KR20210121199A - 올리고뉴클레오티드 조성물 및 이의 방법 - Google Patents

올리고뉴클레오티드 조성물 및 이의 방법 Download PDF

Info

Publication number
KR20210121199A
KR20210121199A KR1020217027787A KR20217027787A KR20210121199A KR 20210121199 A KR20210121199 A KR 20210121199A KR 1020217027787 A KR1020217027787 A KR 1020217027787A KR 20217027787 A KR20217027787 A KR 20217027787A KR 20210121199 A KR20210121199 A KR 20210121199A
Authority
KR
South Korea
Prior art keywords
oligonucleotide
htt
wing
oligonucleotides
sugar
Prior art date
Application number
KR1020217027787A
Other languages
English (en)
Inventor
제프리 매튜 브라운
샤운나 시우-메이 베르코비치
나오키 이와모토
찬드라 바르기제
키디스트 엠. 아크릴루
마리아 데이빗 프랑크-카메넷스키
던캔 팔리 브라운
Original Assignee
웨이브 라이프 사이언시스 리미티드
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 웨이브 라이프 사이언시스 리미티드 filed Critical 웨이브 라이프 사이언시스 리미티드
Publication of KR20210121199A publication Critical patent/KR20210121199A/ko

Links

Images

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/713—Double-stranded nucleic acids or oligonucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/7105—Natural ribonucleic acids, i.e. containing only riboses attached to adenine, guanine, cytosine or uracil and having 3'-5' phosphodiester links
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/711—Natural deoxyribonucleic acids, i.e. containing only 2'-deoxyriboses attached to adenine, guanine, cytosine or thymine and having 3'-5' phosphodiester links
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/712—Nucleic acids or oligonucleotides having modified sugars, i.e. other than ribose or 2'-deoxyribose
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/70—Carbohydrates; Sugars; Derivatives thereof
    • A61K31/7088—Compounds having three or more nucleosides or nucleotides
    • A61K31/7125—Nucleic acids or oligonucleotides having modified internucleoside linkage, i.e. other than 3'-5' phosphodiesters
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K9/00—Medicinal preparations characterised by special physical form
    • A61K9/08—Solutions
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P1/00—Drugs for disorders of the alimentary tract or the digestive system
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P25/00—Drugs for disorders of the nervous system
    • A61P25/14—Drugs for disorders of the nervous system for treating abnormal movements, e.g. chorea, dyskinesia
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/11—Antisense
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/31—Chemical structure of the backbone
    • C12N2310/315—Phosphorothioates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
    • C12N2310/321—2'-O-R Modification
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/33—Chemical structure of the base
    • C12N2310/334—Modified C
    • C12N2310/3341—5-Methylcytosine
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/30—Chemical structure
    • C12N2310/34—Spatial arrangement of the modifications
    • C12N2310/346—Spatial arrangement of the modifications having a combination of backbone and sugar modifications
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/30—Special therapeutic applications
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2320/00—Applications; Uses
    • C12N2320/30—Special therapeutic applications
    • C12N2320/34—Allele or polymorphism specific uses

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Psychology (AREA)
  • Neurology (AREA)
  • Neurosurgery (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)

Abstract

본 발명은 특히, 다양한 병태, 장애 또는 질환을 예방 및/또는 치료하기 위한 올리고뉴클레오티드, 조성물, 및 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 핵염기 변형, 당 변형, 뉴클레오티드간 연결 변형 및/또는 이들의 패턴을 포함하며, 개선된 특성, 활성 및/또는 선택성을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환, 예컨대 헌팅턴병을 위한 올리고뉴클레오티드, 조성물 및 방법을 제공한다.

Description

올리고뉴클레오티드 조성물 및 이의 방법
관련 출원과의 상호 참조
본 출원은 2019년 2월 1일자로 출원된 미국 가출원 제62/800,409호, 및 2019년 10월 6일자로 출원된 미국 가출원 제62/911,335호의 우선권을 주장하며, 이들 각각의 전체는 본원에 참고로 포함된다.
특정 유전자를 표적화하는 올리고뉴클레오티드는 표적 유전자와 관련된 다양한 장애의 치료를 포함하지만 이에 한정되지 않는 다양한 응용, 예를 들어 치료, 진단 및/또는 연구 응용에 유용하다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 특성 및/또는 활성이 유의하게 향상된 올리고뉴클레오티드, 및 이의 조성물을 제공한다. 특히, 본 발명은 이러한 올리고뉴클레오티드 및 조성물의 설계, 제조 및 이용 기술을 제공한다. 특히, 일부 실시 형태에서, 본 발명은 유용한, 뉴클레오티드간 연결의 패턴[예를 들어, 키랄 연결 인의 유형, 변형 및/또는 배열(Rp 또는 Sp) 등] 및/또는 당 변형의 패턴(예를 들어, 유형, 패턴 등)을 제공하며, 이는 본원에 기술된 하나 이상의 다른 구조적 요소, 예를 들어 염기 서열(또는 이의 일부), 핵염기 변형(및 이의 패턴), 뉴클레오티드간 연결 변형(및 이의 패턴), 추가의 화학적 모이어티 등과 조합되는 경우 HTT(Huntingtin) 유전자의 돌연변이 대립유전자의 대립유전자 특이적 넉다운을 포함하지만 이에 한정되지 않는 높은 활성 및/또는 원하는 특성을 갖는 올리고뉴클레오티드 및 조성물을 제공할 수 있으며, 여기서, 돌연변이 대립유전자는 헌팅턴병과 관련된 연장된 CAG 반복 영역과 동일한(이와 동위상인) 염색체에 존재한다.
일부 실시 형태에서, 표적 HTT 핵산은 헌팅턴병과 관련된, 구별 위치 및 돌연변이 둘 다를 포함하는, 예컨대 연장된 CAG 반복 영역(예를 들어, 약 36개 초과의 CAG)을 포함하는 돌연변이체이다. 일부 실시 형태에서, 기준 또는 비-표적 HTT 핵산은 야생형이며, 상이한 구별 위치 변이체를 포함하고, 연장된 CAG 반복 영역이 결여되어 있다(예를 들어, CAG 반복 영역은 약 35개 미만의 CAG이며, 헌팅턴병과 연관되지 않는다). 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드(HTT 표적 HTT 핵산을 표적화하는 올리고뉴클레오티드)는 표적 HTT 핵산 및 기준 HTT 핵산을 구별할 수 있고, 표적 HTT 핵산의 대립유전자-특이적 넉다운을 매개할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 구별 위치는 단일-뉴클레오티드 다형성(SNP) 부위, 점 돌연변이 등이다. 일부 실시 형태에서, 표적 HTT 핵산 서열 및 기준 HTT 핵산 서열은 SNP 부위에서 상이한 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 표적 HTT 핵산에서의 부위는 본 발명의 올리고뉴클레오티드에서의 부위에 완전히 상보성인 반면, 기준 HTT 핵산에서의 상응하는 부위는 그렇지 않다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 표적 HTT 핵산 서열은 rs362273을 포함하고 이 SNP 위치에서 A이며, 그의 대립유전자는 연장된 CAG 반복부(예를 들어, 36개 이상)를 포함하고 헌팅턴병과 연관되며; 기준 HTT 핵산 서열은 rs362273을 포함하고 이 SNP 위치에서 G이며, 그의 대립유전자는 더 적은 CAG 반복부(예를 들어, 35개 이하)를 포함하고 헌팅턴병과 더 적게 연관되거나 연관되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 서열, 예를 들어 GUUGATCTGTAGCAGCAGCT는 특정 부위, 예를 들어 SNP 부위에서 표적 HTT 핵산 서열에 상보성이다(예를 들어, GUUGATCTGTAGCAGCAGCT의 경우, T는 SNP rs362273 위치에서 A에 상보성이다).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 표적 돌연변이 HTT 핵산 및 야생형 HTT 핵산에서 상이하지 않은 염기 서열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 이러한 올리고뉴클레오티드는 돌연변이체 및 야생형 HTT 둘 다의 수준, 발현 및/또는 활성을 넉다운할 수 있고; 올리고뉴클레오티드는 범-특이적 올리고뉴클레오티드 또는 대립유전자-비특이적 올리고뉴클레오티드로서 설계될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 헌팅턴병을 비롯한 다양한 병태, 장애 또는 질환, 특히 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환을 예방 및/또는 치료하는 데 유용하다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 헌팅턴병과 관련된 HTT 전사체 및/또는 이에 의해 코딩되는 생성물의 수준을 선택적으로 감소시킨다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 연장된 CAG 반복부(예를 들어, 36개 이상)를 포함하는 HTT 전사체 및/또는 이에 의해 코딩되는 생성물의 수준을 선택적으로 감소시킨다.
특히, 본 발명은 HTT 올리고뉴클레오티드의 구조적 요소의 제어가 HTT 표적 유전자(또는 이의 생성물)의 넉다운(예를 들어, 활성, 발현 및/또는 수준의 감소)을 비롯하여 올리고뉴클레오티드의 특성 및/또는 활성에 상당한 영향을 미칠 수 있다는 인식을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 헌팅턴병은 CAG 연장(예를 들어, 다중 CAG 반복부를 포함하는 영역의 길이 증가)을 포함하는 돌연변이 HTT 대립유전자의 존재와 연관된다. 일부 실시 형태에서, 넉다운은 대립유전자 특이적이다(여기서, HTT의 돌연변이 대립유전자는 야생형에 비해 우선적으로 넉다운된다). 일부 실시 형태에서, 넉다운은 범-특이적이다(여기서, HTT의 돌연변이 및 야생형 대립유전자 둘 다는 유의하게 넉다운된다). 일부 실시 형태에서, HTT 표적 유전자의 넉다운은 RNase H 및/또는 입체 장애에 의해 매개되며, 이는 번역에 영향을 미친다. 일부 실시 형태에서, HTT 표적 유전자의 넉다운은 RNA 간섭을 수반하는 기작에 의해 매개된다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 제어되는 구조적 요소는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: 염기 서열, 화학적 변형(예를 들어, 당, 염기 및/또는 뉴클레오티드간 연결의 변형) 또는 이의 패턴, 입체화학의 변경(예를 들어, 백본 키랄 뉴클레오티드간 연결의 입체화학) 또는 이의 패턴, 제1 또는 제2 윙(wing) 또는 코어의 구조, 및/또는 추가적인 화학적 모이어티(예를 들어, 탄수화물 모이어티, 표적화 모이어티 등)와의 콘쥬게이션. 특히, 일부 실시 형태에서, 본 발명은, 선택적으로 올리고뉴클레오티드 설계 및/또는 탄수화물 모이어티의 혼입의 다른 양태들을 제어함으로써 백본 키랄 중심의 입체화학(연결 인의 입체화학)을 제어하는 것이 HTT 올리고뉴클레오티드의 특성 및/또는 활성을 크게 개선할 수 있음을 입증한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 임의의 기작을 통해 작동하고 본원에 기술된 임의의 서열, 구조 또는 포맷(또는 이의 일부)을 포함하는 임의의 HTT 올리고뉴클레오티드에 관한 것으로, 여기서, 올리고뉴클레오티드는 염기, 당 또는 뉴클레오티드간 연결의 적어도 하나의 천연 비-발생 변형을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결[연결 인이 Rp와 Sp의 무작위 조합이 아닌 Rp 또는 Sp 배열로 있거나 Rp 또는 Sp 배열이 풍부한 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 조성물 중 동일 구성의 모든 올리고뉴클레오티드의 80%~100%, 85%~100%, 90%~100%, 95%~100%, 또는 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상이 연결 인에서 동일 입체화학을 공유함), 이러한 뉴클레오티드간 연결은 또한 "입체정의된 뉴클레오티드간 연결"], 예를 들어, 연결 인이 Rp 또는 Sp인 포스포로티오에이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수는 1~100, 1~50, 1~40, 1~35, 1~30, 1~25, 1~20, 5~100, 5~50, 5~40, 5~35, 5~30, 5~25, 5~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개이다. 일부 실시 형태에서, 적어도 1개의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이며 Sp이고/이거나, 적어도 1개의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이며 Rp이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 코어)의 백본 키랄 중심의 패턴은 Rp(Sp)2이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부(예를 들어, 코어)의 백본 키랄 중심의 패턴은 (Np)t[(Rp)n(Sp)m]y이거나 이를 포함하며, 여기서, 각각의 t, n, m, 및 y는 독립적으로 본원에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 구별 위치(이의 염기 또는 상보성 염기가 표적 돌연변이 HTT 핵산 및 기준 야생형 HTT 핵산과 구별될 수 있는 위치)에 비해 -1, +1 또는 +3 위치에서 Rp 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드가 높은 활성 및/또는 선택성을 제공할 수 있고, 일부 실시 형태에서, 질환-연관 전사체 및/또는 이에 의해 코딩되는 생성물의 수준을 감소시키는 데 특히 유용할 수 있음을 입증한다. 달리 명시되지 않는 한, Rp 뉴클레오티드간 연결 위치 지정의 경우, "-"는 구별 위치에서의 뉴클레오시드로부터 올리고뉴클레오티드의 5'-말단 쪽으로의 카운팅이며, 이때 -1 위치에서의 뉴클레오티드간 연결은 구별 위치에서의 뉴클레오시드의 5'-탄소에 결합된 뉴클레오티드간 연결이고, "+"는 구별 위치에서의 뉴클레오시드로부터 올리고뉴클레오티드의 3'-말단 쪽으로의 카운팅이며, 이때 +1 위치에서의 뉴클레오티드간 연결은 구별 위치에서의 뉴클레오시드의 3'-탄소에 결합된 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, -1 위치에서의 Rp는 증가된 활성 및 선택성을 제공하였다. 일부 실시 형태에서, +1 위치에서의 Rp는 증가된 활성 및 선택성을 제공하였다. 일부 실시 형태에서, +3 위치에서의 Rp는 증가된 활성을 제공하였다. 예를 들어, 본원에 제시된 바와 같이, HTT 올리고뉴클레오티드인 WV-12281(SNP 위치에 대해 위치 -1에서 Rp 배열의 하나의 포스포로티오에이트), WV-12282(+1) 및 Wv-12284(+3)는 돌연변이 대립유전자의 대립유전자 특이적 넉다운에 이용되는 경우 높은 선택성을 제공할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 올리고뉴클레오티드가 키랄 제어되지 않는 적어도 하나의 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물에 관한 것이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 중성 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 음으로 하전되지 않은 또는 중성의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 HTT 유전자 또는 이의 전사체의 염기 서열과 동일하거나 상보성인 염기 서열의 10개 이상의 연접 염기를 포함하고, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함하며, 올리고뉴클레오티드는 HTT 표적 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 수준, 발현 및/또는 활성을 감소시킬 수 있다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 다양한 선택적인 추가의 화학적 모이어티, 예컨대 탄수화물 모이어티, 표적화 모이어티 등이, 올리고뉴클레오티드 내에 혼입될 경우 하나 이상의 특성 및/또는 활성을 개선시킬 수 있다는 인식을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 다음으로부터 선택된다: GalNAc, 글루코스, GluNAc(N-아세틸 아민 글루코사민) 및 아니스아미드 모이어티 및 이들의 유도체, 또는 본원에 기술되고/되거나 당업계에 공지된 임의의 추가의 화학적 모이어티. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 2개 이상의 추가의 화학적 모이어티를 포함할 수 있고, 여기서, 상기 추가의 화학적 모이어티는 동일 카테고리의 것(예를 들어, 탄수화물 모이어티, 당 모이어티, 표적화 모이어티 등)이거나 동일 카테고리의 것이 아니다. 일부 실시 형태에서, 특정한 추가의 화학적 모이어티는 올리고뉴클레오티드를 원하는 세포, 조직 및/또는 기관으로 전달하는 것을 용이하게 하고/하거나; 올리고뉴클레오티드의 내재화를 용이하게 하고/하거나; 올리고뉴클레오티드 안정성을 증가시킨다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 다음을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다:
1) 공통 염기 서열;
2) 공통 백본 연결 패턴; 및
3) 공통 백본 키랄 중심 패턴(상기 조성물은, 조성물 중 올리고뉴클레오티드의 비-무작위 또는 제어된 수준이 공통 염기 서열, 공통 백본 연결 패턴, 및 공통 백본 키랄 중심 패턴을 갖는다는 점에서 단일 올리고뉴클레오티드의 실질적으로 순수한 제제임).
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 이 조성물은 동일 염기 서열 및 키랄 뉴클레오티드간 연결 패턴을 갖는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 상기 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드들이 풍부하다는 점에서 키랄 제어된 것이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 넉다운을 지시할 수 있는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 것이고, 이 조성물은 동일 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드의 실질적 라세미 제제에 비해 상기 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드들이 풍부하다는 점에서 키랄 제어된 것이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 블록을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 블록은 인접 블록에는 존재하지 않는 공통 화학(예를 들어, 당, 염기 또는 뉴클레오티드간 연결, 또는 이들의 조합 또는 패턴, 또는 입체화학의 패턴의 적어도 하나의 공통 변형)을 공유하는 하나 이상의 연속적인 뉴클레오시드, 및/또는 뉴클레오티드, 및/또는 당, 또는 염기, 및/또는 뉴클레오티드간 연결을 포함하며, 그 반대의 경우도 마찬가지이다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 3개 이상의 블록을 포함하며, 여기서, 한쪽 말단의 블록은 동일하지 않고 따라서 올리고뉴클레오티드는 비대칭형이다. 일부 실시 형태에서, 블록은 윙 또는 코어이다. 일부 실시 형태에서, 코어는 갭으로도 언급된다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 윙 및 적어도 하나의 코어를 포함하며, 여기서, 윙은 올리고뉴클레오티드의 윙이 코어에는 존재하지 않는 구조[예를 들어, 당, 염기 또는 뉴클레오티드간 연결에서의 입체화학, 또는 화학적 변형(또는 이들의 패턴)]를 포함한다는 점에서 코어와 구조적으로 상이하며, 그 반대의 경우도 마찬가지이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어, 코어-윙, 또는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙은 다른 하나의 윙 및 코어(예를 들어, 비대칭 올리고뉴클레오티드)와 구조[예를 들어, 당, 염기 또는 뉴클레오티드간 연결에서의 입체화학, 추가의 화학적 모이어티, 또는 화학적 변형(또는 이들의 패턴)] 면에서 상이하다.
일부 실시 형태에서, 윙은 코어에는 부재하는 당 변형 또는 이의 패턴을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 윙은 코어에는 부재하는 당 변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 윙의 하나 이상의(예를 들어, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의) 당은 독립적으로 변형된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 윙 당은 독립적으로 변형된다. 일부 실시 형태에서, 윙의 각각의 당은 동일하다. 일부 실시 형태에서, 윙의 적어도 하나의 당은 윙의 또 다른 당과 상이하다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 제1 윙(예를 들어, 5'-윙)에서의 하나 이상의 당 변형 및/또는 당 변형 패턴은 올리고뉴클레오티드의 제2 윙(예를 들어, 3'-윙)에서의 하나 이상의 당 변형 및/또는 당 변형 패턴과 상이하다. 일부 실시 형태에서, 변형은 2'-OR 변형이며, 여기서, R은 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 변형은 2'-OMe이다. 일부 실시 형태에서, 변형은 2'-MOE이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 고친화성 당, 예를 들어, 이환식 당(예를 들어, LNA 당), 2'-MOE 등이다. 일부 실시 형태에서, 3'-윙의 당은 고친화성 당이다. 일부 실시 형태에서, 3'-윙은 하나 이상의 고친화성 당을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 3'-윙의 각각의 당은 독립적으로 고친화성 당이다. 일부 실시 형태에서, 고친화성 당은 2'-MOE 당이다. 일부 실시 형태에서, 고친화성 당은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결에 결합된다.
일부 실시 형태에서, 윙은 음으로 하전되지 않은 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 본원에서 입증된 바와 같이, 음으로 하전되지 않은 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 윙을 포함하는 올리고뉴클레오티드는 높은 활성 및/또는 선택성을 전달할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결 및 이의 패턴(입체화학적 패턴 포함)의 설명의 경우, 윙 뉴클레오시드와 코어 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결은 코어의 일부로 간주된다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되며, Rp 또는 Sp이다.
일부 실시 형태에서, 코어 당은 2' 위치에서 치환을 포함하지 않는 천연 DNA 당이다(2'-탄소에서 2개의 -H). 일부 실시 형태에서, 각각의 코어 당은 2' 위치에서 치환을 포함하지 않는 천연 DNA 당이다(2'-탄소에서 2개의 -H).
일부 실시 형태에서, 구별 위치(예를 들어, 야생형 표적 서열과 질환 관련 서열 또는 돌연변이 서열을 구별하는 SNP 위치 또는 다른 돌연변이)는 코어 영역의 5'-말단으로부터의 위치 4, 5 또는 6이다. 일부 실시 형태에서, 코어 영역의 제4, 제5 또는 제6 핵염기(코어의 5' 말단으로부터)는 서열의 특징이고 서열을 또 다른 서열(예를 들어, SNP)과 구별한다. 일부 실시 형태에서, 구별 위치는 코어 영역의 5'-말단으로부터의 위치 4이다. 일부 실시 형태에서, 구별 위치는 코어 영역의 5'-말단으로부터의 위치 5이다. 일부 실시 형태에서, 구별 위치는 코어 영역의 5'-말단으로부터의 위치 6이다. 일부 실시 형태에서, 구별 위치는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터의 위치 9, 10 또는 11이다. 일부 실시 형태에서, 구별 위치는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터의 위치 9이다. 일부 실시 형태에서, 구별 위치는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터의 위치 10이다. 일부 실시 형태에서, 구별 위치는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터의 위치 11이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 병태, 장애 또는 질환을 예방하거나 치료하는 데 유용하다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드 또는 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환, 예컨대 헌팅턴병의 치료를 필요로 하는 대상체에서 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환, 예컨대 헌팅턴병을 치료하는 방법에 유용하다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물은 헌팅턴병과 같은 병태, 장애 또는 질환의 치료를 필요로 하는 대상체에서 헌팅턴병과 같은 병태, 장애 또는 질환의 치료를 위한 의약의 제조에 유용하다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드 또는 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환, 예컨대 헌팅턴병의 치료를 필요로 하는 대상체에서 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환, 예컨대 헌팅턴병을 치료하기 위한 의약의 제조에 유용하다.
도 1a~도 1d. 도 1a~도 1d는 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드에 대해 전체적으로 또는 부분적으로 사용될 수 있는 다양한 포맷을 보여준다.
본 발명의 기술은 특정 실시 형태에 대한 다음의 상세한 설명을 참조하여 보다 쉽게 이해될 수 있다.
정의
본원에서 사용되는 바와 같이, 달리 지시되지 않는 한 다음의 정의가 적용될 것이다. 본 발명의 목적상, 화학 원소는 문헌[Periodic Table of the Elements, CAS version, Handbook of Chemistry and Physics, 75th Ed.]에 따라 확인된다. 또한, 유기 화학의 일반적인 원리가 문헌["Organic Chemistry", Thomas Sorrell, University Science Books, Sausalito: 1999], 및 문헌["March's Advanced Organic Chemistry", 5th Ed., Ed.: Smith, M.B. and March, J., John Wiley & Sons, New York: 2001]에 기술되어 있다.
본 발명에서 본원에서 사용되는 바와 같이, 문맥상 달리 명백하지 않는 한, (i) 단수형 용어("a" 또는 "an")는 "적어도 하나"를 의미하는 것으로 이해될 수 있고; (ii) "또는"이라는 용어는 "및/또는"을 의미하는 것으로 이해될 수 있고; (iii) "포함하는", "포함하다", "함유하는"("~에 한정되지 않는"과 함께 사용되든지 그렇지 않든지 간에) 및 "함유하다"("~에 한정되지 않는"과 함께 사용되든지 그렇지 않든지 간에)라는 용어는 단독으로 제공되든지 하나 이상의 추가의 구성 요소 또는 단계와 함께 제공되든지 간에 항목별 구성 요소 또는 단계를 포함하는 것으로 이해될 수 있고; (iv) "또 다른"이라는 용어는 적어도 추가의/두 번째의 하나 이상을 의미하는 것으로 이해될 수 있고; (v) "약" 및 "대략"이라는 용어는 당업자에 의해 이해되는 바와 같은 표준 변동을 허용하는 것으로 이해될 수 있고; (vi) 범위가 제공되는 경우 종점이 포함된다.
달리 명시되지 않는 한, 올리고뉴클레오티드 및 이의 요소(예를 들어, 염기 서열, 당 변형, 뉴클레오티드간 연결, 연결 인 입체화학 등)에 대한 설명은 5'에서 3'이다. 달리 명시되지 않는 한, 본원에 기술된 올리고뉴클레오티드는 염 형태, 특히 제약상 허용가능한 염 형태로 제공 및/또는 이용될 수 있다. 당업자가 본 개시 내용을 읽은 후 인식할 수 있는 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 염, 예를 들어 나트륨 염으로 제공될 수 있다. 당업자가 인식할 수 있는 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 조성물 내의 개별 올리고뉴클레오티드는, 비록 그러한 조성물(예를 들어, 액체 조성물) 내에서 특정한 이러한 올리고뉴클레오티드가 특정 순간에 상이한 염 형태(들)로 존재할 수 있다 해도(그리고 용해될 수 있고 올리고뉴클레오티드 사슬이 음이온 형태로 존재할 수 있다 해도(예를 들어 액체 조성물일 때)) 동일 구성 및/또는 구조인 것으로 간주될 수 있다. 예를 들어, 당업자는 주어진 pH에서 올리고뉴클레오티드 사슬을 따라 있는 개별 뉴클레오티드간 연결이 산(H) 형태로 존재하거나, 또는 복수의 가능한 염 형태들 중 하나(예를 들어, 나트륨 염, 또는 다른 양이온의 염(어떤 이온이 제제 또는 조성물에 존재할 수 있는지에 따라 다름))로 존재할 수 있음을 인식할 것이고, 그의 산 형태(예를 들어, 만약에 있다면, 모든 양이온을 H로 대체)가 동일 구성 및/또는 구조의 것이기만 하면, 이러한 개별 올리고뉴클레오티드는 적절하게 동일 구성 및/또는 구조인 것으로 간주될 수 있다.
지방족: 본원에서 사용되는 바와 같이, "지방족"은 완전히 포화되거나 하나 이상의 불포화 단위를 함유하는 직쇄(즉, 비분지형) 또는 분지형, 치환 또는 비치환 탄화수소 사슬, 또는 완전히 포화되거나 하나 이상의 불포화 단위를 함유하는 치환 또는 비치환 단환식, 이환식 또는 다환식 탄화수소 고리(그러나 방향족은 아님), 또는 이들의 조합을 의미한다. 일부 실시 형태에서, 지방족 기는 1~50개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 지방족 기는 1~20개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 다른 실시 형태에서, 지방족 기는 1~10개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 다른 실시 형태에서, 지방족 기는 1~9개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 다른 실시 형태에서, 지방족 기는 1~8개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 다른 실시 형태에서, 지방족 기는 1~7개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 다른 실시 형태에서, 지방족 기는 1~6개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 또 다른 실시 형태에서, 지방족 기는 1~5개의 지방족 탄소 원자를 포함하고, 또 다른 실시 형태에서, 지방족 기는 1, 2, 3 또는 4개의 지방족 탄소 원자를 포함한다. 적합한 지방족 기는 선형 또는 분지형, 치환 또는 비치환 알킬, 알케닐, 알키닐 및 이들의 하이브리드, 예컨대 (시클로알킬)알킬, (시클로알케닐)알킬 또는 (시클로알킬)알케닐을 포함하지만 이에 한정되지 않는다.
알케닐: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "알케닐"은 하나 이상의 이중 결합을 갖는 본원에 정의된 바와 같은 지방족 기를 지칭한다.
알킬: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "알킬"은 당업계에서의 통상적인 의미가 주어지며, 직쇄 알킬 기, 분지쇄 알킬 기, 시클로알킬(지환족) 기, 알킬 치환 시클로알킬 기 및 시클로알킬 치환 알킬 기를 포함하는 포화 지방족 기를 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 알킬은 1~100개의 탄소 원자를 갖는다. 특정 실시 형태에서, 직쇄 또는 분지쇄 알킬은 그의 백본 내에 약 1~20개의 탄소 원자(예를 들어, 직쇄의 경우 C1-C20, 분지쇄의 경우 C2-C20), 대안적으로 약 1~10개의 탄소 원자를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 시클로알킬 고리는 그의 고리 구조(여기서 이러한 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식임) 내에 약 3~10개의 탄소 원자, 대안적으로 약 5, 6 또는 7개의 탄소를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 알킬 기는 저급 알킬 기일 수 있으며, 여기서, 저급 알킬 기는 1~4개의 탄소 원자를 포함한다(예를 들어, 직쇄 저급 알킬의 경우 C1-C4).
알키닐: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "알키닐"은 하나 이상의 삼중 결합을 갖는 본원에 정의된 바와 같은 지방족 기를 지칭한다.
유사체: 용어 "유사체"는 기준 화학적 모이어티 또는 모이어티 클래스와 구조적으로 상이하지만 이러한 기준 화학적 모이어티 또는 모이어티 클래스의 적어도 하나의 기능을 수행할 수 있는 임의의 화학적 모이어티를 포함한다. 비제한적인 예로서, 뉴클레오티드 유사체는 뉴클레오티드와 구조적으로 상이하지만 뉴클레오티드의 하나 이상의 기능을 수행하고; 핵염기 유사체는 핵염기와 구조적으로 상이하지만 핵염기의 하나 이상의 기능을 수행하고; 기타 등등이다.
동물: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "동물"은 동물계의 임의의 구성원을 지칭한다. 일부 실시 형태에서, "동물"은 임의의 발달 단계의 인간을 지칭한다. 일부 실시 형태에서, "동물"은 임의의 발달 단계의 비-인간 동물을 지칭한다. 특정 실시 형태에서, 비-인간 동물은 포유동물(예를 들어, 설치류, 마우스, 래트, 토끼, 원숭이, 개, 고양이, 양, 소, 영장류, 및/또는 돼지)이다. 일부 실시 형태에서, 동물은 포유동물, 조류, 파충류, 양서류, 어류, 및/또는 벌레를 포함하지만 이에 한정되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 동물은 트랜스제닉 동물, 유전자 조작 동물, 및/또는 클론일 수 있다.
안티센스: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "안티센스"는 혼성화될 수 있는 표적 HTT 핵산에 상보성이거나 실질적으로 상보성인 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드 또는 다른 핵산의 특성을 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 표적 HTT 핵산은 표적 유전자 mRNA이다. 일부 실시 형태에서, 혼성화가 하나의 활성, 예를 들어 표적 HTT 핵산 또는 이의 유전자 생성물의 수준, 발현 또는 활성의 감소에 필요하거나 이를 초래한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "안티센스 올리고뉴클레오티드"는 표적 HTT 핵산에 상보성인 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 표적 HTT 핵산 또는 이의 생성물의 수준, 발현 또는 활성의 감소를 유도할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 안티센스 올리고뉴클레오티드는 RNaseH, 입체 장애 및/또는 RNA 간섭을 수반하는 기작을 통해 표적 HTT 핵산 또는 이의 생성물의 수준, 발현 또는 활성의 감소를 유도할 수 있다.
아릴: 본원에서 사용되는 바와 같이, 단독으로, 또는 "아르알킬", "아르알콕시", 또는 "아릴옥시알킬"에서와 같이 더 큰 모이어티의 일부로서 사용되는 "아릴"이라는 용어는 총 5~30개의 고리 구성원을 갖는 단환식, 이환식 또는 다환식 고리 시스템을 지칭하며, 여기서, 상기 시스템에서의 적어도 하나의 고리는 방향족이다. 일부 실시 형태에서, 아릴 기는 총 5~14개의 고리 구성원을 갖는 단환식, 이환식 또는 다환식 고리 시스템이며, 여기서, 상기 시스템에서의 적어도 하나의 고리는 방향족이고, 상기 시스템에서의 각각의 고리는 3~7개의 고리 구성원을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 아릴 기는 바이아릴 기이다. 용어 "아릴"은 용어 "아릴 고리"와 상호교환가능하게 사용될 수 있다. 본 발명의 특정 실시 형태에서, "아릴"은 하나 이상의 치환체를 가질 수 있는 페닐, 바이페닐, 나프틸, 바이나프틸, 안트라실 등을 포함하지만 이에 한정되지 않는 방향족 고리 시스템을 지칭한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "아릴"의 범주 내에는 방향족 고리가 하나 이상의 비방향족 고리에 융합된 기, 예컨대 인다닐, 프탈이미딜, 나프트이미딜, 페난트리디닐, 또는 테트라히드로나프틸 등도 포함된다.
키랄 제어: 본원에서 사용되는 바와 같이, "키랄 제어"는 올리고뉴클레오티드 내의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서의 키랄 연결 인의 입체화학적 지정의 제어를 지칭한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 연결 인이 키랄인 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 제어는 올리고뉴클레오티드의 당 및 염기 모이어티에 부재하는 키랄 요소를 통해 달성되며, 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 제어는 본 발명에 기술된 바와 같이 올리고뉴클레오티드 제조 동안의 하나 이상의 키랄 보조자의 사용을 통해 달성되는데, 상기 키랄 보조자는 종종 올리고뉴클레오티드 제조 동안 사용되는 키랄 포스포르아미다이트의 일부이다. 키랄 제어와 대조적으로, 당업자는 키랄 보조자를 사용하지 않는 종래의 올리고뉴클레오티드 합성이 키랄 뉴클레오티드간 연결을 형성하는 데 사용되는 경우 이러한 종래의 올리고뉴클레오티드 합성은 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 입체화학을 제어할 수 없음을 인식한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 내의 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서의 각각의 키랄 연결 인의 입체화학적 지정이 제어된다.
키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물", "키랄 제어 핵산 조성물" 등은 1) 공통 염기 서열, 2) 공통 백본 연결 패턴, 및 3) 공통 백본 인 변형 패턴을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)를 포함하는 조성물을 지칭하며, 여기서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)는 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유한다(키랄 제어 또는 입체정의 뉴클레오티드간 연결(이의 키랄 연결 인은 조성물에서, 비-키랄 제어 뉴클레오티드간 연결로서의 무작위 Rp 및 Sp 조합이 아닌, Rp 또는 Sp임("입체정의됨"))). 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물 중 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)의 수준은 (예를 들어, 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결을 입체선택적으로 형성하기 위해 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 제조를 통해) 미리 결정/제어된다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 중의 모든 올리고뉴클레오티드의 약 1%~100%(예를 들어, 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%)가 복수의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 공통 염기 서열, 공통 백본 연결 패턴, 및 공통 백본 인 변형 패턴을 공유하는 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물 중의 모든 올리고뉴클레오티드의 약 1%~100%(예를 들어, 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%)가 복수의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 수준은 조성물 중의 모든 올리고뉴클레오티드의, 또는 (예를 들어, 복수의 올리고뉴클레오티드의 또는 올리고뉴클레오티드 유형의) 공통 염기 서열을 공유하는 조성물 중의 모든 올리고뉴클레오티드의, 또는 공통 염기 서열, 공통 백본 연결 패턴, 및 공통 백본 인 변형 패턴을 공유하는 조성물 중의 모든 올리고뉴클레오티드의, 또는 공통 염기 서열, 공통 염기 변형 패턴, 공통 당 변형 패턴, 공통 뉴클레오티드간 연결 유형 패턴, 및/또는 공통 뉴클레오티드간 연결 변형 패턴을 공유하는 조성물 중의 모든 올리고뉴클레오티드의 약 1%~100%(예를 들어, 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%)이다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 약 1~50(예를 들어, 약 1~10, 1~20, 5~10, 5~20, 10~15, 10~20, 10~25, 10~30, 또는 약 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20, 또는 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20)개의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 동일 입체화학을 공유한다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 약 1%~100%(예를 들어, 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%)의 키랄 뉴클레오티드간 연결에서 동일 입체화학을 공유한다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)는 동일 구성의 것이다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)의 수준은 상기 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)와 동일한 구성을 공유하는 조성물 중의 모든 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)의 약 1%~100%(예를 들어, 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100%, 또는 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%)이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결이며, 조성물은 완전히 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)는 구조적으로 동일하다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 99.5%, 전형적으로 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 99.5%의 부분입체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 적어도 95%의 부분입체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 적어도 96%의 부분입체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 적어도 97%의 부분입체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 적어도 98%의 부분입체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 적어도 99%의 부분입체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 소정 수준의 백분율은 (DS)nc이거나 적어도 (DS)nc이며, 여기서, DS는 본 발명에 기술된 바와 같은 부분입체 순도(예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 99.5% 이상)이고, nc는 본 발명에 기술된 바와 같은 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결의 수(예를 들어, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 이상)이다. 일부 실시 형태에서, 소정 수준의 백분율은 (DS)nc이거나 적어도 (DS)nc이며, 여기서, DS는 95%~100%이다. 예를 들어, DS가 99%이고 nc가 10인 경우, 상기 백분율은 90%이거나 적어도 90%이다((99%)10
Figure pct00001
0.90 = 90%). 일부 실시 형태에서, 조성물 중 복수의 올리고뉴클레오티드의 수준은 올리고뉴클레오티드에서의 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 부분입체 순도의 곱으로서 표현된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)에서의 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결의 부분입체 순도는 상기 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 이량체의 뉴클레오티드간 연결의 부분입체 순도로 표시되며, 여기서, 이량체는 비견되는 조건들, 일부 경우에 동일 합성 사이클 조건들을 사용하여 제조된다(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 ....NxNy.....에서의 Nx와 Ny 사이의 연결에 있어서, 이량체는 NxNy임). 일부 실시 형태에서, 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결이 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결인 것은 아니며, 조성물은 부분적으로 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 비-제어 뉴클레오티드간 연결은 입체무작위 올리고뉴클레오티드 조성물에서 전형적으로 관찰되는 바와 같이, 약 80%, 75%, 70%, 65%, 60%, 55% 미만의, 또는 약 50%의 부분입체 순도를 갖는다(예를 들어, 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 전통적인 올리고뉴클레오티드 합성, 예를 들어 포스포르아미다이트 방법에 의해). 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)는 동일 유형의 것이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 비-무작위 또는 제어된 수준의 개별 올리고뉴클레오티드 또는 핵산들의 유형들을 포함한다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 하나 및 하나 이하의 올리고뉴클레오티드 유형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 하나 초과의 올리고뉴클레오티드 유형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 다수의 올리고뉴클레오티드 유형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 소정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드들의 조성물이며, 이 조성물은 비-무작위 또는 제어된 수준의, 상기 올리고뉴클레오티드 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드들을 포함한다.
비견되는: 본원에서 용어 "비견되는"은 수득된 결과 또는 관찰된 현상의 비교를 가능하게 하기 위하여 서로 충분히 유사한 두 세트(또는 그 이상의 세트)의 조건 또는 상황을 설명하는 데 사용된다. 일부 실시 형태에서, 비견되는 조건 또는 상황 세트는 복수의 실질적으로 동일한 특징 및 하나 이하의 다양한 특징을 특징으로 한다. 당업자는, 상이한 조건 또는 상황 세트 하에서 수득된 결과 또는 관찰된 현상의 차이가 다양한 특징의 변동에 의해 야기되거나 상기 변동을 나타낸다는 합리적인 결론을 보증하기에 충분한 수 및 유형의 실질적으로 동일한 특징을 특징으로 하는 경우 조건들의 세트들이 서로에 비슷한 것임을 이해할 것이다.
지환족: 용어 "지환족", "탄소환", "카르보시클릴", "탄소환식 라디칼", 및 "탄소환식 고리"는 상호교환가능하게 사용되며, 본원에서 사용되는 바와 같이 포화 또는 부분 불포화, 비방향족, 환형 지방족 단환식, 이환식, 또는 다환식 고리 시스템(본원에 기술된 바와 같으며, 달리 특정되지 않는 한, 3~30개의 고리 구성원을 가짐)을 지칭한다. 지환족 기는 제한 없이, 시클로프로필, 시클로부틸, 시클로펜틸, 시클로펜테닐, 시클로헥실, 시클로헥세닐, 시클로헵틸, 시클로헵테닐, 시클로옥틸, 시클로옥테닐, 노르보르닐, 아다만틸, 및 시클로옥타디에닐을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 지환족 기는 3~6개의 탄소를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 지환족 기는 포화되며 시클로알킬이다. 또한 용어 "지환족"은 데카히드로나프틸 또는 테트라히드로나프틸과 같은 하나 이상의 방향족 또는 비방향족 고리에 융합된 지방족 고리를 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 지환족 기는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 지환족 기는 삼환식이다. 일부 실시 형태에서, 지환족 기는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, "지환족"은 C3-C6 단환식 탄화수소, 또는 완전 포화되거나 하나 이상의 불포화 단위를 포함하지만 방향족이 아니고, 분자의 나머지에 대한 단일 부착점을 갖는 C8-C10 이환식 또는 다환식 탄화수소, 또는 완전 포화되거나 하나 이상의 불포화 단위를 포함하지만 방향족이 아니고, 분자의 나머지에 대한 단일 부착점을 갖는 C9-C16 다환식 탄화수소를 지칭한다.
갭머: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "갭머"는 5' 및 3' 윙이 측면에 있는 코어를 포함하는 것을 특징으로 하는 올리고뉴클레오티드를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 갭머에서, 올리고뉴클레오티드의 적어도 하나의 뉴클레오티드간 인 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 가닥의 하나 초과의 뉴클레오티드간 인 연결은 천연 포스페이트 연결이다. 일부 실시 형태에서, 갭머는 당 변형 갭머이며, 여기서, 각각의 윙 당은 독립적으로 당 변형을 포함하고, 코어 당은 윙 당에서 발견되는 당 변형을 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 코어 당은 변형을 포함하지 않고, 2'-비치환된다(천연 DNA에서와 같이). 일부 실시 형태에서, 각각의 윙 당은 독립적으로 2'-변형 당이다. 일부 실시 형태에서, 적어도 하나의 윙 당은 이환식 당이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 윙의 당 단위는 동일한 당 변형을 갖는다(예를 들어, 2'-OMe(2'-OMe 윙), 2'-MOE(2'-MOE 윙) 등). 일부 실시 형태에서, 각각의 윙 당은 동일한 변형을 갖는다. 코어 및 윙은 다양한 길이를 가질 수 있다. 일부 실시 형태에서, 윙은 길이가 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상(많은 실시 형태에서, 3, 4, 5, 또는 6개 이상)의 뉴클레오시드이고, 코어는 길이가 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상(많은 실시 형태에서, 8, 9, 10, 11, 12개 이상)의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 2-9-6, 3-9-3, 3-9-4, 3-9-5, 4-7-4, 4-9-4, 4-9-5, 4-10-5, 4-11-4, 4-11-5, 5-7-5, 5-8-6, 5-9-3, 5-9-5, 5-10-4, 5-10-5, 6-7-6, 6-8-5, 또는 6-9-2의 윙-코어-윙 구조를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 갭머이다.
헤테로지방족: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "헤테로지방족"은 당업계에서의 그의 통상적인 의미가 주어지며, 하나 이상의 탄소 원자가 독립적으로 하나 이상의 헤테로원자(예를 들어, 산소, 질소, 황, 규소, 인 등)로 대체된 본원에 기술된 바와 같은 지방족 기를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, C, CH, CH2, 및 CH3으로부터 선택되는 하나 이상의 단위는 독립적으로 하나 이상의 헤테로원자(이의 산화된 형태 및/또는 치환된 형태를 포함함)로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 헤테로지방족 기는 헤테로알킬이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로지방족 기는 헤테로알케닐이다.
헤테로알킬: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "헤테로알킬"은 당업계에서의 그의 통상적인 의미가 주어지며, 하나 이상의 탄소 원자가 독립적으로 하나 이상의 헤테로원자(예를 들어, 산소, 질소, 황, 규소, 인 등)로 대체된 본원에 기술된 바와 같은 알킬 기를 지칭한다. 헤테로알킬 기의 예는 알콕시, 폴리(에틸렌 글리콜)-, 알킬-치환 아미노, 테트라히드로푸라닐, 피페리디닐, 모르폴리닐 등을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
헤테로아릴: 본원에서 사용되는 바와 같이, 단독으로 또는 더 큰 모이어티의 일부로서(예를 들어, "헤테로아르알킬" 또는 "헤테로아르알콕시") 사용되는 "헤테로아릴" 및 "헤테로아르-"라는 용어는 총 5~30개의 고리 구성원을 갖는 단환식, 이환식 또는 다환식 고리 시스템을 지칭하며, 여기서, 상기 시스템에서의 적어도 하나의 고리는 방향족이고, 적어도 하나의 방향족 고리 원자는 헤테로원자이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 기는 5~10개의 고리 원자(즉, 단환식, 이환식 또는 다환식), 일부 실시 형태에서 5, 6, 9, 또는 10개의 고리 원자를 갖는 기이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 기는 환형 어레이에서 공유되는 6, 10 또는 14개의 π 전자를 가지며; 탄소 원자 외에 1~5개의 헤테로원자를 갖는다. 헤테로아릴 기는 제한 없이 티에닐, 푸라닐, 피롤릴, 이미다졸릴, 피라졸릴, 트리아졸릴, 테트라졸릴, 옥사졸릴, 이속사졸릴, 옥사디아졸릴, 티아졸릴, 이소티아졸릴, 티아디아졸릴, 피리딜, 피리다지닐, 피리미디닐, 피라지닐, 인돌리지닐, 퓨리닐, 나프티리디닐, 및 프테리디닐을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴은 헤테로바이아릴 기, 예컨대 바이피리딜 등이다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "헤테로아릴" 및 "헤테로아르-"는 또한 헤테로방향족 고리가 하나 이상의 아릴, 지환족, 또는 헤테로시클릴 고리에 융합된 기를 포함하며, 여기서, 라디칼 또는 부착점은 헤테로방향족 고리 상에 있다. 비제한적 예는 인돌릴, 이소인돌릴, 벤조티에닐, 벤조푸라닐, 디벤조푸라닐, 인다졸릴, 벤즈이미다졸릴, 벤즈티아졸릴, 퀴놀릴, 이소퀴놀릴, 신놀리닐, 프탈라지닐, 퀴나졸리닐, 퀴녹살리닐, 4H-퀴놀리지닐, 카르바졸릴, 아크리디닐, 페나지닐, 페노티아지닐, 페녹사지닐, 테트라히드로퀴놀리닐, 테트라히드로이소퀴놀리닐, 및 피리도[2,3-b]-1,4-옥사진-3(4H)-온을 포함한다. 헤테로아릴 기는 단환식, 이환식 또는 다환식일 수 있다. 용어 "헤테로아릴"은 용어 "헤테로아릴 고리", "헤테로아릴 기", 또는 "헤테로방향족"과 상호교환가능하게 사용될 수 있으며, 상기 용어 중 임의의 것은 선택적으로 치환된 고리를 포함한다. 용어 "헤테로아르알킬"은 헤테로아릴 기로 치환된 알킬 기를 지칭하며, 여기서, 알킬 및 헤테로아릴 부분은 독립적으로 선택적으로 치환된다.
헤테로원자: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "헤테로원자"는 탄소 또는 수소가 아닌 원자를 의미한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로원자는 붕소, 산소, 황, 질소, 인, 또는 규소(임의의 산화된 형태의 질소, 황, 인, 또는 규소; 4차화된 형태의 임의의 염기성 질소 또는 복소환식 고리의 치환가능한 질소(예를 들어, N(3,4-디히드로-2H-피롤릴에서와 같이), NH(피롤리디닐에서와 같이) 또는 NR+(N-치환 피롤리디닐에서와 같이) 등)를 포함함)이며; 일부 실시 형태에서, 헤테로원자는 산소, 황 또는 질소이다.
복소환: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "복소환", "헤테로시클릴", "복소환식 라디칼" 및 "복소환식 고리"(본원에서 사용되는 바와 같음)는 상호교환가능하게 사용되며, 포화 또는 부분 불포화되고 하나 이상의 헤테로원자 고리 원자를 갖는 단환식, 이환식 또는 다환식 고리 모이어티(예를 들어, 3~30원)를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 기는, 상기에 정의된 바와 같이, 포화 또는 부분 불포화되고, 탄소 원자에 더하여 하나 이상의, 바람직하게는 1 내지 4개의 헤테로원자를 갖는 안정한 5 내지 7원 단환식 또는 7 내지 10원 이환식 복소환식 모이어티이다. 복소환의 고리 원자와 관련하여 사용되는 경우, 용어 "질소"는 치환된 질소를 포함한다. 일례로서, 산소, 황 및 질소로부터 선택되는 0~3개의 헤테로원자를 갖는 포화 또는 부분 불포화 고리에서, 질소는 N(3,4-디히드로-2H-피롤릴에서와 같이), NH(피롤리디닐에서와 같이), 또는 +NR(N-치환 피롤리디닐에서와 같이)일 수 있다. 복소환식 고리는 임의의 헤테로원자 또는 탄소 원자에서 그의 펜던트 기에 부착될 수 있으며(이는 안정한 구조를 초래함) 임의의 고리 원자는 선택적으로 치환될 수 있다. 이러한 포화 또는 부분 불포화 복소환식 라디칼의 예는 제한 없이 테트라히드로푸라닐, 테트라히드로티에닐, 피롤리디닐, 피페리디닐, 피롤리닐, 테트라히드로퀴놀리닐, 테트라히드로이소퀴놀리닐, 데카히드로퀴놀리닐, 옥사졸리디닐, 피페라지닐, 디옥사닐, 디옥솔라닐, 디아제피닐, 옥사제피닐, 티아제피닐, 모르폴리닐, 및 퀴누클리디닐을 포함한다. 용어 "복소환", "헤테로시클릴", "헤테로시클릴 고리", "복소환식 기", "복소환식 모이어티" 및 "복소환식 라디칼"은 본원에서 상호교환가능하게 사용되며, 또한 헤테로시클릴 고리가 하나 이상의 아릴, 헤테로아릴, 또는 지환족 고리에 융합된 기, 예컨대 인돌리닐, 3H-인돌릴, 크로마닐, 페난트리디닐, 또는 테트라히드로퀴놀리닐을 포함한다. 헤테로시클릴 기는 단환식, 이환식 또는 다환식일 수 있다. 용어 "헤테로시클릴알킬"은 헤테로시클릴로 치환된 알킬 기를 지칭하며, 여기서, 알킬 및 헤테로시클릴 부분은 독립적으로 선택적으로 치환된다.
상동성: "상동성" 또는 "동일성" 또는 "유사성"은 두 핵산 분자 사이의 서열 유사성을 지칭한다. 상동성 및 동일성은 각각 비교 목적으로 정렬될 수 있는 각각의 서열에서의 위치의 비교에 의해 결정될 수 있다. 비교되는 서열들에서의 동등한 위치가 동일한 염기에 의해 점유된다면, 분자는 그 위치에서 동일하며; 동등한 부위가 동일하거나 유사한 핵산 잔기(예를 들어, 입체적 및/또는 전자적 성질이 유사함)에 의해 점유된다면, 분자는 그 위치에서 상동성인(유사한) 것으로 지칭될 수 있다. 상동성/유사성 또는 동일성의 백분율로서의 표현은 비교되는 서열들에 의해 공유되는 위치에서의 동일하거나 유사한 핵산의 수의 함수를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, "비관련된" 또는 "비상동성인" 서열은 본원에 기술된 서열과 40% 미만의 동일성, 35% 미만의 동일성, 30% 미만의 동일성 또는 25% 미만의 동일성을 공유한다. 두 서열을 비교할 때, 잔기(아미노산 또는 핵산)의 부재 또는 가외의 잔기의 존재는 또한 동일성 및 상동성/유사성을 감소시킨다. 일부 실시 형태에서, 중합체 분자(예를 들어, 올리고뉴클레오티드, 핵산, 단백질 등)는 이들의 서열이 적어도 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 99% 동일한 경우 서로 "상동성"인 것으로 간주된다. 일부 실시 형태에서, 중합체 분자는 이들의 서열이 적어도 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99% 유사한 경우 서로 "상동성"인 것으로 간주된다.
일부 실시 형태에서, 용어 "상동성"은 유사한 기능 또는 모티프를 갖는 유전자의 확인에 사용되는 서열 유사성의 수학적 기반 비교를 설명한다. 본원에 기술된 핵산 서열들은 예를 들어 다른 패밀리 구성원, 관련 서열 또는 상동체를 확인하기 위해 공개 데이터베이스에 대한 검색을 수행하기 위한 "질의 서열"로서 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이러한 검색은 문헌[Altschul, et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-10]의 NBLAST 및 XBLAST 프로그램(버전 2.0)을 사용하여 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, BLAST 뉴클레오티드 검색은 NBLAST 프로그램, 스코어=100, 단어길이=12를 이용하여 수행하여 본 발명의 핵산 분자에 상동성인 뉴클레오티드 서열을 수득할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 비교 목적으로 갭 정렬을 얻기 위해 Gapped BLAST를 활용할 수 있으며, 이는 문헌[Altschul et al., (1997) Nucleic Acids Res. 25(17):3389-3402]에 기술된 바와 같다. BLAST 및 Gapped BLAST 프로그램을 이용하는 경우, 각각의 프로그램(예를 들어, XBLAST 및 BLAST)의 디폴트 파라미터가 사용될 수 있다(www.ncbi.nlm.nih.gov 참조).
동일성: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "동일성"은 중합체 분자 사이, 예를 들어 핵산 분자(예를 들어, 올리고뉴클레오티드, DNA, RNA 등) 사이 및/또는 폴리펩티드 분자 사이의 전반적인 관련성을 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 중합체 분자는 이들의 서열이 적어도 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 99% 동일한 경우 서로 "실질적으로 동일"한 것으로 간주된다. 예를 들어, 2개의 핵산 또는 폴리펩티드 서열의 동일성 퍼센트의 계산은 최적의 비교의 목적을 위해 상기 2개의 서열을 정렬함으로써 수행될 수 있다(예를 들어, 갭이 최적의 정렬을 위해 제1 및 제2 서열 중 하나 또는 이들 둘 다에 도입될 수 있으며, 동일하지 않은 서열들은 비교 목적에 대해 무시될 수 있다). 특정 실시 형태에서, 비교 목적으로 정렬되는 서열의 길이는 기준 서열의 길이의 적어도 30%, 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%, 적어도 95%, 또는 실질적으로 100%이다. 그 후, 상응하는 위치들의 뉴클레오티드들이 비교된다. 제1 서열에서의 위치가 제2 서열에서의 상응하는 위치와 동일한 잔기(예를 들어, 뉴클레오티드 또는 아미노산)에 의해 점유된다면, 분자들은 그 위치에서 동일하다. 두 서열 사이의 퍼센트 동일성은 상기 서열들이 공유하는 동일한 위치의 수의 함수로서, 이는 두 서열의 최적 정렬을 위해 도입될 필요가 있는 각각의 갭의 길이 및 갭의 수를 고려한다. 서열 비교 및 두 서열 사이의 동일성 퍼센트의 결정은 수학적 알고리즘을 사용하여 성취될 수 있다. 예를 들어, 두 뉴클레오티드 서열 사이의 동일성 퍼센트는 ALIGN 프로그램(버전 2.0)에 통합된 Meyers와 Miller의 알고리즘(문헌[CABIOS, 1989, 4: 11-17])을 사용하여 결정될 수 있다. 일부 예시적인 실시 형태에서, ALIGN 프로그램으로 이루어진 핵산 서열 비교는 PAM120 가중 잔기 표, 12의 갭 길이 페널티 및 4의 갭 페널티를 사용한다. 2개의 뉴클레오티드 서열 사이의 동일성 퍼센트는 대안적으로 NWSgapdna.CMP 매트릭스를 사용하는 GCG 소프트웨어 패키지의 GAP 프로그램을 사용하여 결정될 수 있다.
뉴클레오티드간 연결: 본원에서 사용되는 바와 같이, 어구 "뉴클레오티드간 연결"은 일반적으로, 올리고뉴클레오티드 또는 핵산의 뉴클레오시드 단위들을 연결시키는 연결을 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 자연 발생 DNA 및 RNA 분자에서 광범위하게 발견되는 포스포디에스테르 연결(당업자에 의해 인식되는 바와 같이 염 형태로 존재할 수 있는 천연 포스페이트 연결(-OP(=O)(OH)O-))이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 변형된 뉴클레오티드간 연결(천연 포스페이트 연결이 아님)이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 포스포디에스테르 연결의 적어도 하나의 산소 원자 또는 -OH가 상이한 유기 또는 무기 모이어티로 대체된 "변형된 뉴클레오티드간 연결"이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 유기 또는 무기 모이어티는 =S, =Se, =NR', -SR', -SeR', -N(R')2, B(R')3, -S-, -Se-, 및 -N(R')-로부터 선택되며, 여기서, 각각의 R'는 독립적으로 본 발명에 정의되고 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 포스포트리에스테르 연결, 포스포로티오에이트 연결(또는 포스포로티오에이트 디에스테르 연결, -OP(=O)(SH)O-(이는 당업자에 의해 인식되는 바와 같이 염 형태로 존재할 수 있음), 또는 포스포로티오에이트 트리에스테르 결합이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 예를 들어 PNA(펩티드 핵산) 또는 PMO(포스포로디아미데이트 모르폴리노 올리고머) 연결 중 하나이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 제공된 특정 올리고뉴클레오티드들에서의 n001)이다. 당업자는 뉴클레오티드간 연결이 연결에서의 산 또는 염기 모이어티의 존재로 인해 주어진 pH에서 음이온 또는 양이온으로 존재할 수 있음을 이해한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 WO 2017/210647에 기술된 바와 같이 s, s1, s2, s3, s4, s5, s6, s7, s8, s9, s10, s11, s12, s13, s14, s15, s16, s17 및 s18로 표기되는 변형된 뉴클레오티드간 연결이다.
시험관 내에서: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "시험관 내에서"는 유기체(예를 들어, 동물, 식물 및/또는 미생물) 내에서라기보다는 인공 환경에서, 예를 들어, 시험관 또는 반응 용기, 세포 배양 등에서 일어나는 사건을 지칭한다.
생체 내에서: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "생체 내에서"는 유기체(예를 들어, 동물, 식물 및/또는 미생물) 내에서 일어나는 사건을 지칭한다.
연결 인: 본원에 정의된 바와 같이, 어구 "연결 인"은 언급된 특정 인 원자가 뉴클레오티드간 연결에 존재하는 인 원자임을 나타내는 데 사용되며, 상기 인 원자는 천연 발생 DNA 및 RNA에서 나타나는 포스포디에스테르 뉴클레오티드간 연결의 인 원자에 상응한다. 일부 실시 형태에서, 연결 인 원자는 변형된 뉴클레오티드간 연결에 존재하며, 여기서, 포스포디에스테르 연결의 각각의 산소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 유기 또는 무기 모이어티로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 연결 인 원자는 본원에 정의된 바와 같은 화학식 I의 P이다. 일부 실시 형태에서, 연결 인 원자는 키랄 원자이다. 일부 실시 형태에서, 연결 인 원자는 비키랄 원자이다(예를 들어, 천연 포스페이트 연결에서와 같이).
링커: 용어 "링커", "연결 모이어티" 등은 하나의 화학적 모이어티를 또 다른 화학적 모이어티에 연결하는 임의의 화학적 모이어티를 지칭한다. 당업자에 의해 인식되는 바와 같이, 링커는 링커가 연결하는 화학적 모이어티의 수에 따라 2가 또는 3가 또는 그 이상일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 링커는 다량체에서 하나의 올리고뉴클레오티드를 또 다른 올리고뉴클레오티드에 연결하는 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 링커는 말단 뉴클레오시드와 고체 지지체 사이 또는 말단 뉴클레오시드와 또 다른 뉴클레오시드, 뉴클레오티드, 또는 핵산 사이에 선택적으로 위치하는 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드에서 링커는 화학적 모이어티(예를 들어, 표적화 모이어티, 지질 모이어티, 탄수화물 모이어티 등)를 (예를 들어, 그의 5'-말단, 3'-말단, 핵염기, 당, 뉴클레오티드간 결합 등을 통하여) 올리고뉴클레오티드 사슬과 연결한다.
저급 알킬: 용어 "저급 알킬"은 C1-4 직쇄 또는 분지형 알킬 기를 지칭한다. 예시적인 저급 알킬 기로는 메틸, 에틸, 프로필, 이소프로필, 부틸, 이소부틸, 및 tert-부틸이 있다.
저급 할로알킬: 용어 "저급 할로알킬"은 하나 이상의 할로겐 원자로 치환된 C1-4 직쇄 또는 분지형 알킬 기를 지칭한다.
변형된 핵염기: 용어 "변형된 핵염기", "변형된 염기" 등은 핵염기와 화학적으로 구별되지만 핵염기의 하나 이상의 기능을 수행할 수 있는 화학적 모이어티를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 변형을 포함하는 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 핵염기의 하나 이상의 기능이 가능하며, 예를 들어, 적어도 상보성 염기 서열을 포함하는 핵산에 대하여 염기쌍을 형성할 수 있는 중합체에서의 모이어티를 형성할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 치환된 A, T, C, G, 또는 U, 또는 A, T, C, G, 또는 U의 치환된 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 맥락에서 변형된 핵염기는 A, T, C, G 또는 U가 아닌 핵염기를 지칭한다.
변형된 뉴클레오시드: 용어 "변형된 뉴클레오시드"는 천연 뉴클레오시드로부터 유도되거나 화학적으로 유사하지만, 천연 뉴클레오시드와 구별되는 화학적 변형을 포함하는 모이어티를 지칭한다. 변형된 뉴클레오시드의 비제한적인 예는 염기 및/또는 당에서의 변형을 포함하는 것을 포함한다. 변형된 뉴클레오시드의 비제한적인 예는 당에서의 2' 변형을 갖는 것을 포함한다. 변형된 뉴클레오시드의 비제한적인 예는 또한 비염기성 뉴클레오시드(핵염기가 결여됨)를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는 뉴클레오시드의 하나 이상의 기능이 가능하며, 예를 들어, 적어도 상보성 염기 서열을 포함하는 핵산에 대하여 염기쌍을 형성할 수 있는 중합체에서의 모이어티를 형성할 수 있다.
변형된 뉴클레오티드: 용어 "변형된 뉴클레오티드"는 천연 뉴클레오티드와 구조적으로 상이하지만 천연 뉴클레오티드의 하나 이상의 기능을 수행할 수 있는 임의의 화학적 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 당, 염기 및/또는 뉴클레오티드간 연결에서의 변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 변형된 당, 변형된 핵염기 및/또는 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드는 뉴클레오티드의 하나 이상의 기능이 가능하며, 예를 들어, 적어도 상보성 염기 서열을 포함하는 핵산에 대하여 염기쌍을 형성할 수 있는 중합체에서의 서브유닛을 형성할 수 있다.
변형된 당: 용어 "변형된 당"은 당을 대체할 수 있는 모이어티를 지칭한다. 변형된 당은 당의 공간적 배열, 전자적 특성 또는 몇몇의 다른 물리화학적 특성을 모방한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명에 기술된 바와 같이, 변형된 당은 치환 리보스 또는 데옥시리보스이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 2'-변형을 포함한다. 유용한 2'-변형의 예는 당업계에서 널리 이용되고 본원에 설명되어 있다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OR이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-10 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OMe이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-MOE이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 이환식 당(예를 들어, LNA, BNA 등에 사용되는 당)이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 맥락에서, 변형된 당은 천연 RNA 또는 DNA에서 전형적으로 발견되는 리보스 또는 데옥시리보스가 아닌 당이다.
핵산: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "핵산"은 임의의 뉴클레오티드 및 이의 중합체를 포함한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "폴리뉴클레오티드"는 임의의 길이의 리보뉴클레오티드(RNA) 또는 데옥시리보뉴클레오티드(DNA) 또는 이들의 조합의 뉴클레오티드의 중합체 형태를 지칭한다. 이들 용어는 분자의 일차 구조를 지칭하며, 따라서 이중 가닥 및 단일 가닥 DNA, 및 이중 가닥 및 단일 가닥 RNA를 포함한다. 이들 용어는 등가물로서 메틸화, 보호 및/또는 캡핑된 뉴클레오티드 또는 폴리뉴클레오티드와 같은, 그러나 이에 한정되지 않는 변형된 뉴클레오티드 및/또는 변형된 폴리뉴클레오티드를 포함하는 RNA 또는 DNA의 유사체를 포함한다. 상기 용어는 폴리- 또는 올리고-리보뉴클레오티드(RNA) 및 폴리- 또는 올리고-데옥시리보뉴클레오티드(DNA); 핵염기 및/또는 변형된 핵염기의 N-글리코시드 또는 C-글리코시드로부터 유도된 RNA 또는 DNA; 당 및/또는 변형된 당으로부터 유도된 핵산; 및 포스페이트 가교 및/또는 변형된 뉴클레오티드간 연결로부터 유도된 핵산을 포함한다. 상기 용어는 핵염기, 변형된 핵염기, 당, 변형된 당, 포스페이트 가교 또는 변형된 뉴클레오티드간 연결의 임의의 조합을 함유하는 핵산을 포함한다. 예는 리보스 모이어티를 함유하는 핵산, 데옥시-리보스 모이어티를 함유하는 핵산, 리보스 및 데옥시리보스 모이어티 둘 다를 함유하는 핵산, 리보스 및 변형된 리보스 모이어티를 함유하는 핵산을 포함하지만 이에 한정되지 않는다. 달리 명시되지 않는 한, 접두어 폴리-는 2 내지 약 10,000개의 뉴클레오티드 단량체 단위를 함유하는 핵산을 지칭하고, 접두어 올리고-는 2 내지 약 200개의 뉴클레오티드 단량체 단위를 함유하는 핵산을 지칭한다.
핵염기: 용어 "핵염기"는 서열 특이적 방식으로 하나의 핵산 가닥을 또 다른 상보성 가닥에 결합시키는 수소 결합에 관여하는 핵산 부분을 지칭한다. 가장 일반적인 천연 발생 핵염기는 아데닌(A), 구아닌(G), 우라실(U), 시토신(C), 및 티민(T)이다. 일부 실시 형태에서, 천연 발생 핵염기는 변형된 아데닌, 구아닌, 우라실, 시토신, 또는 티민이다. 일부 실시 형태에서, 천연 발생 핵염기는 메틸화 아데닌, 구아닌, 우라실, 시토신, 또는 티민이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 고리 원자가 질소인 헤테로아릴 고리를 포함하며, 뉴클레오시드에 있을 때 상기 질소는 당 모이어티에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 고리 원자가 질소인 복소환식 고리를 포함하며, 뉴클레오시드에 있을 때 상기 질소는 당 모이어티에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 아데닌(A), 구아닌(G), 우라실(U), 시토신(C), 및 티민 (T) 이외의 핵염기인 "변형된 핵염기"이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 치환된 A, T, C, G 또는 U이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 A, T, C, G, 또는 U의 치환된 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 메틸화 아데닌, 구아닌, 우라실, 시토신 또는 티민이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 핵염기의 공간적 배열, 전자적 특성 또는 몇몇의 다른 물리화학적 특성을 모방하며, 서열 특이적 방식으로 하나의 핵산 가닥을 또 다른 것에 결합시키는 수소 결합의 특성을 보유한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 용융 거동, 세포내 효소에 의한 인식 또는 올리고뉴클레오티드 듀플렉스의 활성에 실질적으로 영향을 미치지 않으면서 모든 5가지 천연 발생 염기(우라실, 티민, 아데닌, 시토신 또는 구아닌)와 쌍을 형성할 수 있다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "핵염기"는 또한 변형된 핵염기 및 핵염기 유사체와 같은, 천연 또는 천연 발생 뉴클레오티드 대신에 사용되는 구조적 유사체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 A, T, C, G, 또는 U, 또는 A, T, C, G 또는 U의 선택적 치환 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, "핵염기"는 올리고뉴클레오티드 또는 핵산에서의 핵염기 단위를 지칭한다(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 또는 핵산에서와 같이 A, T, C, G 또는 U).
뉴클레오시드: 용어 "뉴클레오시드"는 핵염기 또는 변형된 핵염기가 당 또는 변형된 당에 공유 결합된 모이어티를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드는 천연 뉴클레오시드, 예를 들어, 아데노신, 데옥시아데노신, 구아노신, 데옥시구아노신, 티미딘, 우리딘, 시티딘 또는 데옥시시티딘이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드는 변형된 뉴클레오시드, 예를 들어, 치환된 천연 뉴클레오시드(아데노신, 데옥시아데노신, 구아노신, 데옥시구아노신, 티미딘, 우리딘, 시티딘 및 데옥시시티딘으로부터 선택됨)이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드는 변형된 뉴클레오시드, 예를 들어, 아데노신, 데옥시아데노신, 구아노신, 데옥시구아노신, 티미딘, 우리딘, 시티딘, 및 데옥시시티딘으로부터 선택되는 천연 뉴클레오시드의 치환된 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, "뉴클레오시드"는 올리고뉴클레오티드 또는 핵산에서의 뉴클레오시드 단위를 지칭한다.
뉴클레오시드 유사체: 용어 "뉴클레오시드 유사체"는 천연 뉴클레오시드와 화학적으로 구별되지만 뉴클레오시드의 하나 이상의 기능을 수행할 수 있는 화학적 모이어티를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드 유사체는 당 유사체 및/또는 핵염기 유사체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는 뉴클레오시드의 하나 이상의 기능이 가능하며, 예를 들어, 상보성 염기 서열을 포함하는 핵산에 대하여 염기쌍을 형성할 수 있는 중합체에서의 모이어티를 형성할 수 있다.
뉴클레오티드: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "뉴클레오티드"는 핵염기, 당 및 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 천연 DNA 및 RNA에서의 포스페이트 연결)로 이루어진 폴리뉴클레오티드의 단량체 단위를 지칭한다. 천연 발생 염기[구아닌(G), 아데닌(A), 시토신(C), 티민(T), 및 우라실(U)]는 퓨린 또는 피리미딘의 유도체이지만, 천연 발생 및 천연 비-발생 염기 유사체도 포함됨이 이해되어야 한다. 천연 발생 당은 펜토스(오탄당) 데옥시리보스(이는 DNA를 형성함) 또는 리보스(이는 RNA를 형성함)이지만, 천연 발생 및 천연 비-발생 당 유사체도 포함됨이 이해되어야 한다. 뉴클레오티드는 뉴클레오티드간 연결을 통해 연결되어 핵산 또는 폴리뉴클레오티드를 형성한다. (포스페이트, 포스포로티오에이트, 보라노포스페이트 등과 같은, 그러나 이에 한정되지 않는) 많은 뉴클레오티드간 연결이 당업계에 공지되어 있다. 인공 핵산은 PNA(펩티드 핵산), 포스포트리에스테르, 포스포로티오네이트, H-포스포네이트, 포스포르아미데이트, 보라노포스페이트, 메틸포스포네이트, 포스포노아세테이트, 티오포스포노아세테이트 및 천연 핵산의 포스페이트 백본의 다른 변이체, 예컨대 본원에 기술된 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 천연 뉴클레오티드는 천연 발생 염기, 당 및 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "뉴클레오티드"는 또한 변형된 뉴클레오티드 및 뉴클레오티드 유사체와 같은, 천연 또는 천연 발생 뉴클레오티드 대신에 사용되는 구조적 유사체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, "뉴클레오티드"는 올리고뉴클레오티드 또는 핵산에서의 뉴클레오티드 단위를 지칭한다.
올리고뉴클레오티드: 용어 "올리고뉴클레오티드"는 뉴클레오티드의 중합체 또는 올리고머를 지칭하며, 천연 및 비-천연 핵염기, 당, 및 뉴클레오티드간 연결의 임의의 조합을 포함할 수 있다.
올리고뉴클레오티드는 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있다. 단일 가닥 올리고뉴클레오티드는 이중 가닥 영역(단일 가닥 올리고뉴클레오티드의 두 부분에 의해 형성됨)을 가질 수 있고, 2개의 올리고뉴클레오티드 사슬을 포함하는 이중 가닥 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 상기 두 올리고뉴클레오티드 사슬이 서로 상보성이 아닌 영역에서 단일 가닥 영역을 가질 수 있다. 예시적인 올리고뉴클레오티드는 구조 유전자, 제어 및 종결 영역을 포함하는 유전자, 바이러스 또는 플라스미드 DNA와 같은 자기 복제 시스템, 단일 가닥 및 이중 가닥 RNAi 에이전트 및 기타 RNA 간섭 시약(RNAi 에이전트 또는 iRNA 에이전트), shRNA, 안티센스 올리고뉴클레오티드, 리보자임, 마이크로RNA, 마이크로RNA 모방체, 수퍼미르(supermir), 압타머(aptamer), 안티미르(antimir), 안타고미르(antagomir), Ul 어댑터(adaptor), 트리플렉스-형성 올리고뉴클레오티드, G-쿼드루플렉스 올리고뉴클레오티드, RNA 활성자, 면역자극 올리고뉴클레오티드 및 데코이(decoy) 올리고뉴클레오티드를 포함하지만 이에 한정되지 않는다.
본 발명의 올리고뉴클레오티드는 다양한 길이의 것일 수 있다. 특정 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 약 2 내지 약 200개의 뉴클레오시드의 범위일 수 있다. 다양한 관련 실시 형태에서, 단일 가닥, 이중 가닥 또는 삼중 가닥 올리고뉴클레오티드는 길이가 약 4 내지 약 10개의 뉴클레오시드, 약 10 내지 약 50개의 뉴클레오시드, 약 20 내지 약 50개의 뉴클레오시드, 약 15 내지 약 30개의 뉴클레오시드, 길이가 약 20 내지 약 30개의 뉴클레오시드의 범위일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 약 9 내지 약 39개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 4개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 5개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 6개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 7개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 8개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 9개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 10개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 11개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 12개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 15개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 15개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 16개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 17개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 18개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 19개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 20개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 25개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 30개의 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 18개의 뉴클레오시드인 상보성 가닥들의 듀플렉스이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 길이가 적어도 21개의 뉴클레오시드인 상보성 가닥들의 듀플렉스이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 길이에서 카운팅되는 각각의 뉴클레오시드는 독립적으로 A, T, C, G, 또는 U, 또는 선택적 치환 A, T, C, G, 또는 U, 또는 A, T, C, G, 또는 U의 선택적 치환 호변이성질체를 포함한다.
올리고뉴클레오티드 유형: 본원에서 사용되는 바와 같이, 어구 "올리고뉴클레오티드 유형"은 특정 염기 서열, 백본 연결 패턴(즉, 뉴클레오티드간 연결 유형, 예를 들어 포스페이트, 포스포로티오에이트, 포스포로티오에이트 트리에스테르 등의 패턴), 백본 키랄 중심의 패턴[즉, 연결 인 입체화학의 패턴(Rp/Sp)], 및 백본 인 변형의 패턴(예를 들어, 본원에 정의된 바와 같은 화학식 I에서의 "-XLR1" 기의 패턴)을 갖는 올리고뉴클레오티드를 정의하는 데 사용된다 . 일부 실시 형태에서, 공통 표기 "유형"의 올리고뉴클레오티드는 서로 구조적으로 동일하다.
당업자는 본 발명의 합성 방법이 올리고뉴클레오티드 가닥의 합성 동안 어느 정도의 제어를 제공하여 올리고뉴클레오티드 가닥의 각각의 뉴클레오티드 단위가 연결 인에서의 특정 입체화학 및/또는 연결 인에서의 특정 변형 및/또는 특정 염기 및/또는 특정 당을 갖도록 미리 설계되고/되거나 선택될 수 있음을 이해할 것이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 가닥은 연결 인에서 입체중심들의 특정 조합을 갖도록 미리 설계되고/되거나 선택된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 가닥은 연결 인에서 변형들의 특정 조합을 갖도록 설계되고/되거나 결정된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 가닥은 염기들의 특정 조합을 갖도록 설계되고/되거나 선택된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 가닥은 상기 구조적 특징들 중 하나 이상의 특정 조합을 갖도록 설계되고/되거나 선택된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드 분자를 포함하거나 이로 이루어진 조성물(예를 들어, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물)을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 모든 분자는 동일한 유형의 것이다(즉, 서로 구조적으로 동일하다). 그러나 일부 실시 형태에서, 제공된 조성물은 상이한 유형의 복수의 올리고뉴클레오티드를 전형적으로 소정의 상대적인 양으로 포함한다.
선택적으로 치환된: 본원에 기술된 바와 같이, 본 발명의 화합물, 예를 들어 올리고뉴클레오티드는 선택적으로 치환된 모이어티 및/또는 치환된 모이어티를 포함할 수 있다. 일반적으로, "선택적으로"라는 용어가 선행하든지 아니든지 간에, "치환된"이라는 용어는 표기된 모이어티의 하나 이상의 수소가 적합한 치환체로 대체됨을 의미한다. 달리 지시되지 않는 한, "선택적으로 치환된" 기는 기의 각각의 치환가능한 위치에 적합한 치환체를 가질 수 있고, 임의의 주어진 구조에서 하나 초과의 위치가 특정 기로부터 선택된 하나 초과의 치환체로 치환될 수 있는 경우, 치환체는 모든 위치에서 동일하거나 상이할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 선택적으로 치환된 기는 비치환된다. 본 발명에 의해 구상되는 치환체들의 조합은 바람직하게는 안정하거나 화학적으로 실현가능한(chemically feasible) 화합물의 형성을 초래하는 것이다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "안정한"은 화합물의 생성, 검출, 및 특정 실시 형태에서, 화합물의 회수, 정제, 및 본원에 개시된 목적 중 하나 이상을 위한 용도를 가능하게 하기 위한 조건을 가할 경우 실질적으로 변경되지 않는 화합물을 지칭한다. 특정 치환체는 아래에 기술되어 있다.
치환가능한 원자, 예를 들어, 적합한 탄소 원자 상의 적합한 1가 치환체는 독립적으로 할로겐; -(CH2)0-4R°; -(CH2)0-4OR°; -O(CH2)0-4Ro, -O-(CH2)0-4C(O)OR°; -(CH2)0-4CH(OR°)2; R°로 치환될 수 있는 -(CH2)0-4Ph; R°로 치환될 수 있는 -(CH2)0-4O(CH2)0-1Ph; R°로 치환될 수 있는 -CH=CHPh; R°로 치환될 수 있는 -(CH2)0-4O(CH2)0-1-피리딜; -NO2; -CN; -N3; -(CH2)0-4N(R°)2; -(CH2)0-4N(R°)C(O)R°; -N(R°)C(S)R°; -(CH2)0-4N(R°)C(O)NR°2; -N(R°)C(S)NR°2; -(CH2)0-4N(R°)C(O)OR°; -N(R°)N(R°)C(O)R°; -N(R°)N(R°)C(O)NR°2; -N(R°)N(R°)C(O)OR°; -(CH2)0-4C(O)R°; -C(S)R°; -(CH2)0-4C(O)OR°; -(CH2)0-4C(O)SR°; -(CH2)0-4C(O)OSiR°3; -(CH2)0-4OC(O)R°; -OC(O)(CH2)0-4SR°, -SC(S)SR°; -(CH2)0-4SC(O)R°; -(CH2)0-4C(O)NR°2; -C(S)NR°2; -C(S)SR°; -(CH2)0-4OC(O)NR°2; -C(O)N(OR°)R°; -C(O)C(O)R°; -C(O)CH2C(O)R°; -C(NOR°)R°; -(CH2)0-4SSR°; -(CH2)0-4S(O)2R°; -(CH2)0-4S(O)2OR°; -(CH2)0-4OS(O)2R°; -S(O)2NR°2; -(CH2)0-4S(O)R°; -N(R°)S(O)2NR°2; -N(R°)S(O)2R°; -N(OR°)R°; -C(NH)NR°2; -Si(R°)3; -OSi(R°)3; -B(R°)2; -OB(R°)2; -OB(OR°)2; -P(R°)2; -P(OR°)2; -P(R°)(OR°); -OP(R°)2; -OP(OR°)2; -OP(R°)(OR°); -P(O)(R°)2; -P(O)(OR°)2; -OP(O)(R°)2; -OP(O)(OR°)2; -OP(O)(OR°)(SR°); -SP(O)(R°)2; -SP(O)(OR°)2; -N(R°)P(O)(R°)2; -N(R°)P(O)(OR°)2; -P(R°)2[B(R°)3]; -P(OR°)2[B(R°)3]; -OP(R°)2[B(R°)3]; -OP(OR°)2[B(R°)3]; -(C1-4 직쇄 또는 분지형 알킬렌)O-N(R°)2; 또는 -(C1-4 직쇄 또는 분지형 알킬렌)C(O)O-N(R°)2이며, 여기서, 각각의 R°은 본원에 정의된 바와 같이 치환될 수 있고, 독립적으로 수소, C1-20 지방족, 독립적으로 질소, 산소, 황, 규소 및 인으로부터 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 C1-20 헤테로지방족, -CH2-(C6-14 아릴), -O(CH2)0-1(C6-14 아릴), -CH2-(5~14원 헤테로아릴 고리), 5~20원, 단환식, 이환식, 또는 다환식, 포화, 부분 불포화 또는 아릴 고리(독립적으로 질소, 산소, 황, 규소 및 인으로부터 선택되는 0~5개의 헤테로원자를 가짐)이거나, 또는, 상기 정의에도 불구하고, 2개의 독립적으로 존재하는 R°는 이의 개재 원자(들)와 함께 취해져서, 5~20원, 단환식, 이환식, 또는 다환식, 포화, 부분 불포화 또는 아릴 고리(독립적으로 질소, 산소, 황, 규소 및 인으로부터 선택되는 0~5개의 헤테로원자를 가짐)를 형성하며, 이는 하기에 정의된 바와 같이 치환될 수 있다.
R°(또는 2개의 독립적으로 존재하는 R°이 그의 개재 원자와 함께 형성하는 고리) 상의 적합한 1가 치환체는 독립적으로 할로겐, -(CH2)0-2R●, -(할로R●), -(CH2)0-2OH, -(CH2)0-2OR●, -(CH2)0-2CH(OR●)2; -O(할로R●), -CN, -N3, -(CH2)0-2C(O)R●, -(CH2)0-2C(O)OH, -(CH2)0-2C(O)OR●, -(CH2)0-2SR●, -(CH2)0-2SH, -(CH2)0-2NH2, -(CH2)0-2NHR●, -(CH2)0-2NR● 2, -NO2, -SiR● 3, -OSiR● 3, -C(O)SR● , -(C1-4 직쇄 또는 분지형 알킬렌)C(O)OR●, 또는 -SSR●이며, 여기서, 각각의 R●은 비치환되거나, 또는 "할로"가 선행하는 경우, 단지 하나 이상의 할로겐으로 치환되고, 독립적으로 C1-4 지방족, -CH2Ph, -O(CH2)0-1Ph, 및 5~6원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 고리(독립적으로 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)로부터 선택된다. R°의 포화 탄소 원자 상의 적합한 2가 치환체는 =O 및 =S를 포함한다.
예를 들어 적합한 탄소 원자 상의 적합한 2가 치환체는 독립적으로 다음의 것이다: =O, =S, =NNR* 2, =NNHC(O)R*, =NNHC(O)OR*, =NNHS(O)2R*, =NR*, =NOR*, -O(C(R* 2))2-3O-, 또는 -S(C(R* 2))2-3S-(여기서, 각각 독립적으로 존재하는 R*는 수소, 하기에 정의된 바와 같이 치환될 수 있는 C1-6 지방족, 및 비치환 5~6원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 고리(독립적으로 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)로부터 선택됨). "선택적으로 치환된" 기의 인접한 치환가능 탄소에 결합되는 적합한 2가 치환체는 다음을 포함한다: -O(CR* 2)2-3O-(여기서, 각각 독립적으로 존재하는 R*는 수소, 하기에 정의된 바와 같이 치환될 수 있는 C1-6 지방족, 및 비치환 5~6원 포화, 부분 불포화, 및 아릴 고리(독립적으로 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)로부터 선택됨).
R*의 지방족 기 상의 적합한 치환체는 독립적으로 할로겐, -R●, -(할로R●), -OH, -OR●, -O(할로R●), -CN, -C(O)OH, -C(O)OR●, -NH2, -NHR●, -NR● 2, 또는 -NO2이며, 여기서, 각각의 R●는 비치환되거나, 또는 "할로"가 선행하는 경우, 단지 하나 이상의 할로겐으로 치환되고, 독립적으로 C1-4 지방족, -CH2Ph, -O(CH2)0-1Ph, 또는 5~6원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 고리(독립적으로 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)이다.
일부 실시 형태에서, 치환가능 질소 상의 적합한 치환체는 독립적으로 -R†, -NR† 2, -C(O)R†, -C(O)OR†, -C(O)C(O)R†, -C(O)CH2C(O)R†, -S(O)2R†, -S(O)2NR† 2, -C(S)NR† 2, -C(NH)NR† 2, 또는 -N(R†)S(O)2R†이며; 여기서, 각각의 R†는 독립적으로 수소, 하기에 정의된 바와 같이 치환될 수 있는 C1-6 지방족, 비치환 -OPh, 또는 비치환 5~6원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 고리(독립적으로 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)이거나, 또는 상기 정의에도 불구하고, 2개의 독립적으로 존재하는 R†는 그의 개재 원자(들)와 함께, 비치환 3~12원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 단환식 또는 이환식 고리(독립적으로 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)를 형성한다.
R†의 지방족 기 상의 적합한 치환체는 독립적으로 할로겐, -R●, -(할로R●), -OH, -OR●, -O(할로R●), -CN, -C(O)OH, -C(O)OR●, -NH2, -NHR●, -NR● 2, 또는 -NO2이며, 여기서, 각각의 R●는 비치환되거나, 또는 "할로"가 선행하는 경우, 단지 하나 이상의 할로겐으로 치환되고, 독립적으로 C1-4 지방족, -CH2Ph, -O(CH2)0-1Ph, 또는 5~6원 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 고리(독립적으로 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 0~4개의 헤테로원자를 가짐)이다.
경구: 본원에서 사용되는 바와 같이, "경구 투여" 및 "경구 투여되다"라는 어구는 입에 의한 화합물 또는 조성물의 투여를 지칭하는, 그의 기술 분야에서 이해되는 의미를 갖는다.
P-변형: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "P-변형"은 입체화학적 변형 이외의 연결 인에서의 임의의 변형을 지칭한다. 일부 실시 형태에서, P-변형은 연결 인에 공유적으로 부착된 펜던트 모이어티의 부가, 치환 또는 제거를 포함한다. 일부 실시 형태에서, "P-변형"은 -X-L-R1이며, 여기서, 각각의 X, L 및 R1은 독립적으로 본 발명에 정의되고 기술된 바와 같다.
비경구: 본원에서 사용되는 바와 같이, 어구 "비경구 투여" 및 "비경구 투여되다"는 일반적으로 주사에 의한 장내 및 국소 투여 이외의 투여 방식을 지칭하는 그의 기술 분야에서 이해되는 의미를 가지며, 제한 없이, 정맥내, 근육내, 동맥내, 척추강내, 낭내, 안와내, 심장내, 피내, 복강내, 경기관, 피하, 표피하, 관절내, 피막하, 지주막하, 척수내 및 흉골내 주사 및 주입을 포함한다.
부분 불포화된: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "부분 불포화된"은 적어도 하나의 이중 또는 삼중 결합을 포함하는 고리 모이어티를 지칭한다. 용어 "부분 불포화된"은 다수의 불포화 부위를 갖는 고리를 포함하고자 하지만, 본원에 정의된 바와 같은 아릴 또는 헤테로아릴 모이어티를 포함하고자 하는 것은 아니다.
제약 조성물: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "제약 조성물"은 하나 이상의 제약상 허용가능한 담체와 함께 제형화된 활성제를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 활성제는 관련 집단에 투여되는 경우 통계적으로 유의한, 소정 치료 효과의 달성 확률을 나타내는 치료 요법에서의 투여에 적절한 양의 단위 용량으로 존재한다. 일부 실시 형태에서, 제약 조성물은 다음을 위한 것으로 수정된 것을 비롯하여 고체 또는 액체 형태로 투여하기 위한 것으로 특별히 제형화 될 수 있다: 예를 들어, 드렌치(수성 또는 비수성 용액 또는 현탁액), 정제, 예를 들어 협측, 설하, 및 전신 흡수용으로 표적화된 것, 볼루스, 산제, 과립, 혀에의 적용을 위한 페이스트와 같은 경구 투여용; 예를 들어, 살균 용액 또는 현탁액, 또는 서방형 제형으로서, 예를 들어 피하, 근육내, 정맥내 또는 경막외 주사에 의한 비경구 투여용; 예를 들어, 피부, 폐 또는 구강에 적용되는 크림, 연고 또는 제어 방출 패치 또는 스프레이로서의 국소 적용용; 예를 들어 페서리, 크림 또는 폼으로서의 질내 또는 직장내 투여용; 설하 투여용; 눈 투여용; 경피 투여용; 또는 비강, 폐 및 다른 점막 표면 투여용.
제약상 허용가능한: 본원에서 사용되는 바와 같이, "제약상 허용가능한"이라는 어구는 건전한 의학적 판단의 범주 내에서, 합리적인 이익/위험 비에 상응하여, 과도한 독성, 자극, 알러지 반응, 또는 기타 문제 또는 합병증 없이 인간 및 동물의 조직과 접촉하여 사용하기에 적합한 화합물, 물질, 조성물 및/또는 투여 형태를 지칭한다.
제약상 허용가능한 담체: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "제약상 허용가능한 담체"는 하나의 기관, 또는 신체 일부로부터 또 다른 기관 또는 신체 일부로 대상 화합물을 운반 또는 수송하는 데 관여하는 제약상 허용가능한 물질, 조성물 또는 비히클, 예컨대 액체 또는 고체 충전제, 희석제, 부형제, 또는 용매 캡슐화 물질을 의미한다. 각각의 담체는 제형의 다른 성분과 상용성이고 환자에게 해롭지 않다는 의미에서 "허용가능"해야 한다. 제약상 허용가능한 담체로서의 역할을 할 수 있는 물질의 일부 예는 다음을 포함한다: 당, 예컨대 락토스, 글루코스 및 수크로스; 전분, 예컨대 옥수수 전분 및 감자 전분; 셀룰로오스 및 그의 유도체, 예컨대 소듐 카르복시메틸 셀룰로오스, 에틸 셀룰로오스 및 셀룰로오스 아세테이트; 분말형 트래거캔스; 맥아; 젤라틴; 활석; 부형제, 예컨대 코코아 버터 및 좌제 왁스; 오일, 예컨대 땅콩유, 면실유, 홍화유, 참기름, 올리브유, 옥수수유 및 대두유; 글리콜, 예컨대 프로필렌 글리콜; 폴리올, 예컨대 글리세린, 소르비톨, 만니톨 및 폴리에틸렌 글리콜; 에스테르, 예컨대 에틸 올레에이트 및 에틸 라우레이트; 한천; 완충제, 예컨대 수산화마그네슘 및 수산화알루미늄; 알긴산; 무발열원 물; 등장 염수; 링거액(Ringer's solution); 에틸 알코올; pH 완충 용액; 폴리에스테르, 폴리카르보네이트 및/또는 폴리언하이드라이드; 및 제약 제형에 이용되는 다른 비독성 상용성 물질.
제약상 허용가능한 염: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "제약상 허용가능한 염"은 의약품 맥락에서 사용하기에 적절한 화합물의 염, 즉, 건전한 의학적 판단의 범주 내에서 과도한 독성, 자극, 알러지 반응 등이 없이 인간 및 더 하등한 동물의 조직과 접촉하여 사용하기에 적합하고, 합리적인 이익/위험 비에 상응하는 염을 지칭한다. 제약상 허용가능한 염은 본 기술 분야에 잘 알려져 있다. 예를 들어, S. M. Berge 등은 제약상 허용가능한 염을 문헌[J. Pharmaceutical Sciences, 66: 1-19 (1977)]에서 상세히 기술한다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 염산, 브롬화수소산, 인산, 황산 및 과염소산과 같은 무기 산 또는 아세트산, 말레산, 타르타르산, 시트르산, 숙신산 또는 말론산과 같은 유기 산에 의해 형성되거나 또는 이온 교환과 같은 본 기술 분야에서 사용되는 다른 방법을 사용하여 형성된 아미노기의 염인 비독성 산 부가염을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 아디페이트, 알기네이트, 아스코르베이트, 아스파르테이트, 벤젠술포네이트, 벤조에이트, 바이술페이트, 보레이트, 부티레이트, 캄포레이트, 캄포르술포네이트, 시트레이트, 시클로펜탄프로피오네이트, 디글루코네이트, 도데실술페이트, 에탄술포네이트, 포르메이트, 푸마레이트, 글루코헵토네이트, 글리세로포스페이트, 글루코네이트, 헤미술페이트, 헵타노에이트, 헥사노에이트, 히드로요오다이드, 2-히드록시-에탄술포네이트, 락토비오네이트, 락테이트, 라우레이트, 라우릴 술페이트, 말레이트, 말레에이트, 말로네이트, 메탄술포네이트, 2-나프탈렌술포네이트, 니코티네이트, 니트레이트, 올레에이트, 옥살레이트, 팔미테이트, 파모에이트, 펙티네이트, 퍼술페이트, 3-페닐프로피오네이트, 포스페이트, 피크레이트, 피발레이트, 프로피오네이트, 스테아레이트, 숙시네이트, 술페이트, 타르트레이트, 티오시아네이트, p-톨루엔술포네이트, 운데카노에이트, 발레레이트 염 등을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하나 이상의 산성 기, 예를 들어, 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 제약상 허용가능한 염은 알칼리, 알칼리 토금속, 또는 암모늄(예를 들어, N(R)3의 암모늄 염(여기서, 각각의 R은 독립적으로 정의되며, 본 발명에 기술되어 있음)) 염이다. 대표적인 알칼리 또는 알칼리 토금속 염은 소듐, 리튬, 포타슘, 칼슘, 마그네슘 등을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 소듐 염이다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 포타슘 염이다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 칼슘 염이다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은, 적절한 경우, 할라이드, 히드록시드, 카르복실레이트, 술페이트, 포스페이트, 니트레이트, 1 내지 6개의 탄소 원자를 갖는 알킬, 술포네이트 및 아릴 술포네이트와 같은 반대 이온을 사용하여 형성되는 비독성 암모늄, 4차 암모늄 및 아민 양이온을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하나 초과의 산 기를 포함하고, 예를 들어 올리고뉴클레오티드는 2개 이상의 산성 기를 포함할 수 있다(예를 들어, 천연 포스페이트 연결 및/또는 변형 뉴클레오티드간 연결에서). 일부 실시 형태에서, 이러한 화합물의 제약상 허용가능한 염, 또는 일반적으로 염은 동일하거나 상이할 수 있는 2개 이상의 양이온을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염(또는 일반적으로 염)에서, 산성 기에서의 모든 이온화가능 수소(예를 들어, 약 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3 또는 2 이하; 일부 실시 형태에서 약 7 이하; 일부 실시 형태에서 약 6 이하; 일부 실시 형태에서 약 5 이하; 일부 실시 형태에서 약 4 이하; 일부 실시 형태에서 약 3 이하의 pKa를 갖는 수용액에서)는 양이온으로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 포스포로티오에이트 및 포스페이트 기는 독립적으로 그의 염 형태로 존재한다(예를 들어, 나트륨 염인 경우 각각 -O-P(O)(SNa)-O- 및 -O-P(O)(ONa)-O-). 일부 실시 형태에서, 각각의 포스포로티오에이트 및 포스페이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 그의 염 형태로 존재한다(예를 들어, 나트륨 염인 경우 각각 -O-P(O)(SNa)-O- 및 -O-P(O)(ONa)-O-). 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 올리고뉴클레오티드의 소듐 염이다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 각각의 산성 포스페이트 및 변형된 포스페이트 기(예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스페이트 등)가, 만약에 있다면, 염 형태(모두 나트륨 염)로 존재하는 올리고뉴클레오티드의 나트륨 염이다.
보호기: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "보호기"는 본 기술 분야에 잘 알려져 있으며, 문헌[Protecting Groups in Organic Synthesis, T. W. Greene and P. G. M. Wuts, 3rd edition, John Wiley & Sons, 1999]에 상세하게 기술된 것을 포함하는데, 상기 문헌 전체는 본원에 참고로 포함된다. 문헌[Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry, edited by Serge L. Beaucage et al. 06/2012](제2장 전체가 본원에 참고로 포함됨)에 기술된 뉴클레오시드 및 뉴클레오티드 화학을 위하여 특별히 수정된 보호기가 또한 포함된다. 적합한 아미노-보호기는 본원 및/또는 다음에 기술된 것을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다: WO 2018/022473, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, 및/또는 WO 2019/075357(이들 각각의 보호기의 설명은 독립적으로 본원에 참고로 포함됨).
대상체: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "대상체" 또는 "테스트 대상체"는, 제공된 화합물(예를 들어, 제공된 올리고뉴클레오티드) 또는 조성물이 예를 들어, 실험, 진단, 예방 및/또는 치료 목적을 위하여 본 발명에 따라 투여되는 임의의 유기체를 지칭한다. 전형적인 대상체는 동물(예를 들어, 포유동물, 예컨대 마우스, 래트, 토끼, 비-인간 영장류, 및 인간; 곤충류; 벌레 등) 및 식물을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 대상체는 인간이다. 일부 실시 형태에서, 대상체는 질환, 장애 및/또는 병태를 앓고 있고/있거나 이에 걸리기 쉬울 수 있다.
실질적으로: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "실질적으로"는 관심있는 특징 또는 특성의 전체 또는 거의 전체의 범위 또는 정도를 나타내는 정성적 상태를 지칭한다. 제2 서열에 실질적으로 상보성인 염기 서열은 제2 서열과 동일하지 않지만, 제2 서열과 대부분 동일하거나 또는 거의 동일하다. 게다가, 생물학 분야의 통상의 기술자는 생물학적 및 화학적 현상이 완료되는 경우가 거의 없고/없거나 완전성에 이르거나 절대 결과를 달성 또는 회피하는 경우가 거의 없다는 것을 이해할 것이다. 따라서 용어 "실질적으로"는 많은 생물학적 및/또는 화학적 현상에 내재된 완전성의 잠재적 결핍을 포착하기 위해 본원에서 사용된다.
당: 용어 "당"은 폐쇄 및/또는 개방 형태의 단당류 또는 다당류를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 당은 단당류이다. 일부 실시 형태에서, 당은 다당류이다. 당은 리보스, 데옥시리보스, 펜토푸라노스, 펜토피라노스 및 헥소피라노스 모이어티를 포함하지만 이에 한정되지 않는다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "당"은 또한 통상적인 당 분자 대신 사용되는 구조적 유사체, 예컨대 글리콜(이의 중합체는 핵산 유사체의 백본을 형성함), 글리콜 핵산("GNA") 등을 포함한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "당"은 또한 천연 또는 천연 발생 뉴클레오티드 대신 사용되는 구조적 유사체, 예컨대 변형된 당 및 뉴클레오티드 당을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 당은 RNA 또는 DNA 당(리보스 또는 데옥시리보스)이다. 일부 실시 형태에서, 당은 변형된 리보스 또는 데옥시리보스 당, 예를 들어 2'-변형된 것, 5'-변형된 것 등이다. 본원에 기술된 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 및/또는 핵산에서 사용되는 경우, 변형된 당은 하나 이상의 원하는 특성, 활성 등을 제공할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환 리보스 또는 데옥시리보스이다. 일부 실시 형태에서, "당"은 올리고뉴클레오티드 또는 핵산에서의 당 단위를 지칭한다.
걸리기 쉬운: 질환, 장애 및/또는 병태에 "걸리기 쉬운" 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태의 발병 위험이 일반 대중 구성원보다 더 높은 개체이다. 일부 실시 형태에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태를 갖는 성향이 있다. 일부 실시 형태에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태가 진단된 적이 없을 수 있다. 일부 실시 형태에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태의 증상을 나타낼 수 있다. 일부 실시 형태에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태의 증상을 나타내지 않을 수 있다. 일부 실시 형태에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태가 발병할 것이다. 일부 실시 형태에서, 질환, 장애 및/또는 병태에 걸리기 쉬운 개체는 그 질환, 장애 및/또는 병태가 발병하지 않을 것이다.
치료제: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "치료제"는 일반적으로, 대상체에게 투여되는 경우 원하는 효과(예를 들어, 원하는 생물학적, 임상적 또는 약리학적 효과)를 유발하는 임의의 약제를 지칭한다. 일부 실시 형태에서, 약제는 적절한 집단 전체에 걸쳐 통계적으로 유의한 효과를 나타내는 경우 치료제로 간주된다. 일부 실시 형태에서, 적절한 집단은 질환, 장애 또는 병태를 앓고 있고/있거나 이에 걸리기 쉬운 대상체의 집단이다. 일부 실시 형태에서, 적절한 집단은 모델 유기체의 집단이다. 일부 실시 형태에서, 적절한 집단은 연령 군, 성별, 유전적 배경, 기존 임상 상태, 요법에 대한 사전 노출과 같은 하나 이상의 기준에 의해 정해질 수 있다. 일부 실시 형태에서, 치료제는, 대상체에게 유효량으로 투여되는 경우 대상체에서 질환, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 증상 또는 특징을 경감시키고/시키거나, 개선시키고/시키거나, 완화시키고/시키거나, 억제하고/하거나, 예방하고/하거나, 이의 발병을 지연시키고/시키거나, 이의 중증도를 감소시키고/시키거나, 이의 발생을 감소시키는 물질이다. 일부 실시 형태에서, "치료제"는 인간 투여용으로 판매될 수 있기 전에 정부 기관에 의해 승인되었거나 승인을 받는 것이 요구되는 약제이다. 일부 실시 형태에서, "치료제"는 인간에게 투여하기 위해 의학적 처방이 요구되는 약제이다. 일부 실시 형태에서, 치료제는 제공된 화합물, 예를 들어 제공된 올리고뉴클레오티드이다.
치료적 유효량: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "치료적 유효량"은 치료 요법의 일부로서 투여되는 경우 원하는 생물학적 반응을 유발하는 물질(예를 들어, 치료제, 조성물 및/또는 제형)의 양을 의미한다. 일부 실시 형태에서, 물질의 치료적 유효량은 질환, 장애 및/또는 병태를 앓고 있거나 이것에 걸리기 쉬운 대상체에게 투여되는 경우 그 질환, 장애 및/또는 병태의 치료, 진단, 예방 및/또는 발병 지연에 충분한 양이다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 물질의 유효량은 원하는 생물학적 종점, 전달되는 물질, 표적 세포 또는 조직 등과 같은 요인에 따라 달라질 수 있다. 예를 들어, 질환, 장애 및/또는 병태를 치료하기 위한 제형 중 화합물의 유효량은, 질환, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 증상 또는 특징을 경감시키고/시키거나, 개선시키고/시키거나, 완화시키고/시키거나, 억제하고/하거나, 예방하고/하거나, 이의 발병을 지연시키고/시키거나, 이의 중증도를 감소시키고/시키거나, 이의 발생을 감소시키는 양이다. 일부 실시 형태에서, 치료적 유효량은 단회 용량으로 투여되고; 일부 실시 형태에서, 치료적 유효량을 전달하기 위해 다중 단위 용량이 요구된다.
치료하다: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "치료하다", "치료", 또는 "치료하는"은 질환, 장애 및/또는 병태의 하나 이상의 증상 또는 특징의 부분적이거나 완전한 경감, 개선, 완화, 억제, 예방, 발병 지연, 중증도 감소 및/또는 발생 감소에 사용되는 임의의 방법을 지칭한다. 치료제는 질환, 장애 및/또는 병태의 징후를 나타내지 않는 대상체에게 투여될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 치료제는 예를 들어 질환, 장애 및/또는 병태와 관련된 병상의 발생 위험을 감소시키기 위해 질환, 장애 및/또는 병태의 초기 징후만을 나타내는 대상체에게 투여될 수 있다.
불포화된: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "불포화된"은 모이어티가 하나 이상의 불포화 단위를 가짐을 의미한다.
야생형: 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "야생형"은 (돌연변이, 병에 걸린, 변경된 등과 대조되는) "정상" 상태 또는 맥락에서 자연에서 발견되는 구조 및/또는 활성을 갖는 엔티티(entity)를 지칭하는 당업계에서 이해되는 의미를 갖는다. 당업자는 야생형 유전자 및 폴리펩티드가 종종 다수의 상이한 형태(예를 들어, 대립유전자)로 존재한다는 것을 이해할 것이다.
본 발명의 목적상, 화학 원소는 문헌[Periodic Table of the Elements, CAS version, Handbook of Chemistry and Physics, 67th Ed., 1986-87, 내부 커버]에 따라 확인된다.
당업자가 이해하는 바와 같이, 제공된 화합물(예를 들어, 올리고뉴클레오티드)과 관련하여 본원에 기술된 방법 및 조성물은 또한 이러한 화합물의 제약상 허용가능한 염에 적용된다.
올리고뉴클레오티드는 매우 다양한 응용 분야에 유용한 도구이다. 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 헌팅턴병을 비롯한 다양한 HTT 관련 병태, 장애 및 질환의 치료를 비롯하여 치료, 진단 및 연구 응용 분야에서 유용하다. 천연 발생 핵산(예를 들어, 비변형 DNA 또는 RNA)의 사용은 예를 들어, 엔도- 및 엑소-뉴클레아제에 대한 이의 민감성에 의해 제한된다. 이와 같이, 이들 단점을 회피하고/하거나 다양한 특성 및 활성을 더욱 개선시키기 위해 다양한 합성 대응물이 개발되었다. 상기 대응물은, 특히 이러한 분자를 분해에 덜 민감하게 만들고 다른 특성 및/또는 활성을 개선시키는 화학적 변형, 예를 들어, 염기 변형, 당 변형, 백본 변형 등을 함유하는 합성 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 구조적 관점에서, 뉴클레오티드간 연결에 대한 변형은 키랄성을 도입할 수 있으며, 특정 특성은 올리고뉴클레오티드의 연결 인 원자의 배열에 의해 영향을 받을 수 있다. 예를 들어, 결합 친화도, 상보성 RNA에 대한 서열 특이적 결합, 뉴클레아제에 대한 안정성, 표적 HTT 핵산의 절단, 전달, 약동학적 특성 등은 특히 백본 연결 인 원자의 키랄성에 의해 영향을 받을 수 있다. 특히, 본 발명은 올리고뉴클레오티드에서 다양한 구조적 요소, 예를 들어 당 변형 및 이의 패턴, 핵염기 변형 및 이의 패턴, 변형된 뉴클레오티드간 연결 및 이의 패턴, 연결 인 입체화학 및 이의 패턴, 추가의 화학적 모이어티(전형적으로 올리고뉴클레오티드 사슬에 있지 않은 모이어티) 및 이의 패턴 등, 및 하나 이상의 또는 모든 이러한 구조적 요소의 다양한 조합을 제어 및/또는 이용하기 위한 기술을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 HTT를 표적화하는 올리고뉴클레오티드이고, 돌연변이 HTT 전사체 및/또는 이에 의해 코딩되는 하나 이상의 생성물의 수준을 감소시킬 수 있다. 이러한 올리고뉴클레오티드는 헌팅턴병을 비롯한 HTT 관련 병태, 장애 및/또는 질환을 예방 및/또는 치료하는 데 특히 유용하다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT 게놈 서열 또는 그로부터의 전사체(예를 들어, 프리(pre)-mRNA, mRNA 등)의 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 전형적으로 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개 이상의 연접 염기와 완전히 동일하거나 실질적으로 동일하거나, 또는 이에 대하여 완전히 상보성이거나 실질적으로 상보성인 서열을 포함한다. 당업자는 "HTT 올리고뉴클레오티드"가 HTT 염기 서열(예를 들어, 게놈 서열, 전사체 서열, mRNA 서열 등) 또는 이의 일부와 동일하거나(또는 실질적으로 동일하거나) 또는 이에 대하여 상보성인(또는 실질적으로 상보성인) 뉴클레오티드 서열을 가질 수 있음을 이해할 것이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 본원에, 예를 들어 표에 개시된 바와 같은 HTT 올리고뉴클레오티드, 또는 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드의 10개 이상의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는 HTT 올리고뉴클레오티드를 제공한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 본원에, 예를 들어 표에 개시된 염기 서열, 또는 이의 일부(적어도 10개의 연접 염기를 포함함)를 갖는 HTT 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 여기서, HTT 올리고뉴클레오티드는 스테레오랜덤이거나 키랄 제어되지 않는다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결은 1~5, 1~10, 1~15, 1~20, 1~25, 1~30, 1~40, 1~50개, 또는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 이상의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드 조성물은 동일한 구성의 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 여기서, 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결은 스테레오랜덤이다(키랄 제어되지 않는다). 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 올리고뉴클레오티드가 적어도 하나의 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 올리고뉴클레오티드가 스테레오랜덤이거나 키랄 제어되지 않는 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드에서, 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결은 스테레오랜덤이고 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결은 하나 이상의 음으로 하전된 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 천연 포스페이트 연결 등)을 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결은 하나 이상의 음으로 하전된 키랄 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결)을 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결은 하나 이상의 중성 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 본 발명에 기술된 바와 같은 적어도 하나의, 중성 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다.
HTT
일부 실시 형태에서, HTT는 임의의 종으로부터의 유전자 또는 이의 유전자 생성물(DNA 또는 RNA를 포함하지만 이에 한정되지 않는 핵산, 또는 이에 의해 코딩되는 야생형 또는 돌연변이 단백질을 포함하지만 이에 한정되지 않음)을 지칭한다(이는 또한 다음의 것으로 공지되어 있을 수 있다: HTT, HD, IT15, huntingtin, Huntingtin, 또는 LOMARS; 외부 ID: OMIM: 613004, MGI: 96067, HomoloGene: 1593, GeneCards: HTT; 종: 인간: Entrez: 3064; Ensembl: ENSG00000197386; UniProt: P42858; RefSeq(mRNA): NM_002111; RefSeq(단백질): NP_002102; 위치(UCSC): Chr 4: 3.04 ~ 3.24 Mb; 종: 마우스: Entrez: 15194; Ensembl: ENSMUSG00000029104; UniProt: P42859; RefSeq(mRNA): NM_010414; RefSeq(단백질): NP_034544; 위치(UCSC): Chr 5: 34.76 ~ 34.91 Mb. 인간, 마우스, 래트, 원숭이 등으로부터의 추가의 HTT 서열(이의 변이체를 포함함)은 당업자가 용이하게 이용가능하다. 일부 실시 형태에서, HTT는 야생형 또는 돌연변이체인 인간 또는 마우스 HTT이다.
일부 실시 형태에서, HTT 단백질은 비변형되거나 변형된다. 일부 실시 형태에서, HTT 단백질은 다음 중 임의의 하나 이상의 변형을 갖는다: 9 N6-아세틸라이신; 176 N6-아세틸라이신; 234 N6-아세틸라이신; 343 N6-아세틸라이신; 411 포스포세린; 417 포스포세린; 419 포스포세린; 432 포스포세린; 442 N6-아세틸라이신; 640 포스포세린; 643 포스포세린; 1179 포스포세린; 1199 포스포세린; 1870 포스포세린; 또는 1874 포스포린.
임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은, 보고된 바에 따르면 HTT에서의 돌연변이(예를 들어, CAG 반복 연장)가 헌팅턴병과 같은 질환 및 장애의 핵심 요인임을 주목한다.
일부 실시 형태에서, 돌연변이 HTT는 mHTT, muHTT, m HTT, mu HTT, MU HTT 등으로 표기되며, 여기서, m 또는 mu는 돌연변이체를 나타낸다. 일부 실시 형태에서, 야생형 HTT는 야생형 HTT, wtHTT, wt HTT, WT HTT, WTHTT 등으로 표기되며, 여기서, wt는 야생형을 나타낸다. 일부 실시 형태에서, 돌연변이 HTT는 연장된 CAG 반복 영역(예를 들어, 36~121, 36~250, 37~121, 40~121의 반복부 또는 이보다 더 긴 것)을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 돌연변이 HTT는 하나 이상의 SNP의 돌연변이 대립유전자(연장된 CAG 반복부와 동일한 DNA 가닥 또는 염색체 상의 대립유전자)를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 돌연변이 HTT는 동일한 염색체 가닥 상의 특정 SNP의 연장된 CAG 반복 영역 및 돌연변이 대립유전자 둘 다를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 인간 HTT는 hHTT로 표기된다. 일부 실시 형태에서, 돌연변이 HTT는 mHTT로 표기된다. 일부 실시 형태에서, 마우스가 이용되는 경우, 마우스 HTT는 당업자가 이해하는 바와 같은 mHTT로 지칭될 수 있다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT 핵산 서열의 일부, 예를 들어, HTT 유전자 서열, HTT mRNA 서열 등에 대하여 상보성이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 부분의 염기 서열은 다른 게놈 또는 전사체 서열이 상기 일부와 동일한 서열을 갖지 않는다는 점에서 HTT의 특징이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드에 상보성인 유전자의 일부는 올리고뉴클레오티드의 표적 서열로 지칭된다.
일부 실시 형태에서, HTT 유전자 서열(또는 이의 일부, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드에 대하여 상보성인 것)은 당업계에 공지되거나 문헌에 보고된 HTT 유전자 서열(또는 이의 일부)이다. 인간 HTT의 특정 뉴클레오티드 및 아미노산 서열은 공개 소스, 예를 들어 하나 이상의 공개적으로 이용가능한 데이터베이스, GenBank, UniProt, OMEVI 등에서 찾을 수 있다. 당업자는 기술된 핵산 서열이 게놈 서열, 전사체, 스플라이싱 생성물 및/또는 코딩된 단백질 등일 수 있거나 이를 포함할 수 있는 경우 이러한 게놈 서열로부터 쉽게 인식될 수 있음을 인식할 것이다.
일부 실시 형태에서, HTT 유전자(또는 HTT 올리고뉴클레오티드에 대하여 상보성인 서열을 갖는 이의 일부)는 단일 뉴클레오티드 다형성 또는 SNP를 포함한다. 다수의 HTT SNP가 보고되었으며 예를 들어 NCBI dbSNP에서 찾을 수 있다(예를 들어, www.ncbi.nlm.nih.gov/snp 참조). HTT 유전자 내의 SNP의 비제한적인 예는 NCBI dbSNP Accession에서 찾을 수 있으며, 예를 들어 본원에 기술된 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 CAG 반복 연장과 동일한(예를 들어, 이와 동상의(in phase)) 염색체 상에 있고 야생형 대립유전자(CAG 반복 연장을 포함하지 않음)에는 존재하지 않는 SNP 대립유전자를 표적화한다.
헌팅턴병(HD)은 HTT(huntingtin) 유전자의 돌연변이에 의해 야기되는 것으로 보고된 신경퇴행성 장애이다. 널리 발현되는 이 단일 유전자의 변경은 많은 수의 특징적인 증상을 갖는 진행성, 신경퇴행성 장애를 초래하는 것으로 보고되고 있다. 일부 실시 형태에서, HD-관련 돌연변이는 HTT 유전자에서의 CAG 반복 영역의 연장이며, 여기서, 보고된 바에 따르면 더 큰 연장은 상기 질환의 더 큰 중증도 및 더 이른 발병 연령을 초래한다. 보고된 바에 따르면 돌연변이는 다양한 운동, 감정 및 인지 증상을 초래하고, 뇌에서 huntingtin 응집체의 형성을 초래한다.
보고된 바에 따르면 CAG 연장은 350 kDa 단백질인 huntingtin 단백질에서의 폴리글루타민 영역(poly-glutamine tract)의 연장을 초래한다(문헌[Huntington Disease Collaborative Research Group, 1993. Cell. 72:971-83]). 정상 및 연장된 HD 대립유전자의 크기는 예를 들어 각각 CAG 6~37 및 CAG 35~121 반복부 또는 그 이상인 것으로 보고된 바 있다. 더 긴 반복 서열은 보고된 바에 따르면 더 이른 질환 발병과 관련이 있다. 보고된 바에 따르면 huntingtin의 하나의 카피가 결실된 개체에서의 HD 표현형의 부재, 또는 상기 연장에 대해 동형접합성인 개체에서의 질환의 중증도의 증가는 돌연변이가 기능 상실을 초래하지 않음을 시사한다(문헌[Trottier et al., 1995, Nature Med., 10:104-110]). 전사 보조활성인자 단백질의 전사 조절 해제 및 기능 상실은 HD 병인과 관련이 있는 것으로 보고된 바 있다. 보고된 바에 따르면 돌연변이 huntingtin은 초기 단계의 HD의 병인에서 활성자-의존성 전사를 특이적으로 방해하는 것으로 나타났다(문헌[Dunah et al., 2002. Science 296:2238-2243]).
한 보고서에서 인간 혈액의 유전자 프로파일링은 정상 개체 또는 증상 전 개체와 비교하여 HD 혈액 샘플에서 현저하게 변경된 발현을 나타내는 322개의 mRNA를 확인하였다. 마커 유전자의 발현은 HD 꼬리(caudate)로부터의 사후 뇌 샘플에서 유사하게 실질적으로 변경되었으며, 이는 혈액 샘플에서의 유전자의 상향조절이 뇌에서 발견되는 질환 메커니즘을 반영함을 시사한다. 유전자 발현의 모니터링은 특히 동물 모델 및 인간 환자 둘 다에서 질환의 초기 단계에서 질환 진행을 모니터링하는 민감하고 정량적인 방법을 제공할 수 있다(문헌[Borovecki et al., 2005, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102:11023-11028]).
헌팅턴병은 아동부터 70세가 넘는 연령까지의 발병 사례가 문서화되어 있지만 일반적으로 중년에 발병하는 상염색체 우성 장애로 보고되었다. 보고된 바에 따르면 더 이른 발병 연령은 부계 유전과 관련이 있으며, 소아 사례의 70%는 부계를 통해 유전된다.
일부 실시 형태에서, 헌팅턴병의 증상은 감정적, 운동적 및 인지적 요소를 갖는다. 한 가지 증상인 무도병은 운동 장애의 특징적인 특징으로서, 시간이 불규칙하고 무작위로 분포되고 갑작스러운 과도한 자발 운동으로 정의된다. 이것은 거의 감지할 수 없는 것에서 중증인 것까지 다양할 수 있다. 다른 자주 관찰되는 증상 또는 이상은 근긴장이상, 강직, 운동완만, 안구운동 장애(ocularmotor dysfunction), 진전 등을 포함한다. 증상으로서의 수의 운동 장애는 미세 운동 비협응, 구음 장애, 및 연하 곤란을 포함한다. 정서 장애 또는 증상은 일반적으로 우울증 및 과민성을 포함하며, 인지적 요소는 피질하 치매를 포함한다(문헌[Mangiarini et al. 1996. Cell 87:493-506]). HD 뇌의 변화는 광범위하며 뉴런 손실 및 신경아교증을 포함함(특히 피질 및 선조체에서)이 보고되었다(문헌[Vonsattel and DiFiglia. 1998. J. Neuropathol. Exp. Neurol. 57:369-384]).
HTT 및 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환과 관련된 특정 정보가 예를 들어 문헌[Kremer et al. 1994. N. E. J. Med. 330: 1401]; 문헌[Kordasiewicz et al. 2012 Neuron 74: 1031-1044]; 문헌[Carroll et al. 2011 Mol. Ther. 19: 2178-2185]; 문헌[Warby et al. 2009 Am. J. Hum. Genet. 84: 351-366]; 문헌[Pfister et al. 2009 Current Biol. 19: 774-778]; 문헌[Kay et al. 2015 Mol. Ther. 23: 1759-1771]; 문헌[Kay et al. 2014 Clin. Genet. 86: 29-36]; 문헌[Lee et al. 2015. Am. J. Hum. Genet. 97: 435-444]; 문헌[Skotte et al. 2014. PLOS ONE 9: e107434]; 문헌[Southwell et al. 2014. Mol. Ther. 22: 2093-2106]; 호주 특허 공보 AU2017276286 및 AU2007210038; 유럽 특허 공보 EP3277814 및 EP3210633; 국제 특허 공보 WO2018145009; 및 미국 특허 공보 Us20180273945에 보고되었다.
일부 실시 형태에서, HTT 유전자의 수준, 활성 및/또는 발현을 감소시킬 수 있는 HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환, 예를 들어 헌팅턴병을 예방 또는 치료하고/하거나 하나 이상의 헌팅턴병 증상의 발병 및/또는 중증도를 지연시키는 방법에 유용하다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환을 앓고 있거나 이에 걸리기 쉬운 대상체에게 치료적 유효량의 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물을 투여함으로써 이러한 병태, 장애 또는 질환을 예방 또는 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 조성물은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다.
HTT 올리고뉴클레오티드
특히, 본 발명은 본 발명에 기술된 바와 같은 다양한 핵염기 및 이의 패턴, 당 및 이의 패턴, 뉴클레오티드간 연결 및 이의 패턴, 및/또는 추가의 화학적 모이어티 및 이의 패턴을 포함할 수 있는 다양한 설계의 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 HTT 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT 유전자 및/또는 하나 이상의 이의 생성물(예를 들어, 전사체, mRNA, 단백질 등)의 발현, 수준 및/또는 활성의 감소를 유도할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드는 대상체 또는 환자의 임의의 세포에서 HTT 유전자 및/또는 하나 이상의 이의 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성의 감소를 유도할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 세포는 정상적으로 HTT를 발현하거나 HTT 단백질을 생산하는 임의의 세포이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT 표적 유전자 또는 유전자 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성의 감소를 유도할 수 있으며, 본원에 개시된 HTT 올리고뉴클레오티드의 염기 서열로 이루어지거나, 이를 포함하거나, 이의 일부분(예를 들어, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19개 이상의 연접 염기들의 스팬)을 포함하는 염기 서열을 가지며, 올리고뉴클레오티드는 염기, 당 및/또는 뉴클레오티드간 연결의 적어도 하나의 천연 비발생 변형을 포함한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 탄수화물 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 지질 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 표적화 모이어티를 포함한다. 올리고뉴클레오티드 사슬에 콘쥬게이션될 수 있는 이러한 추가의 화학적 모이어티의 비제한적인 예가 본원에 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 표적 유전자, 예를 들어, HTT 표적 유전자, 또는 이의 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성의 감소를 유도할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 RNase H-매개 넉다운을 통하여 HTT 표적 유전자 또는 이의 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성의 감소를 유도할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 HTT 표적 유전자 mRNA에 결합한 후 번역을 입체적으로 차단함으로써, 및/또는 mRNA 스플라이싱을 변경하거나 간섭함으로써 HTT 표적 유전자 또는 이의 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성의 감소를 유도할 수 있다. 그러나, 그럼에도 불구하고, 본 발명은 임의의 특정 메커니즘에 한정되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 이중 가닥 RNA 간섭, 단일 가닥 RNA 간섭, RNase H 매개 넉다운, 번역의 입체 장애, 또는 2가지 이상의 이러한 메커니즘의 조합을 통해 작동할 수 있는 올리고뉴클레오티드, 조성물, 방법 등을 제공한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 표적 HTT 서열에 대해 안티센스(예를 들어, 상보성)인 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드라는 점에서 안티센스 올리고뉴클레오티드(ASO)이다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 이중 가닥 siRNA이다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 단일 가닥 siRNA이다. 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 많은 목적을 위해 사용될 수 있다. 예를 들어, 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드는 헌팅턴병 또는 이의 증상에 대한 하나 이상의 치료제와 함께 치료 요법의 일부로 공동 투여되거나 사용될 수 있으며, 이는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: HTT 또는 기타 표적에 대한 압타머, lncRNAs, lncRNA 억제제, 항체, 펩티드, 소분자, 기타 올리고뉴클레오티드, 및/또는 HTT 전사체의 발현을 억제하고/하거나, HTT 유전자 생성물의 수준 및/또는 활성을 감소시키고/시키거나, HTT 전사체 또는 HTT 유전자 생성물, 또는 HTT-관련 장애와 관련된 유전자 또는 유전자 생성물의 발현, 활성 및/또는 수준을 증가시키는 유전자의 발현을 억제하거나 이의 유전자 생성물을 감소시키는 것이 가능한 기타 약제.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 본원에, 예를 들어 표에 기술된 구조적 요소 또는 이의 일부를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 염기 서열(또는 이의 일부), 화학적 변형 또는 화학적 변형 패턴(또는 이의 일부), 및/또는 포맷 또는 이의 일부(본원에 기술됨)를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 본원에, 예를 들어 표 1에 또는 도면에 개시된, 또는 달리 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열(또는 이의 일부), 화학적 변형 패턴(또는 이의 일부), 및/또는 포맷을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 유전자, 예를 들어 HTT 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성을 감소시킨다.
특히, 제공된 올리고뉴클레오티드는 그의 표적 HTT 핵산(예를 들어, 프리-mRNA, 성숙 mRNA 등)에 혼성화될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 DNA 가닥(HTT 유전자의 어느 한 가닥)으로부터 유래된 HTT 핵산에 혼성화될 수 있다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT 전사체에 혼성화될 수 있다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 프리-mRNA 또는 성숙 mRNA를 포함하지만 이에 한정되지 않는 RNA 프로세싱의 임의의 단계의 HTT 핵산에 혼성화될 수 있다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT 핵산 또는 이의 상보체의 임의의 요소에 혼성화될 수 있으며, 이는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: 프로모터 영역, 인핸서 영역, 전사 중지 영역, 번역 시작 신호, 번역 중지 신호, 코딩 영역, 비-코딩 영역, 엑손, 인트론, 인트론/엑손 또는 엑손/인트론 접합부, 5' UTR 또는 3' UTR.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 센스 가닥으로부터 유래된 전사체의 2가지 이상의 변이체에 혼성화된다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 센스 가닥으로부터 유래된 HTT의 2가지 이상의 변이체에 혼성화된다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 센스 가닥으로부터 유래된 HTT의 모든 변이체에 혼성화된다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 안티센스 가닥으로부터 유래된 HTT의 2가지 이상의 변이체에 혼성화된다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 안티센스 가닥으로부터 유래된 HTT의 모든 변이체에 혼성화된다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 HTT 표적은 mRNA가 아닌 HTT RNA이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 증가된 수준의 하나 이상의 동위원소를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 하나 이상의 원소, 예를 들어, 수소, 탄소, 질소 등의 하나 이상의 동위원소에 의해 표지된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 조성물 중의 제공된 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, 복수의 조성물의 올리고뉴클레오티드는 염기 변형, 당 변형, 및/또는 뉴클레오티드간 연결 변형을 포함하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드는 강화된 수준의 중수소를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 위치에서 중수소로 표지된다(-1H를 -2H로 대체). 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 사슬 또는 올리고뉴클레오티드 사슬에 콘쥬게이션된 임의의 모이어티(예를 들어, 표적화 모이어티 등)의 하나 이상의 1H는 2H로 치환된다. 이러한 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술된 조성물 및 방법에서 사용될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 복수의 올리고뉴클레오티드는
1) 전사체에서 표적 서열(예를 들어, HTT 표적 서열)에 상보성인 공통 염기 서열을 갖고;
2) 하나 이상의 변형 당 모이어티 및/또는 변형 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 공통 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 뉴클레오시드 변형, 예를 들어, 당 변형, 염기 변형 등의 동일한 패턴을 가질 수 있다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드 변형의 패턴은 위치 및 변형의 조합에 의해 표시될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 백본 연결 패턴은 각각의 뉴클레오티드간 연결의 위치 및 유형(예를 들어, 포스페이트, 포스포로티오에이트, 치환 포스포로티오에이트 등)을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 화학식 I의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 화학식 I-a의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 화학식 I, I-a, I-b, I-c, I-n-1, I-n-2, I-n-3, I-n-4, II, II-a-1, II-a-2, II-b-1, II-b-2, II-c-1, II-c-2, II-d-1, 또는 II-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하며, 상기 뉴클레오티드간 연결 각각은 독립적으로 화학식 I, I-a, I-b, I-c, I-n-1, I-n-2, I-n-3, I-n-4, II, II-a-1, II-a-2, II-b-1, II-b-2, II-c-1, II-c-2, II-d-1, 또는 II-d-2의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 예를 들어 제공된 조성물 중의 복수의 올리고뉴클레오티드는 동일한 올리고뉴클레오티드 유형의 것이다. 일부 실시 형태에서, 소정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드들은 공통 당 변형 패턴을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 소정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드들은 공통 염기 변형 패턴을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 소정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드들은 공통 뉴클레오시드 변형 패턴을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 소정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드들은 동일한 구성을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 소정 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드들은 동일하다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드들은 동일하다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드들은 동일한 구성을 공유한다.
일부 실시 형태에서, 본원에 예시된 바와 같이, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 키랄 제어되며, 이는 하나 이상의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 입체화학적으로 순수하다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 실질적으로 다른 입체이성질체로부터 분리된다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형된 핵염기, 하나 이상의 변형된 당, 및/또는 하나 이상의 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형된 당을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형된 핵염기를 포함한다. 본 발명에 따라 당 및/또는 핵염기에 다양한 변형이 도입될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 변형은 US 9006198에 기술된 변형이다. 일부 실시 형태에서, 변형은 US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, 또는 WO 2018/098264에 기술된 변형이며, 이들 각각의 당, 염기, 및 뉴클레오티드간 연결 변형은 독립적으로 본원에 참고로 포함된다.
본 발명에서 사용되는 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 하나이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 2개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 3개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 4개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 5개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 6개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 7개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 8개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 9개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 10개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 적어도 1개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 적어도 2개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 적어도 3개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 적어도 4개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 적어도 5개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 적어도 6개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 적어도 7개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 적어도 8개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 적어도 9개이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상은 적어도 10개이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 표 또는 도면에 기술된 HTT 올리고뉴클레오티드이거나 이를 포함한다.
본 발명에서 입증된 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드(예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드)는 넉다운 시스템에서 전사체와 접촉될 때 그의 표적(예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드에 대한 HTT 전사체, 연장된 CAG 반복부를 포함하는 돌연변이 HTT 전사체 등)의 넉다운이 기준 조건(예를 들어, 조성물의 부재, 기준 조성물의 존재, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택됨) 하에 관찰되는 것에 비해 개선되는 것을 특징으로 한다. 일부 실시 형태에서, 넉다운은 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 또는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18,19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000배 또는 그 이상 증가된다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 염 형태로 제공된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 그의 염 형태로 존재하는 음으로 하전된 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 천연 포스페이트 연결 등)을 포함하는 염으로 제공된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 제약상 허용가능한 염으로 제공된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 금속 염으로 제공된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 나트륨 염으로 제공된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 금속 염, 예를 들어, 나트륨 염으로 제공되며, 여기서, 각각의 음으로 하전된 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 염 형태(예를 들어, 나트륨 염에 있어서, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 경우 -O-P(O)(SNa)-O-, 천연 포스페이트 연결의 경우 -O-P(O)(ONa)-O- 등).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드 또는 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어된다(예를 들어, 입체순수).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드 또는 HTT 올리고뉴클레오티드는 스테레오랜덤이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs362272, rs362273, rs362273, rs362307, rs362331, 또는 rs363099를 표적화한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362272를 표적화하며, 다음을 포함하는 염기 서열을 갖는다: ACATAGAGGACGCCGTGCAG, AGAGGACGCCGTGCAGGGCT, ATAGAGGACGCCGTGCAGGG, CACATAGAGGACGCCGTGCA, CATAGAGGACGCCGTGCAGG, GCACATAGAGGACGCCGTGC, 또는 TAGAGGACGCCGTGCAGGGC(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362273을 표적화하며, 다음을 포함하는 염기 서열을 갖는다: AGCTGCTGCTACAGATCAAC, AGCTGCTGCTGCAGATCAAC, GGTTGATCTGTAGCAGCAGCT, GTTGATCTGTAGCAGCAGCT, GTTGATCTGTAGCAGCAGCT, 또는 TTGATCTGTAGCAGCAGCT(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362273을 표적화하며, 다음을 포함하는 염기 서열을 갖는다: GTTGATCTGTAGCAGCAGCT(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362307을 표적화하며, 다음을 포함하는 염기 서열을 갖는다: CACAAGGGCACAGACTTCCA, GGCACAAGGGCACAGAC, GGCACAAGGGCACAGACT, GGCACAAGGGCACAGACTT, 또는 GGCACAAGGGCACAGACTTC(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362331을 표적화하며, 다음을 포함하는 염기 서열을 갖는다: AGTGCACACAGTAGATGAGG, GTGCACACAGTAGATGAGGG, 또는 TGCACACAGTAGATGAGGGA(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs363099를 표적화하며, 다음을 포함하는 염기 서열을 갖는다: AAGGCTGAGCGGAGAAACCC, AGGCTGAGCGGAGAAACCCT, CAAGGCTGAGCGGAGAAACC, CTGAGCGGAGAAACCCTCCA, GCTGAGCGGAGAAACCCTCC, GGCTGAGCGGAGAAACCCTC, 또는 TGAGCGGAGAAACCCTCCAA(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362272를 표적화하며, 다음인 염기 서열을 갖는다: ACATAGAGGACGCCGTGCAG, AGAGGACGCCGTGCAGGGCT, ATAGAGGACGCCGTGCAGGG, CACATAGAGGACGCCGTGCA, CATAGAGGACGCCGTGCAGG, GCACATAGAGGACGCCGTGC, 또는 TAGAGGACGCCGTGCAGGGC(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362273을 표적화하며, 다음인 염기 서열을 갖는다: AGCTGCTGCTACAGATCAAC, AGCTGCTGCTGCAGATCAAC, GGTTGATCTGTAGCAGCAGCT, GTTGATCTGTAGCAGCAGCT, GTTGATCTGTAGCAGCAGCT, 또는 TTGATCTGTAGCAGCAGCT(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362273을 표적화하며, 다음인 염기 서열을 갖는다: GTTGATCTGTAGCAGCAGCT
(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362307을 표적화하며, 다음인 염기 서열을 갖는다: CACAAGGGCACAGACTTCCA, GGCACAAGGGCACAGAC, GGCACAAGGGCACAGACT, GGCACAAGGGCACAGACTT, 또는 GGCACAAGGGCACAGACTTC(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362331을 표적화하며, 다음인 염기 서열을 갖는다: AGTGCACACAGTAGATGAGG, GTGCACACAGTAGATGAGGG, 또는 TGCACACAGTAGATGAGGGA(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs363099를 표적화하며, 다음인 염기 서열을 갖는다: AAGGCTGAGCGGAGAAACCC, AGGCTGAGCGGAGAAACCCT, CAAGGCTGAGCGGAGAAACC, CTGAGCGGAGAAACCCTCCA, GCTGAGCGGAGAAACCCTCC, GGCTGAGCGGAGAAACCCTC, 또는 TGAGCGGAGAAACCCTCCAA(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362272를 표적화하며, 다음의, SNP의 위치를 포함하여 적어도 15개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다: ACATAGAGGACGCCGTGCAG, AGAGGACGCCGTGCAGGGCT, ATAGAGGACGCCGTGCAGGG, CACATAGAGGACGCCGTGCA, CATAGAGGACGCCGTGCAGG, GCACATAGAGGACGCCGTGC, 또는 TAGAGGACGCCGTGCAGGGC(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362273을 표적화하며, 다음의, SNP의 위치를 포함하여 적어도 15개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다: AGCTGCTGCTACAGATCAAC, AGCTGCTGCTGCAGATCAAC, GGTTGATCTGTAGCAGCAGCT, GTTGATCTGTAGCAGCAGCT, GTTGATCTGTAGCAGCAGCT, 또는 TTGATCTGTAGCAGCAGCT(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362273을 표적화하며, 다음의, SNP의 위치를 포함하여 적어도 15개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다: GTTGATCTGTAGCAGCAGCT(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362307을 표적화하며, 다음의, SNP의 위치를 포함하여 적어도 15개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다: CACAAGGGCACAGACTTCCA, GGCACAAGGGCACAGAC, GGCACAAGGGCACAGACT, GGCACAAGGGCACAGACTT, 또는 GGCACAAGGGCACAGACTTC(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362331을 표적화하며, 다음의, SNP의 위치를 포함하여 적어도 15개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다: AGTGCACACAGTAGATGAGG, GTGCACACAGTAGATGAGGG, 또는 TGCACACAGTAGATGAGGGA(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs363099를 표적화하며, 다음의, SNP의 위치를 포함하여 적어도 15개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다: AAGGCTGAGCGGAGAAACCC, AGGCTGAGCGGAGAAACCCT, CAAGGCTGAGCGGAGAAACC, CTGAGCGGAGAAACCCTCCA, GCTGAGCGGAGAAACCCTCC, GGCTGAGCGGAGAAACCCTC, 또는 TGAGCGGAGAAACCCTCCAA(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362272를 표적화하며, 다음의, SNP의 위치를 포함하여 적어도 10개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다: ACATAGAGGACGCCGTGCAG, AGAGGACGCCGTGCAGGGCT, ATAGAGGACGCCGTGCAGGG, CACATAGAGGACGCCGTGCA, CATAGAGGACGCCGTGCAGG, GCACATAGAGGACGCCGTGC, 또는 TAGAGGACGCCGTGCAGGGC(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362273을 표적화하며, 다음의, SNP의 위치를 포함하여 적어도 10개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다: AGCTGCTGCTACAGATCAAC, AGCTGCTGCTGCAGATCAAC, GGTTGATCTGTAGCAGCAGCT, GTTGATCTGTAGCAGCAGCT, GTTGATCTGTAGCAGCAGCT, 또는 TTGATCTGTAGCAGCAGCT(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362273을 표적화하며, 다음의, SNP의 위치를 포함하여 적어도 10개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다: GTTGATCTGTAGCAGCAGCT(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362307을 표적화하며, 다음의, SNP의 위치를 포함하여 적어도 10개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다: CACAAGGGCACAGACTTCCA, GGCACAAGGGCACAGAC, GGCACAAGGGCACAGACT, GGCACAAGGGCACAGACTT, 또는 GGCACAAGGGCACAGACTTC(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362331을 표적화하며, 다음의, SNP의 위치를 포함하여 적어도 10개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다: AGTGCACACAGTAGATGAGG, GTGCACACAGTAGATGAGGG, 또는 TGCACACAGTAGATGAGGGA(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs363099를 표적화하며, 다음의, SNP의 위치를 포함하여 적어도 10개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다: AAGGCTGAGCGGAGAAACCC, AGGCTGAGCGGAGAAACCCT, CAAGGCTGAGCGGAGAAACC, CTGAGCGGAGAAACCCTCCA, GCTGAGCGGAGAAACCCTCC, GGCTGAGCGGAGAAACCCTC, 또는 TGAGCGGAGAAACCCTCCAA(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP를 표적화하지 않으며, 여기서, 각각의 U는 독립적으로 T로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능하다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP를 표적화하지 않고 범-특이적이며, 여기서 각각의 U는 독립적으로 T로 치환될 수 있고, 그 반대도 가능하다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP를 표적화하지 않고 범-특이적이며, 다음을 포함하거나, 다음이거나, 다음의 적어도 15개의 연접 염기를 포함하거나, 또는 다음의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다: ACCGCCATCCCCGCCGTAGC, CCGCCATCCCCGCCGTAGCC, CGCCATCCCCGCCGTAGCCT, CTCAGTAACATTGACACCAC, GCCATCCCCGCCGTAGCCTG, GGCTCTGGGTTGCTGGGTCA, GGTGTCCCTCATGGGCTCTG, 또는 GTTACCGCCATCCCCGCCGT(여기서, 각각의 U는 독립적으로 T로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 다음의 서열을 포함하는 염기 서열을 갖는다: ACCGCCATCCCCGCCGTAGC, CCGCCATCCCCGCCGTAGCC, CGCCATCCCCGCCGTAGCCT, CTCAGTAACATTGACACCAC, GCCATCCCCGCCGTAGCCTG, GGCTCTGGGTTGCTGGGTCA, GGTGTCCCTCATGGGCTCTG, 또는 GTTACCGCCATCCCCGCCGT(여기서, 각각의 U는 독립적으로 T로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 다음의 서열인 염기 서열을 갖는다: ACCGCCATCCCCGCCGTAGC, CCGCCATCCCCGCCGTAGCC, CGCCATCCCCGCCGTAGCCT, CTCAGTAACATTGACACCAC, GCCATCCCCGCCGTAGCCTG, GGCTCTGGGTTGCTGGGTCA, GGTGTCCCTCATGGGCTCTG, 또는 GTTACCGCCATCCCCGCCGT(여기서, 각각의 U는 독립적으로 T로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 다음의 서열의 적어도 15개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다: ACCGCCATCCCCGCCGTAGC, CCGCCATCCCCGCCGTAGCC, CGCCATCCCCGCCGTAGCCT, CTCAGTAACATTGACACCAC, GCCATCCCCGCCGTAGCCTG, GGCTCTGGGTTGCTGGGTCA, GGTGTCCCTCATGGGCTCTG, 또는 GTTACCGCCATCCCCGCCGT(여기서, 각각의 U는 독립적으로 T로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 다음의 서열의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다: ACCGCCATCCCCGCCGTAGC, CCGCCATCCCCGCCGTAGCC, CGCCATCCCCGCCGTAGCCT, CTCAGTAACATTGACACCAC, GCCATCCCCGCCGTAGCCTG, GGCTCTGGGTTGCTGGGTCA, GGTGTCCCTCATGGGCTCTG, 또는 GTTACCGCCATCCCCGCCGT(여기서, 각각의 U는 독립적으로 T로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 본원에 개시된 임의의 HTT 올리고뉴클레오티드, 또는 이의 염이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 임의의 다음의 것이다: WV-10786, WV-10787, WV-10790, WV-10791, WV-10806, WV-10810, WV-10811, WV-12282, WV-12283, WV-12284, WV-14914, WV-15078, WV-15080, WV-17782, WV-19824, WV-19825, WV-19840, WV-19841, WV-21178, WV-21179, WV-21180, WV-21181, WV-21267, WV-21271, WV-21274, WV-21403, WV-21404, WV-21405, WV-21406, WV-21409, WV-21410, WV-21412, WV-21447, WV-21448, WV-23689, WV-23690, WV-23691, WV-23692, WV-28152, WV-28153, WV-28154, WV-28155, WV-28156, WV-28157, WV-28158, WV-28159, WV-28160, WV-28161, WV-28162, WV-28163, WV-28164, WV-28165, WV-28166, WV-28167, WV-28168, 또는 WV-9679, 또는 이의 염(여기서, 각각의 U는 독립적으로 T로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 임의의 다음의 염기 서열을 포함하는 임의의 입체순수(키랄 제어) HTT 올리고뉴클레오티드이다: WV-10786, WV-10787, WV-10790, WV-10791, WV-10806, WV-10810, WV-10811, WV-12282, WV-12283, WV-12284, WV-14914, WV-15078, WV-15080, WV-17782, WV-19824, WV-19825, WV-19840, WV-19841, WV-21178, WV-21179, WV-21180, WV-21181, WV-21267, WV-21271, WV-21274, WV-21403, WV-21404, WV-21405, WV-21406, WV-21409, WV-21410, WV-21412, WV-21447, WV-21448, WV-23689, WV-23690, WV-23691, WV-23692, WV-28152, WV-28153, WV-28154, WV-28155, WV-28156, WV-28157, WV-28158, WV-28159, WV-28160, WV-28161, WV-28162, WV-28163, WV-28164, WV-28165, WV-28166, WV-28167, WV-28168, 또는 WV-9679, 또는 이의 염(여기서, 각각의 U는 독립적으로 T로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 임의의 다음의 염기 서열을 갖는 임의의 입체순수(키랄 제어) HTT 올리고뉴클레오티드이다: WV-10786, WV-10787, WV-10790, WV-10791, WV-10806, WV-10810, WV-10811, WV-12282, WV-12283, WV-12284, WV-14914, WV-15078, WV-15080, WV-17782, WV-19824, WV-19825, WV-19840, WV-19841, WV-21178, WV-21179, WV-21180, WV-21181, WV-21267, WV-21271, WV-21274, WV-21403, WV-21404, WV-21405, WV-21406, WV-21409, WV-21410, WV-21412, WV-21447, WV-21448, WV-23689, WV-23690, WV-23691, WV-23692, WV-28152, WV-28153, WV-28154, WV-28155, WV-28156, WV-28157, WV-28158, WV-28159, WV-28160, WV-28161, WV-28162, WV-28163, WV-28164, WV-28165, WV-28166, WV-28167, WV-28168, 또는 WV-9679, 또는 이의 염(여기서, 각각의 U는 독립적으로 T로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 임의의 다음의 염기 서열의 적어도 15개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는 임의의 입체순수(키랄 제어) HTT 올리고뉴클레오티드이다: WV-10786, WV-10787, WV-10790, WV-10791, WV-10806, WV-10810, WV-10811, WV-12282, WV-12283, WV-12284, WV-14914, WV-15078, WV-15080, WV-17782, WV-19824, WV-19825, WV-19840, WV-19841, WV-21178, WV-21179, WV-21180, WV-21181, WV-21267, WV-21271, WV-21274, WV-21403, WV-21404, WV-21405, WV-21406, WV-21409, WV-21410, WV-21412, WV-21447, WV-21448, WV-23689, WV-23690, WV-23691, WV-23692, WV-28152, WV-28153, WV-28154, WV-28155, WV-28156, WV-28157, WV-28158, WV-28159, WV-28160, WV-28161, WV-28162, WV-28163, WV-28164, WV-28165, WV-28166, WV-28167, WV-28168, 또는 WV-9679, 또는 이의 염(여기서, 각각의 U는 독립적으로 T로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 임의의 다음의 염기 서열의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는 임의의 입체순수(키랄 제어) HTT 올리고뉴클레오티드 또는 HTT 올리고뉴클레오티드이다: WV-10786, WV-10787, WV-10790, WV-10791, WV-10806, WV-10810, WV-10811, WV-12282, WV-12283, WV-12284, WV-14914, WV-15078, WV-15080, WV-17782, WV-19824, WV-19825, WV-19840, WV-19841, WV-21178, WV-21179, WV-21180, WV-21181, WV-21267, WV-21271, WV-21274, WV-21403, WV-21404, WV-21405, WV-21406, WV-21409, WV-21410, WV-21412, WV-21447, WV-21448, WV-23689, WV-23690, WV-23691, WV-23692, WV-28152, WV-28153, WV-28154, WV-28155, WV-28156, WV-28157, WV-28158, WV-28159, WV-28160, WV-28161, WV-28162, WV-28163, WV-28164, WV-28165, WV-28166, WV-28167, WV-28168, 또는 WV-9679, 또는 이의 염(여기서, 각각의 U는 독립적으로 T로 치환될 수 있으며, 그 반대도 가능함).
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 올리고뉴클레오티드 및 제약 담체를 포함하는 조성물에 관한 것이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 헌팅턴병의 치료 및/또는 예방에서의 HTT 올리고뉴클레오티드의 사용 방법에 관한 것이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 올리고뉴클레오티드의 사용 방법, 헌팅턴병의 적어도 하나의 증상을 치료하고/하거나, 예방하고/하거나, 상기 증상의 발병을 지연시키고/시키거나, 상기 증상의 중증도를 감소시키는 방법에 관한 것이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함하는 의약의 제조 방법에 관한 것이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술된 임의의 개별 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 HTT 올리고뉴클레오티드 종류(genus)이다.
염기 서열
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술된 염기 서열 또는 이의 일부(예를 들어, 5~50, 5~40, 5~30, 5~20개, 또는 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개, 또는 적어도 10개, 적어도 15개의 연접 핵염기의 스팬(span))(0~5개(예를 들어, 0, 1, 2, 3, 4 또는 5개)의 미스매치를 가짐)를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술된 염기 서열, 또는 이의 일부를 포함하며, 여기서, 일부는 적어도 15개의 연접 핵염기의 스팬, 또는 적어도 15개의 연접 핵염기의 스팬(1~5개의 미스매치를 가짐)이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술된 염기 서열, 또는 이의 일부를 포함하며, 여기서, 일부는 적어도 10개의 연접 핵염기의 스팬, 또는 1~5개의 미스매치를 갖는 적어도 10개의 연접 핵염기의 스팬이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 HTT 유전자 또는 이의 전사체(예를 들어, mRAN)의 염기 서열과 동일하거나 이에 대하여 상보성인 염기 서열의 10~50개(예를 들어, 대략 또는 적어도 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 30, 35, 40, 45개; 일부 실시 형태에서, 적어도 15개; 일부 실시 형태에서, 적어도 16개; 일부 실시 형태에서, 적어도 17개; 일부 실시 형태에서, 적어도 18개; 일부 실시 형태에서, 적어도 19개; 일부 실시 형태에서, 적어도 20개; 일부 실시 형태에서, 적어도 21개; 일부 실시 형태에서, 적어도 22개; 일부 실시 형태에서, 적어도 23개; 일부 실시 형태에서, 적어도 24개; 일부 실시 형태에서, 적어도 25개)의 연접 염기를 포함하거나 이로 이루어진다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 제공된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 전형적으로, 표적-특이적 넉다운을 매개하기에 충분한 길이 및 그의 표적, 예를 들어 RNA 전사체(예를 들어, 프리-mRNA, 성숙 mRNA 등)에 대한 상보성을 갖는다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표적-특이적 넉다운을 매개하기에 충분한 길이 및 HTT 전사체 표적에 대한 동일성을 갖는다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT 전사체(HTT 전사체 표적 서열)의 일부에 대하여 상보성이다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은, 표에 개시된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열과의 동일성이 90% 이상이다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은, 표에 개시된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열과의 동일성이 95% 이상이다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 표에 개시된 올리고뉴클레오티드의 15개 이상의 염기의 연속 스팬을 포함한다(상기 스팬 내의 하나 이상의 염기가 비염기성인(예를 들어, 핵염기가 뉴클레오티드에 부재하는) 경우를 제외). 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 본원에 개시된 HTT 올리고뉴클레오티드의 19개 이상의 염기의 연속 스팬을 포함한다(상기 스팬 내의 하나 이상의 염기가 비염기성인(예를 들어, 핵염기가 뉴클레오티드에 부재하는) 경우를 제외). 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 염기 서열의 5' 말단 및/또는 3' 말단에서의 1개 또는 2개의 염기의 차이를 제외하고서, 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드의 19개 이상의 염기의 연속 스팬을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 TCTCCATTCT ATCTTATGTT이거나, 이를 포함하거나, 이의 10~20개, 예를 들어, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개의 연접 염기를 포함하며, 여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 GTTGATCTGTAGTAGCAGCT 또는 GTTGATCTGTAGCAGCAGCT이거나, 이를 포함하거나, 이의 10~20개, 예를 들어, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개의 연접 염기를 포함하며, 여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 GTGCACACAG TAGATGAGGG이거나, 이를 포함하거나, 이의 10~20개, 예를 들어, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개의 연접 염기를 포함하며, 여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 GTGCAACACA GTAGATGAGGG이거나, 이를 포함하거나, 이의 10~20개, 예를 들어, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개의 연접 염기를 포함하며, 여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 GGCACAAGGG CACAGACTTC이거나, 이를 포함하거나, 이의 10~20개, 예를 들어, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개의 연접 염기를 포함하며, 여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 GGCACAAAGG GCACAGACTTC이거나, 이를 포함하거나, 이의 10~20개, 예를 들어, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개의 연접 염기를 포함하며, 여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 CAAGGGCACA GACTTC이거나, 이를 포함하거나, 이의 10~20개, 예를 들어, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개의 연접 염기를 포함하며, 여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 AAGGGCACAG ACTTC이거나, 이를 포함하거나, 이의 10~20개, 예를 들어, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개의 연접 염기를 포함하며, 여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 HTT 전사체 또는 이의 일부의 염기 서열에 대하여 상보성이다.
일부 실시 형태에서, HTT 표적 유전자는 HTT 유전자의 대립유전자이다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 대립유전자-특이적이고, HTT의 특정 대립유전자(예를 들어, HTT-관련 병태, 장애 또는 질환과 관련된 대립유전자)를 표적화하도록 설계된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 병태, 장애 또는 질환과 관련된 대립유전자로부터의 HTT 전사체(또는 이의 일부)의 서열과 완전히 상보적이고, 병태, 장애 또는 질환과 덜 관련되거나 관련이 없는 HTT 전사체(또는 이의 일부)의 서열과는 완전히 상보적인 것은 아니다. 일부 실시 형태에서, HTT의 장애-관련 대립유전자는 SNP, 돌연변이 또는 다른 서열 변이를 포함하고, HTT 올리고뉴클레오티드는 이 서열과 상보적이도록 설계된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 SNP의 하나의 대립유전자와 상보적이고, 다른 것과는 상보적이지 않다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 SNP의 하나의 대립유전자와 상보적이며, 이 대립유전자는 연장된 CAG 반복부의 동일 DNA 가닥 상에 있다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 연장된 CAG 반복부를 포함하는 대립유전자로부터의 HTT 전사체(또는 이의 일부)의 서열과 완전히 상보적이지만, 정상 CAG 반복부를 포함하는 대립유전자로부터의 HTT 전사체(또는 이의 일부)의 서열과는 완전히 상보적인 것은 아니다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 범-특이적이고, HTT의 모든 대립유전자를 표적화하도록 설계된다(예를 들어, HTT의 모든 또는 대부분의 알려진 대립유전자들은 HTT 올리고뉴클레오티드에 의해 인식되는 염기의 스팬 내에서 동일한 서열, 또는 이에 대하여 상보성인 서열을 포함한다). 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 야생형 HTT 및 돌연변이 HTT, 및/또는 이의 전사체 및/또는 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성을 감소시킨다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 표에 기술된 염기 서열 또는 이의 일부, 본원에 기술된 당, 핵염기, 및/또는 뉴클레오티드간 연결 변형, 및/또는 본원에 기술된 추가의 화학적 모이어티(올리고뉴클레오티드 사슬에 더하여, 예를 들어, 표적 모이어티, 지질 모이어티, 탄수화물 모이어티 등)를 포함한다.
일부 실시 형태에서, "상보성인", "완전히 상보성인" 및 "실질적으로 상보성인"이라는 용어는 이들의 사용의 맥락에서 당업자에 의해 이해되는 바와 같이 올리고뉴클레오티드(예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드)와 표적 서열(예를 들어, HTT 표적 서열) 사이의 염기 매칭과 관련하여 사용될 수 있다. 비제한적 예로서, 표적 서열이 예를 들어 5'-GCAUAGCGAGCGAGGGAAAAC-3'의 염기 서열을 갖는 경우, 5'GUUUUCCCUCGCUCGCUAUGC-3'의 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드가 이러한 표적 서열에 대하여 상보성(완전히 상보성)이다. U를 T로 치환하거나 그 반대의 경우도 일반적으로 상보성의 양을 변경시키지 않는다는 것이 주목된다. 본원에서 사용되는 바와 같이, 표적 서열에 대하여 "실질적으로 상보성인" 올리고뉴클레오티드는 대체로 또는 대부분 상보성이지만 100% 상보성인 것은 아니다. 일부 실시 형태에서, 실질적으로 상보성인 서열(예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드)은 그의 표적 서열에 대하여 정렬되는 경우 1, 2, 3, 4 또는 5개의 미스매치를 갖는다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT 표적 서열에 대하여 실질적으로 상보성인 염기 서열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 본원에 개시된 HTT 올리고뉴클레오티드 서열의 상보체에 대하여 실질적으로 상보성인 염기 서열을 갖는다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 서열은 올리고뉴클레오티드가 그의 기능(예를 들어, 표적 HTT 핵산의 넉다운)을 수행하기 위해 그의 표적에 대하여 100% 상보성일 필요는 없다. 일부 실시 형태에서, 상동성, 서열 동일성 또는 상보성은 60%~100%, 예를 들어, 대략 또는 적어도 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%, 또는 100%이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 그의 표적 HTT 핵산 내의 표적 영역(예를 들어, 표적 서열)에 대한 서열 상보성이 75%~100%(예를 들어, 대략 또는 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%, 또는 100%)이다. 일부 실시 형태에서, 상기 백분율은 약 80% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 상기 백분율은 약 85% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 상기 백분율은 약 90% 이상이다. 일부 실시 형태에서, 상기 백분율은 약 95% 이상이다. 예를 들어, 길이가 20개의 핵염기인 제공된 올리고뉴클레오티드는 20개의 핵염기 중 18개가 상보성인 경우 90%의 상보성을 가질 것이다. 전형적으로 상보성을 결정할 때 A 및 T(또는 U)가 상보성 핵염기이고, C 및 G가 상보성 핵염기이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 표에 기술된 올리고뉴클레오티드에서 발견되는 서열을 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 표에 기술된 올리고뉴클레오티드에서 발견되는 서열을 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 여기서, 하나 이상의 U는 독립적으로 그리고 선택적으로 T로 대체되고, 그 반대도 가능하다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 T 및/또는 적어도 하나의 U를 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 표에 기술된 리고뉴클레오티드에서 발견되는 서열을 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 여기서, 상기 서열은 표에 기술된 올리고뉴클레오티드의 서열과의 동일성이 50%를 넘는다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 표에 개시된 올리고뉴클레오티드의 서열을 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 염기 서열이 표에 개시된 올리고뉴클레오티드의 서열인 HTT 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 표에서의 올리고뉴클레오티드에서 발견되는 서열을 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드는 본원의 표에서의 상기 올리고뉴클레오티드 또는 또 다른 올리고뉴클레오티드의 백본 연결 패턴, 백본 키랄 중심 패턴, 및/또는 백본 인 변형 패턴을 갖는다.
특히, 본 발명은 표 1 및 다른 곳에서 다양한 올리고뉴클레오티드를 제시하며, 이들 각각은 정의된 염기 서열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 염기 서열이 본원에, 예를 들어 표에, 예를 들어 본원의 표 1에 개시된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열을 포함하거나 이의 일부를 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 본원에, 예를 들어 표에 개시된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열이거나, 이를 포함하거나, 이의 일부를 포함하는 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술된 화학적 변형, 입체화학, 포맷, 추가의 화학적 모이어티(예를 들어, 표적화 모이어티, 지질 모이어티, 탄수화물 모이어티 등), 및/또는 또 다른 구조적 특징을 추가로 포함한다.
일부 실시 형태에서, "일부"(예를 들어, 염기 서열 또는 변형 패턴의 일부)는 길이가 적어도 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 단량체 단위(예를 들어, 염기 서열의 경우, 길이가 적어도 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 염기)이다. 일부 실시 형태에서, 염기 서열의 "일부"는 길이가 적어도 5개의 염기이다. 일부 실시 형태에서, 염기 서열의 "일부"는 길이가 적어도 10개의 염기이다. 일부 실시 형태에서, 염기 서열의 "일부"는 길이가 적어도 15개의 염기이다. 일부 실시 형태에서, 염기 서열의 "일부"는 길이가 적어도 20개의 염기이다. 일부 실시 형태에서, 염기 서열의 일부는 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19개 이상의 연접 염기(연속 염기)이다. 일부 실시 형태에서, 염기 서열의 일부는 15개 이상의 연접 염기(연속 염기)이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 염기 서열이 표에서의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 일부의 염기 서열인 올리고뉴클레오티드(예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드)를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 표에서의 올리고뉴클레오티드의 서열의 HTT 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드는 HTT 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성의 감소를 유도할 수 있다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 제공된 염기 서열에서, 각각의 U는 선택적으로 그리고 독립적으로 T로 대체될 수 있고, 그 반대도 가능하며, 서열은 U와 T의 조합을 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, C는 선택적으로 그리고 독립적으로 5mC로 대체될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 일부는 적어도 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 총 뉴클레오티드의 스팬이다. 일부 실시 형태에서, 일부는 0~3개의 미스매치를 갖는 적어도 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 총 뉴클레오티드의 스팬이다. 일부 실시 형태에서, 일부는 0~3개의 미스매치를 갖는 적어도 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 총 뉴클레오티드의 스팬이며, 여기서, 0개의 미스매치를 갖는 스팬은 상보성이고, 1개 이상의 미스매치를 갖는 스팬은 상당한 상보성의 비제한적 예이다. 일부 실시 형태에서, 염기는 핵산(예를 들어, 유전자)의 특징적인 일부를 포함하며, 이는 상기 일부가 상기 핵산 또는 이의 전사체의 일부와 동일하거나 상보적이고, 동일 게놈에서의 임의의 다른 핵산(예를 들어, 유전자) 또는 이의 전사체의 일부와는 동일하지 않거나 상보적이지 않다는 점에서 그러하다. 일부 실시 형태에서, 일부는 인간 HTT의 특징이다. 일부 실시 형태에서, 일부는 인간 mHTT의 특징이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술된 바와 같이 약 49, 45, 40, 30, 35, 25 또는 23개 이하의 총 뉴클레오티드의 길이를 갖는다. 본원에 인용된 서열이 5'-말단에서 U 또는 T로 시작하는 일부 실시 형태에서, U는 결실되고/되거나 또 다른 염기로 대체될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 본원에 개시된 포맷 또는 포맷의 일부를 갖는, 표에서의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열이거나 이를 포함하거나 이의 일부를 포함하는 염기 서열을 갖는다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 스테레오랜덤이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 키랄 제어된다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 키랄 순수하고(또는 "입체순수", "입체화학적으로 순수"), 여기서, 올리고뉴클레오티드는 단일 입체이성질체 형태(많은 경우에, 다중 키랄 중심이 올리고뉴클레오티드에, 예를 들어, 연결 인, 당 탄소 등에 존재할 수 있기 때문에 단일 부분입체 이성질체(또는 "부분입체이성체") 형태)로 존재한다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 키랄 순수 올리고뉴클레오티드는 (화학적 및 생물학적 과정, 선택성 및/또는 정제 등이 절대적으로 완결되는 것이 드물기 때문에 일부 불순물이 존재할 수 있는 정도까지) 그의 다른 입체이성질체 형태로부터 분리된다. 키랄 순수 올리고뉴클레오티드에서, 각각의 키랄 중심은 그의 배열에 대해 독립적으로 정의된다(예를 들어, 키랄 뉴클레오티드간 연결, Rp 또는 Sp에서의 키랄 연결 인에 대해 입체정의되거나 키랄 제어됨(이러한 뉴클레오티드간 연결은 입체정의된 뉴클레오티드간 연결 또는 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결임)). 입체정의된 연결 인을 포함하는 키랄 제어 및 키랄 순수 올리고뉴클레오티드와 대조적으로, 키랄 연결 인을 포함하는 라세미(또는 "스테레오랜덤", "키랄 비제어") 올리고뉴클레오티드(예를 들어, 전통적인 황화와 조합된 커플링 단계 동안 입체화학적 제어가 없는 전통적인 포스포르아미다이트 올리고뉴클레오티드 합성으로부터; 스테레오랜덤 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 생성)는 다양한 입체이성질체(올리고뉴클레오티드에 다수의 키랄 중심이 있기 때문에 전형적으로 부분입체 이성질체(또는 "부분입체 이성체"))의 무작위 혼합물을 지칭한다. 예를 들어, A*A*A(여기서, *는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결(이는 키랄 연결 인을 포함함)임)의 경우, 라세미 올리고뉴클레오티드 제제는 다음의 4가지 부분입체 이성체를 포함한다[22 = 4, 상기 2개의 키랄 연결 인을 고려하면, 이들 각각은 두 배열(Sp 또는 Rp) 중 하나로 존재할 수 있음]: A *S A *S A, A *S A *R A, A *R A *S A, 및 A *R A *R A(여기서, *S는 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 나타내며, *R은 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 나타냄). 키랄 순수 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, A *S A *S A에 있어서, 이것은 단일 입체이성질체 형태로 존재하며, 이것은 다른 입체이성질체(예를 들어, 부분입체 이성체 A *S A *R A, A *R A *S A, 및 A *R A *R A)로부터 분리된다. 일부 실시 형태에서, Rp 포스포로티오에이트는 *S 또는 * S로 표현된다. 일부 실시 형태에서, Rp 포스포로티오에이트는 *R 또는 * R로 표현된다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 스테레오랜덤 뉴클레오티드간 연결(뉴클레오티드간 연결에서 Rp 및 Sp 연결 인의 조합(예를 들어, 전통적인 키랄 비제어 올리고뉴클레오티드 합성으로부터))을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 하나 이상(예를 들어, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개 이상)의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(뉴클레오티드간 연결에서 Rp 또는 Sp 연결 인(예를 들어, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 합성으로부터))을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 스테레오랜덤 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다.
특히, 본 발명은 키랄 제어(일부 실시 형태에서, 입체화학적 순수) 올리고뉴클레오티드의 제조 기술을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 입체화학적으로 순수하다. 일부 실시 형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 순도가 약 5%~100%, 10%~100%, 20%~100%, 30%~100%, 40%~100%, 50%~100%, 60%~100%, 70%~100%, 80~100%, 90~100%, 95~100%, 50%~90%, 또는 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 100%, 또는 적어도 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99%이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 뉴클레오티드간 연결은 하나 이상(예를 들어, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개 이상)의 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하거나 이로 이루어지며, 이들 각각은 독립적으로 적어도 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 99.5%, 전형적으로 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 99.5%의 부분입체 순도를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 본 발명의 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 (DS)CIL의 부분입체 순도를 가지며, 여기서, DS는 본 발명에 기술된 바와 같은 부분입체 순도(예를 들어, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 99.5% 이상)이고, CIL은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수(예를 들어, 1~50, 1~40, 1~30, 1~25, 1~20, 5~50, 5~40, 5~30, 5~25, 5~20, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개 이상)이다. 일부 실시 형태에서, DS는 95%~100%이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어되며, CIL은 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 수이다.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드가 본원에 기술 및/또는 언급된다.
ONT-450, ONT-451, ONT-452, ONT-453, ONT-454, WV-902, WV-903, WV-904, WV-905, WV-906, WV-907, WV-908, WV-909, WV-910, WV-911, WV-912, WV-913, WV-914, WV-915, WV-916, WV-917, WV-918, WV-919, WV-920, WV-921, WV-922, WV-923, WV-924, WV-925, WV-926, WV-927, WV-928, WV-929, WV-930, WV-931, WV-932, WV-933, WV-934, WV-935, WV-936, WV-937, WV-938, WV-939, WV-940, WV-941, WV-944, WV-945, WV-948, WV-949, WV-950, WV-951, WV-952, WV-953, WV-954, WV-955, WV-956, WV-957, WV-958, WV-959, WV-960, WV-961, WV-962, WV-963, WV-964, WV-965, WV-973, WV-974, WV-975, WV-982, WV-983, WV-984, WV-985, WV-986, WV-987, WV-1001, WV-1002, WV-1003, WV-1004, WV-1005, WV-1006, WV-1007, WV-1008, WV-1009, WV-1010, WV-1011, WV-1012, WV-1013, WV-1014, WV-1015, WV-1016, WV-1017, WV-1018, WV-1019, WV-1020, WV-1021, WV-1022, WV-1023, WV-1024, WV-1025, WV-1026, WV-1027, WV-1028, WV-1029, WV-1030, WV-1031, WV-1032, WV-1033, WV-1034, WV-1035, WV-1036, WV-1037, WV-1038, WV-1039, WV-1040, WV-1041, WV-1042, WV-1043, WV-1044, WV-1045, WV-1046, WV-1047, WV-1048, WV-1049, WV-1050, WV-1051, WV-1052, WV-1053, WV-1054, WV-1055, WV-1056, WV-1057, WV-1058, WV-1059, WV-1060, WV-1061, WV-1062, WV-1063, WV-1064, WV-1065, WV-1066, WV-1067, WV-1068, WV-1069, WV-1070, WV-1071, WV-1072, WV-1073, WV-1074, WV-1075, WV-1076, WV-1077, WV-1078, WV-1079, WV-1080, WV-1081, WV-1082, WV-1083, WV-1084, WV-1085, WV-1086, WV-1087, WV-1088, WV-1089, WV-1090, WV-1091, WV-1092, WV-1234, WV-1235, WV-1497, WV-1508, WV-1509, WV-1510, WV-1511, WV-1654, WV-1655, WV-1788, WV-1789, WV-1790, WV-1799, WV-2022, WV-2023, WV-2024, WV-2025, WV-2026, WV-2027, WV-2028, WV-2029, WV-2030, WV-2031, WV-2032, WV-2033, WV-2034, WV-2035, WV-2036, WV-2037, WV-2038, WV-2039, WV-2040, WV-2041, WV-2042, WV-2043, WV-2044, WV-2045, WV-2046, WV-2047, WV-2048, WV-2049, WV-2050, WV-2051, WV-2052, WV-2053, WV-2054, WV-2055, WV-2056, WV-2057, WV-2058, WV-2059, WV-2060, WV-2061, WV-2062, WV-2063, WV-2064, WV-2065, WV-2066, WV-2067, WV-2068, WV-2069, WV-2070, WV-2071, WV-2072, WV-2073, WV-2074, WV-2075, WV-2076, WV-2077, WV-2078, WV-2079, WV-2080, WV-2081, WV-2082, WV-2083, WV-2084, WV-2085, WV-2086, WV-2087, WV-2088, WV-2089, WV-2090, WV-2163, WV-2164, WV-2269, WV-2270, WV-2271, WV-2272, WV-2374, WV-2375, WV-2376, WV-2377, WV-2378, WV-2379, WV-2380, WV-2416, WV-2417, WV-2418, WV-2419, WV-2431, WV-2589, WV-2590, WV-2591, WV-2592, WV-2593, WV-2594, WV-2595, WV-2596, WV-2597, WV-2598, WV-2599, WV-2600, WV-2601, WV-2602, WV-2603, WV-2604, WV-2605, WV-2606, WV-2607, WV-2608, WV-2609, WV-2610, WV-2611, WV-2612, WV-2613, WV-2614, WV-2615, WV-2616, WV-2617, WV-2618, WV-2619, WV-2620, WV-2623, WV-2638, WV-2639, WV-2640, WV-2641, WV-2642, WV-2643, WV-2659, WV-2671, WV-2672, WV-2673, WV-2674, WV-2675, WV-2676, WV-2682, WV-2683, WV-2684, WV-2685, WV-2686, WV-2687, WV-2688, WV-2689, WV-2690, WV-2691, WV-2692, 및 WV-2732를 포함하지만 이에 한정되지 않는 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드의 염기 서열 및 구조가 WO 2017/015555 및 WO 2017/192664에 기술되어 있으며, 이러한 올리고뉴클레오티드와 관련된 이들의 개시 내용은 참고로 포함된다. 추가의 HTT 올리고뉴클레오티드가 본원에 기술되어 있다.
예로서, 특정한 예시적인 염기 서열, 핵염기 변형 및 이의 패턴, 당 변형 및 이의 패턴, 뉴클레오티드간 연결 및 이의 패턴, 연결 인 입체화학 및 이의 패턴, 링커, 및/또는 추가의 화학적 모이어티를 포함하는 특정한 HTT 올리고뉴클레오티드가 하기 표 1에 제시되어 있다. 특히, 이들 올리고뉴클레오티드는 HTT 전사체를 표적화화하기 위해, 예를 들어 HTT 전사체 및/또는 이의 생성물의 수준을 감소시키기 위해 사용될 수 있다.
[표 1] 예시적인 HTT 올리고뉴클레오티드.
Figure pct00002
Figure pct00003
Figure pct00004
Figure pct00005
Figure pct00006
Figure pct00007
Figure pct00008
Figure pct00009
Figure pct00010
Figure pct00011
Figure pct00012
Figure pct00013
Figure pct00014
Figure pct00015
Figure pct00016
Figure pct00017
Figure pct00018
Figure pct00019
Figure pct00020
Figure pct00021
Figure pct00022
Figure pct00023
Figure pct00024
Figure pct00025
Figure pct00026
Figure pct00027
Figure pct00028
Figure pct00029
Figure pct00030
Figure pct00031
Figure pct00032
Figure pct00033
Figure pct00034
Figure pct00035
Figure pct00036
Figure pct00037
Figure pct00038
Figure pct00039
Figure pct00040
Figure pct00041
Figure pct00042
Figure pct00043
Figure pct00044
Figure pct00045
Figure pct00046
Figure pct00047
Figure pct00048
Figure pct00049
Figure pct00050
Figure pct00051
Figure pct00052
Figure pct00053
Figure pct00054
Figure pct00055
Figure pct00056
Figure pct00057
Figure pct00058
Figure pct00059
Figure pct00060
Figure pct00061
Figure pct00062
Figure pct00063
Figure pct00064
Figure pct00065
Figure pct00066
Figure pct00067
Figure pct00068
Figure pct00069
Figure pct00070
Figure pct00071
Figure pct00072
Figure pct00073
Figure pct00074
Figure pct00075
Figure pct00076
Figure pct00077
Figure pct00078
Figure pct00079
Figure pct00080
Figure pct00081
Figure pct00082
Figure pct00083
Figure pct00084
Figure pct00085
Figure pct00086
Figure pct00087
Figure pct00088
Figure pct00089
Figure pct00090
Figure pct00091
Figure pct00092
Figure pct00093
Figure pct00094
Figure pct00095
Figure pct00096
Figure pct00097
Figure pct00098
Figure pct00099
Figure pct00100
Figure pct00101
Figure pct00102
Figure pct00103
Figure pct00104
Figure pct00105
Figure pct00106
Figure pct00107
Figure pct00108
Figure pct00109
Figure pct00110
Figure pct00111
Figure pct00112
Figure pct00113
Figure pct00114
Figure pct00115
Figure pct00116
Figure pct00117
Figure pct00118
Figure pct00119
Figure pct00120
Figure pct00121
Figure pct00122
Figure pct00123
Figure pct00124
Figure pct00125
Figure pct00126
Figure pct00127
Figure pct00128
Figure pct00129
Figure pct00130
Figure pct00131
Figure pct00132
Figure pct00133
주:
설명, 염기 서열 및 입체화학/연결은 이들의 길이로 인해 표 1에서 다수의 줄로 나눌 수 있다. 달리 명시되지 않는 한, 표 1의 모든 올리고뉴클레오티드는 단일 가닥이다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 뉴클레오시드 단위는 비변형되며, 달리 변형(예를 들어, r, m, m5, eo 등으로 변형됨)으로 표시되지 않는 한 비변형 핵염기 및 2'-데옥시 당을 함유하고; 연결은 달리 표시되지 않는 한 천연 포스페이트 연결이며; 산성/염기성 기는 독립적으로 이들의 염 형태로 존재할 수 있다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 뉴클레오티드간 연결이 2개의 뉴클레오시드 단위 사이에서 특정되지 않은 경우, 뉴클레오티드간 연결은 포스포디에스테르 연결(천연 포스페이트 연결)이고, 달리 표시되지 않는 한 당은 2' 위치에서 치환을 포함하지 않는(2'-탄소에서 2개의 -H) 천연 DNA 당이다. 올리고뉴클레오티드에서의 모이어티 및 변형(또는 다른 화합물, 예를 들어, 이러한 모이어티 또는 변형을 포함하는 제공된 올리고뉴클레오티드를 제조하는 데 유용한 것):
m: 2'-OMe;
m5: C의 5-위치의 메틸(핵염기는 5-메틸시토신임);
m5Ceo: 5-메틸 2'-O-메톡시에틸 C;
m5mC: 5-메틸 2'-OMe C;
m5lC: C의 5-위치의 메틸(핵염기는 5-메틸시토신임), 당은 LNA 당임;
eo: 2'-MOE (2'-OCH2CH2OCH3);
f: 2'-F;
r: 2'-OH;
O, PO: 포스포디에스테르(포스페이트). 이것은 말단 기 또는 연결, 예를 들어 링커와 올리고뉴클레오티드 사슬 사이의 연결, 뉴클레오티드간 연결(천연 포스페이트 연결) 등일 수 있다. 포스포디에스테르는 전형적으로 입체화학/연결 컬럼에서 "O"로 표시되고 전형적으로 설명 컬럼에서는 표시되지 않으며(이것이 말단 기, 예를 들어 5'-말단 기인 경우, 이것은 설명에서 표시되며 전형적으로 입체화학/연결에서는 표시되지 않음); 설명 컬럼에서 연결이 표시되지 않은 경우, 이것은 달리 표시되지 않는 한 전형적으로 포스포디에스테르이다. 링커(예를 들어, L001)와 올리고뉴클레오티드 사슬 사이의 포스페이트 연결은 설명 컬럼에서 표시되지 않을 수 있으며, 입체화학/연결 컬럼에서 "O"로 표시되지 않을 수 있다. 예를 들어, WV-10631의 설명(Mod012L001mG * SmUmGmCmA ... )에서, L001과 올리고뉴클레오티드 사슬 사이의 포스포디에스테르 연결(mG * SmUmGmCmA ...로 시작)은 표시되지 않으며; 이 뉴클레오티드간 연결은 입체화학/연결에서 OSOOO...에서 첫 번째 "O"로 표시된다.
*, PS: 포스포로티오에이트. 이것은 말단 기(이것이 말단 기, 예를 들어 5'-말단 기인 경우, 이것은 설명에서 표시되며 전형적으로 입체화학/연결에서는 표시되지 않음), 또는 연결, 예를 들어 링커(예를 들어, L001)와 올리고뉴클레오티드 사슬 사이의 연결, 뉴클레오티드간 연결(포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결) 등일 수 있다.
R, Rp: Rp 배좌의 포스포로티오에이트. 설명에서 * R은 Rp 배좌의 단일 포스포로티오에이트 연결을 나타냄을 주목한다;
S, Sp: Sp 배좌의 포스포로티오에이트. 설명에서 * S는 Sp 배좌의 단일 포스포로티오에이트 연결을 나타냄을 주목한다;
X: 스테레오랜덤 포스포로티오에이트;
l: LNA 당;
n001:
Figure pct00134
;
nX 또는 Xn: 스테레오랜덤 n001;
n001R 또는 nR: Rp 배열의 n001;
n001S 또는 nS: Sp 배열의 n001;
L001 : -CH2- 연결 부위에서 표시되는 바와 같은, 만약 있다면, -NH-를 통하여 Mod에, 그리고 포스페이트 연결(염 형태로 존재할 수 있으며 O 또는 PO로 표시될 수 있는 -O-P(O)(OH)-O-) 또는 포스포로티오에이트 연결(염 형태로 존재할 수 있으며, 포스포로티오에이트가 키랄 제어된 것이 아닌 경우 *로 표시될 수 있거나; 또는 포스포로티오에이트가 키랄 제어되고 Sp 배열을 갖는 경우 *S, S, 또는 Sp로 표시될 수 있거나, 또는 포스포로티오에이트가 키랄 제어되고 Rp 배열을 갖는 경우 *R, R, 또는 Rp로 표시될 수 있는 -O-P(O)(SH)-O-) 중 어느 하나를 통하여 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단 또는 3'-말단에 연결되는 -NH-(CH2)6- 링커(C6 링커, C6 아민 링커 또는 C6 아미노 링커로도 공지됨). Mod가 존재하지 않는 경우, L001은 -NH-를 통하여 -H에 연결된다;
L004: -NH(CH2)4CH(CH2OH)CH2-의 구조를 갖는 링커(여기서, -NH-는 Mod(-C(O)-를 통하여) 또는 -H에 연결되며, -CH2- 연결 부위는 연결, 예를 들어 포스포디에스테르(염 형태로 존재할 수 있으며 O 또는 PO로 표시될 수 있는 -O-P(O)(OH)-O-), 포스포로티오에이트(염 형태로 존재할 수 있으며, 포스포로티오에이트가 키랄 제어된 것이 아닌 경우 *로 표시될 수 있거나; 또는 포스포로티오에이트가 키랄 제어되고 Sp 배열을 갖는 경우 *S, S, 또는 Sp로 표시될 수 있거나, 또는 포스포로티오에이트가 키랄 제어되고 Rp 배열을 갖는 경우 *R, R, 또는 Rp로 표시될 수 있는 -O-P(O)(SH)-O-), 또는 포스포로디티오에이트(염 형태로 존재할 수 있으며 PS2 또는 : 또는 D로 표시될 수 있는 -O-P(S)(SH)-O-) 연결을 통하여 올리고뉴클레오티드 사슬(예를 들어, 3'-말단에서)에 연결됨). 예를 들어, L004 바로 앞의 별표(예를 들어, *L004)는 연결이 포스포로티오에이트 연결임을 나타내고, L004 바로 앞의 별표의 부재는 연결이 포스포디에스테르 연결임을 나타낸다. 예를 들어, ...mAL004로 끝나는 올리고뉴클레오티드에서, 링커 L004는 (-CH2- 부위를 통하여) 3'-말단 당(2'-OMe 변형되고 핵염기 A에 연결됨)의 3' 위치에 포스포디에스테르 연결을 통하여 연결되고, L004 링커는 -NH-를 통해 -H에 연결된다. 이와 유사하게, 하나 이상의 올리고뉴클레오티드에서, L004 링커는 (-CH2- 부위를 통하여) 3'-말단 당의 3' 위치에 포스포디에스테르 연결을 통하여 연결되고, L004는 -NH-를 통하여 예를 들어 Mod012, Mod085, Mod086 등에 연결된다;
Mod012(L001 또는 L004와 같은 링커의 -NH-에 연결되는 -C(O)- 포함):
Figure pct00135
Mod039(L001 또는 L004와 같은 링커의 -NH-에 연결되는 -C(O)- 포함):
Figure pct00136
Mod062 (L008과 같은 링커의 -C(O)-에 연결되는 -NH- 포함):
Figure pct00137
L008: -C(O)-(CH2)9-의 구조를 갖는 링커(여기서, -C(O)-는 Mod(-NH-를 통하여) 또는 -OH(Mod가 표시되지 않은 경우)에 연결되며, -CH2- 연결 부위는 연결, 예를 들어 포스포디에스테르(염 형태로 존재할 수 있으며 O 또는 PO로 표시될 수 있는 -O-P(O)(OH)-O-), 포스포로티오에이트(염 형태로 존재할 수 있으며, 포스포로티오에이트가 키랄 제어된 것이 아닌 경우 *로 표시될 수 있거나; 또는 포스포로티오에이트가 키랄 제어되고 Sp 배열을 갖는 경우 *S, S, 또는 Sp로 표시될 수 있거나, 또는 포스포로티오에이트가 키랄 제어되고 Rp 배열을 갖는 경우 *R, R, 또는 Rp로 표시될 수 있는 -O-P(O)(SH)-O-), 또는 포스포로디티오에이트(염 형태로 존재할 수 있으며 PS2 또는 : 또는 D로 표시될 수 있는 -O-P(S)(SH)-O-) 연결을 통하여 올리고뉴클레오티드 사슬(예를 들어, 5'-말단에서)에 연결됨). 예를 들어, WV-11571에서 L008은 -C(O)-를 통하여 -OH에 연결되고 포스페이트 연결("입체화학/연결"에서 "O"로 표시됨)을 통하여 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단에 연결되며; WV-11569에서 L008은 -C(O)-를 통하여 Mod062에 연결되고 포스페이트 연결("입체화학/연결"에서 "O"로 표시됨)을 통하여 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단에 연결된다;
Mod001(L001과 같은 링커의 -NH-에 연결되는 -C(O)- 포함):
Figure pct00138
Mod085(L001 또는 L004와 같은 링커의 -NH-에 연결되는 -C(O)- 포함):
Figure pct00139
Mod086(L001 또는 L004와 같은 링커의 -NH-에 연결되는 -C(O)- 포함):
Figure pct00140
Mod094(WV-11570에서, 포스페이트 기(이는 하기에 예시되지 않으며, 염 형태로 존재할 수 있고; "입체화학/연결"에서 "O"로 표시됨(...XXXX O ))를 통하여 올리고뉴클레오티드 사슬의 3'-말단(3'-말단 당의 3'-탄소)에 결합됨):
Figure pct00141
BrdU: 핵염기가 BrU(
Figure pct00142
)이고, 당이 2-데옥시리보스(천연 DNA에서 널리 발견되는 바와 같음; 2'-데옥시(d))인 뉴클레오시드 단위(
Figure pct00143
);
tgal mc6T: 변형 티민을 포함하고 다음의 구조를 갖는 변형 티미딘:
Figure pct00144
d2AP: 핵염기가 2-아미노 퓨린(
Figure pct00145
, 2AP)이고, 당이 2-데옥시리보스(천연 DNA에서 널리 발견되는 바와 같음; 2'-데옥시(d))인 뉴클레오시드 단위(
Figure pct00146
, BA = 2AP);
dDAP: 핵염기가 2,6-디아미노 퓨린(
Figure pct00147
, DAP)이고, 당이 2-데옥시리보스(천연 DNA에서 널리 발견되는 바와 같음; 2'-데옥시(d))인 뉴클레오시드 단위(
Figure pct00148
, BA = DAP);
dmtr: 달리 표시되지 않는 한, DMTR, 4,4'-디메톡시트리틸이 당의 5' -O-에 결합된 것. 예를 들어, dmtrmA에서:
Figure pct00149
.
HTT 올리고뉴클레오티드의 추가의 구조적 요소가 예를 들어 WO 2018/022473, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, 및/또는 WO 2019/075357에 기술되어 있으며, 이들의 올리고뉴클레오티드의 구조적 요소는 본원에 참고로 포함된다.
길이
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 올리고뉴클레오티드는 다양한 용도를 위한 원하는 특성 및/또는 활성을 제공하기 위해 다양한 길이를 가질 수 있다. 올리고뉴클레오티드 길이를 평가, 선택 및/또는 최적화하기 위한 많은 기술이 당업계에서 이용가능하고 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 본원에서 입증된 바와 같이, 많은 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 그의 표적과 혼성화하고 그의 표적 및/또는 이의 코딩된 생성물의 수준을 감소시키기에 적합한 길이의 것이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 표적 HTT 핵산(예를 들어, HTT mRNA)을 인식하기에 충분히 길다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 표적 HTT 핵산과 다른 핵산(예를 들어, HTT가 아닌 염기 서열을 갖는 핵산)을 구별하여 오프-타겟(off-target) 효과를 감소시키기에 충분히 길다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 제조 또는 생산의 복잡성을 감소시키고 제품 비용을 감소시키기에 충분히 짧다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 길이가 약 10~500개의 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 염기 서열은 길이가 약 10~500개의 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 염기 서열은 길이가 약 10~50개의 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 염기 서열은 길이가 약 15~50개의 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 염기 서열은 길이가 약 15 내지 약 30개의 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 염기 서열은 길이가 약 10 내지 약 25개의 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 염기 서열은 길이가 약 15 내지 약 22개의 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 염기 서열은 길이가 약 제공된 올리고뉴클레오티드는 길이가 약 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25개의 핵염기이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 핵염기는 독립적으로 선택적 치환 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 포함하며, 여기서, 적어도 하나의 고리 원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 핵염기는 독립적으로 선택적 치환 아데닌, 시토신, 구아노신, 티민 또는 우라실, 또는 아데닌, 시토신, 구아노신, 티민 또는 우라실의 선택적 치환 호변이성질체이다.
HTT 올리고뉴클레오티드의 영역, 윙 및 코어
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 여러 영역을 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 하나 이상의 연속 뉴클레오시드 및 선택적으로 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 소정 영역은 그의 이웃하는 영역(들)의 상응하는 구조적 특징과 상이한 하나 이상의 구조적 특징을 포함한다는 점에서 그의 이웃하는 영역(들)과 상이하다. 예시적인 구조적 특징은 핵염기 변형 및 이의 패턴, 당 변형 및 이의 패턴, 뉴클레오티드간 연결 및 이의 패턴(이는 뉴클레오티드간 연결 유형(예를 들어, 포스페이트, 포스포로티오에이트, 포스포로티오에이트 트리에스테르, 중성 뉴클레오티드간 연결 등일 수 있음) 및 이의 패턴, 연결 인 변형(백본 인 변형) 및 이의 패턴(예를 들어, 뉴클레오티드간 연결이 화학식 I의 구조를 갖는 경우 -XLR1의 패턴), 백본 키랄 중심(인 연결) 입체화학 및 이의 패턴[예를 들어, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결들의 Rp 및/또는 Sp(순차적으로 5'에서 3'으로)와, 선택적으로 키랄 비제어 뉴클레오티드간 연결 및/또는 천연 포스페이트 연결(만약에 있다면)(예를 들어, 표 1의 OSOOO RSSRS SSSRS SOOOS)의 조합]을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 영역은 그의 이웃하는 영역(들)에는 존재하지 않는 화학적 변형(예를 들어, 당 변형, 염기 변형, 뉴클레오티드간 연결, 또는 뉴클레오티드간 연결의 입체화학)을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 영역은 그의 이웃 영역(들)에 존재하는 화학적 변형이 결여되어 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 2개 이상의 영역을 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 3개 이상의 영역을 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 2개의 이웃하는 영역을 포함하거나 이로 이루어지며, 여기서, 하나의 영역은 윙 영역으로 표기되고, 다른 영역은 코어 영역으로 표기된다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어 또는 코어-윙 구조를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 3개의 이웃하는 영역을 포함하거나 이로 이루어지며, 여기서, 하나의 영역의 측면에 2개의 이웃하는 영역이 위치한다. 일부 실시 형태에서, 중간 영역은 코어 영역으로 표기되고, 측면 영역 각각은 윙 영역(코어의 5'-말단에 연결된 경우 5'-윙, 코어의 3'-말단에 연결된 경우 3'-윙)으로 표기된다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 실시 형태에서, 제1 영역(예를 들어, 윙)은 제1 영역이 제2 영역에는 부재하는 당 변형(들) 또는 이의 패턴을 포함한다는 점에서 제2 영역(예를 들어, 코어)과 상이하다. 일부 실시 형태에서, 제1(예를 들어, 윙) 영역은 제2(예를 들어, 코어) 영역에는 부재하는 당 변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 당 변형은 2'-변형이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OR이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OR이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-MOE이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OMe이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 이환식 당, 예를 들어, LNA 당이다. 일부 실시 형태에서, 영역의 각 당은 독립적으로 변형된다. 일부 실시 형태에서, 영역(예를 들어, 윙)의 각각의 당은 독립적으로, 서로 동일하거나 상이할 수 있는 변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 영역(예를 들어, 윙)의 각각의 당은 동일 변형, 예를 들어 2'-변형(본 발명에 기술된 바와 같음)을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 영역(예를 들어, 코어)의 당은 변형되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 영역(예를 들어, 코어)의 각각의 당은 비변형 DNA 당(2'-위치에 2개의 -H가 있음)이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어, 코어-윙, 또는 윙-코어-윙 구조를 포함하거나 이로 이루어지며, 여기서, 각각의 윙은 독립적으로 하나 이상의 당 변형을 포함하고, 코어에서의 각각의 당은 천연 DNA 당(2' 위치에 2개의 -H가 있음)이다.
추가적으로 또는 대안적으로, 제1 영역(예를 들어, 윙)은 또 다른 영역(예를 들어, 코어 또는 또 다른 윙)과 상이한 뉴클레오티드간 연결(들) 또는 이의 패턴을 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 영역(예를 들어, 윙)은 2개 이상의 연속 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 영역(예를 들어, 코어)은 연속 천연 포스페이트 연결을 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어, 코어-윙, 또는 윙-코어-윙 구조를 포함하거나 이로 이루어지며, 여기서, 적어도 하나의 윙은 독립적으로 2개 이상의 연속 천연 포스페이트 연결을 포함하고, 코어는 연속 천연 포스페이트 연결을 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 윙-코어-윙 구조에서, 각각의 윙은 독립적으로 2개 이상의 연속 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 달리 언급되지 않는 한, 윙-코어-윙 구조의 입체화학을 위해 코어와 윙을 연결하는 뉴클레오티드간 연결이 코어에 포함된다(예를 들어, 상기 참조).
일부 실시 형태에서, 영역은 5'-윙, 3'-윙, 또는 코어이다. 일부 실시 형태에서, 5'-윙은 올리고뉴클레오티드의 5' 말단에 있고, 3'-윙은 올리고뉴클레오티드의 3'-말단에 있고, 코어는 5'-윙과 3'-윙 사이에 있고, 올리고뉴클레오티드는 윙-코어-윙 구조 또는 포맷을 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 코어는 연접 천연 DNA 당(2'-데옥시리보스)의 스팬을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 코어는 적어도 5개의 연접 천연 DNA 당(2'-데옥시리보스)의 스팬을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 코어는 적어도 10개의 연접 천연 DNA 당(2'-데옥시리보스)의 스팬을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 코어는 갭으로 언급된다. 일부 실시 형태에서, 윙-코어-윙 구조를 포함하거나 이로 이루어진 올리고뉴클레오티드는 갭머로 기술된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어 구조를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 구조는 코어-윙 구조를 포함하거나 이로 이루어진다. 코어-윙 구조를 갖는 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 WV-2023 및 WV-2025를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙, 윙-코어 또는 윙-코어를 포함하거나 이로 이루어진 올리고뉴클레오티드 사슬을 포함하거나 이로 이루어지며, 여기서, 올리고뉴클레오티드 사슬은, 선택적으로 본 발명에 기술된 바와 같은 링커를 통하여 추가의 화학적 모이어티에 콘쥬게이션된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT를 표적화하고, 1개 또는 2개의 윙 및 코어를 포함하는 구조를 가지며, 윙-코어-윙, 코어-윙 또는 윙-코어 구조를 포함하거나 이로 이루어진 올리고뉴클레오티드를 제공한다.
리보뉴클레아제 H(RNase H, 예를 들어, RNase H1, RNase H2 등)는 보고된 바에 따르면 RNA와 DNA의 하이브리드(예를 들어, 헤테로듀플렉스)를 포함하는 구조를 인식하고 RNA를 절단한다. 일부 실시 형태에서, 연접 천연 DNA 당(2'-데옥시리보스)의 스팬을 (예를 들어, 코어 영역에) 포함하는 올리고뉴클레오티드는 mRNA와 같은 RNA에 어닐링되어 헤테로듀플렉스를 형성할 수 있고; 이 헤테로듀플렉스 구조는 RNase H에 의해 인식될 수 있고 RNA는 RNase H에 의해 절단될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 코어는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10개 이상의 연접 천연 DNA 당을 포함하며, 코어는 표적 전사체[예를 들어, HTT 전사체(예를 들어, 프리-mRNA, 성숙 mRNA 등)]에 특이적으로 어닐링될 수 있고; 형성된 구조는 RNase H에 의해 인식될 수 있고 전사체는 RNase H에 의해 절단될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 코어는 5개 이상의 연접 DNA 당을 포함한다.
영역, 예를 들어 윙, 코어 등은 다양한 적합한 길이의 것일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 영역(예를 들어, 윙, 코어 등)은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25개 이상의 핵염기를 포함한다. 본 발명에 기술된 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 각각의 핵염기는 독립적으로 선택적 치환 단환식, 이환식 도는 다환식 고리를 포함하고, 이 고리는 하나 이상의 질소 고리 원자를 가지며; 일부 실시 형태에서, 각각의 핵염기는 독립적으로 선택적 치환 A, T, C, G 또는 U, 또는 A, T, C, G 또는 U의 치환된 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 그 수는 윙의 경우 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10개이다. 일부 실시 형에서, 윙-코어-윙 구조의 각각의 윙은 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같은 길이를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 상기 두 윙은 동일한 길이의 것이다. 일부 실시 형태에서, 상기 두 윙은 상이한 길이의 것이다. 일부 실시 형태에서, 그 수는 코어의 경우 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15개 이상이다.
일부 실시 형태에서, 윙은 하나 이상의 당 변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 윙-코어-윙 구조의 상기 두 윙은 상이한 당 변형을 포함한다(그리고 올리고뉴클레오티드는 "비대칭" 포맷을 갖거나 포함한다). 일부 실시 형태에서, 당 변형은 당 변형의 부재와 비교하여 개선된 안정성 및/또는 어닐링 특성을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 특정한 당 변형, 예를 들어, 2'-MOE는 특정한 조건 하에서 다른 당 변형, 예를 들어, 2'-OMe보다 더 큰 안정성을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 윙은 2'-MOE 변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 피리미딘 염기(예를 들어, C, U, T 등)를 포함하는 윙의 각각의 뉴클레오시드 단위는 2'-MOE 변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 윙의 각각의 당 단위는 2'-MOE 변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 퓨린 염기(예를 들어, A, G 등)를 포함하는 윙의 각각의 뉴클레오시드 단위는 2'-MOE 변형을 포함하지 않는다(예를 들어, 각각의 이러한 뉴클레오시드 단위는 2'-OMe를 포함하거나, 또는 2'-변형을 포함하지 않거나, 기타 등등이다). 일부 실시 형태에서, 퓨린 염기를 포함하는 윙의 각각의 뉴클레오시드 단위는 2'-OMe 변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 2'-MOE 변형을 포함하는 당 단위의 3'-위치에서의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결이다.
일부 실시 형태에서, 윙은 2'-MOE 변형을 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 윙은 2'-OMe 변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 윙의 각각의 뉴클레오시드 단위는 독립적으로 2'-OMe 변형을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙은 2'-OMe 당 변형을 포함하며 다른 하나의 윙은 이환식 당을 포함하고/하거나; 하나의 윙은 2'-OMe를 포함하며 다른 하나의 윙은 이환식 당을 포함하고, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당(2'-위치에 치환 없음)이고/이거나; 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-OMe를 포함하며 다른 하나의 윙에서의 대다수의 당은 독립적으로 이환식 당이고/이거나; 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-OMe를 포함하며 다른 하나의 윙에서의 대다수의 당은 독립적으로 이환식 당이고, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이고/이거나; 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-OMe를 포함하며, 다른 하나의 윙에서, 적어도 하나의 당은 이환식 당이며 적어도 하나의 당은 2'-OMe를 포함하고/하거나; 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-OMe를 포함하며, 다른 하나의 윙에서, 적어도 하나의 당은 이환식 당이며 적어도 하나의 당은 2'-OMe를 포함하고, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이고/이거나; 하나의 윙에서의 대다수의 당은 이환식 당이며, 다른 하나의 윙에서, 적어도 하나의 당은 이환식 당이며 적어도 하나의 당은 2'-OMe를 포함하고/하거나; 하나의 윙에서의 대다수의 당은 독립적으로 이환식 당이며, 다른 하나의 윙에서, 적어도 하나의 당은 이환식 당이며 적어도 하나의 당은 2'-OMe를 포함하고, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이고/이거나; 하나의 윙에서의 각각의 당은 2'-OMe를 포함하며 다른 하나의 윙에서의 각각의 당은 독립적으로 이환식 당이고/이거나; 하나의 윙에서의 각각의 당은 2'-OMe를 포함하며 다른 하나의 윙에서의 각각의 당은 독립적으로 이환식 당이고, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이고/이거나; 하나의 윙에서의 각각의 당은 독립적으로 이환식 당이고, 다른 하나의 윙에서의 각각의 당은 2'-OMe를 포함하고, 코어에서의 각각의 당은 천연 DNA 당이고/이거나; 하나의 윙은 이환식 당을 포함하며 다른 하나의 윙은 2'-MOE를 포함하고/하거나; 하나의 윙은 이환식 당을 포함하며 다른 하나의 윙은 2'-MOE를 포함하고, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이고/이거나; 하나의 윙에서의 대다수의 당은 독립적으로 이환식 당이며 다른 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-MOE를 포함하고/하거나; 하나의 윙에서의 대다수의 당은 독립적으로 이환식 당이며 다른 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-MOE를 포함하고, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이고/이거나; 하나의 윙에서의 대다수의 당은 독립적으로 이환식 당이고, 다른 하나의 윙에서, 적어도 하나의 당은 2'-MOE를 포함하며 적어도 하나의 당은 이환식 당이고/이거나; 하나의 윙에서의 대다수의 당은 독립적으로 이환식 당이며, 다른 하나의 윙에서, 적어도 하나의 당은 2'-MOE를 포함하며 적어도 하나의 당은 이환식 당이고, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이고/이거나; 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-MOE를 포함하고, 다른 하나의 윙에서, 적어도 하나의 당은 2'-MOE를 포함하며 적어도 하나의 당은 이환식 당이고/이거나; 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-MOE를 포함하고, 다른 하나의 윙에서, 적어도 하나의 당은 2'-MOE를 포함하며 적어도 하나의 당은 이환식 당이고, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이고/이거나; 하나의 윙에서의 각각의 당은 독립적으로 이환식 당이며 다른 하나의 윙에서의 각각의 당은 독립적으로 2'-MOE를 포함하고/하거나; 하나의 윙에서의 각각의 당은 독립적으로 이환식 당이며 올리고뉴클레오티드의 다른 하나의 윙에서의 각각의 당은 2'-MOE를 포함하고, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙에서의 각각의 당은 2'-MOE를 포함하며, 다른 하나의 윙에서의 각각의 당은 독립적으로 이환식 당이며, 코어에서의 각각의 당은 천연 DNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 이환식 당은 LNA, cEt 또는 BNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙은 2'-OMe를 포함하며 다른 하나의 윙은 2'-F를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙은 2'-OMe를 포함하며 다른 하나의 윙은 2'-F를 포함하며, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-OMe를 포함하며 다른 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-F를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-OMe를 포함하며 다른 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-F를 포함하며, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-OMe를 포함하며, 다른 하나의 윙에서, 적어도 하나의 당은 2'-F를 포함하며 적어도 하나의 당은 2'-OMe를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-OMe를 포함하며, 다른 하나의 윙에서, 적어도 하나의 당은 2'-F이고 적어도 하나의 당은 2'-OMe를 포함하며, 코어에서의 대다수의 당은 DNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-F를 포함하며, 다른 하나의 윙에서, 적어도 2개의 당은 2'-F를 포함하며 적어도 2개의 당은 2'-OMe를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-F를 포함하며, 다른 하나의 윙에서, 적어도 2개의 당은 2'-F를 포함하며 적어도 2개의 당은 2'-OMe를 포함하며, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드의 하나의 윙에서의 각각의 당은 2'-OMe를 포함하며 제공된 올리고뉴클레오티드의 다른 하나의 윙에서의 각각의 당은 2'-F를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드의 하나의 윙에서의 각각의 당은 2'-OMe를 포함하며 올리고뉴클레오티드의 다른 하나의 윙에서의 각각의 당은 2'-F를 포함하며, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙에서의 각각의 당은 2'-F를 포함하며, 다른 하나의 윙에서의 각각의 당은 2'-OMe를 포함하며, 코어에서의 각각의 당은 DNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙은 2'-F를 포함하며 다른 하나의 윙은 2'-MOE를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙은 2'-F를 포함하며 다른 하나의 윙은 2'-MOE를 포함하며, 코어에서의 대다수의 당은 2'-데옥시를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-F를 포함하며 다른 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-MOE를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-F를 포함하며 다른 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-MOE를 포함하고, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-F를 포함하며, 다른 하나의 윙에서, 적어도 하나의 당은 2'-MOE를 포함하며 적어도 하나의 당은 2'-F를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-F를 포함하며, 다른 하나의 윙에서, 적어도 하나의 당은 2'-MOE를 포함하며 적어도 하나의 당은 2'-F를 포함하며, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-MOE를 포함하고, 다른 하나의 윙에서, 적어도 하나의 당은 2'-MOE를 포함하며 적어도 하나의 당은 2'-F를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 하나의 윙에서의 대다수의 당은 2'-MOE를 포함하고, 다른 하나의 윙에서, 적어도 하나의 당은 2'-MOE를 포함하며 적어도 하나의 당은 2'-F를 포함하며, 코어에서의 대다수의 당은 천연 DNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조를 포함하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드의 하나의 윙에서의 각각의 당은 2'-MOE를 포함하며, 다른 하나의 윙에서의 각각의 당은 2'-F를 포함하며, 코어에서의 각각의 당은 천연 DNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 윙-코어-윙 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 코어는 1개 이상의 천연 DNA 당을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 코어는 5개 이상의 연속 천연 DNA 당을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 코어는 5~10, 5~15, 5~20, 5~25, 5~30개, 또는 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15개 이상의 천연 DNA 당(이는 선택적으로 연속적임)을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 코어는 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15개 이상의 연속 천연 DNA 당을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 코어는 10개 이상의 연속 천연 DNA 당을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 코어는 표적 mRNA에 혼성화되어 RNaseH가 인식할 수 있는 듀플렉스 구조를 형성할 수 있어서 RNaseH가 mRNA를 절단할 수 있게 된다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 윙-코어-윙 구조를 가지며 비대칭 포맷을 갖는다.
일부 실시 형태에서, 비대칭 포맷을 갖는 올리고뉴클레오티드에서, 하나의 윙은 당 변형 또는 이의 패턴, 또는 백본 뉴클레오티드간 연결 또는 이의 패턴, 또는 백본 키랄 중심 또는 이의 패턴이 또 다른 것과 상이하다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 하나의 윙이 다른 하나의 윙과는 상이한 당 변형을 포함한다는 점에서 비대칭 포맷을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 하나의 윙이 다른 하나의 윙과는 상이한 당 변형 패턴을 포함한다는 점에서 비대칭 포맷을 갖는다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드(또는 윙, 코어, 블록 또는 이의 임의의 일부)는 다음 중 임의의 것에 기술된 임의의 변형, 임의의 변형 패턴, 임의의 뉴클레오티드간 연결, 임의의 뉴클레오티드간 연결 패턴, 임의의 키랄 중심 패턴, 또는 임의의 포맷(비대칭 포맷을 포함하지만 이에 한정되지 않음)을 포함할 수 있다: WO2017015555; WO2017192664; W00201200366; WO2011/034072; WO2014/010718; WO2015/108046; WO2015/108047; WO2015/108048; WO 2011/005761; WO 2011/108682; WO 2012/039448; WO 2018/067973; WO2005/028494; WO2005/092909; WO2010/064146; WO2012/073857; WO2013/012758; WO2014/010250; WO2014/012081; WO2015/107425; WO2017/015555; WO2017/015575; WO2017/062862; WO2017/160741; WO2017/192664; WO2017/192679; WO2017/210647; WO2018/022473; 또는 WO2018/098264(그 안에 기술된 각각의 변형, 임의의 변형 패턴, 임의의 뉴클레오티드간 연결, 임의의 뉴클레오티드간 연결 패턴, 또는 임의의 포맷(비대칭 포맷을 포함하지만 이에 한정되지 않음)은 참고로 포함됨).
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 비대칭 포맷을 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 대칭 포맷을 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 비대칭 포맷이거나 이를 포함하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조이며, 제1 윙의 포맷은 제2 윙의 포맷과 상이하다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 비대칭 포맷이거나 이를 포함하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조이며, 제1 및 제2 윙은 당 변형(또는 이의 조합 또는 패턴) 및/또는 뉴클레오티드간 연결(또는 이의 조합 또는 패턴)이 상이하다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 구조는 비대칭 포맷이거나 이를 포함하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드의 구조는 윙-코어-윙 구조이며, 제1 및 제2 윙은 당 변형(또는 이의 조합 또는 패턴)이 상이하다.
일부 실시 형태에서, 코어 영역은 구별 위치, 예를 들어 SNP 위치의 하나의 대립유전자에 대하여 상보성인 서열을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 코어 영역은 SNP의 하나의 대립유전자에 대하여 상보성인 서열(예를 들어, 이는 질환-관련 또는 야기 서열(예를 들어, HTT 유전자에서의 연장된 CAG 반복부)과 동일한 가닥/염색체 상에 있음)을 포함하지만, SNP의 다른 대립유전자(예를 들어, 이는 질환과 덜 관련되거나 질환-비관련 또는 비야기 서열(예를 들어, HTT 유전자에서의 정상적이거나 더 짧은 CAG 반복부)과 동일한 가닥/염색체 상에 있음)에 대해서는 상보성이 아니다. 일부 실시 형태에서, SNP의 경우 이러한 서열은 하나의 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 코어 영역은 HTT 유전자에서의 연장된 CAG 반복부와 동일한 가닥/염색체 상에 있는 SNP의 대립유전자에 대하여 상보성인 핵염기를 포함한다. 특히, 본 발명은 올리고뉴클레오티드의 특성 및/또는 활성이 이러한 핵염기의 위치를 통해 조절될 수 있음을 입증한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 핵염기의 위치는 코어 영역의 5'-말단으로부터 카운팅하여 위치 4, 5, 6, 7 또는 8이다(5'-말단으로부터의 코어 영역의 제1 뉴클레오시드는 위치 1임). 일부 실시 형태에서, 위치는 코어 영역의 5'-말단으로부터의 위치 4이다. 일부 실시 형태에서, 위치는 코어 영역의 5'-말단으로부터의 위치 5이다. 일부 실시 형태에서, 위치는 코어 영역의 5'-말단으로부터의 위치 6이다. 일부 실시 형태에서, 위치는 코어 영역의 5'-말단으로부터의 위치 7이다. 일부 실시 형태에서, 위치는 코어 영역의 5'-말단으로부터의 위치 8이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 핵염기의 위치는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터 카운팅하여 위치 7, 8, 9, 10, 11 또는 12이다(5'-말단으로부터의 올리고뉴클레오티드의 제1 뉴클레오시드는 위치 1임). 일부 실시 형태에서, 위치는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터의 위치 7이다. 일부 실시 형태에서, 위치는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터의 위치 8이다. 일부 실시 형태에서, 위치는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터의 위치 9이다. 일부 실시 형태에서, 위치는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터의 위치 10이다. 일부 실시 형태에서, 위치는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단으로부터의 위치 11이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 5개 이하의 뉴클레오시드를 포함하는 5'-말단 윙을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 각각의 윙 당은 2'-변형된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 윙 당은 2'-OMe 변형된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 코어 당은 독립적으로 2'-OR 변형을 포함하지 않으며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 각각의 코어 당은 독립적으로 비변형 DNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술되거나 당업계에 공지된 임의의 제1 윙, 코어 및/또는 제2 윙을 포함할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 본원에 개시된 HTT 올리고뉴클레오티드 서열이거나, 이를 포함하거나 이의 스팬을 포함하는 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술되거나 당업계에 공지된 바와 같이, 제1 윙, 코어 및/또는 제2 윙을 포함할 수 있다.
RNAi 에이전트
본 발명의 올리고뉴클레오티드는 다양한 생물학적 메커니즘 및/또는 경로를 통해 하나 이상의 기능을 수행할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 RNA 간섭을 통해 부분적으로, 주로 또는 전체적으로 유전자 또는 이의 생성물의 수준, 발현 및/또는 활성을 감소시킬 수 있는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 이러한 올리고뉴클레오티드는 단일 가닥 또는 이중 가닥일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 단일 가닥 또는 이중 가닥 올리고뉴클레오티드는 RNA 간섭을 수반하는 메커니즘을 통해 표적 유전자(예를 들어, HTT) 또는 이의 유전자 생성물의 수준, 발현 및/또는 활성을 감소시킬 수 있다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드에 관한 것으로, 이는 표 1에서의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열로부터의 15개 이상의 연접 염기(선택적으로 1~3개의 미스매치를 포함함)를 포함하거나 이것이거나 또는 이의 스팬을 포함하는 염기 서열을 가지며, 여기서, 올리고뉴클레오티드는 RNA 간섭을 매개할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 표 1에서의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열로부터의 15개 이상의 연접 염기(선택적으로 1~3개의 미스매치를 포함함)를 포함하거나 이것이거나 이의 스팬을 포함하는 염기 서열을 갖는 HTT 올리고뉴클레오티드에 관한 것이며, 여기서, HTT 올리고뉴클레오티드는 단일 가닥 RNA 간섭을 매개할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 표 1에서의 올리고뉴클레오티드의 염기 서열로부터의 15개 이상의 연접 염기(선택적으로 1~3개의 미스매치를 포함함)를 포함하거나 이것이거나 이의 스팬을 포함하는 염기 서열을 갖는 HTT 올리고뉴클레오티드에 관한 것이며, 여기서, HTT 올리고뉴클레오티드는 단일 가닥 RNA 간섭을 매개할 수 있다.
일부 실시 형태에서, RNAi 에이전트는 RNA 간섭을 매개할 수 있는 에이전트(예를 들어, 단일 가닥 또는 이중 가닥 핵산을 포함하지만 이에 한정되지 않는 핵산)이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT를 표적화하는 RNAi 에이전트를 제공한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 염기 서열이 HTT 또는 이의 전사체의 15~30개(예를 들어, 적어도 15, 16, 17, 18, 19, 20 또는 21개)의 연접 염기의 스팬이거나 이에 대하여 상보성인 서열이거나 이 서열을 포함하는 단일 가닥 RNAi 에이전트에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 표 1에서의 임의의 HTT 올리고뉴클레오티드의 적어도 15개의 연접 염기이거나 이를 포함하거나 이의 스팬을 포함하는 염기 서열을 갖는 단일 가닥 RNAi 에이전트에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 연접 염기의 스팬은 HTT의 특징이며, 이것은 게놈 또는 트랜스크립톰에서의 임의의 다른 서열과 동일하지 않거나 상보적이지 않다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 센스 및 안티센스 가닥을 포함하는 이중 가닥 RNAi 에이전트에 관한 것이며, 여기서, 안티센스 가닥의 염기 서열은 HTT 또는 이의 전사체의 15~30개(예를 들어, 적어도 15, 16, 17, 18, 19, 20 또는 21개)의 연접 염기의 스팬이거나 이에 대하여 상보성인 서열이거나 이 서열을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 센스 및 안티센스 가닥을 포함하는 이중 가닥 RNAi 에이전트에 관한 것이며, 여기서, 안티센스 가닥은 표 1에서의 임의의 HTT 올리고뉴클레오티드의 적어도 15개의 연접 염기이거나 이를 포함하거나 이의 스팬을 포함하는 염기 서열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 센스 및 안티센스 가닥을 포함하는 이중 가닥 RNAi 에이전트에 관한 것이며, 여기서, 안티센스 가닥은 표 1에서의 임의의 HTT 올리고뉴클레오티드의 적어도 10개의 연접 염기이거나 이를 포함하거나 이의 스팬을 포함하는 염기 서열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 이러한 연접 염기의 스팬은 HTT의 특징이며, 이것은 게놈 또는 트랜스크립톰에서의 임의의 다른 서열과 동일하지 않거나 상보적이지 않다.
일부 실시 형태에서, RNAi 에이전트, 예를 들어, HTT RNAi 에이전트는 이중 가닥이든지 단일 가닥이든지 간에, 본원에 기술되거나 당업계에 공지된 RNAi 에이전트의 포맷일 수 있다. 이중 가닥 RNAi 에이전트의 다양한 포맷이 당업계에 기술되어 있으며 본 발명에 따라 이용될 수 있다(예를 들어, 다음의 문헌에 기술됨: 문헌[Elbashir et al. 2001 Gen. Dev. 15: 188]; 문헌[Elbashir et al. 2001 Nature 411: 494]; 문헌[Elbashir et al. 2001 EMBO J. 20: 6877-6888]; 문헌[Sun et al. Nat. Biotech. 26: 1379]; 문헌[Chiu et al. 2003 RNA 9: 1034-1048]; 문헌[Kim et al. (2005) Nat Biotech 23:222-226]; US 8084600; US 9175289; US 8329888; US 8090542; US 7507811; US 8828956; US 20130035368; US 20050255487; US 20080242851; WO 2015051366; 및 EP 3052464). 단일 가닥 RNAi 에이전트의 다양한 포맷이 당업계에 기술되어 있으며 본 발명에 따라 이용될 수 있다(예를 들어, 다음의 문헌에 기술됨: EP1520022, US 8729036, US 9476044, US 9243246, WO 2004/007718 등).
일부 실시 형태에서, 단일 가닥 RNAi 에이전트의 가닥 또는 이중 가닥 RNAi 에이전트의 안티센스 가닥은 5'에서 3'으로, 순서대로, 5'-말단 영역, 시드(seed) 영역, 시드-후 영역, 및 3' 말단을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 상기 가닥에서, 시드 영역은 5' 말단으로부터 카운팅하여 위치 약 2 내지 약 7 또는 약 8에서의 뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 5'-말단 영역은 시드 영역에 대하여 5'의 가닥의 일부를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 3'-말단 영역은 3' 말단에 말단 디뉴클레오티드(예를 들어, TT 또는 UU), 또는 말단 디뉴클레오티드를 기능적으로 대체하는 모이어티(예를 들어, 3' 말단 캡)를 포함한다. 3' 말단 캡은 예를 들어 미국 특허 제8,084,600호 및 WO 2015/051366에 기술되어 있다. 일부 실시 형태에서, 시드-후 영역은 시드 영역과 3' 말단 영역 사이의 가닥의 일부를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 5' 말단 영역은 포스페이트 기 또는 이의 유사체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 예를 들어 5' 말단 영역에 직접 또는 간접적으로 콘쥬게이션된 것은 본원에 기술된 바와 같은 추가의 화학적 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 예를 들어 5' 말단 영역에 직접 또는 간접적으로 콘쥬게이션된 것은 ASPGR에 결합할 수 있는 GalNAc 또는 이의 유도체인 추가의 화학적 모이어티이다.
일부 실시 형태에서, 시드 영역은 표적 영역의 인식 및 상보에 특히 중요하다. 일부 실시 형태에서, 시드 영역은 5' 말단 영역 또는 시드-후 영역보다 표적에 대한 미스매치에 덜 적합하다.
일부 실시 형태에서, 단일 가닥 RNAi 에이전트, 예를 들어 단일 가닥 HTT RNAi 시약은 인을 포함하는 5' 말단에서의 화학적 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 단일 가닥 RNAi 에이전트는 그의 5'-말단에 인을 포함하는 기를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 단일 가닥 RNAi 에이전트는 그의 5'-말단에 포스페이트 기 또는 이의 유사체를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 단일 가닥 RNAi 에이전트, 또는 이중 가닥 RNAi 에이전트의 어느 한 가닥 또는 둘 다의 가닥에 결합되는 것은 ASPGR 리간드이다. 일부 실시 형태에서, ASGPR 리간드는 ASPGR에 결합할 수 있는 GalNAc 또는 이의 유도체이다.
단일 가닥 RNAi 에이전트로 사용될 수 있는 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함한다: WV-5153, WV-5154, WV-5155, WV-5156, WV-5157, WV-5158, WV-5159, WV-5160, WV-5161, WV-5162, WV-5163, WV-5164, WV-5165, WV-5166, WV-5167, WV-5168, WV-5169, WV-5170, WV-5171, WV-5172, WV-5173, WV-5174, WV-5175, WV-5176, WV-5177, WV-5178, WV-5179, WV-5180, WV-5181, WV-5182, WV-5183, WV-5184, WV-5185, WV-5186, WV-5187, WV-5188, WV-5189, WV-5190, WV-5191, WV-5192, WV-5193, WV-5194, WV-5195, WV-5196, WV-5197, WV-5198, WV-5199, WV-5200, WV-5201, WV-5202, WV-5203, WV-5204, WV-5205, WV-5206, WV-5207, WV-5208, WV-5209, WV-5210, WV-5211, WV-5212, WV-5213, WV-5214, WV-5215, WV-5216, WV-5217, WV-5218, WV-5219, WV-5220, WV-5221, WV-5222, WV-5223, WV-5224, WV-5225, WV-5226, WV-5227, WV-5228, WV-5229, WV-5230, WV-5231, WV-5232, WV-5233, WV-5234, WV-5235, WV-5236, WV-5237, WV-5238, WV-5239, WV-5240, WV-5241, WV-5242, WV-5243, WV-5244, WV-5245, WV-5246, WV-5247, WV-5248, WV-5249, WV-5250, WV-5251, WV-5252, WV-5253, WV-5254, WV-5255, WV-5256, WV-5257, WV-5258, WV-5259, WV-5260, WV-5261, WV-5262, WV-5263, WV-5264, WV-5265, WV-5266, WV-5267, WV-5268, WV-5269, WV-5270, WV-5271, WV-5272, WV-5273, WV-5274, WV-5275, WV-5276, WV-5277, WV-5278, WV-5279, WV-5280, WV-5281, WV-5282, WV-5283, WV-5284, WV-5285, WV-5286, WV-10107, WV-10108, WV-10109, WV-10110, WV-10111, WV-10112, WV-10113, WV-10114, WV-10115, WV-10116, WV-10117, WV-10118, WV-10119, WV-10120, WV-10121, WV-10122, WV-10123, WV-10124, WV-10125, WV-10126, WV-10127, WV-10128, WV-10129, WV-10130, WV-10131, WV-10132, WV-10133, WV-10134, WV-10135, WV-10136, WV-10137, WV-10138, WV-10139, WV-10140, WV-10141, WV-10142, WV-10143, WV-10144, WV-10145, 및 WV-10146.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 제2 가닥에 어닐링되는 단일 가닥 RNAi 에이전트의 가닥을 포함하는 이중 가닥 RNAi 에이전트에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 제2 가닥에 어닐링되는 본원에 기술된 단일 가닥 HTT RNAi 에이전트의 가닥을 포함하는 이중 가닥 HTT RNAi 에이전트에 관한 것이다.
일부 실시 형태에서, 이중 또는 단일 가닥 HTT RNAi 에이전트와 같은 올리고뉴클레오티드는 뉴클레오티드간 연결 및/또는 이의 패턴, 핵염기 및 이의 패턴, 당 및 이의 패턴, 백본 키랄 중심 패턴, 및/또는 본원에 기술된 추가의 화학적 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 핵염기, 당, 뉴클레오티드간 연결, 연결 인 입체화학, 5'-말단 기(예를 들어, 포스페이트 및 이의 유사체/유도체), 추가의 화학적 모이어티, 링커 등과 같은 유용한 구조적 요소, 및 이의 유용한 패턴 및/또는 조합은 WO/2018/223056에 기술되어 있고 본원에 참고로 포함된다.
뉴클레오티드간 연결
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 염기 변형, 당 변형, 및/또는 뉴클레오티드간 연결 변형을 포함한다. 다양한 뉴클레오티드간 연결을 본 발명에 따라 이용하여 핵염기, 예를 들어, 뉴클레오시드를 포함하는 단위들을 연결할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형된 뉴클레오티드간 연결 및 하나 이상의 천연 포스페이트 연결 둘 다를 포함한다. 당업자에게 널리 알려진 바와 같이, 천연 포스페이트 연결은 천연 DNA 및 RNA 분자에서 널리 발견되며; 상기 연결은 -OP(O)(OH)O-의 구조를 가지며, DNA 및 RNA의 뉴클레오시드에서의 당들을 연결하고, 다양한 염 형태(예를 들어, 생리학적 pH(약 7.4)에서)로 존재할 수 있으며, 천연 포스페이트 연결은 주로 염 형태로 존재하며, 이때 음이온은 -OP(O)(O-)O-이다. 변형된 뉴클레오티드간 연결 또는 비천연 포스페이트 연결은 천연 포스페이트 연결 또는 이의 염 형태가 아닌 뉴클레오티드간 연결이다. 변형된 뉴클레오티드간 연결은 구조에 따라 염 형태로도 존재할 수 있다. 예를 들어, 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, -OP(O)(SH)O-의 구조를 갖는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 다양한 염 형태(예를 들어, 생리학적 pH(약 7.4)에서)로 존재할 수 있으며, 이때 음이온은 -OP(O)(S-)O-이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드간 연결인 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트, 메틸포스포네이트, 포스포로아미데이트, 티오포스페이트, 3'-티오포스페이트, 또는 5'-티오포스페이트를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 키랄 연결 인을 포함하는 키랄 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 포스포로티오에이트 연결이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 Rp 또는 Sp 배열(본원에서, 각각 * R 또는 *S로 표기됨)의 포스포로티오에이트 연결이다.
일부 실시 형태에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 그의 키랄 연결 인과 관련하여 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 그의 키랄 연결 인과 관련하여 입체화학적으로 순수하다. 일부 실시 형태에서, 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결의 위치 및 연결 인 배열(Rp 또는 Sp) 및 비키랄 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 천연 포스페이트 연결)의 위치를 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 P-변형을 포함하고, 여기서, P-변형은 연결 인에서의 변형이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 인을 포함하지 않지만 예를 들어 펩티드 핵산(PNA)에서와 같이 각각 독립적으로 핵염기를 포함하는 2개의 당 또는 2개의 모이어티를 연결하는 역할을 하는 모이어티이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 변형된 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 화학식 I, I-a, I-b, 또는 I-c의 구조를 갖고 본원 및/또는 다음에 기술된 것을 포함한다: WO 2018/022473, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, 및/또는 WO 2019/075357(이의 각각의 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 화학식 I, I-a, I-b, I-c 등의 것)은 독립적으로 본원에 참고로 포함됨).
일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 양으로 하전된 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 하나 이상의 중성 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 화학식 I-n-1, I-n-2, I-n-3, I-n-4, II, II-a-1, II-a-2, II-b-1, II-b-2, II-c-1, II-c-2, II-d-1, II-d-2 등의 구조, 또는 이의 염 형태를 가지며, 이는 본원에 및/또는 US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/022473, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO2019/032612, WO 2019/055951, 및/또는 WO 2019/075357(이의 각각의 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 화학식 I-n-1, I-n-2, I-n-3, I-n-4, II, II-a-1, II-a-2, II-b-1, II-b-2, II-c-1, II-c-2, II-d-1, II-d-2 등의 것, 또는 이의 적합한 염 형태)은 독립적으로 본원에 참고로 포함됨)에 기술된 바와 같다.
음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함한다: WV-19823, WV-19824, WV-19825, WV-19826, WV-19827, WV-19828, WV-19829, WV-19830, WV-19831, WV-19832, WV-19833, WV-19834, WV-19835, WV-19836, WV-19837, WV-19841, WV-19842, WV-19843, WV-19844, WV-19845, WV-19846, WV-19847, WV-19848, WV-19849, WV-19850, WV-19851, WV-19852, WV-19853, WV-19854, WV-16214, WV-16215, WV-16216, WV-19844, WV-19845, WV-19846, WV-19847, WV-19848, WV-19849, WV-19850, WV-19851, WV-19852, WV-19853, WV-19854, 및 WV-19855.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 HTT 올리고뉴클레오티드의 전달 및/또는 활성(예를 들어, HTT 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 수준, 활성 및/또는 발현을 감소시키는 능력)을 개선시킬 수 있다.
일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결)은 선택적 치환 트리아졸릴을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결)은 선택적 치환 알키닐을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 트리아졸 또는 알킨 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 트리아졸 모이어티, 예를 들어, 트리아졸릴 기는 선택적으로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 트리아졸 모이어티, 예를 들어, 트리아졸릴 기는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 트리아졸 모이어티는 비치환된다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 선택적 치환 환형 구아니딘 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 선택적 치환 환형 구아니딘 모이어티를 포함하며, 다음의 구조를 갖는다:
Figure pct00150
,
Figure pct00151
, 또는
Figure pct00152
(여기서, W는 O 또는 S임). 일부 실시 형태에서, W는 O이다. 일부 실시 형태에서, W는 S이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 입체화학적으로 제어된다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 또는 중성 뉴클레오티드간 연결은 트리아졸 모이어티를 포함하는 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 선택적 치환 트리아졸릴 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 트리아졸 모이어티(예를 들어, 선택적 치환 트리아졸릴 기)를 포함하는 뉴클레오티드간 연결은 다음의 구조를 갖는다:
Figure pct00153
. 일부 실시 형태에서, 트리아졸 모이어티를 포함하는 뉴클레오티드간 연결은 다음의 구조를 갖는다:
Figure pct00154
. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 중성 뉴클레오티드간 연결은 환형 구아니딘 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 환형 구아니딘 모이어티를 포함하는 뉴클레오티드간 연결은 다음의 구조를 갖는다:
Figure pct00155
. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 또는 중성 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00156
,
Figure pct00157
로부터 선택되는 구조이거나 이를 포함하며, 여기서, W는 O 또는 S이다.
일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 Tmg 기(
Figure pct00158
)를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결은 Tmg 기를 포함하며,
Figure pct00159
의 구조를 갖는다("Tmg 뉴클레오티드간 연결"). 일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 PNA 및 PMO의 뉴클레오티드간 연결, 및 Tmg 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 헤테로시클릴 또는 헤테로아릴 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 헤테로시클릴 또는 헤테로아릴 기를 포함하며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 헤테로시클릴 또는 헤테로아릴 기는 5원 고리의 것이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 헤테로시클릴 또는 헤테로아릴 기는 6원 고리의 것이다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로아릴 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로아릴 기를 포함하며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~6원 헤테로아릴 기를 포함하며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로아릴 기를 포함하며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 기는 연결 인에 직접적으로 결합된다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 선택적 치환 트리아졸릴 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 비치환 트리아졸릴 기, 예를 들어,
Figure pct00160
를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 치환 트리아졸릴 기, 예를 들어,
Figure pct00161
를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로시클릴 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로시클릴 기를 포함하며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~6원 헤테로시클릴 기를 포함하며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로시클릴 기를 포함하며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 적어도 2개의 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 기는 연결 인에 직접적으로 결합된다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 기는, =N-을 통하여 연결 인에 지시 결합된 구아니딘 모이어티의 일부인 경우, 링커, 예를 들어, =N-을 통하여 연결 인에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 선택적 치환
Figure pct00162
기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 치환된
Figure pct00163
기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은
Figure pct00164
기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1은 독립적으로 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R1은 독립적으로 메틸이다.
일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 트리아졸 또는 알킨 모이어티를 포함하며, 이들 각각은 선택적으로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 트리아졸 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 비치환 트리아졸 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 치환 트리아졸 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 알킬 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 선택적 치환 알키닐 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 비치환 알키닐 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 치환 알키닐 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 알키닐 기는 연결 인에 직접적으로 결합된다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 상이한 유형의 뉴클레오티드간 인 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 천연 포스페이트 연결 및 적어도 하나의 변형(비-천연) 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 천연 포스페이트 연결 및 적어도 하나의 포스포로티오에이트를 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 중성 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 다음 중 임의의 것에 기술된 임의의 중성 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결의 구조를 갖는다: US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/022473, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO2019/032612, WO 2019/055951, 및/또는 WO 2019/075357,2607, WO2019/032612, WO 2019/055951, 및/또는 WO 2019/075357(이의 각각의 중성 또는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 각각은 본원에 참고로 포함됨).
일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 화학식 II-d-2의 구조를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 독립적으로 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 독립적으로 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 R'는 독립적으로 -CH3이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 Rs는 -H이다.
일부 실시 형태에서, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결은 다음의 구조를 갖는다:
Figure pct00165
Figure pct00166
. 일부 실시 형태에서, W는 O이다. 일부 실시 형태에서, W는 S이다. 일부 실시 형태에서, 중성 뉴클레오티드간 연결은 상기에 기술된 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 및/또는 화학식 I, I-a, I-b, I-c, I-n-1, I-n-2, I-n-3, I-n-4, II, II-a-1, II-a-2, II-b-1, II-b-2, II-c-1, II-c-2, II-d-1, 또는 II-d-2의 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 중성 뉴클레오티드간 연결 및 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 중성 뉴클레오티드간 연결 및 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(이는 중성 뉴클레오티드간 연결이 아님)을 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 중성 뉴클레오티드간 연결 및 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 중성 뉴클레오티드간 연결이 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결(PS)(이는 천연 포스페이트 연결(PO)보다 더 소수성일 수 있음)보다 더 소수성일 수 있음을 주지하고 있다. 전형적으로, PS 또는 PO와는 달리, 중성 뉴클레오티드간 연결은 더 적은 전하를 보유한다. 임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 하나 이상의 중성 뉴클레오티드간 연결의 HTT 올리고뉴클레오티드 내로의 포함이 세포에 의해 흡수되고/되거나 엔도좀으로부터 탈출하는 올리고뉴클레오티드의 능력을 증가시킬 수 있음을 주지하고 있다. 임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 하나 이상의 중성 뉴클레오티드간 연결의 포함을 이용하여 HTT 올리고뉴클레오티드와 그의 표적 핵산 사이에 형성된 듀플렉스의 용융 온도를 조정할 수 있음을 주지하고 있다.
임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 하나 이상의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, 중성 뉴클레오티드간 연결의 HTT 올리고뉴클레오티드 내로의 포함이 유전자 넉다운과 같은 기능을 매개하는 올리고뉴클레오티드의 능력을 증가시키는 것이 가능할 수 있음을 주지하고 있다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 핵산 또는 이에 의해 코딩된 생성물의 수준의 넉다운을 매개할 수 있는 HTT 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 유전자의 발현의 넉다운을 매개할 수 있는 HTT 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 천연 DNA 및 RNA에서와 같은 전형적인 연결은 뉴클레오티드간 연결이 2개의 당(이는 본원에 기술된 바와 같이 비변형되거나 변형될 수 있음)과 결합을 형성한다는 것이다. 많은 실시 형태에서, 본원에 예시된 바와 같이, 뉴클레오티드간 연결은 그의 산소 원자를 통하여 그의 5' 탄소에서 하나의 선택적 변형 리보스 또는 데옥시리보스와 결합을 형성하고 그의 3' 탄소에서 다른 선택적 변형 리보스 또는 데옥시리보스와 결합을 형성한다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결에 의해 연결된 각각의 뉴클레오시드 단위는, 독립적으로 선택적 치환 A, T, C, G 또는 U, 또는 A, T, C, G 또는 U의 치환된 호변이성질체인 핵염기를 독립적으로 포함한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 뉴클레오티드간 연결을 포함하며, 여기서, 정규 포스포디에스테르 연결의 음으로 하전된 비-가교 산소는 P-메틸 또는 P-에틸 phNA와 같은 P-알킬 포스포네이트 핵산(phNA)에서와 같이, 메틸(Met) 또는 에틸(Et) 기와 같은 비하전 알킬 치환체로 대체된다. 예를 들어, 문헌[Micklefield et al. 2001 Curr. Med. Chem. 8, 1157-1179]; 및 문헌[Arangundy-Franklin et al. 2019 Nat. Chem. 11, 533-542]을 참조한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 포스포노메틸-트레오실 핵산(tPhoNA)이고/이거나 포스포노메틸-트레오실 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 문헌[Liu et al. 2018 J. Am. Chem. Soc. 140, 6690-6699].
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 많은 다른 유형의 뉴클레오티드간 연결이 본 발명에 따라 사용될 수 있다(예를 들어, 미국 특허 제3,687,808호; 제4,469,863호; 제4,476,301호; 제5,177,195호; 제5,023,243호; 제5,034,506호; 제5,166,315호; 제5,185,444호; 제5,188,897호; 제5,214,134호; 제5,216,141호; 제5,235,033호; 제5,264,423호; 제5,264,564호; 제5,276,019호; 제5,278,302호; 제5,286,717호; 제5,321,131호; 제5,399,676호; 제5,405,938호; 제5,405,939호; 제5,434,257호; 제5,453,496호; 제5,455,233호; 제5,466,677호; 제5,466,677호; 제5,470,967호; 제5,476,925호; 제5,489,677호; 제5,519,126호; 제5,536,821호; 제5,541,307호; 제5,541,316호; 제5,550,111호; 제5,561,225호; 제5,563,253호; 제5,571,799호; 제5,587,361호; 제5,596,086호; 제5,602,240호; 제5,608,046호; 제5,610,289호; 제5,618,704호; 제5,623,070호; 제5,625,050호; 제5,633,360호; 제5,64,562호; 제5,663,312호; 제5,677,437호; 제5,677,439호; 제6,160,109호; 제6,239,265호; 제6,028,188호; 제6,124,445호; 제6,169,170호; 제6,172,209호; 제6,277,603호; 제6,326,199호; 제6,346,614호; 제6,444,423호; 제6,531,590호; 제6,534,639호; 제6,608,035호; 제6,683,167호; 제6,858,715호; 제6,867,294호; 제6,878,805호; 제7,015,315호; 제7,041,816호; 제7,273,933호; 제7,321,029호; 또는 RE39464에 기술된 것). 일부 실시 형태에서, 변형 뉴클레오티드간 연결은 US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, WO 2017192664, WO 2017015575, WO2017062862, WO 2018067973, WO 2017160741, WO 2017192679, WO 2017210647, WO 2018098264, PCT/US18/35687, PCT/US18/38835, 또는 PCT/US18/51398에 기술된 것이며, 이의 각각의 핵염기, 당, 뉴클레오티드간 연결, 키랄 보조자/시약, 및 올리고뉴클레오티드 합성 기술(시약, 조건, 사이클 등)은 독립적으로 본원에 참고로 포함된다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드에서의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결, 포스포로티오에이트 연결, 및 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, n001)로부터 독립적으로 선택된다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드에서의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 천연 포스페이트 연결, 포스포로티오에이트 연결, 및 중성 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, n001)로부터 독립적으로 선택된다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 특정 조건 하에서 "자동방출"되기 쉬운 인 변형을 독립적으로 포함하는 하나 이상의 뉴클레오티드를 포함한다. 즉, 특정 조건 하에서, 특정 인 변형은 예를 들어 천연 포스페이트 연결을 제공하기 위해 올리고뉴클레오티드로부터 자가 절단되도록 설계된다. 이러한 인 변형 기의 특정 예는 US 9982257에서 찾을 수 있다. 일부 실시 형태에서, 자동방출 기는 모르폴리노 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 자동방출 기는 뉴클레오티드간 인 링커에 에이전트를 전달하는 능력을 특징으로 하며, 상기 에이전트는 예를 들어 탈황과 같은 인 원자의 추가 변형을 촉진한다. 일부 실시 형태에서, 상기 에이전트는 물이고 추가 변형은 천연 포스페이트 연결을 형성하기 위한 가수분해이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 약학적 특성 및/또는 활성을 개선시키는 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 특정 올리고뉴클레오티드는 뉴클레아제에 의해 빠르게 분해되고 세포질 세포막을 통한 불량한 세포 흡수를 나타낸다는 것이 당 업계에 잘 문서화되어 있다(문헌[Poijarvi-Virta et al., Curr. Med. Chem. (2006), 13(28);3441-65]; 문헌[Wagner et al., Med. Res. Rev. (2000), 20(6):417-51]; 문헌[Peyrottes et al., Mini Rev. Med. Chem. (2004), 4(4):395-408]; 문헌[Gosselin et al., (1996), 43(1):196-208]; 문헌[Bologna et al., (2002), Antisense & Nucleic Acid Drug Development 12:33-41]). Vives 등(문헌[Nucleic Acids Research (1999), 27(20):4071-76])은 tert-부틸 SATE 프로-올리고뉴클레오티드가 특정 조건 하에서 모 올리고뉴클레오티드와 비교하여 현저하게 증가된 세포 침투를 나타냄을 보고하였다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은, 적어도 일부 경우에, 특히, 5'-말단 및/또는 3'-말단의 Sp 뉴클레오티드간 연결이 올리고뉴클레오티드 안정성을 개선할 수 있음을 입증한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 특히, 천연 포스페이트 연결 및/또는 Rp 뉴클레오티드간 연결이 시스템으로부터의 올리고뉴클레오티드의 제거를 개선할 수 있음을 입증한다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 당업계에 공지된 다양한 분석법이 본 발명에 따라 이러한 특성을 평가하는 데 이용될 수 있다.
원하는 올리고뉴클레오티드 특성 및/또는 활성을 달성하기 위해 다양한 유형의 뉴클레오티드간 연결이 다른 구조적 요소, 예를 들어 당과 조합되어 사용될 수 있다. 예를 들어, 본 발명은 올리고뉴클레오티드를 설계함에 있어서 선택적으로 천연 포스페이트 연결 및 천연 당과 함께 변형 뉴클레오티드간 연결 및 변형 당을 일상적으로 사용한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 하나 이상의 변형된 당을 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드를 제공한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 하나 이상의 변형된 당 및 하나 이상의 변형된 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 이들 중 하나 이상이 키랄 제어될 수 있다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드에서, 키랄 제어된 뉴클레오타이드간 연결은 특정 패턴으로 나타날 수 있으며, 이는 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 활성 및/또는 특성에 영향을 미칠 수 있다.
HTT 올리고뉴클레오티드 조성물 및 입체화학
특히, 본 발명은 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 본원에 기술된 올리고뉴클레오티드의 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물은 본 발명에 기술된 복수의 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어된다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어되지 않는다(스테레오랜덤).
천연 포스페이트 연결의 연결 인은 비키랄이다. 많은 변형된 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 연결 인은 키랄이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 조성물의 제조 동안(예를 들어, 전통적인 포스포르아미다이트 올리고뉴클레오티드 합성에서), 키랄 연결 인의 배열이 의도적으로 설계되거나 제어된 것이 아니어서, 다양한 입체이성질체(부분입체 이성질체)의 복잡한 무작위 혼합물인 키랄 비제어(스테레오랜덤) 올리고뉴클레오티드 조성물(실질적으로 라세미 제제)을 생성한다(n개의 키랄 뉴클레오티드간 연결(연결 인은 키랄임)을 갖는 올리고뉴클레오티드의 경우, 전형적으로 2n개의 입체이성질체(예를 들어, n이 10인 경우 210 =1,032; n이 20인 경우, 220 = 1,048,576)). 이러한 입체이성질체는 동일한 구성을 갖지만 연결 인의 입체 화학 패턴과 관련하여 상이하다.
일부 실시 형태에서, 스테레오랜덤 올리고뉴클레오티드 조성물은 특정 목적 및/또는 응용에 충분한 특성 및/또는 활성을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 스테레오랜덤 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물보다 생산이 더 저렴하고/하거나, 더 쉽고/쉽거나 더 간단할 수 있다.
그러나, 일부 실시 형태에서, 스테레오랜덤 조성물 내의 입체이성질체는 상이한 특성, 활성 및/또는 독성을 가질 수 있어서, 특히 동일한 구성의 올리고뉴클레오티드의 특정 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물과 비교하여 스테레오랜덤 조성물에 의한 일관성 없는 치료 효과 및/또는 의도하지 않은 부작용을 초래할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 키랄 제어된 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 설계 및 제조하기 위한 기술을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어, 입체화학/연결에서 S 및/또는 R을 함유하는 표 1에서의 많은 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물은 제어된/미리 결정된(스테레오랜덤 조성물에서와 같이 무작위가 아님) 수준의 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 여기서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결(키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결)에서 동일한 연결 인 입체화학을 공유한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 동일한 백본 키랄 중심 패턴(연결 인의 입체화학)을 공유한다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 구조적으로 동일하다.
일부 실시 형태에서, 조성물 중 복수의 올리고뉴클레오티드의 부분입체 순도 수준은 올리고뉴클레오티드에서의 각각의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 부분입체 순도의 곱으로서 결정될 수 있다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드(또는 핵산)에서의 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 뉴클레오티드간 연결의 부분입체 순도는 상기 2개의 뉴클레오시드를 연결하는 이량체의 뉴클레오티드간 연결의 부분입체 순도로 표시되며, 여기서, 이량체는 비견되는 조건들, 일부 경우에 동일 합성 사이클 조건들을 사용하여 제조된다.
일부 실시 형태에서, 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되며, 조성물은 완전히 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결이 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결인 것은 아니며, 조성물은 부분적으로 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이다.
올리고뉴클레오티드는 다양한 백본 키랄 중심 패턴(키랄 연결 인의 입체화학 패턴)을 포함하거나 이로 이루어질 수 있다. 특정한 유용한 백본 키랄 중심 패턴이 본 발명에 기술된다. 일부 실시 형태에서, 복수의 올리고뉴클레오티드는 공통 백본 키랄 중심 패턴을 공유하며, 이는 본 발명에 기술된 패턴이거나 이를 포함한다(예를 들어, "연결 인 입체화학 및 이의 패턴", 표 1에서의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드의 백본 키랄 중심 패턴 등에서와 같이).
일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 순수(또는 입체순수, 입체화학적 순수) 올리고뉴클레오티드 조성물이고, 여기서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 올리고뉴클레오티드들은 동일하고[각각의 키랄 연결 인을 포함하는 올리고뉴클레오티드의 각각의 키랄 요소가 독립적으로 정의(입체정의)됨을 포함], 조성물은 다른 입체이성질체를 포함하지 않는다. HTT 올리고뉴클레오티드 입체이성질체의 키랄 순수(또는 입체순수, 입체화학적 순수) 올리고뉴클레오티드 조성물은 다른 입체이성질체를 함유하지 않는다(당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 하나 이상의 의도하지 않은 입체이성질체가 불순물로서 존재할 수 있음(예시적인 순도는 본 발명에서 설명됨)).
키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물은 스테레오랜덤 올리고뉴클레오티드 조성물에 비해 다수의 장점을 보여줄 수 있다. 특히, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물은 올리고뉴클레오티드 구조와 관련하여 상응하는 스테레오랜덤 올리고뉴클레오티드 조성물보다 더 균일하다. 입체화학을 제어함으로써, 개별 입체이성질체들의 조성물을 제조하여 평가할 수 있어서, 원하는 특성 및/또는 활성을 갖는 입체이성질체의 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이 개발될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물은 예를 들어 상응하는 스테레오랜덤 올리고뉴클레오티드 조성물과 비교하여 더 우수한 전달, 안정성, 제거, 활성, 선택성, 및/또는 독성 프로파일을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물은 더 우수한 효능, 더 적은 부작용, 및/또는 더 편리하고 효과적인 투여 요법을 제공한다. 특히, 본원에 기술된 바와 같은 백본 키랄 중심 패턴은 올리고뉴클레오티드 표적(예를 들어, 전사체, 예컨대 프리-mRNA, 성숙 mRNA 등; 절단 부위, 절단 부위에서의 절단의 속도 및/또는 정도, 및/또는 절단의 전체 속도 및 정도 등의 제어 포함)의 제어된 절단 및 크게 증가된 HTT 표적 선택성을 제공하기 위해 사용될 수 있다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드 조성물은 입체제어된(키랄 제어됨; 일부 실시 형태에서, 입체순수) 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결 및 스테레오랜덤인 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드 조성물은 입체제어된(키랄 제어됨; 일부 실시 형태에서, 입체순수) 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결 및 스테레오랜덤인 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드 조성물은 입체제어된(예를 들어, 키랄 제어되거나 입체순수) 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결 및 스테레오랜덤인 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드는 다양한 표적을 표적화할 수 있고 다양한 염기 서열을 가질 수 있으며 다양한 양식(예를 들어, RNase H 메커니즘, 입체 장애, 이중 또는 단일 가닥 RNA 간섭, 엑손 스킵 조절, CRISPR, 압타머 등) 중 하나 이상을 통하여 작동하는 것이 가능할 수 있다.
스테레오랜덤 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어, 스테레오랜덤 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물의 비제한적인 예는 본원에 기술되어 있으며, 이는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-1027, WV-1028, WV-1029, WV-1030, WV-1031, WV-1032, WV-1033, WV-1034, WV-1035, WV-1036, WV-1037, WV-1038, WV-1039, WV-1040, WV-1041, WV-1042, WV-1043, WV-1044, WV-1045, WV-1046, WV-1047, WV-1048, WV-1049, WV-1050, WV-1051, WV-1052, WV-1053, WV-1054, WV-1055, WV-1056, WV-1057, WV-1058, WV-1059, WV-1060, WV-1061, WV-1062, WV-1063, WV-1064, WV-1065, WV-1066, WV-1067, WV-1068, WV-1069, WV-1070, WV-1071, WV-1072, WV-2023, WV-2024, WV-2025, WV-2026, WV-2027, WV-2028, WV-2029, WV-2030, WV-2031, WV-2032, WV-2033, WV-2034, WV-2035, WV-2036, WV-2037, WV-2038, WV-2039, WV-2040, WV-2041, WV-2042, WV-2043, WV-2044, WV-2045, WV-2046, WV-2047, WV-2048, WV-2049, WV-2050, WV-2051, WV-2052, WV-2053, WV-2054, WV-2055, WV-2056, WV-2057, WV-2058, WV-2059, WV-2060, WV-2061, WV-2062, WV-2063, WV-2064, WV-2065, WV-2066, WV-2067, WV-2068, WV-2069, WV-2070, WV-2071, WV-2072, WV-2073, WV-2074, WV-2075, WV-2076, WV-2077, WV-2078, WV-2079, WV-2080, WV-2081, WV-2082, WV-2083, WV-2084, WV-2085, WV-2086, WV-2087, WV-2088, WV-2089, WV-2090, WV-2605, WV-2606, WV-2607, WV-2608, WV-2609, WV-2610, WV-2611, WV-2612, WV-2613, WV-2614, WV-2615, WV-2616, WV-2617, WV-2618, WV-2619, WV-2620, WV-13625, WV-13626, WV-13627, WV-13628, WV-13629, WV-13630, WV-13631, WV-13632, WV-13633, WV-13634, WV-13635, WV-13646, WV-13647, WV-13648, WV-13649, WV-13650, WV-13651, WV-13652, WV-13653, WV-13654, WV-13655, WV-13656, 및 WV-13667.
입체순수(또는 키랄 제어) 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 입체순수(또는 키랄 제어) HTT 올리고뉴클레오티드 조성물의 비제한적 예는 본원에 기술되어 있으며, 이는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-2269, WV-2270, WV-2271, WV-2272, WV-2374, WV-2375, WV-2380, WV-2416, WV-2417, WV-2418, WV-2419, WV-2431, WV-2589, WV-2590, WV-2591, WV-2592, WV-2593, WV-2594, WV-2595, WV-2596, WV-2597, WV-2598, WV-2599, WV-2600, WV-2601, WV-2602, WV-2603, WV-2604, WV-2659, WV-2671, WV-2672, WV-2673, WV-2674, WV-2675, WV-2676, WV-2682, WV-2683, WV-2684, WV-2685, WV-2686, WV-2687, WV-2688, WV-2689, WV-2690, WV-2691, WV-2692, WV-2732, WV-13952, WV-13953, WV-13954, WV-13955, WV-13956, WV-13957, WV-13958, WV-13959, WV-13960, WV-13961, WV-13962, WV-14059, WV-14060, WV-14061, WV-14062, WV-14063, WV-14064, WV-14065, WV-14066, WV-14067, WV-14068, WV-14069, WV-14070, WV-14071, WV-14072, WV-14073, WV-14074, WV-14075, WV-14076, WV-14077, WV-14078, WV-14079, WV-14080, WV-14081, WV-14082, WV-14083, WV-14084, WV-14085, WV-14086, WV-14092, WV-14093, WV-14094, WV-14095, WV-14096, WV-14097, WV-14098, WV-14099, WV-14100, WV-14101, WV-14133, WV-14134, WV-14135, WV-14136, WV-14137, WV-14138, WV-14139, 및 WV-14140.
입체제어된(예를 들어, 키랄 제어되거나 입체순수) 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결 및 스테레오랜덤인 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물의 비제한적인 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-13636, WV-13637, WV-13638, WV-13639, WV-13640, WV-13641, WV-13642, WV-13643, WV-13644, WV-13645, WV-13657, WV-13658, WV-13659, WV-13660, WV-13661, WV-13662, WV-13663, WV-13664, WV-13665, WV-13666.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 키랄 제어된 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 동일한 구성의 복수의 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함하고, 하나 이상의 뉴클레오티드간 연결을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 예를 들어 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물에서의 복수의 올리고뉴클레오티드는 표 1로부터 선택되는 복수의 HTT 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, 올리고뉴클레오티드는 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결에서 적어도 하나의 Rp 또는 Sp 연결 인을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 예를 들어 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물에서의 복수의 올리고뉴클레오티드는 표 1로부터 선택되는 복수의 HTT 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, 올리고뉴클레오티드에서의 각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다(각각의 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 Rp 또는 Sp이다). 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물은, 단일 올리고뉴클레오티드가 아닌 조성물에서의 올리고뉴클레오티드들이 일부 경우에, 특정 정제 절차 후에, 단일 올리고뉴클레오티드의 제조 공정으로부터의 불순물이라는 점에서 실질적으로 순수한 단일 올리고뉴클레오티드 제제이다. 일부 실시 형태에서, 단일 올리고뉴클레오티드는 표 1의 HTT 올리고뉴클레오티드이고, 여기서, 올리고뉴클레오티드의 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된다(예를 들어, "입체화학/연결"에서 X가 아닌 S 또는 R로 표시됨).
일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물은 상응하는 스테레오랜덤 올리고뉴클레오티드 조성물에 비해 증가된 활성 및/또는 안정성, 증가된 전달, 및/또는 보체, TLR9 활성화 등과 같은 역효과를 유도하는 능력의 감소를 가질 수 있다. 일부 실시 형태에서, 스테레오랜덤(키랄 비제어) 올리고뉴클레오티드 조성물은 상응하는 복수의 올리고뉴클레오티드가 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결을 함유하지 않지만 스테레오랜덤 올리고뉴클레오티드 조성물이 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물과 동일하다는 점에서 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물과 상이하다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 수준, 활성 또는 발현을 감소시킬 수 있는 키랄 제어된 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물에 관한 것이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 수준, 활성 또는 발현을 감소시킬 수 있고, 본원에(예를 들어, 표 1에(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능함)) 개시된 염기 서열이거나, 이를 포함하거나, 이의 스팬(예를 들어, 적어도 10 또는 15개의 연접 염기)을 포함하는 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 수준, 활성 또는 발현을 감소시킬 수 있고, 본원에(예를 들어, 표 1에(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능함)) 개시된 염기 서열이거나 이를 포함하는 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 수준, 활성 또는 발현을 감소시킬 수 있고, 본원에(예를 들어, 표 1에(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능함) 개시된 염기 서열인 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 순수(또는 "입체화학적 순수") 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 표 1의 HTT 올리고뉴클레오티드의 키랄 순수 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 올리고뉴클레오티드의 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 키랄 제어된다(예를 들어, Rp 또는 Sp는 "입체화학/연결"에서 X가 아닌 R 또는 S로부터 결정될 수 있다). 당업자가 이해할 수 있는 바와 같이, 화학적 선택성은 완결성(절대적 100%)을 달성하는 것이 드물다. 일부 실시 형태에서, 키랄 순수 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하며, 여기서, 상기 복수의 올리고뉴클레오티드는 구조적으로 동일하고 모두 동일한 구조(동일한 입체이성질체 형태; 올리고뉴클레오티드의 맥락에서, 전형적으로, 전형적 다중 키랄 중심과 동일한 부분입체 이성질체 형태가 HTT 올리고뉴클레오티드에 존재함)를 갖고, 키랄 순수 올리고뉴클레오티드 조성물은 임의의 다른 입체이성질체를 포함하지 않는다(올리고뉴클레오티드의 맥락에서, 전형적으로 다중 키랄 중심이 HTT 올리고뉴클레오티드에 존재하기 때문에 전형적으로 부분입체 이성질체; 예를 들어, 입체선택적 제조에 의해 달성가능한 정도까지). 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 스테레오랜덤(또는 "라세미", "키랄 비제어") 올리고뉴클레오티드 조성물은 많은 입체이성질체의 무작위 혼합물이다(예를 들어, 2n개의 부분입체 이성질체(여기서, n은 다른 키랄 중심들(예를 들어, 당에서의 탄소 키랄 중심들)이 키랄 제어되어 각각 독립적으로 하나의 배열로 존재하게 되고 키랄 연결 인 중심만이 키랄 제어되지 않는 올리고뉴클레오티드에 대한 키랄 연결 인의 수임)).
HTT 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 수준, 활성 및/또는 발현을 감소시키는 데 있어서의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 키랄 제어 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물의 특성 및/또는 활성을 나타내는 특정 데이터는 예를 들어 이 문서의 실시예 섹션에 예시되어 있다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 적어도 하나의 키랄 연결 인을 포함하는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 적어도 하나의 키랄 연결 인을 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 올리고뉴클레오티드가 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 연결 인은 Rp 배열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 올리고뉴클레오티드가 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 연결 인은 Sp 배열을 갖는다.
일부 실시 형태에서, 제공된 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물(예를 들어, 키랄 제어 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물)은 기준 올리고뉴클레오티드 조성물과 비교하여 놀랍게도 효과적이다. 일부 실시 형태에서, 원하는 생물학적 효과(예를 들어, 수준의 감소가 표적화되는 mRNA, 단백질 등의 수준의 감소에 의해 측정되는 바와 같음)는 5, 10, 15, 20, 25, 30, 40, 50 또는 100배보다 많이 향상될 수 있다(예를 들어, mRNA, 단백질 등의 잔존 수준에 의해 측정되는 바와 같음). 일부 실시 형태에서, 변화는 기준 조건과 비교하여 원하지 않는 mRNA 수준의 감소에 의해 측정된다. 일부 실시 형태에서, 변화는 기준 조건과 비교하여 원하는 mRNA 수준의 증가에 의해 측정된다. 일부 실시 형태에서, 변화는 기준 조건과 비교하여 원하지 않는 mRNA 수준의 감소에 의해 측정된다. 일부 실시 형태에서, 기준 조건은 예를 들어 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물에 의한 처리의 부재이다. 일부 실시 형태에서, 기준 조건은 동일한 구성을 갖는 올리고뉴클레오티드의 상응하는 스테레오랜덤 조성물이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 키랄 제어된 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결의 연결 인은 Sp이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 키랄 제어된 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결의 연결 인의 대다수는 Sp이다. 일부 실시 형태에서, 모든 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(또는 모든 키랄 뉴클레오티드간 연결, 또는 모든 뉴클레오티드간 연결)의 약 50%~100%, 55%~100%, 60%~100%, 65%~100%, 70%~100%, 75%~100%, 80%~100%, 85%~100%, 90%~100%, 55%~95%, 60%~95%, 65%~95%, 또는 약 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 97%, 99% 이상이 Sp이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 키랄 제어된 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 대다수의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 그의 연결 인에서 Sp이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 키랄 제어된 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 각각의 키랄 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어되고 각각의 키랄 연결 인은 Sp이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 키랄 제어된 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 Rp 연결 인을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 키랄 제어된 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 Rp 연결 인을 포함하고 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 Sp 연결 인을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 적어도 2개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 서로에 대해 상이한 연결 인 입체화학 및/또는 상이한 P-변형을 갖고, P-변형은 연결 인에서의 변형이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 적어도 2개의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결은 서로에 대해 상이한 입체화학을 갖고, 올리고뉴클레오티드의 백본 키랄 중심 패턴은 교대 입체화학의 반복 패턴을 특징으로 한다.
특정 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 각각의 올리고뉴클레오티드에서 적어도 2개의 개별 뉴클레오티드간 연결은 서로에 대해 상이한 P-변형을 갖는다. 특정 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 각각의 올리고뉴클레오티드에서 적어도 2개의 개별 뉴클레오티드간 연결은 서로에 대해 상이한 P-변형을 갖고, 각각의 올리고뉴클레오티드는 천연 포스페이트 연결을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 각각의 올리고뉴클레오티드에서 적어도 2개의 개별 뉴클레오티드간 연결은 서로에 대해 상이한 P-변형을 갖고, 각각의 올리고뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
특정 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 각각의 올리고뉴클레오티드에서 적어도 2개의 개별 뉴클레오티드간 연결은 서로에 대해 상이한 P-변형을 갖고, 각각의 올리고뉴클레오티드는 천연 포스페이트 연결 및 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 각각의 올리고뉴클레오티드에서 적어도 2개의 개별 뉴클레오티드간 연결은 서로에 대해 상이한 P-변형을 갖고, 각각의 올리고뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 트리에스테르 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 각각의 올리고뉴클레오티드에서 적어도 2개의 개별 뉴클레오티드간 연결은 서로에 대해 상이한 P-변형을 갖고, 각각의 올리고뉴클레오티드는 천연 포스페이트 연결 및 포스포로티오에이트 트리에스테르 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 특정 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공하며, 여기서, 각각의 올리고뉴클레오티드에서 적어도 2개의 개별 뉴클레오티드간 연결은 서로에 대해 상이한 P-변형을 갖고, 각각의 올리고뉴클레오티드는 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 및 포스포로티오에이트 트리에스테르 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 키랄 제어된 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물(본원에 개시된 HTT 올리고뉴클레오티드의 염기 서열인 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함함)을 제공하며, 여기서, 적어도 하나의 뉴클레오티드간 연결이 키랄 제어된다.
백본 키랄 중심의 패턴 및 입체화학
천연 포스페이트 연결과 대조적으로, 키랄 변형된 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 연결 인은 키랄이다. 특히, 본 발명은 키랄 뉴클레오티드간 연결에서의 키랄 연결 인의 입체화학의 제어를 포함하는 기술(예를 들어, 올리고뉴클레오티드, 조성물, 방법 등)을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본원에 입증된 바와 같이, 입체화학의 제어는 원하는 안정성, 감소된 독성, HTT 핵산의 개선된 감소 등을 비롯한 개선된 특성 및/또는 활성을 제공할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 및/또는 이의 영역에 유용한 백본 키랄 중심 패턴을 제공하며, 상기 패턴은 키랄 연결 인의 각각의 키랄 연결 인(Rp 또는 Sp)의 입체화학의 조합, 각각의 비키랄 연결 인(만약에 있다면, Op)의 표시 등(5'에서 3'으로)이다. 일부 실시 형태에서, 백본 키랄 중심 패턴은 절단 시스템(예를 들어, 시험관 내 분석, 세포, 조직, 기관, 유기체, 대상체 등)에서 HTT 핵산이 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물과 접촉될 때 HTT 핵산의 절단 패턴을 제어할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 골격 키랄 중심 패턴은 절단 시스템에서 HTT 핵산이 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물과 접촉될 때 HTT 핵산의 절단 효율 및/또는 선택성을 개선한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드(또는 이의 윙, 코어, 블록 또는 임의의 일부)는 다음 중 임의의 것에 기술된 임의의 키랄 중심 패턴을 포함할 수 있다: WO2017015555; WO2017192664; W00201200366; WO2011/034072; WO2014/010718; WO2015/108046; WO2015/108047; WO2015/108048; WO 2011/005761; WO 2011/108682; WO 2012/039448; WO 2018/067973; WO2005/028494; WO2005/092909; WO2010/064146; WO2012/073857; WO2013/012758; WO2014/010250; WO2014/012081; WO2015/107425; WO2017/015555; WO2017/015575; WO2017/062862; WO2017/160741; WO2017/192664; WO2017/192679; WO2017/210647; WO2018/022473; 또는 WO2018/098264(이의 키랄 중심 패턴은 참고로 포함됨).
일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물에서의 올리고뉴클레오티드는 각각 서로에 대해 상이한 입체화학 및/또는 상이한 P-변형을 갖는 적어도 2개의 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 적어도 2개의 뉴클레오티드간 연결은 서로에 대해 상이한 입체화학을 갖고, 올리고뉴클레오티드는 각각 교대 연결 인 입체화학을 포함하는 백본 키랄 중심 패턴을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 포스포로티오에이트 트리에스테르 연결은 키랄 보조자를 포함하고, 이는 예를 들어, 반응, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드 합성 사이클에서의 커플링 반응의 입체선택성을 제어하는 데 사용된다. 일부 실시 형태에서, 포스포로티오에이트 트리에스테르 연결은 키랄 보조자를 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 포스포로티오에이트 트리에스테르 연결은 대상체에게 올리고뉴클레오티드 조성물을 투여할 때까지 및/또는 상기 투여 동안 의도적으로 유지된다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 고체 지지체에 연결된다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 지지체이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 유리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 CPG(제어된 기공 유리)이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 중합체이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 폴리스티렌이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 고도로 가교결합된 폴리스티렌(HCP)이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 제어된 기공 유리(CPG) 및 고도로 가교결합된 폴리스티렌(HCP)의 하이브리드 지지체이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 금속 발포체이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 수지이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 고체 지지체로부터 절단된다.
일부 실시 형태에서, 많은 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물(여기서, 키랄 연결 인 중심을 제외한 올리고뉴클레오티드의 모든 다른 키랄 중심이 입체정의됨)(예를 들어, 예컨대 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 포스포르아미다이트에서 정의된 당에서의 탄소 키랄 중심)의 순도, 특히 입체화학적 순도, 및 특히 부분입체 이성질체 순도는, 키랄 뉴클레오티드간 연결을 형성할 때 커플링 단계에서 키랄 연결 인에서 입체선택성(당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 올리고뉴클레오티드 합성의 많은 경우에서 부분입체선택성(여기서, 올리고뉴클레오티드는 하나 초과의 키랄 중심을 포함함))에 의해 제어될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 커플링 단계는 연결 인에서 60%의 입체선택성(다른 키랄 중심이 있는 경우 부분입체선택성)을 갖는다. 이러한 커플링 단계 후, 형성된 새로운 뉴클레오티드간 연결은 60%의 입체화학적 순도(올리고뉴클레오티드의 경우, 다른 키랄 중심의 존재를 고려할 때 전형적으로 부분입체 이성질체 순도)를 갖는 것으로 언급될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 각각의 커플링 단계는 독립적으로 적어도 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 99.5%의 입체선택성을 갖는다.
일부 실시 형태에서, 각각의 커플링 단계는 독립적으로 사실상 100%의 입체선택성을 갖는다.
일부 실시 형태에서, 커플링 단계는 분석 방법(예를 들어, NMR, HPLC 등)에 의해 분석되는 커플링 단계로부터의 모든 검출가능한 생성물이 의도된 입체선택성을 갖는다는 점에서 사실상 100%의 입체선택성을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 전형적으로 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99.5% 또는 사실상 100%(일부 실시 형태에서, 적어도 90%; 일부 실시 형태에서, 적어도 95%; 일부 실시 형태에서, 적어도 96%; 일부 실시 형태에서, 적어도 97%; 일부 실시 형태에서, 적어도 98%; 일부 실시 형태에서, 적어도 99%)의 입체선택성을 가지고서 형성된다. 일부 실시 형태에서, 각각의 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로, 그의 키랄 연결 인에서 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99.5% 또는 사실상 100%(일부 실시 형태에서, 적어도 90%; 일부 실시 형태에서, 적어도 95%; 일부 실시 형태에서, 적어도 96%; 일부 실시 형태에서, 적어도 97%; 일부 실시 형태에서, 적어도 98%; 일부 실시 형태에서, 적어도 99%)의 입체화학적 순도(전형적으로 다중 키랄 중심을 갖는 올리고뉴클레오티드의 경우 부분입체 이성질체 순도)를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 단량체의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 커플링(당업자에 의해 이해되는 바와 같이 많은 실시 형태에서 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 포스포르아미다이트)은 독립적으로 약 60%, 70%, 80%, 85%, 또는 90% 미만의 입체선택성[올리고뉴클레오티드 합성의 경우, 전형적으로, 형성된 연결 인 키랄 중심(들)에 대한 부분입체선택성]을 갖는다.
일부 실시 형태에서, 입체화학적 순도, 예를 들어 부분입체 이성질체 순도는 약 60%~100%이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명의 화합물(예를 들어, 올리고뉴클레오티드, 키랄 보조자 등)은 다중 키랄 요소(예를 들어, 다중 탄소 및/또는 인(예를 들어, 키랄 뉴클레오티드간 연결의 연결 인) 키랄 중심)를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 화합물(예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드)의 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9개 이상의 키랄 요소는 각각 독립적으로 본원에 기술된 바와 같은 부분입체 이성질체 순도를 갖는다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 커플링의 부분입체선택성 또는 키랄 연결 인 중심의 부분입체 이성질체 순도는 동일한 또는 비견되는 조건 하에 제조된 이량체의 부분입체 이성질체 순도 또는 이량체 형성의 부분입체선택성을 통해 평가될 수 있으며, 여기서, 이량체는 동일한 5'- 및 3'-뉴클레오시드 및 뉴클레오티드간 연결을 갖는다.
다양한 기술이 키랄 요소의 입체화학(예를 들어, 키랄 연결 인의 배열) 및/또는 백본 키랄 중심 패턴의 식별 또는 확인, 및/또는 입체선택성(예를 들어, 올리고뉴클레오티드 합성에서 커플링 단계의 부분입체 선택성) 및/또는 입체화학적 순도(예를 들어, 뉴클레오티드간 연결, 화합물(예를 들어, 올리고뉴클레오티드) 등의 부분입체 이성질체 순도)의 평가에 사용될 수 있다. 예시적인 기술은 NMR[예를 들어, 1D(1차원) 및/또는 2D(2차원) 1H-31P HETCOR(이핵 상관 분광법(heteronuclear correlation spectroscopy))], HPLC, RP-HPLC, 질량 분석법, LC-MS, 및 입체특이성 뉴클레아제 등에 의한 뉴클레오티드간 연결의 절단(이는 개별적으로 또는 조합하여 사용될 수 있음)을 포함한다. 유용한 뉴클레아제의 예는 벤조나아제, 미세구균 뉴클레아제 및 svPDE(뱀독 포스포디에스테라아제)(이들은 Rp 연결 인을 갖는 특정 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Rp 포스포로티오에이트 연결)에 특이적임); 및 뉴클레아제 P1, 녹두 뉴클레아제 및 뉴클레아제 S1(이들은 Sp 연결 인을 갖는 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, Sp 포스포로티오에이트 연결)에 특이적임)를 포함한다. 임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 적어도 일부 경우에 특정 뉴클레아제에 의한 올리고뉴클레오티드의 절단이 구조적 요소, 예를 들어, 화학적 변형(예를 들어, 당의 2'-변형), 염기 서열 또는 입체화학적 맥락에 의해 영향을 받을 수 있다는 것을 주지하고 있다. 예를 들어, 일부 경우에, Rp 연결 인을 갖는 뉴클레오티드간 연결에 특이적인 벤조나아제 및 미세구균 뉴클레아제는 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이 측면에 있는 격리된 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결을 절단할 수 없었음이 관찰된다.
일부 실시 형태에서, 복수의 HTT 올리고뉴클레오티드는 동일한 구성을 공유한다. 일부 실시 형태에서, 복수의 HTT 올리고뉴클레오티드는 동일하다(동일한 입체이성질체). 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 키랄 제어된 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물은 복수의 올리고뉴클레오티드가 동일하고(동일한 입체이성질체), 조성물이 임의의 다른 입체이성질체를 함유하지 않는 입체순수 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 당업자는 공정, 선택성, 정제 등이 완결성을 달성하지 못할 수 있으므로 하나 이상의 다른 입체이성질체가 불순물로서 존재할 수 있음을 이해할 것이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 조성물은 이것이 HTT 핵산[예를 들어, HTT 전사체[예를 들어, 프리-mRNA, 성숙 mRNA, 다른 유형의 RNA 등(조성물의 올리고뉴클레오티드와 혼성화됨)]와 접촉되는 경우, HTT 핵산 및/또는 이에 의해 코딩되는 생성물(예를 들어, 단백질)의 수준이 기준 조건 하에 관찰되는 것과 비교하여 감소되는 것을 특징으로 한다. 일부 실시 형태에서, 기준 조건은 조성물의 부재, 기준 조성물의 존재, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 기준 조건은 조성물의 부재이다. 일부 실시 형태에서, 기준 조건은 기준 조성물의 존재이다. 일부 실시 형태에서, 기준 조성물은 그의 올리고뉴클레오티드가 HTT 핵산과 혼성화되지 않는 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 기준 조성물은 그의 올리고뉴클레오티드가 HTT 핵산에 충분히 상보성인 서열을 포함하지 않는 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 조성물은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 기준 조성물은 키랄 제어되지 않는다는 것을 제외하고는 동일한 키랄 비제어 올리고뉴클레오티드 조성물(예를 들어, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물에서의 올리고뉴클레오티드들(예를 들어, 복수의, 특정 올리고뉴클레오티드 유형의 것 등)과 동일한 구성의 올리고뉴클레오티드들의 라세미 제제)이다.
상기에 나타내고 당업계에서 이해되는 바와 같이, 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 올리고뉴클레오티드에서의 뉴클레오시드 잔기의(예를 들어, 당 및/또는 염기 성분의) 아이덴티티 및/또는 변형 상태(표준 천연 발생 뉴클레오티드, 예컨대 아데닌, 시토신, 구아노신, 티민 및 우라실과 비교하여)를 지칭하고/하거나 이러한 잔기의 혼성화 특성(즉, 특정 상보성 잔기와 혼성화하는 능력)을 나타낼 수 있다.
본원에서 입증된 바와 같이, 올리고뉴클레오티드 구조 요소(예를 들어, 당 변형, 백본 연결, 백본 키랄 중심, 백본 인 변형 등의 패턴) 및 이들의 조합은 놀랍게도 개선된 특성 및/또는 생활성을 제공할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 HTT 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성을 감소시킬 수 있다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 HTT mRNA(예를 들어, 프리-mRNA 또는 성숙 mRNA)에의 어닐링 후 번역을, 상기 mRNA의 절단에 의해 입체적으로 차단하여 HTT 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성을 감소시킬 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물은 HTT 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성을 감소시킬 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물은 HTT mRNA(프리-mRNA 또는 성숙 mRNA)를 절단함으로써, 및/또는 mRNA 스플라이싱을 변경하거나 방해함으로써, HTT mRNA에의 어닐링 후 번역을 입체적으로 차단하여 HTT 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성을 감소시킬 수 있다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드 조성물은 올리고뉴클레오티드 입체이성질체가 아닌 조성물에서의 올리고뉴클레오티드들이 일부 경우에 특정 정제 절차 후에 상기 올리고뉴클레오티드 입체이성질체의 제조 공정으로부터의 불순물이라는 점에서 실질적으로 순수한 단일 올리고뉴클레오티드 입체이성질체 제제이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 키랄 제어되고 일부 실시 형태에서 입체순수한 올리고뉴클레오티드 및 올리고뉴클레오티드 조성물을 제공한다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 제공된 조성물은 비-무작위 또는 제어된 수준의 하나 이상의 개별 올리고뉴클레오티드 유형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 동일 올리고뉴클레오티드 유형의 올리고뉴클레오티드들은 동일하다.
당
변형된 당을 비롯한 다양한 당이 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드에 혼입되는 경우 개선된 특성 및 및 /또는 활성을 제공할 수 있는 당 변형 및 이의 패턴(선택적으로 다른 구조적 요소(예를 들어, 뉴클레오티드간 연결 변형 및 이의 패턴, 이의 백본 키랄 중심 패턴 등)와 조합됨)을 제공한다.
가장 흔한 천연 발생 뉴클레오시드는 리보스 당(예를 들어, RNA에서) 또는 데옥시리보스 당(예를 들어, DNA에서)이 핵염기인 아데노신(A), 시토신(C), 구아닌(G), 티민(T) 또는 우라실(U)에 연결된 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 당, 예를 들어 표 1에서의 많은 올리고뉴클레오티드에서의 다양한 당(달리 언급하지 않는 한)은
Figure pct00167
의 구조를 갖는 천연 DNA 당(DNA 핵산 또는 올리고뉴클레오티드에서)이며, 여기서, 핵염기는 1' 위치에 부착되고, 3' 및 5' 위치는 뉴클레오티드간 연결에 연결된다(당업자에 의해 이해되는 바와 같이, HTT 올리고뉴클레오티드의 5'-말단에 있는 경우, 5' 위치는 5'-말단 기(예를 들어, -OH)에 연결될 수 있고, HTT 올리고뉴클레오티드의 3'-말단에 있는 경우, 3' 위치는 3'-말단 기(예를 들어, -OH)에 연결될 수 있음). 일부 실시 형태에서, 당은
Figure pct00168
의 구조를 갖는 천연 RNA 당(RNA 핵산 또는 올리고뉴클레오티드에서)이며, 여기서, 핵염기는 1' 위치에 부착되고, 3' 및 5' 위치는 뉴클레오티드간 연결에 연결된다(당업자에 의해 이해되는 바와 같이, HTT 올리고뉴클레오티드의 5'-말단에 있는 경우, 5' 위치는 5'-말단 기(예를 들어, -OH)에 연결될 수 있고, HTT 올리고뉴클레오티드의 3'-말단에 있는 경우, 3' 위치는 3'-말단 기(예를 들어, -OH)에 연결될 수 있음). 일부 실시 형태에서, 당은 천연 DNA 당 또는 천연 RNA 당이 아니라는 점에서 변형된 당이다. 특히, 변형된 당은 향상된 안정성을 제공할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당을 사용하여 하나 이상의 혼성화 특성을 변경 및/또는 최적화할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당을 사용하여 HTT 핵산 인식을 변경 및/또는 최적화할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당을 사용하여 Tm을 최적할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당을 사용하여 올리고뉴클레오티드 활성을 향상시킬 수 있다.
당은 다양한 위치에서 뉴클레오티드간 연결에 결합될 수 있다. 비제한적인 예로서, 뉴클레오티드간 연결은 당의 2', 3', 4' 또는 5' 위치에 결합될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 가장 일반적으로 천연 핵산에서와 같이, 뉴클레오티드간 연결은 5' 위치에서 하나의 당과 연결되고 3' 위치에서 또 다른 당과 연결된다.
일부 실시 형태에서, 당은 선택적 치환 천연 DNA 또는 RNA 당이다. 일부 실시 형태에서, 치환체, 당, 변형된 당 및/또는 당 변형은 US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/022473, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO2019/032612, WO 2019/055951, 및/또는 WO 2019/075357에 기술된 것이며, 이의 각각의 치환체, 당 변형 및 변형된 당은 독립적으로 본원에 참고로 포함된다. 다양한 이러한 당이 표 1에 사용된다.
일부 실시 형태에서, 당은 이환식 당이다. 일부 실시 형태에서, 당은 LNA 당, BNA 당, cEt 당 등으로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, 당은 2'-OMe, 2'-MOE, 2'-F, LNA(잠금 핵산), ENA(에틸렌 가교 핵산), BNA(NMe)(메틸아미노 가교 핵산), 2'-F ANA(2'-F 아라비노스), 알파-DNA(알파-D-리보스), 2'/5' ODN(예를 들어, 2'/5' 연결 올리고뉴클레오티드), Inv(전화당, 예를 들어, 전화 데옥시리보스), AmR(아미노-리보스), ThioR(티오-리보스), HNA(헥소스 핵산), CeNA(시클로헥센 핵산), 또는 MOR(모르폴리노) 당이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형된 당을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형된 당 및 하나 이상의 천연 당을 포함한다.
이환식 당의 예는 알파-L-메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') LNA, 베타-D-메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') LNA, 에틸렌옥시(4' -(CH2)2-O-2') LNA, 아미노옥시(4' -CH2-O-N(R)-2') LNA, 및 옥시아미노(4'-CH2-N(R)-O-2') LNA를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 당, 예를 들어, LNA 또는 BNA 당은 2개의 당 탄소 사이에 적어도 하나의 가교체를 갖는 당이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드의 이환식 당은 알파-L-리보푸라노스 또는 베타-D-리보푸라노스의 입체화학적 배열을 가질 수 있다. 일부 실시 형태에서, 당은 WO 1999014226에 기술된 당이다. 일부 실시 형태에서, 4'-2' 이환식 당 또는 4'→2' 이환식 당은 당 고리의 2' 탄소 원자와 4' 탄소 원자를 연결하는 가교체를 포함하는 푸라노스 고리를 포함하는 이환식 당이다. 일부 실시 형태에서, 이환식 당, 예를 들어, LNA 또는 BNA 당은 2개의 펜토푸라노실 당 탄소 사이에 적어도 하나의 가교체를 포함한다. 일부 실시 형태에서, LNA 또는 BNA 당은 2개의 4' 및 2' 펜토푸라노실 당 탄소 사이에 적어도 하나의 가교체를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 이환식 당은 이성질체 배열에 의해 추가로 정의될 수 있다.
특정한 변형된 당(예를 들어, 4'-CH2-O-2' 및 4'-CH2-S-2'와 같은 4'→2' 가교 기를 갖는 이환식 당), 이의 제조 및/또는 용도는 문헌[Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222]; WO 1999014226 등에 기술되어 있다. 일부 경우에 형태적 제한 및 고친화도를 제공할 수 있는 2'-아미노-BNA는 예를 들어 문헌[Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039]에 기술되어 있다. 또한, 2'-아미노- 및 2'-메틸아미노-BNA 당 및 상보성 RNA 및 DNA 가닥을 포함하는 그의 듀플렉스의 열적 안정성이 이전에 보고된 바 있다.
일부 실시 형태에서, 당은 탄화수소 가교체, 예를 들어 4'-(CH2)3-2' 가교체, 4'-CH=CH-CH2-2' 가교체 등을 갖는 이환식 당이다(예를 들어, 문헌[Freier et al., Nucleic Acids Research, 1997, 25(22), 4429-4443]; 문헌[Albaek et al., J. Org. Chem., 2006, 71, 7731-7740] 등). 이러한 이환식 당 및 뉴클레오시드의 예시적인 제조가 그의 올리고머화 및 생화학적 연구와 함께 보고되었다(예를 들어, 문헌[Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc. 2007, 129(26), 8362-8379].
일부 실시 형태에서, 이환식 당은 알파-L-메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') BNA, 베타-D-메틸렌옥시(4'-CH2-O-2') BNA, 에틸렌옥시(4'-(CH2)2-O-2') BNA, 아미노옥시(4'-CH2-O-N(R)-2') BNA, 옥시아미노(4'-CH2-N(R)-O-2') BNA, 메틸(메틸렌옥시)(4'-CH(CH3)-O-2') BNA(제한 에틸 또는 cEt로도 지칭됨), 메틸렌-티오(4'-CH2-S-2') BNA, 메틸렌-아미노(4'-CH2-N(R)-2') BNA, 메틸 탄소환식(4'-CH2-CH(CH3)-2') BNA, 프로필렌 탄소환식(4'-(CH2)3-2') BNA, 또는 비닐 BNA의 당이다.
일부 실시 형태에서, 당 변형은 US 9006198에 기술된 변형이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 US 9006198에 기술되어 있다. 일부 실시 형태에서, 당 변형은 US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/022473, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO2019/032612, WO 2019/055951, 및/또는 WO 2019/075357에 기술된 변형이며, 이의 각각의 당 변형 및 변형된 당은 독립적으로 본원에 참고로 포함된다.
일부 실시 형태에서, 변형된 당은 US 5658873, US 5118800, US 5393878, US 5514785, US 5627053, US 7034133;7084125, US 7399845, US 5319080, US 5591722, US 5597909, US 5466786, US 6268490, US 6525191, US 5519134, US 5576427, US 6794499, US 6998484, US 7053207, US 4981957, US 5359044, US 6770748, US 7427672, US 5446137, US 6670461, US 7569686, US 7741457, US 8022193, US 8030467, US 8278425, US 5610300, US 5646265, US 8278426, US 5567811, US 5700920, US 8278283, US 5639873, US 5670633, US 8314227, US 2008/0039618 또는 US 2009/0012281에 기술된 것이다.
일부 실시 형태에서, 당 변형은 2'-OMe, 2'-MOE, 2'-LNA, 2'-F, 5'-비닐, 또는 S-cEt이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 FRNA, FANA, 또는 모르폴리노의 당이다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 핵산 유사체, 예를 들어, GNA, LNA, PNA, TNA, F-HNA(F-THP 또는 3'-플루오로 테트라히드로피란), MNA(만니톨 핵산, 예를 들어, 문헌[Leumann 2002 Bioorg. Med. Chem. 10: 841-854]), ANA(아니톨 핵산), 또는 모르폴리노, 또는 이의 일부를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 당 변형은 천연 당을 또 다른 환형 또는 비환형 모이어티로 대체한다. 이러한 모이어티의 예는 당업계에 널리 공지되어 있으며(예를 들어 모르폴리노, 글리콜 핵산 등에 사용는 것), 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 변형된 당과 함께 이용될 때, 일부 실시 형태에서 뉴클레오티드간 연결은 예를 들어 모르폴리노, PNA 등에서와 같이 변형될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 당은 6-위치에서 (R) 또는 (S)-키랄성을 갖는 6'-변형 이환식 당, 예를 들어 US 7399845에 기술된 것이다. 일부 실시 형태에서, 당은 5-위치에서 (R) 또는 (S)-키랄성을 갖는 5'-변형 이환식 당, 예를 들어 US 20070287831에 기술된 것이다.
일부 실시 형태에서, 변형된 당은 다음으로부터 독립적으로 선택되는 2' 위치에서의 하나 이상의 치환체(전형적으로 하나의 치환체, 그리고 종종 축 위치에서)를 포함한다: -F; -CF3, -CN, -N3, -NO, -NO2, -OR', -SR', 또는 -N(R')2(여기서, 각각의 R'는 독립적으로 본 발명에 기술됨); -O-(C1-C10 알킬), -S-(C1-C10 알킬), -NH-(C1-C10 알킬), 또는 -N(C1-C10 알킬)2; -O-(C2-C10 알케닐), -S-(C2-C10 알케닐), -NH-(C2-C10 알케닐), 또는 -N(C2-C10 알케닐)2; -O-(C2-C10 알키닐), -S-(C2-C10 알키닐), -NH-(C2-C10 알키닐), 또는 -N(C2-C10 알키닐)2; 또는 -O--(C1-C10 알킬렌)-O--(C1-C10 알킬), -O-(C1-C10 알킬렌)-NH-(C1-C10 알킬) 또는 -O-(C1-C10 알킬렌)-NH(C1-C10 알킬)2, -NH-(C1-C10 알킬렌)-O-(C1-C10 알킬), 또는 -N(C1-C10 알킬)-(C1-C10 알킬렌)-O-(C1-C10 알킬)(여기서, 각각의 알킬, 알킬렌, 알케닐 및 알키닐은 독립적으로 그리고 선택적으로 치환됨). 일부 실시 형태에서, 치환체는 -O(CH2)nOCH3, -O(CH2)nNH2, MOE, DMAOE, 또는 DMAEOE이며, 여기서, n은 1 내지 약 10이다. 일부 실시 형태에서, 변형 당은 WO 2001/088198; 및 문헌[Martin et al., Helv. Chim. Acta, 1995, 78, 486-504]에 기술된 것이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 치환된 실릴 기, RNA 절단 기, 리포터 기, 형광 표지, 인터칼레이터(intercalator), 핵산의 약동학적 특성을 개선시키기 위한 기, 핵산의 약력학적 특성을 개선시키기 위한 기, 또는 유사한 특성을 갖는 기타 치환체로부터 선택되는 하나 이상의 기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 변형은 3'-말단 뉴클레오시드 상의 당의 3' 위치 또는 5'-말단 뉴클레오시드의 5' 위치를 비롯하여 2', 3', 4', 5', 또는 5' 위치 중 하나 이상에서 이루어진다.
일부 실시 형태에서, 리보스의 2'-OH는 다음으로부터 선택되는 기로 대체된다: -H, -F; -CF3, -CN, -N3, -NO, -NO2, -OR', -SR', 또는 -N(R')2(여기서, 각각의 R'는 독립적으로 본 발명에 기술됨); -O-(C1-C10 알킬), -S-(C1-C10 알킬), -NH-(C1-C10 알킬), 또는 -N(C1-C10 알킬)2; -O-(C2-C10 알케닐), -S-(C2-C10 알케닐), -NH-(C2-C10 알케닐), 또는 -N(C2-C10 알케닐)2; -O-(C2-C10 알키닐), -S-(C2-C10 알키닐), -NH-(C2-C10 알키닐), 또는 -N(C2-C10 알키닐)2; 또는 -O--(C1-C10 알킬렌)-O--(C1-C10 알킬), -O-(C1-C10 알킬렌)-NH-(C1-C10 알킬) 또는 -O-(C1-C10 알킬렌)-NH(C1-C10 알킬)2, -NH-(C1-C10 알킬렌)-O-(C1-C10 알킬), 또는 -N(C1-C10 알킬)-(C1-C10 알킬렌)-O-(C1-C10 알킬)(여기서, 각각의 알킬, 알킬렌, 알케닐 및 알키닐은 독립적으로 그리고 선택적으로 치환됨). 일부 실시 형태에서, 2'-OH는 -H로 대체된다(데옥시리보스). 일부 실시 형태에서, 2'-OH는 -F로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 2'-OH는 -OR'로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 2'-OH는 -OMe로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 2'-OH는 -OCH2CH2OMe로 대체된다.
일부 실시 형태에서, 당 변형은 2'-변형이다. 일반적으로 사용되는 2'-변형은 2'-OR1을 포함하지만 이에 한정되지 않으며, 여기서, R1은 수소가 아니고 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 변형은 2'-OR이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, 변형은 2'-OR이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 변형은 2'-OMe이다. 일부 실시 형태에서, 변형은 2'-MOE이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 S-cEt이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 LNA 당이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 -F이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 FANA이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 FRNA이다. 일부 실시 형태에서, 당 변형은 5'-변형, 예를 들어, 5'-Me이다. 일부 실시 형태에서, 당 변형은 당 고리의 크기를 변화시킨다. 일부 실시 형태에서, 당 변형은 FHNA에서의 당 모이어티이다.
일부 실시 형태에서, 당 변형은 당 모이어티를 또 다른 환형 또는 비환형 모이어티로 대체한다. 이러한 모이어티의 예는 당업계에 널리 공지되어 있으며, 이는 모르폴리노(선택적으로 그의 포스포로디아미데이트 연결을 가짐), 글리콜 핵산 등에서 사용되는 것을 포함하지만 이에 한정되지 않는다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 당 중 하나 이상이 변형된다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 2'-변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 각각의 변형된 당은 독립적으로 2'-변형을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OR이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-OMe이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-MOE이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 LNA 당 변형이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-F이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-변형이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR 또는 2'-F이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR 또는 2'-F이며, 여기서, R1은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR 또는 2'-F이며, 여기서, 적어도 하나는 2'-F이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR 또는 2'-F이며, 여기서, R1은 선택적 치환 C1-6 알킬이고, 적어도 하나는 2'-OR이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR 또는 2'-F이며, 여기서, 적어도 하나는 2'-F이고, 적어도 하나는 2'-OR이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR 또는 2'-F이며, 여기서, R1은 선택적 치환 C1-6 알킬이고, 적어도 하나는 2'-F이며, 적어도 하나는 2'-OR이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OR이며, 여기서, R1은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 2'-OMe이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 2'-MOE이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OMe 또는 2'-MOE이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 당 변형은 독립적으로 2'-OMe, 2'-MOE, 또는 LNA 당이다.
일부 실시 형태에서, 변형된 당은 선택적 치환 ENA 당이다. 일부 실시 형태에서, 당은 예를 들어 문헌[Seth et al., J Am Chem Soc. 2010 October 27; 132(42): 14942-14950]에 기술된 것이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 XNA(제노핵산(xenonucleic acid))에서의 당, 예를 들어, 아라비노스, 언히드로헥시톨, 트레오스, 2'플루오로아라비노스, 또는 시클로헥센이다.
변형된 당은 펜토푸라노실 당 대신에 시클로부틸 또는 시클로펜틸 모이어티를 포함한다. 이러한 변형된 당의 대표적인 예는 US 4,981,957, US 5,118,800, US 5,319,080, 또는 US 5,359,044에 기술된 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 리보스 고리 내의 산소 원자는 질소, 황, 셀레늄 또는 탄소로 대체된다. 일부 실시 형태에서, -O-는 -N(R')-, -S-, -Se- 또는 -C(R')2-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당은 리보스 고리 내의 산소 원자가 질소로 대체되고 질소는 알킬 기(예를 들어, 메틸, 에틸, 이소프로필 등)로 선택적으로 치환된 변형 리보스이다.
변형된 당의 비제한적 예로는, 예를 들어 문헌[Zhang, R et al., J. Am. Chem. Soc., 2008, 130, 5846-5847]; 문헌[Zhang L, et al., J. Am. Chem. Soc., 2005, 127, 4174-4175] 및 문헌[Tsai CH et al., PNAS, 2007, 14598-14603]에 기술된 바와 같이, 글리세롤 핵산(GNA)의 일부인 글리세롤이 있다.
유연성 핵산(FNA)은 예를 들어 문헌[Joyce GF et al., PNAS, 1987, 84, 4398-4402] 및 문헌[Heuberger BD and Switzer C, J. Am. Chem. Soc., 2008, 130, 412-413]에 기술된 바와 같이, 포르밀 글리세롤의 혼합 아세탈 아미날을 기반으로 한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드, 및/또는 이의 변형된 뉴클레오시드는 다음에 기술된 당 또는 변형된 당을 포함한다: WO 2018/022473, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, 및/또는 WO 2019/075357(이의 각각의 당 및 변형된 당은 독립적으로 본원에 참고로 포함됨).
일부 실시 형태에서, 당에서의 하나 이상의 히드록실 기는 선택적으로 그리고 독립적으로 할로겐, R' -N(R')2, -OR', 또는 -SR'로 대체되며, 여기서, 각각의 R'는 본 발명에 독립적으로 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는 다음에 기술된 임의의 변형된 뉴클레오시드이다: WO 2018/022473, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, 및/또는 WO 2019/075357(이의 각각의 변형된 뉴클레오시드는 독립적으로 본원에 참고로 포함됨).
일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는 변형된 당을 포함하며,
Figure pct00169
Figure pct00170
Figure pct00171
의 구조를 갖고, 여기서, 각각의 R1 및 R2는 독립적으로 -H, -F, -OMe, -MOE, 또는 선택적 치환 C1-6 알킬이며, R'는 본 발명에 기술된 바와 같고, BA는 본 발명에 기술된 바와 같은 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 당은 이러한 뉴클레오시드의 당이다. 일부 실시 형태에서, 당은 2'-티오-LNA, HNA, 베타-D-옥시-LNA, 베타-D-티오-LNA, 베타-D-아미노-LNA, 자일로-LNA, 알파-L-LNA, ENA, 베타-D-ENA, 메틸포스포네이트-LNA, (R, S)-cEt, (R)-cEt, (S)-cEt, (R, S)-cMOE, (R)-cMOE, (S)-cMOE, (R, S)-5'-Me-LNA, (R)-5'-Me-LNA, (S)-5'-Me-LNA, (S)-Me cLNA, 메틸렌-cLNA, 3'-메틸-알파-L-LNA, (R)-6'-메틸-알파-L-LNA, (S)-5'-메틸-알파-L-LNA, 또는 (R)-5'-Me-알파-L-LNA의 당이다. 예시적인 변형 당은 추가로 WO 2008/101157, WO 2007/134181, WO 2016/167780 또는 US 20050130923에 기술되어 있다.
본 발명에 따라 이용될 수 있는 변형된 당, 그의 제조 방법, 용도 등은 다음 중 임의의 것에 기술된 것을 포함한다: 문헌[A. Eschenmoser, Science (1999), 284:2118]; 문헌[M. Bohringer et al., Helv. Chim. Acta (1992), 75:1416-1477]; 문헌[M. Egli et al., J. Am. Chem. Soc. (2006), 128(33):10847-56]; 문헌[A. Eschenmoser in Chemical Synthesis: Gnosis to Prognosis, C. Chatgilialoglu and V. Sniekus, Ed., (Kluwer Academic, Netherlands, 1996), p. 293]; 문헌[K.-U. Schoning et al., Science (2000), 290:1347-1351]; 문헌[A. Eschenmoser et al., Helv. Chim. Acta (1992), 75:218]; 문헌[J. Hunziker et al., Helv. Chim. Acta (1993), 76:259]; 문헌[G. Otting et al., Helv. Chim. Acta (1993), 76:2701]; 문헌[K. Groebke et al., Helv. Chim. Acta (1998), 81:375]; 또는 문헌[A. Eschenmoser, Science (1999), 284:2118]. 변형된 당 및 이의 방법은 또한 문헌[Verma, S. et al. Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 99-134] 및 그 안의 참고 문헌에서 찾아볼 수 있다. 2'-플루오로 변형 당 및 방법은 예를 들어 문헌[Kawasaki et. al., J. Med. Chem., 1993, 36, 831- 841]에 기술되어 있으며; 2'-MOE 변형 당 및 방법은 예를 들어 문헌[Martin, P. Helv. Chim. Acta 1996, 79, 1930-1938]에 기술되어 있으며; LNA 당 및 방법은 예를 들어 문헌[Wengel, J. Acc. Chem. Res. 1999, 32, 301-310]에 기술되어 있다. 일부 실시 형태에서, 변형된 당 및 이의 방법은 WO 2012/030683에 기술된 것이다. 유용한 변형 당 및 이의 방법은 또한 문헌[Gryaznov, S; Chen, J.-K. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3143]; 문헌[Hendrix et al. 1997 Chem. Eur. J. 3: 110]; 문헌[Hyrup et al. 1996 Bioorg. Med. Chem. 4: 5]; 문헌[Jepsen et al. 2004 Oligo. 14: 130-146]; 문헌[Jones et al. J. Org. Chem. 1993, 58, 2983]; 문헌[Koizumi et al. 2003 Nuc. Acids Res. 12: 3267-3273]; 문헌[Koshkin et al. 1998 Tetrahedron 54: 3607-3630]; 문헌[Kumar et al. 1998 Bioo. Med. Chem. Let. 8: 2219-2222]; 문헌[Lauritsen et al. 2002 Chem. Comm. 5: 530-531]; 문헌[Lauritsen et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 13: 253-256]; 문헌[Mesmaeker et al. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1994, 33, 226]; 문헌[Morita et al. 2001 Nucl. Acids Res. Supp. 1: 241-242]; 문헌[Morita et al. 2002 Bioo. Med. Chem. Lett. 12: 73-76]; 문헌[Morita et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 2211-2226]; 문헌[Nielsen et al. 1997 Chem. Soc. Rev. 73]; 문헌[Nielsen et al. 1997 J. Chem. Soc. Perkins Transl. 1: 3423-3433]; 문헌[Obika et al. 1997 Tetrahedron Lett. 38 (50): 8735-8]; 문헌[Obika et al. 1998 Tetrahedron Lett. 39: 5401-5404]; 문헌[Pallan et al. 2012 Chem. Comm. 48: 8195-8197]; 문헌[Petersen et al. 2003 TRENDS Biotech. 21: 74-81]; 문헌[Rajwanshi et al. 1999 Chem. Commun. 1395-1396]; 문헌[Schultz et al. 1996 Nucleic Acids Res. 24: 2966]; 문헌[Seth et al. 2009 J. Med. Chem. 52: 10-13]; 문헌[Seth et al. 2010 J. Med. Chem. 53: 8309-8318]; 문헌[Seth et al. 2010 J. Org. Chem. 75: 1569-1581]; 문헌[Seth et al. 2012 Bioo. Med. Chem. Lett. 22: 296-299]; 문헌[Seth et al. 2012 Mol. Ther-Nuc. Acids. 1, e47]; 문헌[Seth, Punit P; Siwkowski, Andrew; Allerson, Charles R; Vasquez, Guillermo; Lee, Sam; Prakash, Thazha P; Kinberger, Garth; Migawa, Michael T; Gaus, Hans; Bhat, Balkrishen; et al. From Nucleic Acids Symposium Series (2008), 52(1), 553-554]; 문헌[Singh et al. 1998 Chem. Comm. 1247-1248]; 문헌[Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 10035-39]; 문헌[Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 6078-6079]; 문헌[Sorensen 2003 Chem. Comm. 2130-2131]; 문헌[Ts'o et al. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1988, 507, 220]; 문헌[Van Aerschot et al. 1995 Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 34: 1338]; 및 문헌[Vasseur et al. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4006]에 기술되어 있다. 본 발명에 따라 사용될 수 있는 특정 이환식 당, 그의 제조 및 용도는 WO 2007090071 및 WO 2016/079181을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 변형 당은 선택적 치환 펜토스 또는 헥소스이다. 일부 실시 형태에서, 변형 당은 선택적 치환 펜토스이다. 일부 실시 형태에서, 변형 당은 선택적 치환 헥소스이다. 일부 실시 형태에서, 변형 당은 선택적 치환 리보스 또는 헥시톨이다. 일부 실시 형태에서, 변형 당은 선택적 치환 리보스이다. 일부 실시 형태에서, 변형 당은 선택적 치환 헥시톨이다.
일부 실시 형태에서, 당 변형은 5'-비닐(R 또는 S), 5'-메틸(R 또는 S), 2'-SH, 2'-F, 2'-OCH3, 2'-OCH2CH3, 2'-OCH2CH2F 또는 2'-O(CH2)20CH3이다. 일부 실시 형태에서, 2' 위치에서의 치환체, 예를 들어, 2'-변형은 알릴, 아미노, 아지도, 티오, O-알릴, O-C1-C10 알킬, OCF3, OCH2F, O(CH2)2SCH3, O(CH2)2-O-N(Rm)(Rn), O-CH2-C(=O)-N(Rm)(Rn), 및 O-CH2-C(=O)-N(R1)-(CH2)2-N(Rm)(Rn)이며, 여기서, 각각의 알릴, 아미노 및 알킬은 선택적으로 치환되고, 각각의 Rl, Rm 및 Rn은 독립적으로, 본 발명에 기술된 바와 같은 R'이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 Rl, Rm 및 Rn은 독립적으로 -H 또는 선택적 치환 C1-C10 알킬이다.
특정한 이환식 당은 예를 들어 문헌[Chattopadhyaya et al., J. Org. Chem., 2009, 74, 118-134], WO 2008154401, WO 2009006478, 문헌[Srivastava et al., J. Am. Chem. Soc., 2007, 129(26) 8362-8379]; 문헌[Frieden et al., Nucleic Acids Research, 2003, 21, 6365-6372]; 문헌[Elayadi et al., Curr. Opinion Inverts. Drugs, 2001, 2, 558-561]; 문헌[Braasch et al., Chem. Biol., 2001, 8, 1-7]; 문헌[Oram et al., Curr. Opinion Mol Ther., 2001, 3, 239-243]; 문헌[Wahlestedt et al., Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A., 2000, 97, 5633-5638]; 문헌[Singh et al., Chem. Commun., 1998, 4, 455-456]; 문헌[Koshkin et al., Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630]; 문헌[Kumar et al., Bioorg. Med. Chem. Lett., 1998, 8, 2219-2222]; 문헌[Singh et al., J. Org. Chem., 1998, 63, 10035-10039]; US 7399845; US 7053207; US 7034133; US 6794499; US 6770748; US 6670461; US 6525191; US 6268490; US 7741457; US 8501805; US 8546556; US 20080039618; US 20070287831; US 20040171570; WO 2007134181; WO 2005021570; WO 2004106356; WO 2009006478; WO 2008154401; WO 2008150729 등에 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, 당은 테트라히드로피란 또는 THP 당이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오시드는 테트라히드로피란 뉴클레오시드 또는 THP 뉴클레오시드이며, 이는 전형적인 천연 뉴클레오시드에서의 펜토푸라노실 잔기를 치환하는 6원 테트라히드로피란 당을 갖는 뉴클레오시드이다. THP 당 및/또는 뉴클레오시드는 헥시톨 핵산(HNA), 아니톨 핵산(ANA), 만니톨 핵산(MNA)(예를 들어, 문헌[Leumann, Bioorg. Med. Chem., 2002, 10, 841-854]) 또는 플루오로 HNA(F-HNA)에 사용되는 것을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 당은 5개 초과의 원자 및/또는 1개 초과의 헤테로원자를 갖는 고리, 예를 들어 문헌[Braasch et al., Biochemistry, 2002, 41, 4503-4510]; US 5698685; US 5166315; US 5185444; US 5034506 등에 기술된 모르폴리노 당을 포함한다.
당업자가 이해할 수 있는 바와 같이, 당, 핵염기, 뉴클레오티드간 연결 등의 변형은 올리고뉴클레오티드에서 조합되어 사용될 수 있고, 종종 사용되며, 예를 들어 표 1의 다양한 올리고뉴클레오티드를 참조한다. 예를 들어, 당 변형과 핵염기 변형의 조합은 2'-F(당) 5-메틸(핵염기) 변형 뉴클레오시드이다. 추가의 예에 대해서는 WO 2008101157을 참조한다. 일부 실시 형태에서, 조합은 리보실 고리 산소 원자의 S로의 대체 및 2'-위치에서의 치환(예를 들어, US 20050130923에 기술된 바와 같음), 또는 이환식 당의 5'-치환(예를 들어, WO 2007134181 참조(여기서, 4'-CH2-O-2' 이환식 뉴클레오시드는 5' 위치에서 5'-메틸 또는 5'-비닐 기로 추가로 치환됨))이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 변형된 시클로헥세닐 뉴클레오시드(이는 천연 발생 뉴클레오시드에서의 펜토푸라노실 잔기 대신 6원 시클로헥세닐을 갖는 뉴클레오시드임)를 포함한다. 시클로헥세닐 뉴클레오시드의 예 및 이의 제조 및 용도는 예를 들어 WO 2010036696; 문헌[Robeyns et al., J. Am. Chem. Soc., 2008, 130(6), 1979-1984]; 문헌[Horvath et al., Tetrahedron Letters, 2007, 48, 3621-3623]; 문헌[Nauwelaerts et al., J. Am. Chem. Soc., 2007, 129(30), 9340-9348]; 문헌[Gu et al., Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 2005, 24(5-7), 993-998]; 문헌[Nauwelaerts et al., Nucleic Acids Research, 2005, 33(8), 2452-2463]; 문헌[Robeyns et al., Acta Crystallographica, Section F: Structural Biology and Crystallization Communications, 2005, F61(6), 585-586]; 문헌[Gu et al., Tetrahedron, 2004, 60(9), 2111-2123]; 문헌[Gu et al., Oligonucleotides, 2003, 13(6), 479-489]; 문헌[Wang et al., J. Org. Chem., 2003, 68, 4499-4505]; 문헌[Verbeure et al., Nucleic Acids Research, 2001, 29(24), 4941-4947]; 문헌[Wang et al., J. Org. Chem., 2001, 66, 8478-82]; 문헌[Wang et al., Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 2001, 20(4-7), 785-788]; 문헌[Wang et al., J. Am. Chem., 2000, 122, 8595-8602]; WO 2006047842; WO 2001049687 등에 기술되어 있다.
많은 단환식, 이환식 및 삼환식 고리 시스템이 당 대용물(변형된 당)로서 적합하고 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 예를 들어, 문헌[Leumann, Christian J. Bioorg. & Med. Chem., 2002, 10, 841-854]을 참조한다. 이러한 고리 시스템은 그의 특성 및/또는 활성을 추가로 향상시키기 위하여 다양한 추가의 치환을 겪을 수 있다.
일부 실시 형태에서, 2'-변형된 당은 2' 위치에서 변형된 푸라노실 당이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 할로겐, -R'(여기서, R'는 -H가 아님), -OR'(여기서, R'는 -H가 아님), -SR', -N(R')2, 선택적 치환 -CH2-CH=CH2, 선택적 치환 알케닐, 또는 선택적 치환 알키닐이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 -O[(CH2)nO]mCH3, -O(CH2)nNH2, -O(CH2)nCH3, -O(CH2)nF, -O(CH2)nONH2, -OCH2C(=O)N(H)CH3, 및 -O(CH2)nON[(CH2)nCH3]2로부터 선택되며, 여기서, 각각의 n 및 m은 독립적으로 1 내지 약 10이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 선택적 치환 C1-C12 알킬, 선택적 치환 알케닐, 선택적 치환 알키닐, 선택적 치환 알카릴, 선택적 치환 아르알킬, 선택적 치환 -O-알카릴, 선택적 치환 -O-아르알킬, -SH, -SCH3, -OCN, -Cl, -Br, -CN, -F, -CF3, -OCF3, -SOCH3, -SO2CH3, -ONO2, -NO2, -N3, -NH2, 선택적 치환 헤테로시클로알킬, 선택적 치환 헤테로시클로알카릴, 선택적 치환 아미노알킬아미노, 선택적 치환 폴리알킬아미노, 치환된 실릴, 리포터 기, 인터칼레이터, 약동학적 특성을 개선시키기 위한 기, 약력학적 특성을 개선시키기 위한 기, 및 기타 치환체이다 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 2'-MOE 변형이다(예를 들어, 문헌[Baker et al., J. Biol. Chem., 1997, 272, 11944-12000] 참조). 일부 경우에, 2'- MOE 변형은 비변형 당 및 일부 다른 변형된 뉴클레오시드, 예컨대 2'- O-메틸, O-프로필, 및 2'-O-아미노프로필과 비교하여 개선된 결합 친화성을 갖는 것으로 보고된 바 있다. 2'-MOE 변형을 갖는 올리고뉴클레오티드는 또한 생체 내 사용을 위한 유망한 특징을 가지고서 유전자 발현을 억제할 수 있는 것으로 보고된 바 있다 (예를 들어, 문헌[Martin, Helv. Chim. Acta, 1995, 78, 486-504]; 문헌[Altmann et al., Chimia, 1996, 50, 168-176]; 문헌[Altmann et al., Biochem. Soc. Trans., 1996, 24, 630-637]; 및 문헌[Altmann et al., Nucleosides Nucleotides, 1997, 16, 917-926] 등 참조).
일부 실시 형태에서, 2'-변형 또는 2'-치환 당 또는 뉴클레오시드는 -H(전형적으로 치환체로 간주되지 않음) 또는 -OH 이외의 당의 2' 위치에서의 치환체를 포함하는 당 또는 뉴클레오시드이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형 당은 당 고리의 2개의 탄소 원자(이 중 하나는 2' 탄소임)를 연결하는 가교체를 포함하는 이환식 당이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 비-가교, 예를 들어, 알릴, 아미노, 아지도, 티오, 선택적 치환 -O-알릴, 선택적 치환 -O-C1-C10 알킬, -OCF3, -O(CH2)2OCH3, 2'-O(CH2)2SCH3, -O(CH2)2ON(Rm)(Rn), 또는 -OCH2C(=O)N(Rm)(Rn)이며, 여기서, 각각의 Rm 및 Rn은 독립적으로 -H 또는 선택적 치환 C1-C10 알킬이다.
특정한 변형 당, 이의 제조 및 용도는 US 4981957, US 5118800, US 5319080, US 5359044, US 5393878, US 5446137, US 5466786, US 5514785, US 5519134, US 5567811, US 5576427, US 5591722, US 5597909, US 5610300, US 5627053, US 5639873, US 5646265, US 5670633, US 5700920, US 5792847, US 6600032 및 WO 2005121371에 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, 당은 N-메타노카르바, LNA, cMOE BNA, cEt BNA, -L-LNA 또는 관련 유사체, HNA, Me-ANA, MOE-ANA, Ara-FHNA, FHNA, R-6'-Me-FHNA, S-6'-Me-FHNA, ENA, 또는 c-ANA의 당이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 뉴클레오티드간 연결은 C3-아미드(예를 들어, C3'에 부착된 아미드 변형을 갖는 당, 문헌[Mutisya et al. 2014 Nucleic Acids Res. 2014 Jun 1; 42(10): 6542-6551]), 포름아세탈, 티오포름아세탈, MMI[예를 들어, 메틸렌(메틸이미노), 문헌[Peoc'h et al. 2006 Nucleosides and Nucleotides 16 (7-9)]], PMO(포스포로디아미데이트 연결 모르폴리노) 연결(이는 두 당을 연결함), 또는 PNA(펩티드 핵산) 연결이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오티드간 연결 및/또는 당의 예는 문헌[Allerson et al. 2005 J. Med. Chem. 48: 901-4]; 문헌[BMCL 2011 21: 1122; BMCL 2011 21: 588]; 문헌[BMCL 2012 22: 296]; 문헌[Chattopadhyaya et al. 2007 J. Am. Chem. Soc. 129: 8362]; 문헌[Chem. Bio. Chem. 2013 14: 58]; 문헌[Curr. Prot. Nucl. Acids Chem. 2011 1.24.1]; 문헌[Egli et al. 2011 J. Am. Chem. Soc. 133: 16642]; 문헌[Hendrix et al. 1997 Chem. Eur. J. 3: 110]; 문헌[Hyrup et al. 1996 Bioorg. Med. Chem. 4: 5]; 문헌[Imanishi 1997 Tet. Lett. 38: 8735]; 문헌[J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3143]; 문헌[J. Med. Chem. 2009 52: 10]; 문헌[J. Org. Chem. 2010 75: 1589]; 문헌[Jepsen et al. 2004 Oligo. 14: 130-146]; 문헌[Jones et al. J. Org. Chem. 1993, 58, 2983]; 문헌[Jung et al. 2014 ACIEE 53: 9893]; 문헌[Kodama et al. 2014 AGDS]; 문헌[Koizumi 2003 BMC 11: 2211]; 문헌[Koizumi et al. 2003 Nuc. Acids Res. 12: 3267-3273]; 문헌[Koshkin et al. 1998 Tetrahedron 54: 3607-3630]; 문헌[Kumar et al. 1998 Bioo. Med. Chem. Let. 8: 2219-2222]; 문헌[Lauritsen et al. 2002 Chem. Comm. 5: 530-531]; 문헌[Lauritsen et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 13: 253-256]; 문헌[Lima et al. 2012 Cell 150: 883-894]; 문헌[Mesmaeker et al. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1994, 33, 226]; 문헌[Migawa et al. 2013 Org. Lett. 15: 4316]; 문헌[Mol. Ther. Nucl. Acids 2012 1: e47]; 문헌[Morita et al. 2001 Nucl. Acids Res. Supp. 1: 241-242]; 문헌[Morita et al. 2002 Bioo. Med. Chem. Lett. 12: 73-76]; 문헌[Morita et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 2211-2226]; 문헌[Murray et al. 2012 Nucl. Acids Res. 40: 6135]; 문헌[Nielsen et al. 1997 Chem. Soc. Rev. 73]; 문헌[Nielsen et al. 1997 J. Chem. Soc. Perkins Transl. 1: 3423-3433]; 문헌[Obika et al. 1997 Tetrahedron Lett. 38 (50): 8735-8]; 문헌[Obika et al. 1998 Tetrahedron Lett. 39: 5401-5404]; 문헌[Obika et al. 2008 J. Am. Chem. Soc. 130: 4886]; 문헌[Obika et al. 2011 Org. Lett. 13: 6050]; 문헌[Oestergaard et al. 2014 JOC 79: 8877]; 문헌[Pallan et al. 2012 Biochem. 51: 7]; 문헌[Pallan et al. 2012 Chem. Comm. 48: 8195-8197]; 문헌[Petersen et al. 2003 TRENDS Biotech. 21: 74-81]; 문헌[Prakash et al. 2010 J. Med. Chem. 53: 1636]; 문헌[Prakash et al. 2015 Nucl. Acids Res. 43: 2993-3011]; 문헌[Prakash et al. 2016 Bioorg. Med. Chem. Lett. 26: 2817-2820]; 문헌[Rajwanshi et al. 1999 Chem. Commun. 1395-1396]; 문헌[Schultz et al. 1996 Nucleic Acids Res. 24: 2966]; 문헌[Seth et al. 2008 Nucl. Acid Sym. Ser. 52: 553]; 문헌[Seth et al. 2009 J. Med. Chem. 52: 10-13]; 문헌[Seth et al. 2010 J. Am. Chem. Soc. 132: 14942]; 문헌[Seth et al. 2010 J. Med. Chem. 53: 8309-8318]; 문헌[Seth et al. 2010 J. Org. Chem. 75: 1569-1581]; 문헌[Seth et al. 2011 BMCL 21: 4690]; 문헌[Seth et al. 2012 Bioo. Med. Chem. Lett. 22: 296-299]; 문헌[Seth et al. 2012 Mol. Ther-Nuc. Acids. 1, e47]; 문헌[Seth et al., Nucleic Acids Symposium Series (2008), 52(1), 553-554]; 문헌[Singh et al. 1998 Chem. Comm. 1247-1248]; 문헌[Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 10035-39]; 문헌[Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 6078-6079]; 문헌[Sorensen 2003 Chem. Comm. 2130-2131]; 문헌[Starrup et al. 2010 Nucl. Acids Res. 38: 7100]; 문헌[Swayze et al. 2007 Nucl. Acids Res. 35: 687]; 문헌[Ts'o et al. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1988, 507, 220]; 문헌[Van Aerschot et al. 1995 Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 34: 1338]; 문헌[Vasseur et al. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4006]; WO 2007090071; WO 2016079181; US 6326199; US 6066500; 또는 US 6440739에 기술되어 있다.
올리고뉴클레오티드 또는 이의 유사체를 제조하는 데 유용한 다양한 추가의 당이 당업계에 공지되어 있으며 본 발명에 따라 사용될 수 있다.
핵염기
다양한 핵염기가 본 발명에 따라 제공된 올리고뉴클레오티드에서 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 천연 핵염기이며, 가장 일반적으로 발생하는 것은 A, T, C, G 및 U이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 A, T, C, G 또는 U가 아니라는 점에서 변형 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 A, T, C, G 또는 U, 또는 A, T, C, G 또는 U의 치환된 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 A, T, C, G 또는 U, 예를 들어, 5mC, 5-히드록시메틸 C 등이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 알킬-치환된 A, T, C, G 또는 U이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 A이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 T이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 C이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 G이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 U이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 5mC이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 치환된 A, T, C, G 또는 U이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 A, T, C, G 또는 U의 치환된 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 치환은 핵염기 내의 특정 작용기를 보호하여 올리고뉴클레오티드 합성 동안 원하지 않는 반응을 최소화한다. 올리고뉴클레오티드 합성에서 핵염기 보호에 적합한 기술은 당업계에 널리 공지되어 있으며 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 올리고뉴클레오티드의 특성 및/또는 활성을 개선시킨다. 예를 들어, 많은 경우에 C 대신 5mC를 사용하여 특정한 원하지 않는 생물학적 효과, 예를 들어, 면역 반응을 조절할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 서열 동일성을 결정할 때, 동일한 수소-결합 패턴을 갖는 치환된 핵염기는 비치환된 핵염기와 동일하게 처리되고, 예를 들어 5mC는 C와 동일하게 처리될 수 있다[예를 들어, C 대신에 5mC를 갖는 HTT 올리고뉴클레오티드(예를 들어, AT5mCG)는 상응하는 위치(들)에 C를 갖는 HTT 올리고뉴클레오티드(예를 들어, ATCG)와 동일한 염기 서열을 갖는 것으로 간주된다].
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 A, T, C, G 또는 U를 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 선택적 치환 A, T, C, G 또는 U를 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT는 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 5-메틸시티딘, 5-히드록시메틸시티딘, 5-포르밀시토신, 또는 5-카르복실시토신을 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 5-메틸시티딘을 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드에서의 각각의 핵염기는 선택적 치환 A, T, C, G 및 U, 및 A, T, C, G 및 U의 선택적 치환 호변이성질체로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드에서의 각각의 핵염기는 선택적 보호 A, T, C, G 및 U이다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드에서의 각각의 핵염기는 선택적 치환 A, T, C, G 또는 U이다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드에서의 각각의 핵염기는 A, T, C, G, U 및 5mC로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 2AP 또는 DAP이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 2AP이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 DAP이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 2AP이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 DAP이다.
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 다양한 핵염기가 당업계에 공지되어 있으며 본 발명에 따라 사용될 수 있다(예를 들어, US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/022473, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO2019/032612, WO 2019/055951, 및/또는 WO 2019/075357에 기술된 것(이의 각각의 당, 염기, 및 뉴클레오티드간 연결 변형은 독립적으로 본원에 참고로 포함됨)). 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호되고 올리고뉴클레오티드 합성에 유용하다.
일부 실시 형태에서, 핵염기는 천연 핵염기 또는 천연 핵염기로부터 유도된 변형된 핵염기이다. 예는 우라실, 티민, 아데닌, 시토신 및 구아닌(선택적으로, 이들 각각의 아미노기는 아실 보호기로 보호됨), 2-플루오로우라실, 2-플루오로시토신, 5-브로모우라실, 5-요오도우라실, 2,6-디아미노퓨린, 아자시토신, 피리미딘 유사체, 예컨대 슈도이소시토신 및 슈도우라실 및 기타 변형 핵염기, 예컨대 8-치환 퓨린, 잔틴 또는 하이포잔틴(후자의 두 가지는 자연 분해 산물임)을 포함한다. 변형 핵염기의 특정한 예가 문헌[Chiu and Rana, RNA, 2003, 9, 1034-1048], 문헌[Limbach et al. Nucleic Acids Research, 1994, 22, 2183-2196] 및 문헌[Revankar and Rao, Comprehensive Natural Products Chemistry, vol. 7, 313]에 개시되어 있다 일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는 치환 우라실, 티민, 아데닌, 시토신, 또는 구아닌이다. 일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는, 예를 들어 우라실, 티민, 아데닌, 시토신, 또는 구아닌의 수소 결합 및/또는 염기쌍 형성 면에서의 작용성 대체물이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 우라실, 티민, 아데닌, 시토신, 5-메틸시토신, 또는 구아닌이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 우라실, 티민, 아데닌, 시토신, 5-메틸시토신, 또는 구아닌이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 5-메틸시토신을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 염기 서열이 본원에, 예를 들어 표 1에 개시된 HTT 올리고뉴클레오티드를 제공하며, 여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있고 그 반대도 가능하며, 각각의 시토신은 선택적으로 그리고 독립적으로 5-메틸시토신으로 대체되거나 그 반대도 가능하다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 일부 실시 형태에서, 5mC는 HTT 올리고뉴클레오티드의 염기 서열과 관련하여 C로서 처리될 수 있다(이러한 올리고뉴클레오티드는 C 위치에서 핵염기 변형을 포함한다(예를 들어, 표 1의 다양한 올리고뉴클레오티드 참조)). 올리고뉴클레오티드의 설명에서, 전형적으로 달리 언급되지 않는 한, 핵염기, 당 및 뉴클레오티드간 연결은 비변형된다. 예를 들어, 본원의 다양한 올리고뉴클레오티드에서, Aeo, Geo, Teo, m5Ceo는 표시된 바와 같이 변형되며(변형된 A, G, T 또는 C(이들은 각각 2'-MOE 변형됨); 및 m5Ceo의 경우 추가로 5-메틸 변형); C, T, G 및 A는 각각 핵염기 C, T, G 및 A를 포함하는 비변형 데옥시리보뉴클레오시드이며(예를 들어, 천연 DNA에서 일반적으로 나타나는 바와 같음, 당 또는 염기 변형 없음); m은 2'-OMe 변형을 나타내며(예를 들어, mA는 2'-OMe를 포함하는 변형된 A이며; mU는 2'-OMe를 포함하는 변형된 U이며; 기타 등등임); 각각의 뉴클레오티드간 연결은, 달리 언급되지 않는 한, 독립적으로 천연 포스페이트 연결(예를 들어, …Aeom5Ceo… 사이의 천연 포스페이트 연결)이며; 각각의 Sp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 * S(또는 *S)로 표시되며; 각각의 Rp 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 * R(또는 *R)로 표시되며, 조성물에서의 스테레오랜덤 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결은 *로 표시된다.
일부 실시 형태에서, 변형된 염기는 선택적 치환 아데닌, 시토신, 구아닌, 티민, 또는 우라실, 또는 이들의 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는 다음과 같은 하나 이상의 변형에 의해 변형된 변형 아데닌, 시토신, 구아닌, 티민 또는 우라실이다:
(1) 핵염기는 아실, 할로겐, 아미노, 아지드, 알킬, 알케닐, 알키닐, 아릴, 헤테로알킬, 헤테로알케닐, 헤테로알키닐, 헤테로시클릴, 헤테로아릴, 카르복실, 히드록실, 비오틴, 아비딘, 스트렙타비딘, 치환 실릴, 및 이들의 조합으로부터 독립적으로 선택되는 하나 이상의 선택적 치환 기로 변형됨;
(2) 핵염기의 하나 이상의 원자는 탄소, 질소 및 황으로부터 선택되는 상이한 원자로 독립적으로 대체됨;
(3) 핵염기 내의 하나 이상의 이중 결합은 독립적으로 수소화됨; 또는
(4) 하나 이상의 아릴 또는 헤테로아릴 고리는 독립적으로 핵염기 내로 삽입됨.
일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는 당업계, 예를 들어, WO2017/210647에 공지된 변형 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 하나 이상의 아릴 및/또는 헤테로아릴 고리, 예컨대 페닐 고리가 부가된 확장된 크기의 핵염기이다. 핵염기 대체를 포함하는 변형된 핵염기의 특정 예는 Glen Research 카탈로그(Glen Research, 미국 버지니아주 스털링 소재); 문헌[Krueger AT et al., Acc. Chem. Res., 2007, 40, 141-150]; 문헌[Kool, ET, Acc. Chem. Res., 2002, 35, 936-943]; 문헌[Benner S.A., et al., Nat. Rev. Genet., 2005, 6, 553-543]; 문헌[Romesberg, F.E., et al., Curr. Opin. Chem. Biol., 2003, 7, 723-733]; 또는 문헌[Hirao, I., Curr. Opin. Chem. Biol., 2006, 10, 622-627]에 기술되어 있다. 일부 실시 형태에서, 확장된 크기의 핵염기는 예를 들어 WO2017/210647에 기술된 확장된 크기의 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 코린- 또는 포르피린-유도된 고리와 같은 모이어티이다. 특정한 포르피린-유도된 염기 대체는 예를 들어 문헌[Morales-Rojas, H and Kool, ET, Org. Lett., 2002, 4, 4377-4380]에 기술된 바 있다. 일부 실시 형태에서, 포르피린-유도된 고리는 예를 들어 WO2017/219647에 기술된 포르피린-유도된 고리이다. 일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는 예를 들어 WO2017/219647에 기술된 변형 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 형광성이다. 이러한 형광 변형 핵염기의 예는 페난트렌, 피렌, 스틸벤, 이소잔틴, 이소잔토프테린, 테르페닐, 테르티오펜, 벤조테르티오펜, 쿠마린, 루마진, 테더링(tethered) 스틸벤, 벤조-우라실, 나프토-우라실 등, 및 예를 들어 WO2017/210647에 기술된 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 핵염기 또는 변형 핵염기는 다음으로부터 선택된다: C5-프로핀 T, C5-프로핀 C, C5-티아졸, 페녹사진, 2-티오-티민, 5-트리아졸릴페닐-티민, 디아미노퓨린, 및 N2-아미노프로필구아닌.
일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는 5-치환 피리미딘, 6-아자피리미딘, 알킬 또는 알키닐 치환 피리미딘, 알킬 치환 퓨린, 및 N-2, N-6 및 O-6 치환 퓨린으로부터 선택된다. 특정 실시 형태에서, 변형 핵염기는 2-아미노프로필아데닌, 5-히드록시메틸 시토신, 잔틴, 하이포잔틴, 2-아미노아데닌, 6-N-메틸구아닌, 6-N- 메틸아데닌, 2-프로필아데닌, 2-티오우라실, 2-티오티민 및 2-티오시토신, 5-프로피닐(-C≡C-CH3) 우라실, 5-프로피닐시토신, 6-아조우라실, 6-아조시토신, 6-아조티민, 5-리보실우라실(슈도우라실), 4-티오우라실, 8-할로, 8-아미노, 8-티올, 8-티오알킬, 8-히드록실, 8-아자 및 기타 8-치환 퓨린, 5-할로, 특히 5-브로모, 5-트리플루오로메틸, 5-할로우라실, 및 5-할로시토신, 7-메틸구아닌, 7-메틸아데닌, 2-F-아데닌, 2-아미노아데닌, 7-데아자구아닌, 7-데아자아데닌, 3-데아자구아닌, 3-데아자아데닌, 6-N- 벤조일아데닌, 2-N-이소부티릴구아닌, 4-N-벤조일시토신, 4-N-벤조일우라실, 5-메틸 4-N- 벤조일시토신, 5-메틸 4-N-벤조일우라실, 범용 염기, 소수성 염기, 무차별 염기, 크기-확장된 염기, 및 플루오르화 염기로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는 삼환식 피리미딘, 예컨대 l,3-디아자페녹사진-2-온, l,3-디아자페노티아진-2-온 또는 9-(2-아미노에톡시)-l,3-디아자페녹사진-2-온(G-clamp)이다. 일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는 퓨린 또는 피리미딘 염기가 다른 복소환으로 대체된 것, 예를 들어, 7-데아자-아데닌, 7-데아자구아노신, 2-아미노피리딘 또는 2-피리돈이다. 일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는 추가의 핵염기는 US 3687808, 문헌[The Concise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering, Kroschwitz, J.I., Ed., John Wiley & Sons, 1990, 858-859]; 문헌[Englisch et al., Angewandte Chemie, International Edition, 1991, 30, 613]; 문헌[Sanghvi, Y.S., Chapter 15, Antisense Research and Applications, Crooke, S.T. and Lebleu, B., Eds., CRC Press, 1993, 273-288]; 또는 문헌[Chapters 6 and 15, Antisense Drug Technology, Crooke S.T., Ed., CRC Press, 2008, 163-166 and 442-443]에 개시된 것이다.
일부 실시 형태에서, 변형 핵염기 및 이의 방법은 US 20030158403, US 3687808, US 4845205, US 5130302, US 5134066, US 5 175273, US 5367066, US 5432272, US 5434257, US 5457187, US 5459255, US 5484908, US 5502177, US 5525711, US 5552540, US 5587469, US 5594 121, US 5596091, US 5614617, US 5645985, US 5681941, US 5750692, US 5763588, US 5830653, 또는 US 6005096에 기술된 것이다.
일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 변형 핵염기는 예를 들어, 헤테로원자, 알킬 기, 또는 연결 모이어티(형광 모이어티, 비오틴 또는 아비딘 모이어티 또는 다른 단백질 또는 펩티드에 연결됨)를 함유하도록 치환된다. 일부 실시 형태에서, 변형된 핵염기는 가장 고전적인 의미에서는 핵염기가 아니지만, 핵염기와 유사하게 기능하는 "범용 염기"이다. 범용 염기의 하나의 예로는 3-니트로피롤이 있다.
일부 실시 형태에서, 제공된 기술에서 이용될 수 있는 뉴클레오시드는 변형 핵염기 및/또는 변형 당을 포함한다(예를 들어, 4-아세틸시티딘; 5-(카르복시히드록실메틸)우리딘; 2′-O-메틸시티딘; 5-카르복시메틸아미노메틸-2-티오우리딘; 5-카르복시메틸아미노메틸우리딘; 디히드로우리딘; 2′-O-메틸슈도우리딘; 베타,D-갈락토실큐에오신; 2′-O-메틸구아노신; N6-이소펜테닐아데노신; 1-메틸아데노신; 1-메틸슈도우리딘; 1-메틸구아노신; l-메틸이노신; 2,2-디메틸구아노신; 2-메틸아데노신; 2-메틸구아노신; N7-메틸구아노신; 3-메틸-시티딘; 5-메틸시티딘; 5-히드록시메틸시티딘; 5-포르밀시토신; 5-카르복실시토신; N6-메틸아데노신; 7-메틸구아노신; 5-메틸아미노에틸우리딘; 5-메톡시아미노메틸-2-티오우리딘; 베타,D-만노실큐에오신; 5-메톡시카르보닐메틸우리딘; 5-메톡시우리딘; 2-메틸티오-N6-이소펜테닐아데노신; N-((9-베타,D-리보푸라노실-2-메틸티오퓨린-6-일)카르바모일)트레오닌; N-((9-베타,D-리보푸라노실퓨린-6-일)-N-메틸카르바모일)트레오닌; 우리딘-5-옥시아세트산 메틸에스테르; 우리딘-5-옥시아세트산 (v); 슈도우리딘; 큐에오신; 2-티오시티딘; 5-메틸-2-티오우리딘; 2-티오우리딘; 4-티오우리딘; 5-메틸우리딘; 2′-O-메틸-5-메틸우리딘; 및 2′-O-메틸우리딘).
일부 실시 형태에서, 핵염기, 예를 들어 변형 핵염기는 하나 이상의 생체 분자 결합 모이어티, 예를 들어, 항체, 항체 단편, 비오틴, 아비딘, 스트렙타비딘, 수용체 리간드, 또는 킬레이팅 모이어티를 포함한다. 다른 실시 형태에서, 핵염기는 5-브로모우라실, 5-요오도우라실, 또는 2,6-디아미노퓨린이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 형광 또는 생체 분자 결합 모이어티에 의한 치환을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 치환체는 형광 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 치환체는 비오틴 또는 아비딘이다.
핵염기 및 관련 방법의 특정한 예는 US 3687808, 4845205, US 513030, US 5134066, US 5175273, US 5367066, US 5432272, US 5457187, US 5457191, US 5459255, US 5484908, US 5502177, US 5525711, US 5552540, US 5587469, US 5594121, US 5596091, US 5614617, US 5681941, US 5750692, US 6015886, US 6147200, US 6166197, US 6222025, US 6235887, US 6380368, US 6528640, US 6639062, US 6617438, US 7045610, US 7427672, US 또는 US 7495088에 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 다음 중 임의의 것에 기술된 핵염기, 당, 뉴클레오시드, 및/또는 뉴클레오티드간 연결을 포함한다: 문헌[Gryaznov, S; Chen, J.-K. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 3143]; 문헌[Hendrix et al. 1997 Chem. Eur. J. 3: 110]; 문헌[Hyrup et al. 1996 Bioorg. Med. Chem. 4: 5]; 문헌[Jepsen et al. 2004 Oligo. 14: 130-146]; 문헌[Jones et al. J. Org. Chem. 1993, 58, 2983]; 문헌[Koizumi et al. 2003 Nuc. Acids Res. 12: 3267-3273]; 문헌[Koshkin et al. 1998 Tetrahedron 54: 3607-3630]; 문헌[Kumar et al. 1998 Bioo. Med. Chem. Let. 8: 2219-2222]; 문헌[Lauritsen et al. 2002 Chem. Comm. 5: 530-531]; 문헌[Lauritsen et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 13: 253-256]; 문헌[Mesmaeker et al. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1994, 33, 226]; 문헌[Morita et al. 2001 Nucl. Acids Res. Supp. 1: 241-242]; 문헌[Morita et al. 2002 Bioo. Med. Chem. Lett. 12: 73-76]; 문헌[Morita et al. 2003 Bioo. Med. Chem. Lett. 2211-2226]; 문헌[Nielsen et al. 1997 Chem. Soc. Rev. 73]; 문헌[Nielsen et al. 1997 J. Chem. Soc. Perkins Transl. 1: 3423-3433]; 문헌[Obika et al. 1997 Tetrahedron Lett. 38 (50): 8735-8]; 문헌[Obika et al. 1998 Tetrahedron Lett. 39: 5401-5404]; 문헌[Pallan et al. 2012 Chem. Comm. 48: 8195-8197]; 문헌[Petersen et al. 2003 TRENDS Biotech. 21: 74-81]; 문헌[Rajwanshi et al. 1999 Chem. Commun. 1395-1396]; 문헌[Schultz et al. 1996 Nucleic Acids Res. 24: 2966]; 문헌[Seth et al. 2009 J. Med. Chem. 52: 10-13]; 문헌[Seth et al. 2010 J. Med. Chem. 53: 8309-8318]; 문헌[Seth et al. 2010 J. Org. Chem. 75: 1569-1581]; 문헌[Seth et al. 2012 Bioo. Med. Chem. Lett. 22: 296-299]; 문헌[Seth et al. 2012 Mol. Ther-Nuc. Acids. 1, e47]; 문헌[Seth, Punit P; Siwkowski, Andrew; Allerson, Charles R; Vasquez, Guillermo; Lee, Sam; Prakash, Thazha P; Kinberger, Garth; Migawa, Michael T; Gaus, Hans; Bhat, Balkrishen; et al. From Nucleic Acids Symposium Series (2008), 52(1), 553-554]; 문헌[Singh et al. 1998 Chem. Comm. 1247-1248]; 문헌[Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 10035-39]; 문헌[Singh et al. 1998 J. Org. Chem. 63: 6078-6079]; 문헌[Sorensen 2003 Chem. Comm. 2130-2131]; 문헌[Ts'o et al. Ann. N. Y. Acad. Sci. 1988, 507, 220]; 문헌[Van Aerschot et al. 1995 Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 34: 1338]; 문헌[Vasseur et al. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 4006]; WO 2007090071; 또는 WO 2016/079181; 문헌[Feldman et al. 2017 J. Am. Chem. Soc. 139: 11427-11433], 문헌[Feldman et al. 2017 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 114: E6478-E6479], 문헌[Hwang et al. 2009 Nucl. Acids Res. 37: 4757-4763], 문헌[Hwang et al. 2008 J. Am. Chem. Soc. 130: 14872-14882], 문헌[Lavergne et al. 2012 Chem. Eur. J. 18: 1231-1239], 문헌[Lavergne et al. 2013 J. Am. Chem. Soc. 135: 5408-5419, 문헌[Ledbetter et al. 2018 J. Am. Chem. Soc. 140: 758-765], 문헌[Malyshev et al. 2009 J. Am. Chem. Soc. 131: 14620-14621], 문헌[Seo et al. 2009 Chem. Bio. Chem. 10: 2394-2400](예를 들어, d3FB, d2Py 유사체, d2Py, d3MPy, d4MPy, d5MPy, d34DMPy, d35DMPy, d45DMPy, d5FM, d5PrM, d5SICS, dFEMO, dMMO2, dNaM, dNM01, dTPT3, 2'-아지도, 2'-클로로, 2'-아미노 또는 아라비노스 당을 포함하는 뉴클레오티드, 이소카르보스티릴-, 나프틸- 및 아자인돌-뉴클레오티드, 및 이들의 변형 및 유도체 및 작용화된 버전, 예를 들어 당이 2'-변형 및/또는 기타 변형을 포함하는 것 및 메타-염소, -브롬, -요오드, -메틸 또는 -프로피닐 치환체를 갖는 dMMO2 유도체).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 다음에 기술된 바와 같은 핵염기 또는 변형 핵염기를 포함한다: WO 2018/022473, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, 및/또는 WO 2019/075357, US 5552540, US 6222025, US 6528640, US 4845205, US 5681941, US 5750692, US 6015886, US 5614617, US 6147200, US 5457187, US 6639062, US 7427672, US 5459255, US 5484908, US 7045610, US 3687808, US 5502177, US 5525711 6235887, US 5175273, US 6617438, US 5594121, US 6380368, US 5367066, US 5587469, US 6166197, US 5432272, US 7495088, US 5134066, 또는 US 5596091, US 2011/0294124, US 2015/0211006, US 2015/0197540, WO 2015/107425, WO 2017/192679, WO 2018/022473, WO 2018/098264, WO 2018/223056, WO 2018/223073, WO 2018/223081, WO 2018/237194, WO 2019/032607, WO 2019/055951, 및/또는 WO 2019/075357(이의 각각의 염기 및 변형 핵염기는 독립적으로 본원에 참고로 포함됨).
일부 실시 형태에서, 핵염기는 헤테로원자 고리 원자를 포함하는 하나 이상의 선택적 치환 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 질소 고리 원자를 포함하는 하나 이상의 선택적 치환 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이러한 고리는 방향족이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 헤테로원자를 통해 당에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 질소 원자를 통해 당에 결합된다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 고리 질소 원자를 통해 당에 결합된다.
일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 퓨린 염기 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호된 퓨린 염기 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 아데닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호된 아데닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 구아닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호된 구아닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 시토신 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호된 시토신 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 티민 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호된 티민 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 우라실 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호된 우라실 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 선택적 치환 5-메틸시토신 잔기이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 보호된 5-메틸시토신 잔기이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 BrdU를 포함하며, 이는 핵염기가 BrU(
Figure pct00172
)이고, 당이 2-데옥시리보스(천연 DNA에서 널리 발견되는 바와 같음; 2'-데옥시 (d))인 뉴클레오시드 단위(
Figure pct00173
)이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 d2AP, DAP 및/또는 dDAP를 포함한다.
d2AP: 핵염기가 2-아미노 퓨린(
Figure pct00174
, 2AP)이고, 당이 2-데옥시리보스(천연 DNA에서 널리 발견되는 바와 같음; 2'-데옥시(d))인 뉴클레오시드 단위(
Figure pct00175
, BA = 2AP);
dDAP: 핵염기가 2,6-디아미노 퓨린(
Figure pct00176
, DAP)이고, 당이 2-데옥시리보스(천연 DNA에서 널리 발견되는 바와 같음; 2'-데옥시(d))인 뉴클레오시드 단위(
Figure pct00177
, BA = DAP).
추가의 화학적 모이어티
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 추가의 화학적 모이어티를 포함한다. 다양한 추가의 화학적 모이어티, 예를 들어 표적화 모이어티, 탄수화물 모이어티, 지질 모이어티 등이 당업계에 공지되어 있으며, 제공된 올리고뉴클레오티드의 특성 및/또는 활성, 예를 들어 안정성, 반감기, 활성, 전달, 약력학적 특성, 약동학적 특성 등을 조절하기 위해 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 특정한 추가의 화학적 모이어티는 중추 신경계의 세포를 포함하지만 이에 한정되지 않는 원하는 세포, 조직 및/또는 기관으로의 올리고뉴클레오티드의 전달을 촉진한다. 일부 실시 형태에서, 특정한 추가의 화학적 모이어티는 올리고뉴클레오티드의 내재화를 촉진한다. 일부 실시 형태에서, 특정한 추가의 화학적 모이어티는 올리고뉴클레오티드 안정성을 증가시킨다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 다양한 추가의 화학적 모이어티를 올리고뉴클레오티드에 혼입하기 위한 기술을 제공한다.
보고된 바에 따르면, HTT는 모든 세포에서 발현되며, 가장 높은 농도는 뇌 및 고환에서 발견되고, 중간 정도의 양은 간, 심장 및 폐에서 발견된다. 다양한 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드에 콘쥬게이션된 추가의 화학적 모이어티는 뇌, 고환, 간, 심장 또는 폐의 세포 내로의 증가된 전달 및/또는 유입을 허용한다. 보고된 바에 따르면 HTT 단백질 또는 mRNA는 다음의 조직에서 검출되었다: 부신, 충수, 골수, 뇌, 결장, 십이지장, 자궁 내막, 식도, 지방, 담낭, 심장, 신장, 간, 폐, 림프절, 난소, 췌장, 태반, 전립선, 타액선, 피부, 소장, 비장, 위, 고환, 갑상선 및 방광. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 추가의 화학적 모이어티를 포함하고, 기준 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, 추가의 화학적 모이어티를 갖지 않지만 달리 동일한 기준 올리고뉴클레오티드와 비교하여 증가된 조직으로의 전달 및/또는 조직에서의 활성을 보여준다.
일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티의 비제한적 예는 탄수화물 모이어티, 표적화 모이어티 등을 포함하며, 이는 올리고뉴클레오티드에 혼입될 때 하나 이상의 특성을 개선시킬 수 있다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 글루코스, GluNAc(N-아세틸 아민 글루코사민) 및 아니스아미드 모이어티로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 2개 이상의 추가의 화학적 모이어티를 포함할 수 있고, 여기서, 상기 추가의 화학적 모이어티는 동일 카테고리의 것(예를 들어, 탄수화물 모이어티, 당 모이어티, 표적화 모이어티 등)이거나 동일 카테고리의 것이 아니다.
일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 표적화 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 탄수화물 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 지질 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 예를 들어 세포 수용체, 예컨대 시그마 수용체, 아시알로당단백질 수용체 등을 위한 리간드 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 리간드 모이어티는 아니스아미드 모이어티이거나 이를 포함하는데, 이는 시그마 수용체를 위한 리간드 모이어티일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 리간드 모이어티는 GalNAc 모이어티이거나 이를 포함하는데, 이는 아시알로당단백질 수용체를 위한 리간드 모이어티일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 링커 및 추가의 화학적 모이어티(예를 들어, 표적화 모이어티)를 포함할 수 있고/있거나 키랄 제어되거나 키랄 제어되지 않을 수 있고/있거나 염기 서열 및/또는 하나 이상의 변형 및/또는 포맷을 가질 수 있으며, 이는 본원에 기술된 바와 같다.
다양한 링커, 탄수화물 모이어티 및 표적화 모이어티(당업계에 공지된 많은 것을 포함함)가 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 탄수화물 모이어티는 표적화 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 표적화 모이어티는 탄수화물 모이어티이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 전달에 적합한 추가의 화학적 모이어티, 예를 들어 글루코스, GluNAc(N-아세틸 아민 글루코사민), 아니사미드, 또는 다음으로부터 선택되는 구조를 포함한다:
Figure pct00178
Figure pct00179
. 일부 실시 형태에서, n은 1이다. 일부 실시 형태에서, n은 2이다. 일부 실시 형태에서, n은 3이다. 일부 실시 형태에서, n은 4이다. 일부 실시 형태에서, n은 5이다. 일부 실시 형태에서, n은 6이다. 일부 실시 형태에서, n은 7이다. 일부 실시 형태에서, n은 8이다.
일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 다양한 올리고뉴클레오티드에 혼입된 다양한 추가의 화학적 모이어티의 예를 포함하여 실시예에 기술된 것 중 임의의 것이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드에 콘쥬게이션된 추가의 화학적 모이어티는 중추 신경계의 세포에 올리고뉴클레오티드를 표적화할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 세포 수용체 리간드를 포함하거나 세포 수용체 리간드이다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 단백질 결합자를 포함하거나 단백질 결합자이고, 예를 들어, 이것은 세포 표면 단백질에 결합한다. 특히, 이러한 모이어티는 상응하는 수용체 또는 단백질을 발현하는 세포로의 올리고뉴클레오티드의 표적화된 전달에 유용할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 추가의 화학적 모이어티는 아니스아미드 또는 이의 유도체 또는 유사체를 포함하고, 올리고뉴클레오티드를 시그마 1 수용체와 같은 특정 수용체를 발현하는 세포에 표적화할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 그의 표적을 발현하는 신체 세포 및/또는 조직에 투여하기 위해 제형화된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드에 콘쥬게이션된 추가의 화학적 모이어티는 세포에 올리고뉴클레오티드를 표적화할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 선택적 치환 페닐,
Figure pct00180
Figure pct00181
로부터 선택되며, 여기서, n'는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이고, 각각의 다른 변수는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, Rs는 F이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 OMe이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 OH이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 NHAc이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 NHCOCF3이다. 일부 실시 형태에서, R'는 H이다. 일부 실시 형태에서, R은 H이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 NHAc이며, R5s는 OH이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 p-아니소일이며, R5s는 OH이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 NHAc이며, R5s는 p-아니소일이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 OH이며, R5s는 p-아니소일이다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00182
,
Figure pct00183
Figure pct00184
로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, n'는 1이다. 일부 실시 형태에서, n'는 0이다. 일부 실시 형태에서, n"는 1이다. 일부 실시 형태에서, n"는 2이다.
일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 탈시알로당단백질 수용체(ASGPR) 리간드이거나 이를 포함한다.
임의의 특정 이론에 구애되고자 함이 없이, 본 발명은 ASGPR1이 또한 마우스의 해마 영역 및/또는 소뇌 Purkinje 세포층에서 발현되는 것으로 보고되었음을 주지하고 있다. http://mouse.brain-map.org/experiment/show/2048
다양한 다른 ASGPR 리간드가 당업계에 공지되어 있고 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, ASGPR 리간드는 탄수화물이다. 일부 실시 형태에서, ASGPR 리간드는 GalNac 또는 이의 유도체 또는 유사체이다. 일부 실시 형태에서, ASGPR 리간드는 문헌[Sanhueza et al. J. Am. Chem. Soc., 2017, 139 (9), pp 3528-3536]에 기술된 것이다. 일부 실시 형태에서, ASGPR 리간드는 문헌[Mamidyala et al. J. Am. Chem. Soc., 2012, 134, pp 1978-1981]에 기술된 것이다. 일부 실시 형태에서, ASGPR 리간드는 US 20160207953에 기술된 것이다. 일부 실시 형태에서, ASGPR 리간드는 예를 들어 US 20160207953에 개시된 치환된-6,8-디옥사비시클로[3.2.1]옥탄-2,3-디올 유도체이다. 일부 실시 형태에서, ASGPR 리간드는 예를 들어 US 20150329555에 기술된 것이다. 일부 실시 형태에서, ASGPR 리간드는 예를 들어 US 20150329555에 개시된 치환된-6,8-디옥사비시클로[3.2.1]옥탄-2,3-디올 유도체이다. 일부 실시 형태에서, ASGPR 리간드는 US 8877917, US 20160376585, US 10086081 또는 US 8106022에 기술된 것이다. 이들 문헌에 기술된 ASGPR 리간드는 본원에 참고로 포함된다. 당업자는 ASGPR에 대한 화학적 모이어티의 결합을 평가하기 위해 이들 문헌에 기술된 것을 포함하여 다양한 기술이 당업계에 공지되어 있고 본 발명에 따라 이용될 수 있음을 이해할 것이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 ASGPR 리간드에 콘쥬게이션된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 ASGPR 리간드를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00185
Figure pct00186
인 ASGPR 리간드를 포함하며, 여기서, 각각의 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R'는 -C(O)R이다.
일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00187
이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00188
이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00189
이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00190
이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 선택적 치환
Figure pct00191
이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00192
이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00193
이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00194
이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는
Figure pct00195
이거나 이를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 예를 들어 표적 세포에 결합할 수 있는 하나 이상의 모이어티를 포함한다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 하나 이상의 단백질 리간드 모이어티를 포함하고, 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 다중 모이어티(이들 각각은 독립적으로 ASGPR 리간드임)를 포함한다. 일부 실시 형태에서, Mod 001 및 Mod083에서와 같이, 추가의 화학적 모이어티는 3개의 이러한 리간드를 포함한다.
Mod001:
Figure pct00196
Mod083:
Figure pct00197
일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 본원에, 예를 들어 표 1에 기술된 Mod 기이다.
일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 다음의 것이거나 이를 포함한다:
Mod012(비제한적인 예로서, L001과 같은 링커의 -NH-에 연결되는 -C(O)- 포함):
Figure pct00198
;
Mod039(비제한적인 예로서, L001 또는 L004와 같은 링커의 -NH-에 연결되는 -C(O)- 포함):
Figure pct00199
;
Mod062(비제한적인 예로서, L008과 같은 링커의 -C(O)-에 연결되는 -NH- 포함):
Figure pct00200
;
Mod085(비제한적인 예로서, L001 또는 L004와 같은 링커의 -NH-에 연결되는 -C(O)- 포함):
Figure pct00201
;
Mod086(비제한적인 예로서, L001 또는 L004의 -NH-에 연결되는 -C(O)- 포함):
Figure pct00202
; 또는
Mod094 (비제한적인 예로서, 포스페이트 또는 포스포로티오에이트를 통하여 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'- 또는 3'-말단에 결합):
Figure pct00203
.
일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 Mod001이다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 Mod083이다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티, 예를 들어 Mod 기는 올리고뉴클레오티드의 나머지에 직접적으로 콘쥬게이션된다(예를 들어, 링커 없이). 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 링커를 통해 올리고뉴클레오티드의 나머지에 콘쥬게이션된다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티, 예를 들어 Mod 기는 직접적으로 및/또는 링커를 통해 올리고뉴클레오티드의 핵염기, 당 및/또는 뉴클레오티드간 연결에 연결될 수 있다. 일부 실시 형태에서, Mod 기는 직접적으로 또는 링커를 통해 당에 연결된다. 일부 실시 형태에서, Mod 기는 직접적으로 또는 링커를 통해 5'-말단 당에 연결된다. 일부 실시 형태에서, Mod 기는 직접적으로 또는 링커를 통해 5' 탄소를 통해 5' 말단 당에 연결된다. 예를 들어, 표 1의 다양한 올리고뉴클레오티드를 참조한다. 일부 실시 형태에서, Mod 기는 직접적으로 또는 링커를 통해 3'-말단 당에 연결된다. 일부 실시 형태에서, Mod 기는 직접적으로 또는 링커를 통해 3' 탄소를 통해 3' 말단 당에 연결된다. 일부 실시 형태에서, Mod 기는 직접적으로 또는 링커를 통해 핵염기에 연결된다. 일부 실시 형태에서, Mod 기는 직접적으로 또는 링커를 통해 뉴클레오티드간 연결에 연결된다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 핵염기에 연결될 수 있다:
Figure pct00204
. 특정한 추가의 화학적 모이어티(예를 들어, 지질 모이어티, 표적화 모이어티, 탄수화물 모이어티) 및 추가의 화학적 모이어티를 올리고뉴클레오티드 사슬에 연결하기 위한 링커는 WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, 또는 WO 2018/098264에 기술되어 있으며, 이의 각각의 추가의 화학적 모이어티 및 링커는 독립적으로 본원에 참고로 포함되고, 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 디곡시제닌 또는 비오틴 또는 이의 유도체이다.
일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티는 WO 2012/030683에 기술된 것이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 WO 2012/030683에 기술된 화학 구조(예를 들어, 링커, 지질, 가용화 기, 및/또는 표적 리간드)를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 다음에 기술된 추가의 화학적 모이어티 및/또는 변형(예를 들어, 핵염기, 당, 뉴클레오티드간 연결 등의 것)을 포함한다: 미국 특허 제5,688,941호; 제6,294,664호; 제6,320,017호; 제6,576,752호; 제5,258,506호; 제5,591,584호; 제4,958,013호; 제5,082,830호; 제5,118,802호; 제5,138,045호; 제6,783,931호; 제5,254,469호; 제5,414,077호; 제5,486,603호; 제5,112,963호; 제5,599,928호; 제6,900,297호; 제5,214,136호; 제5,109,124호; 제5,512,439호; 제4,667,025호; 제5,525,465호; 제5,514,785호; 제5,565,552호; 제5,541,313호; 제5,545,730호; 제4,835,263호; 제4,876,335호; 제5,578,717호; 제5,580,731호; 제5,451,463호; 제5,510,475호; 제4,904,582호; 제5,082,830호; 제4,762,779호; 제4,789,737호; 제4,824,941호; 제4,828,979호; 제5,595,726호; 제5,214,136호; 제5,245,022호; 제5,317,098호; 제5,371,241호; 제5,391,723호; 제4,948,882호; 제5,218,105호; 제5,112,963호; 제5,567,810호; 제5,574,142호; 제5,578,718호; 제5,608,046호; 제4,587,044호; 제4,605,735호; 제5,585,481호; 제5,292,873호; 제5,552,538호; 제5,512,667호; 제5,597,696호; 제5,599,923호; 제7,037,646호; 제5,587,371호; 제5,416,203호; 제5,262,536호; 제5,272,250호; 또는 제8,106,022호.
일부 실시 형태에서, 추가의 화학적 모이어티, 예를 들어 Mod는 링커를 통해 연결된다. 다양한 링커가 당업계에서 이용가능하고 본 발명에 따라 이용될 수 있다(예를 들어 다양한 모이어티와 단백질(예를 들어, 항체-약물 콘쥬게이트를 형성하기 위해 항체), 핵산 등의 콘쥬게이션에 이용되는 것). 특정한 유용한 링커는 US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/223056, 또는 WO 2018/237194에 기술되어 있으며, 이의 각각의 링커 모이어티는 독립적으로 본원에 참고로 포함된다. 일부 실시 형태에서, 링커는 비제한적인 예로서 L001, L004, L009 또는 L010이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 링커를 포함하지만, 링커 이외의 추가의 화학적 모이어티는 포함하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 링커를 포함하지만, 링커 이외의 추가의 화학적 모이어티는 포함하지 않으며, 여기서, 링커는 L001, L004, L009, 또는 L010이다.
L003 :
Figure pct00205
링커. 일부 실시 형태에서, 이것은 Mod가 존재하는 경우 그의 아미노 기를 통해 Mod에 연결되며(Mod가 없는 경우 -H), 예를 들어 연결(예를 들어, 포스페이트 연결(O 또는 PO) 또는 포스포로티오에이트 연결(키랄 제어되지 않을 수 있거나 키랄 제어될 수 있음(Sp 또는 Rp)))을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-말단 또는 3'-말단에 연결된다.
L009: -CH2CH2CH2-. 일부 실시 형태에서, Mod가 없는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단에 L009가 존재하는 경우, L009의 하나의 말단은 -OH에 연결되고 다른 하나의 말단은 예를 들어 연결(예를 들어, 포스페이트 연결(O 또는 PO) 또는 포스포로티오에이트 연결(키랄 제어되지 않을 수 있거나 키랄 제어될 수 있음(Sp 또는 Rp)))을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-탄소에 연결된다.
L010:
Figure pct00206
. 일부 실시 형태에서, Mod가 없는 올리고뉴클레오티드의 5'-말단에 L010이 존재하는 경우, L010의 5'-탄소는 -OH에 연결되고 3'-탄소는 예를 들어 연결(예를 들어, 포스페이트 연결(O 또는 PO) 또는 포스포로티오에이트 연결(키랄 제어되지 않을 수 있거나 키랄 제어될 수 있음(Sp 또는 Rp)))을 통해 올리고뉴클레오티드 사슬의 5'-탄소에 연결된다.
추가의 화학적 모이어티를 포함하는 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함한다: WV-10483, WV-10484, WV-10485, WV-10486, WV-10631, WV-10632, WV-10633, WV-10640, WV-10641, WV-10642, WV-10643, WV-10644, WV-11569, WV-11570, WV-11571, 및 WV-20213.
올리고뉴클레오티드 다량체
일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드의 다량체를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 단량체 중 적어도 하나는 제공된 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 단량체 중 적어도 하나는 HTT 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 다량체는 동일 올리고뉴클레오티드들의 다량체이다. 일부 실시 형태에서, 다량체는 구조적으로 상이한 올리고뉴클레오티드들의 다량체이다. 일부 실시 형태에서, 다량체는 염기 서열이 동일하지 않은 올리고뉴클레오티드들의 다량체이다. 일부 실시 형태에서, 다량체의 각각의 올리고뉴클레오티드는 자체 경로, 예를 들어 RNA 간섭(RNAi), RNase H 의존성 등을 통해 독립적으로 기능을 수행한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 올리고머 또는 중합체 형태로 존재하며, 여기서, 하나 이상의 올리고뉴클레오티드 모이어티들은 올리고뉴클레오티드 모이어티의 핵염기, 당 및/또는 뉴클레오티드간 연결을 통해 링커에 의해 함께 연결된다.
일부 실시 형태에서, 다량체는 2개의 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다량체는 3개의 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다량체는 4개의 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다량체는 5개의 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다량체는 2개의 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다량체는 3개의 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다량체는 4개의 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다량체는 5개의 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 다량체는 WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, 또는 WO 2018/098264에 기술된 다량체 구조를 가지며, 이의 각각의 다량체는 독립적으로 본원에 참고로 포함된다.
올리고뉴클레오티드 및 조성물의 생성
올리고뉴클레오티드 및 조성물의 생성을 위해 다양한 방법이 이용될 수 있고 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 예를 들어, 전통적인 포스포르아미다이트 화학을 이용하여 스테레오랜덤 올리고뉴클레오티드 및 조성물을 제조할 수 있고, 특정 시약 및 키랄 제어 기술을 이용하여 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물을 제조할 수 있으며, 이는 예를 들어 US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/223056, 또는 WO 2018/237194에 기술된 바와 같고, 이의 각각의 시약 및 방법은 본원에 참고로 포함된다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물의 키랄 제어/입체선택적 제조는, 예를 들어, 단량체 포스포르아미다이트의 일부로서 키랄 보조자의 이용을 포함한다. 이러한 키랄 보조 시약 및 포스포르아미다이트의 예는 US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/223056, 또는 WO 2018/237194에 기술되어 있으며, 이의 각각의 키랄 보조 시약 및 포스포르아미다이트는 독립적으로 본원에 참고로 포함된다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조자는
Figure pct00207
(DPSE 키랄 보조자)이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조자는
Figure pct00208
이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조자는
Figure pct00209
또는
Figure pct00210
이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 보조자는
Figure pct00211
(PSM 키랄 보조자)이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 합성 사이클, 시약 및 조건을 포함하는 키랄 제어된 제조 기술은 US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, 또는 WO 2018/098264에 기술되어 있으며, 이의 각각의 올리고뉴클레오티드 합성 방법, 사이클, 시약 및 조건은 독립적으로 본원에 참고로 포함된다. 일부 실시 형태에서, DPSE 키랄 보조자를 사용한 유용한 올리고뉴클레오티드 합성 사이클이 하기에 도시되어 있으며, 여기서, 각각의 BA1, BA2 및 BA3은 독립적으로 BA이고, RLP는 -L-R1이고, 각각의 다른 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다.
Figure pct00212
일단 합성되면, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 전형적으로 추가로 정제된다. 적합한 정제 기술은 당업자에게 널리 알려져 있고 당업자에 의해 실시되며, 이는 US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/223056, 또는 WO 2018/237194에 기술된 것을 포함하지만 이에 한정되지 않는데, 이의 각각의 정제 기술은 독립적으로 본원에 참고로 포함된다.
일부 실시 형태에서, 사이클은 커플링, 캡핑, 변형 및 탈차단을 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 실시 형태에서, 사이클은 커플링, 캡핑, 변형, 캡핑 및 탈차단을 포함하거나 이로 이루어진다. 이러한 단계는 전형적으로, 나열된 순서대로 수행되지만, 일부 실시 형태에서는 당업자에 의해 이해되는 바와 같이 특정 단계, 예를 들어 캡핑 및 변형의 순서가 변경될 수 있다. 원하는 경우, 당업자가 합성에서 종종 수행하는 바와 같이 전환율, 수율 및/또는 순도를 개선하기 위해 하나 이상의 단계가 반복될 수 있다. 예를 들어, 일부 실시 형에서 커플링이 반복될 수 있으며; 일부 실시 형태에서, 변형(예를 들어, =O를 인스톨(install)하기 위한 산화, =S를 인스톨하기 위한 황화 등)이 반복될 수 있으며; 일부 실시 형태에서, 커플링은 P(III) 연결을 특정 상황 하에서 더 안정할 수 있는 P(V) 연결로 전환할 수 있는 변형 후에 반복되며, 커플링은 통상적으로 새로 형성된 P(III) 연결을 P(V) 연결로 전환하기 위한 변형이 뒤따른다. 일부 실시 형태에서, 단계들이 반복되는 경우 상이한 조건들(예를 들어, 농도, 온도, 시약, 시간 등)이 사용될 수 있다.
예를 들어, 다양한 경로를 통해 대상체에 투여하기 위한, 제공된 올리고뉴클레오티드를 제형화하고/하거나 제약 조성물을 제조하기 위한 기술은 당업계에서 용이하게 이용가능하고 본 발명에 따라 이용될 수 있다(예를 들어, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/223056, 또는 WO 2018/237194 및 그 안에 인용된 참고 문헌에 기술된 것).
생물학적 응용
당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 올리고뉴클레오티드는 다중 목적에 유용하다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술(예를 들어, 올리고뉴클레오티드, 조성물, 방법 등)은 다양한 전사체(예를 들어, RNA) 및/또는 이에 의해 코딩되는 생성물(예를 들어, 단백질)의 수준 및/또는 활성을 감소시키는 데 유용하다. 일부 실시 형태에서, 제공된 기술은 RNA, 예를 들어 HTT RNA 전사체의 수준 및/또는 활성을 감소시킨다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 부재, 기준 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 존재, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 기준 조건과 비교하여 전사체, 예를 들어 HTT 전사체의 개선된 넉다운을 제공한다. 다양한 올리고뉴클레오티드의 사용 및 제조를 위한 특정한 예시적인 응용 및/또는 방법은 US 9394333, US 9744183, US 9605019, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/223056, 또는 WO 2018/237194에 기술되어 있다.
예를 들어, 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 HTT 유전자 생성물의 발현, 활성 및/또는 수준의 감소를 매개할 수 있는 HTT 올리고뉴클레오티드이다. HTT 올리고뉴클레오티드에 의해 매개되는 개선은 HTT-관련 장애 또는 이의 증상의 치료 및/또는 예방을 포함하지만 이에 한정되지 않는 임의의 원하는 생물학적 기능의 개선일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물, 예를 들어 올리고뉴클레오티드 및/또는 이의 조성물은 표적 유전자의 활성 및/또는 기능을 조절할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 표적 유전자는 하나 이상의 유전자 생성물(예를 들어, RNA 및/또는 단백질 생성물)의 발현 및/또는 활성을 변경시키고자 하는 것과 관련된 유전자이다. 많은 실시 형태에서, 표적 유전자는 억제되도록 의도된다. 따라서, 본원에 기술된 바와 같은 올리고뉴클레오티드가 특정 표적 유전자에 작용하는 경우, 올리고뉴클레오티드가 부재할 때와 비교하여 본 올리고뉴클레오티드가 존재할 때 그 유전자의 하나 이상의 유전자 생성물의 존재 및/또는 활성이 변경된다. 일부 실시 형태에서, 표적 유전자는 HTT이다.
일부 실시 형태에서, 표적 서열은 올리고뉴클레오티드가 혼성화되는 유전자 또는 이의 전사체의 서열이다. 일부 실시 형태에서, 표적 서열은 올리고뉴클레오티드, 또는 그 안의 연속 잔기의 서열에 대하여 완전히 상보성이거나 실질적으로 상보성이다(예를 들어, 올리고뉴클레오티드는 표적 서열의 정확한 상보체인 표적 결합 서열을 포함한다). 일부 실시 형태에서, 적은 수의 차이/미스 매치가 올리고뉴클레오티드(그의 관련 부분)와 그의 표적 서열 사이에 허용된다. 많은 실시 형태에서, 표적 서열은 표적 유전자 내에 존재한다. 많은 실시 형태에서, 표적 서열은 표적 유전자로부터 생성된 전사체(예를 들어, mRNA 및/또는 프리-mRNA) 내에 존재한다. 일부 실시 형태에서, 표적 서열은 HTT 올리고뉴클레오티드가 혼성화되는 HTT 유전자 또는 이의 전사체의 서열인 HTT 표적 서열이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 병태, 장애 또는 질환과 관련된 전사체 및/또는 이에 의해 코딩되는 생성물의 수준 및/또는 활성을 감소시킴으로써 다양한 병태, 장애 또는 질환을 치료하는 데 유용하다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물을 병태, 장애 또는 질환에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 대상체에게 투여하는 단계를 포함하는 병태, 장애 또는 질환의 예방 또는 치료 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 조성물 중의 제공된 올리고뉴클레오티드(들)는 전사체의 일부이거나 이에 상보성인 염기 서열의 것이며, 상기 전사체는 병태, 장애 또는 질환과 관련된다. 일부 실시 형태에서, 염기 서열은 병태, 장애 또는 질환과 관련되지 않은 다른 전사체에 비해 병태, 장애 또는 질환과 관련된 전사체, 예를 들어 HTT 전사체에 이것이 선택적으로 결합하도록 하는 것이다. 일부 실시 형태에서, 병태, 장애 또는 질환은 HTT와 관련된다.
일부 실시 형태에서, 공통 염기 서열(이 염기 서열은 표적 전사체의 표적 서열에 상보성임)을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물을 투여함으로써 질환을 치료하는 방법에 있어서, 본 발명은 본 발명에 기술된 바와 같은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물을 올리고뉴클레오티드 조성물로서 투여하는 것을 포함하는 개선을 제공하며, 이는 상기 조성물을 넉다운 시스템에서 표적 전사체와 접촉시키는 경우, 상기 전사체의 넉다운이 이 조성물의 부재, 기준 조성물의 존재, 및 이들의 조합으로 이루어진 군으로부터 선택되는 기준 조건 하에 관찰되는 넉다운에 비해 개선되는 것을 특징으로 한다. 일부 실시 형태에서, 기준 조성물은 동일 서열 또는 구성의 올리고뉴클레오티드들의 라세미 제제이다. 일부 실시 형태에서, 표적 전사체는 HTT 전사체이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 전사체에 결합할 수 있고, 전사체(예를 들어, HTT RNA)의 넉다운을 개선시킬 수 있다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 적합한 조건 하에서 비견되는 올리고뉴클레오티드보다 더 큰 효율로 넉다운, 예를 들어 HTT 넉다운을 개선시킨다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드, 또는 이의 조성물은, 시험관 내에서 세포에서 1 nm 이하의 올리고뉴클레오티드, 예를 HTT 올리고뉴클레오티드 농도에서 표적 유전자, 예를 들어 HTT, 또는 이의 유전자 생성물의 발현 또는 수준의 감소를 매개할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드, 또는 이의 조성물은, 시험관 내에서 세포에서 5 nm 이하의 올리고뉴클레오티드, 예를 HTT 올리고뉴클레오티드 농도에서 표적 유전자, 예를 들어 HTT, 또는 이의 유전자 생성물의 발현 또는 수준의 감소를 매개할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드, 또는 이의 조성물은, 시험관 내에서 세포에서 10 nm 이하의 올리고뉴클레오티드, 예를 HTT 올리고뉴클레오티드 농도에서 표적 유전자, 예를 들어 HTT, 또는 이의 유전자 생성물의 발현 또는 수준의 감소를 매개할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 올리고뉴클레오티드 조성물의 활성은 적합한 조건에서, 예를 들어, 세포-기반 시험관 내 분석에서 표적 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 발현 또는 수준을 50% 감소시키는 억제 농도인 Ic50에 의해 평가될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 0.001, 0.01, 0.1, 0.5, 1, 2, 5, 10, 50, 100, 200, 500 또는 1000 nM 이하의 IC50을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 시험관 내에서 세포(들)에서 IC50이 약 10 nM 이하이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 시험관 내에서 세포(들)에서 IC50이 약 5 nM 이하이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 시험관 내에서 세포(들)에서 IC50이 약 2 nM 이하이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 시험관 내에서 세포(들)에서 IC50이 약 1 nM 이하이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 시험관 내에서 세포(들)에서 IC50이 약 0.5 nM 이하이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 시험관 내에서 세포(들)에서 IC50이 약 0.1 nM 이하이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 시험관 내에서 세포(들)에서 IC50이 약 0.01 nM 이하이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 시험관 내에서 세포(들)에서 IC50이 약 0.001 nM 이하이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드의 입체화학 패턴은 본원에 기술된 입체화학 패턴 또는 이의 임의의 일부를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술된 입체화학 패턴을 포함하고 RNase H-매개 넉다운을 유도할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술된 입체화학 패턴을 포함하고 RNase H-매개 HTT 넉다운을 유도할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술된 변형 또는 변형 패턴을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술된 변형 패턴을 포함하고 RNase H-매개 HTT 넉다운을 유도할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 변형 또는 변형 패턴은 당 변형, 예를 들어 당의 2' 위치에서의 변형(예를 들어, 2'-F, 2'-OMe, 2'-MOE 등)의 변형 또는 변형 패턴이다.
관련 SNP의 표적화에 의한 헌팅턴병 -관련 대립유전자의 표적화
특히, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 높은 특이성을 제공할 수 있다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, HTT를 표적화하는 올리고뉴클레오티드는 대립유전자 특이적 넉다운을 매개할 수 있으며, 여기서, HTT의 돌연변이체, HD-관련 대립유전자(또는 이의 유전자 생성물)는 관련되지 않거나 덜 관련된 대립유전자, 예를 들어, 야생형 대립유전자보다 더 큰 정도로 넉다운된다. 일부 실시 형태에서, HD-관련 대립유전자는 연장된 CAG 반복부를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 대립유전자 특이적 넉다운은 질환-관련 HTT 대립유전자의 CAG 영역을 표적화하지 않고 오히려 상기 유전 물질 상의 또 다른 유전자좌를 표적화하는 HTT 올리고뉴클레오티드로 달성된다. 본원에서 입증된 바와 같이, 돌연변이가 있는 전사체, 예를 들어 mRNA를 표적화하지만 돌연변이 부위를 직접적으로 표적화하는 것은 아닌핵산 요법이 설계될 수 있다. 대신, 핵산 요법은 돌연변이(예를 들어, HTT에서의 연장된 CAG)와 동일한 전사체, 예를 들어 mRNA 상에 있는 단일 염기 다형성(SNP)과 같은 또 다른 유전자좌를 표적화할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 유전자의 하나의 돌연변이된 카피가 질환을 유발하기에 충분한 상염색체 우성 질환, 예컨대 헌팅턴병(HD)의 치료를 위해, 질환-유발 대립유전자에 상응하는 전사체, 예를 들어 mRNA를 선택적으로 표적화는 것이 바람직하다. 일부 실시 형태에서, 이러한 목적을 달성하기 위한 전략은 SNP, 예를 들어 HTT SNP를 표적화할 수 있는 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드를 사용하는 것을 포함하며, 여기서, SNP의 하나의 변이체가 높은 빈도로 질환-유발 돌연변이와 관련된다.
일부 실시 형태에서, SNP는 게놈의 특정 위치에서 발생하는 단일 뉴클레오티드의 변이이며, 여기서, 각각의 변이는 집단 내에서 어느 정도 인식할 수 있는 정도로 존재한다(예를 들어, >1%). 일부 실시 형태에서, 본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "단일 뉴클레오티드 다형성" 및 "SNP"는 동일한 종의 개체의 게놈 간의 단일 뉴클레오티드 변이를 지칭한다. 예를 들어, 인간 게놈의 특정 염기 위치에서, 염기 C는 대부분의 개체에서 나타날 수 있지만, 주목할 만한 소수의 개체에서는 염기 A가 이 위치를 차지한다. 이 특정 염기 위치에 SNP가 있으며, 상기 두 가능한 뉴클레오티드 변이(C 또는 A)는 이 염기 위치에 있어서 대립유전자(또는 변이 또는 이소형)라고 한다. 일부 실시 형태에서, 단지 2개의 상이한 대립유전자가 존재한다. 일부 실시 형태에서, SNP는 3개의 상이한 염기 변이가 집단 내에서 공존할 수 있는 삼대립유전자이다. 문헌[Hodgkinson et al. 2009 Genetics 1. doi:10.4172/2157-7145.1000107]. 일부 실시 형태에서, SNP는 단일 뉴클레오티드 결실 또는 삽입일 수 있다. 일반적으로 SNP는 게놈에서 비교적 자주 발생하며 유전적 다양성에 기여할 수 있다. 일부 실시 형태에서, SNP의 위치의 측면에는 고도로 보존된 서열이 있다. 일부 실시 형태에서, 개체는 각각의 SNP 부위에서 대립유전자에 대해 동형접합성 또는 이형접합성일 수 있다. 이형접합성 SNP 대립유전자는 분화 다형성일 수 있다. SNP는 올리고뉴클레오티드에 의해, 선택적으로 본원에서 입증된 바와 같은 선택성으로 표적화될 수 있다.
확인되었고 이름이 붙은 SNP의 대규모 컬렉션은 공개적으로 입수가능하다(예를 들어, The SNP Consortium, 미국 국립 생명공학 정보 센터, Cold Spring Harbor Laboratory)(문헌[Sachidanandam et al. 2001 Nature 409: 928-933]; 문헌[The 1000 Genomes Project Consortium 2010 Nature 467: 1061-73] 및 문헌[Corrigendum; Kay et al. 2015 Mol. Ther. 23: 1759-1771]).
HTT 유전자의 많은 SNP(예를 들어, HTT SNP)는 보고된 바에 따르면 질환 염색체와 관련이 있으며 해로운 HD-관련 CAG 연장과 강한 연관 관계가 있다. CAG 연장과 밀접하게 관련된 많은 SNP는 독립적으로 분리되지 않고 서로 연관 불균형 상태로 있다. 특히, 본 발명은 특정 HTT SNP와 CAG 연장된 염색체 사이의 강한 연관성이 예를 들어 안티센스 요법을 통해 헌팅턴병의 치료를 위한 매력적인 치료 기회를 제공한다는 것을 인식한다. 더욱이, HD 환자에서 높은 비율의 이형접합성과 조합된 특정 SNP의 연관성은 돌연변이 유전자 생성물의 대립유전자-특이적 넉다운에 적합한 표적을 제공한다.
일부 실시 형태에서, HTT SNP의 하나의 변이체는 유해한 CAG 연장과 더 일반적으로 연관될 수 있다(예를 들어, 상기 연장과 동일한 염색체 상에, 또는 이와 동위상에 있을 수 있음). 일부 실시 형태에서, SNP의 변이체는 또한 SNP의 이소형으로 표기된다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 유해한 CAG 연장과 동위상에 있는(예를 들어, 동일 대립유전자 상에 또는 동일 염색체 상에 있는) SNP의 변이체를 표적화하고, HTT 올리고뉴클레오티드는 대립유전자-특이적 저해(또는 억제)를 매개할 수 있으며, 여기서, 돌연변이 HTT 대립유전자의 수준, 발현 및/또는 활성(CAG 발현 포함)은 야생형 HTT 대립유전자(이는 CAG 연장을 포함하지 않음)의 수준, 발현 및/또는 활성에 비해 우선적으로 감소된다.
일부 실시 형태에서, 특정 SNP의 특정 변이체를 표적화하고 돌연변이 HTT의 대립유전자-특이적 넉다운을 매개할 수 있는 HTT 올리고뉴클레오티드로 대상체를 치료하기 전에, 대상체의 유전자 분석을 수행하여 표적화된 SNP의 어느 변이체가 유해한 CAG 연장과 동일한 염색체 상에 있는지를 결정한다. 일부 실시 형태에서, 특정 SNP 이소형이 CAG 연장과 동일한 염색체 상에 존재하는지를(예를 들어, 동일한 대립유전자 상에 또는 이와 동위상에 있는지를) 결정하기 위한 광범위한 카테고리의 방법은 위상결정으로 표기된다. 다양한 위상결정 방법이 본원 및 이후 섹션에서 설명된다.
한 쌍의 상염색체 염색체 상의 주어진 유전자좌에서, 이배체 유기체(예를 들어, 인간)는 어머니로부터 유전자의 하나의 대립유전자가, 아버지로부터 유전자의 또 다른 대립유전자가 유전된다. 이형접합성 유전자좌에서 두 부모는 상이한 대립유전자들을 제공한다(예를 들어, 하나의 A 및 하나의 a). 추가의 프로세싱 없이는 어느 부모가 어떤 대립유전자에 기여했는지 알 수 없다. 특정 부모에게 귀속되지 않는 이러한 유전자형 데이터는 위상 비결정 유전자형 데이터로 지칭된다. 전형적으로, 유전자형 결정 칩으로부터 얻어진 초기 유전자형 판독값은 종종 위상 비결정 형태로 있다.
많은 서열결정 절차는 개체가 특정 위치에서 서열 가변성을 가짐을 나타낼 수 있다. 예를 들어, 한 위치(예를 들어, SNP)에서 개체는 유전자의 하나의 카피에 C를 갖고 다른 하나에 G를 가질 수 있다. 별개의 위치(예를 들어, 상이한 SNP)의 경우 개체는 하나의 카피에 A를 갖고 다른 하나에 U를 가질 수 있다. 많은 서열결정 기술은 핵산 주형의 단편화를 포함하기 때문에, 사용된 서열결정 기술에 따라 예를 들어 C와 A 또는 C와 U가 동일한 염색체 상에 있는지를 결정하는 것이 불가능할 수 있다. 위상결정 정보는 상이한 염색체들 상에서의 상이한 대립유전자들의 배열에 대한 정보를 제공한다.
Laver 등이 언급한 바와 같이 위상결정은 약물 유전학, 이식 HLA 타입 결정 및 질환 관련 매핑에서도 중요하다. 문헌[Laver et al. 2016 Nature Scientific Reports 6:21746 DOI: 10.1038/srep21746]. 대립유전자 변이체의 위상결정은 게놈의 임상적 해석, 집단 유전 분석 및 대립유전자 활성의 기능적 게놈 분석에 중요하다. 희귀 변이체 및 드노보(de novo) 변이체의 위상결정은, 예를 들어 복합 이형접합체를 동일 대립유전자 상의 두 변이체와 구별함으로써 임상 유전학 응용에서 추정 인과 변이체를 식별하는 데 중요하다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP의 위치를 포함하는 HTT 전사체, 예를 들어 mRNA의 일부를 표적화한다. 많은 HTT SNP가 당업계에 알려져 있다.
헌팅턴병의 치료 방법의 일부 실시 형태에서, 환자는 HTT 유전자의 하나의 대립유전자에서의 연장된 CAG 반복부를 특징으로 하는 헌팅턴병을 앓고 있고, 환자에게 치료적 유효량의 HTT 올리고뉴클레오티드가 투여되며, 여기서, HTT는 HTT SNP(예를 들어, SNP의 위치를 포함하는 HTT mRNA의 일부)를 표적화하고, SNP는 연장된 CAG 반복부와 동일한 염색체 상에(예를 들어, 동일한 위상에) 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 병태, 장애 또는 질환과 관련된 SNP 대립유전자에 대하여 상보성인 서열을 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 하기 SNP 중 임의의 것으로부터 선택되는 HTT 부위를 표적화한다: rs362267, rs362268, rs362272, rs362273, rs362275, rs362302, rs362303, rs362304, rs362305, rs362306, rs362307, rs362308, rs362331, rs362336, rs363075, rs363088, rs363125, rs1065746, rs1557210, rs2024115, rs2298969, rs2530595, rs3025805, rs3025806, rs4690072, rs4690074, rs6844859, rs7685686, rs17781557, 및 rs35892913.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 하기 SNP 중 임의의 것으로부터 선택되는 HTT 부위를 표적화한다: rs362267, rs362268, rs362272, rs362273, rs362275, rs362302, rs362303, rs362304, rs362305, rs362306, rs362307, rs362308, rs362331, rs362336, rs363075, rs363088, rs363125, rs1065746, rs1557210, rs2024115, rs2298969, rs3025805, rs3025806, rs4690072, rs4690074, rs6844859, rs7685686, rs113407847, rs17781557, 및 rs35892913.
일부 실시 형태에서, 표적화된 SNP는 rs362268, rs362306, rs362307, rs362331, rs2530595, 또는 rs7685686이다. 일부 실시 형태에서, 표적화된 SNP는 rs362307, rs7685686, rs362268 또는 rs362306이다. 일부 실시 형태에서, 표적화된 SNP는 rs362307이다. 일부 실시 형태에서, 표적화된 SNP는 rs7685686이다. 일부 실시 형태에서, 표적화된 SNP는 rs7685686이 아니다. 일부 실시 형태에서, 표적화된 SNP는 rs362268이다.
일부 실시 형태에서, 표적화된 HTT SNP는 다음의 것이다: rs362268, rs362272, rs362273, rs362306, rs362307, rs362331, rs363099, rs2530595, rs2830088, rs7685686, 또는 rs113407847, 또는 본원에 개시된 임의의 HTT SNP.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 하기 SNP 중 임의의 것으로부터 선택되는 HTT 부위를 표적화한다(여기서, SNP의 하나의 변이체는 SNP 번호 다음에 표시됨): rs10015979_G, rs1006798_A, rs10488840_G, rs108850_C, rs11731237_T, rs1263309_T, rs16843804_C, rs2024115_A, rs2285086_A, rs2298967_T, rs2298969_A, rs2798235_G, rs2798296_G, rs2857936_C, rs3095074_G, rs3121417_G, rs3121419_C, rs3129322_T, rs34315806_C, rs362271_G, rs362272_G, rs362273_A, rs362275_C, rs362296_C, rs362303_C, rs362306_G, rs362307_T rs362310_C, rs362331_T, rs363064_C, rs363072_A, rs363080_C, rs363088_A, rs363092_C, rs363096_T, rs363099_C, rs363125_C, rs3775061_A, rs3856973_G, rs4690072_T, rs4690073_G, rs6446723_T, rs6844859_T, rs762855_A, rs7659144_C, rs7685686_A, rs7691627_G, rs7694687_C, rs916171_C, 및 rs9993542_C. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 rs10015979_G, rs1006798_A, rs10488840_G, rs108850_C, rs11731237_T, rs1263309_T, rs16843804_C, rs2024115_A, rs2285086_A, rs2298967_T, rs2298969_A, rs2798235_G, rs2798296_G, rs2857936_C, rs3095074_G, rs3121417_G, rs3121419_C, rs3129322_T, rs34315806_C, rs362271_G, rs362272_G, rs362273_A, rs362275_C, rs362296_C, rs362303_C, rs362306_G, rs362307_T rs362310_C, rs362331_T, rs363064_C, rs363072_A, rs363080_C, rs363088_A, rs363092_C, rs363096_T, rs363099_C, rs363125_C, rs3775061_A, rs3856973_G, rs4690072_T, rs4690073_G, rs6446723_T, rs6844859_T, rs762855_A, rs7659144_C, rs7685686_A, rs7691627_G, rs7694687_C, rs916171_C, 또는 rs9993542_C에 대하여 상보성인 염기 서열을 포함한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 하기 SNP 중 임의의 것으로부터 선택되는 HTT 부위를 표적화한다(여기서, SNP의 하나의 변이체는 SNP 번호 다음에 표시됨): rs16843804_C, rs2276881_G, rs2285086_A rs2298967_T, rs2298969_A, rs2530595_C, rs2530595_T, rs3025838_C, rs3025849_A, rs3121419_C, rs34315806_C, rs362271_G, rs362273_A, rs362303_C, rs362306_G, rs362310_C, rs362322_A, rs362331_T, rs363064_C, rs363075_G, rs363081_G, rs363088_A, rs363099_C, rs3856973_G, rs4690072_T, rs6844859_T, 및 rs7685686_A.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 하기 SNP 중 임의의 것으로부터 선택되는 HTT 부위를 표적화한다(여기서, SNP의 하나의 변이체는 SNP 번호 다음에 표시됨): rs16843804_C, rs2276881_G, rs2285086_A rs2298967_T, rs2298969_A, rs3025838_C, rs3025849_A, rs3121419_C, rs34315806_C, rs362271_G, rs362273_A, rs362303_C, rs362306_G, rs362310_C, rs362322_A, rs362331_T, rs363064_C, rs363075_G, rs363081_G, rs363088_A, rs363099_C, rs3856973_G, rs4690072_T, rs6844859_T, 및 rs7685686_A.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 하기 SNP 중 임의의 것으로부터 선택되는 HTT 부위를 표적화한다(여기서, SNP의 하나의 변이체는 SNP 번호 다음에 표시됨): rs10015979_G, rs11731237_T, rs2024115_A, rs2285086_A, rs2298969_A, rs362272_G, rs362331_T, rs363092_C, rs363096_T, rs3856973_G, rs4690072_T, rs4690073_G, rs6446723_T, rs6844859_T, rs7685686_A, rs7691627_G, 및 rs916171_C.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 하기 SNP 중 임의의 것으로부터 선택되는 HTT 부위를 표적화한다: rs362307, rs362331, rs1936032, rs363075, rs35892913, rs1143646, rs3025837, rs362273, rs2276881, rs362272, rs363099, rs3025843, rs34315806, rs363125, rs363096, rs113407847, 및 rs2857790. 일부 실시 형태에서, HTT SNP는 질환-관련 대립유전자(더 일반적으로 CAG 연장과 동위상에 있는 변이체) 및 질환-비관련 대립유전자(예를 들어, 더 일반적으로 CAG 연장과 동위상이 아닌 변이체)를 갖는다.
Figure pct00213
일부 실시 형태에서, 표적 Huntingtin SNP 부위는 다음으로부터 선택된다:
Figure pct00214
SNP 중 적어도 하나는 특히 돌연변이 HTT에 대한 선택성을 가지고서 HTT 또는 이의 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성을 감소시키기 위해 올리고뉴클레오티드로 표적화하는 것이 어려운 것으로 보고된 바 있다. 특히, 본 발명은 HTT 또는 이의 생성물의, 많은 경우에, 선택적으로 돌연변이 HTT 또는 이의 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성을 감소시키기 위해 그러한 어려운 SNP(및 기타)를 표적화하기 위한 기술, 예를 들어 올리고뉴클레오티드, 조성물, 방법 등을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 표적화된 HTT SNP는 rs362268이다.
일부 실시 형태에서, SNP rs362268을 포함하는 muHTT 전사체, 예를 들어 mRNA는 UGC AGG CUG G C U GUU GGC CC의 서열(5'-3')(여기서 SNP는 볼드체, 밑줄 문자로 표시됨)을 포함하고, 야생형 대립유전자의 상응하는 부분은 서열 UGC AGG CUG G G U GUU GGC CC를 갖고, SNP를 표적화하는 HTT 올리고뉴클레오티드는 GGGCCAACA G CCAGCCTGCA의 서열을 포함하는 염기 서열(여기서, SNP와 염기쌍을 형성할 수 있는 염기는 볼드체, 밑줄 문자로 표시됨) 또는 적어도 8개의 염기의 길이이고 SNP와 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함하는 상기 서열의 스팬을 갖는다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs362268을 표적화하고, SNP를 포함하는 염기 서열(또는 SNP를 포함하는 염기 서열의 상보체)을 갖거나 SNP에 상응하는 야생형 염기를 포함하는 염기 서열(또는 이의 상보체)을 갖는다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs362268을 표적화하고 다음의 것이다: WV-949, WV-960, WV-961, WV-962, WV-963, WV-964, WV-965, WV-1031, WV-1032, WV-1033, WV-1034, WV-1035, WV-1036, WV-1037, WV-1038, WV-1039, WV-1040, WV-1041, WV-1042, WV-1043, WV-1044, WV-1045, WV-1046, WV-1047, WV-1048, WV-1049, WV-1050, WV-1051, WV-1052, WV-1053, WV-1054, WV-1055, WV-1056, WV-1057, WV-1058, WV-1059, 또는 WV-1060. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 이는 SNP를 포함한다. 이 SNP에 대한 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드와 관련된 서열, 데이터 및 기타 정보는 본원 및 WO2017015555 및 WO2017/192664에 제시되어 있다.
rs362268을 표적화하는 HTT 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함한다: WV-1031, WV-1032, WV-1033, WV-1034, WV-1035, WV-1036, WV-1037, WV-1038, WV-1039, WV-1040, WV-1041, WV-1042, WV-1043, WV-1044, WV-1045, WV-1046, WV-1047, WV-1048, WV-1049, WV-1050, WV-1051, WV-1052, WV-1053, WV-1054, WV-1055, WV-1056, WV-1057, WV-1058, WV-1059, WV-1060, WV-960, WV-961, WV-962, WV-963, WV-964, 및 WV-965. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 이는 SNP를 포함한다.
이 SNP의 야생형 이소형을 포함하는 mRNA 단편의 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드는 WV-958이고; 이 SNP의 돌연변이 이소형을 포함하는 mRNA 단편의 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드는 WV-959이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 GGGCCAACAGCCAGCCTGCA이거나, 이를 포함하거나, 이의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하며, 여기서, 각각의 U는 독립적으로 T로 대체될 수 있고/있거나 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 GGGCCAACACCCAGCCTGCA이거나, 이를 포함하거나, 이의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하며, 여기서, 각각의 U는 독립적으로 T로 대체될 수 있고/있거나 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 표적화된 HTT SNP는 rs362272이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs362272를 표적화하고, SNP를 포함하는 염기 서열(또는 SNP를 포함하는 염기 서열의 상보체)을 갖거나 SNP에 상응하는 야생형 염기를 포함하는 염기 서열(또는 이의 상보체)을 갖는다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs362272를 표적화하고 다음의 것이다: WV-10989, WV-10990, WV-10991, WV-10992, WV-10993, WV-10994, WV-10995, WV-10996, WV-10997, WV-10998, WV-10999, WV-11000, WV-11001, WV-11002, WV-11003, WV-11004, WV-11005, WV-11006, WV-11007, WV-11008, WV-11009, WV-11010, WV-11011, WV-11012, WV-11013, WV-11014, WV-11015, WV-11016, WV-11017, WV-11018, WV-11019, WV-11020, WV-11021, WV-11022, WV-11023, WV-11024, WV-11025, WV-11026, WV-11027, WV-11028, WV-11029, WV-11030, WV-11031, WV-11032, WV-11033, WV-11034, WV-11035, WV-11036, WV-11037, WV-11038, WV-13411, WV-13412, WV-13413, WV-13414, WV-13415, WV-13416, WV-13417, WV-13418, WV-13419, WV-13420, WV-13421, WV-13422, WV-13423, WV-13424, WV-13425, WV-13426, WV-13427, WV-13428, WV-13429, WV-13430, WV-13431, WV-13432, WV-13433, WV-13434, WV-13435, WV-13436, WV-13437, 또는 WV-13438. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 이는 SNP를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 표적화된 HTT SNP는 rs362273이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs362273을 표적화하고, SNP를 포함하는 염기 서열(또는 SNP를 포함하는 염기 서열의 상보체)을 갖거나 SNP에 상응하는 야생형 염기를 포함하는 염기 서열(또는 이의 상보체)을 갖는다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs362273을 표적화하고 다음의 것이다: WV-10939, WV-10940, WV-10941, WV-10942, WV-10943, WV-10944, WV-10945, WV-10946, WV-10947, WV-10948, WV-10949, WV-10950, WV-10951, WV-10952, WV-10953, WV-10954, WV-10955, WV-10956, WV-10957, WV-10958, WV-10959, WV-10960, WV-10961, WV-10962, WV-10963, WV-10964, WV-10965, WV-10966, WV-10967, WV-10968, WV-10969, WV-10970, WV-10971, WV-10972, WV-10973, WV-10974, WV-10975, WV-10976, WV-10977, WV-10978, WV-10979, WV-10980, WV-10981, WV-10982, WV-10983, WV-10984, WV-10985, WV-10986, WV-10987, WV-10988, WV-12258, WV-12259, WV-12260, WV-12261, WV-12262, WV-12263, WV-12264, WV-12265, WV-12266, WV-12267, WV-12268, WV-12269, WV-12270, WV-12271, WV-12272, WV-12273, WV-12274, WV-12275, WV-12276, WV-12277, WV-12278, WV-12279, WV-12280, WV-12281, WV-12282, WV-12283, WV-12284, WV-12285, WV-12286, WV-12287, WV-12425, WV-12426, WV-12427, WV-12428, WV-12429, WV-12430, WV-12431, WV-12432, WV-12433, WV-12434, WV-12435, WV-12436, WV-12437, WV-12438, WV-14059, WV-14060, WV-14061, WV-14062, WV-14063, WV-14064, WV-14065, WV-14066, WV-14067, WV-14068, WV-14069, WV-14070, WV-14071, WV-14072, WV-14073, WV-14074, WV-14075, WV-14076, WV-14077, WV-14078, WV-14079, WV-14080, WV-14081, WV-14082, WV-14083, WV-14084, WV-14085, WV-14086, WV-14092, WV-14093, WV-14094, WV-14095, WV-14096, WV-14097, WV-14098, WV-14099, WV-14100, WV-14101, WV-14712, WV-14713, WV-14759, WV-14914, WV-14915, WV-15077, WV-15078, WV-15079, WV-15080, WV-16214, WV-16215, WV-16216, WV-16217, WV-16218, WV-17776, WV-17777, WV-17778, WV-17779, WV-17780, WV-17781, WV-17782, WV-17783, WV-17784, WV-17785, WV-17786, WV-17787, WV-17788, WV-17789, WV-17790, WV-17791, WV-17792, WV-17793, WV-17794, WV-17795, WV-17796, WV-17797, WV-17798, WV-17799, WV-17800, WV-19819, WV-19820, WV-19821, WV-19822, WV-19823, WV-19824, WV-19825, WV-19826, WV-19827, WV-19828, WV-19829, WV-19830, WV-19831, WV-19832, WV-19833, WV-19834, WV-19835, WV-19836, WV-19837, WV-19838, WV-19839, WV-19840, WV-19841, WV-19842, WV-19843, WV-19844, WV-19845, WV-19846, WV-19847, WV-19848, WV-19849, WV-19850, WV-19851, WV-19852, WV-19853, WV-19854, 또는 WV-19855. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 이는 SNP를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 표적화된 HTT SNP는 rs362306이다.
일부 실시 형태에서, SNP rs362306을 포함하는 muHTT 전사체, 예를 들어 mRNA는 UUG CCA GGU U G C AGC UGC UC의 서열(5'-3')(여기서 SNP는 볼드체, 밑줄 문자로 표시됨)을 포함하고, 야생형 대립유전자의 상응하는 부분은 서열 UUG CCA GGU UAC AGC UGC UC를 갖고, SNP를 표적화하는 HTT 올리고뉴클레오티드는 GAGCAGCTG C AACCTGGCAA의 서열을 포함하는 염기 서열(여기서, SNP와 염기쌍을 형성할 수 있는 염기는 볼드체, 밑줄 문자로 표시됨) 또는 적어도 8개의 염기의 길이이고 SNP와 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함하는 상기 서열의 스팬을 갖는다.
일부 실시 형태에서, 예를 들어, 이 SNP의 돌연변이(mu) 대립유전자를 표적화하는 HTT 올리고뉴클레오티드는 WV-951, 또는 이 HTT 올리고뉴클레오티드의 염기 서열의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 SNP를 포함하는 임의의 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 예를 들어, 이 SNP의 wt(야생형) 대립유전자를 표적화하는 HTT 올리고뉴클레오티드는 WV-950, 또는 이 HTT 올리고뉴클레오티드의 염기 서열의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 SNP를 포함하는 임의의 올리고뉴클레오티드이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs362306을 표적화하고, SNP를 포함하는 염기 서열(또는 SNP를 포함하는 염기 서열의 상보체)을 갖거나 SNP에 상응하는 야생형 염기를 포함하는 염기 서열(또는 이의 상보체)을 갖는다.
rs362306을 표적화하는 HTT 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함한다: WV-1001, WV-1002, WV-1003, WV-1004, WV-1005, WV-1006, WV-1007, WV-1008, WV-1009, WV-1010, WV-1011, WV-1012, WV-1013, WV-1014, WV-1015, WV-1016, WV-1017, WV-1018, WV-1019, WV-1020, WV-1021, WV-1022, WV-1023, WV-1024, WV-1025, WV-1026, WV-1027, WV-1028, WV-1029, WV-1030, WV-952, WV-953, WV-954, WV-955, WV-956, 및 WV-957. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 이는 SNP를 포함한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs362306을 표적화하고, SNP를 포함하는 염기 서열(또는 SNP를 포함하는 염기 서열의 상보체)을 갖거나 SNP(또는 이의 상보체)에 상응하는 야생형 염기를 포함하는 염기 서열을 갖는다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs362306을 표적화하고 다음의 것이다: WV-948, WV-950, WV-951, WV-952, WV-953, WV-954, WV-955, WV-956, WV-957, WV-1001, WV-1002, WV-1003, WV-1004, WV-1005, WV-1006, WV-1007, WV-1008, WV-1009, WV-1010, WV-1011, WV-1012, WV-1013, WV-1014, WV-1015, WV-1016, WV-1017, WV-1018, WV-1019, WV-1020, WV-1021, WV-1022, WV-1023, WV-1024, WV-1025, WV-1026, WV-1027, WV-1028, WV-1029, 또는 WV-1030. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 이는 SNP를 포함한다.
이 SNP에 대한 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드와 관련된 서열, 데이터 및 기타 정보는 본원 및 WO2017015555 및 WO2017192664에 제시되어 있다.
일부 실시 형태에서, 표적화된 HTT SNP는 rs362307이다.
일부 실시 형태에서, SNP rs362307을 포함하는 muHTT 전사체, 예를 들어 mRNA는 UGG AAG UCU G U G CCC UUG UG의 서열(5'-3')(여기서 SNP는 볼드체, 밑줄 문자로 표시되며, 이 위치의 야생형 염기는 C임)을 포함하고, 야생형 대립유전자의 상응하는 부분은 서열 UGG AAG UCU G C G CCC UUG UG를 갖고, SNP를 표적화하는 HTT 올리고뉴클레오티드는 CACAAGGGC A CAGACTTCCA의 서열을 포함하는 염기 서열(여기서, SNP와 염기쌍을 형성할 수 있는 염기는 볼드체, 밑줄 문자로 표시됨) 또는 적어도 8개의 염기의 길이이고 SNP와 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함하는 상기 서열의 스팬을 갖는다. Huntingtin mRNA 뉴클레오티드 9,633에 있는 SNP rs362307의 U 이소형은 종종 연장된 CAG 질환 대립유전자와 관련된다(예를 들어, 이와 동위상에 있음).
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs362307을 표적화하고, SNP를 포함하는 염기 서열(또는 SNP를 포함하는 염기 서열의 상보체)을 갖거나 SNP에 상응하는 야생형 염기를 포함하는 염기 서열(또는 이의 상보체)을 갖는다.
rs362307을 표적화하는 HTT 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함한다: WV-904, WV-905, WV-906, WV-907, WV-908, WV-909, WV-910, WV-911, WV-912, WV-913, WV-914, WV-915, WV-916, WV-917, WV-918, WV-919, WV-920, WV-921, WV-922, WV-923, WV-924, WV-925, WV-926, WV-927, WV-928, WV-929, WV-930, WV-931, WV-932, WV-933, WV-934, WV-935, WV-936, WV-937, WV-938, WV-939, WV-940, WV-941, WV-1085, WV-1086, WV-1087, WV-1088, WV-1089, WV-1090, WV-1091, WV-1092, WV-982, WV-983, WV-984, WV-985, WV-986, WV-987, WV-1234, WV-1235, WV-1067, WV-1068, WV-1069, WV-1070, WV-1071, WV-1072, WV-1510, WV-1511, WV-1497, 및 WV-1655. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 이는 SNP를 포함한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs362307을 표적화하고 다음의 것이다: WV-905, WV-906, WV-907, WV-908, WV-909, WV-911, WV-912, WV-913, WV-914, WV-915, WV-921, WV-935, WV-937, WV-938, WV-939, WV-940, WV-941, WV-985, WV-986, WV-987, WV-1068, WV-1069, WV-1071, WV-1072, WV-1088, WV-1089, WV-1090, WV-1198, WV-1199, WV-1200, WV-1201, WV-1202, WV-1203, WV-1204, WV-1205, WV-1206, WV-1207, WV-1208, WV-1209, WV-1210, WV-1211, WV-1212, WV-1213, WV-1214, WV-1215, WV-1216, WV-1235, WV-1654, WV-1655, WV-2623, WV-13646, WV-13647, WV-13648, WV-13649, WV-13650, WV-13651, WV-13652, WV-13653, WV-13654, WV-13655, WV-13656, WV-13657, WV-13658, WV-13659, WV-13660, WV-13661, WV-13662, WV-13663, WV-13664, WV-13665, WV-13666, WV-13935, WV-13936, WV-13940, WV-13941, WV-13942, WV-13943, WV-13944, WV-13945, WV-13946, WV-13947, WV-13948, WV-13949, WV-13957, WV-13958, WV-13961, WV-13962, WV-15634, WV-15635, WV-15636, WV-15637, WV-17895, WV-17896, WV-17897, WV-17898, WV-904, WV-905, WV-906, WV-907, WV-908, WV-909, WV-910, WV-911, WV-912, WV-913, WV-914, WV-915, WV-916, WV-917, WV-918, WV-919, WV-920, WV-921, WV-922, WV-923, WV-924, WV-925, WV-926, WV-927, WV-928, WV-929, WV-930, WV-931, WV-932, WV-933, WV-934, WV-935, WV-936, WV-937, WV-938, WV-939, WV-940, WV-941, WV-982, WV-983, WV-984, WV-985, WV-1067, WV-1068, WV-1069, WV-1070, WV-1071, WV-1072, WV-1085, WV-1086, WV-1087, WV-1088, WV-1089, WV-1090, WV-1091, WV-1092, WV-1183, WV-1184, WV-1185, WV-1186, WV-1187, WV-1188, WV-1189, WV-1190, WV-1191, WV-1192, WV-1193, WV-1194, WV-1195, WV-1196, WV-1197, WV-1198, WV-1199, WV-1200, WV-1201, WV-1202, WV-1203, WV-1204, WV-1234, WV-1235, WV-1497, WV-1510, WV-1511, WV-1654, WV-1655, WV-1788, WV-2022, WV-2377, WV-2378, WV-2379, WV-2380, WV-2623, WV-2659, WV-2676, WV-2682, WV-2683, WV-2684, WV-2685, WV-2686, WV-2687, WV-2688, WV-2689, WV-2690, WV-2691, WV-2692, WV-2732, WV-4241, WV-4242, WV-4278, WV-5141, WV-5142, WV-5143, WV-5144, WV-5145, WV-5146, WV-5147, WV-5148, WV-5149, WV-5150, WV-5151, WV-5152, WV-5159, WV-5160, WV-5161, WV-5162, WV-5163, WV-5164, WV-5165, WV-5166, WV-5167, WV-5168, WV-5169, WV-5170, WV-5177, WV-5178, WV-5179, WV-5180, WV-5181, WV-5182, WV-5183, WV-5184, WV-5185, WV-5186, WV-5187, WV-5188, WV-5189, WV-5190, WV-5197, WV-5198, WV-5199, WV-5200, WV-5201, WV-5202, WV-5203, WV-5204, WV-5205, WV-5206, WV-5207, WV-5208, WV-5209, WV-5210, WV-6013, WV-6014, WV-6506, WV-8706, WV-8707, WV-8708, WV-8709, WV-9854, WV-9855, WV-10113, WV-10114, WV-10115, WV-10116, WV-10117, WV-10118, WV-10119, WV-10120, WV-10121, WV-10122, WV-10123, WV-10124, WV-10125, WV-10126, WV-10133, WV-10134, WV-10135, WV-10136, WV-10137, WV-10138, WV-10139, WV-10140, WV-10141, WV-10142, WV-10143, WV-10144, WV-10145, WV-10146, WV-10483, WV-10484, WV-10485, WV-10486, WV-10640, WV-10641, WV-13646, WV-13647, WV-13648, WV-13649, WV-13650, WV-13651, WV-13652, WV-13653, WV-13654, WV-13655, WV-13656, WV-13657, WV-13658, WV-13659, WV-13660, WV-13661, WV-13662, WV-13663, WV-13664, WV-13665, WV-13666, WV-13935, WV-13936, WV-13937, WV-13938, WV-13939, WV-13940, WV-13941, WV-13942, WV-13943, WV-13944, WV-13945, WV-13946, WV-13947, WV-13948, WV-13949, WV-13953, WV-13954, WV-13957, WV-13958, WV-13961, WV-13962, WV-14133, WV-14134, WV-14135, WV-14136, WV-15634, WV-15635, WV-15636, WV-15637, WV-15642, WV-15643, WV-15644, WV-15645, WV-17895, WV-17896, WV-17897, WV-17898, WV-17899, WV-17900, WV-17901, WV-17902, WV-17903, WV-17904, WV-17905, WV-17906, WV-17907, WV-17908, WV-17909, WV-17910, WV-17911, WV-17912, WV-17913, WV-17914, WV-17915, WV-17916, WV-17917, WV-17918, WV-19872, WV-19873, WV-19874, WV-19875, WV-19876, WV-19877, WV-19878, WV-19879, WV-19880, WV-19881, WV-19882, 또는 WV-19883. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 이는 SNP를 포함한다. 이 SNP에 대한 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드와 관련된 서열, 데이터 및 기타 정보는 본원 및 WO2017015555 및 WO2017192664에 제시되어 있다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362307에 상응하는 위치에 야생형 염기를 포함하는 서열을 갖는다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함한다: WV-9660, WV-9661, WV-9662, WV-9663, WV-9664, WV-9665, WV-9666, WV-9667, WV-9668, WV-9669, WV-9692, WV-9693, WV-10767, WV-10768, WV-10769, WV-10770, WV-10771, WV-10772, WV-10773, WV-10774, WV-10775, WV-10776, WV-10862, WV-10863, WV-11534, WV-11535, WV-11536, WV-11537, WV-11538, WV-11539, WV-11540, WV-11541, WV-11542, WV-11543, WV-11968, WV-11969, WV-11970, WV-11971, WV-11972, WV-11973, WV-11974, WV-11975, WV-11976, WV-11977, WV-11978, WV-11979, WV-11980, WV-11981, WV-11982, WV-11983, WV-11984, WV-11985, WV-11986, WV-11987, WV-11988, WV-11989, WV-11990, WV-11991, WV-11992, WV-11993, WV-11994, WV-11995, WV-11996, WV-11997, WV-11998, WV-11999, WV-12000, WV-12001, WV-12002, WV-12003, WV-12004, WV-12005, WV-12006, WV-12007, WV-12013, WV-12014, WV-12015, WV-12016, WV-12017, WV-12018, WV-12019, WV-12020, WV-12021, WV-12022, WV-12033, WV-12034, WV-12035, WV-12036, WV-12037, WV-12038, WV-12039, WV-12040, WV-12041, WV-12042, WV-12288, WV-12289, WV-12290, WV-12291, WV-12292, WV-12293, WV-12294, WV-12295, WV-12296, WV-12297, WV-12298, WV-12299, WV-12300, WV-12301, WV-12302, WV-12544, WV-13625, WV-13626, WV-13627, WV-13628, WV-13629, WV-13630, WV-13631, WV-13632, WV-13633, WV-13634, WV-13635, WV-13636, WV-13637, WV-13638, WV-13639, WV-13640, WV-13641, WV-13642, WV-13643, WV-13644, WV-13645, WV-13667, WV-13920, WV-13921, WV-13922, WV-13923, WV-13924, WV-13925, WV-13926, WV-13927, WV-13928, WV-13929, WV-13930, WV-13932, WV-13933, WV-13934, WV-13950, WV-13951, WV-13952, WV-13955, WV-13956, WV-13959, WV-13960, WV-15630, WV-15631, WV-15632, WV-15633, WV-15638, WV-15639, WV-15640, WV-15641, WV-17886, WV-17887, WV-17888, WV-17889, WV-17890, WV-17891, WV-17892, WV-17893, WV-17894, WV-11970, WV-11971, WV-11972, WV-11973, WV-11974, WV-11975, 및 WV-11976. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 이는 SNP를 포함한다.
일부 실시 형태에서, SNP의 wt 이소형을 포함하는 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 그 SNP에서 두 대립유전자 모두가 야생형인 세포 및/또는 동물에서의 테스트에 유용하다. 일부 실시 형태에서, SNP의 wt 이소형을 포함하는 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP의 돌연변이 이소형을 포함하는 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 대용물로서 이러한 야생형 세포 및/또는 동물에서 사용될 수 있다. 돌연변이 HTT 올리고뉴클레오티드의 wt 대용물의 비제한적인 예는 다음을 포함한다: WV-9660, WV-9661, WV-9662, WV-9663, WV-9664, WV-9665, WV-9666, WV-9667, WV-9668, WV-9669, WV-9692, 및 WV-9693.
일부 실시 형태에서, 표적화된 HTT SNP는 rs362331이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs362331을 표적화하고, SNP를 포함하는 염기 서열(또는 SNP를 포함하는 염기 서열의 상보체)을 갖거나 SNP에 상응하는 야생형 염기를 포함하는 염기 서열(또는 이의 상보체)을 갖는다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs362331을 표적화하고 다음의 것이다: WV-2597, WV-2598, WV-2599, WV-2600, WV-2601, WV-2602, WV-2603, WV-2604, WV-2613, WV-2614, WV-2615, WV-2616, WV-2617, WV-2618, WV-2619, WV-2620, WV-2642, WV-2643, WV-3857, WV-4279, WV-5211, WV-5212, WV-5213, WV-5214, WV-5215, WV-5216, WV-5217, WV-5218, WV-5219, WV-5220, WV-5221, WV-5222, WV-5223, WV-5224, WV-5225, WV-5226, WV-5227, WV-5228, WV-5229, WV-5230, WV-5231, WV-5232, WV-5233, WV-5234, WV-5235, WV-5236, WV-5237, WV-5238, WV-5239, WV-5240, WV-5241, WV-5242, WV-5243, WV-5244, WV-5245, WV-5246, WV-5247, WV-5248, WV-5249, WV-5250, WV-5251, WV-5252, WV-5253, WV-5254, WV-5255, WV-5256, WV-5257, WV-5258, WV-5259, WV-5260, WV-5261, WV-5262, WV-5263, WV-5264, WV-5265, WV-5266, WV-5267, WV-5268, WV-5269, WV-5270, WV-5271, WV-5272, WV-5273, WV-5274, WV-5275, WV-5276, WV-5277, WV-5278, WV-5279, WV-5280, WV-5281, WV-5282, WV-5283, WV-5284, WV-5285, WV-5286, WV-8710, WV-8711, WV-8712, WV-8713, WV-9856, WV-9857, WV-10631, WV-10632, WV-10633, WV-10642, WV-10643, WV-10644, WV-10864, WV-10865, WV-10866, WV-10867, WV-11115, WV-11116, WV-11117, WV-11118, WV-11119, WV-11120, WV-11121, WV-11122, WV-11123, WV-11124, WV-11125, WV-11126, WV-11127, WV-11128, WV-11129, WV-11130, WV-11131, WV-11132, WV-11548, WV-11549, WV-11550, WV-11551, WV-11552, WV-11553, WV-11554, WV-11555, WV-11556, WV-11557, WV-11558, WV-11559, WV-11560, WV-11561, WV-11562, WV-11563, WV-11564, WV-11565, WV-11566, WV-11567, WV-12049, WV-12539, WV-12540, WV-12541, WV-12542, WV-12543, WV-15133, WV-15134, WV-15135, WV-15136, WV-15137, WV-15138, WV-15139, WV-15140, WV-15141, 또는 WV-15142. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 이는 SNP를 포함한다. 이 SNP에 대한 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드와 관련된 서열, 데이터 및 기타 정보는 본원 및 WO2017015555 및 WO2017192664에 제시되어 있다.
일부 실시 형태에서, 표적화된 HTT SNP는 rs363099이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs363099를 표적화하고, SNP를 포함하는 염기 서열(또는 SNP를 포함하는 염기 서열의 상보체)을 갖거나 SNP에 상응하는 야생형 염기를 포함하는 염기 서열(또는 이의 상보체)을 갖는다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs363099를 표적화하고 다음의 것이다: WV-10889, WV-10890, WV-10891, WV-10892, WV-10893, WV-10894, WV-10895, WV-10896, WV-10897, WV-10898, WV-10899, WV-10900, WV-10901, WV-10902, WV-10903, WV-10904, WV-10905, WV-10906, WV-10907, WV-10908, WV-10909, WV-10910, WV-10911, WV-10912, WV-10913, WV-10914, WV-10915, WV-10916, WV-10917, WV-10918, WV-10919, WV-10920, WV-10921, WV-10922, WV-10923, WV-10924, WV-10925, WV-10926, WV-10927, WV-10928, WV-10929, WV-10930, WV-10931, WV-10932, WV-10933, WV-10934, WV-10935, WV-10936, WV-10937, WV-10938, WV-12509, WV-12510, WV-12511, WV-12512, WV-12513, WV-12514, WV-12515, WV-12516, WV-12517, WV-12518, WV-12519, WV-12520, WV-12521, WV-12522, WV-12523, WV-12524, WV-12525, WV-12526, WV-12527, WV-12528, WV-12529, WV-12530, WV-12531, WV-12532, WV-12533, WV-12534, WV-12535, WV-12536, WV-12537, 또는 WV-12538. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 이는 SNP를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 표적화된 HTT SNP는 rs2530595이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs2530595를 표적화하고, SNP를 포함하는 염기 서열(또는 SNP를 포함하는 염기 서열의 상보체)을 갖거나 SNP에 상응하는 야생형 염기를 포함하는 염기 서열(또는 이의 상보체)을 갖는다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs2530595를 표적화하고 다음의 것이다: WV-2589, WV-2590, WV-2591, WV-2592, WV-2593, WV-2594, WV-2595, WV-2596, WV-2605, WV-2606, WV-2607, WV-2608, WV-2609, WV-2610, WV-2611, WV-2612, WV-2671, WV-2672, WV-2673, 또는 WV-2674. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 이는 SNP를 포함한다. 이 SNP에 대한 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드와 관련된 서열, 데이터 및 기타 정보는 본원 및 WO2017015555 및 WO2017192664에 제시되어 있다.
일부 실시 형태에서, 표적화된 HTT SNP는 rs2830088이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs2830088을 표적화하고, SNP를 포함하는 염기 서열(또는 SNP를 포함하는 염기 서열의 상보체)을 갖거나 SNP에 상응하는 야생형 염기를 포함하는 염기 서열(또는 이의 상보체)을 갖는다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs2830088을 표적화하고 다음의 것이다: WV-15157, WV-15158, WV-15159, WV-15160, WV-15161, WV-15175, WV-15176, WV-15177, WV-15178, WV-15179, WV-15193, WV-15194, WV-15195, WV-15196, WV-15197, WV-15211, WV-15212, WV-15213, WV-15214, 또는 WV-15215. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 이는 SNP를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 표적화된 HTT SNP는 rs7685686이다.
rs7685686을 표적화하는 HTT 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함한다: ONT-450, ONT-451, ONT-452, WV-1077, WV-1078, WV-1079, WV-1080, WV-1081, WV-1082, WV-1083, WV-1084, WV-1508, WV-1509, WV-2023, WV-2024, WV-2025, WV-2026, WV-2027, WV-2028, WV-2029, WV-2030, WV-2031, WV-2032, WV-2033, WV-2034, WV-2035, WV-2036, WV-2037, WV-2038, WV-2039, WV-2040, WV-2041, WV-2042, WV-2043, WV-2044, WV-2045, WV-2046, WV-2047, WV-2048, WV-2049, WV-2050, WV-2051, WV-2052, WV-2053, WV-2054, WV-2055, WV-2056, WV-2057, WV-2058, WV-2059, WV-2060, WV-2061, WV-2062, WV-2063, WV-2064, WV-2065, WV-2066, WV-2067, WV-2068, WV-2069, WV-2070, WV-2071, WV-2072, WV-2073, WV-2074, WV-2075, WV-2076, WV-2077, WV-2078, WV-2079, WV-2080, WV-2081, WV-2082, WV-2083, WV-2084, WV-2085, WV-2086, WV-2087, WV-2088, WV-2089, 및 WV-2090. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 이는 SNP를 포함한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs7685686을 표적화하고, SNP를 포함하는 염기 서열(또는 SNP를 포함하는 염기 서열의 상보체)을 갖거나 SNP에 상응하는 야생형 염기를 포함하는 염기 서열(또는 이의 상보체)을 갖는다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT SNP rs7685686을 표적화하고 다음 중 임의의 것으로부터 선택된다: WV-1077, WV-1078, WV-1079, WV-1080, WV-1081, WV-1082, WV-1083, WV-1084, WV-1508, WV-1509, WV-2023, WV-2024, WV-2025, WV-2026, WV-2027, WV-2028, WV-2029, WV-2030, WV-2031, WV-2032, WV-2033, WV-2034, WV-2035, WV-2036, WV-2037, WV-2038, WV-2039, WV-2040, WV-2041, WV-2042, WV-2043, WV-2044, WV-2045, WV-2046, WV-2047, WV-2048, WV-2049, WV-2050, WV-2051, WV-2052, WV-2053, WV-2054, WV-2055, WV-2056, WV-2057, WV-2058, WV-2059, WV-2060, WV-2061, WV-2062, WV-2063, WV-2064, WV-2065, WV-2066, WV-2067, WV-2068, WV-2069, WV-2070, WV-2071, WV-2072, WV-2073, WV-2074, WV-2075, WV-2076, WV-2077, WV-2078, WV-2079, WV-2080, WV-2081, WV-2082, WV-2083, WV-2084, WV-2085, WV-2086, WV-2087, WV-2088, WV-2089, WV-2090, WV-2163, WV-2164, WV-2269, WV-2270, WV-2271, WV-2272, WV-2374, WV-2375, WV-2416, WV-2417, WV-2418, 및 WV-2419. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 이들 올리고뉴클레오티드 중 임의의 것(또는 SNP 위치에 야생형 뉴클레오티드를 포함하는 야생형 등가물) 또는 이의 상보체의 적어도 10개의 연접 염기를 포함하고 SNP를 포함하는 염기 서열을 갖는다. 이 SNP에 대한 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드와 관련된 서열, 데이터 및 기타 정보는 본원 및 WO2017015555 및 WO2017192664에 제시되어 있다.
일부 실시 형태에서, 표적화된 HTT SNP는 인트론성이다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 인트론성인 SNP를 표적화한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 인트론성 HTT SNP를 표적화하고, 이 SNP를 포함하는 염기 서열(또는 이 SNP를 포함하는 염기 서열의 상보체)을 갖거나 SNP에 상응하는 야생형 염기를 포함하는 염기 서열(또는 이의 상보체)을 갖는다.
이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함한다: WV-10783, WV-10784, WV-10785, WV-10786, WV-10787, WV-10788, WV-10789, WV-10790, WV-10791, WV-10792, WV-10793, WV-10794, WV-10795, WV-10796, WV-10797, WV-10798, WV-10799, WV-10800, WV-10801, WV-10802, WV-10803, WV-10804, WV-10805, WV-10806, WV-10807, WV-10808, WV-10809, WV-10810, WV-10811, WV-10812, WV-10813, WV-10814, WV-10815, WV-10816, 및 WV-10817.
일부 실시 형태에서, 전사체, 예를 들어 HTT mRNA에서의 SNP 부위에서의 염기에 대해 염기쌍을 형성하는 염기(SNP 염기; SNP 염기에 대해 염기쌍을 형성하는 염기, SNP-염기쌍 형성 염기)는 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 다양한 위치에 위치할 수 있다. 일부 실시 형태에서, SNP-쌍형성 염기는 올리고뉴클레오티드의 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 19, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30(5' 말단으로부터 카운팅)에 위치한다. 일부 실시 형태에서, 위치 1(5' 말단으로부터 카운팅)은 또한 P1로 표기되고; 위치 2(5' 말단으로부터 카운팅)는 또한 P2로 표기되고, 기타 등등이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 19, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29 또는 30(5' 말단으로부터 카운팅)에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P1(올리고뉴클레오티드의 위치 P1, 여기서, 위치는 5'에서 3'로의 염기의 번호로 카운팅됨)에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P2에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P3에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P4에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P5에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P6에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P7에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P8에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P9에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P10에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P11에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P12에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P13에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P14에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P15에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P16에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P17에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P18에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P19에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P20에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P21에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P22에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P23에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P24에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P25에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P26에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P27에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P28에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P29에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P30에 SNP-쌍형성 염기를 포함한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P3(HTT 올리고뉴클레오티드의 위치 P3, 여기서, 위치는 5'에서 3'로 카운팅되는 염기의 번호로 카운팅됨)에서의 HTT mRNA에서의 SNP에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-2023, 및 WV-2057.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P4에서의 HTT mRNA에서의 SNP에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-2024, WV-2025, WV-2058, 및 WV-2059.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P5에서의 HTT mRNA에서의 SNP에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-2026, WV-2027, WV-2060, 및 WV-2061.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P6에서의 HTT mRNA에서의 SNP에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-2028, WV-2029, WV-2062, 및 WV-2063.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P7에서의 HTT mRNA에서의 SNP에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-2030, WV-2031, WV-2064, 및 WV-2065.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P8에서의 HTT mRNA에서의 SNP에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-2032, WV-2033, WV-2066, 및 WV-2067.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P9에서의 HTT mRNA에서의 SNP에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-2034, WV-2035, WV-2068, 및 WV-2069.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P10에서의 HTT mRNA에서의 SNP에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-2036, WV-2037, WV-2038, WV-2070, WV-2071, 및 WV-2072.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P11에서의 HTT mRNA에서의 SNP에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-2039, WV-2040, WV-2041, WV-2042, WV-2073, WV-2074, WV-2075, 및 WV-2076.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P12에서의 HTT mRNA에서의 SNP에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-2043, WV-2044, WV-2045, WV-2046, WV-2077, WV-2078, WV-2079, 및 WV-2080.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P13에서의 HTT mRNA에서의 SNP에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-2047, WV-2048, WV-2049, WV-2050, WV-2081, WV-2082, WV-2083, 및 WV-2084.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P14에서의 HTT mRNA에서의 SNP에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-2051, WV-2052, WV-2053, WV-2085, 및 WV-2087.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P15에서의 HTT mRNA에서의 SNP에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-2054, WV-2055, WV-2088, 및 WV-2089.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 위치 P16에서의 HTT mRNA에서의 SNP에 대해 염기쌍을 형성할 수 있는 염기를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는다: WV-2056, 및 WV-2090.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 BrdU를 포함한다. 이러한 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함한다: WV-1235, WV-1788, WV-1789, WV-1790, WV-2022, 및 WV-1234.
다양한 HTT SNP를 표적화하는 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드의 효능과 관련된 데이터는 본원의 실시 형태 및 WO2017015555 및 WO2017192664에 예시되어 있다.
WV-905, WV-911, WV-917, WV-931, WV-937, WV-944, WV-945, WV-945, WV-1085, WV-1086, WV-1087, WV-1088, WV-1089, WV-1090, WV-1091, WV-1092, WV-1497, WV-2063, WV-2067, WV-2069, WV-2072, WV-2076, WV-2077, WV-2416, WV-2417, WV-2418, WV-2419, WV-2589, WV-2590, WV-2591, WV-2592, WV-2593, WV-2594, WV-2595, WV-2596, WV-2597, WV-2598, WV-2599, WV-2600, WV-2601, WV-2602, WV-2603, WV-2604, WV-2605, WV-2606, WV-2607, WV-2608, WV-2609, WV-2610, WV-2611, WV-2612, WV-2614, WV-2615, WV-2616, WV-2617, WV-2618, WV-2619, WV-2620, WV-2671, WV-2672, WV-2673, 및 WV-2675를 비롯한 다양한 이러한 올리고뉴클레오티드와 관련된 서열, 데이터 및 기타 정보는 본원 및 예를 들어 WO2017015555 및 WO2017192664에 제공된다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 본원 또는 WO2017015555 또는 WO2017192664에 개시된, 임의의 올리고뉴클레오티드의 서열을 포함하거나, 임의의 올리고뉴클레오티드의 서열의 10개 이상의 연접 염기의 스팬을 포함하는 임의의 올리고뉴클레오티드에 관한 것이며, 여기서, 임의의 하나 이상의 염기는 이노신으로 대체된다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 본원 또는 WO2017015555; WO2017192664; W00201200366; WO2011 / 034072; WO2014 / 010718; WO2015 / 108046; WO2015 / 108047; WO2015 / 108048; WO 2011 / 005761; WO 2011 / 108682; WO 2012 / 039448; WO 2018 / 067973; WO2005 / 028494; WO2005 / 092909; WO2010 / 064146; WO2012 / 073857; WO2013 / 012758; WO2014 / 010250; WO2014 / 012081; WO2015 / 107425; WO2017 / 015555; WO2017 / 015575; WO2017 / 062862; WO2017 / 160741; WO2017 / 192664; WO2017 / 192679; WO2017 / 210647; WO2018 / 022473; 또는 WO2018 / 098264에 개시된, 임의의 올리고뉴클레오티드의 서열을 포함하거나 임의의 올리고뉴클레오티드의 서열의 10개 이상의 연접 염기의 스팬을 포함하는 임의의 올리고뉴클레오티드에 관한 것이며, 여기서, 임의의 하나 이상의 염기는 이노신으로 대체된다.
위상결정
특정 SNP 대립유전자가 질환-관련 서열, 예를 들어, HTT에 있어서의 CAG 반복 연장과 동일한 염색체 상에 있는지를 결정하기 위해 다양한 기술이 사용될 수 있다. 전형적으로, SNP 대립유전자와 CAG 반복 연장이 동일한 염색체 상에 있는 경우, 그 SNP 대립유전자를 표적화하는 HTT 올리고뉴클레오티드는 또한 질환-관련 CAG 반복 연장을 "표적화"함으로써 질환-관련 돌연변이를 갖는 HTT 대립유전자의 발현, 수준 및/또는 활성을 감소시킬 수 있다. 이러한 방식으로, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 헌팅턴병과 같은 HTT-관련 장애의 치료에서 사용될 수 있다. 따라서, SNP를 표적화하는 HTT 올리고뉴클레오티드는 야생형 대립유전자와 비교하여 HTT의 돌연변이 대립유전자의 발현, 수준 및/또는 활성을 우선적으로 감소시킬 수 있다.
인간은 다른 생물 중에서 이배체이며, 동일하거나 상이한 염색체 상에 있는 유전자좌의 대립유전자들의 연관성을 결정하는 것은 위상결정 기술에 바람직하다. 상응하는 염색체 상의 서열은 일배체형(haplotype)으로 공지되어 있다. 어느 염색체 상에 어떤 대립유전자가 있는지를 결정하는 과정은 위상결정, 일배체형 위상결정 또는 일배체형 결정으로 공지되어 있다. 위상결정 정보는 환자 계층화, 법의학 및 헌팅턴병과 같은 HTT-관련 질환 및 장애의 치료에서의 다양한 기타 응용 분야에 유용하다. 위상결정에 대한 추가의 일반 정보는 예를 들어 문헌[Twehey et al. 2011 Nat. Rev. Genet. 12: 215-223] 및 문헌[Glusman et al. 2014 Genome Med. 6:73]을 참조한다.
위상결정 데이터는 헌팅턴병과 같은 질환에 대한 대립유전자 특이적 치료법에서 중요할 수 있다. 일부 질환에서 돌연변이(및 질환-관련) HTT 대립유전자의 연장된 CAG 반복 연장과 같은 유해한 반복, 결실, 삽입, 역위 또는 기타 돌연변이와 같은 유전적 병변이 확인되었다. 일부 환자에서, HTT와 같은 유전자의 하나의 대립유전자는 유전자좌에서 질환-관련 돌연변이를 포함할 수 있는 반면, 다른 하나의 대립유전자는 정상이거나, 야생형이거나, 또는 달리 질환과 관련되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 대립유전자-특이적 요법은 질환-관련 돌연변이를 포함하지만 상응하는 야생형 대립유전자는 포함하지 않는 HTT의 대립유전자를 표적화할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 대립유전자-특이적 요법은 CAG 반복 연장(또는 연장된 CAG 영역(tract))과 같은 특정 유전자좌에서의 질환-관련 돌연변이를 포함하는 HTT 대립유전자를 표적화할 수 있지만, 이는 상기 유전자좌의 직접적 표적화에 의한 것이 아니라 오히려 돌연변이 대립유전자의 다른 유전자좌의 표적화에 의한 것이다. 비제한적 예로서, 대립유전자-특이적 요법은 동일한 유전자에서의 SNP(단일 뉴클레오티드 다형성)와 같은 동일한 대립유전자에서의 상이한 유전자좌의 표적화에 의해 유전자좌에서 질환-관련 돌연변이를 포함하는 대립유전자를 표적화할 수 있다.
비제한적인 예로서, 일부 질환-관련 유전 병변은 표적화하기 어렵거나 또는 달리 표적화에 쉽게 순응하지 않을 수 있다. 비제한적인 예로서, 돌연변이 HTT와 같은 일부 유전자는 반복부(예를 들어, 트리뉴클레오티드 또는 테트라뉴클레오티드 반복부)를 포함하며; 헌팅턴병과 같은 일부 경우, 소수의 반복부는 질환과 관련되지 않지만 비정상적으로 많은 수의 반복부 또는 반복 연장이 질환과 관련된다. 반복부는 야생형 및 돌연변이 대립유전자 둘 다에 존재하기 때문에 질환-관련 반복부를 직접적으로 표적화하는 것이 어려울 수 있다. 그러나 특정 SNP 변이체가 질환-관련 반복 연장과 동일한 대립유전자에 존재하지만 야생형 대립유전자에는 존재하지 않는 경우, 그 SNP 변이체는 돌연변이 대립유전자를 표적화하지만 야생형 대립유전자는 표적화하지 않는 대립유전자-특이적 요법을 표적화하는 데 사용될 수 있다.
비제한적인 예로서, 개체에 대한 위상결정 데이터는 특정 SNP가 병변과 동일한 위상(예를 들어, 동일한 염색체)에 있으며 따라서 그 SNP가 치료적 핵산으로 표적화될 수 있는지를 나타낸다. 그러면 치료제는 야생형 대립유전자를 표적화하지 않으면서 돌연변이 유전자를 표적화할 수 있다. 돌연변이 대립유전자만을 표적화하기 위한 위상결정 데이터의 수득은 야생형 대립유전자의 발현이 필수적인 경우 특히 유용할 수 있다.
또 다른 비제한적 예로서, 개체가 동일한 유전자 상의 2개의 유전자좌 각각의 야생형 및 돌연변이 대립유전자를 모두 갖는다는 것이 알려진 경우 위상결정 정보가 유용하다. 위상결정 정보는 유전자의 두 카피 각각이 하나의 돌연변이 대립유전자를 갖는지 또는 유전자의 하나의 카피에 2개의 돌연변이가 있고 다른 하나는 두 대립유전자 모두에서 야생형인지를 나타낼 것이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 특히 핵산 주형 상의 유전자좌의 위상결정을 위한 다양한 방법을 제시한다. 비제한적인 예로서, 본 발명은 유전자좌, 예컨대 유전 병변(예컨대 역위, 융합, 결실, 삽입 또는 기타 돌연변이) 및 염색체 상의 또 다른 유전자좌(예컨대 SNP)의 위상결정 방법을 제시하며; 상기 두 유전자좌는 동일 유전자에 또는 상이한 유전자에 있을 수 있다.
비제한적인 예에서, 예시적인 환자는 서열 CAG의 과도한 수의 반복부(예를 들어, 반복 연장)를 포함하는 Huntingtin 유전자(HTT)의 돌연변이와 연관된 헌팅턴병을 가질 수 있다. 일부 실시 형태에서, 환자는 (반복 연장 외부에 있는) HTT 유전자에서의 유전자좌의 특정 대립유전자 변이체를 인식하는 대립유전자-특이적 치료제(예를 들어, 안티센스 올리고뉴클레오티드 또는 RNAi 에이전트)를 사용한 치료를 고려할 수 있다. 환자의 동일한 염색체가 대립유전자-특이적 치료제에 의해 인식되는 유전자좌(예를 들어, SNP)의 특정 대립유전자 변이체 및 반복 연장 둘 다를 포함함을 위상결정이 나타낸다면, 환자는 대립유전자-특이적 치료제를 사용하여 치료받을 자격이 있다.
다음에 기술된 것을 포함하지만 이에 한정되지 않는 다양한 위상결정 방법이 당업계에 알려져 있다: WO2018/022473; 및 문헌[Berger et al. 2015 Res. Comp. Mol. Biol. 9029: 28-29]; 문헌[Castel et al. 2015 Genome Biol. 16: 195]; 문헌[Castel et al. 2016 phASER: Long range phasing and haplotypic expression from RNA sequencing, doi: http://dx.doi.org/10.1101/039529]; 문헌[Delaneau et al. 2012 Nat. Methods 9: 179-181]; 문헌[Garg et al. 2016 Read-Based Phasing of Related Individuals]; 문헌[Hickey et al. 2011 Genet. Select. Evol. 43:12]; 문헌[Kuleshov et al. 2014 Nat. Biotech. 32: 261-266]; 문헌[Laver et al. 2016 Nature Scientific Reports | 6:21746 | DOI: 10.1038/srep21746]; 문헌[O'Connell et al. 2014 PLoS ONE 10: e1004234]; 문헌[Regan et al. 2015 PloS ONE 10: e0118270]; 문헌[Roach et al. 2011 Am. J. Hum. Genet. 89: 382-397]; 및 문헌[Yang et al. 2013 Bioinformatics 29: 2245-2252]. 일부 실시 형태에서, 서열결정, 특히 긴 단일 판독을 생성할 수 있는 서열결정이 위상결정에 이용될 수 있다.
범-특이적 HTT 올리고뉴클레오티드
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 유의한 선택성 없이 돌연변이 및 야생형 HTT 대립유전자 둘 모두 또는 이들의 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성을 감소시킨다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP를 포함하는 영역을 표적화하지 않고; 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드는 모든, 본질적으로 모든 또는 거의 모든 인간에게 존재하는 HTT 유전자 또는 mRNA의 서열에 대하여 완전히 상보성이다. 이러한 HTT는 범-특이적 HTT 올리고뉴클레오티드로 간주될 수 있으며, 이것은 HTT의 야생형 대립유전자와 돌연변이 대립유전자를 구별할 수 없지만 돌연변이 HTT 대립유전자의 발현, 수준 및/또는 활성을 충분히 낮추는 데 유용할 수 있다(한편, 적어도 일부의 경우에, 야생형 HTT 대립유전자의 발현, 수준 및/또는 활성을 동시에 낮춤). 일부 실시 형태에서, 범-특이적 HTT 올리고뉴클레오티드는 헌팅턴병 또는 이의 적어도 하나의 증상을 개선하거나, 예방하거나, 이의 발병을 지연시키기에 충분한 돌연변이 HTT 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성의 감소를 매개할 수 있는 한편, 이와 동시에 범-특이적 HTT 올리고뉴클레오티드는 대상체 또는 환자에서 유해한 효과를 야기하기에 충분한 야생형 유전자 또는 유전자 생성물의 발현, 수준 및/또는 활성은 감소시키지 않는다.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드(이들 중 일부는 범-특이적임)에 의해 매개되는 바와 같은 HTT 표적 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 수준, 활성 및/또는 발현 감소의 예가 본원에 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 SNP를 표적화하지 않는다. 일부 실시 형태에서, 염기 서열은 SNP를 포함하지 않는다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 공지된 SNP를 특징으로 하지 않는 염기 서열을 가지며; 일부 실시 형태에서, 이러한 올리고뉴클레오티드는 야생형 및 돌연변이 HTT 둘 다를 넉다운할 수 있고, 일부 실시 형태에서, 이러한 올리고뉴클레오티드는 범-특이적 올리고뉴클레오티드이다.
범-특이적 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 서열 CTCAGTAACATTGACACCAC 또는 이의 스팬(예를 들어, 10개의 연접 염기)이거나 이를 포함하는 염기 서열을 갖고 그의 염기 서열에 SNP를 포함하지 않는 HTT 올리고뉴클레오티드이다. CTCAGTAACATTGACACCAC의 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드의 비제한적인 예는 다음을 포함한다: WV-1789, WV-1790, 및 WV-9679.
CTCAGTAACATTGACACCAC와 동일한 염기 서열을 갖는 당업계에 알려진 또 다른 올리고뉴클레오티드는 ISIS HuASO, 5'-CTCAGtaacattgacACCAC- 3'이며, 이때 대문자 뉴클레오티드는 2'-O-(2-메톡시)에틸 변형을 포함하고 대문자가 아닌 뉴클레오티드는 2'를 포함하며, 이는 문헌[Kordasiewicz et al. 2012 Neuron 74(6): 1031-44]에 기술된 바와 같다. 이 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드는 또한 문헌[Southwell et al. 2018 Science Translational Medicine　 Vol. 10, Issue 461, eaar3959]에 기술되어 있다.
CTCGACTAAAGCAGGATTTC, CCTGCATCAGCTTTATTTGT, 및 TCTCTATTGCACATTCCAAG의 염기 서열을 갖는 범-특이적 HTT 올리고뉴클레오티드는 문헌[Southwell et al. 2014 Mol. Ther. 22: 2093-2106]에 보고되었다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 CTCGACTAAAGCAGGATTTC, CCTGCATCAGCTTTATTTGT, 또는 TCTCTATTGCACATTCCAAG, 또는 이의 스팬(예를 들어, 10개의 연접 염기)이거나 이를 포함하는 염기 서열을 갖고 SNP를 포함하지 않는 범-특이적 HTT 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다. 본원에 기술된 임의의 서열에서, 각각의 T는 독립적으로 U로 치환될 수 있고 그 반대도 가능하다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물에 관한 것이며, 여기서, 올리고뉴클레오티드는 적어도 하나의 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 범-특이적 HTT 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 키랄 제어된 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 Sp 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결은 Rp 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 Sp 키랄 제어 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결, 및 하나 이상의 Rp 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
올리고뉴클레오티드의 대사산물 및 단축 버전
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 더 긴 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 더 긴 HTT 올리고뉴클레오티드의 절단(예를 들어, 뉴클레아제에 의한 효소적 절단)에 의해 생성된 대사산물에 상응한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 본원에 기술된 HTT 올리고뉴클레오티드의 절단에 의해 생성된 대사산물에 상응하는 HTT 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 본원에 개시된 HTT 올리고뉴클레오티드의 일부 또는 단편에 상응하는 HTT 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다.
올리고뉴클레오티드가 뉴클레아제를 포함하는 임의의 다양한 물질의 존재 하에 시험관 내에서 인큐베이션되는 여러 실험을 수행하였다. 다양한 실험에서, 이러한 물질은 스프라그-돌리(Sprague-Dawley) 래트 또는 시노몰구스 원숭이의 뇌 균질액, 뇌척수액 또는 혈장을 포함한다. 혈장을 헤파린 처리하였다. 올리고뉴클레오티드를 다양한 시점(예를 들어, 뇌 조직 균질액의 경우, 0, 1 또는 2일의 사전 인큐베이션 기간과 함께, 0, 1, 2, 3, 4 또는 5일; 뇌척수액의 경우 0, 1, 2, 4, 8, 16, 24 또는 48시간; 또는 혈장의 경우 0, 1, 2, 4, 8, 16 또는 24시간) 동안 인큐베이션하였다. 사전 인큐베이션은 상기 균질액이 올리고뉴클레오티드를 첨가하기 전에 효소를 활성화하기 위해 0, 24 또는 48시간 동안 37℃에서 인큐베이션됨을 나타낸다. 올리고뉴클레오티드의 최종 농도 및 부피는 200 l 중 20 M이었다. 올리고뉴클레오티드의 절단에 의해 생성된 생성물을 LC/MS로 분석하였다.
하나의 올리고뉴클레오티드는 20개 염기의 길이를 가지며, 래트 뇌 균질액에서 테스트하였고, 이는 5' 말단에서 4, 10, 11 또는 10개 염기가 절단된 주요 대사산물을 생성하고 올리고뉴클레오티드의 3' 말단을 나타내는 대사산물을 남겼으며, 이들은 길이가 각각 16, 10, 9, 8 또는 7개의 염기였다. 이 올리고뉴클레오티드는 또한 길이가 12개 염기(3' 말단에서 8개 염기가 절단됨)인 5' 단편인 대사산물을 생성하였다. 두 번째 올리고뉴클레오티드는 20개 염기의 길이를 가지며, 래트 뇌 균질액에서 테스트하였고, 이는 3' 말단에서 4, 8, 9 또는 10개 염기가 절단된 주요 대사산물을 생성하고 올리고뉴클레오티드의 5' 말단을 나타내는 대사산물을 남겼으며, 이들은 길이가 각각 16, 12, 11 또는 10개의 염기였다. 상기 2개의 테스트된 올리고뉴클레오티드는 포스포디에스테르, Rp 배열의 포스포로티오에이트 및 Sp 배열의 포스포로티오에이트인 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일반적으로 포스포디에스테르는 Rp 배열의 포스포로티오에이트 또는 Sp 배열의 포스포로티오에이트보다 더 불안정하였다. 일부 경우에, 올리고뉴클레오티드의 대사산물은 천연 포스페이트 연결에서의 절단의 생성물을 나타냈다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드의 대사산물에 상응하는 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드보다 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13개 이상의 염기가 더 짧은 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열보다 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13개 이상의 염기가 더 짧은 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다.
일부 실시 형태에서, 대사산물은 3'-N-# 또는 5'-N-#으로 표기되며, 여기서, #은 제거된 염기의 수를 나타내고, 3' 또는 5'는 분자의 어느 말단으로부터 염기가 제거되었는지를 나타낸다. 예를 들어, 3'-N-1은 3' 말단으로부터 1개의 염기가 제거된 단편 또는 대사산물을 나타낸다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 아마도 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드의 단편 또는 대사산물에 상응하는 올리고뉴클레오티드에 관한 것이며, 여기서, 단편 또는 대사산물은 본원에 기술된 올리고뉴클레오티드의 3'-N-1, 3'-N-2, 3'-N-3, 3'-N-4, 3'-N-5, 3'-N-6, 3'-N-7, 3'-N-8, 3'-N-9, 3'-N-10, 3'-N-11, 3'-N-12, 5'-N-1, 5'-N-2, 5'-N-3, 5'-N-4, 5'-N-5, 5'-N-6, 5'-N-7, 5'-N-8, 5'-N-9, 5'-N-10, 5'-N-11, 또는 5'-N-12에 상응하는 것으로 기술될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 5' 말단에서 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드보다 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13개 이상의 염기가 더 짧은 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 5' 말단에서 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열보다 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13개 이상의 염기가 더 짧은 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 3' 말단에서 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드보다 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13개 이상의 염기가 더 짧은 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 3' 말단에서 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열보다 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13개 이상의 염기가 더 짧은 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드의 대사산물에 상응하는 것에 관한 것이고, 여기서, 대사산물은 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드에 대해 5' 및/또는 3' 말단에서 절단된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드의 대사산물에 상응하는 것에 관한 것이고, 여기서, 대사산물은 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드에 비해 5' 및 3' 말단 둘 다에서 절단된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 5' 및/또는 3' 말단에서 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드보다 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10,11, 12, 13개 이상의 총 염기가 더 짧은 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 5' 및/또는 3' 말단에서 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열보다 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10,11, 12, 13개 이상의 총 염기가 더 짧은 염기 서열을 갖는 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 포스포디에스테르에서 절단된, 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드의 절단 생성물로 대표되는 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드가 Rp 배열의 포스포로티오에이트에서 절단된 경우, 이러한 올리고뉴클레오티드의 절단 생성물로 대표되는 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드가 Rp 배열의 포스포로티오에이트에서 절단된 경우, 이러한 올리고뉴클레오티드의 절단 생성물로 대표되는 올리고뉴클레오티드에 관한 것이다.
특성화 및 평가
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물의 특성 및/또는 활성은 당업자에게 이용가능한 다양한 기술, 예를 들어 생화학적 분석법(예를 들어, RNase H 분석법), 세포 기반 분석법, 동물 모델, 임상 시험 등을 사용하여 특성화 및/또는 평가될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 확인 및/또는 특성화하는 방법은 다음의 단계를 포함한다:
복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 조성물을 제공하는 단계; 및
기준 조성물에 대한 전달을 평가하는 단계.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 확인 및/또는 특성화하는 방법을 제공하며, 이는 다음의 단계를 포함한다:
복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 조성물을 제공하는 단계; 및
기준 조성물에 대한 세포 흡수를 평가하는 단계.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드 조성물을 확인 및/또는 특성화하는 방법을 제공하며, 이는 다음의 단계를 포함한다:
복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 조성물을 제공하는 단계; 및
기준 조성물에 비해 표적 유전자 및/또는 이에 의해 코딩되는 생성물의 전사체의 감소를 평가하는 단계.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드, 및 이의 조성물의 특성 및/또는 활성은 각각 기준 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물과 비교된다.
일부 실시 형태에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 스테레오랜덤 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 모든 뉴클레오티드간 연결이 포스포로티오에이트인 올리고뉴클레오티드의 스테레오랜덤 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 전부 포스페이트 연결을 갖는 DNA 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어되지 않는다는 점을 제외하고는 제공된 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물과 동일하다. 일부 실시 형태에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 상이한 입체화학 패턴을 갖는다는 점을 제외하고는 제공된 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물과 동일하다. 일부 실시 형태에서, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물은 하나 이상의 당, 염기, 및/또는 뉴클레오티드간 연결의 상이한 변형, 또는 변형 패턴을 갖는 것을 제외하고는 제공된 올리고뉴클레오티드 조성물과 유사하다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 스테레오랜덤이며, 기준 올리고뉴클레오티드 조성물도 스테레오랜덤이지만, 이들은 당 및/또는 염기 변형(들) 또는 이의 패턴과 관련하여 상이하다.
일부 실시 형태에서, 기준 조성물은 동일한 염기 서열 및 동일한 화학적 변형을 갖는 올리고뉴클레오티드의 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 기준 조성물은 동일한 염기 서열 및 동일한 화학적 변형 패턴을 갖는 올리고뉴클레오티드의 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 기준 조성물은 동일한 염기 서열 및 화학적 변형을 갖는 올리고뉴클레오티드의 키랄 비제어(또는 스테레오랜덤) 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 기준 조성물은 동일한 구성의 올리고뉴클레오티드들의 키랄 비제어(또는 스테레오랜덤) 조성물이지만, 다른 점에서는 제공된 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물과 동일하다.
일부 실시 형태에서, 접미어 "r"은 스테레오랜덤 올리고뉴클레오티드 조성물의 명칭에 첨부되며; 예를 들어, 스테레오랜덤인 Wv-2614는 또한 WV-2614r로 표기된다. 일부 실시 형태에서, 접미어 "p"는 키랄 제어(또는 입체순수) 올리고뉴클레오티드 조성물의 명칭에 첨부되며; 예를 들어, 입체순수한 Wv-2599는 또한 WV-2599p로 표기된다. 접미어 "r" 및 "p"는 선택 사항이다.
일부 실시 형태에서, 기준 조성물은 본원에 기술된 화학적 변형을 포함하지만 이에 한정되지 않는, 동일한 염기 서열을 갖지만 상이한 화학적 변형을 갖는 올리고뉴클레오티드의 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 기준 조성물은 동일한 염기 서열을 갖지만, 상이한 뉴클레오티드간 연결 패턴 및/또는 뉴클레오티드간 연결의 입체화학 및/또는 화학적 변형을 갖는 올리고뉴클레오티드의 조성물이다.
유전자 생성물의 검출을 위한 다양한 방법이 당업계에 공지되어 있으며, 이의 발현, 수준 및/또는 활성은 제공된 올리고뉴클레오티드의 도입 또는 투여 후에 변경될 수 있다. 예를 들어, 전사체 및 그의 넉다운은 qPCR로 검출 및 정량화될 수 있으며 단백질 수준은 웨스턴 블롯을 통해 결정될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 효능 평가는 세포에서 시험관 내에서 또는 생화학적 분석법에서 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 당업자에게 이용가능한 다양한 방법, 예를 들어, 짐노틱(gymnotic) 전달, 형질감염, 리포펙션 등을 통해 세포에 도입될 수 있다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HD의 세포 또는 동물 모델에서 테스트된다.
일부 실시 형태에서, HD의 세포 모델은 야생형 및/또는 돌연변이 HTT 유전자를 포함하는 세포이다. 일부 실시 형태에서, 야생형 HTT 유전자를 포함하는 세포 모델 또는 동물 모델은 상응하는 세포 모델 또는 동물 모델에서 돌연변이 HTT 유전자의 넉다운을 포함하는 실험에서 대조군으로서 사용될 수 있다. HTT 올리고뉴클레오티드가 야생형 및 돌연변이 HTT 대립유전자(예를 들어, 범-특이적 HTT 올리고뉴클레오티드) 둘 다를 넉다운시키도록 설계된 일부 실시 형태에서, 야생형 및/또는 돌연변이 HTT 대립유전자를 포함하는 세포 모델 및/또는 동물 모델은 HTT 올리고뉴클레오티드가 HTT를 넉다운시키는 능력을 평가하는 데 사용될 수 있다.
일부 실시 형태에서, HD의 세포 모델은 iCell 뉴런 또는 iPSC-유래된 뉴런이다.
일부 실시 형태에서, HD의 세포 모델은 돌연변이 huntingtin 유전자를 발현하는 PC12 세포이다.
일부 실시 형태에서, HD의 세포 모델은 HD 환자 섬유아세포이다.
일부 실시 형태에서, HD의 세포 모델은 PC6-3 래트 갈색세포종 세포이며, 이는 보고된 바에 따르면 CMV-인간 HTT(37Qs) 및 U6 siRNA 헤어핀 플라스미드로 공동 형질감염되었다. 예를 들어, US10072264를 참조한다.
일부 실시 형태에서, HD의 세포 모델은 마우스 huntingtin 유전자좌에 삽입된 111개의 CAG 반복부를 보유하는 Hdh Q111 넉인(knock-in) 마우스로부터 확립된 선조체 세포이다. 예를 들어, 문헌[Trettel et al. Human Mol. Genet., 2000, 9, 2799-2809]을 참조한다.
일부 실시 형태에서, HD의 세포 모델은 야생형 huntingtin, STHdhQ7/7(Q7/7) 및/또는 돌연변이 huntingtin, STHdhQ111/111(Q111/111)을 갖는 마우스 선조체 세포주이다.
일부 실시 형태에서, HD의 세포 모델은 야생형 huntingtin, STHdhQ7/7(Q7/7) 및 돌연변이 huntingtin, STHdhQ111/111(Q111/111)을 갖는 마우스 선조체 세포주이다.
일부 실시 형태에서, 세포 모델은 다음을 포함한다: N171-82Q의 마우스 등가물인 79 CAG 반복 연장을 포함하는 마우스 HTT의 엑손 1~3에 걸친 구축물.
동물에서 올리고뉴클레오티드의 활성 및/또는 특성을 평가하기 위한 많은 기술이 공지되어 있고 당업자에 의해 실행되며 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 평가는 동물에서 수행될 수 있다. 다양한 동물을 사용하여 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물의 특성 및 활성을 평가할 수 있다.
HTT 유전자의 확인은 돌연변이된 인간 또는 마우스 유전자 형태를 보유하는 트랜스제닉 마우스를 비롯한 질환의 동물 모델의 개발을 허용하였다. 모델은 파괴되지 않은 야생형, 내인성, 마우스 유전자에 더하여 글루타민 연장(또는 야생형 등가물)을 포함하는 인간 유전자의 단편, 전형적으로 처음 하나 또는 두 개의 엑손을 보유하는 마우스; 또한 내인성 마우스 유전자와 함께, 연장된 글루타민 반복 영역을 갖는 전장 인간 huntingtin을 보유하는 마우스; 및 CAG 반복 영역에 삽입된 병원성 CAG 반복부를 갖는 마우스를 포함한다. 모든 모델은 인간 질환과 적어도 일부 공유된 특징을 갖는다. 이들 마우스는 다수의 종점을 사용하여 HD의 예방, 개선 및 치료를 위한 다수의 상이한 치료제의 테스트를 허용하였다(예를 들어, 문헌[Hersch and Ferrante, 2004. NeuroRx.1:298-306] 참조). 화합물은 전사 억제, caspace 억제, 히스톤 데아세틸라아제 억제, 항산화제, huntingtin 억제/항산화제, 생체에너지제(biogenergetic)/항산화제, 항흥분독성제 및 항아폽토시스제를 비롯한 다수의 상이한 메커니즘에 의해 기능하는 것으로 여겨진다.
다양한 HD 동물 모델이 문헌에 보고된 바 있다. 이것은 비제한적인 예로서 다음에 보고된 것을 포함한다: 문헌[Diaz-Hernandez et al. 2005. J. Neurosci. 25:9773-81]; 문헌[Wang et al. 2005. Nuerosci. Res. 53:241-9]; 문헌[Machida et al. 2006. Biochem. Biophys. Res. Commun. 343:190-7]; 문헌[Harper et al. 2005. PNAS 102:5820-25]; 또는 문헌[Rodrigues-Lebron et al. 2005. Mol. Ther. 12:618-33]; 문헌[Mangiarini L. et al., Cell. 1996 Nov; 87(3):493-506]; 및 문헌[Southwell et al. Science Translational Medicine 03 Oct 2018: Vol. 10, Issue 461, eaar3959]; 또는 문헌[Meade et al., J. Comp. Neurol. 449:241-269, 2002].
HTT와 관련된 동물 모델 및 기타 실험 절차와 관련된 정보는 본원에, 또는 예를 들어 다음을 포함하는 관련 기술 분야에 언급된 정보를 참조한다: 문헌[Hersch and Ferrante 2004 NeuroRx. 1:298-306]; 문헌[Diaz-Hernandez et al. 2005. J. Neurosci. 25:9773-81]; 문헌[Wang et al. 2005. Nuerosci. Res. 53:241-9]; 문헌[Machida et al. 2006. Biochem. Biophys. Res. Commun. 343:190-7]; 문헌[Harper et al. 2005. PNAS 102:5820-25]; 문헌[Rodrigues-Lebron et al. 2005. Mol. Ther. 12:618-33]; 문헌[Nguyen et al. 2005. PNAS 102:11840-45].
일부 실시 형태에서, HD의 동물 모델은 또한 내인성 마우스 유전자와 함께, 연장된 글루타민 반복 영역을 갖는 전장 인간 huntingtin을 보유하는 마우스; 및 CAG 반복 영역에 삽입된 병원성 CAG 반복부를 갖는 마우스이다. 일부 실시 형태에서, HD의 동물 모델은 마우스 모델 R6/2 또는 R6/1이다.
일부 실시 형태에서, HD의 동물 모델은 R6/2 트랜스제닉 마우스 모델이며, 보고된 바에 따르면 5'-UTR 엑손 1 및 인트론 1의 처음 262개 염기쌍을 포함하는 1 킬로베이스의 인간 huntingtin 유전자가 그의 게놈에 통합되었다. 예를 들어, 문헌[Mangiarini L. et al., Cell, 1996, 87, 493-506]을 참조한다. 이 트랜스진은 보고된 바에 따르면 144개의 CAG 반복부를 갖는다. 트랜스진은 보고된 바에 따르면 인간 huntingtin 프로모터에 의해 발현되는 huntingtin 단백질의 N-말단 영역의 약 3%를 코딩한다. 이러한 절단된 버전의 인간 huntingtin 단백질의 발현 수준은 보고된 바에 따르면 내인성 마우스 huntingtin 단백질 수준의 약 75%이다. R6/2 트랜스제닉 마우스는 보고된 바에 따르면 인간 헌팅턴병 및 뇌기능장애의 증상을 나타낸다.
일부 실시 형태에서, HD의 동물 모델은 YAC128 트랜스제닉 마우스이며, 이는 보고된 바에 따르면 프로모터 영역 및 128개의 CAG 반복부를 포함하는 전체 huntingtin 유전자를 운반하는 효모 인공 염색체(YAC)를 보유한다. 예를 들어, 문헌[Hodgson J. G. et al., Human Mol. Genet., 1998, 5, 1875]을 참조한다. 이 YAC는 보고된 바에 따르면 인간 유전자의 엑손 1을 제외한 모든 것을 발현한다. 이 트랜스제닉 마우스는 보고된 바에 따르면 내인성 마우스 huntingtin을 발현하지 않는다.
일부 실시 형태에서, HD의 동물 모델은 Q111 마우스이며, 이의 내인성 마우스 huntingtin 유전자는 보고된 바에 따르면 이 유전자의 엑손 1에 삽입된 111개의 CAG 반복부를 갖는다. 예를 들어, 문헌[Wheeler V. C. et al., Human Mol. Genet., 8, 115-122]을 참조한다.
일부 실시 형태에서, HD의 동물 모델은 Q150 트랜스제닉 마우스이고, 여기서 야생형 마우스 huntingtin 유전자의 엑손 1에서의 CAG 반복부는 보고된 바에 따르면 150개의 CAG 반복부로 대체된다. 예를 들어, 문헌[Li C. H. et al., Human Mol. Genet., 2001, 10, 137]을 참조한다.
일부 실시 형태에서, HD의 동물 모델은 HD의 테트라사이클린-조절 마우스 모델이다. 예를 들어, 문헌[Yamamoto et al., Cell, 101(1), 57-66 (2000)]을 참조한다.
일부 실시 형태에서, HD의 동물 모델은 문헌[Bates et al., Curr Opin Neurol 16:465-470, 2003]에 기술된 임의의 트랜스제닉 및 넉인 마우스 모델이다.
일부 실시 형태에서, HD의 동물 모델은 HD 마우스 모델이며, 여기서, 보고된 바에 따르면 트랜스진에 2개의 추가 엑손을 부가하는 것 및 프라이온 프로모터를 통한 발현의 제한은 HD 마우스 모델이 중요한 HD 특성을 나타내지만 덜 공격적인 질환 진행을 나타내게 하였다. 예를 들어, 문헌[Schilling et al., Hum Mol Genet 8(3):397-407, 1999]; 및 문헌[Schilling et al., Neurobiol Dis 8:405-418, 2001]을 참조한다.
일부 실시 형태에서, HD의 동물 모델은 마우스 넉인 모델이며, 여기서, Detloff 및 동료들은 보고된 바에 따르면 내인성 마우스 CAG 반복부가 대략 150개의 CAG까지 연장된 마우스 넉인 모델을 생성하였다. 이 모델인 CHL2 주는, 보고된 바에 따르면 적은 반복부를 함유하는 종래의 마우스 넉인 모델보다 더 공격적인 표현형을 보여준다. 보고된 바에 따르면 측정가능한 신경학적 결함은 클래스핑(clasping), 보행 이상, 핵 봉입체 및 성상교세포증(astrogliosis)을 포함한다. 문헌[Lin et al., Hum. Mol. Genet., 10(2), 137-44 (2001)].
일부 실시 형태에서, 세포 모델 또는 동물 모델(예를 들어, 마우스 모델)은 다음을 포함한다: N171-82Q의 마우스 등가물인 79 CAG 반복 연장을 포함하는 마우스 HTT의 엑손 1~3에 걸친 구축물.
일부 실시 형태에서, HD의 동물 모델은 Borchelt 마우스 모델(N171-82Q, 주 81) 또는 Detloff 넉인 모델, CHL2 주이다.
일부 실시 형태에서, HD의 동물 모델은 Borchelt 모델, N171-82Q이며, 이는 보고된 바에 따르면 야생형보다 더 큰 수준의 RNA를 갖지만, 내인성 HTT에 비해 감소된 양의 돌연변이 단백질을 갖는다. N171-82Q 마우스는 보고된 바에 따르면 처음 1~2개월 동안 정상적인 발달을 보이고, 이어서 체중 증가 실패, 진행성 협동운동 실조, 운동 저하 및 진전이 뒤따른다.
일부 실시 형태에서, HD의 동물 모델은 돌연변이 엑손 1을 발현하는 마우스 헌팅턴병(HD) 모델이다. 예를 들어, WO2018145009를 참조한다.
일부 실시 형태에서, HD의 동물 모델은 래트이다. 예를 들어, 문헌[Jae K. Ryu et al. Neurobiology of Disease, Volume 16, Issue 1, June 2004, Pages 68-77]; 문헌[O. Isacson, Neuroscience, Volume 22, Issue 2, August 1987, Pages 481-497]; 및 문헌[Stephan von
Figure pct00215
et al., Human Molecular Genetics, Volume 12, Issue 6, 15 March 2003, Pages 617-624]을 참조한다.
일부 실시 형태에서, HD의 동물 모델은 원숭이이다. 예를 들어, 문헌[Kenya Sato and Erika Sasaki, Journal of Human Genetics, volume 63, pages 125-131 (2018)]; 및 문헌[Kittiphong Putkhao, Cloning Transgenes. 2013; 2: 1000116]을 참조한다.
HD의 동물 모델의 사용과 관련된 추가 문헌은 다음을 포함한다: 문헌[Ian Fyfe Nature Reviews Neurology (2018)]; 및 문헌[Kenya Sato and Erika Sasaki, Journal of Human Genetics, volume 63, pages 125-131 (2018)].
일부 실시 형태에서(여기서, 특정 SNP 변이체를 표적화하는 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드), 특정 테스트 동물에서 올리고뉴클레오티드를 테스트하는 것이 바람직할 수 있다. 그러나 테스트 동물의 게놈에 해당 SNP 변이체의 상보체가 없을 수 있다고도 할 수 있다. 이러한 경우, 테스트 동물에서 SNP 변이체에 대하여 상보성인 SNP 변이체를 갖는 것을 제외하고는 테스트할 HTT 올리고뉴클레오티드와 동일한 올리고뉴클레오티드를 구축하는 것이 바람직할 수 있다. 이러한 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 테스트할 HTT 올리고뉴클레오티드의 대용물로 지칭될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드는 올리고뉴클레오티드가 본원에 기술된 것과는 상이한 SNP 변이체를 포함하는 것을 제외하고는 본원에 기술된 임의의 HTT 올리고뉴클레오티드, 또는 이의 10개 이상의 연접 염기를 포함하는 임의의 올리고뉴클레오티드와 동일하다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드가 투여된 동물 모델은 안전성 및/또는 효능에 대해 평가될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 행동, 염증 및 독성에 대한 임의의 효과를 포함하여, 동물에게 올리고뉴클레오티드를 투여하는 것의 효과(들)가 평가될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 투약 후, 동물은 그루밍 문제, 음식 섭취 결여, 및 임의의 기타 무기력 징후를 비롯한 독성 징후에 대해 관찰될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 헌팅턴병의 마우스 모델에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 투여 후, 동물은 뒷발 클래스핑 표현형의 발병 타이밍에 대해 모니터링될 수 있다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드를 동물에 투여한 후, 동물을 희생시킬 수 있고, 조직 또는 세포의 분석을 수행하여 돌연변이 또는 야생형 HTT의 변화, 또는 기타 생화학적 변화 또는 기타 변화를 결정할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 부검 후, 간, 심장, 폐, 신장 및 비장이 수집되고, 고정되고, 조직병리학적 평가를 위해 처리될 수 있다(헤마톡실린 및 에오신-염색 조직 슬라이드의 표준 광학 현미경 검사).
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드를 동물에 투여한 후, 행동 변화를 모니터링하거나 평가할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이러한 평가는 가속 로타로드 및 개방 공간 시험을 사용하여 수행될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 로타로드 분석은 San Diego Instruments™(미국 캘리포니아주 샌디에이고 소재) 설치류 로타로드를 사용하여 실시될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 개방 공간 거동의 자동화된 30분 평가가 또한 수행될 수 있다(예를 들어 Noldus Etho Vision 비디오 추적 시스템을 사용하여 마우스 움직임을 기록하고 디지털화함(Noldus Information Technology, 네덜란드 소재). 일부 실시 형태에서, 소프트웨어를 사용하여 마우스 움직임을 느린 에피소드 및 진행 세그먼트로 이분화하고, 속도 및 가속도와 같은 이들에 대한 추가 파라미터를 계산할 수 있다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 투여 후, 테스트 동물은 이동 거리, 최대 속도, 불안(즉, 아레나 중심부 회피) 정지 횟수로서 로타로드(RR) 성능 또는 개방 공간 파라미터에 대해 평가될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 테스트 동물을 사용하여 HTT 올리고뉴클레오티드의 약동학적 특성 및 약력학적 특성을 평가할 수 있다.
본원에 기술된 동물에서의 테스트의 다양한 효과는 또한 HTT 올리고뉴클레오티드의 투여 후 인간 대상체 또는 환자에서 모니터링될 수 있다.
또한, 인간 환자에서의 HTT 올리고뉴클레오티드의 효능은 올리고뉴클레오티드의 투여 후 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는 당업계에 공지된 임의의 다양한 파라미터를 평가함으로써 측정될 수 있다: 총 운동 점수(TMS); 기호 숫자 양식 검사(SDMT); 스트룹 단어 읽기 검사(SWRT); 총 기능 능력(TFC) 점수; 및/또는 복합 통합 헌팅턴병 평가 척도(cUHDRS).
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드로 인간을 치료한 후, 또는 시험관 내에서 세포 또는 조직을 올리고뉴클레오티드와 접촉시킨 후, 세포 및/또는 조직을 분석을 위해 수집한다.
일부 실시 형태에서, 다양한 세포 및/또는 조직에서 표적 HTT 핵산 수준은 당업계에서 이용가능한 방법에 의해 정량화될 수 있으며, 이들 중 다수는 구매가능한 키트 및 물질로 달성될 수 있다. 이러한 방법은 예를 들어 노던 블롯 분석, 경쟁적 폴리머라아제 연쇄 반응(PCR), 정량적 실시간 PCR 등을 포함한다. RNA 분석은 전체 세포 RNA 또는 폴리(A)+ mRNA에 대해 수행될 수 있다. 프로브 및 프라이머는 검출할 핵산에 혼성화되도록 설계된다. 실시간 PCR 프로브 및 프라이머를 설계하는 방법은 잘 알려져 있고 당업계에서 널리 실시되고 있다. 예를 들어, HTT RNA를 검출하고 정량화하기 위해, 예시적인 방법은 올리고뉴클레오티드 또는 조성물로 처리된 세포 또는 동물로부터 전체 RNA(예를 들어, mRNA 포함)를 단리하고 RNA를 역전사 및/또는 정량적 실시간 PCR로 처리하는 것을 포함하며, 이는 예를 들어 본원에 또는 문헌[Moon et al. 2012 Cell Metab. 15: 240-246]에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, 단백질 수준은 당업계에 공지된 다양한 방법, 예를 들어 효소-결합 면역흡착 분석(ELISA), 웨스턴 블롯 분석(면역블로팅), 면역세포화학, 형광-활성화 세포 분류(FACS), 면역조직화학, 면역침전, 단백질 활성 분석(예를 들어, 카스파아제 활성 분석), 및 정량적 단백질 분석에서 평가되거나 정량화될 수 있다. 마우스, 래트, 원숭이 및 인간 단백질의 검출에 유용한 항체는 구매가능하거나 필요한 경우 생성될 수 있다. 예를 들어, 다양한 HTT 항체가 구매가능하고/하거나 보고된 바 있다(예를 들어, LifeSpan BioSciences(미국 워싱턴주 시애틀 소재); Sigma-Aldrich(미국 미주리주 세인트루이스 소재) 등으로부터 구매가능한 것).
올리고뉴클레오티드 또는 다른 핵산의 수준을 탐지하기 위한 다양한 기술이 당업계에서 알려져 있고/있거나 이용가능하다. 이러한 기술은 예를 들어 전달, 세포 흡수, 안정성, 분포 등을 평가하기 위해 투여될 때 HTT 올리고뉴클레오티드를 검출하는 데 유용하다.
일부 실시 형태에서, 선택 기준은 다양한 분석으로부터 생성된 데이터를 평가하고 특정 특성 및 활성을 갖는 특히 바람직한 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 바람직한 HTT 올리고뉴클레오티드를 선택하는 데 사용된다. 일부 실시 형태에서, 선택 기준은 약 10 nM 미만, 약 5 nM 미만 또는 약 1 nM 미만의 IC50을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 안정성 분석에 대한 선택 기준은 제1일에서의 적어도 50%의 안정성[올리고뉴클레오티드의 적어도 50%가 여전히 잔존하고/하거나 검출가능함]을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 안정성 분석에 대한 선택 기준은 제2일에서의 적어도 50%의 안정성을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 안정성 분석에 대한 선택 기준은 제3일에서의 적어도 50%의 안정성을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 안정성 분석에 대한 선택 기준은 제4일에서의 적어도 50%의 안정성을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 안정성 분석에 대한 선택 기준은 제5일에서의 적어도 50%의 안정성을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 안정성 분석에 대한 선택 기준은 제5일에서의 적어도 80%[올리고뉴클레오티드의 적어도 80%가 잔존함]를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 표적 유전자, 예를 들어 HTT는 야생형 유전자이다. 일부 실시 형태에서, 표적 유전자는 하나 이상의 돌연변이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 표적 유전자는 장애와 관련된 돌연변이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 돌연변이는 단일 뉴클레오티드 다형성(SNP)이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 병태, 장애 또는 질환과 관련된 돌연변이 또는 SNP를 포함하는 전사체에서의 표적 서열에 대하여 상보성이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 병태, 장애 또는 질환과 관련된 돌연변이 또는 SNP를 포함하는 전사체 및/또는 이에 의해 코딩되는 생성물의 수준을 야생형 전사체 및/또는 병태, 장애 또는 질환과 덜 관련된 전사체 또는 이에 의해 코딩되는 생성물에 비해 선택적으로 감소시킨다. 많은 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 병태, 장애 또는 질환과 관련된 돌연변이 또는 SNP를 상기 돌연변이 또는 SNP 부위에 포함하는 전사체에 대하여 상보성인 한편, 상기 돌연변이 또는 SNP에 상응하는 부위에서 야생형 전사체 또는 덜 관련된 전사체에 혼성화되는 경우 미스매치를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 돌연변이 또는 SNP를 포함하는 전사체를 제공된 올리고뉴클레오티드와 혼성화시키는 경우 돌연변이 또는 SNP는 Rp 또는 Op 뉴클레오티드간 연결로부터 0, 1, 2, 3 또는 4개의 뉴클레오티드간 연결에 위치한다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 효능은 HTT와 관련된 병태, 장애 또는 질환 또는 생물학적 경로의 변화를 모니터링, 측정 또는 탐지함으로써 직접적으로 또는 간접적으로 평가된다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 효능은 다음 중 임의의 것과 같은 헌팅턴병(HD)과 관련된 생화학적 현상의 변화를 모니터링, 측정 또는 탐지함으로써 직접적으로 또는 간접적으로 평가된다: 불용성 단백질 축적; huntingtin 단백질 응집체 축적; 선조체에서의 뉴런 응집체; 뉴런 핵내 봉입체 및 기타 HD 마커의 크기 및 수의 변경; DARPP-32 발현 조절의 변경; 선조체 위축; 선조체 및 피질 신경변성; 혈당 및/또는 인슐린 수준의 변경; 또는 특히 피질 및 선조체에서의 뉴런 손실 및 신경아교증.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드의 효능은 HTT 넉다운에 의해 영향을 받는 반응의 변화를 모니터링, 측정 또는 탐지함으로써 직접적으로 또는 간접적으로 평가된다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드(예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드)를 서열 분석에 의해 분석하여 어떤 다른 유전자[예를 들어, 표적 유전자(예를 들어, HTT)가 아닌 유전자]가 제공된 올리고뉴클레오티드(예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드)의 염기 서열에 대하여 상보성인 서열을 갖는지를 결정하거나 어느 것이 제공된 올리고뉴클레오티드(예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드)의 염기 서열로부터 0, 1, 2개 이상의 미스매치를 갖는지를 결정할 수 있다. 만약에 있다면, 이러한 잠재적인 오프-타겟의 올리고뉴클레오티드에 의한 넉다운이 올리고뉴클레오티드(예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드)의 잠재적 오프-타겟 효과를 평가하기 위해 결정될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 오프-타겟 효과는 또한 의도하지 않은 효과로 지칭되고/되거나 방관자(비-표적) 서열 또는 유전자에 대한 혼성화와 관련된다.
HTT를 넉다운시키는 효능에 대해 평가 및 테스트된 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환 또는 이의 증상의 치료 또는 예방에서 다양한 용도를 갖는다.
일부 실시 형태에서, 특정한 생물학적 효과(예를 들어, HTT 표적 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 수준, 발현 및/또는 활성의 감소)를 제공하는 능력에 대해 평가 및 테스트된 HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환을 치료, 개선 및/또는 예방하는 데 사용될 수 있다.
HTT -관련 병태 , 장애 또는 질환
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물은 HTT 표적 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 발현 및/또는 수준의 감소를 제공할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 조성물은 HTT 유전자를 표적화하고 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환의 치료에 유용하다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환을 예방 및/또는 치료하기 위한 올리고뉴클레오티드 및 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환을 예방 및/또는 치료하는 방법을 제공하며, 본 방법은 이에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 대상체에게 치료적 유효량의 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물을 투여하는 단계를 포함한다. HTT-관련 병태, 장애 또는 질환은 당업계에 광범위하게 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, HTT-관련 병태, 장애 또는 질환은 HTT 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 비정상적이거나 과도한 활성, 수준 및/또는 발현, 또는 비정상적 조직 또는 세포간 또는 세포내 분포와 관련되고/되거나, 이에 의해 유발되고/되거나, 이와 연관된 병태, 장애 또는 질환이다. 일부 실시 형태에서, HTT 영역, HTT 전사체 및/또는 이에 의해 코딩되는 생성물의 전사의 형태, 수준 및/또는 존재가 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환의 발병률 및/또는 상기 병태, 장애 또는 질환에 대한 감수성(예를 들어, 관련 집단 전체에 걸쳐)과 상관되는 경우, HTT-관련 병태, 장애 또는 질환은 HTT와 연관된 것이다. 일부 실시 형태에서, HTT-관련 병태, 장애 또는 질환은 HTT 유전자 또는 이의 생성물의 수준, 발현 및/또는 활성의 감소가 병태, 장애 또는 질환의 중증도를 개선, 예방 및/또는 감소시키는 병태, 장애 또는 질환이다.
HTT-관련 병태, 장애 또는 질환의 예는 헌팅턴 무도병으로도 알려진 헌팅턴병(HD)을 포함한다. 일부 실시 형태에서, HTT-관련 병태, 장애 또는 질환은 소아 HD, 무동-경직, 또는 베스트팔(Westphal) 변형 HD이다.
특히, 본 발명은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환을 치료하고/하거나 이의 치료제를 제조하기 위해 HTT를 표적화할 수 있는 본원에 개시된 올리고뉴클레오티드를 사용하는 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드 또는 단일 가닥 RNAi 에이전트의 염기 서열은 특정 염기 서열로부터의 특정한 최대 수의 미스매치(예를 들어, 1, 2, 3개 등)를 갖는 염기 서열을 포함하거나 이로 이루어질 수 있다.
HTT -관련 병태 , 장애 또는 질환의 치료
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT를 표적화하는 HTT 올리고뉴클레오티드(예를 들어, HTT 표적 서열 또는 HTT 표적 서열에 대하여 상보성인 서열을 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드)를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT의 표적-특이적 넉다운을 유도하는 HTT 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 RNaseH 및/또는 RNA 간섭에 의해 매개되는 HTT의 표적-특이적 넉다운을 유도하는 HTT 올리고뉴클레오티드를 제공한다. HTT를 표적화할 수 있는 다양한 올리고뉴클레오티드가 본원에서 제공된다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 사용하여 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환을 예방 및/또는 치료하는 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 예를 들어, HTT-관련 병태, 장애 또는 질환에 대한 의약으로서 사용하기 위한 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환의 치료에 사용하기 위한 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환의 치료를 위한 의약의 제조를 위한 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환에 걸리기 쉽거나 이를 앓고 있는 대상체에서 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환을 예방, 치료 또는 개선하는 방법을 제공하며, 본 방법은 대상체에게 치료적 유효량의 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 제약 조성물을 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT-관련 상태, 장애 또는 질환을 앓고 있는 대상체에서 HTT-관련 상태, 장애 또는 질환을 치료 또는 개선하는 방법을 제공하며, 본 방법은 대상체에게 치료적 유효량의 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약 조성물을 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, HTT-관련 병태, 장애 또는 질환은 헌팅턴 무도병으로도 알려진 헌팅턴병(HD)이다. 일부 실시 형태에서, HTT-관련 병태, 장애 또는 질환은 소아 HD, 무동-경직, 또는 베스트팔 변형 HD이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 세포에서 HTT 유전자 발현을 감소시키는 방법을 제공하며, 본 방법은 다음의 단계를 포함한다: 세포를 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물과 접촉시키는 단계. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 세포에서 HTT 전사체의 수준을 감소시키는 방법을 제공하며, 본 방법은 다음의 단계를 포함한다: 세포를 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물과 접촉시키는 단계. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 세포에서 HTT 단백질의 수준을 감소시키는 방법을 제공하며, 본 방법은 다음의 단계를 포함한다: 세포를 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물과 접촉시키는 단계. 일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 병태, 장애 또는 질환과 관련된 HTT 전사체 및/또는 이에 의해 코딩되는 생성물의 수준을 선택적으로 감소시킨다.
보고된 바에 따르면, HTT는 모든 세포에서 발현되며, 가장 높은 농도는 뇌 및 고환에서 발견되고, 중간 정도의 양은 간, 심장 및 폐에서 발견된다. 다양한 실시 형태에서, 세포는 뇌, 고환, 간, 심장 또는 폐에 있다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 유전자 발현 감소를 필요로 하는 포유동물에서 HTT 유전자 발현을 감소시키는 방법을 제공하며, 본 방법은 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물을 포함하는 핵산-지질 입자를 포유동물에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 올리고뉴클레오티드의 생체 내 전달 방법을 제공하며, 본 방법은 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물을 포유동물에게 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 포유동물은 인간이다. 일부 실시 형태에서, 포유동물은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환으로 고생하고 있고/있거나 이를 앓고 있다.
일부 실시 형태에서, 헌팅턴병(HD)과 같은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환의 치료에 적합한 대상체 또는 환자는 의료 전문가에 의해 확인되거나 진단될 수 있다. 예를 들어, 신경학적 병태, 장애 또는 질환의 경우 신체 검사 후에 철저한 신경학적 검사가 뒤따를 수 있다. 일부 실시 형태에서, 신경학적 검사는 운동 및 감각 기술, 신경 기능, 청력 및 언어, 시각, 협응 및 균형, 정신 상태, 및/또는 기분 또는 거동의 변화를 평가할 수 있다. 헌팅턴병(HD)과 같은 신경학적 병태, 장애 또는 질환의 예시적인 증상은 팔, 다리, 발 또는 발목의 쇠약; 언어의 불명료; 발 및 발가락의 앞부분을 들기 어려움; 수부의 쇠약 또는 둔함; 근육 마비; 경직된 근육; 비자발적 경련성 또는 쓰기 동작(무도병); 비자발적, 지속적 근육 구축(긴장이상); 서동증; 자동 운동의 상실; 자세와 균형의 장애; 유연성 결여; 신체 일부의 자통; 두부의 움직임에 의해 발생하는 전기 충격 감각; 팔, 어깨, 혀의 연축; 연하 곤란; 호흡 곤란; 저작 곤란; 부분적인 또는 완전한 시력 상실; 복시; 느리거나 비정상적인 안구 운동; 진전; 불안정한 보행; 피로; 기억 상실; 현기증; 사고 또는 집중의 어려움; 읽기 또는 쓰기의 어려움; 공간 관계의 잘못된 해석; 방향 감각 상실; 우울증; 불안; 결정과 판단을 내리는 것의 어려움; 충동 조절 상실; 친숙한 업무를 계획하고 수행하는 것의 어려움; 공격; 과민증; 사회적 위축; 기분 변동; 치매; 수면 습관의 변화; 배회; 및/또는 식욕의 변화를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 헌팅턴병의 증상은 다음 중 임의의 것이다: 불용성 단백질 축적; huntingtin 단백질 응집체 축적; 선조체에서의 뉴런 응집체; 뉴런 핵내 봉입체 및 기타 HD 마커의 크기 및 수의 변경; DARPP-32 발현 조절의 변경; 선조체 위축; 선조체 및 피질 신경변성; 혈당 및/또는 인슐린 수준의 변경; 또는 특히 피질 및 선조체에서의 뉴런 손실 및 신경아교증.
일부 실시 형태에서, 헌팅턴병의 증상은 다음 중 임의의 것이다: 행동 및 신경병리학적 이상; 테스트 동물에서 변경된 로타로드 성능; 체중 감소의 감소; 수명의 변경; 행동 장애; 감정적, 운동적, 인지적 변화 또는 손상; 우울증; 과민증; 비자발적 운동(무도병); 무도양 운동; 협응 장애; 불규칙적으로 타이밍되고 불규칙적으로 분포되고 갑작스러운 과도한 자발적 움직임; 서동증; 긴장이상; 발작; 경직; 안구운동 장애; 진전; 미세 운동 비협응; 구음장애; 언어장애; 피질하 치매; 진행성 치매; 또는 정신 장애.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환, 또는 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환의 적어도 하나의 증상을 예방하거나, 치료하거나, 개선시키거나, 또는 이의 진행을 늦춘다.
일부 실시 형태에서, 본 발명의 방법은 대상체에서 헌팅턴병을 치료하기 위한 것으로서, 여기서, 본 방법은 대상체에게 치료적 유효량의 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약 조성물을 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 방법은 헌팅턴병의 적어도 하나의 증상을 감소시키며, 여기서, 본 방법은 대상체에게 치료적 유효량의 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약 조성물을 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 대상체에서의 헌팅턴병의 중증도에서의 적어도 하나의 지점의 치료 또는 감소 방법, 또는 비알코올성 지방간염의 의학적 결과의 감소 방법을 제공하며, 본 방법은 대상체에게 치료적 유효량의 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약 조성물을 투여하는 단계를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT-관련 상태, 장애 또는 질환과 관련된 하나 이상의 증상의 치료 및/또는 개선을 필요로 하는 포유동물에서 HTT-관련 상태, 장애 또는 질환과 관련된 하나 이상의 증상을 치료 및/또는 개선하는 방법을 제공하며, 본 방법은 포유동물에게 치료적 유효량의 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약 조성물을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환에 대한 감수성의 감소를 필요로 하는 포유동물에서 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환에 대한 감수성을 감소시키는 방법을 제공하며, 본 방법은 다음의 단계를 포함한다: 포유동물에게 치료적 유효량의 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물을 투여하는 단계. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환의 발병의 예방 또는 지연을 필요로 하는 포유동물에서 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환의 발병을 예방 또는 지연시키는 방법을 제공하며, 본 방법은 다음의 단계를 포함한다: 포유동물에게 치료적 유효량의 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물을 투여하는 단계. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환과 관련된 하나 이상의 증상의 치료 및/또는 개선을 필요로 하는 포유동물에서 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환과 관련된 하나 이상의 증상을 치료 및/또는 개선하는 방법을 제공하며, 본 방법은 다음의 단계를 포함한다: 포유동물에게 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함하는 핵산-지질 입자의 치료적 유효량을 투여하는 단계. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환에 대한 감수성의 감소를 필요로 하는 포유동물에서 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환에 대한 감수성을 감소시키는 방법을 제공하며, 본 방법은 다음의 단계를 포함한다: 포유동물에게 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함하는 핵산-지질 입자의 치료적 유효량을 투여하는 단계. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환의 발병의 예방 또는 지연을 필요로 하는 포유동물에서 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환의 발병을 예방 또는 지연시키는 방법을 제공하며, 본 방법은 다음의 단계를 포함한다: 포유동물에게 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함하는 핵산-지질 입자의 치료적 유효량을 투여하는 단계. 일부 실시 형태에서, 포유동물은 인간이다. 일부 실시 형태에서, 포유동물은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환으로 고생하고 있고/있거나 이를 앓고 있다.
일부 실시 형태에서, 환자 또는 대상체에 대한 HTT 올리고뉴클레오티드의 투여는 다음 중 임의의 하나 이상을 매개할 수 있다: 헌팅턴병 진행을 늦춤, HD 또는 이의 적어도 하나의 증상의 발병을 지연시킴, HD의 하나 이상의 지표를 개선함, 및/또는 환자 또는 대상체의 생존 시간 또는 수명을 증가시킴.
일부 실시 형태에서, 질환 진행을 늦추는 것은 본원에 기술된 것과 같은 HD를 앓고 있는 개체에서의 하나 이상의 임상 파라미터의 임상적으로 바람직하지 않은 변화의 예방 또는 지연과 관련된다. 본원에 설명된 질환 평가 테스트 중 하나 이상을 사용하여 HD를 앓고 있는 개체에서 질환 진행의 둔화를 확인하는 것은 의사의 능력 내에 있다. 추가로, 의사는 HD를 앓고 있는 개체의 질환 진행 속도를 평가하기 위해 본원에 기술된 것 이외의 진단 테스트를 개체에게 실시할 수 있음이 이해된다.
일부 실시 형태에서, HD 또는 이의 증상의 발병을 지연시키는 것은 HD에 대해 음성인 HD의 하나 이상의 지표의 하나 이상의 바람직하지 않은 변화의 지연과 관련된다. 의사는 HD의 가족력 또는 유사한 유전적 프로파일(예를 들어, CAG 반복부의 수)을 가진 다른 HD 환자와의 비교를 사용하여 HD 발병에서 Hd까지의 예상되는 대략적인 연령을 결정하여 HD 발병이 지연되는지를 결정할 수 있다.
일부 실시 형태에서, HD의 지표는 HD의 진행을 진단하거나 측정하기 위해 의사와 같은 의료 전문가가 사용하는 파라미터를 포함하며, 제한 없이, 유전자 검사, 청력, 안구 운동, 근력, 협응, 무도병(빠른, 경련성, 비자발적 동작), 감각, 반사, 균형, 운동, 정신 상태, 치매, 성격 장애, 가족력, 체중 감소 및 미상핵의 변성을 포함한다. 미상핵의 변성은 자기 공명 영상(MRI) 또는 컴퓨터 단층 촬영(CT) 스캔과 같은 뇌 영상 기술을 통해 평가된다.
일부 실시 형태에서, HD의 지표의 개선은 HD의 하나 이상의 지표의 바람직하지 않은 변화의 부재, 또는 바람직한 변화의 존재와 관련된다. 일 실시 형태에서, HD의 지표의 개선은 HD의 하나 이상의 지표의 측정가능한 변화의 부재에 의해 입증된다. 다른 실시 형태에서, HD의 지표의 개선은 HD의 하나 이상의 지표의 바람직한 변화에 의해 입증된다.
일부 실시 형태에서, 질환 진행의 둔화는 HD를 앓고 있는 개체에 있어서 생존 시간의 증가를 추가로 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 생존 시간의 증가는 HD 진행 및/또는 HD의 가족력에 기초한 대략적인 생존 시간에 비해 HD를 앓고 있는 개체의 생존을 증가시키는 것을 의미하는 것과 관련된다. 의사는 HD를 앓고 있는 개체의 대략적인 생존 시간을 예측하기 위해 본원에 설명된 하나 이상의 질환 평가 테스트를 사용할 수 있다. 추가로 의사는 HD를 앓고 있는 개체의 가족력 또는 유사한 유전적 프로파일(예를 들어, CAG 반복부의 수)을 가진 다른 HD 환자와의 비교를 사용하여 예상 생존 시간을 예측할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 세포에서 HTT 발현을 억제하는 방법을 제공하며, 본 방법은 다음의 단계를 포함한다: (a) 세포를 HTT 올리고뉴클레오티드와 접촉시키는 단계; 및 (b) 단계 (a)에서 생성된 세포를 HTT 유전자의 mRNA 전사체의 분해를 얻기에 충분한 시간 동안 유지하여 세포에서 HTT 유전자의 발현을 억제하는 단계. 일부 실시 형태에서, HTT 발현은 30% 이상 억제된다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT 발현에 의해 매개되는 병태, 장애 또는 질환을 치료하는 방법을 제공하며, 본 방법은 이를 앓고 있는 인간에게 치료적 유효량의 HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물을 투여하는 단계를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 투여는 HTT 전사체의 발현, 활성 및/또는 수준의 감소를 야기한다. 일부 실시 형태에서, 투여는 HTT 전사체의 발현, 활성 및/또는 수준의 감소와 관련된다. 일부 실시 형태에서, 투여 후에 HTT 전사체의 발현, 활성 및/또는 수준의 감소가 뒤따른다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환을 치료하기 위해 대상체에서 사용하기 위한 HTT 올리고뉴클레오티드를 제공한다. 일부 실시 형태에서, HTT-관련 병태, 장애 또는 질환은 헌팅턴병으로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, 대상체는 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드, 또는 이의 조성물 및 추가 약제 및/또는 방법, 예를 들어, 추가 치료제 및/또는 방법을 투여받는다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물은 단독으로 또는 하나 이상의 추가 치료제 및/또는 트리트먼트와 조합하여 투여될 수 있다. 조합하여 투여되는 경우, 각각의 성분은 동시에 또는 상이한 시점에 임의의 순서로 순차적으로 투여될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 각각의 성분은 개별적으로 그러나 시간적으로 충분히 가깝게 투여되어 원하는 치료 효과를 제공할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 추가 치료 성분은 동시적으로 투여된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 추가 치료 성분은 하나의 조성물로서 투여된다. 일부 실시 형태에서, 투여되는 대상체는 제공된 올리고뉴클레오티드 및 추가 성분 둘 다에 소정 시점에 동시에 노출된다.
일부 실시 형태에서, 추가 치료제 또는 방법은 신경학적 병태, 장애 또는 질환을 예방, 치료, 개선하거나 이의 진행을 늦출 수 있다. 일부 실시 형태에서, 추가 치료제 또는 방법은 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환을 예방, 치료, 개선하거나 이의 진행을 늦출 수 있다. 일부 실시 형태에서, 추가 치료제 또는 방법은 예를 들어 HTT의 발현, 활성 및/또는 수준을 증가시킬 수 있는 유전자 또는 유전자 생성물을 넉다운함으로써 HTT의 발현, 활성 및/또는 수준을 "간접적으로" 감소시킬 수 있다.
일부 실시 형태에서, 추가 치료제는 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드에 물리적으로 콘쥬게이션된다. 일부 실시 형태에서, 추가 약제는 HTT 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 HTT 올리고뉴클레오티드인 추가 약제와 물리적으로 콘쥬게이션된다. 일부 실시 형태에서, 추가 약제인 올리고뉴클레오티드는 본 명세서에 기술된 바와 같은 염기 서열, 당, 핵염기, 뉴클레오티드간 연결, 당, 핵염기 및/또는 뉴클레오티드간 연결 변형 패턴, 백본 키랄 중심 패턴 등, 또는 이들의 임의의 조합을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 추가의 올리고뉴클레오티드는 HTT를 표적화한다. 일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT의 발현, 활성 및/또는 수준을 (직접적으로 또는 간접적으로) 감소시킬 수 있거나 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환을 치료하는 데 유용한 제2 올리고뉴클레오티드에 물리적으로 콘쥬게이션된다. 일부 실시 형태에서, 제1 HTT 올리고뉴클레오티드는 제1 HTT 올리고뉴클레오티드와 동일하거나 동일하지 않을 수 있고, 제1 HTT 올리고뉴클레오티드와 상이하거나 동일하거나 또는 중첩되는 서열을 표적화할 수 있는 제2 HTT 올리고뉴클레오티드에 물리적으로 콘쥬게이션된다.
일부 실시 형태에서, HTT 올리고뉴클레오티드는 HD에 대한 하나 이상의 추가(또는 제2) 치료제, 예를 들어 선택적 세로토닌 재흡수 억제제, 아만타딘, 항파킨슨병 약물, 항정신병 약물, 벤조디아제핀, 미르타자핀, 신경이완제, 레마세마이드, 발프로산, 테트라베나진(Tetrabenazine)(제나진(Xenazine)), 항정신병 약물, 할로페리돌(할돌(Haldol)), 클로르프로마진, 리스페리돈(리스페르달(Risperdal)), 퀘티아핀(세로켈(Seroquel)), 무도병 억제에 도움이 될 수 있는 약, 아만타딘, 레베티라세탐(케프라(Keppra)), 클로나제팜(Klonopin), 정신 장애를 치료하는 약, 항우울제, 시탈로프람(셀렉사(Celexa)), 에스시탈로프람(렉사프로(Lexapro)), 플루옥세틴(프로작(Prozac), 사라펨(Sarafem)), 세르트랄린(졸로프트(Zoloft)), 리스페르달(Risperdal)(리스페리돈), 할돌(Haldol)(할로페리돌), 토라진(Thorazine)(클로르프로마진), 항정신병 약물, 퀘티아핀(세로켈(Seroquel)), 리스페리돈(리스페르달(Risperdal)), 올란자핀(자이프렉사(Zyprexa)), 기분 안정제, 항경련제, 발프로에이트(데파콘(Depacon)), 카르바마제핀(카르바트롤(Carbatrol), 에피톨(Epitol), 테그레톨(Tegretol)), 클로노핀(Klonopin)(클로나제팜), 발륨(Valium)(디아제팜), 카르바트롤(Carbatrol)(카르바마제핀), 데파콘(Depacon)(발프로에이트), 라믹탈(Lamictal)(라모트리진), SRX246, 유전자 사일런싱 요법, 뇌의 염증을 감소시키기 위한 요법, VX15/2503, KD3010, VX15, 벡사로텐, 라퀴니모드, 신경 보호 요법, 훈텍실(Huntexil)(프로도피딘), SBT-20, 라모트리진(라믹탈), 정신 요법, 언어 요법, 물리 요법 및/또는 작업 요법과 함께 투여될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 추가 치료제 또는 방법은 다음 중 임의의 것에 기술되어 있다: 미국 특허 제6,127,401호; 제6,169,115호; 제6,174,909호; 제6,221,904호; 제6,258,353호; 제6,300,373호; 제6,319,944호; 제6,372,736호; 제6,372,768호; 제6,395,749호; 제6,455,536호; 제6,503,899호; 제6,517,859호; 제6,525,054호; 제6,534,651호; 제6,552,041호; 제6,565,875호; 제6,630,461호; 제6,642,227호; 제6,660,748호; 제6,706,711호; 제6,746,678호; 제6,819,956호; 제6,833,478호; 제6,884,804호; 제6,921,774호; 제6,953,796호; 제7,053,057호; 제7,111,346호; 제7,132,414호; 제7,183,307호; 제7,304,061호; 제7,304,071호; 제7,404,221호; 제7,728,018호; 제7,741,365호; 제7,803,752호; 제7,807,654호; 제7,935,718호; 제8,003,610호; 제8,222,279호; 제8,278,272호; 제8,362,066호; 제8,410,110호; 제8,481,086호; 제8,604,080호; 제8,669,248호; 제8,691,824호; 제8,778,947호; 제8,802,440호; 제8,835,171호; 제8,853,198호; 제8,853,241호; 제9,005,677호; 제9,006,205호; 제9,011,937호; 제9,181,544호; 제9,193,695호; 제9,193,969호; 제9,198,944호; 제9,212,205호; 제9,216,161호; 제9,220,778호; 제9,260,394호; 제9,278,963호; 제9,289,143호; 제9,308,182호; 제9,315,532호; 제9,326,956호; 제9,351,946호; 제9,358,293호; 제9,382,314호; 제9,393,409호; 제9,415,030호; 제9,422,234호; 제9,447,006호; 제9,475,747호; 제9,504,665호; 제9,523,093호; 제9,555,071호; 제9,585,878호; 제9,604,957호; 제9,617,210호; 제9,629,815호; 제9,700,587호; 제9,796,673호; 제9,808,448호; 제9,833,621호; 제9,861,594호; 제9,861,596호; 제9,872,865호; 제9,879,063호; 제9,889,143호; 제9,913,877호; 제9,919,129호; 제9,987,286호; 제10,004,722호; 제10,087,228호; 제10,123,969호; 또는 10,124,166; 또는 임의의 WO/2018/227142; WO/2018/226771; WO/2018/226622; WO/2018/220457; WO/2018/218185; WO/2018/218091; WO/2018/213766; WO/2018/208636; WO/2018/206798; WO/2018/204803; WO/2018/194736; WO/2018/189393; WO/2018/187503; WO/2018/185468; WO/2018/178665; WO/2018/174839; WO/2018/174838; WO/2018/172527; WO/2018/148220; WO/2018/145009; WO/2018/138088; WO/2018/138086; WO/2018/138085; WO/2018/136635; WO/2018/132845; WO/2018/127462; WO/2018/112672; WO/2018/107072; WO/2018/093957; WO/2018/084712; WO/2018/080636; WO/2018/078042; WO/2018/076245; WO/2018/075086; WO/2018/071521; WO/2018/071508; WO/2018/071452; WO/2018/057855; WO/2018/045217; WO/2018/044808; 또는 WO/2018/039207.
일부 실시 형태에서, 대상체에는 HTT 올리고뉴클레오티드 및 추가 치료제가 투여되고, 여기서, 추가 치료제는 HTT-관련 상태, 장애 또는 질환의 치료에 유용한 본원에 기술되거나 당업계에 공지된 약제이다.
일부 실시 형태에서, 제2 또는 추가 치료제는 HTT 올리고뉴클레오티드 이전에, 이와 동시에, 또는 이것 이후에 대상체에게 투여된다. 일부 실시 형태에서, 제2 또는 추가 치료제가 대상체에게 다회 투여되고, HTT 올리고뉴클레오티드가 또한 대상체에게 다회 투여되고, 상기 투여들은 임의의 순서로 이루어진다.
일부 실시 형태에서, 개선은 질환 상태에서 너무 높은 유전자 또는 유전자 생성물의 발현, 활성 및/또는 수준을 감소시키는 것; 질환 상태에서 너무 낮은 유전자 또는 유전자 생성물의 발현, 활성 및/또는 수준을 증가시키는 것; 및/또는 유전자 또는 유전자 생성물의 돌연변이체 및/또는 질환-관련 변이체의 발현, 활성 및/또는 수준을 감소시키는 것을 포함할 수 있다.
일부 실시 형태에서, HTT-관련 병태, 장애 또는 질환을 치료, 개선 및/또는 예방하는 데 유용한 HTT 올리고뉴클레오티드는 본원에 기술되거나 당업계에 공지된 임의의 방법을 통해 (예를 들어, 대상체에게) 투여될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 HTT-관련 병태, 장애 또는 질환을 치료, 개선 및/또는 예방하기 위한 제약 조성물로서 투여된다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어된다.
일부 실시 형태에서, 추가 치료제는 다음 중 임의의 하나 이상 또는 이들 모두를 포함한다: 코르티코스테로이드(예를 들어, 덱사메타손); 아세트아미노펜; H1 차단제(예를 들어, 디펜히드라민); 및/또는 H2 차단제(예를 들어, 라니티딘). 일부 실시 형태에서, 이러한 추가 치료제는 올리고뉴클레오티드의 투여와 관련된 적어도 하나의 부작용 또는 악영향을 제어하거나 완화하기 위해 투여된다.
일부 경우에, 헌팅턴병 환자는 폐렴, 심장병, 자살 행동 또는 생각, 섭식 불능, 체중 감소, 신체적 상해(예를 들어, 낙상으로부터의 것) 등과 같은 추가의 관련 장애 또는 질환 또는 합병증을 추가로 앓을 수 있다고 보고되었다. 일부 실시 형태에서, 추가 치료제는 HD의 추가의 관련 장애 또는 질환 또는 합병증을 치료하기 위해 투여된다.
일부의 경우에, 올리고뉴클레오티드를 의약으로 투여받은 환자는 특정한 부작용 또는 악영향을 경험하였으며, 이는 다음을 포함한다:
방실(AV) 심장 차단, 하기도 감염, 변비, 생치, 요로 감염, 상기도 울혈, 귀 감염, 고창, 체중 감소, 혈소판 감소증, 응고 이상, 신장 독성, 주사 부위 독성, 발진, 사구체신염, 간 독성, 저나트륨혈증, 황반 병변, 피부 병변, 발열, 두통, 구토, 요추 천자 후 증후군, 코피, 요통, 감염, 수막염, 수두증, 홍조, 오심, 복통, 호흡 곤란, 고혈압, 실신, 관절통, 기관지염, 소화불량, 호흡 곤란, 홍반, 주입-관련 반응, 근육 경련, 현기증, 비인두염, 상기도 감염, 기도 감염, 인두염, 비염, 부비동염, 바이러스성 상기도 감염, 상기도 울혈, 관절통 또는 통증(요통, 목 또는 근골격계 통증 포함), 홍조(얼굴의 홍반 또는 따뜻한 피부를 포함), 오심, 복통, 기침, 흉부 불편감 또는 흉통, 두통, 발진, 오한, 현기증, 피로, 심박수 또는 심계항진 증가, 저혈압, 고혈압, 안면 부종, 부종, 안구 이상 반응, 안구 건조, 시야 흐림, 유리체 부유물, 혈관외 유출, 정맥염, 혈전정맥염, 주입 또는 주사 부위 부종, 피부염(피하 염증), 봉와직염, 홍반, 주사 부위 발적, 작열감, 주사 부위 통증, 쿠퍼 세포에서의 호염기성 과립의 존재, 국소 내약성 불량, 응고 시간 증가, 보체 활성화, 혈액 독성, 면역계의 자극, 비장 중량 증가, 다기관 림프조직구 세포 침윤, 비장 골수외 조혈, 염증성 효과 및/또는 생식 독성.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 투여와 관련된 하나 이상의 부작용 또는 악영향을 제어하거나 완화하기 위해 추가 치료제를 환자에게 투여할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 및 하나 이상의 추가 치료제가 환자에게 (임의의 순서로) 투여되고, 여기서, 올리고뉴클레오티드의 투여와 관련된 하나 이상의 부작용 또는 악영향을 제어하거나 완화하기 위해 추가 치료제를 환자에게 투여할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 및 하나 이상의 추가 치료제가 환자에게 (임의의 순서로) 투여되고, 여기서, 올리고뉴클레오티드의 투여와 관련된 하나 이상의 부작용 또는 악영향을 제어하거나 완화하기 위해 추가 치료제를 환자에게 투여할 수 있으며, 올리고뉴클레오티드는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는 임의의 표적을 표적화한다: HTT, DMD, APOC3, PNPLA3, C9orf72, 또는 SMN2, 또는 임의의 다른 유전자 표적.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 및 하나 이상의 추가 치료제가 환자에게 (임의의 순서로) 투여되고, 여기서, 올리고뉴클레오티드의 투여와 관련된 하나 이상의 부작용 또는 악영향을 제어하거나 완화하기 위해 추가 치료제를 환자에게 투여할 수 있으며, 올리고뉴클레오티드는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는 임의의 생화학적 메커니즘을 통해 작동한다: 표적 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 수준, 발현 및/또는 활성의 감소, 표적 유전자 mRNA에서의 하나 이상의 엑손의 스킵의 증가 또는 감소, RNaseH-매개 메커니즘, 입체 장애-매개 메커니즘, 및/또는 RNA 간섭-매개 메커니즘(여기서, 올리고뉴클레오티드는 단일- 또는 이중-가닥임).
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 및 하나 이상의 추가 치료제가 환자에게 (임의의 순서로) 투여되고, 여기서, 올리고뉴클레오티드의 투여와 관련된 하나 이상의 부작용 또는 악영향을 제어하거나 완화하기 위해 추가 치료제를 환자에게 투여할 수 있으며, 올리고뉴클레오티드는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는 임의의 생화학적 메커니즘을 통해 작동한다: 표적 유전자 또는 이의 유전자 생성물의 수준, 발현 및/또는 활성의 감소, 표적 유전자 mRNA에서의 하나 이상의 엑손의 스킵의 증가 또는 감소, RNaseH-매개 메커니즘, 입체 장애-매개 메커니즘, 및/또는 RNA 간섭-매개 메커니즘(여기서, 올리고뉴클레오티드는 단일- 또는 이중-가닥이며, 올리고뉴클레오티드는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는 임의의 표적을 표적화함: HTT, DMD, APOC3, PNPLA3, C9orf72, 또는 SMN2, 또는 임의의 다른 유전자 표적).
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 조성물 및 하나 이상의 추가 치료제가 환자에게 (임의의 순서로) 투여되고, 여기서, 올리고뉴클레오티드 조성물의 투여와 관련된 하나 이상의 부작용 또는 악영향을 제어하거나 완화하기 위해 추가 치료제를 환자에게 투여할 수 있으며, 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어되거나, 또는 적어도 하나의 키랄 제어 뉴클레오티드간 연결(키랄 제어 포스포로티오에이트를 포함하지만 이에 한정되지 않음)을 포함한다.
올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물의 투여
당업계에 공지된 다양한 기술을 포함하여, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물(전형적으로 치료 목적을 위한 제약 조성물)을 투여하기 위한 많은 전달 방법, 요법 등이 본 발명에 따라 사용될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드 조성물은 비견되는 기준 올리고뉴클레오티드 조성물보다 더 낮은 용량 및/또는 빈도로 투여되고 비견하거나 개선된 효과를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물은 예를 들어 표적 전사체의 넉다운을 개선하는 데 있어서 비견되는, 그렇지 않으면 동일한 스테레오랜덤 기준 올리고뉴클레오티드 조성물의 용량 및/또는 빈도보다 더 낮은 용량 및/또는 빈도로, 비견되거나 개선된 효과를 가지고서 투여된다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물의 특성 및 활성, 예를 들어 넉다운 활성, 안정성, 독성 등을 화학적 변형 및/또는 입체화학에 의해 조절 및 최적화할 수 있음을 인식한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 화학적 변형 및/또는 입체화학을 통해 올리고뉴클레오티드의 특성 및/또는 활성을 최적화하는 방법을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 개선된 특성 및/또는 활성을 갖는 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물을 제공한다. 임의의 이론에 구애되고자 함이 없이, 예를 들어 더 우수한 활성, 안정성, 전달, 분포, 독성, 약동학, 약력학 및/또는 효능 프로파일로 인해, 본 출원인은 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물이 비견되거나 더 우수한 효능을 달성하기 위해 더 낮은 투여량 및/또는 감소된 빈도로 투여될 수 있고, 일부 실시 형태에서, 향상된 효과를 제공하기 위해 더 높은 투여량 및/또는 증가된 빈도로 투여될 수 있음을 주지하고 있다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 공통 염기 서열을 공유하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드 조성물을 투여하는 방법에서, 동일 공통 염기 서열의 기준 올리고뉴클레오티드 조성물에 비해 개선된 전달을 특징으로 하는 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함하는 올리고뉴클레오티드를 투여하는 것을 포함하는 개선을 제공한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드, 조성물 및 방법은 개선된 전달을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드, 조성물 및 방법은 개선된 세포질 전달을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 개선된 전달은 세포 집단에 대한 것이다. 일부 실시 형태에서, 개선된 전달은 조직에 대한 것이다. 일부 실시 형태에서, 개선된 전달은 기관에 대한 것이다. 일부 실시 형태에서, 개선된 전달은 유기체, 예를 들어 환자 또는 대상체에 대한 것이다. 개선된 전달을 제공하는 예시적인 구조적 요소(예를 들어, 화학적 변형, 입체화학, 이들의 조합 등), 올리고뉴클레오티드, 조성물 및 방법이 본 발명에 광범위하게 기술되어 있다.
다양한 투약 요법을 이용하여 본 발명을 위한 올리고뉴클레오티드 및 조성물을 투여할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 다중 단위 용량이 기간에 의해 분리되어 투여된다. 일부 실시 형태에서, 주어진 조성물은 하나 이상의 용량을 포함할 수 있는 권장된 투약 요법을 갖는다. 일부 실시 형태에서, 투약 요법은 각각이 동일한 길이의 기간만큼 서로 분리되어 있는 복수의 용량을 포함하고; 일부 실시 형태에서, 투약 요법은 복수의 용량 및 개별 용량을 분리하는 적어도 2개의 상이한 기간을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 투약 요법 내의 모든 용량은 동일한 단위 용량의 양이다. 일부 실시 형태에서, 투약 요법 내의 상이한 용량들은 상이한 양이다. 일부 실시 형태에서, 투약 요법은 제1 용량 양의 제1 용량에 이어, 제1 용량 양과 상이한 제2 용량 양의 하나 이상의 추가 용량을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 투약 요법은 제1 용량 양의 제1 용량에 이어, 제1 용량(또는 또 다른 이전의 용량) 양과 동일하거나 상이한 제2(또는 후속) 용량 양의 하나 이상의 추가 용량을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물은 동일 서열의 키랄 비제어(예를 들어, 스테레오랜덤) 올리고뉴클레오티드 조성물, 및/또는 동일 서열의 상이한 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물에 사용되는 것과는 상이한 투약 요법에 따라 투여된다. 일부 실시 형태에서, 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물은, 주어진 단위의 시간에 걸쳐 더 낮은 수준의 총 노출을 달성하고/하거나, 하나 이상의 더 낮은 단위 용량을 포함하고/하거나, 주어진 단위의 시간에 걸쳐 더 적은 수의 투약을 포함한다는 점에서 동일 서열의 키랄 비제어(예를 들어, 스테레오랜덤) 올리고뉴클레오티드 조성물의 것과 비교하여 감소된 투약 요법에 따라 투여된다. 일부 실시 형태에서, 키랄 비제어 올리고뉴클레오티드는 동일 서열의 키랄 비제어(예를 들어, 스테레오랜덤) 올리고뉴클레오티드 조성물의 것보다 더 긴 기간 동안 연장되는 투약 요법에 따라 투여된다. 이론에 의해 제한되고자 함이 없이, 본 출원인은 일부 실시 형태에서, 더 짧은 투약 요법 및/또는 투약 사이의 더 긴 기간이 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물의 개선된 안정성, 생체이용성 및/또는 효능 때문일 수 있음을 주지하고 있다. 일부 실시 형태에서, 개선된 전달성(및 기타 특성) 덕분에, 제공된 조성물은 더 낮은 투여량 및/또는 더 낮은 빈도로 투여되어 생물학적 효과, 예를 들어, 임상 효능을 달성할 수 있다.
제약 조성물
일부 실시 형태에서, 본 발명은 제공된 화합물, 예를 들어 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약상 허용가능한 염 및 제약 담체를 포함하는 제약 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 치료 및 임상 목적을 위해, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 제약 조성물로서 제공된다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 그의 산, 염기 또는 염 형태로 제공될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 산 형태, 예를 들어 천연 포스페이트 연결의 경우 -OP(O)(OH)O- 형태일 수 있고; 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 경우 -OP(O)(SH)O- 형태일 수 있으며; 기타 등등이다. 일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 염 형태, 예를 들어 천연 포스페이트 연결의 경우 나트륨 염에서 -OP(O)(ONa)O- 형태일 수 있고; 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결의 경우 나트륨 염에서 -OP(O)(SNa)O- 형태일 수 있고; 기타 등등이다. 달리 언급되지 않는 한, 본 발명의 올리고뉴클레오티드는 산, 염기 및/또는 염 형태로 존재할 수 있다.
치료제로서 사용될 때, HTT 올리고뉴클레오티드 또는 이의 올리고뉴클레오티드 조성물은 전형적으로 제약 조성물로서 투여된다. 일부 실시 형태에서, 제약 조성물은 병태, 장애 또는 질환이 발생한 신체 부위에 올리고뉴클레오티드를 투여하기에 적합하다. 일부 실시 형태에서, 제약 조성물은 치료적 유효량의 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 제약상 허용가능한 염, 및 제약상 허용가능한 불활성 성분을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 불활성 성분은 제약상 허용가능한 희석제, 제약상 허용가능한 부형제, 및 제약상 허용가능한 담체로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 불활성 성분은 제약상 허용가능한 담체이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 그의 표적을 발현하는 신체 세포 및/또는 조직에 투여 및/또는 접촉하기 위한 것으로 제형화된다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 제공된 HTT 올리고뉴클레오티드는 HTT를 발현하는 신체 세포 및/또는 조직에 투여하기 위한 것으로 제형화된다. 일부 실시 형태에서, 이러한 신체 세포 및/또는 조직은 중추 신경계의 뉴런 또는 세포 및/또는 조직이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 및 조성물의 광범위한 분포는 뇌실질내 투여, 척추강내 투여, 또는 뇌실내 투여에 의해 달성될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 제약 조성물은 정맥내 주사, 경구 투여, 협측 투여, 흡입, 코 투여, 국소 투여, 안투여 또는 귀 투여용으로 제형화된다. 일부 실시 형태에서, 제약 조성물은 정제, 환제, 캡슐, 리퀴드, 흡입제, 코 스프레이 용액, 좌제, 현탁액, 겔, 콜로이드, 분산액, 현탁액, 용액, 에멀젼, 연고, 로션, 점안제 또는 점이제이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 제약상 허용가능한 불활성 성분(예를 들어, 제약상 허용가능한 부형제, 제약상 허용가능한 담체 등)과 혼합된 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 또는 이의 조성물을 포함하는 제약 조성물을 제공한다. 당업자는 제약 조성물이 제공된 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 제약상 허용가능한 염을 포함한다는 것을 인식할 것이다. 일부 실시 형태에서, 제약 조성물은 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물이다. 일부 실시 형태에서, 제약 조성물은 입체순수 올리고뉴클레오티드 조성물이다.
일부 실시 형태에서, 본 발명은 올리고뉴클레오티드의 염 및 이의 제약 조성물을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 염은 제약상 허용가능한 염이다. 일부 실시 형태에서, 제약 조성물은 선택적으로 그의 염 형태인 올리고뉴클레오티드, 및 나트륨 염을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제약 조성물은 선택적으로 그의 염 형태인 올리고뉴클레오티드, 및 염화나트륨을 포함한다. 일부 실시 형태에서, (예를 들어, 수성 용액, 제약 조성물 등의 조건 하에서) 염기에 공여될 수 있는 올리고뉴클레오티드의 각각의 수소 이온은 비-H+ 양이온으로 대체된다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드의 제약상 허용가능한 염은 전부-금속 이온 염이며, 여기서 각각의 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, 천연 포스페이트 연결, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결 등)의 각각의 수소 이온(예를 들어, -OH, -SH 등의 것)은 금속 이온으로 대체된다. 제약 조성물을 위한 다양한 적합한 금속 염이 당업계에 널리 공지되어 있고 본 발명에 따라 사용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 소듐 염이다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 마그네슘 염이다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 칼슘 염이다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 포타슘 염이다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 암모늄 염(양이온 N(R)4 +)이다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 하나 이하의 유형의 양이온을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 2가지 이상의 유형의 양이온을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 양이온은 Li+, Na+, K+, Mg2 + 또는 Ca2 +이다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 전부-소듐 염이다. 일부 실시 형태에서, 제약상 허용가능한 염은 전부-소듐 염이며, 여기서, 만약 있다면, 천연 포스페이트 연결(산 형태 -O-P(O)(OH)-O-)인 각각의 뉴클레오티드간 연결은 그의 소듐 염 형태(-O-P(O)(ONa)-O-)로 존재하며, 만약 있다면, 포스포로티오에이트 뉴클레오티드간 연결(산 형태 -O-P(O)(SH)-O-)인 각각의 뉴클레오티드간 연결은 그의 소듐 염 형태(-O-P(O)(SNa)-O-)로 존재한다.
핵산 및/또는 올리고뉴클레오티드를 전달하기 위한 다양한 기술이 당업계에 공지되어 있으며, 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 예를 들어, 다양한 초분자 나노캐리어를 사용하여 핵산을 전달할 수 있다. 예시적인 나노캐리어는 리포좀, 양이온성 중합체 착물 및 다양한 중합체성 화합물을 포함하지만 이에 한정되지 않는다. 다양한 폴리양이온에 의한 핵산의 착물화는 세포내 전달을 위한 또 다른 접근법이며; 이는 페길화된 폴리양이온, 폴리에틸렌아민(PEI) 착물, 양이온성 블록 공중합체 및 덴드리머의 사용을 포함한다. PEI 및 폴리아미도아민 덴드리머를 포함한 몇몇 양이온성 나노캐리어는 엔도솜으로부터 내용물을 방출하는 것을 돕는다. 다른 접근법은 중합체자 나노입자, 미소구체, 리포좀, 덴드리머, 생분해성 중합체, 콘쥬게이트, 프로드러그, 무기 콜로이드, 예컨대 황 또는 철, 항체, 임플란트, 생분해성 임플란트, 생분해성 미소구체, 삼투압 제어 임플란트, 지질 나노입자, 에멀젼, 유성 용액, 수성 용액, 생분해성 중합체, 폴리(락티드-코글리콜산), 폴리(락트산), 리퀴드 데포, 중합체 미셀, 양자점 및 리포플렉스의 사용을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 또 다른 분자에 콘쥬게이션된다.
치료 및/또는 진단 응용에서, 본 발명의 화합물, 예를 들어, 올리고뉴클레오티드는 전신 및 국소 또는 국부 투여를 포함하는 다양한 투여 방식을 위하여 제형화될 수 있다. 기술 및 제형은 일반적으로 문헌[Remington, The Science and Practice of Pharmacy (20th ed. 2000)]에서 찾을 수 있다.
염기성 모이어티를 위한 제약상 허용가능한 염은 일반적으로 당업자에게 잘 알려져 있으며, 예를 들어, 아세테이트, 벤젠술포네이트, 베실레이트, 벤조에이트, 바이카르보네이트, 바이타르트레이트, 브로마이드, 칼슘 에데테이트, 칸실레이트, 카르보네이트, 시트레이트, 에데테이트, 에디실레이트, 에스톨레이트, 에실레이트, 푸마레이트, 글루셉테이트, 글루코네이트, 글루타메이트, 글리콜릴라르사닐레이트, 헥실레소르시네이트, 히드라바민, 히드로브로마이드, 히드로클로라이드, 히드록시나프토에이트, 요오다이드, 이세티오네이트, 락테이트, 락토비오네이트, 말레이트, 말레에이트, 만델레이트, 메실레이트, 뮤케이트, 납실레이트, 니트레이트, 파모에이트(엠보네이트), 판토테네이트, 포스페이트/디포스페이트, 폴리갈락투로네이트, 살리실레이트, 스테아레이트, 수브아세테이트, 숙 네이트, 술페이트, 탄네이트, 타르트레이트 또는 테오클레이트를 포함할 수 있다. 다른 제약상 허용가능한 염은 예를 들어, 문헌[Remington, The Science and Practice of Pharmacy (20th ed. 2000)]에서 찾을 수 있다. 바람직한 제약상 허용가능한 염은 예를 들어 아세테이트, 벤조에이트, 브로마이드, 카르보네이트, 시트레이트, 글루코네이트, 히드로브로마이드, 히드로클로라이드, 말레에이트, 메실레이트, 납실레이트, 파모에이트(엠보네이트), 포스페이트, 살리실레이트, 숙시네이트, 술페이트 또는 타르트레이트를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 WO 2005/060697, WO 2011/076807 또는 WO 2014/136086에 기술된 제약 조성물로 제형화된다.
치료되는 특정 병태, 장애 또는 질환에 따라, 제공된 약제, 예를 들어, 올리고뉴클레오티드는 액체 또는 고체 투여 형태로 제형화되고 전신 또는 국소 투여될 수 있다. 제공된 올리고뉴클레오티드는 예를 들어 당업자에게 공지된 바와 같이 정시 또는 지속 저 방출 형태로 전달될 수 있다. 제형화 및 투여 기술은 문헌[Remington, The Science and Practice of Pharmacy (20th ed. 2000)]에서 찾을 수 있다. 적합한 경로는 경구, 협측, 흡입 스프레이, 설하, 직장, 경피, 질, 경점막, 비강 또는 장 투여; 근육내, 피하, 수내 주사와, 경막내, 직접적 뇌실내, 정맥내, 관절내, 흉골내, 활액내, 간내, 병변내, 두개내, 복강내, 비강내 또는 안내 주사를 비롯한 비경구 전달 또는 또 다른 전달 방식을 포함한다.
주사를 위해, 제공된 약제, 예를 들어 올리고뉴클레오티드는 수성 용액, 예컨대 생리학적으로 상용성인 완충액, 예컨대 행크액(Hank's solution), 링거액 또는 생리 식염수 완충액 중에서 제형화되고 희석될 수 있다. 이러한 경점막 투여를 위해, 침투될 장벽에 적절한 침투제가 제형에 사용된다. 이러한 침투제는 일반적으로 당업계에 공지되어 있으며 본 발명에 따라 사용될 수 있다.
다양한 투여 방식에 적합한 투여량으로 본 발명을 실시하기 위한 화합물, 예를 들어 제공된 올리고뉴클레오티드를 제형화하기 위한 제약상 허용가능한 담체의 사용은 당업계에 잘 알려져 있다. 담체의 적절한 선택 및 적합한 제조 관행에 의해, 본 발명의 조성물, 예를 들어 용액으로 제형화된 조성물은 다양한 경로를 통하여, 예를 들어 비경구적으로, 예컨대 정맥내 주사에 의해 투여될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어, HTT 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물은 다음 중 임의의 것 또는 다음의 것 모두를 추가로 포함한다: 염화칼슘 이수화물, 염화마그네슘 육수화물, 염화칼륨, 염화나트륨, 무수 제이인산나트륨, 제일인산나트륨 이수화물, 및/또는 주사용 물. 일부 실시 형태에서, 조성물은 다음 중 임의의 것 또는 다음의 것 모두를 추가로 포함한다: 염화칼슘 이수화물(0.21 mg) USP, 염화마그네슘 육수화물(0.16 mg) USP, 염화칼륨(0.22 mg) USP, 염화나트륨(8.77 mg) USP, 무수 제이인산나트륨(0.10 mg) USP, 제일인산나트륨 이수화물(0.05 mg) USP 및 주사용 물 USP.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물은 다음 중 임의의 것 또는 다음의 것 모두를 추가로 포함한다: 콜레스테롤, (6Z,9Z,28Z,31Z)-헵타트리아콘타-6,9,28,31-테트라엔-19-일-4-(디메틸아미노) 부타노에이트(DLin-MC3-DMA), 1,2-디스테아로일-sn- 글리세로-3-포스포콜린(DSPC), 알파-(3'-{[1,2-디(미리스틸옥시)프로판옥시]카르보닐아미노}프로필)-오메가-메톡시, 폴리옥시에틸렌(PEG2000-C-DMG), 무수 제일인산칼륨 NF, 염화나트륨, 제이인산나트륨 칠수화물 및 주사용 물. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물의 pH는 대략 7.0이다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물은 다음 중 임의의 것 또는 다음의 것 모두를 추가로 포함한다: 6.2 mg의 콜레스테롤 USP, 13.0 mg의 (6Z,9Z,28Z,31Z)-헵타트리아콘타-6,9,28,31-테트라엔-19-일-4-(디메틸아미노) 부타노에이트(DLin-MC3-DMA), 3.3 mg의 1 ,2-디스테아로일-sn-글리세로-3-포스포콜린(DSPC), 1.6 mg의 α-(3'-{[1,2-디(미리스틸옥시)프로판옥시]카르보닐아미노}프로필)-ω-메톡시, 폴리옥시에틸렌(PEG2000-C-DMG), 0.2 mg의 무수 제일인산칼륨 NF, 8.8 mg의 염화나트륨 USP, 2.3 mg의 제이인산나트륨 칠수화물 USP, 및 주사용 물 USP(대략 1 mL의 총 부피).
제공된 화합물, 예를 들어, 올리고뉴클레오티드는 당해 분야에 잘 알려진 제약상 허용가능한 담체를 사용하여 경구 투여에 적합한 투여량으로 용이하게 제형화될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이러한 담체는 제공된 올리고뉴클레오티드가 예를 들어 치료받을 대상체(예를 들어, 환자)에 의한 경구 섭취를 위해 정제, 환제, 캡슐, 액체, 겔, 시럽, 슬러리, 현탁액 등으로 제형화될 수 있게 한다.
코 또는 흡입 전달을 위해, 제공된 화합물, 예를 들어 올리고뉴클레오티드는 당업자에게 공지된 방법에 의해 제형화될 수 있으며, 예를 들어, 가용화, 희석 또는 분산 물질의 예, 예컨대, 식염수, 방부제, 예컨대 벤질 알코올, 흡수 촉진제 및 플루오로카본을 포함할 수 있다.
특정 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 CNS로 전달된다. 특정 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 뇌척수액으로 전달된다. 특정 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 뇌 실질에 투여된다. 특정 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 척추강내 투여 또는 뇌실내 투여에 의해 동물/대상체에게 전달된다. 올리고뉴클레오티드 및 조성물의 광범위한 분포는 본원에 기술되고/되거나 당업계에 공지된 투여 방법으로 달성될 수 있다.
특정 실시 형태에서, 비경구 투여는 주사, 예를 들어 시린지, 펌프 등에 의한 것이다. 특정 실시 형태에서, 주사는 볼루스 주사이다. 특정 실시 형태에서, 주사는 선조체, 미상부, 피질, 해마 및/또는 소뇌와 같은 조직 또는 장소에 직접 투여된다.
특정 실시 형태에서, 볼루스 주사에 의한 것과 같은 제공된 화합물, 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 특이적 국소화 방법은 중위 유효 농도(EC50)를 20, 25, 30, 35, 40, 45 또는 50배만큼 감소시킬 수 있다. 특정 실시 형태에서, 표적화된 조직은 뇌 조직이다. 특정 실시 형태에서, 표적화된 조직은 선조체 조직이다. 특정 실시 형태에서, EC50의 감소는 이를 필요로 하는 환자에서 약리학적 결과를 달성하는 데 필요한 용량을 감소시키기 때문에 바람직하다.
특정 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드는 매월, 2개월마다, 90일마다, 3개월마다, 6개월마다, 1년에 2회 또는 1년에 1회 주사 또는 주입에 의해 전달된다.
본 발명에서 사용하기에 적합한 제약 조성물은 활성 성분, 예를 들어 올리고뉴클레오티드가 의도된 목적을 달성하기 위한 유효량으로 함유된 조성물을 포함한다. 유효량의 결정은 특히 본원에 제공된 상세한 개시 내용에 비추어 당업자의 능력 내에 있다.
활성 성분에 더하여, 제약 조성물은 활성 화합물을 제약상 사용될 수 있는 제제로 가공하는 것을 용이하게 하는 부형제 및 보조제를 포함하는 적합한 제약상 허용가능한 담체를 함유할 수 있다. 경구 투여용으로 제형화된 제제는 정제, 당의정, 캡슐 또는 용액의 형태일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 경구용 제약 조성물은 활성 화합물을 고체 부형제와 조합하고, 선택적으로, 생성된 혼합물을 분쇄하고, 원할 경우 적합한 보조제를 첨가한 후 과립의 혼합물을 가공하여 정제 또는 당의정 코어를 수득함으로써 얻어질 수 있다. 적합한 부형제는 특히 락토스, 수크로스, 만니톨 또는 소르비톨을 포함하는 당과 같은 충전제; 셀룰로오스 제제, 예를 들어 옥수수 전분, 밀 전분, 쌀 전분, 감자 전분, 젤라틴, 트래거캔스, 메틸 셀룰로오스, 히드록시프로필메틸-셀룰로오스, 소듐 카르복시메틸-셀룰로오스(CMC) 및/또는 폴리비닐피롤리돈(PVP: 포비돈)이다. 원하는 경우, 붕해제, 예컨대 가교 폴리비닐피롤리돈, 한천 또는 알긴산 또는 이의 염, 예컨대 알긴산나트륨이 첨가될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 당의정 코어에는 적합한 코팅이 제공된다. 이 목적을 위해, 선택적으로 검 아라빅, 활석, 폴리비닐피롤리돈, 카보폴 겔, 폴리에틸렌 글리콜(PEG) 및/또는 이산화티타늄, 래커 용액 및 적합한 유기 용매 또는 용매 혼합물을 함유할 수 있는 농축 당 용액이 사용될 수 있다. 활성 화합물 용량의 상이한 조합을 확인하거나 특성화하기 위해 염료 또는 안료가 정제 또는 당의정 코팅에 첨가될 수 있다.
경구로 사용될 수 있는 제약 제제는 젤라틴으로 만들어진 푸시-피트(push-fit) 캡슐과, 젤라틴 및 가소제, 예컨대 글리세롤 또는 소르비톨로 만들어진 연질, 밀봉 캡슐을 포함한다. 푸시-피트 캡슐은 활성 성분, 예를 들어 올리고뉴클레오티드를 락토스와 같은 충전제, 전분과 같은 결합제, 및/또는 활석 또는 스테아르산마그네슘과 같은 활택제 및 선택적으로 안정화제와의 혼합물 형태로 함유할 수 있다. 연질 캡슐에서, 활성 화합물, 예를 들어 올리고뉴클레오티드는 적합한 액체, 예컨대 지방 오일, 액체 파라핀 또는 액체 폴리에틸렌 글리콜(PEG)에 용해 또는 현탁될 수 있다. 또한, 안정화제가 첨가될 수 있다.
일부 실시 형태에서, 제공된 조성물은 지질을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 지질은 활성 화합물, 예를 들어 올리고뉴클레오티드에 콘쥬게이션된다. 일부 실시 형태에서, 지질은 활성 화합물에 콘쥬게이션되지 않는다. 일부 실시 형태에서, 지질은 C10-C40 선형, 포화 또는 부분 불포화 지방족 사슬을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 지질은 하나 이상의 C1-4 지방족 기로 선택적 치환된, C10-C40 선형, 포화 또는 부분 불포화 지방족 사슬을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 지질은 라우르산, 미리스트산, 팔미트산, 스테아르산, 올레산, 리놀레산, 알파-리놀렌산, 감마-리놀렌산, 도코사헥사엔산 (시스-DHA), 투르비나르산 및 디리놀레일 알코올로 이루어진 군으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 활성 화합물은 제공된 올리고뉴클레오티드이다. 일부 실시 형태에서, 조성물은 지질 및 활성 화합물을 포함하고, 표적화 화합물 또는 모이어티 또는 또 다른 지질인 또 다른 성분을 추가로 포함한다. 일부 실시 형태에서, 지질은 아미노 지질; 양친매성 지질; 음이온성 지질; 아포지단백질; 양이온성 지질; 저분자량 양이온성 지질; CLinDMA 및 DLinDMA와 같은 양이온성 지질; 이온화가능한 양이온성 지질; 클로킹(cloaking) 성분; 헬퍼 지질; 리포펩티드; 중성 지질; 중성 쯔비터이온성 지질; 소수성 소분자; 소수성 비타민; PEG-지질; 하나 이상의 친수성 중합체로 변형된 하전되지 않은 지질; 인지질; 1,2-디올레오일-sn-글리세로-3-포스포에탄올아민과 같은 인지질; 스텔스 지질; 스테롤; 콜레스테롤; 표적화 지질; 또는 제약 용도에 적합한 본원에 기술되거나 당업계에 보고된 또 다른 지질이다. 일부 실시 형태에서, 조성물은 지질 및 또 다른 지질의 하나 이상의 기능을 매개할 수 있는 또 다른 지질의 일부를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 표적화 화합물 또는 모이어티는 화합물(예를 들어, 올리고뉴클레오티드)을 특정 세포 또는 조직 또는 세포 또는 조직의 하위세트로 표적화할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 표적화 모이어티는 특정 표적, 수용체, 단백질, 또는 또 다른 세포내 성분(subcellular component)의 세포- 또는 조직-특이적 발현을 이용하도록 설계된다. 일부 실시 형태에서, 표적화 모이어티는 조성물을 세포 또는 조직에 표적화하고/하거나 표적, 수용체, 단백질 또는 또 다른 세포내 성분에 결합하는 리간드(예를 들어, 소분자, 항체, 펩티드, 단백질, 탄수화물, 압타머 등)이다.
활성 화합물, 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 전달을 위한 특정한 예시적 지질은 활성 화합물의 기능을 허용한다(예를 들어, 상기 기능을 막지 않거나 방해하지 않는다). 일부 실시 형태에서, 지질은 라우르산, 미리스트산, 팔미트산, 스테아르산, 올레산, 리놀레산, 알파-리놀렌산, 감마-리놀렌산, 도코사헥사엔산(시스-DHA), 투르비나르산 또는 디리놀레일 알코올이다.
본 발명에 기술된 바와 같이, 지방산과의 콘쥬게이션과 같은 지질 콘쥬게이션은 올리고뉴클레오티드의 하나 이상의 특성을 개선시킬 수 있다.
일부 실시 형태에서, 활성 화합물, 예를 들어 올리고뉴클레오티드의 전달을 위한 조성물은 원하는 대로 활성 화합물을 특정 세포 또는 조직으로 표적화할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 활성 화합물 전달용 조성물은 활성 화합물을 근육 세포 또는 조직으로 표적화할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 본 발명은 활성 화합물의 전달과 관련된 조성물 및 방법을 제공하며, 여기서 조성물은 활성 화합물 및 지질을 포함한다. 근육 세포 또는 조직에 대한 다양한 실시 형태에서, 지질은 라우르산, 미리스트산, 팔미트산, 스테아르산, 올레산, 리놀레산, 알파-리놀렌산, 감마-리놀렌산, 도코사헥사엔산(시스-DHA), 투르비나르산 및 디리놀레일 알코올로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물은 동결건조된다. 일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물은 동결건조되고, 동결건조된 올리고뉴클레오티드는 바이알 내에 있다. 일부 실시 형태에서, 바이알은 질소로 다시 충전된다. 일부 실시 형태에서, 동결건조된 올리고뉴클레오티드 조성물은 투여 전에 재구성된다. 일부 실시 형태에서, 동결건조된 올리고뉴클레오티드 조성물은 투여 전에 염화나트륨 용액으로 재구성된다. 일부 실시 형태에서, 동결건조된 올리고뉴클레오티드 조성물은 투여 전에 0.9% 염화나트륨 용액으로 재구성된다. 일부 실시 형태에서, 재구성은 투여를 위한 임상 부위에서 일어난다. 일부 실시 형태에서, 동결건조된 조성물에서, 올리고뉴클레오티드 조성물은 키랄 제어되거나 적어도 하나의 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결을 포함하고/하거나 올리고뉴클레오티드는 다음을 포함하지만 이에 한정되지 않는 임의의 표적을 표적화한다: HTT, DMD, APOC3, PNPLA3, C9orf72, 또는 SMN2, 또는 임의의 다른 유전자 표적).
변수의 특정 실시 형태
일부 실시 형태에서, 본 발명은 화학식, 패턴 등에서 변수를 사용한다. 이러한 변수의 특정한 예시적인 실시 형태는 아래에 기술되어 있다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 아래에 또는 본 발명의 다른 곳에 기술된 각각의 변수에 대한 실시 형태는 독립적으로 그리고 선택적으로, 아래에 또는 본 발명의 다른 곳에 기술된 상기 화학식, 패턴 등의 다른 변수의 실시 형태와 조합될 수 있다.
일부 실시 형태에서, R5s-Ls-는 -CH2OH이다. 일부 실시 형태에서, R5s-Ls-는 -C(R5s)2-OH이며, 여기서, R5s는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R5s-Ls-는 -CH(R5s)-OH이며, 여기서, R5s는 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, BA는 C3-30 지환족, C6-30 아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C5-30 헤테로아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C3-30 헤테로시클릴, 천연 핵염기 모이어티, 및 변형 핵염기 모이어티로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C5-30 헤테로아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C3-30 헤테로시클릴, 천연 핵염기 모이어티, 및 변형 핵염기 모이어티로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C5-30 헤테로아릴, 천연 핵염기 모이어티, 및 변형 핵염기 모이어티로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C5-30 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 천연 핵염기 및 이의 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 천연 핵염기 및 이의 호변이성질체이다. 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 다양한 핵염기 보호기는 공지되어 있으며, 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, BA는 아데닌, 시토신, 구아노신, 티민, 및 우라실로부터 선택되는 선택적 치환 핵염기, 및 이의 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, BA는 아데닌, 시토신, 구아노신, 티민, 및 우라실로부터 선택되는 선택적 보호 핵염기, 및 이의 호변이성질체이다.
일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 C3-30 지환족이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 C6-30 아릴이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 C3-30 헤테로시클릴이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 C5-30 헤테로아릴이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 천연 염기 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 변형 염기 모이어티이다. BA는 C3-30 지환족, C6-30 아릴, C3-30 헤테로시클릴, 및 C5-30 헤테로아릴로부터 선택되는 선택적 치환 기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 C3-30 지환족, C6-30 아릴, C3-30 헤테로시클릴, C5-30 헤테로아릴, 및 천연 핵염기 모이어티로부터 선택되는 선택적 치환 기이다.
일부 실시 형태에서, BA는 방향족 고리를 통하여 연결된다. 일부 실시 형태에서, BA는 헤테로원자를 통하여 연결된다. 일부 실시 형태에서, BA는 방향족 고리의 고리 헤테로원자를 통하여 연결된다. 일부 실시 형태에서, BA는 방향족 고리의 고리 질소 원자를 통하여 연결된다.
일부 실시 형태에서, BA는 천연 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 천연 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 치환 천연 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적으로 치환되거나, 또는 A, T, C, U, 또는 G의 선택적 치환 호변이성질체이다. 일부 실시 형태에서, BA는 천연 핵염기 A, T, C, U, 또는 G이다. 일부 실시 형태에서, BA는 천연 핵염기 A, T, C, U, 및 G로부터 선택되는 선택적 치환 기이다.
일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 퓨린 염기 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 퓨린 염기 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 아데닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 아데닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 구아닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 구아닌 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 시토신 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 시토신 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 티민 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 티민 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 우라실 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 우라실 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 선택적 치환 5-메틸시토신 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 보호된 5-메틸시토신 잔기이다.
일부 실시 형태에서, BA는 올리고뉴클레오티드 제조에서 사용되는 바와 같은 보호된 염기 잔기이다. 일부 실시 형태에서, BA는 본 발명에 기술된 바와 같은 핵염기이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 Rs는 독립적으로 -H, 할로겐, -CN, -N3, -NO, -NO2, -Ls-R', -Ls-Si(R)3, -Ls-OR', -Ls-SR', -Ls-N(R')2, -O-Ls-R', -O-Ls-Si(R)3, -O-Ls-OR', -O-Ls-SR', 또는 -O-Ls-N(R')2이며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, Rs는 R'이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, Rs는 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, Rs는 선택적 치환 C1-30 헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 하나 이상의 규소 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -CH2Si(Ph)2CH3이다.
일부 실시 형태에서, Rs는 -Ls-R'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Ls-R'이며, 여기서, -Ls-는 2가, 선택적 치환 C1-30 헤테로지방족 기이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -CH2Si(Ph)2CH3이다.
일부 실시 형태에서, Rs는 -F이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -I이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Ls-Si(R)3이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Si(R)3이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Ls-R'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Ls-OR'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Ls-SR'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -Ls-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -O-Ls-R'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -O-Ls-Si(R)3이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -O-Ls-OR'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -O-Ls-SR'이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -O-Ls-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 2'-변형이며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -OR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -OR이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, Rs는 -OCH2CH2OMe이다.
일부 실시 형태에서, s는 0~20이다. 일부 실시 형태에서, s는 1~20이다. 일부 실시 형태에서, s는 1~5이다. 일부 실시 형태에서, s는 1이다. 일부 실시 형태에서, s는 2이다. 일부 실시 형태에서, s는 3이다. 일부 실시 형태에서, s는 4이다. 일부 실시 형태에서, s는 5이다. 일부 실시 형태에서, s는 6이다. 일부 실시 형태에서, s는 7이다. 일부 실시 형태에서, s는 8이다. 일부 실시 형태에서, s는 9이다. 일부 실시 형태에서, s는 10이다. 일부 실시 형태에서, s는 11이다. 일부 실시 형태에서, s는 12이다. 일부 실시 형태에서, s는 13이다. 일부 실시 형태에서, s는 14이다. 일부 실시 형태에서, s는 15이다. 일부 실시 형태에서, s는 16이다. 일부 실시 형태에서, s는 17이다. 일부 실시 형태에서, s는 18이다. 일부 실시 형태에서, s는 19이다. 일부 실시 형태에서, s는 20이다.
일부 실시 형태에서, Ls는 L이며, 여기서, L은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, L은 2가 선택적 치환 메틸렌 기이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -CH2-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -C(R')2-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -CH(R')-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -CHR-이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 Ls는 독립적으로 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌, -C≡C-, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이다.
일부 실시 형태에서, Ls는 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00216
, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 공유 결합, 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 C1-30 지방족 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00217
, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 공유 결합, 또는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 C1-30 헤테로지방족 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00218
, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00219
, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 C1-C6 헤테로지방족 기, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, 또는 -C(O)O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 C1-10 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 C1-10 헤테로지방족 기로부터 선택되는 공유 결합, 또는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌, -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, 및 -C(O)O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체됨)이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 공유 결합, 또는 C1-10 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 C1-10 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기(여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -C(R')2-, -Cy-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, 및 -C(O)O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체됨)이다.
일부 실시 형태에서, Ls는 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 2가 C1-30 지방족이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 붕소, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 C1-30 헤테로지방족이다.
일부 실시 형태에서, 지방족 모이어티, 예를 들어 Ls, R 등의 것은 1가 또는 2가 또는 다가 중 어느 하나이며, 그 범위 내에서 임의의 수의 탄소 원자(임의의 선택적 치환 전), 예를 들어, C1, C2, C3, C4, C5, C6, C7, C8, C9, C10, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19, C20, C21, C22, C23, C24, C25, C26, C27, C28, C29, C30 등을 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 헤테로지방족 모이어티, 예를 들어 Ls, R 등의 것은 1가 또는 2가 또는 다가 중 어느 하나이며, 그 범위 내에서 임의의 수의 탄소 원자(임의의 선택적 치환 전), 예를 들어, C1, C2, C3, C4, C5, C6, C7, C8, C9, C10, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19, C20, C21, C22, C23, C24, C25, C26, C27, C28, C29, C30 등을 포함할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -Cy-로 대체되며, 여기서, -Cy-는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -O-, -S-, -N(R')-, -C(O)-, -S(O)-, -S(O)2-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(S)(OR')-, 또는 -P(S)(OR')-로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -O-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -S-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -N(R')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -C(O)-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -S(O)-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -S(O)2-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(O)(OR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(O)(SR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(O)(R')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(O)(NR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(S)(OR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(S)(SR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(S)(R')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(S)(NR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(R')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(OR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(SR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(NR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(OR')[B(R')3]-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -O-, -S-, -N(R')-, -C(O)-, -S(O)-, -S(O)2-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(S)(OR')-, 또는 -P(S)(OR')-로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로 대체되며, 이들 각각은 독립적으로 뉴클레오티드간 연결일 수 있다.
일부 실시 형태에서, Ls는, 예를 들어 Rs에 연결된 경우, -CH2-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -C(R)2-이며, 여기서, 적어도 하나의 R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -CHR-이다. 일부 실시 형태에서, R은 수소이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -CHR-이며, 여기서, R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, -CHR-의 C는 키랄 C이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -(R)-CHR-이며, 여기서, -CHR-의 C는 키랄 C이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -(S)-CHR-이며, 여기서, -CHR-의 C는 키랄 C이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-5 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-5 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-4 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-3 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-3 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C2 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-5 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-5 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-4 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-3 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-3 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C2 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-6 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-6 할로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-5 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-5 할로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-4 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-4 할로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-3 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-3 할로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C2 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 하나 이상의 할로겐으로 치환된 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 -CF3이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 -CH=CH-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 (E)-CH=CH-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 선택적 치환 (Z)-CH=CH-이다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -C≡C-이다.
일부 실시 형태에서, Ls는 적어도 하나의 인 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, Ls의 적어도 하나의 메틸렌 단위는 -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로 대체된다.
일부 실시 형태에서, Ls는 -Cy-이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 ~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 단환식 또는 이환식 3~20원 헤테로시클릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 단환식 또는 이환식 5~20원 헤테로시클릴 고리이며, 여기서, 적어도 하나의 헤테로원자는 산소이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 2가 테트라히드로푸란 고리이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 푸라노스 모이어티이다.
본원에 기술된 바와 같이, 각각의 L은 독립적으로 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인, 붕소 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기이며, 여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00220
, -C(R')2-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체된다.
일부 실시 형태에서, L은 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기이며, 여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로, C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00221
, -C(R')2-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기로 대체되며; 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체된다. 일부 실시 형태에서, L은 공유 결합, 또는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 C1-30 지방족 기이며, 여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로, C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00222
, -C(R')2-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기로 대체되며, 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체된다. 일부 실시 형태에서, L은 공유 결합, 또는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 C1-30 헤테로지방족 기이며, 여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로, C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00223
, -C(R')2-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, -C(O)O-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기로 대체되며, 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체된다. 일부 실시 형태에서, L은 공유 결합, 또는 C1-30 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기이며, 여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로, C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌,
Figure pct00224
, -C(R')2-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, 또는 -C(O)O-로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기로 대체되며, 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체된다. 일부 실시 형태에서, L은 공유 결합, 또는 C1-10 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 C1-10 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기이며, 여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로, C1-6 알킬렌, C1-6 알케닐렌, -C(R')2-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, 및 -C(O)O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체되고, 하나 이상의 탄소 원자는 선택적으로, 그리고 독립적으로 CyL로 대체된다. 일부 실시 형태에서, L은 공유 결합, 또는 C1-10 지방족 기 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 C1-10 헤테로지방족 기로부터 선택되는 2가, 선택적 치환, 선형 또는 분지형 기이며, 여기서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로, -C(R')2-, -O-, -S-, -S-S-, -N(R')-, -C(O)-, -C(S)-, -C(NR')-, -C(O)N(R')-, -N(R')C(O)N(R')-, -N(R')C(O)O-, -S(O)-, -S(O)2-, -S(O)2N(R')-, -C(O)S-, 및 -C(O)O-로부터 선택되는 선택적 치환 기로 대체된다.
일부 실시 형태에서, L은 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, L은 선택적 치환 2가 C1-30 지방족이다. 일부 실시 형태에서, L은 붕소, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 C1-30 헤테로지방족이다.
일부 실시 형태에서, 지방족 모이어티, 예를 들어 L, R 등의 것(1가 또는 2가 또는 다가 중 어느 하나임)은 그 범위 내에 (임의의 선택적 치환 전에) 임의의 수의 탄소 원자, 예를 들어, C1, C2, C3, C4, C5, C6, C7, C8, C9, C10, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19, C20, C21, C22, C23, C24, C25, C26, C27, C28, C29, C30 등을 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 헤테로지방족 모이어티, 예를 들어 L, R 등의 것(1가 또는 2가 또는 다가 중 어느 하나임)은 그 범위 내에 (임의의 선택적 치환 전에) 임의의 수의 탄소 원자, 예를 들어, C1, C2, C3, C4, C5, C6, C7, C8, C9, C10, C11, C12, C13, C14, C15, C16, C17, C18, C19, C20, C21, C22, C23, C24, C25, C26, C27, C28, C29, C30 등을 포함할 수 있다.
일부 실시 형태에서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -O-, -S-, -N(R')-, -C(O)-, -S(O)-, -S(O)2-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(S)(OR')-, 또는 -P(S)(OR')-로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -O-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -S-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -N(R')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -C(O)-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -S(O)-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -S(O)2-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(O)(OR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(O)(SR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(O)(R')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(O)(NR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(S)(OR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(S)(SR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(S)(R')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(S)(NR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(R')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(OR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(SR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(NR')-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -P(OR')[B(R')3]-로 대체된다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 메틸렌 단위는 선택적으로, 그리고 독립적으로 -O-, -S-, -N(R')-, -C(O)-, -S(O)-, -S(O)2-, -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(S)(OR')-, 또는 -P(S)(OR')-로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 메틸렌 단위는 -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로 대체되며, 이들 각각은 독립적으로 뉴클레오티드간 연결일 수 있다.
일부 실시 형태에서, L은, 예를 들어 R에 연결된 경우, -CH2-이다. 일부 실시 형태에서, L은 -C(R)2-이며, 여기서, 적어도 하나의 R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, L은 -CHR-이다. 일부 실시 형태에서, R은 수소이다. 일부 실시 형태에서, L은 -CHR-이며, 여기서, R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, -CHR-의 C는 키랄 C이다. 일부 실시 형태에서, L은 -(R)-CHR-이며, 여기서, -CHR-의 C는 키랄 C이다. 일부 실시 형태에서, L은 -(S)-CHR-이며, 여기서, -CHR-의 C는 키랄 C이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-5 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-5 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-4 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-3 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-3 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C2 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-5 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-5 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-4 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-4 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-3 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-3 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C2 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-6 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-6 할로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-5 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-5 할로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-4 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-4 할로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-3 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-3 할로알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 C2 할로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 하나 이상의 할로겐으로 치환된 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 -CF3이다. 일부 실시 형태에서, L은 선택적 치환 -CH=CH-이다. 일부 실시 형태에서, L은 선택적 치환 (E)-CH=CH-이다. 일부 실시 형태에서, L은 선택적 치환 (Z)-CH=CH-이다. 일부 실시 형태에서, L은 -C≡C-이다.
일부 실시 형태에서, L은 적어도 하나의 인 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, L의 적어도 하나의 메틸렌 단위는 -P(O)(OR')-, -P(O)(SR')-, -P(O)(R')-, -P(O)(NR')-, -P(S)(OR')-, -P(S)(SR')-, -P(S)(R')-, -P(S)(NR')-, -P(R')-, -P(OR')-, -P(SR')-, -P(NR')-, -P(OR')[B(R')3]-, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, 또는 -OP(OR')[B(R')3]O-로 대체된다.
일부 실시 형태에서, CyL은 C3-20 지환족 고리, C6-20 아릴 고리, a 5~20원 헤테로아릴 고리 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는, 및 산소, 질소, 황, 인, 붕소 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 4가 기이다.
일부 실시 형태에서, CyL은 단환식이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 이환식이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 다환식이다.
일부 실시 형태에서, CyL은 포화된다. 일부 실시 형태에서, CyL은 부분 불포화된다. 일부 실시 형태에서, CyL은 방향족이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 포화 고리 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, CyL은 부분 불포화 고리 모이어티이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, CyL은 방향족 고리 모이어티이거나 이를 포함한다.
일부 실시 형태에서, CyL은 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 C3-20 지환족 고리(예를 들어, 4가인 것을 제외하고는 R에 대하여 기술된 것)이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 포화 C3-20 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 부분 불포화 C3-20 지환족 고리이다. 지환족 고리는 본 발명에 기술된 바와 같이 다양한 크기의 것일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 고리는 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 3원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 4원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 5원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 7원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 8원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 9원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 10원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 시클로프로필 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 시클로부틸 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 시클로펜틸 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 시클로헥실 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 시클로헵틸 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 시클로옥타닐 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 지환족 고리는 시클로알킬 고리이다. 일부 실시 형태에서, 지환족 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 지환족 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 지환족 고리는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 더 큰 원자가를 갖는 R에 대하여 본 발명에 기술된 바와 같은 지환족 모이어티이다.
일부 실시 형태에서, CyL은 선택적 치환 6~20원 아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 4가 페닐 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 4가 페닐 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 선택적 치환 나프탈렌 모이어티이다. 고리는 본 발명에 기술된 바와 같이 상이한 크기의 것일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 아릴 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, 아릴 고리는 10원이다. 일부 실시 형태에서, 아릴 고리는 14원이다. 일부 실시 형태에서, 아릴 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 아릴 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 아릴 고리는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 더 큰 원자가를 갖는 R에 대하여 본 발명에 기술된 바와 같은 아릴 모이어티이다.
일부 실시 형태에서, CyL은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~20원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 본 발명에 기술된 바와 같이, 헤테로아릴 고리는 다양한 크기의 것일 수 있고, 다양한 수 및/또는 유형의 헤테로원자를 함유할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 1개 초과의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 1가지 이하의 유형의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 1가지 초과의 유형의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 5원이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 8원이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 9원이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 10원이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로아릴 고리는 핵염기 모이어티, 예를 들어, A, T, C, G, U 등이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 더 큰 결합가를 갖는, R에 대하여 본 발명에 기술된 바와 같은 헤테로아릴 모이어티이다.
일부 실시 형태에서, CyL은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 포화된다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 부분 불포화된다. 헤테로시클릴 고리는 본 발명에 기술된 바와 같이 다양한 크기의 것일 수 있다. 일부 실시 형태에서, 고리는 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 3원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 4원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 5원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 6원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 7원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 8원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 9원이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 10원이다. 헤테로시클릴 고리는 다양한 수 및/또는 유형의 헤테로원자를 함유할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 1개 이하의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 1개 초과의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 1가지 이하의 유형의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 1가지 초과의 유형의 헤테로원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 헤테로시클릴 고리는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 더 큰 원자가를 갖는 R에 대하여 본 발명에 기술된 바와 같은 헤테로시클릴 모이어티이다.
당업자에게 용이하게 이해되는 바와 같이, 많은 적합한 고리 모이어티가 본 발명에 광범위하게 기술되고 본 발명에 따라 사용될 수 있다(예를 들어 R(이는 CyL에 대해 더 큰 원자가를 가질 수 있음)에 대해 기술된 것).
일부 실시 형태에서, CyL은 핵산에서의 당 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 선택적 치환 푸라노스 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 피라노스 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 DNA에서 발견되는 선택적 치환 푸라노스 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 RNA에서 발견되는 선택적 치환 푸라노스 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 선택적 치환 2'-데옥시리보푸라노스 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 선택적 치환 리보푸라노스 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 치환은 본 발명에 기술된 바와 같은 당 변형을 제공한다. 일부 실시 형태에서, 선택적 치환 2'-데옥시리보푸라노스 모이어티 및/또는 선택적 치환 리보푸라노스 모이어티는 2'-위치에서의 치환을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치는 2'-변형이며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 -F이다. 일부 실시 형태에서, 2'-변형은 -OR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, CyL은 변형 당 모이어티, 예컨대 LNA, 알파-L-LNA 또는 GNA에서의 당 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 변형 당 모이어티, 예컨대 ENA에서의 당 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 뉴클레오티드간 연결과 핵염기를 연결하는 올리고뉴클레오티드의 말단 당 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 예를 들어 말단이 선택적으로 링커를 통해 고체 지지체에 연결되는 경우 올리고뉴클레오티드의 말단 당 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 2개의 뉴클레오티드간 연결 및 핵 염기를 연결하는 당 모이어티이다. 예시적인 당 및 당 모이어티는 본 발명에 광범위하게 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, CyL은 핵염기 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 천연 핵염기, 예컨대 A, T, C, G, U 등이다. 일부 실시 형태에서, 핵염기는 변형 핵염기이다. 일부 실시 형태에서, CyL은 A, T, C, G, U, 및 5mC로부터 선택되는 선택적 치환 핵염기 모이어티이다. 예시적인 핵염기 및 핵염기 모이어티는 본 발명에서 광범위하게 기술된다.
일부 실시 형태에서, 2개의 CyL 모이어티는 서로 결합되며, 여기서, 하나의 CyL은 당 모이어티이고 다른 하나는 핵염기 모이어티이다. 일부 실시 형태에서, 이러한 당 모이어티 및 핵염기 모이어티는 뉴클레오시드 모이어티를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드 모이어티는 천연이다. 일부 실시 형태에서, 뉴클레오시드 모이어티는 변형된다. 일부 실시 형태에서, CyL은 아데노신, 5-메틸우리딘, 시티딘, 구아노신, 우리딘, 5-메틸시티딘, 2'-데옥시아데노신, 티미딘, 2'-데옥시시티딘, 2'-데옥시구아노신, 2'-데옥시우리딘, 및 5-메틸-2'-데옥시시티딘으로부터 선택되는 선택적 치환 천연 뉴클레오시드 모이어티이다. 예시적인 뉴클레오시드 및 뉴클레오시드 모이어티는 본 발명에 광범위하게 기술되어 있다.
일부 실시 형태에서, 예를 들어 Ls에서, CyL은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어, -OP(O)(OR')O-, -OP(O)(SR')O-, -OP(O)(R')O-, -OP(O)(NR')O-, -OP(OR')O-, -OP(SR')O-, -OP(NR')O-, -OP(R')O-, -OP(OR')[B(R')3]O- 등에 결합된 선택적 치환 뉴클레오시드 모이어티이며, 이는 선택적 치환 뉴클레오티드 단위를 형성할 수 있다. 예시적인 뉴클레오티드 및 뉴클레오시드 모이어티는 본 발명에 광범위하게 기술되어 있다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 2가 3~30원 카르보시클릴렌이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 선택적 치환 2가 6~30원 아릴렌이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 5~30원 헤테로아릴렌이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 3~30원 헤테로시클릴렌이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 5~30원 헤테로아릴렌이다. 일부 실시 형태에서, -Cy-는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 2가 3~30원 헤테로시클릴렌이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 고리 As는 독립적으로, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리 As는 선택적 치환 고리이며, 이러한 고리는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 고리 As는 선택적 치환
Figure pct00225
이다. 일부 실시 형태에서, 고리 As는
Figure pct00226
이다. 일부 실시 형태에서, 고리 As는 선택적 치환
Figure pct00227
이다. 일부 실시 형태에서, 고리 As는
Figure pct00228
이다. 일부 실시 형태에서, 고리 As는 이환식 고리, 예를 들어, 이환식 당의 이환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리 As는 다환식 고리이다.
일부 실시 형태에서,
Figure pct00229
는
Figure pct00230
Figure pct00231
Figure pct00232
의 구조를 가지며, 여기서, 각각의 Lb는 독립적으로 L이며, 각각의 다른 변수는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 예시적인 실시 형태는 당에 대하여 기술된 것을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 하나의 Lb는 -O-, -S- 또는 -N(R')-이다. 일부 실시 형태에서, 2' 탄소에 대한 Lb 연결은 -O-, -S- 또는 -N(R')-이다. 일부 실시 형태에서, Lb는 -C(R)2-이다. 일부 실시 형태에서, 4' 탄소에 대한 Lb 연결은 -C(R)2-이다. 일부 실시 형태에서, -C(R)2-는 -CHR-이다. 일부 실시 형태에서, 둘 다의 Lb는 독립적으로 -C(R)2-이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 R1s, R2s, R3s, R4s, 및 R5s는 독립적으로 Rs이며, 여기서, Rs는 본 발명에 기술된 바와 같다.
일부 실시 형태에서, R1s는 Rs이며, 여기서, Rs는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R1s는 1'-위치에 있다(BA는 1'-위치에 있다). 일부 실시 형태에서, R1s는 -H이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 L-L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 1'-위치의 Rs는 수소이며, 다른 하나의 1'-위치의 Rs는 수소가 아니고, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 둘 다의 1'-위치의 Rs는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 1'-위치의 Rs는 수소이며, 다른 하나의 1'-위치는 뉴클레오티드간 연결에 연결된다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 1'-위치의 하나의 R1s는 수소이며, 다른 하나의 1'-위치의 다른 하나의 R1s는 수소가 아니고, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 둘 다의 1'-위치의 R1s는 수소이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -O-Ls-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -O-Ls-OR'이며, 여기서, Ls는 선택적 치환 C1-6 알킬렌이고, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -O-(선택적 치환 C1-6 알킬렌)-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -O-(선택적 치환 C1-6 알킬렌)-OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R1s는 -OCH2CH2OMe이다.
일부 실시 형태에서, R2s는 Rs이며, 여기서, Rs는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치에 2개의 R2s가 있는 경우, 하나의 R2s는 -H이며, 다른 하나는 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, R2s는 2'-위치에 있다(BA는 1'-위치에 있다). 일부 실시 형태에서, R2s는 -H이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 L-L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 2'-위치의 Rs는 수소이며, 다른 하나의 2'-위치의 Rs는 수소가 아니고, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 둘 다의 2'-위치의 Rs는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 2'-위치의 Rs는 수소이며, 다른 하나의 2'-위치는 뉴클레오티드간 연결에 연결된다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 2'-위치의 하나의 R2s는 수소이며, 다른 하나의 2'-위치의 다른 하나의 R2s는 수소가 아니고, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 둘 다의 2'-위치의 R2s는 수소이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -O-Ls-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -O-Ls-OR'이며, 여기서, Ls는 선택적 치환 C1-6 알킬렌이고, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -O-(선택적 치환 C1-6 알킬렌)-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -O-(선택적 치환 C1-6 알킬렌)-OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R2s는 -OCH2CH2OMe이다.
일부 실시 형태에서, R3s는 Rs이며, 여기서, Rs는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R3s는 3'-위치에 있다(BA는 1'-위치에 있다). 일부 실시 형태에서, R3s는 -H이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 3'-위치의 Rs는 수소이며, 다른 하나의 3'-위치의 Rs는 수소가 아니고, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 둘 다의 3'-위치의 Rs는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 3'-위치의 Rs는 수소이며, 다른 하나의 3'-위치는 뉴클레오티드간 연결에 연결된다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 L-L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, R3s는 수소이다.
일부 실시 형태에서, R4s는 Rs이며, 여기서, Rs는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R4s는 4'-위치에 있다(BA는 1'-위치에 있다). 일부 실시 형태에서, R4s는 -H이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 4'-위치의 Rs는 수소이며, 다른 하나의 4'-위치의 Rs는 수소가 아니고, 이는 본원에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 둘 다의 4'-위치의 Rs는 수소이다. 일부 실시 형태에서, 하나의 4'-위치의 Rs는 수소이며, 다른 하나의 4'-위치는 뉴클레오티드간 연결에 연결된다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 L-L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, R4s는 수소이다.
일부 실시 형태에서, R5s는 Rs이며, 여기서, Rs는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R5s는 R'이며, 여기서, R'는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -H이다. 일부 실시 형태에서, 2개 이상의 R5s는 동일 탄소 원자에 연결되며, 적어도 하나는 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -H가 아니다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -F이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -Cl이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -Br이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -I이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -CN이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -N3이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -NO이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -NO2이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -L-R'이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -L-OR'이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -L-SR'이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -SR'이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 L-L-N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -N(R')2이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -OMe이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -MOE이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 수소이다.
일부 실시 형태에서, R5s는 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 C1-6 지방족, 예를 들어, R 또는 다른 변수에 대하여 기술된 C1-6 지방족 실시 형태이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 에틸이다.
일부 실시 형태에서, R5s는 올리고뉴클레오티드 합성에 적합한 보호된 히드록실 기이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R5s는 DMTrO-이다. 예시적인 보호기는 본 발명에 따라 사용하기 위한 것으로 널리 공지되어 있다. 추가의 예에 대하여, 문헌[Greene, T. W.; Wuts, P. G. M. Protective Groups in Organic Synthesis, 2nd ed.; Wiley: New York, 1991], 및 WO 2011/005761, WO 2013/012758, WO 2014/012081, WO 2015/107425, WO 2010/064146, WO 2014/010250, WO 2011/108682, WO 2012/039448, 및 WO 2012/073857을 참조한다.
일부 실시 형태에서, R1s, R2s, R3s, R4s, 및 R5s 중 2개 이상은 R이며, 개재 원자(들)와 함께 취해져서 고리를 형성할 수 있다(본 발명에 기술된 바와 같음). 일부 실시 형태에서, R2s 및 R4s는 고리를 형성하도록 함께 취해지는 R이며, 당 모이어티는 이환식 당 모이어티, 예를 들어, LNA 당 모이어티일 수 있다.
일부 실시 형태에서, Ls는 -C(R5s)2-이며, 여기서, 각각의 R5s는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 하나의 R5s는 H이며, 다른 하나는 H가 아니다. 일부 실시 형태에서, R5s 중 어떤 것도 H가 아니다. 일부 실시 형태에서, Ls는 -CHR5s-이며, 여기서, 각각의 R5s는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, -C(R5s)2-는 당 모이어티의, 선택적으로 치환된 5'-C이다. 일부 실시 형태에서, -C(R5s)2-의 C는 R 배열의 것이다. 일부 실시 형태에서, -C(R5s)2-의 C는 S 배열의 것이다. 본 발명에 기술된 바와 같이, 일부 실시 형태에서, R5s는 선택적 치환 C1-6 지방족이며; 일부 실시 형태에서, R5s는 메틸이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 화합물은 하나 이상의 2가 또는 다가의 선택적 치환 고리, 예를 들어, 고리 As, 고리 AL, CyL, -Cy-, 함께 취해진 2개 이상의 R 기(R 및 R일 수 있는 변수들(상기 변수들의 조합))에 의해 형성되는 것 등을 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가라는 것을 제외하고는 R에 대하여 기술된 바와 같은 지환족, 아릴, 헤테로아릴, 또는 헤테로시클릴 기이다. 당업자에게 이해되는 바와 같이, 하나의 변수, 예를 들어, 고리 A에 대해 기술된 고리 모이어티는 또한, 다른 변수, 예를 들어 헤테로원자의 수, 원자가 등의 요건이 충족되는 경우 다른 변수, 예를 들어 CyL에 적용될 수 있다. 예시적인 고리는 본 발명에서 광범위하게 기술된다.
일부 실시 형태에서, 선택적 치환 고리는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 그 범위 내의 임의의 크기, 예를 들어 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20원일 수 있다.
일부 실시 형태에서, 고리는 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 포화되고 단환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 단환식이고 부분 포화된다. 일부 실시 형태에서, 고리는 단환식이고 방향족이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 이환식이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 다환식이다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 2개 이상의 단환식 고리 모이어티를 포함하며, 상기 모이어티 각각은 포화되거나, 부분 포화되거나, 방향족일 수 있고, 이들 각각은 헤테로원자를 포함하지 않거나 1~10개의 헤테로원자를 포함할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 포화 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 헤테로원자를 포함하지 않는 포화 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 하나 이상의 헤테로원자를 포함하는 포화 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 부분 포화 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 헤테로원자를 포함하지 않는 부분 포화 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 하나 이상의 헤테로원자를 포함하는 부분 포화 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 방향족 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 헤테로원자를 포함하지 않는 방향족 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 하나 이상의 헤테로원자를 포함하는 방향족 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 또는 다환식 고리는 포화 고리 및 부분 포화 고리를 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 하나 이상의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 고리는 포화 고리 및 부분 포화 고리를 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 헤테로원자를 포함하지 않거나 하나 이상의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 이환식 고리는 방향족 고리 및 부분 포화 고리를 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 헤테로원자를 포함하지 않거나 하나 이상의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다환식 고리는 포화 고리 및 부분 포화 고리를 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 헤테로원자를 포함하지 않거나 하나 이상의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다환식 고리는 방향족 고리 및 부분 포화 고리를 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 헤테로원자를 포함하지 않거나 하나 이상의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다환식 고리는 방향족 고리 및 포화 고리를 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 헤테로원자를 포함하지 않거나 하나 이상의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 다환식 고리는 방향족 고리, 포화 고리, 및 부분 포화 고리를 포함하며, 이들 각각은 독립적으로 헤테로원자를 포함하지 않거나 하나 이상의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리는 적어도 하나의 헤테로원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리는 적어도 하나의 질소 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리는 적어도 하나의 산소 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 고리는 적어도 하나의 황 원자를 포함한다.
본 발명에 따라 당업자가 이해하듯이, 전형적으로 고리는 선택적으로 치환된다. 일부 실시 형태에서, 고리는 비치환된다. 일부 실시 형태에서, 고리는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 고리는 그의 탄소 원자 중 하나 이상에서 치환된다. 일부 실시 형태에서, 고리는 그의 헤테로원자 중 하나 이상에서 치환된다. 일부 실시 형태에서, 고리는 그의 탄소 원자 중 하나 이상 및 그의 헤테로원자 중 하나 이상에서 치환된다. 일부 실시 형태에서, 2개 이상의 치환체는 동일 고리 원자 상에 위치할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 모든 이용가능한 고리 원자는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 모든 이용가능한 고리 원자가 치환되는 것은 아니다. 일부 실시 형태에서, 고리가 다른 구조(예를 들어,
Figure pct00233
에서 고리 A)에 연결되는 것으로 표시되는 제공된 구조에서, "선택적 치환"은, 이미 연결된 구조 외에, 치환가능한 나머지 고리 위치가, 존재할 경우, 선택적으로 치환됨을 의미한다.
일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 C3-30 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 C3-20 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 C3-10 지환족 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 3~30원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 3~7원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 3원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 4원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 5원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 6원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 7원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 시클로헥실 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 시클로펜틸 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 시클로부틸 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 시클로프로필 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 C6-30 아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 페닐 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 8~10원 이환식 포화, 부분 불포화 또는 아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 8~10원 이환식 포화 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 8~10원 이환식 부분 불포화 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 8~10원 이환식 아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 2가 또는 다가 나프틸 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~30원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~30원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~30원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~30원 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 황, 및 산소로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소 또는 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 단환식 헤테로아릴 고리이다.
특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 8~10원 이환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 3~30원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 3~7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~7원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5~6원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 7원 부분 불포화 단환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소 또는 황으로부터 선택되는 하나의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 3원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 4원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 7원 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 7~10원 이환식 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 8~10원 이환식 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, 고리는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 2가 또는 다가 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, 전형적으로 선택적으로 치환된, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 단환식 포화 5~7원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 단환식 포화 5원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 단환식 포화 6원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 단환식 포화 7원 고리이다.
일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 이환식, 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 5~30원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여, 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 이환식, 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 5~30원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 이환식 및 포화 8~10원 이환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 이환식 및 포화 8원 이환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 이환식 및 포화 9원 이환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여 추가의 헤테로원자는 갖지 않는 이환식 및 포화 10원 이환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는 이환식이며, 5원 고리에 융합된 5원 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는 이환식이며, 6원 고리에 융합된 5원 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 5원 고리는 고리 원자로서 하나 이상의 개재 질소, 인 및 산소 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는
Figure pct00234
의 백본 구조를 갖는 고리 시스템을 포함한다.
일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 다환식, 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 3~30원 고리이다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는, 만약 있다면, 개재 헤테로원자에 더하여, 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 다환식, 포화, 부분 불포화, 또는 아릴 3~30원 고리이다.
일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 5~10원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 5~9원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 5~8원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 5~7원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 5~6원 단환식 고리를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 5원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 6원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 7원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 8원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 9원 단환식 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 하나 이상의 개재 질소, 인 및/또는 산소 원자를 포함하는 10원 단환식 고리를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 기에 의해 형성되는 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 탄소 원자 및 개재 질소, 인 및 산소 원자로 이루어진 5원 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 탄소 원자 및 개재 질소, 인 및 산소 원자를 포함하는 6원 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 탄소 원자 및 개재 질소, 인 및 산소 원자를 포함하는 7원 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 탄소 원자 및 개재 질소, 인 및 산소 원자를 포함하는 8원 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 탄소 원자 및 개재 질소, 인 및 산소 원자를 포함하는 9원 고리를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 함께 취해진 2개 이상의 기에 의해 형성된 고리는 단환식, 이환식 또는 다환식이며, 고리 원자가 탄소 원자 및 개재 질소, 인 및 산소 원자를 포함하는 10원 고리를 포함한다.
일부 실시 형태에서, 본원에 기술된 고리는 비치환된다. 일부 실시 형태에서, 본원에 기술된 고리는 치환된다. 일부 실시 형태에서, 치환체는 본 발명에 제공된 예시적 화합물에서 기술된 것으로부터 선택된다.
본원에 기술된 바와 같이, 각각의 LP는 독립적으로 본 발명에 기술된 바와 같은 뉴클레오티드간 연결, 예를 들어 천연 포스페이트 연결, 포스포로티오에이트 디에스테르 연결, 변형된 뉴클레오티드간 연결, 키랄 뉴클레오티드간 연결, 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결 등이다. 일부 실시 형태에서, 각각의 LP는 독립적으로 화학식 I의 구조를 갖는 연결이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 LP는 독립적으로 화학식 I, I-a-1, I-a-2, I-b, I-c, I-d, I-e, I-n-1, I-n-2, I-n-3, I-n-4, II, II-a-1, II-a-2, II-b-1, II-b-2, II-c-1, II-c-2, II-d-1, 또는 II-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 적어도 하나의 LP는 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 적어도 하나의 LP는 중성 뉴클레오티드간 연결이다. 일부 실시 형태에서, 하나 이상의 LP는 독립적으로 화학식 I-n-1, I-n-2, I-n-3, I-n-4, II, II-a-1, II-a-2, II-b-1, II-b-2, II-c-1, II-c-2, II-d-1, 또는 II-d-2의 구조, 또는 이의 염 형태를 갖는다.
일부 실시 형태에서, L3E는 -Ls- 또는 -Ls-Ls-이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 -Ls-이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 -Ls-Ls-이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 공유 결합이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 올리고뉴클레오티드 합성에 사용되는 링커이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 고상 올리고뉴클레오티드 합성에 사용되는 링커이다. 다양한 유형의 링커가 공지되어 있으며, 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 링커는 숙시네이트 링커(-O-C(O)-CH2-CH2-C(O)-)이다. 일부 실시 형태에서, 링커는 옥살릴 링커(-O-C(O)-C(O)-)이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 숙시닐-피페리딘 링커(SP)인 링커이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 숙시닐 링커이다. 일부 실시 형태에서, L3E는 Q-링커이다.
일부 실시 형태에서, R3E는 -R', -Ls-R', -OR', 또는 고체 지지체이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -R'이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -Ls-R'이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 지지체이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 고체 지지체이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 CPG 지지체이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 폴리스티렌 지지체이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -H이다. 일부 실시 형태에서, -L3-R3E는 -H이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, -L3-R3E는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -OR'이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -OH이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -OR'이며, 여기서, R'는 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R3E는 -OR'이며, 여기서, R'는 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 3'-말단 캡(예를 들어, RNAi 기술에서 사용되는 것)이다.
일부 실시 형태에서, R3E는 고체 지지체이다. 일부 실시 형태에서, R3E는 올리고뉴클레오티드 합성을 위한 고체 지지체이다. 다양한 유형의 고체 지지체가 공지되어 있으며, 본 발명에 따라 이용될 수 있다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 HCP이다. 일부 실시 형태에서, 고체 지지체는 CPG이다.
일부 실시 형태에서, R'는 -R, -C(O)R, -C(O)OR, 또는 -S(O)2R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 -C(O)R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 -C(O)OR이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 -S(O)2R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 수소이다. 일부 실시 형태에서, R'는 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 C1-20 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 선택적 치환 C1-20 헤테로지방족이고, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 선택적 치환 C6-20 아릴이고, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 선택적 치환 C6-20 아릴지방족이고, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 선택적 치환 C6-20 아릴헤테로지방족이고, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 선택적 치환 5~20원 헤테로아릴이고, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, R'는 R이며, 여기서, R은 선택적 치환 3~20원 헤테로시클릴이고, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 2개 이상의 R'는 R이며, 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 본 발명에 기술된 바와 같은 선택적 치환 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, 각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴으로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이거나,
2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성하거나,
2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, 각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴으로부터 선택되는 선택적 치환 기이거나,
2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, 각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-20 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-20 헤테로지방족, C6-20 아릴, C6-20 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-20 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이거나,
2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성하거나,
동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, 각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, C6-30 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-30 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴으로부터 선택되는 선택적 치환 기이다.
일부 실시 형태에서, 각각의 R은 독립적으로 -H, 또는 C1-20 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-20 헤테로지방족, C6-20 아릴, C6-20 아릴지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C6-20 아릴헤테로지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~20원 헤테로아릴, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~20원 헤테로시클릴로부터 선택되는 선택적으로 치환된 기이다.
일부 실시 형태에서, R은 수소이다. 일부 실시 형태에서, R은 수소가 아니다. 일부 실시 형태에서, R은 C1-30 지방족, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 C1-30 헤테로지방족, C6-30 아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴 고리, 및 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 복소환식 고리로부터 선택되는 선택적 치환 기이다.
일부 실시 형태에서, R은 수소, 또는 C1-20 지방족, 페닐, 3~7원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리, 8~10원 이환식 포화, 부분 불포화 또는 아릴 고리, 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리, 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 4~7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리, 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 7~10원 이환식 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리, 또는 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 8~10원 이환식 헤테로아릴 고리로부터 선택되는 선택적 치환 기이다.
일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-30 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-20 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-15 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-10 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C1-6 알킬이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 헥실, 펜틸, 부틸, 프로필, 에틸 또는 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 에틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 에틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 메틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 이소프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 n-프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 tert-부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 sec-부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 n-부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 -(CH2)2CN이다.
일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C3-30 지환족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C3-20 지환족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C3-10 지환족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로프로필이다.
일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 3~30원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 3~7원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 3원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 4원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 5원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 6원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 7원 포화 또는 부분 불포화 탄소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로헵틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로헵틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로헥실이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로펜틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로부틸이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 시클로프로필이다. 일부 실시 형태에서, R은 시클로프로필이다.
일부 실시 형태에서, R이 고리 구조, 예를 들어, 지환족, 시클로헤테로지방족, 아릴, 헤테로아릴 등이거나 이를 포함하는 경우, 고리 구조는 단환식, 이환식 또는 다환식일 수 있다. 일부 실시 형태에서, R은 단환식 구조이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, R은 이환식 구조이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, R은 다환식 구조이거나 이를 포함한다.
일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C1-30 헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C1-20 헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 황, 인 또는 셀레늄의 하나 이상의 산화된 형태를 선택적으로 포함하는, 산소, 질소, 황, 인 또는 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C1-20 헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은
Figure pct00235
, -N=, ≡N, -S-, -S(O)-, -S(O)2-, -O-, =O,
Figure pct00236
로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 기를 포함하는 선택적 치환 C1-30 헤테로지방족이다.
일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C6-30 아릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 페닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 치환 페닐이다.
일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 8~10원 이환식 포화, 부분 불포화 또는 아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 8~10원 이환식 포화 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 8~10원 이환식 부분 불포화 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 8~10원 이환식 아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 나프틸이다.
일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~30원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~30원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~30원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~30원 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 치환 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 비치환 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 황, 및 산소로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 치환 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 황, 및 산소로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 비치환 5~6원 단환식 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소 또는 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 단환식 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 1개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 단환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 피롤릴, 푸라닐, 또는 티에닐로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로아릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 1개의 질소 원자와, 황 또는 산소로부터 선택되는 추가 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로아릴 고리이다. 예시적인 R 기는 선택적 치환 피라졸릴, 이미다졸릴, 티아졸릴, 이소티아졸릴, 옥사졸릴 또는 이속사졸릴을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로아릴 고리이다. 예시적인 R 기는 선택적 치환 트리아졸릴, 옥사디아졸릴 또는 티아디아졸릴을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 헤테로아릴 고리이다. 예시적인 R 기는 선택적 치환 테트라졸릴, 옥사트리아졸릴 및 티아트리아졸릴을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
일부 실시 형태에서, R은 1~4개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1~3개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 다른 실시 형태에서, R은 1~2개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 4개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 3개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 1개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 헤테로아릴 고리이다. 예시적인 R 기는 선택적 치환 피리디닐, 피리미디닐, 피라지닐, 피리다지닐, 트리아지닐, 또는 테트라지닐을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다.
특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 8~10원 이환식 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 다른 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 인돌릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 아자바이시클로[3.2.1]옥타닐이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 아자인돌릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤즈이미다졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤조티아졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤족사졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 인다졸릴이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 인돌릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤조푸라닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤조[b]티에닐이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 아자인돌릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤즈이미다졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤조티아졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤족사졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 인다졸릴이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 옥사졸로피리디일, 티아졸로피리디닐 또는 이미다조피리디닐이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 퓨리닐, 옥사졸로피리미디닐, 티아졸로피리미디닐, 옥사졸로피라지닐, 티아졸로피라지닐, 이미다조피라지닐, 옥사졸로피리다지닐, 티아졸로피리다지닐 또는 이미다조피리다지닐이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 1,4-디히드로피롤로[3,2-b]피롤릴, 4H-푸로[3,2-b]피롤릴, 4H-티에노[3,2-b]피롤릴, 푸로[3,2-b]푸라닐, 티에노[3,2-b]푸라닐, 티에노[3,2-b]티에닐, 1H-피롤로[1,2-a]이미다졸릴, 피롤로[2,1-b]옥사졸릴 또는 피롤로[2,1-b]티아졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 디히드로피롤로이미다졸릴, 1H-푸로이미다졸릴, 1H-티에노이미다졸릴, 푸로옥사졸릴, 푸로이속사졸릴, 4H-피롤로옥사졸릴, 4H-피롤로이속사졸릴, 티에노옥사졸릴, 티에노이속사졸릴, 4H-피롤로티아졸릴, 푸로티아졸릴, 티에노티아졸릴, 1H-이미다조이미다졸릴, 이미다조옥사졸릴 또는 이미다조[5,1-b]티아졸릴이다.
특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 다른 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 퀴놀리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 이소퀴놀리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 퀴나졸린 또는 퀴녹살린이다.
일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3~7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 치환 3~7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 비치환 3~7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~7원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~6원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 7원 부분 불포화 단환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소 또는 황으로부터 선택되는 하나의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 7원 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 3원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 산소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 황이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 산소 원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 산소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 황이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 산소 원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 4원 부분 불포화 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 산소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 황이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 산소 원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 5원 부분 불포화 복소환식 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 질소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 산소이다. 일부 실시 형태에서, R은 1개 이하의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 복소환식 고리이며, 여기서, 헤테로원자는 황이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 산소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 2개의 질소 원자를 갖는 선택적 치환 6원 부분 불포화 복소환식 고리이다.
특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 3~7원 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 선택적 치환 옥시라닐, 옥세타닐, 테트라히드로푸라닐, 테트라히드로피라닐, 옥세파닐, 아지리디닐, 아제티디닐, 피롤리디닐, 피페리디닐, 아제파닐, 티이라닐, 티에타닐, 테트라히드로티오페닐, 테트라히드로티오피라닐, 티에파닐, 디옥솔라닐, 옥사티올라닐, 옥사졸리디닐, 이미다졸리디닐, 티아졸리디닐, 디티올라닐, 디옥사닐, 모르폴리닐, 옥사티아닐, 피페라지닐, 티오모르폴리닐, 디티아닐, 디옥세파닐, 옥사제파닐, 옥사티에파닐, 디티에파닐, 디아제파닐, 디히드로푸라노닐, 테트라히드로피라노닐, 옥세파노닐, 피롤리디노닐, 피페리디노닐, 아제파노닐, 디히드로티오페노닐, 테트라히드로티오피라노닐, 티에파노닐, 옥사졸리디노닐, 옥사지나노닐, 옥사제파노닐, 디옥솔라노닐, 디옥사노닐, 디옥세파노닐, 옥사티올리노닐, 옥사티아노닐, 옥사티에파노닐, 티아졸리디노닐, 티아지나노닐, 티아제파노닐, 이미다졸리디노닐, 테트라히드로피리미디노닐, 디아제파노닐, 이미다졸리딘디오닐, 옥사졸리딘디오닐, 티아졸리딘디오닐, 디옥솔란디오닐, 옥사티올란디오닐, 피페라진디오닐, 모르폴린디오닐, 티오모르폴린디오닐, 테트라히드로피라닐, 테트라히드로푸라닐, 모르폴리닐, 티오모르폴리닐, 피페리디닐, 피페라지닐, 피롤리디닐, 테트라히드로티오페닐, 또는 테트라히드로티오피라닐이다.
특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5~6원 부분 불포화 단환식 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 선택적 치환 테트라히드로피리디닐, 디히드로티아졸릴, 디히드로옥사졸릴, 또는 옥사졸리닐 기이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 7~10원 이환식 포화 또는 부분 불포화 복소환식 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 인돌리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 이소인돌리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 1, 2, 3, 4-테트라히드로퀴놀리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 1, 2, 3, 4-테트라히드로이소퀴놀리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 아자바이시클로[3.2.1]옥타닐이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 8~10원 이환식 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 1,4-디히드로피롤로[3,2-b]피롤릴, 4H-푸로[3,2-b]피롤릴, 4H-티에노[3,2-b]피롤릴, 푸로[3,2-b]푸라닐, 티에노[3,2-b]푸라닐, 티에노[3,2-b]티에닐, 1H-피롤로[1,2-a]이미다졸릴, 피롤로[2,1-b]옥사졸릴 또는 피롤로[2,1-b]티아졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 디히드로피롤로이미다졸릴, 1H-푸로이미다졸릴, 1H-티에노이미다졸릴, 푸로옥사졸릴, 푸로이속사졸릴, 4H-피롤로옥사졸릴, 4H-피롤로이속사졸릴, 티에노옥사졸릴, 티에노이속사졸릴, 4H-피롤로티아졸릴, 푸로티아졸릴, 티에노티아졸릴, 1H-이미다조이미다졸릴, 이미다조옥사졸릴 또는 이미다조[5,1-b]티아졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 다른 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 인돌릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤조푸라닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤조[b]티에닐이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 아자인돌릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤즈이미다졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤조티아졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 벤족사졸릴이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 인다졸릴이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 옥사졸로피리디일, 티아졸로피리디닐 또는 이미다조피리디닐이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 퓨리닐, 옥사졸로피리미디닐, 티아졸로피리미디닐, 옥사졸로피라지닐, 티아졸로피라지닐, 이미다조피라지닐, 옥사졸로피리다지닐, 티아졸로피리다지닐 또는 이미다조피리다지닐이다. 특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 5,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
특정 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 다른 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 선택되는 1개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 퀴놀리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 이소퀴놀리닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 2개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 퀴나졸리닐, 프탈라지닐, 퀴녹살리닐 또는 나프티리디닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 3개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 피리도피리미디닐, 피리도피리다지닐, 피리도피라지닐, 또는 벤조트리아지닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 4개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 피리도트리아지닐, 프테리디닐, 피라지노피라지닐, 피라지노피리다지닐, 피리다지노피리다지닐, 피리미도피리다지닐 또는 피리미도피리미디닐이다. 일부 실시 형태에서, R은 질소, 산소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 6,6-융합 헤테로아릴 고리이다.
일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C6-30 아릴지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C6-20 아릴지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 선택적 치환 C6-10 아릴지방족이다. 일부 실시 형태에서, 아릴지방족의 아릴 모이어티는 6, 10, 또는 14개의 아릴 탄소 원자를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 아릴지방족의 아릴 모이어티는 6개의 아릴 탄소 원자를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 아릴지방족의 아릴 모이어티는 10개의 아릴 탄소 원자를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 아릴지방족의 아릴 모이어티는 14개의 아릴 탄소 원자를 갖는다. 일부 실시 형태에서, 아릴 모이어티는 선택적 치환 페닐이다.
일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C6-30 아릴헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C6-30 아릴헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C6-20 아릴헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C6-20 아릴헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C6-10 아릴헤테로지방족이다. 일부 실시 형태에서, R은 산소, 질소, 및 황으로부터 독립적으로 선택되는 1~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적 치환 C6-10 아릴헤테로지방족이다.
일부 실시 형태에서, 2개의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 함께 취해져서 공유 결합을 형성한다. 일부 실시 형태에서, -C=O가 형성된다. 일부 실시 형태에서, -C=C-가 형성된다 일부 실시 형태에서,
Figure pct00237
가 형성된다.
일부 실시 형태에서, 동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~10원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~6원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 동일 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 상기 원자와 함께 취해져서, 상기 원자에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~5원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, 2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~30원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~20원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~10개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~10원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~5개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~10원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~6원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다. 일부 실시 형태에서, 2개 이상의 원자 상의 2개 이상의 R 기는 선택적으로, 그리고 독립적으로 그의 개재 원자들과 함께 취해져서, 상기 개재 원자들에 더하여, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 0~3개의 헤테로원자를 갖는 선택적으로 치환된 3~5원 단환식, 이환식 또는 다환식 고리를 형성한다.
일부 실시 형태에서, R 기 내의, 또는 함께 취해지는 2개 이상의 R 기에 의해 형성되는 구조 내의 헤테로원자는 산소, 질소 및 황으로부터 선택된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20원이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 포화된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 부분 포화된다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 방향족이다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 포화, 부분 포화, 또는 방향족 고리 모이어티를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 고리는 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개의 방향족 고리 원자를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 형성된 것은 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20개 이하의 방향족 고리 원자를 함유한다. 일부 실시 형태에서, 방향족 고리 원자는 탄소, 질소, 산소 및 황으로부터 선택된다.
일부 실시 형태에서, 함께 취해지는 2개 이상의 R 기(또는 R 및 R일 수 있는 변수로부터 선택되는 2개 이상의 기)는 C3-30 지환족, C6-30 아릴, 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 5~30원 헤테로아릴, 또는 산소, 질소, 황, 인 및 규소로부터 독립적으로 선택되는 1~10개의 헤테로원자를 갖는 3~30원 헤테로시클릴, 2가 또는 다가인 것을 제외하고는 R에 대하여 기술된 바와 같은 고리이다.
일부 실시 형태에서, PL은 P(=W)이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P→B(R')3이다. 일부 실시 형태에서, PL의 P는 키랄 P이다. 일부 실시 형태에서, PL의 P는 Rp이다. 일부 실시 형태에서, PL의 P는 Sp이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 연결은 포스페이트 연결 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, 화학식 I의 연결은 포스포로티오에이트 연결 또는 이의 염 형태이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P*(=W)이며, 여기서, P*는 키랄 연결 인이다. 일부 실시 형태에서, PL은 P*(=O)이며, 여기서, P*는 키랄 연결 인이다.
일부 실시 형태에서, W는 O이다. 일부 실시 형태에서, W는 S이다. 일부 실시 형태에서, W는 Se이다.
일부 실시 형태에서, X는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, X는 -S-이다. 일부 실시 형태에서, Y는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, Z는 -O-이다. 일부 실시 형태에서, W는 -O-이며, Y는 -O-이며, Z는 -O-이며, X는 -O- 또는 -S-이다. 일부 실시 형태에서, W는 -S-이며, Y는 -O-이며, Z는 -O-이며, X는 -O-이다.
일부 실시 형태에서, R1은 본 발명에 기술된 바와 같은 R이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -H이다. 일부 실시 형태에서, R1은 -H가 아니다.
일부 실시 형태에서, -X-L-R1은 예를 들어, 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 합성에 사용되는 바와 같은, 키랄 보조자/시약{예를 들어, H-X-L-R1은 선택적 치환[예를 들어, 캡핑된(예를 들어, -C(O)R'를 사용하여 질소에서 캡핑된] 키랄 보조자/시약}의 선택적 치환 모이어티, 예컨대, US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, 또는 WO 2018/098264에 기술된 것들(이들 각각의 보조자/시약은 독립적으로 본원에 참고로 포함됨)이거나 이를 포함한다. 일부 실시 형태에서, H-X-L-R1은
Figure pct00238
또는
Figure pct00239
이다. 일부 실시 형태에서, H-X-L-R1은
Figure pct00240
이다. 일부 실시 형태에서, H-X-L-R1은
Figure pct00241
이다. 일부 실시 형태에서, H-X-L-R1은
Figure pct00242
이다. 일부 실시 형태에서, H-X-L-R1은
Figure pct00243
이다. 일부 실시 형태에서, H-X-L-R1은
Figure pct00244
이다. 일부 실시 형태에서, R'는 -C(O)R이다. 일부 실시 형태에서, R'는 -C(O)CH3이다.
일부 실시 형태에서, 제공된 올리고뉴클레오티드 조성물, 예를 들어 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물, HTT 올리고뉴클레오티드 조성물 등은 각각이 화학식 O-I의 올리고뉴클레오티드 또는 이의 염인 복수의 올리고뉴클레오티드를 포함한다. 일부 실시 형태에서, 화학식 O-I의 올리고뉴클레오티드는 화학적 변형(예를 들어, 당 변형, 염기 변형, 변형된 뉴클레오티드간 연결 등, 및 이들의 패턴), 입체화학(예를 들어, 키랄 연결 인 등의 것, 및 이의 패턴), 염기 서열 등을 포함하며, 이는 본 발명에 기술된 바와 같다. 일부 실시 형태에서, 화학식 O-I의 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물은 표 1 등으로부터 선택되는 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드 조성물이며, 여기서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 제어된 뉴클레오티드간 연결을 포함한다.
일부 실시 형태에서, z는 1~1000이다. 일부 실시 형태에서, z+1은 본 발명에 기술된 바와 같은 올리고뉴클레오티드 길이이다. 일부 실시 형태에서, z는 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 또는 19 이상이다. 일부 실시 형태에서, z는 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 또는 14이다. 일부 실시 형태에서, z는 50, 60, 70, 80, 90, 100, 150, 또는 200 이하이다. 일부 실시 형태에서, z는 5~50, 10~50, 14~50, 14~45, 14~40, 14~35, 14~30, 14~25, 14~100, 14~150, 14~200, 14~250, 14~300, 15~50, 15~45, 15~40, 15~35, 15~30, 15~25, 15~100, 15~150, 15~200, 15~250, 15~300, 16~50, 16~45, 16~40, 16~35, 16~30, 16~25, 16~100, 16~150, 16~200, 16~250, 16~300, 17~50, 17~45, 17~40, 17~35, 17~30, 17~25, 17~100, 17~150, 17~200, 17~250, 17~300, 18~50, 18~45, 18~40, 18~35, 18~30, 18~25, 18~100, 18~150, 18~200, 18~250, 18~300, 19~50, 19~45, 19~40, 19~35, 19~30, 19~25, 19~100, 19~150, 19~200, 19~250, 또는 19~300이다. 일부 실시 형태에서, z는 10이다. 일부 실시 형태에서, z는 11이다. 일부 실시 형태에서, z는 12이다. 일부 실시 형태에서, z는 13이다. 일부 실시 형태에서, z는 14이다. 일부 실시 형태에서, z는 15이다. 일부 실시 형태에서, z는 16이다. 일부 실시 형태에서, z는 17이다. 일부 실시 형태에서, z는 18이다. 일부 실시 형태에서, z는 19이다. 일부 실시 형태에서, z는 20이다. 일부 실시 형태에서, z는 21이다. 일부 실시 형태에서, z는 22이다. 일부 실시 형태에서, z는 23이다. 일부 실시 형태에서, z는 24이다. 일부 실시 형태에서, z는 25이다. 일부 실시 형태에서, z는 26이다. 일부 실시 형태에서, z는 27이다. 일부 실시 형태에서, z는 28이다. 일부 실시 형태에서, z는 29이다. 일부 실시 형태에서, z는 30이다. 일부 실시 형태에서, z는 31이다. 일부 실시 형태에서, z는 32이다. 일부 실시 형태에서, z는 33이다. 일부 실시 형태에서, z는 34이다.
일부 실시 형태에서, 고리 AL은 2가이다. 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 다가이다. 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 2가이며, -Cy-이다. 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 선택적 치환 2가 트리아졸 고리이다. 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 3가이며, CyL이다. 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 4가이며, CyL이다. 일부 실시 형태에서, 고리 AL은 선택적 치환
Figure pct00245
이다. 일부 실시 형태에서, -X-L-R1은 선택적 치환 알키닐이다. 일부 실시 형태에서, -X-L-R1은 -C≡C-이다. 일부 실시 형태에서, 알키닐 기, 예를 들어, -C≡C-는 다양한 반응을 통하여 다수의 시약과 반응하여 추가 변형을 제공할 수 있다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, 알키닐 기는 클릭 화학을 통하여 아지드와 반응할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 아지드는 R1-N3의 구조를 갖는다.
일부 실시 형태에서, g는 0~20이다. 일부 실시 형태에서, g는 1~20이다. 일부 실시 형태에서, g는 1~5이다. 일부 실시 형태에서, g는 1이다. 일부 실시 형태에서, g는 2이다. 일부 실시 형태에서, g는 3이다. 일부 실시 형태에서, g는 4이다. 일부 실시 형태에서, g는 5이다. 일부 실시 형태에서, g는 6이다. 일부 실시 형태에서, g는 7이다. 일부 실시 형태에서, g는 8이다. 일부 실시 형태에서, g는 9이다. 일부 실시 형태에서, g는 10이다. 일부 실시 형태에서, g는 11이다. 일부 실시 형태에서, g는 12이다. 일부 실시 형태에서, g는 13이다. 일부 실시 형태에서, g는 14이다. 일부 실시 형태에서, g는 15이다. 일부 실시 형태에서, g는 16이다. 일부 실시 형태에서, g는 17이다. 일부 실시 형태에서, g는 18이다. 일부 실시 형태에서, g는 19이다. 일부 실시 형태에서, g는 20이다.
일부 실시 형태에서,
Figure pct00246
는
Figure pct00247
이다. 일부 실시 형태에서,
Figure pct00248
는
Figure pct00249
이다. 일부 실시 형태에서,
Figure pct00250
는
Figure pct00251
이다.
일부 실시 형태에서, t는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25이다. 일부 실시 형태에서, t는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다. 일부 실시 형태에서, t는 1~10, 1~15, 1~20, 1~25, 1~30, 2~10, 2~15, 2~20, 2~25, 2~30, 5~10, 5~15, 5~20, 5~25, 5~30, 8~10, 8~15, 8~20, 8~25, 8~30, 10~15, 10~20, 10~25, 또는 10~30이다. 일부 실시 형태에서, t는 1~3, 1~4, 1~5, 1~10, 2~3, 2~5, 2~6, 또는 2~10이다. 일부 실시 형태에서, t는 1이다. 일부 실시 형태에서, t는 2이다. 일부 실시 형태에서, t는 3이다. 일부 실시 형태에서, t는 4이다. 일부 실시 형태에서, t는 5이다. 일부 실시 형태에서, t는 6이다. 일부 실시 형태에서, t는 7이다. 일부 실시 형태에서, t는 8이다. 일부 실시 형태에서, t는 9이다. 일부 실시 형태에서, t는 10이다. 일부 실시 형태에서, t는 11이다. 일부 실시 형태에서, t는 12이다. 일부 실시 형태에서, t는 13이다. 일부 실시 형태에서, t는 14이다. 일부 실시 형태에서, t는 15이다. 일부 실시 형태에서, t는 16이다. 일부 실시 형태에서, t는 17이다. 일부 실시 형태에서, t는 18이다. 일부 실시 형태에서, t는 19이다. 일부 실시 형태에서, t는 20이다.
일부 실시 형태에서, m은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25이다. 일부 실시 형태에서, m은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다. 일부 실시 형태에서, m은 1~10, 1~15, 1~20, 1~25, 1~30, 2~10, 2~15, 2~20, 2~25, 2~30, 5~10, 5~15, 5~20, 5~25, 5~30, 8~10, 8~15, 8~20, 8~25, 8~30, 10~15, 10~20, 10~25, 또는 10~30이다. 일부 실시 형태에서, m은 1~3, 1~4, 1~5, 1~10, 2~3, 2~5, 2~6, 또는 2~10이다. 일부 실시 형태에서, m은 1이다. 일부 실시 형태에서, m은 2이다. 일부 실시 형태에서, m은 3이다. 일부 실시 형태에서, m은 4이다. 일부 실시 형태에서, m은 5이다. 일부 실시 형태에서, m은 6이다. 일부 실시 형태에서, m은 7이다. 일부 실시 형태에서, m은 8이다. 일부 실시 형태에서, m은 9이다. 일부 실시 형태에서, m은 10이다. 일부 실시 형태에서, m은 11이다. 일부 실시 형태에서, m은 12이다. 일부 실시 형태에서, m은 13이다. 일부 실시 형태에서, m은 14이다. 일부 실시 형태에서, m은 15이다. 일부 실시 형태에서, m은 16이다. 일부 실시 형태에서, m은 17이다. 일부 실시 형태에서, m은 18이다. 일부 실시 형태에서, m은 19이다. 일부 실시 형태에서, m은 20이다.
일부 실시 형태에서, t = m이다. 일부 실시 형태에서, t > m이다. 일부 실시 형태에서, t < m이다. 일부 실시 형태에서, n은 1~10, 1~15, 1~20, 1~25, 1~30, 2~10, 2~15, 2~20, 2~25, 2~30, 5~10, 5~15, 5~20, 5~25, 5~30, 8~10, 8~15, 8~20, 8~25, 8~30, 10~15, 10~20, 10~25, 또는 10~30이다. 일부 실시 형태에서, n은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25이다. 일부 실시 형태에서, n은 1이다. 일부 실시 형태에서, n은 2이다. 일부 실시 형태에서, n은 3이다. 일부 실시 형태에서, n은 4이다. 일부 실시 형태에서, n은 5이다. 일부 실시 형태에서, n은 6이다. 일부 실시 형태에서, n은 7이다. 일부 실시 형태에서, n은 8이다. 일부 실시 형태에서, n은 9이다. 일부 실시 형태에서, n은 10이다. 일부 실시 형태에서, n은 11이다. 일부 실시 형태에서, n은 12이다. 일부 실시 형태에서, n은 13이다. 일부 실시 형태에서, n은 14이다. 일부 실시 형태에서, n은 15이다. 일부 실시 형태에서, n은 16이다. 일부 실시 형태에서, n은 17이다. 일부 실시 형태에서, n은 18이다. 일부 실시 형태에서, n은 19이다. 일부 실시 형태에서, n은 20이다.
일부 실시 형태에서, x는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25이다. 일부 실시 형태에서, x는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다. 일부 실시 형태에서, x는 1~10, 1~15, 1~20, 1~25, 1~30, 2~10, 2~15, 2~20, 2~25, 2~30, 5~10, 5~15, 5~20, 5~25, 5~30, 8~10, 8~15, 8~20, 8~25, 8~30, 10~15, 10~20, 10~25, 또는 10~30이다. 일부 실시 형태에서, x는 1~3, 1~4, 1~5, 1~10, 2~3, 2~5, 2~6, 또는 2~10이다. 일부 실시 형태에서, x는 1이다. 일부 실시 형태에서, x는 2이다. 일부 실시 형태에서, x는 3이다. 일부 실시 형태에서, x는 4이다. 일부 실시 형태에서, x는 5이다. 일부 실시 형태에서, x는 6이다. 일부 실시 형태에서, x는 7이다. 일부 실시 형태에서, x는 8이다. 일부 실시 형태에서, x는 9이다. 일부 실시 형태에서, x는 10이다. 일부 실시 형태에서, x는 11이다. 일부 실시 형태에서, x는 12이다. 일부 실시 형태에서, x는 13이다. 일부 실시 형태에서, x는 14이다. 일부 실시 형태에서, x는 15이다. 일부 실시 형태에서, x는 16이다. 일부 실시 형태에서, x는 17이다. 일부 실시 형태에서, x는 18이다. 일부 실시 형태에서, x는 19이다. 일부 실시 형태에서, x는 20이다.
일부 실시 형태에서, y는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 또는 25이다. 일부 실시 형태에서, y는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10이다. 일부 실시 형태에서, y는 1~10, 1~15, 1~20, 1~25, 1~30, 2~10, 2~15, 2~20, 2~25, 2~30, 5~10, 5~15, 5~20, 5~25, 5~30, 8~10, 8~15, 8~20, 8~25, 8~30, 10~15, 10~20, 10~25, 또는 10~30이다. 일부 실시 형태에서, y는 1~3, 1~4, 1~5, 1~10, 2~3, 2~5, 2~6, 또는 2~10이다. 일부 실시 형태에서, y는 1이다. 일부 실시 형태에서, y는 2이다. 일부 실시 형태에서, y는 3이다. 일부 실시 형태에서, y는 4이다. 일부 실시 형태에서, y는 5이다. 일부 실시 형태에서, y는 6이다. 일부 실시 형태에서, y는 7이다. 일부 실시 형태에서, y는 8이다. 일부 실시 형태에서, y는 9이다. 일부 실시 형태에서, y는 10이다. 일부 실시 형태에서, y는 11이다. 일부 실시 형태에서, y는 12이다. 일부 실시 형태에서, y는 13이다. 일부 실시 형태에서, y는 14이다. 일부 실시 형태에서, y는 15이다. 일부 실시 형태에서, y는 16이다. 일부 실시 형태에서, y는 17이다. 일부 실시 형태에서, y는 18이다. 일부 실시 형태에서, y는 19이다. 일부 실시 형태에서, y는 20이다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드 표기 뒤에 오는 숫자는 배치를 나타낸다. 예를 들어, 일부 실시 형태에서, WV-#####-01은 올리고뉴클레오티드 WV-#####의 배치 01을 나타낸다.
예증
제공된 기술(화합물(올리고뉴클레오티드, 시약 등), 조성물, 방법(제조 방법, 사용 방법, 평가 방법 등) 등)의 특정 실시예를 본원에 제시하였다.
실시예 1. 올리고뉴클레오티드 합성
올리고뉴클레오티드 및 올리고뉴클레오티드 조성물(스테레오랜덤 및 키랄 제어 모두)을 제조하기 위한 다양한 기술이 공지되어 있으며, 본 발명에 따라 사용될 수 있으며, 이는 예를 들어 US 9982257, US 20170037399, US 20180216108, US 20180216107, US 9598458, WO 2017/062862, WO 2018/067973, WO 2017/160741, WO 2017/192679, WO 2017/210647, WO 2018/098264, WO 2018/223056, 또는 WO 2018/237194의 것을 포함하는데, 이들 각각의 방법 및 시약은 본원에 참고로 포함된다.
일부 실시 형태에서, 올리고뉴클레오티드는 적합한 키랄 보조자, 예를 들어 DPSE 키랄 보조자를 사용하여 제조된다. 하나의 예시적인 올리고뉴클레오티드 제조가 아래에 기술되어 있다. 다양한 올리고뉴클레오티드, 예를 들어 표 1의 것들, 및 이들의 조성물은 본 발명에 따라 유사하게 제조될 수 있다. 당업자에 의해 이해되는 바와 같이, 조건(예를 들어, 시약, 용매, 반응 시간 등)은 다양한 올리고뉴클레오티드의 다양한 단계 및/또는 전체 합성에 대해 원하는 수율 및/또는 순도를 달성하기 위해 변경될 수 있다.
올리고뉴클레오티드 제조의 일례에서, CPG 지지체(로딩: 75 umol/g)를 사용하여 873 μmol 규모로 3.5 cm 직경 스테인리스강 컬럼 반응기를 사용하여
Figure pct00252
OP100 합성기(GE Healthcare)에서 합성을 수행하였다. 당업자는 다른 합성기, 컬럼 및 지지체가 또한 적합할 수 있음을 이해할 것이다. 일반적으로, 5단계 사이클을 사용하였다(탈트리틸화, 커플링, 캡핑 1, 산화/티올화 및 캡핑 2).
전형적으로 탈트리틸화는 예를 들어 모니터링 시스템, 예를 들어 436 nm로 설정된 UV 와치(watch) 명령을 이용하여 톨루엔 중 3% DCA를 사용하여 산성 조건에서 수행하였다. 탈트리틸화 후, 용액 중 탈트리틸화 시약 및 방출된 생성물을 씻어 냈다. 예를 들어, 일부 경우에, 적어도 4 컬럼 부피(CV)의 ACN을 사용하여 탈트리틸화 시약을 세척 제거하였다.
커플링을 위해, 포스포르아미다이트 및 활성화제(예를 들어, CMIMT 및 ETT)를 적합한 용매에 용해시키고, 용액을 제조하고 합성 전 충분한 시간(예를 들어, 적어도 4시간) 동안 3Å 분자체에서 건조시켰다. 포스포르아미다이트 커플링을 적합한 아미다이트 및 활성화제 농도에서 수행하였다. 하나의 예시적인 실행에서, 0.2 M 아미다이트 용액 및 0.6 M CMIMT를 사용하여 DPSE 아미다이트 커플링을 수행하였다. dC-L 및 dC-D 아미다이트를 일반적으로 이소부티로니트릴(IBN)에 용해시킨다는 것을 제외하고는 모든 아미다이트를 적합한 용매, 예를 들어 ACN에 용해시켰다. DPSE MOE 아미다이트를 종종 20% IBN/ACN(v/v)에 용해시켰다. CMIMT를 전형적으로 ACN에 용해시켰다. 일부 경우에, 적절한 양, 예를 들어 2.5 당량을 사용하여, 컬럼에 첨가하기 전에 인라인으로 67%의 CMIMT 활성화제와 33%(부피 기준)의 각 아미다이트 용액을 혼합하여 커플링을 수행하였다. 커플링 혼합물은 전형적으로 커플링 효율을 최대화하기 위해 소정의 기간, 예를 들어 최소 6분 동안 재순환시켰다. 일부 실시 형태에서, PSM 아미다이트를 커플링에 사용할 수 있으며, 여기서, PSM 키랄 보조자는 예를 들어 염기성 조건 하에 나중에 선택적으로 제거할 수 있다. 일부 실시 형태에서, 아지도 이미다졸리늄 염(예를 들어, 2-아지도-1,3-디메틸이미다졸리늄 헥사플루오로포스페이트)은 중성 뉴클레오티드간 연결(예를 들어, n001)을 제조하기 위한 변형에 사용될 수 있다.
표준 CED 아미다이트 커플링은 전형적으로 ACN 중 0.6 M ETT 및 0.2 M 아미다이트 용액을 사용하여 수행하였다. MOE-T 아미다이트를 전형적으로 20% IBN/ACN(v/v)에 용해시켰다. 일부 경우에, 적절한 양, 예를 들어 2.5 당량을 사용하여 컬럼에 첨가하기 전에 인라인으로 40%(부피 기준)의 각 아미다이트 용액과 60%의 ETT 활성화제를 혼합하여 커플링을 수행하였다. 커플링 혼합물은 전형적으로 커플링 효율을 최대화하기 위해 소정 기간, 예를 들어 최소 8분 동안 재순환시켰다.
커플링 후, 컬럼을 적절한 양의 적합한 용매, 예를 들어 2 CV의 ACN으로 세척하였다.
DPSE 커플링의 경우, 그 후 컬럼을 충분한 시간 동안 적절한 양의 적합한 캡핑 용액으로, 예를 들어 캡핑 1 용액(캡핑 A: 아세트산 무수물/루티딘/ACN 10/10/80(v/v/v)) 혼합물로(4분 내에 1 CV) 처리하여 키랄 보조 아민을 캡핑(예를 들어, 아세틸화)하였다. 이 단계 후, 컬럼을 적절한 부피의 적합한 용매, 예를 들어 ACN으로(적어도 2 CV) 세척하였다. 그 다음, 변형, 예를 들어 티올화는, 적합한 조건 하에서 적합한 시약을 이용하여, 예를 들어 티올화의 경우, 피리딘/ACN(1:1) 중 0.1 M 잔탄 하이드라이드로 6분의 접촉 시간으로 수행하였다(1.2 CV). 티올화 후, 충분한 양의 적합한 용매, 예를 들어 2 CV CAN을 사용하여 컬럼을 세척하였다. 적합한 조건, 예를 들어 인라인으로 혼합된(1:1) 0.4 CV의 캡핑 A 및 캡핑 B(ACN 중 16% n-메틸이미다졸) 시약을 사용하여 적합한 시간(예를 들어, 0.8분) 동안 캡핑 2를 수행한 후 충분한 양의 적절한 용매로 세척하였다(예를 들어, 2 CV ACN 세척).
표준 CED 커플링 사이클의 경우, 전형적으로 캡핑 1 단계가 없었다. 적합한 조건 하에, 예를 들어 피리딘/H2O(9:1) 중 50 mM 요오드를 사용하여 1.5분 동안 3.5 당량에 대해 산화를 수행하였다. 예를 들어 2 CV ACN으로, 세척 후, 적합한 조건, 예를 들어 인라인으로 혼합된(1:1) 0.4 CV의 캡핑 A 및 캡핑 B 시약을 사용하여 0.8분 동안 캡핑 2를 수행한 후 충분한 양의 적합한 용매로 세척하였다(예를 들어, 2 CV ACN 세척).
원하는 올리고뉴클레오티드 서열을 달성하기 위해 다중 사이클을 수행하였다.
절단 및 탈보호: 스테레오랜덤 뉴클레오티드간 연결에서 시아노에틸(CNET) 기를 제거하기 위해 다양한 기술을 이용할 수 있으며, 예를 들어, 한 제조에서, 5 CV에 걸쳐 15분 동안 20% DEA를 사용한 칼럼상 처리에 의해 상기 기를 제거하였다. 그 후, 지지체를 전형적으로 불활성 가스, 예를 들어 질소의 정상 스트림 하에 소정 기간(예를 들어, 15분) 동안 건조시켰다. 건조 후, 컬럼을 패킹 해제하고, 지지체를 적합한 용기, 예를 들어 800 mL 가압 병으로 옮겼다. 그 후 DPSE 기는 적합한 조건 하에, 예를 들어 39:8:1:2.5의 v/v 비로 DMSO, 물, TEA 및 TEA-3HF를 혼합하여 제조된 TEA-HF의 1 M 용액으로 올리고뉴클레오티드 결합된 고체 지지체를 처리함으로써 제거하여 올리고뉴클레오티드 1 mmol당 100 mL 용액을 만들었다. 그 후, 혼합물을 25℃에서 인큐베이터 진탕기에서 소정 기간, 예를 들어 6시간 동안 진탕시켰다. 혼합물을 냉각(빙조)시킨 후, 적절한 양의 염기, 예를 들어 올리고뉴클레오티드 1 mmol당 수성 암모니아 200 mL를 첨가하였다. 이어서, 혼합물을 적합한 온도, 예를 들어 45℃에서 적합한 시간, 예를 들어 16시간 동안 진탕시켰다. 이어서, 혼합물을 여과하고(0.2~1.2 ㎛ 필터) 케이크를 물로 헹구었다. 여과액을 수득하고 UPLC에 의해 분석하고 45% FLP의 순도를 수득하였다(특히, 본 발명의 기술은 키랄 제어된 올리고뉴클레오티드를 높은 수율 및/또는 미정제 순도로 전달할 수 있다). 생성물 올리고뉴클레오티드는 다수의 기술, 예를 들어 HPLC, LCMS, HRMS 등을 사용하여 특성화하고 정량화할 수 있다. 정량화는 당업계에서 이용가능한 다수의 기술을 이용하여 수행할 수 있다. 한 제조에서, NanoDrop one 분광 광도계(Thermo Scientific)를 사용하여 정량화를 수행하였다. 예로서, 제조에서 80,000 OD의 수율을 수득하였다.
정제 및 탈염: 올리고뉴클레오티드를 정제 및/또는 탈염하기 위해 많은 기술이 이용될 수 있다. 한 절차에서, 조 올리고뉴클레오티드를 TSKgel 15Q(TOSOH Biosciences)가 패킹된 Agilent Load & Lock 컬럼(2.5 cm X 30 cm)에 로딩하였다. 용출제로서 20 mM NaOH 및 2.5 M NaCl을 사용하여
Figure pct00253
150 Pure(GE Healthcare)에서 정제를 수행하였다. 분획을 분석하고 풀링하여 ≥85% FLP의 순도를 갖는 물질을 수득하였다. 그 후 정제된 물질을 2K 재생 셀룰로오스 막에서 탈염한 후 동결건조하여 올리고뉴클레오티드를 백색 분말로서 수득하였다. 이 물질은 추가의 화학적 모이어티와의 콘쥬게이션, 예를 들어 아래에 기술된 Mod001 및 Mod083의 부가를 포함하여 다양한 목적에 사용할 수 있다.
실시예 2. 제공된 올리고뉴클레오티드는 그의 표적의 수준을 효과적으로 감소시킬 수 있다
제공된 올리고뉴클레오티드 및 이의 조성물의 특성 및/또는 활성을 평가하기 위해 다양한 기술이 이용될 수 있다. 일부의 이러한 기술이 이 실시예에 기술되어 있다. 당업자는 다른 많은 기술이 용이하게 이용될 수 있음을 인식한다. 본원에서 입증된 바와 같이, 제공된 올리고뉴클레오티드 및 조성물은 특히, 예를 들어 그의 표적 HTT 핵산의 수준을 감소시키는 데 있어서 고도의 활성을 가질 수 있다.
인간/NHP(비인간 영장류) HTT 서열 세트(이의 하위세트는 상응하는 마우스 HTT 서열과 0 또는 1개의 미스매치가 있음), 및 마우스/래트 HTT 서열 세트(이의 하위세트는 상응하는 인간/NHP 서열과 1개의 미스매치가 있음)을 포함하는 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 설계하고 구축하였다. 농도들 중 하나 또는 농도들의 범위, 및 IC50에서 세포에서 시험관 내 HTT 넉다운 테스트를 포함하여 다수의 HTT 올리고뉴클레오티드를 테스트하였다.
사용된 세포는 인간 및 마우스 세포를 포함한다. 일부 경우에, iPSC 뉴런을 사용하였다. 일부 경우에, Neuro2a 세포 또는 기타 세포를 사용하였다.
HTT 올리고뉴클레오티드 활성 및 IC50 값의 시험관 내 측정을 위한 예시적 프로토콜: HTT 올리고뉴클레오티드 활성 측정을 위해, 96웰 플레이트, 대략 15,000개의 세포/웰을 사용하여 Lipofectamine 2000(Invitrogen)을 제조업체에서 권장하는 바에 따라 사용하여 상이한 농도의 올리고뉴클레오티드로 인간 또는 마우스 세포를 형질감염시켰다. 24시간 또는 48시간 처리 후, SV96 Total RNA Isolation 키트(Promega)를 사용하여 전체 RNA를 추출하였다. RNA 샘플로부터의 cDNA 생성은 제조업체의 설명서에 따라 High-Capacity cDNA Reverse Transcription 키트(Thermo Fisher)를 사용하여 수행하였으며 iQ Multiplex Powermix(Bio-Rad)를 사용하여 CFX 시스템에서 qPCR 분석을 수행하였다. mRNA 넉다운 수준은 모크 처리(△△Ct)에 대한 잔존 mRNA(%)로 계산하였고 IC50 값은 올리고뉴클레오티드 농도 대 잔존 mRNA(%)의 3가지 파라미터 곡선 피팅에 의해 결정하였다.
일부 실험에서, 올리고뉴클레오티드는 리포펙타민을 사용하여 전달하거나 짐노틱(gymnotic)(예를 들어, 자유(free) 흡수를 통해) 전달하였다. 다양한 스크리닝 분석에서 올리고뉴클레오티드를 10 uM의 농도에서 테스트하고 짐노틱 전달하였다. 일부 실험에서, 잔존 HTT mRNA 수준(올리고뉴클레오티드 전달 후)은 HTT 이외의 유전자의 발현 수준인 표준과 비교하여 테스트하였다. 일부 실험의 경우 반복의 결과가 예시되어 있다.
일부 실험에서, 테스트된 올리고뉴클레오티드는 윙-코어-윙 포맷을 갖는다. 일부 실험에서, 테스트된 올리고뉴클레오티드는 대칭 또는 비대칭 포맷을 갖는다(예를 들어, 여기서 5' 및 3' 윙은 각각 동일하거나 상이한 당 변형 및 이의 패턴을 가짐).
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드의 세부사항을 본원의 표 1에 제공한다.
HTT 올리고뉴클레오티드를 5 nM의 농도, 24시간의 지속 기간에서 시험관 내에서 테스트하였다(예를 들어, HTT mRNA 수준은 올리고뉴클레오티드로 세포를 처리한지 24시간 후에 결정하였음). 숫자는 hSFRS9 표준과 비교하여 잔존 hHTT(인간 HTT) mRNA의 상대적인 양을 나타낸다. 일부 표에서, 100.0은 100% 잔존 hHTT mRNA를 나타낸다(0.0% 넉다운). 0.0은 0.0% 잔존 hHTT mRNA를 나타낸다(100.0% 넉다운).
일부 실험에서, WO2017015555 및 WO2017192664에 상세히 설명된 바와 같이 이중 루시퍼라아제 분석에서 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 선택성(mu HTT 대 wt HTT)에 대해 테스트하였다. 간략하게, 이 실험 중 일부는 다음의 프로토콜을 사용하였다: Cos7 세포에서 SNP의 mu 또는 wt 이소형을 포함하는 250개 뉴클레오티드 단편을 포함하는 mu 또는 wt 벡터(psiCHECK2)를 HTT 올리고뉴클레오티드와 함께 공동 형질감염; 노출 시간: 24시간 또는 48시간; 이중 루시퍼라아제 분석을 사용한 발광 레닐라/반딧불이 측정(Promega, 미국 위스콘신주 매디슨 소재); 및 HTT 올리고뉴클레오티드로부터의 R/F를 음성 대조군의 R/F에 대하여 정규화.
뉴런 활성 분석
·인간 iPSC 유래 뉴런은 Agilent Bravo 액체 처리 플랫폼(Agilent, 미국 캘리포니아주 산타 클라라 소재)을 사용하여 Matrigel®(Corning, 미국 뉴욕주 코닝 소재) 코팅된 384웰 플레이트에 플레이팅하였다.
·플레이팅한지 24시간 후, 배지는 고정된 농도의 ASO를 함유하는 새로운 배지로 교체하였고 세포는 짐노틱(자유 흡수) 조건 하에 7일 동안 ASO와 함께 인큐베이션되도록 하였다.
·처리 후 제7일에, 세포를 용해하고 QuantiGene™ Singleplex 분지형 DNA 분석(Thermo Fisher, 미국 매사추세츠주 월섬 소재)을 사용하여 mRNA를 정량화하였다.
· 인간 HTT mRNA를 정량화하고 인간 튜불린을 사용하여 수준을 정규화하였다. 데이터는 비표적화 대조군에 대한 변화 배수로 표현하였다.
선택적 리포터 분석
· 관심 SNP를 포함하는 인간 HTT 유전자(NM_002111)의 단편을 psiCHECKTM-2 벡터 시스템(Promega, 미국 위스콘신주 매디슨 소재) 내로 레닐라 루시퍼라아제 유전자(hRluc)의 3'-비번역 영역(UTR)에 클로닝하였다.
· 96웰 플레이트에서 0.03~50 nM 범위의 농도의 ASO를 이용하여 돌연변이 또는 야생형 SNP를 포함하는 벡터로 원숭이 신장 유래 COS-7 세포를 공동 형질감염시켰다.
· 형질감염 48시간 후, 플레이트를 Dual-Glo® Luciferase 분석 시스템(Promega)으로 처리하고; ASO의 선택성은 내부 대조군인 반딧불이 루시퍼라아제에 대한 레닐라 루시퍼라아제의 상대적 수준을 기준으로 결정하였다.
일부 시험관 내 실험에서, 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 HEK293 세포에서 테스트하였다.
일부 시험관 내 실험에서, HTT를 표적화하지 않는 대조 올리고뉴클레오티드(때로는 cASO로 표기됨)를 사용하였다. 일부 시험관 내 실험에서, 음성 대조 올리고뉴클레오티드는 HTT를 표적화하지 않는 WV-9491이었다.
일부 HTT 올리고뉴클레오티드를 또한 마우스(예를 들어, C57BL6 야생형 마우스 또는 다른 마우스)에서 테스트하였다.
HTT 올리고뉴클레오티드 활성의 생체 내 측정: 모든 동물 절차는 Biomere(미국 매사추세츠주 워세스터 소재)의 IACUC 지침에 따라 수행하였다. 6~8주령의 수컷 C57BL/6 마우스에 제1일에 원하는 올리고뉴클레오티드 농도에서 10 mL/kg의 용량을 견갑골 사이 부위에 피하 투여로 투여하였다. 동물은 CO2 질식 후 식염수를 이용한 심장 관류에 의해 안락사시켰고(예를 들어, 제8일에), 간 샘플을 수거하고 드라이아이스에서 급속 냉동시켰다. 전체 RNA 추출, cDNA 생성 및 qPCR 측정은 시험관 내 올리고뉴클레오티드 활성 측정에 대해 기술한 바와 같이 수행하였다.
생체 내 연구
· 연장된 CAG 반복부를 갖는 전장 인간 mHTT 유전자를 발현하는 HD 마우스를 2회의 뇌실내(ICV) 50 μg 용량의 ASO로 처리하고 마지막 투약 7일 후에 안락사시켰다. HTT 수준은 QuantiGene™ Singleplex 분지형 DNA 분석(Thermo Fisher)을 사용하여 정량화하고 마우스 튜불린에 정규화하였다. 데이터는 비표적화 대조군에 대한 변화 배수로서 표현하였다.
다음을 포함하는 다양한 대조 올리고뉴클레오티드를 사용하였다(예시되지 않은 데이터 포함):
Figure pct00254
추가의 음성 대조 올리고뉴클레오티드는 다음을 포함한다:
Figure pct00255
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 야생형 및/또는 돌연변이 HTT mRNA 또는 단백질의 활성, 수준 및/또는 발현을 넉다운시키는 능력에 대해 테스트하였다.
[표 2] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
위치 11에서 SNP를 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드를 야생형(wt) 및 돌연변이(m) HTT(SNP에 상응함)를 넉다운하는 능력에 대해 시험관 내에서 테스트하였다. 올리고뉴클레오티드는 화학 및 입체화학(또는 이의 패턴)이 상이하다. 올리고뉴클레오티드는 30 nM, 3 nM 또는 0.3 nM에서 테스트하였으며 숫자는 올리고뉴클레오티드 처리 후 잔존 HTT(wt 또는 m)의 백분율을 나타내며, 이는 대조군과 비교한 레닐라/반딧불이 비의 백분율로 표시한다. 반복 데이터의 결과를 나타낸다. 숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT(%)를 나타낸다. 1.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
Figure pct00256
[표 3] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 위치에 SNP를 포함하는 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드(5' 말단으로부터 카운팅하여 P08에서 P13까지), 상이한 입체화학 패턴 및/또는 상이한 2'-변형(또는 이의 패턴)을 야생형(wt) 및 돌연변이(m) HTT(SNP에 상응함)을 넉다운하는 능력에 대해 시험관 내에서 테스트하였다.
결과는 아래에 나타낸다. 세포를 3.3 nM, 10 nM 또는 30 nM 농도의 올리고뉴클레오티드로 처리하였다. 숫자는 올리고뉴클레오티드로 처리한 후 잔존 muHTT 또는 wtHTT mRNA의 %를 나타내며; 숫자는 반복 실험의 평균이며 근사치이다. 100.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
Figure pct00257
Figure pct00258
Figure pct00259
Figure pct00260
[표 4] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 muHTT 또는 wtHTT 단백질의 수준을 감소시키는 능력에 대해 시험관 내에서 테스트하였다.
HTT 올리고뉴클레오티드 WV-917은 이 실험에서 HTT를 표적화하지 않는 대조 올리고뉴클레오티드와 비교하였다. 올리고뉴클레오티드는 30 nM 또는 3 nM에서 테스트하였다. 숫자는 GAPDH에 대한 HTT 단백질(wt 또는 m) 발현의 정량화를 나타낸다. 1.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
Figure pct00261
[표 5] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
각각 스테레오랜덤 또는 입체순수 HTT 올리고뉴클레오티드 WV-1510 및 WV-1511은 야생형(wt) 및 돌연변이(m) HTT(SNP에 상응함)를 넉다운하는 능력에 대해 시험관 내에서 테스트하였다.
결과는 아래에 나타낸다. 세포를 0.9 nM, 1.8 nM, 3.8 nM, 7.5 nM, 15 nM, 또는 30 nM 농도의 올리고뉴클레오티드로 처리하였다. 숫자는 올리고뉴클레오티드로 처리 후 (대조군에 대한) 잔존 muHTT 또는 wtHTT mRNA의 %를 나타낸다. 숫자는 반복 실험의 평균이다. 1.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
Figure pct00262
[표 6] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
상이한 위치에 SNP를 포함하는 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드 및/또는 상이한 패턴의 입체화학 및/또는 상이한 2'-변형(또는 이의 패턴)을 야생형(wt) 및 돌연변이(m) HTT(SNP에 상응함)를 넉다운시키는 능력에 대해 시험관 내에서 테스트하였다.
결과는 아래에 나타낸다. 세포를 10 nM 또는 30 nM 농도의 올리고뉴클레오티드로 처리하였다. 숫자는 올리고뉴클레오티드로 처리 후 (대조군에 대한) 잔존 muHTT 또는 wtHTT mRNA의 %를 나타낸다. 숫자는 반복 실험의 평균이다. 1.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다. 테스트는 48시간 동안 수행하였다. 델타, 특정 농도에서 특정 올리고뉴클레오티드에 의한 MU 및 WT 넉다운 간의 차이.
Figure pct00263
Figure pct00264
Figure pct00265
[표 7A~7CB] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성
실험은 시노몰구스 원숭이에서 1회 투약 후 WV-2022 및 격주 척수강내 투약 후 WV-1092의 생체 분포를 테스트하였다.
[표 7A] 이 실험의 설정은 다음과 같다.
Figure pct00266
Sac, 희생.
용량 부피 = 0.5 ml/동물
a 군 5에서 2차 용량은 6 mg이었다.
#2 및 #4는 #12 및 #24로 군 1에서 교체하였다.
추가 데이터는 제시하지 않는다.
[표 7B] 원숭이 혈장 내 WV-2022의 수준을 아래에 제시하며, 여기서 숫자는 혈장 내 WV-2022의 수준(ng/ml)을 나타낸다.
Figure pct00267
[표 8] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성
SNP rs7685686에 대한 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 SNP 위치: C(wt) 또는 T(mu)에서 염기에 대한 선택성에 대해 시험관 내에서 테스트하였다. 데이터는 아래에 나타낸다.
HTT 올리고뉴클레오티드 WV-2269, WV-2270, WV-2271, WV-2272, WV-2374 및 WV-2375는 SNP rs7685686에 해당하는 야생형(-WT) 및 돌연변이체(-MU) HTT를 넉다운하는 능력에 대해 시험관 내에서 테스트하였다. 올리고뉴클레오티드는 화학 및 입체화학(또는 이의 패턴)이 상이하다. 기재된 농도에서 올리고뉴클레오티드를 테스트했으며 숫자는 올리고뉴클레오티드 처리 후 잔존 HTT(wt 또는 m)의 백분율을 나타낸다. 반복 데이터의 결과를 표시한다. 숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 100.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다. 농도는 nM의 exp10으로 제공한다. SD, 표준 편차. N, 반복 횟수.
Figure pct00268
Figure pct00269
[표 9] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성
HTT 올리고뉴클레오티드 WV-3857은 또한 wt 및 돌연변이 HTT를 넉다운하는 능력에 대해 테스트하였다. 농도는 nM의 exp10으로 제공한다.
결과는 아래에 나타낸다. 숫자는 대조군에 대한 HTT(wt 또는 mu) 수준을 나타내며, 여기서 1.0은 100.0% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
Figure pct00270
[표 10] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 wt 및 돌연변이 HTT를 넉다운시키는 능력에 대해 시험관 내에서 테스트하였다. 농도는 nM의 exp10으로 제공한다.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드는 rs2530595: WV-2589, WV-2590, WV-2591, WV-2592, WV-2593, WV-2594, WV-2595, WV-2596, WV-2605, WV-2606, WV-2607, WV-2608, WV-2609, WV-2610, WV-2611, WV-2612를 표적화한다.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드는 rs rs362331: WV-2597, WV-2598, WV-2598, WV-2599, WV-2600, WV-2600, WV-2601, WV-2601, WV-2602, WV-2603, WV-2604, WV-2613, WV-2614, WV-2615, WV-2615, WV-2616, WV-2616, WV-2617, WV-2618, WV-2619, WV-2620를 표적화한다.
사용된 세포는 SNP rs362331(331), rs2530595(595), 및 rs113407847(847)에 대해 평가하였다:
TriSNP 331:T 595:T 847:G
숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 100.0은 100% 잔존 HTT mRNA를 나타낸다(0.0% 넉다운). 0.0은 0.0% 잔존 HTT mRNA(100.0% 넉다운)를 나타낸다.
Figure pct00271
Figure pct00272
Figure pct00273
Figure pct00274
Figure pct00275
Figure pct00276
Figure pct00277
Figure pct00278
Figure pct00279
Figure pct00280
[표 11] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
돌연변이체 및 야생형 HTT를 넉다운시키는 능력에 대해 추가의 HTT 올리고뉴클레오티드를 스크리닝하였다.
본원에서 ND33947(때로는 ND33947로 지정됨) 및 GM01169(때로는 GM01147로 지정됨)로 지정된 2개의 1차 섬유아세포주는 초기 시퀀싱 및 페이징 데이터를 기반으로 선택하였다. 이들은 rs362307 및 rs362331 SNP 모두에 대해 이형접합성이다. 세포는 rs362307 또는 rs362331 SNP를 표적화하는 대조군 및 테스트 올리고뉴클레오티드로 전기천공시켰다. 사용된 농도는 2.5 μM 및 10 μM이었고; 48시간 후에 샘플을 수집하고 Taqman을 통해 HTT 넉다운을 평가하였다. NGS(Next Generation Sequencing)을 사용하여 대립유전자 특이성을 결정하였다.
테스트된 HTT 올리고뉴클레오티드 중 일부(예를 들어, WV-4241, WV-4242, WV-4243 및 WV-4244)는 다른 HTT 올리고뉴클레오티드의 단축 형태를 나타낸다. 이러한 단축된 올리고뉴클레오티드는 또한 더 긴 올리고뉴클레오티드의 대사산물을 나타낸다.
숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 데이터는 대조군에 대해 정규화하였다. 100.0은 100% wt 또는 돌연변이 HTT 수준(0% 넉다운)을 나타낸다. 0.0은 0.0% HTT 수준(100.0% 넉다운)을 나타낸다.
wt C 또는 돌연변이 T는 rs362307의 이소형을 나타낸다.
ND33947 세포, 테스트 rs362307 SNP 2.5uM 정규화
Figure pct00281
ND33947 rs362307 SNP 10uM 정규화
Figure pct00282
GM01169 rs362331 SNP 2.5uM 정규화
Figure pct00283
GM01169 rs362331 SNP 10uM 정규화
Figure pct00284
[표 12] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 안정성에 대해 테스트하였다.
올리고뉴클레오티드를 0, 2 또는 5일 동안 뇌 균질액에서 안정성에 대해 테스트하였다. 샘플 오염으로 인해 제5일 시점읠 일부를 제거한다. 100은 존재하는 올리고뉴클레오티드의 초기 양(예를 들어, 100%)을 나타내고 0.0은 잔존 올리고뉴클레오티드가 없음(0.0% 잔존)을 나타낸다.
Figure pct00285
[표 13] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
SNP의 야생형 이소형을 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드를 구축하였다. 이들은 SNP의 돌연변이 이소형을 포함하는 상응하는 HTT 올리고뉴클레오티드에 대한 대리로서 역할을 할 수 있다. 대리 HTT 올리고뉴클레오티드는 짐노틱 흡수를 사용하여 야생형 뉴런(돌연변이 HTT 대립유전자를 포함하지 않음)에서 야생형 HTT를 넉다운하는 능력에 대해 테스트하였다.
숫자는 짐노틱 전달을 사용하여 10 uM의 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 100.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
Figure pct00286
[표 14] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성
SNP rs362307을 표적화하는 ssRNAi 작용제인 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 구축하고 시험관 내에서 효능을 테스트하였다. 이 이중 루시퍼라아제 분석에서 올리고뉴클레오티드는 야생형 또는 돌연변이 인간 HTT를 발현하는 플라스미드를 사용하여 COS7 세포에 공동 형질감염시켰다.
사용된 올리고뉴클레오티드의 농도는 3 nM, 1 nM 또는 0.33 nM이었다.
H2O는 음성 대조군으로 사용하였다.
숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 1.00은 100% 잔존 HTT mRNA를 나타낸다(0.0% 넉다운). 0.0은 0.0% 잔존 HTT mRNA(100.0% 넉다운)를 나타낸다.
Figure pct00287
Figure pct00288
Figure pct00289
Figure pct00290
[표 15] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성
상이한 패턴의 입체화학 및/또는 상이한 2'-변형(또는 이의 패턴)을 포함하는 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 SNP에 상응하는 야생형(wt) 및 돌연변이(m) HTT를 넉다운하는 능력에 대해 시험관 내에서 테스트하였다.
결과는 아래에 나타낸다. 세포는 3 nM 또는 30 nM 농도의 올리고뉴클레오티드로 처리하였다.
본원에 개시된 다양한 다른 HTT 올리고뉴클레오티드와 관련된 추가 데이터를 생성하였다.
SNP rs362307을 표적화하는 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드의 효능은 IC50에 의해 측정된 바와 같이 시험관 내에서 결정하였다. mu HTT mRNA의 감소율도 제공한다. 0.0%는 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)을 나타내고 100.0은 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 데이터는 반복에 의한 것이며 평균을 표시한다. 이 표와 다음 표는 여러 실험에서 유도된 복합 데이터를 나타낸다.
Figure pct00291
rs362273에 대한 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드의 효능도 시험관 내에서 테스트하였다.
Figure pct00292
10 μM에서 총 넉다운(%)은 인간 iPSC 유래 뉴런에서 총 HTT의 감소량을 나타내며, 여기서 HTT의 두 대립유전자는 모두 야생형이다.
IC50은 또한 인간 iPSC 유래 뉴런에서 결정하였다.
선택성은 본원에 기술된 리포터 분석에서 시험관 내에서 테스트하였다.
[표 16] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성
1x100 μg ICV 투여 후 1주 및 2주에 BacHD 마우스에서 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드의 활성을 테스트하기 위해 실험을 수행하였다.
목표는 BACHD 마우스에서 단일 ICV 주사 후 넉다운을 확인하고 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드로 인간 HTT 전사체의 시간 경과를 탐색하는 것이었다. 시험관 내 분석(iCell neurons)에서의 강력한 활성을 기반으로 여러 HTT 올리고뉴클레오티드를 선택하였다. WV-9679를 양성 대조군으로 사용하였다. 테스트된 HTT 올리고뉴클레오티드는 상이한 패턴의 입체화학을 갖고, 일부는 하나 이상의 음으로 하전되지 않은 뉴클레오티드간 연결을 포함한다. HTT의 넉다운은 해마, 피질 및 선조체에서 테스트하였다.
사용된 동물: BACHD 마우스, 8~12주령, 6개 군, 36마리 마우스; 방법: ICV 삽관; 깨어 있는 동물에서 제1일에 PBS 또는 HTT 올리고뉴클레오티드의 ICV 주사; 투약 1주 및 2주 후 부검. 부검의 경우: PBS로 전신 관류; 척수를 씻어낸다(PK 및 PD 분석); 하나의 반뇌(피질, 해마, 선조체)를 2ml Eppendorf 튜브에 나누고 급속 동결(PK 및 PD 분석)하고; 및 제2 반뇌도 해부되고 PK 및 PD를 위해 급속 동결시킨다.
동물 군:
Figure pct00293
모든 동물은 8~12주령(주)의 BacHD 마우스였다. 부검은 모든 군에 대해 제8일 및 제15일에 수행하였다.
결과는 아래에 나타낸다.
피질, 2 x 50 μg. 숫자는 PBS에 대한 hHTT(인간 HTT 또는 hHD)/TUBB3을 나타낸다. 1.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
Figure pct00294
해마, 2 x 50 μg. 숫자는 PBS에 대한 hHTT(인간 HTT)/TUBB3을 나타낸다. 1.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
Figure pct00295
선조체, 2 x 50 μg. 숫자는 PBS에 대한 hHTT(인간 HTT)/TUBB3을 나타낸다. 1.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
Figure pct00296
[표 17] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성
여러 HTT SNP 중 임의의 것에 대한 다양한 올리고뉴클레오티드를 환자 100 또는 환자 1279[각각 Pt100(또는 Pt 100) 또는 Pt01279(또는 Pt 1279)로 지정됨]의 iNeurons에서 HTT 넉다운에 대해 테스트하였다. 올리고뉴클레오티드는 10 uM에서 짐노틱 전달하였고, 세포는 제7일에 테스트하였다. 숫자는 잔존 HTT의 %를 나타내며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 튜불린의 백분율(TUBB 평균)도 결정하였으며, 여기서 튜불린은 신경 세포에 대한 항존 유전자이고 튜불린의 상당한 감소는 여러 가능성 중에서 올리고뉴클레오티드에 의해 매개되는 독성을 시사할 수 있다. 두 가지 세포 유형이 사용된 경우 TUBB 평균은 세포 유형 전체의 평균을 나타낸다. 반복 실험을 수행하였으며, 다수의 경우에 숫자는 개별 반복의 결과 또는 반복의 평균을 나타낸다. HTT/튜불린 비는 본원에 제시된 데이터로부터 계산할 수 있다. 다양한 실험(미제시 데이터 포함)에서, WV-975, WV-975, WV-993, WV-993, WV-1061, WV-1061, WV-1062, WV-1062, WV-1063, WV-1063, WV-1064, WV-1064, WV-1065, WV-1065, WV-1066, WV-1066를 포함하는 HTT 올리고뉴클레오티드 및 음성 대조 올리고뉴클레오티드를 사용하였으며, 이들 각각은 또한 WO2017/192664에 기술되어 있다.
HTT SNP rs362331에 대한 다양한 올리고뉴클레오티드를 환자 100 또는 환자 1279의 iNeurons에서 WT HTT 넉다운에 대해 테스트하였으며, 둘 다 이 SNP에서 WT HTT에 대해 동형접합성이다. HTT를 표적화하지 않는 WV-993을 음성 대조군으로 사용하였다. 올리고뉴클레오티드는 10 uM로 전달하였고, 세포는 제7일에 테스트하였다. 숫자는 잔존 HTT의 %를 나타내며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 튜불린의 백분율(TUBB 평균)을 또한 결정하였으며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 튜불린을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 튜불린을 나타낸다. HTT/튜불린의 비는 제시된 데이터에서 계산할 수 있다.
Figure pct00297
[표 18] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성
HTT SNP rs362307에 대한 다양한 올리고뉴클레오티드를 이 SNP에서 WT HTT에 대해 동형접합성인 환자 100 또는 환자 1279의 iNeurons에서 WT HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다. WV-993은 음성 대조군이었다. 올리고뉴클레오티드는 10 uM로 전달하였고, 세포는 제7일에 테스트하였다. 숫자는 잔존 HTT의 %를 나타내며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 튜불린의 백분율(TUBB 평균)을 또한 결정하였으며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 튜불린을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 튜불린을 나타낸다. HTT/튜불린의 비도 표시한다. WV-9679는 양성 대조군이다.
Figure pct00298
[표 19] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성
인트론 부위를 표적화하는 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드는 Pt 100의 iNeurons에서 WT HTT 넉다운에 대해 테스트하였다. 올리고뉴클레오티드는 10 uM에서 전달하였고 세포는 제7일에 테스트하였다. 숫자는 잔존 HTT의 %를 나타내며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다.
Figure pct00299
Figure pct00300
[표 20] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성
HTT SNP rs362099에 대한 다양한 올리고뉴클레오티드를 이 SNP에서 이형접합성인 mu/WT HTT인 환자 100의 iNeurons에서 HTT 넉다운에 대해 테스트하였다. 올리고뉴클레오티드는 10 uM로 전달하였고, 세포는 제7일에 테스트하였다. 숫자는 잔존 HTT의 %를 나타내며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 튜불린의 백분율(TUBB 평균)을 또한 결정하였으며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 튜불린을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 튜불린을 나타낸다.
Figure pct00301
Figure pct00302
Figure pct00303
[표 21] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
HTT SNP rs262273 에 대한 다양한 뉴클레오티드를 이 SNP에서 이형접합성인 환자 100의 iNeurons에서 HTT 넉다운에 대해 테스트하였다. 올리고뉴클레오티드는 10 uM로 전달하였고, 세포는 제7일에 테스트하였다. 숫자는 잔존 HTT의 %를 나타내며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 튜불린의 백분율(TUBB 평균)을 또한 결정하였으며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 튜불린을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 튜불린을 나타낸다.
Figure pct00304
Figure pct00305
[표 22] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
HTT SNP rs362272에 대한 다양한 뉴클레오티드를 이 SNP에서 이형접합성인 환자 100의 iNeurons에서 HTT 넉다운에 대해 테스트하였다. 올리고뉴클레오티드는 10 uM로 전달하였고, 세포는 제7일에 테스트하였다. 숫자는 잔존 HTT의 %를 나타내며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 튜불린의 백분율(TUBB 평균)을 또한 결정하였으며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 튜불린을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 튜불린을 나타낸다.
Figure pct00306
Figure pct00307
[표 23] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
HTT SNP rs362307에 대한 다양한 뉴클레오티드를 이 SNP에서 동형접합성 WT HTT인 환자 1279의 iNeurons에서 HTT 넉다운에 대해 테스트하였다. 올리고뉴클레오티드는 10 uM로 전달하였고, 세포는 제7일에 테스트하였다. 숫자는 잔존 HTT의 %를 나타내며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 튜불린의 백분율(TUBB 평균)을 또한 결정하였으며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 튜불린을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 튜불린을 나타낸다.
Figure pct00308
[표 24] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
HTT SNP rs362331에 대한 다양한 뉴클레오티드를 이 SNP에서 동형접합성 WT HTT인 환자 1279의 iNeurons에서 HTT 넉다운에 대해 테스트하였다. 올리고뉴클레오티드는 10 uM로 전달하였고, 세포는 제7일에 테스트하였다. 숫자는 잔존 HTT의 %를 나타내며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 튜불린의 백분율(TUBB 평균)을 또한 결정하였으며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 튜불린을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 튜불린을 나타낸다.
Figure pct00309
Figure pct00310
[표 25] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
HTT SNP rs362307에 대한 다양한 뉴클레오티드를 두 세포 유형 모두에서 이 SNP에서 동형접합성 WT HTT인 (Pt 100 또는 Pt 1279의) iNeurons에서 HTT 넉다운에 대해 테스트하였다. 올리고뉴클레오티드는 10 uM로 전달하였고, 세포는 제7일에 테스트하였다. 숫자는 잔존 HTT의 %를 나타내며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 튜불린의 백분율(TUBB 평균)을 또한 결정하였으며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 튜불린을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 튜불린을 나타낸다.
Figure pct00311
Figure pct00312
[표 26] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
HTT SNP rs262273에 대한 다양한 뉴클레오티드를 돌연변이 rs262273에 대해 동형접합성 WT HTT인 환자 1279의 iNeurons에서 HTT 넉다운에 대해 테스트하였다. 올리고뉴클레오티드는 10 uM로 전달하였고, 세포는 제7일에 테스트하였다. 숫자는 잔존 HTT의 %를 나타내며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 튜불린의 백분율(TUBB 평균)을 또한 결정하였으며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 튜불린을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 튜불린을 나타낸다.
Figure pct00313
Figure pct00314
[표 27] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
HTT SNP rs362307에 대한 다양한 뉴클레오티드를 이 SNP에서 동형접합성 WT HTT인 환자 100의 ]yh'=8]9에서 HTT 넉다운에 대해 테스트하였다. 올리고뉴클레오티드는 10 uM로 전달하였고, 세포는 제7일에 테스트하였다. 숫자는 잔존 HTT의 %를 나타내며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 튜불린의 백분율(TUBB 평균)을 또한 결정하였으며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 튜불린을 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 튜불린을 나타낸다. 이 SNP를 표적화하지 않는 음성 대조군: WV-12889; WV-12890; WV-12891; 및 WV-12892. HTT SNP rs362331을 표적화하는 WV-12543을 또한 사용하였다.
Figure pct00315
Figure pct00316
[표 28] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
SNP rs362273을 표적화하지만 입체화학 패턴이 상이한 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 테스트하였다(예를 들어, 코어에서 Sp 구성에서 포스포로티오에이트가 측면에 위치, Rp 구성에서 포스포로티오에이트의 상이한 위치).
이 효능 테스트는 SNP에 대해 동형접합성인 iCell 뉴런에서 수행하였다.
숫자는 10μM의 올리고뉴클레오티드 농도에 잔존는 HTT의 %를 나타낸다. 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)를 나타내고 0.0은 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 반복 및 평균의 데이터를 표시한다.
Figure pct00317
[표 29] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
HTT 올리고뉴클레오티드를 이중 루시퍼라아제 분석으로 COS7 세포에서 선택성에 대해 테스트하였다.
사용된 올리고뉴클레오티드의 농도는 nM의 exp10으로 표시한다. WV-12282는 대략 17배의 선택성을 나타냈으며(wt HTT에 비해 mu HTT의 우선적 넉다운), WV-12284는 대략 3배의 선택성을 보였다. "wt"는 wt HTT 대립유전자의 넉다운을 나타내고 "mt"는 돌연변이 HTT 대립유전자의 넉다운을 나타낸다.
숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 1.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)를 나타내고 0.0은 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 데이터는 반복에 의한 것이며 평균을 표시한다.
Figure pct00318
Figure pct00319
[표 30] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다.
다양한 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362273을 표적화하지만, 5' 및 3' 윙(여기서 일부는 비대칭 포맷을 가짐)에서 상이한 2'-당 변형을 포함하고, 코어 영역에서 상이한 입체화학 패턴을 포함한다.
이 효능 테스트는 SNP에 대해 동형접합성인 iCell 뉴런에서 수행하였다.
숫자는 10uM의 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)를 나타내고 0.0은 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 데이터는 반복에 의한 것이며 평균을 표시한다.
Figure pct00320
[표 31] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
하나 이상의 음으로 하전된 뉴클레오티드간 연결을 포함하는 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 테스트하였다. IC50을 결정하기 위한 이 테스트는 SNP에 대해 동형접합성인 iCell 뉴런에서 수행하였다.
Figure pct00321
Figure pct00322
[표 32] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 이중 루시퍼라아제 분석에서 선택성에 대해 테스트하였다.
세포를 11포인트 2배 희석 시리즈로 20 nM에서 시작하는 리포터 플라스미드 및 ASO로 형질감염시켰다. 데이터는 2일 후에 수집하였다. IC50은 다음 슬라이드의 곡선 맞춤에서 유도하였다. 분자는 일반적으로 서로 매우 유사하며 WV-17782에서 가장 높은 변화 배수뿐만 아니라 돌연변이체의 >75% KD 및 5nM에서 wt의 단지 25%였다.
이 표에서 숫자는 5nM의 올리고뉴클레오티드 농도에서 HTT 넉다운의 %(대조군에 대한)를 나타낸다. 0.0은 잔존 100.0% HTT(0.0% 넉다운)를 나타내고 100.0은 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 데이터는 반복에 의한 것이며 평균을 표시한다.
Figure pct00323
[표 33] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 테스트하였으며, 여기서 SNP를 올리고뉴클레오티드 서열의 다양한 위치에서 탐색하였다.
숫자는 10 uM의 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 수치는 근사치이다. 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)를 나타내고 0.0은 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 데이터는 반복에 의한 것이며 평균을 표시한다.
Figure pct00324
[표 34] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 올리고뉴클레오티드를 시험관 내에서 활성에 대해 테스트하였다.
숫자는 표시된 농도에서 올리고뉴클레오티드에 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 사용된 올리고뉴클레오티드의 농도는 nM의 exp10으로 표시한다. 1.000은 잔존 100.0% HTT(0.0% 넉다운)를 나타내고 0.0은 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 데이터는 반복에 의한 것이며 평균을 표시한다.
Figure pct00325
Figure pct00326
Figure pct00327
Figure pct00328
Figure pct00329
Figure pct00330
[표 35] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
코어에 다양한 패턴의 백본 입체화학을 포함하는 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드 및 하나 이상의 음전하를 띠지 않는 뉴클레오티드간 연결을 테스트하였다.
IC50을 결정하기 위한 이 테스트는 SNP에 대해 동형접합성인 iCell 뉴런에서 수행하였다.
Figure pct00331
[표 36] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 넉다운에 대해 동물에서 생체 내 테스트하였다. 여기에 존재하는 숫자는 HTT(hHTT/mHPRT1/PBS 처리)의 상대적 수준을 나타낸다. 숫자는 174 Taq 프로브를 사용하여 결정된 해마의 수준에 대한 것이다.
숫자는 잔존 HTT의 %(대조군에 대한)을 표시한다. 숫자는 근사치이다. 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)를 나타내고 0.0은 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 데이터는 반복에 의한 것이고 평균을 표시한다.
Figure pct00332
[표 37] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내에서 테스트하였다.
숫자는 이 SNP에 대해 이형접합성인 뉴런에서 10μM의 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 1.00은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)를 나타내고 0.0은 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다.
Figure pct00333
[표 38] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 올리고뉴클레오티드의 IC50을 시험관 내에서 결정하였다.
이 효능 테스트는 iCell 뉴런에서 수행하였다. nM 단위의 IC50을 아래에 나타낸다.
Figure pct00334
[표 39] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내에서 테스트하였다.
사용된 세포는 동형접합 HD 환자 세포주: ND40536-1(MSN 또는 중형 돌기 뉴런)이며, 이는 rs362273에 대해 동형접합성이고 rs362307에 대해 이형접합성/위상결정되었으며; CAG 반복부는 SNP1, rs362307과 (동위상에 있는) 동일한 염색체 가닥에 있다.
중형 돌기 뉴런은 BrainXell에 의해 생성하였고, 프로토콜에 따라 해동하였으며, 해동 7일 후 처리하였다. 추가 배지를 처리 1일 후 추가하였다. RNA는 처리 7일 후 추출하였다.
ND40536-1 뉴런에 대한 분석 최적화의 일부로 qPCR에 의해 평가하였다.
WV-14914는 HTT SNP rs362273을 표적화한다. WV-9679는 HTT를 표적화하지만 이 SNP는 표적화하지 않는다. WV-12890는 LUC(루시퍼라아제)를 표적화한다. 숫자는 제7일, 7일 동안 48웰 플레이트를 사용하여 ND40536-1 MSN에서 qPCR로 측정한, 비히클에 대해 정규화된 HTT mRNA 발현(넉다운 후)을 나타낸다.
표 39 내지 41에서, 1.00은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)를 나타내고 0.0은 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다.
Figure pct00335
[표 40A 및 40B] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내에서 테스트하였다.
[표 40A 및 41A] 환자 1의 iCell 뉴런을 사용하여 MiSeq/Taqman 총 mRNA 분석을 사용하여 대립유전자 특이적 넉다운을 테스트하였다. 7일 처리를 사용하였다. 숫자는 NTC로 정규화된, 잔존 개별 대립유전자(G 또는 A)를 나타낸다.
[표 40B 및 41B] 환자 1의 iCell 뉴런을 사용하여 TaqMan 유전자형/총 mRNA 분석을 사용하여 대립유전자 특이적 넉다운을 테스트하였다. 7일 처리를 사용하였다. 숫자는 NTC로 정규화된, 잔존 개별 대립유전자(G 또는 A)를 나타낸다.
WV-12282, WV-12283, WV-14914, WV-15078 및 WV-15080은 모두 HTT SNP rs362273을 표적화한다.
NTC, 비표적화 대조군
[표 40A]
Figure pct00336
Figure pct00337
[표 40B] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
Figure pct00338
[표 41A 및 41B] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내에서 테스트하였다. WV-12282, WV-12283, WV-14914, WV-15078, 및 WV-15080은 모두 HTT SNP rs362273을 표적화한다.
[표 41A]
Figure pct00339
[표 41B]
Figure pct00340
Figure pct00341
[표 42] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
돌연변이 및 야생형 HTT를 넉다운시키는 능력에 대해 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 스크리닝하였다.
숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 데이터는 대조군에 대해 정규화하였다. 100.0은 100% wt 또는 돌연변이 HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0.0% HTT 수준(100.0% 넉다운)을 나타낸다.
[표 42A]
뉴런은 GM21756 환자 유래 섬유아세포(표적 SNP에 대해 이형접합성)에서 유래되었고 7일 동안 짐노틱 조건에서 6.6 uM의 표시된 올리고뉴클레오티드로 처리하였다. RNA를 정량화하고 대조군 유전자로 정규화하였다. 잔존 wtHTT(야생형 HTT, WT) 및 mHTT(돌연변이 HTT 또는 MU) mRNA의 백분율을 표시한다. 음성 대조군(PBS) 및 참조 올리고뉴클레오티드 WV-9679도 테스트하였다(데이터 미제시).
Figure pct00342
[표 42B]
뉴런은 GM21756 환자 유래 섬유아세포(표적 SNP에 대해 이형접합성)에서 유래하고 7일 동안 짐노틱 조건에서 6.6 uM 또는 20 uM의 표시된 올리고뉴클레오티드로 처리하였다. RNA를 정량화하고 TUBB3에 대해 정규화하였다. 잔존 wtHTT(야생형 HTT, WT) 및 mHTT(돌연변이 HTT 또는 MU) mRNA의 백분율을 표시한다. 음성 대조군(PBS) 및 참조 올리고뉴클레오티드 WV-9679도 테스트하였다(데이터 미제시).
Figure pct00343
[표 43A] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
표 43A 및 43B에서,
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 7일 동안 처리된 뉴런에서 시험관 내에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다.
사용된 올리고뉴클레오티드의 농도는 uM 단위로 exp10으로 표시한다. 이 표와 여러 표에서, HTT RNA를 정량화하고 TUBB3에 대해 정규화하였다.
숫자는 올리고뉴클레오티드로 처리 후 잔존 muHTT mRNA의 %를 나타낸다. 숫자는 올리고뉴클레오티드로 처리 후 잔존 muHTT mRNA의 %를 나타낸다. 100.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
WV-14914 및 동일한 염기서열을 갖는 것을 포함하는 다양한 올리고뉴클레오티드는 서열의 위치 10과 정렬되는 SNP rs362273을 표적화하고, 테스트된 세포는 이 SNP에 대해 동형접합성이다.
다양한 표에서, 수행된 양성 및 음성 대조군의 결과가 모두 표시되지 않을 수 있다. 이 표와 다양한 표에서, 반복 실험의 결과를 표시한다. 이 표 및 기타 다양한 표에서, 올리고뉴클레오티드의 농도가 사용된다. 이 표 및 기타 다양한 표에서, ASO = 올리고뉴클레오티드.
Figure pct00344
Figure pct00345
[표 43B] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
Figure pct00346
Figure pct00347
[표 44] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
이 표는 uM 단위의 IC50을 결정하는 3회의 독립적인 실험(n = 1, 2 또는 3)의 요약을 제공한다.
Figure pct00348
[표 45] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 7일 처리로 시험관 내 뉴런에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다. 뉴런은 테스트된 다양한 올리고뉴클레오티드에 의해 표적화된 SNP에 대해 이형접합성이었다.
숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 야생형 HTT 및 돌연변이 HTT의 넉다운을 나타낸다. 1.00은 100% 잔존 HTT mRNA(0.0% 넉다운)를 나타내고, 0.0은 0.0% 잔존 HTT mRNA(100.0% 넉다운)를 나타낸다. NTC: 비표적화 대조군
Figure pct00349
[표 46] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 표시된 농도에서 시험관 내 GM21756-2 NPC에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다. 실험은 5일 처리를 포함하였다.
이 표 및 기타 다양한 표에서, 사용된 세포의 특성은 다음과 같다.
Figure pct00350
숫자는 NTC로 정규화된, 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 1.00은 100% 잔존 HTT mRNA(0.0% 넉다운)를 나타내고, 0.0은 0.0% 잔존 HTT mRNA(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 야생형 HTT 및 돌연변이 HTT의 넉다운을 나타낸다. WV-12890은 비표적화 대조군(NTC)이다.
Figure pct00351
[표 47] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
범-특이적 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함하는 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 10μM의 농도에서 시험관 내에서 wt 마우스 뉴런에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다.
숫자는 잔존 HTT의 %(대조군에 대한)을 표시한다. 1.00은 100% 잔존 HTT mRNA(0.0% 넉다운)를 나타내고. 0.0은 0.0% 잔존 HTT mRNA(100.0% 넉다운)를 나타낸다.
Figure pct00352
[표 48] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내에서 GM21756 환자 유래 뉴런에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다. 실험은 30일 분화 및 7일 처리를 포함하였다. 테스트된 세포는 올리고뉴클레오티드에 의해 표적화된 SNP에 대해 이형접합성이었다.
숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 1.00은 100% 잔존 HTT mRNA(0.0% 넉다운)를 나타내고, 0.0은 0.0% 잔존 HTT mRNA(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 야생형 HTT 및 돌연변이 HTT의 넉다운을 나타낸다.
Figure pct00353
Figure pct00354
[표 49] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 30일 분화 및 7일 처리로 시험관 내에서 GM21756-2 세포에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다.
숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 1.00은 100% 잔존 HTT mRNA(0.0% 넉다운)를 나타내고, 0.0은 0.0% 잔존 HTT mRNA(100.0% 넉다운)를 나타낸다, 야생형 HTT 및 돌연변이 HTT의 넉다운을 나타낸다.
Figure pct00355
Figure pct00356
Figure pct00357
[표 50] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내에서 iNeurons에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다.
사용된 올리고뉴클레오티드의 농도는 uM([uM]) 단위의 exp10으로 표시한다.
숫자는 올리고뉴클레오티드로 처리 후 잔존 HTT mRNA의 %를 나타낸다.
숫자는 올리고뉴클레오티드로 처리 후 잔존 muHTT mRNA의 %를 나타낸다. 100.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HT
이 표 및 다양한 표에서, ASO = 올리고뉴클레오티드.
Figure pct00358
[표 51A] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
[표 51A 및 51B]
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 7일 처리로 시험관 내에서 GM21756-2 세포에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다. 이 표와 다른 다양한 표에서, 실험은 올리고뉴클레오티드로 처리 전에 NPC(신경 전구 세포)로부터 2주의 분화를 포함하였다.
숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 1.00은 100% 잔존 HTT mRNA(0.0% 넉다운)를 나타내고, 0.0은 0.0% 잔존 HTT mRNA(100.0% 넉다운)를 나타낸다. 야생형 HTT 및 돌연변이 HTT의 넉다운을 나타낸다. 이 표 및 다양한 표에서, WV-9679 및 동일하거나 중복되는 염기 서열을 갖는 기타 올리고뉴클레오티드는 범-특이적이다.
Figure pct00359
[표 51B] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
Figure pct00360
Figure pct00361
[표 52] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내 ND40536 세포에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다.
사용된 올리고뉴클레오티드의 농도는 uM(log) 단위의 exp10으로 표시한다. 테스트된 세포는 올리고뉴클레오티드에 의해 표적화된 SNP에 대해 동형접합성이었다.
숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 1.00은 100% 잔존 HTT mRNA(0.0% 넉다운)를 나타내고, 0.0은 0.0% 잔존 HTT mRNA(100.0% 넉다운)를 나타낸다.
Figure pct00362
Figure pct00363
[표 53] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 범 특이적 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함한 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내에서 인간 iCell 뉴런에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다.
표 53 및 다양한 표 54 표들에서, 사용된 올리고뉴클레오티드의 농도는 uM로 나타낸다.
숫자는 올리고뉴클레오티드로 처리 후 잔존 HTT mRNA의 %를 나타낸다. 숫자는 올리고뉴클레오티드로 처리 후 잔존 muHTT mRNA의 %를 나타낸다. 100.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
Figure pct00364
[표 54A] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
[표 54A, B 및 C]: 다양한 범-특이적 마우스-표적화 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함하는 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내 인간 iCell 뉴런에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다.
숫자는 올리고뉴클레오티드로 처리 후 잔존 muHTT mRNA의 %를 나타낸다. 100.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
Figure pct00365
Figure pct00366
[표 54B] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
Figure pct00367
[표 54C] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
Figure pct00368
[표 56A] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내 뉴런에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다.
사용된 올리고뉴클레오티드의 농도는 uM 단위로 exp10으로 표시한다. 사용된 세포는 올리고뉴클레오티드에 의해 표적화된 SNP에 대해 동형접합이다.
숫자는 올리고뉴클레오티드로 처리 후 잔존 muHTT mRNA의 %를 나타낸다. 100.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
Figure pct00369
[표 56B] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 7일의 처리 및 7일의 분화로 시험관 내에서 ND0536-1 세포에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다.
사용된 올리고뉴클레오티드의 농도는 nM의 exp10으로 표시한다.
숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 1.00은 100% 잔존 HTT mRNA(0.0% 넉다운)를 나타내고, 0.0은 0.0% 잔존 HTT mRNA(100.0% 넉다운)를 나타낸다. WV-12890은 NTC이다.
Figure pct00370
[표 57] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내에서 iNeurons에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다.
사용된 올리고뉴클레오티드의 농도는 uM 단위로 exp10으로 표시한다.
숫자는 올리고뉴클레오티드로 처리 후 잔존 muHTT mRNA의 %를 나타낸다. 100.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
Figure pct00371
Figure pct00372
[표 58] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내 세포에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다.
숫자는 올리고뉴클레오티드로 처리 후 남은 HTT mRNA의 %를 나타낸다. 100.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
Figure pct00373
[표 59] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내 세포에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다.
숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 1.00은 100% 잔존 HTT mRNA(0.0% 넉다운)를 나타내고. 0.0은 0.0% 잔존 HTT mRNA(100.0% 넉다운)를 나타낸다.
Figure pct00374
[표 60] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
다양한 범-특이적 HTT 올리고뉴클레오티드를 포함하는 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 10uM에서 시험관 내 iCell 뉴런에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다.
숫자는 올리고뉴클레오티드로 처리 후 잔존 HTT mRNA의 %를 나타낸다. 숫자는 올리고뉴클레오티드로 처리 후 잔존 muHTT mRNA의 %를 나타낸다. 100.0은 100% HTT 수준(0% 넉다운)을 나타내고 0.0은 0% HTT 수준(100% 넉다운)을 나타낸다.
Figure pct00375
Figure pct00376
[표 61] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
[표 61A 및 61B]
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내에서 iNeurons 세포에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다.
사용된 올리고뉴클레오티드의 농도는 uM 단위로 exp10으로 표시한다.
숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 1.00은 100% 잔존 HTT mRNA(0.0% 넉다운)를 나타내고, 0.0은 0.0% 잔존 HTT mRNA(100.0% 넉다운)를 나타낸다.
Figure pct00377
Figure pct00378
[표 61B] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
Figure pct00379
Figure pct00380
[표 62A] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
[표 62A, 62B, 62C, 62D, 및 62E]
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내 뉴런에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다. 사용된 세포는 올리고뉴클레오티드에 의해 표적화된 SNP에 대해 이형접합성이다.
사용된 올리고뉴클레오티드의 농도는 uM 단위로 exp10으로 표시한다.
숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 1.00은 100% 잔존 HTT mRNA을 나타내고(0.0% 넉다운), 0.0은 0.0% 잔존 HTT mRNA을 나타낸다(100.0% 넉다운). wt 및 mt HTT 모두의 넉다운을 나타낸다.
Figure pct00381
[표 62B] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
Figure pct00382
[표 62C] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
Figure pct00383
[표 62D] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
Figure pct00384
[표 63] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 7일 처리로 시험관 내에서 iCell 뉴런에서 HTT 넉다운에 대해 테스트하였다.
숫자는 표시된 올리고뉴클레오티드 농도에서 (대조군에 대한) 잔존 HTT의 %를 나타낸다. 1.00은 100% 잔존 HTT mRNA을 나타내고(0.0% 넉다운), 0.0은 0.0% 잔존 HTT을 나타낸다(100.0% 넉다운). 야생형 HTT 및 돌연변이 HTT의 넉다운을 나타낸다.
이들 실험에 더하여, WV-10787, WV-10790, WV-21178, WV-21179, WV-21180 및 WV-21181은 모두 muHTT의 발현량을 감소시키는 것으로 확인되었으며, wt HTT의 발현에는 영향이 없거나, 거의 없거나, 상당히 적었다(데이터 미제시). 따라서, 이들은 모두 대립유전자 특이적 넉다운을 매개하는 것으로 나타났다.
Figure pct00385
[표 64] 특정 올리고뉴클레오티드의 활성.
이 표는 다양한 HTT 올리고뉴클레오티드의 효능을 시험관 내 뉴런에서 테스트한 여러 실험의 데이터 모음을 나타낸다.
다양한 HTT 올리고뉴클레오티드를 시험관 내 뉴런에서 HTT의 넉다운에 대해 테스트하였다. 올리고뉴클레오티드는 표시된 농도로 전달하였다. 숫자(% HTT)는 잔존 HTT의 %를 나타내며, 여기서 100.0은 100.0% 잔존 HTT(0.0% 넉다운)를 나타내고 0.0%는 0.0% 잔존 HTT(100.0% 넉다운)를 나타낸다.
다양한 실험의 반복을 표시한다. 모든 대조군을 반드시 표시하는 것은 아니다.
Figure pct00386
Figure pct00387
Figure pct00388
Figure pct00389
다양한 실시 형태가 본원에서 설명되고 예시되었지만, 당업자는 기능을 수행하고/하거나 결과 및/또는 하나 이상의 장점(본 발명에 기술됨)을 얻기 위한 다양한 다른 수단 및/또는 구조를 쉽게 구상할 것이며, 이러한 각각의 변화 및/또는 변형은 포함되는 것으로 간주된다. 더 일반적으로, 당업자는 본원에 설명된 모든 파라미터, 치수, 재료 및 구성이 예시적인 것이며 실제 파라미터, 치수, 재료 및/또는 구성이 특정 응용 또는 본 발명의 교시가 사용되는 응용에 의존할 수 있음을 쉽게 이해할 것이다. 당업자는 단지 일상적인 실험을 사용하여, 본 발명의 실시 형태에 대한 많은 등가물을 인식하거나 확인할 수 있을 것이다. 그러므로, 전술한 실시 형태는 단지 예로서 제시되며, 첨부된 청구범위 및 이에 대한 등가물의 범주 내에서, 청구된 기술은 구체적으로 설명되고 청구된 것과 다르게 실시될 수 있음을 이해해야 한다. 게다가, 둘 이상의 특징, 시스템, 물품, 재료, 키트 및/또는 방법의 임의의 조합은, 그러한 특징, 시스템, 물품, 재료, 키트 및/또는 방법이 서로 모순되지 않는 경우, 본 발명의 범주 내에 포함된다.
실시 형태
1. 올리고뉴클레오티드로서,
(a) 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362273을 표적화하며, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 염기 서열 GTTGATCTGTAGCAGCAGCT의 15개 이상의 연접 염기(SNP 위치를 포함함)를 포함하고, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있거나;
(b) 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362272를 표적화하며, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 염기 서열 ACATAGAGGACGCCGTGCAG, AGAGGACGCCGTGCAGGGCT, ATAGAGGACGCCGTGCAGGG, CACATAGAGGACGCCGTGCA, CATAGAGGACGCCGTGCAGG, GCACATAGAGGACGCCGTGC, 또는 TAGAGGACGCCGTGCAGGGC의 15개 이상의 연접 염기(SNP 위치를 포함함)를 포함하고, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있거나;
(c) 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362273을 표적화하며, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 염기 서열 AGCTGCTGCTACAGATCAAC, AGCTGCTGCTGCAGATCAAC, GGTTGATCTGTAGCAGCAGCT, GTTGATCTGTAGCAGCAGCT, 또는 TTGATCTGTAGCAGCAGCT의 15개 이상의 연접 염기(SNP 위치를 포함함)를 포함하고, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있거나;
(d) 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362307을 표적화하며, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 염기 서열 GGCACAAGGGCACAGAC, GGCACAAGGGCACAGACT, 또는 GGCACAAGGGCACAGACTT의 15개 이상의 연접 염기(SNP 위치를 포함함)를 포함하고, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있거나;
(e) 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362331을 표적화하며, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 염기 서열 GTGCACACAGTAGATGAGGG의 15개 이상의 연접 염기(SNP 위치를 포함함)를 포함하고, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있거나;
(f) 올리고뉴클레오티드는 SNP rs363099를 표적화하며, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 염기 서열 AAGGCTGAGCGGAGAAACCC, AGGCTGAGCGGAGAAACCCT, CAAGGCTGAGCGGAGAAACC, CTGAGCGGAGAAACCCTCCA, GCTGAGCGGAGAAACCCTCC, GGCTGAGCGGAGAAACCCTC, 또는 TGAGCGGAGAAACCCTCCAA의 15개 이상의 연접 염기(SNP 위치를 포함함)를 포함하고, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있으며;
올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
2. 실시 형태 1에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 다음의 염기 서열을 포함하거나 다음의 염기 서열인, 올리고뉴클레오티드:
(a) GTTGATCTGTAGCAGCAGCT(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있음);
(b) ACATAGAGGACGCCGTGCAG, AGAGGACGCCGTGCAGGGCT, ATAGAGGACGCCGTGCAGGG, CACATAGAGGACGCCGTGCA, CATAGAGGACGCCGTGCAGG, GCACATAGAGGACGCCGTGC, 또는 TAGAGGACGCCGTGCAGGGC(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있음);
(c) AGCTGCTGCTACAGATCAAC, AGCTGCTGCTGCAGATCAAC, GGTTGATCTGTAGCAGCAGCT, GTTGATCTGTAGCAGCAGCT, 또는 TTGATCTGTAGCAGCAGCT(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있음);
(d) GGCACAAGGGCACAGAC, GGCACAAGGGCACAGACT, 또는 GGCACAAGGGCACAGACTT(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있음);
(e) GTGCACACAGTAGATGAGGG(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있음); 또는
(f) AAGGCTGAGCGGAGAAACCC, AGGCTGAGCGGAGAAACCCT, CAAGGCTGAGCGGAGAAACC, CTGAGCGGAGAAACCCTCCA, GCTGAGCGGAGAAACCCTCC, GGCTGAGCGGAGAAACCCTC, 또는 TGAGCGGAGAAACCCTCCAA(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있음).
3. 실시 형태 1 또는 2에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결, 포스포로티오에이트 연결, 또는
Figure pct00390
(n001) 연결인, 올리고뉴클레오티드.
4. 실시 형태 1 또는 2에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 천연 포스페이트 연결, 하나 이상의 Sp 포스포로티오에이트 연결, 및 하나 이상의 Rp n001 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
5. 실시 형태 1 내지 4 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 다음을 포함하거나 이로 이루어진 올리고뉴클레오티드: 5'-윙 및 3'-윙(이들 각각은 독립적으로 하나 이상의 변형된 당을 포함함), 및 5'-윙과 3'-윙 사이의 코어.
6. 실시 형태 5에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 5개의 연접 2'-OMe 변형 당을 포함하는 5'-윙 및 5개의 연접 2'-OMe 변형 당을 포함하는 3'-윙을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
7. 실시 형태 5 또는 6에 있어서, 코어는 하나 이상의 비변형 천연 DNA 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
8. WV-21404, WV-21405, WV-21406, WV-21412, WV-12282, WV-12283, WV-12284, WV-19840, WV-21178, WV-21179, WV-21180, WV-21181, WV-21403, WV-21409, WV-21410, WV-21447, WV-21448, WV-23689, WV-23690, WV-23691, WV-23692, WV-28152, WV-28153, WV-28154, WV-28155, WV-28157, WV-28158, WV-28159, WV-28160, WV-28161, WV-28162, WV-28163, WV-28164, WV-28165, WV-28166, WV-28167, 또는 WV-28168인 올리고뉴클레오티드.
9. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 제약상 허용가능한 염의 형태인, 올리고뉴클레오티드.
10. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 나트륨 염 형태인, 올리고뉴클레오티드.
11. 전술한 실시 형태들 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 부분입체 이성질체적 순도가 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99% 이상인, 올리고뉴클레오티드.
12. 실시 형태 1 내지 10 중 어느 하나의 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물.
13. 실시 형태 11에 있어서, 조성물 중 올리고뉴클레오티드, 또는 이 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 공유하는 조성물 중 올리고뉴클레오티드의 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 99% 이상이 각각 독립적으로 실시 형태 1 내지 10 중 어느 하나의 올리고뉴클레오티드인, 조성물.
14. 치료적 유효량의 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용가능한 불활성 성분을 포함하는 제약 조성물로서, 올리고뉴클레오티드는 실시 형태 1 내지 11 중 어느 하나의 올리고뉴클레오티드인, 제약 조성물.
15. 실시 형태 14에 있어서, 조성물 중 올리고뉴클레오티드, 또는 이 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 공유하는 조성물 중 올리고뉴클레오티드의 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 99% 이상이 각각 독립적으로 실시 형태 1 내지 10 중 어느 하나의 올리고뉴클레오티드인, 조성물.
16. 실시 형태 12 내지 15 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 제약상 허용가능한 염의 형태인, 조성물.
17. 실시 형태 12 내지 15 중 어느 하나에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 나트륨 염 형태인, 조성물.
18. WV-21404, WV-21405, WV-21406, WV-21412, WV-10786, WV-10787, WV-10790, WV-10791, WV-10806, WV-10810, WV-10811, WV-12282, WV-12283, WV-12284, WV-14914, WV-15078, WV-15080, WV-17782, WV-19824, WV-19825, WV-19840, WV-19841, WV-21178, WV-21179, WV-21180, WV-21181, WV-21267, WV-21271, WV-21274, WV-21403, WV-21409, WV-21410, WV-21447, WV-21448, WV-23689, WV-23690, WV-23691, WV-23692, WV-28152, WV-28153, WV-28154, WV-28155, WV-28156, WV-28157, WV-28158, WV-28159, WV-28160, WV-28161, WV-28162, WV-28163, WV-28164, WV-28165, WV-28166, WV-28167, WV-28168, 및 WV-9679로부터 선택되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물.
19. 실시 형태 18에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 제약상 허용가능한 염의 형태인, 조성물.
20. 헌팅턴병의 하나 이상의 증상을 치료하고/하거나, 예방하고/하거나, 이의 발병을 지연시키고/시키거나, 이의 중증도를 감소시키는 방법으로서, 이 방법은 이를 앓고 있거나 이에 걸리기 쉬운 대상체에게 전술한 실시 형태들 중 어느 하나의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 유효량을 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
21. 실시 형태 20에 있어서, 대상체는 연장된 CAG 반복 영역을 포함하고 올리고뉴클레오티드의 염기 서열에 대하여 완전히 상보성인 HTT 대립유전자를 갖는, 방법.
22. 본 출원에 기술된 올리고뉴클레오티드, 조성물 또는 방법.

Claims (22)

  1. 올리고뉴클레오티드로서,
    (a) 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362273을 표적화하며, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 염기 서열 GTTGATCTGTAGCAGCAGCT의 15개 이상의 연접 염기(SNP 위치를 포함함)를 포함하고, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있거나;
    (b) 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362272를 표적화하며, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 염기 서열 ACATAGAGGACGCCGTGCAG, AGAGGACGCCGTGCAGGGCT, ATAGAGGACGCCGTGCAGGG, CACATAGAGGACGCCGTGCA, CATAGAGGACGCCGTGCAGG, GCACATAGAGGACGCCGTGC, 또는 TAGAGGACGCCGTGCAGGGC의 15개 이상의 연접 염기(SNP 위치를 포함함)를 포함하고, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있거나;
    (c) 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362273을 표적화하며, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 염기 서열 AGCTGCTGCTACAGATCAAC, AGCTGCTGCTGCAGATCAAC, GGTTGATCTGTAGCAGCAGCT, GTTGATCTGTAGCAGCAGCT, 또는 TTGATCTGTAGCAGCAGCT의 15개 이상의 연접 염기(SNP 위치를 포함함)를 포함하고, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있거나;
    (d) 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362307을 표적화하며, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 염기 서열 GGCACAAGGGCACAGAC, GGCACAAGGGCACAGACT, 또는 GGCACAAGGGCACAGACTT의 15개 이상의 연접 염기(SNP 위치를 포함함)를 포함하고, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있거나;
    (e) 올리고뉴클레오티드는 SNP rs362331을 표적화하며, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 염기 서열 GTGCACACAGTAGATGAGGG의 15개 이상의 연접 염기(SNP 위치를 포함함)를 포함하고, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있거나;
    (f) 올리고뉴클레오티드는 SNP rs363099를 표적화하며, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 염기 서열 AAGGCTGAGCGGAGAAACCC, AGGCTGAGCGGAGAAACCCT, CAAGGCTGAGCGGAGAAACC, CTGAGCGGAGAAACCCTCCA, GCTGAGCGGAGAAACCCTCC, GGCTGAGCGGAGAAACCCTC, 또는 TGAGCGGAGAAACCCTCCAA의 15개 이상의 연접 염기(SNP 위치를 포함함)를 포함하고, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있으며;
    올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 키랄 뉴클레오티드간 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  2. 제1항에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 염기 서열은 다음의 서열을 포함하거나 다음의 서열인, 올리고뉴클레오티드:
    (a) GTTGATCTGTAGCAGCAGCT(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있음);
    (b) ACATAGAGGACGCCGTGCAG, AGAGGACGCCGTGCAGGGCT, ATAGAGGACGCCGTGCAGGG, CACATAGAGGACGCCGTGCA, CATAGAGGACGCCGTGCAGG, GCACATAGAGGACGCCGTGC, 또는 TAGAGGACGCCGTGCAGGGC(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있음);
    (c) AGCTGCTGCTACAGATCAAC, AGCTGCTGCTGCAGATCAAC, GGTTGATCTGTAGCAGCAGCT, GTTGATCTGTAGCAGCAGCT, 또는 TTGATCTGTAGCAGCAGCT(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있음);
    (d) GGCACAAGGGCACAGAC, GGCACAAGGGCACAGACT, 또는 GGCACAAGGGCACAGACTT(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있음);
    (e) GTGCACACAGTAGATGAGGG(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있음); 또는
    (f) AAGGCTGAGCGGAGAAACCC, AGGCTGAGCGGAGAAACCCT, CAAGGCTGAGCGGAGAAACC, CTGAGCGGAGAAACCCTCCA, GCTGAGCGGAGAAACCCTCC, GGCTGAGCGGAGAAACCCTC, 또는 TGAGCGGAGAAACCCTCCAA(여기서, 각각의 T는 독립적으로 U로 대체될 수 있음).
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서, 올리고뉴클레오티드의 각각의 뉴클레오티드간 연결은 독립적으로 천연 포스페이트 연결, 포스포로티오에이트 연결, 또는
    Figure pct00391
    (n001) 연결인, 올리고뉴클레오티드.
  4. 제1항 또는 제2항에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 하나 이상의 천연 포스페이트 연결, 하나 이상의 Sp 포스포로티오에이트 연결, 및 하나 이상의 Rp n001 연결을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 다음을 포함하거나 이로 이루어진 올리고뉴클레오티드: 5'-윙 및 3'-윙(이들 각각은 독립적으로 하나 이상의 변형된 당을 포함함), 및 5'-윙과 3'-윙 사이의 코어.
  6. 제5항에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 5개의 연접 2'-OMe 변형 당을 포함하는 5'-윙 및 5개의 연접 2'-OMe 변형 당을 포함하는 3'-윙을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  7. 제5항 또는 제6항에 있어서, 코어는 하나 이상의 비변형 천연 DNA 당을 포함하는, 올리고뉴클레오티드.
  8. WV-21404, WV-21405, WV-21406, WV-21412, WV-12282, WV-12283, WV-12284, WV-19840, WV-21178, WV-21179, WV-21180, WV-21181, WV-21403, WV-21409, WV-21410, WV-21447, WV-21448, WV-23689, WV-23690, WV-23691, WV-23692, WV-28152, WV-28153, WV-28154, WV-28155, WV-28157, WV-28158, WV-28159, WV-28160, WV-28161, WV-28162, WV-28163, WV-28164, WV-28165, WV-28166, WV-28167, 또는 WV-28168인 올리고뉴클레오티드.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 제약상 허용가능한 염의 형태인, 올리고뉴클레오티드.
  10. 제1항 내지 제9항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 나트륨 염 형태인, 올리고뉴클레오티드.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 부분입체 이성질체적 순도가 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99% 이상인, 올리고뉴클레오티드.
  12. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드의 키랄 제어 올리고뉴클레오티드 조성물.
  13. 제11항에 있어서, 조성물 중 올리고뉴클레오티드, 또는 이 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 공유하는 조성물 중 올리고뉴클레오티드의 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 99% 이상이 각각 독립적으로 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드인, 조성물.
  14. 치료적 유효량의 올리고뉴클레오티드 및 제약상 허용가능한 불활성 성분을 포함하는 제약 조성물로서, 올리고뉴클레오티드는 제1항 내지 제11항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드인, 제약 조성물.
  15. 제14항에 있어서, 조성물 중 올리고뉴클레오티드, 또는 이 올리고뉴클레오티드와 동일한 염기 서열을 공유하는 조성물 중 올리고뉴클레오티드의 약 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 55%, 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% 또는 99% 이상이 각각 독립적으로 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드인, 조성물.
  16. 제12항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 제약상 허용가능한 염의 형태인, 조성물.
  17. 제12항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 나트륨 염 형태인, 조성물.
  18. WV-21404, WV-21405, WV-21406, WV-21412, WV-10786, WV-10787, WV-10790, WV-10791, WV-10806, WV-10810, WV-10811, WV-12282, WV-12283, WV-12284, WV-14914, WV-15078, WV-15080, WV-17782, WV-19824, WV-19825, WV-19840, WV-19841, WV-21178, WV-21179, WV-21180, WV-21181, WV-21267, WV-21271, WV-21274, WV-21403, WV-21409, WV-21410, WV-21447, WV-21448, WV-23689, WV-23690, WV-23691, WV-23692, WV-28152, WV-28153, WV-28154, WV-28155, WV-28156, WV-28157, WV-28158, WV-28159, WV-28160, WV-28161, WV-28162, WV-28163, WV-28164, WV-28165, WV-28166, WV-28167, WV-28168, 및 WV-9679로부터 선택되는 올리고뉴클레오티드를 포함하는 조성물.
  19. 제18항에 있어서, 올리고뉴클레오티드는 제약상 허용가능한 염의 형태인, 조성물.
  20. 헌팅턴병의 하나 이상의 증상을 치료하고/하거나, 예방하고/하거나, 이의 발병을 지연시키고/시키거나, 이의 중증도를 감소시키는 방법으로서, 이 방법은 이를 앓고 있거나 이에 걸리기 쉬운 대상체에게 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항의 올리고뉴클레오티드 또는 조성물의 유효량을 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  21. 제20항에 있어서, 대상체는 연장된 CAG 반복 영역을 포함하고 올리고뉴클레오티드의 염기 서열에 대하여 완전히 상보성인 HTT 대립유전자를 갖는, 방법.
  22. 본 출원에 기술된 올리고뉴클레오티드, 조성물 또는 방법.
KR1020217027787A 2019-02-01 2020-01-30 올리고뉴클레오티드 조성물 및 이의 방법 KR20210121199A (ko)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201962800409P 2019-02-01 2019-02-01
US62/800,409 2019-02-01
US201962911335P 2019-10-06 2019-10-06
US62/911,335 2019-10-06
PCT/US2020/015971 WO2020160336A1 (en) 2019-02-01 2020-01-30 Oligonucleotide compositions and methods thereof

Publications (1)

Publication Number Publication Date
KR20210121199A true KR20210121199A (ko) 2021-10-07

Family

ID=71840465

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
KR1020217027787A KR20210121199A (ko) 2019-02-01 2020-01-30 올리고뉴클레오티드 조성물 및 이의 방법

Country Status (14)

Country Link
US (1) US20220098585A1 (ko)
EP (1) EP3917497A4 (ko)
JP (1) JP2022519019A (ko)
KR (1) KR20210121199A (ko)
CN (1) CN113423385A (ko)
AU (1) AU2020216186A1 (ko)
BR (1) BR112021014940A2 (ko)
CA (1) CA3126845A1 (ko)
IL (1) IL284882A (ko)
MA (1) MA54875A (ko)
MX (1) MX2021009178A (ko)
SG (1) SG11202107318YA (ko)
TW (1) TW202045189A (ko)
WO (1) WO2020160336A1 (ko)

Families Citing this family (29)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2014012081A2 (en) 2012-07-13 2014-01-16 Ontorii, Inc. Chiral control
SG11201500239VA (en) 2012-07-13 2015-03-30 Wave Life Sciences Japan Asymmetric auxiliary group
MA43072A (fr) 2015-07-22 2018-05-30 Wave Life Sciences Ltd Compositions d'oligonucléotides et procédés associés
CN114685589A (zh) 2016-03-13 2022-07-01 波涛生命科学有限公司 用于亚磷酰胺和寡核苷酸合成的组合物和方法
US11013757B2 (en) 2016-06-03 2021-05-25 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotides, compositions and methods thereof
WO2017220751A1 (en) 2016-06-22 2017-12-28 Proqr Therapeutics Ii B.V. Single-stranded rna-editing oligonucleotides
WO2018098264A1 (en) 2016-11-23 2018-05-31 Wave Life Sciences Ltd. Compositions and methods for phosphoramidite and oligonucleotide synthesis
WO2018223056A1 (en) 2017-06-02 2018-12-06 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotide compositions and methods of use thereof
JP7557941B2 (ja) 2017-06-02 2024-09-30 ウェイブ ライフ サイエンシズ リミテッド オリゴヌクレオチド組成物及びその使用方法
EP3642182A4 (en) 2017-06-21 2020-12-09 Wave Life Sciences Ltd. COMPOUNDS, COMPOSITIONS AND SYNTHESIS METHODS
KR20200035301A (ko) 2017-08-08 2020-04-02 웨이브 라이프 사이언시스 리미티드 올리고뉴클레오티드 조성물 및 이의 방법
KR20200052369A (ko) 2017-09-18 2020-05-14 웨이브 라이프 사이언시스 리미티드 올리고뉴클레오티드 제조 기술
EP3694530A4 (en) 2017-10-12 2021-06-30 Wave Life Sciences Ltd. OLIGONUCLEOTIDE COMPOSITIONS AND METHOD FOR THEREFORE
US11332733B2 (en) 2018-02-12 2022-05-17 lonis Pharmaceuticals, Inc. Modified compounds and uses thereof
CA3159944A1 (en) 2019-12-02 2021-06-10 David HUSS Therapeutic editing
BR112023019981A2 (pt) 2021-03-29 2023-12-12 Alnylam Pharmaceuticals Inc Composições do agente irna de huntingtina (htt) e métodos de uso das mesmas
TW202334418A (zh) * 2021-10-29 2023-09-01 美商艾拉倫製藥股份有限公司 杭丁頓（ＨＴＴ）ｉＲＮＡ劑組成物及其使用方法
WO2023152371A1 (en) 2022-02-14 2023-08-17 Proqr Therapeutics Ii B.V. Guide oligonucleotides for nucleic acid editing in the treatment of hypercholesterolemia
WO2024013360A1 (en) 2022-07-15 2024-01-18 Proqr Therapeutics Ii B.V. Chemically modified oligonucleotides for adar-mediated rna editing
WO2024013361A1 (en) 2022-07-15 2024-01-18 Proqr Therapeutics Ii B.V. Oligonucleotides for adar-mediated rna editing and use thereof
WO2024035946A1 (en) * 2022-08-11 2024-02-15 Wave Life Sciences Ltd. Oligonucleotide compositions and methods thereof
GB202215614D0 (en) 2022-10-21 2022-12-07 Proqr Therapeutics Ii Bv Heteroduplex rna editing oligonucleotide complexes
WO2024110565A1 (en) 2022-11-24 2024-05-30 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of hereditary hfe-hemochromatosis
GB202218090D0 (en) 2022-12-01 2023-01-18 Proqr Therapeutics Ii Bv Antisense oligonucleotides for the treatment of aldehyde dehydrogenase 2 deficiency
GB202300865D0 (en) 2023-01-20 2023-03-08 Proqr Therapeutics Ii Bv Delivery of oligonucleotides
WO2024175550A1 (en) 2023-02-20 2024-08-29 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of atherosclerotic cardiovascular disease
WO2024206175A1 (en) 2023-03-24 2024-10-03 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of neurological disorders
GB202304363D0 (en) 2023-03-24 2023-05-10 Proqr Therapeutics Ii Bv Chemically modified antisense oligonucleotides for use in RNA editing
WO2024200472A1 (en) 2023-03-27 2024-10-03 Proqr Therapeutics Ii B.V. Antisense oligonucleotides for the treatment of liver disease

Family Cites Families (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
KR960705837A (ko) * 1993-11-16 1996-11-08 라이오넬 엔. 사이몬 비포스포네이트 뉴클레오시드간 연결기와 혼합된 비대칭적으로 순수한 포스포네이트 뉴클레오시드간 연결기를 갖는 합성 올리고머(Synthetic Oligomers Having Chirally Pure Phosphonate Internucleosidyl Linkages Mixed with Non-Phosphonate Internucleosidyl Linkages)
US8987222B2 (en) * 2009-04-08 2015-03-24 University Of Massachusetts Single nucleotide polymorphism (SNP) targeting therapies for the treatment of huntington'S disease
JP6018506B2 (ja) * 2010-02-08 2016-11-02 アイオーニス ファーマシューティカルズ， インコーポレーテッドＩｏｎｉｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ． 対立遺伝子多様体の選択的低減
EP2742056B2 (en) * 2011-08-11 2020-06-10 Ionis Pharmaceuticals, Inc. Selective antisense compounds and uses thereof
CA2887884A1 (en) * 2012-10-12 2014-04-17 Isis Pharmaceuticals, Inc. Selective antisense compounds and uses thereof
MA43072A (fr) * 2015-07-22 2018-05-30 Wave Life Sciences Ltd Compositions d'oligonucléotides et procédés associés
MA45270A (fr) * 2016-05-04 2017-11-09 Wave Life Sciences Ltd Compositions d'oligonucléotides et procédés associés
KR20200035301A (ko) * 2017-08-08 2020-04-02 웨이브 라이프 사이언시스 리미티드 올리고뉴클레오티드 조성물 및 이의 방법

Also Published As

Publication number Publication date
EP3917497A4 (en) 2023-06-07
MA54875A (fr) 2021-12-08
BR112021014940A2 (pt) 2021-09-28
SG11202107318YA (en) 2021-08-30
CA3126845A1 (en) 2020-08-06
MX2021009178A (es) 2021-09-08
US20220098585A1 (en) 2022-03-31
IL284882A (en) 2021-08-31
AU2020216186A1 (en) 2021-07-29
CN113423385A (zh) 2021-09-21
EP3917497A1 (en) 2021-12-08
WO2020160336A1 (en) 2020-08-06
TW202045189A (zh) 2020-12-16
JP2022519019A (ja) 2022-03-18

Similar Documents

Publication Publication Date Title
KR20210121199A (ko) 올리고뉴클레오티드 조성물 및 이의 방법
JP7422068B2 (ja) オリゴヌクレオチド組成物及びその方法
CA3169252A1 (en) Oligonucleotide compositions and methods thereof
CA3137740A1 (en) Oligonucleotide compositions and methods of use thereof
CA3139513A1 (en) Oligonucleotide compositions and methods of use thereof
CA3156176A1 (en) Oligonucleotide compositions and methods of use thereof
KR102473431B1 (ko) 안티센스 핵산
JP2020537518A (ja) オリゴヌクレオチド組成物及びその方法
CA2989682A1 (en) Oligonucleotide compositions and methods thereof
EP3452596A1 (en) Oligonucleotide compositions and methods thereof
JP7060525B2 (ja) Ｈｔｒａ１の発現を調節するためのアンチセンスオリゴヌクレオチド
TW201722439A (zh) 寡核苷酸組合物及其方法
KR20240129626A (ko) 변형된 백본 화학을 갖는 스플라이스 스위처 안티센스 올리고뉴클레오티드
WO2023091644A2 (en) Hsd17b13-related double stranded oligonucleotide compositions and methods relating thereto
CA3236136A1 (en) Oligonucleotide compositions and methods of use thereof
EP4405475A1 (en) Double stranded oligonucleotide compositions and methods relating thereto
US20240294915A1 (en) Oligonucleotides for Modulating Apolipoprotein E4 Expression
CN118265789A (zh) Hsd17b13相关的双链寡核苷酸组合物及其相关方法
CN116528878A (zh) 使用基因转录物调控剂治疗神经学疾病