore, in order to obtain livestock that are more useful to people, it is very important to select a good breeding stock that will be used to produce the next generation of livestock.
선발을 통한 개량 대상으로 하는 가축의 형질(산유량, 체중 등)은 대부분 많은 수의 유전자에 의해 영향을 받는 양적 형질(quantitative trait)이다. 양적 형질은 일반적으로 다수의 유전자에 의하여 영향을 받을 뿐만 아니라 여러 가지 환경요인에 의해서도 상당히 영향을 받는다. 따라서 양적 형질에 있어서는 이에 영향을 미치는 개별적인 유전자 작용이나 특성과 같은 것을 규명하는 것이 질적 형질(qualitative trait)보다 극히 곤란하다. 때문에, 양적 형질의 유전을 연구하는데 통계적 방법이 강력한 수단으로 사용되고 있으며 양적 형질에 영향을 주는 유전적 요인을 여러 환경 요인으로부터 분리하여 효과적으로 추정하고자 하는 연구가 여러 학자들에 의해 수행되어 왔다.Most of the traits (lactation, weight, etc.) of livestock to be improved through selection are quantitative traits that are affected by a large number of genes. Quantitative traits are generally influenced not only by a large number of genes, but also by various environmental factors. Therefore, for quantitative traits, it is extremely difficult to identify individual gene functions or characteristics that affect them than for qualitative traits. Therefore, statistical methods are used as a powerful means to study the inheritance of quantitative traits, and studies to effectively estimate genetic factors affecting quantitative traits by separating them from various environmental factors have been conducted by several scholars.
가축 개량을 위한 분자 유전학적 기법의 이용은 DNA 수준에서의 개체의 유전적 소질에 대한 연구를 가능토록 할 수 있을 것이며, 개량 대상형질에 관련된 유전자, 즉 주유전자(major gene) 혹은 양적 형질 유전자좌위(Quantitative Trait Loci, QTL)에 대한 직접적인 선발 혹은 양적 형질 유전자좌위에 연관되어 있는 유전적 표지(genetic marker)에 대한 선발을 통해 유전적 소질을 실현시킬 수 있는 도구를 제공할 수 있다. 표현형 정보에만 의존하는 것이 아니라 분자 유전학적인 정보의 추가적인 이용을 통해 유전적 개량을 보다 가속화할 수 있을 것이다. DNA 수준에서의 정보는 생산자뿐만 아니라 육종가들에게도 특정한 주요 변이체를 선발하는데 중요한 정보를 제공해준다. 이러한 DNA 정보는 표지인자 도움선발(marker-assisted selection; MAS)이라고 하는 양적 형질(quantitative trait)의 선발에 활용될 수 있다. 또한, 분자표지인자는 종축 등의 선발 정확도를 높이고 성별에 제한적인 형질을 선별할 수 있게 하며, 육질과 같은 도체 형질에 대해서 매우 유용하게 활용될 수 있다.The use of molecular genetic techniques for livestock improvement will enable the study of the genetic predisposition of an individual at the DNA level, and the gene related to the trait to be improved, that is, the major gene or the quantitative trait locus Direct selection for (Quantitative Trait Loci, QTL) or selection of genetic markers related to quantitative trait loci can provide a tool for realizing genetic aptitude. Genetic improvement could be further accelerated through additional use of molecular genetic information rather than relying solely on phenotypic information. Information at the DNA level provides important information to producers as well as breeders to select specific key variants. Such DNA information can be utilized for the selection of a quantitative trait called marker-assisted selection (MAS). In addition, molecular markers increase the selection accuracy of breeders, etc., enable the selection of sex-restricted traits, and can be very usefully used for carcass traits such as meat quality.
등심단면적(배최장근단면적)은 농가에게 있어 중요한 경제형질로 등급판정부위에서 가로, 세로가 1cm 단위로 표시된 면적자를 이용하여 배최장근의 단면적을 cm2 단위로 측정한 값을 말하는데, 도체의 가격 형성에 직접적인 영향을 미치는 형질중 하나로 소의 육량등급판정의 1차 기준이 되는 것으로 알려져 있다.The cross-sectional area of the longest root of a pear is an important economic trait for farms. It is a value measured in cm2 by using an area ruler marked in units of 1 cm in width and length at the grading site. As one of the traits that have a direct impact, it is known to be the primary criterion for grading beef meat.
근래의 시퀀싱 테크놀로지가 발전하면서 소의 복합성 형질 중 하나인 도체 형질에 대한 바이오마커를 선별하기 위해서 차세대염기서열(Next-Generation Sequencing) 해독 및 전장유전체연관분석(Genome-Wide Association Study, GWAS)을 이용하는 연구가 점점 증가하고 있다. 특히, 차세대염기서열 해독 및 전장유전체연관분석 방법을 이용하여 소의 도체 형질에 대한 바이오마커를 선별하는 경우 상용칩을 사용하여 소의 도체 형질에 대한 특정 바이오마커를 선별하는 경우에 비해서 보다 정확하게 소의 도체 형질과 연관된 마커를 찾을 수 있는 장점이 있다.Research using next-generation sequencing and genome-wide association study (GWAS) to select biomarkers for carcass traits, one of the complex traits of cattle, as sequencing technology develops in recent years is increasingly increasing. In particular, when biomarkers for bovine carcase traits are selected using next-generation sequencing and whole-genome linkage analysis methods, cattle carcase traits are more accurately selected than when a specific biomarker for bovine carcase traits is selected using a commercial chip. It has the advantage of being able to find a marker associated with it.
고품질의 한우를 용이하게 판별하기 위해서 등심단면적 판별에 생명공학적 방법을 이용하는 연구가 활발하게 진행되고 있다. 구체적으로 대한민국 등록특허 제10-1522579호에는 한우의 등심단면적 예측용 유전자 마커에 대해서 개시되어 있고, 대한민국 등록특허 제10-2083673호에는 반수체를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 소의 등심단면적 판별용 조성물에 대해서 개시되어 있다.In order to easily identify high-quality Korean beef, research using bioengineering methods to identify sirloin cross-sections is being actively conducted. Specifically, Korean Patent No. 10-1522579 discloses a genetic marker for predicting the sirloin cross-sectional area of Korean beef, and Korean Patent No. 10-2083673 discloses the determination of the sirloin cross-section of cattle containing an agent capable of detecting or amplifying a haploid. A composition for use is disclosed.
이에, 본 발명자들은 복합성 형질인 등심단면적을 예측하는데 종래의 단일염기다형성 마커보다 더 유의성이 높은 신규 단일염기다형성 마커를 선별하여, 한우 도체형질 중 하나인 등심단면적과 고도의 유의성을 확인함으로서 본 발명을 완성하였다.Accordingly, the present inventors selected a novel single nucleotide polymorphism marker that is more significant than the conventional single nucleotide polymorphism marker in predicting the sirloin cross-sectional area, which is a complex trait, and confirmed the high significance of the sirloin cross-sectional area, one of the carcase traits of Korean cattle. was completed.
본 발명은 등심단면적과 연관된 유의한 신규 SNP 마커를 이용한 고급육 선별을 위해, 소의 등심단면적 판별용 조성물을 제공하는 것을 목적으로 한다.An object of the present invention is to provide a composition for discriminating the sirloin cross-section of cattle for high-quality meat selection using a significant novel SNP marker associated with the sirloin cross-section.
또한, 본 발명은 소의 등심단면적을 판별하기 위한 키트를 제공하는 것을 목적으로 한다.Another object of the present invention is to provide a kit for determining the cross-sectional area of the sirloin of cattle.
아울러, 본 발명은 소의 등심단면적 판별 방법을 제공하는 것을 목적으로 한다.In addition, it is an object of the present invention to provide a method for determining the cross-sectional area of the sirloin of cattle.
상기 목적을 달성하기 위하여,In order to achieve the above object,
본 발명은 서열번호 1 내지 서열번호 1885로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 위치의 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP) 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 소의 등심단면적 판별용 조성물을 제공한다.The present invention provides an agent capable of detecting or amplifying a single nucleotide polymorphism (SNP) marker at the 101st position of a polynucleotide consisting of any one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 1885 It provides a composition for determining the cross-sectional area of the bovine sirloin, comprising a.
또한, 본 발명은 상기 조성물을 포함하는, 소의 등심단면적을 판별하기 위한 키트를 제공한다.In addition, the present invention provides a kit for determining the cross-sectional area of the sirloin of cattle, comprising the composition.
아울러, 본 발명은 1) 소로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 1 내지 서열번호 1885로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP 마커를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계로서,In addition, the present invention 1) a polynucleotide consisting of any one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 1885 from the DNA of a sample isolated from cattle, or a polynucleotide complementary thereto, comprising a SNP marker As the step of amplifying the region,
상기 SNP 마커는 서열번호 1 내지 서열번호 1885로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번 염기인, 단계; 및wherein the SNP marker is nucleotide 101 of a polynucleotide consisting of any one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 1885; and
2) 상기 증폭된 SNP 마커를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계를 포함하는, 소의 등심단면적 판별 방법을 제공한다.2) It provides a method for determining the bovine sirloin cross-sectional area, comprising the step of determining the base type of the SNP at the site containing the amplified SNP marker.
본 발명의 소의 등심단면적 판별용 조성물을 이용하면 소의 등심단면적 형질을 정확하게 판단할 수 있고, 이를 통해 고급육을 용이하고 정확하게 판별할 수 있으며, 소의 유전적 특징 파악, 혈통 정립 또는 개량체계 개선 등의 다양한 목적으로 활용할 수 있다.By using the composition for determining the sirloin cross-section of cattle of the present invention, the characteristics of the sirloin cross-section of cattle can be accurately determined, and through this, high-quality meat can be easily and accurately determined, and various methods such as identifying the genetic characteristics of cattle, establishing a lineage or improving the improvement system can be used for this purpose.
도 1은 한우 등심단면적 형질과 관련된 유의한 SNP 마커를 활용하여 형질 예측 정확도 향상 여부를 확인한 그래프이다(WGS: Whole Genome Sequence; ITG: Intergenic Region; ITR: Intronic Region; REG: Regulatory Region; SYN: Synonymous SNP; NSY: Non-synonymous SNP; RSN: Regulatory Region + Synonymous SNPs + Non-Synonymous SNP; 및 GEN: Genic Region).1 is a graph confirming whether trait prediction accuracy is improved by using a significant SNP marker related to the Korean beef sirloin cross-sectional trait (WGS: Whole Genome Sequence; ITG: Intergenic Region; ITR: Intronic Region; REG: Regulatory Region; SYN: Synonymous SNP; NSY: Non-synonymous SNP; RSN: Regulatory Region + Synonymous SNPs + Non-Synonymous SNP; and GEN: Genic Region).
이하, 본 발명을 상세히 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in detail.
본 발명은 서열번호 1 내지 서열번호 1885로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 위치의 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP) 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 소의 등심단면적 판별용 조성물을 제공한다.The present invention provides an agent capable of detecting or amplifying a single nucleotide polymorphism (SNP) marker at the 101st position of a polynucleotide consisting of any one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 1885 It provides a composition for determining the cross-sectional area of the bovine sirloin, comprising a.
상기 소는 한우일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.The cattle may be Korean beef, but is not limited thereto.
본 발명에서 용어, "뉴클레오티드"는 단일가닥 또는 이중가닥 형태로 존재하는 디옥시리보뉴클레오티드 또는 리보뉴클레오티드며, 다르게 특별하게 언급되어 있지 않은 한 자연의 뉴클레오티드의 유사체를 포함한다.As used herein, the term "nucleotide" refers to deoxyribonucleotides or ribonucleotides that exist in single-stranded or double-stranded form, and unless otherwise specified, includes analogs of natural nucleotides.
본 발명에서 용어, “SNP(Single Nucleotide polymorphism)”는 단일염기다형성을 의미하는 것으로, SNP는 세포핵 속의 염색체가 갖고 있는 30억 개의 염기 서열 중 개인의 편차를 나타내는 한개 또는 수십 개의 염기변이를 말하며, 이로 인해 표현형, 약제에 대한 반응성 및 질병에 대한 내성 등의 차이가 발생한다. As used herein, the term “SNP (Single Nucleotide polymorphism)” refers to single nucleotide polymorphism, and SNP refers to one or dozens of nucleotide variations that indicate individual deviation among the 3 billion nucleotide sequences of chromosomes in the cell nucleus. This results in differences in phenotype, drug responsiveness, and disease resistance.
본 발명의 용어 "폴리뉴클레오티드를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제"란, 폴리뉴클레오티드 내 SNP 마커가 포함된 부위에 특이적으로 결합하여 인식할 수 있도록 하거나 상기 SNP 마커가 포함된 부위를 증폭시킬 수 있는 제제로서, 구체적으로는 상기 SNP 마커가 포함된 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 프로브, 상기 SNP 마커가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머일 수 있다.As used herein, the term "agent capable of detecting or amplifying a polynucleotide" refers to a polynucleotide capable of specifically binding to and recognizing a site containing a SNP marker or amplifying a site containing the SNP marker. As an agent, specifically, a probe capable of specifically binding to the site containing the SNP marker, a primer capable of specifically amplifying a polynucleotide containing the site containing the SNP marker or a complementary polynucleotide thereof can be
상기 프라이머는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 프라이머는 상기 SNP가 포함된 부위를 검출할 수 있는 효과를 나타내는 한, 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오티드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형을 포함할 수 있다. 핵산은 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기, 예를 들면, 단백질(예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그널 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입제(예를 들어, 아크리딘, 프로랄렌 등), 킬레이트화제(예를 들어, 금속, 방사성 금속, 철, 산화성 금속 등) 및 알킬화제를 함유할 수 있다. 또한, 상기 프라이머는 필요한 경우, 분광학적, 광화학적, 생화학적, 면역화학적 또는 화학적 수단에 의해 직접적으로 또는 간접적으로 검출 가능한 표지를 포함할 수 있다. 표지의 예로는, 효소(예를 들어, 호스래디쉬 퍼옥시다제, 알칼린 포스파타아제), 방사성 동위원소(예를 들어, 32P), 형광성 분자 및 화학그룹(예를 들어, 바이오틴) 등이 있다.The primer can be chemically synthesized using the phosphoramidite solid support method, or other well-known methods. These primers can be modified using many methods known in the art as long as they exhibit an effect capable of detecting the site containing the SNP. Examples of such modifications include methylation, encapsulation, substitution of one or more homologues of natural nucleotides, and modifications between nucleotides, such as uncharged linkages (eg, methyl phosphonates, phosphotriesters, phosphoroamidates). , carbamates, etc.) or charged linkages (eg, phosphorothioate, phosphorodithioate, etc.). Nucleic acids may contain one or more additional covalently linked residues, such as proteins (eg, nucleases, toxins, antibodies, signal peptides, poly-L-lysine, etc.), intercalators (eg, acridine). , proralene, etc.), chelating agents (eg, metals, radioactive metals, iron, oxidizing metals, etc.) and alkylating agents. In addition, if necessary, the primer may include a label detectable directly or indirectly by spectroscopic, photochemical, biochemical, immunochemical or chemical means. Examples of labels include enzymes (eg, horseradish peroxidase, alkaline phosphatase), radioactive isotopes (eg, 32 P), fluorescent molecules and chemical groups (eg, biotin), and the like. There is this.
본 명세서에서 사용되는 용어 "프로브"는 DNA 또는 RNA와 특이적으로 결합할 수 있는 수개 내지 수백 개의 염기에 해당하는 핵산 단편을 의미하며, 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide) 프로브, 단쇄 DNA(single stranded DNA) 프로브, 이중쇄 DNA(double stranded DNA) 프로브 또는 RNA 프로브 등의 형태로 제작될 수 있다.As used herein, the term "probe" refers to a nucleic acid fragment corresponding to several to hundreds of bases capable of specifically binding to DNA or RNA, and an oligonucleotide probe, a single stranded DNA probe , a double-stranded DNA probe or an RNA probe may be manufactured.
상기 프로브는 포스포르아미다이트 고체 지지체 방법, 또는 기타 널리 공지된 방법을 사용하여 화학적으로 합성할 수 있다. 이러한 프로브는 상기 SNP 마커가 포함된 부위를 검출할 수 있는 효과를 나타내는 한, 당해 분야에 공지된 많은 수단을 이용하여 변형시킬 수 있다. 이러한 변형의 예로는 메틸화, 캡화, 천연 뉴클레오티드 하나 이상의 동족체로의 치환, 및 뉴클레오티드 간의 변형, 예를 들면, 하전되지 않은 연결체(예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포로아미데이트, 카바메이트 등) 또는 하전된 연결체(예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등)로의 변형을 포함할 수 있다. 핵산은 하나 이상의 부가적인 공유 결합된 잔기, 예를 들면, 단백질(예를 들어, 뉴클레아제, 독소, 항체, 시그널 펩타이드, 폴리-L-리신 등), 삽입제(예를 들어, 아크리딘, 프로랄렌 등), 킬레이트화제(예를 들어, 금속, 방사성 금속, 철, 산화성 금속 등) 및 알킬화제를 함유할 수 있다.The probe may be chemically synthesized using the phosphoramidite solid support method, or other well-known methods. Such a probe may be modified using many methods known in the art as long as it exhibits an effect capable of detecting a site containing the SNP marker. Examples of such modifications include methylation, encapsulation, substitution of one or more homologues of natural nucleotides, and modifications between nucleotides, such as uncharged linkages (eg, methyl phosphonates, phosphotriesters, phosphoroamidates). , carbamates, etc.) or charged linkages (eg, phosphorothioate, phosphorodithioate, etc.). Nucleic acids may contain one or more additional covalently linked residues, such as proteins (eg, nucleases, toxins, antibodies, signal peptides, poly-L-lysine, etc.), intercalators (eg, acridine). , proralene, etc.), chelating agents (eg, metals, radioactive metals, iron, oxidizing metals, etc.) and alkylating agents.
상기 프로브는 이의 5' 말단에 리포터가 추가로 더 접합될 수 있다. 상기 리포터는 FAM(6-carboxyfluorescein), 텍사스 레드(texas red), 플루오레신(fluorescein), 플루오레신 클로로트리아지닐(fluorescein chlorotriazinyl), HEX(2',4',5',7'-tetrachloro-6-carboxy-4,7-dichlorofluorescein), 로다민 그린(rhodamine green), 로다민 레드(rhodamine red), 테트라메틸로다민(tetramethylrhodamine), FITC(fluorescein isothiocyanate), 오레곤 그린(oregon green), 알렉사 플루오로(alexa fluor), JOE(6-Carboxy-4',5'-Dichloro-2',7'-Dimethoxyfluorescein), ROX(6-Carboxyl-X-Rhodamine), TET(Tetrachloro-Fluorescein), TRITC(tertramethylrodamine isothiocyanate), TAMRA(6-carboxytetramethyl-rhodamine), NED(N-(1-Naphthyl) ethylenediamine), 시아닌(Cyanine) 계열 염료 및 씨아디카르보시아닌(thiadicarbocyanine)으로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상일 수 있으나, 이외에 당업계에서 리포터로 사용될 수 있는 물질이라고 알려진 것이라면 모두 사용할 수 있다. The probe may further have a reporter conjugated to its 5' end. The reporter is FAM (6-carboxyfluorescein), Texas red (texas red), fluorescein (fluorescein), fluorescein chlorotriazinyl (fluorescein chlorotriazinyl), HEX (2',4',5',7'-tetrachloro -6-carboxy-4,7-dichlorofluorescein), rhodamine green, rhodamine red, tetramethylrhodamine, fluorescein isothiocyanate (FITC), oregon green, Alexa alexa fluor, JOE (6-Carboxy-4',5'-Dichloro-2',7'-Dimethoxyfluorescein), ROX (6-Carboxyl-X-Rhodamine), TET (Tetrachloro-Fluorescein), TRITC ( It may be any one or more selected from the group consisting of tertramethylrodamine isothiocyanate), TAMRA (6-carboxytetramethyl-rhodamine), NED (N-(1-Naphthyl) ethylenediamine), cyanine-based dyes, and thiadicarbocyanine. However, any material known in the art that can be used as a reporter may be used.
상기 프로브는 이의 3' 말단에 소광자가 추가로 더 접합될 수 있다. 상기 소광자는 TAMRA, BHQ(black hole quencher) 1, BHQ2, BHQ3, NFQ(nonfluorescent quencher), 답실(dabcyl), Eclipse, DDQ(deep dark quencher), 블랙베리 퀸처(Blackberry Quencher), 아이오와 블랙(Iowa black)으로 구성된 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상일 수 있으나, 이외에 당업계에서 소광자로 사용될 수 있는 물질이라고 알려진 것이라면 모두 사용할 수 있다.The probe may be further conjugated with a quencher at its 3' end. The quencher is TAMRA, BHQ (black hole quencher) 1, BHQ2, BHQ3, NFQ (nonfluorescent quencher), dabcyl, Eclipse, DDQ (deep dark quencher), Blackberry Quencher (Blackberry Quencher), Iowa black (Iowa black) ) may be any one or more selected from the group consisting of, but any known material that can be used as a quencher in the art may be used.
상기 "폴리뉴클레오티드를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제"에는 역전사 중합효소, DNA 중합효소, Mg2+와 같은 조인자, dATP, dCTP, dGTP 및 dTTP가 포함될 수 있다. 역전사된 cDNA를 증폭하기 위하여 다양한 DNA 중합효소가 본 발명의 증폭 단계에 이용될 수 있으며, DNA 중합효소의 예로 E.coli DNA 중합효소 I의 클레나우 단편, 열안정성 DNA 중합효소 또는 박테리오파지 T7 DNA 중합효소가 있다. 중합효소는 박테리아 그 자체로부터 분리하거나 상업적으로 구입하거나 중합효소를 암호화하는 클로닝 유전자의 높은 레벨을 발현하는 세포로부터 수득할 수 있다.The "agent capable of detecting or amplifying a polynucleotide" may include reverse transcription polymerase, DNA polymerase, cofactors such as Mg 2+ , dATP, dCTP, dGTP, and dTTP. Various DNA polymerases can be used in the amplification step of the present invention to amplify the reverse transcribed cDNA, and examples of the DNA polymerase include Klenow fragment of E. coli DNA polymerase I, thermostable DNA polymerase or bacteriophage T7 DNA polymerization. There are enzymes. Polymerases can be isolated from the bacterium itself, purchased commercially, or obtained from cells expressing high levels of cloned genes encoding polymerases.
또한, 본 발명은 상기 소의 등심단면적 판별용 조성물을 포함하는 소의 등심단면적을 판별하기 위한 키트를 제공한다.In addition, the present invention provides a kit for determining the cross-sectional area of the sirloin of cattle comprising the composition for determining the cross-sectional area of the sirloin of cattle.
상기 조성물은 상술한 바와 같은 특징을 가질 수 있다. 일례로, 서열번호 1 내지 서열번호 1885로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 위치의 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP) 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 것일 수 있다.The composition may have the characteristics as described above. For example, a single nucleotide polymorphism (SNP) marker at the 101st position of a polynucleotide consisting of any one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1 to 1885 An agent capable of detecting or amplifying may include.
또한, 상기 폴리뉴클레오티드를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는, 폴리뉴클레오티드 내 SNP 마커가 포함된 부위에 특이적으로 결합하여 인식할 수 있도록 하거나 상기 SNP 마커가 포함된 부위를 증폭시킬 수 있는 제제로서, 구체적으로는 상기 SNP 마커가 포함된 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 프로브, 상기 SNP 마커가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머일 수 있다.In addition, the agent capable of detecting or amplifying the polynucleotide is an agent capable of specifically binding to and recognizing a site containing the SNP marker in the polynucleotide or amplifying the site containing the SNP marker, Specifically, it may be a probe capable of specifically binding to the site containing the SNP marker, a polynucleotide containing the site containing the SNP marker, or a primer capable of specifically amplifying a complementary polynucleotide thereof. .
상기 키트는 PCR 키트, DNA 분석용 키트일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.The kit may be a PCR kit or a kit for DNA analysis, but is not limited thereto.
본 발명의 키트는 상기 조성물을 이용하여 본 발명에서 제공하는 SNP 마커의 유전자형을 증폭을 통해 확인할 수 있다. 본 발명에서 제공하는 상기 키트는 RT-PCR을 수행하기 위해 필요한 필수 요소를 포함하는 키트일 수 있다.In the kit of the present invention, the genotype of the SNP marker provided in the present invention can be confirmed through amplification using the composition. The kit provided in the present invention may be a kit including essential elements necessary for performing RT-PCR.
예를 들어, RT-PCR 키트는, 상기 SNP 마커가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드에 대한 특이적인 프라이머 쌍 이외에도 튜브 또는 다른 적절한 컨테이너, 반응 완충액(pH 및 마그네슘 농도는 다양), 데옥시뉴클레오티드(dNTPs), Taq-폴리머라제 및 역전사 효소와 같은 효소, DNase 억제제, RNase 억제제, DEPC-수(DEPC-water) 및 멸균수 등을 포함할 수 있다. 한편, 키트에 포함되는 성분들은 액상 형태로 제조될 수도 있고, 포함 성분들의 자유도를 낮추어 제품의 안정성을 제고하기 위해 건조된 형태로 제조될 수도 있다. 이러한 건조된 형태로의 제조를 위해서는 건조 단계의 적용이 필요하고, 이때 가온건조, 자연건조, 감압건조, 동결건조 또는 이들의 복합 공정이 사용될 수 있다.For example, the RT-PCR kit may include a tube or other suitable container, a reaction buffer (pH and magnesium concentration of various ), deoxynucleotides (dNTPs), enzymes such as Taq-polymerase and reverse transcriptase, DNase inhibitors, RNase inhibitors, DEPC-water and sterile water, and the like. On the other hand, the components included in the kit may be prepared in a liquid form, or may be prepared in a dried form to improve the stability of the product by lowering the degree of freedom of the included components. In order to produce such a dried form, it is necessary to apply a drying step, and in this case, heating drying, natural drying, reduced pressure drying, freeze drying, or a combination process thereof may be used.
본 발명에 있어서, PCR 증폭과정에 적용되는 경우, "키트"는 선택적으로, PCR 증폭에 필요한 시약, 예컨대, 완충액, DNA 중합효소(예컨대, Thermus aquaticus(Taq), Thermus thermophilus(Tth), Thermus filiformis, Thermisflavus, Thermococcus literalis 또는 Pyrococcus furiosus(Pfu)로부터 수득한 열 안정성 DNA 중합효소), DNA 중합 효소 조인자 및 dNTPs를 포함할 수 있다. 상기 키트는 상기한 시약 성분을 포함하는 다수의 별도 패키징 또는 컴파트먼트로 제작될 수 있다.In the present invention, when applied to the PCR amplification process, the "kit" is optionally a reagent necessary for PCR amplification, such as a buffer, a DNA polymerase (eg, Thermus aquaticus (Taq), Thermus thermophilus (Tth), Thermus filiformis). , Thermisflavus, Thermococcus literalis or thermostable DNA polymerase obtained from Pyrococcus furiosus (Pfu)), DNA polymerase cofactors and dNTPs. The kit may be manufactured in a number of separate packaging or compartments containing the reagent components described above.
또한, 본 발명은 1) 소로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 1 내지 서열번호 1885로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP 마커를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계로서,In addition, the present invention 1) a polynucleotide consisting of any one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 1885 from the DNA of a sample isolated from cattle or a polynucleotide complementary thereto comprising a SNP marker As the step of amplifying the region,
상기 SNP 마커는 서열번호 1 내지 서열번호 1885로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번 염기인, 단계; 및wherein the SNP marker is nucleotide 101 of a polynucleotide consisting of any one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 1885; and
2) 상기 증폭된 SNP 마커를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계를 포함하는, 소의 등심단면적 판별 방법을 제공한다.2) It provides a method for determining the bovine sirloin cross-sectional area, comprising the step of determining the base type of the SNP at the site containing the amplified SNP marker.
이하, 본 발명의 소의 등심단면적 판별 방법을 단계별로 상세히 설명한다.Hereinafter, the method for determining the beef sirloin cross-sectional area of the present invention will be described in detail step by step.
본 발명의 소의 등심단면적 판별 방법에 있어서, 단계 1)은 소로부터 분리된 시료의 DNA로부터 서열번호 1 내지 서열번호 1885로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드의 SNP 마커를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계이다. In the method for determining the bovine sirloin cross-sectional area of the present invention, step 1) is a polynucleotide consisting of any one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1 to 1885 from DNA of a sample isolated from cattle, or a complementary It is a step of amplifying a site containing the SNP marker of the polynucleotide.
상기 소는 한우일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.The cattle may be Korean beef, but is not limited thereto.
상기 단계 1)의 SNP 마커는 서열번호 1 내지 서열번호 1885로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번 염기일 수 있으나, 이에 제한되지 않는다.The SNP marker in step 1) may be nucleotide 101 of a polynucleotide consisting of any one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 1885, but is not limited thereto.
상기 단계 1)의 SNP 마커를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계는 당업자에게 알려진 어떠한 방법이든 사용 가능하다. 예를 들면, 표적 핵산을 PCR을 통하여 증폭하고 이를 정제하여 얻을 수 있다. 그 외 리가제 연쇄 반응(LCR)(Wu 및 Wallace, Genomics 4, 560(1989), Landegren 등, Science 241, 1077(1988)), 전사증폭(transcription amplification)(Kwoh 등, ProcNatlAcad Sci USA 86, 1173(1989)), 자가유지 서열 복제(Guatelli 등, ProcNatl Acad Sci USA 87, 1874(1990)) 및 핵산에 근거한 서열 증폭(NASBA)이 사용될 수 있다.Any method known to those skilled in the art can be used for the step of amplifying the region including the SNP marker in step 1). For example, it can be obtained by amplifying a target nucleic acid through PCR and purifying it. In addition, ligase chain reaction (LCR) (Wu and Wallace, Genomics 4, 560 (1989), Landegren et al., Science 241, 1077 (1988)), transcription amplification (Kwoh et al., ProcNatlAcad Sci USA 86, 1173) (1989)), self-maintaining sequence replication (Guatelli et al., ProcNatl Acad Sci USA 87, 1874 (1990)), and nucleic acid-based sequence amplification (NASBA) can be used.
상기 단계 1)은 제1항에 기재된 조성물을 이용하여 상기 SNP 마커를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계일 수 있다.The step 1) may be a step of amplifying the site including the SNP marker using the composition according to claim 1 .
상기 조성물은 상술한 바와 같은 특징을 가질 수 있다. 일례로, 서열번호 1 내지 서열번호 1885로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번째 위치의 단일염기다형성(single nucleotide polymorphism, SNP) 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는 것일 수 있다.The composition may have the characteristics as described above. For example, a single nucleotide polymorphism (SNP) marker at the 101st position of a polynucleotide consisting of any one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1 to 1885 An agent capable of detecting or amplifying may include.
또한, 상기 폴리뉴클레오티드를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는, 폴리뉴클레오티드 내 SNP 마커가 포함된 부위에 특이적으로 결합하여 인식할 수 있도록 하거나 상기 SNP 마커가 포함된 부위를 증폭시킬 수 있는 제제로서, 구체적으로는 상기 SNP 마커가 포함된 부위에 특이적으로 결합할 수 있는 프로브, 상기 SNP 마커가 포함된 부위를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 이의 상보적인 폴리뉴클레오티드를 특이적으로 증폭할 수 있는 프라이머일 수 있다.In addition, the agent capable of detecting or amplifying the polynucleotide is an agent capable of specifically binding to and recognizing a site containing the SNP marker in the polynucleotide or amplifying the site containing the SNP marker, Specifically, it may be a probe capable of specifically binding to the site containing the SNP marker, a polynucleotide containing the site containing the SNP marker, or a primer capable of specifically amplifying a complementary polynucleotide thereof. .
본 발명의 소의 등심단면적 판별 방법에 있어서, 단계 2)는 상기 증폭된 SNP 마커를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계이다.In the method for determining the bovine sirloin cross-sectional area of the present invention, step 2) is a step of determining the base type of the SNP at the site including the amplified SNP marker.
상기 단계 2)의 증폭된 SNP 마커를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계는 서열분석, 마이크로어레이(microarray)에 의한 혼성화, 대립유전자 특이적인 PCR(allele specific PCR), 다이나믹 대립유전자 혼성화 기법(dynamic allelespecifichybridization, DASH), PCR 연장 분석, PCR-SSCP, PCR-RFLP 분석 또는 TaqMan 기법, SNPlex 플랫폼(Applied Biosystems), 질량 분석법(예를 들면, Sequenom의 MassARRAY 시스템), 미니-시퀀싱(minisequencing) 방법, Bio-Plex 시스템(BioRad), CEQ and SNPstream 시스템(Beckman), Molecular Inversion Probe 어레이 기술(예를 들면, Affymetrix GeneChip), 및 BeadArray Technologies(예를 들면, Illumina GoldenGate 및 Infinium 분석법) 등을 이용하여 수행될 수 있으나, 이에 제한되지는 않는다. The step of determining the base type of the SNP in the region containing the amplified SNP marker of step 2) includes sequencing, microarray hybridization, allele specific PCR, dynamic allele hybridization Technique (dynamic allelespecifichybridization, DASH), PCR extension assay, PCR-SSCP, PCR-RFLP assay or TaqMan technique, SNPlex platform (Applied Biosystems), mass spectrometry (e.g. Sequenom's MassARRAY system), mini-sequencing method, Bio-Plex system (BioRad), CEQ and SNPstream system (Beckman), Molecular Inversion Probe array technology (eg Affymetrix GeneChip), and BeadArray Technologies (eg, Illumina GoldenGate and Infinium assays), etc. may be performed, but is not limited thereto.
본 발명의 일 실시예에서, 본 발명자들은 한우 30개월령 거세우 참조집단 16,849두에서 확보된 Hanwoo 50K SNP Chip(N=16,982) 자료를 활용하여 결측치 추정(imputation)을 통해 전장유전체염기서열 수준으로 단일염기다형성(SNP) 정보를 추정하고, 전장유전체염기서열에 존재하는 25,676,502개 단일염기다형성(SNP) 마커 중 11,948,082개의 단일염기다형성 마커의 GWAS 분석을 통해 한우 등심단면적과 연관성이 높은 SNP 마커 1,885개를 선별하였고, 유의성이 있음을 확인하였다(실시예 1 및 표 1 참조).In an embodiment of the present invention, the present inventors used
또한, 본 발명의 다른 실시예에서, 상기 선별된 SNP 마커를 추가하여 구성된 SNP 마커 세트로 등심단면적 형질을 예측하고, 정확도를 분석한 결과 본 발명에서 선별된 SNP 마커를 추가로 사용하였을 때, 등심단면적 형질을 예측할 수 있는 정확도가 유의하게 향상되는 것을 확인하였다(실시예 2 및 도 1 참조).Further, in another embodiment of the present invention, when the SNP marker selected in the present invention is additionally used as a result of predicting the trait of the sirloin cross-sectional area with the SNP marker set constructed by adding the selected SNP marker, and analyzing the accuracy, It was confirmed that the accuracy of predicting the cross-sectional trait was significantly improved (see Example 2 and FIG. 1).
따라서, 본 발명의 SNP를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제를 포함하는, 소의 등심단면적 판별용 조성물을 이용하는 경우 소의 등심단면적 형질을 정확하게 판별할 수 있고, 나아가 이를 통해 고급육을 용이하고 정확하게 판별할 수 있다.Therefore, when using the composition for discriminating the sirloin cross-section of cattle, which includes the agent capable of detecting or amplifying the SNP of the present invention, it is possible to accurately determine the characteristics of the sirloin cross-section of cattle, and furthermore, through this, high-quality meat can be easily and accurately determined. .
이하, 본 발명을 실시예에 의하여 상세히 설명한다.Hereinafter, the present invention will be described in detail by way of Examples.
단, 하기 실시예는 본 발명을 예시하는 것이며, 본 발명의 내용이 실시예에 의해 한정되는 것은 아니다.However, the following examples illustrate the present invention, and the content of the present invention is not limited by the examples.
<실시예 1> 한우 등심단면적 SNP 마커 선별<Example 1> Korean beef sirloin cross-sectional area SNP marker selection
한우 16,849두의 전장유전체(whole-genome sequencing)자료에 존재하는 25,676,502개 단일염기다형성(SNP) 마커 중, MAF 값이 0.01 이상, MWE 값이 0.001 이상, R2 값이 0.4 이상인 기준을 통과하는 11,948,082개의 단일염기다형성(SNP) 마커를 GWAS 분석에 사용하였다. Among the 25,676,502 single nucleotide polymorphism (SNP) markers present in whole-genome sequencing data of 16,849 Korean cattle, 11,948,082 samples with MAF values of 0.01 or higher, MWE values of 0.001 or higher, and R2 values of 0.4 or higher that passed the criteria Single nucleotide polymorphism (SNP) markers were used for GWAS analysis.
구체적으로, 한우 등심단면적 형질과 관련된 한우 등심단면적 SNP 마커를 선별하기 위하여, 상기 11,948,082개의 단일염기다형성(SNP) 마커를 하기 식의 분석모형을 이용한 차세대염기서열 기반의 전장유전체연관분석(Genome Wide Association Study; GWAS)을 수행하였다. Specifically, in order to select the Korean beef sirloin cross-sectional area SNP markers related to the Korean beef sirloin cross-sectional trait, the 11,948,082 single nucleotide polymorphism (SNP) markers were analyzed using the following formula for next-generation nucleotide sequence-based whole genome association analysis (Genome Wide Association). Study; GWAS) was performed.
y = Xb + Zq + Wg + ey = Xb + Zq + Wg + e
*상기 분석모형 수학식에서 y는 개체에 대한 표현형 관측치 벡터, X는 고정효과(출생일, 도축정보, 성별 및 농장 정보)에 대한 벡터, b는 고정효과에 대한 추정치 벡터, Z는 개체에 대한 임의효과 벡터, q는 QTL에 대한 유전자형 대체효과에 대한 벡터(고정효과), g는 마커 효과에 대한 상가적 유전 효과, e는 임의 오차를 의미한다.*In the above analysis model equation, y is a vector of phenotype observations for an individual, X is a vector for a fixed effect (date of birth, slaughter information, sex and farm information), b is an estimate vector for a fixed effect, and Z is a random effect for an individual Vector, q is the vector (fixed effect) for the genotype replacement effect on QTL, g is the additive genetic effect on the marker effect, and e is the random error.
혼합선형모형 연관분석 기법(Mixed Linear Model based Association analysis, MLMA)과 제한최대우도(REML, restricted maximum likelihood) 분석 방법을 이용하여 한우 등심단면적 형질과 상기 11,948,082개의 단일염기다형성(SNP) 마커의 연관 유의성을 확인하였고, 이때 한우 등심단면적 표현형에 미치는 효과가 큰 출생일, 도축정보, 성별 및 농장 정보를 공변수로 추가하여 표현형을 보정하였다.The association significance of the 11,948,082 single nucleotide polymorphism (SNP) markers with the Korean beef sirloin cross-sectional area using Mixed Linear Model based Association analysis (MLMA) and restricted maximum likelihood (REML) analysis methods In this case, the phenotype was corrected by adding the date of birth, slaughter information, sex and farm information as covariates, which had a significant effect on the phenotype of the Korean beef sirloin cross-section.
선별한 한우 등심단면적 SNP 마커에 대하여 형질에 따른 유의성 검증을 위해 GCTA(version 1.91, https://cnsgenomics.com/software/gcta/#Overview) 통계 소프트웨어를 활용하였고, 한우의 등심단면적 형질 정보는 축산물품질평가원에서 제공받았다. 각 형질에 대한 유의적인 한우 등심단면적 SNP 마커는 유의성 검정을 통해, 가장 낮은 p-value부터 1,885개의 SNP 마커를 선별하였다.GCTA (version 1.91, https://cnsgenomics.com/software/gcta/#Overview) statistical software was used to verify the significance of the selected Korean beef sirloin cross-sectional SNP markers according to the trait, and the trait information of the Korean beef sirloin cross-section was obtained from livestock products. provided by the Quality Assessment Service. 1,885 SNP markers were selected from the lowest p-value through a significance test for significant Korean beef sirloin cross-sectional SNP markers for each trait.
상기 선별한 한우 등심단면적 SNP 칩 제작을 위한 한우 등심단면적 SNP 마커의 염기서열은 서열번호 1 내지 서열번호 1885에 기재되어 있다(표 1).The base sequence of the Hanwoo sirloin cross-sectional area SNP marker for the production of the selected Korean beef sirloin cross-sectional area SNP chip is described in SEQ ID NOs: 1 to 1885 (Table 1).
<실시예 2> 30개월령 한우 참조집단(N=16,892두)의 Hanwoo SNP Chip을 활용한 등심단면적 형질 예측 정확도 측정<Example 2> Measurement of accuracy in predicting sirloin cross-section traits using Hanwoo SNP Chip of a 30-month-old Korean cattle reference group (N=16,892 heads)
상기 실시예 1에서 선별한 서열번호 1 내지 서열번호 1885로 표시되는 2개의 SNP 마커가 등심단면적 형질 예측 정확도에 미치는 영향을 확인하기 위해, 상기 SNP 마커를 추가한 SNP 마커 세트로 소의 등심단면적을 예측하고 정확도를 분석하였다.In order to confirm the effect of the two SNP markers represented by SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 1885 selected in Example 1 on the accuracy of predicting the sirloin cross-sectional area, the sirloin cross-sectional area of cattle was predicted with the SNP marker set to which the SNP marker was added. and the accuracy was analyzed.
예측 정확도는 유전체 예측은 MTG2(v2.15)(Lee and Van der Weft, 2016) 프로그램을 이용하여 보정된 표현형(Adjusted phenotype)을 사용하여 분석하였다. 분석 모형은 single-trait animal model을 활용하였으며 식은 아래와 같다. For prediction accuracy, genome prediction was analyzed using the adjusted phenotype using the MTG2(v2.15) (Lee and Van der Weft, 2016) program. A single-trait animal model was used for the analysis model, and the formula is as follows.
yc = 1μ + Zg + ey c = 1μ + Zg + e
*yc는 보정된 표현형 값, μ는 평균(overall mean), Z는 각 개체의 유전체육종가에 대한 incidence matrix, g는 개체의 유전체육종가, e는 random residual effect을 의미한다.*y c is the corrected phenotype value, μ is the overall mean, Z is the incidence matrix for each individual's genome breeding value, g is the individual's genome breeding value, and e is the random residual effect.
10배 교차 검증(10 fold cross-validation)을 수행하여 형질 예측 정확도를 분석하였다.Trait prediction accuracy was analyzed by performing 10-fold cross-validation.
일반 Illumina사의 상용칩(50K SNP Chip)에 상기 SNP 마커를 추가한 SNP 마커 세트, 일반 상용칩(50K) 등을 사용하여 소의 등심단면적을 예측한 결과, 일반 상용칩의 경우 0.49의 정확도를 나타냈으나, 일반 상용칩에 상기 SNP 마커를 추가한 SNP 마커 세트의 경우에는 0.53의 정확도를 나타내어, 정확도가 유의적으로 향상되었다(도 1). 이는 상기 실시예 1에서 선별된 SNP 마커가 등심단면적 형질 예측 정확도 향상에 긍정적인 효과가 있음을 시사한다.As a result of predicting the beef sirloin cross-sectional area using a general commercial chip (50K) and a set of SNP markers with the SNP marker added to a general Illumina commercial chip (50K SNP Chip), the accuracy of 0.49 was shown for the general commercial chip. However, in the case of the SNP marker set in which the SNP marker was added to a general commercial chip, the accuracy was 0.53, and the accuracy was significantly improved (FIG. 1). This suggests that the SNP marker selected in Example 1 has a positive effect on improving the accuracy of predicting the sirloin cross-sectional area.
Claims (8)
SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 1885 comprising an agent capable of detecting or amplifying a single nucleotide polymorphism (SNP) marker at the 101st position of a polynucleotide consisting of any one or more base sequences selected from the group consisting of , A composition for determining the cross-sectional area of the sirloin of cattle.
상기 소는 한우인, 소의 등심단면적 판별용 조성물.
The method of claim 1,
The cow is Korean beef, a composition for determining the sirloin cross-sectional area of a cow.
상기 SNP 마커를 검출 또는 증폭할 수 있는 제제는 프라이머 또는 프로브인, 소의 등심단면적 판별용 조성물.
The method of claim 1,
The agent capable of detecting or amplifying the SNP marker is a primer or a probe, a composition for determining the bovine sirloin cross-section.
A kit for determining the cross-sectional area of the sirloin of cattle, comprising the composition of claim 1.
상기 소는 한우인, 소의 등심단면적을 판별하기 위한 키트.
5. The method of claim 4,
The cow is Korean beef, a kit for determining the cross-sectional area of the sirloin of a cow.
상기 SNP 마커는 서열번호 1 내지 서열번호 1885로 이루어진 군으로부터 선택되는 어느 하나 이상의 염기서열로 구성되는 폴리뉴클레오티드의 101번 염기인, 단계; 및
2) 상기 증폭된 SNP 마커를 포함하는 부위에서 SNP의 염기 종류를 결정하는 단계를 포함하는, 소의 등심단면적 판별 방법.
1) Amplifying a region containing a SNP marker of a polynucleotide consisting of any one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1 to 1885 or a complementary polynucleotide thereof from the DNA of a sample isolated from cattle as,
wherein the SNP marker is nucleotide 101 of a polynucleotide consisting of any one or more nucleotide sequences selected from the group consisting of SEQ ID NO: 1 to SEQ ID NO: 1885; and
2) A method for determining the bovine sirloin cross-sectional area comprising the step of determining the base type of the SNP at the site containing the amplified SNP marker.
상기 소는 한우인, 소의 등심단면적 판별 방법.
7. The method of claim 6,
The cow is Korean beef, a method for determining the sirloin cross-sectional area of a cow.
상기 단계 1)은 제1항에 기재된 조성물을 이용하여 상기 SNP 마커를 포함하는 부위를 증폭시키는 단계인 것을 특징으로 하는, 소의 등심단면적 판별 방법.
7. The method of claim 6,
The step 1) is characterized in that the step of amplifying the region containing the SNP marker using the composition according to claim 1, a method for determining the cross-sectional area of the bovine sirloin.
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| KR102458473B1 (en) | 2022-10-28 |
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