KR20210133948A - Cns 전달을 위한 푸소좀 조성물 - Google Patents
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Abstract
본 개시내용은, 적어도 부분적으로, 푸소좀의 생체내 전달을 위한 방법 및 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 표적세포에 대한 특이성을 촉진시키는 요소의 조합, 예를 들어 푸소겐, 양성 표적세포 특이적 조절 요소 및 비표적세포 특이적 조절 요소 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 푸소좀에 대한 면역반응을 감소시키는 하나 이상의 변형을 포함한다.
Description
관련 출원의 교차 참조
본 출원은 2018년 11월 14일자 출원된 "FUSOSOME COMPOSITIONS FOR CNS CELL DELIVERY"라는 제목의 미국 가출원 제62/767,358호; 및 2019년 9월 13일자 출원된 "FUSOSOME COMPOSITIONS FOR CNS CELL DELIVERY"라는 제목의 미국 가출원 제62/900,064호를 우선권 주장하며, 상기 문헌들의 내용은 모든 목적을 위해 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다.
서열목록의 참조에 의한 통합
본 출원은 전자문서 형식의 서열목록과 함께 제출된다. 서열목록은 2019년 11월 14일자 생성된, 크기 819킬로바이트의 파일명 186152003340SeqList.TXT의 파일로 제공된다. 서열목록의 전자문서 형식의 정보는 그 전체가 본원에 참조로서 인용된다.
복합 생물제제는 다양한 질환에 대한 유망한 치료 후보물질이다. 하지만, 원형질막이 세포와 세포외 공간 사이에서 장벽 역할을 하기 때문에, 큰 생물학적 작용제를 세포에 전달하는 것은 어렵다. 복합 생물제제를 대상의 세포에 전달하는 신규한 방법이 당업계에 필요하다.
본 개시내용은, 적어도 부분적으로, 푸소좀(fusosome)의 생체내 전달을 위한 방법 및 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 표적세포에 대한 특이성을 촉진시키는 요소의 조합, 예를 들어 푸소겐(fusogen), 양성 표적세포 특이적 조절 요소 및 비(非)표적세포 특이적 조절 요소 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 푸소좀에 대한 면역반응을 감소시키는 하나 이상의 변형을 포함한다.
구현예 열거
1. 푸소좀으로서,
a) 푸소겐을 포함하는 지질 이중층; 및
b) 하기 (i) 및 (ii)를 포함하는 핵산을 포함하는, 푸소좀:
(i) 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자(payload gene), 예를 들어 표 5 또는 표 6의 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자로서, 선택적으로 여기서 외인성 작용제는 서열번호 134 내지 154 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열, 이의 기능성 단편, 또는 서열번호 134 내지 154 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열과 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 기능성 변이체인, 페이로드 유전자; 및
(ii) 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된(operatively linked) 양성 표적세포 특이적 조절 요소(예를 들어, 표적세포 특이적 프로모터)로서, 양성 표적세포 특이적 조절 요소가 결여된 다른 유사한 푸소좀에 비해 표적세포에서 페이로드 유전자의 발현을 증가시키며, 여기서 표적세포는 CNS세포인, 양성 표적세포 특이적 조절 요소.
2. 구현예 1에 있어서, 핵산이 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 비표적세포 특이적 조절 요소(NTCSRE)(예를 들어, 비표적세포 특이적 miRNA 인식 서열)를 추가로 포함하고, 여기서 NTCSRE는 NTCSRE가 결여된 다른 유사한 푸소좀에 비해 비표적세포에서 페이로드 유전자의 발현을 감소시키고, 선택적으로 여기서 표적세포는 첫 번째 유형의 CNS세포이고, 비표적세포는 두 번째 상이한 유형의 CNS세포 또는 비(非)CNS세포이며, 선택적으로 여기서
표적세포는 뉴런이고, 비표적세포는 아교세포(예를 들어, 회소돌기아교세포, 별아교세포 또는 미세아교세포)이거나,
표적세포는 아교세포(예를 들어, 회소돌기아교세포, 별아교세포 또는 미세아교세포)이고, 비표적세포는 뉴런인, 푸소좀.
3. 푸소좀으로서,
a) 푸소겐을 포함하는 지질 이중층; 및
b) 하기 (i) 및 (ii)를 포함하는 핵산을 포함하는, 푸소좀:
(i) 외인성 작용제, 예를 들어 표 5 또는 표 6의 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자로서, 선택적으로 여기서 외인성 작용제는 서열번호 134 내지 154 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열, 이의 기능성 단편, 또는 서열번호 134 내지 154 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열과 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 기능성 변이체인, 페이로드 유전자; 및
(ii) 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 프로모터로서, SYN, NSE, CaMKII, α튜불린, PDGF, fSST, fNPY, GAD67, DLX5/6, VGLUT1, Dock10, ChAT, VAChT, Drd1a, TPH-2, GFAP, EAAT1, GS, CX3CR1, TMEM119, MBP, CNP 또는 CRFR2β 프로모터(예를 들어 표 3의 프로모터 서열, 또는 이와 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 서열에 따름)에서 선택되는, 프로모터.
4. 푸소좀으로서,
a) 푸소겐을 포함하는 지질 이중층; 및
b) 하기 (i) 및 (ii)를 포함하는 핵산을 포함하는, 푸소좀:
(i) 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자, 예를 들어 표 5 또는 표 6의 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자로서, 선택적으로 여기서 외인성 작용제는 서열번호 134 내지 154 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열, 이의 기능성 단편, 또는 서열번호 134 내지 154 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열과 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 기능성 변이체인, 페이로드 유전자; 및
(ii) 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 비표적세포 특이적 조절 요소(NTCSRE)(예를 들어, 비표적세포 특이적 miRNA 인식 서열)로서, NTCSRE가 결여된 다른 유사한 푸소좀에 비해 비표적세포 또는 비표적조직에서 페이로드 유전자의 발현을 감소시키는, NTCSRE.
5. 푸소좀으로서,
a) 푸소겐을 포함하는 지질 이중층; 및
b) 하기 (i) 및 (ii)를 포함하는 핵산을 포함하는, 푸소좀:
(i) 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자, 예를 들어 표 5 또는 표 6의 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자로서, 선택적으로 여기서 외인성 작용제는 서열번호 134 내지 154 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열, 이의 기능성 단편, 또는 서열번호 134 내지 154 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열과 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 기능성 변이체인, 페이로드 유전자; 및
(ii) 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 음성 표적세포 특이적 조절 요소(음성 TCSRE)(예를 들어, 조직 특이적 miRNA 인식 서열)로서, 음성 TCSRE가 결여된 다른 유사한 핵산에 비해 비표적세포 또는 비표적조직에서 외인성 작용제의 발현을 감소시키는, 음성 TCSRE.
6. 구현예 4 또는 구현예 5에 있어서, 핵산이 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 양성 표적세포 특이적 조절 요소(예를 들어, 표적세포 특이적 프로모터)를 추가로 포함하고, 여기서 양성 표적세포 특이적 조절 요소는 양성 표적세포 특이적 조절 요소가 결여된 다른 유사한 푸소좀에 비해 표적세포에서 페이로드 유전자의 발현을 증가시키며, 여기서 표적세포는 첫 번째 유형의 CNS세포이고, 선택적으로 여기서 비표적세포는 두 번째 상이한 유형의 CNS세포 또는 비CNS세포이며, 선택적으로 여기서
표적세포는 뉴런이고, 비표적세포는 아교세포(예를 들어, 회소돌기아교세포, 별아교세포 또는 미세아교세포)이거나,
표적세포는 아교세포(예를 들어, 회소돌기아교세포, 별아교세포 또는 미세아교세포)이고, 비표적세포는 뉴런인, 푸소좀.
7. 푸소좀으로서,
a) 푸소겐을 포함하는 지질 이중층;
b) 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자, 예를 들어 표 5 또는 표 6의 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자를 포함하는 핵산으로서, 선택적으로 여기서 외인성 작용제는 서열번호 134 내지 154 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열, 이의 기능성 단편, 또는 서열번호 134 내지 154 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열과 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 기능성 변이체인, 핵산; 및
c) 하기 (i) 또는 (ii) 중 하나 또는 둘 모두를 포함하는, 푸소좀:
(i) 지질 이중층 상의 제1 외인성 또는 과발현된 면역억제 단백질; 또는
(ii) 존재하지 않거나, 다른 유사한 변형되지 않은 원천세포에서 생성된 푸소좀과 비교하여 감소된 수준으로(예를 들어, 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 감소된 수준으로) 존재하는 제1 면역자극 단백질.
8. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 하기 i) 내지 vi) 중 하나 이상을 특징으로 하는, 푸소좀:
i) 푸소좀은 비표적세포보다 표적세포와 더 높은 비율로, 예를 들어 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배, 20배, 50배 또는 100배 더 높은 비율로 융합함;
ii) 푸소좀은 또 다른 푸소좀보다 표적세포와 더 높은 비율로, 예를 들어 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배, 20배, 50배 또는 100배 더 높은 비율로 융합함;
iii) 푸소좀은, 푸소좀 내 작용제가 24시간, 48시간 또는 72시간 후 표적세포의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%에 전달되도록 하는 비율로 표적세포와 융합함;
iv) 푸소좀은 비표적세포보다 더 높은 비율로, 예를 들어 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배, 20배, 50배 또는 100배 더 높은 비율로 표적세포에 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산을 전달함;
v) 푸소좀은 또 다른 푸소좀보다 더 높은 비율로, 예를 들어 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배, 20배, 50배 또는 100배 더 높은 비율로 표적세포에 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산을 전달함; 또는
vi) 푸소좀은, 푸소좀 내 작용제가 24시간, 48시간 또는 72시간 후 표적세포의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%에 전달되도록 하는 비율로 표적세포에 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산을 전달함.
9. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 다음 중 하나 이상(예를 들어, 2가지 또는 3가지 모두)이 적용되는, 푸소좀: 푸소좀은 레트로바이러스 벡터임, 지질 이중층은 외피(envelope), 예를 들어 바이러스 외피로 구성됨, 및 핵산은 레트로바이러스 핵산임.
10. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 핵산이 5' LTR(예를 들어, U5를 포함하고 기능성 U3 도메인이 결여됨), Psi 패키징 요소(Psi), 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 중심 폴리퓨린관(cPPT) 프로모터, 페이로드 유전자(선택적으로 오픈리딩프레임(open reading frame) 전에 인트론을 포함함), Poly A 꼬리 서열, WPRE 및 3' LTR(예를 들어, U5를 포함하고 기능성 U3이 결여됨)과 같은 핵산 서열 중 하나 이상(예를 들어, 전부)을 포함하는, 푸소좀.
11. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 폴리머라아제(예를 들어, 역전사효소, 예를 들어 pol 또는 이의 일부), 인테그라아제(예를 들어, pol 또는 이의 일부, 예를 들어 기능성 또는 비(非)기능성 변이체), 매트릭스 단백질(예를 들어, gag 또는 이의 일부), 캡시드 단백질(예를 들어, gag 또는 이의 일부), 뉴클레오캡시드 단백질(예를 들어, gag 또는 이의 일부) 및 프로테아제(예를 들어, pro) 중 하나 이상(예를 들어 전부)을 포함하는, 푸소좀.
12. 구현예 7에 있어서, (i)과 (ii)를 포함하는, 푸소좀.
13. 구현예 7 내지 구현예 12 중 어느 하나에 있어서, 지질 이중층 상에 제2 외인성 또는 과발현된 면역억제 단백질을 추가로 포함하는, 푸소좀.
14. 구현예 7 내지 구현예 13 중 어느 하나에 있어서, 존재하지 않거나, 다른 유사한 변형되지 않은 원천세포에서 생성된 푸소좀과 비교하여 감소된 수준으로(예를 들어, 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 감소된 수준으로) 존재하는 제2 면역자극 단백질 추가로 포함하는, 푸소좀.
15. 구현예 7 내지 구현예 14 중 어느 하나에 있어서, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 벡터가 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 양성 표적세포 특이적 조절 요소(예를 들어, 표적세포 특이적 프로모터)를 추가로 포함하고, 여기서 양성 표적세포 특이적 조절 요소는 양성 표적세포 특이적 조절 요소가 결여된 다른 유사한 푸소좀에 비해 표적세포에서 페이로드 유전자의 발현을 증가시키며, 여기서 표적세포는 CNS세포인, 푸소좀.
16. 구현예 7 내지 구현예 15 중 어느 하나에 있어서, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 벡터가 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 비표적세포 특이적 조절 요소(NTCSRE)(예를 들어, 비표적세포 특이적 miRNA 인식 서열)를 추가로 포함하고, 여기서 NTCSRE는 NTCSRE가 결여된 다른 유사한 푸소좀에 비해 비표적세포 또는 비표적조직에서 페이로드 유전자의 발현을 감소시키고, 선택적으로 여기서 표적세포는 첫 번째 유형의 CNS세포이고, 비표적세포는 두 번째 상이한 유형의 CNS세포 또는 비CNS세포이며, 선택적으로 여기서
표적세포는 뉴런이고, 비표적세포는 아교세포(예를 들어, 회소돌기아교세포, 별아교세포 또는 미세아교세포)이거나,
표적세포는 아교세포(예를 들어, 회소돌기아교세포, 별아교세포 또는 미세아교세포)이고, 비표적세포는 뉴런인, 푸소좀.
17. 구현예 7 내지 구현예 15 중 어느 하나에 있어서, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산이, 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 음성 표적세포 특이적 조절 요소(음성 TCSRE)(예를 들어, 조직 특이적 miRNA 인식 서열)로서, 음성 TCSRE가 결여된 다른 유사한 핵산, 레트로바이러스 핵산에 비해 비표적세포 또는 비표적조직에서 외인성 작용제의 발현을 감소시키는 음성 TCSRE를 추가로 포함하는, 푸소좀.
18. 구현예 7 내지 구현예 17 중 어느 하나에 있어서, 대상(예를 들어, 인간 대상 또는 마우스)에게 투여될 때, 하기 i) 내지 vi) 중 하나 이상을 특징으로 하는, 푸소좀:
i) 푸소좀이 (예를 들어, 단회투여 또는 다회투여 후) 검출 가능한 항체반응을 생성하지 않거나, 또는 배경 수준보다 높은 푸소좀에 대한 항체가, 예를 들어 FACS 항체 검출 검정, 예를 들어 실시예 13 또는 실시예 14의 검정으로 분석 시, 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만의 수준으로 존재함;
ii) 푸소좀이 검출 가능한 세포성 면역반응(예를 들어, T세포 반응, NK세포 반응 또는 대식세포 반응)을 생성하지 않거나, 또는 배경 수준보다 높은 푸소좀에 대한 세포성 면역반응이, 예를 들어 PBMC 용해 검정(예를 들어, 실시예 5의 검정), NK세포 용해 검정(예를 들어, 실시예 6의 검정), CD8 살해T세포 용해 검정(예를 들어, 실시예 7의 검정) 또는 대식세포 포식작용 검정(예를 들어, 실시예 8의 검정)으로 분석 시, 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만의 수준으로 존재함;
iii) 푸소좀이 (예를 들어, 단회투여 또는 다회투여 후) 검출 가능한 선천성 면역반응, 예를 들어 보체 활성화를 생성하지 않거나, 또는 배경 수준보다 높은 푸소좀에 대한 선천성 면역반응이, 예를 들어 보체 활성 검정(예를 들어, 실시예 9의 검정)으로 분석 시, 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만의 수준으로 존재함;
iv) 푸소좀의 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만이, 예를 들어 혈청 불활성화 검정, 예를 들어 실시예 11 또는 실시예 12의 검정으로 분석 시, 혈청에 의해 불활성화됨;
v) 푸소좀으로부터의 외인성 작용제를 수용한 표적세포가 (예를 들어, 단회투여 또는 다회투여 후) 검출 가능한 항체반응을 생성하지 않거나, 또는 배경 수준보다 높은 표적세포에 대한 항체가, 예를 들어 FACS 항체 검출 검정, 예를 들어 실시예 15의 검정으로 분석 시, 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만의 수준으로 존재함; 또는
vi) 푸소좀으로부터의 외인성 작용제를 수용한 표적세포가 검출 가능한 세포성 면역반응(예를 들어, T세포 반응, NK세포 반응 또는 대식세포 반응)을 생성하지 않거나, 또는 배경 수준보다 높은 표적세포에 대한 세포성 반응이, 예를 들어 대식세포 포식작용 검정(예를 들어, 실시예 16의 검정), PBMC 용해 검정(예를 들어, 실시예 17의 검정), NK세포 용해 검정(예를 들어, 실시예 18의 검정) 또는 CD8 살해T세포 용해 검정(예를 들어, 실시예 19의 검정)으로 분석 시, 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만의 수준으로 존재함.
19. 구현예 18에 있어서, 배경 수준이 푸소좀의 투여 전 동일한 대상에서의 상응하는 수준인, 푸소좀.
20. 구현예 7 내지 구현예 19 중 어느 하나에 있어서, 면역억제 단백질(예를 들어, 제1 면역억제 단백질 또는 제2 면역억제 단백질)이 보체 조절 단백질 또는 CD47인, 푸소좀.
21. 구현예 7 내지 구현예 20 중 어느 하나에 있어서, 면역자극 단백질(예를 들어, 제1 면역자극 단백질 또는 제2 면역자극 단백질)이 MHC I(예를 들어, HLA-A, HLA-B, HLA-C, HLA-E 또는 HLA-G) 또는 MHC II(예를 들어, HLA-DP, HLA-DM, HLA-DOA, HLA-DOB, HLA-DQ 또는 HLA-DR) 단백질인, 푸소좀.
22. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 외인성 작용제가 SYNE1, SETX, FMR1, SLC6A8, UBE3A, SOD1, TDP43, C9orf72, FXN, MECP2, ASPA 또는 ALDH7A1에서 선택되거나; TPP1, FUCA1, GALC, HEXA, HEXB, MANBA, ARSA, GNPTAB 또는 MCOLN1에서 선택되는, 푸소좀.
23. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소겐이 VSV-G를 포함하는, 푸소좀.
24. 구현예 1, 구현예 2, 구현예 6, 구현예 15, 구현예 22 또는 구현예 23 중 어느 하나에 있어서, 양성 CNS세포 특이적 조절 요소가 CNS세포 특이적 프로모터, CNS세포 특이적 인핸서, CNS세포 특이적 스플라이스 부위, RNA 또는 단백질의 반감기를 연장시키는 CNS세포 특이적 부위, CNS세포 특이적 mRNA 핵 방출 촉진 부위, CNS세포 특이적 번역 증강 부위 또는 CNS세포 특이적 번역 후 변형 부위를 포함하는, 푸소좀.
25. 구현예 1, 구현예 2, 구현예 6, 구현예 15 또는 구현예 22 내지 구현예 24 중 어느 하나에 있어서, 양성 표적세포 특이적 조절 요소가 CNS세포 특이적 프로모터를 포함하는, 푸소좀.
26. 구현예 25에 있어서, CNS세포 특이적 프로모터가 표 3의 모티프를 포함하는, 푸소좀.
27. 구현예 25 또는 구현예 26에 있어서, 양성 CNS세포 특이적 조절 요소가 SYN, NSE, CaMKII, α튜불린, PDGF, fSST, fNPY, GAD67, DLX5/6, VGLUT1, Dock10, ChAT, VAChT, Drd1a, TPH-2, GFAP, EAAT1, GS, CX3CR1, TMEM119, MBP, CNP 또는 CRFR2β 프로모터에서 선택되는 프로모터를 포함하는, 푸소좀.
28. 구현예 4 내지 구현예 6, 또는 구현예 16 내지 구현예 21 중 어느 하나에 있어서, 음성 TCSRE 또는 NTCSRE가 비표적세포 특이적 miRNA 인식 서열, 비표적세포 특이적 프로테아제 인식 부위, 비표적세포 특이적 유비퀴틴 리가아제 부위, 비표적세포 특이적 전사 억제 부위 또는 비표적세포 특이적 후성적 억제 부위를 포함하는, 푸소좀.
29. 구현예 4 내지 구현예 6, 구현예 16 내지 구현예 21, 또는 구현예 28 중 어느 하나에 있어서, 음성 TCSRE 또는 NTCSRE가 조직 특이적 miRNA 인식 서열, 조직 특이적 프로테아제 인식 부위, 조직 특이적 유비퀴틴 리가아제 부위, 조직 특이적 전사 억제 부위 또는 조직 특이적 후성적 억제 부위를 포함하는, 푸소좀.
30. 구현예 4 내지 구현예 6, 또는 구현예 16 내지 구현예 21, 구현예 28 또는 구현예 29 중 어느 하나에 있어서, 음성 TCSRE 또는 NTCSRE가 비표적세포 특이적 miRNA 인식 서열, 비표적세포 특이적 프로테아제 인식 부위, 비표적세포 특이적 유비퀴틴 리가아제 부위, 비표적세포 특이적 전사 억제 부위 또는 비표적세포 특이적 후성적 억제 부위를 포함하는, 푸소좀.
31. 구현예 4 내지 구현예 6, 구현예 16 내지 구현예 21, 또는 구현예 28 내지 구현예 30 중 어느 하나에 있어서, 음성 TCSRE 또는 NTCSRE가 표 4의 miRNA, 예를 들어 miR-338-3p, miR-9, miR-125b-5p, miR-342-3p 또는 miR-124 중 하나 이상(예를 들어, 둘 이상)에 의해 결합된 비표적세포 특이적 miRNA 인식 서열을 포함하고, 선택적으로 여기서 miRNA는 서열번호 156 내지 162 중 어느 하나에 제시된 서열이거나 이를 포함하는, 푸소좀.
32. 구현예 28 내지 구현예 31 중 어느 하나에 있어서, 음성 TCSRE 또는 NTCSRE가 전사된 영역(예를 들어, 외인성 작용제를 인코딩하는 전사된 영역) 내에 위치하거나 내에서 인코딩되어, 예를 들어 전사된 영역에 의해 생성된 RNA가 UTR 또는 코딩 영역 내에 miRNA 인식 서열을 포함하는, 푸소좀.
33. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산이 하나 이상의 절연인자(insulator) 요소를 포함하는, 푸소좀.
34. 구현예 33에 있어서, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산이 2개의 절연인자 요소, 예를 들어 페이로드 유전자의 업스트림에 있는 제1 절연인자 요소와 페이로드 유전자의 다운스트림에 있는 제2 절연인자 요소를 포함하고, 예를 들어 여기서 제1 절연인자 요소와 제2 절연인자 요소는 동일하거나 상이한 서열을 포함하는, 푸소좀.
35. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 유전독성이 아니거나, 표적세포에서 종양 형성률을 증가시키지 않는, 푸소좀.
36. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산이 표적세포의 게놈에 통합될 수 있는, 푸소좀.
37. 구현예 36에 있어서, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산이 통합 가능 렌티바이러스 또는 통합 불능 렌티바이러스인, 푸소좀.
38. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 표적세포가 CNS세포, 범뉴런세포, GABA성 뉴런, 글루타메이트성 뉴런, 콜린성 뉴런, 도파민성 뉴런, 세로토닌성 뉴런, 별아교세포, 미세아교세포, 회소돌기아교세포 또는 맥락얼기세포(choroid plexus cell)에서 선택되는, 푸소좀.
39. 구현예 4 내지 구현예 6 및 구현예 9 내지 구현예 38 중 어느 하나에 있어서, 하기 i) 내지 v) 중 하나 이상을 특징으로 하는, 푸소좀:
i) 대상에 검출 가능하게 존재하는 외인성 작용제의 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만이 비표적세포에 존재함;
ii) 외인성 작용제를 검출 가능하게 포함하는 대상의 세포의 적어도 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%가 표적세포(예를 들어, 단일 세포 유형의 세포)임;
iii) 외인성 작용제를 검출 가능하게 포함하는 대상의 세포 중 1,000,000개, 500,000개, 200,000개, 100,000개, 50,000개, 20,000개 또는 10,000개 미만의 세포가 비표적세포임;
iv) 대상의 모든 표적세포 내 외인성 작용제의 평균 수준이 대상의 모든 비표적세포 내 외인성 작용제의 평균 수준보다 적어도 100배, 200배, 500배 또는 1,000배 더 높음; 또는
v) 외인성 작용제가 대상의 어떠한 비표적세포에서도 검출 가능하지 않음.
40. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산이 양성 TCSRE 및/또는 NTCSRE 또는 음성 TCSRE를 인코딩하는, 푸소좀.
41. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산이 양성 TCSRE 및/또는 NTCSRE 또는 음성 TCSRE의 보체를 포함하는, 푸소좀.
42. 구현예 40 또는 구현예 41에 있어서, 양성 TCSRE가 비표적세포보다 표적세포에서 적어도 10%, 25%, 50%, 75%, 100%, 150%, 200%, 250%, 300%, 400%, 500%, 750%, 1000%(또는 그 이상) 활성인 표적세포 특이적 프로모터를 포함하는, 푸소좀.
43. 구현예 40 내지 구현예 42 중 어느 하나에 있어서, 음성 TCSRE 또는 NTCSRE가 표적세포와 비교하여 비표적세포에서 유전자 발현을 적어도 10%, 25%, 50%, 75% 또는 100% 감소시키는 miRNA 인식 서열을 포함하는, 푸소좀.
44. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산을, 비표적세포, 예를 들어 뉴런, 아교세포, 항원제시세포, MHC 클래스 II+ 세포, 전문 항원제시세포, 비정형 항원제시세포, 대식세포, 수지상세포, 골수계 수지상세포, 형질세포양 수지상세포, CD11c+ 세포, CD11b+ 세포, 비장세포, B세포, 간세포, 내피세포 또는 비(非)암성세포로 전달하지 않는, 푸소좀.
45. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어 정량적 PCR, 예를 들어 실시예 1의 검정을 사용하여 측정 시, 비표적세포 유형(예를 들어, 뉴런, 아교세포, 항원제시세포, MHC 클래스 II+ 세포, 전문 항원제시세포, 비정형 항원제시세포, 대식세포, 수지상세포, 골수계 수지상세포, 형질세포양 수지상세포, CD11c+ 세포, CD11b+ 세포, 비장세포, B세포, 간세포, 내피세포 또는 비암성세포 중 하나 이상)의 10%, 5%, 2.5%, 1%, 0.5%, 0.1%, 0.01%, 0.001%, 0.0001%, 0.00001% 또는 0.000001% 미만이 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산을 포함하는, 푸소좀.
46. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 표적세포가 숙주세포 게놈당 0.00001개 내지 10개, 0.0001개 내지 10개, 0.001개 내지 10개, 0.01개 내지 10개, 0.1개 내지 10개, 0.5개 내지 5개, 1개 내지 4개, 1개 내지 3개 또는 1개 내지 2개의 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산 또는 이의 일부의 카피(copy)를 포함하며, 예를 들어 여기서 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산의 카피 수는 생체내 투여 후에 평가된 것인, 푸소좀.
47. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서,
비표적세포(예를 들어, 뉴런, 아교세포, 항원제시세포, MHC 클래스 II+ 세포, 전문 항원제시세포, 비정형 항원제시세포, 대식세포, 수지상세포, 골수계 수지상세포, 형질세포양 수지상세포, CD11c+ 세포, CD11b+ 세포, 비장세포, B세포, 간세포, 내피세포 또는 비암성세포)의 10%, 5%, 2.5%, 1%, 0.5%, 0.1%, 0.01% 미만이 외인성 작용제를 포함하거나; 또는
외인성 작용제(예를 들어, 단백질)가 비표적세포, 예를 들어 뉴런, 아교세포, 항원제시세포, MHC 클래스 II+ 세포, 전문 항원제시세포, 비정형 항원제시세포, 대식세포, 수지상세포, 골수계 수지상세포, 형질세포양 수지상세포, CD11c+ 세포, CD11b+ 세포, 비장세포, B세포, 간세포, 내피세포 또는 비암성세포에 검출 가능하게 존재하지 않는, 푸소좀.
48. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산을, 표적세포, 예를 들어 CNS세포, 범뉴런세포, GABA성 뉴런, 글루타메이트성 뉴런, 콜린성 뉴런, 도파민성 뉴런, 세로토닌성 뉴런, 아교세포, 별아교세포, 미세아교세포, 회소돌기아교세포 또는 맥락얼기세포로 전달하는, 푸소좀.
49. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어 정량적 PCR, 예를 들어 실시예 3의 검정을 사용하여 측정 시, 표적세포(예를 들어, CNS세포, 범뉴런세포, GABA성 뉴런, 글루타메이트성 뉴런, 콜린성 뉴런, 도파민성 뉴런, 세로토닌성 뉴런, 아교세포, 별아교세포, 미세아교세포, 회소돌기아교세포 또는 맥락얼기세포 중 하나 이상)의 적어도 0.00001%, 0.0001%, 0.001%, 0.001%, 0.01%, 0.1%, 1%, 2%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%가 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산을 포함하는, 푸소좀.
50. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 표적세포(예를 들어, CNS세포, 범뉴런세포, GABA성 뉴런, 글루타메이트성 뉴런, 콜린성 뉴런, 도파민성 뉴런, 세로토닌성 뉴런, 아교세포, 별아교세포, 미세아교세포, 회소돌기아교세포 또는 맥락얼기세포)의 적어도 0.00001%, 0.0001%, 0.001%, 0.001%, 0.01%, 0.1%, 1%, 2%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%가 외인성 작용제를 포함하는, 푸소좀.
51. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 투여 시, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산을 포함하는 표적세포 대 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산을 포함하는 비표적세포의 비가, 예를 들어 정량적 PCR 검정에 따라, 예를 들어 실시예 1 및 실시예 3의 검정을 사용하여 측정 시, 적어도 1.5, 2, 3, 4, 5, 10, 25, 50, 100, 500, 1000, 5000, 10,000인, 푸소좀.
52. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 표적세포 내 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산 또는 이의 일부의 평균 카피 수 대 비표적세포 내 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산 또는 이의 일부의 평균 카피 수의 비가, 예를 들어 정량적 PCR 검정에 따라, 예를 들어 실시예 1 및 실시예 3의 검정을 사용하여 측정 시, 적어도 1.5, 2, 3, 4, 5, 10, 25, 50, 100, 500, 1000, 5000, 10,000인, 푸소좀.
53. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 표적세포 내 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산 또는 이의 일부의 카피 수의 중앙값 대 비표적세포 내 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산 또는 이의 일부의 카피 수의 중앙값의 비가, 예를 들어 정량적 PCR 검정에 따라, 예를 들어 실시예 1 및 실시예 3의 검정을 사용하여 측정 시, 적어도 1.5, 2, 3, 4, 5, 10, 25, 50, 100, 500, 1000, 5000, 10,000인, 푸소좀.
54. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 외인성 RNA 작용제를 포함하는 표적세포 대 외인성 RNA 작용제를 포함하는 비표적세포의 비가, 예를 들어 역전사 정량적 PCR 검정에 따라 측정 시, 적어도 1.5, 2, 3, 4, 5, 10, 25, 50, 100, 500, 1000, 5000, 10,000인, 푸소좀.
55. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 표적세포의 평균 외인성 RNA 작용제 수준 대 비표적세포의 평균 외인성 RNA 작용제 수준의 비가, 예를 들어 역전사 정량적 PCR 검정에 따라 측정 시, 적어도 1.5, 2, 3, 4, 5, 10, 25, 50, 100, 500, 1000, 5000, 10,000인, 푸소좀.
56. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 표적세포의 외인성 RNA 작용제 수준의 중앙값 대 비표적세포의 외인성 RNA 작용제 수준의 중앙값의 비가, 예를 들어 역전사 정량적 PCR 검정에 따라 측정 시, 적어도 1.5, 2, 3, 4, 5, 10, 25, 50, 100, 500, 1000, 5000, 10,000인, 푸소좀.
57. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 외인성 단백질 작용제를 포함하는 표적세포 대 외인성 단백질 작용제를 포함하는 비표적세포의 비가, 예를 들어 FACS 검정에 따라 측정 시, 예를 들어 실시예 2 및 실시예 4의 검정을 사용하여 측정 시, 적어도 1.5, 2, 3, 4, 5, 10, 25, 50, 100, 500, 1000, 5000, 10,000인, 푸소좀.
58. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 표적세포의 평균 외인성 단백질 작용제 수준 대 비표적세포의 평균 외인성 단백질 작용제 수준의 비가, 예를 들어 FACS 검정에 따라 측정 시, 예를 들어 실시예 2 및 실시예 4의 검정을 사용하여 측정 시, 적어도 1.5, 2, 3, 4, 5, 10, 25, 50, 100, 500, 1000, 5000, 10,000인, 푸소좀.
59. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 표적세포의 외인성 단백질 작용제 수준의 중앙값 대 비표적세포의 외인성 단백질 작용제 수준의 중앙값의 비가, 예를 들어 FACS 검정에 따라 측정 시, 예를 들어 실시예 2 및 실시예 4의 검정을 사용하여 측정 시, 적어도 1.5, 2, 3, 4, 5, 10, 25, 50, 100, 500, 1000, 5000, 10,000인, 푸소좀.
60. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 하기 i) 및 ii) 중 하나 또는 둘 모두를 포함하는, 푸소좀:
i) 지질 이중층, 예를 들어 외피 상의 외인성 또는 과발현된 면역억제 단백질; 및
ii) 존재하지 않거나, 다른 유사한 변형되지 않은 원천세포에서 생성된 푸소좀과 비교하여 감소된 수준으로(예를 들어, 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 감소된 수준으로) 존재하는 면역자극 단백질.
61. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 하기 i) 내지 iii) 중 하나 이상을 포함하는, 푸소좀:
i) 지질 이중층, 예를 들어 외피 상의 제1 외인성 또는 과발현된 면역억제 단백질, 및 지질 이중층, 예를 들어 외피 상의 제2 외인성 또는 과발현된 면역억제 단백질;
ii) 지질 이중층, 예를 들어 외피 상의 제1 외인성 또는 과발현된 면역억제 단백질, 및 존재하지 않거나, 다른 유사한 변형되지 않은 원천세포에서 생성된 푸소좀과 비교하여 감소된 수준으로(예를 들어, 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 감소된 수준으로) 존재하는 제2 면역자극 단백질; 또는
iii) 존재하지 않거나, 다른 유사한 변형되지 않은 원천세포에서 생성된 푸소좀과 비교하여 감소된 수준으로(예를 들어, 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 감소된 수준으로) 존재하는 제1 면역자극 단백질, 및 존재하지 않거나, 다른 유사한 변형되지 않은 원천세포에서 생성된 푸소좀과 비교하여 감소된 수준으로(예를 들어, 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 감소된 수준으로) 존재하는 제2 면역자극 단백질.
62. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 대상에게 투여된 지 적어도 0.5시간, 1시간, 2시간, 3시간, 4시간, 6시간, 12시간, 18시간, 24시간, 36시간 또는 48시간 후에 순환되는, 푸소좀.
63. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀의 적어도 0.001%, 0.01%, 0.1%, 1%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100%가 투여 30분 후에 순환되는, 푸소좀.
64. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀의 적어도 0.001%, 0.01%, 0.1%, 1%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100%가 투여 1시간 후에 순환되는, 푸소좀.
65. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀의 적어도 0.001%, 0.01%, 0.1%, 1%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100%가 투여 2시간 후에 순환되는, 푸소좀.
66. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀의 적어도 0.001%, 0.01%, 0.1%, 1%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100%가 투여 4시간 후에 순환되는, 푸소좀.
67. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀의 적어도 0.001%, 0.01%, 0.1%, 1%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100%가 투여 8시간 후에 순환되는, 푸소좀.
68. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀의 적어도 0.001%, 0.01%, 0.1%, 1%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100%가 투여 12시간 후에 순환되는, 푸소좀.
69. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀의 적어도 0.001%, 0.01%, 0.1%, 1%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100%가 투여 18시간 후에 순환되는, 푸소좀.
70. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀의 적어도 0.001%, 0.01%, 0.1%, 1%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100%가 투여 24시간 후에 순환되는, 푸소좀.
71. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀의 적어도 0.001%, 0.01%, 0.1%, 1%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100%가 투여 36시간 후에 순환되는, 푸소좀.
72. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀의 적어도 0.001%, 0.01%, 0.1%, 1%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100%가 투여 48시간 후에 순환되는, 푸소좀.
73. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 적절한 동물 모델, 예를 들어 본원에 기재된 동물 모델에게의 푸소좀의 1회 이상의 투여 후, 참조 푸소좀, 예를 들어 상기 푸소좀과 달리 유사한 변형되지 않은 푸소좀과 비교하여 체액성 반응의 감소로 측정 시, 면역원성의 감소를 나타내는, 푸소좀.
74. 구현예 73에 있어서, 체액성 반응의 감소가 혈청 샘플에서 항-세포 항체 역가, 예를 들어 항-레트로바이러스 항체 역가, 예를 들어 ELISA로 측정된 것인, 푸소좀.
75. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀이 투여된 동물로부터의 혈청 샘플이, 변형되지 않은 세포가 투여된 대상으로부터의 혈청 샘플과 비교하여 항-푸소좀 항체 역가의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 감소를 나타내는, 푸소좀.
76. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀이 투여된 대상으로부터의 혈청 샘플이 증가된, 예를 들어 기준선으로부터 1%, 2%, 5%, 10%, 20%, 30% 또는 40% 증가된 항-세포 항체 역가를 나타내며, 예를 들어 여기서 기준선은 푸소좀의 투여 전 동일한 대상으로부터의 혈청 샘플을 나타내는, 푸소좀.
77. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서,
푸소좀 또는 푸소좀을 포함하는 약학적 조성물이 투여될 대상이 푸소좀과 반응성인 기존 항체(예를 들어, IgG 또는 IgM)를 갖고 있거나, 이를 갖는 것으로 공지되어 있거나, 또는 이에 대하여 시험되거나;
푸소좀이 투여될 대상이 푸소좀과 반응성인 기존 항체를 검출 가능한 수준으로 갖고 있지 않거나;
푸소좀 또는 푸소좀을 포함하는 약학적 조성물을 받은 대상이 푸소좀과 반응성인 항체(예를 들어, IgG 또는 IgM)를 갖고 있거나, 이를 갖는 것으로 공지되어 있거나, 또는 이에 대하여 시험되거나;
푸소좀 또는 푸소좀을 포함하는 약학적 조성물을 (예를 들어, 적어도 1회, 2회, 3회, 4회, 5회 또는 그 이상) 받은 대상이 푸소좀과 반응성인 항체를 검출 가능한 수준으로 갖고 있지 않거나; 또는
항체의 수준이 푸소좀의 첫 번째 투여 전인 첫 번째 시점과 푸소좀의 1회 이상의 투여 후인 두 번째 시점의 두 가지 시점 사이에서 1%, 2%, 5%, 10%, 20% 또는 50% 초과로 상승하지 않는, 푸소좀.
78. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어 HLA-G 또는 HLA-E cDNA로 트랜스펙션된 세포에서, 실시예 5, 실시예 6 또는 실시예 7의 방법에 의해 생성되는, 푸소좀.
79. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, NMC-HLA-G 세포에서 생성된 푸소좀이 특정 시점에서 NMC 또는 NMC-빈 벡터에서 생성된 푸소좀과 비교하여 감소된 용해(예를 들어 PBMC 매개 용해, NK세포 매개 용해 및/또는 CD8+ T세포 매개 용해)율을 나타내는, 푸소좀.
80. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 변형된 푸소좀이 대식세포에 의한 포식작용을 회피하는, 푸소좀.
81. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어 CD47 cDNA로 트랜스펙션된 세포에서, 실시예 8의 방법에 의해 생성되는, 푸소좀.
82. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 대식세포가 NMC-CD47에서 유도된 푸소좀과 함께 인큐베이션되는 경우, 대식세포가 NMC 또는 NMC 빈 벡터에서 유도된 푸소좀과 함께 인큐베이션되는 경우에 비해 포식세포지수(phagocytic index)가 감소되는, 푸소좀.
83. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 참조 푸소좀, 예를 들어 상기 푸소좀과 달리 유사한 변형되지 않은 푸소좀과 비교하여, 대식세포 포식작용의 감소, 예를 들어 대식세포 포식작용의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 감소를 나타내며, 여기서 대식세포 포식작용의 감소는, 예를 들어 실시예 8에 기재된 바와 같이 포식세포지수의 시험관내 검정으로 결정된 것인, 푸소좀.
84. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀 조성물이, 예를 들어 대식세포 포식작용의 시험관내 검정에서 대식세포와 함께 인큐베이션될 때, 실시예 8의 검정에 따라 측정 시, 0, 1, 10, 100 또는 그 이상의 포식세포지수를 갖는, 푸소좀.
85. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 변형된 것이고, 변형되지 않은 푸소좀과 비교하여 감소된 보체 활성을 나타내는, 푸소좀.
86. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어 보체 조절 단백질, 예를 들어 DAF를 코딩하는 cDNA로 트랜스펙션된 세포에서, 실시예 9의 방법에 의해 생성되는, 푸소좀.
87. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 200 pg/ml의 C3a가 존재하는 푸소좀의 용량이, 상응하는 마우스 혈청(예를 들어, HEK293 마우스 혈청)과 함께 인큐베이션된 참조 푸소좀(예를 들어, HEK293 레트로바이러스 벡터)보다 상응하는 마우스 혈청(예를 들어, HEK-293 DAF 마우스 혈청)과 함께 인큐베이션된 변형된 푸소좀(예를 들어, HEK293-DAF)의 경우에 더 큰, 푸소좀.
88. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 200 pg/ml의 C3a가 존재하는 푸소좀의 용량이, 나이브(naive) 마우스 혈청과 함께 인큐베이션된 참조 푸소좀(예를 들어, HEK293 레트로바이러스 벡터)보다 나이브 마우스 혈청과 함께 인큐베이션된 변형된 푸소좀(예를 들어, HEK293-DAF)의 경우에 더 큰, 푸소좀.
89. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 실시예 9의 검정에 따라 측정 시, 투여 30분 후 환자 혈청에서 보체 매개 불활성화에 대한 내성이 생기는, 푸소좀.
90. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀의 적어도 0.001%, 0.01%, 0.1%, 1%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100%가 보체 매개 불활성화에 대한 내성이 있는, 푸소좀.
91. 구현예 86 내지 구현예 90 중 어느 하나에 있어서, 보체 조절 단백질이 붕괴촉진인자(DAF, CD55)에 결합하는 단백질, 예를 들어 인자 H(FH) 유사 단백질-1(FHL-1), 예를 들어 C4b-결합 단백질(C4BP), 예를 들어 보체 수용체 1(CD35), 예를 들어 막 보조인자 단백질(MCP, CD46), 예를 들어 프로텍틴(Protectin)(CD59), 예를 들어 전형적 및 대안적 보체 경로 CD/C5 전환효소를 저해하는 단백질, 예를 들어 MAC 어셈블리를 조절하는 단백질 중 하나 이상을 포함하는, 푸소좀.
92. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어 MHC 클래스 I을 표적으로 하는 shRNA를 코딩하는 DNA로 트랜스펙션된 세포에서, 실시예 10의 방법에 의해 생성된 것이며, 예를 들어 여기서 NMC-shMHC 클래스 I에서 유도된 레트로바이러스 벡터는 NMC 및 NMC 벡터 대조군과 비교하여 더 낮은 MHC 클래스 I의 발현을 나타내는, 푸소좀.
93. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀에 대한 면역원성의 척도가 혈청 불활성화, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이, 예를 들어 실시예 11에 기재된 바와 같이 측정되는 혈청 불활성화인, 푸소좀.
94. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 외인성 작용제를 수용하는 세포의 %가 푸소좀 나이브 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 푸소좀 샘플과 상기 마우스로부터의 열-불활성화된 혈청과 함께 인큐베이션된 푸소좀 샘플 사이에서 다르지 않은, 푸소좀.
95. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 외인성 작용제를 수용하는 세포의 %가 푸소좀 나이브 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 푸소좀 샘플과 무혈청 대조군 인큐베이션의 푸소좀 샘플 사이에서 다르지 않은, 푸소좀.
96. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 외인성 작용제를 수용하는 세포의 %가 푸소좀 나이브 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 푸소좀 샘플보다 양성 대조군 혈청과 함께 인큐베이션된 푸소좀 샘플에서 더 낮은, 푸소좀.
97. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 변형된, 예를 들어 본원에 기재된 방법에 의해 변형된 푸소좀이, 변형된 푸소좀의 다회(예를 들어, 1회 초과, 예를 들어 2회 이상) 투여 후 감소된(예를 들어, 변형되지 않은 푸소좀의 투여와 비교하여 감소된) 혈청 불활성화를 나타내는, 푸소좀.
98. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 다회투여 후 혈청에 의해 불활성화되지 않는, 푸소좀.
99. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀에 대한 면역원성의 척도가 혈청 불활성화, 예를 들어 다회투여 후 혈청 불활성화, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이, 예를 들어 실시예 12에 기재된 바와 같이 측정되는 다회투여 후 혈청 불활성화인, 푸소좀.
100. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 외인성 작용제를 수용하는 세포의 %가 변형된(예를 들어, HEK293-HLA-G) 푸소좀으로 처리된 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 푸소좀 샘플과 상기 마우스로부터의 열-불활성화된 혈청과 함께 인큐베이션된 푸소좀 샘플 사이에서 다르지 않은, 푸소좀.
101. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 외인성 작용제를 수용하는 세포의 %가 변형된(예를 들어, HEK293-HLA-G) 푸소좀으로 1회, 2회, 3회, 5회 또는 10회 처리된 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 푸소좀 샘플 사이에서 다르지 않은, 푸소좀.
102. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 외인성 작용제를 수용하는 세포의 %가 비히클로 처리된 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 푸소좀 샘플과 변형된(예를 들어, HEK293-HLA-G) 푸소좀으로 처리된 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 푸소좀 샘플 사이에서 다르지 않은, 푸소좀.
103. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 외인성 작용제를 수용하는 세포의 %가 변형된(예를 들어, HEK293-HLA-G) 푸소좀보다 참조세포(예를 들어, HEK293)에서 유도된 푸소좀의 경우에 더 적은, 푸소좀.
104. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀에 대한 면역원성의 척도가 항체반응인, 푸소좀.
105. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 본원에 기재된 푸소좀을 받는 대상이, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이, 예를 들어 실시예 13에 기재된 바와 같이 측정 시, 푸소좀에 결합하여 이를 인식하는 기존 항체를 갖는, 푸소좀.
106. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀 나이브 마우스로부터의 혈청이 음성 대조군, 예를 들어 IgM 및 IgG가 결핍된 마우스로부터의 혈청보다 더 큰 신호(예를 들어, 형광)를 나타내며, 예를 들어 이는 면역원성이 발생했음을 나타내는 것인, 푸소좀.
107. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소좀 나이브 마우스로부터의 혈청이 음성 대조군과 비교하여 유사한 신호(예를 들어, 형광)를 나타내며, 예를 들어 이는 면역원성이 검출 가능하게 발생하지 않았음을 나타내는, 푸소좀.
108. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 변형된, 예를 들어 본원에 기재된 방법에 의해 변형된 푸소좀이고, 변형된 푸소좀의 다회(예를 들어, 1회 초과, 예를 들어 2회 이상) 투여 후, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이, 예를 들어 실시예 14에 기재된 바와 같이 측정 시, 감소된(예를 들어, 변형되지 않은 푸소좀의 투여와 비교하여 감소된) 체액성 반응을 나타내는, 푸소좀.
109. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어 HLA-G 또는 HLA-E cDNA로 트랜스펙션된 세포에서, 실시예 5, 실시예 6, 실시예 7 또는 실시예 14의 방법에 의해 생성된 것인, 푸소좀.
110. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 체액성 반응이 항-푸소좀 항체(예를 들어, IgM, IgG1 및/또는 IgG2 항체) 수준에 대한 값의 결정에 의해 평가되는 것인, 푸소좀.
111. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 변형된(예를 들어, NMC-HLA-G) 푸소좀이, 대조군, 예를 들어 NMC 푸소좀 또는 NMC-빈 푸소좀과 비교하여, 주사 후 (예를 들어, FACS에서 형광 강도로 측정 시) 항-바이러스 IgM 또는 IgG1/2 항체 역가의 감소를 나타내는, 푸소좀.
112. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 수용세포(recipient cell)가 항체반응에 의해 표적화되지 않거나, 또는 항체반응이, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이, 예를 들어 실시예 15에 기재된 바와 같이 측정 시 참조 수준 미만인, 푸소좀.
113. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 신호(예를 들어, 평균 형광 강도)가 푸소좀으로 처리된 마우스로부터의 수용세포와 PBS로 처리된 마우스로부터의 수용세포에 대하여 유사한, 푸소좀.
114. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 수용세포의 면역원성의 척도가 대식세포 반응인, 푸소좀.
115. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 수용세포가 대식세포에 의해 표적화되지 않거나, 참조 수준 미만으로 표적화되는, 푸소좀.
116. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이, 예를 들어 실시예 16에 기재된 바와 같이 측정되는 포식세포지수가, 푸소좀으로 처리된 마우스에서 유도된 수용세포와 PBS로 처리된 마우스에서 유도된 수용세포에 대하여 유사한, 푸소좀.
117. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 수용세포의 면역원성의 척도가 PBMC 반응인, 푸소좀.
118. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 수용세포가 PBMC 반응을 유도하지 않는, 푸소좀.
119. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, CD3+/CMG+ 세포의 %가, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이, 예를 들어 실시예 17에 기재된 바와 같이 측정 시, 푸소좀으로 처리된 마우스에서 유도된 수용세포와 PBS로 처리된 마우스에서 유도된 수용세포에 대하여 유사한, 푸소좀.
120. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 수용세포의 면역원성의 척도가 자연살해세포 반응인, 푸소좀.
121. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 수용세포가 자연살해세포 반응을 유도하지 않거나, 예를 들어 참조 값 미만의 낮은 자연살해세포 반응을 유도하는, 푸소좀.
122. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, CD3+/CMG+ 세포의 %가, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이, 예를 들어 실시예 18에 기재된 바와 같이 측정 시, 푸소좀으로 처리된 마우스에서 유도된 수용세포와 PBS로 처리된 마우스에서 유도된 수용세포에 대하여 유사한, 푸소좀.
123. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 수용세포의 면역원성의 척도가 CD8+ T세포 반응인, 푸소좀.
124. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 수용세포가 CD8+ T세포 반응을 유도하지 않거나, 예를 들어 참조 값 미만의 낮은 CD8+ T세포 반응을 유도하는, 푸소좀.
125. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, CD3+/CMG+ 세포의 %가, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이, 예를 들어 실시예 19에 기재된 바와 같이 측정 시, 푸소좀으로 처리된 마우스에서 유도된 수용세포와 PBS로 처리된 마우스에서 유도된 수용세포에 대하여 유사한, 푸소좀.
126. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, 푸소겐이 재표적화된 푸소겐인, 푸소좀.
127. 상기 구현예 중 어느 하나에 있어서, (i) 외인성 작용제를 인코딩하는 핵산에 작동적으로 연결된 양성 표적세포 특이적 조절 요소, 또는 (ii) 외인성 작용제를 인코딩하는 핵산에 작동적으로 연결된 비표적세포 특이적 조절 요소 또는 음성 TCSRE 중 하나 또는 둘 모두를 인코딩하는 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산을 포함하는, 푸소좀.
128. 상기 구현예 중 어느 하나의 푸소좀과, 약학적으로 허용 가능한 담체, 희석제 또는 부형제를 포함하는 약학적 조성물.
129. 외인성 작용제를 대상(예를 들어, 인간 대상)에게 전달하는 방법으로서, 구현예 1 내지 구현예 127 중 어느 하나의 푸소좀, 또는 구현예 128의 약학적 조성물을 대상에게 투여하여, 외인성 작용제를 대상에게 전달하는 것을 포함하는 방법.
130. 대상(예를 들어, 인간 대상), 표적조직 또는 표적세포(예를 들어, CNS세포, 예를 들어 뉴런 또는 아교세포)에서 기능을 조절하는 방법으로서, 구현예 1 내지 구현예 127 중 어느 하나의 푸소좀, 또는 구현예 128의 약학적 조성물을 대상, 표적조직 또는 표적세포와 접촉시키는, 예를 들어 대상, 표적조직 또는 표적세포에게 투여하는 것을 포함하는 방법.
131. 구현예 130에 있어서, 표적조직 또는 표적세포가 대상에 존재하는, 방법.
132. 대상(예를 들어, 인간 대상)에서 유전자 결핍을 치료하는 방법으로서, 구현예 1 내지 구현예 127 중 어느 하나의 푸소좀, 또는 구현예 128의 약학적 조성물을 대상에게 투여하는 것을 포함하는 방법.
133. 구현예 132에 있어서, 유전자 결핍이 표 5 또는 표 6의 유전자 결핍인, 방법.
134. 구현예 132 또는 구현예 133에 있어서, 유전자 결핍이 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자에 의해 치료될 수 있는 유전자 결핍인, 방법.
135. 구현에 132 내지 구현예 134 중 어느 하나에 있어서, 유전자 결핍이 CNS 질환 또는 장애, 또는 리소좀 질환 또는 장애와 관련이 있고, 상기 방법이 CNS 질환 또는 장애, 또는 리소좀 질환 또는 장애를 치료하는, 방법.
136. 구현예 135에 있어서, CNS 질환 또는 장애, 또는 리소좀 질환 또는 장애가 척수소뇌성 운동실조증; 상염색체 열성 1형; 안구운동실행증 동반 운동실조증 2형; 취약X증후군; 뇌크레아틴결핍증후군 1; 엔젤만증후군(Angelman Syndrome); 근위축성 측삭경화증; 프리드리히 운동실조증(Friedreich's Ataxia); 레트증후군(Rett Syndrome); 카나반병(Canavan Disease); 피리독신 의존성 발작; 바텐병(Batten Disease), 푸코시드축적증; 크라베병(Krabbe Disease); 테이-삭스병(Tay Sachs Disease); 샌드호프병(Sandhoff Disease); 베타-만노스축적증; 이염성 백질디스트로피; 뮤코리피드증 IIIa형; 뮤코리피드증 IIIb형 또는 뮤코리피드증 IV형에서 선택되는, 방법.
137. 구현예 1 내지 구현예 127 또는 구현예 128에 있어서, 유전자 결핍이 있는 대상(예를 들어, 인간 대상)을 치료하는 데 사용하기 위한, 푸소좀 또는 약학적 조성물.
138. 유전자 결핍이 있는 대상(예를 들어, 인간 대상)을 치료하는 데 사용하기 위한 약제의 제조를 위한, 구현예 1 내지 구현예 127 중 어느 하나의 푸소좀, 또는 구현예 128의 약학적 조성물의 용도.
139. 구현예 137 또는 구현예 138에 있어서, 푸소좀이 유전자 결핍을 치료하기 위한 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자를 포함하는, 푸소좀 또는 약학적 조성물, 또는 용도.
140. 구현예 137 내지 구현예 139 중 어느 하나에 있어서, 유전자 결핍이 CNS 질환 또는 장애, 또는 리소좀 질환 또는 장애와 관련이 있고, 상기 방법이 CNS 질환 또는 장애, 또는 리소좀 질환 또는 장애를 치료하는, 푸소좀 또는 약학적 조성물, 또는 용도.
141. 구현예 137 내지 구현예 140 중 어느 하나에 있어서, CNS 질환 또는 장애, 또는 리소좀 질환 또는 장애가 척수소뇌성 운동실조증; 상염색체 열성 1형; 안구운동실행증 동반 운동실조증 2형; 취약X증후군; 뇌크레아틴결핍증후군 1; 엔젤만증후군; 근위축성 측삭경화증; 프리드리히 운동실조증; 레트증후군; 카나반병; 피리독신 의존성 발작; 바텐병, 푸코시드축적증; 크라베병; 테이-삭스병; 샌드호프병; 베타-만노스축적증; 이염성 백질디스트로피; 뮤코리피드증 IIIa형; 뮤코리피드증 IIIb형 또는 뮤코리피드증 IV형에서 선택되는, 푸소좀 또는 약학적 조성물, 또는 용도.
142. 구현예 1 내지 구현예 127 중 어느 하나의 푸소좀을 제조하는 방법으로서,
a) 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산과 푸소좀을 포함하는 세포를 제공하는 단계;
b) 푸소좀의 생성을 가능하게 하는 조건 하에서 세포를 배양하는 단계; 및
c) 세포로부터 푸소좀을 분리, 농축 또는 정제하여 푸소좀을 제조하는 단계를 포함하는, 푸소좀을 제조하는 방법.
본 발명의 다른 특징, 목적 및 이점은 상세한 설명, 도면 및 청구범위로부터 명백해질 것이다.
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 기술 및 과학 용어는 본 발명이 속하는 기술분야의 당업자가 통상적으로 이해하는 바와 동일한 의미를 갖는다. 본원에 언급된 모든 간행물, 특허출원, 특허 및 다른 참고문헌은 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다. 예를 들어, 본원의 임의의 표에, 본원에 언급된 모든 GenBank, Unigene 및 Entrez 서열은 참조로서 포함된다. 달리 명시되지 않는 한, 본원의 임의의 표를 포함하여 본원에 명시된 서열 수탁번호는 2018년 5월 15일 현재의 데이터베이스 항목을 나타낸다. 하나의 유전자 또는 단백질이 복수의 서열 수탁번호로 표시되는 경우, 모든 서열 변이체가 포함된다. 또한, 재료, 방법 및 실시예는 예시적인 것으로, 제한하고자 하는 것이 아니다.
본 발명의 하기 상세한 설명은 첨부된 도면과 함께 읽을 때 보다 잘 이해될 것이다. 본 발명을 예시하기 위한 목적으로, 본원에 기재된 도면에는 현재 예시된 특정 구현예가 도시되어 있다. 하지만, 본 발명이 도면에 도시된 구현예의 정확한 배열 및 수단에 제한되는 것이 아니라는 것을 이해해야 한다.
도 1은, F-액틴용 염료로 푸소좀의 염색을 정량화한 것이다.
도 2는, 3시간, 5시간 및 24시간의 기간에 걸친, 폴리머라아제 액틴에 대한 푸소좀 및 모세포의 능력을 보여주는 그래프이다.
도 3은, NTA 및 현미경으로 측정된 푸소좀 및 모세포의 크기 분포 통계를 보여주는 표이다.
도 4는, 푸소좀 및 모세포의 평균 크기 및 부피를 보여주는 표이다.
도 5는, 푸소좀 또는 세포 집단에 대해 관찰된 가용성:불용성 비를 보여주는 일련의 다이어그램이다.
도 6은, 표적세포 또는 비표적세포에 대한 MvH(CD8)+F 푸소좀 융합, 및 표적화된 융합의 절대량을 보여주는 일련의 다이어그램이다.
도 7은, VSV-G 푸소좀에서 2-NBDG 평균 형광 강도를 보여주는 다이어그램이다.
도 8은, VSV-G 푸소좀의 시토졸에서 에스테라아제 활성을 보여주는 다이어그램이다.
도 9a 및 도 9b는, 마우스에서 생물발광 이미지화로 검출된, 푸소좀에 의한 Cre 재조합효소 전달을 보여주는 일련의 다이어그램이다. (도 9a) IV 푸소좀 처리된 마우스(1x 및 3x 농도)의 노출된 간 및 비장의 복부 이미지 및 발광 신호 오버레이. 하단 부분은 발광 신호 단독임. (도 9b) 푸소좀 표적화된 비장 및 간의 총 플럭스(flux) 신호; y축은 log10 스케일임. 3x 푸소좀 처리 농도로 처리된 마우스는 처리 72시간 후 배경보다 비장에서 유의하게 큰 신호(p=0.0004)를 나타냈다.
도 10a 및 도 10b는, 생물발광 이미지화로 검출된, 푸소좀에 의한 쥣과 간 및 비장으로의 Cre 재조합효소를 보여주는 일련의 다이어그램이다. (A) 좌측에서 우측으로; 안락사 5분 이내에 채취 및 이미지화된, 절제된 간, 심장, 폐, 신장, 소장, 췌장 및 비장의 등쪽 이미지 및 발광 신호 오버레이. 하단 부분은 발광 신호 단독임. (도 10b) 푸소좀 표적화된 비장, 간 및 다른 조직의 총 플럭스 신호; y축은 log10 스케일임. 3x 푸소좀 처리 농도로 처리된 마우스는 최저 신호를 나타낸 조직(심장)과 비교하여 비장에서 유의하게 큰 신호(p<0.0001)를 나타냈다.
도 11은, 비세포내이입 경로를 통한 NivG+F 푸소좀에 의한 Cre 카고(cargo)의 전달을 보여주는 표이다.
도 12는, 푸소좀 및 모세포에서 비신코닌산(bicinchoninic acid) 검정에 의해 측정된 GAPDH:총 단백질 비를 보여주는 그래프이다.
도 13은, 푸소좀 및 모세포에서 비신코닌산 검정에 의해 측정된 지질:단백질 비를 보여주는 그래프이다.
도 14는, 푸소좀 및 모세포에서 비신코닌산 검정에 의해 측정된 단백질:DNA 비를 보여주는 그래프이다.
도 15는, 푸소좀 및 모세포에서 비신코닌산 검정에 의해 측정된 지질:DNA 비를 보여주는 그래프이다.
도 16은, 엑소좀 및 푸소좀에서 엑소좀 마커 CD63의 단백질 수준을 보여주는 그래프이다.
도 17은, 푸소좀 및 모세포에서 검출된 칼넥신(calnexin) 신호의 강도를 보여주는 그래프이다.
도 18은, 푸소좀 및 모세포에 대해 결정된 지질:DNA 비를 보여주는 그래프이다.
도 19a 및 도 19b는, 모세포, 엑소좀 및 푸소좀에서 총 지질의 백분율로서 지질 종의 비율을 보여주는 일련의 그래프이다.
도 20은, 표시된 바와 같은 특정 구획과 관련된 단백질에 대한 모세포, 엑소좀 및 푸소좀의 단백질 함량을 보여주는 일련의 그래프이다.
도 21은, 모세포, 엑소좀 및 푸소좀의 총 단백질 함량의 백분율로서 ARRDC1(좌측 패널) 또는 TSG101(우측 패널)의 수준을 보여주는 일련의 그래프이다.
도 1은, F-액틴용 염료로 푸소좀의 염색을 정량화한 것이다.
도 2는, 3시간, 5시간 및 24시간의 기간에 걸친, 폴리머라아제 액틴에 대한 푸소좀 및 모세포의 능력을 보여주는 그래프이다.
도 3은, NTA 및 현미경으로 측정된 푸소좀 및 모세포의 크기 분포 통계를 보여주는 표이다.
도 4는, 푸소좀 및 모세포의 평균 크기 및 부피를 보여주는 표이다.
도 5는, 푸소좀 또는 세포 집단에 대해 관찰된 가용성:불용성 비를 보여주는 일련의 다이어그램이다.
도 6은, 표적세포 또는 비표적세포에 대한 MvH(CD8)+F 푸소좀 융합, 및 표적화된 융합의 절대량을 보여주는 일련의 다이어그램이다.
도 7은, VSV-G 푸소좀에서 2-NBDG 평균 형광 강도를 보여주는 다이어그램이다.
도 8은, VSV-G 푸소좀의 시토졸에서 에스테라아제 활성을 보여주는 다이어그램이다.
도 9a 및 도 9b는, 마우스에서 생물발광 이미지화로 검출된, 푸소좀에 의한 Cre 재조합효소 전달을 보여주는 일련의 다이어그램이다. (도 9a) IV 푸소좀 처리된 마우스(1x 및 3x 농도)의 노출된 간 및 비장의 복부 이미지 및 발광 신호 오버레이. 하단 부분은 발광 신호 단독임. (도 9b) 푸소좀 표적화된 비장 및 간의 총 플럭스(flux) 신호; y축은 log10 스케일임. 3x 푸소좀 처리 농도로 처리된 마우스는 처리 72시간 후 배경보다 비장에서 유의하게 큰 신호(p=0.0004)를 나타냈다.
도 10a 및 도 10b는, 생물발광 이미지화로 검출된, 푸소좀에 의한 쥣과 간 및 비장으로의 Cre 재조합효소를 보여주는 일련의 다이어그램이다. (A) 좌측에서 우측으로; 안락사 5분 이내에 채취 및 이미지화된, 절제된 간, 심장, 폐, 신장, 소장, 췌장 및 비장의 등쪽 이미지 및 발광 신호 오버레이. 하단 부분은 발광 신호 단독임. (도 10b) 푸소좀 표적화된 비장, 간 및 다른 조직의 총 플럭스 신호; y축은 log10 스케일임. 3x 푸소좀 처리 농도로 처리된 마우스는 최저 신호를 나타낸 조직(심장)과 비교하여 비장에서 유의하게 큰 신호(p<0.0001)를 나타냈다.
도 11은, 비세포내이입 경로를 통한 NivG+F 푸소좀에 의한 Cre 카고(cargo)의 전달을 보여주는 표이다.
도 12는, 푸소좀 및 모세포에서 비신코닌산(bicinchoninic acid) 검정에 의해 측정된 GAPDH:총 단백질 비를 보여주는 그래프이다.
도 13은, 푸소좀 및 모세포에서 비신코닌산 검정에 의해 측정된 지질:단백질 비를 보여주는 그래프이다.
도 14는, 푸소좀 및 모세포에서 비신코닌산 검정에 의해 측정된 단백질:DNA 비를 보여주는 그래프이다.
도 15는, 푸소좀 및 모세포에서 비신코닌산 검정에 의해 측정된 지질:DNA 비를 보여주는 그래프이다.
도 16은, 엑소좀 및 푸소좀에서 엑소좀 마커 CD63의 단백질 수준을 보여주는 그래프이다.
도 17은, 푸소좀 및 모세포에서 검출된 칼넥신(calnexin) 신호의 강도를 보여주는 그래프이다.
도 18은, 푸소좀 및 모세포에 대해 결정된 지질:DNA 비를 보여주는 그래프이다.
도 19a 및 도 19b는, 모세포, 엑소좀 및 푸소좀에서 총 지질의 백분율로서 지질 종의 비율을 보여주는 일련의 그래프이다.
도 20은, 표시된 바와 같은 특정 구획과 관련된 단백질에 대한 모세포, 엑소좀 및 푸소좀의 단백질 함량을 보여주는 일련의 그래프이다.
도 21은, 모세포, 엑소좀 및 푸소좀의 총 단백질 함량의 백분율로서 ARRDC1(좌측 패널) 또는 TSG101(우측 패널)의 수준을 보여주는 일련의 그래프이다.
본 개시내용은, 적어도 부분적으로, 푸소좀의 생체내 전달을 위한 방법 및 조성물을 제공한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 표적세포에 대한 특이성을 촉진시키는 요소의 조합, 예를 들어 재표적화된 푸소겐, 양성 표적세포 특이적 조절 요소 및 비표적세포 특이적 조절 요소 중 하나 이상을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 푸소좀에 대한 면역반응을 감소시키는 하나 이상의 변형을 포함한다.
I. 정의
청구범위 및 명세서에 사용된 용어는, 달리 명시되지 않는 한, 하기에 제시되는 바와 같이 정의된다.
본원에 사용된 "검출 가능하게 존재하는"은, 검출 가능하게 존재하는 외인성 작용제의 맥락에서 사용될 때, 외인성 작용제 자체가 검출 가능하게 존재함을 의미한다. 예를 들어, 외인성 작용제가 단백질인 경우, 외인성 단백질 작용제는 이를 인코딩하는 핵산이 검출 가능하게 존재하는지 여부에 관계없이 검출 가능하게 존재할 수 있다.
본원에 사용된 "푸소좀"은, 내강(lumen) 또는 공동(cavity)을 둘러싸는 양친매성 지질의 이중층과, 양친매성 지질 이중층과 상호작용하는 푸소겐을 나타낸다. 구현예에서, 푸소좀은 핵산을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 막으로 둘러싸인 제제이다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 원천세포에서 유도된 것이다.
본원에 사용된 "푸소좀 조성물"은, 하나 이상의 푸소좀을 포함하는 조성물을 나타낸다.
본원에 사용된 "푸소겐"은, 2개의 막으로 둘러싸인 내강 사이에서 상호작용을 형성하는 작용제 또는 분자를 나타낸다. 구현예에서, 푸소겐은 막의 융합을 촉진시킨다. 다른 구현예에서, 푸소겐은 2개의 내강(예를 들어, 레트로바이러스 벡터의 내강과 표적세포의 세포질) 사이에 연결, 예를 들어 공극을 형성한다. 일부 구현예에서, 푸소겐은 2개 이상의 단백질의 복합체를 포함하며, 예를 들어 여기서 어떠한 단백질도 단독으로는 융합 활성(fusogenic activity)을 갖지 않는다. 일부 구현예에서, 푸소겐은 표적화 도메인을 포함한다.
본원에 사용된 "절연인자 요소"는, 인핸서를 차단하거나 이질염색질(heterochromatin) 확산을 방지하는 뉴클레오타이드 서열을 나타낸다. 절연인자 요소는 야생형 또는 돌연변이일 수 있다.
본원에 사용된 "유효량"이란 용어는, 치료하고자 하는 증상 및/또는 병태를 유의하게 및 긍정적으로 변형시키는 데(예를 들어, 긍정적인 임상 반응을 제공하는 데) 충분한 양인 약학적 조성물의 양을 의미한다. 약학적 조성물에 사용되는 활성 성분의 유효량은 치료하고자 하는 특정 병태, 병태의 중증도, 치료 기간, 병용요법의 특징, 이용되는 특정 활성 성분(들), 이용되는 특정 약학적으로 허용 가능한 부형제(들) 및/또는 담체(들), 및 주치의의 지식 및 전문성과 같은 인자에 따라 달라질 것이다.
바이러스, VLP 또는 푸소좀에 대한 언급에서 본원에 사용된 "외인성 작용제"는, 상응하는 야생형 바이러스 또는 상응하는 야생형 원천세포에서 제조된 푸소겐으로 구성되지도 않고 이를 인코딩하지도 않는 작용제를 나타낸다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 (예를 들어, 삽입, 결실 또는 치환에 의해) 자연 발생 단백질에 비해 변경된 서열을 갖는 단백질 또는 핵산과 같이, 자연적으로 존재하지 않는 것이다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 원천세포에 자연적으로 존재하지 않는다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 원천세포에 자연적으로 존재하지만, 바이러스에 대해서는 외인성이다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 수용세포에 자연적으로 존재하지 않는다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 수용세포에 자연적으로 존재하지만, 목적하는 수준으로 또는 목적하는 시간에 존재하지 않는다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 RNA 또는 단백질을 포함한다.
본원에 사용된 "약학적으로 허용 가능한"이라는 용어는, 건전한 의학적 판단의 범위 내에서, 과도한 독성, 자극, 알레르기 반응, 또는 다른 문제 또는 합병증 없이, 합리적인 유익/위험 비율에 상응하여, 인간 및 동물의 조직과 접촉시켜 사용하는 데 적합한 부형제, 조성물 및/또는 투여 형태를 나타낸다.
본원에 사용된 "프로모터"는, 유전자 코딩 서열에 작동 가능하게 연결(operably linked)될 때, 유전자의 전사를 유도하는 시스-조절 DNA 서열을 나타낸다. 프로모터는 전사인자 결합 부위를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 프로모터는 유전자에서 먼 거리에 있는 하나 이상의 인핸서와 협력하여 작동한다.
본원에 사용된 "양성 표적세포 특이적 조절 요소"(또는 양성 TCSRE)는, 비표적세포와 비교하여 표적세포에서 외인성 작용제의 수준을 증가시키는 핵산 서열을 나타내며, 여기서 외인성 작용제를 인코딩하는 핵산은 양성 TCSRE에 작동 가능하게 연결된다. 일부 구현예에서, 양성 TCSRE는 기능성 핵산 서열이며, 예를 들어 양성 TCSRE는 프로모터 또는 인핸서를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 양성 TCSRE는 기능성 RNA 서열을 인코딩하며, 예를 들어 양성 TCSRE는 표적세포에서 RNA의 정확한 스플라이싱을 촉진시키는 스플라이스 부위를 인코딩할 수 있다. 일부 구현예에서, 양성 TCSRE는 기능성 단백질 서열을 인코딩하거나, 양성 TCSRE는 단백질의 정확한 번역 후 변형을 촉진시키는 단백질 서열을 인코딩할 수 있다. 일부 구현예에서, 양성 TCSRE는 외인성 작용제의 하향조절제 또는 저해제의 수준 또는 활성을 감소시킨다.
본원에 사용된 "음성 표적세포 특이적 조절 요소"(또는 음성 TCSRE)는, 표적세포와 비교하여 비표적세포에서 외인성 작용제의 수준을 감소시키는 핵산 서열을 나타내며, 여기서 외인성 작용제를 인코딩하는 핵산은 음성 TCSRE에 작동 가능하게 연결된다. 일부 구현예에서, 음성 TCSRE는 기능성 핵산 서열, 예를 들어 비표적세포에서 레트로바이러스 핵산의 분해 또는 저해를 야기하는 miRNA 인식 부위이다. 일부 구현예에서, 핵산 서열은 기능성 RNA 서열을 인코딩하고, 예를 들어 핵산은 외인성 단백질 작용제를 인코딩하는 mRNA에 존재하는 miRNA 서열을 인코딩하여, mRNA가 비표적세포에서 분해 또는 저해되도록 한다. 일부 구현예에서, 음성 TCSRE는 외인성 작용제의 하향조절제 또는 저해제의 수준 또는 활성을 증가시킨다.
본원에 사용된 "비표적세포 특이적 조절 요소"(또는 NTCSRE)는, 표적세포와 비교하여 비표적세포에서 외인성 작용제의 수준을 감소시키는 핵산 서열을 나타내며, 여기서 외인성 작용제를 인코딩하는 핵산은 NTCSRE에 작동 가능하게 연결된다. 일부 구현예에서, NTCSRE는 기능성 핵산 서열, 예를 들어 비표적세포에서 레트로바이러스 핵산의 분해 또는 저해를 야기하는 miRNA 인식 부위이다. 일부 구현예에서, 핵산 서열은 기능성 RNA 서열을 인코딩하고, 예를 들어 핵산은 외인성 단백질 작용제를 인코딩하는 mRNA에 존재하는 miRNA 서열을 인코딩하여, mRNA가 비표적세포에서 분해 또는 저해되도록 한다. 일부 구현예에서, NTCSRE는 외인성 작용제의 하향조절제 또는 저해제의 수준 또는 활성을 증가시킨다. "음성 TCSRE" 및 "NTCSRE"라는 용어는, 본원에서 상호교환적으로 사용된다.
본원에 사용된 "비CNS세포 특이적 조절 요소"는, 표적세포가 CNS세포인 경우의 비표적세포 특이적 조절 요소(NTCSRE)를 나타낸다. 따라서, 비CNS세포 특이적 조절 요소는, 외인성 작용제를 인코딩하는 핵산이 비CNS세포 특이적 조절 요소에 작동 가능하게 연결되는 경우, CNS세포와 비교하여 비CNS세포에서 외인성 작용제의 수준을 감소시키는 핵산 서열을 나타낸다.
본원에 사용된 "재표적화된 푸소겐"은, 자연 발생 형태의 푸소겐의 일부가 아닌 서열을 갖는 표적화 모이어티를 포함하는 푸소겐을 나타낸다. 구현예에서, 푸소겐은 자연 발생 형태의 푸소겐에서의 표적화 모이어티와 상이한 표적화 모이어티를 포함한다. 구현예에서, 자연 발생 형태의 푸소겐에는 표적화 도메인이 결여되어 있고, 재표적화된 푸소겐은 자연 발생 형태의 푸소겐에 존재하지 않는 표적화 모이어티를 포함한다. 구현예에서, 푸소겐은 표적화 모이어티를 포함하도록 변형된다. 구현예에서, 푸소겐은, 예를 들어 막관통 도메인, 융합 활성 도메인 또는 세포질 도메인에서, 자연 발생 형태의 푸소겐에 비해 표적화 모이어티의 외부에 하나 이상의 서열 변경을 포함한다.
본원에 사용된 "레트로바이러스 핵산"은, 단독으로, 또는 헬퍼 세포, 헬퍼 바이러스 또는 헬퍼 플라스미드와 조합으로, 레트로바이러스 또는 레트로바이러스 벡터로의 패키징을 위한 적어도 최소의 서열 요건을 함유하는 핵산을 나타낸다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 핵산은 외인성 작용제, 양성 표적세포 특이적 조절 요소, 비표적세포 특이적 조절 요소 또는 음성 TCSRE를 추가로 포함하거나 인코딩한다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 핵산은 5' LTR(예를 들어, 통합을 촉진시키기 위함), U3(예를 들어, 바이러스 게놈 RNA 전사를 활성화시키기 위함), R(예를 들어, Tat-결합 영역), U5, 3' LTR(예를 들어, 통합을 촉진시키기 위함), 패키징 부위(예를 들어, psi(Ψ)), RRE(예를 들어, Rev에 결합하여 핵 방출을 촉진시키기 위함) 중 하나 이상(예를 들어, 전부)을 포함한다. 레트로바이러스 핵산은 RNA(예를 들어, 비리온의 일부인 경우) 또는 DNA(예를 들어, 원천세포에 도입될 때 또는 수용세포에서의 역전사 후)를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 핵산은 gap, pol 및 env 중 하나 이상(예를 들어, 전부)을 포함하는 헬퍼 세포, 헬퍼 바이러스 또는 헬퍼 플라스미드를 사용하여 패키징된다.
본원에 사용된 "표적세포"는, 푸소좀(예를 들어, 렌티바이러스 벡터)이 외인성 작용제를 전달하는 것이 바람직한 유형의 세포를 나타낸다. 구현예에서, 표적세포는 특정 조직 유형 또는 부류의 세포, 예를 들어 CNS세포, 예를 들어 뉴런 또는 아교세포이다. 일부 구현예에서, 표적세포는 병든 세포, 예를 들어 암세포이다. 일부 구현예에서, 푸소겐, 예를 들어 재표적화된 푸소겐(단독으로, 또는 양성 TCSRE, NTCSRE, 음성 TCSRE 또는 이들의 임의의 조합과 조합으로)은 비표적세포와 비교하여 표적세포로의 외인성 작용제의 우선적 전달을 유도한다.
본원에 사용된 "비표적세포"는, 렌티바이러스 벡터가 외인성 작용제를 전달하는 것이 바람직하지 않은 유형의 세포를 나타낸다. 일부 구현예에서, 비표적세포는 특정 조직 유형 또는 부류의 세포이다. 일부 구현예에서, 비표적세포는 병들지 않은 세포, 예를 들어 비암성세포이다. 일부 구현예에서, 푸소겐, 예를 들어 재표적화된 푸소겐(단독으로, 또는 양성 TCSRE, NTCSRE, 음성 TCSRE 또는 이들의 임의의 조합과 조합으로)은 표적세포와 비교하여 비표적세포로의 외인성 작용제의 더 적은 전달을 유도한다.
본원에 사용된 "치료하다", "치료하는" 또는 "치료"는, 질환 또는 장애를 개선시키는 것, 예를 들어 질환 또는 장애, 예를 들어 장애의 원인 또는 이의 임상 증상 중 적어도 하나의 발달을 느리게 하거나 중단시키거나 감소시키는 것을 나타낸다.
본원에 사용된 "세포생물제제(cytobiologic)"는, 내강 및 세포막을 포함하는 세포의 일부, 또는 부분적으로 또는 완전히 핵 불활성화된 세포를 나타낸다. 일부 구현예에서, 세포생물제제는 세포골격 구성요소, 세포소기관 및 리보솜 중 하나 이상을 포함한다. 구현예에서, 세포생물제제는 제핵된(enucleated) 세포, 미세소포 또는 유령 세포(cell ghost)이다.
II. 푸소좀, 예를 들어 세포 유래 푸소좀
푸소좀은 다양한 형태를 취할 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소좀은 원천세포에서 유도된 것이다. 푸소좀은, 예를 들어 세포외 소포, 미세소포, 나노소포, 엑소좀, 세포자멸체(세포자멸사 세포 유래), 미세입자(예를 들어, 혈소판에서 유도될 수 있음), 엑토좀(예를 들어, 혈청 내 호중구 및 단핵구에서 유도 가능함), 프로스타토좀(prostatosome)(전립선 암세포에서 수득 가능함), 카디오좀(cardiosome)(심장세포에서 유도 가능함) 또는 이들의 임의의 조합이거나, 이를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 원천세포에서 자연적으로 방출되고, 일부 구현예에서 원천세포는 푸소좀의 형성을 증강시키도록 처리된다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 직경이 약 10 nm 내지 10,000 nm이며, 예를 들어 직경이 약 30 nm 내지 100 nm이다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 하나 이상의 합성 지질을 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 바이러스, 예를 들어 레트로바이러스, 예를 들어 렌티바이러스이거나 이를 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 푸소좀의 양친매성 지질의 이중층은 바이러스 외피이거나 이를 포함한다. 바이러스 외피는 푸소겐, 예를 들어 바이러스에 내인성인 푸소겐 또는 위형화된(pseudotyped) 푸소겐을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀의 내강 또는 공동은 바이러스 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산, 예를 들어 렌티바이러스 핵산을 포함한다. 바이러스 핵산은 바이러스 게놈일 수 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 이의 공동 또는 내강에 하나 이상의 바이러스 비(非)구조 단백질을 추가로 포함한다.
푸소좀은 페이로드의 표적세포로의 전달을 용이하게 하는 다양한 특성을 가질 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 푸소좀과 원천세포는 함께 표적세포와 융합할 수 있는 입자를 만드는 데 충분한 핵산(들)을 포함한다. 구현예에서, 이러한 핵산(들)은 gag 다단백질 활성, 폴리머라아제 활성, 인테그라아제 활성, 프로테아제 활성 및 푸소겐 활성과 같은 활성 중 하나 이상(예를 들어, 전부)을 갖는 단백질을 인코딩한다.
푸소좀은 또한 표적세포로의 페이로드의 전달을 용이하게 하는 다양한 구조를 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 푸소좀과 원천세포는 함께 표적세포와 융합할 수 있는 입자를 만드는 데 충분한 핵산(들)을 포함한다. 구현예에서, 이러한 핵산(들)은 gag 다단백질 활성, 폴리머라아제 활성, 인테그라아제 활성, 프로테아제 활성 및 푸소겐 활성과 같은 활성 중 하나 이상(예를 들어, 전부)을 갖는 단백질을 인코딩한다.
푸소좀은 또한 표적세포로의 페이로드의 전달을 용이하게 하는 다양한 구조를 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 푸소좀(예를 들어, 바이러스, 예를 들어 레트로바이러스, 예를 들어 렌티바이러스)은 gag 다단백질, 폴리머라아제(예를 들어, pol), 인테그라아제(예를 들어, 기능성 또는 비기능성 변이체), 프로테아제 및 푸소겐과 같은 단백질 중 하나 이상(예를 들어, 전부)을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 rev를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 언급한 단백질 중 하나 이상은 레트로바이러스 게놈에서 인코딩되며, 일부 구현예에서, 상기 언급한 단백질 중 하나 이상은, 예를 들어 헬퍼 세포, 헬퍼 바이러스 또는 헬퍼 플라스미드에 의해 트랜스로 제공된다. 일부 구현예에서, 푸소좀 핵산(예를 들어, 레트로바이러스 핵산)은 5' LTR(예를 들어, U5를 포함하고 기능성 U3 도메인이 결여됨), Psi 패키징 요소(Psi), 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 중심 폴리퓨린관(cPPT) 프로모터, 페이로드 유전자(선택적으로 오픈리딩프레임 전에 인트론을 포함함), Poly A 꼬리 서열, WPRE 및 3' LTR(예를 들어, U5를 포함하고 기능성 U3이 결여됨)과 같은 핵산 서열 중 하나 이상(예를 들어, 전부)을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀 핵산(예를 들어, 레트로바이러스 핵산)은 하나 이상의 절연인자 요소를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀 핵산(예를 들어, 레트로바이러스 핵산)은 하나 이상의 miRNA 인식 부위를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, miRNA 인식 부위 중 하나 이상은 poly A 꼬리 서열의 다운스트림에, 예를 들어 poly A 꼬리 서열과 WPRE 사이에 위치한다.
일부 구현예에서, 본원에 제공된 푸소좀은 대상, 예를 들어 포유류, 예를 들어 인간에게 투여된다. 상기와 같은 구현예에서, 대상은 특정 질환 또는 병태(예를 들어, 본원에 기재된 질환 또는 병태)의 위험이 있을 수 있거나, 이의 증상을 가질 수 있거나, 또는 이로 진단되거나 이를 앓고 있는 것으로 확인될 수 있다. 하나의 구현예에서, 대상은 표 5 또는 표 6에 열거된 임의의 것과 같은 유전자 결핍을 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 질환 또는 병태를 치료하기 위한, 예컨대 유전자 결핍을 치료하기 위한 외인성 작용제를 인코딩하는 핵산 서열을 함유한다.
A. 바이러스에서 생성된 푸소좀.
예를 들어, 일부 구현예에서, 푸소좀(예를 들어, 바이러스, 예를 들어 레트로바이러스, 예를 들어 렌티바이러스)은 gag 다단백질, 폴리머라아제(예를 들어, pol), 인테그라아제(예를 들어, 기능성 또는 비기능성 변이체), 프로테아제 및 푸소겐과 같은 단백질 중 하나 이상(예를 들어, 전부)을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 rev를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 언급한 단백질 중 하나 이상은 레트로바이러스 게놈에서 인코딩되며, 일부 구현예에서, 상기 언급한 단백질 중 하나 이상은, 예를 들어 헬퍼 세포, 헬퍼 바이러스 또는 헬퍼 플라스미드에 의해 트랜스로 제공된다. 일부 구현예에서, 푸소좀 핵산(예를 들어, 레트로바이러스 핵산)은 5' LTR(예를 들어, U5를 포함하고 기능성 U3 도메인이 결여됨), Psi 패키징 요소(Psi), 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 중심 폴리퓨린관(cPPT) 프로모터, 페이로드 유전자(선택적으로 오픈리딩프레임 전에 인트론을 포함함), Poly A 꼬리 서열, WPRE 및 3' LTR(예를 들어, U5를 포함하고 기능성 U3이 결여됨)과 같은 핵산 서열 중 하나 이상(예를 들어, 전부)을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀 핵산(예를 들어, 레트로바이러스 핵산)은 하나 이상의 절연인자 요소를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀 핵산(예를 들어, 레트로바이러스 핵산)은 하나 이상의 miRNA 인식 부위를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, miRNA 인식 부위 중 하나 이상은 poly A 꼬리 서열의 다운스트림에, 예를 들어 poly A 꼬리 서열과 WPRE 사이에 위치한다.
i) 렌티바이러스 구성요소 및 헬퍼 세포
일부 구현예에서, 레트로바이러스 핵산은 5' 프로모터(예를 들어, 전체 패키징된 RNA의 발현을 제어하기 위함), 5' LTR(예를 들어, R(폴리아데닐화 꼬리 신호) 및/또는 U5(이는 프라이머 활성화 신호를 포함함)를 포함함), 프라이머 결합 부위, psi 패키징 신호, 핵 방출용 RRE 요소, 전이유전자 발현을 제어하기 위해 전이유전자의 바로 업스트림에 있는 프로모터, 전이유전자(또는 다른 외인성 작용제 요소), 폴리퓨린관 및 3' LTR(예를 들어, 돌연변이된 U3, R 및 U5를 포함함) 중 하나 이상(예를 들어, 전부)을 포함한다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 핵산은 cPPT, WPRE 및/또는 절연인자 요소 중 하나 이상을 추가로 포함한다.
레트로바이러스는 전형적으로 이의 게놈 RNA를 선형 이중가닥 DNA 카피로 역전사하여 복제한 후, 게놈 DNA를 숙주 게놈에 공유결합으로 통합시킨다. 특정 구현예에 사용하는 데 적합한 예시적인 레트로바이러스에는, 비제한적으로, 몰로니(Moloney)쥐백혈병바이러스(M-MuLV), 몰로니쥐육종바이러스(MoMSV), 하베이(Harvey)쥐육종바이러스(HaMuSV), 쥐유선종양바이러스(MuMTV), 긴팔원숭이백혈병바이러스(GaLV), 고양이백혈병바이러스(FLV), 스푸마바이러스(spumavirus), 프리엔드(Friend)쥐백혈병바이러스, 쥐줄기세포바이러스(MSCV) 및 라우스육종(Rous Sarcoma) 바이러스(RSV) 및 렌티바이러스가 포함된다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스는 감마레트로바이러스이다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스는 엡실론레트로바이러스이다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스는 알파레트로바이러스이다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스는 베타레트로바이러스이다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스는 델타레트로바이러스이다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스는 렌티바이러스이다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스는 스푸마레트로바이러스이다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스는 내인성 레트로바이러스이다.
예시적인 렌티바이러스에는, 비제한적으로, HIV(인간면역결핍바이러스; 제1형 HIV 및 제2형 HIV 포함); 비스나-메디(visna-maedi)바이러스(VMV); 염소관절염-뇌염바이러스(CAEV); 말전염성빈혈바이러스(EIAV); 고양이 면역결핍바이러스(FIV); 소 면역결핍바이러스(BIV) 및 원숭이 면역결핍바이러스(SIV)가 포함된다. 일부 구현예에서, HIV 기반 벡터 백본(즉, HIV 시스-작용 서열 요소)이 사용된다.
일부 구현예에서, 본원의 벡터는 또 다른 핵산 분자를 전달하거나 수송할 수 있는 핵산 분자이다. 전달된 핵산은 일반적으로 벡터 핵산 분자에 연결되며, 예를 들어 이에 삽입된다. 벡터는 세포에서 자가 복제를 지시하는 서열을 포함하거나, 숙주세포 DNA로의 통합을 가능하게 하는 데 충분한 서열을 포함할 수 있다. 유용한 벡터에는, 예를 들어 플라스미드(예를 들어, DNA 플라스미드 또는 RNA 플라스미드), 트랜스포존(transposon), 코스미드(cosmid), 박테리아 인공 염색체 및 바이러스 벡터가 포함된다. 유용한 바이러스 벡터에는, 예를 들어 복제 결함 레트로바이러스 및 렌티바이러스가 포함된다.
바이러스 벡터는, 예를 들어 전형적으로 핵산 분자의 전달, 또는 세포의 게놈으로의 통합 또는 핵산 전달을 매개하는 바이러스 입자에의 통합을 용이하게 하는 바이러스 유래 핵산 요소를 포함하는 핵산 분자(예를 들어, 전달 플라스미드)를 포함할 수 있다. 바이러스 입자는 전형적으로 다양한 바이러스 구성요소를 포함하며, 때때로 핵산(들) 이외에 숙주세포 구성요소도 포함한다. 바이러스 벡터는, 예를 들어 핵산을 세포 내로 또는 전달된 핵산(예를 들어, 네이키드(naked) DNA로서)에 전달할 수 있는 바이러스 또는 바이러스 입자를 포함할 수 있다. 바이러스 벡터 및 전달 플라스미드는 주로 바이러스에서 유도되는 구조적 및/또는 기능성 유전 요소를 포함할 수 있다. 레트로바이러스 벡터는 주로 레트로바이러스에서 유도되는 구조적 및 기능성 유전 요소, 또는 이의 일부를 함유하는 바이러스 벡터 또는 플라스미드를 포함할 수 있다. 렌티바이러스 벡터는 주로 렌티바이러스에서 유도되는 LTR을 포함하여, 구조적 및 기능성 유전 요소, 또는 이의 일부를 함유하는 바이러스 벡터 또는 플라스미드를 포함할 수 있다.
구현예에서, 렌티바이러스 벡터(예를 들어, 렌티바이러스 발현 벡터)는 렌티바이러스 전달 플라스미드(예를 들어, 네이키드 DNA로서) 또는 감염성 렌티바이러스 입자를 포함할 수 있다. 클로닝 부위, 프로모터, 조절 요소, 이종 핵산 등과 같은 요소에 관하여, 이러한 요소의 서열은 렌티바이러스 입자에서 RNA 형태로 존재할 수 있고, DNA 플라스미드에서 DNA 형태로 존재할 수 있음을 이해해야 한다.
본원에 기재된 일부 벡터에서, 복제에 기여하거나 이에 필요한 하나 이상의 단백질 코딩 영역의 적어도 일부는 상응하는 야생형 바이러스와 비교하여 존재하지 않을 수 있다. 이는 바이러스 벡터 복제 결함을 만든다. 일부 구현예에서, 벡터는 표적 비(非)분열 숙주세포를 형질도입하고/하거나 이의 게놈을 숙주 게놈에 통합할 수 있다.
야생형 레트로바이러스 게놈의 구조는 종종 5' 긴말단반복(LTR: long terminal repeat) 및 3' LTR(이들 사이 또는 내부에 게놈이 패키징되는 것을 가능하게 하는 패키징 신호가 위치함), 프라이머 결합 부위, 숙주세포 게놈에의 통합을 가능하게 하는 통합 부위, 및 바이러스 입자의 어셈블리를 촉진시키는 패키징 구성요소를 인코딩하는 gag, pol 및 env 유전자를 포함한다. 더 복잡한 레트로바이러스는 HIV에서의 rev 및 RRE 서열과 같은 추가의 특징을 갖고 있으며, 이는 통합된 프로바이러스의 RNA 전사체를 핵에서 감염된 표적세포의 세포질로 효율적으로 방출할 수 있다. 프로바이러스에서, 바이러스 유전자에는 양쪽 말단에 긴말단반복(LTR)으로 불리는 영역이 있다. LTR은 프로바이러스 통합 및 전사에 관여한다. LTR은 또한 인핸서-프로모터 서열로서 작용하며, 바이러스 유전자의 발현을 제어할 수 있다. 레트로바이러스 RNA의 캡시드화(encapsidation)는 바이러스 게놈의 5' 말단에 위치하는 psi 서열에 의해 일어난다.
LTR 자체는 전형적으로 U3, R 및 U5로 불리는 3가지 요소로 나뉠 수 있는 유사한(예를 들어, 동일한) 서열이다. U3은 RNA의 3' 말단에 고유한 서열에서 유도된다. R은 RNA의 양쪽 말단에서 반복되는 서열에서 유도되고, U5는 RNA의 5' 말단에 고유한 서열에서 유도된다. 3가지 요소의 크기는 상이한 레트로바이러스에서 상당히 다를 수 있다.
바이러스 게놈의 경우, 전사 개시 부위는 전형적으로 하나의 LTR에서 U3과 R 사이의 경계에 존재하며, poly(A) 부가(종결)의 부위는 다른 LTR에서 R과 U5 사이에 존재한다. U3은 프로바이러스의 대부분의 전사 제어 요소를 함유하며, 이에는 세포, 및 일부 경우에 바이러스 전사 활성화 단백질에 반응하는 프로모터 및 다수의 인핸서 서열이 포함된다. 일부 레트로바이러스는 유전자 발현의 조절에 관여하는 단백질을 코딩하는 유전자인 tot, rev, tax 및 rex 중 하나 이상을 포함한다.
구조 유전자 gag, pol 및 env 자체와 관련하여, gag는 바이러스의 내부 구조 단백질을 인코딩한다. gag 단백질은 성숙 단백질 MA(매트릭스), CA(캡시드) 및 NC(뉴클레오캡시드)로 단백질분해된다. pol 유전자는 DNA 폴리머라아제를 함유하는 역전사효소(RT), 관련 RNase H, 및 게놈의 복제를 매개하는 인테그라아제(IN)를 인코딩한다. env 유전자는 세포 수용체 단백질과 특이적으로 상호작용하는 복합체를 형성하는, 비리온의 표면(SU) 당단백질과 막관통(TM) 단백질을 인코딩한다. 이러한 상호작용은, 예를 들어 바이러스막과 세포막의 융합에 의해 감염을 촉진시킨다.
복제 결함 레트로바이러스 벡터 게놈에서, gag, pol 및 env는 존재하지 않거나 기능성이 없을 수 있다. RNA의 양쪽 말단에 있는 R 영역은 전형적으로 반복되는 서열이다. U5 및 U3은, 각각, RNA 게놈의 5' 말단 및 3' 말단에 있는 고유한 서열을 나타낸다.
레트로바이러스는 또한 gag, pol 및 env 이외의 단백질을 코딩하는 추가 유전자를 함유할 수 있다. 추가 유전자의 예에는(HIV에서), vif, vpr, vpx, vpu, tat, rev 및 nef 중 하나 이상이 포함된다. EIAV는 (특히) 추가 유전자 S2를 갖는다. 추가 유전자에 의해 인코딩된 단백질은 다양한 기능을 담당하며, 이 중 일부는 세포 단백질에 의해 제공되는 기능을 복제할 수 있다. EIAV에서, 예를 들어 tat은 바이러스 LTR의 전사 활성화제로서 작용한다(문헌[Derse and Newbold 1993 Virology 194:530-6]; 문헌[Maury et al. 1994 Virology 200:632-42]). 이는 TAR로 지칭되는 안정한 스템 루프(stem-loop) RNA 2차 구조에 결합한다. rev는 rev-반응 요소(RRE)를 통해 바이러스 유전자의 발현을 조절하고 조정한다(문헌[Martarano et al. 1994 J. Virol. 68:3102-11]). 이러한 2가지 단백질의 작용 메커니즘은 영장류 바이러스에서의 유사한 메커니즘과 상당히 유사한 것으로 여겨진다. 또한, 막관통 단백질의 시작에서 env 코딩 서열에 스플라이싱된 tat의 첫 번째 엑손에 의해 인코딩된 EIAV 단백질인 ttm이 확인되었다.
프로테아제, 역전사효소 및 인테그라아제에 더하여, 비(非)영장류 렌티바이러스는 dUTPase를 코딩하는 4번째 pol 유전자 산물을 함유한다. 이는 분열하지 않거나 서서히 분열하는 특정 세포 유형을 감염시키는 이러한 렌티바이러스의 능력에서 역할을 할 수 있다.
구현예에서, 재조합 렌티바이러스 벡터(RLV)는 패키징 구성요소의 존재 하에서, RNA 게놈의, 표적세포를 감염시킬 수 있는 바이러스 입자로의 패키징을 가능하게 하는 데 충분한 레트로바이러스 유전 정보를 갖는 벡터이다. 표적세포의 감염은 역전사 및 표적세포 게놈으로의 통합을 포함할 수 있다. RLV는 전형적으로 벡터에 의해 전달되는 비(非)바이러스 코딩 서열을 표적세포로 운반한다. 구현예에서, RLV는 표적세포 내에서 감염성 레트로바이러스 입자를 생성하기 위한 독립적인 복제가 불가능하다. 통상적으로, RLV에는 기능성 gag-pol 및/또는 env 유전자 및/또는 복제에 관여하는 다른 유전자가 결여되어 있다. 상기 벡터는, 예를 들어 PCT 특허출원 WO 99/15683(이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재된 바와 같이, 스플릿-인트론(split-intron) 벡터로 구성될 수 있다.
일부 구현예에서, 렌티바이러스 벡터는 최소 바이러스 게놈을 포함하며, 예를 들어 바이러스 벡터는, 예를 들어 WO 98/17815(이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재된 바와 같이, 관심 뉴클레오타이드 서열을 표적 숙주세포에 감염시키고, 형질도입하고, 전달하는 데 필요한 기능성을 제공하기 위해, 비필수 요소를 제거하고 필수 요소를 보유하도록 조작된다.
최소 렌티바이러스 게놈은, 예를 들어 (5')R-U5-하나 이상의 제1 뉴클레오타이드 서열-U3-R(3')을 포함할 수 있다. 하지만, 원천세포 내에서 렌티바이러스 게놈을 생성하는데 사용되는 플라스미드 벡터는 또한, 원천세포에서 게놈의 전사를 지시하도록 렌티바이러스 게놈에 작동 가능하게 연결된 전사 조절 제어 서열을 포함할 수 있다. 이러한 조절 서열은 전사된 레트로바이러스 서열과 관련된 천연 서열, 예를 들어 5' U3 영역을 포함하거나, 또 다른 바이러스 프로모터, 예를 들어 CMV 프로모터와 같은 이종 프로모터를 포함할 수 있다. 일부 렌티바이러스 게놈은 효율적인 바이러스 생성을 촉진시키기 위해 추가의 서열을 포함한다. 예를 들어, HIV의 경우, rev 및 RRE 서열이 포함될 수 있다. 대안적으로 또는 조합으로, 코돈 최적화가 사용될 수 있으며, 예를 들어 외인성 작용제를 인코딩하는 유전자는, 예를 들어 WO 01/79518(이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재된 바와 같이 코돈 최적화될 수 있다. rev/RRE 시스템과 유사하거나 동일한 기능을 수행하는 대안적인 서열이 또한 사용될 수 있다. 예를 들어, rev/RRE 시스템의 기능성 유사체는 메이슨 화이자(Mason Pfizer) 원숭이바이러스에서 발견된다. 이는 CTE로 공지되어 있으며, 감염된 세포의 인자와 상호작용하는 것으로 여겨지는 게놈의 RRE 유형 서열을 포함한다. 세포 인자는 rev 유사체로 여겨질 수 있다. 따라서, CTE는 rev/RRE 시스템에 대한 대안으로 사용될 수 있다. 또한, HTLV-I의 Rex 단백질은 HIV-I의 Rev 단백질을 기능적으로 대체할 수 있다. Rev와 Rex는 IRE-BP에 유사한 영향을 미친다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 핵산(예를 들어, 렌티바이러스 핵산, 예를 들어 영장류 또는 비(非)영장류 렌티바이러스 핵산)은 다음과 같은 특징을 갖는다: (1) 결실된 gag 유전자를 포함하며, 여기서 gag에서의 결실은 gag 코딩 서열의 약 350번째 또는 354번째의 뉴클레오타이드의 다운스트림에 있는 하나 이상의 뉴클레오타이드를 제거함; (2) 레트로바이러스 핵산에는 존재하지 않는 하나 이상의 보조 유전자를 가짐; (3) tat 유전자가 결여되어 있지만, 5' LTR의 말단과 gag의 ATG 사이에 리더 서열을 포함함; (4) (1), (2) 및 (3)의 조합. 일 구현예에서, 렌티바이러스 벡터는 (1), (2) 및 (3)의 모든 특징을 포함한다. 이러한 전략은 WO 99/32646(이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 보다 상세하게 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 영장류 렌티바이러스 최소 시스템은 벡터 생성, 또는 분열 및 비분열 세포의 형질도입을 위해 HIV/SIV 추가 유전자 vif, vpr, vpx, vpu, tat, rev 및 nef 중 어느 것도 필요로 하지 않는다. 일부 구현예에서, EIAV 최소 벡터 시스템은 벡터 생성, 또는 분열 및 비분열 세포의 형질도입을 위해 S2를 필요로 하지 않는다.
추가 유전자의 결실은 렌티바이러스(예를 들어, HIV) 감염에서 질환과 관련된 유전자 없이 벡터가 생성되는 것을 가능하게 할 수 있다. 특히, tat은 질환과 관련이 있다. 두 번째로, 추가 유전자의 결실은 벡터가 더 많은 이종 DNA를 패키징하는 것을 가능하게 한다. 세 번째로, S2와 같은 기능이 공지되어 있지 않은 유전자를 생략하여, 바람직하지 않은 영향을 유발할 위험을 감소시킬 수 있다. 최소 렌티바이러스 벡터의 예는, WO 99/32646 및 WO 98/17815에 개시되어 있다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 핵산에는 적어도 tat 및 S2(EIAV 벡터 시스템인 경우), 및 가능하게는 또한 vif, vpr, vpx, vpu 및 nef가 없다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 핵산에는 또한 rev, RRE 또는 둘 모두가 없다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 핵산은 vpx를 포함한다. vpx 폴리펩타이드는 세포질에서 유리 dNTP를 분해하는 SAMHD1 제한인자에 결합하여 이의 분해를 유도한다. 따라서, vpx가 SAMHD1을 분해하여 역전사 활성이 증가함에 따라 세포질 내 유리 dNTP의 농도가 증가하여, 레트로바이러스 게놈의 역전사 및 표적세포 게놈에의 통합이 용이해진다.
상이한 세포는 특정 코돈의 사용법이 상이하다. 이러한 코돈 편향은 세포 유형에서 특정 tRNA의 상대적인 풍부함의 편향에 해당한다. 서열에서 코돈을 변경하여 상응하는 tRNA의 상대적인 풍부함과 일치하도록 조정함으로써, 발현을 증가시킬 수 있다. 마찬가지로, 특정 세포 유형에서 상응하는 tRNA가 드문 것으로 공지된 코돈을 고의적으로 선별하여 발현을 감소시킬 수 있다. 따라서, 추가 수준의 번역 제어가 이용 가능하다. 코돈 최적화에 대한 추가의 설명은, 예를 들어 WO 99/41397(이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에서 확인할 수 있다.
HIV 및 다른 렌티바이러스를 포함하여 다수의 바이러스는 다수의 희귀 코돈을 사용하며, 통상적으로 사용되는 포유류 코돈에 상응하도록 이를 변경하여, 포유류 생산세포(producer cell)에서 패키징 구성요소의 발현을 증가시킬 수 있다.
코돈 최적화는 다수의 다른 이점을 갖는다. 서열 변경으로 인해, RNA 불안정성 서열(INS)이 패키징 구성요소를 인코딩하는 뉴클레오타이드 서열로부터 감소 또는 제거될 수 있다. 동시에, 패키징 구성요소에 대한 아미노산 서열 코딩 서열은, 이러한 서열에 의해 인코딩되는 바이러스 구성요소가 동일하게, 또는 패키징 구성요소의 기능이 손상되지 않도록 적어도 충분히 유사하게 유지되도록 보유된다. 일부 구현예에서, 코돈 최적화는 또한 방출을 위한 rev/RRE 요건을 극복하여, 최적화된 서열 rev를 독립적으로 만든다. 일부 구현예에서, 코돈 최적화는 또한 벡터 시스템 내 상이한 구조체 사이(예를 들어, gag-pol의 중첩 영역과 env 오픈리딩프레임 사이)의 동종 재조합을 감소시킨다. 일부 구현예에서, 코돈 최적화는 바이러스 역가의 증가 및/또는 안전성의 개선을 유도한다.
일부 구현예에서, INS와 관련된 코돈만 코돈 최적화된다. 다른 구현예에서, 상기 서열은, gag-pol의 프레임시프트(frameshift) 부위를 포함하는 서열을 제외하고는, 전체적으로 코돈 최적화된다.
gag-pol 유전자는 gag-pol 단백질을 인코딩하는 2개의 중첩 리딩 프레임을 포함한다. 두 가지 단백질의 발현은 번역 동안 프레임시프트에 따라 달라진다. 이러한 프레임시프트는 번역 동안 리보솜 "미끄러짐(slippage)"의 결과로 일어난다. 이러한 미끄러짐은 적어도 부분적으로 리보솜 중단(ribosome-stalling) RNA 2차 구조에 의해 야기되는 것으로 여겨진다. 이러한 2차 구조는 gag-pol 유전자에서 프레임시프트 부위의 다운스트림에 존재한다. HIV의 경우, 중첩 영역은 gag의 시작 부분의 다운스트림에 있는 1222번째 뉴클레오타이드(여기서, 1번째 뉴클레오타이드는 gag ATG의 A임)에서 gag의 말단(nt 1503)까지 확장된다. 결과적으로, 프레임시프트 부위와 2개의 리딩 프레임의 중첩 영역에 걸쳐있는 281 bp 단편은 바람직하게는 코돈 최적화되지 않는다. 일부 구현예에서, 이러한 단편을 보유하는 것은 gag-pol 단백질의 보다 효율적인 발현을 가능하게 할 것이다. EIAV의 경우, 중첩의 시작은 nt 1262(여기서, 1번째 뉴클레오타이드는 gag ATG의 A임)에 있다. 중첩의 끝은 nt 1461에 있다. 프레임시프트 부위와 gag-pol 중첩이 보존되는 것을 보장하기 위해, 야생형 서열은 nt 1156에서 nt 1465까지 유지될 수 있다.
예를 들어 편리한 제한 부위를 수용하기 위해 최적의 코돈 사용법이 유도될 수 있으며, 보존적 아미노산 변경이 gag-pol 단백질에 도입될 수 있다.
일부 구현예에서, 코돈 최적화는 포유류 시스템에서 코돈 사용이 불량한 코돈을 기반으로 한다. 제3, 및 때때로 제2 및 제3 염기가 변경될 수 있다.
유전자 코드의 축퇴성(degenerate nature)으로 인해, 당업자에 의해 다수의 gag-pol 서열이 달성될 수 있음을 이해할 것이다. 또한, 코돈 최적화된 gag-pol 서열을 생성하기 위해 시작 부분으로 사용될 수 있는 다수의 레트로바이러스 변이체가 기재되어 있다. 렌티바이러스 게놈은 매우 다양할 수 있다. 예를 들어, 여전히 기능성인 HIV-I의 다수의 유사 종이 존재한다. 이는 EIAV의 경우에도 마찬가지이다. 이러한 변이체는 형질도입 과정의 특정 부분을 증강시키는 데 사용될 수 있다. HIV-I 변이체의 예는 로스 앨러모스 국립연구소(Los Alamos National Laboratory)에서 관리하는 HIV 데이터베이스에서 확인할 수 있다. EIAV 클론에 대한 상세한 내용은 미국국립보건원(National Institutes of Health)에서 관리하는 NCBI 데이터베이스에서 확인할 수 있다.
코돈 최적화된 gag-pol 서열에 대한 전략은 임의의 레트로바이러스, 예를 들어 EIAV, FIV, BIV, CAEV, VMR, SIV, HIV-I 및 HIV-2와 관련하여 사용될 수 있다. 또한, 이러한 방법은 HTLV-I, HTLV-2, HFV, HSRV 및 인간 내인성 레트로바이러스(HERV), MLV 및 다른 레트로바이러스로부터의 유전자 발현을 증가시키는 데 사용될 수 있다.
상기 기재된 바와 같이, 레트로바이러스 벡터용 패키징 구성요소는 gag, pol 및 env 유전자의 발현 산물을 포함할 수 있다. 또한, 패키징은 4개 스템 루프의 짧은 서열, 이어서 패키징 신호로서 gag 및 env의 부분 서열을 이용할 수 있다. 따라서, (패키징 구조체의 전장 gag 서열에 더하여) 레트로바이러스 벡터 게놈에 결실된 gag 서열을 포함하는 것이 사용될 수 있다. 구현예에서, 레트로바이러스 벡터는 env 서열을 여전히 보유하는 벡터에 255개 내지 360개의 gag 뉴클레오타이드, 또는 스플라이스 공여체 돌연변이, gag 및 env 결실의 특정 조합에 약 40개의 gag 뉴클레오타이드를 포함하는 패키징 신호를 포함한다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터는 하나 이상의 결실을 포함하는 gag 서열을 포함하며, 예를 들어gag 서열은 N-말단에서 유도될 수 있는 약 360개의 뉴클레오타이드를 포함한다.
레트로바이러스 벡터, 헬퍼 세포, 헬퍼 바이러스 또는 헬퍼 플라스미드는 레트로바이러스 구조 및 보조 단백질, 예를 들어 gag, pol, env, tat, rev, vif, vpr, vpu, vpx 또는 nef 단백질, 또는 다른 레트로바이러스 단백질을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 단백질은 동일한 레트로바이러스에서 유도된 것이다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 단백질은 1종 초과의 레트로바이러스, 예를 들어 2종, 3종, 4종 또는 그 이상의 레트로바이러스에서 유도된 것이다.
gag 및 pol 코딩 서열은 일반적으로 천연 렌티바이러스에서 gag-pol 전구체로 구성된다. gag 서열은 p55로도 불리는 55-kD gag 전구체 단백질을 코딩한다. p55는 성숙화 과정 동안 바이러스로 인코딩된 프로테아제 4(pol 유전자의 산물)에 의해 MA(매트릭스[p17]), CA(캡시드[p24]), NC(뉴클레오캡시드[p9]) 및 p6으로 지정된 4가지의 작은 단백질로 절단된다. pol 전구체 단백질은 바이러스로 인코딩된 프로테아제에 의해 gag에서 분리되고, 추가로 분해되어 프로테아제(p10), RT(p50), RNase H(p15) 및 인테그라아제(p31) 활성을 분리한다.
천연 gag-pol 서열은 헬퍼 벡터(예를 들어, 헬퍼 플라스미드 또는 헬퍼 바이러스)에서 이용될 수 있거나, 변형이 이루어질 수 있다. 이러한 변형에는, gag 및 pol 서열이 상이한 바이러스(예를 들어, 상이한 종, 하위종, 균주, 계통 등)에서 수득되고/되거나, 상기 서열이 전사 및/또는 번역을 개선시키고/시키거나 재조합을 감소시키도록 변형된, 키메라 gag-pol이 포함된다.
다양한 예에서, 레트로바이러스 핵산은, (i) 야생형 INS1에 비해 RNA의 핵 방출의 제한을 감소시키는 돌연변이된 INS1 저해 서열을 포함하고, (ii) 프레임시프트 및 조기 종결을 유도하는 2개의 뉴클레오타이드 삽입을 함유하고/하거나, (iii) gag의 INS2, INS3 및 INS4 저해 서열을 포함하지 않는, gag 단백질의 150번째 내지 250번째(예를 들어, 168번째) 뉴클레오타이드 부분을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 벡터는 레트로바이러스(예를 들어, 렌티바이러스) 서열과 비(非)렌티바이러스 바이러스 서열을 모두 포함하는 하이브리드 벡터이다. 일부 구현예에서, 하이브리드 벡터는 역전사, 복제, 통합 및/또는 패키징을 위한 레트로바이러스, 예를 들어 렌티바이러스 서열을 포함한다.
특정한 특정 구현예에 따르면, 바이러스 벡터 백본 서열의 대부분 또는 전부는 렌티바이러스, 예를 들어 HIV-1에서 유도된 것이다. 하지만, 레트로바이러스 및/또는 렌티바이러스 서열의 다수의 상이한 공급원이 사용되거나 조합될 수 있으며, 본원에 기재된 기능을 수행하기 위한 전달 벡터의 능력을 손상시키지 않으면서 특정한 렌티바이러스 서열에서 다수의 치환 및 변경이 수용될 수 있음을 이해해야 한다. 다양한 렌티바이러스 벡터는 Naldini 등의 문헌(1996a, 1996b 및 1998); Zufferey 등의 문헌(1997); Dull 등의 문헌(1998), 미국 특허 제6,013,516호; 및 제5,994,136호에 기재되어 있으며, 이들 중 다수가 레트로바이러스 핵산을 생산하기 위해 조정될 수 있다.
프로바이러스의 각 말단에서, 긴말단반복(LTR)이 전형적으로 발견된다. LTR은 전형적으로 레트로바이러스 핵산의 말단에 위치하는 도메인을 포함하며, 이는 이의 천연 서열의 맥락에서 직접 반복되고, U3, R 및 U5 영역을 함유한다. LTR은 일반적으로 레트로바이러스 유전자의 발현(예를 들어, 유전자 전사체의 촉진, 개시 및 폴리아데닐화) 및 바이러스 복제를 촉진시킨다. LTR은 전사 제어 요소, 폴리아데닐화 신호, 및 바이러스 게놈의 복제 및 통합을 위한 서열을 포함하는 다수의 조절 신호를 포함할 수 있다. 바이러스 LTR은 전형적으로 U3, R 및 U5로 불리는 3개의 영역으로 나뉜다. U3 영역은 전형적으로 인핸서 및 프로모터 요소를 함유한다. U5 영역은 전형적으로 프라이머 결합 부위와 R 영역 사이의 서열이며, 폴리아데닐화 서열을 함유할 수 있다. R(반복) 영역의 측면에는 U3 영역과 U5 영역이 있을 수 있다. LTR은 전형적으로 U3, R 및 U5 영역으로 구성되며, 바이러스 게놈의 5' 말단과 3' 말단에 모두 나타날 수 있다. 일부 구현예에서, 게놈의 역전사를 위한 서열(tRNA 프라이머 결합 부위) 및 바이러스 RNA의 입자로의 효율적인 패키징을 위한 서열(Psi 부위)이 5' LTR에 인접해 있다.
패키징 신호는 바이러스 RNA의 바이러스 캡시드 또는 입자에의 삽입을 매개하는 레트로바이러스 게놈 내에 위치한 서열을 포함할 수 있다(예를 들어, 문헌[Clever et al., 1995. J. of Virology, Vol. 69, No. 4; pp. 2101-2109] 참조). 몇몇 레트로바이러스 벡터는 바이러스 게놈의 캡시드화를 위해 최소 패키징 신호(파이[Ψ] 서열)를 사용한다.
다양한 구현예에서, 레트로바이러스 핵산은 변형된 5' LTR 및/또는 3' LTR을 포함한다. LTR 중 어느 하나 또는 둘 모두는, 비제한적으로, 하나 이상의 결실, 삽입 또는 치환을 포함하는 하나 이상의 변형을 포함할 수 있다. 3' LTR의 변형은 종종 렌티바이러스 또는 레트로바이러스 시스템의 안전성을 개선시키기 위해, 바이러스에 복제 결함, 예를 들어 감염성 비리온이 생성되지 않도록 완전하고 효과적인 복제를 불가능하게 하는 바이러스(예를 들어, 복제 결함 렌티바이러스 자손)를 부여함으로써 이루어진다.
일부 구현예에서, 벡터는 U3 영역으로 공지된 우측(3') LTR 인핸서-프로모터 영역이 바이러스 복제의 첫 번째 라운드를 넘어서는 바이러스 전사를 방지하기 위해 (예를 들어, 결실 또는 치환에 의해) 변형된, 자가-불활성화(SIN) 벡터, 예를 들어 복제 결함 벡터, 예를 들어 레트로바이러스 또는 렌티바이러스 벡터이다. 이는, 우측(3') LTR U3 영역이 바이러스 복제 동안 좌측(5') LTR U3 영역에 대한 주형으로 사용될 수 있고, 따라서 U3 인핸서-프로모터의 부재가 바이러스 복제를 저해하기 때문이다. 구현예에서, 3' LTR 은 U5 영역이 제거되거나, 변경되거나, 예를 들어 외인성 poly(A) 서열로 대체되도록 변형된다. 3' LTR, 5' LTR, 또는 3' 및 5' LTR 둘 모두는 변형된 LTR일 수 있다.
일부 구현예에서, 5' LTR의 U3 영역은 바이러스 입자의 생성 동안 바이러스 게놈의 전사를 유도하기 위해 이종 프로모터로 대체된다. 사용될 수 있는 이종 프로모터의 예에는, 예를 들어 원숭이바이러스 40(SV40)(예를 들어, 초기 또는 후기), 거대세포바이러스(CMV)(예를 들어, 극초기), 몰로니쥐백혈병바이러스(MoMLV), 라우스육종바이러스(RSV) 및 단순헤르페스바이러스(HSV)(티미딘 키나아제) 프로모터가 포함된다. 일부 구현예에서, 프로모터는 tat-독립적인 방식으로 높은 전사 수준을 유도할 수 있다. 특정 구현예에서, 이종 프로모터는 바이러스 게놈이 전사되는 방식을 제어하는 추가의 이점을 갖는다. 예를 들어, 이종 프로모터가 유도될 수 있기 때문에, 바이러스 게놈의 전부 또는 일부의 전사는 유도인자가 존재하는 경우에만 일어날 것이다. 유도인자에는, 비제한적으로, 하나 이상의 화학적 화합물, 또는 숙주세포가 배양되는 온도 또는 pH와 같은 생리학적 조건이 포함된다.
일부 구현예에서, 바이러스 벡터는, 예를 들어 렌티바이러스(예를 들어, HIV) LTR의 R 영역에 위치하는 TAR(트랜스-활성화 반응) 요소를 포함한다. 이러한 요소는 트랜스-활성화(tat) 유전 요소와 상호작용하여 바이러스 복제를 증강시킨다. 하지만, 이러한 요소는, 예를 들어 5' LTR의 U3 영역이 이종 프로모터로 대체되는 구현예에서는 필요하지 않다.
R 영역, 예를 들어 캡핑기의 시작(즉, 전사의 시작)에서 시작하여 poly A관의 시작 직전에 종결되는 레트로바이러스 LTR 내 영역의 측면에는 U3 영역과 U5 영역이 있을 수 있다. R 영역은 초기(nascent) DNA를 게놈의 한 말단에서 다른 말단으로 전달하는 역전사 동안 역할을 담당한다.
레트로바이러스 핵산은 또한 FLAP 요소, 예를 들어 이의 서열이 레트로바이러스, 예를 들어 HIV-1 또는 HIV-2의 중심 폴리퓨린관 및 중심 종결 서열(cPPT 및 CTS)을 포함하는 핵산을 포함할 수 있다. 적합한 FLAP 요소는 미국 특허 제6,682,907호 및 문헌[Zennou, et al., 2000, Cell, 101:173]에 기재되어 있으며, 상기 문헌들은 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다. HIV-1 역전사 동안, 중심 폴리퓨린관(cPPT)에서 플러스가닥 DNA의 중심 개시 및 중심 종결 서열(CTS)에서의 중심 종결은, 삼중가닥 DNA 구조인 HIV-1 중심 DNA 플랩의 형성을 유도할 수 있다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 또는 렌티바이러스 벡터 백본은 외인성 작용제를 인코딩하는 유전자의 업스트림 또는 다운스트림에 하나 이상의 FLAP 요소를 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 전달 플라스미드는 FLAP 요소, 예를 들어 HIV-1에서 유도되거나 단리된 FLAP 요소를 포함한다.
구현예에서, 레트로바이러스 또는 렌티바이러스 핵산은 하나 이상의 방출 요소, 예를 들어 세포의 핵에서 세포질로의 RNA 전사체의 수송을 조절하는 시스-작용 전사 후 조절 요소를 포함한다. RNA 방출 요소의 예에는, 비제한적으로, 인간면역결핍바이러스(HIV) rev 반응 요소(RRE)(예를 들어, 문헌[Cullen et al., 1991. J. Virol. 65: 1053]; 및 문헌[Cullen et al., 1991. Cell 58: 423] 참조), 및 B형 간염바이러스 전사 후 조절 요소(HPRE)가 포함되며, 상기 문헌들은 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다. 일반적으로, RNA 방출 요소는 유전자의 3' UTR 내에서 대체되며, 하나 또는 복수의 카피로 삽입될 수 있다.
일부 구현예에서, 바이러스 벡터에서 이종 서열의 발현은 전사 후 조절 요소, 폴리아데닐화 부위 및 전사 종결 신호 중 하나 이상, 예를 들어 전부를 벡터에 혼입시킴으로써 증가된다. 예를 들어 우드척(Woodchuck) 간염바이러스 전사 후 조절 요소(WPRE; 문헌[Zufferey et al., 1999, J. Virol., 73:2886]); B형 간염바이러스에 존재하는 전사 후 조절 요소(HPRE)(문헌[Huang et al., Mol. Cell. Biol., 5:3864]); 및 기타(문헌[Liu et al., 1995, Genes Dev., 9:1766])와 같은 다양한 전사 후 조절 요소가 단백질에서 이종 핵산의 발현을 증가시킬 수 있으며, 상기 문헌들은 각각 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 레트로바이러스 핵산은 WPRE 또는 HPRE와 같은 전사 후 조절 요소를 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 레트로바이러스 핵산은 WPRE 또는 HPRE와 같은 전사 후 조절 요소가 결여되어 있거나 이를 포함하지 않는다.
예를 들어 외인성 작용제의 발현을 증가시키기 위해, 이종 핵산 전사체의 종결 및 폴리아데닐화를 지시하는 요소가 포함될 수 있다. 전사 종결 신호는 폴리아데닐화 신호의 다운스트림에서 확인할 수 있다. 일부 구현예에서, 벡터는 외인성 작용제를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드의 폴리아데닐화 서열 3'를 포함한다. polyA 부위는 RNA 폴리머라아제 II에 의한 초기 RNA 전사체의 종결 및 폴리아데닐화를 모두 지시하는 DNA 서열을 포함할 수 있다. 폴리아데닐화 서열은 코딩 서열의 3' 말단에 polyA 꼬리를 부가하여 mRNA 안정성을 촉진시킴으로써, 번역 효율 증가에 기여할 수 있다. 레트로바이러스 핵산에 사용될 수 있는 polyA 신호의 예시적인 예에는, AATAAA, ATTAAA, AGTAAA, 소 성장 호르몬 polyA 서열(BGHpA), 토끼 β-글로빈 polyA 서열(rβgpA), 또는 또 다른 적합한 이종 또는 내인성 polyA 서열이 포함된다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 또는 렌티바이러스 벡터는 하나 이상의 절연인자 요소, 예를 들어 본원에 기재된 절연인자 요소를 추가로 포함한다.
다양한 구현예에서, 상기 벡터는 외인성 작용제를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드에 작동 가능하게 연결된 프로모터를 포함한다. 상기 벡터는 하나 이상의 LTR을 포함할 수 있으며, 여기서 LTR은 하나 이상의 뉴클레오타이드 치환, 부가 또는 결실과 같은 하나 이상의 변형을 포함한다. 상기 벡터는 형질도입 효율을 증가시키는 하나 이상의 보조 요소(예를 들어, cPPT/FLAP), 바이러스 패키징(예를 들어, Psi(Ψ) 패키징 신호, RRE) 및/또는 외인성 유전자 발현을 증가시키는 다른 요소(예를 들어, poly (A) 서열)를 추가로 포함할 수 있으며, 선택적으로 WPRE 또는 HPRE를 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 렌티바이러스 핵산은, 예를 들어 5'→3' 방향으로, 프로모터(예를 들어, CMV), R 서열(예를 들어, TAR 포함), U5 서열(예를 들어, 통합용), PBS 서열(예를 들어, 역전사용), DIS 서열(예를 들어, 게놈 이량체화용), psi 패키징 신호, 부분 gag 서열, RRE 서열(예를 들어, 핵 방출용), cPPT 서열(예를 들어, 핵 도입용), 외인성 작용제의 발현을 유도하는 프로모터, 외인성 작용제를 인코딩하는 유전자, WPRE 서열(예를 들어, 효율적인 전이유전자 발현용), PPT 서열(예를 들어, 역전사용), R 서열(예를 들어, 폴리아데닐화 및 종결용) 및 U5 신호(예를 들어, 통합용) 중 하나 이상, 예를 들어 전부를 포함한다.
ii) 스플라이스 부위를 제거하도록 조작된 벡터
일부 렌티바이러스 벡터는 활성 유전자 내부에서 통합되며, 비정상 및 가능하게는 절단된 전사체의 형성을 유도할 수 있는 강력한 스플라이싱 및 폴리아데닐화 신호를 보유한다.
원종양유전자 활성화의 메커니즘은, 삽입 돌연변이원의 게놈에 함유된 프로모터 요소 또는 스플라이스 부위와 통합에 의해 표적화된 세포 전사 유닛의 상호작용에서 비롯되는 키메라 전사체의 생성을 포함할 수 있다(문헌[Gabriel et al. 2009. Nat Med 15: 1431 -1436]; 문헌[Bokhoven, et al. J Virol 83:283-29]). 벡터 서열 및 세포 mRNA를 포함하는 키메라 융합 전사체는 벡터 서열에서 시작하여 측면에 있는 세포 유전자로 진행하는(또는 그 반대로) 연속판독 전사에 의해 생성될 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 렌티바이러스 핵산은, 예를 들어 렌티바이러스 벡터의 안전성 프로파일을 개선시키기 위해, 스플라이스 부위 중 적어도 2개가 제거된 렌티바이러스 백본을 포함한다. 이러한 스플라이스 부위의 종류 및 식별 방법은 WO2012156839A2(이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재되어 있다.
iii) 레트로바이러스 생산 방법
대규모 바이러스 입자 생산은 종종 목적하는 바이러스 역가를 달성하는 데 유용하다. 바이러스 입자는 전달 벡터를 바이러스 구조 및/또는 보조 유전자, 예를 들어 gag, pol, env, tat, rev, vif, vpr, vpu, vpx 또는 nef 유전자, 또는 다른 레트로바이러스 유전자를 포함하는 패키징 세포주에 트랜스펙션시킴으로써 생성될 수 있다.
구현예에서, 패키징 벡터는, 패키징 신호가 결여되어 있고, 1개, 2개, 3개, 4개 또는 그 이상의 바이러스 구조 및/또는 보조 유전자를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 발현 벡터 또는 바이러스 벡터이다. 전형적으로, 패키징 벡터는 패키징 세포에 포함되어 있으며, 트랜스펙션, 형질도입 또는 감염을 통해 세포에 도입된다. 레트로바이러스, 예를 들어 렌티바이러스 전달 벡터는 트랜스펙션, 형질도입 또는 감염을 통해 패키징 세포주에 도입되어, 원천세포 또는 세포주를 생성할 수 있다. 패키징 벡터는, 예를 들어 인산칼슘 트랜스펙션, 리포펙션 또는 전기천공을 포함하는 표준 방법에 의해 인간 세포 또는 세포주에 도입될 수 있다. 일부 구현예에서, 패키징 벡터는 네오마이신(neomycin), 히그로마이신(hygromycin), 퓨로마이신(puromycin), 블라스토시딘(blastocidin), 제오신(zeocin), 티미딘 키나아제, DHFR, Gln 합성효소 또는 ADA와 같은 우세한 선별 마커와 함께 세포에 도입된 후, 적절한 약물의 존재 하에서의 선별 및 클론의 단리가 이어진다. 선별 마커 유전자는 패키징 벡터, 예를 들어 IRES 또는 자가 절단 바이러스 펩타이드에 의해 인코딩되는 유전자에 물리적으로 연결될 수 있다.
패키징 세포주는 패키징 신호를 함유하지 않지만, 바이러스 입자를 패키징할 수 있는 바이러스 구조 단백질 및 복제 효소(예를 들어, gag, pol 및 env)를 안정적으로 또는 일시적으로 발현하는 세포주를 포함한다. 임의의 적합한 세포주, 예를 들어 포유류 세포, 예를 들어 인간 세포가 이용될 수 있다. 사용될 수 있는 적합한 세포주에는, 예를 들어 CHO 세포, BHK 세포, MDCK 세포, C3H 10T1/2 세포, FLY 세포, Psi-2 세포, BOSC 23 세포, PA317 세포, WEHI 세포, COS 세포, BSC 1 세포, BSC 40 세포, BMT 10 세포, VERO 세포, W138 세포, MRC5 세포, A549 세포, HT1080 세포, 293 세포, 293T세포, B-50 세포, 3T3 세포, NIH3T3 세포, HepG2 세포, Saos-2 세포, Huh7 세포, HeLa 세포, W163 세포, 211 세포 및 211A 세포가 포함된다. 구현예에서, 패키징 세포는 293 세포, 293T세포 또는 A549 세포이다.
원천세포주는 패키징 세포주와 패키징 신호를 포함하는 전달 벡터 구조체를 포함하는 재조합 레트로바이러스 입자를 생성할 수 있는 세포주를 포함한다. 바이러스 스톡 용액의 제조 방법은, 예를 들어 문헌[Y. Soneoka et al. (1995) Nucl. Acids Res. 23:628-633]및 문헌[N. R. Landau et al. (1992) J. Virol. 66:5110-5113]에 예시되어 있으며, 상기 문헌들은 본원에 참조로서 인용된다. 감염성 바이러스 입자는, 예를 들어 세포 용해 또는 세포 배양물 상청액의 채취에 의해 패키징 세포에서 채취될 수 있다. 선택적으로, 채취된 바이러스 입자는 농축되거나 정제될 수 있다.
iv) 패키징 플라스미드 및 세포주
일부 구현예에서, 원천세포는 바이러스 입자를 패키징할 수 있는 바이러스 구조 단백질 및 복제 효소(예를 들어, gag, pol 및 env)를 코딩하는 하나 이상의 플라스미드를 포함한다. 일부 구현예에서, gag, pol 및 env 전구체 중 적어도 2개를 코딩하는 서열은 동일한 플라스미드 상에 있다. 일부 구현예에서, gag, pol 및 env 전구체를 코딩하는 서열은 상이한 플라스미드 상에 있다. 일부 구현예에서, gag, pol 및 env 전구체를 코딩하는 서열은 동일한 발현 신호, 예를 들어 프로모터를 갖는다. 일부 구현예에서, gag, pol 및 env 전구체를 코딩하는 서열은 상이한 발현 신호, 예를 들어 상이한 프로모터를 갖는다. 일부 구현예에서, gag, pol 및 env 전구체의 발현은 유도 가능하다. 일부 구현예에서, 바이러스 구조 단백질 및 복제 효소를 코딩하는 플라스미드는 동시에 또는 상이한 시간에 트랜스펙션된다. 일부 구현예에서, 바이러스 구조 단백질 및 복제 효소를 코딩하는 플라스미드는 패키징 벡터와 동시에 또는 상이한 시간에 트랜스펙션된다.
일부 구현예에서, 원천세포주는 하나 이상의 안정하게 통합된 바이러스 구조 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 안정하게 통합된 바이러스 구조 유전자의 발현은 유도 가능하다.
일부 구현예에서, 바이러스 구조 유전자의 발현은 전사 수준에서 조절된다. 일부 구현예에서, 바이러스 구조 유전자의 발현은 번역 수준에서 조절된다. 일부 구현예에서, 바이러스 구조 유전자의 발현은 번역 후 수준에서 조절된다.
일부 구현예에서, 바이러스 구조 유전자의 발현은 테트라사이클린(Tet) 조절된 전사 억제제(Tet-R)가 프로모터에 포함된 DNA 서열에 결합하여 입체장해에 의해 전사를 억제하는, 테트라사이클린(Tet)-의존성 시스템에 의해 조절된다(Yao 등의 문헌 (1998); Jones 등의 문헌 (2005)). 독시사이클린(dox)의 부가 시, Tet-R이 방출되어 전사가 가능해진다. 다수의 다른 적합한 전사 조절 프로모터, 전사인자 및 소분자 유도인자가 바이러스 구조 유전자의 전사를 조절하는 데 적합하다.
일부 구현예에서, 제3세대 렌티바이러스 구성요소, 제1형 인간면역결핍바이러스(HIV) rev, gag/pol, 및 Tet 조절된 프로모터의 제어 하에 있으며 항생제 내성 카세트와 결합된 외피는, 원천세포 게놈에 별도로 통합된다. 일부 구현예에서, 원천세포는 게놈에 통합된 rev, gag/pol 및 외피 단백질 각각 하나의 카피만을 갖는다.
일부 구현예에서, 외인성 작용제를 인코딩하는 핵산(예를 들어, 레트로바이러스 외인성 작용제를 인코딩하는 핵산)은 또한 원천세포 게놈에 통합된다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제를 인코딩하는 핵산은 에피솜으로 유지된다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제를 인코딩하는 핵산은 게놈에 안정하게 통합된 rev, gag/pol 및 외피 단백질을 갖는 원천세포로 트랜스펙션된다. 예를 들어, 문헌[Milani et al. EMBO Molecular Medicine, 2017](이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)을 참조.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 레트로바이러스 핵산은 역전사를 거칠 수 없다. 이러한 핵산은, 구현예에서, 외인성 작용제를 일시적으로 발현할 수 있다. 레트로바이러스 또는 VLP는 비활성화된(disabled) 역전사효소 단백질을 포함하거나, 역전사효소 단백질을 포함하지 않을 수 있다. 구현예에서, 레트로바이러스 핵산은 비활성화된 프라이머 결합 부위(PBS) 및/또는 att 부위를 포함한다. 구현예에서, rev, tat, vif, nef, vpr, vpu, vpx 및 S2, 또는 이의 기능적 등가물을 포함하는 하나 이상의 바이러스 보조 유전자는 레트로바이러스 핵산에서 비활성화되거나 이에 존재하지 않는다. 구현예에서, S2, rev 및 tat에서 선택되는 하나 이상의 보조 유전자는 레트로바이러스 핵산에서 비활성화되거나 이에 존재하지 않는다.
v) 레트로바이러스 핵산의 패키징 전략
전형적으로, 현대의 레트로바이러스 벡터 시스템은 바이러스 RNA의 바이러스 입자로의 전사, 역전사, 통합, 번역 및 패키징을 위한 시스-작용 벡터 서열을 보유하는 바이러스 게놈, 및 (2) 바이러스 입자의 생성에 필요한 트랜스-작용 레트로바이러스 유전자 서열(예를 들어, gag, pol 및 env)을 발현하는 생산 세포주로 이루어진다. 시스-작용 벡터 서열과 트랜스-작용 벡터 서열을 완벽히 분리하면, 바이러스는 1회 초과의 감염 주기 동안 복제를 유지할 수 없다. 살아있는 바이러스의 생성은, 예를 들어 재조합을 회피하기 위해 시스-작용 서열과 트랜스-작용 서열 사이의 중첩을 최소화하는 다수의 전략에 의해 회피될 수 있다.
RNA가 없거나 결여된 서열을 포함하는 바이러스 벡터 입자는 서열에서 바이러스 RNA를 제거하거나 배제한 결과일 수 있다. 하나의 구현예에서, 이는 gag에 내인성 패키징 신호 결합 부위를 사용함으로써 달성될 수 있다. 대안적으로, 내인성 패키징 신호 결합 부위는 pol에 존재한다. 이러한 구현예에서, 전달되는 RNA는 동족 패키징 신호를 함유할 것이다. 또 다른 구현예에서, 전달되는 RNA의 패키징을 보장하기 위해, 전달되는 RNA에 위치하는 이종 결합 도메인(gag에 대하여 이종임), 및 gag 또는 pol에 위치하는 동족 결합 부위가 사용될 수 있다. 이종 서열은 바이러스가 아니거나 바이러스일 수 있으며, 바이러스인 경우, 이는 상이한 바이러스에서 유도될 수 있다. 벡터 입자는 치료용 RNA를 전달하는 데 사용될 수 있으며, 이러한 경우 기능성 인테그라아제 및/또는 역전사효소가 필요하지 않다. 이러한 벡터 입자는 또한 관심 치료용 유전자를 전달하는 데 사용될 수 있으며, 이러한 경우 pol이 전형적으로 포함된다.
일 구현예에서, gag-pol은 변경되며, 패키징 신호는 상응하는 패키징 신호로 대체된다. 이러한 구현예에서, 상기 입자는 새로운 패키징 신호로 RNA를 패키징할 수 있다. 이러한 접근법의 이점은, 바이러스 서열이 없는 RNA 서열, 예를 들어 RNAi를 패키징할 수 있다는 것이다.
대안적인 접근법은 패키징되는 RNA의 과발현에 의존하는 것이다. 하나의 구현예에서, 패키징되는 RNA는 패키징 신호를 함유하는 임의의 RNA의 부재 하에서 과발현된다. 이는 상당한 수준의 치료용 RNA를 패키징할 수 있으며, 이러한 양은 세포에 형질도입하고, 생물학적 효과를 나타내는 데 충분한 양이다.
일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 바이러스 gag 단백질, 또는 레트로바이러스 gag 및 pol 단백질을 인코딩하는 뉴클레오타이드 서열을 포함하며, 여기서 gag 단백질 또는 pol 단백질은 RNA 서열의 바이러스 벡터 입자로의 패키징을 용이하게 하기 위해, RNA 서열에 상응하는 서열을 인식할 수 있는 이종 RNA 결합 도메인을 포함한다.
일부 구현예에서, 이종 RNA 결합 도메인은 박테리오파지 코트 단백질, Rev 단백질, U1 소핵 리보핵단백질 입자의 단백질, Nova 단백질, TF111A 단백질, TIS11 단백질, trp RNA-결합 감쇠 단백질(TRAP) 또는 슈도우리딘(pseudouridine) 신타아제에서 유도된 RNA 결합 도메인을 포함한다.
일부 구현예에서, 본원의 방법은 복제 가능 레트로바이러스의 부재를 검출하거나 확인하는 것을 포함한다. 상기 방법은 바이러스 유전자, 예를 들어 유전자 산물이 복제 가능 레트로바이러스, 예컨대 감마레트로바이러스 또는 렌티바이러스로 감염된 특정 세포에서 발현되지만, 세포에 이종 핵산을 형질도입하는 데 사용되는 바이러스 벡터에 존재하지 않고, 복제 가능 레트로바이러스를 함유하지 않는 세포에 존재 및/또는 발현되지 않거나, 존재 및/또는 발현되지 않을 것으로 예상되는 구조 또는 패키징 유전자와 같은 하나 이상의 표적 유전자의 RNA 수준을 평가하는 것을 포함할 수 있다. 하나 이상의 표적 유전자의 RNA 수준이, 예를 들어 표적 유전자를 함유하는 양성 대조군 샘플에서 직접 또는 간접적으로 측정될 수 있는 참조 값보다 높은 경우, 복제 가능 레트로바이러스가 존재하는 것으로 결정될 수 있다. 추가의 개시내용은, WO2018023094A1을 참조한다.
vi) 원천세포에서 외인성 작용제를 인코딩하는 유전자의 억제
원천세포에서 (과)발현된 단백질은 벡터 비리온 어셈블리 및/또는 감염성에 간접적 또는 직접적 영향을 미칠 수 있다. 외인성 작용제를 벡터 비리온에 혼입하는 것은 또한 벡터 입자의 다운스트림 처리에 영향을 미칠 수 있다.
일부 구현예에서, 조직 특이적 프로모터는 원천세포에서 외인성 작용제의 발현을 제한하는 데 사용된다. 일부 구현예에서, 원천세포에서 외인성 작용제의 번역을 억제하기 위해 이종 번역 제어 시스템이 진핵세포 배양물에 사용된다. 보다 구체적으로, 레트로바이러스 핵산은 외인성 작용제를 인코딩하는 유전자에 작동 가능하게 연결된 결합 부위를 포함할 수 있으며, 여기서 결합 부위는 RNA-결합 단백질과 상호작용하여, 외인성 작용제의 번역이 원천세포에서 억제 또는 방지되도록 할 수 있다.
일부 구현예에서, RNA-결합 단백질은 트립토판 RNA-결합 감쇠 단백질(TRAP), 예를 들어 박테리아 트립토판 RNA-결합 감쇠 단백질이다. RNA-결합 단백질(예를 들어, 박테리아 trp 오페론 조절 단백질, 트립토판 RNA-결합 감쇠 단백질, TRAP) 및 이에 결합하는 RNA 표적의 사용은, 원천세포 내에서 전이유전자 번역을 억제하거나 방지할 것이다. 이러한 시스템은 벡터 생산 중 전이유전자 억제(Transgene Repression In vector Production) 시스템 또는 TRIP 시스템으로 지칭된다.
구현예에서, NOI 번역 개시 코돈의 업스트림에의 RNA 결합 단백질(예를 들어, TRAP-결합 서열, tbs)에 대한 결합 부위의 배치는, 내부 발현 카세트에서 유도된 mRNA의 번역의 특이적 억제를 가능하게 하면서, 벡터 RNA의 생산 또는 안정성에 유해한 영향을 미치지 않는다. 외인성 작용제를 인코딩하는 유전자의 tbs와 번역 개시 코돈 사이의 뉴클레오타이드의 수는 0 내지 12개 뉴클레오타이드로 다양할 수 있다. tbs는 내부 리보솜 진입 부위(IRES)의 다운스트림에 위치하여, 다시스트론(multicistronic) mRNA에서 외인성 작용제를 인코딩하는 유전자의 번역을 억제할 수 있다.
vii) 킬 스위치(kill switch) 시스템 및 증폭
일부 구현예에서, 외인성 작용제를 인코딩하는 유전자를 보유하는 폴리뉴클레오타이드 또는 세포는 자살 유전자, 예를 들어 유도성 자살 유전자를 이용하여, 직접 독성 및/또는 제어되지 않은 증식의 위험을 감소시킨다. 특정 양태에서, 자살 유전자는 외인성 작용제를 보유하는 숙주세포에 대해 면역원성이 아니다. 자살 유전자의 예에는, 카스파아제(caspase)-9, 카스파아제-8 또는 시토신 데아미나아제가 포함된다. 카스파아제-9는 특정 이량체화의 화학적 유도인자(CID)를 사용하여 활성화될 수 있다.
특정 구현예에서, 벡터는 표적세포, 예를 들어 면역 이펙터 세포, 예를 들어 T세포를 생체내 음성 선별에 민감하게 만드는 유전자 분절을 포함한다. 예를 들어, 형질도입된 세포는 개체의 생체내 조건의 변화의 결과로 제거될 수 있다. 음성 선별 표현형은 투여된 작용제, 예를 들어 화합물에 대한 감수성을 부여하는 유전자의 삽입으로 인해 유도될 수 있다. 음성 선별 유전자는 당업계에 공지되어 있으며, 이에는 특히 간시클로버(ganciclovir) 감수성을 부여하는 제1형 단순헤르페스바이러스 티미딘 키나아제(HSV-I TK) 유전자(문헌[Wigler et al., Cell 11:223, 1977]), 세포 하이포잔틴 포스포리보실트랜스퍼라아제(HPRT) 유전자, 세포 아데닌 포스포리보실트랜스퍼라아제(APRT) 유전자, 및 박테리아 시토신 데아미나아제(문헌[Mullen et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 89:33 (1992)])가 포함된다.
일부 구현예에서, 형질도입된 세포, 예를 들어 면역 이펙터 세포, 예컨대 T세포는, 시험관내에서 음성 선별 표현형 세포의 선별을 가능하게 하는 양성 마커를 추가로 포함하는 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 양성 선별 마커는, 표적세포에의 도입 시, 유전자를 운반하는 세포의 양성 선별을 가능하게 하는 우성 표현형을 발현하는 유전자일 수 있다. 이러한 유형의 유전자에는, 특히 히그로마이신(hygromycin) B에 대한 내성을 부여하는 히그로마이신-B 포스포트랜스퍼라아제 유전자(hph), 항생제 G418에 대한 내성을 코딩하는 Tn5로부터의 아미노 글리코시드 포스포트랜스퍼라아제 유전자(neo 또는 aph), 디히드로폴레이트 리덕타아제(DHFR) 유전자, 아데노신 데아미나아제 유전자(ADA) 및 다약제내성(MDR) 유전자가 포함된다.
일부 구현예에서, 양성 선별 마커 및 음성 선별 요소는, 음성 선별 요소의 손실이 반드시 또한 양성 선별 마커의 손실을 동반하도록 연결된다. 예를 들어, 양성 및 음성 선별 마커는 융합되어, 하나의 손실이 필수적으로 다른 하나의 손실로 이어지도록 할 수 있다. 발현 산물로서 상기 기재된 목적하는 양성 및 음성 선별 특징 둘 모두를 부여하는 폴리펩타이드를 생성하는 융합된 폴리뉴클레오타이드의 예는, 히그로마이신 포스포트랜스퍼라아제 티미딘 키나아제 융합 유전자(HyTK)이다. 이러한 유전자의 발현은 시험관내 양성 선별에 대한 히그로마이신 B 내성 및 생체내 음성 선별에 대한 간시클로버 감수성을 부여하는 폴리펩타이드를 생성한다. 문헌[Lupton S. D., et al, Mol. and Cell. Biology 1 1:3374-3378, 1991] 참조. 또한, 구현예에서, 키메라 수용체를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드는 융합된 유전자를 함유하는 레트로바이러스 벡터, 특히 시험관내 양성 선별에 대한 히그로마이신 B 내성 및 생체내 음성 선별에 대한 간시클로버 감수성을 부여하는 것들, 예를 들어 상기 Lupton, S. D. 등의 문헌 (1991)에 기재된 HyTK 레트로바이러스 벡터에 존재한다. 또한, 우세한 양성 선별 마커를 음성 선별 마커와 융합하여 유도된 이중기능성 선별 융합 유전자의 사용이 기재된, PCT U591/08442 및 PCT/U594/05601의 공보를 참조한다.
적합한 양성 선별 마커는 hph, nco 및 gpt로 이루어지는 군에서 선택되는 유전자에서 유도될 수 있으며, 적합한 음성 선별 마커는 시토신 데아미나아제, HSV-I TK, VZV TK, HPRT, APRT 및 gpt로 이루어지는 군에서 선택되는 유전자에서 유도될 수 있다. 다른 적합한 마커는 양성 선별 마커가 hph 또는 neo에서 유도되고, 음성 선별 마커가 시토신 데아미나아제 또는 TK 유전자 또는 선별 마커에서 유도되는 이중기능성 선별 융합 유전자이다.
viii) 렌티바이러스 통합 조절을 위한 전략
레트로바이러스 또는 렌티바이러스 게놈의 표적세포 게놈으로의 통합을 방지하기 위해, 핵심 단백질/서열에 결여되어 있거나 이에서 비활성화된 레트로바이러스 및 렌티바이러스 핵산이 개시된다. 예를 들어, 레트로바이러스 인테그라아제의 고도로 보존된 DDE 모티프로 구성된 아미노산이 결여된 바이러스 핵산(문헌[Engelman and Craigie (1992) J. Virol. 66:6361-6369]; 문헌[Johnson et al. (1986) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 83:7648-7652]; 문헌[Khan et al. (1991) Nucleic Acids Res. 19:851-860])은, 통합 결함 레트로바이러스 핵산의 생산을 가능하게 한다.
예를 들어, 일부 구현예에서, 본원의 레트로바이러스 핵산은, 바이러스 게놈의 세포 게놈으로의 통합을 촉진시키는 것을 불가능하게 하는 돌연변이를 포함하는 렌티바이러스 인테그라아제를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 돌연변이는 통합에 직접적으로 영향을 미치는 제1형 돌연변이, 또는 비리온 형태형성 및/또는 역전사에 영향을 미치는 다면발현성 결함을 유발하는 제2형 돌연변이이다. 제1형 돌연변이의 예시적인 비제한적인 예는, 인테그라아제의 촉매 코어 도메인 DX39-58DX35E에 참여하는 3개의 잔기(HIV-1의 인테그라아제의 D64, D116 및 E152 잔기) 중 임의의 것에 영향을 미치는 돌연변이이다. 특정 구현예에서, 상기 인테그라아제가 바이러스 게놈의 세포 게놈으로의 통합을 촉진시킬 수 없게 하는 돌연변이는, 인테그라아제의 촉매 코어 도메인의 DDE 모티프의 하나 이상의 아미노산 잔기의 치환, 바람직하게는 상기 DEE 모티프의 제1 아스파르트 잔기의 아스파라긴 잔기로의 치환이다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터는 인테그라아제 단백질을 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스는 활성 전사 유닛으로 통합된다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스는 전사 시작 부위, 유전자의 5' 말단 또는 DNAse1 절단 부위 근처에서 통합되지 않는다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 통합은 원종양유전자를 활성화시키거나 종양 억제 유전자를 불활성화시키지 않는다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스는 유전독성이 아니다. 일부 구현예에서, 렌티바이러스는 인트론에 통합된다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 핵산은 특정 카피 수를 갖는 표적세포의 게놈에 통합된다. 평균 카피 수는 단일 세포, 세포 집단 또는 개별 세포 집락에서 결정될 수 있다. 예시적인 카피 수 결정 방법에는, 폴리머라아제 연쇄 반응(PCR) 및 유세포분석이 포함된다.
일부 구현예에서, 외인성 작용제를 인코딩하는 DNA는 게놈에 통합된다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제를 인코딩하는 DNA는 에피솜으로 유지된다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제를 인코딩하는 에피솜 DNA에 통합된 비율은, 적어도 0.01, 0.1, 0.5, 1.0, 2, 5, 10, 100이다.
일부 구현예에서, 외인성 작용제를 인코딩하는 DNA는 선형이다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제를 인코딩하는 DNA는 원형이다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제를 인코딩하는 DNA의 선형 카피 대 원형 카피의 비율은, 적어도 0.01, 0.1, 0.5, 1.0, 2, 5, 10, 100이다.
구현예에서, 외인성 작용제를 인코딩하는 DNA는 1개의 LTR을 갖는 원형이다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제를 인코딩하는 DNA는 2개의 LTR을 갖는 원형이다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제를 인코딩하는 원형의 1개의 LTR 포함 DNA대 외인성 작용제를 인코딩하는 원형의 2개의 LTR 포함 DNA의 비율은, 적어도 0.1, 0.5, 1.0, 2, 5, 10, 20, 50, 100이다.
ix) 에피솜 바이러스의 유지
통합이 결핍된 레트로바이러스에서, 역전사의 원형 cDNA 부산물(예를 들어, 1-LTR 및 2-LTR)은 숙주 게놈에의 통합 없이 세포 핵에 축적될 수 있다(문헌[Yanez-Munoz R J et al., Nat. Med. 2006, 12: 348-353] 참조). 다른 외인성 DNA와 마찬가지로, 이러한 중간체는 세포 DNA에 동일한 빈도로 통합될 수 있다(예를 들어, 세포당 103개 내지 105개).
일부 구현예에서, 에피솜 레트로바이러스 핵산은 복제되지 않는다. 에피솜 바이러스 DNA는 핵 매트릭스와의 결합을 위해 진핵세포 복제기점 및 스캐폴드/매트릭스 부착 영역(S/MAR)을 포함함으로써 세포의 복제 시 유지되도록 변형될 수 있다.
따라서, 일부 구현예에서, 본원에 기재된 레트로바이러스 핵산은 진핵세포 복제기점 또는 이의 변이체를 포함한다. 관심 진핵세포 복제기점의 예는, 문헌[Aladjem et al., Science, 1995, 270: 815-819]에 기재된 바와 같은 β-글로빈 유전자의 복제기점, 문헌[Price et al Journal of Biological Chemistry, 2003, 278 (22): 19649-59]에 기재된 바와 같은 원숭이 CV-1 세포 및 인간 피부 섬유아세포에서 이전에 단리된 알파-위성 서열과 관련된 자가 복제 서열로부터의 공통 서열, McWinney 및 Leffak가 문헌[McWinney C. and Leffak M., Nucleic Acid Research 1990, 18(5): 1233-42]에 기재한 바와 같은 인간 c-myc 프로모터 영역의 복제기점이다. 구현예에서, 변이체는 진핵세포에서 복제를 개시하는 능력을 실질적으로 유지한다. 복제를 개시하는 특정 서열의 능력은 임의의 적합한 방법, 예를 들어 브로모데옥시우리딘 혼입 및 밀도 이동을 기반으로 한 자가 복제 검정에 의해 평가될 수 있다(상기 Araujo F. D. 등의 문헌; 상기 Frappier L. 등의 문헌).
일부 구현예에서, 레트로바이러스 핵산은 스캐폴드/매트릭스 부착 영역(S/MAR) 또는 이의 변이체, 예를 들어 세포 핵의 단백질 스캐폴드 또는 매트릭스에의 주기적 부착에 의해 진핵세포 게놈의 핵 DNA를 염색질 도메인으로 구성하는 수백 개 염기쌍 길이의 비(非)공통 유사 AT-풍부 DNA 요소를 포함한다. 이는 전형적으로 측면 영역, 염색질 경계 영역 및 인트론과 같은 비(非)코딩 영역에서 발견된다. S/MAR 영역의 예는, 문헌[Bode J. et al., Science, 1992, 255: 195-7]에 기재된 바와 같은 인간 IFN-γ 유전자(hIFN-γlarge)의 1.8 kbp S/MAR, 문헌[Ramezani A. et al., Blood 2003, 101: 4717-24]에 기재된 바와 같은 인간 IFN-γ 유전자(hIFN-γshort)의 S/MAR의 0.7 Kbp 최소 영역, 문헌[Mesner L. D. et al., Proc Natl Acad Sci USA, 2003, 100: 3281-86]에 기재된 바와 같은 인간 데히드로폴레이트 리덕타아제 유전자(hDHFR)의 S/MAR의 0.2 Kbp 최소 영역이다. 구현예에서, S/MAR의 기능적으로 동등한 변이체는 함께 또는 단독으로 S/MAR 기능에 기여하는 것으로 제안된 6개의 규칙 세트를 기반으로 선택된 서열이다(문헌[Kramer et al (1996) Genomics 33, 305]; 문헌[Singh et al (1997) Nucl. Acids Res 25, 1419]). 이러한 규칙은 genomecluster.secs.oakland.edu/MAR-Wiz에서 무료로 입수 가능한 MAR-Wiz 컴퓨터 프로그램에 병합되었다. 구현예에서, 변이체는 특히 핵에 특이적으로 매트릭스를 결합하는 능력을 유도하는 S/MAR의 동일한 기능을 실질적으로 유지한다. 당업자는, 예를 들어 상기 Mesner L. D. 등의 문헌에 기재된 시험관내 또는 생체내 MAR 검정에 의해, 특정 변이체가 핵에 특이적으로 매트릭스를 결합할 수 있는 지를 결정할 수 있다. 일부 구현예에서, 특정 변이체가 DNA 가닥 분리에 대한 가능성을 나타내는 경우, 특정 서열은 S/MAR의 변이체이다. 이러한 특성은 평형 통계 역학의 방법을 기반으로 한 특정 프로그램을 사용하여 결정될 수 있다. 응력 유발 이중체 불안정화(SIDD: stress-induced duplex destabilization) 분석 기법 "[ . . . ]은, 부과된 수준의 초나선 응력이 DNA 서열을 따라 각각의 위치에서 이중체를 개방하는 데 필요한 자유 에너지를 감소시키는 정도를 계산한다. 결과는 문헌[Bode et al (2005) J. Mol. Biol. 358,597]에 정의된 바와 같이 강력한 불안정화 부위가 극소값 [ . . . ]" 으로 나타나는, SIDD 프로파일로 표시된다. SIDD 알고리즘 및 수학적 기반(문헌[Bi and Benham (2004) Bioinformatics 20, 1477]), 및 SIDD 프로파일 분석은 WebSIDD(www.genomecenter.ucdavis.edu/benham)에서 무료로 이용 가능한 인터넷 리소스를 사용하여 수행될 수 있다. 따라서, 일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 S/MAR과 유사한 SIDD 프로파일을 나타내는 경우, S/MAR 서열의 변이체로 간주된다.
B. 세포 유래 푸소좀
푸소좀의 조성물은 배양물 내 세포, 예를 들어 배양된 포유류 세포, 예를 들어 배양된 인간 세포에서 생성될 수 있다. 세포는 전구세포 또는 비(非)전구(예를 들어, 분화된) 세포일 수 있다. 세포는 원시세포 또는 세포주(예를 들어, 포유류, 예를 들어 본원에 기재된 인간 세포주)일 수 있다. 구현예에서, 배양된 세포는 전구세포, 예를 들어 골수간질세포, 골수 유래 성인전구세포(MAPC), 내피 전구세포(EPC), 아세포, 뇌실하 구역에서 형성된 중간 전구세포, 신경줄기세포, 근육줄기세포, 위성세포, 간줄기세포, 조혈줄기세포, 골수간질세포, 표피줄기세포, 배아줄기세포, 중간엽줄기세포, 제대줄기세포, 전구체세포, 근육전구체세포, 근아세포, 심근아세포, 신경전구체세포, 신경교전구체세포, 뉴런전구체세포, 간모세포이다.
일부 구현예에서, 원천세포는 내피세포, 섬유아세포, 혈액세포(예를 들어, 대식세포, 호중구, 과립구, 백혈구), 줄기세포(예를 들어 중간엽줄기세포, 제대줄기세포, 골수줄기세포, 조혈줄기세포, 유도된 다능성줄기세포, 예를 들어 대상의 세포에서 유래된 유도된 다능성줄기세포), 배아줄기세포(예를 들어, 배아난황주머니, 태반, 제대, 태아 피부, 청소년 피부, 혈액, 골수, 지방조직, 적혈구생성조직, 조혈조직 유래 줄기세포), 근아세포, 실질세포(예를 들어, 간세포), 폐포세포, 뉴런(예를 들어, 망막뉴런세포) 전구체세포(예를 들어, 망막전구체세포, 골수아세포, 골수전구체세포, 흉선세포, 감수모세포(meiocyte), 거대핵모세포, 풋거대핵모세포(promegakaryoblast), 멜라노모세포, 림프모세포, 골수전구체세포, 정상모세포 또는 혈관모세포), 전구세포(예를 들어, 심장전구세포, 위성세포, 방사형 신경교세포, 골수간질세포, 췌장전구세포, 내피전구세포, 아세포), 또는 불멸화된 세포(예를 들어, HeLa, HEK293, HFF-1, MRC-5, WI-38, IMR 90, IMR 91, PER.C6, HT-1080 또는 BJ 세포)이다.
배양된 세포는 상피, 결합, 근육 또는 신경 조직 또는 세포, 및 이들의 조합에서 유래될 수 있다. 푸소좀은 임의의 진핵세포(예를 들어, 포유류) 기관계, 예를 들어 심혈관계(심장, 혈관구조); 소화계(식도, 위, 간, 담낭, 췌장, 장, 결장, 직장 및 항문); 내분비계(시상하부, 뇌하수체, 송과체 또는 송과선, 갑상선, 부갑상선, 부신); 배설계(신장, 요관, 방광); 림프계(림프, 림프절, 림프관, 편도선, 아데노이드, 흉선, 비장); 외피계(피부, 모발, 손톱); 근육계(예를 들어, 골격근); 신경계(뇌, 척수, 신경); 생식계(난소, 자궁, 유선, 고환, 정관, 정낭, 전립선); 호흡계(인두, 후두, 기관, 기관지, 폐, 횡격막); 골격계(뼈, 연골), 및 이들의 조합에서 배양된 세포에서 생성될 수 있다. 구현예에서, 상기 세포는 고도로 유사분열하는 조직(예를 들어, 고도로 유사분열하는 건강한 조직, 예컨대 상피, 배아조직, 골수, 창자움(intestinal crypt))에서 유래된다. 구현예에서, 상기 조직 샘플은 고도로 대사성인 조직(예를 들어, 골격조직, 신경조직, 심근세포)이다.
일부 구현예에서, 상기 세포는 젊은 공여자, 예를 들어 25세, 20세, 18세, 16세, 12세, 10세, 8세, 5세, 1세 또는 그 보다 어린 공여자에서 유래된다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 태아조직에서 유래된다.
일부 구현예에서, 상기 세포는 한 대상에서 유도되어, 동일한 대상 또는 유사한 유전자 시그니처를 갖는(예를 들어, MHC 매칭된) 대상에게 투여된다.
특정 구현예에서, 상기 세포는 3000개, 4000개, 5000개, 6000개, 7000개, 8000개, 9000개 또는 10000개 뉴클레오타이드 길이 초과의 평균 크기(예를 들어, 4,000개 내지 10,000개 뉴클레오타이드 길이, 6,000개 내지 10,000개 뉴클레오타이드 길이)를 갖는 텔로미어를 갖는다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 본원에 기재된 푸소좀 조성물의 공급원으로 사용하기에 바람직한 표현형 또는 유전자형을 기반으로 식별, 선택 또는 선별된 세포 클론에서 생성된다. 예를 들어, 세포 클론은 낮은 미토콘드리아 돌연변이 부하, 긴 텔로미어 길이, 분화 상태 또는 특정 유전자 시그니처(예를 들어, 수용체와 매칭되는 유전자 시그니처)를 기반으로 식별, 선택 또는 선별된다.
본원에 기재된 푸소좀 조성물은 하나의 세포 또는 조직 공급원, 또는 공급원들의 조합으로부터의 푸소좀으로 구성될 수 있다. 예를 들어, 푸소좀 조성물은 이종 공급원(예를 들어, 동물, 상기 언급된 종의 세포 조직 배양), 동종이계, 자가 유래의 푸소좀; 단백질 농도 및 분포가 상이한 특정 조직(간, 골격, 신경, 지방 등) 유래의 푸소좀; 상이한 대사 상태(예를 들어, 당분해, 호흡)의 세포 유래의 푸소좀을 포함할 수 있다. 조성물은 또한 상이한 대사 상태의, 예를 들어 본원의 다른 곳에 기재된 바와 같이 결합되거나 결합되지 않은 푸소좀을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 푸소겐, 예를 들어 본원에 기재된 푸소겐을 발현하는 원천세포에서 생성된다. 일부 구현예에서, 푸소겐은 원천세포의 막, 예를 들어 지질 이중층 막, 예를 들어 세포 표면 막 또는 세포하 막(예를 들어, 리소좀 막)에 배치되어 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 세포 표면 막에 배치된 푸소겐을 갖는 원천세포에서 생성된다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 엑소좀, 미세소포, 막 소포, 세포외 막 소포, 원형질막 소포, 거대 원형질막 소포, 세포자멸체, 미토입자(mitoparticle), 피레노사이트(pyrenocyte), 리소좀 또는 다른 막으로 둘러싸인 소포의 발아(budding)를 유도하는 방식으로 생성된다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 세포 제핵(enucleation)을 유도하는 방식으로 생성된다. 제핵은 유전적 화학적 검정(예를 들어, 악티노마이신 D를 사용하여, 문헌[Bayona-Bafaluyet al., "A chemical enucleation method for the transfer of mitochondrial DNA to ρ° cells" Nucleic Acids Res. 2003 Aug 15; 31(16): e98] 참조), 기계적 방법(예를 들어, 스퀴징(squeezing) 또는 흡인, 문헌[Lee et al., "A comparative study on the efficiency of two enucleation methods in pig somatic cell nuclear transfer: effects of the squeezing and the aspiration methods." Anim Biotechnol. 2008;19(2):71-9] 참조), 또는 이들의 조합을 사용하여 수행될 수 있다. 제핵은 핵의 완전한 제거뿐 아니라, 세포가 핵을 함유하지만, 핵이 기능하지 않도록, 이의 전형적인 위치에서 핵을 이동시키는 것을 나타낸다.
구현예에서, 푸소좀을 제조하는 것은 유령세포, 거대 원형질막 소포 또는 세포자멸체를 생산하는 것을 포함한다. 구현예에서, 푸소좀 조성물은 유령세포, 거대 원형질막 소포 및 세포자멸체 중 하나 이상을 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 세포 단편화를 유도하는 방식으로 생성된다. 일부 구현예에서, 세포 단편화는, 비제한적으로, 화학적 방법, 기계적 방법(예를 들어, 원심분리(예를 들어, 초원심분리 또는 밀도 원심분리), 동결-해동 또는 초음파처리) 또는 이들의 조합을 포함하는 방법을 사용하여 수행될 수 있다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 하기 방법 중 어느 하나, 전부 또는 이들의 조합에 의해, 푸소겐, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 푸소겐을 발현하는 원천세포에서 생성될 수 있다:
i) 미토입자, 엑소좀 또는 다른 막으로 둘러싸인 소포의 발아를 유도하는 방식;
ii) 하기 방법 a) 내지 c) 중 어느 하나 또는 이들의 조합에 의해, 핵 불활성화, 예를 들어 제핵을 유도하는 방식:
a) 유전적 방법;
b) 화학적 방법, 예를 들어 악티노마이신 D를 사용함; 또는
c) 기계적 방법, 예를 들어 스퀴징 또는 흡인; 또는
iii) 예를 들어, 하기 방법 a) 및 b) 중 어느 하나 또는 이들의 조합에 의해, 단편화를 유도하는 방식:
a) 화학적 방법;
b) 기계적 방법, 예를 들어 원심분리(예를 들어, 초원심분리 또는 밀도 원심분리); 동결-해동 또는 초음파처리.
i) 푸소좀 생성 전 세포의 변형
일부 양태에서, 푸소좀 생성 전, 대상, 조직 또는 세포의 변형과 같은 변형이 세포에 대해 이루어진다. 이러한 변형은, 예를 들어 융합, 푸소겐 발현 또는 활성, 카고의 구조 또는 기능, 또는 표적세포의 구조 또는 기능을 개선시키는 데 효과적일 수 있다.
a) 물리적 변형
일부 구현예에서, 세포는 푸소좀 생성 전에 물리적으로 변형된다. 예를 들어, 본원의 다른 곳에 기재된 바와 같이, 푸소겐은 세포의 표면에 연결될 수 있다.
일부 구현예에서, 세포는 푸소좀 생성 전에 화학적 작용제로 처리된다. 예를 들어, 세포는, 화학적 또는 지질 푸소겐이 세포의 표면과 비공유결합 또는 공유결합으로 상호작용하거나, 세포의 표면 내 포매되도록, 화학적 또는 지질 푸소겐으로 처리될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포는 세포막에서 지질의 융합 특성을 증강시키는 작용제로 처리된다.
일부 구현예에서, 세포는 기관, 조직 또는 세포 유형에 대한 푸소좀의 표적화를 증강시키는 세포 표면 상의 합성 또는 내인성 소분자 또는 지질에 대한 하나 이상의 공유결합 또는 비공유결합 부착 부위를 갖는 푸소좀 생성 전에, 물리적으로 변형된다.
구현예에서, 푸소좀은 내인성 분자를 증가 또는 감소된 수준으로 포함한다. 예를 들어, 푸소좀은 자연 발생 원천세포에서도 자연적으로 발생하지만, 푸소좀에서 더 높거나 더 낮은 수준으로 발생하는 내인성 분자를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 폴리펩타이드는 원천세포 또는 푸소좀의 외인성 핵산에서 발현된다. 일부 구현예에서, 폴리펩타이드는 공급원에서 단리되어, 원천세포 또는 푸소좀에 로딩되거나 접합된다.
일부 구현예에서, 세포는 세포 내 내인성 푸소겐(예를 들어, 일부 구현예에서, 원천세포에 대해 내인성이고, 일부 구현예에서, 표적세포에 대해 내인성임)의 발현 또는 활성을 증가시키기 위해, 푸소좀 생성 전에, 화학적 작용제, 예를 들어 소분자로 처리된다. 일부 구현예에서, 소분자는 내인성 푸소겐의 전사 활성화제의 발현 또는 활성을 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 소분자는 내인성 푸소겐의 전사 억제제의 발현 또는 활성을 감소시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 소분자는 내인성 푸소겐의 발현을 증가시키는 후성적 변형제이다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 융합 정지 화합물, 예를 들어 리소포스파티딜콜린으로 처리된 세포에서 생성된다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 푸소겐을 절단하지 않는 해리 시약, 예를 들어 아큐타아제(Accutase)로 처리된 세포에서 생성된다.
일부 구현예에서, 원천세포는, 푸소겐의 농도를 추가하거나 증가시키기 위해, 푸소좀 생성 전에, 예를 들어 CRISPR 활성화제로 물리적으로 변형된다.
일부 구현예에서, 세포는 세포소기관, 예를 들어 미토콘드리아, 골지체, 소포체, 세포내 소포(예컨대, 리소좀, 자가포식소체)의 양을 감소 또는 증가시키거나, 이의 구조 또는 기능을 증강시키기 위해 물리적으로 변형된다.
b) 유전적 변형
일부 구현예에서, 세포는 세포 내 내인성 푸소겐(예를 들어, 일부 구현예에서, 원천세포에 대해 내인성이고, 일부 구현예에서, 표적세포에 대해 내인성임)의 발현을 증가시키기 위해, 푸소좀 생성 전에, 유전적으로 변형된다. 일부 구현예에서, 유전적 변형은 내인성 푸소겐의 전사 활성화제의 발현 또는 활성을 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 유전적 변형은 내인성 푸소겐의 전사 억제제의 발현 또는 활성을 감소시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 활성화제 또는 억제제는 가이드 RNA에 의해 내인성 푸소겐에 표적화된 전사 활성화제 또는 억제제에 연결된 뉴클레아제-불활성 cas9(dCas9)이다. 일부 구현예에서, 유전적 변형은 내인성 푸소겐 유전자를 후성적으로 변형시켜, 이의 발현을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 후성적 활성화제는 가이드 RNA에 의해 내인성 푸소겐에 표적화된 후성적 변형제에 연결된 뉴클레아제-불활성 cas9(dCas9)이다.
일부 구현예에서, 세포는 세포 내 외인성 푸소겐의 발현, 예를 들어 전이유전자의 전달을 증가시키기 위해, 푸소좀 생성 전에, 유전적으로 변형된다. 일부 구현예에서, 핵산, 예를 들어 DNA, mRNA 또는 siRNA는, 예를 들어 기관, 조직 또는 세포 표적화에 사용되는 세포 표면 분자(단백질, 글리칸, 지질 또는 저분자량 분자)의 발현을 증가시키거나 감소시키기 위해, 푸소좀 생성 전에, 세포로 전달된다. 일부 구현예에서, 핵산은 푸소겐의 억제제, 예를 들어 shRNA, siRNA 구조체를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, 핵산은 푸소겐 억제제의 저해제를 인코딩한다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 푸소겐을 인코딩하는 원천세포에 대해 외인성인 핵산을 원천세포에 도입하는 것을 포함한다. 외인성 핵산은, 예를 들어 DNA 또는 RNA일 수 있다. 일부 구현예에서, 외인성 핵산은, 예를 들어 DNA, gDNA, cDNA, RNA, pre-mRNA, mRNA, miRNA, siRNA 등일 수 있다. 일부 구현예에서, 외인성 DNA는 선형 DNA, 원형 DNA 또는 인공 염색체일 수 있다. 일부 구현예에서, DNA는 에피솜으로 유지된다. 일부 구현예에서, DNA는 게놈에 통합된다. 외인성 RNA는 화학적으로 변형된 RNA일 수 있으며, 예를 들어 하나 이상의 백본 변형, 당 변형, 비정규 염기 또는 캡을 포함할 수 있다. 백본 변형에는, 예를 들어 포스포로티오에이트, N3' 포스포르아미다이트, 보라노포스페이트, 포스포노아세테이트, 티오-PACE, 모르폴리노 포스포르아미다이트 또는 PNA가 포함된다. 당 변형에는, 예를 들어 2'-O-Me, 2'F, 2'F-ANA, LNA, UNA 및 2'-O-MOE가 포함된다. 비정규 염기에는, 예를 들어 5-브로모-U 및 5-요오도-U, 2,6-디아미노퓨린, C-5 프로피닐 피리미딘, 디플루오로톨루엔, 디플루오로벤젠, 디클로로벤젠, 2-티오우리딘, 슈도우리딘 및 디히드로우리딘이 포함된다. 캡에는, 예를 들어 ARCA가 포함된다. 추가의 변형은, 예를 들어 문헌 [Deleavey et al., "Designing Chemically Modified Oligonucleotides for Targeted Gene Silencing" Chemistry & Biology Volume 19, Issue 8, 24 August 2012, Pages 937-954]에 논의되어 있으며, 이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다.
일부 구현예에서, 세포는 세포 내 원천세포에 대해 외인성인 푸소겐의 발현 또는 활성을 증가시키기 위해, 푸소좀 생성 전에, 화학적 작용제, 예를 들어 소분자로 처리된다. 일부 구현예에서, 소분자는 외인성 푸소겐의 전사 활성화제의 발현 또는 활성을 증가시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 소분자는 외인성 푸소겐의 전사 억제제의 발현 또는 활성을 감소시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 소분자는 외인성 푸소겐의 발현을 증가시키는 후성적 변형제이다.
일부 구현예에서, 핵산은 변형된 푸소겐을 인코딩한다. 예를 들어, 조절 가능한 융합 활성, 예를 들어 특정 세포 유형, 조직 유형 또는 국소 미세환경 활성을 갖는 푸소겐. 이러한 조절 가능한 융합 활성은, 낮은 pH, 높은 pH, 가열, 적외선, 세포외 효소 활성(진핵 또는 원핵), 또는 소분자, 단백질 또는 지질의 노출에 의한 융합 활성의 활성화 및/또는 개시를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 소분자, 단백질 또는 지질은 표적세포 상에 디스플레이된다.
일부 구현예에서, 세포는 신호전달 경로(예를 들어, Wnt/베타-카테닌 경로)의 발현을 변경(즉, 상향조절 또는 하향조절)하기 위해, 푸소좀 생성 전에, 유전적으로 변형된다. 일부 구현예에서, 세포는 관심 유전자 또는 유전자들의 발현을 변경(즉, 상향조절 또는 하향조절)하기 위해, 푸소좀 생성 전에, 유전적으로 변형된다. 일부 구현예에서, 세포는 관심 핵산(예를 들어, miRNA 또는 mRNA) 또는 핵산들의 발현을 변경(즉, 상향조절 또는 하향조절)하기 위해, 푸소좀 생성 전에, 유전적으로 변형된다. 일부 구현예에서, 핵산, 예를 들어, DNA, mRNA 또는 siRNA는, 예를 들어 신호전달 경로, 유전자 또는 핵산의 발현을 증가시키거나 감소시키기 위해, 푸소좀 생성 전에, 세포로 전달된다. 일부 구현예에서, 핵산은 신호전달 경로, 유전자 또는 핵산의 억제제를 표적으로 하거나, 신호전달 경로, 유전자 또는 핵산을 억제한다. 일부 구현예에서, 핵산은 신호전달 경로, 유전자 또는 핵산을 상향조절하거나 하향조절하는 전사 인자를 인코딩한다. 일부 구현예에서, 활성화제 또는 억제제는 가이드 RNA에 의해 신호전달 경로, 유전자 또는 핵산에 표적화된 전사 활성화제 또는 억제제에 연결된 뉴클레아제-불활성 cas9(dCas9)이다. 일부 구현예에서, 유전적 변형은 내인성 신호전달 경로, 유전자 또는 핵산을 이의 발현으로 후성적으로 변형시킨다. 일부 구현예에서, 후성적 활성화제는 가이드 RNA에 의해 신호전달 경로, 유전자 또는 핵산에 표적화된 후성적 변형제에 연결된 뉴클레아제-불활성 cas9(dCas9)이다. 일부 구현예에서, 세포의 DNA는 신호전달 경로(예를 들어, Wnt/베타-카테닌 경로), 유전자 또는 핵산의 발현을 변경(즉, 상향조절 또는 하향조절)하기 위해, 푸소좀 생성 전에, 편집된다. 일부 구현예에서, DNA는 가이드 RNA 및 CRISPR-Cas9/Cpf1, 또는 다른 유전자 편집 기술을 사용하여 편집된다.
세포는 재조합 방법을 사용하여 유전적으로 변형될 수 있다. 목적하는 유전자를 코딩하는 핵산 서열은, 예를 들어 유전자를 발현하는 세포의 라이브러리를 스크리닝하는 방식, 유전자를 포함하는 것으로 알려진 벡터에서 유전자를 유도하는 방식, 또는 표준 기술을 사용하여 세포 및 세포를 함유하는 조직에서 직접 단리하는 방식과 같은 재조합 방법을 사용하여 얻을 수 있다. 대안적으로, 관심 유전자는 클로닝이 아닌 합성으로 생산될 수 있다.
천연 또는 합성 핵산의 발현은 전형적으로 관심 유전자를 인코딩하는 핵산을 프로모터에 작동 가능하게 연결하고, 구조체를 발현 벡터에 혼입하는 방식으로 달성된다. 벡터는 진핵생물의 복제 및 통합에 적합할 수 있다. 전형적인 클로닝 벡터는 목적하는 핵산 서열의 발현에 유용한 전사 및 번역 종결자, 개시 서열 및 프로모터를 함유한다.
일부 구현예에서, 세포는 하나 이상의 발현 영역, 예를 들어 유전자로 유전적으로 변형될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포는 외인성 유전자(예를 들어, RNA 또는 폴리펩타이드 산물과 같은 외인성 유전자 산물을 발현할 수 있음) 및/또는 외인성 조절 핵산으로 유전적으로 변형될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포는 표적세포에 대해 내인성인 유전자 산물을 인코딩하는 외인성 서열 및/또는 내인성 유전자의 발현을 조절할 수 있는 외인성 조절 핵산으로 유전적으로 변형될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포는 외인성 유전자 및/또는 외인성 유전자의 발현을 조절하는 조절 핵산으로 유전적으로 변형될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포는 외인성 유전자 및/또는 내인성 유전자의 발현을 조절하는 조절 핵산으로 유전적으로 변형될 수 있다. 당업자는, 본원에 기재된 세포가 단백질 또는 조절 분자를 인코딩하는 다양한 외인성 유전자를 발현하도록 유전적으로 변형될 수 있으며, 예를 들어 표적세포의 내인성 또는 외인성 게놈의 유전자 산물에 작용할 수 있음을 이해할 것이다. 일부 구현예에서, 이러한 유전자는 푸소좀에 특징을 부여하며, 예를 들어 표적세포와의 융합을 조절한다. 일부 구현예에서, 세포는 내인성 유전자 및/또는 조절 핵산을 발현하도록 유전적으로 변형될 수 있다. 일부 구현예에서, 내인성 유전자 또는 조절 핵산은 다른 내인성 유전자의 발현을 조절한다. 일부 구현예에서, 세포는 다른 염색체 상의 내인성 유전자 및/또는 조절 핵산의 버전과 상이하게(예를 들어, 유도성으로, 조직 특이적으로, 구성적으로, 또는 더 높거나 더 낮은 수준으로) 발현되는 내인성 유전자 및/또는 조절 핵산을 발현하도록 유전적으로 변형될 수 있다.
프로모터 요소, 예를 들어 인핸서는 전사 개시의 빈도를 조절한다. 전형적으로, 이들은 시작 부위의 30 bp 내지 110 bp 업스트림 영역에 위치하지만, 다수의 프로모터가 최근 시작 부위의 다운스트림에 기능성 요소를 함유하는 것으로 제시되었다. 프로모터 요소 사이의 간격은 종종 유연하여, 요소들이 서로에 대해 반전되거나 이동할 때 프로모터 기능이 보존된다. 티미딘 키나아제(tk) 프로모터에서, 프로모터 요소 사이의 간격은 활성이 감소하기 시작하기 전에 50 bp 간격으로 늘어날 수 있다. 프로모터에 따라, 개별 요소가 협력적으로 또는 독립적으로 기능하여 전사를 활성화할 수 있는 것으로 보인다.
적합한 프로모터의 일례는, 극초기 시토메갈로바이러스(CMV) 프로모터 서열이다. 이러한 프로모터 서열은 이에 작동적으로 연결된 임의의 폴리뉴클레오타이드 서열의 발현을 높은 수준으로 유도할 수 있는 강력한 구성적 프로모터 서열이다. 적합한 프로모터의 또 다른 예는 신장 성장인자-1α(Elongation Growth Factor, EF-1α)이다. 하지만, 비제한적으로, 원숭이바이러스 40(SV40) 초기 프로모터, 마우스유선종양바이러스(MMTV), 인간면역결핍바이러스(HIV) 긴말단반복(LTR) 프로모터, MoMuLV 프로모터, 조류백혈병바이러스 프로모터, 엡스타인-바(Epstein-Barr virus)바이러스 극초기 프로모터, 라우스육종바이러스 프로모터뿐 아니라, 비제한적으로, 액틴 프로모터, 미오신 프로모터, 헤모글로빈 프로모터 및 크레아틴 키나아제 프로모터와 같은 인간 유전자 프로모터를 포함하는 다른 구성적 프로모터 서열이 또한 사용될 수 있다.
나아가, 본 발명이 구성적 프로모터의 사용으로 제한되어서는 안 된다. 유도성 프로모터가 또한 본 발명의 일부로서 고려된다. 유도성 프로모터의 사용은 발현이 바람직한 경우 작동적으로 연결된 폴리뉴클레오타이드 서열의 발현을 개시할 수 있고, 발현이 바람직하지 않은 경우 발현을 중단시킬 수 있는 분자 스위치를 제공한다. 유도성 프로모터의 예에는, 비제한적으로, 조직 특이적 프로모터, 메탈로티오닌프로모터, 글루코코르티코이드 프로모터, 프로게스테론 프로모터 및 테트라시클린 프로모터가 포함된다. 일부 구현예에서, 푸소겐의 발현은 푸소좀이 생성되기 전, 예를 들어 푸소좀이 생성되기 3시간, 6시간, 9시간, 12시간, 24시간, 26시간, 48시간, 60시간 또는 72시간 전에 상향조절된다.
공급원에 도입되는 발현 벡터는 또한 바이러스 벡터를 통해 트랜스펙션 또는 감염시키고자 하는 세포의 집단에서 발현 세포의 식별 및 선별을 용이하게 하기 위해, 선별 가능한 마커 유전자 또는 리포터 유전자, 또는 둘 모두를 함유할 수 있다. 다른 양태에서, 선별 가능한 마커는 별개의 DNA 조각 상에 운반되어, 동시 트랜스펙션 절차에 사용될 수 있다. 선별 가능한 마커와 리포터 유전자에는 모두 숙주세포에서 발현을 가능하게 하는 적절한 조절 서열이 측면에 위치할 수 있다. 유용한 선별 가능한 마커에는, 예를 들어 네오 등과 같은 항생제 내성 유전자가 포함된다.
리포터 유전자는 잠재적으로 트랜스펙션된 세포를 식별하고, 조절 서열의 기능성을 평가하는 데 사용될 수 있다. 일반적으로, 리포터 유전자는 수용체 공급원에 존재하지 않거나 이에 의해 발현되지 않으며, 일부 용이하게 검출 가능한 특성, 예를 들어 효소 활성에 의해 발현이 나타나는 폴리펩타이드를 인코딩하는 유전자이다. 리포터 유전자의 발현은 DNA가 수용세포에 도입되고 적절한 시간 후에 분석된다. 적합한 리포터 유전자는 루시퍼라아제, 베타-갈락토시다아제, 클로람페니콜 아세틸 트랜스퍼라아제, 분비된 알칼리성 포스파타아제 또는 녹색 형광 단백질 유전자를 인코딩하는 유전자를 포함할 수 있다(예를 들어, 문헌[Ui-Tei et al., 2000 FEBS Letters 479: 79-82]). 적합한 발현 시스템은 널리 공지되어 있으며, 공지된 기술을 사용하여 제조하거나 상업적으로 입수할 수 있다. 일반적으로, 가장 높은 수준의 리포터 유전자 발현을 나타내는 최소 5' 측면 영역을 갖는 구조체가 프로모터로 식별된다. 이러한 프로모터 영역은 리포터 유전자에 연결되어, 프로모터 구동 전사를 조절하는 능력에 대해 작용제를 평가하는 데 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 세포는 하나 이상의 단백질의 발현을 변경시키기 위해 유전적으로 변형될 수 있다. 하나 이상의 단백질의 발현은 특정 시간, 예를 들어 공급원의 발달 또는 분화 상태 동안 변형될 수 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 융합 활성, 구조 또는 기능에 영향을 미치는 하나 이상의 단백질, 예를 들어 푸소겐 단백질 또는 비푸소겐 단백질의 발현을 변경시키기 위해, 유전적으로 변형된 세포의 공급원에서 생성된다. 하나 이상의 단백질의 발현은 특정 위치(들)로 제한되거나, 공급원 전체에 널리 퍼져있을 수 있다.
일부 구현예에서, 푸소겐 단백질의 발현은 변형된다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 푸소겐 단백질의 발현이 변형된, 예를 들어 푸소겐의 발현이 적어도 10%, 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 75%, 80%, 90%(또는 그 이상) 증가 또는 감소된 세포에서 생성된다.
일부 구현예에서, 세포는 푸소겐 단백질을 표적으로 하는 시토졸 효소(예를 들어, 프로테아제, 포스파타아제, 키나아제, 데메틸라아제, 메틸트랜스퍼라아제, 아세틸라아제)를 발현하도록 조작될 수 있다. 일부 구현예에서, 시토졸 효소는 번역 후 변형을 변경시키는 방식으로 하나 이상의 푸소겐에 영향을 미친다. 단백질의 번역 후 단백질 변형은 영양소 이용성 및 산화환원 조건에 대한 반응성, 및 단백질-단백질 상호작용에 영향을 미칠 수 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 번역 후 변형이 변경된, 예를 들어 번역 후 변형이 적어도 10%, 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 75%, 80%, 90%(또는 그 이상) 증가 또는 감소된 푸소겐을 포함한다.
세포에 변형을 도입하는 방법에는, 물리적, 생물학적 및 화학적 방법이 포함된다. 예를 들어, 문헌[Geng. & Lu, Microfluidic electroporation for cellular analysis and delivery. Lab on a Chip. 13(19):3803-21. 2013]; 문헌[Sharei, A. et al. A vector-free microfluidic platform for intracellular delivery. PNAS vol. 110 no. 6. 2013]; 문헌[Yin, H. et al., Non-viral vectors for gene-based therapy. Nature Reviews Genetics. 15: 541-555. 2014] 참조. 본원에 기재된 푸소좀의 생성에 사용하기 위한 세포를 변형시키는 적합한 방법에는, 예를 들어 확산, 삼투압, 삼투 펄싱, 삼투 충격, 저장성 용해, 저장성 투석, 이온영동, 전기천공, 초음파처리, 미세주입, 칼슘 침전, 막 삽입, 지질 매개 트랜스펙션, 세제 처리, 바이러스 감염, 수용체 매개 세포내이입, 단백질 형질도입 도메인의 사용, 입자 발사, 막 융합, 동결-해동, 기계적 파괴 및 여과가 포함된다.
유전적 변형의 존재를 확인하는 방법에는 다양한 검정이 포함된다. 이러한 검정에는, 예를 들어 서던(Southern) 및 노던(Northern) 블롯팅, RT-PCR 및 PCR과 같은 분자생물학적 검정; 예를 들어 면역학적 수단(ELISA 및 웨스턴 블롯) 또는 본원에 기재된 검정에 의한 특정 펩타이드의 존재 또는 부재의 검출과 같은 생화학적 검정이 포함된다.
본 개시내용은, 일부 양태에서, 푸소좀으로서, (a) 지질 이중층, (b) 지질 이중층으로 둘러싸인 내강(예를 들어, 시토졸을 포함함); 및 (c) 외인성 또는 과발현된 푸소겐(예를 들어, 여기서 푸소겐은 지질 이중층에 배치되어 있음)을 포함하며, 원천세포에서 유도된 것이고, 부분적 또는 완전한 핵 불활성화(예를 들어, 핵 제거)를 갖는 푸소좀을 제공한다.
본 개시내용은, 일부 양태에서, 원천세포에서 유도된 복수의 푸소좀을 포함하는 푸소좀 조성물로서, 여기서 복수의 푸소좀은, (a) 지질 이중층; (b) 시토졸을 포함하는 내강(여기서 내강은 지질 이중층으로 둘러싸여 있음); (c) 지질 이중층에 배치된 외인성 또는 과발현된 푸소겐; 및 (d) 핵산, 예를 들어 페이로드 유전자를 포함하는 핵산을 포함하며; 푸소좀은 핵을 포함하지 않고; 푸소좀 조성물 내 바이러스 캡시드 단백질의 양은 총 단백질의 1% 미만이며, 여기서 (i) 복수의 푸소좀이 표적세포와 비표적세포를 포함하는 세포 집단과 접촉하는 경우, 카고는 비표적세포 또는 참조세포보다 적어도 10배 더 많이 표적세포에 존재하거나, (ii) 복수의 푸소좀은 비표적세포 또는 참조세포보다 표적세포와 적어도 50% 더 높은 비율로 융합하고; 여기서 표적세포는 범뉴런세포, GABA성 뉴런, 글루타메이트성 뉴런, 콜린성 뉴런, 도파민성 뉴런, 세로토닌성 뉴런, 아교세포, 별아교세포, 미세아교세포, 회소돌기아교세포 또는 맥락얼기세포에서 선택되는, 푸소좀 조성물을 제공한다.
본 개시내용은, 일부 양태에서, 원천세포에서 유도된 복수의 푸소좀을 포함하는 푸소좀 조성물로서, 여기서 복수의 푸소좀은, (a) 지질 이중층; (b) 시토졸을 포함하는 내강(여기서 내강은 지질 이중층으로 둘러싸여 있음); (c) 지질 이중층에 배치된 외인성 또는 과발현된 푸소겐; 및 (d) 표 5 또는 표 6의 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자를 포함하는 핵산을 포함하며, 여기서 푸소좀은 핵을 포함하지 않고; 푸소좀 조성물 내 바이러스 캡시드 단백질의 양은 총 단백질의 1% 미만인, 푸소좀 조성물을 제공한다.
본 개시내용은, 일부 양태에서, 원천세포에서 유도된 복수의 푸소좀을 포함하는 푸소좀 조성물로서, 여기서 복수의 푸소좀은, (a) 지질 이중층; (b) 시토졸을 포함하는 내강(여기서 내강은 지질 이중층으로 둘러싸여 있음); (c) 지질 이중층에 배치된 외인성 또는 과발현된 푸소겐; 및 (d) 페이로드 유전자를 포함하는 핵산(여기서 핵산은 페이로드 유전자에 작동 가능하게 연결된 NTCSRE를 포함하고, 여기서 NTCSRE는 비표적세포 특이적 miRNA 인식 서열, 예를 들어 표적세포보다 높은 수준으로 비표적세포에 존재하는 miRNA에 의해 결합된 비표적세포 특이적 miRNA 인식 서열, 예를 들어 표 4의 miRNA에 의해 결합된 비표적세포 특이적 miRNA 인식 서열을 포함하며, 여기서 표적세포는 첫 번째 유형의 CNS세포이고, 선택적으로 여기서 비표적세포는 두 번째 상이한 유형의 CNS세포 또는 비CNS세포임)을 포함하며; 여기서 푸소좀은 핵을 포함하지 않고; 푸소좀 조성물 내 바이러스 캡시드 단백질의 양은 총 단백질의 1% 미만인, 푸소좀 조성물을 제공한다.
일부 구현예에서, miRNA는 표적세포(예를 들어, CNS세포)에 존재하는 miRNA의 수준보다 적어도 10배, 100배, 1,000배 또는 10,000배 더 높은 수준으로 비표적세포(예를 들어, 본원에 기재된 비표적세포)에 존재한다. 일부 구현예에서, miRNA는 표적세포(예를 들어, CNS세포, 예를 들어 본원에 기재된 CNS세포)에 검출 가능하게 존재하지 않는다. 일부 구현예에서, miRNA는 표적세포(예를 들어, CNS세포, 예를 들어 본원에 기재된 CNS세포)에 존재하지 않는다.
본 개시내용은, 일부 양태에서, 원천세포에서 유도된 복수의 푸소좀을 포함하는 푸소좀 조성물로서, 여기서 복수의 푸소좀은, (a) 지질 이중층; (b) 시토졸을 포함하는 내강(여기서 내강은 지질 이중층으로 둘러싸여 있음); (c) 지질 이중층에 배치된 외인성 또는 과발현된 푸소겐; 및 (d) 페이로드 유전자를 포함하는 핵산(여기서 핵산은 페이로드 유전자에 작동 가능하게 연결된 프로모터를 포함하고, 여기서 프로모터는 CNS세포 특이적 프로모터, 예를 들어 CNS세포, 범뉴런세포, GABA성 뉴런, 글루타메이트성 뉴런, 콜린성 뉴런, 도파민성 뉴런, 세로토닌성 뉴런, 아교세포, 별아교세포, 미세아교세포, 회소돌기아교세포 또는 맥락얼기세포에 특이적인 프로모터임)을 포함하며, 여기서 푸소좀은 핵을 포함하지 않고; 푸소좀 조성물 내 바이러스 캡시드 단백질의 양은 총 단백질의 1% 미만인, 푸소좀 조성물을 제공한다.
본 개시내용은, 일부 양태에서, 원천세포에서 유도된 복수의 푸소좀을 포함하는 푸소좀 조성물로서, 여기서 복수의 푸소좀은, (a) 지질 이중층; (b) 시토졸을 포함하는 내강(여기서 내강은 지질 이중층으로 둘러싸여 있음); (c) 지질 이중층에 배치된 외인성 또는 과발현된 푸소겐; 및 (d) 페이로드 유전자를 포함하는 핵산(여기서 핵산은 표 3의 프로모터 서열, 또는 이와 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 서열을 갖는 프로모터를 포함함)을 포함하며, 여기서 푸소좀은 핵을 포함하지 않고; 푸소좀 조성물 내 바이러스 캡시드 단백질의 양은 총 단백질의 1% 미만인, 푸소좀 조성물을 제공한다.
본 개시내용은, 일부 양태에서, 원천세포에서 유도된 복수의 푸소좀을 포함하는 푸소좀 조성물로서, 여기서 복수의 푸소좀은, (a) 지질 이중층; (b) 시토졸을 포함하는 내강(여기서 내강은 지질 이중층으로 둘러싸여 있음); (c) 지질 이중층에 배치된 외인성 또는 과발현된 푸소겐; 및 (d) 핵산으로서, (i) 페이로드 유전자; (ii) 페이로드 유전자에 작동 가능하게 연결된 NTCSRE(예를 들어, 여기서 NTCSRE는 비표적세포 특이적 miRNA 인식 서열, 예를 들어 표 4의 miRNA에 의해 결합된 비표적세포 특이적 miRNA 인식 서열을 포함함); 및
(iii) 선택적으로, 양성 표적세포 특이적 조절 요소, 예를 들어 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 양성 표적세포 특이적 조절 요소(예를 들어, 표적세포 특이적 프로모터)(여기서 양성 표적세포 특이적 조절 요소는 양성 표적세포 특이적 조절 요소가 결여된 다른 유사한 푸소좀에 비해 표적세포에서 페이로드 유전자의 발현을 증가시키며, 여기서 표적세포는 첫 번째 유형의 CNS세포이고, 선택적으로 여기서 비표적세포는 두 번째 상이한 유형의 CNS세포 또는 비CNS세포이며, 선택적으로 여기서 표적세포는 뉴런이고, 비표적세포는 아교세포(예를 들어, 회소돌기아교세포, 별아교세포 또는 미세아교세포)이거나, 표적세포는 아교세포(예를 들어, 회소돌기아교세포, 별아교세포 또는 미세아교세포)이고, 비표적세포는 뉴런임)를 포함하는 핵산을 포함하며; 여기서 푸소좀은 핵을 포함하지 않고; 푸소좀 조성물 내 바이러스 캡시드 단백질의 양은 총 단백질의 1% 미만인, 푸소좀 조성물을 제공한다.
일부 구현예에서, 다음 중 하나 이상이 존재한다: i) 푸소좀은 세포생물제제를 포함하거나 이로 구성됨; ii) 푸소좀은 제핵된 세포를 포함함; iii) 푸소좀은 불활성화된 핵을 포함함; iv) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 42의 검정에 따라 측정 시, 비표적세포보다 표적세포와 더 높은 비율로, 예를 들어 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배, 20배, 50배 또는 100배 더 높은 비율로 융합함; v) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 42의 검정에 따라 측정 시, 다른 푸소좀보다 표적세포와 더 높은 비율로, 예를 들어 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배, 20배, 50배 또는 100배 더 높은 비율로 융합함; vi) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 42의 검정에 따라 측정 시, 푸소좀 내 작용제가 24시간, 48시간 또는 72시간 후 표적세포의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%에 전달되도록 하는 비율로 표적세포와 융합함; vii) 푸소겐은, 예를 들어 실시예 26의 검정에 따라 측정 시, 최소 또는 최대 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 카피 수로 존재함; viii) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 88의 검정에 따라 측정 시, 최소 또는 최대 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 카피 수로 치료제를 포함함; ix) 푸소겐의 카피 수 대 치료제의 카피 수의 비는, 1,000,000:1 내지 100,000:1, 100,000:1 내지 10,000:1, 10,000:1 내지 1,000:1, 1,000:1 내지 100:1, 100:1 내지 50:1, 50:1 내지 20:1, 20:1 내지 10:1, 10:1 내지 5:1, 5:1 내지 2:1, 2:1 내지 1:1, 1:1 내지 1:2, 1:2 내지 1:5, 1:5 내지 1:10, 1:10 내지 1:20, 1:20 내지 1:50, 1:50 내지 1:100, 1:100 내지 1:1,000, 1:1,000 내지 1:10,000, 1:10,000 내지 1:100,000 또는1:100,000 내지 1:1,000,000임; x) 푸소좀은 원천세포와 실질적으로 유사한 지질 조성을 포함하거나, 여기서 CL, Cer, DAG, HexCer, LPA, LPC, LPE, LPG, LPI, LPS, PA, PC, PE, PG, PI, PS, CE, SM 및 TAG 중 하나 이상은 원천세포에서 상응하는 지질 수준의 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70% 또는 75% 이내임; xi) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 87의 검정을 사용하여 측정 시, 원천세포와 유사한 프로테오믹 조성을 포함함; xii) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 40의 검정을 사용하여 측정 시, 지질 대 단백질의 비를 원천세포에서 상응하는 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내로 포함함; xiii) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 41의 검정을 사용하여 측정 시, 단백질 대 핵산(예를 들어, DNA)의 비를 원천세포에서 상응하는 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내로 포함함; xiv) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 91의 검정을 사용하여 측정 시, 지질 대 핵산(예를 들어, DNA)의 비를 원천세포에서 상응하는 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내로 포함함; xv) 푸소좀 조성물은, 예를 들어 실시예 60의 검정에 따라 측정 시, 대상, 예를 들어 마우스에서의 반감기를, 참조세포 조성물, 예를 들어 원천세포의 반감기의 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100% 이내로 가짐; xvi) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 50의 검정을 사용하여 측정 시, 음성 대조군, 예를 들어 글루코오스 부재 하의 다른 유사한 푸소좀보다, 예를 들어 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%(예를 들어, 약 11.6%) 더 많이 막을 가로질러 글루코오스(예를 들어, 표지된 글루코오스, 예를 들어 2-NBDG)를 수송함; xvii) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 51의 검정을 사용하여 측정 시, 내강에서의 에스테라아제 활성을, 참조세포, 예를 들어 원천세포 또는 마우스 배아 섬유아세포에서의 에스테라아제 활성의 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100% 이내로 포함함; xviii) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 53에 기재된 바와 같이 측정 시, 대사 활성 수준을, 참조세포, 예를 들어 원천세포에서의 시트레이트 합성효소 활성 수준의 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100% 이내로 포함함; xix) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 54에 기재된 바와 같이 측정 시, 호흡 수준(예를 들어, 산소 소비율)을, 참조세포, 예를 들어 원천세포에서의 호흡 수준의 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100% 이내로 포함함; xx) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 55의 검정을 사용하여 측정 시, 최대 18,000 MFI, 17,000 MFI, 16,000 MFI, 15,000 MFI, 14,000 MFI, 13,000 MFI, 12,000 MFI, 11,000 MFI 또는 10,000 MFI의 아넥신-V 염색 수준을 포함하거나, 푸소좀은 실시예 55의 검정에서 메나디온으로 처리된 다른 유사한 푸소좀의 아넥신-V 염색 수준보다 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 더 낮은 아넥신-V 염색 수준을 포함하거나, 또는 푸소좀은 실시예 55의 검정에서 메나디온으로 처리된 대식세포의 아넥신-V 염색 수준보다 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 더 낮은 아넥신-V 염색 수준을 포함함; xxi) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 33의 검정에 따라 측정 시, miRNA 함량 수준을, 원천세포의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상으로 가짐; xxii) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 38의 검정에 따라 측정 시, 가용성:불용성 단백질 비를, 원천세포의 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상) 이내, 예를 들어 원천세포의 1% 내지 2%, 2% 내지 3%, 3% 내지 4%, 4% 내지 5%, 5% 내지 10%, 10% 내지 20%, 20% 내지 30%, 30% 내지 40%, 40% 내지 50%, 50% 내지 60%, 60% 내지 70%, 70% 내지 80% 또는 80% 내지 90% 이내로 가짐; xxiii) 푸소좀은, 예를 들어 질량분석법, 예를 들어 실시예 39의 검정에 따라 측정 시, LPS 수준을, 원천세포의 LPS 함량의 5%, 1%, 0.5%, 0.01%, 0.005%, 0.0001%, 0.00001%(또는 그 이하) 미만으로 가짐; xxiv) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 49의 검정을 사용하여 측정 시, 신호 전달, 예를 들어 세포외 신호, 예를 들어 인슐린에 대한 반응으로 AKT 인산화, 또는 인슐린에 대한 반응으로 글루코오스(예를 들어, 표지된 글루코오스, 예를 들어 2-NBDG) 흡수를, 음성 대조군, 예를 들어 인슐린 부재 하의 다른 유사한 푸소좀보다, 예를 들어 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100% 더 전달할 수 있음; xxv) 푸소좀은 조직, 예를 들어 간, 폐, 심장, 비장, 췌장, 위장관, 신장, 고환, 난소, 뇌, 생식기관, 중추신경계, 말초신경계, 골격근, 내피, 내이 또는 눈을 표적으로 하고, 대상, 예를 들어 마우스에게 투여될 때, 예를 들어 실시예 64의 검정에 따라 측정 시, 예를 들어 투여된 푸소좀 집단 내 푸소좀의 적어도 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5%, 2%, 2.5%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%가 24시간, 48시간 또는 72시간 후 표적조직에 존재함; xxvi) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 56의 검정에 따라 측정 시, 적스타크린 신호전달 수준을, 참조세포, 예를 들어 원천세포 또는 골수간질세포(BMSC)에 의해 유도된 적스타크린 신호전달의 수준보다 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100% 더 큰 수준으로 가짐; xxvii) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 57의 검정에 따라 측정 시, 파라크린 신호전달 수준을, 참조세포, 예를 들어 원천세포 또는 대식세포에 의해 유도된 파라크린 신호전달의 수준보다 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100% 더 큰 수준으로 가짐; xxviii) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 58의 검정에 따라 측정 시, 액틴을, 참조세포, 예를 들어 원천세포 또는 C2C12 세포에서 중합된 액틴의 수준과 비교하여 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100% 이내의 수준으로 중합함; xxix) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 59의 검정에 따라 측정 시, 막 전위를 참조세포, 예를 들어 원천세포 또는 C2C12세포의 막 전위의 약 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100% 이내로 갖거나, 푸소좀의 막전위는 약 -20 mV 내지 -150 mV, -20 mV 내지 -50 mV, -50 mV 내지 -100 mV, 또는 -100 mV 내지 -150 mV임; xxx) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 44의 검정을 사용하여 측정 시, 예를 들어 원천세포의 혈관외유출 비율의 적어도 1%, 2%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%의 비율로 혈관으로부터의 혈관외유출이 가능하고, 예를 들어 여기서 원천세포는 호중구, 림프구, B세포, 대식세포 또는 NK세포임; xxxi) 푸소좀은 세포막, 예를 들어 내피세포막 또는 혈액뇌장벽을 가로지를 수 있음; xxxii) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 48의 검정을 사용하여 측정 시, 단백질을, 예를 들어 참조세포, 예를 들어 마우스 배아 섬유아세포보다 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100% 더 큰 비율로 분비할 수 있음; xxxiii) 푸소좀은 제약 또는 우수제조관리기준(GMP) 표준을 충족시킴; xxxiv) 푸소좀은 우수제조관리기준(GMP)에 따라 제조되었음; xxxv) 푸소좀은 병원체를 선결된 참조 수준 미만으로 가지며, 예를 들어 푸소좀에는 병원체가 실질적으로 없음; xxxiv) 푸소좀은 오염물을 선결된 참조 수준 미만으로 가지며, 예를 들어 푸소좀에는 오염물이 실질적으로 없음; xxxvii) 푸소좀은, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 낮은 면역원성을 가짐; xxxviii) 원천세포는 호중구, 과립구, 중간엽줄기세포, 골수줄기세포, 유도된 다능성줄기세포, 배아줄기세포, 골수아세포, 근아세포, 간세포 또는 뉴런, 예를 들어 망막신경세포에서 선택됨; 또는 xxxix) 원천세포는 293세포, HEK세포, 인간 내피세포 또는 인간 상피세포, 단핵구, 대식세포, 수지상세포 또는 줄기세포 이외의 것임.
본 개시내용은 또한, 일부 양태에서, 푸소좀으로서, a) 지질 이중층, 및 수용액, 예를 들어 물과 혼화 가능한 내강(여기서 푸소좀은 원천세포에서 유도된 것임), b) 지질 이중층에 배치된 외인성 또는 과발현된 푸소겐, 및 c) 내강에 배치된 세포소기관, 예를 들어 치료적으로 유효한 수의 세포소기관을 포함하는 푸소좀을 제공한다.
일부 구현예에서, 다음 중 하나 이상이 존재한다: i) 원천세포는 내피세포, 대식세포, 호중구, 과립구, 백혈구, 줄기세포(예를 들어, 중간엽줄기세포, 골수줄기세포, 유도된 다능성줄기세포, 배아줄기세포), 골수아세포, 근아세포, 간세포 또는 뉴런, 예를 들어 망막신경세포에서 선택됨; ii) 세포소기관은 골지체, 리소좀, 소포체, 미토콘드리아, 액포, 엔도좀, 첨단체(acrosome), 자가포식체, 중심체, 글리코좀, 글리옥시좀, 히드로게노좀(hydrogenosome), 멜라노좀, 미토좀, 자포(cnidocyst), 퍼옥시좀, 프로테아좀, 소포 및 스트레스 과립에서 선택됨; iii) 푸소좀은 5 um, 10 um, 20 um, 50 um 또는 100 um 초과의 크기를 가짐; iv) 푸소좀, 또는 복수의 푸소좀을 포함하는 조성물 또는 제제는, 예를 들어 실시예 30의 검정에 따라 측정 시, 1.08 g/ml 내지 1.12 g/ml 이외의 밀도를 갖고, 예를 들어 푸소좀은 1.25 g/ml +/- 0.05의 밀도를 가짐; v) 푸소좀은 순환 중인 스캐빈저 시스템 또는 간의 부비강 내 쿠퍼세포에 의해 포획되지 않음; vi) 원천세포는 293세포 이외의 것임; vii) 원천세포는 형질전환되거나 불멸화되지 않음; viii) 원천세포는 아데노바이러스 매개 불멸화 이외의 방법을 사용하여 형질전환되거나 불멸화되며, 예를 들어 자발적 돌연변이 또는 텔로머라아제 발현에 의해 불멸화됨; ix) 푸소겐은 VSVG, SNARE 단백질 또는 분비 과립 단백질 이외의 것임; x) 푸소좀은 Cre 또는 GFP, 예를 들어 EGFP를 포함하지 않음; xi) 푸소좀은 Cre 또는 GFP, 예를 들어 EGFP 이외의 외인성 단백질을 추가로 포함함; xii) 푸소좀은, 예를 들어 내강에 외인성 핵산(예를 들어, RNA, 예를 들어 mRNA, miRNA 또는 siRNA) 또는 외인성 단백질(예를 들어, 항체, 예를 들어 항체)을 추가로 포함함; 또는 xiii) 푸소좀은 미토콘드리아를 포함하지 않음.
본 개시내용은 또한, 일부 양태에서, 푸소좀으로서, (a) 지질 이중층, (b) 지질 이중층으로 둘러싸인 내강(예를 들어, 시토졸을 포함함), (c) 외인성 또는 과발현된 푸소겐(예를 들어, 여기서 푸소겐은 지질 이중층에 배치되어 있음), 및 (d) 기능성 핵을 포함하며, 원천세포에서 유도된 것인, 푸소좀을 제공한다.
일부 구현예에서, 다음 중 하나 이상이 존재한다: i) 원천세포는 수지상세포 또는 종양세포 이외의 것이며, 예를 들어 원천세포는 내피세포, 대식세포, 호중구, 과립구, 백혈구, 줄기세포(예를 들어, 중간엽줄기세포, 골수줄기세포, 유도된 다능성줄기세포, 배아줄기세포), 골수아세포, 근아세포, 간세포 또는 뉴런, 예를 들어 망막신경세포에서 선택됨; ii) 푸소겐은 융합성 당단백질 이외의 것임; iii) 푸소겐은 페르틸린(fertilin)-베타 이외의 포유류 단백질임; iv) 푸소좀은, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 낮은 면역원성을 가짐; v) 푸소좀은 제약 또는 우수제조관리기준(GMP) 표준을 충족시킴; vi) 푸소좀은 우수제조관리기준(GMP)에 따라 제조되었음; vii) 푸소좀은 병원체를 선결된 참조 수준 미만으로 가지며, 예를 들어 푸소좀에는 병원체가 실질적으로 없음; 또는 viii) 푸소좀은 오염물을 선결된 참조 수준 미만으로 가지며, 예를 들어 푸소좀에는 오염물이 실질적으로 없음.
본 개시내용은 또한, 일부 양태에서, 원천세포에서 유도된 복수의 푸소좀을 포함하는 푸소좀 조성물로서, 여기서 복수의 푸소좀은, (a) 지질 이중층; (b) 시토졸을 포함하는 내강(여기서 내강은 지질 이중층으로 둘러싸여 있음); (c) 지질 이중층에 배치된 외인성 또는 과발현된 푸소겐; 및 (d) 카고를 포함하며; 푸소좀은 핵을 포함하지 않고; 푸소좀 조성물 내 바이러스 캡시드 단백질의 양은 총 단백질의 1% 미만이며; 여기서 복수의 푸소좀이, 세포내이입 저해제의 존재 하에 표적세포 집단과 접촉되고, 세포내이입 저해제로 처리되지 않은 참조 표적세포 집단과 접촉되는 경우, 참조 표적세포 집단과 비교하여 표적세포 집단 내 세포 수의 적어도 30%에 카고를 전달하는, 푸소좀 조성물을 제공한다.
본 개시내용은 또한, 일부 양태에서, 원천세포에서 유도된 복수의 푸소좀을 포함하는 푸소좀 조성물로서, 여기서 복수의 푸소좀은, (a) 지질 이중층; (b) 시토졸을 포함하는 내강(여기서 내강은 지질 이중층으로 둘러싸여 있음); (c) 지질 이중층에 배치된 외인성 또는 과발현된 재표적화된 푸소겐; 및 (d) 카고를 포함하며; 푸소좀은 핵을 포함하지 않고; 푸소좀 조성물 내 바이러스 캡시드 단백질의 양은 총 단백질의 1% 미만이며; 여기서 (i) 복수의 푸소좀이 표적세포와 비표적세포를 포함하는 세포 집단과 접촉하는 경우, 카고는 비표적세포보다 적어도 2배, 5배, 10배, 20배, 50배 또는 100배 더 많이 표적세포에 존재하거나, (ii) 복수의 푸소좀은 비표적세포보다 표적세포와 적어도 50% 더 높은 비율로 융합하는, 푸소좀 조성물을 제공한다.
본 개시내용은 또한, 일부 양태에서, 원천세포에서 유도된 복수의 푸소좀을 포함하는 푸소좀 조성물로서, 여기서 복수의 푸소좀은, (a) 지질 이중층; (b) 지질 이중층으로 둘러싸인 내강; (c) 외인성 또는 과발현된 푸소겐(여기서 푸소겐은 지질 이중층에 배치되어 있음); 및 (d) 카고를 포함하며; 푸소좀은 핵을 포함하지 않고; 다음 중 하나 이상(예를 들어, 적어도 2개, 3개, 4개 또는 5개)을 특징으로 하는, 푸소좀 조성물을 제공한다: i) 푸소겐은 적어도 1,000개 카피의 카피 수로 존재함; ii) 푸소좀은 치료제를 적어도 1,000개 카피의 카피 수로 포함함; iii) 푸소좀은 지질을 포함하며, 여기서 CL, Cer, DAG, HexCer, LPA, LPC, LPE, LPG, LPI, LPS, PA, PC, PE, PG, PI, PS, CE, SM 및 TAG 중 하나 이상은 원천세포에서 상응하는 지질 수준의 75% 이내임; iv) 푸소좀은 원천세포와 유사한 프로테오믹 조성을 포함함; v) 푸소좀은 신호 전달, 예를 들어 세포외 신호, 예를 들어 인슐린에 대한 반응으로 AKT 인산화, 또는 인슐린에 대한 반응으로 글루코오스(예를 들어, 표지된 글루코오스, 예를 들어 2-NBDG) 흡수를, 음성 대조군, 예를 들어 인슐린 부재 하의 다른 유사한 푸소좀보다, 예를 들어 적어도 10% 더 전달할 수 있음; vi) 푸소좀은 조직, 예를 들어 간, 폐, 심장, 비장, 췌장, 위장관, 신장, 고환, 난소, 뇌, 생식기관, 중추신경계, 말초신경계, 골격근, 내피, 내이 또는 눈을 표적으로 하고, 대상, 예를 들어 마우스에게 투여될 때, 예를 들어 24시간 후, 투여된 푸소좀의 집단 내 푸소좀의 적어도 0.1% 또는 10%가 표적조직에 존재함; 또는 원천세포는 호중구, 과립구, 중간엽줄기세포, 골수줄기세포, 유도된 다능성줄기세포, 배아줄기세포, 골수아세포, 근아세포, 간세포 또는 뉴런, 예를 들어 망막신경세포에서 선택됨.
구현예에서, 다음 중 하나 이상을 특징으로 한다: i) 원천세포는 293세포 이외의 것임; ii) 원천세포는 형질전환되거나 불멸화되지 않음; iii) 원천세포는 아데노바이러스 매개 불멸화 이외의 방법을 사용하여 형질전환되거나 불멸화되며, 예를 들어 자발적 돌연변이 또는 텔로머라아제 발현에 의해 불멸화됨; iv) 푸소겐은 VSVG, SNARE 단백질 또는 분비 과립 단백질 이외의 것임; v) 치료제는 Cre 또는 EGFP 이외의 것임; vi) 치료제는, 예를 들어 내강에 있는 핵산(예를 들어, RNA, 예를 들어 mRNA, miRNA 또는 siRNA) 또는 외인성 단백질(예를 들어, 항체, 예를 들어 항체)임; 또는 vii) 푸소좀은 미토콘드리아를 포함하지 않음.
구현예에서, 다음 중 하나 이상을 특징으로 한다: i) 원천세포는 293세포 또는 HEK세포 이외의 것임; ii) 원천세포는 형질전환되거나 불멸화되지 않음; iii) 원천세포는 아데노바이러스 매개 불멸화 이외의 방법을 사용하여 형질전환되거나 불멸화되며, 예를 들어 자발적 돌연변이 또는 텔로머라아제 발현에 의해 불멸화됨; iv) 푸소겐은 바이러스 푸소겐이 아님; 또는 v) 푸소좀의 크기는 40 nm 내지 150 nm 이외이고, 예를 들어 150 nm, 200 nm, 300 nm, 400 nm 또는 500 nm 초과임.
구현예에서, 다음 중 하나 이상을 특징으로 한다: i) 치료제는 원천세포에 의해 발현된 가용성 단백질임; ii) 푸소겐은 TAT, TAT-HA2, HA-2, gp41, 알츠하이머 베타-아밀로이드 펩타이드, 센다이바이러스 단백질 또는 양친매성 순 음성 펩타이드(WAE 11) 이외의 것임; iii) 푸소겐은 포유류 푸소겐임; iv) 푸소좀은 이의 내강에 효소, 항체 또는 항바이러스 폴리펩타이드에서 선택되는 폴리펩타이드를 포함함; v) 푸소좀은 외인성 치료용 막관통 단백질을 포함하지 않음; 또는 vi) 푸소좀은 CD63 또는 GLUT4를 포함하지 않거나, 예를 들어 실시예 89에 기재된 방법에 따라 결정 시, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 2%, 3%, 4%, 5% 또는 10% 이하(예를 들어, 약 0.048% 이하)의 CD63을 포함함.
구현예에서, 푸소좀은 다음을 특징으로 한다: i) 바이러스를 포함하지 않거나, 감염성이 아니거나 또는 숙주세포에서 번식하지 않음; ii) 바이러스 벡터가 아님; iii) VLP(바이러스 유사 입자)가 아님; iv) 바이러스 구조 단백질, 예를 들어 gag에서 유도된 단백질, 예를 들어 바이러스 캡시드 단백질, 예를 들어 바이러스 캡슐 단백질, 예를 들어 바이러스 뉴클레오캡시드 단백질을 포함하지 않거나, 바이러스 캡시드 단백질의 양이, 예를 들어 질량분석법, 예를 들어 실시예 93의 검정을 사용하여 측정 시, 총 단백질의 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0.5%, 0.2% 또는 0.1% 미만임; v) 바이러스 매트릭스 단백질을 포함하지 않음; vi) 바이러스 비구조 단백질; 예를 들어 pol 또는 이의 단편 또는 변이체, 바이러스 역전사효소 단백질, 바이러스 인테그라아제 단백질 또는 바이러스 프로테아제 단백질을 포함하지 않음; vii) 바이러스 핵산; 예를 들어 바이러스 RNA 또는 바이러스 DNA를 포함하지 않음; viii) 바이러스 구조 단백질 소포당 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 미만의 카피를 포함함; 또는 ix) 푸소좀은 바이로좀이 아님.
일부 구현예에서, 푸소좀은 약 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 미만의 바이러스 캡시드 단백질(예를 들어, 약 0.05%의 바이러스 캡시드 단백질)을 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 바이러스 캡시드 단백질은 토끼 내인성 렌티바이러스(RELIK: Rabbit Endogenous Lentivirus) 캡시드와 시클로필린 A의 복합체이다. 구현예에서, 바이러스 캡시드 단백질:총 단백질 비는 약 0.01, 0.02, 0.03, 0.04, 0.05, 0.06, 0.07, 0.08, 0.09 또는 0.1이다(또는 인 것으로 확인된다).
일부 구현예에서, 푸소좀은 gag 단백질, 또는 이의 단편 또는 변이체를 포함하지 않거나(또는 포함하지 않는 것으로 확인되거나), gag 단백질, 또는 이의 단편 또는 변이체의 양이, 예를 들어 실시예 93의 검정에 따라 측정 시, 총 단백질의 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0.5%, 0.2% 또는 0.1% 미만이다.
구현예에서, 푸소좀 상의 푸소겐의 카피 수 대 바이러스 구조 단백질의 카피 수의 비는, 적어도 1,000,000:1, 100,000:1, 10,000:1, 1,000:1, 100:1, 50:1, 20:1, 10:1, 5:1 또는 1:1이거나; 100:1 내지 50:1, 50:1 내지 20:1, 20:1 내지 10:1, 10:1 내지 5:1, 또는 1:1이다. 구현예에서, 푸소좀 상의 푸소겐의 카피 수 대 바이러스 매트릭스 단백질의 카피 수의 비는, 적어도 1,000,000:1, 100.000:1, 10,000:1, 1,000:1, 100:1, 50:1, 20:1, 10:1, 5:1 또는 1:1이다.
구현예에서, 다음 중 하나 이상을 특징으로 한다: i) 푸소좀은 수-비(非)혼화성 액적을 포함하지 않음; ii) 푸소좀은 수성 내강과 친수성 외부를 포함함; iii) 푸소겐은 단백질 푸소겐임; 또는 iv) 세포소기관은 미토콘드리온, 골지체, 리소좀, 소포체, 액포, 엔도좀, 첨단체, 자가포식체, 중심체, 글리코좀, 글리옥시좀, 히드로게노좀, 멜라노좀, 미토좀, 자포, 퍼옥시좀, 프로테아좀, 소포 및 스트레스 과립에서 선택됨.
구현예에서, 다음 중 하나 이상을 특징으로 한다: i) 푸소겐은 포유류 푸소겐 또는 바이러스 푸소겐임; ii) 푸소좀은 푸소좀에 치료용 또는 진단용 물질을 로딩하는 방식으로 제조되지 않았음; iii) 원천세포에는 치료용 또는 진단용 물질이 로딩되지 않았음; iv) 푸소좀은 독소루비신(doxorubicin), 덱사메타손(dexamethasone), 시클로덱스트린(cyclodextrin); 폴리에틸렌 글리콜, 마이크로 RNA, 예를 들어 miR125, VEGF 수용체, ICAM-1, E-셀렉틴, 산화철, 형광 단백질, 예를 들어 GFP 또는 RFP, 나노입자, 또는 RNase를 포함하지 않거나, 상기 중 임의의 것의 외인성 형태를 포함하지 않음; 또는 v) 푸소좀은 하나 이상의 번역 후 변형, 예를 들어 글리코실화를 갖는 외인성 치료제를 추가로 포함함.
구현예에서, 푸소좀은 단일라멜라 또는 다중라멜라이다.
구현예에서, 다음 중 하나 이상을 특징으로 한다: i) 푸소좀은 엑소좀이 아님; ii) 푸소좀은 미세소포임; iii) 푸소좀은 비포유류 푸소겐을 포함함; iv) 푸소좀은 푸소겐을 포함하도록 조작되었음; v) 푸소좀은 외인성 푸소겐을 포함함; vi) 푸소좀의 크기는 적어도 80 nm, 100 nm, 200 nm, 500 nm, 1000 nm, 1200 nm, 1400 nm 또는 1500 nm이거나, 푸소좀 집단의 평균 크기는 적어도 80 nm, 100 nm, 200 nm, 500 nm, 1000 nm, 1200 nm, 1400 nm 또는 1500 nm임; vii) 푸소좀은 하나 이상의 세포소기관, 예를 들어 미토콘드리온, 골지체, 리소좀, 소포체, 액포, 엔도좀, 첨단체, 자가포식체, 중심체, 글리코좀, 글리옥시좀, 히드로게노좀, 멜라노좀, 미토좀, 자포, 퍼옥시좀, 프로테아좀, 소포 및 스트레스 과립을 포함함; viii) 푸소좀은 세포골격 또는 이의 구성요소, 예를 들어 액틴, Arp2/3, 포르민, 코로닌, 디스트로핀, 케라틴, 미오신 또는 튜불린을 포함함; ix) 푸소좀, 또는 복수의 푸소좀을 포함하는 조성물 또는 제제는, 예를 들어 문헌[Thery et al., "Isolation and characterization of exosomes from cell culture supernatants and biological fluids." Curr Protoc Cell Biol. 2006 Apr; Chapter 3:Unit 3.22]에 기재된 바와 같이, 예를 들어 수크로오스 구배 원심분리 검정에 따라 측정 시, 1.08 g/ml 내지 1.22 g/ml의 부유 밀도를 갖지 않거나, 적어도 1.18 g/ml 내지 1.25 g/ml, 또는 1.05 g/ml 내지 1.12 g/ml의 밀도를 가짐; x) 지질 이중층은 원천세포와 비교하여 세라미드 또는 스핑고미엘린, 또는 이들의 조합이 강화되어 있거나, 지질 이중층은 원천세포와 비교하여 당지질, 유리 지방산 또는 포스파티딜세린, 또는 이들의 조합이 강화되어 있지 않음(예를 들어, 고갈되어 있음); xi) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 92의 검정에 따라 측정 시, 포스파티딜세린(PS) 또는 CD40 리간드, 또는 PS와 CD40 리간드 모두를 포함함; xii) 푸소좀은 원천세포와 비교하여 PS가 강화되어 있으며, 예를 들어 문헌[Kanada M, et al. (2015) Differential fates of biomolecules delivered to target cells via extracellular vesicles. Proc Natl Acad Sci USA 112:E1433-E1442]의 검정에 따라 측정 시, 예를 들어 푸소좀 집단에서, 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%가 PS에 대해 양성임; xiii) 푸소좀은 아세틸콜린에스테라아제(AChE)를 실질적으로 포함하지 않거나, 예를 들어 실시예 52의 검정에 따라 측정 시, 단백질 1 ug당 0.001, 0.002, 0.005, 0.01,0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 1, 2, 5, 10, 20, 50, 100, 200, 500 또는 1000 미만의 AChE 활성 단위를 함유함; xiv) 푸소좀은 테트라스파닌(Tetraspanin) 계열 단백질(예를 들어, CD63, CD9 또는CD81), ESCRT 관련 단백질(예를 들어, TSG101, CHMP4A-B 또는 VPS4B), Alix, TSG101, MHCI, MHCII, GP96, 액티닌(actinin)-4, 미토필린(mitofilin), 신테닌(syntenin)-1, TSG101, ADAM10, EHD4, 신테닌-1, TSG101, EHD1, 플로틸린(flotillin)-1, 열충격 70-kDa 단백질(HSC70/HSP73, HSP70/HSP72), 또는 이들의 임의의 조합을 실질적으로 포함하지 않거나, 예를 들어 실시예 89의 검정에 따라 측정 시, 상기 단백질 중 임의의 것의 임의의 개별 엑소좀 마커 단백질의 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 5% 또는 10% 미만, 및/또는 총 엑소좀 마커 단백질의 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 15%, 20% 또는 25% 미만을 함유하거나, 원천세포와 비교하여 이러한 단백질 중 임의의 하나 이상이 강화되어 있지 않거나, 또는 이러한 단백질 중 임의의 하나 이상이 강화되어 있지 않음; xv) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 36의 검정을 사용하여 측정 시, 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나아제(GAPDH)의 수준을, 총 단백질 1 ug당 500 ng, 250 ng, 100 ng, 50 ng, 20 ng, 10 ng, 5 ng 또는 1 ng의 미만의 GAPDH, 또는 원천세포의 GAPDH 수준 미만, 예를 들어 1%, 2.5%, 5%, 10%, 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 미만, 예를 들어 원천세포에서 총 단백질당 GAPDH의 수준(ng/ug) 미만으로 포함함; xvi) 푸소좀은 하나 이상의 소포체 단백질(예를 들어, 칼넥신), 하나 이상의 프로테아좀 단백질 또는 하나 이상의 미토콘드리아 단백질, 또는 이들의 임의의 조합이 강화되어 있으며, 예를 들어 여기서 칼넥신의 양은 총 단백질 1 ug당 500 ng, 250 ng, 100 ng, 50 ng, 20 ng, 10 ng, 5 ng 또는 1 ng 미만의 칼넥신이거나, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 37 또는 실시예 90의 검정을 사용하여 측정 시, 원천세포와 비교하여 총 단백질당 칼넥신(ng/ug)을 1%, 2.5%, 5%, 10%, 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 적게 포함하거나, 푸소좀 내 칼넥신의 평균 분율은 약 1x10-4, 1.5x10-4, 2x10-4, 2.1x10-4, 2.2x10-4, 2.3x10-4, 2.4x10-4, 2.43x10-4, 2.5x10-4, 2.6x10-4, 2.7x10-4, 2.8x10-4, 2.9x10-4, 3x10-4, 3.5x10-4 또는 4x10-4 미만이거나, 또는 푸소좀은 총 단백질당 칼넥신의 양을 모세포보다 약 70%, 75%, 80%, 85%, 88%, 90%, 95%, 99% 또는 그 이상 적은 양으로 포함함; xvii) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 34의 검정을 사용하여 측정 시, 외인성 작용제(예를 들어, 외인성 단백질, mRNA 또는 siRNA)를 포함함; 또는 xviii) 푸소좀은, 예를 들어 문헌[Kanada M, et al. (2015) Differential fates of biomolecules delivered to target cells via extracellular vesicles. Proc Natl Acad Sci USA 112:E1433-E1442]의 검정에 따라 측정 시, 원자력 현미경에 의해 마이카 표면 상에 적어도 30분 동안 고정될 수 있음.
구현예에서, 다음 중 하나 이상을 특징으로 한다: i) 푸소좀은 엑소좀임; ii) 푸소좀은 미세소포가 아님; iii) 푸소좀의 크기는 80 nm, 100 nm, 200 nm, 500 nm, 1000 nm, 1200 nm, 1400 nm 또는 1500 nm 미만이거나, 푸소좀 집단의 평균 크기는 80 nm, 100 nm, 200 nm, 500 nm, 1000 nm, 1200 nm, 1400 nm 또는 1500 nm 미만임; iv) 푸소좀은 세포소기관을 포함하지 않음; v) 푸소좀은 세포골격 또는 이의 구성요소, 예를 들어 액틴, Arp2/3, 포르민, 코로닌, 디스트로핀, 케라틴, 미오신 또는 튜불린을 포함하지 않음; vi) 푸소좀, 또는 복수의 푸소좀을 포함하는 조성물 또는 제제는, 예를 들어 문헌[Thery et al., "Isolation and characterization of exosomes from cell culture supernatants and biological fluids." Curr Protoc Cell Biol. 2006 Apr; Chapter 3:Unit 3.22]에 기재된 바와 같이, 예를 들어 수크로오스 구배 원심분리 검정에 따라 측정 시, 1.08 g/ml 내지 1.22 g/ml의 부유 밀도를 가짐; vii) 지질 이중층은 원천세포와 비교하여 세라미드 또는 스핑고미엘린, 또는 이들의 조합이 강화되어 있지 않거나(예를 들어, 고갈되어 있음), 원천세포와 비교하여 당지질, 유리 지방산 또는 포스파티딜세린, 또는 이들의 조합이 강화되어 있음; viii) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 92의 검정에 따라 측정 시, 포스파티딜세린(PS) 또는 CD40 리간드, 또는 PS와 CD40 리간드 모두를 포함하지 않거나 원천세포와 비교하여 고갈되어 있음; ix) 푸소좀은 원천세포와 비교하여 PS가 강화되어 있지 않으며(예를 들어, 고갈되어 있음), 예를 들어 문헌[Kanada M, et al. (2015) Differential fates of biomolecules delivered to target cells via extracellular vesicles. Proc Natl Acad Sci USA 112:E1433-E1442]의 검정에 따라 측정 시, 예를 들어 푸소좀 집단에서, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%미만이 PS에 대해 양성임; x) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 52의 검정에 따라 측정 시, 아세틸콜린에스테라아제(AChE)를, 예를 들어 단백질 1 ug당 적어도 0.001, 0.002, 0.005, 0.01, 0.02, 0.05, 0.1, 0.2, 0.5, 1, 2, 5, 10, 20, 50, 100, 200, 500 또는 1000의 AChE 활성 단위로 포함함; xi) 푸소좀은 테트라스파닌 계열 단백질(예를 들어, CD63, CD9 또는CD81), ESCRT 관련 단백질(예를 들어, TSG101, CHMP4A-B 또는 VPS4B), Alix, TSG101, MHCI, MHCII, GP96, 액티닌-4, 미토필린, 신테닌-1, TSG101, ADAM10, EHD4, 신테닌-1, TSG101, EHD1, 플로틸린-1, 열충격 70-kDa 단백질(HSC70/HSP73, HSP70/HSP72), 또는 이들의 임의의 조합을 포함하며, 예를 들어 실시예 89의 검정에 따라 측정 시, 예를 들어 상기 단백질 중 임의의 것의 임의의 개별 엑소좀 마커 단백질의 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 5% 또는 10% 초과, 및/또는 총 엑소좀 마커 단백질의 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 15%, 20% 또는 25% 미만을 함유하거나, 원천세포와 비교하여 이러한 단백질 중 임의의 하나 이상이 강화되어 있음; xii) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 36의 검정을 사용하여 측정 시, 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나아제(GAPDH)의 수준을, 총 단백질 1 ug당 500 ng, 250 ng, 100 ng, 50 ng, 20 ng, 10 ng, 5 ng 또는 1 ng 초과의 GAPDH, 또는 원천세포의 GAPDH 수준 미만, 예를 들어 적어도 1%, 2.5%, 5%, 10%, 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%, 원천세포에서 총 단백질당 GAPDH의 수준(ng/ug)보다 더 큰 수준으로 포함함; xiii) 푸소좀은 하나 이상의 소포체 단백질(예를 들어, 칼넥신), 하나 이상의 프로테아좀 단백질 또는 하나 이상의 미토콘드리아 단백질, 또는 이들의 임의의 조합이 강화되어 있지 않으며(예를 들어, 고갈되어 있음), 예를 들어 실시예 90의 검정을 사용하여 측정 시, 예를 들어 여기서 칼넥신의 양은 총 단백질 1 ug당 500 ng, 250 ng, 100 ng, 50 ng, 20 ng, 10 ng, 5 ng 또는 1 ng 미만의 칼넥신이거나, 푸소좀은 원천세포와 비교하여 총 단백질당 칼넥신(ng/ug)을 1%, 2.5%, 5%, 10%, 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 적게 포함하거나, 푸소좀 내 칼넥신의 평균 분율은 약 1x10-4, 1.5x10-4, 2x10-4, 2.1x10-4, 2.2x10-4, 2.3x10-4, 2.4x10-4, 2.43x10-4, 2.5x10-4, 2.6x10-4, 2.7x10-4, 2.8x10-4, 2.9x10-4, 3x10-4, 3.5x10-4 또는 4x10-4 미만이거나, 또는 푸소좀은 총 단백질당 칼넥신의 양을 모세포보다 약 70%, 75%, 80%, 85%, 88%, 90%, 95%, 99% 또는 그 이상 적은 양으로 포함함; 또는 xiv) 푸소좀은, 예를 들어 문헌[Kanada M, et al. (2015) Differential fates of biomolecules delivered to target cells via extracellular vesicles. Proc Natl Acad Sci USA 112:E1433-E1442]의 검정에 따라 측정 시, 원자력 현미경에 의해 마이카 표면 상에 적어도 30분 동안 고정될 수 없음.
구현예에서, 다음 중 하나 이상을 특징으로 한다: i) 푸소좀은 VLP를 포함하지 않음; ii) 푸소좀은 바이러스를 포함하지 않음; iii) 푸소좀은 복제 가능 바이러스를 포함하지 않음; iv) 푸소좀은 바이러스 단백질, 예를 들어 바이러스 구조 단백질, 예를 들어 캡시드 단백질 또는 바이러스 매트릭스 단백질을 포함하지 않음; v) 푸소좀은 외피 바이러스로부터의 캡시드 단백질을 포함하지 않음; vi) 푸소좀은 뉴클레오캡시드 단백질을 포함하지 않음; 또는 vii) 푸소겐은 바이러스 푸소겐이 아님.
구현예에서, 푸소좀은 시토졸을 포함한다.
구현예에서, 다음 중 하나 이상을 특징으로 한다: i) 푸소좀 또는 원천세포는, 예를 들어 실시예 65의 검정에 따라 측정 시, 대상에게 이식될 때 기형종을 형성하지 않음; ii) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 45의 검정을 사용하여 측정 시, 예를 들어 참조세포, 예를 들어 대식세포의 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%(또는 그 이상) 이내의 화학주성을 나타낼 수 있음; iii) 푸소좀은, 예를 들어 실시예 46의 검정을 사용하여 측정 시, 예를 들어 상처 부위에 귀소할 수 있으며, 여기서 푸소좀 또는 세포생물제제는 인간 세포에서 유래된 것이고, 예를 들어 원천세포는 호중구임; 또는 iv) 푸소좀은 식균작용을 할 수 있으며, 예를 들어 푸소좀에 의한 식균작용은, 실시예 47의 검정을 사용하여 측정 시, 0.5시간, 1시간, 2시간, 3시간, 4시간, 5시간 또는 6시간 이내에 검출 가능하고, 예를 들어 여기서 원천세포는 대식세포임.
구현예에서, 푸소좀 또는 푸소좀 조성물은, 대상, 예를 들어 인간 대상에게의 투여 후, 5일 이하, 예를 들어 4일 이하, 3일 이하, 2일 이하, 1일 이하, 예를 들어 약 12시간 내지 72시간 동안 상기 특징 중 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 그 이상을 보유한다.
구현예에서, 푸소좀은 하기 특징 중 하나 이상을 갖는다: a) 원천세포 유래의 하나 이상의 내인성 단백질, 예를 들어 막단백질 또는 시토졸 단백질을 포함함; b) 적어도 10개, 20개, 50개, 100개, 200개, 500개, 1000개, 2000개 또는 5000개의 상이한 단백질을 포함함; c) 적어도 1개, 2개, 5개, 10개, 20개, 50개 또는 100개의 상이한 당단백질을 포함함; d) 푸소좀 내 단백질 질량의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%는 자연 발생 단백질임; e) 적어도 10개, 20개, 50개, 100개, 200개, 500개, 1000개, 2000개 또는 5000개의 상이한 RNA를 포함함; 또는 f) 예를 들어 CL, Cer, DAG, HexCer, LPA, LPC, LPE, LPG, LPI, LPS, PA, PC, PE, PG, PI, PS, CE, SM 및 TAG에서 선택되는, 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 10개 또는 20개의 상이한 지질을 포함함.
구현예에서, 푸소좀은 하기 특성 중 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 그 이상을 갖도록 조작되었거나, 자연 발생 세포가 아니며, 여기서 핵은 자연적으로 하기 특성 중 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 그 이상을 갖지 않는다: a) 부분 핵 불활성화는 핵 기능, 예를 들어 전사 또는 DNA 복제, 또는 둘 모두의 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 이상의 감소를 유도하며, 예를 들어 여기서 전사는 실시예 24의 검정에 따라 측정되고, DNA 복제는 실시예 25의 검정에 따라 측정된 것임; b) 푸소좀은 전사할 수 없거나, 예를 들어 실시예 24의 검정을 사용하여 측정 시, 참조세포, 예를 들어 원천세포의 전사 활성의 1%, 2.5% 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 미만의 전사 활성을 가짐; c) 푸소좀은 핵 DNA 복제를 할 수 없거나, 예를 들어 실시예 25의 검정을 사용하여 측정 시, 참조세포, 예를 들어 원천세포의 핵 DNA 복제의 1%, 2.5% 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 미만의 핵 DNA 복제를 가짐; d) 푸소좀은 크로마틴이 결여되어 있거나, 예를 들어 실시예 32의 검정을 사용하여 측정 시, 참조세포, 예를 들어 원천세포의 크로마틴 함량의 1%, 2.5% 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 미만의 크로마틴 함량을 가짐; e) 푸소좀은 핵막이 결여되어 있거나, 예를 들어 실시예 31의 검정을 사용하여 측정 시, 참조세포, 예를 들어 원천세포 또는 Jurkat세포의 핵막의 양의 50%, 40%, 30%, 20%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만의 핵막을 가짐; f) 푸소좀은 기능성 핵 공극 복합체가 결여되어 있거나, 예를 들어 실시예 31의 검정에 따라 측정 시, 적어도 50%, 40%, 30%, 20%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 감소된 핵 유입 또는 방출을 나타내거나, 또는 푸소좀에는 하나 이상의 핵 공극 단백질, 예를 들어 NUP98 또는 Importin 7이 결여되어 있음; g) 푸소좀은 히스톤을 포함하지 않거나, 예를 들어 실시예 32의 검정에 따라 측정 시, 원천세포의 히스톤 수준(예를 들어, H1, H2a, H2b, H3 또는 H4)의 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 미만의 히스톤 수준을 가짐; h) 푸소좀은 20개, 10개, 5개, 4개, 3개, 2개 또는 1개 미만의 염색체를 포함함; i) 핵 기능이 제거됨; j) 푸소좀은 제핵된 포유류 세포임; k) 핵은 제거되거나 불활성되고, 예를 들어 기계적인 힘, 방사선 또는 화학적 절제에 의해 압출됨; 또는 l) 푸소좀은, 예를 들어 간기 또는 유사분열 동안 완전히 또는 부분적으로 제거된 DNA를 갖는 포유류 세포에서 유래된 것임.
구현예에서, 푸소좀은 mtDNA 또는 벡터 DNA를 포함한다. 구현예에서, 푸소좀은 DNA를 포함하지 않는다.
구현예에서, 원천세포는 원시세포, 불멸화된 세포 또는 세포주(예를 들어, 골수아세포 세포주, 예를 들어 C2C12)이다. 구현예에서, 푸소좀은 (예를 들어, MHC 단백질 또는 MHC 복합체를 제거하기 위한 게놈 편집에 의해) 게놈이 변형된, 예를 들어 면역원성이 감소된 원천세포에서 유래된다. 구현예에서, 원천세포는 항염증 신호로 처리된 세포 배양물에서 유래된 것이다. 구현예에서, 원천세포는 면역억제제로 처리된 세포 배양물에서 유래된 것이다. 구현예에서, 원천세포는, 예를 들어 본원에 기재된 검정을 사용하여 측정 시 실질적으로 비면역원성이다. 구현예에서, 원천세포는 외인성 작용제, 예를 들어 치료제를 포함한다. 구현예에서, 원천세포는 재조합 세포이다.
구현예에서, 푸소좀은 외인성 작용제, 예를 들어 치료제, 예를 들어 단백질 또는 핵산(예를 들어, DNA, 염색체(예를 들어, 인간 인공 염색체), RNA, 예를 들어 mRNA 또는 miRNA)를 추가로 포함한다. 구현예에서, 외인성 작용제는 최소 또는 최대 10개, 20개, 50개, 100개, 200개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피(예를 들어, 카피는 푸소좀으로 구성됨)로 존재하거나, 푸소좀당 최소 또는 최대 10개, 20개, 50개, 100개, 200개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개 또는 1,000,000개 카피의 평균 수준으로 존재한다. 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 포유류 세포의 siRNA 또는 유전자 편집 효소로의 처리에 의해, 하나 이상의 내인성 분자, 예를 들어 단백질 또는 핵산의 수준이 변경, 예를 들어 증가 또는 감소된다. 구현예에서, 내인성 분자는, 예를 들어 최소 또는 최대 10개, 20개, 50개, 100개, 200개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피(예를 들어, 카피는 푸소좀으로 구성됨)의 평균 수준으로 존재하거나, 푸소좀당 최소 또는 최대 10개, 20개, 50개, 100개, 200개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개 또는 1,000,000개 카피의 평균 수준으로 존재한다. 구현예에서, 내인성 분자(예를 들어, RNA 또는 단백질)는 원천세포에서 이의 농도보다 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 10, 20, 50, 100, 500, 103, 5.0 x 103, 104, 5.0 x 104, 105, 5.0 x 105, 106, 5.0 x 106, 1.0 x 107, 5.0 x 107 또는 1.0 x 108 배 더 큰 농도로 존재한다.
구현예에서, 활성제는 단백질, 단백질 복합체(예를 들어, 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개 또는 50개의 단백질, 예를 들어, 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개 또는 50개의 상이한 단백질을 포함함) 폴리펩타이드, 핵산(예를 들어, DNA, 염색체, RNA, 예를 들어 mRNA, siRNA 또는 miRNA) 또는 소분자에서 선택된다. 구현예에서, 외인성 작용제는 부위 특이적 뉴클레아제, 예를 들어 Cas9 분자, TALEN 또는 ZFN을 포함한다.
구현예에서, 푸소겐은 바이러스 푸소겐, 예를 들어 HA, HIV-1 ENV, HHV-4, gp120 또는 VSV-G이다. 구현예에서, 푸소겐은 포유류 푸소겐, 예를 들어 SNARE, 신시틴, 미오메이커, 미오믹서, 미오머저 또는 FGFRL1이다. 구현예에서, 푸소겐은 pH 4 내지 5, 5 내지 6, 6 내지 7, 7 내지 8, 8 내지 9, 또는 9 내지 10에서 활성이다. 구현예에서, 푸소겐은 pH 4 내지 5, 5 내지 6, 6 내지 7, 7 내지 8, 8 내지 9, 또는 9 내지 10에서 활성이 아니다. 구현예에서, 푸소좀은 표적세포의 표면에서 표적세포와 융합한다. 구현예에서, 푸소겐은 리소좀 독립적 방식으로 융합을 촉진시킨다. 구현예에서, 푸소겐은 단백질 푸소겐이다. 구현예에서, 푸소겐은 지질 푸소겐, 예를 들어 올레산, 글리세롤, 모노올레에이트, 글리세리드, 디아실글리세롤 또는 변형된 불포화 지방산이다. 구현예에서, 푸소겐은 화학물질 푸소겐, 예를 들어 PEG이다. 구현예에서, 푸소겐은 소분자 푸소겐, 예를 들어 할로탄, NSAID, 예컨대 멜록시캄, 피록시캄, 테녹시캄 및 클로로프로마진이다. 구현예에서, 푸소겐은 재조합된 것이다. 구현예에서, 푸소겐은 생화학적으로 혼입되며, 예를 들어 푸소겐은 정제된 단백질로서 제공되어, 푸소겐이 지질 이중층과 회합될 수 있는 조건 하에서 지질 이중층과 접촉된다. 구현예에서, 푸소겐은 생합성적으로 혼입되며, 예를 들어 푸소겐이 지질 이중층과 회합될 수 있는 조건 하에서 원천세포에서 발현된다.
구현예에서, 푸소좀은 표적세포와 결합한다. 구현예에서, 표적세포는 HeLa세포 이외의 것이거나, 형질전환되거나 불멸화되지 않는다.
푸소좀 조성물을 포함하는 일부 구현예에서, 복수의 푸소좀은 동일하다. 일부 구현예에서, 복수의 푸소좀은 상이하다. 일부 구현예에서, 복수의 푸소좀은 하나 이상의 원천세포에서 유래된다. 일부 구현예에서, 복수의 푸소좀의 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 또는 99%는, 푸소좀 조성물 내 푸소좀의 평균 직경의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내의 직경을 갖는다. 일부 구현예에서, 복수의 푸소좀의 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 또는 99%는, 푸소좀 조성물 내 푸소좀의 평균 부피의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내의 부피를 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은, 원천세포 집단의 10%, 50% 또는 90% 내에서, 약 90%, 80%, 70%, 60%, 50%, 40%, 30%, 20%, 10%, 5% 미만의 크기 분포 가변성, 예를 들어 실시예 28에 기반한 크기 분포 가변성을 갖는다. 일부 구현예에서, 복수의 푸소좀의 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 또는 99%는, 푸소좀 조성물 내 푸소좀의 평균 푸소겐 카피 수의 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 이내의 푸소겐 카피 수를 갖는다. 일부 구현예에서, 복수의 푸소좀의 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 또는 99%는, 푸소좀 조성물 내 푸소좀의 평균 치료제 카피 수의 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 이내의 치료제 카피 수를 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은 적어도 105개, 106개, 107개, 108개, 109개, 1010개, 1011개, 1012개, 1013개, 1014개 또는 1015개(또는 그 이상)의 푸소좀을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은 적어도 1 ul, 2 ul, 5 ul, 10 ul, 20 ul, 50 ul, 100 ul, 200 ul, 500 ul, 1 ml, 2 ml, 5 ml 또는 10 ml의 부피로 존재한다.
일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은 참조 표적세포 집단과 비교하여 표적세포 집단 내 세포 수의 적어도 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%에 카고를 전달한다.
일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은 참조 표적세포 집단 또는 비표적세포 집단과 비교하여 표적세포 집단에 적어도 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 카고를 전달한다. 일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은 참조 표적세포 집단 또는 비표적세포 집단과 비교하여 표적세포 집단에 적어도 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 이상의 카고를 전달한다.
일부 구현예에서, 카고의 10% 미만이 세포내이입에 의해 세포에 들어간다.
일부 구현예에서, 세포내이입 저해제는 리소좀 산성화 저해제, 예를 들어 바필로마이신(bafilomycin) A1이다. 일부 구현예에서, 세포내이입 저해제는 디나민 저해제, 예를 들어 Dynasore이다.
일부 구현예에서, 표적세포 집단은 생리학적 pH(예를 들어, 7.3 내지 7.5, 예를 들어 7.38 내지 7.42)로 존재한다.
일부 구현예에서, 전달된 카고는 세포내이입 저해 검정, 예를 들어 실시예 80의 검정을 사용하여 결정된다.
일부 구현예에서, 카고는 디나민 독립적 경로 또는 리소좀 산성화 독립적 경로, 거대음작용(macropinocytosis) 독립적 경로(예를 들어, 여기서 세포내이입 저해제는 거대음작용 저해제, 예를 들어 5-(N-에틸-N-이소프로필)아밀로리드(EIPA)임, 예를 들어 25 μM의 농도), 또는 액틴 독립적 경로(예를 들어, 여기서 세포내이입 저해제는 액틴 중합 저해제, 예를 들어 라트룬쿨린(Latrunculin) B임, 예를 들어 6 μM의 농도)를 통해 세포에 들어간다.
일부 구현예에서, 복수의 푸소좀은 표적화 모이어티를 추가로 포함한다. 구현예에서, 표적화 모이어티는 푸소겐으로 구성되거나, 별개의 분자로 구성된다.
일부 구현예에서, 복수의 푸소좀을 표적세포와 비표적세포를 포함하는 세포 집단과 접촉시키는 경우, 카고는 비표적세포보다 적어도 10배 더 많은 표적세포에 존재한다.
일부 구현예에서, 복수의 푸소좀을 표적세포와 비표적세포를 포함하는 세포 집단과 접촉시키는 경우, 카고는 비표적세포보다 적어도 2배, 5배, 10배, 20배 또는 50배 더 많이 표적세포에 존재하고/하거나, 참조세포보다 적어도 2배, 5배, 10배, 20배 또는 50배 더 많이 표적세포에 존재한다.
일부 구현예에서, 복수의 푸소좀은 비표적세포보다 표적세포와 적어도 50% 더 높은 비율로 융합한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은, 표적세포 집단과 접촉하는 경우, 엔도좀 또는 리소좀 이외의 표적세포 위치, 예를 들어 시토졸로 카고를 전달한다. 구현예에서, 카고의 50%, 40%, 30%, 20% 또는 10% 미만은 엔도좀 또는 리소좀으로 전달된다.
일부 구현예에서, 복수의 푸소좀은 엑소좀, 미세소포 또는 이들의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 복수의 푸소좀의 평균 크기는 적어도 50 nm, 100 nm, 200 nm, 500 nm, 1000 nm, 1200 nm, 1400 nm 또는 1500 nm이다. 다른 구현예에서, 복수의 푸소좀의 평균 크기는 100 nm, 80 nm, 60 nm, 40 nm 또는 30 nm 미만이다.
일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 포유류 푸소겐을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 바이러스 푸소겐을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 단백질 푸소겐이다. 일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 니파바이러스 단백질 F, 홍역바이러스 F 단백질, 투파이아 파라믹소바이러스 F 단백질, 파라믹소바이러스 F 단백질, 헨드라바이러스 F 단백질, 헤니파바이러스 F 단백질, 모빌리바이러스 F 단백질, 레스피로바이러스 F 단백질, 센다이바이러스 F 단백질, 루불라바이러스 F 단백질 또는 아불라바이러스 F 단백질, 또는 이의 유도체에서 선택되는 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 pH 4 내지 5, 5 내지 6, 6 내지 7, 7 내지 8, 8 내지 9, 또는 9 내지 10에서 활성이다. 일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 pH 4 내지 5, 5 내지 6, 6 내지 7, 7 내지 8, 8 내지 9, 또는 9 내지 10에서 활성이 아니다.
일부 구현예에서, 푸소겐은 푸소좀당 적어도 1개, 2개, 5개 또는 10개 카피의 카피 수로 존재한다.
일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 니파바이러스 단백질 G, 홍역단백질 H, 투파이아 파라믹소바이러스 H 단백질, 파라믹소바이러스 G 단백질, 파라믹소바이러스 H 단백질, 파라믹소바이러스 HN 단백질, 모빌리바이러스 H 단백질, 레스피로바이러스 HN 단백질, 센다이바이러스 HN 단백질, 루불라바이러스 HN 단백질, 아불라바이러스 HN 단백질, 또는 이의 유도체를 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 니파바이러스 F 및 G 단백질, 홍역바이러스 F 및 H 단백질, 투파이아 파라믹소바이러스 F 및 H 단백질, 파라믹소바이러스 F 및 G 단백질 또는 F 및 H 단백질 또는 F 및 HN 단백질, 헨드라바이러스 F 및 G 단백질, 헤니파바이러스 F 및 G 단백질, 모빌리바이러스 F 및 H 단백질, 레스피로바이러스 F 및 HN 단백질, 센다이바이러스 F 및 HN 단백질, 루불라바이러스 F 및 HN 단백질, 또는 아불라바이러스 F 및 HN 단백질, 또는 이의 유도체, 또는 이들의 임의의 조합에서 선택되는 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 카고는 외인성 단백질 또는 외인성 핵산을 포함한다. 일부 구현예에서, 카고는 시토졸 단백질을 포함하거나 인코딩한다. 일부 구현예에서, 카고는 막단백질을 포함하거나 인코딩한다. 일부 구현예에서, 카고는 치료제를 포함한다. 일부 구현예에서, 카고는 푸소좀당 적어도 1개, 2개, 5개, 10개, 20개, 50개, 100개 또는 200개 카피(예를 들어, 푸소좀당 약 1,000개 이하의 카피)의 카피 수로 존재한다. 일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)의 카피 수 대 카고의 카피 수의 비는, 1000:1 내지 1:1, 또는 500:1 내지 1:1, 또는 250:1 내지 1:1, 또는 150:1 내지 1:1, 또는 100:1 내지 1:1, 또는 75:1 내지 1:1, 또는 50:1 내지 1:1, 또는 25:1 내지 1:1, 또는 20:1 내지 1:1, 또는 15:1 내지 1:1, 또는 10:1 내지 1:1, 또는 5:1 내지 1:1, 또는 2:1 내지 1:1, 또는 1:1 내지 1:2이다.
일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은 바이러스 캡시드 단백질 또는 DNA 통합 폴리펩타이드를 포함한다. 일부 구현예에서, 카고는 바이러스 게놈을 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은, 예를 들어 유전자 치료를 위해 표적세포의 게놈을 안정적으로 변형시키기 위해, 핵산을 표적세포에 전달할 수 있다.
일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은 바이러스 뉴클레오캡시드 단백질을 포함하지 않거나, 바이러스 뉴클레오캡시드 단백질의 양은, 예를 들어 질량분석법에 따라, 예를 들어 실시예 93의 검정을 사용하여 측정 시, 총 단백질의 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0.5%, 0.2% 또는 0.1% 미만이다.
구현예에서, 푸소좀 조성물은 적어도 105개, 106개, 107개, 108개, 109개, 1010개, 1011개, 1012개, 1013개, 1014개 또는 1015개의 푸소좀을 포함한다. 구현예에서, 푸소좀 조성물은 적어도 10 ml, 20 ml, 50 ml, 100 ml, 200 ml, 500 ml, 1 L, 2 L, 5 L, 10 L, 20 L 또는 50 L를 포함한다.
구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 면역원성을 감소시키기 위해(예를 들어, MHC 단백질 또는 MHC 복합체를 제거하기 위한 게놈 편집에 의해) 게놈이 변형된 포유류 세포에서 유래된다. 구현예에서, 원천세포는 항염증 신호로 처리된 세포 배양물에서 유래된 것이다. 구현예에서, 상기 방법은, 핵을 불활성시키는 단계, 예를 들어 세포에서 핵을 제거하는 단계 전 또는 후에, 단계 a)의 원천세포를 면역억제제 또는 항염증 신호와 접촉시키는 단계를 추가로 포함한다.
하나의 양태에서, 원천세포에서 유도된 복수의 푸소좀을 포함하는 푸소좀 조성물로서, 여기서 복수의 푸소좀은, (a) 지질 이중층; (b) 시토졸을 포함하는 내강(여기서 내강은 지질 이중층으로 둘러싸여 있음); (c) 지질 이중층에 배치된 외인성 또는 과발현된 푸소겐; 및 (d) 카고를 포함하며; 푸소좀은 핵을 포함하지 않고; 푸소좀 조성물 내 바이러스 캡시드 단백질의 양은 총 단백질의 1% 미만이며; 여기서 복수의 푸소좀이, 세포내이입 저해제의 존재 하에 표적세포 집단과 접촉되고, 세포내이입 저해제로 처리되지 않은 참조 표적세포 집단과 접촉되는 경우, 참조 표적세포 집단과 비교하여 표적세포 집단 내 세포 수의 적어도 30%에 카고를 전달하는, 푸소좀 조성물을 제공한다.
구현예에서, 푸소좀 조성물은 참조 표적세포 집단 또는 비표적세포 집단과 비교하여 표적세포 집단 내 세포 수의 적어도 40%, 50%, 60%, 70% 또는 80%에 카고를 전달하거나; 참조 표적세포 집단 또는 비표적세포 집단과 비교하여 표적세포 집단에 카고, 예를 들어 적어도 40%, 50%, 60%, 70% 또는 80%의 카고를 전달한다. 구현예에서, 카고의 10% 미만이 세포내이입에 의해 세포에 들어간다. 구현예에서, 세포내이입 저해제는 리소좀 산성화 저해제, 예를 들어 바필로마이신 A1이다. 구현예에서, 전달된 카고는 세포내이입 저해 검정, 예를 들어 실시예 80의 검정을 사용하여 결정된다. 구현예에서, 카고는 디나민 독립적 경로 또는 리소좀 산성화 독립적 경로, 거대음작용 독립적 경로(예를 들어, 여기서 세포내이입 저해제는 거대음작용 저해제, 예를 들어 5-(N-에틸-N-이소프로필)아밀로리드(EIPA)임, 예를 들어 25 μM의 농도), 또는 액틴 독립적 경로(예를 들어, 여기서 세포내이입 저해제는 액틴 중합 저해제, 예를 들어 라트룬쿨린 B임, 예를 들어 6 μM의 농도)를 통해 세포에 들어간다.
C. 푸소겐 및 위형화
일부 구현예에서, 본원에 기재된(예를 들어, 소포 또는 세포의 일부를 포함하는) 푸소좀은, 예를 들어 푸소좀의 막, 예를 들어 세포막으로의 융합을 용이하게 하기 위해 하나 이상의 푸소겐을 포함한다. 또한, 이러한 조성물은 하나 이상의 푸소겐을 포함하도록 합성 동안 또는 이후에 이루어진 표면 변형을 포함할 수 있다. 표면 변형은 막에 대한 변형, 예를 들어 지질 또는 단백질의 막 내 삽입을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 특정 세포 또는 조직 유형(예를 들어, CNS세포)을 표적화하기 위해 이의 외부 표면에 하나 이상의 푸소겐을 포함한다(예를 들어, 세포막에 통합됨). 일부 구현예에서, 하나 이상의 푸소겐에 의해 표적화되는 특정 세포 유형은 CNS세포, 범뉴런세포, GABA성 뉴런, 글루타메이트성 뉴런, 콜린성 뉴런, 도파민성 뉴런, 세로토닌성 뉴런, 아교세포, 별아교세포, 미세아교세포, 회소돌기아교세포 또는 맥락얼기세포이다. 푸소좀은 표적화 도메인을 포함할 수 있다. 푸소겐에는, 비제한적으로, 단백질 기반, 지질 기반 및 화합물 기반 푸소겐이 포함된다. 푸소겐은 표적세포의 표면 상의 파트너, 예를 들어 특징과 결합할 수 있다. 일부 구현예에서, 표적세포의 표면 상의 파트너는 표적세포 모이어티이다. 특정 구현예에서, 푸소겐은 CNS세포, 범뉴런세포, GABA성 뉴런, 글루타메이트성 뉴런, 콜린성 뉴런, 도파민성 뉴런, 세로토닌성 뉴런, 아교세포, 별아교세포, 미세아교세포, 회소돌기아교세포 또는 맥락얼기세포 중에서 선택되는 표적세포에 결합하는 푸소겐 또는 재표적화된 푸소겐이다. 일부 구현예에서, 푸소겐을 포함하는 푸소좀은 막을 표적세포의 지질 이중층으로 통합시킬 것이다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소겐 중 하나 이상은 푸소좀에 포함될 수 있다.
본원에 기재된 푸소좀(예를 들어, 레트로바이러스 벡터)은, 푸소겐, 예를 들어 내인성 푸소겐 또는 위형화된 푸소겐을 포함할 수 있다.
i) 단백질 푸소겐
일부 구현예에서, 푸소겐은 단백질(예를 들어, 당단백질), 지질 또는 소분자를 포함한다. 푸소겐은, 예를 들어 포유류 푸소겐 또는 바이러스 푸소겐일 수 있다. 일부 구현예에서, 푸소겐은 단백질 푸소겐, 예를 들어 포유류 단백질 또는 포유류 단백질의 상동체(예를 들어, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 동일성을 가짐), 비포유류 단백질, 예컨대 바이러스 단백질 또는 바이러스 단백질의 상동체(예를 들어, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 동일성을 가짐), 천연 단백질 또는 천연 단백질의 유도체, 합성 단백질, 이의 단편, 이의 변이체, 하나 이상의 푸소겐 또는 단편을 포함하는 단백질 융합체, 및 이들의 임의의 조합이다. 일부 구현예에서, 바이러스 푸소겐은 클래스 I 바이러스 막 융합 단백질, 클래스 II 바이러스 막단백질, 클래스 III 바이러스 막 융합 단백질, 바이러스 막 당단백질 또는 다른 바이러스 융합 단백질, 또는 이의 상동체, 이의 단편, 이의 변이체, 또는 하나 이상의 단백질 또는 이들의 단편을 포함하는 단백질 융합체이다.
구현예에서, 푸소겐은 바이러스 푸소겐, 예를 들어 HA, HIV-1 ENV, HHV-4, gp120 또는 VSV-G이다. 구현예에서, 푸소겐은 포유류 푸소겐, 예를 들어 SNARE, 신시틴, 미오메이커, 미오믹서, 미오머저 또는 FGFRL1이다. 구현예에서, 푸소겐은 pH 4 내지 5, 5 내지 6, 6 내지 7, 7 내지 8, 8 내지 9, 또는 9 내지 10에서 활성이다. 구현예에서, 푸소겐은 pH 4 내지 5, 5 내지 6, 6 내지 7, 7 내지 8, 8 내지 9, 또는 9 내지 10에서 활성이 아니다. 구현예에서, 푸소좀은 표적세포의 표면에서 표적세포와 융합한다. 구현예에서, 푸소겐은 리소좀 독립적 방식으로 융합을 촉진시킨다. 구현예에서, 푸소겐은 단백질 푸소겐이다. 구현예에서, 푸소겐은 지질 푸소겐, 예를 들어 올레산, 글리세롤, 모노올레에이트, 글리세리드, 디아실글리세롤 또는 변형된 불포화 지방산이다. 구현예에서, 푸소겐은 화학물질 푸소겐, 예를 들어 PEG이다. 구현예에서, 푸소겐은 소분자 푸소겐, 예를 들어 할로탄, NSAID, 예컨대 멜록시캄, 피록시캄, 테녹시캄 및 클로로프로마진이다. 구현예에서, 푸소겐은 재조합된 것이다. 구현예에서, 푸소겐은 생화학적으로 혼입되며, 예를 들어 푸소겐은 정제된 단백질로서 제공되어, 푸소겐이 지질 이중층과 회합될 수 있는 조건 하에서 지질 이중층과 접촉된다. 구현예에서, 푸소겐은 생합성적으로 혼입되며, 예를 들어 푸소겐이 지질 이중층과 회합될 수 있는 조건 하에서 원천세포에서 발현된다.
일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 포유류 푸소겐을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 바이러스 푸소겐을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 단백질 푸소겐이다. 일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 니파바이러스 단백질 F, 홍역바이러스 F 단백질, 투파이아 파라믹소바이러스 F 단백질, 파라믹소바이러스 F 단백질, 헨드라바이러스 F 단백질, 헤니파바이러스 F 단백질, 모빌리바이러스 F 단백질, 레스피로바이러스 F 단백질, 센다이바이러스 F 단백질, 루불라바이러스 F 단백질 또는 아불라바이러스 F 단백질, 또는 이의 유도체에서 선택되는 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 pH 4 내지 5, 5 내지 6, 6 내지 7, 7 내지 8, 8 내지 9, 또는 9 내지 10에서 활성이다. 일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 pH 4 내지 5, 5 내지 6, 6 내지 7, 7 내지 8, 8 내지 9, 또는 9 내지 10에서 활성이 아니다.
일부 구현예에서, 푸소겐은 푸소좀당 적어도 1개, 2개, 5개 또는 10개 카피의 카피 수로 존재한다.
일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 니파바이러스 단백질 G, 홍역단백질 H, 투파이아 파라믹소바이러스 H 단백질, 파라믹소바이러스 G 단백질, 파라믹소바이러스 H 단백질, 파라믹소바이러스 HN 단백질, 모빌리바이러스 H 단백질, 레스피로바이러스 HN 단백질, 센다이바이러스 HN 단백질, 루불라바이러스 HN 단백질, 아불라바이러스 HN 단백질, 또는 이의 유도체를 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소겐(예를 들어, 재표적화된 푸소겐)은 니파바이러스 F 및 G 단백질, 홍역바이러스 F 및 H 단백질, 투파이아 파라믹소바이러스 F 및 H 단백질, 파라믹소바이러스 F 및 G 단백질 또는 F 및 H 단백질 또는 F 및 HN 단백질, 헨드라바이러스 F 및 G 단백질, 헤니파바이러스 F 및 G 단백질, 모빌리바이러스 F 및 H 단백질, 레스피로바이러스 F 및 HN 단백질, 센다이바이러스 F 및 HN 단백질, 루불라바이러스 F 및 HN 단백질, 또는 아불라바이러스 F 및 HN 단백질, 또는 이의 유도체, 또는 이들의 임의의 조합에서 선택되는 서열을 포함한다.
비포유류 푸소겐에는, 바이러스 푸소겐, 이의 상동체, 이의 단편, 및 하나 이상의 단백질 또는 이들의 단편을 포함하는 융합 단백질이 포함된다. 바이러스 푸소겐에는, 클래스 I 푸소겐, 클래스 II 푸소겐, 클래스 III 푸소겐 및 클래스 IV 푸소겐이 포함된다. 구현예에서, 인간면역결핍바이러스(HIV) gp41과 같은 클래스 I 푸소겐은, 중앙 나선형 코일 구조를 갖는 α-나선 헤어핀의 특징적 삼량체를 포함하는 특징적인 융합 후 입체형태를 갖는다. 클래스 I 바이러스 융합 단백질에는, 중앙 융합 후 6-나선 다발을 갖는 단백질이 포함된다. 클래스 I 바이러스 융합 단백질에는, 인플루엔자 HA, 파라인플루엔자 F, HIV Env, 에볼라 GP, 오르토믹소바이러스로부터의 헤마글루티닌, 파라믹소바이러스로부터의 F 단백질(예를 들어, 홍역(문헌[Katoh et al. BMC Biotechnology 2010, 10:37])), 레트로바이러스로부터의 ENV 단백질, 및 필로바이러스 및 코로나바이러스의 푸소겐이 포함된다. 구현예에서, 뎅기 E 당단백질과 같은 클래스 II 바이러스 푸소겐은 헤어핀의 삼량체를 생성하기 위해 다시 접혀져 연장된 엑토도메인을 형성하는 β-시트의 구조 특징을 갖는다. 구현예에서, 클래스 II 바이러스 푸소겐에는 중앙 나선형 코일이 결여되어 있다. 클래스 II 바이러스 푸소겐은 알파바이러스(예를 들어, E1 단백질) 및 플라비바이러스(예를 들어, E 당단백질)에서 확인할 수 있다. 클래스 II 바이러스 푸소겐에는, 셈리키삼림바이러스, 신비스바이러스(Sinbis virus), 루벨라바이러스(rubella virus) 및 뎅기바이러스로부터의 푸소겐이 포함된다. 구현예에서, 수포성구내염바이러스 G 당단백질과 같은 클래스 III 바이러스 푸소겐은, 클래스 I 및 II에서 발견되는 구조 특징을 모두 가지고 있다. 구현예에서, 클래스 III 바이러스 푸소겐은 α-나선(예를 들어, 클래스 I 바이러스 푸소겐과 마찬가지로 단백질을 다시 접기 위해 6-나선 번들을 형성함), 및 이의 말단에 양친매성 융합 펩타이드를 갖는 β-시트(클래스 II 바이러스 푸소겐을 연상시킴)를 갖는다. 클래스 III 바이러스 푸소겐은 랍도바이러스 및 헤르페스바이러스에서 확인할 수 있다. 구현예에서, 클래스 IV 바이러스 푸소겐은 외피가 없는 레오바이러스에 의해 인코딩되는 융합 관련 작은 막관통(FAST) 단백질이다(doi:10.1038/sj.emboj.7600767, 문헌[Nesbitt, Rae L., "Targeted Intracellular Therapeutic Delivery Using Liposomes Formulated with Multifunctional FAST proteins" (2012). Electronic Thesis and Dissertation Repository. Paper 388]). 구현예에서, 클래스 IV 바이러스 푸소겐은 헤어핀을 형성하지 않을 만큼 충분히 작다(doi: 10.1146/annurev-cellbio-101512-122422, doi:10.1016/j.devcel.2007.12.008).
바이러스 외피 단백질(env)을 포함하는 푸소겐은, 일반적으로 푸소좀에 의해 감염 및 형질전환될 수 있는 숙주세포의 범위를 결정한다. HIV-1, HIV-2, SIV, FIV 및 EIV와 같은 렌티바이러스의 경우, 천연 env 단백질은 gp41 및 gp120을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 원천세포에 의해 발현된 바이러스 env 단백질은 상기 기재된 바와 같이, 바이러스 gag 및 pol 유전자와 별개의 벡터에서 인코딩된다.
이용될 수 있는 레트로바이러스 유래 env 유전자의 예시적인 예에는, 비제한적으로, MLV 외피, 10A1 외피, BAEV, FeLV-B, RD114, SSAV, 에볼라, 센다이, FPV(조류흑사병 바이러스) 및 인플루엔자 바이러스 외피가 포함된다. 유사하게, RNA 바이러스(예를 들어, 피코르나바이러스과(Picornaviridae), 칼리시바이러스과(Caliciviridae), 아스트로바이러스과(Astroviridae), 토가바이러스과(Togaviridae), 플라비바이러스과(Flaviviridae), 코로나바이러스과(Coronaviridae), 파라믹소바이러스과(Paramyxoviridae), 랍도바이러스과(Rhabdoviridae), 필로바이러스과(Filoviridae), 오르토믹소바이러스과(Orthomyxoviridae), 분야바이러스과(Bunyaviridae), 아레나바이러스과(Arenaviridae), 레오바이러스과(Reoviridae), 버나바이러스과(Birnaviridae), 레트로바이러스과(Retroviridae)의 RNA 바이러스과) 및 DNA 바이러스(헤파드나바이러스과(Hepadnaviridae), 써코바이러스과(Circoviridae), 파보바이러스과(Parvoviridae), 파포바바이러스과(Papovaviridae), 아데노바이러스과(Adenoviridae), 헤르페스바이러스과(Herpesviridae), 폭스바이러스과(Poxviridae) 및 이리도바이러스과(Iridoviridae))의 외피를 인코딩하는 유전자가 이용될 수 있다. 대표적인 예에는, FeLV, VEE, HFVW, WDSV, SFV, 광견병, ALV, BIV, BLV, EBV, CAEV, SNV, ChTLV, STLV, MPMV, SMRV, RAV, FuSV, MH2, AEV, AMV, CT10 및 EIAV가 포함된다.
일부 구현예에서, 푸소좀 상에 표시하기 위한 외피 단백질에는, 비제한적으로, 하기 공급원 중 임의의 것이 포함된다: A형 인플루엔자, 예컨대 H1N1, H1N2, H3N2 및 H5N1(조류독감), B형 인플루엔자, C형 인플루엔자 바이러스, A형 간염바이러스, B형 간염바이러스, C형 간염바이러스, D형 간염바이러스, E형 간염바이러스, 로타바이러스, 노워크바이러스(Norwalk virus) 군 중 임의의 바이러스, 장아데노바이러스(enteric adenoviruse), 파보바이러스, 뎅기열바이러스, 원숭이수두, 모노네가바이러스목(Mononegavirales), 광견병바이러스와 같은 리사바이러스(Lyssavirus), 라고스박쥐(Lagos bat)바이러스, 모콜라바이러스(Mokola virus), 두벤하게바이러스(Duvenhage virus), 유럽박쥐바이러스 1 & 2, 및 호주박쥐바이러스, 에페메로바이러스(Ephemerovirus), 베시쿨로바이러스(Vesiculovirus), 수포성구내염바이러스(VSV: Vesicular Stomatitis Virus), 헤르페스바이러스, 예컨대 제1형 및 제2형 단순헤르페스바이러스, 대상포진, 거대세포바이러스, 엡스타인바바이러스(EBV: Epstein-Bar virus), 인간헤르페스바이러스(HHV), 제6형 및 제8형 인간헤르페스바이러스, 인간면역결핍바이러스(HIV), 유두종바이러스, 쥣과 감마헤르페스바이러스, 아레나바이러스, 예컨대 아르헨티나출혈열바이러스, 볼리비아출혈열바이러스, 사비아(Sabia)관련 출혈열바이러스, 베네수엘라출혈열바이러스, 라싸열바이러스(Lassa fever virus), 마추포바이러스(Machupo virus), 림프구맥락수막염바이러스(LCMV), 분야바이러스과, 예컨대 크리미안콩고(Crimean-Congo)출혈열바이러스, 한타바이러스(Hantavirus), 신증후군출혈열 유발 바이러스, 리프트계곡열바이러스(Rift Valley fever virus), 필로바이러스과(필로바이러스)(에볼라출혈열(Ebola hemorrhagic fever) 및 마르부르크출혈열(Marburg hemorrhagic fever) 포함), 플라비바이러스과(카야사나삼림병바이러스(Kaysanur Forest disease virus), 옴스크출혈열바이러스(Omsk hemorrhagic fever virus), 진드기매개뇌염(Tick-borne encephalitis) 유발 바이러스 포함), 및 파라믹소바이러스과, 예컨대 헨드라바이러스 및 니파바이러스, 대두창 및 소두창(두창(smallpox)), 알파바이러스, 예컨대 베네수엘라말뇌염바이러스, 동부말뇌염바이러스, 서부말뇌염바이러스, 사스관련(SARS 관련) 코로나바이러스(SARS-CoV), 웨스턴나일바이러스(West Nile virus), 임의의 뇌염 유발바이러스.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 원천세포는 VSV-G 당단백질로 위형화된 푸소좀, 예를 들어 재조합 레트로바이러스, 예를 들어 렌티바이러스를 생성한다.
푸소좀 또는 위형화된 바이러스는 일반적으로 하나 이상 외피 단백질에 대한 변형을 가지며, 예를 들어 외피 단백질은 또 다른 바이러스로부터의 외피 단백질로 치환된다. 예를 들어, HIV는 랍도바이러스로 유래의 융합 단백질, 예를 들어 수포성구내염바이러스 G-단백질(VSV-G) 외피 단백질로 위형화될 수 있으며, 이는 (env 유전자에 의해 인코딩된) HIV 외피 단백질이 일반적으로 바이러스를 CD4+ 제시세포에 대하여 표적화하기 때문에, HIV가 넓은 범위의 세포를 감염시키는 것을 가능하게 한다. 일부 구현예에서, 렌티바이러스 외피 단백질은 VSV-G로 위형화된 것이다. 하나의 구현예에서, 원천세포는 VSV-G 외피 당단백질로 위형화된 재조합 레트로바이러스, 예를 들어 렌티바이러스를 생성한다.
나아가, 푸소겐 또는 바이러스 외피 단백질은, 이의 정상 범위를 벗어난 숙주세포를 표적화하고 감염시키거나, 또는 세포 또는 조직 유형에 대한 형질도입을 더 특이적으로 제한하는 것을 가능하게 하는 폴리펩타이드 서열을 함유하도록 변형 또는 조작될 수 있다. 예를 들어, 푸소겐 또는 외피 단백질은 형질도입 벡터 코트 상에 표시될 때, 관심 표적세포에의 비리온 입자의 지시된 전달을 용이하게 하는, 수용체 리간드, 항체(항체의 항원-결합 부분, 또는 단일 사슬 항체와 같은 재조합 항체 유형의 분자 사용), 및 폴리펩타이드 모이어티 또는 이의 변형(예를 들어, 글리코실화 부위가 표적화 서열에 존재하는 경우)과 같은 표적화 서열과 프레임 내 결합될 수 있다. 나아가, 외피 단백질은 세포 기능을 조절하는 서열을 추가로 포함할 수 있다. 형질도입 벡터로 세포 기능을 조절하면, 혼합 세포 집단에서 특정 세포 유형에 대한 형질도입 효율을 증가시키거나 감소시킬 수 있다. 예를 들어, 줄기세포에는 혈액 또는 골수에서 발견되는 다른 세포 유형보다 줄기세포에 특이적으로 결합하는 리간드 또는 결합 파트너를 함유하는 외피 서열이 더 특이적으로 형질도입될 수 있다. 비제한적인 예는, 줄기세포인자(SCF) 및 Flt-3 리간드이다. 다른 예에는, 예를 들어 항체(예를 들어, 세포 유형에 특이적인 단일 사슬 항체), 및 본질적으로 폐, 간, 췌장, 심장, 내피, 평활근, 유방, 전립선, 상피, 혈관 암 등과 같은 조직에 결합하는 임의의 항원(수용체 포함)이 포함된다.
단백질 푸소겐 또는 바이러스 외피 단백질은 융합 단백질 또는 표적화 단백질(예를 들어, 헤마글루티닌 단백질)에서 아미노산 잔기를 돌연변이화시킴으로써 재표적화될 수 있다. 일부 구현예에서, 푸소겐은 무작위로 돌연변이된다. 일부 구현예에서, 푸소겐은 순리적으로 돌연변이된다. 일부 구현예에서, 푸소겐은 유도 진화를 거친다. 일부 구현예에서, 푸소겐은 절단되어, 펩타이드의 서브세트만 레트로바이러스 벡터 또는 VLP에 사용된다. 예를 들어, 홍역 헤마글루티닌 단백질의 아미노산 잔기가 돌연변이되어, 단백질의 결합 특성을 변경시킴으로써 융합을 재지시할 수 있다(doi:10.1038/nbt942, 문헌[Molecular Therapy vol. 16 no. 8, 1427-1436 Aug. 2008], doi:10.1038/nbt1060, DOI: 10.1128/JVI.76.7.3558-3563.2002, DOI: 10.1128/JVI.75.17.8016-8020.2001, doi: 10.1073pnas.0604993103).
일부 구현예에서, 단백질 푸소겐 또는 바이러스 외피 단백질은, i) 천연 푸소겐 단백질 서열 또는 바이러스 외피 단백질 서열에 존재하는 아미노산을 돌연변이화시키고/시키거나, ii) 푸소겐 또는 바이러스 외피 단백질이 정상 범위를 벗어난 숙주세포를 표적화하고 융합하거나 감염시킬 수 있는 폴리펩타이드 서열을 함유하도록 푸소겐 단백질 또는 바이러스 외피 단백질을 조작함으로써 재표적화된다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 특정 세포 또는 조직 유형을 표적화하기 위해 이의 외부 표면(예를 들어, 세포막에 통합됨)에 하나 이상의 푸소겐을 포함한다. 푸소겐에는, 비제한적으로, 단백질 기반, 지질 기반 및 화합물 기반 푸소겐이 포함된다. 푸소겐은 표적세포의 표면에서 파트너와 결합할 수 있다. 일부 구현예에서, 푸소겐을 포함하는 푸소좀은 막을 표적세포의 지질 이중층으로 통합시킬 것이다.
일부 구현예에서, 푸소겐은 파라믹소바이러스 푸소겐이다. 일부 구현예에서, 푸소겐은 니파바이러스 단백질 F, 홍역바이러스 F 단백질, 투파이아 파라믹소바이러스 F 단백질, 파라믹소바이러스 F 단백질, 헨드라바이러스 F 단백질, 헤니파바이러스 F 단백질, 모빌리바이러스 F 단백질, 레스피로바이러스 F 단백질, 센다이바이러스 F 단백질, 루불라바이러스 F 단백질 또는 아불라바이러스 F 단백질이다.
일부 구현예에서, 푸소겐은 폭스바이러스과 푸소겐이다.
추가의 예시적인 푸소겐은 US 9,695,446, US 2004/0028687, US 6,416,997, US 7,329,807, US 2017/0112773, US 2009/0202622, WO 2006/027202 및 US 2004/0009604에 개시되어 있으며, 상기 문헌들은 모두 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소겐은 표 1의 아미노산 서열, 또는 상기 서열과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열, 또는 상기 서열의 일부, 예를 들어 100개, 200개, 300개, 400개, 500개 또는 600개 아미노산 길이의 부분과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소겐은 표 1의 임의의 아미노산 서열과 적어도 80% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 핵산 서열은 표 1의 아미노산 서열, 또는 상기 서열과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열, 또는 상기 서열의 일부, 예를 들어 40개, 50개, 60개, 80개, 100개, 200개, 300개, 400개, 500개 또는 600개 아미노산 길이의 부분과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소겐은 서열번호 1 내지 57 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열, 또는 상기 서열과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열, 또는 상기 서열의 일부, 예를 들어 100개, 200개, 300개, 400개, 500개 또는 600개 아미노산 길이의 부분과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소겐은 서열번호 1 내지 57 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열과 적어도 80% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 핵산 서열은 서열번호 1 내지 57 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열, 또는 상기 서열과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열, 또는 상기 서열의 일부, 예를 들어 40개, 50개, 60개, 80개, 100개, 200개, 300개, 400개, 500개 또는 600개 아미노산 길이의 부분과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소겐은 표 2의 아미노산 서열, 또는 상기 서열과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열, 또는 상기 서열의 일부, 예를 들어 100개, 200개, 300개, 400개, 500개 또는 600개 아미노산 길이의 부분과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소겐은 표 2의 임의의 아미노산 서열과 적어도 80% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 핵산 서열은 표 2의 아미노산 서열, 또는 상기 서열과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열, 또는 상기 서열의 일부, 예를 들어 40개, 50개, 60개, 80개, 100개, 200개, 300개, 400개, 500개 또는 600개 아미노산 길이의 부분과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소겐은 서열번호 58 내지 133 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열, 또는 상기 서열과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열, 또는 상기 서열의 일부, 예를 들어 100개, 200개, 300개, 400개, 500개 또는 600개 아미노산 길이의 부분과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소겐은 서열번호 58 내지 133 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열과 적어도 80% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 핵산 서열은 서열번호 58 내지 133 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열, 또는 상기 서열과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열, 또는 상기 서열의 일부, 예를 들어 40개, 50개, 60개, 80개, 100개, 200개, 300개, 400개, 500개 또는 600개 아미노산 길이의 부분과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩한다.
ii) 지질 푸소겐
일부 구현예에서, 푸소좀은 융합성 지질, 예컨대 포화 지방산으로 처리될 수 있다. 일부 구현예에서, 포화 지방산은 10개 내지 14개의 탄소를 갖는다. 일부 구현예에서, 포화 지방산은 장쇄 카르복실산을 갖는다. 일부 구현예에서, 포화 지방산은 모노에스테르이다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 불포화 지방산으로 처리될 수 있다. 일부 구현예에서, 불포화 지방산은 C16 내지 C18 불포화 지방산을 갖는다. 일부 구현예에서, 불포화 지방산에는, 올레산, 글리세롤 모노올레에이트, 글리세리드, 디아실글리세롤, 변형된 불포화 지방산 및 이들의 임의의 조합이 포함된다.
이론에 구애됨 없이, 일부 구현예에서, 음의 곡률을 갖는 지질은 막 융합을 촉진시킨다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 막에 하나 이상의 음의 곡률을 갖는 지질, 예를 들어 원천세포에 대해 외인성인 음의 곡률을 갖는 지질을 포함한다. 구현예에서, 음의 곡률을 갖는 지질 또는 이의 전구체가 원천세포 또는 푸소좀을 포함하는 배지에 첨가된다. 구현예에서, 원천세포는 하나 이상의 지질 합성 유전자를 발현 또는 과발현하도록 조작된다. 음의 곡률을 갖는 지질은, 예를 들어 디아실글리세롤(DAG), 콜레스테롤, 포스파티드산(PA), 포스파티딜에탄올아민(PE) 또는 지방산(FA)일 수 있다.
이론에 구애됨 없이, 일부 구현예에서, 양의 곡률을 갖는 지질은 막 융합을 저해한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 막에 감소된 수준의 하나 이상의 양의 곡률을 갖는 지질, 예를 들어 외인성 양의 곡률을 갖는 지질을 포함한다. 구현예에서, 상기 수준은 원천세포에서 지질의 합성을 저해함으로써, 예를 들어 지질 합성 유전자의 녹아웃 또는 녹다운에 의해 감소된다. 양의 곡률을 갖는 지질은, 예를 들어 리소포스파티딜콜린(LPC), 포스파티딜이노시톨(PtdIns), 리소포스파티드산(LPA), 리소포스파티딜에탄올아민(LPE) 또는 모노아실글리세롤(MAG)일 수 있다.
iii) 화학물질 푸소겐
일부 구현예에서, 푸소좀은 융합성 화학물질로 처리될 수 있다. 일부 구현예에서, 융합성 화학물질은 폴리에틸렌 글리콜(PEG) 또는 이의 유도체이다.
일부 구현예에서, 화학물질 푸소겐은 2개의 막 사이에서 국소적 탈수를 유도하며, 이는 이중층의 바람직하지 않은 분자 패킹으로 이어진다. 일부 구현예에서, 화학물질 푸소겐은 지질 이중층 근처 영역의 탈수를 유도하여, 세포 사이의 수성 분자의 변위를 야기하고, 2개의 막 사이의 상호작용을 가능하게 한다.
일부 구현예에서, 화학물질 푸소겐은 양이온이다. 양이온의 일부 비제한적인 예에는, Ca2+, Mg2+, Mn2+, Zn2+, La3+, Sr3+ 및 H+이 포함된다.
일부 구현예에서, 화학물질 푸소겐은 표면 극성을 변경함으로써 표적 막에 결합하며, 이는 수화 의존성 막간 반발을 변경시킨다.
일부 구현예에서, 화학물질 푸소겐은 가용성 지질이다. 일부 비제한적인 예에는, 올레오일글리세롤, 디올레오일글리세롤, 트리올레오일글리세롤, 및 이의 변이체 및 유도체가 포함된다.
일부 구현예에서, 화학물질 푸소겐은 수용성 화학물질이다. 일부 비제한적인 예에는, 폴리에틸렌 글리콜, 디메틸술폭시드, 및 이의 변이체 및 유도체가 포함된다.
일부 구현예에서, 화학물질 푸소겐은 작은 유기 분자이다. 비제한적인 예에는, n-헥실 브로마이드가 포함된다.
일부 구현예에서, 화학물질 푸소겐은 푸소겐 또는 표적 막의 구성, 세포 생존능 또는 이온 수송 특성을 변경시키지 않는다.
일부 구현예에서, 화학물질 푸소겐은 호르몬 또는 비타민이다. 일부 비제한적인 예에는, 아브시스산, 레티놀(비타민 A1), 토코페롤(비타민 E), 및 이의 변이체 및 유도체가 포함된다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 액틴, 및 중합된 액틴을 안정화시키는 작용제를 포함한다. 이론에 구애됨 없이, 푸소좀에서 안정화된 액틴은 표적세포와의 융합을 촉진시킬 수 있다. 구현예에서, 중합된 액틴을 안정화시키는 작용제는 액틴, 미오신, 비오틴-스트렙타비딘, ATP, 뉴런의 비스코트-올드리치(Wiskott-Aldrich) 증후군 단백질(N-WASP) 또는 포르민에서 선택된다. 예를 들어, 문헌[Langmuir. 2011 Aug 16;27(16):10061-71] 및 문헌[Wen et al., Nat Commun. 2016 Aug 31;7] 참조. 구현예에서, 푸소좀은 원천세포에 대해 외인성이거나 과발현된 액틴, 예를 들어 야생형 액틴 또는 중합을 촉진시키는 돌연변이를 포함하는 액틴을 포함한다. 구현예에서, 푸소좀은 ATP 또는 포스포크레아틴, 예를 들어 외인성 ATP 또는 포스포크레아틴을 포함한다.
iv) 소분자 푸소겐
일부 구현예에서, 푸소좀은 융합성 소분자로 처리될 수 있다. 일부 비제한적인 예에는, 할로탄(halothane), 비스테로이드성 항염증제(NSAID), 예컨대 멜록시캄(meloxicam), 피록시캄(piroxicam), 테녹시캄(tenoxicam) 및 클로르프로마진(chlorpromazine)이 포함된다.
일부 구현예에서, 소분자 푸소겐은 미셀 유사 응집체에 존재하거나 응집체가 없을 수 있다.
v) 푸소겐 변형
일부 구현예에서, 푸소겐은 절단 가능한 단백질에 연결된다. 일부 경우에, 절단 가능한 단백질은 프로테아제에의 노출에 의해 절단될 수 있다. 조작된 융합 단백질은 막관통 단백질의 임의의 도메인에 결합할 수 있다. 조작된 융합 단백질은 절단 펩타이드에 의해 막사이 공간 내 위치한 단백질 도메인에 연결될 수 있다. 절단 펩타이드는 막사이 프로테아제 중 하나 또는 조합(예를 들어, P1 위치에 비극성 지방족 아미노산(발린, 이소류신 또는 메티오닌이 바람직함), 및 P2 위치 및 P3 위치에 친수성 잔기(아르기닌이 바람직함)를 필요로 하는 HTRA2/OMI)에 의해 절단될 수 있다.
일부 구현예에서, 푸소겐은 친화성 태그에 연결된다. 일부 구현예에서, 친화성 태그는 푸소좀 분리 및 단리를 돕는다. 일부 구현예에서, 친화성 태그는 절단 가능하다. 일부 구현예에서, 친화성 태그는 푸소겐에 비공유결합으로 연결된다. 일부 구현예에서, 친화성 태그는 푸소좀에 존재하며, 푸소겐과 분리되어 있다.
일부 구현예에서, 푸소겐 단백질은 단백질 분해 서열, 예를 들어 미토콘드리아 또는 시토졸 분해 서열을 포함하도록, 당업계에 공지된 임의의 방법 또는 본원에 기재된 임의의 방법에 의해 조작된다. 푸소겐 단백질은, 비제한적으로, 단백질 분해 서열, 예를 들어 카스파아제 2 단백질 서열(예를 들어, Val-Asp-Val-Ala-Asp-|-(서열번호 155)) 또는 다른 단백질 분해 서열(예를 들어, 문헌[Gasteiger et al., The Proteomics Protocols Handbook; 2005: 571-607] 참조), 야생형 단백질 분해 서열과 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%(또는 그 이상)의 동일성을 갖는 변형된 단백질 분해 서열, 시토졸 단백질 분해 서열, 예를 들어 유비퀴틴, 또는 야생형 단백질 분해 서열과 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%(또는 그 이상)의 동일성을 갖는 변형된 시토졸 단백질 분해 서열을 포함하도록 조작될 수 있다. 일부 구현예에서, 조성물은 단백질 분해 서열, 예를 들어 야생형 단백질 분해 서열과 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95%(또는 그 이상) 동일한 단백질 분해 서열, 시토졸 단백질 분해 서열, 예를 들어 유비퀴틴, 또는 야생형 단백질 분해 서열과 적어도 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 그 이상의 동일성을 갖는 변형된 시토졸 단백질 분해 서열로 변형된 단백질을 포함하는 콘드리오솜 또는 원천세포 내 미토콘드리아를 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소겐은 특정 단백질, 예를 들어 프로테아제의 과발현, 예를 들어 프로테아제 활성을 갖는 조작된 융합 단백질을 인식하는 프로테아제 도메인으로 변형될 수 있다. 예를 들어, 프로테아제, 또는 프로테아제의 프로테아제 도메인, 예컨대 MMP, 미토콘드리아 처리 펩티다아제, 미토콘드리아 중간체 펩티다아제, 내막 펩티다아제.
문헌[Alfonzo, J.D. & Soll, D. Mitochondrial tRNA import - the challenge to understand has just begun. Biological Chemistry 390: 717-722. 2009]; 문헌[Langer, T. et al. Characterization of Peptides Released from Mitochondria. THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY. Vol. 280, No. 4. 2691-2699, 2005]; 문헌[Vliegh, P. et al. Synthetic therapeutic peptides: science and market. Drug Discovery Today. 15(1/2). 2010]; 문헌[Quiros P.M.m et al., New roles for mitochondrial proteases in health, ageing and disease. Nature Reviews Molecular Cell Biology. V16, 2015]; 문헌[Weber-Lotfi, F. et al. DNA import competence and mitochondrial genetics. Biopolymers and Cell. Vol. 30. N 1. 71-73, 2014] 참조.
III. 양성 표적세포 특이적 조절 요소
일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소좀, 예를 들어 바이러스, 예를 들어 레트로바이러스는, 조직 특이적 프로모터, 조직 특이적 인핸서, 조직 특이적 스플라이스 부위, RNA 또는 단백질의 반감기를 연장시키는 조직 특이적 부위, 조직 특이적 mRNA 핵 방출 촉진 부위, 조직 특이적 번역 증강 부위 또는 조직 특이적 번역 후 변형 부위와 같은 양성 표적세포 특이적 조절 요소를 포함하는 핵산(예를 들어, 외인성 작용제를 인코딩하는 유전자), 예를 들어 레트로바이러스 핵산을 함유한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소좀, 예를 들어 바이러스, 예를 들어 레트로바이러스는, 영역, 예를 들어 복제 기점, 선별 카세트, 프로모터, 인핸서, 번역 개시 신호(샤인 달가노(Shine Dalgarno) 서열 또는 코작(Kozak) 서열), 인트론, 폴리아데닐화 서열, 5' 및 3' 미번역 영역과 같은 미번역 영역(이는 숙주세포 단백질과 상호작용하여 전사 및 번역을 수행하고, 작동적으로 연결된 폴리뉴클레오타이드의 전사 또는 발현을 지시, 증가, 조절 또는 제어할 수 있음)을 포함할 수 있는 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산을 함유한다. 이러한 요소는 이의 강도 및 특이성이 다양할 수 있다. 이용되는 벡터 시스템 및 숙주에 따라, 유비쿼터스 프로모터 및 유도성 프로모터를 포함하는 임의의 수의 적합한 전사 및 번역 요소가 사용될 수 있다.
특정 구현예에서, 제어 요소는 세포 특이적 방식으로 작동적으로 연결된 폴리뉴클레오타이드의 전사 또는 발현을 지시, 증가, 조절 또는 제어할 수 있다. 특정 구현예에서, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산은 특정 세포, 세포 유형 또는 세포 계통, 예를 들어 표적세포에 특이적인 하나 이상의 발현 제어 서열을 포함하며; 즉, 특정 세포, 세포 유형 또는 세포 계통에 특이적인 발현 제어 서열에 작동적으로 연결된 폴리뉴클레오타이드의 발현은 비표적세포가 아닌 표적세포에서 발현된다(또는 비표적세포에서 더 낮은 수준으로 발현됨).
특정 구현예에서, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산은 프로모터 및/또는 인핸서와 같은 외인성, 내인성 또는 이종 제어 서열을 포함할 수 있다.
구현예에서, 프로모터는 RNA 폴리머라아제에 결합하는 인식 부위를 포함한다. RNA 폴리머라아제는 프로모터에 작동 가능하게 연결된 폴리뉴클레오타이드를 개시하고 전사한다. 특정 구현예에서, 포유류 세포에서 작동하는 프로모터는 전사가 개시되는 부위에서 대략 25개 내지 30개 염기 업스트림에 위치하는 AT 풍부 영역 및/또는 전사의 시작으로부터 70개 내지 80개 염기 업스트림에서 발견되는 또 다른 서열인, CNCAAT 영역(여기서 N은 임의의 뉴클레오타이드일 수 있음)을 포함한다.
구현예에서, 인핸서는 증강된 전사를 제공할 수 있는 서열을 함유하는 DNA의 분절을 포함하며, 일부 예에서 또 다른 제어 서열에 대한 배향에 관계없이 기능할 수 있다. 인핸서는 프로모터 및/또는 다른 인핸서 요소와 협력적으로 또는 이에 부가적으로 기능할 수 있다. 일부 구현예에서, DNA의 프로모터/인핸서 분절은 프로모터 및 인핸서 기능을 모두 제공할 수 있는 서열을 함유한다.
예시적인 유비쿼터스 발현 제어 서열에는, 비제한적으로, 거대세포바이러스(CMV) 극초기 프로모터, 원숭이바이러스 40(SV40)(예를 들어, 초기 또는 후기), 몰로니 쥐 백혈병바이러스(MoMLV) LTR 프로모터, 라우스육종 바이러스(RSV) LTR, 단순헤르페스바이러스(HSV)(티미딘 키나아제) 프로모터, 백시니아바이러스로부터의 H5, P7.5 및 P11 프로모터, 연장 인자 1-알파(EF1a) 프로모터, 초기 성장 반응 1(EGR1), 페리틴 H(FerH), 페리틴 L(FerL), 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나아제(GAPDH), 진핵세포 번역 개시 인자 4A1(EIF4A1), 열충격 70 kDa 단백질 5(HSPA5), 열충격 단백질 90 kDa 베타, 멤버 1(HSP90B1), 열충격 단백질 70 kDa(HSP70), β-키네신(β-KIN), 인간 ROSA 26 유전자좌(문헌[Orions et al., Nature Biotechnology 25, 1477-1482 (2007)]), 유비퀴틴 C 프로모터(UBC), 포스포글리세레이트 키나아제-1(PGK) 프로모터, 거대세포바이러스 인핸서/닭 β-액틴(CAG) 프로모터, β-액틴 프로모터, 및 음성 대조군 영역이 결실되고, d1587rev 프라이머 결합 부위가 치환된 골수증식성 육종바이러스 인핸서(MND) 프로모터(문헌[Challita et al., J Virol. 69(2):748-55 (1995)])가 포함된다.
일부 구현예에서, 프로모터는 이종 유전자에 그 프로모터의 조절 기능을 부여하기 위해 이종 유전자와 쌍을 이룰 수 있다. 일부 구현예에서, 제1 유전자의 프로모터로부터의 시스-조절 요소는 상이한 유전자의 프로모터의 분절에 연결되어 두 가지 프로모터의 특성을 갖는 키메라 프로모터를 생성할 수 있다.
일부 구현예에서, 프로모터는 조직 특이적 프로모터, 예를 들어 CNS세포, 예를 들어 범뉴런세포, GABA성 뉴런, 글루타메이트성 뉴런, 콜린성 뉴런, 도파민성 뉴런, 세로토닌성 뉴런, 별아교세포, 미세아교세포, 회소돌기아교세포 또는 맥락얼기세포에서 발현을 유도하는 프로모터이다. 다양한 적합한 CNS세포 특이적 프로모터는 하기 표 3에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소좀(예를 들어, 바이러스 벡터)은, 이의 핵산에, 표 3의 프로모터 서열을 갖는 프로모터, 또는 이의 전사 활성 단편, 또는 이와 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 변이체를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소좀(예를 들어, 바이러스 벡터)은 이의 핵산에, 표 3에 열거된 유전자에 대한 전사 개시 부위의 3 kb 이내 영역에 전사인자 결합 부위를 갖는 프로모터를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소좀(예를 들어, 바이러스 벡터)은 이의 핵산에, 표 3에 열거된 유전자에 대한 전사 개시 부위의 바로 업스트림에서 2.5 kb, 2 kb, 1.5 kb, 1 kb 또는 0.5 kb 이내 영역, 또는 이의 전사 활성 단편, 또는 이와 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 변이체를 포함한다.
일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 문헌[Hioki et al., Ther. 2007 Jun;14(11):872-82](이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재된 프로모터이며, 예를 들어 CNS세포 특이적 프로모터는 SYN, NSE, CaMKII, α튜불린 또는 PDGF 프로모터이다. 일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 문헌[Nathanson et al., Front. Neural Circuits, 2009, 3:19. doi: 10.3389/neuro.04.019.2009](이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재된 프로모터이며, 예를 들어 CNS세포 특이적 프로모터는 fSST 또는 fNPY 프로모터이다. 일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 문헌[Delzor et al., Hum Gene Ther Methods. 2012 Aug;23(4):242-54](이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재된 프로모터이며, 예를 들어 CNS세포 특이적 프로모터는 GAD67 또는 DLX5/6 프로모터이다. 일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 문헌[Egashira et al., Sci Rep. 2018 Oct 11;8(1):15156](이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재된 프로모터이며, 예를 들어 CNS세포 특이적 프로모터는 VGLUT1 또는 Dock10 프로모터이다. 일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 문헌[Naciff et al., J. Neurochem., 1999 Jan;72(1):17-28](이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재된 프로모터이며, 예를 들어 CNS세포 특이적 프로모터는 ChAT 프로모터이다. 일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 VAChT 프로모터이다. 일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 문헌[Delzor et al., Hum Gene Ther Methods. 2012 Aug; 23(4): 242-254](이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재된 프로모터이며, 예를 들어 CNS세포 특이적 프로모터는 Drd1a 프로모터이다. 일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 문헌[Benzekhroufa et al., Gene Ther. 2009 May;16(5):681-8](이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재된 프로모터이며, 예를 들어 CNS세포 특이적 프로모터는 TPH-2 프로모터이다. 일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 문헌[Merienne et al., Gene Ther. 2015 Oct;22(10):830-9](이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재된 프로모터이며, 예를 들어 CNS세포 특이적 프로모터는 GFAP, EAAT1 또는 GS 프로모터이다. 일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 Immgen 컨소시엄(이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재된 프로모터이며, 예를 들어 CNS세포 특이적 프로모터는 CX3CR1 프로모터이다. 일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 TMEM119 프로모터이다. 일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 문헌[McIver et al., J Neurosci Res. 2005 Nov 1;82(3):397-403](이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재된 프로모터이며, 예를 들어 CNS세포 특이적 프로모터는 MBP 프로모터이다. 일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 문헌[Kagiava et al., J Gene Med. 2014 Nov-Dec;16(11-12):364-73](이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재된 프로모터이며, 예를 들어 CNS세포 특이적 프로모터는 MBP 또는 CNP 프로모터이다. 일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 문헌[Regev et al., Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Mar 2;107(9):4424-9](이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재된 프로모터이며, 예를 들어 CNS세포 특이적 프로모터는 CRFR2β 프로모터이다. 일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 상기 중 임의의 것의 전사 활성 단편이다. 일부 구현예에서, CNS세포 특이적 프로모터는 상기 중 임의의 것과 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 변이체이다.
내부 리보솜 진입 부위(IRES)는 전형적으로 시스트론(단백질 인코딩 영역)의 ATG와 같은 개시 코돈으로의 직접적인 내부 리보솜 진입을 촉진시켜, 유전자의 cap-독립적 번역을 유도한다. 예를 들어, 문헌[Jackson et al, (1990) Trends Biochem Sci 15(12):477-83] 및 문헌[Jackson and Kaminski. (1995) RNA 1 (10):985-1000] 참조. 특정 구현예에서, 벡터는 하나 이상의 외인성 작용제를 인코딩하는 하나 이상의 외인성 유전자를 포함한다. 특정 구현예에서, 복수의 외인성 단백질 작용제 각각의 효율적인 번역을 달성하기 위해, 폴리뉴클레오타이드 서열은 하나 이상의 IRES 서열 또는 자가 절단 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 서열에 의해 분리될 수 있다.
본원의 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산은 또한 하나 이상의 코작 서열, 예를 들어 mRNA의 리보솜의 작은 서브유닛에의 초기 결합을 용이하게 하고 번역을 증가시키는 짧은 뉴클레오타이드 서열을 포함할 수 있다. 공통 코작 서열은 (GCC)RCCATGG이며, 여기서 R은 퓨린(A 또는 G)이다(문헌[Kozak, (1986) Cell. 44(2):283-92], 및 문헌[Kozak, (1987) Nucleic Acids Res. 15(20): 8125-48]).
이종 전사인자 및 유도인자에 반응하는 프로모터
일부 구현예에서, 핵산, 레트로바이러스 핵산은 외인성 작용제의 조건부 발현, 예를 들어, 비제한적으로, 유도성 발현; 억제성 발현; 세포 유형 특이적 발현 또는 조직 특이적 발현을 포함하는 임의의 유형의 조건부 발현을 가능하게 하는 요소를 포함한다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제의 조건부 발현을 달성하기 위해, 발현은 외인성 작용제의 발현을 유도하거나, 외인성 작용제의 발현을 증가 또는 감소시키는 처리 또는 조건에 세포, 조직 또는 유기체를 적용함으로써 제어된다.
유도성 프로모터/시스템의 예시적인 예에는, 비제한적으로, 글루코코르티코이드 또는 에스트로겐 수용체를 인코딩하는 유전자에 대한 프로모터와 같은 스테로이드 유도성 프로모터(상응하는 호르몬으로의 처리에 의해 유도 가능), 메탈로티오닌 프로모터(다양한 중금속으로의 처리에 의해 유도 가능), MX-1 프로모터(인터페론에 의해 유도 가능), "GeneSwitch" 미페프리스톤(mifepristone)-조절 시스템(문헌[Sirin et al., 2003, Gene, 323:67]), 큐메이트 유도성 유전자 스위치(WO 2002/088346), 테트라사이클린 의존성 조절 시스템 등이 포함된다.
전이유전자 발현은 유도 분자의 존재 또는 부재에 의해 활성화 또는 억제될 수 있다. 일부 경우에, 유도 분자는 단계적으로 유전자 발현을 활성화시키거나 억제하고, 일부 경우에 유도 분자는 양자택일 방식으로 유전자 발현을 활성화시키거나 억제한다.
통상적으로 사용되는 유도성 프로모터/시스템은 테트라사이클린(Tet)-조절 시스템이다. Tet 시스템은 각각의 표적세포에서 다음 2가지 요소의 동시발현을 기반으로 한다: (i) 최소 프로모터에 융합되고 관심 유전자(예를 들어, 외인성 작용제를 인코딩하는 유전자)에 연결된 Tet-작동자 서열(TetO)의 반복을 함유하는 테트라사이클린 반응 요소, 및 (ii) Tet-억제자(TetR)와 단순헤르페스바이러스 유래 VP16 단백질의 트랜스활성화 도메인의 융합 단백질인 전사 트랜스활성화제(tTA). 본래 기재된 버전에서, 전이유전자 발현은 Tet-OFF 시스템으로 지칭되는, 테트라사이클린 또는 이의 강력한 유사체인 독시사이클린(Do)의 부재 하에서 활성이었으나, 트랜스활성화제 단백질 내 4가지 아미노산의 변형은 Dox의 존재 하에서 TetO에만 결합하는(Tet-ON 시스템) 역방향 tTA(rtTA)를 유도하였다. 일부 구현예에서, 트랜스활성화제에서, VP16 도메인이 최소 활성화 도메인으로 대체되고, 잠재적 스플라이스 공여체 및 스플라이스 수용체 부위가 제거된 후, 단백질이 코돈 최적화되어, Dox에 대한 높은 감수성 및 낮은 기준선 활성을 갖는 개선된 트랜스활성화제 변이체 rtTA2S-M2가 생성되었다. 나아가, 조절을 증강시키기 위해 이웃하는 작동자로부터 36개 뉴클레오타이드 간격을 갖는 TetO에서의 변형을 포함하는 상이한 Tet-반응성 프로모터 요소가 생성되었다. 추가의 변형은 기저 활성을 추가로 감소시키고 발현 동적 범위를 추가로 증가시키는 데 유용할 수 있다. 예로서, pTet-T11(약어: TII) 변이체는 높은 동적 범위 및 낮은 배경 활성을 나타낸다.
조건부 발현은 또한 부위 특이적 DNA 재조합효소를 사용하여 달성될 수 있다. 특정 구현예에 따르면, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산은 부위 특이적 재조합효소, 예를 들어 하나 이상(예를 들어, 2개, 3개, 4개, 5개, 7개, 10개, 12개, 15개, 20개, 30개, 50개 등)의 재조합 부위가 관여하는 재조합 반응에 관여하며, 야생형 단백질(문헌[Landy, Current Opinion in Biotechnology 3:699-707 (1993)] 참조), 또는 이의 돌연변이, 유도체(예를 들어, 재조합 단백질 서열 또는 이의 단편을 함유하는 융합 단백질), 단편 및 변이체일 수 있는, 절단성 또는 통합성 단백질, 효소, 보조인자 또는 관련 단백질에 의해 매개되는 재조합을 위한 적어도 하나(전형적으로 2개)의 부위(들)를 포함한다. 재조합효소의 예시적인 예에는, 비제한적으로, Cre, Int, IHF, Xis, Flp, Fis, Hin, Gin, ΦC31, Cin, Tn3 레솔베이즈(resolvase), TndX, XerC, XerD, TnpX, Hjc, Gin, SpCCE1 및 ParA가 포함된다.
외인성 작용제 발현을 조절하는 리보스위치(riboswitch)
본원에 제공된 조성물 및 방법 중 일부는 하나 이상의 리보스위치, 또는 하나 이상의 리보스위치를 포함하는 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 리보스위치는 유전자 발현을 조절하는 박테리아의 일반적인 특징이며, 생물학적 기능의 RNA 제어를 달성하는 수단이다. 리보스위치는 mRNA의 5'-미번역 영역에 존재할 수 있으며, 리보스위치 활성을 유도하거나 억제하는 소분자 리간드의 결합을 통해 유전자 발현에 대한 조절 제어를 가능하게 할 수 있다. 일부 구현예에서, 리보스위치는 소분자 리간드의 생성에 관여하는 유전자 산물을 제어한다. 리보스위치는 전형적으로 시스-방식으로 작용하지만, 트랜스-방식으로 작용하는 리보스위치도 확인되었다. 천연 리보스위치는 3차원 접힘 RNA 구조를 통해 리간드에 결합하는 압타머 도메인과, 리간드의 존재 또는 부재를 기반으로 리보스위치의 활성을 유도하거나 억제하는 기능 전환 도메인의 2개의 도메인으로 이루어진다. 따라서, 리보스위치에 달성되는 온/오프 상태를 나타내는 2가지 리간드 민감성 입체형태가 존재한다(Garst 등의 문헌(2011)). 기능 전환 도메인은 내부 리보솜 진입 부위, 레트로바이러스 유전자 구조체에서의 pre-mRNA 스플라이스 공여체 접근성, 번역, 전사 종결, 전사체 분해, miRNA 발현 또는 shRNA 발현을 조절함으로써 폴리뉴클레오타이드의 발현에 영향을 미칠 수 있다(Dambach 및 Winkler의 문헌(2009)). 압타머 및 기능 전환 도메인은 합성 RNA 장치가 천연 압타머, 돌연변이된/진화된 천연 압타머, 또는 무작위 RNA 라이브러리 스크리닝에서 확인된 완전 합성 압타머로 유전자 발현을 제어할 수 있도록 모듈식 구성요소로서 사용될 수 있다(McKeague 등의 문헌(2016)).
퓨린 리보스위치 패밀리는 500개 초과의 서열이 발견된 가장 큰 패밀리 중 하나를 나타낸다(Mandal 등의 문헌(2003); US20080269258; 및 WO2006055351). 퓨린 리보스위치는 루프/접합 요소(J1-2, L2, J2-3, L3, J3-1)가 개재되는 3개의 보존된 나선 요소/줄기 구조(PI, P2, P3)로 이루어진 유사한 구조를 공유한다. 리보스위치의 퓨린 패밀리의 압타머 도메인은 서열 변이로 인한 아데닌, 구아닌, 아데노신, 구아노신, 데옥시아데노신, 데옥시구아노신 등과 같은 다양한 퓨린 화합물에 의해 이의 친화성/조절이 본질적으로 다양하다(Kim 등의 문헌(2007)).
일부 구현예에서, 본원에 기재된 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산은 프로모터 및 리보스위치에 작동 가능하게 연결된 외인성 작용제를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 리보스위치는 다음 중 하나 이상, 예를 들어 전부를 포함한다: a) 압타머 도메인, 예를 들어 뉴클레오시드 유사체 항바이러스 약물에 결합할 수 있고, 뉴클레오시드 유사체 항바이러스 약물에 비해 구아닌 또는 2'-데옥시구아노신에 대한 결합이 감소된 압타머 도메인; 및 b) 기능 전환 도메인, 예를 들어 외인성 작용제의 발현을 조절할 수 있는 기능 전환 도메인(여기서, 압타머 도메인에 의한 뉴클레오시드 유사체의 결합이 기능 전환 도메인의 활성을 조절하는 발현을 유도하거나 억제하여, 외인성 작용제의 발현을 조절함). 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 폴리펩타이드, miRNA 또는 shRNA일 수 있다. 예를 들어, 일 구현예에서, 리보스위치는 키메라 항원 수용체(CAR)를 인코딩하는 핵산에 작동 가능하게 연결된다. 본원에 제공된 비제한적인 예시적인 예에서, 외인성 유전자는 하나 이상의 조작된 신호전달 폴리펩타이드를 인코딩한다. 예를 들어, 리보스위치와 하나 이상의 조작된 신호전달 폴리펩타이드를 인코딩하는 표적 폴리뉴클레오타이드는, 원천세포의 게놈에서, 복제 불능 재조합 레트로바이러스 입자에서, T세포 및/또는 NK세포에서 확인할 수 있다.
압타머 도메인은, 예를 들어 모듈식 구성요소로서 사용될 수 있고, RNA 전사체에 영향을 미치는 기능 전환 도메인 중 임의의 것과 조합될 수 있다. 본원에 개시된 임의의 구현예에서, 리보스위치는 내부 리보솜 진입 부위(IRES), pre-mRNA 스플라이스 공여체 접근성, 번역, 전사 종결, 전사체 분해, miRNA 발현 또는 shRNA 발현과 같은 활성 중 임의의 것을 조절하여 RNA 전사체에 영향을 미칠 수 있다. 일부 구현예에서, 기능 전환 도메인은 항-IRES의 IRES에의 결합을 제어할 수 있다(예를 들어, 문헌[Ogawa, RNA(2011), 17:478- 488](이의 개시내용은 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨) 참조). 본원에 개시된 임의의 구현예에서, 소분자 리간드의 존재 또는 부재는 리보스위치가 RNA 전사체에 영향을 미치게 할 수 있다. 일부 구현예에서, 리보스위치는 리보자임을 포함할 수 있다. 리보자임을 갖는 리보스위치는 소분자 리간드의 존재 하에서 표적 폴리뉴클레오타이드의 전사체 분해를 저해하거나 증강시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 리보자임은 피스톨(pistol)형 리보자임, 해머헤드(hammerhead)형 리보자임, 뒤틀린(twisted)형태의 리보자임, 손도끼(hatchet)형 리보자임 또는 HDV(간염 델타 바이러스)일 수 있다.
IV. 비표적세포 특이적 조절 요소
일부 구현예에서, 비표적세포 특이적 조절 요소 또는 음성 TCSRE는 조직 특이적 miRNA 인식 서열, 조직 특이적 프로테아제 인식 부위, 조직 특이적 유비퀴틴 리가아제 부위, 조직 특이적 전사 억제 부위 또는 조직 특이적 후성적 억제 부위를 포함한다.
일부 구현예에서, 비표적세포는 내인성 miRNA를 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소좀, 예를 들어 바이러스, 예를 들어 레트로바이러스는, 해당 miRNA에 대한 인식 서열을 포함할 수 있는 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산(예를 들어, 외인성 작용제를 인코딩하는 유전자)을 함유한다. 따라서, 핵산, 레트로바이러스 핵산이 비표적세포에 들어가면, miRNA는 외인성 작용제의 발현을 하향조절할 수 있다. 이는 비표적세포에 비해 표적세포에 대하여 부가적인 특이성을 달성하는 것을 돕는다.
일부 구현예에서, miRNA는 전형적으로 pre-miRNA로 공지된 약 70개 뉴클레오타이드 폴드백(foldback) RNA 전구체 구조에서 절제된, 20개 내지 22개 뉴클레오타이드의 작은 비코딩 RNA이다. 일반적으로, miRNA는 miRNA와 표적 사이의 상보성 정도에 따라 2가지 방식 중 하나로 이의 표적을 부정적으로 조절한다. 첫 번째로, 단백질 코딩 mRNA 서열에 완벽하거나 거의 완벽하게 상보적으로 결합하는 miRNA는 전형적으로 RNA 매개 간섭(RNAi) 경로를 유도한다. mRNA 표적의 3' 미번역 영역(UTR) 내 불완전한 상보적 부위에 결합함으로써 이의 조절 효과를 발휘하는 miRNA는, 전형적으로 RNAi 경로에 사용되는 바와 유사하거나 가능하게는 동일한 RISC 복합체를 통해 명백히 번역 수준에서 전사 후 표적 유전자 발현을 억제한다. 번역 제어와 일치하게, 이러한 메커니즘에 사용되는 miRNA는 이의 표적 유전자의 단백질 수준을 감소시키지만, 이러한 유전자의 mRNA 수준은 최소한의 영향만을 받는다. miRNA(예를 들어, 자연 발생 miRNA 또는 인공적으로 설계된 miRNA)는 임의의 mRNA 서열을 특이적으로 표적화할 수 있다. 예를 들어, 하나의 구현예에서, 당업자는 인간 miRNA(예를 들어, miR-30 또는 miR-21) 1차 전사체로서 발현되는 짧은 헤어핀 RNA 구조체를 설계할 수 있다. 이러한 설계는 헤어핀 구조체에 드로샤(Drosha) 처리 부위를 부가한 것으로, 이는 녹다운 효율을 크게 증가시키는 것으로 나타났다(Pusch 등의 문헌(2004)). 헤어핀 줄기는 22-nt의 dsRNA(예를 들어, 안티센스는 목적하는 표적에 대하여 완벽한 상보성을 나타냄)와 인간 miR로부터의 15 내지 19-nt 루프로 이루어진다. 헤어핀의 한쪽 또는 양쪽에 miR 루프와 miR30 측면 서열을 부가하면, 마이크로RNA가 없는 통상의 shRNA 설계에 비해, 발현된 헤어핀의 드로샤 및 다이서(Dicer) 처리가 10배 초과로 증가된다. 증가된 드로샤 및 다이서 처리는 보다 큰 siRNA/miRNA 생산 및 발현된 헤어핀의 보다 큰 효능으로 번역된다.
수백 개의 개별 miRNA 유전자는 발달 동안 조직 유형에 따라 차등적으로 발현된다. 몇몇 연구는 발달 시기, 세포 분화, 증식, 세포자멸사, 종양발생, 인슐린 분비 및 콜레스테롤 생합성을 포함하는 광범위한 생물학적 과정에서 miRNA에 대한 중요한 조절 역할을 시사하였다. (문헌[Bartel 2004 Cell 116:281-97]; 문헌[Ambros 2004 Nature 431:350-55]; 문헌[Du et al. 2005 Development 132:4645-52]; 문헌[Chen 2005 N. Engl. J. Med. 353:1768-71]; 문헌[Krutzfeldt et al. 2005 Nature 438:685-89] 참조). 분자 분석은, miRNA가 상이한 조직에서 별개의 발현 프로파일을 나타냄을 보여주었다. 대략 7,000개의 예측된 인간 miRNA 표적의 발현을 분석하기 위해 컴퓨터를 이용한 방법을 사용하였다. 데이터는, miRNA 발현이 다수의 인간 조직에서 mRNA 발현의 조직 특이성에 크게 기여함을 시사한다. (문헌[Sood et al. 2006 PNAS USA 103(8):2746-51] 참조).
따라서, 내인성 마이크로RNA 종을 사용하여 비표적세포 유형에서 외인성 작용제 발현을 침묵시킴으로써 표적세포 집단에 대한 외인성 작용제의 발현을 제한하기 위해 miRNA기반 접근법이 사용될 수 있다. 마이크로RNA는 메신저 RNA(mRNA)의 번역을 저해하거나 mRNA의 분해를 야기함으로써, 다수의 유기체에서 서열 특이적 전사 후 유전자침묵을 유도한다. 예를 들어, 문헌[Brown et al. 2006 Nature Med. 12(5):585-91] 및 WO2007/000668(상기 문헌들은 각각 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨) 참조. 일부 구현예에서, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산은 하나 이상(예를 들어, 복수의) 조직 특이적 miRNA 인식 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 조직 특이적 miRNA 인식 서열은 약 20개 내지 25개, 21개 내지 24개, 또는 23개 길이의 뉴클레오타이드이다. 구현예에서, 조직 특이적 miRNA 인식 서열은 비표적세포에 존재하는 miRNA에 대하여 완벽한 상보성을 나타낸다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 GFP를 포함하지 않고, 예를 들어 형광 단백질을 포함하지 않으며, 예를 들어 리포터 단백질을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 표적외(off-target)세포는 조혈세포가 아니고/아니거나 miRNA는 조혈세포에 존재하지 않는다.
일부 구현예에서, 본원의 방법은 외인성 작용제를 인코딩하는 뉴클레오타이드와 적어도 하나의 조직 특이적 마이크로RNA(miRNA) 표적 서열을 포함하는 복수의 푸소좀, 예를 들어 바이러스, 예를 들어 레트로바이러스 벡터를, 표적세포 및 비표적세포를 포함하는 복수의 세포와 접촉시키는 것을 포함하고, 여기서 외인성 작용제는 표적세포에서 우선적으로 발현되며, 예를 들어 표적세포에 제한되는, 표적세포에서의 외인성 작용제의 조직 특이적 발현을 포함한다.
예를 들어, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산은 비표적세포, 예를 들어 조혈전구세포(HSPC), 조혈줄기세포(HSC)에 상응하는 miRNA를 갖는 뉴클레오타이드 서열에 작동 가능하게 연결된 적어도 하나의 miRNA 인식 서열을 포함할 수 있으며, 이러한 서열은 표적세포, 예를 들어 분화된 세포가 아닌 비표적세포에서 뉴클레오타이드 서열의 발현을 방지하거나 감소시킨다. 일부 구현예에서, 핵산, 예를 들어 레트로바이러스 핵산은 비표적세포에서 유효량(예를 들어, 내인성 miRNA의 농도가 전이유전자의 발현을 감소시키거나 방지하는 데 충분함)으로 존재하는 miRNA에 대한 적어도 하나의 miRNA 서열 표적을 포함하며, 전이유전자를 포함한다. 구현예에서, 이러한 시스템에 사용되는 miRNA는, 예를 들어 골수 및 림프 계통의 분화된 자손이 아닌, HSPC 및 HSC와 같은 비표적세포에서 강하게 발현되어, 표적세포에서 발현 및 치료 효능은 유지하면서, 민감한 줄기세포 집단에서 전이유전자의 발현을 방지하거나 감소시킨다.
일부 구현예에서, 음성 TSCRE 또는 NTSCRE는 miRNA 인식 부위를 포함한다. 예시적인 miRNA는 하기 표 4에 제공되어 있다. 일부 구현예에서, 핵산(예를 들어, 푸소좀 핵산 또는 레트로바이러스 핵산)은 표 4의 miRNA에 상보적이거나, 이와 적어도 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 상보성을 갖는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 핵산(예를 들어, 푸소좀 핵산 또는 레트로바이러스 핵산)은 내인성 miRNA, 예를 들어 표 4의 miRNA 내 씨드(seed) 서열에 완벽하게 상보적인 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, miRNA는 서열번호 156 내지 162 중 어느 하나에 제시된 서열을 포함한다. 구현예에서, 씨드 서열은 적어도 6개, 7개, 8개, 9개 또는 10개 길이의 뉴클레오타이드이다.
일부 구현예에서, 음성 TSCRE 또는 NTSCRE는 본원에 기재된 miRNA에 대한 miRNA 인식 부위를 포함한다. 예시적인 miRNA에는, 문헌[Butovsky et al., Nat Neurosci. 2014 Jan;17(1):131-43](이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에서 확인되는 것들, 예를 들어 miR-338-3p, miR-9, miR-125b-5p 또는 miR-342-3p가 포함된다. 추가의 예시적인 miRNA는 문헌[Delzor et al., Curr. Drug Targets, 2013 Oct;14(11):1336-46](이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에서 확인할 수 있으며, 예를 들어 miR-124이다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소좀은 페이로드 유전자와 양성 표적세포 특이적 조절 요소를 포함하는 핵산을 포함하며, 예를 들어 여기서 표적세포는 뉴런, 예를 들어 범뉴런세포, GABA성 뉴런, 글루타메이트성 뉴런, 콜린성 뉴런, 도파민성 뉴런 또는 세로토닌성 뉴런이다. 일부 구현예에서, 핵산은 비표적세포 특이적 조절 요소(NTCSRE)를 추가로 포함하며, 예를 들어 여기서 NTSCRE는 아교세포, 예를 들어 별아교세포, 미세아교세포 또는 회소돌기아교세포에서 발현되는 miRNA에 대한 miRNA 인식 부위를 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소좀은 페이로드 유전자와 양성 표적세포 특이적 조절 요소를 포함하는 핵산을 포함하며, 예를 들어 여기서 표적세포는 아교세포, 예를 들어 별아교세포, 미세아교세포 또는 회소돌기아교세포이다. 일부 구현예에서, 핵산은 비표적세포 특이적 조절 요소(NTCSRE)를 추가로 포함하며, 예를 들어 여기서 NTSCRE는 뉴런, 예를 들어 범뉴런세포, GABA성 뉴런, 글루타메이트성 뉴런, 콜린성 뉴런, 도파민성 뉴런 또는 세로토닌성 뉴런에서 발현되는 miRNA에 대한 miRNA 인식 부위를 포함한다.
일부 구현예에서, 음성 TSCRE 또는 NTSCRE는 본원에 기재된 miRNA에 대한 miRNA 인식 부위를 포함한다. 예시적인 miRNA에는, 문헌[Griffiths-Jones et al. Nucleic Acids Res. 2006 Jan 1, 34]; 문헌[Chen and Lodish, Semin Immunol. 2005 Apr;17(2):155-65]; 문헌[Chen et al. Science. 2004 Jan 2;303(5654):83-6]; 문헌[Barad et al. Genome Res. 2004 Dec; 14(12): 2486-2494]; 문헌[Krichevsky et al., RNA. 2003 Oct;9(10):1274-81]; 문헌[Kasashima et al. Biochem Biophys Res Commun. 2004 Sep 17;322(2):403-10]; 문헌[Houbaviy et al., Dev Cell. 2003 Aug;5(2):351-8]; 문헌[Lagos-Quintana et al., Curr Biol. 2002 Apr 30;12(9):735-9]; 문헌[Calin et al., Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Mar 2;101(9):2999-3004]; 문헌[Sempere et al. Genome Biol. 2004; 5(3): R13]; 문헌[Metzler et al., Genes Chromosomes Cancer. 2004 Feb;39(2):167-9]; 문헌[Calin et al., Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Nov 26;99(24):15524-9]; 문헌[Mansfield et al. Nat Genet. 2004 Oct;36(10):1079-83]; 문헌[Michael et al. Mol Cancer Res. 2003 Oct;1(12):882-91]; 및 www.miRNA.org에서 확인할 수 있는 것들이 포함된다.
일부 구현예에서, 음성 TSCRE 또는 NTSCRE는 miR-1b, miR-189b, miR-93, miR-125b, miR-130, miR-32, miR-128, miR-22, miR124a, miR-296, miR-143, miR-15, miR-141, miR-143, miR-16, miR-127, miR99a, miR-183, miR-19b, miR-92, miR-9, miR-130b, miR-21, miR-30b, miR-16, miR-99a, miR-212, miR-30c, miR-213, miR-20, miR-155, miR-152, miR-139, miR-30b, miR-7, miR-30c, miR-18, miR-137, miR-219, miR-1d, miR-178, miR-24, miR-122a, miR-215, miR-124a, miR-190, miR-149, miR-193, let-7a, miR-132, miR-27a, miR-9*, miR-200b, miR-266, miR-153, miR-135, miR-206, miR-24, miR-19a, miR-199, miR-26a, miR-194, miR-125a, miR-15a, miR-145, miR-133, miR-96, miR-131, miR-124b, miR-151, miR-7b, miR-103 및 miR-208에서 선택되는 miRNA에 대한 miRNA 인식 부위를 포함한다.
일부 구현예에서, 핵산(예를 들어, 레트로바이러스 핵산)은 2개 이상의 miRNA 인식 부위를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 miRNA 인식 부위와 제2 miRNA 인식 부위는 동일한 miRNA에 의해 인식되고, 일부 구현예에서, 제1 miRNA 인식 부위와 제2 miRNA 인식 부위는 상이한 miRNA에 의해 인식된다. 일부 구현예에서, 제1 miRNA 인식 부위와 제2 miRNA 인식 부위는 동일한 비표적세포에 존재하는 miRNA에 의해 인식되고, 일부 구현예에서, 제1 miRNA 인식 부위와 제2 miRNA 인식 부위는 상이한 비표적세포에 존재하는 miRNA에 의해 인식된다. 일부 구현예에서, 제1 miRNA 인식 부위 및 제2 miRNA 인식 부위 중 하나 또는 둘 모두는 표 4의 miRNA에 의해 인식된다. 일부 구현예에서, 푸소좀 핵산(예를 들어 레트로바이러스 핵산) 상의 miRNA 인식 부위 중 하나 이상은 외인성 작용제를 이용하여 시스로 전사된다. 일부 구현예에서, 푸소좀 핵산(예를 들어 레트로바이러스 핵산) 상의 miRNA 인식 부위 중 하나 이상은 poly A 꼬리 서열의 다운스트림, 예를 들어 poly A 꼬리 서열과 WPRE 사이에 위치한다. 일부 구현예에서, 푸소좀 핵산(예를 들어 레트로바이러스 핵산) 상의 miRNA 인식 부위 중 하나 이상은 WPRE의 다운스트림에 위치한다.
V. 면역 조절
일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 상승된 CD47을 포함한다. 예를 들어, 미국 특허 제9,050,269호(이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨) 참조. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 상승된 보체 조절 단백질을 포함한다. 예를 들어, ES2627445T3 및 US6790641(이들은 각각 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨) 참조. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터 또는 VLP에는 MHC 단백질, 예를 들어 MHC-1 클래스 I 또는 클래스 II가 결여되어 있거나, 이들이 감소된 수준으로 포함되어 있다. 예를 들어, US20170165348(이는 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨) 참조.
때때로, 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 대상의 면역계에 의해 인식된다. 외피가 있는 바이러스 벡터 입자(예를 들어, 레트로바이러스 벡터 입자)의 경우, 바이러스 외피의 표면에 표시되는 막 결합된 단백질이 인식될 수 있고, 바이러스 입자 자체가 중화될 수 있다. 나아가, 표적세포를 감염시킬 때, 바이러스 외피는 세포막과 융합되고, 그 결과 바이러스 외피 단백질이 세포의 표면에 표시되거나, 이와 밀접하게 회합된 상태로 유지될 수 있다. 따라서, 면역계는 또한 바이러스 벡터 입자가 감염된 세포를 표적으로 할 수 있다. 두 가지 영향은 모두 바이러스 벡터에 의한 외인성 작용제 전달의 효능의 감소로 이어질 수 있다.
바이러스 입자 외피는 전형적으로 원천세포의 막에서 유래된다. 따라서, 바이러스 입자가 발아하는 세포막에서 발현되는 막단백질은 바이러스 외피에 혼입될 수 있다.
면역 조절 단백질 CD47
세포외 물질을 세포로 내재화하는 것은 통상적으로 세포내이입으로 불리는 과정에 의해 수행된다(문헌[Rabinovitch, 1995, Trends Cell Biol. 5(3):85-7]; 문헌[Silverstein, 1995, Trends Cell Biol. 5(3):141-2]; 문헌[Swanson et al., 1995, Trends Cell Biol. 5(3):89-93]; 문헌[Allen et al., 1996, J. Exp. Med. 184(2):627-37]). 세포내이입은 입자의 흡수를 포함하는 포식작용과 유체 및 용질의 흡수를 포함하는 음세포작용(pinocytosis)의 2가지 일반적인 카테고리로 분류될 수 있다.
전문 식세포는, 막 수용체 CD47이 결여된 녹아웃 마우스를 이용한 연구에 근거하여, 비(非)자기 및 자기를 구분하는 것으로 나타났다(문헌[Oldenborg et al., 2000, Science 288(5473):2051-4]). CD47은 대식세포에서 발견되는 면역 저해 수용체 SIRPα(신호 조절 단백질)와 상호작용하는 Ig 수퍼패밀리의 유비쿼터스 멤버이다(문헌[Fujioka et al., 1996, Mol. Cell. Biol. 16(12):6887-99]; 문헌[Veillette et al., 1998, J. Biol. Chem. 273(35):22719-28]; 문헌[Jiang et al., 1999, J. Biol. Chem. 274(2):559-62]). CD47-SIRPα 상호작용이 마우스에서 자가 대식세포를 불활성화시키는 것으로 보이지만, 빈혈의 증거가 거의 없거나 없으며(문헌[Mouro-Chanteloup et al., 2003, Blood 101(1):338-344]), 또한 식세포 단핵구와의 증강된 세포 상호작용에 대한 증거가 거의 없거나 없는(문헌[Arndt et al., 2004, Br. J. Haematol. 125(3):412-4]) 일부 Rh 표현형의 인간 혈액세포에서 CD47의 심각한 감소(대략 90%)가 확인되었다.
일부 구현예에서, 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터 또는 VLP(예를 들어, 반경이 약 1 μm, 400 nm 또는 150 nm 미만인 바이러스 입자)는, 예를 들어 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터 또는 VLP의 노출된 표면 상에, CD47의 생물학적 활성 부분을 적어도 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터(예를 들어, 렌티바이러스) 또는 VLP는 지질 코트를 포함한다. 구현예에서, 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터 또는 VLP에서 생물학적으로 활성인 CD47의 양은, 1 μm2당 약 20개 내지 250개, 20개 내지 50개, 50개 내지 100개, 100개 내지 150개, 150개 내지 200개, 또는 200개 내지 250개의 분자이다. 일부 구현예에서, CD47은 인간 CD47이다.
본원에 기재된 방법은 식세포에 의한 입자의 포식작용을 회피하는 것을 포함할 수 있다. 상기 방법은, 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터 또는 VLP에 CD47의 생물학적 활성 부분을 적어도 포함하는 적어도 하나의 펩타이드를 발현시켜, CD47을 포함하는 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터 또는 VLP가 식세포에 노출될 때, 푸소좀, 예를 들어 바이러스 입자가 식세포에 의한 포식작용을 회피하거나, 다른 유사한 변형되지 않은 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여 감소된 포식작용을 나타내도록 하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 대상에서 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터 또는 VLP의 반감기는 다른 유사한 변형되지 않은 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여 연장된다.
MHC 결실
주조직적합복합체(major histocompatibility complex) 클래스 I(MHC-I)은 바이러스 외피에 혼입될 수 있는 숙주세포 막 단백질이며, 이는 본질적으로 고도로 다형성이기 때문에, 신체 면역반응의 주요 표적이다(문헌[McDevitt H. O. (2000) Annu. Rev. Immunol. 18: 1-17]). 원천세포의 원형질막에 노출된 MHC-I 분자는 벡터 발아 과정 동안 바이러스 입자 외피에 혼입될 수 있다. 원천세포에서 유도되고 바이러스 입자에 혼입된 이러한 MHC-I 분자는 결과적으로 표적세포의 원형질막에 전달될 수 있다. 대안적으로, MHC-I 분자는 바이러스 입자가 표적 세포막을 흡수하고 이에 결합된 상태로 유지되는 경향의 결과로 표적 세포막과 밀접하게 회합된 상태로 유지될 수 있다.
형질도입된 세포의 원형질막 상의 또는 이에 근접한 외인성 MHC-I 분자의 존재는 대상에서 동종반응성 면역반응을 유도할 수 있다. 이는, 생체외 유전자 전달 후 대상에게의 형질도입된 세포의 투여 시, 또는 바이러스 입자의 직접 생체내 투여 시, 형질도입된 세포의 면역 매개 사멸 또는 포식작용을 유도할 수 있다. 나아가, MHC-I 보유 바이러스 입자를 혈류에 생체내 투여하는 경우, 바이러스 입자는 표적세포에 도달하기 전 기존 MHC-I 특이적 항체에 의해 중화될 수 있다.
따라서, 일부 구현예에서, 원천세포는 세포 표면에서 MHC-I의 발현을 감소시키도록 변형된다(예를 들어, 유전자 조작됨). 구현예에서, 원천세포는 β2-마이크로글로불린(β2M)을 인코딩하는 유전자의 유전자 조작된 파괴를 포함한다. 구현예에서, 원천세포는 MHC-I α 사슬을 인코딩하는 하나 이상의 유전자의 유전자 조작된 파괴를 포함한다. 상기 세포는 β2-마이크로글로불린을 인코딩하는 유전자의 모든 카피에서 유전자 조작된 파괴를 포함할 수 있다. 상기 세포는 MHC-I α 사슬을 인코딩하는 유전자의 모든 카피에서 유전자 조작된 파괴를 포함할 수 있다. 상기 세포는 β2-마이크로글로불린을 인코딩하는 유전자의 유전자 조작된 파괴와 MHC-I α 사슬을 인코딩하는 유전자의 유전자 조작된 파괴를 모두 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 감소된 수의 표면 노출된 MHC-I 분자를 포함한다. 표면 노출된 MHC-I 분자의 수는, MHC-I에 대한 면역반응이 치료적으로 적절한 정도로 감소되도록 감소될 수 있다. 일부 구현예에서, 외피가 있는 바이러스 벡터 입자에는 표면 노출된 MHC-I 분자가 실질적으로 없다.
HLA-G/E 과발현
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 이의 외피에 관용원성(tolerogenic) 단백질, 예를 들어 ILT-2 또는 ILT-4 아고니스트, 예를 들어 HLA-E 또는 HLA-G 또는 임의의 다른 ILT-2 또는 ILT-4 아고니스트를 표시한다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 참조 레트로바이러스, 예를 들어 상기 레트로바이러스와 달리 유사한 변형되지 않은 레트로바이러스와 비교하여, HLA-E, HLA-G, ILT-2 또는 ILT-4의 증가된 발현을 나타낸다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 조성물은 변형되지 않은 레트로바이러스와 비교하여 감소된 MHC 클래스 I을 나타내고, 변형되지 않은 레트로바이러스와 비교하여 증가된 HLA-G를 나타낸다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 참조 레트로바이러스, 예를 들어 상기 레트로바이러스와 달리 유사한 변형되지 않은 레트로바이러스와 비교하여, HLA-G 또는 HLA-E의 증가된 발현, 예를 들어 HLA-G 또는 HLA-E의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 발현 증가를 나타내며, 여기서 HLA-G 또는 HLA-E의 발현은 유세포분석, 예를 들어 FACS를 사용하여 시험관내에서 검정된다.
일부 구현예에서, HLA-G 발현이 증가된 레트로바이러스는, 예를 들어 기형종 형성 검정에서 감소된 면역 세포 침윤으로 측정되는 바와 같이 감소된 면역원성을 나타낸다.
보체 조절 단백질
보체 활성은 통상적으로 다수의 보체 조절 단백질(CRP)에 의해 제어된다. 이러한 단백질은 허위 염증 및 숙주 조직 손상을 방지한다. CD55/붕괴촉진인자(DAF) 및 CD46/막 보조인자 단백질(MCP)을 포함하는 단백질의 한 그룹은, 전형적 및 대안적 경로 C3/C5 전환효소를 저해한다. CD59를 포함하는 또 다른 단백질 세트는 MAC 어셈블리를 조절한다. CRP는 이종이식된 조직의 거부반응을 방지하는 데 사용되었으며, 이는 또한 바이러스 및 바이러스 벡터를 보체 불활성화로부터 보호하는 것으로 나타났다.
막 상재 보체제어인자에는, 예를 들어 붕괴촉진인자(DAF) 또는 CD55, 인자 H(FH) 유사 단백질-1(FHL-1), C4b-결합 단백질(C4BP), 보체 수용체 1(CD35), 막 보조인자 단백질(MCP) 또는 CD46, 및 CD59(프로텍틴)(예를 들어, 막공격복합체(MAC)의 형성을 방지하고, 세포를 용해로부터 보호함)가 포함된다.
알부민 결합 단백질
일부 구현예에서, 렌티바이러스는 알부민과 결합한다. 일부 구현예에서, 렌티바이러스는 이의 표면에 알부민과 결합하는 단백질을 포함한다. 일부 구현예에서, 렌티바이러스는 이의 표면에 알부민 결합 단백질을 포함한다. 일부 구현예에서, 알부민 결합 단백질은 연쇄구균(streptococcal) 알부민 결합 단백질이다. 일부 구현예에서, 알부민 결합 단백질은 연쇄구균 알부민 결합 도메인이다.
렌티바이러스 외피에서의 비(非) 푸소겐 단백질의 발현
일부 구현예에서, 렌티바이러스는 이의 표면에 하나 이상의 단백질을 포함하도록 조작된다. 일부 구현예에서, 단백질은 대상과의 면역 상호작용에 영향을 미친다. 일부 구현예에서, 단백질은 대상에서 렌티바이러스의 약리학에 영향을 미친다. 일부 구현예에서, 단백질은 수용체이다. 일부 구현예에서, 단백질은 아고니스트이다. 일부 구현예에서, 단백질은 신호전달 분자이다. 일부 구현예에서, 렌티바이러스 표면 상의 단백질은 OKT3 또는 IL7을 포함한다.
일부 구현예에서, 유사분열 막관통 단백질 및/또는 사이토카인 기반 막관통 단백질은 원천세포에 존재하며, 이는 원천세포 막에서 발아할 때 레트로바이러스에 혼입될 수 있다. 유사분열 막관통 단백질 및/또는 사이토카인 기반 막관통 단백질은 바이러스 외피 당단백질의 일부로서가 아니라 원천세포 상의 별개의 세포 표면 분자로서 발현될 수 있다.
예시적인 특성
본원에 기재된 임의의 양태의 일부 구현예에서, 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은 실질적으로 비(非)면역원성이다. 면역원성은, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이 정량화될 수 있다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 표적세포와 융합하여 수용세포를 생성한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 레트로바이러스 벡터 또는 VLP에 융합된 수용세포가 면역원성에 대해 평가된다. 구현예에서, 수용세포는, 예를 들어 항-IgM 항체를 이용한 염색에 의해 세포 표면 상의 항체의 존재에 대하여 분석된다. 다른 구현예에서, 면역원성은 PBMC 세포 용해 검정으로 평가된다. 구현예에서, 수용세포는 말초혈액단핵세포(PBMC)와 함께 인큐베이션된 후, PBMC에 의한 세포의 용해에 대해 평가된다. 다른 구현예에서, 면역원성은 자연살해(NK) 세포 용해 검정으로 평가된다. 구현예에서, 수용세포는 NK세포와 함께 인큐베이션된 후, NK세포에 의한 세포의 용해에 대해 평가된다. 다른 구현예에서, 면역원성은 CD8+ T세포 용해 검정으로 평가된다. 구현예에서, 수용세포는 CD8+ T세포와 함께 인큐베이션된 후, CD8+ T세포에 의한 세포의 용해에 대해 평가된다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 상기 원천세포와 달리 유사한 변형되지 않은 원천세포 또는 HEK293 세포에서 생성된 것과 비교하여 상승된 수준의 면역억제제(예를 들어, 면역억제 단백질)를 포함한다. 일부 구현예에서, 상승된 수준은 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 2배, 3배, 5배, 10배, 20배, 50배 또는 100배이다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 참조세포에 존재하지 않는 면역억제제를 포함한다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 상기 원천세포와 달리 유사한 변형되지 않은 원천세포 또는 HEK293 세포에서 생성된 것과 비교하여 감소된 수준의 면역자극제(예를 들어, 면역자극 단백질)를 포함한다. 일부 구현예에서, 감소된 수준은 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 98% 또는 99%이다. 일부 구현예에서, 면역자극제는 레트로바이러스 벡터 또는 VLP에 실질적으로 존재하지 않는다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 또는 레트로바이러스 벡터 또는 VLP가 유도되는 원천세포는, 하기 특징 중 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개 또는 그 이상을 갖는다:
a. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 상기 원천세포와 달리 유사한 원천세포 또는 HeLa 세포 또는 HEK293 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, MHC 클래스 I 또는 MHC 클래스 II의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임;
b. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포 또는 HEK 세포 또는 본원에 기재된 참조세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 비제한적으로, LAG3, ICOS-L, ICOS, Ox40L, OX40, CD28, B7, CD30, CD30L 4-1BB, 4-1BBL, SLAM, CD27, CD70, HVEM, LIGHT, B7-H3 또는 B7-H4를 포함하는 하나 이상의 공동자극 단백질의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임;
c. 예를 들어 본원에 기재된 방법에 의해 검출 가능한, 대식세포 포식을 억제하는 표면 단백질, 예를 들어 CD47의 발현을 나타냄; 예를 들어 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, Jurkat 세포 또는 HEK293 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 대식세포 포식을 억제하는 표면 단백질, 예를 들어 CD47의 발현이 1.5배, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배(또는 그 이상) 초과임;
d. 예를 들어 본원에 기재된 방법에 의해 검출 가능한, 가용성 면역억제성 사이토카인, 예를 들어 IL-10의 발현을 나타냄; 예를 들어 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포 또는 HEK293 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 가용성 면역억제성 사이토카인, 예를 들어 IL-10의 발현이 1.5배, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배(또는 그 이상) 초과임;
e. 예를 들어 본원에 기재된 방법에 의해 검출 가능한, 가용성 면역억제 단백질, 예를 들어 PD-L1의 발현을 나타냄; 예를 들어 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포 또는 HEK293 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 가용성 면역억제 단백질, 예를 들어 PD-L1의 발현이 1.5배, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배(또는 그 이상) 초과임;
f. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포 또는 HEK293 세포 또는 U-266 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 가용성 면역자극 사이토카인, 예를 들어 IFN-감마 또는 TNF-a의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임;
g. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포 또는 HEK293 세포 또는 A549 세포 또는 SK-BR-3 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 내인성 면역자극 항원, 예를 들어 Zg16 또는 Hormad1의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임;
h. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 Jurkat 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 예를 들어 본원에 기재된 방법에 의해 검출 가능한 HLA-E 또는 HLA-G의 발현을 나타냄;
i. 예를 들어 NK세포 활성화를 억제하도록 작용하는, 예를 들어 시알산을 함유하는 표면 글리코실화 프로파일;
j. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 Jurkat 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, TCRα/β의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임;
k. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 HeLa 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, ABO식 혈액형의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임;
l. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 Jurkat 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 부조직적합항원(MHA)의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임; 또는
m. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 Jurkat 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 미토콘드리아 MHA를 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%(또는 그 이하) 미만으로 갖거나, 검출 가능한 미토콘드리아 MHA를 갖지 않음.
구현예에서, 공동자극 단백질은 4-1BB, B7, SLAM, LAG3, HVEM 또는 LIGHT이고, 참조세포는 HDLM-2이다. 일부 구현예에서, 공동자극 단백질은 BY-H3이고, 참조세포는 HeLa이다. 일부 구현예에서, 공동자극 단백질은 ICOSL 또는 B7-H4이고, 참조세포는 SK-BR-3이다. 일부 구현예에서, 공동자극 단백질은 ICOS 또는 OX40이고, 참조세포는 MOLT-4이다. 일부 구현예에서, 공동자극 단백질은 CD28이고, 참조세포는 U-266이다. 일부 구현예에서, 공동자극 단백질은 CD30L 또는 CD27이고, 참조세포는 Daudi이다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은 면역계, 예를 들어 선천성 면역계에 의한 면역원성 반응을 실질적으로 유도하지 않는다. 구현예에서, 면역원성 반응은, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이 정량화될 수 있다. 일부 구현예에서, 선천성 면역계에 의한 면역원성 반응은, 비제한적으로, NK세포, 대식세포, 호중구, 호염기구, 호산구, 수지상세포, 비만세포, 또는 감마/델타 T세포를 포함하는 선천성 면역세포에 의한 반응을 포함한다. 일부 구현예에서, 선천성 면역계에 의한 면역원성 반응은 가용성 혈액 구성요소 및 막 결합된 구성요소를 포함하는 보체 시스템에 의한 반응을 포함한다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은 면역계, 예를 들어 후천성 면역계에 의한 면역원성 반응을 실질적으로 유도하지 않는다. 일부 구현예에서, 후천성 면역계에 의한 면역원성 반응은, 비제한적으로, 예를 들어 T림프구(예를 들어, CD4 T세포, CD8 T세포 및/또는 감마-델타 T세포) 또는 B림프구의 수 또는 활성의 변화, 예를 들어 증가를 포함하는, 후천성 면역세포에 의한 면역원성 반응을 포함한다. 일부 구현예에서, 후천성 면역계에 의한 면역원성 반응은, 비제한적으로, 예를 들어 사이토카인 또는 항체(예를 들어, IgG, IgM, IgE, IgA 또는 IgD)의 수 또는 활성의 변화, 예를 들어 증가를 포함하는, 가용성 혈액 구성요소의 수준 증가를 포함한다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은 면역원성이 감소하도록 변형된다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 Jurkat 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP의 면역원성보다 5%, 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 미만의 면역원성을 갖는다.
본원에 기재된 임의의 양태의 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은, 면역원성을 감소, 예를 들어 줄이기 위해, 원천세포, 예를 들어 변형된, 예를 들어 본원에 기재된 방법을 사용하여 변형된 게놈을 갖는 포유류 세포에서 유도된다. 면역원성은, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이 정량화될 수 있다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은, 다음 중 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개 또는 그 이상이 고갈된, 예를 들어 이의 녹아웃을 갖는 포유류 세포에서 유도된다:
a. MHC 클래스 I, MHC 클래스 II 또는 MHA;
b. 비제한적으로, LAG3, ICOS-L, ICOS, Ox40L, OX40, CD28, B7, CD30, CD30L 4-1BB, 4-1BBL, SLAM, CD27, CD70, HVEM, LIGHT, B7-H3 또는 B7-H4를 포함하는 하나 이상의 공동자극 단백질;
c. 가용성 면역자극 사이토카인, 예를 들어 IFN-감마 또는 TNF-a;
d. 내인성 면역자극 항원, 예를 들어 Zg16 또는 Hormad1;
e. T세포 수용체(TCR);
f. ABO식 혈액형을 인코딩하는 유전자, 예를 들어 ABO 유전자;
g. 면역 활성화를 유도하는 전사인자, 예를 들어 NFkB;
h. MHC 발현을 제어하는 전사인자, 예를 들어 클래스 II 트랜스 활성화제(CIITA), Xbox 5의 조절인자(RFX5), RFX 관련 단백질(RFXAP) 또는 RFX 안키린 반복(RFXANK; RFXB로도 공지됨); 또는
i. MHC 클래스 I 발현을 감소시키는 TAP 단백질, 예를 들어 TAP2, TAP1 또는 TAPBP.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는, 예를 들어 다음 중 1개, 2개, 3개 또는 그 이상의, 면역억제제의 발현을 증가시키는 유전자 변형을 갖는 원천세포에서 유도된다(예를 들어, 유전자 변형 전, 상기 세포는 해당 인자를 발현하지 않았음):
a. 대식세포 포식을 억제하는 표면 단백질, 예를 들어 CD47; 예를 들어 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 Jurkat 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여 증가된 CD47의 발현;
b. 가용성 면역억제성 사이토카인, 예를 들어 IL-10; 예를 들어 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 Jurkat 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여 증가된 IL-10의 발현;
c. 가용성 면역억제 단백질, 예를 들어 PD-1, PD-L1, CTLA4 또는 BTLA; 예를 들어 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 Jurkat 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여 증가된 면역억제 단백질의 발현;
d. 관용원성 단백질, 예를 들어, ILT-2 또는 ILT-4 아고니스트, 예를 들어 HLA-E 또는 HLA-G, 또는 임의의 다른 내인성 ILT-2 또는 ILT-4 아고니스트; 예를 들어 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 Jurkat 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여 증가된 HLA-E, HLA-G, ILT-2 또는 ILT-4의 발현; 또는
e. 보체 활성을 억제하는 표면 단백질, 예를 들어 보체 조절 단백질, 예를 들어 붕괴촉진인자(DAF, CD55)에 결합하는 단백질, 예를 들어 인자 H(FH) 유사 단백질-1(FHL-1), 예를 들어 C4b-결합 단백질(C4BP), 예를 들어 보체 수용체 1(CD35), 예를 들어 막 보조인자 단백질(MCP, CD46), 예를 들어 프로펙틴(CD59), 예를 들어 전형적 및 대안적 보체 경로 CD/C5 전환효소를 저해하는 단백질, 예를 들어 MAC 어셈블리를 조절하는 단백질; 예를 들어 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 Jurkat 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여 증가된 보체 조절 단백질의 발현.
일부 구현예에서, 증가된 발현 수준은 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 2배, 3배, 5배, 10배, 20배, 50배 또는 100배 더 큰 것이다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는, 예를 들어 다음 중 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개 또는 그 이상을 특징으로 하는, 면역자극제의 발현이 감소하도록 변형된 원천세포에서 유도된다:
a. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 상기 원천세포와 달리 유사한 원천세포, HEK293 세포 또는 HeLa 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, MHC 클래스 I 또는 MHC 클래스 II의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임;
b. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 본원에 기재된 참조세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 비제한적으로, LAG3, ICOS-L, ICOS, Ox40L, OX40, CD28, B7, CD30, CD30L 4-1BB, 4-1BBL, SLAM, CD27, CD70, HVEM, LIGHT, B7-H3 또는 B7-H4를 포함하는 하나 이상의 공동자극 단백질의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임;
c. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 U-266 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 가용성 면역자극 사이토카인, 예를 들어 IFN-감마 또는 TNF-a의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임;
d. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 A549 세포 또는 SK-BR-3 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 내인성 면역자극 항원, 예를 들어 Zg16 또는 Hormad1의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임;
e. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 Jurkat 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, T세포 수용체(TCR)의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임;
f. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 HeLa 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, ABO식 혈액형의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임;
g. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 Jurkat 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 면역 활성화를 유도하는 전사인자, 예를 들어 NFkB의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임;
h. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포, HEK293 세포 또는 Jurkat 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, MHC 발현을 제어하는 전사인자, 예를 들어 클래스 II 트랜스 활성화제(CIITA), Xbox 5의 조절인자(RFX5), RFX 관련 단백질(RFXAP) 또는 RFX 안키린 반복(RFXANK; RFXB로도 공지됨)의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임; 또는
i. 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 상기 원천세포와 달리 유사한 원천세포, HEK293 세포 또는 HeLa 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, MHC 클래스 I 발현을 감소시키는 TAP 단백질, 예를 들어, TAP2, TAP1 또는 TAPBP의 발현이 50%, 40%, 30%, 20%, 15%, 10% 또는 5%(또는 그 이하) 미만임.
일부 구현예에서, MHC 클래스 I 발현을 감소시키기 위해 렌티바이러스를 발현하는 shRNA를 사용하여 변형된 포유류 세포, 예를 들어 HEK293에서 유도된 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은, 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 변형되지 않은 세포(예를 들어, 중간엽줄기세포)로부터의 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여 더 낮은 MHC 클래스 I의 발현을 나타낸다. 일부 구현예에서, HLA-G의 발현을 증가시키기 위해 HLA-G를 발현하는 렌티바이러스를 사용하여 변형된 포유류 세포, 예를 들어 HEK293에서 유도된 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는, 예를 들어 변형되지 않은 세포(예를 들어, HEK293)로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여 증가된 HLA-G의 발현을 나타낸다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은 실질적으로 면역원성이 아닌 원천세포, 예를 들어 포유류 세포에서 유도되며, 여기서 원천세포는, 예를 들어 시험관내 IFN-감마 ELISPOT 검정으로 검정 시, 0 pg/mL 내지 >0 pg/mL의 수준으로 T세포 IFN-감마 분비를 자극, 예를 들어 유도한다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은 원천세포, 예를 들어 포유류 세포에서 유도되며, 여기서 포유류 세포는 면역억제제, 예를 들어 글루코코르티코이드(예를 들어, 덱사메타손(dexamethasone)), 세포증식억제제(예를 들어, 메토트렉세이트(methotrexate)), 항체(예를 들어, 무로모납-CD3(Muromonab-CD3)) 또는 이뮤노필린 조절제(예를 들어, 시클로스포린(ciclosporine) 또는 라파마이신(rapamycin))로 처리된 세포 배양물에서 유래된 것이다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은 원천세포, 예를 들어 포유류 세포에서 유도되며, 여기서 포유류 세포는 외인성 작용제, 예를 들어 치료제를 포함한다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은 원천세포, 예를 들어 포유류 세포에서 유도되며, 여기서 포유류 세포는 재조합 세포이다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은 바이러스 면역침투소(immunoevasin), 예를 들어 hCMV US2 또는 US11을 발현하도록 유전자 변형된 포유류 세포에서 유도된다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP의 표면, 또는 원천세포의 표면은, 중합체, 예를 들어 면역원성 및 면역 매개 제거를 감소시키는 생체적합성 중합체, 예를 들어 PEG와 공유결합으로 또는 비(非)공유결합으로 변형된다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP의 표면, 또는 원천세포의 표면은, 시알산, 예를 들어 NK 억제성 글리칸 에피토프를 함유하는 당중합체를 함유하는 시알산과 공유결합으로 또는 비공유결합으로 변형된다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP의 표면, 또는 원천세포의 표면은, ABO식 혈액형을 제거하기 위해, 예를 들어 글리코시다아제 효소, 예를 들어 α-N-아세틸갈락토오스아미니다아제로 효소 처리된다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP의 표면, 또는 원천세포의 표면은, 예를 들어 수용체의 혈액형과 일치하는 ABO식 혈액형의 발현을 야기하도록, 예를 들어 유도하도록 효소 처리된다.
면역원성 평가를 위한 매개변수
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 실질적으로 면역원성이 아니거나, 변형된, 예를 들어 면역원성을 감소시키기 위해 본원에 기재된 방법을 사용하여 변형된 원천세포, 예를 들어 포유류 세포에서 유도된다. 원천세포와 레트로바이러스 벡터 또는 VLP의 면역원성은 본원에 기재된 임의의 검정으로 결정될 수 있다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포로부터 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 생체내 이식편 생존의 증가, 예를 들어 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 증가를 나타낸다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP의, 적절한 동물 모델, 예를 들어, 본원에 기재된 동물 모델에의 1회 이상의 이식 후 체액성 반응과 비교하여, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP의 적절한 동물 모델, 예를 들어 본원에 기재된 동물 모델에의 1회 이상의 이식 후 체액성 반응의 감소로 측정되는 면역원성의 감소를 나타낸다. 일부 구현예에서, 체액성 반응의 감소는 혈청 샘플에서 항-세포 항체 역가, 예를 들어 항-레트로바이러스 또는 항-VLP 항체 역가, 예를 들어 ELISA로 측정된다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP가 투여된 동물로부터의 혈청 샘플은 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP가 투여된 동물로부터의 혈청 샘플과 비교하여, 항-레트로바이러스 또는 항-VLP 항체 역가의, 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 감소를 나타낸다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP가 투여된 동물로부터의 혈청 샘플은, 예를 들어 기준선보다 1%, 2%, 5%, 10%, 20%, 30% 또는 40% 증가된 항-레트로바이러스 또는 항-VLP 항체 역가를 나타내며, 예를 들어 여기서 기준선은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP의 투여 전 동일한 동물로부터의 혈청 샘플을 나타낸다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포로부터 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 대식세포 포식작용의 감소, 예를 들어 대식세포 포식작용의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 감소를 나타내며, 여기서 대식세포 포식작용의 감소는, 예를 들어 실시예 8에 기재된 바와 같이 시험관내 포식세포지수를 검정함으로써 결정된다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는, 예를 들어 대식세포 포식작용의 시험관내 검정에서 대식세포와 함께 인큐베이션될 때, 실시예 8의 검정에 따라 측정 시, 0, 1, 10, 100 또는 그 이상의 포식세포지수를 갖는다.
일부 구현예에서, 원천세포 또는 수용세포는 PBMC에 의한 세포독성 매개 세포 용해의 감소, 예를 들어 실시예 17의 검정을 사용하여 측정 시, 참조세포, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 변형되지 않은 세포, 또는 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP를 수용한 수용세포, 또는 중간엽줄기세포와 비교하여, 세포 용해의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 감소를 나타낸다. 구현예에서, 원천세포는 외인성 HLA-G를 발현한다.
일부 구현예에서, 원천세포 또는 수용세포는 참조세포, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 변형되지 않은 세포, 또는 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP를 수용한 수용세포와 비교하여, NK 매개 세포 용해의 감소, 예를 들어 NK 매개 세포 용해의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 감소를 나타내며, 여기서 NK 매개 세포 용해는, 예를 들어 실시예 18의 검정을 사용하여 크롬 방출 검정 또는 유로퓸 방출 검정에 의해 시험관내에서 검정된다.
일부 구현예에서, 원천세포 또는 수용세포는 참조세포, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 변형되지 않은 세포, 또는 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP를 수용한 수용세포와 비교하여, CD8+ T세포 매개 세포 용해의 감소, 예를 들어 CD8+ T세포 매개 세포 용해의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 감소를 나타내며, 여기서 CD8+ T세포 매개 세포 용해는 실시예 19의 검정을 사용하여 시험관내에서 검정된다.
일부 구현예에서, 원천세포 또는 수용세포는 참조세포, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 변형되지 않은 세포, 또는 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP를 수용한 수용세포와 비교하여, CD4+ T세포 증식 및/또는 활성화의 감소, 예를 들어 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 감소를 나타내며, 여기서 CD4+ T세포 증식은 시험관내에서 검정된다(예를 들어, 변형되거나 변형되지 않은 포유류 원천세포와, CD4+T세포의 CD3/CD28 Dynabead를 이용한 공동배양 검정).
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 T세포 IFN-감마 분비의 감소, 예를 들어 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, T세포 IFN-감마 분비의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 감소를 야기하며, 여기서 T세포 IFN-감마 분비는, 예를 들어 IFN-감마 ELISPOT에 의해 시험관내에서 검정된다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 면역원성 사이토카인 분비의 감소, 예를 들어 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 면역원성 사이토카인 분비의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 감소를 야기하며, 여기서 면역원성 사이토카인 분비는 ELISA 또는 ELISPOT를 사용하여 시험관내에서 검정된다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 면역억제성 사이토카인 분비의 증가, 예를 들어 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 세포로부터의 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 면역억제성 사이토카인 분비의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 증가를 유도하며, 여기서 면역억제성 사이토카인 분비는 ELISA 또는 ELISPOT를 사용하여 시험관내에서 검정된다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 HLA-G 또는 HLA-E의 발현 증가, 예를 들어 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, HLA-G 또는 HLA-E의 발현의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 증가를 나타내며, 여기서 HLA-G 또는 HLA-E의 발현은 유세포분석, 예를 들어 FACS를 사용하여 시험관내에서 검정된다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는, 예를 들어 변형되지 않은 세포와 비교하여 HLA-G 또는 HLA-E의 발현이 증가하도록, 예를 들어 HLA-G 또는 HLA-E의 발현이 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상 증가하도록 변형된 원천세포에서 유도되며, 여기서 HLA-G 또는 HLA-E의 발현은 유세포분석, 예를 들어 FACS를 사용하여 시험관내에서 검정된다. 일부 구현예에서, HLA-G의 발현이 증가하도록 변형된 세포에서 유도된 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 감소된 면역원성을 나타낸다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 T세포 저해제 리간드(예를 들어 CTLA4, PD1, PD-L1)의 발현 증가, 예를 들어 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, T세포 저해제 리간드 발현의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 증가를 나타내거나 이를 야기하며, 여기서 T세포 저해제 리간드의 발현은 유세포분석, 예를 들어 FACS를 사용하여 시험관내에서 검정된다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 공동자극 리간드의 발현의 감소, 예를 들어 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포와 달리 유사한 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, 공동자극 리간드 발현의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 감소를 나타내며, 여기서 공동자극 리간드의 발현은 유세포분석, 예를 들어 FACS를 사용하여 시험관내에서 검정된다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 MHC 클래스 I 또는 MHC 클래스 II의 발현 감소, 예를 들어 참조 레트로바이러스 벡터 또는 VLP, 예를 들어 원천세포 또는 HeLa 세포와 달리 유사한 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 비교하여, MHC 클래스 I 또는 MHC 클래스 II의 발현의 1%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상의 감소를 나타내며, 여기서 MHC 클래스 I 또는 MHC 클래스 II의 발현은 유세포분석, 예를 들어 FACS를 사용하여 시험관내에서 검정된다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP는 실질적으로 비면역원성인 세포 공급원, 예를 들어 포유류 세포 공급원에서 유도된다. 일부 구현예에서, 면역원성은, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같이 정량화될 수 있다. 일부 구현예에서, 포유류 세포 공급원은 하기 특징 중 어느 하나, 또는 전부 또는 이들의 조합을 포함한다:
a. 원천세포는 자가 세포 공급원에서 수득되며; 예를 들어 레트로바이러스 벡터 또는 VLP를 받게 되는, 예를 들어 투여받게 되는 수용체에서 수득된 세포임;
b. 원천세포는 수용체, 예를 들어 레트로바이러스 벡터 또는 VLP를 받게 되는, 예를 들어 투여받게 되는 본원에 기재된 수용체와 일치하는, 예를 들어 유사한 성별의 동종이계 세포 공급원에서 수득됨;
c. 원천세포는, 예를 들어 하나 이상의 대립유전자에서 수용체의 HLA와 일치하는 HLA인 동종이계 세포 공급원에서 수득됨;
d. 원천세포는 HLA 동형접합체인 동종이계 세포 공급원에서 수득됨;
e. 원천세포는 MHC 클래스 I 및 II가 결여된(또는 참조세포와 비교하여 감소된 수준을 나타내는) 동종이계 세포 공급원에서 수득됨; 또는
f. 원천세포는, 비제한적으로, 줄기세포, 중간엽줄기세포, 유도된 다능성줄기세포, 배아줄기세포, 세르톨리세포 또는 망막색소상피세포를 포함하는, 실질적으로 비면역원성으로 공지된 세포 공급원에서 수득됨.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP를 투여받게 되는 대상은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 반응성인 기존 항체(예를 들어, IgG 또는 IgM)를 갖고 있거나, 이를 갖는 것으로 공지되어 있거나, 또는 이에 대하여 시험된다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP를 투여받게 되는 대상은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 반응성인 기존 항체를 검출 가능한 수준으로 갖고 있지 않다. 항체에 대한 시험은, 예를 들어 실시예 13에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP를 받은 대상은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 반응성인 항체(예를 들어, IgG 또는 IgM)를 갖고 있거나, 이를 갖는 것으로 공지되어 있거나, 또는 이에 대하여 시험된다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 또는 VLP를 (예를 들어, 적어도 1회, 2회, 3회, 4회, 5회 또는 그 이상) 받은 대상은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP와 반응하는 항체를 검출 가능한 수준으로 갖고 있지 않다. 일부 구현예에서, 항체의 수준은 레트로바이러스 벡터 또는 VLP의 첫 번째 투여 전인 첫 번째 시점과 레트로바이러스 벡터 또는 VLP의 1회 이상의 투여 후인 두 번째 시점의 두 가지 시점 사이에서 1%, 2%, 5%, 10%, 20% 또는 50% 초과로 상승하지 않는다. 항체에 대한 시험은, 예를 들어 실시예 14에 기재되어 있다.
VI. 외인성 작용제
일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은 외인성 작용제를 함유한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은 외인성 작용제를 인코딩하는 핵산을 함유한다.
A. 외인성 단백질 작용제
일부 구현예에서, 외인성 작용제는 시토졸 단백질, 예를 들어 수용세포에서 생성되고 수용세포 세포질에 위치하는 단백질을 포함한다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 분비된 단백질, 예를 들어 수용세포에 의해 생성되고 분비되는 단백질을 포함한다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 핵 단백질, 예를 들어 수용세포에서 생성되고 수용세포의 핵에 도입되는 단백질을 포함한다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 세포소기관 단백질(예를 들어, 미토콘드리아 단백질), 예를 들어 수용세포에서 생성되고 수용세포의 세포소기관(예를 들어, 미토콘드리아) 내에 도입되는 단백질을 포함한다. 일부 구현예에서, 단백질은 야생형 단백질 또는 돌연변이 단백질이다. 일부 구현예에서, 단백질은 융합 또는 키메라 단백질이다.
일부 구현예에서, 외인성 작용제는 SYNE1, SETX, FMR1, SLC6A8, UBE3A, SOD1, TDP43, C9orf72, FXN, MECP2, ASPA, ALDH7A1, TPP1, FUCA1, GALC, HEXA, HEXB, MANBA, ARSA, GNPTAB 또는 MCOLN1 중에서 선택되는 유전자에 의해 인코딩된다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 중의 유전자에 의해 인코딩된다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 SYNE1, SETX, FMR1, SLC6A8, UBE3A, SOD1, TDP43, C9orf72, FXN, MECP2, ASPA 또는 ALDH7A1 중에서 선택되는 유전자에 의해 인코딩된다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 TPP1, FUCA1, GALC, HEXA, HEXB, MANBA, ARSA, GNPTAB 또는 MCOLN1 중에서 선택되는 유전자에 의해 인코딩된다.
일부 구현예에서, 외인성 작용제는 하기 표 5의 단백질을 포함한다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 표 5의 임의의 단백질의 야생형 인간 서열, 이의 기능성 단편(예를 들어, 이의 효소적으로 활성인 단편) 또는 이의 기능성 변이체를 포함한다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 표 5의 아미노산 서열, 예를 들어 표 5의 컬럼 2의 Uniprot 단백질 수탁번호 서열 또는 표 5의 컬럼 3의 아미노산 서열과 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 페이로드 유전자는 표 5의 아미노산 서열과 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩한다.
일부 구현예에서, 표적세포는, 예를 들어 외인성 작용제가 SYNE1인 경우, 예를 들어 척수소뇌성 운동실조증, 상염색체 열성 1형의 치료를 위한 소뇌의 세포이다. 일부 구현예에서, 표적세포는, 예를 들어 외인성 작용제가 SETX인 경우, 예를 들어 안구운동실행증 동반 운동실조증 2형의 치료를 위한 뇌, 척수 및/또는 근육의 세포이다. 일부 구현예에서, 표적세포는, 예를 들어 외인성 작용제가 FMR1인 경우, 예를 들어 취약X증후군의 치료를 위한 뉴런 또는 별아교세포이다. 일부 구현예에서, 표적세포는, 예를 들어 외인성 작용제가 SOD1, TDP43 또는 C9orf72인 경우, 예를 들어 근위축성 측삭경화증의 치료를 위한 운동 뉴런이다. 일부 구현예에서, 표적세포는, 예를 들어 외인성 작용제가 FXN인 경우, 예를 들어 프리드리히 운동실조증의 치료를 위한 신경계, 심장, 간 및/또는 골격근의 세포이다. 일부 구현예에서, 표적세포는, 예를 들어 외인성 작용제가 MECP2인 경우, 예를 들어 레트증후군의 치료를 위한 뇌의 뉴런이다. 일부 구현예에서, 표적세포는, 예를 들어 외인성 작용제가 ASPA인 경우, 예를 들어 카나반병의 치료를 위한 회소돌기아교세포 또는 뉴런이다.
일부 구현예에서, 외인성 작용제는 하기 표 6의 단백질을 포함한다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 표 6의 임의의 단백질의 야생형 인간 서열, 이의 기능성 단편(예를 들어, 이의 효소적으로 활성인 단편) 또는 이의 기능성 변이체를 포함한다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제는 표 6의 아미노산 서열, 예를 들어 표 6의 컬럼 2의 Uniprot 단백질 수탁번호 서열 또는 표 6의 컬럼 3의 아미노산 서열과 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 페이로드 유전자는 표 6의 아미노산 서열과 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 인코딩한다.
일부 구현예에서, 표적세포는, 예를 들어 외인성 작용제가 GALC인 경우, 예를 들어 크라베병의 치료를 위한 회소돌기아교세포이다. 일부 구현예에서, 표적세포는, 예를 들어 외인성 작용제가 HEXA인 경우, 예를 들어 테이-삭스병의 치료를 위한 뉴런이다. 일부 구현예에서, 표적세포는, 예를 들어 외인성 작용제가 HEXB인 경우 예를 들어 샌드호프병의 치료를 위한 뉴런이다.
일부 구현예에서, 단백질 작용제는 응고 인자 이외의 것, 예를 들어 인자 VII 또는 인자 IX 이외의 것이다. 일부 구현예에서, 단백질 작용제는 리포터 단백질, 예를 들어 형광 단백질, 예를 들어 GFP 또는 루시퍼라아제 이외의 것이다. 일부 구현예에서, 단백질 작용제는 세포 표면 수용체, NGF 수용체, 갈락토세레브로시다아제(galactocerebrosidase), gp91 phox, IFN-알파, TK, GCV, 자가면역 항원, 사이토카인, 혈관형성 저해제 또는 항암제, 또는 이의 단편 또는 변이체 이외의 것이다.
VII. 절연인자 요소
일부 구현예에서, 푸소좀, 레트로바이러스 또는 렌티바이러스 벡터, 또는 VLP는 하나 이상의 절연인자 요소, 예를 들어 본원에 기재된 절연인자 요소를 추가로 포함한다. 절연인자 요소는 게놈 DNA에 존재하는 시스-작용 요소에 의해 매개되어, 전달된 서열의 탈조절된 발현(예를 들어, 위치 효과; 예를 들어 문헌[Burgess- Beusse et al, 2002, Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 99: 16433]; 및 문헌[Zhan et al, 2001, Hum. Genet., 109:471] 참조) 또는 전달된 서열에 인접한 내인성 서열의 탈조절된 발현을 유도할 수 있는 통합 부작용으로부터, 렌티바이러스 발현된 서열, 예를 들어 치료용 폴리펩타이드를 보호하는 데 기여할 수 있다. 일부 구현예에서, 전달 벡터는 3' LTR에 하나 이상의 절연인자 요소를 포함하며, 프로바이러스의 숙주 게놈에의 통합 시, 프로바이러스는 3' LTR의 복제로 인해 5' LTR 및/또는 3' LTR에 하나 이상의 절연인자를 포함한다. 적합한 절연인자에는, 비제한적으로, 닭 β-글로빈 절연인자(문헌[Chung et al, 1993. Cell 74:505]; 문헌[Chung et al, 1997. N4S 94:575]; 문헌[Bell et al., 1999. Cell 98:387](이들은 본원에 참조로서 인용됨) 참조) 또는 닭 HS4와 같은 인간 β-글로빈 유전자좌로부터의 절연인자가 포함된다. 일부 구현예에서, 절연인자는 CCCTC 결합인자(CTCF)에 결합한다. 일부 구현예에서, 절연인자는 장벽 절연인자이다. 일부 구현예에서, 절연인자는 인핸서 차단 절연인자이다. 예를 들어, 문헌[Emery et al., Human Gene Therapy, 2011], 및 문헌[Browning and Trobridge, Biomedicines, 2016](상기 문헌은 모두 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨) 참조.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 핵산의 절연인자는 수용세포에서 유전독성을 감소시킨다. 유전독성은, 예를 들어 문헌[Cesana et al, "Uncovering and dissecting the genotoxicity of self-inactivating lentiviral vectors in vivo" Mol Ther. 2014 Apr;22(4):774-85](doi: 10.1038/mt.2014.3. Epub 2014 Jan 20)에 기재된 바와 같이 측정될 수 있다.
VIII. 표적세포의 푸소좀 함량 평가
본 개시내용은 또한, 일부 양태에서, 대상에서 표적세포의 푸소좀 함량(예를 들어, 표적세포에 대한 푸소좀 융합)을 평가하는 방법으로서, 푸소좀 조성물(예를 들어, 본원에 기재된 푸소좀 조성물)을 받은 대상으로부터 생물학적 샘플을 제공하는 단계, 및 생물학적 샘플 내 표적세포와 본원에 기재된 바와 같은 푸소좀의 융합에 의해 생성된 생물학적 샘플의 하나 이상의 특성을 결정하기 위해 검정을 수행하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 양태에서, 본 개시내용은, 예를 들어 실시예 71에 기재된 바와 같이, 표적세포와의 융합을 측정하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 생물학적 샘플의 하나 이상의 특성을 결정하는 것은, 푸소겐의 존재, 카고 또는 페이로드의 수준, 또는 카고 또는 페이로드와 관련된 활성을 결정하는 것을 포함한다.
일부 양태에서, 본 개시내용은 대상에서 표적세포의 푸소좀 함량(예를 들어, 표적세포에 대한 푸소좀 융합)을 평가하는 방법으로서, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 푸소좀 조성물을 받은 대상으로부터 생물학적 샘플을 제공하는 단계, 및 생물학적 샘플을 푸소겐, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 푸소겐의 존재에 대해 시험하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 예에서, 검출된 푸소겐의 수준은 푸소좀 조성물을 받지 않은 대상으로부터의 상응하는 생물학적 샘플에서 관찰된 것보다 더 크다(예를 들어, 적어도 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 200%, 300%, 400%, 500%, 600%, 700%, 800%, 900%, 1000%, 2000%, 3000%, 4000%, 5000%, 10,000%, 50,000% 또는 100,000% 더 큼). 일부 구현예에서, 대상은 푸소좀 조성물의 투여 전과 동일한 대상이며, 일부 구현예에서, 대상은 상이한 대상이다.
일부 양태에서, 본 개시내용은 대상에서 표적세포의 푸소좀 함량(예를 들어, 표적세포에 대한 푸소좀 융합)을 평가하는 방법으로서, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 푸소좀 조성물을 받은 대상으로부터 생물학적 샘플을 제공하는 단계, 및 생물학적 샘플을, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 푸소좀에 의해 전달된 카고 또는 페이로드의 존재에 대해 시험하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 예에서, 검출된 카고 또는 페이로드의 수준은 푸소좀 조성물을 받지 않은 대상으로부터의 상응하는 생물학적 샘플에서 관찰된 것보다 더 크다 (예를 들어, 적어도 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 200%, 300%, 400%, 500%, 600%, 700%, 800%, 900%, 1000%, 2000%, 3000%, 4000%, 5000%, 10,000%, 50,000% 또는 100,000% 더 큼). 일부 구현예에서, 대상은 푸소좀 조성물의 투여 전과 동일한 대상이며, 일부 구현예에서, 대상은 상이한 대상이다.
일부 양태에서, 본 개시내용은 대상에서 표적세포의 푸소좀 함량(예를 들어, 표적세포에 대한 푸소좀 융합)을 평가하는 방법으로서, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 푸소좀 조성물을 받은 대상으로부터 생물학적 샘플을 제공하는 단계, 및 생물학적 샘플을 푸소좀 조성물과 관련된 활성, 예를 들어 푸소좀 조성물에 의해 전달된 카고 또는 페이로드와 관련된 활성의 변경에 대해 시험하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 예에서, 검출된 활성 수준은 푸소좀 조성물을 받지 않은 대상(예를 들어, 푸소좀 조성물의 투여 전과 동일한 대상)으로부터의 상응하는 생물학적 샘플에 비해, 예를 들어 적어도 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 200%, 300%, 400%, 500%, 600%, 700%, 800%, 900%, 1000%, 2000%, 3000%, 4000%, 5000%, 10,000%, 50,000% 또는 100,000% 증가된다. 일부 예에서, 검출된 활성 수준은 푸소좀 조성물을 받지 않은 대상으로부터의 상응하는 생물학적 샘플에 비해, 예를 들어 적어도 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 200%, 300%, 400%, 500%, 600%, 700%, 800%, 900%, 1000%, 2000%, 3000%, 4000%, 5000%, 10,000%, 50,000% 또는 100,000% 감소된다. 일부 구현예에서, 대상은 푸소좀 조성물의 투여 전과 동일한 대상이며, 일부 구현예에서, 대상은 상이한 대상이다.
하나의 양태에서, 본 개시내용은 대상에서 표적세포의 푸소좀 함량을 평가하는 방법으로서, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 푸소좀 조성물을 받은 대상으로부터 생물학적 샘플을 제공하는 단계, 및 생물학적 샘플에서 융합되지 않은 푸소좀의 수준을 평가하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
대상에서, 수용세포의 형성으로 이어지는, 표적세포의 푸소좀 함량(예를 들어, 표적세포에 대한 푸소좀 융합)을 평가하는 방법의 일부 구현예에서, 상기 방법은 대상으로부터 생물학적 샘플을 채취하는 단계를 추가로 포함한다. 구현예에서, 생물학적 샘플은 하나 이상의 수용세포를 포함한다.
대상에서 표적세포의 푸소좀 함량(예를 들어, 표적세포에 대한 푸소좀 융합)을 평가하는 방법의 일부 구현예에서, 상기 방법은, 예를 들어 원심분리에 의해 생물학적 샘플 내 융합되지 않은 푸소좀으로부터 생물학적 샘플 내 수용세포를 분리하는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은, 예를 들어 원심분리에 의해 생물학적 샘플에서 융합되지 않은 푸소좀에 비해 수용세포를 강화시키는 단계를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은, 예를 들어 FACS에 의해 생물학적 샘플에서 비표적세포에 비해 표적세포를 강화시키는 단계를 추가로 포함한다.
대상에서 표적세포의 푸소좀 함량(예를 들어, 표적세포에 대한 푸소좀 융합)을 평가하는 방법의 일부 구현예에서, 푸소좀 조성물과 관련된 활성은, 대사산물의 존재 또는 수준, 바이오마커(예를 들어, 단백질 수준 또는 번역 후 변형, 예를 들어 인산화 또는 절단)의 존재 또는 수준에서 선택된다.
대상에서 표적세포의 푸소좀 함량(예를 들어, 표적세포에 대한 푸소좀 융합)을 평가하는 방법의 일부 구현예에서, 푸소좀 조성물과 관련된 활성은 면역원성이다. 구현예에서, 표적세포는 CD3+ 세포이고, 생물학적 샘플은 대상에서 채취된 혈액 샘플이다. 구현예에서, 혈액세포를, 예를 들어 염화암모늄 완충 용액을 사용하여 혈액 샘플에서 강화시킨다. 구현예에서, 강화된 혈액세포를 항-CD3 항체(예를 들어, 쥣과 항-CD3-FITC 항체)와 함께 인큐베이션하고, 예를 들어 형광 활성화 세포 분류에 의해 CD3+ 세포를 선별한다. 구현예에서, 세포, 예를 들어 분류된 세포, 예를 들어 CD3+ 세포를, 예를 들어 항-IgM 항체로 염색하여 세포 표면 상의 항체의 존재에 대해 분석한다. 일부 구현예에서, 항체가 참조 수준보다 높은 수준으로 존재하는 경우, 대상은 수용세포에 대한 면역반응을 갖는 것으로 식별된다.
구현예에서, 면역원성은 세포 용해 검정으로 검정된다. 구현예에서, 생물학적 샘플로부터의 수용세포를 다른 세포를 용해시킬 수 있는 면역 이펙터 세포와 함께 인큐베이션한다. 구현예에서, 면역 이펙터 세포는 상기 대상 또는 푸소좀 조성물을 투여받지 않는 대상에서 유래된다. 예를 들어, 구현예에서, 면역원성은 PBMC 세포 용해 검정으로 평가된다. 구현예에서, 생물학적 샘플로부터의 수용세포를 상기 대상으로부터의 말초혈액단핵세포(PBMC) 또는 푸소좀 조성물을 투여받지 않은 대상으로부터의 대조군 PBMC와 함께 인큐베이션한 후, PBMC에 의한 수용세포의 용해에 대해 평가한다. 구현예에서, 면역원성은 자연살해(NK) 세포 용해 검정으로 평가된다. 구현예에서, 수용세포를 상기 대상으로부터의 NK세포 또는 푸소좀 조성물을 투여받지 않은 대상으로부터의 대조군 NK세포와 함께 인큐베이션한 후, NK세포에 의한 수용세포의 용해에 대해 평가한다. 구현예에서, 면역원성은 CD8+ T세포 용해 검정으로 평가된다. 구현예에서, 수용세포를 상기 대상으로부터의 CD8+ T세포 또는 푸소좀 조성물을 투여받지 않은 대상으로부터의 대조군 CD8+ T세포와 함께 인큐베이션한 후, CD8+ T세포에 의한 표적세포의 용해에 대해 평가한다. 일부 구현예에서, 세포 용해가 참조 수준보다 높은 수준으로 일어나는 경우, 대상은 수용세포에 대한 면역반응을 갖는 것으로 식별된다.
일부 구현예에서, 면역원성은, 예를 들어 대식세포에 의한 수용세포의 포식작용으로 검정된다. 구현예에서, 수용세포는 포식작용에 대한 대식세포에 의해 표적화되지 않는다. 구현예에서, 생물학적 샘플은 대상에서 채취된 혈액 샘플이다. 구현예에서, 혈액세포를, 예를 들어 염화암모늄 완충 용액을 사용하여 혈액 샘플에서 강화시킨다. 구현예에서, 강화된 혈액세포를 항-CD3 항체(예를 들어, 쥣과 항-CD3-FITC 항체)와 함께 인큐베이션하고, 예를 들어 형광 활성화 세포 분류에 의해 CD3+ 세포를 선별한다. 구현예에서, 형광 표지된 CD3+ 세포를 대식세포와 함께 인큐베이션한 후, 예를 들어 유세포분석으로 대식세포 내 세포내 형광에 대해 시험한다. 일부 구현예에서, 대식세포 포식작용이 참조 수준보다 높은 수준으로 일어나는 경우, 대상은 수용세포에 대한 면역반응을 갖는 것으로 식별된다.
IX. 푸소좀의 물리적 및 기능적 특징
일부 구현예에서, 푸소좀은 작용제, 예를 들어 단백질, 핵산(예를 들어, mRNA), 세포소기관 또는 대사산물을 표적세포의 시토졸에 전달할 수 있다(예를 들어, 전달한다). 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 작용제를 표적세포의 시토졸에 전달하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 작용제는 표적세포에 존재하지 않거나, 표적세포에서 돌연변이되거나, 또는 표적세포에서 야생형에 비해 낮은 수준으로 존재하는 단백질(또는 단백질을 인코딩하는 핵산, 예를 들어 단백질을 인코딩하는 mRNA)이다. 일부 구현예에서, 표적세포는 유전자 질환, 예를 들어 단일유전자 질환, 예를 들어 단일유전자 세포내 단백질 질환을 앓고 있는 대상에서 유래된다. 일부 구현예에서, 작용제는 전사인자, 예를 들어 외인성 전사인자 또는 내인성 전사인자를 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 하나 이상(예를 들어, 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개 또는 50개)의 추가 전사인자, 예를 들어 외인성 전사인자, 내인성 전사인자 또는 이들의 조합을 추가로 포함하거나, 상기 방법은 하나 이상(예를 들어, 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개 또는 50개)의 추가 전사인자, 예를 들어 외인성 전사인자, 내인성 전사인자 또는 이들의 조합을 전달하는 것을 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 복수의 작용제(예를 들어, 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개 또는 50개의 작용제)를 포함하고(예를 들어, 이를 표적세포에 전달할 수 있음), 여기서 복수의 작용제는 각각 표적세포에서의 경로의 단계에서 작용하며, 예를 들어 여기서 경로는 생합성 경로, 이화작용 경로 또는 신호전달 캐스케이드이다. 구현예에서, 복수의 작용제는 각각 상기 경로를 상향조절하거나 상기 경로를 하향조절한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 상기 경로의 단계에서 작용하지 않는, 예를 들어 제2 경로의 단계에서 작용하는 하나 이상의 추가 작용제를 추가로 포함하거나(예를 들어, 제2 복수의 작용제를 포함함), 상기 방법은 상기 경로의 단계에서 작용하지 않는, 예를 들어 제2 경로의 단계에서 작용하는 하나 이상의 추가 작용제를 전달하는 것을 추가로 포함한다(예를 들어, 제2 복수의 작용제를 전달하는 것을 포함함). 일부 구현예에서, 푸소좀은 복수의 작용제(예를 들어, 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개 또는 50개의 작용제)를 포함하거나(예를 들어, 이를 표적세포에 전달할 수 있음), 상기 방법은 복수의 작용제(예를 들어, 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개 또는 50개의 작용제)를 전달하는 것을 추가로 포함하고, 여기서 복수의 작용제는 단일 경로의 일부이며, 예를 들어 여기서 경로는 생합성 경로, 이화작용 경로 또는 신호전달 캐스케이드이다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 단일 경로의 일부가 아닌, 예를 들어 제2 경로의 일부인 하나 이상의 추가 작용제를 추가로 포함하거나(예를 들어, 제2 복수의 작용제를 포함함), 상기 방법은 단일 경로의 일부가 아닌, 예를 들어 제2 경로의 일부인 하나 이상의 추가 작용제를 전달하는 것을 추가로 포함한다(예를 들어, 제2 복수의 작용제를 전달하는 것을 포함함).
일부 구현예에서, 표적세포는 응집되거나 잘못폴딩된 단백질을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 표적세포에서 응집되거나 잘못폴딩된 단백질의 수준을 감소시킬 수 있거나(예를 들어, 이의 수준을 감소시킴), 본원의 방법은 표적세포에서 응집되거나 잘못폴딩된 단백질의 수준을 감소시키는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 작용제는 전사인자, 효소(예를 들어, 핵 효소 또는 시토졸 효소), DNA에 대한 서열 특이적 변형을 매개하는 시약(예를 들어, Cas9, ZFN 또는 TALEN), mRNA(예를 들어, 세포내 단백질을 인코딩하는 mRNA), 세포소기관 또는 대사산물에서 선택된다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 작용제, 예를 들어 단백질을 표적세포의 세포막에 전달할 수 있다(예를 들어, 전달한다). 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 작용제를 표적세포의 세포막에 전달하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 단백질을 전달하는 것은, 표적세포가 단백질을 생성하고 이를 막에 국소화시키도록, 단백질을 인코딩하는 핵산(예를 들어, mRNA)을 표적세포에 전달하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 단백질을 포함하거나, 상기 방법은 단백질을 전달하는 것을 추가로 포함하며, 푸소좀과 표적세포의 융합은 단백질을 표적세포의 세포막에 전달한다. 일부 구현예에서, 작용제는 세포 표면 수용체에 결합하는 세포 표면 리간드 또는 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 세포 표면 수용체에 결합하는 제2 세포 표면 리간드 또는 항체를 포함하거나 인코딩하고, 선택적으로 세포 표면 수용체에 결합하는 하나 이상(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개, 50개 또는 그 이상)의 추가 세포 표면 리간드 또는 항체를 추가로 포함하거나 인코딩하는 제2 작용제를 추가로 포함하거나, 상기 방법은, 세포 표면 수용체에 결합하는 제2 세포 표면 리간드 또는 항체를 포함하거나 인코딩하고, 선택적으로 세포 표면 수용체에 결합하는 하나 이상(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개, 50개 또는 그 이상)의 추가 세포 표면 리간드 또는 항체를 추가로 포함하거나 인코딩하는 제2 작용제를 전달하는 것을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 작용제와 제2 작용제는 복합체를 형성하며, 선택적으로 복합체는 하나 이상의 추가 세포 표면 리간드를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 작용제는 세포 표면 수용체, 예를 들어 외인성 세포 표면 수용체를 포함하거나 인코딩한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 제2 세포 표면 수용체를 포함하거나 인코딩하고, 선택적으로 하나 이상의 추가 세포 표면 수용체(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개, 50개 또는 그 이상의 추가 세포 표면 수용체)를 추가로 포함하거나 인코딩하는 제2 작용제를 추가로 포함하거나, 상기 방법은 제2 세포 표면 수용체를 포함하거나 인코딩하고, 선택적으로 하나 이상의 추가 세포 표면 수용체(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개, 50개 또는 그 이상의 추가 세포 표면 수용체)를 추가로 포함하거나 인코딩하는 제2 작용제를 전달하는 것을 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 제1 작용제와 제2 작용제는 복합체를 형성하며, 선택적으로 복합체는 하나 이상의 추가 세포 표면 수용체를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 작용제는 항원 또는 항원제시 단백질을 포함하거나 인코딩한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 단백질을 인코딩하는 핵산(예를 들어, mRNA)을 표적세포가 단백질을 생성하고 분비하도록 하는 조건 하에서 표적세포에 전달함으로써, 분비된 작용제, 예를 들어 분비된 단백질을 표적 부위(예를 들어, 세포외 영역)에 전달할 수 있다(예를 들어, 전달한다). 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 본원에 기재된 바와 같은 분비된 작용제를 전달하는 것을 포함한다. 구현예에서, 분비된 단백질은 내인성 또는 외인성이다. 구현예에서, 분비된 단백질은 단백질 치료제, 예를 들어 항체 분자, 사이토카인 또는 효소를 포함한다. 구현예에서, 분비된 단백질은 오토그린 신호전달 분자 또는 파라그린 신호전달 분자를 포함한다. 구현예에서, 분비된 작용제는 분비성 과립을 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은, 전사인자 또는 mRNA, 또는 복수의 상기 작용제에서 선택되는 작용제를 전달함으로써, 표적세포(예를 들어, 면역세포)를 재프로그래밍할 수 있다(예를 들어, 재프로그래밍한다). 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 표적세포를 재프로그래밍하는 것을 포함한다. 구현예에서, 재프로그래밍은 췌장 내분비 세포가 췌장 베타 세포의 하나 이상의 특징을 취하도록 유도하거나, 비(非)도파민성 뉴런이 도파민성 뉴런의 하나 이상의 특징을 취하도록 유도하거나, 또는 소진된 T세포가 비(非)소진된 T세포, 예를 들어 킬러 T세포의 하나 이상의 특징을 취하도록 유도하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 작용제는 항원을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 항원을 포함하는 제1 작용제와, 항원제시 단백질을 포함하는 제2 작용제를 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 하나 이상의 세포 표면 수용체를 표적세포(예를 들어, 면역세포)에 공여할 수 있다(예를 들어, 공여한다). 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 하나 이상의 세포 표면 수용체를 공여하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 표적 종양세포를 변형시킬 수 있으며, 예를 들어 변형시킨다. 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 표적 종양세포를 변형시키는 것을 포함한다. 구현예에서, 푸소좀은 면역자극 리간드, 항원제시 단백질, 종양억제 단백질 또는 세포자멸유도 단백질을 인코딩하는 mRNA를 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 표적세포에서 면역억제 리간드, 유사분열 신호 또는 성장인자의 수준을 감소시킬 수 있는 miRNA를 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 면역조절성이며, 예를 들어 면역자극성인 작용제를 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 표적세포가 항원을 제시하도록 야기할 수 있다(예를 들어, 야기한다). 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 표적세포에 항원을 제시하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 표적조직에서 재생을 촉진시킨다. 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 표적조직에서 재생을 촉진시키는 것을 포함한다. 구현예에서, 표적세포는 심장세포, 예를 들어 심근세포(예를 들어, 정지성 심근세포), 간모세포(예를 들어, 담관 간모세포), 상피세포, 나이브 T세포, 대식세포(예를 들어, 종양침윤성 대식세포) 또는 섬유아세포(예를 들어, 심장 섬유아세포)이다. 구현예에서, 원천세포는 T세포(예를 들어, Treg), 대식세포 또는 심장 근세포이다.
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 유전자 치료를 위해 표적세포의 게놈을 안정적으로 변형시키기 위해, 핵산을 표적세포에 전달할 수 있다(예를 들어, 전달한다). 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 핵산을 표적세포에 전달하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 표적세포는 효소 결핍을 가지며, 예를 들어 효소의 감소된 활성(예를 들어, 활성이 없음)을 유도하는 효소의 돌연변이를 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 표적세포에서 DNA에 대한 서열 특이적 변형을 매개하는 시약(예를 들어, Cas9, ZFN 또는 TALEN)을 전달할 수 있다(예를 들어, 전달한다). 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 시약을 표적세포에 전달하는 것을 포함한다. 구현예에서, 표적세포는 CNS세포이다.
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 표적세포에서 유전자 발현을 일시적으로 변형시키기 위해, 핵산을 표적세포에 전달할 수 있다(예를 들어, 전달한다).
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 단백질 결핍을 일시적으로 구제하기 위해, 단백질을 표적세포에 전달할 수 있다(예를 들어, 전달한다). 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 단백질을 표적세포에 전달하는 것을 포함한다. 구현예에서, 단백질은 막단백질(예를 들어, 막 수송 단백질), 세포질 단백질(예를 들어, 효소) 또는 분비된 단백질(예를 들어, 면역억제 단백질)이다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 세포소기관을 표적세포에 전달할 수 있으며(예를 들어, 전달하며), 예를 들어 표적세포는 결함이 있는 세포소기관 네트워크를 갖는다. 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 세포소기관을 표적세포에 전달하는 것을 포함한다. 구현예에서, 원천세포는 간세포, 골격근세포 또는 뉴런이다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 핵을 표적세포에 전달할 수 있으며(예를 들어, 전달하며), 예를 들어 표적세포는 유전자 돌연변이를 갖는다. 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 핵을 표적세포에 전달하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 핵은 자가조직이고, 표적세포에 비해 하나 이상의 유전자 변경을 포함하며, 예를 들어 이는 DNA에 대한 서열 특이적 변형(예를 들어, Cas9, ZFN 또는 TALEN), 인공 염색체, 게놈에 통합된 추가 유전자 서열, 결실, 또는 이들의 임의의 조합을 포함한다. 구현예에서, 자가 핵의 공급원은 줄기세포, 예를 들어 조혈줄기세포이다. 구현예에서, 표적세포는 근육세포(예를 들어, 골격근세포 또는 심근세포), 간세포 또는 뉴런이다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 세포내 분자 전달이 가능하며, 예를 들어 단백질 작용제를 표적세포에 전달한다. 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 분자를 표적세포의 세포내 영역에 전달하는 것을 포함한다. 구현예에서, 단백질 작용제는 저해제이다. 구현예에서, 단백질 작용제는 나노바디, scFv, 낙타 항체, 펩타이드, 거대고리 또는 소분자를 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 표적세포가 단백질, 예를 들어 치료용 단백질을 분비하도록 야기할 수 있다(예를 들어, 야기한다). 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 표적세포가 단백질을 분비하게 하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 작용제, 예를 들어 단백질을 분비할 수 있다(예를 들어, 분비한다). 일부 구현예에서, 작용제, 예를 들어 분비된 작용제는 대상의 표적 부위에 전달된다. 일부 구현예에서, 작용제는 재조합적으로 제조될 수 없거나 재조합적으로 제조하기 어려운 단백질이다. 일부 구현예에서, 단백질을 분비하는 푸소좀은 MSC 또는 연골세포에서 선택되는 원천세포에서 유래된다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 이의 막에 하나 이상의 세포 표면 리간드(예를 들어, 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개, 50개 또는 그 이상의 세포 표면 리간드)를 포함한다. 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 하나 이상의 세포 표면 리간드를 표적세포에 제시하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 세포 표면 리간드를 갖는 푸소좀은 호중구(예를 들어, 표적세포는 종양침윤림프구임), 수지상세포(예를 들어, 표적세포는 나이브 T세포임) 또는 호중구(예를 들어, 표적은 종양세포 또는 바이러스 감염된 세포임)에서 선택되는 원천세포에서 유래된다. 일부 구현예에서 푸소좀은 막 복합체, 예를 들어 적어도 2개, 3개, 4개 또는 5개의 단백질, 예를 들어 동종이량체, 이종이량체, 동종삼량체, 이종삼량체, 동종사량체 또는 이종사량체를 포함하는 복합체를 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 항체, 예를 들어 독성 항체를 포함하고, 예를 들어 푸소좀은, 예를 들어 표적 부위로 귀소함으로써 항체를 표적 부위에 전달할 수 있다. 일부 구현예에서, 원천세포는 NK세포 또는 호중구이다.
일부 구현예에서, 본원의 방법은 표적세포의 표면 상의 표적세포 또는 리간드 제시로부터 단백질의 분비를 야기하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 표적세포의 세포 사멸을 야기할 수 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 NK 원천세포에서 유래된다.
일부 구현예에서, 푸소좀 또는 표적세포는 (예를 들어, 병원체의) 포식작용을 할 수 있다. 유사하게, 일부 구현예에서, 본원의 방법은 포식작용을 야기하는 것을 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 이의 주위 환경을 감지하고, 이에 반응한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 대사산물, 인터류킨 또는 항원의 수준을 감지할 수 있다.
구현예에서, 푸소좀은 화학주성, 혈관외유출 또는 하나 이상의 대사활동이 가능하다. 구현예에서, 대사활성은 키뉴리닌(kyneurinine), 글루코오스신합성, 프로스타글란딘 지방산 산화, 아데노신 대사, 요소 회로 및 발열성 호흡에서 선택된다. 일부 구현예에서, 원천세포는 호중구이고, 푸소좀은 상처 부위로 귀소할 수 있다. 일부 구현예에서, 원천세포는 대식세포이고, 푸소좀은 포식작용을 할 수 있다. 일부 구현예에서, 원천세포은 갈색지방조직이고, 푸소좀은 지방분해가 가능하다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 복수의 작용제(예를 들어, 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개 또는 50개의 작용제)를 포함한다(예를 들어, 이를 표적세포에 전달할 수 있음). 구현예에서, 푸소좀은 저해 핵산(예를 들어, siRNA 또는 miRNA) 및 mRNA를 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 막단백질 또는 막단백질을 인코딩하는 핵산을 포함한다(예를 들어, 이를 표적세포에 전달할 수 있음). 구현예에서, 푸소좀은 표적세포를 재프로그래밍하거나 전환분화시킬 수 있고, 예를 들어 푸소좀은 표적세포의 재프로그래밍 또는 전환분화를 유도하는 하나 이상의 작용제를 포함한다.
일부 구현예에서, 대상은 재생을 필요로 한다. 일부 구현예에서, 대상은 암, 자가면역질환, 감염성 질환, 대사질환, 신경변성질환 또는 유전자질환(예를 들어, 효소 결핍)으로 고통을 받고 있다.
일부 구현예(예를 들어, 카고의 비세포내이입 전달을 검정하기 위한 구현예)에서, 카고 전달은 하기 단계 중 하나 이상(예를 들어, 전부)을 사용하여 검정된다: (a) 30,000개의 HEK-293T 표적세포를 100 nM 바필로마이신 A1이 포함된 96-웰 플레이트의 첫 번째 웰에 위치시키고, 유사한 수의 유사한 세포를 바필로마이신 A1이 결여된 96-웰 플레이트의 두 번째 웰에 위치시키는 단계, (b) 표적세포를 DMEM 배지에서 37℃ 및 5% CO2에서 4시간 동안 배양하는 단계, (c) 표적세포를 카고를 포함하는 푸소좀 10 ug과 접촉시키는 단계, (d) 표적세포와 푸소좀을 37℃ 및 5% CO2에서 24시간 동안 인큐베이션하는 단계, 및 (e) 카고를 포함하는 첫 번째 웰과 두 번째 웰에서 세포의 백분율을 결정하는 단계. 단계 (e)는, 현미경을 사용하여, 예를 들어 면역형광을 사용하여 카고를 검출하는 것을 포함할 수 있다. 단계 (e)는, 카고를 간접적으로 검출하는 것, 예를 들어 카고의 다운스트림 효과, 예를 들어 리포터 단백질의 존재를 검출하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 단계 (a) 내지 단계 (e) 중 하나 이상은 실시예 80에 기재된 바와 같이 수행된다.
일부 구현예에서, 세포내이입 저해제(예를 들어, 클로로퀸 또는 바필로마이신 A1)는 엔도좀 산성화를 저해한다. 일부 구현예에서, 카고 전달은 리소좀 산성화와 독립적이다. 일부 구현예에서, 세포내이입 저해제(예를 들어, Dynasore)는 디나민을 저해한다. 일부 구현예에서, 카고 전달은 디나민 활성과 독립적이다.
일부 구현예(예를 들어, 표적세포 대 비표적세포로의 카고의 특이적 전달에 대한 구현예)에서, 카고 전달은 하기 단계 중 하나 이상(예를 들어, 전부)을 사용하여 검정된다: (a) CD8a와 CD8b를 과발현하는 30,000개의 HEK-293T 표적세포를 96-웰 플레이트의 첫 번째 웰에 위치시키고, CD8a와 CD8b를 과발현하지 않는 30,000 HEK-293T 비표적세포를 96-웰 플레이트의 두 번째 웰에 위치시키는 단계, (b) 세포를 DMEM 배지에서 37℃ 및 5% CO2에서 4시간 동안 배양하는 단계, (c) 표적세포를 카고를 포함하는 푸소좀 10 ug과 접촉시키는 단계, (d) 표적세포와 푸소좀을 37℃ 및 5% CO2에서 24시간 동안 인큐베이션하는 단계, 및 (e) 카고를 포함하는 첫 번째 웰과 두 번째 웰에서 세포의 백분율을 결정하는 단계. 단계 (e)는, 현미경을 사용하여, 예를 들어 면역형광을 사용하여 카고를 검출하는 것을 포함할 수 있다. 단계 (e)는, 카고를 간접적으로 검출하는 것, 예를 들어 카고의 다운스트림 효과, 예를 들어 리포터 단백질의 존재를 검출하는 것을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 단계 (a) 내지 단계 (e) 중 하나 이상은 실시예 71에 기재된 바와 같이 수행된다.
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 42의 검정에 따라 측정 시, 비표적세포보다 표적세포와 더 높은 비율로, 예를 들어 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배, 20배, 50배 또는 100배 더 높은 비율로 융합한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 42의 검정에 따라 측정 시, 다른 푸소좀보다 표적세포와 더 높은 비율로, 예를 들어 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 더 높은 비율로 융합한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 42의 검정에 따라 측정 시, 푸소좀 내 작용제가 24시간, 48시간 또는 72시간 후 표적세포의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%에 전달되도록 하는 비율로 표적세포와 융합한다. 구현예에서, 표적화된 융합의 양은, 예를 들어 실시예 42의 검정에 따라 측정 시, 약 30% 내지 70%, 35% 내지 65%, 40% 내지 60%, 45% 내지 55% 또는 45% 내지 50%, 예를 들어 약 48.8%이다. 구현예에서, 표적화된 융합의 양은, 예를 들어 실시예 43의 검정에 따라 측정 시, 약 20% 내지 40%, 25% 내지 35% 또는 30% 내지 35%, 예를 들어 약 32.2%이다.
일부 구현예에서, 푸소겐은, 예를 들어 실시예 26의 검정에 따라 측정 시, 최소 또는 최대 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 카피 수로 존재한다. 일부 구현예에서, 푸소좀으로 구성된 푸소겐의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%는 세포막에 배치되어 있다. 구현예에서, 푸소좀은 또한 내부적으로, 예를 들어 세포질 또는 세포소기관에 푸소겐을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소겐은, 실시예 94에 기재된 방법 및/또는 질량분석법 검정에 따라 결정 시, 푸소좀 내 총 단백질의 약 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4%, 0.5%, 0.6%, 0.7%, 0.8%, 0.9%, 1%, 5%, 10%, 11%, 12%, 13%, 14%, 15%, 20% 또는 그 이상, 또는 약 1 내지 30%, 5 내지 20%, 10 내지 15%, 12 내지 15%, 13 내지 14% 또는 13.6%를 차지한다(또는 차지하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소겐은 푸소좀 내 총 단백질의 약 13.6%를 차지한다(또는 차지하는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소겐은, 예를 들어 실시예 94에 기재된 방법에 따라 결정 시, 하나 이상 추가 관심 단백질보다 다소 풍부하다(또는 풍부한 것으로 확인된다). 일 구현예에서, 푸소겐은 약 140, 145, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157(예를 들어, 156.9), 158, 159, 160, 165 또는 170의 EGFP에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 또 다른 구현예에서, 푸소겐은, 예를 들어 질량분석법 검정에 따라 측정 시, 약 2700, 2800, 2900, 2910(예를 들어, 2912), 2920, 2930, 2940, 2950, 2960, 2970, 2980, 2990 또는 3000, 또는 약 1000 내지 5000, 2000 내지 4000, 2500 내지 3500, 2900 내지 2930, 2910 내지 2915, 또는 2912.0의 CD63에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 일 구현예에서, 푸소겐은 약 600, 610, 620, 630, 640, 650, 660(예를 들어, 664.9), 670, 680, 690 또는 700의 ARRDC1에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 또 다른 구현예에서, 푸소겐은 약 50, 55, 60, 65, 70(예를 들어, 69), 75, 80 또는 85, 또는 약 1% 내지 30%, 5% 내지 20%, 10% 내지 15%, 12% 내지 15%, 13% 내지 14% 또는 13.6%의 GAPDH에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 또 다른 구현예에서, 푸소겐은, 예를 들어 질량분석법 검정에 따라 측정 시, 약 500, 510, 520, 530, 540, 550, 560(예를 들어, 558.4), 570, 580, 590 또는 600, 또는 약 300 내지 800, 400 내지 700, 500 내지 600, 520 내지 590, 530 내지 580, 540 내지 570, 550 내지 560, 또는 558.4의 CNX에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다).
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 88의 검정에 따라 측정 시, 최소 또는 최대 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 카피 수로 치료제를 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 88의 검정에 따라 측정 시, 적어도 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 카피 수로 단백질 치료제를 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 적어도 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 카피 수로 핵산 치료제를 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 적어도 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 카피 수로 DNA 치료제를 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 적어도 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 카피 수로 RNA 치료제를 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 적어도 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 카피 수로 외인성 치료제를 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 적어도 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 카피 수로 외인성 단백질 치료제를 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 적어도 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 카피 수로 외인성 핵산(예를 들어, DNA 또는 RNA) 치료제를 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소겐의 카피 수 대 치료제의 카피 수의 비는, 1,000,000:1 내지 100,000:1, 100,000:1 내지 10,000:1, 10,000:1 내지 1,000:1, 1,000:1 내지 100:1, 100:1 내지 50:1, 50:1 내지 20:1, 20:1 내지 10:1, 10:1 내지 5:1, 5:1 내지 2:1, 2:1 내지 1:1, 1:1 내지 1:2, 1:2 내지 1:5, 1:5 내지 1:10, 1:10 내지 1:20, 1:20 내지 1:50, 1:50 내지 1:100, 1:100 내지 1:1,000, 1:1,000 내지 1:10,000, 1:10,000 내지 1:100,000 또는1:100,000 내지 1:1,000,000이다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 적어도 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 치료제를 표적세포에 전달한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 적어도 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 단백질 치료제를 표적세포에 전달한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 적어도 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 핵산 치료제를 표적세포에 전달한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 적어도 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 RNA 치료제를 표적세포에 전달한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 적어도 10개, 50개, 100개, 500개, 1,000개, 2,000개, 5,000개, 10,000개, 20,000개, 50,000개, 100,000개, 200,000개, 500,000개, 1,000,000개, 5,000,000개, 10,000,000개, 50,000,000개, 100,000,000개, 500,000,000개 또는 1,000,000,000개 카피의 DNA 치료제를 표적세포에 전달한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 푸소좀으로 구성된 카고(예를 들어, 치료제, 예를 들어 내인성 치료제 또는 외인성 치료제)의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%를 표적세포에 전달한다. 일부 구현예에서, 표적세포(들)과 융합하는 푸소좀은 표적세포(들)과 융합하는 푸소좀으로 구성된 카고(예를 들어, 치료제, 예를 들어 내인성 치료제 또는 외인성 치료제)의 평균 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%를 표적세포에 전달한다. 일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은 푸소좀 조성물로 구성된 카고(예를 들어, 치료제, 예를 들어 내인성 치료제 또는 외인성 치료제)의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%를 표적조직에 전달한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 푸소좀 내 총 단백질 1 mg당 0.00000001 mg의 푸소겐 내지 1 mg의 푸소겐, 예를 들어 푸소좀 내 총 단백질 1 mg당 0.00000001 mg 내지 0.0000001 mg, 0.0000001 mg 내지 0.000001 mg, 0.000001 mg 내지 0.00001 mg, 0.00001 mg 내지 0.0001 mg, 0.0001 mg 내지 0.001 mg, 0.001 mg 내지 0.01 mg, 0.01 mg 내지 0.1 mg, 또는 0.1 mg 내지 1 mg의 푸소겐을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 푸소좀 내 지질 1 mg당 0.00000001 mg의 푸소겐 내지 5 mg의 푸소겐, 예를 들어 푸소좀 내 지질 1 mg당 0.00000001 mg 내지 0.0000001 mg, 0.0000001 mg 내지 0.000001 mg, 0.000001 mg 내지 0.00001 mg, 0.00001 mg 내지 0.0001 mg, 0.0001 mg 내지 0.001 mg, 0.001 mg 내지 0.01 mg, 0.01 mg 내지 0.1 mg, 0.1 mg 내지 1 mg, 또는 1 mg 내지 5 mg의 푸소겐을 포함한다.
일부 구현예에서, 카고는 단백질 카고이다. 구현예에서, 카고는 내인성 또는 합성 단백질 카고이다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 푸소좀당 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개, 50개, 100개 또는 그 이상의 단백질 카고 분자를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 일 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 88에 기재된 방법에 따라 정량화 시, 푸소좀당 약 100개, 110개, 120개, 130개, 140개, 150개, 160개, 166개, 170개, 180개, 190개 또는 200개의 단백질 작용제 분자를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 내인성 또는 합성 단백질 카고는 푸소좀 내 총 단백질의 약 0.1%, 0.2%, 0.3%, 0.4%, 0.5%, 1%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25% 또는 그 이상을 차지한다(또는 차지하는 것으로 확인된다). 일 구현예에서, 합성 단백질 카고는 푸소좀 내 총 단백질의 약 13.6%를 차지한다(또는 차지하는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 합성 단백질 카고는 약 4 x 10-3, 5 x 10-3, 6 x 10-3(예를 들어, 6.37 x 10-3), 7 x 10-3, 또는 8 x 10-3의 VSV-G에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 합성 단백질 카고는 약 10, 15, 16, 17, 18(예를 들어, 18.6), 19, 20, 25 또는 30, 또는 약 10 내지 30, 15 내지 25, 16 내지 19, 18 내지 19, 또는 18.6의 CD63에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 합성 단백질 카고는 약 2, 3, 4(예를 들어, 4.24), 5, 6 또는 7의 ARRDC1에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 합성 단백질 카고는 약 0.1, 0.2, 0.3, 0.4(예를 들어, 0.44), 0.5, 0.6 또는 0.7의 GAPDH에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 합성 단백질 카고는 약 1, 2, 3(예를 들어, 3.56), 4, 5 또는 6의 CNX에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 합성 단백질 카고는 약 10, 15, 16, 17, 18, 19(예를 들어, 19.52), 20, 21, 22, 23, 24, 25 또는 30의 TSG101에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다).
일부 구현예에서, 푸소겐은, 예를 들어 질량분석법 검정에 따라 측정 시, 푸소좀 내 총 단백질의 적어도 0.5%, 1%, 5%, 10% 또는 그 이상을 차지한다(또는 차지하는 것으로 확인된다). 일 구현예에서, 푸소겐은, 예를 들어 질량분석법 검정에 따라 측정 시, 푸소좀 내 총 단백질의 약 1% 내지 30%, 5% 내지 20%, 10% 내지 15%, 12% 내지 15%, 13% 내지 14% 또는 13.6%를 차지한다(또는 차지하는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소겐은 다른 관심 단백질보다 더 풍부하다. 구현예에서, 푸소겐은, 예를 들어 질량분석법 검정에 따라 측정 시, 약 145 내지 170, 150 내지 165, 155 내지 160, 156.9의 페이로드 단백질, 예를 들어 EGFP에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소겐은, 예를 들어 질량분석법 검정에 따라 측정 시, 약 1000 내지 5000, 2000 내지 4000, 2500 내지 3500, 2900 내지 2930, 2910 내지 2915, 또는 2912.0의 CD63에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소겐은, 예를 들어 질량분석법 검정에 따라 측정 시, 약 300 내지 1000, 400 내지 900, 500 내지 800, 600 내지 700, 640 내지 690, 650 내지 680, 660 내지 670, 또는 664.9의 ARRDC1에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소겐은, 예를 들어 질량분석법 검정에 따라 측정 시, 약 20 내지 120, 40 내지 100, 50 내지 90, 60 내지 80, 65 내지 75, 68내지 70, 또는 69.0의 GAPDH에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소겐은, 예를 들어 질량분석법 검정에 따라 측정 시, 약 200 내지 900, 300 내지 800, 400 내지 700, 500 내지 600, 520 내지 590, 530 내지 580, 540 내지 570, 550 내지 560, 또는 558.4의 CNX에 대한 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 질량분석법 검정은 실시예 94의 검정이다.
일부 구현예에서, 푸소좀과 원천세포 둘 모두에 존재하는(예를 들어, 이들 사이에 공유된) 지질 종의 수는, 예를 들어 질량분석법 검정을 사용하여 측정 시, 적어도 300개, 400개, 500개, 550개, 560개 또는 569개이거나, 500개 내지 700개, 550개 내지 600개, 또는 560개 내지 580개이다(또는 인 것으로 확인된다). 구현예에서, 원천세포 내 상응하는 지질 수준의 적어도 25%의 수준으로 푸소좀에 존재하는 지질 종의 수(둘 모두 샘플 내 총 지질 수준으로 정규화됨)는, 예를 들어 질량분석법 검정을 사용하여 측정 시, 적어도 300개, 400개, 500개, 530개, 540개 또는 548개이거나, 400개 내지 700개, 500개 내지 600개, 520개 내지 570개, 530개 내지 560개, 또는 540개 내지 550개이다(또는 인 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 원천세포 내 총 지질 종에 대한 푸소좀과 원천세포 둘 모두에 존재하는(예를 들어, 이들 사이에 공유된) 지질 종의 분율은, 예를 들어 질량분석법 검정을 사용하여 측정 시, 약 0.4 내지 1.0, 0.5 내지 0.9, 0.6 내지 0.8, 또는 0.7이거나, 적어도 0.4, 0.5, 0.6 또는 0.7이다(또는 인 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 질량분석법 검정은 실시예 86의 검정이다.
일부 구현예에서, 푸소좀과 원천세포 둘 모두에 존재하는(예를 들어, 이들 사이에 공유된) 단백질 종의 수는, 예를 들어 질량분석법 검정을 사용하여 측정 시, 적어도 500개, 1000개, 1100개, 1200개, 1300개, 1400개, 1487개, 1500개 또는 1600개이거나(또는 인 것으로 확인되거나), 1200개 내지 1700개, 1300개 내지 1600개, 1400개 내지 1500개, 1450개 내지 1500개, 또는 1480개 내지 1490개이다(또는 인 것으로 확인된다). 구현예에서, 원천세포 내 상응하는 단백질 수준의 적어도 25%의 수준으로 푸소좀에 존재하는 단백질 종의 수(둘 모두 샘플 내 총 단백질 수준으로 정규화됨)는, 예를 들어 질량분석법 검정을 사용하여 측정 시, 적어도 500개, 600개, 700개, 800개, 900개, 950개, 957개, 1000개 또는 1200개이다. 일부 구현예에서, 원천세포 내 총 단백질 종에 대한 푸소좀과 원천세포 둘 모두에 존재하는(예를 들어, 이들 사이에 공유된) 단백질 종의 분율은, 예를 들어 질량분석법 검정을 사용하여 측정 시, 약 0.1 내지 0.6, 0.2 내지 0.5, 0.3 내지 0.4, 또는 0.333이거나, 적어도 약 0.1, 0.2, 0.3, 0.333 또는 0.4이다(또는 인 것으로 확인된다). 구현예에서, 질량분석법 검정은 실시예 87의 검정이다.
일부 구현예에서, CD63은, 예를 들어 질량분석법 검정, 예를 들어 실시예 89의 검정에 따라 측정 시, 푸소좀 내 총 단백질 양의 0.048%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 2%, 3%, 4%, 5% 또는 10% 미만으로 존재한다(또는 존재하는 것으로 확인된다).
일부 구현예에서, 푸소좀은 필터, 예를 들어 약 1 um 내지 10 um, 2 um 내지 8 um, 3 um 내지 7 um, 4 um 내지 6 um, 또는 5 um의 필터를 통한 압출에 의해 생성된다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 약 1 um 내지 5 um, 2 um 내지 5 um, 3 um 내지 5 um, 4 um 내지 5 um, 또는 5 um의 평균 직경을 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은 적어도 1 um, 2 um, 3 um, 4 um 또는 5 um의 평균 직경을 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다).
일부 구현예에서, 푸소좀은 원천세포와 비교하여 하기 지질 중 하나 이상(예를 들어, 적어도 2개, 3개, 4개, 5개 또는 전부)이 강화되어 있다(또는 강화된 것으로 확인된다): 콜레스테릴 에스테르, 유리(free) 콜레스테롤, 에테르 결합된 리소포스파티딜에탄올아민, 리소포스파티딜세린, 포스파티데이트, 에테르 결합된 포스파티딜에탄올아민, 포스파티딜세린 및 스핑고미엘린. 일부 구현예에서, 푸소좀은 원천세포와 비교하여 하기 지질 중 하나 이상(예를 들어, 적어도 2개, 3개, 4개, 5개 또는 전부)이 고갈되어 있다(또는 고갈된 것으로 확인된다): 세라미드, 카르디오리핀(cardiolipin), 리소포스파티딜콜린, 리소포스파티딜에탄올아민, 리소포스파티딜글리세롤, 리소포스파티딜이노시톨, 에테르 결합된 포스파티딜콜린, 포스파티딜에탄올아민, 포스파티딜글리세롤, 포스파티딜이노시톨 및 트리아실글리세롤. 일부 구현예에서, 푸소좀은 상기 언급된 강화된 지질 중 하나 이상이 강화되어 있고(또는 강화된 것으로 확인되고), 상기 언급된 고갈된 지질 중 하나 이상이 고갈되어 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 원천세포에서 상응하는 수준보다 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 2배, 5배 또는 10배 더 큰 총 지질의 백분율로 강화된 지질을 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은 원천세포에서 상응하는 수준의 90%, 80%, 70%, 60%, 50%, 40%, 30%, 20% 또는 10% 미만의 수준으로의 총 지질의 백분율로 고갈된 지질을 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 지질 강화는 질량분석법 검정, 예를 들어 실시예 96의 검정에 따라 측정된다.
일부 구현예에서, CE 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 엑소좀보다 푸소좀에서 약 2배 더 높고/높거나 모세포보다 푸소좀에서 약 5배, 6배, 7배, 8배, 9배 또는 10배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 세라미드 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 푸소좀보다 모세포에서 약 2배, 3배, 4배 또는 5배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 콜레스테롤 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 푸소좀보다 엑소좀에서 약 1.1배, 1.2배, 1.3배, 1.4배, 1.5배, 1.6배, 1.7배, 1.8배, 1.9배 또는 2배 더 높고/높거나 모세포보다 푸소좀에서 약 2배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, CL 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 푸소좀보다 모세포에서 적어도 약 5배, 10배, 20배, 30배 또는 40배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, DAG 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 푸소좀보다 엑소좀에서 약 2배 또는 3배 더 높고/높거나 푸소좀보다 모세포에서 약 1.5배 또는 2배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, PC 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 엑소좀과 푸소좀 사이에서 거의 동일하고/하거나 푸소좀보다 모세포에서 약 1.3배, 1.4배, 1.5배, 1.6배, 1.7배 또는 1.8배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, PC O- 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 엑소좀과 푸소좀 사이에서 거의 동일하고/하거나 푸소좀보다 모세포에서 약 2배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, PE 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 엑소좀보다 푸소좀에서 약 1.3배, 1.4배, 1.5배, 1.6배, 1.7배 또는 1.8배 더 높고/높거나 푸소좀보다 모세포에서 약 1.3배, 1.4배, 1.5배, 1.6배, 1.7배 또는 1.8배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, PE O- 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 엑소좀과 푸소좀 사이에서 거의 동일하고/하거나 푸소좀보다 모세포에서 약 1.5배, 1.6배, 1.7배, 1.8배, 1.9배 또는 2배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, PG 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 엑소좀과 푸소좀 사이에서 거의 동일하고/하거나 푸소좀보다 모세포에서 약 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배 또는 10배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, PI 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 엑소좀과 푸소좀 사이에서 거의 동일하고/하거나 푸소좀보다 모세포에서 약 3배, 4배, 5배, 6배 또는 7배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, PS 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 엑소좀과 푸소좀 사이에서 거의 동일하고/하거나 모세포보다 푸소좀에서 약 2배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, SM 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 엑소좀과 푸소좀 사이에서 거의 동일하고/하거나 모세포보다 푸소좀에서 약 2배, 2.5배 또는 3배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, TAG 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 엑소좀과 푸소좀 사이에서 거의 동일하고/하거나 푸소좀보다 모세포에서 약 10배, 20배, 30배, 40배, 50배, 60배, 70배, 80배, 90배, 100배 또는 그 이상 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다).
일부 구현예에서, 푸소좀은 엑소좀과 비교하여 하기 지질 중 하나 이상(예를 들어, 적어도 2개, 3개, 4개, 5개 또는 전부)이 강화되어 있다(또는 강화된 것으로 확인된다): 콜레스테릴 에스테르, 세라미드, 디아실글리세롤, 리소포스파티데이트, 포스파티딜에탄올아민 및 트리아실글리세롤. 일부 구현예에서, 푸소좀은 (샘플 내 총 지질에 비해) 엑소좀과 비교하여 하기 지질 중 하나 이상(예를 들어, 적어도 2개, 3개, 4개, 5개 또는 전부)이 고갈되어 있다(또는 고갈된 것으로 확인된다): 유리 콜레스테롤, 헥소실세라미드, 리소포스파티딜콜린, 에테르 결합된 리소포스파티딜콜린, 리소포스파티딜에탄올아민, 에테르 결합된 리소포스파티딜에탄올아민 및 리소포스파티딜세린. 일부 구현예에서, 푸소좀은 상기 언급된 강화된 지질 중 하나 이상이 강화되어 있고(또는 강화된 것으로 확인되고), 상기 언급된 고갈된 지질 중 하나 이상이 고갈되어 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 엑소좀에서 상응하는 수준보다 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 2배, 5배 또는 10배 더 큰 총 지질의 백분율로 강화된 지질을 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은 엑소좀에서 상응하는 수준의 90%, 80%, 70%, 60%, 50%, 40%, 30%, 20% 또는 10% 미만의 수준으로의 총 지질의 백분율로 고갈된 지질을 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 지질 강화는 질량분석법 검정, 예를 들어 실시예 96의 검정에 따라 측정된다.
일부 구현예에서, 세라미드 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 엑소좀보다 푸소좀에서 약 2배 더 높고/높거나 푸소좀보다 모세포에서 약 2배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, HexCer 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 푸소좀보다 엑소좀에서 약 1.5배, 1.6배, 1.7배, 1.8배, 1.9배 또는 2배 더 높고/높거나 모세포와 푸소좀에서 거의 동일하다(동일한 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, LPA 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 엑소좀보다 푸소좀에서 약 3배 또는 4배 더 높고/높거나 모세포보다 푸소좀에서 약 1.3배, 1.4배, 1.5배, 1.6배, 1.7배 또는 1.8배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, LPC 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 푸소좀보다 엑소좀에서 약 2배 더 높고/높거나 푸소좀보다 모세포에서 약 1.5배, 1.6배, 1.7배. 1.8배, 1.9배 또는 2배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, LPC O- 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 푸소좀보다 엑소좀에서 약 3배 또는 4배 더 높고/높거나 모세포와 푸소좀 사이에서 거의 동일하다(동일한 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, LPE 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 푸소좀보다 엑소좀에서 약 1.5배, 1.6배, 1.7배. 1.8배, 1.9배 또는 2배 더 높고/높거나 푸소좀보다 모세포에서 약 1.5배, 1.6배, 1.7배. 1.8배, 1.9배 또는 2배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, LPE O- 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 푸소좀보다 엑소좀에서 약 2배 또는 3배 더 높고/높거나 모세포와 푸소좀 사이에서 거의 동일하다(동일한 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, LPS 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 푸소좀보다 엑소좀에서 약 3배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, PA 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 엑소좀보다 푸소좀에서 약 1.5배, 1.6배, 1.7배. 1.8배, 1.9배 또는 2배 더 높고/높거나 모세포보다 푸소좀에서 약 2배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, PG 지질 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 푸소좀과 엑소좀 사이에서 거의 동일하고/하거나 푸소좀보다 모세포에서 약 10배, 11배, 12배, 13배, 14배 또는 15배 더 높다(또는 높은 것으로 확인된다).
일부 구현예에서, 푸소좀은 원천세포와 실질적으로 유사한 지질 조성을 포함하거나, 여기서 CL, Cer, DAG, HexCer, LPA, LPC, LPE, LPG, LPI, LPS, PA, PC, PE, PG, PI, PS, CE, SM 및 TAG 중 하나 이상은 원천세포에서 상응하는 지질 수준의 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45% 또는 50% 이내이다. 구현예에서, 푸소좀의 지질 조성은 이들이 유도된 세포와 유사하다. 구현예에서, 예를 들어 실시예 86에 따라 결정 시, 모세포의 임의의 복제 샘플에서 확인된 지질 종의 약 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85% 또는 90% 이상이 푸소좀의 임의의 복제 샘플에 존재하는 경우(또는 존재하는 것으로 확인된 경우), 푸소좀과 모세포는 유사한 지질 조성을 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 확인된 지질의 푸소좀 내 평균 수준은 (샘플 내 총 지질에 비해) 모세포 내 상응하는 평균 지질 종 수준의 약 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35% 또는 40% 초과이다. 일 구현예에서, 푸소좀의 지질 조성은 (샘플 내 총 지질에 비해) 모세포에 비해 특정 지질이 강화 및/또는 고갈되어 있다.
일부 구현예에서, 푸소좀의 지질 조성은, 예를 들어 실시예 96에 기재된 방법에 따라 결정 시, 모세포에 비해 특정 지질이 강화 및/또는 고갈되어 있다(또는 그러한 것으로 확인된다).
일부 구현예에서, 푸소좀은 모세포보다 더 큰 포스파티딜세린 대 총 지질의 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀은 포스파티딜세린 대 총 지질의 비를 모세포에 비해 약 110%, 115%, 120%, 121%, 122%, 123%, 124%, 125%, 130%, 135%, 140% 또는 그 이상으로 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은 모세포에 비해 콜레스테릴 에스테르, 유리 콜레스테롤, 에테르 결합된 리소포스파티딜에탄올아민, 리소포스파티딜세린, 포스파티데이트, 에테르 결합된 포스파티딜에탄올아민, 포스파티딜세린 및/또는 스핑고미엘린이 강화되어 있다(또는 강화된 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은 모세포에 비해 세라미드, 카르디오리핀, 리소포스파티딜콜린, 리소포스파티딜에탄올아민, 리소포스파티딜글리세롤, 리소포스파티딜이노시톨, 에테르 결합된 포스파티딜콜린, 포스파티딜에탄올아민, 포스파티딜글리세롤, 포스파티딜이노시톨 및/또는 트리아실글리세롤이 고갈되어 있다(또는 고갈된 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은 엑소좀에 비해 콜레스테릴 에스테르, 세라미드, 디아실글리세롤, 리소포스파티데이트, 포스파티딜에탄올아민 및/또는 트리아실글리세롤이 강화되어 있다(또는 강화된 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은 엑소좀에 비해 유리 콜레스테롤, 헥소실세라미드, 리소포스파티딜콜린, 에테르 결합된 리소포스파티딜콜린, 리소포스파티딜에탄올아민, 에테르 결합된 리소포스파티딜에탄올아민 및/또는 리소포스파티딜세린이 고갈되어 있다(또는 고갈된 것으로 확인된다).
일부 구현예에서, 푸소좀은 원천세포 내 카르디오리핀:세라미드의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:세라미드의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:디아실글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:디아실글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:헥소실세라미드의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:헥소실세라미드의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:리소포스파티데이트 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:리소포스파티데이트의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:리소포스파티딜콜린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:리소포스파티딜콜린 의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:리소포스파티딜에탄올아민의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:리소포스파티딜에탄올아민의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:리소포스파티딜글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:리소포스파티딜글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:리소포스파티딜이노시톨의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:리소포스파티딜이노시톨의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:리소포스파티딜세린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:리소포스파티딜세린의 비를 갖거나; 카르디오리핀:포스파티데이트의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:포스파티데이트의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:포스파티딜콜린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:포스파티딜콜린의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:포스파티딜에탄올아민의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:포스파티딜에탄올아민의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:포스파티딜글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:포스파티딜글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:포스파티딜이노시톨의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:포스파티딜이노시톨의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:포스파티딜세린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:포스파티딜세린의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:콜레스테롤 에스테르의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:콜레스테롤 에스테르의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:스핑고미엘린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:스핑고미엘린의 비를 갖거나; 원천세포 내 카르디오리핀:트리아실글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:트리아실글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:세라미드의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:세라미드의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:디아실글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:디아실글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:헥소실세라미드의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:헥소실세라미드의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:리소포스파티데이트의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:리소포스파티데이트의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:리소포스파티딜콜린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:리소포스파티딜콜린의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:리소포스파티딜에탄올아민의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:리소포스파티딜에탄올아민의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:리소포스파티딜글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:리소포스파티딜글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:리소포스파티딜이노시톨의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:리소포스파티딜이노시톨의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:리소포스파티딜세린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:리소포스파티딜세린의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:포스파티데이트의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:포스파티데이트의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:포스파티딜에탄올아민의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:포스파티딜에탄올아민의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:포스파티딜글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 카르디오리핀:포스파티딜글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:포스파티딜이노시톨의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:포스파티딜이노시톨의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:포스파티딜세린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:포스파티딜세린의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:콜레스테롤 에스테르의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:콜레스테롤 에스테르의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:스핑고미엘린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:스핑고미엘린의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜콜린:트리아실글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜콜린:트리아실글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:세라미드의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:세라미드의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:디아실글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:디아실글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:헥소실세라미드의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:헥소실세라미드의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:리소포스파티데이트의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:리소포스파티데이트의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:리소포스파티딜콜린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:리소포스파티딜콜린의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:리소포스파티딜에탄올아민의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:리소포스파티딜에탄올아민의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:리소포스파티딜글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:리소포스파티딜글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:리소포스파티딜이노시톨의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:리소포스파티딜이노시톨의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:리소포스파티딜세린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:리소포스파티딜세린의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:포스파티데이트의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:포스파티데이트의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:포스파티딜글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:포스파티딜글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:포스파티딜이노시톨의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:포스파티딜이노시톨의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:포스파티딜세린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:포스파티딜세린의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:콜레스테롤 에스테르의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:콜레스테롤 에스테르의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:스핑고미엘린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:스핑고미엘린의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜에탄올아민:트리아실글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜에탄올아민:트리아실글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜세린:세라미드의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜세린:세라미드의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜세린:디아실글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜세린:디아실글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜세린:헥소실세라미드의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜세린:헥소실세라미드의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜세린:리소포스파티데이트의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜세린:리소포스파티데이트의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜세린:리소포스파티딜콜린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜세린:리소포스파티딜콜린의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜세린:리소포스파티딜에탄올아민의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜세린:리소포스파티딜에탄올아민의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜세린:리소포스파티딜글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜세린:리소포스파티딜글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜세린:리소포스파티딜이노시톨의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜세린:리소포스파티딜이노시톨의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜세린:리소포스파티딜세린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜세린:리소포스파티딜세린의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜세린:포스파티데이트의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜세린:포스파티데이트의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜세린:포스파티딜글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜세린:포스파티딜글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜세린:포스파티딜이노시톨의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜세린:포스파티딜이노시톨의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜세린:콜레스테롤 에스테르의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜세린:콜레스테롤 에스테르의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜세린:스핑고미엘린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜세린:스핑고미엘린의 비를 갖거나; 원천세포 내 포스파티딜세린:트리아실글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 포스파티딜세린:트리아실글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 스핑고미엘린:세라미드의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 스핑고미엘린:세라미드의 비를 갖거나; 원천세포 내 스핑고미엘린:디아실글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 스핑고미엘린:디아실글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 스핑고미엘린:헥소실세라미드의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 스핑고미엘린:헥소실세라미드의 비를 갖거나; 원천세포 내 스핑고미엘린:리소포스파티데이트의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 스핑고미엘린:리소포스파티데이트의 비를 갖거나; 원천세포 내 스핑고미엘린:리소포스파티딜콜린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 스핑고미엘린:리소포스파티딜콜린의 비를 갖거나; 원천세포 내 스핑고미엘린:리소포스파티딜에탄올아민의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 스핑고미엘린:리소포스파티딜에탄올아민의 비를 갖거나; 원천세포 내 스핑고미엘린:리소포스파티딜글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 스핑고미엘린:리소포스파티딜글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 스핑고미엘린:리소포스파티딜이노시톨의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 스핑고미엘린:리소포스파티딜이노시톨의 비를 갖거나; 원천세포 내 스핑고미엘린:리소포스파티딜세린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 스핑고미엘린:리소포스파티딜세린의 비를 갖거나; 원천세포 내 스핑고미엘린:포스파티데이트의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 스핑고미엘린:포스파티데이트의 비를 갖거나; 원천세포 내 스핑고미엘린:포스파티딜글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 스핑고미엘린:포스파티딜글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 스핑고미엘린:포스파티딜이노시톨의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 스핑고미엘린:포스파티딜이노시톨의 비를 갖거나; 원천세포 내 스핑고미엘린:콜레스테롤 에스테르의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 스핑고미엘린:콜레스테롤 에스테르의 비를 갖거나; 원천세포 내 스핑고미엘린:트리아실글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 스핑고미엘린:트리아실글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 콜레스테롤 에스테르:세라미드의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 콜레스테롤 에스테르:세라미드의 비를 갖거나; 원천세포 내 콜레스테롤 에스테르:디아실글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 콜레스테롤 에스테르:디아실글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 콜레스테롤 에스테르:헥소실세라미드의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 콜레스테롤 에스테르:헥소실세라미드의 비를 갖거나; 원천세포 내 콜레스테롤 에스테르:리소포스파티데이트의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 콜레스테롤 에스테르:리소포스파티데이트의 비를 갖거나; 원천세포 내 콜레스테롤 에스테르:리소포스파티딜콜린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 콜레스테롤 에스테르:리소포스파티딜콜린의 비를 갖거나; 원천세포 내 콜레스테롤 에스테르:리소포스파티딜에탄올아민의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 콜레스테롤 에스테르:리소포스파티딜에탄올아민의 비를 갖거나; 원천세포 내 콜레스테롤 에스테르:리소포스파티딜글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 콜레스테롤 에스테르:리소포스파티딜글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 콜레스테롤 에스테르:리소포스파티딜이노시톨의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 콜레스테롤 에스테르:리소포스파티딜이노시톨의 비를 갖거나; 원천세포 내 콜레스테롤 에스테르:리소포스파티딜세린의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 콜레스테롤 에스테르:리소포스파티딜세린의 비를 갖거나; 원천세포 내 콜레스테롤 에스테르:포스파티데이트의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 콜레스테롤 에스테르:포스파티데이트의 비를 갖거나; 원천세포 내 콜레스테롤 에스테르:포스파티딜글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 콜레스테롤 에스테르:포스파티딜글리세롤의 비를 갖거나; 원천세포 내 콜레스테롤 에스테르:포스파티딜이노시톨의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 콜레스테롤 에스테르:포스파티딜이노시톨의 비를 갖거나; 원천세포 내 콜레스테롤 에스테르:트리아실글리세롤의 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내인 콜레스테롤 에스테르:트리아실글리세롤의 비를 갖는다.
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 87의 검정을 사용하여 측정 시, 원천세포와 유사한 프로테오믹 조성을 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀의 단백질 조성은 이들이 유도된 모세포와 유사하다. 일부 구현예에서, 복수의 단백질 카테고리의 각각의 분획 함량은, 예를 들어 실시예 87에 기재된 바와 같이, 샘플 내 모든 확인된 단백질의 강도 신호의 합으로 나눈 각각의 카테고리로부터의 강도 신호의 합으로 결정된다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 97에 기재된 방법에 따라 결정 시, 모세포 및/또는 엑소좀에 비해 다양한 양의 구획 특이적 단백질을 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은 모세포 및 엑소좀과 비교하여 소포체 단백질이 고갈되어 있다(또는 고갈된 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은 엑소좀과 비교하여 엑소좀 단백질이 고갈되어 있다(또는 고갈된 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은 푸소좀 내 단백질의 15%, 20% 또는 25% 미만을 엑소좀 단백질로서 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은 모세포와 비교하여 미토콘드리아 단백질이 고갈되어 있다(또는 고갈된 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은 모세포와 비교하여 핵 단백질이 강화되어 있다(또는 강화되어 있는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은 모세포 및 엑소좀과 비교하여 리보솜 단백질이 강화되어 있다(또는 강화되어 있는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀 내 단백질의 적어도 0.025%, 0.03%, 0.04%, 0.05%, 0.06%, 0.07%, 0.08%, 0.09%, 0.1%, 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 6%, 7% 8%, 9% 또는 10%는 리보솜 단백질이거나, 푸소좀 내 단백질의 약 0.025 내지 0.2%, 0.05 내지 0.15%, 0.06 내지 1.4%, 0.07% 내지 1.3%, 0.08% 내지 1.2%, 0.09% 내지 1.1%, 1% 내지 20%, 3% 내지 15%, 5% 내지 12.5%, 7.5% 내지 11% 또는 8.5% 내지 10.5% 또는 9% 내지 10%는 리보솜 단백질이다.
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 40의 검정을 사용하여 측정 시, 지질 대 단백질의 비를 원천세포에서 상응하는 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내로 포함한다. 구현예에서, 푸소좀은 유핵세포에 대한 지질 질량 대 단백질의 비와 거의 동일한 지질 질량 대 단백질의 비를 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀은 모세포보다 더 큰 지질:단백질 비를 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀은 지질:단백질 비를 모세포의 지질:단백질 비의 약 110%, 115%, 120%, 125%, 130%, 131%, 132%, 132.5%, 133%, 134%, 135%, 140%, 145% 또는 150%로 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀 또는 푸소좀 조성물은, 예를 들어 실시예 83의 검정에 따라 측정 시, 인지질:단백질 비를 약 100 μmol/g 내지 180 μmol/g, 110 μmol/g 내지 170 μmol/g, 120 μmol/g 내지 160 μmol/g, 130 μmol/g 내지 150 μmol/g, 135 μmol/g 내지 145 μmol/g, 140 μmol/g 내지 142 μmol/g, 또는 141 μmol/g으로 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀 또는 푸소좀 조성물은, 예를 들어 실시예 83의 검정에 따라 측정 시, 인지질:단백질 비를 원천세포에서 상응하는 비의 약 60% 내지 90%, 70% 내지 80% 또는 75%로 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다).
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 41의 검정을 사용하여 측정 시, 단백질 대 핵산(예를 들어, DNA 또는 RNA)의 비를 원천세포에서 상응하는 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내로 포함한다. 구현예에서, 푸소좀은 단백질 질량 대 DNA 질량의 비를 모세포와 유사한 비로 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀은 단백질:DNA의 비를 모세포의 약 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 98.2%, 99%, 100%, 101%, 102%, 103%, 104%, 105% 또는 110%로 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 41의 검정을 사용하여 측정 시, 단백질 대 DNA의 비를 원천세포에서 상응하는 비보다 큰 비로, 예를 들어 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 더 큰 비로 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀 또는 푸소좀 조성물은, 예를 들어 실시예 84의 검정에 따라 측정 시, 단백질:DNA의 비를 약 20 g/g 내지 35 g/g, 25 g/g 내지 30 g/g, 26 g/g 내지 29 g/g, 27 g/g 내지 28 g/g, 또는 27.8 g/g으로 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀 또는 푸소좀 조성물은, 예를 들어 실시예 84의 검정에 따라 측정 시, 단백질:DNA의 비를 원천세포에서 상응하는 비의 약 1%, 2%, 5%, 10% 또는 20% 이내로 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다).
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 91의 검정을 사용하여 측정 시, 지질 대 핵산(예를 들어, DNA)의 비를 원천세포에서 상응하는 비의 10%, 20%, 30%, 40% 또는 50% 이내로 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀 또는 푸소좀 조성물은, 예를 들어 실시예 85의 검정에 따라 측정 시, 지질:DNA의 비를 약 2.0 μmol/mg 내지 6.0 μmol/mg, 3.0 μmol/mg 내지 5.0 μmol/mg, 3.5 μmol/mg 내지 4.5 μmol/mg, 3.8 μmol/mg 내지 4.0 μmol/mg, 또는 3.92 μmol/mg로 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 91의 검정을 사용하여 측정 시, 지질 대 핵산(예를 들어, DNA)의 비를 원천세포에서 상응하는 비보다 큰 비로, 예를 들어 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 더 큰 비로 포함한다. 구현예에서, 푸소좀은 지질:DNA 비를 모세포보다 더 큰 비로 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀은 지질:DNA 비를 모세포와 비교하여 약 105%, 110%, 115%, 120%, 125%, 130%, 135%, 140%, 145%, 150% 또는 그 이상으로 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은, 예를 들어 실시예 60의 검정에 따라 측정 시, 대상, 예를 들어 마우스에서의 반감기를, 참조세포 조성물, 예를 들어 원천세포의 반감기의 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100% 이내로 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은, 예를 들어 실시예 60의 검정에 따라 측정 시, 인간 대상 또는 마우스에서 적어도 1시간, 2시간, 3시간, 4시간, 5시간, 6시간, 12시간 또는 24시간의 반감기를 갖는다. 구현예에서, 푸소좀 조성물은, 예를 들어 실시예 79의 검정에 따라 측정 시, 대상에서 적어도 1시간, 2시간, 4시간, 6시간, 12시간 또는 24시간의 반감기를 갖는다. 일부 구현예에서, 치료제는 대상에서 푸소좀 조성물의 반감기보다, 예를 들어 적어도 10%, 20%, 50%, 2배, 5배 또는 10배 더 긴 반감기를 갖는다. 예를 들아, 푸소좀은 치료제를 표적세포에 전달하고, 치료제는 푸소좀이 더 이상 존재하지 않거나 검출 가능하지 않은 후에 존재할 수 있다.
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 50의 검정을 사용하여 측정 시, 음성 대조군, 예를 들어 글루코오스 부재 하의 다른 유사한 푸소좀보다, 예를 들어 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100% 더 많이 막을 가로질러 글루코오스(예를 들어, 표지된 글루코오스, 예를 들어 2-NBDG)를 수송한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 72의 검정을 사용하여 측정 시, 플로레틴(phloretin)으로 처리된 다른 유사한 푸소좀보다 더 큰 수준으로 막을 가로질러 글루코오스(예를 들어, 표지된 글루코오스, 예를 들어 2-NBDG)를 수송한다(또는 수송하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 플로레틴으로 처리되지 않은 푸소좀은, 예를 들어 실시예 72의 검정을 사용하여 측정 시, 플로레틴으로 처리된 다른 유사한 푸소좀보다 적어도 1%, 2%, 3%, 5% 또는 10% 더 높은(및 선택적으로 최대 15% 더 높은) 수준으로 글루코오스를 수송한다(또는 수송하지 않는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 51의 검정을 사용하여 측정 시, 내강에서의 에스테라아제 활성을, 참조세포, 예를 들어 원천세포 또는 마우스 배아 섬유아세포에서의 에스테라아제 활성의 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100% 이내로 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 73의 검정을 사용하여 측정 시, 내강 내 에스테라아제 활성을, 염색되지 않은 대조군보다 적어도 10배, 20배, 50배, 100배, 200배, 500배, 1000배, 2000배 또는 5000배 더 높은 수준으로 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 73의 검정에 따라 측정 시, 내강 내 에스테라아제 활성을 원천세포보다 약 10배 내지 100배 낮은 수준으로 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 74의 검정에 따라 측정 시, 아세틸콜린에스테라아제 활성을 엑소좀 등가물의 약 1E5-1E6, 6E5-8E5, 6.5E5-7E5 또는 6.83E5로 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 53에 기재된 바와 같이 측정 시, 대사 활성 수준(예를 들어, 시트레이트 합성효소 활성)을, 참조세포, 예를 들어 원천세포에서의 대사 활성 수준의 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100% 이내로 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 53에 기재된 바와 같이 측정 시, 대사 활성 수준(예를 들어, 시트레이트 합성효소 활성)을, 참조세포, 예를 들어 원천세포에서의 대사 활성 수준의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100%로 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 75의 검정에 따라 측정 시, 시트레이트 합성효소 활성을, 분당 푸소좀 1 ug당 약 1E-2 umol 내지 2 E-2 umol, 1.3E-2 umol 내지 1.8E-2 umol, 1.4E-2 umol 내지 1.7E-2 umol, 1.5E-2 umol 내지 1.6E-2 umol, 또는 1.57E-2 umol로 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 54에 기재된 바와 같이 측정 시, 호흡 수준(예를 들어, 산소 소비율), 예를 들어 기저, 비결합(uncoupled) 또는 최대 호흡 수준을 참조세포, 예를 들어 원천세포에서의 호흡 수준의 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100% 이내로 포함한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 54에 기재된 바와 같이 측정 시, 호흡 수준(예를 들어, 산소 소비율), 예를 들어 기초, 비결합 또는 최대 호흡 수준을 참조세포, 예를 들어 원천세포에서의 호흡 수준의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100%로 포함한다. 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 76의 검정에 따라 측정 시, 푸소좀 20 μg당 분당 약 8 pmol 내지 15 pmol, 9 pmol 내지 14 pmol, 10 pmol 내지 13 pmol, 11 pmol 내지 12 pmol, 또는 11.3 pmol의 기초 호흡률을 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 76의 검정에 따라 측정 시, 푸소좀 20 μg당 분당 약 8 pmol 내지 13 pmol, 9 pmol 내지 12 pmol, 10 pmol 내지 11 pmol, 10 pmol 내지 10.2 pmol, 또는 10.1 pmol의 비결합 호흡률을 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 76의 검정에 따라 측정 시, 푸소좀 20 μg당 분당 약 15 pmol 내지 25 pmol, 16 pmol 내지 24 pmol, 17 pmol 내지 23 pmol, 18 pmol 내지 22 pmol, 19 pmol 내지 21 pmol, 또는 20 pmol의 최대 호흡률을 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 76의 검정에 따라 측정 시, 비결합 호흡률보다, 예를 들어 약 1%, 2%, 5% 또는 10%, 예를 들어 최대 약 15% 더 높은 기초 호흡률을 갖는다(갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 76의 검정에 따라 측정 시, 기초 호흡률보다, 예를 들어 약 1%, 2%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 더 높은 최대 호흡률을 갖는다(갖는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 55의 검정에 따라 측정 시, 최대 18,000 MFI, 17,000 MFI, 16,000 MFI, 15,000 MFI, 14,000 MFI, 13,000 MFI, 12,000 MFI, 11,000 MFI 또는 10,000 MFI의 아넥신-V 염색 수준을 포함하거나, 푸소좀은 실시예 55의 검정에서 메나디온으로 처리된 다른 유사한 푸소좀의 아넥신-V 염색 수준보다 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 더 낮은 아넥신-V 염색 수준을 포함하거나, 또는 푸소좀은 실시예 55의 검정에서 메나디온으로 처리된 대식세포의 아넥신-V 염색 수준보다 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 더 낮은 아넥신-V 염색 수준을 포함한다. 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 77의 검정에 따라 측정 시, 아넥신-V 염색 수준을, 안티마이신 A로 처리된 다른 유사한 푸소좀의 아넥신-V 염색 수준보다 적어도 약 1%, 2%, 5% 또는 10% 더 낮은 수준으로 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 77의 검정에 따라 측정 시, 아넥신-V 염색 수준을, 안티마이신 A로 처리된 다른 유사한 푸소좀의 아넥신-V 염색 수준의 약 1%, 2%, 5% 또는 10% 이내인 수준으로 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다).
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 33의 검정에 따라 측정 시, miRNA 함량 수준을, 원천세포의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상)로 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 33의 검정에 따라 측정 시, miRNA 함량 수준을, 원천세포의 miRNA 함량 수준의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상)(예를 들어, 원천세포 miRNA 함량 수준의 최대 100%)으로 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 66의 검정에 따라 측정 시, 총 RNA 함량 수준을, 원천세포의 총 RNA 함량 수준의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상)(예를 들어, 원천세포 총 RNA 함량 수준의 최대 100%)으로 갖는다.
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 38의 검정에 따라 측정 시, 가용성:불용성 단백질 비를, 원천세포의 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상) 이내, 예를 들어 원천세포의 1% 내지 2%, 2% 내지 3%, 3% 내지 4%, 4% 내지 5%, 5% 내지 10%, 10% 내지 20%, 20% 내지 30%, 30% 내지 40%, 40% 내지 50%, 50% 내지 60%, 60% 내지 70%, 70% 내지 80% 또는 80% 내지 90% 이내로 갖는다. 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 38의 검정에 따라 측정 시, 약 0.3 내지 0.8, 0.4 내지 0.7, 또는 0.5 내지 0.6, 예를 들어 약 0.563의 가용성:불용성 단백질 비를 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀 집단은 약 0.3 내지 0.8, 0.4 내지 0.7, 또는 0.5 내지 0.6, 또는 0.563, 또는 약 0.1, 0.2, 0.3, 0.4 또는 0.5 초과의 가용성:불용성 단백질 질량 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀 집단은 원천세포보다 더 높은, 예를 들어 적어도 2배, 3배, 4배, 5배, 10배 또는 20배 더 높은 가용성:불용성 단백질 질량 비를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 가용성:불용성 단백질 질량 비는 실시예 70의 검정에 따라 결정된다. 구현예에서, 가용성:불용성 단백질 질량 비는 모세포보다 푸소좀 집단에서 더 낮다(또는 낮은 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀 대 모세포의 비가 약 3%, 4%, 5%, 6%, 7% 또는 8%인 경우(인 것으로 확인된 경우), 푸소좀 집단의 가용성:불용성 비는 모세포의 가용성:불용성 비와 거의 동일하다(또는 동일한 것으로 확인된다).
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 질량분석법, 예를 들어 실시예 39의 검정에 따라 측정 시, LPS 수준을, 원천세포의 LPS 함량의 5%, 1%, 0.5%, 0.01%, 0.005%, 0.0001%, 0.00001%(또는 그 이하) 미만으로 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 49의 검정을 사용하여 측정 시, 신호 전달, 예를 들어 세포외 신호, 예를 들어 인슐린에 대한 반응으로 AKT 인산화, 또는 인슐린에 대한 반응으로 글루코오스(예를 들어, 표지된 글루코오스, 예를 들어 2-NBDG) 흡수를, 음성 대조군, 예를 들어 인슐린 부재 하의 다른 유사한 푸소좀보다, 예를 들어 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100% 더 전달할 수 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 조직, 예를 들어 간, 폐, 심장, 비장, 췌장, 위장관, 신장, 고환, 난소, 뇌, 생식기관, 중추신경계, 말초신경계, 골격근, 내피, 내이 또는 눈을 표적으로 하고, 예를 들어 실시예 64의 검정에 따라 측정 시, 대상, 예를 들어 마우스에게 투여될 때, 예를 들어 24시간, 48시간 또는 72시간 후, 투여된 푸소좀의 집단 내 푸소좀의 적어도 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5%, 2%, 2.5%, 3%, 4%, 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%가 표적조직에 존재한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 56의 검정에 따라 측정 시, 적스타크린 신호전달 수준을, 참조세포, 예를 들어 원천세포 또는 골수간질세포(BMSC)에 의해 유도된 적스타크린 신호전달의 수준보다 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100% 더 큰 수준으로 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 56의 검정에 따라 측정 시, 적스타크린 신호전달 수준을, 참조세포, 예를 들어 원천세포 또는 골수간질세포(BMSC)에 의해 유도된 적스타크린 신호전달의 수준의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%(예를 들어, 최대 100%)의 수준으로 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 57의 검정에 따라 측정 시, 파라크린 신호전달 수준을, 참조세포, 예를 들어 원천세포 또는 대식세포에 의해 유도된 파라크린 신호전달의 수준보다 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100% 더 큰 수준으로 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 57의 검정에 따라 측정 시, 파라크린 신호전달 수준을, 참조세포, 예를 들어 원천세포 또는 대식세포에 의해 유도된 파라크린 신호전달의 수준의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%(예를 들어, 최대 100%)의 수준으로 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 58의 검정에 따라 측정 시, 액틴을, 참조세포, 예를 들어 원천세포 또는 C2C12세포에서 중합된 액틴의 수준과 비교하여 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100% 이내의 수준으로 중합한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 81의 검정에 따라 측정 시, 시간에 걸쳐, 예를 들어 적어도 3시간, 5시간 또는 24시간에 걸쳐 일정한 수준으로 액틴을 중합한다(또는 액틴을 중합하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 액틴 중합 수준은, 예를 들어 실시예 81의 검정에 따라 측정 시, 5시간 기간에 걸쳐 1%, 2%, 5%, 10% 또는 20% 미만으로 변한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 59의 검정에 따라 측정 시, 막 전위를 참조세포, 예를 들어 원천세포 또는 C2C12세포의 막 전위의 약 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100% 이내로 갖거나, 푸소좀의 막전위는 약 -20 mV 내지 -150 mV, -20 mV 내지 -50 mV, -50 mV 내지 -100 mV, 또는 -100 mV 내지 -150 mV이거나, 또는 푸소좀의 막 전위는 -1 mV, -5 mV, -10 mV, -20 mV, -30 mV, -40 mV, -50 mV, -60 mV, -70 mV, -80 mV, -90 mV, -100 mV 미만이다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 78의 검정에 따라 측정 시, 약 -25 mV 내지 -35 mV, -27 mV 내지 -32 mV, -28 mV 내지 -31 mV, -29 mV 내지 -30 mV, 또는 -29.6 mV의 막 전위를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 푸소좀은, 예를 들어 실시예 44의 검정을 사용하여 측정 시, 예를 들어 원천세포의 혈관외유출 비율의 적어도 1%, 2%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%의 비율로 혈관으로부터의 혈관외유출이 가능하고, 예를 들어 여기서 원천세포는 호중구, 림프구, B세포, 대식세포 또는 NK세포이다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 45의 검정을 사용하여 측정 시, 참조세포, 예를 들어 대식세포와 비교하여, 예를 들어 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%(예를 들어, 최대 100%)의 화학주성을 나타낼 수 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 47의 검정을 사용하여 측정 시, 참조세포, 예를 들어 대식세포와 비교하여, 예를 들어 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%(예를 들어, 최대 100%)의 포식작용을 할 수 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 세포막, 예를 들어 내피세포막 또는 혈액뇌장벽을 가로지를 수 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 48의 검정을 사용하여 측정 시, 참조세포, 예를 들어 마우스 배아 섬유아세포보다 예를 들어 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 100% 더 큰 비율로 단백질을 분비할 수 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 48의 검정을 사용하여 측정 시, 참조세포, 예를 들어 마우스 배아 섬유아세포와 비교하여, 예를 들어 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%(예를 들어, 최대 100%)의 비율로 단백질을 분비할 수 있다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 전사할 수 없거나, 예를 들어 실시예 24의 검정을 사용하여 측정 시, 참조세포, 예를 들어 원천세포의 전사 활성의 1%, 2.5% 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 미만의 전사 활성을 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 핵 DNA 복제를 할 수 없거나, 예를 들어 실시예 25의 검정을 사용하여 측정 시, 참조세포, 예를 들어 원천세포의 핵 DNA 복제의 1%, 2.5% 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 미만의 핵 DNA 복제를 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 크로마틴이 결여되어 있거나, 예를 들어 실시예 32의 검정을 사용하여 측정 시, 참조세포, 예를 들어 원천세포의 크로마틴 함량의 1%, 2.5% 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 미만의 크로마틴 함량을 갖는다.
일부 구현예에서, 푸소좀의 특징은 참조세포와 비교하여 기재되어 있다. 구현예에서, 참조세포는 원천세포이다. 구현예에서, 참조세포는 HeLa, HEK293, HFF-1, MRC-5, WI-38, IMR 90, IMR 91, PER.C6, HT-1080 또는 BJ 세포이다. 일부 구현예에서, 푸소좀 집단의 특징은 참조세포 집단, 예를 들어 원천세포 집단, 또는 HeLa, HEK293, HFF-1, MRC-5, WI-38, IMR 90, IMR 91, PER.C6, HT-1080 또는 BJ 세포의 집단과 비교하여 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 제약 또는 우수제조관리기준(GMP) 표준을 충족시킨다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 우수제조관리기준(GMP)에 따라 제조되었다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 병원체를 선결된 참조 수준 미만으로 가지며, 예를 들어 푸소좀에는 병원체가 실질적으로 없다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 오염물을 선결된 참조 수준 미만으로 가지며, 예를 들어 푸소좀에는 오염물이 실질적으로 없다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 낮은 면역원성을 갖는다.
일부 구현예에서, 푸소좀 조성물의 면역원성은 혈청 불활성화 검정(예를 들어, 항체 매개 중화 또는 보체 매개 중화를 검출하는 검정)에 따라 검정된다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 혈청에 의해 불활성화되지 않거나, 선결된 값보다 낮은 수준으로 불활성화된다. 일부 구현예에서, 푸소좀 나이브 대상(예를 들어, 인간 또는 마우스)의 혈청을 시험 푸소좀 조성물과 접촉시킨다. 일부 구현예에서, 1회 이상의 푸소좀 투여를 받은, 예를 들어 적어도 2회의 푸소좀 투여를 받은 대상의 혈청을, 시험 푸소좀 조성물과 접촉시킨다. 구현예에서, 이어서, 혈청 노출된 푸소좀을 표적세포에 카고를 전달하는 능력에 대해 시험한다. 일부 구현예에서, 혈청 인큐베이션된 푸소좀으로의 처리 후 카고를 검출 가능하게 포함하는 세포의 백분율은, 혈청과 접촉시키지 않은 양성 대조군 푸소좀으로의 처리 후 카고를 검출 가능하게 포함하는 세포의 백분율의 적어도 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 95%이다. 일부 구현예에서, 혈청 불활성화는 실시예 99의 검정을 사용하여 측정된다.
일부 구현예에서, 푸소좀 조성물의 면역원성은 푸소좀에 대한 반응으로 보체 활성화를 검출하여 검정한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 보체를 활성화시키지 않거나, 선결된 값보다 낮은 수준으로 보체를 활성화시킨다. 일부 구현예에서, 푸소좀 나이브 대상(예를 들어, 인간 또는 마우스)의 혈청을 시험 푸소좀 조성물과 접촉시킨다. 일부 구현예에서, 1회 이상의 푸소좀 투여를 받은, 예를 들어 적어도 2회의 푸소좀 투여를 받은 대상의 혈청을, 시험 푸소좀 조성물과 접촉시킨다. 구현예에서, 이어서, 혈청과 푸소좀을 포함하는 조성물을, 예를 들어 ELISA로 활성화된 보체 인자(예를 들어, C3a)에 대해 시험한다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 변형(예를 들어, 참조세포와 비교하여 보체 조절 단백질의 상승된 수준)을 포함하는 푸소좀은, 변형이 결여되어 있는 다른 유사한 푸소좀과 비교하여 감소된, 예를 들어 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%, 98% 또는 99% 감소된 보체 활성화를 거친다. 일부 구현예에서, 보체 활성화는 실시예 100의 검정을 사용하여 측정된다.
일부 구현예에서, 푸소좀 또는 푸소좀 집단은 혈청에 의해 실질적으로 불활성되지 않을 것이다. 일부 구현예에서, 푸소좀 또는 푸소좀 집단은, 예를 들어 실시예 99에 기재된 방법에 따라 정량화 시, 혈청 불활성화에 대한 내성이 있다. 구현예에서, 푸소좀 또는 푸소좀 집단은, 예를 들어 본원에 기재된 방법에 따라 측정 시, 푸소좀 또는 푸소좀 집단의 대상에게의 다회투여 후, 혈청에 의해 실질적으로 불활성되지 않거나, 혈청 불활성화에 대한 내성이 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 99에 기재된 방법에 따라 정량화 시, 예를 들어 변형된 푸소좀의 다회투여 후, 예를 들어 상응하는 변형되지 않은 푸소좀과 비교하여 혈청 불활성화가 감소되도록 변형된다.
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 100에 기재된 방법에 따라 측정 시, 실질적으로 보체 활성을 유도하지 않는다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 상응하는 변형되지 않은 푸소좀과 비교하여 감소된 보체 활성을 유도하도록 변형된다. 구현예에서, 보체 활성은 세포에서 보체 단백질(예를 들어, DAF, 붕괴촉진인자(DAF, CD55)에 결합하는 단백질, 인자 H(FH) 유사 단백질-1(FHL-1), C4b-결합 단백질(C4BP), 보체 수용체 1(CD35), 막 보조인자 단백질(MCP, CD46), 프로텍틴(CD59), 전형적 및 대안적 보체 경로 CD/C5 전환효소를 저해하는 단백질, MAC 어셈블리를 조절하는 단백질)의 발현 또는 활성을 결정하여 측정한다.
일부 구현예에서, 원천세포는 내피세포, 섬유아세포, 혈액세포(예를 들어, 대식세포, 호중구, 과립구, 백혈구), 줄기세포(예를 들어 중간엽줄기세포, 제대줄기세포, 골수줄기세포, 조혈줄기세포, 유도된 다능성줄기세포, 예를 들어 대상의 세포에서 유래된 유도된 다능성줄기세포), 배아줄기세포(예를 들어, 배아난황주머니, 태반, 제대, 태아 피부, 청소년 피부, 혈액, 골수, 지방조직, 적혈구생성조직, 조혈조직 유래 줄기세포), 근아세포, 실질세포(예를 들어, 간세포), 폐포세포, 뉴런(예를 들어, 망막뉴런세포) 전구체세포(예를 들어, 망막전구체세포, 골수아세포, 골수전구체세포, 흉선세포, 감수모세포, 거대핵모세포, 풋거대핵모세포, 멜라노모세포, 림프모세포, 골수전구체세포, 정상모세포 또는 혈관모세포), 전구세포(예를 들어, 심장전구세포, 위성세포, 방사형 신경교세포, 골수간질세포, 췌장전구세포, 내피전구세포, 아세포), 또는 불멸화된 세포(예를 들어, HeLa, HEK293, HFF-1, MRC-5, WI-38, IMR 90, IMR 91, PER.C6, HT-1080 또는 BJ 세포)이다. 일부 구현예에서, 원천세포는 293세포, HEK세포, 인간 내피세포, 인간 상피세포, 단핵구, 대식세포, 수지상세포 또는 줄기세포 이외의 것이다.
일부 구현예에서, 원천세포는 ARRDC1 또는 이의 활성 단편 또는 변이체를 발현한다(예를 들어, 과발현한다). 일부 구현예에서, 푸소좀 또는 푸소좀 조성물은, 예를 들어 질량분석법 검정에 따라 측정 시, 약 1 내지 3, 1 내지 10, 1 내지 100, 3 내지 10, 4 내지 9, 5 내지 8, 6 내지 7, 15 내지 100, 60 내지 200, 80 내지 180, 100 내지 160, 120 내지 140, 3 내지 100, 4 내지 100, 5 내지 100, 6 내지 100, 15 내지 100, 80 내지 100, 3 내지 200, 4 내지 200, 5 내지 200, 6 내지 200, 15 내지 200, 80 내지 200, 100 내지 200, 120 내지 200, 300 내지 1000, 400 내지 900, 500 내지 800, 600 내지 700, 640 내지 690, 650 내지 680, 660 내지 670, 100 내지 10,000, 또는 약 664.9의, 푸소겐 대 ARRDC1의 비를 갖는다. 일부 구현예에서, 총 단백질 함량의 백분율로서 ARRDC1의 수준은, 예를 들어 질량분석법, 예를 들어 실시예 98에 기재된 방법에 따라 측정 시, 적어도 약 0.01%, 0.02%, 0.03%, 0.04%, 0.05%, 0.1%, 0.15%, 0.2%, 0.25%; 0.5%, 1%, 2%, 3%, 4%, 5%이거나; 약 0.05% 내지 1.5%, 0.1% 내지 0.3%, 0.05 내지 0.2%, 0.1 내지 0.2%, 0.25 내지 7.5%, 0.5% 내지 1.5%, 0.25 내지 1%, 0.5 내지 1%, 0.05 내지 1.5%, 10% 내지 30%, 5 내지 20% 또는 10 내지 20%이다. 일부 구현예에서, 푸소좀 또는 푸소좀 조성물은, 예를 들어 질량분석법 검정, 예를 들어 실시예 94의 검정을 사용하여 측정 시, 약 100 내지 1,000, 100 내지 400, 100 내지 500, 200 내지 400, 200 내지 500, 200 내지 1,000, 300 내지 400, 1,000 내지 10,000, 2,000 내지 5,000, 3,000 내지 4,000, 3,050 내지 3,100, 3,060 내지 3,070, 또는 약 3,064, 10,000 내지 100,000, 10,000 내지 200,000, 10,000 내지 500,000, 20,000 내지 500,000, 30,000 내지 400,000의, 푸소겐 대 TSG101의 비를 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀 또는 푸소좀 조성물은, 예를 들어 질량분석법 검정, 예를 들어 실시예 95의 검정을 사용하여 측정 시, 약 1 내지 3, 1 내지 30, 1 내지 20, 1 내지 25, 1.5 내지 30, 10 내지 30, 15 내지 25, 18 내지 21, 19 내지 20, 10 내지 300, 10 내지 200, 15 내지 300, 15 내지 200, 100 내지 300, 100 내지 200, 150 내지 300, 또는 약 19.5의, 카고 대 tsg101의 비를 갖는다. 일부 구현예에서, 총 단백질 함량의 백분율로서 TSG101의 수준은, 예를 들어 질량분석법, 예를 들어 실시예 98에 기재된 방법에 따라 측정 시, 적어도 약 0.0001%, 0.0002%, 0.0003%, 0.0004%, 0.0005%, 0.0006%, 0.0007%, 0.001%, 0.002%, 0.003%, 0.004%, 0.005%, 0.006%, 0.007%; 0.01%, 0.02%, 0.03%, 0.04%, 0.05%, 0.06%, 0.07%이거나; 약 0.0001% 내지 0.001%, 0.0001% 내지 0.002%, 0.0001% 내지 0.01%, 0.0001% 내지 0.1%, 0.001% 내지 0.01%, 0.002% 내지 0.006%, 0.003% 내지 0.005%, 0.001% 내지 0.1%, 0.01% 내지 0.1%, 0.02% 내지 0.06%, 0.03% 내지 0.05%, 또는 0.004%이다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 카고, 예를 들어 치료제, 예를 들어 내인성 치료제 또는 외인성 치료제를 포함한다. 일부 구현예에서, 치료제는 하나 이상의 단백질, 예를 들어 효소, 막관통 단백질, 수용체, 항체; 핵산, 예를 들어, DNA, 염색체(예를 들어, 인간 인공 염색체), RNA, mRNA, siRNA, miRNA 또는 소분자에서 선택된다. 일부 구현예에서, 치료제는 미토콘드리온 이외의 세포소기관, 예를 들어 핵, 골지체, 리소좀, 소포체, 액포, 엔도좀, 첨단체, 자가포식체, 중심체, 글리코좀, 글리옥시좀, 히드로게노좀, 멜라노좀, 미토좀, 자포, 퍼옥시좀, 프로테아좀, 소포 및 스트레스 과립에서 선택되는 세포소기관이다. 일부 구현예에서, 세포소기관은 미토콘드리온이다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 세포내이입에 의해 표적세포에 들어가며, 예를 들어 여기서 세포내이입 경로를 통해 전달되는 치료제의 수준은, 예를 들어 실시예 62의 검정을 사용하여 측정 시, 0.01 내지 0.6, 0.01 내지 0.1, 0.1 내지 0.3, 또는 0.3 내지 0.6이거나, 유사한 푸소좀과 접촉시킨 클로로퀸 처리된 참조세포의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상)이다. 일부 구현예에서, 표적세포에 들어가는 푸소좀 조성물 내 푸소좀의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%는 비세포내이입 경로를 통해 들어가고, 예를 들어 푸소좀은 세포 표면 내 융합을 통해 표적세포에 들어간다. 일부 구현예에서, 주어진 푸소좀에 대해 비세포내이입 경로를 통해 전달되는 치료제의 수준은, 예를 들어 실시예 61의 검정을 사용하여 측정 시, 0.1 내지 0.95, 0.1 내지 0.2, 0.2 내지 0.3, 0.3 내지 0.4, 0.4 내지 0.5, 0.5 내지 0.6, 0.6 내지 0.7, 0.7 내지 0.8, 0.8 내지 0.9, 0.9 내지 0.95이거나, 클로로퀸 처리된 참조세포의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상)이다.
일부 구현예에서, 표적세포에 들어가는 푸소좀 조성물 내 푸소좀의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%는, 세포질에 들어간다(예를 들어, 엔도좀 또는 리소좀에 들어가지 않는다). 일부 구현예에서, 표적세포에 들어가는 푸소좀 조성물 내 푸소좀의 90%, 80%, 70%, 60%, 50%, 40%, 30%, 20%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만은, 엔도좀 또는 리소좀에 들어간다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 비세포내이입 경로를 통해 표적세포에 들어가고, 예를 들어 여기서 전달되는 치료제의 수준은, 예를 들어 실시예 62의 검정을 사용하여 측정 시, 클로로퀸 처리된 참조세포의 적어도 90%, 95%, 98% 또는 99%이다. 일 구현예에서, 푸소좀은 디나민 매개 경로를 통해 작용제를 표적세포에 전달한다. 일 구현예에서, 디나민 매개 경로를 통해 전달되는 작용제의 수준은, 예를 들어 실시예 63의 검정을 사용하여 측정 시, 0.01 내지 0.6 범위이거나, 유사한 푸소좀과 접촉시킨 Dynasore 처리된 표적세포의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상)이다. 일 구현예에서, 푸소좀은 거대음작용을 통해 작용제를 표적세포에 전달한다. 일 구현예에서, 거대음작용을 통해 전달되는 작용제의 수준은, 예를 들어 실시예 63의 검정을 사용하여 측정 시, 0.01 내지 0.6 범위이거나, 유사한 푸소좀과 접촉시킨 EIPA 처리된 표적세포의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상)이다. 일 구현예에서, 푸소좀은 액틴 매개 경로를 통해 작용제를 표적세포에 전달한다. 일 구현예에서, 액틴 매개 경로를 통해 전달되는 작용제의 수준은, 예를 들어 실시예 63의 검정을 사용하여 측정 시, 0.01 내지 0.6 범위이거나, 유사한 푸소좀과 접촉시킨 라트룰린 B 처리된 표적세포의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상)이다.
일부 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 30의 검정에 따라 측정 시, 1 g/ml 미만, 1 내지 1.1 g/ml, 1.05 내지 1.15 g/ml, 1.1 내지 1.2 g/ml, 1.15 내지 1.25 g/ml, 1.2 내지 1.3 g/ml, 1.25 내지 1.35 g/ml, 또는 1.35 g/ml 초과의 밀도를 갖는다.
일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은 단백질 질량 기준으로 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5%, 2%, 2.5%, 3%, 4%, 5% 또는 10% 미만의 원천세포를 포함하거나, 세포의 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 1.5%, 2%, 2.5%, 3%, 4%, 5% 또는 10% 미만은 기능성 핵을 갖는다. 일부 구현예에서, 푸소좀 조성물 내 푸소좀의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95% 또는 99%는, 세포소기관, 예를 들어 미토콘드리온을 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 외인성 치료제를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 외인성 치료제는 하나 이상의 단백질, 예를 들어 효소, 막관통 단백질, 수용체, 항체; 핵산, 예를 들어, DNA, 염색체(예를 들어, 인간 인공 염색체), RNA, mRNA, siRNA, miRNA 또는 소분자에서 선택된다.
구현예에서, 푸소좀은 세포내이입 경로 또는 비세포내이입 경로로 세포에 들어간다.
구현예에서, 푸소좀 조성물은 적어도 1시간, 2시간, 3시간, 6시간 또는 12시간; 1일, 2일, 3일, 4일, 5일 또는6일; 1주, 2주, 3주 또는 4주; 1개월, 2개월, 3개월 또는 6개월; 또는 1년, 2년, 3년, 4년 또는 5년 동안 4℃ 미만의 온도에서 안정하다. 구현예에서, 푸소좀 조성물은 적어도 1시간, 2시간, 3시간, 6시간 또는 12시간; 1일, 2일, 3일, 4일, 5일 또는6일; 1주, 2주, 3주 또는 4주; 1개월, 2개월, 3개월 또는 6개월; 또는 1년, 2년, 3년, 4년 또는 5년 동안 -20℃ 미만의 온도에서 안정하다. 구현예에서, 푸소좀 조성물은 적어도 1시간, 2시간, 3시간, 6시간 또는 12시간; 1일, 2일, 3일, 4일, 5일 또는6일; 1주, 2주, 3주 또는 4주; 1개월, 2개월, 3개월 또는 6개월; 또는 1년, 2년, 3년, 4년 또는 5년 동안 -80℃ 미만의 온도에서 안정하다.
구현예에서, 푸소좀(또는 푸소좀 집단)은, 예를 들어 실시예 27의 검정에 따라 측정 시, 원천세포의 약 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 이내의 크기(또는 평균 크기)를 갖는다. 구현예에서, 푸소좀(또는 푸소좀 집단)은, 예를 들어 실시예 27의 검정에 따라 측정 시, 원천세포의 약 0.01%, 0.05%, 0.1%, 0.5%, 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 미만의 크기(또는 평균 크기)를 갖는다. 구현예에서, 푸소좀은 모세포보다 작은 크기를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀은 모세포의 약 50%, 60%, 65%, 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 80% 또는 90% 이내의 크기를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 샘플의 약 90% 내에서, 모세포의 크기 분포 가변성의 약 70%, 60%, 50%, 40%, 30%, 20%, 10%, 5%, 1%(또는 그 이하) 미만을 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 샘플의 약 90% 내에서, 모세포의 크기 분포 가변성의 약 40%, 45%, 50%, 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, 60%, 65% 또는 70%(또는 그 이하)를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 일부 구현예에서, 푸소좀은 30 nm, 35 nm, 40 nm, 45 nm, 50 nm, 55 nm, 60 nm, 65 nm 또는 70 nm 초과의 평균 직경 크기를 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀은 약 100 nm, 110 nm, 120 nm, 125 nm, 126 nm, 127 nm, 128 nm, 129 nm, 130 nm, 131 nm, 132 nm, 133 nm, 134 nm, 135 nm, 140 nm 또는 150 nm의 평균 직경 크기를 갖는다. 구현예에서, 푸소좀(또는 푸소좀 집단)은, 예를 들어 실시예 27의 검정에 따라 측정 시, 원천세포 크기의 약 0.01% 내지 0.05%, 0.05% 내지 0.1%, 0.1% 내지 0.5%, 0.5% 내지 1%, 1% 내지 2%, 2% 내지 3%, 3% 내지 4%, 4% 내지 5%, 5% 내지 10%, 10% 내지 20%, 20% 내지 30%, 30% 내지 40%, 40% 내지 50%, 50% 내지 60%, 60% 내지 70%, 70% 내지 80% 또는 80% 내지 90% 이내의 크기(또는 평균 크기)를 갖는다. 구현예에서, 푸소좀(또는 푸소좀 집단)은, 예를 들어 실시예 27의 검정에 따라 측정 시, 원천세포 크기의 약 0.01% 내지 0.05%, 0.05% 내지 0.1%, 0.1% 내지 0.5%, 0.5% 내지 1%, 1% 내지 2%, 2% 내지 3%, 3% 내지 4%, 4% 내지 5%, 5% 내지 10%, 10% 내지 20%, 20% 내지 30%, 30% 내지 40%, 40% 내지 50%, 50% 내지 60%, 60% 내지 70%, 70% 내지 80% 또는 80% 내지 90% 미만의 크기(또는 평균 크기)를 갖는다. 구현예에서, 푸소좀(또는 푸소좀 집단)은, 예를 들어 실시예 69의 검정에 따라 측정 시, 약 500 nm 미만(예를 들어, 약 10 nm, 50 nm, 100 nm, 150 nm, 200 nm, 250 nm, 300 nm, 350 nm, 400 nm 또는 450 nm 미만)의 직경(또는 평균 직경)을 갖는다. 구현예에서, 푸소좀(또는 푸소좀 집단)은, 예를 들어 실시예 69의 검정에 따라 측정 시, 약 80 nm 내지 180 nm, 90 nm 내지 170 nm, 100 nm 내지 160 nm, 110 nm 내지 150 nm, 120 nm 내지 140 nm, 또는 130 nm의 직경(또는 평균 직경)을 갖는다. 구현예에서, 푸소좀(또는 푸소좀 집단)은, 예를 들어 실시예 69의 검정에 따라 측정 시, 약 11,000 nm 내지 21,000 nm의 직경(또는 평균 직경)을 갖는다. 구현예에서, 푸소좀(또는 푸소좀 집단)은, 예를 들어 실시예 69의 검정에 따라 측정 시, 약 10 nm 내지 22,000 nm, 12 nm 내지 20,000 nm, 14 nm 내지 18,720 nm, 20 nm 내지 16,000 nm의 직경(또는 평균 직경)을 갖는다. 구현예에서, 푸소좀(또는 푸소좀 집단)은, 예를 들어 실시예 69의 검정에 따라 측정 시, 약 0.01 μm3 내지 0.1 μm3, 0.02 μm3 내지 1 μm3, 0.03 μm3 내지 1 μm3, 0.04 μm3 내지 1 μm3, 0.05 μm3 내지 0.09 μm3, 0.06 μm3 내지 0.08 μm3, 0.07 μm3의 부피(또는 평균 부피)를 갖는다. 구현예에서, 구현예에서, 푸소좀(또는 푸소좀 집단)은, 예를 들어 실시예 29의 검정에 따라 측정 시, 적어도 약 10 nm, 20 nm, 30 nm, 40 nm, 50 nm, 60 nm, 70 nm, 80 nm, 90 nm, 100 nm, 150 nm, 200 nm 또는 250 nm의 직경(또는 평균 직경)을 갖는다. 구현예에서, 구현예에서, 푸소좀(또는 푸소좀 집단)은, 예를 들어 실시예 29의 검정에 따라 측정 시, 약 10 nm, 20 nm, 30 nm, 40 nm, 50 nm, 60 nm, 70 nm, 80 nm, 90 nm, 100 nm, 150 nm, 200 nm 또는 250 nm(예를 들어, ±20%)의 직경(또는 평균 직경)을 갖는다. 구현예에서, 구현예에서, 푸소좀(또는 푸소좀 집단)은, 예를 들어 실시예 29의 검정에 따라 측정 시, 적어도 약 500 nm, 750 nm, 1,000 nm, 1,500 nm, 2,000 nm, 2,500 nm, 3,000 nm, 5,000 nm, 10,000 nm 또는 20,000 nm의 직경(또는 평균 직경)을 갖는다. 구현예에서, 구현예에서, 푸소좀(또는 푸소좀 집단)은, 예를 들어 실시예 29의 검정에 따라 측정 시, 약 500 nm, 750 nm, 1,000 nm, 1,500 nm, 2,000 nm, 2,500 nm, 3,000 nm, 5,000 nm, 10,000 nm 또는 20,000 nm(예를 들어, ±20%)의 직경(또는 평균 직경)을 갖는다. 구현예에서, 푸소좀 집단은, 예를 들어 실시예 68의 검정에 따라 측정 시, 다음 중 하나 이상을 갖는다(또는 갖는 것으로 확인된다): 약 40 내지 90 nm, 45 내지 60 nm, 50 내지 55 nm 또는 53 nm의 10% 분위수 직경; 약 70 내지 100 nm, 80 내지 95 nm, 85 내지 90 nm, 또는 88 nm의 25% 분위수 직경; 약 200 내지 250 nm, 210 내지 240 nm, 220 내지 230 nm, 또는 226 nm의 75% 분위수 직경; 또는 약 4000 내지 5000 nm, 4300 내지 4600 nm, 4400 내지 4500 nm, 4450 nm의 90% 분위수 직경.
구현예에서, 푸소좀은, 예를 들어 실시예 82의 검정에 따라 측정 시, 약 35 ng/mL 내지 40 ng/mL, 36 ng/mL 내지 39 ng/mL, 37 ng/mL 내지 38 ng/mL, 또는 37.2 ng/mL의 GAPDH 농도를 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀 조성물의 GAPDH 농도는, 예를 들어 실시예 82의 검정에 따라 측정 시, 원천세포의 GAPDH 농도의 약 1%, 2%, 5%, 10% 또는 20% 이내이다(또는 인 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀 조성물의 GAPDH 농도는, 예를 들어 실시예 82의 검정에 따라 측정 시, 원천세포의 GAPDH 농도보다 적어도 1%, 2%, 5%, 10% 또는 20% 낮다. 구현예에서, 푸소좀 조성물은 총 단백질 1 g당 약 30 μg, 35 μg, 40 μg, 45 μg, 46 μg, 47 μg, 48 μg, 49 μg, 50 μg, 55 μg, 60 μg, 65 μg 또는 70 μg 미만의 GAPDH를 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀 조성물은 총 단백질 1 g당 약 500 μg, 250 μg, 100 μg 또는 50 μg 미만의 GAPDH를 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다). 구현예에서, 모세포는 푸소좀 조성물보다 총 단백질당 적어도 1%, 2.5%, 5%, 10%, 15%, 20%, 30%, 30%, 50%(또는 그 이상)의 GAPDH를 포함한다(또는 포함하는 것으로 확인된다).
구현예에서, 푸소좀 내 칼넥신의 평균 분획 함량은 약 1x10-4, 1.5x10-4, 2x10-4, 2.1x10-4, 2.2x10-4, 2.3x10-4,; 2.4x10-4, 2.43x10-4, 2.5x10-4, 2.6x10-4, 2.7x10-4, 2.8x10-4, 2.9x10-4, 3x10-4, 3.5x10-4 또는 4x10-4 미만이다(또는 미만인 것으로 확인된다). 구현예에서, 푸소좀은 총 단백질당 칼넥신의 양을, 모세포보다 약 70%, 75%, 80%, 85%, 88%, 90%, 95%, 99% 또는 그 이상 더 적은 양으로 포함한다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 막 곡률에 영향을 미치는 지질을 포함하거나 이러한 지질이 강화되어 있다(예를 들어, 문헌[Thiam et al., Nature Reviews Molecular Cell Biology, 14(12): 775-785, 2013] 참조). 일부 지질은 작은 친수성 헤드기와 큰 소수성 테일을 갖는데, 이는 국소 영역에 집중되어 융합 공극의 형성을 용이하게 한다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 콜레스테롤, 포스파티딜에탄올아민(PE), 디글리세리드(DAG), 포스파티드산(PA), 지방산(FA)과 같은 음의 곡률을 갖는 지질을 포함하거나 이러한 지질이 강화되어 있다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 리소포스파티딜콜린(LPC), 포스파티딜이노시톨(Ptdlns), 리소포스파티드산(LPA), 리소포스파티딜에탄올아민(LPE), 모노아실글리세롤(MAG)과 같은 양의 곡률을 갖는 지질을 포함하지 않거나, 이러한 지질이 고갈되어 있거나, 또는 이러한 지질을 거의 갖지 않는다.
일부 구현예에서, 지질은 푸소좀에 부가된다. 일부 구현예에서, 지질은, 푸소좀의 형성 전 또는 동안에 지질을 이의 막에 혼입시키는 배양물 내 원천세포에 부가된다. 일부 구현예에서, 지질은 리포좀 형태의 세포 또는 푸소좀에 부가된다. 일부 구현예에서, 메틸-베타시클로덱스트란(mβ-CD)을 사용하여 지질을 강화하거나 고갈시킨다(예를 들어, 문헌[Kainu et al, Journal of Lipid Research, 51(12): 3533-3541, 2010] 참조).
X. 약학적 조성물 및 이의 제조 방법
본 개시내용은 또한, 일부 양태에서, 본원에 기재된 푸소좀 조성물과 약학적으로 허용 가능한 담체를 포함하는 약학적 조성물을 제공한다. 약학적 조성물은 본원에 기재된 임의의 푸소좀, 예를 들어 레트로바이러스 벡터 또는 VLP를 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터의 하나 이상의 형질도입 유닛이 대상에게 투여된다. 일부 구현예에서, 1 kg당 적어도 1개, 10개, 100개, 1000개, 104개, 105개, 106개, 107개, 108개, 109개, 1010개, 1011개, 1012개, 1013개 또는 1014개의 형질도입 유닛이 대상에게 투여된다. 일부 구현예에서, 혈액 1 ml당 표적세포당 적어도 1개, 10개, 100개, 1000개, 104개, 105개, 106개, 107개, 108개, 109개, 1010개, 1011개, 1012개, 1013개 또는 1014개의 형질도입 유닛이 대상에게 투여된다.
레트로바이러스, 예를 들어 렌티바이러스의 농축 및 정제
일부 구현예에서, 본원에 기재된 레트로바이러스 벡터 제형은 다음 단계 (i) 내지 (vi) 중 하나 이상, 예를 들어 전부를, 예를 들어 시간순으로 포함하는 방법에 의해 제조될 수 있다:
(i) 레트로바이러스 벡터를 생성하는 세포를 배양하는 단계;
(ii) 레트로바이러스 벡터 함유 상청액을 채취하는 단계;
(iii) 선택적으로 상청액을 정화시키는 단계;
(iv) 레트로바이러스 벡터를 정제하여 레트로바이러스 벡터 제제를 제공하는 단계;
(v) 선택적으로 레트로바이러스 벡터 제제를 여과-살균하는 단계; 및
(vi) 레트로바이러스 벡터 제제를 농축시켜 최종 벌크 생성물을 생산하는 단계.
일부 구현예에서, 상기 방법은 정화시키는 단계 (iii)를 포함하지 않는다. 다른 구현예에서, 상기 방법은 정화시키는 단계 (iii)를 포함한다. 일부 구현예에서, 단계 (vi)는 한외여과 또는 접선 유동 여과, 더욱 바람직하게는 중공 섬유 한외여과를 사용하여 수행된다. 일부 구현예에서, 단계 (iv)의 정제 방법은 이온 교환 크로마토그래피, 더욱 바람직하게는 음이온 교환 크로마토그래피이다. 일부 구현예에서, 단계 (v)의 여과-살균은 0.22 μm 또는 0.2 μm 살균 필터를 사용하여 수행된다. 일부 구현예에서, 단계 (iii)는 필터 정화에 의해 수행된다. 일부 구현예에서, 단계 (iv)는 크로마토그래피, 한외여과/정용여과 또는 원심분리에서 선택되는 방법 또는 방법들의 조합을 사용하여 수행된다. 일부 구현예에서, 크로마토그래피 방법 또는 방법의 조합은 이온 교환 크로마토그래피, 소수성 상호작용 크로마토그래피, 크기 배제 크로마토그래피, 친화성 크로마토그래피, 역상 크로마토그래피 및 고정된 금속 이온 친화성 크로마토그래피이다. 일부 구현예에서, 원심분리 방법은 구역 원심분리, 등밀도 원심분리 및 펠릿화 원심분리에서 선택된다. 일부 구현예에서, 한외여과/정용여과 방법은 접선 유동 정용여과, 교반식 세포 정용여과 및 투석에서 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 방법에는 정제를 개선시키기 위해 핵산을 분해하는 적어도 하나의 단계가 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 단계는 뉴클레아제 처리이다.
일부 구현예에서, 벡터의 농축은 여과 전에 수행된다. 일부 구현예에서, 벡터의 농축은 여과 후에 수행된다. 일부 구현예에서, 농축 및 여과 단계는 반복된다.
일부 구현예에서, 최종 농축 단계는 여과-살균 단계 후 수행된다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 치료제로서 인간에게 투여하는 데 적합한 임상 등급의 제형을 생산하기 위한 대규모 공정이다. 일부 구현예에서, 여과-살균 단계는 농축 단계 전에 일어난다. 일부 구현예에서, 농축 단계는 공정의 마지막 단계이며, 여과-살균 단계는 공정의 끝에서 두 번째 단계이다. 일부 구현예에서, 농축 단계는 한외여과, 바람직하게는 접선 유동 여과, 더욱 바람직하게는 중공 섬유 한외여과를 사용하여 수행된다. 일부 구현예에서, 여과-살균 단계는 최대 공극 크기가 약 0.22 μm인 살균 필터를 사용하여 수행된다. 또 다른 바람직한 구현예에서, 최대 공극 크기는 0.2 μm이다.
일부 구현예에서, 벡터 농도는 여과-살균 전 제제 1 ml당 약 4.6×1011개 이하의 RNA 게놈 카피이다. 적절한 농도 수준은, 적절한 경우, 예를 들어 희석 단계를 사용하여 벡터 농도를 제어함으로써 달성될 수 있다. 따라서, 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 제제는 여과 살균 전에 희석된다.
정화는 세포 잔여물 및 다른 불순물을 제거하는 여과 단계에 의해 수행될 수 있다. 적합한 필터는, 효과적인 제거 및 허용 가능한 회수물을 달성하기 위해, 셀룰로오스 필터, 재생 셀룰로오스 필터, 무기 필터 보조제(예를 들어, 규조토, 펄라이트, 흄드 실리카)와 조합된 셀룰로오스 필터, 무기 필터 보조제 및 유기 수지와 조합된 셀룰로오스 필터, 또는 이들의 임의의 조합, 및 중합체 필터(예에는, 비제한적으로, 나일론, 폴리프로필렌, 폴리에테르술폰이 포함됨)를 이용할 수 있다. 다단계 공정이 사용될 수 있다. 예시적인 2단계 또는 3단계 공정은 큰 침전물 및 세포 잔여물을 제거하기 위해 거친 필터(들), 이어서 0.2 미크론 초과 1 미크론 미만 공칭 공극 크기를 갖는 제2 단계 폴리싱 필터(들)로 이루어질 수 있다. 최적의 조합은 침전물 크기 분포와 다른 변수의 함수일 수 있다. 또한, 비교적 작은 공극 크기를 갖는 필터 또는 원심분리를 이용하는 단일 단계 작업이 또한 정화를 위해 사용될 수 있다. 보다 일반적으로, 비제한적으로, 억류(dead-end) 여과, 미세여과, 원심분리, 또는 억류 또는 심층 여과와 조합된 여과 보조제(예를 들어, 규조토)의 보디피드(body feed) 여과(이는 후속 단계에서 막 및/또는 수지를 오염시키지 않기 위해 적합한 정화도의 여과액을 제공함)를 포함하는 임의의 정화 접근법이, 본 발명의 정화 단계에서 사용하는 데 허용될 것이다.
일부 구현예에서, 심층 여과 및 막 여과가 사용된다. 이와 관련하여 유용한 상업적으로 입수 가능한 제품은, 예를 들어 WO 03/097797, p. 20-21에 언급되어 있다. 사용될 수 있는 막은 상이한 재료로 구성될 수 있고, 공극 크기가 상이할 수 있으며, 조합으로 사용될 수도 있다. 이는 몇몇 공급업체에서 상업적으로 입수할 수 있다. 일부 구현예에서, 정화에 사용되는 필터는 1.2 μm 내지 0.22 μm 범위이다. 일부 구현예에서, 정화에 사용되는 필터는 1.2/0.45 μm 필터 또는 최소 공칭 공극 크기가 0.22 μm 이내인 비대칭 필터이다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 오염된 DNA/RNA, 즉, 주로 숙주세포 핵산을 분해하기 위해 뉴클레아제를 이용한다. 본 발명에 사용하기에 적합한 예시적인 뉴클레아제에는, 모든 형태의 DNA 및 RNA(단일가닥, 이중가닥, 선형 또는 원형)를 공격하여 분해하는 Benzonase® 뉴클레아제(EP 0229866), 또는 제제로부터 원치 않는 또는 오염된 DNA 및/또는 RNA를 제거하기 위한 목적으로 당업계에서 통상적으로 사용되는 임의의 다른 DNase 및/또는 RNase가 포함된다. 바람직한 구현예에서, 뉴클레아제는 특정 뉴클레오타이드 사이의 내부 포스포디에스테르 결합을 가수분해하여 핵산을 신속하게 가수분해시킴으로써, 벡터 함유 상청액 중 폴리뉴클레오타이드의 크기를 감소시키는 Benzonase® 뉴클레아제이다. Benzonase® 뉴클레아제는 Merck KGaA(코드 W214950)에서 상업적으로 입수할 수 있다. 이용되는 뉴클레아제의 농도는 바람직하게는 1 ml당 1개 내지 100개 유닛 범위 내에 있다.
일부 구현예에서, 벡터 현탁액은, 예를 들어 벡터 농축 및/또는 완충액 교환을 위한 공정 동안 적어도 1회 한외여과(때때로 완충액 교환을 위해 사용될 때 정용여과로 지칭됨)에 적용된다. 벡터를 농축시키는 데 사용되는 공정은, 희석제가 벡터 제제로부터 제거되는 방식으로 희석제는 필터를 통과하지만, 벡터는 필터를 통해 통과할 수 없어, 벡터 제제에 농축된 형태로 남아있게 되도록 강제함으로써, 벡터의 농도가 증가하게 되는 임의의 여과 공정(예를 들어, 한외여과(UF))을 포함할 수 있다. UF는, 예를 들어 문헌[Microfiltration and Ultrafiltration: Principles and Applications, L. Zeman and A. Zydney (Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., 1996)]; 및 문헌[Ultrafiltration Handbook, Munir Cheryan (Technomic Publishing, 1986; ISBN No. 87762-456-9)]에 상세하게 기재되어 있다. 적합한 여과 공정은, 예를 들어 문헌[MILLIPORE catalogue, "Pharmaceutical Process Filtration Catalogue" pp. 177-202 (Bedford, Mass., 1995/96)]에 기재된 바와 같은 접선 유동 여과("TFF")이다. TFF는 바이러스를 비롯한 생성물의 세포 채취, 정화, 정제 및 농축을 위한 생물가공 산업에 널리 사용된다. 상기 시스템은 공급 용액, 투과물 및 잔류물의 3가지 별개의 공정 스트림으로 구성된다. 적용에 따라, 공극 크기가 상이한 필터가 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 잔류물은 생성물(렌티바이러스 벡터)을 함유한다. 선택된 특정 한외여과 막은 벡터를 보유하도록 충분히 작지만, 불순물을 효과적으로 제거하도록 충분히 큰 공극 크기를 갖는다. 제조업체 및 막 유형에 따라, 레트로바이러스 벡터의 공칭 분자량 컷오프(NMWC)가 100 kDa 내지 1000 kDa인 막, 예를 들어 300 kDa 또는 500 kDa NMWC인 막이 적절할 수 있다. 막 조성물은, 비제한적으로, 재생 셀룰로오스, 폴리에테르술폰 또는 이의 유도체일 수 있다. 막은 편평한 시트(평판 스크린으로도 불림) 또는 중공 섬유일 수 있다. 적합한 UF는 중공 섬유 UF, 예를 들어 공극 크기가 0.1 μm 보다 작은 필터를 사용하는 여과이다. 생성물은 일반적으로 보유되지만, 투과를 통해 부피가 감소될 수 있다(또는 완충액 및 불순물을 함유하는 투과물이 투과물 측에서 제거되는 속도와 동일한 속도로 완충액을 첨가함으로써, 정용여과 동안 일정하게 유지될 수 있음).
생물약제학 산업에서 TFF에 가장 널리 사용되는 기하구조는 플레이트 및 프레임(평판 스크린), 및 중공 섬유 모듈이다. 한외여과 및 미세여과를 위한 중공 섬유 유닛은 Amicon and Ramicon에서 1970년대 초에 개발되었으며(Cheryan, M. Ultrafiltration Handbook), 현재는 Spectrum 및 GE Healthcare를 비롯한 여러 공급업체가 존재한다. 중공 섬유 모듈은 밀도가 높은 피부층을 갖는 자가-지지 섬유의 어레이로 이루어져 있다. 섬유 직경은 0.5 mm 내지 3 mm 범위이다. 특정 구현예에서, 중공 섬유가 TFF에 사용된다. 특정 구현예에서, 공극 크기가 500 kDa(0.05 μm)인 중공 섬유가 사용된다. 한외여과는 정용여과(DF)를 포함할 수 있다. UF 속도와 동일한 속도로 한외여과되는 용액에 용매를 첨가하여 미세용질을 제거할 수 있다. 이는 용액으로부터의 미세종을 일정한 부피로 세척함으로써, 남아있는 벡터를 정제하는 것이다.
UF/DF는 정제 공정의 상이한 단계에서 벡터 현탁액을 농축 및/또는 완충액 교환하는데 사용될 수 있다. 상기 방법은 크로마토그래피 또는 다른 정제 단계 후 상청액의 완충액을 교환하기 위해 DF 단계를 이용할 수 있지만, 이는 크로마토그래피 전에 사용될 수도 있다.
일부 구현예에서, 크로마토그래피 단계로부터의 용출액은 농축되고, 한외여과-정용여과에 의해 추가로 정제된다. 이러한 공정 동안, 벡터는 제형 완충액으로 교환된다. 최종 목적하는 농도로의 농축은 여과-살균 단계 후에 일어날 수 있다. 상기 멸균 여과 후, 여과 살균된 물질은 무균 UF에 의해 농축되어, 벌크 벡터 생성물이 생성된다.
구현예에서, 한외여과/정용여과는 접선 유동 정용여과, 교반식 세포 정용여과 및 투석일 수 있다.
정제 기술은 벡터 입자를 세포 환경에서 분리하고, 필요한 경우, 벡터 입자를 추가로 정제하는 것을 포함하는 경향이 있다. 다양한 크로마토그래피 방법 중 하나 이상이 이러한 정제에 사용될 수 있다. 이온 교환, 더욱 특히 양이온 교환 크로마토그래피가 적합한 방법이며, 다른 방법이 사용될 수도 있다. 일부 크로마토그래피 기법에 대한 설명이 하기에 제시된다.
이온 교환 크로마토그래피는, 생체분자 및 바이러스 벡터와 같은 하전된 종이, 이의 표면에 고정된, 반대 전하를 갖는 그룹을 갖는 고정상(예컨대 막 또는 컬럼 내 패킹)에 가역적으로 결합할 수 있다는 사실을 이용한다. 2가지 유형이 이온 교환기가 존재한다. 음이온 교환기는 양전하를 갖는 그룹을 보유하는 고정상이기 때문에, 음전하를 갖는 종과 결합할 수 있다. 양이온 교환기는 음전하를 갖는 그룹을 보유하기 때문에, 양전하를 갖는 종과 결합할 수 있다. 매질의 pH는 종에 대한 전하를 변경할 수 있기 때문에, 이에 영향을 미친다. 따라서, 단백질과 같은 종의 경우, pH가 pI보다 높은 경우, 순 전하는 음일 것이며, pI보다 낮은 경우, 순 전하는 양일 것이다.
결합된 종의 변위(용리)는 적합한 완충액의 사용에 영향을 받을 수 있다. 따라서, 통상적으로, 완충액의 이온 농도는 고정상에서 이온 부위에 대한 완충액 이온의 경쟁을 통해 종이 대체될 때까지 증가한다. 대안적인 용리 방법은 종의 순 전하가 더 이상 고정상에 결합하는 것을 선호하지 않을 때까지 완충액의 pH를 변경하는 것을 포함한다. 예는, 종을 순 양전하로 가정하고, 음이온 교환기에 더 이상 결합하지 않을 때까지 pH를 감소시키는 것일 수 있다.
불순물이 하전되지 않은 경우, 또는 목적하는 종의 전하와 반대 부호의 전하를 보유하지만, 이온 교환기와는 동일한 부호를 갖는 경우에, 일부 정제가 달성될 수 있다. 이는, 하전되지 않은 종과 이온 교환기와 동일한 부호의 전하를 갖는 종이 통상적으로 결합하지 않기 때문이다. 서로 상이하게 결합된 종의 경우, 결합의 강도는 전하 밀도 및 다양한 종에 대한 전하의 분포와 같은 요인에 따라 달라진다. 따라서, 이온 또는 pH 구배를 적용하여(연속 구배, 또는 일련의 단계), 목적하는 종을 불순물과 별도로 용리할 수 있다.
크기 배제 크로마토그래피는 크기에 따라 종을 분리하는 기술이다. 전형적으로, 이는 공극의 크기가 명확한 입자로 패킹된 컬럼을 사용하여 수행된다. 크로마토그래피 분리를 위해, 분리하고자 하는 혼합물에서 종의 크기에 대하여 적절한 공극 크기를 갖는 입자가 선택된다. 혼합물을 용액(또는 바이러스의 경우 현탁액)으로 컬럼에 적용한 후, 완충액을 이용하여 용리할 때, 가장 큰 입자가 공극에 대한 접근이 제한되기 때문에(또는 접근할 수 없음) 먼저 용리될 것이다. 더 작은 입자는, 이들이 공극에 들어갈 수 있어 컬럼을 통해 더 긴 경로를 거치기 때문에, 더 늦게 용리될 것이다. 따라서, 바이러스 벡터의 정제를 위한 크기 배제 크로마토그래피의 사용을 고려할 때, 벡터는 단백질과 같은 더 작은 불순물보다 먼저 용리될 것으로 예측된다.
단백질과 같은 종은, 이의 표면에, 고정상의 약한 소수성 부위에 가역적으로 결합할 수 있는 소수성 영역을 갖는다. 비교적 높은 염 농도를 갖는 매질에서, 이러한 결합이 촉진된다. 전형적으로, HIC에서, 정제하고자 하는 샘플은 높은 염 환경에서 고정상에 결합된다. 이어서, 염 농도를 감소시키는 구배(연속, 또는 일련의 단계)를 적용하여 용리가 달성된다. 통상적으로 사용되는 염은 황산암모늄이다. 소수성 수준이 상이한 종들은 상이한 염 농도에서 용리되는 경향이 있기 때문에, 표적 종이 불순물로부터 정제될 수 있다. pH, 온도, 및 세제, 무질서유발(chaotropic) 염 및 유기물과 같은 용리 매질에 대한 첨가제와 같은 다른 인자가, 또한 HIC 고정상에 대한 종의 결합 강도에 영향을 미칠 수 있다. 이러한 인자 중 하나 이상이 생성물의 용리 및 정제를 최적화하는 데 적용되거나 이용될 수 있다.
바이러스 벡터는 이의 표면에, 단백질과 같은 소수성 모이어티를 갖기 때문에, HIC는 잠재적으로 정제의 수단으로서 이용될 수 있다.
HIC와 마찬가지로, RPC는 소수성의 차이에 따라 종을 분리한다. HIC에 이용되는 것보다 소수성이 더 큰 고정상이 사용된다. 고정상은 종종 알킬기 또는 페닐기와 같은 소수성 모이어티가 결합되는 재료, 전형적으로 실리카로 이루어진다. 대안적으로, 고정상은 부착된 기가 없는 유기 중합체일 수 있다. 용리하고자 하는 종들의 혼합물을 함유한 샘플이 결합을 촉진시키는 비교적 높은 극성의 수성 매질 중의 고정상에 적용된다. 이어서, 이소프로판올 또는 아세토니트릴과 같은 유기 용매의 첨가에 의해 수성 매질의 극성을 감소시킴으로써 용리가 달성된다. 통상적으로, 유기 용매 농도를 증가시키는 구배(연속, 또는 일련의 단계)가 사용되며, 각각의 소수성의 순서대로 종들이 용리된다.
용리 매질의 pH, 첨가제의 사용과 같은 다른 인자가, 또한 RPC 고정상에 대한 종의 결합 강도에 영향을 미칠 수 있다. 이러한 인자 중 하나 이상이 생성물의 용리 및 정제를 최적화하는 데 적용되거나 이용될 수 있다. 통상적인 첨가제는 트리플루오로아세트산(TFA)이다. 이는 샘플에서 카르복실 모이어티와 같은 산성 기의 이온화를 억제한다. 이는 또한 용리 매질의 pH 감소시키며, 이는 실리카 매트릭스를 갖는 고정상의 표면에 존재할 수 있는 유리 실란올 기의 이온화를 억제한다. TFA는 이온 쌍 형성제로 공지된 첨가제 부류 중 하나이다. 이는, 샘플의 종에 존재하는, 반대 전하를 보유하는 이온 기와 상호작용한다. 상호작용은 전하를 차폐하여, 종들의 소수성을 증가시키는 경향이 있다. TFA 및 펜타플루오로프로피온산과 같은 음이온 쌍 형성제는 종에서 양으로 하전된 기와 상호작용한다. 트리에틸아민과 같은 양이온 쌍 형성제는 음으로 하전된 기와 상호작용한다.
바이러스 벡터는 이의 표면에, 단백질과 같은 소수성 모이어티를 갖기 때문에, RPC는 잠재적으로 정제의 수단으로서 이용될 수 있다.
친화성 크로마토그래피는, 단백질 또는 뉴클레오타이드와 같은 생체분자와 특이적으로 결합하는 특정 리간드가 고정상에 고정될 수 있다는 사실을 이용한다. 이어서, 변형된 고정상은 혼합물로부터 관련 생체분자를 분리하는 데 사용될 수 있다. 고도로 특이적인 리간드의 예는, 표적 항원의 정제를 위한 항체, 및 효소의 정제를 위한 효소 저해제이다. 넓은 범위의 항체의 단리를 위해 단백질 A 리간드를 사용하는 것과 같은 보다 일반적인 상호작용이 이용될 수 있다.
전형적으로, 친화성 크로마토그래피는 관심 종을 함유하는 혼합물을 관련 리간드가 부착된 고정상에 적용함으로써 수행된다. 적절한 조건 하에서, 이는 종의 고정상에의 결합을 유도할 것이다. 이어서, 용리 매질이 적용되기 전, 결합되지 않은 구성요소가 세척된다. 용리 매질은 리간드의 표적 종에의 결합을 방해하기 위해 선택된다. 이는 통상적으로 적절한 이온 강도, pH의 선택, 또는 리간드 부위에 대하여 표적 종과 경쟁하게 될 물질의 사용에 의해 달성된다. 일부 결합된 종의 경우, 리간드로부터의 이동을 위해 우레아와 같은 무질서유발제가 사용된다. 하지만, 이는 종의 비가역적인 변성을 유도할 수 있다.
바이러스 벡터는 이의 표면에, 적절한 리간드에 특이적으로 결합할 수 있는 단백질과 같은 모이어티를 갖는다. 이는, 잠재적으로, 친화성 크로마토그래피가 이의 단리에 사용될 수 있음을 의미한다.
단백질과 같은 생체분자는, 이의 표면에, 금속 이온과 배위 결합을 형성할 수 있는 전자 공여 모이어티를 가질 수 있다. 이는, Ni2+, Cu2+, Zn2+ 또는 Fe3+와 같은 고정된 금속 이온을 운반하는 고정상에의 결합을 용이하게 할 수 있다. IMAC에 사용되는 고정상은 킬레이트제, 전형적으로 표면에 공유결합으로 부착되며 금속 이온을 보유하는 킬레이트제인 니트릴로아세트산 또는 이미노디아세트산을 갖는다. 킬레이트된 금속 이온은 생체분자에의 배위 결합을 형성하는 데 이용 가능한 적어도 하나의 배위 부위를 가질 필요가 있다. 잠재적으로, 고정된 금속 이온에 결합할 수 있는 생체분자의 표면에는 몇몇 모이어티가 존재한다. 이에는, 히스티딘, 트립토판 및 시스테인 잔기뿐 아니라, 포스페이트기가 포함된다. 하지만, 단백질의 경우, 우세한 공여체는 히스티딘 잔기의 이미다졸기인 것으로 보인다. 천연 단백질은, 이의 표면에 적합한 공여체 모이어티를 나타내는 경우, IMAC를 사용하여 분리될 수 있다. 다르게는, IMAC는 몇몇 연결된 히스티딘 잔기의 사슬을 보유하는 재조합 단백질의 분리를 위해 사용될 수 있다.
전형적으로, IMAC는 관심 종을 함유하는 혼합물을 고정상에 적용함으로써 수행된다. 적절한 조건 하에서, 이는 종의 고정상에의 배위 결합을 유도할 것이다. 이어서, 용리 매질이 적용되기 전, 결합되지 않은 구성요소가 세척된다. 용리를 위해, 염 농도를 증가시키거나 pH를 감소시키는 구배(연속, 또는 일련의 단계)가 사용될 수 있다. 또한, 통상적으로 사용되는 절차는 이미다졸 농도를 증가시키는 구배의 적용이다. 상이한 공여체 특성을 갖는, 예를 들어 상이한 환경에 있는 히스티딘 잔기를 갖는 생체분자는, 구배 용리를 사용하여 분리될 수 있다.
바이러스 벡터는 이의 표면에, IMAC 고정상에 결합할 수 있는 단백질과 같은 모이어티를 갖는다. 이는, 잠재적으로, IMAC가 이의 단리에 사용될 수 있음을 의미한다.
적합한 원심분리 기술에는, 구역 원심분리, 등밀도 초원심분리 및 펠릿화 원심분리가 포함된다.
여과-살균은 약학적 등급의 재료를 위한 공정에 적합하다. 여과-살균은 수득되는 제형에 실질적으로 오염물이 없게 한다. 여과-살균 후 오염물의 수준은, 제형이 임상용으로 적합한 정도이다. 여과-살균 단계 후 추가의 농축(예를 들어, 한외여과)이 무균 조건 하에서 수행될 수 있다. 일부 구현예에서, 살균 필터의 최대 공극 크기는 0.22 μm이다.
본원의 레트로바이러스 벡터는 또한 관류 초원심분리 및 고속 원심분리, 및 접선 유동 여과를 사용하여 렌티바이러스 벡터를 농축시키고 정제하는 방법에 적용될 수 있다. 관류 초원심분리는 RNA 종양 바이러스의 정제에 사용될 수 있다(문헌[Toplin et al, Applied Microbiology 15:582-589, 1967]; 문헌[Burger et al., Journal of the National Cancer Institute 45: 499-503, 1970]). 관류 초원심분리는 렌티바이러스 벡터의 정제에 사용될 수 있다. 이러한 방법은 하기 단계 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 예를 들어, 렌티바이러스 벡터는 세포공장(cell factory) 또는 생물반응기 시스템을 사용하여 세포에서 생산될 수 있다. 일시적 트랜스펙션 시스템이 사용될 수 있거나, 패키징 또는 생산 세포주도 유사하게 사용될 수 있다. 목적하는 경우, 재료를 초원심분리기에 로딩하기 전, 사전 정화 단계가 사용될 수 있다. 관류 초원심분리는 연속 흐름 또는 배치식 침강을 사용하여 수행될 수 있다. 침강에 사용되는 재료는, 예를 들어 염화세슘, 타르타르산칼륨 및 브롬화칼륨이며, 이들은 모두 부식성이지만, 낮은 점도와 함께 높은 밀도를 형성한다. CsCl은 형성될 수 있는 광범위한 밀도 구배(1.0 g/cm3 내지 1.9 g/cm3)로 인해 고순도가 달성될 수 있기 때문에, 공정 개발에 자주 사용된다. 브롬화칼륨은, 예를 들어 25℃와 같은 승온에서 높은 밀도로 사용될 수 있으며, 이는 일부 단백질의 안정성과 양립할 수 없다. 수크로오스는 저렴하고 무독성이기 때문에 널리 사용되며, 대부분의 단백질, 준세포 분획 및 전체 세포의 분리에 적합한 구배를 형성할 수 있다. 전형적으로, 최대 밀도는 약 1.3 g/cm3이다. 수크로오스의 삼투 가능성은 세포에 독성일 수 있으며, 이러한 경우 복합 구배 물질, 예를 들어 Nycodenz가 사용될 수 있다. 구배는 구배가 있는 하나 이상의 단계와 함께 사용될 수 있다. 일 구현예는 수크로오스 구배 단계를 사용하는 것이다. 재료의 부피는 실행당 0.5 리터 내지 200 리터 초과일 수 있다. 유속은 시간당 5 리터 내지 25 리터 초과일 수 있다. 적합한 작동 속도는 25,000 rpm 내지 40,500 rpm으로, 이는 최대 122,000×g의 힘을 생성한다. 로터는 목적하는 부피율로 정적으로 언로딩될 수 있다. 일 구현예는, 원심분리된 물질을 100 ml 분획으로 언로딩하는 것이다. 이어서, 정제되고 농축된 렌티바이러스 벡터를 함유하는 단리된 분획은 겔 여과 또는 크기 배제 크로마토그래피를 사용하여 목적하는 완충액에서 교환될 수 있다. 완충액 교환 또는 추가의 정제를 위한 대안적인 또는 추가의 방법으로 음이온 또는 양이온 교환 크로마토그래피가 사용될 수 있다. 또한, 필요한 경우, 완충액 교환 및 최종 제형을 위해 접선 유동 여과가 사용될 수 있다. 접선 유동 여과(TFF)는 또한 초고속 또는 고속 원심분리에 대한 대안적인 단계로 사용될 수 있으며, 여기서 2단계 TFF 절차가 실행될 수 있다. 제1 단계는 벡터 상청액의 부피를 감소시킬 수 있는 반면, 제2 단계는 완충액 교환, 최종 제형 및 일부 경우 재료의 추가 농축을 위해 사용될 수 있다. TFF 막의 막 크기는 100 킬로달톤 내지 500 킬로달톤일 수 있으며, 여기서 제1 TFF 단계의 막 크기는 500 킬로달톤일 수 있고, 제2 TFF의 막 크기는 300 킬로달톤 내지 500 킬로달톤일 수 있다. 최종 완충액은 장기 보관을 위해 벡터를 저장할 수 있는 재료를 함유해야 한다.
구현예에서, 상기 방법은 렌티바이러스 벡터를 생성하기 위해 부착세포를 함유하는 세포공장, 또는 벡터 또는 헬퍼 구조체로 트랜스펙션 또는 형질도입된 현탁액 세포를 함유하는 생물반응기를 사용한다. 비제한적인 생물반응기의 예에는, Wave 생물반응기 시스템 및 Xcellerex 생물반응기가 포함된다. 둘 모두 1회용 시스템이다. 하지만, 1회용이 아닌 시스템이 사용될 수도 있다. 상기 구조체는 본원에 기재된 것뿐 아니라, 다른 렌티바이러스 형질도입 벡터일 수 있다. 대안적으로, 형질도입 또는 트랜스펙션 필요 없이 렌티바이러스 벡터를 생산하기 위해 세포주를 조작할 수 있다. 트랜스펙션 후, 렌티바이러스 벡터를 채취하고, 여과하여 미립자를 제거한 후, 연속 흐름 고속 또는 초고속 원심분리를 사용하여 원심분리한다. 바람직한 구현예는, 고속 원심분리기가 장착된, JCF-A 구역 및 연속 흐름 로터와 같은 고속 연속 흐름 장치를 사용하는 것이다. 또한, 중간 규모의 렌티바이러스 벡터 생산을 위해서는 Contifuge Stratus 원심분리기를 사용하는 것이 바람직하다. 또한, 원심분리 속도가 5,000×g RCF 초과 내지 26,000×g RCF 미만인 임의의 연속 흐름 원심분리기가 적합하다. 바람직하게는, 연속 흐름 원심력은 약 10,500×g 내지 23,500×g RCF이고, 회전 시간은 20시간 내지 4시간이며, 원심력이 느릴수록 사용되는 원심분리 시간은 더 길어진다. 렌티바이러스 벡터가 여과 가능하지 않은 응집체를 형성하지 않도록 렌티바이러스 벡터는 밀도가 높은 재료의 쿠션(비제한적인 예는 수크로오스이지만, 쿠션을 형성하기 위해 다른 시약이 사용될 수 있으며, 이는 당업계에 널리 공지되어 있음)에서 원심분리될 수 있으며, 벡터의 직선 원심분리를 통해 바이러스 벡터 펠릿을 생성하는 경우도 있다. 쿠션 상에서의 연속 흐름 원심분리는 벡터가 큰 응집체 형성하는 것을 회피할 수 있지만, 렌티바이러스 벡터를 생성하는 큰 부피의 트랜스펙션된 재료로부터 벡터를 높은 수준으로 농축시킬 수 있다. 또한, 제2 저밀도 수크로오스 층을 사용하여 렌티바이러스 벡터 제제를 묶을 수 있다. 연속 흐름 원심분리기의 유속은 분당 1 ml 내지 100 ml일 수 있지만, 더 높거나 낮은 유속이 사용될 수도 있다. 유속은 높은 유속으로 인한 유의한 양의 벡터 손실 없이, 벡터가 원심분리기의 코어에 들어가는데 충분한 시간을 제공하도록 조정된다. 더 높은 유속을 원하는 경우, 연속 흐름 원심분리기에서 배출되는 재료를 재순환시켜 원심분리기를 2회 통과하게 할 수 있다. 연속 흐름 원심분리를 사용하여 바이러스를 농축시킨 후, 접선 유동 여과(TFF)를 사용하여 벡터를 추가로 농축시킬 수 있거나, 완충액 교환을 위해 TFF 시스템을 간단히 사용할 수 있다. TFF 시스템의 비제한적인 예는, GB-Healthcare에서 제조된 Xampler 카트리지 시스템이다. 바람직한 카트리지는 MW 컷오프가 500,000 MW 이하인 것들이다. 바람직하게는, MW 컷오프가 300,000 MW인 카트리지가 사용된다. MW 컷오프가 100,000 MW인 카트리지가 또한 사용될 수 있다. 부피가 더 큰 경우, 더 큰 카트리지가 사용될 수 있으며, 당업자는 벡터 제제의 최종 충전 전, 이러한 최종 완충액 교환 및/또는 농축 단계에 적합한 TFF 시스템을 쉽게 찾을 수 있을 것이다. 최종 충전 제제는 벡터를 안정화시키는 요소를 함유할 수 있고, 당이 일반적으로 사용되며 당업계에 공지되어 있다.
단백질 함량
일부 구현예에서, 레트로바이러스 입자는 다양한 원천세포 게놈 유래 단백질, 외인성 단백질 및 바이러스 게놈 유래 단백질을 포함한다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 입자는 원천세포 게놈 유래 단백질 대 바이러스 게놈 유래 단백질, 원천세포 게놈 유래 단백질 대 외인성 단백질, 및 외인성 단백질 대 바이러스-게놈 유래 단백질의 다양한 비를 함유한다.
일부 구현예에서, 바이러스 게놈 유래 단백질은 GAG 다단백질 전구체, HIV-1 인테그라아제, POL 다단백질 전구체, 캡시드, 뉴클레오캡시드, p17 매트릭스, p6, p2, VPR, Vif이다.
일부 구현예에서, 원천세포 유래 단백질은 시클로필린 A, 열충격 70 kD, 인간 연장인자-1 알파(EF-1R) 히스톤 H1, H2A, H3, H4, 베타-글로빈, 트립신 전구체, 파르불린(Parvulin), 글리세르알데히드-3-포스페이트 데히드로게나아제, Lck, 유비퀴틴, SUMO-1, CD48, 신테닌-1, 뉴클레오포스민(Nucleophosmin), 이종 핵 리보핵단백질 C1/C2, 뉴클레오린(Nucleolin), 가능한 ATP-의존성 헬리카아제 DDX48, 매트린(Matrin)-3, 이행성 ER ATPase, GTP-결합 핵 단백질 Ran, 이종 핵 리보핵단백질 U, 인터류킨 인핸서 결합인자 2, 비(非)POU 도메인 함유 8량체 결합 단백질, RuvB 유사 2, HSP 90-b, HSP 90-a, 연장인자 2, D-3-포스포글리세레이트 데히드로게나아제, a-에놀라아제, C-1-테트라히드로폴레이트 신타아제, 세포질, 피루베이트 키나아제, 이소자임 M1/M2, 유비퀴틴 활성화 효소 E1, 26S 프로테아제 조절 서브유닛 S10B, 60S 산성 리보솜 단백질 P2, 60S 산성 리보솜 단백질 P0, 40S 리보솜 단백질 SA, 40S 리보솜 단백질 S2, 40S 리보솜 단백질 S3, 60S 리보솜 단백질 L4, 60S 리보솜 단백질 L3, 40S 리보솜 단백질 S3a, 40S 리보솜 단백질 S7, 60S 리보솜 단백질 L7a, 60S 산성 리보솜 단백질 L31, 60S 리보솜 단백질 L10a, 60S 리보솜 단백질 L6, 26S 프로테아좀 비(非)ATPase 조절 서브유닛 1, 튜불린 b-2 사슬, 액틴, 세포질 1, 액틴, 대동맥 평활근, 튜불린 a-유비쿼터스 사슬, 클라트린(Clathrin) 중쇄 1, 히스톤 H2B.b, 히스톤 H4, 히스톤 H3.1, 히스톤 H3.3, 히스톤 H2A 제8형, 26S 프로테아제 조절 서브유닛 6A, 유비퀴틴-4, RuvB 유사 1, 26S 프로테아제 조절 서브유닛 7, 류실-tRNA 합성효소, 세포질, 60S 리보솜 단백질 L19, 26S 프로테아좀 비ATPase 조절 서브유닛 13, 히스톤 H2B.F, U5 작은 핵 리보핵단백질 200 kDa 헬리카아제, 폴리[ADP-리보오스]폴리머라아제-1, ATP-의존성 DNA 헬리카아제 II, DNA 복제 라이센싱 인자 MCM5, 뉴클레아제 민감 요소 결합 단백질 1, ATP-의존성 RNA 헬리카아제 A, 인터류킨 인핸서 결합인자 3, 전사 연장인자 B 폴리펩타이드 1, Pre-mRNA 처리 스플라이싱 인자 8, 포도상구균 뉴클레아제 도메인 함유 단백질 1, 프로그래밍된 세포 사멸 6-상호작용 단백질, RNA 폴리머라아제 II 전사 서브유닛 8 동족체의 매개체, 핵소체 RNA 헬리카아제 II, 엔도플라스민(Endoplasmin), DnaJ 동족체 서브패밀리 A 멤버 1, 열충격 70 kDa 단백질 1L, T-복합 단백질 1 e 서브유닛, GCN1 유사 단백질 1, 세로트랜스페린(Serotransferrin), 프룩토오스 비스포스페이트 알돌라아제 A, 이노신-5'모노포스페이트 데히드로게나아제 2, 26S 프로테아제 조절 서브유닛 6B, 지방산 신타아제, DNA-의존성 단백질 키나아제 촉매 서브유닛, 40S 리보솜 단백질 S17, 60S 리보솜 단백질 L7, 60S 리보솜 단백질 L12, 60S 리보솜 단백질 L9, 40S 리보솜 단백질 S8, 40S 리보솜 단백질 S4 X 이소형, 60S 리보솜 단백질 L11, 26S 프로테아좀 비ATPase 조절 서브유닛 2, 코토머(Coatomer) a 서브유닛, 히스톤 H2A.z, 히스톤 H1.2, 시토졸 디네인(Dynein) 중쇄이다. 문헌[Saphire et al., Journal of Proteome Research, 2005] 및 문헌[Wheeler et al., Proteomics Clinical Applications, 2007] 참조.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터는 peg화된다.
입자 크기
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터 직경의 중앙값은 10 nm 내지 1000 nm, 25 nm 내지 500 nm, 40 nm 내지 300 nm, 50 nm 내지 250 nm, 60 nm 내지 225 nm, 70 nm 내지 200 nm, 80 nm 내지 175 nm, 또는 90 nm 내지 150 nm이다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터의 90%는 레트로바이러스 직경의 중앙값 50% 내에 속한다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터의 90%는 레트로바이러스 직경의 중앙값 25% 내에 속한다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터의 90%는 레트로바이러스 직경의 중앙값 20% 내에 속한다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터의 90%는 레트로바이러스 직경의 중앙값 15% 내에 속한다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터의 90%는 레트로바이러스 직경의 중앙값 10% 내에 속한다.
XI. 적응증 및 용도
본원에 기재된 푸소좀, 레트로바이러스 벡터, VLP 또는 약학적 조성물은, 대상, 예를 들어 포유류, 예를 들어 인간에게 투여될 수 있다. 상기와 같은 구현예에서, 대상은 특정 질환 또는 병태(예를 들어, 본원에 기재된 질환 또는 병태)의 위험이 있을 수 있거나, 이의 증상을 가질 수 있거나, 또는 이로 진단되거나 이를 앓고 있는 것으로 확인될 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 질환은 유전자 결핍, 예를 들어 표 5 또는 표 6에 열거된 유전자 결핍이다.
본 개시내용은 또한, 특정 양태에서, 푸소좀 조성물을 대상(예를 들어, 인간 대상), 표적조직 또는 세포에 전달하는 방법으로서, 본원에 기재된 복수의 푸소좀을 포함하는 푸소좀 조성물, 본원에 기재된 푸소좀 조성물 또는 본원에 기재된 약학적 조성물을, 대상에게 투여하거나, 표적조직 또는 세포와 접촉시켜, 푸소좀 조성물을 대상에게 투여하는 것을 포함하는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한, 특정 양태에서, 치료제(예를 들어, 폴리펩타이드, 핵산, 대사산물, 세포소기관 또는 세포하 구조)를 대상, 표적조직 또는 세포에 전달하는 방법으로서, 본원에 기재된 복수의 푸소좀, 본원에 기재된 복수의 푸소좀을 포함하는 푸소좀 조성물, 본원에 기재된 푸소좀 조성물 또는 본원에 기재된 약학적 조성물을, 대상에게 투여하거나, 표적조직 또는 세포와 접촉시키는 것을 포함하며, 여기서 푸소좀 조성물은 치료제가 전달되도록 하는 양 및/또는 시간으로 투여되는 방법을 제공한다.
본 개시내용은 또한, 특정 양태에서, 기능을 대상, 표적조직 또는 세포에 전달하는 방법으로서, 본원에 기재된 복수의 푸소좀, 본원에 기재된 복수의 푸소좀을 포함하는 푸소좀 조성물, 본원에 기재된 푸소좀 조성물 또는 본원에 기재된 약학적 조성물을, 대상에게 투여하거나, 표적조직 또는 세포와 접촉시키는 것을 포함하며, 여기서 푸소좀 조성물은 기능이 전달되도록 하는 양 및/또는 시간으로 투여되는 방법을 제공한다.
포유류(예를 들어, 인간) 조직으로부터의 표적세포에는, 상피, 결합, 근육 또는 신경 조직 또는 세포, 및 이들의 조합이 포함된다. 표적 포유류(예를 들어, 인간) 세포 및 기관계에는, 심혈관계(심장, 혈관구조); 소화계(식도, 위, 간, 담낭, 췌장, 장, 결장, 직장 및 항문); 내분비계(시상하부, 뇌하수체, 송과체 또는 송과선, 갑상선, 부갑상선, 부신); 배설계(신장, 요관, 방광); 림프계(림프, 림프절, 림프관, 편도선, 아데노이드, 흉선, 비장); 외피계(피부, 모발, 손톱); 근육계(예를 들어, 골격근); 신경계(뇌, 척수, 신경); 생식계(난소, 자궁, 유선, 고환, 정관, 정낭, 전립선); 호흡계(인두, 후두, 기관, 기관지, 폐, 횡격막); 골격계(뼈, 연골), 및 이들의 조합이 포함된다. 일부 구현예에서, 비표적세포 또는 기관계는, 심혈관계(심장, 혈관구조); 소화계(식도, 위, 간, 담낭, 췌장, 장, 결장, 직장 및 항문); 내분비계(시상하부, 뇌하수체, 송과체 또는 송과선, 갑상선, 부갑상선, 부신); 배설계(신장, 요관, 방광); 림프계(림프, 림프절, 림프관, 편도선, 아데노이드, 흉선, 비장); 외피계(피부, 모발, 손톱); 근육계(예를 들어, 골격근); 신경계(뇌, 척수, 신경); 생식계(난소, 자궁, 유선, 고환, 정관, 정낭, 전립선); 호흡계(인두, 후두, 기관, 기관지, 폐, 횡격막); 골격계(뼈, 연골), 및 이들의 조합에서 선택된다.
본원에 기재된 약학적 조성물의 투여는, 경구, 흡입, 경피 또는 비경구(정맥내, 종양내, 복강내, 근육내, 공동내 및 피하 포함) 투여에 의해 이루어질 수 있다. 푸소좀은 단독으로 투여되거나 약학적 조성물로 제형화될 수 있다.
구현예에서, 푸소좀 조성물은 표적세포에 대한 효과를 매개하며, 이의 효과는 적어도 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 또는 7일, 2주, 3주 또는 4주, 또는 1개월, 2개월, 3개월, 6개월 또는 12개월 동안 지속된다. 일부 구현예에서(예를 들어, 푸소좀 조성물이 외인성 단백질을 포함하는 경우), 효과는 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 또는 7일, 2주, 3주 또는 4주, 또는 1개월, 2개월, 3개월, 6개월 또는 12개월 미만 동안 지속된다.
구현예에서, 본원에 기재된 푸소좀 조성물은 세포 또는 조직, 예를 들어 인간 세포 또는 조직에 생체외로 전달된다.
본원에 기재된 푸소좀 조성물은 대상, 예를 들어 포유류, 예를 들어 인간에게 투여될 수 있다. 상기와 같은 구현예에서, 대상은 특정 질환 또는 병태(예를 들어, 본원에 기재된 질환 또는 병태)의 위험이 있을 수 있거나, 이의 증상을 가질 수 있거나, 또는 이로 진단되거나 이를 앓고 있는 것으로 확인될 수 있다.
일부 구현예에서, 푸소좀의 공급원은 푸소좀 조성물이 투여되는 동일한 대상에서 유래된 것이다. 다른 구현예에서, 이들은 상이하다. 예를 들어, 푸소좀 및 수용조직의 공급원은 자가(동일한 대상 유래) 또는 이종(상이한 대상 유래)일 수 있다. 어느 경우든, 본원에 기재된 푸소좀 조성물에 대한 공여조직은 수용조직과 상이한 조직 유형일 수 있다. 예를 들어, 공여조직은 근육 조직일 수 있고, 수용조직은 결합 조직(예를 들어, 지방 조직)일 수 있다. 다른 구현예에서, 공여조직과 수용조직은 동일하거나 상이한 유형일 수 있으나, 상이한 기관계에서 유래한 것일 수 있다.
일부 구현예에서, 푸소좀은 막 융합을 저해하는 단백질의 저해제와 병용투여된다. 예를 들어, 서프레신(suppressyn)은 세포-세포 융합을 저해하는 인간 단백질이다(문헌[Sugimoto et al., "A novel human endogenous retroviral protein inhibits cell-cell fusion" Scientific Reports 3:1462 DOI: 10.1038/srep01462]). 따라서, 일부 구현예에서, 푸소좀은 시프레신의 저해제, 예를 들어 siRNA 또는 저해 항체와 병용투여된다.
본원에 기재된 조성물은 또한, 비제한적으로, 가축 또는 일하는 동물(말, 소, 돼지, 닭 등), 애완동물 또는 동물원 동물(고양이, 개, 도마뱀, 새, 사자, 호랑이 및 곰 등), 양식 동물(어류, 크랩, 새우, 굴 등), 식물 종(나무, 곡식, 관상용 꽃 등), 발효 종(사카로마이세스(saccharomyces) 등)을 포함하는 다양한 다른 유기체의 세포 또는 조직의 기능 또는 생리를 유사하게 조절하는 데 사용될 수 있다. 본원에 기재된 푸소좀 조성물은 이러한 비인간 공급원에서 제조될 수 있고, 비인간 표적세포 또는 표적조직 또는 대상에게 투여될 수 있다.
푸소좀 조성물은 표적에 대하여 자가, 동종이계 또는 이종일 수 있다.
XII. 추가의 치료제
일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은 대상, 예를 들어 수용체, 예를 들어 본원에 기재된 수용체에게, 추가의 작용제, 예를 들어 치료제와 병용투여된다. 일부 구현예에서, 병용투여되는 치료제는 면역억제제, 예를 들어 글루코코르티코이드(예를 들어, 덱사메타손), 세포증식억제제(예를 들어, 메토트렉세이트), 항체(예를 들어, 무로모납-CD3) 또는 이뮤노필린 조절제(예를 들어, 시클로스포린 또는 라파마이신)이다. 구현예에서, 면역억제제는 푸소좀의 면역 매개 제거를 감소시킨다. 일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은 면역자극제, 예를 들어 아쥬반트, 인터류킨, 사이토카인 또는 케모카인과 병용투여된다.
일부 구현예에서, 푸소좀 조성물과 면역억제제는 동일한 시간에 투여되며, 예를 들어 동시에 투여된다. 일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은 면역억제제의 투여 전에 투여된다. 일부 구현예에서, 푸소좀 조성물은 면역억제제의 투여 후에 투여된다.
일부 구현예에서, 면역억제제는 이부프로펜(ibuprofen), 아세트아미노펜(acetaminophen), 시클로스포린, 타크롤리무스(tacrolimus), 라파마이신, 마이코페놀레이트(mycophenolate), 시클로포스파미드(cyclophosphamide), 글루코코르티코이드, 시롤리무스(sirolimus), 아자티오프린 또는 메토트렉세이트와 같은 소분자이다.
일부 구현예에서, 면역억제제는, 비제한적으로, 무로노맙(항-CD3), 다클리주맙(daclizumab)(항-IL12), 바실릭시맙(basiliximab), 인플릭시맙(infliximab)(항-TNFa) 또는 리툭시맙(rituximab)(항-CD20)을 포함하는 항체 분자이다.
일부 구현예에서, 푸소좀 조성물과 면역억제제의 병용투여는 푸소좀 조성물 단독 투여와 비교하여 대상에서 푸소좀 조성물의 지속성을 증강시킨다. 일부 구현예에서, 병용투여에서 푸소좀 조성물의 증강된 지속성은, 단독 투여 시 푸소좀 조성물의 지속성과 비교하여 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 더 길다. 일부 구현예에서, 병용투여에서 푸소좀 조성물의 증강된 지속성은, 단독 투여 시 푸소좀 조성물의 생존기간과 비교하여 적어도 1일, 2일, 3일, 4일, 5일, 6일, 7일, 10일, 15일, 20일, 25일 또는 30일 더 길다.
실시예
하기 실시예는 본 발명의 이해를 돕기 위해 제시된 것으로, 어떠한 방식으로든 이의 범위를 제한하려는 의도가 아니며, 제한하려는 것으로 해석되어서는 안된다.
실시예 1. 레트로바이러스 핵산 전달의 특이성을 검출하기 위한 표적외 세포 검정
본 실시예는 단일 세포 내 벡터 카피 수 측정에 의한 표적외 수용세포 내 핵산의 정량화를 설명한다.
일 구현예에서, 처리된 마우스는, 예를 들어 벡터가 없거나 음성 대조군 수준과 유사한 벡터 수를 갖는 미처리 마우스와 표적외 세포에서 벡터 카피 수가 유사하다. 일 구현예에서, 처리된 마우스는, 예를 들어 세포가 없거나 음성 대조군 수준과 유사한 세포 수를 갖는 미처리 마우스와 벡터를 함유하는 표적외 세포의 %가 유사하다.
본 실시예에서, 표적외 수용세포는 CD11c+ 세포이다. 하지만, 이러한 프로토콜은 적합한 표면 마커가 존재하고, 대상에서 단리될 수 있는 임의의 세포 유형에 적용될 수 있다. 특히, 본원에 기재된 방법은 프로토콜을 최적화하여 인간, 래트, 원숭이에게 동일하게 적용 가능하다.
마우스를 본원에 기재된 바와 같이 생성된 레트로바이러스 벡터 또는 PBS(음성 대조군)로 처리하였다. 처리 28일 후, 레트로바이러스 벡터를 받은 마우스와 PBS 처리를 받은 마우스에서 말초혈액을 채취하였다. 5 μM EDTA가 함유된 1 ml PBS에 혈액을 채취하고, 응고를 방지하기 위해 즉시 혼합하였다. 튜브를 얼음에 보관하고, 염화암모늄(ACK) 완충 용액을 사용하여 적혈구를 제거하였다. 세포를 세포 염색 완충액(Biolegend 카탈로그 번호: 420201) 중에서 10분 동안 Fc 차단한 후(Biolegend 카탈로그 번호: 101319), 쥣과 CD11c:APC-Cy7 항체(Biolegend 카탈로그 번호: 117323) 또는 아이소타입 대조군인 APC-Cy7 항체(Biolegend 카탈로그 번호: 400230)를 이용하여 암실에서 4℃에서 30분 동안 염색하였다. PBS로 2회 세척한 후, 아이소타입 대조군인 APC-Cy7 항체 표지된 세포를 사용하여 음성 게이트를 설정하기 위해, 세포를 FACSDiva™ 소프트웨어(BD Biosciences, San Jose, CA)를 실행하여 640 nm 레이저 여기 및 780 -/+ 60 nm에서 수집된 방출을 이용하여 FACS Aria(BD Biosciences, San Jose, CA.)에서 분석하였다. APC-Cy7 양성 세포를 벡터 카피 수 분석을 위해 플레이트의 단일 웰로 분류하였다.
단일세포 중첩 PCR(single-cell nested PCR)을 사용하여 벡터 카피 수를 평가하였다. PCR은 벡터 및 내인성 제어 유전자에 특이적인 프라이머 및 프로브를 사용하여 qPCR로 수행하였다. 벡터 카피 수는 벡터 qPCR 신호의 양을 내인성 제어 유전자 qPCR 신호의 양으로 나누어 결정하였다. 벡터를 수용한 세포는 벡터 카피 수가 적어도 1.0이 된다. 복수의 세포의 벡터 카피 수를 평균 내어 집단 전체에 걸쳐 벡터 카피 수를 평가하였다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터로 처리된 마우스는 비히클로 처리된 마우스와 표적외 세포에서 평균 벡터 카피 수가 유사하다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터로 처리된 마우스는 비히클로 처리된 마우스와 벡터를 수용한 표적외 세포의 %가 유사하다.
실시예 2. 외인성 단백질 작용제 전달의 특이성을 검출하기 위한 표적외 세포 검정
본 실시예는 단일 세포에서의 외인성 작용제 발현에 의한 표적외 수용세포에서의 외인성 작용제 발현의 정량화를 설명한다.
일 구현예에서, 처리된 마우스는 미처리 마우스와 표적외 세포에서 외인성 작용제 발현이 유사하다. 일 구현예에서, 처리된 마우스는 미처리 마우스와 외인성 작용제를 발현하는 표적외 세포의 %가 유사하다.
본 실시예에서, 표적외 수용세포는 CD11c+ 세포이다. 하지만, 이러한 프로토콜은 적합한 표면 마커가 존재하고, 대상에서 단리될 수 있는 임의의 세포 유형에 적용될 수 있다. 특히, 본원에 기재된 방법은 프로토콜을 최적화하여 인간, 래트, 원숭이에게 동일하게 적용 가능하다. 본 실시예에서, 외인성 작용제는 형광 단백질이고, 발현은 유세포분석으로 측정하였다. 다른 구현예에서, 단백질에 대한 면역염색으로 외인성 단백질 작용제의 발현을 측정할 수 있다. 다른 구현예에서, 현미경법 또는 웨스턴 블롯을 통해 외인성 단백질 작용제의 발현을 측정할 수 있다.
마우스를 본 출원에 기재된 임의의 방법을 통해 생성된 tdTomato 형광 단백질 작용제를 갖는 레트로바이러스 벡터 또는 PBS(음성 대조군)로 처리하였다. 처리 28일 후, 레트로바이러스 벡터를 받은 마우스와 PBS 처리를 받은 마우스에서 말초혈액을 채취하였다. 5 μM EDTA가 함유된 1 ml PBS에 혈액을 채취하고, 응고를 방지하기 위해 즉시 혼합하였다. 튜브를 얼음에 보관하고, 염화암모늄(ACK) 완충 용액을 사용하여 적혈구를 제거하였다. 세포를 세포 염색 완충액(Biolegend 카탈로그 번호: 420201) 중에서 10분 동안 Fc 차단한 후(Biolegend 카탈로그 번호: 101319), 쥣과 CD11c:APC-Cy7 항체(Biolegend 카탈로그 번호: 117323) 또는 아이소타입 대조군인 APC-Cy7 항체(Biolegend 카탈로그 번호: 400230)를 이용하여 암실에서 4℃에서 30분 동안 염색하였다. PBS로 2회 세척한 후, FACSDiva™ 소프트웨어(BD Biosciences, San Jose, CA)를 실행하여 FACS Aria(BD Biosciences, San Jose, CA.)에서 세포를 분석하였다. 아이소타입 대조군인 APC-Cy7 항체 표지된 세포와, 640 nm 레이저 여기 및 780 -/+ 60 nm에서 수집된 방출을 이용하여 CD11c에 대한 음성 게이트를 설정하였다. 비히클로 처리된 마우스에서 단리된 세포와, 552 nm 레이저 여기 및 585 -/+ 42 nm에서 수집된 방출을 이용하여 tdTomato 발현에 대한 음성 게이트를 설정하였다.
tdTomato 양성인 CD11c+ 세포의 %를 측정하였다. 일부 구현예에서, tdTomato 양성인 CD11c+ 세포의 %는 처리된 마우스와 미처리 마우스의 세포에서 유사하였다. tdTomato 형광 수준의 중앙값을 CD11c+ 세포에서 측정하였다. 일부 구현예에서, CD11c+ 세포에서 tdTomato 형광 수준의 중앙값은 처리된 마우스와 미처리 마우스의 세포에서 유사하였다.
실시예 3. 레트로바이러스 핵산 전달의 특이성을 검출하기 위한 표적세포 검정
본 실시예는 단일 세포 내 벡터 카피 수 측정에 의한 표적 수용세포 내 핵산의 정량화를 설명한다.
일 구현예에서, 처리된 마우스는 미처리 마우스보다 표적세포 내 벡터 카피 수가 더 크다. 일 구현예에서, 처리된 마우스는 미처리 마우스보다 벡터를 함유하는 표적세포의 %가 더 크다.
본 실시예에서, 표적 수용세포는 CD3+ 세포이다. 하지만, 이러한 프로토콜은 적합한 표면 마커가 존재하고, 대상에서 단리될 수 있는 임의의 세포 유형에 적용될 수 있다. 특히, 본원에 기재된 방법은 프로토콜을 최적화하여 인간, 래트, 원숭이에게 동일하게 적용 가능하다.
마우스를 레트로바이러스 벡터로 처리하고, 상기 실시예 1에 기재된 바와 같이 혈액 샘플을 채취하였다. 상기 실시예 1에 기재된 프로토콜을 사용하여 세포를 쥣과 CD3:APC-Cy7 항체(Biolegend 카탈로그 번호: 100330) 또는 아이소타입 대조군으로 염색하였다. 실시예 1에 기재된 바와 같이 단일세포 중첩 PCR을 사용하여 벡터 카피 수를 평가하였다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터로 처리된 마우스는 비히클로 처리된 마우스보다 표적세포 내 평균 벡터 카피 수가 더 컸다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터로 처리된 마우스는 비히클로 처리된 마우스보다 벡터를 수용한 표적세포의 %가 더 컸다.
실시예 4. 외인성 단백질 작용제 전달의 특이성을 검출하기 위한 표적세포 검정
본 실시예는 단일 세포에서의 외인성 단백질 작용제 발현에 의한 표적 수용세포에서의 외인성 단백질 작용제 발현의 정량화를 설명한다.
일 구현예에서, 처리된 마우스는 미처리 마우스보다 표적세포에서 외인성 단백질 작용제 발현이 더 크다. 일 구현예에서, 처리된 마우스는 미처리 마우스보다 외인성 단백질 작용제를 발현하는 표적세포의 %가 더 크다.
본 실시예에서, 표적 수용세포는 CD3+ 세포이다. 하지만, 이러한 프로토콜은 적합한 표면 마커가 존재하고, 대상에서 단리될 수 있는 임의의 세포 유형에 적용될 수 있다. 특히, 본원에 기재된 방법은 프로토콜을 최적화하여 인간, 래트, 원숭이에게 동일하게 적용 가능하다. 본 실시예에서, 외인성 단백질 작용제는 형광 단백질이고, 발현은 유세포분석으로 측정하였다. 다른 구현예에서, 단백질에 대한 면역염색으로 외인성 단백질 작용제의 발현을 측정할 수 있다. 다른 구현예에서, 현미경법 또는 웨스턴 블롯을 통해 외인성 단백질 작용제의 발현을 측정할 수 있다.
마우스를 레트로바이러스 벡터로 처리하고, 상기 실시예 2에 기재된 바와 같이 혈액 샘플을 채취하였다. 세포를 쥣과 CD3:APC-Cy7 항체(Biolegend 카탈로그 번호: 100330) 또는 아이소타입 대조군으로 염색하고, 실시예 2에 기재된 프로토콜을 사용하여 유세포분석으로 분석하였다.
tdTomato 양성인 CD3+ 세포의 %를 측정하였다. 일부 구현예에서, tdTomato 양성인 CD3+ 세포의 %는 미처리 마우스보다 처리된 마우스의 세포에서 더 컸다. tdTomato 형광 수준의 중앙값을 CD3+ 세포에서 측정하였다. 일부 구현예에서, CD3+ 세포에서 tdTomato 형광 수준의 중앙값은 미처리 마우스보다 처리된 마우스의 세포에서 더 컸다.
실시예 5. PBMC 세포 용해에 의해 매개되는 세포독성을 감소시키기 위한 HLA-G 또는 HLA-E를 이용한 레트로바이러스 벡터의 변형
본 실시예는 말초혈액 단핵세포(PBMC)에 의한 세포 용해로 인해 세포독성이 감소하도록 변형된 세포에서 유도된 레트로바이러스 벡터를 설명한다.
일 구현예에서, PBMC에 의한 레트로바이러스 벡터의 세포독성 매개 세포 용해는, 용해가 레트로바이러스 벡터의 활성을 감소, 예를 들어 저해하거나 중단시키기 때문에, 레트로바이러스 벡터의 면역원성의 척도이다.
레트로바이러스 벡터를 변형되지 않은 세포(이하 NMC, 양성 대조군), HLA-G 또는 HLA-E cDNA로 트랜스펙션된 세포(이하 NMC-HLA-G), 및 빈 벡터 대조군으로 트랜스펙션된 세포(이하 NMC-빈 벡터, 음성 대조군)로부터 생성하였다.
레트로바이러스 벡터의 PBMC 매개 용해는 문헌[Bouma, et al. Hum. Immunol. 35(2):85-92; 1992] 및 문헌[van Besouw et al. Transplantation 70(1):136-143; 2000]에 기재된 바와 같이 유로퓸 방출 검정으로 결정하였다. PBMC(이하 이펙터 세포)를 적절한 공여체에서 단리하고, 둥근 바닥 96-웰 플레이트에서 동종이계 감마선 조사된 PMBC 및 200IU/mL IL-2(프로류킨, Chiron BV Amsterdam, The Netherlands)로 37℃에서 7일 동안 자극하였다. 레트로바이러스 벡터를 유로퓸-디에틸렌트리아민펜타아세테이트(DTPA)(sigma, St. Louis, MO, USA)로 표지하였다.
7일차에, 63Eu-표지된 레트로바이러스 벡터와 이펙터 세포를(1000:1-1:1 내지 1:1.25-1:1000 범위의 이펙터/표적 비로 플레이팅한 후) 1시간, 2시간, 3시간, 4시간, 5시간, 6시간, 8시간, 10시간, 15시간, 20시간, 24시간 또는 48시간 동안 96-웰 플레이트에서 인큐베이션하여 세포독성 매개 용해 검정을 수행하였다. 인큐베이션 후, 플레이트를 원심분리하고, 상청액 샘플을 배경 형광이 낮은 96-웰 플레이트(형광면역플레이트(fluoroimmunoplate), Nunc, Roskilde, Denmark)로 옮겼다.
이어서, 증강 용액(PerkinElmer, Groningen, The Netherlands)을 각각의 웰에 첨가하였다. 방출된 유로퓸을 시간 분해 형광측정기(Victor 1420 multilabel counter, LKB-Wallac, Finland)로 측정하였다. 형광을 1초당 카운트 수(CPS)로 표시하였다. 적절한 수(1x 102개 내지 1x 108개)의 레트로바이러스 벡터를 1% 트리톤(sigma-aldrich)과 함께 적절한 시간 동안 인큐베이션하여 표적 레트로바이러스 벡터에 의한 유로퓸의 최대 방출%를 결정하였다. 이펙터 세포 없이 표지된 표적 레트로바이러스 벡터를 인큐베이션하여 표적 레트로바이러스 벡터에 의한 유로퓸의 자발적 방출을 측정하였다. 이어서, 누출%를 다음과 같이 계산하였다: (자발적 방출/최대 방출)x100%. 세포독성 매개 용해%를 다음과 같이 계산하였다: 용해% = [(측정된 용해-자발적 용해-자발적 방출)/(최대 방출-자발적 방출)]x100%. 용해%를 상이한 이펙터 표적 비의 함수로 검토하여 데이터를 분석하였다.
일 구현예에서, NMC-HLA-G 세포에서 생성된 레트로바이러스 벡터는 NMC 또는 NMC-빈 벡터에서 생성된 레트로바이러스 벡터와 비교하여 특정 시점에서 표적세포에 의한 용해%가 감소할 것이다.
실시예 6. NK 용해 활성을 감소시키기 위한 HLA-G 또는 HLA-E를 이용한 레트로바이러스 벡터의 변형
본 실시예는 NK세포에 의한 세포독성 매개 세포 용해를 감소시키도록 변형된 세포 공급원에서 유도된 레트로바이러스 벡터 조성물의 생성을 설명한다. 일 구현예에서, NK세포에 의한 레트로바이러스 벡터의 세포독성 매개 세포 용해는 레트로바이러스 벡터의 면역원성의 척도이다.
레트로바이러스 벡터를 변형되지 않은 세포(이하 NMC, 양성 대조군), HLA-G 또는 HLA-E cDNA로 트랜스펙션된 세포(이하 NMC-HLA-G), 및 빈 벡터 대조군으로 트랜스펙션된 세포(이하 NMC-빈 벡터, 음성 대조군)로부터 생성하였다.
레트로바이러스 벡터의 NK세포 매개 용해는 문헌[Bouma, et al. Hum. Immunol. 35(2):85-92; 1992] 및 문헌[van Besouw et al. Transplantation 70(1):136-143; 2000]에 기재된 바와 같이 유로퓸 방출 검정으로 결정하였다. 문헌[Crop et al. Cell transplantation (20):1547-1559; 2011]의 방법에 따라 NK세포(이하 이펙터 세포)를 적절한 공여체에서 단리하고, 둥근 바닥 96-웰 플레이트에서 동종이계 감마선 조사된 PMBC 및 200IU/mL IL-2(프로류킨, Chiron BV Amsterdam, The Netherlands)로 37℃에서 7일 동안 자극하였다. 레트로바이러스 벡터를 유로퓸-디에틸렌트리아민펜타아세테이트(DTPA)(sigma, St. Louis, MO, USA)로 표지하였다. 상기 실시예 5에 기재된 바와 같이 세포독성 매개 용해 검정 및 데이터 분석을 수행하였다.
일 구현예에서, NMC-HLA-G 세포에서 생성된 레트로바이러스 벡터는 NMC 또는 NMC-빈 벡터에서 생성된 레트로바이러스 벡터와 비교하여 특정 시점에서 표적세포에 의한 용해%가 감소할 것이다.
실시예 7. CD8 살해 T세포 용해를 감소시키기 위한 HLA-G 또는 HLA-E를 이용한 레트로바이러스 벡터의 변형
본 실시예는 CD8+ T세포에 의한 세포독성 매개 세포 용해를 감소시키도록 변형된 세포 공급원에서 유도된 레트로바이러스 벡터 조성물의 생성을 설명한다. 일 구현예에서, CD8+ T세포에 의한 레트로바이러스 벡터의 세포독성 매개 세포 용해는 레트로바이러스 벡터의 면역원성의 척도이다.
레트로바이러스 벡터를 변형되지 않은 세포(이하 NMC, 양성 대조군), HLA-G 또는 HLA-E cDNA로 트랜스펙션된 세포(이하 NMC-HLA-G), 및 빈 벡터 대조군으로 트랜스펙션된 세포(이하 NMC-빈 벡터, 음성 대조군)로부터 생성하였다.
레트로바이러스 벡터의 CD8+ T세포 매개 용해는 문헌[Bouma, et al. Hum. Immunol. 35(2):85-92; 1992] 및 문헌[van Besouw et al. Transplantation 70(1):136-143; 2000]에 기재된 바와 같이 유로퓸 방출 검정으로 결정하였다. 문헌[Crop et al. Cell transplantation (20):1547-1559; 2011]의 방법에 따라 CD8+ T세포(이하 이펙터 세포)를 적절한 공여체에서 단리하고, 둥근 바닥 96-웰 플레이트에서 동종이계 감마선 조사된 PMBC 및 200IU/mL IL-2(프로류킨, Chiron BV Amsterdam, The Netherlands)로 37℃에서 7일 동안 자극하였다. 레트로바이러스 벡터를 유로퓸-디에틸렌트리아민펜타아세테이트(DTPA)(sigma, St. Louis, MO, USA)로 표지하였다. 상기 실시예 5에 기재된 바와 같이 세포독성 매개 용해 검정 및 데이터 분석을 수행하였다.
일 구현예에서, NMC-HLA-G 세포에서 생성된 레트로바이러스 벡터는 NMC 또는 NMC-빈 벡터에서 생성된 레트로바이러스 벡터와 비교하여 특정 시점에서 표적세포에 의한 용해%가 감소할 것이다.
실시예 8: 대식세포 포식작용을 회피하기 위한 CD47을 이용한 레트로바이러스 벡터의 변형
본 실시예는 변형된 레트로바이러스 벡터에 의한 포식작용 회피의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 변형된 레트로바이러스 벡터는 대식세포에 의한 포식작용을 회피할 것이다.
세포는 포식작용에 관여하여, 입자를 삼킴으로써, 박테리아 또는 사멸한 세포와 같은 외인성 침입자의 격리 및 파괴를 가능하게 한다. 일부 구현예에서, 대식세포에 의한 렌티바이러스 벡터의 포식작용은 이의 활성을 감소시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 렌티바이러스 벡터의 포식작용은 레트로바이러스 벡터의 면역원성의 척도이다.
레트로바이러스 벡터를 CD47이 결여된 세포(이하 NMC, 양성 대조군), CD47 cDNA로 트랜스펙션된 세포(이하 NMC-CD47), 및 빈 벡터 대조군으로 트랜스펙션된 세포(이하 NMC-빈 벡터, 음성 대조군)로부터 생성하였다. 레트로바이러스 벡터 생성 전, 세포를 CSFE로 표지하였다.
대식세포 매개 면역제거의 감소를 다음 프로토콜에 따라 포식작용 검정으로 결정하였다. 대식세포를 채취 직후 공초점 유리 바닥 접시에 플레이팅하였다. 대식세포를 DMEM+10%FBS+1%P/S에서 1시간 동안 인큐베이션하여 부착시켰다. NMC, NMC-CD47, NMC-빈 벡터에서 생성된 적절한 수의 레트로바이러스 벡터를, 프로토콜에 제시된 바와 같이 대식세포에 부가하고, 2시간 동안 인큐베이션하였다(tools.thermofisher.com/content/sfs/manuals/mp06694.pdf).
2시간 후, 접시를 가볍게 세척하고, 세포내 형광을 조사하였다. 포식된 레트로바이러스 입자에 의해 방출된 세포내 형광을 488 여기에서 공초점 현미경법으로 이미지화하였다. 포식작용 양성 대식세포의 수를 이미지화 소프트웨어를 사용하여 정량화하였다. 데이터를 다음과 같이 표시하였다: 포식세포지수 = (포식된 세포의 총 수/계수된 대식세포의 총 수) × (포식된 세포를 함유하는 대식세포의 수/계수된 대식세포의 총 수) × 100.
일 구현예에서, 포식세포지수는 대식세포를 NMC 또는 NMC-빈 벡터에서 유도된 레트로바이러스 벡터와 함께 인큐베이션한 경우보다, NMC-CD47에서 유도된 레트로바이러스 벡터와 함께 인큐베이션한 경우에 감소할 것이다.
실시예 9: 보체를 회피하기 위한 보체 조절 단백질을 이용한 레트로바이러스 벡터의 변형
본 실시예는 시험관내 검정을 사용한 레트로바이러스 벡터에 대한 보체 활성의 정량화를 설명한다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 변형된 레트로바이러스 벡터는 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터와 비교하여 보체 활성이 감소할 것이다.
본 실시예에서, 마우스의 혈청을 레트로바이러스 벡터에 대한 보체 활성에 대해 평가하였다. 본 실시예에서는 모든 보체 경로의 중심 노드인 보체 C3a의 수준을 측정하였다. 본원에 기재된 방법은 프로토콜을 최적화하여 인간, 래트, 원숭이에게 동일하게 적용 가능하다.
본 실시예에서, 레트로바이러스 벡터를 보체 조절 단백질 DAF를 코딩하는 cDNA로 트랜스펙션된 HEK293 세포(HEK293-DAF 레트로바이러스 벡터) 또는 상보적 조절 단백질을 발현하지 않는 HEK293 세포(HEK293 레트로바이러스 벡터)로부터 생성하였다. 다른 구현예에서, 붕괴촉진인자(DAF, CD55)에 결합하는 단백질, 예를 들어 인자 H(FH) 유사 단백질-1(FHL-1), 예를 들어 C4b-결합 단백질(C4BP), 예를 들어 보체 수용체 1(CD35), 예를 들어 막 보조인자 단백질(MCP, CD46), 예를 들어 프로텍틴(CD59), 예를 들어 전형적 및 대안적 보체 경로 CD/C5 전환효소를 저해하는 단백질, 예를 들어 MAC 어셈블리를 조절하는 단백질과 같은 다른 보체 조절 단백질을 사용할 수 있다.
나이브 마우스, HEK293-DAF 레트로바이러스 벡터를 투여한 마우스 또는 HEK293 레트로바이러스 벡터를 투여한 마우스에서 혈청을 회수하였다. 마우스에서 신선한 전혈을 채취하고, 수 시간 동안 완전히 응고시켜, 혈청을 채취하였다. 혈전을 원심분리로 펠릿화하고, 혈청 상청액을 제거하였다. 음성 대조군은 열 불활성화 마우스 혈청이었다. 음성 대조군 샘플을 56℃에서 1시간 동안 가열하였다. 혈청은 분취량으로 동결시킬 수 있다.
표적세포 집단의 세포의 50%가 레트로바이러스 벡터에서 외인성 작용제를 수용하는 용량에 대해 상이한 레트로바이러스 벡터를 시험하였다. 레트로바이러스 벡터는 본원에 기재된 임의의 외인성 작용제를 함유할 수 있다. 수용세포에의 외인성 작용제의 레트로바이러스 전달을 검정하기 위한 다수의 방법이 또한 본원에 기재되어 있다. 이러한 특정 예에서, 외인성 작용제는 Cre 단백질(레트로바이러스 핵산으로 인코딩됨)이고, 표적세포는, 전달 마커로서 Cre에 의한 재조합이 GFP에서 RFP 발현으로 전환될 때, CMV 프로모터 하에서 "LoxP-GFP-stop-LoxP-RFP" 카세트를 안정적으로 발현하는 RPMI8226 세포이다. 수용세포의 50%가 RFP 양성으로 확인된 용량을 추가 실험에 사용하였다. 일부 구현예에서, 수용세포의 50%가 외인성 작용제를 수용하는 것으로 확인된 용량은 레트로바이러스 벡터에 걸쳐 유사할 것이다.
표적세포의 50%가 외인성 작용제를 수용하는 레트로바이러스 벡터의 용량에서 시작하여, 레트로바이러스 벡터의 포스페이트 완충 염수(PBS, pH 7.4) 중의 2배 희석액을, 동일한 레트로바이러스 벡터로 처리한 마우스 또는 나이브 마우스의 혈청과 1:10 희석으로 혼합하고(검정 부피, 20 μl), 37℃에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 샘플을 1:500로 추가로 희석하고, C3a에 대하여 특이적인 효소 결합 면역흡착 검정(ELISA)에 사용하였다. ELISA는 LifeSpan BioSciences Inc 사에서 시판되는 마우스 보체 C3a ELISA 키트 제품 LS-F4210으로, 이는 샘플에서 C3a의 농도를 측정한다. 200 pg/ml의 C3a가 존재하는 레트로바이러스 벡터의 용량을 마우스로부터 단리된 혈청에서 비교하였다.
일부 구현예에서, 200 pg/ml의 C3a가 존재하는 레트로바이러스 벡터의 용량은 HEK293 마우스 혈청과 함께 인큐베이션된 HEK293 레트로바이러스 벡터보다 HEK293 DAF 마우스 혈청과 함께 인큐베이션된 HEK293-DAF 레트로바이러스 벡터에서 더 크며, 이는 보체 활성 표적화 레트로바이러스 벡터가 HEK293-DAF 레트로바이러스 벡터보다 HEK293 레트로바이러스 벡터로 처리된 마우스에 더 많다는 것을 나타낸다. 일부 구현예에서, 200 pg/ml의 C3a가 존재하는 레트로바이러스 벡터의 용량은 나이브 마우스 혈청과 함께 인큐베이션된 HEK293 레트로바이러스 벡터보다 나이브 마우스 혈청과 함께 인큐베이션된 HEK293-DAF 레트로바이러스 벡터에서 더 크며, 이는 보체 활성 표적화 레트로바이러스 벡터가 HEK293-DAF 레트로바이러스 벡터보다 HEK293 레트로바이러스 벡터로 처리된 마우스에 더 많다는 것을 나타낸다.
실시예 10: 면역원성을 감소시키기 위한 레트로바이러스 벡터의 녹다운 면역원성 단백질로의 변형
본 실시예는 면역원성인 분자의 발현을 감소시키도록 변형된 세포 공급원에서 유도된 레트로바이러스 벡터 조성물의 생성, 및 감소된 발현의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 레트로바이러스 벡터는 면역원성인 분자의 발현을 감소시키도록 변형된 세포 공급원에서 유도될 수 있다.
면역반응을 자극하는 요법은 치료 효능을 감소시키거나 수용체에게 독성을 야기할 수 있다. 따라서, 면역원성은 안전하고 효과적인 치료용 레트로바이러스 벡터를 위한 중요한 특성이다. 특정 면역 활성화제의 발현은 면역반응을 일으킬 수 있다. MHC 클래스 I은 면역 활성화제의 한 예이다.
레트로바이러스 벡터를 정상적으로 MHC-1을 발현하는 변형되지 않은 세포(이하 NMC, 양성 대조군), shRNA 표적화 MHC 클래스 I을 코딩하는 DNA로 트랜스펙션된 세포(이하 NMC- shMHC 클래스 I), 및 비표적 스크램블된 shRNA 벡터 대조군을 코딩하는 DNA로 트랜스펙션된 세포(이하 NMC 벡터 대조군, 음성 대조군)로부터 생성하였다. 레트로바이러스 생성 전, 세포를 CSFE로 표지하였다.
레트로바이러스 벡터를 유세포분석을 사용하여 MHC 클래스 I의 발현에 대해 검정하였다. 적절한 수의 레트로바이러스 벡터를 PBS로 세척하고 PBS 중에 재현탁시킨 후, MHC 클래스 I에 대하여 형광 접합된 단클론 항체(Harlan Sera-Lab, Belton, UK)와 1:10 내지 1:4000 희석으로 30분 동안 얼음 위에서 유지시켰다. 레트로바이러스 벡터를 PBS로 3회 세척하고 PBS 중에 재현탁시켰다. 동등한 희석으로 적절한 형광 접합된 아이소타입 대조군 항체와 함께 인큐베이션된 레트로바이러스 벡터 제제의 동일한 분취액을 사용하여 비특이적 형광을 결정하였다. 레트로바이러스 벡터를 유세포분석기(FACSort, Becton-Dickinson)에서 검정하고, 데이터를 유속 분석 소프트웨어(Becton-Dickinson)로 분석하였다.
NMC, NMC-shMHC 클래스 I 및 NMC 벡터 대조군에서 유도된 레트로바이러스 벡터의 평균 형광 데이터를 비교하였다. 일 구현예에서, NMC-shMHC 클래스 I에서 유도된 레트로바이러스 벡터는 NMC 및 NMC 벡터 대조군과 비교하여 더 낮은 MHC 클래스 I의 발현을 나타낼 것이다.
실시예 11: 레트로바이러스 벡터의 기존 혈청 불활성화 측정
본 실시예는 시험관내 전달 검정을 사용한 레트로바이러스 벡터의 기존 혈청 불활성화의 정량화를 설명한다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터에 대한 면역원성의 척도는 혈청 불활성화이다. 레트로바이러스 벡터의 혈청 불활성화는 항체 매개 중화 또는 보체 매개 분해로 인한 것일 수 있다. 일 구현예에서, 본원에 기재된 레트로바이러스 벡터의 수용체 중 일부는 이의 혈청에 레트로바이러스 벡터에 결합하여 이를 불활성화시키는 인자를 가지고 있을 것이다.
본 실시예에서, 레트로바이러스 벡터 나이브 마우스를 혈청에서 레트로바이러스 벡터를 불활성화시키는 인자의 존재에 대해 평가하였다. 특히, 본원에 기재된 방법은 프로토콜을 최적화하여 인간, 래트, 원숭이에게 동일하게 적용 가능하다.
음성 대조군은 열 불활성화 마우스 혈청이고, 양성 대조군은 이종 원천세포에서 생성된 레트로바이러스 벡터가 여러 번 주사된 마우스에서 유도된 혈청이다. 마우스에서 신선한 전혈을 채취하고, 수 시간 동안 완전히 응고시켜, 혈청을 채취하였다. 혈전을 원심분리로 펠릿화하고, 혈청 상청액을 제거하였다. 음성 대조군 샘플을 56℃에서 1시간 동안 가열하였다. 혈청은 분취량으로 동결시킬 수 있다.
상기 실시예 9에 기재된 바와 같이, 표적세포 집단에서 세포의 50%가 레트로바이러스 벡터에서 외인성 작용제를 수용하는 용량에 대해 레트로바이러스 벡터를 시험하였다.
레트로바이러스 벡터의 혈청 불활성화를 평가하기 위해, 레트로바이러스 벡터를 정상 또는 열 불활성화된 혈청(또는 무혈청 대조군과 같이 10% 열 불활성화된 FBS가 함유된 배지)으로 1:5로 희석하고, 혼합물을 37℃에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 추가의 1:5 희석을 위해 반응액에 배지를 첨가한 후, 1:10 비로 2회 연속 희석하였다. 이러한 단계 후, 레트로바이러스 벡터는 수용세포의 50%가 외인성 작용제를 수용한(예를 들어, RFP 양성인) 이전에 확인된 용량으로 존재해야 한다.
이어서, 혈청에 노출된 레트로바이러스 벡터를 표적세포와 함께 인큐베이션하였다. 외인성 작용제를 수용해서 RFP 양성인 세포의 %를 계산하였다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제를 수용하는 세포의 %는 레트로바이러스 벡터 나이브 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 레트로바이러스 벡터 샘플과, 상기 마우스로부터의 열 불활성화된 혈청과 함께 인큐베이션된 레트로바이러스 벡터 샘플 사이에서 상이하지 않을 것이며, 이는 레트로바이러스 벡터의 혈청 불활성화가 존재하지 않음을 나타낸다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제를 수용하는 세포의 %는 레트로바이러스 벡터 나이브 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 레트로바이러스 벡터 샘플과 무혈청 대조군 인큐베이션의 벡터 샘플 사이에서 상이하지 않을 것이며, 이는 레트로바이러스 벡터의 혈청 불활성화가 존재하지 않음을 나타낸다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제를 수용하는 세포의 %는 레트로바이러스 벡터 나이브 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 레트로바이러스 벡터 샘플보다 양성 대조군 혈청과 함께 인큐베이션된 레트로바이러스 벡터 샘플에서 더 낮을 것이며, 이는 레트로바이러스 벡터의 혈청 불활성화가 존재하지 않음을 나타낸다.
실시예 12: 다회투여 후 레트로바이러스 벡터의 혈청 불활성화 측정
본 실시예는 레트로바이러스 벡터의 다회투여 후 시험관내 전달 검정을 사용한 레트로바이러스 벡터의 혈청 불활성화의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 변형된, 예를 들어 본원에 기재된 방법에 의해 변형된 레트로바이러스 벡터는, 변형된 레트로바이러스 벡터의 다회(예를 들어, 1회 초과, 예를 들어 2회 이상) 투여 후 감소된(예를 들어, 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터의 투여와 비교하여 감소된) 혈청 불활성화를 나타낼 것이다. 일 구현예에서, 본원에 기재된 레트로바이러스 벡터는 다회투여 후 혈청에 의해 불활성화되지 않을 것이다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터에 대한 면역원성의 척도는 혈청 불활성화이다. 일 구현예에서, 레트로바이러스 벡터의 반복된 주사는 항-레트로바이러스 벡터 항체, 예를 들어 레트로바이러스 벡터를 인식하는 항체의 발달을 유도할 수 있다. 일 구현예에서, 레트로바이러스 벡터를 인식하는 항체는 레트로바이러스 벡터 활성 또는 수명을 제한하고, 보체 분해를 매개할 수 있는 방식으로 결합할 수 있다.
본 실시예에서, 레트로바이러스 벡터의 1회 이상의 투여 후 혈청 불활성화를 조사하였다. 레트로바이러스 벡터는 이전 실시예 중 어느 하나에 따라 생성하였다. 본 실시예에서, 레트로바이러스를 HLA-G 또는 HLA-E cDNA로 트랜스펙션된 세포(이하 NMC-HLA-G) 및 빈 벡터 대조군으로 트랜스펙션된 세포(이하 NMC-빈 벡터, 음성 대조군)로부터 생성하였다. 일부 구현예에서, 다른 면역조절 단백질을 발현하는 세포에서 레트로바이러스 벡터를 유도하였다.
혈청을 다음과 같은 상이한 코호트에서 추출하였다: 비히클(레트로바이러스 벡터 나이브 군), HEK293-HLA-G 레트로바이러스 벡터 또는 HEK293 레트로바이러스 벡터를 1회, 2회, 3회, 5회 또는 10회 전신 및/또는 국소 주사한 마우스. 마우스에서 신선한 전혈을 채취하고, 수 시간 동안 완전히 응고시켜, 혈청을 채취하였다. 혈전을 원심분리로 펠릿화하고, 혈청 상청액을 제거하였다. 음성 대조군은 열 불활성화 마우스 혈청이었다. 음성 대조군 샘플을 56℃에서 1시간 동안 가열하였다. 혈청은 분취량으로 동결시킬 수 있다.
상기 실시예 9에 기재된 바와 같이, 표적세포 집단에서 세포의 50%가 레트로바이러스 벡터에서 외인성 작용제를 수용하는 용량에 대해 레트로바이러스 벡터를 시험하였다.
레트로바이러스 벡터의 혈청 불활성화를 평가하기 위해, 레트로바이러스 벡터를 상기 실시예 11에 기재된 바와 같이 혈청에 노출시키고 표적세포와 함께 인큐베이션하였다.
외인성 작용제를 수용해서 RFP 양성인 세포의 %를 계산하였다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제를 수용하는 세포의 %는 HEK293-HLA-G 레트로바이러스 벡터로 처리된 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 레트로바이러스 벡터 샘플과, 상기 마우스로부터의 열 불활성화된 혈청과 함께 인큐베이션된 레트로바이러스 벡터 샘플 사이에서 상이하지 않을 것이며, 이는 레트로바이러스 벡터의 혈청 불활성화 또는 후천성 면역 반응이 존재하지 않음을 나타낸다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제를 수용하는 세포의 %는 HEK293-HLA-G 레트로바이러스 벡터로 1회, 2회, 3회, 5회 또는 10회 처리된 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 레트로바이러스 벡터 샘플 사이에서 상이하지 않을 것이며, 이는 레트로바이러스 벡터의 혈청 불활성화 또는 후천성 면역 반응이 존재하지 않음을 나타낸다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제를 수용하는 세포의 %는 비히클로 처리된 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 레트로바이러스 벡터 샘플과 HEK293-HLA-G 레트로바이러스 벡터로 처리된 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 레트로바이러스 벡터 샘플 사이에서 상이하지 않을 것이며, 이는 레트로바이러스 벡터의 혈청 불활성화 또는 후천성 면역 반응이 존재하지 않음을 나타낸다. 일부 구현예에서, 외인성 작용제를 수용하는 세포의 %는 HEK293-HLA-G 레트로바이러스 벡터보다 HEK293에서 유도된 레트로바이러스 벡터의 경우 더 낮을 것이며, 이는 HEK293-HLA-G 레트로바이러스 벡터의 혈청 불활성화 또는 후천성 면역 반응이 존재하지 않음을 나타낸다.
실시예 13: 레트로바이러스 벡터에 대하여 반응성인 기존 IgG 및 IgM 항체 측정
본 실시예는 유세포분석을 사용하여 측정된 기존 항-레트로바이러스 벡터 항체 역가의 정량화를 설명한다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터에 대한 면역원성의 척도는 항체반응이다. 레트로바이러스 벡터를 인식하는 항체는 레트로바이러스 벡터 활성 또는 수명을 제한할 수 있는 방식으로 결합할 수 있다. 일 구현예에서, 본원에 기재된 레트로바이러스 벡터 수용체 중 일부는 레트로바이러스 벡터에 결합하여 이를 인식하는 기존 항체를 가지고 있을 것이다.
본 실시예에서, 이종 원천세포를 사용하여 생성된 레트로바이러스 벡터를 사용하여 항-레트로바이러스 벡터 항체 역가를 시험하였다. 본 실시예에서, 레트로바이러스 벡터 나이브 마우스를 항-레트로바이러스 벡터 항체의 존재에 대해 평가하였다. 특히, 본원에 기재된 방법은 프로토콜을 최적화하여 인간, 래트, 원숭이에게 동일하게 적용 가능하다.
음성 대조군은 IgM 및 IgG가 고갈된 마우스 혈청이고, 양성 대조군은 이종 원천세포에서 생성된 레트로바이러스 벡터가 여러 번 주사된 마우스에서 유도된 혈청이다.
레트로바이러스 벡터에 결합하는 기존 항체의 존재를 평가하기 위해, 레트로바이러스 벡터 나이브 마우스의 혈청을 먼저 56℃로 30분 동안 가열하여 탈보체화한 후, 3% FCS 및 0.1% NaN3가 함유된 PBS 중에 33%로 희석하였다. 동일한 양의 혈청 및 레트로바이러스 벡터(1 mL당 1x102개 내지 1x108개의 레트로바이러스 벡터) 현탁액을 4℃에서 30분 동안 인큐베이션하고, 소 혈청 쿠션을 통해 PBS로 세척하였다.
레트로바이러스 벡터를 마우스 IgM(BD Bioscience)의 Fc 부분에 특이적인 PE-접합된 염소 항체와 함께 4℃에서 45분 동안 인큐베이션하여, IgM 이종반응성 항체를 염색하였다. 특히, 항-마우스 IgG1 또는 IgG2 2차 항체를 또한 사용할 수 있다. 모든 군으로부터의 레트로바이러스 벡터를 2% FCS가 함유된 PBS로 2회 세척한 후, FACS 시스템(BD Biosciences)에서 분석하였다. 형광 데이터를 로그 증폭을 사용하여 수집하고, 평균 형광 강도로 표시하였다.
일 구현예에서, 음성 대조군 혈청은 무혈청 또는 2차 단독 대조군에 비교하여 무시할 만한 형광을 나타낼 것이다. 일 구현예에서, 양성 대조군은 음성 대조군, 및 무혈청 또는 2차 단독 대조군에 비해 더 큰 형광을 나타낼 것이다. 일 구현예에서, 면역원성이 발생하는 경우, 레트로바이러스 벡터 나이브 마우스로부터의 혈청은 음성 대조군보다 큰 형광을 나타낼 것이다. 일 구현예에서, 면역원성이 발생하지 않은 경우, 레트로바이러스 벡터 나이브 마우스로부터의 혈청은 음성 대조군과 비교하여 유사한 형광을 나타낼 것이다.
실시예 14: 레트로바이러스 벡터의 다회투여 후 IgG 및 IgM 항체반응의 측정
본 실시예는 변형된 레트로바이러스 벡터의 다회투여 후 변형된 레트로바이러스 벡터의 체액성 반응의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 변형된, 예를 들어 본원에 기재된 방법에 의해 변형된 레트로바이러스 벡터는, 변형된 레트로바이러스 벡터의 다회(예를 들어, 1회 초과, 예를 들어 2회 이상) 투여 후 감소된(예를 들어, 변형되지 않은 레트로바이러스 벡터의 투여와 비교하여 감소된) 체액성 반응을 나타낼 것이다.
일부 구현예에서, 레트로바이러스 벡터에 대한 면역원성의 척도는 항체반응이다. 일 구현예에서, 레트로바이러스 벡터의 반복된 주사는 항-레트로바이러스 벡터 항체, 예를 들어 레트로바이러스 벡터를 인식하는 항체의 발달을 유도할 수 있다. 일 구현예에서, 레트로바이러스 벡터를 인식하는 항체는 레트로바이러스 벡터 활성 또는 수명을 제한할 수 있는 방식으로 결합할 수 있다.
본 실시예에서, 레트로바이러스 벡터의 1회 이상의 투여 후 항-레트로바이러스 벡터 항체 역가를 조사하였다. 레트로바이러스 벡터는 이전 실시예 중 어느 하나에 따라 생성하였다. 본 실시예에서, 레트로바이러스를 면역조절 단백질로 트랜스펙션되지 않은 세포(NMC), HLA-G 또는 HLA-E cDNA로 트랜스펙션된 세포(이하 NMC-HLA-G), 및 빈 벡터 대조군으로 트랜스펙션된 세포(이하 NMC-빈 벡터, 음성 대조군)로부터 생성하였다. 일부 구현예에서, 다른 면역조절 단백질을 발현하는 세포에서 레트로바이러스 벡터를 유도하였다.
혈청을 다음과 같은 상이한 코호트에서 추출하였다: 비히클(레트로바이러스 벡터 나이브 군), NMC 레트로바이러스 벡터, NMC-HLA-G 레트로바이러스 벡터 또는 NMC-빈 벡터 레트로바이러스 벡터를 1회, 2회, 3회, 5회, 10회 전신 및/또는 국소 주사한 마우스.
항-레트로바이러스 벡터 항체의 존재 및 풍부함을 평가하기 위해, 마우스의 혈청을 먼저 56℃로 30분 동안 가열하여 탈보체화한 후, 3% FCS 및 0.1% NaN3가 함유된 PBS 중에 33%로 희석하였다. 동일한 양의 혈청 및 레트로바이러스 벡터(1 mL당 1x102개 내지 1x108개의 레트로바이러스 벡터)를 4℃에서 30분 동안 인큐베이션하고, 소 혈청 쿠션을 통해 PBS로 세척하였다.
레트로바이러스 벡터를 마우스 IgM(BD Bioscience)의 Fc 부분에 특이적인 PE-접합된 염소 항체와 함께 4℃에서 45분 동안 인큐베이션하여, 레트로바이러스 벡터 반응성 IgM 항체를 염색하였다. 특히, 항-마우스 IgG1 또는 IgG2 2차 항체를 또한 사용할 수 있다. 모든 군으로부터의 레트로바이러스 벡터를 2% FCS가 함유된 PBS로 2회 세척한 후, FACS 시스템(BD Biosciences)에서 분석하였다. 형광 데이터를 로그 증폭을 사용하여 수집하고, 평균 형광 강도로 표시하였다.
일 구현예에서, NMC-HLA-G 레트로바이러스 벡터는 NMC 레트로바이러스 벡터 또는 NMC-빈 레트로바이러스 벡터와 비교하여, 주사 후 항-바이러스 IgM(또는 IgG1/2) 항체 역가(FACS에서 형광 강도로 측정 시)가 감소할 것이다.
실시예 15: 레트로바이러스 벡터 수용세포에 대한 IgG 및 IgM 항체반응의 역가 측정
본 실시예는 유세포분석을 사용한 수용세포(레트로바이러스 벡터와 융합된 세포)에 대한 항체 역가의 정량화를 설명한다. 일부 구현예에서, 수용세포의 면역원성의 척도는 항체반응이다. 수용세포를 인식하는 항체는 세포 활성 또는 수명을 제한할 수 있는 방식으로 결합할 수 있다. 일 구현예에서, 수용세포는 항체반응에 의해 표적화되지 않거나, 항체반응이 참조 수준 미만일 것이다.
본 실시예에서, 대상(예를 들어, 인간, 래트 또는 원숭이)에서 항-수용세포 항체 역가를 시험하였다. 또한, 프로토콜은 적합한 표면 마커가 존재하는 임의의 세포 유형에 따라 조정될 수 있다. 본 실시예에서, 표적 수용세포는 CD3+ 세포이다.
마우스를 본 출원에 기재된 임의의 방법을 통해 생성된 레트로바이러스 벡터 또는 PBS(음성 대조군)로 5일 동안 매일 처리하였다. 최종 처리 28일 후, 레트로바이러스 벡터를 받은 마우스와 PBS 처리를 받은 마우스에서 말초혈액을 채취하였다. 5 μM EDTA가 함유된 1 ml PBS에 혈액을 채취하고, 응고를 방지하기 위해 즉시 혼합하였다. 튜브를 얼음에 보관하고, 염화암모늄(ACK) 완충 용액을 사용하여 적혈구를 제거하였다. 세포를 소 혈청 알부민으로 10분 동안 차단한 후, 쥣과 CD3-FITC 항체(Thermo Fisher 카탈로그 번호:11-0032-82)로 암실에서 4℃에서 30분 동안 염색하였다. PBS로 2회 세척한 후, 세포를 FACSDiva™ 소프트웨어(BD Biosciences, San Jose, CA)를 실행하여 488 nm 레이저 여기 및 530+/-30 nm에서 수집된 방출을 이용하여 LSR II(BD Biosciences, San Jose, CA)에서 분석하였다. CD3+ 세포를 분류하였다.
이어서, 분류된 CD3+ 세포를 마우스 IgM(BD Bioscience)의 Fc 부분에 특이적인 PE-접합된 염소 항체와의 반응 혼합물로 4℃에서 45분 동안 인큐베이션하여, IgM 항체로 염색하였다. 특히, 항-마우스 IgG1 또는 IgG2 2차 항체를 또한 사용할 수 있다. 모든 군으로부터의 세포를 2% FCS가 함유된 PBS로 2회 세척한 후, FACS 시스템(BD Biosciences)에서 분석하였다. 형광 데이터를 로그 증폭을 사용하여 수집하고, 평균 형광 강도로 표시하였다. 레트로바이러스 벡터로 처리된 마우스 및 PBS로 처리된 마우스로부터 분류된 CD3 세포에 대하여 평균 형광 강도를 계산하였다.
낮은 평균 형광 강도는 수용세포에 대한 체액성 반응이 낮음을 나타낸다. PBS로 처리된 마우스는 평균 형광 강도가 낮을 것으로 예상된다. 일 구현예에서, 레트로바이러스 벡터로 처리된 마우스와 PBS로 처리된 마우스로부터의 수용세포에 대한 평균 형광 강도는 유사할 것이다.
실시예 16: 레트로바이러스 벡터 수용세포에 대한 포식작용 반응의 측정
본 실시예는 포식작용 검정을 이용한 수용세포에 대한 대식세포 반응의 정량화를 설명한다.
일부 구현예에서, 수용세포의 면역원성의 척도는 대식세포 반응이다. 대식세포는 포식작용에 관여하여, 세포를 삼킴으로써, 박테리아 또는 사멸한 세포와 같은 외인성 침입자의 격리 및 파괴를 가능하게 한다. 일부 구현예에서, 대식세포에 의한 수용세포의 포식작용은 이의 활성을 감소시킬 수 있다.
일 구현예에서, 수용세포는 대식세포에 의해 표적화되지 않는다. 본 실시예에서, 대상에서 수용세포에 대한 대식세포 반응을 시험하였다. 또한, 프로토콜은 적합한 표면 마커가 존재하는 임의의 세포 유형에 따라 조정될 수 있다. 본 실시예에서, 표적 수용세포는 CD3+ 세포이다.
마우스를 본 출원에 기재된 임의의 방법을 통해 생성된 레트로바이러스 벡터 또는 PBS(음성 대조군)로 5일 동안 매일 처리하였다. 최종 처리 28일 후, 레트로바이러스 벡터를 받은 마우스와 PBS 처리를 받은 마우스에서 말초혈액을 채취하였다. 5 μM EDTA가 함유된 1 ml PBS에 혈액을 채취하고, 응고를 방지하기 위해 즉시 혼합하였다. 튜브를 얼음에 보관하고, 염화암모늄(ACK) 완충 용액을 사용하여 적혈구를 제거하였다.
세포를 소 혈청 알부민으로 10분 동안 차단한 후, 쥣과 CD3-FITC 항체(Thermo Fisher 카탈로그 번호:11-0032-82)로 암실에서 4℃에서 30분 동안 염색하였다. PBS로 2회 세척한 후, 세포를 FACSDiva™ 소프트웨어(BD Biosciences, San Jose, CA)를 실행하여 488 nm 레이저 여기 및 530+/-30 nm에서 수집된 방출을 이용하여 LSR II(BD Biosciences, San Jose, CA)에서 분석하였다. 이어서, CD3+ 세포를 분류하였다.
대식세포 매개 면역제거를 평가하기 위해 다음 프로토콜에 따라 포식작용 검정을 실행하였다. 대식세포를 채취 직후 공초점 유리 바닥 접시에 플레이팅하였다. 대식세포를 DMEM+10%FBS+1%P/S에서 1시간 동안 인큐베이션하여 부착시켰다. 레트로바이러스 벡터 및 PBS를 받은 마우스에서 유도된, 적절한 수의 분류되고 FITC-염색된 CD3+ 세포를 프로토콜에 표시된 바와 같이 대식세포에 부가하고, 예를 들어 Vybrant™ Phagocytosis Assay Kit 제품 정보 설명서(Molecular Probes, 2001년 3월 18일 개정, tools.thermofisher.com/content/sfs/manuals/mp06694.pdf)에 기재된 바와 같이 2시간 동안 인큐베이션하였다.
2시간 후, 접시를 가볍게 세척하고, 세포내 형광을 조사하였다. 대식세포를 식별하기 위해서, 대식세포에서 풍부하게 발현되는 Fc 수용체에의 표지된 mAb의 결합을 차단하기 위해, 세포를 먼저 Fc-수용체 차단 항체(eBioscence 카탈로그 번호 14-0161-86, 클론 93)와 함께 15분 동안 인큐베이션하였다. 이러한 단계 후, 대식세포 표면 항원을 염색하기 위해, 항-F4/80-PE(ThermoFisher 카탈로그 번호 12-4801-82, 클론 BM8) 및 항-CD11b-PerCP-Cy5.5(BD Biosciences 카탈로그 번호 550993, 클론 M1/70) 접합된 항체를 부가하였다. 세포를 암실에서 4℃에서 30분 동안 인큐베이션한 후, 원심분리하고 PBS로 세척하였다. 이어서, 세포를 PBS 중에 재현탁시켰다. 이어서, 샘플의 유세포분석을 수행하고, 각각, 533 nm 및 647 nm 레이저 여기를 사용하여 F4/80-PE 및 CD11b-PerCP-Cy5.5에 대한 양성 형광 신호를 통해 대식세포를 식별하였다. 대식세포에 대한 게이팅 후, 포식된 수용세포에 의해 방출되는 세포내 형광을 488 nm 레이저 여기로 평가하였다. 포식작용 양성 대식세포의 수를 이미지화 소프트웨어를 사용하여 정량화하였다. 데이터를 다음과 같이 표시하였다: 포식세포지수 = (포식된 세포의 총 수/계수된 대식세포의 총 수) × (포식된 세포를 함유하는 대식세포의 수/계수된 대식세포의 총 수) × 100.
낮은 포식세포지수는 대식세포에 의한 포식작용 및 표적화가 낮음을 나타낸다. PBS로 처리된 마우스는 포식세포지수가 낮을 것으로 예상된다. 일 구현예에서, 레트로바이러스 벡터로 처리된 마우스와 PBS로 처리된 마우스에서 유도된 수용세포에 대한 포식세포지수는 유사할 것이다.
실시예 17: 레트로바이러스 벡터 수용세포에 대한 PBMC 반응 측정
본 실시예는 세포 용해 검정을 이용한 수용세포에 대한 PBMC 반응의 정량화를 설명한다.
일부 구현예에서, 수용세포의 면역원성의 척도는 PBMC 반응이다. 일 구현예에서, PBMC에 의한 수용세포의 세포독성 매개 세포 용해는, 용해가 레트로바이러스 벡터의 활성을 감소, 예를 들어 저해하거나 중단시키기 때문에, 면역원성의 척도이다.
일 구현예에서, 수용세포는 PBMC 반응을 유도하지 않는다. 본 실시예에서, 대상에서 수용세포에 대한 PBMC 반응을 시험하였다.
또한, 프로토콜은 적합한 표면 마커가 존재하는 임의의 세포 유형에 따라 조정될 수 있다. 본 실시예에서, 표적 수용세포는 CD3+ 세포이다.
마우스를 본 출원에 기재된 임의의 방법을 통해 생성된 레트로바이러스 벡터 또는 PBS(음성 대조군)로 5일 동안 매일 처리하였다. 최종 처리 28일 후, 레트로바이러스 벡터를 받은 마우스와 PBS 처리를 받은 마우스에서 말초혈액을 채취하였다. 5 μM EDTA가 함유된 1 ml PBS에 혈액을 채취하고, 응고를 방지하기 위해 즉시 혼합하였다. 튜브를 얼음에 보관하고, 염화암모늄(ACK) 완충 용액을 사용하여 적혈구를 제거하였다. 세포를 세포 염색 완충액(Biolegend 카탈로그 번호: 420201) 중에서 10분 동안 Fc 차단한 후(Biolegend 카탈로그 번호: 101319), 쥣과 CD3:APC-Cy7 항체(Biolegend 카탈로그 번호: 100330) 또는 아이소타입 대조군인 APC-Cy7(IC:APC-Cy7) 항체(Biolegend 카탈로그 번호: 400230)로 암실에서 4℃에서 30분 동안 염색하였다. PBS로 2회 세척한 후, 아이소타입 대조군인 APC-Cy7 항체 표지된 세포를 사용하여 음성 게이트를 설정하기 위해, 세포를 FACSDiva™ 소프트웨어(BD Biosciences, San Jose, CA)를 실행하여 640 nm 레이저 여기 및 780 -/+ 60 nm에서 수집된 방출을 이용하여 FACS Aria(BD Biosciences, San Jose, CA.)에서 분석한 후, APC-Cy7 양성 세포를 분류하고 수집하였다. 이어서, 분류된 CD3+ 세포를 CellMask™ 녹색 원형질막 염료(CMG, ThermoFisher 카탈로그 번호: C37608) 또는 음성 대조군으로서 DMSO로 표지하였다.
레트로바이러스 벡터 또는 PBS로 처리된 마우스에서 CD3+ 세포의 단리 7일 전, 문헌[Crop et al. Cell transplantation (20):1547-1559; 2011]의 방법에 따라 PBMC를 레트로바이러스 벡터 또는 PBS로 처리된 마우스에서 단리하고, IL-2 재조합 마우스 단백질(R&D Systems 카탈로그 번호: 402-ML-020) 및 CD3/CD28 비드(ThermoFisher 카탈로그 번호: 11456D)의 존재 하에서 둥근 바닥 96-웰 플레이트에서 37℃에서 7일 동안 자극하였다. 7일차에, 자극된 PBMC를 CD3+/CMG+ 또는 CD3+/DMSO 대조군 세포와, 1000:1-1:1 내지 1:1.25-1:1000 범위의 PBMC:CD3+/CMG+ 또는 PBMC: CD3+/DMSO 대조군 세포의 비로 플레이팅하여, 1시간, 2시간, 3시간, 4시간, 5시간, 6시간, 8시간, 10시간, 15시간, 20시간, 24시간, 48시간 동안 함께 인큐베이션하였다. 음성 대조군으로서, 한 세트의 웰을 CD3+/CMG+ 및 CD3+/DMSO 대조군 세포만(PBMC 없음) 수용하게 하였다. 인큐베이션 후, 플레이트를 원심분리하고 처리하여, 상기와 같이 쥣과 CD3:APC-Cy7 항체 또는 IC:APC-Cy7 항체로 표지하였다. PBS로 2회 세척한 후, 세포를 PBS 중에 재현탁시키고, FACSDiva™ 소프트웨어(BD Biosciences, San Jose, CA)를 실행하여 FACS Aria(APC-Cy7: 640 nm 레이저 여기/780 -/+ 60 nm에서 수집된 방출, 및 CMG: 561 nm 레이저 여기/585 -/+ 16 nm에서 수집된 방출)에서 분석하였다. 이어서, FSC/SSC 사건 데이터를 초기에 "세포"로 표지된 사건에 대한 게이트를 설정하는 데 사용하였다. 이어서, 이러한 "세포" 게이트를 IC:APC-Cy7/DMSO로만 표지된 640 nm 및 561 nm 레이저 분석 샘플에 대한 PMT 전압을 설정하는 사건을 표시하는 데 사용하였다. 이러한 샘플은 또한 APC-Cy7 및 CMG 둘 모두에 대한 음성 세포의 게이트를 설정하는 데 사용할 수 있다. 이어서, 어떠한 PBMC도 수용하지 않은 CD3+/CMG+ 세포를 CD3+ 및 CMG+ 세포에 대한 양성 게이트를 설정하는 데 사용할 수 있다.
전체 세포 집단에서 CD3+/CMG+ 세포의 %를 검토하여 데이터를 분석하였다. 처리군을 비교할 때, PBMC:CD3+/CMG+ 세포의 임의의 주어진 검정 비에서 CD3+/CMG+ 세포의 상대적으로 낮은 %는 수용세포 용해를 나타낸다. 일 구현예에서, 레트로바이러스 벡터로 처리된 마우스와 PBS로 처리된 마우스에서 유도된 수용세포에 대한 CD3+/CMG+의 %는 유사할 것이다.
실시예 18: 레트로바이러스 벡터 수용세포에 대한 NK세포 반응의 측정
본 실시예는 세포 용해 검정을 이용한 수용세포에 대한 자연살해세포 반응의 정량화를 설명한다.
일부 구현예에서, 수용세포의 면역원성의 척도는 자연살해세포 반응이다. 일 구현예에서, 자연살해세포에 의한 수용세포의 세포독성 매개 세포 용해는, 용해가 레트로바이러스 벡터의 활성을 감소, 예를 들어 저해하거나 중단시키기 때문에, 면역원성의 척도이다.
일 구현예에서, 수용세포는 자연살해세포 반응을 유도하지 않는다. 본 실시예에서, 대상에서 수용세포에 대한 자연살해세포 반응을 시험하였다. 또한, 프로토콜은 적합한 표면 마커가 존재하는 임의의 세포 유형에 따라 조정될 수 있다. 본 실시예에서, 표적 수용세포는 CD3+ 세포이다.
마우스를 레트로바이러스 벡터로 처리하고, 혈액 샘플을 채취하고, CD3+ 세포를 상기 실시예 17에 기재된 바와 같이 분류하였다. NK세포를 단리하고, CD3+ 세포와 함께 배양하고, 실시예 17에 사용된 PBMC 세포 대신 NK세포를 사용한 것을 제외하고는, 상기 실시예 17에 기재된 프로토콜에 따라 FACS로 분석하였다.
전체 세포 집단에서 CD3+/CMG+ 세포의 %를 검토하여 데이터를 분석하였다. 처리군을 비교할 때, NK세포:CD3+/CMG+ 세포의 임의의 주어진 검정 비에서 CD3+/CMG+ 세포의 상대적으로 낮은 %는 수용세포 용해를 나타낸다. 일 구현예에서, 레트로바이러스 벡터로 처리된 마우스와 PBS로 처리된 마우스에서 유도된 수용세포에 대한 CD3+/CMG+의 %는 유사할 것이다.
실시예 19: 레트로바이러스 벡터 수용세포에 대한 CD8 T세포 반응의 측정
본 실시예는 세포 용해 검정을 이용한 수용세포(레트로바이러스 벡터와 융합된 세포)에 대한 CD8+ T세포 반응의 정량화를 설명한다.
일부 구현예에서, 수용세포의 면역원성의 척도는 CD8+ T세포 반응이다. 일 구현예에서, CD8+ T세포에 의한 수용세포의 세포독성 매개 세포 용해는, 용해가 레트로바이러스 벡터의 활성을 감소, 예를 들어 저해하거나 중단시키기 때문에, 면역원성의 척도이다.
일 구현예에서, 수용세포는 CD8+ T세포 반응을 유도하지 않는다. 본 실시예에서, 대상에서 수용세포에 대한 CD8+ T세포 반응을 시험하였다. 또한, 프로토콜은 적합한 표면 마커가 존재하는 임의의 세포 유형에 따라 조정될 수 있다. 본 실시예에서, 표적 수용세포는 CD3+ 세포이다.
마우스를 레트로바이러스 벡터로 처리하고, 혈액 샘플을 채취하고, CD3+ 세포를 상기 실시예 17에 기재된 바와 같이 분류하였다. CD8+ T세포를 단리하고, CD3+ 세포와 함께 배양하고, 실시예 17에 사용된 PBMC 세포 대신 CD8+ T세포를 사용한 것을 제외하고는, 상기 실시예 17에 기재된 프로토콜에 따라 FACS로 분석하였다.
전체 세포 집단에서 CD3+/CMG+ 세포의 %를 검토하여 데이터를 분석하였다. 처리군을 비교할 때, CD8+ 세포:CD3+/CMG+ 세포의 임의의 주어진 검정 비에서 CD3+/CMG+ 세포의 상대적으로 낮은 %는 수용세포 용해를 나타낸다. 일 구현예에서, 레트로바이러스 벡터로 처리된 마우스와 PBS로 처리된 마우스에서 유도된 수용세포에 대한 CD3+/CMG+의 %는 유사할 것이다.
실시예 20: CNS세포 특이적 프로모터 활성 측정
본 실시예는 비표적세포와 비교하여 CNS세포에서 CNS세포 특이적 프로모터(양성 TCSRE)의 활성 측정을 설명한다.
두 가지 세포 유형을 별도로 배양하고, 본원에 기재된 바와 같이 생성된 레트로바이러스 벡터로 처리하였다. 레트로바이러스 벡터는 VSV-G로 위형화된 것으로, CNS세포 특이적 프로모터, 예를 들어 표 3의 CNS세포 특이적 프로모터의 제어 하에서 tdTomato 형광 단백질 리포터를 코딩한다.
형질도입 2일 후, 세포 내 유전자 발현을 유세포분석을 통해 측정하고, 세포 내 평균 벡터 카피 수를 정량적 PCR로 측정하였다. 세포 집단에서 세포당 tdTomato 유전자 발현의 중앙값을 집단 벡터 카피 수로 정규화하였다.
일부 구현예에서, CNS세포 집단은 tdTomato 발현 대 벡터 카피 수를 비표적세포 집단보다 더 큰 비로 가질 것이다. 이는, CNS세포 특이적 프로모터가 CNS세포에서 더 활성임을 보여준다.
실시예 21: 제한 마이크로RNA로부터의 발현 변화 측정
본 실시예는 비표적세포와 비교하여 CNS세포에서 비표적세포 제한 마이크로RNA(NTCSRE)의 활성 측정을 설명한다.
두 가지 세포 유형을 별도로 배양하고, 본원에 기재된 바와 같이 생성된 레트로바이러스 벡터로 처리하였다. 레트로바이러스 벡터는 VSV-G로 위형화된 것으로, 편재 활성 프로모터와 비표적세포 제한 마이크로RNA, 예를 들어 표 4의 마이크로RNA의 제어 하에서 tdTomato 형광 단백질 리포터를 코딩한다.
형질도입 2일 후, 세포 내 유전자 발현을 유세포분석을 통해 측정하고, 세포 내 평균 벡터 카피 수를 정량적 PCR로 측정하였다. 세포 집단에서 세포당 tdTomato 유전자 발현의 중앙값을 집단 벡터 카피 수로 정규화하였다.
일부 구현예에서, CNS세포 집단은 tdTomato 발현 대 벡터 카피 수를 비표적세포 집단보다 더 큰 비로 가질 것이다. 이는, 비표적세포 제한 마이크로RNA가 비표적세포에서 발현을 감소시킴을 보여준다.
실시예 22: 시험관내 VSV-G 위형을 이용한 프리드리히 운동실조증의 치료
본 실시예는, 시험관내 세포로의 치료용 전이유전자의 전달을 설명한다. 본 실시예에서, 치료용 전이유전자는 프라탁신(frataxin, fxn)이다.
뉴런을 YG8R 마우스의 뇌에서 배양하고, 본원에 기재된 바와 같이 생성된 레트로바이러스 벡터 또는 PBS(음성 대조군)로 형질도입하였다. 레트로바이러스 벡터는 VSV-G로 위형화된 것으로, 뉴런 특이적 프로모터(양성 TCSRE)와 미세아교세포 제한 마이크로RNA 서열(NTCSRE)의 제어 하에서 fxn 유전자를 운반한다.
Fxn 발현을 위한 충분한 시간 후, 이미지화를 위해 세포를 준비하였다. 세포를 고정시키고, 투과성으로 만들고, 차단하고, 항-Fxn 항체(예를 들어, abcam 카탈로그 번호 ab175402)로 면역염색하였다. 면역염색 후, 세포를 Alexa Fluor 488(예를 들어, abcam 카탈로그 번호 ab150077)에 접합된 2차 항체로 대조염색하였다. 세포를 37℃ 및 5% CO2에서 유지시키면서, 63x 오일 침지 대물렌즈를 이용하여 Zeiss LSM 710 공초점 현미경 상에서 이미지화하였다. Alexa Fluor를 488 nm 레이저 여기 및 510±15 nm에서 포획된 방출에 적용하였다. 세포당 Alexa Flour 평균 강도를 계산하여, 세포당 Fxn 발현 수준을 결정하였다. 각 그룹에 대해, 적어도 30개 내지 40개의 세포를 이미지화하고, 분석하였다.
일부 구현예에서, 세포당 Fxn 발현 수준은 PBS로 처리된 뉴런보다 Fxn 유전자를 인코딩하는 레트로바이러스 벡터로 처리된 뉴런에서 더 높을 것이다.
실시예 23: 생체내 VSV-G 위형화된 레트로바이러스를 이용한 프리드리히 운동실조증의 치료
본 실시예는, 생체내 세포로의 치료용 전이유전자의 전달을 설명한다. 본 실시예에서, 치료용 전이유전자는 프라탁신(fxn)이다.
VSV-G로 위형화되고, 뉴런 특이적 프로모터(양성 TCSRE)와 미세아교세포 제한 마이크로RNA 서열(NTCSRE)의 제어 하에서 fxn 유전자 작용제를 운반하는 레트로바이러스 벡터를, YG8R 마우스에게 뇌내로 주사하였다. 레트로바이러스 벡터는 본 출원에 기재된 임의의 방법을 통해 생성하였다. 음성 대조군 마우스는 PBS로 처리하였다.
처리 28일 후, 레트로바이러스 또는 PBS로 처리된 마우스에서 뇌 절편을 채취하고, 이전 실시예에 기재된 바와 같이 Fxn 발현을 위해 염색하였다. 일부 구현예에서, 세포당 Fxn 발현 수준은 PBS로 처리된 마우스의 뇌보다 Fxn 유전자를 인코딩하는 레트로바이러스 벡터로 처리된 마우스의 뇌에서 더 높을 것이다.
마우스의 개별 그룹에서, 레트로바이러스 또는 PBS로의 처리 28일 후, 마우스를 문헌[Rocca et al., 2017, Sci. Transl. Med. 9(413), doi: 10.1126/scitranslmed.aaj2347]에 기재된 바와 같은 신경행동 검사에 적용하였다. 일부 구현예에서, 레트로바이러스로 처리된 마우스는 PBS로 처리된 마우스와 비교하여 신경행동 검사에서 유의한 개선을 나타냈다.
실시예 24: 푸소좀의 전사 활성 결여
본 실시예는 푸소좀 생성에 사용되는 모세포, 예를 들어 원천세포와 비교하여 푸소좀에서의 전사 활성을 정량화한다. 일 구현예에서, 전사 활성은 모세포, 예를 들어 원천세포와 비교하여 푸소좀에서 낮거나 존재하지 않을 것이다.
푸소좀은 치료제의 전달을 위한 섀시(chassis)이다. 고효율로 세포 또는 국소 조직 환경에 전달될 수 있는 miRNA, mRNA, 단백질 및/또는 세포소기관과 같은 치료제는, 수용조직에서 병리학적으로 낮거나 높은 수준에서 정상적으로 활성 또는 활성이 아닌 경로를 조절하는 데 사용될 수 있다. 일 구현예에서, 푸소좀이 전사할 수 없거나, 푸소좀이 모세포보다 낮은 전사 활성을 갖는다는 관찰은, 핵 물질의 제거가 충분히 일어났음을 입증한다.
푸소좀은 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 제조하였다. 이어서, 푸소좀을 생성하는 데 사용되는 충분한 수의 푸소좀과 모세포를, 6-웰 저부착 다중 웰 플레이트 내 20% 소태아혈청, 1x 페니실린/스트렙토마이신 및 형광 태그 가능한 알킨-뉴클레오시드 EU가 함유된 DMEM 중에 37℃ 및 5% CO2에서 1시간 동안 플레이팅하였다. 음성 대조군의 경우, 충분한 수의 푸소좀과 모세포를 또한 다중 웰 플레이트 내 20% 소태아혈청, 1x 페니실린/스트렙토마이신을 함유하지만 알킨-뉴클레오시드 EU는 함유하지 않는 DMEM 중에 플레이팅하였다.
1시간 인큐베이션 후, 샘플을 이미지화 키트의 제조업체(ThermoFisher Scientific)의 설명서에 따라 처리하였다. 음성 대조군을 포함하는 세포와 푸소좀 샘플을 1xPBS 완충액으로 3회 세척하고, 1xPBS 완충액 중에 재현탁시키고, 여기용 488 nm 아르곤 레이저와 530+/-30 nm 방출을 사용하여 유세포분석기(Becton Dickinson, San Jose, CA, USA)로 분석하였다. 수집 및 분석을 위해 BD FACSDiva 소프트웨어를 사용하였다. 광산란 채널을 선형 증가로 설정하고, 최소 10,000개의 세포를 이용하여 로그 스케일로 형광 채널을 각각의 조건에서 분석하였다.
일 구현예에서, 음성 대조군에서 530+/-30 nm 방출로 측정된 전사 활성은 알킨-뉴클레오시드 EU의 누락으로 인해 무효가 될 것이다. 일부 구현예에서, 푸소좀은 모세포보다 약 70%, 60%, 50%, 40%, 30%, 20%, 10%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%(또는 그 이하) 더 적은 전사 활성을 가질 것이다.
또한, 문헌[Proc Natl Acad Sci U S A, 2008, Oct 14;105(41):15779-84](doi: 10.1073/pnas.0808480105. Epub 2008 Oct 7) 참조.
실시예 25: DNA 복제 또는 복제 활성의 결여
본 실시예는 푸소좀에서 DNA 복제를 정량화한다. 일 구현예에서, 푸소좀은 세포와 비교하여 낮은 비율로 DNA를 복제할 것이다.
푸소좀은 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 제조하였다. 푸소좀과 모세포 DNA 복제 활성을 형광 태그 가능한 뉴클레오티드(ThermoFisher Scientific # C10632)의 혼입을 통해 평가하였다. 푸소좀과 동등한 수의 세포를, 디메틸설폭시드 중 EdU 스톡 용액의 제조 후, EdU와 함께 최종 농도 10 μM에서 2시간 동안 인큐베이션하였다. 이어서, 샘플을 3.7% PFA를 사용하여 15분 동안 고정시키고, 1xPBS 완충액(pH 7.4)으로 세척하고, 1xPBS 완충액(pH 7.4) 중 0.5% 세제 용액에서 15분 동안 투과성으로 만들었다.
투과화(permeabilization) 후, 0.5% 세제 함유 PBS 완충액 중 현탁액 중의 푸소좀과 세포를, 1xPBS 완충액(pH 7.4)으로 세척하고, 반응 칵테일, 1xPBS 완충액, CuSO4(구성요소 F), azide-fluor 488, 1x 반응 완충액 첨가제 중에서 21℃에서 30분 동안 인큐베이션하였다.
푸소좀과 세포 DNA 복제 활성에 대한 음성 대조군을, 상기와 동일하지만 1x 반응 칵테일 중에 azide-fluor 488을 포함하지 않는 것으로 처리된 샘플로 제조하였다.
이어서, 세포와 푸소좀 샘플을 세척하고, 1xPBS 완충액 중에 재현탁시키고, 유세포분석으로 분석하였다. 488 nm 아르곤 레이저 여기를 이용하는 FACS 세포측정기(Becton Dickinson, San Jose, CA, USA)를 이용하여 유세포분석을 수행하고, 530+/-30 nm 방출 스펙트럼을 수집하였다. 수집 및 분석을 위해 FACS 분석 소프트웨어를 사용하였다. 광산란 채널을 선형 증가로 설정하고, 최소 10,000개의 세포를 이용하여 로그 스케일로 형광 채널을 각각의 조건에서 분석하였다. 각각의 샘플에서 azide-fluor 488의 강도 중앙값을 기준으로 상대 DNA 복제 활성을 계산하였다. 모든 사건을 전방 및 측방 분산 채널에서 포획하였다(대안적으로, 푸소좀 집단만 선택하도록 게이트를 적용할 수 있음). 푸소좀의 형광 강도 중앙값에서 각각의 음성 대조군 샘플의 형광 강도 중앙값을 빼서, 푸소좀에 대한 정규화된 형광 강도 값을 결정하였다. 이어서, 푸소좀 샘플에 대한 정규화된 상대 DNA 복제 활성을 각각의 유핵 세포에 대해 정규화하여, 샘플 DNA 복제 활성에 대한 정량적 측정을 생성하였다.
일 구현예에서, 푸소좀은 모세포보다 낮은 DNA 복제 활성을 갖는다.
또한, 문헌[Salic, 2415-2420](doi: 10.1073/pnas.0712168105) 참조.
실시예 26: 푸소겐 정량화
본 실시예는 푸소좀당 푸소겐 절대 수의 정량화를 설명한다.
GFP가 태그된 푸소겐(VSV-G)을 발현시키기 위해 이전 실시예에 기재된 바와 같이 조작한 것을 제외하고는, 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 푸소좀 조성물을 제조하였다. 또한, 음성 대조군 푸소좀은 푸소겐(VSV-G) 또는 GFP가 존재하지 않도록 조작하였다.
GFP 태그된 푸소겐과 음성 대조군(들)을 갖는 푸소좀을 하기와 같이 푸소겐 절대 수에 대해 검정하였다. 상업적으로 입수한 재조합 GFP를 순차적으로 희석하여, 단백질 농도의 검정 곡선을 생성하였다. 이어서, 검정 곡선과 양이 공지된 푸소좀 샘플의 GFP 형광을 GFP 광 큐브(469/35 여기 필터와 525/39 방출 필터)를 사용하여 형광계에서 측정하여, 푸소좀 제제 내 GFP 분자의 평균 몰농도를 계산하였다. 이어서, 몰농도를 GFP 분자의 수로 전환하고, 샘플당 푸소좀 수로 나누어, 푸소좀당 GFP 태그된 푸소겐 분자의 평균 수를 얻고, 푸소좀당 푸소겐의 수의 상대적 추정치를 제공하였다.
일 구현예에서, GFP 형광은 푸소겐 또는 GFP가 존재하지 않는 음성 대조군과 비교하여 GFP 태그를 포함하는 푸소좀에서 더 높을 것이다. 일 구현예에서, GFP 형광은 존재하는 푸소겐 분자의 수에 비례한다.
대안적으로, 개별 푸소좀을 제조업체의 설명서에 따라 단일 세포 제조 시스템(Fluidigm)을 사용하여 단리하고, 상업적으로 입수 가능한 프로브 세트(Taqman)와, Ct 값을 기준으로 푸소겐 또는 GFP cDNA 수준을 정량화하도록 설계된 마스터 믹스를 사용하여 qRT-PCR를 수행하였다. 푸소겐 유전자 또는 GFP 유전자의 클로닝된 단편과 동일한 서열의 RNA 표준을 합성(Amsbio)으로 생성한 후, 연속 희석으로 단일 세포 제조 시스템 qRT-PCR 실험 반응에 첨가하여, 푸소겐 또는 GFP RNA의 Ct vs 농도의 표준 곡선을 확립하였다.
푸소좀의 Ct 값을 표준 곡선과 비교하여, 푸소좀당 푸소겐 또는 GFP RNA의 양을 결정하였다.
일 구현예에서, 푸소겐과 GFP RNA는 푸소겐 또는 GFP가 존재하지 않는 음성 대조군과 비교하여 푸소겐을 발현시키도록 조작된 푸소좀에서 더 높을 것이다.
이전에 기재된 바와 같이 지질 이중층 구조를 분석하고, 본원의 다른 실시예에 기재된 바와 같이 LC-MS로 지질 이중층 내 푸소겐을 정량화하여, 푸소겐을 추가로 지질 이중층에서 정량화할 수 있다.
실시예 27: 푸소좀의 평균 크기 측정
본 실시예는 푸소좀의 평균 크기 측정을 설명한다.
푸소좀은 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 제조하였다. 평균 크기를 결정하기 위해 상업적으로 입수 가능한 시스템(iZON Science)을 사용하여 푸소좀을 측정하였다. 제조업체의 설명서에 따라 소프트웨어와, 40 nm 내지 10 μm 크기 범위 내 입자를 분석하기 위해 설계된 나노공극을 이용하여 시스템을 사용하였다. 푸소좀과 모세포를 포스페이트 완충 염수(PBS) 중에 1 mL당 단백질 0.01 μg 내지 0.1 μg 범위의 최종 농도로 재현탁시켰다. 다른 기기 설정은 하기 표에 지시된 바와 같이 조정하였다:
모든 푸소좀을 단리 2시간 내에 분석하였다. 일 구현예에서, 푸소좀은 모세포의 약 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상) 이내의 크기를 가질 것이다.
실시예 28: 푸소좀의 평균 크기 분포 측정
본 실시예는 푸소좀의 크기 분포 측정을 설명한다.
푸소좀을 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 제조하고, 이전 실시예에 기재된 바와 같이, 상업적으로 입수 가능한 시스템을 사용하여 입자의 평균 크기를 결정하기 위해 시험하였다. 일 구현예에서, 중앙값을 중심으로 한 푸소좀의 10%, 50% 및 90%에 대한 크기 역치를 모세포와 비교하여, 푸소좀 크기 분포를 평가하였다.
일 구현예에서, 푸소좀은, 샘플의 10%, 50% 또는 90% 내에서, 모세포의 크기 분포 가변성의 약 90%, 80%, 70%, 60%, 50%, 40%, 30%, 20%, 10%, 5%(또는 그 이하)미만을 가질 것이다.
실시예 29: 푸소좀의 평균 부피
본 실시예는 푸소좀의 평균 부피 측정을 설명한다. 이론에 구애됨 없이, 다양한 크기(예를 들어, 부피)의 푸소좀을 별개의 카고 로딩, 치료제 설계 또는 적용을 위해 다용도로 만들 수 있다.
푸소좀은 이전 실시예에 기재된 바와 같이 제조하였다. 양성 대조군은 HEK293 세포 또는 크기가 공지된 폴리스티렌 비드였다. 음성 대조군은 36게이지 바늘을 약 50회 통과시킨 HEK293 세포였다.
이전 실시예에 기재된 바와 같이 투과 전자 현미경을 이용한 분석을 사용하여, 푸소좀의 크기를 결정하였다. 푸소좀의 직경을 측정한 후, 부피를 계산하였다.
일 구현예에서, 푸소좀은 직경이 약 50 nm 이상인 평균 크기를 가질 것이다.
실시예 30: 푸소좀의 평균 밀도
푸소좀 밀도는 문헌[Thery et al., Curr Protoc Cell Biol. 2006 Apr; Chapter 3:Unit 3.22]에 기재된 바와 같이 연속 수크로오스 구배 원심분리 검정을 통해 측정하였다. 푸소좀은 이전 실시예에 기재된 바와 같이 수득하였다.
먼저, 수크로오스 구배를 준비하였다. 4 ml HEPES/수크로오스 스톡 용액과 1 ml HEPES 스톡 용액 또는 0.5 ml HEPES/수크로오스 스톡 용액과 4.5 ml HEPES 스톡 용액을 각각 혼합하여, 2 M 및 0.25 M 수크로오스 용액을 생성하였다. 이러한 2개의 분획을 모든 셔터가 닫힌 구배 메이커에 로딩하였는데, 2 M 수크로오스 용액을 자석 교반 바를 포함한 근위부에 0.25 M 수크로오스 용액을 원위부에 로딩하였다. 구배 메이커를 자석 교반 플레이트에 위치시키고, 근위부와 원위부 사이의 셔터를 열고 자석 교반 플레이트를 작동시켰다. HEPES 스톡 용액은 다음과 같이 제조하였다: 2.4 g N-2-히드록시에틸피페라진-N'-2-에탄설폰산(HEPES; 20 mM 최종), 300 H2O, 10 N NaOH를 이용하여 pH를 7.4로 조정하고, H2O를 이용하여 최종 부피를 500 ml로 조정함. HEPES/수크로오스 스톡 용액은 다음과 같이 제조하였다: 2.4 g 히드록시에틸피페라진-N'-2-에탄설폰산(HEPES; 20 mM 최종), 428 g 프로테아제 미함유 수크로오스(ICN; 2.5 M 최종), 150 ml H2O, 10 N NaOH를 이용하여 pH를 7.4로 조정하고, H2O를 이용하여 최종 부피를 500 ml로 조정함.
푸소좀을 HEPES/수크로오스 스톡 용액 2 ml 중에 재현탁시키고, SW 41 원심분리 튜브의 바닥에 부었다. 외부 도관을 2 ml의 푸소좀 바로 위 SW 41 튜브 내에 배치하였다. 외부 셔터를 개방하고, 2 M(하단)에서 0.25 M(상단)로의 연속 수크로오스 구배를 푸소좀의 상단에 서서히 부었다. 도관이 항상 액체의 상단보다 약간 위에 있도록, 구배가 부어질 때 SW 41 튜브를 낮추었다.
구배를 포함한 모든 튜브를 서로 또는 동일한 중량의 수크로오스 용액을 가진 다른 튜브와 균형을 맞추었다. 구배를 브레이크를 낮게 설정한 SW 41 스윙-버킷 로터에서 210,000 x g, 4℃에서 밤새(14시간 이상) 원심분리하였다.
마이크로피펫을 이용하여, 11개의 1 ml 분획(상단에서 하단으로)을 채취하고, TLA-100.3 로터용 3 ml 튜브에 넣었다. 샘플을 96-웰 플레이트의 별도의 웰에 따로 보관하고, 각 분획 50 μl를 사용하여 굴절률을 측정하였다. 플레이트를 접착 포일로 덮어 증발을 막고, 실온에서 1시간 이하 동안 보관하였다. 굴절계를 사용하여 96-웰 플레이트 내 저장된 재료의 각 분획 10 μl 내지 20 μl의 굴절률(따라서, 수크로오스 농도 및 밀도)을 측정하였다.
굴절률을 g/ml으로 전환시키기 위한 표는 Beckman 웹사이트에서 다운로드 가능한 초원심분리 카탈로그에서 입수 가능하다.
이어서, 단백질 함량 분석을 위해 각 분획을 준비하였다. 20 mM HEPES(pH 7.4) 2 밀리리터를 각각 1 ml 구배 분획에 첨가하고, 2회 내지 3회 위아래로 파이핑하여 혼합하였다. 각 튜브의 한쪽을 영구 마커로 마킹하고, 튜브를 TLA-100.3 로터에 마킹된 부분이 위로 오도록 배치하였다.
희석된 분획을 포함한 3 ml 튜브를 110,000 x g, 4℃에서 1시간 동안 원심분리하였다. TLA-100.3 로터에는 6개의 튜브가 있으므로, 각 구배당 2회 원심분리를 수행하고, 다른 튜브는 원심분리될 때까지 4℃에서 보관하였다.
각각의 3 ml 튜브에서 상청액을 흡인하여, 펠릿의 상단에 액적을 남겼다. 펠릿은 대부분 보이지 않았지만, 튜브 상의 마커로부터 그 위치를 추론할 수 있었다. 보이지 않는 펠릿을 재현탁시키고, 미세원심분리 튜브로 옮겼다. 각각의 재현탁된 분획의 절반을 또 다른 실시예에 기재된 비신코닌산 검정을 이용한 단백질 함량 분석에 사용하였다. 이는, 푸소좀 제제의 다양한 구배 분획에 걸친 분포를 제공한다. 이러한 분포를 사용하여, 푸소좀의 평균 밀도를 결정하였다. 나머지 절반의 분획은 -80℃에서 보관하고, 단백질 분석으로 분획에 걸친 푸소좀 분포가 밝혀지면 다른 목적(예를 들어, 기능 분석, 또는 면역격리에 의한 추가 정제)을 위해 사용하였다.
일 구현예에서, 이러한 검정을 사용하여 측정 시, 푸소좀의 평균 밀도는 1.25 g/ml +/- 0.05 표준편차일 것이다. 일 구현예에서, 푸소좀의 평균 밀도는 1 내지 1.1, 1.05 내지 1.15, 1.1 내지 1.2, 1.15 내지 1.25, 1.2 내지 1.3, 또는 1.25 내지 1.35의 범위일 것이다. 일 구현예에서, 푸소좀의 평균 밀도는 1 미만 또는 1.35 초과일 것이다.
실시예 31: 핵 외피 함량 측정
본 실시예는 제핵된 푸소좀 내 핵 외피 함량의 측정을 설명한다. 핵 외피는 세포의 세포질에서 DNA를 단리한다.
일 구현예에서, 정제된 푸소좀 조성물은 포유류 세포, 예컨대 본원에 기재된 바와 같이 제핵된 HEK-293T(293 [HEK-293](ATCC® CRL-1573™)를 포함한다. 본 실시예는, 푸소좀 생성 후 남아있는 온전한 핵 막의 양을 측정하기 위한 대용물로서의 상이한 핵 막단백질의 정량화를 설명한다.
본 실시예에서, 10x106개의 HEK-293T와 10x106개의 HEK-293T에서 제조된 동등한 양의 푸소좀을 3.7% PFA를 사용하여 15분 동안 고정시키고, 1xPBS 완충액(pH 7.4)으로 세척하고, 동시에 투과성으로 만든 후, 1% 소 혈청 알부민 및 0.5% Triton® X-100(pH 7.4)이 함유된 1xPBS 완충액을 사용하여 15분 동안 차단하였다. 투과화 후, 푸소좀과 세포를 1% 소 혈청 알부민 및 0.5% Triton® X-100(pH 7.4)이 함유된 1xPBS 완충액 중에 희석된 제조업체 권장 농도로의 상이한 1차 항체, 예를 들어(항-RanGAP1 항체[EPR3295] (Abcam - ab92360), 항-NUP98 항체[EPR6678] - 핵 공극 마커(Abcam - ab124980), 항-핵 공극 복합체 단백질 항체[Mab414] - (Abcam- ab24609), 항-임포르틴 7 항체(Abcam - ab213670)와 함께 4℃에서 12시간 동안 인큐베이션하였다. 이어서, 푸소좀과 세포를 1xPBS 완충액(pH 7.4)으로 세척하고, 1% 소 혈청 알부민과 0.5% 세제가 함유된 1xPBS 완충액(pH 7.4) 중에 희석된 제조업체 권장 농도로의 이전에 지정된 1차 항체를 검출하는 적절한 형광 2차 항체와 함께 21℃에서 2시간 동안 인큐베이션하였다. 이어서, 푸소좀과 세포를 1xPBS 완충액으로 세척하고, 1 μg/ml Hoechst 33342가 함유된 1xPBS 완충액(pH 7.4) 300μL 중에 재현탁시키고, 20 μm FACS 튜브를 통해 여과하고, 유세포분석으로 분석하였다.
1차 항체를 첨가하지 않은 것을 제외하고는 동일한 염색 절차를 사용하여 음성 대조군을 생성하였다. 488 nm 아르곤 레이저 여기를 이용하는 FACS 세포측정기(Becton Dickinson, San Jose, CA, USA)를 이용하여 유세포분석을 수행하고, 530+/-30 nm 방출 스펙트럼을 수집하였다. 수집 및 분석을 위해 FACS 수집 소프트웨어를 사용하였다. 광산란 채널을 선형 증가로 설정하고, 최소 10,000개의 세포를 이용하여 로그 스케일로 형광 채널을 각각의 조건에서 분석하였다. 각각의 샘플에서 형광 강도 중앙값을 기준으로 상대적인 온전한 핵막 함량을 계산하였다. 모든 사건을 전방 및 측방 분산 채널에서 포획하였다.
푸소좀의 형광 강도 중앙값에서 각각의 음성 대조군 샘플의 형광 강도 중앙값을 빼서, 푸소좀에 대한 정규화된 형광 강도 값을 결정하였다. 이어서, 푸소좀 샘플에 대한 정규화된 형광을 각각의 유핵 세포에 대해 정규화하여, 온전한 핵막 함량에 대한 정량적 측정을 생성하였다.
일 구현예에서, 제핵된 푸소좀은 유핵 모세포와 비교하여 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 미만의 형광 강도 또는 핵 외피 함량을 포함할 것이다.
실시예 32: 크로마틴 수준 측정
본 실시예는 제핵된 푸소좀에서 크로마틴의 측정을 설명한다.
DNA는 크로마틴으로 응축되어 핵 내부에 들어갈 수 있게 된다. 일 구현예에서, 본원에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 제조된 정제된 푸소좀 조성물은 낮은 수준의 크로마틴을 포함할 것이다.
상기 기재된 임의의 방법으로 제조된 제핵된 푸소좀과 양성 대조군 세포(예를 들어, 모세포)를, 히스톤 단백질 H3 또는 히스톤 단백질 H4에 특이적인 항체와 함께 ELISA를 이용하여 크로마틴 함량에 대해 검정하였다. 히스톤은 크로마틴의 주요 단백질 구성요소이며, 여기서 H3 및 H4가 주요 히스톤 단백질이다.
상업용 키트(예를 들어 Abcam Histone Extraction Kit (ab113476)) 또는 당업계에 공지된 다른 방법을 사용하여 푸소좀 제제와 세포 제제에서 히스톤을 추출하였다. 이러한 분취액을 사용 시까지 -80℃에서 저장하였다. 정제된 히스톤 단백질(H3 또는 H4) 1 ng/μl 내지 50 ng/μl를 검정 완충액 용액 중에 희석하여, 표준물의 일련의 희석액을 제조하였다. 검정 완충액은 제조업체에서 공급된 키트(예를 들어 Abcam Histone H4 Total Quantification Kit (ab156909) 또는 Abcam Histone H3 Total Quantification Kit (ab115091))에서 유도할 수 있다. 검정 완충액을 48-웰 또는 96-웰 플레이트의 각각의 웰에 첨가하고, 이를 항-히스톤 H3 또는 항-H4 항체로 코팅하고, 샘플 또는 표준 대조군을 각각의 웰의 총 부피가 50 μl가 되도록 웰에 첨가하였다. 이어서, 플레이트를 덮고, 37℃에서 90분 내지 120분 동안 인큐베이션하였다.
인큐베이션 후, 검출을 위해 플레이트에 부착된 항-히스톤 항체에 결합된 임의의 히스톤을 준비하였다. 상청액을 흡인하고, 플레이트를 세척 완충액 150 μl로 세척하였다. 이어서, 항-히스톤 H3 또는 항-H4 포획 항체를 포함한 포획 완충액을 부피 50 μl 및 농도 1 μg/mL로 플레이트에 첨가하였다. 이어서, 플레이트를 오비탈 진탕기에서 실온에서 60분 동안 인큐베이션하였다.
다음으로, 플레이트를 흡인하고, 세척 완충액을 사용하여 6회 세척하였다. 이어서, 포획 항체에 의해 활성화 가능한 신호 리포터 분자를 각각의 웰에 첨가하였다. 플레이트를 덮고, 실온에서 30분 동안 인큐베이션하였다. 이어서, 플레이트를 흡인하고, 세척 완충액을 사용하여 4회 세척하였다. 정지 용액을 첨가하여 반응을 중단시켰다. 플레이트의 각각의 웰의 흡광도를 450 nm에서 판독하고, 각각의 샘플의 히스톤 농도를 표준 샘플의 히스톤 농도에 대해 450 nm에서의 흡광도 표준 곡선에 따라 계산하였다.
일 구현예에서, 푸소좀 샘플은 유핵 모세포의 히스톤 농도의 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 미만을 차지할 것이다.
실시예 33: 푸소좀 내 miRNA 함량 측정
본 실시예는 푸소좀 내 마이크로RNA(miRNA)의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 푸소좀은 miRNA를 포함한다.
miRNA는, 다른 활성 중에서, 메신저 RNA(mRNA)가 단백질로 번역되는 속도를 제어하는 조절 요소이다. 일 구현예에서, miRNA를 운반하는 푸소좀을 사용하여 miRNA를 표적 부위에 전달할 수 있다.
푸소좀은 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 제조하였다. 상기 기재된 바와 같이 푸소좀 또는 모세포에서 RNA를 제조하였다. Sanger Center miRNA 등록소(www.sanger.ac.uk/Software/Rfam/mirna/index.shtml)에서 적어도 하나의 miRNA 유전자를 선택하였다. miRNA는 문헌[Chen et al, Nucleic Acids Research, 33(20), 2005]에 기재된 바와 같이 제조하였다. 모든 TaqMan miRNA 검정은 Thermo Fisher(A25576, Waltham, MA)를 통해 입수 가능하였다.
제조업체의 사양에 따라 miRNA cDNA에서 qPCR을 수행하고, 본원에 기재된 바와 같은 실시간 PCR 시스템을 사용하여 CT 값을 생성하고 분석하였다.
일 구현예에서, 푸소좀의 miRNA 함량은 이의 모세포의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상)일 것이다.
실시예 34: 푸소좀 내 내인성 RNA 또는 합성 RNA의 발현 정량화
본 실시예는 발현이 변경된 내인성 RNA 또는 푸소좀에서 발현되는 합성 RNA의 수준의 정량화를 설명한다.
푸소좀에 대한 세포 기능을 매개하는 내인성 또는 합성 RNA의 발현을 변경시키기 위해 푸소좀 또는 모세포를 조작하였다.
트랜스포사아제 벡터(System Biosciences, Inc.)는 단백질 작용제의 클로닝된 단편의 오픈리딩프레임과 함께 푸로마이신 내성 유전자의 오픈리딩프레임을 포함한다. 벡터를 전기천공기(Amaxa)와 293T 세포주 특이적 핵 트랜스펙션 키트(Lonza)를 사용하여 293T로 전기천공하였다.
20% 소태아혈청 및 1x 페니실린/스트렙토마이신이 함유된 DMEM 중에서 푸로마이신을 이용하여 3일 내지 5일 동안 선별한 후, 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 안정적으로 발현하는 세포주에서 푸소좀을 제조하였다.
개별 푸소좀을 단리하고, 푸소좀당 단백질 작용제 또는 RNA를 이전 실시예에 기재된 바와 같이 정량화하였다.
일 구현예에서, 푸소좀은 푸소좀당 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개, 50개, 100개, 500개, 103개, 5.0 x 103개, 104개, 5.0 x 104개, 105개, 5.0 x 105개, 106개, 5.0 x 106개(또는 그 이상)의 RNA를 가질 것이다.
실시예 35: 푸소좀 내 프로테옴 조성의 측정
본 실시예는 푸소좀의 단백질 조성의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 푸소좀의 단백질 조성은 이들이 유도된 세포와 유사할 것이다.
푸소좀은 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 제조하였다. 푸소좀을 용해 완충액(7 M 우레아, 2 M 티오우레아, 50 mM Tris(pH 8.0) 중 4% (w/v) Chaps) 중에 재현탁시키고, 간헐적인 볼텍싱을 이용하여 실온에서 15분 동안 인큐베이션하였다. 이어서, 혼합물을 아이스배쓰에서 5분 동안 초음파로 용해시키고, 13,000 RPM에서 5분 동안 회전시켰다. 비색 검정(Pierce)으로 단백질 함량을 결정하고, 각각의 샘플의 단백질을 새로운 튜브에 옮기고, 50 mM Tris(pH 8)를 이용하여 부피를 동일하게 만들었다.
단백질을 10 mM DTT를 이용하여 65℃에서 15분 동안 환원시키고, 암실에서 실온에서 30분 동안 15 mM 요오도아세트아미드로 알킬화하였다. 6부피의 냉각된(-20℃) 아세톤을 점진적으로 첨가하여 단백질을 침전시키고, -80℃에서 밤새 인큐베이션하였다. 단백질 펠릿을 냉각된(-20℃) 메탄올로 3회 세척하였다. 단백질을 50 mM Tris(pH 8.3) 중에 재현탁시켰다.
다음으로, 37℃에서 교반 하의 소화 처음 4시간 동안 트립신/lysC를 첨가하였다. 샘플을 50 mM Tris(pH 8)로 희석하고, 37℃에서 교반 하의 밤새 소화 동안 추가의 트립신/lysC와 함께 0.1% 소듐 데옥시콜레이트를 첨가하였다. 소화를 중단시키고, 2% v/v 포름산을 첨가하여 소듐 데옥시콜레이트를 제거하였다. 샘플을 볼텍싱하고, 13,000 RPM에서 1분 동안 원심분리하여 맑게 만들었다. 펩타이드를 역상 고체상 추출(SPE)로 정제하고, 건조시켰다. 샘플을 물 중 3% DMSO, 0.2% 포름산 20 μl 중에서 재구성하고, LC-MS로 분석하였다.
정량적 측정을 위해, 단백질 표준물을 또한 기기에서 실행하였다. 표준 펩타이드(Pierce, equimolar, LC-MS grade, #88342)를 4 fmol/ul, 8 fmol/ul, 20 fmol/ul, 40 fmol/ul 및 100 fmol/ul로 희석하고, LC-MS/MS로 분석하였다. 단백질당 5개의 최상의 펩타이드(3 MS/MS 전이/펩타이드)의 평균 AUC(곡선 하 면적)를 각각의 농도에 대해 계산하여, 표준 곡선을 생성하였다.
25 μm iD 모세관을 갖는 전기분무 인터페이스가 장착되고, 미세-초고성능 액체 크로마토그래피(μUHPLC)(Eksigent, Redwood City, CA, USA)가 결합된 고해상도 질량 분광계(ABSciex, Foster City, CA, USA)를 이용하여 수집을 수행하였다. 기기를 제어하고, 데이터 처리 및 수집을 위해 분석 소프트웨어를 사용하였다. 전원 전압을 5.2 kV로 설정하고, 225℃에서 유지시켰으며, 커튼 가스는 27 psi로, 가스 1은 12 psi로, 가스 2는 10 psi로 설정하였다. 단백질 데이타베이스의 경우 정보 의존적 수집(IDA: Information Dependent Acquisition) 방식으로, 샘플의 경우 SWATH 수집 방식으로 수집을 수행하였다. 60℃에서 유지시킨 역상 컬럼(0.3 μm i.d., 2.7 μm 입자, 150 mm 길이)(Advance Materials Technology, Wilmington, DE)에서 분리를 수행하였다. 샘플을 루프 과충전으로 5μL 루프에 주입하였다. 120분 (샘플) LC 구배의 경우, 이동상은 다음을 포함하였다: 용매 A(물 중 0.2% v/v 포름산 및 3% DMSO v/v) 및 용매 B(EtOH 중 0.2% v/v 포름산 및 3% DMSO), 3 μL/min의 유량으로.
단백질의 절대 정량화의 경우, 단백질당 5개의 최상의 펩타이드(펩타이드당 3 MS/MS 이온)의 AUC의 합을 사용하여 표준 곡선(5개 지점, R2>0.99)을 생성하였다. 샘플의 분석을 위한 데이터베이스를 생성하기 위해, 12개 샘플 각각에 대해 DIAUmpire 알고리즘을 실행하고, 출력 MGF 파일을 하나의 데이터베이스로 통합하였다. 소프트웨어(ABSciex)와 함께 이러한 데이터베이스를 사용하여, 5 전이/펩타이드와 5 펩타이드/단백질 최대값을 사용하여 각각의 샘플의 단백질을 정량화하였다. 컴퓨터로 계산된 점수가 1.5를 넘거나 FDR이 1% 미만인 경우, 펩타이드를 적절하게 측정된 것으로 간주하였다. 적절하게 측정된 펩타이드 각각의 AUC의 합을 표준 곡선 상에 맵핑하고, fmol로 보고하였다.
이어서, 수득한 단백질 정량화 데이터를 분석하여, 다음과 같은 공지된 단백질 부류의 단백질 수준과 비율을 결정하였다: 효소를 효소 번호(EC: Enzyme Commission)로 주석이 달린 단백질로 식별하고; ER 관련 단백질을 미토콘드리아가 아닌 ER의 유전자 온톨로지(GO; http://www.geneontology.org) 세포 구획 분류를 갖는 단백질로 식별하고; 엑소좀 관련 단백질을 미토콘드리아가 아닌 엑소좀의 유전자 온톨로지 세포 구획 분류를 갖는 단백질로 식별하고; 미토콘드리아 단백질을 MitoCarta 데이터베이스(Calvo et al., NAR 2015l doi:10.1093/nar/gkv1003)에서 미토콘드리아로서 식별된 단백질로 식별함. 각 부류의 모든 단백질의 몰량의 합을 각 샘플에서 식별된 모든 단백질의 몰량의 합으로 나누어, 이러한 카테고리 각각의 몰비를 결정하였다.
푸소좀 프로테옴 조성을 모세포 프로테옴 조성과 비교하였다. 일 구현예에서, 식별된 단백질의 50% 초과가 푸소좀에 존재하고, 식별된 단백질 중에서 수준이 모세포에서 상응하는 단백질 수준의 25% 초과인 경우, 푸소좀과 모세포 사이의 유사한 프로테옴 조성을 관찰할 것이다.
실시예 36: 푸소좀 내 GAPDH의 측정
본 검정은 푸소좀 내 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나아제(GAPDH)의 수준과, 모세포와 비교한 푸소좀 내 GAPDH의 상대 수준의 정량화를 설명한다.
제조업체의 설명서에 따라 GAPDH에 대해 상업적으로 입수 가능한 표준 ELISA(ab176642, Abcam)를 사용하여 모세포와 푸소좀에서 GAPDH를 측정하였다.
총 단백질 수준은 GAPDH를 측정하는 데 사용된 동일한 부피의 샘플에서 상기 기재된 바와 같은 비신코닌산 검정을 통해 유사하게 측정하였다. 구현예에서, 본 검정을 사용하여 측정하면, 푸소좀 내 총 단백질당 GAPDH 수준은 총 단백질 1 μg당 100 ng 미만의 GAPDH일 것이다. 유사하게, 구현예에서, 모세포에서 푸소좀으로의 총 단백질에 대한 GAPDH 수준 감소는 10% 감소보다 클 것이다.
일 구현예에서, 제제 중 GAPDH 함량(총 단백질 1 μg당 GAPDH ng)은 500 미만, 250 미만, 100 미만, 50 미만, 20 미만, 10 미만, 5 미만 또는 1 미만일 것이다.
일 구현예에서, 모세포에서 제제로의 총 단백질당 GAPDH의 감소(ng/μg)는, 1% 초과, 2.5% 초과, 5% 초과, 10% 초과, 15% 초과, 20% 초과, 30% 초과, 40% 초과, 50% 초과, 60% 초과, 70% 초과, 80% 초과 또는 90% 초과일 것이다.
실시예 37: 푸소좀 내 칼넥신 측정
본 검정은 푸소좀 내 칼넥신(CNX)의 수준과, 모세포와 비교한 푸소좀 내 CNX의 상대 수준의 정량화를 설명한다.
제조업체의 설명서에 따라 칼넥신에 대해 상업적으로 입수 가능한 표준 ELISA(MBS721668, MyBioSource)를 사용하여 출발세포와 제제에서 칼넥신을 측정하였다.
총 단백질 수준은 칼넥신을 측정하는 데 사용된 동일한 부피의 샘플에서 상기 기재된 바와 같은 비신코닌산 검정을 통해 유사하게 측정하였다. 구현예에서, 본 검정을 사용하여 측정하면, 푸소좀 내 총 단백질당 칼넥신 수준은 총 단백질 1 μg당 100 ng 미만의 칼넥신일 것이다. 유사하게, 구현예에서, 모세포에서 푸소좀으로의 총 단백질에 대한 칼넥신 수준 증가는 10% 증가보다 클 것이다.
일 구현예에서, 제제 중 칼넥신 함량(총 단백질 1 μg당 칼넥신 ng)은 500, 250, 100, 50, 20, 10, 5 또는 1 미만일 것이다.
일 구현예에서, 모세포에서 제제로의 총 단백질당 칼넥신 감소(ng/μg)는, 1%, 2.5%, 5%, 10%, 15%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 초과일 것이다.
실시예 38: 가용성 대 불용성 단백질 질량 비교
본 실시예는 푸소좀 내 단백질 질량의 가용성:불용성 비의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 푸소좀 내 단백질 질량의 가용성:불용성 비는 유핵 세포와 유사할 것이다.
푸소좀은 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 제조하였다. 표준 비신코닌산 검정(BCA)을 사용하여(예를 들어, 상업적으로 입수 가능한 Pierce™ BCA Protein Assay Kit(Thermo Fischer product# 23225)를 사용하여) 푸소좀 제제를 시험하여, 가용성:불용성 단백질 비를 결정하였다. 제조된 푸소좀 또는 모세포를 PBS 중 1 mL당 1x10^7개의 세포 또는 푸소좀의 농도로 현탁시키고, 1600g에서 원심분리하여 푸소좀 또는 세포를 펠릿화하여, 가용성 단백질 샘플을 제조하였다. 상청액을 가용성 단백질 분획으로 채취하였다.
펠릿 내 푸소좀 또는 세포를 2% Triton-X-100이 함유된 PBS 중에서 격렬한 피펫팅 및 볼텍싱으로 용해시켰다. 용해된 분획은 불용성 단백질 분획을 나타낸다.
공급된 BSA(웰당 0 내지 20 μg의 BSA)(삼중으로)를 사용하여 표준 곡선을 생성하였다. 측정된 양이 표준 범위 내에 있도록 푸소좀 또는 세포 제제를 희석하였다. 푸소좀 제제를 삼중으로 분석하고, 평균 값을 사용하였다. 가용성 단백질 농도를 불용성 단백질 농도로 나누어, 가용성:불용성 단백질 비를 산출하였다.
일 구현예에서, 푸소좀 가용성:불용성 단백질 비는 모세포와 비교하여 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상) 이내일 것이다.
실시예 39: 푸소좀 내 LPS 측정
본 실시예는 모세포와 비교하여 푸소좀 내 지질다당류(LPS) 수준의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 푸소좀은 모세포와 비교하여 LPS를 낮은 수준으로 가질 것이다.
LPS는 박테리아 막의 구성요소이며, 선천성 면역반응의 강력한 유도인자이다.
LPS 측정은 이전 실시예에 기재된 바와 같은 질량분석법을 기반으로 한다.
일 구현예에서, 푸소좀의 지질 함량의 5%, 1%, 0.5%, 0.01%, 0.005%, 0.0001%, 0.00001%(또는 그 이하) 미만이 LPS일 것이다.
실시예 40: 푸소좀 내 지질 대 단백질 비
본 실시예는 푸소좀 내 지질 질량 대 단백질 질량의 비의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 푸소좀은 유핵 세포와 유사한 지질 질량 대 단백질 질량의 비를 가질 것이다.
총 지질 함량을 이전 실시예에 개괄된 리피도믹스(lipidomics) 데이터 세트로 식별된 모든 지질의 몰 함량의 합으로 계산하였다. 본원에 기재된 바와 같은 비신코닌산 검정을 통해 푸소좀의 총 단백질 함량을 측정하였다.
대안적으로, 지질 대 단백질 비를 특정 지질 종 대 특정 단백질의 비로 기재할 수 있다. 특정 지질 종은 이전 실시예에서 생성된 리피도믹스 데이터에서 선택하였다. 특정 단백질은 이전 실시예에서 생성된 프로테오믹스(proteomics) 데이터에서 선택하였다. 선택된 지질 종과 단백질의 상이한 조합을 사용하여, 특정 지질:단백질 비를 정의하였다.
실시예 41: 푸소좀 내 단백질 대 DNA 비
본 실시예는 푸소좀 내 단백질 질량 대 DNA 질량의 비의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 푸소좀은 세포보다 훨씬 더 큰 단백질 질량 대 DNA 질량의 비를 가질 것이다.
이전 실시예에 기재된 바와 같이 푸소좀과 세포의 총 단백질 함량을 측정하였다. 이전 실시예에 기재된 바와 같이 푸소좀과 세포의 DNA 질량을 측정하였다. 이어서, 총 단백질 함량을 총 DNA 함량으로 나누어 전형적인 푸소좀 제제에 대해 주어진 범위 내 비를 산출하여, 단백질 대 총 핵산의 비를 결정하였다.
대안적으로, 핵산 수준을 반정량적 실시간 PCR(RT-PCR)을 사용하여, GAPDH와 같은 특정 하우스 키핑 유전자의 수준으로 정의하여, 단백질 대 핵산의 비를 결정하였다.
이어서, 총 단백질 함량을 총 GAPDH DNA 함량으로 나누어 전형적인 푸소좀 제제에 대한 단백질:핵산 비의 특정 범위를 정의하여, 단백질 대 GAPDH 핵산의 비를 결정하였다.
실시예 42: 표적세포와의 융합 측정
본 실시예는 비표적세포와 비교하여 표적세포와의 푸소좀 융합의 정량화를 설명한다.
일 구현예에서, 표적세포와의 푸소좀 융합은, 푸소좀의 내강 내 운반된 카고의 수용세포의 시토졸로의 세포 특이적 전달을 가능하게 한다. 본원에 기재된 방법에 따라 생성된 푸소좀을 다음과 같이 표적세포와의 융합율에 대해 검정하였다.
본 실시예에서, 푸소좀은 이의 원형질막에 미오메이커를 발현하는 HEK293T 세포를 포함한다. 또한, 푸소좀은 mTagBFP2 형광 단백질과 Cre 재조합효소를 발현한다. 표적세포는 미오메이커와 미오믹서를 모두 발현하는 근아세포이고, 비표적세포는 미오메이커도 미오믹서도 발현하지 않는 섬유아세포이다. 미오메이커 발현 푸소좀은 미오메이커와 미오믹서를 모두 발현하는 표적세포와 융합하지만, 비표적세포와는 융합하지 않을 것으로 예측된다(문헌[Quinn et al., 2017, Nature Communications, 8, 15665](doi.org/10.1038/ncomms15665))(문헌[Millay et al., 2013, Nature, 499(7458), 301-305](doi.org/10.1038/nature12343)). 표적세포와 비표적세포 유형 모두 마우스에서 단리된 것이고, CMV 프로모터 하에서 "LoxP-stop-Loxp-tdTomato" 카세트를 안정적으로 발현하여, Cre에 의한 재조합 시 tdTomato 발현을 활성화시키며, 이는 융합을 나타낸다.
표적 또는 비표적 수용세포를 흑색의 투명 바닥 96-웰 플레이트에 플레이팅하였다. 표적세포와 비표적세포 모두 상이한 융합 군에 대해 플레이팅하였다. 다음으로, 수용세포 플레이팅 24시간 후, Cre 재조합효소 단백질과 미오믹서를 발현하는 푸소좀을 DMEM 배지 중 표적 또는 비표적 수용세포에 적용하였다. 푸소좀의 용량은 웰에 플레이팅된 수용세포의 수와 상관관계가 있었다. 푸소좀 적용 후, 푸소좀과 수용세포 사이의 접촉을 개시하는 것을 돕기 위해 세포 플레이트를 400g에서 5분 동안 원심분리하였다.
푸소좀 적용 4시간 후부터, 필드 또는 웰에서 RFP-양성 세포 대 GFP-양성 세포를 긍정적으로 식별할 수 있도록 세포 웰을 이미지화하였다.
본 실시예에서, 자동화 현미경을 사용하여 세포 플레이트를 이미지화하였다(www.biotek.com/products/imaging-microscopy-automated-cell-imagers/lionheart-fx-automated-live-cell-imager/). 먼저, DMEM 배지에서 10분 동안 Hoechst 33342로 세포를 염색하여 주어진 웰 내 총 세포 집단을 결정하였다. Hoechst 33342는 세포 핵을 DNA에 삽입하여 염색시키기 때문에, 개별 세포를 식별하는 데 사용된다. 염색 후, Hoechst 배지를 일반 DMEM 배지로 대체하였다.
405 nm LED 및 DAPI 필터 큐브를 사용하여 Hoechst를 이미지화하였다. GFP는 465 nm LED 및 GFP 필터 큐브를 사용하여 이미지화하고, RFP는 523 nm LED 및 RFP 필터 큐브를 사용하여 이미지화하였다. 먼저, 양성 대조군 웰; 즉, 푸소좀 대신 Cre 재조합효소를 코딩하는 아데노바이러스로 처리된 수용세포에서 LED 강도 및 통합 시간을 확립하여, 표적세포 및 비표적세포 웰의 이미지를 수집하였다.
RFP 및 GFP 강도가 최대 픽셀 강도 값에 있지만 포화되지 않도록, 수집 설정을 설정하였다. 이어서, 관심 웰을 확립된 설정을 사용하여 이미지화하였다. 웰을 4시간마다 이미지화하여, 융합 활성률에 대한 시간 경과 데이터를 수집하였다.
형광 현미경이 장착된 소프트웨어 또는 다른 소프트웨어를 이용하여 GFP 및 RFP-양성 웰의 분석을 수행하였다(Rasband, W.S., ImageJ, U. S. National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA, rsb.info.nih.gov/ij/, 1997-2007).
롤링 볼(rolling ball) 배경 제거 알고리즘을 사용하여 60 μm 너비로 이미지를 사전 처리하였다. 총 세포 마스크를 Hoechst 양성 세포에 대해 설정하였다. 배경 강도를 유의하게 상회하는 Hoechst 강도를 갖는 세포에 대해 임계값을 설정하고, Hoechst 양성 세포가 되기에 너무 작거나 큰 영역은 제외시켰다.
총 세포 마스크 내에서, 배경을 유의하게 상회하는 세포에 대해 다시 임계값을 설정하고, 전체 세포 영역에 대한 Hoechst (핵) 마스크를 전체 GFP 및 RFP 세포 형광을 포함하도록 확장시켜 GFP 및 RFP 양성 세포를 식별하였다. 표적 또는 비표적 수용세포를 함유하는 대조군 웰에서 식별된 RFP 양성 세포 수를 푸소좀을 함유하는 웰 내 RFP 양성 세포 수에서 빼는 데 사용하였다(비특이적 Loxp 재조합에 대해 뺌). 이어서, RFP 양성 세포(융합된 수용세포)의 수를 각 시점에서 GFP 양성 세포(융합되지 않은 수용세포)와 RFP-양성 세포의 합으로 나누어, 수용세포 집단 내 푸소좀 융합율을 정량화하였다. 비율을 수용세포에 적용된 푸소좀의 주어진 용량으로 정규화하였다. 표적화된 융합(표적화된 세포에 대한 푸소좀 융합)율의 경우, 표적세포에 대한 융합율에서 비표적세포에 대한 융합율을 빼서, 표적화된 융합율을 정량화하였다.
일 구현예에서, 푸소좀과 표적세포의 평균 융합율은 표적세포 융합의 경우 시간당 0.01 내지 4.0 RFP/GFP 세포 범위이거나, 비표적 수용세포와 푸소좀의 융합율의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상)일 것이다. 일 구현예에서, 푸소좀이 적용되지 않은 군은 시간당 <0.01 RFP/GFP 세포의 배경율을 보일 것이다.
실시예 43: 막단백질을 전달하기 위한 시험관내 융합
본 실시예는 시험관내 세포와의 푸소좀 융합을 설명한다. 일 구현예에서, 시험관내 세포와의 푸소좀 융합은, 수용세포로의 활성 막단백질의 전달을 유도한다.
본 실시예에서, 푸소좀은 센다이바이러스 HVJ-E 단백질을 발현하는 HEK293T 세포에서 생성하였다(문헌[Tanaka et al., 2015, Gene Therapy, 22(October 2014), 1-8](doi.org/10.1038/gt.2014.12)). 일 구현예에서, 근육 및 지방 조직에서 주로 발견되고, 글루코오스의 세포로의 인슐린 조절된 수송에 관여하는 막단백질인 GLUT4를 발현시켜 푸소좀을 생성하였다. 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 기재된 바와 같이 GLUT4를 포함하거나 포함하지 않는 푸소좀을 HEK293T 세포에서 제조하였다.
이어서, C2C12세포와 같은 근육세포를, GLUT4를 발현하는 푸소좀, GLUT4를 발현하지 않는 푸소좀, PBS(음성 대조군) 또는 인슐린(양성 대조군)으로 처리하였다. 형광 2-데옥시글루코오스 유사체인, 2-[N-(7-니트로벤즈-2-옥사-1,3-디옥살-4-일)아미노]-2-데옥시글루코오스(2-NBDG)의 흡수로 C2C12세포에서의 GLUT4의 활성을 측정하였다. 이전 실시예에 기재된 방법을 사용하여 현미경을 통해 C2C12세포의 형광을 평가하였다.
일 구현예에서, GLUT4와 인슐린을 발현하는 푸소좀으로 처리된 C2C12세포는, PBS 또는 GLUT4를 발현하지 않는 푸소좀으로 처리된 C2C12세포와 비교하여 증가된 형광을 나타낼 것으로 예상되었다.
또한, 문헌[Yang et al., Advanced Materials 29, 1605604, 2017] 참조.
실시예 44: 혈관으로부터의 혈관외유출 측정
본 실시예는 시험관내 미세유체 시스템을 이용하여 시험된 내피 단층을 가로지르는 푸소좀 혈관외유출의 정량화를 설명한다(J.S Joen et al. 2013, journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0056910).
세포는 혈관계에서 주변 조직으로 유출된다. 이론에 구애됨 없이, 혈관외유출은 푸소좀이 혈관외 조직에 이르는 하나의 방식이다.
상기 시스템은 ECM 모방 겔을 주입할 수 있는 챔버에 의해 분리된 3개의 독립적으로 다룰 수 있는 매체 채널을 포함한다. 간략하게, 미세유체 시스템은 접근 포트에 구멍을 뚫고, 커버 유리에 결합시켜 미세유체 채널을 형성하여 PDMS(폴리디메틸 실록산; Silgard 184; Dow Chemical, MI)를 성형하였다. 채널 단면 치수는 1 mm(너비) x 120 μm(높이)였다. 매트릭스 접착을 증강시키기 위해, PDMS 채널을 PDL(폴리-D-리신 히드로브로마이드; 1 mg/ml; Sigma-Aldrich, St. Louis, MO) 용액으로 코팅하였다.
다음으로, 콜라겐 유형 I(BD Biosciences, San Jose, CA, USA) 용액(2.0 mg/ml)을 포스페이트 완충 염수(PBS; Gibco) 및 NaOH와 함께 4개의 별개의 충전 포트를 통해 장치의 겔 영역에 주입하고, 30분 동안 인큐베이션하여, 히드로겔을 형성하였다. 겔이 중합되는 경우, 내피세포 배지(Lonza 또는 Sigma와 같은 공급업체에서 입수함)를 채널에 즉시 피펫팅하여, 겔의 수화를 막았다. 배지 흡인 시, 희석된 히드로겔(BD science) 용액(3.0 mg/ml)을 세포 채널에 도입하고, 과량의 히드로겔 용액을 냉각된 배지를 사용하여 세척해 내었다.
내피세포를 중간 채널에 도입하고, 내피가 형성되도록 정치시켰다. 내피세포 씨딩 2일 후, 푸소좀 또는 대식세포(양성 대조군)를 내피세포가 완전한 단층으로 형성된 동일한 채널에 도입하였다. 푸소좀을 도입하였고, 이는 단층에 부착되어, 단층을 가로질러 겔 영역으로 이동하였다. 배양물을 가습 인큐베이터에서 37℃ 및 5% CO2에서 보관하였다. 형광 현미경을 통해 살아있는 세포 이미지화를 가능하게 하기 위해 푸소좀의 GFP 발현 버전을 사용하였다. 다음날, 세포를 고정하고, 챔버에서 DAPI 염색을 사용하여 핵을 염색하고, 공초점 현미경을 사용하여 관심 다중 영역을 이미지화하여, 내피 단층을 통과한 푸소좀의 수를 결정하였다.
일 구현예에서, DAPI 염색은, 푸소좀과 양성 대조군이 씨딩 후 내피 장벽을 통과할 수 있음을 나타낸다.
실시예 45: 화학주성 세포 이동성 측정
본 실시예는 푸소좀 화학주성의 정량화를 설명한다. 세포는 화학주성을 통해 화학 구배 쪽으로 가까워지거나 멀리 이동할 수 있다. 일 구현예에서, 화학주성은 푸소좀이 상처 부위로 돌아가게 하거나, 병원체를 추적할 수 있게 한다. 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 제조된 정제된 푸소좀 조성물을 하기와 같이 이의 화학주성 능력에 대해 검정하였다.
충분한 수의 푸소좀 또는 대식세포(양성 대조군)를 DMEM 배지에서 제조업체가 제공한 프로토콜에 따라 마이크로 슬라이드 웰에 로딩하였다(ibidi.com/img/cms/products/labware/channel_slides/S_8032X_Chemotaxis/IN_8032X_Chemotaxis.pdf ). 푸소좀을 37℃ 및 5% CO2에서 1시간 동안 부착시켰다. 세포 부착 후, DMEM(음성 대조군) 또는 MCP1 화학주성인자를 함유한 DMEM을 중간 채널의 인접 저장소에 로딩하고, Zeiss 도립 광시야 현미경을 사용하여 2시간 동안 연속으로 푸소좀을 이미지화하였다. ImageJ 소프트웨어를 사용하여 이미지를 분석하였다(Rasband, W.S., ImageJ, U. S. National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA, http://rsb.info.nih.gov/ij/, 1997-2007). 각각 관찰된 푸소좀 또는 세포에 대한 이동 조정 데이터는 수동 추적 플러그인을 이용하여 수집하였다(Fabrice Cordelieres, Institut Curie, Orsay, France). Chemotaxis and Migration Tool(ibidi)을 이용하여 화학주성 플롯 및 이동 속도를 결정하였다.
일 구현예에서, 푸소좀의 평균 누적 거리 및 이동 속도는, 케모카인에 대한 양성 대조군 세포의 반응의 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%(또는 그 이상) 이내일 것이다. 케모카인에 대한 세포의 반응은, 예를 들어 문헌[Howard E. Gendelman et al., Journal of Neuroimmune Pharmacology, 4(1): 47-59, 2009]에 기재되어 있다.
실시예 46: 귀소 가능성 측정
본 실시예는 푸소좀의 상처 부위로의 귀소를 설명한다. 세포를 먼 부위에서 이동시키고/시키거나 특정 부위에 축적, 예를 들어 부위로 귀소시킬 수 있다. 전형적으로, 상기 부위는 상처 부위이다. 일 구현예에서, 푸소좀은 상처 부위로 귀소하거나, 예를 들어 상처 부위로 이동하거나 상처 부위에 축적될 것이다.
8주령 C57BL/6J 마우스(Jackson Laboratories)의 우측 전경골(TA: tibialis anterior) 근육에, 30G 바늘을 사용하여, 멸균 식염수 중 노텍신(NTX:notexin)(Accurate Chemical & Scientific Corp), 미오톡신을 2 μg/mL 농도로 근육내(IM) 주사하였다. 전경골(TA) 근육 위 피부는 화학적 모발 제거기를 사용하여 45초 동안 해당 영역을 제모한 후, 물로 3회 헹구어 준비하였다. 이러한 농도는 근섬유의 최대 변성뿐 아니라, 이의 위성세포, 운동 축삭 및 혈관에의 최소 손상을 보장하기 위해 선택되었다.
NTX 주사 1일 후, 마우스에게 초파리 루시퍼라아제를 발현하는 푸소좀 또는 세포의 IV 주사를 투여하였다. 푸소좀은 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 초파리 루시퍼라아제를 안정적으로 발현하는 세포에서 제조하였다. 생물발광 이미지화 시스템(Perkin Elmer)을 사용하여, 주사 후 0일, 1일, 3일, 7일, 21일 및 28일차에 생물발광의 전체 동물 이미지를 얻었다.
이미지화 5분 후, 루시퍼라아제를 가시화하기 위해, 마우스에게 150 mg/kg 용량의 생물발광 기질(Perkin Elmer)을 복강내 주사하였다. 모든 장치 설정을 보완하기 위해 이미지화 시스템을 보정하였다. Radiance Photon을 사용하여 생물발광 신호를 측정하고, 총 플럭스를 측정된 값으로 사용하였다. 초당 광자 수의 단위로 값을 수득하기 위해 ROI의 신호를 둘러싸는 관심 영역(ROI)을 생성하였다. ROI를 NTX로 처리된 TA 근육과 반대쪽 TA 근육에서 평가하고, NTX 처리 및 NTX 미처리 TA 근육 사이의 초당 광자 수의 비를 NTX 처리된 근육으로의 귀소 측정치로 계산하였다.
일 구현예에서, 푸소좀 및 세포 내 NTX 처리 및 NTX 미처리 TA 근육 사이의 초당 광자 수의 비는, 1 초과일 것이며, 이는 상처에서 루시퍼라아제 발현 푸소좀의 부위 특이적 축적을 나타낸다.
예를 들어, 문헌[Plant et al., Muscle Nerve 34(5)L 577-85, 2006] 참조.
실시예 47: 탐식능(phagocytic activity) 측정
본 실시예는 푸소좀의 탐식능을 입증한다. 일 구현예에서, 푸소좀은 탐식능을 가지며, 예를 들어 포식작용을 할 수 있다. 세포는 포식작용에 관여하여, 입자를 삼킴으로써, 박테리아 또는 사멸한 세포와 같은 외인성 침입자의 격리 및 파괴를 가능하게 한다.
부분적 또는 완전 핵 불활성화를 갖는 포유류 대식세포로부터의 푸소좀을 포함하는, 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 제조된 정제된 푸소좀 조성물은, 병원체 생체입자를 통한 검정 시 포식작용을 할 수 있었다. 이러한 추정은 하기 프로토콜에 따라 형광 포식작용 검정을 사용하여 이루어졌다.
대식세포(양성 대조군)와 푸소좀을 채취 직후 별개의 공초점 유리 바닥 디쉬에 플레이팅하였다. 대식세포와 푸소좀을 DMEM+10%FBS+1%P/S에서 1시간 동안 인큐베이션하여 부착시켰다. 플루오레세인 표지된 E. coli K12 및 비(非)플루오레세인 표지된 대장균(Escherichia coli) K-12(음성 대조군)을 제조업체의 프로토콜에 지시된 바와 같이 대식세포/푸소좀에 첨가하고, 2시간 동안 인큐베이션하였다(tools.thermofisher.com/content/sfs/manuals/mp06694.pdf). 2시간 후, 트립판 블루를 첨가하여 유리 형광 입자를 켄칭하였다. 포획된 입자에 의해 방출된 세포내 형광을 공초점 현미경으로 488 여기에서 이미지화하였다. 이미지 J 소프트웨어를 사용하여 식작용 양성 푸소좀을 정량화하였다.
식작용 푸소좀의 평균 수는 생체입자 도입 2시간 후 적어도 30%였으며, 양성 대조군 대식세포에서는 30% 초과였다.
실시예 48: 단백질 분비 가능성 측정
본 실시예는 푸소좀에 의한 분비의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 푸소좀은 분비, 예를 들어 단백질을 분비할 수 있을 것이다. 세포는 분비를 통해 물질을 배출하거나 처분할 수 있다. 일 구현예에서, 푸소좀은 분비를 통해 이의 환경과 화학적으로 상호작용 및 소통할 것이다.
주어진 속도로 단백질을 분비하는 푸소좀의 능력을 ThermoFisher Scientific 사의 Gaussia 루시퍼라아제 플래시 검정(카탈로그 #16158)을 사용하여 결정하였다. 마우스 배아 섬유아세포(양성 대조군) 또는 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 생성된 푸소좀을 성장 배지에서 인큐베이션하고, 푸소좀을 1600g에서 5분 동안 펠릿화한 후 상청액을 채취하여 배지 샘플을 15분마다 수집하였다. 채취된 샘플을 투명 바닥 96-웰 플레이트에 피펫팅하였다. 이어서, 검정 완충액의 작업 용액을 제조업체의 설명서에 따라 제조하였다.
간략하게, 콜렌테라진(colenterazine), 루시페린 또는 발광 분자를 플래시 검정 완충액과 혼합하고, 혼합물을 샘플을 함유하는 96-웰 플레이트의 각각의 웰에 피펫팅하였다. 배경 Gaussia 루시퍼라아제 신호를 결정하기 위해, 세포 또는 푸소좀이 결여된 음성 대조군 웰에는 성장 배지 또는 검정 완충액을 포함시켰다. 또한, 발광 신호를 시간당 Gaussia 루시퍼라아제 분비 분자로 전환시키기 위해, 정제된 Gaussia 루시퍼라아제(Athena Enzyme Systems, 카탈로그 #0308)의 표준 곡선을 제조하였다.
500 msec 통합을 사용하여 플레이트를 발광에 대해 검정하였다. 모든 샘플에서 배경 Gaussia 루시퍼라아제 신호를 빼고, Gaussia 루시퍼라아제 표준 곡선에 대해 선형 최적 곡선을 계산하였다. 샘플 판독값이 표준 곡선 내에 핏팅되지 않는 경우, 이를 적절하게 희석하고 재검정하였다. 이러한 검정을 사용하여 측정 시, 주어진 범위 내 비율(분자/시간)로 Gaussia 루시퍼라아제를 분비하는 푸소좀의 능력을 결정하였다.
일 구현예에서, 푸소좀은 양성 대조군 세포의 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%(또는 그 이상)인 비율로 단백질을 분비할 수 있을 것이다.
실시예 49: 신호 전달 가능성 측정
본 실시예는 푸소좀에서의 신호 전달의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 푸소좀은 신호 전달을 할 수 있다. 세포는 신호 전달로 공지된 과정에서 인산화와 같은 신호전달 캐스케이드를 통해 세포외 환경으로부터 분자 신호를 보내고 받을 수 있다. 부분적 또는 완전 핵 불활성화를 갖는 포유류 세포로부터의 푸소좀을 포함하는, 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 제조된 정제된 푸소좀 조성물은, 인슐린에 의해 유도된 신호 전달이 가능하다. AKT 인산화 수준, 인슐린 수용체 신호전달 캐스케이드에서의 핵심 경로, 및 인슐린에 대한 반응으로 글루코오스 흡수를 측정하여, 인슐린에 의해 유도된 신호 전달을 평가하였다.
AKT 인산화를 측정하기 위해, 세포, 예를 들어 마우스 배아 섬유아세포(MEF)(양성 대조군)와 푸소좀을 48-웰 플레이트에 플레이팅하고, 가습 인큐베이터에서 37℃ 및 5% CO2에서 2시간 동안 정치시켰다. 세포 부착 후, 인슐린(예를 들어, 10 nM), 또는 인슐린 미포함 음성 대조군 용액을, 세포 또는 푸소좀 함유 웰에 30분 동안 첨가하였다. 30분 후, 단백질 용해물이 푸소좀 또는 세포에서 제조되었으며, 포스포-AKT 수준을 인슐린 자극된 및 인슐린 미자극된 대조군 샘플에서 웨스턴 블롯팅으로 측정하였다.
인슐린 또는 음성 대조군 용액에 대한 반응으로의 글루코오스 흡수를 표지된 글루코오스(2-NBDG)를 사용하여 글루코오스 흡수 섹션에 설명된 바와 같이 측정하였다. (문헌[S. Galic et al., Molecular Cell Biology 25(2): 819-829, 2005]).
일 구현예에서, 푸소좀은, 음성 대조군에 비해 인슐린에 대한 반응으로의 AKT 인산화 및 글루코오스 흡수를, 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%(또는 그 이상) 증강시킬 것이다.
실시예 50: 세포막을 가로질러 글루코오스를 수송하는 능력 측정
본 실시예는 살아있는 세포에서 글루코오스 흡수를 모니터링함으로써, 지질 이중층을 가로지르는 능동 수송을 측정하는 데 사용될 수 있는 형광 글루코오스 유사체인 2-NBDG (2-(N-(7-니트로벤즈-2-옥사-1,3-디아졸-4-일)아미노)-2-데옥시글루코오스) 수준의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 푸소좀의 지질 이중층을 가로지르는 글루코오스 흡수 및 능동 수송의 수준을 측정하는 데 본 검정을 사용할 수 있다.
푸소좀 조성물은 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 생성하였다. 이어서, 충분한 수의 푸소좀을 글루코오스 미함유, 20% 소태아혈청 및 1x 페니실린/스트렙토마이신이 포함된 DMEM에서 37℃ 및 5% CO2에서 2시간 동안 인큐베이션하였다. 2시간의 글루코오스 고갈 기간 후, 글루코오스 미함유 DMEM, 20% 소태아혈청, 1x 페니실린/스트렙토마이신 및 20 uM 2-NBDG(ThermoFisher)를 포함하도록 배지를 교환하고, 37℃ 및 5% CO2에서 추가 2시간 동안 인큐베이션하였다.
음성 대조군 푸소좀은, 2-NBDG 대신 동일한 양의 DMSO를 첨가한 것을 제외하고는, 동일하게 처리하였다.
이어서, 푸소좀을 1xPBS로 3회 세척하고, 적절한 완충액 중에 재현탁시키고, 96-웰 이미지화 플레이트로 옮겼다. 이어서, GFP 광 큐브(469/35 여기 필터 및 525/39 방출 필터)를 사용하여 형광계에서 2-NBDG 형광을 측정하여, 푸소좀 막을 가로질러 수송되고, 1시간 로딩 기간 동안 푸소좀에 축적된 2-NBDG의 양을 정량화하였다.
일 구현예에서, 2-NBDG 형광은 음성(DMSO) 대조군과 비교하여 2-NBDG 처리된 푸소좀에서 더 높을 것이다. 525/39 방출 필터를 이용한 형광 측정은 존재하는 2-NBDG 분자의 수와 상관관계가 있을 것이다.
실시예 51: 시토졸 내 에스테라아제 활성 측정
본 실시예는 푸소좀 내 대사 활성에 대한 대용물로서의 에스테라아제 활성의 정량화를 설명한다. 푸소좀 내 시토졸 에스테라아제 활성은 칼세인-AM 염색의 정량적 평가로 결정하였다(문헌[Bratosin et al., Cytometry 66(1): 78-84, 2005]).
막 투과성 염료인 칼세인-AM(Molecular Probes, Eugene OR USA)을, 디메틸설폭시드 중 10 mM 스톡 용액 및 PBS 완충액(pH 7.4) 중 100 mM 작업 용액으로 제조하였다. 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 생성된 푸소좀 또는 양성 대조군인 모 마우스 배아 섬유아세포를 PBS 완충액 중에 재현탁시키고, 칼세인-AM 작업 용액(칼세인-AM 최종 농도: 5 mM)과 함께 암실에서 37℃에서 30분 동안 인큐베이션한 후, 칼세인 형광 보유의 즉각적인 유세포분석을 위해 PBS 완충액으로 희석하였다.
푸소좀과 대조군 모 마우스 배아 섬유아세포를, 문헌[Jacob et al., Cytometry 12(6): 550-558, 1991]에 기재된 바와 같이, 사포닌을 이용하여 제로(0) 에스테라아제 활성에 대한 음성 대조군으로서 실험적으로 투과성으로 만들었다. 푸소좀과 세포를 0.05% 소듐 아지드가 함유된 PBS 완충액(pH 7.4) 중 1% 사포닌 용액에서 15분 동안 인큐베이션하였다. 원형질막 투과화의 가역적 특성으로 인해, 사포닌을 추가 염색 및 세척 단계에 사용되는 모든 완충액에 포함시켰다. 사포닌 투과화 후, 푸소좀과 세포를 0.1% 사포닌 및 0.05% 소듐 아지드가 함유된 PBS 완충액 중에 재현탁시키고, 최종 농도 5 mM까지 칼세인-AM과 함께 (암실에서 37℃에서 45분 동안) 인큐베이션하고, 0.1% 사포닌 및 0.05% 소듐 아지드가 함유된 동일한 PBS 완충액으로 3회 세척하고, 유세포분석으로 분석하였다. 488 nm 아르곤 레이저 여기를 이용하는 FACS 세포측정기(Becton Dickinson, San Jose, CA, USA)를 이용하여 유세포분석을 수행하고, 530+/-30 nm에서 방출을 수집하였다. 수집 및 분석을 위해 FACS 소프트웨어를 사용하였다. 광산란 채널은 선형 증가로 설정하고, 형광 채널은 로그 스케일로 설정하고, 각각의 조건에서 최소 10,000개의 세포를 분석하였다. 각 샘플에서 칼세인-AM의 강도를 기준으로 상대 에스테라아제 활성을 계산하였다. 모든 사건을 전방 및 측방 분산 채널에서 포획하였다(대안적으로, 푸소좀 집단만 선택하도록 게이트를 적용할 수 있음). 각각의 음성 대조군인 사포닌 처리된 샘플의 형광 강도(FI) 값을 빼서 푸소좀에 대한 형광 강도(FI) 값을 결정하였다. 푸소좀 샘플에 대한 정규화된 에스테라아제 활성을 각각의 양성 대조군 세포 샘플에 대해 정규화하여, 시토졸 에스테라아제 활성에 대한 정량적 측정을 생성하였다.
일 구현예에서, 푸소좀 제제는 양성 대조군 세포와 비교하여 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%(또는 그 이상) 이내의 에스테라아제 활성을 가질 것이다.
또한, 문헌[Bratosin D, Mitrofan L, Palii C, Estaquier J, Montreuil J. Novel fluorescence assay using calcein-AM for the determination of human erythrocyte viability and aging. Cytometry A. 2005 Jul;66(1):78-84]; 및 문헌[Jacob BC, Favre M, Bensa JC. Membrane cell permeabilisation with saponin and multiparametric analysis by flow cytometry. Cytometry 1991;12:550-558] 참조.
실시예 52: 푸소좀 내 아세틸콜린에스테라아제 활성 측정
아세틸콜린에스테라아제 활성은 이전에 기재된 절차(문헌[Ellman, et al., Biochem. Pharmacol. 7, 88, 1961]) 및 제조업체의 권장사항에 따라 키트(MAK119, SIGMA)를 사용하여 측정하였다.
간략하게, 푸소좀을 PBS(pH 8) 중 1.25 mM 아세틸티오콜린 중에 재현탁시키고, PBS(pH 7) 중 0.1 mM 5,5-디티오-비스(2-니트로벤조산)과 혼합하였다. 인큐베이션은 실온에서 수행하였지만, 푸소좀과 기질 용액은 광학 밀도 판독 시작 전 37℃에서 10분 동안 예비 가온시켰다.
플레이트 판독기 분광광도계(ELX808, BIO-TEK instruments, Winooski, VT, USA)를 이용하여 450 nm에서 10분 동안 흡광도 변화를 모니터링하였다. 별도로, 정규화를 위해 비신코닌산 검정을 통해 푸소좀의 단백질 함량을 결정하는 데 샘플을 사용하였다. 이러한 검정을 사용하여 측정 시, 푸소좀을 단백질 1 μg당 100 미만의 AChE 활성 단위를 갖는 것으로 결정하였다.
일 구현예에서, 단백질 1 μg당 AChE 활성 단위 값은 0.001, 0.01, 0.1, 1, 10, 100 또는 1000 미만일 것이다.
실시예 53: 대사 활성 수준 측정
본 실시예는 푸소좀에서의 시트레이트 신타아제 활성 측정의 정량화를 설명한다.
시트레이트 신타아제는 옥살로아세테이트(OAA)와 아세틸-CoA 사이의 반응을 촉진시켜 시트레이트를 생성하는 트리카르복실산(TCA) 회로 내 효소이다. 아세틸-CoA의 가수분해 시, 티올기를 갖는 CoA(CoA-SH)가 방출된다. 티올기는 화학물질 시약인 5,5-디티오비스-(2-니트로벤조산)(DTNB)과 반응하여, 412 nm에서 분광광도계로 측정될 수 있는 황색 생성물인, 5-티오-2-니트로벤조산(TNB)을 형성한다(Green 2008). Abcam 인간 시트레이트 신타아제 활성 검정 키트(Human Citrate Synthase Activity Assay Kit)(Product #ab119692)와 같은 상업적으로 입수 가능한 키트는, 이러한 측정을 수행하는 데 필요한 모든 시약을 제공한다.
검정은 제조업체의 권장사항에 따라 수행하였다. 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 제조된 푸소좀을 채취하고, 이를 추출 완충액(Abcam) 중에 얼음 상에서 20분 동안 용해시켜, 푸소좀 샘플 용해물을 제조하였다. 원심분리 후 상청액을 채취하고, 단백질 함량을 비신코닌산 검정(BCA, ThermoFisher Scientific)으로 평가하고, 제제를 후속 정량화 프로토콜이 개시될 때까지 얼음 위에서 유지시켰다.
간략하게, 푸소좀 용해물 샘플을 제공된 마이크로플레이트 웰 내 1X 인큐베이션 완충액(Abcam)으로 희석하고, 한 세트의 웰에는 1X 인큐베이션 완충액만 넣었다. 플레이트를 밀봉하고, 300 rpm에서 진탕하면서 실온에서 4시간 동안 인큐베이션하였다. 이어서, 웰에서 완충액을 흡인하고, 1X 세척 완충액을 첨가하였다. 이러한 세척 단계를 1회 더 반복하였다. 이어서, 1X 활성 용액을 각각의 웰에 첨가하고, 마이크로플레이트 판독기에서 30분 동안 20초마다 412 nm에서 흡광도를 측정하여(판독 사이에 진탕시킴) 플레이트를 분석하였다.
모든 웰에서 배경 값(1X 인큐베이션 완충액만 함유한 웰)을 빼고, 시트레이트 신타아제 활성을 로딩된 푸소좀 용해물 샘플 1 μg당 분당 흡광도 변화로 표현하였다(ΔmOD@412 nm/min/ug 단백질). 반응속도 측정의 100초에서 400초까지의 선형 부분만을 사용하여, 활성을 계산하였다.
일 구현예에서, 푸소좀 제제는 대조군 세포와 비교하여 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%(또는 그 이상) 이내의 신타아제 활성을 가질 것이다.
예를 들어, 문헌[Green HJ et al. Metabolic, enzymatic, and transporter response in human muscle during three consecutive days of exercise and recovery. Am J Physiol Regul Integr Comp Physiol 295: R1238-R1250, 2008] 참조.
실시예 54: 호흡 수준 측정
본 실시예는 푸소좀의 호흡 수준 측정의 정량화를 설명한다. 세포의 호흡 수준은 대사를 일어나게 하는 산소 소비의 척도일 수 있다. 푸소좀 호흡은 Seahorse 세포외 플럭스 분석기(Agilent)(Zhang 2012)로 산소 소비율에 대해 측정하였다.
푸소좀을 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 생성하거나, 세포를 96-웰 Seahorse 마이크로플레이트(Agilent)에 씨딩하였다. 마이크로플레이트를 짧게 원심분리하여, 웰의 바닥에 푸소좀과 세포를 펠릿화하였다. 성장배지를 제거하고, 25 mM 글루코오스와 2 mM 글루타민이 함유된 저 완충 DMEM 최소 배지(Agilent)로 대체하고, 온도 및 pH 평형을 위해 마이크로플레이트를 37℃에서 60분 동안 인큐베이션하여, 산소 소비 검정을 개시하였다.
이어서, 부착된 푸소좀과 세포를 바로 둘러싸는 배지 중에서 세포외 산소 및 pH 변화를 측정하는 세포외 플럭스 분석기(Agilent)에서 마이크로플레이트를 검정하였다. 정상 상태 산소 소비(기초 호흡률) 및 세포외 산성화율을 수득한 후, ATP 신타아제를 저해하는 올리고마이신(5 μM)과, 미토콘드리아를 분리시키는 양성자 이오노포어인 FCCP(카르보닐 시아니드 4-(트리플루오로메톡시)페닐히드라존; 2 μM)를 마이크로플레이트 내 각각의 웰에 첨가하여, 최대 산소 소비율에 대한 값을 수득하였다.
최종적으로, 5 μM 안티마이신 A(미토콘드리아 복합체 III 저해제)를 첨가하여, 호흡 변화가 주로 미토콘드리아 호흡으로 인한 것임을 확인하였다. 모든 산소 소비 측정치에서 안티마이신 A 첨가 후 최소 산소 소비율을 빼서, 비(非)미토콘드리아 호흡 구성요소를 제거하였다. 올리고마이신(기저 값에서 산소 소비율 적어도 25% 감소) 또는 FCCP(올리고마이신 후 산소 소비율 적어도 50% 증가)에 대해 적절하게 반응하지 않는 세포 샘플을 분석에서 제외시켰다. 이어서, 푸소좀 호흡 수준을 pmol O2/min/1e4 푸소좀으로 측정하였다.
이어서, 이러한 호흡 수준을 각각의 세포 호흡 수준으로 정규화하였다. 일 구현예에서, 푸소좀은 각각의 세포 샘플과 비교하여 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%(또는 그 이상)의 호흡 수준을 가질 것이다.
예를 들어, 문헌[Zhang J, Nuebel E, Wisidagama DRR, et al. Measuring energy metabolism in cultured cells, including human pluripotent stem cells and differentiated cells. Nature protocols. 2012;7(6):10.1038/nprot.2012.048. doi:10.1038/nprot.2012.048] 참조.
실시예 55: 푸소좀의 포스파티딜세린 수준 측정
본 실시예는 푸소좀 표면에의 아넥신-V 결합 수준의 정량화를 설명한다.
세포 사멸은 프로그래밍된 세포 사멸 경로에서 세포자멸사의 마커인 포스파티딜세린을 세포 표면 상에 표시할 수 있다. 아넥신-V는 포스파티딜세린에 결합하기 때문에, 아넥신-V 결합은 세포의 생존능에 대한 대용물이다.
푸소좀은 본원에 기재된 바와 같이 생성하였다. 세포자멸사 신호 검출을 위해, 푸소좀 또는 양성 대조군 세포를 5% 아넥신 V 플루오르 594(A13203, Thermo Fisher, Waltham, MA)로 염색하였다. 각각의 군(하기 표에 상세화됨)에는 세포자멸사 유도제인 메나디온으로 처리된 실험군이 포함되어 있었다. 메나디온을 100 μM 메나디온으로 4시간 동안 첨가하였다. 모든 샘플을 유세포분석기(Thermo Fisher, Waltham, MA)에서 실행시키고, 파장 561 nm의 YL1 레이저 및 585/16 nm의 방출 필터를 이용하여 형광 강도를 측정하였다. 모든 군의 아넥신 V의 형광 강도를 비교하여 세포외 포스파티딜세린의 존재를 정량화하였다.
음성 대조군인 염색되지 않은 푸소좀은 아넥신 V 염색에 대해 양성이 아니었다.
일 구현예에서, 푸소좀은 메나디온에 대한 반응으로 세포 표면 상의 포스파티딜세린 표시를 상향조절할 수 있으며, 이는 비(非)메나디온 자극된 푸소좀이 세포자멸사를 거치지 않음을 나타낸다. 일 구현예에서, 메나디온으로 자극된 양성 대조군 세포는 메나디온으로 자극되지 않은 푸소좀보다 더 높은 수준의 아넥신 V 염색을 나타냈다.
실시예 56: 적스타크린 신호전달 수준 측정
본 실시예는 푸소좀에서의 적스타크린 신호전달의 정량화를 설명한다.
세포는 적스타크린 신호전달을 통해 세포 접촉 독립적 신호전달을 형성할 수 있다. 일 구현예에서, 푸소좀에서 적스타크린 신호전달의 존재는, 푸소좀이 이의 바로 근처에 있는 세포를 자극하고, 억제하고, 일반적으로 이와 소통할 수 있음을 입증할 것이다.
부분적 또는 완전한 핵 불활성화를 갖는 포유류 골수간질세포(BMSC)에서 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 생성된 푸소좀은, 대식세포에서의 적스타크린 신호전달을 통해 IL-6 분비를 촉발시킨다. 1차 대식세포와 BMSC를 공동 배양하였다. 골수 유래 대식세포를 먼저 6-웰 플레이트에 씨딩하고, 24시간 동안 인큐베이션한 후, 1차 마우스 BMSC 유래 푸소좀 또는 BMSC 세포(양성 대조군 모세포)를 10% FBS가 함유된 DMEM 배지 중 대식세포 상에 위치시켰다. 상청액을 상이한 시점(2시간, 4시간, 6시간, 24시간)에서 채취하고, ELISA 검정에 따라 IL-6 분비를 분석하였다. (Chang J. 등의 문헌(2015)).
일 구현예에서, BMSC 푸소좀에 의해 유도된 적스타크린 신호전달 수준을, 배지 중 대식세포 분비 IL-6 수준의 증가로 측정하였다. 일 구현예에서, 적스타크린 신호전달 수준은 양성 대조군인 골수간질세포(BMSC)에 의해 유도된 수준의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%(또는 그 이상)일 것이다.
실시예 57: 파라크린 신호전달 수준 측정
본 실시예는 푸소좀에서의 파라크린 신호전달의 정량화를 설명한다.
세포는 파라크린 신호전달을 통해 국소 미세환경에서 다른 세포와 소통할 수 있다. 일 구현예에서, 푸소좀은 파라크린 신호전달이 가능하여, 예를 들어 이의 국소 환경에서 세포와 통신할 수 있다. 일 구현예에서, 하기 프로토콜을 갖는 파라크린 유도성 분비를 통해 내피세포에서 Ca2+ 신호전달을 촉발시키는 푸소좀의 능력은, 칼슘 지시계인 fluo-4 AM을 통해 Ca2+ 신호전달을 측정할 것이다.
실험 플레이트를 제조하기 위해, 쥣과 폐 미세혈관 내피세포(MPMVEC)를 0.2% 젤라틴 코팅된 25 mm 유리 바닥 공초점 디쉬에 플레이팅하였다(80% 컨플루언스(confluence)). MPMVEC를 2% BSA 및 0.003% 플루론산이 함유된 ECM에서 5 μM fluo-4 AM(Invitrogen) 최종 농도로 실온에서 30분 동안 인큐베이션하여, fluo-4 AM의 로딩을 가능하게 하였다. 로딩 후, MPMVEC를 설핀피라존이 함유된 실험 이미지화 용액(0.25% BSA가 함유된 ECM)으로 세척하여, 염료 손실을 최소화하였다. fluo-4 로딩 후, 예비 가온된 실험 이미지화 용액 500μl를 플레이트에 첨가하고, 플레이트를 Zeiss 공초점 이미지화 시스템으로 이미지화하였다.
별도의 튜브에, 새로 단리된 쥣과 대식세포를 배양 배지(DMEM+10% FBS) 중 1μg/ml LPS로 처리하거나, LPS로 처리하지 않았다(음성 대조군). 자극 후, 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 대식세포에서 푸소좀을 생성하였다.
이어서, 푸소좀 또는 모 대식세포(양성 대조군)를 2% BSA와 0.003% 플루론산이 함유된 ECM 중의 cell tracker red CMTPX(Invitrogen)로 표지하였다. 이어서, 푸소좀과 대식세포를 세척하고, 실험 이미지화 용액 중에 재현탁시켰다. 표지된 푸소좀과 대식세포를 공초점 플레이트 내 fluo-4 AM 로딩된 MPMVEC 상에 첨가하였다.
fluo-4 AM와 cell tracker red 형광 각각에 대해, 녹색 및 적색 형광 신호를 488 nm 및 561 nm에서 여기되는 아르곤 이온 레이저 공급원을 포함하는 Zeiss 공초점 이미지화 시스템을 사용하여 10분 내지 20분 동안 3초마다 기록하였다. fluo-4 형광 강도 변화는 이미지화 소프트웨어를 사용하여 분석하였다(문헌[Mallilankaraman, K. et al., J Vis Exp. (58): 3511, 2011]). LPS 자극된 푸소좀 및 세포 군에서 측정된 fluo-4 강도 수준에서, 음성 대조군 푸소좀 및 세포 군에서 측정된 fluo-4 강도 수준을 뺐다.
일 구현예에서, 푸소좀, 예를 들어 활성화된 푸소좀은, 양성 대조군 세포 군의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%(또는 그 이상)의 fluo-4 형광 강도의 증가를 유도할 것이다.
실시예 58: 이동성을 위한 액틴 중합 능력 측정
본 실시예는 푸소좀에서 액틴과 같은 세포골격 구성요소의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 푸소좀은 액틴과 같은 세포골격 구성요소를 포함하며, 액틴을 중합할 수 있다.
세포는 운동성 및 다른 세포질 과정을 위한 세포골격 구성요소인 액틴을 사용한다. 세포골격은 운동성 구동력을 생성하고, 운동 과정을 조정하는 데 필수적이다.
C2C12세포는 본원에 기재된 바와 같이 핵을 제거하였다. 12.5% 내지 15% 피콜(Ficoll) 층에서 얻은 푸소좀은 풀링하여 '라이트(Light)'로 표지하였으며, 16% 내지 17% 층에서 얻은 푸소좀은 풀링하여 '미디엄(Medium)'으로 표지하였다. 푸소좀 또는 세포(모 C2C12세포, 양성 대조군)를DMEM + Glutamax + 10% 소태아혈청 (FBS)에 재현탁시키고, 24-웰 초저부착 플레이트(#3473, Corning Inc, Corning, NY)에 플레이팅하고, 37℃ + 5% CO2에서 인큐베이션하였다. 샘플을 주기적으로(5.25시간, 8.75시간, 26.5시간) 취하고, 165 μM 로다민 팔로이딘(rhodamine phalloidin)으로 염색하고(음성 대조군은 염색하지 않음), FC 레이저 YL1(561 nm, 585/16 필터)가 장착된 유세포분석기(#A24858, Thermo Fisher, Waltham, MA)로 측정하여, F-액틴 세포골격 구성요소 함량을 측정하였다. 푸소좀 내 로다민 팔로이딘의 형광 강도를 염색되지 않은 푸소좀 및 염색된 모 C2C12세포와 함께 측정하였다.
푸소좀 형광 강도(도 1)는 모든 시점에서 음성 대조군보다 더 컸으며, 푸소좀은 모 C2C12세포와 유사한 비율로 액을 중합할 수 있었다.
하기 표에 열거된 바와 같은 추가의 세포골격 구성요소를, 상업적으로 입수 가능한 ELISA 시스템(Cell Signaling Technology and MyBioSource)을 통해 제조업체의 설명서에 따라 측정하였다.
이어서, 적절하게 희석된 용해물 100 uL를 마이크로웰 스트립의 적절한 웰에 첨가하였다. 마이크로웰을 테이프로 밀봉하고, 37℃에서 2시간 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 밀봉 테이프를 제거하고, 내용물을 폐기하였다. 각각의 마이크로웰을 1X 세척 완충액 200 uL로 4회 세척하였다. 각각의 개별 세척 후, 플레이트를 흡수성이 있는 천 위에서 두드려, 잔류 세척 용액을 각각의 웰에서 제거하였다. 하지만, 웰은 실험 동안 어느 때라도 완전히 건조되지 않았다.
다음으로, 재구성된 검출 항체(녹색) 100 ul를 음성 대조군 웰을 제외한 각각의 개별 웰에 첨가하였다. 이어서, 웰을 밀봉하고, 37℃에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션이 완료된 후, 세척 과정을 반복하였다. 재구성된 HRP 결합 2차 항체(적색) 100 uL를 각각의 웰에 첨가하였다. 웰을 테이프로 밀봉하고, 37℃에서 30분 동안 인큐베이션하였다. 밀봉 테이프를 제거하고, 세척 절차를 반복하였다. 이어서, TMB 기질 100 uL를 각각의 웰에 첨가하였다. 웰을 테이프로 밀봉한 후, 37℃에서 10분 동안 인큐베이션하였다. 최종 인큐베이션이 완결된 후, 정지 용액 100 uL를 각각의 웰에 첨가하고, 플레이트를 몇 초 동안 가볍게 진탕시켰다.
정지 용액 첨가 후 30분 이내에 검정의 분광광도계 분석을 수행하였다. 웰의 밑면을 보풀이 일어나지 않는 티슈로 닦은 후, 450 nm에서 흡광도를 판독하였다. 일 구현예에서, 검출 항체로 염색된 푸소좀 샘플은 음성 대조군 푸소좀 샘플보다 450 nm에서 더 많은 광을 흡수하고, 검출 항체로 염색된 세포 샘플보다 더 적은 광을 흡수할 것이다.
실시예 59: 평균 막 전위 측정
본 실시예는 푸소좀의 미토콘드리아 막 전위의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 미토콘드리아 막을 포함하는 푸소좀은 미토콘드리아 막 전위를 유지할 것이다.
미토콘드리아 대사 활성은 미토콘드리아 막 전위로 측정할 수 있다. 푸소좀 제제의 막 전위를 미토콘드리아 막 전위를 평가하는 상업적으로 입수 가능한 염료인 TMRE(TMRE: 테트라메틸 로다민, 에틸 에스테르, 퍼클로레이트, Abcam, Cat# T669)를 사용하여 정량화하였다.
푸소좀은 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 생성하였다. 푸소좀 또는 모세포를 성장 배지(10% 소태아혈청이 포함된 페놀-레드 미함유 DMEM)에 6개의 분취액(미처리군 및 FCCP 처리군, 3중으로)으로 희석하였다. 샘플 중 하나의 분취액을 미토콘드리아 막 전위를 제거하고, TMRE 염색을 방지하는 결합 해제제(uncoupler)인 FCCP와 함께 인큐베이션하였다. FCCP 처리된 샘플의 경우, 2 μM FCCP를 샘플에 첨가하고, 분석 전 5분 동안 인큐베이션하였다. 이어서, 푸소좀과 모세포를 30 nM TMRE로 염색하였다. 각각의 샘플에 대해, 염색되지 않은(TMRE 미함유) 샘플을 또한 함께 제조하였다. 샘플을 37℃에서 30분 동안 인큐베이션하였다. 이어서, 샘플을 유세포분석기에서 488 nm 아르곤 레이저로 분석하고, 여기 및 방출을 530+/-30 nm에서 수집하였다.
막 전위 값(밀리볼트, mV)을 TMRE의 강도를 기준으로 계산하였다. 모든 사건을 전방 및 측방 분산 채널에서 포획하였다(대안적으로, 작은 파편을 제외시키기 위해 게이트를 적용할 수 있음). 미처리된 및 FCCP 처리된 샘플의 기하 평균에서 염색되지 않은 샘플의 형광 강도의 기하 평균을 빼서, 미처리된 및 FCCP 처리된 샘플 모두에 대한 형광 강도(FI) 값을 정규화하였다. 각각의 제제에 대한 막 전위 상태는 TMRE 형광을 기반으로(TMRE는 네른스트 방식으로 미토콘드리아에 축적되기 때문에) 푸소좀 또는 세포의 미토콘드리아 막 전위를 결정하는 데 사용될 수 있는, 변형된 네른스트(Nernst) 방정식(하기 참조)으로 정규화된 형광 강도 값을 사용하여 계산하였다.
푸소좀 또는 세포막 전위는 하기 식으로 계산하였다: (mV) = -61.5 * log(FI미처리-정규화됨/FIFCCP-처리-정규화됨). 일 구현예에서, C2C12 마우스 근아세포의 푸소좀 제제에 대해 이러한 검정을 사용하면, 푸소좀 제제의 막 전위 상태는 모세포의 약 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%(또는 그 이상) 이내일 것이다. 일 구현예에서, 막 전위 범위는 약 -20 mV 내지 -150 mV였다.
실시예 60: 대상에서 지속성 반감기 측정
본 실시예는 푸소좀 반감기의 측정을 설명한다.
푸소좀을 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 생성된 Gaussia 루시퍼라아제를 발현하는 세포에서 유도하고, 순수한, 완충 용액 중의 1:2, 1:5 및 1:10 희석액을 제조하였다. 푸소좀이 결여된 완충 용액은 음성 대조군으로 사용하였다.
각각의 용량을 3마리의 8주령 수컷 C57BL/6J 마우스(Jackson Laboratories)에게 정맥내 투여하였다. 푸소좀의 정맥내 투여 1시간, 2시간, 3시간, 4시간, 5시간, 6시간, 12시간, 24시간, 48시간 및 72시간 후 안와구 뒤 정맥에서 혈액을 채취하였다. 실험의 종료 시 CO2 흡입으로 동물을 희생시켰다.
혈액을 실온에서 20분 동안 원심분리하였다. 혈청 샘플은 생물분석 때까지 -80℃로 즉시 동결시켰다. 이어서, 각각의 혈액 샘플을 사용하여, 샘플을 Gaussia 루시퍼라아제 기질(Nanolight, Pinetop, AZ)과 혼합한 후, Gaussia 루시퍼라아제 활성 검정을 수행하였다. 간략하게, 콜렌테라진, 루시페린 또는 발광 분자를 플래시 검정 완충액과 혼합하고, 혼합물을 96-웰 플레이트 중 혈액 샘플을 함유하는 웰에 피펫팅하였다. 배경 Gaussia 루시퍼라아제 신호를 결정하기 위해, 혈액이 결여된 음성 대조군 웰에 검정 완충액을 포함시켰다.
또한, 발광 신호를 시간당 Gaussia 루시퍼라아제 분비 분자로 전환시키기 위해, 양성 대조군인 정제된 Gaussia 루시퍼라아제(Athena Enzyme Systems, 카탈로그 #0308)의 표준 곡선을 제조하였다. 500 msec 통합을 사용하여 플레이트를 발광에 대해 검정하였다. 모든 샘플에서 배경 Gaussia 루시퍼라아제 신호를 빼고, Gaussia 루시퍼라아제 표준 곡선에 대해 선형 최적 곡선을 계산하였다. 샘플 판독값이 표준 곡선 내에 핏팅되지 않는 경우, 이를 적절하게 희석하고 재검정하였다. 1시간, 2시간, 3시간, 4시간, 5시간, 6시간, 12시간, 24시간, 48시간 및 72시간에서 샘플에서 취한 루시퍼라아제 신호를 표준 곡선에 내삽하였다. 제거율 상수 ke(h-1)는 1-구획 모델의 하기 방정식을 사용하여 계산하였다: C(t) = C 0 x e -kext (여기서, C(t) (ng/mL)는 시간 t (h)에서의 푸소좀 농도이고, C 0 는 시간 = 0 (ng/mL)에서의 푸소좀 농도임). 제거 반감기 t 1/2,e (h)는 ln(2)/k e 로 계산하였다.
일 구현예에서, 푸소좀은 음성 대조군 세포의 반감기의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%(또는 그 이상)의 반감기를 가질 것이다.
실시예 61: 비세포내이입 경로를 통한 푸소좀 전달
본 실시예는 비세포내이입 경로를 통한 수용세포로의 Cre의 푸소좀 전달의 정량화를 설명한다.
일 구현예에서, 푸소좀은 푸소좀 매개 비세포내이입 경로를 통해 작용제를 전달할 것이다. 이론에 구애됨 없이, 작용제, 예를 들어 푸소좀의 내강 내에서 운반되는 Cre의, 푸소좀의 세포내이입 매개 흡수에 대한 어떠한 요건 없이 수용세포의 시토졸로의 직접 전달은, 푸소좀 매개 비세포내이입 경로 전달을 통해 일어날 것이다.
본 실시예에서, 푸소좀은 이의 원형질막에 센다이바이러스 H 및 F 단백질을 발현하는 HEK293T 세포를 포함한다(문헌[Tanaka et al., 2015, Gene Therapy, 22(October 2014), 1-8](https://doi.org/10.1038/gt.2014.123)). 또한, 푸소좀은 mTagBFP2 형광 단백질과 Cre 재조합효소를 발현한다. 표적세포는 CMV 프로모터 하에서 "LoxP-GFP-stop-LoxP-RFP" 카세트를 안정적으로 발현하는 RPMI8226 세포로서, 이는 Cre에 의한 재조합 시, GFP에서 RFP 발현으로 전환하여, 융합 및 Cre를 전달의 마커로서 나타낸다.
본원에 기재된 방법에 따라 생성된 푸소좀을 하기와 같이 비세포내이입 경로를 통한 Cre의 전달에 대해 검정하였다. 수용세포를 흑색의 투명 바닥 96-웰 플레이트에 플레이팅하였다. 다음으로, 수용세포 플레이팅 24시간 후, Cre 재조합효소 단백질을 발현하고 특정 푸소겐 단백질을 보유하는 푸소좀을, DMEM 배지 중 수용세포에 적용하였다. 비세포내이입 경로를 통한 Cre 전달 수준을 결정하기 위해, 푸소좀을 수용하는 수용세포의 병용 군을 엔도좀 산성화 저해제인 클로로퀸(30 μg/mL)으로 처리하였다. 푸소좀의 용량은 웰에 플레이팅된 수용세포의 수와 상관관계가 있었다. 푸소좀 적용 후, 푸소좀과 수용세포 사이의 접촉을 개시하는 것을 돕기 위해 세포 플레이트를 400g에서 5분 동안 원심분리하였다. 이어서, 세포를 16시간 동안 인큐베이션하고, 작용제 전달인 Cre를 이미지화를 통해 평가하였다.
필드 또는 웰에서 RFP-양성 세포 대 GFP-양성 세포를 긍정적으로 식별할 수 있도록 세포 웰을 이미지화하였다. 본 실시예에서, 자동화 형광 현미경을 사용하여 세포 플레이트를 이미지화하였다. 먼저, DMEM 배지에서 10분 동안 Hoechst 33342로 세포를 염색하여 주어진 웰 내 총 세포 집단을 결정하였다. Hoechst 33342는 세포 핵을 DNA에 삽입하여 염색시키기 때문에, 개별 세포를 식별하는 데 사용된다. 염색 후, Hoechst 배지를 일반 DMEM 배지로 대체하였다.
405 nm LED 및 DAPI 필터 큐브를 사용하여 Hoechst를 이미지화하였다. GFP는 465 nm LED 및 GFP 필터 큐브를 사용하여 이미지화하고, RFP는 523 nm LED 및 RFP 필터 큐브를 사용하여 이미지화하였다. 먼저, 양성 대조군 웰; 즉, 푸소좀 대신 Cre 재조합효소를 코딩하는 아데노바이러스로 처리된 수용세포에서 LED 강도 및 통합 시간을 확립하여, 상이한 세포 군의 이미지를 획득하였다.
RFP 및 GFP 강도가 최대 픽셀 강도 값에 있지만 포화되지 않도록, 수집 설정을 설정하였다. 이어서, 관심 웰을 확립된 설정을 사용하여 이미지화하였다.
형광 현미경이 장착된 소프트웨어 또는 다른 소프트웨어를 이용하여 GFP 및 RFP-양성 웰의 분석을 수행하였다(Rasband, W.S., ImageJ, U. S. National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA, 1997-2007). 롤링 볼 배경 제거 알고리즘을 사용하여 60 μm 너비로 이미지를 사전 처리하였다. 총 세포 마스크를 Hoechst 양성 세포에 대해 설정하였다. 배경 강도를 유의하게 상회하는 Hoechst 강도를 갖는 세포에 대해 임계값을 설정하는 데 사용하고, Hoechst 양성 세포가 되기에 너무 작거나 큰 영역은 제외시켰다.
총 세포 마스크 내에서, 배경을 유의하게 상회하는 세포에 대해 다시 임계값을 설정하고, 전체 세포 영역에 대한 Hoechst (핵) 마스크를 전체 GFP 및 RFP 세포 형광을 포함하도록 확장시켜 GFP 및 RFP 양성 세포를 식별하였다.
수용세포를 함유하는 대조군 웰에서 식별된 RFP 양성 세포의 수를, 푸소좀을 함유하는 웰 내 RFP 양성 세포의 수에서 빼는 데 사용하였다(비특이적 Loxp 재조합에 대해 뺌). 이어서, RFP 양성 세포(Cre를 수용한 수용세포)를 GFP-양성 세포(Cre를 수용하지 않은 수용세포)와 RFP-양성 세포의 합으로 나누어, 수용세포 집단에 전달된 푸소좀 Cre의 분획을 정량화하였다. 상기 수준을 수용세포에 적용된 푸소좀의 주어진 용량으로 정규화하였다. 비세포내이입 경로를 통해 전달된 푸소좀 Cre의 값을 계산하기 위해, 클로로퀸 존재 하의 푸소좀 Cre 전달 수준(FusL+CQ) 뿐 아니라, 클로로퀸 부재 하의 푸소좀 Cre 전달 수준(FusL-CQ)을 결정하였다. 비세포내이입 경로를 통해 전달된 푸소좀 Cre의 정규화된 값을 결정하기 위해, 하기 방정식을 사용하였다: [(FusL-CQ)-(FusL+CQ)]/(FusL-CQ).
일 구현예에서, 주어진 푸소좀에 대해 비세포내이입 경로를 통해 전달된 푸소좀 Cre의 평균 수준은, 0.1 내지 0.95 범위, 또는 클로로퀸 처리된 수용세포의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상)일 것이다.
실시예 62: 세포내이입 경로를 통한 푸소좀 전달
본 실시예는 세포내이입 경로를 통한 수용세포로의 Cre의 푸소좀 전달을 설명한다.
일 구현예에서, 푸소좀은 푸소좀 매개 세포내이입 경로를 통해 작용제를 전달할 것이다. 이론에 구애됨 없이, 작용제, 예를 들어 푸소좀의 내강에 운반된 카고의, 세포내이입 독립적인 흡수 경로로의 수용세포에의 전달은, 푸소좀 매개 세포내이입 경로 전달을 통해 일어날 것이다.
본 실시예에서, 푸소좀은 원형질막에서 푸소겐 단백질을 발현하는 HEK293T 세포를 2 μm 필터를 통해 압출시켜 생성한 미세소포를 포함한다(문헌[Lin et al., 2016, Biomedical Microdevices, 18(3)](doi.org/10.1007/s10544-016-0066-y), 문헌[Riedel, Kondor-Koch, & Garoff, 1984, The EMBO Journal, 3(7), 1477-83](www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6086326에서 검색됨)). 또한, 푸소좀은 mTagBFP2 형광 단백질과 Cre 재조합효소를 발현한다. 표적세포는 CMV 프로모터 하에서 "LoxP-GFP-stop-LoxP-RFP" 카세트를 안정적으로 발현하는 PC3 세포로서, 이는 Cre에 의한 재조합 시, GFP에서 RFP 발현으로 전환하여, 융합 및 Cre를 전달의 마커로서 나타낸다.
본원에 기재된 방법에 따라 생성된 푸소좀을 하기와 같은 세포내이입 경로를 통한 전달에 대해 검정하였다. 수용세포를 사용하고자 하는 이미지화 시스템과 상용 가능한 세포 배양 다중 웰 플레이트에 플레이팅하였다(본 실시예에서, 세포를 흑색의 투명 바닥 96-웰 플레이트에 플레이팅하였음). 다음으로, 수용세포 플레이팅 24시간 후, Cre 재조합효소 단백질을 발현하고 특정 푸소겐 단백질을 보유하는 푸소좀을, DMEM 배지 중 수용세포에 적용하였다. 세포내이입 경로를 통한 Cre 전달 수준을 결정하기 위해, 푸소좀을 수용하는 수용세포의 병용 군을 엔도좀 산성화 저해제인 클로로퀸(30 μg/mL)으로 처리하였다. 푸소좀의 용량은 웰에 플레이팅된 수용세포의 수와 상관관계가 있었다. 푸소좀 적용 후, 푸소좀과 수용세포 사이의 접촉을 개시하는 것을 돕기 위해 세포 플레이트를 400g에서 5분 동안 원심분리하였다. 이어서, 세포를 16시간 동안 인큐베이션하고, 작용제 전달인 Cre를 이미지화를 통해 평가하였다.
필드 또는 웰에서 RFP-양성 세포 대 GFP-양성 세포를 긍정적으로 식별할 수 있도록 세포 웰을 이미지화하였다. 본 실시예에서, 자동화 형광 현미경을 사용하여 세포 플레이트를 이미지화하였다. 먼저, DMEM 배지에서 10분 동안 Hoechst 33342로 세포를 염색하여 주어진 웰 내 총 세포 집단을 결정하였다. Hoechst 33342는 세포 핵을 DNA에 삽입하여 염색시키기 때문에, 개별 세포를 식별하는 데 사용된다. 염색 후, Hoechst 배지를 일반 DMEM 배지로 대체하였다.
405 nm LED 및 DAPI 필터 큐브를 사용하여 Hoechst를 이미지화하였다. GFP는 465 nm LED 및 GFP 필터 큐브를 사용하여 이미지화하고, RFP는 523 nm LED 및 RFP 필터 큐브를 사용하여 이미지화하였다. 먼저, 양성 대조군 웰; 즉, 푸소좀 대신 Cre 재조합효소를 코딩하는 아데노바이러스로 처리된 수용세포에서 LED 강도 및 통합 시간을 확립하여, 상이한 세포 군의 이미지를 획득하였다.
RFP 및 GFP 강도가 최대 픽셀 강도 값에 있지만 포화되지 않도록, 수집 설정을 설정하였다. 이어서, 관심 웰을 확립된 설정을 사용하여 이미지화하였다.
형광 현미경이 장착된 소프트웨어 또는 다른 소프트웨어를 이용하여 GFP 및 RFP-양성 웰의 분석을 수행하였다(Rasband, W.S., ImageJ, U. S. National Institutes of Health, Bethesda, Maryland, USA, 1997-2007). 롤링 볼 배경 제거 알고리즘을 사용하여 60 μm 너비로 이미지를 사전 처리하였다. 총 세포 마스크를 Hoechst 양성 세포에 대해 설정하였다. 배경 강도를 유의하게 상회하는 Hoechst 강도를 갖는 세포에 대해 임계값을 설정하고, Hoechst 양성 세포가 되기에 너무 작거나 큰 영역은 제외시켰다.
총 세포 마스크 내에서, 배경을 유의하게 상회하는 세포에 대해 다시 임계값을 설정하고, 전체 세포 영역에 대한 Hoechst (핵) 마스크를 전체 GFP 및 RFP 세포 형광을 포함하도록 확장시켜 GFP 및 RFP 양성 세포를 식별하였다.
수용세포를 함유하는 대조군 웰에서 식별된 RFP 양성 세포의 수를, 푸소좀을 함유하는 웰 내 RFP 양성 세포의 수에서 빼는 데 사용하였다(비특이적 Loxp 재조합에 대해 뺌). 이어서, RFP 양성 세포(Cre를 수용한 수용세포)를 GFP-양성 세포(Cre를 수용하지 않은 수용세포)와 RFP-양성 세포의 합으로 나누어, 수용세포 집단에 전달된 푸소좀 Cre의 분획을 정량화하였다. 상기 수준을 수용세포에 적용된 푸소좀의 주어진 용량으로 정규화하였다. 세포내이입 경로를 통해 전달된 푸소좀 Cre의 값을 계산하기 위해, 클로로퀸 존재 하의 푸소좀 Cre 전달 수준(FusL+CQ) 뿐 아니라, 클로로퀸 부재 하의 푸소좀 Cre 전달 수준(FusL-CQ)을 결정하였다. 세포내이입 경로를 통해 전달된 푸소좀 Cre의 정규화된 값을 결정하기 위해, 하기 방정식을 사용하였다: (FusL+CQ)/(FusL-CQ).
일 구현예에서, 주어진 푸소좀에 대해 세포내이입 경로를 통해 전달된 푸소좀 Cre의 평균 수준은, 0.01 내지 0.6 범위, 또는 클로로퀸 처리된 수용세포의 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%(또는 그 이상)일 것이다.
실시예 63: 디나민 매개 경로, 거대음작용 경로 또는 액틴 매개 경로를 통한 푸소좀 전달
본 실시예는 디나민 매개 경로를 통한 수용세포로의 Cre의 푸소좀 전달을 설명한다. 미세소포를 포함하는 푸소좀은 이전 실시예에 기재된 바와 같이 생성할 수 있다. 푸소좀을 수용하는 수용세포의 군을 디나민 저해제인 Dynasore(120 μM)로 처리한 것을 제외하고는, 이전 실시예에 따라, 디나민 매개 경로를 통한 Cre의 전달에 대해 푸소좀을 검정하였다. 디나민 매개 경로를 통해 전달된 푸소좀 Cre의 값을 계산하기 위해, Dynasore 존재 하의 푸소좀 전달 수준(FusL+DS) 뿐 아니라, Dynasore 부재 하의 푸소좀 전달 수준(FusL-DS)을 결정하였다. 전달된 푸소좀 Cre의 정규화된 값은 이전 실시예에 기재된 바와 같이 계산할 수 있다.
본 실시예는 또한 거대음작용을 통한 수용세포로의 Cre의 전달을 설명한다. 미세소포를 포함하는 푸소좀은 이전 실시예에 기재된 바와 같이 생성할 수 있다. 푸소좀을 수용하는 수용세포의 군을 거대음작용 저해제인 5-(N-에틸-N-이소프로필)아밀로리드(EIPA)(25 μM)로 처리한 것을 제외하고는, 이전 실시예에 따라, 거대음작용을 통한 Cre의 전달에 대해 푸소좀을 검정하였다. 거대음작용을 통해 전달된 푸소좀 Cre의 값을 계산하기 위해, EIPA 존재 하의 푸소좀 전달 수준(FusL+EPIA) 뿐 아니라, EIPA 부재 하의 푸소좀 전달 수준(FusL-EIPA)을 결정하였다. 전달된 푸소좀 Cre의 정규화된 값은 이전 실시예에 기재된 바와 같이 계산할 수 있다.
본 실시예는 또한 액틴 매개 경로를 통한 수용세포로의 Cre의 푸소좀 전달을 설명한다. 미세소포를 포함하는 푸소좀은 이전 실시예에 기재된 바와 같이 생성할 수 있다. 푸소좀을 수용하는 수용세포의 군을 액틴 중합 저해제인 라트룬쿨린 B(6 μM)로 처리한 것을 제외하고는, 이전 실시예에 따라, 거대음작용을 통한 Cre의 전달에 대해 푸소좀을 검정하였다. 액틴 매개 경로를 통해 전달된 푸소좀 Cre의 값을 계산하기 위해, 라트룬쿨린 B 존재 하의 푸소좀 Cre 전달 수준(FusL+ LatB) 뿐 아니라, 라트룬쿨린 B 부재 하의 푸소좀 Cre 전달 수준(FusL - LatB)을 결정하였다. 전달된 푸소좀 Cre의 정규화된 값은 이전 실시예에 기재된 바와 같이 계산할 수 있다.
실시예 64: 단백질의 생체내 전달
본 실시예는 푸소좀에 의한 눈으로의 치료제의 전달을 설명한다.
푸소좀을 이전 실시예에 기재된 방법 중 임의의 것을 사용하여 조혈줄기세포 및 전구세포에서 유도하고, 마우스 녹아웃이 결핍된 단백질을 로딩하였다.
푸소좀을 단백질이 결핍된 마우스의 우측 눈에 망막하 주사하고, 비히클을 마우스의 좌측 눈에 주사하였다. 마우스가 2개월령이 되면, 마우스의 서브세트를 안락사시켰다.
마우스의 각각의 망막에서 얻은 세포의 수를 계수하여, 채취한 망막조직의 조직학 및 H&E 염색을 수행하였다(문헌[Sanges et al., The Journal of Clinical Investigation, 126(8): 3104-3116, 2016]에 기재됨).
2개월령에 안락사시킨 마우스에서 채취한 망막에서 PDE6B 단백질에 특이적인 항체를 이용한 웨스턴 블롯을 통해 주사된 단백질 수준을 측정하였다.
일 구현예에서, 푸소좀이 투여된 마우스의 좌측 눈은 비히클이 투여된 마우스의 우측 눈과 비교하여 망막의 외부 핵 수준에 존재하는 핵의 수가 증가할 것이다. 증가된 단백질은 돌연변이된 PBE6B 단백질의 상보성을 시사한다.
실시예 65: 푸소좀 투여 후 기형종 형성의 평가
본 실시예는 푸소좀을 이용한 기형종 형성의 부재를 설명한다. 일 구현예에서, 푸소좀은 대상에게 투여될 때 기형종 형성을 유도하지 않을 것이다.
푸소좀을 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 생성하였다. 푸소좀, 종양 세포(양성 대조군) 또는 비히클(음성 대조군)을 마우스(12주령 내지 20주령)의 좌측 옆구리에 PBS로 피하 주사하였다. 기형종, 예를 들어 종양 성장은, 푸소좀, 종양 세포 또는 비히클 주사 8주 후, 캘리퍼 측정으로 종양 부피를 주 2회 내지 3회 결정하여 분석하였다.
일 구현예에서, 푸소좀 또는 비히클이 투여된 마우스는, 캘리퍼 측정을 통해 측정 시, 측정 가능한 종양 형성, 예를 들어 기형종을 갖지 않을 것이다. 일 구현예에서, 종양 세포로 처리된 양성 대조군 동물은, 8주의 관찰에 걸쳐 캘리퍼로 측정 시, 인식 가능한 종양, 예를 들어 기형종의 크기를 나타낼 것이다.
실시예 66: 푸소좀 및 원천세포 내 총 RNA 측정
본 실시예는 원천세포와 비교하여 푸소좀에서 RNA의 양을 정량화하는 방법을 설명한다. 일 구현예에서, 푸소좀은 원천세포와 유사한 RNA 수준을 가질 것이다. 본 검정에서, RNA 수준은 총 RNA 측정으로 결정하였다.
푸소좀은 이전 실시예에 기재된 방법 중 어느 하나에 따라 제조하였다. 푸소좀 및 원천세포의 단백질로 측정된 것과 동일한 질량의 제제를 사용하여(예를 들어, Qiagen RNeasy catalog #74104와 같은 키트를 사용하여) 총 RNA를 단리한 후, RNA에 의한 광 흡광도를 평가하는 표준 분광법을 사용하여(예를 들어, Thermo Scientific NanoDrop를 이용하여) RNA 농도를 결정하였다.
일 구현예에서, 푸소좀 내 RNA 농도는 단백질 질량당 원천세포의 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 95%일 것이다.
실시예 67: 세포에서 자유롭게 방출된 융합성 미세소포의 단리
본 실시예는 세포에서 자유롭게 방출된 융합성 미세소포의 단리를 설명한다. 융합성 미세소포를 하기와 같이 단리하였다. 9.2 x 106개의 HEK-293T(ATCC, Cat# CRL-3216)를, 100 mm 콜라겐 코팅된 디쉬(Corning) 내 완전 배지(GlutaMAX (ThermoFisher), 10% 소태아혈청(ThermoFisher) 및 페니실린/스트렙토마이신 항생제(ThermoFisher)가 보충된 둘베코 변형 이글 배지(DMEM)) 7.5 mL 중의 VSVg에 대한 오픈리딩프레임을 함유하는 pcDNA3.1 발현 플라스미드 10 μg과, SV40 핵 국소화 서열을 갖는 박테리오파지 P1 Cre 재조합효소에 대한 오픈리딩프레임을 함유하는 pcDNA3.1 발현 플라스미드 15 ug을 갖는 Xfect 트랜스펙션 시약(Takara, Cat# 631317)을 사용하여 역트렌트펙션시켰다. 씨딩 12시간 후, 추가의 완전 배지 7.5 mL를 주의하여 첨가하였다. 200 x g에서 10분 동안 원심분리하여 배양 배지에서 세포를 분리하였다. 상청액을 채취하고, 500 x g에서 10분 2회, 2,000 x g에서 15분 1회, 10,000 x g에서 30분 1회 및 70,000 x g에서 60분 1회 순차적으로 원심분리하였다. 최종 원심분리 단계 동안 자유롭게 방출된 푸소좀을 펠릿화하고, PBS 중에 재현탁시키고, 70,000 x g에서 재펠릿화하였다. 최종 펠릿을 PBS 중에 재현탁시켰다.
또한, 문헌[Wubbolts R et al. Proteomic and Biochemical Analyses of Human B Cell-derived Exosomes: Potential Implications for their Function and Multivesicular Body Formation. J. Biol. Chem. 278:10963-10972 2003] 참조.
실시예 68: 푸소좀의 평균 크기 분포 측정
본 실시예는 푸소좀의 크기 분포 측정을 설명한다.
푸소좀은 HEK293T의 VSV-G로의 일시적 트랜스펙션, 제핵 및 Ficoll을 이용한 후속 분획화를 통해, 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 푸소좀을 도 3에 제시된 바와 같은 실시예 27의 방법을 사용하여 측정하여, 크기 분포를 결정하였다. 푸소좀은 샘플의 90% 내에서, 모세포의 크기 분포 가변성의 약 50%, 40%, 30%, 20%, 10%, 5%(또는 그 이하) 미만을 가질 것으로 고려된다. 푸소좀은 샘플의 90% 내에서, 58% 더 적은 모세포의 크기 분포 가변성을 가질 수 있다고 고려된다.
실시예 69: 푸소좀의 평균 부피
본 실시예는 푸소좀의 평균 부피 측정을 설명한다. 다양한 크기(예를 들어, 부피)의 푸소좀을 별개의 카고 로딩, 치료제 설계 또는 적용을 위해 다용도로 만들 수 있다.
푸소좀은 HEK293T의 VSV-G로의 일시적 트랜스펙션, 제핵 및 Ficoll을 이용한 후속 분획화를 통해, 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 양성 대조군은 HEK293T 세포였다.
실시예 27에 기재된 바와 같이 NTA와 공초점 현미경의 조합을 이용한 분석을 사용하여, 푸소좀의 크기를 결정하였다. 도 4에 제시된 바와 같이, 푸소좀의 직경을 측정하고, 부피를 계산하였다. 푸소좀의 평균 직경 크기가 50 nm 초과일 수 있다고 고려된다. 푸소좀의 평균 직경 크기가 129 nm일 수 있다고 고려된다.
실시예 70: 가용성 대 불용성 단백질 질량 비교
본 실시예는 푸소좀 내 단백질 질량의 가용성:불용성 비의 정량화를 설명한다. 푸소좀 내 단백질 질량의 가용성:불용성 비는, 일부 경우에, 유핵 세포와 유사할 수 있다.
푸소좀은 HEK293T의 VSV-G로의 일시적 트랜스펙션, 제핵 및 Ficoll을 이용한 후속 분획화를 통해, 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 표준 비신코닌산 검정(BCA)(Pierce™ BCA Protein Assay Kit, Thermo Fischer product# 23225)을 사용하여 푸소좀 제제를 시험하여, 가용성:불용성 단백질 비를 결정하였다. 제조된 푸소좀 또는 모세포를 PBS 중 총 푸소좀 1 mL당 1x107개의 세포 또는 약 1 mg의 농도로 현탁시키고, 1,500 x g에서 원심분리하여 세포를 펠릿화하거나 16,000 x g에서 원심분리하여 푸소좀을 펠릿화하여, 가용성 단백질 샘플을 제조하였다. 상청액을 가용성 단백질 분획으로 수집하였다.
이어서, 푸소좀 또는 세포를 PBS 중에 재현탁시켰다. 이러한 현탁액은 불용성 단백질 분획을 나타낸다.
공급된 BSA(웰당 0 내지 15 μg의 BSA)(이중으로)를 사용하여 표준 곡선을 생성하였다. 측정된 양이 표준 범위 내에 있도록 푸소좀 또는 세포 제제를 희석하였다. 푸소좀 제제를 이중으로 분석하고, 평균 값을 사용하였다. 가용성 단백질 농도를 불용성 단백질 농도로 나누어, 가용성:불용성 단백질 비를 산출하였다(도 5).
실시예 71: 표적세포와의 융합 측정
홍역바이러스(MvH)의 조작된 헤마글루티닌 당단백질 및 세포 표면 상의 융합 단백질(F)을 발현하고, Cre 재조합효소 단백질을 함유하는 HEK-293T 세포에서 유도된 푸소좀을, 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 천연 수용체 결합이 제거되고, 세포 표면 항원을 인식하는 단일 사슬 항체(scFv)를 통해 표적세포 특이성이 제공되도록 MvH를 조작하였으며, 이러한 경우 scFv는 T세포 수용체에 대한 공동 수용체인 CD8을 표적화하도록 설계되었다. 표면에서 푸소겐 VSV-G를 발현하고, Cre 재조합효소 단백질을 함유하는 HEK-293T 세포에서 유도된 것을 대조군 푸소좀으로 사용하였다. 표적세포는, CMV 프로모터 하에서 "Loxp-GFP-stop-Loxp-RFP" 카세트를 발현하도록 조작되고, 또한 CD8a와 CD8b의 공동 수용체를 과발현하도록 조작된 HEK-293T 세포였다. 비표적세포는, "Loxp-GFP-stop-Loxp-RFP" 카세트를 발현하지만, CD8a/b를 과발현하지 않는 동일한 HEK-293T 세포였다. 표적 또는 비표적 수용세포를 흑색의 투명 바닥 96-웰 플레이트에 웰당 30,000개 세포로 플레이팅하고, 10% 소태아혈청이 함유된 DMEM 배지에서 37℃ 및 5% CO2에서 배양하였다. 수용세포 플레이팅 4시간 내지 6시간 후, Cre 재조합효소 단백질과 MvH+F를 발현하는 푸소좀을 DMEM 배지 중 표적 또는 비표적 수용세포에 적용하였다. 수용세포를 푸소좀 10 μg로 처리하고, 37℃ 및 5% CO2에서 24시간 동안 인큐베이션하였다.
자동화 현미경을 사용하여 세포 플레이트를 이미지화하였다(www.biotek.com/products/imaging-microscopy-automated-cell-imagers/lionheart-fx-automated-live-cell-imager/). DMEM 배지에서 10분 동안 Hoechst 33342로 세포를 염색하여 주어진 웰 내 총 세포 집단을 결정하였다. Hoechst 33342는 세포 핵을 DNA에 삽입하여 염색시키기 때문에, 개별 세포를 식별하는 데 사용된다. 405 nm LED 및 DAPI 필터 큐브를 사용하여 Hoechst를 이미지화하였다. GFP는 465 nm LED 및 GFP 필터 큐브를 사용하여 이미지화하고, RFP는 523 nm LED 및 RFP 필터 큐브를 사용하여 이미지화하였다. 먼저, 양성 대조군 웰; 즉, 푸소좀 대신 Cre 재조합효소를 코딩하는 아데노바이러스로 처리된 수용세포에서 LED 강도 및 통합 시간을 확립하여, 표적세포 및 비표적세포 웰의 이미지를 수집하였다.
Hoescht, RFP 및 GFP 강도가 최대 픽셀 강도 값에 있지만 포화되지 않도록, 수집 설정을 설정하였다. 이어서, 관심 웰을 확립된 설정을 사용하여 이미지화하였다. Hoescht 채널에서 자동으로 초점을 맞춘 후, GFP 및 RFP 채널에 대해 확립된 초점면을 사용하여 각각의 웰에 대해 초점을 설정하였다. 자동화 형광 현미경이 장착된 Gen5 소프트웨어를 이용하여 GFP 및 RFP 양성 세포를 분석하였다(https://www.biotek.com/products/software-robotics-software/gen5-microplate-reader-and-imager-software/).
롤링 볼 배경 제거 알고리즘을 사용하여 60 μm 너비로 이미지를 사전 처리하였다. 배경 강도를 유의하게 상회하는 GFP 강도를 갖는 세포에 대해 임계값을 설정하고, GFP 양성 세포가 되기에 너무 작거나 큰 영역은 제외시켰다. RFP 채널에 동일한 분석 단계를 적용하였다. 이어서, RFP 양성 세포(Cre를 수용하는 수용세포)의 수를 GFP 양성 세포(전달을 나타내지 않은 수용세포)와 RFP 양성 세포의 합으로 나누어, 표적 및 비표적 수용세포 집단 내 푸소좀 융합의 양을 설명하는 RFP 전환%를 정량화하였다. 표적화된 융합(표적화된 수용세포에 대한 푸소좀 융합)의 양의 경우, 피코에리트린(PE)에 접합된 항-CD8 항체를 이용한 염색으로 평가하고, 유세포분석으로 분석한 표적 수용세포(즉, CD8 발현)인 수용세포의 백분율로 RFP 전환 값%를 정규화하였다. 최종적으로, 표적세포 융합 양에서 비표적세포 융합 양을 빼서 표적화된 융합의 절대량을 결정하였다(0 미만의 임의의 값은 0으로 간주하였음).
본 검정에 따르면, 표면에서 조작된 MvH(CD8)+F를 발현하고, Cre 재조합효소 단백질을 함유하는 HEK-293T 세포에서 유도된 푸소좀은, 수용세포가 "Loxp-GFP-stop-Loxp-RFP" 카세트를 발현하는 표적 HEK-293T 세포이고, 이러한 수용세포의 51.1%가 CD8 양성인 것으로 관찰된 경우, 25.2 +/- 6.4%의 RFP 전환율을 나타냈다. 이러한 결과로부터, 정규화된 RFP 전환율 또는 표적화된 융합 양은 표적화된 융합에 대해 49.3 +/- 12.7%인 것으로 결정되었다. 수용체가 "Loxp-GFP-stop-Loxp-RFP"를 발현하지만, CD8은 발현하지 않는 비표적 HEK-293T 세포인 경우, 동일한 푸소좀은 0.5 +/- 0.1%의 RFP 전환율을 나타냈다. 상기를 기반으로, MvH(CD8)+F 푸소좀에 대한 표적화된 융합의 절대량은 48.8%인 것으로 결정되었고, 대조군 VSV-G 푸소좀에 대한 표적화된 융합의 절대량은 0%인 것으로 결정되었다(도 6).
실시예 72: 세포막을 가로질러 글루코오스를 수송하는 능력 측정
세포 표면에서 수포성 구내염바이러스의 외피 당단백질 G(VSV-G)를 발현하고, Cre 재조합효소 단백질을 발현하는 HEK-293T 세포의 푸소좀을, Ficoll 구배를 통한 초원심분리 표준 절차에 따라 생성하여, 본원에 기재된 바와 같은 소입자 푸소좀을 수득하였다. 세포막을 가로질러 글루코오스를 수송하는 푸소좀의 능력을 측정하기 위해, 지질 이중층을 가로지르는 능동 수송을 측정하는 데 사용될 수 있는 형광 글루코오스 유사체인 2-NBDG (2-(N-(7-니트로벤즈-2-옥사-1,3-디아졸-4-일)아미노)-2-데옥시글루코오스) 수준을 정량화하여, 지질 이중층을 가로지르는 능동 수송을 평가하였다. 검정을 위해 Biovision Inc. 사의 상업적으로 입수 가능한 키트(Cat #K682)를 제조업체의 설명서에 따라 사용하였다.
간략하게, 푸소좀 샘플을 비신코닌산 검정(BCA, ThermoFisher, Cat #23225)으로 제조업체의 설명서에 따라 총 단백질 함량에 대해 측정하였다. 다음으로, 푸소좀 총 단백질 40 ug을 테이블용 원심분리기에서 3000g에서 5분 동안 원심분리하여 펠릿화한 후, 0.5% 소태아혈청이 보충된 DMEM 400 uL 중에 재현탁시켰다. 이를 각각의 샘플에 대해 이중으로 수행하고, 이중 시험 중 하나를, 글루코오스 흡수 저해에 대한 대조군으로서, 글루코오스 흡수를 저해하는 천연 페놀인 플로레틴(phloretin)(키트에 제공됨) 4 uL으로 처리하였다. 이어서, 샘플을 실온에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 푸소좀 샘플을 펠릿화하고, 사전 제조된 글루코오스 흡수 믹스 400 uL 중에 재현탁시켰다(제형에 대해서는 하기 표 10 참조). 플로레틴으로 전처리된 샘플을 플로레틴 함유 글루코오스 흡수 믹스에 재현탁시키고, 전처리되지 않은 샘플을 플로레틴 대신 PBS 20 uL가 함유된 글루코오스 흡수 믹스에 재현탁시켰다. 또한, 푸소좀 샘플의 병용 세트를, 유세포분석을 위한 음성 대조군으로서, 0.5% FBS만 함유된 DMEM 배지에 재현탁시켰다.
이어서, 샘플을 37℃ 및 5% CO2에서 30분 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 세포를 펠릿화하고, 1X 분석 완충액(키트에 제공됨) 1 mL로 1회 세척하고, 다시 펠릿화하고, 1X 분석 완충액 400 uL 중에 재현탁시켰다.
이어서, 샘플을 Invitrogen Attune NxT 음향 집속 세포계수기를 사용하여 유세포분석으로 2-NBDG 흡수에 대해 측정하였다. 2-NBDG를 488 nm 레이저로 여기시키고, 513±26 nm에서 방출을 포획하였다. 전방 및 측방 산란 게이팅을 초기에 사용하여, 푸소좀 크기 사건을 포획하고 작은 파편을 제거하였다. 2-NBDG에 대해 양성인 사건은, 2-NBDG 음성 대조군 샘플이 2-NBDG 염색에 대해 양성인 사건의 0.5% 미만을 나타내는 최소 수준에서 게이팅하여 결정하였다. 이어서, 2-NBDG 형광에 대해 양성인 게이팅된 세포를 2-NBDG의 평균 형광 강도(F.I.)에 대해 평가하여, 플로레틴 처리 유무 하의 푸소좀에 대한 글루코오스 흡수 값을 계산하였다.
이러한 검정에 따르면, VSV-G 및 Cre를 발현하는 HEK-293T 세포에서 유도된 푸소좀은, 플로레틴 처리되지 않은 경우 2-NBDG 평균 F.I. 631.0 +/- 1.4 및 플로레틴 처리된 경우 평균 F.I. 565.5 +/- 4.9를 나타냈다(도 7).
실시예 73: 시토졸 내 에스테라아제 활성 측정
C2C12세포 유래 푸소좀을 Ficoll 구배를 통한 초원심분리 표준 절차에 따라 생성하여, 본원에 기재된 바와 같은 소입자 푸소좀을 수득하였다. 푸소좀의 시토졸에서 에스테라아제 활성을 측정하기 위해, 샘플을 칼세인 AM(BD Pharmigen, Cat #564061), 플루오레세인 유도체, 및 생존 가능한 세포의 세포막을 수동적으로 가로지르고 시토졸 에스테라아제에 의해 녹색 형광 칼세인으로 전환되는 비(非)형광 필수 염료(이는 온전한 막과 불활성 다중약물내성 단백질을 갖는 세포에 의해 유지됨)로 염색하였다.
간략하게, 푸소좀 샘플을 비신코닌산 검정(BCA, ThermoFisher, Cat #23225)으로 제조업체의 설명서에 따라 총 단백질 함량에 대해 측정하였다. 다음으로, 푸소좀 총 단백질 20 ug을 테이블용 원심분리기에서 3000g에서 5분 동안 원심분리하여 펠릿화한 후, 0.5% 소태아혈청이 보충된 DMEM 400 uL 중에 재현탁시켰다. 막 투과성 염료인 칼세인-AM을, 디메틸설폭시드 중 10 mM 스톡 용액 및 PBS 완충액(pH 7.4) 중 1 mM 작업 용액으로 제조하였다. VSV-G 푸소좀을 DMEM 배지에 희석된 1 μM 칼세인-AM 용액으로 염색하였다. 샘플을 암실에서 37℃에서 30분 동안 인큐베이션한 후, 원심분리를 통해 펠릿화하였다. PBS 완충액으로 2회 세척 후, 푸소좀을 PBS 중에 재현탁시키고, 유세포분석으로 분석하였다.
샘플을 Invitrogen Attune NxT 음향 집속 세포계수기를 사용하여 칼세인 형광 보유에 대해 측정하였다. Calcein AM을 488 nm 레이저로 여기시키고, 513±26 nm에서 방출을 포획하였다. 전방 및 측방 산란 게이팅을 초기에 사용하여, 푸소좀 크기 사건을 포획하고 작은 파편을 제거하였다. 칼세인에 대해 양성인 사건은, 칼세인 음성 대조군 샘플이 칼세인 염색에 대해 양성인 사건의 0.5% 미만을 나타내는 최소 수준에서 게이팅하여 결정하였다. 이어서, 칼세인 형광에 대해 양성인 게이팅된 세포를 칼세인의 평균 형광 강도(F.I.)에 대해 평가하여, 푸소좀의 시토졸 내 에스테라아제 활성 값을 계산하였다.
이러한 검정에 따르면, C2C12세포에서 유도된 푸소좀은, 631.0 +/- 1.4 의 에스테라아제 활성(평균 칼세인 F.I.)을 나타냈다(도 8).
실시예 74: 푸소좀 내 아세틸콜린에스테라아제 활성 측정
세포 표면에서 태반세포-세포 융합 단백질 신시틴-1(Syn1)을 발현하고, Cre 재조합효소 단백질을 발현하는 HEK-293T 세포 유래 푸소좀을, 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 아세틸콜린에스테라아제 활성을 FluoroCet Quantitation Kit(System Biosciences, Cat #FCET96A-1)를 사용하여 제조업체의 권장사항에 따라 측정하였다.
간략하게, 푸소좀을 120,000 g에서 90분 동안 초원심분리를 통해 펠릿화하고, 포스페이트 완충 염수(PBS) 중에 주의하여 재현탁시켰다. 다음으로, 푸소좀 샘플을 비신코닌산 검정(BCA, ThermoFisher, Cat #23225)으로 제조업체의 설명서에 따라 총 단백질 함량에 대해 정량화하였다. 단백질 농도의 BCA 정량화 후, 총 푸소좀 단백질 1000 ng을 PBS로 60 uL 부피까지 희석한 후, 용해 완충액 60 uL를 첨가하여 입자를 용해시켰다. 얼음 위에서의 30분 인큐베이션 후, 샘플은 FluoroCet 검정을 실행할 준비가 되었다.
96-웰 플레이트의 이중 웰에, 용해된 푸소좀 샘플 50 uL를 완충액 A의 작업 스톡 50 uL 및 완충액 B의 작업 스톡 50 uL와 혼합하였다. 동시에, 1X 반응 완충액 126 uL 중에 제공된 표준물 2 uL를 피펫팅하여 표준 곡선을 제조하였다. 이어서, 이러한 표준 용액을 5배로 순차적으로 희석하여, 2.0E+08, 1.0E+08, 5.0E+07, 2.5E+07, 1.25E+07 및 6.25E+06의 아세틸콜린에스테라아제 활성의 엑소좀 당량으로 이루어진 6점 표준 곡선을 생성하였다. 이어서, 96-웰 플레이트의 이중 웰에, 각각의 표준물 50 uL를 완충액 A의 작업 스톡 50 uL 및 완충액 B의 작업 스톡 50 uL와 혼합하였다. 1X 반응 완충액 50 uL를 블랭크로 사용하였다. 플레이트를 측면을 두드려 혼합한 후, 암실에서 실온에서 20분 동안 인큐베이션하였다. 이어서, 플레이트를 즉시 여기: 530 내지 570 nm 및 방출: 590 내지 600 nm로 설정된 형광 플레이트 판독기를 사용하여 측정하였다. 플레이트를 판독 전 30초 동안 진탕하였다.
이어서, 블랭크 웰에서 RFU 값을 뺀 후, 상대 형광 단위(RFU)를 공지된 아세틸콜린에스테라아제 활성의 엑소좀 당량에 대해 플롯팅하였다. 이어서, 선형 회귀선을 계산하고, 방정식을 사용하여, 측정된 RFU 값에서 푸소좀 샘플에 대한 아세틸콜린에스테라아제 활성(엑소좀 당량으로)을 결정하였다. Syn1 푸소좀에 대해 측정된 아세틸콜린에스테라아제 활성은 표 11에 제시되어 있다:
실시예 75: 대사 활성 수준 측정
세포 표면에서 수포성 구내염바이러스의 외피 당단백질 G(VSV-G)를 발현하고, Cre 재조합효소 단백질을 발현하는 HEK-293T 세포의 푸소좀을, 본원에 기재된 바와 같이 생성하였다. 푸소좀 제제의 대사 활성 수준을 결정하기 위해, 시트레이트 신타아제 활성을 Sigma 사의 상업적으로 입수 가능한 키트(Cat #CS0720)(이는 모든 필수 시약을 제공함)를 사용하여 평가하였다. 시트레이트 신타아제는 옥살로아세테이트(OAA)와 아세틸-CoA 사이의 반응을 촉진시켜 시트레이트를 생성하는 트리카르복실산(TCA) 회로 내 효소이다. 아세틸-CoA의 가수분해 시, 티올기를 갖는 CoA(CoA-SH)가 방출된다. 티올기는 화학물질 시약인 5,5-디티오비스-(2-니트로벤조산)(DTNB)과 반응하여, 412 nm에서 분광광도계로 측정될 수 있는 황색 생성물인, 5-티오-2-니트로벤조산(TNB)을 형성한다.
검정은 제조업체의 권장사항에 따라 수행하였다. 간략하게, 푸소좀 샘플을 비신코닌산 검정(BCA, ThermoFisher, Cat #23225)으로 제조업체의 설명서에 따라 총 단백질 함량에 대해 측정하였다. 다음으로, 푸소좀 총 단백질 400 ug을 테이블용 원심분리기에서 3000g에서 5분 동안 원심분리하여 펠릿화하였다. 푸소좀을 다시 펠릿화하고, 얼음 냉각된 PBS 중에 재현탁시켜 1회 세척하였다. 푸소좀을 다시 펠릿화하고, 상청액을 제거하였다. 펠릿을 1X 프로테아제 저해제가 함유된 CellLytic M 완충액 100 uL에 용해시켰다. 피펫팅에 의한 혼합 후, 용해된 샘플을 실온에서 15분 동안 인큐베이션하여, 완전히 용해시켰다. 이어서, 샘플을 12,000g에서 10분 동안 원심분리하고, 상청액을 새로운 미세원심분리 튜브에 옮기고, 후속 검정을 수행할 때까지 -80℃에서 보관하였다.
시트레이트 신타아제 활성 검정을 개시하기 위해, 모든 검정 용액을 사용 전 실온까지 가온시켰다. 용해된 푸소좀 샘플을 하기 표 12에 따른 검정 용액과 혼합하였다:
표 12의 부피는 96-웰 플레이트의 단일 웰에 대한 부피를 나타낸다. 샘플을 이중으로 측정하였다. 반응의 모든 구성요소를 혼합하고, 96-웰 플레이트의 단일 웰에 피펫팅하였다. 이어서, 412 nm에서의 흡광도를 마이크로플레이트 판독기에서 1.5분 동안 분석하여, 기준 반응을 측정하였다. 다음으로, 10 mM OAA 용액 10 uL를 웰에 첨가하여 반응을 개시하였다. 플레이트를 마이크로플레이트 판독기에서 10초 동안 진탕시킨 후, 1.5분 동안 412 nm에서 10초마다 흡광도를 측정하였다.
시트레이트 신타아제 활성을 계산하기 위해, 412 nm에서의 흡광도를 각각의 반응에 대해 플롯팅하였다. OAA 첨가 전(내인성 활성) 및 후(총 활성)에 대한 플롯의 선형 범위에 대한 분당 흡광도 변화를 계산하였다. 이어서, 샘플에 대한 총 활성에서 내인성 활성을 빼서 순 시트레이트 신타아제 활성을 계산하였다. 이어서, 이러한 값을 사용하여 제조업체가 제공한 방정식 및 상수 값을 기반으로 시트레이트 신타아제 활성을 계산하였다. VSV-G 푸소좀에 대해 측정된 시트레이트 신타아제 활성은 분당 푸소좀 1 ug당 1.57E-02 +/- 1.86E-03 umol이었다.
실시예 76: 호흡 수준 측정
세포 표면에서 수포성 구내염바이러스의 외피 당단백질 G(VSV-G)를 발현하는 HEK-293T 세포의 푸소좀을, Ficoll 구배를 통한 초원심분리 표준 절차에 따라 생성하여, 본원에 기재된 바와 같은 소입자 푸소좀을 수득하였다. 푸소좀 제제의 호흡 수준은, Seahorse 세포외 플럭스 분석기(Agilent)로 미토콘드리아 산소 소비율을 측정하여 결정하였다.
간략하게, 푸소좀 샘플을 비신코닌산 검정(BCA, ThermoFisher, Cat #23225)으로 제조업체의 설명서에 따라 총 단백질 함량에 대해 측정하였다. 다음으로, 푸소좀 총 단백질 20 μg을 테이블용 원심분리기에서 3000g에서 5분 동안 원심분리하여 펠릿화한 후, 25 mM 글루코오스와 2 mM 글루타민이 보충된 XF 검정 배지(Agilent Cat # 103575-100)(pH 7.4) 150 μL 중에 재현탁시켰다(사중으로). 이어서, 재현탁된 샘플을 96-웰 Seahorse 플레이트(Agilent)의 하나의 웰에 첨가하였다.
96-웰 Seahorse 플레이트를 샘플과 함께 37℃에서 60분 동안 인큐베이션하여 온도 및 pH가 평형에 이르도록 하여, 산소 소비 검정을 개시하였다. 이어서, 마이크로플레이트를 XF96 세포외 플럭스 분석기(Agilent)에서 검정하여, 푸소좀을 바로 둘러싸는 배지 중 산소 및 pH의 세포외 플럭스 변화를 측정하였다. 정상 상태 산소 소비 및 세포외 산성화율을 수득한 후, ATP 신타아제를 저해하는 올리고마이신(5 μM)과, 미토콘드리아를 분리시키는 양성자 이오노포어인 FCCP(카르보닐 시아니드 4-(트리플루오로메톡시)페닐히드라존; 2 μM)를 마이크로플레이트 내 각각의 웰에 대한 시약 전달 챔버를 통해 순차적으로 주입하여, 최대 산소 소비율에 대한 값을 수득하였다. 최종적으로, 5 μM 안티마이신 A(미토콘드리아 복합체 III 저해제)를 주입하여, 호흡 변화가 주로 미토콘드리아 호흡으로 인한 것임을 확인하였다. 다른 세 개의 호흡률에서 안티마이신 A 호흡률을 빼서, 기초, 비결합(올리고마이신 내성) 및 최대(FCCP 유도성) 미토콘드리아 호흡률을 결정하였다.
이러한 검정을 사용하여 측정 시, 공여체 VSV-G 푸소좀이 하기 표 13에 따른 기초, 비결합 및 최대 산소 소비(호흡)율을 나타내는 것으로 결정되었다.
실시예 77: 푸소좀의 포스파티딜세린 수준 측정
세포 표면에서 수포성 구내염바이러스의 외피 당단백질 G(VSV-G)를 발현하고, Cre 재조합효소 단백질을 발현하는 HEK-293T 세포의 푸소좀을, Ficoll 구배를 통한 초원심분리 표준 절차에 따라 생성하여, 본원에 기재된 바와 같은 소입자 푸소좀을 수득하였다. 푸소좀의 포스파티딜세린 수준을 측정하기 위해, 상업적으로 입수 가능한 Alexa Fluor 647 염료와 접합된 아넥신 V(Cat #A23204)를 사용하여 제조업체의 설명서에 따라 아넥신 V 염색을 수행하였다. 아넥신 V는 원형질막의 외부 소엽에 노출될 때 포스파티딜세린에 결합할 수 있는 세포 단백질이기 때문에; 샘플에의 아넥신 V 결합의 판독값은 샘플 내 포스파티딜세린 수준의 평가를 제공할 수 있다.
간략하게, 푸소좀 샘플을 비신코닌산 검정(BCA, ThermoFisher, Cat #23225)으로 제조업체의 설명서에 따라 총 단백질 함량에 대해 측정하였다. 다음으로, 푸소좀 총 단백질 40 μg을 테이블용 원심분리기에서 3000g에서 5분 동안 원심분리하여(샘플에서 삼중으로) 펠릿화한 후, 2% 소태아혈청이 보충된 DMEM 400 uL 중에 재현탁시켰다. 하나의 샘플을 40 μM 안티마이신 A로 처리하였다. 이어서, 샘플을 37℃에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 샘플을 다시 원심분리하여 펠릿화하고, 100 μL 아넥신 결합 완충액(ABB; 10 mM HEPES, 140 mM NaCl, 2.5 mM CaCl2, pH 7.4) 중에 재현탁시켰다. 다음으로, Alexa Fluor 647와 접합된 아넥신 V 5 μL를 각각의 샘플에 첨가하였다(아넥신 V 염색 미포함 음성 대조군 제외). 샘플을 실온에서 15분 동안 인큐베이션한 후, ABB 400 μL를 첨가하였다.
이어서, 샘플을 Invitrogen Attune NxT 음향 집속 세포계수기를 사용하여 유세포분석으로 아넥신 V 염색에 대해 측정하였다. Alexa Fluor 647과 접합된 아넥신 V를 638 nm 레이저로 여기시키고, 670 ± 14 nm에서 방출을 포획하였다. 전방 및 측방 산란 게이팅을 초기에 사용하여, 푸소좀 크기 사건을 포획하고 작은 파편을 제거하였다. Alexa Fluor 647(아넥신 V) 염색에 대해 양성인 사건은, 염색되지 않은 아넥신 V 음성 대조군 샘플이 Alexa Fluor 647 염색에 대해 양성인 사건의 0.5% 미만을 나타내는 최소 수준에서 게이팅하여 결정하였다. 이어서, Alexa Fluor 647 염색에 대해 양성으로 게이팅된 사건을 총 모 집단의 아넥신 V 양성 사건(전방/측방 산란 게이팅에서 푸소좀 크기 사건)의 백분율에 대해 평가하고, 이러한 값을 푸소좀 샘플 내 포스파티딜세린 수준의 정량화로 사용하였다.
이러한 검정에 따르면, VSV-G 및 Cre를 발현하는 HEK-293T 세포에서 유도된 푸소좀은, 안티마이신 A 처리되지 않은 경우 63.3 ± 2.3%의 아넥신 V 양성 푸소좀의 % 및 안티마이신 A 처리된 경우 67.6 ± 5.7%의 아넥신 V 양성 푸소좀의 %를 나타냈다.
실시예 78: 평균 미토콘드리아 막 전위 측정
세포 표면에서 수포성 구내염바이러스의 외피 당단백질 G(VSV-G)를 발현하고, Cre 재조합효소 단백질을 발현하는 HEK-293T 세포의 푸소좀을, Ficoll 구배를 통한 초원심분리 표준 절차에 따라 생성하여, 본원에 기재된 바와 같은 소입자 푸소좀을 수득하였다. 푸소좀의 평균 미토콘드리아 막 전위 수준을 측정하기 위해, 상업적으로 입수 가능한 미토콘드리아 막 전위 민감성 염료인, 테트라메틸 로다민, 에틸 에스테르, 퍼클로레이트(TMRE; Abcam, Cat# T669)를 사용하여 미토콘드리아 막 전위를 평가하였다. TMRE 형광 강도(FI)를 샘플 내 미토콘드리아 양에 대해 정규화하기 위해, TMRE FI를 MTG FI로, 따라서 샘플 내 미토콘드리아의 양으로 정규화하기 위해, MitoTracker Green FM 염료(MTG; ThermoFisher, Cat #M7514)를 사용하여 샘플을 동시 염색하였다. 또한, 미토콘드리아 막 전위를 완전히 탈분극화하여, 미토콘드리아 막 전위를 TMRE FI의 감소를 기반으로 밀리볼트로 정량화하기 위해, 카르보닐 시아니드-p-트리플루오로메톡시페닐히드라존(FCCP; Sigma Cat #C2920)을 사용하여 샘플의 병용 세트를 처리하였다.
간략하게, 푸소좀 샘플을 비신코닌산 검정(BCA, ThermoFisher, Cat #23225)으로 제조업체의 설명서에 따라 총 단백질 함량에 대해 측정하였다. 다음으로, 푸소좀 총 단백질 40 ug을 테이블용 원심분리기에서 3000g에서 5분 동안 원심분리하여(미처리군 및 FCCP 처리군 샘플에 대해 사중으로) 펠릿화한 후, 2% 소태아혈청이 보충되고 TMRE 및 MTG 염료가 함유된 DMEM 100 uL 중에, 각각, 최종 농도 30 nM 및 200 nM로 재현탁시켰다. 푸소좀 샘플의 병용 세트를 음성 대조군으로 염색되지 않은 채로 두었다. 샘플을 37℃에서 45분 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 샘플을 원심분리로 펠릿화하고, 30 nM TMRE가 함유된 페놀 레드 미함유 DMEM 400 μL 중에 재현탁시켰다. 이중 샘플 중 한 세트를 유세포분석으로의 평가 전 20 μM FCCP로 5분 동안 처리하였다.
이어서, 샘플을 Invitrogen Attune NxT 음향 집속 세포계수기를 사용하여 유세포분석으로 아넥신 V 염색에 대해 측정하였다. MTG를 488 nm 레이저로 여기시키고, 530 ± 30 nm에서 방출을 포획하였다. TMRE를 561 nm 레이저로 여기시키고, 585 ± 16 nm에서 방출을 포획하였다. 전방 및 측방 산란 게이팅을 초기에 사용하여, 푸소좀 크기 사건을 포획하고 작은 파편을 제거하였다. MTG 및 TMRE 염색에 대해 양성인 사건은, 염색되지 않은 음성 대조군 샘플이 MTG 또는 TMRE 염색에 대해 양성인 사건의 0.5% 미만을 나타내는 최소 수준에서 게이팅하여 결정하였다. 이어서, MTG 및 TMRE 염색에 대해 양성으로 게이팅된 사건을 MTG 및 TMRE의 평균 FI에 대해 평가하였다.
TMRE FI 값을 MTG FI 값으로 정규화한 후, 막 전위 값(밀리볼트, mV)을 TMRE의 강도를 기준으로 계산하였다. 이러한 TMRE/MTG 비 값은, TMRE 강도의 샘플 내 미토콘드리아의 양으로의 정규화를 가능하게 한다. 미처리 및 FCCP 처리된 샘플 모두에 대한 TMRE/MTG 비 값을 계산하고, 이를 TMRE 형광을 기반으로 미토콘드리아 막 전위를 결정할 수 있는 변형된 네른스트 방정식(하기 참조)을 사용하여(TMRE는 네른스트 방식으로 미토콘드리아에 축적되기 때문에) 막 전위를 밀리볼트로 결정하는 데 사용하였다. 푸소좀 막 전위는 하기 식으로 계산하였다: (mV) = -61.5 * log(FI(미처리군)/FI(FCCP 처리군)). 이러한 방정식을 사용하여, VSV-G 푸소좀 샘플의 계산된 미토콘드리아 막 전위는 -29.6 ± 1.5 밀리볼트였다.
실시예 79: 대상에서 표적화 가능성의 측정(BiVs- Cre Gesicles)
본 실시예는 특정 신체 부위를 표적으로 하는 푸소좀의 능력을 평가한다. 푸소좀을 본원에 기재된 바와 같은 방법을 사용하여 유도하고, Cre-재조합효소 단백질을 로딩하였다.
2가지 용량의 푸소좀(1x 및 3x)을 Loxp 루시퍼라아제(Jackson Laboratory, 005125)에 전달하고, 마우스에게 꼬리 정맥을 통해 정맥내(I.V.) 주사하였다. 마우스를 가열 램프(250W(적외선) 가열 램프 전구 사용) 아래 약 5분 동안(또는 마우스가 이의 수염을 과도하게 다듬기 시작할 때까지) 위치시켜, 꼬리 정맥을 팽창시켰다. 마우스를 제어장치에 위치시키고, 꼬리를 70% 에탄올로 닦아 정맥이 더 잘 보이게 하였다.
투베르쿨린 시린지를 사용하여 푸소좀 1x 용액(1 μl당 8.5e8±1.4e8개의 입자, 평균(SEM)) 또는 3x 용액(1 μL당 2.55e9±1.4e8개의 입자, 평균(SEM)) 200 μL를 IV 주사하였다. 주사의 완결 시, 시린지를 제거하고, 주사 부위에 압력을 가하였다.
융합 후, CRE 단백질은 핵으로 전위되어 재조합을 수행하였으며, 이는 루시퍼라아제의 구성적 발현을 유도하였다. 처리 3일 후, 대상의 복부 영역을 제모하여 준비하였다(Nair 모발 제거 크림으로 45초 동안, 이후 70% 에탄올로 해당 영역을 세척함). 이어서, 대상을 복강내 주사를 통해 D-루시페린(Perkin Elmer, 150 mg/kg)으로 처리하였다. 이는, 생체내 생물발광 이미지화를 통한 루시퍼라아제 발현의 검출을 가능하게 하였다. 동물을 동물의 움직임을 막기 위해 원뿔형 마취제(이소플루란)을 포함시킨 생체내 생물발광 이미지화 챔버(Perkin Elmer)에 위치시켰다. D-루시페린 약동학적 제거로 인한 최대 생물발광 신호를 관찰하기 위해 주사 후 3분 내지 15분 사이에 광자 수집을 수행하였다. 최대 발광은 광자 수/초/cm2/라디안으로 기록하였다. 해당 영역에 걸친 발광을 통합한 총 플럭스를 Living Image Software(Perkin Elmer) 내 관심 영역(ROI) 도구를 사용하여 정량화하고, 초당 광자수로 보고하였다.
푸소좀에 의한 단백질 전달의 증거(Cre 재조합효소)를 도 9a 및 도 9b에 제시된 바와 같이 동물의 수용조직에서 생물발광 이미지화로 검출하였다. 신호는 주로 비장 및 간에서 확인되었으며, 3x 군에서 최고 신호를 나타냈다.
전신 이미지화 후, 마우스를 자궁경부를 통해 탈구시키고, 간, 심장, 폐, 신장, 소장, 췌장 및 비장을 채취하고, 안락사 5분 이내에 이미지화하였다. 푸소좀에 의한 간 및 비장으로의 단백질 전달의 증거(Cre 재조합효소)를 동물의 추출된 수용조직에서 생물발광 이미지화로 검출하였다. 이는 도 10a 및 도 10b에서 확인할 수 있다. 신호는 비장에서 최고였고, 심장에서 최저였으며, 3x 군에서 최고 유의 신호를 나타냈다(심장과 비교 시 p=0.0004).
실시예 80: 리소좀 산성화와 독립적인 경로를 통한 푸소좀의 전달
종종, 복합 생물학적 카고의 표적세포에의 진입은 세포내이입을 통해 달성된다. 세포내이입은, 카고가 엔도좀으로 들어가 산성화된 리소좀으로 성숙되는 것을 필요로 한다. 불리하게도, 세포내이입을 통해 세포에 들어가는 카고는 엔도좀 또는 리소좀에 포획되어, 세포질에 도달하지 못할 수 있다. 카고는 또는 리소좀 내 산성 조건 하에서 손상될 수 있다. 일부 바이러스는 표적세포에의 비세포내이입성 진입이 가능하지만, 이러한 과정은 완전히 이해되지 않았다. 본 실시예는, 바이러스 푸소겐이 나머지 바이러스에서 단리될 수 있으며, 다른 바이러스 단백질이 결여된 푸소좀에 비세포내이입성 진입을 부여할 수 있음을 입증한다.
세포 표면에서 니파바이러스 수용체 결합 G 단백질 및 융합 F 단백질(NivG+F)을 발현하고, Cre 재조합효소 단백질을 발현하는 HEK-293T 세포의 푸소좀을, Ficoll 구배를 통한 초원심분리 표준 절차에 따라 생성하여, 본원에 기재된 바와 같은 소입자 푸소좀을 수득하였다. 비세포내이입 경로를 통한 수용세포에의 푸소좀의 전달을 입증하기 위해, NivG+F 푸소좀을 CMV 프로모터 하에서"Loxp-GFP-stop-Loxp-RFP" 카세트를 발현하도록 조작된 수용 HEK-293T 세포로 처리하였다. NivF 단백질은, 활성화 및 후속 융합 활성을 위해 주변 산성화를 필요로 하지 않는 것으로 확인된 pH 독립적 외피 당단백질이다(Tamin, 2002).
수용세포를 흑색의 투명 바닥 96-웰 플레이트에 웰당 30,000개의 세포로 플레이팅하였다. 수용세포 플레이팅 4시간 내지 6시간 후, Cre 재조합효소 단백질을 발현하는 NivG+F 푸소좀을 DMEM 배지 중 표적 또는 비표적 수용세포에 적용하였다. 먼저, 푸소좀 샘플을 비신코닌산 검정(BCA, ThermoFisher, Cat #23225)으로 제조업체의 설명서에 따라 총 단백질 함량에 대해 측정하였다. 수용세포를 푸소좀 10 μg로 처리하고, 37℃ 및 5% CO2에서 24시간 동안 인큐베이션하였다. NivG+F 푸소좀을 통한 Cre 전달이 비세포내이입 경로를 통해 이루어진다는 것을 입증하기 위해, NivG+F 푸소좀 처리를 받는 수용세포의 병용 웰을 엔도좀/리소좀 산성화 저해제인 바필로마이신 A1(Baf; 100 nM; Sigma, Cat #B1793)로 동시 처리하였다.
자동화 현미경을 사용하여 세포 플레이트를 이미지화하였다(www.biotek.com/products/imaging-microscopy-automated-cell-imagers/lionheart-fx-automated-live-cell-imager/). DMEM 배지에서 10분 동안 Hoechst 33342로 세포를 염색하여 주어진 웰 내 총 세포 집단을 결정하였다. Hoechst 33342는 세포 핵을 DNA에 삽입하여 염색시키기 때문에, 개별 세포를 식별하는 데 사용된다. 405 nm LED 및 DAPI 필터 큐브를 사용하여 Hoechst 염색을 이미지화하였다. GFP는 465 nm LED 및 GFP 필터 큐브를 사용하여 이미지화하고, RFP는 523 nm LED 및 RFP 필터 큐브를 사용하여 이미지화하였다. 먼저, 푸소좀 대신 Cre 재조합효소를 코딩하는 아데노바이러스로 처리된 수용세포를 함유하는 양성 대조군 웰에서 LED 강도 및 통합 시간을 확립하여, 표적세포 및 비표적세포 웰의 이미지를 수집하였다.
Hoescht, RFP 및 GFP 강도가 최대 픽셀 강도 값에 있지만 포화되지 않도록, 수집 설정을 설정하였다. 이어서, 관심 웰을 확립된 설정을 사용하여 이미지화하였다. Hoescht 채널에서 자동으로 초점을 맞춘 후, GFP 및 RFP 채널에 대해 확립된 초점면을 사용하여 각각의 웰에 대해 초점을 설정하였다. 자동화 형광 현미경이 장착된 Gen5 소프트웨어를 이용하여 GFP 및 RFP 양성 세포를 분석하였다(https://www.biotek.com/products/software-robotics-software/gen5-microplate-reader-and-imager-software/).
롤링 볼 배경 제거 알고리즘을 사용하여 60 μm 너비로 이미지를 사전 처리하였다. 배경 강도를 유의하게 상회하는 GFP 강도를 갖는 세포에 대해 임계값을 설정하고, GFP 양성 세포가 되기에 너무 작거나 큰 영역은 제외시켰다. RFP 채널에 동일한 분석 단계를 적용하였다. 이어서, RFP 양성 세포(Cre를 수용하는 수용세포)의 수를 GFP 양성 세포(전달을 나타내지 않은 수용세포)와 RFP 양성 세포의 합으로 나누어, 수용세포 내 푸소좀 융합의 양을 설명하는 RFP 전환 백분율을 정량화하였다.
이러한 검정에 따르면, 표면에서 NivG+F를 발현하고 Cre 재조합효소 단백질을 함유하는 HEK-293T 세포에서 유도된 푸소좀은, 리소좀 독립적 경로를 통한 유의한 전달을 나타냈으며, 이는 수용세포가 세포내이입 매개 흡수를 저해하기 위해 Baf로 동시 처리되었던 경우에도 NivG+F 푸소좀에 의한 Cre 카고의 유의한 전달에 의해 입증된 바와 같이, 비세포내이입 경로를 통한 진입과 일치하였다(도 11). 이러한 경우, Baf 동시 처리에 의한 카고 전달의 저해는 23.4%였다.
실시예 81: 이동성을 위한 액틴 중합 능력 측정
푸소좀은, 본원에 기재된 바와 같이, 세포 표면에서 수포성 구내염바이러스의 외피 당단백질 G(VSV-G)를 발현하는 HEK-293T 세포에서 생성된 푸소좀을 채취하고 제조하는 표준 절차에 따라 생성하였다. 대조군 입자(비융합성 푸소좀)는 pcDNA3.1 빈 벡터로 일시적으로 역트랜스펙션된 HEK-293T 세포에서 생성하였다. 이어서, 푸소좀과 모세포를 로다민 팔로이딘-유세포분석 검정 및 튜불린 ELISA를 사용하여 (시간 경과에 따른) 액틴 중합 능력에 대해 검정하였다. 간략하게, 표준 VSV-G 푸소좀 제제 60 μL에 상응하는 대략 1x106개의 푸소좀과, 푸소좀을 생성하는 데 사용된 1x105개의 모세포를, 96-웰 저부착 다중 웰 플레이트 내 완전 배지 1 mL에 플레이팅하고, 37℃ 및 5% CO2에서 인큐베이션하였다. 샘플을 플레이팅 3시간, 5시간 및 24시간 후에 주기적으로 취하였다. 샘플을 21,000xg에서 10분 동안 원심분리하고, 포스페이트 완충 염수 중 4%(v/v) PFA 200 uL 중에 10분 동안 재현탁시키고, 포스페이트 완충 염수 1 mL로 세척하고, 21,000xg에서 10분 동안 원심분리하고, 다시 세척하고, 추가 사용 시까지 4℃에서 보관하였다.
로다민-팔로이딘 염색의 경우, 샘플을 21,000xg에서 10분 동안 원심분리하고, 포스페이트 완충 염수 중 0.1%(v/v) Triton X-100 100 uL 중에서 20분 동안 인큐베이션하였다. 20분 인큐베이션 후, 165 μM 로다민-팔로이딘이 함유된 포스페이트 완충 염수 중 0.1%(v/v) Triton X-100 추가 100 uL를 샘플에 첨가하고, 피펫으로 혼합하고, 음성 대조군에는 포스페이트 완충 염수 중 0.1%(v/v) Triton X-100 100 uL만 첨가하였다. 샘플을 포스페이트 완충 염수 1 mL로 세척하기 전 45분 동안 인큐베이션하고, 21,000xg에서 10분 동안 원심분리하고, 다시 세척하고, 포스페이트 완충 염수 300 uL 중에 재현탁시키고, 여기용 561 nm 레이저 및 585 +/- 16 nm 필터 방출을 사용하여, 하기 표에 제시된 바와 같이 유세포분석기(Attune, ThermoFisher)로 분석하였다:
Attune NxT 소프트웨어를 수집에 사용하고, FlowJo를 분석에 사용하였다. 데이터 수집을 위해, FSC 및 SSC 채널을 선형 축에 설정하여, 세포 또는 푸소좀을 대표하는 집단을 결정하였다. 이어서, 이러한 집단을 게이팅하고, 이러한 게이트 내에 있는 사건만 사용하여 585 +/- 16 nm 방출 채널에서 로그 스케일로 사건을 표시하였다. 각각의 조건에서 세포 또는 푸소좀 게이트 내 최소 10,000개의 사건을 수집하였다. 데이터 분석을 위해, FSC 및 SSC 채널을 선형 축에 설정하여, 세포 또는 푸소좀을 대표하는 집단을 결정하였다. 이어서, 이러한 집단을 게이팅하고, 이러한 게이트 내에 있는 사건만 사용하여 585 +/- 16 nm 방출 채널에서 로그 스케일로 사건을 표시하였다. 음성 대조군 585 +/- 16 nm 방출을 사용하여, 게이트가 1% 미만의 양성을 포함하는 것보다 더 적도록, 히스토그램에서 게이트를 배치할 위치를 결정하였다. 상기 열거된 분석 기준을 사용하면, 모세포는, 3시간, 5시간 및 24시간 시점에서, 각각, 19.9%, 24.8% 및 82.5%의 로다민-팔로이딘 양성 사건을 나타냈다. 푸소좀은 3시간, 5시간 및 24시간 시점에서, 각각, 44.6%, 41.9% 및 34.9%의 로다민-팔로이딘 양성이었다(도 2). 본 실시예는, 푸소좀은 시간의 경과에 따라 액틴의 양을 증가시키지 않지만, 모세포는 액틴의 양을 증가시킴을 나타낸다.
실시예 82: 푸소좀 내 GAPDH의 측정
본 실시예는 푸소좀 내 글리세르알데히드 3-포스페이트 데히드로게나아제(GAPDH)의 수준과, 모세포와 비교한 푸소좀 내 GAPDH의 상대 수준의 정량화를 설명한다. 푸소좀은 실시예 67 및 실시예 86에 기재된 바와 같이 제조하였다.
제조업체의 설명서에 따라 GAPDH에 대해 상업적으로 입수 가능한 표준 ELISA(ab176642, Abcam)를 사용하여 모세포와 푸소좀에서 GAPDH를 측정하였다. 총 단백질 수준은 비신코닌산 검정을 통해 유사하게 측정하였다. 측정된 GAPDH 및 단백질 수준은 하기 표에 제시되어 있다:
GAPDH:총 단백질 비 또한 도 12에 제시되어 있다.
실시예 83: 푸소좀 내 지질 대 단백질 비
본 실시예는 푸소좀 내 지질 질량 대 단백질 질량의 비의 정량화를 설명한다. 푸소좀은 유핵 세포와 유사한 지질 질량 대 단백질 질량의 비를 가질 수 있다고 고려된다. 푸소좀과 모세포는 실시예 67 및 실시예 86에 기재된 바와 같이 제조하였다.
지질 함량은 총 지질의 서브세트로서 콜린 함유 인지질을 사용하여, 상업적으로 입수 가능한 인지질 검정 키트(MAK122 Sigma St. Louis, MO)를 사용하여 제조업체의 설명서에 따라 계산하였다. 본원에 기재된 바와 같은 비신코닌산 검정을 통해 푸소좀의 총 단백질 함량을 측정하였다. 측정된 인지질 수준, 단백질 수준 및 인지질 대 단백질 비는 도 13 및 하기 표에 제시되어 있다:
실시예 84: 푸소좀 내 단백질 대 DNA 비
본 실시예는 푸소좀 내 단백질 질량 대 DNA 질량의 비의 정량화를 설명한다. 푸소좀은 세포보다 훨씬 큰 단백질 질량 대 DNA 질량의 비를 가질 수 있다고 고려된다. 푸소좀은 실시예 67 및 실시예 86에 기재된 바와 같이 제조하였다.
본원에 기재된 바와 같은 비신코닌산 검정을 통해 푸소좀 및 세포의 총 단백질 함량을 측정하였다. 푸소좀 및 세포의 DNA 질량은 상업적으로 입수 가능한 단리 키트(#69504 Qiagen Hilden, Germany)를 사용하여 제조업체의 설명서에 따라, 총 DNA의 추출 후 280 nm에서의 흡광도로 측정하였다. 총 단백질 함량을 총 DNA 함량으로 나누어 전형적인 푸소좀 제제에 대해 주어진 범위 내 비를 산출하여, 단백질 대 총 핵산의 비를 결정하였다. 측정된 단백질 수준, DNA 수준 및 단백질 대 DNA의 비는 도 14 및 하기 표에 제시되어 있다:
실시예 85: 푸소좀 내 지질 대 DNA 비
본 실시예는 모세포와 비교하여 푸소좀 내 지질 대 DNA의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 푸소좀은 모세포와 비교하여 더 큰 지질 대 DNA의 비를 가질 것이다. 푸소좀은 실시예 67 및 실시예 86에 상기 기재된 바와 같이 제조하였다.
이러한 비는 실시예 40에 개괄된 지질 함량으로 정의되고, 핵산 함량은 실시예 41에 기재된 바와 같이 결정하였다. 측정된 지질 수준, DNA 수준 및 지질 대 DNA의 비는 도 15 및 하기 표에 제시되어 있다:
실시예 86: 푸소좀 내 지질 조성 측정
본 실시예는 푸소좀의 지질 조성의 정량화를 설명한다. 푸소좀의 지질 조성은 이들이 유도된 세포와 유사할 수 있다고 고려된다. 지질 조성은 크기, 정전기 상호작용 및 콜로이드 거동과 같은 푸소좀과 세포의 중요한 생물리학적 매개변수에 영향을 미친다.
지질 측정은 질량분석법을 기반으로 하였다. 10 cm 디쉬에서 VSV-G와 GFP의 일시적 트랜스펙션 후, 트랜스펙션 48시간 후 조건화된 배지의 여과 및 초원심분리를 통해 푸소좀을 수득하여, 본원에 기재된 바와 같이 푸소좀을 제조하였다. 트랜스펙션된 세포를 조건화된 배지와 동시에 채취하고, 분석을 위해 제공하였다. 엑소좀은 VSV-G 또는 GFP로 트랜스펙션되지 않은 세포에서도 채취하였다.
질량분석법 기반 지질 분석은 (Sampaio 등의 문헌(2011))에 기재된 바와 같이 Lipotype GmbH (Dresden, Germany)으로 수행하였다. 지질은 2단계 클로로포름/메탄올 절차를 사용하여 추출하였다(Ejsing 등의 문헌 (2009)). 샘플을 다음을 함유하는 내부 지질 표준 혼합물과 혼합하였다: 카르디오리핀 16:1/15:0/15:0/15:0(CL), 세라미드 18:1;2/17:0(Cer), 디아실글리세롤 17:0/17:0(DAG), 헥소실세라미드 18:1;2/12:0(HexCer), 리소포스파티데이트 17:0 (LPA), 리소포스파티딜콜린 12:0(LPC), 리소포스파티딜에탄올아민 17:1(LPE), 리소포스파티딜글리세롤 17:1(LPG), 리소포스파티딜이노시톨 17:1(LPI), 리소포스파티딜세린 17:1(LPS), 포스파티데이트 17:0/17:0 (PA), 포스파티딜콜린 17:0/17:0(PC), 포스파티딜에탄올아민 17:0/17:0(PE), 포스파티딜글리세롤 17:0/17:0(PG), 포스파티딜이노시톨 16:0/16:0 (PI), 포스파티딜세린 17:0/17:0(PS), 콜레스테롤 에스테르 20:0(CE), 스핑고미엘린 18:1;2/12:0;0(SM), 트리아실글리세롤 17:0/17:0/17:0(TAG) 및 콜레스테롤 D6(Chol).
추출 후, 유기상을 융합 플레이트로 옮기고, 고속 진공 농축기에서 건조시켰다. 제1 단계 건조 추출물을 클로로포름/메탄올/프로판올(1:2:4, V:V:V) 중 7.5 mM 암모늄 아세테이트 중에 재현탁시키고, 제2 단계 건조 추출물을 클로로포름/메탄올(0.003:5:1; V:V:V) 중 메틸아민의 33% 에탄올 용액 중에 재현탁시켰다. 모든 액체 취급 단계는 유기 용매 피펫팅을 위한 Anti Droplet Control 기능이 있는 Hamilton Robotics STARlet 로봇 플랫폼을 사용하여 수행하였다.
샘플을 TriVersa NanoMate 이온 공급원(Advion Biosciences)이 장착된 QExactive 질량분석기(Thermo Scientific)에 직접 주입하여 분석하였다. 단일 수집에서, MS의 경우 Rm/z=200=280000 및 MSMS 실험의 경우 Rm/z=200=17500의 해상도로 양성 및 음성 이온 방식 둘 모두로 샘플을 분석하였다. MSMS는 1 Da 증분으로 스캐닝된 상응하는 MS 질량 범위를 포함하는 포함 목록에 의해 촉발되었다(Surma 등의 문헌(2015)). MS 및 MSMS 데이터를 조합하여, 암모늄 부가물로서 CE, DAG 및 TAG 이온; 아세테이트 부가물로서 PC, PC O-; 및 탈양성자화된 음이온으로서 CL, PA, PE, PE O-, PG, PI 및 PS를 모니터링하였다. MS만 사용하여, 탈양성자화된 음이온으로서 LPA, LPE, LPE O-, LPI 및 LPS; 아세테이트 부가물로서 Cer, HexCer, SM, LPC 및 LPC O-; 및 아세틸화된 유도체의 부가물로서 콜레스테롤을 모니터링하였다(Liebisch 등의 문헌(2006)).
데이터를 LipidXplorer를 기반으로 하는 자체 개발된 지질 확인 소프트웨어로 분석하였다(Herzog 등의 문헌(2011);등의 문헌(2012)). 데이터 후처리 및 정규화는 자체 개발된 데이터 관리 시스템을 사용하여 수행하였다. 신호-대-노이즈 비가 5초과이고, 상응하는 블랭크 샘플보다 5배 더 높은 신호 강도를 갖는 지질 확인치만, 추가 데이터 분석에 고려하였다.
푸소좀 지질 조성을 모세포의 지질 조성과 비교하고, 검출되지 않은 지질 종은 0의 값으로 지정하였다. 푸소좀 및 모세포에서 확인된 지질 종은 하기 표에 제시되어 있다:
모세포의 임의의 복제 샘플에서 확인된 지질 종의 70% 이상이 푸소좀의 임의의 복제 샘플에 존재하고, 확인된 지질 중에서, 푸소좀에서의 평균 수준이 모세포에서 상응하는 평균 지질 종 수준의 25% 초과일 수 있는 경우, 푸소좀과 모세포는 유사한 지질 조성을 가질 수 있다고 고려된다.
실시예 87: 푸소좀 내 프로테옴 조성의 측정
본 실시예는 푸소좀의 단백질 조성의 정량화를 설명한다. 푸소좀의 단백질 조성은 이들이 유도된 모세포와 유사할 수 있다고 고려된다.
푸소좀과 모세포는 실시예 67 및 실시예 86의 방법에 따라 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다.
각각의 샘플을 용해 완충액(6 M 우레아, 2 M 티오우레아, 4% CHAPS, 50 mM Tris pH 8.0) 중에 재현탁시키고, 얼음 배쓰 상에서 초음파 처리하고, 작은 게이지의 시린지를 통해 실행하였다. 단백질을 10 mM DTT를 이용하여 65℃에서 15분 동안 환원시키고, 암실에서 실온에서 30분 동안 15 mM 요오도아세트아미드(IAA)로 알킬화하였다. 과량의 IAA를 추가의 10 mM DTT를 이용하여 켄칭하였다. 이어서, 단백질을 8부피의 얼음 냉각된 아세톤 + 1부피의 얼음 냉각된 메탄올을 첨가하여 침전시키고, -80℃에서 밤새 정치시켰다. 침전된 단백질을 원심분리로 펠릿화하였다. 남은 용해 완충액을 얼음 냉각된 메탄올 200 μl로 3회 세척하였다. 단백질을 0.75 M 우레아 + 50 mM Tris(pH 8.0) + 1 μg 트립신/LysC 중에 재현탁시키고, 37℃에서 4시간 동안 교반 하에서 사전 소화시켰다. 추가의 트립신/LysC 1 μg을 단백질에 첨가하고, 밤새 소화를 지속시켰다. 펩타이드를 역상 SPE로 정제하고, LC-MS로 분석하였다.
각각의 조건에 대한 복제 샘플을 용해시키고, 하나의 튜브에 통합하였다. 이어서, 이러한 풀을 샘플과 동일한 제조 프로토콜에 적용시키고, 정보 의존적 수집으로 LC-MS로 분석하거나, 하기 기재된 바와 같이 겔 상에서 분리하였다.
풀링된 단백질 총 100 μg을 2x Laemmli 로딩 완충액에 위치시키고, 12.5% SDS PAGE에서 분리하였다. 단백질을 쿠마시 블루(Coomassie blue)로 간단히 염색하고, 단백질 레인을 12개의 분획으로 분리하였다. 이어서, 각각의 분획을 50% 아세토니트릴로 탈수시키고, 환원을 위해 10 mM DTT로 재수화시켰다. 겔 조각을 65℃에서 15분 동안 위치시키고, 암실에서 실온에서 30분 동안 15 mM IAA로 알킬화하였다. 겔을 추가로 50% 아세토니트릴로 탈수시키고, 트립신/LysC 1 μg이 함유된 50 mM Tris(pH 8)에서 37℃에서 재수화시켰다. 펩타이드를 탈수 및 초음파 처리를 통해 겔에서 추출하였다. 펩타이드를 역상 SPE로 정제하고, LC-MS/MS(분획당 1xIDA)로 분석하였다.
25 μm iD 모세관을 갖는 전기분무 인터페이스가 장착되고, Eksigent μUHPLC(Eksigent, Redwood City, CA, USA)가 결합된 ABSciex TripleTOF 5600(ABSciex, Foster City, CA, USA)를 이용하여 수집을 수행하였다. 기기를 제어하고, 데이터 처리 및 수집을 위해 Analyst TF 1.7 소프트웨어를 사용하였다. 겔의 12개의 분획 또는 미분획된 풀에 대해 정보 독립적 수집(IDA) 방식으로 수집을 수행하였다. 샘플을 SWATH 수집 방식으로 분석하였다. IDA 방식의 경우, 공급 전압을 5.2 kV로 설정하고, 225℃에서 유지시키고, 커튼 가스를 27 psi로 설정하고, 가스 1은 12 psi로 및 가스 2는 10 psi로 설정하였다. SWATH 방식의 경우, 공급 전압을 5.5 kV로 설정하고, 225℃에서 유지시키고, 커튼 가스를 25 psi로 설정하고, 가스 1은 16 psi로 및 가스 2는 15 psi로 설정하였다. 60℃에서 유지시킨 역상 HALO C18-ES 컬럼(0.3 mm i.d., 2.7 μm 입자, 150 mm 길이)(Advance Materials Technology, Wilmington, DE)에서 분리를 수행하였다. 샘플을 루프 과충전으로 5 μL 루프에 주입하였다. 60분 LC 구배의 경우, 이동상은 하기로 이루어져 있었다: 용매 A(물 중 0.2% v/v 포름산 및 3% DMSO v/v) 및 용매 B(EtOH 중 0.2% v/v 포름산 및 3% DMSO), 3 μL/min의 유량으로.
샘플 분석을 위한 이온 라이브러리를 생성하기 위해, ProteinPilot 소프트웨어를 IDA 실행에 의해 생성된 위프(wiff) 파일에서 실행시켰다. Peakview 소프트웨어(ABSciex)와 함께 이러한 데이터베이스를 사용하여, 3 전이/펩타이드와 15 펩타이드/단백질을 사용하여 각각의 샘플에서 단백질을 정량화하였다. 정량화된 단백질의 수를 최대화하기 위해, 샘플을 동일한 매개변수를 사용하여 공개적으로 입수 가능한 인간 SWATH 데이터베이스(Atlas)에서 정량화하였다. Peakview에 의해 계산된 점수가 1.5를 넘거나 FDR이 1% 미만인 경우, 펩타이드를 적절하게 측정된 것으로 간주하였다. 두 가지 데이터베이스로부터의 단백질 명칭을 사용하여 각각의 데이터베이스로부터의 정량화를 하나의 최종 정량화로 통합하였다. 모든 샘플에 대한 총 신호의 평균과 비교할 때, 샘플 내 모든 단백질의 총 신호를 고려하여 모든 샘플에 대해 보정 계수를 계산하였다.
푸소좀 프로테옴 조성을 모세포 프로테옴 조성과 비교하였다. 하기 표에 제시된 바와 같이, 확인된 단백질의 33% 초과가 푸소좀에 존재하고, 확인된 단백질 중에서, 수준이 모세포에서 상응하는 단백질 수준의 25% 초과인 경우, 푸소좀과 모세포 사이의 유사한 프로테옴 조성이 관찰되었다.
실시예 88: 푸소좀당 내인성 또는 합성 단백질 수준의 정량화
본 실시예는 푸소좀당 내인성 또는 합성 단백질 카고의 정량화를 설명한다. 푸소좀은, 일부 예에서, 내인성 또는 합성 단백질 카고를 포함한다. 본 실시예에 기재된 푸소좀 또는 모세포를, 내인성 단백질의 발현을 변경시키거나, 치료적 또는 신규한 세포 기능을 매개하는 합성 카고를 발현하도록 조작하였다.
GFP를 발현하는 푸소좀과 모세포는 실시예 67 및 실시예 86의 방법에 따라 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 푸소좀 내 GFP의 정량화는 상업적으로 입수 가능한 ELISA 키트(ab171581 Abcam Cambridge, United Kingdom)를 사용하여 제조업체의 설명서에 따라 달성하였다. 푸소좀 정량화는 NanoSight NS300(Malvern Instruments, Malvern, Worcestershire, United Kingdom)을 사용하여 나노입자 추적 분석(Nanoparticle Tracking Analysis)에 따라 수행하였다. 결과는 하기 표에 제시되어 있다.
푸소좀은 푸소좀당 적어도 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 10개, 20개, 50개, 100개(또는 그 이상)의 단백질 작용제 분자를 가질 수 있다고 고려된다. 일 구현예에서, 푸소좀은 푸소좀당 166개의 단백질 작용제 분자를 가질 것이다.
실시예 89: 푸소좀 내 엑소좀 단백질 마커의 측정
본 검정은 엑소좀의 특정 마커로 공지된 단백질 비율의 정량화를 설명한다.
푸소좀은 실시예 67 및 실시예 86의 방법에 따라 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 엑소좀은, 모세포를 VSV-G 또는 GFP로 트랜스펙션시키지 않은 것을 제외하고는, 실시예 67 및 실시예 86의 방법에 따라 푸소좀에 대해 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 푸소좀 및 엑소좀에 대한 질량분석법에 의한 단백질 정량화는 실시예 35에 본원에 기재된 바와 같이 수행하였다.
수득된 단백질 정량화 데이터를 분석하여, 공지된 엑소좀 마커 CD63의 단백질 수준과 비율을 결정하였다. 질량분석법으로 얻은 강도 값에 1을 더하고, log10으로 변환시키고, 반복에 걸친 평균을 계산하여, 군당 평균 로그 강도를 계산하였다. 결과는 도 16에 제시되어 있다.
실시예 90: 푸소좀 내 칼넥신 측정
본 검정은 푸소좀 내 칼넥신(CNX)의 수준과, 모세포와 비교한 푸소좀 내 CNX의 상대 수준의 정량화를 설명한다.
푸소좀과 모세포는 실시예 67 및 실시예 86에 기재된 바와 같이 제조하였다. 실시예 35의 방법에 따라 수행되는 질량분석법을 사용하여 칼넥신과 총 단백질을 측정하였다. 모세포 및 푸소좀에 대해 결정된 칼넥신 신호 강도는 도 17에 제시되어 있다.
구현예에서, 이러한 검정을 사용하면, 푸소좀 CNX의 평균 분획 함량(실시예 35에 본원에 기재된 바와 같이 측정됨)은 2.43 x 10-4 미만일 것이다.
일 구현예에서, 모세포에서 제제로의 총 단백질당 칼넥신의 감소(ng/μg)는 88% 초과일 것이다.
실시예 91: 푸소좀 내 지질 대 DNA 비
본 실시예는 모세포와 비교하여 푸소좀 내 지질 대 DNA의 정량화를 설명한다. 일 구현예에서, 푸소좀은 모세포와 비교하여 더 큰 지질 대 DNA의 비를 가질 것이다. 푸소좀은 실시예 67 및 실시예 86에 상기 기재된 바와 같이 제조하였다.
이러한 비는 실시예 40에 개괄된 지질 함량으로 정의되고, 핵산 함량은 실시예 41에 기재된 바와 같이 결정하였다. 도 18 및 하기 표에 제시된 바와 같이, 푸소좀은 모세포보다 더 큰 지질:DNA 비를 나타내는 것으로 확인되었다.
실시예 92: 푸소좀 상의 표면 마커 분석
본 검정은 푸소좀 상의 표면 마커 식별을 설명한다.
푸소좀은 실시예 67 및 실시예 86에 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 실시예 67 및 실시예 86에 본원에 기재된 바와 같이 질량분석법에 따라 포스파티딜세린을 측정하였다. 푸소좀 내 총 지질에 대한 포스파티딜세린의 양은, 하기 표에 제시된 바와 같이, 모세포 내 총 지질에 대한 포스파티딜세린의 양보다 121% 더 큰 것으로 결정되었다.
실시예 93: 푸소좀 내 바이러스 캡시드 단백질의 분석
본 실시예에서, 샘플 제제의 구성을 분석하고, 바이러스 캡시드 공급원에서 유도된 단백질의 비율을 평가하였다.
푸소좀은 실시예 67 및 실시예 86의 방법에 따라 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 푸소좀에 대한 질량분석법에 의한 단백질 정량화는 실시예 35에 본원에 기재된 바와 같이 수행하였다. 바이러스 캡시드 단백질의 분획 함량을 실시예 35에 본원에 기재된 바와 같이 계산하고, 푸소좀 샘플에 걸쳐 평균을 내고, %로 표현하였다.
이러한 접근법을 사용하여, 하기 표에 제시된 바와 같이, 샘플이 바이러스 캡시드 단백질을 0.05% 함유하는 것으로 확인되었다. 검출된 유일한 바이러스 캡시드 단백질은 토끼 내인성 렌티바이러스(RELIK) 캡시드와 시클로필린 A의 복합체(PDB 2XGY|B)였다.
실시예 94: 푸소좀 내 푸소겐성 단백질 비의 정량화
본 실시예는 푸소겐 단백질 대 총 단백질 또는 푸소좀 내 다른 관심 단백질의 비의 정량화를 설명한다. 다른 관심 단백질에는, 비제한적으로, EGFP, CD63, ARRDC1, GAPDH, 칼넥신(CNX) 및 TSG101이 포함된다. 푸소좀은 실시예 67 및 실시예 86의 방법에 따라 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 푸소좀에 대한 질량분석법에 의한 단백질 정량화는 실시예 35에 본원에 기재된 바와 같이 수행하였다. 모든 단백질의 정량화를 실시예 35에 본원에 기재된 바와 같이 계산하고, 푸소좀 샘플에 걸쳐 평균을 내고, 분율로 표현하였다.
하기 표에 제시된 바와 같이, 푸소겐은 EGFP에 대한 비 156.9, CD63에 대한 비 2912.0, ARRDC1에 대한 비 664.9, GAPDH에 대한 비 69.0, CNX에 대한 비 558.4, 및 TSG101에 대한 비 3064.1을 갖는 것으로 확인되었다.
실시예 95: 푸소좀 내 내인성 및 합성 단백질 비의 정량화
본 실시예는 총 단백질 또는 푸소좀 내 다른 관심 단백질에 대한 내인성 또는 합성 단백질 카고의 정량화를 설명한다. 다른 관심 단백질에는, 비제한적으로, VSV-G, CD63, ARRDC1, GAPDH, 칼넥신(CNX) 또는 TSG101이 포함된다. 푸소좀은 실시예 67 및 실시예 86의 방법에 따라 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 푸소좀에 대한 질량분석법에 의한 단백질 정량화는 실시예 35에 본원에 기재된 바와 같이 수행하였다. 모든 단백질의 정량화를 실시예 35에 본원에 기재된 바와 같이 계산하고, 푸소좀 샘플에 걸쳐 평균을 내고, 분율로 표현하였다.
하기 표에 제시된 바와 같이, 합성 단백질 카고는 VSV-G에 대한 비 6.37 x 10-3, CD63에 대한 비 18.6, ARRDC1에 대한 비 4.24, GAPDH에 대한 비 0.44, CNX에 대한 비 3.56, 및 TSG101에 대한 비 19.52를 갖는 것으로 확인되었다.
실시예 96: 푸소좀 내 강화된 지질 조성
본 실시예는 푸소좀, 모세포 및 엑소좀의 지질 조성의 정량화를 설명한다. 푸소좀의 지질 조성은 이들이 유도된 세포에 비해 특정 지질이 강화 및/또는 고갈될 수 있다고 고려된다. 지질 조성은 크기, 정전기 상호작용 및 콜로이드 거동과 같은 푸소좀과 세포의 중요한 생물리학적 매개변수에 영향을 미친다.
지질 조성은 실시예 67 및 실시예 86에 기재된 바와 같이 측정하였다. 10 cm 디쉬에서 VSV-G와 GFP의 일시적 트랜스펙션 후, 트랜스펙션 48시간 후 조건화된 배지의 여과 및 초원심분리를 통해 푸소좀을 수득하여, 본원에 기재된 바와 같이 푸소좀을 제조하였다. 트랜스펙션된 세포를 조건화된 배지와 동시에 채취하고, 분석을 위해 제공하였다. 엑소좀은, 모세포를 VSV-G 또는 GFP로 트랜스펙션시키지 않은 것을 제외하고는, 푸소좀에 대해 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다.
푸소좀, 엑소좀 및 모세포에 대한 지질 조성은 도 19a 및 도 19b에 제시되어 있다. 모세포와 비교하여, 푸소좀은 콜레스테릴 에스테르, 유리 콜레스테롤, 에테르 결합된 리소포스파티딜에탄올아민, 리소포스파티딜세린, 포스파티데이트, 에테르 결합된 포스파티딜에탄올아민, 포스파티딜세린 및 스핑고미엘린이 강화되었다. 모세포와 비교하여, 푸소좀은 세라미드, 카르디오리핀, 리소포스파티딜콜린, 리소포스파티딜에탄올아민, 리소포스파티딜글리세롤, 리소포스파티딜이노시톨, 에테르 결합된 포스파티딜콜린, 포스파티딜에탄올아민, 포스파티딜글리세롤, 포스파티딜이노시톨 및 트리아실글리세롤이 고갈되었다. 엑소좀과 비교하여, 푸소좀은 콜레스테릴 에스테르, 세라미드, 디아실글리세롤, 리소포스파티데이트 및 포스파티딜에탄올아민, 트리아실글리세롤이 강화되었다. 엑소좀과 비교하여, 푸소좀은 유리 콜레스테롤, 헥소실세라미드, 리소포스파티딜콜린, 에테르 결합된 리소포스파티딜콜린, 리소포스파티딜에탄올아민, 에테르 결합된 리소포스파티딜에탄올아민 및 리소포스파티딜세린이 고갈되었다.
실시예 97: 푸소좀의 구획 특이적 프로테옴 함량 측정
본 실시예는 푸소좀, 푸소좀 모세포 및 엑소좀 내 특정 세포 구획에서 유도된 것으로 공지된 단백질 비율의 정량화를 설명한다.
푸소좀과 모세포는 실시예 67 및 실시예 86의 방법에 따라 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 엑소좀은, 모세포를 VSV-G 또는 GFP로 트랜스펙션시키지 않은 것을 제외하고는, 실시예 67 및 실시예 86의 방법에 따라 푸소좀에 대해 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 푸소좀 및 엑소좀에 대한 질량분석법에 의한 단백질 정량화는 실시예 35에 본원에 기재된 바와 같이 수행하였다. 수득된 단백질 정량화 데이터를 분석하여, 증거 코드 IDA(직접 검정에 의해 추론됨)와 함께 유전자 온톨로지 세포 구획(Gene Ontology Cellular Compartment) 주석 용어(엑소좀: GO:0070062, 소포체: GO:0005783, ribosome: GO:0005840, GO:0022625, GO:0022626, GO:0022627, GO:0044391, GO:0042788, GO:0000313)로 주석이 달린 바와 같이 공지된 엑소좀, 소포체, 리보솜, 핵 및 미토콘드리아 단백질의 단백질 수준 및 비율을 결정하였다. 푸소좀 샘플, 엑소좀 샘플 및 모세포에 대해, 각각의 샘플 내 총 단백질에 대한 구획 특이적 단백질의 분율을 결정하였다.
도 20에 제시된 바와 같이, 푸소좀은 모세포 및 엑소좀과 비교하여 소포체 단백질이 고갈된 것으로 확인되었다. 푸소좀은 또한 엑소좀과 비교하여 엑소좀 단백질이 고갈된 것으로 확인되었다. 푸소좀은 모세포와 비교하여 미토콘드리아 단백질이 고갈되었다. 푸소좀은 모세포와 비교하여 핵 단백질이 강화되었다. 푸소좀은 모세포 및 엑소좀과 비교하여 리보솜 단백질이 강화되었다.
실시예 98: 푸소좀 내 TSG101 및 ARRDC1 함량 측정
본 실시예는 세포에서 방출된 푸소좀에서 중요한 것으로 공지된 단백질 비율의 정량화를 설명한다.
푸소좀과 모세포는 실시예 67 및 실시예 86의 방법에 따라 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 엑소좀은, 모세포를 VSV-G 또는 GFP로 트랜스펙션시키지 않은 것을 제외하고는, 실시예 67 및 실시예 86의 방법에 따라 푸소좀에 대해 본원에 기재된 바와 같이 제조하였다. 푸소좀 및 엑소좀에 대한 질량분석법에 의한 단백질 정량화는 실시예 35에 본원에 기재된 바와 같이 수행하였다. 수득된 단백질 정량화 데이터를 분석하여, 단백질 TSG101 및 ARRDC1의 단백질 수준과 비율을 결정하였다. 질량분석법으로 얻은 강도 값에 1을 더하고, log10으로 변환시키고, 반복에 걸친 평균을 계산하여, 군당 평균 로그 강도를 계산하였다. 엑소좀 또는 모세포에 대한 푸소좀 TSG101 또는 ARRDC1의 총 단백질 함량의 백분율을, 각각의 샘플에 대한 TSG101 또는 ARRDC1의 평균 로그 강도로 결정하고, 동일한 샘플 내 모든 단백질의 강도의 합으로 나누고, 반복에 대해 평균을 내고, %로 표현하였다.
도 21에 제시된 바와 같이, ARRDC1은 푸소좀 내 총 단백질 함량의 백분율을 모세포 또는 엑소좀에 비해 더 큰 수준으로 나타내는 것으로 확인되었다. 총 단백질 함량의 백분율로서의 ARRDC1의 수준은 푸소좀에서 적어도 0.02%였다. TSG101은 푸소좀 내 총 단백질 함량의 백분율을 모세포 또는 엑소좀보다 더 큰 수준으로 나타내는 것으로 확인되었다. 총 단백질 함량의 백분율로서의 TSG101의 수준은 푸소좀에서 적어도 0.004%였다.
실시예 99: 다회투여 후 푸소좀의 혈청 불활성화 측정
본 실시예는 푸소좀의 다회투여 후 시험관내 전달 검정을 사용한 푸소좀의 혈청 불활성화의 정량화를 설명한다. 변형된, 예를 들어 본원에 기재된 방법에 의해 변형된 푸소좀은, 변형된 푸소좀의 다회(예를 들어, 1회 초과, 예를 들어 2회 이상) 투여 후 감소된(예를 들어, 변형되지 않은 푸소좀의 투여와 비교하여 감소된) 혈청 불활성화를 나타낼 수 있다고 고려된다. 일부 예에서, 본원에 기재된 푸소좀은 다회투여 후 혈청에 의해 불활성화되지 않을 것이다.
푸소좀에 대한 면역원성의 척도는 혈청 불활성화이다. 일 구현예에서, 푸소좀의 반복된 주사는 항-푸소좀 항체, 예를 들어 푸소좀을 인식하는 항체의 발달을 유도할 수 있다. 일 구현예에서, 푸소좀을 인식하는 항체는 푸소좀 활성 또는 수명을 제한하고, 보체 분해를 매개할 수 있는 방식으로 결합할 수 있다.
본 실시예에서, 푸소좀의 1회 이상의 투여 후 혈청 불활성화를 조사하였다. 푸소좀은 이전 실시예 중 어느 하나에 따라 생성하였다. 본 실시예에서, HLA-G의 렌티바이러스 매개 발현으로 변형된 HEK293 세포(이하 HEK293-HLA-G), 및 빈 벡터의 렌티바이러스 매개 발현으로 변형된 HEK293 세포(이하 HEK293)에서 푸소좀을 생성하였다. 일부 구현예에서, 다른 면역조절 단백질을 발현하는 세포에서 푸소좀을 유도하였다.
혈청을 다음과 같은 상이한 코호트에서 추출하였다: 비히클( 푸소좀 나이브 군), HEK293-HLA-G 푸소좀 또는 HEK293을 1회, 2회, 3회, 5회, 10회 전신 및/또는 국소 주사한 마우스. 마우스에서 신선한 전혈을 채취하고, 수 시간 동안 완전히 응고시켜, 혈청을 채취하였다. 혈전을 원심분리로 펠릿화하고, 혈청 상청액을 제거하였다. 음성 대조군은 열 불활성화 마우스 혈청이었다. 음성 대조군 샘플을 56℃에서 1시간 동안 가열하였다. 혈청은 분취량으로 동결시킬 수 있다.
수용체 집단의 세포의 50%가 푸소좀 내 페이로드를 수용하는 용량에 대해 푸소좀을 시험하였다. 푸소좀은 본원에 기재된 임의의 다른 실시예를 통해 생성할 수 있으며, 본원에 기재된 임의의 페이로드를 함유할 수 있다. 수용세포로의 페이로드의 푸소좀 전달을 검정하기 위한 다수의 방법이 또한 본원에 기재되어 있다. 이러한 특정 실시예에서, 페이로드는 Cre 단백질이고, 수용세포는 CMV 프로모터 하에서 "LoxP-GFP-stop-LoxP-RFP" 카세트를 안정적으로 발현하는 RPMI8226 세포이며, 이는 Cre에 의한 재조합 시, GFP에서 RFP 발현으로 전환하여, 융합 및 Cre를 전달의 마커로서 나타낸다. 수용세포의 50%가 RFP 양성으로 확인된 용량을 추가 실험에 사용하였다. 다른 구현예에서, 수용세포의 50%가 페이로드를 수용하는 것으로 확인된 용량을 추가 시험에 사용하였다.
푸소좀의 혈청 불활성화를 평가하기 위해, 푸소좀을 정상 또는 열 불활성화된 혈청(또는 무혈청 대조군과 같이 10% 열 불활성화된 FBS가 함유된 배지)으로 1:5로 희석하고, 혼합물을 37℃에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 추가의 1:5 희석을 위해 반응액에 배지를 첨가한 후, 1:10 비로 2회 연속 희석하였다. 이러한 단계 후, 푸소좀은 수용세포의 50%가 페이로드를 수용한(예를 들어, RFP 양성인) 이전에 확인된 용량으로 존재해야 한다. 수용세포의 50%가 페이로드를 수용하는 것으로 확인된 용량은 푸소좀에 걸쳐 유사할 수 있다고 고려된다.
이어서, 혈청에 노출된 푸소좀을 수용세포와 함께 인큐베이션하였다. 페이로드를 수용해서 RFP 양성인 세포의 %를 계산하였다. 페이로드를 수용하는 세포의 %는 HEK293-HLA-G 푸소좀으로 처리된 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 푸소좀 샘플과, 상기 마우스로부터의 열 불활성화된 혈청과 함께 인큐베이션된 푸소좀 샘플 사이에서 상이하지 않을 것이며, 이는 푸소좀의 혈청 불활성화 또는 후천성 면역 반응이 존재하지 않음을 나타낸다. 페이로드를 수용하는 세포의 %는 HEK293-HLA-G 푸소좀으로 1회, 2회, 3회, 5회 또는 10회 처리된 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 푸소좀 샘플 사이에서 상이하지 않을 것이며, 이는 푸소좀의 혈청 불활성화 또는 후천성 면역 반응이 존재하지 않음을 나타낼 수 있다. 일부 예에서, 페이로드를 수용하는 세포의 %는 비히클로 처리된 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 푸소좀 샘플과, HEK293-HLA-G 푸소좀으로 처리된 마우스로부터의 혈청과 함께 인큐베이션된 푸소좀 샘플 사이에서 상이하지 않을 것이며, 이는 푸소좀의 혈청 불활성화 또는 후천성 면역 반응이 존재하지 않음을 나타낸다. 일부 예에서, 페이로드를 수용하는 세포의 %는 HEK293-HLA-G 푸소좀보다 HEK293에서 유도된 푸소좀의 경우 더 적으며, 이는 HEK293-HLA-G 푸소좀의 혈청 불활성화 또는 후천성 면역 반응이 존재하지 않음을 나타낸다.
실시예 100: 푸소좀의 보체 표적화 측정
본 실시예는 시험관내 검정을 사용한 푸소좀에 대한 보체 활성의 정량화를 설명한다. 본원에 기재된 변형된 푸소좀은 상응하는 변형되지 않은 푸소좀과 비교하여 감소된 보체 활성을 유도할 수 있다고 고려된다.
본 실시예에서, 마우스의 혈청을 푸소좀에 대한 보체 활성에 대해 평가하였다. 본 실시예에서는 모든 보체 경로의 중심 노드인 보체 C3a의 수준을 측정하였다. 특히, 본원에 기재된 방법은 프로토콜을 최적화하여 인간, 래트, 원숭이에게 동일하게 적용 가능하다.
본 실시예에서, 푸소좀은 이전 실시예 중 어느 하나에 따라 생성하였다. 보체 조절 단백질 DAF의 렌티바이러스 매개 발현으로 변형된 HEK293 세포(HEK293-DAF 푸소좀) 또는 상보적 조절 단백질을 발현하지 않는 HEK293 세포(HEK293 푸소좀)에서 푸소좀을 생성하였다. 붕괴촉진인자(DAF, CD55)에 결합하는 단백질, 예를 들어 인자 H(FH) 유사 단백질-1(FHL-1), 예를 들어 C4b-결합 단백질(C4BP), 예를 들어 보체 수용체 1(CD35), 예를 들어 막 보조인자 단백질(MCP, CD46), 예를 들어 프로텍틴(CD59), 예를 들어 전형적 및 대안적 보체 경로 CD/C5 전환효소를 저해하는 단백질, 예를 들어 MAC 어셈블리를 조절하는 단백질과 같은 다른 보체 조절 단백질을 또한 사용할 수 있다.
나이브 마우스, HEK293-DAF 푸소좀을 투여한 마우스 또는 HEK293 푸소좀을 투여한 마우스에서 혈청을 회수하였다. 마우스에서 신선한 전혈을 채취하고, 수 시간 동안 완전히 응고시켜, 혈청을 채취하였다. 혈전을 원심분리로 펠릿화하고, 혈청 상청액을 제거하였다. 음성 대조군은 열 불활성화 마우스 혈청이었다. 음성 대조군 샘플을 56℃에서 1시간 동안 가열하였다. 혈청은 분취량으로 동결시킬 수 있다.
수용체 집단의 세포의 50%가 푸소좀 내 페이로드를 수용하는 용량에 대해 상이한 푸소좀을 시험하였다. 푸소좀은 본원에 기재된 임의의 다른 실시예를 통해 생성할 수 있으며, 본원에 기재된 임의의 페이로드를 함유할 수 있다. 수용세포로의 페이로드의 푸소좀 전달을 검정하기 위한 다수의 방법이 또한 본원에 기재되어 있다. 이러한 특정 실시예에서, 페이로드는 Cre 단백질이고, 수용세포는 CMV 프로모터 하에서 "LoxP-GFP-stop-LoxP-RFP" 카세트를 안정적으로 발현하는 RPMI8226 세포이며, 이는 Cre에 의한 재조합 시, GFP에서 RFP 발현으로 전환하여, 융합 및 Cre를 전달의 마커로서 나타낸다. 수용세포의 50%가 RFP 양성으로 확인된 용량을 추가 실험에 사용하였다. 다른 구현예에서, 수용세포의 50%가 페이로드를 수용하는 것으로 확인된 용량을 추가 시험에 사용하였다. 바람직한 구현예에서, 수용세포의 50%가 페이로드를 수용하는 것으로 확인된 용량은 푸소좀에 걸쳐 유사하다.
수용세포의 50%가 포스페이트 완충 염수(PBS, pH 7.4) 중의 페이로드를 수용하는 푸소좀의 용량에서 시작하여, 푸소좀의 2배 희석액을, 동일한 푸소좀으로 처리한 마우스 또는 나이브 마우스의 혈청과 1:10 희석으로 혼합하고(검정 부피, 20 μl), 37℃에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 샘플을 1:500로 추가로 희석하고, C3a에 대하여 특이적인 효소 결합 면역흡착 검정(ELISA)에 사용하였다. ELISA는 LifeSpan BioSciences Inc 사에서 시판되는 마우스 보체 C3a ELISA 키트 제품 LS-F4210으로, 이는 샘플에서 C3a의 농도를 측정한다. 200 pg/ml의 C3a가 존재하는 푸소좀의 용량을 마우스로부터 단리된 혈청에 걸쳐 비교하였다.
일부 예에서, 200 pg/ml의 C3a가 존재하는 푸소좀의 용량은 HEK293 마우스 혈청과 함께 인큐베이션된 HEK293 푸소좀보다 HEK293 DAF 마우스 혈청과 함께 인큐베이션된 HEK293-DAF 푸소좀에서 더 크며, 이는 보체 활성 표적화 푸소좀이 HEK293-DAF 푸소좀보다 HEK293 푸소좀으로 처리된 마우스에 더 많다는 것을 나타낸다. 일부 예에서, 200 pg/ml의 C3a가 존재하는 푸소좀의 용량은 나이브 마우스 혈청과 함께 인큐베이션된 HEK293 푸소좀보다 나이브 마우스 혈청과 함께 인큐베이션된 HEK293-DAF 푸소좀에서 더 크며, 이는 보체 활성 표적화 푸소좀이 HEK293-DAF 푸소좀보다 HEK293 푸소좀으로 처리된 마우스에 더 많다는 것을 나타낸다.
SEQUENCE LISTING
<110> FLAGSHIP PIONEERING INNOVATIONS V, INC.
<120> FUSOSOME COMPOSITIONS FOR CNS DELIVERY
<130> V2050-7029WO_VL39023-03
<140> Not Yet Assigned
<141> Concurrently Herewith
<150> 62/767,358
<151> 2018-11-14
<150> 62/900,064
<151> 2019-09-13
<160> 162
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 589
<212> PRT
<213> human respiratory syncytal virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion glycoprotein
<400> 1
Met Ile Pro Gln Ala Arg Thr Glu Leu Asn Leu Gly Gln Ile Thr Met
1 5 10 15
Glu Leu Leu Ile His Arg Ser Ser Ala Ile Phe Leu Thr Leu Ala Ile
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Asn Ala Leu Tyr Leu Thr Ser Ser Gln Asn Ile Thr Glu Glu Phe Tyr
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Gln Ser Thr Cys Ser Ala Val Ser Arg Gly Tyr Leu Ser Ala Leu Arg
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Thr Gly Trp Tyr Thr Ser Val Ile Thr Ile Glu Leu Ser Asn Ile Lys
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Glu Leu Asp Lys Tyr Lys Asn Ala Val Thr Glu Leu Gln Leu Leu Met
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Gln Asn Thr Pro Ala Ala Asn Asn Arg Ala Arg Arg Glu Ala Pro Gln
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Tyr Met Asn Tyr Thr Ile Asn Thr Thr Gly Ser Leu Asn Val Ser Ile
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Ser Lys Lys Arg Lys Arg Arg Phe Leu Gly Phe Leu Leu Gly Val Gly
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Ser Ala Ile Ala Ser Gly Ile Ala Val Ser Lys Val Leu His Leu Glu
165 170 175
Gly Glu Val Asn Lys Ile Lys Asn Ala Leu Leu Ser Thr Asn Lys Ala
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Gln Ser Cys Arg Ile Ser Asn Ile Glu Thr Val Ile Glu Phe Gln Gln
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Lys Asn Ser Arg Leu Leu Glu Ile Thr Arg Glu Phe Ser Val Asn Ala
245 250 255
Gly Val Thr Thr Pro Leu Ser Thr Tyr Met Leu Thr Asn Ser Glu Leu
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Cys Thr Thr Asn Ile Lys Glu Gly Ser Asn Ile Cys Leu Thr Arg Thr
340 345 350
Asp Arg Gly Trp Tyr Cys Asp Asn Ala Gly Ser Val Ser Phe Phe Pro
355 360 365
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370 375 380
Met Asn Ser Leu Thr Leu Pro Ser Glu Val Ser Leu Cys Asn Thr Asp
385 390 395 400
Ile Phe Asn Ser Lys Tyr Asp Cys Lys Ile Met Thr Ser Lys Thr Asp
405 410 415
Ile Ser Ser Ser Val Ile Thr Ser Leu Gly Ala Ile Val Ser Cys Tyr
420 425 430
Gly Lys Thr Lys Cys Thr Ala Ser Asn Lys Asn Arg Gly Ile Ile Lys
435 440 445
Thr Phe Ser Asn Gly Cys Asp Tyr Val Ser Asn Lys Gly Val Asp Thr
450 455 460
Val Ser Val Gly Asn Thr Leu Tyr Tyr Val Asn Lys Leu Glu Gly Lys
465 470 475 480
Asn Leu Tyr Val Lys Gly Glu Pro Ile Ile Asn Tyr Tyr Asp Pro Leu
485 490 495
Val Phe Pro Ser Asp Glu Phe Asp Ala Ser Ile Ser Gln Val Asn Glu
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Lys Ile Asn Gln Ser Leu Ala Phe Ile Arg Arg Ser Asp Glu Leu Leu
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His Asn Val Asn Thr Gly Lys Ser Thr Thr Asn Ile Met Ile Thr Ala
530 535 540
Ile Ile Ile Val Ile Ile Val Val Leu Leu Ser Leu Ile Ala Ile Gly
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Leu Leu Leu Tyr Cys Lys Ala Lys Asn Thr Pro Val Thr Leu Ser Lys
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Asp Gln Leu Ser Gly Ile Asn Asn Ile Ala Phe Ser Lys
580 585
<210> 2
<211> 553
<212> PRT
<213> Newcastle disease virus
<220>
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<223> fusion protein
<400> 2
Met Asp Pro Lys Pro Ser Thr Ser Tyr Leu His Ala Phe Pro Leu Ile
1 5 10 15
Phe Val Ala Ile Ser Leu Val Phe Met Ala Gly Arg Ala Ser Ala Leu
20 25 30
Asp Gly Arg Pro Leu Ala Ala Ala Gly Ile Val Val Thr Gly Asp Lys
35 40 45
Ala Val Asn Ile Tyr Thr Ser Ser Gln Thr Gly Thr Ile Ile Ile Lys
50 55 60
Leu Leu Pro Asn Met Pro Lys Asp Lys Glu Gln Cys Ala Lys Ser Pro
65 70 75 80
Leu Asp Ala Tyr Asn Arg Thr Leu Thr Thr Leu Leu Ala Pro Leu Gly
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Asp Ser Ile Arg Arg Ile Gln Glu Ser Val Thr Thr Ser Gly Gly Glu
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Arg Gln Glu Arg Leu Val Gly Ala Ile Ile Gly Gly Val Ala Leu Gly
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Val Ala Thr Ala Ala Gln Ile Thr Ala Ala Ser Ala Leu Ile Gln Ala
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Asn Gln Asn Ala Ala Asn Ile Leu Lys Leu Lys Glu Ser Ile Ala Ala
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Thr Asn Glu Ala Val His Glu Val Thr Ser Gly Leu Ser Gln Leu Ala
165 170 175
Val Ala Val Gly Lys Met Gln Gln Phe Val Asn Asp Gln Phe Asn Lys
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Thr Ala Gln Glu Ile Asp Cys Ile Lys Ile Thr Gln Gln Val Gly Val
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Ile Thr Ser Pro Ala Leu Thr Gln Leu Thr Ile Gln Ala Leu Tyr Asn
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Leu Ala Gly Gly Asn Met Asp Tyr Met Leu Thr Lys Leu Gly Val Gly
245 250 255
Asn Asn Gln Leu Ser Ser Leu Ile Ser Ser Gly Leu Ile Ser Gly Asn
260 265 270
Pro Ile Leu Tyr Asp Ser Gln Thr Gln Leu Leu Gly Ile Gln Val Thr
275 280 285
Leu Pro Ser Val Gly Asn Leu Asn Asn Met Arg Ala Thr Tyr Leu Glu
290 295 300
Thr Leu Ser Val Ser Thr Asn Lys Gly Phe Ala Ser Ala Leu Val Pro
305 310 315 320
Lys Val Val Thr Gln Val Gly Ser Val Ile Glu Glu Leu Asp Thr Ser
325 330 335
Tyr Cys Ile Glu Thr Asp Leu Asp Leu Tyr Cys Thr Arg Ile Val Thr
340 345 350
Phe Pro Met Ser Pro Gly Ile Phe Ser Cys Leu Gly Gly Asn Thr Ser
355 360 365
Ala Cys Met Tyr Ser Lys Thr Glu Gly Ala Leu Thr Thr Pro Tyr Met
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Thr Leu Lys Gly Ser Val Ile Ala Asn Cys Lys Met Thr Thr Cys Arg
385 390 395 400
Cys Ala Asp Pro Pro Gly Ile Ile Ser Gln Asn Tyr Gly Glu Ala Val
405 410 415
Ser Leu Ile Asp Lys Lys Val Cys Asn Ile Leu Thr Leu Asp Gly Ile
420 425 430
Thr Leu Arg Leu Ser Gly Glu Phe Asp Ala Thr Tyr Gln Lys Asn Ile
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Thr Glu Leu Gly Asn Val Asn Asn Ser Ile Ser Asn Ala Leu Asp Lys
465 470 475 480
Leu Glu Glu Ser Asn Ser Lys Leu Asp Lys Val Asn Val Arg Leu Thr
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Gln Lys Ala Gln Gln Lys Thr Leu Leu Trp Leu Gly Asn Asn Thr Leu
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Asp Gln Met Arg Ala Thr Thr Lys Met
545 550
<210> 3
<211> 553
<212> PRT
<213> measels virus strain AIK-C
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 3
Met Ser Ile Met Gly Leu Lys Val Asn Val Ser Ala Ile Phe Met Ala
1 5 10 15
Val Leu Leu Thr Leu Gln Thr Pro Thr Gly Gln Ile His Trp Gly Asn
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Leu Ser Lys Ile Gly Val Val Gly Ile Gly Ser Ala Ser Tyr Lys Val
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Ile Thr Leu Leu Asn Asn Cys Thr Arg Val Glu Ile Ala Glu Tyr Arg
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Arg Leu Leu Arg Thr Val Leu Glu Pro Ile Arg Asp Ala Leu Asn Ala
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His Lys Arg Phe Ala Gly Val Val Leu Ala Gly Ala Ala Leu Gly Val
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Ala Thr Ala Ala Gln Ile Thr Ala Gly Ile Ala Leu His Gln Ser Met
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Leu Asn Ser Gln Ala Ile Asp Asn Leu Arg Ala Ser Leu Glu Thr Thr
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Met Asn Gln Leu Ser Cys Asp Leu Ile Gly Gln Lys Leu Gly Leu Lys
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Leu Leu Arg Tyr Tyr Thr Glu Ile Leu Ser Leu Phe Gly Pro Ser Leu
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Arg Asp Pro Ile Ser Ala Glu Ile Ser Ile Gln Ala Leu Ser Tyr Ala
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Leu Gly Gly Asp Ile Asn Lys Val Leu Glu Lys Leu Gly Tyr Ser Gly
245 250 255
Gly Asp Leu Leu Gly Ile Leu Glu Ser Arg Gly Ile Lys Ala Arg Ile
260 265 270
Thr His Val Asp Thr Glu Ser Tyr Phe Ile Val Leu Ser Ile Ala Tyr
275 280 285
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Val Ser Tyr Asn Ile Gly Ser Gln Glu Trp Tyr Thr Thr Val Pro Lys
305 310 315 320
Tyr Val Ala Thr Gln Gly Tyr Leu Ile Ser Asn Phe Asp Glu Ser Ser
325 330 335
Cys Thr Phe Met Pro Glu Gly Thr Val Cys Ser Gln Asn Ala Leu Tyr
340 345 350
Pro Met Ser Pro Leu Leu Gln Glu Cys Leu Arg Gly Tyr Thr Lys Ser
355 360 365
Cys Ala Arg Thr Leu Val Ser Gly Ser Phe Gly Asn Arg Phe Ile Leu
370 375 380
Ser Gln Gly Asn Leu Ile Ala Asn Cys Ala Ser Ile Leu Cys Lys Cys
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Tyr Thr Thr Gly Thr Ile Ile Asn Gln Asp Pro Asp Lys Ile Leu Thr
405 410 415
Tyr Ile Ala Ala Asp Asn Cys Pro Val Val Glu Val Asn Gly Val Thr
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Ile Gln Val Gly Ser Arg Arg Tyr Pro Asp Ala Val Tyr Leu His Arg
435 440 445
Ile Asp Leu Gly Pro Pro Ile Leu Leu Glu Arg Leu Asp Val Gly Thr
450 455 460
Asn Leu Gly Asn Ala Ile Ala Lys Leu Glu Asp Ala Lys Glu Leu Leu
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Glu Ser Ser Asp Gln Ile Leu Arg Ser Met Lys Gly Leu Ser Ser Thr
485 490 495
Cys Ile Val Tyr Ile Leu Ile Ala Val Cys Leu Gly Gly Leu Ile Gly
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Ile Pro Ala Leu Ile Cys Cys Cys Arg Gly Arg Cys Asn Lys Lys Gly
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Glu Gln Val Gly Met Ser Arg Pro Gly Leu Lys Pro Asp Leu Thr Gly
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Thr Ser Lys Ser Tyr Val Arg Ser Leu
545 550
<210> 4
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<212> PRT
<213> Human metapneumovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion glycoprotein precursor
<400> 4
Met Ser Trp Lys Val Val Ile Ile Phe Ser Leu Leu Ile Thr Pro Gln
1 5 10 15
His Gly Leu Lys Glu Ser Tyr Leu Glu Glu Ser Cys Ser Thr Ile Thr
20 25 30
Glu Gly Tyr Leu Ser Val Leu Arg Thr Gly Trp Tyr Thr Asn Val Phe
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Thr Leu Glu Val Gly Asp Val Glu Asn Leu Thr Cys Ser Asp Gly Pro
50 55 60
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Leu Lys Thr Val Ser Ala Asp Gln Leu Ala Arg Glu Glu Gln Ile Glu
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Ala Thr Ala Ala Ala Val Thr Ala Gly Val Ala Ile Ala Lys Thr Ile
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Asn Glu Ala Val Ser Thr Leu Gly Asn Gly Val Arg Val Leu Ala Thr
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Ala Val Arg Glu Leu Lys Asp Phe Val Ser Lys Asn Leu Thr Arg Ala
165 170 175
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Ala Glu Leu Ala Arg Ala Val Ser Asn Met Pro Thr Ser Ala Gly Gln
225 230 235 240
Ile Lys Leu Met Leu Glu Asn Arg Ala Met Val Arg Arg Lys Gly Phe
245 250 255
Gly Ile Leu Ile Gly Val Tyr Gly Ser Ser Val Ile Tyr Met Val Gln
260 265 270
Leu Pro Ile Phe Gly Val Ile Asp Thr Pro Cys Trp Ile Val Lys Ala
275 280 285
Ala Pro Ser Cys Ser Glu Lys Lys Gly Asn Tyr Ala Cys Leu Leu Arg
290 295 300
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325 330 335
Thr Ala Ala Gly Ile Asn Val Ala Glu Gln Ser Lys Glu Cys Asn Ile
340 345 350
Asn Ile Ser Thr Thr Asn Tyr Pro Cys Lys Val Ser Thr Gly Arg His
355 360 365
Pro Ile Ser Met Val Ala Leu Ser Pro Leu Gly Ala Leu Val Ala Cys
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Tyr Lys Gly Val Ser Cys Ser Ile Gly Ser Asn Arg Val Gly Ile Ile
385 390 395 400
Lys Gln Leu Asn Lys Gly Cys Ser Tyr Ile Thr Asn Gln Asp Ala Asp
405 410 415
Thr Val Thr Ile Asp Asn Thr Val Tyr Gln Leu Ser Lys Val Glu Gly
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Ile Lys Phe Pro Glu Asp Gln Phe Asn Val Ala Leu Asp Gln Val Phe
450 455 460
Glu Asn Ile Glu Asn Ser Gln Ala Leu Val Asp Gln Ser Asn Arg Ile
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485 490 495
Leu Ile Ala Val Leu Gly Ser Ser Met Ile Leu Val Ser Ile Phe Ile
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Gly Val Thr Asn Asn Gly Phe Ile Pro His Ser
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<212> PRT
<213> Bovine parainfluenza virus 3
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 5
Met Ile Ile Ile Val Ile Thr Met Ile Leu Ser Leu Thr Pro Ser Ser
1 5 10 15
Leu Cys Gln Ile Asp Ile Thr Lys Leu Gln Ser Val Gly Val Leu Val
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Asn Ser Pro Lys Gly Ile Lys Ile Ser Gln Asn Phe Glu Thr Arg Tyr
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Pro Leu Tyr Asp Gly Leu Lys Leu Gln Lys Asp Val Ile Val Val Asn
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His Glu Ser His Asn Asn Thr Asn Leu Arg Thr Lys Arg Phe Phe Gly
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Glu Ile Ile Gly Thr Ile Ala Ile Gly Ile Ala Thr Ser Ala Gln Ile
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Thr Ala Ala Val Ala Leu Val Glu Ala Lys Gln Ala Arg Ser Asp Ile
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Asp Lys Leu Lys Glu Ala Ile Lys Asp Thr Asn Lys Ala Val Gln Ser
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Leu Phe Thr Glu Ser Ile Lys Met Arg Val Ile Asp Val Asp Leu Ser
260 265 270
Asp Tyr Ser Ile Thr Leu Gln Val Arg Leu Pro Leu Leu Thr Lys Val
275 280 285
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Gly Lys Glu Trp Tyr Ile Pro Leu Pro His His Ile Met Thr Lys Gly
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<211> 538
<212> PRT
<213> mumps virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 6
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210 215 220
Arg Ser Leu Leu Gly Ser Met Thr Pro Ala Val Val Gln Ala Thr Leu
225 230 235 240
Ser Thr Ser Ile Ser Ala Ala Glu Ile Leu Ser Ala Gly Leu Met Glu
245 250 255
Gly Gln Ile Val Ser Val Leu Leu Asp Glu Met Gln Met Ile Val Lys
260 265 270
Ile Asn Ile Pro Thr Ile Val Thr Gln Ser Asn Ala Leu Val Ile Asp
275 280 285
Phe Tyr Ser Ile Ser Ser Phe Ile Asn Asn Gln Glu Ser Ile Ile Gln
290 295 300
Leu Pro Asp Arg Ile Leu Glu Ile Gly Asn Glu Gln Trp Ser Tyr Pro
305 310 315 320
Ala Lys Asn Cys Lys Leu Thr Arg His His Ile Phe Cys Gln Tyr Asn
325 330 335
Glu Ala Glu Arg Leu Ser Leu Glu Ser Lys Leu Cys Leu Ala Gly Asn
340 345 350
Ile Ser Ala Cys Val Phe Ser Pro Ile Ala Gly Ser Tyr Met Arg Arg
355 360 365
Phe Val Ala Leu Asp Gly Thr Ile Val Ala Asn Cys Arg Ser Leu Thr
370 375 380
Cys Leu Cys Lys Ser Pro Ser Tyr Pro Ile Tyr Gln Pro Asp His His
385 390 395 400
Ala Val Thr Thr Ile Asp Leu Thr Ala Cys Gln Thr Leu Ser Leu Asp
405 410 415
Gly Leu Asp Phe Ser Ile Val Ser Leu Ser Asn Ile Thr Tyr Ala Glu
420 425 430
Asn Leu Thr Ile Ser Leu Ser Gln Thr Ile Asn Thr Gln Pro Ile Asp
435 440 445
Ile Ser Thr Glu Leu Ser Lys Val Asn Ala Ser Leu Gln Asn Ala Val
450 455 460
Lys Tyr Ile Lys Glu Ser Asn His Gln Leu Gln Ser Val Asn Val Asn
465 470 475 480
Ser Lys Ile Gly Ala Ile Ile Val Ala Ala Leu Val Leu Ser Ile Leu
485 490 495
Ser Ile Ile Ile Ser Leu Leu Phe Cys Cys Trp Ala Tyr Val Ala Thr
500 505 510
Lys Glu Ile Arg Arg Ile Asn Phe Lys Thr Asn His Ile Asn Thr Ile
515 520 525
Ser Ser Ser Val Asp Asp Leu Ile Arg Tyr
530 535
<210> 7
<211> 671
<212> PRT
<213> canine distemper virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 7
Met Asn Pro His Glu Gln Thr Ile Pro Met His Glu Lys Ile Pro Lys
1 5 10 15
Arg Ser Lys Thr Gln Thr His Thr Gln Gln Asp Leu Pro Gln Gln His
20 25 30
Ser Thr Lys Ser Ala Glu Ser Lys Thr Ser Arg Ala Arg His Ser Ile
35 40 45
Thr Ser Ala Gln Arg Ser Thr His Tyr Asp Pro Arg Thr Ala Asp Trp
50 55 60
Pro Asp Tyr Tyr Ile Met Lys Arg Thr Arg Ser Cys Lys Gln Ala Ser
65 70 75 80
Tyr Arg Ser Asp Asn Ile Pro Ala His Gly Asp His Asp Gly Ile Ile
85 90 95
His His Thr Pro Glu Ser Val Ser Gln Gly Ala Lys Ser Arg Leu Lys
100 105 110
Met Gly Gln Ser Asn Ala Val Lys Ser Gly Ser Gln Cys Thr Trp Leu
115 120 125
Val Leu Trp Cys Ile Gly Val Ala Ser Leu Phe Leu Cys Ser Lys Ala
130 135 140
Gln Ile His Trp Asn Asn Leu Ser Thr Ile Gly Ile Ile Gly Thr Asp
145 150 155 160
Ser Val His Tyr Lys Ile Met Thr Arg Pro Ser His Gln Tyr Leu Val
165 170 175
Ile Lys Leu Met Pro Asn Val Ser Leu Ile Asp Asn Cys Thr Lys Ala
180 185 190
Glu Leu Asp Glu Tyr Glu Lys Leu Leu Ser Ser Ile Leu Glu Pro Ile
195 200 205
Asn Gln Ala Leu Thr Leu Met Thr Lys Asn Val Lys Pro Leu Gln Ser
210 215 220
Val Gly Ser Gly Arg Arg Gln Arg Arg Phe Ala Gly Val Val Leu Ala
225 230 235 240
Gly Ala Ala Leu Gly Val Ala Thr Ala Ala Gln Ile Thr Ala Gly Ile
245 250 255
Ala Leu His Gln Ser Asn Leu Asn Ala Gln Ala Ile Gln Ser Leu Arg
260 265 270
Thr Ser Leu Glu Gln Ser Asn Lys Ala Ile Glu Glu Ile Arg Glu Ala
275 280 285
Thr Gln Glu Thr Val Ile Ala Val Gln Gly Val Gln Asp Tyr Val Asn
290 295 300
Asn Glu Leu Val Pro Ala Met Gln His Met Ser Cys Glu Leu Val Gly
305 310 315 320
Gln Arg Leu Gly Leu Lys Leu Leu Arg Tyr Tyr Thr Glu Leu Leu Ser
325 330 335
Ile Phe Gly Pro Ser Leu Arg Asp Pro Ile Ser Ala Glu Ile Ser Ile
340 345 350
Gln Ala Leu Ser Tyr Ala Leu Gly Gly Glu Ile His Lys Ile Leu Glu
355 360 365
Lys Leu Gly Tyr Ser Gly Asn Asp Met Ile Ala Ile Leu Glu Ser Arg
370 375 380
Gly Ile Lys Thr Lys Ile Thr His Val Asp Leu Pro Gly Lys Phe Ile
385 390 395 400
Ile Leu Ser Val Ser Tyr Pro Thr Leu Ser Glu Val Lys Gly Val Ile
405 410 415
Val His Arg Leu Glu Ala Val Ser Tyr Asn Ile Gly Ser Gln Glu Trp
420 425 430
Tyr Thr Thr Val Pro Arg Tyr Val Ala Thr Asn Gly Tyr Leu Ile Ser
435 440 445
Asn Phe Asp Glu Ser Ser Cys Val Phe Val Ser Glu Ser Ala Ile Cys
450 455 460
Ser Gln Asn Ser Leu Tyr Pro Met Ser Pro Leu Leu Gln Gln Cys Ile
465 470 475 480
Arg Gly Asp Thr Ser Ser Cys Ala Arg Thr Leu Val Ser Gly Thr Met
485 490 495
Gly Asn Lys Phe Ile Leu Ser Lys Gly Asn Ile Val Ala Asn Cys Ala
500 505 510
Ser Ile Leu Cys Lys Cys Tyr Ser Thr Ser Thr Ile Ile Asn Gln Ser
515 520 525
Pro Asp Lys Leu Leu Thr Phe Ile Ala Ser Asp Thr Cys Pro Leu Val
530 535 540
Glu Ile Asp Gly Val Thr Ile Gln Val Gly Ser Arg Gln Tyr Pro Asp
545 550 555 560
Met Val Tyr Glu Ser Lys Val Ala Leu Gly Pro Ala Ile Ser Leu Glu
565 570 575
Arg Leu Asp Val Gly Thr Asn Leu Gly Asn Ala Leu Lys Lys Leu Asp
580 585 590
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Arg Arg Ser Ser Phe Asn Phe Gly Ser Leu Leu Ser Val Pro Ile Leu
610 615 620
Ser Cys Thr Ala Leu Ala Leu Leu Leu Leu Ile Cys Cys Cys Lys Arg
625 630 635 640
Arg Tyr Gln Gln Thr His Lys Gln Asn Thr Lys Val Asp Pro Thr Phe
645 650 655
Lys Pro Asp Leu Thr Gly Thr Ser Arg Ser Tyr Val Arg Ser Leu
660 665 670
<210> 8
<211> 546
<212> PRT
<213> Peste-des-petits-ruminants virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 8
Met Thr Arg Val Ala Ile Leu Thr Phe Leu Phe Leu Phe Pro Asn Ala
1 5 10 15
Val Ala Cys Gln Ile His Trp Gly Asn Leu Ser Lys Ile Gly Ile Val
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Gly Thr Gly Ser Ala Ser Tyr Lys Val Met Thr Arg Pro Ser His Gln
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50 55 60
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115 120 125
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130 135 140
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145 150 155 160
Arg Leu Ala Asn Lys Glu Thr Ile Leu Ala Val Gln Gly Val Gln Asp
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210 215 220
Ile Ser Ile Gln Ala Leu Ser Tyr Ala Leu Gly Gly Asp Ile Asn Arg
225 230 235 240
Ile Leu Asp Lys Leu Gly Tyr Ser Gly Gly Asp Phe Leu Ala Ile Leu
245 250 255
Glu Ser Lys Gly Ile Lys Ala Arg Val Thr Tyr Val Asp Thr Arg Asp
260 265 270
Tyr Phe Ile Ile Leu Ser Ile Ala Tyr Pro Thr Leu Ser Glu Ile Lys
275 280 285
Gly Val Ile Val His Lys Ile Glu Ala Ile Thr Tyr Asn Ile Gly Ala
290 295 300
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305 310 315 320
Leu Ile Ser Asn Phe Asp Glu Thr Ser Cys Val Phe Thr Pro Asp Gly
325 330 335
Thr Val Cys Ser Gln Asn Ala Leu Tyr Pro Met Ser Pro Leu Leu Gln
340 345 350
Glu Cys Phe Gln Gly Ser Thr Lys Ser Cys Ala Arg Thr Leu Val Ser
355 360 365
Gly Thr Ile Ser Asn Arg Phe Ile Leu Ser Lys Gly Asn Leu Ile Ala
370 375 380
Asn Cys Ala Ser Val Leu Cys Lys Cys Tyr Thr Thr Glu Thr Val Ile
385 390 395 400
Ser Gln Asp Pro Asp Lys Leu Leu Thr Val Val Ala Ser Asp Lys Cys
405 410 415
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435 440 445
Ser Leu Glu Lys Leu Asp Val Gly Thr Asn Leu Gly Asn Ala Val Thr
450 455 460
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Pro Gly Leu Lys Pro Asp Leu Thr Gly Thr Ser Lys Ser Tyr Val Arg
530 535 540
Ser Leu
545
<210> 9
<211> 546
<212> PRT
<213> Hendra virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 9
Met Ala Thr Gln Glu Val Arg Leu Lys Cys Leu Leu Cys Gly Ile Ile
1 5 10 15
Val Leu Val Leu Ser Leu Glu Gly Leu Gly Ile Leu His Tyr Glu Lys
20 25 30
Leu Ser Lys Ile Gly Leu Val Lys Gly Ile Thr Arg Lys Tyr Lys Ile
35 40 45
Lys Ser Asn Pro Leu Thr Lys Asp Ile Val Ile Lys Met Ile Pro Asn
50 55 60
Val Ser Asn Val Ser Lys Cys Thr Gly Thr Val Met Glu Asn Tyr Lys
65 70 75 80
Ser Arg Leu Thr Gly Ile Leu Ser Pro Ile Lys Gly Ala Ile Glu Leu
85 90 95
Tyr Asn Asn Asn Thr His Asp Leu Val Gly Asp Val Lys Leu Ala Gly
100 105 110
Val Val Met Ala Gly Ile Ala Ile Gly Ile Ala Thr Ala Ala Gln Ile
115 120 125
Thr Ala Gly Val Ala Leu Tyr Glu Ala Met Lys Asn Ala Asp Asn Ile
130 135 140
Asn Lys Leu Lys Ser Ser Ile Glu Ser Thr Asn Glu Ala Val Val Lys
145 150 155 160
Leu Gln Glu Thr Ala Glu Lys Thr Val Tyr Val Leu Thr Ala Leu Gln
165 170 175
Asp Tyr Ile Asn Thr Asn Leu Val Pro Thr Ile Asp Gln Ile Ser Cys
180 185 190
Lys Gln Thr Glu Leu Ala Leu Asp Leu Ala Leu Ser Lys Tyr Leu Ser
195 200 205
Asp Leu Leu Phe Val Phe Gly Pro Asn Leu Gln Asp Pro Val Ser Asn
210 215 220
Ser Met Thr Ile Gln Ala Ile Ser Gln Ala Phe Gly Gly Asn Tyr Glu
225 230 235 240
Thr Leu Leu Arg Thr Leu Gly Tyr Ala Thr Glu Asp Phe Asp Asp Leu
245 250 255
Leu Glu Ser Asp Ser Ile Ala Gly Gln Ile Val Tyr Val Asp Leu Ser
260 265 270
Ser Tyr Tyr Ile Ile Val Arg Val Tyr Phe Pro Ile Leu Thr Glu Ile
275 280 285
Gln Gln Ala Tyr Val Gln Glu Leu Leu Pro Val Ser Phe Asn Asn Asp
290 295 300
Asn Ser Glu Trp Ile Ser Ile Val Pro Asn Phe Val Leu Ile Arg Asn
305 310 315 320
Thr Leu Ile Ser Asn Ile Glu Val Lys Tyr Cys Leu Ile Thr Lys Lys
325 330 335
Ser Val Ile Cys Asn Gln Asp Tyr Ala Thr Pro Met Thr Ala Ser Val
340 345 350
Arg Glu Cys Leu Thr Gly Ser Thr Asp Lys Cys Pro Arg Glu Leu Val
355 360 365
Val Ser Ser His Val Pro Arg Phe Ala Leu Ser Gly Gly Val Leu Phe
370 375 380
Ala Asn Cys Ile Ser Val Thr Cys Gln Cys Gln Thr Thr Gly Arg Ala
385 390 395 400
Ile Ser Gln Ser Gly Glu Gln Thr Leu Leu Met Ile Asp Asn Thr Thr
405 410 415
Cys Thr Thr Val Val Leu Gly Asn Ile Ile Ile Ser Leu Gly Lys Tyr
420 425 430
Leu Gly Ser Ile Asn Tyr Asn Ser Glu Ser Ile Ala Val Gly Pro Pro
435 440 445
Val Tyr Thr Asp Lys Val Asp Ile Ser Ser Gln Ile Ser Ser Met Asn
450 455 460
Gln Ser Leu Gln Gln Ser Lys Asp Tyr Ile Lys Glu Ala Gln Lys Ile
465 470 475 480
Leu Asp Thr Val Asn Pro Ser Leu Ile Ser Met Leu Ser Met Ile Ile
485 490 495
Leu Tyr Val Leu Ser Ile Ala Ala Leu Cys Ile Gly Leu Ile Thr Phe
500 505 510
Ile Ser Phe Val Ile Val Glu Lys Lys Arg Gly Asn Tyr Ser Arg Leu
515 520 525
Asp Asp Arg Gln Val Arg Pro Val Ser Asn Gly Asp Leu Tyr Tyr Ile
530 535 540
Gly Thr
545
<210> 10
<211> 565
<212> PRT
<213> Sendai virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 10
Met Ala Thr Tyr Ile Gln Arg Val Gln Cys Ile Ser Ala Leu Leu Ser
1 5 10 15
Val Val Leu Thr Thr Leu Val Ser Cys Gln Ile Pro Arg Asp Arg Leu
20 25 30
Ser Asn Ile Gly Val Ile Val Asp Glu Gly Lys Ser Leu Lys Ile Ala
35 40 45
Gly Ser His Glu Ser Arg Tyr Ile Val Leu Ser Leu Val Pro Gly Ile
50 55 60
Asp Leu Glu Asn Gly Cys Gly Thr Ala Gln Val Ile Gln Tyr Lys Ser
65 70 75 80
Leu Leu Asn Arg Leu Leu Ile Pro Leu Arg Asp Ala Leu Asp Leu Gln
85 90 95
Glu Ala Leu Ile Thr Val Thr Asn Asp Thr Met Thr Gly Ala Asp Val
100 105 110
Pro Gln Ser Arg Phe Phe Gly Ala Val Ile Gly Thr Ile Ala Leu Gly
115 120 125
Val Ala Thr Ser Ala Gln Ile Thr Ala Gly Ile Ala Leu Ala Glu Ala
130 135 140
Arg Glu Ala Lys Arg Asp Ile Ala Leu Ile Lys Glu Ser Met Thr Lys
145 150 155 160
Thr His Lys Ser Ile Glu Leu Leu Gln Asn Ala Val Gly Glu Gln Ile
165 170 175
Leu Ala Leu Lys Thr Leu Gln Asp Phe Val Asn Asp Glu Ile Lys Pro
180 185 190
Ala Ile Ser Glu Leu Gly Cys Glu Thr Ala Ala Leu Arg Leu Gly Ile
195 200 205
Lys Leu Thr Gln His Tyr Ser Glu Leu Leu Thr Ala Phe Gly Ser Asn
210 215 220
Phe Gly Thr Ile Gly Glu Lys Ser Leu Thr Leu Gln Ala Leu Ser Ser
225 230 235 240
Leu Tyr Ser Ala Asn Ile Thr Glu Ile Met Thr Thr Ile Arg Thr Gly
245 250 255
Gln Ser Asn Ile Tyr Asp Val Ile Tyr Thr Glu Gln Ile Lys Gly Thr
260 265 270
Val Ile Asp Val Asp Leu Glu Arg Tyr Met Val Thr Leu Ser Val Lys
275 280 285
Ile Pro Ile Leu Ser Glu Val Pro Gly Val Leu Ile His Lys Ala Ser
290 295 300
Ser Ile Ser Tyr Asn Ile Asp Gly Glu Glu Trp Tyr Val Thr Val Pro
305 310 315 320
Ser His Ile Leu Ser Arg Ala Ser Phe Leu Gly Gly Ala Asn Ile Ala
325 330 335
Asp Cys Val Glu Ser Arg Leu Thr Tyr Ile Cys Pro Arg Asp Pro Ala
340 345 350
Gln Leu Ile Pro Asp Ser Gln Gln Lys Cys Ile Leu Gly Asp Thr Thr
355 360 365
Arg Cys Pro Val Thr Lys Val Val Asp Asn Ile Ile Pro Lys Phe Ala
370 375 380
Phe Val Asn Gly Gly Val Val Ala Asn Cys Ile Ala Ser Thr Cys Thr
385 390 395 400
Cys Gly Thr Gly Arg Arg Pro Ile Ser Gln Asp Arg Ser Lys Gly Val
405 410 415
Val Phe Leu Thr His Asp Asn Cys Gly Leu Ile Gly Val Asn Gly Ile
420 425 430
Glu Leu Tyr Ala Asn Arg Lys Gly His Asp Ala Thr Trp Gly Val Gln
435 440 445
Asn Leu Thr Val Gly Pro Ala Ile Ala Ile Arg Pro Val Asp Ile Ser
450 455 460
Leu Asn Leu Ala Ala Ala Thr Asp Phe Leu Gln Asp Ser Arg Ala Glu
465 470 475 480
Leu Glu Lys Ala Arg Lys Ile Leu Ser Glu Val Gly Arg Trp Tyr Asn
485 490 495
Ser Gly Ala Thr Leu Ile Thr Ile Ile Val Val Met Ile Val Val Leu
500 505 510
Val Val Ile Ile Val Ile Val Ile Val Leu Tyr Arg Leu Arg Arg Ser
515 520 525
Met Leu Met Ser Asn Pro Ala Gly Arg Ile Ser Arg Asp Thr Tyr Thr
530 535 540
Leu Glu Pro Lys Ile Arg His Met Tyr Thr Asn Gly Gly Phe Asp Ala
545 550 555 560
Met Thr Glu Lys Arg
565
<210> 11
<211> 555
<212> PRT
<213> Human parainfluenza virus 1 strain Washington/1964
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> F glycoprotein
<400> 11
Met Gln Lys Ser Glu Ile Leu Phe Leu Val Tyr Ser Ser Leu Leu Leu
1 5 10 15
Ser Ser Ser Leu Cys Gln Ile Pro Val Glu Lys Leu Ser Asn Val Gly
20 25 30
Val Ile Ile Asn Glu Gly Lys Leu Leu Lys Ile Ala Gly Ser Tyr Glu
35 40 45
Ser Arg Tyr Ile Val Leu Ser Leu Val Pro Ser Ile Asp Leu Gln Asp
50 55 60
Gly Cys Gly Thr Thr Gln Ile Ile Gln Tyr Lys Asn Leu Leu Asn Arg
65 70 75 80
Leu Leu Ile Pro Leu Lys Asp Ala Leu Asp Leu Gln Glu Ser Leu Ile
85 90 95
Thr Ile Thr Asn Asp Thr Thr Val Thr Asn Asp Asn Pro Gln Thr Arg
100 105 110
Phe Phe Gly Ala Val Ile Gly Thr Ile Ala Leu Gly Val Ala Thr Ala
115 120 125
Ala Gln Ile Thr Ala Gly Ile Ala Leu Ala Glu Ala Arg Glu Ala Arg
130 135 140
Lys Asp Ile Ala Leu Ile Lys Asp Ser Ile Val Lys Thr His Asn Ser
145 150 155 160
Val Glu Leu Ile Gln Arg Gly Ile Gly Glu Gln Ile Ile Ala Leu Lys
165 170 175
Thr Leu Gln Asp Phe Val Asn Asp Glu Ile Arg Pro Ala Ile Gly Glu
180 185 190
Leu Arg Cys Glu Thr Thr Ala Leu Lys Leu Gly Ile Lys Leu Thr Gln
195 200 205
His Tyr Ser Glu Leu Ala Thr Ala Phe Ser Ser Asn Leu Gly Thr Ile
210 215 220
Gly Glu Lys Ser Leu Thr Leu Gln Ala Leu Ser Ser Leu Tyr Ser Ala
225 230 235 240
Asn Ile Thr Glu Ile Leu Ser Thr Thr Lys Lys Asp Lys Ser Asp Ile
245 250 255
Tyr Asp Ile Ile Tyr Thr Glu Gln Val Lys Gly Thr Val Ile Asp Val
260 265 270
Asp Leu Glu Lys Tyr Met Val Thr Leu Leu Val Lys Ile Pro Ile Leu
275 280 285
Ser Glu Ile Pro Gly Val Leu Ile Tyr Arg Ala Ser Ser Ile Ser Tyr
290 295 300
Asn Ile Glu Gly Glu Glu Trp His Val Ala Ile Pro Asn Tyr Ile Ile
305 310 315 320
Asn Lys Ala Ser Ser Leu Gly Gly Ala Asp Val Thr Asn Cys Ile Glu
325 330 335
Ser Lys Leu Ala Tyr Ile Cys Pro Arg Asp Pro Thr Gln Leu Ile Pro
340 345 350
Asp Asn Gln Gln Lys Cys Ile Leu Gly Asp Val Ser Lys Cys Pro Val
355 360 365
Thr Lys Val Ile Asn Asn Leu Val Pro Lys Phe Ala Phe Ile Asn Gly
370 375 380
Gly Val Val Ala Asn Cys Ile Ala Ser Thr Cys Thr Cys Gly Thr Asn
385 390 395 400
Arg Ile Pro Val Asn Gln Asp Arg Ser Arg Gly Val Thr Phe Leu Thr
405 410 415
Tyr Thr Asn Cys Gly Leu Ile Gly Ile Asn Gly Ile Glu Leu Tyr Ala
420 425 430
Asn Lys Arg Gly Arg Asp Thr Thr Trp Gly Asn Gln Ile Ile Lys Val
435 440 445
Gly Pro Ala Val Ser Ile Arg Pro Val Asp Ile Ser Leu Asn Leu Ala
450 455 460
Ser Ala Thr Asn Phe Leu Glu Glu Ser Lys Thr Glu Leu Met Lys Ala
465 470 475 480
Arg Ala Ile Ile Ser Ala Val Gly Gly Trp His Asn Thr Glu Ser Thr
485 490 495
Gln Ile Ile Met Ile Ile Ile Val Cys Ile Leu Ile Ile Ile Ile Cys
500 505 510
Gly Ile Leu Tyr Tyr Leu Tyr Arg Val Arg Arg Leu Leu Val Met Ile
515 520 525
Asn Ser Thr His Asn Ser Pro Val Asn Ala Tyr Thr Leu Glu Ser Arg
530 535 540
Met Arg Asn Pro Tyr Met Gly Asn Asn Ser Asn
545 550 555
<210> 12
<211> 543
<212> PRT
<213> Feline morbillivirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 12
Met Gly Lys Ile Arg Val Ile Ile Ile Ser Ser Leu Leu Leu Ser Asn
1 5 10 15
Ile Thr Thr Ala Gln Val Gly Trp Asp Asn Leu Thr Ser Ile Gly Val
20 25 30
Ile Ser Thr Lys Gln Tyr Asp Tyr Lys Ile Thr Thr Leu Asn Thr Asn
35 40 45
Gln Leu Met Val Ile Lys Met Val Pro Asn Ile Ser Ser Ile Ile Asn
50 55 60
Cys Thr Lys Pro Glu Leu Met Lys Tyr Arg Glu Leu Val Leu Gly Val
65 70 75 80
Ile Arg Pro Ile Asn Glu Ser Leu Glu Leu Met Asn Ser Tyr Ile Asn
85 90 95
Met Arg Ala Gly Ser Glu Arg Phe Ile Gly Ala Val Ile Ala Gly Val
100 105 110
Ala Leu Gly Val Ala Thr Ala Ala Gln Ile Thr Ser Gly Ile Ala Leu
115 120 125
His Asn Ser Ile Met Asn Lys Arg Gln Ile Gln Glu Leu Arg Lys Ala
130 135 140
Leu Ser Thr Thr Asn Lys Ala Ile Asp Glu Ile Arg Ile Ala Gly Glu
145 150 155 160
Arg Thr Leu Ile Ala Val Gln Gly Val Gln Asp Tyr Ile Asn Asn Ile
165 170 175
Ile Ile Pro Met Gln Asp Lys Leu Gln Cys Asp Ile Leu Ser Ser Gln
180 185 190
Leu Ala Ile Ala Leu Leu Arg Tyr Tyr Thr Asn Ile Leu Thr Val Phe
195 200 205
Gly Pro Ser Ile Arg Asp Pro Val Thr Ser Ile Ile Ser Ile Gln Ala
210 215 220
Leu Ser Gln Ala Phe Asn Gly Asn Leu Gln Ala Leu Leu Asp Gly Leu
225 230 235 240
Gly Tyr Thr Gly Arg Asp Leu Arg Asp Leu Leu Glu Ser Arg Ser Ile
245 250 255
Thr Gly Gln Ile Ile His Ala Asp Met Thr Asp Leu Phe Leu Val Leu
260 265 270
Arg Ile Asn Tyr Pro Ser Ile Thr Glu Met Gln Gly Val Thr Ile Tyr
275 280 285
Glu Leu Asn Ser Ile Thr Tyr His Ile Gly Pro Glu Glu Trp Tyr Thr
290 295 300
Ile Met Pro Asn Phe Ile Ala Val Gln Gly Phe Leu Thr Ser Asn Phe
305 310 315 320
Asp Glu Arg Lys Cys Ser Ile Thr Lys Ser Ser Ile Leu Cys Gln Gln
325 330 335
Asn Ser Ile Tyr Pro Met Ser Thr Glu Met Gln Arg Cys Ile Lys Gly
340 345 350
Glu Ile Arg Phe Cys Pro Arg Ser Lys Ala Val Gly Thr Leu Val Asn
355 360 365
Arg Phe Ile Leu Thr Lys Gly Asn Leu Met Ala Asn Cys Leu Gly Val
370 375 380
Ile Cys Arg Cys Tyr Ser Ser Gly Gln Ile Ile Thr Gln Asp Pro Ser
385 390 395 400
Lys Leu Ile Thr Ile Ile Ser Gln Glu Glu Cys Lys Glu Val Gly Val
405 410 415
Asp Gly Ile Arg Ile Met Val Gly Pro Arg Lys Leu Pro Asp Val Ile
420 425 430
Phe Asn Ala Arg Leu Glu Val Gly Val Pro Ile Ser Leu Ser Lys Leu
435 440 445
Asp Val Gly Thr Asp Leu Ala Ile Ala Ser Ala Lys Leu Asn Asn Ser
450 455 460
Lys Ala Leu Leu Glu Gln Ser Asp Lys Ile Leu Asp Ser Met Ser Lys
465 470 475 480
Leu Asp Ser Ile Asn Ser Arg Ile Thr Gly Leu Ile Leu Ala Ile Met
485 490 495
Ala Ile Phe Ile Ile Thr Val Thr Ile Ile Trp Ile Ile Tyr Lys Arg
500 505 510
Cys Arg Asn Lys Asp Asn Lys Phe Ser Thr Ser Ile Glu Pro Leu Tyr
515 520 525
Ile Pro Pro Ser Tyr Asn Ser Pro His Ser Val Val Lys Ser Ile
530 535 540
<210> 13
<211> 534
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 2
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 13
Met Ile Ala Ala Leu Phe Ile Ser Leu Phe Ala Thr Cys Gly Ala Leu
1 5 10 15
Asp Asn Ser Val Leu Ala Pro Val Gly Ile Ala Ser Ala Gln Glu Trp
20 25 30
Gln Leu Ala Ala Tyr Thr Asn Thr Leu Ser Gly Thr Ile Ala Val Arg
35 40 45
Phe Val Pro Val Leu Pro Gly Asn Leu Ser Thr Cys Ala Gln Ala Thr
50 55 60
Leu Ala Glu Tyr Asn Lys Thr Val Thr Asn Ile Leu Gly Pro Leu Lys
65 70 75 80
Glu Asn Leu Glu Thr Leu Leu Ser Glu Pro Thr Lys Thr Ala Ala Arg
85 90 95
Phe Val Gly Ala Ile Ile Gly Thr Val Ala Leu Gly Val Ala Thr Ser
100 105 110
Ala Gln Ile Thr Ala Ala Val Ala Leu Asn Gln Ala Gln Glu Asn Ala
115 120 125
Arg Asn Ile Trp Arg Leu Lys Glu Ser Ile Arg Lys Thr Asn Glu Ala
130 135 140
Val Leu Glu Leu Lys Asp Gly Leu Ala Ser Thr Ala Ile Ala Leu Asp
145 150 155 160
Lys Val Gln Lys Phe Ile Asn Glu Asp Ile Ile Pro Gln Ile Lys Glu
165 170 175
Ile Asp Cys Gln Val Val Ala Asn Lys Leu Gly Val Tyr Leu Ser Leu
180 185 190
Tyr Leu Thr Glu Leu Thr Thr Ile Phe Gly Ala Gln Ile Thr Asn Pro
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210 215 220
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225 230 235 240
Asn Ser Leu Tyr Glu Ala Asn Leu Ile Thr Gly Gln Val Ile Gly Tyr
245 250 255
Asp Ser Glu Ser Gln Ile Ile Leu Ile Gln Val Ser Tyr Pro Ser Val
260 265 270
Ser Glu Val Thr Gly Val Arg Ala Thr Glu Leu Val Thr Val Ser Val
275 280 285
Thr Thr Pro Lys Gly Glu Gly Arg Ala Ile Ala Pro Lys Tyr Val Ala
290 295 300
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355 360 365
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370 375 380
Pro Lys Ile Ile Val Gln Ser Asp Ala Ser Ser Leu Thr Val Ile Asp
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Ser Ala Ile Cys Lys Asp Val Val Leu Asp Asn Val Gln Leu Arg Leu
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450 455 460
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465 470 475 480
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500 505 510
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515 520 525
Gln Ser Ala Thr Lys Met
530
<210> 14
<211> 555
<212> PRT
<213> avian paramyxovirus 6
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 14
Met Gly Ala Arg Leu Gly Pro Leu Ala Met Ala Pro Gly Arg Tyr Val
1 5 10 15
Ile Ile Phe Asn Leu Ile Leu Leu His Arg Val Val Ser Leu Asp Asn
20 25 30
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35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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115 120 125
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130 135 140
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145 150 155 160
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165 170 175
Ile Ala Ile Ala Leu Asp Lys Thr Gln Arg Phe Ile Asn Asp Asn Ile
180 185 190
Leu Pro Ala Ile Asn Asn Leu Thr Cys Glu Val Ala Gly Ala Lys Val
195 200 205
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210 215 220
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225 230 235 240
Met Ser Leu Cys Gly Asn Asp Phe Asn Tyr Leu Leu Asn Leu Met Gly
245 250 255
Ala Lys His Ser Asp Leu Gly Ala Leu Tyr Glu Ala Asn Leu Ile Asn
260 265 270
Gly Arg Ile Ile Gln Tyr Asp Gln Ala Ser Gln Ile Met Val Ile Gln
275 280 285
Val Ser Val Pro Ser Ile Ser Ser Ile Ser Gly Leu Arg Leu Thr Glu
290 295 300
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305 310 315 320
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325 330 335
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340 345 350
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355 360 365
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370 375 380
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385 390 395 400
Cys Arg Cys Leu Ala Pro Glu Met Ile Ile Thr Gln Asn Lys Gly Leu
405 410 415
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420 425 430
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435 440 445
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<210> 15
<211> 545
<212> PRT
<213> Fer-de-Lance paramyxovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein F
<400> 15
Met Thr Arg Ile Thr Ile Leu Gln Ile Ile Leu Thr Leu Thr Leu Pro
1 5 10 15
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115 120 125
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275 280 285
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530 535 540
Lys
545
<210> 16
<211> 566
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 4
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 16
Met Arg Leu Ser Arg Thr Ile Leu Thr Leu Ile Leu Gly Thr Leu Thr
1 5 10 15
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35 40 45
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Ser Ile Glu Ala Ala Arg Glu Gln Leu Glu Leu Ser Asn Gln Ile Leu
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Ser Arg Ile Asn Pro Arg Ile Val Asn Asp Glu Ser Leu Ile Ala Ile
500 505 510
Ile Val Thr Ile Val Val Leu Ser Leu Leu Val Ile Gly Leu Ile Val
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Val Leu Gly Val Met Tyr Lys Asn Leu Lys Lys Val Gln Arg Ala Gln
530 535 540
Ala Ala Met Met Met Gln Gln Met Ser Ser Ser Gln Pro Val Thr Thr
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Lys Leu Gly Thr Pro Phe
565
<210> 17
<211> 551
<212> PRT
<213> Human parainfluenza virus 2
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 17
Met His His Leu His Pro Met Ile Val Cys Ile Phe Val Met Tyr Thr
1 5 10 15
Gly Ile Val Gly Ser Asp Ala Ile Ala Gly Asp Gln Leu Leu Asn Ile
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100 105 110
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115 120 125
Val Ala Ile Val Lys Ala Asn Ala Asn Ala Ala Ala Ile Asn Asn Leu
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275 280 285
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355 360 365
Phe Leu Lys Arg Phe Ala Phe Ala Asn Gly Val Leu Tyr Ala Asn Cys
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Gly Asn Ile Tyr Gly Ile Ser
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<210> 18
<211> 541
<212> PRT
<213> Porcine rubulavirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 18
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530 535 540
<210> 19
<211> 551
<212> PRT
<213> Parainfluenza virus 5
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 19
Met Gly Thr Arg Ile Gln Phe Leu Met Val Ser Cys Leu Leu Ala Gly
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35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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85 90 95
Thr Arg Arg Arg Arg Arg Phe Val Gly Val Val Ile Gly Leu Ala Ala
100 105 110
Leu Gly Val Ala Thr Ala Ala Gln Val Thr Ala Ala Val Ala Leu Val
115 120 125
Lys Ala Asn Lys Asn Ala Ala Ala Ile Leu Asn Leu Lys Asn Ala Ile
130 135 140
Gln Lys Thr Asn Ala Ala Val Ala Asp Val Val Gln Ala Thr Gln Ser
145 150 155 160
Leu Gly Thr Ala Val Gln Ala Val Gln Asp His Ile Asn Ser Val Val
165 170 175
Ser Pro Ala Ile Thr Ala Ala Asn Cys Lys Ala Gln Asp Ala Ile Ile
180 185 190
Gly Ser Ile Leu Asn Leu Tyr Leu Thr Glu Leu Thr Thr Ile Phe His
195 200 205
Asn Gln Ile Thr Asn Pro Ala Leu Ser Pro Ile Thr Ile Gln Ala Leu
210 215 220
Arg Ile Leu Leu Gly Ser Thr Leu Pro Thr Val Val Arg Lys Ser Phe
225 230 235 240
Asn Thr Gln Ile Ser Ala Ala Glu Leu Leu Ser Ser Gly Leu Leu Thr
245 250 255
Gly Gln Ile Val Gly Leu Asp Leu Thr Tyr Met Gln Met Val Ile Lys
260 265 270
Ile Glu Leu Pro Thr Leu Thr Val Gln Pro Ala Thr Gln Ile Ile Asp
275 280 285
Leu Val Thr Ile Ser Ala Phe Ile Asn Asn Arg Glu Val Met Ala Gln
290 295 300
Leu Pro Thr Arg Ile Ile Val Thr Gly Ser Leu Ile Gln Ala Tyr Pro
305 310 315 320
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325 330 335
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340 345 350
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355 360 365
Phe Val Leu Phe Asp Gly Ile Val Tyr Ala Asn Cys Arg Ser Met Leu
370 375 380
Cys Lys Cys Met Gln Pro Ala Ala Val Ile Leu Gln Pro Ser Ser Ser
385 390 395 400
Pro Val Thr Val Ile Asp Met His Lys Cys Val Ser Leu Gln Leu Asp
405 410 415
Asn Leu Arg Phe Thr Ile Thr Gln Leu Ala Asn Ile Thr Tyr Asn Ser
420 425 430
Thr Ile Lys Leu Glu Thr Ser Gln Ile Leu Pro Ile Asp Pro Leu Asp
435 440 445
Ile Ser Gln Asn Leu Ala Ala Val Asn Lys Ser Leu Ser Asp Ala Leu
450 455 460
Gln His Leu Ala Gln Ser Asp Thr Tyr Leu Ser Ala Ile Thr Ser Ala
465 470 475 480
Thr Thr Thr Ser Val Leu Ser Ile Ile Ala Ile Cys Leu Gly Ser Leu
485 490 495
Gly Leu Ile Leu Ile Ile Leu Ile Ser Val Val Val Trp Lys Leu Leu
500 505 510
Thr Ile Val Ala Ala Asn Arg Asn Arg Met Glu Asn Phe Val Tyr His
515 520 525
Asn Ser Ala Phe His His Ser Arg Ser Asp Leu Ser Glu Lys Asn Gln
530 535 540
Pro Ala Thr Leu Gly Thr Arg
545 550
<210> 20
<211> 537
<212> PRT
<213> Murine pneumonia virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion glycoprotein precursor
<400> 20
Met Ile Pro Gly Arg Ile Phe Leu Val Leu Leu Val Ile Phe Asn Thr
1 5 10 15
Lys Pro Ile His Pro Asn Thr Leu Thr Glu Lys Phe Tyr Glu Ser Thr
20 25 30
Cys Ser Val Glu Thr Ala Gly Tyr Lys Ser Ala Leu Arg Thr Gly Trp
35 40 45
His Met Thr Val Met Ser Ile Lys Leu Ser Gln Ile Asn Ile Glu Ser
50 55 60
Cys Lys Ser Ser Asn Ser Leu Leu Ala His Glu Leu Ala Ile Tyr Ser
65 70 75 80
Ser Ala Val Asp Glu Leu Arg Thr Leu Ser Ser Asn Ala Leu Lys Ser
85 90 95
Lys Arg Lys Lys Arg Phe Leu Gly Leu Ile Leu Gly Leu Gly Ala Ala
100 105 110
Val Thr Ala Gly Val Ala Leu Ala Lys Thr Val Gln Leu Glu Ser Glu
115 120 125
Ile Ala Leu Ile Arg Asp Ala Val Arg Asn Thr Asn Glu Ala Val Val
130 135 140
Ser Leu Thr Asn Gly Met Ser Val Leu Ala Lys Val Val Asp Asp Leu
145 150 155 160
Lys Asn Phe Ile Ser Lys Glu Leu Leu Pro Lys Ile Asn Arg Val Ser
165 170 175
Cys Asp Val His Asp Ile Thr Ala Val Ile Arg Phe Gln Gln Leu Asn
180 185 190
Lys Arg Leu Leu Glu Val Ser Arg Glu Phe Ser Ser Asn Ala Gly Leu
195 200 205
Thr His Thr Val Ser Ser Phe Met Leu Thr Asp Arg Glu Leu Thr Ser
210 215 220
Ile Val Gly Gly Met Ala Val Ser Ala Gly Gln Lys Glu Ile Met Leu
225 230 235 240
Ser Ser Lys Ala Ile Met Arg Arg Asn Gly Leu Ala Ile Leu Ser Ser
245 250 255
Val Asn Ala Asp Thr Leu Val Tyr Val Ile Gln Leu Pro Leu Phe Gly
260 265 270
Val Met Asp Thr Asp Cys Trp Val Ile Arg Ser Ser Ile Asp Cys His
275 280 285
Asn Ile Ala Asp Lys Tyr Ala Cys Leu Ala Arg Ala Asp Asn Gly Trp
290 295 300
Tyr Cys His Asn Ala Gly Ser Leu Ser Tyr Phe Pro Ser Pro Thr Asp
305 310 315 320
Cys Glu Ile His Asn Gly Tyr Ala Phe Cys Asp Thr Leu Lys Ser Leu
325 330 335
Thr Val Pro Val Thr Ser Arg Glu Cys Asn Ser Asn Met Tyr Thr Thr
340 345 350
Asn Tyr Asp Cys Lys Ile Ser Thr Ser Lys Thr Tyr Val Ser Thr Ala
355 360 365
Val Leu Thr Thr Met Gly Cys Leu Val Ser Cys Tyr Gly His Asn Ser
370 375 380
Cys Thr Val Ile Asn Asn Asp Lys Gly Ile Ile Arg Thr Leu Pro Asp
385 390 395 400
Gly Cys His Tyr Ile Ser Asn Lys Gly Val Asp Arg Val Gln Val Gly
405 410 415
Asn Thr Val Tyr Tyr Leu Ser Lys Glu Val Gly Lys Ser Ile Val Val
420 425 430
Arg Gly Glu Pro Leu Val Leu Lys Tyr Asp Pro Leu Ser Phe Pro Asp
435 440 445
Asp Lys Phe Asp Val Ala Ile Arg Asp Val Glu His Ser Ile Asn Gln
450 455 460
Thr Arg Thr Phe Leu Lys Ala Ser Asp Gln Leu Leu Asp Leu Ser Glu
465 470 475 480
Asn Arg Glu Asn Lys Asn Leu Asn Lys Ser Tyr Ile Leu Thr Thr Leu
485 490 495
Leu Phe Val Val Met Leu Ile Ile Ile Met Ala Val Ile Gly Phe Ile
500 505 510
Leu Tyr Lys Val Leu Lys Met Ile Arg Asp Asn Lys Leu Lys Ser Lys
515 520 525
Ser Thr Pro Gly Leu Thr Val Leu Ser
530 535
<210> 21
<211> 543
<212> PRT
<213> Human parainfluenza virus 4a
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 21
Met Gly Val Lys Gly Leu Ser Leu Ile Met Ile Gly Leu Leu Ile Ser
1 5 10 15
Pro Ile Thr Asn Leu Asp Ile Thr His Leu Met Asn Leu Gly Thr Val
20 25 30
Pro Thr Ala Ile Arg Ser Leu Val Tyr Tyr Thr Tyr Thr Lys Pro Ser
35 40 45
Tyr Leu Thr Val Asp Leu Ile Pro Asn Leu Lys Asn Leu Asp Gln Asn
50 55 60
Cys Asn Tyr Ser Ser Leu Asn Tyr Tyr Asn Lys Thr Ala Leu Ser Leu
65 70 75 80
Ile Gln Pro Ile Ala Asp Asn Ile Asn Arg Leu Thr Lys Pro Ile Thr
85 90 95
Ser Ser Glu Ile Gln Ser Arg Phe Phe Gly Ala Val Ile Gly Thr Ile
100 105 110
Ala Leu Gly Val Ala Thr Ala Ala Gln Val Thr Ala Ala Ile Gly Leu
115 120 125
Ala Lys Ala Gln Glu Asn Ala Lys Leu Ile Leu Thr Leu Lys Lys Ala
130 135 140
Ala Thr Glu Thr Asn Glu Ala Val Arg Asp Leu Ala Asn Ser Asn Lys
145 150 155 160
Ile Val Val Lys Met Ile Ser Ala Ile Gln Asn Gln Ile Asn Thr Ile
165 170 175
Ile Gln Pro Ala Ile Asp Gln Ile Asn Cys Gln Ile Lys Asp Leu Gln
180 185 190
Val Ala Asn Ile Leu Asn Leu Tyr Leu Thr Glu Ile Thr Thr Val Phe
195 200 205
His Asn Gln Leu Thr Asn Pro Ala Leu Glu Ser Ile Ser Ile Gln Ala
210 215 220
Leu Lys Ser Leu Leu Gly Pro Thr Leu Pro Glu Val Leu Ser Lys Leu
225 230 235 240
Asp Leu Asn Asn Ile Ser Ala Ala Ser Val Met Ala Ser Gly Leu Ile
245 250 255
Lys Gly Gln Ile Ile Ala Val Asp Ile Pro Thr Met Thr Leu Val Leu
260 265 270
Met Val Gln Ile Pro Ser Ile Ser Pro Leu Arg Gln Ala Lys Ile Ile
275 280 285
Asp Leu Thr Ser Ile Thr Ile His Thr Asn Ser Gln Glu Val Gln Ala
290 295 300
Val Val Pro Ala Arg Phe Leu Glu Ile Gly Ser Glu Ile Leu Gly Phe
305 310 315 320
Asp Gly Ser Val Cys Gln Ile Thr Lys Asp Thr Ile Phe Cys Pro Tyr
325 330 335
Asn Asp Ala Tyr Glu Leu Pro Ile Gln Gln Lys Arg Cys Leu Gln Gly
340 345 350
Gln Thr Arg Asp Cys Val Phe Thr Pro Val Ala Gly Thr Phe Pro Arg
355 360 365
Arg Phe Leu Thr Thr Tyr Gly Thr Ile Val Ala Asn Cys Arg Asp Leu
370 375 380
Val Cys Ser Cys Leu Arg Pro Pro Gln Ile Ile Tyr Gln Pro Asp Glu
385 390 395 400
Asn Pro Val Thr Ile Ile Asp Lys Asp Leu Cys Thr Thr Leu Thr Leu
405 410 415
Asp Ser Ile Thr Ile Glu Ile Gln Lys Ser Ile Asn Ser Thr Phe Arg
420 425 430
Arg Glu Val Val Leu Glu Ser Thr Gln Val Arg Ser Leu Thr Pro Leu
435 440 445
Asp Leu Ser Thr Asp Leu Asn Gln Tyr Asn Gln Leu Leu Lys Ser Ala
450 455 460
Glu Asp His Ile Gln Arg Ser Thr Asp Tyr Leu Asn Ser Ile Asn Pro
465 470 475 480
Ser Ile Val Asn Asn Asn Ala Ile Ile Ile Leu Ile Ile Leu Cys Ile
485 490 495
Leu Leu Ile Leu Thr Val Thr Ile Cys Ile Ile Trp Leu Lys Tyr Leu
500 505 510
Thr Lys Glu Val Lys Asn Val Ala Arg Asn Gln Arg Leu Asn Arg Asp
515 520 525
Ala Asp Leu Phe Tyr Lys Ile Pro Ser Gln Ile Pro Val Pro Arg
530 535 540
<210> 22
<211> 538
<212> PRT
<213> Tioman virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 22
Met Arg Ile Ala Leu Thr Ala Val Ile Val Ser Ile His Phe Asp Leu
1 5 10 15
Ala Phe Pro Met Asn Lys Asn Ser Leu Leu Ser Val Gly Leu Val His
20 25 30
Lys Ser Val Lys Asn Leu Tyr Phe Tyr Ser Gln Gly Ser Pro Ser Tyr
35 40 45
Ile Val Val Lys Leu Val Pro Thr Leu Gly Asn Val Pro Gly Asn Cys
50 55 60
Thr Leu Asn Ser Leu Val Arg Tyr Lys Ser Thr Val Ser Ser Leu Leu
65 70 75 80
Ser Pro Leu Ala Glu Asn Leu Glu Tyr Leu Gln Lys Thr Leu Thr Val
85 90 95
Ser Arg Gly Gly Arg Arg Arg Arg Phe Ala Gly Val Ala Ile Gly Leu
100 105 110
Ala Ala Leu Gly Val Ala Ala Ala Ala Gln Ala Thr Ala Ala Val Ala
115 120 125
Leu Val Glu Ala Arg Gln Asn Ala Ala Gln Ile Gln Ser Leu Ser Glu
130 135 140
Ala Ile Gln Asn Thr Asn Leu Ala Val Asn Glu Leu Lys Thr Ala Ile
145 150 155 160
Gly Ala Ser Ala Thr Ala Ile Gln Ala Ile Gln Thr Gln Ile Asn Glu
165 170 175
Val Ile Asn Pro Ala Ile Asn Arg Leu Ser Cys Glu Ile Leu Asp Ala
180 185 190
Gln Leu Ala Ser Met Leu Asn Leu Tyr Leu Ile His Leu Thr Thr Val
195 200 205
Phe Gln Asn Gln Leu Thr Asn Pro Ala Leu Thr Pro Leu Ser Ile Gln
210 215 220
Ser Leu Gln Ser Leu Leu Gln Gly Thr Ser Ser Val Leu Thr Asn Ile
225 230 235 240
Thr Ser Ser Ser Lys Leu Ala Leu Asn Asp Ala Leu Val Thr Gly Leu
245 250 255
Ile Thr Gly Gln Val Val Gly Leu Asn Met Thr Ser Leu Gln Ile Val
260 265 270
Ile Ala Ala Tyr Val Pro Ser Val Ala Lys Leu Ser Asn Ala Val Val
275 280 285
His Asn Phe Ile Arg Ile Thr Thr Ser Val Asn Gly Thr Glu Val Ile
290 295 300
Ile Gln Ser Pro Thr Ile Ile Met Glu Gln Asn Glu Val Met Tyr Asp
305 310 315 320
Leu Lys Thr Gly His Cys Thr Glu Ser Asp Leu Asn Ile Tyr Cys Pro
325 330 335
Tyr Val Asp Ala Gln Leu Leu Ser Pro Gly Met Thr Asn Cys Ile Asn
340 345 350
Gly Arg Leu Asn Asp Cys Thr Phe Ser Lys Val Val Gly Ser Phe Pro
355 360 365
Thr Arg Phe Ala Ala Val Glu Gly Ala Ile Leu Ala Asn Cys Lys Tyr
370 375 380
Leu Gln Cys Asn Cys Leu Thr Pro Pro Tyr Ile Ile Thr Pro Leu Asn
385 390 395 400
Gly Glu Met Ile Ser Met Ile Asp Leu Ser Lys Cys Gln Arg Leu Asp
405 410 415
Leu Gly Thr Ile Val Phe Asp Ile Asn Asn Pro Val Asn Val Thr Phe
420 425 430
Asn Gly Asn Tyr Arg Ala Asp Val Gly Gln Met Ile Val Thr Asn Pro
435 440 445
Leu Asp Ile Ser Ala Glu Leu Asn Gln Ile Asn Thr Ser Leu Ser Asn
450 455 460
Ala Gln Gly Phe Leu Ser Lys Ser Asp Ala Trp Leu His Val Ser Gln
465 470 475 480
Trp Val Thr Asn Ser Gly Thr Ile Phe Ile Ile Leu Ile Ile Gly Leu
485 490 495
Ile Val Gly Ile Val Tyr Met Ile Ile Asn Thr Tyr Val Val Val Gln
500 505 510
Ile Ile Lys Glu Ile Asn Arg Met Arg Thr Ser Asp Arg Ala His Leu
515 520 525
Leu Lys Gly Ser Ile Ser Ser Ile Ser Thr
530 535
<210> 23
<211> 543
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 8
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 23
Met Gly Gln Ile Ser Val Tyr Leu Ile Asn Ser Val Leu Leu Leu Leu
1 5 10 15
Val Tyr Pro Val Asn Ser Ile Asp Asn Thr Leu Ile Ala Pro Ile Gly
20 25 30
Val Ala Ser Ala Asn Glu Trp Gln Leu Ala Ala Tyr Thr Thr Ser Leu
35 40 45
Ser Gly Thr Ile Ala Val Arg Phe Leu Pro Val Leu Pro Asp Asn Met
50 55 60
Thr Thr Cys Leu Arg Glu Thr Ile Thr Thr Tyr Asn Asn Thr Val Asn
65 70 75 80
Asn Ile Leu Gly Pro Leu Lys Ser Asn Leu Asp Ala Leu Leu Ser Ser
85 90 95
Glu Thr Tyr Pro Gln Thr Arg Leu Ile Gly Ala Val Ile Gly Ser Ile
100 105 110
Ala Leu Gly Val Ala Thr Ser Ala Gln Ile Thr Ala Ala Val Ala Leu
115 120 125
Lys Gln Ala Gln Asp Asn Ala Arg Asn Ile Leu Ala Leu Lys Glu Ala
130 135 140
Leu Ser Lys Thr Asn Glu Ala Val Lys Glu Leu Ser Ser Gly Leu Gln
145 150 155 160
Gln Thr Ala Ile Ala Leu Gly Lys Ile Gln Ser Phe Val Asn Glu Glu
165 170 175
Ile Leu Pro Ser Ile Asn Gln Leu Ser Cys Glu Val Thr Ala Asn Lys
180 185 190
Leu Gly Val Tyr Leu Ser Leu Tyr Leu Thr Glu Leu Thr Thr Ile Phe
195 200 205
Gly Ala Gln Leu Thr Asn Pro Ala Leu Thr Ser Leu Ser Tyr Gln Ala
210 215 220
Leu Tyr Asn Leu Cys Gly Gly Asn Met Ala Met Leu Thr Gln Lys Ile
225 230 235 240
Gly Ile Lys Gln Gln Asp Val Asn Ser Leu Tyr Glu Ala Gly Leu Ile
245 250 255
Thr Gly Gln Val Ile Gly Tyr Asp Ser Gln Tyr Gln Leu Leu Val Ile
260 265 270
Gln Val Asn Tyr Pro Ser Ile Ser Glu Val Thr Gly Val Arg Ala Thr
275 280 285
Glu Leu Val Thr Val Ser Val Thr Thr Asp Lys Gly Glu Gly Lys Ala
290 295 300
Ile Val Pro Gln Phe Val Ala Glu Ser Arg Val Thr Ile Glu Glu Leu
305 310 315 320
Asp Val Ala Ser Cys Lys Phe Ser Ser Thr Thr Leu Tyr Cys Arg Gln
325 330 335
Val Asn Thr Arg Ala Leu Pro Pro Leu Val Ala Ser Cys Leu Arg Gly
340 345 350
Asn Tyr Asp Asp Cys Gln Tyr Thr Thr Glu Ile Gly Ala Leu Ser Ser
355 360 365
Arg Tyr Ile Thr Leu Asp Gly Gly Val Leu Val Asn Cys Lys Ser Ile
370 375 380
Val Cys Arg Cys Leu Asn Pro Ser Lys Ile Ile Ser Gln Asn Thr Asn
385 390 395 400
Ala Ala Val Thr Tyr Val Asp Ala Thr Ile Cys Lys Thr Ile Gln Leu
405 410 415
Asp Asp Ile Gln Leu Gln Leu Glu Gly Ser Leu Ser Ser Val Tyr Ala
420 425 430
Arg Asn Ile Ser Ile Glu Ile Ser Gln Val Thr Thr Ser Gly Ser Leu
435 440 445
Asp Ile Ser Ser Glu Ile Gly Asn Ile Asn Asn Thr Val Asn Arg Val
450 455 460
Glu Asp Leu Ile His Gln Ser Glu Glu Trp Leu Ala Lys Val Asn Pro
465 470 475 480
His Ile Val Asn Asn Thr Thr Leu Ile Val Leu Cys Val Leu Ser Ala
485 490 495
Leu Ala Val Ile Trp Leu Ala Val Leu Thr Ala Ile Ile Ile Tyr Leu
500 505 510
Arg Thr Lys Leu Lys Thr Ile Ser Ala Leu Ala Val Thr Asn Thr Ile
515 520 525
Gln Ser Asn Pro Tyr Val Asn Gln Thr Lys Arg Glu Ser Lys Phe
530 535 540
<210> 24
<211> 546
<212> PRT
<213> Tailam virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 24
Met Lys Leu Ser Val Val Tyr Thr Thr Leu Leu Val Ser Thr Phe Tyr
1 5 10 15
Ser Asp Leu Ala Arg Ser Gln Leu Ala Leu Ser Glu Leu Thr Lys Ile
20 25 30
Gly Val Ile Pro Gly Arg Ser Tyr Asp Leu Lys Ile Ser Thr Gln Ala
35 40 45
Ser Tyr Gln Tyr Met Val Val Lys Leu Ile Pro Asn Leu Thr Gly Leu
50 55 60
Asn Asn Cys Thr Asn Gly Thr Ile Glu Ala Tyr Lys Lys Met Leu Asn
65 70 75 80
Arg Leu Leu Ser Pro Ile Asp Ala Ala Leu Arg Lys Met Lys Asp Ala
85 90 95
Val Asn Asp Lys Pro Pro Glu Ser Val Gly Asn Val Lys Phe Trp Gly
100 105 110
Ala Val Ile Gly Gly Val Ala Leu Gly Val Ala Thr Ser Ala Gln Ile
115 120 125
Thr Ala Gly Val Ala Leu His Asn Ser Ile Gln Asn Ala Asn Ala Ile
130 135 140
Leu Ala Leu Lys Asp Ser Ile Arg Gln Ser Asn Lys Ala Ile Gln Glu
145 150 155 160
Leu Gln Thr Ala Met Ser Thr Thr Val Val Val Leu Asn Ala Leu Gln
165 170 175
Asp Gln Ile Asn Asn Gln Leu Val Pro Ala Ile Asn Ser Leu Gly Cys
180 185 190
Gln Val Val Ala Asn Thr Leu Gly Leu Lys Leu Asn Gln Tyr Phe Ser
195 200 205
Glu Ile Ser Leu Val Phe Gly Pro Asn Leu Arg Asp Pro Thr Ser Glu
210 215 220
Thr Leu Ser Ile Gln Ala Leu Ser Arg Ala Phe Asn Gly Asp Phe Asp
225 230 235 240
Ser Met Leu Ser Lys Leu Lys Tyr Asp Asp Ser Asp Phe Leu Asp Leu
245 250 255
Leu Glu Ser Asp Ser Ile Arg Gly Arg Ile Ile Asp Val Ser Leu Ser
260 265 270
Asp Tyr Leu Ile Thr Ile Gln Ile Glu Tyr Pro Ala Leu Leu Ser Ile
275 280 285
Lys Asp Ala Val Ile Gln Thr Phe Asn Leu Ile Ser Tyr Asn Thr Arg
290 295 300
Gly Thr Glu Trp Ile Ser Ile Phe Pro Lys Gln Leu Leu Val Arg Gly
305 310 315 320
Thr Tyr Ile Ser Asn Ile Asp Ile Ser Gln Cys Val Ile Ala Ala Thr
325 330 335
Ser Ile Ile Cys Lys Ser Asp Thr Ser Thr Pro Ile Ser Ser Ala Thr
340 345 350
Trp Ser Cys Ala Thr Gly Asn Ile Thr Asn Cys Ala Arg Thr Arg Val
355 360 365
Val Asn Ala His Val Pro Arg Phe Ala Leu Tyr Gly Gly Val Val Phe
370 375 380
Ala Asn Cys Ala Pro Val Val Cys Lys Cys Gln Asp Pro Leu Tyr Ser
385 390 395 400
Ile Asn Gln Glu Pro Lys Val Thr Asn Val Met Val Asp Val Asp Ala
405 410 415
Cys Lys Glu Met Tyr Leu Asp Gly Leu Tyr Ile Thr Leu Gly Lys Thr
420 425 430
Gln Ile Ser Arg Ala Met Tyr Ala Glu Asp Val Ser Leu Gly Gly Pro
435 440 445
Ile Ser Val Asp Pro Ile Asp Leu Gly Asn Glu Ile Asn Ser Ile Asn
450 455 460
Ser Ala Ile Asn Arg Ser Glu Glu His Leu Asn His Ala Asn Glu Leu
465 470 475 480
Leu Asp Lys Val Asn Pro Arg Ile Val Asn Val Lys Thr Phe Gly Val
485 490 495
Met Ile Gly Leu Leu Val Leu Val Val Leu Trp Cys Val Ile Thr Leu
500 505 510
Val Trp Leu Ile Cys Leu Thr Lys Gln Leu Ala Arg Thr Ala Tyr Ala
515 520 525
Gly Ser Met Gly Ser Arg Ala Ser Thr Val Asn Ser Leu Ser Gly Phe
530 535 540
Val Gly
545
<210> 25
<211> 557
<212> PRT
<213> Porcine parainfluenza virus 1
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 25
Met Gln Val Thr Thr Leu Arg Pro Ala Ile Ile Leu Ser Ile Ala Leu
1 5 10 15
Leu Val Thr Gly Gln Val Pro Arg Asp Lys Leu Ala Asn Leu Gly Ile
20 25 30
Ile Ile Lys Asp Ser Lys Ala Leu Lys Ile Ala Gly Ser Tyr Glu Asn
35 40 45
Arg Tyr Ile Val Leu Ser Leu Val Pro Thr Ile Asp Asn Val Asn Gly
50 55 60
Cys Gly Ser Ile Gln Ile Ala Lys Tyr Lys Glu Met Leu Glu Arg Leu
65 70 75 80
Leu Ile Pro Ile Lys Asp Ala Leu Asp Leu Gln Glu Ser Leu Ile Val
85 90 95
Ile Asp Asn Glu Thr Val Asn Asn Asn Tyr Ser Pro Gln Tyr Arg Phe
100 105 110
Val Gly Ala Ile Ile Gly Thr Ile Ala Leu Gly Val Ala Thr Ala Ala
115 120 125
Gln Val Thr Ala Gly Val Ala Leu Met Glu Ala Arg Glu Ala Lys Arg
130 135 140
Asp Ile Ser Met Leu Lys Glu Ala Ile Glu Lys Thr Gln Asn Ser Ile
145 150 155 160
Glu Lys Leu Gln Asn Ser Ala Gly Glu Gln Ile Leu Ala Leu Lys Met
165 170 175
Leu Gln Asp Tyr Val Asn Gly Glu Ile Lys Pro Ala Ile Glu Glu Leu
180 185 190
Gly Cys Glu Thr Ala Ala Leu Lys Leu Gly Ile Ala Leu Thr Gln His
195 200 205
Tyr Thr Glu Leu Thr Asn Ala Phe Gly Ser Asn Leu Gly Ser Ile Gly
210 215 220
Glu Lys Ser Leu Thr Leu Gln Ala Leu Ser Ser Leu Tyr Lys Thr Asn
225 230 235 240
Ile Thr Asn Ile Leu Thr Ala Thr Asn Leu Gly Lys Thr Asp Ile Tyr
245 250 255
Asp Ile Ile Tyr Ala Glu Gln Val Lys Gly Arg Val Ile Asp Val Asp
260 265 270
Leu Lys Arg Tyr Met Val Thr Ile Ser Val Lys Ile Pro Ile Leu Ser
275 280 285
Glu Ile Pro Gly Val Leu Ile Tyr Glu Val Ser Ser Ile Ser Tyr Asn
290 295 300
Ile Asp Gly Ala Glu Trp Tyr Ala Ala Val Pro Asp His Ile Leu Ser
305 310 315 320
Lys Ser Ala Tyr Ile Gly Gly Ala Asp Ile Ser Asp Cys Ile Glu Ser
325 330 335
Arg Leu Thr Tyr Ile Cys Pro Gln Asp Pro Ala Gln Ile Ile Ala Asp
340 345 350
Asn Gln Gln Gln Cys Phe Phe Gly His Leu Asp Lys Cys Pro Ile Thr
355 360 365
Lys Val Ile Asp Asn Leu Val Pro Lys Phe Ala Phe Ile Asn Gly Gly
370 375 380
Val Val Ala Asn Cys Ile Ala Ser Thr Cys Thr Cys Gly Glu Glu Arg
385 390 395 400
Ile Gln Val Ser Gln Asp Arg Asn Lys Gly Val Thr Phe Leu Thr His
405 410 415
Asn Asn Cys Gly Leu Ile Gly Ile Asn Gly Ile Glu Phe His Ala Asn
420 425 430
Lys Lys Gly Ser Asp Ala Thr Trp Asn Val Ser Pro Ile Gly Val Gly
435 440 445
Pro Ala Val Ser Leu Arg Pro Val Asp Ile Ser Leu Gln Ile Val Ala
450 455 460
Ala Thr Asn Phe Leu Asn Ser Ser Arg Lys Asp Leu Met Lys Ala Lys
465 470 475 480
Glu Ile Leu Asn Gln Val Gly Asn Leu Lys Asp Leu Thr Thr Ile Thr
485 490 495
Ile Ile Asn Ile Val Ile Ile Ile Ile Leu Leu Ile Cys Val Ile Gly
500 505 510
Leu Gly Ile Leu Tyr His Gln Leu Arg Ser Ala Leu Gly Met Arg Asp
515 520 525
Lys Met Ser Val Leu Asn Asn Ser Ser Tyr Ser Leu Glu Pro Arg Thr
530 535 540
Ala Gln Val Gln Val Ile Lys Pro Thr Ser Phe Met Gly
545 550 555
<210> 26
<211> 538
<212> PRT
<213> Avian metapneumovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> F protein
<400> 26
Met Asp Val Arg Ile Cys Leu Leu Leu Phe Leu Ile Ser Asn Pro Ser
1 5 10 15
Ser Cys Ile Gln Glu Thr Tyr Asn Glu Glu Ser Cys Ser Thr Val Thr
20 25 30
Arg Gly Tyr Lys Ser Val Leu Arg Thr Gly Trp Tyr Thr Asn Val Phe
35 40 45
Asn Leu Glu Ile Gly Asn Val Glu Asn Ile Thr Cys Asn Asp Gly Pro
50 55 60
Ser Leu Ile Asp Thr Glu Leu Val Leu Thr Lys Asn Ala Leu Arg Glu
65 70 75 80
Leu Lys Thr Val Ser Ala Asp Gln Val Ala Lys Glu Ser Arg Leu Ser
85 90 95
Ser Pro Arg Arg Arg Arg Phe Val Leu Gly Ala Ile Ala Leu Gly Val
100 105 110
Ala Thr Ala Ala Ala Val Thr Ala Gly Val Ala Leu Ala Lys Thr Ile
115 120 125
Arg Leu Glu Gly Glu Val Lys Ala Ile Lys Asn Ala Leu Arg Asn Thr
130 135 140
Asn Glu Ala Val Ser Thr Leu Gly Asn Gly Val Arg Val Leu Ala Thr
145 150 155 160
Ala Val Asn Asp Leu Lys Glu Phe Ile Ser Lys Lys Leu Thr Pro Ala
165 170 175
Ile Asn Gln Asn Lys Cys Asn Ile Ala Asp Ile Lys Met Ala Ile Ser
180 185 190
Phe Gly Gln Asn Asn Arg Arg Phe Leu Asn Val Val Arg Gln Phe Ser
195 200 205
Asp Ser Ala Gly Ile Thr Ser Ala Val Ser Leu Asp Leu Met Thr Asp
210 215 220
Asp Glu Leu Val Arg Ala Ile Asn Arg Met Pro Thr Ser Ser Gly Gln
225 230 235 240
Ile Ser Leu Met Leu Asn Asn Arg Ala Met Val Arg Arg Lys Gly Phe
245 250 255
Gly Ile Leu Ile Gly Val Tyr Asp Gly Thr Val Val Tyr Met Val Gln
260 265 270
Leu Pro Ile Phe Gly Val Ile Glu Thr Pro Cys Trp Arg Val Val Ala
275 280 285
Ala Pro Leu Cys Arg Lys Arg Arg Gly Asn Tyr Ala Cys Ile Leu Arg
290 295 300
Glu Asp Gln Gly Trp Tyr Cys Thr Asn Ala Gly Ser Thr Ala Tyr Tyr
305 310 315 320
Pro Asn Lys Asp Asp Cys Glu Val Arg Asp Asp Tyr Val Phe Cys Asp
325 330 335
Thr Ala Ala Gly Ile Asn Val Ala Leu Glu Val Asp Gln Cys Asn Tyr
340 345 350
Asn Ile Ser Thr Ser Lys Tyr Pro Cys Lys Val Ser Thr Gly Arg His
355 360 365
Pro Val Ser Met Val Ala Leu Thr Pro Leu Gly Gly Leu Val Ser Cys
370 375 380
Tyr Glu Ser Val Ser Cys Ser Ile Gly Ser Asn Lys Val Gly Ile Ile
385 390 395 400
Lys Gln Leu Gly Lys Gly Cys Thr His Ile Pro Asn Asn Glu Ala Asp
405 410 415
Thr Ile Thr Ile Asp Asn Thr Val Tyr Gln Leu Ser Lys Val Val Gly
420 425 430
Glu Gln Arg Thr Ile Lys Gly Ala Pro Val Val Asn Asn Phe Asn Pro
435 440 445
Ile Leu Phe Pro Val Asp Gln Phe Asn Val Ala Leu Asp Gln Val Phe
450 455 460
Glu Ser Ile Asp Arg Ser Gln Asp Leu Ile Asp Lys Ser Asn Asp Leu
465 470 475 480
Leu Gly Ala Asp Ala Lys Ser Lys Ala Gly Ile Ala Ile Ala Ile Val
485 490 495
Val Leu Val Ile Leu Gly Ile Phe Phe Leu Leu Ala Val Ile Tyr Tyr
500 505 510
Cys Ser Arg Val Arg Lys Thr Lys Pro Lys His Asp Tyr Pro Ala Thr
515 520 525
Thr Gly His Ser Ser Met Ala Tyr Val Ser
530 535
<210> 27
<211> 545
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 13 goose/Kazakhstan/5751/2013
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 27
Met Ala Arg Phe Ser Trp Glu Ile Phe Arg Leu Ser Thr Ile Leu Leu
1 5 10 15
Ile Ala Gln Thr Cys Gln Gly Ser Ile Asp Gly Arg Leu Thr Leu Ala
20 25 30
Ala Gly Ile Val Pro Val Gly Asp Arg Pro Ile Ser Ile Tyr Thr Ser
35 40 45
Ser Gln Thr Gly Ile Ile Val Val Lys Leu Ile Pro Asn Leu Pro Asp
50 55 60
Asn Lys Lys Asp Cys Ala Lys Gln Ser Leu Gln Ser Tyr Asn Glu Thr
65 70 75 80
Leu Ser Arg Ile Leu Thr Pro Leu Ala Thr Ala Met Ser Ala Ile Arg
85 90 95
Gly Asn Ser Thr Thr Gln Val Arg Glu Asn Arg Leu Val Gly Ala Ile
100 105 110
Ile Gly Ser Val Ala Leu Gly Val Ala Thr Ala Ala Gln Ile Thr Ala
115 120 125
Ala Thr Ala Leu Ile Gln Ala Asn Gln Asn Ala Ala Asn Ile Ala Arg
130 135 140
Leu Ala Asn Ser Ile Ala Lys Thr Asn Glu Ala Val Thr Asp Leu Thr
145 150 155 160
Glu Gly Leu Gly Thr Leu Ala Ile Gly Val Gly Lys Leu Gln Asp Tyr
165 170 175
Val Asn Glu Gln Phe Asn Asn Thr Ala Val Ala Ile Asp Cys Leu Thr
180 185 190
Leu Glu Ser Arg Leu Gly Ile Gln Leu Ser Leu Tyr Leu Thr Glu Leu
195 200 205
Met Gly Val Phe Gly Asn Gln Leu Thr Ser Pro Ala Leu Thr Pro Ile
210 215 220
Thr Ile Gln Ala Leu Tyr Asn Leu Ala Gly Gly Asn Leu Asn Ala Leu
225 230 235 240
Leu Ser Arg Leu Gly Ala Ser Glu Thr Gln Leu Gly Ser Leu Ile Asn
245 250 255
Ser Gly Leu Ile Lys Gly Met Pro Ile Met Tyr Asp Asp Ala Asn Lys
260 265 270
Leu Leu Ala Val Gln Val Glu Leu Pro Ser Ile Gly Lys Leu Asn Gly
275 280 285
Ala Arg Ser Thr Leu Leu Glu Thr Leu Ala Val Asp Thr Thr Arg Gly
290 295 300
Pro Ser Ser Pro Ile Ile Pro Ser Ala Val Ile Glu Ile Gly Gly Ala
305 310 315 320
Met Glu Glu Leu Asp Leu Ser Pro Cys Ile Thr Thr Asp Leu Asp Met
325 330 335
Phe Cys Thr Lys Ile Ile Ser Tyr Pro Leu Ser Gln Ser Thr Leu Ser
340 345 350
Cys Leu Asn Gly Asn Leu Ser Asp Cys Val Phe Ser Arg Ser Glu Gly
355 360 365
Val Leu Ser Thr Pro Tyr Met Thr Ile Lys Gly Lys Ile Val Ala Asn
370 375 380
Cys Lys Gln Val Ile Cys Arg Cys Met Asp Pro Pro Gln Ile Leu Ser
385 390 395 400
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405 410 415
Ser Leu Glu Leu Ser Gly Val Ile Leu Lys Leu Ala Gly Thr Tyr Glu
420 425 430
Ser Glu Tyr Thr Arg Asn Leu Thr Val Asp Pro Ser Gln Val Ile Ile
435 440 445
Thr Gly Pro Leu Asp Ile Ser Ala Glu Leu Ser Lys Val Asn Gln Ser
450 455 460
Ile Asp Ser Ala Lys Glu Asn Ile Ala Glu Ser Asn Lys Phe Leu Ser
465 470 475 480
Gln Val Asn Val Lys Leu Leu Ser Ser Ser Ala Met Ile Thr Tyr Ile
485 490 495
Val Ala Thr Val Val Cys Leu Ile Ile Ala Ile Thr Gly Cys Val Ile
500 505 510
Gly Ile Tyr Thr Leu Thr Lys Leu Lys Ser Gln Gln Lys Thr Leu Leu
515 520 525
Trp Leu Gly Asn Asn Ala Glu Met His Gly Ser Arg Ser Lys Thr Ser
530 535 540
Phe
545
<210> 28
<211> 554
<212> PRT
<213> Menangle virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 28
Met Met Pro Arg Val Leu Gly Met Ile Val Leu Tyr Leu Thr His Ser
1 5 10 15
Gln Ile Leu Cys Ile Asn Arg Asn Thr Leu Tyr Gln Ile Gly Leu Ile
20 25 30
His Arg Ser Val Lys Lys Val Asn Phe Tyr Ser Gln Gly Ser Pro Ser
35 40 45
Tyr Ile Val Val Lys Leu Val Pro Thr Leu Ala Ala Ile Pro Pro Asn
50 55 60
Cys Ser Ile Lys Ser Leu Gln Arg Tyr Lys Glu Thr Val Thr Ser Leu
65 70 75 80
Val Gln Pro Ile Ser Asp Asn Leu Gly Tyr Leu Gln Asp Lys Leu Val
85 90 95
Thr Gly Gln Ser Arg Arg Arg Arg Arg Phe Ala Gly Val Ala Ile Gly
100 105 110
Leu Ala Ala Leu Gly Val Ala Ala Ala Ala Gln Ala Thr Ala Ala Val
115 120 125
Ala Leu Val Glu Thr Arg Glu Asn Ala Gly Lys Ile Gln Ala Leu Ser
130 135 140
Glu Ser Ile Gln Asn Thr Asn Gln Ala Val His Ser Leu Lys Thr Ala
145 150 155 160
Leu Gly Phe Ser Ala Thr Ala Ile Gln Ala Ile Gln Asn Gln Val Asn
165 170 175
Glu Val Ile Asn Pro Ala Ile Asn Lys Leu Ser Cys Glu Val Leu Asp
180 185 190
Ser Gln Leu Ala Ser Met Leu Asn Leu Tyr Leu Ile His Leu Thr Thr
195 200 205
Val Phe Gln Thr Gln Leu Thr Asn Pro Ala Leu Thr Pro Leu Ser Ile
210 215 220
Gln Ala Leu Thr Ser Val Leu Gln Gly Thr Ser Gly Val Leu Met Asn
225 230 235 240
Ser Thr Asn Ser Thr Leu Thr Gln Pro Ile Asp Leu Leu Ala Thr Gly
245 250 255
Leu Ile Thr Gly Gln Ile Ile Ser Val Asn Met Thr Ser Leu Gln Leu
260 265 270
Ile Ile Ala Thr Phe Met Pro Ser Ile Ala Glu Leu Pro Asn Ala Val
275 280 285
Leu His Ser Phe Phe Arg Ile Thr Thr Ser Val Asn Leu Thr Glu Val
290 295 300
Met Ile Gln Ser Pro Glu Phe Ile Met Glu Gln Asn Gly Val Phe Tyr
305 310 315 320
Asp Phe Asn Thr Ala His Cys Gln Leu Gly Asp Asn Asn Val Tyr Cys
325 330 335
Pro Tyr Ile Asp Ala Ala Arg Leu Ser Ser Met Met Thr Asn Cys Ile
340 345 350
Asn Gly Asn Leu Gly Glu Cys Val Phe Ser Arg Val Ile Gly Ser Phe
355 360 365
Pro Ser Arg Phe Val Ser Leu Asn Gly Ala Ile Leu Ala Asn Cys Lys
370 375 380
Phe Met Arg Cys Asn Cys Leu Ser Pro Glu Lys Ile Ile Thr Pro Leu
385 390 395 400
Asp Gly Glu Met Ile Ser Leu Ile Asp Leu Arg Val Cys Gln Lys Leu
405 410 415
Thr Leu Gly Thr Ile Thr Phe Glu Ile Ser Gln Pro Val Asn Val Ser
420 425 430
Phe Gln Gly Gly Phe Val Ala Asn Ala Gly Gln Ile Ile Val Thr Asn
435 440 445
Pro Phe Asp Ile Ser Ala Glu Leu Gly Gln Ile Asn Asn Ser Leu Asn
450 455 460
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465 470 475 480
Gly Trp Ile Asn Asn Ser Gly Ser Leu Phe Ile Ala Gly Ile Val Val
485 490 495
Ile Gly Leu Ile Val Leu Cys Ile Val Ile Ile Ile Tyr Ile Asn Val
500 505 510
Gln Ile Ile Arg Glu Val Asn Arg Leu Arg Ser Phe Ile Tyr Arg Asp
515 520 525
Tyr Val Leu Asp His Asp Lys Ala Pro Tyr Ser Pro Glu Ser Ser Ser
530 535 540
Pro His Arg Lys Ser Leu Lys Thr Val Ser
545 550
<210> 29
<211> 544
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 5
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 29
Met Leu Gln Leu Pro Leu Thr Ile Leu Leu Ser Ile Leu Ser Ala His
1 5 10 15
Gln Ser Leu Cys Leu Asp Asn Ser Lys Leu Ile His Ala Gly Ile Met
20 25 30
Ser Thr Thr Glu Arg Glu Val Asn Val Tyr Ala Gln Ser Ile Thr Gly
35 40 45
Ser Ile Val Val Arg Leu Ile Pro Asn Ile Pro Ser Asn His Lys Ser
50 55 60
Cys Ala Thr Ser Gln Ile Lys Leu Tyr Asn Asp Thr Leu Thr Arg Leu
65 70 75 80
Leu Thr Pro Ile Lys Ala Asn Leu Glu Gly Leu Ile Ser Ala Val Ser
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Gln Asp Gln Ser Gln Asn Ser Gly Lys Arg Lys Lys Arg Phe Val Gly
100 105 110
Ala Val Ile Gly Ala Ala Ala Leu Gly Leu Ala Thr Ala Ala Gln Val
115 120 125
Thr Ala Thr Val Ala Leu Asn Gln Ala Gln Glu Asn Ala Arg Asn Ile
130 135 140
Leu Arg Leu Lys Asn Ser Ile Gln Lys Thr Asn Glu Ala Val Met Glu
145 150 155 160
Leu Lys Asp Ala Val Gly Gln Thr Ala Val Ala Ile Asp Lys Thr Gln
165 170 175
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180 185 190
Glu Val Leu Gly Asn Lys Ile Gly Val Gln Leu Ser Leu Tyr Leu Thr
195 200 205
Glu Leu Thr Thr Val Phe Gly Asn Gln Leu Thr Asn Pro Ala Leu Thr
210 215 220
Thr Leu Ser Leu Gln Ala Leu Tyr Asn Leu Cys Gly Asp Asp Phe Asn
225 230 235 240
Tyr Leu Ile Asn Leu Leu Asn Ala Lys Asn Arg Asn Leu Ala Ser Leu
245 250 255
Tyr Glu Ala Asn Leu Ile Gln Gly Arg Ile Thr Gln Tyr Asp Ser Met
260 265 270
Asn Gln Leu Leu Ile Ile Gln Val Gln Ile Pro Ser Ile Ser Thr Val
275 280 285
Ser Gly Met Arg Val Thr Glu Leu Phe Thr Leu Ser Val Asp Thr Pro
290 295 300
Ile Gly Glu Gly Lys Ala Leu Val Pro Lys Tyr Val Leu Ser Ser Gly
305 310 315 320
Arg Ile Met Glu Glu Val Asp Leu Ser Ser Cys Ala Ile Thr Ser Thr
325 330 335
Ser Val Phe Cys Ser Ser Ile Ile Ser Arg Pro Leu Pro Leu Glu Thr
340 345 350
Ile Asn Cys Leu Asn Gly Asn Val Thr Gln Cys Gln Phe Thr Ala Asn
355 360 365
Thr Gly Thr Leu Glu Ser Arg Tyr Ala Val Ile Gly Gly Leu Val Ile
370 375 380
Ala Asn Cys Lys Ala Ile Val Cys Arg Cys Leu Asn Pro Pro Gly Val
385 390 395 400
Ile Ala Gln Asn Leu Gly Leu Pro Ile Thr Ile Ile Ser Ser Asn Thr
405 410 415
Cys Gln Arg Ile Asn Leu Glu Gln Ile Thr Leu Ser Leu Gly Asn Ser
420 425 430
Ile Leu Ser Thr Tyr Ser Ala Asn Leu Ser Gln Val Glu Met Asn Leu
435 440 445
Ala Pro Ser Asn Pro Leu Asp Ile Ser Val Glu Leu Asn Arg Val Asn
450 455 460
Thr Ser Leu Ser Lys Val Glu Ser Leu Ile Lys Glu Ser Asn Ser Ile
465 470 475 480
Leu Asp Ser Val Asn Pro Gln Ile Leu Asn Val Lys Thr Val Ile Ile
485 490 495
Leu Ala Val Ile Ile Gly Leu Ile Val Val Trp Cys Phe Ile Leu Thr
500 505 510
Cys Leu Ile Val Arg Gly Phe Met Leu Leu Val Lys Gln Gln Lys Phe
515 520 525
Lys Gly Leu Ser Val Gln Asn Asn Pro Tyr Val Ser Asn Asn Ser His
530 535 540
<210> 30
<211> 557
<212> PRT
<213> Cedar virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion glycoprotein
<400> 30
Met Ser Asn Lys Arg Thr Thr Val Leu Ile Ile Ile Ser Tyr Thr Leu
1 5 10 15
Phe Tyr Leu Asn Asn Ala Ala Ile Val Gly Phe Asp Phe Asp Lys Leu
20 25 30
Asn Lys Ile Gly Val Val Gln Gly Arg Val Leu Asn Tyr Lys Ile Lys
35 40 45
Gly Asp Pro Met Thr Lys Asp Leu Val Leu Lys Phe Ile Pro Asn Ile
50 55 60
Val Asn Ile Thr Glu Cys Val Arg Glu Pro Leu Ser Arg Tyr Asn Glu
65 70 75 80
Thr Val Arg Arg Leu Leu Leu Pro Ile His Asn Met Leu Gly Leu Tyr
85 90 95
Leu Asn Asn Thr Asn Ala Lys Met Thr Gly Leu Met Ile Ala Gly Val
100 105 110
Ile Met Gly Gly Ile Ala Ile Gly Ile Ala Thr Ala Ala Gln Ile Thr
115 120 125
Ala Gly Phe Ala Leu Tyr Glu Ala Lys Lys Asn Thr Glu Asn Ile Gln
130 135 140
Lys Leu Thr Asp Ser Ile Met Lys Thr Gln Asp Ser Ile Asp Lys Leu
145 150 155 160
Thr Asp Ser Val Gly Thr Ser Ile Leu Ile Leu Asn Lys Leu Gln Thr
165 170 175
Tyr Ile Asn Asn Gln Leu Val Pro Asn Leu Glu Leu Leu Ser Cys Arg
180 185 190
Gln Asn Lys Ile Glu Phe Asp Leu Met Leu Thr Lys Tyr Leu Val Asp
195 200 205
Leu Met Thr Val Ile Gly Pro Asn Ile Asn Asn Pro Val Asn Lys Asp
210 215 220
Met Thr Ile Gln Ser Leu Ser Leu Leu Phe Asp Gly Asn Tyr Asp Ile
225 230 235 240
Met Met Ser Glu Leu Gly Tyr Thr Pro Gln Asp Phe Leu Asp Leu Ile
245 250 255
Glu Ser Lys Ser Ile Thr Gly Gln Ile Ile Tyr Val Asp Met Glu Asn
260 265 270
Leu Tyr Val Val Ile Arg Thr Tyr Leu Pro Thr Leu Ile Glu Val Pro
275 280 285
Asp Ala Gln Ile Tyr Glu Phe Asn Lys Ile Thr Met Ser Ser Asn Gly
290 295 300
Gly Glu Tyr Leu Ser Thr Ile Pro Asn Phe Ile Leu Ile Arg Gly Asn
305 310 315 320
Tyr Met Ser Asn Ile Asp Val Ala Thr Cys Tyr Met Thr Lys Ala Ser
325 330 335
Val Ile Cys Asn Gln Asp Tyr Ser Leu Pro Met Ser Gln Asn Leu Arg
340 345 350
Ser Cys Tyr Gln Gly Glu Thr Glu Tyr Cys Pro Val Glu Ala Val Ile
355 360 365
Ala Ser His Ser Pro Arg Phe Ala Leu Thr Asn Gly Val Ile Phe Ala
370 375 380
Asn Cys Ile Asn Thr Ile Cys Arg Cys Gln Asp Asn Gly Lys Thr Ile
385 390 395 400
Thr Gln Asn Ile Asn Gln Phe Val Ser Met Ile Asp Asn Ser Thr Cys
405 410 415
Asn Asp Val Met Val Asp Lys Phe Thr Ile Lys Val Gly Lys Tyr Met
420 425 430
Gly Arg Lys Asp Ile Asn Asn Ile Asn Ile Gln Ile Gly Pro Gln Ile
435 440 445
Ile Ile Asp Lys Val Asp Leu Ser Asn Glu Ile Asn Lys Met Asn Gln
450 455 460
Ser Leu Lys Asp Ser Ile Phe Tyr Leu Arg Glu Ala Lys Arg Ile Leu
465 470 475 480
Asp Ser Val Asn Ile Ser Leu Ile Ser Pro Ser Val Gln Leu Phe Leu
485 490 495
Ile Ile Ile Ser Val Leu Ser Phe Ile Ile Leu Leu Ile Ile Ile Val
500 505 510
Tyr Leu Tyr Cys Lys Ser Lys His Ser Tyr Lys Tyr Asn Lys Phe Ile
515 520 525
Asp Asp Pro Asp Tyr Tyr Asn Asp Tyr Lys Arg Glu Arg Ile Asn Gly
530 535 540
Lys Ala Ser Lys Ser Asn Asn Ile Tyr Tyr Val Gly Asp
545 550 555
<210> 31
<211> 546
<212> PRT
<213> Rinderpest morbillivirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> F protein
<400> 31
Met Gly Ile Leu Phe Ala Ala Leu Leu Ala Met Thr Asn Pro His Leu
1 5 10 15
Ala Thr Gly Gln Ile His Trp Gly Asn Leu Ser Lys Ile Gly Val Val
20 25 30
Gly Thr Gly Ser Ala Ser Tyr Lys Val Met Thr Gln Ser Ser His Gln
35 40 45
Ser Leu Val Ile Lys Leu Met Pro Asn Val Thr Ala Ile Asp Asn Cys
50 55 60
Thr Lys Thr Glu Ile Met Glu Tyr Lys Arg Leu Leu Gly Thr Val Leu
65 70 75 80
Lys Pro Ile Arg Glu Ala Leu Asn Ala Ile Thr Lys Asn Ile Lys Pro
85 90 95
Ile Gln Ser Ser Thr Thr Ser Arg Arg His Lys Arg Phe Ala Gly Val
100 105 110
Val Leu Ala Gly Ala Ala Leu Gly Val Ala Thr Ala Ala Gln Ile Thr
115 120 125
Ala Gly Ile Ala Leu His Gln Ser Met Met Asn Ser Gln Ala Ile Glu
130 135 140
Ser Leu Lys Ala Ser Leu Glu Thr Thr Asn Gln Ala Ile Glu Glu Ile
145 150 155 160
Arg Gln Ala Gly Gln Glu Met Val Leu Ala Val Gln Gly Val Gln Asp
165 170 175
Tyr Ile Asn Asn Glu Leu Val Pro Ala Met Gly Gln Leu Ser Cys Glu
180 185 190
Ile Val Gly Gln Lys Leu Gly Leu Lys Leu Leu Arg Tyr Tyr Thr Glu
195 200 205
Ile Leu Ser Leu Phe Gly Pro Ser Leu Arg Asp Pro Val Ser Ala Glu
210 215 220
Leu Ser Ile Gln Ala Leu Ser Tyr Ala Leu Gly Gly Asp Ile Asn Lys
225 230 235 240
Ile Leu Glu Lys Leu Gly Tyr Ser Gly Ser Asp Leu Leu Ala Ile Leu
245 250 255
Glu Ser Lys Gly Ile Lys Ala Lys Ile Thr Tyr Val Asp Ile Glu Ser
260 265 270
Tyr Phe Ile Val Leu Ser Ile Ala Tyr Pro Ser Leu Ser Glu Ile Lys
275 280 285
Gly Val Ile Val His Arg Leu Glu Ser Val Ser Tyr Asn Ile Gly Ser
290 295 300
Gln Glu Trp Tyr Thr Thr Val Pro Arg Tyr Val Ala Thr Gln Gly Tyr
305 310 315 320
Leu Ile Ser Asn Phe Asp Asp Thr Pro Cys Ala Phe Thr Pro Glu Gly
325 330 335
Thr Ile Cys Ser Gln Asn Ala Leu Tyr Pro Met Ser Pro Leu Leu Gln
340 345 350
Glu Cys Phe Arg Gly Ser Thr Arg Ser Cys Ala Arg Thr Leu Val Ser
355 360 365
Gly Ser Ile Gly Asn Arg Phe Ile Leu Ser Lys Gly Asn Leu Ile Ala
370 375 380
Asn Cys Ala Ser Ile Leu Cys Lys Cys Tyr Thr Thr Gly Ser Ile Ile
385 390 395 400
Ser Gln Asp Pro Asp Lys Ile Leu Thr Tyr Ile Ala Ala Asp Gln Cys
405 410 415
Pro Val Val Glu Val Gly Gly Val Thr Ile Gln Val Gly Ser Arg Glu
420 425 430
Tyr Ser Asp Ala Val Tyr Leu His Glu Ile Asp Leu Gly Pro Pro Ile
435 440 445
Ser Leu Glu Lys Leu Asp Val Gly Thr Asn Leu Trp Asn Ala Val Thr
450 455 460
Lys Leu Glu Lys Ala Lys Asp Leu Leu Asp Ser Ser Asp Leu Ile Leu
465 470 475 480
Glu Asn Ile Lys Gly Val Ser Val Thr Asn Thr Gly Tyr Ile Leu Val
485 490 495
Gly Val Gly Leu Ile Ala Val Val Gly Ile Leu Ile Ile Thr Cys Cys
500 505 510
Cys Lys Lys Arg Arg Ser Asp Asn Lys Val Ser Thr Met Val Leu Asn
515 520 525
Pro Gly Leu Arg Pro Asp Leu Thr Gly Thr Ser Lys Ser Tyr Val Arg
530 535 540
Ser Leu
545
<210> 32
<211> 536
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 10
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 32
Met Thr Arg Thr Arg Leu Leu Phe Leu Leu Thr Cys Tyr Ile Pro Gly
1 5 10 15
Ala Val Ser Leu Asp Asn Ser Ile Leu Ala Pro Ala Gly Ile Ile Ser
20 25 30
Ala Ser Glu Arg Gln Ile Ala Ile Tyr Thr Gln Thr Leu Gln Gly Thr
35 40 45
Ile Ala Leu Arg Phe Ile Pro Val Leu Pro Gln Asn Leu Ser Ser Cys
50 55 60
Ala Lys Asp Thr Leu Glu Ser Tyr Asn Ser Thr Val Ser Asn Leu Leu
65 70 75 80
Leu Pro Ile Ala Glu Asn Leu Asn Ala Leu Leu Lys Asp Ala Asp Lys
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Pro Ser Gln Arg Ile Ile Gly Ala Ile Ile Gly Ser Val Ala Leu Gly
100 105 110
Val Ala Thr Thr Ala Gln Val Thr Ala Ala Leu Ala Met Thr Gln Ala
115 120 125
Gln Gln Asn Ala Arg Asn Ile Trp Lys Leu Lys Glu Ser Ile Lys Asn
130 135 140
Thr Asn Gln Ala Val Leu Glu Leu Lys Asp Gly Leu Gln Gln Ser Ala
145 150 155 160
Ile Ala Leu Asp Lys Val Gln Ser Phe Ile Asn Ser Glu Ile Leu Pro
165 170 175
Gln Ile Asn Gln Leu Gly Cys Glu Val Ala Ala Asn Lys Leu Gly Ile
180 185 190
Phe Leu Ser Leu Tyr Leu Thr Glu Ile Thr Thr Val Phe Lys Asn Gln
195 200 205
Ile Thr Asn Pro Ala Leu Ser Thr Leu Ser Tyr Gln Ala Leu Tyr Asn
210 215 220
Leu Cys Gly Gly Asn Met Ala Ala Leu Thr Lys Gln Ile Gly Ile Lys
225 230 235 240
Asp Thr Glu Ile Asn Ser Leu Tyr Glu Ala Glu Leu Ile Thr Gly Gln
245 250 255
Val Ile Gly Tyr Asp Ser Ala Asp Gln Ile Leu Leu Ile Gln Val Ser
260 265 270
Tyr Pro Ser Val Ser Arg Val Gln Gly Val Arg Ala Val Glu Leu Leu
275 280 285
Thr Val Ser Val Ala Thr Pro Lys Gly Glu Gly Lys Ala Ile Ala Pro
290 295 300
Ser Phe Ile Ala Gln Ser Asn Ile Ile Ala Glu Glu Leu Asp Thr Gln
305 310 315 320
Pro Cys Lys Phe Ser Lys Thr Thr Leu Tyr Cys Arg Gln Val Asn Thr
325 330 335
Arg Thr Leu Pro Val Arg Val Ala Asn Cys Leu Lys Gly Lys Tyr Asn
340 345 350
Asp Cys Gln Tyr Thr Thr Glu Ile Gly Ala Leu Ala Ser Arg Tyr Val
355 360 365
Thr Ile Thr Asn Gly Val Val Ala Asn Cys Arg Ser Ile Ile Cys Arg
370 375 380
Cys Leu Asp Pro Glu Gly Ile Val Ala Gln Asn Ser Asp Ala Ala Ile
385 390 395 400
Thr Val Ile Asp Arg Ser Thr Cys Lys Leu Ile Gln Leu Gly Asp Ile
405 410 415
Thr Leu Arg Leu Glu Gly Lys Leu Ser Ser Ser Tyr Ser Lys Asn Ile
420 425 430
Thr Ile Asp Ile Ser Gln Val Thr Thr Ser Gly Ser Leu Asp Ile Ser
435 440 445
Ser Glu Leu Gly Ser Ile Asn Asn Thr Ile Thr Lys Val Glu Asp Leu
450 455 460
Ile Ser Lys Ser Asn Asp Trp Leu Ser Lys Val Asn Pro Thr Leu Ile
465 470 475 480
Ser Asn Asp Thr Ile Ile Ala Leu Cys Val Ile Ala Gly Ile Val Val
485 490 495
Ile Trp Leu Val Ile Ile Thr Ile Leu Ser Tyr Tyr Ile Leu Ile Lys
500 505 510
Leu Lys Asn Val Ala Leu Leu Ser Thr Met Pro Lys Lys Asp Leu Asn
515 520 525
Pro Tyr Val Asn Asn Thr Lys Phe
530 535
<210> 33
<211> 552
<212> PRT
<213> Dolphin morbillivirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 33
Met Ala Ala Ser Asn Gly Gly Val Met Tyr Gln Ser Phe Leu Thr Ile
1 5 10 15
Ile Ile Leu Val Ile Met Thr Glu Gly Gln Ile His Trp Gly Asn Leu
20 25 30
Ser Lys Ile Gly Ile Val Gly Thr Gly Ser Ala Ser Tyr Lys Val Met
35 40 45
Thr Arg Pro Asn His Gln Tyr Leu Val Ile Lys Leu Met Pro Asn Val
50 55 60
Thr Met Ile Asp Asn Cys Thr Arg Thr Glu Val Thr Glu Tyr Arg Lys
65 70 75 80
Leu Leu Lys Thr Val Leu Glu Pro Val Lys Asn Ala Leu Thr Val Ile
85 90 95
Thr Lys Asn Ile Lys Pro Ile Gln Ser Leu Thr Thr Ser Arg Arg Ser
100 105 110
Lys Arg Phe Ala Gly Val Val Leu Ala Gly Val Ala Leu Gly Val Ala
115 120 125
Thr Ala Ala Gln Ile Thr Ala Gly Val Ala Leu His Gln Ser Ile Met
130 135 140
Asn Ser Gln Ser Ile Asp Asn Leu Arg Thr Ser Leu Glu Lys Ser Asn
145 150 155 160
Gln Ala Ile Glu Glu Ile Arg Gln Ala Ser Gln Glu Thr Val Leu Ala
165 170 175
Val Gln Gly Val Gln Asp Phe Ile Asn Asn Glu Leu Ile Pro Ser Met
180 185 190
His Gln Leu Ser Cys Glu Met Leu Gly Gln Lys Leu Gly Leu Lys Leu
195 200 205
Leu Arg Tyr Tyr Thr Glu Ile Leu Ser Ile Phe Gly Pro Ser Leu Arg
210 215 220
Asp Pro Val Ser Ala Glu Ile Ser Ile Gln Ala Leu Ser Tyr Ala Leu
225 230 235 240
Gly Gly Asp Ile Asn Lys Ile Leu Glu Lys Leu Gly Tyr Ser Gly Ala
245 250 255
Asp Leu Leu Ala Ile Leu Glu Ser Arg Gly Ile Lys Ala Lys Val Thr
260 265 270
His Val Asp Leu Glu Gly Tyr Phe Ile Val Leu Ser Ile Ala Tyr Pro
275 280 285
Thr Leu Ser Glu Val Lys Gly Val Ile Val His Lys Leu Glu Ala Val
290 295 300
Ser Tyr Asn Leu Gly Ser Gln Glu Trp Tyr Thr Thr Leu Pro Lys Tyr
305 310 315 320
Val Ala Thr Asn Gly Tyr Leu Ile Ser Asn Phe Asp Glu Ser Ser Cys
325 330 335
Ala Phe Met Ser Glu Val Thr Ile Cys Ser Gln Asn Ala Leu Tyr Pro
340 345 350
Met Ser Pro Leu Leu Gln Gln Cys Leu Arg Gly Ser Thr Ala Ser Cys
355 360 365
Ala Arg Ser Leu Val Ser Gly Thr Ile Gly Asn Arg Phe Ile Leu Ser
370 375 380
Lys Gly Asn Leu Ile Ala Asn Cys Ala Ser Val Leu Cys Lys Cys Tyr
385 390 395 400
Ser Thr Gly Thr Ile Ile Ser Gln Asp Pro Asp Lys Leu Leu Thr Phe
405 410 415
Val Ala Ala Asp Lys Cys Pro Leu Val Glu Val Asp Gly Ile Thr Ile
420 425 430
Gln Val Gly Ser Arg Glu Tyr Pro Asp Ser Val Tyr Val Ser Arg Ile
435 440 445
Asp Leu Gly Pro Ala Ile Ser Leu Glu Lys Leu Asp Val Gly Thr Asn
450 455 460
Leu Gly Ser Ala Leu Thr Lys Leu Asp Asn Ala Lys Asp Leu Leu Asp
465 470 475 480
Ser Ser Asn Gln Ile Leu Glu Asn Val Arg Arg Ser Ser Phe Gly Gly
485 490 495
Ala Met Tyr Ile Gly Ile Leu Val Cys Ala Gly Ala Leu Val Ile Leu
500 505 510
Cys Val Leu Val Tyr Cys Cys Arg Arg His Cys Arg Lys Arg Val Gln
515 520 525
Thr Pro Pro Lys Ala Thr Pro Gly Leu Lys Pro Asp Leu Thr Gly Thr
530 535 540
Thr Lys Ser Tyr Val Arg Ser Leu
545 550
<210> 34
<211> 552
<212> PRT
<213> Mossman virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 34
Met Ser Asn Tyr Phe Pro Ala Arg Val Ile Ile Ile Val Ser Leu Ile
1 5 10 15
Thr Ala Val Ser Cys Gln Ile Ser Phe Gln Asn Leu Ser Thr Ile Gly
20 25 30
Val Phe Lys Phe Lys Glu Tyr Asp Tyr Arg Val Ser Gly Asp Tyr Asn
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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100 105 110
Val Ala Leu Gly Val Ala Thr Ala Ala Gln Val Thr Ala Gly Val Ala
115 120 125
Leu Tyr Glu Ala Arg Gln Asn Ala Ala Ala Ile Ala Glu Ile Lys Glu
130 135 140
Ser Leu His Tyr Thr His Lys Ala Ile Glu Ser Leu Gln Ile Ser Gln
145 150 155 160
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165 170 175
Asn Ile Ile Pro Gln Ile Asn Ala Leu Thr Cys Glu Ile Ala Asn Gln
180 185 190
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210 215 220
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225 230 235 240
Leu Gly Tyr Ser Ser Lys Asp Leu Arg Tyr Ile Leu Ser Val Asn Gly
245 250 255
Ile Ser Ala Asn Ile Ile Asp Ala Asp Pro Glu Ile Gly Ser Ile Ile
260 265 270
Leu Arg Ile Arg Tyr Pro Ser Met Ile Lys Ile Pro Asp Val Ala Val
275 280 285
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290 295 300
Thr Val Gly Pro Arg Phe Ile Leu Lys Arg Gly Tyr Ser Leu Ser Asn
305 310 315 320
Leu Asp Ile Thr Ser Cys Thr Ile Gly Glu Asp Phe Leu Leu Cys Ser
325 330 335
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340 345 350
Gly Asp Thr Gln Met Cys Ser Arg Thr Ala Val Gln Asp Arg Glu Ala
355 360 365
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370 375 380
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385 390 395 400
Ala Tyr Pro Leu Met Val Leu Gly Ser Asp Thr Cys Lys Ile His Tyr
405 410 415
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420 425 430
Thr Val Leu Asn Thr Leu Ser Leu Gly Pro Ile Val Val Leu Asn Pro
435 440 445
Ile Asp Val Ser Asn Gln Leu Ser Leu Val Glu Thr Thr Val Lys Glu
450 455 460
Ser Glu Asp His Leu Lys Asn Ala Ile Gly Ala Leu Arg Ser Gln Ser
465 470 475 480
Arg Val Gly Gly Val Gly Ile Val Ala Ile Val Gly Leu Ile Ile Ala
485 490 495
Thr Val Ser Leu Val Val Leu Val Ile Ser Gly Cys Cys Leu Val Lys
500 505 510
Tyr Phe Ser Arg Thr Ala Thr Leu Glu Ser Ser Leu Thr Thr Ile Glu
515 520 525
His Gly Pro Thr Leu Ala Pro Lys Ser Gly Pro Ile Ile Pro Thr Tyr
530 535 540
Ile Asn Pro Val Tyr Arg His Asp
545 550
<210> 35
<211> 544
<212> PRT
<213> J-virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 35
Met Lys Pro Val Ala Leu Ile Tyr Leu Thr Ile Leu Ala Phe Thr Val
1 5 10 15
Lys Val Arg Ser Gln Leu Ala Leu Ser Asp Leu Thr Lys Ile Gly Ile
20 25 30
Ile Pro Ala Lys Ser Tyr Glu Leu Lys Ile Ser Thr Gln Ala Ala Gln
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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100 105 110
Ile Gly Gly Val Ala Leu Gly Val Ala Thr Ser Ala Gln Ile Thr Ala
115 120 125
Gly Val Ala Leu His Asn Ser Ile Gln Asn Ala Asn Ala Ile Leu Gln
130 135 140
Leu Lys Glu Ser Ile Arg Asn Ser Asn Lys Ala Ile Glu Glu Leu Gln
145 150 155 160
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165 170 175
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180 185 190
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195 200 205
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210 215 220
Ser Ile Gln Ala Ile Ala Lys Ala Phe Asn Gly Asp Phe Asp Ser Met
225 230 235 240
Met Lys Lys Met His Tyr Thr Asp Ser Asp Phe Leu Asp Leu Leu Glu
245 250 255
Ser Asp Ser Ile Arg Gly Arg Ile Ile Ser Val Ser Leu Glu Asp Tyr
260 265 270
Leu Ile Ile Ile Gln Ile Asp Tyr Pro Gly Leu Thr Thr Ile Pro Asn
275 280 285
Ser Val Val Gln Thr Phe Asn Leu Ile Thr Tyr Asn Tyr Lys Gly Thr
290 295 300
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305 310 315 320
Ile Ser Asn Ile Asp Ile Ser Gln Cys Val Gly Thr Ser Lys Ser Met
325 330 335
Ile Cys Lys Ser Asp Thr Ser Thr Thr Ile Ser Pro Ala Thr Trp Ala
340 345 350
Cys Ala Thr Gly Asn Leu Thr Ser Cys Ala Arg Thr Arg Val Val Asn
355 360 365
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370 375 380
Cys Ala Pro Ile Ala Cys Arg Cys Gln Asp Pro Gln Tyr Ser Ile Asn
385 390 395 400
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405 410 415
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420 425 430
Asp Arg Ala Met Tyr Ala Glu Asp Val Ala Leu Gly Gly Ser Val Ser
435 440 445
Val Asp Pro Ile Asp Ile Gly Asn Glu Leu Asn Ser Ile Asn Glu Ser
450 455 460
Ile Asn Lys Ser His Glu Tyr Leu Asp Lys Ala Asn Glu Leu Leu Glu
465 470 475 480
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485 490 495
Val Ile Ser Ile Leu Leu Ile Ile Trp Phe Ile Val Thr Leu Val Trp
500 505 510
Leu Ile Tyr Leu Thr Lys His Met Asn Phe Ile Val Gly Lys Val Ala
515 520 525
Met Gly Ser Arg Ser Ser Thr Val Asn Ser Leu Ser Gly Phe Val Gly
530 535 540
<210> 36
<211> 537
<212> PRT
<213> Mapuera virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 36
Met Arg Ser Ser Leu Phe Leu Val Leu Thr Leu Leu Val Pro Phe Ala
1 5 10 15
His Ser Ile Asp Ser Ile Thr Leu Glu Gln Tyr Gly Thr Val Ile Thr
20 25 30
Ser Val Arg Ser Leu Ala Tyr Phe Leu Glu Thr Asn Pro Thr Tyr Ile
35 40 45
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50 55 60
Tyr His Ser Ile Glu Asn Tyr Asn Leu Thr Leu Thr Lys Leu Leu Leu
65 70 75 80
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85 90 95
Arg Arg Lys Lys Arg Phe Ala Gly Val Ala Val Gly Leu Ala Ala Leu
100 105 110
Gly Val Ala Thr Ala Ala Gln Val Thr Ala Ala Ile Ala Val Val Lys
115 120 125
Ala Lys Glu Asn Ser Ala Lys Ile Ala Gln Leu Thr Ser Ala Ile Ser
130 135 140
Glu Thr Asn Arg Ala Val Gln Asp Leu Ile Glu Gly Ser Lys Gln Leu
145 150 155 160
Ala Val Ala Val Gln Ala Ile Gln Asp Gln Ile Asn Asn Val Ile Gln
165 170 175
Pro Gln Leu Thr Asn Leu Ser Cys Gln Val Ala Asp Ala Gln Val Gly
180 185 190
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195 200 205
Gln Ile Thr Asn Ser Ala Leu Thr Pro Ile Thr Ile Gln Ala Leu Arg
210 215 220
Ser Leu Leu Gly Ser Thr Leu Pro Gln Val Val Thr Ser Thr Ile Lys
225 230 235 240
Thr Asp Val Pro Leu Gln Asp Leu Leu Thr Ser Gly Leu Leu Lys Gly
245 250 255
Gln Ile Val Tyr Leu Asp Leu Gln Ser Met Ile Met Val Val Ser Val
260 265 270
Ser Val Pro Thr Ile Ala Leu His Ser Met Ala Lys Val Tyr Thr Leu
275 280 285
Lys Ala Ile Ser Ala His Val Asn Asn Ala Glu Val Gln Met Gln Val
290 295 300
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305 310 315 320
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325 330 335
Gly Ser Ile Leu Ser Ala Thr Met Lys Met Cys Leu Asn Gly Asn Ile
340 345 350
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355 360 365
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370 375 380
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385 390 395 400
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405 410 415
Leu Glu Leu Pro Ile Ile Ser Ile Asn Asn Ala Thr Tyr Arg Pro Val
420 425 430
Gln Tyr Val Gly Pro Asn Gln Ile Ile Phe Ser Gln Pro Leu Asp Leu
435 440 445
Leu Ser Gln Leu Gly Lys Ile Asn Ser Ser Leu Ser Asp Ala Ile Glu
450 455 460
His Leu Ala Lys Ser Asp Glu Ile Leu Glu Gln Ile Gln Trp Asp Ser
465 470 475 480
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485 490 495
Val Val Ala Ile Val Gly Leu Leu Ile Ser Thr Arg Tyr Leu Ile Phe
500 505 510
Glu Ile Arg Arg Ile Asn Thr Thr Leu Thr Gln Gln Leu Ser Ser Tyr
515 520 525
Val Leu Ser Asn Lys Ile Ile Gln Tyr
530 535
<210> 37
<211> 566
<212> PRT
<213> Nariva virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 37
Met Ala Glu Gln Glu Lys Thr Pro Leu Arg Tyr Lys Ile Leu Leu Ile
1 5 10 15
Ile Ile Val Ile Asn His Tyr Asn Ile Thr Asn Val Phe Gly Gln Ile
20 25 30
His Leu Ala Asn Leu Ser Ser Ile Gly Val Phe Val Thr Lys Thr Leu
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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85 90 95
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100 105 110
Lys Leu Phe Gly Glu Ile Ile Ala Gly Ala Ala Leu Thr Val Ala Thr
115 120 125
Ser Ala Gln Ile Thr Ala Gly Val Ala Leu Tyr Glu Ala Arg Gln Asn
130 135 140
Ala Lys Asp Ile Ala Ala Ile Lys Glu Ser Leu Gly Tyr Ala Tyr Lys
145 150 155 160
Ala Ile Asp Lys Leu Thr Thr Ala Thr Arg Glu Ile Thr Val Val Ile
165 170 175
Asn Glu Leu Gln Asp Gln Ile Asn Asn Arg Leu Ile Pro Arg Ile Asn
180 185 190
Asp Leu Ala Cys Glu Val Trp Ala Thr Arg Leu Gln Ala Met Leu Leu
195 200 205
Gln Tyr Tyr Ala Glu Ile Phe Ser Val Ile Gly Pro Asn Leu Gln Asp
210 215 220
Pro Leu Ser Gly Lys Ile Ser Ile Gln Ala Leu Ala Arg Ala Ala Gly
225 230 235 240
Gly Asn Ile Lys Leu Met Val Asp Glu Leu Asn Tyr Ser Gly Gln Asp
245 250 255
Leu Ser Arg Leu Val Lys Val Gly Ala Ile Lys Gly Gln Ile Ile Asp
260 265 270
Ala Asp Pro Ser Leu Gly Val Val Ile Ile Lys Met Arg Tyr Pro Asn
275 280 285
Ile Ile Lys Ile Pro Asn Val Ala Ile Ser Glu Leu Ser Tyr Val Ser
290 295 300
Tyr Ser Ser Asp Gly Gln Asp Trp Ile Thr Thr Gly Pro Asn Tyr Ile
305 310 315 320
Val Thr Arg Gly Tyr Ser Ile Ala Asn Ile Gln Thr Ser Ser Cys Ser
325 330 335
Val Gly Asp Asp Phe Val Leu Cys Asp Arg Asp Met Thr Tyr Pro Met
340 345 350
Ser Gln Val Thr Gln Asp Cys Leu Arg Gly Asn Ile Ala Leu Cys Ser
355 360 365
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370 375 380
Gly Asn Met Val Ala Asn Cys Met Ser Ile Thr Cys Arg Cys Glu Glu
385 390 395 400
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405 410 415
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420 425 430
Leu Gly Val Arg Lys Leu Pro Thr Ile Ser Val Ile Asn Asn Ile Thr
435 440 445
Leu Gly Pro Ile Ile Thr Thr Asp Pro Ile Asp Val Ser Asn Gln Leu
450 455 460
Asn Ala Val Val Ser Thr Ile Asp Gln Ser Ala Glu Leu Leu His Gln
465 470 475 480
Ala Gln Arg Val Leu Ser Glu Arg Ala Arg Gly Ala Arg Asp His Ile
485 490 495
Leu Ala Thr Ala Ala Ile Val Ile Cys Val Val Leu Ala Val Leu Ile
500 505 510
Leu Val Leu Leu Ile Gly Leu Val Tyr Leu Tyr Arg Thr Gln Asn Glu
515 520 525
Ile Leu Val Lys Thr Thr Met Leu Glu Gln Val Pro Thr Phe Ala Pro
530 535 540
Lys Ser Phe Pro Met Glu Ser Gln Ile Tyr Ser Gly Lys Thr Asn Lys
545 550 555 560
Gly Tyr Asp Pro Ala Glu
565
<210> 38
<211> 662
<212> PRT
<213> Bat paramyxovirus Eid_hel/GH-M74a/GHA/2009
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 38
Met Lys Lys Lys Thr Asp Asn Pro Thr Ile Ser Lys Arg Gly His Asn
1 5 10 15
His Ser Arg Gly Ile Lys Ser Arg Ala Leu Leu Arg Glu Thr Asp Asn
20 25 30
Tyr Ser Asn Gly Leu Ile Val Glu Asn Leu Val Arg Asn Cys His His
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
Lys His Leu Ile Asp Lys Ser Tyr Lys His Ile Lys Arg Gly Lys Arg
85 90 95
Arg Asn Gly His Asn Gly Asn Ile Ile Thr Ile Ile Leu Leu Leu Ile
100 105 110
Leu Ile Leu Lys Thr Gln Met Ser Glu Gly Ala Ile His Tyr Glu Thr
115 120 125
Leu Ser Lys Ile Gly Leu Ile Lys Gly Ile Thr Arg Glu Tyr Lys Val
130 135 140
Lys Gly Thr Pro Ser Ser Lys Asp Ile Val Ile Lys Leu Ile Pro Asn
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Val Thr Gly Leu Asn Lys Cys Thr Asn Ile Ser Met Glu Asn Tyr Lys
165 170 175
Glu Gln Leu Asp Lys Ile Leu Ile Pro Ile Asn Asn Ile Ile Glu Leu
180 185 190
Tyr Ala Asn Ser Thr Lys Ser Ala Pro Gly Asn Ala Arg Phe Ala Gly
195 200 205
Val Ile Ile Ala Gly Val Ala Leu Gly Val Ala Ala Ala Ala Gln Ile
210 215 220
Thr Ala Gly Ile Ala Leu His Glu Ala Arg Gln Asn Ala Glu Arg Ile
225 230 235 240
Asn Leu Leu Lys Asp Ser Ile Ser Ala Thr Asn Asn Ala Val Ala Glu
245 250 255
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260 265 270
Asp Tyr Ile Asn Thr Asn Leu Val Pro Gln Ile Asp Lys Leu Gln Cys
275 280 285
Ser Gln Ile Lys Thr Ala Leu Asp Ile Ser Leu Ser Gln Tyr Tyr Ser
290 295 300
Glu Ile Leu Thr Val Phe Gly Pro Asn Leu Gln Asn Pro Val Thr Thr
305 310 315 320
Ser Met Ser Ile Gln Ala Ile Ser Gln Ser Phe Gly Gly Asn Ile Asp
325 330 335
Leu Leu Leu Asn Leu Leu Gly Tyr Thr Ala Asn Asp Leu Leu Asp Leu
340 345 350
Leu Glu Ser Lys Ser Ile Thr Gly Gln Ile Thr Tyr Ile Asn Leu Glu
355 360 365
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370 375 380
Ser Asn Ala Tyr Val Gln Glu Leu Ile Lys Ile Ser Phe Asn Val Asp
385 390 395 400
Gly Ser Glu Trp Val Ser Leu Val Pro Ser Tyr Ile Leu Ile Arg Asn
405 410 415
Ser Tyr Leu Ser Asn Ile Asp Ile Ser Glu Cys Leu Ile Thr Lys Asn
420 425 430
Ser Val Ile Cys Arg His Asp Phe Ala Met Pro Met Ser Tyr Thr Leu
435 440 445
Lys Glu Cys Leu Thr Gly Asp Thr Glu Lys Cys Pro Arg Glu Ala Val
450 455 460
Val Thr Ser Tyr Val Pro Arg Phe Ala Ile Ser Gly Gly Val Ile Tyr
465 470 475 480
Ala Asn Cys Leu Ser Thr Thr Cys Gln Cys Tyr Gln Thr Gly Lys Val
485 490 495
Ile Ala Gln Asp Gly Ser Gln Thr Leu Met Met Ile Asp Asn Gln Thr
500 505 510
Cys Ser Ile Val Arg Ile Glu Glu Ile Leu Ile Ser Thr Gly Lys Tyr
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545 550 555 560
Gln Ser Ile Glu Gln Ser Lys Phe Tyr Leu Asp Lys Ser Lys Ala Ile
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Leu Asp Lys Ile Asn Leu Asn Leu Ile Gly Ser Val Pro Ile Ser Ile
580 585 590
Leu Phe Ile Ile Ala Ile Leu Ser Leu Ile Leu Ser Ile Ile Thr Phe
595 600 605
Val Ile Val Met Ile Ile Val Arg Arg Tyr Asn Lys Tyr Thr Pro Leu
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Ile Asn Ser Asp Pro Ser Ser Arg Arg Ser Thr Ile Gln Asp Val Tyr
625 630 635 640
Ile Ile Pro Asn Pro Gly Glu His Ser Ile Arg Ser Ala Ala Arg Ser
645 650 655
Ile Asp Arg Asp Arg Asp
660
<210> 39
<211> 539
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 7
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 39
Met Arg Val Arg Pro Leu Ile Ile Ile Leu Val Leu Leu Val Leu Leu
1 5 10 15
Trp Leu Asn Ile Leu Pro Val Ile Gly Leu Asp Asn Ser Lys Ile Ala
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Gln Ala Gly Ile Ile Ser Ala Gln Glu Tyr Ala Val Asn Val Tyr Ser
35 40 45
Gln Ser Asn Glu Ala Tyr Ile Ala Leu Arg Thr Val Pro Tyr Ile Pro
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Pro His Asn Leu Ser Cys Phe Gln Asp Leu Ile Asn Thr Tyr Asn Thr
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Thr Ile Gln Asn Ile Phe Ser Pro Ile Gln Asp Gln Ile Thr Ser Ile
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Thr Ser Ala Ser Thr Leu Pro Ser Ser Arg Phe Ala Gly Leu Val Val
100 105 110
Gly Ala Ile Ala Leu Gly Val Ala Thr Ser Ala Gln Ile Thr Ala Ala
115 120 125
Val Ala Leu Thr Lys Ala Gln Gln Asn Ala Gln Glu Ile Ile Arg Leu
130 135 140
Arg Asp Ser Ile Gln Asn Thr Ile Asn Ala Val Asn Asp Ile Thr Val
145 150 155 160
Gly Leu Ser Ser Ile Gly Val Ala Leu Ser Lys Val Gln Asn Tyr Leu
165 170 175
Asn Asp Val Ile Asn Pro Ala Leu Gln Asn Leu Ser Cys Gln Val Ser
180 185 190
Ala Leu Asn Leu Gly Ile Gln Leu Asn Leu Tyr Leu Thr Glu Ile Thr
195 200 205
Thr Ile Phe Gly Pro Gln Ile Thr Asn Pro Ser Leu Thr Pro Leu Ser
210 215 220
Ile Gln Ala Leu Tyr Thr Leu Ala Gly Asp Asn Leu Met Gln Phe Leu
225 230 235 240
Thr Arg Tyr Gly Tyr Gly Glu Thr Ser Val Ser Ser Ile Leu Glu Ser
245 250 255
Gly Leu Ile Ser Ala Gln Ile Val Ser Phe Asp Lys Gln Thr Gly Ile
260 265 270
Ala Ile Leu Tyr Val Thr Leu Pro Ser Ile Ala Thr Leu Ser Gly Ser
275 280 285
Arg Val Thr Lys Leu Met Ser Val Ser Val Gln Thr Gly Val Gly Glu
290 295 300
Gly Ser Ala Ile Val Pro Ser Tyr Val Ile Gln Gln Gly Thr Val Ile
305 310 315 320
Glu Glu Phe Ile Pro Asp Ser Cys Ile Phe Thr Arg Ser Asp Val Tyr
325 330 335
Cys Thr Gln Leu Tyr Ser Lys Leu Leu Pro Asp Ser Ile Leu Gln Cys
340 345 350
Leu Gln Gly Ser Met Ala Asp Cys Gln Phe Thr Arg Ser Leu Gly Ser
355 360 365
Phe Ala Asn Arg Phe Met Thr Val Ala Gly Gly Val Ile Ala Asn Cys
370 375 380
Gln Thr Val Leu Cys Arg Cys Tyr Asn Pro Val Met Ile Ile Pro Gln
385 390 395 400
Asn Asn Gly Ile Ala Val Thr Leu Ile Asp Gly Ser Leu Cys Lys Glu
405 410 415
Leu Glu Leu Glu Gly Ile Arg Leu Thr Met Ala Asp Pro Val Phe Ala
420 425 430
Ser Tyr Ser Arg Asp Leu Ile Ile Asn Gly Asn Gln Phe Ala Pro Ser
435 440 445
Asp Ala Leu Asp Ile Ser Ser Glu Leu Gly Gln Leu Asn Asn Ser Ile
450 455 460
Ser Ser Ala Thr Asp Asn Leu Gln Lys Ala Gln Glu Ser Leu Asn Lys
465 470 475 480
Ser Ile Ile Pro Ala Ala Thr Ser Ser Trp Leu Ile Ile Leu Leu Phe
485 490 495
Val Leu Val Ser Ile Ser Leu Val Ile Gly Cys Ile Ser Ile Tyr Phe
500 505 510
Ile Tyr Lys His Ser Thr Thr Asn Arg Ser Arg Asn Leu Ser Ser Asp
515 520 525
Ile Ile Ser Asn Pro Tyr Ile Gln Lys Ala Asn
530 535
<210> 40
<211> 539
<212> PRT
<213> Tuhoko virus 2
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 40
Met Ala Pro Cys Val Leu Phe Leu Ser Ser Leu Leu Leu Ile Ser Thr
1 5 10 15
Ile Ser Pro Ser His Gly Ile Asn Gln Pro Ala Leu Arg Arg Ile Gly
20 25 30
Ala Ile Val Ser Ser Val Lys Gln Leu Lys Phe Tyr Ser Lys Thr Lys
35 40 45
Pro Asn Tyr Ile Ile Val Lys Leu Leu Pro Thr Ile Asn Leu Ser Lys
50 55 60
Ser Asn Cys Asn Leu Thr Ser Ile Asn Arg Tyr Lys Glu Ser Val Ile
65 70 75 80
Glu Ile Ile Lys Pro Leu Ala Asp Asn Ile Asp Asn Leu Asn Gln Lys
85 90 95
Leu Leu Pro Lys Asn Arg Arg Lys Arg Met Ala Gly Val Ala Ile Gly
100 105 110
Leu Ala Ala Leu Gly Val Ala Ala Ala Ala Gln Ala Thr Ala Ala Val
115 120 125
Ala Leu Val Glu Ala Arg Lys Asn Thr Gln Met Ile Gln Ser Leu Ala
130 135 140
Asp Ser Ile Gln Asp Thr Asn Ala Ala Val Gln Ala Val Asn Ile Gly
145 150 155 160
Leu Gln Asn Ser Ala Val Ala Ile Gln Ala Ile Gln Asn Gln Ile Asn
165 170 175
Asn Val Ile Asn Pro Ala Leu Asp Arg Leu Asn Cys Glu Val Leu Asp
180 185 190
Ala Gln Ile Ala Ser Ile Leu Asn Leu Tyr Leu Ile Lys Ser Val Thr
195 200 205
Ile Phe Gln Asn Gln Leu Thr Asn Pro Ala Leu Gln Gln Leu Ser Ile
210 215 220
Gln Met Leu Ser Ile Val Met Gln Asp Thr Ala Lys Ile Leu Gly Asn
225 230 235 240
Phe Thr Ile Gly Asp Lys Phe Asp Gln His Asp Leu Leu Gly Ser Gly
245 250 255
Leu Ile Thr Gly Gln Val Val Gly Val Asn Leu Thr Asn Leu Gln Leu
260 265 270
Ile Ile Ala Ala Phe Ile Pro Ser Ile Ala Pro Leu Pro Gln Ala Tyr
275 280 285
Ile Ile Asp Leu Ile Ser Ile Thr Ile Ser Val Asn Asp Thr Glu Ala
290 295 300
Val Ile Gln Ile Pro Glu Arg Ile Met Glu His Gly Ser Ser Ile Tyr
305 310 315 320
Gln Phe Gly Gly Lys Gln Cys Val Tyr Gly Gln Phe Ser Ala Tyr Cys
325 330 335
Pro Phe Ser Asp Ala Val Leu Met Thr Gln Asp Leu Gln Leu Cys Met
340 345 350
Lys Gly Asn Ile Glu His Cys Ile Phe Ser Ser Val Leu Gly Ser Phe
355 360 365
Pro Asn Arg Phe Ala Ser Val Asp Gly Val Phe Tyr Ala Asn Cys Lys
370 375 380
Tyr Met Ser Cys Ala Cys Ser Asp Pro Leu Gln Val Ile His Gln Asp
385 390 395 400
Asp Ser Val Asn Leu Met Val Ile Asp Ser Ser Val Cys Arg Ser Leu
405 410 415
Thr Leu Gly His Val Thr Phe Pro Ile Ile Ala Phe Ser Asn Val Ser
420 425 430
Tyr Gln Met Lys Thr Asn Ile Ser Ile Glu Gln Met Ile Val Thr Ser
435 440 445
Pro Leu Asp Leu Ser Thr Glu Leu Lys Gln Ile Asn Asn Ser Val Asn
450 455 460
Ile Ala Asn Thr Phe Leu Asp Ser Ser Asn Arg Ala Leu Lys Thr Ser
465 470 475 480
Ile Phe Gly Thr Ser Ser Gln Ile Ile Leu Ile Val Leu Leu Ile Phe
485 490 495
Thr Cys Leu Leu Ile Leu Tyr Val Ile Phe Leu Thr Tyr Ile Ile Lys
500 505 510
Ile Leu Ile Lys Glu Val Lys Arg Leu Arg Asp Gly Asn Ser Arg Thr
515 520 525
Gly Ser Lys Leu Ser Phe Ile Asn Pro Asp Val
530 535
<210> 41
<211> 537
<212> PRT
<213> Tuhoko viirus 3
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 41
Met Leu Trp Leu Thr Ile Leu Ile Ala Leu Val Gly Asn His Glu Ser
1 5 10 15
Thr Cys Met Asn Ile Asn Phe Leu Gln Ser Leu Gly Gln Ile Asn Ser
20 25 30
Gln Lys Arg Phe Leu Asn Phe Tyr Thr Gln Gln Pro Pro Ser Tyr Met
35 40 45
Val Ile Arg Leu Val Pro Thr Leu Gln Leu Ser Ala Asn Asn Cys Thr
50 55 60
Leu Gly Ser Ile Val Arg Tyr Arg Asn Ala Ile Lys Glu Leu Ile Gln
65 70 75 80
Pro Met Asp Glu Asn Leu Arg Trp Leu Ser Ser Asn Leu Ile Pro Gln
85 90 95
Arg Arg Gly Lys Arg Phe Ala Gly Val Ala Val Gly Leu Ala Ala Leu
100 105 110
Gly Val Ala Val Ala Ala Gln Ala Thr Ala Ala Val Ala Leu Val Glu
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Ala Arg Ala Asn Ala Glu Lys Ile Ala Ser Met Ser Gln Ser Ile Gln
130 135 140
Glu Thr Asn Lys Ala Val Thr Ser Leu Ser Gln Ala Val Ser Ala Ser
145 150 155 160
Gly Ile Ala Ile Gln Ala Ile Gln Asn Glu Ile Asn Asn Val Ile His
165 170 175
Pro Ile Leu Asn Gln Val Gln Cys Asp Val Leu Asp Ala Arg Val Gly
180 185 190
Asn Ile Leu Asn Leu Tyr Leu Ile Lys Val Thr Thr Ile Phe Gln Asn
195 200 205
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210 215 220
Met Leu Met Gln Ser Thr Ser Ser Tyr Leu Arg Asn Leu Ser Ser Ser
225 230 235 240
Glu Ser Ala Ile Asn Ala Asp Leu Ser Met Thr Asn Leu Ile Glu Ala
245 250 255
Gln Ile Val Gly Ile Asn Met Thr Asn Leu Gln Leu Val Leu Ala Val
260 265 270
Phe Ile Pro Ser Ile Ala Arg Leu Asn Gly Ala Leu Leu Tyr Asp Phe
275 280 285
Ile Ser Ile Thr Ile Ser Ser Asn Gln Thr Glu Val Met Leu Gln Ile
290 295 300
Pro His Arg Val Leu Glu Ile Gly Asn Ser Leu Tyr Thr Phe Glu Gly
305 310 315 320
Thr Gln Cys Glu Met Thr Lys Leu Asn Ala Tyr Cys Leu Tyr Ser Asp
325 330 335
Ala Ile Pro Val Thr Glu Ser Leu Arg Asp Cys Met Asn Gly Leu Phe
340 345 350
Ser Gln Cys Gly Phe Val Arg Ile Ile Gly Ser Phe Ala Asn Arg Phe
355 360 365
Ala Ser Val Asn Gly Val Ile Tyr Ala Asn Cys Lys His Leu Thr Cys
370 375 380
Ser Cys Leu Gln Pro Asp Glu Ile Ile Thr Gln Asp Thr Asn Val Pro
385 390 395 400
Leu Thr Ile Ile Asp Thr Lys Arg Cys Thr Lys Ile Ser Leu Gly His
405 410 415
Leu Thr Phe Thr Ile Arg Glu Tyr Ala Asn Val Thr Tyr Ser Leu Arg
420 425 430
Thr Glu Ile Ala Asn Ser Gln Ile Thr Val Val Ser Pro Leu Asp Leu
435 440 445
Ser Ser Gln Leu Thr Thr Ile Asn Asn Ser Leu Ala Asp Ala Thr Asn
450 455 460
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465 470 475 480
Tyr Ser Lys Trp Val Ile Ile Phe Leu Ile Cys Ala Ser Ile Val Ser
485 490 495
Leu Ile Gly Leu Val Phe Leu Gly Phe Leu Ile Arg Gly Leu Ile Leu
500 505 510
Glu Leu Arg Ser Lys His Arg Ser Asn Leu Asn Lys Ala Ser Thr Tyr
515 520 525
Ser Ile Asp Ser Ser Ile Gly Leu Thr
530 535
<210> 42
<211> 545
<212> PRT
<213> Mojiang virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 42
Met Ala Leu Asn Lys Asn Met Phe Ser Ser Leu Phe Leu Gly Tyr Leu
1 5 10 15
Leu Val Tyr Ala Thr Thr Val Gln Ser Ser Ile His Tyr Asp Ser Leu
20 25 30
Ser Lys Val Gly Val Ile Lys Gly Leu Thr Tyr Asn Tyr Lys Ile Lys
35 40 45
Gly Ser Pro Ser Thr Lys Leu Met Val Val Lys Leu Ile Pro Asn Ile
50 55 60
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65 70 75 80
Leu Val Arg Lys Ala Leu Glu Pro Val Lys Met Ala Ile Asp Thr Met
85 90 95
Leu Asn Asn Val Lys Ser Gly Asn Asn Lys Tyr Arg Phe Ala Gly Ala
100 105 110
Ile Met Ala Gly Val Ala Leu Gly Val Ala Thr Ala Ala Thr Val Thr
115 120 125
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Asn Met Lys Ser Ala Ile Gln Asn Thr Asn Glu Ala Val Lys Gln Leu
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165 170 175
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Thr Ile Gly Leu Ser Val Gly Ile Arg Leu Thr Gln Tyr Tyr Ser Glu
195 200 205
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210 215 220
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225 230 235 240
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245 250 255
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260 265 270
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275 280 285
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290 295 300
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305 310 315 320
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325 330 335
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340 345 350
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355 360 365
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370 375 380
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435 440 445
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450 455 460
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Tyr Ile Phe Met Ile Leu Ile Ala Ile Val Ser Val Ile Ala Leu Val
500 505 510
Leu Ser Ile Lys Leu Thr Val Lys Gly Asn Val Val Arg Gln Gln Phe
515 520 525
Thr Tyr Thr Gln His Val Pro Ser Met Glu Asn Ile Asn Tyr Val Ser
530 535 540
His
545
<210> 43
<211> 546
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 12
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 43
Met Ala Ile Pro Val Pro Ser Ser Thr Ala Leu Met Ile Phe Asn Ile
1 5 10 15
Leu Val Ser Leu Ala Pro Ala Ser Ala Leu Asp Gly Arg Leu Leu Leu
20 25 30
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35 40 45
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130 135 140
Ile Ala Arg Leu Ala Lys Gly Leu Ala Ala Thr Asn Glu Ala Val Thr
145 150 155 160
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210 215 220
Ser Asp Ile Ser Ile Gln Ala Leu Tyr Asn Leu Ala Gly Gly Asn Leu
225 230 235 240
Asn Val Leu Leu Gln Lys Met Gly Ile Glu Gly Thr Gln Leu Gly Ser
245 250 255
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260 265 270
Gly Asn Lys Ile Leu Gly Ile Gln Val Thr Leu Pro Ser Val Gly Arg
275 280 285
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290 295 300
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305 310 315 320
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325 330 335
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340 345 350
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355 360 365
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370 375 380
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385 390 395 400
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405 410 415
Leu Cys Arg Ile Leu Glu Leu Asn Gly Val Ile Leu Lys Met Asp Gly
420 425 430
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435 440 445
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450 455 460
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465 470 475 480
Tyr Leu Ser Lys Val Asn Val Lys Leu Ile Ser Ser Ser Ala Met Ile
485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
Thr Leu Ile Trp Met Gly Asn Asn Ile Ala Arg Ser Lys Glu Gly Asn
530 535 540
Arg Phe
545
<210> 44
<211> 538
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 3
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<220>
<221> misc_feature
<222> (287)..(287)
<223> Xaa can be any naturally occurring amino acid
<400> 44
Met Ala Ser Pro Met Val Pro Leu Leu Ile Ile Thr Val Val Pro Ala
1 5 10 15
Leu Ile Ser Ser Gln Ser Ala Asn Ile Asp Lys Leu Ile Gln Ala Gly
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Ile Ile Met Gly Ser Gly Lys Glu Leu His Ile Tyr Gln Glu Ser Gly
35 40 45
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115 120 125
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130 135 140
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145 150 155 160
Leu Leu Ala Ile Ser Lys Ile Gln Lys Ala Val Asn Glu Gln Val Ile
165 170 175
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180 185 190
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195 200 205
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210 215 220
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Ser Ser Leu Ser Leu Ile His Leu Val Ser Lys Gly Leu Leu Ser Gly
245 250 255
Gln Ile Ile Gly Tyr Asp Pro Ser Val Gln Gly Ile Ile Ile Arg Ile
260 265 270
Gly Leu Ile Arg Thr Gln Arg Ile Asp Arg Ser Leu Val Phe Xaa Pro
275 280 285
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290 295 300
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325 330 335
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340 345 350
Thr Met Cys Lys Tyr Gln Gln Ser Arg Thr Gln Leu Ser Thr Pro Phe
355 360 365
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405 410 415
Leu Ile Leu Asn Ile Glu Thr Asn His Asn Phe Ser Leu Asn Pro Thr
420 425 430
Ile Ile Asp Ser Gln Ser Arg Leu Ile Ala Thr Ser Pro Leu Glu Ile
435 440 445
Asp Ala Leu Ile Gln Asp Ala Gln His His Ala Ala Ala Ala Leu Leu
450 455 460
Lys Val Glu Glu Ser Asn Ala His Leu Leu Arg Val Thr Gly Leu Gly
465 470 475 480
Ser Ser Ser Trp His Ile Ile Leu Ile Leu Thr Leu Leu Val Cys Thr
485 490 495
Ile Ala Trp Leu Ile Gly Leu Ser Ile Tyr Val Cys Arg Ile Lys Asn
500 505 510
Asp Asp Ser Thr Asp Lys Glu Pro Thr Thr Gln Ser Ser Asn Arg Gly
515 520 525
Ile Gly Val Gly Ser Ile Gln Tyr Met Thr
530 535
<210> 45
<211> 552
<212> PRT
<213> Salem virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 45
Met Asn Pro Leu Asn Gln Thr Leu Ile Ala Lys Val Leu Gly Phe Leu
1 5 10 15
Leu Leu Ser Ser Ser Phe Thr Val Gly Gln Ile Gly Phe Glu Asn Leu
20 25 30
Thr Arg Ile Gly Val His Gln Val Lys Gln Tyr Gly Tyr Lys Leu Ala
35 40 45
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50 55 60
Asn Gly Thr His Asn Cys Thr His Gln Val Ile Thr Arg Tyr Arg Glu
65 70 75 80
Met Val Arg Glu Ile Ile Thr Pro Ile Lys Gly Ala Leu Asp Ile Met
85 90 95
Lys Lys Ala Val Ser Pro Asp Leu Val Gly Ala Arg Ile Phe Gly Ala
100 105 110
Ile Val Ala Gly Ala Ala Leu Gly Ile Ala Thr Ser Ala Gln Ile Thr
115 120 125
Ala Gly Val Ala Leu His Arg Thr Lys Leu Asn Gly Gln Glu Ile Ser
130 135 140
Lys Leu Lys Glu Ala Val Ser Leu Thr Asn Glu Ala Val Glu Gln Leu
145 150 155 160
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165 170 175
Phe Ile Asn Phe Asn Val Val Pro Leu Leu Glu Glu His Thr Cys Gly
180 185 190
Ile Ala Lys Leu His Leu Glu Met Ala Leu Met Glu Tyr Phe Gln Lys
195 200 205
Leu Ile Leu Val Phe Gly Pro Asn Leu Arg Asp Pro Ile Gly Ser Thr
210 215 220
Ile Gly Ile Gln Ala Leu Ala Thr Leu Phe Gln Asn Asn Met Phe Glu
225 230 235 240
Val Ser Leu Arg Leu Gly Tyr Ala Gly Asp Asp Leu Glu Asp Val Leu
245 250 255
Gln Ser Asn Ser Ile Arg Ala Asn Ile Ile Glu Ala Glu Pro Asp Ser
260 265 270
Gly Phe Ile Val Leu Ala Ile Arg Tyr Pro Thr Leu Thr Leu Val Glu
275 280 285
Asp Gln Val Ile Thr Glu Leu Ala His Ile Thr Phe Asn Asp Gly Pro
290 295 300
Gln Glu Trp Val Ala Thr Ile Pro Gln Phe Val Thr Tyr Arg Gly Leu
305 310 315 320
Val Leu Ala Asn Ile Asp Val Ser Thr Cys Thr Phe Thr Glu Arg Asn
325 330 335
Val Ile Cys Ala Arg Asp Gln Thr Tyr Pro Met Ile Ile Asp Leu Gln
340 345 350
Leu Cys Met Arg Gly Asn Ile Ala Lys Cys Gly Arg Thr Arg Val Thr
355 360 365
Gly Ser Thr Ala Ser Arg Phe Leu Leu Lys Asp Gly Asn Met Tyr Ala
370 375 380
Asn Cys Ile Ala Thr Met Cys Arg Cys Met Ser Ser Ser Ser Ile Ile
385 390 395 400
Asn Gln Glu Pro Ser His Leu Thr Thr Leu Ile Val Lys Glu Thr Cys
405 410 415
Ser Glu Val Met Ile Asp Thr Ile Arg Ile Thr Leu Gly Glu Arg Lys
420 425 430
His Pro Pro Ile Asp Tyr Gln Thr Thr Ile Thr Leu Gly Gln Pro Ile
435 440 445
Ala Leu Ala Pro Leu Asp Val Gly Thr Glu Leu Ala Asn Ala Val Ser
450 455 460
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465 470 475 480
Ser Ser Val Ser Thr Ala His Thr Ser Leu Thr Ala Thr Ile Val Leu
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Gly Ile Val Val Gly Gly Leu Ala Ile Leu Ile Val Val Met Phe Leu
500 505 510
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515 520 525
Pro Ile Thr Asn His Gly Tyr Leu Pro Asn Glu Asp Leu Leu Thr Arg
530 535 540
Gly His Ser Ile Pro Thr Ile Gly
545 550
<210> 46
<211> 551
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 9
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 46
Met Gly Tyr Phe His Leu Leu Leu Ile Leu Thr Ala Ile Ala Ile Ser
1 5 10 15
Ala His Leu Cys Tyr Thr Thr Thr Leu Asp Gly Arg Lys Leu Leu Gly
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65 70 75 80
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Ala Ser Gly Val Ser Val Glu Arg Ile Arg Glu Gly Arg Ile Phe Gly
100 105 110
Ala Ile Leu Gly Gly Val Ala Leu Gly Val Ala Thr Ala Ala Gln Ile
115 120 125
Thr Ala Ala Ile Ala Leu Ile Gln Ala Asn Glu Asn Ala Lys Asn Ile
130 135 140
Leu Arg Ile Lys Asp Ser Ile Thr Lys Thr Asn Glu Ala Val Arg Asp
145 150 155 160
Val Thr Asn Gly Val Ser Gln Leu Thr Ile Ala Val Gly Lys Leu Gln
165 170 175
Asp Phe Val Asn Lys Glu Phe Asn Lys Thr Thr Glu Ala Ile Asn Cys
180 185 190
Val Gln Ala Ala Gln Gln Leu Gly Val Glu Leu Ser Leu Tyr Leu Thr
195 200 205
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210 215 220
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225 230 235 240
Val Leu Leu Gly Arg Leu Gly Ala Asp Asn Ser Gln Leu Ser Ser Leu
245 250 255
Val Ser Ser Gly Leu Ile Thr Gly Gln Pro Ile Leu Tyr Asp Ser Glu
260 265 270
Ser Gln Ile Leu Ala Leu Gln Val Ser Leu Pro Ser Ile Ser Asp Leu
275 280 285
Arg Gly Val Arg Ala Thr Tyr Leu Asp Thr Leu Ala Val Asn Thr Ala
290 295 300
Ala Gly Leu Ala Ser Ala Met Ile Pro Lys Val Val Ile Gln Ser Asn
305 310 315 320
Asn Ile Val Glu Glu Leu Asp Thr Thr Ala Cys Ile Ala Ala Glu Ala
325 330 335
Asp Leu Tyr Cys Thr Arg Ile Thr Thr Phe Pro Ile Ala Ser Ala Val
340 345 350
Ser Ala Cys Ile Leu Gly Asp Val Ser Gln Cys Leu Tyr Ser Lys Thr
355 360 365
Asn Gly Val Leu Thr Thr Pro Tyr Val Ala Val Lys Gly Lys Ile Val
370 375 380
Ala Asn Cys Lys His Val Thr Cys Arg Cys Val Asp Pro Thr Ser Ile
385 390 395 400
Ile Ser Gln Asn Tyr Gly Glu Ala Ala Thr Leu Ile Asp Asp Gln Leu
405 410 415
Cys Lys Val Ile Asn Leu Asp Gly Val Ser Ile Gln Leu Ser Gly Thr
420 425 430
Phe Glu Ser Thr Tyr Val Arg Asn Val Ser Ile Ser Ala Asn Lys Val
435 440 445
Ile Val Ser Ser Ser Ile Asp Ile Ser Asn Glu Leu Glu Asn Val Asn
450 455 460
Ser Ser Leu Ser Ser Ala Leu Glu Lys Leu Asp Glu Ser Asp Ala Ala
465 470 475 480
Leu Ser Lys Val Asn Val His Leu Thr Ser Thr Ser Ala Met Ala Thr
485 490 495
Tyr Ile Val Leu Thr Val Ile Ala Leu Ile Leu Gly Phe Val Gly Leu
500 505 510
Gly Leu Gly Cys Phe Ala Met Ile Lys Val Lys Ser Gln Ala Lys Thr
515 520 525
Leu Leu Trp Leu Gly Ala His Ala Asp Arg Ser Tyr Ile Leu Gln Ser
530 535 540
Lys Pro Ala Gln Ser Ser Thr
545 550
<210> 47
<211> 533
<212> PRT
<213> Achimota virus 1
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 47
Met Trp Ile Met Ile Ile Leu Ser Leu Phe Gln Ile Ile Pro Gly Val
1 5 10 15
Thr Pro Ile Asn Ser Lys Val Leu Thr Gln Leu Gly Val Ile Thr Lys
20 25 30
His Thr Arg Gln Leu Lys Phe Tyr Ser His Ser Thr Pro Ser Tyr Leu
35 40 45
Val Val Lys Leu Val Pro Thr Ile Asn Thr Glu Ser Thr Val Cys Asn
50 55 60
Phe Thr Ser Leu Ser Arg Tyr Lys Asp Ser Val Arg Glu Leu Ile Thr
65 70 75 80
Pro Leu Ala Lys Asn Ile Asp Asn Leu Asn Ser Ile Leu Thr Ile Pro
85 90 95
Lys Arg Arg Lys Arg Met Ala Gly Val Val Ile Gly Leu Ala Ala Leu
100 105 110
Gly Val Ala Ala Ala Ala Gln Ala Thr Ala Ala Val Ala Leu Ile Glu
115 120 125
Ala Lys Lys Asn Thr Glu Gln Ile Gln Ala Leu Ser Glu Ser Ile Gln
130 135 140
Asn Thr Asn Lys Ala Val Ser Ser Ile Glu Lys Gly Leu Ser Ser Ala
145 150 155 160
Ala Ile Ala Val Gln Ala Ile Gln Asn Gln Ile Asn Asn Val Ile Asn
165 170 175
Pro Ala Leu Thr Ala Leu Asp Cys Gly Val Thr Asp Ala Gln Leu Gly
180 185 190
Asn Ile Leu Asn Leu Tyr Leu Ile Lys Thr Leu Thr Val Phe Gln Lys
195 200 205
Gln Ile Thr Asn Pro Ala Leu Gln Pro Leu Ser Ile Gln Ala Leu Asn
210 215 220
Ile Ile Met Gln Glu Thr Ser Ser Val Leu Arg Asn Phe Thr Lys Thr
225 230 235 240
Asp Glu Ile Glu His Thr Asp Leu Leu Thr Ser Gly Leu Ile Thr Gly
245 250 255
Gln Val Val Gly Val Asn Leu Thr Asn Leu Gln Leu Ile Ile Ala Ala
260 265 270
Phe Ile Pro Ser Ile Ala Pro Leu Asn Gln Ala Tyr Ile Leu Asp Phe
275 280 285
Ile Arg Ile Thr Val Asn Ile Asn Asn Ser Glu Ser Met Ile Gln Ile
290 295 300
Pro Glu Arg Ile Met Glu His Gly Ile Ser Leu Tyr Gln Phe Gly Gly
305 310 315 320
Asp Gln Cys Thr Phe Ser Asp Trp Ser Ala Tyr Cys Pro Tyr Ser Asp
325 330 335
Ala Thr Leu Met Ala Pro Gly Leu Gln Asn Cys Phe Arg Gly Gln Ala
340 345 350
Ala Asp Cys Val Phe Ser Thr Val Met Gly Ser Phe Pro Asn Arg Phe
355 360 365
Val Ser Val Gln Gly Val Phe Tyr Val Asn Cys Lys Phe Ile Arg Cys
370 375 380
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385 390 395 400
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405 410 415
Val Gln Phe Ser Ile Asn Glu Tyr Ala Asn Val Thr Tyr Ser Phe Lys
420 425 430
Asn Asn Val Thr Ala Gly Gln Leu Ile Met Thr Asn Pro Ile Asp Leu
435 440 445
Ser Thr Glu Ile Lys Gln Met Asn Asp Ser Val Asp Glu Ala Ala Arg
450 455 460
Tyr Ile Glu Lys Ser Asn Ala Ala Leu Asn Lys Leu Met Tyr Gly Gly
465 470 475 480
Arg Ser Asp Ile Val Thr Thr Val Leu Leu Val Gly Phe Ile Leu Leu
485 490 495
Val Val Tyr Val Ile Phe Val Thr Tyr Ile Leu Lys Ile Leu Met Lys
500 505 510
Glu Val Ala Arg Leu Arg Asn Ser Asn His Pro Asp Leu Ile Lys Pro
515 520 525
Tyr Asn Tyr Pro Met
530
<210> 48
<211> 531
<212> PRT
<213> Achimota virus 2
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 48
Met Leu Asn Ser Phe Tyr Gln Ile Ile Cys Leu Ala Val Cys Leu Thr
1 5 10 15
Thr Tyr Thr Val Ile Ser Ile Asp Gln His Asn Leu Leu Lys Ala Gly
20 25 30
Val Ile Val Lys Ser Ile Lys Gly Leu Asn Phe Tyr Ser Arg Gly Gln
35 40 45
Ala Asn Tyr Ile Ile Val Lys Leu Ile Pro Asn Val Asn Val Thr Asp
50 55 60
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Ser Leu Ile Lys Pro Leu Ala Asp Asn Ile Asp Tyr Leu Arg Thr Gln
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Ala Leu Val Lys Ala Gln Glu Asn Ala Arg Lys Leu Asp Ala Leu Ala
130 135 140
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145 150 155 160
Leu Gln Ala Gly Ala Ile Ala Ile Gln Ala Ile Gln Ser Glu Ile Asn
165 170 175
His Val Ile Asn Pro Ala Leu Glu Arg Leu Ser Cys Glu Ile Ile Asp
180 185 190
Thr Arg Val Ala Ser Ile Leu Asn Leu Tyr Leu Ile Arg Leu Thr Thr
195 200 205
Val Phe His Arg Gln Leu Val Asn Pro Ala Leu Thr Pro Leu Ser Ile
210 215 220
Gln Ala Leu Asn His Leu Leu Gln Gly Glu Thr Glu Gly Leu Val Lys
225 230 235 240
Asn Glu Ser Lys Met Thr Asp Ser Lys Ile Asp Leu Leu Met Ser Gly
245 250 255
Leu Ile Thr Gly Gln Val Val Gly Val Asn Ile Lys His Met Gln Leu
260 265 270
Met Ile Ala Val Phe Val Pro Thr Thr Ala Gln Leu Pro Asn Ala Tyr
275 280 285
Val Ile Asn Leu Leu Thr Ile Thr Ala Asn Ile Asn Asn Ser Glu Val
290 295 300
Leu Val Gln Leu Pro Asn Gln Ile Leu Glu Arg Ser Gly Ile Ile Tyr
305 310 315 320
Gln Phe Arg Gly Lys Asp Cys Val Ser Ser Pro Asn His Met Tyr Cys
325 330 335
Pro Tyr Ser Asp Ala Ser Ile Leu Ser Pro Glu Leu Gln Leu Cys Leu
340 345 350
Gln Gly Arg Leu Glu Met Cys Leu Phe Thr Gln Val Val Gly Ser Phe
355 360 365
Pro Thr Arg Phe Ala Ser Asp Lys Gly Ile Val Tyr Ala Asn Cys Arg
370 375 380
His Leu Gln Cys Ala Cys Ser Glu Pro Glu Gly Ile Ile Tyr Gln Asp
385 390 395 400
Asp Thr Ser Ala Ile Thr Gln Ile Asp Ala Ser Lys Cys Ser Thr Leu
405 410 415
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420 425 430
Phe Asp Ala Ser Phe Ser Val Gly Lys Asp Gln Met Leu Val Thr Asn
435 440 445
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450 455 460
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465 470 475 480
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Leu Ala Val Met Val Leu Tyr Leu Ile Ile Val Thr Tyr Ile Ile Lys
500 505 510
Val Ile Met Val Glu Val Ser Arg Leu Lys Arg Met Asn Ile Tyr Ser
515 520 525
Ile Asp Lys
530
<210> 49
<211> 532
<212> PRT
<213> Tuhoko virus 1
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 49
Met Val Thr Ile Ile Lys Pro Leu Ile Leu Leu Val Thr Val Ile Leu
1 5 10 15
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Val Ile Ala Ser Ser Lys Glu Ile Met Tyr Tyr Ala Gln Ser Thr Pro
35 40 45
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115 120 125
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130 135 140
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195 200 205
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225 230 235 240
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245 250 255
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260 265 270
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325 330 335
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340 345 350
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355 360 365
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370 375 380
Ile Arg Cys Thr Cys Leu Gln Pro Glu Gly Ile Ile Ser Gln Leu Asp
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Asp His Thr Leu Thr Val Ile Asp Leu Lys Leu Cys Asn Lys Leu Asp
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420 425 430
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435 440 445
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515 520 525
Ser His His Lys
530
<210> 50
<211> 631
<212> PRT
<213> Phpcine distemper virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 50
Met Thr Arg Val Lys Lys Leu Pro Val Pro Thr Asn Pro Pro Met His
1 5 10 15
His Ser Leu Asp Ser Pro Phe Leu Asn Pro Glu His Ala Thr Gly Lys
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115 120 125
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130 135 140
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180 185 190
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195 200 205
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210 215 220
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225 230 235 240
Ala Ile Asp Glu Val Arg Gln Ala Ser Gln Asn Ile Ile Ile Ala Val
245 250 255
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260 265 270
His Met Ser Cys Glu Leu Ile Gly Gln Arg Leu Gly Leu Lys Leu Leu
275 280 285
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305 310 315 320
Gly Glu Ile His Lys Ile Leu Glu Lys Leu Gly Tyr Ser Gly Asn Asp
325 330 335
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340 345 350
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355 360 365
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370 375 380
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385 390 395 400
Ala Thr Asn Gly Tyr Leu Ile Ser Asn Phe Asp Glu Ser Ser Cys Val
405 410 415
Phe Val Ser Glu Ser Ala Ile Cys Ser Gln Asn Ser Leu Tyr Pro Met
420 425 430
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435 440 445
Arg Thr Leu Val Ser Gly Thr Leu Gly Asn Lys Phe Ile Leu Ser Lys
450 455 460
Gly Asn Ile Ile Ala Asn Cys Ala Ser Ile Leu Cys Lys Cys His Ser
465 470 475 480
Thr Ser Lys Ile Ile Asn Gln Ser Pro Asp Lys Leu Leu Thr Phe Ile
485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
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Ser Thr Lys Val Ala Pro Val Phe Lys Pro Asp Leu Thr Gly Thr Ser
610 615 620
Lys Ser Tyr Val Arg Ser Leu
625 630
<210> 51
<211> 541
<212> PRT
<213> Caprine parainfluenza virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 51
Met Ile Lys Lys Ile Ile Cys Ile Phe Ser Met Pro Ile Leu Leu Ser
1 5 10 15
Phe Cys Gln Val Asp Ile Ile Lys Leu Gln Arg Val Gly Ile Leu Val
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Ser Lys Pro Lys Ser Ile Lys Ile Ser Gln Asn Phe Glu Thr Arg Tyr
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Leu Val Leu Asn Leu Ile Pro Asn Ile Glu Asn Ala Gln Ser Cys Gly
50 55 60
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100 105 110
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115 120 125
Thr Ala Ala Val Ala Leu Val Glu Ala Lys Gln Ala Arg Ser Asp Ile
130 135 140
Glu Arg Val Lys Asn Ala Val Arg Asp Thr Asn Lys Ala Val Gln Ser
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Ile Gln Gly Ser Val Gly Asn Leu Ile Val Ala Val Lys Ser Val Gln
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260 265 270
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275 280 285
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290 295 300
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325 330 335
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340 345 350
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355 360 365
Ile Ser Asp Ile Val Pro Arg Tyr Ala Phe Val Asp Gly Gly Val Ile
370 375 380
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Ile Asn Gln Ala Pro Asp Gln Gly Ile Lys Ile Ile Thr Tyr Lys Asp
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Gly Thr Leu Ala Ala Tyr Thr Pro Val Asp Ile Thr Leu Asn Asn Ser
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515 520 525
His Met Asn Glu Pro Tyr Ile Leu Thr Asn Lys Val Gln
530 535 540
<210> 52
<211> 553
<212> PRT
<213> Tupaia paramyxovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 52
Met Ala Ser Leu Leu Lys Thr Ile Cys Tyr Ile Tyr Leu Ile Thr Tyr
1 5 10 15
Ala Lys Leu Glu Pro Thr Pro Lys Ser Gln Leu Asp Leu Asp Ser Leu
20 25 30
Ala Ser Ile Gly Val Val Asp Ala Gly Lys Tyr Asn Tyr Lys Leu Met
35 40 45
Thr Thr Gly Ser Glu Lys Leu Met Val Ile Lys Leu Val Pro Asn Ile
50 55 60
Thr Tyr Ala Thr Asn Cys Asn Leu Thr Ala His Thr Ala Tyr Thr Lys
65 70 75 80
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Arg Ser Val Ile Thr Glu Arg Asp Gly Gly Thr Ile Phe Trp Gly Ala
100 105 110
Ile Ile Ala Gly Ala Ala Leu Gly Val Ala Thr Ala Ala Ala Ile Thr
115 120 125
Ala Gly Val Ala Leu His Arg Ala Glu Gln Asn Ala Arg Asn Ile Ala
130 135 140
Ala Leu Lys Asp Ala Leu Arg Asn Ser Asn Glu Ala Ile Gln His Leu
145 150 155 160
Lys Asp Ala Gln Gly His Thr Val Leu Ala Ile Gln Gly Leu Gln Glu
165 170 175
Gln Ile Asn Asn Asn Ile Ile Pro Lys Leu Lys Glu Ser His Cys Leu
180 185 190
Gly Val Asn Asn Gln Leu Gly Leu Leu Leu Asn Gln Tyr Tyr Ser Glu
195 200 205
Ile Leu Thr Val Phe Gly Pro Asn Leu Gln Asn Pro Val Ser Ala Ser
210 215 220
Leu Thr Ile Gln Ala Ile Ala Lys Ala Phe Asn Gly Asp Phe Asn Ser
225 230 235 240
Leu Met Thr Asn Leu Asn Tyr Asp Pro Thr Asp Leu Leu Asp Ile Leu
245 250 255
Glu Ser Asn Ser Ile Asn Gly Arg Ile Ile Asp Val Asn Leu Asn Glu
260 265 270
Lys Tyr Ile Ala Leu Ser Ile Glu Ile Pro Asn Phe Ile Thr Leu Thr
275 280 285
Asp Ala Lys Ile Gln Thr Phe Asn Arg Ile Thr Tyr Gly Tyr Gly Ser
290 295 300
Asn Glu Trp Leu Thr Leu Ile Pro Asp Asn Ile Leu Glu Tyr Gly Asn
305 310 315 320
Leu Ile Ser Asn Val Asp Leu Thr Ser Cys Val Lys Thr Lys Ser Ser
325 330 335
Tyr Ile Cys Asn Gln Asp Thr Ser Tyr Pro Ile Ser Ser Glu Leu Thr
340 345 350
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355 360 365
Asn Ser Arg Ala Pro Thr Phe Ala Leu Ser Gly Gly His Ile Tyr Ala
370 375 380
Asn Cys Ala Lys Ala Ala Cys Arg Cys Glu Lys Pro Pro Met Ala Ile
385 390 395 400
Val Gln Pro Ala Thr Ser Thr Leu Thr Phe Leu Thr Glu Lys Glu Cys
405 410 415
Gln Glu Val Val Ile Asp Gln Ile Asn Ile Gln Leu Ala Pro Asn Arg
420 425 430
Leu Asn Lys Thr Ile Ile Thr Asp Gly Ile Asp Leu Gly Pro Glu Val
435 440 445
Ile Ile Asn Pro Ile Asp Val Ser Ala Glu Leu Gly Asn Ile Glu Leu
450 455 460
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Ile Val Val Phe Gly Ile Leu Leu Leu Trp Leu Phe Gly Val Ser Tyr
500 505 510
Tyr Ala Phe Lys Ile Trp Ser Lys Leu His Phe Leu Asp Ser Tyr Val
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Tyr Ser Leu Arg Asn Pro Ser His His Arg Ser Asn Gly His Gln Asn
530 535 540
His Ser Phe Ser Thr Asp Ile Ser Gly
545 550
<210> 53
<211> 543
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 3
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 53
Met Gln Pro Gly Ser Ala Leu His Leu Pro His Leu Tyr Ile Ile Ile
1 5 10 15
Ala Leu Val Ser Asp Gly Thr Leu Gly Gln Thr Ala Lys Ile Asp Arg
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Gly Ser Ile Ala Leu Gly Val Ala Thr Ser Ala Gln Ile Thr Ala Ala
115 120 125
Ile Ala Leu Val Arg Ala Gln Gln Asn Ala Asn Asp Ile Leu Ala Leu
130 135 140
Lys Asn Ala Leu Gln Ser Ser Asn Glu Ala Ile Arg Gln Leu Thr Tyr
145 150 155 160
Gly Gln Asp Lys Gln Leu Leu Ala Ile Ser Lys Ile Gln Lys Ala Val
165 170 175
Asn Glu Gln Ile Leu Pro Ala Leu Asp Gln Leu Asp Cys Ala Val Leu
180 185 190
Gly Thr Lys Leu Ala Val Gln Leu Asn Leu Tyr Leu Ile Glu Met Thr
195 200 205
Thr Ile Phe Gly Glu Gln Ile Asn Asn Pro Val Leu Ala Thr Ile Pro
210 215 220
Leu Ser Tyr Ile Leu Arg Leu Thr Gly Ala Glu Leu Asn Asn Val Leu
225 230 235 240
Met Lys Gln Ala Arg Ser Ser Leu Ser Leu Val Gln Leu Val Ser Lys
245 250 255
Gly Leu Leu Ser Gly Gln Val Ile Gly Tyr Asp Pro Ser Val Gln Gly
260 265 270
Leu Ile Ile Arg Val Asn Leu Met Arg Thr Gln Lys Ile Asp Arg Ala
275 280 285
Leu Val Tyr Gln Pro Tyr Val Leu Pro Ile Thr Leu Asn Ser Asn Ile
290 295 300
Val Thr Pro Ile Ala Pro Glu Cys Val Ile Gln Lys Gly Thr Ile Ile
305 310 315 320
Glu Gly Met Ser Arg Lys Asp Cys Thr Glu Leu Glu Gln Asp Ile Ile
325 330 335
Cys Arg Thr Val Thr Thr Tyr Thr Leu Ala Arg Asp Thr Arg Leu Cys
340 345 350
Leu Gln Gly Asn Ile Ser Ser Cys Arg Tyr Gln Gln Ser Gly Thr Gln
355 360 365
Leu His Thr Pro Phe Ile Thr Tyr Asn Gly Ala Val Ile Ala Asn Cys
370 375 380
Asp Leu Val Ser Cys Arg Cys Leu Arg Pro Pro Met Ile Ile Thr Gln
385 390 395 400
Val Lys Gly Tyr Pro Leu Thr Ile Ile Thr Arg Ser Val Cys Gln Glu
405 410 415
Leu Ser Val Asp Asn Leu Val Leu Asn Ile Glu Thr His His Asn Phe
420 425 430
Ser Leu Asn Pro Thr Ile Ile Asp Pro Leu Thr Arg Val Ile Ala Thr
435 440 445
Thr Pro Leu Glu Ile Asp Ser Leu Ile Gln Glu Ala Gln Asp His Ala
450 455 460
Asn Ala Ala Leu Ala Lys Val Glu Glu Ser Asp Lys Tyr Leu Arg Ala
465 470 475 480
Val Thr Gly Gly Asn Tyr Ser Asn Trp Tyr Ile Val Leu Val Ile Val
485 490 495
Leu Leu Phe Gly Asn Leu Gly Trp Ser Leu Leu Leu Thr Val Leu Leu
500 505 510
Cys Arg Ser Arg Lys Gln Gln Arg Arg Tyr Gln Gln Asp Asp Ser Val
515 520 525
Gly Ser Glu Arg Gly Val Gly Val Gly Thr Ile Gln Tyr Met Ser
530 535 540
<210> 54
<211> 541
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 14
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 54
Met Glu Lys Gly Thr Val Leu Phe Leu Ala Ala Leu Thr Leu Tyr Asn
1 5 10 15
Val Lys Ala Leu Asp Asn Thr Lys Leu Leu Gly Ala Gly Ile Ala Ser
20 25 30
Gly Lys Glu His Glu Leu Lys Ile Tyr Gln Ser Ser Val Asn Gly Tyr
35 40 45
Ile Ala Val Lys Leu Ile Pro Phe Leu Pro Ser Thr Lys Arg Glu Cys
50 55 60
Tyr Asn Glu Gln Leu Lys Asn Tyr Asn Ala Thr Ile Asn Arg Leu Met
65 70 75 80
Gly Pro Ile Asn Asp Asn Ile Lys Leu Val Leu Ser Gly Val Lys Thr
85 90 95
Arg Thr Arg Glu Gly Lys Leu Ile Gly Ala Ile Ile Gly Thr Ala Ala
100 105 110
Leu Gly Leu Ala Thr Ala Ala Gln Val Thr Ala Ala Ile Ala Leu Glu
115 120 125
Gln Ala Gln Asp Asn Ala Arg Ala Ile Leu Thr Leu Lys Glu Ser Ile
130 135 140
Arg Asn Thr Asn Asn Ala Val Ser Glu Leu Lys Thr Gly Leu Ser Glu
145 150 155 160
Val Ser Ile Ala Leu Ser Lys Thr Gln Asp Tyr Ile Asn Thr Gln Ile
165 170 175
Met Pro Ala Leu Ser Asn Leu Ser Cys Glu Ile Val Gly Leu Lys Ile
180 185 190
Gly Ile Gln Leu Ser Gln Tyr Leu Thr Glu Val Thr Ala Val Phe Gly
195 200 205
Asn Gln Ile Thr Asn Pro Ala Leu Gln Pro Leu Ser Met Gln Ala Leu
210 215 220
Tyr Gln Leu Cys Gly Gly Asp Phe Ser Leu Leu Leu Asp Lys Ile Gly
225 230 235 240
Ala Asp Arg Asn Glu Leu Glu Ser Leu Tyr Glu Ala Asn Leu Val Thr
245 250 255
Gly Arg Ile Val Gln Tyr Asp Thr Ala Asp Gln Leu Val Ile Ile Gln
260 265 270
Val Ser Ile Pro Ser Val Ser Thr Leu Ser Gly Tyr Arg Val Thr Glu
275 280 285
Leu Gln Ser Ile Ser Val Asp Met Asp His Gly Glu Gly Lys Ala Val
290 295 300
Ile Pro Arg Tyr Ile Val Thr Ser Gly Arg Val Ile Glu Glu Met Asp
305 310 315 320
Ile Ser Pro Cys Val Leu Thr Ala Thr Ala Val Tyr Cys Asn Arg Leu
325 330 335
Leu Thr Thr Ser Leu Pro Glu Ser Val Leu Lys Cys Leu Asp Gly Asp
340 345 350
His Ser Ser Cys Thr Tyr Thr Ser Asn Ser Gly Val Leu Glu Thr Arg
355 360 365
Tyr Ile Ala Phe Asp Gly Met Leu Ile Ala Asn Cys Arg Ser Ile Val
370 375 380
Cys Lys Cys Leu Asp Pro Pro Tyr Ile Ile Pro Gln Asn Lys Gly Lys
385 390 395 400
Pro Leu Thr Ile Ile Ser Lys Glu Val Cys Lys Lys Val Thr Leu Asp
405 410 415
Gly Ile Thr Leu Leu Ile Asp Ala Glu Phe Thr Gly Glu Tyr Gly Leu
420 425 430
Asn Ile Thr Ile Gly Pro Asp Gln Phe Ala Pro Ser Gly Ala Leu Asp
435 440 445
Ile Ser Thr Glu Leu Gly Lys Leu Asn Asn Ser Ile Asn Lys Ala Glu
450 455 460
Asp Tyr Ile Asp Lys Ser Asn Glu Leu Leu Asn Arg Val Asn Val Asp
465 470 475 480
Ile Val Asn Asp Thr Ala Val Ile Val Leu Cys Val Met Ser Ala Leu
485 490 495
Val Val Val Trp Cys Ile Gly Leu Thr Val Gly Leu Ile Tyr Val Ser
500 505 510
Lys Asn Thr Leu Arg Ala Val Ala Ile Lys Gly Thr Ser Ile Glu Asn
515 520 525
Pro Tyr Val Ser Ser Gly Lys His Ala Lys Asn Ser Ser
530 535 540
<210> 55
<211> 551
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus UPO216
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 55
Met Ile Phe Thr Met Tyr His Val Thr Val Leu Leu Leu Leu Ser Leu
1 5 10 15
Leu Thr Leu Pro Leu Gly Ile Gln Leu Ala Arg Ala Ser Ile Asp Gly
20 25 30
Arg Gln Leu Ala Ala Ala Gly Ile Val Val Thr Gly Glu Lys Ala Ile
35 40 45
Asn Leu Tyr Thr Ser Ser Gln Thr Gly Thr Ile Val Val Lys Leu Leu
50 55 60
Pro Asn Val Pro Gln Gly Arg Glu Ala Cys Met Arg Asp Pro Leu Thr
65 70 75 80
Ser Tyr Asn Lys Thr Leu Thr Ser Leu Leu Ser Pro Leu Gly Glu Ala
85 90 95
Ile Arg Arg Ile His Glu Ser Thr Thr Glu Thr Ala Gly Leu Val Gln
100 105 110
Ala Arg Leu Val Gly Ala Ile Ile Gly Ser Val Ala Leu Gly Val Ala
115 120 125
Thr Ser Ala Gln Ile Thr Ala Ala Ala Ala Leu Ile Gln Ala Asn Lys
130 135 140
Asn Ala Glu Asn Ile Leu Lys Leu Lys Gln Ser Ile Ala Ala Thr Asn
145 150 155 160
Glu Ala Val His Glu Val Thr Asp Gly Leu Ser Gln Leu Ala Val Ala
165 170 175
Val Gly Lys Met Gln Asp Phe Ile Asn Thr Gln Phe Asn Asn Thr Ala
180 185 190
Gln Glu Ile Asp Cys Ile Arg Ile Ser Gln Gln Leu Gly Val Glu Leu
195 200 205
Asn Leu Tyr Leu Thr Glu Leu Thr Thr Val Phe Gly Pro Gln Ile Thr
210 215 220
Ser Pro Ala Leu Ser Pro Leu Ser Ile Gln Ala Leu Tyr Asn Leu Ala
225 230 235 240
Gly Gly Asn Leu Asp Val Leu Leu Ser Lys Ile Gly Val Gly Asn Asn
245 250 255
Gln Leu Ser Ala Leu Ile Ser Ser Gly Leu Ile Ser Gly Ser Pro Ile
260 265 270
Leu Tyr Asp Ser Gln Thr Gln Leu Leu Gly Ile Gln Val Thr Leu Pro
275 280 285
Ser Val Ser Ser Leu Asn Asn Met Arg Ala Ile Phe Leu Glu Thr Leu
290 295 300
Ser Val Ser Thr Asp Lys Gly Phe Ala Ala Ala Leu Ile Pro Lys Val
305 310 315 320
Val Thr Thr Val Gly Thr Val Thr Glu Glu Leu Asp Thr Ser Tyr Cys
325 330 335
Ile Glu Thr Asp Ile Asp Leu Phe Cys Thr Arg Ile Val Thr Phe Pro
340 345 350
Met Ser Pro Gly Ile Tyr Ala Cys Leu Asn Gly Asn Thr Ser Glu Cys
355 360 365
Met Tyr Ser Lys Thr Gln Gly Ala Leu Thr Thr Pro Tyr Met Ser Val
370 375 380
Lys Gly Ser Ile Val Ala Asn Cys Lys Met Thr Thr Cys Arg Cys Ala
385 390 395 400
Asp Pro Ala Ser Ile Ile Ser Gln Asn Tyr Gly Glu Ala Val Ser Leu
405 410 415
Ile Asp Ser Ser Val Cys Arg Val Ile Thr Leu Asp Gly Val Thr Leu
420 425 430
Arg Leu Ser Gly Ser Phe Asp Ser Thr Tyr Gln Lys Asn Ile Thr Ile
435 440 445
Arg Asp Ser Gln Val Ile Ile Thr Gly Ser Leu Asp Ile Ser Thr Glu
450 455 460
Leu Gly Asn Val Asn Asn Ser Ile Asn Asn Ala Leu Asp Lys Ile Glu
465 470 475 480
Glu Ser Asn Gln Ile Leu Glu Ser Val Asn Val Ser Leu Thr Ser Thr
485 490 495
Asn Ala Leu Ile Val Tyr Ile Ile Cys Thr Ala Leu Ala Leu Ile Cys
500 505 510
Gly Ile Thr Gly Leu Ile Leu Ser Cys Tyr Ile Met Tyr Lys Met Arg
515 520 525
Ser Gln Gln Lys Thr Leu Met Trp Leu Gly Asn Asn Thr Leu Asp Gln
530 535 540
Met Arg Ala Gln Thr Lys Met
545 550
<210> 56
<211> 552
<212> PRT
<213> Atlantic salmon paramyxovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion protein
<400> 56
Met Asp Gly Pro Lys Phe Arg Phe Val Leu Leu Ile Leu Leu Thr Ala
1 5 10 15
Pro Ala Arg Gly Gln Val Asp Tyr Asp Lys Leu Leu Lys Val Gly Ile
20 25 30
Phe Glu Lys Gly Thr Ala Asn Leu Lys Ile Ser Val Ser Ser Gln Gln
35 40 45
Arg Tyr Met Val Ile Lys Met Met Pro Asn Leu Gly Pro Met Asn Gln
50 55 60
Cys Gly Ile Lys Glu Val Asn Leu Tyr Lys Glu Ser Ile Leu Arg Leu
65 70 75 80
Ile Thr Pro Ile Ser Thr Thr Leu Asn Tyr Ile Lys Ser Glu Ile Gln
85 90 95
Val Glu Arg Glu Val Ala Leu Gln Pro Asn Gly Thr Ile Val Arg Phe
100 105 110
Phe Gly Leu Ile Val Ala Ala Gly Ala Leu Thr Leu Ala Thr Ser Ala
115 120 125
Gln Ile Thr Ala Gly Ile Ala Leu His Asn Ser Leu Glu Asn Ala Lys
130 135 140
Ala Ile Lys Gly Leu Thr Asp Ala Ile Lys Glu Ser Asn Leu Ala Ile
145 150 155 160
Gln Lys Ile Gln Asp Ala Thr Ala Gly Thr Val Ile Ala Leu Asn Ala
165 170 175
Leu Gln Asp Gln Val Asn Thr Asn Ile Ile Pro Ala Ile Asn Thr Leu
180 185 190
Gly Cys Thr Ala Ala Gly Asn Thr Leu Gly Ile Ala Leu Thr Arg Tyr
195 200 205
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210 215 220
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225 230 235 240
Leu His Gly Met Ile Arg Glu Tyr Gly Tyr Thr Pro Ser Asp Ile Glu
245 250 255
Asp Ile Leu Arg Thr Asn Ser Val Thr Gly Arg Val Ile Asp Val Asp
260 265 270
Leu Val Gly Met Asn Ile Val Leu Glu Ile Asn Leu Pro Thr Leu Tyr
275 280 285
Thr Leu Arg Asp Thr Lys Ile Val Asn Leu Gly Lys Ile Thr Tyr Asn
290 295 300
Val Asp Gly Ser Glu Trp Gln Thr Leu Val Pro Glu Trp Leu Ala Ile
305 310 315 320
Arg Asn Thr Leu Met Gly Gly Val Asp Leu Ser Arg Cys Val Val Ser
325 330 335
Ser Arg Asp Leu Ile Cys Lys Gln Asp Pro Val Phe Ser Leu Asp Thr
340 345 350
Ser Ile Ile Ser Cys Leu Asn Gly Asn Thr Glu Ser Cys Pro Arg Asn
355 360 365
Arg Val Val Asn Ser Val Ala Pro Arg Tyr Ala Val Ile Arg Gly Asn
370 375 380
Ile Leu Ala Asn Cys Ile Ser Thr Thr Cys Leu Cys Gly Asp Pro Gly
385 390 395 400
Val Pro Ile Ile Gln Lys Gly Asp Asn Thr Leu Thr Ala Met Ser Ile
405 410 415
Asn Asp Cys Lys Leu Val Gly Val Asp Gly Tyr Val Phe Arg Pro Gly
420 425 430
Pro Lys Ala Val Asn Val Thr Phe Asn Leu Pro His Leu Asn Leu Gly
435 440 445
Pro Glu Val Asn Val Asn Pro Val Asp Ile Ser Gly Ala Leu Gly Lys
450 455 460
Val Glu Gln Asp Leu Ala Ser Ser Arg Asp His Leu Ala Lys Ser Glu
465 470 475 480
Lys Ile Leu Ser Gly Ile Asn Pro Asn Ile Ile Asn Thr Glu Met Val
485 490 495
Leu Val Ala Val Ile Leu Ser Leu Val Cys Ala Met Val Val Ile Gly
500 505 510
Ile Val Cys Trp Leu Ser Ile Leu Thr Lys Trp Val Arg Ser Cys Arg
515 520 525
Ala Asp Cys Arg Arg Pro Asn Lys Gly Pro Asp Leu Gly Pro Ile Met
530 535 540
Ser Ser Gln Asp Asn Leu Ser Phe
545 550
<210> 57
<211> 546
<212> PRT
<213> Nipah virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> fusion glycoprotein F0
<400> 57
Met Val Val Ile Leu Asp Lys Arg Cys Tyr Cys Asn Leu Leu Ile Leu
1 5 10 15
Ile Leu Met Ile Ser Glu Cys Ser Val Gly Ile Leu His Tyr Glu Lys
20 25 30
Leu Ser Lys Ile Gly Leu Val Lys Gly Val Thr Arg Lys Tyr Lys Ile
35 40 45
Lys Ser Asn Pro Leu Thr Lys Asp Ile Val Ile Lys Met Ile Pro Asn
50 55 60
Val Ser Asn Met Ser Gln Cys Thr Gly Ser Val Met Glu Asn Tyr Lys
65 70 75 80
Thr Arg Leu Asn Gly Ile Leu Thr Pro Ile Lys Gly Ala Leu Glu Ile
85 90 95
Tyr Lys Asn Asn Thr His Asp Leu Val Gly Asp Val Arg Leu Ala Gly
100 105 110
Val Ile Met Ala Gly Val Ala Ile Gly Ile Ala Thr Ala Ala Gln Ile
115 120 125
Thr Ala Gly Val Ala Leu Tyr Glu Ala Met Lys Asn Ala Asp Asn Ile
130 135 140
Asn Lys Leu Lys Ser Ser Ile Glu Ser Thr Asn Glu Ala Val Val Lys
145 150 155 160
Leu Gln Glu Thr Ala Glu Lys Thr Val Tyr Val Leu Thr Ala Leu Gln
165 170 175
Asp Tyr Ile Asn Thr Asn Leu Val Pro Thr Ile Asp Lys Ile Ser Cys
180 185 190
Lys Gln Thr Glu Leu Ser Leu Asp Leu Ala Leu Ser Lys Tyr Leu Ser
195 200 205
Asp Leu Leu Phe Val Phe Gly Pro Asn Leu Gln Asp Pro Val Ser Asn
210 215 220
Ser Met Thr Ile Gln Ala Ile Ser Gln Ala Phe Gly Gly Asn Tyr Glu
225 230 235 240
Thr Leu Leu Arg Thr Leu Gly Tyr Ala Thr Glu Asp Phe Asp Asp Leu
245 250 255
Leu Glu Ser Asp Ser Ile Thr Gly Gln Ile Ile Tyr Val Asp Leu Ser
260 265 270
Ser Tyr Tyr Ile Ile Val Arg Val Tyr Phe Pro Ile Leu Thr Glu Ile
275 280 285
Gln Gln Ala Tyr Ile Gln Glu Leu Leu Pro Val Ser Phe Asn Asn Asp
290 295 300
Asn Ser Glu Trp Ile Ser Ile Val Pro Asn Phe Ile Leu Val Arg Asn
305 310 315 320
Thr Leu Ile Ser Asn Ile Glu Ile Gly Phe Cys Leu Ile Thr Lys Arg
325 330 335
Ser Val Ile Cys Asn Gln Asp Tyr Ala Thr Pro Met Thr Asn Asn Met
340 345 350
Arg Glu Cys Leu Thr Gly Ser Thr Glu Lys Cys Pro Arg Glu Leu Val
355 360 365
Val Ser Ser His Val Pro Arg Phe Ala Leu Ser Asn Gly Val Leu Phe
370 375 380
Ala Asn Cys Ile Ser Val Thr Cys Gln Cys Gln Thr Thr Gly Arg Ala
385 390 395 400
Ile Ser Gln Ser Gly Glu Gln Thr Leu Leu Met Ile Asp Asn Thr Thr
405 410 415
Cys Pro Thr Ala Val Leu Gly Asn Val Ile Ile Ser Leu Gly Lys Tyr
420 425 430
Leu Gly Ser Val Asn Tyr Asn Ser Glu Gly Ile Ala Ile Gly Pro Pro
435 440 445
Val Phe Thr Asp Lys Val Asp Ile Ser Ser Gln Ile Ser Ser Met Asn
450 455 460
Gln Ser Leu Gln Gln Ser Lys Asp Tyr Ile Lys Glu Ala Gln Arg Leu
465 470 475 480
Leu Asp Thr Val Asn Pro Ser Leu Ile Ser Met Leu Ser Met Ile Ile
485 490 495
Leu Tyr Val Leu Ser Ile Ala Ser Leu Cys Ile Gly Leu Ile Thr Phe
500 505 510
Ile Ser Phe Ile Ile Val Glu Lys Lys Arg Asn Thr Tyr Ser Arg Leu
515 520 525
Glu Asp Arg Arg Val Arg Pro Thr Ser Ser Gly Asp Leu Tyr Tyr Ile
530 535 540
Gly Thr
545
<210> 58
<211> 321
<212> PRT
<213> Human respiratory syncytial virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 58
Met Ser Lys Thr Lys Asp Gln Arg Thr Ala Lys Thr Leu Glu Arg Thr
1 5 10 15
Trp Asp Thr Leu Asn His Leu Leu Phe Ile Ser Ser Cys Leu Tyr Lys
20 25 30
Leu Asn Leu Lys Ser Ile Ala Gln Ile Thr Leu Ser Ile Leu Ala Met
35 40 45
Ile Ile Ser Thr Ser Leu Ile Ile Ala Ala Ile Ile Phe Ile Ala Ser
50 55 60
Ala Asn His Lys Val Thr Leu Thr Thr Ala Ile Ile Gln Asp Ala Thr
65 70 75 80
Asn Gln Ile Lys Asn Thr Thr Pro Thr Tyr Leu Thr Gln Asn Pro Gln
85 90 95
Leu Gly Ile Ser Phe Ser Asn Leu Ser Gly Thr Thr Leu Gln Ser Thr
100 105 110
Thr Ile Leu Ala Ser Thr Thr Pro Ser Ala Glu Ser Thr Pro Gln Ser
115 120 125
Thr Thr Val Lys Ile Ile Asn Thr Thr Thr Thr Gln Ile Leu Pro Ser
130 135 140
Lys Pro Thr Thr Lys Gln Arg Gln Asn Lys Pro Gln Asn Lys Pro Asn
145 150 155 160
Asn Asp Phe His Phe Glu Val Phe Asn Phe Val Pro Cys Ser Ile Cys
165 170 175
Ser Asn Asn Pro Thr Cys Trp Ala Ile Cys Lys Arg Ile Pro Asn Lys
180 185 190
Lys Pro Gly Lys Lys Thr Thr Thr Lys Pro Thr Lys Lys Pro Thr Leu
195 200 205
Lys Thr Thr Lys Lys Asp Pro Lys Pro Gln Thr Thr Lys Pro Lys Glu
210 215 220
Ala Leu Thr Thr Lys Pro Thr Gly Lys Pro Thr Ile Asn Thr Thr Lys
225 230 235 240
Thr Asn Ile Arg Thr Thr Leu Leu Thr Ser Asn Thr Lys Gly Asn Pro
245 250 255
Glu His Thr Ser Gln Glu Glu Thr Leu His Ser Thr Thr Ser Glu Gly
260 265 270
Tyr Leu Ser Pro Ser Gln Val Tyr Thr Thr Ser Gly Gln Glu Glu Thr
275 280 285
Leu His Ser Thr Thr Ser Glu Gly Tyr Leu Ser Pro Ser Gln Val Tyr
290 295 300
Thr Thr Ser Glu Tyr Leu Ser Gln Ser Leu Ser Ser Ser Asn Thr Thr
305 310 315 320
Lys
<210> 59
<211> 616
<212> PRT
<213> Newcastle disease virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase protein
<400> 59
Met Glu Arg Gly Val Ser Gln Val Ala Leu Glu Asn Asp Glu Arg Glu
1 5 10 15
Ala Lys Asn Thr Trp Arg Leu Val Phe Arg Val Thr Val Leu Phe Leu
20 25 30
Thr Ile Val Thr Leu Ala Ile Ser Ala Ala Ala Leu Ala Phe Ser Met
35 40 45
Asn Ala Ser Thr Pro Gln Asp Leu Glu Gly Ile Pro Val Ala Ile Ser
50 55 60
Lys Val Glu Asp Lys Ile Thr Ser Ala Leu Gly Ala Ser Gln Asp Val
65 70 75 80
Met Asp Arg Ile Tyr Lys Gln Val Ala Leu Glu Ser Pro Leu Ala Leu
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Leu Asn Thr Glu Ser Thr Ile Met Asn Ala Leu Thr Ser Leu Ser Tyr
100 105 110
Gln Ile Asn Gly Ala Ala Asn Ala Ser Gly Cys Gly Ala Pro Val Pro
115 120 125
Asp Pro Asp Tyr Ile Gly Gly Ile Gly Lys Glu Leu Ile Val Asp Asp
130 135 140
Thr Ser Asp Val Thr Ser Phe Tyr Pro Ser Ala Phe Gln Glu His Leu
145 150 155 160
Asn Phe Ile Pro Ala Pro Thr Thr Gly Ser Gly Cys Thr Arg Ile Pro
165 170 175
Ser Phe Asp Met Ser Ala Thr His Tyr Cys Tyr Thr His Asn Val Ile
180 185 190
Leu Ser Gly Cys Arg Asp His Ser His Ser His Gln Tyr Leu Ala Leu
195 200 205
Gly Val Leu Arg Thr Ser Ala Thr Gly Arg Val Phe Phe Ser Thr Leu
210 215 220
Arg Ser Ile Asn Leu Asp Asp Thr Gln Asn Arg Lys Ser Cys Ser Val
225 230 235 240
Ser Ala Thr Pro Leu Gly Cys Asp Met Leu Cys Ser Lys Val Thr Glu
245 250 255
Thr Glu Glu Glu Asp Tyr Gln Ser Thr Asp Pro Thr Leu Met Val His
260 265 270
Gly Arg Leu Gly Phe Asp Gly Gln Tyr His Glu Arg Asp Leu Asp Val
275 280 285
His Thr Leu Phe Gly Asp Trp Val Ala Asn Tyr Pro Gly Val Gly Gly
290 295 300
Gly Ser Phe Ile Asn Asn Arg Val Trp Phe Pro Val Tyr Gly Gly Leu
305 310 315 320
Lys Pro Gly Ser Pro Thr Asp Lys Arg Gln Glu Gly Gln Tyr Ala Ile
325 330 335
Tyr Lys Arg Tyr Asn Asp Thr Cys Pro Asp Asp Gln Glu Tyr Gln Val
340 345 350
Arg Met Ala Lys Ser Ala Tyr Lys Pro Asn Arg Phe Gly Gly Lys Arg
355 360 365
Val Gln Gln Ala Ile Leu Ser Ile Gly Val Ser Thr Thr Leu Ala Asp
370 375 380
Asp Pro Val Leu Thr Val Thr Ser Asn Thr Ile Thr Leu Met Gly Ala
385 390 395 400
Glu Gly Arg Val Met Thr Val Gly Thr Ser His Tyr Leu Tyr Gln Arg
405 410 415
Gly Ser Ser Tyr Tyr Ser Pro Ala Ile Leu Tyr Pro Leu Thr Ile Ala
420 425 430
Asn Lys Thr Ala Thr Leu Gln Asp Pro Tyr Lys Phe Asn Ala Phe Thr
435 440 445
Arg Pro Gly Ser Val Pro Cys Gln Ala Ser Ala Arg Cys Pro Asn Ser
450 455 460
Cys Val Thr Gly Val Tyr Thr Asp Pro Tyr Pro Ile Val Phe His Lys
465 470 475 480
Asn His Thr Leu Arg Gly Val Phe Gly Thr Met Leu Asp Asp Glu Gln
485 490 495
Ala Arg Leu Asn Pro Val Ser Ala Val Phe Asp Ser Ile Ala Arg Ser
500 505 510
Arg Val Thr Arg Val Ser Ser Ser Ser Thr Lys Ala Ala Tyr Thr Thr
515 520 525
Ser Thr Cys Phe Lys Val Val Lys Thr Gly Lys Val Tyr Cys Leu Ser
530 535 540
Ile Ala Glu Ile Ser Asn Thr Leu Phe Gly Glu Phe Arg Ile Val Pro
545 550 555 560
Leu Leu Val Glu Ile Leu Arg Asp Glu Gly Arg Ser Glu Ala Arg Ser
565 570 575
Ala Leu Thr Thr Gln Gly His Pro Gly Trp Asn Asp Glu Val Val Asp
580 585 590
Pro Ile Phe Cys Ala Val Thr Asn Gln Thr Asp His Arg Gln Lys Leu
595 600 605
Glu Glu Tyr Ala Gln Ser Trp Pro
610 615
<210> 60
<211> 316
<212> PRT
<213> Human respiratory syncytial virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> receptor binding glycoprotein
<400> 60
Met Ser Lys Asn Lys Asn Gln Arg Thr Ala Arg Thr Leu Glu Lys Thr
1 5 10 15
Trp Asp Thr Leu Asn His Leu Ile Val Ile Ser Ser Cys Leu Tyr Lys
20 25 30
Leu Asn Leu Lys Ser Ile Ala Gln Ile Ala Leu Ser Val Leu Ala Met
35 40 45
Ile Ile Ser Thr Ser Leu Ile Ile Ala Ala Ile Ile Phe Ile Ile Ser
50 55 60
Ala Asn His Lys Val Thr Leu Thr Thr Val Thr Val Gln Thr Ile Lys
65 70 75 80
Asn His Thr Glu Lys Asn Ile Thr Thr Tyr Leu Thr Gln Val Ser Pro
85 90 95
Glu Arg Val Ser Pro Ser Lys Gln Pro Thr Thr Thr Pro Pro Ile His
100 105 110
Thr Asn Ser Ala Thr Ile Ser Pro Asn Thr Lys Ser Glu Thr His His
115 120 125
Thr Thr Ala Gln Thr Lys Gly Arg Thr Thr Thr Pro Thr Gln Asn Asn
130 135 140
Lys Pro Ser Thr Lys Pro Arg Pro Lys Asn Pro Pro Lys Lys Pro Lys
145 150 155 160
Asp Asp Tyr His Phe Glu Val Phe Asn Phe Val Pro Cys Ser Ile Cys
165 170 175
Gly Asn Asn Gln Leu Cys Lys Ser Ile Cys Lys Thr Ile Pro Asn Asn
180 185 190
Lys Pro Lys Lys Lys Pro Thr Thr Lys Pro Thr Asn Lys Pro Pro Thr
195 200 205
Lys Thr Thr Asn Lys Arg Asp Pro Lys Thr Pro Ala Lys Thr Leu Lys
210 215 220
Lys Glu Thr Thr Ile Asn Pro Thr Thr Lys Lys Pro Thr Pro Lys Thr
225 230 235 240
Thr Glu Arg Asp Thr Ser Thr Pro Gln Ser Thr Val Leu Asp Thr Thr
245 250 255
Thr Ser Lys His Thr Glu Arg Asp Thr Ser Thr Pro Gln Ser Thr Val
260 265 270
Leu Asp Thr Thr Thr Ser Lys His Thr Ile Gln Gln Gln Ser Leu His
275 280 285
Ser Ile Thr Pro Glu Asn Thr Pro Asn Ser Thr Gln Thr Pro Thr Ala
290 295 300
Ser Glu Pro Ser Thr Ser Asn Ser Thr Gln Lys Leu
305 310 315
<210> 61
<211> 621
<212> PRT
<213> Measels virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> Hemagglutinin
<400> 61
Met Ser Pro His Arg Asp Arg Ile Asn Ala Phe Tyr Arg Asp Asn Pro
1 5 10 15
His Pro Lys Gly Ser Arg Ile Val Ile Asn Arg Glu His Leu Met Ile
20 25 30
Asp Arg Pro Tyr Val Leu Leu Ala Val Leu Phe Val Met Phe Leu Ser
35 40 45
Leu Ile Gly Leu Leu Ala Ile Ala Gly Ile Arg Leu His Arg Ala Ala
50 55 60
Ile Tyr Thr Ala Glu Ile His Lys Ser Leu Ser Thr Asn Leu Asp Val
65 70 75 80
Thr Asn Ser Ile Glu His Gln Val Lys Asp Val Leu Thr Pro Leu Phe
85 90 95
Lys Ile Ile Gly Asp Glu Val Gly Leu Arg Thr Pro Gln Arg Phe Thr
100 105 110
Asp Leu Val Lys Phe Ile Ser Asp Lys Ile Lys Phe Leu Asn Pro Asp
115 120 125
Arg Glu Tyr Asp Phe Arg Asp Leu Thr Trp Cys Ile Asn Pro Pro Glu
130 135 140
Arg Ile Lys Leu Asp Tyr Asp Gln Tyr Cys Ala Asp Val Ala Ala Glu
145 150 155 160
Glu Leu Met Asn Ala Leu Val Asn Ser Thr Leu Leu Glu Ala Arg Ala
165 170 175
Thr Asn Gln Phe Leu Ala Val Ser Lys Gly Asn Cys Ser Gly Pro Thr
180 185 190
Thr Ile Arg Gly Gln Phe Ser Asn Met Ser Leu Ser Leu Leu Asp Leu
195 200 205
Tyr Leu Ser Arg Gly Tyr Asn Val Ser Ser Ile Val Thr Met Thr Ser
210 215 220
Gln Gly Met Tyr Gly Gly Thr Tyr Leu Val Gly Lys Pro Asn Leu Ser
225 230 235 240
Ser Lys Gly Ser Glu Leu Ser Gln Leu Ser Met His Arg Val Phe Glu
245 250 255
Val Gly Val Ile Arg Asn Pro Gly Leu Gly Ala Pro Val Phe His Met
260 265 270
Thr Asn Tyr Phe Glu Gln Pro Val Ser Asn Asp Phe Ser Asn Cys Met
275 280 285
Val Ala Leu Gly Glu Leu Arg Phe Ala Ala Leu Cys His Arg Glu Asp
290 295 300
Ser Val Thr Val Pro Tyr Gln Gly Ser Gly Lys Gly Val Ser Phe Gln
305 310 315 320
Leu Val Lys Leu Gly Val Trp Lys Ser Pro Thr Asp Met Gln Ser Trp
325 330 335
Val Pro Leu Ser Thr Asp Asp Pro Val Ile Asp Arg Leu Tyr Leu Ser
340 345 350
Ser His Arg Gly Val Ile Ala Asp Asn Gln Ala Lys Trp Ala Val Pro
355 360 365
Thr Thr Arg Thr Asp Asp Lys Leu Arg Met Glu Thr Cys Phe Gln Gln
370 375 380
Ala Cys Lys Gly Lys Asn Gln Ala Leu Cys Glu Asn Pro Glu Trp Ala
385 390 395 400
Pro Leu Lys Asp Asn Arg Ile Pro Ser Tyr Gly Val Leu Ser Val Asn
405 410 415
Leu Ser Leu Thr Val Glu Leu Lys Ile Lys Ile Ala Ser Gly Phe Gly
420 425 430
Pro Leu Ile Thr His Gly Ser Gly Met Asp Leu Tyr Lys Thr Asn His
435 440 445
Asp Asn Val Tyr Trp Leu Thr Ile Pro Pro Met Lys Asn Leu Ala Leu
450 455 460
Gly Val Ile Asn Thr Leu Glu Trp Ile Pro Arg Phe Lys Val Ser Pro
465 470 475 480
Asn Leu Phe Thr Val Pro Ile Lys Glu Ala Gly Glu Asp Cys His Ala
485 490 495
Pro Thr Tyr Leu Pro Ala Glu Val Asp Gly Asp Val Lys Leu Ser Ser
500 505 510
Asn Leu Val Ile Leu Pro Gly Gln Asp Leu Gln Tyr Val Leu Ala Thr
515 520 525
Tyr Asp Thr Ser Arg Val Glu His Ala Val Val Tyr Tyr Val Tyr Ser
530 535 540
Pro Ser Arg Ser Phe Ser Tyr Phe Tyr Pro Phe Arg Leu Pro Ile Lys
545 550 555 560
Gly Val Pro Ile Glu Leu Gln Val Glu Cys Phe Thr Trp Asp Gln Lys
565 570 575
Leu Trp Cys Arg His Phe Cys Val Leu Ala Asp Ser Glu Ser Gly Gly
580 585 590
His Ile Thr His Ser Gly Met Val Gly Met Gly Val Ser Cys Thr Val
595 600 605
Thr Arg Glu Asp Gly Thr Asn Arg Arg Gln Gly Cys Gln
610 615 620
<210> 62
<211> 582
<212> PRT
<213> Mumps virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin neuraminidase
<400> 62
Met Glu Pro Ser Lys Leu Phe Thr Met Ser Asp Asn Ala Thr Phe Ala
1 5 10 15
Pro Gly Pro Val Ile Asn Ala Ala Asp Lys Lys Thr Phe Arg Thr Cys
20 25 30
Phe Arg Ile Leu Val Leu Ser Val Gln Ala Val Thr Leu Ile Leu Val
35 40 45
Ile Val Thr Leu Gly Glu Leu Val Arg Met Ile Asn Asp Gln Gly Leu
50 55 60
Ser Asn Gln Leu Ser Ser Ile Ala Asp Lys Ile Arg Glu Ser Ala Thr
65 70 75 80
Met Ile Ala Ser Ala Val Gly Val Met Asn Gln Val Ile His Gly Val
85 90 95
Thr Val Ser Leu Pro Leu Gln Ile Glu Gly Asn Gln Asn Gln Leu Leu
100 105 110
Ser Thr Leu Ala Thr Ile Cys Thr Gly Lys Lys Gln Val Ser Asn Cys
115 120 125
Ser Thr Asn Ile Pro Leu Val Asn Asp Leu Arg Phe Ile Asn Gly Ile
130 135 140
Asn Lys Phe Ile Ile Glu Asp Tyr Ala Thr His Asp Phe Ser Ile Gly
145 150 155 160
His Pro Leu Asn Met Pro Ser Phe Ile Pro Thr Ala Thr Ser Pro Asn
165 170 175
Gly Cys Thr Arg Ile Pro Ser Phe Ser Leu Gly Lys Thr His Trp Cys
180 185 190
Tyr Thr His Asn Val Ile Asn Ala Asn Cys Lys Asp His Thr Ser Ser
195 200 205
Asn Gln Tyr Ile Ser Met Gly Ile Leu Val Gln Thr Ala Ser Gly Tyr
210 215 220
Pro Met Phe Lys Thr Leu Lys Ile Gln Tyr Leu Ser Asp Gly Leu Asn
225 230 235 240
Arg Lys Ser Cys Ser Ile Ala Thr Val Pro Asp Gly Cys Ala Met Tyr
245 250 255
Cys Tyr Val Ser Thr Gln Leu Glu Thr Asp Asp Tyr Ala Gly Ser Ser
260 265 270
Pro Pro Thr Gln Lys Leu Thr Leu Leu Phe Tyr Asn Asp Thr Val Thr
275 280 285
Glu Arg Thr Ile Ser Pro Thr Gly Leu Glu Gly Asn Trp Ala Thr Leu
290 295 300
Val Pro Gly Val Gly Ser Gly Ile Tyr Phe Glu Asn Lys Leu Ile Phe
305 310 315 320
Pro Ala Tyr Gly Gly Val Leu Pro Asn Ser Ser Leu Gly Val Lys Ser
325 330 335
Ala Arg Glu Phe Phe Arg Pro Val Asn Pro Tyr Asn Pro Cys Ser Gly
340 345 350
Pro Gln Gln Asp Leu Asp Gln Arg Ala Leu Arg Ser Tyr Phe Pro Ser
355 360 365
Tyr Phe Ser Asn Arg Arg Val Gln Ser Ala Phe Leu Val Cys Ala Trp
370 375 380
Asn Gln Ile Leu Val Thr Asn Cys Glu Leu Val Val Pro Ser Asn Asn
385 390 395 400
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405 410 415
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420 425 430
Tyr Glu Ile Ser Phe Thr Phe Thr Asn Ser Gly Gln Ser Ser Val Asn
435 440 445
Met Ser Trp Ile Pro Ile Tyr Ser Phe Thr Arg Pro Gly Ser Gly Asn
450 455 460
Cys Ser Gly Glu Asn Val Cys Pro Thr Ala Cys Val Ser Gly Val Tyr
465 470 475 480
Leu Asp Pro Trp Pro Leu Thr Pro Tyr Ser His Gln Ser Gly Ile Asn
485 490 495
Arg Asn Phe Tyr Phe Thr Gly Ala Leu Leu Asn Ser Ser Thr Thr Arg
500 505 510
Val Asn Pro Thr Leu Tyr Val Ser Ala Leu Asn Asn Leu Lys Val Leu
515 520 525
Ala Pro Tyr Gly Asn Gln Gly Leu Phe Ala Ser Tyr Thr Thr Thr Thr
530 535 540
Cys Phe Gln Asp Thr Gly Asp Ala Ser Val Tyr Cys Val Tyr Ile Met
545 550 555 560
Glu Leu Ala Ser Asn Ile Val Gly Glu Phe Gln Ile Leu Pro Val Leu
565 570 575
Thr Arg Leu Thr Ile Thr
580
<210> 63
<211> 572
<212> PRT
<213> Human respirovirus 3
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin neuraminidase
<400> 63
Met Glu Tyr Trp Lys His Thr Asn His Gly Lys Asp Ala Gly Asn Glu
1 5 10 15
Leu Glu Thr Ala Thr Ala Thr His Gly Asn Arg Leu Thr Asn Lys Ile
20 25 30
Thr Tyr Ile Leu Trp Thr Ile Thr Leu Val Leu Leu Ser Ile Val Phe
35 40 45
Ile Ile Val Leu Ile Asn Ser Ile Lys Ser Glu Lys Ala His Glu Ser
50 55 60
Leu Leu Gln Asp Ile Asn Asn Glu Phe Met Glu Val Thr Glu Lys Ile
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Gln Val Ala Ser Asp Asn Thr Asn Asp Leu Ile Gln Ser Gly Val Asn
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Thr Arg Leu Leu Thr Ile Gln Ser His Val Gln Asn Tyr Ile Pro Ile
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Ser Leu Thr Gln Gln Ile Ser Asp Leu Arg Lys Phe Ile Ser Glu Ile
115 120 125
Thr Ile Arg Asn Asp Asn Gln Glu Val Pro Pro Gln Arg Ile Thr His
130 135 140
Asp Val Gly Ile Lys Pro Leu Asn Pro Asp Asp Phe Trp Arg Cys Thr
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Leu Ile Thr Arg Gly Cys Gln Asp Ile Gly Lys Ser Tyr Gln Val Leu
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Gln Ile Gly Ile Ile Thr Val Asn Ser Asp Leu Val Pro Asp Leu Asn
225 230 235 240
Pro Arg Ile Ser His Thr Phe Asn Ile Asn Asp Asn Arg Lys Ser Cys
245 250 255
Ser Leu Ala Leu Leu Asn Thr Asp Val Tyr Gln Leu Cys Ser Thr Pro
260 265 270
Lys Val Asp Glu Arg Ser Asp Tyr Ala Ser Ser Gly Ile Glu Asp Ile
275 280 285
Val Leu Asp Ile Val Asn Tyr Asp Gly Ser Ile Ser Thr Thr Arg Phe
290 295 300
Lys Asn Asn Asn Ile Ser Phe Asp Gln Pro Tyr Ala Ala Leu Tyr Pro
305 310 315 320
Ser Val Gly Pro Gly Ile Tyr Tyr Lys Gly Lys Ile Ile Phe Leu Gly
325 330 335
Tyr Gly Gly Leu Glu His Pro Ile Asn Glu Asn Ala Ile Cys Asn Thr
340 345 350
Thr Gly Cys Pro Gly Lys Thr Gln Arg Asp Cys Asn Gln Ala Ser His
355 360 365
Ser Pro Trp Phe Ser Asp Arg Arg Met Val Asn Ser Ile Ile Val Val
370 375 380
Asp Lys Gly Leu Asn Ser Val Pro Lys Leu Lys Val Trp Thr Ile Ser
385 390 395 400
Met Arg Gln Asn Tyr Trp Gly Ser Glu Gly Arg Leu Leu Leu Leu Gly
405 410 415
Asn Lys Ile Tyr Ile Tyr Thr Arg Ser Thr Ser Trp His Ser Lys Leu
420 425 430
Gln Leu Gly Ile Ile Asp Ile Thr Asp Tyr Ser Asp Ile Arg Ile Lys
435 440 445
Trp Thr Trp His Asn Val Leu Ser Arg Pro Gly Asn Asn Glu Cys Pro
450 455 460
Trp Gly His Ser Cys Pro Asp Gly Cys Ile Thr Gly Val Tyr Thr Asp
465 470 475 480
Ala Tyr Pro Leu Asn Pro Thr Gly Ser Ile Val Ser Ser Val Ile Leu
485 490 495
Asp Ser Gln Lys Ser Arg Val Asn Pro Val Ile Thr Tyr Ser Thr Ala
500 505 510
Thr Glu Arg Val Asn Glu Leu Ala Ile Arg Asn Lys Thr Leu Ser Ala
515 520 525
Gly Tyr Thr Thr Thr Ser Cys Ile Thr His Tyr Asn Lys Gly Tyr Cys
530 535 540
Phe His Ile Val Glu Ile Asn His Lys Ser Leu Asn Thr Phe Gln Pro
545 550 555 560
Met Leu Phe Lys Thr Glu Ile Pro Lys Ser Cys Ser
565 570
<210> 64
<211> 220
<212> PRT
<213> Human metapneumovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein G
<400> 64
Met Glu Val Lys Val Glu Asn Ile Arg Ala Ile Asp Met Leu Lys Ala
1 5 10 15
Arg Val Lys Asn Arg Val Ala Arg Ser Lys Cys Phe Lys Asn Ala Ser
20 25 30
Leu Ile Leu Ile Gly Ile Thr Thr Leu Ser Ile Ala Leu Asn Ile Tyr
35 40 45
Leu Ile Ile Asn Tyr Thr Ile Gln Lys Thr Thr Ser Glu Ser Glu His
50 55 60
His Thr Ser Ser Pro Pro Thr Glu Ser Asn Lys Glu Thr Ser Thr Ile
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Pro Ile Asp Asn Pro Asp Ile Thr Pro Asn Ser Gln His Pro Thr Gln
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Gln Ser Thr Glu Ser Leu Thr Leu Tyr Pro Ala Ser Ser Met Ser Pro
100 105 110
Ser Glu Thr Glu Pro Ala Ser Thr Pro Gly Ile Thr Asn Arg Leu Ser
115 120 125
Leu Ala Asp Arg Ser Thr Thr Gln Pro Ser Glu Ser Arg Thr Lys Thr
130 135 140
Asn Ser Thr Val His Lys Lys Asn Lys Lys Asn Ile Ser Ser Thr Ile
145 150 155 160
Ser Arg Thr Gln Ser Pro Pro Arg Thr Thr Ala Lys Ala Val Ser Arg
165 170 175
Thr Thr Ala Leu Arg Met Ser Ser Thr Gly Glu Arg Pro Thr Thr Thr
180 185 190
Ser Val Gln Ser Asp Ser Ser Thr Thr Ala Gln Asn His Glu Glu Thr
195 200 205
Gly Pro Ala Asn Pro Gln Ala Ser Val Ser Thr Met
210 215 220
<210> 65
<211> 607
<212> PRT
<213> Canine distemper virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin
<400> 65
Met Leu Ser Tyr Gln Asp Lys Val Gly Ala Phe Tyr Lys Asp Asn Ala
1 5 10 15
Arg Ala Asn Ser Ser Lys Leu Ser Leu Val Thr Glu Glu Gln Gly Gly
20 25 30
Arg Arg Pro Pro Tyr Leu Leu Phe Val Leu Leu Ile Leu Leu Val Gly
35 40 45
Ile Leu Ala Leu Leu Ala Ile Ala Gly Val Arg Phe Arg Gln Val Ser
50 55 60
Thr Ser Asn Val Glu Phe Gly Arg Leu Leu Lys Asp Asp Leu Glu Lys
65 70 75 80
Ser Glu Ala Val His His Gln Val Met Asp Val Leu Thr Pro Leu Phe
85 90 95
Lys Ile Ile Gly Asp Glu Ile Gly Leu Arg Leu Pro Gln Lys Leu Asn
100 105 110
Glu Ile Lys Gln Phe Ile Leu Gln Lys Thr Asn Phe Phe Asn Pro Asn
115 120 125
Arg Glu Phe Asp Phe Arg Asp Leu His Trp Cys Ile Asn Pro Pro Ser
130 135 140
Lys Ile Lys Val Asn Phe Thr Asn Tyr Cys Asp Ala Ile Gly Val Arg
145 150 155 160
Lys Ser Ile Ala Ser Ala Ala Asn Pro Ile Leu Leu Ser Ala Leu Ser
165 170 175
Gly Gly Arg Gly Asp Ile Phe Pro Pro Tyr Arg Cys Ser Gly Ala Thr
180 185 190
Thr Ser Val Gly Arg Val Phe Pro Leu Ser Val Ser Leu Ser Met Ser
195 200 205
Leu Ile Ser Lys Thr Ser Glu Ile Ile Ser Met Leu Thr Ala Ile Ser
210 215 220
Asp Gly Val Tyr Gly Lys Thr Tyr Leu Leu Val Pro Asp Tyr Ile Glu
225 230 235 240
Arg Glu Phe Asp Thr Gln Lys Ile Arg Val Phe Glu Ile Gly Phe Ile
245 250 255
Lys Arg Trp Leu Asn Asp Met Pro Leu Leu Gln Thr Thr Asn Tyr Met
260 265 270
Val Leu Pro Glu Asn Ser Lys Ala Lys Val Cys Thr Ile Ala Val Gly
275 280 285
Glu Leu Thr Leu Ala Ser Leu Cys Val Asp Glu Ser Thr Val Leu Leu
290 295 300
Tyr His Asp Ser Asn Gly Ser Gln Asp Ser Ile Leu Val Val Thr Leu
305 310 315 320
Gly Ile Phe Gly Ala Thr Pro Met Asn Gln Val Glu Glu Val Ile Pro
325 330 335
Val Ala His Pro Ser Val Glu Arg Ile His Ile Thr Asn His Arg Gly
340 345 350
Phe Ile Lys Asp Ser Val Ala Thr Trp Met Val Pro Ala Leu Val Ser
355 360 365
Glu Gln Gln Glu Gly Gln Lys Asn Cys Leu Glu Ser Ala Cys Gln Arg
370 375 380
Lys Ser Tyr Pro Met Cys Asn Gln Thr Ser Trp Glu Pro Phe Gly Gly
385 390 395 400
Val Gln Leu Pro Ser Tyr Gly Arg Leu Thr Leu Pro Leu Asp Ala Ser
405 410 415
Ile Asp Leu Gln Leu Asn Ile Ser Phe Thr Tyr Gly Pro Val Ile Leu
420 425 430
Asn Gly Asp Gly Met Asp Tyr Tyr Glu Asn Pro Leu Leu Asp Ser Gly
435 440 445
Trp Leu Thr Ile Pro Pro Lys Asn Gly Thr Ile Leu Gly Leu Ile Asn
450 455 460
Lys Ala Ser Arg Gly Asp Gln Phe Thr Val Thr Pro His Val Leu Thr
465 470 475 480
Phe Ala Pro Arg Glu Ser Ser Gly Asn Cys Tyr Leu Pro Ile Gln Thr
485 490 495
Ser Gln Ile Met Asp Lys Asp Val Leu Thr Glu Ser Asn Leu Val Val
500 505 510
Leu Pro Thr Gln Asn Phe Arg Tyr Val Val Ala Thr Tyr Asp Ile Ser
515 520 525
Arg Glu Asn His Ala Ile Val Tyr Tyr Val Tyr Asp Pro Ile Arg Thr
530 535 540
Ile Ser Tyr Thr Tyr Pro Phe Arg Leu Thr Thr Lys Gly Arg Pro Asp
545 550 555 560
Phe Leu Arg Ile Glu Cys Phe Val Trp Asp Asp Asp Leu Trp Cys His
565 570 575
Gln Phe Tyr Arg Phe Glu Ser Asp Ile Thr Asn Ser Thr Thr Ser Val
580 585 590
Glu Asp Leu Val Arg Ile Arg Phe Ser Cys Asn Arg Ser Lys Pro
595 600 605
<210> 66
<211> 609
<212> PRT
<213> Peste-des-petits-ruminants virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin
<400> 66
Met Ser Ala Gln Arg Glu Arg Ile Asn Ala Phe Tyr Lys Asp Asn Pro
1 5 10 15
His Asn Lys Asn His Arg Val Ile Leu Asp Arg Glu Arg Leu Val Ile
20 25 30
Glu Arg Pro Tyr Ile Leu Leu Gly Val Leu Leu Val Met Phe Leu Ser
35 40 45
Leu Ile Gly Leu Leu Ala Ile Ala Gly Ile Arg Leu His Arg Ala Thr
50 55 60
Val Gly Thr Ser Glu Ile Gln Ser Arg Leu Asn Thr Asn Ile Glu Leu
65 70 75 80
Thr Glu Ser Ile Asp His Gln Thr Lys Asp Val Leu Thr Pro Leu Phe
85 90 95
Lys Ile Ile Gly Asp Glu Val Gly Ile Arg Ile Pro Gln Lys Phe Ser
100 105 110
Asp Leu Val Lys Phe Ile Ser Asp Lys Ile Lys Phe Leu Asn Pro Asp
115 120 125
Arg Glu Tyr Asp Phe Arg Asp Leu Arg Trp Cys Met Asn Pro Pro Glu
130 135 140
Arg Val Lys Ile Asn Phe Asp Gln Phe Cys Glu Tyr Lys Ala Ala Val
145 150 155 160
Lys Ser Ile Glu His Ile Phe Glu Ser Pro Leu Asn Lys Ser Lys Lys
165 170 175
Leu Gln Ser Leu Thr Leu Gly Pro Gly Thr Gly Cys Leu Gly Arg Thr
180 185 190
Val Thr Arg Ala His Phe Ser Glu Leu Thr Leu Thr Leu Met Asp Leu
195 200 205
Asp Leu Glu Met Lys His Asn Val Ser Ser Val Phe Thr Val Val Glu
210 215 220
Glu Gly Leu Phe Gly Arg Thr Tyr Thr Val Trp Arg Ser Asp Ala Arg
225 230 235 240
Asp Pro Ser Thr Asp Leu Gly Ile Gly His Phe Leu Arg Val Phe Glu
245 250 255
Ile Gly Leu Val Arg Asp Leu Gly Leu Gly Pro Pro Val Phe His Met
260 265 270
Thr Asn Tyr Leu Thr Val Asn Met Ser Asp Asp Tyr Arg Arg Cys Leu
275 280 285
Leu Ala Val Gly Glu Leu Lys Leu Thr Ala Leu Cys Ser Ser Ser Glu
290 295 300
Thr Val Thr Leu Gly Glu Arg Gly Val Pro Lys Arg Glu Pro Leu Val
305 310 315 320
Val Val Ile Leu Asn Leu Ala Gly Pro Thr Leu Gly Gly Glu Leu Tyr
325 330 335
Ser Val Leu Pro Thr Ser Asp Leu Met Val Glu Lys Leu Tyr Leu Ser
340 345 350
Ser His Arg Gly Ile Ile Lys Asp Asp Glu Ala Asn Trp Val Val Pro
355 360 365
Ser Thr Asp Val Arg Asp Leu Gln Asn Lys Gly Glu Cys Leu Val Glu
370 375 380
Ala Cys Lys Thr Arg Pro Pro Ser Phe Cys Asn Gly Thr Gly Ser Gly
385 390 395 400
Pro Trp Ser Glu Gly Arg Ile Pro Ala Tyr Gly Val Ile Arg Val Ser
405 410 415
Leu Asp Leu Ala Ser Asp Pro Gly Val Val Ile Thr Ser Val Phe Gly
420 425 430
Pro Leu Ile Pro His Leu Ser Gly Met Asp Leu Tyr Asn Asn Pro Phe
435 440 445
Ser Arg Ala Val Trp Leu Ala Val Pro Pro Tyr Glu Gln Ser Phe Leu
450 455 460
Gly Met Ile Asn Thr Ile Gly Phe Pro Asn Arg Ala Glu Val Met Pro
465 470 475 480
His Ile Leu Thr Thr Glu Ile Arg Gly Pro Arg Gly Arg Cys His Val
485 490 495
Pro Ile Glu Leu Ser Arg Arg Val Asp Asp Asp Ile Lys Ile Gly Ser
500 505 510
Asn Met Val Ile Leu Pro Thr Ile Asp Leu Arg Tyr Ile Thr Ala Thr
515 520 525
Tyr Asp Val Ser Arg Ser Glu His Ala Ile Val Tyr Tyr Ile Tyr Asp
530 535 540
Thr Gly Arg Ser Ser Ser Tyr Phe Tyr Pro Val Arg Leu Asn Phe Lys
545 550 555 560
Gly Asn Pro Leu Ser Leu Arg Ile Glu Cys Phe Pro Trp Arg His Lys
565 570 575
Val Trp Cys Tyr His Asp Cys Leu Ile Tyr Asn Thr Ile Thr Asp Glu
580 585 590
Glu Val His Thr Arg Gly Leu Thr Gly Ile Glu Val Thr Cys Asn Pro
595 600 605
Val
<210> 67
<211> 575
<212> PRT
<213> Sendai virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin neuraminidase protein
<400> 67
Met Asp Gly Asp Arg Ser Lys Arg Asp Ser Tyr Trp Ser Thr Ser Pro
1 5 10 15
Gly Gly Ser Thr Thr Lys Leu Val Ser Asp Ser Glu Arg Ser Gly Lys
20 25 30
Val Asp Thr Trp Leu Leu Ile Leu Ala Phe Thr Gln Trp Ala Leu Ser
35 40 45
Ile Ala Thr Val Ile Ile Cys Ile Val Ile Ala Ala Arg Gln Gly Tyr
50 55 60
Ser Met Glu Arg Tyr Ser Met Thr Val Glu Ala Leu Asn Thr Ser Asn
65 70 75 80
Lys Glu Val Lys Glu Ser Leu Thr Ser Leu Ile Arg Gln Glu Val Ile
85 90 95
Thr Arg Ala Ala Asn Ile Gln Ser Ser Val Gln Thr Gly Ile Pro Val
100 105 110
Leu Leu Asn Lys Asn Ser Arg Asp Val Ile Arg Leu Ile Glu Lys Ser
115 120 125
Cys Asn Arg Gln Glu Leu Thr Gln Leu Cys Asp Ser Thr Ile Ala Val
130 135 140
His His Ala Glu Gly Ile Ala Pro Leu Glu Pro His Ser Phe Trp Arg
145 150 155 160
Cys Pro Ala Gly Glu Pro Tyr Leu Ser Ser Asp Pro Glu Val Ser Leu
165 170 175
Leu Pro Gly Pro Ser Leu Leu Ser Gly Ser Thr Thr Ile Ser Gly Cys
180 185 190
Val Arg Leu Pro Ser Leu Ser Ile Gly Glu Ala Ile Tyr Ala Tyr Ser
195 200 205
Ser Asn Leu Ile Thr Gln Gly Cys Ala Asp Ile Gly Lys Ser Tyr Gln
210 215 220
Val Leu Gln Leu Gly Tyr Ile Ser Leu Asn Ser Asp Met Phe Pro Asp
225 230 235 240
Leu Asn Pro Val Val Ser His Thr Tyr Asp Ile Asn Asp Asn Arg Lys
245 250 255
Ser Cys Ser Val Val Ala Thr Gly Thr Arg Gly Tyr Gln Leu Cys Ser
260 265 270
Met Pro Ile Val Asp Glu Arg Thr Asp Tyr Ser Ser Asp Gly Ile Glu
275 280 285
Asp Leu Val Leu Asp Ile Leu Asp Leu Lys Gly Arg Thr Lys Ser His
290 295 300
Arg Tyr Ser Asn Ser Glu Ile Asp Leu Asp His Pro Phe Ser Ala Leu
305 310 315 320
Tyr Pro Ser Val Gly Ser Gly Ile Ala Thr Glu Gly Ser Leu Ile Phe
325 330 335
Leu Gly Tyr Gly Gly Leu Thr Thr Pro Leu Gln Gly Asp Thr Lys Cys
340 345 350
Arg Ile Gln Gly Cys Gln Gln Val Ser Gln Asp Thr Cys Asn Glu Ala
355 360 365
Leu Lys Ile Thr Trp Leu Gly Gly Lys Gln Val Val Ser Val Leu Ile
370 375 380
Gln Val Asn Asp Tyr Leu Ser Glu Arg Pro Arg Ile Arg Val Thr Thr
385 390 395 400
Ile Pro Ile Thr Gln Asn Tyr Leu Gly Ala Glu Gly Arg Leu Leu Lys
405 410 415
Leu Gly Asp Gln Val Tyr Ile Tyr Thr Arg Ser Ser Gly Trp His Ser
420 425 430
Gln Leu Gln Ile Gly Val Leu Asp Val Ser His Pro Leu Thr Ile Ser
435 440 445
Trp Thr Pro His Glu Ala Leu Ser Arg Pro Gly Asn Glu Asp Cys Asn
450 455 460
Trp Tyr Asn Thr Cys Pro Lys Glu Cys Ile Ser Gly Val Tyr Thr Asp
465 470 475 480
Ala Tyr Pro Leu Ser Pro Asp Ala Ala Asn Val Ala Thr Val Thr Leu
485 490 495
Tyr Ala Asn Thr Ser Arg Val Asn Pro Thr Ile Met Tyr Ser Asn Thr
500 505 510
Thr Asn Ile Ile Asn Met Leu Arg Ile Lys Asp Val Gln Leu Glu Ala
515 520 525
Ala Tyr Thr Thr Thr Ser Cys Ile Thr His Phe Gly Lys Gly Tyr Cys
530 535 540
Phe His Ile Ile Glu Ile Asn Gln Lys Ser Leu Asn Thr Leu Gln Pro
545 550 555 560
Met Leu Phe Lys Thr Ser Ile Pro Lys Leu Cys Lys Ala Glu Ser
565 570 575
<210> 68
<211> 575
<212> PRT
<213> Human parainfluenza virus 1 strain Washington/1964
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> HN glycoprotein
<400> 68
Met Ala Glu Lys Gly Lys Thr Asn Ser Ser Tyr Trp Ser Thr Thr Arg
1 5 10 15
Asn Asp Asn Ser Thr Val Asn Thr His Ile Asn Thr Pro Ala Gly Arg
20 25 30
Thr His Ile Trp Leu Leu Ile Ala Thr Thr Met His Thr Val Leu Ser
35 40 45
Phe Ile Ile Met Ile Leu Cys Ile Asp Leu Ile Ile Lys Gln Asp Thr
50 55 60
Cys Met Lys Thr Asn Ile Met Thr Val Ser Ser Met Asn Glu Ser Ala
65 70 75 80
Lys Ile Ile Lys Glu Thr Ile Thr Glu Leu Ile Arg Gln Glu Val Ile
85 90 95
Ser Arg Thr Ile Asn Ile Gln Ser Ser Val Gln Ser Gly Ile Pro Ile
100 105 110
Leu Leu Asn Lys Gln Ser Arg Asp Leu Thr Gln Leu Ile Glu Lys Ser
115 120 125
Cys Asn Arg Gln Glu Leu Ala Gln Ile Cys Glu Asn Thr Ile Ala Ile
130 135 140
His His Ala Asp Gly Ile Ser Pro Leu Asp Pro His Asp Phe Trp Arg
145 150 155 160
Cys Pro Val Gly Glu Pro Leu Leu Ser Asn Asn Pro Asn Ile Ser Leu
165 170 175
Leu Pro Gly Pro Ser Leu Leu Ser Gly Ser Thr Thr Ile Ser Gly Cys
180 185 190
Val Arg Leu Pro Ser Leu Ser Ile Gly Asp Ala Ile Tyr Ala Tyr Ser
195 200 205
Ser Asn Leu Ile Thr Gln Gly Cys Ala Asp Ile Gly Lys Ser Tyr Gln
210 215 220
Val Leu Gln Leu Gly Tyr Ile Ser Leu Asn Ser Asp Met Tyr Pro Asp
225 230 235 240
Leu Asn Pro Val Ile Ser His Thr Tyr Asp Ile Asn Asp Asn Arg Lys
245 250 255
Ser Cys Ser Val Ile Ala Ala Gly Thr Arg Gly Tyr Gln Leu Cys Ser
260 265 270
Leu Pro Thr Val Asn Glu Thr Thr Asp Tyr Ser Ser Glu Gly Ile Glu
275 280 285
Asp Leu Val Phe Asp Ile Leu Asp Leu Lys Gly Lys Thr Lys Ser His
290 295 300
Arg Tyr Lys Asn Glu Asp Ile Thr Phe Asp His Pro Phe Ser Ala Met
305 310 315 320
Tyr Pro Ser Val Gly Ser Gly Ile Lys Ile Glu Asn Thr Leu Ile Phe
325 330 335
Leu Gly Tyr Gly Gly Leu Thr Thr Pro Leu Gln Gly Asp Thr Lys Cys
340 345 350
Val Ile Asn Arg Cys Thr Asn Val Asn Gln Ser Val Cys Asn Asp Ala
355 360 365
Leu Lys Ile Thr Trp Leu Lys Lys Arg Gln Val Val Asn Val Leu Ile
370 375 380
Arg Ile Asn Asn Tyr Leu Ser Asp Arg Pro Lys Ile Val Val Glu Thr
385 390 395 400
Ile Pro Ile Thr Gln Asn Tyr Leu Gly Ala Glu Gly Arg Leu Leu Lys
405 410 415
Leu Gly Lys Lys Ile Tyr Ile Tyr Thr Arg Ser Ser Gly Trp His Ser
420 425 430
Asn Leu Gln Ile Gly Ser Leu Asp Ile Asn Asn Pro Met Thr Ile Lys
435 440 445
Trp Ala Pro His Glu Val Leu Ser Arg Pro Gly Asn Gln Asp Cys Asn
450 455 460
Trp Tyr Asn Arg Cys Pro Arg Glu Cys Ile Ser Gly Val Tyr Thr Asp
465 470 475 480
Ala Tyr Pro Leu Ser Pro Asp Ala Val Asn Val Ala Thr Thr Thr Leu
485 490 495
Tyr Ala Asn Thr Ser Arg Val Asn Pro Thr Ile Met Tyr Ser Asn Thr
500 505 510
Ser Glu Ile Ile Asn Met Leu Arg Leu Lys Asn Val Gln Leu Glu Ala
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530 535 540
Phe His Ile Val Glu Ile Asn Gln Ala Ser Leu Asn Thr Leu Gln Pro
545 550 555 560
Met Leu Phe Lys Thr Ser Ile Pro Lys Ile Cys Lys Ile Thr Ser
565 570 575
<210> 69
<211> 240
<212> PRT
<213> Human metapneumovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein G
<400> 69
Met Glu Val Arg Val Glu Asn Ile Arg Ala Ile Asp Met Phe Lys Ala
1 5 10 15
Lys Met Lys Asn Arg Ile Arg Ser Ser Lys Cys Tyr Arg Asn Ala Thr
20 25 30
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<210> 70
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<212> PRT
<213> Hendra virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> glycoprotein
<400> 70
Met Met Ala Asp Ser Lys Leu Val Ser Leu Asn Asn Asn Leu Ser Gly
1 5 10 15
Lys Ile Lys Asp Gln Gly Lys Val Ile Lys Asn Tyr Tyr Gly Thr Met
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Asp Ile Lys Lys Ile Asn Asp Gly Leu Leu Asp Ser Lys Ile Leu Gly
35 40 45
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65 70 75 80
Ala Leu Ile Lys Glu Ser Leu Gln Ser Val Gln Gln Gln Ile Lys Ala
85 90 95
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100 105 110
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115 120 125
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145 150 155 160
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195 200 205
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210 215 220
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225 230 235 240
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<210> 71
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<212> PRT
<213> Nipah virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 71
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<210> 72
<211> 572
<212> PRT
<213> Swine parainfluenza virus 3
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hrmagglutinin neuraminidase HN
<400> 72
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Met Tyr Ile Phe Trp Thr Thr Thr Ser Thr Ile Leu Ser Val Ile Phe
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Met Leu Gln Glu Ile Lys Lys Glu Phe Ala Val Ile Asp Thr Lys Ile
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Ser Leu Ala Leu Leu Asn Thr Asp Val Tyr Gln Leu Cys Ser Thr Pro
260 265 270
Lys Val Asp Glu Arg Ser Asp Tyr Ala Ser Thr Gly Ile Glu Asp Ile
275 280 285
Val Leu Asp Ile Val Thr Ser Asn Gly Leu Ile Ile Thr Thr Arg Phe
290 295 300
Thr Asn Asn Asn Ile Thr Phe Asp Lys Pro Tyr Ala Ala Leu Tyr Pro
305 310 315 320
Ser Val Gly Pro Gly Ile Tyr Tyr Lys Asp Lys Val Ile Phe Leu Gly
325 330 335
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Met Arg Gln Asn Tyr Trp Gly Ser Glu Gly Arg Leu Leu Leu Leu Gly
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Met Leu Phe Lys Thr Glu Val Pro Lys Asn Cys Ser
565 570
<210> 73
<211> 231
<212> PRT
<213> human metapneumovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein G
<400> 73
Met Glu Val Arg Val Glu Asn Ile Arg Ala Ile Asp Met Phe Lys Ala
1 5 10 15
Lys Ile Lys Asn Arg Ile Arg Ser Ser Arg Cys Tyr Arg Asn Ala Thr
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Arg Arg Gly Ala Gly Pro Arg
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<210> 74
<211> 595
<212> PRT
<213> Feline morbillivirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin protein
<400> 74
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Gly Lys Ile Leu Asp Glu His Lys Ile Val Asn Ser Gln Leu Tyr Ser
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Leu Ser Ile Lys Val Ile Thr Ile Ile Ala Ile Ile Val Ser Leu Ile
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Lys Leu Leu Leu Asp Gln Leu Asp Val Ser Arg Lys Lys Ser Leu Thr
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Ile Asn Arg Lys Asn Ile Asn Gln Cys Gln Leu Val Asp Asp Ser Glu
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245 250 255
Val Phe Pro Ser Leu Ile Val Ser Arg Val Leu Pro Ile Arg Met Val
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Leu Gly Met Glu Ser Cys Thr Leu Thr Ser Asp Arg Gln Gly Gly Tyr
275 280 285
Phe Leu Cys Met Asn Thr Leu Thr Arg Ser Ile Tyr Asp Tyr Val Asn
290 295 300
Ile Arg Asp Leu Lys Ser Leu Tyr Ile Thr Leu Pro His Tyr Gly Lys
305 310 315 320
Val Asn Tyr Thr Tyr Phe Asn Phe Gly Lys Ile Arg Ser Pro His Glu
325 330 335
Ile Asp Lys Leu Trp Leu Thr Ser Asp Arg Gly Gln Ile Ile Ser Gly
340 345 350
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355 360 365
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385 390 395 400
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420 425 430
Ser Leu Tyr Tyr Asp Asp Lys Ile Asn Lys Leu Ile Met Thr Thr Ser
435 440 445
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Asp Asn Leu Lys Ala Ile Leu Leu Asn Arg Leu Ser Asp Glu His Pro
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595
<210> 75
<211> 613
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 6
<400> 75
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165 170 175
Gly Cys Thr Arg Ile Pro Thr Phe His Leu Gly Tyr Arg His Trp Cys
180 185 190
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195 200 205
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210 215 220
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245 250 255
Cys Ser Leu Val Lys Gln Thr Glu Asp Gln Asp Tyr Ala Asp Pro Thr
260 265 270
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275 280 285
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Tyr Pro Ala Val Gly Ser Gly Ser Val Ser His Gly Arg Leu Phe Phe
305 310 315 320
Pro Leu Tyr Gly Gly Ile Ser Lys Ser Ser Ser Leu Phe Pro Lys Leu
325 330 335
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Leu Thr Ser Lys Gln Arg Glu Asp Leu Phe Asn Ala Tyr Met Pro Gly
355 360 365
Lys Ile Ala Gly Ser Leu Trp Ala Gln Gly Ile Val Ile Cys Asn Leu
370 375 380
Thr Thr Leu Ala Asp Cys Lys Ile Ala Val Ala Asn Thr Ser Thr Met
385 390 395 400
Met Met Ala Ala Glu Gly Arg Leu Gln Leu Val Gln Asp Lys Val Val
405 410 415
Leu Tyr Gln Arg Ser Ser Ser Trp Trp Pro Val Leu Ile Tyr Tyr Asp
420 425 430
Ile Leu Val Ser Glu Leu Val Asn Ala Arg His Leu Asp Ile Val Asn
435 440 445
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450 455 460
Gly Leu Cys Glu Lys Pro Ser Ile Cys Pro Ala Val Cys Val Thr Gly
465 470 475 480
Val Tyr Gln Asp Val Trp Val Val Ser Val Gly Asp Phe Ser Asn Glu
485 490 495
Thr Val Val Ile Gly Gly Tyr Leu Glu Ala Ala Ser Glu Arg Lys Asp
500 505 510
Pro Trp Ile Ala Ala Ala Asn Gln Tyr Asn Trp Leu Thr Arg Arg Gln
515 520 525
Leu Phe Thr Ala Gln Thr Glu Ala Ala Tyr Ser Ser Thr Thr Cys Phe
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Arg Asn Thr His Gln Asp Lys Val Phe Cys Leu Thr Ile Met Glu Val
545 550 555 560
Thr Asp Asn Leu Leu Gly Asp Trp Arg Ile Ala Pro Leu Leu Tyr Glu
565 570 575
Val Thr Val Val Asp Arg Gln Gln Ser Ser Arg Lys Ala Val Ala Met
580 585 590
Ser Glu Ala His Arg Thr Arg Phe Lys Tyr Tyr Ser Pro Glu Asn Lys
595 600 605
Phe Thr Pro Gln His
610
<210> 76
<211> 564
<212> PRT
<213> Fer-de-Lance paramyxovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin neuraminidase protein
<400> 76
Met Asp Pro Lys Ser Tyr Tyr Cys Asn Glu Asp Leu Arg Ser Asp Gly
1 5 10 15
Gly Glu Lys Ser Pro Gly Gly Asp Leu Tyr Lys Gly Ile Ile Leu Val
20 25 30
Ser Thr Val Ile Ser Leu Ile Ile Ala Ile Ile Ser Leu Ala Phe Ile
35 40 45
Ile Asp Asn Lys Ile Asn Ile Gln Ser Leu Asp Pro Leu Arg Gly Leu
50 55 60
Glu Asp Ser Tyr Leu Val Pro Ile Lys Asp Lys Ser Glu Ser Ile Ser
65 70 75 80
Gln Asp Ile Gln Glu Gly Ile Phe Pro Arg Leu Asn Leu Ile Thr Ala
85 90 95
Ala Thr Thr Thr Thr Ile Pro Arg Ser Ile Ala Ile Gln Thr Lys Asp
100 105 110
Leu Ser Asp Leu Ile Met Asn Arg Cys Tyr Pro Ser Val Val Asn Asn
115 120 125
Asp Thr Ser Cys Asp Val Leu Ala Gly Ala Ile His Ser Asn Leu Phe
130 135 140
Ser Gln Leu Asp Pro Ser Thr Tyr Trp Thr Cys Ser Ser Gly Thr Pro
145 150 155 160
Thr Met Asn Gln Thr Val Lys Leu Leu Pro Asp Asn Ser Gln Ile Pro
165 170 175
Gly Ser Thr Tyr Ser Thr Gly Cys Val Arg Ile Pro Thr Phe Ser Leu
180 185 190
Gly Ser Met Ile Tyr Ser Tyr Ser His Asn Val Ile Tyr Glu Gly Cys
195 200 205
Asn Asp His Ser Lys Ser Ser Gln Tyr Trp Gln Leu Gly Tyr Ile Ser
210 215 220
Thr Ser Lys Thr Gly Glu Pro Leu Gln Gln Val Ser Arg Thr Leu Thr
225 230 235 240
Leu Asn Asn Gly Leu Asn Arg Lys Ser Cys Ser Thr Val Ala Gln Gly
245 250 255
Arg Gly Ala Tyr Leu Leu Cys Thr Asn Val Val Glu Asp Glu Arg Thr
260 265 270
Asp Tyr Ser Thr Glu Gly Ile Gln Asp Leu Thr Leu Asp Tyr Ile Asp
275 280 285
Ile Phe Gly Ala Glu Arg Ser Tyr Arg Tyr Thr Asn Asn Glu Val Asp
290 295 300
Leu Asp Arg Pro Tyr Ala Ala Leu Tyr Pro Ser Val Gly Ser Gly Thr
305 310 315 320
Val Tyr Asn Asp Arg Ile Leu Phe Leu Gly Tyr Gly Gly Leu Met Thr
325 330 335
Pro Tyr Gly Asp Gln Ala Met Cys Gln Ala Pro Glu Cys Thr Ser Ala
340 345 350
Thr Gln Glu Gly Cys Asn Ser Asn Gln Leu Ile Gly Tyr Phe Ser Gly
355 360 365
Arg Gln Ile Val Asn Cys Ile Ile Glu Ile Ile Thr Val Gly Thr Glu
370 375 380
Lys Pro Ile Ile Arg Val Arg Thr Ile Pro Asn Ser Gln Val Trp Leu
385 390 395 400
Gly Ala Glu Gly Arg Ile Gln Thr Leu Gly Gly Val Leu Tyr Leu Tyr
405 410 415
Ile Arg Ser Ser Gly Trp His Ala Leu Ala Gln Thr Gly Ile Ile Leu
420 425 430
Thr Leu Asp Pro Ile Arg Ile Ser Trp Ile Val Asn Thr Gly Tyr Ser
435 440 445
Arg Pro Gly Asn Gly Pro Cys Ser Ala Ser Ser Arg Cys Pro Ala Gln
450 455 460
Cys Ile Thr Gly Val Tyr Thr Asp Ile Phe Pro Leu Ser Gln Asn Tyr
465 470 475 480
Gly Tyr Leu Ala Thr Val Thr Leu Leu Ser Gly Val Asp Arg Val Asn
485 490 495
Pro Val Ile Ser Tyr Gly Thr Ser Thr Gly Arg Val Ala Asp Ser Gln
500 505 510
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515 520 525
Thr Phe Asn Gln Lys Gly Tyr Cys Tyr His Ile Ile Glu Leu Ser Pro
530 535 540
Ala Thr Leu Gly Ile Phe Gln Pro Val Leu Val Val Thr Glu Ile Pro
545 550 555 560
Lys Ile Cys Ser
<210> 77
<211> 569
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 4
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin neruaminidase
<400> 77
Met Gln Gly Asn Met Glu Gly Ser Arg Asp Asn Leu Thr Val Asp Asp
1 5 10 15
Glu Leu Lys Thr Thr Trp Arg Leu Ala Tyr Arg Val Val Ser Leu Leu
20 25 30
Leu Met Val Ser Ala Leu Ile Ile Ser Ile Val Ile Leu Thr Arg Asp
35 40 45
Asn Ser Gln Ser Ile Ile Thr Ala Ile Asn Gln Ser Ser Asp Ala Asp
50 55 60
Ser Lys Trp Gln Thr Gly Ile Glu Gly Lys Ile Thr Ser Ile Met Thr
65 70 75 80
Asp Thr Leu Asp Thr Arg Asn Ala Ala Leu Leu His Ile Pro Leu Gln
85 90 95
Leu Asn Thr Leu Glu Ala Asn Leu Leu Ser Ala Leu Gly Gly Asn Thr
100 105 110
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115 120 125
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130 135 140
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165 170 175
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Asp His Ser Gly Ser Asn Gln Tyr Ile Ser Met Gly Val Ile Lys Arg
195 200 205
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210 215 220
Thr Asp Gly Leu Asn Arg Lys Ser Cys Ser Val Ala Ala Gly Ser Gly
225 230 235 240
His Cys Tyr Leu Leu Cys Ser Leu Val Ser Glu Pro Glu Pro Asp Asp
245 250 255
Tyr Val Ser Pro Asp Pro Thr Pro Met Arg Leu Gly Val Leu Thr Trp
260 265 270
Asp Gly Ser Tyr Thr Glu Gln Ala Val Pro Glu Arg Ile Phe Lys Asn
275 280 285
Ile Trp Ser Ala Asn Tyr Pro Gly Val Gly Ser Gly Ala Ile Val Gly
290 295 300
Asn Lys Val Leu Phe Pro Phe Tyr Gly Gly Val Arg Asn Gly Ser Thr
305 310 315 320
Pro Glu Val Met Asn Arg Gly Arg Tyr Tyr Tyr Ile Gln Asp Pro Asn
325 330 335
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340 345 350
Ser Tyr Tyr Pro Thr Arg Phe Gly Arg Arg Met Val Met Gln Gly Val
355 360 365
Leu Ala Cys Pro Val Ser Asn Asn Ser Thr Ile Ala Ser Gln Cys Gln
370 375 380
Ser Tyr Tyr Phe Asn Asn Ser Leu Gly Phe Ile Gly Ala Glu Ser Arg
385 390 395 400
Ile Tyr Tyr Leu Asn Gly Asn Ile Tyr Leu Tyr Gln Arg Ser Ser Ser
405 410 415
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420 425 430
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435 440 445
Val Thr Val Ile Thr Arg Pro Ser Ser Gly Phe Cys Asn Ser Gln Ser
450 455 460
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465 470 475 480
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485 490 495
Gly Lys Thr Thr Arg Ile Asp Pro Ala Trp Ala Leu Phe Ser Asn His
500 505 510
Ala Ile Gly His Glu Ala Arg Leu Phe Asn Lys Glu Val Ser Ala Ala
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Tyr Ser Thr Thr Thr Cys Phe Ser Asp Thr Ile Gln Asn Gln Val Tyr
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Cys Leu Ser Ile Leu Glu Val Arg Ser Glu Leu Leu Gly Ala Phe Lys
545 550 555 560
Ile Val Pro Phe Leu Tyr Arg Val Leu
565
<210> 78
<211> 571
<212> PRT
<213> Human parainfluenza virus 2
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase protein
<400> 78
Met Glu Asp Tyr Ser Asn Leu Ser Leu Lys Ser Ile Pro Lys Arg Thr
1 5 10 15
Cys Arg Ile Ile Phe Arg Thr Ala Thr Ile Leu Gly Ile Cys Thr Leu
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Ile Val Leu Cys Ser Ser Ile Leu His Glu Ile Ile His Leu Asp Val
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Pro Ile Ile Glu Ser Leu Lys Ser Leu Ile Ala Leu Ala Asn Gln Ile
65 70 75 80
Leu Tyr Asn Val Ala Ile Ile Ile Pro Leu Lys Ile Asp Ser Ile Glu
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Ala Ala Ala Phe Pro Ile Phe Arg Thr Met Lys Thr Ile Tyr Leu Ser
210 215 220
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Cys Val Leu Tyr Cys Tyr Val Ala Thr Arg Ser Glu Lys Glu Asp Tyr
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260 265 270
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275 280 285
Trp Ala Thr Ile Asn Pro Ala Val Gly Ser Gly Ile Tyr His Leu Gly
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Phe Asn Asn Ser Gln Val Met Met Gly Ala Glu Gly Arg Leu Tyr Val
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Ile Asp Asn Asn Leu Tyr Tyr Tyr Gln Arg Ser Ser Ser Trp Trp Ser
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Gln Ile Ile Pro Phe Leu Arg Glu Leu Ile Pro
565 570
<210> 79
<211> 565
<212> PRT
<213> Parainfluenza virus 5
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase protein
<400> 79
Met Val Ala Glu Asp Ala Pro Val Arg Ala Thr Cys Arg Val Leu Phe
1 5 10 15
Arg Thr Thr Thr Leu Ile Phe Leu Cys Thr Leu Leu Ala Leu Ser Ile
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Ser Ile Leu Tyr Glu Ser Leu Ile Thr Gln Lys Gln Ile Met Ser Gln
35 40 45
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Leu Asn Asn Ile Leu Ser Val Ala Asn Gln Ile Ile Tyr Asn Ser Ala
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Trp Ser Ala Ala Leu Ile Asn Asp Asn Arg Tyr Ile Asn Gly Ile Asn
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Cys Thr Arg Ile Pro Ser Phe Ser Leu Thr Lys Thr His Trp Cys Tyr
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Phe Phe Arg Thr Leu Lys Thr Leu Tyr Leu Ser Asp Gly Val Asn Arg
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Lys Ser Cys Ser Ile Ser Thr Val Pro Gly Gly Cys Met Met Tyr Cys
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Phe Val Ser Thr Gln Pro Glu Arg Asp Asp Tyr Phe Ser Ala Ala Pro
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275 280 285
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Ile Tyr Gly Gly Val Ile Lys Gly Thr Ser Leu Trp Asn Asn Gln Ala
305 310 315 320
Asn Lys Tyr Phe Ile Pro Gln Met Val Ala Ala Leu Cys Ser Gln Asn
325 330 335
Gln Ala Thr Gln Val Gln Asn Ala Lys Ser Ser Tyr Tyr Ser Ser Trp
340 345 350
Phe Gly Asn Arg Met Ile Gln Ser Gly Ile Leu Ala Cys Pro Leu Arg
355 360 365
Gln Asp Leu Thr Asn Glu Cys Leu Val Leu Pro Phe Ser Asn Asp Gln
370 375 380
Val Leu Met Gly Ala Glu Gly Arg Leu Tyr Met Tyr Gly Asp Ser Val
385 390 395 400
Tyr Tyr Tyr Gln Arg Ser Asn Ser Trp Trp Pro Met Thr Met Leu Tyr
405 410 415
Lys Val Thr Ile Thr Phe Thr Asn Gly Gln Pro Ser Ala Ile Ser Ala
420 425 430
Gln Asn Val Pro Thr Gln Gln Val Pro Arg Pro Gly Thr Gly Asp Cys
435 440 445
Ser Ala Thr Asn Arg Cys Pro Gly Phe Cys Leu Thr Gly Val Tyr Ala
450 455 460
Asp Ala Trp Leu Leu Thr Asn Pro Ser Ser Thr Ser Thr Phe Gly Ser
465 470 475 480
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485 490 495
Asn Pro Thr Met Tyr Ile Ala Asn Asn Thr Gln Ile Ile Ser Ser Gln
500 505 510
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515 520 525
Phe Arg Asp Thr Gly Ser Val Met Val Tyr Cys Ile Tyr Ile Ile Glu
530 535 540
Leu Ser Ser Ser Leu Leu Gly Gln Phe Gln Ile Val Pro Phe Ile Arg
545 550 555 560
Gln Val Thr Leu Ser
565
<210> 80
<211> 576
<212> PRT
<213> Porcine rubulavirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment protein
<400> 80
Met Ser Gln Leu Gly Thr Asp Gln Ile Met His Leu Ala Gln Pro Ala
1 5 10 15
Ile Ala Arg Arg Thr Trp Arg Leu Cys Phe Arg Ile Phe Ala Leu Phe
20 25 30
Ile Leu Ile Ala Ile Val Ile Thr Gln Ile Phe Met Leu Thr Phe Asp
35 40 45
His Thr Leu Leu Thr Thr Thr Gln Phe Leu Thr Ser Ile Gly Asn Leu
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Gln Ser Thr Ile Thr Ser Trp Thr Pro Asp Val Gln Ala Met Leu Ser
65 70 75 80
Ile Ser Asn Gln Leu Ile Tyr Thr Thr Ser Ile Thr Leu Pro Leu Lys
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Ile Ser Thr Thr Glu Met Ser Ile Leu Thr Ala Ile Arg Asp His Cys
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115 120 125
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Phe Ile Pro Thr Ser Thr Thr Thr Gln Gly Cys Thr Arg Ile Pro Ser
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195 200 205
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210 215 220
Ser Tyr Tyr Leu Ser Asp Gly Val Asn Arg Lys Ser Cys Ser Ile Ala
225 230 235 240
Val Val Pro Gly Gly Cys Ala Met Tyr Cys Tyr Val Ala Thr Arg Ser
245 250 255
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260 265 270
Leu Val Phe Ser Asn Asp Thr Ile Ile Glu Arg Thr Ile His Pro Thr
275 280 285
Gly Leu Ala Asn Gly Trp Val Met Leu Val Pro Gly Val Gly Ser Gly
290 295 300
Thr Leu Tyr Asn Glu Tyr Leu Leu Phe Pro Ala Tyr Gly Gly Met Gln
305 310 315 320
Gln Ile Leu Ala Asn Gln Ser Gly Glu Ile Asn Gln Phe Phe Thr Pro
325 330 335
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340 345 350
Arg Ala Ala Ala Ser Tyr Tyr Pro Arg Tyr Phe Ser Asn Arg Trp Ile
355 360 365
Arg Ser Ala Ile Val Ala Cys Pro Tyr Arg Ala Ile Tyr Gln Thr Gln
370 375 380
Cys Thr Leu Ile Pro Leu Pro Asn Arg Met Val Met Met Gly Ser Glu
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Gly Arg Ile Phe Thr Leu Gly Asp Arg Leu Phe Tyr Tyr Gln Arg Ser
405 410 415
Ser Ser Trp Trp Pro Tyr Pro Leu Leu Tyr Gln Val Gly Leu Asn Phe
420 425 430
Leu Thr Thr Pro Pro Ser Val Ser Ser Met Thr Gln Val Pro Leu Glu
435 440 445
His Leu Ala Arg Pro Gly Lys Gly Gly Cys Pro Gly Asn Ser His Cys
450 455 460
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465 470 475 480
Asp Pro Arg Ser Gly Val Gly Gly Thr Ser Leu Val Ala Ala Gly Gly
485 490 495
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500 505 510
Gly Glu Ser Leu Leu Ser Lys Thr Tyr Leu Leu Ser Lys Thr Gln Pro
515 520 525
Ala Ala Tyr Thr Thr Thr Thr Cys Phe Arg Asp Thr Asp Thr Gly Lys
530 535 540
Ile Tyr Cys Ile Thr Ile Ala Glu Leu Gly Lys Val Leu Leu Gly Glu
545 550 555 560
Phe Gln Ile Val Pro Phe Leu Arg Glu Ile Lys Ile Gln Ser Arg Tyr
565 570 575
<210> 81
<211> 580
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 2
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase
<400> 81
Met Asp Phe Pro Ser Arg Glu Asn Leu Ala Ala Gly Asp Ile Ser Gly
1 5 10 15
Arg Lys Thr Trp Arg Leu Leu Phe Arg Ile Leu Thr Leu Ser Ile Gly
20 25 30
Val Val Cys Leu Ala Ile Asn Ile Ala Thr Ile Ala Lys Leu Asp His
35 40 45
Leu Asp Asn Met Ala Ser Asn Thr Trp Thr Thr Thr Glu Ala Asp Arg
50 55 60
Val Ile Ser Ser Ile Thr Thr Pro Leu Lys Val Pro Val Asn Gln Ile
65 70 75 80
Asn Asp Met Phe Arg Ile Val Ala Leu Asp Leu Pro Leu Gln Met Thr
85 90 95
Ser Leu Gln Lys Glu Ile Thr Ser Gln Val Gly Phe Leu Ala Glu Ser
100 105 110
Ile Asn Asn Val Leu Ser Lys Asn Gly Ser Ala Gly Leu Val Leu Val
115 120 125
Asn Asp Pro Glu Tyr Ala Gly Gly Ile Ala Val Ser Leu Tyr Gln Gly
130 135 140
Asp Ala Ser Ala Gly Leu Asn Phe Gln Pro Ile Ser Leu Ile Glu His
145 150 155 160
Pro Ser Phe Val Pro Gly Pro Thr Thr Ala Lys Gly Cys Ile Arg Ile
165 170 175
Pro Thr Phe His Met Gly Pro Ser His Trp Cys Tyr Ser His Asn Ile
180 185 190
Ile Ala Ser Gly Cys Gln Asp Ala Ser His Ser Ser Met Tyr Ile Ser
195 200 205
Leu Gly Val Leu Lys Ala Ser Gln Thr Gly Ser Pro Ile Phe Leu Thr
210 215 220
Thr Ala Ser His Leu Val Asp Asp Asn Ile Asn Arg Lys Ser Cys Ser
225 230 235 240
Ile Val Ala Ser Lys Tyr Gly Cys Asp Ile Leu Cys Ser Ile Val Ile
245 250 255
Glu Thr Glu Asn Glu Asp Tyr Arg Ser Asp Pro Ala Thr Ser Met Ile
260 265 270
Ile Gly Arg Leu Phe Phe Asn Gly Ser Tyr Thr Glu Ser Lys Ile Asn
275 280 285
Thr Gly Ser Ile Phe Ser Leu Phe Ser Ala Asn Tyr Pro Ala Val Gly
290 295 300
Ser Gly Ile Val Val Gly Asp Glu Ala Ala Phe Pro Ile Tyr Gly Gly
305 310 315 320
Val Lys Gln Asn Thr Trp Leu Phe Asn Gln Leu Lys Asp Phe Gly Tyr
325 330 335
Phe Thr His Asn Asp Val Tyr Lys Cys Asn Arg Thr Asp Ile Gln Gln
340 345 350
Thr Ile Leu Asp Ala Tyr Arg Pro Pro Lys Ile Ser Gly Arg Leu Trp
355 360 365
Val Gln Gly Ile Leu Leu Cys Pro Val Ser Leu Arg Pro Asp Pro Gly
370 375 380
Cys Arg Leu Lys Val Phe Asn Thr Ser Asn Val Met Met Gly Ala Glu
385 390 395 400
Ala Arg Leu Ile Gln Val Gly Ser Thr Val Tyr Leu Tyr Gln Arg Ser
405 410 415
Ser Ser Trp Trp Val Val Gly Leu Thr Tyr Lys Leu Asp Val Ser Glu
420 425 430
Ile Thr Ser Gln Thr Gly Asn Thr Leu Asn His Val Asp Pro Ile Ala
435 440 445
His Thr Lys Phe Pro Arg Pro Ser Phe Arg Arg Asp Ala Cys Ala Arg
450 455 460
Pro Asn Ile Cys Pro Ala Val Cys Val Ser Gly Val Tyr Gln Asp Ile
465 470 475 480
Trp Pro Ile Ser Thr Ala Thr Asn Asn Ser Asn Ile Val Trp Val Gly
485 490 495
Gln Tyr Leu Glu Ala Phe Tyr Ser Arg Lys Asp Pro Arg Ile Gly Ile
500 505 510
Ala Thr Gln Tyr Glu Trp Lys Val Thr Asn Gln Leu Phe Asn Ser Asn
515 520 525
Thr Glu Gly Gly Tyr Ser Thr Thr Thr Cys Phe Arg Asn Thr Lys Arg
530 535 540
Asp Lys Ala Tyr Cys Val Val Ile Ser Glu Tyr Ala Asp Gly Val Phe
545 550 555 560
Gly Ser Tyr Arg Ile Val Pro Gln Leu Ile Glu Ile Arg Thr Thr Thr
565 570 575
Gly Lys Ser Glu
580
<210> 82
<211> 236
<212> PRT
<213> Human metapneumovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein G
<400> 82
Met Glu Val Lys Val Glu Asn Ile Arg Thr Ile Asp Met Leu Lys Ala
1 5 10 15
Arg Val Lys Asn Arg Val Ala Arg Ser Lys Cys Phe Lys Asn Ala Ser
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Leu Ile Leu Ile Gly Ile Thr Thr Leu Ser Ile Ala Leu Asn Ile Tyr
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Leu Ile Ile Asn Tyr Thr Met Gln Glu Asn Thr Ser Glu Ser Glu His
50 55 60
His Thr Ser Ser Ser Pro Met Glu Ser Ser Arg Glu Thr Pro Thr Val
65 70 75 80
Pro Ile Asp Asn Ser Asp Thr Asn Pro Ser Ser Gln Tyr Pro Thr Gln
85 90 95
Gln Ser Thr Glu Gly Ser Thr Leu Tyr Phe Ala Ala Ser Ala Ser Ser
100 105 110
Pro Glu Thr Glu Pro Thr Ser Thr Pro Asp Thr Thr Ser Arg Pro Pro
115 120 125
Phe Val Asp Thr His Thr Thr Pro Pro Ser Ala Ser Arg Thr Lys Thr
130 135 140
Ser Pro Ala Val His Thr Lys Asn Asn Pro Arg Ile Ser Ser Arg Thr
145 150 155 160
His Ser Pro Pro Trp Ala Met Thr Arg Thr Val Arg Arg Thr Thr Thr
165 170 175
Leu Arg Thr Ser Ser Ile Arg Lys Arg Ser Ser Thr Ala Ser Val Gln
180 185 190
Pro Asp Ser Ser Ala Thr Thr His Lys His Glu Glu Ala Ser Pro Val
195 200 205
Ser Pro Gln Thr Ser Ala Ser Thr Thr Arg Pro Gln Arg Lys Ser Met
210 215 220
Glu Ala Ser Thr Ser Thr Thr Tyr Asn Gln Thr Ser
225 230 235
<210> 83
<211> 414
<212> PRT
<213> Canine pneumovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment protein
<400> 83
Met Arg Pro Ala Glu Gln Leu Ile Gln Glu Asn Tyr Lys Leu Thr Ser
1 5 10 15
Leu Ser Met Gly Arg Asn Phe Glu Val Ser Gly Ser Thr Thr Asn Leu
20 25 30
Asn Phe Glu Arg Thr Gln Tyr Pro Asp Thr Phe Arg Ala Val Val Lys
35 40 45
Val Asn Gln Met Cys Lys Leu Ile Ala Gly Val Leu Thr Ser Ala Ala
50 55 60
Val Ala Val Cys Val Gly Val Ile Met Tyr Ser Val Phe Thr Ser Asn
65 70 75 80
His Lys Ala Asn Ser Met Gln Asn Ala Thr Ile Arg Asn Ser Thr Ser
85 90 95
Ala Pro Pro Gln Pro Thr Ala Gly Pro Pro Thr Thr Glu Gln Gly Thr
100 105 110
Thr Pro Lys Phe Thr Lys Pro Pro Thr Lys Thr Thr Thr His His Glu
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Ile Thr Glu Pro Ala Lys Met Val Thr Pro Ser Glu Asp Pro Tyr Gln
130 135 140
Cys Ser Ser Asn Gly Tyr Leu Asp Arg Pro Asp Leu Pro Glu Asp Phe
145 150 155 160
Lys Leu Val Leu Asp Val Ile Cys Lys Pro Pro Gly Pro Glu His His
165 170 175
Ser Thr Asn Cys Tyr Glu Lys Arg Glu Ile Asn Leu Gly Ser Val Cys
180 185 190
Pro Asp Leu Val Thr Met Lys Ala Asn Met Gly Leu Asn Asn Gly Gly
195 200 205
Gly Glu Glu Ala Ala Pro Tyr Ile Glu Val Ile Thr Leu Ser Thr Tyr
210 215 220
Ser Asn Lys Arg Ala Met Cys Val His Asn Gly Cys Asp Gln Gly Phe
225 230 235 240
Cys Phe Phe Leu Ser Gly Leu Ser Thr Asp Gln Lys Arg Ala Val Leu
245 250 255
Glu Leu Gly Gly Gln Gln Ala Ile Met Glu Leu His Tyr Asp Ser Tyr
260 265 270
Trp Lys His Tyr Trp Ser Asn Ser Asn Cys Val Val Pro Arg Thr Asn
275 280 285
Cys Asn Leu Thr Asp Gln Thr Val Ile Leu Phe Pro Ser Phe Asn Asn
290 295 300
Lys Asn Gln Ser Gln Cys Thr Thr Cys Ala Asp Ser Ala Gly Leu Asp
305 310 315 320
Asn Lys Phe Tyr Leu Thr Cys Asp Gly Leu Ser Arg Asn Leu Pro Leu
325 330 335
Val Gly Leu Pro Ser Leu Ser Pro Gln Ala His Lys Ala Ala Leu Lys
340 345 350
Gln Ser Thr Gly Thr Thr Thr Ala Pro Thr Pro Glu Thr Arg Asn Pro
355 360 365
Thr Pro Ala Pro Arg Arg Ser Lys Pro Leu Ser Arg Lys Lys Arg Ala
370 375 380
Leu Cys Gly Val Asp Ser Ser Arg Glu Pro Lys Pro Thr Met Pro Tyr
385 390 395 400
Trp Cys Pro Met Leu Gln Leu Phe Pro Arg Arg Ser Asn Ser
405 410
<210> 84
<211> 228
<212> PRT
<213> Respiratory syncytial virus type A
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> truncated attachment glycoprotein
<400> 84
Met Ser Lys Thr Lys Asp Gln Arg Ala Ala Lys Thr Leu Glu Lys Thr
1 5 10 15
Trp Asp Thr Leu Asn His Leu Leu Phe Ile Ser Ser Cys Leu Tyr Lys
20 25 30
Ser Asn Leu Lys Ser Ile Ala Gln Ile Thr Leu Ser Ile Leu Ala Met
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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100 105 110
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115 120 125
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130 135 140
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145 150 155 160
Asp Asp Phe His Phe Glu Val Phe Asn Phe Val Pro Cys Ser Ile Cys
165 170 175
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180 185 190
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195 200 205
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210 215 220
Ala Pro Thr Thr
225
<210> 85
<211> 577
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 8
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase protein
<400> 85
Met Ser Asn Ile Ala Ser Ser Leu Glu Asn Ile Val Glu Gln Asp Ser
1 5 10 15
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20 25 30
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35 40 45
Asn Leu Lys Ile Pro Ser Val Gly Asp Leu Ala Asp Glu Val Val Thr
50 55 60
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65 70 75 80
Ile Asn Asp Ile Phe Arg Ile Val Ala Leu Asp Ile Pro Leu Gln Val
85 90 95
Thr Ser Ile Gln Lys Asp Leu Ala Ser Gln Phe Ser Met Leu Ile Asp
100 105 110
Ser Leu Asn Ala Ile Lys Leu Gly Asn Gly Thr Asn Leu Ile Ile Pro
115 120 125
Thr Ser Asp Lys Glu Tyr Ala Gly Gly Ile Gly Asn Pro Val Phe Thr
130 135 140
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165 170 175
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180 185 190
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195 200 205
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210 215 220
Thr Thr Ala Ser Glu Leu Ile Asp Asp Gly Val Asn Arg Lys Ser Cys
225 230 235 240
Ser Ile Val Ala Thr Gln Phe Gly Cys Asp Ile Leu Cys Ser Ile Val
245 250 255
Ile Glu Lys Glu Gly Asp Asp Tyr Trp Ser Asp Thr Pro Thr Pro Met
260 265 270
Arg His Gly Arg Phe Ser Phe Asn Gly Ser Phe Val Glu Thr Glu Leu
275 280 285
Pro Val Ser Ser Met Phe Ser Ser Phe Ser Ala Asn Tyr Pro Ala Val
290 295 300
Gly Ser Gly Glu Ile Val Lys Asp Arg Ile Leu Phe Pro Ile Tyr Gly
305 310 315 320
Gly Ile Lys Gln Thr Ser Pro Glu Phe Thr Glu Leu Val Lys Tyr Gly
325 330 335
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340 345 350
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Asn
<210> 86
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<212> PRT
<213> Porcine parainfluenza virus 1
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin protein
<400> 86
Met Glu Glu Thr Lys Val Lys Thr Ser Glu Tyr Trp Ala Arg Ser Pro
1 5 10 15
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Lys Glu Ile Leu Thr Ile Leu Ile Ser Phe Ile Ser Ser Leu Ser Leu
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Cys Pro Ser Gly Glu Pro Tyr Leu Glu Asp Glu Leu Thr Leu Ser Leu
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Ile Pro Gly Pro Ser Met Leu Ala Gly Thr Ser Thr Ile Asp Gly Cys
180 185 190
Val Arg Leu Pro Ser Leu Ala Ile Gly Lys Ser Leu Tyr Ala Tyr Ser
195 200 205
Ser Asn Leu Ile Thr Lys Gly Cys Gln Asp Ile Gly Lys Ser Tyr Gln
210 215 220
Val Leu Gln Leu Gly Ile Ile Thr Leu Asn Ser Asp Leu His Pro Asp
225 230 235 240
Leu Asn Pro Ile Ile Ser His Thr Tyr Asp Ile Asn Asp Asn Arg Lys
245 250 255
Ser Cys Ser Val Ala Val Ser Glu Thr Lys Gly Tyr Gln Leu Cys Ser
260 265 270
Met Pro Arg Val Asn Glu Lys Thr Asp Tyr Thr Ser Asp Gly Ile Glu
275 280 285
Asp Ile Val Phe Asp Val Leu Asp Leu Lys Gly Ser Ser Arg Ser Phe
290 295 300
Lys Phe Ser Asn Asn Asp Ile Asn Phe Asp His Pro Phe Ser Ala Leu
305 310 315 320
Tyr Pro Ser Val Gly Ser Gly Ile Ile Trp Lys Asn Glu Leu Tyr Phe
325 330 335
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340 345 350
Asn Leu Met Gly Cys Pro Gly Ala Thr Gln Asp Asn Cys Asn Lys Phe
355 360 365
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370 375 380
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385 390 395 400
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485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
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530 535 540
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545 550 555 560
Met Leu Phe Lys Thr Ala Ile Pro Lys Ala Cys Arg Ile Ser Asn Leu
565 570 575
<210> 87
<211> 579
<212> PRT
<213> Human parainfluenza virus 4b
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase protein
<400> 87
Met Gln Asp Ser Arg Gly Asn Thr Gln Ile Phe Ser Gln Ala Asn Ser
1 5 10 15
Met Val Lys Arg Thr Trp Arg Leu Leu Phe Arg Ile Val Thr Leu Ile
20 25 30
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35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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100 105 110
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115 120 125
Pro Leu His Asp Val Ser Phe Leu Asn Gly Phe Asn Lys Phe Tyr Phe
130 135 140
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145 150 155 160
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165 170 175
Pro Ser Phe Ser Leu Ser Gln Thr His Trp Cys Tyr Thr His Asn Thr
180 185 190
Ile Leu Arg Gly Cys Glu Asp Thr Ala Ser Ser Lys Gln Tyr Val Ser
195 200 205
Leu Gly Thr Leu Gln Thr Leu Glu Asn Gly Asp Pro Tyr Phe Lys Val
210 215 220
Glu Tyr Ser His Tyr Leu Asn Asp Arg Lys Asn Arg Lys Ser Cys Ser
225 230 235 240
Val Val Ala Val Leu Asp Gly Cys Leu Leu Tyr Cys Val Ile Met Thr
245 250 255
Lys Asn Glu Thr Glu Asn Phe Lys Asp Pro Gln Leu Ala Thr Gln Leu
260 265 270
Leu Thr Tyr Ile Ser Tyr Asn Gly Thr Ile Lys Glu Arg Ile Ile Asn
275 280 285
Pro Pro Gly Ser Ser Arg Asp Trp Val His Ile Ser Pro Gly Val Gly
290 295 300
Ser Gly Ile Leu Tyr Ser Asn Tyr Ile Ile Phe Pro Leu Tyr Gly Gly
305 310 315 320
Leu Met Glu Asn Ser Met Ile Tyr Asn Asn Gln Ser Gly Lys Tyr Phe
325 330 335
Phe Pro Asn Ser Thr Lys Leu Pro Cys Ser Asn Lys Thr Ser Glu Lys
340 345 350
Ile Thr Gly Ala Lys Asp Ser Tyr Thr Ile Thr Tyr Phe Ser Lys Arg
355 360 365
Leu Ile Gln Ser Ala Phe Leu Ile Cys Asp Leu Arg Gln Phe Leu Ser
370 375 380
Glu Asp Cys Glu Ile Leu Ile Pro Ser Asn Asp His Met Leu Val Gly
385 390 395 400
Ala Glu Gly Arg Leu Tyr Asn Ile Glu Asn Asn Ile Phe Tyr Tyr Gln
405 410 415
Arg Gly Ser Ser Trp Trp Pro Tyr Pro Ser Leu Tyr Arg Ile Lys Leu
420 425 430
Asn Ser Asn Lys Lys Tyr Pro Arg Ile Ile Glu Ile Lys Phe Thr Lys
435 440 445
Ile Glu Ile Ala Pro Arg Pro Gly Asn Lys Asp Cys Pro Gly Asn Lys
450 455 460
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500 505 510
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515 520 525
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530 535 540
Thr Thr Ala Arg Leu Tyr Cys Leu Tyr Ile Leu Glu Val Gly Asp Ser
545 550 555 560
Val Ile Gly Asp Phe Gln Ile Phe Pro Phe Leu Arg Ser Ile Asp Gln
565 570 575
Ala Ile Thr
<210> 88
<211> 582
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 2
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase protein
<400> 88
Met Asp Ala Leu Ser Arg Glu Asn Leu Thr Glu Ile Ser Gln Gly Gly
1 5 10 15
Arg Arg Thr Trp Arg Met Leu Phe Arg Ile Leu Thr Leu Val Leu Thr
20 25 30
Leu Val Cys Leu Ala Ile Asn Ile Ala Thr Ile Ala Lys Leu Asp Ser
35 40 45
Ile Asp Thr Ser Lys Val Gln Thr Trp Thr Thr Thr Glu Ser Asp Arg
50 55 60
Val Ile Gly Ser Leu Thr Asp Thr Leu Lys Ile Pro Ile Asn Gln Val
65 70 75 80
Asn Asp Met Phe Arg Ile Val Ala Leu Asp Leu Pro Leu Gln Met Thr
85 90 95
Thr Leu Gln Lys Glu Ile Ala Ser Gln Val Gly Phe Leu Ala Glu Ser
100 105 110
Ile Asn Asn Phe Leu Ser Lys Asn Gly Ser Ala Gly Ser Val Leu Val
115 120 125
Asn Asp Pro Glu Tyr Ala Gly Gly Ile Gly Thr Ser Leu Phe His Gly
130 135 140
Asp Ser Ala Ser Gly Leu Asp Phe Glu Ala Pro Ser Leu Ile Glu His
145 150 155 160
Pro Ser Phe Ile Pro Gly Pro Thr Thr Ala Lys Gly Cys Ile Arg Ile
165 170 175
Pro Thr Phe His Met Ser Ala Ser His Trp Cys Tyr Ser His Asn Ile
180 185 190
Ile Ala Ser Gly Cys Gln Asp Ala Gly His Ser Ser Met Tyr Ile Ser
195 200 205
Met Gly Val Leu Lys Ala Thr Gln Ala Gly Ser Pro Ser Phe Leu Thr
210 215 220
Thr Ala Ser Gln Leu Val Asp Asp Lys Leu Asn Arg Lys Ser Cys Ser
225 230 235 240
Ile Ile Ser Thr Thr Tyr Gly Cys Asp Ile Leu Cys Ser Leu Val Val
245 250 255
Glu Asn Glu Asp Ala Asp Tyr Arg Ser Asp Pro Pro Thr Asp Met Ile
260 265 270
Leu Gly Arg Leu Phe Phe Asn Gly Thr Tyr Ser Glu Ser Lys Leu Asn
275 280 285
Thr Ser Ala Ile Phe Gln Leu Phe Ser Ala Asn Tyr Pro Ala Val Gly
290 295 300
Ser Gly Ile Val Leu Gly Asp Glu Ile Ala Phe Pro Val Tyr Gly Gly
305 310 315 320
Val Lys Gln Asn Thr Trp Leu Phe Asn Gln Leu Lys Asp Tyr Gly Tyr
325 330 335
Phe Ala His Asn Asn Val Tyr Lys Cys Asn Asn Ser Asn Ile His Gln
340 345 350
Thr Val Leu Asn Ala Tyr Arg Pro Pro Lys Ile Ser Gly Arg Leu Trp
355 360 365
Ser Gln Val Val Leu Ile Cys Pro Met Arg Leu Phe Ile Asn Thr Asp
370 375 380
Cys Arg Ile Lys Val Phe Asn Thr Ser Thr Val Met Met Gly Ala Glu
385 390 395 400
Ala Arg Leu Ile Gln Val Gly Ser Asp Ile Tyr Leu Tyr Gln Arg Ser
405 410 415
Ser Ser Trp Trp Val Val Gly Leu Thr Tyr Lys Leu Asp Phe Gln Glu
420 425 430
Leu Ser Ser Lys Thr Gly Asn Ile Leu Asn Asn Val Ser Pro Ile Ala
435 440 445
His Ala Lys Phe Pro Arg Pro Ser Tyr Ser Arg Asp Ala Cys Ala Arg
450 455 460
Pro Asn Ile Cys Pro Ala Val Cys Val Ser Gly Val Tyr Gln Asp Ile
465 470 475 480
Trp Pro Ile Ser Thr Ala His Asn Leu Ser Gln Val Val Trp Val Gly
485 490 495
Gln Tyr Leu Glu Ala Phe Tyr Ala Arg Lys Asp Pro Trp Ile Gly Ile
500 505 510
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515 520 525
Thr Glu Gly Gly Tyr Ser Thr Thr Thr Cys Phe Arg Asn Thr Lys Arg
530 535 540
Asp Lys Ala Phe Cys Val Ile Ile Ser Glu Tyr Ala Asp Gly Val Phe
545 550 555 560
Gly Ser Tyr Arg Ile Val Pro Gln Leu Ile Glu Ile Arg Thr Thr Ser
565 570 575
Lys Lys Gly Leu Pro Ser
580
<210> 89
<211> 610
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus goose/Shimane/67/2000
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase
<400> 89
Met Gln Pro Gly Ile Ser Glu Val Ser Phe Val Asn Asp Glu Arg Ser
1 5 10 15
Glu Arg Gly Thr Trp Arg Leu Leu Phe Arg Ile Leu Thr Ile Val Leu
20 25 30
Cys Leu Thr Ser Ile Gly Ile Gly Ile Pro Ala Leu Ile Tyr Ser Lys
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Glu Ala Ala Thr Ser Gly Asp Ile Asp Lys Ser Leu Glu Ala Val Lys
50 55 60
Thr Gly Met Ser Thr Leu Ser Ser Lys Ile Asp Glu Ser Ile Asn Thr
65 70 75 80
Glu Gln Lys Ile Tyr Arg Gln Val Ile Leu Glu Ala Pro Val Ser Gln
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Leu Asn Met Glu Ser Asn Ile Leu Ser Ala Ile Thr Ser Leu Ser Tyr
100 105 110
Gln Ile Asp Gly Thr Ser Asn Ser Ser Gly Cys Gly Ser Pro Met His
115 120 125
Asp Gln Asp Phe Val Gly Gly Ile Asn Lys Glu Ile Trp Thr Thr Asp
130 135 140
Asn Val Asn Leu Gly Glu Ile Thr Leu Thr Pro Phe Leu Glu His Leu
145 150 155 160
Asn Phe Ile Pro Ala Pro Thr Thr Gly Asn Gly Cys Thr Arg Ile Pro
165 170 175
Ser Phe Asp Leu Gly Leu Thr His Trp Cys Tyr Thr His Asn Val Ile
180 185 190
Leu Ser Gly Cys Gln Asp Tyr Ser Ser Ser Phe Gln Tyr Ile Ala Leu
195 200 205
Gly Val Leu Lys Ile Ser Ala Thr Gly His Val Phe Leu Ser Thr Met
210 215 220
Arg Ser Ile Asn Leu Asp Asp Glu Arg Asn Arg Lys Ser Cys Ser Ile
225 230 235 240
Ser Ala Thr Ser Ile Gly Cys Asp Ile Ile Cys Ser Leu Val Thr Glu
245 250 255
Arg Glu Val Asp Asp Tyr Asn Ser Pro Ala Ala Thr Pro Met Ile His
260 265 270
Gly Arg Leu Asp Phe Ser Gly Lys Tyr Asn Glu Val Asp Leu Asn Val
275 280 285
Gly Gln Leu Phe Gly Asp Trp Ser Ala Asn Tyr Pro Gly Val Gly Gly
290 295 300
Gly Ser Phe Leu Asn Gly Arg Val Trp Phe Pro Ile Tyr Gly Gly Val
305 310 315 320
Lys Glu Gly Thr Pro Thr Phe Lys Glu Asn Asp Gly Arg Tyr Ala Ile
325 330 335
Tyr Thr Arg Tyr Asn Asp Thr Cys Pro Asp Ser Glu Ser Glu Gln Val
340 345 350
Ser Arg Ala Lys Ser Ser Tyr Arg Pro Ser Tyr Phe Gly Gly Lys Leu
355 360 365
Val Gln Gln Ala Val Leu Ser Ile Lys Ile Asp Asp Thr Leu Gly Leu
370 375 380
Asp Pro Val Leu Thr Ile Ser Asn Asn Ser Ile Thr Leu Met Gly Ala
385 390 395 400
Glu Ser Arg Val Leu Gln Ile Glu Glu Lys Leu Tyr Phe Tyr Gln Arg
405 410 415
Gly Thr Ser Trp Phe Pro Ser Leu Ile Met Tyr Pro Leu Thr Val Asp
420 425 430
Asp Lys Met Val Arg Phe Glu Pro Pro Thr Ile Phe Asp Gln Phe Thr
435 440 445
Arg Pro Gly Asn His Pro Cys Ser Ala Asp Ser Arg Cys Pro Asn Ala
450 455 460
Cys Val Thr Gly Val Tyr Thr Asp Gly Tyr Pro Ile Val Phe His Asn
465 470 475 480
Asn His Ser Ile Ala Ala Val Tyr Gly Met Gln Leu Asn Asp Val Thr
485 490 495
Asn Arg Leu Asn Pro Arg Ser Ala Val Trp Tyr Gly Val Ser Met Ser
500 505 510
Asn Val Ile Arg Val Ser Ser Ser Thr Thr Lys Ala Ala Tyr Thr Thr
515 520 525
Ser Thr Cys Phe Lys Val Lys Lys Thr Gln Arg Val Tyr Cys Leu Ser
530 535 540
Ile Gly Glu Ile Gly Asn Thr Leu Phe Gly Glu Phe Arg Ile Val Pro
545 550 555 560
Leu Leu Leu Glu Val Tyr Ser Glu Lys Gly Lys Ser Leu Lys Ser Ser
565 570 575
Phe Asp Gly Trp Glu Asp Ile Ser Ile Asn Asn Pro Leu Arg Pro Leu
580 585 590
Asp Asn His Arg Val Asp Pro Ile Leu Ile Ser Asn Tyr Thr Ser Ser
595 600 605
Trp Pro
610
<210> 90
<211> 257
<212> PRT
<213> Bovine respiratory syncytial virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 90
Met Ser Asn His Thr His His Leu Lys Phe Lys Thr Leu Lys Arg Ala
1 5 10 15
Trp Lys Ala Ser Lys Tyr Phe Ile Val Gly Leu Ser Cys Leu Tyr Lys
20 25 30
Phe Asn Leu Lys Ser Leu Val Gln Thr Ala Leu Thr Thr Leu Ala Met
35 40 45
Ile Thr Leu Thr Ser Leu Val Ile Thr Ala Ile Ile Tyr Ile Ser Val
50 55 60
Gly Asn Ala Lys Ala Lys Pro Thr Ser Lys Pro Thr Ile Gln Gln Thr
65 70 75 80
Gln Gln Pro Gln Asn His Thr Ser Pro Phe Phe Thr Glu His Asn Tyr
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Lys Ser Thr His Thr Ser Ile Gln Ser Thr Thr Leu Ser Gln Leu Pro
100 105 110
Asn Thr Asp Thr Thr Arg Glu Thr Thr Tyr Ser His Ser Ile Asn Glu
115 120 125
Thr Gln Asn Arg Lys Ile Lys Ser Gln Ser Thr Leu Pro Ala Thr Arg
130 135 140
Lys Pro Pro Ile Asn Pro Ser Gly Ser Asn Pro Pro Glu Asn His Gln
145 150 155 160
Asp His Asn Asn Ser Gln Thr Leu Pro Tyr Val Pro Cys Ser Thr Cys
165 170 175
Glu Gly Asn Leu Ala Cys Leu Ser Leu Cys Gln Ile Gly Pro Glu Arg
180 185 190
Ala Pro Ser Arg Ala Pro Thr Ile Thr Leu Lys Lys Thr Pro Lys Pro
195 200 205
Lys Thr Thr Lys Lys Pro Thr Lys Thr Thr Ile His His Arg Thr Ser
210 215 220
Pro Glu Ala Lys Leu Gln Pro Lys Asn Asn Thr Ala Ala Pro Gln Gln
225 230 235 240
Gly Ile Leu Ser Ser Pro Glu His His Thr Asn Gln Ser Thr Thr Gln
245 250 255
Ile
<210> 91
<211> 595
<212> PRT
<213> Menangle virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachemnt protein
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachement protein
<400> 91
Met Trp Asn Ser Ile Pro Gln Leu Val Ser Asp His Glu Glu Ala Lys
1 5 10 15
Gly Lys Phe Thr Asp Ile Pro Leu Gln Asp Asp Thr Asp Ser Gln His
20 25 30
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Ile Ile Leu Ser Leu Val Ile Leu Val Leu Gly Val Thr Ser Thr Met
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595
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<212> PRT
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<220>
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<400> 92
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<211> 595
<212> PRT
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<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment protein
<400> 94
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595
<210> 95
<211> 632
<212> PRT
<213> Mossman virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 95
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<210> 96
<211> 709
<212> PRT
<213> J-virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 96
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195 200 205
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Gly Ser Gly Pro Gly His Gln Ser Gly Pro Glu Asp Pro Ser Ile Ala
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Pro Ile Gly His Asn
705
<210> 97
<211> 264
<212> PRT
<213> Avian metapneumovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 97
Met Glu Val Lys Val Glu Asn Val Gly Lys Ser Gln Glu Leu Lys Val
1 5 10 15
Lys Val Lys Asn Phe Ile Lys Arg Ser Asp Cys Lys Lys Lys Leu Phe
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100 105 110
Thr Asn Pro Ser Arg Asn Leu Thr Thr Lys Gly Asp Lys His Gln Thr
115 120 125
Thr Arg Ala Thr Thr Glu Ala Glu Leu Glu Lys Gln Ser Lys Gln Thr
130 135 140
Thr Glu Pro Gly Thr Ser Thr Gln Lys His Thr Pro Ala Arg Pro Ser
145 150 155 160
Ser Lys Ser Pro Thr Thr Thr Gln Ala Thr Ala Gln Pro Thr Thr Pro
165 170 175
Thr Ala Pro Lys Ala Ser Thr Ala Pro Lys Asn Arg Gln Ala Thr Thr
180 185 190
Lys Lys Thr Glu Thr Asp Thr Thr Thr Ala Ser Arg Ala Arg Asn Thr
195 200 205
Asn Asn Pro Thr Glu Thr Ala Thr Thr Thr Pro Lys Ala Thr Thr Glu
210 215 220
Thr Gly Lys Gly Lys Glu Gly Pro Thr Gln His Thr Thr Lys Glu Gln
225 230 235 240
Pro Glu Thr Thr Ala Arg Glu Thr Thr Thr Pro Gln Pro Arg Arg Thr
245 250 255
Ala Gly Ala Ser Pro Arg Ala Ser
260
<210> 98
<211> 391
<212> PRT
<213> Avian metapneumovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment protein
<400> 98
Met Gly Ser Lys Leu Tyr Met Val Gln Gly Thr Ser Ala Tyr Gln Thr
1 5 10 15
Ala Val Gly Phe Trp Leu Asp Ile Gly Arg Arg Tyr Ile Leu Ala Ile
20 25 30
Val Leu Ser Ala Phe Gly Leu Thr Cys Thr Val Thr Ile Ala Leu Thr
35 40 45
Val Ser Val Ile Val Glu Gln Ser Val Leu Glu Glu Cys Arg Asn Tyr
50 55 60
Asn Gly Gly Asp Arg Asp Trp Trp Ser Thr Thr Gln Glu Gln Pro Thr
65 70 75 80
Thr Ala Pro Ser Ala Thr Pro Ala Gly Asn Tyr Gly Gly Leu Gln Thr
85 90 95
Ala Arg Thr Arg Lys Ser Glu Ser Cys Leu His Val Gln Ile Ser Tyr
100 105 110
Gly Asp Met Tyr Ser Arg Ser Asp Thr Val Leu Gly Gly Phe Asp Cys
115 120 125
Met Gly Leu Leu Val Leu Cys Lys Ser Gly Pro Ile Cys Gln Arg Asp
130 135 140
Asn Gln Val Asp Pro Thr Ala Leu Cys His Cys Arg Val Asp Leu Ser
145 150 155 160
Ser Val Asp Cys Cys Lys Val Asn Lys Ile Ser Thr Asn Ser Ser Thr
165 170 175
Thr Ser Glu Pro Gln Lys Thr Asn Pro Ala Trp Pro Ser Gln Asp Asn
180 185 190
Thr Asp Ser Asp Pro Asn Pro Gln Gly Ile Thr Thr Ser Thr Ala Thr
195 200 205
Leu Leu Ser Thr Ser Leu Gly Leu Met Leu Thr Ser Lys Thr Gly Thr
210 215 220
His Lys Ser Gly Pro Pro Gln Ala Leu Pro Gly Ser Asn Thr Asn Gly
225 230 235 240
Lys Thr Thr Thr Asp Arg Glu Leu Gly Ser Thr Asn Gln Pro Asn Ser
245 250 255
Thr Thr Asn Gly Gln His Asn Lys His Thr Gln Arg Met Thr Leu Pro
260 265 270
Pro Ser Tyr Asp Asn Thr Arg Thr Ile Leu Gln His Thr Thr Pro Trp
275 280 285
Glu Lys Thr Phe Ser Thr Tyr Lys Pro Thr His Ser Pro Thr Asn Glu
290 295 300
Ser Asp Gln Ser Leu Pro Thr Thr Gln Asn Ser Ile Asn Cys Glu His
305 310 315 320
Phe Asp Pro Gln Gly Lys Glu Lys Ile Cys Tyr Arg Val Gly Ser Tyr
325 330 335
Asn Ser Asn Ile Thr Lys Gln Cys Arg Ile Asp Val Pro Leu Cys Ser
340 345 350
Thr Tyr Asn Thr Val Cys Met Lys Thr Tyr Tyr Thr Glu Pro Phe Asn
355 360 365
Cys Trp Arg Arg Ile Trp Arg Cys Leu Cys Asp Asp Gly Val Gly Leu
370 375 380
Val Glu Trp Cys Cys Thr Ser
385 390
<210> 99
<211> 1052
<212> PRT
<213> Tailam virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 99
Met Ser Gln Leu Ala Ala His Asn Leu Ala Met Ser Asn Phe Tyr Gly
1 5 10 15
Ile His Gln Gly Gly Gln Ser Thr Ser Gln Lys Glu Glu Glu Gln Pro
20 25 30
Val Gln Gly Val Ile Arg Tyr Ala Ser Met Ile Val Gly Leu Leu Ser
35 40 45
Leu Phe Thr Ile Ile Ala Leu Asn Val Thr Asn Ile Ile Tyr Met Thr
50 55 60
Glu Ser Gly Gly Thr Met Gln Ser Ile Lys Asn Ala Gln Gly Ser Ile
65 70 75 80
Asp Gly Ser Met Lys Asp Leu Ser Gly Thr Ile Met Glu Asp Ile Lys
85 90 95
Pro Lys Thr Asp Leu Ile Asn Ser Met Val Ser Tyr Asn Ile Pro Ala
100 105 110
Gln Leu Ser Met Ile His Gln Ile Ile Lys Asn Asp Val Leu Lys Gln
115 120 125
Cys Thr Pro Ser Phe Met Phe Asn Asn Thr Ile Cys Pro Leu Ala Glu
130 135 140
Asn Pro Thr His Ser Arg Tyr Phe Glu Glu Val Asn Leu Asp Ser Ile
145 150 155 160
Ser Glu Cys Ser Gly Asn Glu Met Ser Leu Glu Leu Gly Thr Glu Pro
165 170 175
Glu Phe Ile Glu Tyr Pro Ser Phe Ala Pro Gly Ser Thr Lys Pro Gly
180 185 190
Ser Cys Val Arg Leu Pro Ser Phe Ser Leu Ser Ser Thr Val Phe Ala
195 200 205
Tyr Thr His Thr Ile Met Gly His Gly Cys Ser Glu Leu Asp Val Gly
210 215 220
Asp His Tyr Leu Ala Ile Gly Arg Ile Ala Asp Ala Gly His Glu Ile
225 230 235 240
Pro Gln Phe Glu Thr Ile Ser Ser Trp Phe Ile Asn Asp Lys Ile Asn
245 250 255
Arg Arg Ser Cys Thr Val Ala Ala Gly Val Met Glu Thr Trp Met Gly
260 265 270
Cys Val Ile Met Thr Glu Thr Phe Tyr Asp Asp Leu Asp Ser Leu Asp
275 280 285
Thr Gly Lys Ile Thr Ile Ser Tyr Leu Asp Val Phe Gly Arg Lys Lys
290 295 300
Glu Trp Ile Tyr Thr Arg Ser Glu Ile Leu Tyr Asp Tyr Thr Tyr Thr
305 310 315 320
Ser Val Tyr Phe Ser Ile Gly Ser Gly Val Val Val Gly Asp Thr Val
325 330 335
Tyr Phe Leu Leu Trp Gly Ser Leu Ser Ser Pro Ile Glu Glu Thr Ala
340 345 350
Tyr Cys Tyr Ala Pro Gly Cys Ser Asn Tyr Asn Gln Arg Met Cys Asn
355 360 365
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370 375 380
Ile Leu Arg Phe Lys Thr Asn Ser Met Gly Lys Pro Ser Ile Ser Val
385 390 395 400
Arg Thr Leu Ser Pro Thr Val Ile Pro Phe Gly Thr Glu Gly Arg Leu
405 410 415
Ile Tyr Ser Asp Phe Thr Lys Ile Ile Tyr Leu Tyr Leu Arg Ser Thr
420 425 430
Ser Trp Tyr Val Leu Pro Leu Thr Gly Leu Leu Ile Leu Gly Pro Pro
435 440 445
Val Ser Ile Ser Trp Val Thr Gln Glu Ala Val Ser Arg Pro Gly Glu
450 455 460
Tyr Pro Cys Gly Ala Ser Asn Arg Cys Pro Lys Asp Cys Ile Thr Gly
465 470 475 480
Val Tyr Thr Asp Leu Phe Pro Leu Gly Ala Arg Tyr Glu Tyr Ala Val
485 490 495
Thr Val Tyr Leu Asn Ala Glu Thr Tyr Arg Val Asn Pro Thr Leu Ala
500 505 510
Leu Ile Asp Arg Ser Lys Ile Ile Ala Arg Lys Lys Ile Thr Thr Glu
515 520 525
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530 535 540
Arg Ile Trp Cys Met Ser Val Val Glu Leu Ala Pro Ala Thr Met Thr
545 550 555 560
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Tyr Lys Ser Gly Arg Tyr Lys Ser Pro Arg Asn Glu Cys Phe Phe Glu
595 600 605
Lys Val Ser Asn Lys Tyr Tyr Phe Val Val Ser Thr Pro Glu Gly Ile
610 615 620
Gln Pro Tyr Glu Val Arg Asp Leu Thr Pro Glu Arg Val Ser His Val
625 630 635 640
Ile Met Tyr Ile Ser Asp Val Cys Ala Pro Ala Leu Ser Ala Phe Lys
645 650 655
Lys Leu Ile Pro Ala Met Arg Pro Ile Thr Thr Leu Thr Ile Gly Asn
660 665 670
Trp Gln Phe Arg Pro Val Asp Ile Ser Gly Gly Leu Arg Val Asn Ile
675 680 685
Tyr Arg Asn Leu Thr Arg Tyr Gly Asp Leu Ser Met Ser Ala Pro Glu
690 695 700
Asp Pro Gly Thr Asp Thr Phe Pro Gly Thr His Ala Pro Ser Lys Gly
705 710 715 720
His Glu Glu Val Gly His Tyr Thr Leu Pro Asn Glu Lys Leu Ser Glu
725 730 735
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945 950 955 960
Thr Met Asp Asn Thr Ser Ser Gln Ser His Ser Ser Thr Thr Ser Thr
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Gln Gly Ser His Ser Ala Gly His Gly Ser Gln Ser Asn Met Asn Leu
980 985 990
Thr Ala Leu Ala Asp Thr Asp Ser Val Thr Asp Gln Ser Thr Ser Thr
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1010 1015 1020
Pro Leu Ser Arg His Thr Arg Val Met Arg Asp Thr Val Gln Glu
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Ala Leu Thr Gly Ala Trp Gly Phe Ile Arg Gly Met Ile Pro
1040 1045 1050
<210> 100
<211> 242
<212> PRT
<213> Human metapneumovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 100
Met Glu Val Arg Val Glu Asn Ile Arg Ala Ile Asp Met Phe Lys Ala
1 5 10 15
Lys Ile Lys Asn Arg Ile Arg Asn Ser Arg Cys Tyr Arg Asn Ala Thr
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Leu Ile Leu Ile Gly Leu Thr Ala Leu Ser Met Ala Leu Asn Ile Phe
35 40 45
Leu Ile Ile Asp His Ala Thr Leu Arg Asn Met Ile Lys Thr Glu Asn
50 55 60
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65 70 75 80
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Asn Arg Gln Pro Gly Gln Gln Asn Gln Ala Pro His His Ile Met His
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Gly Glu Val Gln Asp Pro Gly Glu Arg Asn Thr Gln Val Ser His Pro
225 230 235 240
Ser Ser
<210> 101
<211> 585
<212> PRT
<213> Avian metapneumovirus type C
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 101
Met Glu Val Lys Ile Glu Asn Val Gly Lys Ser Gln Glu Leu Arg Val
1 5 10 15
Lys Val Lys Asn Phe Ile Lys Arg Ser Asp Cys Lys Lys Lys Leu Phe
20 25 30
Ala Leu Ile Leu Gly Leu Ile Ser Phe Asp Ile Thr Met Asn Ile Met
35 40 45
Leu Ser Val Met Tyr Val Glu Ser Asn Glu Ala Leu Ser Ser Cys Arg
50 55 60
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65 70 75 80
Thr Ala Lys Glu Thr Thr Leu His Thr Met Thr Thr Thr Arg Asn Thr
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100 105 110
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115 120 125
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130 135 140
Thr Glu Pro Gly Thr Ser Thr Pro Lys His Ile Pro Ala Arg Pro Ser
145 150 155 160
Ser Lys Ser Pro Ala Thr Thr Lys Thr Thr Thr Gln Pro Thr Thr Pro
165 170 175
Thr Val Ala Lys Gly Gly Thr Ala Pro Lys Asn Arg Gln Thr Thr Thr
180 185 190
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195 200 205
Asn Lys Pro Thr Gly Thr Glu Thr Thr Pro Pro Arg Ala Thr Thr Glu
210 215 220
Thr Asp Lys Asp Lys Glu Gly Pro Thr Gln His Thr Thr Lys Glu Gln
225 230 235 240
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305 310 315 320
Gln Gln Thr Arg Thr Thr Pro Lys Gln Asp Gln Gln Thr Gln Thr Lys
325 330 335
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405 410 415
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435 440 445
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Gly Asn Asn Thr Thr Pro Glu Asn Thr Thr Pro Pro Asp Asn Lys Ser
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Asn Ser Gln Thr Asn Val Ala Pro Thr Glu Glu Ile Glu Ile Gly Ser
485 490 495
Ser Leu Trp Arg Arg Arg Tyr Val Tyr Gly Pro Cys Arg Glu Asn Ala
500 505 510
Leu Glu His Pro Met Asn Pro Cys Leu Lys Asp Asn Thr Thr Trp Ile
515 520 525
Tyr Leu Asp Asn Gly Arg Asn Leu Pro Ala Gly Tyr Tyr Asp Ser Lys
530 535 540
Thr Asp Lys Ile Ile Cys Tyr Gly Ile Tyr Arg Gly Asn Ser Tyr Cys
545 550 555 560
Tyr Gly Arg Ile Glu Cys Thr Cys Lys Asn Gly Thr Gly Leu Leu Ser
565 570 575
Tyr Cys Cys Asn Ser Tyr Asn Trp Ser
580 585
<210> 102
<211> 609
<212> PRT
<213> Rinderpest morbillivirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> H protein
<400> 102
Met Ser Ser Pro Arg Asp Arg Val Asn Ala Phe Tyr Lys Asp Asn Leu
1 5 10 15
Gln Phe Lys Asn Thr Arg Val Val Leu Asn Lys Glu Gln Leu Leu Ile
20 25 30
Glu Arg Pro Tyr Met Leu Leu Ala Val Leu Phe Val Met Phe Leu Ser
35 40 45
Leu Val Gly Leu Leu Ala Ile Ala Gly Ile Arg Leu His Arg Ala Ala
50 55 60
Val Asn Thr Ala Glu Ile Asn Ser Gly Leu Thr Thr Ser Ile Asp Ile
65 70 75 80
Thr Lys Ser Ile Glu Tyr Gln Val Lys Asp Val Leu Thr Pro Leu Phe
85 90 95
Lys Ile Ile Gly Asp Glu Val Gly Leu Arg Thr Pro Gln Arg Phe Thr
100 105 110
Asp Leu Thr Lys Phe Ile Ser Asp Lys Ile Lys Phe Leu Asn Pro Asp
115 120 125
Lys Glu Tyr Asp Phe Arg Asp Ile Asn Trp Cys Ile Ser Pro Pro Glu
130 135 140
Arg Ile Lys Ile Asn Tyr Asp Gln Tyr Cys Ala His Thr Ala Ala Glu
145 150 155 160
Glu Leu Ile Thr Met Leu Val Asn Ser Ser Leu Ala Gly Thr Ala Val
165 170 175
Leu Arg Thr Ser Leu Val Asn Leu Gly Arg Ser Cys Thr Gly Ser Thr
180 185 190
Thr Thr Lys Gly Gln Phe Ser Asn Met Ser Leu Ala Leu Ser Gly Ile
195 200 205
Tyr Ser Gly Arg Gly Tyr Asn Ile Ser Ser Met Ile Thr Ile Thr Glu
210 215 220
Lys Gly Met Tyr Gly Ser Thr Tyr Leu Val Gly Lys His Asn Gln Gly
225 230 235 240
Ala Arg Arg Pro Ser Thr Ala Trp Gln Arg Asp Tyr Arg Val Phe Glu
245 250 255
Val Gly Ile Ile Arg Glu Leu Gly Val Gly Thr Pro Val Phe His Met
260 265 270
Thr Asn Tyr Leu Glu Leu Pro Arg Gln Pro Glu Leu Glu Ile Cys Met
275 280 285
Leu Ala Leu Gly Glu Phe Lys Leu Ala Ala Leu Cys Leu Ala Asp Asn
290 295 300
Ser Val Ala Leu His Tyr Gly Gly Leu Arg Asp Asp His Lys Ile Arg
305 310 315 320
Phe Val Lys Leu Gly Val Trp Pro Ser Pro Ala Asp Ser Asp Thr Leu
325 330 335
Ala Thr Leu Ser Ala Val Asp Pro Thr Leu Asp Gly Leu Tyr Ile Thr
340 345 350
Thr His Arg Gly Ile Ile Ala Ala Gly Lys Ala Val Trp Ala Val Pro
355 360 365
Val Thr Arg Thr Asp Asp Gln Arg Lys Met Gly Gln Cys Arg Arg Glu
370 375 380
Ala Cys Arg Glu Lys Pro Pro Pro Phe Cys Asn Ser Thr Asp Trp Glu
385 390 395 400
Pro Leu Glu Ala Gly Arg Ile Pro Ala Tyr Gly Ile Leu Thr Ile Arg
405 410 415
Leu Gly Leu Ala Asp Lys Pro Glu Ile Asp Ile Ile Ser Glu Phe Gly
420 425 430
Pro Leu Ile Thr His Asp Ser Gly Met Asp Leu Tyr Thr Pro Leu Asp
435 440 445
Gly Asn Glu Tyr Trp Leu Thr Ile Pro Pro Leu Gln Asn Ser Ala Leu
450 455 460
Gly Thr Val Asn Thr Leu Val Leu Glu Pro Ser Leu Lys Ile Ser Pro
465 470 475 480
Asn Ile Leu Thr Leu Pro Ile Arg Ser Gly Gly Gly Asp Cys Tyr Thr
485 490 495
Pro Thr Tyr Leu Ser Asp Leu Ala Asp Asp Asp Val Lys Leu Ser Ser
500 505 510
Asn Leu Val Ile Leu Pro Ser Arg Asn Leu Gln Tyr Val Ser Ala Thr
515 520 525
Tyr Asp Thr Ser Arg Val Glu His Ala Ile Val Tyr Tyr Ile Tyr Ser
530 535 540
Thr Gly Arg Leu Ser Ser Tyr Tyr Tyr Pro Val Lys Leu Pro Ile Lys
545 550 555 560
Gly Asp Pro Val Ser Leu Gln Ile Gly Cys Phe Pro Trp Gly Leu Lys
565 570 575
Leu Trp Cys His His Phe Cys Ser Val Ile Asp Ser Gly Thr Gly Lys
580 585 590
Gln Val Thr His Thr Gly Ala Val Gly Ile Glu Ile Thr Cys Asn Ser
595 600 605
Arg
<210> 103
<211> 575
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 10
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin neuraminidase
<400> 103
Met Asp Ser Ser Gln Met Asn Ile Leu Asp Ala Met Asp Arg Glu Ser
1 5 10 15
Ser Lys Arg Thr Trp Arg Gly Val Phe Arg Val Thr Thr Ile Ile Met
20 25 30
Val Val Thr Cys Val Val Leu Ser Ala Ile Thr Leu Ser Lys Val Ala
35 40 45
His Pro Gln Gly Phe Asp Thr Asn Glu Leu Gly Asn Gly Ile Val Asp
50 55 60
Arg Val Ser Asp Lys Ile Thr Glu Ala Leu Thr Val Pro Asn Asn Gln
65 70 75 80
Ile Gly Glu Ile Phe Lys Ile Val Ala Leu Asp Leu His Val Leu Val
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Ser Ser Ser Gln Gln Ala Ile Ala Gly Gln Ile Gly Met Leu Ala Glu
100 105 110
Ser Ile Asn Ser Ile Leu Ser Gln Asn Gly Ser Ala Ser Thr Ile Leu
115 120 125
Ser Ser Ser Pro Glu Tyr Ala Gly Gly Ile Gly Val Pro Leu Phe Ser
130 135 140
Asn Lys Leu Thr Asn Gly Thr Val Ile Lys Pro Ile Thr Leu Ile Glu
145 150 155 160
His Pro Ser Phe Ile Pro Gly Pro Thr Thr Ile Gly Gly Cys Thr Arg
165 170 175
Ile Pro Thr Phe His Met Ala Ser Ser His Trp Cys Tyr Ser His Asn
180 185 190
Ile Ile Glu Lys Gly Cys Lys Asp Ser Gly Ile Ser Ser Met Tyr Ile
195 200 205
Ser Leu Gly Val Leu Gln Val Leu Lys Lys Gly Thr Pro Val Phe Leu
210 215 220
Val Thr Ala Ser Ala Val Leu Ser Asp Asp Arg Asn Arg Lys Ser Cys
225 230 235 240
Ser Ile Ile Ser Ser Arg Phe Gly Cys Glu Ile Leu Cys Ser Leu Val
245 250 255
Thr Glu Ala Glu Ser Asp Asp Tyr Lys Ser Asp Thr Pro Thr Gly Met
260 265 270
Val His Gly Arg Leu Tyr Phe Asn Gly Thr Tyr Arg Glu Gly Leu Val
275 280 285
Asp Thr Glu Thr Ile Phe Arg Asp Phe Ser Ala Asn Tyr Pro Gly Val
290 295 300
Gly Ser Gly Glu Ile Val Glu Gly His Ile His Phe Pro Ile Tyr Gly
305 310 315 320
Gly Val Lys Gln Asn Thr Gly Leu Tyr Asn Ser Leu Thr Pro Tyr Trp
325 330 335
Leu Asp Ala Lys Asn Lys Tyr Asp Tyr Cys Lys Leu Pro Tyr Thr Asn
340 345 350
Gln Thr Ile Gln Asn Ser Tyr Lys Pro Pro Phe Ile His Gly Arg Phe
355 360 365
Trp Ala Gln Gly Ile Leu Ser Cys Glu Leu Asp Leu Phe Asn Leu Gly
370 375 380
Asn Cys Asn Leu Lys Ile Ile Arg Ser Asp Lys Val Met Met Gly Ala
385 390 395 400
Glu Ser Arg Leu Met Leu Val Gly Ser Lys Leu Leu Met Tyr Gln Arg
405 410 415
Ala Ser Ser Trp Trp Pro Leu Gly Ile Thr Gln Glu Ile Asp Ile Ala
420 425 430
Glu Leu His Ser Ser Asn Thr Thr Ile Leu Arg Glu Val Lys Pro Ile
435 440 445
Leu Ser Ser Lys Phe Pro Arg Pro Ser Tyr Gln Pro Asn Tyr Cys Thr
450 455 460
Lys Pro Ser Val Cys Pro Ala Val Cys Val Thr Gly Val Tyr Thr Asp
465 470 475 480
Met Trp Pro Ile Ser Ile Thr Gly Asn Ile Ser Asp Tyr Ala Trp Ile
485 490 495
Ser His Tyr Leu Asp Ala Pro Thr Ser Arg Gln Gln Pro Arg Ile Gly
500 505 510
Ile Ala Asn Gln Tyr Phe Trp Ile His Gln Thr Thr Ile Phe Pro Thr
515 520 525
Asn Thr Gln Ser Ser Tyr Ser Thr Thr Thr Cys Phe Arg Asn Gln Val
530 535 540
Arg Ser Arg Met Phe Cys Leu Ser Ile Ala Glu Phe Ala Asp Gly Val
545 550 555 560
Phe Gly Glu Phe Arg Ile Val Pro Leu Leu Tyr Glu Leu Arg Val
565 570 575
<210> 104
<211> 593
<212> PRT
<213> Tioman virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment protein
<400> 104
Met Trp Ala Thr Ser Glu Ser Lys Ala Pro Ile Pro Ala Asn Ser Thr
1 5 10 15
Leu Asn Leu Val Asp Val Pro Leu Asp Glu Pro Gln Thr Ile Thr Lys
20 25 30
His Arg Lys Gln Lys Arg Thr Gly Arg Leu Val Phe Arg Leu Leu Ser
35 40 45
Leu Val Leu Ser Leu Met Thr Val Ile Leu Val Leu Val Ile Leu Ala
50 55 60
Ser Trp Ser Gln Lys Ile Asn Ala Cys Ala Thr Lys Glu Gly Phe Asn
65 70 75 80
Ser Leu Asp Leu Gln Ile Ser Gly Leu Val Lys Ser Ile Asn Ser Leu
85 90 95
Ile Thr Glu Val Asn Gln Ile Ser Ile Thr Thr Ala Ile Asn Leu Pro
100 105 110
Ile Lys Leu Ser Asp Phe Gly Lys Ser Ile Val Asp Gln Val Thr Gln
115 120 125
Met Ile Arg Gln Cys Asn Ala Val Cys Lys Gly Pro Gly Glu Lys Pro
130 135 140
Gly Ile Gln Asn Ile Arg Ile Asn Ile Pro Asn Asn Phe Ser Thr Tyr
145 150 155 160
Leu Glu Leu Asn Asn Thr Val Lys Ser Ile Glu Leu Gln Arg Arg Pro
165 170 175
Ala Leu Leu Ala Arg Pro Asn Pro Ile Pro Lys Ser Cys Ser Arg Phe
180 185 190
Pro Ser Tyr Ser Val Asn Phe Gly Ile His Cys Phe Ala His Ala Ile
195 200 205
Thr Asp Gln Ser Cys Glu Leu Ser Asp Lys Thr Tyr Tyr Arg Leu Ala
210 215 220
Ile Gly Ile Ser Asp Lys Asn Leu Ser Asp Pro Ser Asp Val Lys Tyr
225 230 235 240
Ile Gly Glu Ala Phe Thr Pro Met Gly Leu Gln Ala Arg Gly Cys Ser
245 250 255
Val Ile Ser Ser Ile Tyr Gly Cys Tyr Leu Leu Cys Ser Lys Ser Asn
260 265 270
Gln Gly Tyr Glu Ala Asp Phe Gln Thr Gln Gly Phe His Gln Met Tyr
275 280 285
Ile Leu Phe Leu Ser Arg Asp Leu Lys Thr Thr Leu Phe Asn Asp Met
290 295 300
Ile Ser Ser Thr Thr Val Val Trp Asn Gly Leu Tyr Pro Gly Glu Gly
305 310 315 320
Ala Gly Ile Trp His Met Gly Tyr Leu Ile Phe Pro Leu Trp Gly Gly
325 330 335
Ile Lys Ile Gly Thr Pro Ala Ser Thr Ser Ile Leu Asn Ser Thr Leu
340 345 350
Asp Leu Pro Leu Val Gly Pro Ser Cys Lys Ser Thr Leu Glu Glu Asn
355 360 365
Asn Leu Ile Asn Lys Asp Val Leu Phe Ser Pro Tyr Phe Gly Glu Ser
370 375 380
Val Met Val Phe Gly Phe Leu Ser Cys Tyr Met Leu Ser Asn Val Pro
385 390 395 400
Thr His Cys Gln Val Glu Val Leu Asn Ser Ser Val Leu Gly Phe Gly
405 410 415
Ser Arg Ser Gln Leu Met Asp Leu Lys Gly Ile Val Tyr Leu Tyr Ile
420 425 430
Gln Ser Ala Gly Trp Tyr Ser Tyr Thr Gln Leu Phe Arg Leu Ser Leu
435 440 445
Gln Ser Arg Gly Tyr Lys Leu Thr Val Lys Gln Ile Arg Arg Ile Pro
450 455 460
Ile Ser Ser Thr Thr Arg Pro Gly Thr Ala Pro Cys Asp Val Val His
465 470 475 480
Asn Cys Pro Tyr Thr Cys Ala Thr Gly Leu Phe Gln Ala Pro Trp Ile
485 490 495
Val Asn Gly Asp Ser Ile Leu Asp Arg Asp Val Arg Asn Leu Val Phe
500 505 510
Val Gln Ala Trp Ser Gly Asn Phe Asn Thr Phe Gln Lys Gly Leu Ile
515 520 525
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545 550 555 560
Ser Glu Tyr Asn Leu Gln Cys Gln Ser Phe Ile Glu Trp Gly Gly Pro
565 570 575
Val Gly Asn Pro Ile Gly Ile Leu Glu Val His Tyr Ile Ile Lys Phe
580 585 590
Lys
<210> 105
<211> 604
<212> PRT
<213> Dolphin morbillivirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> haemagglutinin protein
<400> 105
Met Ser Ser Pro Arg Asp Lys Val Asp Ala Phe Tyr Lys Asp Ile Pro
1 5 10 15
Arg Pro Arg Asn Asn Arg Val Leu Leu Asp Asn Glu Arg Val Ile Ile
20 25 30
Glu Arg Pro Leu Ile Leu Val Gly Val Leu Ala Val Met Phe Leu Ser
35 40 45
Leu Val Gly Leu Leu Ala Ile Ala Gly Val Arg Leu Gln Lys Ala Thr
50 55 60
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65 70 75 80
Thr Val Ser Ile Glu His His Val Lys Asp Val Leu Thr Pro Leu Phe
85 90 95
Lys Ile Ile Gly Asp Glu Val Gly Leu Arg Met Pro Gln Lys Leu Thr
100 105 110
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115 120 125
Arg Glu Tyr Asp Phe Asn Asp Leu His Trp Cys Val Asn Pro Pro Asp
130 135 140
Gln Val Lys Ile Asp Tyr Ala Gln Tyr Cys Asn His Ile Ala Ala Glu
145 150 155 160
Glu Leu Ile Val Thr Lys Phe Lys Glu Leu Met Asn His Ser Leu Asp
165 170 175
Met Ser Lys Gly Arg Ile Phe Pro Pro Lys Asn Cys Ser Gly Ser Val
180 185 190
Ile Thr Arg Gly Gln Thr Ile Lys Pro Gly Leu Thr Leu Val Asn Ile
195 200 205
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210 215 220
Gly Gly Met Tyr Gly Lys Thr Tyr Phe Leu Lys Pro Pro Glu Pro Asp
225 230 235 240
Asp Pro Phe Glu Phe Gln Ala Phe Arg Ile Phe Glu Val Gly Leu Val
245 250 255
Arg Asp Val Gly Ser Arg Glu Pro Val Leu Gln Met Thr Asn Phe Met
260 265 270
Val Ile Asp Glu Asp Glu Gly Leu Asn Phe Cys Leu Leu Ser Val Gly
275 280 285
Glu Leu Arg Leu Ala Ala Val Cys Val Arg Gly Arg Pro Val Val Thr
290 295 300
Lys Asp Ile Gly Gly Tyr Lys Asp Glu Pro Phe Lys Val Val Thr Leu
305 310 315 320
Gly Ile Ile Gly Gly Gly Leu Ser Asn Gln Lys Thr Glu Ile Tyr Pro
325 330 335
Thr Ile Asp Ser Ser Ile Glu Lys Leu Tyr Ile Thr Ser His Arg Gly
340 345 350
Ile Ile Arg Asn Ser Lys Ala Arg Trp Ser Val Pro Ala Ile Arg Ser
355 360 365
Asp Asp Lys Asp Lys Met Glu Lys Cys Thr Gln Ala Leu Cys Lys Ser
370 375 380
Arg Pro Pro Pro Ser Cys Asn Ser Ser Asp Trp Glu Pro Leu Thr Ser
385 390 395 400
Asn Arg Ile Pro Ala Tyr Ala Tyr Ile Ala Leu Glu Ile Lys Glu Asp
405 410 415
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420 425 430
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435 440 445
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450 455 460
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465 470 475 480
Thr Ala Val Asp Tyr Glu Ser Gly Lys Cys Tyr Val Pro Val Glu Leu
485 490 495
Ser Gly Ala Lys Asp Gln Asp Leu Lys Leu Glu Ser Asn Leu Val Val
500 505 510
Leu Pro Thr Lys Asp Phe Gly Tyr Val Thr Ala Thr Tyr Asp Thr Ser
515 520 525
Arg Ser Glu His Ala Ile Val Tyr Tyr Val Tyr Asp Thr Ala Arg Ser
530 535 540
Ser Ser Tyr Phe Phe Pro Phe Arg Ile Lys Ala Arg Gly Glu Pro Ile
545 550 555 560
Tyr Leu Arg Ile Glu Cys Phe Pro Trp Ser Arg Gln Leu Trp Cys His
565 570 575
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580 585 590
Asp Asn Leu Val Ser Ile Asn Met Ser Cys Ser Arg
595 600
<210> 106
<211> 734
<212> PRT
<213> Beilong virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 106
Met Ser Gln Leu Ala Ala His Asn Leu Ala Met Ser Asn Phe Tyr Gly
1 5 10 15
Thr His Gln Gly Asp Leu Ser Gly Ser Gln Lys Gly Glu Glu Gln Gln
20 25 30
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35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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100 105 110
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130 135 140
Asn Pro Thr His Ser Arg Tyr Phe Glu Glu Val Asn Leu Asp Ser Ile
145 150 155 160
Ser Glu Cys Ser Gly Pro Asp Met His Leu Gly Leu Gly Val Asn Pro
165 170 175
Glu Phe Ile Glu Phe Pro Ser Phe Ala Pro Gly Ser Thr Lys Pro Gly
180 185 190
Ser Cys Val Arg Leu Pro Ser Phe Ser Leu Ser Thr Thr Val Phe Ala
195 200 205
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210 215 220
Asp His Tyr Phe Ser Val Gly Arg Ile Ala Asp Ala Gly His Glu Ile
225 230 235 240
Pro Gln Phe Glu Thr Ile Ser Ser Trp Phe Ile Asn Asp Lys Ile Asn
245 250 255
Arg Arg Ser Cys Thr Val Ala Ala Gly Ala Met Glu Ala Trp Met Gly
260 265 270
Cys Val Ile Met Thr Glu Thr Phe Tyr Asp Asp Arg Asn Ser Leu Asp
275 280 285
Thr Gly Lys Leu Thr Ile Ser Tyr Leu Asp Val Phe Gly Arg Lys Lys
290 295 300
Glu Trp Ile Tyr Thr Arg Ser Glu Ile Leu Tyr Asp Tyr Thr Tyr Thr
305 310 315 320
Ser Val Tyr Phe Ser Val Gly Ser Gly Val Val Val Gly Asp Thr Val
325 330 335
Tyr Phe Leu Ile Trp Gly Ser Leu Ser Ser Pro Ile Glu Glu Thr Ala
340 345 350
Tyr Cys Phe Ala Pro Asp Cys Ser Asn Tyr Asn Gln Arg Met Cys Asn
355 360 365
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370 375 380
Ile Leu Lys Phe Lys Thr Thr Ser Thr Gly Lys Pro Leu Leu Ser Val
385 390 395 400
Gly Thr Leu Ser Pro Ser Val Val Pro Phe Gly Ser Glu Gly Arg Leu
405 410 415
Met Tyr Ser Glu Ile Thr Lys Ile Ile Tyr Leu Tyr Leu Arg Ser Thr
420 425 430
Ser Trp His Ala Leu Pro Leu Thr Gly Leu Phe Val Leu Gly Pro Pro
435 440 445
Thr Ser Ile Ser Trp Ile Val Gln Arg Ala Val Ser Arg Pro Gly Glu
450 455 460
Phe Pro Cys Gly Ala Ser Asn Arg Cys Pro Lys Asp Cys Val Thr Gly
465 470 475 480
Val Tyr Thr Asp Leu Phe Pro Leu Gly Ser Arg Tyr Glu Tyr Ala Ala
485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
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530 535 540
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565 570 575
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580 585 590
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Ile Met Tyr Ile Ser Asp Val Cys Ala Pro Ala Leu Ser Ala Phe Lys
645 650 655
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660 665 670
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675 680 685
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690 695 700
Asp Pro Gly Ser Asn Thr Phe Pro Gly Asn His Ile Pro Gly Asn Gly
705 710 715 720
Ile Leu Asp Ala Gly Tyr Tyr Thr Val Glu Tyr Pro Lys Glu
725 730
<210> 107
<211> 582
<212> PRT
<213> Mapuera virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment protein
<400> 107
Met Ala Ser Leu Gln Ser Glu Pro Gly Ser Gln Lys Pro His Tyr Gln
1 5 10 15
Ser Asp Asp Gln Leu Val Lys Arg Thr Trp Arg Ser Phe Phe Arg Phe
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35 40 45
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50 55 60
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100 105 110
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115 120 125
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130 135 140
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145 150 155 160
Ala Phe Pro Ser Phe Ile Pro Thr Ser Thr Thr Thr Val Gly Cys Thr
165 170 175
Arg Ile Pro Ser Phe Ser Leu Thr Lys Thr His Trp Cys Tyr Thr His
180 185 190
Asn Tyr Ile Lys Thr Gly Cys Arg Asp Ala Thr Gln Ser Asn Gln Tyr
195 200 205
Ile Ala Leu Gly Thr Ile Tyr Thr Asp Pro Asp Gly Thr Pro Gly Phe
210 215 220
Ser Thr Ser Arg Ser Gln Tyr Leu Asn Asp Gly Val Asn Arg Lys Ser
225 230 235 240
Cys Ser Ile Ser Ala Val Pro Met Gly Cys Ala Leu Tyr Cys Phe Ile
245 250 255
Ser Val Lys Glu Glu Val Asp Tyr Tyr Lys Gly Thr Val Pro Pro Ala
260 265 270
Gln Thr Leu Ile Leu Phe Phe Phe Asn Gly Thr Val His Glu His Arg
275 280 285
Ile Val Pro Ser Ser Met Asn Ser Glu Trp Val Met Leu Ser Pro Gly
290 295 300
Val Gly Ser Gly Val Phe Tyr Asn Asn Tyr Ile Ile Phe Pro Leu Tyr
305 310 315 320
Gly Gly Met Thr Lys Asp Lys Ala Glu Lys Arg Gly Glu Leu Thr Arg
325 330 335
Phe Phe Thr Pro Lys Asn Ser Arg Ser Leu Cys Lys Met Asn Asp Ser
340 345 350
Val Phe Ser Asn Ala Ala Gln Ser Ala Tyr Tyr Pro Pro Tyr Phe Ser
355 360 365
Ser Arg Trp Ile Arg Ser Gly Leu Leu Ala Cys Asn Trp Asn Gln Ile
370 375 380
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385 390 395 400
Met Gly Ala Glu Gly Arg Leu Ile Leu Ile Asn Asp Asp Leu Phe Tyr
405 410 415
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420 425 430
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435 440 445
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450 455 460
Asn Asn Phe Cys Pro Met Ile Cys Val Ser Gly Val Tyr Gln Asp Val
465 470 475 480
Trp Pro Val Thr Asn Pro Val Asn Thr Thr Asp Ser Arg Thr Leu Trp
485 490 495
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500 505 510
Val Val Thr Ser Gly Gly Ser Ile Ser Gln Thr Val Ser Trp Phe Asn
515 520 525
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530 535 540
Val Gln Gly Arg Ile Phe Cys Leu Ile Ile Phe Glu Val Gly Gly Gly
545 550 555 560
Leu Leu Gly Glu Tyr Gln Ile Val Pro Phe Leu Lys Glu Leu Lys Tyr
565 570 575
Gln Gly Ala Val His Ala
580
<210> 108
<211> 657
<212> PRT
<213> Nariva virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment protein
<400> 108
Met Ala Pro Ile Asn Tyr Pro Ala Ser Tyr Tyr Thr Asn Asn Ala Glu
1 5 10 15
Arg Pro Val Val Ile Thr Thr Lys Ser Thr Glu Ser Lys Gly Gln Arg
20 25 30
Pro Leu Pro Leu Gly Asn Ala Arg Phe Trp Glu Tyr Phe Gly His Val
35 40 45
Cys Gly Thr Leu Thr Phe Cys Met Ser Leu Ile Gly Ile Ile Val Gly
50 55 60
Ile Ile Ala Leu Ala Asn Tyr Ser Ser Asp Lys Asp Trp Lys Gly Arg
65 70 75 80
Ile Gly Gly Asp Ile Gln Val Thr Arg Met Ala Thr Glu Lys Thr Val
85 90 95
Lys Leu Ile Leu Glu Asp Thr Thr Pro Lys Leu Arg Asn Ile Leu Asp
100 105 110
Ser Val Leu Phe Gln Leu Pro Lys Met Leu Ala Ser Ile Ala Ser Lys
115 120 125
Ile Asn Thr Gln Thr Pro Pro Pro Pro Thr Thr Ser Gly His Ser Thr
130 135 140
Ala Leu Ala Thr Gln Cys Ser Ser Asn Cys Glu Asn Arg Pro Glu Ile
145 150 155 160
Gly Tyr Asp Tyr Leu Arg Gln Val Glu Gln Ser Leu Gln Arg Ile Thr
165 170 175
Asn Ile Ser Ile Gln Leu Leu Glu Ala Ser Glu Ile His Ser Met Ala
180 185 190
Gly Ala Tyr Pro Asn Ala Leu Tyr Lys Ile Arg Thr Gln Asp Ser Trp
195 200 205
Ser Val Thr Ala Lys Glu Cys Pro Leu Gln Ala Phe Gln Pro Asn Leu
210 215 220
Asn Leu Ile Pro Ala Met Ile Gly Thr Ala Thr Gly Ala Leu Ile Arg
225 230 235 240
Asn Cys Val Arg Gln Pro Val Ile Val Val Asp Asp Gly Val Tyr Met
245 250 255
Leu Thr Tyr Leu Ala Met Arg Gly Ser Cys Gln Asp His Gln Lys Ser
260 265 270
Val Arg His Phe Glu Met Gly Val Ile Thr Ser Asp Pro Phe Gly Asp
275 280 285
Pro Val Pro Thr Pro Leu Arg His Trp Thr Lys Arg Ala Leu Pro Ala
290 295 300
Tyr Asp Gly Cys Ala Leu Ala Val Lys Gly His Ala Gly Phe Ala Leu
305 310 315 320
Cys Thr Glu Thr Ser Val Gly Pro Leu Arg Asp Arg Thr Ala Lys Arg
325 330 335
Lys Pro Asn Ile Val Leu Phe Lys Ala Ser Leu Val Gly Glu Leu Ser
340 345 350
Glu Arg Val Ile Pro Pro Gln Ser Trp Leu Ser Gly Phe Ser Phe Phe
355 360 365
Ser Val Tyr Thr Val Ala Gly Lys Gly Tyr Ala Tyr His Ser Lys Phe
370 375 380
His Ala Phe Gly Asn Val Val Arg Val Gly Gln Ser Glu Tyr Gln Ala
385 390 395 400
Lys Cys Arg Gly Thr Gly Cys Pro Thr Ala Asn Gln Asp Asp Cys Asn
405 410 415
Thr Ala Gln Arg Val Ser Gln Glu Asp Asn Thr Tyr Leu His Gln Ala
420 425 430
Ile Leu Ser Val Asp Ile Asp Ser Val Ile Asp Pro Glu Asp Val Val
435 440 445
Tyr Val Ile Glu Arg Asp Gln Tyr Tyr Gln Ala Ser Ala Gly Asp Leu
450 455 460
Tyr Arg Val Pro Glu Thr Gly Glu Ile Leu Tyr Asn Leu His Asn Gly
465 470 475 480
Gly Trp Ser Asn Glu Val Gln Val Gly Arg Ile Gln Pro Ser Asp Arg
485 490 495
Phe Tyr Met Arg Glu Ile Gln Leu Thr Ser Thr Arg Val Pro Ala Pro
500 505 510
Asn Gly Cys Asn Arg Val Lys Gly Cys Pro Gly Gly Cys Val Ala Val
515 520 525
Ile Ser Pro Ala Phe Thr Pro Met His Pro Glu Phe Asn Val Gly Val
530 535 540
Gly Ile Phe Pro Met Asn Gln Pro His Asn Pro Ser Ile Met His Val
545 550 555 560
Gln Gln Gln Thr Glu Leu Phe Trp Lys Pro Ile Val Gly Gly Asn Ile
565 570 575
Thr Leu His Glu Ser Ser Ile Ala Cys Tyr Ser Thr Val Pro Pro Asn
580 585 590
Pro Ser Tyr Asp Leu Cys Ile Gly Val Met Thr Leu Leu Leu His Gln
595 600 605
Gly Gln Leu Pro Gln Phe Gln Ala Leu Ser Trp Tyr Gln Pro Thr Met
610 615 620
Cys Asn Gly Asn Ala Pro Gln Asn Arg Arg Ala Leu Ile Pro Val Ile
625 630 635 640
Val Glu Asp Ser Lys Ala Met Ser Val Ser Ser Asp Ala Pro Arg Thr
645 650 655
Pro
<210> 109
<211> 632
<212> PRT
<213> Bat paramyxovirus Eid_hel/GH-M74a/GHA/2009
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> glycoprotein
<400> 109
Met Pro Gln Lys Thr Val Glu Phe Ile Asn Met Asn Ser Pro Leu Glu
1 5 10 15
Arg Gly Val Ser Thr Leu Ser Asp Lys Lys Thr Leu Asn Gln Ser Lys
20 25 30
Ile Thr Lys Gln Gly Tyr Phe Gly Leu Gly Ser His Ser Glu Arg Asn
35 40 45
Trp Lys Lys Gln Lys Asn Gln Asn Asp His Tyr Met Thr Val Ser Thr
50 55 60
Met Ile Leu Glu Ile Leu Val Val Leu Gly Ile Met Phe Asn Leu Ile
65 70 75 80
Val Leu Thr Met Val Tyr Tyr Gln Asn Asp Asn Ile Asn Gln Arg Met
85 90 95
Ala Glu Leu Thr Ser Asn Ile Thr Val Leu Asn Leu Asn Leu Asn Gln
100 105 110
Leu Thr Asn Lys Ile Gln Arg Glu Ile Ile Pro Arg Ile Thr Leu Ile
115 120 125
Asp Thr Ala Thr Thr Ile Thr Ile Pro Ser Ala Ile Thr Tyr Ile Leu
130 135 140
Ala Thr Leu Thr Thr Arg Ile Ser Glu Leu Leu Pro Ser Ile Asn Gln
145 150 155 160
Lys Cys Glu Phe Lys Thr Pro Thr Leu Val Leu Asn Asp Cys Arg Ile
165 170 175
Asn Cys Thr Pro Pro Leu Asn Pro Ser Asp Gly Val Lys Met Ser Ser
180 185 190
Leu Ala Thr Asn Leu Val Ala His Gly Pro Ser Pro Cys Arg Asn Phe
195 200 205
Ser Ser Val Pro Thr Ile Tyr Tyr Tyr Arg Ile Pro Gly Leu Tyr Asn
210 215 220
Arg Thr Ala Leu Asp Glu Arg Cys Ile Leu Asn Pro Arg Leu Thr Ile
225 230 235 240
Ser Ser Thr Lys Phe Ala Tyr Val His Ser Glu Tyr Asp Lys Asn Cys
245 250 255
Thr Arg Gly Phe Lys Tyr Tyr Glu Leu Met Thr Phe Gly Glu Ile Leu
260 265 270
Glu Gly Pro Glu Lys Glu Pro Arg Met Phe Ser Arg Ser Phe Tyr Ser
275 280 285
Pro Thr Asn Ala Val Asn Tyr His Ser Cys Thr Pro Ile Val Thr Val
290 295 300
Asn Glu Gly Tyr Phe Leu Cys Leu Glu Cys Thr Ser Ser Asp Pro Leu
305 310 315 320
Tyr Lys Ala Asn Leu Ser Asn Ser Thr Phe His Leu Val Ile Leu Arg
325 330 335
His Asn Lys Asp Glu Lys Ile Val Ser Met Pro Ser Phe Asn Leu Ser
340 345 350
Thr Asp Gln Glu Tyr Val Gln Ile Ile Pro Ala Glu Gly Gly Gly Thr
355 360 365
Ala Glu Ser Gly Asn Leu Tyr Phe Pro Cys Ile Gly Arg Leu Leu His
370 375 380
Lys Arg Val Thr His Pro Leu Cys Lys Lys Ser Asn Cys Ser Arg Thr
385 390 395 400
Asp Asp Glu Ser Cys Leu Lys Ser Tyr Tyr Asn Gln Gly Ser Pro Gln
405 410 415
His Gln Val Val Asn Cys Leu Ile Arg Ile Arg Asn Ala Gln Arg Asp
420 425 430
Asn Pro Thr Trp Asp Val Ile Thr Val Asp Leu Thr Asn Thr Tyr Pro
435 440 445
Gly Ser Arg Ser Arg Ile Phe Gly Ser Phe Ser Lys Pro Met Leu Tyr
450 455 460
Gln Ser Ser Val Ser Trp His Thr Leu Leu Gln Val Ala Glu Ile Thr
465 470 475 480
Asp Leu Asp Lys Tyr Gln Leu Asp Trp Leu Asp Thr Pro Tyr Ile Ser
485 490 495
Arg Pro Gly Gly Ser Glu Cys Pro Phe Gly Asn Tyr Cys Pro Thr Val
500 505 510
Cys Trp Glu Gly Thr Tyr Asn Asp Val Tyr Ser Leu Thr Pro Asn Asn
515 520 525
Asp Leu Phe Val Thr Val Tyr Leu Lys Ser Glu Gln Val Ala Glu Asn
530 535 540
Pro Tyr Phe Ala Ile Phe Ser Arg Asp Gln Ile Leu Lys Glu Phe Pro
545 550 555 560
Leu Asp Ala Trp Ile Ser Ser Ala Arg Thr Thr Thr Ile Ser Cys Phe
565 570 575
Met Phe Asn Asn Glu Ile Trp Cys Ile Ala Ala Leu Glu Ile Thr Arg
580 585 590
Leu Asn Asp Asp Ile Ile Arg Pro Ile Tyr Tyr Ser Phe Trp Leu Pro
595 600 605
Thr Asp Cys Arg Thr Pro Tyr Pro His Thr Gly Lys Met Thr Arg Val
610 615 620
Pro Leu Arg Ser Thr Tyr Asn Tyr
625 630
<210> 110
<211> 569
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 7
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase
<400> 110
Met Glu Ser Ile Gly Lys Gly Thr Trp Arg Thr Val Tyr Arg Val Leu
1 5 10 15
Thr Ile Leu Leu Asp Val Val Ile Ile Ile Leu Ser Val Ile Ala Leu
20 25 30
Ile Ser Leu Gly Leu Lys Pro Gly Glu Arg Ile Ile Asn Glu Val Asn
35 40 45
Gly Ser Ile His Asn Gln Leu Val Pro Leu Ser Gly Ile Thr Ser Asp
50 55 60
Ile Gln Ala Lys Val Ser Ser Ile Tyr Arg Ser Asn Leu Leu Ser Ile
65 70 75 80
Pro Leu Gln Leu Asp Gln Ile Asn Gln Ala Ile Ser Ser Ser Ala Arg
85 90 95
Gln Ile Ala Asp Thr Ile Asn Ser Phe Leu Ala Leu Asn Gly Ser Gly
100 105 110
Thr Phe Ile Tyr Thr Asn Ser Pro Glu Phe Ala Asn Gly Phe Asn Arg
115 120 125
Ala Met Phe Pro Thr Leu Asn Gln Ser Leu Asn Met Leu Thr Pro Gly
130 135 140
Asn Leu Ile Glu Phe Thr Asn Phe Ile Pro Thr Pro Thr Thr Lys Ser
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180 185 190
Ser Glu Tyr Ile Ser Met Gly Val Val Glu Val Thr Asp Gln Ala Tyr
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210 215 220
Arg Lys Ser Cys Ser Ile Ala Ala Thr Gly Phe Gly Cys Asp Ile Leu
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Cys Ser Val Val Thr Glu Thr Glu Asn Asp Asp Tyr Gln Ser Pro Glu
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Glu Met Ser Leu Asn Val Asn Gln Met Phe Ala Asp Trp Val Ala Asn
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Thr Asp Ala Gln Gln Ile Glu Lys Ala Lys Ala Ser Tyr Ser Pro Pro
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370 375 380
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Leu Ser Thr Ile Pro Ile Pro Phe Glu Lys Phe Pro Arg Pro Ala Ser
435 440 445
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450 455 460
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485 490 495
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500 505 510
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515 520 525
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530 535 540
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545 550 555 560
Tyr Asn Ile Thr Leu Ser Ile Met Ser
565
<210> 111
<211> 588
<212> PRT
<213> Tuhoko virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase
<400> 111
Met Pro Pro Val Pro Thr Val Ser Gln Ser Ile Asp Glu Gly Ser Phe
1 5 10 15
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305 310 315 320
Gln Gly Lys Leu Ile Phe Pro Met Tyr Gly Gly Ile Asp Lys Glu Arg
325 330 335
Leu Ser Ala Leu Gly Leu Gly Asn Ile Gly Leu Ile Glu Arg Arg Met
340 345 350
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355 360 365
Gly Ala Phe Ser Ser Pro Tyr Tyr His Asp Ala Val Met Leu Asn Phe
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<210> 112
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<212> PRT
<213> Tuhoko virus 3
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase
<400> 112
Met His Asn Arg Thr Gln Ser Val Ser Ser Ile Asp Thr Ser Ser Asp
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Leu Ser Tyr Ile Ile Asn
580
<210> 113
<211> 625
<212> PRT
<213> Mojiang virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 113
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305 310 315 320
Lys Leu Glu Pro Asp Thr Glu Val Val Ser Tyr Arg Ile Thr Gly Tyr
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Tyr
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<210> 114
<211> 614
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 12
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin neuraminidase
<400> 114
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290 295 300
Gly Ala Phe Phe Gly Asn Arg Val Trp Phe Pro Val Tyr Gly Gly Leu
305 310 315 320
Lys Glu Gly Thr Gln Ser Glu Arg Asp Ala Glu Lys Gly Tyr Ala Ile
325 330 335
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340 345 350
Ala Asn Ala Lys Ala Ser Tyr Arg Pro Ser Arg Phe Gly Gly Arg Phe
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Tyr Ala Asn Ser Trp Pro
610
<210> 115
<211> 577
<212> PRT
<213> avian-paramyxovirus 3
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin
<400> 115
Met Glu Pro Thr Gly Ser Lys Val Asp Ile Val Pro Ser Gln Gly Thr
1 5 10 15
Lys Arg Thr Cys Arg Thr Phe Tyr Arg Leu Leu Ile Leu Ile Leu Asn
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Leu Ile Ile Ile Ile Leu Thr Ile Ile Ser Ile Tyr Val Ser Ile Ser
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Thr Asp Gln His Lys Leu Cys Asn Asn Glu Ala Asp Ser Leu Leu His
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Asn Val Ile Ser Thr Gly Cys Gln Asp His Ala Ala Ser Ser Gln Tyr
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Cys Ser Val Thr Ala Gly Ala Gly Val Cys Trp Leu Leu Cys Ser Val
245 250 255
Val Thr Glu Ser Glu Ser Ala Asp Tyr Arg Ser Arg Ala Pro Thr Ala
260 265 270
Met Ile Leu Gly Arg Phe Asn Phe Tyr Gly Asp Tyr Thr Glu Ser Pro
275 280 285
Val Pro Ala Ser Leu Phe Ser Gly Arg Phe Thr Ala Asn Tyr Pro Gly
290 295 300
Val Gly Ser Gly Thr Gln Leu Asn Gly Thr Leu Tyr Phe Pro Ile Tyr
305 310 315 320
Gly Gly Val Val Asn Asp Ser Asp Ile Glu Leu Ser Asn Arg Gly Lys
325 330 335
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Ser Ile Tyr Ser Tyr Asn Gln Lys Ile Ser Ser Arg Leu Ala Val Gly
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Ser Glu Ile Gly Ala Ala Tyr Thr Thr Ser Thr Cys Phe Ser Arg Thr
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Asp Thr Gly Ala Leu Tyr Cys Ile Thr Ile Ile Glu Ala Val Asn Thr
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Ile Phe Gly Gln Tyr Arg Ile Val Pro Ile Leu Val Gln Leu Ile Ser
565 570 575
Asp
<210> 116
<211> 620
<212> PRT
<213> Salem virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 116
Met Lys Ala Met His Tyr Tyr Lys Asn Asp Phe Ala Asp Pro Gly Thr
1 5 10 15
Asn Asp Asn Ser Ser Asp Leu Thr Thr Asn Pro Phe Ile Ser Asn Gln
20 25 30
Ile Lys Ser Asn Leu Ser Pro Pro Val Leu Ala Glu Gly His Leu Ser
35 40 45
Pro Ser Pro Ile Pro Lys Phe Arg Lys Ile Leu Leu Thr Ile Ser Phe
50 55 60
Val Ser Thr Ile Val Val Leu Thr Val Ile Leu Leu Val Leu Thr Ile
65 70 75 80
Arg Ile Leu Thr Ile Ile Glu Ala Ser Ala Gly Asp Glu Lys Asp Ile
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100 105 110
Pro Val Phe Lys Asn Leu Val Ser Ile Ile Ser Leu Gln Ile Pro Gln
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Met Leu Ile Asp Leu Lys Thr Ser Ser Thr Gln Met Met Gln Ser Leu
130 135 140
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145 150 155 160
Val Ala Val Leu Leu Glu Lys Ala Lys Ser Thr Ile Pro Asp Ile Asn
165 170 175
Lys Phe Tyr Lys Asn Val Gly Lys Val Thr Phe Asn Asp Pro Asn Ile
180 185 190
Lys Val Leu Thr Leu Glu Val Pro Ala Trp Leu Pro Ile Val Arg Gln
195 200 205
Cys Leu Lys Gln Asp Phe Arg Gln Val Ile Ser Asn Ser Thr Gly Phe
210 215 220
Ala Leu Ile Gly Ala Leu Pro Ser Gln Leu Phe Asn Glu Phe Glu Gly
225 230 235 240
Tyr Pro Ser Leu Ala Ile Val Ser Glu Val Tyr Ala Ile Thr Tyr Leu
245 250 255
Lys Gly Val Met Phe Glu Asn Gln Glu Asn Phe Leu Tyr Gln Tyr Phe
260 265 270
Glu Ile Gly Thr Ile Ser Pro Asp Gly Tyr Asn Lys Pro Tyr Phe Leu
275 280 285
Arg His Thr Ser Val Met Leu Ser Thr Phe Lys Leu Ser Gly Lys Cys
290 295 300
Thr Ala Ala Val Asp Tyr Arg Gly Gly Ile Phe Leu Cys Thr Pro Ser
305 310 315 320
Pro Lys Ile Pro Lys Ile Leu Gln Asn Pro Pro Asp Leu Pro Thr Leu
325 330 335
Thr Val Val Ser Ile Pro Phe Asp Gly Arg Tyr Thr Ile Arg Asn Ile
340 345 350
Ser Leu Met Leu Thr Asp Glu Ala Asp Ile Ile Tyr Asp Leu Asp Thr
355 360 365
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Ser Trp Cys Pro Thr Ala Asp Asp Lys Ile Cys Asp Gln Ser Arg Arg
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Leu Gly Ala Asp Gly Asn Tyr Pro Val Met Tyr Gly Leu Ile Ser Ile
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Pro Ala His Ser Ser Tyr Gln Gly Asn Val Ser Leu Lys Leu Ile Asp
435 440 445
Pro Lys Tyr Tyr Ala Tyr Thr Arg Asp Ala Ser Leu Phe Tyr Asn Ser
450 455 460
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Arg Pro Ile Ile Gly Glu Leu Leu Leu Gly Asp Asp Ile Val Leu Thr
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610 615 620
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<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 9
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase
<400> 117
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305 310 315 320
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500 505 510
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515 520 525
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565 570 575
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<210> 118
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<212> PRT
<213> Achimota virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment protein
<400> 118
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<212> PRT
<213> Achimota virus 2
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment protein
<400> 119
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<210> 120
<211> 580
<212> PRT
<213> Tuhoko virus 1
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase
<400> 120
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340 345 350
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355 360 365
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370 375 380
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420 425 430
Leu Ser Tyr Ser Asp Lys Gly Asn Ile Ile Glu Ile Thr Ser Ala Glu
435 440 445
Arg Tyr Ile Phe Lys Ser Val Thr Ser Pro Asp Glu Gly Asp Cys Val
450 455 460
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Met Ser Asp Asp Lys Leu Leu Ile Arg Ile Ser Tyr Ser Ile Val Ser
565 570 575
Ile Met Val Glu
580
<210> 121
<211> 607
<212> PRT
<213> Phocine distemper virus
<400> 121
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Lys Val Lys Val Asn Phe Thr Gln Tyr Cys Glu Ile Thr Glu Phe Lys
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Arg Gly Arg Asp Asp Ile Phe Pro Pro Tyr Lys Cys Arg Gly Ala Thr
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275 280 285
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Asn Leu Gly Asp Glu Glu Ser Gln Asn Ser Val Leu Val Val Ile Leu
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Gly Leu Phe Gly Ala Thr His Met Asp Gln Leu Glu Glu Val Ile Pro
325 330 335
Val Ala His Pro Ser Ile Glu Lys Ile His Ile Thr Asn His Arg Gly
340 345 350
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355 360 365
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Asn Gly Asp Gly Met Asp Tyr Tyr Glu Gly Thr Leu Leu Asn Ser Gly
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Gln Ala Ser Lys Gly Asp Gln Phe Ile Val Thr Pro His Ile Leu Thr
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Gln Phe Tyr Arg Phe Gln Leu Asp Ala Thr Asn Ser Thr Ser Val Val
580 585 590
Glu Asn Leu Ile Arg Ile Arg Phe Ser Cys Asp Arg Leu Asp Pro
595 600 605
<210> 122
<211> 574
<212> PRT
<213> Caprine parainfluenza virus 3
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase
<400> 122
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Ile Leu Ile Leu Ile Met Phe Ile Gln Asn Asn Asn Asn Asn Arg Ile
50 55 60
Ile Leu Gln Glu Leu Arg Asp Glu Thr Asp Ala Ile Glu Ala Arg Ile
65 70 75 80
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165 170 175
Ile Pro Gly Pro Gly Leu Leu Ala Thr Ser Thr Thr Ile Asn Gly Cys
180 185 190
Ile Arg Leu Pro Ser Leu Val Ile Asn Asn Leu Ile Tyr Ala Tyr Thr
195 200 205
Ser Asn Leu Ile Thr Gln Gly Cys Gln Asp Ile Gly Lys Ser Tyr Gln
210 215 220
Val Leu Gln Ile Gly Ile Ile Thr Ile Asn Ser Asp Leu Val Pro Asp
225 230 235 240
Leu Asn Pro Arg Ile Thr His Thr Phe Asp Ile Asp Asp Asn Arg Lys
245 250 255
Ser Cys Ser Leu Ala Leu Arg Asn Ala Asp Val Tyr Gln Leu Cys Ser
260 265 270
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275 280 285
Asp Ile Val Leu Asp Ile Val Thr Ser Glu Gly Thr Val Ser Thr Thr
290 295 300
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Leu Val Asn Lys Gly Leu Asn Lys Val Pro Ser Leu Gln Val Trp Thr
385 390 395 400
Ile Pro Met Arg Gln Asn Tyr Trp Gly Ser Glu Gly Arg Leu Leu Leu
405 410 415
Leu Gly Asn Lys Ile Tyr Ile Tyr Thr Arg Ser Thr Ser Trp His Ser
420 425 430
Lys Leu Gln Leu Gly Thr Leu Asp Ile Ser Asn Tyr Asn Asp Ile Arg
435 440 445
Ile Arg Trp Thr His His Asp Val Leu Ser Arg Pro Gly Ser Glu Glu
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Ile Leu Asp Ser Arg Thr Ser Arg Glu Asn Pro Ile Ile Thr Tyr Ser
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Ser Ala Ala Tyr Thr Thr Thr Asn Cys Val Thr His Tyr Gly Lys Gly
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545 550 555 560
Gln Pro Met Leu Phe Lys Thr Glu Ile Pro Lys Ser Cys Asn
565 570
<210> 123
<211> 414
<212> PRT
<213> Avian metapneumovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 123
Met Gly Ser Glu Leu Tyr Ile Ile Glu Gly Val Ser Ser Ser Glu Ile
1 5 10 15
Val Leu Lys Gln Val Leu Arg Arg Ser Lys Lys Ile Leu Leu Gly Leu
20 25 30
Val Leu Ser Ala Leu Gly Leu Thr Leu Thr Ser Thr Ile Val Ile Ser
35 40 45
Ile Cys Ile Ser Val Glu Gln Val Lys Leu Arg Gln Cys Val Asp Thr
50 55 60
Tyr Trp Ala Glu Asn Gly Ser Leu His Pro Gly Gln Ser Thr Glu Asn
65 70 75 80
Thr Ser Thr Arg Gly Lys Thr Thr Thr Lys Asp Pro Arg Arg Leu Gln
85 90 95
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100 105 110
Asp Gly Asp Met His Asp Arg Ser Tyr Ala Val Leu Gly Gly Val Asp
115 120 125
Cys Leu Gly Leu Leu Ala Leu Cys Glu Ser Gly Pro Ile Cys Gln Gly
130 135 140
Asp Thr Trp Ser Glu Asp Gly Asn Phe Cys Arg Cys Thr Phe Ser Ser
145 150 155 160
His Gly Val Ser Cys Cys Lys Lys Pro Lys Ser Lys Ala Thr Thr Ala
165 170 175
Gln Arg Asn Ser Lys Pro Ala Asn Ser Lys Ser Thr Pro Pro Val His
180 185 190
Ser Asp Arg Ala Ser Lys Glu His Asn Pro Ser Gln Gly Glu Gln Pro
195 200 205
Arg Arg Gly Pro Thr Ser Ser Lys Thr Thr Ile Ala Ser Thr Pro Ser
210 215 220
Thr Glu Asp Thr Ala Lys Pro Thr Ile Ser Lys Pro Lys Leu Thr Ile
225 230 235 240
Arg Pro Ser Gln Arg Gly Pro Ser Gly Ser Thr Lys Ala Ala Ser Ser
245 250 255
Thr Pro Ser His Lys Thr Asn Thr Arg Gly Thr Ser Lys Thr Thr Asp
260 265 270
Gln Arg Pro Arg Thr Gly Pro Thr Pro Glu Arg Pro Arg Gln Thr His
275 280 285
Ser Thr Ala Thr Pro Pro Pro Thr Thr Pro Ile His Lys Gly Arg Ala
290 295 300
Pro Thr Pro Lys Pro Thr Thr Asp Leu Lys Val Asn Pro Arg Glu Gly
305 310 315 320
Ser Thr Ser Pro Thr Ala Ile Gln Lys Asn Pro Thr Thr Gln Ser Asn
325 330 335
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370 375 380
Tyr Asp Thr Pro Phe Asn Cys Trp Arg Arg Thr Arg Arg Cys Ile Cys
385 390 395 400
Asp Ser Gly Gly Glu Leu Ile Glu Trp Cys Cys Thr Ser Gln
405 410
<210> 124
<211> 665
<212> PRT
<213> Tupaia paramyxovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin
<400> 124
Met Asp Tyr His Ser His Thr Thr Gln Thr Gly Ser Asn Glu Thr Leu
1 5 10 15
Tyr Gln Asp Pro Leu Gln Ser Gln Ser Gly Ser Arg Asp Thr Leu Asp
20 25 30
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35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
Arg Val Tyr Asn His Leu Gly Thr Ile Tyr Lys Gly Leu Lys Leu Ala
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100 105 110
Val Thr Thr Leu Lys Lys Met Ser Asp Gly Asn Ser Gln Asp Ser Ala
115 120 125
Met Leu Lys Ser Leu Asp Glu Asn Phe Asp Ala Ile Gln Glu Val Ala
130 135 140
Asn Leu Leu Asp Asn Glu Val Arg Pro Lys Leu Gly Val Thr Met Thr
145 150 155 160
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165 170 175
Leu Leu Arg Leu Glu Arg Asn Cys Pro Val Cys Gly Thr Glu Ala Thr
180 185 190
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195 200 205
Pro Cys Leu Thr Arg Gln Cys Ser Glu Asp Ser Thr His Asp Gln Gly
210 215 220
Pro Gly Val Glu Gly Thr Ser Arg Asn His Lys Gly Lys Ile Asn Phe
225 230 235 240
Pro His Ile Leu Gln Ser Asp Asp Cys Gly Arg Ser Asp Asn Leu Ile
245 250 255
Val Tyr Ser Ile Asn Leu Val Pro Gly Leu Ser Phe Ile Gln Leu Pro
260 265 270
Ser Gly Thr Lys His Cys Ile Ile Asp Val Ser Tyr Thr Phe Ser Asp
275 280 285
Thr Leu Ala Gly Tyr Leu Ile Val Gly Gly Val Asp Gly Cys Gln Leu
290 295 300
His Asn Lys Ala Ile Ile Tyr Leu Ser Leu Gly Tyr Tyr Lys Thr Lys
305 310 315 320
Met Ile Tyr Pro Pro Asp Tyr Ile Ala Ile Ala Thr Tyr Thr Tyr Asp
325 330 335
Leu Val Pro Asn Leu Arg Asp Cys Ser Ile Ala Val Asn Gln Thr Ser
340 345 350
Leu Ala Ala Ile Cys Thr Ser Lys Lys Thr Lys Glu Asn Gln Asp Phe
355 360 365
Ser Thr Ser Gly Val His Pro Phe Tyr Ile Phe Thr Leu Asn Thr Asp
370 375 380
Gly Ile Phe Thr Val Thr Val Ile Glu Gln Ser Gln Leu Lys Leu Asp
385 390 395 400
Tyr Gln Tyr Ala Ala Leu Tyr Pro Ala Thr Gly Pro Gly Ile Phe Ile
405 410 415
Gly Asp His Leu Val Phe Leu Met Trp Gly Gly Leu Met Thr Lys Ala
420 425 430
Glu Gly Asp Ala Tyr Cys Gln Ala Ser Gly Cys Asn Asp Ala His Arg
435 440 445
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450 455 460
Leu Val Asn Gly Leu Leu Met Leu Pro Ile Lys Glu Leu Gly Ser His
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Leu Ile Gln Pro Ser Leu Glu Thr Ile Ser Pro Lys Ile Asn Trp Ala
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Ile Ser Trp Ser Lys Pro Leu Ser Ile Arg Trp Ile Asp His Ser Val
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Ser Ser Pro Ala Leu Lys Leu Phe Asn Thr Asn Arg Glu Val Arg Val
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Lys Glu Gly Asn Asn Ala Trp Gly Gln Ile Tyr Ser Tyr Ile Tyr Gln
645 650 655
Val Glu Ser Thr Cys Pro Asn Thr Lys
660 665
<210> 125
<211> 585
<212> PRT
<213> Avian metapneumovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 125
Met Glu Val Lys Val Glu Asn Val Gly Lys Ser Gln Glu Leu Lys Val
1 5 10 15
Lys Val Lys Asn Phe Ile Lys Arg Ser Asp Cys Lys Lys Lys Leu Phe
20 25 30
Ala Leu Ile Leu Gly Leu Val Ser Phe Glu Leu Thr Met Asn Ile Met
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Arg Arg Thr Glu Ala Ala Ala Glu Arg Asp Arg Arg Thr Arg Ala Gly
325 330 335
Ala Gly Pro Thr Ala Gly Gly Ala Arg Ala Arg Thr Ala Ala Ala Ser
340 345 350
Glu Arg Gly Ala Asp Thr Ala Gly Ser Ala Gly Gly Gly Pro Gly Gly
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565 570 575
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580 585
<210> 126
<211> 577
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 3
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase protein
<400> 126
Met Glu Ser Pro Pro Ser Gly Lys Asp Ala Pro Ala Phe Arg Glu Pro
1 5 10 15
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Leu Thr Ile Val Val Leu Ser Ile Ile Ser Ile Tyr Val Ser Thr Gln
35 40 45
Thr Gly Ala Asn Asn Ser Cys Val Asn Pro Thr Ile Val Thr Pro Asp
50 55 60
Tyr Leu Thr Gly Ser Thr Thr Gly Ser Val Glu Asp Leu Ala Asp Leu
65 70 75 80
Glu Ser Gln Leu Arg Glu Ile Arg Arg Asp Thr Gly Ile Asn Leu Pro
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115 120 125
Thr Cys Leu Ser Pro Val Asn Asp Pro Arg Phe Val Ala Gly Ile Asn
130 135 140
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Arg Ile Pro Ser Phe Ser Leu Ser Lys Thr His Trp Cys Tyr Thr His
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Arg Thr Met Ser Ser Lys Ser Leu Asn Asp Gly Leu Asn Arg Lys Ser
225 230 235 240
Cys Ser Val Thr Ala Ala Ala Asn Ala Cys Trp Leu Leu Cys Ser Val
245 250 255
Val Thr Glu Tyr Glu Ala Ala Asp Tyr Arg Ser Arg Thr Pro Thr Ala
260 265 270
Met Val Leu Gly Arg Phe Asp Phe Asn Gly Glu Tyr Thr Glu Ile Ala
275 280 285
Val Pro Ser Ser Leu Phe Asp Gly Arg Phe Ala Ser Asn Tyr Pro Gly
290 295 300
Val Gly Ser Gly Thr Gln Val Asn Gly Thr Leu Tyr Phe Pro Leu Tyr
305 310 315 320
Gly Gly Val Leu Asn Gly Ser Asp Ile Glu Thr Ala Asn Lys Gly Lys
325 330 335
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340 345 350
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355 360 365
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Ser Cys Thr Asp Phe Tyr Leu Leu Tyr Phe Asp Asn Asn Arg Val Met
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Tyr Gln Arg Ser Ser Ser Trp Trp Pro His Pro Leu Phe Tyr Ser Ile
420 425 430
Ser Leu Pro Ser Cys Gln Ala Leu Ala Val Cys Gln Ile Thr Glu Ala
435 440 445
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450 455 460
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Asp Val Trp Pro Leu Thr Lys Asn Asp Ala Gln Asp Pro Asn Leu Phe
485 490 495
Tyr Thr Val Tyr Leu Asn Asn Ser Thr Arg Arg Ile Ser Pro Thr Ile
500 505 510
Ser Leu Tyr Thr Tyr Asp Arg Arg Ile Lys Ser Lys Leu Ala Val Gly
515 520 525
Ser Asp Ile Gly Ala Ala Tyr Thr Thr Ser Thr Cys Phe Gly Arg Ser
530 535 540
Asp Thr Gly Ala Val Tyr Cys Leu Thr Ile Met Glu Thr Val Asn Thr
545 550 555 560
Ile Phe Gly Gln Tyr Arg Ile Val Pro Ile Leu Leu Arg Val Thr Ser
565 570 575
Arg
<210> 127
<211> 585
<212> PRT
<213> Avian metapneumovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 127
Met Glu Val Lys Val Glu Asn Val Gly Lys Ser Gln Glu Leu Lys Val
1 5 10 15
Lys Val Lys Asn Phe Ile Lys Arg Ser Asp Cys Lys Lys Lys Leu Phe
20 25 30
Ala Leu Ile Leu Gly Leu Val Ser Phe Glu Leu Thr Met Asn Ile Met
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Leu Ser Val Met Tyr Val Glu Ser Asn Glu Ala Leu Ser Leu Cys Arg
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Lys Lys Thr Glu Thr Asp Thr Thr Thr Ala Ser Arg Ala Arg Asn Thr
195 200 205
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Pro Glu Thr Thr Ala Arg Glu Thr Thr Thr Pro Gln Pro Arg Arg Thr
245 250 255
Ala Ser Arg Pro Ala Pro Thr Thr Lys Ile Glu Glu Glu Ala Glu Thr
260 265 270
Thr Lys Thr Arg Thr Thr Lys Asn Thr Gln Thr Ser Thr Gly Pro Pro
275 280 285
Arg Pro Thr Arg Ser Thr Pro Ser Lys Thr Ala Thr Glu Asn Asn Lys
290 295 300
Arg Thr Thr Thr Thr Lys Arg Pro Asn Thr Ala Ser Thr Asp Ser Arg
305 310 315 320
Gln Gln Thr Arg Thr Thr Ala Glu Gln Asp Gln Gln Thr Gln Thr Arg
325 330 335
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340 345 350
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355 360 365
Asp Lys Thr Thr Arg Asp Pro Ser Ser Lys Thr Pro Thr Glu Gln Glu
370 375 380
Asp Ala Ser Lys Gly Thr Ala Ala Ala Asn Pro Gly Gly Ser Ala Glu
385 390 395 400
Ala Asp Arg Arg Ala Pro Pro Ala Thr Thr Pro Thr Gly Arg Thr Thr
405 410 415
Glu Ser Ala Ala Gly Thr Thr Gly Asp Asp Ser Gly Ala Glu Thr Thr
420 425 430
Arg Arg Arg Ser Ala Ala Asp Arg Arg Pro Thr Gly Gly Ser Thr Ala
435 440 445
Ala Glu Ala Gly Thr Ala Gln Ser Gly Arg Ala Thr Pro Lys Gln Pro
450 455 460
Ser Gly Gly Thr Ala Ala Gly Asn Thr Ala Pro Pro Asn Asn Glu Ser
465 470 475 480
Ser Gly Arg Ala Asp Ala Ala Pro Ala Glu Glu Ala Gly Val Gly Pro
485 490 495
Ser Ile Arg Arg Gly Arg His Ala Cys Gly Pro Arg Arg Glu Ser Ala
500 505 510
Pro Glu His Pro Thr Asn Pro Cys Pro Gly Asp Gly Thr Ala Trp Thr
515 520 525
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530 535 540
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545 550 555 560
Arg Gly Arg Ala Glu Arg Thr Arg Gly Gly Gly Ala Gly Pro Pro Ser
565 570 575
Cys Arg Cys Gly Ser His Asn Arg Ser
580 585
<210> 128
<211> 389
<212> PRT
<213> Avian metapneumovirus type D
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 128
Met Gly Ala Lys Leu Tyr Ala Ile Ser Gly Ala Ser Asp Ala Gln Leu
1 5 10 15
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225 230 235 240
His Pro Pro Thr Thr Thr Ser Gln Asp Gln Ser Thr Glu Thr Ala Asp
245 250 255
Gly Gln Glu His Thr Pro Thr Arg Lys Thr Pro Thr Ala Thr Ser Asn
260 265 270
Arg Arg Ser Pro Thr Pro Lys Arg Gln Glu Thr Gly Arg Ala Thr Pro
275 280 285
Arg Asn Thr Ala Thr Thr Gln Ser Gly Ser Ser Pro Pro His Ser Ser
290 295 300
Pro Pro Gly Val Asp Ala Asn Met Glu Gly Gln Cys Lys Glu Leu Gln
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Ala Pro Lys Pro Asn Ser Val Cys Lys Gly Leu Asp Ile Tyr Arg Glu
325 330 335
Ala Leu Pro Arg Gly Cys Asp Lys Val Leu Pro Leu Cys Lys Thr Ser
340 345 350
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355 360 365
Gly Tyr Asn Gln Arg Cys Phe Cys Met Glu Thr Phe Gly Pro Ile Glu
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Phe Cys Cys Lys Ser
385
<210> 129
<211> 197
<212> PRT
<213> Respiratory syncytial virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 129
Met Ser Lys Asn Lys Asn Gln Arg Thr Ala Arg Thr Leu Glu Lys Thr
1 5 10 15
Trp Asp Thr Leu Asn His Leu Ile Val Ile Ser Ser Cys Leu Tyr Lys
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Ile Ile Ser Thr Ser Leu Ile Ile Ala Ala Ile Ile Phe Ile Ile Ser
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Thr Asn Ser Ala Thr Ile Ser Pro Asn Thr Lys Ser Glu Ile His His
115 120 125
Thr Thr Ala Gln Thr Lys Gly Arg Thr Ser Thr Pro Thr Gln Asn Asn
130 135 140
Lys Pro Asn Thr Lys Pro Arg Pro Lys Asn Pro Pro Lys Lys Asp Asp
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Tyr His Phe Glu Val Phe Asn Phe Val Pro Cys Ser Ile Cys Gly Asn
165 170 175
Asn Gln Leu Cys Lys Ser Ile Cys Lys Thr Ile Pro Ser Asn Lys Pro
180 185 190
Arg Lys Asn Gln Pro
195
<210> 130
<211> 580
<212> PRT
<213> Avian paramyxovirus 14
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase protein
<400> 130
Met Glu Gly Ser Arg Thr Val Ile Tyr Gln Gly Asp Pro Asn Glu Lys
1 5 10 15
Asn Thr Trp Arg Leu Val Phe Arg Thr Leu Thr Leu Ile Leu Asn Leu
20 25 30
Ala Ile Leu Ser Val Thr Ile Ala Ser Ile Ile Ile Thr Ser Lys Ile
35 40 45
Thr Leu Ser Glu Val Thr Thr Leu Lys Thr Glu Gly Val Glu Glu Val
50 55 60
Ile Thr Pro Leu Met Ala Thr Leu Ser Asp Ser Val Gln Gln Glu Lys
65 70 75 80
Met Ile Tyr Lys Glu Val Ala Ile Ser Ile Pro Leu Val Leu Asp Lys
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Ile Gln Thr Asp Val Gly Thr Ser Val Ala Gln Ile Thr Asp Ala Leu
100 105 110
Arg Gln Ile Gln Gly Val Asn Gly Thr Gln Ala Phe Ala Leu Ser Asn
115 120 125
Ala Pro Glu Tyr Ser Gly Gly Ile Glu Val Pro Leu Phe Gln Ile Asp
130 135 140
Ser Phe Val Asn Lys Ser Met Ser Ile Ser Gly Leu Leu Glu His Ala
145 150 155 160
Ser Phe Ile Pro Ser Pro Thr Thr Leu His Gly Cys Thr Arg Ile Pro
165 170 175
Ser Phe His Leu Gly Pro Arg His Trp Cys Tyr Thr His Asn Ile Ile
180 185 190
Gly Ser Arg Cys Arg Asp Glu Gly Phe Ser Ser Met Tyr Ile Ser Ile
195 200 205
Gly Ala Ile Thr Val Asn Arg Asp Gly Asn Pro Leu Phe Ile Thr Thr
210 215 220
Ala Ser Thr Ile Leu Ala Asp Asp Asn Asn Arg Lys Ser Cys Ser Ile
225 230 235 240
Ile Ala Ser Ser Tyr Gly Cys Asp Leu Leu Cys Ser Ile Val Thr Glu
245 250 255
Ser Glu Asn Asp Asp Tyr Ala Asn Pro Asn Pro Thr Lys Met Val His
260 265 270
Gly Arg Phe Leu Tyr Asn Gly Ser Tyr Val Glu Gln Ala Leu Pro Asn
275 280 285
Ser Leu Phe Gln Asp Lys Trp Val Ala Gln Tyr Pro Gly Val Gly Ser
290 295 300
Gly Ile Thr Thr His Gly Lys Val Leu Phe Pro Ile Tyr Gly Gly Ile
305 310 315 320
Lys Lys Asn Thr Gln Leu Phe Tyr Glu Leu Ser Lys Tyr Gly Phe Phe
325 330 335
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Ser Trp Trp Pro Val Gly Ile Val Tyr Lys Lys Ser Leu Ala Glu Leu
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565 570 575
Pro Pro Pro Lys
580
<210> 131
<211> 1046
<212> PRT
<213> Beilong virus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> attachment glycoprotein
<400> 131
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305 310 315 320
Ser Val Tyr Phe Ser Val Gly Ser Gly Val Val Val Gly Asp Thr Val
325 330 335
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340 345 350
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355 360 365
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610 615
<210> 133
<211> 576
<212> PRT
<213> Atlantic salmon paramyxovirus
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> hemagglutinin-neuraminidase protein
<400> 133
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Tyr Ala Tyr Thr Ser Asn Leu Ile Ala Ser Gly Cys Gln Asp Ile Gly
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405 410 415
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565 570 575
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<212> PRT
<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> SYNE1
<400> 134
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Val Val Asp Asp Leu Phe Glu Asp Met Lys Asp Gly Val Lys Leu Leu
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Ala Leu Leu Glu Val Leu Ser Gly Gln Lys Leu Pro Cys Glu Gln Gly
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Arg Arg Met Lys Arg Ile His Ala Val Ala Asn Ile Gly Thr Ala Leu
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Lys Phe Leu Glu Gly Arg Lys Ile Lys Leu Val Asn Ile Asn Ser Thr
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Asp Ile Ala Asp Gly Arg Pro Ser Ile Val Leu Gly Leu Met Trp Thr
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Ile Ile Leu Tyr Phe Gln Ile Glu Glu Leu Thr Ser Asn Leu Pro Gln
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Leu Gln Ser Leu Ser Ser Ser Ala Ser Ser Val Asp Ser Ile Val Ser
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Ser Glu Thr Pro Ser Pro Pro Ser Lys Arg Lys Val Thr Thr Lys Ile
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Gln Gly Asn Ala Lys Lys Ala Leu Leu Lys Trp Val Gln Tyr Thr Ala
180 185 190
Gly Lys Gln Thr Gly Ile Glu Val Lys Asp Phe Gly Lys Ser Trp Arg
195 200 205
Ser Gly Val Ala Phe His Ser Val Ile His Ala Ile Arg Pro Glu Leu
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Asp Ala Phe Thr Ile Ala Glu Thr Glu Leu Gly Ile Pro Arg Leu Leu
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260 265 270
Thr Tyr Val Ala Gln Phe Leu Lys His Tyr Pro Asp Ile His Asn Ala
275 280 285
Ser Thr Asp Gly Gln Glu Asp Asp Glu Ile Leu Pro Gly Phe Pro Ser
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Phe Ala Asn Ser Val Gln Asn Phe Lys Arg Glu Asp Arg Val Ile Phe
305 310 315 320
Lys Glu Met Lys Val Trp Ile Glu Gln Phe Glu Arg Asp Leu Thr Arg
325 330 335
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355 360 365
Ile Gln Pro Leu His Arg Asp Gly Lys Leu Ser Leu Asp Gln Ala Leu
370 375 380
Val Lys Gln Ser Trp Asp Arg Val Thr Ser Arg Leu Phe Asp Trp His
385 390 395 400
Ile Gln Leu Asp Lys Ser Leu Pro Ala Pro Leu Gly Thr Ile Gly Ala
405 410 415
Trp Leu Tyr Arg Ala Glu Val Ala Leu Arg Glu Glu Ile Thr Val Gln
420 425 430
Gln Val His Glu Glu Thr Ala Asn Thr Ile Gln Arg Lys Leu Glu Gln
435 440 445
His Lys Asp Leu Leu Gln Asn Thr Asp Ala His Lys Arg Ala Phe His
450 455 460
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Leu Ser Leu Leu Val Leu Ala Glu Ser Lys Leu Lys Ser Trp Ile Ile
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Lys Tyr Gly Arg Arg Glu Ser Val Glu Gln Leu Leu Gln Asn Tyr Val
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Ser Phe Ile Glu Asn Ser Lys Phe Phe Glu Gln Tyr Glu Val Thr Tyr
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565 570 575
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580 585 590
Gln Trp Arg Asn Leu Ser Val Glu Val Arg Ser Val Arg Ser Met Leu
595 600 605
Glu Glu Val Ile Ser Asn Trp Asp Arg Tyr Gly Asn Thr Val Ala Ser
610 615 620
Leu Gln Ala Trp Leu Glu Asp Ala Glu Lys Met Leu Asn Gln Ser Glu
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675 680 685
Arg Trp Arg Glu Leu Phe Met Glu Val Lys Gln Tyr Ala Gln Ala Asp
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Glu Met Asp Arg Met Lys Lys Glu Tyr Thr Asp Cys Val Val Thr Leu
705 710 715 720
Ser Ala Phe Ala Thr Glu Ala His Lys Lys Leu Ser Glu Pro Leu Glu
725 730 735
Val Ser Phe Met Asn Val Lys Leu Leu Ile Gln Asp Leu Glu Asp Ile
740 745 750
Glu Gln Arg Val Pro Val Met Asp Ala Gln Tyr Lys Ile Ile Thr Lys
755 760 765
Thr Ala His Leu Ile Thr Lys Glu Ser Pro Gln Glu Glu Gly Lys Glu
770 775 780
Met Phe Ala Thr Met Ser Lys Leu Lys Glu Gln Leu Thr Lys Val Lys
785 790 795 800
Glu Cys Tyr Ser Pro Leu Leu Tyr Glu Ser Gln Gln Leu Leu Ile Pro
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Leu Glu Glu Leu Glu Lys Gln Met Thr Ser Phe Tyr Asp Ser Leu Gly
820 825 830
Lys Ile Asn Glu Ile Ile Thr Val Leu Glu Arg Glu Ala Gln Ser Ser
835 840 845
Ala Leu Phe Lys Gln Lys His Gln Glu Leu Leu Ala Cys Gln Glu Asn
850 855 860
Cys Lys Lys Thr Leu Thr Leu Ile Glu Lys Gly Ser Gln Ser Val Gln
865 870 875 880
Lys Phe Val Thr Leu Ser Asn Val Leu Lys His Phe Asp Gln Thr Arg
885 890 895
Leu Gln Arg Gln Ile Ala Asp Ile His Val Ala Phe Gln Ser Met Val
900 905 910
Lys Lys Thr Gly Asp Trp Lys Lys His Val Glu Thr Asn Ser Arg Leu
915 920 925
Met Lys Lys Phe Glu Glu Ser Arg Ala Glu Leu Glu Lys Val Leu Arg
930 935 940
Ile Ala Gln Glu Gly Leu Glu Glu Lys Gly Asp Pro Glu Glu Leu Leu
945 950 955 960
Arg Arg His Thr Glu Phe Phe Ser Gln Leu Asp Gln Arg Val Leu Asn
965 970 975
Ala Phe Leu Lys Ala Cys Asp Glu Leu Thr Asp Ile Leu Pro Glu Gln
980 985 990
Glu Gln Gln Gly Leu Gln Glu Ala Val Arg Lys Leu His Lys Gln Trp
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1310 1315 1320
Leu Glu Arg Ser Arg Glu Arg Gln Glu Arg Arg Ile Gln Val Thr
1325 1330 1335
Leu Arg Lys Trp Glu Arg Phe Glu Thr Asn Lys Glu Thr Val Val
1340 1345 1350
Arg Tyr Leu Phe Gln Thr Gly Ser Ser His Glu Arg Phe Leu Ser
1355 1360 1365
Phe Ser Ser Leu Glu Ser Leu Ser Ser Glu Leu Glu Gln Thr Lys
1370 1375 1380
Glu Phe Ser Lys Arg Thr Glu Ser Ile Ala Val Gln Ala Glu Asn
1385 1390 1395
Leu Val Lys Glu Ala Ser Glu Ile Pro Leu Gly Pro Gln Asn Lys
1400 1405 1410
Gln Leu Leu Gln Gln Gln Ala Lys Ser Ile Lys Glu Gln Val Lys
1415 1420 1425
Lys Leu Glu Asp Thr Leu Glu Glu Asp Ile Lys Thr Met Glu Met
1430 1435 1440
Val Lys Thr Lys Trp Asp His Phe Gly Ser Asn Phe Glu Thr Leu
1445 1450 1455
Ser Val Trp Ile Thr Glu Lys Glu Lys Glu Leu Asn Ala Leu Glu
1460 1465 1470
Thr Ser Ser Ser Ala Met Asp Met Gln Ile Ser Gln Ile Lys Val
1475 1480 1485
Thr Ile Gln Glu Ile Glu Ser Lys Leu Ser Ser Ile Val Gly Leu
1490 1495 1500
Glu Glu Glu Ala Gln Ser Phe Ala Gln Phe Val Thr Thr Gly Glu
1505 1510 1515
Ser Ala Arg Ile Lys Ala Lys Leu Thr Gln Ile Arg Arg Tyr Gly
1520 1525 1530
Glu Glu Leu Arg Glu His Ala Gln Cys Leu Glu Gly Thr Ile Leu
1535 1540 1545
Gly His Leu Ser Gln Gln Gln Lys Phe Glu Glu Asn Leu Arg Lys
1550 1555 1560
Ile Gln Gln Ser Val Ser Glu Phe Glu Asp Lys Leu Ala Val Pro
1565 1570 1575
Ile Lys Ile Cys Ser Ser Ala Thr Glu Thr Tyr Lys Val Leu Gln
1580 1585 1590
Glu His Met Asp Leu Cys Gln Ala Leu Glu Ser Leu Ser Ser Ala
1595 1600 1605
Ile Thr Ala Phe Ser Ala Ser Ala Arg Lys Val Val Asn Arg Asp
1610 1615 1620
Ser Cys Val Gln Glu Ala Ala Ala Leu Gln Gln Gln Tyr Glu Asp
1625 1630 1635
Ile Leu Arg Arg Ala Lys Glu Arg Gln Thr Ala Leu Glu Asn Leu
1640 1645 1650
Leu Ala His Trp Gln Arg Leu Glu Lys Glu Leu Ser Ser Phe Leu
1655 1660 1665
Thr Trp Leu Glu Arg Gly Glu Ala Lys Ala Ser Ser Pro Glu Met
1670 1675 1680
Asp Ile Ser Ala Asp Arg Val Lys Val Glu Gly Glu Leu Gln Leu
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Ile Gln Ala Leu Gln Asn Glu Val Val Ser Gln Ala Ser Phe Tyr
1700 1705 1710
Ser Lys Leu Leu Gln Leu Lys Glu Ser Leu Phe Ser Val Ala Ser
1715 1720 1725
Lys Asp Asp Val Lys Met Met Lys Leu His Leu Glu Gln Leu Asp
1730 1735 1740
Glu Arg Trp Arg Asp Leu Pro Gln Ile Ile Asn Lys Arg Ile Asn
1745 1750 1755
Phe Leu Gln Ser Val Val Ala Glu His Gln Gln Phe Asp Glu Leu
1760 1765 1770
Leu Leu Ser Phe Ser Val Trp Ile Lys Leu Phe Leu Ser Glu Leu
1775 1780 1785
Gln Thr Thr Ser Glu Ile Ser Ile Met Asp His Gln Val Ala Leu
1790 1795 1800
Thr Arg His Lys Asp His Ala Ala Glu Val Glu Ser Lys Lys Gly
1805 1810 1815
Glu Leu Gln Ser Leu Gln Gly His Leu Ala Lys Leu Gly Ser Leu
1820 1825 1830
Gly Arg Ala Glu Asp Leu His Leu Leu Gln Gly Lys Ala Glu Asp
1835 1840 1845
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1850 1855 1860
Gln Leu Ala Leu Ser His Leu Ala Glu Phe Leu Gln Ser His Ala
1865 1870 1875
Ser Leu Ser Gly Ile Leu Arg Gln Leu Arg Gln Thr Val Glu Ala
1880 1885 1890
Thr Asn Ser Met Asn Lys Asn Glu Ser Asp Leu Ile Glu Lys Asp
1895 1900 1905
Leu Asn Asp Ala Leu Gln Asn Ala Lys Ala Leu Glu Ser Ala Ala
1910 1915 1920
Val Ser Leu Asp Gly Ile Leu Ser Lys Ala Gln Tyr His Leu Lys
1925 1930 1935
Ile Gly Ser Ser Glu Gln Arg Thr Ser Cys Arg Ala Thr Ala Asp
1940 1945 1950
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1955 1960 1965
Lys Gln Ser Glu Ala Asp Ala Leu Ala Val Leu Lys Lys Ala Phe
1970 1975 1980
Gln Asp Gln Lys Glu Glu Leu Leu Lys Ser Ile Glu Asp Ile Glu
1985 1990 1995
Glu Arg Thr Asp Lys Glu Arg Leu Lys Glu Pro Thr Arg Gln Ala
2000 2005 2010
Leu Gln Gln Arg Leu Arg Val Phe Asn Gln Leu Glu Asp Glu Leu
2015 2020 2025
Asn Ser His Glu His Glu Leu Cys Trp Leu Lys Asp Lys Ala Lys
2030 2035 2040
Gln Ile Ala Gln Lys Asp Val Ala Phe Ala Pro Glu Val Asp Arg
2045 2050 2055
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2060 2065 2070
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2090 2095 2100
Asn Ala Ser Ser Val Ile Val Thr Arg Thr Thr Ile Lys Asp Gln
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Gly Lys His Leu Leu Ser Glu Leu Lys Lys Ile His Ser Ser Asp
2150 2155 2160
Phe Ser Leu Val Lys Thr Asp Met Glu Ser Thr Val Asp Lys Trp
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Leu Asp Val Ser Glu Lys Leu Glu Glu Asn Met Asp Arg Leu Arg
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Val Ser Leu Ser Ile Trp Asp Asp Val Leu Ser Thr Arg Asp Glu
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Ile Ser Asn Leu Asp Asn His Leu Arg Ala Glu Glu Leu Leu Lys
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Glu Phe Glu Ser Glu Val Lys Asn Lys Ala Leu Arg Leu Glu Glu
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Leu His Ser Lys Val Asn Asp Leu Lys Glu Leu Thr Lys Asn Leu
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2270 2275 2280
Lys Leu Glu His Ala Lys Glu Ile Thr Glu Val Ala Lys Gly Thr
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Leu Lys Asp Phe Thr Ala Gln Ser Thr Gln Val Glu Lys Phe Ile
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Asn Asp Ile Thr Thr Trp Phe Thr Lys Val Glu Glu Ser Leu Met
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Asn Cys Ala Gln Asn Glu Thr Cys Glu Ala Leu Lys Lys Val Lys
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2390 2395 2400
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Gln Glu Trp Phe Leu Gly Ala Lys Ala Ala Ala Lys Glu Ser Ser
2420 2425 2430
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Asp Ala Val Thr Gln Glu Gly Gln Thr Leu Tyr Ala His Leu Ser
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2660 2665 2670
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2765 2770 2775
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2780 2785 2790
Ile Ala Lys Ser Arg Glu Leu Tyr Glu Lys Thr Glu Asp Glu Ser
2795 2800 2805
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2810 2815 2820
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2825 2830 2835
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2840 2845 2850
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2870 2875 2880
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2885 2890 2895
Arg Val Glu Ser Leu Ala Pro Glu Val Lys Gln Asn Thr Thr Ala
2900 2905 2910
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2960 2965 2970
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2990 2995 3000
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3380 3385 3390
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3440 3445 3450
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3455 3460 3465
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3470 3475 3480
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3590 3595 3600
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Gln Asp Leu Cys Ser Ile Gly Lys Glu His Val Phe Ser Leu Glu
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3980 3985 3990
Cys Ala Asp His Leu Gln Ala Lys Leu Lys Gln Asn Val His Ala
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4010 4015 4020
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4025 4030 4035
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4040 4045 4050
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Leu Met Asp His Leu Ala Ile Cys Ser Glu Leu Glu Ala Lys Gln
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Met Leu Leu Lys Ser Leu Ile Lys Asp Ala Asp Arg Val Met Ala
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Asp Ala Gln Ser His Val Asn Cys Leu Ser Asp Leu Val Gly Gln
4430 4435 4440
Arg Arg Lys Tyr Leu Asn Lys Ala Leu Ser Glu Lys Thr Gln Phe
4445 4450 4455
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Arg Lys Ile Met Phe Arg Glu His Ile Cys Leu Leu Pro Asp Asp
4475 4480 4485
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Lys Thr Tyr Gln Asn Glu Val Thr Gly Leu Trp Ala Gln Gly Arg
4505 4510 4515
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Gly Lys Leu Gln Glu Leu Gln Ser Val Tyr Asp Ser Val Leu Gln
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Lys Cys Ser His Arg Leu Gln Glu Leu Glu Lys Asn Leu Val Ser
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Arg Lys His Phe Lys Glu Asp Phe Asp Lys Ala Cys His Trp Leu
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4625 4630 4635
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Ile Arg Lys Ile Gln Ile His Gln Glu Glu Val Gln Ser Ser Leu
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Arg Ile Met Asn Ala Leu Ser His Lys Glu Lys Glu Lys Phe Thr
4940 4945 4950
Lys Ala Lys Glu Leu Ile Ser Ala Asp Leu Glu His Ser Leu Ala
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Glu Leu Ser Glu Leu Asp Gly Asp Ile Gln Glu Ala Leu Arg Thr
4970 4975 4980
Arg Gln Ala Thr Leu Thr Glu Ile Tyr Ser Gln Cys Gln Arg Tyr
4985 4990 4995
Tyr Gln Val Phe Gln Ala Ala Asn Asp Trp Leu Glu Asp Ala Gln
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Glu Leu Leu Gln Leu Ala Gly Asn Gly Leu Asp Val Glu Ser Ala
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Glu Glu Asn Leu Lys Ser His Met Glu Phe Phe Ser Thr Glu Asp
5030 5035 5040
Gln Phe His Ser Asn Leu Glu Glu Leu His Ser Leu Val Ala Thr
5045 5050 5055
Leu Asp Pro Leu Ile Lys Pro Thr Gly Lys Glu Asp Leu Glu Gln
5060 5065 5070
Lys Val Ala Ser Leu Glu Leu Arg Ser Gln Arg Met Ser Arg Asp
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Ser Gly Ala Gln Val Asp Leu Leu Gln Arg Cys Thr Ala Gln Trp
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His Asp Tyr Gln Lys Ala Arg Glu Glu Val Ile Glu Leu Met Asn
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Ser Ser His Glu Ala Glu Glu Lys Leu Ser Glu His Lys Ala Leu
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Val Ser Val Val Asn Ser Phe His Glu Lys Ile Val Ala Leu Glu
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Asn Leu Lys Leu Thr Leu Leu Ser Asn Gln Trp Gln Gly Val Ile
7535 7540 7545
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<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> SETX
<400> 135
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<211> 635
<212> PRT
<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> SLC6A8
<400> 137
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Leu Cys Tyr Lys Asn Gly Gly Gly Val Phe Leu Ile Pro Tyr Val Leu
85 90 95
Ile Ala Leu Val Gly Gly Ile Pro Ile Phe Phe Leu Glu Ile Ser Leu
100 105 110
Gly Gln Phe Met Lys Ala Gly Ser Ile Asn Val Trp Asn Ile Cys Pro
115 120 125
Leu Phe Lys Gly Leu Gly Tyr Ala Ser Met Val Ile Val Phe Tyr Cys
130 135 140
Asn Thr Tyr Tyr Ile Met Val Leu Ala Trp Gly Phe Tyr Tyr Leu Val
145 150 155 160
Lys Ser Phe Thr Thr Thr Leu Pro Trp Ala Thr Cys Gly His Thr Trp
165 170 175
Asn Thr Pro Asp Cys Val Glu Ile Phe Arg His Glu Asp Cys Ala Asn
180 185 190
Ala Ser Leu Ala Asn Leu Thr Cys Asp Gln Leu Ala Asp Arg Arg Ser
195 200 205
Pro Val Ile Glu Phe Trp Glu Asn Lys Val Leu Arg Leu Ser Gly Gly
210 215 220
Leu Glu Val Pro Gly Ala Leu Asn Trp Glu Val Thr Leu Cys Leu Leu
225 230 235 240
Ala Cys Trp Val Leu Val Tyr Phe Cys Val Trp Lys Gly Val Lys Ser
245 250 255
Thr Gly Lys Ile Val Tyr Phe Thr Ala Thr Phe Pro Tyr Val Val Leu
260 265 270
Val Val Leu Leu Val Arg Gly Val Leu Leu Pro Gly Ala Leu Asp Gly
275 280 285
Ile Ile Tyr Tyr Leu Lys Pro Asp Trp Ser Lys Leu Gly Ser Pro Gln
290 295 300
Val Trp Ile Asp Ala Gly Thr Gln Ile Phe Phe Ser Tyr Ala Ile Gly
305 310 315 320
Leu Gly Ala Leu Thr Ala Leu Gly Ser Tyr Asn Arg Phe Asn Asn Asn
325 330 335
Cys Tyr Lys Asp Ala Ile Ile Leu Ala Leu Ile Asn Ser Gly Thr Ser
340 345 350
Phe Phe Ala Gly Phe Val Val Phe Ser Ile Leu Gly Phe Met Ala Ala
355 360 365
Glu Gln Gly Val His Ile Ser Lys Val Ala Glu Ser Gly Pro Gly Leu
370 375 380
Ala Phe Ile Ala Tyr Pro Arg Ala Val Thr Leu Met Pro Val Ala Pro
385 390 395 400
Leu Trp Ala Ala Leu Phe Phe Phe Met Leu Leu Leu Leu Gly Leu Asp
405 410 415
Ser Gln Phe Val Gly Val Glu Gly Phe Ile Thr Gly Leu Leu Asp Leu
420 425 430
Leu Pro Ala Ser Tyr Tyr Phe Arg Phe Gln Arg Glu Ile Ser Val Ala
435 440 445
Leu Cys Cys Ala Leu Cys Phe Val Ile Asp Leu Ser Met Val Thr Asp
450 455 460
Gly Gly Met Tyr Val Phe Gln Leu Phe Asp Tyr Tyr Ser Ala Ser Gly
465 470 475 480
Thr Thr Leu Leu Trp Gln Ala Phe Trp Glu Cys Val Val Val Ala Trp
485 490 495
Val Tyr Gly Ala Asp Arg Phe Met Asp Asp Ile Ala Cys Met Ile Gly
500 505 510
Tyr Arg Pro Cys Pro Trp Met Lys Trp Cys Trp Ser Phe Phe Thr Pro
515 520 525
Leu Val Cys Met Gly Ile Phe Ile Phe Asn Val Val Tyr Tyr Glu Pro
530 535 540
Leu Val Tyr Asn Asn Thr Tyr Val Tyr Pro Trp Trp Gly Glu Ala Met
545 550 555 560
Gly Trp Ala Phe Ala Leu Ser Ser Met Leu Cys Val Pro Leu His Leu
565 570 575
Leu Gly Cys Leu Leu Arg Ala Lys Gly Thr Met Ala Glu Arg Trp Gln
580 585 590
His Leu Thr Gln Pro Ile Trp Gly Leu His His Leu Glu Tyr Arg Ala
595 600 605
Gln Asp Ala Asp Val Arg Gly Leu Thr Thr Leu Thr Pro Val Ser Glu
610 615 620
Ser Ser Lys Val Val Val Val Glu Ser Val Met
625 630 635
<210> 138
<211> 875
<212> PRT
<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> UBE3A
<400> 138
Met Glu Lys Leu His Gln Cys Tyr Trp Lys Ser Gly Glu Pro Gln Ser
1 5 10 15
Asp Asp Ile Glu Ala Ser Arg Met Lys Arg Ala Ala Ala Lys His Leu
20 25 30
Ile Glu Arg Tyr Tyr His Gln Leu Thr Glu Gly Cys Gly Asn Glu Ala
35 40 45
Cys Thr Asn Glu Phe Cys Ala Ser Cys Pro Thr Phe Leu Arg Met Asp
50 55 60
Asn Asn Ala Ala Ala Ile Lys Ala Leu Glu Leu Tyr Lys Ile Asn Ala
65 70 75 80
Lys Leu Cys Asp Pro His Pro Ser Lys Lys Gly Ala Ser Ser Ala Tyr
85 90 95
Leu Glu Asn Ser Lys Gly Ala Pro Asn Asn Ser Cys Ser Glu Ile Lys
100 105 110
Met Asn Lys Lys Gly Ala Arg Ile Asp Phe Lys Asp Val Thr Tyr Leu
115 120 125
Thr Glu Glu Lys Val Tyr Glu Ile Leu Glu Leu Cys Arg Glu Arg Glu
130 135 140
Asp Tyr Ser Pro Leu Ile Arg Val Ile Gly Arg Val Phe Ser Ser Ala
145 150 155 160
Glu Ala Leu Val Gln Ser Phe Arg Lys Val Lys Gln His Thr Lys Glu
165 170 175
Glu Leu Lys Ser Leu Gln Ala Lys Asp Glu Asp Lys Asp Glu Asp Glu
180 185 190
Lys Glu Lys Ala Ala Cys Ser Ala Ala Ala Met Glu Glu Asp Ser Glu
195 200 205
Ala Ser Ser Ser Arg Ile Gly Asp Ser Ser Gln Gly Asp Asn Asn Leu
210 215 220
Gln Lys Leu Gly Pro Asp Asp Val Ser Val Asp Ile Asp Ala Ile Arg
225 230 235 240
Arg Val Tyr Thr Arg Leu Leu Ser Asn Glu Lys Ile Glu Thr Ala Phe
245 250 255
Leu Asn Ala Leu Val Tyr Leu Ser Pro Asn Val Glu Cys Asp Leu Thr
260 265 270
Tyr His Asn Val Tyr Ser Arg Asp Pro Asn Tyr Leu Asn Leu Phe Ile
275 280 285
Ile Val Met Glu Asn Arg Asn Leu His Ser Pro Glu Tyr Leu Glu Met
290 295 300
Ala Leu Pro Leu Phe Cys Lys Ala Met Ser Lys Leu Pro Leu Ala Ala
305 310 315 320
Gln Gly Lys Leu Ile Arg Leu Trp Ser Lys Tyr Asn Ala Asp Gln Ile
325 330 335
Arg Arg Met Met Glu Thr Phe Gln Gln Leu Ile Thr Tyr Lys Val Ile
340 345 350
Ser Asn Glu Phe Asn Ser Arg Asn Leu Val Asn Asp Asp Asp Ala Ile
355 360 365
Val Ala Ala Ser Lys Cys Leu Lys Met Val Tyr Tyr Ala Asn Val Val
370 375 380
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Gly Val Lys Thr Leu Asp Cys Arg Lys Pro Leu Ile Pro Phe Glu Glu
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Pro Phe Ile Leu Asn Ala Val Thr Lys Asn Leu Gly Leu Tyr Tyr Asp
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Ala Ile Thr Tyr Ala Lys Gly Phe Gly Met Leu
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<210> 139
<211> 154
<212> PRT
<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> SOD1
<400> 139
Met Ala Thr Lys Ala Val Cys Val Leu Lys Gly Asp Gly Pro Val Gln
1 5 10 15
Gly Ile Ile Asn Phe Glu Gln Lys Glu Ser Asn Gly Pro Val Lys Val
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Ile Ile Gly Arg Thr Leu Val Val His Glu Lys Ala Asp Asp Leu Gly
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Leu Ala Cys Gly Val Ile Gly Ile Ala Gln
145 150
<210> 140
<211> 414
<212> PRT
<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> TDP43
<400> 140
Met Ser Glu Tyr Ile Arg Val Thr Glu Asp Glu Asn Asp Glu Pro Ile
1 5 10 15
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20 25 30
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35 40 45
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50 55 60
Asp Ala Gly Trp Gly Asn Leu Val Tyr Val Val Asn Tyr Pro Lys Asp
65 70 75 80
Asn Lys Arg Lys Met Asp Glu Thr Asp Ala Ser Ser Ala Val Lys Val
85 90 95
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195 200 205
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225 230 235 240
Gln Ser Leu Cys Gly Glu Asp Leu Ile Ile Lys Gly Ile Ser Val His
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275 280 285
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Phe Gly Ser Ser Met Asp Ser Lys Ser Ser Gly Trp Gly Met
405 410
<210> 141
<211> 481
<212> PRT
<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> C9orf72
<400> 141
Met Ser Thr Leu Cys Pro Pro Pro Ser Pro Ala Val Ala Lys Thr Glu
1 5 10 15
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Asp Val Lys Phe Phe Val Leu Ser Glu Lys Gly Val Ile Ile Val Ser
85 90 95
Leu Ile Phe Asp Gly Asn Trp Asn Gly Asp Arg Ser Thr Tyr Gly Leu
100 105 110
Ser Ile Ile Leu Pro Gln Thr Glu Leu Ser Phe Tyr Leu Pro Leu His
115 120 125
Arg Val Cys Val Asp Arg Leu Thr His Ile Ile Arg Lys Gly Arg Ile
130 135 140
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Gly Thr Glu Arg Met Glu Asp Gln Gly Gln Ser Ile Ile Pro Met Leu
165 170 175
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195 200 205
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Ser Ser His Leu Gln Thr Cys Gly Cys Ser Val Val Val Gly Ser Ser
225 230 235 240
Ala Glu Lys Val Asn Lys Ile Val Arg Thr Leu Cys Leu Phe Leu Thr
245 250 255
Pro Ala Glu Arg Lys Cys Ser Arg Leu Cys Glu Ala Glu Ser Ser Phe
260 265 270
Lys Tyr Glu Ser Gly Leu Phe Val Gln Gly Leu Leu Lys Asp Ser Thr
275 280 285
Gly Ser Phe Val Leu Pro Phe Arg Gln Val Met Tyr Ala Pro Tyr Pro
290 295 300
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305 310 315 320
Cys His Glu His Ile Tyr Asn Gln Arg Arg Tyr Met Arg Ser Glu Leu
325 330 335
Thr Ala Phe Trp Arg Ala Thr Ser Glu Glu Asp Met Ala Gln Asp Thr
340 345 350
Ile Ile Tyr Thr Asp Glu Ser Phe Thr Pro Asp Leu Asn Ile Phe Gln
355 360 365
Asp Val Leu His Arg Asp Thr Leu Val Lys Ala Phe Leu Asp Gln Val
370 375 380
Phe Gln Leu Lys Pro Gly Leu Ser Leu Arg Ser Thr Phe Leu Ala Gln
385 390 395 400
Phe Leu Leu Val Leu His Arg Lys Ala Leu Thr Leu Ile Lys Tyr Ile
405 410 415
Glu Asp Asp Thr Gln Lys Gly Lys Lys Pro Phe Lys Ser Leu Arg Asn
420 425 430
Leu Lys Ile Asp Leu Asp Leu Thr Ala Glu Gly Asp Leu Asn Ile Ile
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Met Ala Leu Ala Glu Lys Ile Lys Pro Gly Leu His Ser Phe Ile Phe
450 455 460
Gly Arg Pro Phe Tyr Thr Ser Val Gln Glu Arg Asp Val Leu Met Thr
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Phe
<210> 142
<211> 210
<212> PRT
<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> FXN
<400> 142
Met Trp Thr Leu Gly Arg Arg Ala Val Ala Gly Leu Leu Ala Ser Pro
1 5 10 15
Ser Pro Ala Gln Ala Gln Thr Leu Thr Arg Val Pro Arg Pro Ala Glu
20 25 30
Leu Ala Pro Leu Cys Gly Arg Arg Gly Leu Arg Thr Asp Ile Asp Ala
35 40 45
Thr Cys Thr Pro Arg Arg Ala Ser Ser Asn Gln Arg Gly Leu Asn Gln
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Ile Trp Asn Val Lys Lys Gln Ser Val Tyr Leu Met Asn Leu Arg Lys
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Ser Gly Thr Leu Gly His Pro Gly Ser Leu Asp Glu Thr Thr Tyr Glu
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Arg Leu Ala Glu Glu Thr Leu Asp Ser Leu Ala Glu Phe Phe Glu Asp
100 105 110
Leu Ala Asp Lys Pro Tyr Thr Phe Glu Asp Tyr Asp Val Ser Phe Gly
115 120 125
Ser Gly Val Leu Thr Val Lys Leu Gly Gly Asp Leu Gly Thr Tyr Val
130 135 140
Ile Asn Lys Gln Thr Pro Asn Lys Gln Ile Trp Leu Ser Ser Pro Ser
145 150 155 160
Ser Gly Pro Lys Arg Tyr Asp Trp Thr Gly Lys Asn Trp Val Tyr Ser
165 170 175
His Asp Gly Val Ser Leu His Glu Leu Leu Ala Ala Glu Leu Thr Lys
180 185 190
Ala Leu Lys Thr Lys Leu Asp Leu Ser Ser Leu Ala Tyr Ser Gly Lys
195 200 205
Asp Ala
210
<210> 143
<211> 486
<212> PRT
<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> MECP2
<400> 143
Met Val Ala Gly Met Leu Gly Leu Arg Glu Glu Lys Ser Glu Asp Gln
1 5 10 15
Asp Leu Gln Gly Leu Lys Asp Lys Pro Leu Lys Phe Lys Lys Val Lys
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Lys Asp Lys Lys Glu Glu Lys Glu Gly Lys His Glu Pro Val Gln Pro
35 40 45
Ser Ala His His Ser Ala Glu Pro Ala Glu Ala Gly Lys Ala Glu Thr
50 55 60
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Ser Gly Arg Ser Ala Gly Lys Tyr Asp Val Tyr Leu Ile Asn Pro Gln
115 120 125
Gly Lys Ala Phe Arg Ser Lys Val Glu Leu Ile Ala Tyr Phe Glu Lys
130 135 140
Val Gly Asp Thr Ser Leu Asp Pro Asn Asp Phe Asp Phe Thr Val Thr
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Gly Arg Gly Ser Pro Ser Arg Arg Glu Gln Lys Pro Pro Lys Lys Pro
165 170 175
Lys Ser Pro Lys Ala Pro Gly Thr Gly Arg Gly Arg Gly Arg Pro Lys
180 185 190
Gly Ser Gly Thr Thr Arg Pro Lys Ala Ala Thr Ser Glu Gly Val Gln
195 200 205
Val Lys Arg Val Leu Glu Lys Ser Pro Gly Lys Leu Leu Val Lys Met
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Pro Phe Gln Thr Ser Pro Gly Gly Lys Ala Glu Gly Gly Gly Ala Thr
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Thr Ser Thr Gln Val Met Val Ile Lys Arg Pro Gly Arg Lys Arg Lys
245 250 255
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Gly Ser Val Val Ala Ala Ala Ala Ala Glu Ala Lys Lys Lys Ala Val
275 280 285
Lys Glu Ser Ser Ile Arg Ser Val Gln Glu Thr Val Leu Pro Ile Lys
290 295 300
Lys Arg Lys Thr Arg Glu Thr Val Ser Ile Glu Val Lys Glu Val Val
305 310 315 320
Lys Pro Leu Leu Val Ser Thr Leu Gly Glu Lys Ser Gly Lys Gly Leu
325 330 335
Lys Thr Cys Lys Ser Pro Gly Arg Lys Ser Lys Glu Ser Ser Pro Lys
340 345 350
Gly Arg Ser Ser Ser Ala Ser Ser Pro Pro Lys Lys Glu His His His
355 360 365
His His His His Ser Glu Ser Pro Lys Ala Pro Val Pro Leu Leu Pro
370 375 380
Pro Leu Pro Pro Pro Pro Pro Glu Pro Glu Ser Ser Glu Asp Pro Thr
385 390 395 400
Ser Pro Pro Glu Pro Gln Asp Leu Ser Ser Ser Val Cys Lys Glu Glu
405 410 415
Lys Met Pro Arg Gly Gly Ser Leu Glu Ser Asp Gly Cys Pro Lys Glu
420 425 430
Pro Ala Lys Thr Gln Pro Ala Val Ala Thr Ala Ala Thr Ala Ala Glu
435 440 445
Lys Tyr Lys His Arg Gly Glu Gly Glu Arg Lys Asp Ile Val Ser Ser
450 455 460
Ser Met Pro Arg Pro Asn Arg Glu Glu Pro Val Asp Ser Arg Thr Pro
465 470 475 480
Val Thr Glu Arg Val Ser
485
<210> 144
<211> 313
<212> PRT
<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> ASPA
<400> 144
Met Thr Ser Cys His Ile Ala Glu Glu His Ile Gln Lys Val Ala Ile
1 5 10 15
Phe Gly Gly Thr His Gly Asn Glu Leu Thr Gly Val Phe Leu Val Lys
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His Trp Leu Glu Asn Gly Ala Glu Ile Gln Arg Thr Gly Leu Glu Val
35 40 45
Lys Pro Phe Ile Thr Asn Pro Arg Ala Val Lys Lys Cys Thr Arg Tyr
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Ile Asp Cys Asp Leu Asn Arg Ile Phe Asp Leu Glu Asn Leu Gly Lys
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Lys Met Ser Glu Asp Leu Pro Tyr Glu Val Arg Arg Ala Gln Glu Ile
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Asn His Leu Phe Gly Pro Lys Asp Ser Glu Asp Ser Tyr Asp Ile Ile
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145 150 155 160
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165 170 175
Ile Glu Val Gly Pro Gln Pro Gln Gly Val Leu Arg Ala Asp Ile Leu
180 185 190
Asp Gln Met Arg Lys Met Ile Lys His Ala Leu Asp Phe Ile His His
195 200 205
Phe Asn Glu Gly Lys Glu Phe Pro Pro Cys Ala Ile Glu Val Tyr Lys
210 215 220
Ile Ile Glu Lys Val Asp Tyr Pro Arg Asp Glu Asn Gly Glu Ile Ala
225 230 235 240
Ala Ile Ile His Pro Asn Leu Gln Asp Gln Asp Trp Lys Pro Leu His
245 250 255
Pro Gly Asp Pro Met Phe Leu Thr Leu Asp Gly Lys Thr Ile Pro Leu
260 265 270
Gly Gly Asp Cys Thr Val Tyr Pro Val Phe Val Asn Glu Ala Ala Tyr
275 280 285
Tyr Glu Lys Lys Glu Ala Phe Ala Lys Thr Thr Lys Leu Thr Leu Asn
290 295 300
Ala Lys Ser Ile Arg Cys Cys Leu His
305 310
<210> 145
<211> 539
<212> PRT
<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> ALDH7A1
<400> 145
Met Trp Arg Leu Pro Arg Ala Leu Cys Val His Ala Ala Lys Thr Ser
1 5 10 15
Lys Leu Ser Gly Pro Trp Ser Arg Pro Ala Ala Phe Met Ser Thr Leu
20 25 30
Leu Ile Asn Gln Pro Gln Tyr Ala Trp Leu Lys Glu Leu Gly Leu Arg
35 40 45
Glu Glu Asn Glu Gly Val Tyr Asn Gly Ser Trp Gly Gly Arg Gly Glu
50 55 60
Val Ile Thr Thr Tyr Cys Pro Ala Asn Asn Glu Pro Ile Ala Arg Val
65 70 75 80
Arg Gln Ala Ser Val Ala Asp Tyr Glu Glu Thr Val Lys Lys Ala Arg
85 90 95
Glu Ala Trp Lys Ile Trp Ala Asp Ile Pro Ala Pro Lys Arg Gly Glu
100 105 110
Ile Val Arg Gln Ile Gly Asp Ala Leu Arg Glu Lys Ile Gln Val Leu
115 120 125
Gly Ser Leu Val Ser Leu Glu Met Gly Lys Ile Leu Val Glu Gly Val
130 135 140
Gly Glu Val Gln Glu Tyr Val Asp Ile Cys Asp Tyr Ala Val Gly Leu
145 150 155 160
Ser Arg Met Ile Gly Gly Pro Ile Leu Pro Ser Glu Arg Ser Gly His
165 170 175
Ala Leu Ile Glu Gln Trp Asn Pro Val Gly Leu Val Gly Ile Ile Thr
180 185 190
Ala Phe Asn Phe Pro Val Ala Val Tyr Gly Trp Asn Asn Ala Ile Ala
195 200 205
Met Ile Cys Gly Asn Val Cys Leu Trp Lys Gly Ala Pro Thr Thr Ser
210 215 220
Leu Ile Ser Val Ala Val Thr Lys Ile Ile Ala Lys Val Leu Glu Asp
225 230 235 240
Asn Lys Leu Pro Gly Ala Ile Cys Ser Leu Thr Cys Gly Gly Ala Asp
245 250 255
Ile Gly Thr Ala Met Ala Lys Asp Glu Arg Val Asn Leu Leu Ser Phe
260 265 270
Thr Gly Ser Thr Gln Val Gly Lys Gln Val Gly Leu Met Val Gln Glu
275 280 285
Arg Phe Gly Arg Ser Leu Leu Glu Leu Gly Gly Asn Asn Ala Ile Ile
290 295 300
Ala Phe Glu Asp Ala Asp Leu Ser Leu Val Val Pro Ser Ala Leu Phe
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Ala Ala Val Gly Thr Ala Gly Gln Arg Cys Thr Thr Ala Arg Arg Leu
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Phe Ile His Glu Ser Ile His Asp Glu Val Val Asn Arg Leu Lys Lys
340 345 350
Ala Tyr Ala Gln Ile Arg Val Gly Asn Pro Trp Asp Pro Asn Val Leu
355 360 365
Tyr Gly Pro Leu His Thr Lys Gln Ala Val Ser Met Phe Leu Gly Ala
370 375 380
Val Glu Glu Ala Lys Lys Glu Gly Gly Thr Val Val Tyr Gly Gly Lys
385 390 395 400
Val Met Asp Arg Pro Gly Asn Tyr Val Glu Pro Thr Ile Val Thr Gly
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Leu Gly His Asp Ala Ser Ile Ala His Thr Glu Thr Phe Ala Pro Ile
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Leu Tyr Val Phe Lys Phe Lys Asn Glu Glu Glu Val Phe Ala Trp Asn
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450 455 460
Gly Arg Ile Phe Arg Trp Leu Gly Pro Lys Gly Ser Asp Cys Gly Ile
465 470 475 480
Val Asn Val Asn Ile Pro Thr Ser Gly Ala Glu Ile Gly Gly Ala Phe
485 490 495
Gly Gly Glu Lys His Thr Gly Gly Gly Arg Glu Ser Gly Ser Asp Ala
500 505 510
Trp Lys Gln Tyr Met Arg Arg Ser Thr Cys Thr Ile Asn Tyr Ser Lys
515 520 525
Asp Leu Pro Leu Ala Gln Gly Ile Lys Phe Gln
530 535
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<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> TPP1
<400> 146
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1 5 10 15
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Ala Gln Phe Met Arg Leu Phe Gly Gly Asn Phe Ala His Gln Ala Ser
245 250 255
Val Ala Arg Val Val Gly Gln Gln Gly Arg Gly Arg Ala Gly Ile Glu
260 265 270
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275 280 285
Thr Trp Val Tyr Ser Ser Pro Gly Arg His Glu Gly Gln Glu Pro Phe
290 295 300
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305 310 315 320
His Thr Val Ser Tyr Gly Asp Asp Glu Asp Ser Leu Ser Ser Ala Tyr
325 330 335
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340 345 350
Thr Leu Leu Phe Ala Ser Gly Asp Ser Gly Ala Gly Cys Trp Ser Val
355 360 365
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370 375 380
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420 425 430
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435 440 445
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500 505 510
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<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> FUCA1
<400> 147
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465
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<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> GALC
<400> 148
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Thr
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<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> HEXB
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Gly Ser Ile Val Trp Gln Glu Val Phe Asp Asp Lys Ala Lys Leu Ala
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<212> PRT
<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> MANBA
<400> 151
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Asn Thr Leu Arg Val Trp Gly Gly Gly Ile Tyr Glu Gln Asp Glu Phe
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420 425 430
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Tyr Gly Val Ser Asp Leu His Ser Asp Tyr Ser Met Thr Leu Ser Val
705 710 715 720
Arg Val His Thr Trp Ser Ser Leu Glu Pro Val Cys Ser Arg Val Thr
725 730 735
Glu Arg Phe Val Met Lys Gly Gly Glu Ala Val Cys Leu Tyr Glu Glu
740 745 750
Pro Val Ser Glu Leu Leu Arg Arg Cys Gly Asn Cys Thr Arg Glu Ser
755 760 765
Cys Val Val Ser Phe Tyr Leu Ser Ala Asp His Glu Leu Leu Ser Pro
770 775 780
Thr Asn Tyr His Phe Leu Ser Ser Pro Lys Glu Ala Val Gly Leu Cys
785 790 795 800
Lys Ala Gln Ile Thr Ala Ile Ile Ser Gln Gln Gly Asp Ile Phe Val
805 810 815
Phe Asp Leu Glu Thr Ser Ala Val Ala Pro Phe Val Trp Leu Asp Val
820 825 830
Gly Ser Ile Pro Gly Arg Phe Ser Asp Asn Gly Phe Leu Met Thr Glu
835 840 845
Lys Thr Arg Thr Ile Leu Phe Tyr Pro Trp Glu Pro Thr Ser Lys Asn
850 855 860
Glu Leu Glu Gln Ser Phe His Val Thr Ser Leu Thr Asp Ile Tyr
865 870 875
<210> 152
<211> 507
<212> PRT
<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> ARSA
<400> 152
Met Gly Ala Pro Arg Ser Leu Leu Leu Ala Leu Ala Ala Gly Leu Ala
1 5 10 15
Val Ala Arg Pro Pro Asn Ile Val Leu Ile Phe Ala Asp Asp Leu Gly
20 25 30
Tyr Gly Asp Leu Gly Cys Tyr Gly His Pro Ser Ser Thr Thr Pro Asn
35 40 45
Leu Asp Gln Leu Ala Ala Gly Gly Leu Arg Phe Thr Asp Phe Tyr Val
50 55 60
Pro Val Ser Leu Cys Thr Pro Ser Arg Ala Ala Leu Leu Thr Gly Arg
65 70 75 80
Leu Pro Val Arg Met Gly Met Tyr Pro Gly Val Leu Val Pro Ser Ser
85 90 95
Arg Gly Gly Leu Pro Leu Glu Glu Val Thr Val Ala Glu Val Leu Ala
100 105 110
Ala Arg Gly Tyr Leu Thr Gly Met Ala Gly Lys Trp His Leu Gly Val
115 120 125
Gly Pro Glu Gly Ala Phe Leu Pro Pro His Gln Gly Phe His Arg Phe
130 135 140
Leu Gly Ile Pro Tyr Ser His Asp Gln Gly Pro Cys Gln Asn Leu Thr
145 150 155 160
Cys Phe Pro Pro Ala Thr Pro Cys Asp Gly Gly Cys Asp Gln Gly Leu
165 170 175
Val Pro Ile Pro Leu Leu Ala Asn Leu Ser Val Glu Ala Gln Pro Pro
180 185 190
Trp Leu Pro Gly Leu Glu Ala Arg Tyr Met Ala Phe Ala His Asp Leu
195 200 205
Met Ala Asp Ala Gln Arg Gln Asp Arg Pro Phe Phe Leu Tyr Tyr Ala
210 215 220
Ser His His Thr His Tyr Pro Gln Phe Ser Gly Gln Ser Phe Ala Glu
225 230 235 240
Arg Ser Gly Arg Gly Pro Phe Gly Asp Ser Leu Met Glu Leu Asp Ala
245 250 255
Ala Val Gly Thr Leu Met Thr Ala Ile Gly Asp Leu Gly Leu Leu Glu
260 265 270
Glu Thr Leu Val Ile Phe Thr Ala Asp Asn Gly Pro Glu Thr Met Arg
275 280 285
Met Ser Arg Gly Gly Cys Ser Gly Leu Leu Arg Cys Gly Lys Gly Thr
290 295 300
Thr Tyr Glu Gly Gly Val Arg Glu Pro Ala Leu Ala Phe Trp Pro Gly
305 310 315 320
His Ile Ala Pro Gly Val Thr His Glu Leu Ala Ser Ser Leu Asp Leu
325 330 335
Leu Pro Thr Leu Ala Ala Leu Ala Gly Ala Pro Leu Pro Asn Val Thr
340 345 350
Leu Asp Gly Phe Asp Leu Ser Pro Leu Leu Leu Gly Thr Gly Lys Ser
355 360 365
Pro Arg Gln Ser Leu Phe Phe Tyr Pro Ser Tyr Pro Asp Glu Val Arg
370 375 380
Gly Val Phe Ala Val Arg Thr Gly Lys Tyr Lys Ala His Phe Phe Thr
385 390 395 400
Gln Gly Ser Ala His Ser Asp Thr Thr Ala Asp Pro Ala Cys His Ala
405 410 415
Ser Ser Ser Leu Thr Ala His Glu Pro Pro Leu Leu Tyr Asp Leu Ser
420 425 430
Lys Asp Pro Gly Glu Asn Tyr Asn Leu Leu Gly Gly Val Ala Gly Ala
435 440 445
Thr Pro Glu Val Leu Gln Ala Leu Lys Gln Leu Gln Leu Leu Lys Ala
450 455 460
Gln Leu Asp Ala Ala Val Thr Phe Gly Pro Ser Gln Val Ala Arg Gly
465 470 475 480
Glu Asp Pro Ala Leu Gln Ile Cys Cys His Pro Gly Cys Thr Pro Arg
485 490 495
Pro Ala Cys Cys His Cys Pro Asp Pro His Ala
500 505
<210> 153
<211> 1256
<212> PRT
<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> GNPTAB
<400> 153
Met Leu Phe Lys Leu Leu Gln Arg Gln Thr Tyr Thr Cys Leu Ser His
1 5 10 15
Arg Tyr Gly Leu Tyr Val Cys Phe Leu Gly Val Val Val Thr Ile Val
20 25 30
Ser Ala Phe Gln Phe Gly Glu Val Val Leu Glu Trp Ser Arg Asp Gln
35 40 45
Tyr His Val Leu Phe Asp Ser Tyr Arg Asp Asn Ile Ala Gly Lys Ser
50 55 60
Phe Gln Asn Arg Leu Cys Leu Pro Met Pro Ile Asp Val Val Tyr Thr
65 70 75 80
Trp Val Asn Gly Thr Asp Leu Glu Leu Leu Lys Glu Leu Gln Gln Val
85 90 95
Arg Glu Gln Met Glu Glu Glu Gln Lys Ala Met Arg Glu Ile Leu Gly
100 105 110
Lys Asn Thr Thr Glu Pro Thr Lys Lys Ser Glu Lys Gln Leu Glu Cys
115 120 125
Leu Leu Thr His Cys Ile Lys Val Pro Met Leu Val Leu Asp Pro Ala
130 135 140
Leu Pro Ala Asn Ile Thr Leu Lys Asp Leu Pro Ser Leu Tyr Pro Ser
145 150 155 160
Phe His Ser Ala Ser Asp Ile Phe Asn Val Ala Lys Pro Lys Asn Pro
165 170 175
Ser Thr Asn Val Ser Val Val Val Phe Asp Ser Thr Lys Asp Val Glu
180 185 190
Asp Ala His Ser Gly Leu Leu Lys Gly Asn Ser Arg Gln Thr Val Trp
195 200 205
Arg Gly Tyr Leu Thr Thr Asp Lys Glu Val Pro Gly Leu Val Leu Met
210 215 220
Gln Asp Leu Ala Phe Leu Ser Gly Phe Pro Pro Thr Phe Lys Glu Thr
225 230 235 240
Asn Gln Leu Lys Thr Lys Leu Pro Glu Asn Leu Ser Ser Lys Val Lys
245 250 255
Leu Leu Gln Leu Tyr Ser Glu Ala Ser Val Ala Leu Leu Lys Leu Asn
260 265 270
Asn Pro Lys Asp Phe Gln Glu Leu Asn Lys Gln Thr Lys Lys Asn Met
275 280 285
Thr Ile Asp Gly Lys Glu Leu Thr Ile Ser Pro Ala Tyr Leu Leu Trp
290 295 300
Asp Leu Ser Ala Ile Ser Gln Ser Lys Gln Asp Glu Asp Ile Ser Ala
305 310 315 320
Ser Arg Phe Glu Asp Asn Glu Glu Leu Arg Tyr Ser Leu Arg Ser Ile
325 330 335
Glu Arg His Ala Pro Trp Val Arg Asn Ile Phe Ile Val Thr Asn Gly
340 345 350
Gln Ile Pro Ser Trp Leu Asn Leu Asp Asn Pro Arg Val Thr Ile Val
355 360 365
Thr His Gln Asp Val Phe Arg Asn Leu Ser His Leu Pro Thr Phe Ser
370 375 380
Ser Pro Ala Ile Glu Ser His Ile His Arg Ile Glu Gly Leu Ser Gln
385 390 395 400
Lys Phe Ile Tyr Leu Asn Asp Asp Val Met Phe Gly Lys Asp Val Trp
405 410 415
Pro Asp Asp Phe Tyr Ser His Ser Lys Gly Gln Lys Val Tyr Leu Thr
420 425 430
Trp Pro Val Pro Asn Cys Ala Glu Gly Cys Pro Gly Ser Trp Ile Lys
435 440 445
Asp Gly Tyr Cys Asp Lys Ala Cys Asn Asn Ser Ala Cys Asp Trp Asp
450 455 460
Gly Gly Asp Cys Ser Gly Asn Ser Gly Gly Ser Arg Tyr Ile Ala Gly
465 470 475 480
Gly Gly Gly Thr Gly Ser Ile Gly Val Gly Gln Pro Trp Gln Phe Gly
485 490 495
Gly Gly Ile Asn Ser Val Ser Tyr Cys Asn Gln Gly Cys Ala Asn Ser
500 505 510
Trp Leu Ala Asp Lys Phe Cys Asp Gln Ala Cys Asn Val Leu Ser Cys
515 520 525
Gly Phe Asp Ala Gly Asp Cys Gly Gln Asp His Phe His Glu Leu Tyr
530 535 540
Lys Val Ile Leu Leu Pro Asn Gln Thr His Tyr Ile Ile Pro Lys Gly
545 550 555 560
Glu Cys Leu Pro Tyr Phe Ser Phe Ala Glu Val Ala Lys Arg Gly Val
565 570 575
Glu Gly Ala Tyr Ser Asp Asn Pro Ile Ile Arg His Ala Ser Ile Ala
580 585 590
Asn Lys Trp Lys Thr Ile His Leu Ile Met His Ser Gly Met Asn Ala
595 600 605
Thr Thr Ile His Phe Asn Leu Thr Phe Gln Asn Thr Asn Asp Glu Glu
610 615 620
Phe Lys Met Gln Ile Thr Val Glu Val Asp Thr Arg Glu Gly Pro Lys
625 630 635 640
Leu Asn Ser Thr Ala Gln Lys Gly Tyr Glu Asn Leu Val Ser Pro Ile
645 650 655
Thr Leu Leu Pro Glu Ala Glu Ile Leu Phe Glu Asp Ile Pro Lys Glu
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Lys Arg Phe Pro Lys Phe Lys Arg His Asp Val Asn Ser Thr Arg Arg
675 680 685
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690 695 700
Lys Asp Ala Gln Leu Ser Leu Asn Thr Leu Asp Leu Gln Leu Glu His
705 710 715 720
Gly Asp Ile Thr Leu Lys Gly Tyr Asn Leu Ser Lys Ser Ala Leu Leu
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740 745 750
Ile Ile Thr Asp Glu Thr Asn Asp Ser Leu Val Ala Pro Gln Glu Lys
755 760 765
Gln Val His Lys Ser Ile Leu Pro Asn Ser Leu Gly Val Ser Glu Arg
770 775 780
Leu Gln Arg Leu Thr Phe Pro Ala Val Ser Val Lys Val Asn Gly His
785 790 795 800
Asp Gln Gly Gln Asn Pro Pro Leu Asp Leu Glu Thr Thr Ala Arg Phe
805 810 815
Arg Val Glu Thr His Thr Gln Lys Thr Ile Gly Gly Asn Val Thr Lys
820 825 830
Glu Lys Pro Pro Ser Leu Ile Val Pro Leu Glu Ser Gln Met Thr Lys
835 840 845
Glu Lys Lys Ile Thr Gly Lys Glu Lys Glu Asn Ser Arg Met Glu Glu
850 855 860
Asn Ala Glu Asn His Ile Gly Val Thr Glu Val Leu Leu Gly Arg Lys
865 870 875 880
Leu Gln His Tyr Thr Asp Ser Tyr Leu Gly Phe Leu Pro Trp Glu Lys
885 890 895
Lys Lys Tyr Phe Gln Asp Leu Leu Asp Glu Glu Glu Ser Leu Lys Thr
900 905 910
Gln Leu Ala Tyr Phe Thr Asp Ser Lys Asn Thr Gly Arg Gln Leu Lys
915 920 925
Asp Thr Phe Ala Asp Ser Leu Arg Tyr Val Asn Lys Ile Leu Asn Ser
930 935 940
Lys Phe Gly Phe Thr Ser Arg Lys Val Pro Ala His Met Pro His Met
945 950 955 960
Ile Asp Arg Ile Val Met Gln Glu Leu Gln Asp Met Phe Pro Glu Glu
965 970 975
Phe Asp Lys Thr Ser Phe His Lys Val Arg His Ser Glu Asp Met Gln
980 985 990
Phe Ala Phe Ser Tyr Phe Tyr Tyr Leu Met Ser Ala Val Gln Pro Leu
995 1000 1005
Asn Ile Ser Gln Val Phe Asp Glu Val Asp Thr Asp Gln Ser Gly
1010 1015 1020
Val Leu Ser Asp Arg Glu Ile Arg Thr Leu Ala Thr Arg Ile His
1025 1030 1035
Glu Leu Pro Leu Ser Leu Gln Asp Leu Thr Gly Leu Glu His Met
1040 1045 1050
Leu Ile Asn Cys Ser Lys Met Leu Pro Ala Asp Ile Thr Gln Leu
1055 1060 1065
Asn Asn Ile Pro Pro Thr Gln Glu Ser Tyr Tyr Asp Pro Asn Leu
1070 1075 1080
Pro Pro Val Thr Lys Ser Leu Val Thr Asn Cys Lys Pro Val Thr
1085 1090 1095
Asp Lys Ile His Lys Ala Tyr Lys Asp Lys Asn Lys Tyr Arg Phe
1100 1105 1110
Glu Ile Met Gly Glu Glu Glu Ile Ala Phe Lys Met Ile Arg Thr
1115 1120 1125
Asn Val Ser His Val Val Gly Gln Leu Asp Asp Ile Arg Lys Asn
1130 1135 1140
Pro Arg Lys Phe Val Cys Leu Asn Asp Asn Ile Asp His Asn His
1145 1150 1155
Lys Asp Ala Gln Thr Val Lys Ala Val Leu Arg Asp Phe Tyr Glu
1160 1165 1170
Ser Met Phe Pro Ile Pro Ser Gln Phe Glu Leu Pro Arg Glu Tyr
1175 1180 1185
Arg Asn Arg Phe Leu His Met His Glu Leu Gln Glu Trp Arg Ala
1190 1195 1200
Tyr Arg Asp Lys Leu Lys Phe Trp Thr His Cys Val Leu Ala Thr
1205 1210 1215
Leu Ile Met Phe Thr Ile Phe Ser Phe Phe Ala Glu Gln Leu Ile
1220 1225 1230
Ala Leu Lys Arg Lys Ile Phe Pro Arg Arg Arg Ile His Lys Glu
1235 1240 1245
Ala Ser Pro Asn Arg Ile Arg Val
1250 1255
<210> 154
<211> 580
<212> PRT
<213> homo sapiens
<220>
<221> MISC_FEATURE
<223> MCOLN1
<400> 154
Met Thr Ala Pro Ala Gly Pro Arg Gly Ser Glu Thr Glu Arg Leu Leu
1 5 10 15
Thr Pro Asn Pro Gly Tyr Gly Thr Gln Ala Gly Pro Ser Pro Ala Pro
20 25 30
Pro Thr Pro Pro Glu Glu Glu Asp Leu Arg Arg Arg Leu Lys Tyr Phe
35 40 45
Phe Met Ser Pro Cys Asp Lys Phe Arg Ala Lys Gly Arg Lys Pro Cys
50 55 60
Lys Leu Met Leu Gln Val Val Lys Ile Leu Val Val Thr Val Gln Leu
65 70 75 80
Ile Leu Phe Gly Leu Ser Asn Gln Leu Ala Val Thr Phe Arg Glu Glu
85 90 95
Asn Thr Ile Ala Phe Arg His Leu Phe Leu Leu Gly Tyr Ser Asp Gly
100 105 110
Ala Asp Asp Thr Phe Ala Ala Tyr Thr Arg Glu Gln Leu Tyr Gln Ala
115 120 125
Ile Phe His Ala Val Asp Gln Tyr Leu Ala Leu Pro Asp Val Ser Leu
130 135 140
Gly Arg Tyr Ala Tyr Val Arg Gly Gly Gly Asp Pro Trp Thr Asn Gly
145 150 155 160
Ser Gly Leu Ala Leu Cys Gln Arg Tyr Tyr His Arg Gly His Val Asp
165 170 175
Pro Ala Asn Asp Thr Phe Asp Ile Asp Pro Met Val Val Thr Asp Cys
180 185 190
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195 200 205
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210 215 220
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225 230 235 240
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245 250 255
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260 265 270
Ile Ser Leu Glu Thr Gln Ala His Ile Gln Glu Cys Lys His Pro Ser
275 280 285
Val Phe Gln His Gly Asp Asn Ser Phe Arg Leu Leu Phe Asp Val Val
290 295 300
Val Ile Leu Thr Cys Ser Leu Ser Phe Leu Leu Cys Ala Arg Ser Leu
305 310 315 320
Leu Arg Gly Phe Leu Leu Gln Asn Glu Phe Val Gly Phe Met Trp Arg
325 330 335
Gln Arg Gly Arg Val Ile Ser Leu Trp Glu Arg Leu Glu Phe Val Asn
340 345 350
Gly Trp Tyr Ile Leu Leu Val Thr Ser Asp Val Leu Thr Ile Ser Gly
355 360 365
Thr Ile Met Lys Ile Gly Ile Glu Ala Lys Asn Leu Ala Ser Tyr Asp
370 375 380
Val Cys Ser Ile Leu Leu Gly Thr Ser Thr Leu Leu Val Trp Val Gly
385 390 395 400
Val Ile Arg Tyr Leu Thr Phe Phe His Asn Tyr Asn Ile Leu Ile Ala
405 410 415
Thr Leu Arg Val Ala Leu Pro Ser Val Met Arg Phe Cys Cys Cys Val
420 425 430
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435 440 445
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450 455 460
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465 470 475 480
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580
<210> 155
<211> 5
<212> PRT
<213> artificial sequence
<220>
<223> Caspase 2 protein sequence
<400> 155
Val Asp Val Ala Asp
1 5
<210> 156
<211> 22
<212> RNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> miR-338-3p
<400> 156
uccagcauca gugauuuugu ug 22
<210> 157
<211> 23
<212> RNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> miR-9-5p
<400> 157
ucuuugguua ucuagcugua uga 23
<210> 158
<211> 22
<212> RNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> miR-9-3p
<400> 158
auaaagcuag auaaccgaaa gu 22
<210> 159
<211> 22
<212> RNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> miR-125b-5p
<400> 159
ucccugagac ccuaacuugu ga 22
<210> 160
<211> 23
<212> RNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> miR-342-3p
<400> 160
ucucacacag aaaucgcacc cgu 23
<210> 161
<211> 22
<212> RNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> miR-124-3p
<400> 161
uaaggcacgc ggugaaugcc aa 22
<210> 162
<211> 22
<212> RNA
<213> artificial sequence
<220>
<223> miR-124-5p
<400> 162
cguguucaca gcggaccuug au 22
Claims (62)
- 푸소좀(fusosome)으로서,
a) 푸소겐(fusogen)을 포함하는 지질 이중층; 및
b) 하기 (i) 및 (ii)를 포함하는 핵산을 포함하는, 푸소좀:
(i) 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자(payload gene); 및
(ii) 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된(operatively linked) 양성 표적세포 특이적 조절 요소로서, 양성 표적세포 특이적 조절 요소가 결여된 다른 유사한 푸소좀에 비해 표적세포에서 페이로드 유전자의 발현을 증가시키며, 여기서 표적세포는 CNS세포인, 양성 표적세포 특이적 조절 요소. - 제1항에 있어서, 핵산이 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 비(非)표적세포 특이적 조절 요소(NTCSRE)를 추가로 포함하고, 여기서 NTCSRE는 NTCSRE가 결여된 다른 유사한 푸소좀에 비해 비표적세포에서 페이로드 유전자의 발현을 감소시키고, 여기서 표적세포는 첫 번째 유형의 CNS세포이고, 비표적세포는 두 번째 상이한 유형의 CNS세포 또는 비(非)CNS세포이며, 선택적으로 여기서
표적세포는 뉴런이고, 비표적세포는 아교세포이며, 선택적으로 여기서 아교세포는 회소돌기아교세포, 별아교세포 또는 미세아교세포이거나,
표적세포는 아교세포이며, 선택적으로 여기서 아교세포는 회소돌기아교세포, 별아교세포 또는 미세아교세포이고, 비표적세포는 뉴런인, 푸소좀. - 푸소좀으로서,
a) 푸소겐을 포함하는 지질 이중층; 및
b) 하기 (i) 및 (ii)를 포함하는 핵산을 포함하는, 푸소좀:
(i) 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자; 및
(ii) 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 프로모터로서, SYN, NSE, CaMKII, α튜불린, PDGF, fSST, fNPY, GAD67, DLX5/6, VGLUT1, Dock10, ChAT, VAChT, Drd1a, TPH-2, GFAP, EAAT1, GS, CX3CR1, TMEM119, MBP, CNP 또는 CRFR2β 프로모터에서 선택되는, 프로모터. - 푸소좀으로서,
a) 푸소겐을 포함하는 지질 이중층; 및
b) 하기 (i) 및 (ii)를 포함하는 핵산을 포함하는, 푸소좀:
(i) 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자; 및
(ii) 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 비표적세포 특이적 조절 요소(NTCSRE)로서, 여기서
NTCSRE는 NTCSRE가 결여된 다른 유사한 푸소좀에 비해 비표적세포 또는 비표적조직에서 페이로드 유전자의 발현을 감소시키고, 여기서 표적세포는 첫 번째 유형의 CNS세포이고, 비표적세포는 두 번째 상이한 유형의 CNS세포 또는 비CNS세포이며,
NTCSRE는 비표적세포 특이적 miRNA 인식 서열, 비표적세포 특이적 프로테아제 인식 부위, 비표적세포 특이적 유비퀴틴 리가아제 부위, 비표적세포 특이적 전사 억제 부위 또는 비표적세포 특이적 후성적 억제 부위를 포함하는, NTCSRE. - 제4항에 있어서, 핵산이 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 양성 표적세포 특이적 조절 요소를 추가로 포함하고, 여기서 양성 표적세포 특이적 조절 요소는 양성 표적세포 특이적 조절 요소가 결여된 다른 유사한 푸소좀에 비해 표적세포에서 페이로드 유전자의 발현을 증가시키며, 여기서 표적세포는 CNS세포인, 푸소좀.
- 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 하기 (i) 또는 (ii) 중 하나 또는 둘 모두를 추가로 포함하는, 푸소좀:
(i) 지질 이중층 상의 제1 외인성 또는 과발현된 면역억제 단백질; 또는
(ii) 존재하지 않거나 감소된 수준으로 존재하는 제1 면역자극 단백질(선택적으로 여기서 감소된 수준은 다른 유사한 변형되지 않은 원천세포에서 생성된 푸소좀과 비교하여 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 감소된 수준임). - 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, 페이로드 유전자가 리소좀 축적 질환 또는 장애, 또는 CNS 질환 또는 장애를 치료하는 유전자이고, 선택적으로 여기서 상기 질환 또는 장애는 유전자 결핍인, 푸소좀.
- 푸소좀으로서,
a) 푸소겐을 포함하는 지질 이중층;
b) 리소좀 축적 질환 또는 장애, 또는 CNS 질환 또는 장애를 치료하기 위한 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자를 포함하는 핵산; 및
c) 하기 (i) 또는 (ii) 중 하나 또는 둘 모두를 포함하는, 푸소좀:
(i) 지질 이중층 상의 제1 외인성 또는 과발현된 면역억제 단백질; 또는
(ii) 존재하지 않거나, 다른 유사한 변형되지 않은 원천세포에서 생성된 푸소좀과 비교하여 감소된 수준으로(예를 들어, 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 감소된 수준으로) 존재하는 제1 면역자극 단백질. - 제6항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, (i)과 (ii)를 포함하는, 푸소좀.
- 제6항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, (i)을 포함하고, 지질 이중층 상의 제2 외인성 또는 과발현된 면역억제 단백질을 추가로 포함하는, 푸소좀.
- 제6항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, (ii)를 포함하고, 존재하지 않거나 감소된 수준으로 존재하는 제2 면역자극 단백질(선택적으로 여기서 감소된 수준은 다른 유사한 변형되지 않은 원천세포에서 생성된 푸소좀과 비교하여 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 감소된 수준임)을 추가로 포함하는, 푸소좀.
- 제8항 내지 제11항 중 어느 한 항에 있어서, 핵산이 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 양성 표적세포 특이적 조절 요소를 추가로 포함하고, 여기서 양성 표적세포 특이적 조절 요소는 양성 표적세포 특이적 조절 요소가 결여된 다른 유사한 푸소좀에 비해 표적세포에서 페이로드 유전자의 발현을 증가시키며, 여기서 표적세포는 CNS세포인, 푸소좀.
- 제8항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 핵산이 페이로드 유전자에 작동적으로 연결된 비표적세포 특이적 조절 요소(NTCSRE)를 추가로 포함하고, 여기서 NTCSRE는 NTCSRE가 결여된 다른 유사한 푸소좀에 비해 비표적세포 또는 비표적조직에서 페이로드 유전자의 발현을 감소시키고, 여기서 표적세포는 첫 번째 유형의 CNS세포이고, 비표적세포는 두 번째 상이한 유형의 CNS세포 또는 비CNS세포이며, 선택적으로 여기서
표적세포는 뉴런이고, 비표적세포는 아교세포이며, 선택적으로 여기서 아교세포는 회소돌기아교세포, 별아교세포 또는 미세아교세포이거나,
표적세포는 아교세포이며, 선택적으로 여기서 아교세포는 회소돌기아교세포, 별아교세포 또는 미세아교세포이고, 비표적세포는 뉴런인, 푸소좀. - 제6항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 대상에게 투여될 때, 하기 i) 내지 vi) 중 하나 이상을 특징으로 하는, 푸소좀:
i) 푸소좀이 검출 가능한 항체반응을 생성하지 않거나, 또는 배경 수준보다 높은 푸소좀에 대한 항체가 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만의 수준으로 존재함;
ii) 푸소좀이 검출 가능한 세포성 면역반응을 생성하지 않거나, 또는 배경 수준보다 높은 푸소좀에 대한 세포성 면역반응이 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만의 수준으로 존재함;
iii) 푸소좀이 검출 가능한 선천성 면역반응을 생성하지 않거나, 또는 배경 수준보다 높은 푸소좀에 대한 선천성 면역반응이 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만의 수준으로 존재함;
iv) 푸소좀의 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만이 혈청에 의해 불활성화됨;
v) 푸소좀으로부터 외인성 작용제를 받은 표적세포가 검출 가능한 항체반응을 생성하지 않거나, 또는 배경 수준보다 높은 표적세포에 대한 항체가 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만의 수준으로 존재함; 또는
vi) 푸소좀으로부터 외인성 작용제를 받은 표적세포가 검출 가능한 세포성 면역반응을 생성하지 않거나, 또는 배경 수준보다 높은 표적세포에 대한 세포성 면역반응이 10%, 5%, 4%, 3%, 2% 또는 1% 미만의 수준으로 존재함. - 제14항에 있어서, 배경 수준이 푸소좀의 투여 전 동일한 대상에서의 상응하는 수준인, 푸소좀.
- 제6항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 면역억제 단백질이 보체 조절 단백질 또는 CD47인, 푸소좀.
- 제6항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 면역자극 단백질이 MHC I 또는 MHC II 단백질인, 푸소좀.
- 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항에 있어서, 하기 i) 내지 vi) 중 하나 이상을 특징으로 하는, 푸소좀:
i) 푸소좀은 비표적세포보다 CNS 표적세포와 더 높은 비율로 융합하고, 선택적으로 여기서 더 높은 비율은 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배, 20배, 50배 또는 100배임;
ii) 푸소좀은 또 다른 푸소좀보다 CNS 표적세포와 더 높은 비율로 융합하고, 선택적으로 여기서 더 높은 비율은 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배, 20배, 50배 또는 100배임;
iii) 푸소좀은, 푸소좀 내 외인성 작용제가 24시간, 48시간 또는 72시간 후 CNS 표적세포의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%에 전달되도록 하는 비율로 CNS 표적세포와 융합함;
iv) 푸소좀은 비표적세포보다 더 높은 비율로 CNS 표적세포에 핵산을 전달하고, 선택적으로 여기서 더 높은 비율은 적어도 1%, 2%, 3%, 4%, 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배, 20배, 50배 또는 100배임;
v) 푸소좀은 또 다른 푸소좀보다 더 높은 비율로 CNS 표적세포에 핵산을 전달하고, 선택적으로 여기서 더 높은 비율은 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%, 2배, 3배, 4배, 5배, 10배, 20배, 50배 또는 100배임; 또는
vi) 푸소좀은, 푸소좀 내 외인성 작용제가 24시간, 48시간 또는 72시간 후 CNS 표적세포의 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90%에 전달되도록 하는 비율로 CNS 표적세포에 핵산을 전달함. - 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서, 외인성 작용제가 SYNE1, SETX, FMR1, SLC6A8, UBE3A, SOD1, TDP43, C9orf72, FXN, MECP2, ASPA 또는 ALDH7A1에서 선택되거나; TPP1, FUCA1, GALC, HEXA, HEXB, MANBA, ARSA, GNPTAB 또는 MCOLN1에서 선택되는, 푸소좀.
- 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 페이로드 유전자가 SYNE1, SETX, FMR1, SLC6A8, UBE3A, SOD1, TDP43, C9orf72, FXN, MECP2, ASPA 및 ALDH7A1 중에서 선택되는, 푸소좀.
- 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서, 페이로드 유전자가 서열번호 134 내지 145 중 어느 하나에 제시된 서열을 포함하는 외인성 작용제, 이의 기능성 단편, 또는 서열번호 134 내지 145 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열과 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 이의 기능성 변이체를 인코딩하는, 푸소좀.
- 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서, 페이로드 유전자가 TPP1, FUCA1, GALC, HEXA, HEXB, MANBA, ARSA, GNPTAB 및 MCOLN1에서 선택되는, 푸소좀.
- 제1항 내지 제19항 및 제22항 중 어느 한 항에 있어서, 페이로드 유전자가 서열번호 146 내지 154 중 어느 하나에 제시된 서열을 포함하는 외인성 작용제, 이의 기능성 단편, 또는 서열번호 146 내지 154 중 어느 하나에 제시된 아미노산 서열과 적어도 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일성을 갖는 아미노산 서열을 포함하는 이의 기능성 변이체를 인코딩하는, 푸소좀.
- 제1항 내지 제23항 중 어느 한 항에 있어서, 푸소겐이 CNS세포를 표적으로 하고, 선택적으로 여기서 CNS세포는 뉴런 또는 아교세포이며, 선택적으로 여기서 CNS세포는 범뉴런세포, GABA성 뉴런, 글루타메이트성 뉴런, 콜린성 뉴런, 도파민성 뉴런, 세로토닌성 뉴런, 아교세포, 별아교세포, 미세아교세포, 회소돌기아교세포 또는 맥락얼기세포(choroid plexus cell)인, 푸소좀.
- 제1항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 푸소겐이 바이러스 외피 단백질인, 푸소좀.
- 제1항 내지 제25항 중 어느 한 항에 있어서, 푸소겐이 VSV-G를 포함하는, 푸소좀.
- 제1항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 푸소겐이 니파바이러스(Nipah virus) F 및 G 단백질, 홍역바이러스 F 및 H 단백질, 투파이아(Tupaia) 파라믹소바이러스 F 및 H 단백질, 파라믹소바이러스 F 및 G 단백질 또는 F 및 H 단백질 또는 F 및 HN 단백질, 헨드라바이러스(Hendra virus) F 및 G 단백질, 헤니파바이러스(Henipavirus) F 및 G 단백질, 모빌리바이러스(Morbilivirus) F 및 H 단백질, 레스피로바이러스(Respirovirus) F 및 HN 단백질, 센다이바이러스(Sendai virus) F 및 HN 단백질, 루불라바이러스(Rubulavirus) F 및 HN 단백질, 또는 아불라바이러스(Avulavirus) F 및 HN 단백질, 또는 이들의 유도체, 또는 이들의 임의의 조합에서 선택되는 서열을 포함하는, 푸소좀.
- 제1항 내지 제24항 및 제27항 중 어느 한 항에 있어서, 푸소겐이 야생형 파라믹소바이러스 푸소겐과 적어도 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 적어도 100개 아미노산 길이의 도메인을 포함하고, 선택적으로 여기서 야생형 파라믹소바이러스 푸소겐은 서열번호 1 내지 133 중 어느 하나에 제시된 것인, 푸소좀.
- 제27항에 있어서, 야생형 파라믹소바이러스가 니파바이러스이고, 선택적으로 여기서 니파바이러스는 헤니파바이러스인, 푸소좀.
- 제1항 내지 제29항 중 어느 한 항에 있어서, 푸소겐이 CNS세포로의 전달을 위해 재표적화되고, 선택적으로 여기서 CNS세포는 뉴런 또는 아교세포이며, 선택적으로 여기서 CNS세포는 범뉴런세포, GABA성 뉴런, 글루타메이트성 뉴런, 콜린성 뉴런, 도파민성 뉴런, 세로토닌성 뉴런, 아교세포, 별아교세포, 미세아교세포, 회소돌기아교세포 또는 맥락얼기세포인, 푸소좀.
- 제1항, 제2항, 제5항, 제6항, 제7항 및 제12항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서, 양성 표적세포 특이적 조절 요소가 CNS세포 특이적 프로모터, CNS세포 특이적 인핸서, CNS세포 특이적 스플라이스 부위, RNA 또는 단백질의 반감기를 연장시키는 CNS세포 특이적 부위, CNS세포 특이적 mRNA 핵 방출 촉진 부위, CNS세포 특이적 번역 증강 부위 또는 CNS세포 특이적 번역 후 변형 부위를 포함하는, 푸소좀.
- 제1항, 제2항, 제5항, 제6항, 제7항 및 제12항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, 양성 표적세포 특이적 조절 요소가 CNS세포 특이적 프로모터를 포함하는, 푸소좀.
- 제32항에 있어서, 양성 CNS세포 특이적 조절 요소가 SYN, NSE, CaMKII, α튜불린, PDGF, fSST, fNPY, GAD67, DLX5/6, VGLUT1, Dock10, ChAT, VAChT, Drd1a, TPH-2, GFAP, EAAT1, GS, CX3CR1, TMEM119, MBP, CNP 또는 CRFR2β 프로모터에서 선택되는 프로모터를 포함하는, 푸소좀.
- 제2항, 제4항 내지 제7항 및 제13항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서, NTCSRE가 비표적세포 특이적 miRNA 인식 서열, 비표적세포 특이적 프로테아제 인식 부위, 비표적세포 특이적 유비퀴틴 리가아제 부위, 비표적세포 특이적 전사 억제 부위 또는 비표적세포 특이적 후성적 억제 부위를 포함하는, 푸소좀.
- 제2항, 제4항 내지 제7항 및 제13항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서, NTCSRE가 조직 특이적 miRNA 인식 서열, 조직 특이적 프로테아제 인식 부위, 조직 특이적 유비퀴틴 리가아제 부위, 조직 특이적 전사 억제 부위 또는 조직 특이적 후성적 억제 부위를 포함하는, 푸소좀.
- 제2항, 제4항 내지 제7항 및 제13항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, NTCSRE가 비표적세포 특이적 miRNA 인식 서열, 비표적세포 특이적 프로테아제 인식 부위, 비표적세포 특이적 유비퀴틴 리가아제 부위, 비표적세포 특이적 전사 억제 부위 또는 비표적세포 특이적 후성적 억제 부위를 포함하는, 푸소좀.
- 제2항, 제4항 내지 제7항 및 제13항 내지 제35항 중 어느 한 항에 있어서, NTCSRE가 비표적세포 특이적 miRNA 인식 서열을 포함하고, 상기 miRNA 인식 서열이 miR-338-3p, miR-9, miR-125b-5p, miR-342-3p 또는 miR-124 중 하나 이상에 의해 결합될 수 있으며; 선택적으로 여기서 miRNA는 서열번호 156 내지 162 중 어느 하나에 제시된 서열이거나 이를 포함하는, 푸소좀.
- 제34항 내지 제37항 중 어느 한 항에 있어서, NTCSRE가 외인성 작용제를 인코딩하는 전사된 영역 내에 위치하거나 인코딩되고, 선택적으로 여기서 전사된 영역에 의해 생성된 RNA는 UTR 또는 코딩 영역 내에 miRNA 인식 서열을 포함하는, 푸소좀.
- 제1항 내지 제38항 중 어느 한 항에 있어서, 핵산이 하나 이상의 절연인자(insulator) 요소를 포함하는, 푸소좀.
- 제39항에 있어서, 핵산이 2개의 절연인자 요소를 포함하고, 선택적으로 여기서 2개의 절연인자 요소는 페이로드 유전자의 업스트림에 있는 제1 절연인자 요소 및 페이로드 유전자의 다운스트림에 있는 제2 절연인자 요소를 포함하고, 선택적으로 여기서 제1 절연인자 요소와 제2 절연인자 요소는 동일하거나 상이한 서열을 포함하는, 푸소좀.
- 제1항 내지 제40항 중 어느 한 항에 있어서, 푸소좀이 레트로바이러스 벡터 입자인, 푸소좀.
- 제1항 내지 제41항 중 어느 한 항에 있어서, 핵산이 CNS세포의 게놈에 통합될 수 있는, 푸소좀.
- 제1항 내지 제42항 중 어느 한 항에 있어서, 표적세포가 CNS세포에서 선택되고, 선택적으로 여기서 CNS세포는 뉴런 또는 아교세포이며, 선택적으로 여기서 CNS세포는 범뉴런세포, GABA성 뉴런, 글루타메이트성 뉴런, 콜린성 뉴런, 도파민성 뉴런, 세로토닌성 뉴런, 아교세포, 별아교세포, 미세아교세포, 회소돌기아교세포 또는 맥락얼기세포인, 푸소좀.
- 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항의 푸소좀과, 약학적으로 허용 가능한 담체, 희석제 또는 부형제를 포함하는 약학적 조성물.
- 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항의 푸소좀 또는 제44항의 약학적 조성물을 대상에게 투여하여, 외인성 작용제를 대상에게 전달하는 것을 포함하는, 외인성 작용제를 대상에게 전달하는 방법.
- 대상의 CNS조직 또는 CNS세포를 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항의 푸소좀 또는 제45항의 약학적 조성물과 접촉시키는 것을 포함하는, 대상, CNS조직 또는 CNS세포에서 기능을 조절하는 방법.
- 제46항에 있어서, CNS세포가 뉴런 또는 아교세포이고, 선택적으로 여기서 CNS세포는 범뉴런세포, GABA성 뉴런, 글루타메이트성 뉴런, 콜린성 뉴런, 도파민성 뉴런, 세로토닌성 뉴런, 아교세포, 별아교세포, 미세아교세포, 회소돌기아교세포 또는 맥락얼기세포인, 방법.
- 제46항 또는 제47항에 있어서, CNS조직 또는 CNS세포가 대상에 존재하는, 방법.
- 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항의 푸소좀 또는 제44항의 약학적 조성물을 대상에게 투여하는 것을 포함하는, CNS 질환 또는 장애, 또는 리소좀 질환 또는 장애를 치료하는 방법.
- 제49항에 있어서, CNS 질환 또는 장애, 또는 리소좀 질환 또는 장애가 유전자 결핍에 의해 유발된 것인, 방법.
- 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항의 푸소좀 또는 제44항의 약학적 조성물을 대상에게 투여하는 것을 포함하는, 대상에서 유전자 결핍을 치료하는 방법.
- 제50항 또는 제51항에 있어서, 유전자 결핍이 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자에 의해 치료될 수 있는 유전자 결핍인, 방법.
- 제49항, 제50항 또는 제52항에 있어서, 상기 질환 또는 장애가 척수소뇌성 운동실조증; 상염색체 열성 1형; 안구운동실행증 동반 운동실조증 2형; 취약X증후군; 뇌크레아틴결핍증후군 1; 엔젤만증후군(Angelman Syndrome); 근위축성 측삭경화증; 프리드리히 운동실조증(Friedreich's Ataxia); 레트증후군(Rett Syndrome); 카나반병(Canavan Disease); 피리독신 의존성 발작; 바텐병(Batten Disease), 푸코시드축적증; 크라베병(Krabbe Disease); 테이-삭스병(Tay Sachs Disease); 샌드호프병(Sandhoff Disease); 베타-만노스축적증; 이염성 백질디스트로피; 뮤코리피드증 IIIa형; 뮤코리피드증 IIIb형 또는 뮤코리피드증 IV형에서 선택되는, 방법.
- 제49항 내지 제53항 중 어느 한 항에 있어서, 대상이 인간 대상인, 방법.
- 제1항 내지 제43항 또는 제44항 중 어느 한 항에 있어서, CNS 질환 또는 장애, 또는 리소좀 질환 또는 장애를 앓고 있는 대상을 치료하는 데 사용하기 위한, 푸소좀 또는 약학적 조성물.
- CNS 질환 또는 장애, 또는 리소좀 질환 또는 장애를 앓고 있는 대상을 치료하는 데 사용하기 위한 약제의 제조를 위한, 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항의 푸소좀 또는 제44항의 약학적 조성물의 용도.
- 제55항 또는 제56항에 있어서, CNS 질환 또는 장애, 또는 리소좀 질환 또는 장애가 유전자 결핍에 의해 유발된 것인, 푸소좀 또는 약학적 조성물, 또는 용도.
- 제55항, 제56항 또는 제57항에 있어서, 상기 질환 또는 장애가 척수소뇌성 운동실조증; 상염색체 열성 1형; 안구운동실행증 동반 운동실조증 2형; 취약X증후군; 뇌크레아틴결핍증후군 1; 엔젤만증후군; 근위축성 측삭경화증; 프리드리히 운동실조증; 레트증후군; 카나반병; 피리독신 의존성 발작; 바텐병, 푸코시드축적증; 크라베병; 테이-삭스병; 샌드호프병; 베타-만노스축적증; 이염성 백질디스트로피; 뮤코리피드증 IIIa형; 뮤코리피드증 IIIb형 또는 뮤코리피드증 IV형에서 선택되는, 푸소좀 또는 약학적 조성물, 또는 용도.
- 제1항 내지 제43항 또는 제44항 중 어느 한 항에 있어서, 유전자 결핍을 치료하는 데 사용하기 위한, 푸소좀 또는 약학적 조성물.
- 유전자 결핍을 치료하는 데 사용하기 위한 약제의 제조를 위한, 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항의 푸소좀 또는 제44항의 약학적 조성물의 용도.
- 제57항 내지 제60항 중 어느 한 항에 있어서, 유전자 결핍이 외인성 작용제를 인코딩하는 페이로드 유전자에 의해 치료될 수 있는 유전자 결핍인, 푸소좀 또는 약학적 조성물, 또는 용도.
- 제1항 내지 제43항 중 어느 한 항의 푸소좀을 제조하는 방법으로서,
a) 핵산과 푸소좀을 포함하는 세포를 제공하는 단계;
b) 푸소좀의 생성을 가능하게 하는 조건 하에서 세포를 배양하는 단계; 및
c) 세포로부터 푸소좀을 분리, 농축 또는 정제하여 푸소좀을 제조하는 단계를 포함하는, 푸소좀을 제조하는 방법.
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