KR20210007954A - 종양 미세환경의 특징을 이용한 키메라 수용체 t 세포 치료 - Google Patents

종양 미세환경의 특징을 이용한 키메라 수용체 t 세포 치료 Download PDF

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Abstract

본 개시내용은 유효 용량의 키메라 수용체 (예를 들어, CAR 또는 TCR) 유전자 변형된 T 세포 면역요법을 투여하는 것을 포함하는 악성종양을 치료하는 방법을 제공한다.　 본 개시내용의 일부 측면은 주입-전 종양 미세환경을 특징화하고 T 세포 면역요법의 유효 용량을 결정하는 방법에 관한 것이다.

Description

종양 미세환경의 특징을 이용한 키메라 수용체 T 세포 치료
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 2018년 4월 12일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 62/656,825; 2019년 4월 1일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 62/827,770; 및 2019년 4월 10일에 출원된 미국 특허 가출원 번호 62/831,946을 우선권 주장하며, 이들 각각은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
서열 목록
본 출원은 ASCII 포맷으로 전자적으로 제출되었고 그 전문이 본원에 참조로 포함되는 서열 목록을 함유한다.　 2019년 4월 11일에 생성된 상기 ASCII 카피는 K-1065_01_SL.txt로 명명되고, 크기가 8 킬로바이트이다.
인간 암은 그의 속성상, 유전적 또는 후성적 전환을 겪어 비정상적인 암 세포가 된 정상 세포로 구성된다.　 이로서, 암 세포는 정상 세포에 의해 발현되는 것과 구분되는 단백질 및 다른 항원을 발현하기 시작한다.　 이들 이상 종양 항원은 신체의 선천성 면역계에 의해 암 세포를 특이적으로 표적화하고 사멸시키는 데 사용될 수 있다.　 그러나, 암 세포는 면역 세포, 예컨대 T 및 B 림프구가 성공적으로 암 세포를 표적화하는 것을 막기 위해 다양한 메카니즘을 사용한다.
인간 T 세포 요법은 환자에서 암 세포를 표적화하고 사멸시키기 위해, 풍부화되거나 변형된 인간 T 세포에 의존한다.　 T 세포가 특정한 암 세포를 표적화하고 사멸시키는 능력을 증가시키기 위해, T 세포를 특정한 표적 암 세포로 지시하는 구축물을 발현하도록 T 세포를 조작하는 방법이 개발되었다.　 특정한 종양 항원과 상호작용할 수 있는 결합 도메인을 포함하는 키메라 항원 수용체 (CAR) 및 조작된 T 세포 수용체 (TCR)는 T 세포가 특정한 종양 항원을 발현하는 암 세포를 표적화하고 사멸시키는 것을 가능하게 한다.
개요
CAR T 세포 주입 전의 종양 미세환경 (TME) 특징은 임상 결과에 영향을 미칠 수 있다.　 본 개시내용은 TME의 면역-관련 유전자 발현 서명 및/또는 종양내 T 세포 밀도를 사용하여 TME를 평가하여 결과와 연관시키는 방법을 제공한다.
하기 기재된 측면 및 실시양태 각각은 문맥이 달리 명백하게 나타내지 않는 한 조합될 수 있다.
한 측면에서, 본 개시내용은 (a) 환자로부터의 종양 생검을 분석하여 종양 미세환경을 특징화하는 단계; 및 (b) 1종 이상의 키메라 수용체를 포함하는 유효 용량의 T 세포를 환자에게 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 유효 용량은 종양 미세환경의 특징을 사용하여 결정되는 것인, 환자에서 악성종양을 치료하는 방법을 제공한다.
일부 실시양태에서, 종양 미세환경은 유전자 발현 프로파일링을 사용하여 특징화된다.　 일부 실시양태에서, 종양 미세환경은 종양내 T 세포 밀도에 기초하여 특징화된다.　 일부 실시양태에서, 종양 미세환경은 유전자 발현 프로파일링 및 종양내 T 세포 밀도를 사용하여 특징화된다.
일부 실시양태에서, 유전자 발현 프로파일링은 지정된 유전자 패널의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 패널은 CD3G, STAT4, CD3E, CD3D, GZMK, GZMM, PRF1, CD8A, ICOS, CXCL10, STAT1, IL15, CCR2, CCL2, IRF1, TBX21, GZMA, CXCR3, GZMB, CD69, CXCL11 및 그의 조합을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 패널은 CTLA4, GZMH, CD8A, PDCD1, CD3G, IRF1, CX3CL1, TNFRSF9, CD3E, GZMA, CXCL10, TSLP, REN, GZMB, TNFRSF18, CCL2, GZMK, CXCL11, CD69, CD247, CCL5, STAT4, CD274, GNLY, ITGAE, LAG3, IL15, LTK, PRF1, CD3D, PF4, TBX21, ICOS, CXCL9, IFNG, VEGFA, STAT1, GZMM, CXCL13, CXCR3, CCR2, IL17A, PROM1 및 그의 조합을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 패널은 범 암 면역 프로파일링 패널(PanCancer Immune Profiling Panel)을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 CD3G, STAT4, CD3E, CD3D, GZMK, GZMM, PRF1, CD8A, ICOS, CXCL10, STAT1, IL15, CCR2, CCL2, IRF1, TBX21, GZMA, CXCR3, GZMB, CD69, CXCL11 및 그의 조합으로부터 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 CTLA4, GZMH, CD8A, PDCD1, CD3G, IRF1, CX3CL1, TNFRSF9, CD3E, GZMA, CXCL10, TSLP, REN, GZMB, TNFRSF18, CCL2, GZMK, CXCL11, CD69, CD247, CCL5, STAT4, CD274, GNLY, ITGAE, LAG3, IL15, LTK, PRF1, CD3D, PF4, TBX21, ICOS, CXCL9, IFNG, VEGFA, STAT1, GZMM, CXCL13, CXCR3, CCR2, IL17A, PROM1 및 그의 조합으로부터 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 범 암 면역 프로파일링 패널로부터 선택된 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 B 세포 마커의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, B 세포 마커는 BLK, CD19, CR2, MS4A1, TNFRSF17 및 그의 조합으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 방법은 T 세포 마커의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, T 세포 마커는 CD2, CD2E, CD3G, CD6 및 그의 조합으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 방법은 선천성 면역 반응과 연관된 유전자를 포함하는 지정된 유전자 패널의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 지정된 유전자 패널은 세포독성 세포, 수지상 세포, 대식세포, 과립구 및 그의 조합의 마커를 포함한다.
일부 실시양태에서, 지정된 유전자 패널은 CD8, BLC2 및 그의 조합으로부터 선택된 유전자를 포함한다.
일부 실시양태에서, 지정된 유전자 패널은 CCL12, CCL17 및 그의 조합으로부터 선택된 유전자를 포함한다.
일부 실시양태에서, 지정된 유전자 패널은 APOE, CCL7 및 그의 조합으로부터 선택된 유전자를 포함한다.
일부 실시양태에서, 지정된 유전자 패널은 CMA1, CSF3R 및 그의 조합으로부터 선택된 유전자를 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 CTLA4, CD3g, CD3e, CD27, SH2B2, ICOSL 및 그의 조합으로부터 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 CD27, SH2B2, ICOSLG, HLA-DQA1, HLA-DQB1, MAGEB2, PRAME, MAGEA1, IL22RA1, SSX1, CCL20, NEFL, C9, GZMM, KIR Act 하위군 2, HLA-DOB 및 그의 조합으로부터 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 CD27, SH2B2, ICOSLG 및 그의 조합으로부터 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 HLA-DQA1, HLA-DQB1, MAGEB2, PRAME, MAGEA1, IL22RA1, SSX1, CCL20, NEFL, C9, GZMM, KIR Act 하위군 2, HLA-DOB 및 그의 조합으로부터 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 예컨대 종양 생검의 면역조직화학적 염색에 의해 조직 미세환경에서의 T 세포 밀도 (즉, 종양내 T 세포 밀도)를 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 조직 미세환경에서의 CD3+ 및/또는 CD8+ T 세포 밀도를 결정하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 유전자 발현 프로파일에 기초하여 면역 점수를 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 종양내 T 세포 밀도에 기초하여 면역 점수를 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 면역 점수를 사용하여 CAR-T 세포의 총 용량을 조정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 CAR-T 세포 투여 전에 면역 점수를 증가시키기 위한 면역조정 화합물 또는 개입을 제공하는 것을 포함한다.
일부 실시양태에서, 유효 용량은 kg 체중당 적어도 1 x 106개 CAR-양성 생존 T 세포를 포함한다.
일부 실시양태에서, 키메라 수용체는 종양 항원을 표적화한다.　 일부 실시양태에서, 키메라 수용체는 종양-연관 표면 항원, 예컨대 5T4, 알파태아단백질 (AFP), B7-1 (CD80), B7-2 (CD86), BCMA, B-인간 융모성 고나도트로핀, CA-125, 암배아성 항원 (CEA), 암배아성 항원 (CEA), CD123, CD133, CD138, CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD25, CD30, CD33, CD34, CD4, CD40, CD44, CD56, CD8, CLL-1, c-Met, CMV-특이적 항원, CS-1, CSPG4, CTLA-4, DLL3, 디시알로강글리오시드 GD2, 관-상피 뮤신, EBV-특이적 항원, EGFR 변이체 III (EGFRvIII), ELF2M, 엔도글린, 에프린 B2, 표피 성장 인자 수용체 (EGFR), 상피 세포 부착 분자 (EpCAM), 상피 종양 항원, ErbB2 (HER2/neu), 섬유모세포 연관 단백질 (fap), FLT3, 폴레이트 결합 단백질, GD2, GD3, 신경교종-연관 항원, 글리코스핑고지질, gp36, HBV-특이적 항원, HCV-특이적 항원, HER1-HER2, HER2-HER3 조합, HERV-K, 고분자량-흑색종 연관 항원 (HMW-MAA), HIV-1 외피 당단백질 gp41, HPV-특이적 항원, 인간 텔로머라제 리버스 트랜스크립타제, IGFI 수용체, IGF-II, IL-11R알파, IL-13R-a2, 인플루엔자 바이러스-특이적 항원; CD38, 인슐린 성장 인자 (IGFl)-l, 장 카르복실 에스테라제, 카파 쇄, LAGA-la, 람다 쇄, 라사 바이러스-특이적 항원, 렉틴-반응성 AFP, 계통-특이적 또는 조직 특이적 항원 예컨대 CD3, MAGE, MAGE-A1, 주요 조직적합성 복합체 (MHC) 분자, 종양-특이적 펩티드 에피토프를 제시하는 주요 조직적합성 복합체 (MHC) 분자, M-CSF, 흑색종-연관 항원, 메소텔린, 메소텔린, MN-CA IX, MUC-1, mut hsp70-2, 돌연변이된 p53, 돌연변이된 p53, 돌연변이된 ras, 호중구 엘라스타제, NKG2D, Nkp30, NY-ESO-1, p53, PAP, 프로스타제, 전립선 특이적 항원 (PSA), 전립선-암종 종양 항원-1 (PCTA-1), 전립선-특이적 항원 단백질, STEAP1, STEAP2, PSMA, RAGE-1, ROR1, RU1, RU2 (AS), 표면 부착 분자, 서바이빙 및 텔로머라제, TAG-72, 피브로넥틴의 엑스트라 도메인 A (EDA) 및 엑스트라 도메인 B (EDB) 및 테나신-C의 Al 도메인 (TnC Al), 티로글로불린, 종양 기질 항원, 혈관 내피 성장 인자 수용체-2 (VEGFR2), 바이러스-특이적 표면 항원 예컨대 HIV-특이적 항원 (예컨대 HIV gpl20), 뿐만 아니라 이들 표면 마커의 임의의 유도체 또는 변이체로부터 선택된 종양 항원을 표적화한다.
일부 실시양태에서, 키메라 수용체는 CD19를 특이적으로 표적화한다.
일부 실시양태에서, 키메라 수용체는 키메라 항원 수용체 (CAR)이다.　 일부 실시양태에서, 키메라 수용체는 T 세포 수용체 (TCR)이다.
일부 실시양태에서, 악성종양은 고형 종양, 육종, 암종, 림프종, 다발성 골수종, 호지킨병, 비-호지킨 림프종 (NHL), 원발성 종격 대 B 세포 림프종 (PMBC), 미만성 대 B 세포 림프종 (DLBCL), 여포성 림프종 (FL), 형질전환된 여포성 림프종, 비장 변연부 림프종 (SMZL), 만성 또는 급성 백혈병, 급성 골수성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 급성 림프모구성 백혈병 (ALL) (비 T 세포 ALL 포함), 만성 림프구성 백혈병 (CLL), T-세포 림프종, 1종 이상의 B-세포 급성 림프성 백혈병 ("BALL"), T-세포 급성 림프성 백혈병 ("TALL"), 급성 림프성 백혈병 (ALL), 만성 골수 백혈병 (CML), B 세포 전림프구성 백혈병, 모구성 형질세포양 수지상 세포 신생물, 버킷 림프종, 미만성 대 B 세포 림프종, 여포성 림프종, 모발상 세포 백혈병, 소세포- 또는 대세포-여포성 림프종, 악성 림프증식성 상태, MALT 림프종, 외투 세포 림프종, 변연부 림프종, 골수이형성증 및 골수이형성 증후군, 형질모구성 림프종, 형질세포양 수지상 세포 신생물, 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 형질 세포 증식성 장애 (예를 들어, 무증상 골수종 (무증상 다발성 골수종 또는 무통성 골수종), 의미 불명의 모노클로날 감마글로불린병증 (MGUS), 형질세포종 (예를 들어, 형질 세포 이혼화증, 고립 골수종, 고립 형질세포종, 수질외 형질세포종 및 다발성 형질세포종), 전신 아밀로이드 경쇄 아밀로이드증, POEMS 증후군 (또한 크로우-푸카세(Crow-Fukase) 증후군, 다카츠키병 및 PEP 증후군으로도 공지됨) 또는 그의 조합이다.
일부 실시양태에서, 악성종양은 미만성 대 B-세포 림프종 (DLBCL), 원발성 종격 대 B-세포 림프종, 고등급 B-세포 림프종, 비-호지킨 림프종, 전이성 흑색종, 형질전환된 여포성 림프종, 여포성 림프종, 외투 세포 림프종 및 다발성 골수종이다.
일부 실시양태에서, 유효 용량은 환자가 치료에 반응할 가능성을 증가시키도록 최적화된다.
일부 실시양태에서, 종양 생검은 키메라 수용체 요법으로의 치료 전에 환자로부터 수득된다.
한 측면에서, 본 개시내용은 (a) 환자로부터의 종양 생검을 분석하여 유전자 발현 프로파일을 사용하여 종양 미세환경을 특징화하는 단계; (b) 유전자 발현 프로파일에 기초하여 면역 점수를 결정하는 단계; 및 (c) 면역 점수에 기초하여 환자가 키메라 수용체 치료에 반응할 것인지를 결정하는 단계를 포함하는, 환자가 키메라 수용체 치료에 반응할 것인지를 결정하는 방법을 포함한다.
한 측면에서, 본 개시내용은 (a) 환자로부터의 종양 생검을 분석하여 T 세포 (예를 들어, CD3+ 및/또는 CD8+ T 세포)의 종양내 밀도를 정량화함으로써 종양 미세환경을 특징화하는 단계; (b) 종양내 T 세포 밀도에 기초하여 면역 점수를 결정하는 단계; 및 (c) 면역 점수에 기초하여 환자가 키메라 수용체 치료에 반응할 것인지를 결정하는 단계를 포함하는, 환자가 키메라 수용체 치료에 반응할 것인지를 결정하는 방법을 포함한다.
한 측면에서, 본 개시내용은 (a) 키메라 수용체 치료 전에 환자로부터의 종양 생검을 분석하여 종양 미세환경을 특징화하는 단계; (b) 환자가 종양 미세환경의 특징에 기초하여 키메라 수용체 치료에 반응할 것인지를 결정하는 단계; 및 (c) 1종 이상의 키메라 수용체를 포함하는 유효 용량의 T 세포를 환자에게 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 유효 용량은 종양 미세환경의 특징을 사용하여 결정되는 것인, 환자에서 악성종양을 치료하는 방법을 제공한다.
일부 실시양태에서, 방법은 추가의 요법이 종양 미세환경의 특징을 사용하여 임상 효능을 개선시킬 것인지를 결정하는 것을 추가로 포함한다.　 일부 실시양태에서, 키메라 수용체 요법은 추가의 요법과 함께 투여된다.　 일부 실시양태에서, 추가의 요법은 키메라 수용체 요법과 조합하여 투여된다.　 일부 실시양태에서, 추가의 요법은 키메라 수용체 요법 전 또는 후에 투여된다.
일부 실시양태에서, 방법은 시토카인 요법을 투여하는 것을 추가로 포함한다.　 일부 실시양태에서, 시토카인 요법은 IL-2 또는 IL-15이다.
일부 실시양태에서, 방법은 자극 항체를 투여하는 것을 추가로 포함한다.　 일부 실시양태에서, 자극 항체는 항-41BB 또는 OX-40이다.
일부 실시양태에서, 방법은 체크포인트 차단 요법을 투여하는 것을 추가로 포함한다.　 일부 실시양태에서, 체크포인트 차단 요법은 CTLA4 또는 PD-1을 포함한다.
일부 실시양태에서, 방법은 선천성 면역 자극제를 투여하는 것을 추가로 포함한다.　 일부 실시양태에서, 선천성 면역 자극제는 TLR 또는 STING 효능제를 포함한다.
일부 실시양태에서, 유전자 발현 프로파일링은 증식성 마커, 염증성 마커, 면역 조정 마커, 이펙터, 및/또는 케모카인의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 IL-6, CRP, SAA, IL-5, 페리틴, IL-1Ra, IL-2Rα 및 그의 조합으로부터 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 GM-CSF, IFN-γ, IL-10 및 그의 조합으로부터 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 IL-8, IP-10, MCP-1 및 그의 조합으로부터 선택되는 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 그랜자임 B의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 CD3ε, CD28 및 CTLA4의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 MX1, ISG15 및 MYD88의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 CD19, CD79B 및 PAX5의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 PD-L1 및/또는 CD19의 발현 수준을 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 종양 생검은 CAR T 세포 요법으로의 치료 전에 수득된다.　 일부 실시양태에서, 종양 생검은 CAR T 세포 요법으로의 치료 후에 수득된다.　 일부 실시양태에서, 방법은 CAR T 세포 요법으로의 치료 전에 종양 생검을 수득하고, CAR T 세포 요법으로의 치료 후에 종양 생검을 수득하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 종양 생검은 CAR T 세포 요법으로의 치료 후 7일, 14일, 21일 또는 28일에 수득된다.
본 도면은 단지 예시 목적을 위한 것이며, 제한하기 위한 것은 아니다.
도 1은 키메라 항원 수용체 (CAR) 구축물 구성의 개략도를 보여준다.
도 2는 악시캅타진 실로류셀을 제공받는 환자의 ZUMA-1 임상 시험의 개략도를 나타낸다.　 AE, 유해 사건; axi-cel, 악시캅타진 실로류셀; CAR, 키메라 항원 수용체; CR, 완전 반응; CRS, 시토카인 방출 증후군; DLBCL, 미만성 대 B 세포 림프종; NE, 신경계 사건; ORR, 객관적 반응률; PMBCL, 원발성 종격 B 세포 림프종; TFL, 형질전환된 여포성 림프종.
도 3은 ZUMA-1 임상 시험 프로토콜의 개략도 및 대응 생검의 시기를 보여준다.
도 4는 종양 미세환경 내의 주요 면역 경로를 평가하기 위해 사용된 이뮤노사인® 임상 연구 검정 패널을 보여준다.
도 5a는 9개월의 최소 추적 동안 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel)로 치료된 25명의 환자 유래 샘플에 대해 수행된 임상 결과와 이뮤노사인®21 점수 사이의 연관성을 보여준다.　 후속적으로 1명의 환자는 12개월 추적 시에 "비반응자"에서 "반응자"로 전환하였다.　 도 5b는 고저 기준선 이뮤노사인®21 점수를 사용하여 axi-cel 치료에 반응한 환자의 비율을 보여준다.　 도 5c는 고저 기준선 이뮤노사인®21 점수를 사용하여 axi-cel 치료에 반응하지 않은 환자의 비율을 보여준다.　 고/저 이뮤노사인®21 점수 컷 오프를 샘플 중에서 관찰된 점수의 25번째 백분위수로서 정의하였다.　 도 5b 및 5c에서의 점무늬는 낮은 이뮤노사인®21 점수를 나타낸다.
도 6은 9개월의 최소 추적 동안 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel)로 치료된 25명의 환자 유래 샘플에 대해 수행된, 비반응자에 비한 반응자에서의 이뮤노사인®21 유전자의 발현의 차이를 보여준다.
도 7a-7c는 9개월의 최소 추적 동안 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel)로 치료된 25명의 환자 유래 샘플에 대해 수행된, 반응자 유래 종양에서 사전 지정된 43종의 면역 유전자 패널로부터 상승된 상위 3종의 면역 환경 유전자인 CTLA4 (도 7a), CD3γ (도 7b) 및 CD3ε (도 7c)의 연관성을 보여준다.
도 8a는 치료된 환자로부터의 샘플에 대해 수행된 임상 결과와 평균 백분위수 이뮤노스코어® 사이의 연관성을 보여준다.　 도 8b는 높은 기준선 이뮤노스코어®를 받은 환자들 사이에서 관찰된 임상 결과의 비율을 보여준다.　 도 8c는 낮은 기준선 이뮤노스코어®를 받은 환자들 사이에서 관찰된 임상 결과의 비율을 보여준다.　 고/저 이뮤노사인®21 점수 컷 오프를 샘플들 사이에서 관찰된 점수의 중앙값으로서 정의하였다.　 CR: 완전 반응; PR: 부분 반응; SD: 안정 질환; PD: 진행성 질환.
도 9a 및 9b는 치료된 환자 유래 기준선 생검 절편에서의 완전 반응자 및 완전 반응 이외의 반응을 나타낸 환자 사이에서 각각 CD3+ 세포 및 CD8+ 세포의 밀도를 보여준다.
도 10은 치료된 환자 유래 기준선 생검으로부터 평가된 바와 같은 이뮤노사인®21 점수와 이뮤노스코어® 사이의 상관관계를 플롯팅한다.
도 11은 TME에서의 T 세포 관련 유전자 (CD3ε, CD28 및 CTLA4), 선천성 면역 관련 유전자 (MX1, ISG15 및 MYD88) 및 B 세포 관련 유전자 (CD19, CD79B 및 PAX5)의 치료전 유전자 발현 분석 및 axi-cel 치료의 1년 추적 시의 임상 결과를 보여준다. CR: 완전 반응; PR: 부분 반응; SD: 안정 질환; PD: 진행성 질환.
도 12는 면역 억제 체크포인트 (PD-L1, CTLA4, LAG3, TNFRSF18, ICOS), IFN-관련 유전자 (IRF1, STAT1, STAT4, IFNγ) 및 케모카인 (CXCL9, CCL2, CCL5), 이펙터 (CD8A, GNLY, GZMA, GZMM, GZMB, GZMH) 및 증식성 마커 IL-15에서의 기준선과 비교한 상대 변화를 나타낸, CAR-T 치료 후 7-21일의 TME 유전자 발현의 배수 변화를 보여준다.
도 13a 및 13b는 IL-15 (도 13a) 및 PD-L1 (도 13b)에서의 차등 변화의 나노스트링(nanostring) 분석을 보여준다.　 Pre-Tx: 치료전; W1-2: 제1주-제2주; W4: 제4주.
상세한 설명
본 개시내용은 환자 생검의 종양 미세환경의 특징을 사용하여 환자에서 악성종양을 치료하는 방법에 관한 것이다.　 본 개시내용은 부분적으로 키메라 수용체 치료 전에 수득된 환자 생검의 종양 미세환경의 특징이 임상 결과를 예측하는 데 사용될 수 있다는 놀라운 발견에 기초한다.　 본원에 기재된 바와 같이, 키메라 수용체 치료 전의 종양 미세환경 프로파일은 키메라 수용체 (예를 들어, CAR 또는 TCR) T 세포 요법의 임상 결과에 영향을 미치는 유효 용량을 결정하는 데 사용될 수 있다.
정의
본 발명을 보다 쉽게 이해하기 위해, 특정 용어를 먼저 하기에 정의한다.　 하기 용어 및 다른 용어에 대한 추가의 정의는 본 명세서 전반에 제시되어 있다.
본 명세서 및 첨부된 청구범위에 사용된 단수 형태는 문맥이 달리 명백하게 지시하지 않는 한 복수 지시대상을 포함한다.
구체적으로 언급되거나 문맥으로부터 명백하지 않는 한, 본원에 사용된 용어 "또는"은 "또는"과 "및" 둘 다를 포함하고 포괄하는 것으로 이해된다.
본원에 사용된 용어 "및/또는"은 2개의 명시된 특색 또는 성분 각각을 함께 또는 따로 구체적으로 개시하는 것으로서 이해되어야 한다.　 따라서, 본원에서 "A 및/또는 B"와 같은 어구에서 사용된 용어 "및/또는"은 A 및 B; A 또는 B; A (단독); 및 B (단독)를 포함하는 것으로 의도된다.　 마찬가지로, "A, B 및/또는 C"와 같은 어구에 사용된 용어 "및/또는"은 각각의 하기 측면: A, B 및 C; A, B 또는 C; A 또는 C; A 또는 B; B 또는 C; A 및 C; A 및 B; B 및 C; A (단독); B (단독); 및 C (단독)를 포괄하는 것으로 의도된다.
본원에 사용된 용어 "예를 들어" 및 "즉"은 단지 예로서 사용되고, 제한하는 것으로 의도되지 않으며, 명세서에서 명시적으로 열거된 항목들만을 지칭하는 것으로 해석되지 않아야 한다.
용어 "이상", "적어도", "초과" 등, 예를 들어 "적어도 하나"는 언급된 값보다 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149 또는 150, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 2000, 3000, 4000, 5000개 또는 그 초과를 포함하나 이에 제한되지는 않는 것으로 이해된다.　 또한 임의의 더 큰 수 또는 그 사이의 분수도 포함된다.
반대로, 용어 "이하"는 언급된 값보다 적은 각각의 값을 포함한다.　 예를 들어, "100개 이하의 뉴클레오티드"는 100, 99, 98, 97, 96, 95, 94, 93, 92, 91, 90, 89, 88, 87, 86, 85, 84, 83, 82, 81, 80, 79, 78, 77, 76, 75, 74, 73, 72, 71, 70, 69, 68, 67, 66, 65, 64, 63, 62, 61, 60, 59, 58, 57, 56, 55, 54, 53, 52, 51, 50, 49, 48, 47, 46, 45, 44, 43, 42, 41, 40, 39, 38, 37, 36, 35, 34, 33, 32, 31, 30, 29, 28, 27, 26, 25, 24, 23, 22, 21, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 및 0개의 뉴클레오티드를 포함한다.　 또한 임의의 더 적은 수 또는 그 사이의 분수도 포함된다.
용어 "복수", "적어도 2개", "2개 이상", "적어도 두번째" 등은 적어도 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149 또는 150, 200, 300, 400, 500, 600, 700, 800, 900, 1000, 2000, 3000, 4000, 5000 또는 그 초과를 포함하나 이에 제한되지는 않는 것으로 이해된다.　 또한 임의의 더 큰 수 또는 그 사이의 분수도 포함된다.
명세서 전체에 걸쳐 단어 "포함하는" 또는 변형 예컨대 "포함한다" 또는 "포함하는"은 언급된 요소, 정수 또는 단계, 또는 요소들, 정수들 또는 단계들의 군을 포함하지만, 임의의 다른 요소, 정수 또는 단계, 또는 요소들, 정수들 또는 단계들의 군을 배제하지는 않는다는 것을 의미하는 것으로 이해될 것이다.　 측면이 어휘 "포함하는"을 사용하여 본원에 기재된 경우에, "로 이루어진" 및/또는 "로 본질적으로 이루어진"과 관련하여 기재된 다른 유사한 측면이 또한 제공되는 것으로 이해된다.
구체적으로 언급되거나 문맥으로부터 입증되지 않는 한, 본원에 사용된 용어 "약"은 관련 기술분야의 통상의 기술자에 의해 결정된 바와 같은 특정한 값 또는 조성에 대한 허용 오차 범위 내의 값 또는 조성을 지칭하며, 이는 부분적으로 값 또는 조성이 측정 또는 결정되는 방법, 즉 측정 시스템의 한계에 좌우될 것이다.　 예를 들어, "약" 또는 "대략"은 관련 기술분야에서의 실시에 따라 1 또는 1 초과의 표준 편차 내를 의미할 수 있다.　 "약" 또는 "대략"은 최대 10%의 범위 (즉, ±10%)를 의미할 수 있다.　 따라서, "약"은 언급된 값보다 10%, 9%, 8%, 7%, 6%, 5%, 4%, 3%, 2%, 1%, 0.5%, 0.1%, 0.05%, 0.01% 또는 0.001% 초과 또는 미만 내인 것으로 이해될 수 있다.　 예를 들어, 약 5 mg는 4.5 mg과 5.5 mg 사이의 임의의 양을 포함할 수 있다.　 또한, 특히 생물학적 시스템 또는 공정과 관련하여, 상기 용어는 값의 최대 한 자릿수 또는 최대 5배를 의미할 수 있다.　 특정한 값 또는 조성이 본 개시내용에서 제공되는 경우, 달리 언급되지 않는 한, "약" 또는 "대략"의 의미는 그러한 특정한 값 또는 조성에 대한 허용 오차 범위 내에 있는 것으로 가정되어야 한다.
본원에 기재된 임의의 농도 범위, 백분율 범위, 비 범위 또는 정수 범위는, 달리 나타내지 않는 한, 언급된 범위 내의 임의의 정수 값 및 적절한 경우에, 그의 분수 (예컨대 정수의 1/10 및 1/100)를 포함하는 것으로 이해되어야 한다.
본원에 사용된 단위, 접두어 및 기호는 시스템 인터내셔날 드 유니테스 (Systeme International de Unites) (SI) 허용 형태를 사용하여 나타내어진다.　 수치 범위는 그러한 범위를 규정하는 수를 포함한다.
달리 정의되지 않는 한, 본원에 사용된 모든 기술적 및 과학적 용어는 본 개시내용과 관련되는 기술분야의 통상의 기술자에 의해 통상적으로 이해되는 바와 동일한 의미를 갖는다.　 예컨대 문헌 [Juo, "The Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology", 2nd ed., (2001), CRC Press; "The Dictionary of Cell & Molecular Biology", 5th ed., (2013), Academic Press; 및 "The Oxford Dictionary Of Biochemistry And Molecular Biology", Cammack et al. eds., 2nd ed, (2006), Oxford University Press]은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 본 개시내용에 사용된 많은 용어에 대한 일반 사전을 제공한다.
"투여하는"은 관련 기술분야의 통상의 기술자에게 공지된 다양한 방법 및 전달 시스템 중 임의의 것을 사용하여 작용제를 대상체에게 물리적으로 도입하는 것을 지칭한다.　 본원에 개시된 제제에 대한 예시적인 투여 경로는 예를 들어 주사 또는 주입에 의한 정맥내, 근육내, 피하, 복막내, 척수 또는 다른 비경구 투여 경로를 포함한다.　 본원에 사용된 어구 "비경구 투여"는 통상적으로 주사에 의한, 경장 및 국소 투여 이외의 투여 방식을 의미하고, 비제한적으로, 정맥내, 근육내, 동맥내, 척수강내, 림프내, 병변내, 피막내, 안와내, 심장내, 피내, 복강내, 경기관, 피하, 각피하, 관절내, 피막하, 지주막하, 척수내, 경막외 및 흉골내 주사 및 주입, 뿐만 아니라 생체내 전기천공을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 제제는 비-비경구 경로를 통해, 예컨대 경구로 투여된다.　 다른 비-비경구 경로는 국소, 표피 또는 점막 투여 경로, 예를 들어 비강내로, 질로, 직장으로, 설하로 또는 국소로의 경로를 포함한다.　 또한, 투여는 예를 들어 1회, 복수회, 및/또는 1 이상의 연장된 기간에 걸쳐 수행될 수 있다.
용어 "항체" (Ab)는, 비제한적으로, 항원에 특이적으로 결합하는 당단백질 이뮤노글로불린을 포함한다.　 일반적으로, 항체는 디술피드 결합에 의해 상호연결된 적어도 2개의 중쇄 (H) 및 2개의 경쇄 (L), 또는 그의 항원-결합 분자를 포함할 수 있다.　 각 H 쇄는 중쇄 가변 영역 (본원에서 VH로서 약칭됨) 및 중쇄 불변 영역을 포함한다.　 중쇄 불변 영역은 3개의 불변 도메인인 CH1, CH2 및 CH3을 포함한다.　 각 경쇄는 경쇄 가변 영역 (본원에서 VL로서 약칭됨) 및 경쇄 불변 영역을 포함한다.　 경쇄 불변 영역은 하나의 불변 도메인인 CL을 포함한다.　 VH 및 VL 영역은 프레임워크 영역 (FR)으로 명명되는 보다 보존된 영역이 사이에 배치된, 상보성 결정 영역 (CDR)으로 명명되는 초가변 영역으로 추가로 세분될 수 있다.　 각각의 VH 및 VL은 아미노-말단에서 카르복시-말단으로 하기 순서로 배열된 3개의 CDR 및 4개의 FR을 포함한다: FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3 및 FR4. 중쇄 및 경쇄의 가변 영역은 항원과 상호작용하는 결합 도메인을 함유한다.　 Ab의 불변 영역은 면역계의 다양한 세포 (예를 들어, 이펙터 세포) 및 전통적 보체 시스템의 제1 성분 (C1q)을 포함한, 숙주 조직 또는 인자에 대한 이뮤노글로불린의 결합을 매개할 수 있다.
항체는 예를 들어 모노클로날 항체, 재조합적으로 생산된 항체, 단일특이적 항체, 다중특이적 항체 (이중특이적 항체 포함), 인간 항체, 조작된 항체, 인간화 항체, 키메라 항체, 이뮤노글로불린, 합성 항체, 2개의 중쇄 및 2개의 경쇄 분자를 포함하는 사량체 항체, 항체 경쇄 단량체, 항체 중쇄 단량체, 항체 경쇄 이량체, 항체 중쇄 이량체, 항체 경쇄-항체 중쇄 쌍, 인트라바디, 항체 융합체 (때때로 본원에서 "항체 접합체"로서 지칭됨), 이종접합체 항체, 단일 도메인 항체, 1가 항체, 단일 쇄 항체 또는 단일-쇄 Fv (scFv), 낙타화 항체, 아피바디, Fab 단편, F(ab')2 단편, 디술피드-연결된 Fv (sdFv), 항-이디오타입 (항-Id) 항체 (예를 들어 항-항-Id 항체 포함), 미니바디, 도메인 항체, 합성 항체 (때때로 본원에서 "항체 모방체"로서 지칭됨), 및 상기 중 임의의 것의 항원-결합 단편을 포함할 수 있다.　 일부 실시양태에서, 본원에 기재된 항체는 폴리클로날 항체 집단을 지칭한다.
"항원 결합 분자", "항원 결합 부분" 또는 "항체 단편"은 분자가 유래된 항체의 항원 결합 부분 (예를 들어, CDR)을 포함하는 임의의 분자를 지칭한다.　 항원 결합 분자는 항원 상보성 결정 영역 (CDR)을 포함할 수 있다.　 항체 단편의 예는 Fab, Fab', F(ab')2 및 Fv 단편, dAb, 선형 항체, scFv 항체 및 항원 결합 분자로 형성된 다중특이적 항체를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.　 펩티바디 (즉, 펩티드 결합 도메인을 포함하는 Fc 융합 분자)는 적합한 항원 결합 분자의 또 다른 예이다.　 일부 실시양태에서, 항원 결합 분자는 종양 세포 상의 항원에 결합한다.　 일부 실시양태에서, 항원 결합 분자는 과다증식성 질환에 수반되는 세포 상의 항원 또는 바이러스 또는 박테리아 항원에 결합한다.　 일부 실시양태에서, 항원 결합 분자는 CD19에 결합한다.　 추가 실시양태에서, 항원 결합 분자는 그의 상보성 결정 영역 (CDR) 중 1개 이상을 포함하는, 항원에 특이적으로 결합하는 항체 단편이다.　 추가 실시양태에서, 항원 결합 분자는 단일 쇄 가변 단편 (scFv)이다.　 일부 실시양태에서, 항원 결합 분자는 아비머를 포함하거나 또는 이로 이루어진다.
"항원"은 면역 반응을 촉발하거나 또는 항체 또는 항원 결합 분자가 결합할 수 있는 임의의 분자를 지칭한다.　 면역 반응은 항체 생산 또는 특정 면역학적-적격 세포의 활성화 또는 둘 다를 수반할 수 있다.　 관련 기술분야의 통상의 기술자는 실질적으로 모든 단백질 또는 펩티드를 포함하는 임의의 거대분자가 항원으로서의 역할을 할 수 있다는 것을 용이하게 이해할 것이다.　 항원은 내인성으로 발현될 수 있고, 즉 게놈 DNA에 의해 발현될 수 있거나 또는 재조합적으로 발현될 수 있다.　 항원은 특정 조직, 예컨대 암 세포에 특이적일 수 있거나 또는 광범위하게 발현될 수 있다.　 또한, 보다 큰 분자의 단편이 항원으로서 작용할 수 있다.　 일부 실시양태에서, 항원은 종양 항원이다.
용어 "중화"는 리간드에 결합하여 그러한 리간드의 생물학적 효과를 막거나 감소시키는 항원 결합 분자, scFv, 항체 또는 그의 단편을 지칭한다.　 일부 실시양태에서, 항원 결합 분자, scFv, 항체 또는 그의 단편은 리간드 상의 결합 부위를 직접 차단하거나 또는 달리 간접적 수단 (예컨대 리간드의 구조적 또는 에너지적 변경)을 통해 리간드의 결합 능력을 변경한다.　 일부 실시양태에서, 항원 결합 분자, scFv, 항체 또는 그의 단편은 그것이 결합하는 단백질이 생물학적 기능을 수행하는 것을 막는다.
용어 "자가"는 이후에 재-도입될 동일한 개체로부터 유래된 임의의 물질을 지칭한다.　 예를 들어, 본원에 기재된 조작된 자가 세포 요법 (eACT™) 방법은 환자로부터 림프구를 수집한 후, 이를 예를 들어 CAR 구축물을 발현하도록 조작하고, 이어서 이를 다시 동일한 환자에게 투여하는 것을 수반한다.
용어 "동종"은 한 개체로부터 유래되고 이어서 동일한 종의 또 다른 개체에 도입되는 임의의 물질, 예를 들어, 동종 T 세포 이식을 지칭한다.
용어 "형질도입" 및 "형질도입된"은 외래 DNA를 바이러스 벡터를 통해 세포 내로 도입하는 방법을 지칭한다 (문헌 [Jones et al., "Genetics: principles and analysis," Boston: Jones & Bartlett Publ. (1998)] 참조). 일부 실시양태에서, 벡터는 레트로바이러스 벡터, DNA 벡터, RNA 벡터, 아데노바이러스 벡터, 바큘로바이러스 벡터, 엡스타인 바르 바이러스 벡터, 파포바바이러스 벡터, 백시니아 바이러스 벡터, 단순 포진 바이러스 벡터, 아데노바이러스 연관 벡터, 렌티바이러스 벡터 또는 그의 임의의 조합이다.
"암"은 신체 내에서의 비정상 세포의 비제어된 성장을 특징으로 하는 다양한 질환의 광범위한 군을 지칭한다.　 조절되지 않는 세포 분열 및 성장은 이웃 조직을 침습하는 악성 종양의 형성을 야기하고, 또한 림프계 또는 혈류를 통해 신체의 원위 부분으로 전이될 수 있다.　 "암" 또는 "암 조직"은 종양을 포함할 수 있다.　 본원에 개시된 방법에 의해 치료될 수 있는 암의 예는 림프종, 백혈병, 골수종 및 다른 백혈구 악성종양을 포함한 면역계의 암을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.　 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 방법은, 예를 들어, 골암, 췌장암, 피부암, 두경부암, 피부 또는 안내 악성 흑색종, 자궁암, 난소암, 직장암, 항문부암, 위암, 고환암, 자궁암, 난관 암종, 자궁내막 암종, 자궁경부 암종, 질 암종, 외음부 암종, 다발성 골수종, 호지킨병, 비-호지킨 림프종 (NHL), 원발성 종격 대 B 세포 림프종 (PMBC), 미만성 대 B 세포 림프종 (DLBCL), 여포성 림프종 (FL), 형질전환된 여포성 림프종, 비장 변연부 림프종 (SMZL), 식도암, 소장암, 내분비계암, 갑상선암, 부갑상선암, 부신암, 연부 조직 육종, 요도암, 음경암, 만성 또는 급성 백혈병, 급성 골수성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 급성 림프모구성 백혈병 (ALL) (비 T 세포 ALL 포함), 만성 림프구성 백혈병 (CLL), 소아기 고형 종양, 림프구성 림프종, 방광암, 신장암 또는 요관암, 신우 암종, 중추 신경계 (CNS)의 신생물, 원발성 CNS 림프종, 종양 혈관신생, 척수축 종양, 뇌간 신경교종, 뇌하수체 선종, 카포시 육종, 표피양암, 편평 세포암, T-세포 림프종, 석면에 의해 유발된 것을 포함한 환경적으로 유발된 암, 다른 B 세포 악성종양 및 상기 암의 조합으로부터 유래된 종양의 종양 크기를 감소시키는 데 사용될 수 있다.　 일부 실시양태에서, 암은 다발성 골수종이다.　 특정한 암은 화학요법 또는 방사선 요법에 대해 반응성일 수 있거나 또는 암은 불응성일 수 있다.　 불응성 암은 외과적 개입으로 고칠 수 없는 암을 지칭하고, 암은 처음부터 화학요법 또는 방사선 요법에 대해 비반응적이거나 암이 시간 경과에 따라 비반응적이게 된다.
본원에 사용된 "항종양 효과"는 종양 부피의 감소, 종양 세포 수의 감소, 종양 세포 증식의 감소, 전이 수의 감소, 전체 또는 무진행 생존의 증가, 기대 수명의 증가 또는 종양과 연관된 다양한 생리학적 증상의 호전으로서 나타날 수 있는 생물학적 효과를 지칭한다.　 항종양 효과는 또한 종양 발생의 예방법, 예를 들어, 백신을 지칭할 수 있다.
본원에 사용된 "시토카인"은 특정 항원과의 접촉에 반응하여 한 세포가 방출하는 비-항체 단백질을 지칭하며, 여기서 시토카인은 제2 세포와 상호작용하여 제2 세포에서의 반응을 매개한다.　 본원에 사용된 "시토카인"은 세포간 매개체로서 또 다른 세포에 대해 작용하는, 하나의 세포 집단에 의해 방출되는 단백질을 지칭하는 것으로 의도된다.　 시토카인은 세포에 의해 내인성으로 발현될 수 있거나 또는 대상체에게 투여될 수 있다.　 시토카인은 대식세포, B 세포, T 세포 및 비만 세포를 포함하는 면역 세포에 의해 방출되어 면역 반응을 전파할 수 있다.　 시토카인은 수용자 세포에서 다양한 반응을 유도할 수 있다.　 시토카인은 항상성 시토카인, 케모카인, 염증유발성 시토카인, 이펙터 및 급성기 단백질을 포함할 수 있다.　 예를 들어, 인터류킨 (IL) 7 및 IL-15를 포함하는 항상성 시토카인은 면역 세포 생존 및 증식을 촉진하고, 염증유발성 시토카인은 염증 반응을 촉진할 수 있다.　 항상성 시토카인의 예는 IL-2, IL-4, IL-5, IL-7, IL-10, IL-12p40, IL-12p70, IL-15 및 인터페론 (IFN) 감마를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.　 염증유발성 시토카인의 예는 IL-1a, IL-1b, IL-6, IL-13, IL-17a, 종양 괴사 인자 (TNF)-알파, TNF-베타, 섬유모세포 성장 인자 (FGF) 2, 과립구 대식세포 콜로니-자극 인자 (GM-CSF), 가용성 세포간 부착 분자 1 (sICAM-1), 가용성 혈관 부착 분자 1 (sVCAM-1), 혈관 내피 성장 인자 (VEGF), VEGF-C, VEGF-D 및 태반 성장 인자 (PLGF)를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.　 이펙터의 예는 그랜자임 A, 그랜자임 B, 가용성 Fas 리간드 (sFasL), 및 퍼포린을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.　 급성기-단백질의 예는 C-반응성 단백질 (CRP) 및 혈청 아밀로이드 A (SAA)를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
"케모카인"은 세포 화학주성 또는 지향성 이동을 매개하는 시토카인 유형이다.　 케모카인의 예는 IL-8, IL-16, 에오탁신, 에오탁신-3, 대식세포-유래 케모카인 (MDC 또는 CCL22), 단핵구 화학주성 단백질 1 (MCP-1 또는 CCL2), MCP-4, 대식세포 염증 단백질 1α (MIP-1α, MIP-1a), MIP-1β (MIP-1b), 감마-유도된 단백질 10 (IP-10), 및 흉선 및 활성화 조절 케모카인 (TARC 또는 CCL17)을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
본원에 사용된 "키메라 수용체"는 특정한 분자를 인식할 수 있는 조작된 표면 발현된 분자를 지칭한다.　 특정한 종양 항원과 상호작용할 수 있는 결합 도메인을 포함하는 키메라 항원 수용체 (CAR) 및 조작된 T 세포 수용체 (TCR)는 T 세포가 특정한 종양 항원을 발현하는 암 세포를 표적화하고 사멸시키는 것을 가능하게 한다.
치료제, 예를 들어, 조작된 CAR T 세포의 "치료 유효량", "유효 용량", "유효량", 또는 "치료 유효 투여량"은 단독으로 또는 또 다른 치료제와 조합되어 사용될 때 대상체를 질환 발병으로부터 보호하거나 또는 질환 증상의 중증도에서의 감소, 질환 무증상 기간의 빈도 또는 지속기간의 증가 또는 질환 고통으로 인한 손상 또는 장애의 방지에 의해 입증되는 질환 퇴행을 촉진하는 임의의 양이다.　 질환 퇴행을 촉진하는 치료제의 능력은 숙련된 진료의에게 공지된 다양한 방법을 사용하여, 예컨대 임상 시험 동안 인간 대상체에서, 인간에서의 효능을 예측하는 동물 모델 시스템에서 또는 시험관내 검정에서 작용제의 활성을 검정함으로써 평가될 수 있다.
본원에 사용된 용어 "림프구"는 자연 킬러 (NK) 세포, T 세포 또는 B 세포를 포함한다.　 NK 세포는 선천성 면역계의 주요 성분을 대표하는 세포독성 (세포 독성) 림프구 유형이다.　 NK 세포는 종양 및 바이러스에 감염된 세포를 거부한다.　 이는 아폽토시스 또는 프로그램화된 세포 사멸의 프로세스를 통해 작동한다.　 이들은 세포를 사멸시키기 위해 활성화를 필요로 하지 않기 때문에 "자연 킬러"로 명명된다.　 T 세포는 세포-매개-면역 (어떠한 항체도 관여되지 않음)에서 주요 역할을 한다.　 그의 T 세포 수용체 (TCR)가 그들을 다른 림프구 유형으로부터 구별짓는다.　 면역계의 특수 기관인 흉선은 T 세포의 성숙을 주로 담당한다.　 6가지 유형의 T-세포, 즉 헬퍼 T-세포 (예를 들어, CD4+ 세포), 세포독성 T-세포 (또한 TC, 세포독성 T 림프구, CTL, T-킬러 세포, 세포용해 T 세포, CD8+ T 세포 또는 킬러 T 세포로도 공지됨), 기억 T 세포 ((i) 줄기 기억 TSCM 세포, 예컨대 나이브 세포는 CD45RO-, CCR7+, CD45RA+, CD62L+ (L-셀렉틴), CD27+, CD28+ 및 IL-7Rα+이지만, 또한 다량의 CD95, IL-2Rβ, CXCR3 및 LFA-1을 발현하고, 기억 세포 특유의 수많은 기능 속성을 나타냄; (ii) 중심 기억 TCM 세포는 L-셀렉틴 및 CCR7을 발현하고, IL-2를 분비하지만 IFNγ 또는 IL-4는 분비하지 않음, (iii) 그러나, 이펙터 기억 TEM 세포는 L-셀렉틴 또는 CCR7을 발현하지 않지만, 이펙터 시토카인, 예컨대 IFNγ 및 IL-4를 생성함), 조절 T 세포 (Treg, 억제자 T 세포 또는 CD4+CD25+ 조절 T 세포), 자연 킬러 T 세포 (NKT) 및 감마 델타 T 세포가 존재한다.　 다른 한편으로는, B-세포는 체액성 면역 (항체가 수반됨)에서 주요한 역할을 한다.　 이는 항체 및 항원을 생성하고, 항원-제시 세포 (APC)의 역할을 수행하고, 항원 상호작용에 의한 활성화 후에 기억 B-세포로 변한다.　 포유동물에서, 미성숙 B-세포는 그의 명칭이 유래되는 골수에서 형성된다.
용어 "유전자 조작된" 또는 "조작된"은 코딩 또는 비-코딩 영역 또는 그의 부분을 결실시키거나 또는 코딩 영역 또는 그의 부분을 삽입하는 것을 포함하나 이에 제한되지는 않는 세포의 게놈을 변형시키는 방법을 지칭한다.　 일부 실시양태에서, 변형되는 세포는 림프구, 예를 들어, T 세포이며, 이는 환자 또는 공여자로부터 수득될 수 있다.　 외인성 구축물, 예컨대 예를 들어, 키메라 항원 수용체 (CAR) 또는 T 세포 수용체 (TCR)를 발현하도록 세포가 변형될 수 있고, 이는 세포의 게놈 내로 혼입된다.
"면역 반응"은 면역계 세포 (예를 들어, T 림프구, B 림프구, 자연 킬러 (NK) 세포, 대식세포, 호산구, 비만 세포, 수지상 세포 및 호중구), 및 침입 병원체, 병원체에 감염된 세포 또는 조직, 암성 또는 다른 비정상적 세포 또는 자가면역 또는 병리학적 염증의 경우에는 정상 인간 세포 또는 조직을 선택적으로 표적화하고/거나, 이들과 결합하고/거나, 이들에 대해 손상을 입히고/거나, 이들을 파괴시키고/거나, 이들을 척추동물의 신체로부터 제거시켜 주는, 상기 세포 중 임의의 것 또는 간에 의해 생성된 가용성 거대분자 (Ab, 시토카인 및 보체 포함)의 작용을 지칭한다.
용어 "면역요법"은 면역 반응을 유도하거나, 증진시키거나, 억제하거나 또는 달리 변형시키는 것을 포함하는 방법에 의한, 질환을 앓고 있거나 또는 질환에 걸릴 위험이 있거나 또는 질환의 재발로 인해 고통받을 위험이 있는 대상체의 치료를 지칭한다.　 면역요법의 예는 T 세포 요법을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.　 T 세포 요법은 입양 T 세포 요법, 종양-침윤 림프구 (TIL) 면역요법, 자가 세포 요법, 조작된 자가 세포 요법 (eACT™), 및 동종 T 세포 이식을 포함할 수 있다.　 그러나, 관련 기술분야의 기술자는 본원에 개시된 조건화 방법이 임의의 이식된 T 세포 요법의 유효성을 증진시킬 것임을 인식할 것이다.　 T 세포 요법의 예는 미국 특허 공개 번호 2014/0154228 및 2002/0006409, 미국 특허 번호 7,741,465, 미국 특허 번호 6,319,494, 미국 특허 번호 5,728,388 및 국제 특허 출원 공개 번호 WO 2008/081035에 기재되어 있다.
면역요법의 T 세포는 관련 기술분야에 공지된 임의의 공급원으로부터 유래될 수 있다.　 예를 들어, T 세포는 조혈 줄기 세포 집단으로부터 시험관내 분화될 수 있거나 또는 T 세포는 대상체로부터 수득될 수 있다.　 T 세포는 예를 들어, 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC), 골수, 림프절 조직, 제대혈, 흉선 조직, 감염 부위로부터의 조직, 복수, 흉막 삼출, 비장 조직 및 종양으로부터 수득될 수 있다.　 또한, T 세포는 관련 기술분야에서 입수가능한 1종 이상의 T 세포주로부터 유래될 수 있다.　 T 세포는 또한 통상의 기술자에게 공지된 임의의 다수의 기술, 예컨대 피콜 (FICOLL)™ 분리 및/또는 분리반출술을 사용하여 대상체로부터 수집된 단위 혈액으로부터 수득될 수 있다.　 T 세포 요법을 위한 T 세포를 단리하는 추가의 방법은 미국 특허 공개 번호 2013/0287748에 개시되어 있으며, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
"eACT™"로 약칭될 수 있고 또한 입양 세포 전달로도 공지되어 있는 용어 "조작된 자가 세포 요법"은 환자 자신의 T 세포를 수집하고, 후속적으로 1종 이상의 특정 종양 세포 또는 악성종양의 세포 표면에서 발현된 1종 이상의 항원을 인식하고 표적화하도록 이를 유전자 변경하는 방법이다.　 T 세포는 예를 들어, 키메라 항원 수용체 (CAR)를 발현하도록 조작될 수 있다.　 CAR 양성 (+) T 세포는 적어도 1개의 공동자극 도메인 및 적어도 1개의 활성화 도메인을 포함하는 세포내 신호전달 부분에 연결된, 특정한 종양 항원에 대한 특이성을 갖는 세포외 단일 쇄 가변 단편 (scFv)을 발현하도록 조작된다.　 CAR scFv는 모든 정상 B 세포 및 달리 명시되지 않은 미만성 대 B-세포 림프종 (DLBCL), 원발성 종격 대 B-세포 림프종, 고등급 B-세포 림프종 및 여포성 림프종으로부터 발생한 DLBCL, NHL, CLL 및 비-T 세포 ALL을 포함하나 이에 제한되지는 않는 B 세포 악성종양을 포함한 B 세포 계통 내 세포에 의해 발현되는 막횡단 단백질인, 예를 들어, CD19를 표적화하도록 설계될 수 있다.　 예시적인 CAR T 세포 요법 및 구축물은 미국 특허 공개 번호 2013/0287748, 2014/0227237, 2014/0099309 및 2014/0050708에 기재되어 있고, 이들 참고문헌은 그 전문이 참조로 포함된다.
본원에 사용된 "환자"는 암 (예를 들어, 림프종 또는 백혈병)을 앓고 있는 임의의 인간을 포함한다.　 용어 "대상체" 및 "환자"는 본원에서 상호교환가능하게 사용된다.
본원에 사용된 용어 "시험관내 세포"는 생체외 배양된 임의의 세포를 지칭한다.　 특히, 시험관내 세포는 T 세포를 포함할 수 있다.
용어 "펩티드", "폴리펩티드" 및 "단백질"은 상호교환가능하게 사용되고, 펩티드 결합에 의해 공유 연결된 아미노산 잔기로 구성된 화합물을 지칭한다.　 단백질 또는 펩티드는 적어도 2개의 아미노산을 함유하고, 단백질 또는 펩티드 서열을 구성할 수 있는 아미노산의 최대 수에 대한 어떠한 제한도 존재하지 않는다.　 폴리펩티드는 펩티드 결합에 의해 서로 연결된 2개 이상의 아미노산을 포함하는 임의의 펩티드 또는 단백질을 포함한다.　 본원에 사용된 상기 용어는 통상적으로 관련 기술분야에서 예를 들어 펩티드, 올리고펩티드 및 올리고머로도 지칭되는 단쇄 및 일반적으로 관련 기술분야에서 다수의 유형이 존재하는 단백질로 지칭되는 보다 장쇄 둘 다를 지칭한다.　 "폴리펩티드"는 특히 예를 들어, 생물학적 활성 단편, 실질적으로 상동인 폴리펩티드, 올리고펩티드, 동종이량체, 이종이량체, 폴리펩티드의 변이체, 변형된 폴리펩티드, 유도체, 유사체, 융합 단백질을 포함한다.　 폴리펩티드는 천연 펩티드, 재조합 펩티드, 합성 펩티드 또는 그의 조합을 포함한다.
본원에 사용된 "자극"은 자극 분자와 그의 동족 리간드의 결합에 의해 유도되는 1차 반응을 지칭하며, 여기서 결합은 신호 전달 사건을 매개한다.　 "자극 분자"는 항원 제시 세포 상에 존재하는 동족 자극 리간드와 특이적으로 결합하는 T 세포 상의 분자, 예를 들어, T 세포 수용체 (TCR)/CD3 복합체이다.　 "자극 리간드"는 항원 제시 세포 (예를 들어, APC, 수지상 세포, B-세포 등) 상에 존재할 때 T 세포 상의 자극 분자와 특이적으로 결합함으로써, 활성화, 면역 반응의 개시, 증식 등을 포함하나 이에 제한되지는 않는 T 세포에 의한 1차 반응을 매개할 수 있는 리간드이다.　 자극 리간드는 항-CD3 항체, 펩티드가 로딩된 MHC 부류 I 분자, 초효능제 항-CD2 항체 및 초효능제 항-CD28 항체를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
본원에 사용된 "공동자극 신호"는 1차 신호, 예컨대 TCR/CD3 라이게이션과 조합되어, T 세포 반응, 예컨대 비제한적으로, 증식 및/또는 핵심 분자의 상향조절 또는 하향조절로 이어지는 신호를 지칭한다.
본원에 사용된 "공동자극 리간드"는 T 세포 상의 동족 공동-자극 분자에 특이적으로 결합하는 항원 제시 세포 상의 분자를 포함한다.　 공동자극 리간드의 결합은 증식, 활성화, 분화 등을 포함하나 이에 제한되지는 않는 T 세포 반응을 매개하는 신호를 제공한다.　 공동자극 리간드는 자극 분자에 의해, 예를 들어, T 세포 수용체 (TCR)/CD3 복합체와 펩티드가 로딩된 주요 조직적합성 복합체 (MHC) 분자의 결합에 의해 제공되는 1차 신호에 더하여 신호를 유도한다.　 공동자극 리간드는 3/TR6, 4-1BB 리간드, 톨 리간드 수용체에 결합하는 효능제 또는 항체, B7-1 (CD80), B7-2 (CD86), CD30 리간드, CD40, CD7, CD70, CD83, 포진 바이러스 진입 매개자 (HVEM), 인간 백혈구 항원 G (HLA-G), ILT4, 이뮤노글로불린-유사 전사체 (ILT) 3, 유도성 공동자극 리간드 (ICOS-L), 세포간 부착 분자 (ICAM), B7-H3과 특이적으로 결합하는 리간드, 림프독소 베타 수용체, MHC 부류 I 쇄-관련 단백질 A (MICA), MHC 부류 I 쇄-관련 단백질 B (MICB), OX40 리간드, PD-L2 또는 프로그램화된 사멸 (PD) L1을 포함할 수 있으나 이에 제한되지는 않는다.　 공동-자극 리간드는, 비제한적으로, T 세포 상에 존재하는 공동-자극 분자, 예컨대 비제한적으로 4-1BB, B7-H3, CD2, CD27, CD28, CD30, CD40, CD7, ICOS, CD83과 특이적으로 결합하는 리간드, 림프구 기능-연관 항원-1 (LFA-1), 자연 킬러 세포 수용체 C (NKG2C), OX40, PD-1 또는 종양 괴사 인자 슈퍼패밀리 구성원 14 (TNFSF14 또는 LIGHT)와 특이적으로 결합하는 항체를 포함한다.
"공동자극 분자"는 공동자극 리간드와 특이적으로 결합함으로써 T 세포에 의한 공동자극 반응, 예컨대 비제한적으로 증식을 매개하는 T 세포 상의 동족 결합 파트너이다.　 공동자극 분자는 비제한적으로 포함한다. "공동자극 분자"는 공동자극 리간드와 특이적으로 결합함으로써 T 세포에 의한 공동자극 반응, 예컨대 비제한적으로 증식을 매개하는 T 세포 상의 동족 결합 파트너이다.　 공동자극 분자는 4-1BB/CD137, B7-H3, BAFFR, BLAME (SLAMF8), BTLA, CD33, CD45, CD100 (SEMA4D), CD103, CD134, CD137, CD154, CD16, CD160 (BY55), CD18, CD19, CD19a, CD2, CD22, CD247, CD27, CD276 (B7-H3), CD28, CD29, CD3 (알파; 베타; 델타; 엡실론; 감마; 제타), CD30, CD37, CD4, CD4, CD40, CD49a, CD49D, CD49f, CD5, CD64, CD69, CD7, CD80, CD83 리간드, CD84, CD86, CD8알파, CD8베타, CD9, CD96 (Tactile), CDl-la, CDl-lb, CDl-lc, CDl-ld, CDS, CEACAM1, CRT AM, DAP-10, DNAM1 (CD226), Fc 감마 수용체, GADS, GITR, HVEM (LIGHTR), IA4, ICAM-1, ICAM-1, ICOS, Ig 알파 (CD79a), IL2R 베타, IL2R 감마, IL7R 알파, 인테그린, ITGA4, ITGA4, ITGA6, ITGAD, ITGAE, ITGAL, ITGAM, ITGAX, ITGB2, ITGB7, ITGBl, KIRDS2, LAT, LFA-1, LFA-1, LIGHT, LIGHT (종양 괴사 인자 슈퍼패밀리 구성원 14; TNFSF14), LTBR, Ly9 (CD229), 림프구 기능-연관된 항원-1 (LFA-1 (CDl la/CD18), MHC 부류 I 분자, NKG2C, NKG2D, NKp30, NKp44, NKp46, NKp80 (KLRF1), OX40, PAG/Cbp, PD-1, PSGL1, SELPLG (CD162), 신호전달 림프구 활성화 분자, SLAM (SLAMF1; CD150; IPO-3), SLAMF4 (CD244; 2B4), SLAMF6 (NTB-A; Lyl08), SLAMF7, SLP-76, TNF, TNFr, TNFR2, 톨 리간드 수용체, TRANCE/RANKL, VLA1 또는 VLA-6 또는 그의 단편, 말단절단물 또는 조합을 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
용어 "저하시키는" 및 "감소시키는"은 본원에서 상호교환가능하게 사용되고, 원래의 것보다 낮은 임의의 변화를 나타낸다.　 "저하시키는" 및 "감소시키는"은 상대적인 용어이며, 측정전과 측정후 사이의 비교를 필요로 한다.　 "저하시키는" 및 "감소시키는"은 완전한 고갈을 포함한다.
대상체의 "치료" 또는 "치료하는"은 증상, 합병증 또는 상태의 발병, 진행, 발달, 중증도 또는 재발 또는 질환과 연관된 생화학적 지표를 역전시키거나, 경감시키거나, 호전시키거나, 억제하거나, 느리게 하거나 또는 방지할 목적으로 대상체에게 수행되는 임의의 유형의 개입 또는 프로세스 또는 대상체에의 활성제의 투여를 지칭한다.　 일부 실시양태에서, "치료" 또는 "치료하는"은 부분 완화를 포함한다.　 또 다른 실시양태에서, "치료" 또는 "치료하는"은 완전 완화를 포함한다.
본 개시내용의 다양한 측면이 하기의 하위섹션에서 추가로 상세하게 기재된다.
종양 미세환경 (TME)의 특징화
본 개시내용은 키메라 수용체 요법 (예를 들어, 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel))으로의 치료 전에 유전자 발현 프로파일링 및/또는 종양내 T 세포 밀도 측정을 사용하여 TME를 특징화하는 방법을 제공한다.　 본원에 기재된 바와 같이, 사전-지정된 유전자 세트 (예를 들어, 이뮤노사인®21, 범 암) 및 면역 점수 (예를 들어, 이뮤노사인®21) 및/또는 종양내 T 세포 밀도 측정 또는 지수 (예를 들어, 이뮤노스코어®)를 이용한 TME 특징은 키메라 수용체 요법 (예를 들어, 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel))의 임상 결과와 연관된다.
환자 생검은 유전자 발현 프로파일링 (예를 들어, 나노스트링™을 사용한 디지털 유전자 발현)을 사용하여 종양 미세환경을 분석하기 위한 출발 물질로서 사용될 수 있다.　 일부 실시양태에서, 환자 생검은 키메라 수용체 요법 (예를 들어, 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel))으로의 치료 전에 수득된다.
생물정보학 방법은 TME를 특징화하기 위해 면역 점수 또는 점수들을 생성하는 데 사용될 수 있다.　 일부 실시양태에서, 면역 점수는 T 세포 세포독성, T 세포 분화, T 세포 유인, T 세포 부착을 포함한 적응성 면역 및 면역 순응, 혈관신생 억제, 면역 공동-억제 및 암 줄기 세포를 포함한 면역 억제에 관한 정보를 제공하는 면역 관련 유전자의 척도이다.　 생물정보학 방법은 또한 T 세포-특이적 (이펙터 T 세포, Th1) 유전자, 인터페론 경로-관련 유전자, 케모카인 및 면역 체크포인트를 포함할 수 있다.
발현 프로파일링 검정 (예를 들어, 이뮤노사인® 임상 연구 검정은 엔카운터(nCounter)®기술 (나노스트링)을 이용함)은 멀티플렉스 포맷으로 다수의 면역 유전자의 유전자 발현 수준을 측정하는 데 사용될 수 있다.　 일부 실시양태에서, 고/저 면역 점수 (예를 들어, 이뮤노사인®21 점수) 컷-오프는 샘플 중에서 관찰된 점수의 25번째 백분위수로서 정의될 수 있다.　 일부 실시양태에서, 높은 점수는 잠재적으로 종양 반응과 연관된 면역-관련 유전자의 발현을 나타낸다.
일부 실시양태에서, 면역 점수는 종양내 T 세포 밀도의 척도이다.　 종양내 T 세포 밀도는, 예를 들어 종양 미세환경에서 T 세포, 예컨대 CD3+ T 세포 및/또는 CD8+ T 세포를 검출 및 정량화함으로써 결정될 수 있다.　 예를 들어, 종양 생검은 절편화되고, 염색되거나, T 세포 마커, 예컨대 CD3 및/또는 CD8에 대해 표지될 수 있고, T 세포의 상대 또는 절대 풍부도는 병리학자에 의해 정량화되거나, 전용 디지털 병리학 소프트웨어를 사용하여 결정될 수 있다.　 일부 실시양태에서, 고/저 면역 점수 (예를 들어, 이뮤노스코어®)는 종양내 T 세포 밀도에 기초하여 할당된다.　 고/저 면역 점수 역치는, 예를 들어, 샘플들에서 관찰된 중앙값 점수로서 정의될 수 있다.　 일부 실시양태에서, 종양내 T 세포 밀도는 유동 세포측정법 및/또는 단백질-기반 검정, 예컨대 웨스턴 블롯팅 및 ELISA를 사용하여 결정된다.
발현 및 종양-침윤 T 림프구 분석 및 점수화를 사용하여 TME 특색과 반응 사이의 연관성을 검사할 수 있다.　 일부 실시양태에서, 객관적 반응 (OR)은 악성 림프종에 대한 개정된 IWG 반응 기준 (Cheson, 2007)에 따라 결정되고, 악성 림프종에 대한 IWG 반응 기준 (Cheson et al. Journal of Clinical Oncology 32, no. 27 (September 2014) 3059-3067)에 의해 결정된다.　 일부 실시양태에서, 반응 지속기간이 평가된다.　 일부 실시양태에서, 루가노 (Lugano) 반응 분류 기준에 따른 조사자 평가에 의해 무진행 생존 (PFS)이 평가된다.
키메라 항원 수용체 및 T 세포 수용체
키메라 항원 수용체 (CAR 또는 CAR-T)는 유전자 조작된 수용체이다.　 이들 조작된 수용체는 관련 기술분야에 공지된 기술에 따라 T 세포를 포함한 면역 세포 내로 용이하게 삽입될 수 있고, 그에 의해 발현될 수 있다.　 CAR에 의해, 단일 수용체는 특정 항원을 인식하고, 뿐만 아니라 그러한 항원에 결합되었을 때 면역 세포를 활성화하여 그러한 항원을 보유하는 세포를 공격 및 파괴시키도록 프로그램화될 수 있다.　 이들 항원이 종양 세포 상에 존재할 때, CAR을 발현하는 면역 세포는 종양 세포를 표적화하고 사멸시킬 수 있다.　 키메라 항원 수용체에는 그의 효력을 증가시키기 위해 공동자극 (신호전달) 도메인이 혼입된다.　 미국 특허 번호 7,741,465 및 6,319,494, 뿐만 아니라 문헌 [Krause et al.　및 Finney et al. (상기 문헌), Song et al., Blood 119:696-706 (2012); Kalos et al., Sci. Transl. Med. 3:95 (2011); Porter et al., N. Engl. J. Med. 365:725-33 (2011), 및 Gross et al., Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 56:59-83 (2016)]을 참조한다.
일부 실시양태에서, 말단절단된 힌지 도메인 ("THD")을 포함하는 공동자극 도메인은 이뮤노글로불린 패밀리의 구성원의 일부 또는 전부, 예컨대 IgG1, IgG2, IgG3, IgG4, IgA, IgD, IgE, IgM 또는 그의 단편을 추가로 포함한다.
일부 실시양태에서, THD는 인간 완전 힌지 도메인 ("CHD")으로부터 유래된다.　 다른 실시양태에서, THD는 공동자극 단백질의 설치류, 뮤린 또는 영장류 (예를 들어, 비-인간 영장류) CHD로부터 유래된다.　 일부 실시양태에서, THD는 공동자극 단백질의 키메라 CHD로부터 유래된다.
본 발명의 CAR 또는 TCR에 대한 공동자극 도메인은 막횡단 도메인 및/또는 세포내 신호전달 도메인을 추가로 포함할 수 있다.　 막횡단 도메인은 CAR의 세포외 도메인에 융합되도록 설계될 수 있다.　 이는 CAR의 세포내 도메인에 유사하게 융합될 수 있다.　 일부 실시양태에서, CAR 내의 도메인 중 하나와 자연적으로 회합되는 막횡단 도메인이 사용된다.　 일부 경우에, 막횡단 도메인은 이러한 도메인이 동일한 또는 상이한 표면 막 단백질의 막횡단 도메인에 결합하는 것을 회피하여 수용체 복합체의 다른 구성원과의 상호작용을 최소화하기 위해 선택되거나 또는 아미노산 치환에 의해 변형될 수 있다.　 막횡단 도메인은 천연 또는 합성 공급원으로부터 유래될 수 있다.　 공급원이 천연인 경우에, 도메인은 임의의 막-결합 또는 막횡단 단백질로부터 유래될 수 있다.　 본 발명에 특히 유용한 막횡단 영역은 4-1BB/CD137, 활성화 NK 세포 수용체, 이뮤노글로불린 단백질, B7-H3, BAFFR, BLAME (SLAMF8), BTLA, CD100 (SEMA4D), CD103, CD160 (BY55), CD18, CD19, CD19a, CD2, CD247, CD27, CD276 (B7-H3), CD28, CD29, CD3 델타, CD3 엡실론, CD3 감마, CD3 제타, CD30, CD4, CD40, CD49a, CD49D, CD49f, CD69, CD7, CD84, CD8, CD8알파, CD8베타, CD96 (Tactile), CDl la, CDl lb, CDl lc, CDl ld, CDS, CEACAM1, CRT AM, 시토카인 수용체, DAP-10, DNAM1 (CD226), Fc 감마 수용체, GADS, GITR, HVEM (LIGHTR), IA4, ICAM-1, ICAM-1, Ig 알파 (CD79a), IL-2R 베타, IL-2R 감마, IL-7R 알파, 유도성 T 세포 공동자극자 (ICOS), 인테그린, ITGA4, ITGA4, ITGA6, ITGAD, ITGAE, ITGAL, ITGAM, ITGAX, ITGB2, ITGB7, ITGBl, KIRDS2, LAT, LFA-1, LFA-1, CD83과 특이적으로 결합하는 리간드, LIGHT, LTBR, Ly9 (CD229), 림프구 기능-연관 항원-1 (LFA-1; CDl-la/CD18), MHC 부류 1분자, NKG2C, NKG2D, NKp30, NKp44, NKp46, NKp80 (KLRF1), OX-40, PAG/Cbp, 프로그램화된 사멸-1 (PD-1), PSGL1, SELPLG (CD162), 신호전달 림프구성 활성화 분자 (SLAM 단백질), SLAM (SLAMF1; CD150; IPO-3), SLAMF4 (CD244; 2B4), SLAMF6 (NTB-A; Lyl08), SLAMF7, SLP-76, TNF 수용체 단백질, TNFR2, TNFSF14, 톨 리간드 수용체, TRANCE/RANKL, VLA1 또는 VLA-6 또는 그의 단편, 말단절단물 또는 조합으로부터 유래될 수 있다 (즉, 이를 포함한다).
임의로, 짧은 링커는 CAR의 임의의 또는 일부 세포외, 막횡단 및 세포내 도메인 사이에 연결을 형성할 수 있다.　 일부 실시양태에서, 링커는 글리신-글리신-글리신-글리신-세린의 반복부 (G4S)n (서열식별번호(SEQ ID NO): 2) 또는 GSTSGSGKPGSGEGSTKG (서열식별번호: 1)로부터 유래될 수 있다.　 일부 실시양태에서, 링커는 3-20개의 아미노산 및 GSTSGSGKPGSGEGSTKG (서열식별번호: 1)에 대해 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 100% 동일한 아미노산 서열을 포함한다.
본원에 기재된 링커는 또한 펩티드 태그로서 사용될 수 있다.　 링커 펩티드 서열은 1개 이상의 관심 단백질을 연결하기 위해 임의의 적절한 길이일 수 있고, 바람직하게는 그것이 연결하는 펩티드 중 하나 또는 둘 다의 적절한 폴딩 및/또는 기능 및/또는 활성을 허용하기 위해 충분히 가요성이도록 설계된다.　 따라서, 링커 펩티드는 10개 이하, 11개 이하, 12개 이하, 13개 이하, 14개 이하, 15개 이하, 16개 이하, 17개 이하, 18개 이하, 19개 이하 또는 20개 이하의 아미노산의 길이를 가질 수 있다.　 일부 실시양태에서, 링커 펩티드는 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 적어도 11개, 적어도 12개, 적어도 13개, 적어도 14개, 적어도 15개, 적어도 16개, 적어도 17개, 적어도 18개, 적어도 19개 또는 적어도 20개의 아미노산 길이를 가질 수 있다.　 일부 실시양태에서, 링커는 적어도 7개 및 20개 이하의 아미노산, 적어도 7개 및 19개 이하의 아미노산, 적어도 7개 및 18개 이하의 아미노산, 적어도 7개 및 17개 이하의 아미노산, 적어도 7개 및 16개 이하의 아미노산, 적어도 7개 및 15개 이하의 아미노산, 적어도 7개 및 14개 이하의 아미노산, 적어도 7개 및 13개 이하의 아미노산, 적어도 7개 및 12개 이하의 아미노산 또는 적어도 7개 및 11개 이하의 아미노산을 포함한다.　 특정 실시양태에서, 링커는 15-17개의 아미노산을 포함하고, 특정한 실시양태에서, 16개의 아미노산을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 링커는 10-20개의 아미노산을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 링커는 14-19개의 아미노산을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 링커는 15-17개의 아미노산을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 링커는 15-16개의 아미노산을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 링커는 16개의 아미노산을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 링커는 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 또는 20개의 아미노산을 포함한다.
일부 실시양태에서, 스페이서 도메인이 사용된다.　 일부 실시양태에서, 스페이서 도메인은 CD4, CD8a, CD8b, CD28, CD28T, 4-1BB 또는 본원에 기재된 다른 분자로부터 유래된다.　 일부 실시양태에서, 스페이서 도메인은 소분자의 부가 시 발현을 제어하기 위해 화학적으로 유도된 이량체화제를 포함할 수 있다.　 일부 실시양태에서, 스페이서는 사용되지 않는다.
본 발명의 조작된 T 세포의 세포내 (신호전달) 도메인은 활성화 도메인에 신호전달을 제공할 수 있으며, 이는 이어서 면역 세포의 정상 이펙터 기능 중 적어도 1종을 활성화한다.　 T 세포의 이펙터 기능은, 예를 들어, 시토카인의 분비를 포함한 세포용해 활성 또는 헬퍼 활성일 수 있다.
특정 실시양태에서, 적합한 세포내 신호전달 도메인은 4-1BB/CD137, 활성화 NK 세포 수용체, 이뮤노글로불린 단백질, B7-H3, BAFFR, BLAME (SLAMF8), BTLA, CD100 (SEMA4D), CD103, CD160 (BY55), CD18, CD19, CD19a, CD2, CD247, CD27, CD276 (B7-H3), CD28, CD29, CD3 델타, CD3 엡실론, CD3 감마, CD30, CD4, CD40, CD49a, CD49D, CD49f, CD69, CD7, CD84, CD8, CD8알파, CD8베타, CD96 (Tactile), CDl la, CDl lb, CDl lc, CDl ld, CDS, CEACAM1, CRT AM, 시토카인 수용체, DAP-10, DNAM1 (CD226), Fc 감마 수용체, GADS, GITR, HVEM (LIGHTR), IA4, ICAM-1, ICAM-1, Ig 알파 (CD79a), IL-2R 베타, IL-2R 감마, IL-7R 알파, 유도성 T 세포 공동자극자 (ICOS), 인테그린, ITGA4, ITGA4, ITGA6, ITGAD, ITGAE, ITGAL, ITGAM, ITGAX, ITGB2, ITGB7, ITGBl, KIRDS2, LAT, LFA-1, LFA-1, CD83과 특이적으로 결합하는 리간드, LIGHT, LTBR, Ly9 (CD229), Lyl08), 림프구 기능-연관 항원-1 (LFA-1; CDl-la/CD18), MHC 부류 1분자, NKG2C, NKG2D, NKp30, NKp44, NKp46, NKp80 (KLRF1), OX-40, PAG/Cbp, 프로그램화된 사멸-1 (PD-1), PSGL1, SELPLG (CD162), 신호전달 림프구성 활성화 분자 (SLAM 단백질), SLAM (SLAMF1; CD150; IPO-3), SLAMF4 (CD244; 2B4), SLAMF6 (NTB-A, SLAMF7, SLP-76, TNF 수용체 단백질, TNFR2, TNFSF14, 톨 리간드 수용체, TRANCE/RANKL, VLA1 또는 VLA-6 또는 그의 단편, 말단절단물 또는 조합을 포함하나 (즉 함유하나), 이에 제한되지는 않는다.
일부 실시양태에서, 키메라 항원 수용체 (CAR)는 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel)이다.　 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel)은 자가 항-CD19 키메라 항원 수용체 (CAR) T 세포 요법이다 (도 1).　 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel) (예스카르타(YESCARTA)™)은 ≥ 2회의 선행 전신 요법을 받은 재발성 또는 불응성 대 B 세포 림프종을 갖는 환자의 치료에 대해 미국 식품의약국에 의해 승인되었다. (예스카르타 (악시캅타진 실로류셀) [패키지 삽입물]. 캘리포니아주 산타 모니카: 카이트 파마(Kite Pharma); 2017).
항원 반응성을 전달하기 위해 TCR이 도입될 수 있다.　 일부 실시양태에서, 항원 반응성은 펩티드의 MHC 제시에 의해 제한된다.　 TCR은 알파/베타 TCR, 감마/델타 TCR 또는 다른 것일 수 있다.　 일부 실시양태에서, TCR은 뮤린 불변 쇄 (2A 연결됨)를 갖는 HPV-16 E7 TCR이다.　 일부 실시양태에서, 쇄는 IRES 또는 임의의 2A 패밀리 구성원 서열 (예를 들어, P2A, T2A, E2A, F2A 등)에 의해 연결될 수 있다.　 일부 실시양태에서, TCR은 HPV 인식 TCR 또는 다른 바이러스 반응성 TCR (예를 들어, EBV, 인플루엔자 등)이다.　 일부 실시양태에서, 암 또는 암 연관 항원 반응성 TCR이 사용될 수 있다 (예를 들어, NYESO, MART1, gp100 등).
일부 실시양태에서, TCR은 정상/건강한 펩티드 반응성 또는 다른 항원 반응성/제한의 TCR이다.　 일부 실시양태에서, TCR은 뮤린 또는 다른 비-인간 MHC에 대해 반응성이다.　 일부 실시양태에서, TCR은 부류 I 또는 부류 II 제한된 TCR이다.
항원 결합 분자
적합한 CAR은, 표적화된 항원과 상호작용하는 항원 결합 분자를 혼입시킴으로써 그러한 항원 (예컨대 세포-표면 항원)에 결합하도록 조작될 수 있다.　 일부 실시양태에서, 항원 결합 분자는 그의 항체 단편, 예를 들어, 1개 이상의 단일 쇄 항체 단편 ("scFv")이다.　 scFv는 함께 연결된 항체의 중쇄 및 경쇄의 가변 영역을 갖는 단일 쇄 항체 단편이다.　 미국 특허 번호 7,741,465 및 6,319,494, 뿐만 아니라 문헌 [Eshhar et al., Cancer Immunol Immunotherapy (1997) 45: 131-136]을 참조한다.　 scFv는 표적 항원과 특이적으로 상호작용하는 모 항체의 능력을 보유한다.　 scFv는 다른 CAR 성분과 함께 단일 쇄의 일부로서 발현되도록 조작될 수 있기 때문에 키메라 항원 수용체에서 유용하다.　 Id. 또한 문헌 [Krause et al., J. Exp. Med., Volume 188, No. 4, 1998 (619-626); Finney et al., Journal of Immunology, 1998, 161: 2791-2797]을 참조한다.　 항원 결합 분자는 전형적으로, 관심 항원을 인식하고 이에 결합할 수 있도록 CAR의 세포외 부분 내에 함유되는 것으로 인지될 것이다.　 1종 초과의 관심 표적에 대한 특이성을 갖는 이중특이적 및 다중특이적 CAR이 본 발명의 범주 내에서 고려된다.
일부 실시양태에서, 폴리뉴클레오티드는 본 발명의 THD 및 표적 항원에 특이적으로 결합하는 항원 결합 분자를 포함하는 CAR 또는 TCR을 코딩한다.　 일부 실시양태에서, 표적 항원은 종양 항원이다.　 일부 실시양태에서, 항원은 종양-연관 표면 항원, 예컨대 5T4, 알파태아단백질 (AFP), B7-1 (CD80), B7-2 (CD86), BCMA, B-인간 융모성 고나도트로핀, CA-125, 암배아성 항원 (CEA), 암배아성 항원 (CEA), CD123, CD133, CD138, CD19, CD20, CD22, CD23, CD24, CD25, CD30, CD33, CD34, CD4, CD40, CD44, CD56, CD8, CLL-1, c-Met, CMV-특이적 항원, CS-1, CSPG4, CTLA-4, DLL3, 디시알로강글리오시드 GD2, 관-상피 뮤신, EBV-특이적 항원, EGFR 변이체 III (EGFRvIII), ELF2M, 엔도글린, 에프린 B2, 표피 성장 인자 수용체 (EGFR), 상피 세포 부착 분자 (EpCAM), 상피 종양 항원, ErbB2 (HER2/neu), 섬유모세포 연관 단백질 (fap), FLT3, 폴레이트 결합 단백질, GD2, GD3, 신경교종-연관 항원, 글리코스핑고지질, gp36, HBV-특이적 항원, HCV-특이적 항원, HER1-HER2, HER2-HER3 조합, HERV-K, 고분자량-흑색종 연관 항원 (HMW-MAA), HIV-1 외피 당단백질 gp41, HPV-특이적 항원, 인간 텔로머라제 리버스 트랜스크립타제, IGFI 수용체, IGF-II, IL-11R알파, IL-13R-a2, 인플루엔자 바이러스-특이적 항원; CD38, 인슐린 성장 인자 (IGFl)-l, 장 카르복실 에스테라제, 카파 쇄, LAGA-la, 람다 쇄, 라사 바이러스-특이적 항원, 렉틴-반응성 AFP, 계통-특이적 또는 조직 특이적 항원 예컨대 CD3, MAGE, MAGE-A1, 주요 조직적합성 복합체 (MHC) 분자, 종양-특이적 펩티드 에피토프를 제시하는 주요 조직적합성 복합체 (MHC) 분자, M-CSF, 흑색종-연관 항원, 메소텔린, MN-CA IX, MUC-1, mut hsp70-2, 돌연변이된 p53, 돌연변이된 p53, 돌연변이된 ras, 호중구 엘라스타제, NKG2D, Nkp30, NY-ESO-1, p53, PAP, 프로스타제, 전립선 특이적 항원 (PSA), 전립선-암종 종양 항원-1 (PCTA-1), 전립선-특이적 항원 단백질, STEAP1, STEAP2, PSMA, RAGE-1, ROR1, RU1, RU2 (AS), 표면 부착 분자, 서바이빙 및 텔로머라제, TAG-72, 피브로넥틴의 엑스트라 도메인 A (EDA) 및 엑스트라 도메인 B (EDB) 및 테나신-C의 Al 도메인 (TnC Al), 티로글로불린, 종양 기질 항원, 혈관 내피 성장 인자 수용체-2 (VEGFR2), 바이러스-특이적 표면 항원 예컨대 HIV-특이적 항원 (예컨대 HIV gpl20), 뿐만 아니라 이들 표면 마커의 임의의 유도체 또는 변이체로부터 선택된다.
조작된 T 세포 및 용도
본 개시내용의 세포는 대상체로부터 수득된 T 세포를 통해 수득될 수 있다.　 T 세포는 예를 들어, 말초 혈액 단핵 세포, 골수, 림프절 조직, 제대혈, 흉선 조직, 감염 부위로부터의 조직, 복수, 흉막 삼출, 비장 조직 및 종양으로부터 수득될 수 있다.　 또한, T 세포는 관련 기술분야에서 입수가능한 1종 이상의 T 세포주로부터 유래될 수 있다.　 T 세포는 또한 통상의 기술자에게 공지된 임의의 수의 기술, 예컨대 피콜™ 분리 및/또는 분리반출술을 사용하여 대상체로부터 수집된 단위 혈액으로부터 수득될 수 있다.　 일부 실시양태에서, 분리반출술에 의해 수집된 세포를 세척하여 혈장 분획을 제거하고, 후속 프로세싱을 위해 적절한 완충제 또는 배지 중에 둔다.　 일부 실시양태에서, 세포는 PBS로 세척된다.　 인지될 바와 같이, 예컨대 반자동화된 관통 원심분리, 예를 들어, 코브(Cobe)™ 2991 세포 프로세서, 백스터 시토메이트(Baxter CytoMate)™ 등을 사용함으로써 세척 단계가 사용될 수 있다.　 일부 실시양태에서, 세척된 세포는 1종 이상의 생체적합성 완충제 또는 완충제의 존재 또는 부재 하의 다른 염수 용액 중에 재현탁된다.　 일부 실시양태에서, 분리반출술 샘플의 바람직하지 않은 성분은 제거된다.　 T 세포 요법을 위한 T 세포를 단리하는 추가의 방법은 미국 특허 공개 번호 2013/0287748에 개시되어 있으며, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
일부 실시양태에서, T 세포는 적혈구를 용해시키고 단핵구를 고갈시킴으로써, 예를 들어 퍼콜(PERCOLL)™ 구배를 통한 원심분리를 사용함으로써 PBMC로부터 단리된다.　 일부 실시양태에서, T 세포의 특정 하위집단, 예컨대 CD4+, CD8+, CD28+, CD45RA+, 및 CD45RO+ T 세포는 관련 기술분야에 공지된 양성 또는 음성 선택 기술에 의해 추가로 단리된다.　 예를 들어, 음성 선택에 의한 T 세포 집단의 풍부화는 음성 선택된 세포에 고유한 표면 마커로 지시된 항체의 조합에 의해 달성될 수 있다.　 일부 실시양태에서, 음성 선택된 세포 상에 존재하는 세포 표면 마커로 지시된 모노클로날 항체의 칵테일을 사용하는 음성 자기 면역부착 또는 유동 세포측정법을 통한 세포 분류 및/또는 선택이 사용될 수 있다.　 예를 들어, 음성 선택에 의해 CD4+ 세포를 풍부화하기 위해, 모노클로날 항체 칵테일은 전형적으로 CD8, CD11b, CD14, CD16, CD20 및 HLA-DR에 대한 항체를 포함한다.　 일부 실시양태에서, 유동 세포측정 및 세포 분류는 본 개시내용에 사용하기 위한 관심 세포 집단을 단리하는 데 사용된다.
일부 실시양태에서, PBMC는 본원에 기재된 방법을 사용한 면역 세포 (예컨대 CAR)로의 유전자 변형을 위해 직접 사용된다.　 일부 실시양태에서, PBMC의 단리 후, T 림프구가 추가로 단리되고, 세포독성 및 헬퍼 T 림프구 둘 다가 유전자 변형 및/또는 확장 전 또는 후에 나이브, 기억 및 이펙터 T 세포 하위집단으로 분류된다.
일부 실시양태에서, CD8+ 세포는 이들 CD8+ 세포 유형 각각과 연관된 세포 표면 항원을 확인함으로써 나이브, 중심 기억 및 이펙터 세포로 추가로 분류된다.　 일부 실시양태에서, 중심 기억 T 세포의 표현형 마커의 발현은 CCR7, CD3, CD28, CD45RO, CD62L 및 CD127의 발현을 포함하고, 그랜자임 B에 대해 음성이다. 일부 실시양태에서, 중심 기억 T 세포는 CD8+, CD45RO+ 및 CD62L+ T 세포이다.　 일부 실시양태에서, 이펙터 T 세포는 CCR7, CD28, CD62L 및 CD127에 대해 음성이고, 그랜자임 B 및 퍼포린에 대해 양성이다.　 일부 실시양태에서, CD4+ T 세포는 하위집단으로 추가로 분류된다.　 예를 들어, CD4+ T 헬퍼 세포는 세포 표면 항원을 갖는 세포 집단을 확인함으로써 나이브, 중심 기억 및 이펙터 세포로 분류될 수 있다.
일부 실시양태에서, 면역 세포, 예를 들어, T 세포는 공지된 방법을 사용하여 단리 후 유전자 변형되거나 또는 면역 세포는 유전자 변형 전에 시험관내 활성화 및 확장된다 (또는 전구세포의 경우에 분화됨).　 또 다른 실시양태에서, 면역 세포, 예를 들어, T 세포는 본원에 기재된 키메라 항원 수용체에 의해 유전자 변형되고 (예를 들어, CAR 또는 TCR을 코딩하는 1개 이상의 뉴클레오티드 서열을 포함하는 바이러스 벡터에 의해 형질도입되고), 이어서 시험관내 활성화 및/또는 확장된다.　 T 세포를 활성화 및 확장하는 방법은 관련 기술분야에 공지되어 있고, 예를 들어, 미국 특허 번호 6,905,874; 6,867,041; 및 6,797,514; 및 국제 특허 출원 공개 번호 WO 2012/079000에 기재되어 있으며, 그의 내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.　 일반적으로, 이러한 방법은 적절한 시토카인, 예컨대 IL-2를 함유하는 배양 배지 중에서 PBMC 또는 단리된 T 세포를, 일반적으로 비드 또는 다른 표면에 부착된 자극제 및 공동자극제, 예컨대 항-CD3 및 항-CD28 항체와 접촉시키는 것을 포함한다.　 동일한 비드에 부착된 항-CD3 및 항-CD28 항체는 "대용물" 항원 제시 세포 (APC)로서의 역할을 한다.　 하나의 예는 인간 T 세포의 생리학적 활성화를 위한 CD3/CD28 활성화제/자극제 시스템인 디나비즈(Dynabeads)® 시스템이다.　 다른 실시양태에서, T 세포는 미국 특허 번호 6,040,177 및 5,827,642 및 국제 특허 출원 공개 번호 WO 2012/129514에 기재된 것과 같은 방법을 사용하여, 피더 세포 및 적절한 항체 및 시토카인에 의해 활성화되고 증식하도록 자극되며, 그의 내용은 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.
일부 실시양태에서, T 세포는 공여자 대상체로부터 수득된다.　 일부 실시양태에서, 공여자 대상체는 암 또는 종양을 앓고 있는 인간 환자이다.　 일부 실시양태에서, 공여자 대상체는 암 또는 종양을 앓고 있지 않는 인간 환자이다.
일부 실시양태에서, 조성물은 제약상 허용되는 담체, 희석제, 가용화제, 유화제, 보존제 및/또는 아주반트를 포함한다.　 일부 실시양태에서, 조성물은 부형제를 포함한다.
일부 실시양태에서, 조성물은 비경구 전달을 위해, 흡입을 위해 또는 소화관을 통한, 예컨대 경구로의 전달을 위해 선택된다.　 그러한 제약상 허용되는 조성물의 제조는 관련 기술분야의 통상의 기술자의 능력 내에 있다.　 일부 실시양태에서, 조성물을 생리학적 pH 또는 약간 더 낮은 pH, 전형적으로 약 5 내지 약 8의 pH 범위 내로 유지시키기 위해 완충제가 사용된다.　 일부 실시양태에서, 비경구 투여가 고려되는 경우, 조성물은 제약상 허용되는 비히클 중, 추가의 치료제의 존재 또는 부재 하에, 본원에 기재된 조성물을 포함하는 발열원 무함유의 비경구로 허용되는 수용액의 형태로 존재한다.　 일부 실시양태에서, 비경구 주사를 위한 비히클은 멸균 증류수이며, 여기서 본원에 기재된 조성물은, 적어도 1종의 추가의 치료제의 존재 또는 부재 하에, 적절하게 보존된 멸균, 등장성 용액으로서 제제화된다.　 일부 실시양태에서, 제제는 목적하는 분자를 생성물의 제어 또는 지속 방출을 제공하는 중합체 화합물 (예컨대 폴리락트산 또는 폴리글리콜산), 비드 또는 리포솜으로 제제화하는 것을 수반하며, 이어서 이 제제는 데포 주사를 통해 전달된다.　 일부 실시양태에서, 이식형 약물 전달 장치가 목적하는 분자를 도입하는 데 사용된다.
일부 실시양태에서, 암의 치료를 필요로 하는 대상체에서 암을 치료하는 방법은 T 세포 요법을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 T 세포 요법제는 조작된 자가 세포 요법 (eACT™)이다.　 이러한 실시양태에 따르면, 방법은 환자로부터 혈액 세포를 수집하는 것을 포함할 수 있다.　 단리된 혈액 세포 (예를 들어, T 세포)는 이어서 본원에 개시된 CAR 또는 TCR을 발현하도록 조작될 수 있다.　 특정한 실시양태에서, CAR T 세포 또는 TCR T 세포는 환자에게 투여된다.　 일부 실시양태에서, CAR T 세포 또는 TCR T 세포는 환자에서 종양 또는 암을 치료한다.　 일부 실시양태에서 CAR T 세포 또는 TCR T 세포는 종양 또는 암의 크기를 감소시킨다.
일부 실시양태에서, T 세포 요법에 사용하기 위한 공여자 T 세포는 (예를 들어, 자가 T 세포 요법을 위해) 환자로부터 수득된다.　 다른 실시양태에서, T 세포 요법에 사용하기 위한 공여자 T 세포는 환자가 아닌 대상체로부터 수득된다.
일부 실시양태에서, T 세포는 치료 유효량으로 투여될 수 있다.　 예를 들어, T 세포의 치료 유효량은 적어도 약 104개 세포, 적어도 약 105개 세포, 적어도 약 106개 세포, 적어도 약 107개 세포, 적어도 약 108개 세포, 적어도 약 109개 세포 또는 적어도 약 1010개 세포일 수 있다. 또 다른 실시양태에서, T 세포의 치료 유효량은 약 104개 세포, 약 105개 세포, 약 106개 세포, 약 107개 세포 또는 약 108개 세포이다.　 일부 실시양태에서, CAR T 세포의 치료 유효량은 약 2 X 106개 세포/kg, 약 3 X 106개 세포/kg, 약 4 X 106개 세포/kg, 약 5 X 106개 세포/kg, 약 6 X 106개 세포/kg, 약 7 X 106개 세포/kg, 약 8 X 106개 세포/kg, 약 9 X 106개 세포/kg, 약 1 X 107개 세포/kg, 약 2 X 107개 세포/kg, 약 3 X 107개 세포/kg, 약 4 X 107개 세포/kg, 약 5 X 107개 세포/kg, 약 6 X 107개 세포/kg, 약 7 X 107개 세포/kg, 약 8 X 107개 세포/kg 또는 약 9 X 107개 세포/kg이다.
일부 실시양태에서, CAR-양성 생존 T 세포의 치료 유효량은 체중 kg당 약 1 x 106개 내지 약 2 x 106개 CAR-양성 생존 T 세포 내지 최대 약 1 x 108개 CAR-양성 생존 T 세포의 최대 용량이다.
치료 방법
본원에 개시된 방법은 대상체에서 암을 치료하거나, 종양의 크기를 감소시키거나, 종양 세포를 사멸시키거나, 종양 세포 증식을 방지하거나, 종양의 성장을 방지하거나, 환자로부터 종양을 제거하거나, 종양의 재발을 방지하거나, 종양 전이를 방지하거나, 환자에서 완화를 유도하거나 또는 그의 임의의 조합을 위해 사용될 수 있다.　 일부 실시양태에서, 방법은 완전 반응을 유도한다.　 다른 실시양태에서, 방법은 부분 반응을 유도한다.
일부 실시양태에서, 본 개시내용은 치료 전에 종양 미세환경을 분석함으로써 T 세포 요법의 임상 효능에 대한 예측 도구를 제공한다.
본 발명의 방법은 또한, 조합되어 또는 순차적으로 사용되는 추가의 요법이 특정 종양 미세환경 특징을 갖는 대상체에서 보다 효과적일지 여부에 대해 알아내기 위한 동반 시험에 사용될 수 있다.　 일부 실시양태에서, 추가의 치료는 시토카인 (예를 들어, IL-2, IL-15), 자극 항체 (예를 들어, 항-41BB, OX-40), 체크포인트 차단 (예를 들어, CTLA4, PD-1), 또는 선천성 면역 자극제 (예를 들어, TLR, STING 효능제)일 수 있다.　 일부 실시양태에서, 추가의 치료는 T 세포-동원 케모카인 (예를 들어, CCL2, CCL1, CCL22, CCL17 및 그의 조합) 및/또는 T 세포일 수 있다.　 일부 실시양태에서, 추가의 요법 또는 요법들은 전신으로 또는 종양내로 투여된다.
치료될 수 있는 암은 혈관화되지 않거나, 실질적으로 혈관화되지 않거나 또는 혈관화되는 종양을 포함한다.　 암은 또한 고형 또는 비-고형 종양을 포함할 수 있다.　 일부 실시양태에서, 암은 혈액암이다.　 일부 실시양태에서, 암은 백혈구 암이다.　 다른 실시양태에서, 암은 형질 세포 암이다.　 일부 실시양태에서, 암은 백혈병, 림프종 또는 골수종이다.　 일부 실시양태에서, 암은 급성 림프모구성 백혈병 (ALL) (비 T 세포 ALL 포함), 급성 림프성 백혈병 (ALL), 및 혈구포식성 림프조직구증식증 (HLH), B 세포 전림프구성 백혈병, B-세포 급성 림프성 백혈병 ("BALL"), 모구성 형질세포양 수지상 세포 신생물, 버킷 림프종, 만성 림프구성 백혈병 (CLL), 만성 골수 백혈병 (CML), 만성 골수성 백혈병 (CML), 만성 또는 급성 육아종성 질환, 만성 또는 급성 백혈병, 미만성 대 B 세포 림프종, 미만성 대 B 세포 림프종 (DLBCL), 여포성 림프종, 여포성 림프종 (FL), 모발상 세포 백혈병, 식혈세포성 증후군 (대식세포 활성화 증후군 (MAS)), 호지킨병, 대세포 육아종, 백혈구 부착 결핍, 악성 림프증식성 상태, MALT 림프종, 외투 세포 림프종, 변연부 림프종, 의미 불명의 모노클로날 감마글로불린병증 (MGUS), 다발성 골수종, 골수이형성증 및 골수이형성 증후군 (MDS), 급성 골수성 백혈병 (AML)을 포함하나 이에 제한되지는 않는 골수성 질환, 비-호지킨 림프종 (NHL), 형질 세포 증식성 장애 (예를 들어, 무증상 골수종 (무증상 다발성 골수종 또는 무통성 골수종), 형질모구성 림프종, 형질세포양 수지상 세포 신생물, 형질세포종 (예를 들어, 형질 세포 이혼화증; 고립 골수종; 고립 형질세포종; 수질외 형질세포종; 및 다발성 형질세포종), POEMS 증후군 (크로우-푸카세 증후군; 다카츠키병; PEP 증후군), 원발성 종격 대 B 세포 림프종 (PMBC), 소세포- 또는 대세포-여포성 림프종, 비장 변연부 림프종 (SMZL), 전신 아밀로이드 경쇄 아밀로이드증, T 세포 급성 림프성 백혈병 ("TALL"), T 세포 림프종, 형질전환된 여포성 림프종, 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 또는 그의 조합이다.
일부 실시양태에서, 암은 골수종이다.　 일부 실시양태에서, 암은 다발성 골수종이다.　 일부 실시양태에서, 암은 백혈병이다.　 일부 실시양태에서, 암은 급성 골수성 백혈병이다.
일부 실시양태에서, 방법은 화학요법제를 투여하는 것을 추가로 포함한다.　 일부 실시양태에서, 선택된 화학요법제는 림프구고갈 (사전조건화) 화학요법제이다.　 유익한 사전조건화 치료 요법은, 상관되는 유익한 바이오마커와 함께, 미국 특허 가출원 62/262,143 및 62/167,750에 기재되어 있고, 이는 그 전문이 본원에 참조로 포함된다.　 이들은, 예를 들어 T 세포 요법을 필요로 하는 환자에게 명시된 유익한 용량의 시클로포스파미드 (200 mg/m2/일 내지 2000 mg/m2/일) 및 명시된 용량의 플루다라빈 (20 mg/m2/일 내지 900 mg/m2/일)을 투여하는 것을 포함하는, 상기 환자를 조건화하는 방법을 기재한다.　 하나의 이러한 용량 요법은 환자에게 치료 유효량의 조작된 T 세포를 투여하기 전 3일 동안 환자에게 약 500 mg/m2/일의 시클로포스파미드 및 약 60 mg/m2/일의 플루다라빈을 매일 투여하는 것을 포함하는, 환자를 치료하는 것을 수반한다.
일부 실시양태에서, 항원 결합 분자, 형질도입된 (또는 달리 조작된) 세포 (예컨대 CAR 또는 TCR), 및 화학요법제는 각각 대상체에서 질환 또는 상태를 치료하는 데 효과적인 양으로 투여된다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 CAR-발현 면역 이펙터 세포를 포함하는 조성물은 임의의 수의 화학요법제와 함께 투여될 수 있다.　 화학요법제의 예는 알킬화제, 예컨대 티오테파 및 시클로포스파미드 (시톡산(CYTOXAN)™); 알킬 술포네이트, 예컨대 부술판, 임프로술판 및 피포술판; 아지리딘, 예컨대 벤조도파, 카르보쿠온, 메투레도파, 우레도파; 알트레타민, 트리에틸렌멜라민, 트리에틸렌포스포라미드, 트리에틸렌티오포스파오라미드 및 트리메틸올로멜라민 리줌을 포함하는 에틸렌이민 및 메틸라멜라민; 질소 머스타드, 예컨대 클로람부실, 클로르나파진, 콜로포스파미드, 에스트라무스틴, 이포스파미드, 메클로레타민, 메클로레타민 옥시드 히드로클로라이드, 멜팔란, 노벰비킨, 페네스테린, 프레드니무스틴, 트로포스파미드, 우라실 머스타드; 니트로스우레아, 예컨대 카르무스틴, 클로로조토신, 포테무스틴, 로무스틴, 니무스틴, 라니무스틴; 항생제, 예컨대 아클라시노마이신, 악티노마이신, 아우트라마이신, 아자세린, 블레오마이신, 칵티노마이신, 칼리체아미신, 카라비신, 카르미노마이신, 카르지노필린, 크로모마이신, 닥티노마이신, 다우노루비신, 데토루비신, 6-디아조-5-옥소-L-노르류신, 독소루비신, 에피루비신, 에소루비신, 이다루비신, 마르셀로마이신, 미토마이신, 미코페놀산, 노갈라마이신, 올리보마이신, 페플로마이신, 포트피로마이신, 퓨로마이신, 쿠엘라마이신, 로도루비신, 스트렙토니그린, 스트렙토조신, 투베르시딘, 우베니멕스, 지노스타틴, 조루비신; 항-대사물, 예컨대 메토트렉세이트 및 5-플루오로우라실 (5-FU); 폴산 유사체, 예컨대 데노프테린, 메토트렉세이트, 프테로프테린, 트리메트렉세이트; 퓨린 유사체, 예컨대 플루다라빈, 6-메르캅토퓨린, 티아미프린, 티오구아닌; 피리미딘 유사체, 예컨대 안시타빈, 아자시티딘, 6-아자우리딘, 카르모푸르, 시타라빈, 디데옥시우리딘, 독시플루리딘, 에노시타빈, 플록수리딘, 5-FU; 안드로겐, 예컨대 칼루스테론, 드로모스타놀론 프로피오네이트, 에피티오스타놀, 메피티오스탄, 테스토락톤; 항부신제, 예컨대 아미노글루테티미드, 미토탄, 트릴로스탄; 폴산 보충제, 예컨대 프롤린산; 아세글라톤; 알도포스파미드 글리코사이드; 아미노레불린산; 암사크린; 베스트라부실; 비산트렌; 에다트락세이트; 데포파민; 데메콜신; 디아지쿠온; 엘포르미틴; 엘립티늄 아세테이트; 에토글루시드; 질산갈륨; 히드록시우레아; 렌티난; 로니다민; 미토구아존; 미톡산트론; 모피다몰; 니트라크린; 펜토스타틴; 페나메트; 피라루비신; 포도필린산; 2-에틸히드라지드; 프로카르바진; PSK®; 라족산; 시조피란; 스피로게르마늄; 테누아존산; 트리아지쿠온; 2,2',2"-트리클로로트리에틸아민; 우레탄; 빈데신; 다카르바진; 만노무스틴; 미토브로니톨; 미토락톨; 피포브로만; 가시토신; 아라비노시드 ("Ara-C"); 시클로포스파미드; 티오테파; 탁소이드, 예컨대 파클리탁셀 (탁솔(TAXOL)™, 브리스톨-마이어스 스큅(Bristol-Myers Squibb)) 및 도세탁셀 (탁소테레(TAXOTERE)®, 롱-프랑 로러(Rhone-Poulenc Rorer)); 클로람부실; 겜시타빈; 6-티오구아닌; 메르캅토퓨린; 메토트렉세이트; 백금 유사체, 예컨대 시스플라틴 및 카르보플라틴; 빈블라스틴; 백금; 에토포시드 (VP-16); 이포스파미드; 미토마이신 C; 미톡산트론; 빈크리스틴; 비노렐빈; 나벨빈; 노반트론; 테니포시드; 다우노마이신; 아미노프테린; 젤로다; 이반드로네이트; CPT-11; 토포이소머라제 억제제 RFS2000; 디플루오로메틸로미틴 (DMFO); 레티노산 유도체, 예컨대 탈그레틴(Targretin)™ (벡사로텐), 판레틴(Panretin)™, (알리트레티노인); 온탁(ONTAK)™ (데니류킨 디프티톡스); 에스페라미신; 카페시타빈; 및 상기 중 임의의 것의 제약상 허용되는 염, 산 또는 유도체를 포함한다.　 일부 실시양태에서, 본원에 개시된 CAR- 및/또는 TCR-발현 면역 이펙터 세포를 포함하는 조성물은 종양에 대한 호르몬 작용을 조절하거나 또는 억제하는 작용을 하는 항호르몬제, 예컨대 예를 들어 타목시펜, 랄록시펜, 아로마타제 억제 4(5)-이미다졸, 4-히드록시타목시펜, 트리옥시펜, 케옥시펜, LY117018, 오나프리스톤 및 토레미펜 (파레스톤)을 포함하는 항에스트로겐; 및 항안드로겐 예컨대 플루타미드, 닐루타미드, 비칼루타미드, 류프롤리드 및 고세렐린; 및 상기 중 임의의 것의 제약상 허용되는 염, 산 또는 유도체와 함께 투여될 수 있다.　 또한, CHOP, 즉, 시클로포스파미드 (시톡산(Cytoxan)®), 독소루비신 (히드록시독소루비신), 빈크리스틴 (온코빈(Oncovin)®), 및 프레드니손을 포함하나 이에 제한되지는 않는 화학요법제의 조합이 적절한 경우에 투여된다.
일부 실시양태에서, 화학요법제는 조작된 세포 또는 핵산의 투여와 동시에 또는 투여 후 1주 내에 투여된다.　 다른 실시양태에서, 화학요법제는 조작된 세포 또는 핵산을 투여하고 1 내지 4주 또는 1주 내지 1개월, 1주 내지 2개월, 1주 내지 3개월, 1주 내지 6개월, 1주 내지 9개월 또는 1주 내지 12개월 후에 투여된다.　 일부 실시양태에서, 화학요법제는 세포 또는 핵산을 투여하기 적어도 1개월 전에 투여된다.　 일부 실시양태에서, 방법은 2종 이상의 화학요법제를 투여하는 것을 추가로 포함한다.
다양한 추가의 치료제가 본원에 기재된 조성물과 함께 사용될 수 있다.　 예를 들어, 잠재적으로 유용한 추가의 치료제는 PD-1 억제제 예컨대 니볼루맙 (옵디보(OPDIVO)®), 펨브롤리주맙 (키트루다(KEYTRUDA)®), 펨브롤리주맙, 피딜리주맙 (큐어테크(CureTech))및 아테졸리주맙 (로슈(Roche))을 포함한다.
본원에 개시된 조성물 및 방법과 조합하여 사용하기에 적합한 추가의 치료제는 이브루티닙 (임브루비카(IMBRUVICA)®), 오파투무맙 (아르제라(ARZERRA)®), 리툭시맙 (리툭산(RITUXAN)®), 베바시주맙 (아바스틴(AVASTIN)®), 트라스투주맙 (헤르셉틴(HERCEPTIN)®), 트라스투주맙 엠탄신 (카드실라(KADCYLA)®), 이마티닙 (글리벡(GLEEVEC)®), 세툭시맙 (에르비툭스(ERBITUX)®)), 파니투무맙 (벡티빅스(VECTIBIX)®), 카투막소맙, 이브리투모맙, 오파투무맙, 토시투모맙, 브렌툭시맙, 알렘투주맙, 겜투주맙, 에를로티닙, 게피티닙, 반데타닙, 아파티닙, 라파티닙, 네라티닙, 악시티닙, 마시티닙, 파조파닙, 수니티닙, 소라페닙, 토세라닙, 레스타우르티닙, 악시티닙, 세디라닙, 렌바티닙, 닌테다닙, 파조파닙, 레고라페닙, 세막사닙, 소라페닙, 수니티닙, 티보자닙, 토세라닙, 반데타닙, 엔트렉티닙, 카보잔티닙, 이마티닙, 다사티닙, 닐로티닙, 포나티닙, 라도티닙, 보수티닙, 레스타우르티닙, 룩솔리티닙, 파크리티닙, 코비메티닙, 셀루메티닙, 트라메티닙, 비니메티닙, 알렉티닙, 세리티닙, 크리조티닙, 아플리베르셉트, 아디포티드, 데니류킨 디프티톡스, mTOR 억제제, 예컨대 에베롤리무스 및 템시롤리무스, 헷지호그 억제제, 예컨대 소니데깁 및 비스모데깁, CDK 억제제, 예컨대 CDK 억제제 (팔보시클립)를 포함하나 이에 제한되지는 않는다.
일부 실시양태에서, CAR 면역 세포를 포함하는 조성물은 항염증제와 함께 투여된다.　 항염증제 또는 약물은 스테로이드 및 글루코코르티코이드 (베타메타손, 부데소니드, 덱사메타손, 히드로코르티손 아세테이트, 히드로코르티손, 히드로코르티손, 메틸프레드니솔론, 프레드니솔론, 프레드니손, 트리암시놀론 포함), 비스테로이드성 항염증 약물 (NSAID) 예컨대 아스피린, 이부프로펜, 나프록센, 메토트렉세이트, 술파살라진, 레플루노미드, 항-TNF의약, 시클로포스파미드 및 미코페놀레이트를 포함할 수 있으나 이에 제한되지는 않는다.　 예시적인 NSAID는 이부프로펜, 나프록센, 나프록센 소듐, Cox-2 억제제 및 시알릴에이트를 포함한다.　 예시적인 진통제는 아세트아미노펜, 옥시코돈, 프로폭시펜 히드로클로라이드의 트라마돌을 포함한다.　 예시적인 글루코코르티코이드는 코르티손, 덱사메타손, 히드로코르티손, 메틸프레드니솔론, 프레드니솔론 또는 프레드니손을 포함한다.　 예시적인 생물학적 반응 조절제는 세포 표면 마커 (예를 들어, CD4, CD5 등)에 대해 지시된 분자, 시토카인 억제제, 예컨대 TNF 길항제 (예를 들어, 에타네르셉트 (엔브렐(ENBREL)®), 아달리무맙 (휴미라(HUMIRA)®) 및 인플릭시맙 (레미케이드(REMICADE)®), 케모카인 억제제 및 부착 분자 억제제를 포함한다.　 생물학적 반응 조절제는 모노클로날 항체뿐만 아니라 분자의 재조합 형태를 포함한다.　 예시적인 DMARD는 아자티오프린, 시클로포스파미드, 시클로스포린, 메토트렉세이트, 페니실라민, 레플루노미드, 술파살라진, 히드록시클로로퀸, 금 (경구 (아우라노핀) 및 근육내), 및 미노시클린을 포함한다.
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조성물은 시토카인과 함께 투여된다.　 시토카인의 예는 림포카인, 모노카인 및 전통적인 폴리펩티드 호르몬이다.　 시토카인에는 성장 호르몬 예컨대 인간 성장 호르몬, N-메티오닐 인간 성장 호르몬 및 소 성장 호르몬; 부갑상선 호르몬; 티록신; 인슐린; 프로인슐린; 렐락신; 프로렐락신; 당단백질 호르몬 예컨대 여포 자극 호르몬 (FSH), 갑상선 자극 호르몬 (TSH), 및 황체형성 호르몬 (LH); 간 성장 인자 (HGF); 섬유모세포 성장 인자 (FGF); 프로락틴; 태반 락토겐; 뮬러-억제 물질; 마우스 고나도트로핀-연관 펩티드; 인히빈; 액티빈; 혈관 내피 성장 인자; 인테그린; 트롬보포이에틴 (TPO); 신경 성장 인자 (NGF) 예컨대 NGF-베타; 혈소판-성장 인자; 형질전환 성장 인자 (TGF) 예컨대 TGF-알파 및 TGF-베타; 인슐린-유사 성장 인자-I 및 -II; 에리트로포이에틴 (EPO, 에포젠(Epogen)®, 프로크리트(Procrit)®); 골유도 인자; 인터페론 예컨대 인터페론-알파, 베타, 및 -감마; 콜로니 자극 인자 (CSF) 예컨대 대식세포-CSF (M-CSF); 과립구-대식세포-CSF (GM-CSF); 및 과립구-CSF (G-CSF); 인터류킨 (IL) 예컨대 IL-1, IL-1알파, IL-2, IL-3, IL-4, IL-5, IL-6, IL-7, IL-8, IL-9, IL-10, IL-11, IL-12; IL-15, 종양 괴사 인자 예컨대 TNF-알파 또는 TNF-베타; 및 LIF 및 kit 리간드 (KL)를 포함하는 다른 폴리펩티드 인자가 포함된다.　 본원에 사용된 용어 시토카인은 천연 공급원으로부터의 또는 재조합 세포 배양으로부터의 단백질 및 천연 서열 시토카인의 생물학적 활성 등가물을 포함한다.
투여
일부 실시양태에서, 본원에 기재된 조작된 T 세포는 (a) 1종 이상의 키메라 수용체를 포함하는 복수의 T 세포를 수득하는 단계; 및 (b) 유효 용량의 T 세포를 환자에게 투여하는 단계를 포함하는 방법에서 환자에서 악성종양을 치료하는 데 사용된다.
일부 실시양태에서, T 세포는 치료 유효량으로 투여될 수 있다.　 예를 들어, T 세포의 치료 유효량은 적어도 약 104개 세포, 적어도 약 105개 세포, 적어도 약 106개 세포, 적어도 약 107개 세포, 적어도 약 108개 세포, 적어도 약 109개 세포 또는 적어도 약 1010개 세포일 수 있다.　 또 다른 실시양태에서, T 세포의 치료 유효량은 약 104개 세포, 약 105개 세포, 약 106개 세포, 약 107개 세포 또는 약 108개 세포이다.　 일부 실시양태에서, CAR T 세포의 치료 유효량은 약 2 X 106개 세포/kg, 약 3 X 106개 세포/kg, 약 4 X 106개 세포/kg, 약 5 X 106개 세포/kg, 약 6 X 106개 세포/kg, 약 7 X 106개 세포/kg, 약 8 X 106개 세포/kg, 약 9 X 106개 세포/kg, 약 1 X 107개 세포/kg, 약 2 X 107개 세포/kg, 약 3 X 107개 세포/kg, 약 4 X 107개 세포/kg, 약 5 X 107개 세포/kg, 약 6 X 107개 세포/kg, 약 7 X 107개 세포/kg, 약 8 X 107개 세포/kg 또는 약 9 X 107개 세포/kg이다.
일부 실시양태에서, CAR-양성 생존 T 세포의 치료 유효량은 체중 kg당 약 1 x 106개 내지 약 2 x 106개 CAR-양성 생존 T 세포 내지 최대 약 1 x 108개 CAR-양성 생존 T 세포의 최대 용량이다.
모니터링
일부 실시양태에서, 키메라 수용체 T 세포 면역요법의 투여는 인증된 건강관리 시설에서 이루어진다.
일부 실시양태에서, 본원에 개시된 방법은 키메라 수용체 T 세포 면역요법 (예를 들어, 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel))의 투여 후 환자를 주입 후 CRS 및 신경계 독성의 징후 및 증상에 대해 인증된 건강관리 시설에서 적어도 7일 동안 매일 모니터링하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 환자는 적어도 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 또는 14일 동안 매일 모니터링된다.
일부 실시양태에서, 환자는 주입 후 적어도 4주 동안 인증된 건강관리 시설에 근접하여 남아있도록 지시받는다.　 일부 실시양태에서, 환자는 주입 후 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 또는 10주 동안 인증된 건강관리 시설에 근접하여 남아있도록 지시받는다.
임상 시험
ZUMA-1 (NCT02348216)은 불응성 공격성 대 B 세포 림프종을 갖는 환자에서의 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel)의 1/2상, 다기관, 중추적 연구이다 (도 2) (Neelapu SN, Locke LF, et al. N Engl J Med. 2017;377:2531-2544).　 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel)은 15.4개월의 중앙값 추적 시에 진행 중인 반응을 유지하였다.　 15.4개월의 중앙값 추적 동안, ZUMA-1에서 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel)로 치료된 불응성 대 B 세포 림프종을 갖는 108명의 환자 중에서, 82%는 객관적 반응률 (ORR), 58%는 완전 반응 (CR)을 나타내었고, 진행 중인 반응은 40% CR을 포함하여 42%였다.　 시토카인 방출 증후군 (CRS) 및 신경계 사건 (NE)은 가역적이었다 (13% ≥ 3 등급의 CRS, 28% ≥ 3 등급의 NE: 3 등급 5개 유해 사건).
중증 유해 반응의 관리
일부 실시양태에서, 방법은 유해 반응의 관리를 포함한다.　 일부 실시양태에서, 유해 반응은 시토카인 방출 증후군 (CRS), 신경계 독성, 과민 반응, 심각한 감염, 혈구감소증 및 저감마글로불린혈증으로 이루어진 군으로부터 선택된다.
일부 실시양태에서, 유해 반응의 징후 및 증상은 열, 저혈압, 빈맥, 저산소증 및 오한으로 이루어진 군으로부터 선택되고, 심장 부정맥 (심방 세동 및 심실성 빈맥을 포함), 심장 정지, 심부전, 신기능부전, 모세혈관 누출 증후군, 저혈압, 저산소증, 기관 독성, 혈구포식성 림프조직구증식증/대식세포 활성화 증후군 (HLH/MAS), 발작, 뇌병증, 두통, 진전, 어지럼증, 실어증, 섬망, 불면증 불안, 아나필락시스, 열성 호중구감소증, 혈소판감소증, 호중구감소증 및 빈혈을 포함한다.
시토카인 방출 증후군
일부 실시양태에서, 방법은 임상 제시에 기초하여 CRS를 확인하는 것을 포함한다. 일부 실시양태에서, 방법은 열, 저산소증 및 저혈압의 다른 원인을 평가하고 치료하는 것을 포함한다.　 ≥ 등급 2의 CRS (예를 들어, 유체에 반응하지 않는 저혈압, 또는 산소 보충을 필요로 하는 저산소증)를 겪고 있는 환자는 연속적인 심장 원격측정법 및 맥박 산소측정법으로 모니터링되어야 한다.　 일부 실시양태에서, 중증 CRS를 겪고 있는 환자의 경우, 심장초음파를 수행하여 심장 기능을 평가하는 것을 고려한다.　 중증 또는 생명을 위협하는 CRS의 경우, 집중 관리 지지 요법이 고려될 수 있다.
일부 실시양태에서, 방법은 환자를 주입 후 CRS의 징후 및 증상에 대해 인증된 건강관리 시설에서 적어도 7일 동안 매일 모니터링하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 환자를 주입 후 4주 동안 CRS의 징후 또는 증상에 대해 모니터링하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 CRS의 징후 또는 증상이 어떠한 시점에서 발생하더라도 즉각적인 의학적 주의를 기울이도록 환자와 상담하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 CRS의 제1 징후에서 지시된 바와 같은 지지적 관리, 토실리주맙 또는 토실리주맙 및 코르티코스테로이드를 사용한 치료를 시행하는 것을 포함한다.
신경계 독성
일부 실시양태에서, 방법은 신경계 독성의 징후 및 증상에 대해 환자를 모니터링하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 신경계 증상의 다른 원인을 배제하는 것을 포함한다.　 ≥ 등급 2의 신경계 독성을 겪고 있는 환자는 연속적인 심장 원격측정법 및 맥박 산소측정법에 의해 모니터링되어야 한다.　 중증 또는 생명을 위협하는 신경계 독성의 경우 집중 관리 지지 요법을 제공한다.
일부 실시양태에서, 방법은 환자를 주입 후 신경계 독성의 징후 및 증상에 대해 인증된 건강관리 시설에서 적어도 7일 동안 매일 모니터링하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 방법은 주입 후 4주 동안 신경계 독성의 징후 또는 증상에 대해 환자를 모니터링하는 것을 포함한다.
속발성 악성종양
일부 실시양태에서, CD19-지정 유전자 변형된 자가 T 세포 면역요법으로 치료된 환자에서 속발성 악성종양이 발생할 수 있다.　 일부 실시양태에서, 방법은 속발성 악성종양에 대해 평생 모니터링하는 것을 포함한다.
본 명세서에 언급된 모든 공개, 특허 및 특허 출원은, 각각의 개별 공개, 특허 또는 특허 출원이 참조로 포함되는 것으로 구체적이고 개별적으로 지시된 것과 동일한 정도로, 본원에 참조로 포함된다.　 그러나, 본원의 참고문헌의 인용은 이러한 참고문헌이 본 발명에 대한 선행 기술이라는 것을 인정하는 것으로서 해석되어서는 안된다.　 참조로 포함된 참고문헌에 제공된 임의의 정의 또는 용어가 본원에 제공되는 용어 및 논의와 상이한 경우에는, 본원의 용어 및 정의가 적용된다.
추가의 실시양태
본 개시내용의 한 측면은 CAR-T 세포 또는 외인성 TCR을 발현하는 T 세포의 투여 (예를 들어, 적어도 1회 주입) 전에 악성종양의 1개 이상의 부위(들) (즉, 종양 미세환경)에서 면역-관련 유전자 발현 및/또는 T 세포 밀도를 측정하는 것을 포함하는, 악성종양을 치료하는 방법에 관한 것이다.　 일부 실시양태에서, 상기 측정은 화학요법 조건화 및 조작된 T 세포 (예를 들어, CAR-T 세포) 투여 전에 수행된다.
일부 실시양태에서, 상기 측정은 면역-관련 유전자 발현에 기초하여 복합 면역 점수, 예컨대 이뮤노사인®21 또는 이뮤노사인®15 점수를 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 상기 측정은 CD3+ 및/또는 CD8+ T 세포를 포함한 T 세포의 종양내 밀도에 기초하여 면역 점수, 예컨대 이뮤노스코어®를 결정하는 것을 포함한다.　 일부 실시양태에서, 상기 측정은 대상체의 면역 점수(들)와 미리 결정된 역치의 비교에 기초하여, 예컨대 높은 또는 낮은 상대 점수(들)를 결정하고 부여하는 것을 추가로 포함한다.　 일부 실시양태에서, 이러한 미리 결정된 역치는 조작된 T 세포에 의한 악성종양의 치료와 관련하여 예후 값을 갖거나 또는 갖는 것으로 결정된 것이다.
일부 실시양태에서, 개시된 방법은 상기 측정(들)에 기초한 치료 최적화 단계를 추가로 포함한다.　 예를 들어, 일부 실시양태에서, 조작된 T 세포 (예를 들어, CAR-T 세포) 투여의 용량 및/또는 스케줄은 종양 미세환경의 면역 점수(들)에 기초하여 최적화된다.　 예시적인 실시양태에서, 낮은 면역 점수, 예컨대 낮은 이뮤노사인®21 점수를 갖는 대상체는 높은 면역 점수를 갖는 대상체보다 더 높은 용량의 CAR-T 세포를 투여받는다.　 일부 실시양태에서, 낮은 면역 점수를 갖는 대상체는 높은 면역 점수를 갖는 대상체보다 약 25% 더 높은, 또는 약 50% 더 높은, 또는 약 100% 더 높은 용량을 투여받는다.
추가의 대안적 예시적인 실시양태에서, 낮은 면역 점수를 갖는 대상체는 1회 이상의 추가의 CAR-T 세포 주입을 제공받는다.　 일부 실시양태에서, 낮은 치료전 면역 점수를 갖는 대상체에게 CAR-T 세포의 제1 용량을 투여하고, 치료 반응을 평가하고, 불완전 반응이 관찰되는 경우에, 추가의 TME 면역 점수 측정 단계를 수행한다.　 일부 실시양태에서, CAR-T 세포의 추가의 투여는 대상체의 면역 점수가 제1 투여 후에 높은 경우에 수행된다.
일부 실시양태에서, 개시된 방법은 추가적으로 또는 대안적으로 낮은 면역 점수를 갖는 대상체가 CAR-T 투여 전에 그의 면역 점수를 개선시키는 목적으로 치료되는 '사전-치료' 단계를 포함한다.　 예를 들어, 일부 실시양태에서, 낮은 면역 점수를 갖는 환자는 1종 이상의 면역자극제, 예컨대 시토카인, 케모카인 또는 면역 체크포인트 억제제를 투여받는다.　 일부 실시양태에서, 면역 점수의 추가의 측정은 치료 전에 수행된다.
일부 실시양태에서, CAR-T 요법에 기초한 완전 반응에 관한 높은 면역 점수의 예후 값은 치료 옵션을 평가할 때 고려된다.　 예를 들어, 일부 실시양태에서, 높은 면역 점수를 갖는 대상체는 낮은 면역 점수를 갖는 대상체보다 CAR-T 투여를 더 낮은 차수의 요법으로서 제공받는다.
본 발명은 하기 실시예에 의해 추가로 예시되지만, 이에 의해 추가로 제한되는 것으로 해석되어서는 안된다.　 본 출원 전반에 걸쳐 인용된 모든 참고문헌의 내용은 명백히 본원에 참조로 포함된다.
실시예
실시예 1: axi-cel 반응의 예후로서 기준선 TME 면역 유전자 발현
악시캅타진 실로류셀 (axi-cel; 예스카르타®)은 2회 이상의 선행 전신 요법을 받은 재발성 또는 불응성 대 B 세포 림프종을 갖는 환자의 치료를 위해 현재 미국 FDA 및 EMA에 의해 승인된 자가 항-CD19 키메라 항원 수용체 (CAR) T 세포 요법이다.　 axi-cel CAR의 구조는 도 1에 개략적으로 도시되어 있다.
ZUMA-1 (NCT02348216)은 불응성 공격성 대 B 세포 림프종을 갖는 환자에서의 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel)의 1/2상, 다기관, 중추적 연구이다 (Neelapu SN, Locke LF, et al. N Engl J Med. 2017;377:2531-2544).　 ZUMA-1 상 및 코호트 크기는 도 2에 개략적으로 도시되어 있다.　 환자는 둘 다의 상에서 2.0 x 106개 CAR T 세포/kg를 제공받았다.
ZUMA-1에서 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel)로 치료된 불응성 대 B 세포 림프종을 갖는 108명의 환자 중에서, 전체 반응률은 82%였고, 완전 반응 (CR) 비율은 58%였다.　 시토카인 방출 증후군 (CRS) 및 신경계 사건 (NE)은 대부분 가역적이었다 (11% ≥ 3 등급 CRS; 32% ≥ 3 등급 NE; 4 등급 5개 유해 사건 (2개의 비-axi-cel 관련 사건 포함)).　 15.4개월의 중앙값 추적 시에, 진행 중인 반응률은 40% CR을 포함하여 42%였다.　 27.1개월의 중앙값 추적 시에, 진행 중인 반응률은 37% CR을 포함하여 39%였다.
ZUMA-1의 2 상의 사후 분석을 설계하여 종양 면역 미세환경 (TME)의 주요 치료전 특색의 연관성을 조사하였다.　 기준선 생검을 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel)로 치료된 25명의 환자로부터 9개월의 최소 추적과 함께 분석하였다.　 표 1은 환자 및 종양 기준선 특징 및 치료 결과를 나타낸다.
표 1. 환자 및 종양 기준선 특징 및 치료
Figure pct00001
이들 25명의 환자에서 객관적 반응률은 80%였고, 20명의 반응자 및 5명의 비반응자를 포함하였다.　 후속 데이터 컷오프 (최소 12개월의 추적)에서, 후속적으로 1명의 환자는 제1개월에 "비반응자"에서 "반응자"로 전환되었다.
도 3에 제시된 바와 같이, 기준선에서 및 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel) 투여 후 3주 내에 종양 생검을 채취하였다.　 기준선 신선 동결 코어 생검을 엔카운터® 기술 (나노스트링)을 사용하여 이뮤노사인® 임상 연구 검정으로 분석하여 멀티플렉스 포맷으로 다수의 면역 유전자의 유전자 발현 수준을 측정하였다.　 신선 동결 또는 포르말린 고정 종양 조직으로부터 최소량의 RNA를 이용하기 위한 검정을 추가로 개발하였다.　 미리 특정된 생물정보학 방법 및 컷오프를 면역-매개 종양 퇴행 유전자에 적용하여, T 세포 세포독성, T 세포 분화, T 세포 유인, T 세포 부착을 포함한 적응성 면역 및 면역 순응, 혈관신생 억제, 면역 공동-억제 및 암 줄기 세포를 포함한 면역 억제를 평가하였다. (이뮤노사인®; 도 4; 문헌 [Galon J, et al. Immunity. 2013;39:11-26]; www.haliodx.com/clinical-research-services/immunosignr/).　 생물정보학 방법은 T 세포-특이적 (이펙터 T 세포, Th1) 유전자, 인터페론 경로-관련 유전자, 케모카인 및 면역 체크포인트를 포함하였다.　 고/저 이뮤노사인®21 점수 컷-오프를 샘플 사이의 관찰된 점수의 25번째 백분위수로서 정의하였다.　 높은 점수는 잠재적으로 종양 반응과 연관된 면역-관련 유전자의 발현을 나타낸다.
발현 분석 및 점수화를 사용하여 TME 특색과 반응 사이의 연관성을 검사하였다.　 또한, 표 2에 제시된 바와 같이, 미리 지정된 유전자 세트를 사용하는 보다 광범위한 분석을 적용하였다.　 이뮤노사인®15, 이뮤노사인®21 및 범 암 면역 프로파일링 패널로부터의 다른 유전자 및 모든 763종의 유전자로 이루어진 미리 지정된 43종의 유전자 세트를 포함시켰다. (엔카운터 범 암 면역 프로파일링 패널.　 https://www.nanostring.com/products/gene-expression-panels/hallmarks-cancer-gene-expression-panel-collection/pancancer-immune-profiling-panel).　 피셔 정확 검정 및 윌콕슨(Wilcoxon) 부호 순위 검정을 오류 발견율 (벤자미니-호크베르크(Benjamini-Hochberg))에 의한 다중 시험 보정과 함께 사용하였다.
표 2. 사전지정된 유전자 세트
Figure pct00002
종양 미세환경 (TME)의 기존 면역 특색은 악시캅타진 실로류셀 (axi-cel)에 대한 반응과 연관성이 있다. 도 5a에 제시된 바와 같이, 기준선에서의 TME 이뮤노사인®21 점수는 ≥ 9개월의 임상 추적에서의 비반응자에 비해 반응자에서 상승되었다 (P = .012).　 반응자의 85% (17/20)는 높은 이뮤노사인®21 점수를 가졌고, 비반응자의 80% (4/5)는 낮은 이뮤노사인®21 점수를 가졌다 (도 5b 및 5c).　 12개월에서의 지연된 반응을 갖는 환자를 포함한 감도 분석에서, 이뮤노사인®21과 반응 사이의 연관성은 P = 0.053을 가졌다.
비반응자 대비 반응자에서 기준선에서의 TME 내 상향조절된 상위 면역-관련 유전자는 CTLA4, CD3g, CD3e, CD27, SH2B2 및 ICOSL을 포함하였다.　 비반응자와 비교하여 반응자에서 기준선에서의 TME 내 MHC 부류 II 유전자 및 암 시험 항원 PRAME, MAGE, SSX를 포함한 다른 유전자의 발현은 상대적으로 감소되었다.　 MHC 부류 II 유전자와의 연관성은 미만성 대 B 세포 림프종에서의 MHC 부류 II 발현의 양성 예후 값에 비추어 놀랍다 (Rimsza LM, et al. Blood. 2004;103:4251-4258).　 확장된 763종의 유전자 범 암 면역 프로파일링 패널로부터, 비반응자와 비교하여 반응자에서 차등적으로 발현된 TME 내 추가의 유전자를 표 3에 제시한다.
표 3. 비반응자 대비 반응자에서의 차등 발현된 TME 내 유전자
Figure pct00003
실시예 2: axi-cel 반응의 예후로서 기준선 종양내 T 세포 밀도
ZUMA-1의 2상의 추가의 사후 분석을 설계하여, 종양 면역 미세환경 (TME) - 특히 CD3+ 및 CD8+ T 세포 밀도 및 이뮤노스코어® -의 주요 치료전 특색과 axi-cel에 대한 반응 및 면역 유전자 발현 (이뮤노사인® 21 포함)의 연관성을 조사하였다.
CD3+ 및 CD8+ T 세포의 밀도 (세포/mm2)에 대한 면역조직화학에 의한 분석을 위해 사전-조건화 조직 생검을 포르말린-고정 및 파라핀-포매 (FFPE)하였다.　 CD3 및 CD8 염색을 2개의 연속 FFPE 절편 (4 μm) 상에서 벤치마크(Benchmark)® XT 스테이션을 사용하여 수행하였다.　 전용 디지털 병리학 소프트웨어를 사용하여 양성 세포 염색 밀도를 결정하였다.
이뮤노스코어® 검정은 절제 또는 생검 암 샘플의 CD8+ 세포독성 T 세포 및 CD3+ T 세포의 밀도를 측정하고, 포르말린-고정 파라핀-포매 조직 슬라이드 상에서 수행된다.　 치료전 (화학요법 조건화 전) 종양 조직 생검을 면역조직화학에 의해 T 세포 하위세트 (CD3+, CD8+)의 밀도 (세포/mm2)에 대해 분석하였다.　 CD3 및 CD8 염색을 2개의 연속 FFPE 절편 (4 μm) 상에서 벤치마크® XT 스테이션을 사용하여 수행하였다.　 전용 디지털 병리학 소프트웨어를 사용하여 양성 세포 면적의 측정을 수행하였다.　 각각의 대상체에 대해, 25개의 기준선 생검 샘플에 대한 CD3 및 CD8 면역조직화학적 염색을 점수화하고, 문헌 [Galon et al., J Pathol. 232:199-209 (2014)]에 기재된 바와 같이 HalioDx 알고리즘 및 분석 컷오프를 사용하여 이뮤노스코어® (T 세포 밀도의 수치 지수)로 전환시켰다.　 관찰된 점수의 중앙값은 고저 이뮤노스코어®의 역치로서 정의되었으며, 높은 면역점수는 상대적으로 증가된 종양내 T 세포 침윤을 나타낸다.　 웰치 t-검정을 사용하여 CR을 갖는 대상체들에서의 이뮤노스코어®, CD3 및 CD8 수준을 부분 반응, 안정 질환 및 진행성 질환을 갖는 대상체와 비교하였다.
결과: 보다 높은 종양내 CD3+ 및 CD8+ T 세포 밀도 및 높은 이뮤노스코어® (모두 치료전에 결정된 것임)를 갖는 대다수의 환자는 CR을 달성하였다 (도 8a-8c).　 전체적으로, 보다 높은 치료전 이뮤노스코어®는 CR의 달성과 연관성이 있었다 (P = .048; 도 8a 및 8b).　 CD3+ 및 CD8+ T 세포의 치료전 종양내 밀도는 CR의 달성과 양성의 연관성이 있었다 (각각 P = .025 및 .049; 도 9a 및 9b).　 CR을 달성하지 못한 환자는 대부분 낮은 종양내 CD3+ 및 CD8+ T 세포 밀도 및 낮은 이뮤노스코어®를 나타내었다. (도 8a 및 8c).
동일한 종양 생검에서 치료전에 평가된 이뮤노스코어® 및 이뮤노사인® 21은 82% 일치를 입증하였으며 (95% CI, 65 - 93; r2 = 0.451; 도 10), 이는 T 세포 침윤물의 보다 높은 밀도와 허용 유전자 서명 사이의 잠재적 관계성을 시사한다.
실시예 1 및 실시예 2로부터의 발견은 CAR T 세포 요법에 대한 반응에서의 치료전 TME의 주요 역할을 시사한다.　 항-CD19 CAR T 요법은 낮은 이뮤노사인®21 점수 또는 이뮤노스코어®와 연관된 불량한 예후를 극복할 수 있다.
실시예 3: 종양 면역 미세환경
환자 샘플의 추가의 분석은 CAR T 세포 확장이 치료 2주 내에 발생하였고, 면역 프로그램에서 시토카인의 상승이 동반되었음을 보여주었다.　 약역학적 프로파일링은 증식성 마커 (IL-15 및 IL-2), 염증성 마커 (IL-6, CRP, SAA, IL-5, 페리틴, IL-1Ra, IL-2Rα), 면역 조정 마커 (GM-CSF, IFN-γ, IL-10), 케모카인 (IL-8, IP-10, MCP-1) 및 이펙터 마커 (그랜자임 B)에서 기준선 초과의 급속한 증가를 나타내었다. 유전자 발현 분석은 치료전 T 세포 관련 유전자 (CD3ε, CD28 및 CTLA4), 선천성 면역 관련 유전자 (MX1, ISG15 및 MYD88) 및 B 세포 관련 유전자 (CD19, CD79B 및 PAX5)가 임상 결과와 상관관계가 있을 수 있다는 것을 시사한다 (도 11).
ZUMA-1 환자 (치료 후 7-21일)에서의 TME에서 CAR T 세포가 국제 특허 출원 공개 번호 WO2018/013563A1 및 WO2018/053790A1에 기재된 별개의 CAR 에피토프를 인식하는 항체를 사용한, CAR T RNA에 대한 계내 혼성화 (ISH) 및 면역조직화학 (IHC)을 사용하여 검출되었다.　 치료전 종양 부담이 감소된 환자에서 1년 째에 진행 중인 반응 속도의 증가가 관찰되었다.　 이들 데이터는 종양 부담에 부합하는 CAR T 세포 생착이 큰 종양을 극복할 수 있다는 것을 시사한다.　 CAR T 세포 치료는 TME에서의 변화와 연관성이 있었다.　 사전-지정된 43종의 면역 유전자 패널로부터의 전사체의 분석은 치료 후 7-21일에 종양에서 상향조절을 나타내었다.　 면역 억제 체크포인트 (PD-L1, CTLA4, LAG3, TNFRSF18, ICOS), IFN-관련 유전자 (IRF1, STAT1, STAT4, IFNγ) 및 케모카인 (CXCL9, CCL2, CCL5), 이펙터 (CD8A, GNLY, GZMA, GZMM, GZMB, GZMH) 및 증식성 마커 IL-15에서의 증가가 치료에 대한 반응에서 관찰되었다 (도 12).　 나노스트링 분석은 완전 또는 부분 반응을 갖는 대상체에서 IL-15 및 PD-L1 유전자 발현의 상승을 나타내었다 (도 13a 및 13b).
대세포 림프종 및 B 세포 급성 림프모구성 백혈병 (B-ALL)을 갖는 환자로부터의 생검을 CD19 및 PD-L1 발현에 대해 평가하였다.　 axi-cel 후에 재발한 대상체의 적어도 1/3은 CD19 발현에 대해 음성인 종양을 가졌다.　 진행 시에 B 세포 및 면역-관련 분자의 분석은 CD19+ 또는 CD19- 종양 세포에서의 재발을 확인하였다.　 기준선에서, 평가가능한 환자의 94% (16/17)는 CD19+였다.　 진행 후에 21명의 평가가능한 환자로부터의 종양 생검은 33%가 CD19-이고 62%가 PD-L1+인 것으로 나타났다.
SEQUENCE LISTING <110> Kite Pharma, Inc. <120> CHIMERIC RECEPTOR T CELL TREATMENT USING CHARACTERISTICS OF THE TUMOR MICROENVIRONMENT <130> KPI-023WO <150> 62/656,825 <151> 2018-04-12 <150> 62/827,770 <151> 2019-04-01 <150> 62/831,946 <151> 2019-04-10 <160> 2 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 18 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Linker Sequence <400> 1 Gly Ser Thr Ser Gly Ser Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu Gly Ser Thr 1 5 10 15 Lys Gly <210> 2 <211> 5 <212> PRT <213> artificial sequence <220> <223> linker peptide <400> 2 Gly Gly Gly Gly Ser 1 5

Claims (20)

  1. (a) 환자로부터의 종양 생검을 분석하여 종양 미세환경을 특징화하는 단계; 및
    (b) 1종 이상의 키메라 수용체를 포함하는 유효 용량의 T 세포를 환자에게 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 유효 용량은 종양 미세환경의 특징을 사용하여 결정되는 것인
    환자에서 악성종양을 치료하는 방법.
  2. 제1항에 있어서, 종양 미세환경이 유전자 발현 프로파일링, 종양내 T 세포 밀도 측정 또는 그의 조합을 사용하여 특징화되는 것인 방법.
  3. 제2항에 있어서, 유전자 발현 프로파일링이, 지정된 유전자 패널의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는 것인 방법.
  4. 제1항 내지 제3항 중 어느 한 항에 있어서, CD3G, STAT4, CD3E, CD3D, GZMK, GZMM, PRF1, CD8A, ICOS, CXCL10, STAT1, IL15, CCR2, CCL2, IRF1, TBX21, GZMA, CXCR3, GZMB, CD69, CXCL11 및 그의 조합으로부터 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
  5. 제1항 내지 제4항 중 어느 한 항에 있어서, CTLA4, GZMH, CD8A, PDCD1, CD3G, IRF1, CX3CL1, TNFRSF9, CD3E, GZMA, CXCL10, TSLP, REN, GZMB, TNFRSF18, CCL2, GZMK, CXCL11, CD69, CD247, CCL5, STAT4, CD274, GNLY, ITGAE, LAG3, IL15, LTK, PRF1, CD3D, PF4, TBX21, ICOS, CXCL9, IFNG, VEGFA, STAT1, GZMM, CXCL13, CXCR3, CCR2, IL17A, PROM1 및 그의 조합으로부터 선택된 1종 이상의 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
  6. 제1항 내지 제5항 중 어느 한 항에 있어서, 범 암 면역 프로파일링 패널(PanCancer Immune Profiling Panel)로부터 선택된 유전자의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느 한 항에 있어서, B 세포 마커의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
  8. 제1항 내지 제7항 중 어느 한 항에 있어서, T 세포 마커의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
  9. 제1항 내지 제8항 중 어느 한 항에 있어서, 선천성 면역 반응과 연관된 유전자를 포함하는 지정된 유전자 패널의 발현 수준을 결정하는 것을 포함하는 방법.
  10. 제9항에 있어서, 지정된 유전자 패널이 세포독성 세포, 수지상 세포, 대식세포 또는 과립구의 마커를 포함하는 것인 방법.
  11. 제1항 내지 제10항 중 어느 한 항에 있어서, 유전자 발현 프로파일 및/또는 종양내 T 세포 밀도에 기초하여 면역 점수를 결정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  12. 제11항에 있어서, 면역 점수를 사용하여 총 용량을 조정하는 것을 추가로 포함하는 방법.
  13. 제1항 내지 제12항 중 어느 한 항에 있어서, 유효 용량이 kg 체중당 적어도 1 x 106개 CAR-양성 생존 T 세포를 포함하는 것인 방법.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서, 키메라 수용체가 키메라 항원 수용체 (CAR)인 방법.
  15. 제1항 내지 제14항 중 어느 한 항에 있어서, 키메라 수용체가 T 세포 수용체 (TCR)인 방법.
  16. 제1항 내지 제15항 중 어느 한 항에 있어서, 악성종양이 고형 종양, 육종, 암종, 림프종, 다발성 골수종, 호지킨병, 비-호지킨 림프종 (NHL), 원발성 종격 대 B 세포 림프종 (PMBC), 미만성 대 B 세포 림프종 (DLBCL), 여포성 림프종 (FL), 형질전환된 여포성 림프종, 비장 변연부 림프종 (SMZL), 만성 또는 급성 백혈병, 급성 골수성 백혈병, 만성 골수성 백혈병, 급성 림프모구성 백혈병 (ALL) (비 T 세포 ALL 포함), 만성 림프구성 백혈병 (CLL), T-세포 림프종, 1종 이상의 B-세포 급성 림프성 백혈병 ("BALL"), T-세포 급성 림프성 백혈병 ("TALL"), 급성 림프성 백혈병 (ALL), 만성 골수 백혈병 (CML), B 세포 전림프구성 백혈병, 모구성 형질세포양 수지상 세포 신생물, 버킷 림프종, 미만성 대 B 세포 림프종, 여포성 림프종, 모발상 세포 백혈병, 소세포- 또는 대세포-여포성 림프종, 악성 림프증식성 상태, MALT 림프종, 외투 세포 림프종, 변연부 림프종, 골수이형성증 및 골수이형성 증후군, 형질모구성 림프종, 형질세포양 수지상 세포 신생물, 발덴스트롬 마크로글로불린혈증, 형질 세포 증식성 장애 (예를 들어, 무증상 골수종 (무증상 다발성 골수종 또는 무통성 골수종), 의미 불명의 모노클로날 감마글로불린병증 (MGUS), 형질세포종 (예를 들어, 형질 세포 이혼화증, 고립 골수종, 고립 형질세포종, 수질외 형질세포종 및 다발성 형질세포종), 전신 아밀로이드 경쇄 아밀로이드증, POEMS 증후군 (또한 크로우-푸카세(Crow-Fukase) 증후군, 다카츠키병 및 PEP 증후군으로도 공지됨) 또는 그의 조합인 방법.
  17. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서, 유효 용량이 환자가 키메라 수용체 치료에 반응할 가능성을 증가시키도록 최적화되는 것인 방법.
  18. (a) 환자로부터의 종양 생검을 분석하여 유전자 발현 프로파일을 사용하여 종양 미세환경을 특징화하는 단계;
    (b) 유전자 발현 프로파일에 기초하여 면역 점수를 결정하는 단계; 및
    (c) 면역 점수에 기초하여 환자가 키메라 수용체 치료에 반응할 것인지를 결정하는 단계를 포함하는
    키메라 수용체 치료에 환자가 반응할 것인지 여부를 결정하는 방법.
  19. (a) 치료 전에 환자로부터 종양 생검을 수득하는 단계;
    (b) 종양 생검을 분석하여 종양 미세환경을 특징화하는 단계; 및
    (c) 종양 미세환경의 특징에 기초하여 환자가 키메라 수용체 치료에 반응할 것인지를 결정하는 단계를 포함하는
    키메라 수용체 치료에 환자가 반응할 것인지 여부를 결정하는 방법.
  20. (a) 키메라 수용체 치료 전에 환자로부터의 종양 생검을 분석하여 종양 미세환경을 특징화하는 단계;
    (b) 종양 미세환경의 특징에 기초하여 환자가 키메라 수용체 치료에 반응할 것인지를 결정하는 단계; 및
    (c) 1종 이상의 키메라 수용체를 포함하는 유효 용량의 T 세포를 환자에게 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 유효 용량은 종양 미세환경의 특징을 사용하여 결정되는 것인
    환자에서 악성종양을 치료하는 방법.
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