KR20210093856A

KR20210093856A - 항-스타필로코쿠스 항체 및 이의 사용

Info

Publication number: KR20210093856A
Application number: KR1020217010936A
Authority: KR
Inventors: 안나 줌스테그; 크리스토스 키랏수스; 브린다 프라사드; 알리다 코피
Original assignee: 리제너론 파마슈티칼스 인코포레이티드
Priority date: 2018-11-21
Filing date: 2019-11-20
Publication date: 2021-07-28
Also published as: SG11202102060PA; EP3883963A1; US20240301041A1; US20200157193A1; BR112021005522A2; AU2019384790A1; CN112867732A; WO2020106814A1; CO2021003752A2; MX2021005863A; MA55134A; CA3110377A1; US12024556B2; CL2023003084A1; PH12021550538A1; JP2022512904A; CL2021001307A1; IL281056A

Abstract

스타필로코쿠스 항원에 결합하는 지정된 항체 또는 항원 결합 단편이 제공되며, 여기서 항체 및 항원 결합 단편은 단백질 A 또는 상동성 단백질에 대한 약독화된 Fc 결합을 갖는다. 항체 및 사용 방법을 포함하는 조성물이 또한 제공된다. 항체 및 조성물은 스타필로코쿠스 감염을 치료하고, 혈청 또는 신장 박테리아 역가를 감소시키고, 스타필로코쿠스 감염과 연관된 증상을 치료하는 데 유용하다. 항체는 또한 원발 질환의 중증도 및/또는 지속을 예방할 수 있다.

Description

항-스타필로코쿠스 항체 및 이의 사용

본 발명은 S. 아우레우스 항원에 특이적으로 결합하지만 단백질 A에 약독화된 Fc 결합을 나타내는 인간 항체 및 인간 항체의 항원 결합 단편, 이들 항체를 포함하는 조성물, 및 이들 항체를 사용하는 치료 방법에 관한 것이다.

서열 목록

서열 목록의 공식 사본은 2019년 11월 20일자로 생성되고 "10495WO01_SEQ_LIST_ST25.txt"의 파일명을 가진 약 96 KB 크기의 ASCII 형식의 서열 목록으로서, EFS-Web을 통해 전자 방식으로 명세서와 함께 동시에 제출된다. 본 ASCII 형식의 문헌에 포함된 서열 목록은 본 명세서의 일부이며 그 전체가 참조로서 본원에 통합된다.

스타필로코쿠스 아우레우스(Staphylococcus aureus)는 건강한 사람의 코와 피부에 흔히 서식하는 호기성 그람-양성 구균 박테리아이다. 때때로 "Staph", "Staph. aureus", 또는 "S. 아우레우스(S. aureus)"로도 지칭되는 스타필로코쿠스 아우레우스 박테리아는, 뾰루지, 종기와 같은 경미한 감염 및 기타 연조직 감염을 유발하는 기회 병원균(opportunistic pathogen)으로 간주된다. 그러나, S. 아우레우스는 인간과 동물 모두에서 질병과 사망의 상당한 원인이며, 전신 감염은 심내막염, 관절염, 골수염, 폐렴, 패혈성 쇼크 및 심지어 사망을 초래할 수 있다. 병원에서 얻어진 S. 아우레우스 감염은 흔하며 병원에서 얻어진 수술 부위 감염 및 폐렴의 가장 빈번한 원인이다. S. 아우레우스 감염은 또한 심혈관 및 혈류 감염의 두 번째로 가장 흔한 원인이다. 항생제 투여가 S. 아우레우스 감염에 대한 표준 치료이지만, 감염 유형(예, 피부 감염은 비례적으로 항생제 내성임) 및 국가에 따라, 항생제 내성 감염이 더 만연할 수 있다. 예를 들어, 메티실린 내성 S. 아우레우스 (methicillin-resistant S. aureus, MRSA)는 페니실린 및 세팔로스포린와 같은 베타-락탐 항생제에 저항하는 능력을 진화해 왔으며, 반코마이신 및 리네졸리드에 내성을 보이는 S. 아우레우스는 규칙적으로 마주치고 있다. S. 아우레우스 감염을 예방하고 치료하기 위한 새로운 접근법이 필요하다.

미손상 피부와 점막은 자연적인 장벽이며 S. 아우레우스 감염으로부터 보호한다. 당뇨병, 말기 신장 질환 및 암을 포함하여 면역계를 손상시키는 질환의 경우와 마찬가지로, 화상, 외상 및 수술과 같은 부상이 감염 위험을 증가시킨다. 기회 S. 아우레우스 감염은 심각해질 수 있고, 다양한 질환 또는 병태를 야기할 수 있으며, 이의 비제한적인 예로는 연조직염, 균혈증, 진피괴사, 눈꺼풀 감염, 안구 감염, 신생아 결막염, 골수염, 농가진, 종기, 열상 피부증후군, 식중독, 폐렴, 수술 감염, 화상 감염, 수막염, 심내막염, 패혈증, 독성 쇼크 증후군, 또는 화농성 관절염을 포함한다.　

S. 아우레우스는 다수의 표면 결정인자 항원을 발현하며, 예로는 철-조절된 표면 결정인자 단백질 IsdA, IsdB, IsdC, IsdE 및 IsdH, S. 아우레우스 단백질 A (SpA) 및 다당류 폴리-N-아세틸글루코사민(PNAG), 응고 인자 단백질(clumping factor protein) ClfA 및 ClfB, 관절낭 다당류 유형(CP) 5 및 CP8, 세린-아스파르트산 반복 단백질 SdrC, SdrD, 및 SdrE, 피브로넥틴 결합 단백질 A 및 B(FnBpA, FnBpB), Cna(콜라겐 결합 단백질), 및 SasG(S. 아우레우스 표면 단백질 G)를 포함한다. 이들 표면 항원은 숙주 조직의 콜로니화, 숙주 면역 반응의 회피, 및 박테리아 적합성에 있어서 역할을 한다.

스타필로코쿠스 항원, 예를 들어, S. 아우레우스(S. aureus) 항원 또는 S. 슈딘테르메디우스(S. pseudintermedius) 항원에 결합하는 항체 및 이의 항원 결합 단편이 본원에 제공된다. 이들 항체는 다음 특성 중 하나 이상을 가질 수 있다: (a) SpsQ과 같은, 단백질 A 또는 단백질 A 상동체에 대한 Fc 결합이 약독화되었음;(b) hIgG1 Fc에 H435R 및 Y436F 돌연변이를 포함함(EU 색인 넘버링; 서열번호 58의 H318R 및 Y319F와 동등함); 및 (c) 서열번호 58의 hIgG1 중쇄를 포함함. 항체는 스타필로코쿠스 항원, 예를 들어, S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스 유래 항원에 결합하며, 이에 따라 스타필로코쿠스 감염 및 스타필로코쿠스 감염과 연관되거나 이에 의해 야기되는 증상 및 병태의 치료적 치료에 유용하다. 일부 측면에서, 항체는 하나의 스타필로코쿠스종 유래의 항원에 관한 것이지만, 또 다른 스타필로코쿠스종과 교차 반응할 수 있으며, 예를 들어, 항체는 S. 아우레우스 및 S. 슈딘테르메디우스 둘 다 유래의 항원과 교차 반응한다. 항체는 S. 슈딘테르메디우스 SpsQ 단백질에 대한 Fc 결합을 약화시켰으며, 이에 따라 S. 슈딘테르메디우스 감염 및 S. 슈딘테르메디우스 감염과 연관되거나 이에 의해 야기되는 증상 및 병태의 치료적 치료에 유용하다. 일부 측면에서, 항체는 인간 혈액에서 S. 아우레우스의 항체 의존적 사멸을 입증한다.

일부 측면에서, 항체는 완전한 인간 단클론 항체, 완전한 말 단클론 항체, 완전한 개 항체, 완전한 고양이 항체, 완전한 돼지 항체, 완전한 소 항체 등이다. 본원에 제공된 항체는 치료가 필요한 동물에 대해 필요에 따라 지정된다. 관심 항체는 인간화 항체, 또는 개화, 고양이화, 말화, 소화, 돼지화 등, 항체, 및 이의 변이체를 포함한다. 개화 및 고양이화 항체는 개 및 고양이 각각에서의 응용에 유용하며, Fc 영역의 종간 상동성을 감안하면 다른 종에서 사용될 수 있다. 소화 항체는 소에서의 응용, 예를 들어, 유선염 및 다른스타필로코쿠스 감염을 치료하는 데 유용하다.

항체가 만들어지는 예시적인 S. 아우레우스 항원은 IsdA, IsdB, IsdC, IsdE, IsdH, 단백질 A, ClfA, ClfB, CP5, CP8, SdrC, SdrD, SdrE, FnBpA, FnBpB, Cna, 다당류 폴리-N-아세틸글루코사민(PNAG), 및 SaG를 포함한다. 따라서, 일부 측면에서, 항체는 IsdA, IsdB, IsdC, IsdE, IsdH, 단백질 A, ClfA, ClfB, CP5, CP8, SdrC, SdrD, SdrE, FnBpA, FnBpB, Cna, 다당류 폴리-N-아세틸글루코사민(PNAG), 및 SaG로 이루어진 군으로부터 선택된 S. 아우레우스 항원에 특이적으로 결합하는 중쇄 가변 도메인 및/또는 경쇄 가변 도메인을 포함한다.

항체가 만들어지는 예시적인 S. 슈딘테르메디우스 항원은 예를 들어, SpsA, SpsQ, 및 SpsR과 같은 임의의 표면 단백질을 포함한다.

일부 실시예에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 S. 아우레우스 단백질 A에 특이적으로 결합한다. 일부 측면에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 다음 특성 중 하나 이상을 갖는다:

(a) 표면 플라스몬 공명 검정에서 측정시, 10^-9 미만의 해리 상수(K_D)를 나타내고;

(b) 10^-9 미만의 EC₅₀으로 S. 아우레우스 Newman WT에 결합하고;

(c) S. 아우레우스의 보체 의존적 사멸을 나타내고;

(d) 파종성 감염 모델에서 미치료 마우스와 비교하여, S. 아우레우스 신장 부담을 3-5 로그만큼 감소시키고;

(e) 인간 혈액에서 S. 아우레우스의 항체 의존적 사멸을 나타내고;

(f) S. 아우레우스, S. 인테르메디우스, 및/또는 S. 슈딘테르메디우스와 교차 반응하고;

(g) 단백질 A를 발현하는 S. 아우레우스와 VH3 항체의 Fab 간의 상호작용을 완화시키고; 그리고

(h) 서열번호 58의 hIgG1 중쇄 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-단백질 A 항체 또는 이의 항원 결합 단편은, 서열번호 18의 중쇄 가변 영역(HCVR) 내에 함유된 3개의 중쇄 상보성 결정 영역(CDR)(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3), 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열, 및 서열번호 26의 경쇄 가변 영역(LCVR) 내에 함유된 3개의 경쇄 CDR(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3), 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-단백질 A 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 20/22/24/28/30/32의 HCDR1/HCDR2/HCDR3/LCDR1/LCDR2/LCDR3 아미노산 서열 조합을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-단백질 A 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 18의 HCVR 아미노산 서열, 서열번호 26의 LCVR 아미노산 서열, 및/또는 서열번호 18/26의 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍, 또는 이에 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-단백질 A 항체 또는 이의 항원 결합 단편은, 서열번호 60의 중쇄 가변 영역(HCVR) 내에 함유된 3개의 중쇄 상보성 결정 영역(CDR)(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3), 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열, 및 서열번호 68의 경쇄 가변 영역(LCVR) 내에 함유된 3개의 경쇄 CDR(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3), 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-단백질 A 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 62/64/66/70/72/74의 HCDR1/HCDR2/HCDR3/LCDR1/LCDR2/LCDR3 아미노산 서열 조합을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-단백질 A 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 60의 HCVR 아미노산 서열, 서열번호 68의 LCVR 아미노산 서열, 및/또는 서열번호 60/68의 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍, 또는 이에 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-단백질 A 항체 또는 이의 항원 결합 단편은, 서열번호 80의 중쇄 가변 영역(HCVR) 내에 함유된 3개의 중쇄 상보성 결정 영역(CDR)(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3), 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열, 및 서열번호 88의 경쇄 가변 영역(LCVR) 내에 함유된 3개의 경쇄 CDR(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3), 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-단백질 A 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 82/84/86/90/72/93의 HCDR1/HCDR2/HCDR3/LCDR1/LCDR2/LCDR3 아미노산 서열 조합을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-단백질 A 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 80의 HCVR 아미노산 서열, 서열번호 88의 LCVR 아미노산 서열, 및/또는 서열번호 80/88의 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍, 또는 이에 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 측면에서, 항-단백질 A 항체는 서열번호 76의 중쇄 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다. 일부 측면에서, 항-단백질 A 항체는 서열번호 78의 경쇄 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 측면에서, 항-단백질 A 항체는 서열번호 95의 중쇄 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다. 일부 측면에서, 항-단백질 A 항체는 서열번호 97의 경쇄 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

특정 실시예에서, 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 S. 아우레우스 IsdA에 특이적으로 결합한다. 일부 측면에서, 항-IsdA 항체는 다음 특성 중 하나 이상을 갖는다:

(a) 표면 플라스몬 공명 검정에서 측정시, 10^-8 미만의 해리 상수(K_D)를 나타내고;

(b) 파종성 감염 모델에서 미치료 마우스와 비교하여, S. 아우레우스 신장 부담을 3-5 로그만큼 감소시키고;

(c) 인간 혈액에서 S. 아우레우스의 항체 의존적 사멸을 나타내고; 그리고

(d) 서열번호 58의 hIgG1 중쇄 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdA 항체 또는 이의 항원 결합 단편은, 서열번호 2의 HCVR 아미노산 서열 내에 함유된 3개의 중쇄 CDR(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3), 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열, 및 서열번호 10의 LCVR 아미노산 서열 내에 함유된 3개의 경쇄 CDR(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3), 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdA 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 4/6/8/12/14/16의 HCDR1/HCDR2/HCDR3/LCDR1/LCDR2/LCDR3 아미노산 서열 조합을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdA 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 2의 HCVR 아미노산 서열, 서열번호 10의 LCVR 아미노산 서열, 및/또는 서열번호 2/10의 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍, 또는 이에 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdA 항체 또는 이의 항원 결합 단편은, 서열번호 99의 HCVR 아미노산 서열 내에 함유된 3개의 중쇄 CDR(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3), 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열, 및 서열번호 107의 LCVR 아미노산 서열 내에 함유된 3개의 경쇄 CDR(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3), 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdA 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 101/103/105/109/111/113의 HCDR1/HCDR2/HCDR3/LCDR1/LCDR2/LCDR3 아미노산 서열 조합을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdA 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 99의 HCVR 아미노산 서열, 서열번호 107의 LCVR 아미노산 서열, 및/또는 서열번호 99/107의 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍, 또는 이에 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 측면에서, 항-IsdA 항체는 서열번호 115의 중쇄 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다. 일부 측면에서, 항-IsdA 항체는 서열번호 117의 경쇄 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 S. 아우레우스 IsdB에 특이적으로 결합한다. 일부 측면에서, 항-IsdB 항체는 다음 특성 중 하나 이상을 갖는다:

(a) 10^-10 미만의 EC₅₀으로 S. 아우레우스 Newman WT에 결합하고;

(b) 치료된 마우스에서 S. 아우레우스 신장 부담을 약 1000배만큼 감소시키고;

(c) S. 아우레우스의 보체 의존적 사멸을 나타내고;

(d) 인간 혈액에서 S. 아우레우스의 항체 의존적 사멸을 나타내고;

(e) 서열번호 54의 중쇄 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함하고; 그리고

(f) 서열번호 52의 경쇄 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdB 항체는: (a) 서열번호 34의 HCVR 아미노산 서열 내에 함유된 3개의 중쇄 CDR(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3), 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열, 및 서열번호 42의 LCVR 아미노산 서열 내에 함유된 3개의 경쇄 CDR(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3), 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열, 및 (b) 서열번호 58의 hIgG1 중쇄 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdB 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 36/38/40/44/46/48의 HCDR1/HCDR2/HCDR3/LCDR1/LCDR2/LCDR3 아미노산 서열 조합을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdB 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 34의 HCVR 아미노산 서열, 서열번호 42의 LCVR 아미노산 서열, 및/또는 서열번호 34/42의 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍, 또는 이에 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdB 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 54의 중쇄 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdB 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 52의 경쇄 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdB 항체는: (a) 서열번호 119의 HCVR 아미노산 서열 내에 함유된 3개의 중쇄 CDR(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3), 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열, 및 서열번호 127의 LCVR 아미노산 서열 내에 함유된 3개의 경쇄 CDR(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3), 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열, 및 (b) 서열번호 58의 hIgG1 중쇄 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdB 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 121/123/125/129/131/133의 HCDR1/HCDR2/HCDR3/LCDR1/LCDR2/LCDR3 아미노산 서열 조합을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdB 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 119의 HCVR 아미노산 서열, 서열번호 127의 LCVR 아미노산 서열, 및/또는 서열번호 119/127의 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍, 또는 이에 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdB 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 135의 중쇄 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

일부 실시예에서, 항-IsdB 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 서열번호 137의 경쇄 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

HCVR 및 LCVR 아미노산 서열 내의 CDR을 식별하기 위한 방법 및 기술은 당업계에 잘 알려져 있고, 본원에 개시된 특정 HCVR 및/또는 LCVR 아미노산 서열 내에서 CDR을 확인하는 데 사용될 수 있다. CDR의 경계를 식별하는 데 사용될 수 있는 예시적인 규정(convention)은, 예를 들어, Kabat 정의, Chothia 정의, 및 AbM 정의를 포함한다. 일반적인 조건에서, Kabat 정의는 서열 변동성에 기초하고, Chothia 정의는 구조적 루프 영역의 위치에 기초하며, AbM 정의는 Kabat 및 Chothia 접근법을 절충한 것이다. 예를 들어, Kabat의 "Sequences of Proteins of Immunological Interest," National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991); Al-Lazikani 등의 J. Mol. Biol. 273:927-948 (1997); 및 Martin 등의 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:9268-9272 (1989)를 참조한다. 공공 데이터베이스도 항체 내에서 CDR 서열을 확인하는 데 이용할 수 있다.

본원에 기술된 S. 아우레우스 항체 또는 이의 단편을 암호화하는 핵산 분자가 본원에 제공된다. 표 1 및 표 15에 열거된 HCVR 아미노산 서열 중 어느 하나를 암호화하는 핵산 분자가 본원에 제공되며; 특정 실시예에서, 핵산 분자는 표 2 및 표 16에 열거된 HCVR 핵산 서열 중 어느 하나로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

또한 표 1 및 표 15에 열거된 LCVR 아미노산 서열 중 어느 하나를 암호화하는 핵산 분자가 본원에 제공되며; 특정 실시예에서, 핵산 분자는 표 2 및 표 16에 열거된 LCVR 핵산 서열 중 어느 하나로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

또한 표 1 및 표 15에 열거된 HCDR 아미노산 서열 중 어느 하나 및 표 1 및 표 15에 열거된 LCDR 아미노산 서열 중 어느 하나를 암호화하는 핵산 분자가 본원에 제공되며; 특정 실시예에서, 핵산 분자는 표 2 및 표 16에 열거된 CDR 핵산 서열 중 어느 하나로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

HCVR을 암호화하는 핵산 분자가 본원에 제공되며, 여기서 HCVR은 3개의 CDR 세트(즉, HCDR1, HCDR2, HCDR3)를 포함하고, HCDR1, HCDR2, HCDR3 아미노산 서열 세트는 표 1 및 표 15에 열거된 예시적인 항체 중 어느 하나에 의해 정의된 바와 같다.

또한 LCVR을 암호화하는 핵산 분자가 본원에 제공되며, 여기서 LCVR은 3개의 CDR 세트(즉, LCDR1, LCDR2, LCDR3)를 포함하고, LCDR1, LCDR2, LCDR3 아미노산 서열 세트는 표 1 및 표 15에 열거된 예시적인 항체 중 어느 하나에 의해 정의된 바와 같다.

HCVR 및 LCVR 둘 다를 암호화하는 핵산 분자가 본원에 제공되며, 여기서 HCVR은 표 1 및 표 15에 열거된 HCVR 아미노산 서열 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함하고, LCVR은 표 1 및 표 15에 열거된 LCVR 아미노산 서열 중 어느 하나의 아미노산 서열을 포함한다. 특정 실시예에서, 핵산 분자는 표 2 및 표 16에 열거된 HCVR 핵산 서열 중 어느 하나로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열, 및 표 2 및 표 16에 열거된 임의의 LCVR 핵산 서열 중 어느 하나로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 이의 실질적으로 유사한 서열을 포함한다. 본 발명의 이러한 측면에 따른 특정 실시예에서, 핵산 분자는 HCVR 및 LCVR을 암호화하되, HCVR 및 LCVR 둘 다는 표 1 및 표 15에 열거된 동일한 항체로부터 유래된다.

항-단백질 A 항체, 항-IsdA 항체, 또는 항-IsdB 항체의 중쇄 또는 경쇄 가변 영역을 포함하는 폴리펩티드를 발현할 수 있는 재조합 발현 벡터가 본원에 제공된다. 예를 들어, 이는 전술한 핵산 분자 중 어느 하나, 즉, 표 1 및 표 15에 제시된 바와 같은 HCVR, LCVR, 및/또는 CDR 서열 중 어느 하나를 암호화하는 핵산 분자를 포함하는 재조합 발현 벡터를 포함한다. 본 발명의 범주에는, 이러한 벡터가 도입된 숙주 세포, 및 항체 또는 항체 단편의 생산을 가능하게 하는 조건 하에서 숙주 세포를 배양하고, 그렇게 생산된 항체 및 항체 단편을 회수함으로써 항체 또는 이의 일부분을 생산하는 방법이 또한 포함된다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 단백질 A, IsdA, 또는 IsdB에 특이적으로 결합하는 재조합 인간 항체 또는 이의 단편, 및 약학적으로 허용 가능한 담체를 포함하는 약학적 조성물을 제공한다. 관련 측면에서, 조성물은 항-단백질 A 항체 및 제2 치료제의 조합이다. 일 실시예에서, 제2 치료제는 항-단백질 A 항체와 유리하게 조합되는 임의의 제제이다.

관련 측면에서, 조성물은 항-IsdA 항체 및 제2 치료제의 조합이다. 일 실시예에서, 제2 치료제는 항-IsdA 항체와 유리하게 조합되는 임의의 제제이다.

관련 측면에서, 조성물은 항-IsdB 항체 및 제2 치료제의 조합이다. 일 실시예에서, 제2 치료제는 항-IsdB 항체와 유리하게 조합되는 임의의 제제이다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 스타필로코쿠스 감염, 스타필로코쿠스 감염과 연관된 장애, 및/또는 스타필로코쿠스 감염의 증상을 치료하기 위한 치료 방법을 제공한다. 이러한 측면에 따른 치료 방법은 약독화된 Fc 결합을 갖는, 본원에 제공된 항체 또는 항체의 항원 결합 단편을 포함하는 약학적 조성물의 치료적 유효량을, 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 치료되는 장애는 스타필로코쿠스 보체 회피를 방해하고/하거나 항체-유도 혈청 사멸을 허용함으로써 개선, 완화, 억제 또는 예방되는 임의의 질환 또는 병태이다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 S. 아우레우스 감염, S. 아우레우스 감염과 연관된 장애, 및/또는 S. 아우레우스 감염의 증상을 치료하기 위한 치료 방법을 제공한다. 이러한 측면에 따른 치료 방법은 본원에 제공된 항체 또는 항체의 항원 결합 단편을 포함하는 약학적 조성물의 치료적 유효량을, 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 치료되는 장애는 S. 아우레우스 보체 회피를 방해하고/하거나 항체-유도 혈청 사멸을 허용함으로써 개선, 완화, 억제 또는 예방되는 임의의 질환 또는 병태이다.

또 다른 측면에서, 본 발명은 S. 슈딘테르메디우스 감염, S. 슈딘테르메디우스 감염과 연관된 장애, 및/또는 S. 슈딘테르메디우스 감염의 증상을 치료하기 위한 치료 방법을 제공한다. 이러한 측면에 따른 치료 방법은 본원에 제공된 항체 또는 항체의 항원 결합 단편을 포함하는 약학적 조성물의 치료적 유효량을, 이를 필요로 하는 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 치료되는 장애는 S. 슈딘테르메디우스 보체 회피를 방해하고/하거나 항체-유도 혈청 사멸을 허용함으로써 개선, 완화, 억제 또는 예방되는 임의의 질환 또는 병태이다.

다른 실시예는 다음의 상세한 설명을 검토함으로써 명백해질 것이다.

도 1은 단백질 A의 존재 및 부재 시 항체 결합의 특이성을 특성화하기 위해 S. 아우레우스 Newman 야생형 및 단백질 A 결핍 균주에 대한 결합에 대한 항-IsdB 항체 및 항-단백질 A 항체에 대한 */* 변형의 효과를 보여준다.
도 2는 항-단백질 A 및 항-IsdB hIgG1*/* 단클론 항체 둘 다 정상 인간 혈청에서 S. 아우레우스 Newman 사멸을 촉진한다는 것을 입증한다.
도 3은 비변형 항-IsdB 항체에 비해 S. 아우레우스 신장 부담을 감소시키는 데 있어서 항-IsdB*/* 항체의 효과를 보여준다.
도 4는 항-단백질 A 및 항-IsdB hIgG1*/* 단클론 항체 둘 다 비변형 항체에 비해 정상 인간 혈청에서 S. 아우레우스 Newman, N315 또는 MW2의 사멸을 촉진한다는 것을 입증한다.
도 5는 비변형 항체에 비해 S. 아우레우스 신장 부담을 감소시키는 데 있어서 항-IsdB*/* 및 항-단백질 A */* 항체의 효과를 보여준다.
도 6은 보체 성분 C3이 항-IsdB 및 항-단백질 A hIgG1*/* 단클론 항체의 효능에 필요하다는 것을 보여준다.
도 7은 저 친화도 FcgRIIb/FcgRIII/FcgRIV가 항-IsdB 및 항-단백질 A hIgG1*/* 단클론 항체의 효능에 대해 필요하지 않음을 입증한다.
도 8은 인간 혈청에서 16시간 후 S. 아우레우스 Newman의 사멸을 촉진하는 항-단백질 A, IsdA 및 IsdB hIgG1*/* 단클론 항체의 효과를 보여준다.
도 9는 감염 후 1일차에 투여되는 경우, S. 아우레우스 신장 부담을 감소시키는 데 있어서 항-단백질 A, IsdA 및 IsdB hIgG1*/* 단클론 항체의 효과를 보여준다.
도 10은 항-단백질 A, 항-IsdA 및 항-IsdB hIgG1*/* 단클론 항체와 비교하여 대조군 hIgG1*/* 단클론 항체로 처치한 인간 전혈에서 S. 아우레우스의 생존을 보여준다. 대조군 항체를 사용한 치료는 S. 아우레우스의 생존력에 영향을 미치지 않은 반면, 항-단백질 A, 항-IsdA 및 항-IsdB hIgG1*/* 단클론 항체는 S. 아우레우스의 항체 의존적 사멸을 유도하였다.

본 개시는 기술된 특정 방법 및 실험 조건에 한정되지 않는다는 것을 이해해야 하는데, 이는 이러한 방법 및 조건이 다양할 수 있기 때문이다. 또한 범위는 첨부된 청구항에 의해서만 한정될 것이므로, 본원에서 사용된 용어는 단지 특정 실시예를 기술하기 위한 목적이며, 한정하는 것으로 의도되지 않음을 이해해야 한다.

달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어는 본 발명이 속한 당해 기술분야의 통상의 기술을 가진 자에 의해 널리 이해되는 것과 동일한 의미를 가진다. 본 설명에 사용된 용어 "약"은 인용된 특정 수치와 관련하여 사용될 때, 이러한 값이 인용된 값과 1% 이내에서 다를 수 있음을 의미한다. 예를 들어 본 설명에 사용된 바와 같이, 표현 "약 100"은 99와 101을 포함하고 그 사이의 모든 값(예, 99.1, 99.2, 99.3, 99.4 등)을 포함한다.

본 발명에 기재된 방법 및 재료와 유사 또는 동등한 어떠한 방법 및 재료도 본 발명의 실시 또는 검사에 사용될 수 있으나, 바람직한 방법 및 재료를 지금부터 설명한다. 본 명세서에 언급된 모든 특허, 출원 및 비 특허 공개문헌은 그 전체가 참조로서 본원에 통합된다.

정의

본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "항체"는 4개의 폴리펩티드 사슬, 이황화 결합에 의해 상호 연결된 2개의 중쇄(H) 및 2개의 경쇄(L) (즉, “완전한 항체(full antibody) 분자”)를 포함하는 면역글로불린 분자뿐만 아니라, 이의 다량체(예, IgM) 또는 이의 항원 결합 단편을 지칭하도록 의도된다. 각각의 중쇄는 중쇄 가변 영역(“HCVR” 또는 “V_H”) 및 중쇄 불변 영역(도메인 C_H1, C_H2 및 C_H3을 포함함)을 포함한다. 각각의 경쇄는 경쇄 가변 영역(“LCVR” 또는 “V_L”) 및 경쇄 불변 영역(C_L)을 포함한다. V_H와 V_L 영역은, 프레임워크 영역(FR)으로 지칭되는 더 보존적인 영역이 중간에 끼어 있는 상보성 결정 영역(CDR)으로 명명된 초가변 영역으로 더 세분화될 수 있다. 각각의 V_H 및 V_L은 아미노 말단에서 카르복시 말단의 방향으로 다음 순서로 배열된 3개의 CDR과 4개의 FR을 포함한다: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4.

본원에 제공된 스타필로코쿠스 항원에 특이적으로 결합하는 단클론 항체 및 이의 항원 결합 단편은 단백질 A(및/또는 SpsQ 또는 다른 상동성 단백질)에 대한 약독화된 Fc 결합을 갖는다. 본 개시 전반에 걸쳐, 이는 “*/*” 또는 “**”로서 언급되며, EU 색인 넘버링에 따라 hIgG1 Fc에서 H435R 및 Y436F 돌연변이를 포함하는, 항체, 또는 이의 항원 결합 단편을 지칭한다. H435R 및 Y436F 돌연변이는 hIgG1 중쇄인, 서열번호 58의 H318R 및 Y319F와 동등하다. */* 돌연변이 위치는 EU 넘버링에 따른 H435R 및 Y436F를 지칭하지만, */* 돌연변이는 가변 도메인 서열 길이에 따라 주어진 항체(또는 이의 항원 결합 단편)에 대한 실제 중쇄 내의 상이한 위치에서 발견될 수 있다.

예를 들어, */* 돌연변이는, H1xH20295P2의 경우 서열번호 54의 아미노산 잔기 위치 443/444에서; H1xH15135P의 경우 서열번호 76의 아미노산 잔기 위치 444/445에서; H1xH15120P의 경우 서열번호 95의 아미노산 잔기 위치 436/437에서; H1xH20207P의 경우 서열번호 115의 아미노산 잔기 위치 439/440에서; 그리고 H1xH20286P의 경우 서열번호 135의 아미노산 잔기 위치 436/437에서 전장 중쇄 서열에서 발견 가능하다.

*/* 돌연변이가 없는 예시적인 H1H20295P2 항체에서, 서열번호 50의 위치 443/444에서 발견되는 상응하는 전장 중쇄 아미노산 잔기는 히스티딘/티로신이다.

본 발명의 특정 실시예에서, 항체(또는 이의 항원 결합 단편)의 FR은 인간 생식선 서열과 동일하거나, 자연적으로 또는 인공적으로 변형될 수 있다. 아미노산 공통 서열은 둘 이상의 CDR의 병렬 분석에 기초하여 정의될 수 있다.

특정 실시예에서, 항체(또는 이의 항원 결합 단편)의 프레임워크 영역은 인간 생식선 서열과 동일하거나, 예를 들어, 본원에 제공된 항체의 서열과 동일할 수 있거나, 또는 자연적으로 또는 인공적으로 변형될 수 있다. 주어진 프레임워크 영역(또는 하나 이상의 프레임워크 영역)에서 하나 이상의 아미노산이 치환될 수 있고, 치환(들)은 보존적 또는 비보존적일 수 있다. 하나 이상의 CDR 잔기의 치환 또는 하나 이상의 CDR의 생략도 가능하다. 결합을 위해 1개 또는 2개의 CDR이 분배될 수 있는 항체가 과학 문헌에 기술되어 왔다. Padlan 등은 항체와 이들의 항원 간의 접촉 영역을 공개된 결정 구조에 기초하여 분석하였고, CDR 잔기의 약 1/5 내지 1/3만이 항원과 실제로 접촉한다고 결론지었다(문헌[1995 FASEB J. 9:133-139] 참조). Padlan은 또한 항원과 접촉하는 아미노산이 없는 1개 또는 2개의 CDR을 가진 많은 항체를 발견하였다(Vajdos 등의 2002 J Mol Biol 320:415-428도 참조함). 따라서, 본원에 제공된 항체는, 변형된 항체가 변형이 결여된 기준 항체와 연관된 하나 이상의 바람직한 특성을 유지하는 한, CDR 영역 및/또는 프레임워크 영역에서 효과적으로 변형될 수 있다.

주어진 CDR에 대한 변형은 본원에 제공된 항체로부터의 CDR 서열에 대해 이루어질 수 있고, 변형은 보존적 또는 비보존적 치환을 포함할 수 있다. 바람직한 치환은 분자 모델링 및/또는 경험적으로 결정될 수 있다. 예를 들어, 하나 이상의 CDR 잔기들이 또 다른 인간 항체 서열에서 상응하는 위치를 차지하는 아미노산 또는 이러한 서열의 공통 서열로 치환될 수 있다.

또한, 변형된 항체(항원 결합 단편라고도 함)가 각각의 S. 아우레우스 항원에 대한 결합을 유지하는 한, 이의 항원 결합 단편은 본원에 개시된 항체일 수 있지만, 하나 이상의 CDR 및/또는 하나 이상의 프레임워크 영역을 생략하도록 변형될 수 있다.

항원과 접촉하지 않는 CDR 잔기는 분자 모델링에 의해/의하거나 경험적으로 Chotia CDR의 외부에 위치하는 Kabat CDR의 영역으로부터 이전 연구(예를 들어, CDRH2에서의 잔기 H60-H65는 종종 필요하지 않음)에 기초하여 식별될 수 있다. CDR 또는 이의 잔기(들)가 생략되는 경우, 또 다른 인간 항체 서열에서 상응하는 위치를 차지하는 아미노산 또는 이러한 서열의 공통 서열로 치환된다. 치환을 위한 CDR 내의 위치 및 치환할 아미노산도 경험적으로 선택될 수 있다. 경험적 치환은 보존적 또는 비보존적 치환일 수 있다.

본원에 개시된 단백질 A(및/또는 SpsQ 또는 다른 상동성 단백질)에 대한 약독화된 Fc 결합으로 스타필로코쿠스 항원에 특이적으로 결합하는 단클론 항체는, 상응하는 생식선 서열과 비교하여 또는 본원에 제공된 서열과 비교하여, 프레임워크 및/또는 중쇄 및 경쇄 가변 도메인의 CDR 영역에서 하나 이상의 아미노산 치환, 삽입 및/또는 결실을 포함할 수 있다. 이러한 변형 또는 돌연변이는, 본원에 개시된 아미노산 서열을, 예를 들어, 공공 항체 서열 데이터베이스로부터 이용 가능한 생식선 서열과 비교함으로써, 또는 아미노산 서열을 본원에 제공된 항체의 서열, 예를 들어, 예들의 표에 제공된 항체 서열 중 어느 하나와 비교함으로써 쉽게 확인할 수 있다.

본 개시는 본원에 개시된 아미노산 서열 중 어느 하나로부터 유래되는, 항체, 및 이의 항원 결합 단편을 포함하며, 여기서 하나 이상의 프레임워크 및/또는 CDR 영역 내의 하나 이상의 아미노산은 항체가 유래된 생식선 서열의 상응하는 잔기(들)로, 또는 다른 생식선 서열, 예를 들어, 인간, 개, 고양이, 소, 돼지, 말, 기타의 상응하는 잔기(들)로, 또는 상응하는 생식선 잔기(들)의 보존적 아미노산 치환(이러한 서열 변화는 본원에서 집합적으로 “생식선 돌연변이”로서 지칭됨)로, 또는 항체 또는 항원 결합 단편이 기준 항체에 비해 바람직한 특징을 유지하는 한, 본원에 제공된 항체의 아미노산 서열, 예를 들어, 예들에 포함된 표에 제공된 항체 서열 중 어느 하나에 비해 변형된다. 당업자는, 본원에 개시된 중쇄 및 경쇄 가변 영역 서열에서 출발하여, 하나 이상의 개별 생식선 돌연변이 또는 이들의 조합을 포함하는 다수의 항체 및 항원 결합 단편을 쉽게 생산할 수 있다. 특정 실시예에서, V _H 및/또는 V _L 도메인 내의 프레임워크 및/또는 CDR 잔기의 전부는, 항체가 유래된 원래의 생식선 서열에서 발견되는 잔기로 다시 돌연변이 된다. 다른 실시예에서, 특정한 잔기만이, 예를 들어, FR1의 처음 8개의 아미노산 또는 FR4의 마지막 8개의 아미노산 내에서 발견된 돌연변이된 잔기, 또는 CDR1, CDR2 또는 CDR3에서 발견된 돌연변이된 잔기만이 원래 생식선 서열로 다시 돌연변이 된다. 다른 실시예에서, 프레임워크 및/또는 CDR 잔기(들) 중 하나 이상은 상이한 생식선 서열(즉, 항체가 유래된 원래 생식선 서열과 상이한 생식선 서열)의 상응하는 잔기(들)로 돌연변이 된다. 또한, 본원에 개시된 항체는 프레임워크 및/또는 CDR 영역 내의 2개 이상의 생식선 돌연변이의 임의의 조합을 함유할 수 있는데, 예를 들어, 특정 개별 잔기는 특정 생식선 서열의 상응하는 잔기로 돌연변이 되는 반면, 원래의 생식선 서열과 상이한 특정한 다른 잔기는 유지되거나, 상이한 생식선 서열의 상응하는 잔기로 돌연변이 된다. 일단 획득되면, 하나 이상의 생식선 돌연변이를 포함하는 항체 및 항원 결합 단편은, 개선된 결합 특이성, 증가된 결합 친화도, 개선되거나 강화된 길항성 또는 작용성 생물학적 특성(경우에 따라), 감소된 면역원성 등과 같은 하나 이상의 원하는 특성에 대해 쉽게 시험될 수 있다. 이러한 일반적인 방식으로 수득된 항체 및 항원 결합 단편은 본 개시에 포함된다.

하나 이상의 보존적 치환을 갖는 본원에 개시된 HCVR, LCVR, 및/또는 CDR 아미노산 서열 중 어느 하나의 변이체를 포함하는 S. 아우레우스 항원에 대한 완전한 인간 항체, 완전한 소 항체, 완전한 개 항체, 완전한 말 항체 등이 또한 본원에 포함된다. 예를 들어, 항-단백질 A 항체는 예를 들어, 본원에 개시된 HCVR, LCVR, 및/또는 CDR 아미노산 서열 중 어느 하나에 대해 10 이하, 8 이하, 6 이하, 4 이하, 등의 보존적 아미노산 치환을 가진, HCVR, LCVR, 및/또는 CDR 아미노산 서열을 가질 수 있고; 항-IsdA 항체는 예를 들어, 본원에 개시된 HCVR, LCVR, 및/또는 CDR 아미노산 서열 중 어느 하나에 대해 10 이하, 8 이하, 6 이하, 4 이하, 등의 보존적 아미노산 치환을 가진, HCVR, LCVR, 및/또는 CDR 아미노산 서열을 가질 수 있고; 항-IsdB 항체는 예를 들어, 본원에 개시된 HCVR, LCVR, 및/또는 CDR 아미노산 서열 중 어느 하나에 대해 10 이하, 8 이하, 6 이하, 4 이하, 등의 보존적 아미노산 치환을 가진, HCVR, LCVR, 및/또는 CDR 아미노산 서열을 가질 수 있다.

본원에서 사용되는 용어 “인간 항체”는 인간 생식선 면역글로불린 서열로부터 유래된 가변 및 불변 영역을 갖는 항체를 포함하도록 의도되며; 마찬가지로, 항체는 주어진 동물에서 치료를 위해 지정될 수 있다. 지정된 항체는 그 종의 각각의 생식선 면역글로불린 서열에 의해 암호화되지 않은 아미노산 잔기(예, 시험관 내 무작위 또는 부위 특이적 돌연변이유발에 의해 또는 생체 내 체세포성 돌연변이에 의해 도입된 돌연변이)를 예를 들면 CDR과 특정 CDR3에 포함할 수 있다.

본원에서 사용되는 용어 "인간 항체"는 또 다른 포유동물 종(예, 마우스)의 생식선으로부터 유도된 CDR 서열이 인간 FR 서열 상에 이식된 단클론 항체를 포함하도록 의도되지는 않는다. 상기 용어는 비인간 포유동물 또는 비인간 포유동물의 세포에서 재조합적으로 생성되는 항체를 포함한다. 상기 용어는 인간 대상체로부터 단리되었거나 인간 대상체에서 생성된 항체를 포함하도록 의도되지 않는다.

본원에서 사용되는 용어 “지정된 프레임워크 영역”(예를 들어, 개화된 또는 인간)은 CDR 잔기로서 본원에서 정의된 초가변 영역 잔기 이외의 개 항체의 중쇄 및 경쇄의 아미노산 서열을 지칭한다. 본원에 사용되는 “지정된 항체”라는 구절은, 예를 들어, 사슬 및 종 특이적 프레임워크 영역 둘 다에서 인간 CDR의 아미노산 서열을 갖는 항체를 지칭한다. 환언하면, 지정된 항체는 제1 종 유래 항체로부터의 CDR(예를 들어, 인간 항체로부터의 CDR)을 포함하는 종 특이적 IgG 중쇄 및 제1 종 유래 항체의 CDR을 포함하는 제2 종 유래의 카파 경쇄를 포함하고, 상기 지정된 항체가, 그 CDR 대신에 상기 제1 종 유래 항체의 특정된 CDR을 포함하는, 상기 제2 종 유래의 IgG 중쇄(또는 변형된 IgG, 예, 본원에 개시된 바와 같음) 및, 그 CDR 대신에 상기 제1 종 유래 항체의 특정된 CDR을 포함하는, 제2 종 유래의 카파 경쇄(또는 변형된 개 카파 경쇄)를 포함함을 나타낸다.

본원에서 사용되는, 용어 "재조합"은 예를 들어, 스플라이싱 및 이식유전자 발현을 포함하는 재조합 DNA 기술로서 당업계에 알려진 기술 또는 방법에 의해 생성, 발현, 단리 또는 수득된 본 발명의 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 지칭한다. 상기 용어는 비-인간 포유동물(예를 들어, 유전자이식 마우스와 같은 유전자이식 비-인간 포유동물 포함) 또는 세포(예, CHO 세포) 발현 시스템에서 발현되거나, 재조합 조합 인간 항체 라이브러리로부터 단리된 항체를 지칭한다.

용어 "특이적으로 결합하는” 또는 “~에 특이적으로 결합하는" 등은 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 생리학적 조건 하에서 비교적 안정한 항원과 복합체를 형성하는 것을 의미한다. 특이적 결합은 적어도 약 1x10^-7 M 이하의 평형 해리 상수를 특징으로 할 수 있다(예를 들어, K_D가 작을수록 결합이 더 밀접함). 2개의 분자가 특이적으로 상호 간에 결합하는지 여부를 결정하는 방법은 당업계에 잘 알려져 있고, 예를 들어, 평형 투석(equilibrium dialysis), 표면 플라스몬 공명(surface plasmon resonance) 등을 포함한다. 본원에 기술된 바와 같이, 항체는 표면 플라스몬 공명, 예를 들어, 스타필로코쿠스 항원에 특이적으로 결합하지만 단백질 A 및/또는 SpsQ 또는 또 다른 상동성 단백질에 대한 약독화된 Fc 결합을 갖는, BIACORE™에 의해 식별되었다. 더욱이, 하나의 스타필로코쿠스 항원 및 하나 이상의 추가 항원에 결합하는 다중 특이적 항체 및 2개의 상이한 스타필로코쿠스 항원에 결합하는 이중 특이적 항체는, 그럼에도 불구하고 본원에서 사용되는 바와 같이 “특이적으로 결합하는”항체로 간주된다.

용어 “고친화도” 항체는 표면 플라스몬 공명, 예를 들어, BIACORE™ 또는 용액-친화성 ELISA에 의해 측정시, 적어도 10^-7 M; 바람직하게는 10^-8M; 더욱 바람직하게는 10^-9M, 더욱 더 바람직하게는 10^-10 M, 더욱 더 바람직하게는 10^-11 M, 더욱 더 바람직하게는 10^-12 M의, K_D로서 표현되는, 스타필로코쿠스 항원, 예컨대 S. 아우레우스 항원에 대한 결합 친화도를 갖는 이들 단클론 항체를 지칭한다.

용어 “슬로우 오프 속도(slow off rate)”, “Koff” 또는 “kd”는, 표면 플라스몬 공명, 예를 들어, BIACORE™에 의해 판정시, 1 x 10^-2 s^-1 이하, 1 x 10^-3 s^-1 이하, 바람직하게는 1 x 10^-4s^-1 이하의 속도 상수를 갖는 항원으로부터 해리되는 항체를 의미한다.

본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 항체의 "항원 결합 부분", 항체의 "항원 결합 단편" 등은 항원에 특이적으로 결합하여 복합체를 형성하는 임의의 자연적인, 또는 효소에 의해 수득할 수 있는, 또는 합성, 또는 유전자 조작된 폴리펩티드 또는 당단백질을 포함한다. 본원에서 사용되는, 용어 항체의 “항원 결합 단편” 또는 “항체 단편”은 스타필로코쿠스 항원에 결합하는 능력을 보유하고 또한 단백질 A 또는 상동성 단백질에 대한 약독화된 Fc 결합을 나타내는 항체의 하나 이상의 단편을 지칭한다. 이러한 용어는 또한, 예를 들어, S. 아우레우스 및 S. 슈딘테르메디우스와 교차 반응하거나,또는 S. 슈딘테르메디우스 항원에 결합하고, 또한 SpsQ에 대한 약독화된 Fc 결합을 나타내는 항체의 하나 이상의 단편을 지칭할 수 있다.

특정 실시예에서, 본 발명의 항체 또는 항체 단편은 리간드와 같은 모이어티 또는 치료 모이어티(“면역접합체”), 예컨대 항생제, 스타필로코쿠스 항원에 대한 제2 항체, 또는 스타필로코쿠스 감염에 의해 야기되는 감염증 치료에 유용한 임의의 다른 치료 모이어티에 접합될 수 있다.

본원에서 사용되는, "단리된 항체"는 상이한 항원 특이성을 갖는 다른 항체(Ab)가 실질적으로 없는 항체를 지칭하도록 의도된다(예를 들어, 스타필로코쿠스 항원에 특이적으로 결합하는 단리된 항체, 또는 이의 단편은 특정된 스타필로코쿠스 항원 이외의 항원에 특이적으로 결합하는 항체가 실질적으로 없다.

“항체-의존성 세포-매개 세포독성” 또는 “ADCC”는 세포-매개 면역 방어의 메커니즘으로서, 이에 의해 면역계의 효과기 세포가 표적 세포를 활발하게 용해시키고, 그 막-표면 항원은 특이적 항체, 예컨대 본원에 기술된 항체에 의해 결합되었다. 이와 같이, 이는, 예를 들어, S. 아우레우스 특이적 항체 또는 S. 슈딘테르메디우스 항체가 감염 확산을 제한하도록 작용할 수 있는, 하나의 메커니즘이다. 고전적 ADCC는 자연 킬러 세포(NK 세포), 대식세포, 호중구 및 특정 경우에 호산구에 의해 매개된다.

본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "표면 플라스몬 공명"은, 예를 들어, BIACORE™ 시스템(스웨덴 웁살라 및 뉴저지주 피츠카타웨이 소재의 Pharmacia Biosensor AB)을 사용해 바이오센서 매트릭스 내의 단백질 농도 변경을 검출함으로써 생체 분자의 상호 작용을 실시간으로 분석할 수 있게 하는 광학 현상을 지칭한다.

본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "K_D"는 특정 항체-항원 상호 작용의 평형 해리 상수를 지칭하도록 의도된다.

용어 “에피토프”는 파라토프로서 알려진 항체 분자의 가변 영역에서 특이적 항원 결합 부위와 상호 작용하는 항원 결정자를 지칭한다. 단일 항원은 하나 이상의 에피토프를 가질 수 있다. 따라서, 상이한 항체는 항원 상의 상이한 영역에 결합할 수 있고 상이한 생물학적 효능을 가질 수 있다. 용어 “에피토프”는 또한 B 및/또는 T 세포가 반응하는 항원 상의 부위를 지칭한다. 이는 또한 항체에 의해 결합되는 항원의 영역을 지칭한다. 에피토프는 구조적 또는 기능적으로 정의될 수도 있다. 기능적 에피토프는 일반적으로 구조적 에피토프의 서브 세트이며, 상호 작용의 친화도에 직접 기여하는 잔기들을 갖는다. 에피토프는 (비선형 아미노산으로 이루어진) 입체 구조일 수도 있다. 특정 실시예에서, 에피토프는 아미노산, 당 측쇄, 포스포릴 기 또는 설포닐 기와 같은, 분자들의 화학적으로 활성 표면군인 결정기를 포함할 수 있으며, 소정의 실시예들에서, 특이적인 3차원 구조적 특성, 및/또는 특이적인 전하 특성을 가질 수도 있다.

본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 "교차-경쟁"은, 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 항원에 결합하여 또 다른 항원 또는 이의 항원 결합 단편의 결합을 억제하거나 차단하는 것을 의미한다. 상기 용어는 두 항체 간의 양방향 경쟁, 즉, 제1 항체가 결합하여 제2 항체의 결합을 차단하는 것 및 그 반대의 경우도 포함한다. 특정 실시예에서, 제1 항체 및 제2 항체는 동일한 에피토프에 결합할 수 있다. 대안적으로, 한 항체의 결합이, 예를 들어, 입체 장애(steric hindrance)를 통해 제2 항체의 결합을 억제하거나 차단하도록, 제1 및 제2 항체는 상이하지만 중첩하는 에피토프에 결합할 수 있다. 항체 간의 교차 경쟁은 당업계에 알려진 방법, 예를 들어, 실시간 비표지 바이오-층 간섭계 검정에 의해 측정될 수 있다. 시험 항체가 본원에 기술된 기준 항체와 교차 경쟁하는지 여부를 결정하기 위해, 포화 조건 하에서 기준 항체를 S. 아우레우스 항원에 대한 항체에 결합시킨다. 이어서, 동일한 항원에 결합하는 시험 항체의 능력을 평가한다. 기준 항체와의 포화 결합 후에 시험 항체가 항원에 결합할 수 있는 경우, 시험 항체는 기준 항체와 상이한 에피토프에 결합하는 것으로 결론을 내릴 수 있다. 반면, 기준 항체와의 포화 결합 후에 시험 항체가 S. 아우레우스 항원에 결합할 수 없는 경우, 시험 항체는 본 발명의 기준 항체에 의해 결합된 에피토프와 동일한 에피토프에 결합할 수 있다.

핵산 또는 이의 단편을 지칭할 때, 용어 “실질적 동일성” 또는 “실질적으로 동일한”은, 다른 핵산(또는 그의 상보적 가닥)과 적절한 뉴클레오티드 삽입 또는 결실과 최적으로 정렬될 때, 이하에서 논의되는 바와 같이, 서열 동일성의 임의의 잘 알려진 알고리즘, 예컨대 FASTA, BLAST 또는 GAP에 의해 측정될 때, 예를 들어 뉴클레오티드 염기의 적어도 80%, 적어도 81%, 적어도 82%, 적어도 83%, 적어도 84%, 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100%인, 뉴클레오티드 서열 동일성 %이 존재하는 것을 의미한다. 기준 핵산 분자에 대한 실질적 동일성을 갖는 핵산 분자는, 특정 경우에, 기준 핵산 분자에 의해 암호화된 폴리펩티드와 동일하거나 실질적으로 유사한 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드를 암호화할 수 있다.

폴리펩티드에 적용된 바와 같이, 용어 “실질적 유사성” 또는 “실질적으로 유사한”은 2개의 펩티드 서열이, 예컨대 디폴트 갭 가중치를 사용하는 GAP 또는 BESTFIT 프로그램에 의해, 최적으로 정렬될 때, 적어도 80%, 적어도 81%, 적어도 82%, 적어도 83%, 적어도 84%, 적어도 85%, 적어도 86%, 적어도 87%, 적어도 88%, 적어도 89%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99%, 적어도 99.5%, 또는 100% 서열 동일성을 공유하는 것을 의미한다. 일부 측면에서, 동일하지 않은, 잔기 위치는 보존적 아미노산 치환만큼 상이하다. “보존적 아미노산 치환”은 아미노산 잔기가 유사한 화학적 성질(예: 전하 또는 소수성)을 갖는 측쇄(R기)를 갖는 또 다른 아미노산 잔기에 의해 치환되는 것이다. 일반적으로, 보존적 아미노산 치환은 단백질의 기능적 성질을 실질적으로 변화시키지 않을 것이다. 2개 이상의 아미노산 서열이 보존적 치환만큼 서로 상이한 경우, 유사성의 백분율 또는 정도는 상향으로 조정되어 치환의 보존적 성질을 보정할 수 있다. 이러한 조정을 만드는 수단은 당업자에게 잘 알려져 있다. 예를 들어, Pearson의 문헌[(1994) Methods Mol. Biol. 24: 307-331]을 참조하고, 이는 참조로서 본원에 통합된다. 유사한 화학적 성질을 갖는 측쇄를 갖는 아미노산의 군의 예는 다음을 포함한다: 1) 지방족 측쇄: 글리신, 알라닌, 발린, 류신, 및 이소류신; 2) 지방족-히드록실 측쇄: 세린 및 트레오닌; 3) 아미드 함유 측쇄: 아스파라긴 및 글루타민; 4) 방향족 측쇄: 페닐알라닌, 티로신, 및 트립토판; 5) 염기성 측쇄: 리신, 아르기닌, 및 히스티딘; 6) 산성 측쇄: 아스파르트산염 및 글루탐산염; 및 7) 황 함유 측쇄: 시스테인 및 메티오닌. 바람직한 보존적 아미노산 치환기는: 발린-류신-이소류신, 페닐알라닌-티로신, 리신-아르기닌, 알라닌-발린, 글루탐산염-아스파르트산염, 및 아스파라긴-글루타민이다. 대안적으로, 보존적 치환은 Gonnet 등의 문헌에 개시된 PAM250 로그 우도 매트릭스에서 양의 값을 갖는 임의의 변화이다(예: Gonnet 등의 (1992) Science 256: 1443 45를 참조하고, 이는 참조로서 본원에 통합됨). “적당한 보존적” 치환은 PAM250 로그 우도 매트릭스에서 음의 값을 갖는 임의의 변화이다.

폴리펩티드에 대한 서열 유사성은 일반적으로 서열 분석 소프트웨어를 사용해 측정된다. 단백질 분석 소프트웨어는 보존적 아미노산 치환을 포함하는 다양한 치환, 결실 및 기타 변형에 배정된 유사성 측정치를 사용하여 유사한 서열들을 대조한다. 예를 들어, GCG 소프트웨어는, 상이한 종의 유기체 유래의 상동성 폴리펩티드와 같은 밀접하게 연관된 폴리펩티드 간의 서열 상동성이나 서열 동일성, 또는 야생형 단백질과 이의 뮤테인 사이의 서열 상동성이나 서열 동일성을 결정하기 위한 디폴트 파라미터와 함께 사용될 수 있는 GAP 및 BESTFIT과 같은 프로그램을 포함한다. 예를 들어, GCG 버전 6.1 참조. 폴리펩티드 서열은 FASTA를 디폴트 파라미터 또는 권장 파라미터와 함께 사용해 비교할 수도 있다(GCG 버전 6.1의 프로그램). FASTA(예, FASTA2 및 FASTA3)는 쿼리 및 검색 서열 사이의 가장 중첩된 영역의 정렬 및 서열 동일성 백분율을 제공한다 (전술한, Pearson의 문헌[(2000)] 참조). 상이한 유기체 유래의 다수의 서열이 포함된 데이터베이스와 본 발명의 서열을 비교할 때 바람직한 또 다른 알고리즘은 디폴트 파라미터를 사용하는 컴퓨터 프로그램인 BLAST, 특히 BLASTP 또는 TBLASTN이다. 예를 들어, Altschul 등의 (1990) J. Mol. Biol. 215: 403-410 및 (1997) Nucleic Acids Res. 25:3389-3402를 참조하고, 이들 각각은 참조로서 본원에 통합된다.

“치료적 유효량”이라는 구절은 투여에 의해 원하는 효과를 생산하는 양을 의미한다. 정확한 양은 치료의 목적에 따라 달라질 것이고, 공지된 기술을 사용하여 당업자에 의해 확인될 수 있을 것이다(예를 들어, Lloyd (1999) The Art, Science and Technology of Pharmaceutical Compounding 참조).

본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 “대상체”는, S. 아우레우스 감염과 같은 스타필로코쿠스 감염, 또는 S. 아우레우스 감염과 연관된 장애, 또는 S. 아우레우스 감염과 연관된 증상, 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염과 연관된 장애, 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염과 연관된 증상의 완화, 예방 및/또는 치료를 필요로 하는, 예를 들어, 인간을 포함하는 포유동물로서, 동물을 지칭한다. 대상체는 인간 또는 비인간 영장류, 말, 소, 염소, 양, 또는 돼지와 같은 가축, 또는 반려 동물일 수 있다. 본원에 사용된 “반려 동물”이라는 어구는 개, 고양이, 및 설치류를 포함하여 인간이 애완동물로서 보유하기에 적합한 임의의 비인간 동물을 포함한다. 용어 “개”는 반려 동물 및 작업 견을 포함한다. 개(dog)라는 용어는 개과(canine)라는 용어와 동의어이다. 용어 “고양이”는 가축 고양이 또는 집 고양이로 알려져 있고, 달리 고양이과(feline)로도 알려져 있는 반려 동물인 것들을 포함한다. 용어 “설치류”는 햄스터, 마우스, 랫트, 기니 피그, 게르빌루스쥐(gerbil), 토끼, 고슴도치, 페럿, 친칠라 등을 포함하지만, 이에 한정되지 않는다. 대상체는 또한 가두어 기르는 임의의 동물을 포함할 수 있다.

대상체는 스타필로코쿠스 감염을 가질 수 있거나, 스타필로코쿠스 감염, 예를 들어, S. 아우레우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염이 걸리기 쉽다. “스타필로코쿠스 감염에 걸리기 쉬운” 대상체 또는 “스타필로코쿠스 감염에 걸릴 위험이 증가할 수 있는” 대상체는 자가면역 질환때문에 면역체계가 손상된 대상체, 화상 희생자, 당뇨병 환자, 수술 환자, 부상을 입은 사람, 카테터를 착용한 사람, 투석 환자, (예를 들어, 장기 이식 후) 면역억제 요법을 투여받고 있는 사람들, 인간 면역 결핍 증후군(HIV) 또는 후천성 면역 결핍증후군(AIDS)에 걸린 사람들, 백혈구를 고갈시키거나 파괴하는 특정 형태의 빈혈증에 걸린 사람들, 방사선 또는 화학요법으로 치료 중인 사람들, 또는 염증성 장애에 걸린 사람들이다. 또한, 극단적으로 어리거나 나이가 많은 대상체는 위험성이 높다. 감염된 동물, 또는 인간 환자와 신체적으로 접촉하거나 신체적으로 가까운 곳에 있게 되거나, 또는 감염된 동물 또는 인간 환자의 체액 또는 조직에 노출되는 임의의 사람은 S. 아우레우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염에 걸릴 위험이 높다. 동물은 위의 많은 이유로 인해, 또는 동물이 젖소, 염소, 말, 양, 개 또는 고양이와 같이, 우유를 생산하기 때문에, 또한 걸릴 수 있다.

본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 “치료하다”, “치료하는”, 또는 “치료”는 본원에 제공된 항체와 같은 치료제를 이를 필요로 하는 대상체에게 투여함으로 인해, 스타필로코쿠스 감염, 예를 들어, S. 아우레우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염의 중등도, 스타필로코쿠스 감염, 예를 들어, S. 아우레우스 감염또는 S. 슈딘테르메디우스 감염의 적어도 하나의 증상 또는 징후, 스타필로코쿠스 감염, 예를 들어, S. 아우레우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염과 연관되거나 이에 의해 유발된 병태의, 감소 또는 완화를 지칭한다. 상기 용어는 질환 진행 또는 감염증 악화를 억제하는 것을 포함한다. 상기 용어는 또한 질환의 긍정적 예후를 포함한다, 즉, 본 발명의 항체와 같은 치료제의 투여 시 대상체에게 감염증이 없어질 수 있거나, 박테리아 역가가 감소하거나 없어질 수 있다. 치료제는 치료적 투여량으로 대상에게 투여될 수 있다.

본원에서 사용되는 바와 같이, 스타필로코쿠스 연관 감염의 “예방”은 감염 사건 시점에 스타필로코쿠스 연관 감염을 획득하는 대상체의 위험을 감소시키는 것을 지칭한다. 일부 측면에서, 스타필로코쿠스 연관 감염을 획득하는 대상체의 위험은, 감염 사건 전에 스타필로코쿠스 항원에 면역 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 투여되지 않은 대상체와 비교하여, 적어도 30%만큼 감소된다. 보다 적절하게는, 감염 사건 전에 스타필로코쿠스 항원에 면역 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 투여되지 않은 대상체와 비교하여, 위험이 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%만큼 감소되거나, 위험이 완전히 제거된다.

본원에서 사용되는 바와 같이, “중증도를 감소시키는 것”은, 스타필로코쿠스 감염, 예를 들어, S. 아우레우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염을 참조하여 사용될 때, 스타필로코쿠스 감염, 예를 들어, S. 아우레우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염을 획득한 대상체가 나타내고 있는 증상을 감소시키는 것을 지칭한다. 적절하게는, 또한 스타필로코쿠스 감염, 예를 들어, S. 아우레우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염을 획득한 대상체가 나타내고 있는 증상과 비교하여, 증상은 적어도 30% 감소되지만, 대상체에게 스타필로코쿠스 항원에 면역 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 투여된 적이 없다. 보다 적절하게는, 감염 사건 전에 S. 아우레우스 독소 또는 표면 결정인자, 또는 이들의 조합에 면역 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 투여되지 않은 대상체와 비교하여, 증상은 적어도 40%, 적어도 50%, 적어도 60%, 적어도 70%, 적어도 80%, 적어도 90%만큼 감소되거나, 또는 증상이 완전히 제거된다(즉, 대상체가 감염이 완치됨, 예를 들어 패혈증이 완치됨).

스타필로코쿠스 감염 연관 병태 및 증상의 일부 또는 전부는 감염 성분 또는 병태 또는 질환 상태의 매개체로서 분비된 독소의 직접적인 작용을 수반할 수 있지만, 병태의 일부 또는 전부는 분비된 독소의 간접적 또는 이차적인 작용을 수반할 수도 있다(예를 들어, 병태와 관련된 주요 증상 또는 대부분의 증상을 유발하는 일차 독성 인자로서, 또는 세포 기능의 파괴 또는 세포 용해를 통해 질환을 더욱 진전시키는 작용을 하는 제제로서).

본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 “항생제”는 대상체 내의 스타필로코쿠스 감염을 치료, 예방 또는 완화하는 데 사용되는, 임의의 항-감염성 제제 또는 요법(화학적 모이어티든지 또는 생물학적 요법이든지 상관없이)을 지칭한다. 예를 들어, 항생제는 페니실린, 옥사실린, 리팜핀, 플루클록사실린, 디클록사실린, 세파졸린, 세팔로틴, 세팔렉신, 나프실린, 클린다마이신, 린코마이신, 리네졸리드, 답토마이신, 에리트로마이신, 반코마이신, 겐타마이신, 독시사이클린, 및 트리메토프림-설파톡사졸로 이루어진 군으로부터 선택될 수 있거나, 또는 스타필로코쿠스 감염을 치료하는 데 적합한 임의의 다른 항생제일 수 있다.

스타필로코쿠스 및 연관 항원

S. 아우레우스 감염은 경증 피부 감염에서 패혈증 및 심내막염을 포함한 중증 감염까지 다양할 수 있다. 박테리아가 약물 내성 형태로, 특히 병원 및 의원과 같은 의료 서비스 환경에서 점점 더 많이 발견됨에 따라, 대안적 치료가 필요하다.

S. 아우레우스는 단백질 A의 발현에 의해 숙주 면역계를 회피하는 것으로 악명 높다. 단백질 A는 숙주 항체의 Fc 부분에 결합하여 항체 매개 박테리아 살해를 예방하는 기능을 하며, 박테리아 독성에 기여한다. 또한, 단백질 A는 IgG1의 Fc 영역에 결합하여 보체 고정을 방지한다.

스타필로코쿠스 슈딘테르메디우스는 주로 개에서 확인되고 고양이, 말 및 인간에서 확인되었다. S. 슈딘테르메디우스는 일반적으로 피부 감염 (농피증)에 제한되지만, 수술 후 감염에서도 발견된다. SpsQ는 단백질 A와 유사하게 기능하고 단백질 A와 70%의 동일성을 갖는 단백질 A 올소로그(ortholog)다. S. 슈딘테르메디우스는 높은 비율의 메티실린 내성(MRSP)을 갖는다.

단백질 A에 대한 Fc 결합의 영향을 최소화하기 위한 노력으로, 단백질 A에 대한 약독화된 Fc 결합을 갖는 다양한 S. 아우레우스 항원에 대한 항체가 본원에 제공된다. 일부 측면에서, 항체는 hIgG1 Fc에서 H435R 및 Y436F 돌연변이를 포함한다(EU 색인 넘버링; 서열번호 58의 H318R 및 Y319F와 동등함). 일부 측면에서, 항체는 서열번호 58의 hIgG1 중쇄를 포함한다. 마찬가지로, SpsQ에 대한 Fc 결합의 영향을 최소화하기 위한 노력으로, S. 슈딘테르메디우스와 교차 반응하고 SpsQ에 대한 약독화된 Fc 결합을 갖는 항체가 본원에 제공된다.

표면 결정인자 항원 및 분비된 독소와 같은 스타필로코쿠스 항원에 결합하는, 인간, 인간화, 개, 개화, 소, 소화 및/또는 키메라 형태와 같은 지정된 항체를 포함하는 항체뿐만 아니라, 이의 단편, 유도체/접합체 및 조성물이 본원에 개시된다. 이러한 항체는 스타필로코쿠스박테리아, 예컨대 S. 아우레우스 및 S. 슈딘테르메디우스를 검출하고/하거나 시각화하는 데 유용할 수 있으며, 따라서 진단 방법 및 분석에 유용할 수 있다. 본원에 기술된 항체는 또한 스타필로코쿠스 표면 결정인자를 방해함으로써, 집락화 및 면역 회피를 방해하여, 항체를 치료 및 예방 방법에 유용하게 만든다. 마찬가지로, 본원에 기술된 항체는 스타필로코쿠스 분비된 독소에 결합하여, 스타필로코쿠스 감염의 독성을 감소시킬 수 있다.

예시적으로, S. 아우레우스는 S. 아우레우스 집락화, 면역 회피, 및 적합성에 중요한 항원을 발현한다. 이러한 S. 아우레우스 항원은, 예를 들어, IsdA, IsdB, IsdC, IsdE, IsdH, 단백질 A, ClfA, ClfB, CP5, CP8, SdrC, SdrD, SdrE, FnBpA, FnBpB, Cna, 다당류 폴리-N-아세틸글루코사민(PNAG), 및 SasG를 포함한다. 본원에 제공된 항체는 이들 항원을 표적화할 수 있고, 단백질 A에 대한 Fc 결합을 약독화시키는 IgG1 */* 돌연변이가 주어지는 경우 특이적 항원을 표적화하는 데 특히 적합하다. 다른 스타필로코쿠스 박테리아는 유사한 항원을 발현하는데, 이 항원에 단백질 A 또는 상동성 단백질에 대한 Fc 결합을 약독화시키는 돌연변이와 조합하여 본원에 제공된 항체가 표적화할 수 있다.

S. 아우레우스는 또한 많은 수의 분비된 세포-연관 단백질을 생산하는데, 이들 중 다수는 알파-독소(AT), 베타-독소, 감마-독소, 델타-독소, 류코시딘, 독성 쇼크 증후군 독소(TSST), 장독소, 응고효소, 단백질 A, 및 피브리노겐과 같이, 발병기전에 관여한다. 알파 독소는 S. 아우레우스의 독성 인자 중 하나이며, 대부분의 병원성 S. 아우레우스 균주에 의해 생산된다.

본원에서 사용되는, S. 아우레우스 감염은 S. 아우레우스 박테리아를 가진 대상체의 임의의 경미한 내지 심각한 집락화를 지칭한다. S. 아우레우스 감염은 급성 또는 만성일 수 있다. S. 아우레우스 감염에 의해 야기된 예시적인 병태는 연조직염, 균혈증, 피부괴사, 눈꺼풀 감염, 안구 감염, 신생아 결막염, 골수염, 농가진, 종기, 열상 피부증후군, 식중독, 폐렴, 수술 감염, 화상 감염, 요로 감염, 수막염, 심내막염, 패혈증, 독성 쇼크 증후군, 및 화농성 관절염을 포함한다. S. 아우레우스 감염의 예시적인 증상은 가려움, 발적, 발진, 부종, 메스꺼움, 구토, 설사, 탈수, 저혈압, 발열, 착란, 근육통, 복통, 관절 부종, 및 관절 통증을 포함한다.

본원에 제공된 지정된 항체 및 항원 결합 단편은 스타필로코쿠스 항원, 예를 들어, 단백질 A, IsdA, 및 IsdB와 같은 S. 아우레우스 항원에 특이적으로 결합하고, 단백질 A 및/또는 SpsQ에 대한 약독화된 Fc 결합을 나타낸다. 이들 항체는 높은 친화도로 각각의 항원에 결합하며, S. 아우레우스의 항체 의존성 사멸을 매개할 수 있다. 이들 항체는 또한 S. 슈딘테르메디우스의 항체 의존성 사멸을 매개할 수 있다.

일부 실시예에서, 항체는 S. 아우레우스 감염을 앓고 있는 대상체를 치료하거나, S. 아우레우스 감염을 예방하는 데 유용하다. 대상체에게 투여될 때, 항체는 예를 들어 혈청 및 신장에서 박테리아 부하를 감소시킬 수 있다. 항체는 감염증으로부터 대상체를 보호하기 위해 (감염 전에) 예방적으로 사용될 수 있거나, 이전에 확립된 감염증을 완화시키거나 감염증과 관련된 적어도 하나의 증상을 완화시키기 위해 (감염증이 확립된 후에) 치료적으로 사용될 수 있다.

일부 실시예에서, 항체는 S. 슈딘테르메디우스 감염을 앓고 있는 대상체를 치료하거나, S. 슈딘테르메디우스 감염을 예방하는 데 유용하다. 대상체에게 투여될 때, 항체는 예를 들어 피부, 혈청 및 신장에서 박테리아 부하를 감소시킬 수 있다. 항체는 감염증으로부터 대상체를 보호하기 위해 (감염 전에) 예방적으로 사용될 수 있거나, 이전에 확립된 감염증을 완화시키거나 감염증과 관련된 적어도 하나의 증상을 완화시키기 위해 (감염증이 확립된 후에) 치료적으로 사용될 수 있다.

특정 실시예에서, 본원에 제공된 항체는 전장 단백질 A 단백질, 전장 IsdA 단백질, 또는 전장 IsdB 단백질과 같은 일차 면역원으로 면역화되거나, 또는 각각의 항원 또는 이의 단편의 재조합 형태로 면역화된 후, 이차 면역원으로 면역화된 마우스로부터 수득된다. 면역원은 S. 아우레우스 항원의 생물학적 활성 단편 및/또는 면역원성 단편이거나, 이의 활성 단편을 암호화하는 DNA일 수 있다.

본원에 개시된 특정 항체는 시험관 내 또는 생체 내 검정에 의해 결정했을 때, S. 아우레우스 박테리아 부하에 결합하여 이를 감소시킬 수 있다. S. 아우레우스 항원에 결합하는 항체의 능력은 본원에 기술된 것과 같은 결합 분석, 또는 활성 분석을 포함하여, 당업자에게 공지된 임의의 표준 방법을 사용하여 측정할 수 있다.

본원에 개시된 특정 항체는 시험관 내 또는 생체 내 검정에 의해 결정했을 때, S. 슈딘테르메디우스 박테리아 부하에 결합하여 이를 감소시킬 수 있다.

결합 활성을 측정하기 위한 비제한적인 예시적 시험관 내 검정은 본원의 예 3에 예시되어 있다. 예 3에서, S. 아우레우스 항원에 대한 예시적인 항체의 결합 친화도 및 해리 상수를 Biacore에 의해 결정하였다. 예 4는 단백질 A의 존재 시 항체 결합의 특이성을 제공한다. 예 5 및 6에서, 항체 유도 사멸을 용이하게 하고 각각 신장에서 박테리아 부하를 감소시키는 항체의 능력을 입증하기 위해 시험관 내 및 생체 내 실험을 수행하였다.

본원에 개시된 항체는 추가의 표지 또는 모이어티를 함유하지 않거나, N-말단 또는 C-말단 표지 또는 모이어티를 함유할 수 있다. 일 실시예에서, 표지 또는 모이어티는 비오틴이다. 결합 검정에서, 표지의 위치(있는 경우)를 통해 펩티드가 결합되는 표면에 대한 펩티드의 상대적인 배향을 결정할 수 있다. 예를 들어, 표면이 아비딘으로 코팅된 경우, N-말단 비오틴을 함유하는 펩티드는 펩티드의 C-말단 부분이 표면에 대해 원위에 있도록 배향될 것이다. 일 실시예에서, 표지는 방사성핵종, 형광 염료 또는 MRI-검출형 표지일 수 있다. 특정 실시예에서, 이러한 표지된 항체는 영상 분석을 포함하는 진단 분석에 사용될 수 있다.

IgG1*/* 항체

단백질 A에 결합하는 IgG3의 불능은 단일 아미노산 잔기, Arg435에 의해 결정되며(EU 넘버링; IMGT에 의한 Arg95), 이는 다른 IgG 하위클래스의 해당 위치를 히스티딘 잔기가 차지하는 것으로 보고되었다(Jendeberg, L. 등 (1997) J. Immunological Meth. 201:25-34)). His435가 Arg로 돌연변이되는 IgG1 서열을 갖는 항체가 본원에 제공된다. 또한, Tyr436이 Phe로 돌연변이되는 IgG1 서열을 갖는 항체가 본원에 제공된다. His435가 Arg로 돌연변이되고 Tyr436이 Phe로 돌연변이되는 IgG1 서열을 갖는 항체가 본원에 추가로 제공된다. 따라서, IgG1에서의 이들 돌연변이는 단백질 A 및/또는 SpsQ에 대한 약독화된 Fc 결합을 갖는 S. 아우레우스에 특이적인 항체를 제공한다. 이러한 변형은 본원에서 IgG1*/*로서 지칭되며, 이는 2개의 기술된 돌연변이(H435R/Y436F, 소위 hIgG1*/*; PMCID: 4675964, Smith 등의 Sci Rep. 2015; 5: 17943)를 갖는 변형된 IgG1을 나타낸다. 변경 부근에서 생성된 돌연변이체 IgG1 서열은 IgG3의 서열과 동일하며, 따라서 T 세포에 제시하기 위해 이용 가능한 비천연 짧은 펩티드가 없기 때문에 면역학적으로 “보이지 않을” 것으로 예상되며, 이에 따라 잠재적 면역원성을 감소시킨다.

일부 실시예에서, 중쇄 불변 영역 유래의 아미노산 잔기 435(즉, EU 색인 넘버링)는 Arg로 치환되어, S. 아우레우스 항원에 대해 항체의 Fc 도메인의 약독화된 결합이 생성된다. 일부 실시예에서, 중쇄 불변 영역 유래의 아미노산 잔기 436(즉, EU 색인 번호 매김)은 Phe로 치환되어, S. 아우레우스 항원에 대해 항체의 Fc 도메인의 약독화된 결합이 생성된다. 일부 실시예에서, 중쇄 불변 영역 유래의 아미노산 잔기 435 및 436 둘 다는 각각 Arg 및 Phe로 치환되어, S. 아우레우스 항원에 대해 항체의 Fc 도메인의 약독화된 결합이 생성된다. 단백질 A 및/또는 SpsQ에 대한 약독화된 Fc 결합을 갖는 S. 아우레우스 항원에 대한 항체가 본원에 개시된다. 일부 측면에서, 항체는 본원에 기술된 H318R 및 Y319F 돌연변이를 갖는, 서열번호 58의 hIgG1 중쇄를 포함한다.

본원에 제공된 지정된 항체 또는 항원 결합 단편에서, 그 지정된 항체의 Fc 영역에 결합하는 단백질 A(또는 상동성 단백질)를 약독화시키는 Fc 영역에 대한 돌연변이가 만들어질 수 있다.

항-단백질 A 항체 및 이의 항원 결합 단편

단백질 A는 분비된 형태 및 막-연관 형태 둘 다에 존재하는 42-kDa 단백질이며, 2개의 구별되는 Ig-결합 활성을 갖는다: 각각의 도메인은, 효과기 기능에 관여하는 IgG의 불변 영역인, Fcγ, 및 항원 인식을 담당하는 Ig 단편인, Fab에 결합할 수 있다. 단백질 A는 그의 카르복실 말단부를 통해 스타필로코쿠스 세포벽에 공유적으로 고정된다. 단백질은 영역 Xr에 의해 세포 표면에 링크된 5개의 반복 도메인(E, D, A, B, C)으로 구성되고, 각각의 도메인은 면역글로불린 G의 Fc 영역 및 VH3 하위클래스의 면역글로불린의 Fab 영역에 높은 친화도로 결합할 수 있다. IgG Fc와의 상호작용은 효과기 기능을 차단한다. 또한, Fc 영역을 통해 단백질 A에 결합된 항체는 고전적인 경로에 의한 보체 고정을 자극할 수 없다.

약독화된 Fc 결합을 갖는 항-단백질 A 항체가 본원에 제공된다. 이러한 항체는 표 1 및 표 15에 나타낸 바와 같은 HCVR 아미노산 서열 및 LCVR 아미노산 서열을 가지며, 또한 서열번호 58의 IgG1 중쇄 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 이러한 IgG1 서열은 hIgG1 Fc에서 H435R 및 Y436F 돌연변이를 포함한다(EU 색인 넘버링; 서열번호 58의 H318R 및 Y319F와 동등함).

본 개시의 일 측면에 따르면, 항-단백질 A 항체는 본원의 표 1, 2, 15 및 16에 열거되어 있다. 표 1 및 표 15은 본 개시내용의 항체가 유도될 수 있는 예시적인 항-단백질 A 항체의 중쇄 가변 영역(HCVR), 경쇄 가변 영역(LCVR), 중쇄 상보성 결정 영역(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3), 및 경쇄 상보성 결정 영역(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3)의 아미노산 서열 식별자를 제시한다. 표 2 및 표 16은 예시적인 항-단백질 A 항체의 HCVR, LCVR, HCDR1, HCDR2 HCDR3, LCDR1, LCDR2 및 LCDR3의 핵산 서열 식별자를 제시한다.

본 발명은 서열번호 18, 60, 및 80로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 HCVR을 포함하는, 단백질 A에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다.

본 발명은 또한 서열번호 26, 68, 및 88로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 LCVR을 포함하는, 단백질 A에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다.

단백질 A에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 본원에 제공되며, 표 1 및 표 15에 열거된 항-단백질 A HCVR 아미노산 서열과 표 1 및 표 15에 열거된 항-단백질 A LCVR 아미노산 서열을 포함하는 HCVR과 LCVR 아미노산 서열 쌍(HCVR/LCVR)을 포함한다. 특정 실시예에 따르면, 본 발명은 표 1 및 표 15에 열거된 예시적인 항-단백질 A 항체 내에 함유된 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍을 포함하는, 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 특정 실시예에서, HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍은 서열번호 18/26, 60/68, 및 80/88로 이루어진 군으로부터 선택된다.

본 발명은 또한 표 1 및 표 15에 열거된 예시적인 항-단백질 A 항체 중 어느 하나 내에 함유된 6개의 CDR 세트(즉, HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3)를 포함하는, 단백질 A에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 특정 실시예에서, HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3 아미노산 서열 세트는 서열번호 20-22-24-28-30-32, 62-64-66-70-72-74, 또는 82-84-86-90-72-93을 포함한다.

관련 실시예에서, 본 발명은 표 1 및 표 15에 열거된 예시적인 항-단백질 A 항체에 의해 정의된 바와 같은 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍 내에 함유된 6개의 CDR 세트(즉, HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3)를 포함하는, 단백질 A에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 예를 들어, 본 발명은 서열번호 18/26, 60/68, 및 80/88로 이루어진 군으로부터 선택되는 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍 내에 함유된 HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3 아미노산 서열 세트를 포함하는, 단백질 A에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다.

항-단백질 A 항체 또는 이의 일부분을 암호화하는 핵산 분자가 본원에 제공된다. 예를 들어, 본 발명은 표 1 및 표 15에 열거된 항-단백질 A HCVR 아미노산 서열 및 항-단백질 A LCVR 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 분자를 제공하며; 특정 실시예에서, 핵산 분자는 표 2 및 표 16에 열거된 항-단백질 A HCVR 핵산 서열 및 항-단백질 A LCVR 핵산 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

본 발명은 또한, 표 1 및 표 15에 열거된 항-단백질 A CDR 아미노산 서열 중 어느 하나를 암호화하는 핵산 분자를 제공하며; 특정 실시예에서, 핵산 분자는 표 2 및 표 16에 열거된 항-단백질 A CDR 핵산 서열 중 어느 하나로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

본 발명은 또한, HCVR을 암호화하는 핵산 분자를 제공하며, 여기서 HCVR은 3개의 CDR 세트(즉, HCDR1-HCDR2-HCDR3)를 포함하고, HCDR1-HCDR2-HCDR3 아미노산 서열 세트는 표 1 및 표 15에 열거된 예시적인 항-단백질 A 항체에 의해 정의된 바와 같다.

본 발명은 또한, LCVR을 암호화하는 핵산 분자를 제공하며, 여기서 LCVR은 3개의 CDR 세트(즉, LCDR1-LCDR2-LCDR3)를 포함하고, LCDR1-LCDR2-LCDR3 아미노산 서열 세트는 표 1 및 표 15에 열거된 예시적인 항-단백질 A 항체에 의해 정의된 바와 같다.

또한, 항-단백질 A 항체의 중쇄 또는 경쇄 가변 영역을 포함하는 폴리펩티드를 발현할 수 있는 재조합 발현 벡터가 본원에 제공된다. 예를 들어, 본 발명은 전술한 핵산 분자 중 어느 하나, 즉, 표 1 및 표 15에 제시된 바와 같은 HCVR, LCVR, 및/또는 CDR 서열 중 어느 하나를 암호화하는 핵산 분자를 포함하는 재조합 발현 벡터를 포함한다. 본 발명의 범주에는, 이러한 벡터가 도입된 숙주 세포, 및 항체 또는 항체 단편의 생산을 가능하게 하는 조건 하에서 숙주 세포를 배양하고, 그렇게 생산된 항체 및 항체 단편을 회수함으로써 항체 또는 이의 일부분을 생산하는 방법이 또한 포함된다.

본 개시는 변형된 당질화 패턴을 갖는 단백질 A에 대한 항체를 포함한다. 일부 실시예에서, 예를 들어, 항체 의존적 세포 독성(ADCC) 기능을 증가시키기 위해 바람직하지 않은 글리코실화 부위를 제거하는 변형이 유용하거나, 올리고당 사슬에 존재하는 푸코오스 모이어티가 결여된 항체가 유용할 수 있다(Shield 등의 (2002) JBC 277:26733 참조). 다른 응용예에서, 보체 의존적 세포독성(CDC)을 변형시키기 위해 갈락토실화 변형이 이뤄질 수 있다.

항-IsdA 항체 및 이의 항원 결합 단편

철-조절된 표면 결정인자 단백질 A(IsdA)는 박테리아를 위한 철 공급원으로서 헴 흡수에 관여하는 S. 아우레우스 단백질이다. IsdA 단백질은 또한, 예를 들어, 인간 상피 세포에 대한 S. 아우레우스 접착에 관여한다. IsdA의 과발현은 S. 아우레우스의 성장을 향상시키고 숙주 면역계에 의한 다양한 살균 효과로부터 보호한다.

단백질 A 및/또는 SpsQ에 대한 약독화된 Fc 결합을 갖는 항-IsdA 항체가 본원에 제공된다. 이러한 항체는 표 1 및 표 25에 나타낸 바와 같은 HCVR 아미노산 서열 및 LCVR 아미노산 서열을 가지며, 또한 서열번호 58의 IgG1 중쇄 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 이러한 IgG1 서열은 hIgG1 Fc에서 H435R 및 Y436F 돌연변이를 포함한다(EU 색인 넘버링; 서열번호 58의 H318R 및 Y319F와 동등함).

본 개시의 일 측면에 따르면, 항-IsdA 항체는 본원의 표 1, 2, 25 및 26에 열거되어 있다. 표 1 및 표 25은 본 개시내용의 항체가 유도될 수 있는 예시적인 IsdA 항체의 중쇄 가변 영역(HCVR), 경쇄 가변 영역(LCVR), 중쇄 상보성 결정 영역(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3), 및 경쇄 상보성 결정 영역(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3)의 아미노산 서열 식별자를 제시한다. 표 2 및 표 26은 예시적인 항-IsdA 항체의 HCVR, LCVR, HCDR1, HCDR2 HCDR3, LCDR1, LCDR2 및 LCDR3의 핵산 서열 식별자를 제시한다.

본 발명은 서열번호 2 및 99로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 HCVR을 포함하는, IsdA에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다.

본 발명은 또한 서열번호 10 및 107로 이루어진 군으로부터 선택된 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 LCVR을 포함하는, IsdA에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다.

IsdA에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 본원에 제공되며, 표 1 또는 표 25에 열거된 HCVR 아미노산 서열과 표 1 및 표 25에 열거된 LCVR 아미노산 서열을 포함하는 HCVR과 LCVR 아미노산 서열 쌍(HCVR/LCVR)을 포함한다. 특정 실시예에 따르면, 본 발명은 표 1에 열거된 예시적인 항-IsdA 항체 내에 함유된 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍 또는 표 25에 열거된 예시적인 항-IsdA 항체 내에 함유된 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍을 포함하는, 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 특정 실시예에서, HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍은 서열번호 2/10이다. 특정 실시예에서, HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍은 서열번호 99/107이다.

본 발명은 또한 표 1 또는 표 25에 열거된 예시적인 항-IsdA 항체 중 어느 하나 내에 함유된 6개의 CDR 세트(즉, HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3)를 포함하는, IsdA에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 특정 실시예에서, HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3 아미노산 서열 세트는 서열번호 4-6-8-12-14-16을 포함한다. 특정 실시예에서, HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3 아미노산 서열 세트는 서열번호 101-103-105-109-111-113을 포함한다.

관련 실시예에서, 본 발명은 표 1 또는 표 25에 열거된 예시적인 항-IsdA 항체에 의해 정의된 바와 같은 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍 내에 함유된 6개의 CDR 세트(즉, HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3)를 포함하는, IsdA에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 예를 들어, 본 발명은 서열번호 2/10의 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍 내에 함유된 HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3 아미노산 서열 세트를 포함하는, IsdA에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 마찬가지로, 본 발명은 서열번호 99/107의 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍 내에 함유된 HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3 아미노산 서열 세트를 포함하는, IsdA에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다.

일부 측면에서, 항-IsdA 항체는 서열번호 115의 중쇄 아미노산 서열을 포함한다. 일부 측면에서, 항-IsdA 항체는 서열번호 117의 경쇄 아미노산 서열을 포함한다. 표 27 참조.

항-IsdA 항체 또는 이의 일부분을 암호화하는 핵산 분자가 본원에 제공된다. 예를 들어, 본 발명은 표 1 및 표 25에 열거된 항-IsdA HCVR 아미노산 서열 및 항-IsdA LCVR 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 분자를 제공하며; 특정 실시예에서, 핵산 분자는 표 2 또는 표 26에 열거된 항-IsdA HCVR 핵산 서열 및 항-IsdA LCVR 핵산 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

본 발명은 또한, 표 1 및 표 25에 열거된 항-IsdA CDR 아미노산 서열 중 어느 하나를 암호화하는 핵산 분자를 제공하며; 특정 실시예에서, 핵산 분자는 표 2 또는 표 26에 열거된 항-IsdA CDR 핵산 서열 중 어느 하나로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

본 발명은 또한, HCVR을 암호화하는 핵산 분자를 제공하며, 여기서 HCVR은 3개의 CDR 세트(즉, HCDR1-HCDR2-HCDR3)를 포함하고, HCDR1-HCDR2-HCDR3 아미노산 서열 세트는 표 1 또는 표 25에 열거된 예시적인 항-IsdA 항체에 의해 정의된 바와 같다.

본 발명은 또한, LCVR을 암호화하는 핵산 분자를 제공하며, 여기서 LCVR은 3개의 CDR 세트(즉, LCDR1-LCDR2-LCDR3)를 포함하고, LCDR1-LCDR2-LCDR3 아미노산 서열 세트는 표 1 또는 표 25에 열거된 예시적인 항-IsdA 항체에 의해 정의된 바와 같다.

또한, 항-IsdA 항체의 중쇄 또는 경쇄 가변 영역을 포함하는 폴리펩티드를 발현할 수 있는 재조합 발현 벡터가 본원에 제공된다. 예를 들어, 본 발명은 전술한 핵산 분자 중 어느 하나, 즉, 표 1 및 표 25에 제시된 바와 같은 HCVR, LCVR, 및/또는 CDR 서열 중 어느 하나를 암호화하는 핵산 분자를 포함하는 재조합 발현 벡터를 포함한다. 본 발명의 범주에는, 이러한 벡터가 도입된 숙주 세포, 및 항체 또는 항체 단편의 생산을 가능하게 하는 조건 하에서 숙주 세포를 배양하고, 그렇게 생산된 항체 및 항체 단편을 회수함으로써 항체 또는 이의 일부분을 생산하는 방법이 또한 포함된다.

본 발명은 변형된 당질화 패턴을 갖는 IsdA에 대한 항체를 포함한다. 일부 실시예에서, 예를 들어, 항체 의존적 세포 독성(ADCC) 기능을 증가시키기 위해 바람직하지 않은 글리코실화 부위를 제거하는 변형이 유용하거나, 올리고당 사슬에 존재하는 푸코오스 모이어티가 결여된 항체가 유용할 수 있다(Shield 등의 (2002) JBC 277:26733 참조). 다른 응용예에서, 보체 의존적 세포독성(CDC)을 변형시키기 위해 갈락토실화 변형이 이뤄질 수 있다.

항-IsdB 항체 및 이의 항원 결합 단편

S. 아우레우스는 또 다른 철-조절된 표면 결정인자 단백질(Isd)인, IsdB을 사용하여 박테리아 표면에서 헤모글로빈을 포획한다. IsdB의 불활성화는 박테리아 세포벽에 대한 헤모글로빈 결합을 감소시키고, 헤모글로빈을 철 공급원으로서 활용하는 S. 아우레우스의 능력을 손상시킨다.

단백질 A 및/또는 SpsQ에 대한 약독화된 Fc 결합을 갖는 항-IsdB 항체가 본원에 제공된다. 이러한 항체는 표 1 및 25에 나타낸 바와 같은 HCVR 아미노산 서열 및 LCVR 아미노산 서열을 가지며, 또한 서열번호 58의 IgG1 중쇄 아미노산 서열을 포함할 수 있다. 이러한 IgG1 서열은 hIgG1 Fc에서 H435R 및 Y436F 돌연변이를 포함한다(EU 색인 넘버링; 서열번호 58의 H318R 및 Y319F와 동등함). 일부 측면에서, 항-IsdB 항체는 서열번호 54의 중쇄 아미노산 서열을 포함한다. 일부 측면에서, 항-IsdB 항체는 서열번호 52의 경쇄 아미노산 서열을 포함한다. 표 3 참조. 일부 측면에서, 항-IsdB 항체는 서열번호 135의 중쇄 아미노산 서열을 포함한다. 일부 측면에서, 항-IsdB 항체는 서열번호 137의 경쇄 아미노산 서열을 포함한다. 표 27 참조.

본 개시의 일 측면에 따르면, 본 발명의 이러한 측면에 따른 항-IsdB 항체는 본원의 표 1, 2, 25 및 26에 열거되어 있다. 표 1은 본 개시내용의 항체가 유도될 수 있는 예시적인 IsdB 항체의 중쇄 가변 영역(HCVR), 경쇄 가변 영역(LCVR), 중쇄 상보성 결정 영역(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3), 및 경쇄 상보성 결정 영역(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3)의 아미노산 서열 식별자를 제시한다. 표 2는 예시적인 항-IsdB 항체의 HCVR, LCVR, HCDR1, HCDR2 HCDR3, LCDR1, LCDR2 및 LCDR3의 핵산 서열 식별자를 제시한다.

본 발명은 서열번호 34 또는 서열번호 119의 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 HCVR을 포함하는, IsdB에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다.

본 발명은 또한 서열번호 42 또는 서열번호 127의 아미노산 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98% 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 실질적으로 유사한 서열을 포함하는 LCVR을 포함하는, IsdB에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다.

본 발명은 또한 IsdB에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로서, 표 1에 열거된 LCVR 아미노산 서열과 쌍을 이룬 표 1에 열거된 HCVR 아미노산 서열을 포함하는 HCVR과 LCVR 아미노산 서열 쌍(HCVR/LCVR)을 포함하는, 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 특정 실시예에 따르면, 본 발명은 표 1에 열거된 예시적인 항-IsdB 항체 내에 함유된 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍을 포함하는, 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 특정 실시예에서, HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍은 서열번호 34/42이다.

본 발명은 또한 표 1에 열거된 예시적인 항-IsdB 항체 중 어느 하나 내에 함유된 6개의 CDR 세트(즉, HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3)를 포함하는, IsdB에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 특정 실시예에서, HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3 아미노산 서열 세트는 서열번호 36-38-40-44-46-48을 포함한다.

관련 실시예에서, 본 발명은 표 1에 열거된 예시적인 항-IsdB 항체에 의해 정의된 바와 같은 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍 내에 함유된 6개의 CDR 세트(즉, HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3)를 포함하는, IsdB에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 예를 들어, 본 발명은 서열번호 34/42의 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍 내에 함유된 HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3 아미노산 서열 세트를 포함하는, IsdB에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다.

본 발명은 또한 IsdB에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로서, 표 25에 열거된 LCVR 아미노산 서열과 쌍을 이룬 표 25에 열거된 HCVR 아미노산 서열을 포함하는 HCVR과 LCVR 아미노산 서열 쌍(HCVR/LCVR)을 포함하는, 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 특정 실시예에 따르면, 본 발명은 표 25에 열거된 예시적인 항-IsdB 항체 내에 함유된 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍을 포함하는, 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 특정 실시예에서, HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍은 서열번호 119/127이다.

본 발명은 또한 표 25에 열거된 예시적인 항-IsdB 항체 중 어느 하나 내에 함유된 6개의 CDR 세트(즉, HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3)를 포함하는, IsdB에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 특정 실시예에서, HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3 아미노산 서열 세트는 서열번호 121-123-125-129-131-133을 포함한다.

관련 실시예에서, 본 발명은 표 25에 열거된 예시적인 항-IsdB 항체에 의해 정의된 바와 같은 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍 내에 함유된 6개의 CDR 세트(즉, HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3)를 포함하는, IsdB에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다. 예를 들어, 본 발명은 서열번호 119/127의 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍 내에 함유된 HCDR1-HCDR2-HCDR3-LCDR1-LCDR2-LCDR3 아미노산 서열 세트를 포함하는, IsdB에 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 제공한다.

항-IsdB 항체 또는 이의 일부분을 암호화하는 핵산 분자가 본원에 제공된다. 예를 들어, 본 발명은 표 1 및 표 25에 열거된 항-IsdB HCVR 아미노산 서열 및 항-IsdB LCVR 아미노산 서열을 암호화하는 핵산 분자를 제공하며; 특정 실시예에서, 핵산 분자는 표 2 또는 표 26에 열거된 항-IsdB HCVR 핵산 서열 및 항-IsdB LCVR 핵산 서열로 이루어진 군으로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

본 발명은 또한, 표 1 및 표 25에 열거된 항-IsdB CDR 아미노산 서열 중 어느 하나를 암호화하는 핵산 분자를 제공하며; 특정 실시예에서, 핵산 분자는 표 2 또는 표 26에 열거된 항-IsdB CDR 핵산 서열 중 어느 하나로부터 선택된 폴리뉴클레오티드 서열, 또는 이에 대해 적어도 90%, 적어도 95%, 적어도 98%, 또는 적어도 99%의 서열 동일성을 갖는 실질적으로 유사한 서열을 포함한다.

본 발명은 또한, HCVR을 암호화하는 핵산 분자를 제공하며, 여기서 HCVR은 3개의 CDR 세트(즉, HCDR1-HCDR2-HCDR3)를 포함하고, HCDR1-HCDR2-HCDR3 아미노산 서열 세트는 표 1에 열거된 예시적인 항-IsdB 항체 또는 표 25에 열거된 예시적인 항-IsdB 항체에 의해 정의된 바와 같다.

본 발명은 또한, LCVR을 암호화하는 핵산 분자를 제공하며, 여기서 LCVR은 3개의 CDR 세트(즉, LCDR1-LCDR2-LCDR3)를 포함하고, LCDR1-LCDR2-LCDR3 아미노산 서열 세트는 표 1에 열거된 예시적인 항-IsdB 항체 또는 표 25에 열거된 예시적인 항-IsdB 항체에 의해 정의된 바와 같다.

또한, 항-IsdB 항체의 중쇄 또는 경쇄 가변 영역을 포함하는 폴리펩티드를 발현할 수 있는 재조합 발현 벡터가 본원에 제공된다. 예를 들어, 본 발명은 전술한 핵산 분자 중 어느 하나, 즉 표 1 및 표 25에 제시된 바와 같은 HCVR, LCVR, 및/또는 CDR 서열 중 어느 하나를 암호화하는 핵산 분자를 포함하는 재조합 발현 벡터를 포함한다. 본 발명의 범주에는, 이러한 벡터가 도입된 숙주 세포, 및 항체 또는 항체 단편의 생산을 가능하게 하는 조건 하에서 숙주 세포를 배양하고, 그렇게 생산된 항체 및 항체 단편을 회수함으로써 항체 또는 이의 일부분을 생산하는 방법이 또한 포함된다.

본 발명은 변형된 당질화 패턴을 갖는 IsdB에 대한 항체를 포함한다. 일부 실시예에서, 예를 들어, 항체 의존적 세포 독성(ADCC) 기능을 증가시키기 위해 바람직하지 않은 글리코실화 부위를 제거하는 변형이 유용하거나, 올리고당 사슬에 존재하는 푸코오스 모이어티가 결여된 항체가 유용할 수 있다(Shield 등의 (2002) JBC 277:26733 참조). 다른 응용예에서, 보체 의존적 세포독성(CDC)을 변형시키기 위해 갈락토실화 변형이 이뤄질 수 있다.

추가 Fc 변이체

전술한 */* 변이체에 추가하여, 특정 추가 Fc 변이체가 본원에서 고려된다. 특정 실시예에 따르면, 주어진 스타필로코쿠스 항원에 대한 지정된 항체가 항체의 Fc 영역에서 변형되어 각각의 동물 종에 적절한 단백질 A 또는 상동성 단백질에 의한 결합을 약독화시킬 것이다.

특정 실시예에 따르면, 예를 들어, 중성 pH에 비해 산성 pH에서 FcRn 수용체에 대한 항체 결합을 강화시키거나 감쇠시키는 하나 이상의 돌연변이를 포함하는 Fc 도메인을 포함하는, S. 아우레우스 항원에 대한 항체가 제공된다. 예를 들어, 본 발명은 Fc 도메인의 C_H2 또는 C_H3 영역에서 돌연변이를 포함하는 S. 아우레우스 항원에 대한 항체를 포함하되, 돌연변이(들)는 산성 환경에서(예를 들어, pH가 약 5.5 내지 6.0 범위인 엔도솜에서) FcRn에 대한 Fc 도메인의 친화도를 증가시킨다. 이러한 돌연변이는, 동물에게 투여되는 경우 항체의 혈청 반감기를 증가시킬 수 있다. 이러한 Fc 변형의 비제한적인 예는, 예를 들어, 위치 250(예: E 또는 Q)에서의 변형; 250 및 428(예: L 또는 F)에서의 변형; 252(예: L/Y/F/W 또는 T), 254(예: S 또는 T), 및 256(예: S/R/Q/E/D 또는 T)에서의 변형; 또는 위치 428 및/또는 433(예: H/L/R/S/P/Q 또는 K) 및/또는 434(예: H/F 또는 Y)에서의 변형; 또는 위치 250 및/또는 428에서의 변형; 또는 위치 307 또는 308(예: 308F, V308F) 및 434에서의 변형을 포함한다. 일 실시예에서, 변형은 428L(예: M428L) 및 434S(예: N434S) 변형; 428L, 259I(예: V259I), 및 308F(예: V308F) 변형; 433K(예: H433K) 및 434(예: 434Y) 변형; 252, 254, 및 256(예: 252Y, 254T, 및 256E) 변형; 250Q 및 428L 변형(예: T250Q 및 M428L); 및 307 및/또는 308 변형(예: 308F 또는 308P)을 포함한다.

예를 들어, S. 아우레우스 항원에 대한 항체는 다음으로 이루어진 군으로부터 선택된 돌연변이의 하나 이상의 쌍 또는 군을 포함하는 Fc 도메인을 포함한다: 250Q 및 248L(예: T250Q 및 M248L); 252Y, 254T 및 256E(예: M252Y, S254T 및 T256E); 428L 및 434S(예: M428L 및 N434S); 및 433K 및 434F(예: H433K 및 N434F). 전술한 Fc 도메인 돌연변이 및 본원에 개시된 항체 가변 도메인 내의 다른 돌연변이의 모든 가능한 조합은 본 개시의 범위 내에 있는 것으로 고려된다.

본원에 개시된 바와 같은 S. 아우레우스 항원에 대한 항체는 변경된 효과기 기능, 예를 들어, 효과기 기능이 증가된 또는 감소된 변형된 Fc 도메인을 포함할 수 있다. 본원에서 사용되는 "효과기 기능이 변경된 변형된 Fc 도메인"은, 변형된 Fc를 포함하는 분자가 야생형 자연 발생 버전의 Fc 부분을 포함하는 비교 분자에 비해 세포 살해(예: ADCC 및/또는 CDC), 보체 활성화, 식균 작용 및 옵소닌화(opsonization)로 이루어진 군으로부터 선택된 적어도 하나의 효과의 강도 또는 정도의 증가 또는 감소를 나타내도록, 야생형 자연 발생 Fc 도메인에 비해 변형되고, 돌연변이되고, 절단된 면역글로불린의 임의의 Fc 부분을 의미한다. 특정 실시예에서, “효과기 기능이 변경된 변형된 Fc 도메인”은 Fc 수용체(예, FcγR)에 대한 결합이 감소되거나 약독화된 Fc 도메인이다. 예시적인 변형된 Fc 도메인은 그 전체가 참조로서 본원에 통합되는 US 2006/0024298에 기술되어 있다. 일부 실시예에서, 변형은 G236A이다.

특정 실시예에서, 변형된 Fc 도메인은 힌지 영역에서 치환을 포함하는 변이체 IgG1 Fc 또는 변이체 IgG4 Fc이다. 예를 들어, 본 발명의 맥락에서 사용하기 위한 변형된 Fc는 IgG1 Fc 힌지 영역의 적어도 하나의 아미노산이 IgG2 Fc 힌지 영역에서 유래된 상응하는 아미노산으로 치환되는 변이체 IgG1 Fc를 포함할 수 있다. 대안적으로, 본 발명의 맥락에서 사용하기 위한 변형된 Fc는 IgG4 Fc 힌지 영역의 적어도 하나의 아미노산이 IgG2 Fc 힌지 영역에서 유래된 상응하는 아미노산으로 치환되는 변이체 IgG4 Fc를 포함할 수 있다. 본 발명의 맥락에서 사용될 수 있는 비제한적이고 예시적인 변형된 Fc 영역은 그 전체가 참조로서 본원에 통합되는 미국 특허출원공개 제2014/0243504호뿐만 아니라, 거기에 제시된 변형된 Fc 영역의 임의의 기능적으로 동등한 변이체에 제시되어 있다.

본 발명의 맥락에서 사용될 수 있는 다른 변형된 Fc 도메인 및 Fc 변형은 그 전체가 참조로서 본원에 통합되는 US 2014/0171623; US 8,697,396; US 2014/0134162; WO 2014/043361에 제시된 임의의 변형을 포함한다. 본원에 기술된 바와 같은 변형된 Fc 도메인을 포함하는 항체 또는 다른 항원 결합 융합 단백질을 작제하는 방법은 당업계에 공지되어 있다.

인간 항체의 제조

유전자 이식 마우스에서 인간 항체를 생성하는 방법은 당업계에 공지되어 있다. 이러한 임의의 공지된 방법을 본 발명의 맥락에서 사용하여, S. 아우레우스 항원에 특이적으로 결합하는 인간 항체를 만들 수 있다. 단백질 A, IsdA, 및 IsdB와 같은 임의의 S. 아우레우스 항원을 포함하는 면역원을 사용하여 항체를 생성할 수 있다. 특정 실시예에서, 본 발명의 항체는 S. 아우레우스 항원 또는 이의 항원 또는 단편을 암호화하는 DNA로 면역화된 마우스로부터 수득된다. 대안적으로, 항원 또는 이의 단편은 표준 생화학 기술을 사용하여 생산되고 변형되어 면역원으로서 사용될 수 있다. 일 실시예에서, 면역원은 재조합적으로 생산된 단백질 A, IsdA 또는 IsdB 또는 이의 단편이다. 본 발명의 특정 실시예에서, 면역원은 상업적으로 이용 가능한 항원일 수 있다. 특정 실시예에서, 하나 이상의 추가접종 주사제(booster injection)가 투여될 수 있다. 특정 실시예에서, 추가접종 주사제는 하나 이상의 상업적으로 이용 가능한 항원을 포함할 수 있다. 특정 실시예에서, 면역원은 대장균(E. coli)에서 발현되거나 중국 햄스터 난소(CHO) 세포와 같은 임의의 다른 진핵생물 세포 또는 포유동물 세포에서 발현되는 재조합 항원일 수 있다.

단클론 항체를 생성하기 위한 VELOCIMMUNE® 기술(예를 들어, US 6,596,541, Regeneron Pharmaceuticals, VELOCIMMUNE® 참조) 또는 기타 알려진 방법을 사용해, S. 아우레우스 항원에 대한 고 친화도 키메라 항체를 인간 가변 영역 및 마우스 불변 영역을 가지도록 단리한다. VELOCIMMUNE® 기술은 내인성 마우스 불변 영역 유전자좌에 작동 가능하게 연결된 인간 중쇄 및 경쇄 가변 영역을 포함하는 게놈을 갖는 유전자 이식 마우스를 생성하는 것을 포함하며, 이 마우스는 항원 자극에 반응하여 인간 가변 영역 및 마우스 불변 영역을 포함하는 항체를 생산한다. 항체의 중쇄 및 경쇄의 가변 영역을 암호화하는 DNA는 단리되어 인간 중쇄 및 경쇄 불변 영역을 암호화하는 DNA에 작동 가능하게 연결된다. 그런 다음, DNA는 완전한 인간 항체를 발현할 수 있는 세포에서 발현된다.

일반적으로, VELOCIMMUNE® 마우스에게 관심 항원을 접종하고, 림프 세포(예컨대 B 세포)는 항체를 발현하는 마우스로부터 회수된다. 림프 세포를 골수종 세포주와 융합하여 불멸성 하이브리도마 세포주를 제조할 수 있고, 이러한 하이브리도마 세포주를 스크리닝하고 선택하여 관심 항원에 대해 특이적인 항체를 생산하는 하이브리도마 세포주를 식별한다. 중쇄 및 경쇄의 가변 영역을 암호화하는 DNA를 단리하여, 중쇄 및 경쇄의 바람직한 이소형 불변 영역에 연결할 수 있다. 이러한 항체 단백질은 세포(예: CHO 세포)에서 생산될 수 있다. 대안적으로, 항원 특이적 키메라 항체 또는 경쇄 및 중쇄의 가변 도메인을 암호화하는 DNA를 항원 특이적 림프구로부터 직접 단리할 수 있다.

처음에, 고 친화도 키메라 항체를 인간 가변 영역과 마우스 불변 영역을 갖도록 단리한다. 하기 실험 섹션에서와 같이, 항체의 특성을 분석하여 친화도, 선택도, 에피토프 등을 포함하는 바람직한 특성에 맞게 선택한다. 마우스 불변 영역을 원하는 인간 불변 영역으로 교체하여 본 발명의 완전한 인간 항체, 예를 들어 본원에 기술된 변형된 IgG1*/*를 생성한다. 선택된 불변 영역은 특이적 용도에 따라 매우 다양할 수 있지만, 고친화도 항원 결합 특성 및 표적 특이성 특성은 가변 영역에 존재한다.

생물학적 등가물

본원에 기술된 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체 및 항체 단편은 기술된 항체의 아미노산 서열과는 다르지만 약독화된 Fc 결합을 갖는 특정 항원에 대한 능력을 보유하는 아미노산 서열을 갖는 단백질을 포함한다. 이러한 변이체 항체 및 항체 단편은 부모 서열과 비교했을 때 아미노산의 하나 이상의 추가, 결실 또는 치환을 포함하지만, 기술된 항체와 본질적으로 동등한 생물학적 활성을 나타낸다. 마찬가지로, 본 발명의 항체-암호화 DNA 서열은 개시된 서열과 비교했을 때, 뉴클레오티드의 하나 이상의 추가, 결실 또는 치환을 포함하지만 본 발명의 항체 또는 항체 단편과 본질적으로 생물학적으로 동등한 항체 또는 항체 단편을 암호화하는 서열을 포함한다.

2개의 항원 결합 단백질 또는 항체가, 예를 들어, 유사한 실험 조건 하에 동일한 몰 투약량(1회 투약량 또는 다회 투약량)으로 투여되었을 때 흡수 속도 및 정도에 있어서 유의한 차이를 보이지 않는 약학적 등가물 또는 약학적 대안인 경우, 이들은 생물학적으로 동등한 것으로 간주된다. 일부 항체가 흡수 정도에 있어서는 동등하지만 흡수 속도가 다른 경우, 이들은 등가물 또는 약학적 대안으로서 간주될 것이고, 여전히 생물학적으로 동등한 것으로 간주될 수 있는데, 그 이유는, 흡수 속도에 있어서의 이러한 차이는 의도적이고 표지에 반영되어 있으며, 예를 들어, 만성적으로 사용될 때 효과적인 신체 약물 농도를 달성하는 데 반드시 필요하지 않으며, 특정한 연구 의약품에 대해 의학적으로 유의하지 않은 것으로 간주되기 때문이다.

일 실시예에서, 2개의 항원 결합 단백질이 안전성, 순도 또는 효능에 있어서 임상적으로 의미있는 차이가 없는 경우, 이들은 생물학적으로 동등하다.

일 실시예에서, 환자가 기준 생성물을 사용하는 치료와 생물학적 생성물을 사용하는 치료 사이에서 1회 이상 전환할 수 있고, 이러한 전환이 없는 연속 요법과 비교했을 때 면역원성에 있어서의 임상적으로 유의한 변화를 포함하여 예상되는 이상 반응의 위험 증가 또는 효과의 감소가 없는 경우, 2개의 항원 결합 단백질은 생물학적으로 동등하다.

일 실시예에서, 2개의 항원 결합 단백질 둘 다가 사용 조건(들)에 대한 공통의 메커니즘 또는 공통의 작용 메커니즘(들)에 의해 이러한 메커니즘이 알려진 정도까지 작용하는 경우, 이들은 생물학적으로 동등하다.

생물학적 동등성은 생체 내 방법 및/또는 시험관 내 방법에 의해 입증될 수 있다. 생물학적 동등성 측정에는, 예를 들어: (a) 항체의 농도 또는 이의 대사가 혈액, 혈장, 혈청, 또는 기타 생물학적 유체에서 시간의 함수로서 측정되는, 인간 또는 다른 포유동물의 생체 내 시험; (b) 인간의 생체 내 생체이용율 데이터와 연관되었거나 이를 합리적으로 예측할 수 있게 하는 시험관 내 시험; (c) 항체(또는 이의 표적)의 적절한 급성 약리학적 효과가 시간의 함수로서 측정되는, 인간 또는 다른 포유동물의 생체 내 시험; 및 (d) 항체의 안전성, 효능, 또는 생체이용률이나 생물학적 동등성을 확립하는 잘 조절된 임상 시험이 있다.

본 발명의 항체의 생물학적으로 동등한 변이체는, 예를 들어, 잔기 또는 서열의 다양한 치환을 만들거나 생물학적 활성에 필요하지 않은 말단 또는 내부 잔기 또는 서열을 결실함으로써 작제할 수 있다. 예를 들어, 생물학적 활성에 필수적인 시스테인 잔기를 결실시키거나 다른 아미노산과 치환하여, 변성 시에 불필요하거나 부정확한 분자내 이황화 브리지가 형성되는 것을 방지할 수 있다. 다른 맥락에서, 생물학적으로 등등한 항체는 항체의 당화 특성을 바꾸는 아미노산 변화를 포함하는 항체 변이체, 예를 들어, 당화를 제거하거나 없애는 돌연변이를 포함할 수 있다.

에피토프 맵핑, 결합 도메인 및 관련 기술

본 발명은, 예를 들어, 단백질 A, IsdA, 또는 IsdB와 같은 S. 아우레우스 항원에 대해 항체가 만들어진 특정 스타필로코쿠스 단백질 내에서 발견되는 하나 이상의 아미노산과 상호작용하는 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체를 포함한다. 항체가 결합하는 에피토프는 항원 내에 위치된 3개 이상의 (예: 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20개 또는 그 이상의) 아미노산으로 이루어진 1개의 인접 서열로 이루어질 수 있다(예: 도메인 내의 선형 에피토프). 대안적으로, 에피토프는 항원 내에 위치된 복수의 비인접 아미노산(또는 아미노산 서열)으로 이루어질 수 있다(예: 입체 에피토프).

당업자에게 공지된 다양한 기술들이 항체가 폴리펩티드 또는 단백질 내의 “하나 이상의 아미노산과 상호작용하는지” 여부를 결정하기 위해 사용될 수 있다. 예시적인 기술은 예를 들어, Harlow 및 Lane의 문헌[Antibodies, Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harbor, NY]에 기술된 것과 같은 일상적인 교차-차단 검정을 포함한다. 다른 방법은 알라닌 스캐닝 돌연변이 분석, 펩티드 블롯 분석(Reineke (2004) Methods Mol. Biol. 248: 443-63 참조), 펩티드 절단 분석, 결정학적 연구 및 NMR 분석을 포함한다. 또한, 에피토프 절제, 에피토프 추출 및 항원의 화학적 변형과 같은 방법이 사용될 수 있다(Tomer 2000, Prot. Sci. 9: 487-496 참조). 항체가 상호 작용하는 폴리펩티드 내의 아미노산을 식별하는데 사용될 수 있는 또 다른 방법은 질량 분석법에 의해 검출되는 수소/중수소 교환이다. 일반적으로 말하자면, 수소/중수소 교환 방법은 관심 단백질을 중수소-표지하는 단계, 이어서 항체를 중수소-표지된 단백질에 결합시키는 단계를 포함한다. 이어서, 단백질/항체 복합체는 물로 전달되고, 항체 복합체에 의해 보호되는 아미노산 내의 교환 가능한 양성자는 계면(interface)의 일부가 아닌 아미노산 내의 교환 가능한 양성자보다 느린 속도로 중수소-대-수소 역교환를 거친다. 결과적으로, 단백질/항체 계면의 일부를 형성하는 아미노산은 중수소를 보유할 수 있고, 따라서 계면에 포함되지 않은 아미노산에 비해 상대적으로 더 높은 질량을 나타낸다. 항체 해리 후, 표적 단백질을 대상으로 프로테아제 절단 및 질량 분광 분석을 수행하여, 항체가 상호 작용하는 특정 아미노산에 상응하는 중수소-표지된 잔기를 밝혀낸다. 예를 들어, Ehring의 문헌[(1999) Analytical Biochemistry 267: 252-259; Engen 및 Smith (2001) Anal. Chem. 73: 256A-265A]을 참조한다.

용어 “에피토프”는 B 및/또는 T 세포가 반응하는 항원 상의 부위를 지칭한다. B-세포 에피토프는 단백질의 3차 접힘에 의해 병치된 연속 아미노산 또는 비인접 아미노산 둘 다로부터 형성될 수 있다. 연속하는 아미노산으로부터 형성된 에피토프는 통상적으로 변성 용매에 노출시 유지되는 반면, 3차 접힘에 의해 형성된 에피토프는 통상적으로 변성 용매로 치료 시 손실된다. 에피토프는 특유의 공간적 형태에서 전형적으로 적어도 3개, 및 더 일반적으로, 적어도 5개 또는 8-10개 아미노산을 포함한다.

항원 구조-기반 항체 프로파일링(MAP)으로도 알려진 변형-지원 프로파일링(MAP)은, 화학적으로 또는 효소적으로 변형된 항원 표면에 대한 각 항체의 결합 프로파일의 유사성에 따라 동일한 항원에 대해 유도된 다수의 단클론 항체(mAb)를 분류하는 방법이다(참조로서 그 전체가 본원에 구체적으로 통합된 US 2004/0101920 참조). 각각의 범주는 또 다른 범주로 표현되는 에피토프와 명백히 상이하거나 부분적으로 이와 중첩하는 고유 에피토프를 반영할 수 있다. 이러한 기술은 유전적으로 동일한 항체의 신속한 필터링을 가능하게 하여, 유전적으로 구별되는 항체 위주의 특성 분석이 이뤄질 수 있다. 하이브리도마 스크리닝에 적용될 때, MAP는 원하는 특성을 가진 단클론 항체를 생성하는 희귀 하이브리도마 클론의 식별을 용이하게 할 수 있다. MAP는 본 발명의 항체를 상이한 에피토프에 결합하는 항체의 그룹으로 분류하는데 사용될 수 있다.

특정 실시예에서, S. 아우레우스 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 S. 아우레우스 항원 내에 예시된 하나 이상의 영역 내에 있는, 천연 형태이거나 재조합적으로 생산된 에피토프에 결합하거나 이의 단편에 결합한다.

본 개시는 동일한 에피토프, 또는 그 특이적 항원의 에피토프의 일부분에 결합하는 S. 아우레우스 항원에 대한 항체를 포함한다. 마찬가지로, 본 개시는 또한 S. 아우레우스 항원 또는 이의 단편에 결합하기 위해 본원에 기술된 특정 예시적인 항체 중 어느 하나와 경쟁하는 항체를 포함한다.

당업자는 당업계에 알려진 일상적인 방법을 사용하여, 항체가 기준 항체와 동일한 에피토프에 결합하는지, 또는 결합을 위해 이와 경쟁하는지 여부를 쉽게 결정할 수 있다. 예를 들어, 시험 항체가 본 발명의 기준 항-단백질 A 항체와 동일한 에피토프에 결합하는지 여부를 결정하기 위해, 포화 조건 하에서 기준 항체를 단백질 A 또는 단백질 A 펩티드에 결합시킨다. 다음으로, 단백질 A에 결합하는 시험 항체의 능력을 평가한다. 기준 항-단백질 A 항체와의 포화 결합 후에 시험 항체가 단백질 A에 결합할 수 있다면, 시험 항체가 기준 항-단백질 A 항체와 다른 에피토프에 결합하는 것으로 결론을 내릴 수 있다. 반면, 기준 항-단백질 A 항체와의 포화 결합 후에 시험 항체가 단백질 A에 결합할 수 없다면, 시험 항체는 본 발명의 기준 항-단백질 A 항체에 의해 결합된 에피토프와 동일한 에피토프에 결합할 수 있다.

항-단백질 A 항체가 결합을 위해 기준 단백질 A 항체와 경쟁하는지 여부를 결정하기 위해, 전술한 결합 방법론이 2가지 방향으로 수행된다: 제1 배향에서, 포화 조건 하에서 기준 항체를 단백질 A에 결합시키고, 이어서 단백질 A에 대한 시험 항체의 결합을 평가한다. 제2 배향에서, 포화 조건 하에서 시험 항체를 단백질 A에 결합시키고, 이어서 단백질 A에 대한 기준 항체의 결합을 평가한다. 만약, 두 가지 배향 모두에서, 제1 (포화) 항체만이 단백질 A에 결합할 수 있다면, 시험 항체와 기준 항체는 단백질 A에 결합하기 위해 경쟁하는 것으로 결론이 내려진다. 당업자가 이해할 수 있듯이, 결합을 위해 기준 항체와 경쟁하는 항체는 반드시 기준 항체와 동일한 에피토프에 결합할 필요는 없으며, 중첩되거나 인접한 에피토프에 결합함으로써 기준 항체의 결합을 입체적으로 차단할 수 있다.

2개의 항체 각각이 항원에 대한 타 항체의 결합을 경쟁적으로 억제(차단)하는 경우, 이들은 동일한 에피토프 또는 중첩되는 에피토프에 결합한다. 즉, 경쟁적 결합 검정에서 측정했을 때, 1배, 5배, 10배, 20배 또는 100배 과량의 일 항체가 타 항체의 결합을 적어도 50%만큼, 바람직하게는 75%, 90% 또는 심지어 99%만큼 억제한다(예를 들어, Junghans 등의 Cancer Res. 1990 50:1495-1502 참조). 대안적으로, 일 항체의 결합을 감소시키거나 제거하는 항원 내의 본질적으로 모든 아미노산 돌연변이가 타 항체의 결합을 감소시키거나 제거하는 경우, 2개의 항체는 동일한 에피토프를 갖는다. 일 항체의 결합을 감소시키거나 제거하는 일부 아미노산 돌연변이가 타 항체의 결합을 감소시키거나 제거하는 경우, 2개의 항체는 중첩하는 에피토프를 갖는다.

그런 다음, 추가의 일상적인 실험(예, 펩티드 돌연변이 및 결합 분석)을 수행하여, 시험 항체의 관찰된 결합 결여가 실제로 기준 항체와 동일한 에피토프에 대한 결합으로 인한 것인지, 또는 입체적 차단(또는 다른 현상)이 관찰된 결합 결여의 원인인지 여부를 확인할 수 있다. 이러한 정렬 실험은 ELISA, RIA, 표면 플라스몬 공명, 유세포 계측법 또는 당업계에서 이용할 수 있는 임의의 다른 정량적 또는 정성적 항체 결합 분석법을 사용하여 수행될 수 있다.

다중특이적 항체

본 발명의 항체는 단일특이적, 이중특이적 또는 다중특이적일 수 있다. 다중특이적 항체는 하나의 표적 폴리펩티드의 상이한 에피토프에 특이적이거나 둘 이상의 표적 폴리펩티드에 특이적인 항원 결합 도메인을 함유할 수 있다. 예를 들어, Tutt 등의 1991, J. Immunol. 147:60-69; Kufer 등의 2004, Trends Biotechnol. 22:238-244를 참조한다.

본 발명의 다중특이적 항원 결합 분자 중 어느 하나 또는 이의 변이체는 당업자가 알 수 있듯이, 표준 분자 생물학적 기술(예컨대 재조합 DNA 및 단백질 발현 기술)을 이용해 작제될 수 있다.

일부 실시예에서, 항체는 이중특이적 포맷(“이중특이성”)으로 생성되며, 여기서 상이한 S. 아우레우스 항원에 결합하는 가변 영역들이 함께 결합되어 단일 결합 분자 내에 이중 도메인 특이성을 부여한다. 적절하게 설계된 이중특이성은 특이성과 결합성 둘 다를 증가시킴으로써 전체 억제 효능을 강화시킬 수 있다. 개별 도메인에 대한 특이성을 갖는 가변 영역(예, N-말단 도메인의 세그먼트), 또는 하나의 도메인 내의 상이한 영역에 결합할 수 있는 가변 영역은, 각각의 영역을 동시에 별개 에피토프에 결합시키거나 하나의 도메인 내의 상이한 영역에 결합시키는 구조 골격 상에서 쌍을 이룬다. 이중 특이성에 대한 일 예에서, 하나의 도메인에 대해 특이성을 갖는 결합제에서 유래된 중쇄 가변 영역 (V_H)은 제2 도메인에 대해 특이성을 갖는 일련의 결합제에서 유래된 경쇄 가변 영역(V_L)과 재조합되어 원래 V_H에 대한 원래 특이성을 파괴하지 않고도 해당 V_H와 쌍을 이룰 수 있는 비-접합 V_L 파트너를 식별한다. 이러한 방식으로, 단일 V_L 세그먼트(예를 들어, V_L1)는 2개의 상이한 V_H 도메인(예를 들어, V_H1 및 V_H2)와 조합되어 2개의 결합 “아암”(V_H1- V_L1 및 V_H2- V_L1)을 포함하는 이중특이성을 생성할 수 있다. 단일 V_L 세그먼트를 사용하면 시스템의 복잡성이 감소하므로, 이중특이성을 생성하는 데 사용된 클로닝, 발현 및 정제 과정이 단순화되고 그 효율이 증가한다(예를 들어, USSN13/022759 및 US2010/0331527 참조).

대안적으로, 둘 이상의 도메인 및 제2 표적(예를 들어, 두 번째 상이한 S. 아우레우스 항원에 대한 항체를 포함하되 이에 한정되지 않음)에 결합하는 항체는 본원에 기술된 기술, 또는 당업자에게 공지된 다른 기술을 사용하여 이중특이적 포맷으로 제조될 수 있다. 구별되는 영역에 결합하는 항체 가변 영역은, 예를 들어, S. 아우레우스 항원 상의 관련 부위에 결합하는 가변 영역과 함께 결합되어 단일 결합 분자 내에 이중-항원 특이성을 부여할 수 있다. 이러한 속성의 적절히 설계된 이중특이성은 이중으로 기능한다. 세포 외 도메인에 대한 특이성을 갖는 가변 영역은 세포 외 도메인의 외부에 대한 특이성을 갖는 가변 영역과 조합되고, 각각의 가변 영역을 별도의 항원에 결합시키는 구조 골격 상에서 쌍을 이룬다.

본 발명의 맥락에서 사용될 수 있는 예시적인 이중특이적 항체 포맷은 제1 면역글로불린(Ig) C_H3 도메인 및 제2 Ig C_H3 도메인을 사용하는 것을 포함하며, 여기서 제1 및 제2 Ig C_H3 도메인은 적어도 하나의 아미노산만큼 서로 상이하며, 적어도 하나의 아미노산 차이는 아미노산 차이가 없는 이중특이적 항체와 비교했을 때 단백질 A에 대한 이중특이적 항체의 결합을 감소시킨다. 일 실시예에서, 제1 Ig C_H3 도메인은 단백질 A에 결합하고, 제2 Ig C_H3 도메인은 H95R 변형(IMGT 엑손 넘버링에 의함; EU 넘버링에 의하면 H435R임)과 같이 단백질 A 결합을 감소시키거나 제거하는 돌연변이를 함유한다. 제2 C_H3은 Y96F 변형(IMGT 넘버링에 의함; EU 넘버링은 Y436F)을 추가로 포함할 수 있다. 제2 C_H3에서 발견할 수 있는 추가의 변형은 다음을 포함한다: IgG1 항체의 경우 D16E, L18M, N44S, K52N, V57M 및 V82I(IMGT에 의함; EU에 의하면 D356E, L358M, N384S, K392N, V397M 및 V422I); IgG2 항체의 경우 N44S, K52N 및 V82I(IMGT에 의함; EU에 의하면 N384S, K392N 및 V422I); 및 IgG4 항체의 경우 Q15R, N44S, K52N, V57M, R69K, E79Q 및 V82I(IMGT에 의함; EU에 의하면 Q355R, N384S, K392N, V397M, R409K, E419Q 및 V422I). 전술한 이중특이적 항체 포맷에 대한 변형은 본 발명의 범위 내에서 고려된다.

본 발명의 맥락에서 사용될 수 있는 예시적인 이중특이적 형식으로는, 제한 없이 예를 들어, scFv-기초 또는 이중체 이중특이적 형식, IgG-scFv 융합, 이중 가변 도메인(DVD)-Ig, 콰드로마, 놉-인투-홀(knobs-into-holes), 공통 경쇄(예를 들어, 놉-인투-홀을 가지는 공통 경쇄 등), CrossMab, CrossFab, (SEED)바디, 류신 지퍼, 듀오바디, IgG1/IgG2, 이중으로 작용하는 Fab (DAF)-IgG 및 Mab² 이중특이적 형식(전술한 형식을 검토하려면, 예를 들어, Klein 등의 2012, mAbs 4:6, 1-11, 및 여기에 인용된 참고문헌 참조)을 포함한다. 이중특이적 항체는 펩티드/핵산 접합을 사용해 작제될 수도 있는데, 예를 들어, 여기서 직교 화학 반응성을 갖는 비천연 아미노산은 부위특이적 항체-올리고뉴클레오티드 접합체를 생성하는 데 사용되고, 이는 정의된 조성, 원자가 및 기하학적 구조를 갖는 다량체 복합체로 자기 조립된다. (예를 들어, Kazane 등의 J. Am. Chem. Soc. [Epub: Dec. 4, 2012] 참조).

치료 투여 및 제형

본 발명은 본원에 개시된 스타필로코쿠스 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 치료 조성물을 제공한다. 본 발명에 따른 치료 조성물은 제형에 혼입되어 전달(transfer, delivery), 내성 등을 개선하는 적절한 담체, 부형제 및 기타 제제와 함께 투여될 것이다. 다수의 적절한 제형은 모든 약사들에게 예전에 공지된 다음 문헌에서 확인할 수 있다: Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Company, Easton, PA. 이러한 제형은, 예를 들어, 분말, 고약(paste), 연고, 젤리, 왁스, 오일, 지질, 지질(양이온성 또는 음이온성) 함유 소포체(예: LIPOFECTIN™), DNA 접합체, 무수 흡수 연고제, 수중유 및 유중수 유화제, 카보왁스 유화제(다양한 분자량의 폴리에틸렌 글리콜), 반고형성 겔, 및 카보왁스를 함유하는 반고형성 혼합물을 포함한다. Powell 등의 문헌 ["Compendium of excipients for parenteral formulations" PDA (1998) J Pharm Sci Technol 52:238-311]도 참조함.

항체의 투여량은 투여 대상체의 연령 및 크기, 표적 질환, 상태, 투여 경로 등에 따라 달라질 수 있다. 본 발명의 항체가 성인 환자의 질환 또는 장애를 치료하기 위해 사용되거나 이러한 질환을 예방하기 위해 사용될 때, 본 발명의 항체를 약 0.1 내지 약 60 mg/kg(체중), 보다 바람직하게는 약 5 내지 약 60, 약 10 내지 약 50, 또는 약 20 내지 약 50 mg/kg(체중)의 1회 투여량으로 투여하는 것이 유리하다. 병태의 중증도에 따라, 치료의 빈도와 기간을 조정할 수 있다. 특정 실시예에서, 본 발명의 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 적어도 약 0.1 mg 내지 약 800 mg, 약 1 내지 약 500 mg, 약 5 내지 약 300 mg, 또는 약 10 내지 약 200 mg, 약 100 mg, 또는 약 50 mg의 초기 투여량으로서 투여될 수 있다. 특정 실시예에서, 초기 투여량에 이어서 항체 또는 항원 결합 단편의 제2 또는 복수의 후속 투여량이 초기 투여량과 거의 동일하거나 적은 양으로 투여되며, 여기서 후속 투여량은 적어도 1 내지 3일; 적어도 1주; 적어도 2주; 적어도 3주; 적어도 4주; 적어도 5주; 적어도 6주; 적어도 7주; 적어도 8주; 적어도 9주; 적어도 10주; 적어도 12주; 또는 적어도 14주만큼 간격을 둔다.

다양한 전달 시스템이 공지되어 있고, 본원의 약학적 조성물, 예를 들어, 캡슐화된 리포좀, 극미립자, 마이크로캡슐, 돌연변이체 바이러스를 발현할 수 있는 재조합 세포, 수용체 매개 엔도시토시스를 투여하는 데 사용될 수 있다(예를 들어, Wu 등의 (1987), J. Biol. Chem. 262:4429-4432 참조). 도입 방법은 피내, 경피, 근육 내, 복강 내, 정맥 내, 피하, 비강 내, 경막 외 및 구강 경로를 포함하되 이들로 제한되지는 않는다. 조성물은 임의의 편리한 경로에 의해, 예를 들면 주입 또는 볼루스 주사에 의해, 상피 또는 점막피부의 내벽(예를 들어, 구강 점막, 직장 및 장 점막 등)을 통한 흡수에 의해 투여될 수 있고, 기타 생물학적 활성제와 함께 투여될 수 있다. 투여는 전신성이거나 국소적일 수 있다. 약학적 조성물은 소포체로, 특히 리포좀으로 전달될 수도 있다(예를 들어, Langer, 1990 Science 249: 1527-1533 참조).

본 발명의 항체를 전달하기 위해 나노입자를 사용하는 것도 본원에서 고려된다. 항체-접합 나노입자는 치료 및 진단 응용 분야에 모두 사용될 수 있다. 항체-접합 나노 입자 및 이의 제조 및 사용 방법은 Arruebo, M., 등의 2009 문헌(“Antibody-conjugated nanoparticles for biomedical applications” in J. Nanomat. Volume 2009, Article ID 439389, 24 pages, doi: 10.1155/2009/439389)에 상세하게 기술되어 있으며, 동 문헌은 참조로서 본원에 통합된다. 나노입자는 감염된 세포를 표적화하도록 개발되어 약학적 조성물에 포함된 항체에 접합될 수 있다. 약물 전달용 나노입자는, 예를 들어, US 8257740, 또는 US 8246995에도 기술되어 있으며, 상기 문헌들은 그 전체가 본원에 통합된다.

아데노-연관 바이러스 벡터(AAV)는 본원에 제공된 항체를 전달하는 데 사용될 수 있다. 본원에 참조로서 포함된 WO/2018/226861 참조. 일 실시예에서, AAV는 치료 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 함유한다. 폴리뉴클레오티드는 이어서 대상체 세포의 게놈 유전자좌, 예를 들어, 폴리뉴클레오티드가 전사되고 항체가 생산되는, 유선염에 대해 치료 중인 소의 유방 내로 통합된다. 일 실시예에서, 게놈 유전자좌는 세이프 하버 유전자좌이며, 이는 필수 유전자의 발현에 간섭하거나 종양유전자 또는 다른 유해 유전자의 발현을 촉진하지 않으면서 항체의 높은 발현을 가능하게 한다. 일 실시예에서, 게놈 유전자좌는 아데노-연관 바이러스 부위이다.

일 측면에서, 본 발명은 치료용 항체를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 함유하는 벡터를 환자에게 투여함으로써 스타필로코쿠스 감염을 가진 환자(소 등)를 치료하는 방법을 제공한다.

특정 상황에서는, 약학적 조성물이 방출 조절 시스템으로 전달될 수 있다. 일 실시예에서, 펌프가 사용될 수 있다. 또 다른 실시예에서, 중합체 물질이 사용될 수 있다. 또 다른 실시예에서, 방출 조절 시스템은 조성물의 표적에 근접하여 배치될 수 있으며, 따라서 전신 투약량의 단지 일부만을 필요로 한다.

주사식 제제는 정맥 내, 피하, 피 내, 두개 내, 복강 내 및 근육 내 주사, 적가 주입 등을 위한 투여 형태를 포함할 수 있다. 이들 주사식 제제는 공지의 방법에 의해 제조될 수 있다. 예를 들어, 주사식 제제는, 예를 들어, 주사용으로 종래에 사용되는 멸균 수성 매질 또는 유성 매질에 전술한 항체 또는 이의 염을 용해, 현탁 또는 유화시킴으로써 제조될 수 있다. 주사용 수성 매질로서는, 예를 들어, 생리 식염수, 알코올(예를 들어, 에탄올)과 같은 적절한 가용화제와 조합하여 사용할 수 있고 글루코오스 및 기타 보조제 등을 함유하는 등장성 용액, 다가알코올(예: 프로필렌글리콜, 폴리에틸렌글리콜), 비이온성 계면활성제[예: 폴리소르베이트 80, HCO-50(수소 첨가 피마자유의 폴리옥시에틸렌 (50 몰) 부가물)] 등이 있다. 유성 매질로서는, 예를 들어, 벤질 벤조에이트, 벤질 알코올 등과 같은 가용화제와 조합하여 사용할 수 있는 참기름, 대두유 등이 사용된다. 따라서, 제조된 주사제는 바람직하게는 적절한 앰플에 채워진다.

본 발명의 약학적 조성물은 표준 바늘 및 주사기를 사용하여 피하로 또는 정맥 내로 전달될 수 있다. 또한, 피하 전달의 경우, 펜 전달 장치가 본 발명의 약학적 조성물을 전달하는 데 용이하게 적용된다. 이러한 펜 전달 장치는 재사용식이거나 일회용일 수 있다. 재사용식 펜 전달 장치에는 일반적으로 약학적 조성물이 담긴 교체식 카트리지가 사용된다. 일단 카트리지 내의 모든 약학적 조성물이 투여되어 카트리지가 비면, 빈 카트리지를 쉽게 폐기하고 약학적 조성물이 담긴 새로운 카트리지로 교체할 수 있다. 그러면, 펜 전달 장치를 재사용할 수 있다. 일회용 펜 전달 장치에는 교체식 카트리지가 없다. 오히려, 일회용 펜 전달 장치는 약학적 조성물이 장치 내의 저장조에 미리 담긴 상태로 제공된다. 일단 저장조의 약학적 조성물이 비게 되면, 전체 장치가 폐기된다.

다수의 재사용식 펜 전달 장치 및 자가주입 전달 장치가 본 발명의 약학적 조성물을 피하 전달하는 데 적용된다. 몇 가지를 거명하자면, AUTOPEN™(Owen Mumford, Inc., 영국 우드스톡 소재), DISETRONIC™ 펜(Disetronic Medical Systems, 스위스 버그도르프 소재), HUMALOG MIX 75/25™ 펜, HUMALOG™ 펜, HUMALIN 70/30™ 펜(Eli Lilly and Co., 인디애나주 인디애나폴리스 소재), NOVOPEN™ I, II 및 III(Novo Nordisk, 덴마크 코펜하겐 소재), NOVOPEN JUNIOR™(Novo Nordisk, 덴마크 코펜하겐 소재), BD™ 펜(Becton Dickinson, 뉴저지주 프랭클린 레이크 소재), OPTIPEN™, OPTIPEN PRO™, OPTIPEN STARLET™, 및 OPTICLIK™(Sanofi-Aventis, 독일 프랑크푸르트 소재)이 포함되지만, 분명하게는 이들로 한정되지는 않는다. 본 발명의 약학적 조성물을 피하 전달하는 데 적용되는 일회용 펜 전달 장치의 몇 가지만 거명하자면, SOLOSTAR™ 펜(Sanofi-Aventis), FLEXPEN™(Novo Nordisk), 및 KWIKPEN™(Eli Lilly), SURECLICK™ Autoinjector(Amgen, 캘리포니아주 싸우전 오크스 소재), PENLET™(Haselmeier, 독일 슈투트가르트 소재), EPIPEN(Dey, L.P.) 및 HUMIRA™ 펜(Abbott Labs, 일리노이주 애벗 파크)이 포함되지만, 분명하게는 이들로 한정되지는 않는다.

유리하게는, 전술한 경구 또는 비경구적으로 사용하기 위한 약학적 조성물은 활성 성분의 투여량에 적절히 맞춰진 단위 투여량의 투약 형태로 제조된다. 이러한 투여량 형태는, 예를 들어, 정제, 알약, 캡슐, 주사제(앰플), 좌제 등을 포함한다. 함유된 항체의 양은 일반적으로 단위 투여량의 형태의 투여량 당 약 5 내지 약 500 mg이고; 특히 주사제 형태로는, 다른 투여량 형태에 대해 항체가 약 5 내지 약 100 mg 및 약 10 내지 약 250 mg으로 함유되는 것이 바람직하다.

항체의 치료적 용도

본 발명의 항체는 스타필로코쿠스 감염, 예를 들어 S. 아우레우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염과 연관된 질환 또는 장애 또는 병태의 치료 및/또는 예방에 유용하고/하거나 이러한 질환, 장애 또는 병태와 관련된 적어도 하나의 증상을 완화시키는데 유용하다. 이러한 질환, 장애 또는 병태는 연조직염, 균혈증, 피부괴사, 눈꺼풀 감염, 안구 감염, 신생아 결막염, 골수염, 농가진, 종기, 열상 피부증후군, 식중독, 폐렴, 수술 감염, 요로 감염, 화상 감염, 수막염, 심내막염, 패혈증, 독성 쇼크 증후군, 또는 화농성 관절염일 수 있다. 일부 측면에서, 대상체는 인공 관절을 가지며, 본원에 개시된 항체는 인공 관절을 둘러싸는 조직의 S. 아우레우스 감염을 치료 및/또는 예방하기 위해 사용된다. 일부 측면에서, 대상체는 카테터를 가지며, 본원에 개시된 항체는 카테터 및/또는 카테터를 둘러싸는 조직의 S. 아우레우스 감염을 치료 및/또는 예방하기 위해 사용된다. 일부 측면에서, 대상체는 이식된 이물질을 가지며, 본원에 개시된 항체는 이물질 및/또는 이물질을 둘러싸는 조직의 S. 아우레우스 감염을 치료 및/또는 예방하기 위해 사용된다. 일부 측면에서, 대상체는 유선염을 가지며, 본원에 개시된 항체는 유선염을 치료하는 데 유용하다.

특정 실시예에서, 본 발명의 항체는 S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스에 의해 유발된 급성 또는 만성 감염을 앓고 있는 대상체를 치료하는 데 유용하다. 일부 실시예에서, 본 발명의 항체는 숙주 또는 숙주 기관에서 박테리아 역가를 감소시키거나 박테리아 부하를 감소시키는 데 유용하다. 일 실시예에서, 본 발명의 항체 또는 이의 항원 결합 단편은 S. 아우레우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염 환자에게 치료적 투여량으로 투여될 수 있다.

본 발명의 하나 이상의 항체는 S. 아우레우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염과 연관된 증상 또는 병태 중 하나 이상의 중증도를 경감시키거나 예방하거나 감소시키기 위해 투여될 수 있다. 항체는, 가려움, 발적, 발진, 부종, 메스꺼움, 구토, 설사, 탈수, 저혈압, 발열, 착란, 근육통, 복통, 관절 부종, 및 관절 통증을 포함하되 이에 한정되지 않는, S. 아우레우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염의 적어도 하나의 증상의 중증도를 완화시키거나 감소시키는 데 사용될 수 있다.

또한, 본원에서는 S. 아우레우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염을 예방하기 위해 예방적으로 본원에 제공된 하나 이상의 항체를 사용하는 것이 고려된다. 이러한 대상체는 수술 환자일 수 있거나, 상해를 입었을 수 있거나, 화상 피해자일 수 있다.

본 발명의 추가 실시예에서, 본 항체는 S. 아우레우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염을 앓고 있는 환자를 치료하기 위한 약학적 조성물의 제조에 사용된다. 본 발명의 또 다른 실시예에서, 본 항체는 S. 아우레우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염을 치료 또는 완화하는데 유용한 것으로 당업자에게 알려진 임의의 다른 제제 또는 임의의 다른 요법과 함께 보조 요법으로서 사용된다.

병용 요법

병용 요법은 본 발명의 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체 및 본 발명의 항체와, 또는 본 발명의 항체의 생물학적으로 활성인 단편과 유리하게 조합될 수 있는 임의의 부가적인 치료제를 포함할 수 있다. 본 발명의 항체는 스타필로코쿠스 감염을 치료하는 데 사용되는 하나 이상의 약물 또는 제제와 상승적으로 조합될 수 있다.

예를 들어, 박테리아 감염을 치료하기 위한 예시적인 제제는, 예를 들어, 항박테리아 약물, 항염증 약물(예컨대, 코르티코스테로이드 및 비스테로이드성 항염증 약물), S. 아우레우스에 대한 상이한 항체, S. 아우레우스용 백신, 또는 S. 아우레우스 감염을 치료하기 위한 임의의 다른 완화 요법을 포함할 수 있다.

예시적인 제제는 페니실린, 옥사실린, 리팜핀, 플루클록사실린, 디클록사실린, 세파졸린, 세팔로틴, 세팔렉신, 나프실린, 클린다마이신, 린코마이신, 리네졸리드, 답토마이신, 에리트로마이신, 반코마이신, 겐타마이신, 독시사이클린, 및 트리메토프림-설파메톡사졸을 포함한다.

일부 실시예에서, 본원에 제공된 항체는 S. 아우레우스 감염 또는 S. 슈딘테르메디우스 감염 환자에서 박테리아 부하를 감소시키거나, 감염증의 하나 이상의 증상을 완화시키기 위해 제2 치료제와 조합될 수 있다.

특정 실시예에서, 제2 치료제는 하나 이상의 스타필로코쿠스 항원에 특이적인 또 다른 상이한 항체 또는 항체 칵테일이며, 여기서 상기 상이한 항체 또는 칵테일 내의 항체는 본 개시의 항체와 동일한 항원에 결합할 수 있을 수도 있고 결합하지 않을 수도 있다. 특정 실시예에서, 제2 치료제는 스타필로코쿠스 단백질에 대한 항체이다.

본원에서 사용되는 바와 같이, 용어 “조합하여”는 추가적인 치료적 활성 성분(들)이 본원에서 제공된 스타필로코쿠스 항원에 대한 적어도 하나의 항체, 또는 본원에서 제공된 항체 중 하나 이상을 포함하는 칵테일의 투여 전에, 동시에, 또는 후에 투여될 수 있음을 의미한다. 용어 “조합하여”는 또한 예를 들어, S. 아우레우스에 대한 항체, 및 제2 치료제의 순차적 또는 부수적 투여를 또한 포함한다.

추가의 치료적 활성 성분(들)은 본 개시의 항-스타필로코쿠스 항체의 투여 이전에 대상체에게 투여될 수 있다. 예를 들어, 제1 성분이 제2 성분을 투여하기 1주일 전, 72시간 전, 60시간 전, 48시간 전, 36시간 전, 24시간 전, 12시간 전, 6시간 전, 5시간 전, 4시간 전, 3시간 전, 2시간 전, 1시간 전, 30분 전, 15분 전, 10분 전, 5분 전, 또는 1분 미만 전에 투여되는 경우, 제1 성분은 제2 성분 “이전에” 투여되는 것으로 간주될 수 있다. 다른 실시예에서, 추가의 치료적 활성 성분(들)은 본 발명의 항체의 투여 이후에 대상체에게 투여될 수 있다. 예를 들어, 제1 성분이 제2 성분을 투여하고 1분 후, 5분 후, 10분 후, 15분 후, 30분 후, 1시간 후, 2시간 후, 3시간 후, 4시간 후, 5시간 후, 6시간 후, 12시간 후, 24시간 후, 36시간 후, 48시간 후, 60시간 후, 72시간 후에 투여되는 경우, 제1 성분은 제2 성분 “이후에” 투여되는 것으로 간주될 수 있다. 또 다른 실시예에서, 추가의 치료적 활성 성분(들)은 본 발명의 항체의 투여와 동시에 대상체에게 투여될 수 있다. 본 발명의 목적을 위해, "동시" 투여는, 예를 들어, 항-스타필로코쿠스 항체, 예컨대 항-단백질 A 항체, 항-IsdA 항체 및 항-IsdB 항체, 및 추가의 치료적 활성 성분을 단일 투여 형태로 대상체에게 투여하는 것, 또는 별도의 투여 형태로 서로 약 30분 이내에 대상체에게 투여하는 것을 포함한다. 별도의 투여 형태로 투여되는 경우, 각 투여 형태는 동일한 경로를 통해 투여될 수 있고(예를 들어, 상기 항체 및 추가의 치료적 활성 성분 모두 정맥 내 투여될 수 있음); 대안적으로, 각 투여 형태는 상이한 경로를 통해 투여될 수 있다(예를 들어, 상기 항체는 정맥 내 투여될 수 있고, 추가의 치료적 활성 성분은 경구 투여될 수 있음). 어떤 경우에도, 본 발명의 목적을 위해, 조성물을 단일 투여 형태로 투여하거나, 동일한 경로에 의해 별도의 투여 형태로 투여하거나, 상이한 경로에 의해 별도의 투여 형태로 투여하는 것은 모두 “동시 투여”로서 간주된다. 본 개시의 목적을 위해, 항체를 추가의 치료적 활성 성분의 투여 “이전”, “동시” 또는 “이후”(이들 용어는 위의 본원에 정의되어 있음)에 투여하는 것은 항체가 추가의 치료적 활성 성분과 “조합하여” 투여되는 것으로 간주된다.

본 발명은, 본 발명의 항-S. 아우레우스 항체가 본 발명의 다른 곳에 기술된 바와 같은 하나 이상의 추가적인 치료적 활성 성분(들)과 공동으로 제형화되는 약학적 조성물을 포함한다.

투여 처방

본 발명의 특정 실시예에 따르면, 본 발명의 항체(또는 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체와 본원에서 언급된 임의의 추가적인 치료적 활성제의 조합을 포함하는 약학적 조성물)의 단일 투여량이 이를 필요로 하는 대상체에게 투여될 수 있다. 본 발명의 특정 실시예에 따르면, 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체(또는 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체와 본원에서 언급된 임의의 추가적인 치료적 활성제의 조합을 포함하는 약학적 조성물)의 다회 투여량이 정의된 시간 과정에 걸쳐 대상체에게 투여될 수 있다. 본 발명의 이러한 측면에 따른 방법은 본 발명의 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체의 다회 투여량을 순차적으로 대상체에게 투여하는 단계를 포함한다. 본원에서 사용되는 바와 같이, “순차적 투여”는 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체의 각 투여량이 상이한 시점에, 예를 들어, 소정의 간격(예: 시간, 일, 주 또는 월)으로 분리된 상이한 날에 대상체에게 투여됨을 의미한다. 본 발명은 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체의 1회 초기 투여량, 이어서 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체의 하나 이상의 2차 투여량, 및 이어서 선택적으로 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체의 1회 이상의 3차 투여량을 순차적으로 투여하는 단계를 포함하는 방법을 포함한다.

용어 “초기 투여량”, “2차 투여량” 및 “3차 투여량”은 본 발명의 S. 아우레우스 항원에 대한 항체의 시간적 투여 순서를 지칭한다. 따라서, “초기 투여량”은 치료 처방의 시작 시 투여되는 투여량(“베이스라인 투여량”으로도 지칭됨); “2차 투여량”은 초기 투여 후 투여되는 투여량이고; “3차 투여량”은 2차 투여 후 투여되는 투여량이다. 초기, 2차 및 3차 투여량은 모두 동일한 양의 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체를 함유할 수 있지만, 일반적으로 투여 빈도에서 서로 다를 수 있다. 그러나, 특정 실시예에서, 초기, 2차 및/또는 3차 투여량에 함유된 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체의 양은 치료 과정 동안 서로 다를 수 있다(예를 들어, 적절하게 상향 또는 하향 조절됨). 특정 실시예에서, 2가지 이상의(예: 2, 3, 4, 또는 5가지) 투여량이 치료 요법 시작 시 “로딩 투여량”으로서 투여되고, 적은 빈도수 기준으로 투여되는 후속 투여량(예: “유지 투여량”)이 이어진다.

본 발명의 특정 예시적인 실시예에서, 각각의 2차 및/또는 3차 투여량은 직전 투여량의 1 내지 48시간 이후에 (예, 1, 1½, 2, 2½, 3, 3½, 4, 4½, 5, 5½, 6, 6½, 7, 7½, 8, 8½, 9, 9½, 10, 10½, 11, 11½, 12, 12½, 13, 13½, 14, 14½, 15, 15½, 16, 16½, 17, 17½, 18, 18½, 19, 19½, 20, 20½, 21, 21½, 22, 22½, 23, 23½, 24, 24½, 25, 25½, 26, 26½시간 또는 그 이상 후에) 투여된다. 본원에서 사용되는 바와 같이, “직전 투여량(the immediately preceding dose)”라는 문구는, 다회 투여의 순서에 있어서, 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체의 투여량이 순서 상 바로 다음 투여량이 환자에게 투여되기 전에 투여되고 이들 사이에 개재되는 투여량이 없음을 의미한다.

본 발명의 이러한 측면에 따른 방법은 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체의 임의의 수의 제2 및/또는 제3 투여량을 환자에게 투여하는 단계를 포함할 수 있다. 예를 들어, 특정 실시예에서, 1회의 2차 투여량만이 환자에게 투여된다. 다른 실시예에서, 2회 이상의 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8회 또는 그 이상의) 2차 투여량이 환자에게 투여된다. 마찬가지로, 특정 실시예에서, 1회의 3차 투여량만이 환자에게 투여된다. 다른 실시예에서, 2회 이상의 (예를 들어, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8회 또는 그 이상의) 3차 투여량이 환자에게 투여된다.

본 발명의 특정 실시예에서, 2차 및/또는 3차 투여량이 환자에게 투여되는 빈도는 치료 요법의 과정에 걸쳐 달라질 수 있다. 투여 빈도는 임상 검사 후 개별 환자의 필요에 따라 의사가 치료 과정 동안 조정할 수도 있다.

항체의 진단적 사용

본원에 제공된 스타필로코쿠스 항원에 대한 항체는, 예를 들어, 진단 목적을 위해, 샘플에서, 예를 들어, S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스를 검출하고/하거나 측정하는 데 사용될 수 있다. 일부 실시예는 박테리아 감염증과 같은 질환 또는 장애를 검출하기 위한 분석에서 본 발명의 하나 이상의 항체를 사용하는 것을 고려한다. S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스에 대한 예시적인 진단 분석은, 예를 들어, 환자로부터 수득된 샘플을, 본 발명의 S. 아우레우스 항원에 대한 항체와 접촉시키는 것을 포함할 수 있으며, 여기서 S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스 항원에 대한 항체는 검출 가능한 표지 또는 리포터 분자로 표지되거나, S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스를 환자의 샘플에서 선택적으로 단리하기 위한 포획 리간드로서 사용된다. 대안적으로, S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스 항원에 대한 표지되지 않은 항체가 자체적으로 검출 가능하게 표지된 보조 항체와 조합되어 진단 용도에 사용될 수 있다. 검출 가능한 표지 또는 리포터 분자는 ³H, ¹⁴C, ³²P, ³⁵S 또는 ¹²⁵I와 같은 방사성 동위원소; 플루오레세인 이소티오시아네이트 또는 로다민과 같은 형광 모이어티 또는 화학발광 모이어티; 또는 알칼라인 포스파타아제, β-갈락토시다아제, 서양 고추냉이 퍼옥시다아제, 또는 루시페라아제와 같은 효소일 수 있다. 샘플에서 S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스를 검출하거나 측정하는 데 사용할 수 있는 특정 예시적인 검정은 효소 결합 면역흡착 분석(ELISA), 방사성 면역분석(RIA) 및 형광 활성화 세포 분류(FACS)를 포함한다.

본 발명에 따른 S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스 진단 검정에 사용될 수 있는 샘플에는 환자로부터 얻을 수 있는 임의의 조직 또는 체액 샘플이 포함되며, 이러한 샘플은 정상적인 또는 병리학적 조건 하에서 검출 가능한 양의 S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스 또는 이의 단편을 함유한다. 일반적으로, 건강한 환자(예를 들어, S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스와 관련된 질환과 관련되지 않은 환자)로부터 수득된 특정 샘플에서의 S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스의 수준을 측정하여 S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스의 기준선 수준, 또는 표준 수준을 초기에 확립할 것이다. 그런 다음, S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스의 이러한 기준선 수준을 S. 아우레우스-관련 병태, 또는 이러한 병태와 관련된 증상을 갖는 것으로 의심되는 개체로부터 수득된 샘플에서 측정된 S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스의 수준과 비교할 수 있다.

S. 아우레우스 또는 S. 슈딘테르메디우스에 특이적인 항체는 추가의 표지 또는 모이어티를 함유하지 않거나, N-말단 또는 C-말단 표지 또는 모이어티를 함유할 수 있다. 일 실시예에서, 표지 또는 모이어티는 비오틴이다. 결합 검정에서, 표지의 위치(있는 경우)를 통해 펩티드가 결합되는 표면에 대한 펩티드의 상대적인 배향을 결정할 수 있다. 예를 들어, 표면이 아비딘으로 코팅된 경우, N-말단 비오틴을 함유하는 펩티드는 펩티드의 C-말단 부분이 표면에 대해 원위에 있도록 배향될 것이다.

예

다음 예들은 당업자에게 본 발명의 방법 및 조성물을 제조하고 사용하는 방법의 완전한 개시 및 설명을 제공하기 위해 제시된 것으로, 본 발명자들이 발명으로 간주하는 것의 범위를 제한하고자 하는 것이 아니다. 사용된 숫자(예를 들어, 양, 온도 등)와 관련하여 정확성을 보장하기 위한 노력을 기울였으나 약간의 실험 오차와 편차에 대해서는 설명되어야 한다. 달리 표시되지 않는 한, 부(parts)는 중량 부(parts by weight)이고, 분자량은 평균 분자량이며, 온도는 섭씨 온도이고, 압력은 대기압이거나 거의 대기압이다.

본 발명에서 논의된 모든 위치에 대해, 번호 매김은 Kabat(Kabat 등, 1991, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed., United States Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, 전문이 참조로서 통합됨)에서의 EU 색인에 따른다. 항체 분야의 숙련자라면 이러한 규정이 면역글로불린 서열의 특이적 영역에서의 비순차적 넘버링으로 이루어져서, 면역글로불린 계열에서의 보존된 위치에 대한 정규화된 참조를 가능하게 한다는 것을 이해할 것이다. 따라서, EU 색인에 의해 정의된 바와 같은 임의의 주어진 면역글로불린의 위치는 반드시 이의 순차적 서열에 상응하지는 않을 것이다.

예 1. 항-IsdA 항체, 항-IsdB 항체, 및 항-단백질 A 항체의 생성

인간 면역글로불린 중쇄 및 카파 경쇄 가변 영역을 암호화하는 DNA를 포함하는 유전자 조작된 마우스를 재조합 IsdA을 포함하는 IsdA-6x His 및 IsdB-6x His.인 두 개의 면역원으로 면역화하여 항-IsdA 항체 및 항-IsdB 항체를 수득하였다. 항-단백질 A 항체는 인간 면역글로불린 중쇄 및 카파 경쇄 가변 영역을 암호화하는 DNA를 포함하는 유전자 조작된 마우스를 야생형 단백질 A 또는 돌연변이체 단백질 A를 포함하는 면역원으로 면역화하여 수득하였다(돌연변이체 버전은 Fc에 결합하지 않으며 “SpAkkaa”(PMID: 23982075)로 지칭됨).

항체 면역 반응은 항원 특이적 면역분석, 즉 IsdA, IsdB 또는 단백질 A에 특이적인 면역분석에 의해 모니터링하였다. 원하는 면역 반응이 달성될 때, 비장세포를 채취하고 마우스 골수종 세포와 융합시켜 이들의 생존력을 보존하고 하이브리도마 세포주를 형성할 수 있다. 하이브리도마 세포주는 IsdA-특이적 항체, IsdB-특이적 항체 또는 단백질 A-특이적 항체를 생산하는 세포주를 식별하기 위해 스크리닝되고 선택될 수 있다. 이러한 기술을 사용하여, 키메라 항체(즉, 인간 가변 도메인 및 마우스 불변 도메인을 갖는 항체)를 수득할 수 있다. 하지만, 이 경우에, US 2007/0280945A1에 기술된 바와 같이, 완전한 인간 항체를 골수종 세포와 융합시키지 않고 항원-양성 B 세포로부터 직접 단리하였다.

항체 중쇄 불변 영역은 EU 위치 435에서 R(H435R)에 의한 H의 아미노산 치환, 또는 EU 위치 436에서 F(Y436F)에 의한 Y의 치환, 또는 H435R 및 Y436F의 치환을 갖는 인간 IgG1 Fc 영역이다. 2개의 아미노산 치환 H435R 및 Y436F를 갖는 IgG1의 돌연변이된 형태는 본 개시 전반에 걸쳐 */*로 지칭된다. */* 돌연변이를 표 1에 제공된 완전한 인간 항-단백질 A, IsdB 또는 IsdA 항체를 생성하는 데 사용된 발현 벡터 내에 도입하였다.

본 예의 방법에 따라 생성된 예시적인 항체의 특정 생물학적 특성은 아래에 제시된 예들에서 상세히 기술된다.

예 2. 항-IsdA 항체, 항-IsdB 항체, 및 항-단백질 A 항체의 중쇄 및 경쇄 가변 영역 아미노산 및 핵산 서열

표 1은 본원에 제공된 선택된 항체의 중쇄 및 경쇄 가변 영역 및 CDR의 아미노산 서열 식별자를 제시한다. 상응하는 핵산 서열 식별자들은 표 2에 제시되어 있다. 표 3은 2개의 항-IsdB 항체에 대한 전장 중쇄 및 경쇄 서열 식별자를 제공하며, 하나는 */* 중쇄 돌연변이를 가지며 하나는 그렇지 않다.

아미노산 서열 식별자

	서열번호
항체 명칭	HCVR	HCDR1	HCDR2	HCDR3	LCVR	LCDR1	LCDR2	LCDR3
H1xH20334P2/ (항-IsdA)	2	4	6	8	10	12	14	16
H1xH15140P/ (항-단백질 A)	18	20	22	24	26	28	30	32
H1xH20295P2/ H1H20295P2WT (항-IsdB)	34	36	38	40	42	44	46	48

핵산 서열 식별자

	서열번호
항체 명칭	HCVR	HCDR1	HCDR2	HCDR3	LCVR	LCDR1	LCDR2	LCDR3
H1xH20334P2/ (항-IsdA)	1	3	5	7	9	11	13	15
H1xH15140P/ (항-단백질 A)	17	19	21	23	25	27	29	31
H1xH20295P2/ H1H20295P2WT (항-IsdB)	33	35	37	39	41	43	45	47

H1H20295P2 야생형(WT) 및 돌연변이된 형태(*/*)에 대한 전장 중쇄 및 경쇄 서열에 대한 서열 식별자

	서열번호
항체 명칭	전장 중쇄		전장 경쇄
	핵산	아미노산	핵산	아미노산
H1H20295P2WT (항-IsdB)	49	50	51	52
H1xH20295P2/ (항-IsdB/)	53	54	51	52

본원에 제공된 항체는 면역글로불린 중쇄가 적어도 2개의 아미노산 치환: H435R 및 Y436F (EU 색인 넘버링에 의함)에 의해 변형되지 않은 모체 항-S. 아우레우스 IgG 항체와 상이한 한 임의의 이소형을 가질 수 있다. 2개의 아미노산 치환 H435R 및 Y436F를 갖는 IgG1의 돌연변이된 형태는 본 개시 전반에 걸쳐 */*로 지칭된다. 본 발명의 항-IsdA, 항-IsdB, 및 항-단백질 A 항체는 표 1 및 2에 제시된 바와 같은 가변 도메인 및 CDR 서열 및 서열번호 58에 따른 H435R 및 Y436F 돌연변이를 갖는 이소형 IgG1의 인간 Fc 도메인을 포함할 수 있다. 특정 응용 분야 또는 실험의 경우, Fc 도메인은 마우스 Fc 도메인일 수 있다. 당업자가 이해할 수 있듯이, 특정 Fc 이소형을 갖는 항체는 균등한 H435R 및 Y436F 돌연변이를 갖는 다른 Fc 이소형을 갖는 항체로 변환될 수 있지만(예를 들어, 마우스 IgG3 Fc를 갖는 항체는 인간 IgG1 */*을 갖는 항체 등으로 변환될 수 있지만), 어떤 경우에도, 표 1 및 표 2에 나타낸 수치 식별자에 의해 표시되는 가변 도메인(CDR 포함)은 동일하게 유지될 것이고, 결합 특성은 H435R 및 Y436F 돌연변이가 존재하는 만큼에서 Fc 도메인의 성질에 상관없이 동일하거나 실질적으로 유사할 것으로 예상된다.

예 3. 25℃ 및 37℃에서 측정된, IsdA.6xHis 및 단백질 A 각각에 결합하는 */* 변형된 항-IsdA 단클론 항체 및 항-단백질 A 항체의 Biacore 결합 동역학

정제된 항-IsdA*/* 및 항-단백질 A*/* 단클론 항체에 결합하는 단백질 A 및 IsdA.6xHis 시약에 대한 평형 해리 상수(K_D)를, 실시간 표면 플라스몬 공명 기반 Biacore T200 또는 Biacore 4000 바이오센서를 사용하여 결정하였다. 모든 결합 연구는 25℃ 및 37℃에서 10mM HEPES, 150mM NaCl, 3.4mM EDTA 및 0.05% v/v Tween-20, pH 7.4(HBS-EP) 실행 완충액에서 수행하였다. Biacore CM5 센서 칩 표면을 먼저 항-인간 Fc 단클론 항체(GE Healthcare 카탈로그 # BR100839) 또는 항-인간 Fcγ 특이적 F(ab')2)다클론 항체(Jackson ImmunoResearch 카탈로그 번호 109-006-008)를 사용한 아민 커플링에 의해 유도화시켜 항-IsdA*/* 또는 항-단백질 A*/* 단클론 항체를 포획하였다. HBS-EP 실행 완충액에서 준비한 상이한 농도의 IsdA.6xHis (90nM - 3.33nM; 3배 연속 희석) 및 단백질 A(100nM - 0.39nM; 4배 연속 희석)에 대해 결합 연구를 수행하였다. 포획된 항-IsdA*/* 및 항-단백질 A*/* 단클론 항체 표면 위로 단백질을 30-50μL/분의 유속으로 3-3.5분 동안 주입하면서, 단클론 항체 결합된 IsdA.6xHis 및 단백질 A 시약의 해리를 HBS-EP 실행 완충액에서 5-10분 동안 모니터링하였다. 결합 속도(ka) 및 해리 속도(kd)는 Scrubber 2.0c 곡선-피팅 소프트웨어를 사용해 질량 수송에 제한이 있는 1:1 결합 모델에 실시간 결합 센서그램을 피팅하여 결정하였다. 결합 해리 평형 상수 (K_D) 및 해리 반감기(t½)를 동역학 속도로부터 다음과 같이 계산하였다:

K _D (M) =

, 및 t½ (분) =

25℃ 및 37℃에서 본 발명의 항-IsdA*/* 및 항-단백질 A*/* 단클론 항체에 결합하는 IsdA.6xHis 및 단백질 A에 대한 결합 동역학 파라미터가 표 4 내지 7에 나타나 있다.

표 4에 나타낸 바와 같이, 25℃에서, 항-IsdA*/* 단클론 항체는 1.28 nM의 K_D 값으로 IsdA.6xHis에 결합하였다. 표 5에 나타낸 바와 같이, 37℃에서, 항-IsdA*/* 단클론 항체는 3.49nM의 K_D 값으로 IsdA.6xHis에 결합하였다.

표 6에 나타낸 바와 같이, 25℃에서, 항-단백질 A*/* 단클론 항체는 204pM의 K_D 값으로 단백질 A에 결합하였다. 표 7에 나타낸 바와 같이, 37℃에서, 항-단백질 A*/* 단클론 항체는 98.6pM의 K_D 값으로 단백질 A에 결합하였다.

25℃에서 항-IsdA*/* 단클론 항체에 결합하는 IsdA.6xHis의 결합 동역학 파라미터

포획된 mAb	mAb 포획 레벨 (RU)	90nM Ag 결합 (RU)	k _a (1/Ms)	k _d (1/s)	K_D (M)	t½ (분)
H1xH20334P2/	101.3±0.8	98	3.48E+05	4.46E-04	1.28E-09	26

37℃에서 항-IsdA*/* 단클론 항체에 결합하는 IsdA.6xHis의 결합 동역학 파라미터

포획된 mAb	mAb 포획 레벨 (RU)	90nM Ag 결합 (RU)	k _a (1/Ms)	k _d (1/s)	K_D (M)	t½ (분)
H1xH20334P2/	136.0±1.4	116	4.79E+05	1.67E-03	3.49E-09	7

25℃에서 항-단백질 A*/* 단클론 항체에 결합하는 단백질 A의 결합 동역학 파라미터

포획된 mAb	mAb 포획 레벨 (RU)	100nM Ag 결합 (RU)	k _a (1/Ms)	k _d (1/s)	K_D (M)	t½ (분)
H1xH15140P/	133 ± 0.7	44	3.81E+05	7.78E-05	2.04E-10	149

37℃에서 항-단백질 A*/* 단클론 항체에 결합하는 단백질 A의 결합 동역학 파라미터

포획된 mAb	mAb 포획 레벨 (RU)	100nM Ag 결합 (RU)	k _a (1/Ms)	k _d (1/s)	K_D (M)	t½ (분)
H1xH15140P/	51 ± 1.4	19	1.19E+06	1.17E-04	9.86E-11	99

예 4: 단백질 A의 존재 시 항체 결합 특이성을 평가하기 위한 S. 아우레우스 ELISA

S. 아우레우스는 병원균의 표면에서 단백질 A라고 불리는 IgG 결합 단백질을 발현한다. 단백질 A는 인간 IgG1, IgG2 및 IgG4 항체의 Fc 부분에 대해 높은 친화도를 갖는 IgG 결합 도메인의 4-5회 반복체를 함유한다. Loghem 등의 1982, staphylococcal Protein A and human IgG subclasses and allotypes Scand. J. Immunol. 15, 275-278 참조. 인간 IgG3 항체는 아미노산 치환을 가지는데, 이는 단백질 A 결합을 크게 감소시킨다(H435R, Y436F, */*로 지칭됨). 온전한 S. 아우레우스 야생형 및 단백질 A 결핍 균주에 대한 hIgG1 및 hIgG1*/* 항체의 항체 결합 특이성을 이 검정에서 탐색하였다.

본 발명의 항-IsdB*/* 및 단백질 A*/* 항체를 S. 아우레우스 Newman 야생형 및 단백질 A 결핍 균주에 결합에 대해 평가하여 단백질 A의 존재 및 부재 시 항체 결합의 특이성을 특성화하였다. 밤새 S. 아우레우스 배양물을 RPMI에서 성장시키고, PBS로 2회 세척하고, 그런 다음 OD=0.25에서 재현탁시켰다. 흑색 Nunc 미세역가 플레이트를 100 uL/웰의 S. 아우레우스 현탁액으로 코팅하고 4℃에서 밤새 인큐베이션하였다. 다음 날 아침, 플레이트를 ADB(PBS 중 1% BSA)로 3회 세척하고, 실온에서 200 uL의 블로킹 완충액(PBS 중 3% BSA + 0.5% Tween 20)으로 2시간 동안 차단하였다. 다음으로, 플레이트를 ADB로 3회 세척한 다음, 표시된 농도의 일차 항체와 함께 실온에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 이차 항체(닭 항-인간 HRP)를 1:4000 희석으로 첨가하고 1시간 동안 인큐베이션한 후, 플레이트를 ADB로 3회 세척하였다. 피코 기질을 10분 동안 첨가하고 플레이트 판독기 상에서 플레이트를 판독하여 발광 신호를 측정하였다.

hIgG1 대조군은, hIgG1*/* 대조군은 아니지만, 단백질 A 의존성 방식으로 S. 아우레우스 Newman 야생형에 결합하였고(도 1), hIgG1 이소형의 광범위한 결합을 입증하였다. 항-IsdB hIgG1 및 hIgG1*/* 단클론 항체는 단백질 A 결핍 균주와 유사하게 결합하였는데, 이는 */* 변형이 표적에 대한 결합에 영향을 미치지 않음을 보여준다. 또한 표 8을 참조한다.

hIgG1 및 hIgG1*/* 형식 항체를 이용한 S. 아우레우스 결합 ELISA

항체	log[M]에서의 EC50 ELISA 결합
항체	S. 아우레우스 Newman WT	S. 아우레우스 Newman Δspa
hIgG1 대조군 (REGN1932)	3.05E-11	비결합
항-IsdB hIgG1 (H1H20295P2)	2.27E-11	3.01E-11
hIgG1/ 대조군 (REGN4440)	1.90E-07	비결합
항-IsdB hIgG1/ (H1xH20295P2/)	3.14E-11	6.23E-11
항-단백질 A hIgG1/ (H1xH15140P)	1.54E-11	2.74E-09

예 5: 보체 보존 혈청에서의 S. 아우레우스 생존 및 hIgG1*/* 단클론 항체에 의한 항체-유도 사멸

S. 아우레우스는 막 공격 복합체 형성 전에 다양한 단계에서 보체 활성화를 방해하는 독성 인자의 발현을 통해 보체 의존성 사멸을 회피한다. Thammavongsa 등의 2015. staphylococcal manipulation of host immune responses, Nat Rev Microbiol, 13: 529-43 참조. 여기서, 보체 회피를 극복하고 항체-유도 혈청 사멸을 개시하는 항체의 능력을 시험하였다.

본 발명의 항-단백질 A 및 IsdB hIgG1*/* 항체를, 정상 인간 혈청에서 S. 아우레우스 Newman의 사멸을 촉진하는 능력에 대해 평가하였다. 요약하자면, S. 아우레우스 Newman의 배양물을 RPMI에서 밤새 성장시키고, PBS에서 세척하고, 1x10⁵ 콜로니 형성 단위의 농도(CFU)/mL로 RPMI + 0.05% BSA에 재현탁시켰다. 정상 인간 혈청(NHS)을 37℃ 수조에서 해동한 다음 얼음 위에 둔 다음, NHS의 일부분을 56℃에서 30분 동안 열 불활성화(HI)를 위해 제거하였다. 3회 반복으로, 100 uL의 S. 아우레우스 현탁액을 시험 항체와 10분 동안 혼합한 다음, 표시된 혈청 100 uL를 50% 혈청 및 100 ug/mL 단클론 항체의 최종 농도에 첨가하였다. 그런 다음, 시험 샘플을 37℃에서 2, 4 또는 6시간 동안 진탕(100 rpm) 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 100 ul의 응집 용리 완충액(PBS 1 ml당 200U 스트렙토키나제, 2 ug/mL RNase, 10ug/mL DNase, 0.5% 사포닌이 보충된 PBS)을 샘플에 첨가하고, 격렬하게 볼텍싱하고 37℃에서 10분 동안 진탕(100 rpm) 인큐베이션하였다. S. 아우레우스 생존을 연속 희석을 통해 콜로니 형성 단위에 의해 계수하고 TSA 상에 도말하였다.

대표적인 실험의 결과를 표 9 및 도 2에 나타냈다. hIgG1*/* 이소형 대조군도 항-IsdB hIgG1 형식 항체도 NHS에서 S. 아우레우스의 생존에 영향을 미치지 않은 반면, 항-단백질 A 및 항-IsdB hIgG1*/* 단클론 항체 모두가 시간 경과에 따라 사멸을 촉진시켰다. 열 불활성화는 항-스타필로코쿠스 hIgG1*/* 항체의 활성을 제거하였으며, 이는 항체 의존성 사멸을 위해 보체가 필요함을 시사한다.

항-IsdB*/* 및 항-단백질 A*/* 항체 치료에 의해 인간 혈청에서의 S. 아우레우스 Newman 생존

항체 (100 ug/mL) 6시간 인큐베이션	cfu/mL		표준 편차
항체 (100 ug/mL) 6시간 인큐베이션	NHS	HI 혈청	NHS	HI 혈청
PBS	3.5E+05	4.3E+05	1.2E+05	2.2E+05
hIgG1/ 대조군 (REGN4440)	2.5E+05	3.5E+05	1.4E+05	9.0E+04
항-단백질 A hIgG1/ (H1xH15140P)	8.5E+03	4.8E+05	2.2E+03	1.2E+05
항-IsdB hIgG1/ (H1xH20295P2)	6.0E+03	3.8E+05	1.5E+03	2.0E+05
항-IsdB hIgG1 (H1H20295P2)	2.8E+05	4.3E+05	8.0E+04	9.0E+04

예 6: S. 아우레우스 파종성 감염 모델에서 hIgG1 및 hIgG1*/* 형식의 항-IsdB 항체 시험

S. 아우레우스는 신장에서 높은 수준의 박테리아 복제를 가지고 복강내 주사될 때 마우스에서 파종성 감염을 유발한다. Wang 및 Lee, 2016, Murine Models of Bacteremia and Surgical Wound Infection for the Evaluation of Staphylococcus aureus Vaccine Candidates, Methods Mol Biol, 1403: 409-18 참조. 이 실험에서, S. 아우레우스 감염 후 1일차에 투여될 때 신장 부담을 감소시키는 능력에 대해 hIgG1 및 hIgG1*/* 형식의 항-IsdB 항체를 시험하였다.

본 발명의 항-IsdB H1xH20295P2 및 H1H20295P2*/* 항체를 파종성 감염 모델에서 S. 아우레우스 Newman에 대한 치료 효능에 대해 평가하였다. 간략하게, S. 아우레우스 Newman의 배양물을 TSB에서 밤새 성장시키고, 계대배양하고, 중간 대수기(mid-logarithmic phase)까지 성장시켰다 (OD600=1). 그런 다음, 배양물을 PBS에서 2회 세척하고, 3 (7.5x10⁸ cfu/mL)의 광학 밀도로 PBS에 재현탁시켰다. 200 uL의 박테리아 현탁액을 마우스에게 복강내 주사하였다. 감염 후 1일차에, 표시된 바와 같이, 100 uL를 피하 투여한, PBS 중 5 mg/kg 또는 10 mg/kg의 단클론 항체로 마우스를 처치하였다. 감염 후 4일차까지 마우스의 체중 감소 및 신체 상태를 모니터링하였고, 이 시점에서 마우스를 안락사시켰다. 신장을 제거하고, PBS 중 0.1% Triton X100에 재현탁하고, C-max 해리 튜브를 사용하여 균질화하였다. 연속 희석을 통해 콜로니 형성 단위에 의해 박테리아를 계수하고 TSA 상에 도말하였다.

2개의 독립적인 실험의 결과가 표 10에 제시되어 있다. hIgG1*/* 형식의 항-IsdB 단클론 항체는 S. 아우레우스 신장 부담을 3-4 로그만큼 감소시킨 반면, 동일한 항체의 hIgG1 형식은 이소형 대조군과 비교하여 S. 아우레우스 부하를 감소시키는 데 효과가 없었다. 도 3을 또한 참조한다.

항체 처치한 마우스에서 S. 아우레우스 신장 부담

	실험 1 (5 mg/kg 단클론 항체)		실험 2 (10 mg/kg 단클론 항체)
항체	중앙 cfu/쌍 신장	표준 편차	중앙 cfu/쌍 신장	표준 편차
PBS 대조군	2.9E+08	1.5E+08	1.1E+08	1.9E+08
hIgG1 대조군 (REGN1932)	4.4E+07	1.7E+07	5.9E+07	4.0E+07
hIgG1/ 대조군 (REGN4440)	1.1E+08	1.1E+08	1.5E+07	1.2E+07
항-IsdB hIgG1 (H1H20295P2)	5.5E+07	4.2E+07	4.6E+07	2.2E+07
항-IsdB hIgG1/ (H1xH20295P2)	3.8E+04	1.3E+05	1.1E+03	1.0E+03

예 7: 정상 인간 혈청에서 hIgG1*/* 단클론 항체에 의한 S. 아우레우스 의 항체 유도 사멸

예 5에서 전술한 바와 같이, 본 실험에서의 항체를, 박테리아 보체 회피를 극복하고, MSSA 균주 Newman 및 MRSA 임상 단리물 N315 및 MW2를 포함하는, 몇몇 S. 아우레우스 균주의 항체-유도 혈청 사멸을 개시하는 능력에 대해 시험하였다. Kuroda, M. 등의 Whole genome sequencing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus. Lancet, 2001. 357(9264): p. 1225-40. Baba, T. 등의 Genome and virulence determinants of high virulence community-acquired MRSA. Lancet, 2002. 359(9320): p. 1819-27 참조.

항-단백질 A 및 IsdB hIgG1*/* 항체를 정상 인간 혈청에서 S. 아우레우스 Newman, N315 또는 MW2의 사멸을 촉진하는 이들의 능력에 대해 평가하였다. S. 아우레우스 배양물을 RPMI에서 밤새 성장시키고, PBS에서 세척하고, 1x10⁵ 콜로니 형성 단위 (CFU)/mL의 농도로 RPMI + 0.05% BSA에 재현탁시켰다. 정상 인간 혈청(NHS)을 37℃ 수조에서 해동한 다음 얼음 위에 두었다. 3회 반복으로, 100 uL의 S. 아우레우스 현탁액, S. 아우레우스 Newman, N315 또는 MW2를 각각 시험 항체와 혼합하고, 표시된 혈청 100 uL를 첨가하여 50% 혈청 및 100 ug/mL 단클론 항체의 최종 농도로 만들었다. 그런 다음, 시험 샘플을 37℃에서 6시간 동안 진탕하면서 (100 rpm) 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 100 ul의 응집 용리 완충액(PBS 1 ml당 200U 스트렙토키나제, 2 ug/mL RNase, 10 ug/mL DNase, 0.5% 사포닌이 보충된 PBS)을 샘플에 첨가하고, 격렬하게 볼텍싱하고 37℃에서 10분 동안 인큐베이션하였다. S. 아우레우스 생존을 연속 희석을 통해 콜로니 형성 단위에 의해 계수하고 TSA 상에 도말하였다.

데이터는 표 11에 나타나 있다. 대조군 항체, 항-IsdB hIgG1 및 항-단백질 A hIgG1 단클론 항체는 정상 인간 혈청에서 S. 아우레우스 균주의 생존에 영향을 미치지 않은 반면, 항-단백질 A hIgG1*/* 및 항-IsdB hIgG1*/* 단클론 항체 모두가 6시간에 걸쳐 사멸을 촉진하였다. 정상 인간 혈청에서 항-스타필로코쿠스 hIgG1*/* 단백질 A 및 IsdB 단클론 항체에 의한 항체 유도 사멸은 MSSA 균주 Newman 및 MRSA 임상 분리주 N315 및 MW2에 걸쳐 유사하였다. 도 4를 또한 참조한다.

항-IsdB 및 항-단백질 A 항체 처치에 의한 인간 혈청 내 S. 아우레우스 생존

항체 (100 ug/mL)	S. 아우레우스 Newman		S. 아우레우스 N315		S. 아우레우스 MW2
6시간 인큐베이션	cfu/mL	표준 편차	cfu/mL	표준 편차	cfu/mL	표준 편차
S. 아우레우스 + 혈청	2.75E+05	5.00E+04	6.50E+05	2.50E+04	6.25E+05	5.00E+04
hIgG1 대조군 (REGN1932)	1.75E+05	2.89E+04	8.75E+05	1.77E+05	5.75E+05	1.44E+04
hIgG1/ 대조군 (REGN4440)	1.50E+05	2.89E+04	8.25E+05	6.61E+04	7.25E+05	1.01E+05
항-IsdB hIgG1 (H1H20295P2)	1.75E+05	2.50E+04	4.75E+05	8.78E+04	5.75E+05	5.77E+04
항-IsdB hIgG1/ (H1xH20295P2)	6.25E+04	2.89E+03	4.75E+04	1.66E+04	6.25E+04	3.82E+03
항-단백질 A hIgG1 (REGN6410)	2.75E+05	7.64E+04	2.00E+05	5.00E+04	5.25E+05	0.00E+00
항-단백질 A hIgG1/ (H1xH15140P)	4.25E+04	6.29E+03	6.00E+04	9.01E+03	6.50E+04	1.88E+04

예 8: S. 아우레우스 파종성 감염 모델에서 항-IsdB 및 항-단백질 A hIgG1 및 hIgG1*/* 형식의 항체 시험

예 6에서 언급된 동일한 S. 아우레우스 파종성 감염 모델을 사용하여, 항-IsdB 및 항-단백질 A hIgG1 및 hIgG1*/* 형식의 항체 모두를 S. 아우레우스 감염 후 1일차에 투여될 때 신장 부담을 감소시키는 능력에 대해 시험하였다.

항-IsdB H1xH20295P2 (hIgG1*/*) 및 H1H20295P2 및 항-단백질 A H1xH15140P (hIgG1*/*) 및 REGN6410 (H1H15140P) 항체를 S. 아우레우스 Newman에 대한 치료 효능에 대해 평가하였다. S. 아우레우스 Newman의 배양물을 TSB에서 밤새 성장시키고, 계대배양하고, 중간 대수기로 성장시켰다 (OD600=1). 그런 다음, 배양물을 PBS에서 2회 세척하고, 3 (7.5x10⁸ cfu/mL)의 광학 밀도로 PBS에 재현탁시켰다. 200 uL의 박테리아 현탁액을 마우스에게 복강내 주사하였다. 감염 후 1일차에, 표시된 바와 같이, PBS 중 10 mg/kg의 단클론 항체로 100 uL 피하 투여로, 마우스를 처치하였다. 감염 후 4일차까지 마우스의 체중 감소 및 신체 상태를 모니터링하였고, 이 시점에서 마우스를 안락사시켰다. 신장을 제거하고, PBS 중 0.1% Triton X100에 재현탁하고, C-max 해리 튜브를 사용하여 균질화하였다. 연속 희석을 통해 콜로니 형성 단위에 의해 박테리아를 계수하고 TSA 상에 도말하였다.

결과는 표 12에 제시되어 있다. hIgG1*/* 형식의 항-IsdB 및 항-단백질 A 단클론 항체는 S. 아우레우스 신장 부담을 3-4 로그만큼 감소시킨 반면, 동일한 항체의 hIgG1 형식은 이소형 대조군과 비교하여 S. 아우레우스 부하를 감소시키는 데 효과적이지 않았다. 2개의 독립적인 실험으로부터의 결과를 제시하는 도 5를 또한 참조한다.

항체 처치한 마우스에서 S. 아우레우스 신장 부담

항체	중앙 cfu/쌍 신장	표준 편차
PBS	1.2E+08	1.7E+08
hIgG1/ 대조군 (REGN4440)	4.1E+07	1.3E+08
hIgG1 대조군 (REGN1932)	2.8E+07	1.2E+08
항-IsdB hIgG1 (H1H20295P2)	9.7E+06	9.9E+07
항-IsdB hIgG1/ (H1xH20295P2)	6.3E+04	1.2E+05
항-단백질 A hIgG1 (REG6410-H1H15140P)	2.5E+06	9.9E+07
항-단백질 A hIgG1/ (H1xH15140P)	1.4E+04	1.3E+05

예 9: 야생형 및 녹아웃 마우스를 사용한 파종성 감염 모델에서의 치료적 처치

인간 IgG1 항체는 보체 성분 C1q 및/또는 FcgR을 발현하는 면역 세포를 동원함으로써 효과기 기능을 통한 파괴에 대해 박테리아를 표식할 수 있다. Lu 등의 Beyond binding: antibody effector functions in infectious diseases. Nat Rev Immunol, 2018, 18(1): 46-61 참조. C1q는 고전적인 보체 경로를 개시하여 보체 수용체를 통한 식균작용, 용리 막 공격 복합체 형성, 및 선천 면역 세포의 추가 동원을 유도한다. C3은 활성에 필요한 보체 경로의 중요한 성분이다. Dobo 등의 Be on Target: Strategies of Targeting Alternative and Lectin Pathway Components in Complement-Mediated Diseases. Front Immunol, 2018, 9: 1851 참조. FcgR은 다양한 면역 세포에서 발현되며, hIgG1 Fc/FcgR 결합의 결과로 식균작용, 탈과립화, 세포성 세포독성 및 화학유인물질의 방출을 초래할 수 있다. 마우스 FcgRIII 및 FcgRIV는 효과기 기능에 중요한 역할을 하는 면역 세포의 활성화에 기여한다. Bruhns, P. 및 F. Jonsson, Mouse and human FcR effector functions. Immunol Rev, 2015, 268(1): 25-51 참조.

S. 아우레우스는 신장에서 높은 수준의 박테리아 복제를 가지며, 복강내 주사될 때 마우스에서 파종성 감염을 유발한다. 예 6 및 8에서 전술한 바와 같이, hIgG1*/* 형식 항-IsdB 및 단백질 A 단클론 항체는 S. 아우레우스 신장 부담을 감소시킬 수 있었던 반면, 동일한 항체의 hIgG1 형식은 효과가 없었다. 따라서, 활성은 가변 도메인을 통한 박테리아에 대한 Fab 결합에만 전적으로 의존하지 않았으므로, 단백질 A Fc 결합을 피함으로써, hIgG1*/* 항체는 효과기 기능을 촉진하는 능력을 획득한다.

또한, 예 5 및 7에 나타낸 바와 같이, hIgG1*/* 항-단백질 A 및 항-IsdB 단클론 항체는 정상 인간 혈청에서 스타필로코쿠스 사멸을 촉진하였다. 생체 내에서 hIgG1*/* 형식 단클론 항체의 효능을 위해 보체 또는 FcgR이 필요한지 여부를 조사하기 위해, 10 mg/kg 단클론 항체로 처치한 후 야생형, C3 결핍, 또는 FcgRIIb/FcgRIII/FcgRIV 녹아웃 마우스에서 S. 아우레우스 신장 부담을 평가하였다. 항생제 답토마이신은 박테리아 세포막을 직접적으로 파괴하고 효과기 기능을 필요로 하지 않기 때문에, 이 항생제를 대조군 치료 군으로 포함시켰다. Heidary 등의 Daptomycin. J Antimicrob Chemother, 2018, 73(1): 1-11 참조.

본원에 개시된 항-IsdB H1xH20295P2 및 항-단백질 A H1xH15140P 항체를, 보체 및 FcgR 결핍 마우스를 사용하여 파종성 감염 모델에서 S. 아우레우스 Newman에 대한 치료 효능에 대해 평가하였다. 보체 결핍 마우스는 마우스 C3 유전자를 LacZ 리포터로 직접 교체하여 생성하였다. C3^-/- 녹아웃 마우스를 C3^+/+ 한배새끼(littermate) 대조군과 비교하였다. FcgR 결핍 마우스의 경우, 마우스 Fcgr2, Fcgr3, Fcgr4 유전자를 네오마이신 내성 유전자로 직접 교체하여 FcgRIIb/FcgRIII/FcgRIV 녹아웃 마우스를 생성하였다. FcgRIIb/FcgRIII/FcgRIV 녹아웃 마우스를 75% C57BL/6 및 25% 129 균주의 혼합체인 백그라운드 매칭 야생형(VG) 마우스와 비교하였다.

감염시키기 위해, S. 아우레우스 Newman의 배양물을 TSB에서 밤새 성장시키고, 계대배양하고, 중간 대수기까지 성장시켰다 (OD600=1). 그런 다음, 배양물을 PBS로 2회 세척하고, WT 및 FcgRIIb/FcgRIII/FcgRIV 녹아웃 마우스의 감염을 위해 7.5x10⁸ cfu/mL로 PBS에 재현탁시키거나, C3^-/- 마우스의 감염을 위해 4.35x10⁸ cfu/mL로 재현탁시켰는데, 이는 이들이 감염에 더 취약하기 때문이다. 200 uL의 박테리아 현탁액을 마우스에게 복강내 주사하였다. 감염 후 1일차에, 100 uL PBS에 재현탁시킨 표시된 항체로 1회 처치하여 10 mg/kg의 피하 투여된 최종 투여량을 생성하였다. 감염 후 1일차에 시작하여 50 mg/kg의 답토마이신을 추가 마우스 군에 1일 1회 주사하였다. 감염 후 4일차까지 마우스의 체중 감소 및 신체 상태를 모니터링하였고, 이 시점에서 마우스를 안락사시켰다. 신장을 제거하고, PBS 중 0.1% Triton X100에 재현탁하고, C-max 해리 튜브를 사용하여 균질화하였다. 연속 희석을 통해 콜로니 형성 단위에 의해 박테리아를 계수하고 TSA 상에 도말하였다.

2개의 독립적인 실험의 결과가 표 13 및 표 14에 제시되어 있다(각각 도 6 및 도 7도 참조). 항-IsdB 및 항-단백질 A hIgG1*/* 단클론 항체는 야생형 마우스에서 S. 아우레우스 신장 부담을 3-4 로그만큼 감소시킨 반면, C3 결핍 마우스는 hIgG1*/* 대조군 및 미치료 군과 유사한 평균 신장 부담을 가졌는데, 이는 C3이 항체 효능에 필요함을 입증한다. 보체와 무관한 작용 기전을 갖는, 답토마이신은 C3 충분하고 부족한 백그라운드에서 동일하게 보호적이었다. 그러나, FcgRIIb/FcgRIII/FcgRIV에 대해 결핍된 마우스는 항-IsdB 및 항-단백질 A hIgG1*/* 단클론 항체에 의해 여전히 보호되었으며, 이는 이 FcgR 들이 활성에 필요하지 않음을 입증하였다. 이들 데이터는 항-단백질 A 및 항-IsdB hIgG1*/* 항체가 보체 활성을 필요로 하는 작용 기전을 통해 스타필로코쿠스 사멸을 촉진한다는 것을 시사한다.

보체 성분 C3이 항-IsdB 및 항-단백질 A hIgG1*/* 단클론 항체의 효능을 위해 요구된다

항체	C3^+/+ 한배새끼 대조군		C3^-/- 녹아웃
항체	중앙 cfu/쌍 신장	표준 편차	중앙 cfu/쌍 신장	표준 편차
PBS 대조군	4.7E+07	5.3E+07	4.2E+07	4.9E+07
hIgG1/ 대조군 (REGN4440)	3.8E+07	3.9E+07	7.5E+07	9.2E+07
항-IsdB hIgG1/ (H1xH20295P2)	1.9E+04	2.7E+04	3.5E+07	5.8E+07
항-단백질 A hIgG1/ (H1xH15140P)	1.4E+04	5.8E+04	1.4E+07	4.1E+07
답토마이신	2.8E+04	1.1E+05	1.3E+04	4.8E+04

저 친화도 FcgRIIb/FcgRIII/FcgRIV는 항-IsdB 및 항-단백질 A hIgG1*/* 단클론 항체의 효능을 위해 필요하지 않다

	야생형 VG 마우스 (75% C57BL/6, 25% 129)		FcγRIIb/FcγRIII/FcγRIV KO
항체	중앙 cfu/쌍 신장	표준 편차	중앙 cfu/쌍 신장	표준 편차
PBS 대조군	5.0E+07	1.9E+08	3.8E+07	8.6E+07
hIgG1/ 대조군 (REGN4440)	1.0E+07	4.2E+06	1.4E+07	4.4E+07
항-IsdB hIgG1/ (H1xH20295P2)	5.1E+03	2.8E+04	3.5E+04	3.2E+05
항-단백질 A hIgG1/ (H1xH15140P)	1.3E+05	3.1E+05	2.8E+04	2.6E+04

예 10: S. 슈딘테르메디우스 농피증의 개 모델에서 항-단백질 A hIgG1 및 hIgG1*/* 형식의 항체 시험

실험실 비글견에 S. 슈딘테르메디우스의 메티실린-감수성 균주를 접종한다. 1 mL의 약 10⁷, 10⁸, 10⁹ CFU/ml를 개 피부의 잘라서 테이프로 벗긴 구역 위에 국소 도포한 다음, 투여 직후 더마롤러(dermaroller)(마이크로니들 크기: 500 μm)로 처치할 것이다. 개에게 항-단백질 A hIgG1*/*, 항-단백질 A hIgG1, 또는 이소형 대조군(hIgG1*/* 대조군 REGN4440 L2)을 투여하고 매일 모니터링할 것이다. 의심 농포를 S. 슈딘테르메디우스를 위해 배양하고 세포학적 및 조직병리학적 방법에 의해 평가한다. 모든 3개의 박테리아 접종 부위에서 구진(papule) 및 농포(pustule) 평가를 24시간마다 진행한다. 세포내 구균을 갖는 호중구를 식별하기 위해 모든 피부 병변의 세포학적 샘플을 취할 것이다. 표재성 농피증과 일치하는, 병변내 구균 및 극세포해리성 각질세포를 가진 모든 각막하 호중구성 농포성 피부염을, 조직병리학을 통해 모니터링할 것이다. 감염이 스타필로코쿠스 슈딘테르메디우스의 접종 균주로부터 유래되었는지 여부를 확인하고 항체 처치의 효과를 결정하기 위해 모든 개의 농포로부터 단리물을 수득할 것이다. 결과를 수주의 휴약 기간 후 모든 개에서 복제할 것이다. B

umer 등, Establishing a canine superficial pyoderma model, Journal of Applied Microbiology, 2017, 122(2): 331-337 참조.

예 11. 추가 항-단백질 A 항체의 생성

추가적인 항-단백질 A 항체를 예 1에서 전술한 바와 같이 수득하였다. 항체 중쇄 불변 영역은 EU 위치 435에서 R(H435R)에 의한 H의 아미노산 치환, 또는 EU 위치 436에서 F(Y436F)에 의한 Y의 치환, 또는 H435R 및 Y436F의 치환을 갖는 인간 IgG1 Fc 영역이다. */* 돌연변이를 표 15에 제공된 완전한 인간 항-단백질 A 항체를 생성하는 데 사용된 발현 벡터 내에 도입하였다.

표 15은 본원에 제공된 선택된 항체의 중쇄 및 경쇄 가변 영역 및 CDR의 아미노산 서열 식별자를 제시한다. 상응하는 핵산 서열 식별자들은 표 16에 제시되어 있다. 표 17은 2개의 항-단백질 A 항체에 대한 전장 중쇄 및 경쇄 서열 식별자를 제공한다.

아미노산 서열 식별자

	서열번호
항체 명칭	HCVR	HCDR1	HCDR2	HCDR3	LCVR	LCDR1	LCDR2	LCDR3
H1xH15135P/	60	62	64	66	68	70	72	74
H1xH15120P/	80	82	84	86	88	90	72	93

핵산 서열 식별자

	서열번호
항체 명칭	HCVR	HCDR1	HCDR2	HCDR3	LCVR	LCDR1	LCDR2	LCDR3
H1xH15135P/	59	61	63	65	67	69	71	73
H1xH15120P/	79	81	83	85	87	89	91	92

H1xH15120P 및 H1xH15135P 돌연변이된 형태(*/*)에 대한 전장 중쇄 및 경쇄 서열에 대한 서열 식별자

	서열번호
항체 명칭	전장 중쇄		전장 경쇄
	핵산	아미노산	핵산	아미노산
H1xH15135P/	75	76	77	78
H1xH15120P/	94	95	96	97

예 12. 25℃ 및 37℃에서 측정된, 단백질 A에 결합하는 항-단백질 A 항체의 Biacore 결합 동역학

정제된 항-단백질 A 단클론 항체에 결합하는 단백질 A 시약의 평형 해리 상수(K_D)를, 실시간 표면 플라스몬 공명 기반 Biacore T200를 사용하여 결정하였다. 모든 결합 연구는 25℃ 및 37℃에서 10mM HEPES, 150mM NaCl, 3.4mM EDTA 및 0.05% v/v Tween-20, pH 7.4(HBS-EP) 실행 완충액에서 수행하였다. Biacore CM5 센서 칩 표면을 먼저 항-인간 Fc 단편 특이적 F(ab')2) 다클론 항체(Jackson 카탈로그 번호 109-006-008)를 사용한 아민 커플링에 의해 유도화시켜 항-단백질 A 단클론 항체를 포획하였다. HBS-EP 실행 완충액에서 준비한 상이한 농도의 단백질 A(Calbiochem, 539202-5MG;100nM - 0.39nM; 4배 연속 희석)를 사용하여 결합 연구를 수행하였다. 포획된 항-단백질 A 단클론 항체 표면 위로 단백질을 50μL/분의 유속으로 3.5분 동안 주입하면서, 단클론 항체에 결합된 단백질 A 시약의 해리를 HBS-EP 실행 완충액에서 10분 동안 모니터링하였다. 결합 속도(k _a ) 및 해리 속도(k _d )는 Scrubber 2.0c 곡선-피팅 소프트웨어를 사용해 질량 수송에 제한이 있는 1:1 결합 모델에 실시간 결합 센서그램을 피팅하여 결정하였다. 결합 해리 평형 상수 (K_D) 및 해리 반감기(t½)를 동역학 속도로부터 다음과 같이 계산하였다:

K _D (M) =

, 및 t½ (분) =

25℃ 및 37℃에서 본원에 제공된 항-단백질 A*/* 단클론 항체에 결합하는 단백질 A에 대한 동역학 결합 파라미터는 표 18 및 19에 나타나 있다. 표 18에 나타낸 바와 같이, 25℃에서, 항-단백질 A*/* 단클론 항체는 18 pM - 444 pM의 K_D 범위 값으로 단백질 A에 결합하였다. 표 19에 나타낸 바와 같이, 37℃에서, 항-단백질 A*/* 단클론 항체는 14.1 pM - 330 pM의 K_D 범위 값으로 단백질 A에 결합하였다.

25℃에서 항-단백질 A*/* 단클론 항체에 결합하는 단백질 A의 동역학 결합 파라미터.

	mAb 포획 레벨 (RU)	100nM Ag 결합 (RU)	k _a	k _d	K_D (M)	t½ (분)
포획된 mAb	mAb 포획 레벨 (RU)	100nM Ag 결합 (RU)	(1/Ms)	(1/s)	K_D (M)	t½ (분)
H1xH15120P/	146 ± 2.8	69	1.25E+06	2.24E-05	1.80E-11	514.7
H1xH15135P/	127 ± 0.4	53	1.06E+06	4.71E-04	4.44E-10	24.5

37℃에서 항-단백질 A*/* 단클론 항체에 결합하는 단백질 A의 동역학 결합 파라미터.

	mAb 포획 레벨 (RU)	100nM Ag 결합 (RU)	k _a	k _d	K_D (M)	t½ (분)
포획된 mAb	mAb 포획 레벨 (RU)	100nM Ag 결합 (RU)	(1/Ms)	(1/s)	K_D (M)	t½ (분)
H1xH15120P/	88 ± 4	40	1.84E+06	2.61E-05	1.41E-11	443.2
H1xH15135P/	50 ± 0.8	29	1.76E+06	5.82E-04	3.30E-10	19.8

예 13: 단백질 A의 존재 시 항체 결합 특이성을 평가하기 위한 S. 아우레우스 ELISA

S. 아우레우스는 병원균의 표면에서 단백질 A라고 불리는 IgG 결합 단백질을 발현한다. 단백질 A는 인간 IgG1, IgG2 및 IgG4 항체의 Fc 부분에 대해 높은 친화도를 갖는 IgG 결합 도메인의 4-5회 반복체를 함유한다. Loghem 등의 1982, staphylococcal Protein A and Human IgG subclasses and Allotypes, Scand. J. Immunol. 15: 275-278 참조. 인간 IgG3 항체는 아미노산 치환을 가지는데, 이는 단백질 A 결합을 크게 감소시킨다(H435R, Y436F, */*로 지칭됨). 항-단백질 A hIgG1*/* 단클론 항체는 CDR을 통한 단백질 A에 대해 특이성을 가져야 하며 Fc 변형을 통한 비특이적 Fc 구동 결합을 피해야 한다.

항-단백질 A hIgG1*/* 항체를 S. 아우레우스 Newman 야생형 균주에 대한 결합에 대해 평가하여 단백질 A의 존재 및 부재 시 항체 결합의 특이성을 특성화하였다. 밤새 S. 아우레우스 배양물을 TSB에서 성장시키고, PBS로 2회 세척하고, 그런 다음 OD=0.5에서 재현탁시켰다 (1.25x10⁸cfu/mL). 흑색 Nunc 미세역가 플레이트를 100 uL/웰의 S. 아우레우스 현탁액으로 코팅하고 4℃에서 밤새 인큐베이션하였다. 다음 날 아침, 플레이트를 Assay Dilutent 완충액 (ADB, PBS 중 1% BSA)로 3회 세척하고, 실온에서 200 uL의 블로킹 완충액(PBS 중 3% BSA + 0.5% Tween 20)으로 2시간 동안 차단하였다. 다음으로, 플레이트를 ADB로 3회 세척한 다음, 표시된 농도의 일차 항체와 함께 실온에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 이차 항체(염소 항-인간 HRP; Thermofisher)를 1:4000 희석으로 첨가하고 1시간 동안 인큐베이션한 후, 플레이트를 ADB로 3회 세척하였다. 피코 기질을 10분 동안 첨가하고 플레이트 판독기 (Victor 3) 상에서 플레이트를 판독하여 발광 신호를 측정하였다.

3개의 항-단백질 A hIgG1*/* 항체는 서브-nM EC₅₀을 가지고 S. 아우레우스 야생형 Newman에 결합된 반면, 이소형 대조군 hIgG1*/* 항체(항-CD28)는 최소의 결합을 가졌다. 표 20 참조. 이들 데이터는 항-단백질 A hIgG1*/* 항체가 항체 CDR을 통해 주로 결합하고, 비특이적 Fc 의존성 결합이 */* 잔기에 의한 hIgG1의 변형을 통해 제거된다는 것을 나타낸다.

항-단백질 A hIgG1*/* 형식 항체를 이용한 S. 아우레우스 결합 ELISA

항체	log[M]에서의 EC ₅₀ ELISA 결합
항체	*S. 아우레우스* Newman WT
H1xH15120P/	2.797E-10
H1xH15135P/	2.154E-10
H1xH15140P/	9.059E-11
이소형 대조군 (H1xH14186P2/)	비결합

예 14: S. 아우레우스 , S. 인테르메디우스 , 및 S. 슈딘테르메디우스 에 대한 항체 결합의 특이성을 평가하기 위한 ELISA

농피증은 스타필로코쿠스 인테르메디우스 및 슈딘테르메디우스에 의해 유발되하는 개 감염이다. S. 아우레우스와 마찬가지로, 이들 균주는 SpsQ 및 SpsP로 불리는 단백질 A 상동체인 1-2개의 IgG 결합 단백질을 발현한다(Balachandran 등의 2018, Expression and Function of Protein A in Staphylococcus pseudintermedius. Virulence, 9(1): 390-401; Abouelkhair 등의 2018, Characterization of Recombinant Wild-type and Nontoxigenic Protein A from Staphylococcus pseudintermedius. Virulence, 9(1): 1050-1061 참조). 서열 관련성으로 인해, 항체를 S. 인테르메디우스 및 S. 슈딘테르메디우스 균주에 대한 결합에 대해 평가하였다.

본 발명의 항-단백질 A hIgG1*/* 항체를, S. 아우레우스 Newman, 스타필로코쿠스 인테르메디우스 27369, MRSP 스타필로코쿠스 슈딘테르메디우스 88493 (메티실린 내성) 및 스타필로코쿠스 슈딘테르메디우스 AHDRCC 98200 균주에 대한 결합에 대해 평가하였다. S. 아우레우스 배양물을 RPMI에서 밤새 성장시키고, PBS로 2회 세척한 다음, OD=0.5로 재현탁하였다 (1.25x10⁸cfu/mL). 흑색 Nunc 미세역가 플레이트를 100 uL/웰의 스타필로코쿠스 현탁액으로 코팅하고 4℃에서 밤새 인큐베이션하였다. 다음 날 아침, 플레이트를 세척 완충액 (1% tween20 + PBS)으로 3회 세척하고, 실온에서 200 uL의 블로킹 완충액(PBS 중 3% BSA + 0.5% Tween 20)으로 2시간 동안 차단하였다. 다음으로, 플레이트를 세척 완충액으로 3회 세척한 다음, 표시된 농도의 일차 항체와 함께 실온에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 이차 항체(닭 항-인간 HRP)를 1:4000 희석으로 첨가하고 1시간 동안 인큐베이션한 후, 플레이트를 세척 완충액으로 3회 세척하였다. 피코 기질을 10분 동안 첨가하고 플레이트 판독기 (Spectromax) 상에서 플레이트를 판독하여 발광 신호를 측정하였다.

표 21에 나타낸 바와 같이, RPMI에서 성장한 스타필로코쿠스 아우레우스, 인테르메디우스, 및 슈딘테르메디우스 균주는 hIgG1 형식 이소형 대조군에 결합했지만, hIgG1 */* 형식의 동일한 이소형 대조군에는 약하게만 결합했으며, 이는 박테리아 표면에서 단백질 A와 유사한 특이성을 가진 IgG1 결합 단백질의 발현을 나타낸다. 2개의 항-단백질 A hIgG1*/* 단클론 항체, H1xH15120P 및 H1xH15135P는 시험된 스타필로코쿠스 아우레우스, 인테르메디우스, 및 슈딘테르메디우스 균주에 결합된 반면, H1xH15140P는 백그라운드 위의 신호를 가지고 S. 아우레우스 Newman 균주에만 결합하였다.

항-단백질 A hIgG1*/* 형식 항체를 이용한 스타필로코쿠스 결합 ELISA

	항체 [M]	H1xH15120P hIgG1/	H1xH15135P hIgG1/	H1xH15140P hIgG1/	REGN4440 hIgG1/ 이소형 대조군	REGN1932 hIgG1 이소형 대조군
S. 인테르메디우스 27369	3.09E-07	1.02E+05	5.09E+05	2.10E+04	1.11E+04	1.23E+05
	3.86E-08	8.64E+04	1.40E+05	8.31E+03	3.85E+03	3.48E+04
	4.82E-09	5.04E+04	2.43E+04	3.03E+03	2.49E+03	4.21E+04
	6.03E-10	2.82E+04	7.12E+03	3.34E+03	3.01E+03	5.30E+03
	7.54E-11	1.10E+04	3.38E+03	2.66E+03	2.51E+03	2.68E+03
	9.42E-12	3.46E+03	1.38E+03	1.52E+03	7.75E+02	1.61E+03
	1.18E-12	2.73E+03	2.58E+03	2.46E+03	2.21E+03	9.74E+03
	1.47E-13	1.04E+03	1.16E+03	1.51E+03	8.96E+02	2.53E+04
S. 슈딘테르메디우스 98200	3.09E-07	1.58E+05	7.15E+05	2.06E+04	1.52E+04	1.32E+05
	3.86E-08	1.48E+05	2.37E+05	6.68E+03	5.10E+03	3.64E+04
	4.82E-09	8.36E+04	3.90E+04	3.40E+03	2.41E+03	8.04E+03
	6.03E-10	3.92E+04	9.35E+03	4.89E+03	2.76E+03	4.77E+03
	7.54E-11	1.18E+04	7.63E+03	4.68E+03	2.24E+03	2.59E+03
	9.42E-12	4.24E+03	1.32E+04	2.48E+03	1.17E+03	1.46E+03
	1.18E-12	3.35E+03	5.96E+03	5.02E+03	2.17E+03	2.83E+03
	1.47E-13	2.97E+03	6.22E+03	3.94E+03	1.12E+03	1.48E+03
S. 슈딘테르메디우스 88493	3.09E-07	2.61E+04	4.84E+05	1.07E+04	1.47E+04	4.39E+04
	3.86E-08	1.33E+04	9.50E+04	6.36E+03	6.47E+03	1.45E+04
	4.82E-09	7.97E+03	1.72E+04	5.97E+03	7.36E+03	8.95E+03
	6.03E-10	7.51E+03	8.80E+03	1.00E+04	7.08E+03	1.10E+04
	7.54E-11	8.92E+03	6.40E+03	5.41E+03	6.37E+03	7.56E+03
	9.42E-12	3.88E+03	3.64E+03	4.27E+03	6.15E+03	7.98E+03
	1.18E-12	5.43E+03	5.91E+03	5.99E+03	6.71E+03	8.92E+03
	1.47E-13	4.35E+03	3.86E+03	3.47E+03	1.23E+04	8.19E+03
S. 아우레우스 Newman	3.09E-07	9.17E+05	1.15E+06	9.79E+05	3.88E+04	5.06E+05
	3.86E-08	8.15E+05	1.07E+06	8.38E+05	2.76E+04	4.34E+05
	4.82E-09	8.20E+05	1.02E+06	8.28E+05	1.94E+04	6.52E+05
	6.03E-10	7.43E+05	6.89E+05	6.47E+05	2.75E+04	5.09E+05
	7.54E-11	4.47E+05	2.41E+05	2.38E+05	2.44E+04	2.53E+05
	9.42E-12	1.18E+05	5.02E+04	6.05E+04	1.67E+04	7.25E+04
	1.18E-12	1.71E+05	4.23E+04	2.84E+04	1.71E+04	3.02E+04
	1.47E-13	2.72E+04	2.28E+04	2.20E+04	1.55E+04	1.86E+04

예 15: 유세포 측정법으로 나타낸 바와 같이, S. 아우레우스 에 대한 Fc 결합의 항-단백질 A hIgG1*/* 차단

3개의 예시적인 항-단백질 A hIgG1*/* 항체를, 형광 표지된 Fc 단편과 단백질 A를 발현하는 야생형 S. 아우레우스 간의 상호작용을 차단하는 능력에 대해 평가하였다. S. 아우레우스 야생형 및 단백질 A 결핍 (Δspa) 균주를 TSB에서 밤새 성장시키고, PBS로 2회 세척하고, PBS에서 1x10⁷ cfu/mL의 최종 농도로 희석시켰다. 이어서, 박테리아를 2% 파라포름알데히드로 실온에서 30분 동안 고정시킨 다음, PBS로 3회 세척하고, 블로킹 완충액(PBS 중 3% BSA)에 재현탁시키고, 실온에서 2시간 동안 인큐베이션하였다. 차단 후에, 박테리아를 1회 세척하고, PBS 중 1% BSA 중 10 ug/mL 또는 1 ug/mL로, 표시된 차단 항체 200 uL에 재현탁시키고, 37℃에서 30분 동안 인큐베이션하였다. 다음으로, 박테리아를 PBS로 3회 세척하고, Alexa-488 표지된 Fc 단편을 가지고 PBS 중 1% BSA에 5 ug/mL로 재현탁시키고, 37℃에서 30분 동안 인큐베이션하였다. 마지막으로, 박테리아를 PBS로 3회 세척하고, 200 uL의 최종 부피로 PBS에 재현탁하고, 형광 신호를 유세포 측정법(Guava Millipore Easycyte)을 통해 측정하였다.

alexa-488 표지된 IgG1 Fc 단편은 단백질 A를 발현하는 야생형 S. 아우레우스에 결합하였지만(기하평균 형광 신호 = 1850), 단백질 A 결핍 균주에 최소한으로만 결합하였는데(Δspa, 기하평균 형광 신호 = 12), 이는 박테리아에 대한 Fc 결합에 대한 단백질 A의 요건을 보여준다. 이들 대조군을 사용하여 항-단백질 A 항체로 10 ug/mL 및 1 ug/mL로 전처리한 야생형 S. 아우레우스의 Fc 결합 측정치를 정규화하였다. 표 22에 나타낸 바와 같이, H1xH15120P는 두 농도 모두에서 S. 아우레우스에 대한 Fc 결합의 >90%를 차단하였고, H1xH15140P는 두 농도 모두에서 Fc 결합의 >75%를 차단하였고, H1xH15135P는 두 농도 모두에서 S. 아우레우스에 대한 Fc 결합의 >60%를 차단하였다. 이들 데이터는 항-단백질 A hIgG1*/* 항체가 S. 아우레우스에 대한 Fc 결합을 차단할 수 있음을 입증한다.

S. 아우레우스 에 대한 Fc 결합의 항-단백질 A hIgG1*/* 차단

항체	Fc:S. 아우레우스 차단 활성 (%)
항체	10ug/mL	1ug/mL
S. 아우레우스 야생형 (항체 대조군 없음)	0	0
S. 아우레우스 Δspa (항체 대조군 없음)	100	100
이소형 대조군 (H1xH14186P2/)	-13	-5
H1xH15120P/-L1	99	90
H1xH15135P/-L1	66	62
H1xH15140P/-L1	97	78

예 16: S. 아우레우스 에 대한 VH3 유도 항체 결합의 항-단백질 A hIgG1*/* 차단

Fc 결합에 더하여, 단백질 A는 때때로 “대체 결합 부위”로 지칭되는 영역을 통해 IgG, IgM, IgA 및 IgE 항체의 Fab 영역에 결합하는 능력을 갖는다. Inganas, 1981, Comparison of mechanisms of interaction between protein A from Staphylococcus aureus and human monoclonal IgG, IgA and IgM in relation to the classical FC gamma and the alternative F(ab')2 epsilon protein A interactions. Scand J Immunol, 13(4): 343-52 참조. 후속하여, Fab 결합 활성이 VH3 계열 중쇄 가변 영역을 함유하는 항체로 제한되었음이 발견되었다. Sasso 등의 1989, Human IgM molecules that bind staphylococcal protein A contain VHIII H chains. J Immunol, 142(8): 2778-83 참조. VH3 계열 항체에 대한 결합을 통해, S. 아우레우스는 잠재적으로 유해한 결과를 갖는 면역 세포 상의 표면 수용체를 클러스터링할 수 있는데, 예를 들어, B 세포 수용체 클러스터링은 비특이적 B 세포 활성화를 초래하거나 IgE 클러스터링은 호염구의 활성화를 유도한다. Silverman, 1992, Human antibody responses to bacterial antigens: studies of a model conventional antigen and a proposed model B cell superantigen, Int Rev Immunol, 9(1): 57-78; Marone 등의 1987, Mechanism of activation of human basophils by Staphylococcus aureus Cowan 1. Infect Immun, 55(3): 803-9 참조. 단백질 A에 특이성을 갖는 단클론 항체는 VH3 항체의 Fab와 단백질 A를 발현하는 S. 아우레우스 간의 상호작용을 차단하고 비특이적 면역 세포 활성화를 방지할 가능성이 있을 수 있다.

형광 표지된 VH3 계통 항체 및 단백질 A를 발현하는 야생형 S. 아우레우스 간의 상호작용을 차단하는 능력에 대해 3개의 항-단백질 A hIgG1**/* 항체들을 평가하였다. 표지된 VH3 계통 항체(항-PD1 hIgG1*/* Fc**-488)는 */* 잔기(H435R, Y436F)를 함유하여, 단백질 A에 대한 Fc 유도 결합이 제거되었고 VH3 유도 결합만 남게 되었다. S. 아우레우스 야생형 및 단백질 A 결핍(Δspa) 균주를 TSB에서 밤새 성장시키고, PBS로 2회 세척하고, PBS에서 1x10⁷ cfu/mL의 최종 농도로 희석하였다. 그런 다음, 박테리아를 2% 파라포름알데히드로 30분 동안 고정시킨 다음, PBS로 3회 세척하고 차단 완충액 (PBS 중 3% BSA)에 재현탁하고 실온에서 2시간 동안 인큐베이션하였다. 차단 후, 박테리아를 PBS로 1회 세척하고, 표시된 차단 항체 200 uL에 PBS 중 1% BSA 중 10 ug/mL 또는 1 ug/mL로 재현탁하고, 37℃에서 30분 동안 인큐베이션하였다. 다음으로, 박테리아를 PBS로 3회 세척하고, Alexa-488 표지된 VH3 계통 hIgG1*/* 항체에 PBS 중 1% BSA에 5 ug/mL로 재현탁시키고, 37℃에서 30분 동안 인큐베이션하였다. 마지막으로, 박테리아를 PBS로 3회 세척하고, 200 uL의 최종 부피로 PBS에 재현탁하고, 형광 신호를 유세포 측정법(Guava Millipore Easycyte)을 통해 측정하였다.

alexa-488 표지된 VH3 hIgG1*/* 항체는 단백질 A를 발현하는 야생형 S. 아우레우스에 결합하였지만(기하평균 형광 신호 = 273), 단백질 A 결핍 균주에는 최소한으로만 결합하였는데(Δspa, 기하평균 형광 신호 = 10.5), 이는 박테리아에 대한 VH3 항체 결합에 대한 단백질 A의 필요성을 보여준다. 이들 대조군을 사용하여 항-단백질 A 항체로 10 ug/mL 및 1 ug/mL로 전처리한 야생형 S. 아우레우스의 VH3 항체 결합 측정치를 정규화하였다. 표 23에 나타낸 바와 같이, 3개의 항-단백질 A hIgG1*/* 항체는 두 항-단백질 A 농도 모두에서 S. 아우레우스에 대한 VH3 항체 결합의 >80%를 차단할 수 있었다. 이들 데이터는 항-단백질 A hIgG1*/* 항체가 S. 아우레우스에 대한 VH3 유도 결합을 차단할 수 있음을 입증하며, 이는 이들이 B 세포 초항원 활성 또는 호염구 탈과립화 같은, 유해한 면역 세포 수용체 클러스터링을 방지하는 데 사용될 수 있음을 시사한다.

S. 아우레우스 에 대한 VH3 유도 항체의 항-단백질 A hIgG*/* 차단

항체	VH3 항체:S. 아우레우스 차단 활성 (%)
항체	10ug/mL	1ug/mL
S. 아우레우스 야생형 (항체 대조군 없음)	0	0
S. 아우레우스 Δspa (항체 대조군 없음)	100	100
이소형 대조군 (H1xH14186P2/)	46.1	36.2
H1xH15120P/-L1	96.1	95.0
H1xH15135P/-L1	84.4	89.8
H1xH15140P/-L1	84.7	84.5

예 17. 보체 보존 혈청에서의 S. 아우레우스 생존 및 hIgG1*/* 항체에 의한 항체-유도 사멸

앞서 언급한 바와 같이, 개에서 농피증의 원인이 되는, S. 인테르메디우스 및 S. 슈딘테르메디우스는, 단백질 A 상동체인 1-2개의 IgG 결합 단백질을 발현하며, 이들 상동체는 SpsQ 및 SpsP로 지칭된다(Balachandrandran, M., D.A. Bemis, 및 S.A. Kania, Expression and function of protein A in Staphylococcus pseudintermedius. Virulence, 2018. 9(1): p. 390-401; Abouelkhair, M.A., D.A. Bemis, 및 S.A. Kania, Characterization of recombinant wild-type and nontoxigenic protein A from Staphylococcus pseudintermedius. Virulence, 2018. 9(1): p. 1050-1061 참조).

SpsQ, SpsP 및 단백질 A 간의 서열 관련성으로 인해, S. 인테르메디우스 및 S. 슈딘테르메디우스 균주에 결합할 수 있는, 본 발명의 항체(H1xH15120P)는 혈청 사멸을 유도하는 능력에 대해 평가하였다. 혈청 유도 사멸을 또 다른 항-단백질 A 단클론 항체인 H1xH15140P와 비교하였으며, 이는 S. 인테르메디우스 및 S. 슈딘테르메디우스 균주에 대한 결합이 부족하였으며 본 연구에서 대조군으로 사용되었다.

보다 구체적으로, 본 발명의 항-단백질 A hIgG1*/* 항체를 정상 인간 혈청 중 스타필로코쿠스 균주 S. 아우레우스 Newman, S. 인테르메디우스 27369 및 S. 슈딘테르메디우스 AHDRCC 98200의 사멸을 촉진하는 이들의 능력에 대해 평가하였다. 간략하게, 스타필로코쿠스의 배양물을 RPMI에서 밤새 성장시키고, PBS에서 세척하고, RPMI + 0.05% BSA에서 1x10⁵ 콜로니 형성 단위의 농도(CFU)/mL로 재현탁시켰다. 정상 인간 혈청(NHS)을 37℃ 수조에서 해동한 다음 얼음 위에 두었다. 3회 반복으로, 100 uL의 S. 아우레우스 현탁액을 시험 항체와 혼합하고, 정상 인간 혈청 100 uL를 첨가하여 50% 혈청 및 10 ug/mL, 30 ug/mL, 90 ug/mL 또는 270 ug/mL 단클론 항체의 최종 농도로 만들었다. 그런 다음, 시험 샘플을 37℃에서 16시간 동안 진탕하면서 (100 rpm) 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 100 ul의 응집 용리 완충액(PBS 1 ml당 200U 스트렙토키나제, 2 ug/mL RNase, 10 ug/mL DNase, 0.5% 사포닌이 보충된 PBS)을 샘플에 첨가하고, 격렬하게 볼텍싱하고 37℃에서 10분 동안 인큐베이션하였다. 스타필로코쿠스 생존은 연속 희석을 통해 콜로니 형성 단위에 의해 계수되고 TSA 상에 도말하였다.

대표적인 실험의 결과를 표 24에 나타냈다. 이소형 대조군 항체는 시험된 최고 농도(270 ug/ml)에서 S. 아우레우스, S. 인테르메디우스, 및 S. 슈딘테르메디우스 균주의 생존력에 최소한의 영향을 미쳤다. 항체 H1xH15140P*/* 및 H1xH15120P*/*는 인간 혈청에서 S. 아우레우스 Newman의 투여량 의존적 사멸을 유도하였다. H1xH15120P*/*는 (그러나 H1xH15140P*/*는 아님), 시험된 최고 농도(270 ug/mL)에서 S. 인테르메디우스 및 S. 슈딘테르메디우스의 90%를 초과하는 혈청 사멸을 유도하였다. 혈청 사멸을 유도하는 능력은 ELISA 결합 데이터와 상관 관계가 있으며, 여기서 H1xH15140P*/* 및 H1xH15120P*/* 모두가 S. 아우레우스 Newman에 결합하는 반면, H1xH15120P*/*는 (그러나 H1xH15140P*/*는 아님), S. 인테르메디우스 및 S. 슈딘테르메디우스에 잘 결합하지 않는다.

항-단백질 A*/* 단클론 항체 처치한 인간 혈청에서 S. 아우레우스 Newman, S. 슈딘테르메디우스 AHDRCC 98200 및 S. 인테르메디우스 27369의 항체 유도 사멸

		S. 인테르메디우스 27369		S. 슈딘테르메디우스 AHDRCC 98200		S. 아우레우스 Newman
	[mAb] ug/mL	중앙 cfu/mL	표준 편차	중앙 cfu/mL	표준 편차	중앙 cfu/mL	표준 편차
스타필로코쿠스 + 혈청	(-)	7.8E+06	5.0E+05	8.3E+06	1.8E+06	9.5E+06	1.3E+06
REGN4440 hIgG1/ 이소형 대조군	270	8.0E+06	9.0E+05	7.5E+06	6.6E+05	7.0E+06	1.8E+06
H1xH15140P/	10	6.0E+06	1.1E+06	7.3E+06	5.0E+05	4.3E+06	5.2E+05
	30	8.3E+06	8.8E+05	6.8E+06	1.2E+06	1.0E+06	9.0E+04
	90	8.5E+06	1.2E+06	6.8E+06	2.4E+06	6.0E+05	2.9E+04
	270	3.8E+06	2.0E+06	4.5E+06	1.3E+06	1.8E+05	2.9E+04
H1xH15120P/	10	9.0E+06	2.0E+06	5.8E+06	2.0E+06	9.0E+06	5.2E+05
	30	6.3E+06	1.2E+06	4.8E+06	1.9E+06	5.0E+06	1.0E+06
	90	5.3E+06	2.0E+06	2.3E+06	1.1E+06	3.5E+06	8.8E+05
	270	5.0E+05	1.3E+05	7.8E+05	5.0E+04	6.5E+05	1.8E+05

예 18. 예시적인 항-IsdA*/* 항체 및 항-IsdB*/* 항체의 중쇄 및 경쇄 가변 영역 아미노산 및 핵산 서열

표 25는 본원에 제공된 선택된 항체의 중쇄 및 경쇄 가변 영역 및 CDR의 아미노산 서열 식별자를 제시한다. 상응하는 핵산 서열 식별자들은 표 26에 제시되어 있다. 표 27은 */* 둘 다 중쇄 돌연변이를 갖는, 하나의 항-IsdA 항체 및 하나의 항-IsdB 항체에 대한 전장 중쇄 및 경쇄 서열 식별자를 제공한다.

아미노산 서열 식별자

	서열번호
항체 명칭	HCVR	HCDR1	HCDR2	HCDR3	LCVR	LCDR1	LCDR2	LCDR3
H1xH20207P/ (항-IsdA)	99	101	103	105	107	109	111	113
H1xH20286P/ (항-IsdB)	119	121	123	125	127	129	131	133

핵산 서열 식별자

	서열번호
항체 명칭	HCVR	HCDR1	HCDR2	HCDR3	LCVR	LCDR1	LCDR2	LCDR3
H1xH20207P/ (항-IsdA)	98	100	102	104	106	108	110	112
H1xH20286P/ (항-IsdB)	118	120	122	124	126	128	130	132

H1xH20207P(*/*) 및 H1xH20286P(*/*)에 대한 전장 중쇄 및 경쇄 서열에 대한 서열 식별자

	서열번호
항체 명칭	전장 중쇄		전장 경쇄
	핵산	아미노산	핵산	아미노산
H1xH20207P/ (항-IsdA)	114	115	116	117
H1xH20286P/ (항-IsdB)	134	135	136	137

본원에 제공된 항체는 면역글로불린 중쇄가 적어도 2개의 아미노산 치환: H435R 및 Y436F (EU 색인 넘버링에 의함)에 의해 변형되지 않은 모체 항-S. 아우레우스 IgG 항체와 상이한 한 임의의 이소형을 가질 수 있다. 2개의 아미노산 치환 H435R 및 Y436F를 갖는 IgG1의 돌연변이된 형태는 본 개시 전반에 걸쳐 */*로 지칭된다. 본원에 제공된 항-IsdA*/* 및 항-IsdB*/* 항체는 표 25 및 26에 제시된 바와 같은 가변 도메인 및 CDR 서열 및 서열번호 58에 따른 H435R 및 Y436F 돌연변이를 갖는 이소형 IgG1의 인간 Fc 도메인을 포함할 수 있다. 특정 응용 분야 또는 실험의 경우, Fc 도메인은 마우스 Fc 도메인일 수 있다. 당업자가 이해할 수 있듯이, 특정 Fc 이소형을 갖는 항체는 균등한 H435R 및 Y436F 돌연변이를 갖는 다른 Fc 이소형을 갖는 항체로 변환될 수 있지만(예를 들어, 마우스 IgG3 Fc를 갖는 항체는 인간 IgG1 */*을 갖는 항체 등으로 변환될 수 있지만), 어떤 경우에도, 표 25 및 표 26에 나타낸 수치 식별자에 의해 표시되는 가변 도메인(CDR 포함)은 동일하게 유지될 것이고, 결합 특성은 H435R 및 Y436F 돌연변이가 존재하는 만큼에서 Fc 도메인의 성질에 상관없이 동일하거나 실질적으로 유사할 것으로 예상된다.

예 19: 보체 보존 혈청에서의 S. 아우레우스 생존 및 hIgG1*/* 단클론 항체에 의한 항체-유도 사멸

예 5 및 7과 마찬가지로, 본 실험에서의 항체를, S. 아우레우스 보체 회피를 극복하고, S. 아우레우스 균주 MSSA Newman의 항체-유도 혈청 사멸을 개시하는 능력에 대해 시험하였다.

본원에 개시된 항-단백질 A, IsdA 및 IsdB hIgG1*/* 항체를 정상 인간 혈청에서 S. 아우레우스 Newman의 사멸을 촉진하는 이들의 능력에 대해 평가하였다. 요약하자면, S. 아우레우스 Newman의 배양물을 RPMI에서 밤새 성장시키고, PBS에서 세척하고, 1x10⁵ 콜로니 형성 단위의 농도(CFU)/mL로 RPMI + 0.05% BSA에 재현탁시켰다. 정상 인간 혈청 보체(NHS)를 37℃ 수조에서 해동한 다음 얼음 위에서 유지하였다. 3회 반복으로, 100 uL의 S. 아우레우스 현탁액을 시험 항체와 혼합하고, 100 uL의 표시된 혈청을 첨가하여 50% 혈청 및 200 ug/mL 단클론 항체의 최종 농도로 만들었다. 그런 다음, 시험 샘플을 37℃에서 16시간 동안 진탕(100 rpm)으로 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 100 uL의 응집 용리 완충액(PBS ml당 200U 스트렙토키나아제 및 0.5% 사포닌이 보충된 PBS)을 샘플에 첨가하고, 격렬하게 볼텍싱하고, 37℃에서 10분 동안 인큐베이션하였다. S. 아우레우스 생존을 연속 희석을 통해 콜로니 형성 단위에 의해 계수하고 TSA 상에 도말하였다.

대표적인 실험의 결과를 표 28 및 도 8에 나타냈다. hIgG1*/* 대조군 및 항-IsdB hIgG1 형식 단클론 항체는 NHS에서 S. 아우레우스 균주의 생존에 영향을 미치지 않았다. 그러나, 항-IsdB hIgG1*/* 단클론 항체 H1xH20295P2 및 H1xH20286P, 항-IsdA hIgG1*/* 단클론 항체 H1xH20207P, 및 항-단백질 A hIgG1*/* 단클론 항체 H1xH15140P는 16시간에 걸쳐 혈청 살균 활성을 나타냈으며, S. 아우레우스 생존율이 ~1-2 로그의 감소를 나타냈다.

항-IsdB, 항-IsdA, 및 항-단백질 A */* 항체 처치에 의한 인간 혈청에서의 S. 아우레우스 MSSA Newman 생존

항체 (200 ug/mL)	S. 아우레우스 Newman
16시간 인큐베이션	중앙 cfu/mL	표준 편차
S. 아우레우스 + 혈청	8.50E+06	9.46E+05
hIgG1/ 대조군 (REGN4440)	9.75E+06	8.78E+05
항-IsdB hIgG1 (H1H20295P2)	7.25E+06	6.29E+05
항-IsdB hIgG1/ (H1xH20295P2)	4.50E+05	1.01E+05
항-IsdB hIgG1/ (H1xH20286P)	8.25E+04	2.50E+04
항-IsdA hIgG1/ (H1xH20207P)	5.25E+04	9.01E+03
항-단백질 A hIgG1/ (H1xH15140P)	1.25E+05	1.46E+05

예 20: S. 아우레우스 파종성 감염 모델에서 항-IsdB 및 항-단백질 A hIgG1 및 hIgG1*/* 형식의 항체 시험

예 6에서 언급된 동일한 S. 아우레우스 파종성 감염 모델을 사용하여, hIgG1*/* 형식 항-IsdB, IsdA 및 항-단백질 A 항체를 S. 아우레우스 Newman 감염 후 1일차에 투여될 때 신장 부담을 감소시키는 능력에 대해 시험하였다.

간략하게, S. 아우레우스 Newman의 배양물을 TSB에서 밤새 성장시키고, 계대배양하고, 중간 대수기까지 성장시켰다 (OD600=1). 그런 다음, 배양물을 PBS에서 2회 세척하고, 3 (7.5x10⁸ cfu/mL)의 광학 밀도로 PBS에 재현탁시켰다. C57BL/6 마우스에게 200 uL의 박테리아 현탁액을 복강내 주사하였다. 감염 후 1일차에, PBS 중 10 mg/kg의 표시된 단클론 항체로 마우스에 100 uL 피하 투여하였다. 감염 후 4일차까지 마우스의 체중 감소 및 신체 상태를 모니터링하였고, 이 시점에서 마우스를 안락사시켰다. 신장을 제거하고, PBS 중 0.1% Triton X100에 재현탁하고, C-max 해리 튜브를 사용하여 균질화하였다. 연속 희석을 통해 콜로니 형성 단위에 의해 박테리아를 계수하고 TSA 상에 도말하였다.

결과는 표 29 및 도 9에 제시되어 있다. hIgG1*/* 형식의 단클론 항체 H1xH20295P2, H1xH20286P, H1xH20207P, 및 H1xH15140P는 감염 후 1일차에 10 mg/kg으로 투여될 때 미치료 마우스에 비해 S. 아우레우스 신장 부담을 3-5 로그만큼 감소시켰다. hIgG1*/* 대조군 치료 군은 미치료 마우스와 신장 부담이 비슷하였다.

항체 처치한 마우스에서 S. 아우레우스 신장 부담

	중앙 cfu/쌍 신장	표준 편차
감염된 대조군 (PBS)	1.8E+08	3.6E+07
hIgG1/ 대조군 (REGN4440)	1.6E+08	1.1E+08
항-IsdB H1xH20295P2 hIgG1/	2.9E+04	1.8E+04
항-IsdB H1xH20286P hIgG1/	3.5E+03	1.6E+04
항-IsdA H1xH20207P hIgG1/	1.8E+04	1.5E+04
항-단백질 A H1xH15140P hIgG1/	4.4E+04	1.4E+05

예 21: 전혈 박테리아 생존 기능 검정에서 항-IsdA, 항-IsdB 및 항-단백질 A hIgG1*/* 항체 시험

S. 아우레우스 사멸을 유도하는 보체 및 면역 효과기 세포의 역할을 탐색하기 위해 생체 외 검정에서 인간 전혈 내 S. 아우레우스 생존율을 평가하였다. Thammavongsa 등의 Staphylococcus aureus synthesizes adenosine to escape host immune responses. J Exp Med. 2009 Oct 26; 206(11): 2417-27 참조. 전혈에서 S. 아우레우스 Newman의 항체 유도 사멸을 촉진하는, 항-스타필로코쿠스 hIgG1*/* 형식 단클론 항체, 항-IsdB, 항-IsdA 및 항-단백질 A 항체의 활성을 감염 후 4시간 시점에 평가하였다.

항응고제로서 구연산나트륨을 사용하여 5명의 독립적인 공여자로부터 신선한 혈액을 수득하였다. 또한, 실험 전에, 혈전 형성을 방지하기 위해 500 nM 다비가트란(dabigatran)을 추가로 첨가하였다. S. 아우레우스 Newman을 페놀-무 RPMI에서 밤새 성장시키고, PBS에서 세척하고, 1 x 10⁶ 콜로니 형성 단위(CFU)/mL의 농도로 PBS에 재현탁하였다. 박테리아 현탁액에서 항체를 1 mg/mL로 희석하여 박테리아와 항체의 100 uL 마스터 혼합물을 제조하였다. 3회 반복으로, 100 ug/mL의 항체 및 1 x 10⁴CFU의 최종 농도를 위해 10 uL 마스터 혼합물을 100 uL의 인간 전혈에 첨가하였다. 샘플을 4시간 동안 진탕(600 rpm)하면서 37^oC에서 1.5 mL 마이크로원심분리 튜브에서 인큐베이션하였다. 인큐베이션 후, 100 uL의 응집 용리 완충액(PBS 중 200 U 스트렙토키나아제 및 5% 사포닌이 보충된 PBS)을 샘플에 첨가하고, 격렬하게 볼텍싱하고, 37C에서 인큐베이션하고, 5분 동안 진탕시켰다. S. 아우레우스 생존을 연속 희석을 통해 콜로니 형성 단위에 의해 계수하고 TSA 상에 도말하였다.

5명의 독립적인 공여자로부터의 혈액으로 실험을 수행하였다. 각각의 공여자에 대해, 치료 군을 미치료 대조군으로 정규화하고, S. 아우레우스 생존 백분율로 표현하였다. 개별 데이터 포인트는 한 공여자로부터의 S. 아우레우스 생존 중앙값을 나타낸다.

5명의 독립적인 혈액 공여자의 결과가 도 10에 도시되어 있다. 이소형 대조군 hIgG1*/* 단클론 항체는 S. 아우레우스의 생존력에 영향을 미치지 않았지만, 항-단백질 A, 항-IsdA 및 항-IsdB hIgG1*/* 단클론 항체는 인간 혈액에서 S. 아우레우스의 항체 의존적 사멸을 유도하였다.

본 발명은 본원에 기술된 특정 실시예에 의해 그 범위가 제한되지 않는다. 실제로, 본원에 기술된 것들 외에, 본 발명의 다양한 변형은 전술된 설명 및 첨부된 도면으로부터 당업자에게 명백해질 것이다. 이러한 변형은 첨부된 청구범위의 범위 이내에 포함되는 것으로 의도된다.

SEQUENCE LISTING <110> Regeneron Pharmaceuticals, Inc. ZUMSTEG, Anna KYRATSOUS, Christos PRASAD, Brinda COPPI, Alida <120> ANTI-STAPHYLOCOCCUS ANTIBODIES AND USES THEREOF <130> 10495WO01 <140> TBD <141> 2019-11-20 <150> 62/770,608 <151> 2018-11-21 <150> 62/822,029 <151> 2019-03-21 <150> 62/865,436 <151> 2019-06-24 <160> 137 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 369 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic <400> 1 gaagtgcagc tggtggagtc tgggggaggc ttggtacagc ctggcaggtc cctgagagtc 60 tcttgtgcag cctctggatt cacctttgat gattatgcca tgcactgggt ccggcaaatt 120 ccagggaagg gcctggagtg ggtctcaggt attagatgga atagtgacac tataggctat 180 gcggactctg tgaagggccg attcaccatt tccagagaca acgccaagaa ttttctatat 240 ctacaaatga acagtctgag aactgaagac acggccttat attactgtgt caaagatatg 300 agggttcggg gaattataat gtacggtatg gacgtctggg gccaagggac cacggtcacc 360 gtctcctca 369 <210> 2 <211> 123 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic <400> 2 Glu Val Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Leu Val Gln Pro Gly Arg 1 5 10 15 Ser Leu Arg Val Ser Cys Ala 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Leu Thr Val Asp Lys Ser 405 410 415 Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met His Glu Ala 420 425 430 Leu His Asn Arg Phe Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser Pro Gly Lys 435 440 445 <210> 136 <211> 645 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic <400> 136 gacatccaga tgacccagtc tccatcctcc ctgtctgcat ctgtaggaga cagaatcacc 60 atcacttgcc aggcgagtca ggacattagt aatcgtttaa attggtatca gcagaaaaca 120 gggagagccc ctaagctcct gatctacgat gcatccaatt tggaaacagg ggtcccatca 180 aggttcagtg gcagtggatc tgggacagat tttactttca ccatcagcaa cctgcagcct 240 gaagatatta caacatatta ctgtcaacat tataataata tcccgtacac ttttggccag 300 gggaccaagc tggagatcaa acgaactgtg gctgcaccat ctgtcttcat cttcccgcca 360 tctgatgagc agttgaaatc tggaactgcc tctgttgtgt gcctgctgaa taacttctat 420 cccagagagg ccaaagtaca gtggaaggtg gataacgccc tccaatcggg taactcccag 480 gagagtgtca cagagcagga cagcaaggac agcacctaca gcctcagcag caccctgacg 540 ctgagcaaag cagactacga gaaacacaaa gtctacgcct gcgaagtcac ccatcagggc 600 ctgagctcgc ccgtcacaaa gagcttcaac aggggagagt gttag 645 <210> 137 <211> 214 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> synthetic <400> 137 Asp Ile Gln Met Thr Gln Ser Pro Ser Ser Leu Ser Ala Ser Val Gly 1 5 10 15 Asp Arg Ile Thr Ile Thr Cys Gln Ala Ser Gln Asp Ile Ser Asn Arg 20 25 30 Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Thr Gly Arg Ala Pro Lys Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr Asp Ala Ser Asn Leu Glu Thr Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Phe Thr Ile Ser Asn Leu Gln Pro 65 70 75 80 Glu Asp Ile Thr Thr Tyr Tyr Cys Gln His Tyr Asn Asn Ile Pro Tyr 85 90 95 Thr Phe Gly Gln Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys Arg Thr Val Ala Ala 100 105 110 Pro Ser Val Phe Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln Leu Lys Ser Gly 115 120 125 Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr Pro Arg Glu Ala 130 135 140 Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser Gly Asn Ser Gln 145 150 155 160 Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr Tyr Ser Leu Ser 165 170 175 Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys His Lys Val Tyr 180 185 190 Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro Val Thr Lys Ser 195 200 205 Phe Asn Arg Gly Glu Cys 210

Claims

스타필로코쿠스 아우레우스 (S. 아우레우스) 항원에 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로서, 상기 항체는 하기 특성 중 하나 이상을 갖는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편:
(a) 단백질 A 및/또는 SpsQ에 대한 약독화된 Fc 결합을 가지고;
(b) hIgG1 Fc에 H435R 및 Y436F 돌연변이를 (EU 지수 번호 매김) 포함하고; 그리고
(c) 서열번호 58의 hIgG1 중쇄를 포함함.
제1항에 있어서, 상기 항체는 완전한 인간 단클론 항체 또는 개화 항체인, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 항체는 IsdA, IsdB, IsdC, IsdE, IsdH, 단백질 A, ClfA, ClfB, CP5, CP8, SdrC, SdrD, SdrE, FnBpA, FnBpB, Cna, 다당류 폴리-N-아세틸글루코사민 (PNAG), 및 SasG로 이루어진 군으로부터 선택된 S. 아우레우스 항원에 특이적으로 결합하는 가변 도메인을 포함하는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
제1항에 있어서, 상기 항체는 S. 아우레우스 단백질 A에 특이적으로 결합하고 하기 특성 중 하나 이상을 갖는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편:
(a) 표면 플라스몬 공명 검정에서 측정시, 10^-9 미만의 해리 상수(K_D)를 나타내고;
(b) 10^-9 미만의 EC₅₀으로 S. 아우레우스 Newman WT에 결합하고;
(c) S. 아우레우스의 보체 의존적 사멸을 나타내고;
(d) S. 아우레우스, S. 인테르메디우스, 및/또는 S. 슈딘테르메디우스와 교차 반응하고;
(e) 단백질 A를 발현하는 S. 아우레우스와 VH3 항체의 Fab 간의 상호작용을 완화시키고;
(f) 파종성 감염 모델에서 미치료 마우스와 비교하여, S. 아우레우스 신장 부담을 3-5 로그만큼 감소시키고;
(g) 인간 혈액에서 S. 아우레우스의 항체 의존적 사멸을 나타내고;
(h) 서열번호 18, 60, 및 80로 이루어진 군으로부터 선택된 중쇄 가변 영역(HCVR) 내에 함유된 3개의 중쇄 상보성 결정 영역(CDR)(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3)을 포함하고; 그리고
(i) 서열번호 26, 68, 및 88로 이루어진 군으로부터 선택된 경쇄 가변 영역(LCVR) 내에 함유된 3개의 경쇄 CDR(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3)을 포함함.
제1항에 있어서, 상기 항체는 S. 아우레우스 IsdA에 특이적으로 결합하고 하기 특성 중 하나 이상을 갖는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편:
(a) 표면 플라스몬 공명 검정에서 측정시, 10^-8 미만의 해리 상수(K_D)를 나타내고;
(b) 파종성 감염 모델에서 미치료 마우스와 비교하여, S. 아우레우스 신장 부담을 3-5 로그만큼 감소시키고;
(c) 인간 혈액에서 S. 아우레우스의 항체 의존적 사멸을 나타내고;
(d) 서열번호 2 및 99로 이루어진 군으로부터 선택된 HCVR 내에 함유된 3개의 중쇄 CDR(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3)을 포함하고; 그리고
(e) 서열번호 10 및 107로 이루어진 군으로부터 선택된 LCVR 내에 함유된 3개의 경쇄 CDR(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3)을 포함함.
제1항에 있어서, 상기 항체는 S. 아우레우스 IsdB에 특이적으로 결합하고 하기 특성 중 하나 이상을 갖는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편:
(a) 10^-10 미만의 EC₅₀으로 S. 아우레우스 Newman WT에 결합하고;
(b) 치료된 마우스에서 S. 아우레우스 신장 부담을 약 1000배만큼 감소시키고;
(c) S. 아우레우스의 보체 의존적 사멸을 나타내고;
(d) 인간 혈액에서 S. 아우레우스의 항체 의존적 사멸을 나타내고;
(e) 서열번호 34 및 119로 이루어진 군으로부터 선택된 HCVR 내에 함유된 3개의 중쇄 CDR(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3)을 포함하고;
(f) 서열번호 42 및 127로 이루어진 군으로부터 선택된 LCVR 내에 함유된 3개의 경쇄 CDR(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3)을 포함하고;
(g) 서열번호 54의 중쇄 서열을 포함하고; 그리고
(h) 서열번호 52의 경쇄 서열을 포함함.
S. 아우레우스 단백질 A에 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로서,
(a) 서열번호 18, 60 및 80으로 이루어진 군으로부터 선택된 중쇄 가변 영역(HCVR) 내에 함유된 3개의 중쇄 상보성 결정 영역(CDR)(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3); 및 서열번호 26, 68 및 88로 이루어진 군으로부터 선택된 경쇄 가변 영역(LCVR) 내에 함유된 3개의 경쇄 CDR(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3), 및
(b) 서열번호 58의 hIgG1 중쇄를 포함하는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
제7항에 있어서, 서열번호 20/22/24/28/30/32, 62/64/66/70/72/74, 및 82/84/86/90/72/93으로 이루어진 군으로부터 선택된 HCDR1/HCDR2/HCDR3/LCDR1/LCDR2/LCDR3 아미노산 서열 조합을 포함하는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
제7항 또는 제8항에 있어서, 상기 항체는 서열번호 18/26, 60/68 및 80/88으로 이루어진 군으로부터 선택된 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍을 포함하는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
S. 아우레우스 IsdA에 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로서,
(a) 서열번호 2 및 99로 이루어진 군으로부터 선택된 HCVR 내에 함유된 3개의 중쇄 CDR(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3); 및 서열번호 10 및 107로 이루어진 군으로부터 선택된 LCVR 내에 함유된 3개의 경쇄 CDR(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3), 및
(b) 서열번호 58의 hIgG1 중쇄를 포함하는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
제10항에 있어서, 서열번호 4/6/8/12/14/16 및 101/103/105/109/111/113로 이루어진 군으로부터 선택된 HCDR1/HCDR2/HCDR3/LCDR1/LCDR2/LCDR3 아미노산 서열 조합을 포함하는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
제10항 또는 제11항에 있어서, 상기 항체는 서열번호 2/10 및 99/107로 이루어진 군으로부터 선택된 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍을 포함하는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
S. 아우레우스 IsdB에 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로서,
(a) 서열번호 34 및 119로 이루어진 군으로부터 선택된 HCVR 내에 함유된 3개의 중쇄 CDR(HCDR1, HCDR2 및 HCDR3); 및 서열번호 42 및 127로 이루어진 군으로부터 선택된 LCVR 내에 함유된 3개의 경쇄 CDR(LCDR1, LCDR2 및 LCDR3), 및
(b) 서열번호 58의 hIgG1 중쇄를 포함하는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
제13항에 있어서, 서열번호 36/38/40/44/46/48 및 121/123/125/129/131/133으로 이루어진 군으로부터 선택된 HCDR1/HCDR2/HCDR3/LCDR1/LCDR2/LCDR3 아미노산 서열 조합을 포함하는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
제13항 또는 제14항에 있어서, 상기 항체는 서열번호 34/42 및 119/127로 이루어진 군으로부터 선택된 HCVR/LCVR 아미노산 서열 쌍을 포함하는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
제13항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체는 서열번호 54 및 135로 이루어진 군으로부터 선택된 중쇄를 포함하는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
제13항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체는 서열번호 52 및 137로 이루어진 군으로부터 선택된 경쇄를 포함하는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
제1항 내지 제17항 중 어느 한 항의 항체 및 약학적으로 허용 가능한 담체 또는 희석제를 포함하는 약학적 조성물.
제1항 내지 제17항 중 어느 한 항의 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 암호화하는 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하는 단리된 폴리뉴클레오티드 분자.
제19항의 폴리뉴클레오티드 서열을 포함하는 벡터.
제20항의 벡터를 발현하는 세포.
S. 아우레우스 감염, S. 아우레우스 감염에 의해 야기되는 병태, 또는 S. 아우레우스 감염의 적어도 하나의 증상을 예방, 치료 또는 완화하거나, S. 아우레우스 감염, S. 아우레우스 감염에 의해 야기되는 병태, S. 아우레우스 감염의 적어도 하나의 증상의 빈도 또는 중증도를 감소시키는 방법으로서, 상기 방법은 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항의 항체 또는 항원 결합 단편, 또는 제18항의 약학적 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
제22항에 있어서, 상기 S. 아우레우스 감염은 급성 또는 만성인, 방법.
제22항 또는 제23항에 있어서, S. 아우레우스 감염에 의해 야기되는 병태는 연조직염, 균혈증, 피부괴사, 눈꺼풀 감염, 안구 감염, 신생아 결막염, 골수염, 농가진, 종기, 열상 피부증후군, 식중독, 폐렴, 수술 감염, 화상 감염, 요로 감염, 수막염, 심내막염, 패혈증, 독성 쇼크 증후군, 화농성 관절염, 또는 인공 관절, 카테터, 또는 이식된 이물질의 감염인, 방법.
제22항 내지 제24항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 S. 아우레우스 감염의 적어도 하나의 증상은 가려움, 발적, 발진, 부종, 메스꺼움, 구토, 설사, 탈수, 저혈압, 발열, 착란, 근육통, 복통, 관절 부종, 및 관절 통증으로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
S. 아우레우스 감염을 예방하는 방법으로서, 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항의 항체 또는 이의 항원 결합 단편, 또는 제18항의 약학적 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에게 예방적으로 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
제26항에 있어서, 상기 대상체는 수술 환자이거나, 상해를 입었거나, 화상 피해자인, 방법.
제22항 내지 제26항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편, 또는 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 포함하는 약학적 조성물은 제2 치료제와 조합하여 투여되는, 방법.
제28항에 있어서, 제2 치료제는 항생제, 항염증 약물(예, 코르티코스테로이드 및 비스테로이드성 항염증 약물), 및 S. 아우레우스에 대한 상이한 항체로 이루어진 군으로부터 선택되는, 방법.
제29항에 있어서, 상기 제2 치료제는 상이한 항체이고 상기 항체는 항-알파 독소 항체인, 방법.
제29항에 있어서, 상기 제2 치료제는 페니실린, 옥사실린, 리팜핀, 플루클록사실린, 디클록사실린, 세파졸린, 세팔로틴, 세팔렉신, 나프실린, 클린다마이신, 린코마이신, 리네졸리드, 답토마이신, 에리트로마이신, 반코마이신, 겐타마이신, 독시사이클린, 및 트리메토프림-설파메톡사졸로 이루어진 군으로부터 선택된 항생제인, 방법.
제22항 내지 제31항 중 어느 한 항에 있어서, 상기 약학적 조성물은 피하, 정맥 내, 피 내, 근육 내, 비강 내, 국소 또는 경구로 투여되는, 방법.
카테터, 인공 관절, 또는 임의의 다른 이물질을 가진 대상체에서, S. 아우레우스 감염을 예방, 치료 또는 완화하거나, S. 아우레우스 감염의 빈도 또는 중증도를 감소시키는 방법으로서, 상기 방법은 제1항 내지 제17항 중 어느 한 항의 항체 또는 항원 결합 단편, 또는 제18항의 약학적 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
스타필로코쿠스 항원에 특이적으로 결합하는 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로서, 상기 항체는 단백질 A, SpsQ, 또는 상동성 단백질에 대한 약독화된 Fc 결합을 갖는, 단리된 항체 또는 이의 항원 결합 단편.
인간, 소, 개, 말, 고양이, 비-인간 영장류, 염소 및 토끼로 이루어진 군으로부터 선택된 대상체에서, 스타필로코쿠스 감염을 예방, 치료 또는 완화하거나, 스타필로코쿠스 감염의 빈도 또는 중증도를 감소시키는 방법으로서, 상기 방법은 제34항의 항체 또는 항원 결합 단편, 또는 제18항의 약학적 조성물을 이를 필요로 하는 대상체에 투여하는 단계를 포함하는, 방법.